Faits: A. A._ SA, à Martigny, active dans le domaine de l'immobilier, et la société B._ SA, active dans celui de la distribution, sont des filiales du groupe C._ Holding SA (ci-après aussi: le groupe); elles ont le même président et la même secrétaire. En 2005, B._ SA a acquis certains actifs de la société D._, à l'exclusion de l'immeuble n° **** situé sur la commune de Bussigny-près-Lausanne, propriété de E._ Holding AG utilisé par D._ comme centrale de dépôt et de commande. B._ SA est ainsi devenue locataire de cet immeuble. Le groupe a rapidement considéré qu'il serait avantageux pour lui d'en faire également l'acquisition. Par acte du 7 juillet 2005, E._ Holding AG a concédé à A._ SA un droit d'emption, cessible, dont la validité a été limitée au 30 octobre 2006. Le prix de vente de l'immeuble a été fixé a 21'600'000 fr. L'acte précisait que les frais de l'acte et ceux de l'inscription au Registre foncier étaient à la charge de A._ SA. Selon les dires de A._ SA, C._ Holding SA a connu une extension importante en 2005 à la suite de nombreux investissements au point que le groupe s'est retrouvé dans l'impossibilité d'acquérir l'immeuble de Bussigny avec des fonds propres et qu'il a dû avoir recours à un financement étranger. Une banque belge aurait accepté de prêter les fonds nécessaires mais aurait exigé en contre-partie que l'immeuble soit propriété d'une nouvelle filiale à créer à cet effet dont il serait nanti de la totalité des actions au porteur à titre de garantie et qui aurait pour seul actif l'immeuble de Bussigny. C._ Immobilier SA à Martigny a été fondée dans ce but le 26 juin 2006. Il ressort du Registre du commerce du Bas-Valais qu'une reprise de biens est envisagée, pour 22'908'340 fr. au maximum, de l'immeuble n° **** sur la commune de Bussigny-près-Lausanne. Par réquisition de radiation de juillet 2006, A._ SA a renoncé à son droit d'emption. Cette réquisition a été signée par la société bénéficiaire le 5 juillet et par la société propriétaire des immeubles au plus tard le 18 juillet 2006. Selon le Registre foncier, ce droit d'emption a été radié le 19 juillet 2006. Le 18 juillet 2006, un acte de vente conditionnelle a été passé entre E._ Holding AG d'une part et C._ Immobilier SA d'autre part portant sur l'immeuble n° **** de la commune de Bussigny-près-Lausanne. Le prix de vente a été fixé à 22'908'340 fr. dont 1'308'340 fr. de TVA soit un prix hors taxes de 21'600'000 fr. Ce montant devait être acquitté jusqu'au 19 juillet 2006, pour que le contrat devienne définitif. L'inscription de la vente est intervenue le 26 juillet 2006. Le 4 mai 2007, sur demande de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'autorité fiscale), A._ SA a expliqué les modalités de l'opération et ses motifs et exposé que la renonciation du droit d'emption était intervenue sans aucune contre prestation en sa faveur. B. Par bordereau définitif du 25 mai 2007, l'autorité fiscale a frappé l'opération d'un droit cantonal de mutation de 237'600 fr. et d'un droit communal de 118'800 fr. Le 27 juin 2007, A._ SA a déposé une réclamation contre cette décision, qui a été rejetée par décision du 4 mai 2009. Par modification de ses statuts en octobre et novembre 2007, A._ SA est devenue X._ SA, qui, par modification de ses statuts en février 2008, est devenue X._ SA (ci-après: l'intéressée). Le 10 juin 2009, l'intéressée a interjeté recours contre la décision du 4 mai 2009 auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Sur interpellation du juge instructeur, elle a produit des documents attestant que les frais d'acte ont été pris en charge respectivement par elle-même pour le pacte d'emption et par C._ Immobilier SA pour la vente conditionnelle. C. Par arrêt du 5 janvier 2010, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. En substance, il a jugé que la renonciation au droit d'emption en cause avait donné lieu à contre-prestation, bien que l'intéressée n'ait pas été exposée à des dommages-intérêts ou à une peine conventionnelle. Sans la renonciation, le groupe C._ Holding SA, qui détenait les deux sociétés, avait pu bénéficier de l'avantage qui consistait non pas à louer l'immeuble en cause mais à l'acquérir d'une part et d'autre part l'intéressée avait pu utiliser ses fonds propres à d'autres fins. Ces avantages, bien qu'indirect pour le premier, pouvaient être attribués à l'intéressée et constituaient une contre-prestation à la renonciation du droit d'emption qui justifiait le prélèvement du droit de mutation. De surcroît, la renonciation à un droit d'emption, stipulé cessible, concomitante à la signature de l'acte de vente conditionnelle, organisée par les même personnes, organes à la fois de l'intéressée et de C._ Immobilier SA et décidée avant l'expiration du droit d'emption constituait sous l'angle économique une cession matérielle du droit d'acquérir un immeuble soumise au paiement d'un droit de mutation, la renonciation ayant, selon le Tribunal cantonal, pour unique but d'éluder l'impôt. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'intéressée demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 5 janvier 2010 par le Tribunal cantonal et de constater que le droit de mutation n'est pas dû. Elle se plaint de l'application arbitraire du droit cantonal et de la violation de l'art. 127 al. 1 Cst. Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.