Faits: A. X._ est divorcée de A._ depuis le 3 septembre 2009. Les époux s'étaient constitué un domicile séparé dès le 18 décembre 2006. Durant l'année 2006, tous deux étaient au bénéfice d'une autorisation annuelle de séjour dans le canton de Genève et exerçaient une activité lucrative soumise au régime de l'impôt à la source. Selon l'attestation-quittance du 31 décembre 2006 et valant pour la période fiscale 2006, l'employeur de A._ avait prélevé l'impôt à la source sur le salaire de ce dernier au taux de 28,4% tiré du barème A "personne seule". B. Le 21 mai 2007, A._ a transmis à l'Administration fiscale cantonale genevoise (en abrégé: l'Administration fiscale) une copie du jugement du Tribunal de première instance du 3 mars 2007 qui attribuait à l'épouse le domicile conjugal, ainsi que la garde de leur fille. Il indiquait qu'il espérait que ce document serait suffisant pour "actualiser (sa) situation". L'Administration fiscale a traité ce courrier comme une réclamation contre l'imposition à la source 2006 et l'a déclarée irrecevable, parce que tardive, par décision du 5 octobre 2007. Le 7 novembre 2007, X._ et A._ ont recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue Commission cantonale de recours en matière administrative dès le 1er janvier 2009. Ils faisaient notamment valoir que le jugement sur mesures protectrices de l'union conjugale avait été produit uniquement comme preuve de leur nouvelle situation, conformément aux informations que leur avait données l'Administration fiscale, mais qu'il ne s'agissait pas d'une réclamation. Ils estimaient ainsi que leur imposition devait être rectifiée d'office en appliquant les barèmes appropriés. A._ a toutefois retiré son recours, le 30 juin 2008, puisqu'il avait déjà été taxé comme personne seule en 2006, contrairement à son épouse. Par décision du 4 mars 2009, la Commission cantonale de recours a pris acte du retrait du recours de A._ et a rejeté celui de X._ en raison de la tardiveté de la réclamation, sans trancher la question de la qualité pour recourir de cette dernière. C. X._ a porté sa cause devant le Tribunal administratif du canton de Genève qui, par arrêt du 1er juin 2010, a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité, par substitution de motif. Laissant également ouverte la question de la qualité pour recourir de l'intéressée, il a retenu que, dans son courrier du 21 mai 2007, le contribuable avait souhaité une actualisation de sa situation fiscale sur la base du jugement sur mesures protectrices de l'union conjugale du 3 mars 2007, de sorte qu'il s'agissait clairement d'une demande de reconsidération. Le jugement produit n'apportait toutefois aucun élément nouveau, dans la mesure où la situation du couple était connue de l'Administration fiscale qui avait déjà taxé A._ comme personne seule en 2006. A la suite de cet arrêt, X._ s'est adressée à l'Administration fiscale pour qu'elle rectifie son imposition à la source 2006 en appliquant "le bon barème, ce qui aurait pour résultat que l'Administration fiscale (lui) rembourse ce qui avait été perçu en trop (par son employeur)..." . Par décision du 8 juillet 2010, l'Administration fiscale a refusé de procéder à la rectification demandée au motif que la contribuable n'avait pas contesté sa propre attestation-quittance dans le délai impératif de l'art. 23 al. 2 let. a de la loi cantonale du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (LISP; RSGE D 3 20) et que les conditions de révision n'étaient manifestement pas remplies. D. Le 14 juillet 2010, X._ a adressé au Tribunal fédéral un acte de recours contre l'arrêt du Tribunal administratif du 1er juin 2010. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation dudit arrêt et demande au Tribunal fédéral de constater son droit fondamental à obtenir une décision motivée, l'Administration fiscale étant condamnée à procéder à une rectification de son imposition pour l'année 2006 en appliquant le barème des personnes séparées avec un enfant à charge, subsidiairement à rendre une décision motivée qui devra conclure au montant du trop-perçu pour l'année fiscale 2006. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Au terme de ses observations, l'Administration fiscale cantonale conclut à l'irrecevabilité du recours, sous suite de frais, subsidiairement à son rejet. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux observations de l'autorité cantonale et conclut au rejet du recours, pour autant que recevable, avec suite de frais.