Faits: A. A.X._ exerce deux activités lucratives principales, l'une, indépendante, de courtier en immeubles et l'autre, salariée, auprès de la société Y._ AG, créée en 1989. Cette dernière est active dans la gestion de fortune, l'achat, la vente, la location et le courtage d'immeubles. A.X._ en est l'actionnaire unique, avec 100 actions taxées dans sa fortune privée au 31 décembre 2008, et l'administrateur président avec signature individuelle. A.X._ était également actionnaire unique et administrateur président avec la signature individuelle de la société Z._ SA, une société créée en 1989 et spécialisée dans l'achat, la vente, le courtage et la gérance d'immeubles, aujourd'hui radiée suite à la clôture, en 2008, de la procédure de faillite ouverte à son encontre le 11 août 2003. Le 20 février 2010, A.X._, entre-temps marié, a déclaré des revenus d'activité salariée principale de 37'580 fr. pour 2007 et 46'975 fr. pour 2008. Il a annoncé pour la première fois depuis 2001, un revenu d'activité indépendante principale. Pour 2007, ce revenu s'est élevé à 85'300 fr. Pour 2008, en revanche, il a fait valoir une perte de 315'285 fr. Il a joint à ses deux déclarations une pièce intitulée "Détail des revenus et fortune de l'activité indépendante". Par décision de taxation du 16 septembre 2010, le Service cantonal des contributions (ci-après: le Service cantonal) a arrêté le revenu imposable au titre de l'activité indépendante à 24'195 fr. pour la période fiscale 2007, imposable au taux d'un revenu déterminant de 156'750 fr. Par décision de taxation ordinaire du même jour, le produit du travail de l'activité indépendant pour la période fiscale 2008 a été fixé à 1'595.45 fr. Pour 2007, l'impôt fédéral direct dû par A.X._ a été fixé à 7'747.55 fr. sur la base d'un revenu imposable de 147'365 fr. et son impôt cantonal sur le revenu à 4'728.35 fr. pour un revenu imposable de 37'714 fr. (au taux de 145'475 fr.). Pour 2008, l'impôt fédéral direct dû par le contribuable, désormais marié, a été fixé à 0 fr. sur la base d'un revenu imposable de 15'053 fr. et son impôt cantonal sur le revenu à 105.35 fr. pour un revenu imposable de 9'513 fr. (au taux de 9'513 fr.). B. Le 15 octobre 2010, A.X._ a formé réclamation à l'encontre des décisions de taxation 2007 et 2008 par l'intermédiaire de sa fiduciaire A._ SA. Il a expliqué qu'il était reconnu sur le plan fiscal comme indépendant et professionnel de l'immobilier, de sorte que tout investissement effectué directement ou indirectement dans des biens immobiliers devait être considéré comme un investissement commercial. Il a notamment fait valoir que le Service cantonal des contributions aurait dû retenir comme éléments de la fortune commerciale deux "investissements" auprès de la société Z._ SA pour les deux années 2007 et 2008, comptabilisés comme pertes en 2008: - Le premier montant trouve son origine dans un cautionnement accordé le 22 février 1999 à la banque créancière hypothécaire de la société Z._ SA. Le montant payé à la banque en 2008 s'est élevé à 65'581.45 fr., duquel est imputé 3'806.65 fr. payés dans la liquidation de la faillite de ladite société, ce qui laisse un solde de 61'774.80 fr. - Le deuxième correspond à la créance de l'actionnaire unique contre son entreprise issue de différents prêts, admise à l'état de collocation dans le cadre de la faillite de Z._ SA, soit 243'731.80 fr. A.X._ a voulu compenser en 2000 cette créance à hauteur d'un montant de 50'000 fr., représentant l'obligation de libérer la deuxième moitié du capital-action de Z._ SA. La masse en faillite a refusé d'admettre la libération en compensation de créance. Le rejet de l'action en libération de dette introduite par A.X._ a été confirmé par le Tribunal cantonal du canton de Fribourg par décision du 27 octobre 2007. Sous déduction de 14'147.25 fr. payés dans la liquidation de la faillite, les contribuables font valoir un montant de 229'584.55 fr. Ces montants constitueraient des prêts dont le remboursement dépendait de la réalisation des actifs de Z._ SA dans le cadre de la faillite prononcée à son encontre. Le contribuable a soutenu qu'au 1er janvier 2007, il pouvait encore effectivement compter sur leur remboursement, de sorte que ces créances avaient été reprises dans son bilan au 1er janvier 2007. La réalisation des actifs de Z._ SA étant intervenue durant l'année 2007 à des prix inférieurs aux valeurs déterminées par les experts mandatés par l'office des faillites, il avait dû constater que le remboursement intégral ne serait plus possible. Il avait cependant conservé la valeur nominale de ces prêts au 31 décembre 2007 et fait valoir le montant précis des pertes durant l'année 2008 compte tenu des actes de défaut de biens reçus le 19 septembre 2008. Il a conclu à ce que ces pertes soient portées en déduction pour des montants de 61'774.80 fr. et 229'584.80 fr., comme charges de l'activité indépendante principale. Par deux décisions séparées datées du 8 novembre 2010, le Service cantonal des contributions a rejeté les deux réclamations précitées. Il a notamment rappelé que le contribuable était taxé d'office depuis la période fiscale 2001, et que sa fiduciaire ne pouvait pas annoncer de nouveaux éléments dès la déclaration 2007 sans apporter des preuves concrètes confirmant les valeurs indiquées au bilan d'entrée. Pour les périodes fiscales 2007 et 2008, s'agissant du refus de reconnaître le caractère d'éléments de la fortune commerciale aux deux investissements auprès de Z._ SA, le Service cantonal des contributions a relevé que la date de l'ouverture de la faillite de ladite société était le 11 août 2003, et que dès cette date, le contribuable savait que les actifs ne valaient plus rien. De la sorte, le fait d'inscrire les deux prêts au bilan d'ouverture de constituait qu'une man?uvre destinée à éluder une partie des éventuels futurs impôts, ces valeurs étant des non valeurs. Le contribuable ou son représentant connaissait d'autant mieux la situation réelle de la société que la déclaration fiscale 2008 avait été remplie en date du 20 février 2010. Le Service cantonal a ainsi refusé de déduire du revenu imposable pour la période fiscale 2008 la perte liée aux deux investissements, au motif qu'elle découlait de prêts "fictifs" dans les charges de l'entreprise (ou décompte) dans l'exercice de 2008. Par acte du 13 décembre 2010, A.X._ et B.X._ ont interjeté recours à l'encontre des décisions précitées auprès de la Cour fiscale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg. Ils ont notamment conclu à la déduction de 61'774.80 fr. et 229'584.55 fr. de leur revenu imposable, soit au cours de la période fiscale de l'année 2007 soit de celle de l'année 2008. Le Tribunal cantonal a rejeté ce recours par arrêt du 4 mai 2012. Il a considéré que le contribuable n'avait pas su rendre vraisemblable le caractère commercial des dépenses professionnelles comptabilisées. C. A.X._ et B.X._ forment un recours de droit public contre la décision précitée, par lequel, sous suite de frais et dépens, ils concluent principalement à l'annulation de l'arrêt du 4 mai 2012 et au renvoi du dossier au Tribunal cantonal pour nouvelle décision. Ils concluent subsidiairement à l'admission des montants de 61'774.80 et 229'584.80 fr. en déduction de leur revenu provenant de l'activité indépendante et du revenu imposable pour la période fiscale 2008, subsidiairement 2007. A l'appui de leur recours, ils invoquent la constatation inexacte des faits pertinents, la violation des art. 18 et 27 LIFD, et la violation du droit d'être entendus. Invités à se prononcer sur le recours, le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions ont conclu à son rejet, tandis que le Service cantonal ne s'est pas prononcé dans les délais.