Faits: A. A.a M. A.X._, né en 1965, et Mme B.X._, née en 1970, se sont mariés le 30 avril 2003 à Genève, sous le régime matrimonial légal de la participation aux acquêts. Le couple a deux enfants: C._, née en 2007, et D._, né en 2009. Les époux X._ ont mis un terme à leur vie commune fin octobre 2007. M. A.X._ a eu un troisième enfant, E._, en 2010. Il est désormais séparé de la mère de la fillette. A.b La situation financière des parties se résume ainsi: Mme B.X._ est médecin radiologue. Après avoir travaillé jusqu'en mai 2008 comme cheffe de clinique aux Hôpitaux Universitaires de Genève pour un revenu mensuel brut de 10'000 fr., elle travaille depuis le 1er octobre 2009 auprès de la société F._ SA. Occupée dans un premier temps à 60% pour un salaire mensuel net de 13'314 fr. 75, elle a réduit son taux d'activité à 50 % depuis le 1er janvier 2012, réalisant ainsi un revenu mensuel net de 10'723 fr. 40. Ses charges ont été arrêtées à 14'000 fr. Le taux d'activité de Mme B.X._, de même que le montant de ses charges, sont critiqués par son époux. M. A.X._ est économiste, issu de la HEC de St-Gall. Il est administrateur unique et actionnaire unique de G._ SA dont le but est la gestion et l'administration de fortune. M. A.X._ a également été gérant, voire administrateur de différentes sociétés. Son revenu mensuel moyen a été fixé par les tribunaux à 20'000 fr., montant qu'il conteste; ses charges, dont le montant est également critiqué, ont été arrêtées à 5'806 fr. par mois. B. B.a Par requête déposée le 24 juin 2010 devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, Mme B.X._ a formé une demande unilatérale en divorce, assortie d'une demande de mesures provisoires et de mesures préprovisoires urgentes. Sur mesures provisoires, l'épouse a notamment conclu à ce que son époux soit condamné à verser, pour l'entretien de la famille, la somme de 9'000 fr. par mois dès le 1er juillet 2009, sous déduction du coût mensuel global de la garde d'enfants et de montants déjà payés par l'intéressé entre juillet 2009 et juin 2010. Dans des écritures ultérieures, elle a porté à 12'000 fr. par mois la somme réclamée, sous les déductions précitées. B.b Parallèlement, par requête du 29 juin 2010, M. A.X._ a également formé une demande unilatérale en divorce, assortie d'une demande de mesures préprovisoires urgentes et de mesures provisoires. Sur mesures provisoires, réclamant un très large droit de visite, il a conclu à ce qu'il lui soit donné acte, ainsi qu'à son épouse, de leur engagement réciproque à assumer les frais relatifs à l'entretien courant des enfants lorsque ceux-ci résident auprès de chacun d'entre eux; il a aussi pris l'engagement d'assurer tous les coûts raisonnables liés à l'entretien et l'éducation des enfants ainsi que leurs frais extraordinaires. B.c La garde des enfants a été confiée à leur mère par ordonnance de mesures pré-provisoires urgentes du 11 août 2010. B.d Statuant sur mesures provisoires par jugement du 4 février 2011, le Tribunal de première instance a notamment condamné M. A.X._ à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 10'000 fr. à titre de contribution à l'entretien de sa famille, ce à partir du 1er juillet 2009 et sous imputation des sommes déjà versées à ce jour ainsi que des charges déjà payées par l'intéressé. M. A.X._ a appelé de cette décision, appel déclaré irrecevable pour cause de tardiveté par la Cour de justice le 26 août 2011. Par arrêt du 23 février 2012 (5A_704/2011), le Tribunal fédéral a néanmoins annulé ce dernier arrêt et retourné la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Le 14 septembre 2012, sur renvoi du Tribunal de céans, la Cour de justice a réformé le jugement rendu par le Tribunal de première instance en ce sens que la somme admise à titre de déduction a été chiffrée à 208'952 fr., le montant de la pension demeurant identique, à savoir 10'000 fr. par mois dès le 1er juillet 2009. C. Agissant le 22 octobre 2012 par la voie du recours en matière civile, M. A.X._ réclame l'annulation de l'arrêt cantonal et sa réforme en ce sens qu'il lui est donné acte de son engagement à verser à son épouse, dès le 1er juillet 2009, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 3'000 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, sous imputation d'un montant de 208'952 fr. versé à fin mai 2012 et de toutes autres sommes versées à ce titre dans l'intervalle; à titre subsidiaire, le recourant réclame le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Appelées à se déterminer, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée conclut à ce que le recourant soit débouté de toutes ses conclusions.