Faits: A. A.X._ et son épouse, B.X._, enseignante à temps partiel auprès du collège de Y._ à Z._, ont quatre enfants. Ils ont déposé leur déclaration d'impôt fédéral direct, cantonal et communal pour la période fiscale 2004. Au titre de dépenses professionnelles de B.X._, ils ont fait valoir: - frais de déplacement à 70% : 4'605.- - repas hors du domicile à 70% : 2'100.- - autres dépenses professionnelles : 1'900.- - raccordement internet : 324.- Total : 8'929.- Par décision de taxation des 8 et 9 février 2006, la Commission d'impôt de district pour la commune de Sierre a refusé la déduction pour le raccordement internet. Le 10 mars 2006, les époux ont déposé une réclamation contre la décision de taxation et ont fait valoir une déduction pour chambre de travail privée. Par nouvelle décision de taxation du 31 octobre 2008, la Commission d'impôt de district pour la commune de Sierre a admis une déduction supplémentaire de 1'000 fr. pour chambre de travail privée portant le total des dépenses professionnelles de l'épouse à 9'605 fr. Le revenu net imposable pour l'année 2004 était fixé à 78'929 fr. en matière d'impôt fédéral direct et à 82'010 fr. en matière d'impôt cantonal et communal. Par décision sur réclamation du 20 juillet 2011, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a confirmé la décision de taxation du 31 octobre 2008. Les époux ont interjeté recours contre la décision du 20 juillet 2011 auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). Ils demandaient que la déduction pour la chambre de travail privée soit fixée à 3'487 fr. 55. En cours de procédure, la Commission cantonale a requis des intéressés les pièces justificatives se rapportant à la chambre de travail, aux frais de raccordement internet et au taux d'activité de l'épouse ainsi qu'aux frais de déplacements professionnels de l'épouse, dont le bien-fondé était remis en cause: S'en est suivi plusieurs échanges d'écritures entre les parties, durant lequel les recourants ont demandé à disposer du procès-verbal ayant dû être établi "avant ou au plus tard après la séance du 4 avril 2003". Les époux X._ se sont séparés depuis le printemps 2011. B.X._ a indiqué, sur demande de la Commission de recours, qu'elle ne soutenait pas la démarche de son mari. B. Par décision du 24 octobre 2012, notifiée le 22 novembre 2012, la Commission de recours a arrêté le dispositif suivant: "Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable et dans le sens des considérants; en conséquence, le revenu net imposable pour l'année 2004 est fixé à 83'240 fr. en matière d'impôt fédéral direct et à 86'321 fr. en matière d'impôt cantonal et communal", les frais de procédure étant mis à la charge des recourants. La demande du contribuable tendant à obtenir un procès-verbal relatif à la période fiscale 2003 était rejetée dans la mesure où elle était recevable. En matière d'impôt fédéral direct, la Commission de recours a admis le principe de la déduction d'une chambre de travail et fixé le montant de la déduction à 1'037 fr. en fonction de la formule suivante: Valeur locative nette x 2 nombre de pièces + 2 (villa) ou + 1 (appart.) x 3, montant auquel elle a ajouté les frais d'entretien de la chambre à concurrence de 617 fr., soit au total 1'654 fr. Elle a admis un montant de 24 fr. par mois au titre de cotisation aux associations professionnelles, ainsi que la moitié des frais annuels de connexion internet, soit 162 fr. Elle a refusé de cumuler la déduction forfaitaire à celle des frais effectifs. Au titre des frais de déplacement, elle a admis le principe du déplacement avec un véhicule privé d'un trajet par jour, fixé le taux d'activité de l'épouse à 50%, sur 180 jours au lieu de 220, pour tenir compte non seulement des périodes de cours mais également des autres charges en sus de l'enseignement ainsi que du repas pris hors domicile et a arrêté le montant des frais de déplacement selon le calcul suivant: 33km x 180 j. x 50% x 65 ct = 1930 fr. ainsi que le montant des frais de repas à l'extérieur selon le calcul suivant: 180 j. x 50% x 14 fr. = 1260 fr. Le total des frais professionnels de l'épouse s'élevait ainsi à 5'294 fr. ce qui constituait une reformatio in pejus dûment annoncée. En matière d'impôt cantonal et communal les mêmes règles pouvaient être appliquées. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 24 octobre 2012 et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation du droit d'être entendu, de l'interdiction de l'arbitraire et du principe de la bonne foi. Le recours a été enregistré sous le numéro d'ordre 2C_21/2013 s'agissant de l'impôt cantonal et communal et sous le numéro d'ordre 2C_22/2013 s'agissant de l'impôt fédéral direct. La Commission cantonale renonce à déposer des observations sur recours et l'Administration fédérale des contributions se rallie à la décision attaquée.