Faits: A. A.a A._, né en 1966, et dame A._, née en 1968, se sont mariés le 17 juin 2005. Le couple a un enfant, encore mineur. A.b Par acte du 18 février 2010, A._ a introduit une procédure de mesures protectrices de l'union conjugale devant le Président du Tribunal civil de la Sarine. Ce dernier a statué le 26 août 2010. Saisi d'un recours déposé par A._ le 1er octobre 2010, le Tribunal civil de la Sarine l'a rejeté par jugement du 12 mai 2011. Ce jugement mentionne qu'un appel au Tribunal cantonal est possible dans un délai de 10 jours dès sa réception. Statuant sur appel de A._, le Tribunal cantonal l'a déclaré irrecevable le 6 juin 2011, jugeant que la décision querellée était une décision de seconde instance et que le Code de procédure civile fédéral n'avait pas pour vocation d'ouvrir une troisième instance cantonale. B. Le 16 juin 2011, A._ (ci-après le recourant) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt cantonal, à la recevabilité de son appel cantonal et au renvoi de la décision au Tribunal cantonal pour instruction et nouvelle décision. A l'appui de ses conclusions, le recourant invoque la violation de l'art. 75 al. 2 LTF. Il requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire. Appelés à se déterminer, le Tribunal cantonal ne formule aucune observation tandis que l'intimée s'en remet à justice.