Faits: A. Par contrat de travail du 5 juillet 2001, une société finalement devenue X._ AG (ci-après: l'employeuse) le 14 janvier 2008 a engagé Y._ (ci-après: l'employé) en qualité de chef de projet pour une durée indéterminée à compter du 1er septembre 2001, pour un salaire mensuel brut, payable douze fois l'an, fixé en dernier lieu à 10'850 fr. au mois de janvier 2005. Un avenant du 25 février 2002 indiquait notamment que le règlement du personnel distribué à la fin du mois de décembre 2001 faisait partie intégrante du contrat de travail. Sous la rubrique "5.3. Frais"/"5.3.3. Frais de déplacement", ledit règlement comportait un art. 5.3.3.9. disposant que "le temps consacré au déplacement sur un projet ou mandat est rémunéré par la Société lorsque le trajet aller/retour depuis le lieu habituel du travail de l'Employé dépasse 2 heures par jour. Lorsque le droit à la rémunération est ouvert, le tarif à l'heure est fixé à CHF 130.--". Cette disposition n'a subi aucune modification lors de la mise à jour du règlement du personnel le 15 mars 2004. Le 2 décembre 2005, l'employeuse a licencié l'employé avec effet immédiat avant de lui confirmer, le 19 décembre 2005, qu'elle abandonnait sa décision et qu'ainsi, le contrat liant les parties prendrait fin le 28 février 2006, compte tenu du préavis contractuel de deux mois. L'employé demeurait libéré de son obligation de travailler et devait prendre son solde de vacances avant le 28 février 2006. Par courriel du 28 décembre 2005, l'employé s'est étonné auprès de l'employeuse d'avoir reçu son salaire pour le mois de décembre vu le licenciement avec effet immédiat survenu le 2 décembre 2005. Du 31 janvier au 3 février 2006, l'employé s'est trouvé en incapacité de travail pour cause de maladie, de sorte qu'il a finalement perçu son salaire jusqu'au 31 mars 2006. B. Par demande du 30 août 2006, l'employé a assigné l'employeuse en paiement du montant de 145'594 fr. 50 nets, prétention qu'il a ultérieurement amplifiée en ce sens qu'il réclamait le versement des sommes de 226'354 fr. 50 bruts - soit 214'500 fr. à titre de rémunération du temps consacré aux déplacements, 4'854 fr. 50 à titre de paiement de 12.25 jours de vacances et 7'000 fr. à titre de solde sur rémunération des objectifs pour l'année 2004 - et 65'100 fr. nets à titre d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié, le tout avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005. L'employeuse a déclaré vouloir compenser toute somme qu'elle se verrait condamnée à verser à l'employé avec le montant de 3'280 frqu'elle lui avait payé à titre d'indemnité repas et frais fixes pour la période de décembre 2005 à mars 2006. Par jugement du 6 juin 2007, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné l'employeuse à verser à l'employé les sommes de 210'774 fr. 50 bruts - soit 4'854 fr. 50 d'indemnité pour vacances non prises en nature et 205'920 fr. à titre de rémunération du temps consacré aux déplacements - et 18'420 fr. nets d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié, le tout avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005. Saisie par l'employeuse et statuant par arrêt du 19 mai 2008, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a confirmé le jugement du 6 juin 2007. C. L'employeuse (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu à l'annulation de l'arrêt du 19 mai 2008 en tant qu'il confirme sa condamnation à payer à l'employé la somme de 210'774 fr. 50 bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 2 décembre 2005, avec suite de frais et dépens. Elle a également requis l'octroi de l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 18 juillet 2008. L'employé (l'intimé) a proposé le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.