Faits: A. Les époux X._, se sont mariés à Genève le 17 avril 2002. Le couple a deux enfants, A._, né en 2004, et B._, née en 2008 - après l'introduction de la présente procédure. X._ est également le père de C._, né en 1990 d'une précédente union. X._ a quitté le domicile conjugal le 27 janvier 2008. B. B.a Par requête déposée le 31 janvier 2008 auprès du greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève, dame X._ a sollicité des mesures protectrices de l'union conjugale ainsi que des mesures préprovisoires urgentes. Statuant sur ces dernières le 18 février 2008, le Président du Tribunal de première instance a notamment autorisé les époux à vivre séparés, attribué à dame X._ la garde de l'enfant A._ et condamné X._ à verser en mains de son épouse, par mois et par avance, allocations familiales non comprises, un montant de 486 fr. à titre de contribution à l'entretien à la famille. B.b Par jugement du 15 octobre 2008, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance a, entre autres, attribué la garde des deux enfants à leur mère et condamné X._ à verser à son épouse, par mois et par avance, allocations familiales non comprises, la somme de 500 fr. du 28 janvier 2008 au 27 avril 2008 à titre de contribution à l'entretien de A._, puis, dès le 28 avril 2008, la somme de 350 fr. par enfant à titre de contribution à l'entretien de A._ et B._. Le Tribunal de première instance a par ailleurs invité X._ a introduire une action en modification de la contribution d'entretien de son fils aîné C._, ce que X._ a indiqué avoir fait. Sur appel de X._, la Cour de justice a confirmé le jugement du Tribunal de première instance par arrêt du 20 février 2009. C. Contre cette dernière décision, X._ (ci-après le recourant) interjette, le 27 mars 2009, un recours constitutionnel subsidiaire devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt rendu par la cour cantonale en tant qu'il le condamne au versement d'une contribution d'entretien en faveur de ses enfants d'un montant mensuel de 500 fr., puis 700 fr. dès la naissance de sa fille, demandant que ladite contribution soit réduite à 300 fr. par mois du 28 janvier 2008 au 27 avril 2008, puis à 600 fr. par mois dès le 27 avril 2008. Le recourant estime que la décision cantonale est arbitraire. Il reproche aux juges cantonaux d'avoir arbitrairement constaté les faits, soutenant qu'ils auraient commis une erreur de calcul dans l'addition de ses charges, obtenant ainsi un résultat inférieur à leur montant réel et le condamnant dès lors au paiement de contributions d'entretien dont la somme entamerait son minimum vital. Appelée à se déterminer, dame X._ (ci-après l'intimée) s'en rapporte à la justice, relevant néanmoins qu'elle doute de la recevabilité et du bien-fondé du recours interjeté par son mari. La Cour de justice a quant à elle admis son erreur de calcul, mais a relevé que celle-ci ne changeait rien au résultat auquel elle était parvenue. Elle a jugé que le recourant disposait en effet d'un solde disponible lui permettant d'assurer non seulement l'entretien mensuel de A._ et B._, mais également celui de son fils aîné C._, la cour cantonale soulignant toutefois qu'il ne lui appartenait pas de se prononcer sur le montant précis auquel avait droit ce dernier. Sans y être invité, le recourant a déposé une réplique le 16 mai 2009. D. La requête d'effet suspensif présentée par le recourant a été rejetée par ordonnance présidentielle du 1er avril 2009.