Faits: A. A.a Le 1er septembre 2000, la société anonyme X._, de siège à A._, a engagé V._, en qualité d'agent de sécurité, à partir du 1er octobre 2000. Dès le 1er janvier 2004, l'employée a été affectée à la réception du site genevois de Z._, dotée du nouveau statut d'hôtesse d'accueil, puis, dès le 1er juillet 2004, du statut d'agent de sécurité fixe. Une attestation datée du 1er février 2005 mentionne la fonction de « réceptionniste de sécurité ». Il n'est pas contesté que les tâches effectuées par l'employée auprès de Z._ consistaient à réceptionner les personnes se présentant, à contrôler leur identité avant de les autoriser à pénétrer dans les locaux et enfin à conserver leurs documents d'identité pendant la durée de la visite. L'employée portait un badge mentionnant son appartenance à X._, mais non une carte la légitimant comme agent de sécurité. Dès janvier 2006, le salaire mensuel brut de l'employée s'est élevé à 4'363 fr.20. A.b V._ a bénéficié, dès le début de l'année 2005, d'une place de parc mise à disposition directement par Z._. Les loyers dus pour l'occupation de cette place ont été acquittés, en ce qui concerne l'année 2007, par mensualités. S'agissant des années précédentes, des prélèvements ont été effectués sur le salaire de l'employée de juillet à décembre 2007, sans qu'aucune protestation ne soit formulée contre cette manière de faire. A.c X._ était liée à Z._ par un contrat, qui représentait le tiers du chiffre d'affaires de la première nommée; le contrat a pris fin le 31 décembre 2007 faute d'avoir été renouvelé en octobre 2007. Le 30 octobre 2007, X._ a procédé à vingt-neuf licenciements, dont celui de V._, sans avoir préalablement informé la représentation des travailleurs dans l'entreprise, constituée par une commission de quatre personnes, ni les travailleurs eux-mêmes. De même, aucune notification des licenciements projetés n'a été faite auprès de l'Office cantonal de l'emploi. Une amende administrative de 2'000 fr. a été infligée à X._ pour non-respect de la procédure en matière de licenciement collectif. V._ a été licenciée pour le 31 décembre 2007, par remise en mains propres le 30 octobre 2007 de la lettre de licenciement. Le 14 janvier 2008, V._ a fait opposition à son licenciement et offert ses services à l'employeuse jusqu'à la fin des rapports de travail, en faisant valoir que les rapports de travail n'avaient pas pris fin. A.d Après avoir été interpellé par le Syndicat interprofessionnel de travailleuses et travailleurs (SIT) au sujet de la procédure à suivre en cas de licenciement collectif, l'employeuse a, le 21 janvier 2008, communiqué à l'Office cantonal de l'emploi l'annonce complète des vingt-neuf licenciements. V._ a perçu des indemnités de l'assurance-chômage dès le mois de janvier 2008. B. B.a Le 31 mars 2008, V._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. La défenderesse devait être condamnée à payer 6'678 fr.73 à titre de différence de salaire brut de mars 2004 à décembre 2007, 556 fr.35 à titre d'indemnité vacances brute sur le montant qui précède, 1'080 fr. bruts à titre de remboursement de la déduction « vacances » effectuée indûment sur le salaire de décembre 2007, 9'270 fr.66 à titre de salaire brut pour les mois de janvier et février 2008, 772 fr.25 à titre d'indemnité vacances brute pour ces deux mois et 9'270 fr.66 à titre d'indemnité nette pour licenciement abusif. Ces sommes devaient porter intérêts au taux de 5% par an dès l'échéance de chaque créance. La défenderesse s'est opposée à la demande. La Caisse de chômage du SIT est intervenue à la procédure. Le Tribunal a statué le 28 octobre 2008. Il a tout d'abord estimé que la convention collective de travail pour la branche de la sécurité privée (ci-après: CCT ou convention collective de travail) n'était pas applicable aux rapports entre les parties et qu'ainsi les prétentions en paiement de la différence de salaire majoré d'une indemnité vacances pour la période antérieure au 31 décembre 2007 n'étaient pas fondées. Il a ensuite arrêté que l'employeuse n'avait pas respecté la procédure spécifique des art. 335d et ss CO en matière de licenciement collectif et, faisant application de l'art. 335g al. 4 CO, a jugé que les rapports de travail avaient pris fin trente jours après l'annonce du 21 janvier 2008, soit le 20 février 2008. Ainsi, il a alloué à la demanderesse le salaire et l'indemnité pour les vacances non prises en nature pour la période s'étendant du 1er janvier au 20 février 2008 (7'769 fr.10) et a admis la subrogation de la Caisse intervenante à concurrence des indemnités versées pour cette même période (4'880 fr.25); il a fixé l'indemnité pour licenciement abusif à deux mois de salaire (8'726 fr.40), en raison de la durée des rapports de travail (7 ans) et du fait que l'employée était toujours sans emploi. Le Tribunal a enfin considéré que la déduction opérée par l'employeuse pour les vacances prises en trop à concurrence de 1'080 fr. n'était pas justifiée, alors que celle pour les frais de parking l'était. B.b La Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a été saisie d'un appel de l'employée et d'un appel de l'employeuse. Statuant le 7 avril 2009, l'autorité cantonale a annulé le jugement attaqué en tant qu'il condamne l'employeuse à payer à l'employée la somme brute de 8'849 fr.10 (7'769 fr .10 + 1'080 fr.), avec intérêts à 5% l'an dès le 20 février 2008. Statuant à nouveau sur ce point, les juges cantonaux ont condamné l'employeuse à payer à l'employée 14'939 fr.85 (6'678 fr.73 + 5'021 fr.45 + 3'239 fr.65) bruts, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2008, sous déduction des 4'880 fr.25 nets dus à la Caisse de chômage du SIT. Le jugement attaqué a été confirmé pour le surplus. Contrairement à la première autorité saisie, les juges cantonaux ont retenu que la CCT s'applique aux rapports entre les parties dès le 1er juin 2004 et ont donc admis les conclusions en paiement de la différence de salaire pour la période antérieure au 31 décembre 2007, soit 6'678 fr.73 bruts, avec intérêts à 5% dès le jour de la fin des rapports de travail. Confirmant que les rapports de travail ont pris fin le 20 février 2008, la cour cantonale a adapté, compte tenu de l'applicabilité de la CCT, les montants alloués pour janvier et février 2008; ainsi, le salaire mensuel dû, majoré de 8.33% à titre de vacances, a été arrêté à 5'021 fr.45 bruts pour janvier 2008 et à 3'239 fr.45 (recte: 65) pour février 2008. Les magistrats ont confirmé le remboursement par l'employeuse du montant de 1'080 fr., au titre des vacances prises en trop, et le non-remboursement des frais de parking prélevés. Enfin, le montant alloué à la Caisse de chômage - à porter en déduction du montant dû par l'employeuse - a été confirmé, ainsi que la quotité de l'indemnité allouée à titre de licenciement abusif. C. C.a L'employeuse exerce un recours en matière civile. Invoquant une violation de l'art. 9 Cst., des art. 329a et 329d, 335g al. 4, 336 al. 2 let. c et 336a al. 3 CO, elle demande l'annulation du jugement rendu le 7 avril 2009 et le déboutement de l'employée de toutes ses conclusions, sous suite de dépens. L'employée n'a pas déposé de réponse régulière dans le délai qui lui a été imparti par ordonnance du 25 juin 2009. La Caisse de chômage intervenante n'a, quant à elle, pas de remarques supplémentaires à ajouter au dossier et maintient ses prétentions à concurrence de 5'941 fr.25 nets, avec intérêts moratoires à 5% dès le 3 avril 2008, qui représentent la somme versée à titre d'indemnités de chômage pour les mois de janvier et février 2008. La Cour d'appel n'a pas d'observations particulières à présenter et se réfère à son arrêt, dans les termes duquel elle persiste. C.b Par ordonnance présidentielle du 12 juin 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.