Faits: A. Dans le cadre d'une enquête pénale dirigée notamment contre C._, un certificat portant sur 65 actions de la société B._ a été saisi en mains de D._, société dirigée par C._. Ce dernier était soupçonné d'avoir falsifié une décision du conseil d'administration de B._ autorisant la cession des actions de E._ à A._, alors que 24 d'entre elles étaient gagées en faveur d'un tiers. Le 1er juillet 2011, le Ministère public de la Confédération (MPC) a rejeté une demande de D._ et de C._ tendant à la restitution du certificat d'actions à A._, considérant notamment qu'il s'agissait d'un moyen de preuve et/ou qu'il devrait être restitué au lésé. Le 18 novembre 2011, le MPC a déclaré qu'il n'était "sur le principe pas opposé" à ce que le certificat d'actions soit scindé en deux certificats portant sur 24 et 41 titres, à condition que les 24 actions soient au nom de E._ (détenteur avant le transfert litigieux) et que les plaignants donnent leur accord. Le 7 août 2012, A._ a requis que les deux certificats nouvellement émis soient établis uniquement à son nom. Le MPC répondit, le 14 août 2012, que cela ne correspondait pas aux conditions fixées précédemment, de sorte que le séquestre était maintenu. B. Par arrêt du 14 septembre 2012, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a rejeté le recours formé contre cette dernière décision par A._ (représentée par C._). Les soupçons de faux dans les titres étaient suffisants, s'agissant de la décision du conseil d'administration de B._; le certificat d'actions pouvait ainsi constituer le produit de l'infraction, susceptible de confiscation. Le MPC n'avait aucune obligation de lever, même partiellement le séquestre, ce d'autant moins que la recourante avait brusquement changé d'attitude à ce sujet. C. Par acte du 22 septembre 2012, A._, représentée par D._, forme un recours assorti d'une demande l'effet suspensif. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et à ce que le MPC soit enjoint de diviser le certificat d'actions en deux certificats, dont l'un de 41 actions qui lui soit remis. La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Le MPC conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Par ordonnance du 11 octobre 2012, la demande d'effet suspensif a été rejetée. Le 6 novembre 2012, la recourante a produit des documents relatifs à une plainte pénale déposée par D._ contre les Procureurs fédéraux chargés de la cause.