Faits: A. A._, né le 12 mai 1928, est titulaire d'un permis de conduire les véhicules automobiles depuis le 12 juin 1950. Le fichier des mesures administratives ne fait état d'aucune inscription à son sujet. Le 11 septembre 2011, circulant au volant de son automobile dans la commune de Prangins, A._ s'est arrêté au signal "stop", à l'intersection de la route de l'Aérodrome et de la route de Gland, où la visibilité sur la droite est réduite par un mur. Après avoir regardé à gauche, puis à droite et n'avoir vu aucun véhicule, il a démarré pour traverser le carrefour. Arrivé au milieu de l'intersection, il a heurté le flanc gauche d'une voiture arrivant à sa droite. Cette dernière est partie en tête à queue et a fini sa course 65 mètres plus loin dans un champ. Les deux véhicules ont subi des dommages importants, mais aucun de leurs occupants n'a été blessé. Par ordonnance du 7 octobre 2011, le Préfet de Nyon a condamné A._ au paiement d'une amende de 150 francs. Cette décision est entrée en force. Après avoir pris connaissance du rapport de police établi le 12 septembre 2011 à la suite de l'accident de la circulation, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (ci-après: le SAN) a, par décision du 17 octobre 2011, ordonné la mise en oeuvre d'une course de contrôle au vu des doutes sur l'aptitude de A._ à conduire en toute sécurité. Le 30 novembre 2011, il a rejeté la réclamation formée par l'intéressé contre cette décision. B. Par arrêt du 26 avril 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'intéressé contre la décision du SAN. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer, respectivement d'annuler cet arrêt, en ce sens qu'aucune course de contrôle n'est ordonnée à son endroit. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, tandis que le SAN a renoncé à formuler des observations. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours.