Faits: A. A.a Inscrite au registre du commerce depuis le *** 2004, X._, à Lausanne, a pour but de promouvoir et de dispenser une formation professionnelle de qualité d'éducateurs et d'éducatrices de la petite enfance. Dans ce but, elle exploite une école (ci-après citée: l'Ecole) à Lausanne. X._ a eu de nombreux contacts avec le Service de protection de la jeunesse (SPJ) et le Service de la formation professionnelle de l'Etat de Vaud (SFPV) afin de faire reconnaître sa filière de formation. Dans le cadre d'une demande déposée à cette fin le 22 juillet 1999 et après différentes péripéties de procédure, le SPJ a informé X._ que les diplômes de fin d'études des volées 2004-2007 et 2005-2008 seraient reconnus en catégorie secondaire I du système de classification des titres de l'époque, sous réserve de certaines conditions cumulatives dont la réalisation serait vérifiée lors d'une visite de contrôle effectuée pendant les examens finaux; jusqu'à cette confirmation, la reconnaissance était seulement provisoire (lettre du SPJ du 7 avril 2004). Le SPJ a ultérieurement indiqué que cette reconnaissance s'appliquerait également, le cas échéant, aux volées suivantes, "dans l'attente de l'entrée en vigueur de l'ordonnance fédérale relative aux écoles supérieures et dans le cadre des mesures transitoires qui seront adoptées par la Direction générale de l'enseignement postobligatoire (DGEP) du canton de Vaud"; le SPJ précisait toutefois que son autorisation ne préjugeait pas de la reconnaissance de l'Ecole par les autorités compétentes lorsque l'ordonnance fédérale serait appliquée (attestation du SPJ du 27 août 2004). A.b A la suite de l'entrée en vigueur, le 1er avril 2005, de l'Ordonnance du 11 mars 2005 du Département fédéral de l'économie (DFE) concernant les conditions minimales de reconnaissance des filières de formation et des études postdiplômes des écoles supérieures (OCM ES; RS 412.101.61), le SPJ a rappelé à X._ qu'il lui appartenait de présenter une demande pour obtenir la reconnaissance de son école comme école supérieure professionnelle (ES) au sens de la (nouvelle) législation fédérale (lettres du SPJ des 29 novembre 2005, 27 décembre 2005 et 27 décembre 2006). Une telle demande a été déposée par X._ à une date qui ne ressort pas du dossier auprès des autorités compétentes. Le 19 juillet 2009, après un certain nombre de mesures d'instruction, l'Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie (OFFT) a informé X._ de son intention de suspendre la procédure de reconnaissance au vu des graves lacunes constatées. Par décision du 18 mai 2011, l'OFFT a finalement interrompu la procédure de reconnaissance en cours et a interdit à l'Ecole de décerner le titre protégé d'éducateur de l'enfance diplômé ES aux étudiants ayant réussi un cursus débuté après janvier 2008. Contre cette décision, X._ a saisi le Tribunal administratif fédéral d'un recours dont l'issue n'est pas connue. A.c Entre-temps, pendant que se déroulait la procédure de reconnaissance entamée au plan fédéral, la Direction de la formation professionnelle vaudoise (DFPV) a informé X._, en réponse à une demande de subvention de cette dernière, que seule une filière de formation d'éducateur de l'enfance serait financée par le canton après le 1er janvier 2008; le DFPV invitait dès lors X._ à fusionner son école avec une autre école qui avait également formé une demande de reconnaissance fédérale ES pour dispenser des cours dans le canton, sous peine de ne plus figurer dans l'annexe à l'Accord intercantonal du 27 août 1998 sur les écoles supérieures spécialisées (AESS) (lettres de la DFPV à X._ des 16 avril et 26 septembre 2007). A la suite du refus de X._ de procéder à une telle fusion, de nombreux échanges de correspondances et entrevues ont eu lieu entre les représentants de l'Ecole, le SPJ et la DFPV, afin de trouver une solution. Le 23 mars 2009, le SPJ a déclaré, "sans nullement préjuger des décisions qui seront prises sous le nouveau droit", que le diplôme délivré en 2009 par l'Ecole serait "encore accepté (...) comme permettant l'accès à la profession ES d'éducatrice ou d'éducateur de l'enfance dans les structures d'accueil collectif sises dans le Canton de Vaud". Après que l'OFFT eut annoncé son intention de suspendre la procédure de reconnaissance pendante devant lui (cf. supra ad let. A.b), X._ a demandé au SPJ d'accorder à ses diplômes, pendant la durée de cette procédure fédérale, la même valeur qu'à ceux délivrés jusqu'en 2009; le SPJ a répondu de la manière suivante à cette demande (lettre du 27 décembre 2010): "Concrètement, (l'Ecole) est autorisé(e) à imprimer sur les diplômes qu'(elle) délivre jusqu'en 2015 la phrase suivante: le titulaire de ce diplôme est réputé satisfaire aux exigences du Service vaudois de la protection de la jeunesse pour être engagé dans une institution d'accueil collectif de jour des enfants en tant que professionnel de niveau secondaire II". Après avoir dans un premier temps remercié le SPJ de cette solution, l'Ecole a demandé que ses diplômes soient reconnus comme des diplômes ES (soit de niveau secondaire I) jusqu'à l'issue de la procédure de reconnaissance engagée devant l'OFFT et, en cas de refus, qu'une décision formelle susceptible de recours lui soit notifiée (lettres de X._ des 28 janvier et 9 février 2011). En réponse à cette nouvelle demande, le SPJ a fait savoir à X._ que, selon la législation cantonale applicable, un diplôme délivré par une école reconnue par la Confédération (diplôme ES reconnu par l'OFFT) était nécessaire pour travailler en qualité d'éducateur de la petite enfance; dans la mesure où l'Ecole n'avait pas obtenu une telle reconnaissance fédérale, ses diplômes ne pouvaient dès lors pas être reconnus par le SPJ qui considérait au surplus comme douteux que ce "simple constat" puisse être considéré comme une décision administrative attaquable (lettre du SPJ du 16 février 2011). B. X._ a formé un recours auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public (ci-après: le Tribunal cantonal), contre la réponse précitée du SPJ du 16 février 2011 qu'elle a considérée comme une décision attaquable. Elle a conclu à l'annulation de cette décision et à ce que les diplômes qu'elle délivre soient "considérés comme des diplômes ES, jusqu'à droit connu sur la procédure de reconnaissance devant l'OFFT". En bref, elle soutenait que, dans la mesure où la reconnaissance cantonale octroyée le 7 avril 2004 (cf. supra ad let. A.a, 2ème paragraphe) n'avait pas été révoquée, son école conservait, en vertu des dispositions transitoires du droit fédéral, un statut d'école spécialisée au sens du droit cantonal, et cela aussi longtemps que la procédure de reconnaissance était pendante devant l'OFFT. D'entente avec les parties, le Tribunal cantonal a suspendu l'instruction de la cause jusqu'à la décision de l'OFFT du 18 mai 2011 interrompant la procédure de reconnaissance formée au plan fédéral (cf. supra ad let. A.b). A la reprise de la procédure de recours cantonale, X._ a complété son argumentation en invoquant une violation de sa liberté économique (art. 27 Cst.); elle a également demandé l'audition de deux témoins, soit un ancien directeur adjoint de la DFPV et un responsable de secteur de l'OFFT; le juge instructeur a écarté cette requête par appréciation anticipée des preuves. Par arrêt du 2 décembre 2011, le Tribunal cantonal a rejeté le recours dans la mesure où il était recevable. Tout en laissant ouverte la qualité de décision attaquable de la lettre du SPJ du 16 février 2011, les juges cantonaux ont estimé que le SPJ n'était pas une autorité habilitée à délivrer des diplômes ES; ils ont en effet considéré qu'au vu des dispositions légales pertinentes concrétisées dans la décision de l'OFFT du 18 mai 2011, une telle compétence appartenait uniquement aux autorités fédérales, sur préavis des autorités cantonales. C. X._ forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du 2 décembre 2011 du Tribunal cantonal, en concluant à son annulation, sous suite de frais et dépens. Elle invoque la violation de son droit d'être entendue (art. 29 Cst.) et de sa liberté économique (art. 27 Cst.). Le SPJ s'en remet à justice, tandis que la DGEP conclut au rejet du recours. Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le recours.