Faits: A. X._, domicilié à A._, exerce une activité salariée d'expert-comptable auprès d'une étude d'avocats à Genève. Il séjourne la semaine à B._ où il loue une chambre et rentre régulièrement en Valais en fin de semaine. Dans sa déclaration d'impôt datée du 31 juillet 2005, X._ a fait valoir en déduction, à titre de dépenses professionnelles, notamment 4'758 fr. pour les trajets hebdomadaires en voiture entre B._ et A._ ainsi que 12'733 fr. pour les trajets quotidiens en voiture entre B._ et Genève. Dans sa taxation, la Commission d'impôt de district pour la commune de A._ a admis en déduction 2'900 fr. pour l'abonnement général et 5'434 fr. pour les trajets journaliers en voiture entre B._ et C._ (gare la plus proche). A l'encontre de cette décision, X._ a formé une réclamation qui a été rejetée par prononcé du 21 avril 2006. X._ a déféré cette décision à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). Par décision du 26 mars 2008, la Commission de recours a partiellement admis le recours sur le point des frais professionnels, en admettant une déduction supplémentaire de 1'200 fr. à titre de coût d'une place de parc près de la gare de C._. De son point de vue, en effet, "le principe de l'utilisation d'un véhicule automobile en semaine pour les trajets entre B._ et C._ étant reconnu, doivent logiquement être admis tous les frais en relation avec cette utilisation". Au nombre de ces frais figurerait le loyer d'une place de parc à proximité de la gare en question, loyer que la Commission de recours a estimé à 1'200 fr. par année "selon les données de l'expérience". B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé et des droits de timbre (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler la décision du 26 mars 2008 en tant qu'elle admet, pour l'impôt fédéral direct, une déduction supplémentaire de 1'200 fr. pour le loyer d'une place de parc et de confirmer sur ce point la décision de la Commission de district du 21 avril 2006. La Commission de recours renonce à prendre position. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais propose d'admettre le recours. L'intimé n'a pas produit de détermination.