Faits: A. A.X._, ressortissant albanais né en 1962 (ci-après: l'intéressé), est arrivé en Suisse le 22 avril 1991 avec son épouse et leur fille, née en 1989, pour y déposer une demande d'asile. Leur fils est né en Suisse le 22 février 1992. Par décision du 30 juillet 1992, l'Office fédéral des réfugiés (actuellement: Office fédéral des migrations) a rejeté cette demande et prononcé le renvoi de Suisse. Par décision du 18 décembre 1992, l'Office fédéral des migrations a annulé sa décision de renvoi et prononcé le même jour l'admission provisoire de l'intéressé, de son épouse et de leurs deux enfants. Par jugement du 1er novembre 2001, confirmé sur recours par la Cour de Cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois le 20 juin 2002 et par arrêts du 5 mai 2003 du Tribunal fédéral, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Côte a condamné A.X._ à deux ans et demi d'emprisonnement et à dix ans d'expulsion du territoire suisse, avec sursis pendant cinq ans, pour blanchiment d'argent par métier. Il lui était reproché d'avoir contribué, entre juillet 1998 et mars 1999, à écouler le produit d'un trafic de stupéfiants portant sur des sommes allant de 185'000 à 200'000 fr. et d'en avoir tiré un bénéfice représentant le dixième de cette somme. Le 31 août 2006, la Cour européenne des droits de l'homme a déclaré irrecevable la requête dont l'intéressé l'avait saisie le 16 novembre 2001 en invoquant la violation de la présomption de son innocence au cours de la procédure pénale engagée en Suisse. B. Par décision du 15 janvier 2003, l'Office fédéral des migrations a levé l'admission provisoire de A.X._ en application de l'art. 14a al. 6 de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 113). Le comportement délictueux de ce dernier, sanctionné par sa condamnation à deux ans et demi de réclusion pour blanchiment d'argent par métier, avait compromis la sécurité et l'ordre publics. Cette décision a fait l'objet d'un recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'asile. Par jugement du 4 février 2004, le Tribunal de première instance de la République et canton de Genève a prononcé le divorce des époux X._. Depuis le 13 septembre 2004, l'intéressé a pu travailler grâce à un régime de semi-détention. Par décision du 7 décembre 2004, la Commission de libération du Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Vaud lui a accordé la liberté conditionnelle dès le 9 janvier 2005. C. Le 30 décembre 2004, A.X._ a déposé une demande d'autorisation de séjour auprès de l'Office de la population du canton de Genève (ci-après: Office cantonal de la population), qui a été rejetée par décision du 31 octobre 2005 en raison de sa condamnation pénale. Cette décision n'a pas fait l'objet de recours. Le 14 décembre 2006, la Commission fédérale de recours en matière d'asile a rejeté le recours interjeté contre la décision du 15 janvier 2003 levant l'admission provisoire et imparti à l'intéressé un délai au 15 janvier 2007 pour quitter la Suisse. Le 11 janvier 2007, A.X._ a déposé une nouvelle demande d'autorisation de séjour auprès de l'Office cantonal de la population, fondée sur les relations étroites qu'il entretenait avec ses deux enfants, entre-temps devenus ressortissants suisses, ainsi que sur sa bonne réintégration professionnelle depuis sa libération. Le 5 mars 2007, A.X._ a contracté mariage à Genève avec son ex-épouse, également devenue suisse entre-temps. D. Par décision du 13 mars 2007, l'Office cantonal de la population a rejeté la nouvelle demande d'autorisation de séjour de A.X._, au motif que celui-ci avait violé de manière grave l'ordre public suisse. Par décision du 9 octobre 2007, la Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève a admis le recours que A.X._ avait interjeté le 5 avril 2007 contre la décision de l'Office cantonal de la population du 13 mars 2007. Le 9 novembre 2007, l'Office cantonal de la population a transmis le dossier de l'intéressé à l'Office fédéral des migrations pour approbation. Le 29 janvier 2008, l'Office fédéral des migrations a informé A.X._ qu'il entendait refuser de donner son approbation à l'autorisation de séjour que les autorités cantonales étaient disposées à lui accorder, tout en lui donnant l'occasion de se déterminer à ce sujet avant le prononcé d'une décision. E. Le 3 avril 2008, après avoir pris connaissance des observations de l'intéressé, l'Office fédéral des migrations a refusé son approbation et prononcé le renvoi de Suisse. L'intérêt public à l'éloignement de l'intéressé l'emportait sur son intérêt privé à la poursuite de ses relations avec son épouse et ses enfants, lesquels étaient d'ailleurs sur le point d'entrer dans la vie active. A.X._ a recouru contre cette décision le 6 mai 2008 auprès du Tribunal administratif fédéral. Par décision du 15 mai 2008, le Tribunal administratif fédéral a restitué l'effet suspensif. F. Par arrêt du 5 juin 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. Le droit à l'octroi de l'autorisation de séjour s'était éteint en raison de la condamnation pénale pour infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants. Le risque de récidive était élevé en raison du manque de repentir de l'intéressé. La durée de son séjour légal en Suisse devait être ramenée à sept ans. Son épouse, d'origine albanaise, connaissait la situation de l'intéressé avant de se remarier de sorte qu'elle devait accepter le risque d'une telle séparation. L'un de ses enfants étant majeur, il ne pouvait déduire de ses relations avec lui aucun droit de séjour en Suisse. Le deuxième était né le 22 février 1992. Comme il était encore mineur et qu'il entretenait avec lui des relations effectives et étroites, il pouvait invoquer un droit mais pour une période limitée de quelques mois de sorte que l'intérêt privé du recourant à pouvoir séjourner en Suisse ne l'emportait pas sur l'intérêt public à renvoyer un délinquant présentant un danger pour l'ordre et la sécurité publics, même si les faits ayant donné lieu à sa condamnation remontaient désormais à dix ans. Enfin, aucun obstacle n'empêchait le renvoi. G. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 5 juin 2009 par le Tribunal administratif fédéral et de renvoyer la cause à ce dernier pour approbation de l'octroi de l'autorisation de séjour. Il se plaint de la violation du droit national et international ainsi que du principe de proportionnalité. Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet du recours. H. Par ordonnance du 21 juillet 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par l'intéressé.