Faits: A. X._ SA, société sise dans le canton de Genève, a pour but la prise et l'administration de participations dans différentes entreprises, la réalisation de toutes opérations financières ou commerciales ainsi que les conseils et services en matière d'investissements et de gestion. Le 29 août 1997, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a ouvert, sur le plan cantonal, une procédure de vérification des déclarations d'impôts 1993, 1994 et 1995 pour lesquelles des décisions de taxation étaient déjà entrées en force. Elle a alors demandé à X._ SA de lui fournir le détail des honoraires et des salaires des années 1992 à 1994. Le 1er décembre 1998, elle a également ouvert une procédure en soustraction pour l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1993-1994 et 1995. L'Administration fiscale cantonale a procédé à différentes reprises. L'une d'elles concernait cinq factures émises par X._ SA adressées à la société Y._ SA les 22 mars, 22 avril, 22 mai, 25 juin et 27 juillet 1992 et qui n'avaient pas été comptabilisées. Ces factures se montaient à respectivement 9'315 fr., 8'100 fr., 8'100 fr., 7'500 fr. et 5'870 fr., soit un total de 38'885 fr. L'autorité de taxation a repris 10% du total de ces factures, soit 3'889 fr., pour la période fiscale 1993. Trois bordereaux rectificatifs datés du 28 décembre 1998 ont été notifiés à X._ SA pour les suppléments d'impôts cantonaux et communaux suivants: Période fiscale Bénéfice repris (fr.) Supplément d'impôt (fr.) 1993 3'889 (factures non comptabilisées) + 7'459 (frais forfaitaires non admis) 11'348 4'418,40 1994 18'898 (frais forfaitaires) 7'448,10 1995 7'299 (frais forfaitaires) 1'653,55 Des intérêts de retard ainsi qu'une amende se montant au double de l'impôt soustrait, soit 27'040 fr., ont également été mis à la charge de la société. Les reprises étaient identiques en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. Le 28 décembre 1998 un supplément d'impôt a été fixé à 982 fr. 50 pour la période fiscale 1993-1994 et à 1'394 fr. 85 pour la période fiscale 1995. L'amende était de 4'755 fr., c'est-à-dire le double de l'impôt soustrait. L'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations de X._ SA par deux décisions du 16 février 1999. B. Après avoir invité X._ SA à se prononcer sur les cinq factures non comptabilisées et avoir attiré son attention sur la possibilité d'une reformatio in pejus, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a partiellement admis le recours par décision du 27 juin 2002. Elle a annulé certaines reprises: elle a par contre repris en totalité les factures non comptabilisées. En outre, elle a ramené la quotité de l'amende aux 3⁄4 du montant de l'impôt soustrait, estimant que, si X._ SA avait fait preuve de négligence relativement grave, elle avait coopéré avec l'autorité de taxation et fourni tous les documents requis. C. Estimant que le droit d'être entendue de la société n'avait pas été respecté, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours de X._ SA par arrêt du 17 juin 2003 et renvoyé la cause à la Commission cantonale de recours. Une fois les parties entendues, ladite Commission a partiellement admis le recours par décisions du 21 juin 2004 pour les impôts cantonaux et du 23 juin 2004 pour l'impôt fédéral direct. Elle a annulé certaines reprises mais a pris en compte la totalité des cinq factures non comptabilisées. L'amende a été fixée à une fois l'impôt soustrait car, bien que X._ SA ait fait preuve de négligence, elle avait collaboré par la suite. D. Le Tribunal administratif a rejeté les recours de X._ SA par arrêt du 14 juin 2005. Il a jugé en substance qu'aucune des prescriptions entrant en ligne de compte, tant au niveau cantonal que fédéral, n'était acquise, que le principe de la bonne foi n'avait pas été violé, et que la reprise de la totalité des cinq factures litigieuses par la Commission de recours était autorisée dans le cadre de la reformatio in pejus et justifiée sur le fond. Il en allait de même du montant de l'amende. E. Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.520/2005), dont X._ SA demande à ce qu'il soit traité, si nécessaire, comme recours de droit public (2P.217/2005), la société requiert du Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 14 juin 2005 du Tribunal administratif, de lui donner acte qu'elle accepte une reprise pour la taxation 1993 de 3'888 fr. 50 (10% des factures litigieuses), de dire qu'elle n'a commis aucune faute et qu'elle ne sera donc pas condamnée à une amende ou de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour une nouvelle décision. Elle se plaint d'une violation des principes de la bonne foi, de la célérité et de la proportionnalité, ainsi que de la garantie de la propriété et de l'interdiction de l'arbitraire. Elle invoque aussi l'application de la lex mitior en ce qui concerne l'amende. Dans leur recours de droit public (2P.217/2005), X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 14 juin 2005 du Tribunal administratif. Les griefs sont identiques à ceux du recours de droit administratif. L'Administration fiscale cantonale estime que le recours doit être examiné uniquement sous l'angle du recours de droit administratif et donc de l'impôt fédéral direct. Elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Sans déposer d'observations, le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions, en se référant à l'arrêt attaqué et à la réponse au recours de l'Administration fiscale cantonale, conclut également au rejet du recours de droit administratif, sous suite de frais. F. Par ordonnance du 23 septembre 2005, le Président de la IIe Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours de droit public.