Faits: A. Par jugement du 4 février 2008, le Tribunal de police de Genève a condamné X._ pour tentative d'escroquerie à une peine de neuf mois d'emprisonnement, sous déduction de sa détention avant jugement. En outre, il a ordonné sa réintégration pour le solde de la peine prononcée le 20 mars 2003 par le Tribunal supérieur du canton de Berne. Il a condamné son comparse, Y._, pour tentative d'escroquerie, à une peine privative de liberté de trois mois avec sursis pendant trois ans. B. Par arrêt du 31 juillet 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis l'appel déposé par X._ et réformé le jugement attaqué, en ce sens qu'il a ramené la peine privative de liberté à une peine d'ensemble de douze mois (art. 89 al. 6 CP), réduisant par la même le solde de la peine prononcée le 20 mars 2003 par le Tribunal supérieur du canton de Berne. En résumé, cet arrêt retient les éléments suivants: En 2006, à Genève, X._ a ouvert des courriers adressés à la société Z._, dans lesquels il a trouvé plusieurs chèques. Il a falsifié l'un d'eux par grattage, modifiant le montant (porté à 82'030 francs), le nom du bénéficiaire (le nouveau bénéficiaire étant Y._), ainsi que le lieu, la date d'établissement et le numéro du chèque. Il a remis le document falsifié à Y._ pour qu'il l'encaisse auprès de l'UBS. Les deux comparses avaient convenu que Y._ devrait remettre 30'000 francs à X._ et qu'il garderait le solde. Le 2 juin 2006, celui-ci a envoyé le chèque falsifié à l'UBS en vue de son encaissement. La banque s'est cependant rendue compte de la supercherie et n'a pas honoré le chèque. X._ a toujours contesté les faits, niant avoir pris ou remis le chèque falsifié. Y._ a admis les faits, déclarant dans un premier temps avoir reçu le chèque, déjà falsifié, d'un Africain, qu'il a admis par la suite être X._, avec lequel il avait été en détention à Witzwil. C. Contre cet arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits (art. 97 al. 1 LTF). Il dénonce, en outre, la violation de l'art. 47 CP (fixation de la peine), de l'art. 42 CP (sursis à l'exécution de la peine) et de l'art. 89 al. 2 (échec de la mise à l'épreuve en cas de libération conditionnelle). Il conclut, principalement, à son acquittement du chef de tentative d'escroquerie et, subsidiairement, au prononcé d'une peine équitable, à l'octroi du sursis et à la renonciation de la réintégration. En outre, il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire et l'effet suspensif. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.