Faits: A. O._, né en 1955, et son épouse V._, née en 1958, tous deux citoyens étrangers, sont arrivés en Suisse en 1986. Ils ont deux enfants nés en 1982 et 1987. V._ n'exerce pas d'activité lucrative. O._ est au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité depuis le 1er septembre 1999. La Caisse de compensation du canton de Berne (ci-après: la caisse) lui alloue des prestations complémentaires à l'AVS/AI depuis le 1er mars 2004. Le montant mensuel de ces prestations était de 3'393 fr. depuis le 1er septembre 2005. Dans le calcul de ce montant, la caisse n'a pas tenu compte, au titre des revenus déterminants, des gains que l'épouse aurait pu réaliser en exerçant une activité lucrative. Toutefois, dans une prise de position annexée à une décision de prestations du 25 novembre 2004, elle a fixé à quatre mois la période d'adaptation durant laquelle l'intéressée était tenue de chercher une activité lucrative appropriée, faute de quoi un nouveau calcul des prestations complémentaires serait effectué compte tenu d'un revenu hypothétique de l'épouse. Par courrier du 17 mars 2006, la caisse a indiqué qu'elle envisageait de prendre en considération un montant annuel de 36'000 fr. à ce titre. O._ n'ayant pas réagi à ce courrier, elle a rendu une décision, le 16 mai 2006, par laquelle elle a fixé à 1'624 fr. le montant mensuel des prestations complémentaires dues à partir du 1er décembre 2006, compte tenu du revenu hypothétique mentionné dans la lettre du 17 mars 2006. L'intéressé a fait opposition à cette décision, en produisant un certificat (du 9 juin 2006) du docteur B._, spécialiste en médecine interne et médecin traitant de son épouse, selon lequel celle-ci était entièrement incapable de travailler pour de « multiples raisons ». La caisse a rejeté l'opposition par décision du 3 août 2006. En outre, elle a retiré l'effet suspensif à un éventuel recours. B. Saisi d'un recours, le Tribunal administratif du canton de Berne a annulé la décision sur opposition du 3 août 2006 (y compris le retrait de l'effet suspensif) et renvoyé la cause à la caisse pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision sujette à opposition (jugement du 5 février 2007). C. La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur opposition du 3 août 2006. L'intimé a renoncé à présenter des déterminations, tandis que la juridiction cantonale propose le rejet du recours.