Faits: A. Le 1er septembre 1998, A._ et la fondation caisse-maladie X._, celle-ci pratiquant l'assurance-maladie sociale et les assurances complémentaires, ont conclu un contrat d'agence selon lequel le premier se chargeait de « vendre les produits » de la seconde et, à cette fin, de « mettre à disposition son organisation et les services de ses collaborateurs ». A._ exerçait alors la profession d'agent sous la raison individuelle « B._ société d'assurances, agence générale de Lausanne, A._ ». Le rayon de l'activité convenue avec X._ s'étendait à toute la Suisse et l'agent bénéficiait de l'exclusivité. Le contrat spécifiait les commissions que la mandante acquitterait pour tout assuré nouvellement acquis. Conclu pour une durée indéterminée, ce contrat était résiliable pour la fin d'une année civile, moyennant un préavis de six mois. Par la suite, A._ a mis fin à ses relations d'affaires avec B._, puis, le 12 avril 2001, il a fait radier son inscription au registre du commerce. Il avait fondé Y._ SA, inscrite le 21 décembre 2000. Celle-ci a pour but social, notamment, l'agence de diverses compagnies ou institutions d'assurances; A._ en est l'administrateur unique. X._ était informée de ces faits; son directeur s'est d'ailleurs entremis afin que Y._ SA pût prendre à bail, dès le 1er avril 2001, afin d'y poursuivre les activités de l'agence, des locaux commerciaux appartenant à l'une des organisations fondatrices de l'institution. B. Le 29 juin 2001, X._ a conclu un nouveau contrat d'agence avec « Monsieur A._, administrateur de la société "Y._ SA", abrégée "Y._", société de représentation et de vente de produits d'assurances, inscrite au registre du commerce du canton de Vaud ». L'agent s'engageait derechef à « utiliser son organisation et les services de ses collaborateurs ». Ce nouveau contrat prenait effet le 1er juillet suivant et il remplaçait celui conclu en 1998; sa durée était limitée au 30 juin 2003. A cette époque, la mandante entendait ne pas augmenter de façon trop importante l'effectif de ses assurés; elle avait spécifié les classes d'âge qui devaient être favorisées ou, au contraire, évitées; elle avait aussi spécifié les catégories d'assurance qu'il fallait développer. Au 1er janvier 2002, en raison de l'évolution des primes dans l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie, X._ reçut un afflux considérable d'affiliations nouvelles. Cette augmentation imprévue engendra des frais administratifs également considérables. Une autre augmentation importante survint au 1er juillet suivant. A._ et les dirigeants de X._ se sont réunis le 29 avril 2002; ils ont alors convenu de limiter strictement, pour l'avenir, le nombre des affiliations nouvelles qui donneraient droit à la commission prévue par le contrat d'agence. Un maximum de 1'500 était fixé pour la période du 1er mai au 31 décembre 2002; un maximum de 6'000 était fixé pour les affiliations nouvelles au 1er janvier 2003. Il en résultait une importante perte de gain pour l'agence; néanmoins, A._ avait accepté, dans l'espérance que la relation contractuelle serait poursuivie après l'échéance fixée au 30 juin 2003. En avril 2003, la mandante décida toutefois ne ne pas prolonger cette relation. C. Le 5 novembre 2003, Y._ SA a ouvert action contre X._ devant le Tribunal cantonal du canton de Vaud. La défenderesse devait être condamnée à payer 2'135'095 fr. avec intérêts au taux de 5% par an dès le 1er octobre 2003, soit 962'981 fr. pour réparation de la perte de gain subie par suite du contingentement des affiliations donnant droit à la commission, et 1'172'114 fr. à titre d'indemnité pour la clientèle. La défenderesse a conclu au rejet de l'action; en particulier, elle a contesté la qualité de la demanderesse pour agir. La Cour civile du Tribunal cantonal s'est prononcée le 7 mars 2008 après l'accomplissement d'une expertise. Selon son jugement, A._ a conclu le contrat du 29 juin 2001 au nom de la demanderesse, de sorte que celle-ci a qualité pour agir. Le contingentement des affiliations nouvelles, dès le 1er mai 2002, repose sur un accord spécifique des parties; cet accord est valable et il n'est pas subordonné à une condition ayant pour objet la continuation de la relation d'agence après le 30 juin 2003; en conséquence, la demanderesse n'a subi aucune perte de gain qui doive être réparée par l'autre partie. En revanche, la demanderesse peut prétendre, par suite de l'expiration du contrat d'agence, à une indemnité pour la clientèle dont le montant doit être fixé à 700'000 francs. La Cour condamne donc la défenderesse à payer ce dernier montant, avec suite d'intérêts selon les conclusions de la demande. Saisie par la défenderesse, la Chambre des recours du Tribunal cantonal a statué le 18 février 2009; elle a rejeté le recours et confirmé le jugement. D. Agissant par la voie du recours en matière civile, la défenderesse requiert le Tribunal fédéral de réformer les décisions de la Cour civile et de la Chambre des recours en ce sens que l'action soit entièrement rejetée. La demanderesse conclut au rejet du recours.