Faits: A. La société à responsabilité limitée «X._ Sàrl» a été inscrite au registre du commerce en 2002. Les époux T._ et M._ en étaient associés-gérants, avec des parts sociales respectives de 7000 fr. et 6000 fr. Y._ et B._ étaient associés sans droit de signature, avec des parts sociales respectives de 1000 fr. et 6000 fr. Les parts de B._ ont toutefois été reprises par les deux associés-gérants, et son inscription comme associé a été radiée du registre du commerce en 2004. La société avait pour but l'exploitation de l'Hôtel-Restaurant Z._. T._ et son époux ont été engagés en qualité de directeurs d'hôtel, par contrats de travail du 1er septembre 2002. L'exploitation de l'Hôtel-Restaurant Z._ a toutefois cessé le 31 mars 2007. Cette date correspondait également à l'échéance du contrat de bail pour le bâtiment. Les époux se sont annoncés comme demandeurs d'emploi le 4 avril 2007 et ont présenté une demande d'indemnités journalières de chômage. A l'appui de leur demande, ils ont notamment produit une lettre du 19 avril 2007 de la fiduciaire F._ SA attestant que la société X._ Sàrl avait cessé son activité le 31 mars 2007, précisant que les démarches en vue de sa liquidation avaient été entreprises et confirmant que les intéressés n'avaient plus d'activité d'associés-gérants à partir de cette date. Par deux décisions séparées du 14 juin 2007, Unia Caisse de chômage (ci-après : la Caisse) a refusé d'allouer des indemnités journalières de chômage aux requérants. Elle a considéré qu'ils avaient conservé une position analogue à celle d'un employeur, dès lors qu'ils étaient toujours inscrits au registre du commerce en qualité d'associés-gérants, ce qui excluait le droit aux indemnités journalières. La société gérée par les assurés a été dissoute par décision du 22 juin 2007 de l'assemblée des associés, la nouvelle raison sociale étant, depuis le 27 juin 2007, «X._ Sàrl en liquidation». T._ a été désignée comme liquidatrice avec pouvoir de signature individuelle. Les conjoints en ont informé la Caisse et ont fait oppositions aux décisions du 14 juin 2007. La caisse a maintenu son refus de prester par deux décisions séparées du 13 août 2007. B. T._ et M._ ont saisi le Tribunal cantonal vaudois de deux recours contre les décisions du 13 août 2007. La juridiction cantonale a joint les causes et rejeté les recours, par jugement du 17 avril 2008. C. T._ et M._ interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont ils demandent l'annulation. En substance, ils concluent à ce que des indemnités journalières de chômage leur soient allouées depuis la date de leur inscription au chômage, à titre subsidiaire depuis la dissolution de la société qui les employait, le 22 juin 2007, le tout sous suite de frais et dépens. L'intimée et le Secrétariat d'Etat à l'économie ont renoncé à se déterminer.