Faits: A. A.a Par jugement du 3 mai 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé la faillite de Y._ SA, société active principalement dans le transport de personnes et dont X._ était l'administratrice unique (ci-après: l'administratrice). Antérieurement au prononcé de faillite, à fin 2004, Y._ SA avait dû licencier des employés. Considérant que la procédure prévue pour les licenciements collectifs n'avait pas été respectée et que, partant, leur licenciement était abusif, plusieurs d'entre eux avaient assigné leur employeur devant la juridiction des prud'hommes en réparation du dommage subi. L'Office des faillites de Genève, après avoir recueilli la détermination de l'administratrice sur les créances produites, a déposé l'état de collocation le 31 août 2005. Ce document précisait, à propos des salariés ayant saisi la juridiction des prud'hommes, que la décision de collocation en 1ère classe était suspendue en raison de la procédure pendante contre la faillie et que « la production sera colloquée en 1ère classe si aucun créancier ne demande la cession des droits de la masse (art. 260 LP) dans les 10 jours dès la publication du présent état de collocation ». Aucun créancier n'a demandé la cession des droits de la masse dans le délai imparti, ni n'a contesté l'état de collocation. A.b En parallèle et sur la base d'une action en réparation du dommage, la Caisse Z._, créancière dûment colloquée en 2ème classe, a requis et obtenu une saisie sur le salaire de l'administratrice, à concurrence de 4'470 fr., dès le mois de septembre 2007. A.c Durant l'été 2008, le conseil de l'administratrice a pris contact avec l'office afin de faire modifier l'état de collocation. Il prétendait que les créances des anciens salariés avaient été faussement colloquées pour un montant de 169'631 fr. 35. Plusieurs entretiens ont eu lieu à ce sujet. Par courrier du 5 décembre 2008, l'office a informé le conseil de l'administratrice, en se référant aux divers entretiens qu'il avait eus avec lui, qu'après analyse approfondie du dossier il n'entendait pas modifier l'état de collocation déposé le 31 août 2005 et entré en force. B. Le 18 décembre 2008, l'administratrice a porté plainte contre le courrier précité. Elle a conclu à son annulation et à ce qu'il soit ordonné à l'office de modifier et publier un nouvel état de collocation, à teneur duquel les prétentions des anciens salariés seraient colloquées en 3ème classe, éventuellement réduites de 180'055 fr. 35 au minimum ou écartées. Elle faisait valoir qu'une créance litigieuse ne pouvait en aucun cas être admise s'il ressortait des pièces du dossier qu'elle devait être écartée comme en l'espèce (art. 63 OAOF) et qu'en refusant de modifier l'état de collocation, acte modifiable encore au stade de la distribution, l'office avait violé les art. 244 ss LP. Elle invoquait en outre la violation de son droit d'être entendue et du principe de la bonne foi. Par décision du 26 février 2009, notifiée à l'administratrice le 2 mars suivant, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a déclaré la plainte irrecevable. Elle a retenu en substance que le délai pour porter plainte contre l'état de collocation déposé le 31 août 2005 était manifestement échu (consid. 1b), que le courrier de l'office du 5 décembre 2008 à teneur duquel il refusait de reconsidérer l'état de collocation ne constituait pas, s'agissant de la simple confirmation d'une décision déjà prise, une mesure sujette à plainte (consid. 1c) et que la plaignante, en tant qu'administratrice de la faillie, n'avait pas qualité pour agir par cette voie (consid. 1d). Par surabondance, la commission de surveillance a relevé que la plaignante avait été régulièrement interrogée sur toutes les créances produites et avait pu faire valoir sa détermination sur chacune d'elles, que les créanciers avaient eu l'occasion de demander la cession des droits de la masse et que leur inaction avait conduit à la collocation définitive des salariés en 1ère classe (consid. 2). C. C.a Par acte du 12 mars 2009, l'administratrice a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à l'annulation de la décision de la commission cantonale de surveillance du 26 février 2009, à ce que l'admission en 1ère classe des créances des salariés, la renonciation de la masse en faillite à poursuivre les procès en cours devant la juridiction des prud'hommes et l'offre de cession contenue dans l'état de collocation du 31 août 2005 soient déclarées nulles, et à ce qu'il soit prononcé que cet état de collocation n'est pas définitif en ce qui concerne les créances des salariés. A titre subsidiaire, la recourante a notamment demandé le renvoi de la cause à la commission cantonale de surveillance pour décision au fond dans le sens des considérants. C.b Parallèlement au recours en matière civile, l'administratrice a saisi la commission cantonale de surveillance d'une plainte en constatation de la nullité des actes de l'office en question, ce qui a conduit la Présidente de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral à suspendre, par ordonnance du 16 mars 2009, la procédure du recours en matière civile jusqu'à droit connu sur cette nouvelle plainte. Par décision du 23 avril 2009, la commission cantonale de surveillance a déclaré irrecevable la plainte en constatation de nullité, au motif que, étant dessaisie de la cause, elle ne pouvait plus modifier sa décision du 26 février 2009, sauf erreurs d'écritures ou de calculs ou cas de révision, d'interprétation ou de restitution de délai, et que, par conséquent, seul le Tribunal fédéral, saisi du recours en matière civile, était compétent en l'état pour se prononcer sur la nullité des actes de l'office. Par courrier du 28 avril 2009, la recourante a déclaré renoncer à recourir contre la décision de la commission cantonale de surveillance du 23 avril 2009. C.c L'intimée Z._ se réfère aux observations qu'elle a présentées à la commission cantonale de surveillance et dans lesquelles elle déclarait appuyer les conclusions de la plainte. Les intimés représentés par le Syndicat interprofessionnel de Travailleuses et Travailleurs se sont également référés à leur prise de position faite en instance cantonale, aux termes de laquelle ils concluaient à l'irrecevabilité de la plainte, subsidiairement à son rejet. L'office des faillites conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. L'intimé N._ prend les mêmes conclusions. Les autres intimés, ainsi que la commission cantonale de surveillance, ont renoncé à répondre au recours.