Faits: A. Par jugement du Tribunal correctionnel du 8 mars 2012, X._ a été acquitté du chef d'accusation d'infraction à la LEtr, condamné pour infraction grave à la LStup à une peine privative de liberté de 2 ans, sous déduction de la détention avant jugement, le sursis partiel accordé par le Tribunal de district de Zurich le 10 mai 2010 à une peine privative de liberté de 24 mois étant révoqué. B. Par arrêt du 20 juin 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a admis l'appel formé par X._ et l'a acquitté du chef d'accusation d'infraction grave à la LStup. C. Le Ministère public forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt en ce sens que X._ est condamné pour infraction grave à la LStup à une peine privative de liberté de 2 ans, sous déduction de la détention avant jugement, le sursis partiel accordé par le Tribunal de district de Zurich étant par ailleurs révoqué. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité précédente ou à l'autorité de première instance pour nouvelle décision. X._ conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire. La cour cantonale s'est, quant à elle, référée aux considérants de son arrêt.