Faits: A. A.a Les époux X._ se sont mariés le 6 mars 2000 à Pristina (Kosovo). Le couple est établi à Genève et a deux enfants: A._, née en 2001, et B._, né en 2002. Le 8 janvier 2008, dame X._ a quitté le domicile conjugal avec les deux enfants, se rendant dans un foyer d'accueil. A.b Dame X._ a déposé deux plaintes pénales, les 18 février et 27 mars 2008, décrivant les comportements violents de son époux, tant envers elle qu'envers sa fille A._. Le 21 février 2008, X._ a été inculpé de lésions corporelles simples, de menaces, de contraintes, de contraintes sexuelles et de viols à l'encontre de son épouse. Le 27 février 2008, le juge d'instruction lui a fait interdiction de s'approcher de son épouse et de ses enfants et d'éviter soigneusement de se retrouver dans le secteur du foyer et de l'école de ceux-ci. B. B.a Statuant le 10 mars 2008 sur demande de l'épouse, le Tribunal de première instance du canton de Genève a rendu une ordonnance sur mesures préprovisoires par laquelle il a notamment attribué à la mère la garde des deux enfants et suspendu tout droit de visite en faveur du père. B.b Le 9 octobre 2008, le Tribunal de première instance, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, a notamment attribué la garde des deux enfants à leur mère et instauré une curatelle de surveillance au sens de l'art. 308 CC. Le juge de première instance a par ailleurs réservé au père un droit de visite devant s'exercer, dans un premier temps, à raison d'un jour par semaine, puis, à la suite de cette période transitoire, après une évaluation effectuée par le curateur et pour autant que l'intérêt des enfants soit préservé, à raison d'un week-end sur deux et la moitié des vacances scolaires. L'un et l'autre époux ont appelé de ce jugement auprès de la Cour de justice. B.c Parallèlement, le 3 novembre 2008, dame X._ a déposé, auprès du Tribunal de première instance, une requête en mesures provisionnelles fondée sur l'art. 28b CC et assortie de mesures préprovisionnelles urgentes. Statuant sur mesures préprovisionnelles urgentes le 5 novembre 2008, le Tribunal de première instance a fait interdiction à X._, sous les peines de l'art. 292 CP, d'accéder au foyer dans lequel résidaient son épouse et leurs enfants ainsi que de pénétrer dans un périmètre de 200 mètres autour du foyer, d'accéder à l'école des enfants ainsi que de pénétrer dans un périmètre de 150 mètres autour de cette école, de prendre contact avec A._ et B._, notamment par téléphone, par écrit ou par voie électronique, ou de leur causer d'autres dérangements. Le Tribunal de première instance a confirmé ces mesures par ordonnance de mesures provisionnelles du 7 janvier 2009. L'appel interjeté par X._ a été déclaré irrecevable. B.d Se fondant sur cette dernière ordonnance, dame X._ a complété l'acte d'appel qu'elle avait déposé contre le jugement rendu sur mesures protectrices de l'union conjugale, requérant la validation des mesures provisionnelles fondées sur l'art. 28b CC et complétant ses conclusions en ce sens. X._ a conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au déboutement des conclusions sur faits nouveaux prises par son épouse. Par arrêt du 24 avril 2009, la Cour de justice a réservé à X._ un droit de visite devant s'exercer à raison d'un jour par semaine, avec passage des enfants au Point Rencontre Liotard et confirmé les mesures d'éloignement prononcées par ordonnance du Tribunal de première instance le 7 janvier 2009. C. Par acte du 29 mai 2009, dame X._ dépose devant le Tribunal fédéral un recours en matière civile contre l'arrêt rendu par la Cour de justice le 24 avril 2009, notifié le 29 avril suivant. La recourante conclut à l'annulation de cette dernière décision en tant qu'elle réserve à son époux un libre droit de visite et demande que celui-ci soit exercé dans un lieu fermé et protégé, en présence d'un éducateur ou d'un spécialiste de l'enfance. A l'appui de ses conclusions, la recourante se plaint de la violation de l'art. 9 Cst., estimant que les juges cantonaux auraient arbitrairement établi les faits et apprécié les preuves. Dame X._ demande également à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer, X._ conclut au rejet du recours tandis que la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. D. La recourante a obtenu l'effet suspensif par ordonnance présidentielle du 17 juin 2009.