Faits: A. Né en 1951, A.X._ est domicilié à A._ (VS) et est marié à B.X._. En 1989, il a acquis la parcelle n° *** située sur sa commune de domicile. Il y a fait construire un immeuble de dix appartements constitué en propriété par étages (ci-après: la PPE). En cours de construction, il a vendu à des tiers quatre dixièmes de l'immeuble correspondant à quatre appartements. Un des appartements de l'immeuble a été occupé par la famille X._. Les autres appartements qui n'avaient pas été vendus ont été loués à des tiers. En 2003, A.X._ a racheté deux appartements vendus en 1989. En 2006, il a vendu un appartement, ainsi que deux places de parc. D'autres transactions ont eu lieu en 2008 et 2009. B. B.a. Par décision de taxation du 13 novembre 2007 se rapportant à la période fiscale 2006, la Commission d'impôt de district pour la commune de A._ (ci-après: la Commission d'impôt) a notamment pris en compte, pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), ainsi que pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) des époux X._, un montant de 61'000 fr. au titre de gains accessoires indépendants qui correspondait au bénéfice réalisé sur la vente de l'appartement et des places de parc en 2006. Le 10 novembre 2008, la Commission d'impôt a partiellement admis la réclamation formée par A.X._ et a en particulier réduit le montant du bénéfice provenant de la vente de la PPE à 44'585 fr. Statuant sur recours des époux X._, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) a, par décision du 19 janvier 2011, partiellement admis le recours dans la mesure de sa recevabilité s'agissant de la prise en compte d'un montant versé par la Commune en 2006 en relation avec l'édification de murs. Elle a en revanche confirmé la position de la Commission d'impôt concernant la vente immobilière de 2006, considérant que l'opération revêtait un caractère commercial qui justifiait le prélèvement d'un impôt sur le revenu se rapportant au bénéfice réalisé. Le revenu net imposable des époux X._ a été fixé, pour l'année 2006, à 148'179 fr. en matière d'ICC et à 148'679 fr. en matière d'IFD. Par arrêt du 5 avril 2012, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours de A.X._ et B.X._ en ce qu'il concernait la prise en compte du bénéfice de la vente immobilière réalisée en 2006 tant en matière d'IFD (cause 2C_456/2011) que d'ICC (cause 2C_455/2011). Il a annulé la décision attaquée et renvoyé la cause à la Commission de recours pour qu'elle examine, en fonction des critères fixés par la jurisprudence et au besoin en procédant aux actes d'instruction nécessaires, si l'opération en cause relevait d'une activité lucrative accessoire indépendante ou de la simple gestion de la fortune privée. B.b. Par décision du 26 septembre 2012, la Commission de recours, statuant à la suite de l'arrêt de renvoi du 5 avril 2012, a admis partiellement le recours dans la mesure de sa recevabilité et fixé le revenu net imposable des époux X._ à 138'271 fr. en matière d'ICC et à 138'771 fr. en matière d'IFD pour l'année 2006. Les juges ont en substance confirmé le caractère commercial de la vente immobilière de 2006, mais ils ont modifié, en faveur des contribuables, le montant du bénéfice imposable en prenant en compte les intérêts intercalaires pour établir le prix de revient de l'immeuble et en déduisant les cotisations aux assurances sociales qui avaient été précédemment omises. Ce faisant, ils ont aussi modifié en faveur des recourants les frais et dépens. C. A l'encontre de la décision du 26 septembre 2012, A.X._ et B.X._ forment à nouveau un recours au Tribunal fédéral. Ils concluent à l'admission de celui-ci, à l'annulation de la décision entreprise, à ce qu'il soit dit que le gain immobilier réalisé sur la vente du 11 mai 2006 ne doit pas être imposé au titre de l'impôt sur le revenu de l'activité lucrative indépendante, mais en tant que gain immobilier et doit dès lors faire l'objet d'une imposition séparée à ce titre. Ils demandent aussi qu'il soit dit qu'ils ne doivent aucun intérêt de retard sur les montants encore éventuellement dus à titre de contribution fiscale pour l'année 2006 et à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision dans le sens des considérants. La Commission de recours, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) et l'Administration fédérale des contributions n'ont pas présenté de déterminations, mais proposé le rejet du recours en se référant à la décision attaquée.