Faits: A. X._, domiciliée dans le canton de Vaud, est propriétaire de la parcelle **** du registre foncier de Genève-Y._, sis avenue Z._, sur laquelle est érigé un bâtiment de 2'546 m2 abritant trois arcades commerciales louées à des magasins et un parking. Selon la déclaration fiscale genevoise 2002, le revenu provenant de l'immeuble en 2002 s'élevait à 689'104 fr. tandis que la valeur de l'immeuble indiquée dans la déclaration fiscale à l'intention du canton de Vaud s'élevait à 8'356'662 fr. Le 26 janvier 2004, l'Administration fiscale du canton de Genève a adressé à l'intéressée un bordereau d'impôt cantonal et communal 2002, qui fixait la valeur de l'immeuble pour l'impôt immobilier complémentaire à 10'361'259 fr., équivalant à 691'096 fr. capitalisés au taux de 6,67%. X._ a contesté la valeur de l'immeuble ainsi que la répartition intercantonale par la voie de la réclamation. Elle a produit une expertise effectuée par une régie immobilière de la place le 23 octobre 2003 qui arrêtait la valeur intrinsèque à 7'557'000 fr. et la valeur de rendement à 8'096'894 fr. (rendement de 688'236 fr. au taux de capitalisation de 8,48% [recte 8,5%]), de sorte que la valeur vénale de l'immeuble s'élevait à 7'800'000 fr. Par décision du 19 août 2005, l'Administration fiscale cantonale a corrigé la répartition intercantonale mais a maintenu la valeur de l'immeuble. Par décision du 12 novembre 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt a admis le recours déposé par l'intéressée contre la décision sur réclamation du 19 août 2005. Elle a constaté que l'immeuble était destiné de manière prépondérante à la location de parking. Le produit de cette location représentait 80% du revenu locatif. La détermination de la valeur de l'immeuble par capitalisation de l'état locatif était par conséquent exclue. Il fallait par conséquent retenir une valeur de 7'800'000 fr. Contre cette décision, l'Administration fiscale cantonale a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève. B. Par arrêt du 16 septembre 2008, le Tribunal administratif a admis le recours, annulé la décision rendue le 12 novembre 2007 par la Com- mission cantonale de recours en matière d'impôt et confirmé la décision sur réclamation du 19 août 2005. Il a jugé que l'immeuble de l'intéressée devait être considéré comme un "immeuble locatif" et non pas comme un "autre immeuble (villas, parcs, jardins d'agrément ou propriété par étage)". La valeur des "immeubles locatifs" était calculée en capitalisant l'état locatif aux taux fixés chaque année par le Conseil d'Etat. Au taux de 6,67 %, le rendement annuel 2002 (de 691'096 fr.) donnait une valeur de 10'361'259 fr. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 septembre 2008 par le Tribunal administratif et de rétablir la décision rendue par la Commission de recours, subsidiairement de dire que la valeur vénale de l'immeuble est arrêtée à 7'800'000 fr. Elle se plaint de la violation de l'art. 14 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) ainsi que des art. 9 et 49 al. 1 Cst. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours. D. Sur requête du juge délégué de la IIe Cour de droit public, l'Administration fiscale cantonale a produit, par courrier du 6 avril 2009, une copie des listes de transactions d'immeubles locatifs recensées sur le marché local du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, soit 39 immeubles vendus pour un prix total de 433'947'191 fr. totalisant un état locatif de 28'934'318 fr. Il en résultait un taux de capitalisation de 6,67%. Une copie de ce courrier a été adressée aux parties.