Faits: A. Y._, de nationalité française, a vécu auprès de sa mère, à Ajaccio (Corse), jusqu'au décès de celle-ci, survenu au mois de décembre 2004. En 2005 et 2006, il a résidé dans un appartement dont sa mère était locataire à Paris, ainsi qu'aux Iles Baléares (Espagne), au bénéfice d'une carte de résident étranger. Le 25 novembre 2006, il a pris à bail, avec effet au 15 décembre 2006, un appartement à la rue xxx à D._. Son adresse était alors celle de l'appartement de la rue bbb à Paris, dont il a résilié le bail le 28 novembre 2006 avec effet au mois de janvier 2007. Au 1er janvier 2007, les autorités du canton du Valais lui ont délivré une autorisation de séjour pour prise de résidence sans activité lucrative, valable pour toute la Suisse jusqu'au 31 décembre 2011. B. B.a A la fin de l'année 2006 ou au début de l'année 2007, Y._ a confié à A._, animateur de B._ Ltd, la gestion d'un capital de 2'500'000 euros. Au mois de mars 2007, A._ lui a expliqué avoir connaissance d'une affaire qui pourrait lui procurer un rendement plus important s'il était en mesure d'investir des montants supplémentaires. Il lui a proposé le financement d'un tiers à concurrence de 1'500'000 fr. Par acte authentique du 27 mai 2007, X._ a prêté à Y._ la somme de 1'500'000 euros. L'art. 2 du contrat précise qu'il s'agit d'un prêt "in fine" à taux d'intérêt fixe - à savoir 8% selon l'art. 4 - d'une durée de trente-six mois, dont les intérêts sont remboursés mensuellement pendant toute la durée du prêt, le capital étant remboursé lors de la dernière échéance. L'art. 5 du contrat prévoit l'engagement pour l'emprunteur de contracter à titre personnel un contrat d'assurance pour couvrir les risques liés à l'invalidité, l'incapacité ou le décès, condition nécessaire à l'octroi du prêt, avec l'obligation pour l'emprunteur de justifier de ce contrat "dans les dix jours de la demande qui pourrait lui en être faite par le Prêteur". En cas de résiliation anticipée, l'emprunteur devait verser, en sus du capital et des intérêts, une indemnisation correspondant à 10% des sommes en capital et intérêts restant à régler pour solder le prêt. Ce contrat mentionne que l'emprunteur est domicilié rue zzz à Ajaccio, alors que sur un projet figurait son adresse à D._. B.b Par lettre recommandée du 30 mai 2007, X._ a mis en demeure l'emprunteur de lui remettre une copie du contrat d'assurance couvrant les risques précités. Le 2 juillet 2007, X._ a "notifié" à l'emprunteur "la déchéance du contrat de prêt"; elle lui a imparti un délai de huit jours pour verser le capital et les intérêts, ainsi que l'indemnité de résiliation anticipée, à savoir un montant total de 1'617'000 euros. B.c Le 17 septembre 2007, X._ a obtenu du Tribunal de première instance de Genève le séquestre des avoirs de l'emprunteur auprès de la Banque Z._ SA. Le 13 mars 2008, la Cour de justice de Genève a admis l'opposition formée par l'emprunteur et révoqué l'ordonnance de séquestre. Le recours au Tribunal fédéral interjeté le 17 avril 2008 par X._ a été déclaré irrecevable le 24 juin suivant, la société n'ayant pas versé l'avance de frais dans le délai imparti. Parallèlement à son recours au Tribunal fédéral, X._ a déposé, le 16 avril 2008, une nouvelle requête de séquestre portant sur les mêmes avoirs, rejetée le lendemain par le Tribunal de première instance de Genève. B.d A la suite du séquestre de ses avoirs en septembre 2007, l'emprunteur a résilié le 4 février 2008, avec effet au 15 mars 2008, le bail de l'appartement sis à la rue xxx à D._. Un tiers lui a mis à sa disposition, dès le 1er mai 2008, un appartement situé à la rue yyy, à D._. B.e Le 15 octobre 2008, la Cour d'Appel de Bastia a déclaré recevable l'appel de l'emprunteur contre un jugement rendu le 15 octobre 2007 par le Tribunal de Grande Instance d'Ajaccio, réputé contradictoire, prononçant la résiliation du prêt de 1'500'000 euros et le condamnant à payer les montants de 1'500'000 euros en capital, 330'000 euros d'intérêts, 183'000 euros à titre d'indemnité de résiliation et 1'500 euros en application de l'art. 700 du Code de procédure civile français, le tout avec exécution provisoire du jugement. La Cour de Bastia a admis la nullité de la signification du jugement intervenue le 31 octobre 2007, l'impossibilité d'une signification à personne, prévue par l'art. 654 du Code de procédure civile français, n'étant pas caractérisée, X._ connaissant l'adresse que l'emprunteur revendiquait comme étant celle de son domicile. C. Entre-temps, le 10 juin 2008, X._ a saisi le Tribunal de première instance de Genève d'une troisième requête de séquestre des avoirs de l'emprunteur auprès de la même banque, à concurrence de 2'014'500 euros, avec intérêts à 5% dès le 3 juillet 2007. Le séquestre a été ordonné le même jour et l'opposition formée par l'emprunteur rejetée le 3 novembre 2008. Par arrêt du 29 janvier 2009, la Cour de justice du canton de Genève, statuant sur appel de l'emprunteur, a admis l'opposition au séquestre et révoqué celui-ci. D. X._ interjette le 5 mars 2009 un recours en matière civile contre cet arrêt, concluant à son annulation et au rejet de l'opposition au séquestre formée par l'emprunteur. Elle se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, ainsi que dans l'application de l'art. 271 al. 1 ch. 4 LP, et d'une violation de son droit d'être entendue, plus particulièrement de son droit d'obtenir une décision motivée (art. 29 al. 2 Cst.). Par ordonnance du 27 mars 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours. L'emprunteur n'a pas été invité à se déterminer sur le fond du recours.