Faits: A. Le 17 août 2006, l'Office fédéral des transports a rendu une décision d'approbation des plans, au sens des art. 18 ss de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF) pour le deuxième tronçon de la ligne de tramway Cornavin-Meyrin-CERN (ligne TCMC) dans l'agglomération genevoise, entre les Avanchets et le CERN. En approuvant les plans, l'Office fédéral a rejeté une opposition formée par A._. B. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'infrastructures et d'environnement (CRINEN). Le 8 novembre 2006, les Transports publics genevois (TPG) - compagnie qui a obtenu une extension de la concession fédérale pour construire et exploiter la ligne de tramway précitée - ont demandé le retrait de l'effet suspensif au recours. Statuant le 12 décembre 2006, la Vice-présidente de la Commission de recours a admis la requête des TPG tendant au retrait de l'effet suspensif "à l'exception de l'aménagement des mesures de circulation prévues dans le périmètre situé entre la rue Lect, l'avenue de Feuillasse, la rue De-Livron et la rue des Boudines" (ch. 3 du dispositif de la décision). Il ressort des motifs de cette décision que la recourante A._, en sa qualité de propriétaire du Centre commercial de Meyrin (CCM) - attenant au périmètre délimité par les quatre rues précitées -, s'était opposée au retrait de l'effet suspensif non pas pour la totalité du deuxième tronçon mais pour un secteur de celui-ci, à savoir pour la partie de la ligne située sur les plans entre les profils en travers nos 128 et 157 (voir spécialement plan 2342-706-D). Il s'agit d'un secteur proche du centre commercial, à Meyrin (entre le milieu d'un viaduc projeté à la rue Lect et la promenade de Corzon). Dans son appréciation, la Vice-présidente a opposé d'une part l'intérêt de la recourante au maintien du statu quo, soit essentiellement la possibilité d'accéder en automobile au parking principal du centre commercial depuis la rue De-Livron, la faculté d'aller directement du parking principal (P1) à un second parking (P2) et la conservation de certaines places de stationnement, et d'autre part "l'intérêt des TPG et de l'État de Genève de mener les travaux sans délai aux fins de respecter le planning de mise en service du TCMC sur l'ensemble de sa longueur et en particulier de desservir la Cité Meyrin dans un délai raisonnable". A ce propos, la possibilité de démarrer rapidement le chantier du viaduc Lect a en particulier été mentionnée. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Vice-présidente de la Commission fédérale de recours et de confirmer l'effet suspensif de son recours soumis à ladite Commission "en tant que celui-ci concerne la construction du TCMC depuis le début du viaduc Lect (à partir du profil en travers n° 128 selon le plan d'emprise n° 2342-706-D [...]) jusqu'au milieu de la promenade du Corzon, soit au droit du profil en travers n° 157 [...]". La recourante soutient que, vu l'objet de la contestation, il n'y a pas d'intérêts suffisants pour justifier le retrait de l'effet suspensif accordé par la loi (art. 55 PA). Les Transports publics genevois concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. L'Office fédéral des transports a renoncé à répondre au recours. Le Tribunal administratif fédéral a été invité à présenter ses observations, dès lors qu'il lui incombe depuis le 1er janvier 2007 de traiter les recours pendants à la fin de l'année précédente devant les anciennes commissions fédérales de recours (dont la CRINEN). Ce Tribunal propose le rejet du recours en se référant à la décision attaquée. A._ a été autorisée, à sa demande, à déposer une écriture complémentaire pour se déterminer sur les réponses. Elle persiste dans les conclusions de son recours de droit administratif. D. Le Président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a, par une ordonnance du 6 février 2007, rejeté la demande d'effet suspensif présentée par la recourante.