Faits: A. X._ est né en Somalie en 1978. Ses parents sont séparés. Il est arrivé en Suisse avec sa mère le 10 octobre 1994. Sa demande d'asile a été rejetée le 24 novembre 1994. Il a été mis au bénéfice d'une admission provisoire. Après avoir appris le français à l'école pendant une année, il a cessé toute formation depuis l'âge de 17 ans. Il a fait l'objet d'une première série de condamnations: - quatre mois d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans prononcés le 11 décembre 1996 pour lésions corporelles, vol d'usage, circulation sans permis, vol, dommage à la propriété et violation de domicile - placement en maison d'éducation à A._ prononcé le 6 mars 1998 pour deux brigandages et infractions à la loi sur la circulation routière, à quoi s'ajoutaient l'expulsion pour une durée de 15 ans et la révocation du précédent sursis. En septembre 1999, à sa sortie de A._, où il avait entrepris une formation de menuisier, il a alterné emplois de courtes durées et périodes de chômage. Par décision du 13 décembre 2000, l'Office fédéral des réfugiés (devenu l'Office fédéral des migrations) a prononcé la levée de l'admission provisoire de X._. Cette décision est entrée en force. L'intéressé a indiqué qu'il entreprenait des démarches pour obtenir un passeport somalien. B. Le 23 avril 2002, Y._, de nationalité suisse, a donné naissance à un garçon nommé Z._ que X._ a plus tard reconnu. Le 2 mai 2003, X._ et Y._ ont contracté mariage. Le second enfant du couple, prénommé B._, est né à C._ en 2003. Le 1er décembre 2003, l'Office cantonal de la population a délivré à X._ une autorisation de séjour au titre de regroupement familial, régulièrement renouvelée jusqu'au 22 mai 2005. X._ a fait l'objet d'une deuxième série de condamnations: - six jours d'arrêts prononcés le 2 septembre 2003 pour tentative d'escroquerie d'importance mineure et obtention frauduleuse d'une prestation; - dix jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans prononcés le 2 novembre 2004 pour conduite en état d'ivresse et dommage à la propriété; - trente jours d'emprisonnement prononcés le 16 décembre 2004 pour lésions corporelles simples et dommages à la propriété sur plainte de son épouse ainsi que pour violence ou menace contre les fonctionnaires, après que les époux X._ et Y._ aient décidé de vivre séparément depuis le mois de novembre 2004; - trois ans et demi de réclusion prononcés le 20 octobre 2006 pour tentative de meurtre sur un tiers le 21 octobre 2005 à l'aide d'un couteau. A cette occasion, les experts ont constaté que l'intéressé était dépendant du cannabis et de l'alcool, raison pour laquelle un trai-tement ambulatoire a été ordonné pour le guérir de sa dépendance à l'alcool. X._ a été incarcéré à la prison de D._ depuis le 21 octobre 2005. Par jugement du 15 décembre 2006, le Tribunal de première instance a prononcé le divorce des époux X._ et Y._. Dans un rapport du 3 avril 2007 adressé à l'Office cantonal de la population, le Service de la protection des mineurs a déclaré que le père et ses enfants entretenaient des liens affectifs réciproques appréciés par la mère et la grand-mère maternelle des enfants. Pour le bon développement de ces derniers, il semblait essentiel que le père puisse rester en Suisse. Par décision du 4 septembre 2007, l'Office cantonal de la population a adressé à X._ une menace d'expulsion administrative fondée sur les dernières condamnations prononcées à son encontre, mais acceptait de lui donner une dernière chance. Cette décision est entrée en force. Le 16 novembre 2007, l'intéressé a demandé la prolongation de son permis de séjour. Le 20 novembre 2007, l'intéressé a participé à une bagarre après avoir consommé de l'alcool et deux jours plus tard s'est vu reprocher une arrivée tardive durant son régime de semi-liberté auprès de la Maison E._. Le rapport établi le 29 novembre 2007 par la direction des établissements pénitentiaires F._ relevait que l'intéressé avait fait preuve d'un comportement et d'une attitude corrects tant en général que dans son travail et qu'il avait entrepris de s'acquitter de l'indemnité due au titre de tort moral subi par sa victime. Le rapport établi le 29 novembre 2007 de la Maison E._ signalait cependant que le comportement de l'intéressé n'était pas exempt de reproches en raison de son addiction à l'alcool. Par jugement du 1er février 2008, le Tribunal d'application des peines et mesures a refusé la libération conditionnelle de l'intéressé au vu de ses nombreux antécédents, de ses projets d'avenir peu concrets et de sa consommation d'alcool qui le rendait violent. C. Par décision du 1er février 2008, l'Office cantonal de la population a refusé de renouveler l'autorisation de séjour de X._ en raison des nombreuses condamnations dont il avait fait l'objet, la dernière pour une tentative de meurtre, ainsi que de son absence d'intégration sociale et professionnelle. L'intérêt public à son éloignement de Suisse l'emportait sur la présence en Suisse de sa seule famille et de ses enfants, même s'il maintenait avec eux des relations étroites. Par mémoire du 3 mars 2008, X._ a interjeté recours contre cette décision. D. Par décision du 4 novembre 2008, la Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève a rejeté le recours déposé par l'intéressé contre la décision rendue le 1er février 2008 par l'Office cantonal de la population. Son mariage avait été dissous avant d'avoir duré cinq ans. Ses relations avec ses enfants ne suffisaient pas à faire prévaloir son intérêt privé à rester en Suisse sur l'intérêt public à son éloignement dès lors que son comportement et les condamnations subies démontraient son incapacité à respecter l'ordre public. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 4 novembre 2008 par la Commission cantonale de recours et sollicite le renouvellement de son autorisation de séjour. Il dépose une demande d'assistance judiciaire et la nomination comme défenseur d'office de son mandataire. Il se plaint de la violation de l'art. 8 CEDH. La Commission de recours et l'Office cantonal de la population ont renoncé à déposer des observations. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet du recours.