Faits: A. Le 22 décembre 1999, le Conseil administratif de la Ville de Genève a nommé C._, né en 1949, chef de service de X._ dès le 1er avril 2000. Après une période d'essai de trois ans, le prénommé a été confirmé dans sa nomination à partir du 1er mars 2003 pour une durée indéterminée. Au cours de l'année 2007, à la suite d'une restructuration des départements municipaux décidée par le Conseil administratif nouvellement élu de la Ville de Genève, il a été convenu que C._ prenne une retraite anticipée avec effet au 1er janvier 2008. Le 4 octobre 2007, les parties ont passé une convention fixant les modalités du départ de l'intéressé. Cette convention prévoyait notamment que «la Ville de Genève s'engage[ait] à verser pour le compte de Monsieur C._ la somme de 149'293 fr. 70 d'ici au 15 décembre 2007 à l'assurance Y._ pour financer un complément de pension s'élevant à 7'000 fr. par an.» (clause 4). La Ville de Genève s'engageait encore à «prendr[e] en charge à raison de 50 % le montant des cotisations AVS payables par Monsieur C._ entre le 1er janvier 2008 et l'âge terme de l'AVS» (clause 6). Le prénommé reconnaissait, quant à lui, n'avoir plus de prétention à faire valoir, à quel titre que ce soit, à l'encontre de la Ville de Genève (clause 10). Le 7 décembre 2007, l'employeur a effectué un versement de 149'293 fr. 70 en faveur de C._ à l'assurance Y._. Il a également prélevé la part employé des cotisations sociales calculées sur cette somme du dernier traitement brut payé au fonctionnaire (décembre 2007). Dans un courrier du 8 janvier 2008, celui-ci a exprimé son désaccord avec la retenue de cotisations sociales à sa charge (7'569 fr. 20) et demandé leur remboursement. Le directeur général de l'administration municipale lui a répondu que l'indemnité versée à l'assurance Y._ était, comme toute autre indemnité, soumise à la déduction des charges sociales usuelles et que la convention du 4 octobre 2007 ne précisait nullement que celles-ci seraient prises en charge par l'employeur. B. Le 10 juin 2007, C._ a saisi le Tribunal administratif du canton de Genève d'une action pécuniaire contre la Ville de Genève à laquelle il réclamait le paiement de 7'569 fr. 20 avec intérêts à 5 % dès le 31 décembre 2007 et la modification de sa fiche de traitement du mois de décembre 2007 dans le sens où aucune charge sociale n'est prélevée de la somme de 149'293 fr. 70 versée à l'assurance Y._. Par jugement du 7 avril 2009, le Tribunal administratif a déclaré l'action pécuniaire recevable et l'a rejetée, en mettant à charge du demandeur un émolument de 1'000 fr. C. C._ exerce un recours constitutionnel subsidiaire dans lequel il conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que le jugement cantonal soit annulé et à ce que la Ville de Genève soit condamnée à lui payer un montant de 7'569 fr. 20 avec intérêts à 5 % dès le 31 décembre 2007. Subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il statue dans le sens des considérants. La Ville de Genève conclut à l'irrecevabilité, sinon au rejet, du recours.