Faits: A. X._, né le 22 avril 1961, et dame X._, née le 22 décembre 1964, se sont mariés le 7 octobre 1988; deux enfants sont issus de leur union, A._, né le 30 décembre 1992, et B._, né le 27 novembre 1995. Une procédure de mesures protectrices de l'union conjugale a d'abord divisé les parties; dans ce cadre, les pensions alimentaires dues par l'époux en faveur des enfants ont été fixées, par transaction judiciaire, à 900 fr. par enfant et par mois, et celle en faveur de l'épouse à 700 fr. B. B.a L'époux a ouvert action en divorce le 5 octobre 2007. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 14 janvier 2008, il a notamment été astreint à contribuer à l'entretien de sa famille par le versement d'une pension mensuelle de 860 fr. pour A._ et de 840 fr. pour B._, allocations familiales en sus, et de 1'050 fr. pour son épouse. B.b Statuant sur appel de l'épouse, le Tribunal civil de la Gruyère a modifié cette ordonnance par arrêt du 17 février 2009, en ce sens que les pensions alimentaires dues par le père pour l'entretien de ses fils ont été fixées, jusqu'aux 16 ans de B._, à 1'300 fr. pour A._ et 985 fr. pour B._, et, dès le 1er décembre 2011, à 1'180 fr. pour A._ et à 1'180 fr. pour B._. La pension de l'épouse a été fixée à 1'316 fr. 70 jusqu'au 30 novembre 2011, respectivement à 769 fr. 50 dès le 1er décembre 2011. C. L'époux interjette le 30 mars 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens qu'il contribuera à l'entretien de ses fils par le versement d'une pension mensuelle, pour B._, de 800 fr. jusqu'à ses seize ans et de 950 fr. dès le 1er décembre 2011, et pour A._, de 900 fr. jusqu'à sa majorité, allocations familiales et de formation en sus. L'intimée conclut au rejet du recours et requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire. Le Tribunal civil de la Gruyère a renoncé à se déterminer.