Faits: A. Le 27 mars 2007, A.X._ et B.X._ ont obtenu l'autorisation de construire deux immeubles contigus de huit appartements sur la parcelle n° 548 de la commune de Bex, au lieu-dit l'Allex d'Enhaut. La parcelle a ensuite été vendue à Y._, lequel a demandé formellement, le 18 février 2010, de pouvoir apporter des modifications au projet, notamment en changeant la couleur de la toiture (noir anthracite au lieu de terre cuite) et en ajoutant au faîte du pan sud deux rangées de panneaux solaires (photovoltaïques et thermiques) sur quasiment toute la longueur. Outre un jeu de plans où figure cette adjonction, le requérant produisit une convention avec les propriétaires voisins (parmi lesquels A.X._) portant sur l'installation d'une piscine et de cabanons en dérogation au périmètre d'implantation. La Municipalité a accordé le permis le 24 mars 2010 sans enquête publique, compte tenu de l'accord des propriétaires voisins et de la minime importance des travaux. B. Le 30 août 2011, A.X._ s'est adressé à la Municipalité, relevant que deux lucarnes à châssis rampants (velux) avaient été posées parmi les panneaux solaires, et que le périmètre d'implantation n'avait pas été respecté. Y._ a expliqué qu'il avait changé de modèle de panneaux solaires, sur trois rangées au lieu de deux pour une surface identique et qu'il n'avait réalisé que deux des huit éléments vitrés qui avaient, selon lui, été autorisés. Par décision du 21 septembre 2011, la Municipalité a imparti à Y._ un délai au 30 novembre pour éliminer les châssis rampants installés sans autorisation. C. Par arrêt du 15 février 2013, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours formé par Y._ et annulé l'ordre de remise en état. Les panneaux solaires faisaient partie de l'autorisation accordée le 24 mars 2010, et ils étaient conformes à l'art. 18a LAT. Bien que non mentionnées dans la liste de modifications du projet initial, les ouvertures figuraient dans l'une des annexes. L'intéressé pouvait considérer de bonne foi que l'autorisation portait également sur ce point. D. A.X._ forme un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Principalement, il en demande la réforme en ce sens que la décision du 21 septembre 2011 est confirmée. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision au sens des considérants. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. La Municipalité s'en remet à justice. Y._ conclut au rejet du recours. Le recourant a formulé de nouvelles observations, persistant dans ses motifs et conclusions. L'intimé a renoncé à déposer de nouvelles observations.