Faits: A. D._ était assurée en 2012 auprès de Supra Caisse-maladie (ci-après: la caisse) pour l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie et d'accident. Par déclaration d'accident du 19 juin 2012, elle a annoncé à la caisse qu'elle s'était cassé une dent le matin du 16 juin 2012. Elle a décrit le déroulement de l'incident comme suit: "en mangeant de la confiture de cerise, un morceau de noyau avait du rester et cela m'a cassé une dent en deux". Par la suite, l'assurée a précisé qu'elle avait "clairement mordu sur un bout de noyau de cerise" (courrier du 26 juillet 2012). Dans un courrier du 25 octobre 2012, elle a ajouté que la confiture avait été confectionnée avec des cerises dénoyautées. Par décision du 10 décembre 2012, la caisse a refusé de prendre en charge le traitement prévu pour la lésion dentaire. L'assurée s'est opposée à cette décision. Par décision du 29 janvier 2013, la caisse a rejeté l'opposition, en précisant notamment que dans une confiture " faite maison", soit préparée avec des cerises dénoyautées manuellement ou mécaniquement, la présence d'un morceau de noyau de cerise n'avait rien d'inhabituel ou d'extraordinaire. B. Par jugement du 10 juin 2013, le Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, a admis le recours formé par D._ à l'encontre de la décision sur opposition du 29 janvier 2013 et condamné la caisse à prendre en charge les coûts relatifs aux soins dentaires rendus nécessaires par l'incident du 16 juin 2012. C. La caisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. En substance, elle conclut à la confirmation de sa décision sur opposition du 29 janvier 2013.