Faits: A. Dès le 15 septembre 2005 et jusqu'au 30 septembre 2006, X._ a travaillé au service d'une banque de Genève dont Y._ est le directeur général. Sur instructions de ce dernier, un huissier de la banque s'est chargé de lui trouver une automobile. Les recherches de l'huissier ont abouti. Le 4 avril 2006, X._ a conclu par écrit un contrat avec un garage de Zoug, relatif à l'achat, par elle, d'un véhicule Mercedes CLK 320 au prix de 69'900 fr., plus 200 fr. de frais d'immatriculation. Pour le compte de l'acheteuse et en faveur du garage, le montant de 70'100 fr. fut viré d'un compte bancaire de Me Hervé Crausaz, avocat à Genève; celui-ci était le conseil de l'acheteuse dans un litige sans lien avec la présente affaire. B. Le 23 février 2007, Y._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Sa demande tendait au paiement de 50'000 fr. en capital, les intérêts étant réservés, à titre de remboursement de prêts. Le demandeur affirmait avoir remis à la défenderesse, à titre de prêts et en espèces, 35'000 fr. en mai 2006 et 15'000 fr. en juin de la même année. La défenderesse a contesté ces allégations et dénié toute obligation; elle a conclu au rejet de l'action. Le tribunal s'est prononcé le 8 juin 2008 après avoir interrogé les parties et entendu divers témoins. En dépit des dénégations de la défenderesse, il a constaté que le demandeur lui avait prêté 35'000 fr. le 4 avril 2006, pour l'achat du véhicule Mercedes CLK 320. Pour le surplus, le demandeur avait échoué dans la preuve d'un prêt supplémentaire de 15'000 francs. Le tribunal a donc condamné la défenderesse à rembourser 35'000 francs. Statuant le 16 janvier 2009 sur l'appel de la défenderesse, la Cour de justice a confirmé le jugement. C. Agissant par la voie du recours en matière civile, la défenderesse requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Cour de justice en ce sens que l'action soit entièrement rejetée. Le demandeur conclut au rejet du recours, dans la mesure où celui-ci est recevable.