Faits: A. Entre 2006 et 2008, X._, préposé à l'Office des poursuites et faillites du district d'Hérens, s'est rendu à huit reprises, dans le cadre de son activité de liquidateur d'une succession répudiée ouverte en Suisse, sur sol italien afin d'examiner, de déplacer et de vendre un bateau appartenant à cette succession. B. Par jugement du 29 janvier 2013, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a acquitté X._ du chef de violation de la souveraineté étrangère (art. 299 CP). Elle lui a accordé une indemnité et a mis les frais de procédure à la charge de la Confédération. En substance, cette autorité a estimé que les agissements de X._ sur sol italien n'étaient pas des actes officiels, que les voies de l'entraide ne devaient pas nécessairement être suivies et que l'Etat étranger avait consenti à ces actes. Elle a également nié la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction. C. Le Ministère public de la Confédération forme un recours en matière pénale contre ce jugement auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la condamnation de X._ pour violation de la souveraineté territoriale étrangère à une peine pécuniaire de 10 jours-amende, à 140 fr. le jour avec sursis pendant 2 ans, à ce qu'il soit renoncé à révoquer le sursis prononcé le 12 août 2005 et à ce que les frais de la procédure soient mis à la charge de X._. Alternativement, il sollicite l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision.