Faits: A. Le Syndicat des améliorations foncières du Mont-sur-Lausanne (ci-après: le syndicat) a été constitué en 1982. Il a pour but, outre la construction de chemins et de canalisations d'assainissement, le remaniement parcellaire en corrélation avec l'adoption d'une zone agricole liée à une zone à bâtir. A ces buts initiaux ont été ajoutés l'étude des plans de quartiers, en collaboration avec la commune du Mont-sur-Lausanne (ci-après: la commune), et l'équipement des terrains à bâtir inclus dans le périmètre du syndicat. Le plan général d'affectation de la commune du Mont-sur-Lausanne et son règlement ont été approuvés par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 6 août 1993. Ce plan définit dans la zone à bâtir plusieurs périmètres qui ne sont pas immédiatement constructibles: chacun d'eux devra d'abord faire l'objet d'un plan de quartier ou d'un plan partiel d'affectation, accompagné de son propre règlement. Tel est le cas des périmètres "Valleyre" et "Montenailles" qui ont été colloqués en "zone de verdure et d'habitats groupés", avec un coefficient d'utilisation du sol de 0,4. Du 23 janvier au 23 février 2006, la commune du Mont-sur-Lausanne a mis à l'enquête publique onze plans de quartier, parmi lesquels les plans des quartiers de "Valleyre" et de "Montenailles". Simultanément, le syndicat a mis à l'enquête publique l'équipement des terrains à bâtir et l'avant-projet des travaux collectifs et privés pour les plans de quartier correspondants. Le plan de quartier "Valleyre" fait apparaître une bande de forêt à défricher située au milieu du périmètre, pour laquelle un boisement compensatoire est prévu. B. Ce projet de planification a suscité l'opposition de la société immobilière A._, propriétaire des parcelles n° 1015, 1018, 1042 et 1504 du registre foncier de la commune du Mont-sur-Lausanne, sises dans le périmètre du syndicat ainsi que dans celui des plans de quartier "Valleyre" et "Montenailles". A._ contestait notamment le système de la péréquation réelle et critiquait le coût disproportionné des frais engagés, la perspective d'une mise sur le marché d'autant de plans de quartier et l'impossibilité de procéder par étape. C. Par décision du 19 juin 2006, communiquée le 12 décembre 2006, le Conseil communal du Mont-sur-Lausanne a adopté les onze plans de quartier ainsi que les propositions de réponse de la Municipalité du Mont-sur-Lausanne aux oppositions. En date du 28 novembre 2006 et du 11 décembre 2006, le Département des institutions et des relations extérieures du canton de Vaud a approuvé préalablement les plans de quartier "Valleyre" et "Montenailles", sous réserve des droits des tiers. Par courrier du 13 décembre 2006, le Service des améliorations foncières a notifié à la recourante l'autorisation de défrichement délivrée le 27 novembre 2006 par le Service des forêts, de la faune et de la nature. D. Par acte du 22 décembre 2006, A._ a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) contre les décisions communale et cantonale relatives aux plans de quartier "Valleyre" et "Montenailles" ainsi que contre l'autorisation de défrichement. Par arrêt du 2 septembre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a considéré en substance que lesdits plans de quartier étaient compatibles avec les planifications communale, régionale et cantonale en vigueur ou en cours d'approbation. Quant à l'autorisation de défrichement, la recourante n'a pas démontré que l'autorité cantonale avait abusé de son pouvoir d'appréciation. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral principalement de réformer cet arrêt et d'annuler les décisions cantonale et communale relatives aux plans de quartier "Valleyre" et "Montenailles" ainsi que l'autorisation de défrichement (conclusion II du recours). Elle conclut subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants (conclusion VI du recours). A._ ayant déposé un seul recours contre quatre arrêts du Tribunal cantonal, les conclusions III et VII, IV et IX, V et VIII dudit recours seront traitées respectivement dans les arrêts du Tribunal fédéral 1C_455/2008, 1C_456/2008 et 1C_457/ 2008, rendus ce jour. Le Tribunal cantonal et la commune du Mont-sur-Lausanne concluent au rejet du recours. Le Service du développement territorial du canton de Vaud (ci-après: le Service du développement territorial) a renoncé à se déterminer. Par courrier du 3 mars 2009, la recourante s'est prononcée sur ces déterminations. F. Par ordonnance du 5 novembre 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a admis partiellement la requête d'effet suspensif formée par la recourante, en tant qu'elle vise l'autorisation de défrichement délivrée par le Service cantonal des eaux, de la faune et de la nature du canton de Vaud le 27 novembre 2006. La demande d'effet suspensif a été rejetée pour le surplus.