Faits: A. Fin avril 2003, X._, née Z._, a mandaté l'avocat genevois Y._ et l'avocat milanais A._ aux fins de faire valoir ses droits dans le cadre de la succession de feu son père. Pour l'activité déployée, l'avocat Y._ a établi trois notes de frais et honoraires pour un total de 15'671'412 fr. 50 toutes taxes comprises, à savoir: - une note de frais et honoraires du 11 juin 2003 de 61'263 fr. 55 toutes taxes comprises, soit 52'000 fr. hors taxes et débours pour les honoraires couvrant l'activité déployée entre le 1er avril et le 31 mai 2003; - une note de frais et honoraires du 21 octobre 2003 de 129'148 fr. 95 toutes taxes comprises, soit 117'534 fr. hors taxes et débours pour les honoraires couvrant l'activité déployée entre le 1er juin et le 30 septembre 2003; - une note de frais et honoraires du 29 avril 2004 de 15'481'000 fr. toutes taxes comprises, soit 14'387'546 fr. hors taxes et débours pour les honoraires couvrant l'activité déployées entre le 1er octobre 2003 et le 29 avril 2004 et la future activité à exercer jusqu'à la fin de l'année 2004. Le 23 avril 2004, X._, qui avait donné les instructions utiles à sa banque par avis du 21 avril 2004, a finalement versé à ses avocats la somme de 25'000'000 euros à titre d'honoraires. Sur ce montant, l'avocat Y._ a prélevé la somme de 15'481'000 fr. correspondant au montant de la note de frais et honoraires du 29 avril 2004 que X._, qui le conteste, avait contresignée pour accord. Au printemps 2007, X._ a mandaté l'avocat genevois B._ qui, par courrier du 1er juin 2007, a requis tant de l'avocat Y._ que de l'avocat A._ qu'ils l'informent sur la manière dont leurs honoraires - dont X._ ne remettait pas en cause le montant - avaient été répartis et si une partie du montant avait été reversée à un ou plusieurs tiers. Par courrier du 5 juin 2007, l'avocat Y._, sans entrer en matière sur la répartition des honoraires, a affirmé qu'aucun tiers n'avait bénéficié, ne serait-ce que partiellement, du montant payé par X._ pour honorer ses avocats dans le cadre de leur mandat. L'avocat Y._ n'a donné aucune suite aux lettres de X._ des 24 juillet et 27 août 2007 visant à obtenir la répartition des honoraires et la raison pour laquelle elle n'avait pas reçu de note d'honoraires. Le 16 novembre 2007, X._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une requête en reddition de comptes tendant à ce qu'il soit donné ordre à l'avocat Y._ de lui communiquer toutes informations utiles quant à la répartition entre son étude et celle de l'avocat A._ de la somme de 25'000'000 euros qui lui avait été versée à titre d'honoraires, d'établir une note d'honoraires lui permettant de comprendre la tarification appliquée et justifiant du montant des honoraires et frais encourus, enfin de rendre compte sur les activités déployées dans son mandat (démarches entreprises, personnes rencontrées, temps consacré et tarifs horaires). Par ordonnance du 11 décembre 2007, il a été fait droit à cette requête. Par courrier du 21 janvier 2008, l'avocat Y._ a donné suite à la décision du 11 décembre 2007 en produisant notamment ses trois notes de frais et honoraires du 11 juin 2003, 21 octobre 2003 et 29 avril 2004 ainsi que le relevé de son time-sheet pour l'activité déployée entre le 25 avril 2003 et le 26 avril 2006 pour le compte de X._. Dans cette même lettre, il relevait, en substance, que son ancienne cliente, contrairement à ses dires, avait toujours été parfaitement informée de ses démarches et de son activité et qu'elle avait reçu toutes les explications nécessaires. Il soulignait par ailleurs qu'elle avait reçu et payé les trois notes d'honoraires précitées, la troisième facture ayant d'ailleurs fait l'objet d'une longue discussion intervenue le 10 février 2004, au cours de laquelle ses anciens conseils lui avaient indiqué que leur activité justifiait une rémunération de 25'000'000 euros qu'elle avait finalement accepté par la signature de la troisième facture. Par courrier du 31 janvier 2008, X._ a contesté avoir été tenue informée de l'activité de l'avocat Y._ et lui a reproché d'avoir procédé à une reddition de comptes lacunaire, le priant de répondre à des questions rédigées sur vingt-cinq pages et numérotées de 1 à 175. Le 17 février 2008, X._ a saisi le Tribunal de première instance d'une seconde action en reddition de comptes comprenant les questions susmentionnées, fondée sur le même état de fait que la première, qui a été rejetée dans la mesure de sa recevabilité par ordonnance du 20 mars 2008, puis déclarée irrecevable par arrêt de la Cour de justice du canton de Genève du 7 août 2008. Par lettre du 25 février 2008, X._ a relevé le caractère exorbitant des honoraires de l'avocat Y._, auxquels elle a contesté avoir consenti. Elle a par ailleurs déclaré invalider au sens des art. 21, 23, 24 ch. 4 et 28 CO son prétendu accord avec lesdits honoraires. Par réponse du 3 mars 2008, l'avocat Y._ a contesté tant les griefs soulevés par X._ que l'invalidation de l'accord sur les honoraires. B. Par requête du 13 juin 2008, X._ a soumis à la Commission de taxation des honoraires d'avocat du canton de Genève (ci-après: la Commission) les trois notes d'honoraires de l'avocat Y._, concluant à ce que cette autorité les réduise à un taux horaire de 500 fr. et qu'elle les arrête ainsi à 29'950 fr. pour celle du 11 juin 2003, 52'425 fr. pour celle du 21 octobre 2003 et 517'750 fr. pour celle du 29 avril 2004. En substance, elle reprochait à l'avocat Y._ le caractère exorbitant de ses honoraires, soulignant que celui-ci avait appliqué un tarif horaire de 868 fr. 11 (59.9 heures facturées 52'000 fr.) pour la note d'honoraires du 11 juin 2003, de 1'121 fr. (104.85 heures facturées 117'534 fr.) pour la note d'honoraires du 21 octobre 2003 et de 14'950 fr. 25 (1'033.50 heures facturées 15'481'000 fr.) pour la note d'honoraires du 29 avril 2004. Elle expliquait s'être rendue compte de cette situation uniquement après avoir eu connaissance du time-sheet de son ancien conseil, raison pour laquelle elle n'agissait qu'à ce moment-là. Elle entendait ainsi que la Commission réduise lesdites notes à un tarif horaire de 500 fr. Elle soulignait par ailleurs ne jamais avoir consenti à de tels honoraires, contestant avoir signé la facture du 29 avril 2004, et rappelant, en tout état, avoir révoqué, par courrier du 25 février 2008, tout éventuel consentement pour le cas où il aurait été donné. L'avocat Y._ a conclu au rejet. En bref, il invoquait la tardiveté de la requête, qui intervenait plus de cinq ans après le paiement des notes d'honoraires dressées en 2003 et plus de quatre ans après le paiement des honoraires finaux et forfaitaires, convenus en février 2004, qui avaient été facturés le 29 avril 2004 et auxquels elle avait consenti par la signature d'un exemplaire de ladite facture. Il soulevait également l'absence d'intérêt juridique suffisant de X._ pour intenter son action, au motif qu'en invoquant l'invalidité de l'accord sur les honoraires, elle devait en premier lieu soumettre à l'autorité judiciaire compétente cette question pour ensuite, dans l'hypothèse où elle obtenait gain de cause, agir dans le cadre d'une procédure de taxation. Il soulignait par ailleurs que X._ avait donné son accord avec les honoraires litigieux puisque c'était elle-même qui avait donné l'ordre de transfert de la somme de 25'000'000 euros et qui avait signé la facture du 29 avril 2004, aucun élément au dossier ne permettant de retenir un vice de consentement. Il relevait enfin que les notes d'honoraires litigieuses n'étaient pas excessives au regard des différents critères de l'art. 34 de la loi genevoise du 26 avril 2002 sur la profession d'avocat (LPAv/GE; RSG E 6 10) vu la responsabilité assumée, l'importance de l'affaire, la complexité des négociations, l'extraordinaire résultat obtenu et la situation financière de sa cliente. Par décision du 3 février 2009, la Commission a déclaré la requête du 13 juin 2008 irrecevable. Elle a rappelé que selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la reconnaissance par le client du montant des honoraires ne le privait pas du droit de les contester ultérieurement devant la Commission; à défaut, celle-ci commettrait un déni de justice si elle n'entrait pas en matière (arrêt P 634/76 du 14 juillet 1976 consid. 2); ainsi, la Commission avait retenu, dans diverses décisions subséquentes, qu'une requête de taxation ne saurait être déclarée irrecevable pour cause de tardiveté dans la mesure où la LPAv/GE ne prévoyait pas de délai pour la saisir (décisions de la Commission n° 51/2005 du 20 avril 2005; n° 18/2002 du 13 novembre 2001; n° 46/98 du 8 juin 1998); cependant, la Commission avait nuancé sa jurisprudence en ce sens qu'elle avait précisé que lorsque le client s'était d'ores et déjà acquitté de la note d'honoraires, il devait toutefois agir dans un délai raisonnable, soit dans celui d'un an prévu par le CO pour les vices du consentement (décisions de la Commission n° 16/2007 du 30 mars 2007; n° 46/98 du 8 juin 1998). Cela étant, la Commission a considéré qu'en l'espèce, il apparaissait, au regard des pièces produites et des explications fournies par les parties, que X._ avait reconnu, dans un premier temps, devoir les honoraires réclamés par l'avocat Y._ puisqu'elle avait donné, par avis de transfert du 21 avril 2004, à sa banque l'ordre de transférer un montant de 25'000'000 euros afin de s'acquitter des honoraires dus à ses avocats; par ailleurs, il était établi qu'elle avait accepté les honoraires facturés par l'avocat Y._ le 29 avril 2004 en contresignant la note de frais et honoraires de cette date, aucun élément au dossier ne permettant de retenir qu'il ne s'agirait pas de sa signature. Le fait que X._ ait reconnu, dans un premier temps, le montant des honoraires de l'avocat Y._ n'était pas en soi un motif qui la privait aujourd'hui du droit de contester les notes d'honoraires litigieuses. En revanche, il était établi et non contesté par les parties que X._ s'était acquittée de l'ensemble des honoraires facturés par l'avocat Y._ en avril 2004; partant, il devait être admis qu'en déposant une requête le 13 juin 2008, soit quatre ans plus tard, X._ n'avait pas agi dans un délai raisonnable. C. X._ (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que celui-ci annule la décision du 3 février 2009 et renvoie la cause à la Commission en lui enjoignant de déclarer sa requête recevable et de statuer au fond, avec suite de dépens. Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la confirmation de la décision entreprise, sous suite de frais et dépens.