Faits: A. C._ s'est inscrit auprès de l'Office cantonal de placement de Genève (ORP) le 2 septembre 2011. Un délai-cadre d'indemnisation a été ouvert en sa faveur dès cette date. Par décision du 12 décembre 2011, l'ORP a sanctionné l'assuré pour recherches d'emploi nulles durant le mois de novembre 2011 et prononcé une suspension du droit à l'indemnité de 9 jours. Le 13 février 2012, C._ s'est opposé à cette décision. Par décision du 11 avril 2012, l'Office cantonal de l'emploi (OCE) a déclaré l'opposition irrecevable pour cause de tardiveté. B. C._ a recouru contre cette décision devant la Cour de justice de la République et canton de Genève, Cour des assurances sociales, en demandant l'annulation de la sanction ou au moins la réduction de celle-ci à un jour de suspension. Il faisait valoir qu'il avait fait des recherches d'emploi en nombre suffisant, mais qu'il ne les avait pas transmises en raison de sa maladie. Statuant par jugement du 22 août 2012, la juridiction cantonale a déclaré le recours irrecevable faute de motivation topique. C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation avec, à titre principal, la levée de la sanction. A titre subsidiaire, il requiert le prononcé d'une sanction d'un jour de suspension du droit à l'indemnité. A titre très subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision, le tout sous suite de frais et dépens. Par ailleurs, il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.