Faits: A. Le 1er juillet 1996, la Fondation Y._ (ci-après: la fondation) a engagé X._, née en 1952, en qualité de collaboratrice sociale à 70 %. Durant les trois premières années de son activité, l'employée a suivi une formation auprès de l'Ecole d'études sociales et pédagogiques, à Lausanne, en vue d'obtenir le diplôme d'assistante sociale. Une fois diplômée, en septembre 1999, X._ a travaillé comme assistante sociale à plein temps pour la fondation. En 2002 et 2003, X._ a perçu un salaire annuel brut de 82'509 fr., respectivement de 84'617 fr. Pour les mêmes années, son collègue et contemporain A._, qui exerçait la même activité qu'elle, a reçu une rémunération brute de 96'863 fr., respectivement de 99'190 fr. Dès 2004, la fondation a décidé de rétribuer ses employés conformément au système salarial appliqué au personnel de l'Etat de Fribourg. Cette année-là, X._ a réalisé un salaire annuel brut de 89'014 fr.25, correspondant à la classe 18, palier 12; jusqu'à son départ, le 30 septembre 2004, A._ a perçu une rémunération représentant un salaire annuel de 101'858 fr.25, correspondant à la classe 18, palier 20. En 2005, le salaire annuel de X._ était de 90'822 fr.55 jusqu'au 30 avril, puis de 92'171 fr.95, ce qui correspondait à la classe 18, palier 13. En mars 2004, X._ et sa collègue B._ ont exprimé à la fondation leur déception d'être moins bien rémunérées que leurs collègues masculins, pour un travail égal; elles ont proposé de soumettre leur litige salarial à la Commission fribourgeoise de conciliation en matière d'égalité entre les sexes dans les rapports de travail (ci-après: CCMES), ce que la fondation a accepté. En septembre 2004, la CCMES a émis des recommandations, tendant notamment à la fixation du salaire de X._ en classe 18, palier 15. La fondation n'a pas donné suite à ces recommandations. B. Par mémoire du 18 avril 2005, X._ a ouvert action en paiement contre la fondation devant la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine. En dernier lieu, elle concluait à ce que la défenderesse soit condamnée à lui payer un arriéré de salaire de 21'779 fr.75 pour la période du 1er janvier 2002 au 31 décembre 2005. B._ a également ouvert action contre la fondation; les causes opposant les deux employées à leur employeur ont été jointes. Par jugement du 3 octobre 2007 dont les considérants ont été notifiés le 8 avril 2008, la Chambre des prud'hommes a partiellement admis la demande de X._ et condamné la fondation à payer à son employée le montant brut de 18'269 fr.65 avec intérêts à 5 % dès le 1er mars 2004. Statuant le 1er septembre 2008 sur appel de l'employeuse, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a admis le recours dans la cause opposant X._ à la fondation et rejeté la demande déposée par l'employée. C. X._ interjette un recours en matière civile. Elle demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et de condamner la fondation à lui payer le montant brut de 18'269 fr.65 avec intérêts à 5 % dès le 1er mars 2004. La fondation propose le rejet du recours. La cour cantonale a renoncé à déposer des observations.