Faits: A. Le Ministère public du canton de Genève mène une procédure pénale pour escroquerie et blanchiment d'argent à l'encontre notamment des dénommés A._, C._ et B._, sur plainte de la société X._. Parallèlement, le Ministère public est saisi d'une commission rogatoire tunisienne dont l'exécution a été suspendue au profit de la procédure pénale. Les parties ont été enjointes de garder le silence sur la procédure et les personnes impliquées, par ordonnance du 23 août 2012, reconduite jusqu'au 31 août 2013. Le 24 janvier 2013, le Ministère public a accordé à la plaignante l'accès au dossier, limité à sa seule lecture avec interdiction de lever des copies, dans le but de ne pas compromettre la procédure d'entraide judiciaire. Les prévenus ont requis en vain, à plusieurs reprises, que l'accès au dossier soit suspendu, car des documents avaient été remis aux autorités tunisiennes. Par décision du 30 juillet 2013, le Ministère public a rejeté cette demande. Les prévenus ont recouru contre ce prononcé, d'une part auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, d'autre part à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise (CPR). Ils ont requis dans les deux cas l'effet suspensif et des mesures provisionnelles. B. Par ordonnance du 14 août 2013, le Président de la CPR a rejeté la demande de mesures provisionnelles. Un recours a été formé auprès du Tribunal fédéral contre ce prononcé (cause 1B_271/2013). C. Par arrêt du 20 août 2013, la Cour des plaintes a déclaré irrecevable le recours qui lui était soumis. La décision litigieuse avait été rendue par le Ministère public en application du CPP et était soumise à la juridiction de recours cantonale; un recours parallèle à la Cour des plaintes n'était pas possible, les autorités de poursuite cantonales ne pouvant être considérées comme des instances précédentes du TPF. Il n'y avait pas de risque de conflit négatif de compétence (l'autorité cantonale ayant été saisie), et il y avait lieu d'éviter tout conflit positif. D. Par acte du 2 septembre 2013, l'Office fédéral de la justice (OFJ) forme un recours en matière de droit public. Il demande l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et le renvoi de la cause à cette juridiction pour nouvelle décision sur le fond. L'OFJ demande également l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 4 septembre 2013. Il n'a pas été demandé de réponse.