Faits: A. Par décision du 11 septembre 2000, l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral) a admis la demande d'enregistrement du "saucisson vaudois" en tant qu'indication géographique protégée (ci-après: IGP). Après avoir rejeté deux oppositions formées à la suite de la publication de la demande d'enregistrement dans la Feuille officielle suisse du commerce, ledit Office a enregistré, le 24 septembre 2004, l'appellation "saucisson vaudois" comme IGP et l'a inscrite, avec le cahier des charges, dans le registre des appellations d'origine et des indications géographiques. Le 23 décembre 2004, l'Association Charcuterie Vaudoise IGP (ci-après: l'Association) a déposé une demande tendant à différentes modifications du cahier des charges. Ces modifications étaient tirées, pour l'essentiel, des expériences faites lors des inspections réalisées au cours des trois années précédentes. L'Office fédéral a traité séparément la demande relative à l'étiquetage et l'a admise par décision du 19 mai 2006. Après avoir consulté la Commission des appellations d'origine et des indications géographiques (ci-après: la Commission) et les autorités concernées, l'Office fédéral, par décision du 21 juin 2007, a admis la requête de modification du cahier des charges sur trois autres points, soit la matière première (utilisation d'antioxydants et de sel de cuisine additionné de salpêtre), la fabrication et la traçabilité. Il l'a par contre rejetée en tant qu'elle concernait, d'une part, la modification de la longueur et du calibre du saucisson et, d'autre part, l'utilisation de museau de porc dans la fabrication. L'Association souhaitait, en effet, autoriser l'adjonction de museau de porc cuit dans le saucisson car il était apparu que les fabricants de Payerne et environs en utilisaient environ 4 % dans leur recette. B. L'Association a attaqué la décision du 21 juin 2007 de l'Office fédéral devant le Tribunal administratif fédéral. Lors d'une séance d'instruction, les parties à la procédure ont trouvé un accord quant à la longueur et au calibre du saucisson. Dans son arrêt du 1er décembre 2009, le Tribunal administratif fédéral a pris acte de cet accord et a rejeté le recours quant à la demande de modification du cahier des charges relative à l'adjonction de museau de porc dans la fabrication du saucisson. Il a rappelé que l'art. 7 ch. 1 du cahier des charges, intitulé "Tri de la viande", excluait l'utilisation de couennes dans la fabrication du saucisson. Or, le museau de porc contenait de la couenne. En conséquence, son utilisation ne pouvait être admise. Les juges n'ont pas retenu l'argument de l'Association selon lequel elle considérait le museau de porc comme de la viande et non comme de la couenne. Selon ceux-ci, l'on pouvait, en effet, attendre des bouchers qu'ils sachent que le museau de porc contient de la couenne et que, partant, en excluant l'utilisation de celle-ci à l'art. 7 ch.1 du cahier des charges, ils n'autorisaient pas celle du museau de porc. Finalement, le Tribunal administratif fédéral a jugé que l'Association ne pouvait rien tirer du fait que la recette du saucisson vaudois était un secret bien gardé, ce qui aurait eu pour conséquence que le principal spécialiste, appelé à rédiger le cahier des charges, ne savait pas que certains charcutiers mettaient du museau de porc dans leur saucisson. Les juges ont considéré que le fait que des fabricants aient caché que le museau de porc entrait dans la composition de leur saucisson n'était pas compatible avec une demande d'IGP. En outre, aucun producteur n'avait formé opposition à la suite de la publication de l'enregistrement de l'IGP, ce qui aurait dû être le cas si certains n'étaient pas d'accord avec le cahier des charges qui interdisait l'utilisation de la couenne. L'Office fédéral conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations.