Faits: A. Les époux A._ se sont mariés le 5 janvier 1986 à Lausanne. Ils ont eu deux enfants : B._, née en 1995, et C._, née en 2006. L'épouse a déposé une requête de mesures protectrices de l'union conjugale le 26 juillet 2011. Lors de l'audience du 8 septembre suivant, les parties sont notamment convenues, «dans l'attente de l'avis de l'expert et sauf urgence», de confier la garde de C._ à la mère et celle de B._ au père; la jouissance du logement conjugal a été attribuée à celui-ci. Par prononcé du 11 octobre 2011, le Service de protection de la jeunesse (SPJ) a été mandaté aux fins d'établir un rapport d'enquête sur la situation des enfants et de les entendre au plus vite. Il a rendu son rapport d'évaluation le 8 mai 2012, après entretiens avec les membres de la famille sur une période allant du 21 octobre au 23 novembre 2011 et après audition d'autres intervenants. Par courrier du 31 mai 2012, la mère a critiqué ce rapport, sollicitant une actualisation et un complément de celui-ci. Le 25 mai 2012, la Consultation «Les Boréales» a délivré un rapport sur la situation des enfants. Ceux-ci ont par ailleurs été entendus par un juge délégué le 30 mai 2012. Les parents ont quant à eux été entendus à l'audience du 7 juin 2012, ainsi qu'une amie de la mère, en qualité de témoin. Les parties se sont encore déterminées sur le rapport des «Boréales» les 28 et 29 juin ainsi que le 2 juillet 2012. B. Par ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 12 juillet 2012, la Présidente du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois (ci-après: la Présidente du Tribunal d'arrondissement) a, notamment, confié la garde des deux enfants à leur père, institué une mesure de curatelle d'assistance éducative au sens de l'art. 308 al. 1 CC et ordonné une expertise pédopsychiatrique par une fondation, avec pour mission de se déterminer sur la situation des enfants, sur les capacités éducatives respectives des parents et sur les relations de ceux-ci avec leurs enfants. Chaque partie a appelé de cette décision. Dans son recours du 26 juillet 2012, la mère a notamment conclu, en substance, à l'annulation de l'ordonnance querellée dans la mesure où celle-ci confiait la garde de la cadette des enfants au père. Elle a en outre requis que l'exécution des mesures provisionnelles prises soit suspendue. Par décision du 6 août 2012, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après : le Juge délégué) a rejeté la requête d'effet suspensif précitée. C. Par acte du 24 août 2012, l'épouse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à la réforme de la décision du 6 août 2012 en ce sens que l'effet suspensif est accordé à son recours en appel. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Des déterminations n'ont pas été demandées.