Faits: A. Le 30 avril 2008, X._ a déposé plainte auprès du Procureur général du canton de Genève pour meurtre. Les faits à l'origine de cette plainte sont les suivants. Le 4 mai 1998, Y._, fils de X._, ainsi que Z._ et son épouse ont été découverts morts par balles dans l'appartement de ces derniers dans la Cité du Vatican. Z._ était le commandant de la Garde suisse pontificale, dans laquelle Y._ était incorporé. Une enquête a été ouverte par le juge d'instruction du Vatican. Elle a été classée le 5 février 1999 au motif que les investigations entreprises avaient montré que Y._ avait tué le commandant et son épouse avant de se suicider et que toute intervention d'une tierce personne était exclue. X._ estime que le canton de Genève, à l'instar de n'importe quel autre canton suisse, est compétent pour instruire cette affaire dès lors que la victime était un citoyen suisse et que l'identité du ou des auteurs n'est pas connue. B. Le 3 octobre 2008, le Procureur général du canton de Genève a classé la plainte, refusant d'ouvrir une procédure à Genève. C. Par ordonnance du 26 novembre 2008, la Chambre d'accusation du canton de Genève a rejeté, dans la mesure où il était recevable, le recours formé par X._ contre la décision de classement. D. X._ forme un recours en matière pénale contre cette ordonnance. Elle conclut principalement à l'annulation de l'ordonnance attaquée et à ce que les autorités suisses soient déclarées compétentes pour instruire sa plainte pénale. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau.