Faits: A. X._, dont le siège est à Londres, est spécialisée dans le négoce des biocarburants (biodiesel et bioéthanol). Sa succursale sise à Genève est chargée du marketing, du développement et des relations commerciales avec les banques, la clientèle internationale et les fournisseurs. X._ a connu une croissance rapide jusqu'en 2006, mais elle a enregistré une lourde perte en 2007. A._ a été le directeur financier de la succursale genevoise de X._ du 2 mai 2005 au 31 décembre 2007. Il a été libéré de son obligation de travailler dès le 9 octobre 2007, mais il lui a été rappelé qu'il ne pourrait rejoindre une autre société de trading qu'à l'issue de son contrat de travail. A.a. X._ a déposé plainte pénale contre A._ le 17 janvier 2008 et s'est constituée partie civile, ainsi que sa succursale de Genève. A.a.a. Elle lui a reproché d'avoir envoyé, le 4 octobre 2007, à un employé de la société B._ - compagnie utilisatrice de biocarburant, à la fois concurrente, fournisseur et cliente de X._ - quatre courriels auxquels étaient joints des tableaux des transactions effectuées en 2007, contenant en particulier la liste des acheteurs et fournisseurs de X._ en éthanol et biodiesel, les quantités vendues et les "stock positions". A._ avait encore envoyé à B._, le 9 octobre 2007, la liste de tous les clients de X._. La découverte de ces envois avait été difficile car A._ avait effacé ses courriers électroniques ainsi que les fichiers de démarrage de son ordinateur. X._ avait en outre appris que, le 6 novembre 2007, durant son délai de congé, A._ avait envoyé à divers contacts non identifiés un courriel comportant une photo de lui dans son jet privé, portant l'adresse "A._@B._.com". A.a.b. Le 29 janvier 2008, X._ a produit deux nouveaux courriers électroniques envoyés les 14 mai et 29 juin 2007 à B._, ayant pour objet son éventuelle arrivée dans la société. Les marges effectuées par X._ sur le marché du biodiesel et les stocks de la compagnie étaient indiqués. La vente de la société était également mentionnée et ses modalités, de même que ses actifs et sa valeur - données destinées à calculer ce que A._ percevrait en tant qu'actionnaire de X._, respectivement, perdrait en cas de départ, et souhaiterait le cas échéant récupérer. A.a.c. Le 26 février 2008, A._ a été inculpé d'infraction aux art. 158, 162 et 144 bis CP en raison des faits précités. A.b. Le 12 décembre 2008, X._ a déposé une seconde plainte à l'encontre de A._. Elle lui a reproché d'avoir spéculé sur le marché des devises Forex, entre mai et août 2007, à l'insu de ses dirigeants et en dépit de la politique conservatrice ayant cours au sein de l'entreprise. Il avait pris des positions pour 135'200'000 euros alors que le risque de change se montait uniquement à 51 millions d'euros. Les positions additionnelles de 84'200'000 euros étaient donc spéculatives. Il avait en outre dissimulé ces positions en détruisant des fichiers tant matériels qu'informatiques. Il avait mis en danger la santé de la société, qui connaissait des problèmes de liquidités, les taux de change étant, de surcroît, à la baisse. A.c. Le 27 février 2012, le Ministère public a informé les parties qu'il entendait classer la procédure et les a invitées à présenter leurs éventuelles réquisitions de preuve. X._ a sollicité l'audition de deux employés de la société C._ SA qui était intervenue à la suite de la destruction des données effectuées par A._ ainsi que l'audition de D._, directeur de la succursale genevoise de X._ jusqu'en novembre 2011. Elle a également demandé des audiences complémentaires portant sur le résultat d'une commission rogatoire effectuée à Paris, relative à la saisie de documents auprès de la banque E._. B. Par ordonnance du 18 septembre 2012, le Ministère public a classé la procédure ouverte à l'encontre de A._, ordonné la restitution aux autorités françaises des pièces provenant de l'exécution de la commission rogatoire internationale, renvoyé X._ à agir par la voie civile afin de faire valoir ses prétentions civiles et laissé les frais de la procédure à la charge de l'Etat. Il a considéré que les conditions d'application des art. 158 et 162 CP, ainsi que 3 let. a, 3 let. b, 4 let. a, 4 let. c et 5 LCD n'étaient pas réunies. En outre, les conditions d'application de l'art. 144 bis CP seraient-elles remplies que le cas apparaîtrait de peu de gravité au sens de l'art. 52 CP. Le dommage allégué par X._ n'était par ailleurs pas établi. C. La Chambre pénale de recours de la Cour de justice a rejeté le recours formé par X._ contre cette décision par arrêt du 28 janvier 2013. D. X._ interjette un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle ordonne au Ministère public de donner suite à ses réquisitions de preuve, puis dresse un acte d'accusation à l'encontre de A._, le tout sous suite de dépens.