A.- Par arrêt du 16 octobre 1995, la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a prononcé un avertissement à l'encontre de E._, ressortissant français né en 1963 et titulaire d'une autorisation d'établissement, en ce sens qu'une décision d'expulsion (art. 10 al. 1 lettre d de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers [LSEE; RS 142. 20]) ou de rapatriement (art. 11 al. 3 LSEE) serait prononcée s'il devait à nouveau tomber à la charge de l'assistance publique dans un délai déterminé. Constatant que la situation financière de l'intéressé s'était péjorée à l'échéance du délai d'épreuve imparti, la Section jurassienne de l'état civil et des habitants (ci-après: la Section cantonale) a rendu une décision d'expulsion le 21 mars 1997, confirmée le 24 avril suivant. E._ a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal. Selon le dispositif du jugement rendu sur ce recours le 25 novembre 1997, le Tribunal cantonal a "admis partiellement le recours, annulé la décision d'expulsion et renvoyé le dossier à la Section cantonale pour procéder dans le sens des considérants". A cet égard, le considérant 6 retenait que la mesure d'expulsion devait être remplacée par le rapatriement et le considérant 9 invitait la Section cantonale à "rendre une décision de rapatriement après avoir effectué les démarches nécessaires avec les autorités françaises en vue du transfert (de l'intéressé)". B.- A la suite de ce jugement, la Section cantonale a prononcé une "décision de rapatriement" à l'encontre de l'intéressé, les 26 janvier et 5 mars 1998. E._ a saisi le 9 avril 1998 le Tribunal cantonal d'un nouveau recours contre cette décision, faisant valoir qu'il ne se trouvait plus durablement et dans une large mesure à la charge de l'assistance publique et que les conditions d'un rapatriement n'étaient plus réalisées. Par arrêt du 16 juillet 1998, le Tribunal cantonal a déclaré ce recours irrecevable, estimant que la décision attaquée devant lui ne constituait qu'une simple mesure d'exécution de son arrêt du 25 novembre 1997, entré en force de la chose jugée. Seules les modalités d'exécution du rapatriement pouvaient encore faire l'objet d'un recours, soit d'un recours administratif au Gouvernement, auquel il transmettait le dossier. Statuant le 21 juin 1999 suite à une requête en interprétation de l'intéressé, le Tribunal cantonal a précisé le dispositif de son arrêt du 16 juillet 1998 en ce sens qu'il déclarait irrecevable le recours de droit administratif déposé le 9 avril 1998 en raison de l'autorité de la chose jugée de la décision de rapatriement qu'il avait lui-même rendue le 25 novembre 1997. C.-Agissant le 25 août 1999 par la voie du recours de droit administratif, E._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 21 juin 1999 et de renvoyer le dossier à celui-ci pour qu'il entre en matière sur le recours formé le 9 avril 1998. L'autorité intimée et la Section cantonale concluent au rejet du recours. Le Département fédéral de justice et police propose de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable.