Faits: A. G._ travaillait depuis le 20 janvier 2003 en qualité de plâtrier à temps complet. Le 5 août 2005, il a heurté son talon droit contre l'angle d'un trottoir après avoir trébuché en descendant d'un bus. Dès cette date, il a été en incapacité totale de travailler. Le cas a été pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accident (CNA), qui a servi ses prestations jusqu'au 18 mars 2007 (décision de la CNA du 23 février 2007). Cette décision se fondait sur l'avis du médecin-conseil de la CNA, selon lequel il y avait lieu, plus d'un ans après une contusion au talon sans lésion organique établie et en l'absence d'un diagnostic médical clair, de considérer l'assuré comme pleinement capable de travailler (cf. rapport du docteur L._, du 23 janvier 2007). L'intéressé s'étant annoncé auprès de l'assurance-invalidité le 30 novembre 2006, l'Office AI du canton de Genève (ci-après: l'OAI) lui a alloué une rente entière d'invalidité du 1er août 2006 au 30 juin 2007, fondée sur une incapacité de travail totale dans toute activité (décision du 7 août 2007). B. Le 31 août 2007, l'assuré a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève en concluant à la réouverture de son dossier et à la mise en oeuvre d'une expertise médicale ainsi qu'à la saisie du service de réadaptation de l'AI. Dans le cadre de la procédure cantonale, un rapport du docteur B._ (spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie), du 3 juin 2007, a été versé au dossier. Ce médecin y faisait état d'une importante callosité plantaire et d'une petite enflure sur la partie interne du talon droit. Au vu des douleurs de l'assuré, en l'absence d'une quelconque pathologie, ce médecin a posé l'hypothèse d'une atteinte de la sensibilité dans le cadre d'une polyneuropathie. Il a ainsi préconisé un examen complémentaire sur les plans neurologique et dermatologique. Le tribunal cantonal a encore recueilli l'avis de la doctoresse D._ (spécialiste FMH en chirurgie orthopédique), laquelle suivait l'assuré depuis le 3 août 2007. Dans un rapport du 21 décembre 2007 répondant à certaines questions posées par le tribunal, celle-ci a posé le diagnostic de talalgie à droite sur contusions du calcanéum. Elle a indiqué que l'assuré avait pu reprendre son activité de plâtrier à 50 % le 13 novembre 2007, compte tenu de certaines limitations (absence de port de charges, possibilité de s'asseoir régulièrement, pas de marche en terrain irrégulier ni sur une échelle). Dans la mesure où l'examen clinique était quasi normal, elle préconisait une reprise du travail à 100 % dans les semaines suivant son examen. Dans un rapport du 8 avril 2008, le docteur A._ (spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil moteur et médecine du sport), qui avait suivi l'assuré en 2005, a confirmé l'avis de la doctoresse D._ selon laquelle l'assuré pouvait reprendre une activité professionnelle à 100 %. Il a confirmé l'opportunité d'une appréciation neurologique et dermatologique. Dans un rapport du 2 juin 2008, le docteur Y._ (spécialiste FMH en neurologie) a exclu toute anomalie ainsi que toute incapacité de travail d'un point de vue purement neurologique. Selon lui, la capacité de travail de l'assuré dépendait des constatations orthopédiques. Dans un rapport du 5 juin 2008, le docteur I._ (spécialiste FMH en dermatologie) a confirmé l'absence de toute cause dermatologique à l'affection au talon droit de l'assuré. Le 15 juillet 2008, le docteur N._ (médecin généraliste à la Permanence X._), que l'assuré avait consulté en urgence le 8 mai 2008 en raison de fortes douleurs au talon, a indiqué à la demande du tribunal cantonal que l'assuré présentait un fascia plantaire et un éperon calcanéen. Selon lui, l'activité de plâtrier n'était plus exigible mais l'assuré pouvait exercer une activité en position assise à 100 %. Par jugement du 8 septembre 2008, le tribunal cantonal a partiellement admis le recours déposé par l'assuré, en ce sens qu'il a annulé la décision de l'OAI du 7 août 2007 dans la mesure où elle supprimait la rente d'invalidité au 30 juin 2007. Il a renvoyé la cause à l'administration pour nouvelle décision au sens des considérants. C. G._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande principalement l'annulation. Il conclut à la constatation qu'il n'est pas capable de travailler à 100 % dans son métier de plâtrier, à ce qu'une expertise médicale soit mise en oeuvre, à l'établissement de son degré d'incapacité de travail, à ce que l'OAI prenne des mesures d'ordre professionnel à son égard et à la condamnation de l'OAI à lui allouer une rente d'invalidité selon le degré d'incapacité de travail établi par le Tribunal fédéral. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'intimé pour nouvelle décision dans le sens des considérants de l'arrêt du Tribunal fédéral. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.