Faits: A. Par jugement du 29 février 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._, pour abus de confiance et faux dans les titres, et Y._, pour complicité d'abus de confiance. Il a acquitté A._, B._, Z._ et W._. Il a mis une partie des frais judiciaires, d'un montant total de 207'980,95 fr., à la charge des deux condamnés, laissant le solde à la charge de l'Etat. B. Le Ministère public, notamment, a recouru contre ce jugement. En ce qui concerne Z._ et W._, il concluait à ce qu'ils soient condamnés pour complicité de gestion déloyale et faux dans les titres et à ce qu'une partie des frais soit mise à leur charge. Par arrêt du 29 avril 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a maintenu l'acquittement de Z._ et W._, qu'elle a néanmoins condamnés à supporter une partie des frais de première instance, mettant ces derniers à concurrence de 4000 fr. à la charge de chacun d'eux. C. S'agissant des faits pertinents pour l'issue du présent recours, cet arrêt retient, en résumé, ce qui suit. C.a De 1995 à 2001, la société T._ a été l'organe de révision externe de la Banque cantonale vaudoise (BCV), dont elle examinait les crédits et risques depuis 1993. Z._ a assumé le mandat de révision bancaire et statutaire de la BCV. W._ a dirigé l'exécution du mandat de révision. C.b Dès 1994, la BCV a appliqué une nouvelle méthode de calcul des provisions, basée sur la détermination des risques techniques, soit des risques théoriques maximaux pondérés du taux correspondant à la probabilité de leur survenance. C.c Au 31 décembre 1995, l'état des risques mentionnait un solde des débiteurs à risques de 3'888'652'000 fr., un risque technique de 1'770'016'000 fr. et un besoin de provisions de 1'157'000'000 fr. pour atteindre un taux de couverture de 65.3 %. C.d Les rapports mensuels de la Centrale des risques de la BCV établis au cours de l'année 1996 ont fait apparaître que le solde des débiteurs à risques et le risque technique s'étaient considérablement accrus. Ainsi, au 30 septembre 1996, le solde des débiteurs à risques avait augmenté de 537'000'000 fr. depuis le début de l'année et le risque technique de 133'000'000 fr. durant la même période. Les provisions avaient diminué de 34'000'000 fr. et le taux de couverture était passé de 65.3 % à 59.0 %. C.e Entre septembre et la fin de l'année 1996, les chiffres susmentionnés ont fait l'objet de nombreuses discussions au sein des organes dirigeants de la banque. Le 19 septembre 1996, J._, directeur général en charge de la Division commerciale, a présenté au Comité de banque un rapport sur l'état des risques au 30 juin 1996, mettant en évidence l'augmentation du besoin de provisions constatée depuis le début de l'année. Il a fait de même à l'adresse du Conseil d'administration le 26 septembre suivant. Dans ce contexte, Y._ a suggéré un abaissement de l'ordre de 1 % du taux de capitalisation des immeubles, lequel devait permettre une augmentation de la valeur des immeubles grevés d'hypothèques et une réduction proportionnelle du risque technique. J._ a pris la responsabilité d'attendre le début de l'année 1997 pour exécuter cette décision, afin de pouvoir comparer l'état des risques au 31 décembre 1996 avec celui au 31 décembre 1995. C.f Lors des discussions relatives au pré-bouclement, à fin décembre 1996 ou au début janvier 1997, J._ a annoncé à B._, chef du Département planification et contrôle, qu'il prévoyait un besoin supplémentaire de provisions de 21'000'000 fr., portant le compte de ces dernières à 1'011'743'000 fr. En vue du bouclement, K._, responsable de la Centrale des risques, a préparé un tableau récapitulatif de l'état des risques au 31 décembre 1996. Le 18 janvier 1997, il a imprimé une première version de ce document, laquelle indiquait un solde des débiteurs à risques de 4'524'059'000 fr., un risque technique de 1'960'243'000 fr., des provisions de 1'320'842'000 fr. et un taux de couverture du risque technique de 67.38 %. Ce tableau a été remis le 20 janvier 1997 à X._, président de la Direction générale, qui a été surpris par ces chiffres, dès lors qu'ils ne correspondaient pas à ceux indiqués par J._. X._ a alors contacté W._, l'informant qu'avec la prise en compte du montant de provisions de 1'011'743'000 fr. annoncé par J._, le taux de couverture des risques techniques chuterait de 66 % à 50 %. Il a par ailleurs demandé à J._ de revoir ses évaluations sur la base d'un taux de capitalisation plus réaliste par rapport au marché, lequel a donné des instructions en ce sens à A._, directeur adjoint du Département direction des affaires spéciales. C.g Lorsqu'il a ordonné d'abaisser le taux de capitalisation, J._ pensait que les chiffres de tous les immeubles pouvaient être modifiés en une seule opération informatique, ce qui n'était toutefois pas possible, le risque technique de chaque immeuble étant la résultante d'une pondération entre la valeur de rendement et la valeur de réalisation. Comme le laps de temps à disposition était trop bref pour modifier le taux de capitalisation sur chaque fiche de risque, A._ a invité K._ à relever de 15 % la valeur des garanties immobilières. Cette augmentation devait permettre de surmonter la difficulté rencontrée, car elle était censée correspondre à l'abaissement du taux de capitalisation de 1 % qui avait été décidé. K._ a ainsi établi une deuxième version de l'état des risques, laquelle laissait apparaître un solde de débiteurs à risques de 4'528'893'000 fr., un risque technique de 1'607'945'000 fr. et des provisions de 1'109'899'000 fr., pour un taux de couverture du risque technique de 69.03 %. C.h Le 21 janvier 1997, s'est tenue la séance de bouclement des comptes de la Direction générale. Outre X._, J._ et deux autres directeurs généraux, ont notamment participé à cette séance B._, D._, chef de la Révision interne, ainsi que W._ et L._, collaborateurs de T._. J._ a présenté la deuxième version de l'état des risques, en signalant que, sur la base de celle-ci, il manquait 91'000'000 fr. de provisions. Le montant des correctifs de valeurs et provisions pour risques de défaillance a été arrêté à 1'018'743'000 fr. et il a été pris acte de la diminution consécutive du taux de couverture technique, qui passait de 65.3 % à 63.2 %. A cet égard, la majorité des participants a estimé que la banque avait une couverture suffisante, en raison de ses réserves latentes et de garanties non encore activées. Après cette séance, J._ et A._ ont constaté que, vu le montant des provisions retenu, un problème de cohérence arithmétique apparaissait dans l'état des risques, en lien avec le montant du risque technique, et ont convenu de réfléchir aux moyens d'y remédier. C.i Le 30 janvier 1997, une délégation de la Direction générale a présenté au Comité de banque les comptes de l'exercice 1996, tels qu'arrêtés le 21 janvier 1997. Aucun commentaire particulier n'a été émis au sujet des correctifs de valeurs et de provisions. C.j Le 4 février 1997, s'est tenue une séance réunissant X._, A._, W._ et M._, aux fins de traiter de la différence de 91'000'000 fr. entre le montant des provisions figurant dans la deuxième version de l'état des risques et celui arrêté lors du bouclement des comptes. Au terme de cette entrevue, W._ a donné son accord pour que la banque "revoie certains crédits immobiliers à taux de capitalisation élevé et leur applique un taux de capitalisation plus bas sur les revenus locatifs", en précisant "pour autant que cela soit justifié". C.k Dans une note du 16 février 1997, A._ et K._ ont exposé les différentes hypothèses envisageables pour faire coïncider les chiffres de l'état des risques avec le montant de provisions arrêté lors de la séance du 21 janvier 1997. Ils ont manifesté leur préférence pour la variante intitulée "variante 4.2". J._ a admis la pertinence de cette variante, qui correspondait à l'idée qu'il se faisait de la situation économique de la banque. L'abaissement du risque technique pouvait se justifier par la diminution du taux de capitalisation ayant provoqué une hausse des garanties immobilières de 15 % et par l'activation d'un certain nombre de garanties mentionnées jusqu'alors pro memoria dans les fiches de risques, qui représentait, selon son estimation, une diminution du risque technique de l'ordre de 10 %. Comme il n'était pas possible d'activer les garanties susmentionnées pour chacune des milliers de fiches de risque, A._ a procédé à la réduction linéaire, d'un peu plus de 25 %, du risque technique de différentes rubriques. Le risque technique a ainsi été arrêté à 1'494'089'000 fr. C.l Au cours de la séance de la Direction générale du 25 février 1997, B._ a présenté le deuxième rapport du Comité Risk Management concernant la situation au 31 décembre 1996. S'agissant du risque technique, ce rapport reprenait le chiffre de la deuxième version de l'état des risques, alors que, pour les provisions, il reprenait celui arrêté lors de la séance de bouclement du 21 janvier 1997. Sur la base des explications fournies lors de cette séance, le Comité Risk Management a établi une nouvelle version de son rapport, dans laquelle était repris le risque technique qui avait été déterminé en application de la variante 4.2, soit 1'494'000'000 fr. en chiffres arrondis. Ce montant a ensuite été inséré dans le préavis sur la gestion du risque global, signé par X._ et B._, adressé au Comité de banque et, par lui, au Conseil d'administration, qui l'a admis le 27 février 1997 et ratifié le 20 mars 1997. Lors de la séance de la Direction générale du 11 mars 1997, J._ a présenté l'état des risques établi en application de la variante 4.2 et renseigné au sujet de la réduction linéaire opérée sur le risque technique. Le procès-verbal de cette séance mentionne que T._ a donné son accord à cet état des risques et que les membres de la Direction générale l'ont accepté en le signant. L'état des risques ainsi adopté a été présenté par J._ et A._ à la séance du Comité de banque du 13 mars 1997, lors de laquelle il a été traité de l'abaissement du taux de capitalisation des immeubles, de l'accord de l'organe de révision interne avec cette mesure et de la provision pour risques bancaires généraux de 325'000'000 fr. Le 20 mars 1997, le Conseil d'administration a examiné les comptes de l'exercice 1996 et pris connaissance du rapport de la Division commerciale dans lequel figurait l'état des risques adopté le 11 mars 1997. C.m Le 27 mars 1997, la Révision interne et T._ ont reçu l'état des risques détaillé au 31 décembre 1996 ainsi que le tableau récapitulatif signé par la Direction générale le 11 mars 1997. Le chef de la révision interne, D._, a alors chargé son collaborateur, N._, d'examiner ces documents. Celui-ci a consigné le résultat de ses investigations dans une note, qu'il a adressée à son supérieur le 11 avril 1997. Il y faisait notamment état d'un risque technique global sous-évalué de plus de 485 millions de francs et d'un manco total de provisions individuelles sur débiteurs de plus de 316 millions et demi de francs. Le même jour, D._ a renseigné Y._ sur les investigations effectuées et lui a remis une copie de la note de N._. Le 1er mai 1997, une séance réunissant X._, Y._, A._ et D._ a eu lieu afin d'évoquer la situation. Après un échange de vues, il a été décidé que D._ et A._ procéderaient à un examen par sondage des risques de crédit et qu'ils remettraient leur rapport le 15 mai 1997. C.n A cette dernière date, D._ et A._ ont exposé qu'au terme de leurs recherches, ils estimaient qu'il manquait environ 780'000'000 fr. de provisions au 31 décembre 1996. Suite à cette présentation, X._ et Y._ ont constaté que, dans la mesure où il portait sur les crédits non garantis par gage, l'abattement linéaire était effectivement injustifié à concurrence de 100'000'000 fr. et devait être corrigé. S'agissant de l'abattement linéaire de 216'000'000 fr. portant sur les crédits couverts par un gage immobilier, dont la légitimité était contestée par D._ et A._, ils ont décidé que ce montant devait faire l'objet d'une analyse détaillée par T._, afin de vérifier la réalité de l'hypothèse avancée par ceux-ci. Quant au montant de 460'000'000 fr. de provisions supplémentaires auquel avaient abouti D._ et A._ dans un scénario "à la casse", X._ et Y._ ont estimé qu'il ne pouvait être pris en considération, dès lors qu'il impliquerait un changement de méthode ou de principe comptable, contraire à leurs conceptions et à celle de T._. Au vu de ces conclusions, les participants à la séance ont décidé de différer l'information au Comité de banque, afin de recueillir préalablement l'avis de T._. Z._ a alors chargé W._ et M._ de vérifier les conclusions auxquelles étaient parvenus D._ et A._. C.o Simultanément à la tâche ainsi confiée, T._ a déposé, le 3 juin 1997, son rapport sur la révision des comptes annuels arrêtés au 31 décembre 1996 (rapport "long form"). Sous les signatures de W._, responsable du mandat, ainsi que de M._ et L._, responsables de la révision, ce document relevait, au sujet de l'appréciation des risques, que les blancs techniques avaient été déterminés par la banque de manière prudente et que les provisions constituées sur les positions à risques étaient suffisantes. Le 6 juin 1997, W._ a soumis à Z._ une note interne qu'il avait rédigée avec M._, dont ressortait un besoin de provisions complémentaires de l'ordre de 154'000'000 fr. par rapport au risque technique finalement retenu par la banque. Le 9 juin 1997, s'est déroulée une séance de coordination réunissant X._, B._, A._, N._, Z._ et W._. A l'issue de celle-ci, l'opinion défendue par les représentants de T._ a prévalu sur les travaux de D._ et A._. A la suite de cette séance, T._ a confirmé, par courrier du 11 juin 1997 adressé à X._, que ses services avaient estimé à 154'000'000 fr. le besoin de provisions complémentaires au 31 décembre 1996, mais que ce montant était couvert, sur le plan matériel, par les provisions spécifiques de 1'018'000'000 fr. ainsi que par la provision pour autre risque bancaire de 325'000'000 fr. Le 19 juin 1997, le préavis traitant de l'état des risques et des provisions au 31 décembre 1996, qui reprenait notamment l'évaluation de T._ quant à un besoin de provisions complémentaires de 154'000'000 fr., a été présenté au Comité de banque. Il a ensuite été soumis au Conseil d'administration le 26 juin 1997.