Faits: A. Marié à Y._, X._ exerce une activité indépendante de médecin urologue FMH à Z._. Il détenait des participations dans les sociétés Centre médico-chirurgical A._ SA (ci-après: A._ SA) depuis sa constitution en 1983, B._ SA depuis sa constitution en 1987, Clinique C._ SA (ci-après: C._ SA; anciennement SI A._ et Clinique SA) depuis sa constitution en 1988 et Ambulances D._ SA (ci-après: D._ SA) dont il avait acquis des titres en 1989. A._ SA et B._ SA ont été mises en faillite en 1999, D._ SA en juillet 2000 et C._ SA en juillet 2001. B. Dans leur déclaration pour la période fiscale 1999/2000, les époux X._ et Y._ ont fait état d'un revenu imposable de 105'600 fr. (37'700 fr. déterminant le taux) et d'une fortune nulle. Les 26 février, 5 avril et 31 mai 2001, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale) a requis des intéressés la production de certaines pièces comptables. Un rappel a été adressé le 25 septembre 2001. Le 26 décembre 2002, l'Administration cantonale a informé les intéressés que leur déclaration faisait l'objet d'une enquête, leur taxation restant provisoire dans l'intervalle. Dans leur déclaration pour la période fiscale 2001/2002, les époux X._ et Y._ ont fait état d'un revenu imposable nul et d'une fortune de 164'000 fr. Les 26 mars, 17 septembre et 3 octobre 2002 ainsi que le 5 mars 2003, l'Administration cantonale a requis des intéressés la production de certaines pièces comptables aux fins de procéder à la taxation. Deux sommations leur ont été adressées les 8 avril et 9 juillet 2004. Le 2 septembre 2005, s'agissant de la période fiscale 1998/1999, pour l'impôt cantonal et communal, l'Administration cantonale a arrêté le revenu imposable à 189'900 fr. et une fortune imposable nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 189'800 fr. S'agissant de la période fiscale 2000/2001, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 150'800 fr. et la fortune imposable à 818'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 158'300 fr. Par décision du 26 janvier 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation interjetée par les intéressés contre les décisions rendues le 2 septembre 2005. C. Par mémoire du 27 février 2006, les intéressés ont déposé un recours auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud. Durant la procédure de recours, par décision incidente du 12 avril 2006, le juge instructeur du Tribunal administratif a rejeté les réquisitions des intéressés tendant à la production des dossiers fiscaux A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA ainsi que la production du dossier de la procédure pénale ouverte contre X._. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a confirmé les taxations d'impôt fédéral, cantonal et communal des époux X._ et Y._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998. Par jugement du 20 juin 2007, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a libéré X._ des chefs d'accusation d'abus de confiance, de gestion déloyale et de faux dans les titres. En raison de ce jugement pénal, les intéressés ont demandé au Tribunal administratif la révision de son arrêt rendu le 12 juin 2006. Cet arrêt avait été confirmé par arrêt du Tribunal fédéral du 27 novembre 2006 (2A.429/2006 et 2P.185/2006). Enfin, par arrêt du 18 mars 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté une demande de récusation dirigée contre le juge instructeur. Le 19 mai 2008, la procédure de recours, qui avait été suspendue durant la procédure de récusation du juge instructeur, a été reprise. Les parties ont été entendues le 11 juin 2008. Une requête de suspension de procédure jusqu'à droit connu sur le sort de la procédure en révision de l'arrêt du 12 juin 2006 a été écartée. Une requête de suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur la révision par l'Administration cantonale des impôts des taxations concernant les périodes 1999/2000 et 2001/2002 a également été rejetée par le juge instructeur en date du 13 novembre 2007. D. Par arrêt du 15 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours déposé le 27 février 2006 contre la décision sur réclamation rendue le 26 janvier 2006 et mis à la charge des intéressés un émolument de justice de 5'000 fr. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. La requête de production du dossier pénal devait être écartée, parce que les considérants de cet arrêt ne liaient pas le Tribunal cantonal sur les questions fiscales. Il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur la procédure en révision ouverte en raison de l'arrêt rendu le 20 juin 2007 par le Tribunal correctionnel d'arrondissement de Lausanne. Sur le fond, le refus de déduire les pertes sur les participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été dûment comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, les époux X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral sous suite de frais et dépens d'annuler l'arrêt rendu le 15 juillet 2008 et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Subsidiairement, ils demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 15 juillet 2008 "en ce sens que les recourants, en matière tant d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonaux et communaux, ne sont tenus à aucune prestation en argent pour les périodes fiscales comprises entre 1999/2000 et 2001/2002, subsidiairement en ce sens qu'ordre est donné aux Administrations cantonales vaudoises intimées d'établir de nouvelles taxations des contribuables qui tiennent compte de la déductibilité des pertes commerciales des contribuables invoquées sous chiffre V § B du recours pour les périodes fiscales sous revue, respectivement de la déductibilité des intérêts passifs invoquée sous chiffre V § C". Ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus, de la violation du droit fédéral s'agissant de l'attribution de biens à la fortune privée et de la comptabilisation de pertes commerciales. Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations sur le recours. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours. L'Administration fiscale cantonale conclut à l'admission partielle du recours dans la mesure où il est recevable en tant qu'il porte sur la déduction des dettes privées du contribuable envers les masses en faillite de B._ SA, d'un montant de 781'732 fr. 95 et de SI A._ SA d'un montant de 597'610 fr. 40 en capital de la fortune imposable des contribuables dans la période fiscales 2001/2002, de réformer la décision de taxation afférente à la période fiscale 2001/2002 en ce sens que la fortune imposable est nulle et de la confirmer pour le surplus et de rejeter le recours en matière de droit public pour le surplus. Elle conclut à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire.