Faits: A. X._ est immatriculé à la faculté des sciences économiques et sociales de l'Université de Genève (ci-après: la faculté) depuis octobre 2001. Selon le procès-verbal d'examens du 21 octobre 2005 relatif à la session d'automne 2005, l'intéressé a été exclu de la faculté en raison d'un échec après deux inscriptions à un enseignement. Cette décision d'exclusion a cependant été annulée. L'intéressé a présenté des examens en mars, juillet et octobre 2006 pour la licence en sciences politiques. A teneur du règlement, il devait terminer sa licence en octobre 2006. Toutefois, selon le procès-verbal d'examens du 20 octobre 2006, son exclusion de la faculté a été prononcée au motif qu'il était en situation d'échec après deux inscriptions à un enseignement. Le 1er décembre 2006, le doyen de la faculté a levé la décision d'exclusion et accordé à l'intéressé un délai supplémentaire venant à expiration au terme du semestre d'hiver 2006/2007 pour achever sa licence en sciences politiques. Au terme de la session de mars 2007, X._ a réussi son dernier examen mais n'a pas présenté son mémoire de licence. Le délai de réussite réglementaire étant échu, il a été une nouvelle fois exclu de la faculté, selon le procès-verbal du 9 mars 2007. Cette décision n'a pas été attaquée. B. Par courrier du 24 mai 2007, l'intéressé a informé le doyen que, d'un commun accord avec le professeur L., le travail de mémoire de licence serait présenté en juin. Ce mémoire a été soutenu le 12 juillet 2007 devant le professeur en question et un juré. Sur le procès-verbal de l'évaluation du mémoire, le professeur L. a ajouté, à côté de la note, "sous condition que tout est en ordre". Le 23 juillet 2007, l'intéressé a écrit au doyen pour demander son admission au master de sciences politiques. Le 16 août 2007, il a indiqué avoir présenté son mémoire de licence au-delà du délai qui lui avait été consenti pour le faire. Le 10 septembre 2007, le doyen a répondu à X._ que sa demande d'admission au programme de la maîtrise universitaire n'avait pas été retenu ensuite de son exclusion de la faculté prononcée le 9 mars 2007 et contre laquelle il n'avait pas formé opposition. Le 14 septembre 2007, il a précisé que l'intéressé avait déjà été exclu en octobre 2006, qu'une prolongation de délai lui avait été octroyée jusqu'en mars 2007 et qu'il n'était pas possible de prendre en considération le travail de mémoire de licence présenté après cette date, alors qu'il était exclu de la faculté depuis plusieurs mois. Par courrier du 18 septembre 2007, X._ a relevé que l'année 2006/2007 avait été particulièrement mauvaise pour lui, notamment en raison du décès de son père. Le 16 novembre 2007, le doyen a confirmé sa réponse du 14 septembre 2007. Le 11 décembre 2007, l'intéressé a demandé sa réadmission au sein de la faculté pour terminer sa licence. Etait annexée une attestation du professeur L., datée du 3 décembre 2007. Le professeur ignorait que l'étudiant avait été exclu de la faculté en mars 2007 et se disait convaincu que celui-ci était capable de finir sa licence si la possibilité lui en était donnée. Le 21 décembre 2007, le doyen a réitéré sa position. C. Le 19 mars 2008, assisté d'un avocat, l'intéressé a adressé au doyen une opposition, concluant à ce qu'il soit protégé dans sa bonne foi. En effet, en étant autorisé à présenter son mémoire de licence en juillet 2007, il pensait qu'il était toujours étudiant. Il devait être admis qu'il avait cette qualité jusqu'à la fin du semestre d'été 2007 et qu'il avait obtenu le grade de licencié en sciences économiques et sociales. Le 31 mars 2008, le doyen a indiqué à l'intéressé que son opposition était tardive, puisqu'il avait été exclu de la faculté le 9 mars 2007. Ce courrier ne comportait pas de voie de droit. X._ a porté sa cause devant la Commission de recours de l'Université de Genève (ci-après: la Commission de recours). D. Par décision du 1er juillet 2008, la Commission de recours a déclaré irrecevable le recours de l'intéressé "contre le courrier du doyen de la faculté des sciences économiques et sociales du 31 mars 2008". Elle a considéré pour l'essentiel que le courrier en question n'était pas une décision sur opposition. Il ne comportait en effet pas cette mention, n'était pas assorti des voie et délai de recours et n'avait pas été précédé d'une instruction. L'élimination de l'intéressé prononcée le 9 mars 2007 n'avait pas été frappée d'opposition et était devenue définitive. Ainsi, l'envoi du courrier du 31 mars 2008 ne pouvait avoir pour effet de faire courir un délai d'opposition ou de recours. Au demeurant, l'intéressé ne pouvait, sans contrevenir à l'interdiction générale de l'abus de droit, se prévaloir du principe de la bonne foi. Quant aux motifs allégués au sujet du décès de son père, l'intéressé aurait dû les faire valoir dans le cadre d'une opposition dans les trente jours dès réception du procès-verbal du 9 mars 2007. Tel n'avait pas été le cas et son courrier du 19 mars 2008, intitulé opposition, était largement tardif. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Commission de recours du 1er juillet 2008, de dire qu'il était étudiant à l'université de Genève durant le semestre d'été 2007, que la note de 5,25 attribuée à son mémoire de licence l'a été valablement et qu'il remplit les conditions pour l'obtention du grade de licencié ès sciences économiques et sociales. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour qu'il soit procédé à l'audition du professeur L. Il demande en outre l'assistance judiciaire. Il fait valoir que la lettre du doyen du 31 mars 2008 était bien une décision sur opposition contre laquelle la voie du recours était ouverte. Au surplus, il se plaint de la violation de son droit d'être entendu et du principe de la bonne foi de l'administration. A l'appui de ses griefs, il invoque les art. 5 al. 3, 9 et 29a Cst. La Commission de recours s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Université de Genève s'en remet également à justice quant à la recevabilité du recours et conclut à son rejet.