Faits: A.a La société X._ SA a pour but des "activités dans le domaine du bâtiment et de la construction, plus particulièrement les travaux de maçonnerie, béton armé et génie civil". V._ en est l'administrateur muni de la signature individuelle. Le 21 février 2007, lors d'une visite d'un chantier de construction à C._, un inspecteur de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) a constaté des manquements aux prescriptions sur la sécurité au travail. Par courrier recommandé du 23 février suivant, intitulé "troisième et dernier avertissement", la CNA a invité X._ SA à prendre les mesures nécessaires et à l'informer de leur mise en oeuvre jusqu'au 28 février 2007. Rappelant que des lacunes semblables avaient déjà été constatées auparavant, la CNA a indiqué qu'en cas de nouvelle infraction la société serait classée dans un degré plus élevé du tarif des primes. Le 27 juin 2007, dans le cadre de la campagne "Echafaudages en sécurité", un inspecteur de la CNA a contrôlé deux chantiers de X._ SA à R._ et à M._ et il a constaté des défauts qui ont été mentionnés dans un rapport de contrôle adressé à la société le 9 juillet 2007, par lequel celle-ci était invitée à prendre les mesures adéquates jusqu'au 25 juillet 2007. Le 2 août 2007, lors d'une visite d'un chantier à S._, un inspecteur de la CNA a constaté une nouvelle fois que certaines mesures requises en matière de protection des travailleurs n'avaient pas été prises. En particulier, les travaux n'avaient pas été planifiés et exécutés de manière à réduire au mieux le risque d'accident et d'atteinte à la santé. En outre, une partie des bords des talus de la fouille en pleine masse n'était pas protégée contre le risque de chute et les trois bâtiments avaient été construits à plus de 3 mètres de hauteur de chute possible sans échafaudages de protection. Par décision du 31 août 2007, la CNA a ordonné l'augmentation des primes pour l'assurance contre les accidents professionnels pour une durée d'une année avec effet rétroactif au 1er janvier 2007, soit une augmentation du degré 113 (taux de prime 4,72 %) au degré 117 (taux de prime 5,74 %) du tarif de base. Elle se référait à son courrier du 23 février 2007 et précisait que cette augmentation ne déchargeait pas l'entreprise d'observer les prescriptions en matière de sécurité au travail et que si de nouvelles infractions étaient constatées, une nouvelle augmentation des primes serait prononcée avec dépôt d'une dénonciation. Un certificat de primes daté du même jour était annexé à la décision. Le 1er septembre 2007, un entretien a eu lieu entre deux collaborateurs de la CNA et V._ en vue de respecter le droit d'être entendu de la société. Lors de cet entretien, il a été convenu que X._ SA se mettrait en conformité avec les normes en matière de sécurité au travail sur ses chantiers, en particulier en ce qui concerne le montage des échafaudages. Dans une lettre du 3 septembre 2007, la CNA a rappelé les engagements pris par la société et indiqué qu'en cas de nouveaux manquements, celle-ci serait classée sans préavis dans un degré plus élevé du tarif des primes. Le 1er septembre 2007, un entretien a eu lieu entre deux collaborateurs de la CNA et V._ en vue de respecter le droit d'être entendu de la société. Lors de cet entretien, il a été convenu que X._ SA se mettrait en conformité avec les normes en matière de sécurité au travail sur ses chantiers, en particulier en ce qui concerne le montage des échafaudages. Dans une lettre du 3 septembre 2007, la CNA a rappelé les engagements pris par la société et indiqué qu'en cas de nouveaux manquements, celle-ci serait classée sans préavis dans un degré plus élevé du tarif des primes. A.b Les 5 et 7 novembre 2007, deux inspecteurs de la CNA ont derechef contrôlé le chantier de S._ et ont constaté des nouveaux manquements. Par lettre du 9 novembre suivant, la CNA a informé la société que la question du supplément de primes était actuellement étudiée par ses services et l'a invitée à ne pas s'acquitter d'un décompte de primes d'un montant de 62'000 fr. adressé le 3 octobre 2007. Par décision du 12 novembre 2007, la CNA a confirmé l'augmentation des primes notifiée dans sa lettre du 31 août 2007, en se référant aux précédents manquements, ainsi qu'aux constatations effectuées les 5 et 7 septembre (recte : novembre) 2007 sur le chantier de S._. X._ SA a fait opposition à cette décision, motif pris qu'elle était contraire au courrier adressé le 9 novembre 2007. Par ailleurs, elle indiquait l'évolution des mesures prises en vue corriger les manquements, en précisant notamment qu'une partie des défauts concernait des entreprises sous-traitantes qu'elle avait prévenues. Par un nouveau courrier du 23 novembre 2007, annulant et remplaçant la lettre du 9 novembre 2007, la CNA a indiqué maintenir la prime provisoire supplémentaire relative à l'année 2007, établie le 3 octobre 2007. La CNA a rejeté l'opposition dont elle était saisie par décision du 26 novembre 2007. Le 30 novembre 2007, elle a informé la société qu'elle suspendait le règlement de la prime provisoire 2007 supplémentaire en raison de la procédure en cours. B. Saisi d'un recours contre la décision sur opposition, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté par jugement du 13 juillet 2009. C. X._ SA interjette un recours en matière de droit public en concluant à l'annulation du jugement attaqué et de la décision de classement dans un degré de primes plus élevé dès le 1er janvier 2007. L'intimée conclut au rejet du recours, tandis que le Tribunal administratif fédéral et l'Office fédéral de la santé publique ont renoncé à présenter des déterminations.