Faits: A. Par arrêté du 14 mars 2012, publié dans la Feuille d'avis officielle du 16 mars 2012, le Conseil d'Etat du canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat) a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire cantonale intitulée "Pas de cadeaux aux multinationales. Initiative pour la suppression des allégements fiscaux" (ci-après: l'initiative ou l'IN 150). Cette initiative législative rédigée vise la suppression des allégements fiscaux accordés aux personnes morales au moyen de l'abrogation de l'art. 10 de la loi cantonale sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM; RSG D 3 15) et de l'introduction d'un art. 45B dont la teneur est la suivante: L'abrogation de l'article 10 déploie ses effets dès la période fiscale qui suit la votation populaire. Toutes les conventions fondées sur l'article abrogé sont caduques et cessent de déployer un quelconque effet à la fin de la période fiscale au cours de laquelle la votation populaire a eu lieu. L'exposé des motifs à l'appui de l'initiative litigieuse fustige la concurrence déloyale entre les entreprises genevoises et les multinationales implantées à Genève, lesquelles ne sont taxées qu'à hauteur de 11.65 % contre 24.3 % pour les entreprises suisses, et bénéficient en plus d'allégements fiscaux. Il dénonce le fait que la plupart des multinationales viennent avec leurs propres employés, qu'elles ne créent que très peu d'emplois locaux et qu'elles accaparent des logements au prix fort pour leurs employés, ce qui a encore pour effet d'augmenter les prix de l'immobilier. Il critique aussi l'opacité de la manière dont les allégements fiscaux sont octroyés. B. Dans son rapport du 15 juin 2012 au Grand Conseil du canton de Genève (ci-après: le Grand Conseil), le Conseil d'Etat a considéré que l'abrogation de l'art. 10 LIPM était conforme au droit supérieur, mais que l'art. 45B LIPM violait l'interdiction de l'effet rétroactif en matière fiscale. Il a conclu à l'invalidation partielle de l'initiative. Par décision du 16 novembre 2012, publiée dans la Feuille d'avis officielle le 23 novembre 2012, le Grand Conseil a déclaré invalide l'IN 150 pour non-conformité au droit supérieur, suivant l'avis de sa Commission législative. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._, C._, D._ et E._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision du 16 novembre 2012 et de constater la validité de l'initiative. Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Les recourants ont répliqué. Le Grand Conseil a dupliqué par courrier du 13 mai 2013 et les recourants ont déposé de nouvelles observations le 17 juin 2013.