Faits: A. A.a S._, né en 1953, a travaillé en qualité de cuisinier au service de X._ du 11 mai 1984 au 26 avril 1999, date à laquelle il a été en incapacité de travail pour des raisons de santé. Après avoir subi un triple pontage coronarien le 11 juin 1999, l'intéressé a déposé une demande de prestations auprès de l'office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'OAI) le 31 janvier 2000. Dans un rapport du 14 février 2000, le docteur B._, médecin traitant de l'assuré, a posé le diagnostic de status après triple pontage coronarien, d'angor résiduel, de diabète de type II, d'hypercholestérolémie et d'hypertension artérielle (HTA). Il attestait en outre une incapacité de travail de 100% depuis le 21 juin 1999. En annexe de ce rapport se trouvait un courrier du 1er février 2000 du docteur A._, spécialiste FMH en cardiologie, lequel avait vu l'assuré le même jour et concluait que l'évolution clinique semblait globalement favorable avec la disparition de la symptomatologie d'angor d'effort depuis l'introduction du traitement de D._. Les douleurs thoraciques fluctuantes décrites par le patient semblaient plutôt correspondre à une origine musculaire ou pariétale après sternotomie. Dans un rapport du 21 décembre 2000, le docteur A._ a relevé que les douleurs thoraciques résiduelles rendaient le port de charges lourdes difficile et qu'une activité à temps partiel (environ 50%) sans manutention lourde était envisageable. Dans un certificat médical du 30 avril 2001, le docteur B._ a attesté une incapacité de travail totale jusqu'au 30 avril 2001, puis de 50% dès le 1er mai 2001. L'OAI a mandaté le docteur P._, spécialiste FMH en médecine interne et cardiologie, afin d'effectuer une expertise sur la personne de l'assuré. Dans son rapport subséquent du 26 octobre 2001, ce médecin a indiqué que sur le plan cardiaque, l'assuré ne semblait pas être limité par de l'angor ou par une dysfonction ventriculaire gauche. Par ailleurs, il a mis en évidence des céphalées, lesquelles constituaient les doléances principales du patient mais a constaté qu'en l'absence d'évaluation faite par un neurologue ou d'une imagerie de type CT-scan ou IRM, il ne pouvait exclure aucune pathologie expliquant ces symptômes. Le fait qu'un cortège de symptômes (y compris les céphalées) s'était manifesté après l'intervention chirurgicale suggérait une composante psychosomatique. L'expert a proposé dès lors d'investiguer les céphalées sur le plan neurologique et de procéder à une évaluation psychiatrique du patient. Dans un rapport du 19 mai 2002, le docteur R._, spécialiste FMH en neurologie, a posé le diagnostic de céphalées à caractère essentiellement tensionnel présentes depuis trois ans, pouvant entraîner des difficultés de concentration, ainsi qu'un status après un triple pontage aorto-coronarien laissant à l'effort un sentiment d'oppression thoracique. D'un point de vue strictement neurologique, l'expert a considéré que les céphalées pouvaient présenter une limitation à l'égard des activités intellectuelles nécessitant des efforts de concentration et d'attention mais qu'un rendement satisfaisant pouvait toutefois être obtenu dans le cadre d'une activité intellectuelle pas trop soutenue si les efforts intellectuels et l'attention étaient répartis de manière adaptée. En revanche, le docteur R._ n'a relevé aucune limitation d'un point de vue strictement neurologique dans l'activité précédente de cuisinier. L'expert a en outre considéré que des mesures de réadaptation étaient envisageables chez l'assuré qui paraissait motivé, les céphalées - qui survenaient deux à trois fois par semaine et étaient d'une durée assez courte - ne constituant pas une limitation significative dans ce contexte si l'effort d'attention et de concentration était fragmenté de manière adaptée. Une expertise a également été effectuée par le docteur E._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, lequel a établi son rapport le 27 septembre 2002. L'expert a posé le diagnostic de trouble panique avec attaque de panique paucisymptomatique et considéré, à l'instar de ses différents confrères, que dans une activité adaptée à ses problèmes somatiques, l'assuré disposait d'une capacité résiduelle de travail de 50%. Le docteur E._ a ajouté que des mesures de réadaptation professionnelle étaient parfaitement indiquées, ce d'autant plus que l'assuré était un homme intelligent, intègre, motivé et ayant de nombreuses compétences. Dans un avis médical du 10 novembre 2003, la doctoresse M._ du SMR a indiqué que l'assuré avait été vu par le service de réadaptation de l'AI. L'assuré ayant déclaré être incapable de travailler plus d'une heure et demie par jour, un nouveau rapport médical avait été demandé au médecin traitant, lequel mentionnait une aggravation de l'état de santé, bien que selon lui, la capacité de travail exigible se situait entre trois et quatre heures par jour. Il apparaissait que le facteur limitant était le trouble panique. Afin de déterminer si l'assuré présentait une réelle aggravation de son état de santé psychique, la doctoresse M._ a proposé un complément d'expertise auprès du docteur E._. Dans son rapport du 23 avril 2004, ce dernier a constaté que l'assuré paraissait globalement moins anxieux. Les propos avaient une teinte moins hypocondriaque et les attaques de panique paucisymptomatiques survenaient à une fréquence de trois à quatre fois par semaine au maximum. La bonne observance au traitement avait été démontrée, témoignant que l'assuré faisait tout ce que l'on était en droit d'attendre de lui pour diminuer le dommage. L'expert estimait que globalement, mis à part des éléments qui sortaient du champ médical (absence de formation professionnelle, limitations linguistiques), l'assuré était apte à exercer une activité médico-théorique à 50%. Il ajoutait ne pas être persuadé qu'un reclassement professionnel fût indiqué; en revanche, l'assuré pouvait bénéficier d'une aide au placement s'il en faisait la demande expresse. Le 12 août 2004, l'assuré a requis formellement de l'AI une mesure d'aide au placement. A.b Il ressort du rapport final établi par la division administrative de l'OAI le 11 novembre 2004, qu'à l'issue d'un second entretien avec l'assuré, ce dernier a retiré sa requête d'aide au placement et demandé qu'il soit statué sur son droit à des prestations financières car il ne pensait pas pouvoir reprendre une activité professionnelle quelle qu'elle soit avec un taux de présence supérieur à une heure et demie, voir deux heures par jour. L'OAI s'est dès lors fondé sur les données statistiques ressortant de l'Enquête suisse sur la structure des salaires (ci-après: ESS) pour déterminer le revenu d'invalide de l'assuré en 2000 (naissance du droit à la rente), à savoir un revenu exigible de 23'647 fr. pour un taux d'activité de 50% dans une activité adaptée (p. ex. comme monteur d'appareils électriques, employé de production dans le domaine de l'horlogerie, caissier de station service, employé dans une usine de pierres précieuses artificielles ou encore vendeur dans un kiosque). Le revenu sans invalidité s'élevant à 65'000 fr. par an en 2000, le préjudice économique se montait à 41'353 fr., lequel correspondait à un taux d'invalidité de 64%. Par deux décisions du 8 juin 2005, l'OAI a alloué à l'assuré une demi-rente d'invalidité dès le 1er avril 2000 puis un trois-quarts de rente dès le 1er janvier 2004 (date de l'entrée en vigueur de la 4ème révision de la LAI). A.c L'assuré a formé opposition contre ces deux décisions le 24 juin 2005. Il indiquait être en train de faire des examens médicaux approfondis en raison de problèmes liés au sommeil. Le 6 octobre 2005, il a produit diverses pièces faisant état des résultats d'examens effectués au Service de neurologie de l'Hôpital Y._ par le professeur L._ (cf. bilan de polysomnographie du 22 au 23 juin 2005, rapports de consultation neurologique des troubles du sommeil des 29 juin et 30 août 2005). Le professeur L._ a fait état d'un sommeil continu, peu structuré. Il n'y avait en revanche pas de sommeil profond stade III ou IV, ce qui pouvait expliquer en partie la fatigue pendant la journée. Il a ajouté qu'il avait rassuré l'assuré et que ce dernier lui avait fait part du fait qu'il dormait mieux et que la fatigue était moins intense. Dans un avis médical du 13 juillet 2006, la doctoresse M._ a relevé que les plaintes subjectives réitérées depuis de nombreuses années par l'assuré ne trouvaient pas d'explication objective de la part des différents spécialistes consultés. La somnolence subjective ainsi que la fatigue n'étaient expliquées ni par une maladie du sommeil ni par une maladie cardiaque ni par une maladie psychiatrique et ne pouvaient être retenues comme des limitations fonctionnelles pouvant diminuer la capacité de travail exigible de l'assuré. Les nouveaux éléments résultant des derniers examens médicaux confirmaient la subjectivité des plaintes de l'intéressé, la capacité de travail exigible de celui-ci sur le plan médical objectif demeurant de 50% dans toute activité adaptée. Par décision sur opposition du 4 août 2006, l'OAI a confirmé le taux d'invalidité du recourant retenu dans sa décision du 8 juin 2005. B. S._ a recouru contre cette décision sur opposition en concluant à l'octroi d'une rente entière d'invalidité. En cours de procédure, il a produit un rapport du département de psychiatrie de l'Hôpital Y._, du 25 septembre 2006, dans lequel est posé le diagnostic de trouble dépressif majeur, récurrent, épisode actuel modéré à sévère, sans symptômes psychotiques et de trouble panique. Selon les médecins de l'Hôpital Y._, le trouble dépressif récurrent est devenu un handicap réel au niveau social et professionnel, qui, associé à la barrière linguistique freinant l'intégration sociale du patient, entraîne une incapacité de travail totale, les possibilités de réadaptation professionnelle étant inexistantes dans l'état actuel de l'intéressé. L'OAI a maintenu ses conclusions et produit un rapport de la doctoresse M._, du 18 janvier 2007, duquel il ressort que le recourant ne présente pas tous les critères décrits dans la classification internationale des troubles mentaux et des troubles du comportement permettant de retenir un trouble dépressif récurrent d'intensité moyenne à sévère. Seul un trouble dépressif d'intensité moyenne, voire un trouble dépressif récurrent d'intensité légère pouvait être retenu, lequel n'entraînait pas d'incapacité de travail. Par jugement du 12 juillet 2007, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par S._ contre la décision de l'OAI du 4 août 2006. C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à l'octroi d'une rente entière d'invalidité ainsi qu'à la suppression du chiffre III du jugement cantonal le condamnant à verser des frais par 1'000 fr. L'OAI conclut implicitement au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.