Faits: A. Par décision du 22 octobre 2008, le Procureur général du canton de Genève a classé la procédure ouverte contre X._ pour contrainte sexuelle et actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance. Saisie d'un recours de X._, qui concluait au prononcé d'un non-lieu, la Chambre d'accusation genevoise l'a rejeté par ordonnance du 7 janvier 2009, confirmant le classement. B. Cette ordonnance retient, en résumé, ce qui suit. B.a X._, médecin, a été mis en cause pour avoir commis sur une de ses patientes, A._, des attouchements à l'occasion d'une intervention pratiquée sur elle le 6 février 2007. Plus précisément, lors d'une gastroscopie effectuée sur A._, à laquelle une injection de Dormicum avait été préalablement administrée à cette fin, il lui aurait caressé les jambes, aurait baissé son string, aurait tâté son clitoris et aurait enfoncé un ou deux doigts dans son vagin, puis lui aurait embrassé le ventre. B.b Le lendemain 7 février 2007, A._ a déposé plainte pénale. Entendu par la police puis par le juge d'instruction, X._ a contesté les faits. De son côté, la plaignante a maintenu ses déclarations. Deux assistantes médicales ont par ailleurs été entendues. Une analyse d'ADN et de traces biologiques a fait apparaître qu'un prélèvement effectué sur le bas ventre de A._ mettait en évidence un mélange d'ADN appartenant à cette dernière et à X._. Le juge d'instruction a par ailleurs recueilli l'avis d'experts sur les effets potentiels des médicaments administrés à la patiente lors de l'intervention. Appelés, notamment, à se déterminer sur la question de savoir si les allégations de la plaignante pouvaient résulter ou non d'hallucinations dues à la médication qui lui avait été administrée, les experts ont affirmé qu'aucune de ces deux hypothèses n'était exclue avec certitude. B.c Le prononcé d'un classement, plutôt que d'un non-lieu, a été justifié par le fait que, si l'opinion des experts laissait planer un doute, il existait néanmoins des indices suffisants de culpabilité. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, pour violation des art. 32 al. 1 et 8 al. 1 Cst. Il conclut à l'annulation de l'ordonnance attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle prononce un non-lieu. Des déterminations n'ont pas été requises.