Faits: A. Par délibération du 4 mars 2003, le Conseil municipal de la commune de Veyrier a décidé de procéder à la réactualisation de son plan directeur datant de 1991. Parallèlement, le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (devenu ensuite le Département du territoire, actuellement le Département des constructions et des technologies de l'information; ci-après: le Département cantonal) a effectué une étude de faisabilité du développement du lieu-dit "les Grands Esserts". Ce site se trouve sur le plateau de Vessy, sur le territoire de la commune de Veyrier. Il est constitué de parcelles classées en zone agricole, pour la plupart propriétés de l'Etat de Genève. Cette étude concluait à la faisabilité d'un quartier d'environ 1'230 logements. B. Le 6 mars 2007, la Commission municipale chargée de la révision du plan directeur communal (ci-après: le PDCom) a dressé son rapport. Ce plan définissait trois options de réalisation dans le temps: le court terme pour les réalisations immédiates, le moyen terme pour celles projetées durant la validité du plan (dix à quinze ans) et le long terme pour les aménagements à réaliser postérieurement. Le Conseil administratif avait confié à un bureau d'architectes le soin de mener une étude de faisabilité qui avait été réalisée en septembre 2006. Il résultait de cette étude que la commune avait vu sa population augmenter de 2'400 habitants (900 logements) en quinze ans. Elle compterait sous peu 10'000 habitants et pourrait en accueillir environ 1'500 de plus, sans développer d'autres infrastructures. Il était proposé de densifier d'abord la couronne du village et d'adopter un moratoire pour les "Grands Esserts" afin que ceux-ci ne soient développés que postérieurement à la validité du plan (soit après 2022; fiche n° 4.01). Les terrains à urbaniser constituaient une réserve suffisante pour les quinze prochaines années si l'on admettait un rythme moyen de construction analogue à celui des années précédentes. C. Le 24 avril 2007, le Conseil municipal de la commune de Veyrier a entériné le projet du PDCom, qui a été transmis pour approbation au Département cantonal. La Commission d'urbanisme du Département cantonal a délivré son préavis le 30 août 2007. Le PDCom n'incluait pas, avant son échéance, les terrains des Grands Esserts comme potentiel de densification, contrairement à la fiche 2.04 du plan directeur cantonal (ci-après: le PDC) qui prévoyait un développement de ce secteur "à moyen ou long terme". Le site de Vessy, dont les Grands Esserts font partie, était particulièrement adéquat, compte tenu de la crise actuelle du logement, pour permettre une densification répondant aux besoins prépondérants de la population. Ce projet était prioritaire et la commune était invitée à l'intégrer dans son plan directeur. Un complément dans ce sens était demandé. Par une résolution du 13 novembre 2007, le Conseil municipal a décidé, ce nonobstant, de ne pas revenir sur cette option fondamentale. Il a chargé le Conseil administratif de confirmer la teneur du plan litigieux et de le faire parvenir tel quel au Conseil d'Etat. Le Conseiller d'Etat en charge du Département cantonal s'est déterminé le 11 avril 2008. Il a considéré que, sur le fond, le projet de PDCom qui lui était soumis était le même que celui ayant fait l'objet du préavis précité. Ses aspects devaient être complétés et approfondis dans le sens indiqué, l'urbanisation du secteur des Grands Esserts ne pouvant pas attendre dix ans. Le PDCom a été mis en consultation publique du 23 mai au 23 juin 2008. Par courrier du 15 octobre 2008, la commune a transmis pour approbation au Conseil d'Etat son projet de PDCom, avec des modifications ne concernant pas les Grands Esserts. Dans sa réponse à ce courrier, le Conseiller d'Etat en charge du Département cantonal regrettait que le projet de PDCom n'ait que peu évolué depuis sa précédente version de 2007 et que les remarques formulées dans sa lettre du 11 avril 2008 n'aient pas été prises en compte. Le plan ne pourrait être approuvé par le Conseil d'Etat que sous certaines réserves, concernant notamment l'urbanisation des Grands Esserts qui ne pouvaient être différés à la date proposée. Dans une résolution du 20 janvier 2009, le Conseil municipal a approuvé le PDCom dans sa version définitive d'octobre 2008. Par arrêté du 8 avril 2009, le Conseil d'Etat l'a approuvé sous certaines réserves, dont la suivante: "les options d'aménagement prévues par la fiche de coordination n° 4.01, urbanisation des Grands Esserts, ne sont pas approuvés". D. La commune de Veyrier a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre l'arrêté précité. Son recours a été rejeté par arrêt du 13 avril 2010. Le Tribunal administratif a considéré en substance que le PDCom rendait impossible l'urbanisation du secteur des Grands Esserts à "moyen terme" et n'était par conséquent pas compatible avec le PDC. Dans ces conditions, il n'était pas nécessaire d'examiner les griefs de la commune recourante relatifs à son autonomie communale et à l'étendue du pouvoir d'appréciation du Conseil d'Etat. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune de Veyrier demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 13 avril 2010 ainsi que la réserve contestée de l'arrêté du Conseil d'Etat du 8 avril 2009. La recourante fait valoir en substance qu'elle jouit d'une large autonomie dans l'élaboration de son plan directeur et que la réserve du Conseil d'Etat viole la garantie de l'autonomie communale. Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat s'en rapporte également à justice en ce qui concerne la recevabilité du recours et conclut à son rejet. La recourante a répliqué et persisté dans ses conclusions. L'Office fédéral du développement territorial a considéré que l'affaire ne soulevait pas, au regard du droit fédéral de l'aménagement du territoire et de la planification, des questions de principe nécessitant des observations de sa part.