Faits: A. D._ est propriétaire des parcelles 4326 et 4853 de la commune de Corsier, sises en zone agricole. Sur ces parcelles se trouvent une porcherie, construite en 1956, ainsi qu'un hangar pour le stockage du fumier de porc, servant en outre à la fabrication de compost, construit en 1975 et agrandi par autorisation du 7 octobre 1996. Il était précisé dans la décision que l'apport de déchets verts était limité à 1'000 tonnes par an. Les quantités de déchets traités dans l'installation augmentant et dépassant les 1'000 tonnes par an, D._ a présenté, le 11 mars 1999, une nouvelle demande d'autorisation de construire pour une installation de traitement de déchets organiques. Le 1er octobre 1999, il a déposé une requête en autorisation d'exploiter une installation d'élimination des déchets, conformément à la loi genevoise du 20 mai 1999 sur la gestion des déchets (ci-après: LGD; RSG L 1 20), entrée en vigueur le 5 août 1999. Par courrier du 9 novembre 1999, le Service cantonal de gestion des déchets l'a informé que l'instruction des deux requêtes seraient coordonnées. Le 20 décembre 1999, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail a rendu une décision d'assainissement des installations, en application de l'ordonnance fédérale du 16 décembre 1985 sur la protection de l'air (OPair; RS 814.318.142.1). Les plaintes réitérées du voisinage avaient été objectivées par une enquête de l'Office cantonal d'écotoxicologie du 7 septembre 1999, qui concluait à une gêne significative de la population voisine du site. Les installations devaient être assainies et les émissions olfactives réduites dans la mesure que permettaient l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable. Le 10 octobre 2000, le Service cantonal d'écotoxicologie a évalué le rapport d'enquête préliminaire joint à la demande d'autorisation de construire et imposé la production d'un plan d'assainissement concernant les émissions olfactives. Le 13 mars 2001, le Conseil d'Etat du canton de Genève a modifié le plan cantonal de gestion des déchets 1998-2002. Les déchets de compostage des communes d'Anières, Corsier, Hermance, Gy et Jussy seraient traités dans l'installation de D._ jusqu'à une capacité annuelle limitée à 2'000 tonnes. La porcherie prendrait en charge annuellement 3'000 tonnes de lavures de restaurant et 4'000 tonnes de petit lait pour la soupe des porcs, ainsi que du fumier de cheval amené par les manèges genevois. Lors du processus de compostage, les déchets verts seraient arrosés avec le purin des porcs. Le 4 septembre 2001, D._ a produit un nouveau rapport d'impact sur l'environnement et un plan d'assainissement. Un complément à ce document a été déposé le 13 juin 2002. Le 16 octobre 2002, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a donné un préavis favorable au projet de porcherie et de station de traitement des déchets organiques de l'entreprise de D._, sous réserve qu'un certain nombre de conditions relatives aux odeurs et à l'épandage du compost soient prévues par l'autorisation d'exploiter. Le 28 mars 2003, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail a rendu une nouvelle décision d'assainissement définissant les mesures devant être mises en place pour que l'installation soit conforme à l'OPair. Dans les mois qui ont suivi, D._ a cédé son entreprise à la société X._, dont la filiale, la société C._, était chargée d'assurer l'exploitation des installations. Le 22 octobre 2003, X._ a transmis au Service cantonal de gestion des déchets et à l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail un concept d'aménagement et de transformation des installations, que ces autorités ont considéré conforme aux décisions d'assainissement des 20 décembre 1999 et 28 mars 2003. Le 6 avril 2004, C._ a déposé une requête en autorisation d'exploiter l'installation d'élimination des déchets ainsi qu'une demande d'autorisation de construire, portant sur la transformation et la mise en conformité de la porcherie et de l'installation de traitement des déchets verts. Elle a joint à sa demande un rapport d'impact du 30 mars 2004, lequel s'inscrivait dans la continuité des analyses figurant dans les rapports fournis par D._ et précise les installations projetées. Le 29 juin 2004, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a rendu son évaluation sur le rapport d'impact précité. Ce document devait être considéré comme un rapport d'enquête préliminaire d'impact. La délivrance du préavis de synthèse était soumise à la production d'un rapport d'impact qui devait être élaboré en fonction des différents préavis sectoriels annexés à l'évaluation. Le 22 octobre 2004, la société a communiqué au Département cantonal des constructions et technologies de l'information un rapport d'impact sur l'environnement. Les deux principaux objectifs du projet de transformation et de mise en conformité de l'installation étaient de maintenir les activités actuelles en garantissant leur mise en conformité (porcherie et traitement des déchets verts) et d'assainir la situation en matière de nuisances olfactives selon les exigences définies par le canton. Le 17 décembre 2004, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a communiqué son évaluation et prié la société de s'engager à prendre différentes mesures visant notamment à l'assainissement des nuisances pour le voisinage. Les compléments demandés ont été fournis les 18 décembre 2004 et 31 mars 2005. Le 25 mai 2005, les compléments apportés au rapport d'impact par la société répondant aux voeux formés par les différents services concernés, le Service cantonal d'étude de l'impact sur l'environnement a émis un préavis favorable aux autorisations demandées, sous réserve d'un certain nombre de conditions. B. Par décision globale du 20 juin 2005, le Département cantonal du territoire a délivré à la société C._ les autorisations demandées et assorti la validité de ces dernières au respect de plusieurs conditions figurant dans les préavis émis sous réserves. Les travaux de transformation et de mise en conformité de la porcherie étaient ceux figurant dans le rapport d'impact du 22 octobre 2004. La société était en outre autorisée à traiter 1'500 tonnes par an de déchets verts ménagers compostables (à l'exclusion des déchets de cuisine) et 500 tonnes par an de déchets verts horticoles. De plus, 600 tonnes de verre usagé et 200 tonnes de ferraille pouvaient être déposées sur le site. L'autorisation d'exploiter était délivrée pour une durée de cinq ans renouvelable. Par décision du 25 octobre 2006, la Commission cantonale de recours en matière de constructions a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision du 20 juin 2005. C. Le 18 juin 2007, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a procédé à une vision locale en présence des parties. Par arrêt du 27 mai 2008, il a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision précitée. Il a considéré pour l'essentiel que ni l'exploitation de la porcherie, ni celle de la compostière n'étaient conformes à la zone agricole. Les bâtiments abritant la porcherie bénéficiaient toutefois de la situation acquise. Quant au hangar servant au compostage des déchets, qui ne pouvait bénéficier de la situation acquise, il avait été dûment autorisé par une décision entrée en force dont la validité matérielle ne pouvait plus être examinée aujourd'hui. L'augmentation de la quantité de déchets pouvant être traités sur le site, de 1'000 à 2'000 tonnes par an, était en outre conforme au plan de gestion des déchets 2003-2007. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 27 mai 2008 ainsi que l'autorisation globale du 20 juin 2005. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour qu'il annule l'autorisation globale précitée. Les recourantes font valoir une constatation inexacte des faits et une mauvaise application du droit fédéral. A l'appui de leurs griefs, elles invoquent les art. 2, 16, 24 et 25a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) ainsi que l'art. 15 de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011). Par ordonnance du 4 août 2008, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.