Faits: A. B._ et C._ sont copropriétaires de la parcelle n° 2'438 (5'913 m 2 ) du cadastre de la commune d'Hermance, parcelle contiguë à celle n° 1404 de 1'137 m 2 appartenant à A._. Ces deux bien-fonds, libres de toute construction, sont situés en 5 ème zone de construction et sont inclus dans le plan directeur communal (ci-après: PDCom) adopté le 8 mai 2007 par le Conseil municipal de la commune d'Hermance et approuvé par le Conseil d'Etat le 25 juillet 2007. Le 17 novembre 2010, B._ et C._ ont déposé auprès du Département des constructions et des technologies de l'information, devenu le Département de l'urbanisme (ci-après: le Département), une demande d'autorisation de construire définitive aux fins de construire 9 habitations groupées à haut standard énergétique avec parkings souterrains et places de parc extérieures. Le projet prévoit la construction de 3 bâtiments de deux étages sur rez-de-chaussée comportant chacun 3 logements, chaque immeuble étant alimenté par une sonde géothermique. Dans le cadre de l'instruction, le Département a recueilli les préavis nécessaires. La Commission d'architecture et la Commune ont accueilli favorablement le projet, approuvant une dérogation au coefficient d'utilisation du sol (cf. art. 59 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI]; RSG L 5 05). Par décision du 21 avril 2011, le Département a délivré aux requérantes l'autorisation de construire 3 habitats groupés avec une densité de construction de 27,5 %, en raison du haut standard énergétique des habitations prévues. Le Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI) a rejeté, par jugement du 20 décembre 2011, le recours formé par A._ contre la décision. Le TAPI relevait que l'art. 59 al. 4 let. a LCI - dans sa teneur jusqu'au 25 janvier 2013 (cf. infra consid. 5.2) - permettait d'autoriser des projets de construction d'une surface de plancher de 27,5 % de la surface du terrain. Contrairement à ce que soutenait l'intéressée, il estimait que la disposition précitée ne s'appliquait pas exclusivement au projet de construction en ordre contigu, mais également à ceux sous forme d'habitat groupé; or cette disposition permettait d'autoriser une surface de plancher de 27,5 % de la surface du terrain. B. Par arrêt du 29 janvier 2013, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice ou la cour cantonale) a rejeté le recours déposé par A._. Selon l'instance précédente, le litige devait être examiné au vu de la nouvelle teneur de l'art. 59 al. 1 LCI, en vigueur depuis le 26 janvier 2013. Dans la mesure où le projet présenté respectait le pourcentage prévu par cette disposition, elle a confirmé l'autorisation de construire délivrée le 21 avril 2011. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice, de constater la nullité de la décision du Département et de débouter les intimées de toutes autres conclusions. Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue ainsi que d'une violation du droit cantonal. Elle requiert en outre l'effet suspensif. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Aux termes de leurs déterminations respectives, le Département et les intimées concluent au rejet du recours. La recourante réplique. Par ordonnance du 22 avril 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif.