Faits: A. Le 2 janvier 2011, X._ a été interpellé par la gendarmerie vaudoise pour un contrôle, alors que le véhicule dans lequel il circulait en qualité d'accompagnateur d'une élève conductrice s'engageait à Rolle sur l'autoroute A1 Genève-Lausanne. Le prénommé ne portait pas de lunettes médicales, ni de verres de contact, malgré une inscription y relative dans son permis de conduire. La plaque "L" n'avait par ailleurs pas été apposée sur le véhicule. En raison de ces faits, le Préfet de Nyon a, par ordonnance pénale du 2 mars 2011, condamné X._ au paiement d'une amende de 200 francs pour infraction simple à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01). Saisi d'une réclamation de l'intéressé, il a fixé le montant de l'amende à 100 fr., par ordonnance pénale du 8 juillet 2011. Entre-temps, le 21 mars 2011, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (ci-après: SAN) a ordonné le retrait du permis de conduire de X._ pour une durée d'un mois. Il a considéré que l'infraction réalisée par l'intéressé était légère et qu'un retrait de permis pour la durée légale minimale devait être prononcé, parce qu'il s'était déjà vu retiré son permis de conduire pour un mois, le 25 novembre 2009, pour une infraction moyennement grave. Le 23 décembre 2011, le SAN a rejeté la réclamation de X._ et confirmé sa décision du 21 mars précédent. B. Par arrêt du 12 avril 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'intéressé contre la décision du SAN. Les juges cantonaux ont retenu en substance que le comportement de X._ constituait à tout le moins une infraction légère au sens de l'art. 16a al. 1 let. a LCR, son cas ne pouvant être qualifié de peu de gravité et donc conduire à une renonciation de toute mesure administrative au sens de l'art. 16c al. 4 LCR. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral de réformer cet arrêt, en ce sens que la décision du SAN du 23 décembre 2011 est annulée et qu'aucune mesure administrative ne lui est infligée en application de l'art. 16a al. 4 LCR. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, tandis que le SAN a renoncé à formuler des observations. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours.