A.- Durant l'année 1998, L._ a travaillé sur appel pour plusieurs associations dans le domaine des soins à domicile; elle a réalisé un revenu total de 37'897 fr. 50. Dans le courant du mois de décembre, elle a pris contact avec la Fondation institution supplétive LPP à Lausanne (FIS), en vue de s'y affilier. Après un échange de correspondance et d'entretiens téléphoniques, la FIS lui a signifié, par lettre du 25 mars 1999, son refus de procéder à une affiliation antérieurement au 1er janvier 1999. B.- L._ a ouvert action contre la FIS devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud en concluant, sous suite de frais et dépens, à ce que la FIS soit tenue de procéder à son affiliation pour l'année 1998. La FIS a conclu au rejet de la demande. Par jugement du 21 mars 2000, la juridiction cantonale a rejeté la demande, en considérant qu'il ne pouvait être procédé à une affiliation rétroactive pour l'année 1998. C.- L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à ce que la FIS soit tenue d'affilier L._ pour l'année 1998. La FIS conclut au rejet du recours alors que L._ en propose l'admission.