Faits: A. A.a Mme B.X._, née en 1959, et M. A.X._, né en 1966, se sont mariés le 13 juin 1994 à Tramelan (BE). Deux enfants sont issus de cette union: C._, née en 1994, et D._, née en 2001. Les époux vivent séparés depuis le 24 avril 2006, date à laquelle Mme B.X._ a quitté le domicile conjugal pour s'installer avec sa fille cadette chez sa mère, alors que l'aînée a choisi de rester chez son père. A.b M. A.X._ travaille pour le compte d'une société active dans le domaine des assurances depuis le 1er janvier 2009. Il a perçu à ce titre un salaire mensuel net de 10'302 fr. 25 en 2010 et de 10'434 fr. 90 en 2011, bonus et frais d'entretien fixes inclus. Son repas de midi est pris en charge par son employeur qui ne lui verse toutefois aucune allocation familiale. Il a perçu un montant de 300'000 fr. suite à la vente de la maison du couple à la fin de l'année 2008 et sa fortune s'élevait à 289'000 fr. au 31 décembre 2010. Il soutient toutefois devoir désormais régulièrement puiser dans ses économies pour couvrir les frais d'école privée de ses deux filles et avancer certains frais à charge de son épouse. Ses charges mensuelles incompressibles ont été arrêtées à 10'088 fr. par mois à compter du 1er janvier 2011 et à 9'720 fr. du 1er septembre 2011 au 31 août 2012, incluant les frais d'écolage de ses deux filles. A.c Mme B.X._ est employée par une banque et perçoit un salaire mensuel net de 6'133 fr. Ses charges mensuelles incompressibles, comprenant celles de ses filles qui vivent toutes deux désormais avec elle ont été arrêtées à 5'932 fr. pour la période du 1er janvier 2011 au 31 janvier 2012 et à 6'577 fr. à compter du 1er février 2012. De la vente de la maison du couple, elle a perçu un montant d'au moins 320'000 fr. Elle soutient que sa fortune s'élevait à 29'000 fr. au 23 novembre 2011. Sa mère a en outre certifié lui avoir prêté 43'000 fr. depuis le début de l'année 2010, montant dont elle entend obtenir la restitution. B. B.a Par requête du 20 octobre 2010, M. A.X._ a formé une demande unilatérale en divorce assortie de mesures provisoires et préprovisoires par-devant le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: Tribunal de première instance) concluant notamment à ce que la garde et l'autorité parentale sur ses deux filles lui soient attribuées, à ce qu'un droit de visite soit réservé à son épouse et à ce que cette dernière soit condamnée à verser, sur mesures provisoires comme au fond, une contribution d'entretien à compter respectivement du 1er octobre et du 1er juin 2010, allocations familiales non comprises, de 700 fr. par mois pour D._ et de 950 fr. par mois pour C._, ainsi que d'assumer la moitié de leurs frais d'écolage, ces conclusions valant jusqu'à leur majorité, voire au-delà mais au plus tard jusqu'à l'âge de 25 ans révolus, en cas d'études sérieuses. Dans ses dernières conclusions du 29 novembre 2011, M. A.X._ a, sur mesures provisoires et au fond, maintenu ses conclusions tendant à obtenir l'autorité parentale et la garde de ses deux filles, son épouse bénéficiant d'un droit de visite et devant lui verser une contribution à l'entretien des enfants, par mois et d'avance, à compter du 1er décembre 2011, de 450 fr. pour C._ jusqu'à sa majorité voire au-delà, mais au maximum jusqu'à l'âge de 25 ans révolus en cas d'études sérieuses et de 350 fr. pour D._ jusqu'à l'âge de 15 ans, puis de 800 fr. jusqu'à sa majorité voire au-delà, mais au maximum jusqu'à l'âge de 25 ans révolus en cas d'études sérieuses. Au fond uniquement, il s'est engagé à prendre à sa charge l'écolage de ses filles. B.b Statuant sur mesures préprovisoires, le Tribunal de première instance a attribué, par ordonnance du 10 novembre 2010, la garde des enfants à M. A.X._ - l'état de santé de la mère et sa capacité à s'occuper de sa fille cadette devant être éclaircies -, réservé à Mme B.X._ un droit de visite restreint et dit que les allocations familiales devaient être versées en mains de M. A.X._. B.c Statuant sur mesures provisoires par jugement du 18 janvier 2012, le Tribunal de première instance a notamment attribué la garde des enfants à leur mère (ch. 1), réservé un large droit de visite au père (ch. 2) et nommé un curateur de procédure pour les enfants (ch. 6). M. A.X._ a en outre été condamné à contribuer à l'entretien des siens par le versement d'une contribution mensuelle de 255 fr., allocations familiales dues en sus (ch. 3 et 4) et il lui a été donné acte de son engagement à assumer les frais d'écolage de ses deux filles (ch. 5). B.d Statuant par arrêt du 31 août 2012 sur l'appel formé par Mme B.X._, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé les ch. 2 et 3 du dispositif du jugement entrepris du 18 janvier 2012 et, statuant à nouveau, a réduit quelque peu le droit de visite du père sur sa fille cadette et l'a condamné à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, à titre de contribution à l'entretien de sa famille, la somme de 500 fr. du 1er janvier 2011 au 31 août 2012, puis la somme de 1'500 fr. dès le 1er septembre 2012, en sus des frais d'écolage de ses deux filles. Elle a confirmé le jugement entrepris pour le surplus. C. Par acte du 10 octobre 2012, M. A.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 31 août 2012. Il conclut principalement à ce que l'arrêt entrepris soit réformé en ce sens qu'il soit dit et constaté qu'il ne doit aucune contribution pour la période courant du 1er janvier 2011 au 31 octobre 2012, qu'il lui soit donné acte de son engagement à payer les frais d'écolage privé de ses filles et qu'il soit condamné à payer à son épouse une contribution mensuelle de 265 fr. à l'entretien de sa fille cadette uniquement, allocations familiales en sus, et due à compter du 1er novembre 2012; subsidiairement il conclut à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'il soit dit qu'il ne prendra pas en charge les frais d'écolage privé de ses filles et qu'il soit condamné à payer en mains de son épouse une contribution mensuelle de 1'565 fr. à l'entretien de sa fille cadette uniquement, allocations familiales en sus, et due à compter du 1er novembre 2012. A l'appui de ses conclusions, le recourant se plaint de la violation des principes de protection du minimum vital et de la violation de l'interdiction de l'arbitraire. Les intimées n'ont pas été invitées à se déterminer.