Faits: A. Par jugement du 21 mai 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a reconnu X._ et Y._ coupables d'escroquerie (art. 146 CP) et de faux dans les titres (art. 251 CP) et les a condamnés à une peine-pécuniaire de 360 jours-amende à 185 fr. le jour pour X._ et à 500 fr. le jour pour Y._, avec sursis et délai d'épreuve de 3 ans. Les droits de la partie civile Z._ SA ont été réservés. B. Par arrêt du 16 juin 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté les appels des prénommés et confirmé le jugement. Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants: B.a Le 21 juin 2005, la société B._ SA et le dénommé C._ ont signé une convention par laquelle ils s'associaient dans le but de vendre les parts de copropriété sur trois immeubles dont B._ SA était propriétaire, le principe étant le partage par moitié du bénéfice réalisé. C._ se voyait en outre accorder la moitié des revenus locatifs nets, avec effet rétroactif à la date d'acquisition des parts de copropriété par B._ SA, respectivement en juillet 2001 et février 2002, tant et aussi longtemps que les parts n'auraient pas été réalisées. Cette convention se référait à des déclarations signées par B._ SA les 27 mars et 24 avril 2001, par lesquelles elle reconnaissait devoir à C._ les sommes de 500'000 fr. et 180'000 fr., dont il fallait déduire 150'000 fr. versés le 16 avril 2003. B.b Le 21 juillet 2005, D._, fils de Y._ et détenteur de 7'354 actions de B._ SA, E._, détenteur de 72 actions de cette société, et X._, détenteur de 1'974 actions et représentant les prénommés, ont vendu à Z._ SA l'intégralité du capital-actions de B._ SA, pour un montant de 11'000'000 francs. Le prix était payable à raison de 7'000'000 fr. à la vente, de 2'000'000 fr. au 31 décembre 2005 et de 2'000'000 fr. lors de l'établissement des comptes arrêtés au 31 décembre 2005, mais au plus tard le 30 juin 2006. Les vendeurs ont garanti à Z._ SA que B._ SA n'avait souscrit aucun engagement envers des tiers autres que ceux ressortant de ses comptes au 31 décembre 2004. Ils ont aussi garanti à l'acheteuse le paiement de toutes charges résultant de faits antérieurs à l'entrée en jouissance et qui n'apparaissaient pas dans les comptes et se sont obligés, au cas où B._ SA se verrait réclamer une dette non comptabilisée, à s'acquitter de cette dette, à l'entière décharge de B._ SA. Les comptes de B._ SA au 31 décembre 2004 et les comptes intermédiaires au 30 juin 2005, établis par la fiduciaire de X._, étaient annexés à la convention de vente d'actions du 21 juillet 2005. B.c X._ a participé aux négociations ayant trait à la vente des actions à Z._ SA. Il connaissait l'existence du contrat du 21 juin 2005 avec C._. Y._ est intervenu dans la gestion de B._ SA et a participé aux négociations en vue de la vente des actions, pour venir en aide à son fils. Il connaissait l'existence de la convention du 21 juin 2005. Z._ SA n'a pas été informée de cette convention. Les comptes de B._ SA au 31 décembre 2004 et ceux intermédiaires au 30 juin 2005 ne mentionnent aucune dette à l'égard de C._. Les comptes intermédiaires ne font pas non plus état de la convention du 21 juin 2005 et ses implications pour B._ SA. B.d Le 7 juillet 2006, B._ SA (dont Z._ SA était alors l'actionnaire) et C._ ont résilié le contrat du 21 juin 2005, celui-ci y renonçant moyennant une indemnité en sa faveur de 1'500'000 francs. Une procédure civile a opposé Z._ SA et les vendeurs. En raison de la compensation opposée à ces derniers, cette société n'a pas subi de préjudice définitif. C. X._ et Y._ forment chacun un recours en matière pénale contre cet arrêt et concluent, sous suite de dépens, à leur acquittement.