Faits: A. A.a Le 7 octobre 2003, la société anonyme X._, de siège à A._, a engagé W._, en qualité d'agent de sécurité auxiliaire, puis, à partir du 1er janvier 2007, en qualité d'agent de sécurité fixe. L'employé était affecté au service de sécurité du site genevois de Z._, pour un salaire mensuel de 4'943 fr.10, auquel s'ajoutait une prime professionnelle de 100 fr. bruts; il n'est pas contesté que le salaire mensuel perçu était majoré d'une indemnité-vacances de 8,33%. A.b X._ était liée à Z._ par un contrat, qui représentait le tiers du chiffre d'affaires de la première nommée; le contrat a pris fin le 31 décembre 2007 faute d'avoir été renouvelé en octobre 2007. Le 30 octobre 2007, X._ a procédé à vingt-neuf licenciements, dont celui de W._, sans avoir préalablement informé la représentation des travailleurs dans l'entreprise, constituée par une commission de quatre personnes, ni les travailleurs eux-mêmes. De même, aucune notification des licenciements projetés n'a été faite auprès de l'Office cantonal de l'emploi. Une amende administrative de 2'000 fr. a été infligée à X._ pour non-respect de la procédure en matière de licenciement collectif. A partir du 3 décembre 2007, W._ a été en incapacité totale de travailler pour une durée de deux semaines; il a repris normalement son travail dès le 15 décembre 2007. Durant les fêtes de fin d'année, il a bénéficié de quelques jours de vacances. Le 21 décembre 2007, W._ a fait opposition à son licenciement, qu'il a qualifié d'abusif, et a réclamé une indemnité pour licenciement abusif. A.c Après avoir été interpellé par le Syndicat interprofessionnel de travailleuses et travailleurs (SIT) au sujet de la procédure à suivre en cas de licenciement collectif, l'employeuse a, le 21 janvier 2008, communiqué à l'Office cantonal de l'emploi l'annonce complète des vingt-neuf licenciements. Jusqu'à la fin du mois de janvier, W._ a régulièrement effectué ses services, sans disposer d'aucun temps libre pour la recherche d'emploi, et a perçu son salaire. Dès février 2008, il a bénéficié des indemnités de l'assurance-chômage. B. B.a Le 13 mars 2008, W._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. La défenderesse devait être condamnée à payer 4'956 fr.50 à titre de salaire brut pour le mois de février 2008, 412 fr.90 à titre d'indemnité nette pour les vacances du mois de février 2008, et 9'913 fr. à titre d'indemnité nette pour licenciement abusif. Ces sommes devaient porter intérêts au taux de 5% par an dès le 1er mars 2008. La défenderesse s'est opposée à la demande. La Caisse de chômage du SIT est intervenue à la procédure. Le Tribunal a statué le 28 octobre 2008. Estimant que l'employeuse n'avait pas respecté la procédure spécifique des art. 335d et ss CO en matière de licenciement collectif, le Tribunal a fait application de l'art. 335g al. 4 CO et jugé que les rapports de travail avaient pris fin trente jours après l'annonce du 21 janvier 2008, soit le 20 février 2008. Ainsi, il a alloué au demandeur le salaire et l'indemnité pour les vacances non prises en nature pour la période correspondant aux vingt premiers jours du mois de février 2008 (3'504 fr.60), a admis la subrogation de la Caisse intervenante à concurrence de 1'434 fr.05 et a fixé l'indemnité pour licenciement abusif à deux mois de salaire (10'051 fr.85) en raison de la durée des rapports de travail. Le Tribunal a enfin condamné la défenderesse à remettre au demandeur un certificat de travail conforme aux exigences légales. B.b La Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a été saisie d'un appel de l'employeuse et d'un appel incident de l'employé. Statuant le 7 avril 2009, l'autorité cantonale a confirmé le premier jugement en tant qu'il condamne l'employeuse à remettre à l'employé un certificat de travail. Pour le surplus, la juridiction genevoise a annulé le jugement et statué à nouveau. Contrairement aux premiers juges, les magistrats d'appel ont considéré qu'un salaire mensuel complet était dû pour le mois de février et ont ainsi condamné la défenderesse à 4'956 fr.50 bruts, majorés de 412 fr.90 bruts au titre d'indemnité-vacances. La créance de la Caisse de chômage a de même été admise en totalité (2'549 fr.45 nets). Enfin, les magistrats ont alloué la somme de 9'913 fr. nette à titre d'indemnité pour licenciement abusif, afin de ne pas statuer ultra petita par rapport aux conclusions formulées par le travailleur. C. C.a L'employeuse exerce un recours en matière civile. Invoquant une violation de l'art. 8 CC et des art. 335g al. 4, 336 al. 2 let. c et 336a al. 3 CO, elle demande la confirmation du jugement en ce qui concerne la délivrance du certificat de travail et, pour le surplus, son annulation et le déboutement de l'employé de toutes ses conclusions, sous suite de dépens. Dans sa réponse, l'employé s'oppose aux griefs soulevés à l'appui du recours. La Caisse de chômage intervenante n'a, quant à elle, pas de remarques supplémentaires à formuler et maintient ses prétentions, à concurrence de 2'549 fr.45 nets, avec intérêts moratoires à 5% dès le 3 avril 2008, qui représentent la somme versée à titre d'indemnités de chômage pour le mois de février 2008. La Cour d'appel n'a pas d'observations particulières à présenter et se réfère à son arrêt, dans les termes duquel elle persiste. C.b Par ordonnance présidentielle du 12 juin 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.