Faits: A. Le 2 juin 2008, le Juge d'instruction du Jura bernois a condamné A._ à trente jours-amende à 320 fr. avec sursis pendant deux ans et à 4000 fr. d'amende. Le 24 mars 2008, vers deux heures du matin, alors qu'il circulait sur la route nationale A5 à la hauteur d'Alfermée, sa vitesse avait été contrôlée à 96 km/h (marge de sécurité déduite) alors que le tronçon était limité à 60 km/h. A._ a formé une opposition auprès de l'autorité judiciaire de Berne-Nidau, mais l'a ensuite retirée. Le 10 juin 2008, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (ci-après: le SAN) a invité A._ à présenter ses observations, dans la perspective d'une mesure administrative. L'intéressé a fait savoir qu'il ne contestait pas l'infraction, tout en relevant qu'au moment des faits, la visibilité était excellente, qu'il n'y avait pas de circulation ni de risque de présence d'enfants ou de personnes âgées vu l'heure tardive, et qu'en 26 ans de conduite automobile, il n'avait jamais été impliqué dans un accident. Par décision du 1er juillet 2008, le SAN a retiré le permis de conduire de A._ pour une durée de quatorze mois. Un excès de vitesse de plus de 24 km/h en zone de localité constituait une infraction grave. Un retrait de permis avait déjà été ordonné en juin 2006 pour une infraction grave. B. Par arrêt du 17 mars 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par A._, après avoir écarté certaines offres de preuves formulées par celui-ci. Le dépassement de vitesse, constaté au pénal, n'était pas contesté en soi. La route litigieuse était reconnue pour être dangereuse; les obstacles qui la jalonnaient (chevrons, balises, panneaux, pistes cyclables, voies de bus) empêchaient tout conducteur raisonnable de se croire sur une semi-autoroute. Malgré les changements successifs de vitesse autorisée, la signalisation était claire et les critiques formulées à l'encontre de l'aménagement de l'A5 ne concernaient pas ce tronçon. S'agissant de la durée du retrait, il y avait lieu de tenir compte de la gravité de l'infraction et du précédent retrait de permis de trois mois, pour faute grave également. C. A._ forme un recours en matière de droit public. Il conclut à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que le retrait de permis est prononcé pour une durée d'un mois pour faute légère, subsidiairement pour une durée de douze mois. Plus subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La cour cantonale se réfère à son arrêt. Le SAN s'en remet à justice. L'Office fédéral des routes renvoie à l'arrêt attaqué.