Faits: A. Par ordonnance du 10 avril 2013, le Ministère public du canton de Vaud a classé la procédure instruite sur plainte de X._ pour lésions corporelles simples et abus d'autorité. B. Statuant sur le recours interjeté par X._, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 29 avril 2013. En bref, la cour cantonale a retenu les faits suivants. Le 10 janvier 2010, la police lausannoise est intervenue, sur mandat du Ministère public de l'arrondissement de Lausanne, dans un immeuble occupé par des squatters, à l'avenue Y._, à Lausanne. L'ordre de mission portait sur une perquisition des locaux et sur la notification de plusieurs mandats de comparution à des occupants présumés des lieux. Les occupants des lieux ont refusé aux inspecteurs l'accès aux locaux en érigeant des barricades aux deux entrées du bâtiment, notamment au moyen de meubles, de palettes CFF et de matelas. Les inspecteurs ont dès lors fait appel au groupe d'intervention pour investir les lieux et procéder aux actes requis par le magistrat instructeur. Une fois entrés dans l'immeuble, les policiers ont été entravés dans leur progression par certains des occupants qui ont jeté des objets divers dans leur direction. X._ se trouvait alors dans une chambre située à l'étage supérieur, juchée sur une mezzanine aménagée en hauteur. Devant son refus de descendre malgré plusieurs injonctions verbales, deux policiers se sont saisis de sa personne et l'ont acheminée hors du bâtiment. Après avoir été menottée, elle a été conduite vers un véhicule banalisé de la police. Elle a toutefois refusé d'y monter en gesticulant et a dû y être placée de force, sur la banquette arrière, par quatre policiers. Durant l'intervention, elle a donné plusieurs coups de pied et de jambe, l'un atteignant l'un des policiers au visage, brisant ses lunettes médicales, d'autres en direction du conducteur. L'un des policiers a dû utiliser son bâton tactique faisant appel à la méthode des points de compression; un autre a dû lui donner des coups aux cuisses et aux jambes pour la maîtriser. Une fois à l'intérieur du véhicule, X._ a continué à se débattre et à cracher sur les policiers qui ont dû lui maintenir les membres inférieurs durant le trajet, effectué en urgence, jusqu'à l'Hôtel de police. Une fois sur place, X._ a été prise en charge par deux autres agents et placée en cellule de maintien en attendant son audition. Son alcoolémie s'élevait alors à 1,6 g o/oo. Elle a été entendue par les policiers et a refusé, dans une large mesure, de répondre à leurs questions, avant de quitter l'Hôtel de police vers 15h30. Elle a consulté l'Unité de médecine des violences du CHUV (ci-après : UMV) qui a établi un cahier photographique et un rapport dont il ressort qu'elle a présenté de nombreuses ecchymoses et des griffures sur diverses parties du corps, notamment les bras et les jambes. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de l'arrêt entrepris et de l'ordonnance de classement du 10 avril 2013 et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle procède aux mises en accusation des policiers concernés, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale supérieure pour nouvelle décision. Elle requiert par ailleurs l'assistance judiciaire. Invités à déposer des observations sur le recours, la cour cantonale et le Ministère public y ont renoncé se référant aux considérants de l'arrêt attaqué.