Faits: A. Par ordonnance du 16 avril 2008, le juge d'instruction a clos par un non-lieu les procédures pénales ouvertes, dans le contexte d'un conflit de voisinage, contre X._, Y._ et Dame Y._. B. Le 15 janvier 2009, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a déclaré irrecevable le recours formé par X._ contre cette ordonnance. C. X._ forme un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire simultané contre cet arrêt. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau, une indemnité de dépens lui étant allouée pour l'instance fédérale et les frais et dépens de la procédure cantonale étant mis à la charge de l'Etat, respectivement de Y._. D. Invité à se déterminer sur le recours, le ministère public a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler. Pour sa part, la cour cantonale a renoncé à déposer des observations.