Faits: A. Le 23 juin 2008, le Conseil d'Etat de la République et Canton de Neuchâtel a adopté l'arrêté relatif à la facturation des frais de sécurité publique des manifestations sportives exposées à la violence (ci-après: l'arrêté), lequel a été publié dans la Feuille officielle neuchâteloise du 27 juin 2008. Dans son préambule, l'arrêté se réfère à la loi fédérale du 21 mars 1997 instituant des mesures visant au maintien de la sûreté intérieure (LMSI; RS 120) ainsi qu'à son ordonnance d'application, du 27 juin 2001 (OMSI; RS 120.2), à la loi cantonale sur la police neuchâteloise et à la loi cantonale du 10 novembre 1920 concernant les émoluments (RS/NE 152.150). L'arrêté contient notamment les dispositions suivantes: "Champ d'application Article premier.- Le présent arrêté s'applique aux manifestations sportives au cours desquelles des comportements violents ou actes de violence justifiant un important service de maintien de l'ordre, sont à craindre. Principe Art. 2.- 1 Les organisateurs de telles manifestations versent à l'Etat un émolument pour couvrir les frais engagés pour garantir la sécurité publique. 2 Cet émolument correspond à tout ou partie des frais engagés par la police neuchâteloise pour le renforcement de la sécurité. Définitions Art. 3.- Dans le présent arrêté, on entend par: a) comportements violents ou actes de violence: tout comportement ou actes de violence tels que ceux qui sont notamment définis à l'article 21a de l'ordonnance sur les mesures visant au maintien de la sûreté intérieure (OMSI), du 27 juin 2001, et qui se déroulent à l'occasion de manifestations sportives. b) important service de maintien de l'ordre: l'engagement des effectifs supplémentaires de la police conduisant notamment à la révocation des congés, à la suppression des vacances voire à l'appel de renforts provenant d'autres cantons, ceci en vue d'assurer la sécurité publique. Participation des organisateurs Art. 4.- 1 La participation des organisateurs est fixée à 80% du coût effectif des frais engagés pour garantir la sécurité publique. 2 Le montant des frais peut être réduit en fonction des mesures prises par les organisateurs pour éviter les comportements violents ou les actes de violence. 3 La Police neuchâteloise définit les critères de réduction. 4 La participation minimale des organisateurs est fixée à 60% du coût effectif des frais engagés. Procédure a) évaluation et information Art. 5.- 1 La Police neuchâteloise procède à l'évaluation des risques et des frais de sécurité pour chacune des rencontres. 2 Elle informe les organisateurs du montant relatif à chaque manifestation. b) établissement et transmission de la facture Art. 6.- Une facture est établie pour chaque manifestation et adressée directement aux organisateurs par la Police neuchâteloise. c) titre exécutoire Art. 7.- Les factures établies par la Police neuchâteloise valent titre exécutoire en faveur de l'Etat, au sens de l'art. 80 de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP), du 11 avril 1889. d) voies de recours Art. 8.- 1 Les factures établies en vertu du présent arrêté peuvent faire l'objet d'un recours auprès du Département de la justice, de la sécurité et des finances (ci-après: le département). 2 Les décisions du département peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal administratif. 3 Au surplus, la loi sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA), du 27 juin 1979, est applicable." B. Par acte du 25 août 2008, les sociétés anonymes HCC La Chaux-de-Fonds SA, de siège à La Chaux-de-Fonds, et Neuchâtel Xamax SA, sise à Neuchâtel, ont interjeté un recours en matière de droit public à l'encontre de l'arrêté, en concluant à son annulation, sous suite de frais et dépens. Elles se plaignent que cet arrêté porterait atteinte à leur liberté économique et aux principes de l'encouragement du sport, de l'égalité ainsi que de la légalité. Dans une écriture du 24 septembre 2008, elles ont demandé que leur recours soit doté de l'effet suspensif. Le Conseil d'Etat neuchâtelois a conclu au rejet du recours, sous suite de frais. Il s'en est remis à justice quant au sort de la requête d'effet suspensif. Un second échange d'écritures a été ordonné. Par ordonnance du Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal de céans du 27 octobre 2008, la requête d'effet suspensif a été rejetée.