Faits: A. A.a Plusieurs médecins se sont regroupés en vue de développer la chirurgie cardio-vasculaire, en créant un centre à Sion. Pour concrétiser ce projet, ils ont utilisé la Société AB._S.A., créée le 16 octobre 1990, dont ils ont modifié la raison sociale le 28 mars 1991, celle-ci devenant l'Institut A._ S.A. (ci-après A._). L'organisation de A._ a été mise sur pied par la Fiduciaire A.X._ S.A., devenue par la suite X._ S.A. (ci-après X._). C._, juriste de formation et administrateur délégué de X._, s'est occupé des aspects administratifs et juridiques du projet. C._ était membre du conseil d'administration de A._, qui était présidé par le professeur Y._. D._, employée de X._, était administratrice déléguée de A._. Le capital initial de l'institut, qui s'élevait à 100'000 fr., était détenu par C._ (en réalité par X._). La fonction d'organe de contrôle de A._ était exercée par E._, devenue par la suite F._ S.A., dont C._ était également l'un des administrateurs. A.b X._ a joué un rôle central dans la gestion de A._, qui a largement dépassé la simple tenue des comptes. Elle a mis en place les structures administratives de l'institut et s'est assurée de pouvoir en contrôler le fonctionnement en plaçant au conseil d'administration C._, son propre administrateur délégué, ainsi que D._, qui, tout en étant administratrice de A._, était rétribuée par X._. Enfin, la comptabilité de A._ était tenue par un autre employé de X._, qui participait également à des séances du conseil d'administration ou à des assemblées générales. Au fil des mois, X._ a effectué un large éventail de prestations pour A._, s'occupant de tout le domaine extra-médical. Elle a suivi de près l'évolution financière de la société, gérant en particulier les salaires et dressant les décomptes AVS. Elle a mis en évidence les problèmes financiers de l'institut et a contribué activement à la recherche de solutions en vue de son redressement, en proposant des mesures d'assainissement. A.c Les cotisations AVS/AI/APG dues par A._ étaient encaissées sur la base d'acomptes mensuels forfaitaires, calculés par la société elle-même, en fonction des salaires effectivement versés. A la fin de chaque année, la société devait déterminer le total exact des cotisations et s'acquitter du solde éventuel. A._ a payé parfois avec du retard et après sommations ou poursuites, les acomptes des cotisations 1991 et 1992. En revanche, elle n'a pas payé le solde de cotisations 1991 et 1992 s'élevant respectivement à 133'985,35 fr. et à 276'841,40 fr., ainsi que les cotisations 1993 s'élevant à 73'853 fr. Elle n'a en particulier pas veillé au paiement des cotisations sociales lors de l'obtention d'un prêt bancaire de 1'200'000 fr. en février 1992, lors de l'augmentation du capital social de 400'000 fr. en juillet 1992 ni lors de l'obtention de prêts d'actionnaires à hauteur de 300'000 fr. en août 1992, alors que l'arriéré était connu des administrateurs. Ces montants ont été affectés à d'autres charges pour que l'activité de A._ puisse se poursuivre. Il n'a toutefois pas été allégué ni établi que la société avait payé d'autres dettes en comptant sérieusement sur un redressement à court terme. Il n'a pas non plus été démontré que les perspectives de redressement pouvaient apparaître comme sérieuses. A plusieurs reprises, X._ a indiqué aux administrateurs l'existence de la dette de cotisations sociales et elle leur a mentionné qu'il était nécessaire de la payer, mais sans les rendre expressément attentifs aux conséquences d'un non-paiement, ni proposer des mesures strictes pour que la société s'acquitte des cotisations sociales. Le premier avertissement sérieux et explicite en ce sens a daté du 13 janvier 1993. A.d Dès juin 1991, les administrateurs ont pris conscience des difficultés financières de A._ et ont su que l'avenir de la société n'était pas assuré. La faillite de A._ a été prononcée le 30 mars 1993. Le découvert s'est élevé à 7'993'008,90 fr. La Caisse Cantonale de Compensation (ci-après la Caisse de compensation) a obtenu un acte de défaut de biens pour un total de 500'891 fr., dont 499'937,75 fr. représentaient le montant des cotisations AVS/AI/APG prélevées sur les salaires versés aux employés de A._ pour la période allant de janvier 1991 à février 1993. A.e La Caisse de compensation a introduit une procédure en justice à l'encontre de Y._, en sa qualité de président du conseil d'administration de la société A._ faillie, tendant au paiement des cotisations sociales qu'elle n'avait pu récupérer. Le 23 mars 1999, le Tribunal cantonal valaisan des assurances a condamné Y._ à verser à la Caisse de compensation le montant de 499'937,75 fr. Par arrêt du 20 mars 2000, le Tribunal fédéral des assurances a rejeté le recours formé par Y._ à l'encontre de ce jugement et mis les frais à sa charge. La Caisse de compensation a autorisé le président du conseil d'administration à s'acquitter du montant qu'il lui devait en plusieurs versements, dont le dernier est intervenu le 29 janvier 2004. B. Le 14 juillet 2000, Y._ a ouvert une action en justice auprès du Tribunal cantonal valaisan à l'encontre de X._, de l'organe de contrôle de A._ et de C._, en concluant à ce que ceux-ci lui versent la somme de 499'937,75 fr. correspondant au montant qu'il avait été condamné à payer à la Caisse de compensation, ainsi que 12'000 fr. représentant les frais de justice. Par jugement du 5 décembre 2005, la Ire Cour civile du Tribunal cantonal valaisan, estimant que X._ portait une responsabilité prépondérante dans le dommage subi par la Caisse de compensation, a condamné cette société à verser à Y._ 202'375,10 fr., C._ étant pour sa part condamné à payer 50'937,80 fr., les deux montants portant intérêt à 5 % l'an dès le 29 janvier 2004. C. Contre le jugement du 5 décembre 2005, X._ (la défenderesse) interjette un recours en réforme au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'admission du recours et à l'annulation de la décision entreprise dans le sens d'une admission des conclusions tendant à sa libération totale. A titre subsidiaire, elle requiert le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Y._ (le demandeur) propose le rejet du recours.