Faits: A. X._ a acquis dans les années 1990 plusieurs biens immobiliers, parallèlement à son activité d'ingénieur en chauffage. Il s'est alors associé avec A._ pour acheter un terrain au chemin bbb à C._, sur lequel il a construit deux villas. Il s'est aussi associé avec D._ pour acheter un immeuble sis rue eee à F._. Ces deux opérations ont été financées à l'aide de fonds empruntés à la Banque G._. Le 28 janvier 2005, l'Office des poursuites a vendu aux enchères publiques l'immeuble de la rue eee à la demande de la Fondation de valorisation des actifs de la Banque G._ pour un montant de 1'980'000 fr. Le 7 avril 2006, l'Office des poursuites a procédé à la vente des immeubles sis au chemin bbb 2 et 2bis. Le premier a été racheté par l'épouse de X._, Dame X._ pour un montant de 990'000 fr., et le second par un tiers pour la même somme. Par jugement du 23 janvier 2007, le Tribunal de première instance a déclaré X._ en faillite. B. Dans leur déclaration pour les périodes fiscales 2004 et 2005, X._ et Dame X._ n'ont déclaré aucun revenu d'activité lucrative indépendante et n'ont fait valoir la déduction d'aucune perte ou perte reportée. Le 9 février 2007, ils ont toutefois annoncé l'insuffisance de gage de 639'021 fr. relative à l'immeuble de la rue eee. Dans leur déclaration fiscale 2006, X._ et Dame X._ n'ont déclaré aucun revenu relatif à une activité lucrative indépendante mais une perte reportée d'un montant de 629'290 fr. Dans les bordereaux d'impôts fédéral, cantonal et communal 2006 du 4 mars 2008, l'Administration fiscale n'a admis aucun montant au titre des autres déductions sur le revenu. Elle considérait la vente concernant la villa bbb 2bis comme privée. Un montant de 365'396 fr. était admis en tant que perte reportée relative à la vente de l'immeuble de la rue eee, et correspondant pour l'essentiel à la perte de 639'021 fr. admise l'année précédente, moins le revenu fiscal de la même année s'élevant à 274'009 fr. Le 1er avril 2009, l'Administration fiscale a notifié aux intéressés des bordereaux d'impôts fédéral, cantonal et communal 2006 rectifiés. La perte reportée de 365'396 fr. relative à l'immeuble de la rue eee était admise en déduction, celle relative à l'immeuble chemin du bbb 2bis toujours refusée. Le revenu brut des époux X._ s'élevait à 560'363 fr. mais leur revenu imposable, après les déductions admises, à 20'348 fr., de sorte que leur imposition était nulle tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal. Par décision du 21 septembre 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative (devenue dès le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance) a déclaré irrecevable un recours dirigé contre la décision du 1er avril 2009 pour défaut de paiement de l'avance de frais. Le 16 septembre 2008, les époux X._ ont remis à l'Administration fiscale leur déclaration pour la période fiscale 2007. L'entier de leur revenu provenait de l'activité indépendante. Au titre des autres déductions sur le revenu, les époux X._ ont déclaré la somme de 693'203 fr., en indiquant qu'il s'agissait de pertes commerciales reportées. Leur revenu imposable était donc nul. Le 14 avril 2009, l'Administration fiscale a notifié aux époux X._ un bordereau d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2007 de 18'728 fr. et un bordereau d'impôt cantonal et communal de 53'206,55 fr. Aucun montant n'était pris en compte au titre des autres déductions sur le revenu. Chaque bordereau indiquait que, selon la décision du 1er avril 2009, les pertes privées n'étaient pas déductibles commercialement et qu'il n'existait plus de pertes reportées non compensées pour l'année fiscale 2007. Le 28 avril 2009, les époux X._ ont déposé une réclamation auprès de l'Administration fiscale à l'encontre des bordereaux du 14 avril 2009 concernant la période fiscale 2007. Par décision du 14 janvier 2010, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation des intéressés. Les intérêts chirographaires avaient été admis pour le montant déclaré. La perte réalisée sur la vente de la villa sise au chemin bbb 2bis ne pouvait être admise en déduction, l'immeuble appartenant au patrimoine privé des intéressés. Par jugement du 17 octobre 2011, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours que les époux X._ avaient déposé le 12 février 2010 contre les décisions du 14 janvier 2010. Le 23 novembre 2011, les époux X._ ont interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève contre le jugement du Tribunal administratif de première instance. C. Par arrêt du 21 août 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. Elle a jugé que les contribuables avaient déjà fait valoir les pertes liées à l'immeuble sis au chemin bbb 2bis, pour la période fiscale 2006 mais que celle-ci était entrée en force pour défaut de paiement de l'avance de frais. Le report de pertes ne pouvait plus être examiné pour la période fiscale 2007. Il n'était par conséquent pas nécessaire d'examiner le caractère commercial ou privé de l'immeuble en cause. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et Dame X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 21 août 2012 par la Cour de justice et de lui renvoyer la cause pour qu'elle examine la qualification de l'opération immobilière bbb 2bis et qu'elle admette un report des pertes pour la période fiscale 2007. La Cour cantonale a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt, tandis que l'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont conclu au rejet du recours. Les intéressés ont déposé leurs dernières observations le 10 janvier 2013.