Faits: A. BX._, née en 1975 à Bordj Ghedir (Algérie), et AX._, né en 1964 à Hussein Dey (Algérie), se sont mariés en 2005 à Genève. Les époux X._ vivent séparés depuis le mois de mai 2006. Ils ont une fille, née en 2000. AX._ est au chômage depuis mars 2007. Par l'intermédiaire de l'Office cantonal de l'emploi, il a trouvé un travail de commis administratif pour la période du 14 avril au 22 septembre 2008, activité qui lui permet de toucher une indemnité de chômage mensuelle d'un montant de 3'025 fr. L'épouse a travaillé comme vendeuse sur appel pour un salaire mensuel de 1'700 fr. Elle est actuellement sans emploi et reçoit une aide de l'Hospice Général depuis septembre 2007. Les époux sont copropriétaires d'une maison en France, inhabitable en l'état, pour laquelle l'époux allègue se charger du paiement des amortissements et intérêts hypothécaires. B. Le 24 mai 2007, BX._ a introduit une demande unilatérale en divorce avec mesures préprovisoires urgentes et mesures provisoires devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Les mesures préprovisoires urgentes ont été rejetées par ordonnance du 18 juin 2007, le Tribunal de première instance estimant que le caractère de l'urgence n'était pas réalisé et que l'époux ne disposait pas, prima facie, de revenus suffisants pour être condamné au versement d'une contribution d'entretien. Statuant sur mesures provisoires, le Tribunal de première instance a notamment condamné AX._ à payer à BX._ la somme mensuelle de 1'080 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille et ce avec effet au 1er juin 2006. Par arrêt du 20 juin 2008, la Cour de justice a rejeté l'appel formé par l'époux et confirmé le jugement rendu par le Tribunal de première instance. C. AX._ exerce un recours en matière civile contre cette dernière décision. Le recourant conclut à ce que la contribution à l'entretien de la famille soit fixée à 200 fr. par mois dès le 23 février 2008, allocations familiales non comprises, sous déduction des montants déjà versés. Invoquant l'arbitraire dans l'application du droit cantonal et fédéral ainsi que l'art. 29 al. 2 Cst., sous son aspect du droit à une motivation de la décision attaquée, il soutient que certains postes de ses charges n'ont pas été retenus par la cour cantonale et critique la rétroactivité de la contribution d'entretien. Le recourant sollicite également l'assistance judiciaire. Par ordonnance présidentielle du 12 août 2008, l'effet suspensif a été accordé pour les contributions d'entretien arriérées, mais refusé pour les contributions d'entretien courantes.