Faits: A. Le 16 avril 2012, A._ a recouru auprès du Tribunal pénal fédéral (TPF) contre une ordonnance de refus de levée de séquestre d'avoirs bancaires rendue le 3 avril précédent par le Ministère public de la Confédération (MPC). Le 29 mai 2012, la même société a également formé recours auprès du TPF contre une décision du MPC du 16 mai 2012 refusant de lever un séquestre portant sur d'autres avoirs bancaires. Dans ces deux procédures, A._ s'est adressée plusieurs fois à la Cour des plaintes afin que celle-ci rende rapidement sa décision. B. Le 9 août 2012, A._ a formé un recours pour déni de justice au Tribunal fédéral. Par arrêt du 30 août 2012 (1B_456/2012), le recours a été rejeté: compte tenu de la nature et de la relative complexité des causes, l'absence de décision de la Cour des plaintes depuis le dépôt des recours ne constituait pas un déni de justice. Un nouveau recours a été interjeté le 4 septembre 2012, et déclaré irrecevable le lendemain (1B_498/2012). C. Le 14 septembre 2012, A._ a retourné au Tribunal fédéral l'arrêt d'irrecevabilité qui lui avait été notifié la veille, estimant qu'il y avait lieu d'entrer en matière en raison du temps écoulé depuis la première décision, et en présence d'indices selon lesquels le TPF refuserait de statuer en temps utile. A._ déclare former un nouveau recours en se référant à sa précédente écriture. Le TPF a renoncé à répondre. Le MPC se réfère aux précédents arrêts du Tribunal fédéral. Par lettre du 2 octobre 2012, A._ persiste dans sa position.