Faits: A. N._, est affiliée à la caisse-maladie La Caisse Vaudoise (ci-après: la caisse) notamment pour l'assurance-obligatoire des soins. Par lettre du 13 mai 2007, elle a requis de la caisse la prise en charge d'une intervention de reconstruction du sein gauche après mastectomie selon la méthode « Diep », à laquelle elle envisageait de se soumettre auprès de l'établissement X._, à T._, où opérait le docteur B._. D'après celui-ci, l'intervention préconisée était médicalement indiquée (rapport du 3 mai 2007). En réponse, la caisse a informé l'assurée que X._ n'était pas un établissement reconnu au sens de la LAMal, de sorte qu'aucune prestation ne pouvait être allouée lors d'un séjour dans cette clinique (courriel et lettre des 3 et 12 septembre 2007). Priée par l'assurée de revoir sa position, la caisse a, par décision du 16 octobre 2007 confirmée par opposition le 30 janvier 2008, refusé la prise en charge sollicitée. Entre-temps, N._ a séjourné à l'établissement X._ du 3 au 9 décembre 2007, où elle a été opérée par le docteur B._. Elle a par ailleurs informé la caisse qu'elle comptait poursuivre le traitement auprès de ce médecin à la clinique Z._, à C._, où il allait désormais exercer (courrier du 8 janvier 2008). B. Saisi d'un recours formé par N._ contre la décision sur opposition de la caisse, le Tribunal cantonal, Cour des assurances sociales, du canton de Vaud l'a rejeté par jugement du 26 mars 2009. En substance, il a retenu que le traitement litigieux avait été dispensé dans un établissement qui ne faisait pas partie de la planification hospitalière établie par le canton de Vaud, de sorte qu'il ne pouvait être pris en charge. De plus, il existait un autre traitement approprié (méthode « Tram ») que celui choisi par l'assurée et qui était disponible dans divers établissements reconnus « à charge de l'assurance obligatoire des soins », de sorte qu'il n'y avait pas lieu de l'écarter au profit de la méthode « Diep », pratiquée à l'établissement X._. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, N._ demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement cantonal et, en substance, de reconnaître son droit à la prise en charge par la caisse du traitement suivi en décembre 2007. La caisse conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique n'a pas déposé d'observations.