Faits: A. A.a X._ SA était propriétaire de l'intégralité du capital-actions de la société A._ SA, elle-même propriétaire de l'Hôtel A._. Le 23 janvier 2006, X._ SA a signé un contrat de vente d'actions et de cession de créance aux termes duquel elle vendait à la société C._ SA et à D._ la société A._ SA, pour le prix de 38'700'000 fr. Par demande déposée le 13 septembre 2006 devant le Tribunal cantonal vaudois, X._ SA a ouvert à l'encontre des acheteurs une action en exécution de ce contrat. A.b Dans l'intervalle, le 6 juin 2006, X._ SA a conclu avec Y._ un contrat de mandat ayant pour but la vente des actions de A._ SA, au prix indicatif de 60'000'000 fr. Par contrat du 13 août 2007, X._ SA a vendu ces actions à F._ SA que lui avait présentée Y._. Pour ce service d'intermédiaire, celui-ci a reçu une commission de 1'700'000 fr. versée par X._ SA. A.c Par la suite F._ SA a revendu les actions de A._ SA à la société G._ SA. Cette dernière société est détenue par D._. B. Le 20 décembre 2007, X._ SA a requis du Juge de paix du district de Vevey le séquestre à son profit, à concurrence de 1'700'000 fr., du compte xxx ouvert au nom de Y._ auprès de la Banque cantonale Vaudoise à Montreux. Elle alléguait qu'en cours de mandat, elle avait clairement informé Y._ qu'elle ne voulait pas vendre les actions de A._ SA à D._, C._ SA ou toute autre entité appartenant à D._. Selon elle, la vente à F._ SA n'avait été qu'une façade et Y._ avait violé le contrat de courtage du 6 juin 2006 en organisant une vente en mains d'un acheteur fictif, pour le compte d'acheteurs avec lesquels elle ne voulait pas contracter. Elle prétendait qu'en application de l'art. 415 CO, Y._ était déchu de son droit à une commission et qu'elle disposait d'une créance en remboursement du montant de 1'700'000 fr. qu'elle lui avait versé. Le 21 décembre 2007, le Juge de paix a ordonné le séquestre requis, en vertu de l'art. 271 al. 1 ch. 4 LP. C. Le 22 janvier 2008, il a rejeté l'opposition formée par le séquestré. En bref, il a considéré que le cas de séquestre de l'art. 271 al. 1 ch. 4 LP était réalisé, car la requérante avait rendu vraisemblable l'existence de la créance et établi que le séquestré n'était pas domicilié en Suisse. Par arrêt du 28 août 2008, notifié le 31 octobre 2008, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours du séquestré, admis l'opposition et levé le séquestre. D. X._ SA forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement au rejet de l'opposition et au maintien du séquestre et, à titre subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Par ordonnance du 17 décembre 2008, le Président de la cour de céans a accordé l'effet suspensif.