Faits: A. Par jugement du 5 avril 2007, le Tribunal de police du district du Locle a condamné X._ pour abus de confiance et faux dans les titres à une peine pécuniaire de 50 jours-amende assortie du sursis pendant 2 ans. Le montant du jour-amende a été fixé à 60 fr. Cette autorité a retenu en substance les faits suivants. X._ a exercé une activité de comptable auprès de la Fondation A._ au Locle. A une époque où elle était seule responsable de la caisse, elle a effectué deux prélèvements frauduleux pour un montant total de 3'236.60 fr. et a passé deux écritures fausses pour masquer ces prélèvements. S'agissant d'autres inscriptions litigieuses, le Tribunal a estimé qu'un doute planait quant à l'origine des différences constatées, doute qui devait profiter à l'accusée. B. Par arrêt du 28 novembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le pourvoi formé par X._ contre ce jugement. C. Invoquant l'interdiction de l'arbitraire et le principe "in dubio pro reo", X._ conclut, sous suite de frais, à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause pour nouveau jugement.