Faits: A. Le 14 septembre 2001, X._, ressortissant cubain né en 1976, est entré en Suisse et a pu bénéficier d'un regroupement familial suite à son mariage avec Y._, ressortissante portugaise au bénéfice d'une autorisation de séjour. De leur union est né A._ en 2004, qui vit aujourd'hui à Bienne avec sa mère. X._ est également père de deux autres enfants, nés de mères différentes, B._ né en 2010 et C._, née en 2011. X._ ne dispose d'aucune formation professionnelle spécifique. Il a dans un premier temps bénéficié d'un soutien ponctuel de l'aide sociale pour un montant total de 26'629 fr. 75, puis il a occupé divers postes de travail en tant qu'ouvrier non qualifié. Depuis le 17 avril 2012, il est au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée et travaille en qualité d'aide plâtrier pour le compte de l'entreprise D._ SA. Il a fait l'objet des condamnations pénales suivantes: - Par ordonnance du 12 mars 2003, le juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ à quinze jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans pour lésions corporelles simples qualifiées ainsi que pour dommage à la propriété. Il lui est reproché d'avoir asséné un coup de couteau à une personne qui a été blessée à la paume de la main gauche à l'intérieur d'une discothèque et d'avoir endommagé une vitre de l'établissement d'un coup de pied alors qu'il en était expulsé. - Par jugement du 18 août 2004, le tribunal de l'arrondissement judiciaire VIII Berne-Laupen a condamné X._ à une peine privative de liberté de 10 jours pour lésions corporelles simples. - Par ordonnance du 16 novembre 2005, le juge d'instruction de l'arrondissement du nord vaudois a condamné X._ à un mois d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans et 700 fr. d'amende pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, violation simple des règles de la circulation et ivresse au volant qualifiée. Il a toutefois renoncé à révoquer le sursis octroyé le 12 mars 2003. Il lui était reproché d'avoir conduit en état d'ébriété et d'avoir frappé deux agents de police au visage au terme des formalités effectuées. - Par jugement du 10 janvier 2008, le tribunal de l'arrondissement judiciaire III, Aarberg-Büren-Erlach a condamné X._ à 45 jours-amendes pour conduite en état d'ébriété et conduite sans autorisation. - Par jugement du 3 décembre 2010, le Tribunal de l'arrondissement judiciaire II Bienne-Nidau a condamné X._ à une peine privative de liberté de 36 mois avec sursis partiel et délai d'épreuve fixé à 5 ans ainsi qu'à une thérapie ambulatoire pour ses problèmes d'alcool et d'agressivité et à une peine pécuniaire de 10 jours-amendes pour lésions corporelles graves et infraction grave à la Loi fédérale sur la circulation routière (LCR; RS 741.01). Le 2 mars 2011, le Service des étrangers de la Ville de Bienne a communiqué à X._ son intention de révoquer l'autorisation de séjour dont il bénéficiait du moment qu'il vivait séparé de son épouse depuis le 1er août 2007 et qu'il avait notamment fait l'objet d'une condamnation à une peine privative de liberté de 36 mois. Le 9 mars 2011, Z._, ressortissante helvétique, a informé le Service des étrangers de la Ville de Bienne qu'elle était en couple avec X._ depuis septembre 2009, qu'elle attendait un enfant de lui et qu'ils allaient emménager ensemble à Yverdon-les-Bains dès le moment où celui-ci aurait fini de purger sa peine de prison. Le 18 mai 2011, le jugement de divorce entre Y._ et X._ prononcé par le Tribunal régional du Jura-bernois-Seeland est entré en force. Le 10 juin 2011, X._ a annoncé son arrivée au contrôle des habitants de Yverdon-les-Bains, Bureau des étrangers. Par lettre du 5 septembre 2011, le Service de la population du canton de Vaud a informé X._ qu'il avait l'intention de refuser le renouvellement de son permis de séjour. Il l'a invité à faire part de ses remarques et objections par écrit dans un délai au 5 octobre 2011. Ce courrier est resté sans réponse. B. Par décision du 29 décembre 2011, le Service de la population a refusé le renouvellement de l'autorisation de séjour en faveur de X._ et prononcé son renvoi de Suisse. En substance, il a retenu que l'intéressé avait obtenu une autorisation de séjour par regroupement familial avec une ressortissante portugaise de laquelle il était aujourd'hui divorcé, qu'il avait fait l'objet de nombreuses condamnations pénales dont l'une portant sur une peine privative de liberté de 36 mois, et qu'il ne satisfaisait pas de manière autonome à ses besoins financiers. Par mémoire du 27 janvier 2012, X._ a saisi le Tribunal cantonal du canton de Vaud d'un recours dirigé contre la décision du 29 décembre 2011. Il faisait en particulier valoir qu'il était le père de trois enfants en bas âge vivant dans notre pays et avec lesquels il entretenait des contacts réguliers ou était en voie de le faire. Il indiquait en outre vivre en ménage commun avec sa fille cadette C._ ainsi qu'avec la mère de celle-ci, Z._. Il se prévalait également de l'existence d'un cas individuel d'extrême gravité: En tant que ressortissant cubain, il ne pouvait plus retourner séjourner de façon permanente dans son pays d'origine dès lors qu'il en avait quitté le territoire en 2004 pour une période supérieure à six mois, ce que démontrait un certificat de l'ambassade de la République de Cuba en Suisse. Par lettre du 19 mars 2012, l'intéressé a fait parvenir au tribunal la copie d'une correspondance concernant une procédure préparatoire de mariage établie en date du 2 février 2012. L'Etat civil du nord vaudois y constatait que l'intéressé n'avait produit aucun document attestant de la légalité de son séjour en Suisse et le priait de lui faire parvenir une copie d'un titre de séjour en cours de validité, ou à défaut, toute autre pièce prouvant la légalité du séjour. C. Par arrêt du 26 septembre 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Les antécédents pénaux de l'intéressé suffisaient à admettre l'existence d'un motif de révocation au sens des art. 62 let. b et c de la loi du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr, RS 142.20). Eu égard à l'art. 8 CEDH, la nature des relations que l'intéressé entretenait avec ses autres enfants nés de précédentes unions n'était pas démontrée. On ignorait notamment si les droits de visite que celui-ci invoquait avaient réellement été mis en place et dans quelle mesure ceux-ci étaient effectivement exercés. A cela s'ajoutait le fait que le recourant ne donnait aucune indication quant à une éventuelle participation financière de sa part aux frais d'entretien de A._ et B._, vivant auprès de leur mère respective dans le canton de Berne. Enfin, les relations affectives que l'intéressé entretenait avec sa fille cadette ne suffisaient pas à contrebalancer l'intérêt public prépondérant à son éloignement, du moment que le couple et leur enfant ne cohabitaient que depuis le mois de juin 2011, respectivement depuis novembre 2011 pour C._. L'impossibilité de retourner dans son pays d'origine pour des raisons administratives dès lors qu'il avait quitté le territoire pour une période supérieure à six mois ne permettait pas de conclure à un cas de rigueur ni à l'admission provisoire, faute pour l'intéressé d'avoir procédé à toute démarche de réadmission auprès des autorités cubaines. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 26 septembre 2012 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud en ce sens qu'une nouvelle autorisation de séjour lui est délivrée, subsidiairement la cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation de l'art. 8 CEDH, de l'art. 30 al. 1 let. b LEtr ainsi que 83 LEtr. Il produit deux " avenants " datés l'un du 18 mai 2010 et l'autre du 4 juillet 2011 établis entre lui-même et Y._ respectivement son fils B._. Le Service de la population et le Tribunal cantonal du canton de Vaud renoncent à déposer des observations sur recours. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet du recours. Le 11 janvier 2013, X._ et Z._ se sont mariés.