Faits: A. A._, née en 1988, a obtenu le permis de conduire catégorie B à l'essai en février 2007. Le 30 avril 2008, un retrait de permis d'un mois avec une prolongation d'un an de la période probatoire a été prononcé à son encontre, en raison d'un accident survenu le 16 février 2008 à la suite d'une perte de maîtrise due à une vitesse inadaptée. La faute a été qualifiée de moyennement grave. Le 7 mai 2008 à Neuchâtel, alors qu'elle débouchait d'une bretelle d'autoroute marquée par un "cédez le passage", A._ s'est engagée sans accorder la priorité à un véhicule qui circulait normalement. Un heurt violent s'en est suivi. Par ordonnance pénale du 10 juin 2008, le Ministère public du canton de Neuchâtel a condamné A._ à 350 fr. d'amende, en application de l'art. 90 al. 1 LCR. Ce prononcé n'a pas été contesté. Invitée à se déterminer à propos d'une éventuelle sanction administrative, A._ fit valoir, par son avocat, que l'endroit de l'accident était particulièrement dangereux en raison de la visibilité réduite. L'annulation du permis à l'essai, avec l'obligation de repasser l'examen de conduite, serait disproportionnée par rapport à la faute commise; elle entraverait l'intéressée - alors en formation - dans sa mobilité et l'empêcherait d'acquérir l'expérience nécessaire pour éviter ce genre d'accident. B. Par décision du 24 juillet 2008, la Commission des mesures administratives en matière de circulation routière du canton de Fribourg (CMA) a annulé le permis de conduire à l'essai, dès lors que sa titulaire avait commis une seconde infraction, moyennement grave, entraînant un retrait. Il y avait lieu par conséquent de reprendre à zéro toutes les formations nécessaires (sensibilisation au trafic, formation pratique de base) et de repasser entièrement tous les examens (examens théoriques et pratique). C. Par arrêt du 5 novembre 2008, la IIIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a confirmé cette dernière décision. L'état de fait retenu au pénal liait l'autorité administrative et les offres de preuve (inspection locale et production de statistiques sur les accidents survenus au même endroit) devaient être écartées. L'infraction commise, soit la violation d'une règle de priorité, était de gravité moyenne impliquant un retrait obligatoire du permis de conduire pour un mois au minimum. Les nouvelles dispositions sur le permis à l'essai étaient d'une sévérité accrue, voulue par le législateur. La caducité du permis à l'essai impliquait la répétition de l'ensemble de la formation et des examens prévus, après délivrance d'une expertise attestant l'aptitude à la conduite. D. A._ forme un recours en matière de droit public. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à la constatation qu'un nouveau permis d'élève conducteur pourra lui être délivré un an après la commission de l'infraction. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision après complément d'instruction. Elle demande l'effet suspensif. Le Tribunal cantonal, la CAM et l'Office fédéral des routes (OFROU) concluent au rejet du recours. La demande d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance du 8 janvier 2009. La recourante a répliqué.