Faits: A. Le Syndicat d'amélioration foncière intégrale de Court (ci-après: le Syndicat) a été constitué en décembre 1997 dans le but notamment d'assurer une nouvelle répartition du tracé de la route N16 Transjurane. Le projet général d'amélioration foncière intégrale de Court du 22 décembre 1999 a été approuvé, après mise à l'enquête publique et liquidation des oppositions, par la Direction de l'économie publique du canton de Berne le 12 mars 2001. Le Syndicat a mis à l'enquête publique l'ancien état et l'estimation des terres du 19 mai au 19 juin 2003. Les oppositions y relatives ont été levées. Le 2 décembre 2003, A._ et B._, propriétaires de parcelles sises dans le périmètre du remaniement parcellaire, ont procédé à un échange de biens-fonds, de surface équivalente. Cette mutation a été inscrite au registre foncier. Le Syndicat a versé une indemnité de 50'000 francs à B._ pour les installations (silo et fosse à purin) sises sur la parcelle cédée par celui-ci. Le projet de nouvelle répartition a été mis à l'enquête publique du 9 octobre au 7 novembre 2006. A._ et ses parents ont formé trois oppositions, qui ont pu être levées au terme de trois séances de conciliation devant la Commission d'estimation. Parmi les solutions trouvées figurait l'attribution de la berge ouest du ruisseau des Fontaines à A._. Le 27 mars 2007, répondant à une offre de A._, le Syndicat a accepté de lui vendre les installations précitées pour la somme de 35'000 francs et lui a octroyé une aisance supplémentaire de plus de 1'000 m2 aux alentours de celles-ci. En août 2007, A._ est devenu propriétaire des parcelles de ses parents. En février 2008, la commune municipale de Court a refusé de donner son accord à la nouvelle proposition de répartition des propriétés, considérant que le ruisseau susmentionné ne pouvait pas être attribué à un propriétaire privé. Lors d'une nouvelle séance de conciliation, la Commission d'estimation a proposé au prénommé et à la commune de Court la variante n° 6 que la commune a acceptée et que l'intéressé a contestée. Dans l'ancien état à la base de la variante n° 6, A._ est propriétaire de terrains pour une surface totale de 79'664 m2, pour un total de 30'701 points agricoles. Le nouvel état prévu dans la variante n° 6 lui attribue les terrains n° 95.01, 95.02, 95.03 et 95.04, d'une surface totale de 75'181 m2, pour un total de 30'703 points agricoles. Par décision du 2 juillet 2008, la Commission d'estimation a validé la variante n° 6 précitée. La Commission des améliorations foncières a rejeté le recours formé par A._, par décision du 18 septembre 2009. Le Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a confirmé cette décision, par arrêt du 13 décembre 2010. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement du Tribunal administratif et de renvoyer le dossier à l'intimé pour nouvelle décision au sens des considérants. Il conclut subsidiairement à la fixation de sa prétention à 31'573 points agricoles à l'ancien état. Le Tribunal administratif se réfère à son jugement et renonce à prendre position. La Commission cantonale des améliorations foncières conclut au rejet du recours. Par courrier du 15 avril 2011, le recourant a répliqué. C. Par ordonnance du 29 mars 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif, présentée par le recourant.