Faits: A. A.a La Société Anonyme B._ avait pour but de posséder, pour le compte de ses actionnaires, l'ensemble des parts de copropriété par étages (PPE 727) de l'immeuble réalisé par l'architecte X._, sis à C._; elle était administrée par D._. A.b Le 27 juillet 1988, la Banque E._ a accordé à D._ un prêt de xxx fr. garanti par la remise en nantissement de la part de B._ SA d'une cédule hypothécaire au porteur du même montant grevant en premier rang les immeubles de celle-ci dans la PPE 727. Cette créance a été cédée, le 14 décembre 2000, à F._. A.c Le 28 septembre 1989, la Banque G._, affiliée à la Banque H._, a mis à disposition de D._ une ligne de crédit de xxx fr. garantie par la remise en nantissement par B._ SA d'une cédule hypothécaire au porteur du même montant grevant en deuxième rang et sans concours les immeubles de celle-ci dans la PPE 727. A.d En 1996, F._ a introduit à l'encontre de D._ une poursuite en réalisation de gage immobilier portant sur les immeubles susmentionnés. La vente a été requise par la créancière poursuivante. A.e Par jugement du 22 mars 2004, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé la faillite de B._ SA, qui sera liquidée en la forme sommaire, puis dès le 21 juin 2010 et sans effet rétroactif, par la voie ordinaire. L'assemblée des créanciers du 26 août 2010 a maintenu l'Office des faillites de Genève dans ses fonctions de liquidateur. A.f Le 9 mars 2005, l'Office a déposé une première fois l'état de collocation. Outre l'Etat de Genève, au titre d'une hypothèque légale pour des impôts immobiliers à hauteur de xxx fr., F._ (remplacée par la suite par l'Etat de Genève, soit pour lui le Département des finances) a été admise à l'état de collocation comme créancière au bénéfice d'un droit de gage immobilier, soit une cédule hypothécaire en 1er rang grevant collectivement les immeubles de la faillie et garantissant une créance de l'ordre de xxx fr. - à savoir xxx fr et xxx fr. d'intérêts comptabilisés, selon l'art. 818 al. 1 ch. 3 CC et l'ATF 43 III 65, depuis la date de la réquisition de vente dans la poursuite en réalisation de gage qui a précédé la faillite - avec intérêts encore à courir jusqu'à la date de la réalisation de l'immeuble. La Banque H._ a également été admise à cet état de collocation à titre de créancière gagiste mobilière, en application de l'art. 126 ORFI, pour une créance en capital de xxx fr. garantie par une cédule hypothécaire en second rang grevant les immeubles de la faillie, les intérêts courus étant arrêtés à xxx fr. depuis la date de la faillite, soit un montant colloqué totalisant xxx fr., les intérêts à courir étant, pour le surplus réservés jusqu'à la date de la réalisation de l'immeuble. A.g A la suite d'une contestation de la part de D._, un nouvel état de collocation a été déposé le 11 janvier 2006. Il mentionne en sus, sous la rubrique «productions tardives 3ème classe», une créance de l'administrateur de la faillie d'un montant de xxx fr., les intérêts étant arrêtés à xxx fr. A.h Le 27 septembre 2010, I._ SA, qui a succédé à la Banque H._, a informé l'office de la cession à la société A._ SA de sa créance de xxx fr. à l'encontre de l'administrateur de la faillie, «avec tous les droits de préférence et autres droits accessoires, valeur 7 septembre 2010, et en particulier la cédule hypothécaire de xxx fr. remise en nantissement» par la faillie. B. B.a Le 21 mai 2012, l'office a déposé un tableau provisoire de distribution des deniers. Celui-ci prévoit, outre le paiement des frais d'administration et de réalisation des objets frappés de gage, par xxx fr., le versement, à l'Etat de Genève, créancier gagiste de 1er rang, d'un acompte de xxx fr. ainsi que des intérêts moratoires et de consignation, par xxx fr., sans imputation sur sa créance. Le tableau provisoire précise également que, à ce stade de la réalisation des actifs, aucun disponible ne revient au créancier gagiste immobilier de deuxième rang et aux créanciers chirographaires. B.b Saisie d'une plainte de A._ SA contre ce tableau provisoire de distribution des deniers, la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice du canton de Genève a accordé l'effet suspensif à la plainte par décision du 1er juin 2012. Par arrêt du 13 septembre 2012, la Chambre de surveillance a déclaré la plainte irrecevable. C. Le 24 septembre 2012, A._ SA exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut à son annulation ainsi qu'à l'annulation du tableau provisoire de distribution des deniers déposé le 21 mai 2012 et au renvoi de la cause pour nouveau tableau dans le sens des considérants. Subsidiairement, elle requiert la nomination d'une commission neutre ou d'une administration spéciale, ainsi que la correction du tableau provisoire de distribution après nouveau calcul de la créance de l'Etat de Genève. A titre liminaire, elle demande que l'effet suspensif soit accordé au recours. Par ordonnance présidentielle du 9 octobre 2012, l'effet suspensif a été accordé au recours. Des réponses n'ont pas été requises.