Faits: A. Le 7 juillet 2006, Y._ a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois d'une demande tendant au paiement, par X._ SA, d'un montant total de 351'636 fr. 35, correspondant à des prétentions fondées sur un contrat de travail. Le 22 août 2006, la Caisse Z._ est intervenue au procès. Par bordereaux des 7 juillet 2006 et 29 mars 2007, Y._ a notamment requis la production par X._ SA des pièces nos 153 (copie des lettres adressées à tous les cadres à fin 2004 par X._ SA indiquant les montants annoncés à titre de bonus potentiels pour 2005 et des paiements fixes additionnels pour 2005 et copie des courriers adressés aux mêmes cadres par X._ SA leur annonçant le montant des bonus potentiels et les paiements fixes additionnels effectivement attribués pour 2005), 157 à 159 (liste des salaires des employés de X._ SA pour les années 1999, 2004 et 2005) et 163 (plainte pénale déposée à l'encontre de Y._ notamment). Lors de l'audience préliminaire du 31 août 2007, le Juge instructeur de la Cour civile a en particulier interpellé Y._ sur la pertinence des pièces requises nos 153 et 157 à 159. Par ordonnance sur preuves du 5 novembre 2007, le Juge instructeur de la Cour civile a notamment imparti à X._ SA un délai au 15 janvier 2008 pour produire les pièces susmentionnées. Dans son bordereau de pièces produites du 15 janvier 2008, X._ SA a expliqué qu'elle ne produisait pas les pièces nos 153 et 157 à 159, car elles concernaient des données confidentielles relatives à des tiers au procès sans pertinence sur le litige, invoqué au surplus le secret commercial et d'affaires ainsi que l'art. 178 al. 2 dernière hypothèse du code de procédure civile (du canton de Vaud) du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11) - selon lequel l'obligation faite à la partie de produire les titres en sa possession ne vise pas la correspondance privée de nature confidentielle échangée avec des tiers - et soutenu en conséquence qu'elle n'était soumise à aucune obligation de production. Elle a par ailleurs expliqué l'absence de production de la pièce n° 163 par le fait qu'elle ne détenait pas l'original. Par avis du 17 janvier 2008, le Juge instructeur de la Cour civile a invité X._ SA à produire les pièces en cause dans un délai échéant au 1er février 2008 pour le motif qu'il n'appartenait pas à celle-ci de décider de leur pertinence, que la confidentialité serait respectée à condition que les noms des tiers n'apparaissent pas, que le montant d'un bonus n'était pas couvert par le secret d'affaires et qu'il lui était loisible de requérir l'application de l'art. 183 CPC/VD - qui, sous le titre marginal "sauvegarde des secrets", dispose que les parties et les tiers astreints à produire des titres peuvent demander au juge d'ordonner les mesures adéquates pour empêcher qu'il n'en soit fait abus, notamment pour sauvegarder des secrets d'affaires (al. 1), que le juge peut ordonner que le titre ne sera consulté qu'en présence du greffier (al. 2) et qu'il peut autoriser que les passages qui ne servent pas à la preuve soient soustraits à la vue ou faire dresser par le greffier une copie des passages servant de preuve et restituer le titre (al. 3) -, une copie de la pièce n° 163 pouvant au surplus être produite. Par lettre du 1er février 2008, X._ SA a maintenu sa position et invoqué au surplus la protection de la sphère privée de ses travailleurs. Par lettre du 13 février 2008, valant ordonnance de production, le Juge instructeur de la Cour civile a fixé à X._ SA un délai au 25 février 2008 pour produire les pièces susmentionnées, faute de quoi il serait passé à la procédure d'exécution forcée, et l'a invitée, le cas échéant, à lui faire savoir dans le même délai si elle s'opposait à l'entrée en ses locaux (art. 230 al. 1er CPC/VD - qui prévoit que si un tiers s'oppose à l'inspection des choses en sa possession ou à l'entrée dans ses locaux, l'expert en réfère au juge qui, après avoir entendu l'intéressé ou l'avoir cité à cet effet, peut, si les circonstances le permettent, ordonner l'ouverture forcée). Par lettre du 25 février 2008, X._ SA a maintenu sa position et déclaré laisser le Juge instructeur de la Cour civile rendre l'ordonnance prévue à l'art. 230 al. 3 CPC/VD - qui dispose que l'ordonnance (d'ouverture forcée) est notifiée à l'intéressé si elle ne lui a pas été signifiée verbalement à l'audience; il y a recours dans les dix jours au Tribunal cantonal par mémoire motivé -, pour le motif que l'intérêt des tiers comme le sien propre interdisaient l'entrée dans les locaux de l'entreprise. B. Par lettre du 9 avril 2008, Y._ a requis l'exécution forcée de l'ordonnance de production du 13 février 2008. Par ordonnance du 23 mai 2008, le Juge instructeur de la Cour civile a ordonné l'exécution forcée de l'ordonnance de production du 13 février 2008 (I), chargé l'huissier de la Justice de paix compétent de procéder à l'exécution forcée, soit de recueillir les pièces 153, 157, 158, 159 et 163 en les bureaux de X._ SA (II), enjoint les agents de la force publique de concourir à l'exécution s'il y a lieu (III), donné avis à X._ SA qu'il serait au besoin procédé à l'ouverture forcée (IV) et dit qu'il serait procédé à l'exécution forcée le vendredi 20 juin 2008 à 9h00 (V). En bref, il a retenu que l'ordonnance sur preuves était exécutoire, avant de considérer que le moyen tiré de l'absence de pertinence des pièces litigieuses aurait dû être soulevé à l'audience préliminaire et que le secret d'affaires et la confidentialité pouvaient être invoqués pour requérir l'application de l'art. 183 CPC/VD. Le 30 mai 2008, X._ SA a saisi la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois d'un recours non contentieux à l'encontre de l'ordonnance du 23 mai 2008, concluant principalement à sa réforme en ce sens que l'exécution forcée de l'ordonnance du 13 février 2008 n'est pas ordonnée et, subsidiairement, à son annulation. Par décision du 9 juin 2008, le Président de la Chambre des recours a accordé l'effet suspensif au recours requis par X._ SA. C. Parallèlement à son recours cantonal, X._ SA (la recourante) a interjeté, le 24 juin 2008, un recours en matière civile au Tribunal fédéral, pour le cas où la voie de droit cantonale ne serait pas ouverte. Invoquant l'interdiction de l'arbitraire, la violation du droit d'être entendu, de la sphère privée et de la liberté du commerce et de l'industrie, elle concluait, avec suite de frais et dépens de toutes instances, à ce que celui-ci admette le recours en matière civile et réforme, respectivement annule, l'ordonnance du 23 mai 200, en ce sens qu'aucune exécution forcée n'est ordonnée à son encontre, respectivement dans ses locaux, pour la production des pièces requises 152, 153, 154, 155, 157, 158, 159, 160, 161, 162 et 163. Par ordonnance présidentielle du 26 juin 2008, la procédure de recours au Tribunal fédéral a été suspendue jusqu'à droit connu sur le recours cantonal. Par arrêt du 27 novembre 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours cantonal et retourné le dossier au Juge instructeur de la Cour civile pour qu'il fixe une nouvelle date à laquelle il serait procédé à l'exécution forcée. En substance, elle a admis que le recours au Tribunal cantonal prévu à l'art. 230 al. 3 CPC/VD était ouvert à la partie et non seulement au tiers. Elle a considéré que son contrôle dans ce domaine ne portait que sur le respect des garanties et des formes prévues par les art. 230 - dont l'al. 2 prévoit que l'ordonnance spécifie les lieux dont l'accès doit être ouvert, le jour et l'heure de l'exécution - et 231 CPC/VD - dont l'al. 1 dispose que si, au jour de l'exécution, l'intéressé persiste dans son refus, il est procédé à l'ouverture forcée en présence du juge, qui veille à ce que l'opération soit renfermée dans les limites de l'ordonnance et restreinte aux mesures indispensables à l'expertise -, cas échéant sur la conformité de l'ordonnance d'exécution forcée à l'ordonnance de production, s'il devait s'avérer par exemple que des pièces mentionnées dans la seconde ne figuraient pas dans la première. En l'espèce, l'ordre de production du 13 février 2008 était exécutoire, dès lors qu'aucun recours cantonal n'était ouvert à son encontre. L'objet de l'ordonnance d'ouverture forcée était en outre le même que celui de l'ordre de production. La procédure prévue à l'art. 230 CPC/VD avait été respectée; en particulier X._ SA avait eu l'occasion de s'exprimer avant que l'ordonnance d'ouverture forcée ait été rendue, puisque l'ordre de production l'avait invitée à indiquer si elle s'opposait à l'entrée dans ses locaux et qu'elle s'était déterminée en réponse à cette invitation le 25 février 2008. Le premier juge était compétent pour rendre l'ordonnance d'exécution forcée (art. 180 al. 1er CPC/VD) et la délégation au juge de paix du district du siège de X._ SA conforme à l'art. 180 al. 2 CPC/VD. Les conditions formelles de l'exécution forcée étaient ainsi réalisées et le recours devait en conséquence être rejeté. X._ faisait valoir en vain qu'elle n'était pas tenue de produire les pièces litigieuses pour le motif que celles-ci relèveraient de sa sphère privée - en particulier du secret de ses affaires - et de la sphère privée de ses employés. En effet, ces moyens tendaient à faire réexaminer par la cour l'ordonnance sur preuves du 5 novembre 2007 et l'ordre de production du 13 février 2008, décisions qui étaient exécutoires; ils sortaient en conséquence du contrôle que la Chambre des recours pouvait exercer sur l'ordonnance d'ouverture forcée en vertu de l'art. 230 al. 3 CPC/VD. En outre, on ne se trouvait pas dans un cas où le juge refuse de statuer pour des motifs arbitraires, de sorte que le grief de violation du droit fédéral était également irrecevable. Au demeurant, comme l'avait relevé le premier juge, X._ SA était en mesure de faire protéger ses secrets d'affaires, sa sphère privée et celle de ses employés en requérant l'application de l'art. 183 CPC/VD. En conclusion, le recours devait être rejeté et l'ordonnance confirmée. La date de l'exécution forcée étant passée en raison de l'effet suspensif accordé au recours, il convenait de renvoyer la cause au premier juge afin qu'il fixe une nouvelle date à laquelle il serait procédé à l'exécution forcée. Le 3 février 2009, la recourante a déposé un "complément au recours en matière civile et recours constitutionnel subsidiaire (sic)" au Tribunal fédéral. Reprenant les griefs soulevés dans son écriture du 24 juin 2008, elle concluait, sous suite de frais et dépens de toutes instances, à ce que celui-ci prononce que le recours en matière civile est admis et que l'arrêt du 27 novembre 2008 et l'ordonnance du 23 mai 2008 sont réformés, respectivement annulés, en ce sens qu'aucune exécution forcée n'est ordonnée à son encontre, respectivement dans ses locaux, pour la production des pièces requises 153, 157, 158, 159 et 163. Y._ (l'intimée) a proposé, avec suite de frais et dépens, principalement l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet de l'intégralité des conclusions de son adverse partie et, par conséquent, la confirmation de l'ordonnance du 23 mai 2008 et de l'arrêt du 27 novembre 2008. La Caisse Z._ (l'intervenante) ne s'est pas déterminée dans le délai qui lui avait été imparti à cette fin.