Faits: A. A.a Z._, a travaillé comme aide de cuisine, puis comme employée de production. Elle a cessé toute activité lucrative suite à la survenance d'un accident de la circulation routière le 19 octobre 2001. Alléguant souffrir de maux de tête et de dépression, elle a requis des prestations de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel (ci-après: l'office AI) le 4 septembre 2002. Se référant à l'avis des médecins traitants, qui avaient observé un état dépressif majeur, un syndrome de stress post-traumatique, des céphalées mixtes, migraineuses et tensionnelles, et des paresthésies résiduelles post-cure d'un tunnel carpien (rapport du docteur R._, généraliste, du 20 septembre 2002), un trouble de l'adaptation, réaction mixte anxieuse et dépressive, et un syndrome douloureux persistant (rapport de la doctoresse V._, centre X._, du 6 décembre 2002), à l'origine d'une incapacité totale de travail à partir du 19 octobre 2001, l'administration a alloué à l'assurée une rente entière d'invalidité dès le 1er octobre 2002 (décision du 6 mai 2003). A.b Sollicité dans le cadre d'une révision du droit à la rente, le docteur R._ a fait état d'une situation quasiment inchangée, malgré la disparition des paresthésies mentionnées et l'apparition de fréquents blocages cervicaux et lombaires (rapport du 20 septembre 2005). Mandaté, le docteur E._, psychiatre, a signalé l'existence d'une dysthymie, d'une non- ou mauvaise observance du traitement, d'un trouble somatoforme indifférencié, d'une personnalité à traits passifs-dépendants et de difficultés d'intégration et économiques, n'entravant plus la capacité de travail d'un point de vue psychiatrique depuis le 1er janvier 2003 au plus tard (rapport d'expertise du 16 mai 2006). Malgré les observations formulées par l'intéressée, le docteur R._ et le docteur S._, centre X._, contre le projet de décision, l'office AI a supprimé le rente d'invalidité versée jusque-là (décision du 12 octobre 2006). B. Z._ a déféré la décision au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel, concluant en substance à la poursuite du versement de la rente dont elle était bénéficiaire. Elle estimait fondamentalement que les rapports médicaux produits contredisaient valablement l'expertise, lacunaire au demeurant, et prouvaient à satisfaction que son état de santé ne s'était pas significativement modifié. Le jugement cantonal du 11 avril 2008 déclarant le recours irrecevable en raison de sa tardivité a été annulé le 17 septembre suivant et la cause retournée à la juridiction de première instance pour qu'elle entre en matière sur le fond (cf. arrêt 9C_411/2008). Par nouveau jugement du 18 novembre 2008, la juridiction cantonale a débouté l'assurée de ses conclusions. Elle a pour l'essentiel considéré que les critiques formulées contre le rapport d'expertise ne remettaient pas en question la valeur probante de ce dernier et que l'avis des médecins traitants ne suscitaient pas plus de doutes à cet égard. C. L'intéressée dépose un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation, concluant, sous suite de frais et dépens, au renvoi du dossier pour nouvelle décision au sens des considérants, à la constatation de l'absence d'amélioration de son état de santé et de son droit à la poursuite du versement de la rente en cours ou au renvoi de la cause pour instruction complémentaire sous forme d'expertise pluridisciplinaire et nouvelle décision. L'administration et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.