Faits: A. La société X._ SA (antérieurement X1._ SA, puis X2._ SA) a pour but d'effectuer des "opérations immobilières"; A._ et son épouse ... en sont les administrateurs avec signature individuelle. Le 23 janvier 2008, cette société, sous la raison sociale X2._ SA, a signé avec l'architecte Y._ un contrat pour des prestations d'architecture liées à la construction d'un immeuble sur la parcelle n° 1 de la commune de ..., parcelle dont la société était propriétaire. Il était notamment convenu que si le bien-fonds était vendu, le contrat d'architecte serait repris intégralement par l'acquéreur de la parcelle, sans diminution des prestations et des honoraires; la société s'engageait à faire reprendre le contrat par le tiers acquéreur. Par acte notarié du 1er avril 2008, la parcelle a été vendue à la société Z._ SA (anciennement Z1._ SA SA), dont A._ était alors l'administrateur unique. Cette entité était déjà propriétaire d'autres parcelles sur la même commune, à propos desquelles elle avait conclu en 2007 un contrat d'architecte avec Y._. Les 17 juin et 4 août 2008, l'architecte a émis, à l'attention de "X2._ SA", deux demandes d'acomptes de 60'000 fr. et 20'000 fr. pour ses prestations relatives à la parcelle n° 1. Par courriel du 18 août 2008, A._, sous l'en-tête d'une société de gérance dont il est l'administrateur avec son épouse, a notamment prié l'architecte de prendre note du fait que la société Z1._ SA était devenue Z._ SA et que les changements ad hoc avaient été opérés auprès du registre foncier pour diverses parcelles, dont la parcelle n° 1. Le 12 décembre 2008, l'architecte a adressé un rappel à Z._ SA pour les acomptes relatifs à la parcelle n° 1 (80'000 fr.), ainsi que pour des créances de 720'000 fr. relatives à des travaux sur d'autres parcelles dont Z._ SA était propriétaire. Le 4 février 2009, l'architecte a fait notifier à l'adresse de X._ SA un commandement de payer portant sur le montant de 80'000 fr.; la poursuivie a fait opposition totale, sans motivation. B. B.a. Le 2 avril 2009, l'architecte a adressé à X._ SA sa facture finale d'honoraires pour les travaux concernant la parcelle n° 1. Le jour suivant, il a ouvert action en paiement de 90'061 fr. 20 contre X._ SA. Cette dernière a conclu au rejet de la demande, soutenant qu'elle n'avait pas qualité pour défendre dès lors que Z._ SA avait repris le contrat d'architecture. Par jugement du 5 septembre 2012, le Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ SA à payer à l'architecte la somme de 78'497 fr. 35 plus intérêts à 5% l'an dès le 5 février 2009. B.b. X._ SA a interjeté appel, concluant au rejet de la demande de l'architecte. Statuant par arrêt du 31 janvier 2013, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel et confirmé le jugement de première instance. C. X._ SA (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral, concluant principalement au rejet de la demande. L'architecte (ci-après: l'intimé) conclut pour sa part au rejet du recours. L'autorité précédente se réfère à son arrêt.