Faits: A. Depuis le 1er mai 2005, X._ travaillait pour Y._ SA en qualité d'assistante administrative. Le 18 août 2005, X._ a fait parvenir au directeur de Y._ SA un courriel dans lequel elle se plaignait principalement du fait que sa collègue A._ l'avait sans cesse humiliée et agressée verbalement durant la journée du 16 août 2005 et que celle-ci lui expliquait le travail à effectuer de manière très compliquée et difficile à comprendre et qu'elle créait une « fausse tension » dans les rapports de travail du fait de ses « humeurs » et de ses « problèmes personnels ». Par courriel du 14 septembre 2005, X._ s'est à nouveau plainte d'un comportement inacceptable de A._. Le directeur de Y._ SA y a répondu le 18 septembre 2005. Du 19 septembre au 2 octobre 2005, X._ a été en incapacité de travail, d'abord à 100 % puis à 50 % durant deux semaines, pour cause de maladie. Le 30 septembre 2005, Y._ SA a fait parvenir à X._ un document intitulé « mise au point », dans lequel elle constatait notamment que sa collaboratrice n'avait pu ni respecter les échéances trimestrielles de règlement d'organismes, ni lui communiquer la synthèse des tâches comptables qu'elle avait effectuées depuis le début du mois d'août 2005. Le 4 octobre 2005, le directeur de Y._ SA a envoyé à X._ un courriel concernant son attitude au travail, dans lequel il lui ordonnait « de vous abstenir de toute remarque ou commentaire portant sur les personnes et vous limiter uniquement aux questions concrètes liées à votre travail ». Par lettre du 6 octobre 2005, X._ a réitéré ses plaintes auprès de son employeuse. En bref, elle exposait que suite à son refus d'utiliser le code personnel Netbanking de A._, celle-ci et le directeur de Y._ SA n'avaient eu de cesse de la « harceler », de la « brimer » et de l'« injurier »; elle rappelait également à son employeuse qu'elle avait réclamé à plusieurs reprises son intervention à l'encontre de A._, conformément à l'art. 328 CO; elle soulignait enfin qu'il était prévu notamment que A._ collabore avec elle en ce qui concernait la comptabilité par une aide à la formation interne et par le transfert de certaines tâches de comptabilité à cette collègue. Par lettre du 21 octobre 2005, le directeur de Y._ SA a en substance rappelé à X._ qu'au moment de son engagement, il lui avait été indiqué que son activité à plein temps serait constituée de deux pôles, l'un consistant à assister A._ et l'autre correspondant au suivi de la comptabilité ainsi qu'au traitement des relations avec un petit nombre d'organismes; l'employée avait passé l'essentiel de ses deux premiers mois de travail à être formée aux tâches comptables, sans jamais émettre d'objection; concernant les opérations Netbanking, il lui avait été proposé, dans l'hypothèse peu probable où il y aurait, pendant les quelques jours d'absence de A._, une ou deux opérations urgentes à effectuer, de les réaliser en utilisant les outils habituels de celle-ci; X._ avait quasiment attendu la veille du départ en congé de sa collègue pour subitement refuser cette procédure et exiger la fourniture d'un code personnel, ce qui ne dénotait pas d'une attitude positive visant à régler un problème pratique éventuel; le directeur de l'employeuse contestait également toutes les accusations d'humiliations et de harcèlement prétendument subis par sa collaboratrice et affirmait que c'était plutôt celle-ci qui avait fait preuve de harcèlement vis-à-vis de son employeuse; il invitait X._ à changer de comportement, faute de quoi la société devrait « prendre les mesures appropriées »; quant au reproche de l'employée selon lequel elle avait réclamé en vain, à plusieurs reprises, son cahier des charges étant donné que certains de ses travaux ne correspondaient pas à ce qui avait été prévu lors de son engagement, le directeur a répondu que les deux pôles d'activité avaient été annoncés lors de l'embauche, que pour la partie comptabilité-organisme, elle avait eu une procédure écrite complète et que concernant l'autre pôle, les tâches allaient être définies en fonction de ses capacités et aptitudes. Le 24 octobre 2005, Y._ SA a notifié à X._ la résiliation de son contrat de travail avec effet au 30 novembre 2005 et l'a libérée de son obligation de travailler. Le 14 novembre 2005, l'employée s'est opposée à son congé. B. Le 3 février 2006, X._ a saisi la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine d'une demande tendant à ce que Y._ SA soit condamnée à lui payer 3'284 fr. 40 à titre d'indemnité pour vacances non prises ainsi que 20'400 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif, et à lui rédiger un certificat de travail. Par jugement du 31 octobre 2006, la Chambre des prud'hommes a condamné Y._ SA à verser à X._ 3'282 fr. 75 bruts avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er décembre 2005 à titre d'indemnité pour vacances non prises et à lui délivrer un certificat de travail. Elle n'a en revanche pas alloué d'indemnité pour licenciement abusif, estimant en substance qu'au vu de l'instruction de la cause - et notamment des pièces du dossier, des déclarations du directeur et de l'administrateur de Y._ SA, ainsi que du témoignage de A._ -, les motifs de licenciement invoqués par Y._ SA - soit le fait que les prestations de sa collaboratrice étaient largement en-dessous de ce qu'elle était en droit d'attendre d'elle (notamment au vu du contenu de son curriculum vitae), que la qualité de son travail s'était révélée insuffisante, que sa productivité était faible et qu'une perte de confiance était apparue - étaient véritables et dignes de protection; au contraire, X._ n'apportait aucun élément étayant sa version des faits, selon laquelle l'employeuse l'aurait licenciée parce qu'elle lui avait demandé à plusieurs reprises qu'il soit mis un terme au harcèlement psychologique dont elle disait être la victime, autrement dit parce qu'elle avait émis de bonne foi des prétentions découlant du contrat de travail. Par arrêt du 28 juin 2007, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté le recours déposé par X._, qui ne contestait plus que le rejet de sa conclusion tendant au paiement d'une indemnité pour licenciement abusif, ainsi que la répartition des dépens. En bref, la cour cantonale a également nié l'existence d'un congé abusif, aux termes de considérations qui seront exposées plus loin dans la mesure utile. C. X._ (la recourante) interjette le présent recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de dépens, à la réforme de l'arrêt du 28 juin 2007 dans le sens de la condamnation de Y._ SA à lui payer 20'400 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 novembre 2005 et au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure cantonale. Y._ SA (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.