A.- Donnant suite à une dénonciation des autorités communales de Vermes, le Procureur général du canton du Jura a ordonné, le 23 décembre 1997, l'ouverture d'une instruction contre les époux X._ pour violation de leur devoir d'assistance ou d'éducation, dont il a confié la conduite au Juge d'instruction du district de Porrentruy, Henri-Joseph Theubet (ci-après, le Juge d'instruction). B._ a été entendu le 8 janvier 1998 en qualité de personne appelée à fournir des renseignements dans le cadre de cette affaire. A l'issue de son audition, il a été inculpé d'escroquerie, éventuellement d'abus de confiance. Il lui était reproché d'avoir, en sa qualité de membre du conseil d'administration de Y._, déterminé X._ à aliéner un immeuble à Fahy au profit de la société pour un prix correspondant à la valeur officielle, sous prétexte que cet immeuble pourrait être saisi, alors même qu'aucune réquisition de vente n'avait été adressée à l'autorité compétente. Il a été incarcéré jusqu'au 27 janvier 1998 en raison d'un risque de collusion avec sa fille E._. B.- Le 6 décembre 1999, B._ a introduit une requête de prise à partie contre le Juge d'instruction et a sollicité sa récusation. Il se plaignait des conditions de son arrestation, de son audition et de son incarcération. Il dénonçait en outre le comportement tour à tour grossier, vulgaire, agressif, insultant, manipulateur et menaçant du magistrat, qui l'aurait empêché de présenter sa version des faits et qui instruirait exclusivement à charge en violation du principe de la présomption d'innocence. Il lui reprochait en outre de ne pas s'être récusé d'office alors qu'il serait impliqué personnellement dans la procédure dans la mesure où l'offre d'achat du domaine des époux X._ présentée par son fermier avait été écartée. Statuant par arrêt du 14 mars 2000, la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après, la cour cantonale) n'est pas entrée en matière sur la prise à partie en tant qu'elle se fondait sur des faits survenus deux ans avant son introduction, précisant au surplus que, supposée recevable, celle-ci aurait de toute façon dû être rejetée. Elle a par ailleurs rejeté la demande de récusation en tant qu'elle était recevable, après avoir constaté qu'il n'y avait aucun motif d'incapacité au sens de l'art. 34 du Code de procédure pénale jurassien (CPP jur.) et que les faits avancés à l'appui de la demande n'étaient pas établis pour autant que le requérant ne fut pas déchu du droit de les invoquer. C.- Agissant par la voie du recours de droit public, B._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt qui violerait, selon lui, son droit d'être entendu et résulterait d'une appréciation volontairement arbitraire des pièces du dossier. Il sollicite l'audition des gendarmes et des geôliers incriminés à titre de moyen de preuves et requiert l'assistance judiciaire. La cour cantonale conclut au rejet du recours. Le Procureur général du canton du Jura propose également son rejet, dans la mesure où il est recevable. Le Juge d'instruction se réfère à la prise de position qu'il a formulée dans le cadre de la procédure de recours cantonale.