Faits: A. La société X._ SA (ci-après: la Société) loue des locaux appartenant à A._ dans la propriété par étage nommée Z._Center. Par décision du 4 février 2004, le Département de l'économie a délivré à la Société une autorisation spéciale pour le service de mets et de boissons dans ses locaux, qui servent à la prostitution depuis une époque indéterminée à l'enseigne du "X._". Le 16 août 2004, la Société a rempli la déclaration d'annonce pour salon de prostitution. Le 12 février 2007, la Police cantonale du commerce a ordonné la fermeture définitive du salon de prostitution de la Société et annulé l'autorisation spéciale du 4 février 2004. Elle a retenu que les propriétaires par étage n'avaient pas été unanimes à donner leur accord à l'exploitation du salon et que des motifs d'ordre public s'opposaient à une telle exploitation. Par arrêt du 20 novembre 2007, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours formé par la Société contre la décision du 12 février 2007, annulé la décision et renvoyé la cause pour nouvelle décision. Il a jugé en substance qu'il n'y avait pas d'intérêt public à ce que le droit cantonal impose le consentement de l'ensemble des propriétaires par étage à l'exploitation d'un salon de prostitution. En revanche, la présence de prostituées ne disposant pas d'autorisation de séjour pouvait constituer un motif de fermeture. Un tel fait ayant été constaté à plusieurs reprises, la loi avait été violée de façon réitérée, ce qui ne justifiait pas une fermeture définitive, disproportionnée, mais une fermeture temporaire. La cause était renvoyée à la Police cantonale du commerce pour fixation de la durée de la fermeture. Les 29 février et 24 avril 2008, la Société a prié la Police cantonale du commerce de lui remettre une copie de toutes les décisions par lesquelles avait été prononcé un avertissement ou ordonné la fermeture d'un salon de prostitution à raison de la présence de prostituées sans autorisation de séjour. Cette dernière a remis à la Société les décisions, caviardées, de fermeture des salons, sans produire celles prononçant un avertissement. B. Le 6 juin 2008, la Police cantonale du commerce a ordonné la fermeture immédiate du salon exploité par la Société pour une durée de six mois, annulé l'autorisation spéciale du 4 février 2004 et suspendu l'examen d'une nouvelle demande d'autorisation spéciale. La Société a recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal. Elle a demandé la récusation de la Police cantonale du commerce et le renvoi devant une autorité administrative neutre. Elle s'est plainte de la violation de son droit d'être entendue. Sur le fond, elle a demandé que ne soit prononcé qu'un avertissement, subsidiairement une fermeture d'une semaine seulement. Le juge instructeur a ordonné l'effet suspensif. C. Par arrêt du 10 septembre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision rendue le 6 juin 2008 par la Police cantonale du commerce. Il n'y avait pas lieu d'accepter la récusation de la police cantonale du commerce. La violation alléguée à cet effet du droit d'être entendu portait sur des questions déjà tranchées dans l'arrêt du 20 novembre 2007. La Police cantonale du commerce n'avait pas non plus manifesté de prévention à l'égard de l'intéressé en tenant compte de l'arrêt du Tribunal administratif du 7 mai 2008 (cause n° GE 2008.0067 Club SBC SA) pour fixer la sanction. Le respect du principe de proportionnalité de la sanction avait déjà été examiné dans l'arrêt du 20 novembre 2007; en particulier, un simple avertissement avait déjà été considéré comme insuffisant. Pour le surplus, deux contrôles (20 novembre 2006 et 6 juin 2008) avaient révélé que la majorité des prostituées qui exerçaient dans le salon ne disposaient pas d'autorisation de séjour, ce qui justifiait, à la lumière de l'arrêt rendu le 7 mai 2008, la fermeture du salon exploité par la Société pour six mois. La suspension de l'examen de la demande d'autorisation spéciale jusqu'à la réouverture du salon devait en outre être confirmée. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 10 septembre 2008 par le Tribunal cantonal et de renvoyer la cause pour qu'elle soit traitée par une autorité impartiale autre que la Police cantonale du commerce, subsidiairement de réformer l'arrêt rendu le 10 septembre 2008 par le Tribunal cantonal en ce sens que seul un avertissement est prononcé, plus subsidiairement en ce sens que seule une fermeture d'une semaine soit prononcée. X._ se plaint de la violation de son droit d'être entendu et d'arbitraire dans l'interprétation du droit cantonal. Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations. Par ordonnance du 6 novembre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par la Société. Le 5 décembre 2008, la Police cantonale du commerce a déposé ses observations sur recours. Elle conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.