Faits: A. Le 21 juillet 2011, B._ et A._, agissant par leur administrateur C._ (ci-après: les plaignantes), ont déposé plainte pénale contre inconnu en raison des faits suivants. Par décision du 9 avril 2010, l'Autorité régionale de conciliation de Neuchâtel (ARC) avait rejeté une requête en annulation du congé formée par les sociétés locataires, considérant que C._ (qui disposait d'une signature à deux) n'avait pas qualité pour agir en leur nom. Les plaignantes affirmaient que les documents prouvant les pouvoirs de représentation de C._ avaient été produits et auraient disparu du dossier de l'ARC avant que celle-ci ne statue, de même qu'une enveloppe datée du 15 mars 2010. Dans une autre procédure devant le Tribunal civil du district de Neuchâtel, la présidente du tribunal avait, dans une lettre du 12 mai 2010, fait référence à la décision de l'ARC. Les plaignantes y voyaient une violation du secret de fonction. Par ordonnance du 21 octobre 2011, le Ministère public a refusé d'entrer en matière. Le document attestant des pouvoirs de représentation de l'administrateur figurait au dossier. Deux enveloppes n'y figuraient pas, mais les lettres portaient le timbre de réception de l'autorité prouvant leur dépôt en temps utile. Le fax également évoqué par les plaignantes ne figurait pas au dossier, mais il n'existait aucune preuve de la réception d'un tel document. Le juge du Tribunal civil pouvait consulter les dossiers de l'ARC, de sorte qu'il n'y avait pas violation du secret de fonction. B. Par arrêt du 17 juillet 2012, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours formé par les plaignants, laissant ouverte la question de sa recevabilité (tardiveté). Rien n'accréditait la thèse d'une pièce qui aurait été sortie du dossier de l'ARC puis y aurait été replacée après le prononcé de cette autorité. L'éventuelle disparition de deux enveloppes était sans pertinence et une violation du secret de fonction avait été niée à juste titre, même si la décision de l'ARC avait été transmise par simple courriel. Une audition de C._ ne s'imposait pas. C. Par acte du 14 septembre 2012 - complété le même jour avant minuit -, les plaignantes forment un recours en matière pénale par lequel elles concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal et à ce que le Ministère public soit enjoint de reprendre l'instruction. Les recourantes ont par la suite demandé l'assistance judiciaire. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. Le Ministère public a renoncé à présenter des observations. Les recourantes ont produit, le 21 décembre 2012, une nouvelle écriture avec de nouvelles pièces.