Faits: A. A.a B.X._ et A.X._ ont contracté mariage le 19 juin 1974 à C._. Le couple a deux enfants, aujourd'hui majeurs. Les époux X._ ont adopté le régime de la séparation de biens par acte notarié du 13 juin 1974. A.b B.X._ et A.X._ étaient copropriétaires pour moitié chacun de la parcelle no 2247, sise sur la Commune de D._, sur laquelle est érigée la villa ayant constitué leur domicile conjugal, de son acquisition jusqu'à la séparation des époux. Le bien immobilier a été acquis par acte notarié des 4 et 15 décembre 1980, pour le prix de 615'000 fr. Ce montant a été acquitté à hauteur de 175'000 fr. le jour de la signature de l'acte, de 360'000 fr. que les époux s'engageaient à verser le jour de l'entrée en jouissance, et de 80'000 fr., qu'ils s'engageaient à payer le 15 décembre 1980. Le montant de 175'000 fr. a été acquitté au moyen des fonds propres de B.X._. La somme de 360'000 fr. a quant à elle été financée par un crédit hypothécaire, consenti à l'époque par l'Union des Banques Suisses, dont les parties étaient conjointement et solidairement débitrices. Il n'est pas contesté que le mari a intégralement remboursé ce prêt. De même, il est établi que c'est ce dernier qui s'est acquitté du montant de 80'000 fr. correspondant au solde du prix de vente. Pendant la vie commune, l'époux a financé la réalisation de différents travaux sur la villa. Seul demeure toutefois encore litigieux l'investissement lié au couvert à voitures. B. B.a Par jugement du 29 juin 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce des parties. Il a notamment ordonné le partage de la copropriété, dit qu'elle serait vendue de gré à gré, les opérations de partage étant renvoyées à être organisées par ordonnance séparée. Le 17 septembre 2009, le Tribunal a ordonné la vente du bien immobilier, fixé la mise à prix à 1'900'000 fr. - montant correspondant à la valeur retenue par expertise - et désigné un notaire pour procéder aux opérations de partage. La propriété a finalement été vendue en avril 2011, pour le prix de 2'400'000 fr. Le 29 novembre 2011, le Tribunal de première instance a notamment pris acte de la vente, constaté que, sur le produit de celle-ci, 175'000 fr. devaient être restitués à B.X._ et 741'101 fr. 85 à A.X._, cela au titre des apports investis dans le bien immobilier (ch. 2), dit que le solde du prix de vente, après déduction des frais et honoraires du notaire et après restitution des apports investis par chacune des parties, devait être partagé par moitié entre elles (ch. 3). B.b Statuant sur appel de A.X._ le 27 avril 2012, la Cour de justice a annulé le ch. 2 et l'a réformé en ce sens que, sur le produit de vente, 175'000 fr. devaient être restitués à l'épouse et 747'701 fr. 85 à l'appelant, les parties étant déboutées de toutes autres conclusions. C. Agissant le 1er juin 2012 par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, A.X._ conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à sa réforme en ce sens qu'il soit dit que les fonds propres qu'il a investis dans la propriété se chiffrent à 767'701 fr. 85, ce montant devant lui être restitué, et qu'il soit ensuite ordonné que le solde du bénéfice du prix de vente soit réparti à raison de 80% en sa faveur et de 20% en celle de son épouse. Des observations n'ont pas été demandées.