Faits: A. A.a En juin 2003, X._, directrice adjointe d'une banque privée de Genève et habitant cette ville, a fait la connaissance de Y._, homme d'affaires danois résidant en Espagne. Dans la perspective d'un mariage prochain, ils ont décidé d'acquérir une parcelle à A._ (Genève) et d'y faire construire une villa devant leur servir de résidence conjugale lorsqu'ils séjourneraient à Genève. X._ ayant trouvé un terrain constructible, les intéressés sont convenus que le prix en serait payé par Y._. Celui-ci, citoyen étranger non domicilié en Suisse ne pouvant acquérir la propriété de l'immeuble, a alors fait une donation irrévocable de 1'010'000 fr. à X._, qui l'a acceptée, par acte de donation mobilière signé par les deux parties devant notaire le 28 août 2003. Le 9 septembre 2003, X._ a acquis la propriété du terrain de A._. A.b Dès l'automne 2003, X._ et Y._ ont entamé d'intenses négociations concernant les modalités financières de leurs projets conjugaux. Y._ souhaitait notamment trouver des formules permettant de lui garantir des droits sur le terrain acquis par X._ au moyen de la somme de 1'010'000 fr. et, simultanément, d'assurer à X._, préoccupée des incidences économiques de ces projets, une certaine sécurité financière dans le cadre de leur future vie commune. A l'époque de ces négociations, Y._ a commencé ouvertement à remettre en cause la donation. Entre avril et mai 2004, deux avocats ont été consultés successivement par les intéressés. Le premier pour examiner la possibilité de constituer un trust visant à offrir des garanties financières à X._ à condition que le mariage ait lieu et qu'il dure plus de cinq ans et, dans l'hypothèse inverse, permettant à Y._ de préserver ses intérêts sur le terrain de A._ et la maison qui devait être construite. Le deuxième mandataire est intervenu pour rédiger un document intitulé "Loan Agreement" (contrat de prêt). D'après X._, Y._ a cherché par tous les moyens à récupérer ce qu'il avait pourtant donné de manière irrévocable devant notaire. Il lui a même indiqué que si elle n'acceptait pas le "Loan Agreement", il ne constituerait pas le trust et, par ailleurs, renoncerait au mariage. Le "Loan Agreement", soumis au droit suisse et comportant élection de for à Genève, est libellé en anglais. Signé par les parties le 12 mai 2004, il prévoit notamment ce qui suit (traduction libre des instances cantonales, non contestée par les parties): "CONTRAT DE PRET entre Y._ (ci-après le prêteur) et X._ (ci-après l'emprunteuse) PREAMBULE. Le prêteur a prêté la somme de 1'000'000 fr. à l'emprunteur. Le présent contrat de prêt vise à régler les conditions du prêt et prendra effet rétroactivement au jour où le prêt a été consenti. (...) Art. 1 LE PRET. L'emprunteur reconnaît avoir reçu la somme de 1'000'000 fr. du prêteur. Ce prêt a été accordé conformément aux art. 312ss du Code suisse des obligations. Art. 2. INTERETS. Pendant sa durée, le prêt ne portera pas d'intérêts. Art. 3 DENONCIATION AU REMBOURSEMENT. Le prêteur peut dénoncer le prêt au remboursement en tout temps par l'envoi d'un avis recommandé à l'emprunteur. A réception de la dénonciation au remboursement, le montant du prêt devra être remboursé dans un délai de six mois, sur le compte indiqué par le prêteur. Le montant du remboursement inclura un intérêt annuel de 2% calculé à compter du jour où le prêt a été dénoncé au remboursement. Les intérêts et le prêt en capital devront être payés en même temps. (...) Art. 5. DUREE DU CONTRAT. Le présent contrat de prêt prendra fin au cas où les parties signent un contrat de mariage contenant une clause réglant la question du présent prêt." Les relations entre les parties se dégradant considérablement par la suite, celles-ci ont finalement renoncé, en automne 2004, à leur projet de vie commune et conjugale. A.c Le 22 mars 2005, Y._ a dénoncé au remboursement la somme de 1'000'000 fr. visée dans le contrat de prêt en impartissant à X._ un délai de six mois pour s'exécuter. Le 4 mai 2006, il a fait notifié à X._ un commandement de payer principalement pour le montant de 1'000'000 fr., avec intérêts à 2% l'an dès le 23 mars 2005 et 5% l'an dès le 23 septembre 2005. Par jugement du 19 octobre 2006, le Tribunal de première instance du canton de Genève a refusé de lever l'opposition formée par X._. Bien qu'ayant constaté que la somme visée dans l'acte de donation du 28 août 2003 était la même que celle concernée par le prêt du 12 mai 2004, il a considéré, en procédure sommaire, que Y._ n'avait pas exécuté le contrat de prêt. B. Le 30 mars 2007, Y._ a, après l'échec de la tentative de conciliation, saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève, conclu à ce que X._ soit condamnée à lui rembourser le montant de 1'000'000 fr. avec intérêt à 2% l'an du 23 mars 2005 au 23 septembre 2005 et 5% l'an dès le 24 septembre 2005 et demandé la mainlevée définitive de l'opposition. Il a expliqué en substance avoir simplement avancé la somme de 1'000'000 fr. à X._ afin que celle-ci acquiert rapidement le terrain sur lequel ils projetaient de construire une villa. Contestant avoir reçu le montant de 1'000'000 fr. à titre d'avance, X._ s'est opposée à la demande. Elle a soutenu que Y._ lui avait donné cette somme en 2003 sans réserve et qu'elle avait ensuite signé le "Loan Agreement" du 12 mai 2004 en étant convaincue que ce contrat ne revêtait pas la moindre portée juridique. Selon elle, cette dernière convention visait le remboursement d'un prétendu montant de 1'000'000 fr. qui ne lui a en réalité jamais été remis. Le premier avocat entendu a rapporté avoir déduit de l'attitude des parties que celles-ci étaient des personnes habituées à traiter des affaires et que les discussions entre elles étaient difficiles, ardues et principalement de nature financière. Le mandataire ayant rédigé le "Loan Agreement" a expliqué que celui-ci a fait l'objet de longues négociations et que plusieurs projets ont été présentés aux parties. Par jugement du 16 juin 2008, le Tribunal de première instance a condamné X._ à payer à Y._ la somme de 1'000'000 fr. avec intérêts à 2% l'an du 23 mars 2005 au 23 septembre 2005 et avec intérêts à 5% l'an dès le 24 septembre 2005, levé, à concurrence de ce montant, l'opposition formée par X._ au commandement de payer de Y._, condamné X._ à tous les dépens, comprenant une indemnité de 20'000 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de Y._, et débouté les parties de toutes autres conclusions. En substance, le Tribunal a considéré que, dans le contrat de prêt du 12 mai 2004, X._ reconnaissait avoir reçu la somme de 1'000'000 fr. à titre de prêt et qu'ainsi les parties ont convenu de convertir ou de requalifier en prêt, à concurrence de 1'000'000 fr., la somme de 1'010'000 fr. initialement remise à X._ par Y._ à titre de donation le 28 août 2003. Saisie d'un appel de X._, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours et confirmé entièrement le jugement entrepris par arrêt du 20 février 2009. C. X._ a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 février 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière arbitraire (art. 9 Cst.), d'avoir violé les art. 1, 18 et 82 CO. La recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et demande que l'intimé soit débouté de l'ensemble de ses prétentions, condamné aux dépens de la procédure cantonale et débouté de toutes autres conclusions, sous suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure. L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité quant à la forme. Par ordonnance du 5 mai 2009, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a rejeté la requête d'effet suspensif. Le 5 juin 2009, la recourante a requis une nouvelle fois l'octroi de l'effet suspensif au recours.