Faits: A. A._ a été renvoyé en jugement devant le Tribunal de police du canton de Genève pour menaces, lésions corporelles, contrainte sexuelle et infraction à la LStup notamment. Le 19 mai 2009, le tribunal a décidé de soumettre l'accusé à une expertise psychiatrique. Le 20 mai 2009, A._ a saisi le Tribunal d'application des peines et mesures (TAPEM) d'une requête d'exécution anticipée d'une mesure thérapeutique au sens de l'art. 58 al. 1 CP. Il exposait consommer de l'héroïne et de la cocaïne depuis l'âge de seize ans. Sa consommation avait augmenté en 2007 après le décès de sa mère, la perte de son emploi et des problèmes de couple. Sa toxicodépendance était à l'origine des infractions qui lui étaient reprochées. Hospitalisé depuis le 11 mai 2009 à la Clinique psychiatrique de Belle-Idée, il désirait entreprendre un programme thérapeutique au Centre Argos, association d'aide aux personnes toxicodépendantes, afin de traiter son addiction. Le responsable de ce centre s'était dit prêt à l'accueillir et son médecin s'était prononcé favorablement. Il était probable qu'une telle mesure soit finalement ordonnée par le tribunal. Invoquant l'urgence, il requérait des mesures provisoires dans le même sens. Jusqu'alors en détention préventive, A._ a été libéré le 12 juin 2009. Il a été pris en charge au Centre résidentiel à moyen terme de l'Association Argos. B. Par jugement du 18 juin 2009, le TAPEM a rejeté la demande. A défaut de toute expertise psychiatrique, il n'était pas possible de connaître l'état du prévenu et de déterminer la mesure thérapeutique la plus appropriée. A._ a saisi la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise, laquelle a confirmé le jugement du TAPEM par arrêt du 16 novembre 2009. A l'instar des mesures prévues aux art. 59 à 61 et 63 CP, l'exécution anticipée devait se fonder sur un rapport d'expertise. Même si l'évolution clinique du recourant était favorable, on ignorait la nature exacte de sa dépendance, les chances de succès du traitement et les possibilités de prévenir ainsi de nouvelles infractions. C. A._ forme un recours en matière pénale. Il demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Chambre pénale et de prononcer l'exécution anticipée de la mesure thérapeutique, dès le 12 juin 2009. Il requiert l'assistance judiciaire. La Chambre pénale se réfère à son arrêt.