Faits: A. La société X._ SA, dont le siège est à Y._, est inscrite au registre du commerce depuis 1987 et a pour but la réalisation de toutes affaires immobilières. A.X._ en est l'administrateur unique. Dans le bilan de la société au 31 décembre 2006, il était inscrit comme débiteur-actionnaire pour un montant de 479'093.35 fr. Par acte notarié du 30 mars 2007, les consorts B.-C._ ont vendu à terme à X._ SA les parcelles nos ****, **** et **** du cadastre communal d'Y._. Dans le même acte, les consorts D._ ont vendu à terme à X._ SA un bien-fonds de *** m2 détaché de la parcelle n° ****. Ces derniers lui ont également promis-vendu le solde de cette parcelle. X._ SA avait prévu de réaliser plusieurs bâtiments d'habitation sur ces parcelles. Le prix convenu était de 2'600'000 fr. dont 1'300'000 fr. pour les immeubles vendus à terme et 1'300'000 fr. pour l'immeuble promis-vendu. La durée de validité du contrat de vente à terme expirait le 31 mai 2007, celle de la promesse de vente le 30 juin 2007. Les parties ont également stipulé qu'une fois ces délais passés, elles étaient déliées de toutes obligations, sauf prorogation du terme. Il a aussi été convenu que la partie non défaillante pouvait, à son choix, soit poursuivre l'exécution du contrat en demandant des dommages-intérêts moratoires, soit renoncer à l'exécution en exigeant une peine conventionnelle de 130'000 fr. Le 29 mai 2007, la Banque E._ a octroyé un crédit de construction de 1'990'000 fr. à X._ SA et à A.X._. Elle a exigé que ce dernier devienne le seul propriétaire des lots, à l'exclusion de la société, en raison de la dette, inscrite au bilan, qu'il avait envers X._ SA. Par acte notarié du 31 mai 2007, les parties ont annulé les contrats de vente à terme du 30 mars 2007 "sans dédit, dommages-intérêts ou peine conventionnelle à verser de part, ni d'autre". A titre préliminaire, il était rappelé que la banque assurant le financement partiel des immeubles avait exigé que ceux-ci soient acquis par A.X._ à titre personnel en lieu et place de la société. Dans le même acte, les consorts B.-C._ et les consorts D._ ont vendu à A.X._ les immeubles précédemment vendus à terme à X._ SA pour le prix total de 1'300'000 fr. et les consorts D._ ont en outre promis-vendu à celui-ci le solde de la parcelle n° **** pour un montant de 1'300'000 fr. B. Le 29 août 2007, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud a notifié à X._ SA un bordereau de droit de mutation calculé sur 1'300'000 fr. en raison de la cession par la société à son administrateur des droits acquis sur les immeubles de Y._. Le 8 juillet 2008, la réclamation de X._ SA contre cette décision a été rejetée par l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale), à qui le dossier avait été transmis comme objet de sa compétence. Par arrêt du 27 janvier 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ SA contre la décision de l'Administration cantonale du 8 juillet 2008; en outre, le Tribunal cantonal a modifié ladite décision en ce sens que le droit de mutation dû par la société a été calculé sur la moitié de la valeur des immeubles vendus et promis-vendus, soit 2'600'000 fr., (reformatio in pejus) et il l'a confirmée pour le surplus, tout en renvoyant la cause à l'autorité intimée pour notification d'un nouveau bordereau d'impôt. C. Le 27 février 2009, X._ SA a interjeté un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 27 janvier 2009 en concluant, sous suite de dépens, à sa réforme dans le sens que la renonciation au droit d'acquérir les parcelles nos ****, **** et **** sises à Y._ est intervenue gratuitement et ne peut dès lors donner lieu au prélèvement d'un droit de mutation. Le Tribunal cantonal a renoncé à répondre au recours. L'Administration cantonale conclut, sous suite de frais, au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité. D. Par ordonnance du 8 avril 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.