Faits: A. Par jugement du 16 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné A._, B._, C._, D._ et E._, eu égard à leurs positions respectives au sein de la Banque F._, pour blanchiment d'argent par omission au motif qu'ils n'avaient pris aucune mesure en vue de clarifier l'origine des fonds versés sur plusieurs comptes bancaires dont les titulaires étaient des agents publics de l'Etat X._. L'argent provenant d'actes de corruption passive commis dans cet Etat a été confisqué au profit de la Confédération, la Cour décidant pour le surplus que les questions civiles seraient traitées ultérieurement. Cette décision a été confirmée par le Tribunal fédéral en date du 3 novembre 2010 (arrêt 6B_901/2009). B. A la suite de l'entrée en force de son jugement, la Cour des affaires pénales a repris la procédure portant sur l'action civile en date du 14 janvier 2011. En date du 21 mars 2011, l'Etat fédéral X._ a présenté une requête fondée sur l'art. 73 CP relatif à l'allocation au lésé; il a sollicité que lui soit attribué l'ensemble des avoirs confisqués dans la procédure pénale. En réponse à une demande de complément de la Cour des affaires pénales, l'Etat fédéral X._ a fourni, en date du 8 juillet 2011, une déclaration émanant du Procureur général de l'Etat fédéré Y._ « confirmant que l'Etat fédéral X._ est le seul légitimé à solliciter auprès des juridictions étrangères la restitution des produits des crimes de corruption commis sur son territoire dans le cadre de l'affaire intitulée P._ ». A cette déclaration étaient joints des textes légaux de l'Etat fédéral X._ et un extrait du journal officiel de l'Etat fédéré Y._ attestant de la nomination du Procureur. C. Le 27 octobre 2011, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a rejeté l'action civile ainsi que la requête d'allocation au lésé. D. L'Etat fédéral X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Invoquant une violation du droit international ainsi que des art. 210 aPPF et 73 CP, il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation du jugement attaqué et à ce que lui soient alloués les avoirs confisqués au préjudice de J._, K._ et L._. Il conclut en outre à ce qu'il lui soit donné acte du fait qu'il cède à l'Etat une part correspondante de sa créance, en application de l'art. 73 al. 2 CP ainsi que de ce qu'il consent à ce qu'un montant correspondant aux frais encourus par la Confédération suisse et qui n'ont pas été mis à la charge des accusés soit retenu sur les montants confisqués et devant lui être alloués. Enfin, il conclut à ce que les intimés soient condamnés solidairement à lui payer la somme de 44'815'723 USD avec intérêts à 5 % dès le 30 septembre 2007, sous déduction des montants qui lui ont été alloués en application de l'art. 73 al. 1 let. b CP. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal pénal fédéral pour nouvelle décision. Il produit une pièce à l'appui de son recours, soit une attestation de l'Etat fédéré Y._ datée du 16 décembre 2011.