Faits: A. Le 24 septembre 2007, le Juge d'instruction du canton de Fribourg a renvoyé A._ et B._ devant le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg, notamment pour faux dans les titres. Certaines sociétés domiciliées auprès de la société C._ avaient fait l'objet de rapports de révision établis par la société D._, et les inculpés auraient constaté faussement l'indépendance de cette dernière société. Le 10 novembre 2008, le tribunal a renvoyé la cause à l'instruction afin qu'il soit procédé à des investigations énumérées dans une lettre du 14 novembre suivant. Le Juge d'instruction devait notamment, en rapport avec la société D._, déterminer la date des infractions, les sociétés concernées et donner des précisions sur les collaborateurs impliqués. Ce même jour, le Juge d'instruction a délivré un mandat de sommation et un mandat de perquisition et de séquestre auprès de C._, lesquels ont été immédiatement exécutés sur la base d'une liste de sociétés complétée le 19 novembre 2008 à l'appui d'un nouveau mandat de sommation. Les documents, soit les rapports et les notes de révision ainsi que les documents comptables pour les années 1996 à 2000, ont été remis sous scellé. B. Le 3 décembre 2008, le Juge d'instruction a demandé la levée des scellés auprès du Président de la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois (ci-après: le Président). Les prévenus et C._ s'y sont opposés, en relevant que la liste de sociétés visées contenait des erreurs, que la demande de levée des scellés n'était pas suffisamment motivée et que les documents saisis n'étaient pas nécessaires pour l'instruction. Par arrêt du 21 avril 2009, le Président a admis la demande et autorisé l'exploitation des documents séquestrés. Ces derniers correspondaient aux compléments d'enquête exigés par le Tribunal pénal économique. Le principe de la proportionnalité était respecté. Même si les listes de sociétés comportaient des erreurs - notamment la mention de sociétés dont les inculpés n'avaient pas été administrateurs durant la période pertinente -, l'examen des documents permettrait de mettre hors de cause les inculpés. Les intimés demandaient qu'un tri des documents soit effectué par une personne de confiance, mais cette conclusion n'était pas motivée. Il n'y avait pas lieu de penser que le juge n'écarterait pas du dossier les pièces inutiles à l'enquête. Le cas échéant, il appartiendrait au juge d'instruction de recourir à un expert pour trier et examiner les documents protégés par le secret. C. A._, B._ et C._ forment un recours en matière pénale assorti d'une demande d'effet suspensif. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt du 21 avril 2009. Le Président de la Chambre pénale n'a pas formulé d'observations. Le Juge d'instruction conclut au rejet du recours. Le Ministère public conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. La demande d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 6 juillet 2009.