Faits: A. A.a A._ était l'actionnaire majoritaire de B._ SA, depuis le 25 août 1999 à tout le moins; dès cette date, il en a été administrateur et président, engageant la société par sa signature individuelle. A._ est propriétaire de la parcelle n° 1'779 du registre foncier de la commune de C._, sise chemin X._. En 2000 et 2001, B._ SA a entrepris d'importants travaux d'entretien et de remise en activité de la halle édifiée sur cette parcelle. A.b Le 10 mai 2000, A._ a signé avec B._ SA, en qualité de locataire, un contrat de bail à loyer pour locaux commerciaux portant sur la halle-atelier, des bureaux, un local à matériel, une place couverte et soixante places de parc, le tout sis sur l'immeuble situé chemin X._ à C._; ce contrat était conclu pour une durée de dix ans jusqu'au 31 mars 2010 et le loyer mensuel se montait à 22'604 fr., dont 2'500 fr. au titre d'acompte de chauffage et d'eau chaude. Le 1er décembre 2000, A._ a conclu avec B._ SA un contrat de bail portant sur des bureaux également situés sur la parcelle sise chemin X._ à C._; ce bail était conclu pour une durée indéterminée, avec possibilité de le résilier moyennant un préavis de six mois, le loyer se montant à 2'208 fr., dont 333 fr. d'acompte de chauffage et d'eau chaude. Le 12 avril 2001, A._ a conclu avec B._ SA un contrat de bail à loyer pour locaux commerciaux portant sur un atelier de 2'000 mètres carrés sis au chemin X._ à C._. Il était conclu pour une durée indéterminée, résiliable moyennant préavis de six mois, et prévoyait un loyer mensuel net de 12'500 fr., dont 1'667 fr. d'acompte de chauffage et d'eau chaude. A.c A plusieurs reprises, A._ a octroyé des prêts à B._ SA. Ainsi, il lui a prêté 1'500'000 fr., selon contrat des 17 et 21 novembre 2000; ce prêt était conclu pour une durée indéterminée, dénonçable avec un préavis de trente jours, et le taux d'intérêt fixé à 4% l'an. Le 20 décembre 2000, il a prêté 6'000'000 fr. à B._ SA; ce prêt était conclu pour une durée d'un mois, du 18 décembre 2000 au 16 janvier 2001, avec possibilité de l'augmenter et de le prolonger, et son taux d'intérêt s'élevait à 3,9% l'an. Par contrat du 28 juin 2001, A._ a accordé un troisième prêt à B._ SA, d'un montant de 1'000'000 fr., convenu pour une durée de deux mois, avec prolongation à trois mois possible; le taux d'intérêt était fixé à 6,5% l'an. Puis, selon contrat du 27 septembre 2001, il a encore prêté un montant de 3'500'000 fr. à B._ SA; conclu pour trois mois, le prêt pouvait être prolongé pour une durée équivalente. Au total, A._ a ainsi avancé 12'000'000 fr. à B._ SA. Il n'a jamais dénoncé ces différents prêts au remboursement. A.d L'exercice 2001 de B._ SA s'est clos par une perte de 6'398'892 fr. 19. Entre le 31 décembre 2000 et le 31 décembre 2001, le prêt d'actionnaire octroyé par A._ est passé de 7'549'085 fr. 50 à 12'358'291 fr. 50. Lors de la clôture des comptes de l'exercice 2001, celui-ci a postposé sa créance à hauteur de 6'500'000 fr. Durant le premier semestre 2002, B._ SA a enregistré une perte de 9'460'929 fr. 81. Au 30 juin 2002, les fonds étrangers de la société, y compris les provisions, se montaient à 38'128'675 fr. 32 et les actifs s'élevaient à 22'557'278 fr. 17. A cette même date, le prêt d'actionnaire consenti par A._ s'élevait à 12'661'489 fr. Il est admis que A._ ne pouvait ignorer, le 1er juillet 2002, la perte de 6'398'892 fr. 19 réalisée durant l'exercice 2001, ainsi que la perte de 9'460'929 fr. 81 du premier semestre 2002. B. B.a Le 1er juillet 2002, A._ a signé avec B._ SA de nouveaux contrats de baux à loyer pour locaux commerciaux. Le premier, prévu en remplacement de la convention du 10 mai 2000, porte sur les mêmes éléments et a été conclu pour une durée de dix ans échéant le 30 juin 2012. Le loyer mensuel net, charges comprises, a été porté à 33'239 fr. 45, représentant une augmentation de 10'635 fr. 45 par mois. Le second contrat remplaçait celui du 12 avril 2001 et était prévu pour une durée de cinq ans arrivant à échéance le 30 juin 2007. Le loyer mensuel net était porté à 16'140 fr. charges comprises, représentant une augmentation de 3'640 fr.; A._ bénéficiait ainsi d'un bail de cinq ans au lieu d'un contrat pouvant prendre fin en tout temps avec un préavis de six mois. Ces deux contrats de bail mettaient à la charge du locataire non seulement le paiement d'acomptes de chauffage et d'eau chaude, mais également d'autres frais accessoires, opérant ainsi un transfert au locataire des frais accessoires supportés jusque-là par le propriétaire de l'immeuble. B.b Le 2 juillet 2002, B._ SA a adressé à A._ une facture relative aux travaux de transformation de la halle sis sur la parcelle n° 1'779 pour un montant de 1'312'720 fr. Sous la rubrique paiement de la facture, il était mentionné que "ledit montant sera déduit de votre prêt chez nous". Ainsi, A._ a acquitté le montant de 1'312'720 fr. par compensation partielle avec ses créances envers la société. C. C.a Le 30 juillet 2002, la faillite de B._ SA a été prononcée. Dès le 1er août 2002, les locaux du chemin X._ où B._ SA exerçait ses activités ont été loués par la masse en faillite, selon accord avec A._. C.b Par acte du 1er novembre 2002, A._ a cédé aux employés de B._ SA, à concurrence d'un million de francs et au titre de contribution à la constitution d'un plan social, ses prétentions en remboursement du prêt d'actionnaire et en paiement des loyers jusqu'au 30 juillet 2002. C.c Dans un courrier du 24 mars 2004 adressé à A._ et au syndicat D._ par l'administration de la faillite, celle-ci a indiqué ce qui suit: " (...) je constate que M. A._ a cédé, à D._, au profit des employés, toutes sommes que l'office des faillites pourrait lui verser à concurrence d'un million. Dans ce cadre, l'administration fixe les sommes dues à M. A._: 1) loyers de juillet 2001 à juillet 2002 Fr. 607'087.40 2) loyers d'août à décembre 2002 Fr. 278'778.00 (dette de la masse) Total Fr. 885'865.40 Cette somme est versée à D._ sur le compte qu'elle me désignera. (...)". Cette décision a fait l'objet d'une plainte LP, A._ estimant que l'office ne devait pas verser à D._ les loyers dus pour les mois d'août à décembre 2002. Le président du Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a admis la plainte LP. Il n'est pas établi que le montant ait été payé à ce jour. D. D.a Par demande du 29 juillet 2004 adressée à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud, la masse en faillite de B._ SA a conclu en substance à la révocation, d'une part, du rachat ou du remboursement par réduction du prêt d'actionnaire de A._ des travaux financés et faits par B._ SA dans les bâtiments industriels propriété de celui-ci sis au chemin X._, et, d'autre part, des baux signés entre A._ et B._ SA le 1er juillet 2002, celui-ci étant reconnu débiteur de la masse en faillite de B._ SA de 1'900'000 fr. avec intérêts. Dans sa duplique du 14 novembre 2005, A._ a conclu reconventionnellement à ce que la masse en faillite de B._ SA soit reconnue sa débitrice d'un montant de 278'778 fr. plus intérêts. D.b Par jugement du 7 octobre 2009, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a condamné A._ à payer à la masse en faillite de B._ SA la somme de 1'325'877 fr. 50, avec intérêt à 5% l'an dès le 31 juillet 2004, sous déduction de 278'778 fr., avec intérêt à 5% l'an dès le 5 novembre 2002. E. A._ interjette le 8 mars 2010 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant à sa réforme en ce sens que les conclusions de la demande de la masse en faillite de B._ SA sont rejetées et que celle-ci est reconnue sa débitrice et lui doit prompt paiement d'un montant de 278'778 fr., plus intérêt à 5% l'an dès le 5 novembre 2002. Il invoque une violation des art. 213 al. 1, 287 al. 1 ch. 3 et 291 al. 1 LP, ainsi que 123 al. 1 et 318 CO. L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer. Par ordonnance présidentielle du 1er avril 2010, l'effet suspensif a été accordé au recours.