Faits: A. Le 6 juin 2008, à la requête de X._ SA, l'Office des poursuites de Genève a fait notifier à Y._ un commandement de payer la somme de 488 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er février 2007, sous déduction de 100 fr. versés le 12 mars 2007 et de 100 fr. versés le 2 mai 2007 (poursuite n° xxx). Le titre de la créance invoquée était: « reconnaissance de dette du 9 mars 2007, cession: factures du cabinet du Dr Z._ cédée au créancier par acte de cession du 24.7.06 ». La débitrice ayant fait opposition au commandement de payer, la créancière a requis la mainlevée de cette opposition. Par jugement du 6 octobre 2008, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté la requête de la créancière parce que, en substance, la lecture du document du 9 mars 2007 ne permettait pas de déterminer la somme restant due, faute en particulier de préciser quels montants avaient été versés. B. Statuant le 8 janvier 2009 sur appel de la créancière, la Cour de justice du canton de Genève a jugé arbitraire, parce que contraire aux pièces du dossier, la constatation du jugement de première instance selon laquelle le document du 9 mars 2007 ne permettait pas de déterminer la quotité de la dette. N'arrêtant toutefois pas là son examen, elle a vérifié d'office si les documents produits remplissaient toutes les conditions pour valoir reconnaissance de dette et a estimé que tel n'était pas le cas: en effet, la signature figurant sur le document du 9 mars 2007 était très sensiblement dissemblable de la « signature de la débitrice » figurant sous la rubrique « opposition » du commandement de payer; on ne pouvait ainsi retenir, même au stade de la vraisemblance, que la signature sur le document du 9 mars 2007 avait été apposée par la débitrice; or, en l'absence d'une signature émanant de cette dernière, le document en question ne pouvait valoir reconnaissance de dette au sens de l'art. 82 LP. La cour cantonale a par conséquent jugé que la requête de mainlevée avait été écartée avec raison; partant, elle a rejeté l'appel de la créancière. C. Contre l'arrêt de la cour cantonale, qui lui a été notifié le 13 janvier 2009, la créancière a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral le 9 février 2009. Invoquant la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), elle conclut principalement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, subsidiairement au prononcé de la mainlevée provisoire. Dans ses observations du 20 février 2009, la cour cantonale précise que dans son arrêt elle a constaté non seulement la différence des signatures figurant sur la reconnaissance de dette et le commandement de payer, mais « également et surtout » l'illisibilité de la signature apposée sur la reconnaissance de dette. La débitrice n'a pas déposé d'observations.