Faits: Faits: A. La société Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: la Société ou la recourante), sise à Renens, est immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. Par courrier du 23 janvier 2001, la Société a demandé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) à pouvoir utiliser la méthode du taux forfaitaire de 2,7% applicable aux entreprises de transport concessionnaires pour déterminer la réduction de l'impôt préalable déductible. L'Administration fédérale l'a autorisée à le faire à partir du 1er janvier 2001. Le 22 avril 2002, l'Administration fédérale a demandé à la Société de lui indiquer de manière détaillée comment elle avait calculé la réduction de la déduction de l'impôt préalable. Par courrier du 13 mai 2002, la Société a répondu qu'elle avait appliqué le taux de 2,7% au montant de la subvention d'exploitation reçue pour l'année 2001, ce qui donnait 2'030'665 fr. 25 (= 2,7% de 75'209'824 fr.). L'impôt préalable sur les investissements avait été déduit intégralement, puisque ceux-ci n'avaient pas été financés par des subventions. En revanche, elle n'avait pas déduit l'impôt préalable sur les livraisons de biens et prestations de services (charges d'exploitation), car le montant de 2'030'665 fr. 25 était supérieur à celui-ci. Elle se demandait par ailleurs si elle était redevable du solde négatif. Par courrier du 13 mai 2002, la Société a répondu qu'elle avait appliqué le taux de 2,7% au montant de la subvention d'exploitation reçue pour l'année 2001, ce qui donnait 2'030'665 fr. 25 (= 2,7% de 75'209'824 fr.). L'impôt préalable sur les investissements avait été déduit intégralement, puisque ceux-ci n'avaient pas été financés par des subventions. En revanche, elle n'avait pas déduit l'impôt préalable sur les livraisons de biens et prestations de services (charges d'exploitation), car le montant de 2'030'665 fr. 25 était supérieur à celui-ci. Elle se demandait par ailleurs si elle était redevable du solde négatif. B. Le 20 juin 2003, l'Administration fédérale a adressé à la Société le décompte complémentaire no 153880, d'un montant de 746'587 fr., portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2002. Ce montant correspondait à la différence entre la réduction de la déduction de l'impôt préalable pratiquée par la Société et celle qui aurait dû être effectuée selon l'Administration fédérale (à savoir une réduction correspondant à 2,7% des subventions, sans limitation). Le 26 août 2003, la Société a versé à l'Administration fédérale le montant de 746'587 fr. Le 22 avril 2004, l'Administration fédérale a rendu une décision étendue à l'année 2003 - portant donc sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2003 -, par laquelle elle a confirmé le décompte complémentaire no 153880. Compte tenu de l'avis de crédit no 08640726 d'un montant de 122'493 fr., l'impôt dû pour ces périodes fiscales a été arrêté à 624'094 fr. (= 746'587 ./. 122'493). Pour l'année 2002, la réduction de l'impôt préalable déductible était supérieure à l'impôt préalable; il en résultait un solde négatif de 150'790 fr. La réclamation formée contre ce prononcé a été rejetée par décision du 5 octobre 2004. La décision sur réclamation a été déférée à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission fédérale ou l'autorité intimée) qui a rejeté le recours par décision du 13 septembre 2005. Cette autorité a considéré que, calculée selon la méthode forfaitaire, la réduction de la déduction de l'impôt préalable pouvait être supérieure à l'impôt préalable effectivement supporté. Cela était inhérent à la méthode de calcul forfaitaire, qui reposait sur une moyenne. Le contribuable qui optait pour la méthode en question devait prendre en compte cette éventualité. La décision sur réclamation a été déférée à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission fédérale ou l'autorité intimée) qui a rejeté le recours par décision du 13 septembre 2005. Cette autorité a considéré que, calculée selon la méthode forfaitaire, la réduction de la déduction de l'impôt préalable pouvait être supérieure à l'impôt préalable effectivement supporté. Cela était inhérent à la méthode de calcul forfaitaire, qui reposait sur une moyenne. Le contribuable qui optait pour la méthode en question devait prendre en compte cette éventualité. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision précitée, de dire que l'impôt préalable sur les investissements peut être déduit dans son intégralité et de condamner l'Administration fédérale à lui rembourser 629'636 fr. plus intérêts; subsidiairement, pour le cas où le Tribunal de céans devrait estimer que la réduction de l'impôt préalable calculée forfaitairement ne porte pas seulement sur l'impôt préalable frappant les charges d'exploitation, mais aussi sur celui grevant les investissements, elle lui demande de préciser que ladite réduction ne peut excéder l'impôt préalable acquitté durant les périodes fiscales en cause et de condamner l'Administration fédérale à lui rembourser 150'790 fr. plus intérêts, montant équivalant au solde négatif de l'année 2002. La Commission de recours renonce à déposer des observations. L'intimée conclut au rejet du recours, sous suite de frais.