Faits: A. Le 26 septembre 2005, la commune de A._ (ci-après: la Commune) a publié dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève un appel d'offres, soumis à la procédure ouverte, concernant une partie des travaux de construction d'un pavillon scolaire provisoire de six classes d'étude (lot no 2); les travaux comprenaient l'ossature en bois préfabriquée (planchers, façades), les menuiseries intérieures et extérieures et le cloisonnement intérieur en bois; ils devaient débuter en janvier 2006 et leur coût était estimé à 1,5 million fr. L'avis précisait que les offres devaient être remises le 1er novembre 2005, avant 11 heures, et qu'elles seraient évaluées selon les critères d'adjudication suivants, par ordre d'importance décroissant: a) montant et crédibilité du prix; b) capacité à respecter les délais d'exécution; c) organisation du soumissionnaire; d) expérience dans le domaine du bois/préfabrication e) présentation et qualité des dossiers. Le cahier des charges remis aux soumissionnaires contenait, au titre des "exigences particulières", notamment les indications suivantes: "Au vu des délais impartis à la réalisation de l'ouvrage, les architectes et ingénieurs sont très favorables à recevoir des offres d'associations ou consortiums d'entreprises. La garantie des délais selon planning ci-joint, ou variante optimisée par l'entrepreneur, sera un critère déterminant pour le choix de l'adjudicataire." Quatre offres ont été déposées dans les délais, dont celle de la société B._ AG, (ci-après citée: la Société), d'un montant de 1'789'598 fr. (hors taxes), et celle d'un consortium de trois entreprises piloté par la société X._ SA, (ci-après cité: le Consortium), d'un montant de 2'020'000 fr (hors taxes). Dans la lettre accompagnant son offre, datée du 31 octobre 2005, le Consortium a fait état d'une "proposition de variante" devant permettre de réaliser une économie de l'ordre de 249'800 fr. (hors taxes); cette variante n'était toutefois pas documentée et "devait encore être soumise à l'ingénieur et [faire] l'objet d'une discussion au préalable". Sous la rubrique "Dates et délais d'exécution et effectifs prévus par l'entreprise", les soumissionnaires précités ont fourni les renseignements suivants: La Société Prestations-travaux Délais nécessaires àl'entrepreneurEffectifprévu Dates Débutd'intervention Fin Etablissement des plans, etc. 10 semaines 1+1 15.12.05 24.02.06 Préfabrication en atelier11 semaines 1+10 06.02.06 21.04.06 Montage ossature bois 7 semaines 1+6 27.02.0612.05.06 Montage ossature métal 1 semaine 1+2 12.05.06 Le Consortium Prestations-travaux Délais nécessaireàl'entrepreneurEffectifprévu Dates Débutd'intervention Fin Etablissement des plans, etc.  1 semaine etdemie Préfabrication en atelier A convenirselon Montage ossature bois  2 mois etdemi planning Montage ossature métal B. L'ouverture des offres a eu lieu le 1er novembre 2005, un quart d'heure après l'échéance du délai fixé pour leur remise. Le 4 novembre suivant, la Commune a reçu le descriptif technique de la variante évoquée par le Consortium dans sa soumission, ainsi que son plan de principe; par rapport à l'offre initiale, la variante présentait une moins-value de 249'845 fr. Selon un tableau comparatif établi le 15 décembre 2005 par le bureau d'architectes mandaté par la Commune pour mener à bien la procédure d'adjudication (ci-après cité: le Bureau), le Consortium s'est classé en tête des soumissionnaires en lice, avec un prix, après contrôle, de 1'958'066 fr. (toutes taxes comprises), tandis que l'offre de la Société, malgré un prix, légèrement plus avantageux, de 1'954'811 fr. était écartée, car son planning a été jugé incompatible avec le programme du maître de l'ouvrage. Par décision du 20 décembre 2005, la Commune a adjugé le marché au Consortium, conformément à la proposition du Bureau. B. Le 1er février 2006, le Bureau a informé la Société qu'elle s'était classée en deuxième position sur quatre offres évaluées et que le marché avait été adjugé au Consortium pour le prix de 1'783'176 fr. (hors TVA); il précisait que ce montant correspondait "à une variante d'entreprise répondant en tout point au cahier des charges de soumission et admise selon les conditions générales décrites en page 2 du cahier d'appel d'offre"; le Bureau indiquait également qu'aucune voie de recours n'était ouverte contre cette décision, car la procédure n'était "pas soumise à l'accord GATT/OMC sur les marchés publics et à l'AIMP." La Société a recouru contre cette décision. Par arrêt du 11 avril 2006, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours, implicitement annulé la décision attaquée, et adjugé le marché à la Société, au motif que la procédure d'adjudication litigieuse avait été entachée de trois irrégularités au regard des garanties et principes consacrés par la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02). C. Agissant par la voie du recours de droit public, la Commune demande au Tribunal fédéral d'annuler, sous suite de frais et dépens, l'arrêt précité du Tribunal administratif, et de renvoyer la cause à cette autorité pour nouveau jugement au sens des considérants. Elle invoque la violation de son autonomie communale, de son droit d'être entendue, et des principes d'égalité et d'interdiction de l'arbitraire. Elle requiert également des mesures superprovisionnelles et provisionnelles immédiates visant à empêcher la construction des pavillons scolaires provisoires par la Société. Le Tribunal administratif a déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt et se rapporter à justice quant à la requête d'effet suspensif, tandis que le Consortium a indiqué qu'il adhérait à l'ensemble des conclusions contenues dans le recours de droit public formé par la Commune, y compris la requête d'effet suspensif. La Société s'est opposée à la requête d'effet suspensif, en précisant qu'elle avait engagé des pourparlers avec la Commune en vue de trouver une solution transactionnelle au litige. Par ordonnances présidentielles des 8 et 27 juin 2006, le Tribunal fédéral a rejeté la requête de mesures (super-)provisionnelles et d'effet suspensif formée par la Commune.