Faits: A. La Fondation X._ (ci-après: la Fondation) est une fondation de droit privé dont le but est de promouvoir la prévoyance professionnelle en offrant à ses membres la possibilité d'investir collectivement leurs capitaux, principalement en valeurs immobilières. Elle est propriétaire d'immeubles pour une valeur de plus de cinq cents millions de francs, selon son bilan au 31 mars 2007. Jusqu'au 1er janvier 2007, la fondation avait pour raison sociale Fondation Z._. Par contrat de cession du 24 mai 2006, la fondation Y._, sise à Berne, a notamment cédé à la Fondation Z._ différents immeubles, dont la parcelle n° **** du Registre foncier de Morges. Son prix de reprise, selon le contrat de cession, a été fixé à 4'910'000 fr. Ce montant est celui fixé par une expertise établie le 18 novembre 2005 par B._, et confirmée par C._ AG, société appelée à évaluer l'ensemble des valeurs arrêtées dans le contrat de cession du 24 mai 2006. La totalité des transferts immobiliers porte sur une valeur arrêtée, selon cette dernière société, à 409'554'300 fr. Le transfert a été inscrit au registre foncier le 20 juillet 2006. La parcelle n° **** du Registre foncier de Morges, sise au Chemin D._, d'une surface totale de **** m2 comporte une place-jardin (**** m2) et un bâtiment commercial de **** m2. La valeur assurée ECA de ce dernier s'élève à 9'636'311 fr. Pour la période allant d'avril à septembre 2007, le revenu locatif de ce bâtiment s'est élevé à 227'910 fr. Après le transfert de propriété, la Commission d'estimation fiscale des immeubles du district de Morges (ci-après: la Commission d'estimation) a confirmé l'estimation fiscale de la parcelle n° **** à 8'603'000 fr. Cette estimation se montait à 11'372'000 fr. en 1990 et avait été portée à 8'603'000 fr. en 1996. Le 19 novembre 2007, la Fondation a déposé une réclamation contre cette décision, en concluant à ce que l'estimation fiscale de son immeuble soit révisée à la baisse pour tenir compte de la valeur vénale estimée à 4'910'000 fr. Le 18 décembre 2007, la Commission d'estimation a rendu une nouvelle décision, arrêtant l'estimation fiscale de la parcelle à 7'846'000 fr. La Fondation a interjeté recours auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, en concluant à la réforme de la décision entreprise en ce sens que l'estimation fiscale était ramenée à un montant qui n'excédait pas la valeur vénale de 4'910'000 fr. B. Par arrêt du 25 janvier 2010, le Tribunal cantonal a rejeté le recours déposé par la Fondation. La Commission d'estimation avait des raisons suffisantes pour s'écarter du prix de la transaction et procéder à sa propre estimation de l'immeuble en cause. Pour le surplus, il fallait prendre acte de la valeur nouvellement admise en procédure par la Commission d'estimation de 7'656'000 fr. C. Par mémoire intitulé "recours", la Fondation demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler les décisions du Tribunal cantonal et de la Commission d'estimation et de fixer la valeur fiscale de l'immeuble à 4'910'000 fr., subsidiairement de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se plaint de la violation de son droit d'être entendue, de l'appréciation arbitraire des preuves et de l'application arbitraire du droit cantonal. Le Tribunal cantonal et la Commission d'estimation renoncent à déposer des observations. D. Par ordonnance du 3 mars 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif déposée par la Fondation.