Faits: A. Le 9 septembre 2011, Y._, domicilié à Lutry (VD), a saisi le Tribunal d'arrondissement de La Côte d'une requête de conciliation, exposant qu'il avait été licencié avec effet immédiat le 7 juillet 2011 par son employeur - la société X._ SA, à ... (VD) - et qu'il avait des prétentions à formuler à son encontre. L'audience de conciliation a eu lieu le 20 décembre 2011 en présence de Y._; la société X._ SA ne s'est pas présentée. Le même jour, le président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a délivré à Y._ une autorisation de procéder contre X._ SA, déterminant à 190'141 fr. le montant des prétentions avancées par le demandeur. Par acte déposé au greffe de la Chambre patrimoniale cantonale le 21 mars 2012, Y._ a introduit une action contre X._ SA, réclamant à cette dernière, en capital, la somme de 127'652 fr.50, sous déduction des charges sociales, ainsi que la remise d'un certificat de travail. Dans sa réponse à la demande, X._ SA a mis en doute la validité de l'autorisation de procéder. B. Par prononcé du 19 septembre 2012, la Juge déléguée de la Chambre patrimoniale cantonale a dit que la demande déposée le 21 mars 2012 par Y._ à l'encontre de X._ SA était recevable. En bref, ce magistrat a considéré que l'autorité de conciliation n'était pas compétente ratione valoris pour connaître de la requête, parce que la valeur litigieuse était supérieure à 100'000 fr.; elle a estimé néanmoins que cette compétence n'était pas impérative et que la défenderesse avait accepté la compétence de l'autorité de conciliation en ne se présentant pas à l'audience. Saisie d'un appel formé par X._ SA, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois, statuant par arrêt du 7 décembre 2012, l'a rejeté, le prononcé attaqué étant confirmé. En substance, la cour cantonale a considéré que l'autorité de conciliation était manifestement incompétente en vertu du droit cantonal et qu'elle aurait dû écarter la requête qui lui était présentée; ayant estimé que l'on ne pouvait pas déduire une acceptation tacite de la compétence du président du tribunal d'arrondissement du fait que la partie défenderesse ne s'était pas présentée à l'audience, elle a retenu que l'existence d'une conciliation valable était une condition de recevabilité de l'action; la défenderesse aurait pu contester l'autorisation de procéder délivrée en faisant valoir, par la voie de l'appel, le moyen tiré de l'incompétence du juge conciliateur saisi; faute d'avoir exercé cette voie de droit, la défenderesse ne saurait plus remettre en question la procédure de conciliation devant le tribunal saisi, qui est compétent au fond, sans commettre un abus de droit. C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 59, 237 et 227 du Code de procédure civile (CPC; RS 272), elle conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la demande formée par Y._ est déclarée irrecevable. Sa requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 13 mars 2013. L'intimé propose le rejet du recours.