Faits: A. X._ SA est une société anonyme de droit suisse dont le siège est à Z._. Son but social est l'achat et la vente de tous produits et toutes opérations annexes; l'acquisition et la gestion de toutes valeurs mobilières dans toutes sociétés ou entreprises; l'exploitation du site internet "xxx"; toutes opérations commerciales, industrielles, financières, mobilières ou immobilières se rattachant directement aux buts spécifiés; l'acquisition, la gestion et l'aliénation de participations. Dans le cadre de son activité, X._ SA acquiert des parfums à l'étranger, les importe en Suisse avant de les exporter en France en fonction des commandes qu'elle reçoit par le biais de son site internet. Elle emploie 26 collaborateurs, dont 8 sont affectés à des tâches de secrétariat et 12 chargés de la logistique. La quasi-totalité de ses employés est constituée de frontaliers de nationalité française. En date du 9 avril 2011, X._ SA a déposé une demande de dérogation pour pouvoir faire travailler 8 de ses employés le Vendredi saint 22 avril 2011, de 9 heures à 14 heures. Le 18 avril 2011, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail du canton de Genève (ci-après l'Office cantonal) a refusé la dérogation sollicitée. X._ SA a fermé son entreprise le Vendredi saint 22 avril 2011. B. Par acte du 18 mai 2011, X._ SA a recouru au Tribunal administratif de première instance du canton de Genève et demandé qu'il soit constaté qu'elle est en droit de faire travailler son personnel le Vendredi saint ainsi que les autres jours ouvrables français. Le Tribunal administratif de première instance a transmis le recours et son dossier à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève. Par arrêt du 27 septembre 2011, la Cour de justice a rejeté le recours de X._ SA dans la mesure où il était recevable. Elle a retenu, en bref, que les dérogations au principe général de l'interdiction de travailler le dimanche et les jours fériés devaient être interprétées restrictivement et que la recourante ne pouvait se prévaloir de besoins particuliers prépondérants pour ses clients, de pures considérations économiques n'étant pas protégées par les dispositions légales. C. X._ SA interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice. Elle demande, sous suite de frais et dépens, l'annulation de cet arrêt et qu'il lui soit accordé le droit de faire travailler ses collaborateurs et qu'il soit dit qu'elle est en droit de faire travailler son personnel le Vendredi saint. L'Office cantonal conclut à la confirmation de l'arrêt du 27 septembre 2011, les frais étant mis à la charge de la recourante. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Enfin, le Département fédéral de l'économie conclut au rejet du recours.