Faits: A. La société X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante) est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après AFC) depuis le 1er janvier 1995 en qualité d'assujettie au sens des prescriptions en matière de taxe sur la valeur ajoutée. En novembre 2006, l'AFC a procédé à un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2001 au 3ème trimestre 2006 et a constaté des erreurs d'imposition. Elle a établi, le 20 novembre 2006, un décompte complémentaire portant sur un montant de 321'624 fr. plus intérêt moratoire. Le 18 décembre 2006, la Société s'est acquittée du montant réclamé dans le décompte complémentaire et, le 9 février 2007, elle a versé l'intérêt moratoire qui s'élevait à 34'306 fr. B. Le 16 juillet 2007, la Société a demandé à l'AFC de rendre une décision formelle concernant les reprises fiscales ayant fait l'objet du décompte complémentaire. Par décision du 26 septembre 2007, l'AFC a constaté que, comme la Société avait payé le montant de la reprise y compris l'intérêt moratoire sans formuler de réserve avant sa contestation du 16 juillet 2007, l'impôt devait être considéré comme dû. Partant, c'était à bon droit que ces montants avaient été réclamés à la société. Le 6 février 2008, l'AFC a rejeté la réclamation formée par la Société et confirmé les conclusions de sa décision du 26 septembre 2007. Par arrêt du 15 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours déposé la Société. Les juges ont considéré en substance que, dès lors que celle-ci avait payé le décompte complémentaire sans émettre de réserve et qu'aucune des hypothèses permettant de revenir sur la facture n'était réalisée, l'impôt acquitté était réputé dû. C. Contre l'arrêt du 15 juillet 2009, la Société interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut à la receva- bilité du recours et, au fond, à l'annulation de l'arrêt attaqué, en ce qu'il lui dénie le droit d'obtenir une décision motivée sous prétexte que la créance fiscale a été payée, et au renvoi de l'affaire à l'AFC pour qu'elle émette une décision motivée relative au décompte litigieux, sous suite de frais et dépens. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. L'AFC a conclu au rejet du recours avec suite de frais, en renvoyant à la réponse qu'elle avait formulée dans le cadre de la procédure devant l'autorité judiciaire précédente.