Faits: A. Le 25 août 2012, le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public) a ouvert une instruction pénale à l'encontre de X._ pour meurtre et viol d'une fille âgée de douze ans. Le même jour, le téléphone portable utilisé par la compagne du prénommé, Y._, a été saisi. Le 31 janvier 2013, Y._ a déposé plainte pénale contre X._ pour contrainte sexuelle, viol, séquestration, injures et menaces. Dans le but d'établir, vérifier et préciser les faits pour lesquels la plainte pénale a été déposée, le Ministère public a ordonné, le 12 février 2013, la surveillance rétroactive des télécommunications de la plaignante pour une durée de six mois, soit du 12 août 2012 au 12 février 2013. Le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) a autorisé cette surveillance. Dans son rapport de renseignements complémentaires du 15 février 2013, la police a conclu à l'utilité d'obtenir des données rétroactives sur le raccordement précité sur une période temporelle plus étendue. Le 20 février 2013, le Ministère public a étendu l'instruction pénale ouverte contre X._ notamment aux infractions de contrainte sexuelle, viol, séquestration, injures et menaces. Le 28 février 2013, le Ministère public a demandé au Tmc d'autoriser la surveillance rétroactive des télécommunications de Y._ pour la période du 20 juin 2011 au 25 août 2012. Par ordonnance du 28 février 2013, le Tmc a refusé d'autoriser la surveillance requise, en se fondant sur le texte de l'art. 273 al. 3 du code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (CPP; RS 312.0). B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, le Ministère public demande au Tribunal fédéral d'annuler cette ordonnance et d'autoriser la surveillance rétroactive ordonnée sur le raccordement téléphonique utilisé jusqu'au 25 août 2012 par la plaignante pour la période du 20 juin 2011 au 25 août 2012, ou subsidiairement pour la période du 25 février 2012 au 25 août 2012. Le Tmc renonce à formuler des observations et maintient les termes de l'ordonnance querellée.