Faits: A. Le 16 septembre 2011, A._ a été entendu par la gendarmerie de Carouge (Genève) dans le cadre d'une consommation et d'une plantation de chanvre: il a déclaré être consommateur de cette drogue depuis son adolescence; héroïnomane repenti, il consommait désormais 20 mg de méthadone par jour. Entendu par le procureur le 21 novembre 2011, il a précisé que sa consommation quotidienne de méthadone s'élevait en réalité à 14 mg par jour; il a ajouté que les substances retrouvées chez lui (143 g de marijuana et 7,4 g de haschich) n'étaient pas propres à la consommation car moisies. Par jugement du 4 juin 2012, le Tribunal de police du canton de Genève a acquitté A._ du chef d'infraction à l'art. 19a de la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121). Ce jugement, définitif et exécutoire, ne contient pas de motivation écrite (art. 82 al. 1 CPP; RS 312.0). B. Sur la base du rapport de gendarmerie du 16 septembre 2011, l'Office cantonal des automobiles et de la navigation de la République et canton de Genève (OCAN) a, par décision du 23 septembre 2011, imparti à A._ un délai de six mois pour se soumettre, à ses frais, à une expertise auprès de l'unité de médecine et psychologie du trafic du centre universitaire romand de médecine légale. Le recours formé par A._ contre cette décision a été rejeté par jugement du Tribunal administratif de première instance du 4 avril 2012. A._ s'est pourvu en vain auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice laquelle a, par arrêt du 16 octobre 2012, rejeté son recours. C. Par acte du 20 novembre 2012, A._ forme un recours contre l'arrêt cantonal en concluant à ce que, cet arrêt étant annulé, l'obligation de se soumettre à la mesure litigieuse soit levée. La cour cantonale persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office fédéral des routes (OFROU) conclut au rejet du recours. L'OCAN persiste dans les termes de sa décision. A._ a répliqué et produit de nouvelles pièces.