Faits: A. M. B.X._, né en 1951, et Mme A.X._, née en 1950, se sont mariés le 28 octobre 1972. Deux enfants, aujourd'hui majeures, sont issues de leur union. Les époux se sont séparés au cours de l'année 2003. Au bénéfice d'une formation de secrétaire de direction, l'épouse a travaillé dans le garage de son mari, ouvert en 1977, et ce jusqu'en 2002. B. B.a. Le 6 janvier 2010, l'époux a déposé une demande unilatérale en divorce. Dans sa réponse du 17 mai 2010, l'épouse a fait valoir une indemnité de 300'000 fr. pour son travail dans le garage et un droit à la moitié de la valeur du garage, de la prévoyance professionnelle du 3e pilier et des autres biens de son mari au titre de sa participation au bénéfice du régime matrimonial de la participation aux acquêts, concluant à ce que les avoirs de prévoyance du 3e pilier soient partagés par moitié (ch. III) et à ce que le régime matrimonial soit liquidé selon des précisions qui seront apportées en cours d'instance (ch. IV). Par ordonnance sur preuves du 17 janvier 2011, le Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois a notamment ordonné que les faits relatifs à l'indemnité réclamée et à la valeur du garage soient prouvés par expertise notariale et mis l'avance des frais de cette expertise par moitié à la charge de chacune des parties. L'avance des frais d'expertise a été effectuée, mais l'avance complémentaire requise en raison de la nécessité de mettre en oeuvre une fiduciaire pour l'estimation du garage ne l'a pas été. La défenderesse n'a pas déposé de requête d'assistance judiciaire, comme elle y avait été invitée. Par jugement du 12 juin 2012, le Tribunal d'arrondissement a notamment prononcé le divorce des époux (ch. I), fixé une contribution à l'entretien de l'épouse de 3'500 fr. jusqu'à ce que celle-ci atteigne l'âge de la retraite, puis de 3'500 fr., sous déduction de sa rente AVS, jusqu'à son décès (ch. II), avec clause d'indexation (ch. III), renvoyé la question de la liquidation du régime matrimonial à une procédure séparée (ch. IV) et pris des mesures conservatoires pour la garantir, soit le blocage de polices d'assurances et de comptes bancaires de l'époux jusqu'à droit connu sur la liquidation du régime matrimonial ( ch. V à VII), l'interdiction de modification du registre du commerce concernant l'entreprise individuelle et l'interdiction à l'ex-époux de disposer des avoirs matrimoniaux (ch. VIII et IX). B.b. Les deux époux ont formé appel de ce jugement à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud, l'époux requérant notamment que le régime matrimonial soit liquidé dans cette procédure. Statuant par arrêt du 4 mars 2013, envoyé aux parties le 3 avril 2013, la cour cantonale a réformé le montant de la contribution d'entretien de l'épouse, qu'elle a augmenté à 4'500 fr., et, estimant qu'il n'y avait pas lieu à renvoi de la liquidation du régime matrimonial à une procédure séparée, l'a liquidé, condamnant l'époux à verser à son épouse la somme de 34'481 fr. 50 au titre de la liquidation des avoirs de 3 e pilier (ch. IV), mais rejetant toute prétention à une indemnité de l'art. 165 CC, l'avance des frais d'expertise notariale n'ayant pas été effectuée par les parties. Elle a donc aussi, par suite, supprimé les mesures conservatoires des chiffres V à IX. C. Le 6 mai 2013, Mme A.X._ a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut à ce que le rejet de sa prétention de l'art. 165 CC soit annulée et la cause renvoyée au Tribunal de première instance pour qu'il en fixe le montant, et par suite, que la suppression des mesures conservatoires soit annulée. Elle demande également au Tribunal fédéral d'ordonner la restitution des 7'000 fr. qu'elle a avancés en vue de l'expertise notariale qui n'a pas eu lieu, et de modifier les frais et dépens de deuxième instance en conséquence. Elle invoque un déni de justice. Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt et l'intimé n'a pas répondu. La recourante en a été informée. D. Par ordonnance présidentielle du 30 mai 2013, la requête d'effet suspensif formée par la recourante a été admise au sens des motifs.