Faits: A. A.a Le 5 mars 1981, les époux X._et A._ ont acquis, à raison de la moitié chacun, un appartement et ses dépendances sis à Genève, dans lequel ils vivent actuellement. Ce bien est soumis au régime de la copropriété par étages. A.b Entre le 20 mai 1986 et le 21 août 1995, l'établissement bancaire B._ SA a accordé, soit conjointement aux deux époux, soit personnellement à A._, divers prêts, garantis par une cédule hypothécaire de 3'000'000 fr., grevant en 1er rang toute la part de copropriété par étage des époux. Le 29 juin 1995, un créancier dont l'identité n'est pas établie a accordé un prêt à A._, garanti par une cédule hypothécaire de 300'000 fr., grevant en 2ème rang ce bien. A.c En raison du retard des époux dans le paiement de leurs dettes, B._ SA a requis contre ceux-ci deux poursuites en réalisation de gage immobilier. En vue de la réalisation, une première évaluation du bien, à 1'700'000 fr., puis, sur plainte des époux, une seconde, à 2'020'000 fr., ont conduit l'Autorité de surveillance des Offices de poursuites et de faillites à arrêter, par décision du 28 mars 2001, à 2'020'000 fr. le prix d'estimation de l'immeuble. Le 14 novembre 2001, les parties ont conclu un accord, donnant lieu au retrait des poursuites, aux termes duquel X._et A._, en qualité de codébiteurs solidaires, reconnaissaient devoir à B._ SA la somme de 2'533'261 fr. 60 plus intérêts. A._ admettait en outre être seul redevable d'un montant de 256'255 fr. 35, plus intérêts. Afin d'honorer leurs dettes, les époux s'engageaient à payer à B._ SA, pour solde de tout compte, 2'300'000 fr. le 15 novembre 2001 et 900'000 fr. d'ici le 31 décembre 2002 au plus tard, avec intérêts à 5% l'an. X._et A._ se sont acquittés du premier de ces acomptes essentiellement au moyen d'un prêt de 2'000'000 fr. consenti par une de leurs connaissances. Le 31 décembre 2001, ils devaient encore à B._ SA 1'160'568 fr. 90 sur le prêt hypothécaire ainsi que 133'772 fr. 72 au titre d'intérêts divers, soit 1'294'341 fr. 62 au total. A.d Par acte notarié du 19 juillet 2002, A._ a vendu à son épouse sa part de copropriété sur l'immeuble au prix de 1'250'000 fr. S'agissant du prêt bancaire, cet acte prévoyait qu'au moyen du produit de la vente, le notaire devait solder "la quote-part de prêt restant dus (sic!) par le vendeur à ses créanciers hypothécaires, de telle sorte que X._ rest[erait] seule débitrice du solde de la dette hypothécaire garantie par la cédule hypothécaire de 3'000'000 fr.". Pour financer la vente, la banque C._ a, en juillet 2002, consenti un crédit de l'ordre de 1'290'000 fr., garanti par le bien immobilier. Il n'est pas établi si le débiteur de ce prêt est X._ ou les époux. A._ a affecté le produit de la vente au paiement des dettes et frais suivants: 902'375 fr. en remboursement du prêt hypothécaire que B._ SA a consenti aux époux; 57'430 fr. en paiement de divers frais en relation avec la vente; 290'195 fr. en paiement de travaux de rénovation effectués dans l'appartement après la vente. B. B.a Parallèlement à ces événements, A._ a, le 18 avril 2000, signé en faveur de Y._ un document aux termes duquel il reconnaissait lui devoir les sommes de 350'660,44 US$ et de 228'392,62 US$, avec intérêts à 7% l'an. B.b Le 20 février 2002, Y._ a imparti à A._ un délai de six semaines pour lui rembourser les montants et intérêts reconnus dans le document du 18 avril 2000. Par réquisition du 28 mai 2002, Y._ a fait notifier à A._ un commandement de payer la somme de 1'099'631 fr. A._ a fait une opposition, qui a été levée. Par jugement du 6 novembre 2007, statuant sur l'action en libération de dette interjetée par A._ et sur la demande reconventionnelle en paiement de Y._, le Tribunal de première instance de Genève a débouté A._ de toutes ses conclusions et l'a condamné à payer à Y._ les sommes de 669'011 fr. 30 et de 431'764 fr. 80 - soit 1'100'776 fr. 10 au total -, avec intérêts à 7% l'an dès le 19 avril 2000. B.c Le 4 février 2008, Y._ a requis la continuation de la poursuite. La procédure de saisie sur les biens du poursuivi n'a pas abouti, de sorte que ce créancier s'est vu délivrer, le 18 août 2008, un procès-verbal de saisie valant acte de défaut de biens pour l'intégralité de sa créance, soit 1'690'936 fr. 35, intérêts et frais compris. C. C.a Le 16 décembre 2008, Y._ a intenté devant le Tribunal de première instance de Genève une action révocatoire à l'encontre de X._, concluant à ce que celle-ci soit condamnée à restituer la part de copropriété qu'elle avait acquise de son époux en 2002. Par jugement du 12 mai 2011, le tribunal a ordonné la révocation de l'acte de vente conclu le 19 juillet 2002 entre A._et X._. En substance, s'appuyant sur une expertise judiciaire, il a estimé que la valeur de la part de copropriété de A._ était de 1'725'000 fr. et que le débiteur avait donc vendu ce bien à X._ à un prix notablement inférieur à sa valeur vénale, causant de ce fait un préjudice à Y._, au sens de l'art. 286 LP. De surcroît, A._, qui avait vendu son bien cinq mois après que Y._ avait dénoncé les prêts qu'il lui avait consentis, avait agi dans le but de soustraire ce bien de son patrimoine, intention qui était reconnaissable par X._, au sens de l'art. 288 LP. Le tribunal a alors considéré que la vente était révocable tant sur la base de l'art. 286 LP que sur celle de l'art. 288 LP. C.b Par arrêt du 9 mars 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel interjeté par X._, en retenant que la vente entre les époux était révocable en vertu de l'art. 288 LP. D. Par acte du 30 avril 2012, X._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut à sa réforme, en ce sens que Y._ est débouté des fins de son action révocatoire du 16 décembre 2008. En substance, elle se plaint de la violation de l'art. 288 LP et d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits. Invités à déposer leurs observations, l'intimé a conclu au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable, alors que l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. E. Par ordonnance du 22 mai 2012, la requête d'effet suspensif déposée par X._ a été admise.