Faits: A. A._ et B._ sont copropriétaires, sur le territoire de la commune de Boudry, d'une parcelle de 4'811 m2, portant au registre foncier le n° 6602 (anciennement n° 4874). Leurs parents D._ et C._ sont usufruitiers de ce bien-fonds non bâti, qui se trouve dans le hameau du "Vieil Areuse". B. Selon le plan d'aménagement communal et le règlement d'urbanisme (RU) adoptés par le Conseil communal en 1976 et entrés en vigueur en 1979 (ci-après: la réglementation de 1979), la partie de la parcelle n° 4874 classée en zone d'ancienne localité, soit 2'011 m2, était constructible. Conformément à l'art. 104 let. b RU l'implantation de nouvelles constructions était toutefois subordonnée à la présentation d'un plan de quartier, la parcelle précitée étant située dans un secteur comportant des constructions en ordre dispersé. Un nouveau plan d'urbanisation et un nouveau règlement d'aménagement communal (RAC) ont été adoptés en 1995 et sont entrés en vigueur le 21 juin 1996 (ci-après: la réglementation de 1996). La zone d'ancienne localité du hameau du Vieil Areuse est maintenue - et la partie nord de la parcelle n° 4874 (aujourd'hui n° 6602) demeure classée dans cette zone - mais l'art. 11.1.6 ch. 1 RAC prévoit désormais que la construction de nouveaux bâtiments est interdite dans le secteur du Vieil Areuse. C. Par demande déposée le 20 décembre 1999 devant la Commission cantonale d'estimation en matière d'expropriation (ci-après: la Commission d'estimation), les copropriétaires et usufruitiers de la parcelle susmentionnée (ci-après: les consorts A._) ont conclu au paiement par la commune de Boudry d'une indemnité d'expropriation matérielle de 263'900 fr., parce que la modification du règlement communal en 1996 avait rendu inconstructible leur terrain classé dans la zone d'ancienne localité. La Commission d'estimation a rejeté la demande par décision du 25 octobre 2001. Pour cette autorité, le terrain n'était pas immédiatement constructible sous l'empire de la réglementation communale de 1979, vu l'exigence de l'établissement préalable d'un plan de quartier. En outre, les propriétaires concernés n'avaient pas manifesté une intention de bâtir suffisamment concrète. Par arrêt du 5 février 2004, le Tribunal administratif cantonal du canton de Neuchâtel (devenu la Cour de droit public du Tribunal cantonal; ci-après: le Tribunal cantonal), a rejeté le recours formé par les consorts A._ contre cette décision. Il se référait pour l'essentiel à l'argumentation principale de la Commission d'estimation. Les consorts A._ ont contesté cet arrêt par la voie du recours de droit administratif au Tribunal fédéral, qui a admis ce recours par arrêt du 28 décembre 2004 (1A.58/2004, publié aux ATF 131 II 151). En substance, la Cour de céans a considéré que l'exigence de l'art. 104 let. b RU n'empêchait pas, à elle seule, une utilisation probable pour la construction dans un proche avenir. Il y avait donc lieu d'examiner si l'adoption de la nouvelle réglementation pouvait être considérée comme une mesure de déclassement ou de non-classement justifiant une indemnisation. La cause était dès lors renvoyée au Tribunal administratif cantonal pour nouvelle décision. Le 29 mars 2005, ce tribunal a admis le recours des consorts A._, annulé la décision de la Commission d'estimation du 25 octobre 2001 et renvoyé la cause à cette autorité pour nouvelle décision. D. Après avoir complété l'instruction, la Commission d'estimation a rendu une nouvelle décision le 31 octobre 2008. Elle a déclaré irrecevable la demande du 20 décembre 1999 en tant qu'elle émanait de D._ et C._, usufruitiers du bien-fonds litigieux, et elle a condamné la commune de Boudry à verser à A._ et B._ une indemnité de 262'000 fr. plus intérêt à 5 % l'an dès le 8 mai 1998. Elle a considéré que la portion litigieuse de la parcelle n° 6602 aurait dû être classée en zone à bâtir dès 1979, car elle faisait partie du milieu déjà largement bâti au sens des art. 15 let. a et 36 al. 3 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). L'interdiction d'y ériger de nouvelles constructions découlant du règlement d'aménagement communal entré en vigueur en 1996 devait donc être considérée comme une mesure de déclassement, constitutive d'une expropriation matérielle donnant lieu à indemnisation. Par arrêt du 2 novembre 2011, le Tribunal cantonal a rejeté le recours formé par la commune de Boudry contre cette décision. Il a considéré que la mesure litigieuse constituait bien une mesure de déclassement et non un refus de classement en zone à bâtir (ou non-classement). En effet, contrairement à ce que soutenait la commune recourante, la réglementation de 1979 était conforme aux exigences de la LAT et elle retenait à bon droit que le secteur du Vieil Areuse était propre à la construction. Il n'y avait pas lieu d'appliquer l'art. 17 al. 1 let. c LAT réservant les zones à protéger, dès lors que le règlement de 1979 comportait d'autres mesures tendant à la préservation du hameau, ce que permettait l'art. 17 al. 2 LAT. Enfin, le secteur était déjà largement bâti au sens de l'art. 15 let. a LAT, de sorte que la partie litigieuse de la parcelle n° 6602 aurait dû être classée en zone à bâtir dès 1979. L'interdiction de construire découlant du règlement entré en vigueur en 1996 devait par conséquent être qualifiée de mesure de déclassement, ouvrant la voie à une indemnisation pour expropriation matérielle. Les conditions d'une telle indemnisation étaient réalisées, dans la mesure où aucun empêchement juridique n'entravait la construction sous l'empire du règlement de 1979 et dès lors que l'équipement de la parcelle était suffisant au regard de l'art. 19 al. 1 LAT. E. La commune de Boudry forme un recours contre cet arrêt, en demandant au Tribunal fédéral de l'annuler. Elle conclut également à l'annulation de la décision rendue le 31 octobre 2008 par la Commission d'estimation. Elle invoque la prescription de l'action en indemnisation et se plaint de violations de diverses dispositions de la LAT et de l'art. 26 al. 2 Cst., ainsi que de constatations inexactes ou incomplètes des faits pertinents. Elle requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. Se référant aux considérants de son arrêt, le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours. A._, B._, C._ et D._ ont présenté des observations, concluant également au rejet du recours. La Commission cantonale d'estimation et l'Office fédéral du développement territorial ont renoncé à se déterminer. F. Par ordonnance du 20 décembre 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif. Le 3 janvier 2012, la commune de Boudry a présenté une nouvelle requête d'effet suspensif, que le Juge présidant la Ire Cour de droit public a admise par ordonnance du 20 janvier 2012.