Faits: A. Dans le cadre du litige qui oppose S._ à l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (l'office AI) au sujet de son droit à des prestations de l'AI ensuite de l'accident du 12 avril 2000, le Tribunal fédéral des assurances a ordonné un complément d'instruction médical portant sur le genre d'activité exigible de la part de l'assuré et, le cas échéant, la possible diminution du rendement dans un emploi adapté (arrêt du 18 octobre 2005, I 466/04). A la suite de cet arrêt, l'office AI a confié un mandat d'expertise à la Clinique X._; les docteurs E._, A._ et I._ ont déposé leur rapport le 18 octobre 2006. Par décision du 11 juin 2007, l'office AI a rejeté la demande après avoir fixé le degré de l'invalidité à 25 %. B. S._ a déféré cette décision au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève en concluant au versement d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er février 2001. Par jugement du 30 septembre 2008, la juridiction cantonale a admis partiellement le recours, annulé la décision du 11 juin 2007, et reconnu le droit de l'assuré à un quart de rente fondé sur un degré d'invalidité de 44 %. Le tribunal a par ailleurs réservé le droit de l'assuré à des mesures de réadaptation professionnelle à la condition qu'il en présente expressément la demande. C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation avec suite de dépens. A titre principal, il conclut au versement d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er avril 2001, puis d'un quart de rente à partir du 1er juin 2006; subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause au tribunal cantonal. L'office intimé et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.