Faits: A. Par jugement du 1 er juin 2012, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ pour lésions corporelles simples qualifiées à une peine privative de liberté de 6 mois, avec sursis pendant 2 ans. Il a acquitté Y._ notamment des infractions de tentative de lésions corporelles simples qualifiées et d'injure, l'a condamné pour menaces, violation de domicile et diverses infractions aux règles de la circulation routière à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 30 fr. avec sursis pendant 2 ans. Le tribunal a également acquitté Z._ de l'infraction de tentative de lésions corporelles simples qualifiées et l'a condamné pour violation de domicile à une peine pécuniaire de 10 jours-amende à 30 fr. avec sursis pendant 2 ans. B. Le 2 novembre 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._ qui concluait à son acquittement de l'infraction de lésions corporelles simples qualifiées et à la condamnation de Y._ pour injure et tentative de lésions corporelles simples qualifiées, ainsi qu'à celle de Z._ pour cette dernière infraction. En bref, il ressort les éléments suivants de ce jugement. X._, né en 1971, entretenait, depuis le mois d'avril 2008, une relation affective avec A._, née en 1992, fille unique de Y._, relation qui perdurait encore au jour de l'audience. Le 26 mai 2008, Y._ s'est rendu au domicile de X._ pour le qualifier de pédophile et le menacer de tout entreprendre pour qu'il perde son emploi et sa propriété immobilière. Dans la soirée du 11 octobre 2008, Y._, qui était en compagnie de Z._, a constaté que les pneus de sa voiture avaient été crevés. Reconduit à son domicile par Z._, il a réalisé que sa porte avait été fracturée et que ses plantations de cannabis avaient été volées. L'enregistrement de la caméra vidéo a permis d'établir que le vol avait été commis par A._ qui a avoué avoir remis le butin à X._. Après s'être assuré de la présence de X._ à son domicile et après avoir reniflé une ligne de cocaïne « pour que son courage soit à la hauteur de son énervement » et qu'il puisse « faire ce qu'il n'aurait pas fait sobre », Y._ s'est rendu au domicile de X._ accompagné de Z._. X._, qui se trouvait en compagnie d'une amie et de la fille de 4 ans de celle-ci, a entendu arriver la camionnette de Z._ devant chez lui. Présumant la présence de Y._ et tenant compte du conflit qui les opposait au sujet de la relation qu'il entretenait avec la fille de ce dernier, X._ est allé chercher un fusil à pompe calibre 12, chargé de quatre balles en caoutchouc, qu'un ami lui avait confié. Y._ s'est approché de la maison, muni d'une lourde masse posée sur l'épaule, suivi de Z._ qui n'était pas armé. X._ a entrouvert la porte de sa maison, qui était fermée à clé, pour interpeller les intrus. Y._ a forcé le passage et pénétré dans le vestibule, suivi de Z._. X._ les a sommés de quitter les lieux en effectuant un mouvement de charge. Y._ a continué d'avancer en écartant de la main le canon de l'arme. X._, acculé contre le mur, a fait feu en visant les jambes de Y._, avant de répéter le mouvement de charge. Les intrus ont pris peur et ont déguerpi, toujours mis en joue par X._. Y._ a subi une plaie de la cuisse droite qui n'a pas généré de dommage permanent mais a nécessité une intervention chirurgicale d'ablation. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à son acquittement de l'infraction de lésions corporelles simples qualifiées, subsidiairement à son exemption de toute peine, plus subsidiairement à sa condamnation à une peine pécuniaire avec sursis. Il conclut, en outre, sous suite de frais et dépens, à la condamnation de Y._ pour injure et pour tentative de lésions corporelles simples qualifiées, subsidiairement contrainte, plus subsidiairement tentative de contrainte, ainsi qu'à la condamnation de Z._ pour tentative de lésions corporelles simples, subsidiairement contrainte, menaces et plus subsidiairement tentative de contrainte et à la confirmation de la condamnation des deux prénommés pour les autres infractions retenues par la cour cantonale. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. Il requiert par ailleurs l'assistance judiciaire. Invités à déposer des observations sur le recours, le Ministère public et la cour cantonale y ont renoncé, cette dernière se référant aux considérants de son arrêt. L'avis invitant Y._ à se déterminer, également adressé en copie par courrier recommandé à son conseil d'office en instance cantonale, est venu en retour avec la mention introuvable à l'adresse indiquée, sans qu'une nouvelle adresse ait été signalée par le prénommé. Z._ a, quant à lui, conclu au rejet du recours et sollicité l'assistance judiciaire.