Faits: A. Le 25 septembre 2003, X._ AG (ci-après: X._), société active dans le domaine du transport, a acheté à Z._ SA (ci-après: Z._), société active notamment dans les domaines du transport et de l'exploitation de machines de chantier, avec effet au 1er novembre suivant, " ses domaines d'activités nationales des exploitations de xxx, yyy et zzz, ainsi que l'ensemble des actifs immobilisés liés ". Le chiffre 4 du contrat prévoyait notamment : " X._ informe Z._, jusqu'au 24 octobre 2003, avec quel effectif en personnel les domaines d'activités seront poursuivis (...). La réduction de personnel à réaliser, de même que les coûts qui en résultent sont à la charge de Z._. X._ demande à Z._ que 22 postes soient supprimés avant la fin septembre 2003. Le coût au-delà du 1er novembre 2003 étant refacturé à X._. L'ensemble du personnel en activité selon liste jointe sera repris (hormis les 22 postes). Z._ prendra également à sa charge les salaires, vacances et heures supplémentaires, au prorata jusqu'au 31.10.2003, du personnel à reprendre par X._. " Le 3 novembre 2003, les représentants de X._ (V._ et W._) et ceux de Z._ (A._ et B._) ont modifié sur divers points le contrat du 25 septembre 2003 et signé une convention le complétant. Le contenu est le suivant (traduction du texte original en allemand) : " Accord entre Z._ SA - X._ AG 1) Les représentants confirment mutuellement les garanties suivantes aussi bien au nom des entreprises que solidairement à titre personnel. 2) X._ garantit à Z._ le paiement du personnel jusqu'au départ de celui-ci et pour ceux qui ont été repris jusqu'à un montant de CHF 467'000.- (au total 220 personnes) 3) Z._ garantit un montant dû pour vacances heures supplémentaires et pour le 13ème mois = au maximum 10/12 du montant pour vacances, heures supplémentaires (qui s'élèverait selon Monsieur B._ à CHF 262'000.-/la part du 13ème salaire approximativement CHF 833'000.- au total CHF 1'095'000.-). L'avenant a été signé par les administrateurs précités pour les deux sociétés et également par chacun d'eux " solidairement à titre personnel ". A une date indéterminée, mais peu avant le 19 décembre 2003, Z._ a adressé à X._ cinq factures (relatives aux salaires pour la période de novembre 2003 à février 2004) dont elle avait pris l'initiative de s'acquitter, pour un montant total de 456'937 fr. 97. Le bien-fondé de ces factures n'a jamais été contesté par X._. Par courrier du 19 décembre 2003, Z._ a notamment précisé ce qui suit: " (...) notre engagement non contractuel de payer une quote-part de 13ème mois pour le personnel transféré chez X._ AG est lié à votre engagement de régler l'ensemble des frais de personnel dès le 1er novembre 2003. Il y a donc lieu de faire une compensation (...) (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF). Le 23 décembre 2003, Z._ a adressé à X._ un nouveau courrier reprochant à celle-ci de refuser de lui rembourser les sommes avancées et de ne pas respecter ses engagements contractuels. La société estime que B._ et A._ ont été induits en erreur et que la convention du 3 novembre 2003 est invalidée en ce qui les concerne (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF). Le 12 janvier 2004, X._ a versé un montant de 432'155 fr. 20 aux employés qu'elle avait repris de Z._, à titre de treizième salaire, pour la période allant du 1er janvier au 31 octobre 2003. On observe que Z._ et X._ ont ainsi en quelque sorte " inversé " les prestations qui étaient prévues par le contrat du 25 septembre 2003 et son avenant du 3 novembre 2003, l'une exécutant les prestations de l'autre, et inversement. Le 15 janvier 2004, Z._ a mis X._ " en demeure de régler la somme totale de CHF 1'041'821,90 échue en sa faveur d'ici au vendredi 23 janvier 2004 ". Ce montant comprend également, outre la créance de 456'937 fr. 97, une part du prix convenu pour le transfert d'entreprise. Le 22 janvier 2004, X._ a établi un décompte selon lequel Z._ lui devait la somme de 136'249 fr. 39. Le décompte a été contesté par Z._. Le 28 janvier 2004, X._ a adressé à Z._ une facture pour un montant de 433'181 fr. Cette facture n'a été honorée ni par Z._ ni par ses administrateurs. Le 6 avril 2004, Z._ a écrit à X._ ce qui suit (complètement d'office: art. 105 al. 2 LTF) : " Comme ma mandante vous l'a écrit le 13 janvier 2004 (sic), les montants payés à titre de treizième salaire (pour la période du 1er janvier au 31 octobre 2003) aux employés que vous avez repris de Z._ SA feront l'objet d'une compensation dans le cadre du décompte définitif. A toutes fins utiles, Z._ SA oppose expressément par la présente la compensation à votre facture du 28 janvier 2004. " En mai 2004, Z._ est devenue SI T._. Le 24 juin 2004, sur réquisition de X._, un commandement de payer a été notifié à B._ pour un montant de 433'181 fr. Il a été frappé d'opposition totale. Le 2 août 2004, sur réquisition de SI T._, un commandement de payer a été notifié à X._ pour un montant de 1'426'808 fr. Il a été frappé d'opposition totale. Le 11 août 2004, sur réquisition de X._, un commandement de payer a été notifié à l'épouse de A._ pour un montant de 433'181 fr. Il a été frappé d'opposition totale. Le 9 février 2006, la faillite de SI T._ a été prononcée. Le 24 mars 2006, X._ a produit une créance d'un montant de 409'322 fr.73 dans le cadre de la faillite. Selon avis de l'Office des faillites de l'arrondissement de La Côte du 5 mai 2011, les droits de la masse en faillite, relatifs au procès mené à Zurich (cf. infra let. B), ont fait l'objet d'une cession par acte du 23 mars 2009 notamment en faveur de A._ et B._. Les 17 et 25 mai 2011, A._ et B._, en leur qualité de créanciers cessionnaires des droits de la masse, ainsi que l'administration de la faillite de SI T._ en liquidation, ont déclaré compenser la dette à l'égard de X._ (portant sur le paiement d'une quote-part des treizièmes salaires, vacances et heures supplémentaires du personnel transféré) avec la créance de la société SI T._ en liquidation (remboursement des salaires payés pour les mois de novembre 2003 à février 2004). B. Par courrier du 14 septembre 2004, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a accusé réception de la " plainte civile " de X._ adressée à la Justice de paix du cercle de Nyon, puis transmise au Tribunal d'arrondissement de La Côte, et l'a renvoyé à agir selon les règles du Code de procédure civile vaudois dans un délai prolongé au 14 décembre 2004. Le 15 mars 2005, SI T._ a introduit auprès du Juge de paix de Dietikon une demande en paiement à l'encontre de X._ d'un montant de 1'426'808 fr.15, V._ et W._ étant solidairement tenu avec cette dernière société au paiement partiel d'un montant de 467'000 fr. Par requête incidente déposée le 4 avril 2005, A._ et B._ ont requis la suspension de la procédure vaudoise jusqu'à droit connu sur la procédure ouverte à Dietikon. Par décision incidente du 29 juin 2005, la Juge instructrice de la Cour civile a rejeté cette requête. Cette décision a été confirmée par la Chambre des recours du Tribunal cantonal, en raison du principe de priorité temporelle posé à l'art. 36 aLFors. En cours de procédure, une expertise comptable a été confiée à C._, R._ S.àr.l. Il ressort du rapport rendu par l'expert le 26 mai 2009, ainsi que du rapport complémentaire du 15 avril 2010, que Z._ a payé un montant total de 958'247 fr.65 à titre de salaires nets pour les périodes du 1er novembre 2003 au 28 février 2004, dont 456'938 fr. ont été refacturés à X._. L'expert a corrigé certaines erreurs commises par Z._ et conclu qu'en réalité le montant facturé par cette société à X._ aurait dû se monter à 416'891 fr.37. Par jugement du 24 mai 2012, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a condamné A._ et B._ à verser à X._ la somme de 15'263 fr.80 avec intérêts à 5% l'an dès le 25 juin 2004 (en ce qui concerne B._) et dès le 12 août 2004 (en ce qui concerne A._), et elle a mis les frais judiciaires et les dépens solidairement à leur charge. En substance, elle a retenu que Z._ avait transféré son entreprise au sens de l'art. 333 CO à X._, avec effet au 31 octobre 2003, que les rapports de travail ont passé à celle-ci à partir de cette date, qu'en vertu de l'art. 143 al. 2 CO, la créance de 432'155 fr. 20 (montant versé par X._ aux employés le 12 janvier 2004) est une créance solidaire due par les deux sociétés, mais, dans les rapports internes, à la charge de Z._. S'agissant de la convention du 3 novembre 2003 invalidée par Z._ le 23 décembre 2003, la Cour civile a relevé que les conditions de l'erreur essentielle n'étaient pas réalisées et qu'en signant cette convention A._ et B._ ont fait leur l'engagement de Z._, devenant ainsi débiteurs solidaires aux côtés de la société de la somme de 432'155 fr. 20. Enfin, les premiers juges ont considéré que la compensation requise par A._ et B._ a pu s'opérer de plein droit le 6 avril 2004, la faillite subséquente de SI T._ prononcée le 9 février 2006 n'ayant pas affecté cette compensation. Ils ont ainsi conclu qu'après compensation du montant de 432'155 fr. 20 payé par X._ et du montant de 416'891 fr. 37 payé par Z._, A._ et B._ devaient verser 15'263 fr. 83, plus intérêts, à X._. La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois, par arrêt du 6 août 2013, a rejeté la requête de suspension déposée par X._ jusqu'à droit connu sur la procédure ouverte à Dietikon, rejeté son appel et confirmé le jugement attaqué, mettant à sa charge les frais et les dépens. C. X._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal vaudois. La société conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que A._ et B._ soient condamnés à lui verser solidairement la somme de 432'155 fr.20, intérêts en sus, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Les intimés concluent, avec suite de dépens, à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.