Faits: A. Il est reproché à Y._ d'avoir violé le 22 novembre 2009 la mineure B.X._, née le 25 janvier 1995. A l'ouverture des débats devant le Tribunal correctionnel du canton de Genève, la mère de l'enfant, A.X._, a déposé des conclusions civiles en son propre nom à concurrence de 26'835 fr. 25 tendant au paiement par Y._ du dommage et du tort moral qu'elle prétendait avoir elle-même subis. Par décision du 31 mai 2011, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a constaté que A.X._ n'avait pas qualité de partie plaignante. Les débats se sont poursuivis sans A.X._. Par jugement du 3 juin 2011, le Tribunal correctionnel a reconnu Y._ coupable de viol (art. 190 al. 1 CP), l'a acquitté de l'infraction d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 CP) et l'a condamné à une peine privative de liberté de 3 ans, sous déduction de 380 jours de détention avant jugement, cette peine étant prononcée sans sursis à raison de 12 mois, le sursis partiel lui étant accordé pour le surplus avec délai d'épreuve de 4 ans. Le tribunal a accordé à l'enfant B.X._ une indemnité de 15'000 fr. pour tort moral. Les parties ont déposé des déclarations d'appel contre ce jugement auprès de la Chambre d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise. A.X._ a formé un recours contre la décision du 31 mai 2011. Par arrêt du 16 septembre 2011, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a déclaré ce recours irrecevable, considérant qu'aucune voie de droit n'était ouverte à ce stade de la procédure. Par arrêt du 21 mai 2012 (6B_701/2011), le Tribunal fédéral a admis le recours formé par A.X._ dans la mesure de sa recevabilité et renvoyé la cause en instance cantonale pour nouvelle décision. En bref, il a considéré qu'une voie de droit immédiate devait être ouverte au plan cantonal. B. Par arrêt du 28 août 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par A.X._ contre la décision du 31 mai 2011. C. A.X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation, à ce que sa qualité de partie plaignante soit reconnue, à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal correctionnel et à ce que la direction de la procédure statue sur ses conclusions civiles, subsidiairement à ce que la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise statue sur ses conclusions civiles. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire. Le Ministère public conclut au rejet du recours. L'intimée B.X._ s'en rapporte à justice. L'intimé Y._ s'en rapporte à justice et sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.