Faits: A. Le 30 décembre 2009, les sociétés A._ et B._ ont déposé plainte pénale contre D._, C._ et la société E._ pour infractions aux art. 138, 158 et 292 CP. A titre de mesures d'instruction préliminaire, les plaignantes sollicitaient la perquisition des locaux de E._, ainsi que la saisie de la documentation bancaire relative aux trois mis en cause. Dans le cadre de l'instruction, les autorités compétentes ont procédé aux auditions de D._ et C._ en qualité de témoins le 17 décembre 2010, respectivement de F._ et G._ pour les plaignantes le 21 décembre 2010. Diverses perquisitions et saisies ont également été effectuées. B. Par ordonnance du 18 avril 2011, le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public) a refusé d'entrer en matière sur la plainte déposée par les deux sociétés. Saisie d'un recours de ces dernières, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a, par arrêt du 26 juillet 2011, annulé cette ordonnance de non-entrée en matière qui consacrait une violation de l'art. 318 CPP, les parties n'ayant pas été informées de la clôture prochaine de l'instruction ni invitées à présenter leurs réquisitions de preuve; en effet, au vu des mesures de contrainte ordonnées, seule entrait en considération une ordonnance de classement laquelle ne pouvait être rendue qu'après que les parties ont été, conformément à l'art. 318 CPP, informées par le Ministère public de son intention de rendre une telle ordonnance. C. Par acte adressé au Ministère public le 24 juillet 2012 et transmis à la Cour de justice le 30 juillet 2012, les sociétés plaignantes ont demandé la récusation de la Procureure en charge du dossier. Elles invoquent notamment le fait que la magistrate refuse de donner suite à leurs demandes pertinentes d'instruction fondées sur le rapport d'expertise privée et qu'elle a versé au dossier cette expertise et leurs requêtes d'instruction (courriers des 26 mars, 16 avril et 4 juillet 2012), malgré leur opposition et sans les en avoir informées au préalable; son comportement démontrerait qu'elle serait incapable de reprendre la cause en faisant abstraction des opinions qu'elle a précédemment émises dans l'ordonnance de non-entrée en matière. La magistrate intimée et les plaignantes se sont exprimées. Par arrêt du 24 septembre 2012, la Cour de justice a rejeté la demande de récusation. Elle a considéré en substance que les motifs avancés par les plaignantes ne permettaient pas de fonder une apparence de prévention de la Procureure à leur égard. D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ et B._ (ci-après: les recourantes ou les plaignantes) demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, d'ordonner la récusation de la Procureure et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens. Elles invoquent une constatation manifestement inexacte, incomplète et arbitraire des faits, ainsi qu'une violation de l'art. 56 let. f CPP. La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Au terme de leurs observations respectives, la Procureure et C._ concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Les recourantes se sont prononcées sur ces déterminations. Ayant été élue Juge au Tribunal civil du canton de Genève, l'intimée n'exercera plus ses fonctions de procureur dès le 1er avril 2013.