Faits: A. JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht (ci-après: JohnsonDiversey Europe) est une société dont le but est l'import-export, la fabrication, le traitement et le commerce de marchandises, principalement de produits de nettoyage. Elle dispose d'une succursale dans le canton de Thurgovie, à Münchwilen, inscrite au registre du commerce sous la désignation JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht, Zweigniederlassung Münchwilen. B. Le 4 octobre 2002, JohnsonDiversey Europe a demandé, pour sa succursale JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht, Zweigniederlassung Münchwilen, l'inscription du nom commercial et de l'enseigne "JohnsonDiversey Schweiz" auprès du registre du commerce du canton de Thurgovie. Celui-ci a procédé à l'inscription requise et l'a transmise à l'Office fédéral du registre du commerce (ci-après: OFRC) pour approbation. Le 15 octobre 2002, l'OFRC a refusé de donner son approbation et a avisé l'autorité cantonale qu'il suspendait électroniquement l'inscription. Le 7 novembre 2002, JohnsonDiversey Europe a interjeté un recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral contre l'annonce de suspension de l'OFRC du 15 octobre 2002. L'OFRC a conclu à l'irrecevabilité du recours. Dans sa réplique devant le Tribunal fédéral, JohnsonDiversey Europe, tout en maintenant sa position selon laquelle l'acte du 15 octobre 2002 émanant de l'OFRC constituait une décision finale, a manifesté sa volonté d'obtenir de l'OFRC une décision formelle concernant l'inscription litigieuse au registre du commerce de Thurgovie. Par décision du 28 mars 2003 adressée au mandataire de JohnsonDiversey Europe, l'OFRC a déclaré ne pas approuver l'inscription n° 3612 du journal du 14 octobre 2002 du registre du commerce de Thurgovie concernant JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht, Zweigniederlassung Münchwilen. L'Office a toutefois soumis sa décision à la condition que le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur le recours du 7 novembre 2002. Par arrêt du 25 juin 2003 dont le dispositif a été notifié aux parties le 3 juillet 2003, la Cour de céans a déclaré irrecevable le recours déposé le 7 novembre 2002 par JohnsonDiversey Europe. C. Le 1er septembre 2003, JohnsonDiversey Europe a interjeté un recours de droit administratif au Tribunal fédéral à l'encontre de la décision de l'OFRC du 28 mars 2003. Elle a conclu, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée et à ce que l'inscription "JohnsonDiversey Schweiz, JohnsonDiversey Suisse, JohnsonDiversey Switzerland" soit ordonnée en tant que nom commercial et en tant qu'enseigne au registre du commerce de Thurgovie. L'OFRC a proposé le rejet du recours, avec suite de frais.