Faits: A. X._, né le 17 juillet 1951, et dame X._, née le 12 janvier 1947, se sont mariés le 3 octobre 1980 à Cologny (GE) sous le régime de la séparation de biens. Deux enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de cette union. Les parties se sont séparées en octobre 2003 selon l'épouse et en juin 2004 selon le mari. Le 29 juin 2005, l'épouse a ouvert action en divorce. B. Statuant le 28 février 2008, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé le divorce des parties et, entre autres points, ordonné le transfert au mari de la part de copropriété de l'épouse sur la villa familiale, moyennant reprise par celui-là de l'intégralité de la dette hypothécaire grevant cet immeuble, condamné le mari à payer à l'épouse la somme de 367'260 fr. à titre de soulte, y compris le remboursement du prêt de 115'000 fr. consenti le 16 mars 1988, ainsi qu'à restituer divers objets mobiliers, et dit qu'il n'y avait pas lieu de procéder au partage des avoirs de prévoyance professionnelle. Sur appel de l'épouse, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a, le 20 février 2009, réformé partiellement ce jugement. Elle a condamné le mari à verser à l'épouse la somme de 377'980 fr. à titre de soulte, comprenant le remboursement du prêt de 115'000 fr., et ordonné à la caisse de prévoyance du mari de transférer la somme de 100'000 fr. en faveur de l'épouse, sur le compte de libre passage que lui indiquera cette dernière ou, à défaut, à l'institution supplétive de l'art. 60 LPP. Le mari a également été astreint à payer à l'épouse une contribution d'entretien mensuelle de 1'500 fr. jusqu'au 31 juillet 2016. C. Le mari interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral concluant, principalement, à l'annulation du jugement entrepris en tant qu'il le condamne à payer une contribution d'entretien et qu'il ordonne le transfert de la somme de 100'000 fr. en faveur de l'épouse à titre de partage partiel de son avoir de prévoyance professionnelle. Des observations n'ont pas été requises. D. Par ordonnance du 17 avril 2009, la présidente de la cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours sur les points de l'arrêt cantonal attaqués par le recourant.