Faits : A. Par jugement du 28 mars 2007, le Tribunal de première instance du canton du Jura a condamné X._, pour lésions corporelles graves par négligence, à une peine pécuniaire de 15 jours-amende à 150 fr./j., avec sursis pendant 2 ans. B. Par arrêt du 11 juillet 2007, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a confirmé le jugement de première instance. Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants. B.a Le 25 février 2004, peu avant 11 h., A._, conducteur d'un camion de l'entreprise B._ SA, a approché l'avant de son véhicule du centre de collecte de verre (Eco-point), situé sur le parc St-Germain, à Porrentruy. Il a saisi, au moyen du bras articulé se trouvant sur le pont du camion, le container de verre et l'a vidé dans la benne de son engin. Alors qu'il s'apprêtait à remettre en place le container, il a aperçu Y._ qui s'était glissée entre l'avant du camion et le muret délimitant le lieu de la collecte et a tenté de l'avertir. Elle n'a pas compris les mises en garde et, après avoir fait un écart à droite, est tombée dans la fosse profonde de 2 mètres 50. Elle s'est fracturée une vertèbre lombaire. B.b Le centre de collecte Eco-point de Porrentruy est situé au fond d'un parking, soit dans un lieu particulièrement fréquenté. Il est clairement délimité sur trois côtés (arrière et latéraux) par un muret constitué de planches en bois. Il comprend quatre containers pour le tri des déchets, dont celui pour le verre qui est en cause. Il s'agit d'un container enterré. Il est composé d'une cuve en béton fixée dans le sol et d'un container métallique d'une contenance de 3m3 et d'un poids à vide de 700 kilos s'introduisant dans la cuve bétonnée. Il est surmonté d'une bouche solidaire d'un mètre de haut environ permettant de déposer les bouteilles usagées par les ouvertures adéquates. Pour extraire le container et le sortir de terre, il faut avoir recours à une grue. Pendant que celui-ci est sorti du sol, aucune protection n'est mise sur la fosse ou aux alentours et aucun panneau d'avertissement n'est placé aux abords. B.c X._ est le chef du Service des travaux de la Municipalité de Porrentruy. Il a signé le contrat de vidange des Eco-points avec la société B._ SA. C. X._ dépose un recours en matière pénale. Invoquant une violation des art. 9 Cst., 11 ss et 122 ss CP, il conclut principalement à son acquittement et subsidiairement à l'annulation de l'arrêt cantonal.