Faits: A. A._, B._, C._ et D._ sont propriétaires de parcelles sises dans la zone d'activité de Rosé, sur le territoire de la Commune d'Avry (FR). Ces bien-fonds sont situés au sud de la route cantonale et à l'ouest de la route des Tuileries, qui dessert certains d'entre-eux. A._ possède les parcelles n° 617 et 694, B._ les parcelles n° 500, 699 et 700 et C._ la parcelle n° 907. Celle-ci est située en bordure de la route cantonale et supporte une station-service. Quant à D._, elle est propriétaire de la parcelle n° 28, également située au bord de la route cantonale. A.a Dans le but de créer un parking d'échange en lien direct avec la gare CFF de Rosé, la Commune d'Avry (ci-après: la Commune) a mis à l'enquête publique une modification de son plan d'affectation des zones, du 28 octobre au 28 novembre 2005. Selon ce projet, un certain nombre de terrains situés à proximité des parcelles appartenant aux prénommées seraient transférés de la zone d'activité à la zone d'intérêt général (parcelles n° 499aaa, 499b, 516 et 995). Parallèlement, la Commune a mis en consultation publique une adaptation du plan directeur des circulations, selon lequel la route des Tuileries serait décalée de 25 m vers l'est, afin de servir d'accès au futur parking d'échange. Le 28 novembre 2005, A._, B._, C._ et D._ ont formé opposition à la modification du plan d'affectation et contesté l'adaptation du plan directeur des circulations. Une séance de conciliation s'est tenue le 25 janvier 2006, sans succès. Le plan de l'avant-projet de l'étude de valorisation de la traversée de localité (Valtraloc) du secteur "Chenil-Auberge" (ci-après: le plan "Valtraloc") ayant été présenté aux opposantes, une nouvelle séance de conciliation devait être organisée le 29 mars 2006. Elle a été renvoyée à la demande des intéressées, qui ont requis préalablement une inspection des lieux. A l'issue de cette inspection, les opposantes ont requis la modification du plan "Valtraloc", de sorte que la Commune a renoncé à organiser la seconde séance de conciliation. Par décision du 27 juin 2006, la Commune a rejeté les oppositions. Les opposantes ont recouru contre cette décision auprès de la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg (ci-après: la Direction). A.b Le 9 février 2007, la Commune a mis à l'enquête publique les plans relatifs à l'aménagement du parking d'échange et au déplacement de la route des Tuileries. A._, B._, C._ et D._ se sont opposées à ce projet. L'opposition relative à la construction du parking a été transmise au Préfet du district de la Sarine (ci-après: le Préfet) comme objet de sa compétence. Par décision du 5 juin 2007, la Commune a rejeté l'opposition relative au déplacement de la route des Tuileries. Les opposantes ont également contesté cette décision auprès de la Direction. A.c Le 20 février 2007, la Commune a déposé auprès du Préfet une demande de permis pour procéder à la démolition partielle du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b, sur le futur tracé de la route des Tuileries. A.d Le 20 juillet 2007, la Commune a mis à l'enquête publique les plans relatifs à la construction d'un giratoire sur la route cantonale, à la hauteur du futur tracé de la route des Tuileries et du parking d'échange projeté. Ce projet a lui aussi fait l'objet d'oppositions de A._, B._, C._ et D._. Après avoir organisé en vain une séance de conciliation, la Commune a rejeté l'opposition, par décision du 29 novembre 2007. Cette décision a également été contestée devant la Direction. A.e Par décisions du 14 mai 2008, le Préfet a accordé le permis de construire le parking d'échange ainsi que le permis de démolir une partie du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b. Il a rejeté les oppositions dans la mesure de leur recevabilité. B. Par quatre décisions séparées du 15 mai 2008, la Direction a rejeté les trois recours formés par A._, B._, C._ et D._ et elle a approuvé le plan d'affectation des zones modifié de la Commune d'Avry, conformément à l'art. 26 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). Les prénommées ont recouru contre les trois premières décisions auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative (ci-après: le Tribunal cantonal). Elles ont également recouru devant cette autorité contre les décisions rendues par le Préfet le 14 mai 2008. Elles se plaignaient notamment d'une violation du principe de coordination et faisaient valoir que la distance entre le giratoire et la station-service était insuffisante et que les normes de protection contre le bruit n'avaient pas été correctement appliquées. Elles invoquaient en outre leurs intérêts économiques et leur droit d'être entendues. Par arrêt du 23 mars 2009, le Tribunal cantonal a rejeté les recours. Il a considéré en substance que le principe de coordination n'avait pas été violé - une légère informalité ayant été corrigée par la notification simultanée des décisions de la Direction et du Préfet - et que la distance entre le giratoire et la station-service ne présentait pas de problème de sécurité. S'agissant de la protection contre le bruit, il renvoyait à la décision de la Direction, en précisant que le giratoire était une installation notablement modifiée au sens de l'art. 8 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41). Quant aux autres griefs, le Tribunal cantonal a considéré qu'ils étaient sans fondement. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._, C._ et D._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de dire, en substance, que l'actuelle route des Tuileries n'est pas démolie, que la route située sur les parcelles n° 617, 694 et 500 est une route privée, que le plan directeur des circulations doit être corrigé en conséquence, que les projets de construction du parking, de la nouvelle route des Tuileries et du giratoire sont corrigés dans le sens de leurs griefs, que le permis de démolir s'étend à l'entier du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b, que le giratoire et la nouvelle route doivent respecter les valeurs de planification en matière de bruit et, enfin, qu'une nouvelle mise à l'enquête est exigée pour l'entier du projet. Elles se plaignent d'une violation de l'OPB, du principe de coordination, du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), de la liberté économique (art. 27 Cst.) et du droit à la protection de la bonne foi. Elles requièrent en outre l'octroi de l'effet suspensif. Le Tribunal cantonal s'est déterminé; il conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Commune d'Avry a présenté des observations, le Préfet du district de la Sarine y a renoncé. La Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions conclut au rejet du recours. Les recourantes ont présenté des observations complémentaires. D. Par ordonnance du 17 juin 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.