Faits: A. A._ et B._ (ci-après: les sociétés) sont spécialisées dans l'affichage publicitaire pour le compte de tiers. Elles exercent leur activité sur des parcelles privées. La société C._, membre du groupe X._, est quant à elle au bénéfice d'une concession sur l'affichage public en Ville de Genève. Jusqu'à l'entrée en vigueur, le 20 octobre 2000, de la loi cantonale sur les procédés de réclame du 9 juin 2000 (LPR; RSG F 3 20), l'implantation de procédés de réclame sur le domaine privé n'était assujettie à aucune autorisation. A l'expiration des délais transitoires prévus à l'art. 42 LPR, le Service des agents de ville et du domaine public de la Ville de Genève a requis la mise en conformité des panneaux d'affichage situés sur le domaine privé, mais perceptibles depuis le domaine public. Le 9 janvier 2006, les sociétés ont introduit des demandes d'autorisation pour huit panneaux d'affichage implantés aux adresses suivantes: avenue de Champel 4; rue des Charmilles 11; rue du Grand-Pré 72; rue de l'Ancien-Port 9; rue Simon-Durand 9; rue de Moillebeau 36; rue de Lyon 19 et rue Saint-Jean 54. B. Par décisions du 14 décembre 2006, la Ville de Genève a rejeté ces demandes et ordonné la dépose des panneaux d'affichages précités au 17 janvier 2007. Les décisions étaient fondées sur des préavis défavorables de la Commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après: la CMNS), laquelle avait considéré que les bâtiments concernés appartenaient à des ensembles protégés du XIXème et début du XXème siècles au sens de l'art. 89 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05). Les panneaux contrevenaient également à l'art. 20 du projet de concept directeur de l'affichage en Ville de Genève, lequel prohibe notamment l'installation de support contre les façades ou aux abords directs de bâtiments classés ou inscrits à l'inventaire au sens des art. 4, 7 et 10 de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 4 juin 1976 (LPMNS; RSG L 4 05). C. Par décision du 7 septembre 2007, la Commission cantonale de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la commission de recours) a rejeté le recours interjeté par les sociétés contre les décisions du 14 décembre 2006. Par acte du 15 octobre 2007, A._ et B._ ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après; le Tribunal administratif). Elles ont notamment fait valoir une inégalité de traitement, citant à l'appui de leur grief plusieurs panneaux exploités par la société C._ qui se trouveraient dans des situations comparables aux leurs et qui ne seraient pas menacés d'être supprimés. Le 23 juin 2008, les juges cantonaux ont procédé à une inspection locale en présence des parties et d'un architecte délégué par la CMNS. Par arrêt du 9 décembre 2008, ils ont rejeté le recours. Ils ont considéré en substance que les panneaux des sociétés se trouvaient sur ou à proximité d'immeubles appartenant à des ensembles protégés par les art. 89 à 93 LCI et qu'ils nuisaient à leur esthétique. Le principe d'égalité de traitement entre concurrents garanti par l'art. 27 Cst. n'avait pas vocation à s'appliquer, faute pour les sociétés d'être en relation de concurrence directe avec la société C._. Les conditions exceptionnelles du droit à l'égalité dans l'illégalité n'étaient en outre pas remplies. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral, principalement d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif, la décision de la commission de recours et les décisions du 14 décembre 2006 ainsi que d'octroyer les autorisations sollicitées. Subsidiairement, elles requièrent que les ordres de dépose du 14 décembre 2006 ne soient assortis d'effets qu'au jour où les sociétés du groupe X._ devront déposer sur ordre de la Ville de Genève l'ensemble de leurs panneaux apposés sur ou à proximité d'immeubles protégés que la CMNS aura préavisés négativement. Les recourantes se plaignent d'une violation du principe de l'égalité de traitement entre concurrents (art. 27 Cst.) et font valoir un droit à l'égalité dans l'illégalité (art. 8 Cst.). Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans ses observations, la Ville de Genève conclut au rejet du recours. Invitées à se déterminer, les recourantes persistent dans leurs conclusions. Par ordonnance du 24 février 2009, le Juge présidant la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par les recourantes.