Faits: A. A.a Le 6 novembre 2006, Y._ a fait notifier à X._ un commandement de payer la somme de 200'000 fr. Le débiteur a fait opposition. Une requête de mainlevée provisoire a été déposée le 27 novembre 2006 par la créancière. Par jugement du 6 février 2007, notifié aux parties le 15 février 2007, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition. A.b Y._ a requis la continuation de la poursuite le 26 mars 2007. A.c Le 4 avril 2007, le débiteur a déposé devant le Tribunal de première instance de Genève une action en libération de dette, assortie d'une requête en restitution du délai et d'une demande reconventionnelle. B. B.a Le 27 avril 2007, l'Office des poursuites de Genève a notifié au débiteur une commination de faillite, contre laquelle celui-ci a déposé une plainte le 7 mai 2007 auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites; il concluait principalement à son annulation et, subsidiairement, à la suspension de ses effets jusqu'à droit connu sur l'action en libération de dette du 4 avril 2007. Par ordonnance du 9 mai 2007, la Commission de surveillance a accordé l'effet suspensif et suspendu la cause jusqu'à droit jugé sur l'action en libération de dette. Cette décision a été annulée par le Tribunal fédéral par arrêt du 18 septembre 2007 (5A_244/2007) pour violation du droit d'être entendu. B.b Par jugement du 1er novembre 2007, le Tribunal de première instance de Genève a déclaré irrecevable l'action en libération de dette intentée par le débiteur. Celui-ci a fait appel contre cette décision le 6 décembre 2007 devant la Cour de justice du canton de Genève. B.c Le 10 décembre 2007, la Commission de surveillance a rendu une nouvelle ordonnance, suspendant la procédure de plainte contre la commination de faillite jusqu'à droit jugé sur l'action en libération de dette. Par arrêt du 26 février 2008 (5A_739/2007), le Tribunal fédéral a annulé cette décision et invité la commission à procéder sur la plainte déposée le 7 mai 2007. Le 5 mai 2008, la Commission de surveillance a rejeté la plainte du débiteur. C. C.a Le 27 mai 2008, la créancière a déposé une réquisition de faillite ordinaire à l'encontre du débiteur, fondée sur le commandement de payer notifié le 6 novembre 2006 et la commination de faillite du 27 avril 2007. C.b Le même jour, le débiteur a intenté une action en annulation de la poursuite, concluant, sur mesures provisoires, à ce que le Tribunal de première instance de Genève ordonne la suspension de la poursuite jusqu'à droit jugé par la Cour de justice du canton de Genève sur l'action en libération de dette et jusqu'à droit jugé au fond dans ladite cause. Le 20 juin 2008, la cour cantonale a confirmé le jugement du Tribunal de première instance du 1er novembre 2007, déclarant l'action en libération de dette irrecevable. C.c Par jugement du 27 juin 2008, le Tribunal de première instance a sursis à statuer sur la requête de faillite jusqu'à droit connu sur la demande de suspension provisoire de la poursuite formée par le débiteur. C.d Par jugement du 29 janvier 2009, le Tribunal de première instance a débouté le débiteur de toutes ses conclusions en annulation de la poursuite. Celui-ci a fait appel le 4 mars 2009 contre cette décision. D. Par courrier du 15 mai 2009, la créancière a sollicité du Tribunal de première instance qu'il statue sur le prononcé de la faillite du débiteur. Par jugement du 23 juin 2009, le tribunal a déclaré le débiteur en état de faillite. Par arrêt du 3 septembre 2009, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé cette décision. E. Le débiteur interjette le 8 octobre 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation, respectivement à celle du jugement du Tribunal de première instance du canton de Genève du 25 juin [recte: 23 juin] 2009. Il se plaint d'une violation de l'art. 166 LP. Par ordonnance du 23 octobre 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif au recours en ce sens qu'aucun acte d'exécution de la décision attaquée ne doit être entrepris. L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond.