Faits: A. A.a Dame X._ bénéficie d'un droit d'usufruit gratuit et viager sur l'article 3682 du registre foncier de Y._ que son époux, feu X._, avait acheté le 14 novembre 1997 à la société E._ SA. Ses trois enfants, B._, C._ et D._ en sont nus-propriétaires en main commune. A.b Un droit de superficie immatriculé sous le n° 2864 et constitué le 22 septembre 1970 en faveur de la société F._ grève une part de l'article 3682. Par acte notarié du 3 novembre 1980, il a été cédé à A._ SA. L'acte de cession prévoit que la rente superficiaire, initialement arrêtée à 10'920 fr., s'élève à 13'740 fr. par année et continuera à être adaptée tous les ans sur la base de l'indice général des prix à la consommation conformément au contrat constitutif du 22 septembre 1970. Par acte authentique du 20 août 1980, les sociétés E._ et A._ SA ont en outre convenu de prolonger le droit de superficie jusqu'au 22 septembre 2030 en précisant que la rente superficiaire continuera à être payée jusqu'à cette date sur la base des dispositions contenues dans l'acte constitutif. A.c Une parcelle de 500 m2 située sur le même article 3682 a été remise à bail le 29 mars 1989 à G._, administrateur-président de A._ SA pour un loyer annuel de 4'000 fr. Ce contrat de bail a été repris par X._ lors de son acquisition du 14 novembre 1997. A.d Le 10 avril 2001, dame X._ a fait parvenir à A._ SA une notification de hausse de loyer indiquant que "le loyer des places de parc et garages" passerait de 18'120 fr. à 19'520 fr. dès le 1er juillet 2001, et en précisant qu'il s'agissait d'une "adaptation à l'IPC au 28.02.2001 106.9 (on n'a pas tenu compte de l'augmentation réelle depuis lors)" sans toutefois mentionner si dite hausse concernait la rente superficiaire ou le loyer relatif au bail du 29 mars 1989, voire les deux. B. B.a Par requête du 26 octobre 2006, B._, C._, D._ et dame X._ ont requis l'inscription provisoire d'une hypothèque légale à hauteur de 90'000 fr. sur le droit de superficie n° 2864. Par ordonnance du 7 décembre 2006, le Président du Tribunal civil du district de Neuchâtel a ordonné l'inscription provisoire de l'hypothèque légale requise à hauteur de 89'408 fr au profit de dame X._. La requête a été déclarée irrecevable en tant qu'elle était formée par B._, C._ et D._. B.b Par mémoire du 9 mars 2007, dame X._ a formé une demande en justice auprès du Tribunal cantonal de Neuchâtel tendant au paiement par A._ SA de la somme de 103'607 fr. ainsi qu'à l'inscription définitive de l'hypothèque légale à concurrence de 89'408 fr. Par jugement du 26 février 2010, le Tribunal cantonal de Neuchâtel a condamné A._ SA à payer à dame X._ la somme de 2'528 fr. et ordonné l'inscription définitive d'une hypothèque légale pour ce montant. Elle a rejeté la demande pour le surplus. C. Par acte du 1er avril 2010, dame X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral concluant à la réforme du jugement du Tribunal cantonal en ce sens que A._ SA est condamnée au versement de la somme de 103'607 fr. et qu'une inscription définitive de l'hypothèque légale à concurrence de 89'408 fr. est ordonnée. Subsidiairement, elle requiert l'annulation dudit jugement et le renvoi de la cause à l'instance inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation du droit fédéral, en particulier des art. 779 et 779a CC ainsi que de l'art. 18 CO, et l'établissement inexact des faits. L'intimée conclut au rejet du recours dans ses observations du 24 juin 2010. Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt.