Faits: A. Par contrat d'entreprise no 13 du 10 août 1999, signé par G._ et le bureau d'architecture I._, les travaux de maçonnerie du chantier G._ dit « ... - 1ère étape (PMU) » ont été adjugés au consortium d'entreprises J._ SA, A._ SA, K._ SA, L._ SA et C._ SA. En cours de procédure, B._ SA a pris la place de J._ SA et D._ SA celle de K._ SA et de L._ SA. Dès l'adjudication des travaux, des offres complémentaires à l'offre de base ont été faites par les entrepreneurs, lesquelles offres ont abouti à des avenants formels, ainsi qu'à des contrats complémentaires non formels. Dans le courant de l'année 2000 déjà, les membres du consortium ont formulé des revendications au sujet de paiements supplémentaires de la part du maître de l'ouvrage et un certain nombre de factures lui ont été présentées. Certaines d'entre elles ont été acquittées par le maître de l'ouvrage et ne sont plus discutées par les parties, même si celles-ci divergent sur la somme des montants effectivement versés. Il s'agit notamment des factures relatives aux ascenseurs, au balisage des grues, aux têtes métalliques, à l'accès ambulances, aux travaux pour l'héliport, aux piliers préfabriqués, aux bandeaux de toiture et aux gaines préfabriquées. Plusieurs de ces factures ont fait l'objet d'une expertise hors procès, rendue le 30 septembre 2002 par les experts N._, du bureau O._ SA, et P._, architecte. D'autres factures sont demeurées en suspens et ont fait l'objet de discussions. Ces factures se rapportent à des compléments d'installation (présence plus longue que prévu de deux grues sur le chantier), à des travaux complémentaires non compris dans le contrat de base (coffrages des murs et des puits de lumière, remboursement des sous-traitants Q._ SA et R._ SA, montant forfaitaire pour les piliers préfabriqués, pont pour ascenseur), à la réalisation d'escaliers secondaires et enfin à un complément de coffrage. B. Le 19 mars 2002, A._ SA, K._ SA et C._ SA ont ouvert action contre X._ devant le Tribunal cantonal vaudois; elles demandaient que le défendeur soit condamné à payer la somme de 1'927'885 fr.25 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002. En cours de procédure, les demanderesses ont augmenté leurs conclusions, puis les ont réduites, à la suite de paiements effectués par la partie adverse. Ainsi, elles concluaient à l'audience de jugement au paiement de 201'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 24 octobre 2001, au titre des compléments d'installation, de 423'631 fr.75 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, sous déduction des 285'000 fr. payés le 1er juin 2007, au titre des travaux complémentaires, de 220'326 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, au titre des escaliers secondaires, et de 2'554 fr.90 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, au titre d'un complément de coffrage. Le défendeur a conclu à libération des fins de la demande. Désigné en qualité d'expert, l'ingénieur S._ a déposé un rapport principal le 17 décembre 2004 et un rapport complémentaire le 25 novembre 2005. L'expert a évalué le coût total justifié à 16'379'219 fr.60 et indiqué que, compte tenu des acomptes versés, à hauteur de 15'814'874 fr.65, il restait un solde dû de 564'344 fr.95, soit 175'006 fr.30 au titre de compléments d'installation, 346'783 fr.75, au titre de travaux complémentaires, 40'000 fr. pour les escaliers secondaires et 2'554 fr.90 pour les coffrages divers. L'expert a confirmé que les revendications relatives au balisage des grues, aux têtes métalliques, à l'accès ambulance, à l'héliport, aux piliers préfabriqués, aux bandeaux de toiture préfabriqués et aux gaines préfabriquées ont été réglées par le maître de l'ouvrage. Le Tribunal cantonal s'est prononcé le 20 juin 2008. Il a condamné le défendeur à payer aux demanderesses le montant de 275'138 fr.15, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2003, dont à déduire 285'000 fr., valeur au 1er juin 2007, pour les travaux complémentaires, le montant de 237'070 fr.80, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2003, dont à déduire 58'950 fr., valeur au 29 septembre 2003, pour les escaliers secondaires, et le montant de 2'749 fr.05, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2003, pour le complément de coffrage. Toutes autres et plus amples conclusions ont été rejetées, dont celles relatives aux compléments d'installation. Les frais de justice ont été répartis à raison de 59'813 fr.25 à la charge des demanderesses et à raison de 53'455 fr.85 à la charge du défendeur, qui a été condamné à verser aux parties adverses, solidairement entre elles, le montant de 74'875 fr.15 à titre de dépens. Les motifs de cet arrêt seront repris ci-dessous dans la mesure utile. C. Les demanderesses exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 juin 2008. Sur l'ensemble des prétentions soulevées devant l'instance cantonale, seules demeurent litigieuses devant la Cour de céans celles relatives aux compléments d'installation et, s'agissant des travaux complémentaires, celles relatives aux coffrages des murs et des puits de lumière et au remboursement des sous-traitants. En outre, les recourantes contestent le calcul des intérêts de retard effectué par la cour cantonale et s'opposent à la répartition des dépens telle qu'arrêtée dans le jugement entrepris. Sur les questions litigieuses, les recourantes dénoncent une violation des art. 372 et 374 CO et 8 CC. Elles concluent à l'admission du recours et à la réforme du jugement entrepris, en ce sens que le défendeur X._ soit condamné à payer aux demanderesses solidairement entre elles la somme de 201'000 fr., plus 7,6% de TVA, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, et la somme de 423'631 fr.75, plus 7,6% de TVA, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2002, sous déduction de 285'000 fr. payés le 1er juin 2007, ainsi que de pleins dépens, arrêtés à 50'000 fr. à titre de participation aux honoraires de leur conseil, 1'666 fr.65 pour les débours de celui-ci et 39'875 fr.50 en remboursement de leur coupon de justice. Pour le surplus, les recourantes concluent au maintien des chiffres II, III sous réserve de l'allocation d'un intérêt moratoire de 5% l'an dès et y compris le 1er janvier 2002, IV et VI du dispositif du jugement cantonal. A titre subsidiaire, les recourantes requièrent le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour complément de l'état de fait et nouveau jugement. Plus subsidiairement, elles demandent la réforme du jugement cantonal dans le sens des conclusions principales, sauf en ce qui concerne les dépens; sur ce point, elles demandent le renvoi de la cause au Tribunal cantonal vaudois pour nouveau jugement dans le sens des considérants. L'intimé invite le Tribunal fédéral à rejeter le recours.