Faits: A. L'immeuble sis au n° 5 du chemin des Crêts-de-Champel, à Genève, est un immeuble d'habitation de six étages sur rez plus un attique, soumis au régime de la propriété par étages. Il compte treize logements, à savoir neuf appartements de quatre pièces, deux de huit pièces et deux de deux pièces. Z._Sàrl est une entreprise générale de constructions, acquisition, gestion, détention et cession de biens immobiliers, services et conseils dans le domaine immobilier. C.Y._ est associé-gérant de la société, pour une part de 20'000 fr., avec signature individuelle. X._SA a notamment pour but la construction, rénovation, gérance et location de résidences ainsi que d'appartements meublés. B.X._ en est l'administratrice unique et C.Y._ le directeur. B.X._ est également administratrice unique de M._SA, où C.Y._ possède la signature individuelle. B. Par arrêté du 22 mai 2006, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le Département cantonal) a autorisé l'aliénation de trois appartements de quatre pièces de l'immeuble susmentionné, à savoir les appartements 8.01, 10.01 et 10.02, au profit de B.X._. Il était précisé que l'autorisation ne pouvait être invoquée ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des trois appartements concernés, en application de l'art. 39 al. 4 let. d de la loi genevoise du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (ci-après: LDTR). Le 10 juillet 2006, le Département cantonal a pris acte que les trois appartements en question étaient en réalité acquis conjointement par B.X._, A.X._ et C.Y._. L'opération a été inscrite au registre foncier le 22 juillet 2006. Le 28 août 2006, le Département cantonal a autorisé l'aliénation de trois autres appartements de quatre pièces, soit les appartements 7.01, 7.02 et 8.02, au profit des sociétés X._SA, M._SA et G._Sàrl. Il était également précisé que l'autorisation ne pouvait être invoquée ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des trois appartements concernés. Le 1er novembre 2006, le Département cantonal a pris acte que la société Z._Sàrl achèterait en lieu et place de la société G._Sàrl. L'opération a été inscrite au registre foncier le 21 novembre 2006. C. Par acte enregistré au registre foncier le 22 mars 2007, à la suite de la dissolution de la copropriété, A.X._ a été inscrite comme propriétaire de l'appartement 8.01, B.X._ de l'appartement 10.02 et C.Y._ de l'appartement 10.01. Le même jour, les sociétés Z._Sàrl, X._SA et M._SA ont également procédé à un partage-attribution de leurs trois appartements. X._SA a ainsi été inscrite au registre foncier comme propriétaire de l'appartement 7.01, M._SA de l'appartement 7.02 et Z._Sàrl de l'appartement 8.02. Interpellé par l'Association genevoise de défense des locataires (ci-après: l'Asloca) au sujet de ce partage, le Département cantonal a indiqué, dans des courriers des 12 juin et 13 juillet 2007, que celui-ci n'avait pas fait l'objet d'une demande d'autorisation d'aliéner. Ces opérations, qui apparaissaient destinées à éluder la LDTR, étaient problématiques car elles étaient effectuées directement auprès du registre foncier qui les enregistrait. Le Département entendait contacter ce dernier mais renonçait à intervenir dans le cas d'espèce. D. Par arrêté du 12 novembre 2007 , le Département cantonal a autorisé Z._Sàrl à vendre l'appartement 8.02. Le 20 décembre 2007, la société X._SA a été autorisée à aliéner l'appartement 7.01 et A.X._ l'appartement 8.01 . Il était précisé, pour chaque autorisation, que la requérante ne possédait qu'un seul logement et que la prise en compte du principe de la proportionnalité conduisait à délivrer l'autorisation d'aliéner sollicitée. L'Asloca a entrepris les arrêtés précités auprès de la Commission de recours en matière de constructions du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale), qui, par décision du 1er avril 2008, a admis les recours après les avoir joints. E. Le 23 septembre 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté les recours de B.X._ et X._SA ainsi que de Z._Sàrl contre la décision de la Commission cantonale. Il a confirmé la décision attaquée en tant qu'elle annule les autorisations des 12 novembre 2007 (VA 9996) et 20 décembre 2007 (VA 10138 et VA 10139) et a constaté la nullité des partages-attributions des lots d'appartements 7.01, 7.02 et 8.02 ainsi que 8.01, 10.01 et 10.02. Le Tribunal administratif a considéré pour l'essentiel que les partages-attributions avaient permis une individualisation des objets et le transfert de la propriété d'un appartement à chaque intéressé. Cette opération revenait ainsi à une aliénation qui devait être soumise à autorisation au sens de l'art. 39 al. 1 LDTR. Or, l'absence d'autorisation de la part du Département cantonal constituait en l'espèce un vice particulièrement grave et entraînait la nullité des partages-attributions. A défaut d'être devenus propriétaires des appartements litigieux, les intéressés n'étaient ainsi pas légitimés à requérir l'autorisation de vendre leurs appartements. F. La société X._SA, B.X._ et A.X._ (procédure 1C_505/2008) ainsi que Z._Sàrl et C.Y._ (procédure 1C_507/2008) ont interjeté un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt précité. Les premières demandent à l'autorité de céans, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt litigieux, de dire que les partages-attributions des lots d'appartements 7.01, 7.02 et 8.02 ainsi que 8.01, 10.01 et 10.02 sont valables et de confirmer les arrêtés VA 10138 et VA 10139. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les deuxièmes concluent, sous suite de frais et dépens, à la nullité de l'arrêt litigieux, subsidiairement à son annulation, en tant qu'il constate la nullité des partages-attributions des lots d'appartements 7.01, 7.02 et 8.02 ainsi que 8.01, 10.01 et 10.02 et demandent à l'autorité de céans d'autoriser la vente de l'appartement 8.02 par Z._Sàrl à E._. Le Tribunal administratif renonce à formuler des observations au sujet des recours. Il s'en rapporte à justice quant à leur recevabilité et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département cantonal s'en rapporte à justice quant à la suite à donner aux deux recours. Il porte par ailleurs à la connaissance du Tribunal fédéral qu'à la suite de la décision de la Commission cantonale du 1er avril 2008, il a adressé le 16 mai 2008 une note au registre foncier ainsi qu'une circulaire aux notaires, les informant que toute opération de partage-attribution entre les membres d'une société simple consiste en une aliénation assujettie à la LDTR et doit par conséquent faire l'objet d'une autorisation d'aliéner. L'Asloca conclut, sous suite de frais et dépens, à ce qu'il plaise au Tribunal fédéral de débouter les recourants de toutes leurs conclusions.