Faits: A. Selon un rapport établi par la police cantonale bernoise, le 20 octobre 2004, alors qu'elle quittait le parking d'un restaurant à Sutz en direction de Möringen, A._ n'a pas vu le signal lumineux ni entendu le signal sonore au passage à niveau sans barrière du train. Alors qu'un train arrivait depuis la gare de Sutz, elle a tenté de reculer afin de dégager la voie de chemin de fer, sans toutefois y parvenir: son véhicule a été heurté par le train. Par décision du 3 décembre 2004, la Commission administrative du Service cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Neuchâtel (ci-après: la Commission) a ordonné le retrait du permis de conduire de la prénommée pour une durée de deux mois. Sur requête de l'intéressée, la Commission accepté "de suspendre la décision du 3 décembre 2004 dans l'attente du jugement pénal à intervenir". Par ordonnance du 25 octobre 2007, le président de l'Arrondissement judiciaire II Bienne-Nidau a prononcé un non-lieu dans la procédure pénale dirigée à son encontre, l'action pénale relative aux infractions qui lui étaient reprochées étant prescrite. Le 16 janvier 2008, la Commission a décidé "de remettre en vigueur la décision du 3 décembre 2004", au motif que l'ordonnance de non-lieu avait été rendue en raison de la prescription uniquement. B. Par décision du 25 juin 2008, le Département de la gestion du territoire du canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par l'intéressée contre cette décision. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 21 février 2011, celle-ci a rejeté le recours. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que la décision du 3 décembre 2004, remise en vigueur par la décision du 16 janvier 2008. Elle conclut subsidiairement au renvoi de l'affaire à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. La Commission conclut principalement au rejet du recours et subsidiairement à son admission partielle "dans ce sens où la décision de retrait est intégralement confirmée, mais où le dispositif de l'arrêt du Tribunal fédéral constate une violation du droit d'être jugé dans des délais raisonnables". Le Service juridique du Département de la justice, de la sécurité et des finances du canton de Neuchâtel et l'Office fédéral des routes concluent au rejet du recours. La recourante a présenté des observations complémentaires.