Faits: A. Le 28 juillet 2011, A.X._ a déposé plainte pénale contre son mari, B.X._, pour lésions corporelles simples qualifiées, voies de fait qualifiées, injure, menaces qualifiées et viol. En substance, elle reproche à son époux d'avoir été régulièrement violent à son égard entre le mois d'avril 2009 et le 4 juillet 2011, la frappant et l'insultant à de nombreuses reprises. Elle lui reproche également de l'avoir violée entre le mois d'avril 2009 et le mois de mai 2011 à raison d'environ une fois tous les deux ou trois mois, en particulier les fins de semaine après qu'il avait consommé de l'alcool. Il l'aurait également menacée de la tuer si elle racontait quoi que ce soit. Entre mai et juillet 2011, le couple X._ a vécu chez le père de B.X._, sa nouvelle épouse et leurs deux enfants. Par ordonnance du 12 décembre 2012, le Procureur d'arrondissement itinérant a rejeté les réquisitions de preuves présentées par A.X._ et classé la procédure instruite contre B.X._. B. Statuant par arrêt du 1 er février 2013 sur le recours de A.X._, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté. C. A.X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que l'accusation contre B.X._ soit engagée. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au Procureur d'arrondissement itinérant pour qu'il complète l'instruction avant d'engager l'accusation. Invités à déposer des observations sur le recours, la cour cantonale, le Ministère public et B.X._ y ont renoncé, se référant aux considérants de l'arrêt cantonal.