Faits: A. Par acte du 14 novembre 2012, A._ a recouru auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) contre le séquestre de son compte auprès de la Banque X._, ordonné le 15 avril 2011 par le Ministère public de la Confédération (MPC). Elle demandait également la récusation des trois juges compétents "für diesen Komplex". B. Par décision du 20 décembre 2012, la Cour des plaintes a déclaré irrecevable la demande de récusation: celle-ci n'indiquait pas les juges concernés, alors que les différentes causes relatives à cette procédure n'étaient pas systématiquement traitées par les mêmes juges. Le recours a par ailleurs été déclaré irrecevable: l'avocat mandaté par A._ avait requis, le 27 mai 2011, la levée du séquestre en produisant une procuration du 10 mai 2011, de sorte que la recourante avait connaissance de la mesure contestée au plus tard à cette date. Le délai de recours, de dix jours, était largement échu. C. Par acte du 21 décembre 2012, A._ forme un recours ordinaire (subsidiairement un recours constitutionnel) avec une demande d'effet suspensif. Elle demande l'annulation de la décision de la Cour des plaintes, tant en ce qui concerne la récusation que le blocage de son compte, et le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Subsidiairement, elle demande l'annulation de la décision attaquée en tant qu'elle concerne la mesure de séquestre, et le renvoi de la cause au TPF. Le MPC conclut au rejet du recours en tant qu'il est recevable. La recourante a répliqué.