Faits: A. X._, né en 1981, ressortissant de Guinée, est arrivé en Suisse le 11 avril 1998 sous le nom de Z._, né en 1980. La demande d'asile qu'il avait alors déposée a été rejetée le 27 octobre 1999. Un délai de départ au 15 décembre 1999 lui avait été imparti pour quitter la Suisse. Par jugement du 25 novembre 1999, le Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel a condamné l'intéressé à trois ans d'emprisonnement et expulsion du territoire durant sept ans pour trafic de drogue en bande et par métier entre avril 1998 et janvier 1999. Le 6 janvier 2001, il a été libéré conditionnellement. Par jugement du 13 juin 2002, l'intéressé a été condamné une nouvelle fois par le Tribunal correctionnel du district de La Chaux-de-fonds à douze mois d'emprisonnement et à l'expulsion à vie du territoire suisse pour infractions à la loi fédérale sur les stupéfiants et rupture de ban. Par décision du 1er octobre 2004, l'Office fédéral des migrations a prononcé à l'encontre de l'intéressé une interdiction d'entrée en Suisse de durée indéterminée. Par jugement du 14 octobre 2005, le Tribunal de police du district de La Chaux-de-Fonds a condamné l'intéressé à 2 mois d'emprisonnement pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et dénonciation calomnieuse. De décembre 2005 à juillet 2006, l'intéressé a été maintenu en détention administrative en vue de son renvoi. Il a refusé de collaborer à son renvoi de Suisse. Le 18 juillet 2006, cette mesure a été levée. Par courrier du 14 août 2007, l'Office fédéral des migrations a informé A._ (ex-B._), ressortissante suisse, que l'interdiction d'entrée prononcée contre Z._ ne pouvait pas être suspendue. Ni le comportement de ce dernier ni un projet de mariage, qui pouvait être célébré à l'étranger, ne justifiaient une telle suspension. Le 31 août 2007, l'intéressé a révélé sa véritable identité à l'Office fédéral des migrations. Le 21 septembre 2007, A._ a épousé X._. Le 15 octobre 2007, l'Office fédéral des migrations a formellement annulé l'interdiction d'entrée en Suisse notifiée à l'intéressé et invité le Service des migrations du canton de Neuchâtel (ci-après: Service cantonal des migrations) à se prononcer sur l'octroi d'un permis de séjour. Le 28 janvier 2008, le Service cantonal des migrations a soumis à l'Office fédéral des migrations sa décision d'octroyer le permis de séjour à l'intéressé pour regroupement familial. Le 27 février 2008, l'Office fédéral des migrations a informé l'intéressé qu'il entendait refuser d'approuver la délivrance de l'autorisation de séjour et lui a imparti un délai pour déposer ses observations, ce que ce dernier a fait par l'intermédiaire de son mandataire. B. Par décision du 15 mai 2008, l'Office fédéral des migrations a refusé d'approuver l'octroi de l'autorisation de séjour par le canton de Neuchâtel, a fixé à l'intéressé un délai au 31 juillet 2008 pour quitter la Suisse et supprimé l'effet suspensif d'un éventuel recours. Il a estimé que les comportements graves et répétés du recourant, qui avait agi par dessein de lucre en matière de stupéfiants, son attitude vis-à-vis des autorités, en particulier la police des étrangers chargée de le renvoyer, le risque de récidive ainsi que l'absence d'intégration socio-professionnelle justifiaient le refus de l'autorisation de séjour. Il n'était pas contraire à l'art. 8 CEDH de le renvoyer en Guinée, malgré son mariage, du moment qu'il y avait passé son enfance et son adolescence, y avait son père et que A._ l'avait épousé en sachant qu'il devait être renvoyé pour des motifs d'ordre public. Par mémoire du 17 juin 2008, X._ a recouru contre la décision rendue le 15 mai 2008 par l'Office fédéral des migrations auprès du Tribunal administratif fédéral. Il a conclu à la restitution de l'effet suspensif, à l'annulation de la décision attaquée et à l'approbation de la décision du Service cantonal des migrations. Par courrier séparé du même jour, il a requis l'octroi de l'assistance judiciaire complète. C. Par décision incidente du 25 juillet 2008, le Juge instructeur du Tribunal administratif fédéral a refusé de restituer l'effet suspensif, rejeté la demande d'assistance judiciaire et fixé un délai au 25 août 2008 pour déposer l'avance de frais. Le recours était d'emblée voué à l'échec et la pesée des intérêts publics et privés en présence ne justifiait pas la restitution de l'effet suspensif. A l'appui de sa décision, il expose que l'intéressé avait fait l'objet de trois condamnations pénales lui infligeant un total de 50 mois d'emprisonnement, plus spécialement en matière de stupéfiants, la dernière remontant seulement à octobre 2005. Le total des années durant lesquelles il avait été assisté, s'était livré au trafic de drogue, avait été emprisonné ou mis en détention administrative montrait qu'il n'avait jamais vécu comme un citoyen ordinaire et qu'il ne s'était pas intégré. La durée de son séjour était en outre due au refus systématique de l'intéressé de révéler sa véritable identité, sa situation personnelle ainsi que sa nationalité. Le fait qu'il n'avait pas commis de nouvelles infractions et qu'il affirmait avoir changé depuis son mariage n'était pas suffisant pour rester en Suisse, où il ne pouvait se prévaloir d'une bonne insertion socio-professionnelle. Il avait en outre vécu toute son enfance et son adolescence en Guinée où son père vit encore et où il a des amis. La santé et la jeunesse de l'intéressé autorisaient un renvoi en Guinée. Son épouse savait en outre avant de se marier que l'intéressé était sous le coup d'une décision d'interdiction d'entrée en Suisse et avait été détenu en vue de son refoulement. Une appréciation globale de toutes les circonstances montrait que le refus litigieux s'avérait proportionné et compatible avec l'art. 8 CEDH. Le recours était par conséquent dénué de chances de succès et il n'y avait pour les mêmes raisons aucun motif de restituer l'effet suspensif. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision rendue le 25 juillet 2008 par le Juge instructeur du Tribunal administratif fédéral (ci-après l'autorité précédente), d'ordonner à l'autorité inférieure d'accorder l'assistance judiciaire et de restituer l'effet suspensif. A titre de mesures provisionnelles urgentes, il demande au Tribunal fédéral d'accorder l'effet suspensif à son recours en ce qui concerne l'octroi de l'assistance judiciaire et l'obligation de payer l'avance de frais au 25 août 2008. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral. Par ordonnance du 22 août 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a imparti un délai pour détermination sur la requête d'effet suspensif au Tribunal administratif ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations et signifié que, jusqu'à décision sur la requête d'effet suspensif, aucune mesure d'exécution de la décision attaquée ne pouvait être prise. L'Office fédéral des migrations propose de rejeter la requête d'effet suspensif. Le Tribunal administratif fédéral propose le rejet du recours. E. Par courrier du 24 septembre 2008, X._ a informé le Tribunal fédéral que son épouse était enceinte, probablement de dix semaines.