Faits: A. X._, domiciliée dans le canton de Vaud, est propriétaire de la parcelle xxx du registre foncier de Genève-A._, sise avenue B._, sur laquelle est érigé un bâtiment de 2'546 m2 abritant trois arcades commerciales et un parking souterrain de 214 places. Le litige intervenu entre X._ et l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après l'Administration) au sujet de la valeur fiscale de cet immeuble pour l'impôt cantonal et communal 2002 a été tranché par arrêt du Tribunal fédéral du 23 avril 2009 dans la cause 2C_820/2008. Il a été retenu que la juridiction cantonale pouvait, sans violer la législation fédérale d'harmonisation fiscale ni tomber dans l'arbitraire, arrêter la valeur de l'immeuble de X._ à CHF 10'361'259.- pour 2002. B. Dans sa déclaration relative à la période fiscale 2005, X._ a indiqué une valeur fiscale de CHF 7'800'000.- pour l'immeuble en cause. Le 22 janvier 2007, l'Administration a émis le bordereau d'impôt cantonal et communal 2005 et a fixé la valeur de ce bien immobilier à CHF 12'057'500.- correspondant à la capitalisation de l'état locatif de CHF 747'565.- au taux de 6.2 %. X._ a élevé réclamation contre ce bordereau. Par décision du 1er juillet 2009, l'Administration a maintenu la taxation et l'estimation de l'immeuble en cause. X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours), remplacée depuis le 1er janvier 2011 par le Tribunal administratif de première instance (ci-après le TAPI). Elle concluait à ce que la valeur de l'immeuble soit réduite à CHF 10'170'000.- au vu d'une estimation établie le 23 octobre 2003 par C._ SA. Le 7 mars 2011, le TAPI a rejeté ce recours. X._ a recouru contre la décision du 7 mars 2011 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de Genève (ci-après la Cour de justice). Dans le cadre de cette procédure, elle a produit une expertise établie par le bureau D._ selon laquelle l'estimation de l'immeuble litigieux s'élevait au 1er janvier 2011 à CHF 12'550'000.- pour un état locatif total de CHF 904'492.-. Par arrêt du 3 avril 2012, la Cour de justice a rejeté ce recours. Elle a retenu, en substance, que faute de pouvoir établir la valeur vénale de l'immeuble litigieux en 2005 par un autre moyen, l'Administration ne pouvait que capitaliser le revenu locatif - non contesté - au taux de 6.2 % fixé par la législation applicable pour l'année en question. C. Par acte du 11 mai 2012, X._ dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du 3 avril 2012. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'Administration pour une nouvelle fixation de l'estimation fiscale de l'immeuble, mais au maximum à hauteur de CHF 8'584'940.-, le tout sous suite de frais et dépens. A titre de mesure d'instruction, elle prie en outre le Tribunal fédéral d'inviter l'Administration à indiquer si elle a déjà admis les valeurs de l'expert D._ dans d'autres cas. L'Administration conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions requiert également le rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. X._ a déposé une ultime détermination le 2 octobre 2012.