Faits: A. Par contrat du 7 avril 2003, A._ a cédé à W._ Sàrl - qui deviendra en mai 2007 X._ Sàrl -, moyennant un loyer mensuel de 18'000 fr., l'usage de locaux commerciaux à B._. destinés à l'exploitation d'un dancing, discothèque, bar et café. Il a été convenu que le contrat durerait jusqu'au 30 septembre 2008 et se renouvellerait ensuite pour cinq ans sauf résiliation donnée douze mois à l'avance; une annexe au contrat offre au preneur un droit d'option lui permettant de prolonger le contrat jusqu'au 30 septembre 2013, ce droit devant être exercé jusqu'au 31 août 2007 au plus tard. Pour tenir compte des travaux d'aménagement que le preneur devait effectuer et lui permettre de lancer son affaire, un avenant au contrat prévoit un système d'échelonnement du loyer, de sorte que les sommes convenues, soit 18'000 fr. par mois à titre de loyer et 1'500 fr. à titre d'acompte de charges, ne devaient être payées que dès le 1er septembre 2004 et jusqu'à l'expiration des relations contractuelles, sous réserve d'une clause d'indexation contenue dans le contrat. Par la suite, la locataire a régulièrement demandé au bailleur de revoir le montant du loyer, en invoquant les problèmes rencontrés dans l'exploitation de son établissement et ses difficultés financières. Les demandes de baisse de loyer ont été refusées, mais le bailleur a accepté à chaque fois, à bien plaire et pour une période déterminée, de renoncer à une partie du loyer convenu. Le 27 mars 2007, l'immeuble a été acquis par Y._ Sàrl, avec entrée en jouissance rétroactive au 1er janvier 2006, et l'acquéreur a repris le bail. Au moment de l'entrée en jouissance rétroactive, A._ avait accepté de se contenter de 12'000 fr. par mois jusqu'à fin mars 2006 et l'acquéreur a respecté cet accord. A la suite d'une nouvelle demande de la locataire, la bailleresse a accepté, pour la période d'avril 2006 à fin mars 2007, de s'accommoder d'un loyer de 12'500 fr. par mois, en précisant qu'à défaut de paiement ponctuel, elle se réservait le droit d'exiger avec effet rétroactif le paiement du loyer convenu dans le contrat du 7 avril 2003. A l'expiration de cette période, les parties n'ont pas trouvé un nouvel arrangement et la bailleresse a fait savoir à la locataire, sur une formule officielle datée du 7 juin et notifiée le 11 juin 2007, qu'elle exigeait 16'000 fr. par mois de loyer dès le 1er août 2007.