Faits: A. X._ a acquis la propriété de la parcelle no **** de la commune de A._ dans le cadre de la succession de son grand-père, décédé le en 1999. Celui-ci avait acheté cet immeuble en 1958 pour le prix de 192'704 fr. Le 4 septembre 2007, le Service des immeubles de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a arrêté la valeur de l'immeuble au jour du décès à 5 millions de francs et fixé les droits de succession à 319'194 fr. Le 26 octobre 2007, X._ a vendu le bien immobilier en cause pour un montant de 20 millions de francs. Le 21 décembre 2007, il a déclaré un gain immobilier de 19'161'696 fr. Il a soutenu que l'art. 12 al. 3 let. a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) était applicable et qu'il convenait d'appliquer un taux d'imposition de 0%, correspondant à une durée de possession de plus de 25 ans depuis l'acquisition de l'immeuble par le de cujus en 1958, conformément à l'art. 84 al. 1 let. g de la loi générale du canton de Genève sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (LCP/GE; RSGE D 3 05). Par bordereau du 25 janvier 2008, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le gain immobilier à 14'035'806 fr., correspondant au prix de vente du 26 octobre 2007 (20 millions), diminué de la valeur d'acquisition en 1999 (5 millions), des droits de succession (319'194 fr.) et des commissions de vente (645'000 fr.). Elle a fait application du taux de 15% correspondant à une durée de possession de plus de 8 ans mais de moins de 10 ans au sens de l'art. 84 al. 1 let. e LCP/GE, soit celle courue du 9 septembre 1999 au 26 octobre 2007. L'impôt a été fixé à 2'105'280 fr. 90. B. Le 15 février 2008, X._ a déposé une réclamation contre la décision du 25 janvier 2008 en concluant à son annulation et à la fixation d'un impôt sur le gain immobilier nul. Il a derechef invoqué une durée de possession de plus de 25 ans. L'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation le 8 avril 2008 aux motifs que la loi sur l'harmonisation fiscale n'avait pas d'effet rétroactif, que le fait générateur déterminant la nature de l'impôt était survenu le 9 septembre 1999, soit avant le délai au 1er janvier 2001 fixé par la loi sur l'harmonisation fiscale pour l'adaptation des législations cantonales au droit harmonisé et que le gain immobilier réalisé lors de la dévolution successorale avait été exonéré au sens de l'art. 81 al. 3 let. c LCP/GE et non pas différé au sens de l'art. 12 al. 3 let. a LHID. Le 30 avril 2008, X._ a déféré cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, devenue depuis le 1er janvier 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission cantonale de recours), qui a rejeté le recours par décision du 8 juin 2009. C. Statuant sur le recours interjeté le 10 juillet 2009 par X._ contre la décision rendue le 8 juin 2009 par la Commission cantonale de recours, le Tribunal administratif l'a rejeté par arrêt du 27 octobre 2009. En substance, la loi sur l'harmonisation fiscale prévoyait bien que la dévolution successorale ne faisait que différer l'imposition immobilière en cas de vente ultérieure, l'impôt étant calculé en tenant compte de la durée séparant la vente de l'acquisition de l'immeuble par le de cujus - et non pas de l'acquisition par voie de succession comme le prévoyait le droit cantonal genevois. Toutefois, l'art. 12 al. 3 let. a LHID n'avait aucun effet rétroactif. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, avec suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 27 octobre 2009 par le Tribunal administratif, la décision rendue le 8 juin 2009 par la Commission cantonale de recours et le bordereau d'impôt du 25 janvier 2008, de renvoyer le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour émission d'un nouveau bordereau fixant un impôt sur le gain immobilier égal à zéro et de renvoyer le dossier au Tribunal administratif pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. Il se plaint de la violation des art. 12 al. 3 let. a et 72 LHID ainsi que d'une application erronée du principe de la rétroactivité de la loi fiscale. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de l'arrêt entrepris. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours.