Faits: A. Née en 1957, D._ a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité le 28 novembre 2000. Au cours de l'instruction de la requête, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) a recueilli différents avis médicaux et soumis l'assurée à un examen psychiatrique auprès de l'Hôpital Y._, ainsi qu'à une expertise rhumatologique auprès du docteur R._, médecin associé au Service de rhumatologie, médecine physique et réhabilitation de l'Hôpital X._. Par décision du 5 mai 2004, confirmée par décision sur opposition du 11 mars 2005, l'office AI a refusé toute prestation à D._, au motif qu'elle ne présentait pas d'atteinte à la santé invalidante. B. L'assurée a déféré cette décision au Tribunal des assurances du canton de Vaud qui a requis de l'office AI qu'il mette en oeuvre un nouvel examen psychiatrique auprès de l'Hôpital Y._. Le docteur Z._ de l'Hôpital Y._ a rendu son rapport le 13 février 2006, sur lequel l'assurée s'est prononcée en produisant un avis médical (du 2 mai 2006) de la doctoresse U._, médecin-psychiatre. Statuant le 2 novembre 2006, le Tribunal des assurances a rejeté le recours. C. D._ a interjeté un recours de droit administratif contre le jugement cantonal. Sous suite de frais et dépens, elle conclut principalement à l'octroi d'une rente entière de l'assurance-invalidité et subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle ordonne une expertise psychiatrique. Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.