Faits: A. X._ et Y._ sont mariés et vivent en ménage commun avec leur enfant né en 2005 dans le canton de Genève. Ils exercent tous les deux une activité lucrative dépendante. Le 7 mars 2006, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) leur a notifié un bordereau pour l'impôt fédéral direct 2005 d'un montant de 2'467 fr. et un autre pour l'impôt cantonal et communal 2005 d'un montant de 15'051 fr. 85. Un bordereau rectificatif, qui n'a pas modifié le montant d'impôt cantonal et communal, leur a été notifié le 26 juillet 2006. Les époux ont déposé une réclamation contre ces bordereaux. Ils se sont plaints de supporter une charge fiscale de plus de 10% supérieure (33% pour l'impôt cantonal et communal et de 123,49% pour l'impôt fédéral direct) à celle de concubins vivant dans les mêmes conditions. Par décision du 8 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation. Les époux ont interjeté recours contre la décision du 8 septembre 2006 auprès de la Commission de recours en matière d'impôt devenue la Commission de recours en matière administrative (ci-après indistinctement: la Commission de recours) depuis le 1er janvier 2009. Par décision du 25 février 2008, constatant une différence de 32,25% en matière d'impôt cantonal et communal 2005 entre les époux intéressés et des concubins vivants dans les mêmes conditions, la Commission de recours a partiellement admis le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à la réduction de l'impôt en tenant compte du fait que la majoration par rapport à un couple de concubins disposant des mêmes ressources ne devait pas excéder 10%. L'Administration fiscale cantonale a recouru contre la décision du 25 février 2008 auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, en concluant à l'annulation de la décision attaquée. B. Par arrêt du 16 juin 2009, le Tribunal administratif a admis le recours. La différence d'imposition était conforme à la Constitution fédérale. Pour le surplus, la pratique cantonale instaurée en 1998 consistant à réduire un éventuel écart d'imposition entre époux et concubins à concurrence de 10% n'était plus appliquée par l'Administration fiscale cantonale, de sorte qu'il n'y avait pas d'inégalité dans l'illégalité dont les intéressés pouvaient se prévaloir. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les intéressés demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 juin 2009 par le Tribunal administratif et de confirmer la décision rendue le 25 février 2008 par la Commission de recours. Subsidiairement, ils demandent au Tribunal fédéral de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à la réduction de leur impôt en tenant compte du fait que la majoration, par rapport à un couple de concubins disposant des mêmes ressources ne doit pas excéder 10%. Ils se plaignent de la constata-tion inexacte des faits et de la violation des art. 8, 49, 127 al. 2 Cst. ainsi que de l'art. 11 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Le Tribunal administratif et la Commission de recours renoncent à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours sous suite de frais.