Faits: A. Le 9 octobre 2009, le Grand Conseil du canton de Genève (ci-après: le Grand Conseil) a adopté la loi n° 10'258 modifiant la loi cantonale sur l'énergie du 18 septembre 1986 (LEn; RSG L 2 30). La loi n° 10'258 prévoit l'introduction de nombreuses modifications législatives, non seulement dans la LEn, mais également dans la loi générale sur les zones de développement (LGZD; RSG L 1 35), la loi sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités (LExt; RSG L 1 40), la loi sur l'imposition des personnes physiques (LIPP; RSG D 3 08), la loi générale sur les contributions publiques (LCP; RSG D 3 05) et la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR; RSG L 5 20). Le même jour, le Grand Conseil a également adopté la loi n° 10'462, à savoir la loi d'organisation judiciaire destinée à remplacer la loi sur l'organisation judiciaire du 22 novembre 1941 (LOJ; RSG E 2 05) et la loi instituant un conseil supérieur de la magistrature et une cour d'appel de la magistrature du 25 septembre 1997 (LCSM; RSG L 2 20). La loi n° 10'462 prévoit notamment une modification des règles de fonctionnement de la juridiction des baux et loyers et elle entraîne la modification de diverses lois, dont la LDTR. B. B.a Le 19 octobre 2009, la loi n° 10'258 a été publiée dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève. Elle était accompagnée d'un arrêté du Conseil d'Etat du canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat) du 14 octobre 2009 mentionnant que, en application des art. 53A al. 2 et 160F let. d de la Constitution cantonale (Cst./GE; RSG A 2 00), la loi en question devait être publiée dans la Feuille d'avis officielle avant d'être soumise au vote du Conseil général - c'est-à-dire le corps électoral - la date du scrutin étant fixée par arrêté séparé. La loi n° 10'462 a été publiée dans la même édition de la Feuille d'avis officielle, accompagnée d'un arrêté identique mais mentionnant en plus l'art. 160F let. a Cst./GE. L'Association genevoise de défense des locataires (ci-après: l'Asloca), ainsi que Alberto Velasco, Ernest Greiner et Eric Fuld ont recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre l'arrêté du Conseil d'Etat du 14 octobre 2009 relatif à la loi n° 10'258. Ils se plaignaient notamment d'une violation des règles relatives au référendum obligatoire ou facultatif et demandaient la publication d'un nouvel arrêté stipulant qu'une partie de la loi n° 10'258 était soumise au référendum facultatif et une autre au vote du Conseil général. B.b Par arrêté du 18 novembre 2009 - publié dans la Feuille d'avis officielle du 20 novembre 2009 - le Conseil d'Etat a fixé au 7 mars 2010 la date du scrutin relatif aux lois nos 10'258 et 10'462. Cet arrêté a également été contesté par l'Asloca, Alberto Velasco, Ernest Greiner et Eric Fuld, qui ont recouru auprès du Tribunal administratif. C. Par arrêt du 12 janvier 2010, le Tribunal administratif a déclaré irrecevables les recours interjetés par l'Asloca. Il a déclaré recevables les recours d'Alberto Velasco, Ernest Greiner et Eric Fuld, le recours formé contre l'arrêté du 14 octobre 2009 étant rejeté et celui dirigé contre l'arrêté du 18 novembre 2009 rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Concernant ce dernier, le Tribunal administratif a constaté qu'aucun recours n'avait été déposé après la publication de l'arrêté du Conseil d'Etat du 14 octobre 2009 relatif à la loi n° 10'462, de sorte que les conclusions relatives à cette loi étaient irrecevables. S'agissant de la loi n° 10'258, le Tribunal administratif a considéré en substance que la décision du Conseil d'Etat de soumettre l'ensemble de la loi au référendum obligatoire était fondée. D. Agissant par la voie du recours de droit public, Alberto Velasco, Ernest Greiner et Eric Fuld demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, de constater que la loi n° 10'258 est soumise au référendum facultatif, à l'exception des alinéas 1, 2 et 6 de l'art. 2 qui sont soumis au référendum obligatoire, d'ordonner au Conseil d'Etat de recommencer la procédure référendaire et d'organiser dans les plus brefs délais le scrutin pour les dispositions soumises au référendum obligatoire. Ils invoquent une violation des art. 53, 53A et 160F Cst./GE, de l'art. 8 de la loi cantonale sur la forme, la publication et la promulgation des actes officiels (LFPP; RSG B 2 05) et de l'art. 34 Cst. Ils requièrent en outre l'octroi de l'effet suspensif et des mesures provisionnelles urgentes. Le Tribunal administratif a renoncé à se déterminer. Le Conseil d'Etat a présenté des observations, concluant au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Les recourants et le Conseil d'Etat ont présenté des observations complémentaires, au terme desquelles ils persistent dans leurs conclusions. E. Par ordonnance du 4 février 2010, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif et de mesures provisionnelles urgentes. F. Le scrutin litigieux s'est tenu le 7 mars 2010. La loi n° 10'258 a été acceptée par 52,1 % des votants, soit 56'708 suffrages.