Faits: A. M._ souffre d'infirmité motrice cérébrale touchant le membre supérieur gauche, de troubles de la statique et de la démarche, de dysarthrie, séquelles d'une anoxie néonatale. L'assurance-invalidité a pris en charge des mesures de réadaptation d'ordre professionnel et l'assuré a obtenu un CFC d'employé de bureau en 2004. Par décision du 23 décembre 2005, confirmée sur opposition le 14 août 2006, l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du canton de Genève a nié le droit de l'assuré à une rente d'invalidité. En bref, l'office AI a considéré que le handicap neurologique occasionnait une baisse de rendement de 20 % dans un travail d'employé de bureau, tandis qu'une diminution plus importante découlerait de problèmes comportementaux. En ce qui concerne le degré d'invalidité, l'office AI a estimé qu'il correspondait à la baisse de rendement dans la profession apprise, soit 20 %. B. M._ a déféré cette décision au Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève en concluant principalement au versement d'une rente entière d'invalidité. Par jugement du 12 avril 2007, la juridiction cantonale a admis partiellement le recours et reconnu le droit à un quart de rente d'invalidité à compter du moment où la formation professionnelle initiale de l'assuré avait pris fin, après avoir porté le taux d'invalidité de l'assuré de 20 à 40 %. C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en concluant à la confirmation de sa décision du 14 août 2006, ce que l'Office fédéral des assurances sociales propose également. L'intimé conclut au rejet du recours avec suite de dépens.