Faits: A. Le 24 juin 2010, la Municipalité d'Echandens a délivré un permis de construire portant sur la démolition du bâtiment ECA 934 et la réalisation d'un immeuble de trois étages sur rez comprenant un hôtel et cinq appartements au 3 ème étage, sur la parcelle n° 208 alors promise-vendue à A._. Le 20 juin 2011, A._ a formé une demande portant sur l'affectation définitive des locaux de la résidence hôtelière au rez-de-chaussée, ainsi que sur une restructuration du 3 ème étage, comportant huit appartements au lieu de cinq. Le permis correspondant a été délivré le 31 janvier 2012. Le 15 août 2012, la Municipalité a constaté que le permis du 24 juin 2010 était caduc, les travaux n'ayant pas commencé dans le délai de deux ans prévu à l'art. 118 al. 1 de la loi vaudoise sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC). B. Par arrêt du 13 mars 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a admis un recours formé par A._ et a annulé la décision municipale. Selon la pratique cantonale, lorsque le permis de construire faisait l'objet de modifications soumises à une enquête complémentaire et de nature à empêcher le commencement des travaux principaux, la délivrance du nouveau permis de construire faisait partir un nouveau délai de péremption. En l'occurrence, le second projet portait sur la répartition intérieure des locaux et leur affectation, ainsi que quelques adjonctions telles que des terrasses en toitures, justifiant une nouvelle mise à l'enquête. Il ne s'agissait toutefois pas d'un nouveau projet, mais d'un complément. Le premier permis n'était donc pas caduc. C. La commune d'Echandens, agissant par sa Municipalité, forme un recours en matière de droit public par lequel elle demande la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que le recours de A._ est rejeté et que les frais et dépens en sa faveur sont mis à la charge de la société. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. La cour cantonale et A._ concluent au rejet du recours. La recourante a déposé de nouvelles observations, persistant dans ses motifs et conclusions.