Faits: A. Le 3 décembre 2008, le Juge d'instruction du canton de Genève (ci-après: le Juge d'instruction) a inculpé A._ de viols (art. 190 CP), de contraintes sexuelles (art. 189 CP), d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 CP), d'incestes (art. 213 CP) et de violations du devoir d'assistance et d'éducation (art. 219 CP), à la suite d'une plainte déposée par sa fille aînée B._ et des déclarations de sa deuxième fille C._. Il lui est reproché d'avoir abusé sexuellement de ses deux filles aînées à de multiples reprises, alors qu'elles étaient âgées respectivement de treize à dix-huit ans et de dix à treize ans. Par décision du même jour, le Juge d'instruction a placé A._ en détention préventive, pour les besoins de l'instruction et en raison des risques de collusion et de réitération. D._, épouse de l'intéressé et mère de B._ et C._, a également été placée en détention préventive, sous la prévention de violation du devoir d'assistance et d'éducation (art. 219 CP). Interrogée le 10 décembre 2008 par le Juge d'instruction, B._ a affirmé qu'elle avait menti à la police au sujet des abus sexuels et des viols qu'elle avait décrits dans sa plainte, car elle voulait que ses parents se séparent. Elle a en revanche maintenu que son père l'avait frappée à plusieurs reprises. Répondant aux questions relatives à ses rétractations, elle a notamment affirmé vouloir uniquement que sa mère soit relâchée. Lors de l'audience du 19 décembre 2008, C._ a formulé des déclarations contradictoires et a également demandé à ce que sa mère soit remise en liberté. Par ordonnance du 22 décembre 2008, le Juge d'instruction a ordonné la mise en liberté provisoire de D._. B. A._ a déjà fait l'objet de différentes procédures pénales. En 2005, le Procureur général du canton de Genève (ci-après: le Procureur général) avait ouvert une procédure à son encontre à la suite d'une dénonciation du Service de protection des mineurs: C._ aurait confié à son enseignante que son père aurait eu un rapport sexuel avec elle ainsi qu'avec sa soeur B._ en 2001. Par ordonnance du 30 août 2005, le Procureur général avait classé cette procédure, n'ayant pu entendre C._ alors en fugue. En outre, par ordonnance du 15 décembre 2005, le Procureur général avait condamné A._ pour lésions corporelles simples. Par ailleurs, son épouse avait déposé plainte contre lui, en 2003, pour lésions corporelles simples et menaces. Elle avait retiré sa plainte par la suite. C. Le 19 janvier 2009, A._ a formé une demande de mise en liberté provisoire. Par ordonnance du 23 janvier 2009, la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation) a rejeté cette demande. Considérant qu'il existait des charges suffisantes et graves à l'encontre de A._, elle a retenu en substance que le risque de collusion était important et concret: des risques de pressions importants existaient par rapport à B._, C._ et D._, le prénommé ayant exercé à de nombreuses reprises des menaces et des violences physiques à leur encontre. S'ajoutait à cela le fait que l'instruction n'en était qu'à ses débuts. Le risque de récidive devait en outre être retenu, vu la durée des actes décrits par les filles et vu les antécédents de violence du prénommé. Le risque de fuite ne pouvait par ailleurs pas être écarté. D. Le 11 février 2009, A._ a formé un recours en matière pénale contre l'ordonnance du 23 janvier 2009. Il demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et d'ordonner sa mise en liberté immédiate, subsidiairement de renvoyer la cause à la Chambre d'accusation pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert en outre l'assistance judiciaire. Le Procureur général a présenté des observations et conclut au rejet du recours. La Chambre d'accusation se réfère aux considérants de sa décision. Dans ses observations complémentaires, le recourant persiste dans ses conclusions.