Faits: A. Le 20 janvier 2012, X._, ressortissant gambien né en 1990, a déposé plainte pénale à Genève pour contrainte, séquestration, voies de fait et lésions corporelles simples. Le 9 novembre 2011, il avait fait l'objet d'un rapatriement par vol spécial vers la Gambie en exécution d'une décision de renvoi. Le matin, il avait été menotté puis, arrivé à l'aéroport, ligoté sur une chaise, les mains derrière le dossier et un casque sur la tête pour embarquer dans l'avion. Les policiers lui avaient sprayé un gaz dans les narines à plusieurs reprises pour l'empêcher de crier. Le casque avait été enlevé, mais il était resté attaché sur sa chaise pendant toute la durée des vols (avec une escale à Las Palmas), y compris lors du retour, l'avion n'ayant pu atterrir en Gambie. Le plaignant y voyait un traitement inhumain et dégradant. B. Par ordonnance du 2 novembre 2012, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière. Selon l'enquête policière, le plaignant avait été escorté par deux policiers; il avait feint un malaise puis s'était débattu; des calmants lui avaient été administrés; par la suite, il avait retrouvé son calme et la contrainte avait été ramenée au niveau 2. Aucun spray n'avait été utilisé. La tentative de rapatriement s'était dès lors déroulée de façon proportionnée. C. Par arrêt du 28 novembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par le plaignant. Il n'était pas contesté que le rapatriement était de niveau 4, au sens de l'art. 28 al. 1 let. d de l'ordonnance fédérale sur l'usage de la contrainte (OLUsC, RS 364.3). Le rapport de l'observateur indépendant concordait avec celui des deux policiers, ainsi qu'avec le journal des évènements ("log"); l'intéressé aurait simulé un malaise en salle d'attente; il avait été perfusé; il s'était ensuite fortement opposé à l'embarquement et des entraves supplémentaires ainsi qu'un casque d'auto-protection lui avaient été imposés. Une chaise roulante avait été utilisée pour l'embarquement. A bord, une injection de calmants avait été faite, le plaignant ne cessant de protester et de résister. Par la suite, les liens avaient été allégés et le casque retiré; durant la suite du voyage et durant le retour, le degré d'entrave avait, comme pour les autres passagers, été progressivement abaissé. L'audition de l'observateur et du médecin ne pouvait apporter d'élément utile. L'usage de la contrainte, imposé par le comportement du plaignant, n'était pas disproportionné. D. X._ forme un recours en matière pénale contre ce dernier arrêt. Il demande au Tribunal fédéral de constater que l'enquête a violé les exigences procédurales des art. 3 CEDH et 12 de la Convention de New York contre la torture, et de lui accorder une indemnité équitable; il demande aussi l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale avec l'injonction de procéder à une enquête approfondie comportant notamment l'audition des participants au vol spécial; subsidiairement, il demande de constater que la violation de ses droits est irrémédiable, et de l'indemniser pour ce fait. Il requiert l'assistance judiciaire. Au terme de ses observations, la Chambre pénale de recours persiste dans son arrêt. Le Ministère public a renoncé à formuler des observations. Dans ses dernières écritures, le recourant invoque un fait nouveau concernant le recours à certains calmants, administrés notamment sous forme de spray nasal.