Faits: A. A._, ingénieur civil de formation, est revendeur officiel d'explosifs dans le canton de Vaud. Il est inscrit au registre du commerce en nom propre à son adresse privée, pour l'exploitation d'un bureau d'ingénieur civil et d'une entreprise générale de construction. En 1976, A._ a constitué C._ SA, dont le but est l'établissement de projets et travaux de minage, conseils et expertises se rapportant au minage et à la géophysique. Il en est l'actionnaire principal et l'administrateur, avec B._, son épouse, et son fils. A._ est salarié de C._ SA; il met à disposition de celle-ci la patente de revendeur d'explosifs et de moyens de mise à feu dont il est titulaire. B._ exploite en son nom un commerce de vêtements à l'enseigne "X._"; jusqu'en 2001, elle possédait deux magasins, l'un sis rue xxx, l'autre place yyy; elle n'a conservé depuis lors que le second. En outre, jusqu'en 1996, avec sa belle-fille D._, elle exploitait, en société simple, un commerce de bijoux à la même enseigne, dont tous les bénéfices revenaient par convention à sa belle-fille. B. Pour les périodes de taxation 1993/1994 à 1999/2000, A._ et B._ avaient déclaré un revenu imposable de 20'700 fr. pour 1993/1994, de 24'300 fr. pour une partie de 1995, de 36'500 fr. pour le solde de 1995 et 1996, de 37'800 fr. pour 1997/1998 et de 72'200 fr. pour 1999/2000, aucune fortune pour 1993/1994 et 1995/1996, une fortune de 253'000 fr. pour 1997/1998 et de 288'000 fr. pour 1999/2000. Pour les périodes de taxation 1995 à 1998, C._ SA a déclaré un bénéfice imposable nul durant les années de calcul 1995 à 1998 et un capital de 322'000 fr. pour 1995, de 314'000 fr. pour 1996, de 292'000 fr. pour 1997 et de 250'000 fr. pour 1998. Le 30 juin 1995, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a imposé les époux A._ et B._ sur un revenu de 95'300 fr. pour la période fiscale 1993/1994, décision contre laquelle ces derniers ont interjeté une réclamation. Le 4 juin 1999, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle à C._ SA et aux époux A._ et B._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1999/2000 et ouvert, le 15 décembre 2000, une procédure en soustraction fiscale à leur encontre. Le 6 mars 2003, après avoir instruit la cause et demandé de nouvelles pièces aux intéressés, elle a rendu des décisions de taxation et d'amendes pour tentatives de soustraction fiscale pour les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000, qui ont fait l'objet de réclamation de la part des époux A._ et B._ et de C._ SA. C. Par décisions du 2 avril 2004, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation des époux A._ et B._ portant sur la période fiscale 1993/1994 et l'a aggravée. Elle a partiellement admis les réclamations de ces derniers ainsi que de C._ SA portant sur les périodes de taxation 1995/1996 à 1999/2000. Dans le chapitre des époux A._ et B._, elle a procédé à des reprises totales sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 de 740'852 fr. et de 94'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, elle a procédé au total à des reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 de 299'998 fr. et de 95'000 fr. sur le capital imposable. Les montants des amendes pour tentative de soustraction fiscale ont été corrigés en conséquence. Les reprises effectuées concernaient notamment des distributions dissimulées de bénéfice à l'actionnaire, des chiffres d'affaires non comptabilisés, des ventes non déclarées, des charges non justifiées, des frais généraux forfaitaires et des frais de véhicules non admis, des réserves sur charges sociales non admises, ou encore des soldes de comptes de chèques postaux et bancaires non déclarés ou erronés. Le 3 mai 2004, A._ et B._ ainsi que C._ SA ont interjeté recours contre les décisions sur réclamation du 2 avril 2004 auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud. Ils ont conclu à leur annulation, contestant la plupart des reprises opérées par l'Administration cantonale. Cette dernière a conclu à l'admission très partielle des recours. Après que les parties ont confirmé leurs conclusions dans un deuxième échange d'écritures, le Tribunal administratif a décidé de restreindre l'instruction de la cause au seul examen des taxations fiscales en cause, suspendant l'instruction portant sur la soustraction fiscale jusqu'à droit connu sur les reprises. Il a tenu audience le 14 février 2006 au cours de laquelle il a entendu les parties. A._ et B._ ainsi que C._ SA ont produit un lot de pièces en audience. D. Par arrêt du 18 avril 2006, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours de A._ et B._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt fédéral direct et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Il a également partiellement admis le recours de A._ et B._ ainsi que celui de C._ SA s'agissant de l'impôt cantonal et communal et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Dans son arrêt, au chapitre des époux A._ et B._, après avoir examiné tous les griefs et les pièces des intéressés, le Tribunal administratif a arrêté le total des reprises sur les revenus des années de calcul de 1991 à 1998 à 337'897 fr. et à 86'744 fr. sur la fortune imposable. Dans le chapitre de C._ SA, il a arrêté les reprises sur les bénéfices imposables des années de calcul 1995 à 1998 à 43'918 fr. et à 5'000 fr. sur le capital imposable. E. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ et B._ ainsi que C._ SA demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'admettre le recours et de réformer l'arrêt rendu le 18 avril 2006 par le Tribunal administratif en ce sens que, dans le chapitre des époux A._ et B._, pour les périodes de taxation en cause, le total des reprises est fixé à 281'891 fr. 10 pour les revenus imposables et à 78'744 fr. pour la fortune imposable. Subsidiairement, ils concluent à ce que la cause soit renvoyée à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils se plaignent d'une constatation incomplète des faits par le Tribunal administratif. Sur le fond, ils se plaignent d'une erreur de calcul dans l'addition des reprises au titre de prestations de C._ SA en faveur de son actionnaire pour un montant de 563 fr. en 1995 et de 206 fr. en 1998. Ils contestent aussi la reprise d'une facture de fleuriste de 808 fr. pour 1993, la reprise d'une facture d'achat de robe de 2'521 fr. pour 1994, la reprise de frais de voyage en République tchèque de 2'227 fr. 75 pour 1991, de 1'062 fr. 50 pour 1993 et de 457 fr. 90 pour 1994, la reprise de frais de véhicule de 15'200 fr. pour les années 1991 et 1992, de 26'700 fr. pour les années 1993 à 1998 ainsi que la reprise d'achat de bijoux de 3'361 fr. pour 1991 dans les comptes de B._ en tant qu'exploitante de la boutique de vêtements. Ils contestent également la reprise de la réserve sur charges sociales de 8'000 fr. pour l'année 1996 dans les comptes d'indépendant de A._ ainsi que dans leur fortune imposable pour 1997. Ils contestent enfin les reprises de 10'800 fr. pour les année 1991 et 1992 sur indemnités touchées par repas de C._ SA. A l'appui de leur recours, ils produisent un bordereau de six pièces. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt du 18 avril 2006 et renonce à déposer une réponse. L'Administration cantonale propose d'admettre très partiellement le recours dans le sens que l'erreur d'addition de 563 fr. de la reprise sur les revenus des époux A._ et B._ pour 1995 et de 206 fr. pour 1998 soit rectifiée en leur faveur et de le rejeter pour le surplus, dans la mesure où il est recevable. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux observations de l'Administration cantonale. F. Le 7 juin 2006, l'Administration cantonale a produit de nouvelles décisions sur réclamation datées du 18 mai 2006 établies en application du dispositif de l'arrêt rendu le 18 avril 2006 par le Tribunal administratif. Par ordonnance du 13 juin 2006, le Président de la IIe Cour de droit public a déclaré sans objet la requête d'effet suspensif formulée par les recourants.