Faits : A. X._, ressortissante pakistanaise, née le 5 juillet 1986, est la fille de Y._, résidant en Suisse depuis 1994, et de Z._, laquelle a toujours vécu au Pakistan. Elle est la cadette de quatre enfants, dont la garde avait été attribuée à la mère à la suite du jugement de divorce prononcé le 1er octobre 1999, par le Président du Tribunal du district de Lausanne. Par arrêt du 9 septembre 2003, le Tribunal administratif du canton de Vaud a confirmé la décision du Service de la population (SPOP) du 4 mars 2003 qui refusait de délivrer une autorisation d'entrée, respectivement de séjour à X._. Il a retenu en bref que l'intéressée avait toujours vécu dans son pays d'origine, où elle venait d'achever sa scolarité obligatoire, de sorte qu'elle conservait le centre de ses intérêts au Pakistan, d'autant plus qu'elle n'avait entretenu avec son père que des relations épistolaires et téléphoniques depuis le départ de ce dernier. Par arrêt du 9 septembre 2003, le Tribunal administratif du canton de Vaud a confirmé la décision du Service de la population (SPOP) du 4 mars 2003 qui refusait de délivrer une autorisation d'entrée, respectivement de séjour à X._. Il a retenu en bref que l'intéressée avait toujours vécu dans son pays d'origine, où elle venait d'achever sa scolarité obligatoire, de sorte qu'elle conservait le centre de ses intérêts au Pakistan, d'autant plus qu'elle n'avait entretenu avec son père que des relations épistolaires et téléphoniques depuis le départ de ce dernier. B. X._ est venue sans visa en Suisse au début de l'année 2004. Le 18 mai 2004, le mandataire de Y._ a sollicité la reconsidération de l'arrêt du 9 septembre 2003 en faisant valoir que X._ souffrait gravement des séquelles d'une poliomyélite contractée à l'âge de 2 ans et qu'elle ne pouvait se déplacer sans aide extérieure, ni porter des charges de plus de 5 kilos. Après avoir procédé à des investigations auprès de l'Ambassade suisse à Islamabad, le SPOP a refusé de délivrer l'autorisation de séjour requise par décision du 10 juin 2005, en considérant notamment que la mère de l'intéressée était tout à fait en mesure de s'occuper d'elle. Par arrêt du 7 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours formé par X._ et maintenu la décision du 10 juin 2005. Il a jugé que la maladie de la recourante n'était pas un fait nouveau dont elle ignorait l'existence lors de son premier recours et qu'elle pouvait au demeurant être traitée dans son pays d'origine, ainsi que le démontrait l'opération qu'elle avait subie pendant son adolescence. En outre, on ne pouvait parler de relations familiales préexistantes avec le père, en Suisse depuis 1994, justifiant une autorisation de séjour par regroupement familial. Par arrêt du 7 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours formé par X._ et maintenu la décision du 10 juin 2005. Il a jugé que la maladie de la recourante n'était pas un fait nouveau dont elle ignorait l'existence lors de son premier recours et qu'elle pouvait au demeurant être traitée dans son pays d'origine, ainsi que le démontrait l'opération qu'elle avait subie pendant son adolescence. En outre, on ne pouvait parler de relations familiales préexistantes avec le père, en Suisse depuis 1994, justifiant une autorisation de séjour par regroupement familial. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, subsidiairement de droit public, X._ conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 7 septembre 2006 et, principalement, à l'octroi d'une autorisation annuelle de séjour, subsidiairement, au renvoi du dossier à l'autorité intimée pour nouvelle décision. La recourante présente aussi une demande d'assistance judiciaire et requiert que l'effet suspensif soit attribué à son recours. Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures, mais a demandé la production du dossier cantonal. Par ordonnance du 13 octobre 2006, la demande d'effet suspensif a été admise à titre provisoire.