Faits: A. Servette de Genève Football SA en liquidation par suite de faillite (ci-après: la créancière) a fait notifier à Avenir Football Investissements SA en liquidation (ci-après: la débitrice) une poursuite ordinaire n° 06 238 750 Z en paiement de la somme de 1'600'000 fr. plus intérêts, correspondant au montant d'un billet à ordre émis en sa faveur par la débitrice. Une procédure de faillite et une procédure en annulation de poursuite au sens de l'art. 85a LP sont pendantes devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, la première devant sa Chambre commerciale et la seconde devant sa 6ème Chambre. Parallèlement, une procédure pénale pour banqueroute frauduleuse, gestion fautive et abus de confiance est en cours, impliquant certains responsables de la créancière, procédure dont le dossier contient, parmi les pièces comptables saisies, le billet à ordre émis par la débitrice. B. Le 14 novembre 2008, la débitrice a saisi le Tribunal fédéral d'un recours pour retard injustifié au sens de l'art. 94 LTF contre la 6ème Chambre, visant à ce que cette autorité statue sans délai dans la cause en annulation de la poursuite. B.a L'instruction de ce recours a permis d'établir les faits ci-après. La créancière a requis la faillite de la débitrice le 18 décembre 2007. Le 29 janvier 2008, la débitrice a saisi le Tribunal de première instance d'une action en annulation de la poursuite, avec requête de suspension provisoire de celle-ci. Le 30 janvier 2008, le juge de la faillite, soit la Chambre commerciale, a ajourné le prononcé de la faillite jusqu'à droit jugé sur cette requête. La cause en annulation de la poursuite, après échec de la tentative de conciliation, a été confiée le 29 avril 2008 à la 6ème Chambre. Celle-ci, par plis du 5 mai 2008, a convoqué les parties à une audience d'introduction et de comparution personnelle le 1er juin 2008. Le 19 juin 2008, elle a rendu un jugement refusant d'ordonner la suspension provisoire de la poursuite. Son jugement n'a fait l'objet d'aucun appel et a été communiqué à la Chambre commerciale, qui a alors convoqué une audience de faillite en juillet 2008. Le 3 juillet 2008, toutefois, la créancière a retiré sa réquisition de faillite, de sorte que la cause de la faillite a été rayée du rôle. Ni les parties ni la Chambre commerciale n'ont signalé ce retrait à la 6ème Chambre. Pendant les féries judiciaires, soit en juillet et août 2008, celle-ci n'a convoqué aucune cause civile. A la rentrée judiciaire, aucune des parties ne l'a sollicitée de reprendre l'instruction de la cause en annulation de la poursuite. Le 21 octobre 2008, la créan-cière a renouvelé sa réquisition de faillite. La Chambre commerciale a donc fixé une nouvelle audience de faillite le 18 novembre 2008. Suite au dépôt du présent recours, le 20 novembre 2008, la 6ème Chambre a convoqué une séance de comparution des mandataires des parties pour le 1er décembre 2008, séance destinée à déterminer si celles-ci sollicitaient des enquêtes pour éclaircir les nombreuses questions ayant trait à l'émission, la disparition et l'éventuelle destruction du billet à ordre litigieux. B.b Sur requête de la recourante, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a, par ordonnances de mesures provisionnelles des 18 novembre et 4 décembre 2008 (art. 104 LTF), invité la Chambre commerciale à surseoir à statuer dans la cause de la faillite jusqu'à décision sur le recours fédéral. Cette autorité s'est exécutée dans ce sens. B.c Dans sa détermination du 26 novembre 2008, la 6ème Chambre propose le rejet du recours dans la mesure où il n'est pas devenu sans objet. La créancière intimée a été invitée à se déterminer sur la requête d'effet suspensif, mais pas sur le fond.