Faits: A. Inscrite au registre du commerce depuis le *** 1983, X._ SA (ci-après : la Société), dont le siège est à A._ (VD), a pour but l'importation, l'exportation et le commerce de tous produits finis, semi-finis et matières premières en relation avec toute activité commerciale. Elle a pour administrateur et actionnaire unique B._. En 1990 et 1991, la Société a accordé plusieurs prêts à C._, ferblantier-couvreur, et à D._, désormais à la retraite, qui a exercé la profession de créateur de parfums indépendant. Au 31 décembre 1995, le solde débiteur de C._ s'élevait à 59'472 fr. 70 et le solde débiteur de D._ à 63'680 fr. Après avoir été enregistrés sous le compte privé actionnaire de B._, ces prêts ont été extournés dans le compte débiteurs commerciaux de la Société, puis, dès le 1er janvier 1992, dans deux comptes intitulés respectivement débiteur C._.7 et débiteur D._.4. A partir de 1995, plus aucun intérêt n'a été comptabilisé, la Société considérant que ces deux débiteurs étaient "insolvables". En 2001, la Société a amorti entièrement la dette de C._ et, en 2002, celle de D._. B. Par trois décisions de taxation du 25 mars 2003 portant respectivement sur les périodes fiscales 1999 à 2001, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt) a modifié les déclarations de la Société en ajoutant notamment un intérêt global sur les comptes courant débiteurs D._ et C._ au motif que ces prêts n'avaient pas été accordés en raison de relations commerciales. Pour le même motif, l'Office d'impôt a refusé l'amortissement sur le prêt accordé à C._ d'un montant de 59'473 fr. en 2001. Par décision de taxation du 28 novembre 2007 relative à la période fiscale 2002, l'Office d'impôt a modifié la déclaration de la Société en refusant en particulier l'amortissement sur le prêt accordé à D._ d'un montant de 63'680 fr. au motif qu'il s'agissait d'un prêt à l'actionnaire. La Société a formé réclamation à l'encontre des décisions de taxations des 25 mars 2003 et 28 novembre 2007. Par décision sur réclamation du 25 mars 2009 concernant l'impôt cantonal et communal (ICC) et l'impôt fédéral direct (IFD), l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a partiellement admis les réclamations portant sur les périodes fiscales 1999, 2000 et 2001, dans la mesure où elle a annulé la reprise des intérêts sur les prêts durant ces périodes. Elle a en revanche confirmé le refus de tenir compte des amortissements sur les prêts accordés à C._ et à D._. Le 14 mai 2009, la Société a interjeté recours à l'encontre de la décision du 25 mars 2009 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 16 juin 2010, le recours a été déclaré irrecevable en ce qu'il concernait l'impôt fédéral direct, dès lors qu'il avait été déposé tardivement, les féries judiciaires de droit cantonal n'étant pas applicables pour cette catégorie d'impôt. En matière d'impôts cantonal et communal, le recours a été admis s'agissant des périodes fiscales 2001 et 2002, les amortissements des prêts survenus ces deux années devant être mis en compte. Partant, pour la période fiscale 2001, le bénéfice imposable a été fixé à 23'900 fr. (soit 83'418 fr. moins 59'473 fr. correspondant à l'amortissement du prêt consenti à C._) et le capital imposable à 94'000 fr. (soit 153'906 fr. moins 59'473 fr.). Pour la période fiscale 2002, le bénéfice imposable a été fixé à 69'700 (soit 133'469 fr. moins 63'680 fr. correspondant à l'amortissement du prêt consenti à D._) et le capital imposable à 160'000 fr. (soit 283'775 fr. moins 59'473 fr. et 63'680 fr.). C. La Société interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 16 juin 2010 en concluant à sa réforme en ce qui concerne l'IFD (cause 2C_645/2010). Elle demande que, pour la période fiscale 2001, son bénéfice imposable soit fixé à 23'900 fr. et son capital imposable à 94'000 fr. et, pour la période fiscale 2001, à ce que son bénéfice imposable soit fixé à 69'700 fr. et son capital imposable à 160'000 fr. A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'Administration cantonale propose le rejet du recours, à l'instar de l'Administration fédérale des contributions. Quant au Tribunal cantonal, il renonce à se déterminer, se référant à son arrêt. D. A l'encontre de l'arrêt du 16 juin 2010, l'Administration cantonale forme également un recours en matière de droit public (cause 2C_628/2010). Elle conclut à son annulation en ce qu'il concerne l'ICC, et à ce que la déduction dans le bénéfice imposable de la Société des amortissements de 59'473 fr. et de 63'680 fr. opérés en 2001 et 2002 soit refusée, ce qui entraîne la confirmation de sa décision sur opposition du 25 mars 2009 en matière d'ICC. Dans sa réponse, la Société conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt du 16 juin 2010 s'agissant de l'ICC. L'Administration fédérale des contributions déclare s'en rapporter à justice. Le Tribunal cantonal propose le rejet du recours.