Faits: A. Par arrêt du 11 décembre 2009, la Cour d'assises du canton de Genève a condamné X._ à trente-six mois de privation de liberté avec sursis partiel, pour viols et contraintes sexuelles commis sur sa fille Y._. Par arrêt du 17 décembre 2010, la Cour de cassation genevoise a admis partiellement le pourvoi formé par X._ et l'a acquitté des infractions de viols; elle a confirmé le verdict de culpabilité pour le surplus et renvoyé la cause à l'autorité de première instance pour nouvelle décision. Lors des débats du 14 décembre 2011 devant le Tribunal correctionnel du canton de Genève, X._ a requis la récusation du Président. Cette demande a été rejetée par arrêt du 27 février 2012, de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise. L'accusé a recouru au Tribunal fédéral. Par jugement du 15 décembre 2011, le Tribunal correctionnel a condamné X._ à trente-six mois de privation de liberté dont six mois ferme, ainsi qu'à 20'000 fr. d'indemnité pour tort moral allouée à la partie plaignante. Le condamné a formé appel. B. Par arrêt du 13 juillet 2012, le Tribunal fédéral a admis le recours ainsi que la demande de récusation. Le 25 juillet 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision a ouvert une instruction afin de définir les conséquences de cet arrêt du Tribunal fédéral sur la procédure d'appel. X._ a demandé le renvoi de la cause au Tribunal de première instance afin de répéter l'intégralité des actes de procédure effectués par le magistrat récusé. Il demandait également l'allocation d'une indemnité pour ces actes, à la charge de l'Etat de Genève et de la partie plaignante. C. Par arrêt du 20 décembre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision a renvoyé la cause au Tribunal correctionnel, le jugement du 15 décembre 2011 devant être considéré comme inexistant. Elle a refusé toute indemnité, considérant que les actes de procédure viciés n'étaient pas dus au comportement d'une partie au sens de l'art. 417 CPP. Les frais de cet arrêt ont été laissés à la charge de l'Etat. D. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il en demande l'annulation en tant qu'il lui refuse une indemnité en raison des actes de procédure devenus inutiles, et conclut au paiement de 10'000 fr. de ce chef. La Cour de justice persiste dans les termes de son arrêt. Le Ministère public a renoncé à présenter des observations. La partie plaignante s'en rapporte à justice.