Faits: A. Le 18 février 2010, le Tribunal régional du Jura bernois-Seeland a reconnu A._ coupable de diffamation, d'opposition aux actes de l'autorité, d'infractions à la LCR, de conduite inconvenante ainsi que de voies de fait. La prénommée a fait appel contre le prononcé précité. Par jugement du 26 janvier 2011, la Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne (ci-après: la cour cantonale) a homologué la convention conclue aux débats d'appel entre A._ et C._ mettant fin au litige les opposant. Pour le surplus, elle a reconnu A._ coupable de diffamation, d'opposition aux actes de l'autorité, d'infractions à la LCR, ainsi que de conduite inconvenante. Par arrêt du 22 mars 2012, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par A._ contre le jugement cantonal précité et a renvoyé la cause à la juridiction cantonale. Il a pour l'essentiel considéré que la prénommée n'avait pas été dûment citée à comparaître à l'audience de débats de première instance du 18 février 2010. La cour cantonale ne pouvait ainsi pas lui refuser d'entendre les témoins en instance d'appel pour le motif de son absence fautive aux débats de première instance au cours de laquelle dits témoins avaient été entendus. Ce faisant, elle avait violé le droit d'être entendu de l'intéressée en ne lui accordant pas la contradiction avec les témoins à charge. B. Le 27 juillet 2012, la cour cantonale a cité à comparaître A._ et les témoins requis à l'audience de débats fixée au 12 septembre 2012. La prénommée a reçu cette citation le 2 août 2012. Elle a, par courrier du 21 août 2012, produit un certificat médical attestant une incapacité de travail et a requis le renvoi de l'audience appointée au 12 septembre 2012. A la demande du Juge d'appel B._ en charge du dossier, le médecin de l'intéressée a précisé que le certificat d'arrêt de travail délivré - couvrant la période du 1er août 2012 au 1er septembre 2012 - n'avait pas été prolongé. Le Juge d'appel a dès lors maintenu l'audience. A._ a transmis à la cour cantonale un second certificat médical faisant état d'une incapacité de travail du 1er au 15 septembre 2012. Invité à se prononcer sur la capacité de la prénommée à participer à l'audience, le médecin concerné a indiqué que le certificat avait été falsifié car l'arrêt de travail prescrit s'étendait du 1er au 5 septembre 2012. Le 4 septembre 2012, le Juge d'appel a rejeté la requête de report d'audience et a confirmé le maintien de l'audience. C. Le 6 septembre 2012, A._ a déposé une requête de récusation du Juge d'appel B._, qui a été rejetée, dans la mesure de sa recevabilité, par la cour cantonale le 10 septembre 2012. Elle a retenu, d'une part, que la composition de la cour cantonale avait été indiquée dans la citation à comparaître du 27 juillet 2012, de sorte que la demande de récusation du 6 septembre 2012 - fondée sur les actes du magistrat antérieurs au 27 juillet 2012 - était tardive et donc irrecevable. D'autre part, aucun reproche ne pouvait être formulé à l'encontre du Juge d'appel s'agissant de son comportement après le 27 juillet 2012, l'intervention de celui-ci auprès des médecins de l'intéressée étant parfaitement adéquate et licite; la demande de récusation était à cet égard manifestement mal fondée et devait être rejetée. Selon la cour cantonale, la requête de récusation était donc irrecevable pour une partie des faits reprochés et manifestement mal fondée pour l'autre partie des faits. D. A._ forme un recours en matière pénale à l'encontre de la décision cantonale. Elle conclut à la récusation du Juge d'appel, à l'annulation des actes accomplis par ce dernier après le dépôt de sa demande, à la désignation d'un nouveau juge et, enfin, à ce qu'un délai lui soit accordé pour se soigner et se faire opérer avant la nouvelle audience. Le Ministère public renonce à se déterminer. La cour cantonale ainsi que le Juge intimé déposent des observations.