Faits: A. Durant l'automne 2002, X._, qui souhaitait diffuser dans le Valais francophone un journal politique, a pris contact, en vue de faire imprimer ce bulletin, avec Y._, gérant de la société Imprimerie W._ Sàrl. En décembre 2002, l'imprimerie a produit le premier numéro de ce journal, intitulé "V._". Le 5 mars 2003, le notaire B._ a instrumenté une obligation hypothécaire. Ce titre, émis au porteur, fait apparaître une dette de 200'000 fr. et indique que le débiteur est X._. La dette est garantie par une hypothèque sur un immeuble propriété de A._, qui a comparu comme donneur de gage. L'hypothèque a été inscrite au registre foncier, où Y._ a été mentionné comme premier porteur de l'obligation. Le notaire a envoyé l'obligation hypothécaire à Y._. Durant le mois de mars 2003, le deuxième numéro du journal "V._" a été imprimé et distribué. Le 2 juin 2003, X._ a signé un décompte établi par l'imprimerie, faisant apparaître, pour diverses prestations, un solde dû de 96'498 fr.90. La société Imprimerie W._ Sàrl a poursuivi en paiement X._ par la voie de la poursuite ordinaire et a obtenu un acte de défaut de biens portant sur la somme totale de 99'219 fr.45. Par acte du 2 juin 2005, la société Imprimerie W._ Sàrl a cédé à Y._ tous ses droits à l'encontre de X._. B. Par demande du 13 janvier 2006, Y._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal cantonal valaisan, concluant en dernier lieu à ce qu'il soit constaté qu'il avait un droit de gage mobilier sur l'obligation hypothécaire au porteur instrumentée le 5 mars 2003 (arrêt attaqué p. 14). Admettant la recevabilité de l'action en constatation de droit (qui était contestée), la cour cantonale, par jugement du 21 octobre 2008, a constaté que l'obligation hypothécaire au porteur instrumentée le 5 mars 2003 a été remise en nantissement à Y._ pour garantir une créance de celui-ci envers X._ d'un montant de 91'498 fr. 90 en capital (86'498 fr. 90 de factures d'imprimeries et 5'000 fr. de provision, chiffres figurant dans le décompte du 2 juin 2003). C. X._ a déposé un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 21 octobre 2008. Soutenant principalement que l'action en constatation de droit n'est pas recevable parce que l'intimé aurait dû agir en exécution, le recourant a conclu, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente, subsidiairement à la réforme de l'arrêt attaqué et au rejet des conclusions prises par l'intimé. L'intimé a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens.