Faits: A. B._, née en 1961, a été employée par l'entreprise « X._ S.à.r.l. », dès le 2 septembre 1996, en qualité de « barmaid » et gérante de la discothèque le « Y._ ». « X._ S.à.r.l. » a été inscrite au registre du commerce en septembre 1996, avec un capital de 20'000 fr. S._ était associé gérant avec une part de 19'000 fr. (aux côtés de son père, associé avec une part de 1'000 fr.). Lors de sa fondation, la société se consacrait à l'assistance aux entreprises. Dès janvier 1997, le but a été élargi pour englober toutes activités dans le domaine de l'assistance aux petites et moyennes entreprises au niveau national et international. S._, époux de B._, était aussi associé gérant de deux autres sociétés, « Z._ » (avec sa femme en qualité d'associée) et « A._ S.à.r.l. ». Ces deux sociétés ont pour but les opérations immobilières; la deuxième vise notamment la construction de résidences sécurisées à intégrer dans des structures dites intermédiaires pour des personnes en perte d'autonomie. Le 15 janvier 2008, l'immeuble abritant la discothèque « Y._ » a été dévasté par un incendie. Le 10 avril 2008, le bailleur a résilié le contrat de bail commercial relatif au bar-dancing. S._ a contesté cette résiliation devant le Tribunal des baux, car il espérait pouvoir reprendre l'exploitation de cet établissement. La licence de la discothèque « Y._ » a cependant été annulée avec effet rétroactif au 16 janvier 2008, par décision de la Police cantonale du commerce du 8 mai 2008. L'exploitation de cet établissement n'a pas repris. Le contrat de travail de B._ a été résilié pour le 31 mai 2008. La prénommée s'est inscrite au chômage le 1er juin 2008. Par décision du 14 juillet 2008, la Caisse publique cantonale vaudoise de chômage (ci-après: la caisse) a nié le droit de B._ à l'indemnité de chômage, au motif qu'elle continuait, malgré sa perte de travail, à partager le pouvoir décisionnel détenu par son conjoint au sein de l'entreprise qui l'employait. L'assurée a fait opposition à cette décision en faisant valoir qu'elle avait perdu son travail de gérante de la discothèque à la suite d'un incendie, lequel avait conduit à la résiliation du contrat de bail et à l'annulation de l'autorisation d'exercer qui lui avait été conférée. Par décision sur opposition du 23 septembre 2008, la caisse a nié derechef le droit de l'assurée à l'indemnité de chômage, au motif, cette fois, que le risque d'abus existait en raison des différentes fonctions dirigeantes exercées par l'assurée et son époux dans les sociétés « Z._ » et « A._ S.à.r.l. », dont les buts sont similaires à celui d' « X._ S.à.r.l. ». B. Par jugement du 1er décembre 2008, le Tribunal des assurances du canton de Vaud (actuellement: Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois) a rejeté le recours formé par l'assurée contre la décision sur opposition de la caisse. C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Elle conclut, à titre principal, à l'octroi de l'indemnité de chômage dès le 2 juin 2008. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision. La caisse et le Secrétariat d'Etat à l'économie ont renoncé à se déterminer.