Faits: A. B._, née en 1937, est au bénéfice de prestations complémentaires depuis 1999 (décisions du 9 mars 2001). Le 14 juillet 2004, elle a demandé un réexamen de son droit. L'Office cantonal des personnes âgées (ci-après: l'OCPA) a statué sur sa requête par trois décisions du 13 avril 2005, contre lesquelles l'assurée a formé opposition en alléguant qu'il n'avait pas été tenu compte du fait qu'elle habitait l'immeuble dont elle est propriétaire. Par décisions du 5 octobre 2007, l'OCPA a admis partiellement l'opposition de B._ en recalculant son droit aux prestations complémentaires sur la base d'un loyer correspondant à la valeur locative brute de l'immeuble habité. Suivant l'indication des voies de droit donnée par l'administration, l'assurée s'est opposée à ces décisions le 4 novembre suivant, en invoquant le fait que la valeur locative à prendre en compte était la valeur locative valable pour l'impôt cantonal et non pas celle de l'impôt fédéral direct. De plus, le montant retenu au titre de la fortune immobilière était contesté. B. Par courrier du 26 juin 2008, le Service des prestations complémentaires (ci-après: le SPC; anciennement l'OCPA) a transmis l'affaire au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales comme objet de sa compétence. Celui-ci a, par jugement du 12 mars 2009, admis le recours pour la période postérieure au 1er juillet 2004, annulé les décisions du 5 octobre 2007 et renvoyé l'affaire à l'administration pour recalculer les prestations dues à B._. L'autorité cantonale a retenu que la valeur locative déterminante était celle de l'impôt cantonal et non celle valable pour l'impôt fédéral direct. C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. L'assurée conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.