Faits: A. Par décision du 25 juin 2009, l'Office cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Genève a prononcé un retrait du permis de conduire de A._ pour une durée de six mois, pour deux excès de vitesse commis les 17 juillet et 11 septembre 2008. Le 20 juillet 2009, le prénommé a déposé un acte de recours contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: le Commission de recours). Il indiquait notamment qu'il n'était pas au volant de son véhicule au moment où ces deux infractions ont été constatées et que son permis de conduire lui était indispensable en sa qualité d'"entrepreneur indépendant dans le bâtiment". Par pli recommandé du 20 juillet 2009, la Commission de recours a accusé réception du recours et invité A._ à s'acquitter "dans le délai fixé (mentionné sous "conditions de paiement" de la facture remise en annexe) de l'avance de frais au moyen du bulletin de versement ci-joint, sous peine d'irrecevabilité du recours". Sur la facture en question, arrêtant le montant de l'avance de frais à 400 fr., la rubrique "condition de paiement" était formulée comme suit: "15 jours net à compter du 20-JUL-09". Il était en outre mentionné sur ce document, en petits caractères: "faute de paiement intégral dans le délai imparti, la demande précitée sera déclarée irrecevable". Par décision du 26 août 2009, la Commission de recours a déclaré irrecevable le recours de A._, au motif que l'avance de frais n'avait pas été effectuée dans le délai imparti et que l'intéressé n'avait pas prouvé ni allégué avoir été empêché sans sa faute de s'acquitter en temps utile du montant réclamé. Dans la partie "en fait" de cette décision, il est relevé que le pli recommandé du 20 juillet 2009 avait été retourné à la commission par la poste le 29 juillet 2009 avec la mention "non réclamé". B. A._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Il alléguait notamment ce qui suit: "concernant la lettre recommandée du 20 juillet 2009 je n'ai rien trouvé dans ma boîte aux lettres". Le Tribunal administratif a rejeté le recours par arrêt du 3 novembre 2009. Il a considéré que l'envoi recommandé était réputé notifié le dernier jour du délai de garde de sept jours, que le recourant devait s'attendre à recevoir une communication de la Commission de recours et qu'il lui appartenait de prendre toutes les dispositions utiles pour réceptionner le courrier qui lui serait adressé. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt ainsi que la décision de retrait de son permis de conduire, subsidiairement de renvoyer la cause à la Commission de recours pour qu'elle lui impartisse un délai suffisant pour effectuer l'avance de frais. Il se plaint d'une application arbitraire du droit cantonal de procédure (art. 9 Cst.), de formalisme excessif (art. 29 al. 1 Cst.) et d'une violation de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.). Il requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. Le Tribunal administratif se réfère aux considérants de son arrêt. L'Office cantonal des automobiles et de la navigation ne s'est pas déterminé dans le délai imparti. D. Par ordonnance du 14 janvier 2010, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.