Faits: A. Alors qu'il circulait à Bienne, le 29 octobre 2010 vers 0h55, A._ a été arrêté par la police pour un contrôle de son véhicule. La police a alors constaté que le conducteur, qui n'était pas porteur de son permis de conduire, sentait fortement l'alcool et l'a soumis à un alcootest qui s'est révélé positif. Ayant appris que A._ avait été plusieurs fois enregistré pour consommation de stupéfiants, la police a voulu faire un test d'urine auquel l'intéressé s'est strictement opposé. Les policiers ont alors fait prélever deux échantillons sanguins afin de faire procéder à une analyse concernant l'alcoolémie et la consommation de stupéfiants; en outre, ils ont délivré une interdiction immédiate de conduire. Les analyses ultérieures ont révélé une alcoolémie de 0,73 pour mille et une valeur de méthamphétamine d'au moins 36,4 microgramme (μg) par litre. Se fondant sur ces faits ainsi que sur deux retraits du permis de conduire (31 mars 2005: trois mois pour conduite en état d'ébriété qualifiée; 26 février 2008: seize mois pour conduite en état d'ébriété qualifiée et sous l'influence de la cocaïne), l'Office de la circulation et de la navigation du canton de Berne (ci-après: OCRN) a, par décision du 8 décembre 2010, retiré à A._ son permis de conduire pour véhicules à moteur pour une durée indéterminée. Ce retrait a été assorti d'un délai d'attente de deux ans minimum. L'instruction du recours interjeté par A._ contre cette décision a été suspendue dans l'attente de l'entrée en force du jugement pénal concernant les mêmes faits. B. Par ordonnance du 8 septembre 2011, le Tribunal régional du Jura bernois-Seeland a décidé que les éléments de preuve au dossier pénal concernant la présence de méthamphétamine dans l'organisme de A._ lors des événements du 29 octobre 2010 sont illicites et inexploitables. Le 5 octobre 2011, ce même tribunal a libéré A._ des préventions d'infraction à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01) pour avoir été dans l'incapacité de conduire en raison de la consommation de produits stupéfiants et d'infraction à la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121) pour avoir consommé des stupéfiants. Il l'a en revanche reconnu coupable d'infractions à la LCR pour avoir conduit un véhicule en étant pris de boisson (ébriété non qualifiée) et pour ne pas avoir été porteur de son permis de conduire. Une amende de 800 fr. a été prononcée et les frais de la procédure ont été mis à la charge de A._. C. Par décision du 22 février 2012, la Commission de recours du canton de Berne contre les mesures LCR (ci-après: la Commission de recours) a rejeté le recours dirigé par A._ contre la décision du 8 décembre 2010 de l'OCRN. En substance, elle a estimé que le rapport selon lequel A._ se trouvait, le 29 octobre 2010, sous l'influence directe de méthamphétamine pouvait être exploité à titre de moyen de preuve dans la procédure administrative, dans l'intérêt public de la sécurité du trafic. Par acte du 20 avril 2012, A._ forme un recours contre l'arrêt cantonal en concluant à ce que, cet arrêt étant annulé, son permis de conduire lui soit immédiatement restitué, sous suite de frais et dépens dans les instances cantonale et fédérale. Il soutient que les preuves écartées par le juge pénal ne peuvent pas être exploitées dans la présente procédure administrative. La Commission de recours et l'Office fédéral des routes (ci-après: OFROU) concluent au rejet du recours. L'OCRN renonce à se déterminer. A._ a persisté dans ses précédentes conclusions.