Faits: A. H.Y._ voulait aider financièrement son employée X._ qui s'occupait de lui depuis de nombreuses années. Il a envisagé de lui faire un don, mais ses conseillers l'ont rendu attentif au fait que X._ devrait verser un impôt important en cas de donation, et lui ont recommandé d'accorder un prêt sans intérêt, amortissable à raison de 10'000 fr. annuellement par donation exonérée d'impôt. Le 30 octobre 2003, sur ordre de H.Y._, un montant de 120'000 fr. a été versé à X._. Les déclarations fiscales 2003 et 2004 de H.Y._ et de X._ mentionnent un prêt de 120'000 fr. accordé par le premier à la seconde. H.Y._ est décédé le 31 janvier 2005. Le 1er avril 2005, sa fille et unique héritière F.Y._, par le ministère de l'avocat A._, a mis X._ en demeure de rembourser le montant de 120'000 fr. dans le délai de six semaines. Cette dernière s'est prévalue d'une donation. B. F.Y._ a ouvert action contre X._ devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois. Par jugement du 12 décembre 2007, retenant que feu H.Y._ avait accordé un prêt et non pas fait une donation, la Cour civile a dit que X._ devait payer à F.Y._ la somme de 120'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 mai 2005. Contre cette décision, X._ a interjeté deux recours, l'un en nullité cantonal auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois pour arbitraire dans la constatation des faits et violation de règles essentielles de la procédure, l'autre en matière civile auprès du Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu à ce que la demande de F.Y._ soit rejetée et à ce qu'il soit constaté qu'elle n'est pas débitrice du montant de 120'000 fr., sous suite de frais et dépens. Par ordonnance du 20 octobre 2008, le Président de la cours de céans a suspendu la procédure de recours fédéral jusqu'à droit connu sur le recours en nullité cantonal. Le recours en nullité cantonal a été rejeté par arrêt de la Chambre des recours du 19 janvier 2009. Contre cette décision, X._ (la recourante) a interjeté un second recours en matière civile au Tribunal fédéral, dans lequel elle a conclu principalement à l'annulation des deux décisions des 12 décembre 2007 et 19 janvier 2009 et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale, subsidiairement au rejet de la demande et à la constatation qu'elle n'est pas débitrice du montant de 120'000 fr., avec suite de frais et dépens. Elle a également demandé l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 28 mai 2009. F.Y._ (l'intimée) a proposé le rejet des deux recours, sous suite de frais et dépens.