Faits: A. J._, né en 1953, marié et père de trois enfants, est affilié auprès de La Caisse Vaudoise (ci-après : la caisse) pour l'assurance obligatoire des soins, une assurance combinée en cas d'hospitalisation, ainsi qu'une assurance complémentaire pour risques spéciaux. Souffrant d'un adénocarcinome du rectum, il a été adressé par le docteur A._, spécialiste FMH en chirurgie, au service de radio-oncologie de l'Hôpital X._ aux fins d'évaluer l'indication d'une radio-chimiothérapie préopératoire. Les médecins de cet établissement ont proposé au patient une radiothérapie préopératoire, soit un schéma standard monofractionné associé à 5-FU, ou bien une participation à l'étude de radiothérapie bifractionnée associée à Iressa (rapport du 12 septembre 2003 des docteurs L._ et R._ du service de radio-oncologie de l'Hôpital X._). Souhaitant consulter à nouveau son oncologue, il a été examiné le 5 septembre 2003 par le docteur P._ (spécialiste FMH en médecine interne, oncologie-hématologie). Par courrier du 25 novembre 2003, J._ a informé le médecin-conseil de la caisse qu'il avait demandé un deuxième avis à la Clinique Y._ de Z._ (Etats-Unis). En raison du « staging » de la tumeur à 4, l'équipe médicale de cet établissement lui avait proposé, au moment de l'intervention chirurgicale, une radiothérapie intraopératoire, non disponible en Suisse. Selon les médecins de la clinique, ce type de radiothérapie diminue les risques de rechute considérablement si, au moment de l'intervention, il s'avère que la tumeur infiltre en direction de la prostate. Le traitement à la Clinique Y._ était devisé à 35'000 $ plus 8'000 $ pour la radiothérapie intraopératoire. L'assuré demandait en conséquence à la caisse de prendre en charge les frais de cette intervention. Après avoir pris l'avis de son médecin-conseil, la caisse a informé l'assuré, par lettre du 1er décembre 2003, qu'elle ne participerait pas à la prise en charge de l'intervention aux Etats-Unis. Elle a confirmé sa position par décision du 12 décembre 2003 confirmée sur opposition le 3 août 2004. Le 17 décembre 2003, l'assuré s'est fait opérer à la Clinique Y._ par le docteur H._, avec traitement de radiothérapie intraopératoire. Il a repris un traitement de chimiothérapie à Genève jusqu'au 30 juin 2004. Dans une attestation du 7 janvier 2004, le docteur G._ (spécialiste en radiothérapie-oncologie à la Clinique Y._) a indiqué que, sur la base de l'examen histolopathologique final, le risque de récidive locale sans radiothérapie intraopératoire aurait été de 50 pour cent ou plus élevé. L'adjonction de la radiothérapie intraopératoire diminue le risque de récidive locale de façon significative du niveau de plus ou moins 50 pour cent au niveau de 7 à 12 pour cent. Selon ce médecin, ce résultat a des implications sur l'espérance de vie et la qualité de vie et justifiait la décision de l'assuré de se faire opérer à la Clinique Y._. B. J._ a recouru contre la décision sur opposition du 3 août 2004 devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève. Le tribunal a d'une part considéré l'écriture de l'assuré comme une demande en paiement visant à la prise en charge des frais litigieux au titre de l'assurance complémentaire souscrite par l'intéressé. Par jugement du 11 avril 2005, il a rejeté cette demande, au motif que les conditions générales d'assurance ne prévoyaient pas la prise en charge de traitements à l'étranger dans le cas d'un assuré qui s'y rend dans le but de se faire soigner (ch. 2 du dispositif). Le tribunal a d'autre part considéré cette écriture comme un recours visant le remboursement des frais au titre de l'assurance obligatoire des soins. Après avoir procédé à l'audition notamment des docteurs P._ et L._, il a, par ce même jugement, partiellement admis le recours, annulé la décision sur opposition et renvoyé la cause à la caisse pour nouvelle décision au sens des motifs. Il a en outre alloué une indemnité de dépens de 2'000 fr. à l'assuré (ch. 3 à 6 du dispositif). Selon les considérants de ce jugement, la caisse est condamnée à prendre en charge les frais de traitement arrêtés (après conversion) à 59'969 fr. en vertu de l'assurance obligatoire des soins, charge à elle d'examiner s'il convient de déduire une participation aux coûts, en fonction du contrat du recourant. C. La caisse interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à la réforme du jugement cantonal en ce sens qu'elle n'est pas tenue de prendre en charge les frais du traitement subi par l'assuré aux Etats-Unis. L'intimé conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.