Faits: A. Sous la raison de commerce "X._", A.X._ a créé en 1995 une entreprise individuelle ayant son siège à Genève. Le 1er mai 1999, A.X._ a conclu deux contrats avec la même personne: le premier portait sur la location pour dix ans d'un bar discothèque à Genève et le second sur l'achat du fonds de commerce, des installations, du matériel et du mobilier dudit bar pour le prix de 120'000 fr. Le 5 juin 2001, les époux X._ ainsi qu'un troisième associé ont créé une société à responsabilité limitée "Y._ Sàrl" qui, selon le registre du commerce, a pour but l'exploitation de bars et restaurants. Le 25 septembre 2001, la raison de commerce "X._" a été radiée du registre du commerce. A la suite d'une rupture anticipée du contrat de bail par le propriétaire, une convention a été passée le 17 juin 2005 entre les parties et avalisée par la Commission genevoise de conciliation en matière de baux et loyers le 20 juin 2005. Aux termes de cette convention, A.X._ s'est engagé à quitter les locaux le 31 octobre 2005, moyennant le versement d'une indemnité de 630'000 fr. pour résiliation anticipée du bail. Cette somme a été versée à A.X._ sur son compte bancaire personnel à raison de 300'000 fr. le 1er novembre 2005 et de 330'000 fr. le 3 novembre 2005. Le 22 décembre 2005, A.X._ et deux autres personnes ont fondé la société anonyme Z._ SA ayant pour but l'exploitation de bars et restaurants. A.X._ en est le directeur et dispose de la signature individuelle. B. Dans leur déclaration d'impôt 2005, les époux A.X._ et B.X._ n'ont pas mentionné les 630'000 fr. versés sur le compte bancaire personnel du mari. Le 27 juin 2007, l'Office d'impôt de Rolle et d'Aubonne a rendu une décision de taxation pour l'année 2005 dans laquelle il a fixé le revenu imposable des époux X._ à 687'100 fr. et la fortune imposable à 0 fr. en matière d'impôt cantonal et communal; en outre, il a fixé le revenu imposable à 673'400 fr. en matière d'impôt fédéral direct; il était précisé que l'indemnité susmentionnée de 630'000 fr. était prise en compte. Le 4 avril 2008, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a rendu une décision sur réclamation confirmant la décision de taxation du 27 juin 2007. C. Par arrêt du 16 décembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A.X._ et B.X._ contre la décision de l'Administration cantonale du 4 avril 2008 et confirmé ladite décision. D. Le 14 janvier 2009, A.X._ et B.X._ ont déposé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 16 décembre 2008. Ils demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt attaqué et de déclarer qu'ils ne sont pas imposables dans le canton de Vaud pour l'indemnité de 630'000 fr. résultant de la résiliation anticipée d'un bail commercial à Genève et, subsidiairement, de renvoyer la cause à l'autorité de taxation pour qu'elle procède à un dégrèvement de leur impôt cantonal/communal 2005 à concurrence de l'exonération de l'indemnité en cause. Les recourants reprochent au Tribunal cantonal d'avoir violé le droit d'être entendu et l'interdiction de la double imposition intercantonale. Le Tribunal cantonal a renoncé à répondre au recours. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.