Faits: A. A.a Par décision du 30 mai 2002, l'office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI) a mis A._, née en 1953, au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité ainsi qu'une rente complémentaire pour conjoint à partir du 1er janvier 1997. Cette décision se fondait sur un rapport d'expertise du Centre médical d'observation de l'assurance-invalidité (COMAI) de Lausanne établi le 26 décembre 2001. Dans ce rapport, les experts ont posé comme diagnostic ayant une influence sur la capacité de travail, un trouble somatoforme douloureux persistant sous forme de fibromyalgie, de syndrome cervico-brachial chronique et de syndrome lombo-vertébral non radiculaire chronique, un trouble de la personnalité dépendante et un trouble dépressif récurrent, épisode actuel moyen. D'un point de vue rhumatologique, la capacité de travail de l'assurée était évaluée à 80 % dans son activité antérieure comme employée d'atelier et à 100 % dans une activité adaptée, tenant compte de ses diverses limitations fonctionnelles. Sur le plan psychiatrique, l'incapacité de travail retenue était estimée à 70 %. Dans leur conclusion de synthèse, les experts du COMAI avaient conclu à une capacité résiduelle de travail de 50 % dans une activité adaptée. A.b Par courriers des 4 et 6 juin 2002, l'assurée a recouru contre cette décision, contestant le degré d'invalidité retenu et réclamant une rente complémentaire pour enfant. Le 2 mars 2003, elle a sollicité auprès de l'OCAI la reconsidération de sa décision du 30 mai 2002 en raison d'une aggravation de son incapacité de travail ainsi que de la découverte d'une intolérance à la morphine utilisée lors d'une intervention chirurgicale en 1996. Plusieurs rapports médicaux étayant les dires de l'assurée ont été produits. Statuant le 15 avril 2004 sur le recours formé par l'assurée contre la décision du 30 mai 2002, le Tribunal cantonal des assurances sociales l'a partiellement admis. Il a constaté le droit de l'assurée à une rente complémentaire pour enfant du 1er janvier 1997 au 31 août 1998 et invité l'OCAI à rendre une décision dans ce sens (ch. 1 du dispositif). Il a confirmé la décision attaquée en ce sens qu'elle accordait à l'assurée une demi-rente ainsi qu'une rente complémentaire pour conjoint dès le 1er janvier 1997 (ch. 2 du dispositif) et renvoyé la cause à l'OCAI pour ouvrir une procédure de révision (ch. 3 du dispositif). A.c Se conformant à l'injonction du tribunal cantonal, l'OCAI a procédé à l'instruction de la demande de révision du droit à la rente de l'assurée. Il a ainsi diligenté la mise en oeuvre d'un examen psychiatrique auprès de son Service médical régional (SMR). Dans son rapport du 13 juin 2005, la doctoresse V._ (psychiatre FMH) a conclu que l'appréciation psychiatrique du moment ne mettait en évidence aucune atteinte à la santé pouvant porter préjudice à la capacité de travail de l'assurée. Dans un avis médical du 26 juillet 2005, le SMR a constaté que le trouble dépressif posé par le COMAI en 2001 avait disparu et que le trouble de la personnalité dépendante (également retenu par le COMAI) n'était plus décompensé. L'état de santé de l'assurée s'était donc amélioré sur le plan psychique et ce, depuis le mois de juin 2004, époque à laquelle cette dernière avait cessé d'être prise en charge par un psychiatre. Le SMR faisait état d'une capacité de travail de 80 % dans l'activité habituelle et de 100 % dans une activité adaptée. Par décision du 17 août 2005, confirmée sur opposition le 17 novembre suivant, l'OCAI a ainsi supprimé le droit à la rente de l'assurée. B. A._ a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances en concluant à son annulation et à l'octroi d'une rente entière d'invalidité. B.a Par ordonnance du 9 mai 2006, la juridiction cantonale a confié la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique sur la personne de l'assurée au docteur Z._. Dans son rapport d'expertise du 10 octobre 2006, celui-ci a posé le diagnostic de syndrome douloureux somatoforme persistant. Il expliquait que par ses caractéristiques (fluctuations de l'humeur, prédominance des manifestations subjectives sur les signes objectifs), le syndrome dépressif actuel semblait correspondre au diagnostic de dysthymie plutôt qu'à celui d'épisode dépressif. Le fait que le syndrome dépressif était modéré en l'absence de traitement antidépresseur valable parlait contre la présence d'un trouble dépressif durable et sévère. Néanmoins, comme la survenue d'épisodes dépressifs était documentée dans le passé (notamment par les médecins du COMAI), il paraissait logique de retenir le diagnostic de trouble dépressif récurrent actuellement en rémission. Selon l'expert, la dysthymie était un état sub-dépressif chronique d'intensité habituellement insuffisante pour occasionner une incapacité de travail durable. Elle pouvait cependant justifier une incapacité de travail temporaire lorsqu'elle était cumulée à d'autres facteurs (épisode dépressif, problèmes psycho-sociaux ou physiques importants). Or, l'assurée ne se trouvait pas dans une telle situation. Quant au trouble dépressif récurrent, il ne pouvait être considéré comme sévère en l'absence d'épisodes répétés sévères justifiant par exemple des traitements intensifs en milieu hospitalier ou semi-hospitalier. Cette affection pouvait être invalidante si des épisodes sévères se répétaient sans permettre au patient de se réinsérer durablement dans la vie active entre les épisodes. Il ne semblait toutefois pas que ce fussent de tels épisodes qui avaient empêché le retour de l'assurée au travail mais bien les douleurs somatoformes. B.b Par jugement du 17 janvier 2007, le Tribunal cantonal des assurances de Genève a admis le recours interjeté par A._, en ce sens qu'il a annulé la décision sur opposition de l'OCAI du 17 novembre 2005. C. L'OCAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, concluant à la confirmation de la décision sur opposition du 17 novembre 2005. A._ conclut au maintien du jugement entrepris, sous suite de dépens, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.