Faits: A. Dame X._, née en 1968, et X._, né en 1970, se sont mariés en 1997. Le couple, qui vit séparé depuis le 6 mars 2008, a deux enfants mineurs: A._, née en 2002, et B._, né en 2004. Économiste de formation, dame X._ a travaillé auprès de la société Y._ jusqu'en 2003, pour ensuite se consacrer exclusivement à l'éducation des enfants. Sans activité professionnelle depuis lors, elle perçoit des indemnités de l'assurance-chômage depuis le 14 janvier 2009. X._ est administrateur et directeur de la société Z._ SA; son salaire mensuel s'élevait en 2007 à 36'822 fr., puis à 14'756 fr.85 en 2008. B. Le 29 juillet 2008, dame X._ a requis du Tribunal de première instance du canton de Genève le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale avec mesures préprovisoires urgentes. Statuant sur mesures préprovisoires urgentes par ordonnance du 27 août 2008, le Président du Tribunal de première instance a notamment donné acte à X._ de son engagement à continuer à prendre en charge l'intégralité des frais incompressibles de la famille et à verser à son épouse la somme de 2'200 fr. par mois, allocations familiales en sus. Par jugement du 28 novembre 2008, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance a, entre autres, arrêté à 5'800 fr. par mois la contribution de X._ à l'entretien de la famille. Appelée à statuer sur appel de l'épouse et appel incident du mari, la Cour de justice a fixé la contribution à l'entretien de la famille à 7'600 fr. par mois du 1er août 2008 au 31 janvier 2009, et à 9'300 fr. ensuite, allocations familiales en sus. L'arrêt, rendu le 28 mai 2009, a été notifié aux parties le 4 juin 2009. C. Par acte du 3 juillet 2009, X._ exerce un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Après avoir requis l'effet suspensif, le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il le condamne à verser une contribution d'entretien d'un montant de 7'600 fr., puis de 9'300 fr., et demande à ce que celle-ci soit fixée à 3'500 fr. du 1er août 2008 au 31 janvier 2009, puis à 3'300 fr. dès le 1er février 2009, sous déduction de tout montant d'ores et déjà versé pour la période postérieure au 1er août 2008. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des faits s'agissant du revenu de son épouse et du sien, ainsi que de l'application arbitraire des art. 125, 163 et 176 CC en ce qui concerne les revenus respectifs de chaque époux, certaines de ses charges (loyer, charges fiscales de chaque époux et charge hypothécaire) et la méthode de calcul utilisée pour déterminer le montant de la contribution d'entretien. L'intimée conclut au déboutement du recourant tant sur sa requête d'effet suspensif que sur le fond. L'instance cantonale s'en rapporte à la justice sur la question de l'effet suspensif, tout en relevant que son arrêt comporte une erreur de calcul s'agissant des indemnités de chômage perçues par l'intimée. Elle se réfère, pour le surplus, aux considérants de son arrêt. D. Par ordonnance du 24 juillet 2009, la Présidente de la Cour de céans a octroyé l'effet suspensif au recours s'agissant des contributions dues jusqu'en juin 2009.