Faits: A. A.a. B._ est propriétaire de la parcelle n° 4491 du cadastre de la commune de Bex, située en zone intermédiaire selon le plan partiel d'affectation "Aux Plans" approuvé par le Conseil d'Etat le 26 novembre 1993 (ci-après: le PPA). Ce bien-fonds supporte un bâtiment à protéger au sens des art. 27 et 56 du règlement d'application du PPA (ci-après: le RPPA); il a obtenu la note de 4 au recensement architectural vaudois réalisé par le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique, Section Monument et Site (ci-après: le SIPAL-MS). Selon le propriétaire, ce chalet n'avait plus d'usage agricole au 1er juillet 1972. Ce bien-fonds est contigu à la parcelle n° 4489 appartenant à C._, également colloquée en zone intermédiaire. A.b. Sur demande de B._, la Municipalité a autorisé avec dispense d'enquête publique le prolongement de l'avant-toit existant et le changement de la couverture de l'annexe de l'habitation en façade nord-ouest (permis n° 2321.A délivré le 13 août 1993), ainsi que la création d'une dépendance attenante à l'habitation par la prolongation du couvert existant au sud (permis n° 2321.B délivré le 14 décembre 2005). Faisant suite à la dénonciation de A._, la Commission municipale de salubrité et de contrôle des constructions a constaté, lors d'une inspection locale, qu'en plus des travaux autorisés, un couvert partiellement fermé attenant au chalet sur sa face nord-est ainsi qu'un abri ouvert indépendant avaient été érigés. Le 15 mai 2008, la Municipalité a exigé l'élimination du couvert partiellement fermé et de l'abri indépendant érigés sans autorisation; elle a en revanche, le 16 mai 2008, délivré un permis d'habiter/d'utiliser à B._ concernant la prolongation de l'avant-toit, le changement de la couverture de l'annexe et de l'habitation ainsi que la construction d'une dépendance attenante à l'immeuble. A.c. En décembre 2008, A._ a dénoncé son voisin en raison de l'installation d'une "cabane qui sert à soutenir les branches de son sapin (l'hiver particulièrement) ". En février 2009, B._ a, devant l'opposition de sa voisine, renoncé à l'étai supportant les branches de ses sapins bien que la Municipalité lui ait octroyé le 15 janvier 2009 une autorisation à bien plaire avec dispense d'enquête publique concernant l'aménagement d'un couvert à voiture à titre temporaire du 15 octobre au 15 avril de chaque année. A.d. En juillet 2009, B._ a reçu l'autorisation - avec dispense d'enquête publique - de remplacer la couverture en tôles ondulées d'une partie du bâtiment par des tôles structurées thermolaquées de teinte mate, s'harmonisant avec les toitures environnantes, et le remplacement du chapeau de la cheminée de la cuisine (permis 2321.C). A.e. Informée par A._ en novembre 2010 de la réalisation d'un nouvel étai sur la propriété de B._, la Municipalité a imparti un délai à ce dernier pour éliminer cet étai ou établir un dossier en vue de le soumettre pour approbation au Service du développement territorial (ci-après: le SDT). Le 6 janvier 2011, B._ a donc déposé une demande d'autorisation pour la construction d'une structure destinée à soutenir les branches des sapins bordant l'accès à sa propriété; il a indiqué que le seul moyen de faire demi-tour dans l'étroit chemin privé menant à son habitation était de passer sous un épicéa à double tronc d'assez grande taille et dont les branches ployaient sous le poids de la neige en hiver. La Municipalité a préavisé positivement ce projet, tout en souhaitant que l'aspect esthétique en soit amélioré. Le SDT a cependant renvoyé le dossier à l'autorité communale en lui indiquant que les travaux d'aménagement qu'elle avait précédemment autorisés hors de la zone à bâtir, sans son autorisation, devaient faire l'objet d'une procédure de régularisation . A.f. Le 2 mars 2011, la Municipalité a invité B._ à lui remettre un dossier de mise à l'enquête publique concernant tous les travaux réalisés sur sa propriété après 1972 en vue de leur régularisation. Il s'est exécuté le 12 juillet 2011; sa demande concernait les ouvrages suivants: "Etayage - abri sous sapin, agrandissement couvert existant, prolongation de l'avant-toit du garage, chapeau de cheminée, rénovation de couverture existante". Il ressort des plans qu'une cloison en planches a remplacé des bâches sur une annexe en façade nord, au titre d'entretien. Soumis à l'enquête publique du 13 août au 12 septembre 2011, le projet a suscité l'opposition de A._. Le 5 octobre 2011, la Municipalité a levé l'opposition de l'intéressée en se fondant sur l'autorisation spéciale délivrée par le SDT (cf. synthèse CAMAC du 20 septembre 2011); celui-ci a en effet considéré que les différentes extensions opérées rentraient dans le potentiel d'agrandissement hors volume du bâtiment existant et pouvaient être admises comme des transformations partielles sans incidence sur l'identité du bâtiment et ses abords. B. La Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours formé par A._ contre la décision municipale; dans le cadre de l'instruction devant le Tribunal cantonal, le SDT a précisé ses calculs concernant le potentiel d'extension des surfaces brutes de plancher habitable et des surfaces annexes du bâtiment litigieux. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal en ce sens que les décisions du SDT (20 septembre 2011) et de la Municipalité (5 octobre 2011) régularisant les travaux litigieux sont annulées et que le dossier est retourné au SDT pour qu'il ordonne les mesures de remise en état nécessaires. A titre subsidiaire, elle conclut au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. La Municipalité se réfère à l'arrêt cantonal ainsi qu'à l'opinion du SDT. Le SDT et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours. L'intimé dépose des déterminations. L'Office fédéral du développement territorial renonce à se prononcer. La recourante réplique.