Faits: A. Le secteur de la commune de Lausanne délimité approximativement par l'avenue de Chailly au nord, la limite de la commune de Pully et le chemin de la Vuachère à l'est et au sud-est, ainsi que le cours de la Vuachère au sud-ouest, est régi par plusieurs plans partiels d'affectation (PPA), dont les plans nos 331, 333, 398 et 399. Le plan d'extension de la zone comprise entre la limite est du plan de quartier n° 331, les chemins de la Vuachère, Jean Pavillard et de la Rosière (PPA n° 398) a été approuvé le 12 mai 1959. Il comporte principalement une zone de villas dont la réglementation renvoie au chapitre 5 du règlement du 3 novembre 1942 concernant le plan d'extension (RPE); l'art. 53 RPE impose un coefficient d'occupation du sol (COS) de 1:6 au maximum. B. Dans le cadre de la révision générale du plan d'extension et de son règlement, la municipalité a proposé l'abrogation de nombreux PPA (près de 400), dont les trois quarts ne comportaient que des tracés d'alignements. Ces plans figuraient à l'annexe 3 du projet du nouveau plan général d'affectation (PGA). Parmi les PPA qu'il était en revanche prévu de maintenir, au nombre de 243, 185 voyaient leurs limites des constructions radiées et remplacées par le nouveau plan des limites des constructions. Ces plans figuraient à l'annexe 4 du projet de PGA. En vertu de l'art. 156 du projet de règlement du PGA (RPGA), les anciennes dispositions du règlement concernant le plan d'extension du 3 novembre 1942 (RPE) auquel certains articles des PPA faisaient référence, étaient remplacées par les dispositions RPGA selon les tableaux de correspondance des annexes 2a et 2b. Le nouveau PGA a été mis à l'enquête publique du 1er au 30 juin 2004. Il prévoyait notamment l'abrogation des PPA nos 331, 333, 398 et 399. La zone de villa du PPA n° 398 devait notamment être placée en zone mixte de faible densité. Un certain nombre de propriétaires, copropriétaires ou habitants dans le périmètre des PPA se sont opposés à ce projet, plus particulièrement à la transformation des zones de villas en zone mixte de faible densité. A la suite d'une séance de conciliation organisée le 5 octobre 2004, le directeur des travaux a concédé aux opposants que le maintien du cadre réglementaire en vigueur, à savoir les plans d'extension portant les nos 331, 333, 398 et 399, n'était pas incompatible avec les objectifs fixés par le plan directeur communal. Il a dès lors proposé "que les plans d'extension précités soient maintenus en vigueur en lieu et place de la zone mixte de faible densité prévue par le projet de PGA. Cependant, les nouveaux tracés des limites des constructions proposées par le plan des limites des constructions seraient maintenus" (lettre du 26 octobre 2004 à Me Benoît Bovay). Constatant que la municipalité allait dans le sens souhaité, Me Benoît Bovay, au nom de ses mandants, a levé son opposition. Afin de ne pas retarder de six mois l'ensemble de l'opération, le préavis municipal au conseil communal proposait de soustraire les périmètres des plans d'extension litigieux du dossier PGA. Dans sa séance du 22 novembre 2005, le conseil communal a accepté cette proposition. Il a adopté le nouveau PGA, abrogé l'ancien RPE et le plan d'extension de 1942, ainsi que le règlement sur les constructions du 4 novembre 1990, et abrogé "les plans spéciaux d'affectation listés à l'annexe 3 du RPGA, en tenant compte des conclusions nos 14 et 18". Conformément à la conclusion n° 14, le conseil a décidé "d'exclure les plans d'extension nos 331, 333 398 et 399 de l'annexe 3 du RPGA (ces plans seraient remis en vigueur par le biais d'une procédure de légalisation parallèle conformément à l'art. 59 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et des constructions [ci-après: la LATC]) et les inclure à l'annexe 4 RPGA". Les 4 mai et 26 juin 2006, le Département cantonal des institutions et des relations extérieures a approuvé préalablement puis décidé de mettre en vigueur le plan général d'affectation de la commune de Lausanne, à l'exception des secteurs compris dans les plans spéciaux nos 331, 333, 398 et 399, et d'abroger simultanément les plans et les règlements qui lui étaient contraires. C. La nouvelle enquête publique prévue par l'art. 59 LATC n'a jamais eu lieu. Elle a apparemment été jugée superflue car, selon le conseiller juridique de la commune, la non approbation du périmètre occupé par les plans d'extension nos 331, 333, 398 et 399 avait pour effet de mettre à néant, tout simplement, le nouveau régime d'affectation du sol (lettre du 19 juillet 2006 au Service de l'urbanisme). Le 15 mai 2007, le directeur des travaux a ainsi précisé que les plans d'extension qui n'avaient pas été radiés n'avaient pas à être remis en vigueur par le biais d'une procédure nouvelle. D. Saisi d'un recours contre une décision de la municipalité de Lausanne accordant un permis de construire dans le périmètre du plan d'extension n° 398, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal) a jugé que ce plan avait été maintenu après l'entrée en vigueur du PGA, mais que le renvoi qu'il contenait aux dispositions du chapitre 5 RPE devait désormais être converti en un renvoi aux dispositions correspondantes du RPGA, selon les tableaux de correspondances prévus à l'art. 156 RPGA. Le coefficient d'occupation du sol de 1:6 fixé par l'art. 53 RPE devait être ainsi remplacé par un indice d'utilisation du sol de 1:2 suivant les art. 17 et 119 RPGA (arrêt AC.2007.0278 du 14 octobre 2009 consid. 3). Le tribunal a toutefois relevé que la différence entre les PPA n° 331, 333 et 339, dont les règlements prévoyaient expressément un coefficient d'occupation du sol de 1:6, et le plan d'extension n° 398, dont le règlement ne contenait qu'un renvoi au chapitre 5 RPE, ce qui conduisait à remplacer le coefficient de 1:6 par un indice d'utilisation du sol, pouvait "avoir des effets dommageables sur l'ensemble du quartier" et qu'il serait possible aux recourants "de demander la révision du plan d'extension n° 398 par l'introduction d'un coefficient d'occupation du sol de 1:6 afin de maintenir les caractéristiques urbanistiques essentielles du quartier" (consid. 3c). Le 15 février 2010, A._ et 37 consorts ont demandé à la municipalité de Lausanne la modification de la règlementation du plan d'extension n° 398, soit l'introduction d'une disposition prévoyant que la proportion entre la surface bâtie et la surface de terrain ne dépassera pas 1:6. Par décision du 17 mars 2010, la municipalité, considérant qu'une procédure de plan de quartier visant une densité de construction moins élevée n'était pas conforme aux objectifs de l'aménagement du territoire défendus par la commune, a refusé d'entrer en matière sur la demande d'élaborer un plan de quartier pour les parcelles comprises entre les chemins de la Vuachère, Jean Pavillard et de la Rosière. E. A._ et consorts ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal. Par arrêt du 7 mars 2012, la cour cantonale a constaté que les plans partiels d'affectation nos 331, 333, 398 et 399 de la commune de Lausanne demeuraient intégralement en vigueur, y compris en ce qui concernait leurs renvois aux dispositions du règlement sur le plan d'extension du 3 novembre 1942. Le recours était dès lors sans objet et la cause rayée du rôle. Le Tribunal cantonal a considéré pour l'essentiel que l'inclusion du PPA n° 398 dans la liste des plans spéciaux dont les limites de constructions étaient radiées exigeait une mise à l'enquête complémentaire, de manière à donner aux propriétaires favorables au passage en zone mixte de faible densité la possibilité de s'opposer à son maintien; à défaut, le droit d'être entendu était violé. Le renvoi aux dispositions du RPE de 1942 ne pouvait par ailleurs pas être remplacé par les dispositions du RPGA selon les tableaux de correspondance des annexes 2a et 2b; une application partielle du RPGA dans des secteurs où le PGA n'était pas en vigueur devait en effet être exclu. La réglementation en vigueur comportait ainsi toujours un coefficient d'utilisation du sol de 1:6. F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la municipalité de Lausanne demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt précité du 7 mars 2012 et de renvoyer l'affaire au Tribunal cantonal pour nouvelle décision conforme au règlement du plan général d'affectation du 26 juin 2006. La recourante invoque l'autonomie communale et fait valoir une mauvaise application du droit fédéral en matière d'aménagement du territoire. Elle se plaint au surplus d'arbitraire ainsi que d'une violation des principes de la bonne foi et de la sécurité du droit. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours. Le Service cantonal du développement territorial est d'avis que l'approbation partielle du PGA a pour conséquence une absence de mesure d'utilisation du sol pour le plan spécial n° 398, puisque celle-ci est définie par un renvoi au règlement du plan d'extension maintenant abrogé. Les intimés demandent au Tribunal fédéral de rejeter le recours. Les sociétés intéressées C._ et B._ concluent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué. La recourante, les intimés ainsi que les sociétés concernées ont fait parvenir des observations complémentaires. Par ordonnance du 14 juin 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif de la recourante.