Faits: A. S._ a travaillé en qualité de manoeuvre en génie civil au service de la société X._ SA et était, à ce titre, assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Il a été victime de deux accidents de travail. Le 9 juillet 1996, il a subi une contusion sévère de l'épaule droite après avoir été coincé entre une paroi métallique et le godet d'une pelle mécanique. Le 7 novembre 1997, il a été heurté au flanc droit par un bloc de rocher qui s'était détaché d'un talus. En raison de la persistance de douleurs chroniques à l'épaule droite, l'assuré a subi diverses interventions chirurgicales et n'a pas repris d'activité professionnelle. Par décision du 10 septembre 2009, la CNA lui a alloué, à partir du 1 er août précédent, une rente d'invalidité fondée sur une incapacité de gain de 35 %. Saisie d'une opposition de l'intéressé qui concluait à l'octroi d'une rente fondée sur un taux de 70 %, la CNA l'a partiellement admise en ce sens qu'elle lui a alloué une rente fondée sur une incapacité de gain de 39 %. Pour calculer ce taux, elle a notamment effectué un abattement pour désavantage salarial de 10,5 % (décision sur opposition du 31 août 2011). De son côté, l'Office de l'assurance-invalidité (OAI) du canton de Fribourg a nié le droit de l'assuré à une rente d'invalidité, motif pris que le taux d'invalidité retenu (34 %) était insuffisant pour ouvrir droit à une telle prestation (décision du 12 avril 2010). B. Saisie d'un recours contre la décision sur opposition de la CNA, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Fribourg l'a partiellement admis en ce sens qu'elle a reconnu le droit de l'assuré à une rente d'invalidité fondée sur un taux de 42 %, compte tenu notamment d'un abattement pour désavantage salarial de 15 % (jugement du 29 novembre 2012). Par jugement du même jour, la cour cantonale a partiellement admis un recours formé contre la décision de l'OAI du 12 avril 2010. Elle a reconnu le droit de l'intéressé à une rente entière d'invalidité pour la période du 1 er décembre 2008 au 30 avril 2009 et à un quart de rente, fondé sur un taux d'invalidité de 42 %, dès le 1 er mai 2009. C. La CNA forme un recours contre le jugement la concernant en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur opposition du 31 août 2011. L'intimé conclut au rejet du recours sous suite de dépens. La juridiction cantonale et l'Office fédéral de la santé publique ont renoncé à présenter des déterminations.