Faits: A. Par contrat de bail à loyer du 3 mars 1997, X._ (ci-après : la bailleresse) a loué à H.Y._ et F.Y._ (ci-après: les locataires) un appartement à V._ (Fribourg). Le contrat de bail, qui porte sur un logement subventionné, indique le loyer (798 fr. par mois) et contient les rubriques "Acompte frais accessoires" (130 fr. par mois), "Acompte chauffage" (70 fr. par mois) et "Téléréseau - Telenet" (12 fr. par mois). Il comporte également une clause selon laquelle le locataire déclare avoir reçu, entre autres, un exemplaire des conditions générales édition 93 et une copie des articles de loi sur les frais accessoires (art. 38 de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements [LCAP; RS 843] et art. 25 de l'ordonnance y relative du 30 novembre 1981 [OLCAP; RS 843.1]). Par leurs signatures, les parties ont déclaré avoir accepté ces documents qui font partie intégrante du bail. B. Le 19 juin 2007, les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux à loyer demandant que la bailleresse soit condamnée à leur verser un montant de 14'633 fr. 15 avec intérêt à 5 % l'an dès l'échéance moyenne. Ils ont soutenu que les frais accessoires autres que les frais de chauffage et de téléréseau ont été indûment payés depuis le début du bail, le contrat de bail du 3 mars 1997 ne donnant aucun détail sur ces frais et se limitant à renvoyer aux dispositions légales relatives aux frais accessoires qui peuvent être facturés au locataire dans les logements subventionnés. Les parties ayant par la suite renoncé à la conciliation, la commission a délivré un acte de non-conciliation le 17 août 2007. Le 13 septembre 2007, les locataires ont saisi le Tribunal des baux de l'arrondissement de la Gruyère, concluant à ce que la bailleresse soit condamnée à leur verser les montants de 16'745 fr. 70 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er octobre 2001 et 1'875 fr. 70 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er juillet 2006 et qu'elle soit astreinte à leur présenter un nouveau décompte de frais accessoires pour l'année 2006, comptabilisant l'ensemble des acomptes versés par les locataires à concurrence de 3'090 fr. La bailleresse a conclu au rejet de l'action dans la mesure de sa recevabilité. Par jugement du 30 avril 2008, le Tribunal des baux a condamné la bailleresse à rembourser aux locataires la somme totale de 17'412 fr. 90, avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er octobre 2001 (ch. 1 du dispositif), a pris acte que la bailleresse a reconnu que les locataires ont versé 3'090 fr. à titre de frais accessoires pour l'année 2006 (ch. 2 du dispositif), rejeté toutes autres ou plus amples conclusions (ch. 3 du dispositif) et mis les dépens à la charge de la bailleresse (ch. 4 du dispositif). En substance, le Tribunal des baux a considéré que, le contrat n'indiquant pas en quoi consistaient les frais accessoires et les frais effectivement facturés ne ressortant pas du simple renvoi aux dispositions de la LCAP et de l'OLCAP, il n'était pas possible d'admettre que les parties avaient passé une convention respectant les exigences de l'art. 257a al. 2 CO, applicable en vertu de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11). Saisie d'un appel de la bailleresse, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours et confirmé le jugement entrepris (ch. 1 à 4 de son dispositif) par arrêt du 26 janvier 2009. Elle a rappelé avoir déjà eu l'occasion de juger le 27 novembre 2003 que l'obligation d'une convention spécifique claire et détaillée, prévue par l'art. 257a al. 2 CO, était aussi applicable aux contrats portant sur des logements subventionnés. Elle a considéré en l'espèce que le renvoi aux catalogues des frais accessoires énumérés aux art. 38 LCAP et 25 OLCAP ne permettait pas de réaliser cette exigence, le contrat ne contenant qu'une rubrique « Acompte frais accessoires », sans toutefois spécifier les postes visés. C. La bailleresse a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 26 janvier 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir établi les faits de façon arbitraire (art. 9 Cst.), d'avoir violé les art. 257a al. 2 CO, 18 CO, 38 LCAP et 25 OLCAP en ne reconnaissant pas que les parties ont valablement conclu une convention spéciale portant sur les frais accessoires, d'avoir appliqué arbitrairement les art. 304 et 300 al. 3 let. b du Code de procédure civile fribourgeois du 28 avril 1953 (CPC/FR; RSF 270.1) et violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et art. 6 par. 1 CEDH). Sur le fond, la recourante conclut comme suit : "I. Le recours en matière de droit civil est admis. II. L'arrêt de la 2ème Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg du 26 janvier 2009 est modifié comme suit: 1. Le recours en appel est admis. 2. Principalement Partant, les chiffres 1, 3 et 4 du jugement rendu le 30 avril 2008 par le Tribunal des baux pour les districts de la Gruyère, de la Glâne, de la Broye et de la Veveyse sont annulés. Les chiffres 1 et 3 ont désormais la teneur suivante. "1. La demande formée par H.Y._ et F.Y._, à V._, contre X._ est intégralement rejetée. 3. Les dépens de la 1ère instance sont mis à la charge de H.Y._ et F.Y._, solidairement entre eux." (...)." Les intimés concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Par ordonnance du 26 mars 2009, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a accordé l'effet suspensif au recours.