Faits: A. La Fondation X._ poursuit Y._ pour une créance de 200'456 fr. 90 plus intérêts au titre d'un contrat de prêt daté du 27 février 2004. Y._ a formé opposition totale au commandement de payer qui lui a été notifié le 6 novembre 2007. Le 2 octobre 2008, au bénéfice d'un jugement de mainlevée provisoire, la Fondation X._ a requis de l'office des poursuites de Lausanne-Ouest la continuation de la poursuite en indiquant comme domicile du débiteur une adresse à Renens. Le 3 octobre suivant, l'office précité a informé la Fondation X._ qu'il ne pouvait pas donner suite à sa réquisition au motif que le débiteur ne se trouvait plus à Renens mais avait annoncé son départ pour Genève, au n° 20, rue du A._. Le 16 octobre 2008, la Fondation X._ a sollicité de l'office des poursuites de Genève la continuation de la poursuite à cette nouvelle adresse. Le 15 décembre suivant, l'office a communiqué à la Fondation X._ un procès-verbal de non-lieu de saisie valant acte de défaut de biens. Le 19 janvier 2009, cet office a adressé à la Fondation X._ un nouveau procès-verbal de non-lieu de saisie annulant et remplaçant celui du 15 décembre 2008. Il y indiquait qu'il ne pouvait procéder à une saisie au motif que le débiteur n'habitait pas aux deux adresses indiquées et que son nom ne figurait ni sur les portes ni sur les boîtes aux lettres. Il ressortait des informations obtenues auprès de l'office cantonal de la population qu'il avait quitté la Suisse pour la France le 1er février 2006. B. La créancière a porté plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève contre le procès-verbal du 19 janvier 2009. Elle concluait à son annulation et à ce que l'office procède à toutes mesures d'investigation nécessaires à établir tant le domicile du débiteur que la localisation de ses biens. A titre subsidiaire, elle demandait la notification de l'avis de saisie par voie édictale, respectivement par l'intermédiaire des autorités de la résidence du débiteur, et l'établissement d'un nouveau procès-verbal. La plainte a été rejetée par décision du 25 juin 2009. La Commission de surveillance a estimé que l'office genevois n'était pas compétent ratione loci pour continuer la poursuite. Par conséquent, le procès-verbal du 15 décembre 2008 était nul et pouvait être révoqué, même si le délai légal pour porter plainte contre cet acte avait expiré. C. Contre cette décision, la créancière dépose un recours en matière civile. A titre principal, elle demande l'annulation du procès-verbal de saisie du 19 janvier 2009, à ce qu'il soit ordonné à l'office de saisir tous les biens et revenus du débiteur et, en l'absence de biens et revenus saisissables, à ce que l'office délivre un acte de défaut de biens. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente. La Commission de surveillance et l'office des poursuites de Genève n'ont pas déposé de réponse. Y._ ne l'a pas fait non plus, bien qu'une invitation ad hoc lui ait été notifiée par publication dans la Feuille fédérale du 8 septembre 2009 (FF 2009 p. 5359).