Faits: A. En juillet 2004, X._, domiciliée dans le canton de Genève, a reçu de son employeur une indemnité de départ de 114'000.- fr. L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a considéré que ce montant avait un caractère de prévoyance et l'a imposé séparément, par bordereau du 25 avril 2006; les impôts cantonal et communal sur cette prestation se montaient à 4'932.45 fr. X._ a élevé réclamation à l'encontre de ce bordereau. Etant mariée, elle demandait à ce que la prestation en cause soit taxée d'après le barème applicable aux personnes mariées et non d'après celui applicable aux personnes seules. En outre, elle estimait que le rabais d'impôt légal devait être pris en compte et réduire d'autant l'impôt dû. Par décision du 15 juin 2006, l'Administration fiscale cantonale n'a pas admis la réclamation de X._. La Commission cantonale de recours en matière d'impôts a rejeté le recours de l'intéressée le 22 juin 2009. B. Par arrêt du 16 novembre 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève (depuis le 1er janvier 2011: la Chambre administrative de la Cour de justice, ci-après: la Cour de justice) a également rejeté le recours de X._. En substance, il a retenu que la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) laissait les cantons libres d'adopter "leur propre niveau d'imposition". L'application du barème A (personnes seules) aux prestations en capital perçues par un contribuable marié ne violait pas l'égalité de traitement, car ces prestations n'étaient imposées "qu'auprès du bénéficiaire, sans prise en compte d'éventuelles prestations en capital reçues par son conjoint". D'autre part, dans la mesure où les prestations en capital de la prévoyance professionnelle faisaient l'objet d'une imposition séparée privilégiée, elles n'étaient pas visées par les dispositions générales prévoyant le rabais d'impôt. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de constater qu'elle doit être mise au bénéfice du barème applicable aux couples mariés et du rabais d'impôt, d'annuler le bordereau de taxation du 25 avril 2006 et d'inviter le fisc à en émettre un nouveau en tenant compte du barème susmentionné et du rabais d'impôt. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Selon l'Administration fédérale des contributions, le recours porte sur la question du taux d'imposition des prestations en capital de la prévoyance. Ce point n'étant pas réglé par la LHID, elle renonce à déposer des observations.