Faits: A. Le 24 février 2005, A._, qui séjournait alors à l'Hôpital psychiatrique de Marsens, a informé la police que dans le courant de l'année 2004 (recte: 2003), elle avait été victime d'un viol. Une instruction a dès lors été ouverte à l'encontre de X._, auteur présumé. Cette procédure a été close le 23 juin 2006 par une ordonnance de non-lieu. B. Par arrêt du 7 août 2006, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a admis le recours formé par A._ contre cette décision et a renvoyé la cause à l'instruction pour compléter celle-ci. C. Après complément d'enquête, la juge d'instruction a rendu une nouvelle ordonnance de non-lieu le 7 septembre 2007. D. Le 12 juin 2008, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours de A._ et confirmé l'ordonnance de non-lieu, au motif que les imprécisions et contradictions de la recourante, notamment sur les éléments déterminants du prétendu viol, mettaient sérieusement en doute sa crédibilité et que le renvoi de X._ devant le juge de répression aboutirait en tout état de cause à un acquittement. E. A._ forme un recours en matière pénale contre cette dernière décision, concluant, avec suite de frais et dépens, à son annulation et à l'annulation de l'ordonnance de non-lieu du 7 septembre 2007, ainsi qu'au renvoi de X._ devant le Tribunal de répression. En substance, la recourante invoque une violation du principe in dubio pro duriore, dans la mesure où une condamnation n'apparaît ni impossible ni même hautement invraisemblable, ce qui justifie selon elle le renvoi en jugement. Elle sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire.