Faits: A. W._ est un établissement intercantonal de droit public doté de la personnalité morale qui a été institué avec siège à Y._ par les cantons de C._, D._ et E._, par le Concordat intercantonal, 2000, créant une Ecole commune X._ aux cantons de C._, D._ et E._. En application de ce concordat, A._ et B._, maîtres auprès de l'Ecole X._du canton de E._, ont été réengagés au sein de W._comme formateurs à partir du 1er août 2001; ils ont été soumis au statut du personnel de W._à partir du 1er août 2006. Dans ce contexte, conformément à la possibilité offerte par leur employeur, les prénommés ont décidé de rester affiliés à la Caisse de pensions Z._. Selon un récapitulatif de la "situation au 1.8.2006 avec affiliation maintenue auprès de Z._", transmis à A._ et B._ par le Rectorat de W._ le 2 juin 2006, ils avaient à payer une "cotisation de rappel" de 19'376 fr. à leur institution de prévoyance. A partir du 1er août 2006, l'employeur des intéressés a déduit de leur salaire un montant déterminé au titre de cotisation extraordinaire de rappel. Le 14 décembre 2006, A._ et B._ ont requis de W._ qu'elle corrige le montant des déductions, en ce sens que celles-ci soient prises en charge par moitié par l'employeur. Il s'en est suivi un échange de correspondances au terme duquel W._a maintenu sa position, selon laquelle les intéressés avaient à s'acquitter de la totalité des cotisations de rappel. B. Le 30 janvier 2008, A._ et B._ ont ouvert action contre W._ auprès du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Chambre des assurances. Ils ont conclu notamment à la condamnation de W._au paiement, pour chacun d'eux, d'une cotisation extraordinaire correspondant au 50 % de la différence entre l'ancien et le nouveau traitement assuré. Le Tribunal cantonal les a déboutés par jugement du 24 septembre 2008. C. A._ et B._ interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont ils demandent l'annulation. Sous suite de frais et dépens, ils concluent principalement au renvoi de la cause au Tribunal cantonal jurassien pour nouvelle décision; à titre subsidiaire, ils reprennent les mêmes conclusions en condamnation de W._ qu'en instance cantonale. W._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.