Faits: A. Le 13 août 1999, X._ (ci-après: l'employée) a été engagée par Y._ (ci-après: l'employeuse) en qualité de vendeuse à plein temps dans son magasin de V._, pour un salaire mensuel de 3'900 fr. bruts. Selon un premier formulaire d'évaluation de ses prestations du 28 décembre 2000, l'employée remplissait en grande partie les critères appliqués par l'employeuse à son personnel; elle était en effet décrite comme ayant le sens de la clientèle, un esprit humain et comme étant une personne sérieuse et de confiance. L'évaluation suivante du 26 mars 2002 avait une teneur positive similaire, mentionnant aussi son bon contact avec ses supérieurs, tout en précisant qu'elle manquait toutefois de diplomatie et avait une attitude rigide avec le personnel ainsi que "Mme A._". Après une formation interne, l'employée a obtenu la fonction de "première vendeuse" en juillet 2002, puis a travaillé à ce titre dans un rayon de vente du magasin principal de l'employeuse dès le 6 janvier 2003. Selon la troisième évaluation d'avril 2003, l'employée remplissait toujours la plupart des critères de l'employeuse et tant son travail que son comportement faisaient l'objet de remarques positives. Le 1er février 2004, l'employée a rejoint le "service clients" de l'employeuse sous la direction de B._, avec un salaire inchangé. Selon sa cinquième et dernière évaluation du 19 avril 2004, faite par B._, l'employée remplissait toujours de manière positive la plupart des critères de l'employeuse; il était toutefois estimé, notamment, qu'elle avait quelques difficultés relationnelles et devait encore passer une phase d'apprentissage, étant précisé qu'elle avait le désir d'évoluer. Le samedi 2 juillet 2005, l'employée a averti B._ de son retard à cause d'une inondation à son domicile; celle-ci s'est emportée et a ordonné à sa collaboratrice de se présenter immédiatement à son poste de travail. L'employée a alors demandé une entrevue avec B._, le responsable administratif du "service clients" et le directeur du personnel de l'entreprise. Il ressort d'un courrier du 11 juillet 2005 de ce dernier à l'employée faisant suite à l'entretien que l'agression verbale qu'elle avait imputée à B._ n'était pas établie; il y était aussi précisé que celle-ci ressentait une réticence de l'employée à travailler le samedi, alors que sa présence était indispensable un samedi sur quatre, ce qui expliquait l'irritation de sa supérieure hiérarchique. Cette dernière remarque a toutefois été rectifiée par un nouveau courrier du 18 juillet 2005 adressé à l'employée par le responsable du personnel et le responsable administratif du "service clients" de l'employeuse, précisant que sa présence n'était, en réalité, requise le samedi qu'en fonction des besoins dudit service. En septembre 2005, l'employée a demandé à B._ l'autorisation de prendre quatre semaines de vacances en février 2006. Par courrier du 27 décembre 2005, le responsable administratif du "service clients" et B._ ont accepté cette demande, à titre exceptionnel, pour la période du lundi 20 février au samedi 18 mars 2006 non inclus, une grande flexibilité dans ses vacances étant toutefois demandée pour l'avenir à l'employée. Son départ en voyage étant prévu pour le samedi 18 février 2006, l'employée a alors demandé ce jour de congé supplémentaire, qui a été accordé par B._. Dans ce contexte, par un courrier du 17 mars 2006, le responsable administratif du "service clients" et le directeur du personnel ont confirmé à l'employée un nouvel entretien du 16 février 2006, lors duquel son insubordination dans le cadre de l'organisation de son service avait été évoquée; ce courrier faisait également allusion au congé supplémentaire demandé pour le samedi 18 février 2006 et mentionnait qu'aucun changement de planning sans l'accord préalable de B._ ne serait désormais toléré. Par réponse du 28 août 2006, l'employée a rappelé que ce jour de congé supplémentaire avait été formellement accepté par sa supérieure hiérarchique. De mars à septembre 2006, l'employée a été en arrêt de travail pour cause de maladie. Dès son retour, de nouvelles tensions sont apparues avec B._, en relation avec les plannings des vacances et des jours de congé. Dans ce cadre, lors d'une discussion houleuse le 11 janvier 2007 au sujet des futures vacances annuelles de l'employée, B._ a, selon les témoins présents, pris la tête de l'employée dans ses mains, lui a demandé de la regarder dans les yeux et lui a dit une phrase telle que: "arrêtez X._de croire que je vous veux toujours du mal" ou que "est-ce que j'ai l'air de quelqu'un qui vous veut du mal?". Le même jour, l'employée a demandé un entretien au directeur général de l'employeuse, qui l'a immédiatement reçue dans le cadre de la procédure prévue par l'entreprise en cas d'actes de harcèlement psychologique ou sexuel de ses employés. A l'occasion de cette entrevue, à laquelle le directeur du personnel de l'employeuse a partiellement assisté à la fin, l'employée a décrit ce qu'elle considérait comme une agression à son encontre par B._, et le directeur général de l'employeuse a alors évoqué une confrontation entre les deux intéressées, qui n'a finalement pas eu lieu. Toutefois, lorsque B._ a appris cette démarche de l'employée, elle a refusé de continuer à travailler à ses côtés. Quant au directeur du personnel de l'employeuse, il a interrogé d'autres collaborateurs du "service clients", dont l'un a confirmé le geste et les paroles de B._, mais non pas leur caractère agressif tel que décrit par l'employée, alors qu'un autre collaborateur a déclaré n'avoir pas assisté à cet incident. Lors d'un entretien du 17 janvier 2007 avec le directeur du personnel et B._, l'employée a été licenciée oralement pour le 30 avril 2007 et libérée immédiatement de son obligation de travailler. Ce congé a été confirmé par courrier du même jour des deux responsables susmentionnés, indiquant que "nous avons été contraints de prendre cette décision en raison du climat de méfiance que vous faites régner au sein de l'équipe par vos allégations vis-à-vis de votre responsable et qui se sont avérées fausses après témoignage de trois collaborateurs. Par ailleurs, votre manque d'adaptation et de collaboration ainsi que votre mauvais état d'esprit n'ont fait que conforter notre décision". Par lettre du 19 janvier 2007, l'employée s'est opposée à son congé, considéré comme abusif car faisant suite abruptement à son signalement auprès de la direction de son employeuse des discriminations dont elle estimait faire l'objet de la part de sa supérieure hiérarchique, et elle a demandé une reconsidération de son licenciement, un autre poste de travail sans contact direct avec B._ pouvant lui être confié. Ce courrier semble être resté sans suite de la part de l'employeuse. Dès le 23 mars 2007, l'employée s'est trouvée en incapacité de travail pour cause de maladie pour une durée indéterminée, et l'échéance de son délai de congé a finalement été reportée à fin octobre 2007. Par courrier du 13 avril 2007, l'employée a confirmé son opposition au congé, étant précisé qu'il ressort d'un rapport médical ultérieur du 21 mai 2007 qu'elle souffrait d'un état dépressif réactionnel dont l'évolution dépendait de l'issue de ce conflit professionnel. B. Le 3 août 2007, l'employée a assigné son employeuse devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève en paiement de 43'400 fr. avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007, correspondant à 23'400 fr. nets à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 20'000 fr. nets pour tort moral. Elle a également réclamé un certificat de travail "complet et élogieux" et un nouveau courrier de licenciement d'une teneur non préjudiciable à ses intérêts. Par jugement du 2 mai 2008, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné l'employeuse à payer à l'employée 7'800 fr. bruts avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007 à titre d'indemnité pour licenciement abusif et à lui délivrer un certificat de travail corrigé ainsi qu'une lettre de résiliation de son contrat de travail ayant une teneur neutre, l'employée étant pour le surplus déboutée de ses conclusions en indemnité pour tort moral. Par arrêt du 16 février 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a rejeté l'appel de l'employée, qui avait conclu à l'allocation de 24'000 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et de 20'000 fr. d'indemnité pour tort moral, le tout avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007. C. L'employée (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt du 16 février 2009, à la condamnation de l'employeuse à lui verser 23'400 fr. bruts à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 20'000 fr. nets à titre d'indemnité pour tort moral, le tout avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007, et à la confirmation de l'arrêt attaqué en tant qu'il condamne son adverse partie à lui remettre un certificat de travail ainsi qu'une lettre de résiliation conforme aux prescriptions du considérant 4 du jugement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale inférieure pour nouvelle décision, avec suite de frais et dépens. L'employeuse (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de dépens.