Faits: A. X._ SA est une société anonyme, ayant son siège à V._, chez A._, qui a notamment pour but le commerce de produits à base d'oligo-éléments et de produits cosmétiques. N'étant pas une pharmacie, elle n'a pu poursuivre la vente directe de ses produits avec l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2002, de la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les médicaments et les dispositifs médicaux (LPTh; RS 812.21). X._ SA a alors trouvé un modus operandi avec la société Y._ SA, ayant son siège à V._, également auprès de A._, son administrateur président, laquelle avait pour but l'exploitation de pharmacies et, à ce titre, était autorisée à vendre des médicaments et autres substances thérapeutiques aux consommateurs. X._ SA vendait et facturait ses produits à Y._ SA, qui exploitait la pharmacie de "W._" à Nyon. Y._ SA - par l'intermédiaire de la pharmacie de "W._" qui recevait les colis préparés, les contrôlait, les fermait et les livrait - les revendait ensuite à sa propre clientèle et établissait des factures à son nom. Les montants relatifs à ces ventes étaient ensuite encaissés sur le compte courant BCV no ... dont Y._ SA était titulaire. Une fois les factures encaissées, Y._ SA acquittait à son tour celles qui correspondaient aux produits que X._ SA lui avait vendus. Les exercices 2004 et 2005 de la société Y._ SA se sont soldés par une perte d'exploitation. Le 21 juillet 2006, les actionnaires de la société ont tenu une assemblée générale extraordinaire qui décida alors de déposer le bilan. La faillite de la société fut prononcée le 19 septembre 2006. Entre le 1er juillet 2006 et le 19 septembre 2006, divers montants ont été prélevés du compte BCV no ..., au nom de Y._ SA, notamment 53'000 fr. le 24 juillet 2006, 40'000 fr. le 16 août 2006 et 6'742 fr. le 19 septembre 2006 en faveur de X._ SA. Le 18 décembre 2006, la liste des productions dans la faillite de Y._ SA faisait état de trente-deux productions. X._ SA a produit le 27 avril 2007, soit après le délai de production fixé au 27 novembre 2006, une créance de 599'101 fr. 95. La cause de l'obligation mentionnée est "participation, prêt et produits livrés". Le 25 octobre 2006, la masse en faillite de Y._ SA a informé X._ SA que l'administration de la faillite avait inventorié contre elle les actes accomplis avant l'ouverture de la faillite soumis à révocation selon les art. 285 ss LP et elle a requis de X._ SA le remboursement de divers versements effectués entre août et septembre 2006. B. Le 7 juin 2007, la masse en faillite de Y._ SA a ouvert une action révocatoire à l'encontre de X._ SA auprès du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte. Elle a requis le remboursement de 53'000 fr., 40'000 fr. et 6'742 fr., ces montants ayant été prélevés entre juillet et septembre 2006. X._ SA s'est opposée à la demande. Elle conteste devoir restituer les montants en question en s'appuyant sur l'art. 401 CO, prétendant que ces sommes lui appartiennent, même si elles se trouvaient sur le compte courant ouvert au nom de Y._ SA. Par jugement du 15 mai 2008, le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a admis la demande, considérant que les conditions de la révocation étaient réalisées et que X._ SA avait échoué dans la preuve de l'existence d'un contrat de fiducie, base contractuelle nécessaire à l'application de l'art. 401 CO. La Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours en réforme interjeté par X._ SA et confirmé entièrement la décision entreprise par arrêt du 19 décembre 2008. Constatant que les sommes d'argent encaissées par Y._ SA n'étaient pas créditées sur un compte spécial, séparé du patrimoine du mandataire, dont ce dernier ne peut plus disposer, et qu'elles n'étaient donc pas suffisamment individualisées, elle a jugé que l'une des conditions d'application de l'art. 401 CO n'était pas réalisée et conclu que X._ SA ne saurait dès lors invoquer la distraction des sommes litigieuses de la masse en faillite de Y._ SA.