Faits: A. T._ SA a été inscrite au Registre du commerce de Genève le 4 février 1985. Elle avait notamment pour but de fournir, sur l'ensemble du continent européen, des services et des conseils relatifs à la gestion de fortune de manière indépendante ou par l'intermédiaire de parts à des fonds de placement. Elle était affiliée à la Caisse Inter-Entreprises de Prévoyance professionnelle (ci-après: CIEPP) depuis le 1er octobre 2000, pour la gestion de la prévoyance professionnelle en faveur de ses employés. La CIEPP est une institution de prévoyance à laquelle sont affiliés plusieurs employeurs sur la base de conventions d'affiliation. Par lettre du 12 février 2002, T._ SA a demandé l'ouverture d'un compte-entreprise auprès de la CIEPP aux fins de constituer une réserve de prévoyance pour le paiement des cotisations patronales. Le 5 mars 2002, la CIEPP a confirmé l'ouverture d'un compte-entreprise, conformément à l'art. 99 de son règlement. Elle a précisé qu'en application des dispositions fiscales, le montant maximum qui pouvait être versé par l'entreprise ne devait pas dépasser cinq fois le montant des cotisations annuelles patronales, en l'occurrence 842'688 fr. La caisse rappelait que le compte serait rémunéré sur la base d'un taux d'intérêt de cinq pour cent pour l'année 2002. Plusieurs versements furent effectués par T._ SA sur le compte-entreprise, les 18 mars 2002 et 7 mai 2002, pour un montant total de 850'000 fr. B. T._ SA a été dissoute par décision de son assemblée générale du 10 décembre 2002. Elle n'a plus occupé de personnel à compter du 1er mars 2003. Par lettre du 2 avril 2003, T._ SA en liquidation a demandé à la CIEPP, par l'intermédiaire de son liquidateur, le remboursement du solde du compte-entreprise, lequel s'élevait à 743'552 fr. 95. La caisse a répondu, le 9 mai 2003, que le compte de réserve et de cotisations patronales constitué par la société ne pouvait pas faire l'objet d'une liquidation qui occasionnerait un transfert à l'employeur. Le montant à disposition devait en revanche être réparti sur le compte des assurés ayant cotisé à l'institution de prévoyance depuis son ouverture. C. Par écriture du 1er juillet 2003, T._ SA en liquidation, représentée par son liquidateur, a assigné la CIEPP devant le Tribunal administratif du canton de Genève (aujourd'hui en matière d'assurances sociales: Tribunal cantonal des assurances sociales, Genève) en concluant à la restitution par cette dernière des acomptes de réserve pour cotisations patronales jusqu'à concurrence de 743'552 fr. 95. La défenderesse a conclu au rejet de la demande. Statuant le 20 janvier 2004, le tribunal administratif a rejeté la demande. D. T._ SA en liquidation a formé un recours de droit administratif en concluant, principalement, à l'annulation de ce jugement et au remboursement par la CIEPP du montant précité de 743'552 fr. 95. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause aux premiers juges pour nouvelle décision au sens des motifs. La CIEPP a déclaré ne pas souhaiter répondre au recours de droit administratif. Quant à l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS), il propose de rejeter le recours. E. Par ordonnance du 28 avril 2004, la Vice-Présidente du Tribunal fédéral des assurances a rejeté, dans la mesure où elle n'était pas sans objet, la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.