Faits: A. La société X._ SA (ci-après: la société X._ SA), dont le siège est à A._, a pour but l'achat, la construction, la location, la vente et l'échange de biens immobiliers. Par acte du 26 mai 1997, inscrit au registre foncier le 30 septembre 1997, la Société a acheté pour le prix de 1'100'000 fr. les parcelles xxx et xxx sises sur la commune de Martigny. B. Par acte du 3 octobre 1997, inscrit au registre foncier le 3 décembre 1997, la société X._ SA a revendu les deux parcelles à Y._ pour le prix de 1'800'000 fr. Le prix était payable par reprise de dettes de 1'400'000 fr. et pour le solde de 400'000 fr., selon convention entre les parties, les paiements devant intervenir le 10 octobre 1997 au plus tard. La convention pour le paiement du solde a été passée le 3 octobre 1997. Cette convention comportait les clauses suivantes: "Art. 3 Les deux parties collaborent sur la base d'un système de partage des profits et des pertes (profit sharing system) depuis la fondation de la société anonyme X._ SA en mars 1995. Un accord antérieur passé entre M. Y._ et la société X._ SA prévoyait que les montants dus par cette dernière ne seraient payés qu'à partir du moment où ses liquidités le lui permettraient. Art. 4 Compte tenu du prix de revente escompté, la présente opération immobilière doit permettre de régler la créance résultant des rapports décrits à l'article 3, ainsi que le paiement de 400'000 fr. A ce titre, il est précisé ce qui suit: Dans ce sens, la société X._ SA accepte que le paiement intervienne au jour de l'encaissement de la revente des deux parcelles mentionnées ci-dessus. Si M. Y._ devait accepter une contre-affaire afin de permettre la réalisation de l'opération de revente, ce montant ne serait dû qu'au moment de la revente de l'immeuble nouvellement acquis. Un décompte sera établi entre les parties au jour de la clôture finale de l'opération. Art. 5 La présente convention est valable jusqu'au 31.12.1998. Passé cette date, toutes les créances reconnues dans la présente convention deviendront immédiatement exigibles à moins qu'un nouvel accord ne soit trouvé entre les parties." C. Par acte du 30 décembre 1997, Y._ a revendu à Z._, les deux parcelles pour le prix de 1'800'000 fr. L'acte de vente précisait que le prix d'achat était payable à raison de 1'200'000 fr. par reprise de dettes, de 180'000 fr. par versement sur le compte du notaire et pour le solde de 420'000 fr. par compensation avec le prix d'achat de deux propriétés par étage sises dans la commune de B._, vendues par Z._ à la société M._ SA. L'acte précisait encore que les conditions de paiement entre la société M._ SA et Y._ seraient réglées par une convention privée. Le 30 décembre 1997, Z._ a effectivement vendu pour le prix de 420'000 fr. les propriétés par étage sises à B._ à la société M._ SA, dont l'administrateur est Y._. En janvier 1999, la société M._ SA a revendu les propriétés par étage en cause à un tiers pour le prix de 340'000 fr. D. Par décision sur réclamation du 29 novembre 2002 portant sur l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de l'année fiscale 1997, la Commission d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable réalisé par la société X._ SA lors de la vente du 3 octobre 1997 à 450'000 fr.: Prix de vente 1'800'000 Prix d'acquisition 1'100'000 Part (50%) du bénéfice sur l'immeuble M._ à Y._ 170'000 Perte sur vente de l'immeuble M._ 80'000 Bénéfice imposable 450'000 E. La société X._ SA ayant comptabilisé un bénéfice de 178'000 fr., la reprise opérée s'élevait à 272'000 fr. F. Le 19 décembre 2002, la société X._ SA a interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale contre la décision sur réclamation du 29 novembre 2002, concluant à ce que le bénéfice soit ramené à 178'000 fr. Pendant la procédure, par nouvelle décision du 12 mars 2003, la Commission d'impôt des personnes morales a reconsidéré sa décision sur réclamation et ramené le bénéfice imposable à 330'000 fr. pour tenir compte d'une commission de vente de 100'000 fr. et des frais de notaire de 20'000 fr. Cette décision a également fait l'objet d'un recours de la société X._ SA auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt, dont l'argumentation et les conclusions étaient similaires à celles exposées dans le recours interjeté le 19 décembre 2002. La société X._ SA a été entendue par la Commission cantonale de recours en matière fiscale qui l'a informée d'une éventuelle modification à son détriment des décisions attaquées. G. Par arrêt du 25 mai 2005, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours de la société X._ SA et nouvellement fixé le bénéfice résultant de la vente à fr. 678'000 fr., le bénéfice net imposable de la société étant ainsi arrêté à 605'556 fr. pour l'impôt cantonal et communal 1997 et à 605'500 fr. pour l'impôt fédéral direct 1997. Elle a jugé en substance que le prix d'acquisition s'élevait à 1'100'000 fr. et le prix de vente à 1'800'000 fr. Aucun élément de la convention du 3 octobre 1997 ne permettait de conclure à un partage du bénéfice entre la société X._ SA et Y._. Cette dernière ne pouvait pas non plus tirer argument du principe de la réalité économique ni d'un éventuel rapport de fiducie, dont les conditions n'étaient pas réalisées. Contrairement à l'avis de l'autorité inférieure, il ne pouvait par conséquent être accepté ni une répartition du prix de vente en faveur de Y._ ni la déduction des pertes subies lors de la revente des immeubles par la société M._ SA. Seule une déduction pour les frais d'acte de 22'000 fr. pouvait être admise. La commission de 100'000 fr. payée à des tiers n'avait en effet pas été versée par la société X._ SA mais par la société M._ SA. Enfin, une provision de 400'000 fr. grevant le bénéfice de la vente en cause ne pouvait être admise. Dans ces conditions, il n'était pas nécessaire de procéder à l'édition complète des dossiers fiscaux de Y._ ni d'entendre les nombreux témoins dont l'audition avait été requise par la société X._ SA. H. Par mémoire unique, la société X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, par la voie du recours de droit administratif 2A.20/2006, d'annuler l'arrêt rendu le 25 mai 2005 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale, d'annuler la décision rendue le 12 mars 2003 par le Service cantonal des constructions [recte des contributions], de fixer le bénéfice imposable à 178'000 fr. et de renvoyer le dossier à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants, par la voie du recours de droit public 2P.12/2006, d'annuler l'arrêt rendu le 25 mai 2005 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale et de renvoyer le dossier à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A l'appui de son recours de droit administratif, elle reproche à la Commission de recours de n'avoir pas admis qu'elle formait avec Y._ une société simple et décrit les écritures comptables qui auraient dû être passées en relation avec les diverses ventes immobilières et dont ressortirait sans conteste un bénéfice de 178'000 fr. Ce faisant, la Commission de recours aurait violé le principe de la réalité économique qui prévaudrait en droit fiscal. Subsidiairement, elle est d'avis qu'en l'absence de reconnaissance de la société simple, une provision sur débiteur de 420'000 fr. devrait être comptabilisée dans ses comptes, puisque Y._ ne s'est pas acquitté de l'intégralité du prix de vente. Elle confirme ne pas s'être trouvée dans un rapport de fiducie avec Y._. A cet égard, toutefois, elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, la Commission ayant renoncé à se faire produire le dossier fiscal de Y._, qui aurait permis, selon elle, d'établir une éventuelle double imposition du montant de 400'000 fr. A l'appui de son recours de droit public, elle se plaint essentiellement de multiples violations de son droit d'être entendue. Le Service cantonal des contributions, la Commission de recours du canton du Valais et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.