Faits: A. Par jugement du 19 janvier 2011, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland, Agence du Jura bernois, a condamné X._, pour homicide par négligence au préjudice de feu A.Y._, à une peine pécuniaire de cinq jours-amende à 96 fr., à savoir à un total de 480 fr., avec sursis pendant deux ans. B. Statuant le 3 octobre 2013 sur l'appel de X._, la 2e Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne a confirmé la déclaration de culpabilité d'homicide par négligence, mais a réduit la peine à trois jours-amende à 90 fr., à savoir un total de 270 fr., avec sursis pendant deux ans. En résumé, elle a retenu les faits suivants: B.a. B.a.a. A.Y._, né en 1980, souffrait de troubles de schizophrénie et séjournait dans un foyer. Le samedi 25 août 2007, il a ingurgité divers stupéfiants et bu du vin en vue de mettre fin à ses jours. Il a été retrouvé à Bienne au bord du lac et a été conduit en ambulance à l'Hôpital B._. B.a.b. A son arrivé à l'Hôpital B._ le patient a fait l'objet d'un premier examen par la Dresse C._. A un moment donné, l'infirmière a averti le médecin que le patient ne pouvait que difficilement être réveillé. La Dresse C._ a alors appelé le chef de clinique, le Dr D._, qui a demandé à l'infirmière de lui injecter une demi-ampoule d'Anexate, pour lutter contre la surdose de Dormicum. Comme, à la suite de cette première injection, aucune amélioration de l'état du patient n'a été constatée, une seconde dose lui a été administrée, mais sans plus de succès. Le Dr D._ a alors ordonné l'administration de Naloxon, pour lutter contre les effets de l'héroïne. Si la première injection n'a rien donné, la seconde a réveillé le patient, qui se trouvait alors dans son état normal. A la suite d'un entretien avec le patient, qui a formulé avec une grande insistance sa volonté d'en finir avec la vie, le Dr D._ a décidé, avec l'accord de ce dernier, de le transférer à la Clinique E._. La Dresse C._ a organisé son transfert et, en particulier, a pris contact, vers 19h20, avec le médecin de garde de la clinique, le Dr F._. Elle lui a expliqué que A.Y._ avait consommé une grande quantité d'alcool, 19 comprimés de Dormicum et une grande quantité d'héroïne. Elle a justifié son transfert à la Clinique E._, en raison de ses tendances suicidaires et du fait qu'il y avait déjà séjourné. Environ 20 minutes plus tard, le patient a pris son souper. Afin que l'effet de l'héroïne ne puisse réapparaître, le Dr D._ lui a injecté une nouvelle dose de Nalaxon par voie intramusculaire. Vers 20h00, le patient a quitté l'hôpital à pied et sans aide pour se rendre en ambulance à la Clinique E._. B.a.c. A la Clinique E._, l'infirmier G._ a pris en charge A.Y._. Le médecin de garde, le Dr F._, s'est entretenu avec lui, mais il était difficile d'avoir une discussion cohérente. Le patient était fatigué et voulait aller se reposer; son pouls et sa tension étaient normaux. Le Dr F._ a posé comme diagnostic d'admission un épisode dépressif sévère avec symptôme psychotique et trouble délirant. Il a informé ses auxiliaires du fait que A.Y._ avait consommé de l'alcool, 19 comprimés de Dormicum et de l'héroïne en quantité indéterminée. Il a demandé aux deux veilleurs de nuit de passer de temps en temps pour voir son état et, en cas d'agitation, de lui administrer de l'Entumine. A 22h30, l'infirmier G._ a retrouvé son patient dans un sommeil semi-comateux; celui-ci avait vomi et avait une respiration rapide et bruyante. Il a d'abord averti sa collègue, X._, puis a téléphoné au médecin de garde pour l'informer que le patient avait vomi et que les vomissures contenaient des traces de sang. Il a été convenu entre eux que le Dr F._ n'avait pas besoin de se déplacer; ce dernier a indiqué qu'il se tenait à disposition. A un moment donné, G._ a de nouveau demandé à sa collègue de venir voir le patient; ils ont constaté que la respiration de A.Y._ était devenue stertoreuse (à savoir qu'il y avait un râle dans la respiration, surtout à l'expiration). Peu avant 7h00, les infirmiers H._ et I._ ont pris leur service de jour. G._ a exprimé son sentiment que le patient devait être transféré dans un établissement hospitalier. L'infirmier H._ s'est alors rendu dans la chambre de A.Y._ afin de lui prendre la tension. Il a constaté qu'il avait vomi et que son pouls était filant, faible et rapide. Il s'est alors rendu auprès de son collègue et ils ont averti le Dr F._, qui est arrivé cinq minutes plus tard. Il était alors impossible de prendre le pouls du patient, dont le décès a été constaté à 7h30. B.b. Selon les rapports d'expertise, le décès de A.Y._ était dû à une inflammation des poumons, qui a conduit à une insuffisance respiratoire. L'inflammation a été causée par l'arrivée dans les poumons du contenu de l'estomac et/ou de la salive. Cette absorption est due au fait que le défunt a souffert pendant plusieurs heures d'un état d'inconscience qui l'a empêché d'utiliser ses réflexes naturels permettant d'éviter l'absorption de corps étrangers par les poumons, notamment en toussant. B.c. En droit, la cour cantonale a condamné X._ pour homicide par négligence (art. 117 CP) pour avoir effectué divers contrôles de la victime entre 22h30 et 6h30 et avoir omis de rappeler le médecin de garde pour l'informer de ses constats et, le cas échéant, le prier de se rendre au chevet du patient. La cour cantonale a également déclaré responsable du décès de A.Y._ le médecin de garde de la clinique E._, le Dr F._, et classé la procédure à l'encontre de l'infirmier, G._, qui est décédé pendant la procédure d'appel. Elle a condamné les médecins de l'Hôpital B._ pour homicide par négligence. Elle a reproché à l'assistante, la Dresse C._, de ne pas avoir transmis à la Clinique E._ un rapport détaillé au moment du transfert de A.Y._ et au chef de clinique, le Dr D._, de pas avoir suffisamment instruit C._ sur le rapport à fournir à la Clinique E._. C. Contre ce dernier jugement cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à sa libération de la prévention d'homicide par négligence. Parallèlement, le Dr D._ et la Dresse C._ déposent un recours au Tribunal fédéral. Le Dr F._ a renoncé à recourir.