Faits: A. Par décision du 15 août 2006, le Juge d'instruction du canton de Vaud a ordonné la confiscation pénale des valeurs déposées sur un compte au nom de B._ Ldt et sur deux comptes au nom de (C._) Ltd, auprès de la banque X._ à Lausanne. Le magistrat a considéré que les fonds provenaient de comportements relevant de la soustraction de données, de la concurrence déloyale et de la violation du droit d'auteur, voire de l'escroquerie. Les éventuels lésés ou tiers devraient faire valoir leurs prétentions dans les cinq ans dès la publication officielle de la décision. Le 12 janvier 2009, l'ayant droit des sociétés, A._, a formé une opposition (avec demande de restitution de délai) contre cette décision. Par arrêt du 12 mars 2009, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a écarté l'opposition et maintenu l'ordonnance de confiscation. Les deux sociétés avaient été mises en liquidation le 10 mai 2005 par un tribunal australien, puis liquidées au 14 août 2007 et radiées du registre du commerce. Un liquidateur officiel avait été désigné et s'était manifesté dans la procédure de confiscation. Une procédure de réinscription était prévue en droit australien, en cas d'actifs ou de dettes découverts après la liquidation. A._, déclaré en faillite en octobre 2005, ne prétendait pas avoir racheté les actions des sociétés; il ne disposait pas des pouvoirs pour agir en leur nom. Cet arrêt a fait l'objet d'un premier recours en matière pénale (cause 1B_110/2009). B. B._ a formé à son tour, le 8 mai 2009, une opposition assortie d'une demande de restitution de délai. Celle-ci a été écartée par arrêt du 16 juillet 2009 du Tribunal d'accusation. La société prétendait avoir été réinscrite au registre du commerce le 4 mai 2009, mais n'apportait aucune preuve à ce sujet. Les pouvoirs de représentation de son avocat n'étaient pas non plus démontrés. Par acte du 14 septembre 2009, B._ forme un recours en matière pénale. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 16 juillet 2009, à la recevabilité et à l'admission de son opposition, et à l'annulation de l'ordonnance de confiscation. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle statue sur l'opposition. Le Tribunal d'accusation et le Ministère public du canton de Vaud se réfèrent à l'arrêt attaqué. C. Par arrêt du 1er septembre (1B_110/2009), le Tribunal fédéral a rejeté le premier recours formé par A._ contre l'arrêt du Tribunal d'accusation du 12 mars 2009.