Faits: A. Le 5 décembre 1998, A._ et B._ ont vendu le capital-actions de la société SI X._ SA pour le prix de 1'930'000 fr. Par décisions séparées du 8 mars 2001, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud a procédé à la taxation du gain immobilier réalisé lors de la vente du 5 décembre 1998. Le gain immobilier a été calculé sur une valeur de l'immeuble arrêtée à 3'307'829 fr., dont a été déduite la valeur fiscale de celui-ci cinq ans avant la vente. Aucune autre déduction n'a été effectuée. Le taux d'imposition était fixé à 18%. L'impôt dû par A._ a été fixé à 380'494 fr. 80, celui de B._ à 43'140 fr. Ces taxations ont été notifiées aux intéressés. Le 14 mars 2001, leur mandataire a écrit à l'Administration cantonale des impôts qu'il avait pris connaissance des décisions de taxation. Le 20 mars 2001, l'Office d'impôt de Vevey a notifié les bordereaux d'impôt conformément aux décisions de taxation du 8 mars 2001. Le 23 mars 2001, le mandataire des intéressés a confirmé à l'Office d'impôt que la valeur de l'immeuble était conforme à l'acte de vente. Donnant suite à une lettre du 14 août 2001 du mandataire des intéressés selon laquelle, notamment, la valeur de l'immeuble faisait l'objet de procédure judiciaire, l'Administration cantonale des impôts a pris acte par courrier du 17 août 2001 que les intéressés admettaient la valeur de l'immeuble telle que retenue dans les décisions de taxation et que le gain immobilier n'était pas contesté. Elle a également précisé que "au cas où une décision de l'autorité judiciaire dans le cadre des procès en cours déterminait une valeur de l'immeuble à la vente différente de celle retenue lors de la taxation du 8 mars 2001, nous nous engageons à étudier les taxations susmentionnées sous l'angle de la révision". Par arrêt du 17 janvier 2007, confirmé par le Tribunal fédéral le 6 décembre 2007, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a arrêté le prix de vente de l'immeuble à 1'930'000 fr. B. Le 15 janvier 2008, l'Administration cantonale des impôts a envoyé des nouveaux bordereaux d'impôt sur le gain immobilier calculés en fonction d'une valeur d'immeuble de 1'930'000 fr. et non de 3'307'829 fr. Par lettre du 17 janvier 2008, les intéressés ont demandé la rectification des bordereaux en ce sens que les honoraires de courtage, qui avaient été omis lors de la taxation du 8 mars 2001, devaient être déduits et le taux d'imposition réduit à 12%. Le 23 janvier 2008, ils ont déposé une réclamation à l'encontre des taxations du 15 janvier 2008. Ils concluaient à la déduction des honoraires de courtage. Par décision sur réclamation du 29 janvier 2008, l'Administration cantonale des impôts a déclaré la réclamation irrecevable en tant qu'elle était dirigée contre les taxations du 8 mars 2001, l'a rejetée en tant qu'elle portait sur les taxations du 15 janvier 2008. Les intéressés ont recouru contre la décision sur réclamation du 29 janvier 2008 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal). C. Par arrêt du 24 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a jugé en substance que les décisions du 8 mars 2001 étaient entrées en force faute d'avoir fait l'objet de réclamation. Il n'y avait lieu de procéder à la révision des taxations du 8 mars 2001 ni sous l'angle de la déduction des honoraires de courtage, dont l'existence et le montant étaient connus des intéressés avant mars 2001, ni sous l'angle du taux d'imposition, qui aurait pu faire l'objet d'une réclamation dans le délai légal. Enfin, l'Administration cantonale des impôts n'avait pas violé le principe de la bonne foi, puisque les intéressés ne bénéficiaient pas d'autre promesse de la part de l'Administration cantonale des impôts que celle de modifier la valeur de l'immeuble. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 24 juillet 2008 par le Tribunal cantonal en ce sens que le calcul du gain immobilier est fondé sur une valeur de l'immeuble de 1'930'000 fr, avec déduction des frais de courtage, et imposé au taux de 18% pour A._ et au taux de 12% pour B._ sur leur part respective, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision au sens des considérants. Ils se plaignent de la violation de la loi sur l'harmonisation fiscale, du principe de la bonne foi et de celui de l'interdiction de l'arbitraire. Les intéressés ont demandé le bénéfice de l'assistance judiciaire. Le Tribunal cantonal a déposé le dossier de la cause. L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.