Faits: A. Le 18 juin 1976, X.X._, ressortissant libyen alors domicilié à M._, a fondé la société Y._ SA, ayant son siège à Genève et un capital-action de 1'000'000 fr. entièrement libéré. Cette société avait pour but social de rendre des services administratifs, comptables et publicitaires et d'effectuer des études de marché. Propriétaire de l'intégralité du capital social, sous réserve de deux ou trois actions cédées à titre fiduciaire, X.X._ présidait le conseil d'administration et disposait d'un droit de signature individuelle. Il a été retenu que l'activité effective de Y._ SA consistait essentiellement à rendre des services personnels et professionnels à la famille X._. Il a été établi, au moins dès 1994, que l'essentiel, sinon la totalité, des frais généraux de la société étaient couverts par son actionnaire. En 1987, X.X._ s'est établi en République Dominicaine. Chaque année, les comptes de Y._ SA faisaient apparaître une créance à l'encontre de l'actionnaire destinée à équilibrer le solde. Le détail du compte de l'actionnaire mentionnait les prestations mises à sa charge et les versements effectués par ce dernier, soit directement, soit par l'entremise de l'une de ses sociétés. Lors de l'assemblée générale tenue à Genève le 14 juin 2001, l'actionnaire, par l'intermédiaire de son frère muni d'une procuration écrite, a approuvé les comptes de l'année 2000, qui faisaient apparaître une créance à son encontre de 1'416'368 fr. 09. A la suite d'une longue maladie, X.X._ est décédé en République Dominicaine le 22 avril 2002. L'hoirie est constituée de son épouse, B.X._, et de ses deux filles, A.X._ et C.X._. D'entente entre les membres de l'hoirie, la société Y._ SA cessa ses activités au début de l'année 2003 et licencia l'ensemble de son personnel dans l'optique de sa liquidation. Les héritières refusèrent de payer à Y._ SA le montant de 353'050 fr. 05 correspondant au solde du compte de l'actionnaire selon le bilan au 31 décembre 2002. B. Le 14 avril 2003, le vice-président du conseil d'administration déposa, au nom de Y._ SA, une requête de faillite, laquelle fût prononcée le 6 mai 2003. Le 30 avril 2003, la société a obtenu, à concurrence de sa créance, le séquestre d'un immeuble à Z._ (Genève) qui appartenait au défunt et qui est entré dans la succession. Les commandements de payer ayant été frappés d'opposition, Y._ SA en faillite a ouvert, le 24 novembre 2003, une action en validation de séquestre. Par décision du 4 février 2004, la masse en faillite de Y._ SA a renoncé à poursuivre la procédure et a cédé ses droits à trois créanciers admis à l'état de collocation, D._, F.X._ et E._, qui ont repris la procédure. Par jugement du 20 décembre 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a admis la demande à concurrence de 353'050 fr. 05 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er janvier 2003, avec suite de dépens. Statuant sur appel des héritières, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement avec suite de dépens, par arrêt du 5 décembre 2008. C. Les héritières ont déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 5 décembre 2008. Invoquant une violation du droit comptable fédéral, une violation des règles sur le fardeau de la preuve et un établissement manifestement inexact, respectivement arbitraire, des faits, les recourantes concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au déboutement de leurs parties adverses avec suite de frais et dépens. Elles ont également sollicité l'effet suspensif, qui leur a été accordé par ordonnance du 19 février 2009. Les intimés ont conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens.