Faits : A. Dans le courant de l'année 1987, se présentant comme Y._ et légitimant cette identité par la présentation d'un faux passeport, X._, alias Z._, aurait ouvert le compte A._, auprès de la Citibank, à Zurich, au moyen d'un apport initial de 500'000 USD, ainsi qu'un compte B._ auprès de la SBS, à Zurich. B. Le 11 mars 1996, X._ a été condamné en Australie à neuf ans de prison pour avoir embarqué au Pakistan et tenté d'importer en Australie plus de quinze tonnes de résine de cannabis, dont cinq tonnes, d'une valeur estimée à quelque 75 millions AUSD, ont été saisies au large des côtes australiennes en 1994. Il a purgé sa peine jusqu'en 2002. Au cours de l'instruction de cette affaire, l'autorité australienne a décerné une commission rogatoire internationale à la Suisse, dans la mesure où ses investigations montraient que le financement du trafic avait touché le compte B._. Elle a prié les autorités suisses d'identifier le titulaire de cette relation bancaire. Les recherches n'ont pas été étendues à tout compte qui aurait existé au nom de Y._ en Suisse et X._, bien qu'interrogé à ce sujet, a toujours tu l'existence du compte A._. C. Le 15 février 2005, muni d'un faux passeport établi au nom de Y._, X._ s'est présenté à la Citibank à Genève afin de disposer des fonds déposés sur le compte A._. Compte tenu de l'expiration de la validité de ce passeport, le banquier a exigé des documents de légitimation valides, de sorte que X._ a présenté son passeport australien portant son nom tout en précisant que son nom de naissance était Z._. Ne pouvant identifier X._ comme étant son client, la banque s'est opposée à sa demande. Suite à cette visite, la Citibank a découvert que X._ était l'alias utilisé par Z._, l'un des plus importants trafiquants de drogue d'Australie, lié au crime organisé depuis les années 1970, notamment en relation avec une célèbre affaire de blanchiment de l'argent de la drogue par le biais de courses de chevaux. Elle a donc procédé à une dénonciation selon la LBA. Le Ministère public de la Confédération a alors ouvert une enquête de police judiciaire du chef de blanchiment d'argent, entendu X._ à titre de renseignement et placé le compte A._ sous séquestre pénal. D. Par ordonnance du 29 novembre 2006, le Ministère public de la Confédération a suspendu (classé) la procédure pénale et prononcé la confiscation et la dévolution à la Confédération suisse des valeurs patrimoniales déposées sur le compte A._. Par arrêt du 31 janvier 2007, la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a déclaré irrecevable le recours de X._. En bref, elle lui a dénié la qualité pour recourir aux motifs que son identité demeurait incertaine et qu'il aurait ouvert, sans pouvoir le justifier, un compte sous un faux nom. E. X._ dépose un recours en matière pénale. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt précité et au renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour nouvelle décision sur le fond. Dans sa réponse, le Ministère public de la Confédération a conclu au rejet du recours. Le recourant a déposé ses ultimes observations le 18 mai 2007.