Faits: A. X._, né en 1952, et dame X._, née en 1951, se sont mariés le 1er juillet 1991, en adoptant le régime de la séparation de biens. Un enfant est issu de leur union : A._, née le 20 août 1991. Depuis leur mariage, les époux X._ ont vécu ensemble en Suisse jusqu'en janvier 2004. A cette date, ils se sont séparés et X._ a déménagé à Y._ (Liban) avec l'enfant, qui y a été scolarisée, ce avec le consentement de la mère. Celle-ci a conservé son domicile dans le canton de Genève. B. B.a Le 3 février 2005, dame X._ a déposé une demande en divorce fondée sur l'art. 115 CC et une action en libération de dette. La cause a été enregistrée sous la référence C/2383/2005. Sur demande en divorce, elle a conclu au prononcé du divorce et à la condamnation de son époux à lui payer les montants de 3'710'340 fr. 37 et de 144'887 fr. 20 en capital, plus intérêts. A l'appui de ses prétentions en paiement, elle alléguait avoir confié à son conjoint la gestion intégrale de son patrimoine et avoir subi un dommage du fait de la mauvaise gestion de celui-ci. Sur libération de dette, elle a demandé la constatation de l'absence d'une prétendue dette de 531'000 fr. à l'égard de son époux et l'arrêt de la poursuite correspondante (n° xxxx). Le 30 juin 2006, dame X._ a quitté Z._ pour aller vivre à Chypre, de façon permanente. B.b Le 11 juillet 2006, X._ a assigné son épouse en paiement de 85'256 fr. 40 en capital, plus intérêts, sollicitant encore la mainlevée, à titre définitif, de l'opposition au commandement de payer formée dans la poursuite n° xxxx. Il alléguait s'être personnellement acquitté de l'intégralité des impôts dus par le couple pour la période fiscale 2002 et demandait à son épouse le remboursement de la part d'impôts afférente aux revenus de celle-ci. Le 30 novembre 2006, la Présidente de la 10ème Chambre du Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné la jonction de cette cause à celle enregistrée sous la référence C/2383/2005. C. Selon jugement du 22 mai 2008, le Tribunal de première instance, statuant sur la demande en divorce, a dissous le mariage des époux X._, déclaré irrecevables les conclusions liées au sort de l'enfant mineure pour défaut de compétence ratione loci et débouté les parties de toutes autres conclusions. Cette autorité a rejeté la demande en libération de dette formée par l'épouse. Sur demande de X._ en paiement et en mainlevée, le Tribunal de première instance a condamné l'épouse à payer au mari 24'416 fr. 80 avec intérêts à 5 % dès le 12 juillet 2005 et a déclaré non fondée l'opposition formée au commandement de payer notifié dans la poursuite n° xxxx en déboutant les parties de toutes autres conclusions. Sur appels formés par chacune des parties, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement rendu sur la demande en divorce, en paiement et en mainlevée. Statuant à nouveau, elle a rejeté la demande de divorce au motif que les époux n'étaient pas séparés depuis au moins deux ans et que l'épouse n'avait établi aucun motif sérieux qui rendait insupportable la continuation du mariage. L'autorité cantonale a condamné dame X._ à payer à son époux le montant de 85'256 fr. 40 avec intérêts à 5% dès le 12 juillet 2005, a déclaré non fondée à due concurrence l'opposition formée au commandement de payer notifié dans la poursuite n° xxxx et a débouté les parties de toutes autres conclusions. Elle a confirmé le premier jugement en tant qu'il a rejeté l'action en libération de dette. D. Dame X._ forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause au Tribunal de première instance pour nouvelle décision. Des déterminations n'ont pas été requises.