Faits : A. A.A._ et B.A._ se sont mariés le 31 juillet 1992. Deux enfants sont nés de leur union, C.A._ le 7 septembre 1994 et D.A._ le 6 septembre 1996. Le couple vit séparé depuis le 1er janvier 2004. Selon un extrait du projet de convention soumis le 13 mai 2005 au juge du divorce pour ratification, les conjoints renonçaient à toute pension pour eux-mêmes; l'autorité parentale sur les enfants C.A._ et D.A._ était exercée conjointement et la garde alternée, une semaine sur deux; chaque parent assumait les frais courants d'entretien durant le séjour des enfants chez lui (nourriture, cotisations d'assurance-maladie pour un enfant, habits courants et autres); chaque parent touchait l'allocation pour un enfant et le père versait à la mère une pension mensuelle de 200 fr. par enfant. Pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2004, le Service cantonal des contributions du canton de Fribourg (ci-après: le Service cantonal des contributions) a imposé B.A._ sur la pension alimentaire de 4'800 fr.; il a admis la déduction pour deux enfants mineurs à charge (2 x 5'600 fr.) ainsi que la déduction des primes d'assurance-maladie pour un enfant (700 fr.) et appliqué le barème de l'art. 214 al. 2 LIFD (ci-après: barème pour couple marié). S'agissant de A.A._, le Service cantonal des contributions a admis la déduction de la pension alimentaire de 4'800 fr. pour les enfants, la déduction des primes d'assurance-maladie pour un enfant (700 fr.), mais n'a en revanche pas octroyé de déduction sociale pour enfant ni appliqué le barème pour couple marié. Il a fixé le revenu imposable de l'intéressé à 61'009 fr. et l'impôt fédéral direct à 879 fr. 55. Pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2004, le Service cantonal des contributions a admis la déduction de la pension alimentaire de 4'800 fr. pour les enfants, deux demi-déductions pour enfants à charge (5'500 fr.), la déduction des primes d'assurance-maladie pour un enfant, mais n'a pas appliqué à son revenu global imposable le taux correspondant à 60% de ce revenu (splitting) applicable aux personnes mariées vivant en ménage commun et aux contribuables veufs, séparés, divorcés ou célibataires faisant ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses dont ils assurent pour l'essentiel l'entretien. Il a fixé le revenu imposable de l'intéressé à 52'982 fr. et l'impôt cantonal à 4'655 fr. 90. La taxation a été notifiée le 18 août 2005. Le 17 septembre 2005, A.A._ a déposé une réclamation contre la décision du 18 août 2005 en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal. Il a demandé des déductions supplémentaires pour ses frais de transport et repas hors du domicile. Il a aussi demandé une déduction sociale pour un enfant ainsi que l'application du barème pour couple marié tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal. Le 28 septembre 2005, le Service cantonal des contributions a partiellement admis la réclamation s'agissant des frais de transport et de repas hors du domicile. Il a en revanche refusé d'octroyer la déduction sociale pour un enfant et d'appliquer le barème pour couple marié tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal. Le 27 octobre 2005, A.A._ a interjeté recours auprès de la Cour fiscale du Tribunal administratif du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal administratif). Il a demandé que lui soient accordés une déduction sociale pour enfant et le barème pour couple marié en matière d'impôt fédéral direct et en matière d'impôt cantonal. B. Par arrêt du 14 décembre 2006, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours en matière d'impôt fédéral (4F 05 211) et rejeté le recours en matière d'impôt cantonal et communal (4F 05 212). En matière d'impôt fédéral direct, il a accordé à l'intéressé la déduction pour personne nécessiteuse de 5'600 fr. pour chacun des enfants en lieu et place de la déduction de la contribution d'entretien de 4'800 fr., qu'il a supprimée, mais il a refusé d'appliquer le barème pour couple marié. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif pour violation du droit fédéral, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 14 décembre 2006 par le Tribunal administratif en la cause 4F 05 211 et de confirmer la décision sur réclamation rendue le 28 septembre 2005 par le Service cantonal des contributions. Le Tribunal administratif conclut au rejet du recours. Le Service cantonal des contributions conclut à l'admission du recours. A.A._ n'a pas répondu à l'invitation à déposer une réponse au recours.