Faits: A. Dans leur déclaration pour la période fiscale 2005, A.X._ et B.X._ (ci-après: les intéressés) ont indiqué que ce dernier, né en 1939, avait reçu à titre de prévoyance professionnelle pour l'année 2005 une rente de 120'648 fr. de la caisse de pension du Touring club suisse. Par décision de taxation du 25 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a taxé les intéressés, pour l'impôt cantonal et communal 2005, sur un revenu de 125'779 fr. imposable au taux applicable à 137'743 fr. et demandé le paiement d'un impôt de 22'371 fr. 60. La rente a été imposée au plein tarif, ce que les intéressés ont contesté par réclamation. Par décision du 12 mars 2007, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation et, par décision du 28 avril 2008, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt a rejeté un recours interjeté par les intéressés contre la décision sur réclamation. B. Par arrêt du 28 octobre 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours que les intéressés ont déposé contre la décision rendue le 28 avril 2008 par la Commission cantonale de recours. L'art. 7 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) exigeait des cantons la pleine imposition du revenu provenant de la prévoyance professionnelle, conformément au système "pleine déduction des cotisations-pleine imposition des prestations" introduit par la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle, (LPP; RS 831.40) à partir du 1er janvier 1987. Contrairement à la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) qui comprenait un art. 204 sur ce point, la loi sur l'harmonisation fiscale ne prévoyait pas de dispositions transitoires régissant le passage à la pleine imposition des revenus provenant de la prévoyance professionnelle. Il fallait par conséquent s'en tenir à celles de l'art. 98 al. 4 LPP, qui laissaient une grande marge de manoeuvre aux cantons à cet effet. L'art. 8 al. 1 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques, impôt sur le revenu (revenu imposable [LIPP-IV; RSGE D 3 14]) étant conforme à l'art. 7 LHID et l'art. 12 al. 2 LIPP-IV étant conforme à l'art. 98 al. 4 LPP, la rente de prévoyance reçue en 2005 par les intéressés avait été à bon droit pleinement imposée, sans égard aux dispositions de l'art. 204 LIFD. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 octobre 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève ainsi que le bordereau concernant l'impôt 2005 et de dire que la rente de prévoyance professionnelle doit bénéficier d'une déduction de 20%. Ils se plaignent d'une violation du droit fédéral, notamment des art. 98 LPP et 72 LHID ainsi que du principe d'harmonisation et de l'interdiction de l'arbitraire. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations.