Faits: A. Dès fin 1998, Y._ a songé, en vue de sa retraite, à remettre progressivement l'exploitation de son cabinet médical. Dans cette perspective, il a collaboré avec un jeune confrère, A._, de novembre 1998 à fin avril 2001, dans le cadre d'une association simple. La reprise du cabinet par A._ ne s'est toutefois pas concrétisée, Y._ y ayant renoncé. A partir de 2001, Y._ a mis une pièce de son cabinet médical à disposition de B._, laquelle savait que Y._ souhaitait remettre son cabinet, mais n'était pas intéressée à le reprendre, car sa patientèle était très différente. En juin 2003, Y._ a fait la connaissance d'X._, qui travaillait à cette époque à mi-temps auprès de l'Office de l'assurance-invalidité. Voyant en elle son successeur potentiel, il a mis à sa disposition, gracieusement, dès le mois de mai 2004, une salle de consultation ainsi que l'infrastructure et les équipements de son cabinet, et lui a en outre délégué le suivi d'un certain nombre de ses patients. Entre fin 2004 et début 2005, X._ a approché C._, qui exploitait un laboratoire d'analyses médicales, afin d'obtenir une aide financière en vue de la reprise du cabinet litigieux. C._ a accepté de prêter à X._ les 50'000 fr. et en a informé Y._. Des discussions ont alors eu lieu directement entre Y._ et C._ au sujet des modalités de paiement. Selon leur accord, le montant de 50'000 fr. était payable à raison de cinq mensualités de 10'000 francs. A une date qui n'est pas connue avec précision, mais qui se situe entre janvier et mai 2005, X._ a réalisé, avec l'aide de B._, des affichettes annonçant sa reprise du cabinet et le départ de Y._ au 1er mai 2005, et les a placées en diverses pièces. Le 17 avril 2005, X._ a soumis à Y._ une convention qu'elle avait elle-même établie concernant la reprise du cabinet médical. Cette convention, qui comprenait quinze clauses, fixait la reprise du cabinet au 1er mai 2005 et prévoyait que Y._ cesserait son activité le 30 avril 2005 (art. 1), date à laquelle devait intervenir le transfert des baux du cabinet et des deux places de parking; B._ resterait sous-locataire du cabinet (art. 2). Le prix de la reprise était fixé à 50'000 fr. et comprenait la patientèle et les installations (matériel et mobilier), selon un inventaire annexé à la convention (art. 3). Les modalités précises de la reprise du matériel, du mobilier et des médicaments ainsi que de la patientèle et des dossiers médicaux, sous l'angle notamment du secret médical, ont fait l'objet de dispositions détaillées (art. 4 à 6). Les questions relatives au personnel du cabinet et aux charges fixes (eau, gaz, électricité, télécopieur, assurances choses etc.) ont également été réglées (art. 7 et 8). X._ devait bénéficier de la ligne téléphonique du cabinet, ainsi que de l'infrastructure informatique, les abonnements étant à sa charge dès le mois de mai 2005 (art. 9). Les art. 10 et 12, nommés "Exercice sur le mode indépendant" et "Obligation et créances d'honoraires", avaient trait aux factures, obligations et honoraires respectifs de chacun des cocontractants avant et après la date du transfert. Le texte de l'art. 13, intitulé "Forme écrite, nullité partielle" était libellé comme suit: "Les modifications apportées au présent contrat demandent la forme écrite. Les conventions annexes orales ne sont plus valables". La convention contenait encore une clause de non-concurrence (art. 11), réglait l'hypothèse du décès de l'une des parties (art. 14) et prévoyait la compétence des tribunaux genevois en cas de litige (art. 15). Y._ a refusé de signer cette convention, n'étant pas d'accord avec certaines clauses. Le 22 avril 2005, Y._ a signé, sur son propre papier à lettres, un courrier à l'attention de la régie représentant le bailleur, sollicitant le transfert du bail commercial en faveur de X._. Quelques jours après cet envoi, vraisemblablement à la suite de son refus de signer la convention de remise du cabinet, il a pris contact, téléphoniquement, avec la régie, qu'il a instruite de mettre le dossier en suspens, motif pris de ce que les conditions de cette remise n'étaient pas encore définitivement arrêtées. La régie a dès lors "gelé" les formalités de transfert du cabinet. Y._ a soutenu que X._ lui avait soumis le courrier du 22 avril 2005, prétendument urgent, alors qu'il était en consultation, qu'il l'avait signé sans le lire et qu'en réalité, cette lettre ne reflétait pas du tout sa volonté. Fin avril 2005, C._ a versé la première mensualité de 10'000 fr. à Y._, qui a restitué cet argent quelque temps plus tard. Y._ a également enlevé les affichettes annonçant la remise du cabinet. En dépit du fait que les relations entre les parties s'étaient fortement dégradées, Y._ a adressé à X._, le 5 juillet 2005, une proposition de collaboration non négociable, valable jusqu'au 31 juillet suivant, sous forme d'une société simple, moyennant versement, par mois et d'avance, d'une participation de 4'000 fr. Parmi d'autres clauses, il était précisé que Y._ prendrait sa retraite à la fin de l'année 2006, que sa patientèle resterait acquise à X._ et qu'il entreprendrait les démarches nécessaires en vue du transfert du bail. Par courrier du 14 juillet 2005, X._ a refusé cette proposition. B. Le 30 juin 2006, X._ a ouvert action contre Y._, soutenant que les parties étaient liées par une convention de remise de commerce, en dépit de l'absence de signature du projet du 17 avril 2005. Elle a en outre pris différentes conclusions, tendant notamment à l'évacuation immédiate de son adverse partie et à sa condamnation à lui verser un montant de 110'000 fr. avec intérêt à titre de perte de gain. Contestant qu'un accord relatif à la remise de son cabinet médical était venu à chef, Y._ a conclu au rejet et, reconventionnellement, sollicité l'évacuation de l'intéressée. X._ s'est opposée à la demande reconventionnelle. L'instruction de la cause a d'emblée été limitée à la question de l'existence d'un accord portant sur la remise du cabinet médical. Par jugement sur partie du 31 janvier 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a dit que X._ et Y._ n'étaient pas liés par un contrat de remise de commerce (ch. 1), débouté X._ de toutes ses conclusions relatives à la mise à exécution dudit contrat (ch. 2), réservé le sort des dépens (ch. 3) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 4). En substance, il a considéré que le contrat négocié par les parties n'était pas venu à chef, faute d'avoir été signé, la forme écrite ayant été réservée, selon un projet établi par X._ elle-même, et apparaissant comme habituelle pour une convention - complexe - de cette nature. X._ a interjeté appel contre le jugement du 31 janvier 2008. Elle en a sollicité l'annulation et a conclu à ce qu'il soit constaté que les parties sont liées par un contrat portant sur le transfert du cabinet médical ainsi que des patients dudit cabinet, avec effet au 1er mai 2005, moyennant le versement d'une somme de 50'000 fr., que Y._ soit condamné à donner son accord au transfert du bail portant sur ce cabinet, qu'il soit dit que l'arrêt de la cour cantonale pourra valablement se substituer au refus éventuel de Y._ à ce transfert, que l'évacuation de celui-ci soit prononcée dès le transfert du bail, que les droits de la bailleresse, selon les dispositions régissant le contrat de bail, soient réservés, tout comme le règlement des prétentions financières réciproques des parties, et que la cause soit renvoyée au Tribunal pour la suite de l'instruction. Par arrêt du 17 octobre 2008, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement du 31 janvier 2008, sous réserve du ch. 4 qu'elle a annulé d'office, dès lors qu'il déboutait à tort les parties de toutes autres conclusions, s'agissant d'un prononcé sur partie. Après avoir retenu que l'interprétation subjective ne pouvait déboucher sur aucun résultat concluant, la cour cantonale a considéré que la remise du cabinet médical devait être considérée comme un contrat par nature complexe, impliquant des engagements importants de part et d'autre, de sorte qu'il paraissait difficilement concevable que des parties se satisfassent d'une convention orale; X._ elle-même avait manifesté sa volonté de formaliser le contrat de reprise du cabinet médical en la forme écrite, en soumettant à Y._, le 17 avril 2005, une convention qu'elle avait établie, formalisant toute une série de conditions relatives à cette reprise; la teneur de l'art. 13 du contrat constituait un fort indice en faveur de la forme écrite; rien ne permettait de considérer que les parties aient entendu donner à ladite forme un but uniquement probatoire; il n'était pas établi que les parties étaient parvenues à un accord complet sur tous les aspects essentiels de la convention; si l'accord entre Y._ et C._ concernant les modalités du paiement de la reprise en 50'000 fr., respectivement le paiement de la première tranche de 10'000 fr., de même que les affichettes annonçant la reprise du cabinet par X._ attestaient que les pourparlers entre les parties étaient à tout le moins très avancés, ces éléments ne suffisaient pas pour retenir, contrairement au texte du projet, que celles-ci entendaient se lier définitivement sur une base purement orale; il n'était pas établi non plus, bien au contraire, que les parties auraient ultérieurement renoncé à la forme écrite et passé un contrat de remise de cabinet par actes concluants; preuve en étaient la correspondance échangée et l'ordre donné à la régie par Y._ de suspendre l'examen de la demande de transfert du bail commercial. C. X._ (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de dépens, à ce que celui-ci annule l'arrêt du 17 octobre 2008 et principalement constate la conclusion d'un contrat entre les parties portant sur le transfert du cabinet médical litigieux ainsi que de ses patients, avec effet au 1er mai 2005, moyennant le versement de 50'000 fr., condamne son adverse partie à donner son accord au transfert du bail y relatif, dise que l'arrêt à intervenir pourra valablement se substituer au refus que pourrait opposer Y._ au transfert du bail, condamne son adverse partie à évacuer de sa personne et de ses effets personnels les locaux du cabinet, aussitôt le transfert du bail accepté par la bailleresse, et réserve les prétentions financières réciproques des parties pour le surplus; elle propose subsidiairement le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Y._ (l'intimé) conclut, sous suite de dépens, au rejet du recours.