Faits: A. A._ est propriétaire depuis 1956 d'un immeuble, sis à Genève-Plainpalais, comprenant, en plus d'un rez-de-chaussée, 6 étages de 3 appartements chacun et un 7ème étage avec deux duplex. A teneur du Registre foncier, l'affectation de cet immeuble est ainsi décrite: "habitation - activités". Le 17 juin 2005, le Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement, devenu depuis lors le Département des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le département) a interpellé A._ au sujet de changements d'affectation dénoncés par l'Association genevoise de défense des locataires. A._ a informé le département que l'immeuble abritait depuis toujours des activités libérales, commerciales, artisanales et diplomatiques et que des autorisations de changement d'affectation avaient été délivrées sur simple lettre par le département dans les années septante. Il a annexé un état locatif au 30 novembre 2005, duquel il ressortait que toutes les surfaces du 1er au 6ème étage étaient destinées à une affectation commerciale. Par courrier du 5 avril 2006, le département a rendu A._ attentif au fait que l'immeuble était entièrement dévolu au logement selon l'autorisation de construire délivrée en 1953. Aucun changement d'affectation n'avait depuis lors été autorisé s'agissant des appartements situés dans les étages. Or, selon l'art. 7 de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR), nul ne pouvait, sous réserve de l'octroi d'une dérogation au sens de l'art. 8 LDTR, changer l'affectation de tout ou partie d'un immeuble comportant des locaux affectés à l'habitation. Le département a toutefois concédé que certains appartements avaient fait l'objet d'un changement d'affection il y plus de trente ans, de sorte que leur restitution à des fins d'habitation était prescrite. Ils s'agissait des locaux suivants: 4 1⁄2 et 5 1⁄2 pièces au 1er étage, 4 1⁄2 pièces au 2ème étage, 5 1⁄2 pièces au 3ème étage et 5 1⁄2 pièces au 4ème étage. Par courrier du 27 septembre 2006, le département a invité A._ à clarifier l'historique des changements d'affectation en produisant des pièces justificatives. Il lui a également fait savoir que la compensation proposée, à intervenir dans un immeuble dans le quartier des Pâquis à Genève, ne remplissait pas les conditions fixées par l'art. 8 LDTR. Par courrier du 13 décembre 2006, A._ a remis au département l'état locatif de l'immeuble à fin février 1979. Par décision du 19 janvier 2007, le département a jugé, au vu des indications figurant dans l'état locatif à fin février 1979 ainsi que des informations recueillies auprès de l'Office cantonal de la population, que les cinq surfaces suivantes étaient à l'époque affectées au logement: 3 1⁄2 et 4 1⁄2 pièces au 1er étage, 3 1⁄2 et 4 1⁄2 pièces au 3ème étage, 3 1⁄2 pièces au 4ème étage. Selon l'état locatif au 30 novembre 2005, ces cinq appartements étaient désormais tous affectés à des surfaces commerciales, sans autorisation correspondante. Il a donc ordonné leur restitution à des fins d'habitation, en impartissant à A._ un délai de six mois à cet effet. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Une audience de comparution personnelle a eu lieu le 15 juin 2007. Le conseil de A._ a admis que la prescription n'était pas acquise pour l'appartement de 3 1⁄2 pièces situé au 4ème étage. Par arrêt du 2 octobre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours au motif que la prescription trentenaire n'était acquise pour aucun des objets litigieux. L'intérêt privé de A._, de nature purement économique, devait au demeurant céder le pas à l'intérêt public manifeste à conserver des logements répondant aux besoins de la population. L'ordre de remise en état respectait en outre le principe de la proportionnalité, puisque les locaux concernés étaient pourvus des commodités usuelles et que seuls quelques travaux de rénovation étaient tout au plus nécessaires. Enfin, la compensation proposée ne remplissait pas les critères de l'art. 8 al. 2 LDTR, l'immeuble des Pâquis étant trop éloigné du bâtiment litigieux et A._ n'en ayant pas démontré l'affectation commerciale. Enfin, le délai de six mois imparti par le département n'était pas un délai d'évacuation. B. Agissant par la voie d'un mémoire intitulé "recours", A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 2 octobre 2007. Subsidiairement, il requiert que la procédure soit renvoyée à cette dernière autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A._ se plaint d'une violation de son droit d'être entendu, du principe de l'interdiction de l'arbitraire ainsi que de celui de la proportionnalité. Il sollicite en outre l'octroi de l'effet suspensif. Par ordonnance du 3 décembre 2007, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par A._. Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département conclut au rejet du recours.