Faits: A. A fin mars et début avril 2002, A._ s'est rendu à Genève avec deux comparses en vue de commettre des braquages à main armée. Lors de leur déplacement, ils ont emporté le matériel nécessaire à ces hold-up, dont une arme à feu, des cagoules et des liens pour les mains. A._ a ensuite fourni des cartes SIM et utilisé ses relations genevoises pour obtenir des logements gratuits pour tous et pour choisir trois cibles à proximité du logement de ses partenaires. Comme une connaissance leur a déconseillé le hold-up de la station d'essence, qui était étroitement surveillée par des caméras, et qu'elle a refusé de participer à tout brigandage, les trois comparses ont abandonné leur projet délictueux au profit d'un trafic de drogues, réalisable plus facilement. B. Par jugement du 15 avril 2005, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné A._ à une peine de trois ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive, pour complicité d'infraction grave à la loi fédérale sur les stupéfiants (art. 25 CP et 19 LStup), rupture de ban (art. 291 CP) et actes préparatoires délictueux (art. 260bis al. 1 CP). Il a cependant déclaré non punissables les actes préparatoires délictueux, au motif que A._ s'était désisté, conformément à l'art. 260bis al. 2 CP. Il a expliqué que, si A._ avait poussé les projets avec ses acolytes jusqu'à déterminer trois cibles potentielles, les trois comparses n'avaient cependant pas effectué tous les actes préparatoires lors de l'abandon de leurs projets, puisqu'ils n'avaient pas encore procédé à des repérages ou autres observations précises. C. Statuant le 21 novembre 2005 sur appels de A._ et du Ministère public genevois, la Cour de justice genevoise a libéré A._ des fins de la poursuite pénale pour rupture de ban, mais n'a pas admis qu'il s'était désisté des actes préparatoires délictueux selon l'art. 260bis al. 2 CP. Elle a maintenu la peine à trois ans de réclusion et ordonné l'expulsion de A._ du territoire suisse pour une durée de quatre ans. En ce qui concerne les actes préparatoires délictueux, elle a retenu ce qui suit: "Certes, les trois partenaires ont décidé de renoncer au brigandage pour consacrer leurs efforts à un autre but, à savoir un trafic de drogues. Toutefois, rien n'indique que de nombreux actes préparatoires supplémentaires devaient précéder le hold-up envisagé, selon le plan criminel initial. Le Ministère public relève d'ailleurs à juste titre qu'au moins l'une des cibles se trouvait à proximité immédiate du logement mis à disposition des comparses: ils pouvaient donc facilement passer à l'attaque, puis se réfugier dans ledit appartement. (...) Il y a lieu d'admettre que l'appelant, déjà condamné à plusieurs reprises notamment pour des vols, a commis des actes délictueux punissables (...), avant de renoncer, de concert avec ses comparses, non pas à une activité préparatoire supplémentaire d'une certaine importance, mais seulement à l'exécution du brigandage lui-même. Faute de désistement de son activité préparatoire punissable, il ne mérite pas l'exemption de toute peine prévue par l'art. 260bis alinéa 2 CP". D. Contre l'arrêt cantonal, A._ dépose un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de la décision attaquée. En premier lieu, il soutient que la Cour de justice genevoise a violé le droit fédéral en ne retenant pas qu'il s'était désisté des actes préparatoires délictueux (art. 260bis al. 2 CP). En outre, il critique l'application des art. 41, 55 et 63 CP. Enfin, il sollicite l'assistance judiciaire. Le Ministère public genevois conclut au rejet du pourvoi.