Faits : A. Inscrit en septembre 2007 dans la filière agronomique de la Haute école du paysage, d'ingénierie et d'architecture de Genève (ci-après: la Haute école), A._ en a été exmatriculé par décision du 5 novembre 2010, après avoir obtenu, en raison d'une fraude commise dans le cadre de la session de remédiation, la note de 1 sur 6 à l'examen écrit "gestion de mandat". Cette décision a été confirmée en dernière instance par le Tribunal fédéral par arrêt 2C_306/2012 du 18 juillet 2012. B. Le 7 février 2013, la Haute école a refusé la requête d'inscription du 15 janvier 2013 de A._ à la filière agronomique pour l'année académique 2013-2014, compte tenu de son exclusion pour échec définitif survenue en 2010-2011, ainsi que de l'interdiction faite à tout étudiant exmatriculé pour cause d'échec définitif ou de sanction disciplinaire de reprendre des études dans la même filière durant une période de cinq ans. Par décision du 10 juin 2013, la Direction générale de la Haute école de Genève (ci-après: la Direction générale) a rejeté le recours formé par A._ contre la décision de refus d'immatriculation du 7 février 2013. Par arrêt du 12 février 2014, la Commission intercantonale de recours HES-SO (ci-après: la Commission de recours) a rejeté le recours déposé par A._ contre la décision sur recours du 10 juin 2013. C. Agissant à la fois par la voie du recours en matière de droit public et celle du recours constitutionnel subsidiaire, A._ conclut, avec suite de dépens, principalement, à l'annulation de l'arrêt du 12 février 2014 et à l'acceptation de la demande d'admission au sein de la Haute école; subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Haute école, la Direction générale et la Commission de recours proposent le rejet du recours. A._ a maintenu ses conclusions dans ses observations du 16 juin 2014.