Faits: A. Le 18 mai 2011, une canalisation défectueuse de l'exploitation agricole de A._ a engendré une pollution au purin de la rivière La Morges, à la hauteur des communes d'Echichens et de Vaux-sur-Morges (VD). B. Par décision du 14 février 2012, le Service cantonal des forêts, de la faune et de la nature (SFFN; depuis le 1 er janvier 2013, Direction générale de l'environnement, Biodiversité et paysage [DGE]) a mis les coûts engendrés par la pollution, par 17'589 fr. (TVA comprise), à la charge de A._. Outre des frais d'intervention et d'expertise, cette somme est notamment composée d'un montant pour "perte de rendement", par 3'834 fr. 90 (hors TVA) ), et d'un montant pour "remise en état (repeuplement) ", par 7'925 fr. 40 (hors TVA). A la demande de A._, le SFFN lui a transmis un document comprenant le détail du calcul de la perte de rendement et des frais de repeuplement. Sans remettre en cause sa responsabilité dans la survenance du dommage découlant de la pollution, A._ a contesté le montant des coûts mis à sa charge. La Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP) a, par arrêt du 10 septembre 2012, confirmé le bien-fondé de la décision du SFFN. Elle a notamment considéré que la perte de rendement constituait l'un des aspects essentiels du dommage, les coûts y relatifs devant de ce fait être mis à la charge du responsable. Établis sur la base de méthodes décrites dans des directives de 1986 et 2007 ainsi que sur des données récentes en matière de capacité de rendement, les calculs de cette perte de rendement et des frais de repeuplement ne prêtaient pas flanc à la critique. C.