Faits: A. Le 31 octobre 2000, A._ et B._ ont acquis l'immeuble édifié sur la parcelle 300 de la commune de Genève, à l'adresse rue Charles-Humbert 9. Le 14 août 2003, cet immeuble a été soumis au régime de la propriété par étage (PPE). Par arrêté du 29 juin 2009, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le DCTI ou le Département cantonal) a autorisé l'aliénation de deux appartements d'une pièce compris dans l'immeuble précité, à savoir les nos 5.06 et 60.3 au profit de C._. Par arrêté du 30 juin 2009, le DCTI a autorisé l'aliénation de deux appartements de deux pièces, à savoir les nos 5.07 et 5.04 au profit de D._ et E._. Par arrêté du 9 juillet 2009, le DCTI a autorisé l'aliénation de deux appartements de deux pièces, à savoir les nos 4.02 et 4.05 au profit de F._ et G._. Les trois autorisations précisait qu'elles ne pourraient pas être invoquées ultérieurement pour justifier une aliénation individualisée des appartements concernés en application de l'art. 39 al. 4 let. d de la loi cantonale du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR) et que les droits et obligations découlant des contrats de bail en cours conclus au bénéfice de différents locataires seraient repris par les acquéreurs. B. L'Association genevoise de défense des locataires (ci-après: l'Asloca) a recouru contre les autorisations précitées auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions (remplacée par la Commission cantonale de recours en matière administrative; ci-après: la Commission cantonale). Le 2 mars 2010, la Commission cantonale a admis le recours. Par arrêt du 15 février 2011, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision précitée. Elle a considéré en substance que les trois opérations de vente d'appartements en bloc ne pouvaient, en l'espèce, être autorisées sur la base de l'art. 39 al. 4 LDTR. Il restait à examiner si ces aliénations pouvaient être admises en application des art. 39 al. 2 ou 3 LDTR. L'intérêt privé des vendeurs n'apparaissait toutefois pas particulier et devait s'effacer face à l'intérêt public, prépondérant dans la situation actuelle difficile du marché locatif genevois. Les intéressés invoquaient par ailleurs en vain le principe de l'égalité de traitement. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 15 février 2011 et de rétablir les autorisations litigieuses. Les recourants se plaignent pour l'essentiel d'une application arbitraire du droit cantonal et d'une violation de la garantie de la propriété ainsi que du principe de l'égalité de traitement. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DCTI conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. L'Asloca conclut au rejet du recours ainsi qu'à la confirmation de l'arrêt attaqué et de la décision de la Commission cantonale du 2 mars 2010. Les recourants ont répliqué; ils persistent intégralement dans leurs conclusions.