Faits: A. Dame A._, née en 1970, et A._, né en 1967, se sont mariés le 6 mars 1998. De cette union sont issus deux enfants, soit B._, née en 1999, et C._, né en 2002. Les époux se sont séparés entre 2005 et 2006. B. B.a Le 14 avril 2010, dame A._ a déposé une requête de mesures protectrices de l'union conjugale auprès du Tribunal de première instance de Genève. Par jugement du 20 janvier 2011, notifié aux parties le 25 janvier 2011, le tribunal a statué sur cette requête, notamment en condamnant l'époux à verser en faveur de la famille une contribution d'entretien de 8'400 fr. La voie de droit y était indiquée en ces termes: "Conformément aux art. 308 ss du code de procédure civile (CPC), la présente décision peut faire l'objet d'un appel par devant la Cour de justice dans les 30 jours qui suivent sa notification. [...]". B.b Par mémoire déposé le 24 février 2011 au greffe de la Cour de justice du canton de Genève, dame A._ a interjeté un appel contre ce jugement. Elle a conclu à sa réforme, en ce sens que la contribution d'entretien due en faveur de la famille soit fixée à 10'400 fr. par mois. Par arrêt du 13 juillet 2011, la Cour de justice a déclaré cet appel manifestement irrecevable, faute d'avoir été exercé dans le délai de 10 jours prévu par le Code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC; RS 272). C. Par mémoire du 12 août 2011, dame A._ forme un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut à sa réforme, en ce sens que son appel interjeté le 24 février 2011 soit déclaré recevable et que la cause soit renvoyée à la Cour de justice afin qu'elle examine le fond de cet appel. A l'appui de son recours, elle invoque la violation de l'art. 9 Cst. dans l'application des art. 314 al. 1 et 404 al. 1 CPC. Invités à se déterminer, l'intimé conclut au rejet du recours, tandis que la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. D. Le 23 février 2012, le Tribunal fédéral a délibéré sur le recours en séance publique.