Faits : A. A.A._ et B.A._ se sont mariés le 11 janvier 2010. De leur union sont nés des triplés, C._, D._ et E._, en 2009. A.a. Par convention ratifiée pour valoir prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale le 10 mai 2012, les parties sont notamment convenues que la garde des enfants était attribuée à la mère, sous réserve d'un large et libre droit de visite du père, et que celui-ci contribuerait à l'entretien des siens par le versement d'un montant mensuel de xxx fr. A.b. Par requête de mesures superprovisionnelles du 21 mai 2012, la mère a conclu à la suspension immédiate du droit de visite du père, aux motifs qu'il ne parvenait pas à assurer la sécurité des enfants et prévenir les accidents, et à ce que le Service de protection de la jeunesse (ci-après : SPJ) soit mandaté sans délai. A.c. Par ordonnance du 23 mai 2012, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a mandaté le SPJ afin qu'il effectue une évaluation des capacités parentales des père et mère, et a rejeté la requête de mesures superprovisionnelles pour le surplus. A.d. Le 20 octobre 2012, la mère a déposé une plainte pénale contre le père pour actes d'ordre sexuel sur leur fille E._, qui se seraient produits durant le week-end du 5 au 7 octobre 2012. La procédure pénale contre le père a été classée par ordonnance du 5 février 2014 du Ministère public, confirmée par arrêt du 25 mars 2014 de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal. Un recours de la mère contre ce classement est actuellement pendant devant le Tribunal fédéral. A.e. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 24 octobre 2012, le Président du Tribunal d'arrondissement a notamment suspendu provisoirement le droit de visite du père tel que prévu dans la convention du 10 mai 2012 et octroyé au père un droit de visite s'exerçant un samedi sur deux de 14h00 à 18h00, au domicile de la mère, en présence de celle-ci ou d'une personne de confiance. Le SPJ a rendu son rapport le 3 janvier 2013, suggérant l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative. A.f. Par jugement du 21 janvier 2013, la Présidente du Tribunal d'arrondissement a maintenu l'ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 10 mai 2012, institué une mesure de curatelle d'assistance éducative et ordonné une expertise pédopsychiatrique, confiée au Dr F._, avec pour mission de déterminer les capacités éducatives des parents et de faire des propositions concernant l'attribution de l'autorité parentale, de la garde et de l'exercice des relations personnelles. La Juge déléguée de la Cour d'appel civile a, par arrêt du 14 juin 2013, rejeté l'appel déposé par l'épouse, estimant que, en l'état, des indices concrets et sérieux de mise en danger du bien des enfants faisaient défaut. A.g. Le Dr F._ a déposé son rapport d'expertise le 8 octobre 2013, qui revient sur les consultations médicales de la fille, à la suite du week-end de visite chez le père du 5 au 7 octobre 2013, lorsque la mère a constaté que sa fille présentait des rougeurs dans la région vulvaire et un hématome dans la région anale. L'expert rapporte que l'enfant a été vue par une spécialiste en gynécologie pédiatrique au CHUV, par un docteur des consultations psychiatriques dans les situations de mauvais traitement et par le Service des urgences de pédiatrie de Genève. Le médecin des consultations psychiatriques se serait montré inquiet du comportement troublant de la mère et a retransmis avoir gardé l'impression que celle-ci cherchait une preuve médicale contre le père. Le Service des urgences de pédiatrie se serait avoué emprunté pour poser un diagnostic. La première doctoresse a quant à elle indiqué que la fillette souffrait d'une déformation congénitale de la vulve et se serait étonnée que la mère - gynécologue de profession - n'ait pas informé le père de cette anomalie. La doctoresse a précisé, lors de son audition par le Ministère public, que l'examen clinique de l'enfant évoquait un lichen scléro-atrophique et non pas, en premier lieu, une lésion traumatique. L'expert a en outre rapporté que la doctoresse avait déclaré que l'examen clinique ne lui permettait ni d'infirmer ni de confirmer les suspicions d'abus sexuels, que les lésions lui évoquaient un problème chronique d'une pathologie cutanée et non traumatique et qu'elle n'avait pas personnellement constaté de comportement post-traumatique chez la fillette. L'expert a en outre analysé le comportement des parents après s'être entretenu avec chacun. Au terme de son rapport, l'expert ne recommandait pas, en l'état, de modification de l'organisation de la garde et du droit de visite et dit qu'il conviendrait de considérer toute nouvelle accusation d'actes d'ordre sexuel qui émanerait unilatéralement de la mère, sans référence à d'autres professionnels, comme une défaillance de protection des enfants. L'expert a en outre recommandé que la situation familiale soit réexaminée par un complément d'expertise dans un délai de six à neuf mois. B. Par requête de mesures d'extrême urgence et de mesures protectrices de l'union conjugale du 24 novembre 2013, le père a notamment conclu, à titre de mesures préprovisionnelles, à ce qu'interdiction soit faite à la mère de déplacer le domicile des enfants de X._ à Y._ et de changer le régime de garderie en vigueur, jusqu'au prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, et, par voie de mesures protectrices de l'union conjugale, à ce que la garde des trois enfants lui soit octroyée, sous réserve d'un libre et large droit de visite de la mère, à ce que celle-ci contribue à l'entretien des enfants par le versement d'un montant à dire de justice, subsidiairement, si la garde restait attribuée à la mère, à ce que le domicile légal des enfants demeure à X._, jusqu'au divorce ou nouvelle décision judiciaire. La mère a déménagé avec les enfants de X._ à Y._ dans le courant du mois de novembre 2013. B.a. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 26 novembre 2013, le Président du Tribunal d'arrondissement a notamment interdit à la mère de changer le régime de la garde en vigueur avant le déménagement. Lors de l'audience de mesures protectrices de l'union conjugale qui s'est tenue le 20 février 2014, les parties ont signé une convention, ratifiée séance tenante par la Présidente du Tribunal d'arrondissement pour valoir prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, à teneur de laquelle les parties sont convenues que la garde sur leurs enfants resterait en l'état à la mère, sous réserve d'un libre et large droit de visite du père, planifiant les vacances d'été 2014 de chacun des parents avec les enfants, prévoyant que le régime actuel d'exercice du droit de visite du père serait modifié dès que les enfants seraient scolarisés, en août 2014, et autorisant le père à laisser les enfants inscrits à la garderie de X._ et à les y placer lorsqu'il exerce son droit de visite, et la mère à inscrire les enfants dans une garderie à Y._, les jours où elle en assume la garde. Le Dr F._ a rendu un complément d'expertise le 20 mai 2014. L'expert a jugé que la mère n'avait pas évolué depuis le premier rapport d'expertise, ni dans son attitude, ni dans ses convictions que le père commet des actes d'ordre sexuel sur les enfants, mettant en péril le développement global de ceux-ci, en ce sens que les enfants, par loyauté et en raison de l'influence de leur mère, développent une vision négative de leur père. Estimant que le père démontre incontestablement de bonnes compétences parentales, une plus grande réceptivité à l'intervention du service AEMO et une plus grande ouverture en vue de l'amélioration de la coparentalité, l'expert a préconisé que la garde des enfants devait être confiée au père, sous réserve d'un large droit de visite de la mère. B.b. Par prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale du 2 juillet 2014, la Présidente du Tribunal d'arrondissement a notamment confié la garde des enfants au père, dit que la mère pourrait avoir ses enfants auprès d'elle un week-end sur deux et chaque semaine du mardi soir au jeudi matin, ainsi que durant la moitié des vacances scolaires, et astreint la mère à contribuer à l'entretien de ses enfants par le versement d'une pension mensuelle de xxxx fr., allocations familiales en sus, dès et y compris le 1 er juillet 2014. La mère a formé appel contre ce jugement le 14 juillet 2014, concluant à ce qu'elle soit confirmée en tant que parent gardien des trois enfants et à ce que le père soit astreint à contribuer à leur entretien. B.c. Par arrêt du 6 août 2014, la Juge déléguée de la Cour d'appel civile a rejeté l'appel et confirmé le prononcé du 2 juillet 2014. C. Par acte du 9 septembre 2014, A.A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour l'administration de preuves, subsidiairement à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'elle est confirmée en tant que parent gardien des trois enfants et à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité de première instance pour fixer la contribution d'entretien en faveur des enfants due par le père, et plus subsidiairement encore, en cas d'octroi de la garde au père, à ce qu'elle soit astreinte à contribuer à l'entretien des enfants par le versement d'un montant de xxxx fr. par mois. Au préalable, la mère a sollicité l'effet suspensif à son recours. Invités à se déterminer sur l'octroi de l'effet suspensif, le père s'y est opposé, le SPJ a également conclu au rejet de la requête et l'autorité précédente a renoncé à se déterminer. D. Par ordonnance du 3 octobre 2014, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a refusé l'effet suspensif sollicité. Par courrier du 23 octobre 2014, la mère a à nouveau requis l'octroi de l'effet suspensif, produisant à l'appui de sa demande un courrier du 19 octobre 2014 de la pédopsychiatre des enfants. E. Par ordonnance du 24 octobre 2014, le Juge instructeur, a déclaré irrecevable la pièce nouvelle produite et a rejeté la deuxième requête d'effet suspensif. Des réponses au fond n'ont pas été requises.