Faits: A. Par jugement du 12 juillet 2010, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a acquitté X._ et ses deux co-prévenus du chef d'accusation de violation des règles de l'art et les a reconnus coupables d'homicide par négligence, X._ étant condamné à 30 jours-amende à 90 fr. avec sursis pendant 2 ans. Les trois co-prévenus ont en outre été condamnés à payer, solidairement entre eux, 40'000 fr. à A._ et 30'000 fr. à B._ à titre d'indemnité pour tort moral, sous suite de dépens, acte des réserves civiles étant donné pour le surplus à celles-ci. Les frais et les débours ont été mis à charge de X._ à hauteur de 30%. B. Par arrêt du 5 juin 2012, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel formé par X._, l'a condamné pour homicide par négligence à 20 jours-amende à 90 fr. et a confirmé le jugement de première instance pour le surplus. En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt. Depuis le mois de juin 2006, C._ travaillait comme ouvrier sur un important chantier en ville de Fribourg. Le 10 novembre 2006, sur instruction de son chef d'équipe, il a gravi une échelle jusqu'à une hauteur de 6 à 8 m, afin de rectifier l'aplomb d'un mur coffré, au moyen d'un étai « tire-pousse ». Il ne portait pas de harnais et n'était équipé d'aucune autre protection contre les chutes. Soudain, l'étai a lâché et C._ a chuté, heurtant le sol de la tête. Il est décédé sur place. X._ était, depuis le mois de juillet 2006, conducteur des travaux de ce chantier. C. Par arrêt du 20 juin 2012, la Cour d'appel pénal a fixé les dépens dus à A._ et B._ à 33'113 fr. 15 pour les deux instances. D. X._ forme deux recours en matière pénale contre ces arrêts. Dans celui dirigé contre l'arrêt du 5 juin 2012, il conclut à son acquittement, à sa libération des conclusions civiles sous suite de dépens et des frais de procédure de première et seconde instances et à l'allocation d'une indemnité de partie de 15'721 fr. 60 pour la seconde instance. Dans celui dirigé contre l'arrêt du 20 juin 2012, il conclut à son acquittement et à sa libération des conclusions civiles et des dépens. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.