Faits: A. Le 12 mars 2012, la Fondation A._ (la fondation) a déposé plainte pénale pour gestion déloyale contre ses président et secrétaire B._ et C._. La fondation avait été créée en 1977 par A._ SA (la société) dans le but de favoriser les loisirs des employés de cette dernière. Les deux personnes mises en cause se voyaient reprocher d'avoir utilisé des fonds de la fondation au bénéfice purement économique des employés de la société. En 2006, un prêt sans intérêts de 10'000 fr. avait été accordé à une employée de la société, remboursé par retenue sur salaire en faveur de la société. En 2010, 99'500 fr. avaient été versés à la société, alors en manque de trésorerie, afin de payer les charges courantes et les salaires. La société était tombée en faillite en novembre 2010, et la créance produite par la fondation, soit 117'000 fr., ne pourrait être recouvrée. B. Par ordonnance du 10 septembre 2012, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière. L'utilisation des avoirs de la fondation était objectivement constitutive de gestion déloyale, mais les opérations litigieuses avaient été effectuées au bénéfice de la société et de ses employés, sans enrichissement de la part des prévenus. La fondation ne s'en trouvait pas obérée au point de devoir être dissoute. Le Ministère public a également tenu compte de l'âge et de l'état de santé des prévenus. C. Par arrêt du 29 novembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé cette décision. Les prévenus avaient l'intention de rembourser la fondation (notamment en comptant sur l'issue positive d'un procès opposant la société à un partenaire commercial, procès qui avait finalement été perdu), de sorte qu'ils ne semblaient pas avoir agi par dol éventuel. La faute et ses conséquences étaient peu importantes au sens de l'art. 52 CP. Au 31 décembre 2010, les dettes de la fondation ne s'élevaient qu'à 15'000 fr., de sorte que la nécessité d'hypothéquer ses immeubles, à hauteur de 100'000 fr., n'était pas démontrée. D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, la Fondation A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et d'ordonner au Ministère public l'ouverture d'une instruction, respectivement de rendre une ordonnance pénale. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour de justice se réfère à son arrêt. Le Ministère public conclut à la confirmation de sa décision. B._ conclut au rejet du recours, sous suite de frais et de 4'000 fr. de dépens. C._, agissant en personne, se réfère aux explications données au Ministère public. Les parties ont eu l'occasion de déposer de nouvelles observations. Seule la recourante l'a fait.