Faits: A. X._ occupait deux emplois à mi-temps depuis 1992: l'un auprès de la Régie immobilière A._, à B._; l'autre auprès de la Maison de retraite de C._, à D._. Le 31 août 2000, il a cessé son activité auprès de la Maison de retraite de C._ sans augmenter son taux d'activité auprès de la Régie A._ ni prendre un nouvel emploi à mi-temps. Le 30 novembre 1999, X._ et Y._ (ci-après: les intéressés) ont déposé leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 1999/2000; ils ont annoncé un revenu de 235'700 fr., imposable au taux de 102'400 fr. et une fortune nulle. Le 31 janvier 2001, ils ont demandé qu'une taxation intermédiaire soit établie pour le 1er septembre 2000 en raison de la fin de l'activité de X._ auprès de la Maison de retraite de C._. Le 16 mai 2001, les intéressés ont déposé leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 2001/2002. Ils ont annoncé un revenu de 2'700 fr. et une fortune de 104'000 fr. Ils ont une nouvelle fois signalé la fin de l'activité lucrative de X._ auprès de la Maison de retraite de C._. Par décision de taxation du 13 décembre 2002, l'Office d'impôt du district de Vevey a arrêté le revenu soumis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1999/2000 à 254'700 fr. Par décision de taxation du 18 décembre 2002, il a arrêté le revenu soumis à l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1999-2000 à 262'000 fr. Dans les deux cas, il a refusé de procéder à une taxation intermédiaire, soulignant notamment qu'aucune taxation intermédiaire n'avait été effectuée lors de l'engagement auprès de la maison de retraite. Le 8 janvier 2003, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions concluant à l'établissement d'une taxation intermédiaire au 1er septembre 2000. Par décision de taxation du 13 janvier 2003, l'Office d'impôt du district de Vevey a arrêté le revenu soumis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001/2002 à 132'600 fr. Par décision de taxation du 15 janvier 2003, il a arrêté le revenu soumis à l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001/2002 à 146'100 fr. Les revenus imposés comprenaient les salaires versés par la maison de retraite de C._. Le 30 janvier 2003, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions. Par décision du 23 octobre 2007, l'Administration des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a rejeté les réclamations. Le 20 novembre 2007, les intéressés ont recouru contre la décision du 23 octobre 2007 auprès du Tribunal administratif (devenu depuis le 1er janvier 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal: ci-après: le Tribunal cantonal). B. Par arrêt du 25 septembre 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Les conditions pour l'établissement d'une taxation intermédiaire pour cessation de l'activité lucrative n'étaient pas réunies. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, l'établissement d'une taxation intermédiaire au 1er septembre 2000 pour l'impôt fédéral direct ainsi que pour l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002. Ils se plaignent de la violation du droit fédéral et cantonal. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. D. Par ordonnance du 22 octobre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête tendant à l'octroi de l'effet suspensif au recours déposé par les intéressés.