Faits: A. B.X._ était propriétaire depuis les années 1960 du manège C._, dans lequel il a exercé la profession de maître d'équitation à titre indépendant. Il a cessé son activité à la fin de l'année 2001. Situé à la campagne, entre D._ et E._, dans le canton de Genève, le manège a abrité un nombre croissant de chevaux passant de quinze à trente au cours des dernières années. B.X._ habitait au manège avec son épouse et ses deux enfants dans un appartement de cinq pièces situé au dessus d'une écurie au premier étage du bâtiment n° *** (*** m2) sis sur une des parcelle supportant le manège. Trois employés étaient également logés séparément au manège. Par acte notarié du 26 avril 2004, l'intéressé a promis de vendre son manège pour la somme de 2'601'600 fr. Dans les déclarations fiscales des époux X._ pour les années 1996, 1997, 1998 et 1999, la rubrique "immeubles occupés par le propriétaire" ne mentionnait pas l'appartement. Les bilans annexés à chacune de ces déclarations comportaient un seul poste sans distinction pour les terrains et les constructions du manège. Dans les taxations des années 1998, 1999 et 2000, l'Administration fiscale cantonale a ajouté sous la rubrique "immeubles occupés par le propriétaire" une valeur locative de 25'994 fr. et une valeur fiscale de 138'034 fr. Dans leur déclaration fiscale 2001-B, les intéressés ont indiqué une valeur locative brute de 9'940 fr. pour l'appartement loué à leur fils. Dans le bilan annexé à cette déclaration, les actifs faisaient état du terrain pour 298'154 fr. 95, de constructions pour 1'049'232 fr. (hors amortissements pour 1'913'709 fr. 79) et de matériel d'exploitation pour 21'479 fr., soit un total d'actifs de 1'368'865 fr. 95. Les comptes d'exploitation faisaient état d'une perte commerciale de 329'248 fr. Le 19 juillet 2004, l'Administration fiscale cantonale a requis des justificatifs et rendu les intéressés attentifs à la méthode de la prépondérance appliquée lors du transfert d'un élément du patrimoine commercial dans le patrimoine privé. Le 14 octobre 2005, elle a notifié un bordereau de taxation d'impôt fédéral direct pour un montant de 63'626 fr. calculé sur un revenu imposable de 580'496 fr. Elle a calculé le bénéfice imposable en déduisant de 2'600'000 fr. la valeur des actifs pour un montant de 1'368'865 fr. et les pertes commerciales pour un montant de 329'248 fr. Un report de pertes d'un montant de 257'920 fr. a également été admis en déduction. B. Par réclamation du 14 novembre 2005, les intéressés ont fait valoir que la valeur des actifs (de 1'368'865 fr.) retenue par l'Administration fiscale cantonale ne comportait pas la valeur fiscale de l'appartement égale à 138'034 fr. Il fallait donc tenir compte d'une valeur plus élevée. Ils ont également contesté le montant des pertes reportées. Le 9 décembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a demandé aux intéressés de lui remettre le détail du poste "constructions" figurant au bilan 2001, en indiquant la valeur brute de chaque immeuble et son numéro de référence au registre foncier. Ces derniers ont répondu qu'ils n'étaient pas en mesure de fournir une valeur brute pour chaque parcelle formant le manège, qui avait été considéré comme un tout sur le plan comptable, à l'exception de l'appartement qui n'avait pas figuré dans les comptes. Par décision du 26 avril 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation. Les intéressés n'avaient pas fourni la preuve que le poste "constructions" n'incluait pas la totalité des bâtiments formant le manège ni que le montant après amortissements excluait certains bâtiments. Par décision du 21 mai 2008, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct (ci-après: la Commission cantonale de recours) a pris acte de l'admission du recours s'agissant du montant des pertes reportées (admises non plus pour 257'920 fr. mais pour 262'929 fr.) et admis le recours des intéressés contre la décision du 26 avril 2006. En substance, elle a jugé qu'ils avaient toujours déclaré des revenus provenant d'immeubles locatifs et commerciaux, que les bilans n'avaient mentionné qu'une valeur globale et que, dans l'esprit des contribuables, l'appartement avait toujours été un élément de la fortune commerciale. L'immeuble avait ainsi été imposé pour partie comme immeuble privé et pour partie comme immeuble commercial. La valeur des immeubles au bilan devait par conséquent être augmentée de celle des immeubles privés afin de déterminer le bénéfice imposable. L'Administration fiscale cantonale a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève. C. Par arrêt du 9 décembre 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours. En application de la jurisprudence récente du Tribunal fédéral en matière d'attribution d'un bien mixte à la fortune privée ou commerciale d'un contribuable indépendant, il a constaté qu'aucun élément suffisant ne permettait de renverser la présomption que l'appartement des intéressés appartenait à leur fortune privée et que l'Administration fiscale avait d'ailleurs elle-même considéré cet appartement comme privé en taxant une valeur locative de 1998 à 2000. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 9 décembre 2008 par le Tribunal administratif et de confirmer la décision sur réclamation du 26 avril 2006. Elle se plaint de la violation du principe de la prépondérance, de son droit d'obtenir une décision et des règles relatives à la répartition du fardeau de la preuve en droit fiscal. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations. Les intéressés concluent au rejet du recours sous suite de frais et dépens.