Faits: A. A._ est décédée le 4 avril 1998 en France. Sa fille, X._ (ci-après : l'intéressée), domiciliée à Genève, a hérité pour moitié des biens de cette dernière, sous la forme d'actions notamment. Dans sa déclaration pour l'impôt cantonal et communal 1998 et pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1999-2000, datée du 30 septembre 1998, l'intéressée a mentionné un revenu net de 15'452 fr. Dans sa déclaration pour l'impôt cantonal et communal 1999 et pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1999-2000, datée du 30 septembre 1999, elle a mentionné un revenu net de 9'658 fr. et un revenu mobilier de 3'521 fr. Elle a par ailleurs déclaré 160'106 actions de la société B._, dont le siège se trouve à Paris. Le 12 janvier 2002, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le revenu imposable de l'intéressée à 560'400 fr. (et le revenu fixant le taux à 582'700 fr.) pour l'impôt fédéral direct 1999-2000 et lui a adressé un bordereau d'un montant de 62'529 fr. 45 pour chacune des années 1999 et 2000. Les revenus de la fortune mobilière pour 1998 ont été fixés à 1'101'515 fr. (1'100'454 + 1'061) compte tenu des dividendes versés par B._ en juin et décembre 2008. Le 8 février 2002, l'intéressée a déposé une réclamation à l'encontre du bordereau du 12 janvier 2002 et produit un justificatif de B._ à l'attention de la succession de la défunte dont il ressortait que le montant brut des revenus de titres imposables à déclarer s'élevait à 31'361'756 FF 18 et l'avoir fiscal à 10'453'918 FF 73. Par courrier du 3 mai 2006, l'Administration fiscale cantonale a transmis à l'intéressée une formule sur laquelle figuraient les éléments ayant servi de base à l'imposition: Année 1997 1998 Moyenne Salaire 20460 20460 Revenu de la fortune mobilière 2276 1101515 Valeur locative 22500 22500 Revenu brut total 45236 1144475 Total des déductions 6879 7065 Moyenne (revenu net) 38357 1137410 587884 Déduction pour charge de famille 5100 Revenu net pour le taux 582784 Arrondi 582700 Revenu net étranger 22300 Revenu net imposable 560400 Par décision du 15 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation et confirmé la taxation du 12 janvier 2002 au motif que les dividendes des actions B._, échus les 15 juin et 1er décembre 1998, après le décès de A._, devaient être déclarés par chacun des héritiers pour sa part. Le 16 octobre 2006, l'intéressée a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct, remplacée, depuis le 1er janvier 2009, par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la Commission cantonale de recours). Par décision du 4 mars 2009, la Commission cantonale de recours a partiellement admis le recours. L'ajout de l'avoir fiscal au revenu imposable n'était nécessaire que si son remboursement pouvait être effectivement obtenu, ce qui n'était pas le cas en l'espèce. Faute de quoi cela revenait à imposer un revenu fictif. En conséquence, l'intéressée devait être imposée sur le 85% des dividendes bruts reçus, soit 733'636 fr. (85% x (619'811 + 243'291)). L'Administration fiscale cantonale a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision rendue le 4 mars 2009. Les coupons devaient être imposés de la manière suivante : Coupon du 15 juin 1998 FF 2'569'696.- Taux de change 24.12/100 CHF 619'811.- + avoir fiscal 50% CHF 929'716.- Imposé à 85% CHF 790'259.- Coupon du 1er décembre 1998 (coupon net 6,30 FF sur 160'106 actions) FF 1'008'668.- + avoir fiscal 50% FF 1'513'002.- Taux de change 24.12/100 CHF 364'936.- Imposé à 85% CHF 310'196.- Récapitulation Coupon du 15 juin 1998 CHF 790'259.- Coupon du 1er décembre 1998 CHF 310'196.- Dividendes B._ imposables en 1998 CHF 1100454 B. Par arrêt du 15 décembre 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'Administration fiscale cantonale. Il a constaté que l'intéressée n'avait demandé ni le paiement de l'avoir fiscal en France, ni l'imputation forfaitaire en Suisse de l'impôt de 15% perçu à la source par la France sur les dividendes. Elle ne pouvait dès lors prétendre qu'au dégrèvement prévu par l'art. 2 al. 3 de l'ordonnance du 22 août 1967 sur l'imputation forfaitaire d'impôt (OIF; RS 672.201), qui excluait d'ajouter aux dividendes reçus le montant de l'avoir fiscal, dont elle n'avait pas pu profiter. Le mécanisme de l'avoir fiscal n'avait en effet de raison d'être que si le contribuable français pouvait effectivement en bénéficier. Ajouter cet avoir fiscal aux dividendes violait en outre l'interdiction de la discrimination. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 15 décembre 2009 par le Tribunal administratif et de confirmer sa décision du 15 septembre 2006. Le Tribunal administratif s'en tient aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours sous suite de frais et dépens. L'intéressée conclut au rejet du recours également sous suite de frais et dépens.