Faits: A. Statuant le 11 juillet 2008 sur requête de mesures protectrices de l'union conjugale de l'épouse, la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a organisé la vie séparée de la famille X._; elle a par ailleurs mis les parties au bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite. B. Le 10 juillet précédent, X._ avait déposé une requête de mesures préliminaires et provisoires tendant en particulier à faire interdiction à sa femme de quitter la Suisse avec les enfants et à dire et constater qu'il pourra exercer son droit de visite durant deux semaines pendant les vacances scolaires d'été conformément à la convention partielle de séparation du 9 mai 2008. Il a en outre sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire. Par ordonnance de mesures préliminaires du 11 juillet 2008, la juge civile a notamment statué sur le droit de visite litigieux. Dans leurs déterminations respectives des 5 et 18 août 2008 sur la requête de mesures provisoires, les parties ont constaté qu'au vu de l'ordonnance précitée à laquelle elles s'étaient conformées, la procédure de mesures provisoires était devenue sans objet. L'épouse a en outre requis l'assistance judiciaire. Par jugement du 21 août 2008, la juge civile a constaté que la procédure concernant le droit de visite était devenue sans objet, l'a rayée du rôle et a rejeté les demandes d'assistance judiciaire déposées les 11 (recte 10) juillet et 5 août 2008. Le 30 septembre 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté le recours formé par X._ contre ce jugement et l'a condamné à supporter ses propres frais judiciaires par 200 fr. Elle a admis, sans frais, celui de dame X._ qu'elle a par ailleurs mise au bénéfice de l'assistance judiciaire, lui désignant un mandataire d'office, dont elle a arrêté à 430 fr. 70 les honoraires récupérables auprès de l'Etat. C. Contre cet arrêt, X._ interjette un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant à l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure cantonale de mesures préliminaires et provisoires. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral. Des réponses n'ont pas été requises.