Faits: A. Le Ministère public de la Confédération (MPC) mène parallèlement plusieurs enquêtes pénales contre X._, A._, B._ et autres pour blanchiment d'argent et diverses infractions de faux notamment. X._ (administrateur et actionnaire de la fiduciaire Y._ AG) est en particulier soupçonné d'avoir prêté son concours pour blanchir, à hauteur de 50 millions de dollars, des fonds provenant d'escroqueries commises aux Etats-Unis pour un montant de 300 millions de dollars. Les 25 et 26 avril 2013, après deux demandes de production de pièces restées sans réponse, le MPC a procédé à une perquisition dans les bureaux de Y._ AG. De nombreux documents et données informatiques ont été saisis. A la demande des personnes présentes, dont X._, les documents ont été placés sous scellés. B. Le 10 mai 2013, le MPC a requis la levée des scellés auprès du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (Tmc). Par ordonnance du 3 septembre 2013, celui-ci a autorisé la levée des scellés, exception faite pour la correspondance écrite avec des avocats dont la restitution à Y._ AG a été ordonnée. Les pièces, saisies en fonction de leur rattachement avec les sociétés et les personnes impliquées, présentaient une utilité potentielle pour les enquêtes en cours; la complexité de la cause justifiait, dans un premier temps en tout cas, une saisie élargie. La correspondance sur papier avec des avocats était soumise au secret professionnel. En revanche, ni X._, ni Y._ AG n'avaient indiqué quelles données informatiques seraient soumises à un tel secret. C. X._ forme un recours en matière pénale contre cette ordonnance. Il en demande la réforme en ce sens que la demande de levée des scellés est rejetée; subsidiairement, il demande la désignation d'un expert neutre afin d'extraire les données informatiques soumises au secret professionnel, selon des critères à préciser. Le recourant demande l'assistance judiciaire. Le Tmc se réfère à son ordonnance. Y._ AG - qui a également recouru contre la même ordonnance - appuie le recours. Le MPC conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. Au terme de leurs observations complémentaires, le recourant et Y._ AG persistent dans leurs motifs et leurs conclusions.