Faits: A. X._ SA, dont le siège est à Genève, est active dans la tenue du secrétariat d'associations professionnelles du domaine de la construction, la défense des intérêts d'associations patronales de la construction et la gestion administrative de caisses de pensions et de compensations professionnelles, le calcul des salaires et l'établissement des fiches de paie, le conseil juridique et organisationnel aux membres des associations professionnelles et la comptabilité pour des tiers. Elle emploie une dizaine de personnes. Son capital-actions est détenu intégralement par A._, qui est son administrateur unique. En décembre 2008, un grave conflit de travail est survenu au sein de X._ SA entre une employée, B._, et son supérieur hiérarchique direct, C._, bras-droit de A._. Incapable de travailler depuis mars 2009 pour cause de maladie, B._ a été adressée, en juin 2009, aux urgences psychiatriques de l'Hôpital D._. B. Saisi d'une plainte déposée le 30 avril 2009 par B._, l'Office cantonal genevois de l'inspection et des relations du travail (ci-après: l'Office cantonal) a ouvert une enquête, qu'il a suspendue temporairement en mai 2009 à la demande de A._, qui souhaitait intervenir pour tenter un règlement à l'amiable entre les parties. B._ a refusé la proposition de médiation proposée par X._ SA et a donné son congé le 27 août 2009, en se plaignant de harcèlement moral de la part de son supérieur hiérarchique. Dans son rapport du 15 octobre 2009, l'inspecteur chargé de l'enquête a conclu que le dispositif de gestion des conflits existant au sein de X._ SA était inefficace et impropre à garantir la protection de la santé des travailleurs contre les risques psychosociaux. Ce document est à l'origine d'un important litige entre X._ SA et l'Office cantonal, sur la façon dont l'enquête avait été menée, les faits établis et le rapport rédigé. Le directeur de l'Office cantonal a dû intervenir et a supprimé les allégations inexactes ou inappropriées figurant dans le rapport, tout en confirmant les conclusions prises. Le 30 novembre 2009, X._ SA a indiqué à l'Office cantonal qu'elle disposait d'une procédure de conflits relevant du droit du travail faisant intervenir en premier lieu A._, qui était informé soit directement par l'employé concerné soit par d'autres employés. Celui-ci discutait avec les protagonistes et leur communiquait ses constatations. Si des tensions subsistaient, un médiateur était proposé. Si aucune solution n'était trouvée dans le cadre de la médiation, une procédure prud'homale pouvait être engagée par l'employé concerné. Le 11 janvier 2010, l'Office cantonal a imparti un délai de trois mois à X._ SA pour lui faire parvenir un document décrivant les règles de procédure internes mises en place pour gérer hors hiérarchie les conflits de travail et toute forme d'atteinte à la personnalité et pour communiquer celles-ci à ses employés. Le 25 janvier 2010, X._ SA a transmis la procédure mise en place, selon laquelle le personnel cherchait à résoudre directement le conflit avec la ou les personnes concernées. Si aucune solution satisfaisante n'était trouvée, le supérieur hiérarchique direct était sollicité pour un entretien. Si, dans les cinq jours ouvrables, l'action du supérieur ne donnait pas satisfaction ou si une des parties ne souhaitait pas l'intervention de celui-ci, le chef d'entreprise intervenait et entendait les parties dans les deux jours suivant la demande; il décidait des mesures qu'il jugeait adéquates. Si les parties n'étaient pas satisfaites, elles pouvaient recourir aux procédures prud'homales prévues à cet effet. Le 9 février 2010, l'Office cantonal a indiqué à X._ SA que le processus proposé n'était pas conforme aux règles techniques contenues dans les directives du Secrétariat d'Etat à l'économie (ci-après: le SECO), car le recours à une personne de confiance hors hiérarchie n'était pas prévu par la procédure mise en place. X._ SA était priée de soumettre des règles d'intervention prévoyant cette possibilité. Celle-ci s'y est opposée et plusieurs échanges de courriers ont suivi. C. Par décision du 16 août 2010, l'Office cantonal a imposé à X._ SA de concevoir et rédiger des règles d'intervention de personnes de confiance hors hiérarchie auxquelles le personnel pouvait s'adresser en cas de conflit pour des conseils et un soutien en vue de trouver une solution au problème, ainsi qu'à en informer les travailleurs; à défaut, il appartenait à X._ SA de démontrer que les mesures existant au sein de l'entreprise respectaient les exigences en matière d'hygiène au travail par une expertise technique réalisée aux frais de la société par un expert externe reconnu et indépendant de l'entreprise. Des délais étaient impartis à X._ SA pour s'exécuter. X._ SA a recouru contre la décision du 16 août 2010 auprès du Tribunal administratif genevois (devenu, depuis le 1er janvier 2011, la Chambre administrative de la Cour de justice), qui a rejeté son recours par arrêt du 5 avril 2011. Un délai de quarante-cinq jours a été imparti à X._ SA pour transmettre à l'Office cantonal le dispositif demandé dans la décision du 16 août 2010 ou désigner un expert externe reconnu et indépendant de l'entreprise, choisi en concertation avec ses employés et l'Office cantonal; un délai de quatre mois supplémentaires était fixé pour la présentation à l'Office cantonal du rapport d'expertise. D. A l'encontre de l'arrêt du 5 avril 2011, X._ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt entrepris et à ce que la Cour de céans, statuant à nouveau, annule la décision de l'Office cantonal du 16 août 2010, puis constate que X._ SA ne doit pas concevoir et rédiger des règles précises d'intervention de personnes de confiance hors hiérarchie auxquelles le personnel peut s'adresser en cas de conflit, ni en informer les travailleurs, ni démontrer que les mesures existantes au sein de l'entreprise respectent les exigences en matière d'hygiène au travail par une expertise technique. Subsidiairement, elle propose le renvoi de la cause à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. La Cour de justice a déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office cantonal a répondu en concluant à la confirmation de l'arrêt attaqué, ainsi qu'au déboutement de toutes autres ou contraires conclusions. Au terme de ses observations, le Département fédéral de l'économie propose le rejet du recours. Par ordonnance du 17 juin 2011, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.