Faits: A. A._, né le 25 septembre 1971, est titulaire d'un permis de conduire depuis le 4 janvier 1990. Le 10 octobre 2007, vers 18h55, alors qu'il circulait sur la route de Châtel-Saint-Denis, entre Corsier-sur-Vevey et Chardonne, il a perdu la maîtrise de son véhicule, franchi la ligne de sécurité centrale et heurté une voiture venant normalement en sens inverse. Il présentait au moment des faits une alcoolémie comprise entre 2,50 et 2,76 g o/oo. Il s'est vu notifier une interdiction provisoire de conduire un véhicule automobile. Le 29 novembre 2007, la Commission des mesures administratives en matière de circulation routière du canton de Fribourg (ci-après: la Commission des mesures administratives) a prononcé le retrait préventif du permis de conduire de A._ pour une durée indéterminée vu le doute subsistant sur son aptitude à conduire un véhicule automobile au regard du rapport médical établi le 14 novembre 2007 par le docteur B._. La reconsidération de cette mesure était subordonnée à la production d'un rapport d'expertise établi par un médecin spécialiste en alcoologie. Cette décision n'a pas été contestée. Le 7 juillet 2008, A._ s'est rendu auprès de l'Unité de médecine du trafic de l'Institut de Médecine légale de l'Université de Lausanne. Au regard des résultats des analyses sanguines et autres examens pratiqués à cette occasion, l'expert a demandé d'effectuer un mois d'abstinence d'alcool. A._ s'est présenté le 30 septembre 2008 pour une nouvelle prise de sang. Au vu des résultats encore plus perturbés, un entretien a eu lieu le 13 novembre 2008 avec l'expert. Une stéatose ou une cause virale restant possible, celui-ci a demandé d'effectuer un ultrason hépatique, une sérologie de dépistage des hépatites B et C et la poursuite de l'abstinence sur une période de trois mois avec prises de sang tous les mois. A._ a refusé de se soumettre à de nouveaux examens. Le 1er décembre 2008, l'Unité de médecine du trafic de l'Institut universitaire de médecine légale a rendu son rapport définitif et conclut à la persistance d'un doute très important de problématique éthylique et à l'impossibilité de conclure l'expertise vu le refus de l'expertisé d'effectuer les examens complémentaires et l'abstinence demandée. Le 5 février 2009, la Commission des mesures administratives a pris une nouvelle décision de retrait du permis de conduire de A._ à titre préventif jusqu'à ce que les motifs d'exclusion aient été élucidés, estimant qu'il subsistait de sérieux doutes sur l'aptitude à conduire au vu des résultats du rapport d'expertise du 1er décembre 2008. Elle a chargé l'Unité de Médecine et de Psychologie du Trafic du Centre Universitaire Romand de Médecine Légale d'évaluer dans le cadre d'une expertise l'aptitude de l'intéressé à la conduite de véhicules du troisième groupe et à indiquer les moyens thérapeutiques et/ou autres à mettre en oeuvre pour qu'il puisse recouvrer son aptitude. Statuant par arrêt du 27 mars 2009, la IIIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale) a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision. B. Par acte du 27 avril 2009, A._ a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la restitution immédiate de son permis de conduire faute d'éléments prouvant la moindre incapacité à conduire malgré les examens effectués et l'absence d'antécédents. La Commission des mesures administratives et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours.