Faits: A. Le 2 mai 2006, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rendu un arrêt en matière de partage successoral, par lequel, notamment, elle attribuait aux héritiers A._ et B._ deux immeubles en copropriété, chacun pour moitié. B. Le 10 avril 2007, X._ et Y._, cohéritiers, ont déposé une action en révision de cet arrêt. Le 11 juillet 2008, X._ a déposé une demande complémentaire en révision, datée du 10 juillet 2008. Le 14 juillet 2008, le Président de la Cour a écarté du dossier et retourné au demandeur cette demande complémentaire et les annexes produites, au motif qu'il n'y a pas d'échange supplémentaire de mémoires dans la procédure de révision. Le 18 juillet 2008, X._ a déposé, contre ce dernier juge, une demande de prise à partie - moyen de droit subsidiaire relevant du pouvoir de surveillance et permettant à l'autorité d'annuler un acte illégal -, concluant à l'annulation de sa décision et à ce que des instructions contraignantes lui soient données pour assurer le bon déroulement de la procédure en révision introduite le 10 juillet 2008. X._ invoquait que sa demande de révision complémentaire reposait sur des faits nouveaux et différents de la demande initiale, qui n'avaient pas pu être invoqués dans celle-ci. Par courrier du 7 août 2008, X._ a demandé la jonction des deux demandes de révision, qui visent toutes deux l'arrêt du 2 mai 2006. La Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté la prise à partie par arrêt du 9 septembre 2008. C. Le 17 octobre 2008, X._ a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette dernière décision. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, invoquant la protection contre l'arbitraire et celle de la bonne foi, consacrées par l'art. 9 Cst., ainsi que le droit à un procès équitable, garanti par l'art. 29 al. 1 Cst. L'arrêt du 9 septembre 2008 ayant donné lieu à un échange d'écritures entre lui-même et le Président de la Cour civile, le recourant a complété son recours le 26 décembre 2008. En faisant parvenir le dossier au Tribunal fédéral, la cour cantonale a communiqué qu'elle concluait au rejet du recours.