Faits: A. La société A.X._ GmbH (ci-après : A.X._ Sàrl ou la société) exploite une station-service Y._ sise à D._. Selon son inscription au registre du commerce du canton de E._, son but statutaire est de gérer et d'exploiter la station-service précitée. Elle dispose d'un capital social de CHF 50'000.-, détenu exclusivement par B.X._ à concurrence d'une part de CHF 45'000.- et d'une autre de CHF 5'000.-. Cette dernière part sociale a été rachetée à la société Z._ AG. Outre sa qualité d'associé, B.X._ est également président de la société qui compte une autre gérante, soit C._, belle-soeur du précité. Par décision du 5 juillet 2011 l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (ci-après: l'Office cantonal) a dénié la qualité d'entreprise familiale au sens de l'art. 4 de la loi fédérale sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce du 13 mars 1964 (LTr; RS 822.11) à A.X._ Sàrl. Il a invité l'entreprise à se conformer à la LTr et à cesser d'employer du personnel les dimanches et jours fériés pour la vente de marchandises non autorisées. La société a recouru auprès de la chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre cette décision, recours rejeté par arrêt du 20 décembre 2011 (ATA/782/2011). A cette occasion la Cour de justice a notamment retenu que A.X._ Sàrl ne constituait pas une entreprise familiale dès lors qu'il ne pouvait y avoir de lien de famille entre une personne morale et les personnes physiques qu'elle employait. De plus, la société était à cette date détenue par deux copropriétaires, dont l'un, Z._ AG, était une société anonyme. Elle était par conséquent astreinte au respect du principe de l'interdiction du travail dominical. Cet arrêt est entré en force. B. Le 1er février 2012, la société a requis de l'Office cantonal un réexamen de la décision du 5 juillet 2011 et une nouvelle décision quant à son statut sous l'angle de l'art. 4 LTr. Z._ AG ne détenait désormais plus aucune part sociale et n'avait plus les pouvoirs de la représenter par l'intermédiaire de personnes déléguées. La société était uniquement en mains de la famille X._. Celle-ci détenait toutes les parts sociales et pouvait seule représenter la société. Elle exploitait certes toujours son entreprise sous la forme d'une Sàrl, ce seul fait ne pouvant toutefois pas faire obstacle à sa reconnaissance comme entreprise familiale. A défaut, sa liberté économique serait violée. Le 13 février 2012, l'Office cantonal a constaté qu'aucune condition susceptible d'entraîner une reconsidération de sa décision du 5 juillet 2011 n'était réalisée. La société ne pouvait pas être considérée comme une entreprise familiale, dès lors qu'elle persistait à revêtir la forme juridique d'une personne morale, soit celle d'une société à responsabilité limitée. Le 2 octobre 2012, la Cour de justice a rejeté le recours formé contre la décision du 13 février 2012. C. A.X._ S.à.r.l forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Sous suite de frais et dépens, la société conclut principalement à l'admission du recours ainsi qu'à la réforme de l'arrêt de la Cour de justice du 2 octobre 2012 et la constatation de son caractère d'entreprise familiale mixte "si bien que les membres de la famille X._, au sens de l'art. 4 de la loi sur le travail, sont autorisés à travailler les dimanches et jours fériés", subsidiairement, à l'annulation de la décision sur reconsidération de l'Office cantonal du 13 février 2012 et de l'arrêt de la Cour de justice, et au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt alors que l'Office cantonal conclut au rejet du recours. La requête de mesures superprovisionnelles et provisionnelles également formulée dans le recours a été rejetée par ordonnance du Président de la IIème Cour de droit public le 14 décembre 2012.