Faits: A. BX._, ingénieur civil de formation, est depuis 1982 revendeur officiel d'explosifs. Il est inscrit depuis 1975 au registre du commerce en nom propre à son adresse privée, pour l'exploitation d'un bureau d'ingénieur civil et d'une entreprise générale de construction. En 1976, BX._ a constitué C._ SA, dont le siège est à G._ et le but l'établissement de projets et travaux de minage, conseils et expertises se rapportant au minage et à la géophysique. Il en est l'actionnaire principal et l'administrateur, avec AX._, son épouse, et son fils. BX._ est salarié de C._ SA; il met à disposition de celle-ci la patente de revendeur d'explosifs et de moyens de mise à feu dont il est titulaire. AX._ exploite en son nom à H._ un commerce de vêtements à l'enseigne "K._"; jusqu'en 2001, elle possédait deux magasins; elle n'a conservé depuis lors que le second. En outre, jusqu'en 1996, avec sa belle-fille LX._, elle exploitait, en société simple, un commerce de bijoux à la même enseigne, dont tous les bénéfices revenaient par convention à sa belle-fille. B. Pour les périodes de taxation 1993/1994 à 1999/2000, BX._ et AX._ avaient déclaré un revenu imposable de 20'700 fr. pour 1993/1994, de 24'300 fr. pour une partie de 1995, de 36'500 fr. pour le solde de 1995 et 1996, de 37'800 fr. pour 1997/1998 et de 72'200 fr. pour 1999/2000, aucune fortune pour 1993/1994 et 1995/1996, une fortune de 253'000 fr. pour 1997/1998 et de 288'000 fr. pour 1999/2000. Pour les périodes de taxation 1995 à 1998, C._ SA a déclaré un bénéfice imposable nul durant les années de calcul 1995 à 1998 et un capital de 322'000 fr. pour 1995, de 314'000 fr. pour 1996, de 292'000 fr. pour 1997 et de 250'000 fr. pour 1998. Le 30 juin 1995, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a imposé les époux X._ sur un revenu de 95'300 fr. pour la période fiscale 1993/1994, décision contre laquelle ces derniers ont interjeté une réclamation. Le 4 juin 1999, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle à C._ SA et aux époux X._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1999/2000 et ouvert, le 15 décembre 2000, une procédure en soustraction fiscale à leur encontre. Le 6 mars 2003, après avoir instruit la cause et demandé de nouvelles pièces aux intéressés, elle a rendu des décisions de taxation et d'amendes pour tentatives de soustraction fiscale pour les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000, décisions qui ont fait l'objet de réclamations de la part des époux X._ et de C._ SA. C. Par décisions du 2 avril 2004, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation des époux X._ portant sur la période fiscale 1993/1994 et aggravé les taxations. Elle a partiellement admis les réclamations de ces derniers ainsi que de C._ SA portant sur les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000. S'agissant des époux X._, elle a procédé à des reprises totales sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 de 740'852 fr. et de 94'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, elle a procédé au total à des reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 de 299'998 fr. et de 95'000 fr. sur le capital imposable. Les montants des amendes pour tentative de soustraction fiscale ont été corrigés en conséquence. Le 3 mai 2004, BX._ et AX._ ainsi que C._ SA ont interjeté recours contre les décisions sur réclamation du 2 avril 2004 auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud. Par arrêt du 18 avril 2006, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours de BX._ et AX._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt fédéral direct et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Il a également partiellement admis le recours de BX._ et AX._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt cantonal et communal et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Dans son arrêt, au chapitre des époux X._, après avoir examiné tous les griefs et les pièces des intéressés, le Tribunal administratif a arrêté le total des reprises sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 à 337'897 fr. et à 86'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, il a arrêté les reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 à 43'918 fr. et à 5'000 fr. sur le capital imposable. Par arrêt du 16 octobre 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours interjeté par les époux X._ et C._ SA contre l'arrêt du 18 avril 2006 - considéré comme recours de droit administratif - en matière d'impôt fédéral direct, dans la mesure où il était recevable et n'était pas devenu sans objet, l'Administration cantonale ayant reconnu une erreur de calcul. Il a déclaré irrecevable le recours - considéré comme recours droit public - en matière d'impôts cantonal et communal. D. Le 29 novembre 2006, l'Administration cantonale a rendu de nouvelles décisions sur réclamation concernant C._ SA et les époux X._. Dans le chapitre de C._ SA, elle a arrêté les reprises sur les bénéfices et sur le capital imposables des années de calcul 1995 à 1998 à 43'918 fr. respectivement à 5'000 fr., ce qui correspondait à des compléments totaux d'impôts de 12 fr. pour l'impôt fédéral direct, de 12 fr. 50 pour l'impôt cantonal et de 6 fr. 50 pour l'impôt communal. Les amendes infligées à C._ SA (par décision du 6 mars 2003) ont été annulées. Dans le chapitre des époux X._, elle a arrêté le total des reprises sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 à 337'126 fr. (tenant compte de l'erreur de calcul mentionnée ci-dessus) et à 86'744 fr. sur la fortune imposable, ce qui correspondait à des compléments totaux d'impôts de 17'605 fr. 05 fr. pour l'impôt fédéral direct, de 43'558 fr. 85 pour l'impôt cantonal, de 23'674 fr. 95 (commune de G._) respectivement 3'035 fr. 40 (commune de H._) pour l'impôt communal. Les amendes infligées aux époux X._ (par décision du 6 mars 2003) ont été corrigées en conséquence. Le 29 décembre 2006, C._ SA et les époux X._ ont recouru séparément contre les décisions du 29 novembre 2006 auprès du Tribunal administratif, concluant à leur annulation. E. Par requêtes des 19 janvier 2007 et 19 février 2007, C._ SA et les époux X._ ont en outre demandé la récusation du juge D._ et des greffiers E._ et F._. Ce dernier, qui avait occupé la fonction de greffier de septembre 2005 à fin avril 2006, avait auparavant participé à l'instruction de l'enquête pour soustraction fiscale dirigée contre eux alors qu'il était sous-directeur de l'Administration cantonale. Le 20 février 2007, E._ a adressé au juge instructeur de la Cour plénière du Tribunal administratif sa détermination sur la requête de récusation. Cette dernière n'appelait de sa part aucune observation et le grief de partialité était contesté. Le 21 février 2007, le Juge D._ a également déposé ses observations, concluant au rejet de la requête. Le 24 février 2007, C._ SA et les époux X._ ont confirmé leur requête de récusation et affirmé qu'il s'agissait d'un fait nouveau et important par rapport à l'arrêt du 18 avril 2006 qui devait être révisé. Par lettre du 5 avril 2007, ces derniers ont résumé leurs moyens. Par arrêt du 28 août 2007, portant par inadvertance le titre de projet, selon courrier du 13 septembre 2007, la Cour plénière du Tribunal administratif a rejeté la demande de récusation de C._ SA et des époux X._ dirigée contre le Juge D._ et le greffier E._, dans la mesure où elle était recevable et n'était pas devenue sans objet. Elle a également rejeté la demande de révision formulée le 24 février 2007. En substance, la Cour plénière a retenu que F._ n'avait pas participé à l'arrêt rendu le 18 avril 2006 par le Tribunal administratif et qu'il n'était plus membre de ce dernier lors du dépôt des recours du 29 décembre 2006 contre les nouvelles décisions sur réclamation du 29 novembre 2006. Quant au juge D._ le seul fait qu'il ait eu comme collaborateur personnel F._ - pour d'autres dossiers - ne suffisait pas à fonder la crainte qu'il manque d'impartialité. La demande de récusation dirigée contre E._ n'était pas motivée, sinon par des arguments ayant trait au greffier F._. Les demandes de récusation étant rejetées, il n'y avait aucun motif de réviser l'arrêt du 18 avril 2006. F. Le 15 octobre 2007, les époux X._ et C._ SA ont interjeté un recours (2C_568/2007), intitulé recours en matière de droit public et recours constitutionnel subsidiaire, auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt rendu le 28 août 2007 par la Cour plénière du Tribunal administratif. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler les arrêts du 18 avril 2006 et du 28 août 2007 sous suite de frais et dépens. Ils se plaignent de n'avoir pas bénéficié d'un tribunal indépendant et impartial. F._, D._ et E._ ont renoncé à déposer des observations. Le Tribunal administratif se réfère aux considérants de l'arrêt du 28 août 2007 et conclut au rejet du recours. G. Par arrêt partiel du 14 novembre 2007, limité aux reprises effectuées lors de la taxation du revenu et de la fortune imposables des époux X._, ainsi que du bénéfice et du capital imposables de C._ SA, le Tribunal administratif a rejeté les recours interjetés le 29 décembre 2006 contre les nouvelles décisions sur réclamation du 29 novembre 2006. Par appréciation anticipée des preuves, le magistrat instructeur a constaté que les éléments invoqués par les intéressés ne justifiaient pas la tenue d'une audience. Les intéressés avaient repris les griefs qu'ils avaient déjà formulés contre les décisions sur réclamation du 2 avril 2004. Ces derniers ayant été définitivement tranchés par le Tribunal administratif dans l'arrêt du 18 avril 2006, confirmé par celui du Tribunal fédéral du 16 octobre 2006, ils ne pouvaient être examinés une nouvelle fois. Pour le surplus, la décision notifiée à C._ SA ainsi que celle notifiée aux époux X._ se conformait à l'arrêt de renvoi du 18 avril 2006, en particulier aux tableaux des reprises concernant C._ SA et les époux X._. Enfin, la période de taxation 1993/1994 n'était pas frappée par la prescription, du moment que les éléments imposables avaient été déterminés définitivement avant le 31 décembre 2006. H. Le 14 décembre 2007, les époux X._ et C._ SA ont interjeté un second recours (2C_734/2007), intitulé recours en matière de droit public et recours constitutionnel subsidiaire, auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt rendu le 14 novembre 2007 par le Tribunal administratif. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt. Ils réitèrent les griefs tirés du droit à un tribunal impartial et indépendant. Ils se plaignent de ce que l'Administration cantonale a eu accès au dossier judiciaire, de n'avoir pas reçu certaines pièces et annexes et de la violation de leur droit d'être entendus à maints égards. Ils formulent ensuite diverses critiques à l'encontre des considérants de l'arrêt attaqué qui violeraient selon eux l'art. 98a de la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts cantonaux, les art. 2 al. 3, 5 al. 3, 8 al. 1, 9, 10 al. 2 et 26 de la Constitution fédérale, les art. 1, 3 et 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (Convention européenne des droits de l'homme; CEDH; RS 0.101) et de l'art. 1 de son Protocole additionnel du 20 mars 1952. Le Tribunal cantonal et le Tribunal administratif ayant fusionné au 1er janvier 2008, ce dernier est devenu la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal. Elle a renoncé à déposer une réponse. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des impôts concluent au rejet du recours en matière de droit public et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire. I. Par ordonnance du 4 février 2008 rendue dans la procédure 2C_734/2007, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif déposée par C._ SA et les époux X._. Le 11 avril 2008, les époux X._ ont consulté les dossiers 2C_568/2007 et 2C_734/2007 dans les locaux du Tribunal fédéral.