Faits: A. Y._ S.A. (ci-après: Y._) est une société anonyme constituée de 50 actions au porteur, d'une valeur nominale de CHF 1'000.- chacune. En juillet 1993, A.X._ et Z._ en sont devenus administrateurs, avec signature collective à deux, jusqu'en décembre 2001. A partir de cette date, A.X._ était le seul administrateur, avec signature individuelle, jusqu'en novembre 2011. Dès ce moment, A.X._ en a été administrateur avec trois autres personnes, tout en conservant la signature individuelle, contrairement aux trois autres administrateurs disposant de la signature collective à deux. C._ SA (ci-après: C._) est une société anonyme constituée de 50 actions au porteur, d'une valeur nominale de CHF 1'000.- chacune. En mars 1994, A.X._ et Z._ en sont devenus administrateurs, avec signature collective à deux, jusqu'en décembre 2001. A partir de ce moment, A.X._ en a été le seul administrateur, avec signature individuelle. Le 30 novembre 2001, A.X._, Z._ et Y._ ont signé une convention (ci-après : la convention de 2001). Z._ cédait à A.X._ toutes ses actions de C._ (soit 12 actions) et de Y._ (soit 12 actions) en échange d'un prix total de CHF 2'000'000.-. Le transfert et le règlement du prix se faisaient en quatre étapes échelonnées sur une période de trois ans à partir du paiement du premier acompte devant intervenir nonante jours après la conclusion du contrat. A chaque étape, Z._ s'engageait à remettre à A.X._ 3 actions de C._ et 3 actions de Y._. Le 25 février 2002, A.X._ et Y._ ont passé une convention (ci-après: la convention de 2002). A.X._ cédait à Y._ 36 actions de C._ en échange d'un prix total de CHF 3'174'000.-. Le prix était majoré de 3 % par année pour les tranches subséquentes à la première échéance. Le prix de chaque action de C._ était de CHF 88'166.-. Le transfert des actions de C._ se ferait, chaque année, par tranche de neuf actions. La convention prévoyait explicitement la cession de neuf actions chaque 1er mars des années 2002, 2003, 2004 et 2005 pour un prix respectif de CHF 793'500.-, de CHF 817'305.-, de CHF 841'824.- et de CHF 867'079.-. Les parties s'engageaient à ce qu'une part de la somme due chaque année soit affectée au remboursement de la créance de Y._ envers A.X._ afin que cette créance diminue au moins de CHF 200'000.- par année. Le solde de la créance de Y._ envers A.X._ au 31 mars 2005 ne devait pas excéder le montant de CHF 50'000.-. Le 30 avril 2005, A.X._ et Y._ ont conclu un avenant à la convention de 2002. A.X._ cédait à Y._, au 30 avril 2005, 6 actions de C._, au lieu des 9 actions prévues dans la convention de 2002, en échange d'un montant total de CHF 578'052.-. Le prix de chaque action de C._ était évalué à CHF 96'342.-. Ainsi, Y._ détenait 33 actions de C._ et A.X._ 17 actions de C._. A.X._ et Y._ convenaient également de compenser leurs créances mutuelles. Ainsi, au 30 avril 2005, la créance de Y._ envers A.X._ s'élevait à CHF 5'943. S'agissant des éléments relatifs aux sociétés Y._ et C._, A.X._ et son épouse ont mentionné, dans leurs déclarations fiscales 2002 à 2005, le nombre des actions que le premier possédait dans ces deux sociétés, le compte détenu par celui-ci auprès de Y._ ainsi que la dette qu'ils avaient envers cette société. Ces éléments pouvaient être résumés sous la forme du tableau suivant: 2002 2003 2004 2005 Actions C. 32 26 20 17 Actions Y. 41 44 47 50 Intérêts dus à Y. 24472 13051 7276 3683 Dettes dues à Y. 680585 470078 181530 166571 Compte c/o Y. - rubrique «revenu» 4261 4719 4885 5056 Compte c/o Y. - rubrique «fortune» 134841 139560 144445 149500 De plus, les déclarations fiscales 2003 et 2004 comportaient, parmi les annexes, le relevé du compte de A.X._ auprès de Y._. Dans le relevé de 2003, il y avait un mouvement accompagné de l'annotation «PMT ACOMPTE 2EME TRANCHE ACTIONS JT» et un autre de l'annotation «VENTE 2EME TRANCHE ACTIONS C._». Dans le relevé de 2004, il y avait un mouvement suivi de l'annotation «CESSION NEUF ACTIONS C._/Y._». Aucun mouvement desdits relevés n'était mis en évidence. La déclaration fiscale 2002 a fait l'objet d'un bordereau de taxation définitif pour l'impôt fédéral direct et d'un autre pour les impôts cantonaux et communaux, expédiés le 11 décembre 2003. Suite à une réclamation des contribuables, des bordereaux rectificatifs concernant l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal 2002 ont été émis le 5 août 2004. Les déclarations fiscales 2003 à 2005 ont donné lieu, pour chacune de ces années, à un bordereau de taxation définitif pour l'impôt fédéral direct et un autre pour l'impôt cantonal et communal, qui ont respectivement été expédiés les 16 novembre 2004, 14 octobre 2005 et 19 mars 2007. B. Par lettre recommandée du 4 avril 2008, l'Administration fiscale cantonale a informé les époux de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct 2002 à 2006. La division principale de l'impôt anticipé de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale des contributions) avait informé l'Administration fiscale cantonale que les contribuables avaient bénéficié de prestations appréciables en argent de Y._. L'Administration fiscale cantonale demandait une copie de la convention de 2001 ainsi qu'une explication sur la détermination du prix de vente des actions C._ figurant dans la convention de 2002. Le 21 avril 2008, A.X._ a remis à l'Administration fiscale cantonale une copie de la convention de 2001. Il a également fourni des explications concernant le prix de vente des actions C._, qui étaient complétées par courrier du 1er juillet 2008. A.X._ avait vendu à Y._ 36 actions de C._ pour un prix de CHF 88'166.- par action. Ce prix était basé sur la convention de 2001 passée avec un tiers et prenait en compte la valeur comptable de la société ainsi que sa valeur réelle et son développement. Après plusieurs entretiens et courriers, l'Administration fiscale cantonale a informé les époux X._ par lettre recommandée du 31 mars 2009 que la procédure en rappel d'impôt et la procédure pénale pour soustraction d'impôt étaient terminées. Elle leur a également notifié des bordereaux de supplément d'impôt pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal 2002 à 2005 avec des intérêts de retard. Les avis de taxation y relatifs prévoyaient une rubrique supplémentaire intitulée «Autres revenus» et accompagnée de l'indication «service du contrôle: transposition». Cette rubrique comportait les montants suivants : 2002 2003 2004 2005 Autres revenus (impôt fédéral direct + impôt cantonal et communal) 784500 808305 832824 572052 Le 30 avril 2009, les époux ont élevé réclamation contre ces taxations auprès de l'Administration fiscale cantonale. Par deux décisions séparées sur réclamation du 15 juin 2009, l'Administration fiscale cantonale a confirmé les bordereaux de supplément d'impôt pour l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct 2002 à 2005. La procédure en soustraction avait démontré que A.X._ avait vendu, entre 2002 et 2005, 33 actions de C._ qu'il détenait dans sa fortune privée à Y._ dont il possédait 38 actions en 2001. De plus, il avait acheté à Z._ ses 12 actions de Y._ et ses 12 actions de C._, en quatre tranches, entre 2002 à 2005. Ainsi, en 2005, A.X._ possédait 17 des 50 actions du capital-actions de C._ et l'intégralité du capital-actions de Y._. Cette dernière détenait les 33 autres actions de C._. Au vu de ces transactions, l'Administration fiscale cantonale avait procédé à un rappel d'impôt pour l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct 2002 à 2005 en y intégrant les montants résultant de la transposition conformément au tableau ci-dessous. Ces montants représentaient la différence entre le prix de vente des actions de C._ vendues par A.X._ à Y._ selon les termes de la convention de 2002 et de son avenant de 2005, et leur valeur nominale. actions C. vendues Prix de vente des actions (PV) Valeur nominale des actions (VN) Montant de la transposition (PV - VN) 2002 9 793500 9000 784500 2003 9 817305 9000 808305 2004 9 841824 9000 832824 2005 9 578052 9000 572052 Le 15 juillet 2009, les époux X._ ont recouru contre ces deux décisions auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue depuis le Tribunal administratif de première instance, en concluant à l'annulation des décisions de taxation rendues par l'Administration fiscale cantonale. Par jugement du 28 février 2011, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours et confirmé les décisions de taxation. Le 12 avril 2011, les époux X._ ont interjeté recours auprès de la Cour de justice en concluant à l'annulation du jugement du Tribunal administratif de première instance. C. Par arrêt du 30 octobre 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. L'Administration fiscale n'avait pas de motif de procéder à des investigations complémentaires au vu des déclarations fiscales des intéressés. La découverte de la vente des actions C._ entre, d'une part, Z._ et A.X._ et, d'autre part, entre A.X._ et Y._ portait sur des faits nouveaux justifiant un rappel d'impôts. La cession des 33 actions de C._ par A.X._ à Y._, dont il est le seul administrateur avec signature individuelle, constituait un cas de transposition, Y._ accordant à A.X._ par ce biais une prestation appréciable en argent imposable en vertu des art. 20 al. 1 let. c LIFD et 6 let. c LIPP-IV. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler les décisions sur réclamation rendues le 15 juin 2009 par l'Administration fiscale cantonale portant sur l'impôt fédéral direct ainsi que cantonal et communal des périodes 2002 à 2005 ainsi que les bordereaux du 31 mars 2009. Ils se plaignent d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et de violation du droit fédéral en matière de rappel d'impôt. Le recours a été enregistré sous le numéro d'ordre 2C_1225/2012 s'agissant de l'impôt cantonal et communal et sous le numéro d'ordre 2C_1226/2012 s'agissant de l'impôt fédéral direct. La Cour de justice du canton de Genève ne formule aucune observation. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.