Faits: A. A._ fait l'objet d'une instruction pénale pour assassinats conduite par le Ministère public du canton de Genève. Il lui est reproché d'avoir exécuté ou fait exécuter douze personnes entre novembre 2005 et septembre 2006, alors qu'il était Directeur général de la police nationale civile du Guatemala. Le prévenu a requis une première fois, le 31 août 2012, la récusation du Procureur Yves Bertossa, en raison de ses liens prétendus avec l'association X._, laquelle s'était jointe aux dénonciations formées contre A._ et s'était impliquée pour obtenir l'arrestation du prévenu et l'audition de témoins à charge. Cette demande a été rejetée le 15 octobre 2012 par la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise, les motifs allégués ne permettant pas de fonder un soupçon de prévention du Procureur. Par arrêt du 10 janvier 2013 (1B_685/2012), le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par A._. Alors qu'il était avocat, le Procureur Bertossa avait relu et corrigé bénévolement, en 2003, un ouvrage publié par X._; il était aussi intervenu aux côtés de cette association. Toutefois, aucune de ces interventions, qui remontaient à dix ans, n'était en rapport avec A._, le Guatemala ou l'Amérique centrale. Le manque de réponse aux nombreuses questions du requérant, les souvenirs imprécis du magistrat et les irrégularités de procédures alléguées ne constituaient pas non plus des motifs de récusation. B. Le 13 décembre 2012, A._ a sollicité une deuxième fois la récusation du Procureur. Il évoquait l'appréciation de X._, selon laquelle Yves Bertossa avait réussi, contrairement aux magistrats qui l'avaient précédé, à "faire avancer les choses". Il reprochait également au Procureur, lors de l'audition du témoin B._, de ne pas avoir relevé les contradictions existant avec ses déclarations antérieures filmées par X._, de n'avoir pas autorisé l'enregistrement de cette audition et d'avoir refusé de mentionner au procès-verbal les déclarations de l'interprète; il formulait encore d'autres griefs, notamment que les DVD de X._ ne figuraient pas dans la copie du dossier qui lui avait été remise. Par arrêt du 30 janvier 2013, la Chambre de recours pénale a rejeté cette seconde demande de récusation. La présence des DVD au dossier était connue tant du prévenu que des autorités saisies; ces pièces n'avaient pas été délivrées en copie avec le dossier le 14 novembre 2012, mais avaient été remises à la défense le 7 décembre 2012, soit sept jours avant le contre-interrogatoire du témoin B._. Les droits de la défense avaient été respectés. Les appréciations de X._ sur l'efficacité du Procureur n'engageaient que cette association. En dépit des nombreux incidents et interventions intempestives de la défense lors de l'audition du témoin B._, le Procureur n'avait démontré aucune prévention. L'audition était consacrée aux questions de la défense, ce qui expliquait que le Procureur ne soit pas intervenu. L'audience n'avait pas à être enregistrée; rien ne permettait d'affirmer que les pièces à charge étaient traduites plus rapidement que les autres; la demande de prolongation de détention ne laissait pas non plus apparaître un motif de récusation. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale assorti d'une demande d'assistance judiciaire, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et d'ordonner la récusation du Procureur Yves Bertossa. Il demande l'audition de la traductrice présente à l'audience du 14 décembre 2013. La Cour de justice se réfère à son arrêt, sans observations. Le Procureur Yves Bertossa conclut au rejet du recours. Le recourant a déposé de nouvelles observations, le 10 avril 2013, persistant dans ses conclusions.