Faits: A.a A la fin de l'année 2001, la société X._ SA (ci-après: la société) a vendu les participations qu'elles détenaient dans les sociétés Y._ SA et Z._ GmbH. A la suite de cette opération, elle a versé, le 4 février 2002, des indemnités à raison de 2'400'000 fr. à A._ et de 127'500 fr. chacun à B._, C._ et D._. Celui-ci travaillait pour Z._ GmbH, tandis que les trois prénommés étaient employés auprès de Y._ SA. Le 25 octobre 2002, la société a, par l'intermédiaire de sa fiduciaire, informé la Caisse cantonale genevoise de compensation qu'elle avait octroyé à A._ une indemnité pour longs rapports de travail et lui demandait quelles étaient les conséquences de ce versement sur le plan des cotisations sociales, compte tenu du fait que le bénéficiaire avait atteint l'âge de la retraite en 2000. Elle a adressé une copie de sa lettre à la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des entreprises romandes (ci-après: la caisse), auprès de laquelle elle était affiliée. Celle-ci a, par courrier du 26 novembre 2002, indiqué à la Caisse cantonale genevoise de compensation que les cotisations sociales devaient être facturées au nom de la société Y._ SA, qui avait employé A._, et qu'elle-même n'avait pas à intervenir dans ce cas. Dans une note interne subséquente (du 12 juin 2003), la caisse a constaté que les quatre bénéficiaires des indemnités versées par la société n'étaient pas salariés de celle-ci, mais de sociétés affiliées à un autre organe de l'AVS. Par courrier du même jour, elle a informé la société que les salaires déclarés pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2001 étaient conformes à sa comptabilité. A.b Par deux décisions du 10 décembre 2007, indiquant faire suite à un contrôle des déclarations de salaires pour la période du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2001, la caisse a réclamé à X._ SA le montant de 449'752 fr. 05 au titre de cotisations de l'assurance-vieillesse et survivants, de l'assurance-chômage, des allocations familiales et de l'assurance-maternité, perçues sur les indemnités versées à A._, B._, C._ et D._ (y compris les frais et les intérêts moratoires). Sur opposition de la société, elle a confirmé sa position le 6 mars 2008. B. Saisi d'un recours formé par la société contre la décision sur opposition, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève l'a rejeté par jugement du 26 août 2008. C. La société interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à l'annulation des décisions de cotisations. Elle a, par ailleurs, sollicité l'effet suspensif à son recours, ce qui lui a été accordé par ordonnance du 12 janvier 2009. Sous réserve des cotisations liées à l'indemnité versée à D._, la caisse conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.