Faits: A. A.a La société X._ SA (ci-après la société contribuable), précédemment dénommée A._ SA, a pour but le conseil et les services dans le domaine notamment de la distribution et de l'organisation de la vente de marchandises. La société a déplacé son siège social de B._ à Zoug le 17 décembre 2000. C._ en était l'actionnaire et l'administrateur. La société D._ SA, à E._, avait pour but la maintenance de lignes électriques et téléphoniques. C._ en était l'administrateur. D._ SA a été radiée du registre du commerce en 2008. La société F._ SA, à Zoug, détenait la société D._ SA et s'occupait de sa restructuration. C._ en était l'actionnaire et l'administrateur. F._ SA a été déclarée en faillite le 3 janvier 2007 et se trouve en liquidation. A.b Au cours de l'exercice 1998, la société contribuable a repris une partie de l'exploitation de la société F._ SA, en particulier les travaux en cours réalisés par celle-ci en faveur de D._ SA. Se substituant à F._ SA, la société contribuable a accordé à D._ SA des prestations sous forme de travail administratif et fiduciaire. Au 31 décembre 1998, la créance de la société contribuable à l'égard de D._ SA se montait à CHF 199'024.70. Au 31 décembre 1999, cette créance s'élevait à CHF 494'642.85. Pour la même année 1999, la société contribuable a constitué des provisions à hauteur de CHF 300'000.- sur cette créance. Le 31 mars 2000, la société contribuable a postposé ses créances contre D._ SA au profit des autres créanciers de la société. A.c La société contribuable a déposé sa déclaration d'impôt pour l'année 1999 le 29 septembre 2000, en présentant un bénéfice imposable nul et un capital imposable dans le canton de Vaud de CHF 50'000.-. Par décisions de taxation en matière d'impôts fédéral, cantonal et communal datées du 10 octobre 2002, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après l'Office cantonal) a fixé le bénéfice imposable à zéro franc et le capital imposable dans le canton à CHF 260'000.-. Le 8 novembre 2002, l'Office cantonal a rendu de nouvelles décisions de taxation, portant le bénéfice imposable à CHF 298'400.- et le capital imposable dans le canton à CHF 325'000.-. Il précisait que ces décisions remplaçaient celles du 10 octobre 2002 et qu'elles prenaient en compte le refus de la provision de CHF 300'000.- sur la créance contre D._ SA. La société contribuable a formé réclamation contre ces nouvelles décisions de taxation le 7 décembre 2002 auprès de l'Administration cantonale des impôts (ci-après l'Administration cantonale). Le 4 avril 2011, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation. B. La société contribuable a recouru le 4 mai 2011 contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après le Tribunal cantonal). Par arrêt du 29 mai 2012, celui-ci a rejeté le recours. Il a retenu en substance que les décisions du 8 novembre 2002 avaient valablement remplacé celles du 10 octobre 2002, que la créance fiscale relative aux impôts cantonal et communal n'était pas prescrite et le serait au plus tôt à fin 2012, et que la provision constituée sur la créance contre D._ SA n'était pas justifiée par l'usage commercial, les prestations consenties par la société contribuable en faveur de cette société ne s'expliquant que parce qu'elles étaient décidées par l'actionnaire commun, C._. C. Par acte du 29 juin 2012, X._ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 mai 2012, sous suite de frais et dépens. L'Administration cantonale propose le rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, et son irrecevabilité, subsidiairement son rejet, en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et s'en remet à justice s'agissant des impôts cantonal et communal. La recourante a déposé d'ultimes observations le 1er octobre 2012.