Faits: A. Le 8 mai 2009, le Département des infrastructures, soit pour lui le Service des routes a publié un appel d'offres portant sur la construction du viaduc sur l'A9 dans le cadre de la réalisation de la RC787-H144 Transchablaisienne (Rennaz-Les Evouettes). Les documents d'appel d'offres (conditions particulières, ch. 3.12) prescrivaient aux soumissionnaires d'annoncer leurs sous-traitants et leurs fournisseurs au moment de la calculation des prix; en outre, il était exigé des sous-traitants qu'ils respectent les conditions de l'appel d'offre notamment au niveau des conditions de travail fixées par les conventions collectives et les contrats-types de travail. B. Le 13 août 2009, X._ SA a soumissionné, annonçant, pour la pose de l'armature (ferraillage), trois sous-traitants: A._, B._ et C._. Le Service des routes a formulé trois demandes successives de clarification à l'adresse de X._ SA, les 10 et 23 septembre, ainsi que le 22 octobre 2009. Postérieurement à la dernière demande, le Service des routes, a prié téléphoniquement X._ SA d'apporter des précisions sur les sous-traitants A._ et B._. Le 2 novembre 2009, X._ SA a fourni les précisions suivantes: "(...) Concernant le sous-traitant A._, nous précisons que la raison sociale est A._ Frères et Cie SA à D._. Concernant le sous-traitant B._, nous vous précisons que la raison sociale est E._ SA à F._. Le soussigné (ndr: G._, directeur général) a eu des entretiens avec Monsieur H._ (du syndicat Unia) d'une part, et avec les sous-traitants ci-dessus, d'autre part. Il s'avère que l'analyse du respect des conventions collectives diverge entre les 2 parties. Par conséquent, le soussigné s'engage sur l'honneur à adjuger à une entreprise respectant les conventions et en accord avec les syndicats. Pour ce faire, il se propose de créer une séance tripartite entre les sous-traitants ci-dessus et les syndicats afin d'éclaircir ce désaccord. Sur cette base, la liste des sous-traitants pour la pose des aciers que nous vous proposons est donc: - A._ Frères et Cie SA ?séance à organiser avant adjudication - E._ SA?séance à organiser avant adjudication - I._ Sàrl (à J._)?en ordre avec les syndicats - C._?en ordre avec les syndicats." C. Le même jour, le Service des routes a contacté par téléphone X._ SA, pour lui faire savoir que les sous-traitants A._ et Cie SA et E._ SA n'étaient pas admis et qu'un nouvel examen serait nécessaire au cas où cette proposition serait maintenue par le soumissionnaire. En effet à l'issue de plusieurs contrôles effectués dans le canton entre 1999 et 2000 et entre 2007 et 2008, deux des entreprises dirigées par M. B._, soit B._ (depuis lors en faillite), à K._, et E._ SA, à L._, avaient été surprises sur plusieurs chantiers alors qu'elles enfreignaient la législation en matière de police des étrangers et celle régissant le droit du travail et des assurances sociales, ce qui avait conduit à la dénonciation à réitérées reprises de M. B._. D'entente avec X._ SA, le Service des routes a ainsi biffé, sur l'offre, les désignations "A._" et "B._" de l'annonce des sous-traitants, d'une part, et a corrigé la réponse du soumissionnaire du 2 novembre 2009, en ce sens que, pour la proposition des sous-traitants A._ Frères et Cie SA et E._ SA, une séance devait être organisée avant les travaux, réservant ainsi un possible réexamen des deux sous-traitants non admis. D. Le 5 novembre 2009, le Département des infrastructures du canton de Vaud a adjugé à X._ SA le marché public. Le 25 février 2010, les parties ont conclu un contrat d'entreprise portant sur une montant total net TTC de 12'243'797 fr. 65. E. Lors de la séance de chantier du 12 mai 2010, X._ SA a derechef proposé au maître de l'ouvrage le sous-traitant A._ et Cie SA pour la pose de l'armature. Après avoir pris des renseignements, le Département des infrastructures a agréé ce sous-traitant. Le 3 juin 2010, le mandataire du maître de l'ouvrage, M._, de N._ SA, ingénieurs à Lausanne, s'est enquis par courrier électronique de la raison sociale du ferrailleur engagé sur le chantier. Dans sa réponse du même jour, X._ SA a désigné l'entreprise O._ Sàrl, à F._. Au courrier électronique de ce dernier était joint un extrait scanné du Registre du commerce du canton du Valais concernant cette entreprise. La partie inférieure, faisant apparaître l'identité des organes de la société, n'a pas été transmise. Étaient jointes en outre des attestations de paiement des charges sociales par O._ Sàrl. Lors de la séance de chantier du 10 juin 2010, X._ SA a proposé le sous-traitant O._ Sàrl pour la pose de l'armature. Le paragraphe 6.2.2 du PV n° 7 a été corrigé en ce sens, d'entente entre toutes les parties (PV n° 9, § 6.2.2). F. Un contrôle effectué le 26 octobre 2010 sur le chantier du viaduc a révélé que, sur cinq ouvriers occupés aux travaux de ferraillage, deux n'étaient pas autorisés à travailler en Suisse. Tous ont déclarés être employés par E._ SA, à Sierre. Appelé sur les lieux, M. B._, directeur de E._ SA et gérant de O._ Sàrl, a admis les faits. Le 3 novembre 2010, X._ SA a mis en demeure O._ Sàrl de lui fournir la liste exhaustive du personnel mis en ?uvre sur le chantier, avec copie des permis de séjour, des certificats de salaire et du paiement des charges sociales. Le 9 décembre 2010, il a résilié avec effet immédiat le contrat d'entreprise conclu le 17 mai 2010 avec cette entreprise. G. Le 9 décembre 2010, le Département des infrastructures a informé X._ SA de l'ouverture d'une procédure de sanction à son encontre. Le 21 décembre 2010, l'intéressée a rappelé qu'elle n'avait aucun lien contractuel avec E._ SA, qu'elle avait pris toutes les mesures pour assurer le respect par son partenaire contractuel de la législation en matière de police des étrangers, du droit du travail et des assurances sociales et qu'elle avait résilié avec effet immédiat le contrat la liant à O._ Sàrl. Le 17 février 2011, le Département des infrastructures a prononcé à l'encontre de X._ SA une amende de 61'219 fr. pour contravention à l'art. 14a al. 1 de la loi vaudoise du 24 juin 1996 sur les marchés publics (LMP/VD; RSVD 726.01). X._ SA a recouru contre cette dernière décision auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud en demandant à titre principal l'annulation de l'amende, subsidiairement à ce que la pénalité soit ramenée à 944 fr. 60. Le recours a été rejeté par arrêt du Tribunal cantonal du 2 septembre 2011. H. Agissant simultanément par la voie du recours en matière de droit public et celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la sanction, subsidiairement de la réduire Agissant en outre dans le même temps par la voie du recours en matière pénale, elle demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de l'acquitter, subsidiairement de réduire la sanction ou de l'assortir du sursis Elle demande que le traitement de son recours en matière de droit public soit suspendu jusqu'à droit connu sur le recours en matière pénal. Par ordonnance du 20 mars 2012, le Juge instructeur a rejeté la requête d'effet suspensif. Le Département des infrastructures a conclu principalement à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet, alors que le Tribunal cantonal a déclaré se référer au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué. I. Le Tribunal fédéral a rendu son jugement en séance publique le 22 juin 2012.