Faits: A. Centre Touristique Gruyères-Moléson-Vudalla SA (ci-après: la Société ou l'intimée), société anonyme de siège à Gruyères, est immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. Selon l'inscription au registre du commerce, la Société a pour but de "créer un centre touristique dans la région du Moléson et de Vudalla et [de] réaliser les objectifs suivants: construire des moyens de remontées mécaniques d'été et d'hiver, notamment un téléphérique de Plan Francey au Moléson; un télécabine de La Chaux à Plan Francey; un téléski pour enfants à La Chaux; construire ou faire construire des restaurants et buvettes; aménager une route de Pringy à La Chaux, d'entente avec l'Etat et la Commune de Gruyères, ainsi que les parcs autos; acheter et vendre des terrains et des droits de superficie; acquérir ou créer toute entreprise semblable et tous immeubles en Suisse, sous n'importe quelle forme, procéder à la construction et l'aménagement de ceux-ci, à leur exploitation, leur location, revente [...]". Dans le but de financer la construction d'un téléski et l'aménagement de pistes, la Société a obtenu en avril 1988 de la Confédération et du canton de Fribourg, sur la base de l'ancienne loi fédérale sur l'aide en matière d'investissements dans les régions de montagne (du 28 juin 1974; LIM) et de la loi cantonale d'application, deux prêts sans intérêts de 212'000 fr. chacun. Par ailleurs, afin de financer des aménagements en vue du remplacement de la télécabine reliant Moléson Village à Plan Francey, la Société a bénéficié le 27 avril 1994, sur la base de l'ancienne loi fribourgeoise sur le tourisme (du 20 septembre 1990, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2005), d'un prêt sans intérêt conditionnellement remboursable de 295'000 fr. au maximum (crédit qu'elle a utilisé à concurrence de 293'496 fr. 30) de la part du Fonds d'équipement touristique du canton de Fribourg (ci-après: le Fonds d'équipement) et d'un prêt de 86'000 fr. sans intérêt de la part de la commune de Gruyères. Selon l'inscription au registre du commerce, par décision du 1er juillet 1997, le capital-actions de la Société a été réduit de 3'400'000 fr. à 850'000 fr. par réduction de la valeur nominale des actions et simultanément réaugmenté à 3'400'000 fr. par l'émission de nouvelles actions libérées en espèces à concurrence de 600'000 fr. et par compensation de créances à hauteur de 1'950'000 fr. L'inscription mentionne en outre que la Société envisageait une reprise de biens: elle devait prendre une participation de 2'121'000 fr. dans la société "Télégruyère SA", à Bulle, laquelle allait financer la construction du funiculaire "La Chaux - Plan Francey". Selon l'inscription au registre du commerce, la société Télégruyère SA, sise à Bulle, dont le capital-actions est de 200'000 fr., a été constituée le 4 novembre 1996. Son but est de "construire ou faire construire, dans le district de la Gruyère, des installations de remontées mécaniques reconnues importantes pour le tourisme cantonal, installations dont elle reste propriétaire et dont elle délègue la gestion à des sociétés d'exploitation particulières". L'inscription mentionne que cette société reprendra sans contre-prestation, notamment de la société Centre touristique Gruyères-Moléson-Vudalla SA, tous les éléments de la télécabine actuelle "La Chaux - Plan Francey" faisant l'objet d'un renouvellement, y compris les droits y relatifs. Le 31 décembre 1998, le Fonds d'équipement et la commune de Gruyères ont fait abandon de leurs créances envers la Société. B. En décembre 2001 et janvier 2002, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) a effectué auprès de la Société un contrôle fiscal portant sur les périodes allant du 1er janvier 1996 au 30 septembre 2001. Au terme de ce contrôle, elle a établi notamment le décompte complémentaire no 238'528 du 11 janvier 2002, portant sur les périodes allant du 1er janvier 1996 au 31 décembre 2000, d'un montant de 21'332 fr. Cette reprise résultait notamment, d'une part, de la réduction de la déduction de l'impôt préalable pour le motif que les prêts octroyés par la Confédération, le canton de Fribourg, le Fonds d'équipement et la commune de Gruyères ne portaient pas intérêts et, d'autre part, du refus de la déduction de l'impôt préalable opérée sur la base de factures non conformes aux exigences y relatives. La Société a contesté le décompte no 238'528, notamment sur les points précités. Elle a communiqué à cette occasion que les prêts du Fonds d'équipement et de la commune de Gruyères avaient fait l'objet d'un abandon de créances avec effet au 31 décembre 1998. Par décision du 5 juillet 2004, l'Administration fédérale a fixé sa créance fiscale à l'égard de la Société pour les périodes considérées à 20'048 fr., soit le montant du décompte complémentaire no 238'528 moins la somme de 1'284 fr., correspondant à l'avis de crédit no 238'231 de la même date. Elle a tenu compte du fait que les prêts du Fonds d'équipement et de la commune de Gruyères n'avaient pas été remboursés en 1997 - comme elle le pensait initialement -, mais avaient fait l'objet d'un abandon de créance avec effet au 31 décembre 1998. Cela entraînait une réduction supplémentaire de la déduction de l'impôt préalable (à concurrence de 5'594 fr.), d'une part, parce que les prêts en question avaient subsisté et n'avaient pas donné lieu au versement d'intérêts durant toute l'année 1998 et, d'autre part, en raison de l'abandon des créances. A cet égard, l'Administration fédérale a considéré que l'octroi d'un prêt sans intérêt et l'abandon d'une créance par des collectivités publiques constituaient des subventions donnant lieu à une réduction de la déduction de l'impôt préalable. Comme elle a par ailleurs admis la contestation de la Société s'agissant de la déduction de l'impôt préalable opérée sur la base de certaines factures (pour un montant total de 6'878 fr.), elle a réduit sa créance de 1'284 fr. (= 6'878 ./. 5'594) à 20'048 fr. La Société a formé une réclamation à l'encontre de ce prononcé. Elle a conclu notamment à ce que l'abandon des créances ne soit pas qualifié de subvention - la réduction de l'impôt préalable déductible liée à cette qualification devant dès lors être annulée - ainsi qu'à l'annulation des reprises effectuées en raison de la non-conformité des factures. La réclamation a été rejetée par décision du 29 juin 2005. La Société a déféré cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours). En tant que successeur de la Commission de recours, le Tribunal administratif fédéral a, par arrêt du 16 octobre 2007, partiellement admis le recours, la décision entreprise étant dans cette mesure annulée et le dossier renvoyé à l'Administration fédérale pour nouvelle décision. Il a estimé qu'en renonçant à percevoir des intérêts sur les montants prêtés à la Société, la Confédération, le canton de Fribourg ainsi que le Fonds d'équipement lui avaient accordé une subvention. De même, l'abandon de créance consenti par ce dernier était assimilable à une subvention. S'agissant en revanche de la commune de Gruyères, il a estimé que la situation était différente du fait que celle-ci était actionnaire de la Société. Du moment qu'il ne ressortait pas du dossier que l'activité de cette dernière n'aurait généralement pas été rentable et qu'ainsi ladite commune aurait renoncé à tout retour sur investissement, il a jugé que l'octroi d'un prêt sans intérêt et l'abandon de sa créance par la commune de Gruyères ne constituaient pas des subventions, mais étaient assimilables à un apport sur le plan de la TVA. Les apports ne donnant pas lieu à la réduction de l'impôt préalable déductible, la cause devait être renvoyée à l'Administration fédérale afin qu'elle corrige le montant de sa créance en conséquence. S'agissant des factures, le Tribunal administratif a constaté que l'Administration fédérale avait entre-temps admis la déduction de l'impôt préalable sur la base de l'une d'entre elles, de sorte que la reprise y relative devait être annulée; pour deux autres factures, il a estimé que la cause devait être renvoyée à l'Administration fédérale, afin qu'elle donne à la Société la possibilité de les régulariser; concernant les cinq autres factures, il a en revanche estimé que c'était à bon droit que la déduction de l'impôt préalable avait été refusée. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler partiellement l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 16 octobre 2007 et de dire que l'octroi d'un prêt sans intérêt et l'abandon de sa créance par la commune de Gruyères constituent des subventions et entraînent une réduction de l'impôt préalable déductible. Aux fins de démontrer que, contrairement à ce qui a été retenu dans la décision entreprise, l'activité de la Société n'est généralement pas rentable, l'Administration fédérale allègue des faits nouveaux, en se référant notamment au message du 26 mars 1996 du Conseil d'Etat du canton de Fribourg accompagnant le projet de décret relatif à la participation financière de l'Etat de Fribourg au renouvellement des remontées mécaniques de base de Charmey et de Moléson-sur-Gruyères. Elle fait valoir qu'en 1988 l'Office fédéral des transports a imparti à la Société un délai pour adapter la télécabine Moléson Village - Plan Francey aux nouvelles prescriptions techniques. Les frais d'étude préliminaire - ascendant à 153'695 fr. 25 - ont été financés à l'aide d'une partie des prêts en cause. Il a été décidé de remplacer la télécabine existante par un funiculaire, dont les coûts de construction ont été estimés à 11'750'000 fr. Compte tenu de l'importance des investissements à effectuer, une société d'économie mixte a été constituée, qui serait la propriétaire des nouvelles installations. Le montant des coûts a été pris en charge par les actionnaires de la société d'économie mixte par le biais de prêts sans intérêts conditionnellement remboursables et immédiatement postposés. Selon le message précité, la participation des collectivités publiques s'élevaient à 76%, soit 48% pour le canton de Fribourg et 28% pour une association de communes appelée "Association régionale de la Gruyère". Il a également été décidé que le funiculaire serait exploité par la Société et mis à sa disposition contre le versement d'un loyer de l'ordre de 60'000 fr. en 1999. Quant à la seconde installation de remontées mécaniques, à savoir la télécabine reliant Plan Francey au sommet du Moléson, elle est restée propriété de la Société. Elle a fait l'objet d'aménagements pour un montant de 225'609 fr. 75, somme financée à l'aide du solde des prêts en cause. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'intimée maintient les conclusions prises dans sa réclamation mentionnées ci-dessus.