Faits: A. X._, domiciliée à Sion, détenait des participations dans quatre sociétés immobilières, dont le siège et les immeubles sont à Genève, pour moitié avec un tiers (cf. arrêt attaqué, p. 3, ch. 5). Dans le courant de l'année 2001, les quatre sociétés immobilières ont été mises en liquidation (cf. arrêt attaqué, p. 2, ch. 3). La propriété des immeubles détenus par les sociétés a été transférée aux deux actionnaires en 2001. Les opérations de liquidation des sociétés ont été menées jusqu'en 2003 (cf. arrêt attaqué, p. 13 let. b). Par décisions du 13 janvier 2004 et décision sur réclamation du 2 mai 2006, la Commission d'impôt de district de la commune de Sion a taxé X._ sur sa part de l'excédent de liquidation des quatre sociétés à concurrence de 2'202'692 fr. pour l'impôt fédéral, cantonal et communal direct au titre de revenu extraordinaire réalisé en 2001 et 2002 (imposition 2003A). Par arrêt du 19 novembre 2008, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais a annulé la décision sur réclamation du 2 mai 2006. Il n'y avait pas eu d'attribution d'excédent de liquidation durant les années 2001 et 2002. La cause était renvoyée à l'autorité précédente pour examiner si la distribution de l'excédent de liquidation avait eu lieu en 2003. Par décision du 29 juillet 2010, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a procédé à un rappel de l'impôt fédéral, cantonal et communal direct pour la période fiscale 2003 dans le chapitre de X._, arrêté le revenu net imposable à 535'372 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 535'069 fr. pour l'impôt fédéral direct et accordé le rabais spécial de 75% prévu par les art. 207 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 239 bis de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LI/VS; RSVS 642.1). Par écritures du 23 août 2010, X._ a interjeté recours contre la décision du 29 juillet 2010 auprès de la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Valais. B. Par arrêt du 21 septembre 2011, la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Valais a partiellement admis le recours. Elle a confirmé le droit d'imposer les excédents de liquidation du canton du Valais dans le chapitre de l'intéressée pour la période fiscale 2003, mais en a corrigé le montant, nouvellement arrêté à 349'022 fr., renvoyant la cause à l'autorité précédente pour qu'elle procède au calcul des impôts dus au sens des considérants. Selon la Commission de recours, l'intéressée ne disposait d'aucune base fixe d'affaires dans le canton de Genève, de sorte que le revenu de sa fortune mobilière commerciale, dont faisait partie l'excédent de liquidation des sociétés immobilières, devait être imposé dans le canton de domicile de l'actionnaire, soit le canton du Valais. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral de renvoyer la cause au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour qu'il annule les impositions cantonale et communale. Elle se plaint d'une double imposition intercantonale prohibée et critique la date d'échéance du bénéfice, qui devrait être fixée à 2001 et non pas 2003. Le Service cantonal des contributions et la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Valais concluent au rejet du recours. L'Administration fiscale du canton de Genève conclut à l'admission du recours.