Faits: A. Le 3 février 2009, Y._ a ouvert devant le Tribunal de première instance du canton de Genève une action en modification du jugement de divorce rendu le 3 avril 2000 par le Tribunal du district de Lausanne. Il a requis la suppression de la contribution due à son fils majeur, X._. La cause a été attribuée à la Présidente de la 8ème Chambre du Tribunal de première instance, qui a convoqué les parties à deux audiences de comparution personnelle, les 17 mars et 5 mai 2009. Dans son mémoire-réponse du 25 mai 2009, X._ s'est opposé à la demande et a conclu, reconventionnellement, à ce que son père soit condamné à lui verser 39'846 fr., avec intérêts, à titre de contribution d'entretien pour les mois de juillet à décembre 2007, de janvier à décembre 2008 et de janvier à mai 2009. B. Le 6 mai 2009, X._ a saisi le Tribunal de première instance d'une demande de récusation de la Présidente de la 8ème Chambre du Tribunal de première instance. En bref, il a allégué que, par son attitude lors des séances des 17 mars et 5 mai 2009, celle-ci avait démontré ne plus pouvoir traiter la cause en toute impartialité. Par décision du 4 juin 2009, le Tribunal de première instance a rejeté la requête. Il a retenu, en substance, que la proposition d'une démarche de médiation et la tentative de conciliation ne traduisaient aucun parti pris, que les tensions apparues lors de l'audience du 5 mai 2009 devaient être imputées à l'avocat de X._, qui devait se conformer aux injonctions du juge d'entendre les parties en « chambre du conseil », indépendamment de la question de savoir si cette institution excluait ou non la présence des mandataires. C. X._ interjette un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de la décision cantonale et à la récusation de la magistrate concernée. L'autorité cantonale n'a pas été invitée à répondre. D. Par ordonnance du 2 juillet 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil a accordé l'effet suspensif au recours.