Faits: A. X._, domicilié à Y._, est assujetti de manière limitée dans le canton de Neuchâtel en raison de la détention d'un immeuble situé à Z._. Le 24 juillet 2008, le Service des contributions du canton de Neuchâtel (ci-après: le Service cantonal des contributions) a notifié au contribuable des décisions de taxation d'office concernant l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales 2002 à 2006. Pour l'année 2002, l'impôt s'élevait à zéro franc. Le Service cantonal des contributions s'est pour le reste fondé sur une répartition intercantonale établie par les autorités genevoises pour l'année 2003, servant à l'imposition des années 2003 et 2004, puis sur la taxation d'office du contribuable dans le même canton de Genève pour les années 2005 et 2006. Par courrier du 25 août 2008, posté le 4 septembre 2008, le contribuable a accusé réception des taxations susmentionnées, informé du dépôt des déclarations 2003 et 2004 et indiqué vouloir se renseigner auprès de l'État de Genève sur l'existence d'un "décompte de péréquation pour les taxations d'office" puis, cas échéant, informer le Service cantonal des contributions d'ici à la fin septembre 2008 au plus tard. Au printemps 2009, le Service cantonal des contributions a adressé douze poursuites au contribuable, auxquelles celui-ci a fait opposition. Le 7 mai 2009, ce dernier a adressé un courrier au Service cantonal des contributions, accompagné de différentes explications et pièces, que ce service a considéré comme une réclamation, sur laquelle il n'est pas entré en matière, par décision du 2 juillet 2009, au motif que le délai de réclamation était largement écoulé et que les taxations étaient entrées en force. Par jugement du 11 août 2010, le Tribunal fiscal du canton de Neuchâtel a rejeté le recours déposé par le contribuable, considérant en substance, que le délai de réclamation, qui est un délai péremptoire, n'avait pas été respecté par ce dernier. Le Tribunal fiscal a écarté toute possibilité de révision des taxations entrées en force, dans la mesure où le contribuable invoquait des motifs qu'il aurait pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire, soit celle de la réclamation, et qu'il n'y avait pas de pièces concluantes découvertes après l'entrée en force de chose jugée de la décision de taxation. En tout état de cause, le Tribunal fiscal n'aurait pas été compétent pour connaître d'une demande de révision, celle-ci n'ayant pas au préalable fait l'objet d'une décision sur réclamation. B. Le 13 septembre 2010, le contribuable a recouru devant le Tribunal cantonal, Cour de droit public (ci-après: le Tribunal cantonal) contre le jugement précité, en concluant implicitement à son annulation et à ce qu'il soit procédé à une nouvelle taxation des périodes litigieuses sur la base des documents remis dans l'intervalle. En substance, il se plaignait d'avoir été taxé de manière définitive dans le canton de Neuchâtel en juillet 2008, alors qu'il n'avait été "taxé que d'office" dans le canton de Genève pour les périodes 2005 à 2007, situation qu'il disait avoir partiellement rétablie depuis lors, avec le dépôt de ses déclarations fiscales 2005 et 2007 auprès des autorités fiscales genevoises, dont copies avaient été transmises au service neuchâtelois compétent. Il s'étonnait également de la modification des bases imposables à partir de l'année 2003, alors que sa situation de fortune n'avait pas changé entre 2002 et 2003. Finalement, il faisait part de son incompréhension face à l'absence de "taxation substantielle" pendant au moins dix ans précédant la taxation 2002, cette dernière étant à zéro franc, puis suivie de taxations importantes de 2003 à 2006. Il y voyait un écart entre l'état de fait réel et les éléments retenus. Appelé à motiver son recours de manière conforme aux dispositions de procédure cantonale, le contribuable adressa le 1er octobre 2010 un nouvel écrit au Tribunal cantonal, dans lequel il revenait sur des questions matérielles liées aux taxations litigieuses, se plaignait de la nullité de celle rendue pour l'année 2004 et s'excusait du "retard de [s]a réclamation auprès de l'autorité intimée", précisant que son état de santé était à l'époque au plus bas et le "perturbait énormément dans [s]a vie quotidienne". Le 2 novembre 2010, le contribuable informait le Tribunal cantonal de la communication de sa déclaration genevoise pour l'année 2006 à l'administration fiscale neuchâteloise, précisant que les autorités neuchâteloises étaient ainsi en possession des déclarations 2005 et 2006, ce qui devait permettre une "taxation en bonne et due forme pour 2003 à 2006". Par décision du 24 octobre 2011, le Tribunal cantonal a déclaré le recours irrecevable pour la période fiscale 2002, faute d'intérêt juridique suffisant, dans la mesure où le montant de l'impôt dû, les bases imposables et le taux étaient fixés à zéro franc. Elle a admis le recours et renvoyé la cause au Tribunal fiscal pour les périodes fiscales 2003 et 2004, le contribuable ayant suffisamment motivé sa réclamation contre le principe de la taxation d'office par le dépôt de sa déclaration d'impôt dans son canton de domicile. S'agissant finalement des périodes 2005 et 2006, elle a confirmé l'irrecevabilité des réclamations, par substitution de motifs: celles-ci n'étaient pas tardives, mais ne satisfaisaient pas aux exigences formelles de recevabilité contre une taxation d'office, car le contribuable ne remettait pas en cause le principe de celle-ci, mais omettait d'indiquer les éléments qu'il contestait. Partant, la Cour cantonale a rejeté le recours en tant qu'il portait sur les périodes 2005 et 2006. C. Par acte du 29 novembre 2011, le contribuable a formé un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Il conteste l'absence de motivation suffisante pour les périodes 2005-2006. Il soutient que l'envoi à l'administration fiscale neuchâteloise de ses déclarations fiscales pour les années 2005 et 2006 dans son canton de domicile constituait un motif de reconsidération. En conséquence, il conclut principalement, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement du Tribunal cantonal. Il n'a pas été requis de déterminations.