Faits: A. A.a X._ SA est une société anonyme créée le 15 février 1990. Inscrite au registre du commerce du canton de Vaud, elle a son siège à C._. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 300'000 fr. Son but était initialement la conception, la fabrication et la commercialisation de produits informatiques. Depuis le 22 juin 2006, il porte sur les services informatiques dans le domaine de la finance, notamment l'installation de systèmes et la location d'espaces informatiques, services de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs. Le Conseil d'administration de X._ SA est composé de deux personnes, à savoir A._, administrateur président, et B._, son épouse, administratrice et secrétaire. Ceux-ci sont actionnaires majoritaires de X._ SA, qui a son siège dans un immeuble dont ils sont propriétaires à C._. Jusqu'en 1998, X._ SA n'a pas eu d'employé et, selon A._, elle a dégagé son premier chiffre d'affaires en 1995. A.b En 1991, A._ a constitué Y._ SA dont le siège est en Roumanie et dont il détient entre 98 et 99 % du capital-actions. Il ressort d'un contrat du 10 février 1993 liant Y._ SA et X._ SA que X._ SA détient tous les droits de propriété intellectuelle afférents aux programmes informatiques pour les milieux financiers et bancaires que les parties entendent développer. Y._ SA a employé à ses débuts entre 8 à 10 personnes dont le salaire s'élevait à 30 US$ par mois, chiffre qui a progressé avec le temps. Les employés de Y._ SA en Roumanie étaient régulièrement mis à disposition de X._ SA pour travailler en Suisse (ils venaient alors en principe au bénéfice d'un permis d'étudiant) ou en France. Ils logeaient dans un appartement loué par X._ SA, qui prenait en charge tous les frais liés à ce personnel. A.c A._ a obtenu une licence de pilote en novembre 1997. Le 19 juin 1998, X._ SA a acquis un avion Piper Dakota qui n'a jamais été porté à l'actif du bilan de la société. A.d A partir de 1999, A._ a mis en place un groupe de sociétés. Le 8 mars 1999, il a créé Z._ AG dont le siège est au Liechtenstein. A._ a versé l'intégralité du capital-actions de 50'000 fr. de Z._ AG et est membre de son conseil d'administration avec signature individuelle. Depuis sa création, la gestion de Z._ AG s'est effectuée à partir des locaux de X._ SA à C._. Le 8 mars 1999 également, il a constitué D._ AG, dont le siège est au Liechtenstein et qui est active dans le domaine de l'aéronautique. Cette société a acquis l'appareil Piper Dakota qui appartenait à X._ SA, cette dernière en demeurant toutefois l'exploitante. Le 12 mai 1999, la Fondation E._ , qui a aussi son siège au Liechtenstein, a été créée pour gérer la fortune de A._ et faire des prestations aux bénéficiaires désignés par le conseil de fondation. Le 31 mai 1999, l'Etablissement F._ , dont le siège est à Vaduz, a été constitué. Son but est le placement et l'administration de sa fortune. Il détient l'entier du capital-actions de Z._ AG grâce à un prêt consenti par la Fondation E._ . A._ a entrepris des démarches tendant à transférer les droits de propriété intellectuelle sur les produits détenus par Z._ AG selon le contrat du 10 février 1993 à l'Etablissement F._ , mais ces projets n'ont pas abouti. Le 25 juin 1999, la société genevoise G._ SA, dont le but est d'exercer des activités en relation avec l'aéronautique, a été créée. Elle a acquis en 1999 un avion de type Pilatus pour un montant de 2'953'315 US$ dont elle a cédé l'exploitation à D._ AG pour le prix de 600'000 fr. par an (720'000 fr. dès 2001). B. Entre 1995 et 2002, X._ SA a régulièrement déposé ses déclarations d'impôts. Les périodes fiscales 1995-1999 ont fait l'objet de taxations définitives entrées en force, alors que les taxations relatives aux périodes 2000 à 2002 sont restées provisoires. Les bénéfices imposables déclarés par X._ SA oscillaient entre 4'770 fr. pour 1995 et 166'500 fr. pour 2001, alors que le capital imposable déclaré par la société se situait entre 323'189 fr. pour 1995 et 806'000 fr. en 2002. Le 26 juillet 2003, à la suite d'un contrôle périodique de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après : l'Administration cantonale) et de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC), une enquête a été autorisée au sujet de X._ SA, A._ et B._ en raison de soupçon fondé de graves infractions fiscales. La Division d'enquêtes fiscales spéciales de l'AFC a rendu un rapport le 21 septembre 2006 concluant à l'existence de soustractions d'impôts réalisées par le biais notamment de trois procédés. Le premier consistait à intercaler entre X._ SA et ses clients une société écran, en l'occurrence Z._ AG, afin de traiter les affaires commerciales en-dehors du territoire suisse, alors que l'activité effective de Z._ AG se déployait non pas au Liechtenstein, mais en Suisse auprès de X._ SA. Le deuxième procédé était lié à des frais de sous-traitance facturés par Y._ SA à X._ SA et à Z._ AG, alors que les montants facturés n'ont jamais été encaissés par la société roumaine. Le troisième procédé était lié à l'utilisation d'un aéronef Pilatus, dont les frais étaient facturés par D._ AG à X._ SA et à Z._ AG, alors que la plupart de ces frais relevaient d'un usage strictement privé. Les fonds dégagés par les deux premiers procédés ont été versés sur des comptes dont le titulaire est la Fondation E._ , ce qui a permis à cette dernière de détenir et de financer l'Etablissement F._ , qui a financé à son tour Z._ AG, D._ AG et G._ SA. C. Le 11 octobre 2007, l'Administration cantonale a adressé à X._ SA une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive, ainsi qu'un prononcé d'amendes concernant l'impôt cantonal et communal (ICC) pour les périodes fiscales 1999 à 2002 et l'impôt fédéral direct (IFD) pour les périodes fiscales 1995 à 2002. Au total, le complément d'impôts pour l'ICC se rapportant aux périodes 1999-2002 s'élevait à 1'499'150,45 fr., alors que les amendes relatives à l'ICC se montaient au total à 1'606'100 fr. En matière d'IFD, le complément d'impôt à payer pour les périodes 1995-2002 totalisait 892'423,90 fr., pour des peines d'amendes de 1'047'300 fr. Le 15 novembre 2007, X._ SA a interjeté une réclamation non motivée à l'encontre de la décision du 11 octobre 2007. Le 20 décembre 2007, l'Administration cantonale a imparti un délai au 31 janvier 2008 à X._ SA pour déposer une motivation. Des pourparlers transactionnels ont été entrepris et X._ SA a proposé, le 4 janvier 2008, que la motivation de la réclamation ne soit déposée que si les parties n'arrivaient pas à s'entendre, demandant la suspension du délai imparti au 31 janvier 2008. Le 23 janvier 2008, le conseil de X._ SA a indiqué qu'il considérait sa proposition du 4 janvier 2008 comme acceptée, sauf avis contraire. Le 1er avril 2008, les pourparlers transactionnels ont échoué et, le 4 décembre 2008, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation de X._ SA formée le 15 novembre 2007. Saisi d'un recours de X._ SA à l'encontre de la décision du 4 décembre 2008, le Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public (ci-après cité: le Tribunal cantonal), l'a très partiellement admis, par arrêt du 4 août 2010, supprimant le rappel d'impôt et l'amende 1999 en raison de la prescription. A la demande de l'Administration cantonale, il a rendu, le 14 septembre 2010, un arrêt rectificatif, précisant dans son dispositif que la décision attaquée était entièrement confirmée en matière d'impôt fédéral direct. Il en résulte que X._ SA a été condamnée à payer au total 1'285'056,75 fr. de compléments d'ICC pour les périodes 2000-2002, plus des amendes totalisant 1'285'000 fr., les rappels et compléments d'impôts, ainsi que les amendes prononcées en matière d'IFD pour les périodes 1995-2002 étant pour leur part confirmés. D. D.a Le 14 septembre 2010, X._ SA a déposé, à l'encontre de l'arrêt du 4 août 2010, un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral (cause 2C_724/2010). Elle conclut principalement à ce que l'arrêt du 4 août 2010 soit déclaré nul et non avenu, en raison de l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 et à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il rende un nouveau jugement complet comprenant la motivation et le dispositif faisant courir un nouveau délai de recours. Subsidiairement, elle demande à ce qu'un délai supplémentaire d'un mois lui soit accordé pour compléter son écriture ou qu'un second échange d'écritures soit ordonné, pour tenir compte de l'arrêt rectificatif du même jour. Sur le fond, X._ SA précise qu'elle ne conteste pas l'arrêt du 4 août 2010 en ce qu'il supprime le complément et l'amende concernant l'ICC pour 1999, mais les autres points, pour lesquels elle demande son annulation et le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle lui accorde un délai pour motiver sa réclamation du 15 novembre 2007. A titre encore plus subsidiaire, X._ SA conclut au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle taxe les années non prescrites conformément à ses déclarations fiscales. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt. Au terme de ses observations, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'AFC se rallie à la position et aux conclusions de l'autorité cantonale, ainsi qu'à l'arrêt attaqué. D.b Le 14 octobre 2010, X._ SA a formé un nouveau recours en matière de droit public dirigé contre l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 (cause 2C_796/2010). Sous réserve de la conclusion tendant à la constatation de la nullité de l'arrêt du 4 août 2010, la société reprend les mêmes conclusions que celles formulées dans son recours déposé le 14 septembre 2010. Le Tribunal cantonal n'a pas formulé d'observations, contrairement à l'Administration cantonale, qui conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'AFC se rallie à la position et aux conclusions de l'Administration cantonale, ainsi qu'à l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010. D.c Par ordonnance du 25 novembre 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif formée par X._ SA dans ses écritures déposées les 14 septembre et 14 octobre 2010.