Faits: A. A.a X._, né en 1966, a été admis à la Clinique Z._ en entrée non volontaire le 23 août 2011. Précédemment, il avait été hospitalisé à de multiples reprises dans cette même clinique, où il se trouve pratiquement en permanence depuis environ deux ans. En dehors de ses hospitalisations, il vit seul à son domicile et se laisse aller à un grave état d'abandon, dès qu'il sort de clinique et cesse de prendre ses médicaments: il ne se soigne plus, ne s'alimente plus, ne se lève plus jusqu'à présenter des escarres. D'après le médecin traitant de la clinique, il est incapable de vivre à domicile et le réseau médico-social mis en place s'épuise. Sa tutrice a sollicité du Tribunal tutélaire de Genève son placement à des fins d'assistance dans un foyer psychiatrique spécialisé. La procédure est en cours et une expertise a été ordonnée le 24 août 2011. Dans cette optique, la tutrice envisage de résilier le bail de l'appartement de son pupille; celui-ci a été informé en mars 2011 de cette intention, à laquelle il s'oppose. X._ est atteint de schizophrénie paranoïde et soumis à un traitement de deux neuroleptiques en combinaison, qu'il arrête toutefois dès qu'il sort de clinique. Un risque d'auto-agression a été constaté, aggravé par la perspective de son placement en foyer. A.b A la suite d'une précédente hospitalisation ayant duré quelques mois, l'intéressé a été autorisé à sortir de clinique le 12 août 2011 par la Commission de surveillance des professions de la santé et des droits des patients (ci-après: la Commission de surveillance). Celle-ci avait alors constaté une amélioration de la symptomatologie du patient, avec diminution de ses idées délirantes; des symptômes de dépression persistaient, liés à une grande inquiétude au sujet de la perte de son appartement et de son placement éventuel dans un foyer. Lors de son audition par une délégation de la Commission de surveillance, il était calme; son hygiène était négligée mais son comportement et ses propos étaient cohérents et adéquats, sans délire ni hallucinations; sa thymie était triste, sans désir de mort. Une prise en charge du patient par le secteur ambulatoire de Y._ a été organisée. Revenu à son appartement, celui-ci ne s'est toutefois rendu qu'une seule fois à la consultation de ce secteur, déclarant préférer être suivi par un médecin de ville. Il a consulté un psychiatre qui, selon lui, se serait déclaré d'accord pour qu'il cesse toute médication, lui fixant un second rendez-vous à mi-septembre 2011. A.c Une nouvelle hospitalisation a eu lieu le 23 août 2011 sur intervention d'un médecin du secteur ambulatoire de Y._. Celui-ci s'était rendu au domicile de l'intéressé accompagné de gendarmes, car le patient ne venait plus aux consultations fixées. L'intéressé ayant refusé d'ouvrir sa porte, il a été fait appel à un serrurier. Le certificat médical fondant l'hospitalisation non volontaire du 23 août 2011 relève une rupture de traitement, un refus de contact avec les soignants et l'impossibilité de toute «alliance thérapeutique». Le patient, anosognosique, présentait une décompensation psychiatrique aiguë comportant une agitation psychomotrice ainsi qu'un discours totalement incohérent et délirant accompagné de propos menaçants à l'égard de sa tutrice. Compte tenu de son état clinique, il présentait un risque de négligence vital important. Le 25 août 2011, la Commission de surveillance a maintenu l'admission non volontaire de l'intéressé à la Clinique Z._. A.d Celui-ci a fait l'objet d'une mesure de contrainte consistant en un traitement en chambre fermée, avec intervention infirmière deux fois par heure, sans sortie dans le pavillon ou à l'extérieur. Le traitement aux neuroleptiques a été rétabli. Le 29 août 2011, le patient est intervenu auprès de la Commission de surveillance, réclamant la levée de cette mesure. La demande a été rejetée par décision du 30 août 2011. Cette autorité a en effet jugé nécessaire la poursuite de soins sous mesure de contrainte, comprenant toutefois des sorties accompagnées à l'air libre, en fonction de l'état de santé du patient. A.e Antérieurement, soit le 23 août 2011, l'intéressé avait demandé sa sortie immédiate. Le médecin de la Clinique Z._ s'y était opposé, au motif que le patient, atteint de schizophrénie paranoïde, présentait un risque hétéro- et auto-agressif rendant nécessaires des soins hospitaliers. Ce refus a été confirmé par la Commission de surveillance le 30 août 2011, celle-ci ayant constaté, lors de l'audition du patient du même jour, un état psychique désorganisé, une logorrhée avec des idées délirantes de persécution, une hygiène déplorable, des difficultés à maintenir le contact, une anosognosie totale et une thymie triste. Selon la Commission de surveillance, la souffrance psychique du patient rendait nécessaire la poursuite de soins en milieu hospitalier. A.f Par courrier du 30 août 2011, adressé à la Commission de surveillance et transmis par celle-ci à la Cour de justice, en tant qu'Autorité de recours de la Commission de surveillance des professions de la santé et des droits des patients (ci-après: l'Autorité de recours), l'intéressé a déclaré protester contre «les décisions et délibérations» de la Commission de surveillance, mentionnant en particulier sous rubrique «vos divagations et indiscernement suspectés de travailler avec disfonctions cérébrales»; il a de plus indiqué qu'il estimait justifié de s'éloigner de la clinique. Il a en outre saisi la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève d'un recours contre la «décision du CSP du 17 août», précisant lors de son audition qu'il entendait recourir non contre la décision maintenant la mesure de contrainte, mais contre le refus de sortie de la Commission de surveillance du 30 août 2011. Par arrêt du 6 septembre 2011, la Chambre administrative a transmis ce recours à l'Autorité de recours «pour raison de compétence matérielle». B. B.a Le 2 septembre 2011, l'intéressé a derechef sollicité sa sortie de clinique définitive, demande à laquelle le médecin de l'établissement s'est opposé au motif que le patient, atteint de schizophrénie paranoïde, présentait un risque hétéro- et auto-agressif rendant nécessaires des soins hospitaliers. Ce refus a été confirmé par la Commission de surveillance le 6 septembre 2011, celle-ci ayant constaté, lors de l'audition du patient de la veille, un état psychique toujours désorganisé, une anosognosie persistante, un discours également désorganisé et par instants incompréhensible, enfin, une attitude agressive envers sa tutrice; la poursuite de l'hospitalisation se révélait nécessaire, au vu d'un risque immédiat et persistant d'auto- et d'hétéro-agression. Le 6 septembre 2011, l'intéressé a écrit à la Commission de surveillance, déclarant faire recours contre la décision de celle-ci du même jour; il faisait valoir que son hospitalisation ne lui semblait pas justifiable «in via, vita, verita». Entendu le 14 septembre 2011 par l'autorité cantonale, il a expliqué vouloir rentrer à son domicile, consulter un psychiatre de son choix et ne plus avoir affaire à Y._. Il s'estimait victime d'une «bavure médicale», son hospitalisation du 23 août précédent n'étant selon lui que la conséquence de sa décision de consulter un psychiatre de ville en lieu et place de Y._, dont la prise en charge était inutile, voire malfaisante. Pour le surplus, il a persisté, comme lors de ses précédentes auditions, à se dire persécuté par ses médecins (ou des personnes se disant médecins mais qui «n'inspiraient pas la santé mais la flatulence»): ceux-ci le considéraient à tort comme un malade, avaient des idées délirantes à son sujet et l'avaient atteint physiquement ainsi que moralement «dans son corps d'athlète» comme de «bodybuilder», puisqu'il était devenu un «obèse demeurant dans son lit» à la suite de leurs interventions. Lors de son audition du même jour, le médecin remplaçant le chef de clinique en raison de l'absence temporaire de celui-ci a déclaré qu'une sortie de clinique du patient était prématurée; compte tenu de sa pathologie psychique, la prise de neuroleptiques était indispensable et ceux-ci lui étaient actuellement administrés écrasés, pour améliorer son adaptation au traitement; or, l'intéressé arrêtait de prendre ces médicaments dès qu'il regagnait son appartement, ce qui entraînait rapidement une péjoration massive de son état sur le plan de sa prise en charge personnelle. Un suivi par un médecin de ville - qui n'avait pas la possibilité d'organiser une prise en charge plus importante en cas d'urgence - n'était pas suffisante compte tenu de la pathologie du patient. B.b Par décision du 26 septembre 2011, l'Autorité de recours a rejeté les recours interjetés par l'intéressé contre les décisions prises les 30 août 2011 et 6 septembre 2011 par la Commission de surveillance, rejetant ses demandes de sortie immédiate. L'autorité cantonale a considéré en substance que le recourant ne se trouvait actuellement pas en état de se prendre en charge lui-même et qu'à moyen terme, un placement dans un foyer spécialisé était envisagé. Il était anosognosique et présentait les mêmes idées délirantes qui l'avaient précédemment conduit, à plusieurs reprises, à cesser tout traitement médicamenteux dès sa sortie de clinique, ce qui avait pour conséquence rapide une forte dégradation de son état tant psychique que physique. Un risque auto-agressif devait dès lors être admis, sans compter les menaces proférées à l'encontre de sa tutrice. Sa pathologie paraissait trop lourde pour être assumée par un psychiatre de ville. Enfin, conformément à l'avis des médecins, la nécessité de poursuivre les soins en milieu hospitalier devait être reconnue, l'anosognosie de l'intéressé rendant difficile, voire impossible, l'établissement d'une «alliance thérapeutique» avec lui. C. Par acte du 11 octobre 2011, X._ exerce, par l'intermédiaire de sa mandataire, un recours en matière civile contre la décision du 26 septembre 2011. Il conclut à son annulation et demande que le Tribunal fédéral ordonne la levée immédiate de la mesure de privation de liberté à des fins d'assistance, ainsi que sa sortie immédiate de la Clinique Z._. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire. Le même jour, il a déposé lui-même un acte du recours, dont le contenu demeure peu compréhensible. Y._, établissement de droit public doté de la personnalité juridique qui s'est déterminé sur le recours pour la Clinique Z._ - en expliquant que celle-ci ne constitue qu'un lieu d'hospitalisation du Département de santé mentale et de psychiatrie de Y._ -, proposent le rejet du recours. L'autorité cantonale se réfère aux considérants de sa décision. Dans sa réplique, le recourant persiste dans ses conclusions.