Faits: A. Lors d'une vente aux enchères organisée par l'office des poursuites du canton de Genève le 16 décembre 1999, A._ a acquis la parcelle n° 171 sise en zone agricole de la commune de Z._ (GE). Peu après cette acquisition, le 30 décembre 1999, elle a conclu avec son frère X._ un contrat de bail à ferme agricole affermant ce fonds dès le 1er janvier 2000 et pour une durée de 24 ans. B. A la suite d'une cession de créances du 2 avril 2001, la société D._ SA (ci-après : la Société) est devenue créancière de A._ à concurrence de 116'087 fr. 65 et de ses frères X._ et B._ pour des montants respectifs de 678'966 fr. 70 et 410'479 fr. 05. Toutes ces créances, cédées pour un prix global de 1'100'000 fr., étaient garanties par des gages immobiliers, dont une cédule hypothécaire en premier rang de 85'000 fr. grevant la parcelle n° 171. La Société a entamé une poursuite en réalisation de gage portant sur la parcelle n° 171. Le 23 octobre 2003, l'office des poursuites a procédé à la vente aux enchères de cette parcelle. La Société l'a acquise au prix de 145'000 fr. Par décision du 20 janvier 2004, la commission foncière agricole du canton de Genève a débouté la Société de sa requête en autorisation d'acquérir la parcelle n° 171. Le 8 mars 2005, le Tribunal administratif a rejeté le recours formé contre cette décision. Le 3 février 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé contre l'arrêt cantonal (arrêt 5A.14/2005). A la suite de ce refus d'autorisation, des divergences sont apparues entre les parties au sujet d'un accord conclu en novembre 2003. A._ et ses frères soutenaient que, moyennant le paiement du montant prévu dans cet accord, ils auraient réglé leurs dettes à l'égard de la Société. De son côté, celle-ci estimait qu'elle demeurait créancière « à propos de la parcelle n° 171 ». C. Le 3 octobre 2006, l'office des poursuites a procédé à une nouvelle vente aux enchères de la parcelle n° 171 qui a été adjugée à Y._, agriculteur, pour un prix de 175'000 fr. Le 5 octobre 2006, l'adjudicataire a résilié le bail à ferme agricole de X._ pour le 31 octobre 2007. Par décision du 17 octobre 2006, définitive et exécutoire, la commission foncière agricole a autorisé l'acquisition de la parcelle n° 171 par Y._. D. Le 8 janvier 2007, X._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une demande en constatation de la nullité de cette résiliation et, subsidiairement, en prolongation du bail. Par jugement du 30 novembre 2007, l'autorité saisie a déclaré irrecevable pour cause de tardiveté la demande de prolongation et a rejeté l'action en constatation de la nullité de la résiliation. Parallèlement, X._ a déposé une plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites afin de faire constater la nullité de la vente aux enchères forcées de la parcelle n° 171. Par décision du 22 mars 2007, définitive et exécutoire, l'autorité saisie a déclaré la plainte irrecevable. E. Le 15 avril 2008, Y._ a ouvert devant le Tribunal de première instance une action en revendication au sens de l'art. 641 al. 2 CC concluant à ce que X._ soit condamné à libérer la parcelle n° 171 et à la lui remettre dans l'état où elle se trouvait à la fin du bail à ferme agricole, échu au 31 octobre 2007. X._ s'est opposé à la demande. Il a fait valoir diverses erreurs commises par l'office des poursuites lors des ventes aux enchères successives de la parcelle. Il prétextait aussi que la société poursuivante n'avait plus de créance à l'égard de la famille depuis le paiement de novembre 2003, de sorte qu'elle n'était plus fondée à requérir, en 2006, la vente aux enchères de la parcelle n° 171. Par jugement du 13 novembre 2008, le Tribunal de première instance a fait droit aux conclusions de la demande. Saisie d'un appel de X._, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement attaqué. Elle a relevé d'une part que Y._ était devenu valablement propriétaire à la suite de la vente aux enchères du 3 octobre 2006, dont la validité ne pouvait être plus être examinée et que, d'autre part, X._ avait échoué à démontrer qu'il avait le droit de posséder la parcelle. F. Le 7 mai 2009, X._ a déposé un recours en matière civile contre cet arrêt, en concluant au rejet de l'action en revendication. Par ordonnance du 2 juin 2009, la présidente de la cour de céans a admis la requête d'effet suspensif.