Faits: A. Le Syndicat pour la gestion des biens propriété des communes des Franches-Montagnes après cession de l'Hôpital St-Joseph au Centre de gestion hospitalière (ci-après: le Syndicat) est propriétaire du stand de tir à 300 mètres des Breuleux sur le territoire de la commune du même nom, au lieu-dit "Es Chaux". Le bâtiment abritant les places de tir est implanté en zone de sports et loisirs A avec un degré de sensibilité III au bruit. Il comprend un local de tir de huit places, dont six sont équipées, une buvette et une annexe qui abrite un compresseur. La ciblerie, dotée de six cibles électroniques, est située en zone agricole à l'intérieur d'un périmètre de protection de la nature. Une route de 3ème classe passe devant le stand de tir et rejoint la route cantonale reliant le centre de la localité des Breuleux aux Reussilles. les époux B._ occupent avec leurs enfants une ancienne ferme située à environ 150 mètres à l'est du stand de tir. Les époux A._ exploitent quant à eux la ferme du Pré Garçon située au sud-ouest du stand, derrière la butte de tir. Le stand de tir des Breuleux est l'un des deux stands régionaux avec celui de Soubey retenus par le plan directeur cantonal pour le district des Franches-Montagnes; il est destiné à accueillir les tireurs des communes des Breuleux, du Noirmont, des Bois, de Lajoux, de La Chaux-des-Breuleux, de Peuchapatte, de Muriaux et des Genevez. Le 14 décembre 2005, le Syndicat a mis à l'enquête publique un projet d'agrandissement du stand de tir des Breuleux et de mise en conformité aux normes fédérales de sécurité et de protection contre le bruit en vue de son utilisation au niveau régional. Ce projet consiste à agrandir la partie nord du stand sur une largeur de 2,80 mètres, après démolition de l'annexe existante, pour permettre la pose d'un caisson d'insonorisation à l'arrière des places de tir et à augmenter la capacité de la buvette. Le 14 juillet 2006, l'Office des eaux et de la protection de la nature de la République et canton du Jura a délivré l'autorisation spéciale en matière de protection des eaux et de l'environnement requise par le projet en l'assortissant de plusieurs conditions. Le 9 novembre 2006, la Section des permis de construire du Service de l'aménagement du territoire de la République et canton du Jura a accordé au Syndicat, sous diverses charges et conditions, le permis de construire sollicité et a levé l'opposition formée contre ce projet par les époux B._ et A._. Par jugement du 11 juillet 2007, la juge administrative du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura a rejeté le recours interjeté par les opposants contre cette décision qu'elle a confirmée en l'assortissant de la condition supplémentaire relative à l'aménagement d'un mât avec suspension d'une manche à air lors des tirs, à hauteur du panneau "piste cavalier", à l'est du projet. Statuant par arrêt du 14 octobre 2008, la Chambre administrative du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale) a partiellement admis le recours déposé contre ce jugement par les époux B._ et A._ et a subordonné le permis de construire accordé au Syndicat à la mise en place d'une chaîne munie du signal "Danger de tir, passage interdit" sur le chemin qui conduit à la ciblerie en partant de la route menant à la ferme du Pré Garçon et à la mise en place d'un signal identique en bordure de la crête boisée se trouvant au sud des cibles, de part et d'autre de la zone de protection 4. Elle a confirmé pour le surplus la décision du 9 novembre 2006 de la Section des permis de construire et le jugement attaqué de la juge administrative. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les époux A._ et les époux B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et toutes autres décisions allant dans le sens de l'octroi du permis de construire. Le Tribunal cantonal et le Syndicat concluent au rejet du recours. La Section des permis de construire de la République et canton du Jura a renoncé à déposer des observations. L'Office fédéral de l'environnement a produit des déterminations au sujet desquelles les parties et autorités intéressées ont eu l'occasion de prendre position.