Faits: A. K._ a conclu les 20 décembre 1995 et 23 septembre 1997 deux contrats d'assurance sur la vie avec la Nationale Suisse Compagnie d'Assurance sur la Vie (aujourd'hui: Nationale Suisse Vie SA; ci-après: la Nationale Suisse), dont le siège est situé à Bottmingen dans le canton de Bâle-Campagne. Le premier contrat (police n° X._), qui revêtait la forme d'une assurance de capital en cas de décès, relevait de la prévoyance dite libre (pilier 3b), tandis que le second contrat (police n° Y._) ressortait à la prévoyance liée (pilier 3a). Le 10 mai 1998, l'assuré a été victime d'un accident qui l'a contraint à cesser son activité professionnelle. La Nationale Suisse a versé du 27 juillet 1998 au 30 mars 2003 les prestations découlant des polices précitées pour un montant total de 172'210 fr. Invoquant une réticence commise par l'assuré, la Nationale Suisse a résilié les polices d'assurance par courriers des 14 août et 2 octobre 2003. B. Le 20 novembre 2006, K._ a ouvert action en paiement contre la Nationale Suisse devant le Tribunal de première instance de la République et canton de Genève. Par jugement du 10 mai 2007, confirmé sur appel le 16 novembre 2007 par la Cour de justice de la République et canton de Genève, ce tribunal s'est déclaré incompétent pour connaître des prétentions découlant du contrat de prévoyance liée (police n° Y._). C. K._ a ouvert action le 25 janvier 2008 devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant à ce qu'il soit constaté que la résiliation de la police n° Y._ était nulle et à ce que la Nationale Suisse soit condamnée à verser jusqu'au 30 septembre 2025 la rente due selon cette police et à payer la somme de 115'930 fr. (avec intérêts à 5 % calculés dès la fin de chaque trimestre) au titre des prestations déjà échues. Dans sa réponse du 25 février 2008, la Nationale Suisse a conclu à l'irrecevabilité de la demande, motif pris que l'autorité saisie n'était pas compétente pour connaître de l'affaire. Par jugement incident du 2 octobre 2008, le Tribunal cantonal des assurances sociales s'est déclaré compétent à raison de la matière et du lieu. D. La Nationale Suisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à ce que le Tribunal fédéral constate l'incompétence à raison du lieu du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève pour connaître de la demande déposée le 25 janvier 2008 par K._ et transmette, en tant que besoin, l'affaire au Tribunal cantonal du canton de Bâle-Campagne. Elle assortit son recours d'une demande d'effet suspensif. K._ conclut au rejet du recours, tandis que le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer. E. Par ordonnance du 16 janvier 2009, le juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours.