Faits : A. Après l'invasion du Koweit par l'Irak le 2 août 1990, le Conseil de sécurité des Nations Unies (ci-après: le Conseil de sécurité ou le Conseil) a adopté les résolutions 661(1990) du 6 août 1990 et 670(1990) du 25 septembre 1990 invitant les Etats Membres et non Membres de l'Organisation des Nations Unies à établir un embargo général à l'encontre de l'Irak et des ressources koweitiennes susceptibles d'être confisquées par l'occupant (paragraphes 3, 4 et 5) ainsi qu'un embargo sur les transports aériens. Le 22 mai 2003, le Conseil de sécurité des Nations Unies a adopté la résolution 1483(2003), abrogeant notamment la résolution 661(1990). Le paragraphe 23 de la résolution 1483(2003) a la teneur suivante: "Le Conseil de sécurité... Décide que tous les Etats Membres où se trouvent : a) Des fonds ou d'autres avoirs financiers ou ressources économiques du Gouvernement irakien précédent ou d'organes, entreprises ou institutions publiques qui avaient quitté l'Irak à la date d'adoption de la présente résolution, ou b) Des fonds ou d'autres avoirs financiers ou ressources économiques sortis d'Irak ou acquis par Saddam Hussein ou d'autres hauts responsables de l'ancien régime irakien ou des membres de leur famille proche, y compris les entités appartenant à ces personnes ou à d'autres personnes agissant en leur nom ou selon leurs instructions, ou se trouvant sous leur contrôle direct ou indirect, sont tenus de geler sans retard ces fonds ou autres avoirs financiers ou ressources économiques et, à moins que ces fonds ou autres avoirs financiers ou ressources économiques n'aient fait l'objet d'une mesure ou d'une décision judiciaire, administrative ou arbitrale, de les faire immédiatement transférer au Fonds de développement pour l'Irak, étant entendu que, sauf si elles ont été soumises autrement, les demandes présentées par des particuliers ou des entités non gouvernementales concernant ces fonds ou autres avoirs financiers transférés, peuvent être soumises au gouvernement représentatif de l'Irak, reconnu par la communauté internationale; et décide en outre que les privilèges, immunités et protections prévus au paragraphe 22 s'appliqueront aussi à ces fonds, autres avoirs financiers ou ressources économiques." Le 24 novembre 2003, un Comité des sanctions (ci-après: le Comité des sanctions 1518), créé par la Résolution 1518(2003) du Conseil de sécurité et comprenant tous les membres du Conseil, a été chargé de recenser les hauts responsables de l'ancien régime irakien et les membres de leur famille proche, ainsi que les entités appartenant à ces personnes ou à d'autres personnes agissant en leur nom, ou se trouvant sous leur contrôle, conformément au paragraphe 23 de la résolution 1483(2003). A cette fin, le Comité tient à jour les listes de personnes et entités déjà recensées par l'ancien Comité des sanctions créé par la résolution 661(1990) adoptée durant le conflit armé opposant l'Irak et le Koweit. Le 26 avril 2004, le Comité des sanctions a porté la société A._ (ci-après: la Société ou l'intéressée), dont le siège est à X._, sur la liste des entités (cf. n° ...), expliquant en substance que D._, qui avait la responsabilité de ... des services secrets irakiens, en était le directeur. Le 19 décembre 2006, le Conseil de sécurité a adopté la résolution 1730(2006) mettant sur pied une procédure de radiation dans le but d'assurer des procédures équitables et claires pour l'inscription et la radiation de personnes et d'entités sur les listes, notamment du Comité des sanctions 1518, ainsi que pour l'octroi d'exemptions pour raisons humanitaires. B. Le 7 août 1990, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance instituant des mesures économiques envers la République d'Irak (ci-après: ordonnance sur l'Irak, OIrak; RS 946.206; RO 1990 1316). Cette ordonnance a été modifiée à de nombreuses reprises, notamment le 30 octobre 2002, afin de tenir compte de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 22 mars 2002 sur l'application des sanctions internationales (loi sur les embargos, LEmb; RS 946.231; en vigueur depuis le 1er janvier 2003), et le 28 mai 2003 (RO 2003 1887), afin de tenir compte de la résolution 1483(2003). L'article 2 OIrak prévoit en substance le gel des avoirs et ressources économiques de l'ancien gouvernement irakien, de hauts responsables de l'ancien gouvernement et d'entreprises ou de corporations elles-mêmes contrôlées ou gérées par ceux-ci. Le Département fédéral de l'économie est chargé d'en établir la liste d'après les données de l'Organisation des Nations Unies (art. 2 al. 2 OIrak). Depuis le 12 mai 2004, A._ figure sur la liste des entités visées par les mesures de l'article 2 OIrak (n° ... , cf. RO 2004 2455, 2508). Le 18 mai 2004, en vertu de l'article 184 alinéa 3 Cst., le Conseil fédéral a en outre adopté l'ordonnance sur la confiscation des avoirs et ressources économiques irakiens gelés et leur transfert au Fonds de développement pour l'Irak (Oconfisc; ordonnance sur la confiscation; RS 946.206.1). La validité de cette ordonnance a été prolongée jusqu'au 30 juin 2010 (RO 2007 2789). C. D'après A._, ses avoirs en Suisse sont gelés depuis le 7 août 1990. Ils font l'objet d'une procédure de confiscation par le Département fédéral de l'économie depuis l'entrée en vigueur, le 18 mai 2004, de l'ordonnance sur la confiscation. Désirant adresser une requête de radiation directement au Comité des sanctions 1518, l'intéressée a, par courrier du 25 août 2004, demandé au Département fédéral de l'économie de suspendre la procédure de confiscation de ses avoirs. Par courrier du 5 novembre 2004 adressé au Président du Comité des sanctions, le Gouvernement suisse, par l'intermédiaire de son Représentant permanent auprès de l'Organisation des Nations Unies, a appuyé cette démarche. Par courrier du 3 décembre 2004, le Président du Comité des sanctions a informé ce dernier que le Comité avait examiné la requête, qu'elle était à l'étude et qu'il demandait des éléments supplémentaires de justification et d'information susceptibles d'étayer cette requête (cf. Rapport du 31 décembre 2004 du Comité des sanctions créé par la résolution 1518(2003) S/2004/1036). L'intéressée a répondu par courrier du 21 janvier 2005 qu'elle souhaitait être entendue oralement par le Comité des sanctions. Cette requête étant restée sans effet, l'intéressée a, par courrier du 1er septembre 2005, requis la reprise en Suisse de la procédure de confiscation. Le 22 mai 2006, le Département fédéral de l'économie a adressé à l'intéressée un projet de décision de confiscation et de transfert des fonds déposés à son nom auprès de la banque E._. Dans ses observations du 22 juin 2006, l'intéressée s'est opposée à cette décision. Par courrier du 24 juillet 2006, le Département fédéral de l'économie a soumis à l'intéressée une copie des documents bancaires cités dans le projet de décision. Le 8 septembre 2006, l'intéressée s'est exprimée à leur égard. D. Par décision du 16 novembre 2006 adressée au mandataire de la Société et portée à la connaissance de la banque E._ et du Seco, le Département fédéral de l'économie a confisqué tous les avoirs, sous quelque forme que ce soit, déposés au nom de l'intéressée auprès de la banque E._ pour une valeur au 15 mars 2006 de xxx francs suisses et indiqué les modalités de leur transfert, dans les 90 jours dès l'entrée en force de sa décision, sur le compte bancaire du Fonds de développement pour l'Irak. A l'appui de sa décision, il constate que le nom de la Société figure sur la liste des entités établie par le Comité des sanctions et affirme que la Suisse est tenue d'appliquer les résolutions du Conseil de sécurité et qu'elle ne peut radier un nom de l'annexe de l'ordonnance sur l'Irak qu'à la suite d'une décision du Comité des sanctions. Il rappelle que la Société a renoncé à poursuivre les pourparlers avec le Comité des sanctions. Il indique que sa décision peut faire l'objet d'un recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral. E. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Société demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision rendue le 16 novembre 2006 par le Département fédéral de l'économie.