Faits: A. Par jugement du 7 mai 2007, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, contrainte sexuelle et viol. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de trente-six mois dont dix-huit avec sursis pendant cinq ans ainsi qu'au versement de 5000 fr. d'indemnité pour tort moral. B. Le condamné a formé appel contre ce prononcé. Invités à se déterminer, le Ministère public et A._ ont tous deux déposé des observations et conclu au rejet du recours. Par arrêt du 26 novembre 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a déclaré le pourvoi irrecevable, faute d'argumentation démontrant que le jugement attaqué serait erroné sur l'un ou l'autre point de son contenu. C. X._ interjette un recours en matière pénale contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant, sous suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle entre en matière. D. Le Tribunal cantonal et le Ministère public ont renoncé à des observations.