Faits: A. Y._ (ci-après: l'employé) a été engagé dès le 1er juin 2004 en qualité de dessinateur-architecte par X._ SA (ci-après: l'employeuse) pour un salaire mensuel brut de 6'670 fr. (augmenté dès le 1er janvier 2006 à 7'000 fr.) versé douze fois l'an. Durant quatre années consécutives (2004 [prorata temporis], 2005, 2006 et 2007), l'employé a reçu un montant de 7'000 fr. "net" (calculé sur la base d'un montant brut de 7'550 fr. duquel on a déduit la "plupart des cotisations sociales"), en sus du salaire convenu. N'ayant reçu, en 2008, que 2'000 fr., il s'en est étonné auprès de l'employeuse, qui lui a alors octroyé une somme supplémentaire de 5'000 fr. sous certaines conditions, un courrier postérieur faisant mention d'un prêt octroyé sans intérêts, une décision devant être prise ultérieurement quant à savoir si la somme devrait être remboursée ou si elle serait allouée à l'employé à titre de bonus 2008 et/ou 2009. L'employé n'a reçu aucune rétribution supplémentaire en 2009. Le contrat de travail a été résilié par l'employeuse le 7 août 2009, avec effet au 31 octobre 2009, l'employé étant libéré de son obligation de travailler. B. Le 7 janvier 2010, l'employé a ouvert action devant le Tribunal des prud'hommes du district de Boudry; il a conclu à ce que l'employeuse soit condamnée à lui verser la somme de 5'000 fr. au titre de solde de treizième salaire pour 2008 et 5'833 fr. au titre de treizième salaire au prorata pour 2009, soit un montant total de 10'833 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er novembre 2009. Par jugement du 22 septembre 2010, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à payer à sa partie adverse le montant de 10'833 fr., intérêt en sus. Il a notamment retenu que, bien qu'aucun treizième salaire n'avait été convenu entre les parties, l'employé s'est vu verser durant quatre années consécutives (en 2004 [prorata temporis], et de 2005 à 2007) un montant de 7'000 fr. et que l'employeuse n'a pas démontré avoir formulé des réserves quant au caractère facultatif de cette rétribution. Interprétant les comportements des parties selon la théorie de la confiance, il a jugé que le montant supplémentaire versé à l'employé constituait un élément de son salaire, de sorte qu'il pouvait prétendre à un versement de 7'000 fr. pour l'année 2008, les 5'000 fr. déduits de ce montant par son employeuse devant lui être restitué; tout accord au sujet de ce dernier montant était nul en vertu de l'art. 323b al. 3 CO. L'employé avait également droit, pour l'année 2009, à 7'000 fr. prorata temporis, soit 5'833 fr. Par arrêt du 1er novembre 2011, la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours interjeté par l'employeuse. En substance, elle a confirmé le jugement de la première instance, expliquant notamment que le montant supplémentaire accordé chaque année à l'employé était supérieur au salaire mensuel brut convenu entre les parties et que, selon la jurisprudence fédérale, cette rétribution supplémentaire devait être considérée comme un élément du salaire, et non comme une gratification volontaire. C. L'employeuse exerce un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt cantonal du 1er novembre 2011. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que la demande de l'employé soit rejetée, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Elle invoque une appréciation arbitraire des preuves, ainsi qu'une "application arbitraire de la jurisprudence". L'intimé conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.