Faits: A. Par jugement du 12 décembre 2006, le Tribunal d'arrondissement II Bienne-Nidau a notamment reconnu X._ coupable de viol qualifié, de viols, de séquestration, d'infractions qualifiées à la LStup et de rupture de ban. Partant, il l'a condamné à 6 ans de réclusion et à l'expulsion à vie du territoire suisse, a ordonné l'internement du condamné et la suspension de l'exécution de la peine au profit de l'internement. A la base de cette condamnation, les faits suivants ont été retenus. En été 2004 à Nidau, X._ a fermé la porte de son appartement à clef, alors que B._ se trouvait à l'intérieur, puis a jeté les clefs dans un tiroir. Il l'a empêchée d'appeler de l'aide en détruisant la puce électronique de son téléphone mobile. En profitant de l'emprise qu'il avait sur elle en raison de sa grande consommation de pilules thaïes et en faisant usage de la force, il l'a contrainte à des relations sexuelles complètes. Suite à ces actes, il a interdit à sa victime de partir, lui a offert et remis des pilules thaïes et l'a empêchée de quitter l'appartement pendant plusieurs heures. Toujours à Nidau, au début de l'été 2005, X._ a profité de l'emprise qu'il avait sur C._ en raison de sa consommation massive de stupéfiants. Il lui a offert des pilules thaïes et l'a contrainte à des relations sexuelles complètes. Il lui a serré le cou de manière à ce qu'elle perde quasiment connaissance puis lui a donné une gifle pour qu'elle reprenne conscience. Un autre jour, X._ a emmené de force C._ dans la salle de bain, dont il a fermé la porte à clef, et a contraint sa victime à entretenir des relations complètes. B. Par arrêt rendu le 6 septembre 2007 et rédigé le 31 mars 2008, la 3ème Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne a confirmé la déclaration de culpabilité de X._ et la peine privative de liberté de 6 ans infligée au condamné. Elle a par ailleurs renoncé à l'expulsion, qui est désormais du seul ressort de la police, et réformé le jugement de première instance en renonçant à prononcer une mesure d'internement. C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation en tant qu'il le reconnaît coupable de viol qualifié, de viols et de séquestration, ainsi qu'au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle procède à une nouvelle administration de preuves et rende une nouvelle décision. Il invoque une violation de son droit d'être entendu et l'interdiction de l'arbitraire. Il sollicite également l'assistance judiciaire. D. Il n'a pas été demandé d'observations.