Faits: A. Le 22 novembre 2006, le Conseil d'Etat genevois (ci-après: le Conseil d'Etat) a adopté le plan localisé de quartier n° 29'468. Couvrant un secteur du Petit-Saconnex, à Genève, ce plan prévoit notamment la construction de trois immeubles sur les parcelles n° 1775, 2247, 2248 et 3056 du registre foncier, dont C._ et D._ sont propriétaires. L'hoirie X._ est propriétaire de la parcelle n° 2249, contiguë aux parcelles n° 2247 et 2248 précitées. Avec d'autres opposants au plan de quartier, elle a saisi le Tribunal administratif du canton de Genève, qui a rejeté le recours par arrêt du 15 avril 2008. Le recours formé contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral a été rejeté le 25 septembre 2008 (arrêt 1C_248/2008). Le 31 juillet 2009, E._ a requis l'autorisation de construire sur les parcelles n° 1775, 2247, 2248 et 3056 cinq immeubles de logements et commerces, des garages souterrains et des sondes géothermiques. Il demandait en outre l'autorisation de démolir des bâtiments et abattre des arbres situés sur ces parcelles. Par décision du 3 juin 2011, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le département des constructions) a délivré les autorisations requises. Publiées dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève du 8 juin 2011, ces trois autorisations ont fait l'objet d'un recours de l'hoirie X._ auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Par décision du 28 juillet 2011, cette autorité a rejeté une demande de restitution de l'effet suspensif. L'hoirie X._ a recouru contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), qui a rejeté le recours par arrêt du 8 novembre 2011. La Cour de céans a admis le recours formé contre cette décision par l'hoirie X._, en raison d'une violation du droit d'être entendu de celle-ci; la cause a dès lors été renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision (arrêt 1C_568/2011 du 13 février 2012). Cette autorité a statué à nouveau le 3 avril 2012, rejetant le recours. L'hoirie X._ a derechef contesté cet arrêt auprès du Tribunal fédéral, qui a déclaré ce recours irrecevable pour cause de tardiveté (arrêt 1C_254/2012 du 21 mai 2012). B. La parcelle n° 1775 est grevée d'une servitude de restriction de bâtir au profit de la parcelle n° 2249. Inscrite au registre foncier en 1928, cette servitude comporte l'interdiction d'édifier sur le bien-fonds grevé toute construction autre qu'une maison d'habitation dont le gabarit ne peut excéder deux étages sur rez-de-chaussée ou un étage avec combles habitables. La parcelle n° 2249 est grevée d'une servitude inscrite le même jour au profit de la parcelle n° 1775. Le 17 novembre 2010, le Conseil d'Etat a promulgué la loi n° 10646 déclarant d'utilité publique le plan de quartier adopté le 22 novembre 2006. Cette loi se fonde sur l'art. 6A de la loi générale sur les zones de développement (LGZD; RSG L 1 35), qui a la teneur suivante: Afin d'éviter les effets de servitudes de restriction à bâtir, le Grand Conseil peut déclarer d'utilité publique la réalisation d'un plan localisé de quartier pour autant qu'au moins 60% des surfaces de plancher, réalisables selon ce plan, soient destinées à l'édification de logements d'utilité publique au sens des articles 15 et suivants de la loi générale sur le logement et la protection des locataires, du 4 décembre 1977. La déclaration d'utilité publique s'applique uniquement à la levée des servitudes de restriction à bâtir. L'alinéa 2 de la loi n° 10646 précitée autorise le Conseil d'Etat à décréter l'expropriation des servitudes empêchant la réalisation des bâtiments prévus par le plan, au profit des propriétaires des parcelles situées à l'intérieur du périmètre de celui-ci, conformément à l'art. 5 de la loi cantonale sur l'expropriation pour cause d'utilité publique (LEx/GE; RSG L 7 05). Par courrier du 10 janvier 2011, le département des constructions a invité l'hoirie X._ à renoncer à la servitude constituée à son profit et grevant la parcelle n° 1775. Un délai était imparti à cet effet au 31 janvier 2011, à défaut de quoi le Conseil d'Etat serait requis de procéder à l'expropriation de la servitude. L'hoirie X._ a répondu qu'elle n'était pas en mesure de vérifier si la proportion de 60% de logements d'utilité publique prévue par l'art. 6A LGZD était respectée. Elle demandait des informations sur ce point ainsi qu'une prolongation du délai imparti. Le 10 mars 2011, le département des constructions a répondu qu'il était établi que le pourcentage de logements d'utilité publique requis pour la déclaration d'utilité publique serait effectivement atteint, de sorte qu'il transmettait un projet d'arrêté d'expropriation au Conseil d'Etat. Par deux arrêtés distincts du 25 mai 2011, communiqués séparément aux deux membres de l'hoirie X._, le Conseil d'Etat a prononcé l'expropriation de la servitude grevant la parcelle n° 1775 au profit de la parcelle n° 2249. Le 30 juin 2011, l'hoirie X._ a recouru contre ces arrêtés auprès de la Cour de justice. Ce dernier recours a été rejeté par arrêt du 8 février 2012. La Cour de justice a rejeté un grief de violation du droit d'être entendu ainsi que les moyens relatifs à la régularité formelle des arrêtés litigieux. Considérant que la garantie de la propriété n'était pas violée, elle a estimé par ailleurs qu'elle n'était pas compétente pour statuer sur le moyen relatif à un usage prétendument abusif de la clause d'urgence. Relevant que l'hoirie ne s'opposait pas à l'envoi en possession anticipée, la Cour de justice a autorisé C._ et D._ à prendre possession anticipée de la servitude de restriction de bâtir litigieuse dès le 1er mars 2012. Enfin, elle a considéré que l'hoirie X._ n'avait droit à aucune indemnité d'expropriation, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de donner suite à sa requête tendant à la désignation d'un expert pour examiner cette question. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'hoirie X._ - soit pour elle A._ et B._ - demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt ainsi que les arrêtés du Conseil d'Etat du 25 mai 2011, subsidiairement de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision. Elle se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, d'une violation du droit d'être entendu et d'une atteinte injustifiée à la garantie de la propriété. Elle requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. La Cour de justice a renoncé à se déterminer. C._ et D._ ont présenté des observations et conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Le Conseil d'Etat a également formulé des observations détaillées, concluant au rejet du recours. D. Par ordonnance du 23 avril 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif. Le 1er juin 2012, C._ et D._ ont sollicité la levée de cette mesure, en alléguant que l'autorisation de construire serait devenue "exécutoire" dès lors que le refus d'accorder l'effet suspensif au recours contre le permis de construire était devenu définitif suite à l'arrêt 1C_254/2012 précité.