Faits: A. Y._ a ouvert action contre X._ devant le Juge des districts d'Hérens et Conthey, en vue d'obtenir le paiement de 407'784 fr. pour violation d'une convention d'actionnaires. Le défendeur a requis le juge de faire application de l'art. 125 CPC et de limiter la procédure à la question de la légitimation active et au fait que le litige était sans objet, ensuite d'une convention pour solde de tout compte. A l'issue de l'échange d'écritures sur ces deux objets, le défendeur a demandé la tenue de débats d'instruction au sens de l'art. 226 CPC, l'audition de deux témoins et l'interrogatoire des parties, estimant que la procédure ordinaire était obligatoire. Par décision du 12 novembre 2012, le juge de district a constaté que la "procédure sommaire dite atypique" pouvait s'appliquer à une "procédure incidentelle" (cf. art. 237 CPC). En conséquence, il a exclu la tenue de débats d'instruction; il a en outre refusé d'entendre les deux témoins proposés au motif qu'une telle mesure était inutile. B. Par mémoire du 23 novembre 2012, le défendeur a interjeté un recours stricto sensu contre cette décision, concluant à son annulation. Le 20 décembre 2012, le Juge de la Chambre civile du Tribunal cantonal valaisan a déclaré le recours irrecevable faute de risque d'un préjudice difficilement réparable (art. 319 let. b ch. 2 CPC). C. Le défendeur (recourant) interjette un recours en matière civile. Il conclut à ce que la nullité des décisions des 12 novembre et 20 décembre 2012 soit constatée, subsidiairement à ce que la décision du 20 décembre 2012 soit annulée, et à ce qu'il soit dit que la procédure ordinaire s'applique; il demande en outre l'effet suspensif. Le demandeur (intimé) conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet; il s'oppose à l'octroi de l'effet suspensif. Le recourant confirme ses conclusions dans des observations complémentaires. L'autorité précédente se réfère à sa décision.