Faits: A. A.a Y._, né en 1964, et X._, née en 1975, se sont mariés le 14 décembre 2005 à Genève. Le couple a un enfant, Z._, née le 25 mars 2000. Les époux X-Y._ se sont séparés en mai 2006. A.b Le 24 mai 2007, X._ a formé une requête unilatérale en divorce avec mesures pré-provisoires urgentes et mesures provisoires. Par jugement sur mesures provisoires du 17 janvier 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a attribué la garde de l'enfant à la mère, réservé un droit de visite usuel au père et a condamné ce dernier au versement de la somme de 1'080 fr. par mois, allocations familiales non comprises, à titre de contribution à l'entretien de la famille. Le jugement a été confirmé par la Cour de justice, et le recours interjeté par Y._ contre cet arrêt a été rejeté par le Tribunal fédéral le 16 octobre 2008 (arrêt 5A_496/2008). B. Dans l'intervalle, le 31 juillet 2008, Y._ a sollicité du Tribunal de première instance la modification de la décision sur mesures provisoires. Par jugement du 16 octobre 2008, le Tribunal de première instance l'a débouté de ses conclusions, considérant qu'il n'avait pas rendu suffisamment vraisemblable la diminution de ses revenus pour que de nouvelles mesures provisoires soient ordonnées. Statuant sur appel de Y._ par arrêt du 24 avril 2009, reçu le 30 avril 2009 par les parties, la Cour de justice l'a déclaré recevable. Elle a annulé le jugement de première instance en tant qu'il déboutait Y._ de ses conclusions et a condamné ce dernier à payer à son épouse une contribution à l'entretien de la famille d'un montant de 470 fr. du 1er août 2008 au 28 février 2009, le libérant de tout versement dès le 1er mars 2009. C. Le 2 juin 2009, X._ dépose contre cette dernière décision un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Elle demande l'annulation de l'arrêt rendu par la Cour de justice et, principalement, la confirmation du jugement sur mesures provisoires rendu le 16 octobre 2008 par le Tribunal de première instance, subsidiairement, le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir appliqué de manière arbitraire les art. 137 al. 2 et 163 al. 1 CC en s'abstenant d'examiner si un revenu hypothétique pouvait être imputé à son mari; elle estime également que la juridiction cantonale aurait arbitrairement établi les faits en retenant, parmi les charges incompressibles de son époux, un loyer d'un montant de 1'132 fr. La recourante demande à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire. Y._ n'a pas été invité à répondre. D. La demande d'effet suspensif de la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 4 juin 2009.