Faits: A. X._, domiciliée à A._ (FR), et Y._, domiciliée à B._ (VD), louent chacune un appartement meublé d'une pièce - affecté à l'habitation - au 1er, respectivement au 2e étage d'un immeuble sis à la rue **, à A._, où elles exercent la prostitution sous la dénomination de "salon". B. X._ et Y._ ont, le 11 avril 2011, respectivement le 15 juillet 2011, sollicité auprès du Service de la police du commerce de l'Etat de Fribourg (ci-après: le Service cantonal) une autorisation pour pouvoir mettre à disposition de tiers leurs locaux à des fins de prostitution. Ces requêtes ont été refusées par décisions du 13 mars 2012, rendues par la Direction de la sécurité et de la justice de l'Etat de Fribourg (ci-après: la Direction cantonale). Ce, au seul motif que le propriétaire des appartements loués par les intéressées avait indiqué aux autorités qu'il s'opposait à une exploitation commerciale plus large de ses locaux d'habitation à des fins de prostitution, ainsi qu'à un changement d'affectation des appartements en salons de massage. Saisie de recours contre ces deux décisions du 13 mars 2012, la IIIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) les a rejetés par arrêts du 29 août 2012, en confirmant pour le surplus les deux décisions. C. Contre ces arrêts, X._ et Y._ ont chacune déposé un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral (cause 2C_990/2012 concernant la première et cause 2C_991/2012 concernant la seconde). Elles concluent toutes deux à l'annulation des arrêts du Tribunal cantonal précités. Cela fait, elles requièrent, principalement, que l'autorisation pour la mise à disposition de tiers de locaux affectés à l'exercice de la prostitution leur soit délivrée et, subsidiairement, que leur cause respective soit renvoyée à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal et la Direction cantonale proposent le rejet des deux recours. Dans leurs déterminations respectives du 14 janvier 2013, les recourantes ont persisté en substance dans leur position.