Faits: A. La société genevoise X._ SA poursuit entre autres buts la gestion de fonds d'investissement et de placements financiers. Dans le cadre de ses activités, elle gérait différents fonds, dont un dénommé xxx. Par contrat de travail du 20 juin 2008, X._ SA a engagé Y._ en qualité de "Directeur - Senior Hedge Fund Advisor". Après période probatoire, le préavis de congé était d'un mois pendant la première année de service. En sus d'un salaire de base de 16'000 fr. brut par mois, l'employé avait droit à une rémunération définie de la façon suivante dans la langue originale du contrat: "a remuneration of 17,5% of a [recte: the] performance fee generated by the xxx Fund". L'employé a été licencié. Un litige a surgi quant au point de savoir si la résiliation avait été notifiée le 30 octobre 2008 pour l'échéance ordinaire du 30 novembre 2008, ou le 1er décembre 2008 avec effet immédiat. B. B.a Par demande du 13 mars 2009, l'employé a actionné l'employeuse devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. Selon ses dernières conclusions, il réclamait la somme de 652'892 fr. à titre de salaire de base, performance fee et indemnité pour licenciement immédiat injustifié. La Caisse cantonale genevoise de chômage est intervenue dans la procédure. Par jugement du 20 avril 2010, le tribunal a condamné l'employeuse à verser à l'employé 32'000 fr. bruts à titre de salaire pour les mois de décembre 2008 et janvier 2009, sous déduction de la somme nette de 14'074 fr. 85, laquelle devait être payée à la caisse de chômage. L'employeuse était invitée à procéder aux déductions sociales et légales usuelles. Elle était en outre condamnée à verser à l'employé une indemnité de 10'000 fr. pour licenciement immédiat injustifié. Le tribunal a par ailleurs constaté que l'employé avait déjà touché la somme nette de 95'000 fr. à titre de performance fee et n'avait plus de prétention de ce chef. B.b L'employé a formé appel de cette décision devant la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice. Il concluait à l'allocation de 215'688 fr. 70 brut à titre de performance fee, en sus des montants obtenus en première instance. L'employeuse a conclu au rejet. Par appel incident, elle a en outre requis que le jugement soit annulé en tant qu'il la condamnait au paiement de divers montants, les conclusions de l'employé devant être entièrement rejetées. Par arrêt du 25 octobre 2011, la Cour de justice a complété le jugement attaqué en condamnant l'employeuse à payer à l'employé la somme supplémentaire de 215'688 fr. 70 brut, dont à déduire les déductions sociales et légales usuelles. Elle a confirmé le jugement pour le surplus. C. Par-devant le Tribunal fédéral, l'employeuse (ci-après: la recourante) a interjeté un recours en matière civile dans lequel elle requiert que l'employé (ci-après: l'intimé) soit débouté de l'ensemble de ses conclusions, qu'il soit condamné à payer les frais et dépens des procédures cantonale et fédérale et qu'il soit débouté, ainsi que tout autre intervenant, de toutes autres ou plus amples conclusions. L'intimé a déposé une réponse dans laquelle il conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La caisse de chômage a confirmé sa production à concurrence de 14'074 fr. 85 en renonçant à se déterminer pour le surplus. La Cour de justice s'est référée à son arrêt. Le recourant a renoncé à déposer des observations supplémentaires dans le délai qui lui avait été imparti.