Faits: A. A.a Y._ est propriétaire de l'immeuble formant l'article 3054 du registre foncier de la commune de A._. X._ est propriétaire des parcelles nos 3043 et 3111 situées dans la même commune. L'immeuble no 3054 est grevé d'un droit de passage pour tous véhicules en faveur des immeubles nos 3043 et 3111. L'assiette de la servitude prolonge trois chemins venant de l'immeuble no 3043 et donne notamment accès à un portail permettant d'entrer sur la parcelle no 3111; elle longe par ailleurs toute la limite Est de ce fonds pour se terminer à la limite de l'immeuble no 3100. A.b Y._ a demandé à pouvoir utiliser la partie de l'immeuble no 3054 située à l'Est de la parcelle no 3111 pour y créer un camping à la ferme. Pour des raisons de sécurité, la ville de A._ a alors exigé qu'il place une clôture métallique d'au moins deux mètres de haut, à la limite entre son immeuble et celui de X._. Y._ a placé cette clôture sur sa parcelle, le long de la limite Est de l'immeuble no 3111, empêchant ainsi tout accès à cette parcelle depuis le chemin de servitude. B. Le 27 avril 2007, Y._ a ouvert contre X._ une action en libération de servitude, action ne portant toutefois que sur la partie de l'assiette de la servitude longeant la limite Est de l'immeuble 3111. X._ a pris deux conclusions reconventionnelles, dont seule demeure litigieuse celle relative au déplacement de la clôture métallique, trois mètres à l'intérieur de la parcelle no 3054. Par jugement du 13 mai 2008, le Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye a rejeté la demande déposée par Y._ et admis la demande reconventionnelle formée par X._. Statuant le 17 mars 2009 sur appel de Y._, la 1ère Cour d'appel du Tribunal cantonal du canton de Fribourg l'a admis, a constaté l'extinction de la servitude de passage grevant la parcelle no 3054 en faveur des immeubles nos 3043 et 3111 et a ordonné sa radiation. C. Le 22 avril 2009, X._ dépose un recours constitutionnel subsidiaire devant le Tribunal fédéral contre la décision de la Cour d'appel. La recourante invoque la violation de l'art. 9 Cst., soutenant que la cour cantonale a procédé à une appréciation arbitraire des preuves ainsi qu'à une application arbitraire du droit civil fédéral et du droit cantonal de procédure. Appelé à se déterminer, l'intimé conclut au rejet du recours. La Cour d'appel n'a pas formulé d'observations.