Faits: A. A la suite d'une procédure de rappel d'impôts, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a reproché à X._, ingénieur architecte actif dans le domaine de l'immobilier, de ne pas avoir déclaré un abandon de créance de 2'130'500 fr. octroyé par la banque A._ dans le cadre d'une opération immobilière menée avec B._ sur la commune de C._ dans le canton de Vaud. L'abandon de créance était soumis à la condition que X._ paie à la banque A._ 50'000 fr. et que B._ paie 250'000 fr. L'opération immobilière ayant entraîné une perte, le canton de Vaud a constaté l'absence de gain immobilier imposable. Le 5 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale genevoise a notifié à X._ un bordereau de rappel pour l'impôt cantonal et communal 2002 de 215'199 fr. 25 plus 11'259 fr. 70 d'intérêts de retard, un bordereau de rappel pour l'impôt cantonal et communal 2003 de 178'681 fr. 65 plus 5'760 fr. 50 d'intérêts de retard ainsi qu'une amende de 295'410 fr. représentant 0,75% de l'impôt soustrait, pour tenir compte de la bonne collaboration de l'intéressé ainsi que de celle de son mandataire. Le 29 septembre 2006, X._ a déposé une réclamation visant uniquement le bordereau d'amende. Le 5 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a maintenu le bordereau d'amende tel qu'il avait été notifié. Par décision du 24 novembre 2008, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative a rejeté le recours de X._ contre la décision du 5 octobre 2006 et confirmé l'amende. Le 6 janvier 2009, X._ a saisi le Tribunal administratif d'un recours contre la décision du 24 novembre 2008. Il a soutenu n'avoir eu ni conscience, ni volonté, même par dol éventuel, d'omettre l'abandon de créance. Il s'était fait assister par son associé pour remplir la déclaration. Il ne pouvait pas réaliser qu'une opération, dont les autorités vaudoises admettaient qu'elle avait entraîné une perte, soit considérée comme un revenu dans le canton de Genève. L'opération s'était soldée par une perte pour lui et il ignorait que l'extinction partielle d'une dette, par un abandon de créance, devait être annoncée en tant que revenu. Il devait être sanctionné en tenant compte de son appréciation des faits, en application des art. 13 al. 1 et art. 19 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0). Le Tribunal administratif a entendu X._, qui a précisé qu'il confiait sa déclaration d'impôt à un bureau de comptabilité ainsi qu'à titre de témoin, B._, qui a déclaré notamment qu'il ignorait aussi que l'abandon de créance était imposable. B. Par arrêt du 16 mars 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève a admis le recours de X._ et annulé l'amende notifiée le 5 septembre 2006 par l'Administration fiscale cantonale. L'intéressé n'avait pas de connaissances particulières dans le domaine de la fiscalité. Il reportait les chiffres que lui communiquait son associé, comptable de profession, dans sa déclaration d'impôts. Ce dernier avait aussi omis de mentionner l'abandon de créance en tant que revenu, ce que les circonstances de l'affaire expliquaient. En effet, l'intéressé et son associé avaient perdu d'importantes sommes d'argent dans une promotion immobilière et, malgré l'abandon de créance de la banque A._, ne s'étaient pas concrètement enrichis, ce que les autorités fiscales vaudoises avaient admis en ne percevant pas d'impôt sur les gains immobiliers. Par ailleurs, le contribuable s'était entouré d'auxiliaires compétents et avait pris les précautions nécessaires, tant objectivement que subjectivement, au vu de la situation. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 mars 2010 par le Tribunal administratif et de confirmer la décision du 5 octobre 2006. Elle se plaint de la violation du droit fédéral. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours en faisant siennes les considérations de l'Administration fiscale cantonale. X._ conclut au rejet du recours sous suite de dépens. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations.