Faits: A. Depuis le 1er janvier 2008, X._ SA loue à Fribourg des locaux commerciaux appartenant à Y._. Le 15 avril 2008, la bailleresse a envoyé à la locataire une mise en demeure la sommant de payer, dans les trente jours, la somme de 10'900 fr. représentant les loyers de janvier à avril 2008, avec menace de résilier le bail. Le 15 mai 2008, la bailleresse a envoyé à la locataire une nouvelle mise en demeure pour le loyer de mai 2008, avec délai de paiement de trente jours. Il y figure expressément la précision que "les éventuelles mises en demeure avec menace de résiliation notifiées précédemment conservent toute leur validité, notamment en ce qui concerne les échéances et délais". Le 21 mai 2008, la bailleresse a adressé à la locataire le formulaire de résiliation du contrat de bail pour le 30 juin 2008. B. Le 1er juillet, la bailleresse a requis le Président du Tribunal des baux de l'arrondissement de la Sarine (le Président) de prononcer l'expulsion de la locataire. Celle-ci n'a pas déposé de réponse et ne s'est pas présentée à l'audience du 6 août 2008. Par jugement du même jour rendu par défaut, le Président a ordonné l'expulsion. La locataire a demandé le relief. La locataire ne s'est pas présentée à la deuxième audience du 15 octobre 2008. Le jour même, le Président a rendu un nouveau jugement par défaut par lequel il constatait que l'instance de relief était périmée et confirmait le premier jugement rendu le 6 août 2008. La locataire à de nouveau demandé le relief en arguant d'une assignation irrégulière. Une troisième audience a été fixée au 10 décembre 2008. La locataire, une fois encore, ne s'est pas présentée. Par jugement par défaut du 18 décembre 2008, le Président a rejeté la requête de second relief et confirmé son premier jugement du 6 août 2008. Le jugement, qui ne comporte pas moins de quatre pages d'attendus, mentionne au pied du dispositif qu'il "ne sera rédigé que si une partie le requiert dans les trente jours à compter de la notification du présent dispositif". La locataire a requis la rédaction. Pour y donner suite, le Président a rédigé le jugement du 6 août 2008 qu'il a notifié à la locataire. La locataire a interjeté un recours en appel. Par arrêt du 12 mai 2009, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours et confirmé l'expulsion. C. La locataire (la recourante) a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant au rejet de la requête d'expulsion; invitée à verser une avance de frais, elle a requis des prolongations du délai et payé le 16 octobre 2009 seulement, à l'ultime échéance. La bailleresse (l'intimée) a proposé le rejet du recours.