Faits: A. En 1999, une société simple a entrepris la construction de vingt-quatre villas jumelles dans le canton de Genève. La SA représentant le maître de l'ouvrage a signé des contrats d'entreprise avec D._ SA (ci-après: D. SA) pour la charpente et C._ SA (ci-après: C. SA) pour la couverture. Onze villas ont été construites sans incident. Le 15 septembre 2000, un accident s'est produit sur le toit de la douzième villa. En bref, un couvreur employé depuis 25 ans par C. SA a chuté d'une hauteur d'environ 5 mètres à travers l'ouverture prévue pour la pose d'un « Velux ». Une toile de protection contre l'humidité (pare-vapeur), marquée d'une croix de St-André rouge signalant le danger, avait cédé sous son poids. Depuis, l'ouvrier souffre de graves séquelles et se trouve en incapacité de travail totale. B. Par un jugement du 2 novembre 2006, le Tribunal de police de Genève a acquitté l'administrateur de la société en charge des travaux et l'architecte chargé de la direction de ceux-ci. Le directeur et un technicien de D. SA ainsi que X._ et Y._, deux responsables de C. SA, ont été condamnés à des peines d'emprisonnement s'échelonnant de 1 à 3 mois, avec sursis, pour lésions corporelles par négligence au sens de l'art. 125 al. 1 et 2 CP. C. Par un arrêt du 24 septembre 2007, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis les appels des quatre condamnés en ce sens que des peines pécuniaires ont été prononcées au lieu de l'emprisonnement. Ainsi, X._ a été condamné à 60 jours-amende à 120 fr. et Y._ à 30 jours-amende à 100 fr. Il ressort notamment de cet arrêt les faits pertinents suivants. C.a X._ était responsable technique du chantier pour le compte de C. SA, également quant à la sécurité. Y._ était responsable du service entretien de cette SA, ce qui incluait tout ce qui concerne l'entretien des toitures. Son travail consistait également à informer sur les mesures de sécurité. Il était présent lors des deux derniers rendez-vous de chantier qui ont précédé l'accident du vendredi 15 septembre 2000. C.b D. SA devait mettre en place le « Velux » dans la charpente et la sous-toiture qu'elle avait construite. Faute de stock, cela n'avait pas été fait. Elle avait posé la toile pare-vapeur recouvrant le trou. Une croix rouge avait été peinte (côté toit) sur la toile pour indiquer le danger. Aucune autre mesure de sécurité telle que par exemple l'installation d'un échafaudage mobile sous l'ouverture n'avait été prise. C. SA devait intervenir à partir du 18 septembre 2000 pour couvrir le toit. En premier lieu, la victime (avec deux ouvriers) devait fixer le lattage portant les tuiles avant de pouvoir poser ces dernières. Au cours de la pose des liteaux de bois, la victime a marché sur l'un d'eux qui s'est brisé et a déchiré la toile. Celle-ci a cédé sous le poids du couvreur qui a chuté à travers l'ouverture. Il a subi plusieurs traumatismes et fractures. Entièrement indemnisé par les assurances, il a retiré sa constitution de partie civile en 2006. C.c A la suite de cet accident, des amendes administratives ont été prononcées contre D. SA, C. SA et contre le représentant du maître de l'ouvrage. Leurs montants respectifs sont de 8000, 1000 et 2500 fr. C.d La victime a déclaré au Juge d'instruction qu'elle n'avait pas vu la croix rouge tracée au-dessus de l'ouverture destinée au « Velux ». Elle a cependant admis connaître la pratique consistant à marquer d'une croix les ouvertures en toiture masquées par la toile pare-vapeur. Selon elle, cette signalisation n'interdisait pas de marcher sur cet emplacement mais indiquait que celui-ci pouvait présenter un danger. Elle ne se souvenait pas pourquoi elle se trouvait le jour de l'accident sur le toit alors que son intervention n'était prévue que plus tard. L'un de ses aides a déclaré qu'un marquage de couleur avait été utilisé sur toutes les villas pour signaler une ouverture sur laquelle il ne fallait pas marcher, car la chute pouvait être immédiate. La victime lui avait indiqué les ouvertures pour « Velux » marquées d'une croix. X._ a expliqué qu'il se rendait deux fois par semaine sur le chantier. En son absence, le responsable était la victime. Avant chaque rendez-vous de chantier, il faisait le point avec elle sur le programme de la semaine suivante. Les travaux de couverture de cette villa n'étaient pas prévus avant le 18 septembre. Les mesures de sécurité étaient du ressort de D. SA. Après l'accident, C. SA avait exigé que les « Velux » soient posés avant l'intervention des couvreurs. Y._ a reconnu avoir remplacé X._ notamment lors des deux rendez-vous de chantier précédant l'accident. Selon lui, le charpentier aurait dû en principe obstruer l'ouverture du « Velux » mais le marquage au moyen de la croix était usuel. D. En temps utile, X._ et Y._ ont saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière pénale tendant à leur acquittement, sous suite de frais et dépens. En résumé, les recourants invoquent des lacunes de l'état de fait, la violation de l'art. 125 CP et celle du principe in dubio pro reo. E. Le procureur du canton de Genève a conclu au rejet du recours avec suite de frais alors que la Cour de justice a renoncé à des observations