Faits: A. Par jugement du 30 novembre 2011, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._, pour gestion déloyale, à une peine privative de liberté de quinze mois avec sursis pendant cinq ans. Il a donné acte à A._ de ses réserves civiles et dit que X._ était le débiteur de la société " B._ Sàrl " de la somme de 674'571 fr. 70, plus intérêts. B. Par jugement du 13 septembre 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis très partiellement l'appel. Elle a confirmé la condamnation pour gestion déloyale et la peine privative de liberté de quinze mois avec sursis. Elle a modifié la durée du délai d'épreuve, le contenu de la règle de conduite et le montant dû à la société " B._ Sàrl ". En substance, le jugement d'appel repose sur les faits suivants: B.a Au lieu-dit "B._" à La Tour-de-Peilz (Vaud), d'importants terrains non bâtis se trouvaient en phase d'être classés en zone constructible. A._ et X._ ont décidé de s'associer en vue d'y réaliser une promotion immobilière. Par acte du 1er juillet 2003, ils ont fondé dans ce but une société à responsabilité limitée, appelée "B._ Sàrl". Ils sont tous deux associés-gérants de la société, avec pouvoir de signature collective à deux, et possèdent chacun la moitié du capital. Le 26 août 2003, les hoirs C._ ont passé avec la société " B._ Sàrl " une promesse de vente et d'achat avec cession d'un droit d'emption sur des terrains appartenant alors à l'hoirie C._. Lors de cette transaction, les associés ont fait la connaissance de D._, qui avait procédé à un échange de terrains avec l'hoirie. Le 15 décembre 2004, X._ et A._ ont passé une convention répartissant entre eux les gains à réaliser sur les terrains acquis de l'hoirie C._. Par courriel du 3 février 2005, A._ a reproché à son associé d'avoir, selon lui, réalisé un gain de 678'478 fr. sur une des parcelles. Il a demandé le partage par moitié de ce bénéfice ou, à défaut, sa restitution totale à l'hoirie. Il ajoutait qu'il considérait que " la situation actuelle était une escroquerie vis-à-vis de lui, de l'hoirie C._ mais aussi vis-à-vis de la société " B._ Sàrl " ". X._ n'a pas donné suite à ce message, si ce n'est pour proposer une rencontre à son associé. B.b A la fin du mois de février 2005, les associés ont rencontré D._ dans les locaux de A._ pour discuter de l'acquisition de terrains. D._ a accepté d'entrer en matière. Les trois protagonistes se sont alors séparés, se laissant le temps de la réflexion. Sitôt après l'entretien, D._ et X._ ont bu l'apéritif et fait connaissance sur le plan personnel. D._ a téléphoné à X._ le 1er mars 2005 et l'a autorisé à arpenter son terrain. X._ l'a rappelé autour du 5 mars suivant pour annoncer que l'arpentage aurait lieu incessamment, hors sa présence. Par la suite, il lui a proposé une nouvelle rencontre en tête-à-tête. Le 9 mars 2005, D._ a rencontré X._. Il a fait savoir à son interlocuteur qu'il était obligé de vendre, même si c'était à contrecoeur. Il a précisé qu'il avait été mal à l'aise dans les locaux de A._ et était de manière générale mal à l'aise dans toute forme de négociation triangulaire. X._ lui a alors répondu qu'il était également mal à l'aise dans sa relation avec son associé et lui a proposé de traiter à deux directement. Il lui a expliqué qu'il était en train de se séparer de son associé, de sorte qu'il était préférable pour le promettant de traiter avec E._ Sàrl " pour ne pas être mêlé au litige C._ ". D._ a ajouté qu'il rechignait à traiter avec un professionnel de l'immobilier, vu le harcèlement dont il faisait l'objet de la part de ces milieux depuis 1991. Il a toutefois fait une exception en faveur de la société " B._ Sàrl " car il avait eu de bons contacts avec l'hoirie C._ et celle-ci avait traité avec la société, de sorte qu'il avait reporté sur la société la confiance que lui avait accordée l'hoirie. Le 15 mars 2005, D._ a téléphoné à X._ et lui a dit qu'il acceptait de lui vendre ses terrains. Il a confirmé son consentement définitif à la constitution d'un droit d'emption sur son fonds le 26 mars suivant après règlement des conditions de la vente. Le 13 avril 2005, devant le notaire F._, D._ a accordé à la société E._ Sàrl, représentée par X._, un droit d'emption portant sur une surface de 4000 m2 de sa parcelle, numéro xxx du registre foncier de La Tour-de-Peilz. La valeur du m2 a été arrêtée à 360 francs. B.c Le 17 juin 2005, les associés ont passé une " convention finale de répartition " des bénéfices issus de l'activité de la société " B._ Sàrl ". Cet accord prévoyait pour l'essentiel que ces bénéfices seraient partagés entre X._ et sa société E._ Sàrl, d'une part, et A._ et sa société anonyme d'architecture (G._), d'autre part. Il disposait aussi que, concernant l'une des parcelles issues de la partition de la parcelle xxx, acquise de D._, si G._ obtenait le mandat de la réalisation de la villa à construire sur ce fonds, elle verserait, dès signature du contrat d'architecte, un montant de 20'000 fr. à X._. Ce montant a été versé selon quittance paraphée le 22 mai 2006 par dame X._ qui engageait expressément son époux par sa signature. Le 31 janvier et le 4 décembre 2007, l'assemblée générale de la société " B._ Sàrl ", constituée de X._ et de A._, ont voté la décharge des associés pour les exercices annuels 2005 et 2006 et les a réélus en qualité de gérants pour l'exercice suivant. Les 16 avril et 20 novembre 2007, le domaine acquis de D._ a été divisé en quatre parcelles portant numéros de feuillet xxx à xxx et le droit d'emption du 13 avril 2005 a été reporté sur celles-ci. Au cours de la même opération, X._, agissant à titre personnel et par E._ Sàrl, a exercé son droit d'emption puis revendu les quatre parcelles acquises auprès de D._ à divers tiers acquéreurs. Ce faisant, il a réalisé un bénéfice total de 699'940 fr. B.d Le 20 novembre 2008, A._ a déposé une plainte pénale et s'est constitué partie plaignante contre X._. Par ordonnance du 11 janvier 2010, confirmée par arrêt du Tribunal d'accusation du 22 février 2010, le Juge d'instruction de l'arrondissement de l'Est vaudois a clos la procédure préliminaire et renvoyé X._ devant le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois comme accusé de gestion déloyale. L'assemblée générale de la société " B._ Sàrl ", fixée au 8 octobre 2010, n'a pas pu être tenue, les deux associés-gérants étant, en raison de leur opposition, dans l'incapacité de désigner un président. Faisant valoir que la société était ainsi paralysée et dans l'impossibilité de faire valoir ses droits dans la procédure pénale dirigée contre X._, A._ a déposé auprès du Président du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois, le 15 octobre 2010, une requête tendant à la nomination d'un commissaire pour la société. Par jugement du 20 janvier 2011, confirmé par arrêt du Tribunal fédéral du 5 mars 2012, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a admis la requête et nommé H._ en qualité de commissaire pour la société. Le 14 octobre 2011, la société " B._ Sàrl ", représentée par son commissaire, a demandé à participer au procès en qualité de demanderesse au pénal et au civil. Par prononcé du 24 octobre 2011, le Président du Tribunal civil d'arrondissement de l'Est vaudois a admis la société au procès en qualité de partie civile. Le 10 novembre 2011, la Chambre des recours pénale a déclaré irrecevable le recours formé contre ce dernier prononcé. Par prononcé du 22 novembre 2011, le Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois a rejeté la requête de X._ tendant au rejet de la demande faite par " B._ Sàrl " de participer au procès en qualité de partie civile. Le 29 novembre 2011, le Tribunal d'arrondissement a rejeté une nouvelle requête de X._. C. Contre le jugement du 13 septembre 2012, X._ a déposé un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, pour l'essentiel, à son acquittement et au rejet des conclusions civiles de la société " B._ Sàrl " et de A._. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.