Faits: A. J._, né en 1978, a requis une indemnité de chômage à partir du 3 octobre 2005. Il ressort de sa demande, d'une part, qu'il avait étudié à l'Ecole X._ de septembre 2000 à septembre 2004 et, d'autre part, qu'il avait accompli un service civil du 3 octobre 2004 au 23 septembre 2005. Un délai-cadre d'indemnisation lui a été ouvert jusqu'au 2 octobre 2007. Par décision du 10 novembre 2005, la caisse cantonale de chômage, agence du Nord vaudois (ci-après: la caisse) a nié le droit de J._ à des indemnités de chômage. Elle a considéré qu'il ne pouvait se prévaloir d'une période de cotisation de douze mois durant le délai-cadre de cotisation (du 3 octobre 2003 au 2 octobre 2005), ni être libéré des conditions relatives à la période de cotisation pour la même période. En particulier, elle a retenu une durée de dix mois et 5, 2 jours pour le service civil accompli par l'intéressé et une durée de cinq mois et 4, 4 jours d'études à l'Ecole X._. Par acte du 11 novembre 2005, J._ a fait opposition à cette décision. Par décision sur opposition du 1er février 2006, la caisse cantonale de chômage, division technique et juridique, a rejeté l'opposition formée par l'assuré et partiellement confirmé la décision attaquée, en ce sens qu'elle a rectifié les durées prises en compte pour le calcul du droit à l'indemnité. Sur la base de deux attestations de l'AVS des 7 mars et 28 septembre 2005, elle a retenu que la durée du service civil était de dix mois et 15, 6 jours (pour les périodes du 4 octobre au 24 décembre 2004 ainsi que du 10 janvier au 31 août 2005). Par ailleurs, elle a pris en compte une période d'études de onze mois et 23, 8 jours au regard d'une attestation de l'Ecole X._ du 23 janvier 2006 (pour la période du 3 octobre 2003 au 23 septembre 2004). Nonobstant ces rectifications, l'assuré ne pouvait justifier d'une activité soumise à cotisation (ou assimilée) pendant la durée minimum de douze mois requise durant le délai-cadre de cotisation et ne pouvait pas non plus se prévaloir d'un motif de libération des conditions relatives à la période de cotisation. Par ailleurs, le cumul des périodes de cotisation et des périodes de libération n'était pas possible. B. J._ a déféré cette décision au Tribunal administratif du canton de Vaud. Par jugement du 29 décembre 2006, ce tribunal a admis le recours, annulé la décision sur opposition du 1er février 2006 et retourné le dossier à la caisse cantonale de chômage pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. La juridiction cantonale a retenu que l'assuré était dans l'impossibilité matérielle de remplir la condition relative à la période de cotisation. D'une part, les obligations liées au service civil l'avaient empêché d'être partie à un rapport de travail pendant plus de dix mois, et d'autre part, il terminait une formation professionnelle pendant plus de onze mois durant la période de cotisation. En définitive, l'assuré avait la possibilité effective d'être partie à un rapport de travail pendant moins de trois mois seulement pendant le délai-cadre de la période de cotisation. En pareilles circonstances, les motifs de libération et les activités comptant comme périodes de cotisation devaient être cumulés; il appartenait alors à la caisse de chômage de fixer le montant de l'indemnité en fonction de la période la plus importante prise en considération dans le cumul. C. Le Secrétariat d'Etat à l'économie (seco) interjette un recours de droit administratif contre ce jugement dont il demande l'annulation. Invité à se prononcer sur ce recours, J._ a renoncé à se déterminer. Pour sa part, la caisse cantonale de chômage, division technique et juridique, s'en remet à justice.