Faits: A. X._ a fait l'objet d'une taxation d'office à concurrence d'un montant de 6'006 fr. 05 pour la période fiscale du 1er janvier au 31 décembre 2005. Le bordereau, daté du 24 octobre 2006, a été expédié au débiteur le 30 octobre 2006. Le 28 février 2007, l'Etat de Genève, par l'Administration fiscale cantonale (ci-après : l'AFC), a sommé X._ Sàrl de payer le montant de 6'484 fr. 50, comprenant l'impôt de 6'006 fr. 05, augmenté d'une surtaxe de 300 fr. 30, de frais par 15 fr. et des intérêts par 163 fr. 15. B. L'AFC a fait notifier à X._ Sàrl un commandement de payer (poursuite n° xxxx) portant sur les montants de 6'321 fr. 35 avec intérêts à 3,2 % l'an dès le 21 février 2008 et de 328 fr. 95 d'intérêts moratoires calculés au 21 février 2008, sous imputation de 700 fr. de dépens alloués au contribuable selon jugement du Tribunal de première instance du 31 août 2007. La poursuivie a formé opposition. Par jugement du 8 août 2008, le Tribunal de première instance a prononcé la mainlevée définitive de cette opposition. Statuant le 16 octobre 2008 sur appel de la débitrice poursuivie, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé ce jugement. C. X._ Sàrl forme un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant au rejet de la requête de mainlevée définitive. L'intimé n'a pas été invité à répondre.