Faits: A. Par ordonnance du 4 février 2013, le Ministère public de la République et canton de Genève a classé la plainte déposée par X._ le 1er décembre 2009 pour escroquerie, banqueroute frauduleuse et diminution effective de l'actif au bénéfice des créanciers, formellement dirigée contre inconnu, mais qui visait les sociétés B._ Inc., ayant son siège au Canada, C._ SA, ayant son siège à Genève, et A._, qui est notamment administrateur de cette dernière. Il leur reprochait essentiellement, en substance, de lui avoir fait croire que les ressources de la société étaient suffisantes pour que son salaire lui soit versé, ce qui était faux. Il avait été induit en erreur pour qu'il continue son activité, ce qui constituait une escroquerie puisqu'il n'avait finalement perçu aucune rémunération pour les mois de mars à juin 2009. B. Par arrêt du 4 avril 2013, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de Genève a rejeté le recours formé par X._ en tant qu'il portait sur la prévention d'escroquerie et l'a admis en relation avec les infractions contre la faillite, renvoyant le dossier au Ministère public sur ce point. Elle a laissé les frais de la procédure de recours à la charge de l'Etat et alloué à X._ une indemnité de 1'500 francs. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à son annulation en tant qu'il ne retient pas une prévention d'escroquerie et lui alloue une indemnité de 1'500 francs, qu'il juge trop faible.