Faits: A. A.a La Fondation Y._ a acquis de la Fondation Z._, le 21 décembre 2006, un immeuble sis ... à A._. Avant cette vente, dès le 1er mai 2004, la Fondation Z._ avait mis à la disposition de la Fondation Y._ vingt-neuf studios, nombre porté à trente dès le 1er novembre 2004, que la Fondation Y._ a gérés directement. La gérance des autres locaux, mis en location, a été confiée à X._ SA. Depuis le 1er juin 2007, la Fondation Y._ gère directement trente-deux studios. A.b Le 10 avril 2008, la Fondation Y._ a résilié, avec effet au 31 mai 2008, le mandat de gestion de cet immeuble confié à X._ SA, en raison de l'impossibilité du mandataire d'établir des décomptes dans des délais raisonnables. Le 29 octobre 2008, la Fondation Y._ a réclamé à X._ SA le décompte de gestion de l'immeuble pour les périodes du 1er janvier au 31 décembre 2007 et du 1er janvier au 31 mai 2008, le décompte de chauffage et d'eau chaude 2007-2008 et les relevés des facturations d'eau aux locataires des surfaces commerciales. Elle l'a invitée à lui payer le solde du compte de gestion pour l'exercice 2007, de 62'781 fr. 88, et celui qu'elle avait estimé pour 2008 à 36'880 fr., à savoir un total de 99'661 fr. 88. Le 2 décembre 2008, la Fondation Y._ a requis, par voie de poursuite, X._ SA de lui payer ce montant, avec intérêts à 5% dès le 31 mai 2008. La débitrice a fait opposition au commandement de payer qui lui a été notifié. A.c Le 4 décembre 2008, X._ SA a adressé à la Fondation Y._ le décompte de gestion de l'immeuble arrêté au 31 décembre 2008 et le relevé du compte UBS n° xxxx, rubrique "...", compte sur lequel les loyers et les acomptes de chauffage étaient versés par les locataires, et par le débit duquel la gérance payait les frais d'entretien, l'achat du combustible et les autres dépenses liées au chauffage. Régulièrement, X._ SA transférait le disponible en compte bancaire au propriétaire de l'immeuble. Ainsi, en 2006, la gérance a versé à la Fondation Z._ 35'000 fr. le 21 février, 5'000 fr. le 22 mars, 30'000 fr. le 24 avril, 20'000 fr. le 21 juin, 20'000 fr. le 21 juillet, 20'000 fr. le 24 août, 18'000 fr. le 21 septembre, 20'000 fr. le 20 octobre, 18'000 fr. le 16 novembre et 12'000 fr. le 15 décembre. En 2007, elle a versé 15'000 fr. le 16 janvier à la Fondation Z._ et 130'000 fr. le 21 décembre à la Fondation Y._. En 2008, elle a versé 45'000 fr. le 4 avril et 15'000 fr. le 21 mai à la Fondation Y._, ainsi que 17'316 fr. 72 le 22 avril à la Fondation Z._, au titre du décompte acheteur-vendeur. B. B.a Le 5 mai 2009, la Fondation Y._ a requis la faillite sans poursuite préalable de X._ SA. Cette requête a été rejetée le 9 juillet 2009 par le Tribunal de première instance de Genève. Celui-ci, laissant indécise la qualité de créancière de la Fondation Y._, a considéré que X._ SA ne se trouvait pas en situation de suspension de paiements. B.b Statuant sur appel de la Fondation Y._, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 24 septembre 2009, annulé ce jugement et prononcé la faillite de X._ SA avec effet au 24 septembre 2009 à 8 heures 30. C. X._ SA interjette le 22 octobre 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation. Elle se plaint d'une violation de l'art. 190 al. 1 ch. 2 LP. Par ordonnance présidentielle du 9 novembre 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours en ce sens qu'aucun acte d'exécution de la décision attaquée ne doit être entrepris. L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond.