Faits: A. X._ a achevé en 1999 une formation de deux ans d'enseignante au Maroc. Le 6 juin 2010, la prénommée a requis auprès de la Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique (ci-après: la CDIP) la reconnaissance de sa formation au niveau suisse pour l'enseignement aux degrés préscolaire et primaire. Par décision du 17 avril 2012, la CDIP a rejeté la requête. X._ a contesté ce prononcé auprès de la Commission de recours de la Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique et du Comité de la conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (ci-après: la Commission de recours), qui l'a déboutée par décision du 25 octobre 2012. B. A l'encontre de ce prononcé, X._ forme un recours au Tribunal fédéral. Elle demande, sous suite de frais et dépens, principalement, que la décision entreprise soit réformée en ce sens que son diplôme est reconnu; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche et la CDIP proposent de rejeter le recours, alors que la Commission de recours se réfère à son prononcé.