Faits: A. Le 11 mars 2005, A._ circulait au guidon d'une moto d'une cylindrée de 125 cm3 dans le canton de Genève, sur la route de Chancy en direction de Bernex. Ayant emprunté un giratoire, il a perdu la maîtrise de son véhicule, qui s'est couché sur le flanc gauche. Dans le rapport de police établi à la suite de cet accident, les agents ont relevé des traces de freinage et en ont déduit que non seulement A._ avait perdu la maîtrise de son véhicule mais qu'il avait en outre circulé à une vitesse qui n'était pas adaptée aux conditions de la route. Par décision du 9 juin 2005, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Genève (ci-après: le SAN) a ordonné le retrait de son permis de conduire pour une durée de trois mois en application de l'art. 16c al. 1 let. a de la loi fédérale sur la circulation routière (LCR; RS 741.01) au motif que l'intéressé avait circulé à une vitesse inadaptée et perdu la maîtrise de son véhicule. Par arrêt du 17 janvier 2006, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision. Rappelant que la durée du retrait de permis est de trois mois au minimum en cas d'infraction grave à la LCR, il a relevé que le SAN aurait pu, en retenant le cumul d'infractions, prendre une mesure plus incisive. B. A._ a formé un recours de droit administratif contre cet arrêt. La Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral a admis ce recours par arrêt du 15 juin 2006, au motif que l'état de fait lacunaire de l'arrêt attaqué ne permettait pas de déterminer si la vitesse avait été qualifiée à juste titre d'inadaptée au sens de l'art. 32 LCR (arrêt 6A.21/2006). Le Tribunal administratif a donc rendu un nouvel arrêt le 12 juin 2007. Il relevait que l'instruction complémentaire n'avait pas permis de réunir des preuves concernant la vitesse à laquelle circulait A._. Il considérait cependant que la perte de maîtrise constituait une faute grave au sens de l'art. 16c al. 1 let. a LCR et qu'il n'existait aucune circonstance pouvant conduire à une diminution de la faute, de sorte que le recours devait être rejeté. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt. Il se plaint d'une violation des art. 16 ss et 31 LCR. Il requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. Le Tribunal administratif se réfère à l'arrêt attaqué. L'Office fédéral des routes renvoie également à l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. Le SAN n'a pas présenté d'observations. D. Par ordonnance du 14 septembre 2007, le Président de la Ire Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.