A.- P._, gère la boutique de prêt-à-porter dont elle est propriétaire à Renens. A ce titre, elle est affiliée à la Caisse-maladie suisse pour les industries du bois et du bâtiment et branches annexes (ci-après : la caisse) pour l'assurance collective d'une indemnité journalière en cas de maladie et d'accident, depuis le 1er juillet 1998. Dès le 19 avril 1999, son médecin traitant, le docteur A._, a attesté une incapacité de travail de 50 % pour cause de maladie. Dans un certificat du 26 mai 1999, il a justifié cette incapacité de travail de durée indéterminée, notamment par le diagnostic de fibromyalgie, confirmé par le docteur B._, spécialiste des maladies rhumatismales, dans un rapport du 23 mars 1999. A la demande de la caisse, l'assurée a été examinée par le docteur C._, spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie. Dans un rapport du 10 septembre 1999, ce praticien a exclu le diagnostic de fibromyalgie, retenant pour sa part l'existence d'un trouble somatoforme douloureux persistant chez une assurée ne présentant ni état dépressif ni trouble de la personnalité et il a préconisé une reprise du travail à 75 % durant 60 jours, puis à 100 %. Par décision du 3 novembre 1999, la caisse a déclaré l'assurée médicalement apte à reprendre son activité professionnelle à 75 % dès le 8 novembre 1999 et à 100 % à partir du 7 janvier 2000 et elle a réduit dans la mesure correspondante, puis supprimé les indemnités journalières. Le 11 novembre 1999, le docteur A._ a encore informé la caisse qu'à son avis une reprise de l'activité professionnelle devait intervenir par paliers successifs et lui a transmis un nouveau rapport émanant du docteur B._, du 27 octobre 1999, au terme duquel ce médecin proposait une reprise du travail à 60 % dans un premier temps, puis, progressivement, à 100 %, sans toutefois quantifier plus précisément cette progression. Le 15 novembre 1999, l'assurée a fait opposition à la décision de la caisse du 3 novembre 1999. Dans le cadre de la procédure d'opposition, l'assurée a produit un nouveau rapport du docteur B._, du 27 décembre 1999. Ce médecin indiquait une fois encore que, selon lui, la recourante ne pouvait reprendre son activité à plus de 60 % et suggérait une consultation psychiatrique. A la demande de la caisse, l'assurée a été examinée par le docteur D._, psychiatre FMH, qui a conclu, dans un rapport du 6 mars 2000, à l'absence de tout trouble d'ordre psychique ou psychiatrique et, de ce point de vue, à une capacité de travail pleine et entière. Par décision sur opposition du 5 avril 2000, la caisse a confirmé sa décision du 3 novembre 1999. B.- P._ a recouru contre cette décision sur opposition devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud. Par jugement du 13 novembre 2000, ce dernier l'a déboutée. C.- L'assurée interjette recours de droit administratif contre ce jugement. Elle conclut à son annulation, au paiement par la caisse de 22 135 fr. 70 plus intérêts à 5 % l'an, correspondant aux indemnités journalières échues du 8 novembre 1999 au 28 février 2001 et à ce que la caisse soit tenue de poursuivre le versement des indemnités journalières dès cette date. La caisse a conclu au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.