Faits: A. Par décision du 14 mai 2014, l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger a rejeté la demande de pre stations de l'assurance-invalidité déposée par A._ le 11 octobre 2013. B. Le 27 mai 2014, l'assuré a formé recours contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Par décision incidente du 19 juin 2014, le Tribunal a imparti à l'intéressé un délai expirant le 14 juillet 2014 pour effectuer une avance de frais de 400 fr. en l'avertissant qu'à défaut de versement de ce montant dans le délai fixé, le recours serait déclaré irrecevable. Malgré l'octroi d'un délai supplémentaire au 28 août 2014, l'assuré ne s'est toutefois acquitté que d'un montant de 362 fr.17. Par jugement du 29 août 2014, le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable, pour cause de défaut du paiement complet de l'avance de frais requise, le recours formé par l'assuré. C. Par acte du 22 septembre 2014 adressé au Tribunal administratif fédéral, A._ interjette un recours contre ce jugement, concluant au renvoi de sa cause devant l'autorité de première instance afin qu'elle entre en matière sur le fond de son recours. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire. L'écriture a été transmise le 2 octobre 2014 au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence.