Faits: A. X._, né en 1972, est titulaire d'un permis de conduire pour véhicules automobiles depuis le 13 novembre 1998. Selon le registre fédéral des mesures administratives, le prénommé a fait l'objet d'un retrait de permis de conduire ordonné le 6 août 1998 et d'un second, pour infraction grave, prononcé le 15 juin 2006 pour une durée de trois mois, l'exécution de cette mesure ayant pris fin le 31 mars 2007. Le 21 janvier 2012, vers 16h40, X._ circulait sur l'autoroute A1 en direction de Lausanne lorsque, dans un virage à gauche - quelques mètres avant le point kilométrique 15.100 -, il a perdu la maîtrise de son véhicule qui a glissé puis effectué un tête-à-queue. La voiture est partie en embardée contre un arbre situé à droite de la bande d'arrêt d'urgence. Arrivée sur les lieux, la police a constaté qu'il n'y avait aucune trace de freinage, que des traces de ripage étaient visibles dans l'herbe située à droite de la bande d'arrêt d'urgence sur une distance d'environ 25 m et que l'accident n'avait occasionné que des dégâts matériels. Selon le rapport de police, X._ avait circulé à une vitesse inadaptée aux circonstances ainsi qu'aux conditions de la route, de la circulation et de la visibilité et il avait perdu la maîtrise de son véhicule. Sur le tronçon considéré, la vitesse était limitée à 80 km/h et la chaussée était mouillée car il pleuvait. Par décision du 24 février 2012, l'Office cantonal des automobiles et de la navigation (OCAN) a retiré le permis de conduire de X._ pour une durée de douze mois, les infractions constatées le 21 janvier 2012 étant graves. Cette décision a été confirmée, le 15 mai 2012, par le Tribunal administratif de première instance. Statuant par arrêt du 4 septembre 2012, la Chambre administrative de la Cour de justice a rejeté le recours de X._. Elle a considéré que l'intéressé avait commis une infraction grave au sens de l'art. 16c al. 1 let. a de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR, RS 741.01) pour laquelle un retrait de permis d'une durée minimale de douze mois s'imposait au vu des antécédents du conducteur (art. 16c al. 2 let. c LCR). Dans l'intervalle, le Service des contraventions du canton de Genève a, le 13 avril 2012, infligé à X._ une amende de 850 francs pour avoir circulé à une vitesse inadaptée et avoir perdu la maîtrise de son véhicule en violation des art. 26, 31, 32 et 90 LCR et art. 4 OCR (RS 741.11). B. X._ forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt de la Cour de justice. ll demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt entrepris et de fixer la durée du retrait de permis à deux mois, subsidiairement de renvoyer la cause à l'instance de recours cantonale pour nouvelle décision. La Cour de justice et l'OCAN n'ont pas d'observation à formuler. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours. Par ordonnance du 12 novembre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours.