Faits: Faits: A. Au printemps 2001, Y._ a été chargé par X._ SA d'effectuer une analyse de cette société, dès le mois de juillet 2001. A compter du 1er janvier 2002, il a été chargé d'étudier la faisabilité d'un projet de collaboration entre X._ SA et A._ SA. Durant l'année 2002, Y._ a déployé son activité du lundi au mercredi dans les locaux genevois de X._ SA et accompli en outre des heures de travail dans les locaux schwytzois de A._ SA. Après l'abandon de leur projet initial, les parties ont continué à collaborer. Dès le 1er janvier 2003, Y._ a travaillé à mi-temps dans les locaux de X._ SA et à mi-temps dans ceux de A._ SA. Courant avril 2002, X._ SA a mis un véhicule de fonction à disposition de son collaborateur, pour que celui-ci puisse effectuer les trajets de son domicile zurichois jusqu'au siège genevois de la société et aller visiter des fournisseurs en Suisse allemande. De janvier à décembre 2003, X._ SA a facturé mensuellement à A._ SA la somme de 1'280 fr. 45, TVA comprise, à titre de « mise à disposition d'un véhicule ». Y._ a été en incapacité de travail pour cause de maladie à 100 % du 16 août au 2 novembre 2003 puis à 50 % du 3 novembre 2003 au 18 janvier 2004. Il a repris son activité à temps partiel dans les locaux de A._ dès le 3 novembre 2003. Par courriel du 8 novembre 2003, Y._ a invité les administrateurs de X._ SA et A._ SA à coordonner son activité à mi-temps, expliquant qu'il souffrait toujours de douleurs quand il s'asseyait dans une voiture et était régulièrement pris de vertiges, ajoutant qu'une « infection de son système digestif ne lui laissait qu'un rayon d'activité très limité ». Y._ n'a pas reçu de réponse et a effectué la totalité de son activité à mi-temps dans les locaux de A._ SA. Par lettre du 23 décembre 2003, X._ SA a résilié le contrat de travail de Y._ pour le 29 février 2004, au motif de la suppression de son poste en raison « des mauvais résultats de l'année 2003 et des perspectives pour 2004 ». Y._ a cessé de travailler pour A._ SA à fin décembre 2003, n'effectuant, en janvier 2004, que quelques jours dans les locaux de cette société pour liquider le travail, mais sans rémunération. Le 21 janvier 2004, Y._ s'est rendu, comme convenu par téléphone, avec l'administrateur de A._ SA, dans les locaux de X._ SA, afin de s'entretenir avec l'administrateur de cette dernière société. Celui-ci étant absent, l'entretien n'a pas pu avoir lieu. Par courriel du 23 janvier 2004, le directeur général de A._ SA s'est étonné auprès de l'administrateur de X._ SA de ne pas avoir eu de réponse à sa lettre du 15 janvier 2004, dans laquelle il indiquait que Y._ et lui-même avaient vainement tenté à plusieurs reprises de le joindre et lui confirmait que Y._ terminait divers dossiers et liquidait la société créée sur sa demande. Par télécopie du 9 février 2004 à 11h52, l'administrateur de X._ SA a invité Y._ à se présenter dans ses locaux le lendemain matin à 8h30. Par courriel du 10 février 2004 à 6h51, Y._ a répondu que c'était « juste maintenant » qu'il s'était rendu compte de l'arrivée de cette télécopie, qu'il était toujours en train de mettre au point les derniers détails de son déménagement et qu'il n'avait pas installé encore son bureau, « étant loin hier ». Il indiquait que, «maintenant », il était trop tard pour se trouver à Genève à 8h30 et qu'il n'aurait de toute façon pas pu avoir de train arrivant si tôt. Il avait prévu de parler à « certaines personnes des possibilités pour un travail » et allait avoir une discussion à ce sujet « avec des chasseurs de têtes/consultants demain à Zurich ». Il précisait être supposé faire une demande d'emploi à Genève dans les deux prochains jours et être « dans l'attente d'une confirmation, soit aujourd'hui, soit demain ». Aussitôt qu'il aurait cette confirmation, il le ferait savoir afin de fixer un rendez-vous. Par courriel du 11 février 2004 à 6h34, Y._ a indiqué à l'administrateur de X._ SA qu'il venait d'être informé, par messagerie électronique, que son rendez-vous d'embauche à Genève était reporté à la semaine d'après et qu'il recevrait confirmation du jour et de l'heure seulement d'ici au 17 février 2004. Il précisait qu'il était difficile de faire des demandes d'emploi ces temps « alors que personne ne voulait vraiment que ça se concrétise ». Il indiquait qu'il espérait « que cela vous convienne, à moins que vous ayez un projet de travail dans lequel vous voulez que je m'implique ou pour y travailler plus tôt; dans ce cas, j'essaierais de me rendre disponible ». Il déclarait enfin avoir « un entretien aujourd'hui » et avoir l'intention de rassembler des informations sur les séminaires d'outplacement, précisant qu'il allait voir des « gens à propos de possibilités de travail à Bâle, vendredi ainsi que lundi ». Par courriel du 11 février 2004 à 15h59, Y._ a remercié l'administrateur de X._ SA pour le courriel qu'il lui avait « adressé aujourd'hui », mais que, pour l'instant, il n'avait pas besoin d'avoir la discussion que celui-ci lui avait suggérée. Comme il n'avait eu « aucune nouvelle à ses diverses lettres et offres pour recommencer à travailler », et comme les paiements de salaire n'avaient pas été confirmés non plus, il avait décidé de remettre le dossier à son avocat qui prendrait contact au début de la semaine suivante. Il précisait à l'administrateur de X._ SA que, durant leur conversation du 15 janvier 2004, il lui avait déjà confirmé qu'il pouvait conduire et qu'il recommençait à être capable de travailler à 100 %. Il lui avait proposé de venir le voir le 21 janvier 2004, « si pas plus tôt comme suggéré par vous », afin de discuter de son activité jusqu'à la fin du contrat. Il lui confirmait également avoir travaillé à mi-temps pour A._ Group durant les mois de novembre et décembre et qu'il n'y aurait pas de travail pour lui en janvier, cette dernière société devant attendre le résultat de sa vérification des comptes faite par des consultants allemands. Il lui indiquait lui avoir confirmé aussi effectuer « du 50 % auprès de A._ lors de nos discussions à l'aéroport de Zurich ». Enfin, il demandait à son interlocuteur de lui faire savoir quel genre de travail il avait en tête et si ça pouvait être fait en dehors de Zurich. Dans ce cas, il avait besoin de son « X._ mail » et que les dossiers perdus soient réactivés. Sinon, s'il y avait une question urgente, il fallait le lui faire savoir et il essaierait de « changer n'importe quel rendez-vous qui puisse l'être » et viendrait le voir. Il terminait son courriel en indiquant qu'il se réjouissait d'avoir des nouvelles aussi vite que possible afin de trouver un arrangement. Par courriel du 11 février 2004 à 17h26, l'administrateur de X._ SA a répondu à Y._ qu'il regrettait sincèrement le contenu de son courriel, précisant « penser, en considération de leurs relations, que cela aurait été plus facile de résoudre les problèmes par une discussion ». Toutefois, s'il avait décidé de mandater un avocat, c'était son choix. Compte tenu dudit courriel qu'il lui avait adressé, il « pensait qu'il n'était plus approprié de lui confier du travail vu l'état d'esprit actuel » et ne pouvait que regretter la tournure que prenaient les événements. Les parties ont ensuite échangé divers courriers dans lesquels elles faisaient part de leurs griefs réciproques. Dans un courriel du 12 février 2004 à Y._, l'administrateur de X._ SA a notamment indiqué que celle-ci lui avait « laissé le véhicule de la société ». Les parties ont ensuite échangé divers courriers dans lesquels elles faisaient part de leurs griefs réciproques. Dans un courriel du 12 février 2004 à Y._, l'administrateur de X._ SA a notamment indiqué que celle-ci lui avait « laissé le véhicule de la société ». B. Le 13 octobre 2004, Y._ a saisi la juridiction des prud'hommes du canton de Genève d'une demande tendant au paiement par X._ SA de la somme de 162'144 fr. avec intérêt à 5 % dès le 1er mars 2004, soit 40'000 fr. bruts à titre de salaire pour les mois de janvier et février 2004, 38'866 fr. bruts à titre de treizième salaire pour les années 2002 à 2004, 29'000 fr. bruts à titre de rémunération pour l'activité déployée pour deux sociétés en 2002, 38'866 fr. bruts à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature de 2002 à 2004 et 15'412 fr. nets à titre de remboursement pour l'achat de deux billets d'avion en 2001. X._ SA a conclu au rejet et, reconventionnellement, à la condamnation de son adverse partie à lui verser la somme de 31'100 fr. avec intérêt à 5 % dès le 1er mars 2004, soit 11'100 fr. nets à titre d'indemnité pour utilisation abusive de la voiture de fonction et 20'000 fr. nets à titre de dommage d'image. Par jugement du 8 septembre 2006, le Tribunal des prud'hommes a condamné X._ SA à payer à Y._ la somme de 96'007 fr. 65 bruts, soit 40'000 fr. à titre de salaire pour les mois de janvier et février 2004, 23'333 fr. 35 à titre de treizième salaire pour les années 2003 et 2004 ainsi que 32'674 fr. 30 à titre d'indemnité pour solde de vacances non prises en nature, et condamné Y._ à verser à son adverse partie la somme de 11'100 fr. nets à titre d'indemnité pour utilisation abusive de la voiture de fonction. Saisie par les deux parties et statuant par arrêt du 12 juin 2007, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement du 8 septembre 2006 en tant qu'il condamnait Y._ à payer à X._ SA la somme de 11'000 (recte: 11'100) fr. à titre d'indemnité pour utilisation abusive de la voiture de fonction. Saisie par les deux parties et statuant par arrêt du 12 juin 2007, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement du 8 septembre 2006 en tant qu'il condamnait Y._ à payer à X._ SA la somme de 11'000 (recte: 11'100) fr. à titre d'indemnité pour utilisation abusive de la voiture de fonction. C. X._ SA (la recourante) interjette le présent recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 12 juin 2007, à sa condamnation à payer à Y._ la somme de 49'612 fr. 25 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2004 à titre de treizième salaire et de vacances jusqu'au 31 décembre 2003, à la condamnation de son adverse partie à lui verser 11'100 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2004 et à ce qu'il lui soit donné acte qu'elle s'engage à remettre à Y._ un certificat de travail mentionnant la durée des rapports de travail, avec suite de frais et dépens. Elle dépose également une demande d'effet suspensif, qui a été rejetée par ordonnance présidentielle du 3 octobre 2007. Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la confirmation de l'arrêt entrepris, sous suite de dépens.