Faits : A. Le 11 septembre 1997, la Municipalité de Lonay a autorisé, avec dispense d'enquête publique, l'implantation d'une installation de téléphonie mobile sur la toiture du bâtiment construit sur la parcelle n° 770 au lieu-dit "Dessous le Motty", à la route de Denges 2. Par la suite, la société Swisscom (Suisse) SA (ci-après: Swisscom) a demandé l'autorisation de modifier l'installation existante en déposant auprès du Service de l'environnement et de l'énergie du canton de Vaud (SEVEN) une fiche de données spécifique au site; le projet consistait à ajouter l'UMTS sur la station existante. Selon cette fiche du 29 mai 2007, l'intensité des champs électriques respectait les valeurs limites de l'installation pour les lieux à utilisation sensible (LUS) les plus chargés à savoir: LUS 2: 4.35 V/m; LUS 4: 4.95 V/m; LUS 5: 4.82 V/m; LUS 6: 4.16 V/m; LUS 7: 4.91 V/m. Le SEVEN a donné un préavis favorable en constatant que le projet respectait la valeur limite de l'installation (5 V/m) ainsi que la valeur limite d'immission; le préavis précisait que des mesures devaient être effectuées après la mise en exploitation des installations dans la configuration définie (cf. synthèse de la Centrale des autorisations [CAMAC] n° 83117). Après la mise en exploitation de l'antenne, Swisscom a, conformément au préavis du SEVEN, fait procéder le 17 mai 2010 à des mesures de réception par l'entreprise A._ SA qui ont révélé que les valeurs limites de l'installation n'étaient pas respectées dans deux lieux à utilisation sensible, soit les LUS 2 et 5. Le 23 juin 2010, Swisscom a informé le SEVEN de cette situation. Pour respecter la valeur limite définie par le droit fédéral, la société exploitante a proposé de réduire la puissance maximale des cellules 1G et 2G ainsi que la plage de tilt de la cellule 1G; les valeurs du champ électrique devaient ainsi être réduites de 5.39 V/m à 4.95 V/m pour le LUS 2 et de 6.11 V/m à 4.95 V/m pour le LUS 5. Swisscom transmettait au SEVEN le rapport des mesures effectuées sur la station de base en mai 2010, ainsi qu'une nouvelle fiche de données spécifique au site du 10 juin 2010 prenant en considération les éléments modifiés. Le 30 juin 2010, le SEVEN a pris note des modifications apportées à l'installation qui faisaient ainsi partie des nouvelles caractéristiques maximales autorisées de l'antenne; il a accepté la nouvelle fiche de données spécifique au site datée du 10 juin 2010, l'installation étant dorénavant conforme aux exigences requises pour les LUS n° 2 et 5. A la demande du SEVEN, l'entreprise B._ SA a contrôlé l'installation litigieuse le 13 décembre 2011. Lors de ce contrôle, l'entreprise a mesuré pour le LUS n° 5 un rayonnement non ionisant de 5.42 résultant des réglages actuels de la station, respectivement de 6.74 V/m pour une exploitation en régime autorisé. Sur la base de ce rapport, le SEVEN a, par décision du 6 janvier 2012, enjoint à Swisscom de prendre les mesures immédiates de correction afin de respecter la valeur limite de l'installation pour l'ensemble du voisinage de cette station de base. Swisscom a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal). Celle-ci a tenu une audience à Lonay le 10 mai 2012, en présence de Swisscom, du SEVEN et de la Municipalité de Lonay. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) s'est déterminé dans le cadre de l'instruction devant l'instance précédente. B. Par arrêt du 1 er juillet 2013, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision du SEVEN au motif que la mesure effectuée en décembre 2011 - qui devait être qualifiée de mesure de réception et non pas de contrôle - relevait une différence importante par rapport à la valeur limite et au pronostic résultant de la nouvelle fiche de données spécifique au site élaborée après la première mesure de réception et ratifiée pas le SEVEN; l'instance précédente a en particulier retenu que, dans le domaine des limitations préventives des émissions, il fallait, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, se fonder sur la valeur mesurée, sans ajouter ou déduire l'incertitude de mesure (cf. arrêt 1C_132/2007 du 30 janvier 2008 consid. 4.4-4.6). C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Swisscom demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal en ce sens que la décision du 6 janvier 2012 du SEVEN est annulée. La Division "Air climat et risques technologiques" de la Direction générale de l'environnement (DGE-ARC anciennement le SEVEN; observations des 24 septembre 2013 et 4 février 2014), l'Office fédéral de la communication (OFCOM; observations des 17 octobre 2013 et 4 février 2014), l'OFEV (observations des 19 décembre 2013 et 13 mars 2014) se sont déterminés. La Municipalité s'en remet à justice, s'agissant d'un débat très technique. Swisscom a répliqué le 18 février 2014.