Faits: A. B._ travaille depuis de nombreuses années au service de sécurité de la Commune X._. Le 6 octobre 2008, le syndicat des services publics a demandé au maire de la commune l'ouverture d'une enquête administrative à son encontre. Il alléguait une attitude de harcèlement psychologique de la part du fonctionnaire à l'égard de certains de ses collègues. Le 8 décembre 2008, le conseil administratif de la commune a informé B._ qu'il avait décidé d'ouvrir une enquête administrative à son endroit. Celui-ci serait dispensé d'exercer ses fonctions pendant l'enquête sous réserve de missions ponctuelles. Son traitement continuerait à lui être versé en totalité. L'enquête était confiée à S._, secrétaire général adjoint de la commune. Il serait assisté de Me R._, en qualité de greffière. Le 19 décembre 2008, B._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif du canton de Genève, en contestant notamment le choix de confier à R._ la fonction de greffière dans l'enquête, au motif, en particulier, que ce choix violait le statut du personnel de l'administration communale. Par jugement du 23 juin 2009, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable, au motif que la décision attaquée n'était pas propre à causer un préjudice irréparable (ATA/305/2009). B. Le 5 novembre 2009, dans un courrier adressé à S._, B._ a derechef remis en cause la participation de R._ en qualité de greffière dans la procédure d'enquête. Le 12 novembre 2009, S._ lui a répondu que le Tribunal administratif s'était déjà prononcé sur la question, par un jugement entré en force, de sorte qu'il n'y avait pas matière à rendre une nouvelle décision à ce sujet. Par lettre du lendemain, il a précisé que, dans l'hypothèse où son précédent courrier devait être considéré comme une décision par son destinataire, il était loisible à celui-ci de porter l'affaire devant le Tribunal administratif dans un délai de trente jours. C. Le 20 novembre 2009, B._ a déposé un nouveau recours devant le Tribunal administratif (cause A/4184/2009). A titre principal, il demandait au tribunal d'inviter S._, R._ et la Commune X._ à rendre une décision dans les plus brefs délais. Subsidiairement, il lui demandait de constater que la présence de R._ au sein de l'autorité chargée d'instruire l'enquête administrative violait l'art. 81 du statut du personnel et l'interdiction de la fraude à la loi. Le 8 décembre 2009, la présidente du Tribunal administratif a appelé en cause la Commune X._ et R._. Par un mémoire commun du 29 janvier 2010, la Commune X._, S._ et R._ ont conclu au rejet du recours. Par écritures des 2 février, 10 mars et 12 avril 2010, B._ a demandé la suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur une procédure connexe relative à la récusation de S._. Dans ce dernier courrier, son mandataire précisait : « Si, par impossible, vous deviez refuser cette requête, je vous indique que mon client sollicite l'autorisation de répliquer dans la cause A/4184/2009 ». Le 23 juin 2010, les parties ont été informées que la cause était gardée à juger. Statuant le 29 juin 2010, le Tribunal administratif a déclaré irrecevable le recours contre la « décision » du 12 novembre 2009 et déclaré sans objet la requête de suspension de la procédure. D. B._ exerce un recours constitutionnel subsidiaire dans lequel il conclut à l'annulation de ce jugement et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle entre en matière sur son recours du 20 novembre 2009. Par une écriture commune, la Commune X._, S._ et R._ concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. E. Le 15 novembre 2010, B._ a demandé au tribunal l'autorisation de répliquer. Par ordre du juge instructeur, la chancellerie du Tribunal fédéral lui a répondu qu'il ne se justifiait pas, en l'espèce, d'ordonner un échange ultérieur d'écritures. En revanche, les parties étaient libres de déposer spontanément des déterminations sur des écritures nouvelles. A ce jour, B._ n'a pas produit de nouvelles déterminations.