Faits: A. Le 15 avril 2010, l'initiative populaire cantonale "Genève-Plage pour tous" a été déposée par l'association "A._" auprès du Service des votations et élections du canton de Genève (ci-après: SVE). La récolte de signatures a eu lieu du 23 avril au 23 août 2010. Ayant appris que des étudiants avaient été engagés contre rémunération pour récolter des signatures, le SVE s'est adressé le 30 juin 2010 à A._, par sa représentante B._, en lui rappelant que ce procédé était interdit par la réglementation genevoise sur les droits politiques et en lui ordonnant d'y mettre un terme immédiat. B. A._ et B._ ont saisi le Tribunal administratif genevois d'un recours contre cette décision, en soutenant que le SVE n'avait pas de compétence pour rendre une telle injonction et que celle-ci violait le principe de la bonne foi, le chef du SVE ayant, au mois d'avril 2010, confirmé la possibilité d'engager du personnel rémunéré à l'heure pour récolter des signatures. C. Par arrêt du 21 septembre 2010, le Tribunal administratif a constaté la nullité de la décision du 30 juin 2010. Selon la loi, le SVE était chargé d'approuver préalablement les listes et, après la collecte de signatures, de contrôler la qualité d'électeur des signataires et d'annuler les signatures obtenues de manière irrégulière. En revanche, il n'était pas compétent pour intervenir durant la récolte et interdire certains procédés; il ne pouvait qu'attirer l'attention des initiants quant aux conséquences d'un tel procédé sur la validité des signatures. Le recours a été déclaré irrecevable pour le surplus. D. Par acte du 3 novembre 2010, le Conseil d'Etat du canton de Genève agissant par la Chancelière d'Etat, forme un recours en matière de droit public par lequel il demande au Tribunal fédéral de constater la validité de la décision du SVE du 30 juin 2010, et de renvoyer la cause au Tribunal administratif. Le Tribunal administratif persiste dans le dispositif et les considérants de son arrêt. A._ et B._ concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet; ils demandent également, sur le fond, que les dispositions pertinentes de la loi genevoise sur l'exercice des droits politiques soient déclarées inconstitutionnelles. Dans ses observations complémentaires, le Conseil d'Etat persiste dans ses conclusions.