Faits : A. A.a. Le 1 er septembre 2011, la société de droit public X._ (ci-après: X._) a déposé devant le Tribunal de première instance de Genève une requête de faillite sans poursuite préalable contre A._, inscrit au registre du commerce en qualité de titulaire de l'entreprise individuelle B._. Elle a allégué qu'elle était titulaire d'une créance de xxxx fr. fondée sur un contrat de bail résilié avec effet au 31 juillet 2010 en raison de non-paiement de loyers, résiliation suite à laquelle l'expulsion des locaux avait été ordonnée, et que le débiteur était en cessation de paiement. Par ordonnance du 3 novembre 2011, le juge de première instance a cité les parties à comparaître à une audience fixée au 21 novembre 2011. Cette citation mentionnait les art. 248 ss CPC et le fait que les parties étaient invitées à apporter toutes pièces dont elles entendaient faire état afin qu'il soit statué par voie de procédure sommaire. Les parties ont comparu. Lors de cette audience, A._ a requis de déposer des observations écrites, ce que le juge a refusé. Par jugement du 12 mars 2012, la faillite de A._ a été prononcée avec effet ce même jour à 14h35. A.b. Le 3 avril 2012, le failli a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice du canton de Genève et a produit des pièces, dont sa détermination refusée par le premier juge (pièce n° 5). Il a également requis l'effet suspensif. Après que la procédure a été suspendue, sur requête des parties, durant neuf mois, la Cour de justice a, par arrêt du 26 avril 2013, rejeté le recours de A._ et déclaré la requête d'effet suspensif sans objet, considérant au préalable irrecevable la pièce n° 5 du failli. Par arrêt 5A_423/2013 du 17 septembre 2013, le Tribunal fédéral a annulé cet arrêt pour violation du droit d'être entendu, au motif que le recourant n'avait pas pu s'exprimer sur le nouvel extrait du registre des poursuites du 22 mars 2013 que la cour cantonale avait requis d'office. Il a retourné la cause à cette juridiction pour nouvelle décision. La demande d'interprétation de cet arrêt déposée par le failli a été rejetée par le Tribunal fédéral (arrêt 5G_1/2014 du 14 mars 2014). A.c. Suite à ce renvoi, la Cour de justice a fixé au failli un délai pour se déterminer sur le nouvel extrait de ses poursuites. Ne s'étant pas prononcé dans le délai qui lui avait été imparti, le failli a requis une restitution de délai le 23 octobre 2013 et a sollicité la suspension de la procédure de faillite dans l'attente de la décision sur sa requête de radiation de son entreprise individuelle au registre du commerce. Par ordonnance d'instruction du 19 novembre 2013, la Cour de justice a fixé au failli un nouveau délai pour se déterminer sur l'extrait du registre des poursuites et indiqué qu'elle statuerait dans sa décision au fond sur la requête de suspension de la procédure. Par arrêt 5A_930/2013 du 30 janvier 2014, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours du prénommé contre ladite ordonnance, les conditions de l'art. 93 LTF n'étant pas réunies. Par arrêt du 14 mars 2014, la Cour de justice a statué sur la requête de suspension, qu'elle a rejetée, et derechef sur le recours contre le jugement de faillite du 12 mars 2012, qu'elle a également rejeté, la requête d'effet suspensif ayant été déclarée au préalable sans objet. Cet arrêt fait l'objet de la présente procédure. A.d. Dans l'intervalle, le 30 septembre 2013, soit après le prononcé de l'arrêt du 17 septembre 2013 du Tribunal fédéral dans la procédure de faillite, A._ a déposé auprès du registre du commerce une requête en radiation de son inscription et de celle de sa raison individuelle, pour cause de cessation de l'exploitation de B._. Le préposé au registre du commerce a fait part à A._ du fait qu'" il ne serait possible de prendre en considération cette requête qu'au moment d'une éventuelle annulation du jugement de faillite de sonentreprise ". Par arrêt du 20 décembre 2013, la Chambre de surveillance de la Cour de justice genevoise, a rejeté le recours de A._ contre l'absence de décision du registre du commerce. Par arrêt 4A_23/2014 du 8 juillet 2014, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevables le recours en matière civile et le recours constitutionnel subsidiaire exercés par A._ contre cette décision. Il a jugé tout d'abord qu'à la date du 25 avril 2013, soit celle où la cause avait été replacée suite à l'annulation, par l'arrêt 5A_423/2013 du 17 septembre 2013, de la décision cantonale du 26 avril 2013 pour violation du droit d'être entendu, le prononcé de faillite était en force de chose jugée, avec effet au 12 mars 2012 à 14h35, aucun effet suspensif n'ayant été accordé. Ensuite, puisque le 30 septembre 2013, date où le recourant avait requis la radiation de son inscription au registre du commerce, il était déjà en faillite (depuis le 12 mars 2012 à 14h35), il n'avait pas la faculté de procéder pour former une telle réquisition. Enfin, dès lors que la radiation de son entreprise aurait eu pour conséquence de soustraire ses actifs à la mainmise générale de ses créanciers, il n'avait pas la capacité pour procéder à la réquisition de cet acte. B. Par acte posté le 12 mai 2014, A._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt du 14 mars 2014 confirmant sa faillite. Il conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la requête de faillite sans poursuite préalable soit rejetée et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il invoque la constatation manifestement inexacte des faits, sans citer la violation d'une norme légale ou constitutionnelle, ainsi que la violation des art. 29 al. 2 Cst. en lien avec l'art. 53 CPC, 9 Cst. dans l'application de l'art. 190 al. 1 ch. 2 LP, 8 CC et 253 CPC. Il requiert également d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. Des observations n'ont pas été requises.