Faits: A. A.a X._ SA en liquidation (ci-après X._ SA) était une société de gérance, de promotion et de courtage immobilier. Son principal actif était constitué de huit lots de propriété par étages, situés à Z._. Par conventions des 28 mai et 25 juin 1997, X._ SA a cédé la totalité de son capital-action à A._ SA. Par acte du 18 novembre 1997, X._ SA a ensuite vendu ses parts de propriété par étages à SI W._ SA, société détenue par A._ SA. 1 La Banque Y._ a financé les deux opérations précitées à raison de deux prêts octroyés à A._ SA et SI W._ SA d'un montant de 2'000'000 fr. chacun. Ces prêts étaient garantis par quatre cédules hypothécaires grevant les parts de propriété par étages cédées. A.b La faillite de X._ SA a été prononcée le 3 octobre 2001. Le 1er octobre 2003, cette dernière a passé une convention avec SI W._ SA, convention par laquelle les deux sociétés ont notamment constaté que la vente des parts de propriété par étages à SI W._ SA, conclue le 18 novembre 1997, était nulle de plein droit et dans son intégralité en vertu de l'art. 20 CO. La convention reconnaissait ainsi X._ SA seule propriétaire de ces parts. Par acte déposé le 28 novembre 2003, X._ SA a ainsi ouvert action en rectification du registre foncier au sens de l'art. 975 CC contre SI W._ SA. Le 9 mars 2004, suite aux conclusions d'accord déposées par les parties, le Tribunal de première instance du canton de Genève a dès lors pris acte de la convention tendant à la restitution des parts d'étages de SI W._ SA à X._ SA et ordonné la rectification du registre foncier en conséquence. B. La faillite de SI W._ SA a été prononcée le 19 août 2004 et confirmée par arrêt du 18 novembre 2004. 1 La Banque Y._ a produit dans la faillite de SI W._ SA les créances garanties par les cédules hypothécaires et celles-ci ont été admises à l'état de collocation. Des actes de défaut de biens ont par la suite été délivrés à la Banque Y._ pour les montants respectifs de 760'000 fr., 723'000 fr., 2'725'500 fr. et 1'365'500 fr. 2 A la requête de la Banque Y._, l'Office des faillites du canton de Genève a également porté à l'inventaire de la faillite de SI W._ SA une créance contre X._ SA tendant au "retransfert" de la propriété des parts d'étages. La masse en faillite a cédé cette créance le 11 juillet 2006 à la Banque Y._. C. Par acte déposé le 15 novembre 2006 devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, la Banque Y._ a formé, à l'encontre de X._ SA, une action révocatoire au sens des art. 285 ss LP, action portant sur les parts d'étages restituées à X._ SA en exécution du jugement d'accord du 9 mars 2004. 3 Dans son mémoire de réponse au fond, la défenderesse a alors soulevé deux exceptions d'irrecevabilité. La première, fondée sur l'autorité de la chose jugée découlant du jugement d'accord du 9 mars 2004, la seconde, tirée de l'absence de cession suffisante des droits de la masse en faillite de SI W._ SA. Par jugement du 11 septembre 2007, le Tribunal de première instance a rejeté les deux exceptions soulevées par X._ SA. 4 La défenderesse a fait appel de ce jugement, ne remettant en cause que le rejet de son exception tirée de l'autorité de la chose jugée. La Cour de justice a confirmé le jugement du Tribunal de première instance, en rejetant l'appel interjeté par X._ SA. D. Contre cet arrêt, X._ SA interjette un recours en matière civile. Considérant que la cour cantonale a violé les principes régissant l'autorité de la chose jugée, la recourante conclut notamment à l'annulation de l'arrêt rendu par la Cour de justice et à l'irrecevabilité de la demande déposée par la Banque Y._. 5 Des observations n'ont pas été requises.