Faits: A. A._, société active dans le domaine de la construction, a déposé le 20 juin 2011 une plainte pénale contre inconnu pour faux dans les titres. L'une de ses co-contractantes, B._ dont elle allègue être créancière, lui a transmis deux factures libellées au nom de A._. Selon A._, ces factures ne se retrouvent pas dans sa comptabilité et ne correspondent pas à la créance qu'elle a contre B._; les factures seraient des faux et auraient permis à une tierce entreprise, C._, d'obtenir de B._ le virement des montants facturés, prétendument pour en créditer A._, mais en réalité pour se les attribuer. B. Par ordonnance du 4 juin 2012, le Ministère public de la République et canton de Genève (ci-après: le Ministère public) a refusé de reconnaître à A._ la qualité de partie plaignante. En substance, la décision querellée retient que les fausses factures n'étaient pas celles qui fondaient la créance de A._ contre B._ et que les quelque 240'000 fr. qui avaient été débités des comptes de celle-ci ne l'avaient pas été sur la base des factures litigieuses; par conséquent A._ n'avait pas été touchée par les infractions dénoncées, seule B._ étant directement lésée. A._ ne subissait qu'un dommage par ricochet (du fait de l'appauvrissement de sa débitrice), ce qui ne lui permettait pas de se constituer partie plaignante. Statuant sur recours de A._, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a confirmé cette décision. Elle a en substance considéré que A._ n'avait pas établi la relation de causalité directe entre l'infraction dénoncée et la difficulté qu'elle rencontre à obtenir de B._ le paiement de sa créance. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral de lui accorder la qualité de partie plaignante, subsidiairement d'annuler l'arrêt cantonal et de renvoyer la cause à l'instance précédente. Le dossier de la cause a été produit par la Cour de justice, qui se réfère à son arrêt et n'a pas d'observations à formuler. Le Ministère public conclut au rejet du recours.