Faits: A. Dame A._, née en 1980, et A._, né en 1979, se sont mariés le 20 août 2004 devant l'officier d'état civil de Vevey. Le couple a deux enfants: B._, né en 2005, et C._, né en 2007. B. B.a Par convention signée lors de l'audience du 3 février 2010, ratifiée séance tenante par le Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est Vaudois (ci-après le Président du Tribunal d'arrondissement) pour valoir prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, la garde des enfants a été attribuée à leur mère en attendant le dépôt du rapport du Service de protection de la jeunesse (ci-après SPJ) et un droit de visite réglementé a été instauré en faveur de leur père, droit dont l'exercice a finalement été suspendu le 23 mai 2012 par ordonnance de mesures superprovisionnelles. Le 15 juin 2012, le SPJ a rendu son rapport d'évaluation, concluant au retrait du droit de garde au sens de l'art. 310 CC, afin que les enfants puissent être placés au mieux de leurs intérêts. Statuant à titre superprovisionnel le 21 juin 2012, puis par voie de mesures protectrices de l'union conjugale le 26 juin 2012, le Président du Tribunal d'arrondissement a retiré la garde des enfants à leur mère et l'a confiée au SPJ pour placer ceux-ci en institution, dit que le droit de visite des parents sur les enfants serait organisé par le gardien, celui-ci ayant compétence pour fixer et exiger les contributions d'entretien le cas échéant. B.b Le 9 juillet 2012, la mère a interjeté appel contre cette décision devant la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud, réclamant le maintien de la garde des enfants en sa faveur ainsi que la suspension provisoire du droit de visite de leur père, subsidiairement sa surveillance. L'appel est doublé d'une requête d'effet suspensif. Par décision du 19 juillet 2012, la Juge déléguée à la Cour d'appel civile (ci-après la Juge déléguée) a rejeté la requête d'effet suspensif. C. Agissant par la voie du recours en matière civile le 29 juillet 2012, dame A._ conclut à l'annulation de la décision cantonale du 19 juillet 2012 et à ce que l'effet suspensif soit attribué à l'appel interjeté le 9 juillet 2012 contre l'ordonnance de mesures provisionnelles du 26 juin 2012. La recourante sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire. Des observations n'ont pas été demandées. D. Par ordonnance du 9 août 2012, la Présidente de la Cour de céans a refusé d'octroyer l'effet suspensif au recours.