Faits: A. Par jugement du 17 octobre 2011, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland a condamné Y._ pour violation de domicile, l'a exempté de toute peine, l'a condamné au paiement des frais et d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par la procédure en faveur de X._ de 3085 fr. 20. B. Statuant sur l'appel de Y._, la 2 ème Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne l'a admis. Elle a classé la procédure ouverte contre ce dernier, mis les frais de première et deuxième instances, par respectivement 985 fr. et 2000 fr., à la charge de X._ et a condamné cette dernière à verser à Y._ une indemnité pour ses frais de défense de 2893 fr. 20 pour la première instance et de 1800 fr. pour la deuxième instance. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que les frais et l'indemnité due à Y._ relatifs à la première instance sont mis à la charge du canton de Berne, subsidiairement, à la mise à la charge du canton de Berne des frais et de l'indemnité due à Y._ relatifs à la deuxième instance également. Elle conclut à la constatation pour le surplus de l'entrée en force du jugement de première instance.