Faits: A. X._ exerce une activité indépendante dans l'appartement où il est domicilié, à Y._. Depuis février 1996, il exploite une entreprise individuelle à l'enseigne « Z._ », dont l'activité consiste en l'achat, la vente, la location, la promotion et le courtage dans le domaine immobilier et financier. Dans sa déclaration fiscale 2002, envoyée le 29 août 2003, X._ a fait état d'un bénéfice net de 57'383 fr. 10, duquel il avait déduit les sommes de 10'425 fr. 15 pour frais de téléphone, internet, port et CCP et de 20'700 fr. à titre de loyer et frais de chauffage. Le 14 octobre 2003, l'Administration fiscale cantonale lui a notifié un bordereau de taxation relatif à l'impôt fédéral direct 2002 d'un montant de 1'655 fr. 70, calculé sur la base d'un revenu imposable de 74'800 fr. Dans le procès-verbal de taxation remis au contribuable le 3 septembre 2004, elle explique qu'elle a opéré une reprise de 19'695 fr. sur les comptes commerciaux, soit 4'170 fr. sur le poste téléphone, internet, frais de port et CCP, représentant les 2/5èmes du total de 10'425 fr. pour la part privée, et 15'525 fr. sur le poste loyer et chauffage. Statuant sur réclamation le 1er avril 2005, l'Administration fiscale cantonale a admis une déduction supplémentaire pour le loyer, tout en maintenant sa position concernant les frais de téléphone, internet, port et CCP. B. X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral direct, en concluant à la déduction intégrale des frais de téléphone, internet, port et CCP, à hauteur de 10'425 fr., car il s'agissait de frais entièrement liés à son activité professionnelle. Ce recours a été rejeté, par décision de la commission du 8 novembre 2006. Saisi d'un recours contre cette décision, le Tribunal administratif du canton de Genève l'a rejeté par arrêt du 9 octobre 2007. Il a retenu en bref que le contribuable n'avait pas établi que ses frais étaient justifiés en totalité par l'exercice de sa profession et que l'administration les avait déjà admis à hauteur des 3/5èmes, soit 6'255 fr. sur les 10'425 fr. revendiqués par l'intéressé. C. Invoquant l'arbitraire, le principe de la bonne foi et le droit à un procès équitable, X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 9 octobre 2007. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais, de même que l'Administration fédérale des contributions, qui a renoncé à présenter des observations.