Faits: A. A.a Le 10 juin 2011, le Juge de paix du district de Morges a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée par A._ au commandement de payer que lui avait fait notifier la Banque X._, ce à concurrence de 700'000 fr. plus intérêts au taux de 5% l'an dès le 1er août 2001, sous déduction des sommes de 139'556 fr. 90, 2'943 fr. 10 et 126'815 fr. 10. A.b A._ a recouru contre cette décision devant la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Un délai au 8 septembre 2011 lui a été imparti pour effectuer l'avance des frais du recours. Par courrier du 8 septembre 2011, A._ a requis l'assistance judiciaire, tant pour l'avance de frais que pour l'assistance d'un mandataire professionnel. Le président de la Cour des poursuites et faillites lui a adressé le formulaire de requête d'assistance judiciaire par pli recommandé du 21 septembre 2011, lui impartissant un délai au 3 octobre 2011 pour le retourner, accompagné des justificatifs nécessaires, faute de quoi la requête ne serait pas prise en considération. L'avis précisait également que le délai pour verser l'avance de frais était prolongé au 3 octobre 2011, à défaut de quoi il ne serait pas entré en matière sur le recours. A._ a déposé le formulaire de requête d'assistance judiciaire le 5 octobre 2011, sollicitant par ailleurs la restitution des délais impartis au 3 octobre 2011. Par arrêt du 12 octobre 2011, le juge présidant de la Cour des poursuites et faillites a considéré le recours non avenu et rayé la cause du rôle. B. Par acte du 25 novembre 2011, A._ (ci-après le recourant) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut à l'admission de son recours, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. A l'appui de son recours, le recourant invoque la violation des art. 118 al. 1 let. a, 119 al. 3 et 121 CPC ainsi que celle de l'interdiction du formalisme excessif et de l'art. 147 CPC. Le recourant a sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire le 23 décembre 2011. L'intimée et l'autorité cantonale ont renoncé à se déterminer.