Faits: A. Y._ a saisi la juridiction des prud'hommes du canton de Genève d'une demande tendant notamment au paiement, par son ancienne employeuse X._ Sàrl, de la somme de 24'955 fr. 55 plus intérêts à 5 % l'an dès le 19 octobre 2006, à savoir 10'392 fr. 70 à titre de différence de salaire pour 2006, 3'560 fr. 75 à titre d'indemnités maladie, 7'870 fr. 10 à titre de salaire pendant le délai de congé et 3'132 fr. à titre d'indemnités de panier. X._ Sàrl a conclu au rejet de l'action et, reconventionnellement, au paiement, par son adverse partie, de la somme de 7'310 fr., soit 5'310 fr. correspondant à 7h30 de travail payées en trop chaque semaine pendant toute la durée des relations de travail et 2'000 fr. à titre de dommages et intérêts pour violation de l'obligation des devoirs de fidélité du travailleur. Par jugement du 18 juin 2008, le Tribunal de prud'hommes du canton de Genève a en particulier condamné X._ Sàrl à payer à Y._ la somme brute de 10'329 fr. 25 et la somme nette de 1'716 fr. 60, les deux avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 octobre 2006. Il a en outre écarté la demande reconventionnelle. X._ Sàrl a appelé de la décision du 18 juin 2008, concluant au déboutement de son ancien employé et à l'admission de sa demande reconventionnelle à concurrence de 5'310 fr. Y._ a proposé la confirmation du jugement attaqué. Statuant par arrêt du 4 décembre 2008, la Cour d'appel a partiellement réformé le jugement du 18 juin 2008 en ce sens qu'elle a condamné X._ Sàrl à payer à Y._ la somme brute de 36'233 fr. 20, sous déduction de 17'487 fr. 75 nets, ainsi que la somme nette de 1'716 fr. 60, les deux avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 octobre 2006. Elle a par ailleurs confirmé le rejet de la demande reconventionnelle. B. X._ Sàrl (la recourante) a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant principalement, avec suite de frais et dépens, à la confirmation du jugement du 18 juin 2008, en particulier dans la mesure où il la condamnait à verser la somme brute de 10'329 fr. 25 avec intérêts. Elle a également requis l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 13 février 2009. Y._ (l'intimé) n'a pas déposé de réponse dans le délai qui lui avait été imparti à cet effet.