A.- B._ et C._ sont propriétaires de la parcelle n° 883 du registre foncier, sur le territoire de la commune de Noville au lieu-dit "Les Gleyriers". Ils y exploitent un chantier naval, par leur société en nom collectif A._. Deux bâtiments ont été construits sur cette parcelle; il s'y trouve également un port privé - bassin ou darse de 6'450 m2 - qui communique avec un bras du Vieux-Rhône, rivière qui longe la parcelle à l'ouest. Ce bras du Vieux-Rhône se jette dans le lac Léman à environ 300 m de là. B.- Le Département des travaux publics, de l'aménagement et des transports du canton de Vaud (aujourd'hui: Département des infrastructures) a élaboré un projet de plan d'affectation cantonal n° 291 (PAC 291), pour le "site marécageux de Noville", qui a été mis à l'enquête publique du 25 avril au 26 mai 1995. La parcelle n° 883 est comprise dans son périmètre. L'objet et les buts de ce plan cantonal sont énoncés à l'art. 1 de son règlement (RPAC), dans les termes suivants: " Le présent plan d'affectation cantonal (PAC) regroupe, coordonne et met en application l'ensemble des mesures de protection concernant les marais et le site marécageux d'une beauté particulière et présentant un intérêt national, situés sur la Commune de Noville. Il répond en particulier à l'art. 24sexies, alinéa 5, de la Constitution fédérale (initiative de Rothenthurm). Ce plan poursuit les buts suivants: a. garantir la sauvegarde des biotopes, des zones-tampon et des biocénoses qui les caractérisent; b. favoriser l'amélioration des valeurs biologiques du site et la réparation des atteintes qu'il a subies; c. maintenir un paysage proche de l'état naturel; d. permettre le maintien des activités humaines dans la mesure où celles-ci sont compatibles avec les buts de protection. " A l'intérieur de son périmètre général, le plan d'affectation cantonal délimite différentes zones: la zone des biotopes protégés; la zone des prairies tampon; la zone agricole protégée; la zone des plages; la zone du port et du chantier naval; la zone du camping; la zone du hameau des Grangettes; la zone des Fourches; l'aire forestière. La moitié de la parcelle n° 883 (le secteur où se trouvent les bâtiments et les installations de l'entreprise, notamment) est classée dans la zone du port et du chantier naval, définie à l'art. 8 RPAC. Cette zone est destinée à "permettre le maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site marécageux" (art. 8 al. 1 RPAC) et elle est "soumise à l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA)", dans les trois ans dès l'approbation du plan d'affectation cantonal (art. 8 al. 2 RPAC). Le reste est classé soit dans l'aire forestière, plus précisément dans le secteur de la forêt tampon, destiné à "la restauration et la conservation de groupements forestiers proches de l'état naturel en bordure des biotopes protégés" (art. 12 al. 1 let. a RPAC), soit, pour une petite partie, dans la zone des biotopes protégés, secteur des bas-marais (destiné à "la conservation et à l'entretien de bas-marais et à l'aménagement d'autres biotopes humides" - art. 4 al. 2 let. a RPAC). Ce plan d'affectation cantonal doit remplacer un ancien plan d'extension cantonal, adopté en 1957 ("PEC 56"), qui avait mis sous protection les rives du lac Léman dans ce secteur. C.- B._, C._ ainsi que la société en nom collectif se sont opposés au plan d'affectation cantonal, durant l'enquête publique, en critiquant le régime prévu pour la parcelle n° 883 et en demandant en substance une réglementation favorable à l'extension ou au développement du chantier naval. Le Département des travaux publics, de l'aménagement et des transports a, pour l'essentiel, rejeté cette opposition par une décision rendue le 20 mai 1997. Le même jour, il a approuvé le plan d'affectation cantonal. B._, C._ et la société ont recouru contre cette décision auprès du Département cantonal de la justice, de la police et des affaires militaires. Ce recours ayant été rejeté le 3 avril 1998, ils se sont ensuite pourvus devant le Tribunal administratif cantonal. Ils concluaient à ce que leur parcelle soit entièrement classée dans la zone du port et du chantier naval et à la modification de l'art. 8 RPAC afin que l'implantation de nouveaux ouvrages soit admissible dans cette zone; ils demandaient encore quelques changements dans la réglementation du plan d'affectation cantonal. Le Tribunal administratif, après avoir procédé à une inspection locale, a rendu son arrêt le 10 décembre 1998. Il a "très partiellement" admis le recours, en modifiant l'art. 8 al. 3 let. c RPAC (pour régler de façon moins restrictive l'affectation du port privé dans le bassin aménagé sur la parcelle des recourants). Cet article 8 RPAC a donc la teneur suivante, après le jugement du Tribunal administratif: " La zone du port et du chantier naval est destinée à permettre le maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site marécageux. Elle est soumise à l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA) dans un délai de trois ans après l'approbation du présent plan. Le PPA prévoit notamment: a. des places d'amarrage pour bateaux de plaisance sur une surface de 25'600 m2, mais au maximum 125 places dont 25 pour les visiteurs; b. des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire avec installations sanitaires; c. les installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage aménagées dans la darse sur une surface de 6'450 m2; d. l'aire forestière est préservée. " Le Tribunal administratif a appliqué les normes du droit fédéral sur la protection des marais et des sites marécageux d'importance nationale, en particulier l'art. 24sexies al. 5 aCst. et les art. 23a ss de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451). Il s'est référé à plusieurs inventaires fédéraux d'objets d'importance nationale, notamment à l'inventaire des sites marécageux, adopté le 1er mai 1996 (voir l'ordonnance sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale, RS 451. 35), et à l'inventaire des bas-marais, adopté le 7 septembre 1994 (voir l'ordonnance sur la protection des bas marais d'importance nationale, RS 451. 33). La parcelle n° 883 est en effet entièrement comprise dans le périmètre de l'objet n° 289 ("Les Grangettes") de l'inventaire des sites marécageux, et sa pointe nord-ouest fait partie, ou est directement voisine, de l'objet n° 1382 ("Gros Brasset") de l'inventaire des bas-marais. Fondé sur ces normes et inventaires fédéraux, le Tribunal administratif a considéré, en substance, que le régime du plan d'affectation cantonal pour la parcelle des recourants était adéquat, aussi bien quant à la délimitation des zones qu'au sujet des possibilités de construction. L'organisation Pro Natura, par sa section vaudoise, est intervenue comme partie à la procédure devant le Tribunal administratif (elle avait participé à la procédure devant les départements cantonaux). D.- Agissant par la voie du recours de droit administratif, B._, C._ et la société en nom collectif A._ demandent au Tribunal fédéral de réformer, voire d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif afin que trois modifications soient apportées au plan d'affectation cantonal PAC 291 ou à son règlement: introduire à l'art. 8 RPAC la possibilité de transformer et d'agrandir les bâtiments et installations existants, ainsi que d'implanter de nouveaux ouvrages en fonction notamment des besoins de l'installation; sortir la parcelle n° 883 du site marécageux d'importance nationale; classer la totalité de la parcelle n° 883 dans la zone du port et du chantier naval. Les recourants soutiennent que les restrictions à la construction sur leur parcelle, telles qu'elles ont été prévues dans le plan d'affectation cantonal et interprétées par le Tribunal administratif, ne sont pas imposées par les dispositions du droit fédéral sur la protection des marais et des sites marécageux. Ils se prévalent des caractéristiques de leur terrain dans l'espace naturel que vise à protéger le plan d'affectation cantonal (parcelle bâtie où est exploité un chantier naval depuis plusieurs décennies) et ils invoquent la garantie de la propriété pour demander un régime juridique permettant la modernisation de leur entreprise, à l'instar de ce qui a été prévu pour une autre exploitation dans une autre zone du plan d'affectation cantonal, la zone du camping. Ils critiquent, au regard de la nature du sol, le classement d'une partie de leur bien-fonds dans le secteur de la forêt tampon ou dans la zone des biotopes protégés. Ils prétendent en outre qu'ils n'ont pas pu exercer leur droit d'être entendus quand les inventaires fédéraux ont été établis et aussi lors de la délimitation du secteur des bas-marais au nord-ouest de leur parcelle, le Tribunal administratif ayant à ce propos refusé d'ordonner une expertise et d'entendre certains témoins. Différents organes de l'administration cantonale, qui avaient participé à la procédure devant le Tribunal administratif, ont été invités à répondre. Le Département de la sécurité et de l'environnement (chargé de la protection de la nature) et le Département des infrastructures (par son service de l'aménagement du territoire) concluent au rejet du recours. Le Département des institutions et des relations extérieures (anciennement: Département de la justice, de la police et des affaires militaires) s'est déterminé sans prendre de conclusions. Les organisations Pro Natura et Pro Natura Vaud concluent au rejet du recours. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt et prend les mêmes conclusions. La Commune de Noville n'a pas répondu. L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage a déposé des observations (cf. art. 110 al. 1 in fine OJ), dans le sens d'un rejet du recours. Les parties ont eu la possibilité de se déterminer à ce sujet; elles n'ont pas modifié leurs conclusions. E.- A la requête des recourants, la procédure devant le Tribunal fédéral a été suspendue pour trois mois dès le 2 juin 1999. Une nouvelle suspension a été refusée le 4 novembre 1999. Les recourants demandent une inspection locale et une expertise aux fins de vérifier que la partie nord de leur parcelle ne constitue pas un bas-marais.