Faits: A. Dans sa déclaration d'impôt pour la période 2001/2002, A.X._, qui a exercé la profession d'avocat à titre indépendant de 1959 à 2002, et son épouse ont fait état d'un revenu imposable de 180'700 fr. et d'une fortune imposable de 1'801'000 fr. Par décision du 15 novembre 2002, les époux X._ (ci-après: les intéressés) ont été taxés pour cette période sur un revenu de 184'700 fr. et une fortune de 1'798'000 fr. Dans la déclaration d'impôt pour la période 2001-2002bis, A.X._ a mentionné un revenu d'activité lucrative indépendante de 208'676 fr. pour 2001 et de 420'058 fr. pour 2002 ainsi qu'un chiffre d'affaires de 435'400 fr. pour 2001 et de 545'500 fr. en 2002. La déclaration portait encore la précision suivante: "Le montant élevé du chiffre d'affaires en 2002 s'explique par le fait que le soussigné, dès qu'il a décidé à fin 2001 de mettre complètement fin à son activité professionnelle, a classé progressivement ou transmis à des confrères (associés ou non) tous ses dossiers en cours (env. 160 notes d'honoraires). Il ne s'agit donc pas de revenus "extraordinaires" au sens de l'art. 273 LI, des instructions générales complémentaires et de la déclaration spéciale. La pièce 9 du bordereau montre que les revenus professionnels sont très irréguliers en fonction des variations du chiffre d'affaires. Depuis 1983, celui-ci a dépassé quatre fois fr. 400.000 (...)". Le 23 janvier 2004, l'Office d'impôt du district de Morges a notifié aux intéressés une décision de taxation définitive concernant l'année 2002. Pour la première partie de celle-ci, soit la période allant du 1er janvier au 22 juillet 2002, il a fixé le revenu imposable à 183'500 fr., et la fortune imposable à 1'798'000 fr. Pour le solde de l'année 2002, il a fixé le revenu imposable à 80'700 fr. et la fortune imposable à 1'798'000 fr. Le 31 octobre 2006, l'Inspectorat régional de l'Office d'impôt de Nyon (ci-après: l'Inspectorat) a notifié aux intéressés une décision de taxation définitive pour la période 2002, frappant d'un impôt fédéral, cantonal et communal annuel séparé un revenu extraordinaire de 450'000 fr. réalisé lors de la cessation d'activité de A.X._. Le 8 novembre 2006, les intéressés ont déposé une réclamation contre la décision du 31 octobre 2006. Le 6 janvier 2009, l'Administration cantonale des impôts a partiellement admis la réclamation et réduit le revenu extraordinaire à 313'700 fr. En bref, l'Administration cantonale des impôts a considéré que les honoraires encaissés en 2001 et 2002 en lien avec la cessation de l'activité d'avocat devaient faire l'objet d'une taxation spéciale, tandis que les honoraires des factures qui avaient été émises, mais non encaissées, devaient être considérées comme des réserves latentes imposables comme bénéfice en capital au moment de leur réalisation. Les intéressés ont interjeté recours contre la décision sur réclamation du 6 janvier 2009 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Ils ont conclu à l'annulation des décisions du 6 janvier 2009 et 31 octobre 2006, principalement en ce sens que les décisions de taxation de janvier 2004 étaient définitives, subsidiairement parce qu'aucun motif de taxation n'était réalisé. A titre plus subsidiaire, les recourants concluent à ce qu'il soit constaté qu'aucun revenu extraordinaire n'a été réalisé pour l'année 2001 et enfin que les décisions attaquées soient réformées en ce sens que le montant de l'impôt dû au titre du bénéfice en capital ne dépasse pas 109'000 fr. ou au maximum 145'500 fr. B. Par arrêt du 18 juin 2009, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours. Il a annulé toute imposition de bénéfice en capital pour 2001, confirmé l'imposition séparée d'un bénéfice de 195'500 fr. pour 2002 et renvoyé la cause pour calcul de l'impôt. Il fallait qualifier d'extraordinaires le chiffre d'affaires 2002 qui dépassait la moyenne de ceux obtenus durant les années 1996 à 2001 (545'500 - 350'500), soit 195'500 fr. et soumettre ce montant à une imposition séparée. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les époux X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, l'annulation de l'arrêt attaqué, entraînant par voie de conséquence l'annulation de la décision rendue le 6 janvier 2009 par l'Administration cantonale des impôts et de celle rendue le 31 octobre 2006 par l'Office régional d'impôt, les taxations de janvier 2004 étant confirmées. Ils se plaignent de la constatation incomplète des faits et de la violation des art. 147 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), 51 et 53 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). A leur avis, la procédure de taxation spéciale des art. 47 LIFD, 18 LHID et 82 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11; en vigueur depuis le 1er janvier 2001, dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2002) était englobée dans les décisions de taxation définitives rendues en janvier 2004 par l'Office d'impôt de Morges. Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration cantonale des impôts concluent au rejet du recours. D. Par ordonnance du 8 septembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par les intéressés.