Faits: A. Le 12 décembre 2006, dame X._ a déposé devant le Tribunal de première instance du canton du Jura une requête de mesures protectrices de l'union conjugale et de provision ad litem, subsidiairement d'assistance judiciaire gratuite. Par jugement du 20 décembre 2007, la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a notamment constaté que les époux vivaient séparés pour une durée indéterminée depuis le 24 avril 2006 et a condamné le mari à verser à son épouse, dès la séparation, une contribution alimentaire mensuelle de 3'350 fr., sous déduction de la pension de 2'300 fr. versée précédemment; elle a rejeté la requête de provision ad litem et celle, subsidiaire, d'assistance judiciaire gratuite. L'épouse a fait appel de ce jugement. Par arrêt du 29 août 2008, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a condamné le mari à verser à l'appelante une contribution d'entretien de 5'450 fr. par mois du 24 avril 2006 au 29 février 2008 et de 4'500 fr. par mois dès le 1er mars 2008, la pension de 2'300 fr. étant incluse dans ces montants. B. Le mari interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que la contribution d'entretien est fixée à un montant mensuel ne dépassant pas 3'350 fr. dès le 26 avril 2006, sous déduction de la pension de 2'300 fr. versée précédemment et des montants de 10'000 fr. et de 40'000 fr. versés à l'intimée en septembre 2006 et septembre 2007; à titre subsidiaire, il conclut au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouveau jugement au sens des considérants. Des réponses n'ont pas été requises.