Faits: A. A.a Statuant sur demande des enfants A._, né en 1992, et B._, née en 1993, le Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a, par jugement du 10 octobre 2008, modifié le jugement de divorce des époux X._, rendu le 27 février 2006 par le Juge de district de l'Entremont, en ce sens notamment que l'autorité parentale et la garde sur les enfants sont attribués au père, et arrêté les frais et émoluments du Tribunal à 1'300 fr. à la charge de A._ et B._, à 1'025 fr. à la charge de X._ et à 775 fr. à la charge de dame X._. A.b Le 14 octobre 2008, A._ et B._, agissant par leur curatrice, ont recouru au Tribunal cantonal du canton de Vaud contre ce jugement; ils contestent uniquement le fait que des frais aient été mis à leur charge. Par lettre recommandée du 12 janvier 2009, A._ et B._ ont été invités à effectuer jusqu'au 2 février 2009 l'avance des frais du recours, par 100 fr., faute de quoi celui-ci serait considéré comme non avenu. B. Par arrêt du 10 février 2009, la Présidente du Tribunal cantonal du canton de Vaud a constaté que l'avance de frais n'avait pas été effectuée, dit que le recours est considéré comme non avenu, et rayé l'affaire du rôle. C. Contre cet arrêt, A._ et B._ interjettent le 13 mars 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral, subsidiairement un recours constitutionnel, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue sur le fond de leur recours sans requérir d'avance de frais. Ils se plaignent d'une violation des art. 147 al. 3 CC et 29 Cst., ainsi que d'une application arbitraire du droit cantonal et d'une violation du principe de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 8 et 49 Cst.).