Faits: A. S._ a travaillé depuis le 1er septembre 2005 en qualité de monteur en charpente tubulaire au service de la société X._SA. A ce titre, il était assuré contre les accidents professionnels et non professionnels auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 10 avril 2007, alors qu'il se trouvait à son domicile en train de faire des rangements, il s'est baissé en penchant le buste en avant. Lorsqu'il a relevé brusquement le haut du corps, sa nuque a heurté le dessous de la porte ouverte d'une armoire située à environ 120 cm du sol. Le jour même, il s'est rendu à la Permanence de Y._ où le docteur N._ a diagnostiqué une luxation facettaire unilatérale en C6-C7 à droite et attesté une incapacité de travail totale. Ce diagnostic a été confirmé par un scanner de la colonne cervicale réalisé le 26 avril suivant. La CNA a pris en charge le cas. L'intéressé a repris le travail à 100 % à partir du 19 août 2007. Le 24 janvier 2008, les docteurs T._et B._, médecin adjoint et médecin interne au Service de neurochirurgie de l'Hôpital Z._, ont pratiqué une fixation postérieure C6-C7 par système vertex après avoir diagnostiqué chez l'assuré un crochetage articulaire bilatéral C6-C7 à droite. Dans leur rapport de sortie du 30 janvier 2008, les docteurs T._et V._ (médecin interne) ont posé le diagnostic de crochetage articulaire unilatéral droit avec rotation vertébrale C6-C7 et malformation vertébrale avec agénésie du pédicule C7 droit. L'incapacité de travail était totale jusqu'au prochain contrôle. Par décision du 4 juin 2008, confirmée sur opposition le 12 août suivant, la CNA a refusé de prendre en charge l'intervention du 24 janvier 2008 et ses suites. L'assuré ayant recouru contre cette décision, la CNA l'a annulée et a repris l'instruction de la cause. Dans une appréciation médicale du 21 janvier 2009, le docteur I._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin rattaché à la division de médecine des assurances de la CNA, a indiqué que les médecins ayant examiné l'assuré après son accident avaient posé à tort le diagnostic de luxation uni-facettaire alors que la pathologie en cause était une malformation congénitale. Il a par ailleurs précisé que l'intervention subie par S._ en janvier 2008 ne visait pas à traiter une atteinte post-traumatique. Par décision du 4 mai 2009, la CNA a refusé d'allouer ses prestations (indemnité journalière et traitement médical) pour les troubles ayant nécessité l'opération du 24 janvier 2008, au motif qu'ils n'étaient pas en relation de causalité avec l'accident survenu le 10 avril 2007. L'assuré a formé opposition contre cette décision. A l'initiative du docteur I._, la CNA a confié un mandat d'expertise au professeur G._, spécialiste FMH en radiologie à la Clinique W._. Celui-ci a rendu son rapport le 29 octobre 2009, sur lequel le docteur I._ s'est déterminé le 13 janvier 2010. Se fondant sur l'expertise du professeur G._ ainsi que sur l'appréciation subséquente du docteur I._, la CNA a rejeté l'opposition de l'assuré par une nouvelle décision du 18 janvier 2010. B. S._ a recouru devant le Tribunal cantonal des assurances (aujourd'hui: Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales). Il a produit un rapport du docteur T._, du 9 avril 2010, dans lequel ce dernier indique partager l'avis du professeur G._ et du docteur I._ en ce qui concerne la présence d'une malformation avec agénésie pédiculaire et avec une image de crochetage articulaire en C6-C7. Malgré la présence d'une malformation, l'événement traumatique aurait clairement déclenché selon lui des douleurs dont l'assuré ne souffrait pas auparavant et l'on ne pouvait exclure à 100 % une lésion traumatique sur un cadre de malformation. Statuant le 9 juin 2010, le Tribunal cantonal des assurances sociales a admis le recours et octroyé à l'assuré les prestations d'assurance liées à l'intervention chirurgicale du 24 janvier 2008 ainsi qu'à l'incapacité de travail consécutive. C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant à son annulation. De son côté, S._ conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.