Faits: A. X._, né en 1971 à Erevan (Arménie), de nationalités arménienne et russe, et dame X._, née en 1971 à Moscou (Russie), de nationalité russe, se sont mariés le 26 juin 1999 à Moscou, sans conclure de contrat de mariage. Ils ont eu un fils, A._, né le 16 décembre 1999, à Chêne-Bougeries (GE). Les époux vivent séparés depuis le mois de juillet 2003. B. B.a Le 10 mars 2003, X._ a formé une demande en divorce devant le tribunal compétent de Moscou. Par jugement du 17 octobre suivant, cette autorité a prononcé le divorce des conjoints et les a renvoyés à agir devant le tribunal de leur domicile pour le règlement des effets accessoires. Le 17 décembre 2003, le Tribunal de l'arrondissement « Khorochevsky » de la ville de Moscou a rejeté l'appel interjeté par dame X._ contre ce jugement. B.b Dans l'intervalle, par ordonnance sur mesures préprovisoires du 3 juillet 2003, le Président ad interim du Tribunal de première instance du canton de Genève avait, sur requête de dame X._, notamment attribué à celle-ci la garde de l'enfant, sous réserve d'un large droit de visite en faveur du père, et condamné ce dernier à verser une contribution mensuelle à l'entretien de sa famille de 5'225 fr., allocations familiales non comprises. Statuant le 17 novembre 2003 sur mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance avait pris les mêmes dispositions, sous réserve des aliments qu'il avait arrêtés à 5'324 fr. jusqu'au 31 décembre 2004 et, au-delà de cette date, à 1'400 fr., en faveur toutefois du seul enfant. B.c Le 19 avril 2005, le Tribunal de première instance de Genève a déclaré exécutoire en Suisse le jugement moscovite du 17 octobre 2003. C. C.a Par demande du 18 mars 2005, dame X._ a sollicité du Tribunal de première instance de Genève le règlement des effets accessoires du divorce prononcé en Russie. C.b La procédure a été très conflictuelle, les parties étant notamment en désaccord sur la date déterminante pour la liquidation du régime matrimonial et, partant, sur leur obligation de produire des pièces. Finalement, sur demande insistante et répétée des parties, le tribunal a retenu la date du 10 mars 2003 par un jugement partiel du 22 février 2007, qui n'a pas été frappé d'appel. C.c Au cours du mois d'avril 2007, X._ s'est remarié à Moscou avec une ressortissante russe, avec laquelle il a eu une fille, née en novembre 2007. La nouvelle famille s'est installée dans le canton de Genève. Dame X._ partage sa vie avec un nouveau compagnon. C.d Par jugement du 10 janvier 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a notamment attribué la garde et l'autorité parentale sur l'enfant à la mère, réservé un large droit de visite au père et condamné ce dernier à payer une contribution à l'entretien de son fils de 1'400 fr. jusqu'à l'âge de 12 ans, de 1'700 fr. jusqu'à la majorité, voire au-delà en cas de formation professionnelle ou d'études sérieuses et régulières, allocations familiales en sus (ch. 4). Il a encore ordonné le partage par moitié des avoirs de prévoyance accumulés durant le mariage, la détermination des montants précis à répartir étant renvoyée au Tribunal cantonal des assurances sociales (ch. 7), et astreint X._ à verser 220 fr. à titre de liquidation complète des rapports patrimoniaux et du régime matrimonial (ch. 6). C.e Le 20 mars 2009, sur appel de dame X._ et celui incident de son ex-époux, la Chambre civile de la Cour de justice a annulé les chiffres 4 et 6 de ce jugement. Statuant à nouveau, elle a fixé à 2'500 fr. les aliments en faveur de l'enfant, sous déduction de toutes les sommes déjà versées, allocations familiales ou d'études non comprises, ce avec effet dès le 16 septembre 2005 et jusqu'à la majorité, voire au-delà en cas d'études ou de formation professionnelle régulières et sérieuses. Elle a en outre arrêté à 1'001 fr. 50 la somme due par X._ à titre de liquidation des rapports patrimoniaux et du régime matrimonial et confirmé le jugement pour le surplus. D. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens. Il demande subsidiairement sa réforme, en ce sens que la contribution à l'entretien de son fils soit fixée à 1'400 fr. jusqu'à l'âge de 12 ans révolus et à 1'700 fr. jusqu'à la majorité, voire au-delà, mais jusqu'à 25 ans au plus, en cas de poursuite d'une formation professionnelle ou d'études sérieuses et régulières, et que le montant dû par son ex-épouse à titre de liquidation des rapports patrimoniaux et du régime matrimonial soit arrêté à 101'081 fr. 50, avec intérêts à 5% dès le 11 mars 2003. E. Par ordonnance du 28 mai 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil a refusé l'effet suspensif au recours.