Faits: A. Par décision du 9 novembre 2001, l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral ou l'OFAG) a admis une demande d'enregistrement de la Fédération laitière valaisanne visant à protéger à titre d'appellation d'origine contrôlée (AOC) "raclette du Valais AOC" (le terme raclette est protégé) ainsi que les spécifications "à la coupe" et "à rebibes". Selon ses Statuts (dans leur version datant du 8 février 1996), l'Association de la transformation laitière française (ci-après: l'Association ou l'ATLA) est une association de droit français au sens de la loi française du 1er juillet 1901 relative au contrat d'association, dont le siège est à Paris, qui regroupe la Fédération nationale des coopératives laitières (FNCL) et la Fédération nationale de l'industrie laitière (FNIL) et, par leur intermédiaire, 400 entreprises de toute taille et de divers statuts juridiques, dont 34 fabriquent du fromage à raclette. Elle a notamment pour but d'étudier, d'organiser et de coordonner la défense en commun des intérêts de la transformation laitière française auprès de toutes les instances publiques et professionnelles, françaises, européennes ou internationales et d'engager, en tant que de besoin, toute action judiciaire à cette fin. Parmi de nombreux autres opposants, l'Association a formé opposition contre la décision du 9 novembre 2001. Par décision globale du 3 novembre 2003, l'OFAG a rejeté les oppositions. B. L'Association a interjeté recours contre la décision du 3 novembre 2003 auprès de la Commission fédérale de recours du Département fédéral de l'économie (ci-après: la Commission de recours DFE), qui l'a déclaré irrecevable pour défaut de qualité pour recourir par décision du 20 avril 2005. A l'appui de sa décision, la Commission de recours DFE a considéré en substance que l'art. 48 let. a de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021), dont la portée est identique à celle de l'art. 103 let. a de la loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (OJ; RS 173.110), autorisait quiconque à recourir qui remplissait ses conditions sans tenir compte de sa nationalité ou de son domicile. L'Association toutefois ne remplissait pas les conditions lui ouvrant la voie du recours de droit administratif. En particulier, elle ne défendait pas des intérêts communs à la majorité ou au moins à un grand nombre de ses membres. Il en allait de même à considérer le volume de production, puisque seule une très faible partie des membres de l'Association exportait du fromage à raclette vers la Suisse. Les autres membres de l'Association n'avaient qu'un intérêt virtuel à s'opposer à la protection des produits en cause, insuffisant pour leur conférer la qualité pour recourir. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, l'Association demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision sur recours du 20 avril 2005 de la Commission fédérale de recours et de constater sa qualité pour recourir contre la décision sur opposition de l'Office fédéral de l'agriculture du 3 novembre 2003. La Commission fédérale de recours s'en remet aux considérants de sa décision. L'Office fédéral de l'agriculture conclut à l'admission du recours. La Fédération laitière valaisanne conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.