Faits: A. L'ingénieur Y._ est à l'origine d'inventions portant sur des porte-échantillons miniaturisés, utilisés en microfluidique. En novembre 2001, il a conclu avec X._ SA, dont il était alors l'un des trois actionnaires principaux, un contrat qui mettait celle-ci au bénéfice d'une licence exclusive pour les brevets qu'il escomptait obtenir pour protéger ses inventions. Selon les clauses de ce contrat, "afin de rester au bénéfice de l'exclusivité, X._ prend en charge la totalité des frais effectifs liés au dépôt, à l'obtention et au maintien en vigueur des brevets (...)" (ch. 5) et "la surveillance de ce contrat, le versement des annuités et des redevances seront contrôlés par le cabinet de conseils en propriété intellectuelle A._ (...), pour rester au bénéfice de l'exclusivité (...)" (ch. 7). A l'époque de la conclusion du contrat de licence, une première demande de brevet, déposée par Y._, était en cours; elle a toutefois été abandonnée après un rapport très négatif de l'Office européen des brevets. Une nouvelle demande de brevet a été déposée le 9 avril 2002 au plan européen et le 4 avril 2003 au plan international, sous la référence D._. Elle a été présentée au nom de Y._, annoncé comme inventeur et demandeur de brevet, par le cabinet d'ingénieurs conseils en brevets A._, société en nom collectif devenue par la suite A._ SA. Dans le cadre de la mise en oeuvre du contrat de licence, des représentants de X._ SA se sont rendus le 1er septembre 2003 dans les locaux de A._ SA. Il a été convenu que les interlocuteurs de A._ SA seraient désormais Y._ et, pour X._ SA, B._. En outre, il a été relevé que les démarches en cours protégeaient les inventions de Y._ jusqu'au 9 octobre 2004 et que la prochaine échéance était le mois de juillet 2004. Le procès-verbal de la séance a été envoyé notamment à Y._. En juillet 2004, A._ SA a prié X._ SA de lui communiquer ses instructions pour la suite du dossier. Par lettre du 30 août 2004 adressée à A._ SA et signée par un certain M. C._, X._ SA a répondu qu'après discussion, elle avait pris la décision d'arrêter le projet D._ de porte-échantillons miniaturisés. Ce courrier n'a pas fait l'objet d'un envoi en copie à Y._. Le 15 septembre 2004, Y._ et X._ SA ont discuté des étapes ultérieures du projet comme si celui-ci devait se poursuivre. Le 17 décembre 2004, l'Office européen des brevets a informé Y._ que faute d'avoir payé les taxes requises, sa demande de brevet européen était réputée retirée. Celui-ci s'est alors adressé à A._ SA. La demande de brevet européen a pu être sauvée par le paiement de diverses taxes de retard et pénalités. La perte est en revanche apparue irrécupérable pour les États-Unis d'Amérique. B. Par demande du 27 octobre 2005, Y._ a ouvert action contre X._ SA en paiement de 900'000 fr. avec intérêt à 5 % dès le 17 octobre 2005. Il a allégué que celle-ci avait violé ses obligations contractuelles découlant du contrat de licence en ne payant pas les redevances nécessaires à la protection du brevet et en abandonnant le projet de porte-échantillons miniaturisés, de surcroît de manière contraire à la bonne foi puisqu'elle ne lui avait rien dit et avait au contraire fait mine de poursuivre la collaboration. Cela aurait eu pour effet de faire tomber l'invention dans le domaine public aux États-Unis, lui causant un préjudice évalué à 900'000 francs. X._ SA a dénoncé le litige à A._ SA, qui a refusé la dénonciation. Sur le fond, elle a contesté qu'il lui appartenait de veiller au maintien du brevet. Selon elle, c'était A._ SA qui, à plusieurs titres, avait failli à son devoir de diligence. Elle a en outre nié avoir agi de mauvaise foi, alléguant que sa malencontreuse lettre du 30 août 2004 résultait d'une confusion qu'elle avait opérée avec un autre dossier de brevet en cours, également géré par A._ SA, et que Y._ ne pouvait pas ne pas avoir été avisé de cette lettre dont il avait ainsi nécessairement connaissance. Elle a enfin contesté le montant du dommage allégué. Par jugement du 28 septembre 2009, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, admettant partiellement l'action, a condamné X._ SA à payer à Y._ la somme de 65'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 17 octobre 2005. Les juges cantonaux ont d'abord retenu que la réelle et commune intention des parties lors de la conclusion du contrat de licence était de transférer de Y._ sur X._ SA les obligations liées à la protection et au maintien des droits rattachés à la demande de brevet déposée par Y._. Ils en ont déduit que par sa décision du 30 août 2004, X._ SA avait violé ses obligations contractuelles à l'égard de Y._, ce qui avait eu pour conséquence la fin des démarches en vue de l'obtention d'un brevet pour l'Amérique du Nord. Puis, se fondant sur les critères d'évaluation indiqués par l'expert judiciaire et le chiffre d'affaires global avancé par Y._, ils ont estimé le dommage qui en découlait à 130'000 fr. Tenant compte de fautes concomitantes de Y._, ils ont alloué la moitié de ce montant à titre de réparation. C. X._ SA (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement au rejet de la demande de son adverse partie du 27 octobre 2005. Y._ (l'intimé) a proposé le rejet du recours.