Faits: A. Le 13 février 2007, B._ a déposé une plainte pénale pour abus de confiance et blanchiment d'argent contre C._, dont il était divorcé depuis 2006. Celle-ci se serait approprié à son insu des fonds qu'il détenait sur un compte bancaire, en les transférant successivement sur d'autres comptes bancaires qu'elle maîtrisait. Le 11 mars 2008, le Juge d'instruction genevois, chargé de la cause, a ordonné l'identification et la saisie pénale conservatoire d'un compte de la société A._, auprès de la banque X._, à concurrence de 1'200'000 de francs. Cette mesure était assortie d'une interdiction d'informer le client. Entre septembre 2004 et décembre 2006, la société A._ avait reçu quatre transferts de fonds, d'un montant total de 154'400 euros, en provenance d'un compte auprès de la banque Y._, dont C._ était l'ayant droit économique. En date du 2 octobre 2008, le Juge d'instruction a inculpé C._ d'abus de confiance. B. Suite à la levée de l'interdiction d'informer le client, datée du 26 mai 2009, la banque X._ a averti A._ de la saisie. Contestant tout manquement permettant de saisir ses avoirs, A._ a demandé au Juge d'instruction, le 18 juin 2009, la levée immédiate de la saisie du compte auprès de la banque X._ SA. Par courrier daté du 10 juillet 2009 et reçu le 14 juillet 2009, le Juge d'instruction a répondu maintenir "en l'état" la saisie des fonds. Par acte du 24 juillet 2009, A._ a recouru auprès de la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre d'accusation). Sur le plan formel, elle a fait valoir que la lettre du 10 juillet 2009 était bien une décision, dès lors que le magistrat instructeur rejetait la requête de levée de saisie. Elle a développé par ailleurs ses arguments au fond. C. Par ordonnance du 30 septembre 2009, la Chambre d'accusation a déclaré le recours irrecevable. Elle a considéré en substance que la lettre du 10 juillet 2009 avait la portée d'un accusé de réception, ou d'une simple confirmation de la mesure, ou encore d'une seconde notification de la décision de saisie du 11 mars 2008. Le recours déposé le 24 juillet 2009 serait donc d'une part, dirigé contre un acte non sujet à recours et d'autre part, tardif en tant qu'il viserait la décision de saisie initiale du 11 mars 2008. D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'ordonnance du 30 septembre 2009 et de retourner le dossier à l'autorité cantonale pour examen du fond du litige et nouvelle décision au sens des considérants. Elle se plaint d'une violation de l'interdiction du déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.), d'une application arbitraire des art. 22, 190 al. 1 et 192 du code de procédure pénale genevoise du 27 septembre 1977 (CPP/GE; RSG E 4 20) et d'une violation des règles de la bonne foi (art. 5 al. 3 et 9 Cst.). La Chambre d'accusation renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son ordonnance. Le Ministère public du canton de Genève et B._ concluent au rejet du recours. Bien qu'elle y ait été invitée, C._ ne s'est pas déterminée.