Faits: A. A.a X._ et Y._ sont propriétaires des locaux abritant le garage, situé boulevard ..., à Genève, et exploité sous la raison sociale "Garage et carrosserie Z._ Sàrl" (ci-après: Z._ Sàrl). Un contrat de bail à loyer a été conclu entre les précédents propriétaires de l'immeuble, F.A.._ et H.A.._, et la société Z._ Sàrl, pour la période déterminée s'écoulant du 1er septembre 1998 au 31 août 2008. A la suite de l'acquisition par les actuels propriétaires du bien immobilier, le bail a été transféré à ces derniers. Les locaux loués comprennent une vitrine pour la vente des véhicules, un atelier mécanique, un atelier de carrosserie, un tunnel de lavage, des locaux administratifs et des parkings intérieurs et extérieurs; ils représentent une surface d'environ 3'000 m2. Le loyer annuel, réputé adapté à l'indice suisse des prix à la consommation, est de 180'000 fr., charges non comprises, ou de 15'000 fr. par mois. A.b Plusieurs procédures judiciaires ont déjà opposé les parties au présent litige. Ainsi, dans le courant de l'année 2002, était initiée par la locataire une procédure devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers qui tendait à faire valider la consignation des loyers opérée en août 2002, à faire condamner les bailleurs à procéder à certains travaux (réparation du chauffage des locaux de la carrosserie, isolation du toit, réparation ou changement de la chaufferie principale, réparation de la porte automatique, vidange des caves, canalisations des WC et des eaux, élimination du dégât d'eau dans la station d'essence) et à accorder une réduction de loyer de 50% et le versement d'une somme de 60'000 fr. à titre de dommages et intérêts. Par arrêt du 5 septembre 2005, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du Tribunal des baux et loyers du 29 novembre 2004 et, statuant à nouveau, a condamné les propriétaires à la réparation de l'installation de chauffage dans les locaux de la carrosserie, à l'isolation du toit, à la vidange des caves, des canalisations des WC et des eaux. Le loyer a été réduit de 10% du 1er octobre au 30 avril de chaque année, du 1er octobre 2001 jusqu'à la suppression du défaut relatif à l'installation de chauffage. Une réduction supplémentaire de 10% pour les autres défauts allégués a été accordée du 26 février 2002 jusqu'à leur suppression. Les loyers consignés depuis le mois d'août 2002 ont été libérés en faveur des bailleurs à due concurrence et les conclusions en paiement de dommages et intérêts ont été rejetées. Les propriétaires ont été sommés, le 4 février 2008, de respecter le dispositif de l'arrêt de la Cour de justice du 5 septembre 2005. Quelques jours plus tard, le 13 février 2008, les propriétaires rappelaient à la locataire que le bail arrivait à échéance le 31 août 2008 et qu'ils souhaitaient obtenir la restitution des locaux. Le 21 février 2008, la locataire réclamait l'exécution de certains travaux, non mis en oeuvre à la suite du jugement rendu; elle se plaignait notamment de l'absence de régulateur et de câble électrique dans la chaufferie, de fuite d'eau dans la chaufferie, de l'ameublement à remplacer consécutivement à la fuite d'eau dans le magasin (shop), d'infiltration d'eau dans l'atelier, du toit de l'annexe à la réception qui s'écroule, de l'absence d'électricité et de la présence d'amiante sur les toits. Dès le mois de mai 2008, les loyers ont à nouveau été consignés. A partir de mars 2008, de nouvelles procédures ont été introduites devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Le 7 mars 2008, la résiliation du contrat de bail a été contestée par la locataire qui considérait que le "congé" était nul pour ne pas avoir été signifié au moyen de la formule officielle; le 29 mai 2008, une requête en validation de la consignation des loyers, en exécution de divers travaux, en réduction du loyer de 50% depuis le mois de mai 2008 (en sus de celle déjà en vigueur) et en paiement de 50'000 fr. à titre de dommages-intérêts a été déposée devant cette autorité, suivie le 25 juin 2008, par une requête en prolongation du bail de six ans. B. B.a La requête tendant à la constatation de la nullité du "congé" et celle en prolongation du bail ont été jointes. Les autorités judiciaires cantonales ont considéré que le bail était de durée déterminée et qu'il venait à échéance le 31 août 2008. Une unique prolongation de bail jusqu'au 31 décembre 2011 a été accordée par la Cour de justice, dont le prononcé daté du 6 septembre 2010 a été confirmé par le Tribunal fédéral, statuant le 16 décembre 2010 sur recours de droit civil. B.b Quant à la requête en exécution des travaux, en validation de consignation et en réduction du loyer de la locataire, elle a, pour sa part, été rejetée par la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Cette même autorité s'est déclarée incompétente pour statuer sur la demande en dommages et intérêts. Le 13 janvier 2009, ce dernier litige a été porté devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève. Par jugement du 26 mai 2010, le loyer, sans les charges, a été réduit de 5% et la consignation du loyer validée à concurrence de ladite réduction; les loyers consignés ont été libérés pour le solde restant. Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions. Statuant le 26 janvier 2011 sur appel des bailleurs et de la locataire, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le précédent jugement et, se prononçant à nouveau, a déclaré irrecevables les conclusions de la locataire tendant à la réparation du chauffage dans la carrosserie et la tôlerie ainsi qu'à des travaux d'électricité dans le local chaufferie, à la réparation du toit de l'immeuble et à la suppression des infiltrations d'eau dans le local chaufferie, l'atelier et le shop. L'autorité cantonale a, par contre, condamné les bailleurs à procéder aux travaux d'électricité nécessaires dans le local "annexe" ou "tôlerie", réduit, dès le 1er mai 2008, de 5% le loyer, sans les charges, des locaux loués jusqu'à la réalisation des travaux précités, validé la consignation de loyer effectuée à concurrence de la réduction de loyer susvisée, ordonné la libération des loyers consignés à due concurrence, condamné solidairement les bailleurs à payer à la locataire les sommes de 1'783 fr.20 et 2'162 fr., condamné chaque partie à verser à l'Etat de Genève un émolument de 300 fr. et rejeté toutes autres conclusions. C. Les bailleurs (recourants) exercent un recours de droit civil au Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt entrepris et requièrent du Tribunal fédéral qu'il déclare irrecevables les prétentions de la locataire portant sur la réparation du chauffage dans la "tôlerie" et la réduction du loyer jusqu'à l'exécution de celle-ci, qu'il déboute la locataire de ses prétentions en exécution de travaux d'électricité nécessaires dans le local "annexe" ou "tôlerie" et en réduction de loyer jusqu'à l'exécution de ceux-ci, qu'il soit ordonné en conséquence aux Services financiers du Pouvoir judiciaire de Genève la libération du solde des loyers consignés et qu'il soit dit que les bailleurs ne sont pas tenus de verser un émolument de 300 fr. à l'Etat de Genève. Pour le surplus, les bailleurs demandent la confirmation de l'arrêt attaqué, sous suite de dépens. Les recourants invoquent une violation grossière du principe de l'autorité de la chose jugée en lien avec l'octroi d'une réduction de loyer de 5% supplémentaire relative à l'absence de chauffage dans la tôlerie. Ils dénoncent également une violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. s'agissant du défaut d'électricité dans la tôlerie. La locataire (intimée) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.