Faits: A. J._, ressortissant australien né en 1940, a travaillé en Suisse de 1974 à 1981 et de 1991 à 1999. Il s'est marié en 1965 avec F._, ressortissante suédoise née en 1940. Au mois de mars 2000, les époux ont quitté la Suisse pour s'installer en Grande-Bretagne. Le 7 juin 2005, J._ a requis de la Caisse suisse de compensation le remboursement des cotisations qu'il avait versées à l'assurance-vieillesse et survivants (AVS). Par décision du 26 septembre 2005, la Caisse suisse de compensation a fixé le montant dû à 140'103 fr. L'intéressé a fait opposition à cette décision et demandé que la Caisse détermine le montant du remboursement après avoir préalablement procédé au partage des revenus réalisés par lui et son épouse pendant les années civiles de mariage et alloué à cette dernière une rente de vieillesse. Par décision du 11 août 2006, la Caisse suisse de compensation a rejeté l'opposition, en précisant notamment que les revenus de J._ ne pouvaient pas être partagés puisque les époux avaient quitté la Suisse. B. Par jugement du 7 novembre 2008, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours formé par J._ contre la décision sur opposition du 11 août 2006 et renvoyé la cause à la Caisse suisse de compensation pour nouvelle décision au sens des considérants. C. La Caisse suisse de compensation a interjeté un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle a demandé l'annulation. J._ a conclu au rejet du recours. Après avoir renoncé dans un premier temps à prendre position, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a, sur l'interpellation du Juge instructeur, déposé des observations.