Faits: A. Le 31 janvier 2008, X._ SA a fait notifier à Y._ SNC un commandement de payer la somme de 26'747 fr. 60, plus intérêt à 5% dès le 31 octobre 2007. Le 11 juin 2008, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée par la poursuivie. La société poursuivie a été radiée du registre du commerce le 6 octobre 2008, à la suite de sa dissolution et de sa liquidation. B. A la requête de la société poursuivante, l'Office des poursuites de Genève a notifié le 3 novembre 2008 une commination de faillite à la poursuivie. Statuant sur plainte formée le 5 novembre 2008 par celle-ci, la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève a, par décision du 11 décembre 2008, constaté la nullité de la commination de faillite. C. La poursuivante interjette le 22 décembre 2008 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et "au rétablissement dans tous ses droits et toutes ses contraintes de la commination de faillite découlant de la poursuite No xxxx". La poursuivie et l'Office des poursuites de Genève ne se sont pas déterminés dans le délai qui leur a été imparti à cet effet. L'autorité cantonale se réfère aux considérants de sa décision.