Faits: A. A.a X._, ressortissante française, née en 1914, vit depuis 1947 dans une villa de douze pièces, d'une surface de 275 m2, sise à A._, dénommée "B._". Cette habitation est la propriété de la Société immobilière C._ (ci-après: la SI), dont X._ est usufruitière des actions depuis le décès de son mari en 1983. Le seul contrat de bail signé en 1993 par X._ avec la SI fait état d'un loyer mensuel de 2'250 fr., soit 27'000 fr. par année. La SI loue également un logement de trois pièces aux gardiens, pour un prix de 7'800 fr. par année. Il ressort des comptes de la que la valeur locative de la villa a été augmentée, conformément aux exigences des autorités fiscales, à 47'231 fr. pour 1998, puis à 72'000 fr. pour les années 1999 et suivantes. A.b Dès 1984, X._ a bénéficié d'une imposition à forfait sur la base d'une dépense annuelle. Ce forfait était établi par convention, qui a été renouvelée, la dernière fois, le 24 novembre 1997, pour la période 1998 à 2001. La dépense annuelle était fixée à 135'000 fr. La convention précisait, à l'attention de la contribuable, que ce montant ne pouvait en aucun cas être inférieur à cinq fois la valeur locative des locaux occupés, calculée selon les modalités d'application cantonales et fédérales de l'impôt à forfait. De plus, le montant de l'impôt ne pouvait être inférieur à celui, calculé selon le régime de droit commun, qui serait dû sur les éléments de la fortune imposable. Il était enfin prévu que la contribuable pouvait renoncer en tout temps à l'impôt forfaitaire, conformément aux dispositions légales prévues à cette fin. Depuis 2002, X._ a choisi d'être imposée sur une base ordinaire. B. Dans ses déclarations fiscales 1998 à 2000, X._ a mentionné à chaque fois un revenu de 135'000 fr. selon convention d'imposition forfaitaire. Les bordereaux de taxation pour l'impôt cantonal et communal 1998, 1999 et 2000, calculé sur cette base, sont entrés en force. Le montant du bordereau 1999 s'élevait à 29'253 fr. 40 et celui de 2000 à 31'173 fr. 60. Le 23 juin 2003, l'Administration fiscale cantonale (en abrégé: l'Administration fiscale) a informé la contribuable que, comme le loyer théorique de la SI avait été fixé, dès 1998, à 72'000 fr., ce montant devait être pris en compte pour fixer la dépense imposable, qui passait ainsi à 360'000 fr. (5 x 72'000 fr.). Dans la mesure où X._ n'avait pas mentionné la nouvelle valeur locative dans ses déclarations 1998 à 2001, les taxations allaient être rectifiées. Le 7 novembre 2003, une procédure en rappel d'impôt a été ouverte pour les années fiscales 1998 à 2000 et des bordereaux rectificatifs, fondés sur un revenu de 360'000 fr., ont été notifiés à X._. Par la suite, l'Administration fiscale a renoncé au rappel d'impôt pour 1998. La réclamation élevée par la contribuable contre ces bordereaux a été rejetée, par décision de l'Administration fiscale du 5 février 2004, et les taxations litigieuses ont été maintenues. Il en résultait un supplément d'impôt de 67'508 fr. 30 pour 1999 et de 60'713 fr. 55 pour l'année 2000, sommes auxquelles s'ajoutaient les intérêts de retard pour ces deux années soit, respectivement, 8'663 fr. 55 et 5'818 fr. 35. C. Par décision du 19 mars 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts a partiellement admis le recours de X._ en déduisant du loyer de 72'000 fr. la somme de 7'800 fr. versée par les gardiens pour l'appartement qu'ils occupaient. Le loyer déterminant se montait donc à 64'200 fr., ce qui représentait une dépense annuelle de 321'000 fr. X._ et l'Administration fiscale ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif qui, par arrêt du 26 février 2008, a rejeté les deux recours. La juridiction cantonale a retenu en bref que la procédure de rappel d'impôt se limitait à la modification de la valeur locative de la villa et à son impact sur l'imposition forfaitaire de la contribuable, de sorte que celle-ci ne pouvait que contester cet élément nouveau et non requérir avec effet rétroactif la renonciation à l'imposition forfaitaire au profit d'une imposition ordinaire. Comme la reprise de la valeur locative n'avait pas été contestée par la SI, qui avait fait figurer le montant de 72'000 fr. dans ses comptes 1999 sous la rubrique "loyer", ce montant ne pouvait être remis en cause par la contribuable qui n'était pas propriétaire de la villa, même si ce loyer servait à déterminer son train de vie. Le Tribunal administratif a confirmé que la nouvelle estimation ne devait pas tenir compte du loyer payé par les gardiens de l'immeuble, de sorte que la dépense annuelle déterminante s'élevait bien à 321'000 fr. Il a également estimé que si la contribuable était imposée sur une base ordinaire depuis 2002, ses revenus et sa fortune déclarés pour cette année-là ne permettaient pas de remettre en cause sa capacité contributive pour les années 1999 et 2000. D. X._ forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du 26 février 2008. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et demande au Tribunal fédéral, principalement, de dire que son imposition sur une dépense de 321'000 fr. est confiscatoire et arbitraire et qu'elle peut opter pour l'imposition ordinaire, subsidiairement de fixer la dépense imposable à 135'000 fr., le dossier étant renvoyé à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif déclare persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.