Faits: A. A._ a adressé à la commune de Leysin une demande de permis de construire un chalet de quatre appartements avec panneaux solaires sur les parcelles n os 4099 et 4100 de la commune de Leysin. Helvetia Nostra a formé opposition. Par décision du 27 juillet 2012, la Municipalité de Leysin a écarté cette opposition. Helvetia Nostra a saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois, laquelle a rejeté le recours dans la mesure où il était recevable - laissant indécise la question de la qualité pour agir d'Helvetia Nostra - par arrêt du 20 décembre 2012. La cour cantonale s'est référée à un arrêt de principe du 22 novembre 2012 selon lequel l'art. 75b Cst. ne faisait pas obstacle à la délivrance de permis de construire avant le 1er janvier 2013. Elle a mis à la charge de la recourante 1'000 fr. d'émolument judiciaire, ainsi que 1'000 fr. de dépens en faveur de la commune et 1'000 fr. de dépens en faveur du constructeur A._. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Helvetia Nostra demande au Tribunal fédéral l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à l'autorité de dernière instance, subsidiairement la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que le permis de construire est annulé. L'effet suspensif a été accordé et la procédure a été suspendue par ordonnance présidentielle du 25 février 2013. Dans des arrêts de principe du 22 mai 2013, le Tribunal fédéral a notamment admis la qualité pour recourir d'Helvetia Nostra (ATF 139 II 271) ainsi que l'applicabilité directe des art. 75b et 197 ch. 9 Cst. (ATF 139 II 243 et 263). Sur le vu de ces arrêts, la procédure a été reprise par ordonnance du 12 juillet 2013 et les parties ont été invitées à se déterminer. Le Tribunal cantonal s'en remet à justice. Le constructeur et la Municipalité de Leysin ont fait savoir que le projet serait affecté à de la résidence principale et que l'annotation d'une mention correspondante est requise au registre foncier. La recourante maintient ses conclusions et souligne que la décision attaquée n'est pas conforme aux déclarations des intimés. Le constructeur, qui réaffirme son intention d'affecter son projet à de la résidence principale, conclut principalement au rejet du recours, en tant qu'il n'a jamais concerné la réalisation d'une résidence secondaire, et subsidiairement à ce qu'il soit déclaré sans objet, en tant que toutes les démarches nécessaires à l'annotation d'une obligation de résidence principale ont été effectuées.