Faits: A. X._ a été admis pour le semestre d'hiver 1999 à l'Université de Genève (ci-après : l'Université). Après avoir obtenu un diplôme universitaire en architecture le 12 octobre 2005 et un diplôme d'études approfondies en architecture et paysage le 26 juin 2007, et avoir réussi les six modules du cursus du baccalauréat universitaire en arabe, X._ a demandé à quitter le baccalauréat universitaire en arabe et en espagnol en novembre 2007 pour être admis directement à la maîtrise universitaire ès lettres en langue, littérature et civilisation arabes. Sa candidature pour cette maîtrise a été acceptée à partir du semestre d'automne 2007-2008 pour une durée maximale de huit semestres, au terme desquels, sauf dérogation du doyen, l'étudiant est éliminé. En 2008 et 2009, X._ a réussi divers modules. Au semestre d'automne 2009-2010, il s'est inscrit parallèlement pour le master en sciences de l'environnement à la faculté des sciences. A la session de septembre 2009, ayant acquis les six modules de la maîtrise en arabe, X._ n'était plus astreint à suivre les enseignements. Il devait rédiger et soutenir son mémoire de maîtrise, jusqu'au 16 septembre 2011 au plus tard. Le 5 octobre 2009, l'intéressé a envoyé un projet sommaire de mémoire. Le Professeur Y._ lui a fait remarquer que l'épître sur les vertus des habitants de l'Andalus avait déjà été étudiée à plusieurs reprises et qu'un mémoire de licence de l'Université de Genève lui avait été consacré en 1996. Il lui a suggéré d'examiner si un autre texte d'Ibn Hazm ne pouvait pas faire l'objet de sa recherche. Le 21 octobre 2010, X._ a adressé au professeur une autre esquisse. Le 26 octobre 2010, ce dernier lui a répondu que ce projet n'était pas satisfaisant. Par courrier électronique du 27 octobre 2010, l'intéressé a répondu sommairement aux critiques émises par le professeur déclarant persister dans le choix de ce sujet, souhaitant passer le voir le jour même pour terminer le plus rapidement possible son mémoire. Le 12 novembre 2010, X._ a réécrit à Y._, lui reprochant de ne pas lui avoir répondu. Ce dernier lui a alors précisé que sa réponse avait été expédiée le 26 octobre 2010. Le 22 novembre 2010, Y._ a reçu X._ pendant une heure. Y._ a demandé à l'intéressé de préciser le champ de son mémoire, puisqu'il lui avait dit vouloir travailler de manière toute générale sur l'Andalus du Xème siècle. Y._, à cette occasion, a renvoyé l'intéressé aux règles méthodologiques figurant sur le site de l'unité d'arabe, afin de citer un ouvrage dans la bibliographie et de translittérer les mots et noms arabes conformément à ces règles. X._ a ensuite cherché à plusieurs reprises à être reçu par le professeur. Le 4 février 2011, X._ s'est inscrit pour la session d'examens de mai-juin 2011 afin de soutenir son mémoire. Le 19 juillet 2011, Y._ a répondu à X._ qu'il n'entendait pas le recevoir puisque l'intéressé n'avait pas donné suite à la requête qu'il lui avait adressée le 26 octobre 2010 et à leur entretien du 23 novembre 2010, aux termes duquel l'étudiant devait présenter le plan de son mémoire, ce qu'il n'avait jamais fait depuis. La session d'août-septembre 2011 a débuté le 29 août pour s'achever le 16 septembre. X._ a adressé son mémoire à Y._, qui l'a reçu le 12 septembre 2011. Ce dernier l'a refusé le jour même, faute d'accord sur le thème et le plan, le mémoire étant par ailleurs rendu hors délai puisqu'il devait être déposé en trois exemplaires au moins un mois avant la soutenance. Le 12 septembre 2011, X._ a informé le doyen de ce refus. Le vice-doyen l'a alors retiré de la session d'examens d'août-septembre 2011. Par lettre recommandée du 28 septembre 2011, le doyen a prononcé l'élimination de X._ de la faculté des lettres, celui-ci n'ayant pas présenté ni soutenu son mémoire de maîtrise avant le 16 septembre 2011. Quant aux certificats médicaux produits, ils n'avaient pas permis l'octroi d'un délai supplémentaire. L'attention de l'étudiant avait été attirée à plusieurs reprises sur le délai impératif qui lui était fixé pour réussir sa maîtrise et les risques d'élimination qu'il encourait si cette condition n'était pas satisfaite. Le 26 octobre 2011, X._ a fait opposition à cette décision. Par décision du 29 novembre 2011, le doyen de la faculté des lettres a signifié à X._ que son opposition était rejetée. Le 17 janvier 2012, X._, agissant par l'intermédiaire d'un avocat, a recouru contre cette décision auprès de la chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève. B. Par arrêt du 30 juillet 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours déposé par X._ contre la décision du 29 novembre 2011. Le délai de huit semestres, expirant le 16 septembre 2011, était passé sans que l'intéressé n'ait présenté ni soutenu avec succès son mémoire de maîtrise, de sorte que le doyen de la faculté pouvait prononcer son élimination. Les problèmes qui avaient amené à la décision de Y._ de refuser le travail de l'étudiant ne constituaient pas une situation exceptionnelle qui justifiait, selon la jurisprudence cantonale, l'octroi par le doyen d'une dérogation à la durée maximale des études. Le droit cantonal ne prévoyait pas de médiation pour remédier aux carences d'un étudiant qui n'entendait pas se plier aux exigences de son professeur répondant. C. Par courrier du 14 septembre 2012, X._ demande en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 30 juillet 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et de constater qu'il a le droit de présenter son mémoire de master ès lettres en langue, littérature et civilisation arabes. Il se plaint de la constatation inexacte et incomplète des faits, d'abus de pouvoir d'appréciation et de la violation du principe de proportionnalité. Il sollicite l'octroi de l'effet suspensif. Il n'a pas été ordonné d'échange des écritures.