Faits: A. Le 12 novembre 2007, après avoir menacé de mort sa famille, A._ s'est rendu à la mosquée de Crissier, muni de son fusil d'assaut dont il avait chargé le magasin. Sous la menace de son arme, il a rassemblé les fidèles, parmi lesquels se trouvait X._, dans la salle des prières, exigeant qu'ils s'alignent pour prier. Comme B._ ne s'exécutait pas assez rapidement, il a appuyé le canon de son arme contre sa poitrine. Certains fidèles ont alors essayé de désarmer A._, qui a ouvert le feu et tiré à douze reprises, atteignant C._ dont la vie a été gravement mise en danger. En cours de procédure d'instruction, A._ a été soumis à une expertise. Les experts psychiatres ont posé le diagnostic d'épisode maniaque avec symptômes psychotiques et conclu à son irresponsabilité totale. B. Sur la base de cette expertise, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a, par arrêt du 13 février 2009, prononcé un non-lieu et astreint A._ à un traitement institutionnel. Dans le même arrêt, il a statué sur les prétentions civiles émises par B._ et X._, les autres lésés y ayant renoncé. Ils leur a alloué à chacun 2500 fr. à titre d'indemnité pour tort moral. L'indemnité due à Me D._, conseil d'office de X._, a été fixée à 4'266 fr. 50, plus la TVA par 324 fr. 25. C. X._ interjette un recours en matière pénale, dans lequel il conclut principalement à la réforme de l'arrêt du Tribunal d'accusation, en ce sens que l'indemnité en capital pour tort moral due par A._ est fixée à 13'000 fr. et l'indemnité à son conseil d'office à 5'801 fr. 25. Il sollicite l'assistance judiciaire. Il n'a pas été requis de déterminations.