Faits : A. A.a. Le 29 avril 2013, Y._ SA a requis la faillite de X._ Sàrl sur la base d'une commination de faillite notifiée le 12 novembre 2012 dans le cadre de la poursuite n° xxxx de l'office des poursuites de Genève et portant sur la somme de 2'043 fr. 60 plus intérêts à 5% l'an dès le 1 er février 2013 et des frais de 100 fr. Lors de l'audience du 20 juin 2013, le Tribunal de première instance de Genève a imparti à la débitrice un délai au 5 juillet 2013 pour déposer une quittance de l'office des poursuites attestant du paiement de la dette. Dans le délai imparti, la débitrice a produit copie d'un récépissé postal constatant le versement, en date du 5 juillet 2013, de la somme de 2'654 fr. 60 en faveur de la créancière. Par jugement du 11 juillet 2013, considérant qu'elle n'avait fait état d'aucun des moyens prévus aux art. 172 et 173 LP, le Tribunal de première instance a prononcé la faillite de X._ Sàrl, avec effet dès ce jour à 14h15. Le 18 septembre 2013, l'office des faillites de Genève a informé le Tribunal de première instance qu'il était déjà en charge de la faillite de X._ Sàrl ensuite d'un précédent jugement rendu " par défaut " le 24 juin 2013. Cette faillite n'était toutefois pas définitive, le gérant de X._ Sàrl ayant déposé une demande de restitution selon les art. 148 et 149 CPC, qui était toujours pendante. L'office avait fait procéder au séquestre du courrier de la faillie, ce qui avait eu pour conséquence que le jugement de faillite subséquent du 11 juillet 2013 n'était jamais parvenu à X._ Sàrl; l'office a dès lors suggéré au Tribunal de première instance de procéder à une nouvelle notification de ce jugement. Le jugement de faillite du 11 juillet 2013 a une nouvelle fois été communiqué pour notification le 19 septembre 2013 à l'office des faillites. A.b. X._ Sàrl a formé un recours contre ce jugement devant la Cour de justice du canton de Genève. A l'appui de son recours, elle a notamment produit une quittance de l'office des poursuites faisant état de l'imputation de la somme de 2'654 fr. 60 versée le 5 juillet 2013 à Y._ SA ainsi que de l'encaissement, le 17 septembre 2013, du solde de la poursuite de 413 fr. 85 en mains de l'office. Elle a également produit copie d'une ordonnance du Tribunal de première instance admettant sa requête de restitution et annulant le jugement de faillite rendu le 24 juin 2013. La Cour de justice a accordé l'effet suspensif au recours et a invité X._ Sàrl à produire les pièces justifiant de sa solvabilité et à se prononcer sur l'état des poursuites en cours, ce que la débitrice a fait par pli du 10 février 2014. Statuant le 31 mars 2014, la Cour de justice a rejeté le recours et a confirmé l'ouverture de la faillite, avec effet dès ce jour-là à 12h00. B. Par acte du 16 mai 2014, X._ Sàrl exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt; elle conclut à l'annulation de la faillite. Subsidiairement, elle sollicite le renvoi de l'affaire à la Cour de justice pour nouvelle décision. Des observations sur le fond n'ont pas été requises. C. Par ordonnance du 10 juin 2014, le Président de la Cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours, en ce sens qu'aucun acte d'exécution de la décision attaquée ne doit être entrepris pendant la procédure fédérale.