Faits: A. A partir des années 1970, la Société des produits Nestlé SA (ci-après : la Société Nestlé), active dans le secteur alimentaire et ayant son siège à Vevey, a mis au point une capsule enfermant une dose de café moulu qui permet, au moyen d'une machine, de réaliser une tasse de café sans manipuler la poudre. La société Nestlé Nespresso SA (ci-après : Nespresso), ayant son siège à Lausanne, a reçu de sociétés du groupe Nestlé la licence pour fabriquer et commercialiser ces capsules (ci-après : les capsules Nespresso). Lesdites capsules, aisément identifiées par les consommateurs - comme le montre deux sondages effectués en 2010 et 2011 -, connaissent un grand succès commercial. A la requête de la Société Nestlé, un brevet a été délivré pour les capsules Nespresso le 31 décembre 1977 par le Bureau fédéral de la propriété intellectuelle. Il a été radié le 16 décembre 1996 après la durée maximale de protection. Un brevet européen a également été délivré pour cette capsule, sur requête du 28 janvier 1992 de la Société Nestlé, et il a été radié le 31 janvier 2005 après treize annuités. Le 28 juin 2000, la Société Nestlé a déposé auprès de l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle une demande d'enregistrement d'une marque tridimensionnelle pour sa capsule. Cette marque a été inscrite le 15 juillet 2001 comme marque imposée dans le commerce. L'inscription a été renouvelée pour une nouvelle période de dix ans à partir du 29 juin 2010. L'inscription de cette marque tridimensionnelle a été acceptée dans certains pays étrangers, mais refusée dans d'autres. Une demande de protection à titre de marque communautaire présentée devant l'Office européen d'harmonisation dans le marché intérieur s'est heurtée à un refus pour le motif que la marque n'avait pas acquis de caractère distinctif. B. Dès le 15 décembre 2010, la chaîne de magasins Denner SA a mis sur le marché des capsules de café concurrentes, utilisables dans les mêmes machines, produites par la Société Alice Allison SA. Invoquant leur droit exclusif à la marque ainsi qu'une violation de la loi sur la concurrence déloyale, la Société Nestlé et Nespresso ont déposé, en main du Président du Tribunal de commerce de St-Gall, une requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 10 janvier 2011, le président saint-gallois a fait interdiction à Alice Allison SA et à Denner SA de distribuer ou commercialiser ces capsules concurrentes. Cette décision a été partiellement rapportée dans l'ordonnance sur mesures provisionnelles du 4 mars 2011; le président saint-gallois a alors considéré que la marque ne pouvait pas être protégée, parce que la forme du produit était techniquement nécessaire. La Société Nestlé et Nespresso ayant recouru au Tribunal fédéral, celui-ci, par arrêt du 28 juin 2011, a annulé la décision attaquée, pour arbitraire et violation du droit d'être entendu, et a renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour procéder à une expertise sommaire (cause 4A_178/2011; arrêt publié in ATF 137 III 324). Par ordonnance du 29 août 2011, le président saint-gallois a rapporté partiellement son ordonnance sur mesures superprovisionnelles et a décidé de procéder à une expertise. C. Les sociétés Ethical Coffee Company SA à Fribourg et Ethical Coffee Company (Suisse) SA également à Fribourg (ci-après : les sociétés ECC) ont mis en vente en Suisse, au mois de février 2011, d'autres capsules concurrentes, par l'intermédiaire de certains commerces appartenant au groupe Casino. Ces capsules ont cependant été retirées des magasins quelques jours après leur mise sur le marché. En septembre 2011, le groupe Media Markt a annoncé qu'il allait commercialiser dans ses supermarchés les capsules des sociétés ECC, qui sont compatibles avec les machines à café utilisées avec les capsules Nespresso. Le 28 septembre 2011, ces capsules ont été trouvées dans le magasin Media Markt de Crissier. D. Par requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles du 30 septembre 2011, la Société Nestlé et Nespresso ont demandé au juge délégué du Tribunal cantonal vaudois d'interdire aux sociétés ECC et aux sociétés du groupe Media Markt de commercialiser les capsules des sociétés ECC. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 30 décembre 2011, le juge délégué a prononcé l'interdiction sollicitée sous menace des peines de l'art. 292 CP, astreignant les parties requérantes à fournir des sûretés. Les sociétés ECC ont produit une expertise privée concluant que la forme des capsules correspondait à une nécessité technique. Les parties requérantes ont fait entendre l'un de leurs employés qui a affirmé le contraire. Elles ont également sollicité, à titre subsidiaire, la mise en ?uvre d'une expertise. Par ordonnance sur mesures provisionnelles du 11 novembre 2011, le juge délégué du Tribunal cantonal vaudois a fait interdiction aux sociétés ECC ainsi qu'aux sociétés du groupe Media Markt d'offrir, commercialiser, distribuer, vendre, promouvoir, exporter, entreposer ou utiliser de quelque autre manière, dans le commerce, des capsules de café correspondant à la forme de celles commercialisées par les sociétés Nestlé et Nespresso, sous menace des peines prévues par l'art. 292 CP. Il a astreint par ailleurs la Société Nestlé et Nespresso à déposer une garantie à première demande de deux millions de francs pour l'hypothèse où ces sociétés seraient condamnées à des dommages-intérêts pour le motif que la mesure serait injustifiée. Il a fixé aux parties requérantes un délai au 29 février 2012 pour déposer une demande au fond sous peine de caducité des mesures provisionnelles. Il a statué par ailleurs sur les frais et dépens. E. Les sociétés ECC exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'ordonnance du 11 novembre 2011. Se plaignant d'arbitraire (art. 9 Cst.) et d'une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), elles concluent, sous suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour que l'instruction soit complétée et qu'une nouvelle décision soit rendue. La Société Nestlé et Nespresso concluent à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours avec suite de frais et dépens. Par lettre du 27 février 2012, les sociétés du groupe Media Markt ont fait savoir qu'elles renonçaient à participer à la procédure devant le Tribunal fédéral. Ces sociétés avaient déjà informé la Société Nestlé et Nespresso, dans le cadre de la procédure cantonale, qu'elles renonçaient à commercialiser les capsules d'ECC jusqu'à la fin de la procédure de mesures provisionnelles. Les autres parties ont répliqué et dupliqué.