Faits: A. La rivière la Dranse se jette dans le Rhône à Martigny, après avoir traversé le territoire des communes de Vollèges, Sembrancher, Bovernier et Martigny-Combe. En amont, cette rivière est formée de trois cours d'eau: la Dranse de Bagnes, la Dranse d'Entremont et la Dranse de Ferret. Les eaux de la Dranse sont utilisées à différents endroits pour la production d'électricité. Elles sont parfois restituées dans la rivière elle-même (ouvrages des Forces Motrices du Grand-Saint-Bernard, des Forces Motrices d'Orsières et de Romande-Energie, notamment); dans d'autres cas, les eaux captées sont déversées directement dans le Rhône (ouvrages des Forces Motrices de Mauvoisin et d'Emosson). A la fin du XIXe siècle et au début du XXe siècle, les cinq communes précitées ont concédé à une société de production d'électricité (en dernier lieu L'Energie de l'Ouest-Suisse) le droit d'utiliser les eaux de la Dranse, sur leurs territoires respectifs, pour l'exploitation de l'aménagement hydroélectrique de Martigny-Bourg. Cet ouvrage comporte une prise d'eau sur la Dranse entre Bovernier et Sembrancher ainsi qu'une centrale électrique à Martigny-Bourg, les eaux dérivées se déversant ensuite dans la Dranse. Ces concessions sont parvenues à échéance le 4 mars 2000 (deux concessions étaient déjà échues le 27 février 1998 mais la continuation de l'exploitation jusqu'au 4 mars 2000 a été autorisée par le Conseil d'Etat du canton du Valais). B. Le 13 décembre 2001, les communes municipales de Vollèges, Sembrancher, Bovernier, Martigny-Combe et Martigny ont chacune conclu un acte de concession de forces hydrauliques avec la société anonyme Forces Motrices de Martigny-Bourg S.A. (FMMB), constituée peu auparavant. L'art. 1, identique dans les cinq actes, a la teneur suivante: "Article 1: Description de l'aménagement, dotation et mode d'utilisation L'aménagement hydro-électrique de "Martigny-Bourg" comprend: - une prise d'eau sur la Dranse, au lieu-dit "Les Trappistes", débit d'équipement: 10.2 m3/s - une galerie Les Trappistes - Mont-Chemin, d'une longueur totale de 5.33 km - une cheminée d'équilibre au Mont-Chemin - une conduite forcée souterraine entre le Mont-Chemin et la centrale de Martigny-Bourg - une centrale à Martigny-Bourg avec trois groupes de 7.36 MW - un canal de fuite restituant les eaux dérivées à la Dranse. La hauteur de chute brute est de 191.4 m (différence entre la cote des Trappistes 683 m s. mer et la cote de la restitution 491.6 m s. mer). Le débit moyen annuel utilisable est de 6.7 m3/s, correspondant à un volume d'eau de 211.7 mios de m3 annuels environ. Le débit minimal de dotation servi à la prise des Trappistes correspond à 1.250 m3/s, mesuré à la prise des Trappistes par la méthode du déversoir. Mode d'utilisation: les eaux concédées seront utilisées au fil de l'eau." L'art. 2 est quasiment identique dans les cinq actes. S'agissant de la concession octroyée par Vollèges à FMBB, cet article a la teneur suivante: "Article 2: Eaux concédées La Commune accorde au concessionnaire la concession pour l'utilisation de ses eaux de la Dranse sur son propre territoire, à l'exception de celles réservées et concédées à l'Electricité d'Emosson S.A. selon la concession fédérale du 27 juin 1966, ce qui représente 2 % des forces présentement concédées." Dans les autres concessions, la proportion des "forces présentement concédées" qui sont "réservées et concédées à l'Electricité d'Emosson S.A." est respectivement de 26 % (Sembrancher), 32 % (Bovernier), 19 % (Martigny-Combe) et 21 % (Martigny). L'art. 3, identique dans les cinq actes, est libellé ainsi: "Article 3: Durée La durée de la concession pour l'utilisation des eaux est de 80 (quatre-vingts) ans dès le 5 mars 2000 jusqu'au 4 mars 2080." C. En vertu de la loi cantonale valaisanne sur l'utilisation des forces hydrauliques (LFH/VS), les concessions de droits d'eau octroyées par les communes doivent être approuvées par le Conseil d'Etat. Préalablement, le projet de concession est mis à l'enquête publique et les intéressés peuvent former opposition. Dans le cas particulier, une enquête publique a été ouverte le 24 avril 1998. Le WWF Suisse (ci-après: le WWF) s'est opposé en faisant valoir en substance: - que les dispositions des art. 29 ss de la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20) concernant le maintien de débits résiduels convenables n'étaient pas respectées; - que la réglementation des purges pour l'évacuation des sédiments à la prise d'eau des Trappistes était insatisfaisante; - que la durée des nouvelles concessions était excessive; - que les mesures de réduction des impacts - ou de compensation des impacts résiduels - de l'aménagement hydroélectrique sur l'environnement, la nature et le paysage étaient insuffisantes. Le Conseil d'Etat a finalement approuvé le 16 janvier 2002 les cinq nouvelles concessions en les assortissant de diverses conditions et charges. Il a ainsi imposé des mesures qui avaient été proposées dans le rapport d'impact sur l'environnement (RIE) déposé par les auteurs du projet. L'opposition du WWF a été rejetée. D. Le WWF a recouru auprès du Tribunal cantonal contre la décision du Conseil d'Etat en développant les griefs de son opposition. La Cour de droit public du Tribunal cantonal a rendu son arrêt le 29 novembre 2002. Elle a admis le recours, annulé la décision attaquée et renvoyé l'affaire au Conseil d'Etat pour nouvelle décision dans le sens des considérants (ch. 1 du dispositif). Selon cet arrêt, les normes du droit fédéral et du droit cantonal sur la durée des concessions hydroélectriques n'ont pas été violées. En ce qui concerne les purges du "bassin des Trappistes", l'arrêt retient que les mesures proposées dans le rapport d'impact (étalement dans le temps des purges, ouverture en priorité des vannes de la rive droite de la Dranse dès lors que la passe à poissons se trouve sur la rive gauche, creusement d'une gouille reliée à la Dranse destinée à servir de lieu de repli aux poissons du bassin) permettraient d'en pallier les effets négatifs. Pour le Conseil d'Etat et son service spécialisé, ces opérations devraient être entreprises à un rythme tenant compte des risques pour la faune aquatique, et elles devraient faire l'objet d'autorisations cantonales ultérieures; il n'y avait ainsi pas lieu de régler cette question de manière plus détaillée lors de la procédure d'approbation des concessions. Les griefs du WWF concernant le maintien de débits résiduels convenables dans la Dranse après le prélèvement ont été admis car le Conseil d'Etat n'avait pas examiné la possibilité d'une augmentation du débit minimal conformément à l'art. 33 al. 1 LEaux (débit supérieur au seuil calculé selon l'art. 31 al. 1 LEaux). Le Tribunal cantonal a enfin reproché au Conseil d'Etat une constatation incomplète des faits au sujet des mesures de protection des biotopes ou de compensation fondées sur l'art. 18 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451). E. Agissant par la voie du recours de droit administratif, le WWF demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal "sur les points sur lesquels il a été attaqué" et de renvoyer l'affaire au Conseil d'Etat pour nouvelle décision dans le sens des considérants avec les instructions suivantes: - limiter la concession de droits d'eau octroyée à la société Forces Motrices de Martigny-Bourg S.A. (FMMB) à une durée n'excédant pas quarante ans, à compter du 5 mars 2000; - renvoyer au stade de la deuxième étape de l'étude d'impact et de l'autorisation de construire d'une part les études et le choix du mode d'élimination des sédiments s'accumulant à la prise d'eau des Trappistes, sans tenir compte du chiffre 4.1, alinéa 1, du dispositif de la décision d'approbation des concessions du 16 janvier 2002, et d'autre part l'étude et l'adoption des mesures de réduction et/ou de compensation des impacts négatifs de l'aménagement hydroélectrique litigieux. La société Forces Motrices de Martigny-Bourg S.A. conclut au rejet du recours. Le Conseil d'Etat propose le rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Aucune des cinq communes concédantes n'a répondu au recours. Le Département fédéral des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) a été invité à donner son avis sur le recours. L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage (OFEFP) a déposé des observations et l'Office fédéral des eaux et de la géologie (OFEG) a renoncé à se déterminer. Ces écritures ont été communiquées aux parties; le WWF a déposé des observations à ce sujet.