Faits: A. Par jugement du 27 mars 2008, le Tribunal de police de Genève a condamné X._ pour abus de confiance à une peine pécuniaire de vingt jours-amende. Il a fixé le montant du jour-amende à 20 francs et assorti cette peine du sursis durant trois ans. B. Par arrêt du 24 novembre 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le jugement de première instance. Cet arrêt retient en bref les faits suivants: X._ a été fonctionnaire de l'Organisation A._, en vertu d'engagements temporaires, en catégorie Services généraux, de 1982 à 1986, puis de 1989 à 2004. Au cours de ces périodes, il a créé une boutique dénommée « Gift Shop » pour commercialiser des souvenirs auprès des membres du personnel et des visiteurs de l'Organisation A._ en faveur de la Commission B._ du personnel de l'Organisation A._. Celle-ci disposait d'un compte auprès de l'UBS sur lequel étaient virés les produits de cette activité. X._ bénéficiait depuis 2003 d'un droit de signature individuelle sur ce compte. Ayant découvert qu'il avait falsifié certains de ses documents personnels, l'Organisation A._ a décidé, le 16 juillet 2004, de ne pas renouveler son contrat. X._ a dû quitter immédiatement son emploi. Il a porté le litige devant le Tribunal administratif de l'Organisation internationale du Travail, mais sans succès. Pour éviter de se retrouver sans argent, il a retiré la somme de 60'000 francs sur le compte de la boutique auprès de la banque. L'intégralité de l'argent a été utilisé pour faire vivre sa famille, car il n'avait droit ni au chômage, ni à une quelconque assistance. C. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à sa libération des fins de la poursuite pénale; à titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.