Faits: A. La société anonyme Y._ SA (ci-après: la société), sise à A._, a été inscrite au registre du commerce en 1995, avec pour but l'achat, la construction, la location, la vente, l'échange, la promotion, la gestion, l'administration et l'exploitation d'installations hôtelières, de commerces et de parahôtelleries, ainsi que la construction et l'exploitation d'installations sportives et touristiques. Son capital-actions de 100'000 fr. a été détenu entièrement par Y._ jusqu'au mois de juin 2006, date à laquelle ce dernier a vendu ses actions à Z._ pour un montant de *** fr. A la suite de cette vente, la raison sociale est devenue Z._ SA, puis, en janvier 2011, X._ SA. B. Du 27 mai au 4 juin 2008, le Service des contributions du canton du Valais a procédé à un contrôle des comptes des exercices 2001 à 2006 de la société. Le rapport d'expertise du 26 juin 2008 établi à la suite de ce contrôle préconisait d'effectuer des reprises pour un montant total de 4'008'957 fr., lesquelles portaient sur les objets et les périodes fiscales suivantes: - Commissions de vente de 650'000 fr. versées à la société B._ SA (période 2004); - bénéfice non comptabilisé sur la construction de la villa de Y._ (126'889 fr. à reprendre pour la période 2003); - pertes extraordinaires en lien avec la société C._ SA (230'000 fr. à reprendre pour la période 2003, 2'300'656 fr. pour 2004 et 170'000 fr. pour 2005); - ventes immobilières à des proches à des prix de faveur (101'000 fr. à reprendre pour la période 2001); - pertes dans l'affaire "D._" en Italie (97'000 fr. à reprendre pour la période 2006); - indemnités forfaitaires pour frais de représentation excessives versées à Y._ (18'000 fr. à reprendre pour chacune des périodes 2001, 2002 et 2003); - acquisition de véhicules à des prix excessifs (103'532 fr. à reprendre pour la période 2001, 38'330 fr. pour 2002, 140'274 fr. pour 2004; 61'824 fr. à déduire au contraire du bénéfice net de la période 2006); - parts privées de l'usage de véhicules de luxe (7'200 fr. à reprendre pour la période 2001 et 9'600 fr. pour chacune des périodes 2002 à 2006). Dans ses bordereaux d'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et d'impôts cantonal et communal (ICC) des périodes 2001 à 2006, la Commission cantonale d'impôt des personnes morales du canton du Valais a suivi les conclusions du rapport d'expertise. Les chiffres d'affaires déclarés et les bénéfices nets respectivement déclarés et taxés étaient les suivants: 2001 2002 2003 2004 2005 2006 Chiffre d'affaires déclaré 2'382'689 2'207'288 2'593'482 8'768'944 2'185'887 3'288'796 Bénéf. net déclaré 405'182 84'209 171'086 1'039'498 307'488 354'423 Bénéf. net taxé 634'914 111'809 593'905 4'143'028 487'088 400'099 Saisie, par acte du 4 août 2008, d'une réclamation de la société contre les bordereaux en question, la Commission cantonale d'impôt des personnes morales l'a rejetée, par décision du 2 octobre 2008, et a procédé pour la période 2004 à une reprise supplémentaire de 73'800 fr. en relation avec les commissions versées à la société B._ SA. La société a déféré ce prononcé à la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours ou l'autorité précédente), laquelle a partiellement admis le recours par décision du 26 octobre 2011 (notifiée le 1er juin 2012). Cette autorité a notamment annulé les reprises relatives aux pertes extraordinaires liées à la société C._ SA. Le bénéfice net imposable au titre de l'IFD et des ICC a été fixé aux montants suivants: 2001 2002 2003 2004 2005 2006 572'480 116'809 359'311 1'846'199 326'878 482'603 C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, en substance, d'annuler la décision du 26 octobre 2011 en tant que celle-ci prévoit des reprises par rapport aux bénéfices nets déclarés. L'autorité précédente, le Service cantonal des contributions et l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, concluent au rejet du recours.