Faits: A. Par décision du 12 décembre 2006, l'Office fédéral des migrations (ODM) a annulé la naturalisation facilitée accordée le 2 avril 2002 à A._, en raison de déclarations mensongères et de dissimulation de faits essentiels. Par arrêt du 15 décembre 2008, notifié le 24 décembre 2008, le Tribunal administratif fédéral (TAF) a rejeté le recours formé par A._. Au moment de l'octroi de la naturalisation facilitée, l'intéressé ne vivait pas en communauté conjugale avec la suissesse qu'il avait épousée: par jugement du 5 décembre 2001, les époux avaient été autorisés à vivre séparés, et une requête commune de divorce avait été déposée le 12 juin 2003; les époux ne parlaient pas la même langue. B. Par acte du 16 mars 2009, A._ forme un recours "de droit public" assorti de demandes d'assistance judiciaire et d'effet suspensif. Il requiert l'annulation de l'arrêt du TAF et son maintien dans la nationalité suisse. Il demande par ailleurs la restitution du délai de recours, en expliquant qu'il se trouvait au Nigéria au moment de la notification de l'arrêt attaqué, qu'il a été hospitalisé le 24 janvier 2009 pour une crise de malaria et n'est sorti d'hôpital que le 27 février 2009, rentrant en Suisse le 3 mars 2009. Le TAF a renoncé à prendre position sur le fond. L'ODM conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.