Faits: A. Le 9 juillet 2005 vers 17h15, X._, circulant au volant d'une automobile, a remonté à faible allure en empruntant sur une distance de 200 mètres environ la bande d'arrêt d'urgence les files de véhicules qui circulaient sur l'autoroute A9 entre les jonctions d'Aigle et de Villeneuve, en direction de Villeneuve. Ces dernières avançaient à très faible allure en raison d'un ralentissement provoqué par les travaux dans le tunnel de Glion. Il a été condamné, par prononcé préfectoral du 9 août 2005, à une amende de 380 francs. B. Par décision du 8 novembre 2005, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a ordonné le retrait de son permis de conduire pour une durée d'un mois dès le 7 mai 2006. C. Par jugement du 9 juin 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a admis le recours formé par X._ contre cette décision et l'a réformée en ce sens que seul un avertissement était prononcé contre l'intéressé. D. Le SAN interjette un recours de droit administratif contre ce jugement, concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision du 8 novembre 2005. Il requiert également l'octroi de l'effet suspensif à son recours. Invité à se déterminer sur le recours, le Tribunal administratif a conclu à son rejet, en soulignant tout particulièrement le peu d'intensité de la mise en danger résultant du comportement incriminé. L'intimé a conclu au rejet du recours de droit administratif.