Faits: A. Y._ SA et Z._ SA, formant ensemble la société X._, sont copropriétaires de la parcelle 6707, feuille 10, à l'adresse route de K._ sur la commune de L._. Cette parcelle, en zone de développement 4A, est incluse dans le périmètre du plan localisé de quartier n° 28295-541 (ci-après: le PLQ) adopté par le Conseil d'Etat le 26 juin 1991, qui y prévoit la construction de quatre immeubles administratifs. Le plan directeur communal, adopté le 28 février 2007, prévoit des activités secondaires et tertiaires dans le périmètre de la parcelle en cause. Le 17 juillet 2002, le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement, devenu entre temps le Département des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le DCTI), a délivré aux propriétaires de la parcelle précitée une autorisation de construire quatre immeubles administratifs et un garage souterrain de 278 places réparties sur deux niveaux. Cette autorisation a été prolongée à plusieurs reprises, la dernière fois jusqu'au 23 novembre 2009. B. Le 17 octobre 2005, le Conseiller d'Etat en charge du département a informé le conseil administratif de la commune de L._ que les constructeurs envisageaient de remplacer les quatre bâtiments administratifs prévus par des immeubles de logements. Une telle modification nécessitant une révision du PLQ, il souhaitait connaître sa position avant d'entreprendre la procédure ad hoc. La commune, regrettant que des places de travail ne puissent pas être créées, a donné son accord de principe à un changement d'affectation le 31 octobre 2005. Le 20 janvier 2006, la direction de l'aménagement du territoire a invité les propriétaires à déposer une demande de renseignements en vue de l'élaboration d'une modification partielle du PLQ en vigueur. Ceux-ci ont indiqué à la commune le 16 août 2006 que, dans la mesure où les bâtiments de logements restaient à l'intérieur du gabarit prévu par le PLQ et compte tenu de l'appui de la commune et l'accord du président du département, les services de ce dernier considéraient la modification du PLQ comme mineure. La commune a répondu le 4 septembre 2006 qu'elle doutait qu'une telle modification du PLQ puisse être qualifiée de mineure. Un abondant échange de correspondance s'en est suivi entre les propriétaires de la parcelle en cause, la commune et le DCTI. C. Le 5 octobre 2007, Y._ SA et Z._ SA ont déposé une demande complémentaire d'autorisation de construire portant sur la construction de quatre immeubles de logements sur la parcelle 6707. Le nouveau projet différait de celui initialement autorisé sur les points suivants: changement d'affectation d'immeubles administratifs en immeubles de logements, modification de l'implantation, suppression d'un niveau de sous-sol et diminution des places de stationnement ainsi que modification des façades comportant notamment la création de balcons sur les façades est. Faisant suite au dépôt de cette demande complémentaire, les préavis suivants ont été formulés: Le 15 novembre 2007, la commune a émis un préavis défavorable, soulignant que le projet ne correspondait ni à l'affectation de la zone, ni à l'implantation prévue par le PLQ et qu'il était incompréhensible que la demande d'autorisation de construire n'ait pas été précédée par la procédure de mise à l'enquête publique d'une modification du PLQ. Le 28 novembre 2007, le service de la planification des eaux a émis un préavis favorable sous conditions. Le 11 décembre 2007, le service cantonal de l'énergie a émis un préavis favorable. Le 13 février 2008, la direction de l'aménagement du territoire a émis un préavis défavorable au motif que la requête n'était conforme ni à la zone de développement 4A destinée à des activités commerciales et administratives adoptée par le Grand Conseil le 16 décembre 1988, ni aux dispositions fixées dans le PLQ en vigueur. De plus, le plan directeur communal approuvé par le Conseil d'Etat le 28 février 2007 prévoyait des activités secondaires et tertiaires sur ces terrains. Le 14 février 2008, la police du feu a émis un préavis favorable. Le 24 juin 2008, la commission d'architecture a émis un préavis défavorable relevant que l'image du PLQ à l'origine du projet n'était pas appropriée à la construction de logements, notamment du fait qu'il y avait plusieurs bâtiments d'angle dont deux mal implantés qui généraient une habitabilité médiocre. De plus, il y avait des situations de proximité entre les bâtiments susceptibles de provoquer des conflits de voisinage. Elle n'était pas opposée au principe d'implanter du logement à cet endroit; toutefois, pour tenir compte des particularités du lieu et notamment de la situation très exposée aux nuisances sonores dues à la proximité de la route de Suisse et du lac ainsi que des dégagements visuels possibles, elle préconisait de jouer sur la mixité des affectations. Le 21 juillet 2008, la direction du logement a émis un préavis favorable sous réserve. D. Le 14 octobre 2008, le DCTI a délivré l'autorisation sollicitée, admettant ainsi le changement d'affectation d'immeubles administratifs en immeubles de logements, la suppression d'un sous-sol et la diminution du nombre de places de stationnement au sous-sol. A._ et consorts ainsi que que F. et G._ et H._ ont recouru contre cette décision auprès de la commission cantonale de recours en matière administrative, devenue depuis le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance, qui, par jugement du 28 janvier 2011, a admis les recours; malgré l'intérêt public à la construction de logements sur le canton de Genève, le DCTI ne pouvait, en se prévalant de cet intérêt, autoriser un projet de construction consacrant une modification essentielle du PLQ. Y._ SA et Z._ SA ont interjeté recours devant la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre administrative). Par arrêt du 30 août 2011, la Chambre administrative a rejeté le recours, considérant en substance que le changement de destination des bâtiments constituait un changement fondamental du PLQ. Les constructions projetées ne pouvaient ainsi être autorisées qu'après une modification du PLQ. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Y._ SA et Z._ SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 30 août 2011 de la Chambre administrative et de rétablir l'autorisation de construire du 14 octobre 2008. Les sociétés recourantes se plaignent pour l'essentiel d'une application arbitraire du droit cantonal.