Faits: A. Le 26 juin 2000, le Juge d'instruction du canton de Genève a inculpé S._ de gestion fautive. Le 17 mars 2004, l'inculpation a été étendue à des infractions de faux dans les titres et de gestion déloyale qualifiée. Il lui est reproché en substance d'avoir causé le surendettement de la société B._, dont il était le président de 1995 à 2000) par une dotation insuffisante en capital, des octrois de garanties et des souscriptions de crédits excessifs, ainsi que des abandons injustifiés de créances. Par ailleurs il aurait participé à l'élaboration de comptes inexacts (ne mentionnant pas les garanties émises par la société, soit 147 millions de fr. au 31 décembre 2008), et aurait détourné à son profit un montant de 2,4 millions d'USD. Les 11 et 12 juin 2001, le Juge d'instruction a ordonné le blocage de tous les comptes bancaires détenus ou contrôlés par S._, ainsi que la saisie d'un lot de copropriété par étage relatif à un appartement sis à Verbier et estimé à 1 million de fr. Ces mesures ont été confirmées par ordonnance de la Chambre d'accusation genevoise, ainsi que par arrêt du Tribunal fédéral du 9 août 2002 (cause 1P. 239/2002). Selon ce dernier arrêt, S._ avait perçu, de la part de B._, des rémunérations sans rapport avec la situation effective de la société; il aurait reçu des avantages allant au-delà de ce que prévoyait son contrat de travail, ainsi que des virements suspects. Sous l'angle de la proportionnalité, le Tribunal fédéral a retenu que l'enquête nécessitait des investigations compliquées; depuis le mois de janvier 2002, l'inculpé avait usé de son droit au silence, ce qui avait pu retarder l'enquête. La durée des mesures de séquestre n'apparaissait pas excessive en l'état, mais l'instruction devait être poursuivie sans désemparer. Le 2 juillet 2004, le Juge d'instruction a rejeté une nouvelle demande de levée des saisies. Cette décision a été confirmée le 4 octobre 2004 par la Chambre d'accusation. Celle-ci a considéré qu'une confiscation apparaissait possible, que l'inculpé avait choisi de ne pas répondre aux questions du Juge d'instruction, et que ce dernier avait proposé de limiter les saisies à un montant de 1,5 million de fr., ce qui paraissait proportionné à la situation du recourant. B. Le Juge d'instruction a encore refusé de lever les saisies, par décisions des 4 juin 2007 et 17 février 2009, en considérant notamment que les rémunérations perçues par l'inculpé s'élevaient à 1,7 million de fr. entre 1997 et 1999, et que l'on ignorait le destinataire du montant de 2,4 millions d'USD débité du compte de B._. Par ordonnance du 20 mai 2009, la Chambre d'accusation a confirmé cette dernière décision, en substance pour les mêmes motifs. Les arguments à décharge avancés par le recourant étaient contredits par les éléments de l'enquête. Le recourant était malvenu de se plaindre de la longueur de la procédure puisque pendant cinq ans il avait refusé de collaborer à l'enquête. L'affaire était complexe et la commission rogatoire décernée aux Etats-Unis pouvait être déterminante. La valeur des biens saisis, soit moins d'un million de fr., apparaissait inférieure aux avantages illicites. Le recourant se prétendait démuni, mais la partie civile avait affirmé sans être contredite qu'il avait vendu des biens en France et disposerait de biens à l'étranger. Le recourant ne démontrait pas qu'il serait privé du minimum vital. C. Par acte du 24 juin 2009, S._ forme un recours en matière pénale. Il demande l'annulation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation et la levée de toutes les saisies frappant ses comptes bancaires et autres biens. La Chambre d'accusation n'a pas présenté d'observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours. B._ conclut au rejet du recours. Les autres parties civiles s'en rapportent à justice.