Faits: A. La société X._ SA, à A._ (ci-après: la société), a été constituée en janvier 2000 avec pour but premier l'exploitation de garages. Le 31 mars 2004, elle a augmenté son capital-actions de 100'000 à 200'000 fr. et élargi son but social à, entre autres, l'exploitation d'autorisations de taxis et de centrales d'appels y afférentes. En 2006, le chiffre d'affaires de la société s'est élevé à 2'786'754 fr. et ses charges à 3'441'860 fr. La perte de l'exercice, soit 655'107 fr., s'est ajoutée à celle de 220'267 fr. figurant déjà au bilan pour former une perte cumulée de 875'374 fr. Le bilan au 31 décembre 2006 comprenait des passifs pour un total de 1'929'824 fr., dont notamment un poste « créancier actionnaire Y._ » de 105'000 fr. Les actifs représentant un montant total de 1'654'450 fr., le découvert au bilan s'élevait à 275'374 fr. L'organe de révision de la société a vérifié les comptes de l'exercice 2006 et recommandé leur approbation. Ces comptes n'ont toutefois jamais été approuvés par l'assemblée générale de la société, car cette assemblée n'a pas pu être convoquée en raison d'un litige opposant les deux actionnaires principaux, qui ont multiplié les procédures. Dans le courant de 2007, l'organe de révision a, pour éviter des saisies, effectué des paiements pour un total de 285'357 fr. 55 à des créanciers institutionnels, principalement la CIEPP, la FerCIAM (AVS), la SUVA et l'AFC (TVA), ce grâce à des fonds mis à disposition de la société par Y._. Selon extraits du registre des poursuites, la société faisait l'objet, au 13 mai 2008, de 22 poursuites échelonnées de 2006 à 2008 pour un montant total supérieur à 430'000 fr., dont les créanciers étaient la Caisse LPP (CIEPP), la SUVA et la Confédération suisse, réclamant des sommes allant de 48 fr. 50 à 92'682 fr. 50. Au 29 mai 2008, il n'y avait plus que 18 poursuites en cours. Les 4 poursuites soldées concernaient la Caisse AVS et portaient sur les sommes de 56 fr. 15, 55 fr. 85, 48 fr. 50 et 5'508 fr. 10. Au 1er juillet 2008, 16 poursuites subsistaient contre la société pour un montant total de 453'249 fr. 40, dû à la Caisse AVS, à la SUVA et à la Confédération. Au 16 juillet 2008, selon attestation de l'office des poursuites, il n'y avait plus de poursuite en force dans le canton de Genève ou d'actes de défaut de biens à l'encontre de la société. B. Le 20 mai 2008, Y._ a requis le Tribunal de première instance du canton de Genève de prononcer la faillite sans poursuite préalable de la société. Par jugement du 24 juin 2008, le Tribunal de première instance a prononcé la faillite en application de l'art. 190 al. 1 ch 2 LP. Sur recours de la faillie, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement de faillite par arrêt du 16 octobre 2008. C. Par acte du 21 octobre 2008, la faillie a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, assorti d'une demande d'effet suspensif. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la cour cantonale et au rejet, voire à l'irrecevabilité, de la requête de faillite sans poursuite préalable. Des réponses n'ont pas été requises. Par ordonnance présidentielle du 6 novembre 2008, la demande d'effet suspensif a été admise en ce sens que l'office des faillites ne devait pas donner suite à des mesures d'exécution.