Faits: A. Le 26 mai 2002, X._ a commencé à travailler comme serveuse pour Y._, qui exploitait le restaurant B._ à C._. Dès le premier jour, Y._ s'est livré à des attouchements, consistant à l'embrasser sur la bouche ou lui toucher la poitrine de son coude ou de son stylo. X._ ne lui a pas fait de remarque de désapprobation. Elle restait sans réaction, pensant qu'il comprendrait qu'il n'avait rien à attendre d'elle. Après avoir travaillé tard sur requête de Y._ et devant faire l'ouverture du restaurant le lendemain matin, X._ a demandé à louer une chambre à l'hôtel dans la nuit du 1er au 2 juin 2002. Y._ y est venu à plusieurs reprises en peu de temps. La première fois il a participé au branchement d'un téléviseur. Les trois fois suivantes, il a toqué, X._ lui a ouvert. Il est entré sans y être invité, lui a présenté le prétexte qui l'amenait là, lui faisant des allusions d'ordre sexuelle et, les deux fois suivantes, lui proposant clairement d'avoir une relation sexuelle. A chaque fois, X._ l'a éconduit avec ménagement et il est reparti sans faire de difficulté. La deuxième fois, elle lui a de plus déclaré qu'elle devait faire l'ouverture du restaurant le matin, qu'il était tard et qu'elle voulait dormir. La troisième fois, elle lui a demandé de la laisser tranquille. Lors de l'une de ces occasions, X._ lui a également dit que ses pensées allaient à son frère qui était entre la vie et la mort. Y._ a toutefois toqué une nouvelle fois. X._ lui a ouvert. Il était uniquement habillé d'un peignoir. Elle a d'emblée pensé qu'il allait passer à l'acte sexuel. Elle était tétanisée. Elle s'est assise sur le lit et lui a dit de la laisser tranquille ou l'a supplié "de la laisser une fois pour toutes". Y._ est toutefois entré. Il n'a pas dit un mot, a défait la ceinture de son peignoir, se retrouvant nu devant X._. Il l'a allongée sur le lit en lui mettant la main sur la bouche. Elle a dès ce moment fermé les yeux et les jambes, gardant les bras écartés mais les poings fermés de chaque côté du lit. Y._ a continué, remontant sa robe et lui caressant la poitrine de ses mains. Il lui a écarté les jambes avec les siennes. Il l'a finalement pénétrée avant de repartir immédiatement après l'acte, sans qu'aucune parole n'ait été échangée. X._ a continué pendant plusieurs jours à travailler. Y._ se comportait comme si de rien n'était, continuant notamment ses attouchements. Quelques jours plus tard, X._ a eu un malaise et a été mise en arrêt maladie. Un état dépressif grave a été diagnostiqué depuis. Elle n'a plus jamais pu travailler. X._ a déposé plainte contre Y._ le 4 avril 2007 et s'est constituée partie civile. Par jugement du 31 août 2010, le Tribunal correctionnel du canton du Jura a libéré Y._ de la prévention de viol. Il lui a alloué une indemnité pour tort moral et une indemnité de partie et a condamné X._ à lui payer des dépens. B. Par arrêt du 8 mars 2011, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien, sur appel de Y._, de X._ et du Ministère public cantonal, a confirmé cette sentence. En bref, cette autorité a retenu les faits exposés ci-avant. Elle a considéré que Y._ avait pu commettre l'acte sexuel sans qu'il apparaisse qu'il ait usé de contrainte. Elle a également estimé que la passivité et l'obéissance apparente de X._ face aux actes de Y._ avaient permis à ce dernier de croire, finalement, à l'existence d'une relation sexuelle consentie. Il n'y avait dès lors pas intention, même par dol éventuel, de viol. C. X._ et D._, Procureur du canton du Jura, forment chacune un recours en matière pénale. Elles concluent à l'annulation de l'arrêt du 8 mars 2011 et au renvoi de la cause pour nouveau jugement. X._ sollicite à titre subsidiaire la condamnation de Y._ pour viol. Elle requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.