Faits: A. Le 11 septembre 2003, A._ et B._ ainsi qu'une troisième personne circulaient, chacun en moto, route de Chancy, en direction de Chancy. Selon le rapport de police daté du 14 septembre 2003, l'attention d'une patrouille de gendarmerie avait été attirée par des motards qui circulaient à vive allure. Ces derniers avaient alors été suivis entre les giratoires route de Chancy/route de Laconnex et route de Chancy/route des Rupettes, soit sur une distance de plus de 1'500 mètres. Un dépassement de 36 km/h avait été établi. Les policiers avaient au surplus relevé qu'ils n'avaient pas pu suivre les motards à une vitesse constante. Alors que le compteur indiquait plus de 140 km/h, la distance les séparant de ces derniers continuait de s'accroître. Ils avaient donc enclenché la sirène et les signaux optiques peu avant le hameau de la Petite Grave et avaient dû rouler au maximum des capacités de leur véhicule pour rattraper les motards. B. Par décision du 27 novembre et du 9 décembre 2003, le Service des automobiles et de la navigation de la République et canton de Genève (ci-après: le SAN) a respectivement retiré leur permis de conduire à B._ et à A._. La durée du retrait a été fixée à un mois pour cette dernière. Tenant compte d'un retrait de permis intervenu par décision du 26 février 2002 en raison d'un dépassement de plus de 30 km/h, elle a été élevée à six mois pour B._. B._ et A._ ont séparément recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre les décisions de retrait de permis. Les procédures ont été suspendues dans l'attente du résultat de la procédure pénale. Par jugement du 27 septembre 2006, le Tribunal de police de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal de police) a constaté la prescription de l'action pénale et a libéré B._ et A._ des fins de la poursuite. Le 18 octobre 2006, les causes ont été jointes par le Tribunal administratif et l'instruction a été reprise. Le 13 novembre 2006, C._, gendarme auteur du rapport du 14 septembre 2003, a été entendu. Il a déclaré que le 11 septembre 2003, alors qu'il circulait avec un collègue sur la route de Chancy à l'occasion d'une patrouille et qu'ils arrivaient à une centaine de mètres d'un giratoire, ils avaient aperçu des motards qui avaient accéléré à la hauteur de ce dernier. Ils les avaient donc suivis. Vérification faite, le tronçon sur lequel le contrôle de vitesse avait été effectué avait une longueur de 2,6 kilomètres. A son souvenir, six motards roulaient ensemble. A un premier giratoire, ils avaient pu intercepter trois des motards et leur avaient demandé de se rendre au poste d'Onex en leur précisant que leurs numéros de plaque avaient été relevés. Ils avaient ensuite pu rattraper les trois autres, dont B._ et A._. Le contrôle de vitesse avait eu lieu sur l'ensemble des motards qui roulaient groupés. Ils avaient pu rattraper les premiers motards parce que la sirène avait été enclenchée et que ces derniers avaient donc levé le pied au giratoire. Les autres conducteurs avaient également ralenti mais avaient poursuivi leur route en prenant sur la gauche. Pendant le contrôle de vitesse, ils avaient toujours eu les véhicules suivis en vue, sans pouvoir dire quelle distance les séparait d'eux, étant précisé que l'écart s'accroissait. B._ et A._ ont soutenu avoir été victimes d'une confusion résultant du nombre de motards qui circulaient à ce moment sur la route de Chancy. Par ailleurs, les directives applicables aux contrôles de vitesse n'avaient pas été respectées, la distance entre le véhicule de police et les motos poursuives ayant été beaucoup trop importante. Enfin, ils ont estimé qu'il fallait tenir compte de l'écoulement du temps et de la prescription de l'action pénale. Par arrêt du 28 août 2007, le Tribunal administratif a rejeté les recours. C. Agissant ensemble par la voie du recours en matière de droit public, B._ et A._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 28 août 2007 ainsi que les décisions du SAN des 27 novembre et 9 décembre 2003. Ils se plaignent d'une appréciation arbitraire des preuves et d'une violation des prescriptions en matière de contrôle de vitesse. Ils estiment enfin que le temps écoulé depuis l'infraction aurait dû être pris en compte. Ils requièrent en outre l'octroi de l'effet suspensif. Par ordonnance du 13 novembre 2007, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif formulée par B._ et A._. Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office fédéral des routes renonce à prendre position sur le recours, au motif que l'appréciation à donner porte essentiellement sur la constatation des faits.