Faits : A. A.a. Le 31 mars 2010, X._ SA (ci-après: X._ SA ou la locataire) et Y._ AG (ci-après: Y._ AG ou la bailleresse) ont conclu un contrat de bail portant sur un local commercial, d'une durée de cinq ans, du 1 er mai 2010 au 30 avril 2015. Les parties ont convenu d'un loyer de 4'788 fr. 20, augmenté ensuite à 4'806 fr. dès le 1 er janvier 2011, incluant la TVA et un acompte pour les frais accessoires, payable d'avance le 1 er de chaque trimestre. Par courrier du 13 décembre 2011, la locataire a résilié le contrat pour le 31 décembre 2011, en invoquant l'existence de justes motifs, soit que la surface mise à sa disposition était située au 2 ème étage alors que celle promise devait se trouver au rez-de-chaussée. Le 19 décembre 2011, la bailleresse a contesté les justes motifs de résiliation. Le 25 octobre 2012, elle a encore envoyé à la locataire une facture détaillée de frais de chauffage et d'exploitation ("HBK") pour la période du 1 er juillet 2011 au 30 juin 2012, indiquant un solde à payer de 278 fr. 70. A.b. Le 18 novembre 2013, la bailleresse a fait notifier à la locataire le commandement de payer n° xxxx de l'Office des poursuites de la Broye pour les loyers de 4'806 fr. de janvier 2012 à décembre 2013 et le solde des frais de 278 fr. 70, plus intérêts échelonnés à 5%. La locataire a formé opposition. B. B.a. Par décision du 18 mars 2014, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition. B.b. Par arrêt du 9 mai 2014, la II e Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté le recours déposé par la locataire contre cette décision. C. Par acte posté le 3 juin 2014, X._ SA interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut à son annulation, puis à ce qu'il soit constaté qu'elle ne doit pas à l'intimée les montants indiqués dans le dispositif de la décision de première instance et à ce que la poursuite n° xxxx de l'Office des poursuites de la Broye soit radiée. Elle invoque la violation des art. 97 al. 1 LTF, 82, 84 LP et 29 al. 2 Cst. en lien avec l'art. 53 CPC. Des observations n'ont pas été requises. D. Par ordonnance du 4 juin 2014, la requête d'effet suspensif a été rejetée.