Faits: A. Le 25 janvier 2010, Y._ AG a déposé une demande de permis de construire en vue d'édifier un bâtiment commercial de 15'000 m 2environ et d'aménager 335 places de parc en surface dans la commune de Z._. Ce projet et la modification du plan d'aménagement de détail (ci-après: PAD) visant le secteur concerné ont fait l'objet, le 29 janvier 2010, d'une mise à l'enquête publique au cours de laquelle quatre oppositions ont été déposées. Après conciliation par la commune de Z._, ces oppositions - qui n'émanaient pas de la Société X._ (ci-après: X._) - ont été retirées et la modification du PAD a été adoptée par le Conseil communal de Z._, puis transmise à la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg (ci-après: DAEC) pour approbation. Le 21 juillet 2011, Y._ AG a déposé une nouvelle demande de permis de construire comprenant deux modifications. La première concerne le parking: les deux tiers des places - soit 215 sur 335 - sont désormais situées dans un parking souterrain. La seconde modification vise l'implantation du bâtiment: celui-ci est déplacé 5 mètres plus à l'est, de manière à améliorer la circulation à ses abords. Ces modifications ont été mises à l'enquête publique par publication dans la Feuille officielle du canton de Fribourg du ... avec la mention que " seules les modifications peuvent faire l'objet de remarque ou d'opposition ". Par courrier du 11 août 2011, X._ a formé opposition faisant valoir qu'il s'agissait en réalité d'un nouveau projet et que la seconde mise à l'enquête aurait dû porter sur l'ensemble de celui-ci. Par décision du 1 er juin 2012, le Préfet de la Sarine a délivré le permis de construire et rejeté cette opposition, dans la mesure où elle était recevable. B. Par arrêt du 8 février 2013, la II e Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale) a rejeté le recours formé par X._ contre la décision du 1er juin 2012, qu'elle a confirmée. Elle a en outre mis à la charge de la recourante les frais de la procédure et l'a condamnée à verser des dépens à son adverse partie. En substance, la cour cantonale a retenu que l'opposition de X._ ne pouvait porter que sur le coulissement de 5 mètres du bâtiment et sur la création d'un parking souterrain, ces deux points devant être considérés comme des modifications secondaires du projet d'origine; il n'y avait donc pas lieu de traiter les griefs qui ne portaient pas sur ces modifications. Elle a également exclu que des autorisations spéciales fussent nécessaires aux modifications du projet, ce qui ne rendait - de ce fait - pas obligatoire une nouvelle mise à l'enquête de l'ensemble du projet. Enfin, l'instance précédente a retenu que la réalisation du parking souterrain ne permettrait pas au constructeur de créer un nombre de places de stationnement supérieur à celui mentionné dans le permis de construire, à savoir 335. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 8 février 2013 et de rejeter la demande de permis de construire de Y._ AG. Elle conclut subsidiairement au renvoi de l'affaire à l'autorité compétente pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle soutient que les modifications apportées au projet sont importantes, de sorte que le nouveau projet aurait dû être mis à l'enquête dans son ensemble. Le constructeur, le Préfet de la Sarine et la commune de Z._ ont conclu au rejet du recours, avec suite de frais et dépens à la charge de la recourante. La cour cantonale s'est référée aux considérants de la décision entreprise. La recourante a répliqué par courrier du 6 mai 2013. Par ordonnance du 22 avril 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formée par la recourante.