Faits: A. Par contrat de travail du 22 novembre 2007, B._ a été engagé à partir du 18 décembre 2007 en qualité d'infirmier responsable d'une unité de soins par le Foyer X._ (ci-après : le foyer), qui est un établissement médico-social pour personnes âgées constitué par la Commune Y._. Le salaire mensuel convenu s'élevait à 7'000 fr. 20 payé treize fois l'an. En ce qui concerne les autres conditions d'engagement, le contrat de travail renvoyait au Règlement du personnel du foyer du 30 novembre 1988 (ci-après : le règlement). L'art. 3 de ce règlement prévoit un temps d'essai de trois mois durant lequel le délai de résiliation applicable est d'une semaine pour la fin d'une semaine; l'art. 43 précise que les dispositions du statut des fonctionnaires de l'Etat font règle pour tout ce qui n'est pas prévu dans ledit règlement. Du 4 mars au 7 avril 2008, B._ s'est trouvé en incapacité de travail à un degré variable en raison d'un accident. Le 6 mars 2008, il a été invité à un entretien d'évaluation avec l'infirmière-cheffe et la directrice du foyer sur la période probatoire échéant au 18 mars 2008. Cet entretien a été reporté sur demande de l'intéressé compte tenu de son état de santé. Par décision du 13 mars 2008, la directrice du foyer a informé B._ que son temps d'essai était prolongé jusqu'au 31 mai 2008 dès lors que le bilan de ses compétences n'avait pas encore pu être établi. Dans cette décision, il était indiqué que le délai de résiliation était maintenu à sept jours. Le 19 mars 2008, un entretien d'évaluation a eu lieu au cours duquel la directrice du foyer a annoncé à B._ la résiliation de son contrat de travail, motivée par le fait qu'il n'avait pas donné satisfaction durant la période probatoire. Par décision du même jour (mais datée par erreur du 18 mars), la Commission de direction du foyer a résilié les rapports de service avec effet au 28 mars 2008. L'intéressé a contesté son licenciement et fait savoir qu'il le tenait pour abusif. Le 10 avril 2008, B._ a déposé un recours administratif contre les décisions du foyer des 13 et 18 mars 2008 auprès du Préfet du district Z._ (ci-après : le Préfet). Statuant le 17 septembre 2008, celui-ci a partiellement admis le recours. Il a confirmé la décision du 13 mars 2008 et déclaré celle du 18 mars 2008 nulle et abusive, condamnant le foyer à verser à B._ une indemnité de licenciement d'un montant brut de 21'000 fr. 60. En substance, le Préfet a considéré que la prolongation du temps d'essai n'était pas critiquable à l'aune de l'art. 32 al. 2 de la loi fribourgeoise sur le personnel de l'Etat du 17 octobre 2001 (LPers/FR; RS/FR 122.70.1) applicable par renvoi de l'art. 43 du règlement; en revanche, le foyer n'avait pas respecté l'art. 32 al. 3 LPers/FR qui prévoyait un délai de congé de deux mois en cas de résiliation durant la prolongation du temps d'essai; en définitive, le congé avait été communiqué hors délai et alors que l'intéressé se trouvait en incapacité de travail, de sorte qu'il était abusif au sens de l'art. 46 al. 1 let. f LPers/FR; comme B._ n'avait pas conclu au maintien des rapports de travail, il se justifiait de lui allouer une indemnité fixée à trois mois de salaire au titre de l'art. 41 LPers/FR. B. Le foyer a recouru au Tribunal cantonal fribourgeois. Il a conclu à la réforme de la décision du 17 septembre 2008 du Préfet en ce sens que le recours administratif de B._ est rejeté; subsidiairement, à la réforme de cette décision en ce sens que le prénommé a droit au salaire et aux prestations sociales, part du 13ième salaire en sus, du mois d'avril 2008, les autres conclusions étant rejetées. Par arrêt du 6 mars 2009, le tribunal cantonal a partiellement admis le recours. Il a constaté que le délai de congé était d'un mois en vertu de l'art. 31 al. 3 LPers/FR et condamné le foyer à verser à B._ le salaire jusqu'à fin avril 2008 (charges sociales et part du 13ième salaire compris). Il a annulé la décision du Préfet en tant qu'elle concernait le licenciement et ses conséquences financières. A cet égard, il n'a retenu aucun motif de licenciement abusif au sens de l'art. 46 LPers/FR; il a considéré que se tromper dans l'échéance du contrat n'était pas constitutif d'un congé abusif et que la loi n'accordait au cours de la période probatoire aucune protection contre les congés en temps inopportun sauf en cas de grossesse. C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement cantonal, dont il requiert l'annulation sous suite de frais et dépens. Il invite le Tribunal fédéral à dire que ses rapports de travail avaient pris fin le 31 mai 2008 et que son licenciement était abusif; par conséquent, à condamner le foyer à lui verser le salaire (part du 13ième salaire compris) jusqu'à fin mai 2008 ainsi qu'une indemnité de 21'000 fr. 60 avec intérêts à 5% l'an dès le 18 mars 2008. Le foyer conclut au rejet du recours.