Faits: A. A.X._, ressortissante macédonienne, née en 1977, s'est mariée dans son pays d'origine, le 22 mars 2006, avec un ressortissant italien, B.X._, titulaire d'un permis d'établissement en Suisse et domicilié à Fribourg. Par décision du 22 août 2007, le Service de la population et des migrants du canton de Fribourg (ci-après: le Service cantonal de la population) a rejeté la demande d'autorisation d'entrée et de séjour en Suisse présentée par A.X._, en retenant que celle-ci avait conclu un mariage de complaisance. Cette décision est entrée en force. Le 20 juin 2008, A.X._ a présenté une nouvelle requête d'autorisation de séjour fondée sur l'art. 3 Annexe I de l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses États membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ci-après: l'Accord ou ALCP; RS 0.142.112.681). Par prononcé du 2 septembre 2008, le Service cantonal de la population a refusé d'entrer en matière sur cette requête, traitée comme une demande de reconsidération de sa décision du 22 août 2007, et a mis les frais, par 250 fr., à la charge de B.X._. B. A.X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (Ière Cour administrative) qui, par arrêt du 2 décembre 2008, a rejeté le recours "dans la mesure du recevable". Il a retenu en bref que l'intéressée ne présentait aucun élément nouveau permettant de procéder à une reconsidération ou à une révision au sens des art. 104 al. 2 et 105 al. 1 du code fribourgeois de procédure et de juridiction administrative (CPJA; RS/FR 150.1). Il a en outre déclaré irrecevable la conclusion tendant à l'annulation de l'émolument de 250 fr., la recourante ne disposant pas du pouvoir de représenter les intérêts de B.X._. C. A.X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 2 décembre 2008, l'affaire étant renvoyée au Service cantonal de la population pour nouvelle décision. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, en soulignant que la recourante persiste à demander le regroupement familial, alors qu'il a déjà été jugé que son mariage est une union de complaisance. Le Service cantonal de la population se réfère également à l'arrêt attaqué. L'Office fédéral des migrations propose de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable.