Faits: A. A.a. Les époux A._, soit A.A._ et B.A._, nés en 1952 respectivement en 1953, sont domiciliés dans le canton de Genève, à Z._. B.A._ exerçait une activité lucrative indépendante en tant que maraîcher et producteur de gazon sous la raison individuelle C._sise à Z._; le but de cette entreprise individuelle est le commerce, la distribution, l'importation et l'exploitation de matières premières en relation avec le "paysagisme" et l'agriculture. Les époux A._ exploitent, depuis le 28 octobre 1998, une société à responsabilité limitée, sise à Z._, dont ils détiennent chacun 19'000 fr. du capital social s'élevant au total à 40'000 fr. Cette société, dont la raison de commerce est D._ Sàrl (ci-après: la société), a le même but que C._. B.A._ est propriétaire, entre autre biens immobiliers, de la parcelle no eee du registre foncier de la commune Z._ qu'il a reçue en donation de ses parents en avril 2008. Cette parcelle, d'une surface de 9'984 m2, est située en zone agricole et comprenait en 2007 un hangar, ainsi que des serres s'étendant sur 5'562 m2. A.b. Dans leur déclaration fiscale 2007, les époux A._ n'ont plus fait état d'une d'activité lucrative indépendante mais uniquement d'une activité lucrative dépendante en tant que salariés de D._ Sàrl. Selon cette déclaration, leur revenu imposable s'élevait à 62'642 fr. pour les impôts cantonal et communal et à 77'759 fr. pour l'impôt fédéral direct; la fortune imposable se montait 342'767 fr. Le formulaire servant à déterminer le revenu et la fortune des professionnels de l'agriculture annexé à la déclaration indiquait, sous la rubrique "Amortissements sur immeubles agricoles (en propriété) ", dans la colonne "Constructions légères (hangars, ateliers, couverts, box et stabulation) ", un report de l'année précédente à la valeur au 1er janvier 2007 de 57'956 fr. et un "amortissement admis" de 2'897 fr. Après que l'autorité de taxation eut demandé aux intéressés des renseignements complémentaires, ceux-ci ont informé le fisc qu'en date du 1er janvier 2007 B.A._ avait vendu, à leur valeur comptable, tous les actifs et les passifs de son exploitation à D._ Sàrl, dont il était devenu salarié, ne conservant en nom propre qu'un bâtiment qu'il mettait gratuitement à disposition de ladite société. Un document récapitulant tous les actifs et les passifs ayant fait l'objet de la vente à la valeur comptable était joint au courrier. Les actifs comportaient un poste intitulé "Serres" s'élevant à 7'688 fr. A.c. Par bordereau du 19 août 2009 pour l'impôt fédéral direct 2007, l'autorité de taxation a fixé le revenu imposable à 543'500 fr. pour un impôt s'élevant à 58'001 fr. Le bordereau des impôts cantonaux et communaux montrait un revenu et une fortune imposables se montant à 529'802 fr. respectivement 392'300 fr. pour un impôt total de 148'062 fr. Pour les deux catégories d'impôts, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) avait notamment repris un montant de 492'043 fr. (valeur de transfert retenue de 550'000 fr. ./. valeur comptable de 57'957 fr.) au titre de bénéfice net, ce qui correspondait au bénéfice réalisé sur le transfert de la fortune commerciale à la fortune privée du bien immobilier diminué de 61'505 fr. de cotisations AVS calculées sur ce bénéfice; un montant de 35'211 fr. avait également été ajouté au revenu imposable au titre de rendement de la fortune immobilière (cet élément n'est plus en cause devant le Tribunal fédéral). A.d. Par décision sur réclamation du 4 octobre 2010, l'Administration fiscale a partiellement modifié les décisions de taxation du 19 août 2009. Dans la mesure où l'ensemble des actifs de l'entreprise individuelle C._avait été transféré le 1er janvier 2007 à D._ Sàrl, le bien immobilier utilisé à titre professionnel devait être requalifié selon les principes de la prépondérance et les réserves latentes devaient être imposées. Compte tenu du fait que la parcelle en cause était assujettie au droit foncier rural, la taxation était cependant rectifiée: pouvaient être imposés au titre de bénéfice uniquement les amortissements cumulés admis fiscalement jusque-là, soit 91'177 fr. pour le terrain/verger et 30'353 fr. pour le hangar; dès lors le bénéfice imposable concernant ce transfert dans la fortune privée était ramené de 492'043 fr. à 121'530 fr. Le montant des cotisations AVS était adapté en conséquence. Le revenu imposable était fixé à 219'300 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 205'439 fr. pour les impôts cantonaux et communaux. Le 11 octobre 2010, l'Administration fiscale a transmis aux époux A._ le détails des amortissements retenus relatifs au verger et au hangar pour les années 1992 à 2006. B. Par jugement du 23 mars 2012, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a admis le recours des époux A._ tant pour l'impôt fédéral direct que les impôts cantonaux et communaux 2007. Les amortissements du terrain/verger se montant à 91'177 fr. (seuls contestés) comprenaient les amortissements des années 1992 à 2006; or, B.A._ n'avait reçu cette parcelle en donation de ses parents qu'en 2008; c'était donc à tort que les 91'177 fr. avaient été ajoutés au bénéfice imposable. En outre, ledit tribunal a pris acte du fait que les intéressés "admettent l'imposition de l'amortissement sur le hangar en 30'353 fr.". C. La Cour de Justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) a partiellement admis le recours de l'Administration fiscale par arrêt du 6 février 2013; elle a annulé le jugement du 23 mars 2012 en tant qu'il retenait que la nouvelle taxation ne devait pas inclure le montant de 91'177 fr. pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux 2007 et l'a confirmé pour le surplus. La parcelle eee sur laquelle étaient construites les serres (improprement qualifiées de terrain/verger par les autorités précédentes) et le hangar, n'était devenue la propriété du recourant qu'en 2008. Cependant, les comptes 2007 de D._ Sàrl et le document inventoriant les actifs qui lui avaient été cédés par C._comportaient un poste intitulé "Serres" avec des amortissements correspondant dans le compte de résultat 2007; au surplus, il n'était pas contesté que B.A._ utilisait ces serres avant 2008 dans le cadre de son entreprise agricole; c'était dès lors à bon droit que le fisc avait considéré ces éléments comme appartenant à la fortune commerciale de l'intéressé. Par ailleurs, "il y avait bien eu transfert de la fortune commerciale à la fortune privée dans la mesure où les actifs considérés - serres et hangars - ont été acquis par un sujet de droit fiscal indépendant, soit la société, qui salarie désormais le contribuable". La reprise des 91'177 fr. était ainsi justifiée. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ et B.A._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler "la reprise des amortissements à hauteur de 91'177 fr. et de 30'353 fr. dans la détermination du revenu imposable 2007". L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La Cour de Justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. A.A._ et B.A._ se sont encore exprimés par écriture du 24 septembre 2013.