Faits: A. Constituée en fondation au sens des art. 80 ss CC, FAVIA, Fondation de prévoyance en faveur des membres de l'Ordre des avocats de Genève et leur personnel, (ci-après: la Fondation), dont le siège est à Genève, est une institution de prévoyance inscrite au registre de la prévoyance professionnelle et soumise à la surveillance du Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et Canton de Genève (ci-après: l'Autorité de surveillance). Conformément à l'art. 3 de ses Statuts du 21 décembre 1983 (ci-après: les Statuts) et aux termes de l'art. 1 de son Règlement du 1er janvier 1995 (ci-après: le Règlement), la Fondation a pour but de prémunir les membres de l'Ordre des avocats de Genève et leur personnel contre les conséquences économiques résultant de la vieillesse, de l'invalidité et du décès, en garantissant des prestations dont le genre et le montant correspondent au moins aux exigences minimales de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40). D'après l'art. 5 al. 3 du règlement, les employeurs peuvent s'assurer à la Fondation à titre individuel. Dans ce cas, ils déterminent librement le montant du salaire annuel à prendre en compte et supporteront l'intégralité des contributions. La Fondation est soumise au principe de la primauté des cotisations (art. 12 du Règlement). L'art. 18 al. 3 du Règlement (dans sa version en vigueur avant la modification du 23 décembre 2003) prévoit que "le Conseil de fondation fixe le taux d'intérêt (au minimum 4% l'an) et par là, l'attribution annuelle créditée sur les comptes avoir de vieillesse". X._ est affilié à la Fondation depuis le 1er octobre 2001. B. Jusqu'en 1992, la Fondation a crédité 5% d'intérêt sur les comptes individuels de prévoyance des assurés. Pour les années 1993 à 1996, le taux d'intérêt a été relevé à 5,25% et à 6% pour les années 1998 et 1999. Compte tenu des excellentes performances réalisées dans ses placements, la Fondation a crédité un taux exceptionnel de 10% pour les années 1997 et 2000. Elle est revenue à 5% pour 2001. Lors de sa séance du 23 janvier 2003, constatant l'effondrement des marchés financiers au 31 décembre 2002 (-11%) et le degré de couverture atteignant juste 100% à la même date, sans tenir compte des intérêts à créditer sur les comptes des assurés, le Conseil de fondation a décidé, nonobstant l'art. 18 al. 3 du Règlement, de ne pas créditer cet intérêt pour l'exercice 2002, afin d'éviter de créer un découvert. Par courrier du mois de février 2003, la Fondation a informé ses assurés de sa décision, précisant que le compte "virtuel" de l'avoir de vieillesse LPP était néanmoins crédité de l'intérêt légal de 4% pour l'exercice 2002. Au 1er janvier 2003, le compte de X._ s'élevait à 79'832 fr. 35 tandis que le montant total de tous les comptes "avoir de vieillesse" des assurés de la Fondation s'élevait à 61'039'347 fr. Une attribution de 4% sur ce dernier montant se serait élevée à 2'441'543 fr. 90. C. Par courrier du 23 mai 2003, X._ a déposé plainte auprès de l'Autorité de surveillance. A son avis, la décision du Conseil de fondation ne pouvait avoir d'effet rétroactif sans porter atteinte à ses droits acquis d'assuré. Elle violait le principe de proportionnalité en ce qu'elle ne distinguait pas les assurés qui avaient rejoint récemment la Fondation de ceux qui avaient bénéficié de taux d'intérêt élevés durant les années écoulées. Enfin, le fait de frapper d'un intérêt négatif son avoir facultatif constituait également une violation de ses droits acquis. Par décision du 23 octobre 2003, l'Autorité de surveillance a rejeté la plainte de X._. Le découvert de la Fondation aurait été aggravé si des intérêts au taux de 4% avaient été versés sur les comptes épargne individuel. Le taux d'intérêt de l'art. 18 al. 3 du Règlement pouvait être modifié. Il ne constituait pas une prestation. La mesure n'avait pas d'effet rétroactif puisqu'il était admis que l'organe de gestion ne fixait le taux d'intérêt pour l'année écoulée qu'après avoir pris connaissance des comptes annuels. La mesure choisie était adéquate. Il était en outre disproportionné d'annuler les mesures prises, parce que le Règlement n'avait pas été préalablement modifié. D. Le 23 décembre 2003, le Conseil de fondation a modifié l'art. 18 al. 3 du Règlement, ajouté un art. 24bis précisant les modalités d'éventuelles mesures conservatrices et fixé au 1er janvier 2002 la date d'entrée en vigueur des nouvelles dispositions. La nouvelle teneur de l'art. 18 al. 3 prévoit que "le Conseil de fondation fixe le taux d'intérêt et peut l'adapter avec effet rétroactif après avoir pris connaissance de la situation financière de l'année écoulée. En cas de découvert technique, le Conseil de fondation peut décider d'un taux d'intérêt inférieur au taux minimum légal et réduire ce taux jusqu'à zéro pour cent". E. Par décision du 8 août 2005, la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité (ci-après: la Commission fédérale de recours) a admis le recours de X._ dirigé contre la décision rendue le 23 octobre 2003 par l'Autorité de surveillance, annulé cette décision et renvoyé la cause à l'Autorité de surveillance afin qu'elle impartisse un délai au Conseil de fondation en vue d'attribuer l'intérêt à créditer sur les comptes d'épargne pour l'exercice 2002, en respect des dispositions réglementaires en vigueur à l'époque. Elle a considéré en substance que l'Autorité de surveillance s'était appuyée à juste titre sur les Directives du Conseil fédéral du 21 mai 2003 concernant des mesures destinées à résorber des découverts dans la prévoyance professionnelle, mais n'en avait pas respecté la disposition du chiffre 331 al. 3. La mesure d'assainissement décidée par le Conseil de fondation respectait bien le principe de la proportionnalité, mais ne reposait sur aucune base réglementaire explicite. Même si le Conseil de fondation avait le pouvoir de modifier l'art. 18 al. 3 du Règlement, modification à laquelle il avait d'ailleurs procédé ultérieurement, celle-ci ne devait avoir d'effet que sur les expectatives futures sans porter atteinte aux droits acquis des assurés. Les avoirs de vieillesse disponibles au 31 décembre 2002 n'ayant pas été rémunérés à 4% au moins comme le prévoyait l'art. 18 al. 3 du Règlement dans sa version en vigueur au moment des faits, la décision rendue le 23 janvier 2003 par le Conseil de fondation violait l'art. 18 al. 3 du Règlement, heurtait le principe de non rétroactivité et portait atteinte aux droits acquis des assurés. F. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Fondation demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 8 août 2005 et déclarer valable la décision du 23 octobre 2003. Elle tient la décision de la Commission fédérale de recours pour contraire aux art. 49 al. 1, 62 al. 1 lettres a et d, 65 al. 1, 69 al. 1 et 53 al. 2 lettre a LPP ainsi qu'aux art. 41 et 44 de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2; RS 831.441.1) et aux art. 2, 18 al. 3 et 25 al. 2 de son Règlement. La Commission fédérale de recours et le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève ont renoncé à déposer des observations. L'Office fédéral des assurances sociales, Prévoyance vieillesse et survivants, et X._ concluent au rejet du recours, ce dernier sous suite de frais et dépens. G. Par décision du 27 décembre 2005, le Président de la IIe Cour de droit public a ordonné un deuxième échange d'écriture. La Fondation a répliqué le 2 février 2006 et maintenu ses conclusions. X._ a dupliqué le 9 mars 2006 et réitéré les conclusions déposées dans ses observations. Le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève et l'Office fédéral des assurances sociales, Prévoyance vieillesse et survivants ont renoncé au deuxième échange d'écritures.