Faits: A. Le 14 octobre 2002, le Département genevois de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: le DAEL) a publié un appel à candidatures dans le cadre de la sélection des pools de mandataires appelés à participer à la phase d'avant-projet du lot n° 3 de la liaison ferroviaire Cornavin - Eaux-Vives - Annemasse (CEVA). Ce lot comprend la construction du tunnel et de la station de Pinchat. La phase d'avant-projet était menée en co-maîtrise par le canton de Genève et les CFF, mais l'adjudicateur désigné conventionnellement était le DAEL. Le droit applicable mentionné dans l'appel, ainsi que dans les instructions et directives, était l'Accord OMC sur les marchés publics du 15 avril 1994 (AMP; RS 0.632.231.422), la loi fédérale sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02), l'accord intercantonal sur les marchés publics (AIMPu; RS 172.056.5) ainsi que le droit genevois sur les marchés publics. B. Dans le délai imparti, le Groupement Coranne, composé de trois bureaux genevois d'ingénieurs (ci-après: Coranne), a déposé sa candidature. Par lettre du 18 décembre 2002, le DAEL l'a informé que sa candidature n'était pas retenue pour la seconde phase de la sélection. Après avoir demandé en vain une motivation détaillée, ainsi que l'indication du droit applicable et de la voie de recours, Coranne a saisi le Tribunal administratif genevois, ainsi que la Commission fédérale de recours en matière de marchés publics (la commission), en demandant préliminairement à ces deux instances de statuer sur leur propre compétence et sur le droit applicable. Principalement, elle demandait à être admise à fournir une offre, à ce que la décision de non-sélection soit annulée ou à ce qu'elle soit déclarée illicite, faute de comporter une motivation suffisante quant à l'importance respective des critères de sélection. Le DAEL et les CFF ont contesté la compétence de la commission, en relevant notamment que l'Etat de Genève devait avancer la totalité des coûts relatifs à la phase d'étude de l'avant-projet, que le canton était l'autorité d'adjudication, et que le droit applicable était l'AIMPu et le droit genevois. Au terme d'un échange de vues, le Tribunal administratif a admis sa compétence, en estimant que la quote-part financière de chacun des adjudicateurs ne devait pas constituer un critère unique. C. Par décision du 4 mars 2003, la commission a admis le recours. Selon l'avenant n° 2, du 14 mai 2002, à la convention passée entre le canton de Genève et les CFF le 17 avril 2001 - ci-après, respectivement, l'avenant et la convention -, l'Etat de Genève et les CFF avaient convenu d'une co-maîtrise d'ouvrage durant la phase d'avant-projet de la ligne CEVA. En présence d'un adjudicateur soumis au droit fédéral et d'un autre soumis au droit cantonal, l'art. 2c de l'ordonnance du 11 décembre 1995 sur les marchés publics (OMP; RS 172.056.11 - entré en vigueur le 1er juin 2002 et applicable à un appel d'offre publié le 10 octobre suivant) prévoyait l'application du droit de l'adjudicateur principal. Cette disposition sur la compétence était de droit impératif: au contraire de l'art. 8 al. 3 AIMPu, elle ne contenait aucune réserve en faveur d'une élection de droit. D'autres critères, comme le lieu d'exécution des travaux ou l'intérêt prépondérant à la réalisation, reviendraient à éluder systématiquement l'application du droit fédéral, puisque la Confédération ne dispose pas de territoire propre. Selon le protocole d'accord du 26 avril 2002 passé entre la Confédération, les CFF et le canton, la participation financière au marché d'études d'avant-projet du lot n° 3 était de deux tiers à la charge des CFF (un tiers subventionné par la Confédération), et d'un tiers à celle du canton. Ce dernier avait certes avancé les coûts des études d'avant-projet, mais il ne s'agissait que d'une avance, qui ne permettait pas d'éluder la règle de l'art. 2c OMP. Assumant finalement la plus grande part financière, les CFF devaient être considérés comme l'adjudicateur principal. Certes, selon l'avenant, le DAEL était désigné comme pouvoir adjudicateur pour les études d'avant-projet; toutefois, le marché comportait aussi une option relative aux phases d'étude et de réalisation; en outre, l'avenant était passé avec les seuls CFF et ne pouvait, faute de délégation de compétence, déroger aux dispositions du protocole auquel la Confédération était également partie; le canton de Genève avait lui aussi agi de manière contradictoire, puisqu'il considérait que les CFF étaient maître de l'ouvrage. L'adjudication avait donc été faite par une autorité incompétente. Toutefois, l'annulation ex tunc de l'ensemble de la procédure de passation serait disproportionnée, d'autant que l'autorité compétente - les CFF - y avait déjà participé et que les prescriptions de procédure étaient, à ce stade, similaires en droit fédéral et cantonal. Les CFF devraient réévaluer la candidature de Coranne sur la base du droit fédéral. Il appartiendrait également au DAEL et aux CFF d'examiner l'opportunité de procéder de même à l'égard des autres candidatures, la commission ne pouvant rendre une décision d'annulation erga omnes. Le même jour, la commission a rendu, sur recours du Groupe Coranne, une décision identique concernant le lot n° 5 du projet CEVA (tunnel de Champel). D. Par acte du 11 juillet 2003, complété le 10 septembre 2003, le canton de Genève, représenté par son Conseil d'Etat, forme une réclamation de droit public par laquelle il demande au Tribunal fédéral de constater que les décisions de la commission, ainsi que l'art. 2c OMP, violent la répartition constitutionnelle des compétences entre Confédération et cantons. Il demande une interprétation de l'art. 2c OMP selon laquelle l'adjudicateur principal n'est pas exclusivement celui qui assume la plus grande part de financement, mais celui qui dispose d'un intérêt prépondérant à la réalisation du projet, et sous réserve des conventions contraires. Dans son premier mémoire, le canton de Genève renonce à l'annulation de la décision attaquée, alors que dans le second, il requiert l'annulation des décisions de la commission avec effet dès le prononcé du Tribunal fédéral. Le même jour, le canton de Genève a formé une dénonciation auprès du Conseil fédéral, en concluant à une modification de l'art. 2c OMP, ou à une intervention auprès de la commission afin de sanctionner son interprétation de cette disposition. Il se plaint d'une violation des principes de séparation des pouvoirs, de proportionnalité et de l'exigence de coordination, ainsi que d'inopportunité. Le 19 décembre 2003, le Conseil fédéral a décidé de ne pas entrer en matière sur cette dénonciation (JAAC 68/2004 n° 46 p. 571). Le Conseil fédéral conclut à l'irrecevabilité de la réclamation de droit public, subsidiairement à son rejet. Le Groupe Coranne et les CFF n'ont pas été invités à se déterminer.