Faits: A. T._ a été engagé en qualité d'inspecteur de la sûreté au service de la police cantonale genevoise. Il a par la suite été nommé successivement par le Conseil d'Etat aux grades d'inspecteur principal adjoint (arrêté du 27 octobre 1999), d'inspecteur principal (arrêté du 23 juillet 2003), de chef de groupe (arrêté du 28 février 2005) et enfin, à partir du 1er juillet 2005, de chef de brigade X._ (arrêté du 9 novembre 2005). Lors d'un entretien le 8 janvier 2009 avec le chef de la police adjoint, le chef de la police judiciaire et un sous-chef d'état-major, il a été informé oralement de sa mutation dès le 1er février suivant au commissariat de police. Il a eu la confirmation de ce transfert à la lecture du bulletin interne de la police judiciaire du lendemain. Selon son nouveau cahier des charges, il travaillerait désormais sous la direction technique d'un juriste et aurait pour tâches principales de rédiger les ordres de mises en détention administrative, de participer aux réunions avec l'Office cantonal genevois de la population, de suivre les cas de mise en détention administrative, de collaborer activement avec la brigade des enquêtes administratives sur ces dossiers et de remplacer le juriste durant ses absences. Il aurait en outre pour tâches secondaires, sous la responsabilité de l'état-major Z._, d'effectuer des enquêtes au sujet des candidats ainsi que des inventaires et des relevés de dossiers. Dans cette nouvelle affectation, il n'avait plus de commandement. Son traitement restait inchangé. Le 22 janvier 2009, T._ s'est plaint auprès de la cheffe de la police de ce que son transfert n'avait fait l'objet d'aucune décision formelle, que ses droits de procédure n'avaient pas été respectés et qu'il se trouverait du fait de ce transfert relégué dans une fonction subalterne. Le 27 janvier 2009, la cheffe de la police a remis à l'avocate de l'intéressé une lettre qu'elle avait adressée à ce dernier le 23 janvier 2009. Cette lettre faisait référence à l'entretien du 8 janvier 2009 et à des dysfonctionnements qui avaient été signalés "à de nombreuses reprises". Elle précisait que la mutation était intervenue en application des dispositions légales applicables à la police et qu'elle ne présentait pas le caractère d'une sanction disciplinaire. B. T._ a formé un recours devant le Tribunal administratif du canton de Genève en concluant à la nullité ou du moins à l'annulation de la décision du 8 janvier 2009. Statuant le 29 septembre 2009, celui-ci a déclaré le recours irrecevable, considérant que le changement d'affectation de l'intéressé était une mesure de gestion interne, dépourvue de caractère disciplinaire, de sorte qu'elle ne constituait pas une décision attaquable. C. T._ exerce un recours constitutionnel subsidiaire, dans lequel il conclut à l'annulation de ce jugement, ainsi qu'au renvoi de la cause au Tribunal administratif genevois. Il sollicite par ailleurs l'octroi de l'effet suspensif à son recours. Le Corps de Police du canton de Genève conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. D. Par ordonnance du 27 janvier 2010, le juge instructeur a rejeté la requête d'effet suspensif.