Faits: A. A.a X._, né en 1949, a suivi toute sa formation à Genève, qu'il a achevée par un diplôme fédéral de contrôleur de gestion. Après avoir été employé, il s'est mis à son compte en commençant une activité de fiduciaire, comptable, réviseur, conseil fiscal, administrateur et gérant de sociétés. Il a animé A._ SA, fondée en 1980, devenue en 1989, B._ SA, devenue C._ SA dès avril 1996, ainsi que D._ SA, fondée en 1986 et dont il était depuis 2000 l'actionnaire et l'administrateur. A.b Par ailleurs, X._ était actionnaire, animateur ou administrateur de nombreuses autres sociétés, dont R._ SA, fondée en mars 1993 et tombée en faillite en 1995, E._ SA, fondée en mai 1991 et tombée en faillite en 1999, F._ SA, fondée en 1991 et tombée en faillite en 1999, G._ SA, fondée en 1995 et tombée en faillite en 1998, H._ SA, fondée en 1993 et tombée en faillite en 1995, et I._ SA, fondée en 1995 et en liquidation depuis 1998. Il a aussi administré la société J._, détenue par K._, et dont L._ était l'ayant droit économique. En 1992, X._ a persuadé ce dernier, avec des arguments fallacieux, de faire établir par Pictet & Cie une garantie bancaire irrévocable à hauteur de 1'200'000 fr. en faveur du compte détenu par J._ auprès de la Banque Populaire Suisse, établissement absorbé en 1996 par le Crédit Suisse. Comme administrateur de J._, X._ a obtenu pour elle de la Banque Populaire Suisse, en juillet 1992, un prêt de 900'000 fr. sous forme de crédit en compte courant BPS n° xxx, muni d'une garantie bancaire émise par Pictet & Cie. Il a toutefois utilisé cette somme à des fins personnelles, pour l'achat notamment de la société H._ SA, reprise par R._ SA, et à travers elles des restaurants à l'enseigne « N._ », à Genève. Par la suite, X._ a obtenu de Pictet & Cie la prorogation, puis l'augmentation de la garantie à 1'560'000 fr., et parallèlement de la Banque Populaire Suisse l'augmentation de la limite de crédit à 1'000'000 fr., en juillet 1993, puis à 1'300'000 fr., en août 1993, cette dernière servant à rembourser le compte BPS n° xxx au nom de X._ présentant un solde débiteur au 30 août 1993 de 321'842 fr. X._ a ainsi utilisé sans droit, pour son propre profit, des crédits mis à disposition de J._, et dont cette dernière demeurait débitrice à hauteur de 1'300'000 fr. Ses manoeuvres furent découvertes, de sorte qu'il restait devoir à J._, respectivement à la banque, de très importants montants qui furent mis en recouvrement. X._ accusait en outre un retard important dans le paiement à la Régie M._ des loyers du restaurant « N._ ». Il a donc cherché à refinancer l'exploitation du restaurant devenu « O._ », échouant cependant dans une première demande de crédit de 300'000 fr. au Crédit Suisse pour R._ SA. Perclus de dettes pour plusieurs millions de francs tant en Suisse qu'en France, X._ a alors affronté de grandes difficultés financières. B. X._ connaissait de longue date P._. En 1983, cette dernière a confié au premier, en deux fois, 250'000 fr. et 30'000 fr., puis 15'315 fr. en 1984 et 10'000 fr. en 1987, avec mandat d'investir ces capitaux pour son compte. P._ a présenté S._ à X._, dont elle loua les capacités professionnelles dans le domaine financier. S._ souffrait depuis de nombreuses années de troubles bipolaires qui la rendaient parfois très vulnérable. Les deux femmes ne possédaient pas la moindre connaissance juridique, économique ou financière. En 1993, X._ a proposé à S._ de prendre en mains ses affaires. Il lui a vanté sa qualité de comptable, sa position à la tête de deux importantes fiduciaires, et le rendement de 8 % l'an procuré par les divers investissements qu'il avait accomplis pour le compte de P._. Dès le mois de février 1994, il a exposé à S._ que la maison qu'elle possédait et habitait à Vandoeuvres constituait un capital qui méritait de fructifier. Il lui a proposé d'obtenir un prêt de 800'000 fr. moyennant la constitution d'une cédule hypothécaire de même montant sur sa maison, pour qu'il l'investisse et lui fasse générer une rente mensuelle de 4'000 fr. Il a ainsi amené S._ à conclure à ses côtés, le 17 mars 1994, avec le Crédit Suisse, un emprunt de 800'000 fr. en sa faveur, garanti par le nantissement d'une cédule hypothécaire au porteur sur l'immeuble de S._. Il l'a conduite à autoriser la constitution sur ce dernier d'une cédule hypothécaire en faveur du Crédit Suisse, dont il s'est reconnu seul débiteur, par acte notarié de mars 1994. Il l'a amenée à contresigner le nantissement spécial par lequel il remettait cette cédule au Crédit Suisse en août 1994, obtenant de la sorte de l'établissement bancaire qu'il lui mette à disposition un crédit en compte courant n° xxx de 800'000 fr. Dans le cadre de cette opération, X._ a fait signer à S._ successivement, un contrat de cautionnement daté du 25 mars 1994, la garantissant, contrairement à la réalité, sur tous ses avoirs, dont une cédule hypothécaire de 750'000 fr. sur sa maison en France, en réalité inexistante, puis un contrat de participation en 1995 ou 1996, mais antidaté au 2 avril 1994, et stipulant, contrairement à la réalité, que les fonds reçus par D._ SA étaient destinés à financer l'acquisition pour le compte de S._ d'une participation de 40 % dans la société R._ SA. X._ n' a toutefois pas opéré le placement promis à S._. Il a affecté les fonds remis par la banque - dont 17'000 fr. avaient été distraits pour le paiement des frais et émoluments du notaire et 48'515 fr. pour le remboursement à la Banque cantonale de Genève de la précédente hypothèque grevant l'immeuble de S._ - pour diminuer l'encours du compte courant de J._ auprès de la Banque Populaire Suisse par une bonification de 670'000 fr. sur le compte BPS n° xxx, et cautionner le loyer du restaurant « N._ » en faveur de la Régie M._ à hauteur de 62'550 fr. X._ a ainsi remboursé ses propres dettes vis-à-vis de J._, de la Banque Populaire Suisse et de la Régie M._ en utilisant les fonds de S._ à l'insu de cette dernière. Ce faisant, il a causé à S._ un préjudice de plus de 1'367'808 fr. C. Par arrêt du 7 octobre 2008, la Cour correctionnelle sans jury du canton de Genève a acquitté X._ des chefs d'accusation d'abus de confiance et de faux témoignage et l'a condamné, pour escroquerie, à deux ans de peine privative de liberté avec sursis pendant cinq ans sous déduction de la détention préventive. Par arrêt du 20 février 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi de X._. D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation du principe d'accusation et de l'art. 148 CP, il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à sa libération des fins de la poursuite pénale.