Faits: A. B._ travaille en qualité d'électricien au service de l'entreprise X._ Sàrl. A ce titre, il est obligatoirement assuré contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 8 décembre 2011, l'employeur a informé la CNA que le 15 novembre précédent, B._ s'était blessé à l'épaule droite en perçant un mur avec un marteau-piqueur à cause du blocage de la mèche de celui-ci (mouvement de torsion forcée du bras et de l'épaule). Dans un rapport médical du 21 décembre 2011, le docteur M._ a posé les diagnostics d'entorse de l'épaule droite, ténopathie et insertionite du sus-épineux. Il n'a attesté aucune incapacité de travail. Un IRM de l'épaule droite a montré un foyer de tendinopathie sans déchirure significative du tendon sus-épineux. Après avoir invité B._ à répondre à un questionnaire dans lequel celui-ci a confirmé les circonstances décrites dans la déclaration d'accident, la CNA a refusé d'allouer ses prestations au motif qu'il ne s'agissait ni d'un accident ni d'une lésion assimilée à un accident ou d'une maladie professionnelle (décision du 27 avril 2012). Saisie d'une opposition de l'assuré et de l'assureur-maladie de celui-ci (Assura), la CNA les a écartées dans une nouvelle décision du 6 août 2012. B. L'assuré a déféré la décision sur opposition de la CNA à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois, qui a admis son recours par jugement du 28 novembre 2012. Le tribunal cantonal a reconnu le caractère accidentel de l'événement du 15 novembre 2011, annulé la décision litigieuse et retourné la cause à l'assureur-accidents pour examen des autres conditions du droit aux prestations. C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur opposition du 6 août 2012. B._ conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.