Faits: A. Le 20 avril 2010, le Centre hospitalier universitaire vaudois (ci-après: le CHUV ou l'adjudicateur) a publié dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud un appel d'offres, selon la procédure ouverte, pour un marché portant sur une installation de production et de distribution d'eau pour les patients du centre de dialyse du CHUV. Les soumissionnaires étaient invités à fournir et installer une centrale de traitement d'eau avec un nouveau réseau de distribution permettant la technique d'hémodiafiltration. Complétant l'appel d'offres, le cahier des charges envisageait deux solutions de désinfection du système de production et de distribution de l'eau, à savoir une solution de base sans désinfection chimique à l'ozone et une variante avec désinfection chimique à l'ozone. Ledit cahier consacrait deux critères d'aptitude (ch. 8.4), soit l'organisation de base du soumissionnaire et ses références, ainsi que trois critères d'adjudication (ch. 8.5), soit le prix, l'organisation pour l'exécution du marché et les qualités techniques de l'offre. Pour l'adjudication, l'ensemble de ces critères devait être pris en compte de la manière suivante: le prix pour 55%, l'organisation et la qualification de base pour 5%, l'organisation pour l'exécution du marché pour 5%, les références en relation avec l'objet à réaliser pour 20%, la qualité technique de l'offre pour 15%. S'agissant de la qualité d'eau exigée pour la pratique de l'hémodiafiltration, le cahier des charges fixait les règles suivantes (ch. 9.1.4): du point de vue microbiologique, l'eau devait être hautement purifiée (<10 ufc/ml); le niveau d'endotoxines bactériennes était fixé à <0,03 EU/ml; du point de vue chimique, l'eau devait satisfaire aux exigences de l'eau pour dilution des solutions concentrées pour hémodialyse, selon la Pharmacopée européenne, édition 6.3. Etaient joints au cahier des charges des plans et des listes de prix. B. Trois candidats ont présenté un dossier dans le délai imparti par l'adjudicateur, parmi lesquels X._ AG et Y._ AG. Cette première a présenté une offre correspondant à la solution de base, pour un montant total de 708'245 fr. 40, et une variante (ozone), pour un montant total de 816'131 fr. Dans l'annexe R14 de sa soumission, portant sur le degré de compréhension du cahier des charges, elle a précisé que "les teneurs en endotoxines ne peuvent être assurées par la variante 1". Y._ AG a présenté une offre correspondant à la solution de base pour un montant total de 739'722 fr., sans variante. Après avoir retenu les seules offres de ces deux sociétés, l'adjudicateur a constaté que la solution de base proposée par X._ AG ne respectait pas les exigences du marché, tandis que Y._ AG n'avait pas présenté de variante. Comparant, malgré leur différence, la variante de X._ AG avec l'offre de base de Y._ AG, le CHUV a adjugé le marché, le 29 octobre 2010, à cette dernière société, lui attribuant 481,65 points contre 457,76 points à sa concurrente X._ AG. C. Par arrêt du 10 mars 2011, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté, dans la mesure où il était recevable, le recours interjeté par X._ AG contre la décision d'adjudication du 29 octobre 2010, et a confirmé cette dernière. D. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, la société X._ AG demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 10 mars 2011 et de lui adjuger le marché, subsidiairement, d'annuler l'arrêt entrepris et de renvoyer la cause à l'autorité intimée. Le Tribunal cantonal s'est référé aux considérants de l'arrêt attaqué. L'Etat de Vaud, soit pour lui le CHUV, ainsi que Y._ AG ont conclu au rejet du recours. La recourante a maintenu ses conclusions dans sa réplique du 29 août 2011. Par ordonnance présidentielle du 10 mai 2011, le Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif et de mesures provisionnelles contenue dans le recours de X._ AG.