Faits: A. C._, née en 1959, travaille depuis le 1er janvier 2000 en qualité de collaboratrice au service client de X._. A ce titre, elle est assurée obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: CNA). Par une déclaration du 21 septembre 2006 (non signée) adressée à la CNA, l'employeur de l'assurée a annoncé en ces termes un accident survenu le 15 septembre 2006 sur un parking à T._: « C._ est descendue d'un petit fourgon et son genou a lâché. Rechute d'un accident du 21 février 1998 assuré par la caisse F._ ». C._ a été examinée le 19 septembre 2006 par le docteur Y._, spécialiste en chirurgie orthopédique. Dans un rapport du 5 octobre 2006, ce dernier a diagnostiqué une nouvelle distorsion du genou gauche, sur ancienne distorsion du LCA (ligament croisé antérieur), contusion osseuse au compartiment externe, distorsion du ligament latéral interne (LLI). L'incapacité de travail était totale jusqu'au 1er octobre 2006, puis partielle, à raison de 50 %. Une IRM du genou gauche a mis en évidence une ancienne rupture complète du LCA s'accompagnant d'une petite lésion méniscale périphérique, des contusions osseuses secondaires à un stress en valgus, une lésion de grade II à III du LLI proximal avec atteinte associée du ligament ménisco-fémoral ainsi qu'un épanchement articulaire modéré et dans la bourse postéro-antérieure du demi-membraneux (rapport du 25 septembre 2006 du docteur W._). Le 2 octobre 2006, en réponse à un questionnaire de la CNA sur les circonstances de l'accident, C._ a indiqué ce qui suit « J'ai voulu sortir quelque chose d'un petit fourgon vers 17 h 30 à T._, en descendant du coffre, mon genou gauche est parti, s'est tordu du côté intérieur et je me suis trouvée par terre; le genou a fléchi à l'intérieur (chute); les douleurs ont commencé de suite après l'événement ». Interrogée sur son lieu de travail le 31 octobre 2006 par un inspecteur de la CNA, C._ a déclaré ce qui suit: « Alors que je descendais normalement du pont du fourgon d'une connaissance (hauteur environ 50 cm), j'ai posé normalement mon pied gauche au sol sans qu'il y ait quelque chose de spécial au sol comme un caillou ou un trou. Immédiatement lors de la pose de ce pied gauche, mon genou s'est tordu sur l'intérieur de mes jambes, puis a lâché. Cela m'a fait perdre l'équilibre et je suis partie de tout mon long en avant sur le goudron. Je me suis réceptionnée alors sur le coude gauche et sur tout le côté gauche ». Par décision du 7 novembre 2006, la CNA a refusé de prendre en charge le cas, faute d'un événement couvert par l'assurance. C._ a fait opposition à cette décision. Après avoir requis l'avis du docteur J._, (rapport du 13 février 2007), la CNA a confirmé sa décision initiale par une nouvelle décision du 20 février 2007. Elle a considéré, en bref, que l'événement du 15 septembre 2006 ne constituait ni un accident, ni une lésion assimilée à un accident. En particulier, la chute de l'intéressée n'était que la conséquence de l'entorse subie et non la cause de celle-ci, laquelle remontait en réalité à un accident de ski du 21 février 1998 couvert par une autre compagnie d'assurance. B. Statuant le 5 décembre 2008, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par C._ contre la décision sur opposition. C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement en prenant les conclusions suivantes: « Le jugement rendu le 5 décembre 2008 par le Tribunal des assurances du canton de Vaud est réformé en ce sens que le recours formé par C._ à l'encontre de la décision sur opposition rendue le 20 février 2007 par l'intimée SUVA est admis, dite décision étant réformée en ce sens que l'opposition formée les 1er décembre 2006 et 23 janvier 2007 par la recourante à l'encontre de la décision du 14 novembre 2006 est admise, dite décision étant réformée en ce sens que l'événement du 15 septembre 2006 doit être qualifié d'accident au sens de l'art. 9 OLAA, ses conséquences devant être prises en charge par l'intimée SUVA ». La CNA conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.