Faits: A. Durant les années 2006 à 2008, la société X._ SA a été mandatée par l'Etat de Vaud, agissant par son Service de l'emploi, pour dispenser des cours dans le cadre des mesures de marché du travail et des mesures d'insertion de type formation de l'assurance-chômage. Le mandat a été résilié par l'Etat de Vaud en juillet 2008. B. Le 22 juin 2010, X._ SA a ouvert une action en paiement contre l'Etat de Vaud (défendeur 1) et la Confédération suisse (défendeur 2) devant le Tribunal administratif fédéral, faisant valoir un dommage du fait de cette résiliation. Elle a notamment requis à ce qu'une expertise soit mise en oeuvre. Les parties s'étant mises d'accord sur le principe d'une expertise, W._, directeur au service d'audit chez Y._, a été désigné comme expert. Par décision incidente du 19 décembre 2012, le Tribunal administratif a rendu le dispositif suivant: 1. L'objet définitif de l'expertise est fixé comme suit: [...] 2. [...]. 3. Le montant total de l'avance de frais requise pour l'expertise est fixé à 89'000 fr. Ce montant est réparti entre la demanderesse et le défendeur 1 de la manière suivante: - demanderesse: 69'000 fr. - défendeur 1: 20'000 fr. Cette avance de frais devra être versée jusqu'au 1er février 2013 sur le compte du Tribunal. 4. Le délai sera considéré comme observé si, avant son échéance, le montant est versé à la Poste Suisse ou débité en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur de l'autorité. 5. La demanderesse est avertie qu'à défaut de verser l'avance de frais requise dans le délai imparti, l'expertise ne sera pas ordonnée et il sera statué sur son action en l'état du dossier. 6. [...] 7. Communications. C. X._ SA interjette un recours en matière de droit public contre cette décision incidente. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à la réforme du chiffre 3 du dispositif en ce sens que l'avance de frais requise pour l'expertise est fixée à 50'000 fr. et que ce montant est réparti entre elle et le défendeur 1 à raison de 30'000 fr. pour elle et 20'000 fr. pour le défendeur 1. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.