Faits: A. Le 17 juin 1998, au cours d'une vente aux enchères, A.A._ a acheté la villa sise dans la commune de Corsier qu'elle louait jusqu'alors avec son époux. Cette acquisition a été effectuée pour la somme de CHF 700'000.-, à laquelle se sont ajoutés des frais d'acquisition de CHF 25'500.-. Le transfert de propriété a été inscrit au registre foncier le 18 décembre 1999. Le 30 septembre 2005, A.A._ et son mari, B.A._, ont acquis, en copropriété pour moitié chacun, un appartement en propriété par étages sis en ville de Genève, à la route de Malagnou, pour un prix global de CHF 1'200'000.-. Depuis cette date, les époux A._ sont domiciliés à cette adresse. Par acte authentique du 9 octobre 2006, A.A._ a revendu la villa de Corsier pour le prix de CHF 1'800'000.-. B. Le 31 octobre 2006, A.A._ a remis à l'Administration fiscale cantonale de Genève la déclaration relative à l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers concernant la vente de la villa de Corsier et demandé à bénéficier des dispositions sur l'imposition différée. Le 12 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a informé A.A._ qu'elle refusait la demande de remploi dès lors que la part du bien de remplacement lui appartenant avait une valeur inférieure à celle de l'acquisition du bien aliéné. Le 8 août 2007, A.A._ a formé opposition contre cette décision. Le 5 septembre 2007, l'Administration fiscale cantonale a décidé de maintenir la taxation. Le 5 octobre 2007, A.A._ a recouru auprès de la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'impôts, remplacée depuis lors par la Commission cantonale de recours en matière administrative puis, dès le 1er janvier 2011, par le Tribunal administratif de première instance. L'Administration fiscale cantonale s'est opposée au recours. Par décision du 27 septembre 2010, la Commission de recours a rejeté le recours. Le 10 novembre 2010, A.A._ a saisi le Tribunal administratif, devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, d'un recours. Par arrêt du 15 février 2011, la Cour de justice a rejeté ce recours. C. Par acte du 28 mars 2011, A.A._ a déposé un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle requiert, sous suite de frais et dépens, l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 15 février 2011, l'annulation de la décision sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale du 5 septembre 2007, l'admission du report d'imposition pour un montant de CHF 580'762.- du bénéfice de la vente de la villa de Corsier, ainsi qu'une nouvelle taxation sur la base d'un gain immobilier de CHF 494'738.-. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau. L'Administration fiscale cantonale a conclu au rejet du recours. La Cour de justice a renoncé à déposer des observations. Le Tribunal administratif de première instance a répondu tardivement. De son côté, l'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours.