Faits: A. X._, née en 1974, ressortissante égyptienne, a épousé à Tunis le 5 juin 2003 Y._, ressortissant tunisien titulaire d'une autorisation d'établissement. De cette union est né A._ en 2003. En février 2004, X._ et son fils A._ ont rejoint Y._ à Genève. Ils avaient obtenu respectivement une autorisation de séjour et une autorisation d'établissement. Par jugement du 29 novembre 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève, statuant sur une requête en mesures protectrices de l'union conjugale déposée par X._, a autorisé les intéressés à vivre séparément, a attribué à X._ la garde de A._ et a réservé à Y._ un droit de visite à raison d'une demi-journée par semaine. B. Le 6 février 2007, l'Office cantonal de la population du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal de la population) a refusé de renouveler l'autorisation de séjour de X._. Un délai au 6 mai 2007 lui a été imparti, ainsi qu'à son fils, pour quitter la Suisse. Le 10 août 2007, X._ a donné naissance à B._ dont le père serait Z._, ressortissant tunisien né en 1962, qui serait au bénéfice d'un permis N. C. La Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de X._ par décision du 18 mars 2008. Il apparaissait en effet que le mariage de X._ et Y._ n'existait plus que formellement et que l'intéressée n'avait donc plus de droit au renouvellement de son autorisation de séjour. La Commission cantonale de recours a ensuite jugé que même en usant de son large pouvoir d'appréciation il ne se justifiait pas de renouveler ladite autorisation. En effet, la vie commune des intéressés n'avait duré que quelques mois et X._ ne résidait en Suisse que depuis quatre ans. Celle-ci ne pouvait en outre se prévaloir d'une bonne intégration sociale ou professionnelle. Quant au fils de X._, il allait avoir cinq ans en juin 2008 et pourrait vraisemblablement s'adapter à un retour en Egypte. Y._ n'avait pas développé des liens particulièrement fort avec son fils. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et par celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision du 18 mars 2008 de la Commission cantonale de recours, de lui accorder, ainsi qu'à ses deux enfants, le renouvellement de son permis de séjour et, subsidairement, de lui accorder un permis humanitaire. Elle estime que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte et que l'art. 8 CEDH a été violé. A l'appui de son recours constitutionnel subsidiaire, elle fait valoir une violation des art. 8 CEDH, 11 et 13 Cst., 13 lettre f de l'ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers (OLE; RO 1986 p. 1791), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007, et 31 de l'ordonnance du 24 octobre 2007 relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative (OASA; RS 142.201), entrée en vigueur le 1er janvier 2008. Elle requiert l'assistance judiciaire. Le Tribunal fédéral n'a pas procédé à un échange d'écritures. Il a requis le dossier à l'Office cantonal de la population. E. Par ordonnance du 9 mai 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif contenue dans le recours.