Faits: A. Le 11 décembre 2008, B._ et A._ ont demandé la récusation du Juge d'instruction du canton de Fribourg C._, lequel est en charge d'une procédure pénale notamment pour faux dans les titres. Le 24 septembre 2007, ce magistrat avait renvoyé les prévenus devant le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg. Le 10 novembre 2008, ce tribunal avait retourné la cause à l'instruction afin qu'il soit procédé à des investigations énumérées dans une lettre du 14 novembre suivant. Ce même jour, le Juge d'instruction avait délivré un mandat de sommation et un mandat de perquisition et de séquestre, lesquels avaient été immédiatement exécutés sur la base d'une liste des sociétés concernées que le Tribunal pénal économique avait qualifiée d'inutilisable. Cette liste avait encore été complétée le 19 novembre 2008 à l'appui d'un nouveau mandat de sommation. Selon la demande de récusation, la manière d'agir - alors qu'il n'y avait ni urgence ni de risque de destruction de pièces - et les investigations du Juge d'instruction étaient disproportionnées, ce qui permettait de douter de son impartialité. B. Par décision du 5 février 2009, le Président de l'Office des Juges d'instruction du canton de Fribourg a rejeté la demande de récusation. Les motifs de récusation ayant trait à la conduite de l'instruction jusqu'aux décisions du 24 septembre 2007 étaient irrecevables car tardifs. Quant aux opérations menées après l'arrêt de renvoi du 10 novembre 2008, elles étaient justifiées au regard du principe de célérité; la délivrance simultanée d'un mandat de sommation et de perquisition était admissible. Les griefs liés au mandat de sommation faisaient l'objet d'un recours cantonal et ne pouvaient donner lieu à récusation. C. B._ et A._ forment un recours en matière pénale. Ils demandent l'annulation de la décision du 5 février 2009 et l'admission de leur demande de récusation. La cause a été suspendue jusqu'à droit connu sur le recours formé contre la même décision auprès de la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois. Ce dernier a déclaré le recours irrecevable par arrêt du 11 mars 2009, et la cause a été reprise par ordonnance du 23 mars 2009. Le Président de l'Office des Juges d'instruction et le Juge d'instruction C._ concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.