Faits: A. Le 1er juillet 2008, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a envoyé à X._, un bordereau d'impôt sur les donations d'un montant de 67'774 fr. 25. Le 19 janvier 2011, le Service cantonal a rejeté la réclamation formée contre ce bordereau. B. Par acte du 9 février 2011, X._ a recouru contre la décision sur réclamation du 19 janvier 2011 devant la Commission cantonale de recours en matière fiscale (ci-après: la Commission cantonale), qui lui a, par courrier du 16 février 2011 et sous peine d'irrecevabilité, imparti un délai au 4 mars 2011 pour compléter le recours; ce dernier n'avait pas été déposé en trois exemplaires, ne contenait ni exposé concis des faits et motifs, ni conclusions précises, et il n'était pas accompagné de la décision attaquée. Le 3 mars 2011, en se référant au courrier du 16 février 2011, l'avocat mandaté par X._, Me André Fagioli, a déposé un complément de recours auprès de la Commission cantonale, en un seul exemplaire. Vu le non-respect de l'exigence du dépôt de l'acte en trois exemplaires, la Commission cantonale a, par décision du 13 avril 2011, déclaré le recours irrecevable. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 13 avril 2011 et de renvoyer la cause à la Commission cantonale. La Commission cantonale et le Service cantonal concluent au rejet du recours; l'Administration fédérale des contributions renonce à se déterminer. La requête d'effet suspensif présentée par le recourant a été rejetée par ordonnance présidentielle du 11 mai 2011.