Faits: A. Le 17 mai 2009 a eu lieu la votation fédérale relative d'une part à l'arrêté fédéral du 3 octobre 2008 "Pour la prise en compte des médecines complémentaires" (article constitutionnel), et d'autre part à l'arrêté fédéral du 13 juin 2008 concernant la reprise du Règlement relatif aux passeports biométriques et aux documents de voyage. Les résultats de la votation sur les passeports biométriques sont, pour le canton de Genève, les suivants: Bulletins valables: 91'714 oui: 43'246 non: 48'468 Ces résultats ont été constatés par arrêté du Conseil d'Etat genevois du 20 mai 2009. Au niveau fédéral, cet objet a été accepté par 953'136 oui contre 947'632 non. B. Le 24 mai 2009, le citoyen genevois Chucri Canaan a saisi le Conseil d'Etat. Il évoquait des soupçons de fraude et demandait qu'il soit procédé à une nouvelle votation dans certaines communes vaudoises ainsi que dans plusieurs autres cantons où diverses irrégularités auraient été constatées. Il exigeait également des contrôles par sondages. Il critiquait en particulier les modalités du vote électronique, et estimait que les résultats publiés n'étaient pas suffisamment détaillés. Il s'interrogeait sur le sort du matériel de vote de réserve et relevait que le vote par correspondance permettait lui aussi des fraudes. C. Par arrêté du 3 juin 2009, le Conseil d'Etat a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité, selon la procédure sommaire prévue à l'art. 79 al. 2bis LDP. La publication des résultats, notamment sur le site Internet de l'Etat puis dans la Feuille d'Avis Officielle, était détaillée et complète. Les allégations de fraude n'étaient pas étayées par le moindre indice. Le vote dans les EMS faisait l'objet de précautions et de contrôles suffisants. Les griefs concernant des irrégularités commises dans d'autres cantons étaient irrecevables. D. Chucri Canaan forme un recours "de droit public" contre cette dernière décision. Il demande l'organisation d'un nouveau vote dans tous les cantons où le matériel de vote ne satisfait pas aux exigences légales, ainsi qu'une enquête dans d'autres cantons. Il demande que le Tribunal fédéral ordonne diverses mesures (publication du détail des votes électroniques, utilisation de matériel spécifique, abandon du vote électronique, vérification de la transparence des enveloppes de vote). Le Conseil d'Etat conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. La Chancellerie fédérale ne s'est pas déterminée.