Faits: A. X._ a obtenu, par arrêté du 8 novembre 2006, une autorisation pour l'exploitation, en tant qu'indépendant, d'un taxi de service privé. Le 7 mai 2008, le Service du commerce du canton de Genève, rattaché au Département de l'économie et de la santé, a infligé une amende de 200 fr. à X._ pour avoir, en date du 12 août 2007, circulé au volant de son taxi alors qu'il était en service, sur la voie réservée aux transports en commun et aux taxis de service public. B. Par arrêt du 5 mai 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressé. Il a retenu que le régime légal, qui n'autorisait pas les taxis de service privé, à la différence des taxis de service public, à rouler sur les voies réservées au bus, ne violait ni la liberté économique ni l'égalité de traitement. En outre, l'amende était fondée dans son principe et son montant. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'annuler l'arrêt du 5 mai 2009 du Tribunal administratif. Il invoque une violation de la liberté économique et de l'égalité de traitement. Le Département de l'économie et de la santé, par son Conseiller d'Etat, conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et dispositif de son arrêt.