Faits: A. A.a A la suite d'une chute survenue en 2001, S._, né en 1973, a subi une incapacité totale de travail dont les suites ont été prises en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) auprès de laquelle il était assuré contre le risque d'accident notamment. Procédant à l'instruction du dossier, cette dernière a recueilli divers avis médicaux. Selon le docteur R._, S._ souffre de lombosciatalgies gauches sur troubles somatoformes douloureux n'empêchant pas l'exercice d'une activité lucrative légère (rapport du 10 septembre 2001). Les médecins de la Clinique X._ retiennent un important syndrome lombo-vertébral caractérisé par des troubles de la statique avec un vice de posture, en particulier une petite scoliose dextro-convexe gauche et une petite hernie discale L4-L5 gauche. Faute d'argument en faveur d'une radiculopathie lombo-sacrée, ils excluent un éventuel syndrome radiculaire L5 irritatif ou déficitaire. Sur le plan psychiatrique, ils ne constatent pas de pathologie significative, le diagnostic de trouble somatoforme douloureux persistant étant expressément écarté. Une reprise de l'activité professionnelle à 50 % à partir du 21 octobre 2001 - qui devait être réévaluée dans les six semaines - est vivement recommandée (rapport du 2 novembre 2001 des docteurs I._ et N._ du Service de réadaptation générale de la Clinique X._; voir également les rapports des 1er octobre 2001 du docteur G._ [médecin auprès du service de neuroréadaptation de la Clinique X._] et 17 octobre 2001 du docteur A._ [médecin associé auprès du service psychosomatique de la Clinique X._]). Le 23 janvier 2002, le docteur F._ (spécialiste FMH en neurochirurgie) constate la présence d'une petite hernie discale L4-L5 paramédiane gauche avec compression de la racine L5 gauche. A défaut d'un véritable syndrome radiculaire irritatif et au vu des signes de Waddell qui s'avèrent tous positifs, il préconise un traitement conservateur. Son pronostic à moyen et à long terme s'avère toutefois relativement défavorable au regard de la chronicité des troubles et des signes de Waddell. Dans un rapport établi le 3 juin 2002, le docteur E._ (spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, médecin-conseil auprès de la CNA) fait état de lombosciatalgies gauches persistantes qu'aucun des traitements conservateurs prescrits n'a permis d'amender. Au regard d'un certain nombre de discordances et des signes de Waddell constatés à l'examen, il conclut à une incapacité de travail totale comme manoeuvre, mais limitée à 20 % au plus dans une activité lucrative légère, favorisant l'alternance des positions ainsi que les moments de récupération. Par décision du 6 octobre 2003, la CNA a mis S._ au bénéfice d'une rente fondée sur un degré d'invalidité de 22 % dès le 1er octobre 2003, compte tenu d'une capacité entière de travail dans une activité lucrative adaptée à son état de santé.