Faits: A. Par contrat du 6 novembre 2000, Y._ SA a engagé X._ (ci-après: l'intéressé), domicilié aux Etats-Unis, pour prendre la direction du siège de la société à B._ avec effet au 1er octobre 2000. Son salaire annuel était fixé à 360'000 fr. Il était également prévu que le contribuable recevait 4'080 options d'achat (Call Options) correspondant à 8% du capital-actions de la société, d'une valeur nominale de CHF 10.-, chacune permettant l'acquisition à termes échelonnés d'une action de la société. Sous l'art. 6 ch. 2 let. d intitulé "Vesting", X._ pouvait faire valoir 1'020 de ces options dès le 31 décembre 2000, puis dès cette date, 64 options à la fin de chaque mois pendant 47 mois, 52 options étant libérées le 48e mois. L'art. 6 ch. 2 let. f permettait à l'intéressé d'exercer immédiatement son droit d'option et durant une période de 90 jours en cas de licenciement sans justes motifs et en cas de démission pour justes motifs. L'art. 7 prévoyait une déchéance des options non encore exercées en cas de licenciement immédiat et en cas de démission sans justes motifs. Entre décembre 2000 et décembre 2001, Y._ SA et l'Administration cantonale des contributions du canton de Genève se sont mises d'accord sur le fait que les options offertes aux collaborateurs, conformément au "plan A._" pouvaient être évaluées - en tenant compte d'un taux de volatilité de 20% - et, par conséquent, faire partie du revenu imposable des personnes concernées lors de leur octroi. Le 6 septembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a ouvert une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour les périodes 2000 et 2001 contre Y._ SA parce que des retenues d'impôt à la source concernant X._ n'avaient pas été effectuées. Durant la procédure, Y._ SA a exposé que l'intéressé s'était installé avec sa famille à B._ à compter du 20 juillet 2001. Auparavant, il déployait une part importante de son activité depuis les Etats-Unis où il était domicilié. A cette époque, il n'avait exercé qu'une partie de son travail en Suisse, de façon irrégulière. La société n'avait pas considéré, en toute bonne foi, que le contribuable pouvait être assujetti à l'impôt suisse, l'amende devait donc être fixée au minimum, soit au tiers de l'impôt soustrait. B. Par décision du 19 décembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a adressé à Y._ SA un bordereau rectificatif d'impôt à la source pour la période fiscale 2000 de 139'851 fr. et se réservait le droit d'infliger une amende. La rectification prenait en considération un montant de 337'579 fr., correspondant à la valeur des options attribuées à l'intéressé au moment de son engagement. Par décision du 11 mai 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation déposée par Y._ SA et l'intéressé contre la décision du 19 décembre 2005. Par décision du 3 novembre 2008, la Commission de recours en matière administrative a rejeté le recours déposé contre la décision sur réclamation par Y._ SA et X._. Les options en cause avaient été effectivement et définitivement octroyées à l'intéressé dans la période de "vesting" expirant en janvier 2005. Le risque de perte des options promises étant très limité, l'imposition devait se faire au moment de l'attribution des options, en tenant compte d'un abattement lié à la durée du blocage. Le 17 décembre 2008, Y._ SA et l'intéressé ont recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision rendue le 3 novembre 2008. C. Par arrêt du 9 février 2010, le Tribunal administratif a admis le recours et annulé le bordereau rectificatif d'impôt à la source du 19 novembre 2005. Le contrat prévoyait des périodes de "vesting" particulières pour l'intéressé, différentes de celles mises en place par le plan visant le reste des collaborateurs de l'entreprise, en raison de sa qualité de CEO de la société et de membre de son comité directeur. Il n'y avait donc pas lieu de sauvegarder l'égalité entre eux. L'intéressé pouvait certes exercer immédiatement son droit d'option durant une période de 90 jours en cas de licenciement "ordinaire" et en cas de démission pour justes motifs, mais il le perdait en cas de licenciement avec effet immédiat et en cas de démission sans justes motifs. Les options étant soumises à des conditions cumulatives, l'acquisition irrévocable de la propriété des options ne pouvait avoir lieu avant les échéances prévues et n'étaient imposables qu'à échéance. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 9 février 2010 par le Tribunal administratif. Elle se plaint de la violation des art. 91 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 35 al. 1 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) et 7 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (LIP; RSGE D 3 20). Le Tribunal administratif s'en tient à l'arrêt attaqué. Y._ SA et X._ proposent le rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et s'en remet à justice.