Faits: A. Le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC) a ouvert le 12 juillet 2011 une enquête pénale à l'encontre de A._ pour blanchiment d'argent (art. 305bis CP), à la suite d'une annonce du Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent/MROS faisant état de l'existence d'une procédure pénale en Russie; l'enquête a été étendue à B._ le 10 octobre 2011. A._ est soupçonné d'avoir commis des actes d'escroquerie, respectivement d'abus de confiance, au préjudice de la banque C._ dont il occupait une fonction dirigeante; il aurait participé au détournement de plus de quatorze milliards de roubles, soit environ CHF 430 millions, dont une partie serait parvenue sur des comptes sis en Suisse. Le MPC a ordonné diverses mesures d'instruction, dont des saisies de relations bancaires auprès d'établissements de la place zurichoise. Le 20 janvier 2012, le MPC a ainsi adressé à la banque D._ une ordonnance d'obligation de dépôt et blocage de comptes prescrivant le séquestre immédiat de deux comptes ouverts respectivement au nom de la fondation X._ et à celui de la société Y._, dont les ayants droit économiques sont des membres de la famille de A._. Les montants saisis sur ces comptes s'élèveraient à environ USD 3.5 millions au 27 janvier 2012. X._ et Y._ ont recouru contre l'ordonnance précitée en concluant à son annulation ainsi qu'à la levée des séquestres portant sur ces deux comptes. B. Par arrêt du 29 mai 2012, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (ci-après: le TPF) a rejeté le recours formé par X._ et Y._ contre la décision de séquestre. Le TPF a estimé qu'il existait en l'état des indices suffisants permettant de suspecter que les valeurs patrimoniales saisies sur les comptes de X._ et Y._ auprès de la banque D._ étaient le produit des infractions qu'aurait commises A._ en Russie. Selon les informations transmises par les autorités russes en exécution d'une demande d'entraide judiciaire, A._ alors vice-président de la banque C._, aurait dès la fin de l'année 2008 et de concert avec le président de ladite banque - B._ également poursuivi - mis en place un système d'octroi de crédits à des clients de complaisance; ce mécanisme leur aurait permis de détourner et de s'approprier des sommes très importantes (près de RUB 13 milliards). Ces faits font l'objet d'une enquête menée par le Département du Ministère de l'intérieur de la Fédération de Russie dont le détail, en particulier le schéma de détournement de fonds, est explicité par les autorités russes. Par ailleurs, A._ fait l'objet d'une seconde enquête également en lien avec son activité au sein de la banque C._ portant sur des soupçons d'abus de confiance commis lors d'opérations d'achat et de vente d'action pour le compte de la banque C._, les éléments de l'enquête étant également détaillés dans la réponse des autorités russes à la commission rogatoire; le préjudice occasionné aux actionnaires de la banque s'élèverait à RUB 1.5 milliards. Enfin, la mesure de séquestre visant les deux comptes litigieux n'était pas disproportionnée. C. Par acte du 29 juin 2012, X._ et Y._ forment un recours en matière pénale par lequel elles demandent l'annulation de l'arrêt du TPF et la levée du séquestre opéré sur les deux comptes. Elles se plaignent d'une constatation manifestement inexacte des faits pertinents ainsi que d'une violation du droit fédéral. Le TPF se réfère à son arrêt. Le Ministère public conclut au rejet du recours aux termes de ses déterminations.