Faits: A. A.a Par lettre du 11 août 1992, contresignée pour accord par Z._ et Y._, la Banque X._ a accordé aux prénommés, solidairement, un prêt hypothécaire en premier rang de 450'000 fr., aux conditions suivantes notamment: "3. Garantie Reprise de : Fr. 150'000.- cédule hypothécaire du 19 octobre 1972, contre la société A._ SA, grevant en 1er rang l'article PPE 20179, soit 358 o/oo de l'article 424 de la commune de B._, propriété de A._ SA. Fr. 50'000.- cédule hypothécaire du 22 janvier 1975, contre la même société, en notre faveur, grevant en 2ème rang après fr. 150'000.- le même article précité. Ces titres se trouvent déjà en notre possession. Remise de : Fr. 250'000.- cédule hypothécaire à constituer contre vous-mêmes, Messieurs, en notre faveur, grevant en 3ème rang après fr. 200'000.- le même article ci-dessus. (...)". Sous chiffre 7 intitulé "Mise en vigueur", il était prévu que le prêt entrerait en vigueur dès que les emprunteurs auraient confirmé leur accord avec les conditions ci-dessus et que la Banque X._ serait en possession, notamment, de la déclaration de mise en garantie relative aux cédules hypothécaires de 150'000 fr. et 50'000 fr. dûment signée, ainsi que de l'avis d'instrumentation du notaire relatif à la constitution de la nouvelle cédule hypothécaire. A.b Le 22 septembre 1992, A._ SA, Z._ et Y._ ont constitué, en tant que codébiteurs solidaires, une cédule hypothécaire de 250'000 fr. en faveur de la Banque X._ grevant la parcelle n° 20'179 de la commune de B._, propriété de A._ SA. Cette cédule a été remise à la Banque X._. A.c Par courrier recommandé du 26 février 1997 adressé respectivement à Z._ et Y._, la Banque X._ a déclaré résilier ce prêt hypothécaire pour le 15 avril 1997. Le solde en faveur de la Banque X._ s'élevait, à cette date, à 456'340 fr. 70. Le 29 juin 1998, la Banque X._ SA a repris par suite de fusion les actifs et passifs de la Banque X._. B. B.a La faillite de A._ SA a été ouverte le 19 avril 2002. La créance de la Banque X._ SA résultant du prêt hypothécaire a été portée à l'état des charges comme créance garantie par gage immobilier pour un montant de 458'991 fr. 65. Dans le cadre du tableau de distribution relatif à la réalisation de la parcelle n° 20'179 du cadastre de la commune de B._, un montant de 243'350 fr. 05 a été attribué à la Banque X._ SA, laquelle a obtenu une attestation de découvert de 215'641 fr. 60. B.b Le 4 avril 2006, à l'instance de la Banque X._ SA, Y._ s'est vu notifier un commandement de payer la somme de 215'641 fr. 60 avec intérêt à 5% dès le 19 février 2003; le poursuivi a fait opposition totale. Après une première décision annulée par la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud, par arrêt du 20 septembre 2007, le Juge de paix du district de Vevey a prononcé le 9 mai 2008 la mainlevée provisoire de l'opposition à concurrence du montant requis. B.c Par arrêt du 27 novembre 2008, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours déposé par le poursuivi et réformé la décision attaquée en ce sens que l'opposition au commandement de payer est maintenue. C. Contre cet arrêt, la Banque X._ SA interjette le 4 mai 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que le prononcé de première instance est confirmé. Elle se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), et d'une violation des art. 855 CC et 82 LP. Dans le délai qui leur a été imparti pour se déterminer, Y._ a déclaré se référer à l'arrêt attaqué ainsi qu'à son mémoire de recours du 6 août 2008; la Cour des poursuites du Tribunal cantonal du canton du Vaud s'est également référée à son arrêt.