Faits: A. Par arrêt du 28 février 2007, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné X._, pour violation de l'art. 23 al. 2 LSEE, à une peine privative de liberté de neuf mois et à une peine pécuniaire de trente jours-amende, dont le montant n'a pas été fixé, avec sursis pendant deux ans. L'arrêt précisait que ces peines étaient entièrement couvertes par la détention préventive subie. B. Par arrêt du 2 mai 2008 (ATF 6B_215/2007), le Tribunal fédéral a partiellement admis le pourvoi en nullité de X._, retenant que, pour ce qui était des sept personnes citées au consid. 19.3 p. 41 et 42 de l'arrêt entrepris, la condamnation du recourant pour violation de l'art. 23 al. 2 LSEE devait être confirmée mais qu'il en allait différemment s'agissant des autres personnes de la liste énoncée sous ch. 1.3 de l'acte d'accusation. Le jugement attaqué a ainsi été annulé sur ce point et la cause renvoyée au TPF pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours a été rejeté. C. Par ordonnance du 9 juillet 2009, la Cour des affaires pénales du TPF a confirmé aux parties que la tenue de nouveaux débats n'était pas nécessaire et qu'elle avait l'intention de rendre une décision écrite. Par arrêt du 10 août 2009, cette autorité a condamné X._, pour violation de l'art. 23 al. 2 LSEE, à une peine privative de liberté de cinq mois et à une peine pécuniaire de 20 jours-amende, à 20 fr./j, ces peines étant entièrement couvertes par la détention préventive subie. Elle l'a mis au bénéfice du sursis pendant deux ans. Elle lui a alloué une indemnité de 28'200 fr., dont à déduire 6'000 fr. à titre de participation aux frais de procédure. Elle a arrêté à 91'500 fr., TVA non comprise, dont à déduire les acomptes déjà reçus, l'indemnité due au défenseur d'office, cette indemnité étant à la charge de la Confédération. D. X._ dépose un recours au Tribunal fédéral, concluant à ce qu'il soit acquitté, à ce que les frais de 6'000 fr. soient laissés à la charge de la Confédération et à ce qu'une indemnité de 150'000 fr. lui soit allouée, ceci sous réserve d'un préjudice ultérieur supérieur. Il requiert également l'assistance judiciaire. Y._ dépose également un recours, concluant à ce qu'une indemnité de 98'200 fr. (TVA non comprise) lui soit versée en qualité de défenseur d'office, sous déduction des acomptes déjà versés.