Faits: A. Le 23 novembre 2005, donnant suite à une dénonciation pénale du chef du Service cantonal des mineurs et des tutelles, le Ministère public neuchâtelois a requis le juge d'instruction d'ouvrir une information pénale contre X._, assistant social et fonctionnaire dudit service, pour escroqueries, subsidiairement abus de confiance et faux dans les titres. B. Par jugement du 18 mars 2008, la Cour d'assises du canton de Neuchâtel a condamné X._, pour escroqueries par métier, faux dans les titres, obtentions frauduleuses de constatation fausse et détournement de prestations complémentaires, à une peine privative de liberté de sept ans, sous déduction de la détention préventive. En bref, elle a retenu qu'il avait commis des escroqueries à plus de mille reprises sur un montant de l'ordre d'un million de francs, en utilisant divers stratagèmes - tels que fausses signatures, abus de blanc-seings, falsifications ultérieures de quittances ou présentation de quittances d'achats abusivement utilisées - pour tromper astucieusement dans chaque cas les responsables de la caisse du service des tutelles, les autorités tutélaires et finalement les personnes dont il gérait les comptes, ceci au préjudice de 31 de ses pupilles et sur une période de 10 ans, soit depuis le 22 novembre 1995 - la prescription étant acquise pour la période antérieure - jusqu'au 23 novembre 2005, date de son arrestation. Elle a considéré que, dans plus de mille cas, ces actes étaient aussi constitutifs de faux dans les titres et d'obtention frauduleuse de constatation fausse puisque l'intéressé avait amené les autorités tutélaires à approuver, dans plusieurs dizaines de décisions, des comptes reconnus exacts alors qu'ils ne reflétaient pas la réalité. Elle a également constaté un cas de détournement de prestations complémentaires. C. Par arrêt du 18 décembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours de X._. D. Ce dernier a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation de la présomption d'innocence, de la maxime d'accusation, du principe de l'oralité et de l'immédiateté des débats, du droit à être jugé par un tribunal indépendant et impartial et des art. 146 et 47 CP, il a conclu, principalement, à son acquittement et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt cantonal. Il a requis l'effet suspensif et sa mise en liberté immédiate. Par ordonnance du 29 janvier 2009, la Cour de céans a déclaré la requête d'effet suspensif sans objet et rejeté la requête de mise en liberté provisoire.