Faits: A. Depuis 1987, X._ a travaillé en qualité de boursière communale non permanente à la Municipalité de la Commune Z._ (ci-après: la Commune), en vertu d'un contrat de travail conclu les 11/19 mai 1987. Son taux d'activité a été fixé à 60% jusqu'au printemps 2000. Au moment de son engagement, X._ n'avait pas l'obligation de tenir un horaire particulier, sous réserve de quelques heures de réception. Jusqu'au milieu des années 1990, le travail fourni par X._ a donné satisfaction et les comptes communaux étaient bien tenus. Parallèlement à son activité de boursière, X._ a travaillé au service de la banque A._, jusqu'à la fusion de cette banque avec la banque B._ (ci-après : B._). A une époque, son taux d'activité à B._ était de 80 ou 90%. A compter du 1er septembre 1997, il a été ramené à 50%. En 1994, la Commune s'est dotée d'un statut particulier pour le personnel communal, qui a été remis à X._ le 16 décembre 1994. Selon l'art. 6 de ce statut, la Municipalité pouvait en tout temps licencier l'employée pour de justes motifs, en l'avisant trois mois à l'avance au moins si la nature des motifs ou de la fonction n'exigeait pas un départ immédiat. Constituaient des justes motifs notamment l'incapacité ou l'insuffisance, ainsi que l'empêchement durable d'exercer ses fonctions. A partir de l'exercice 1995, le Préfet du district de ... a formé diverses réserves et remarques au sujet des comptes tenus par X._. Des procès-verbaux des séances des années 1996 à 2001, il ressort que la Municipalité a dû très fréquemment discuter de X._. Lors de sa séance du 26 janvier 1998, la Municipalité a eu un entretien avec X._ et lui a indiqué qu'elle devait effectuer ses heures de travail, soit 4,5 heures par jour représentant un 60%, au bureau communal. Instruction lui a également été donnée de marquer ses heures. Dès ce moment, X._ est devenue plus stressée et pressée. Des problèmes sont survenus avec ses heures de présence au bureau communal, qui ne correspondaient pas à son taux d'activité. Le 10 février 1998, la Municipalité a écrit à X._ en lui demandant de fournir un effort pour améliorer l'ambiance, le climat et la collaboration au sein du bureau communal. Par courrier du 7 avril 1998, X._ a été informée du fait que, lors de la séance du 23 février 1998, il avait été décidé de ne pas lui accorder d'augmentation de salaire. La même décision a été prise à l'égard de la secrétaire communale. La Municipalité priait X._ d'améliorer la qualité de son travail et de développer un climat positif, en précisant qu'il ne s'agissait pas de reproches, mais de moyens en vue d'améliorer la situation. Un délai de trois mois lui était imparti pour qu'elle tienne compte de ces remarques, étant précisé qu'à son échéance, la Municipalité se prononcerait sur l'ensemble et, le cas échéant, sur la cessation du contrat de travail. Un nouveau contrat "de droit privé" a été présenté à X._ à compter du 1er janvier 1999. L'employée n'a pas accepté de le signer. Ce contrat prévoyait un salaire annuel de 41'730 fr. brut, y compris le 13ème salaire et les vacances. Le 13 mars 2000, le contrat de travail à temps partiel qui liait X._ à B._ a été résilié pour le 30 septembre 2000 (délai prolongé au 30 avril 2001), au motif que les prestations de l'employée n'était pas celles qui étaient attendues. Dès son licenciement, l'employée a été libérée de son obligation de travailler, afin qu'elle puisse se consacrer à la recherche d'un nouvel emploi. Au début de l'année 2000, la Municipalité a constaté que X._, censée travailler 22,5 heures/semaines, a exercé son activité, les semaines où un contrôle a été effectué, seulement entre 6 et 12 heures/semaines. Elle est arrivée à la conclusion que le taux d'activité de la boursière communale était trop élevé, sans qu'il y ait eu une diminution de sa charge de travail au fil des années (son cahier des charges ayant au contraire augmenté avec le temps), excepté s'agissant des écoles. Lors de sa séance du 22 mars 2000, la Municipalité a convenu d'un projet de contrat prévoyant une réduction du temps de travail de X._ à 40%, avec un salaire forfaitaire annuel de 30'000 fr. brut, y compris le 13ème salaire et les vacances. Elle a décidé de convoquer X._ pour le lundi 27 mars 2000, de lui donner un délai au mercredi 29 mars 2000 pour lui retourner le contrat et, si l'employée ne devait pas entrer en matière, de résilier son contrat. Le 27 mars 2000, le Syndic a informé X._ des décisions prises par la Municipalité à son égard et lui a remis un projet de "contrat de droit privé pour boursière non permanente", accompagné d'un cahier des charges plus important que le précédent, pour un taux d'activité de 40% et un salaire annuel brut de 30'000 fr. Ce projet indiquait, comme début de l'engagement, le 1er juillet 1987 et prévoyait qu'il remplaçait le contrat signé le 11 mai 1987. X._ s'est vu impartir un délai au 3 avril 2000 pour signer ou refuser ce nouveau contrat de travail. A la demande de X._, la Municipalité a prolongé ce délai au 10 avril 2000, en précisant qu'à défaut de réponse dans ce délai, elle "considérera avec regret que Mme X._ renonce à poursuivre son activité aux nouvelles conditions présentées et se verra dans l'obligation de dénoncer le contrat actuellement en vigueur". Après avoir formulé une contre-proposition sur laquelle la Municipalité n'est pas entrée en matière, X._ a refusé de souscrire au projet de contrat de travail qui lui avait été soumis. X._ est tombée malade dès le 19 avril 2000 et a été totalement incapable de travailler jusqu'au 31 mars 2001, sauf durant la période du 9 septembre au 12 octobre 2000, où sa capacité de travail a été de 50%. Le 9 septembre 2000, X._ s'est rendue à son poste de travail, mais elle est repartie, après avoir été informée que ses services étaient inutiles, étant donné que les travaux relatifs à l'installation d'un nouveau programme informatique et la remise à jour du plan comptable n'étaient pas terminés. Par lettre du 13 septembre 2000, le Syndic et la Vice-Syndic ont confirmé à X._ qu'elle était mise en congé jusqu'à nouvel avis en raison de travaux informatiques. Le 23 novembre 2000, la Municipalité a convoqué X._ pour un entretien au cours duquel elle lui a signifié sa volonté de la licencier. Les motifs invoqués portaient d'une part sur la longue incapacité de travail de l'employée et sur des justes motifs. Il lui a notamment été reproché de ne pas respecter les heures de travail au bureau communal, celles-ci étant inférieures à 4,5 heures par jour, et des erreurs dans le bouclement des comptes. Ces griefs ont été repris dans une lettre du 20 décembre 2000, dans laquelle la Municipalité confirmait à X._ qu'elle la licenciait pour justes motifs, la décision étant effective le 31 mars 2001, en application des statuts du personnel communal. L'employée était également informée qu'à supposer qu'elle recouvre une capacité de travail, complète ou partielle, elle était dispensée de se présenter au travail. B. B.a X._ a contesté son licenciement en recourant au Tribunal administratif vaudois contre la décision de la Municipalité du 20 décembre 2000. Par arrêt du 3 avril 2001, cette autorité a décliné sa compétence, considérant que X._ était au bénéfice d'un contrat de travail relevant du droit privé. Il a invité l'employée licenciée à ouvrir action devant l'autorité civile compétente. Le 19 juin 2001, la Caisse C._ a reconnu que X._ était définitivement invalide à 100 % dès le 1er avril 2001 et lui a alloué une rente. Son invalidité a également été reconnue, le 5 décembre 2002, par l'Office cantonal de l'assurance-invalidité, qui lui a octroyé une rente entière dès le 1er avril 2001. Par lettre du 31 août 2001, X._ a réclamé à la Commune un montant global de 200'000 fr. Elle a fait valoir que son invalidité et son incapacité totale de travailler provenaient du mobbing et du licenciement dont elle avait été victime de la part de la Municipalité, ce qui entraînait une perte de gain évaluée à 170'000 fr. Elle a également requis une indemnité de six mois de salaire représentant 21'500 fr. pour licenciement abusif. La Municipalité a contesté l'accusation de mobbing. B.b Par demande du 26 septembre 2001, X._ a assigné la Commune auprès des autorités judiciaires civiles vaudoises, en concluant à ce que celle-ci soit reconnue sa débitrice d'un montant de 200'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er octobre 2001. En cours de procès, une experte judiciaire en la personne de la doctoresse F._, spécialiste FMH en médecine interne, a été désignée. Dans son rapport du 25 juin 2003, l'experte a conclu que l'invalidité de X._ était due à l'apparition d'un état dépressif sévère, conséquence d'un processus de harcèlement psychologique subi de la part de ses deux employeurs. Un rapport d'expertise complémentaire a été déposé le 15 décembre 2003, dans lequel l'experte a confirmé que c'était bien la détérioration des relations de travail et le harcèlement psychologique qui seraient la cause de la dépression grave de X._. Elle a également indiqué qu'elle s'était prononcée, conformément à sa mission, uniquement sur des actes de harcèlement dans le cadre du travail de X._ auprès de la Municipalité, mais qu'elle ne voyait pas de raison de douter des conclusions de ses confrères, qui avaient conclu à du mobbing de la part de B._. Par jugement du 9 décembre 2004, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'intégralité des conclusions formées par X._. Se prononçant au sujet de la résiliation, les juges ont considéré que la demanderesse n'avait pas démontré que son licenciement serait abusif et qu'au surplus, l'incapacité de travail prolongée constituait un motif de licenciement au sens de l'art. 6 du statut, de sorte que la décision de licencier X._ pour cette raison était justifiée. En ce qui concerne la demande de dommages-intérêts reposant sur des actes de mobbing, la cour cantonale a relevé que les comportements répétitifs imputables à la Commune qui ressortaient de l'expertise pourraient, s'ils étaient établis, être constitutifs de mobbing, mais qu'ils n'avaient pas à être pris en compte, car ils résultaient des seules déclarations de X._, qui n'avaient jamais été alléguées ni prouvées. Au demeurant, même si l'existence d'actes constitutifs de harcèlement psychologique devait être admise, la cour a estimé que X._ n'aurait pas suffisamment établi le lien de causalité avec son invalidité, dès lors qu'il était impossible de déterminer si la Commune était seule responsable de l'invalidité de son ancienne employée ou si elle devait partager cette responsabilité avec B._ et, le cas échéant, dans quelle proportion. X._ a déposé un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois à l'encontre du jugement du 9 décembre 2004. Par arrêt du 4 novembre 2005, la Chambre des recours a maintenu le jugement attaqué. B.c Parallèlement au recours en nullité déposé sur le plan cantonal, X._ a interjeté un recours en réforme au Tribunal fédéral contre le jugement du 9 décembre 2004. Elle a également formé un recours de droit public à l'encontre de l'arrêt de la Chambre des recours du 4 novembre 2005. Par arrêt du 21 février 2006, le Tribunal fédéral a admis le recours de droit public et annulé l'arrêt attaqué. Il a jugé que la Chambre des recours avait appliqué arbitrairement le droit cantonal et que si les juges précédents éprouvaient des doutes au sujet des conclusions de l'expertise, il leur appartenait d'ordonner des preuves complémentaires pour dissiper leurs hésitations (procédure 4P.329/2005). Le même jour, statuant sur le recours en réforme, le Tribunal fédéral a annulé le jugement de la Cour civile et lui a renvoyé la cause. Il a jugé qu'il n'était pas exclu que le congé donné en raison de l'incapacité de travail de X._ constitue un licenciement abusif au sens de l'art. 336 al. 1 let. d CO, si les juges arrivaient à la conclusion, après investigations complémentaires, que l'ancienne boursière avait été victime de mobbing à l'origine de l'atteinte à sa santé durant son activité auprès de la Commune. Le Tribunal fédéral a également considéré que la situation évoquée par la Cour civile ne relevait pas de la causalité, mais du concours de responsabilité, puisqu'elle envisagent l'hypothèse dans laquelle le préjudice subi serait causé par plusieurs personnes. Il a jugé que, si le mobbing était établi, la Commune ne pouvait alors, dans les rapports externes, opposer le fait qu'un tiers répond également du même dommage (procédure 4C.201/2005). B.d Après réforme, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a entrepris une instruction complémentaire; elle a entendu six témoins, requis une expertise comptable pour déterminer le préjudice de l'employée et mandaté un expert en la personne du docteur H._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie. Dans son rapport du 23 juillet 2008, l'expert partage l'affirmation de la première experte, selon laquelle la personnalité de la recourante ne présentait pas d'état pathologique invalidant avant la détérioration des rapports de travail. Revenant sur l'expertise effectuée par la dresse F._, il a par contre affirmé qu'"un complément d'enquête et des preuves complémentaires - demandées par le Tribunal fédéral et nécessaires, à [son] avis - prouveront si oui ou non le harcèlement psychologique a été réel ou pas". Par jugement du 27 février 2009, la Cour civile a rejeté les conclusions formées par la recourante. Constatant qu'il résultait des propos de l'expert H._ que l'expertise F._ et les opinions des médecins traitants ayant examiné la recourante ne suffisaient pas à faire la preuve de l'existence d'actes de harcèlement, l'autorité cantonale a apprécié les faits relevés dans l'expertise F._ à la lumière des preuves apportées dans le cadre de l'instruction complémentaire. La Cour civile a alors établi que la recourante n'avait pas été insensiblement mise à l'écart et que les quelques actes retenus, qui pourraient être considérés comme visant à isoler la recourante, ne représentaient pas des indices suffisants pour établir le mobbing. Niant l'existence d'un harcèlement psychologique, la Cour civile a écarté la violation de l'art. 328 CO et jugé qu'en conséquence le licenciement n'était pas abusif. C. X._ a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement de la Cour civile du 27 février 2009. Elle a conclu, principalement, à sa réforme en ce sens que la Commune soit condamnée à lui payer la somme de 220'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2004 et sur 100'000 fr. dès le 1er janvier 2007 pour le solde. La recourante invoque la violation des art. 328 et 336 CO. Parallèlement, la recourante a interjeté un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, qui l'a rejeté par arrêt du 21 octobre 2009. Elle a alors formé un recours complémentaire en matière civile au Tribunal fédéral, reprenant, à titre principal, les conclusions déjà formulées dans son premier recours et concluant, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. La recourante reproche en particulier à la Chambre des recours d'avoir violé l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des témoignages. Dans sa réponse, l'intimée conclut au rejet des conclusions prises contre elle par la recourante.