Faits: A. Le 25 octobre 2010, A._ et B._ ont déposé plainte pénale pour escroquerie, faux dans les titres et concurrence déloyale. Après l'adjudication à D._ des travaux de rénovation d'une école, les plaignantes, soumissionnaires évincées, avaient constaté que les travaux avaient été exécutés avec des matériaux (carrelage) d'une valeur inférieure à ce que prévoyait la soumission. L'adjudicataire (soit le Département cantonal des constructions et des technologies de l'information, DCTI) et les autres soumissionnaires auraient ainsi été trompés. B. Par ordonnance du 12 décembre 2011, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière. La modification du carrelage avait eu lieu avec l'accord du DCTI. Le litige était essentiellement de nature administrative et le Tribunal administratif cantonal avait déclaré irrecevable, le 2 mars 2010, le recours formé contre l'adjudication (cf. arrêt 2C_337/2010 du 26 juillet 2010 confirmant cette décision). Par arrêt du 24 février 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a déclaré irrecevable le recours formé par les plaignantes. La soumission présentée par celles-ci était d'emblée vouée à l'échec puisque les consortiums étaient exclus dans l'appel d'offres. Les infractions dénoncées n'étaient donc pas la cause de leur éviction et les plaignantes n'étaient donc pas directement lésées par celles-ci. C. A._ et B._ forment un recours en matière pénale par lequel elles demandent l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à la Chambre pénale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Chambre pénale de recours se réfère à son arrêt, sans observations. Le Ministère public conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. C._ s'en rapporte à justice. Les recourants ont ensuite déclaré persister dans leurs conclusions.