Faits: A. A.a. Mme B.X._, née en 1967, et M A.X._, né en 1961, se sont mariés le 28 octobre 2005 à Z._ (Genève), sans conclure de contrat de mariage. Le couple s'est séparé en avril 2007. A.b. Mme B.X._ a un fils, C._, né en 1998, qui vit actuellement avec elle; M. A.X._ a également un fils, D._, né en 1994. Le couple a un enfant commun, E._, né le 25 septembre 2006. Celui-ci souffre d'une épilepsie pharmaco-résistante et de troubles du comportement dus à une anomalie génétique. Jusqu'au mois de septembre 2011, E._ fréquentait le Service médico-pédagogique de la Servette, ce tous les jours du lundi au vendredi, à l'exception du mercredi après-midi. Suite à une aggravation de son état de santé, l'enfant a dû être hospitalisé à différentes reprises et n'a plus été en mesure d'être scolarisé au sein du même centre spécialisé; tant qu'une place ne pouvait être trouvée dans un établissement adapté à ses besoins, il convenait que E._ demeure à la maison, sous la surveillance permanente de sa mère. A.c. Le salaire mensuel net du recourant a été chiffré à 10'745 fr. pour une activité à temps complet auprès de Y._; ses charges mensuelles incompressibles se chiffrent à 5'104 fr., montant auquel s'ajoute une contribution d'entretien en faveur de son fils D._, arrêtée à 1'700 fr. par mois. Le recourant ne critique pas ces chiffres. La situation financière de l'épouse est contestée. B. Par jugement du 27 mars 2008, confirmé par arrêt de la Cour de justice du 19 septembre 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, a attribué la garde de E._ à sa mère, fixé le droit de visite du père, instauré une curatelle d'organisation et de surveillance du droit de visite et arrêté la contribution à l'entretien de la famille à 4'000 fr. par mois, allocations familiales non comprises. C. M. A.X._ a formé une demande unilatérale en divorce le 22 janvier 2010. C.a. Le 21 mai 2010, statuant sur mesures provisoires, le Tribunal de première instance a fixé la contribution destinée à l'entretien de la famille à 2'850 fr. par mois dès le 1er mai 2010, montant porté à 3'000 fr. par arrêt de la Cour de justice du 22 octobre 2010. C.b. Le divorce des parties a été prononcé le 22 août 2011 par le Tribunal de première instance. L'autorité parentale et la garde de l'enfant ont été confiées à sa mère, le père disposant d'un droit de visite dont la décision réglait précisément les modalités. M. A.X._ a également été condamné à verser une contribution d'entretien mensuelle de 2'000 fr. en faveur de E._ (ch. 7), ce dès le prononcé du jugement et jusqu'à la majorité de l'enfant, ainsi qu'une pension de 900 fr. par mois à son ex-épouse, dès le prononcé du divorce et jusqu'au 30 septembre 2021 (ch. 8). Statuant sur appels des deux parties, la Cour de justice a notamment réformé le premier jugement en prolongeant le versement de la pension en faveur de E._ jusqu'à ses 25 ans en cas de poursuite d'une formation ou d'études sérieuses et suivies (ch. 7); le montant de la contribution destinée à l'ex-épouse, dont le versement restait dû jusqu'au 30 septembre 2021, a en revanche été réduit à 400 fr. à compter du 31 août 2014 (ch. 8). D. Agissant le 5 novembre 2012 par la voie du recours en matière civile, M. A.X._ conclut principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que la contribution à l'entretien de E._ soit fixée à 1'600 fr. dès le prononcé du jugement de divorce jusqu'à l'âge de 10 ans, à 1'650 fr. entre 10 et 14 ans et à 1'700 fr. entre 14 et 18 ans, la pension en faveur de son ex-épouse devant être réduite à 400 fr. et son versement limité au 31 décembre 2011. Subsidiairement le recourant réclame le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Invitées à se déterminer, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée conclut au rejet du recours. E. Le 29 août 2013, le Tribunal fédéral a délibéré sur le recours en séance publique.