Faits: A. Le 30 septembre 2005, le Chef du Département de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud (ci-après: le Département) a communiqué à la Commune de St-George (ci-après: la Commune ou la recourante) la facture sociale prévisionnelle pour 2005, évaluée à 685'981 fr. Sur cette base, le Conseil général a adopté le budget communal pour 2006. Le 9 janvier 2006, le Département a informé la Commune que sa participation à la facture sociale s'élevait désormais à 704'774 fr. Le 11 janvier 2006, le Conseil d'Etat du canton de Vaud a procédé à la classification provisoire des communes. Il en ressort que le solde des péréquations nettes à la charge de la Commune se montait à 794'712 fr. Par arrêté du 9 juillet 2007, publié dans la Feuille des avis officiels du 13 juillet suivant, le Conseil d'Etat a fixé les critères de classification définitive des communes, sur la base du rendement des impôts de l'exercice 2006. B. Le 31 juillet 2007, l'Autorité de surveillance des finances communales, qui dépend du Service des communes et des relations institutionnelles du canton de Vaud, a notifié aux communes le décompte définitif de la péréquation pour 2006, lequel avait été approuvé par la Commission paritaire instituée par le droit cantonal. S'agissant de la Commune, le solde net des péréquations se montait à 1'116'904 fr., dont 927'272 fr. au titre de la facture sociale. A l'encontre de ce décompte, la Commune a recouru au Tribunal administratif du canton de Vaud, lequel a été entre-temps intégré au Tribunal cantonal. Par arrêt du 23 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours que d'autres communes avaient formé à l'encontre du décompte précité. Dans une écriture du 24 juillet 2008, il a invité la Commune à lui communiquer si, au vu de cet arrêt, elle entendait maintenir son recours ou le retirer. Celle-ci a fait savoir qu'elle le maintenait. Par arrêt du 15 septembre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours de la Commune. Les juges ont considéré en substance que la différence entre l'estimation de la facture sociale prévisionnelle et le décompte définitif peut amener certaines communes à relever leur taux d'impôt sans pour autant que cette opération soit choquante, car elle contribue à réaliser l'objectif d'atténuation des inégalités entre communes découlant de l'art. 168 al. 2 Cst. VD. Le grief de violation du principe de la bonne foi a été rejeté, au motif que la Commune ne pouvait ignorer que l'évaluation du 30 septembre 2005 n'était pas invariable, ce d'autant que les informations fournies les 9 et 11 janvier 2006 indiquaient déjà une augmentation sensible de la facture sociale. Aucune assurance expresse ne lui avait donc été donnée que le montant dû finalement ne dépasserait pas les évaluations. S'agissant des bases de calcul de la décision attaquée, dont la recourante critiquait l'opacité, le Tribunal cantonal a relevé que la Commune avait eu intégralement accès à la documentation permettant de calculer le montant dû au titre de la péréquation. Le Conseil d'Etat avait produit en cours de procédure, le 22 octobre 2007, un tableau du classement de l'ensemble des communes. Tout en admettant la complexité du système, les juges ont considéré que celui-ci n'était pas "hors de la portée de la compréhension d'autorités communales, rompues aux arcanes de la chose publique". La mise en oeuvre de ces mécanismes était en outre contrôlée par la Commission paritaire, qui n'avait rien trouvé à redire au calcul du montant dû par la recourante. Enfin, s'agissant de la comparaison avec la commune de Vaux-sur-Morges invoquée par la recourante, le Tribunal cantonal a relevé que la recourante ne pouvait prétendre se trouver dans une situation analogue à celle de cette dernière commune, en renvoyant pour le surplus à son arrêt du 23 juillet 2008. C. Agissant par sa Municipalité, la Commune interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de l'arrêt du 15 septembre 2008, en concluant à son annulation. A titre préalable, elle demande que son recours soit doté de l'effet suspensif. L'autorité précédente renonce à se déterminer, en se référant à son arrêt. Le Service des communes et des relations institutionnelles propose, principalement, de déclarer le recours irrecevable et, subsidiairement, de le rejeter dans la mesure où il serait recevable. Par ordonnance du 12 novembre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal de céans a rejeté la requête d'effet suspensif.