Faits: A. B.X._ et A.X._ sont domiciliés dans le canton de Genève. En 2002, A.X._ exerçait une activité indépendante de promoteur immobilier en raison individuelle. L'intéressé occupait également la fonction de président du conseil d'administration de l'Entreprise Z._ S.A. Dans un "certificat de salaire" daté du 30 juillet 2003, l'entreprise précitée a attesté avoir versé à A.X._ un montant de 116'517 fr. (après déductions sociales), à titre d'indemnités pour les activités déployées en 2002. Par décision de taxation du 25 juin 2007 portant sur l'ICC et l'IFD 2002, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a inclus le montant de 116'517 fr. dans le revenu imposable des époux X._ pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal. L'Administration cantonale a également retenu un bénéfice net de la raison individuelle à hauteur de 1'502'323 fr. et fixé le droit au remboursement de l'impôt anticipé à 1'688 fr. 40. B. Le 10 juillet 2007, les époux X._ ont élevé une réclamation contre cette taxation en contestant le montant du remboursement de l'impôt anticipé, ainsi que la prise en compte dans le revenu imposable pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal des 116'517 fr. versés par l'Entreprise Z._ S.A. Par décision du 20 janvier 2009, l'Office cantonal de l'impôt anticipé (ci-après: l'Office cantonal) a rejeté la réclamation en tant qu'elle portait sur l'impôt anticipé. Le 18 février 2010, l'Administration cantonale a demandé à A.X._ le détail du poste "honoraires, commissions et indemnités", figurant dans le compte de résultat de sa raison individuelle. Le 2 mars 2010, l'intéressé a produit l'extrait du compte, dont il ressortait qu'un montant de 114'777 fr. avait été comptabilisé à titre d'"honoraires" versés par l'Entreprise Z._ S.A. Par décision du 24 mars 2010, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé la prise en compte des 116'517 fr. dans le revenu d'activité dépendante. L'autorité fiscale a considéré que ce montant ne figurait pas au poste "honoraires, commissions et indemnités" de la raison individuelle de A.X._ et n'était donc pas compris dans les honoraires perçus par celui-ci en sa qualité d'indépendant pour un total de 1'097'099 fr. Les époux X._ ont recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI) depuis le 1er janvier 2011. Ils ont également remis en cause le montant du droit au remboursement de l'impôt anticipé. Par arrêt du 27 mars 2012, le TAPI a rejeté le recours en tant qu'il concernait l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal et l'a déclaré irrecevable en tant qu'il portait sur l'impôt anticipé, aucune pièce du dossier n'attestant de l'existence d'une réclamation déposée contre la décision de l'Office cantonal du 20 janvier 2009. A l'encontre de ce prononcé, les époux X._ ont interjeté un recours devant la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Les intéressés ont produit un récépissé postal destiné à démontrer qu'une réclamation avait bien été déposée contre la décision du 20 janvier 2009 relative à l'impôt anticipé. Par arrêt du 30 octobre 2009, la Cour de justice a rejeté le recours des époux X._. C. Par acte du 3 décembre 2012, A.X._ dépose un "recours en droit public" au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt précité du 30 octobre 2012. Il demande au Tribunal fédéral de constater que le montant unique de 114'777 fr. a été taxé deux fois et de retourner la cause à l'autorité fiscale pour nouvelle taxation après soustraction de ce montant. S'agissant de l'impôt anticipé, le recourant conclut à l'annulation des décisions de l'Administration cantonale, du Tribunal de première instance et de la Cour de justice et demande au Tribunal fédéral de statuer sur les "réclamations des 10 juillet 2007 et 27 janvier 2009", subsidiairement de renvoyer la cause à l'office afin qu'il motive sa décision du 25 juin 2007. La Cour de justice a renoncé à formuler des observations, s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie à la détermination de l'Administration cantonale et conclut au rejet du recours. A.X._ a répliqué le 27 février 2013.