Faits: A. A._ est copropriétaire, aux côtés de l'hoirie qu'il forme avec sa fille B._, de l'immeuble n° 1769 de la commune du Chenit (VD). Sur ce bien-fonds est édifiée une ferme, dont la façade nord-ouest est située en bordure immédiate d'une route cantonale. Le 18 avril 2012, ce bâtiment a été fortement endommagé par un incendie. Par leur architecte, les propriétaires se sont adressés à la Municipalité du Chenit pour l'informer de leur intention de "redonner à cette ferme le caractère typique de la région en transformant dans le volume existant et en préservant les murs encore en bon état". Ils souhaitaient savoir si, en dépit du fait que le bâtiment existant dépassait les limites de constructions, ils pouvaient aller de l'avant dans leur projet et présenter une demande de permis de construire. B. Par courrier du 16 juillet 2012, la Municipalité a répondu avoir décidé de ne pas entrer en matière sur l'implantation actuelle du bâtiment et a invité les propriétaires à lui soumettre une nouvelle proposition d'implantation en adéquation avec la réglementation communale. Après une inspection locale, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal a admis le recours formé contre cette décision, qu'elle a réformée en ce sens que "le bâtiment sis sur l'immeuble n° 1769 de la commune du Chenit pourra être agrandi ou transformé, respectivement réparé, dans le périmètre de son implantation actuelle". Elle a en bref considéré que des parties importantes du bâtiment subsistaient: deux des quatre façades étaient intégralement préservées, un troisième mur était partiellement endommagé et le quatrième en grande partie détruit. Partant, les travaux prévus dans le gabarit existant pouvaient être qualifiés de réparation ou transformation, mais non de reconstruction, si bien qu'au regard de la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11), ils n'étaient pas exclus. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune du Chenit demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et de confirmer sa décision du 16 juillet 2012, subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour complément d'instruction et nouvelle décision. Les intimés A._ et B._ concluent au rejet du recours. Ils demandent par ailleurs à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours et se réfère aux considérants de son arrêt. Le Service cantonal des routes renonce à se déterminer. Postérieurement au délai qui lui avait été imparti pour ce faire, la commune recourante a présenté des faits nouveaux et produit une pièce. Les intimés se sont encore déterminés sur cette écriture.