Faits: A. En 2005, les époux Y._ ont confié à X._, entrepreneur spécialisé dans la construction en bois, le soin de construire une maison familiale à .... Les parties ont signé un contrat d'entreprise, le 4 juin 2005, pour un prix forfaitaire de 237'200 fr., dont l'objet détaillé était précisé dans la confirmation de commande de l'entrepreneur du 10 mai 2005. X._ a signé ce document non seulement sous la rubrique "L'entrepreneur", mais également sous la rubrique "La direction des travaux". Il a aussi établi une autre confirmation de commande, datée du 9 février 2005, pour un montant de 26'000 fr. concernant la "construction d'une maison familiale à ... - honoraires - direction des travaux"; le détail de ce poste était: "suivi du chantier et coordination des travaux". Le 4 juin 2005, les parties ont encore signé un avenant au contrat d'entreprise ayant la teneur suivante: "Dès le premier septembre 2005, les indemnités de retard sont fixées à 500 fr./jour pour autant que la responsabilité puisse en être attribuée à M. X._, en tant que constructeur/entrepreneur ou mandataire des maîtres de l'ouvrage pour la direction du chantier". Au cours de l'exécution des travaux, d'importants problèmes ont surgi, principalement en raison de l'absence de direction des travaux. De nombreux défauts et malfaçons ont été constatés et des coûts supplémentaires pour des travaux exécutés par d'autres entreprises ont été facturés. La réception de l'ouvrage n'a pas pu intervenir, car X._ a refusé de participer à la séance de chantier prévue à cet effet. Devant cette situation, les époux Y._, après avoir payé près de 90% du prix forfaitaire convenu, ont refusé de s'acquitter du solde qu'ils ont retenu en compensation des dommages subis et des moins-values résultant selon eux des défauts dont l'ouvrage était entaché. X._ a admis avoir terminé ses propres travaux le 9 septembre 2005. B. Le 24 mai 2006, X._ a saisi le Tribunal cantonal du canton du Jura d'une demande en paiement de 57'809 fr. 60, avec intérêts à 5% l'an dès le 8 septembre 2005, dirigée contre les époux Y._ et doublée d'une action en inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs à concurrence du même montant sur l'immeuble copropriété des défendeurs. Dans leur réponse, les époux Y._ ont conclu au déboutement du demandeur et formé une demande reconventionnelle à hauteur de 187'450 fr. 10 pour réduction du prix pour finition des travaux, élimination des défauts et moins-values esthétiques, dommages et intérêts résultant des défauts et de la mauvaise exécution des contrats et pour indemnité de retard. Dans l'hypothèse où le demandeur aurait entièrement exécuté ses obligations et livré un ouvrage sans défaut, les défendeurs ont admis une créance de 49'172 fr. 70, ce qui - après compensation - réduirait leurs prétentions à 138'277 fr. 40 (187'450 fr. 10 - 49'172 fr. 70). Une expertise judiciaire a été ordonnée par la Cour civile du Tribunal cantonal. Il ressort du rapport principal établi le 25 octobre 2006 que X._ a produit quelques esquisses d'avant-projets qui n'ont pas répondu aux attentes des époux Y._; d'un commun accord, les parties ont alors sollicité la collaboration d'un architecte biennois qui a accepté de fournir la prestation d'avant-projet et de projet pour X._. A dire d'expert, ce document devait permettre de finaliser un projet et les documents nécessaires aux demandes de permis de construire. Cette demande a été établie et signée par X._. La suite du dossier devait être assumée par ce dernier, dans le cadre d'un mandat de direction des travaux et d'un contrat de réalisation pour les ouvrages d'ossature en bois. L'expert a ensuite constaté que les prestations prévues pour le processus d'étude et de réalisation n'ont été que très partiellement ou pas du tout exécutées; X._ s'était en particulier engagé dans cette opération sans aucun plan d'exécution, alors que la nécessité de disposer de tels plans est précisée dans la Norme SIA 102; de surcroît, il n'avait pas rendu attentif les époux Y._ à une telle situation, alors qu'il était dans l'impossibilité d'assumer son mandat. Ajoutées à l'absence de coordination et de contrôle des entreprises, ces lacunes dans le déroulement du mandat étaient, de l'avis de l'expert, la cause d'une grande partie des défauts de l'ouvrage. Dans son rapport complémentaire du 27 mars 2007, l'expert a constaté que le montant de 26'000 fr. convenu par les parties correspondait à la prestation 4.52.2 de direction des travaux et de contrôle des coûts selon la calculation de la Norme SIA 102; étant donné le montant convenu, ce mandat devait être complet et il n'était pas envisageable de confier la direction des travaux et le contrôle des coûts à plusieurs intervenants. Par arrêt du 15 avril 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal a débouté le demandeur de toutes ses prétentions et l'a condamné à payer aux défendeurs la somme de 150'522 fr. 50 avec intérêts à 5% l'an dès le 7 mai 2007. En substance, elle a retenu que les parties avaient conclu deux contrats distincts: un contrat d'entreprise expressément soumis à la Norme SIA 118 et un contrat de direction des travaux gouverné par les règles du mandat. Elle a arrêté à 99'153 fr. le préjudice découlant de la mauvaise exécution du mandat et écarté toute prétention en paiement du solde réclamé au titre du contrat d'entreprise. La cour cantonale a par ailleurs retenu différents coûts que les époux Y._ ont dû assumer en sus de la réparation des dommages consécutifs aux défauts, portant ainsi la créance totale des maîtres de l'ouvrage à 150'522 fr. 50. C. Le demandeur interjette un recours en matière civile, reprenant ses précédentes conclusions en paiement de la somme de 57'809 fr. 60, intérêts en sus. Les défendeurs concluent au rejet du recours. La cour cantonale, qui n'a pas formulé d'observations, en fait de même. La requête d'effet suspensif présentée par le recourant a été rejetée par ordonnance présidentielle du 17 juin 2008.