Faits: A. La société A._ SA (ci-après: la société), sise dans le canton de Genève, a été fondée en 1976 et a pour but "toutes opérations et transactions commerciales, financières et de placements; achat et vente de biens et valeurs mobiliers et immobiliers; prise de participation; représentation de sociétés ou de personnes à quelque titre que ce soit". Son capital-actions a été porté à 250'000 fr. en 1984. B._ est né en France le 26 octobre 1925. Il a été domicilié à Madagascar de 1946 à 1984. Il était actif dans la commercialisation, notamment, de produits électroniques et informatiques. A cette fin, il a créé plusieurs sociétés en Suisse, au Panama et à la Réunion. Il a obtenu une autorisation de séjour en Suisse en 1984 mais résidait en fait à Monaco. Il a été soumis à l'impôt à forfait dans le canton du Valais sur une dépense annuelle de 250'000 fr. ramenée à 100'000 fr. en 1988 à la suite d'une invalidité due à un accident de voiture. B._ était l'actionnaire majoritaire de A._ SA. Il a été administrateur de cette société de sa fondation en 1976 à 1980 et à nouveau à partir de 1996. B. Les bordereaux de l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994 ont été notifiés à A._ SA respectivement le 14 août 1990, le 2 mars 1992 et le 1er mars 1994. Le bénéfice imposable étant nul - à la suite de pertes lors des années en cause, ou d'un report de pertes les années où il y avait un bénéfice -, seul l'impôt sur le capital a été prélevé pour les périodes en cause. Il se montait à 206.25 fr. par année. Ces bordereaux n'ont pas été contestés. Sur le plan cantonal, A._ SA a également été soumise uniquement à l'impôt sur le capital pour les périodes fiscales 1991 et 1992. Les bordereaux définitifs de ces périodes, d'un montant de 1'116 fr., relatifs à un capital imposable de 250'000 fr., ont été notifiés respectivement le 7 novembre 1991 et le 25 novembre 1992. En ce qui concerne la période fiscale 1993, le bénéfice imposable était de 28'374 fr. et le capital de 250'000 fr., ce qui correspondait à un impôt total de 7'335 fr. Le bordereau a été notifié le 17 décembre 1993. Pour la période fiscale 1994, le bordereau de l'impôt sur le capital d'un montant de 1'112 fr., (le capital imposable étant toujours de 250'000 fr.) a été notifié à A._ SA le 24 janvier 1995. Les bordereaux susmentionnés n'ayant pas été contestés, ils sont entrés en force. Pour la période fiscale 1995, l'impôt s'élevait aussi à 1'112 fr., le capital imposable étant arrêté à 250'000 fr. Le bordereau provisoire date du 28 décembre 1995. C. Par lettre du 4 décembre 1995, à la suite d'une dénonciation, le Département fédéral des finances (ci-après: le Département fédéral) a ordonné à l'Administration fédérale des contributions d'ouvrir une enquête à l'encontre de plusieurs personnes physiques et morales, dont A._ SA et B._, en raison de soupçons de graves infractions fiscales. L'Administration fédérale des contributions en collaboration avec l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé à plusieurs perquisitions en date du 14 décembre 1995, notamment dans les locaux de A._ SA. A la même date, l'Administration fiscale cantonale a informé la société de l'ouverture d'une procédure en soustraction pour l'impôt fédéral direct portant sur les périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994. Elle a fait de même le 23 août 1996 au niveau cantonal en annonçant à la société une procédure en vérification des déclarations de l'impôt cantonal 1991 à 1994. Par courrier du 11 septembre 1996, bien que l'enquête n'ait pas été terminée, l'autorité de taxation a notifié des bordereaux à A._ SA en raison de la faillite imminente de celle-ci. Le supplément d'impôt fédéral direct, pour les périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992 et 1993-1994, était d'un montant total de 802'770.90 fr., avec des amendes s'élevant en tout à 1'605'541.80 fr., soit: Rendement Capital et Supplément Amende imposable réserves d'impôts imposables 1989-1990 1'721'100 5'928'000 346'704.30 693'408.60 1991-1992 1'659'000 7'301'000 336'798.20 673'596.40 1993-1994 768'700 7'533'000 119'268.40 238'536.80 Total 802'770.90 1'605'541.80 ========= ========== L'Administration fiscale cantonale a fixé l'impôt fédéral direct 1995 à 4'528 fr. sur la base d'un capital imposable de 5'660'430 fr., le bénéfice imposable étant nul. En ce qui concerne l'impôt cantonal, les bordereaux de suppléments d'impôts, pour les périodes fiscales 1991 à 1994, notifiés à A._ SA le 11 septembre 1996, se montaient au total à 753'108 fr., soit: Bénéfice Capital Supplément imposable imposable d'impôts 1991 1'198'374 7'301'871 376'940.50 1992 921'800 7'495'037 231'576.54 1993 615'732 7'533'987 115'300.15 1994 0 6'832'217 29'290.90 Total 753'108.- ========= L'amende s'élevait à deux fois le montant d'impôt soustrait pour les années en cause, c'est-à-dire à 1'506'216 fr. Le bordereau définitif de l'impôt cantonal 1995 était fondé sur un capital imposable de 5'660'430 fr. donnant lieu à un supplément d'impôt de 24'076.35 fr. D. Le 16 octobre 1996, la faillite de A._ SA a été prononcée par le Tribunal de première instance du canton de Genève. Par décision du 9 juillet 1997, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation de la société relative à la décision du 11 septembre 1996 concernant les suppléments d'impôt fédéral direct et les amendes des périodes 1989-1990 à 1993-1994. Elle a fait de même, dans une décision datée également du 9 juillet 1997, pour 1995. Ladite Administration a aussi rejeté, toujours à la même date, les réclamations à l'encontre des suppléments de l'impôt cantonal 1991 à 1994 et de l'amende afférente à ces périodes ainsi que de l'impôt cantonal 1995. A._ SA a fait recours contre ces décisions sur réclamation. La Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct et la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, en accord avec l'Administration fiscale cantonale, ont informé les parties, par lettre du 5 décembre 1997, de la suspension de la procédure jusqu'à la remise du rapport final de l'enquête fiscale. E. Le 8 juillet 1998, la Division d'enquêtes fiscales spéciales (ci-après: la Division d'enquêtes) a rendu son rapport. Au cours de ses investigations, elle a entendu différentes personnes, dont B._ et les employés de A._ SA. Elle a proposé les reprises fiscales suivantes: - C._ Inc. Cette société a son siège au Panama et B._ en est l'actionnaire majoritaire et administrateur. Au vu des éléments découverts, la Division d'enquêtes a estimé que A._ SA et C._ Inc. ne formaient, en pratique, qu'une seule et même société économique et qu'il y avait donc lieu de consolider leurs comptabilités et de reprendre le bénéfice réalisé par C._ Inc. chez A._ SA. - D._ Cette société avait son siège à l'Ile de la Réunion et était active dans la distribution de biens (motos, bateaux, produits électroniques, etc.). Elle vendait, notamment, des produits du manufacturier japonais Yamaha. B._ en était l'actionnaire majoritaire jusqu'à la vente de la société en 1993. Les marchandises achetées par D._ au Japon et livrées à celle-ci n'étaient toutefois pas facturées à cette société mais à C._ Inc. (de 1985 à juillet 1988) ou à A._ SA (d'août 1988 à 1995) qui émettait des lettres de crédit garanties par la Banque E._. A._ SA refacturait ensuite les marchandises à D._ à un prix nettement inférieur, selon la Division d'enquêtes, que si elles avaient été facturées à un tiers indépendant. Ladite Division a alors déterminé la marge qu'aurait prise A._ SA en vendant la marchandise à un tiers, et a ainsi fixé les montants à reprendre auprès de cette société. - F._ Ltd (ci-après: F._) Cette société a été constituée en Angleterre en 1987, son but étant d'acquérir un immeuble à Monaco. B._ en a été l'actionnaire majoritaire jusqu'à ce qu'il cède 99% de ses actions à son épouse en 1988. Le financement des immobilisations de cette société s'est fait grâce à un prêt de 1'031'000 fr. accordé par C._ Inc. sans contrat ni garantie. Dans une convention du 27 février 1993, relative à la dissolution anticipée de F._, les époux B._ reconnaissaient que F._ devait céder à "A._ SA" (sic) la somme de FF 2'382'318.- ayant permis l'achat du bien immobilier. Se substituant aux engagements de F._, les époux B._ s'engageaient à rembourser ce montant à "A._ SA" (sic) au cas où l'immeuble serait vendu. A la vente de l'immeuble, les époux B._ n'ont toutefois pas remboursé C._ Inc., bien qu'ils aient récupéré la totalité de l'investissement initial. La Division d'enquêtes a donc considéré que le compte-courant de B._ devait être débité du montant de la créance au moment de la dissolution de F._ en 1993 et que le prêt accordé à cette société devait être amorti dans les comptes de C._ Inc. Elle a, en outre, repris les intérêts créditeurs relatifs au prêt que C._ Inc. aurait dû comptabiliser et déduit les montants comptabilisés par C._ Inc. sur un compte "Loyer F._". C._ Inc. et A._ SA ne formant en réalité qu'une seule entité économique, les reprises effectuées chez la première influencent de la même manière les comptes de la seconde. - Compte courant actionnaire Etant actionnaire majoritaire de A._ SA et de C._ Inc., B._ disposait dans chacune de ces sociétés d'un compte courant, lequel était utilisé, notamment, pour des virements indirects de trésorerie entre les deux sociétés. Les intérêts, tant débiteurs que créditeurs, des comptes courants n'ont jamais été comptabilisés. Après consolidation des comptes de A._ SA et de C._ Inc., il est apparu que le résultat global était débiteur, de sorte que la Division d'enquêtes a calculé les intérêts débiteurs, aux taux annuels officiels, dus par B._, pour les années 1987 à 1994, aux sociétés en cause pour les réintégrer dans leurs bénéfices. - G._ et H._ Ces deux sociétés sont sises respectivement à Singapour et à Hongkong. Dès 1987, C._ Inc. a perçu des commissions de ces sociétés, lesquelles n'ont toutefois pas été comptabilisées dans le compte de pertes et profits de C._ Inc. La Division d'enquêtes a ainsi réintégré ces commissions dans lesdits comptes. Elle a fait de même avec les commissions versées, non pas à C._ Inc., mais directement à des tiers, personnes physiques ou morales, dont B._ refusait de révéler l'identité et avec les montants dont il n'a pas été possible de déterminer clairement l'ayant-droit. - L._ Ltd Cette société sise à Londres a facturé à A._ SA des commissions sur des ventes en francs français. Les paiements de A._ SA ont été effectués directement sur les comptes bancaires de personnes physiques. Vu l'absence d'explications relatives aux prestations effectuées par la société anglaise ou par les personnes bénéficiaires, la Division d'enquêtes n'a pas admis ces charges et les a réintégrées dans le bénéfice de l'exercice commercial 1987. - Factures débiteurs La Division d'enquêtes a constaté que certaines factures, correspondant à des prestations effectives de A._ SA, n'avaient pas été comptabilisées par cette société en 1993 et 1994. Elle les a donc portées en augmentation du résultat des années concernées. - Frais La Division d'enquêtes a remarqué que des paiements effectués en 1987 mais concernant l'exercice commercial 1986, avaient été comptabilisés comme charges en 1987. Elle a repris ces factures en augmentation du résultat 1987. A part les reprises susmentionnées, la Division d'enquêtes a encore procédé à des reprises sur un amortissement de stock et une augmentation de la provision pour perte sur débiteurs douteux. Le rapport de la Division d'enquêtes confirmait le montant des suppléments d'impôts fixés dans les bordereaux du 11 septembre 1996. F. Le 19 août 1998, A._ SA a eu accès au dossier de la Division d'enquêtes dans les locaux de l'Administration. Ses demandes à pouvoir consulter la dénonciation à l'origine de l'enquête, la demande d'autorisation d'ouverture d'enquête et les procès-verbaux d'audition de trois autres inculpés ayant été refusées, la société a déposé une plainte devant le directeur de l'Administration fédérale des contributions puis devant la Chambre d'accusation du Tribunal fédéral. Cette dernière a été rejetée par arrêt du 11 novembre 1998 (8G.67/1998). Par courrier du 21 décembre 1998, l'Administration fédérale des contributions a également rejeté la demande de complément d'enquête consistant en l'audition, principalement, d'anciens employés de A._ SA. G. Statuant le 4 décembre 2002, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct a partiellement admis le recours relatif aux périodes fiscales 1989-1990 à 1993-1994 en tant qu'elle a annulé, s'agissant de l'exercice commercial 1987, la reprise d'un amortissement extraordinaire du stock et celle d'une provision pour perte sur débiteurs. En ce qui concerne l'impôt fédéral direct 1995, elle a confirmé le montant du capital imposable, sous réserve des reprises annulées mentionnées ci-dessus. Elle a rejeté le recours pour le surplus et renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour des "nouvelles décisions conformes aux considérants". La décision du 12 juin 2003 de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève reprend, pour les impôts cantonaux 1991 à 1994 et 1995, les mêmes modifications que celles opérées pour l'impôt fédéral direct. Elle a donc très partiellement admis les recours. H. Par arrêt du 18 janvier 2005, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté les recours de A._ SA. Il a jugé en substance que la prescription absolue n'était acquise ni pour l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1989-1990, 1991-1992, 1993-1994 et 1995, ni pour les impôts cantonaux des périodes fiscales 1991 à 1995. Il a estimé que les reprises effectuées étaient justifiées, notamment car C._ Inc. n'était qu'une société écran dont le but était de dissimuler les bénéfices de A._ SA et qu'ainsi les conditions d'une soustraction fiscale était réalisées. I. Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.145/2005), A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 18 janvier 2005 du Tribunal administratif, de dire qu'il ne se justifie ni d'opérer un quelconque redressement fiscal à son encontre, ni de lui infliger une quelconque amende, et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il soit statué dans le sens des considérants. Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et de celle du droit fédéral en tant que le principe de la transparence a été appliqué pour déterminer son revenu imposable et que l'autorité intimée a retenu l'existence de distributions dissimulées de bénéfices. Agissant également par la voie du recours de droit public (2P.92/2005), A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 18 janvier 2005 du Tribunal administratif. Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et soutient que l'arrêt entrepris est entaché d'arbitraire (art. 9 Cst.). L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet des deux recours, sous suite de frais. Sans déposer d'observations, le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours de droit administratif, sous suite de frais.