Faits: A. Y._ SA est inscrite au registre du commerce du canton de Neuchâtel depuis le 29 juin 1955. Elle a pour but l'exploitation et la mise en gérance d'un immeuble situé à Neuchâtel et, d'une manière générale, l'achat, la vente, la construction et la gérance d'immeubles. Depuis 1997, A._ est l'unique administrateur et le seul actionnaire de Y._ SA, ainsi que de la Société X._ SA qui fait l'objet d'une procédure séparée (2C_722/2008). Le 8 février 2006, le Service cantonal des contributions a notifié à Y._ SA les taxations relatives à l'année fiscale 2004, tant pour les impôts cantonal et communal, que pour l'impôt fédéral direct. Le bénéfice imposable retenu s'élevait à 21'800 fr., après reprise à hauteur de 11'150 fr. sur le montant de 21'150 fr. déclarés par Y._ SA à titre de salaire et autres frais versés à A._. Cette taxation a été confirmée sur réclamation, par décision du Service des contributions du 30 mars 2006. B. Y._ SA a recouru contre cette décision auprès du Tribunal fiscal de Neuchâtel qui, par jugement du 12 décembre 2007, a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation du 30 mars 2006. Il a notamment retenu que la recourante avait alloué à son administrateur un avantage appréciable en argent correspondant à la part versée à celui-ci à titre de rémunération qui dépassait 10'000 fr. Le recours déposé par Y._ SA a été rejeté par arrêt du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel du 9 septembre 2008. Traitant simultanément les impôts cantonal et communaI, ainsi que l'impôt fédéral direct, la juridiction cantonale a considéré en substance qu'en l'absence de justificatifs pour les charges invoquées, les autorités inférieures pouvaient se référer au barème de l'Union neuchâteloise des professionnels de l'immobilier (en abrégé: l'UNPI) pour évaluer la rémunération admissible des services rendus par A._. En versant un montant de 21'150 fr. à son actionnaire et administrateur unique pour les prestations effectuées par ce dernier, Y._ SA avait, selon les juges cantonaux, accordé une prestation disproportionnée qui entrait dans la catégorie des avantages appréciables en argent. C'était donc à juste titre que l'autorité fiscale avait réintégré dans le bénéfice imposable de la société un montant de 11'150 fr. C. Y._ SA déclare former un recours de droit public (sic) auprès du Tribunal fédéral et conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 9 septembre 2008 et des taxations 2004, la rémunération de 21'150 fr. servie par la recourante à A._ étant ainsi admise. Le Tribunal administratif se réfère aux motifs de son arrêt et conclut au rejet du recours. Le Tribunal fiscal renonce à se déterminer sur le recours, en renvoyant à son jugement et à l'arrêt attaqué. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt entrepris et conclut au rejet du recours.