Faits: A. Le 27 juillet 1998, A.X._, né en 1944, dont l'épouse B.X._, née en 1938, voyait son départ à la retraite approcher, a conclu un contrat d'assurance-vie susceptible de rachat auprès de la Genevoise (police d'assurance n° ******). Cette police d'assurance prévoyait le versement d'un capital de 971'628 fr. au preneur vivant le 1er mars 2008 ou d'un capital du même montant en cas de décès entre le 1er mars 1998 et le 29 février 2008 en faveur du conjoint de l'assuré. Selon la police, la participation aux excédents était créditée sur un compte épargne. Le montant de la prime unique de 750'000 fr. était payable au 1er mars 1998. Le 15 août 1998, La Genevoise a accordé à A.X._ un prêt sur assurance-vie d'un montant de 688'825 fr., au taux de 4,75% l'an, les intérêts étant payables par anticipation. Aux termes du contrat de prêt, la police n° ****** était remise en gage et devait être restituée après remboursement total, pour autant que le contrat d'assurance reste en vigueur. Le prêt s'éteignait sans dénonciation par compensation avec la somme disponible lors de l'échéance des prestations d'assurance ou lors de la transformation en une assurance libérée du paiement des primes ou lors du rachat de l'assurance. Dès le 11 avril 2006, le montant du prêt était fixé à 780'000 fr. au taux de 3%. Le 1er mars 2008, la Zurich Assurances (qui s'était substituée à La Genevoise) a versé à A.X._ le capital échu de 971'628 fr. et le montant du compte de participation de 52'625 fr. 45, soit un montant de 1'024'253 fr. 45. Le 4 mars 2008, le prêt de 780'000 fr. a été intégralement remboursé. Le 26 avril 1999, A.X._ et B.X._ (ci-après: les intéressés) ont déclaré pour la période fiscale 1999/2000 un revenu imposable de 29'700 fr. et une fortune imposable de 1'155'000 fr. Pour 1998, ils ont déduit 32'719 fr. 20 d'intérêts passifs relatifs au prêt du 15 août 1998. Le 19 août 1999, la Commission d'impôt de Z._ a refusé la déduction des intérêts passifs et arrêté le revenu imposable des intéressés pour l'impôt cantonal et communal à 61'600 fr. et la fortune à 989'000 fr.; pour l'impôt fédéral, le revenu imposable a été arrêté à 122'000 fr. Le 16 septembre 1999, les intéressés ont déposé une réclamation tendant à obtenir la déduction des intérêts passifs en cause. Le 2 mars 2000, la Commission d'impôt a jugé mal fondée la réclamation, maintenue par les intéressés. L'affaire a été transmise à l'Administration cantonale des impôts. Pour les périodes fiscales 2001/2002 et 2003, l'autorité de taxation a une nouvelle fois refusé la déduction des intérêts passifs relatifs au prêt du 15 août 1998. Pour la période fiscale 2001/2002, le revenu imposable pour l'impôt cantonal et communal a été arrêté à 154'000 fr., la fortune imposable à 1'166'000 fr.; pour l'impôt fédéral direct, le revenu imposable a été arrêté à 137'000 fr. Pour la période fiscale 2003, le revenu imposable pour l'impôt cantonal et communal a été arrêté à 311'700 fr., la fortune imposable à 1'521'000 fr.; pour l'impôt fédéral direct, le revenu imposable a été arrêté à 311'300 fr. Les intéressés ont déposé des réclamations les 23 décembre 2004 et 25 octobre 2005. Par décision du 18 juillet 2007, l'Administration cantonale des impôts a rejeté les réclamations des 19 août 1999, 23 décembre 2004 et 25 octobre 2005 et confirmé les revenus et fortune imposables en matière d'impôts fédéral, cantonal et communal. Selon elle, les intéressés disposaient de suffisamment de fonds propres pour financer la prime unique de l'assurance-vie et le paiement de primes périodiques auraient été plus avantageux que le paiement d'une prime unique. Par mémoire du 14 août 2007, les intéressés ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud contre la décision rendue le 18 juillet 2007 par l'Administration cantonale des impôts. Ils ont conclu à l'annulation des bordereaux d'impôts pour les périodes fiscales 1999/2000, 2001/2002 et 2003 et à la déduction des intérêts passifs liés au prêt du 15 août 1998. B. Par arrêt du 16 mai 2008 limité à l'impôt cantonal et communal (sauf soustraction), la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (qui remplace le Tribunal administratif depuis le 1er janvier 2008) a admis le recours, l'emprunt contracté par les intéressés ne constituant pas une évasion fiscale. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration cantonale des impôts demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt rendu le 16 mai 2008 par le Tribunal cantonal en matière d'impôts cantonal et communal, périodes fiscales 1999/2000, 2001/2002 et 2003 et de confirmer la décision de l'Administration cantonale des impôts du 18 juillet 2007 en matière d'impôt cantonal et communal 1999/2000, 2001/2002 et 2003. Elle se plaint de la violation de l'art. 9 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. A.X._ et B.X._ déclarent, sans l'aide de leur mandataire, renvoyer à l'arrêt attaqué, dont ils demandent la confirmation. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.