Faits: A. Par jugement du 7 janvier 2009, le Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel a reconnu X._ coupable d'escroqueries par métier (art. 146 al. 2 CP), de tentatives d'escroquerie (art. 22 et 146 CP), d'induction de la justice en erreur (art. 304 CP), de faux dans les certificats (art. 252 CP), de détournement de valeurs patrimoniales mises sous main de justice (art. 169 CP), de faux dans les titres (art. 251 CP) et d'infraction à la loi fédérale sur l'assurance-chômage et l'insolvabilité (art. 105 LACI). Il a condamné l'intéressée à une peine privative de liberté de trois ans, peine d'ensemble incluant la peine à exécuter à la suite de la révocation d'un précédent sursis et peine complémentaire à d'autres. Enfin, il a ordonné la confiscation de la Mercedes, placée sous séquestre, et a attribué le produit de la vente à Y._. B. Par arrêt du 18 mars 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le pourvoi formé par X._. Cet arrêt - qui se limite à l'examen des trois escroqueries contestées par X._ - retient, pour l'essentiel, les faits suivants: B.a Z._ était une ancienne connaissance de X._. En 2003, elle s'est séparée de son mari et est allée vivre dans l'immeuble où habitait déjà X._. Celle-ci s'est montrée extrêmement gentille avec sa nouvelle voisine et lui a proposé de l'engager au cas où elle rouvrirait son home. Un jour du mois de septembre 2003, X._ s'est présentée au domicile de Z._ en lui disant qu'elle avait besoin d'une somme de 10'000 fr., dans les deux heures, car elle s'était "portée garante d'un couple pour l'achat d'une voiture". Le prétexte invoqué était faux, et X._ savait qu'elle ne pourrait pas rembourser le prêt vu sa situation financière catastrophique. Elle savait aussi que sa voisine venait de recevoir de la part de son mari des arriérés de pensions d'un montant assez important. Elle avait au demeurant remarqué que celle-ci n'allait pas bien du tout en raison de sa séparation d'avec son mari. Z._ a remis 10'000 fr. en liquide à X._ qui a payé avec cet argent diverses de ses dettes et n'a remboursé que 1000 fr. à Z._, en dix fois. B.b D._ habitait à proximité du magasin d'alimentation ouvert par X._, à P._. Il était sans travail depuis 1999 et vivait de ses rentes. Il était "gentil et très faible" et, selon les dires de X._, "n'aurait pas même été capable de tenir la caisse du magasin". Un jour, il a demandé à X._ s'il pouvait l'aider dans son activité professionnelle. Elle lui a alors proposé de devenir son "associé", lui expliquant qu'elle désirait créer une société anonyme et ouvrir plusieurs autres magasins. Elle lui a promis qu'il pourrait devenir le gérant de l'un d'eux. Elle avait cependant besoin d'argent pour la création de cette société anonyme, l'achat de matériel pour le magasin de P._ et l'ouverture d'un second commerce. A cet effet, elle lui a fait signer divers documents (contrat de vente, convention de participation aux bénéfices, reconnaissance de dettes, etc.). D._ a vidé ses comptes bancaires et remis à X._ la presque totalité de son avoir de prévoyance. X._ n'a cependant entrepris aucune démarche pour créer une société anonyme. Elle n'a versé à D._ aucune participation aux bénéfices et a utilisé tout l'argent à des fins personnelles. L'infraction a porté sur un total de 138'000 francs. B.c Entre 2004 et 2006, Y._ a rencontré X._ par l'intermédiaire d'un tiers, et ils ont sympathisé. Il est tout de suite apparu à X._ que Y._ "était quelqu'un de gentil et d'honnête mais surtout de très sensible et faible". Elle lui a déclaré qu'elle avait besoin d'argent "pour ses affaires" et lui a demandé de lui en prêter, taisant qu'elle n'avait ni les moyens, ni l'intention de rembourser les prêts. Elle l'a ainsi déterminé à contracter un petit crédit de 50'000 francs. Pour ce faire, elle l'a accompagné à B._ pour rencontrer un courtier avec lequel elle a parlé en serbo croate. Elle a déclaré à Y._ qu'elle paierait les mensualités du crédit et qu'elle lui donnerait 1'000 ou 2'000 francs. X._ a dilapidé le crédit de 50'000 francs, sans s'acquitter des mensualités. Après ce premier épisode, entre l'été 2007 et le 7 avril 2008, Y._ s'est laissé persuader de résilier son contrat de travail aux CFF, pour retirer le montant de sa caisse de pension de plus de 111'000 francs. Il a donné une procuration et une carte bancomat sur son compte à X._ qui a ainsi prélevé la quasi totalité de son avoir du deuxième pilier. C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle s'en prend à l'expertise concluant à sa pleine responsabilité, conteste la qualification juridique d'escroquerie, se plaint de la sévérité de la peine qui lui a été infligée et s'oppose à la confiscation de la Mercedes. Elle conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'elle ne soit pas condamnée à une peine privative de liberté excédant douze mois et, à titre subsidiaire, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire. D. Par ordonnance du 30 avril 2009, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a déclaré sans objet la requête d'effet suspensif de la recourante et déclaré irrecevable sa requête de mise en liberté provisoire. E. Le Ministère public neuchâtelois et la partie intimée Y._ ont conclu au rejet du recours, tout comme le Tribunal cantonal.