Faits: A. A._ a été engagé au Département X._ dès le 1er novembre 2006. Il a été affecté à l'Office cantonal Y._ en qualité de cadre intermédiaire, adjoint de direction et chargé du secteur juridique et d'information. Dans un document daté du 2 novembre 2006, différents objectifs lui ont été fixés pour le premier semestre. Un entretien d'évaluation intervenant au terme de la période probatoire de trois mois de A._ a eu lieu le 26 janvier 2007 en présence du directeur de l'Office cantonal Y._ et de l'adjointe de direction, responsable des prestations. A._ a été informé que l'Office cantonal Y._ allait demander la cessation des rapports de service à l'Office du personnel de l'Etat (ci-après: OPE) en raison de la non-réalisation des objectifs fixés. B. A._ a été en incapacité de travail pour cause de maladie dès le 5 février 2007. Le 9 février 2007, il a transmis à l'Office cantonal Y._ un certificat médical daté du 7 février, rédigé par le Dr B._, attestant d'une incapacité de travail à 100 % dès le 5 février 2007. Aucune date de reprise n'était mentionnée. Le 14 mars 2007, le Département X._ a demandé à l'OPE de résilier les rapports de service avec A._. Le 19 mars 2007, l'OPE a signifié à ce dernier son licenciement au 30 avril 2007. Cette décision a été reçue le 21 mars par l'intéressé. Le 30 mars 2007, l'Office cantonal Y._ a reçu deux certificats médicaux établis le 26 mars 2007 par le Dr B._. Le premier indiquait que l'incapacité de travail de 100 % dès le 5 février 2007 avait pris fin dès le 19 février 2007. Le second faisait état d'une incapacité de travail du 22 février 2007 au 26 mars 2007 inclus. Lors de sa reprise de travail le 27 mars 2007, A._ a été informé qu'il était libéré de l'obligation de travailler. C. A._ a recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision de l'OPE du 19 mars 2007, concluant principalement à la constatation de la nullité de cette dernière et subsidiairement à son caractère arbitraire. En cas de refus de la réintégration sollicitée, il a conclu au paiement d'un montant correspondant à six traitements mensuels, soit 51'778 fr. 20 en sus du salaire auquel il avait droit pendant son délai de congé. A._ soutenait que le licenciement était intervenu pendant une période de protection, de sorte qu'il était nul. Son licenciement était également arbitraire. Les reproches qui lui étaient adressés étaient infondés. En réponse au recours, l'OPE a produit des observations. Il a exposé que le médecin-conseil de l'Etat avait établi un préavis indiquant que les certificats médicaux fournis pouvaient être considérés comme valides et que l'incapacité de travail de A._, du 5 février au 27 mars 2007, relevait d'une seule et même maladie. Le 28 juin 2007, A._ a fait parvenir au Tribunal administratif une attestation du Dr B._ datée du 8 juin 2007 qui relevait que les conclusions du médecin-conseil de l'Etat étaient erronées: le patient avait bien souffert de deux affections distinctes ayant motivé deux arrêts de travail distincts. Le 1er octobre 2007, l'OPE a dupliqué. Le quatrième certificat médical non daté et comportant la mention "2ème cas" n'avait jamais été remis par A._. Il soulignait que le médecin-conseil avait pris ses renseignements directement auprès du médecin-traitant. Dans un nouveau rapport du 25 juillet 2007, le médecin-conseil apportait les précisions suivantes: "M. A._ a souffert d'une première affection médicale justifiant un arrêt de travail dès le 5 février 2007. La nature de cette affection rendait improbable une guérison au 19 février 2007. La deuxième affection médicale fait référence à une absence justifiée du 22 février au 27 février 2007. La nature de cette deuxième affection ne justifiait en aucune manière la prolongation de l'absence jusqu'au 27 mars 2007. Le deuxième cas de maladie était une affection intercurrente et de courte durée". D. Lors de l'audience de comparution personnelle et d'enquêtes du 22 novembre 2007, le Dr B._ a confirmé être l'auteur des différents certificats médicaux figurant au dossier. Il avait reçu A._ en consultation les 7, 14, 22 et 27 février ainsi que les 8 et 26 mars 2007. Le 7 février 2007, il avait établi un certificat de travail à la demande de son patient. L'arrêt était de durée indéterminée et le certificat avait une durée de validité d'un mois. A._ n'avait pas requis de nouveau certificat avant le 26 mars 2007, de sorte qu'il n'en avait pas établi d'autre avant cette date. Le 26 mars 2007, A._ avait insisté pour avoir deux certificats distincts. Il avait également été pressé par ce dernier, probablement en juin 2007, pour que les mentions "1er cas" et "2ème cas" figurent sur les certificats dont il avait alors établi des duplicatas sans toutefois les dater. Il n'avait pas compris le fondement de ces demandes. L'un des certificats comportait une erreur quant à la date de la fin de l'incapacité, corrigée sur la copie restée dans le dossier médical: il s'agissait du mois de mars et non de février. En outre, le premier cas de maladie était un état dépressif, probablement dû à un mobbing et le second, une broncho-pneumonie. Il ne pouvait pas affirmer que le 22 février 2007, A._ était guéri de la symptomatologie de l'état dépressif ni le contraire, étant donné qu'en présence d'une affection intercurrente, l'état dépressif s'améliorait. En raison de sa sévérité, la deuxième maladie justifiait un arrêt de travail jusqu'au 27 mars 2007. Le représentant de l'Office cantonal Y._ a précisé avoir eu connaissance du certificat médical précisant "2ème cas" en cours de procédure. Quant au certificat mentionnant "1er cas", il le voyait pour la première fois à l'audience. Par arrêt du 18 décembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours. S'appuyant sur le comportement du recourant et ses déclarations, il a retenu que la seconde cause d'incapacité existait déjà le 19 février et que la période de protection y afférente était arrivée à échéance le 20 mars 2007, de sorte que la résiliation reçue le 21 mars 2007 n'était pas nulle. Il a par ailleurs jugé que la décision entreprise ne violait pas le principe de l'interdiction de l'arbitraire. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 18 décembre 2007 par le Tribunal administratif et de dire que le congé qui lui a été notifié le 21 mars 2007 est nul. Subsidiairement, il requiert que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint d'une violation de son droit d'être entendu. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire. Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Secrétaire générale du Département des finances a déposé des observations et conclu au rejet du recours.