Faits: A. S._, née le 4 octobre 1976, travaille en qualité de coordinatrice des sports au service de l'Union X._. A ce titre, elle est assurée contre les accidents par la Vaudoise Générale Compagnie d'Assurances SA (ci-après: Vaudoise Assurances). Elle est assurée par la caisse-maladie Progrès Assurances SA pour la couverture obligatoire de soins. Le 25 avril 2005, l'employeur a rempli une déclaration d'accident-bagatelle LAA en raison d'un événement survenu le vendredi 22 avril 2005 dans les circonstances suivantes: alors qu'elle disputait un match de basket, S._ s'est blessée au genou gauche. Dans un bref rapport LAA du 26 avril 2005, le docteur B._, spécialiste en médecine interne et maladie des poumons, a fait état d'une entorse au genou gauche. Une IRM du genou gauche a été pratiquée le 28 avril 2005 par le docteur D._, spécialiste en radiologie. Ce médecin a conclu à l'absence de déchirure de la plastie du LCA (ligament croisé antérieur) qui est épaissie et hétérogène dans son segment intra-articulaire, à l'absence également de déchirure méniscale ainsi qu'à la présence d'une légère chondropathie patellaire. Il a constaté la présence d'une ancienne plastie du LCA. Invitée par la Vaudoise Assurances à s'expliquer sur les circonstances de l'événement en question et à remplir à cette fin le questionnaire, l'assurée a précisé, le 3 mai 2005, qu'elle avait subi une torsion du genou gauche, qu'elle pratique le basket depuis 15 ans et qu'il s'agissait d'un match « normal ». Par ailleurs, il ne s'était rien produit de particulier à cette occasion (pas de coup, ni de chute, ni de glissade). Elle a également indiqué qu'elle avait ressenti des douleurs immédiatement après la torsion/rotation, qu'elle avait repris le travail normalement le lundi 25 avril 2005 et que le traitement n'était pas terminé. Dans un rapport médical initial LAA du 3 mai 2005, le docteur B._ a confirmé le diagnostic posé dans son rapport du 26 avril 2005 et précisé que l'assurée s'était tordu le genou gauche avec craquement lors d'un match de basket. Le 30 mai 2005, S._ a été interrogée par un inspecteur de la Vaudoise Assurances. A cette occasion, elle a précisé qu'à « mi-match », alors qu'elle se trouvait sous le panier, elle a reçu la balle de la droite et l'a passée immédiatement à gauche. Ce faisant, elle a effectué un mouvement énergique du tronc en torsion. Ses pieds sont restés fixes. Elle a immédiatement ressenti un craquement à l'intérieur du genou et a dû arrêter de jouer en raison de la faiblesse ressentie dans l'articulation. Sous la rubrique « antécédents », la prénommée a déclaré qu'en septembre 1996, lors d'un match de basket, elle avait subi une déchirure du LCA. Une plastie avait été pratiquée par le docteur M._; elle n'avait plus eu de problèmes depuis lors. Par décision du 7 juin 2005, la Vaudoise Assurances a refusé toute prestation en raison de l'événement du 22 avril 2005, considérant que celui-ci ne répondait pas à la définition d'accident et que la lésion subie à cette occasion ne pouvait pas non plus être considérée comme une lésion corporelle assimilée à un accident. Par une nouvelle décision du 22 juillet 2005, la Vaudoise Assurances a rejeté les oppositions formées tant par S._ que Progrès Assurances SA. B. Par actes séparés, S._ et Progrès Assurances SA ont recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud. En cours de procédure, le docteur I._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a pratiqué une arthroscopie sur le genou gauche de S._. Ont été versés au dossier cantonal, le compte-rendu opératoire du 17 mars 2006 et le rapport médical du 21 avril 2006 du docteur I._ ainsi que l'échange de courriers entre le mandataire de l'assurée et ce médecin des 4/9 mai 2006. Après jonction des causes, la juridiction cantonale a écarté le recours de l'assurée (irrecevabilité pour cause de tardiveté) et a rejeté le recours de Progrès Assurances SA (jugement du 27 février 2007). C. S._ et Progrès Assurances SA interjettent chacun un recours en matière de droit public contre ce jugement. Sous suite de dépens, S._ demande la réforme dudit jugement en ce sens que la Vaudoise Assurances prenne à sa charge les conséquences de l'événement du 22 avril 2005 (cause 8C_180/2007). Sous suite de frais et dépens, Progrès Assurances SA formule la même conclusion que la prénommée et demande en outre que la Vaudoise Assurances soit tenue de lui rembourser les prestations qu'elle a avancées (cause 8C_218/2007). La Vaudoise Assurances a conclu au rejet des recours.