Faits: A. Par contrat de travail conclu le 13 décembre 2006, Z._ a été engagée, en qualité de veilleuse dès le 20 novembre 2006 (pour six veilles par mois), par X._ SA. Son salaire horaire de base a été fixé à 17 fr.72, avec en sus 4.78% pour les jours fériés, 8.33% pour les vacances, ainsi que 8.33% pour le 13e salaire. Une indemnité de 10 fr. pour chaque veille avait en outre été prévue. Le contrat de travail de l'employée est complété par les " Conditions générales de travail pour le personnel et Directives d'application (ci-après: les conditions générales). L'art. 5.1.2 des conditions générales prévoit que " le salaire de base minimum est fixé par la Convention d'Etat (CCT21) " (applicable dès le 1er janvier 2007). Selon la CCT21, le salaire de base minimum pour la classe 2 échelon 1 (correspondant à la fonction de l'employée) était de 20 fr.70 de l'heure pour 2007, 20 fr.80 pour 2008, 21 fr.40 pour 2009 et 21 fr.25 pour 2010. L'employée a donné son congé pour le 31 août 2010. B. Après l'échec de la conciliation, l'employée a saisi le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers, le 14 juin 2012, d'une demande dirigée contre son ex-employeuse concluant au paiement de 20'668 fr.50 (pour la période du 1er janvier 2007 au 31 août 2010), prétention réduite à 19'598 fr.70 lors de l'audience du 13 décembre 2012. Elle a soutenu que la défenderesse lui doit 12'156 fr.65 de différence sur le salaire de base (l'employeuse n'ayant pas adapté son salaire, le 1er janvier 2007, aux conditions fixées par la CCT21), 1'823 fr.80 pour les indemnités de nuit, 1'969 fr.20 correspondant au temps de repos selon l'art. 17b al. 2 LTr, 813 fr.54 pour les indemnités pour jours fériés, 1'417 fr.73 pour les indemnités vacances et 1'417 fr.73 pour le 13e salaire. La défenderesse a conclu à l'incompétence du tribunal saisi et, subsidiairement, au rejet de la demande. Après avoir admis sa compétence, par décision incidente du 28 septembre 2012, le Tribunal civil, par jugement du 5 février 2013, a donné raison à l'employée, condamnant la défenderesse à payer à celle-ci la somme de 19'231 fr.69, avec intérêts à 5% l'an dès le 30 septembre 2010. La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, par arrêt du 22 août 2013, a admis très partiellement l'appel de la défenderesse et, statuant à nouveau, condamné celle-ci à verser à la demanderesse la somme de 18'900 fr.90 brut. L'autorité cantonale n'est pas parvenue à établir la volonté réelle et commune des parties s'agissant du salaire minimal depuis janvier 2007. Procédant à l'interprétation selon le principe de la confiance, elle a retenu que les parties entendaient, par le renvoi contenu à l'art. 5.1.2 des conditions générales, appliquer la CCT21 prévoyant une rémunération minimale supérieure depuis 2007. Elle a également jugé que l'employée avait droit à un supplément salarial pour le temps de repos compensatoire qui aurait dû lui être accordé en vertu de l'art. 17b al. 2 LTr. C. L'employeuse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal neuchâtelois. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation des décisions cantonales et à ce que la demande de l'employée soit déclarée mal fondée, subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée au premier juge pour nouvelle décision. La recourante invoque une violation du droit fédéral (art. 6, 18 CO et art. 17b al. 2 LTr), ainsi qu'un établissement inexact des faits (art. 97 al. 1 LTF). L'intimée conclut au rejet du recours, avec suite de frais et dépens. L'effet suspensif sollicité par la recourante a été octroyé par ordonnance présidentielle du 24 octobre 2013.