Faits: A. A.a B._ SA est propriétaire de la parcelle n° 2166 de la commune de C._. A._ et X._ SA sont copropriétaires, pour moitié chacune, de la parcelle voisine n° 2276. Sur ces deux parcelles étaient édifiés des bâtiments à toits plats: le bâtiment sis sur la parcelle n° 2166 était (et est toujours) d'un seul niveau, tandis que celui sis sur la parcelle n° 2276, construit en escalier, en comportait plusieurs. Le plan localisé de quartier n° 28415 du 16 mai 1995 (ci-après: PLQ 1995) autorise, sur environ la moitié de la parcelle n° 2166, une surélévation du bâtiment jusqu'à quatre niveaux. Ce même plan autorise, sur environ la moitié de la parcelle n° 2276, une surélévation du bâtiment jusqu'à trois niveaux. Les toits plats des deux bâtiments voisins étaient adossés l'un à l'autre. Celui de l'immeuble appartenant à B._ SA est pourvu de lucarnes à jours zénithaux. Etant donné qu'avant toute surélévation déjà, le bâtiment de A._ et X._ SA était plus haut que celui sis sur la parcelle voisine, un mur aveugle de 2 m 50 se trouvait le long de la limite de propriété du premier immeuble, à une distance de 3 m 20 des lucarnes du toit plat voisin. A une date non précisée, l'architecte mandaté par A._ et X._ SA a interpellé l'actionnaire unique de B._ SA en vue de lui proposer de s'associer à un projet de surélévation des immeubles. Celui-ci a décliné la proposition, en précisant qu'il était toutefois vendeur de sa parcelle, ce qui avait suscité l'intérêt des copropriétaires, sans toutefois qu'une transaction ne se concrétise par la suite. A.b Le 6 juillet 2007, le Département genevois des constructions, des technologies et de l'information (ci-après: DCTI) a autorisé A._ et X._ SA à surélever de deux étages leur immeuble, afin d'y créer notamment six appartements. B._ SA ne s'est pas opposée à l'octroi de cette autorisation, contrairement à quatre autres personnes, qui ont toutefois retiré leur opposition avant la mi-novembre 2007. L'autorisation de construire est alors entrée en force. A.c Les travaux de surélévation du bâtiment ont débuté le 15 mai 2008. Par courrier du 27 mai 2008, renouvelé le 29 mai 2008, B._ SA a formellement interdit à ses voisines d'utiliser sa parcelle pour les besoins de leur chantier avant le versement de 100'000 fr. de sûretés. En outre, par lettre recommandée du 6 juin 2008, B._ SA a avisé le DCTI que l'autorisation de construire en cause était viciée en ce sens qu'elle avait permis à tort la création de fenêtres en limite de propriété. Elle a requis la révocation de cette autorisation. Le 1er juillet 2008, le DCTI a répondu à B._ SA que l'autorisation de construire était conforme au plan localisé de quartier, ainsi qu'à toutes les autres dispositions légales et réglementaires, qu'en outre, elle était en force, de sorte qu'il ne donnerait aucune suite à sa dénonciation. A.d Les parties sont en litige au sujet des seize fenêtres du 1er, 2ème et 3ème étage de la façade nord-ouest du bâtiment, qui ont été nouvellement créées lors de la surélévation de ce dernier. Ces fenêtres ont été pratiquées en limite de propriété, certaines dans le mur précédemment aveugle, en face des lucarnes du toit voisin. Comme les façades des deux bâtiments forment un angle à 90°, la fenêtre oscillo-battante du 1er étage, située à l'extrême gauche (côté est) du bâtiment nouvellement surélevé, se différencie des quinze autres en ce sens qu'elle a été créée à l'endroit précis où les façades contiguës des immeubles sont censées s'adosser l'une à l'autre une fois surélevées, selon l'implantation prévue par le PLQ 1995; ce dernier permet en effet la surélévation en limite des deux bâtiments. Les seize nouvelles fenêtres suscitent différentes contestations de la part de B._ SA. En substance, celle-ci estime qu'elle devra reculer toute future surélévation de son bâtiment de façon à respecter la distance de 4 m que lui imposerait la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (ci-après: LCI/GE). C'est pourquoi, elle invoque principalement des pertes de surface, soit 40 m2 de surface habitable et 72 m2 de terrasse. Elle prétend également que les locataires voisins peuvent maintenant se promener sur son toit plat depuis le bâtiment surélevé, qu'une colonne de fenêtres du 1er au 3ème étage ne respectent pas les règles sur les vues droites croisées, ce qui restreint également les possibilités d'habitation, et, enfin, que les fenêtres litigieuses donnant sur le toit plat de son immeuble, sous lequel est aménagée une halle d'exposition, lui causent une perte d'intimité, les locataires du bâtiment surélevé pouvant apercevoir ses activités à travers les lucarnes à jours zénithaux. B. B.a Le 11 juin 2008, B._ SA a déposé devant le Tribunal de première instance de Genève une requête de mesures provisionnelles tendant à faire suspendre les travaux de construction. A l'appui de cette requête, elle a fait valoir que le projet de surélévation de l'immeuble voisin contrevenait aux règles de construction relatives aux jours et vues sur le fonds d'autrui, et constituait par conséquent une immission excessive au sens de l'art. 684 CC. Statuant le 30 juillet 2008, l'autorité saisie a rejeté la requête. B.b Par arrêt du 17 octobre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours formé par B._ SA, annulé l'ordonnance précitée et fait interdiction à A._ et X._ SA de poursuivre leurs travaux de construction sur la parcelle n° 2166 jusqu'à droit connu sur le fond. B.c A._ et X._ SA ont formé un recours en matière civile, concluant au rejet de la requête de mesures provisionnelles. Par arrêt du 10 juin 2009 (arrêt 5A_791/2008), le Tribunal fédéral a rejeté le recours: il a relevé que les recourantes ne contestaient pas que les vues droites créées dans la façade surélevée ne respectaient pas la distance de 4 m à la limite, qu'elles n'invoquaient ni être au bénéfice d'une dérogation, ni que le plan localisé de quartier autorisait la création de vues droites, et qu'elles admettaient que l'intimée ne pourrait pas surélever son immeuble sur toute la surface autorisée par le plan de quartier. Il a conclu qu'il était donc soutenable, de la part de l'autorité cantonale, de considérer que les recourantes n'avaient pas rendu vraisemblable qu'elles pouvaient déroger aux distances minimales prévues par le droit cantonal. C. C.a Le 19 décembre 2008, B._ SA a ouvert action devant le Tribunal de première instance de Genève, en validation des mesures provisionnelles. A._ et X._ SA ont conclu au rejet de la demande. Reconventionnellement, et à titre subsidiaire, elles ont demandé à ce qu'une servitude de vue soit accordée à la parcelle n° 2276, à charge de la parcelle n° 2166, permettant l'existence d'ouvertures en façade sur l'immeuble, en vertu du PLQ 1995 et de l'autorisation de construire. Par jugement du 8 septembre 2010, le tribunal a débouté B._ SA de ses conclusions. C.b Par arrêt du 15 avril 2011, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours formé par B._ SA contre le jugement précité. Elle a, notamment, ordonné aux intimées de murer la fenêtre oscillo-battante située à l'extrême gauche de la façade nord-ouest du bâtiment D 504, érigé sur leur parcelle n° 2776, dans un délai de 90 jours dès l'entrée en force de l'arrêt (ch. 1), ordonné aux intimées de pourvoir les quinze ouvertures pratiquées dans la façade de leur bâtiment lors de la surélévation de jours fixes opaques et translucides, dans un délai de 90 jours dès l'entrée en force de l'arrêt (ch. 2), dit que les injonctions précitées étaient assorties de la menace de la peine de l'art. 292 CP [...] (ch. 3), validé en conséquence les mesures provisionnelles prononcées par l'arrêt du 17 octobre 2008 (ch. 4), et ordonné la restitution à B._ SA des sûretés qu'elle avait fournies lors des mesures provisionnelles (ch. 5). D. Par mémoire posté le 24 mai 2011, A._ et X._ SA forment un recours en matière civile contre cet arrêt. Elles concluent principalement à sa réforme, en ce sens que B._ SA soit déboutée de toutes ses conclusions, subsidiairement, en ce sens qu'un droit de vue soit accordé au profit de la parcelle n° 2276 à charge de la parcelle n° 2166, permettant l'existence d'ouvertures en façade sur l'immeuble érigé par elles en vertu du PLQ 1995 et de l'autorisation de construire du 6 juillet 2007, et qu'il soit ordonné en conséquence au Conservateur du Registre foncier de procéder à l'inscription du droit de vue. Pour peu qu'on les comprenne, les recourantes requièrent, tant dans leurs conclusions principales que subsidiaires, que la libération des sûretés déposées par B._ SA soit annulée. Plus subsidiairement, elles concluent à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, elles invoquent la violation des art. 9 Cst. dans l'application du droit cantonal et l'établissement des faits, 3 al. 2, 8, 674 al. 3, 679, 684 et 686 CC, ainsi que de l'art. 292 CP. Invitées à déposer des observations, l'intimée conclut au rejet du recours, alors que l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. E. Par ordonnance présidentielle du 8 juin 2011, l'effet suspensif a été accordé au recours.