Faits: A. Arrivé le 23 février 2009 à l'aéroport de Genève en provenance de Lagos via Istanbul, X._, né en 1986, alias Y._, ressortissant nigérian, y a déposé une demande d'asile. Par décision du 23 février 2009, l'Office fédéral des migrations (ci-après: l'Office fédéral) lui a refusé provisoirement l'entrée en Suisse et lui a attribué la zone de transit de l'aéroport comme lieu de résidence pendant 60 jours. Par décision du 12 mars 2009, l'Office fédéral a rejeté la demande d'asile de l'intéressé et a ordonné son renvoi dès l'entrée en force de sa décision. Cette décision est entrée en force. Le 27 mars 2009, l'intéressé a déclaré qu'il n'envisageait pas de quitter la Suisse. Par décision du même jour, il a été mis en détention administrative en vue de renvoi pour trois mois. Par décision du 30 mars 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative a confirmé la mise en détention. L'intéressé a recouru contre cette dernière décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève. Par arrêt du 16 avril 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Par arrêt du 4 juin 2009 (2C_316/2009), le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal administratif du 16 avril 2009. Lors de son audition par les autorités nigérianes, l'intéressé a été reconnu comme ressortissant du Nigéria. Un laissez-passer, valable du 22 au 28 juin 2009, lui a été délivré par l'ambassade du Nigéria en Suisse. Le 24 juin 2009, une première tentative de renvoi a échoué en raison de la résistance physique de l'intéressé. Le 25 juin 2009, l'Office cantonal de la population a inscrit ce dernier sur un vol spécial pour le Nigéria et a demandé à la Commission cantonale de recours la prolongation de la détention pour une durée de trois mois. L'audience de la Commission cantonale de recours s'est tenue le 25 juin 2009. L'intéressé, assisté d'un mandataire, s'est derechef opposé à son renvoi. L'Office cantonal de la population a précisé qu'un vol aurait vraisemblablement lieu en juillet ou en août. Les parties ont plaidé les questions liées au bref délai dans lequel la prolongation de la détention a été requise, notamment le changement de mandataire d'office à très bref délai, ainsi que la présence du personnel de sécurité durant l'entretien entre le mandataire et l'intéressé, en raison du défaut de local idoine à proximité de la salle d'audience. Par décision du même jour, communiquée le 26 juin par télécopie et notifiée le 30 juin 2009, la Commission cantonale de recours a prolongé la détention jusqu'au 31 août 2009. L'intéressé a interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision le 6 juillet 2009. B. Par arrêt du 14 juillet 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a jugé en substance que le délai prévu par l'art. 8 al. 4 de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur les étrangers du 16 juin 1988 (LaLEtr; RSGE F 2 10) dans lequel l'office cantonal de la population doit saisir la commission d'une requête écrite et motivée, au plus tard 96 heures avant l'expiration de la détention ne constituait pas un délai impératif. Le mandat d'office de la précédente mandataire était arrivé à son terme avec la fin de la première procédure d'examen de la mise en détention en vue de refoulement, de sorte qu'elle n'avait pas à être avisée de la demande de prolongation de la détention. Les conditions dans lesquelles le nouveau mandataire avait pu se concerter avec l'intéressé violaient l'art. 12 al. 1 LaLEtr, mais n'avaient pas empêché ce dernier de faire valoir tous ses moyens de défense. Le vice avait en outre été réparé devant le Tribunal administratif. Sur le fond, la prolongation était justifiée et proportionnée aux circonstances. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public le 3 août 2009, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 14 juillet 2009 par le Tribunal administratif et d'ordonner sa libération immédiate. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire et la dispense du paiement des frais judiciaires. Il se plaint de l'interprétation arbitraire de l'art. 8 al. 4 LaLEtr. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.