Faits: A. A.a A._, né en 1965, et dame A._, née en 1975, se sont mariés le 9 septembre 1997 à Genève. Le couple a trois enfants: B._, née le 30 août 1998, C._, né le 9 août 2001, et D._, né le 12 juillet 2003. C._ souffre d'autisme infantile. Les époux vivent séparés depuis 2004. A.b La situation financière des parties peut être résumée comme suit: A.b.a Durant la vie commune, les parties avaient adopté un mode traditionnel de répartition des tâches, l'épouse s'occupant des trois enfants et du ménage tandis que son mari percevait le revenu destiné à l'entretien de la famille. A.b.b Suite à la séparation du couple, dame A._ a repris une activité professionnelle. Depuis 2004, elle travaille en tant qu'assistante médicale auprès d'un cabinet de pédiatrie à un taux de 80% et a exercé, entre juin et décembre 2009, une activité complémentaire auprès de la Clinique X._. Son salaire annuel net s'élevait, en 2009, à 49'154 fr. (42'405 fr. [activité principale] + 6'749 fr. [activité complémentaire]), soit 4'096 fr. nets par mois. En janvier et février 2010, dame A._ a perçu un salaire mensuel brut de 4'550 fr., respectivement de 3'880 fr. 22 nets. Ses charges mensuelles ont été évaluées à 3'974 fr. A.b.c De fin 1993 au premier trimestre 2006, A._ a exploité à titre d'indépendant le commerce à l'enseigne "Y._". A._ a produit sa comptabilité révisée des années 2002 à 2005, dont il ressort un "Compte Propriétaire" pour les quatre premières années, puis un compte "prélèvements privés" en 2005. Ces comptes, additionnés aux bénéfices nets du bilan, donnent les résultats arrondis suivants: - 55'255 fr. en 2002, soit 4'605 fr. mensuels; - 64'895 fr. en 2003, soit 5'408 fr. mensuels; - 61'140 fr. en 2004, soit 5'137 fr. mensuels; - 77'220 fr. en 2005, soit 6'435 fr. mensuels. Début 2006, l'exploitation du commerce a été poursuivie sous la raison sociale "Y._ Sàrl", inscrite au registre du commerce de Genève le 23 mars 2006, avec pour but l'exploitation d'un magasin de jouets à l'enseigne "Y._". Depuis le 1er avril 2006, A._ est employé de ladite société en qualité de vendeur gérant, à un taux d'activité de 70%. Son salaire mensuel s'élève à 3'300 fr. bruts, respectivement à 2'831 fr. 40 nets, sans qu'il ne perçoive d'autre rémunération. Le magasin est ouvert entre 14 et 20 heures hebdomadaires, à savoir 7 heures les mardi et jeudi et 6 heures un samedi sur deux. Y._ Sàrl dispose également d'un site internet, qui offre, depuis 2005, la possibilité d'effectuer des commandes en ligne. Les charges mensuelles de A._ ont été arrêtées à 2'670 fr. par mois (1'250 fr.[loyer] + 70 fr. [transports publics] + 1'350 fr. [montant mensuel de base avec charge de soutien]). A.b.d Dame A._ obtient des allocations familiales à raison de 200 fr. par enfant, plus un supplément de 100 fr. pour famille nombreuse. C._, qui a besoin d'aide permanente pour ses soins quotidiens, perçoit une allocation pour impotence grave d'un montant de 60 fr. 80 par jour, versée par l'assurance-invalidité; il reçoit en outre un supplément pour soins intenses de 30 fr. 40 par jour. Au total, l'aide financière perçue se chiffre entre 2'774 fr. et 2'900 fr. par mois. B. B.a Par jugement de mesures protectrices de l'union conjugale du 9 juin 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève a, notamment, attribué la garde des trois enfants à leur mère, fixé un large droit de visite du père, ce dernier étant condamné à verser une pension mensuelle de 2'100 fr., destinée à l'entretien de la famille. Le jugement a été confirmé par la Cour de justice. Les deux instances ont imputé à l'époux un revenu mensuel de 6'000 fr. nets par mois pour un plein temps, respectivement de 4'800 nets pour un 80%, se distançant ainsi de la situation comptable présentée par l'intéressé. B.b Le 22 décembre 2006, invoquant son nouveau statut d'employé au sein de la société Y._ Sàrl ainsi que la baisse de salaire en résultant, A._ a requis du Tribunal de première instance la réduction de la contribution d'entretien mensuelle due à la famille à 300 fr. par mois. Par jugement du 25 mars 2008, le Tribunal de première instance a réduit la contribution à 800 fr. par mois. Statuant sur appel de dame A._, la Cour de justice a fixé la contribution d'entretien mensuelle à 1'800 fr., jugeant que la diminution des revenus invoquée n'était pas vraisemblable. C. C.a Le 12 mars 2009, dame A._ a formé une requête unilatérale en divorce, concluant, entre autres, à l'attribution de la garde des trois enfants, avec un droit de visite du père, et au versement d'une contribution à l'entretien de ceux-ci d'un montant de 650 fr. par mois de 6 à 12 ans et de 750 fr. par mois de 12 à 18 ans, voire au-delà mais jusqu'à 25 ans en cas d'études régulières et suivies, voire sans limitation de temps en cas d'incapacité de l'enfant à devenir indépendant sur le plan financier en raison d'un handicap. Subsidiairement, dans l'hypothèse où la garde et l'autorité parentale sur C._ devait être accordée au père, dame A._ a conclu à l'exercice d'un large droit de visite et s'est engagée à verser une contribution d'entretien en faveur de l'enfant d'un montant mensuel de 250 fr. jusqu'à l'âge de 10 ans et de 350 fr. par la suite. Elle a également sollicité l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative en faveur de C._. A._ a acquiescé au divorce et a notamment conclu à l'octroi de la garde sur les trois enfants, avec un droit de visite de la mère, et au versement d'une contribution mensuelle de 500 fr. jusqu'à leur majorité, voire au-delà mais jusqu'à 25 ans en cas d'études régulières et sérieuses, voire sans limitation de temps en cas d'incapacité de l'enfant à devenir indépendant sur le plan financier en raison d'un handicap. Par jugement du 21 janvier 2010, le Tribunal a prononcé le divorce des époux A._ (ch. 1), attribué à la mère la garde et l'autorité parentale sur les enfants B._ et D._ (ch. 2) avec un large droit de visite du père (ch. 3), attribué à ce dernier la garde et l'autorité parentale sur l'enfant C._ (ch. 4) avec un large droit de visite de la mère (ch. 5) et a renoncé à fixer des contributions à l'entretien des enfants (ch. 8). Le droit aux relations personnelles de chaque parent envers l'(es) enfant(s) dont il n'avait pas la garde était en outre soumis à une curatelle de surveillance et d'organisation (ch. 6 et 7); l'instauration d'une curatelle éducative en faveur de C._ n'a pas été ordonnée (ch. 13). C.b Dame A._ a appelé de ce jugement le 2 mars 2010 et a conclu à son annulation en tant qu'il renonçait à fixer des contributions d'entretien en faveur des enfants (ch. 8) et qu'il refusait la mise sur pied d'une curatelle éducative (ch. 13). Elle a "éventuellement" sollicité l'annulation du ch. 4, par lequel la garde et l'autorité parentale sur l'enfant C._ étaient attribuées au père, pour finalement renoncer à prétendre à ses droits parentaux sur cet enfant en cours de procédure. Lors de l'audience de comparution personnelle des parties du 5 octobre 2009, A._ a indiqué être favorable à l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative. Par arrêt du 22 octobre 2010, la Cour de justice a, entre autres, annulé les ch. 8 et 13 du jugement attaqué. Elle a ainsi instauré une curatelle d'assistance en faveur de C._, condamné A._ à verser une contribution d'entretien mensuelle en faveur de B._ et D._ d'un montant de 650 fr. de 6 à 12 ans, puis de 750 fr. dès 12 ans jusqu'à leur majorité, voire au-delà en cas d'études régulières et suivies, mais jusqu'à 25 ans au maximum, et ordonné en outre à tout débiteur ou employeur de A._ de verser, directement en mains de dame A._, tout ou partie de leurs paiements à concurrence des sommes dues pour l'entretien de B._ et de D._. Dame A._ était quant à elle condamnée à verser une contribution d'entretien en faveur de C._ d'un montant de 650 fr. par mois de 6 à 12 ans, puis de 750 fr. dès 12 ans pour une durée indéterminée. D. Le 29 novembre 2011, A._ recourt contre cette dernière décision au Tribunal fédéral. Il conclut à l'admission de son recours ainsi qu'à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il instaure une curatelle d'assistance éducative, le condamne au versement de contributions d'entretien en faveur des enfants dont il n'a pas la garde et ordonne à ses débiteurs d'opérer tout ou partie de leurs paiements en mains de son ex-épouse. Le recourant demande ensuite à être libéré du paiement de toute contribution d'entretien et la confirmation de la décision cantonale pour le surplus. Le recourant sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire. L'intimée n'a pas été invitée à répondre. E. Par ordonnance du 1er décembre 2010, la Présidente de la Cour de céans a refusé d'octroyer l'effet suspensif au recours.