Faits: A. La Cour d'assises genevoise a, par arrêt du 16 octobre 2007, reconnu A.X._ coupable, sans circonstance atténuante, de 7 actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 ch. 1 CP) et de 7 actes d'ordre sexuel commis sur des personnes incapables de discernement ou de résistance (art. 191 CP), infractions commises entre 1995 et 2003. Lui ayant reconnu une responsabilité légèrement restreinte (art. 11 aCP), la Cour d'assises a condamné A.X._ à huit ans et six mois de réclusion, peine complémentaire à celle de 18 mois d'emprisonnement infligée au condamné le 29 juillet 2004 par la Cour correctionnelle sans jury pour des actes analogues. Les victimes sont toutes des fillettes qui, au moment des faits, étaient âgées de 4 à 7 ans. Deux d'entre elles sont les propres enfants du condamné. B. Le 7 mars 2008, la cour de cassation cantonale a retenu que seul un attouchement avait été commis sur l'enfant V._ et non deux comme l'avait admis l'autorité de première instance. Partant, elle a réduit de un quart l'indemnité allouée à cette victime en réparation du tort moral et, considérant que la diminution de culpabilité n'avait aucune incidence sur la peine, elle a rejeté le pourvoi de A.X._ sur cette dernière question. Elle a également condamné A.X._ aux dépens des parties civiles B.X._, M._ et des époux Z._, la quotité de ceux-ci étant fixée en tenant compte de l'extrême concision des écritures produites. C. A.X._ forme un recours en matière pénale contre ce dernier arrêt. Il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à la Cour d'assises. Il se plaint d'une violation des art. 11, 63 et 68 aCP, ainsi que d'une application arbitraire du droit cantonal (art. 102 CPP GE). Il sollicite également l'assistance judiciaire. D. Invité à présenter des observations, le Ministère public s'est référé à la décision attaquée. Relevant le nombre et la durée des faits imputés au recourant, il soutient que c'est à juste titre que l'autorité cantonale a considéré que le fait qu'un seul acte soit retenu dans le cas de V._ était sans incidence sur le quantum de la peine, laquelle ne procédait au demeurant ni d'un abus ni d'un excès du pouvoir d'appréciation. Pour sa part, l'autorité cantonale a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler et persister dans les termes de sa décision.