Faits: A. A._ est entré en Suisse durant le mois de juillet 2001, où il a déposé une demande d'asile qui a été rejetée. Il a été invité à quitter la Suisse au plus tard le 18 novembre 2003. Un avis de fin de droit relatif aux normes d'assistance lui a été notifié le 12 mars 2008 par le Service des migrations du canton de Neuchâtel. B. Le 12 juin 2008, A._ et B._ ont déposé une demande en exécution de la procédure préparatoire du mariage auprès de l'Office de l'état civil de Bienne-Nidau (dorénavant: de l'Arrondissement de l'état civil du Seeland; ci-après: l'Office). B.a Par décision du 4 novembre 2009, l'Office a refusé de célébrer le mariage de A._ et B._, au motif que l'identité du fiancé n'était pas prouvée. Par arrêt du 30 juillet 2010, la Direction de la police et des affaires militaires du canton de Berne (ci-après: POM) a admis le recours des fiancés, annulé la décision du 4 novembre 2009 et invité l'Office à vérifier l'authenticité des documents d'identité du fiancé. Par lettre recommandée du 21 février 2011, l'Office a imparti un délai de 60 jours au fiancé pour attester la légalité de son séjour en Suisse. Le fiancé n'a pas établi la légalité de son séjour à l'échéance de ce délai. B.b Par décision du 16 mai 2011, l'Office a confirmé son refus de poursuivre la procédure de préparation en vue du mariage de A._ et B._, le fiancé n'ayant pas établi la légalité de son séjour dans le délai imparti. La POM a, par arrêt du 18 janvier 2012, rejeté le recours des fiancés contre la décision précitée. Le 17 février 2012, les fiancés ont déposé un recours à la 2ème Chambre civile de la Section civile de la Cour suprême du canton de Berne (ci-après: la Cour suprême). Par ordonnance du 23 avril 2012, un délai de vingt jours a été imparti aux fiancés pour se prononcer sur la prise de position de la POM et pour déposer une éventuelle autorisation de séjour délivrée au fiancé. Par courrier du 11 mai 2012, les fiancés ont requis la suspension de la procédure, subsidiairement, un délai pour produire le titre de séjour du fiancé, une demande d'autorisation de séjour étant pendante devant l'Office de la Sécurité publique et de la population de la Ville de Bienne. Par ordonnance du 21 mai 2012, le Juge instructeur de la Cour suprême a rejeté la demande de suspension et de prolongation. Statuant par arrêt du 21 juin 2012, la Cour suprême a rejeté le recours des fiancés contre la décision de la POM du 18 janvier 2012. C. Par acte du 24 août 2012, les fiancés interjettent un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et principalement à sa réforme en ce que la continuation de la procédure préparatoire du mariage entre les recourants est autorisée, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'Office d'état civil pour nouvelle décision. Les recourants se plaignent de la violation du droit international, du principe de la sécurité du droit et du droit fédéral, en particulier de l'art. 98 al. 4 CC, ainsi que d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.). Des réponses n'ont pas été requises.