Faits: A. Dès le 1er septembre 1997, Y._ a travaillé pour X._ SA en qualité de directeur commercial et responsable d'un magasin à Genève. Selon certificat de travail intermédiaire du 18 octobre 2006, il donnait entière satisfaction. Le 23 février 2007, il a informé son employeuse de son intention de résilier son contrat pour le 31 mai 2007. Le 22 mars 2007, Y._ a endommagé l'enregistreur vidéo d'une des caméras de surveillance d'un magasin de X._ SA par un coup de pied. Le jour suivant, l'employeuse a résilié son contrat de travail avec effet immédiat; le licenciement était motivé par l'événement de la veille. B. Le 16 juillet 2007, Y._ a ouvert action contre X._ SA en paiement de la somme de 44'765 fr. 85 avec intérêt - à savoir 13'000 fr. à titre de salaire pour les mois d'avril et mai 2007, 2'708 fr. 35 à titre de part de treizième salaire au prorata pour l'année 2007, 11'057 fr. 50 à titre de paiement de jours de vacances non pris en nature et 9'900 fr. ainsi que 8'100 fr. à titre de commissions diverses - et en délivrance d'un certificat de travail. X._ SA a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à la condamnation de son adverse partie à lui verser 5'784 fr. 75 plus intérêts en réparation du dommage causé à l'enregistreur. Par jugement du 10 septembre 2008, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a pour l'essentiel admis la demande et condamné X._ SA à payer à Y._ 34'683 fr. 35 bruts et 9'900 fr. nets avec intérêts; il a en revanche rejeté la demande reconventionnelle. Statuant sur appel de X._ SA par arrêt du 29 mai 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a réformé le jugement du 10 septembre 2008; elle a partiellement admis la demande et condamné l'employeuse à payer à Y._ la somme - arrondie - de 26'649 fr. bruts plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juin 2007 - soit 15'708 fr. 35 à titre de salaire pour les mois d'avril et mai 2007 (part au treizième salaire comprise) et 10'940 fr. 90 pour les vacances non prises; elle a en outre partiellement admis la demande reconventionnelle et condamné Y._ à payer à X._ SA 1'958 fr. nets. C. X._ SA (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle a conclu principalement à l'annulation de l'arrêt du 29 mai 2009 dans la mesure où il la condamne à payer 26'649 fr. à Y._ et à ce que celui-ci soit débouté de toutes conclusions, avec suite de dépens; elle a également présenté une demande d'effet suspensif, qui a été rejetée par ordonnance présidentielle du 29 juillet 2009. Y._ (l'intimé) a proposé le rejet du recours, sous suite de dépens.