Faits: A. C._ a exploité une menuiserie et était affilié à ce titre auprès de la Caisse cantonale genevoise de compensation (ci-après: la CCGC). En date du 31 mai 2001, il a définitivement cessé son activité indépendante et clôturé son exercice comptable qui avait débuté le 1er juin 2000. Le 24 juin 2003, la CCGC a rendu une décision par laquelle elle a fixé le montant des cotisations AVS/AI/APG dues par C._ pour l'année 2001 à 22'227 fr. 10. Ce montant a été calculé sur la base d'un revenu déterminant de 227'646 fr. Sur opposition de l'assuré, la CCGC a confirmé cette décision le 8 août 2003. B. Par jugement du 12 avril 2006, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a admis le recours interjeté par C._ contre la décision sur opposition du 8 août 2003, annulé celle-ci et renvoyé la cause à la caisse de compensation "afin qu'elle établisse à nouveau le calcul relatif aux cotisations AVS/AI/APG dues par C._ pour l'année 2001, sur la base du revenu effectif réalisé de 94'800 fr." C. L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement dont il a demandé l'annulation. Tant la caisse de compensation que C._ ont renoncé à se déterminer.