Faits: A. A._ SA est une société anonyme de droit suisse dont le siège se trouve à Genève. Son but social consiste en des opérations commerciales internationales, en particulier dans le domaine agro-industriel, notamment le commerce et le négoce de tous produits, principalement agricoles et toutes prestations de service s'y rattachant ; le transport de marchandises et l'affrètement de navires ; les activités de conseil en faveur de tiers ; la prise et l'administration de participations dans toutes sociétés et entreprises à l'étranger. La société B._, dont le siège est en Russie, est actionnaire de A._ SA. Le 11 novembre 2008, A._ SA et B._ ont conclu un contrat aux termes duquel la première s'engageait à acheter à la seconde 20'000 tonnes métriques d'huile de tournesol non raffinée contre paiement d'une somme de USD 14'000'000.-. Il était convenu que la période d'expédition de la marchandise allait jusqu'au 31 décembre 2008. La convention était valable jusqu'au 1er mars 2009, « dernière date de paiement ». Elle prévoyait une clause de pénalités en cas d'inexécution, renvoyant à cet égard à la clause de défaut 53/54 de la Federation of oils, seeds and fats association. Le même jour, A._ SA a souscrit un contrat avec la société C._ pour assurer la marchandise précitée à hauteur de USD 14'000'000.-. Cet accord était valable pour la période du 11 novembre au 31 décembre 2008. Le bénéficiaire en était la Banque D._ à Genève). Dans une « lettre de cession » du 13 novembre 2008, B._ a reconnu céder irrévocablement à la Banque D._ tous ses droits de propriétaire sur la marchandise en question. Par télécopie du 14 novembre 2008, A._ SA a demandé à la banque une ligne de crédit pour effectuer le paiement de USD 14'000'000.-. Selon un rapport d'expertise du 14 novembre 2008 de l'entreprise E._, la marchandise, soit les 20'000 tonnes métriques d'huile de tournesol non raffinée, était bien stockée dans les réservoirs côtiers de B._. Le 17 novembre 2008, A._ SA a payé la prime d'assurance de USD 15'680.- à C._. Le 18 novembre 2008, A._ SA a versé la somme de USD 14'000'000.- à B._. A la même date, la Banque D._ lui a débité une commission de USD 14'000.-. D'après un rapport d'inspection du 28 novembre 2008 de la société F._ Limited, la marchandise convenue se trouvait effectivement dans les silos et le propriétaire indiqué était A._ SA. De novembre à décembre 2008, A._ SA a fait plusieurs achats d'huile de tournesol non raffinée par l'intermédiaire de la société G._ SAS, à savoir : le 6 novembre 2008, 1'336,384 tonnes métriques pour un montant total de USD 1'103'853,18, soit USD 826.- par tonne métrique ; le 13 novembre 2008, 4'826,60 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'402'753.-, soit USD 705.- par tonne métrique ; le 14 novembre 2008, 3'405,804 tonnes métriques pour un montant total de USD 2'486'236,92, soit USD 730.- par tonne métrique ; le 25 novembre 2008, 1'313,247 tonnes métriques pour un montant total de USD 923'212,64, soit USD 703.- par tonne métrique ; le 3 décembre 2008, 4'972,967 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'635'238,88, soit USD 731.- par tonne métrique ; le 15 décembre 2008, 3'400,404 tonnes métriques pour un montant total de USD 2'404'085,63, soit USD 707.- par tonne métrique ; le 15 décembre 2008, 1'340,332 tonnes métriques pour un montant total de USD 922'148,42, soit USD 688.- par tonne métrique ; le 22 décembre 2008, 4'864,712 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'317'733,58, soit USD 682.- par tonne métrique ; le 22 décembre 2008, 4'840,912 tonnes métriques pour un montant total de USD 3'296'661,07, soit USD 681.- par tonne métrique ; le 30 décembre 2008, 15'768,724 tonnes métriques pour un montant total de USD 10'691'194,87, soit USD 678.- par tonne métrique ; le 30 décembre 2008, 4'912,364 tonnes métriques pour un montant total de USD 2'898'294,76, soit USD 590.- par tonne métrique. Le 21 novembre 2008, A._ SA a également acheté 3'800 tonnes métriques d'huile de tournesol non raffinée à l'entreprise H._ SA pour un prix de USD 691,53 par tonne métrique. Le 29 décembre 2008, A._ SA et B._ ont résilié le contrat du 11 novembre 2008 d'un commun accord, avec un délai au 31 décembre 2008 pour solder leurs comptes. Le 30 décembre 2008, B._ a remboursé à A._ SA la somme de USD 14'000'000.-, en deux versements, soit un de USD 7'999'994,00 et un de USD 6'000'000.-. Le 27 août 2009, A._ SA a envoyé à l'Administration fiscale du canton de Genève sa déclaration fiscale 2008. Les comptes de la contribuable au 30 novembre 2008 étaient joints. Un montant de CHF 17'010'000.- était indiqué au titre de « trade prepayments » en 2008. Les 15 septembre et 21 octobre 2009, l'Administration fiscale a demandé à la contribuable un exemplaire en langue française de ses comptes bouclés au 30 novembre 2008 et le 9 décembre 2009, elle l'a informée d'un contrôle fiscal dans ses locaux les 17 et 18 février 2010. En complément, elle a sollicité ultérieurement les justificatifs démontrant l'évolution des prix du marché par tonne métrique d'huile de tournesol non raffinée. B. Le 29 avril 2010, l'Administration fiscale a adressé à la contribuable un bordereau de taxation pour l'impôt cantonal et communal 2008 d'un montant de 35'946 fr. 75, ainsi qu'un bordereau de taxation relatif à l'impôt fédéral direct 2008 d'un montant de 42'449 fr.-. Un montant de 34'417 fr. était indiqué au titre d'intérêts sur avance à un proche. La somme de 17'010'000 fr. était également prise en considération à titre de valeur pour l'impôt sur le bénéfice des actifs. Le 27 mai 2010, A._ SA a déposé une réclamation contre les bordereaux du 29 avril 2010, qui a été partiellement admise par deux décisions du 25 août 2010 s'agissant d'un poste de provision pour risque qui n'est plus litigieux, mais rejetée s'agissant de la reprise des intérêts sur avance à un proche de 34'417 fr. Par jugement du 14 novembre 2011, notifié le 21 novembre 2011, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a rejeté le recours interjeté par A._ SA contre les décisions sur réclamation du 25 août 2010. Par mémoire du 21 décembre 2011, A._ SA a recouru contre le jugement du 14 novembre 2011. C. Par arrêt du 28 août 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2008. Elle a jugé en substance que B._, actionnaire de A._ SA, n'avait versé à cette dernière aucun intérêt sur la somme de USD 14'000'000.-, qui avait été mise à sa disposition du 18 novembre au 30 décembre 2008, soit pendant quarante-deux jours et que A._ SA avait elle-même supporté tous les frais relatifs à la conclusion du contrat, soit la commission de USD 14'000.- prélevée par la banque et la prime d'assurance de USD 15'680.-. Le préfinancement de USD 14'000'000.- avait en outre été versé en totalité, quelques jours seulement après la conclusion du contrat, alors que ledit document prévoyait comme dernière date de paiement le 1er mars 2009. A._ SA n'avait donc pas l'obligation de mettre à disposition aussi rapidement une telle somme. En outre, les différents achats d'huile de tournesol non raffinée effectués de novembre à décembre 2008 par A._ SA démontraient que celle-ci n'avait pas hésité à se fournir ailleurs à un prix plus élevé, alors qu'elle disposait de marchandise stockée et payée. L'inexécution du contrat du 11 novembre 2008 avait par conséquent manifestement enrichi la société actionnaire, tandis qu'elle avait appauvri A._ SA sans contre-prestation. Le taux d'intérêt 2008 admis fiscalement sur les avances ou les prêts en monnaies étrangères ressortant de la lettre-circulaire du 3 avril 2008 avait été correctement calculé et dûment appliqué. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 août 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et de renoncer à ajouter 34'417 fr. au bénéfice imposable de la période fiscale 2008. Elle se plaint de la violation du droit fédéral. Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, le Tribunal fédéral a enregistré le recours sous les numéros d'ordre 2C_985/2012 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_986/2012 pour l'impôt fédéral direct. La Cour de justice renonce à déposer des observations. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.