Faits: A. G._, né en 1949, marié et père de deux enfants, dont une fille prénommée E._, a requis l'octroi d'une indemnité de chômage à partir du 1er mai 2005. Il a déclaré avoir travaillé du 1er mars 2004 au 30 avril 2005 au service de sa fille E._, laquelle exploitait un établissement à X._ sous la raison sociale Y._. Le contrat de travail du 26 mai 2004 avait été résilié en raison de la vente du commerce. Par décision du 7 août 2005, confirmée sur opposition le 13 septembre 2005, la Caisse de chômage Unia (ci-après: la caisse) a rejeté la demande d'indemnité au motif que le requérant n'avait pas apporté la preuve du versement effectif d'un salaire durant la période en cause, de sorte qu'il ne comptait pas une période de 12 mois de cotisation. B. G._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif du canton de Fribourg en concluant à l'octroi de l'indemnité de chômage à partir du 2 mai 2005. Par jugement du 22 juin 2006, la juridiction cantonale a partiellement admis son recours en ce sens que l'assuré pouvait se prévaloir d'une période de cotisation suffisante, la cause étant renvoyée à la caisse pour examen des autres conditions dont dépend le droit à l'indemnité et nouvelle décision. C. La caisse interjette un recours de droit administratif contre ce jugement dont elle demande l'annulation. A l'appui de son recours, elle a versé une liste récapitulative des montants déclarés par l'intéressé aux diverses autorités ainsi qu'un avis de taxation notifié le 17 novembre 2005 à l'intéressé par les autorités fiscales fribourgeoises. G._ conclut au rejet du recours. Le Secrétariat d'Etat à l'économie a renoncé à se déterminer.