Faits: A. Une instruction pénale est en cours contre Y._ pour escroquerie, falsification de marchandises et faux dans les titres. Il lui était reproché, dans un premier temps, d'avoir utilisé sans droit une raison sociale figurant sur des bouteilles de vin. Par la suite, l'autorité d'instruction a cherché à vérifier l'origine du vin en question. Le 20 janvier 2011, le Ministère public vaudois a exigé la production de la comptabilité vinicole du fournisseur X._ AG (à Zoug) relative au vin blanc d'appellation Saint-Saphorin pour les années 2005 à 2007, ainsi que les bulletins de livraison. Les documents ont été remis sous scellés. Le 21 décembre 2011, le Ministère public a requis la levée des scellés auprès du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (Tmc). Par ordonnance du 10 mai 2012, le Tmc a ordonné la levée des scellés. Les conditions posées à l'art. 197 CPP étaient réunies; la mesure apparaissait proportionnée et X._ AG ne pouvait se prévaloir d'aucun secret protégé. B. Par acte du 21 mai 2012, X._ AG a formé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut au maintien (ou à une nouvelle pose) des scellés et à la restitution des documents, subsidiairement au renvoi de la cause au Tmc pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle a demandé l'effet suspensif, qui a été accordé le 25 mai 2012. Le Ministère public a fait savoir, le 31 mai 2012, que les scellés avaient déjà été levés et les pièces versées au dossier. Il a requis une levée de l'effet suspensif le 4 juin 2012, ce qui a été refusé par ordonnance du 6 juin suivant. Le Tmc renonce à se déterminer et se réfère à son ordonnance. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Y._ a conclu à l'admission du recours, au terme d'observations essentiellement consacrées à la réfutation des charges retenues contre lui. Le 2 août 2012, X._ AG a demandé à pouvoir consulter l'intégralité du dossier car il apparaissait que l'instruction pourrait être étendue à d'autres sociétés susceptibles de prendre connaissance des documents remis sous scellés. Elle a été invitée à s'adresser au Ministère public, lequel a, par ordonnance du 9 août 2012, rejeté la demande de consultation: X._ AG était suffisamment renseignée sur l'objet de la procédure et avait pu faire valoir tous ses moyens. Cet incident a fait l'objet d'un recours cantonal rejeté par arrêt du 3 septembre 2012, puis d'un recours au Tribunal fédéral. Par arrêt du 14 décembre 2012 (1B_593/2012), le Tribunal fédéral a rejeté le recours, considérant que la recourante n'avait accès au dossier que dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses droits. En l'occurrence, l'invocation d'un secret d'affaires ne justifiait pas la consultation de l'intégralité du dossier; la recourante disposait d'informations suffisantes pour faire valoir ses arguments. L'instruction de la cause, suspendue par ordonnance du 27 août 2012, a été reprise le 21 décembre 2012. Y._ a déposé de nouvelles observations le 17 septembre 2012. La recourante a déposé des déterminations le 15 février, puis le 4 mars 2013.