Faits: A. X._, né en 1962, domicilié dans le canton de Genève, exerce la profession de chauffeur de taxi depuis une vingtaine d'années. Il y a environ trois ans, il s'est mis à son compte. Le 4 janvier 2005 vers 09h30, il a circulé à 75 km/h dans le village de Coppet (Vaud) alors que la vitesse autorisée y est limitée à 50 km/h. Le Préfet du district de Nyon a infligé à X._ une amende de 400 fr. pour violation grave des règles de circulation routière au sens de l'art. 90 ch. 2 LCR. Ce prononcé n'a fait l'objet d'aucune opposition. B. Par décision du 29 juillet 2005 fondée sur l'art. 16c LCR, disposition entrée en vigueur au 1er janvier 2005 et relative au retrait du permis de conduire pour infraction grave, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Genève a ordonné à l'encontre de X._ un retrait du permis de conduire pour toutes les catégories et sous-catégories, d'une durée de trois mois. Il a cependant autorisé l'intéressé à conduire des véhicules des catégories spéciales F (véhicules automobiles dont la vitesse n'excède pas 45 km/h, à l'exception des motocycles), G (véhicules automobiles agricoles dont la vitesse maximale n'excède pas 30 km/h, à l'exception des véhicules spéciaux) et M (cyclomoteurs) ainsi que les véhicules pour lesquels un permis de conduire n'est pas nécessaire. Par arrêt du 25 octobre 2005, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours de X._. C. X._ interjette un recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral. Il conclut principalement au prononcé d'un avertissement. A titre subsidiaire, il demande que le retrait de trois mois soit limité à ses activités privées et à être autorisé, durant cette période, à conduire dans le cadre de ses activités professionnelles. Invité à se déterminer, le Tribunal administratif a simplement déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt.