Faits: A. A.a Dame A._, née en 1965, de nationalité suisse, et A._, né en 1961 à Alep (Syrie), de nationalité syrienne, se sont mariés le 30 novembre 1999 à Lancy (Genève). Par contrat de mariage du 15 novembre 1999, les futurs époux ont soumis leur union au régime matrimonial de la séparation de biens. Trois enfants sont issus de leur union: B._, né le 11 janvier 1994 et décédé le 11 mars 1994, C._, né le 10 avril 1996, et D._, né le 8 décembre 1999. A.b A._ a d'abord exercé une activité salariée qui lui a permis d'accumuler un avoir de libre passage de 5'284 fr. 90. Cet avoir a été déposé sur une police de libre passage qu'il a résiliée le 18 avril 1995, soit avant son mariage, pour faire verser l'argent sur le compte bancaire d'une société anonyme active dans le domaine de la construction. A._ s'est ensuite mis à son compte à deux reprises comme exploitant d'entreprises actives dans le bâtiment, avant que ces dernières ne soient déclarées en faillite, respectivement le 30 novembre 2001 et le 17 janvier 2006. A._ a bénéficié de l'aide sociale depuis une date inconnue jusqu'en juillet 2004, puis à nouveau depuis le 1er novembre 2006. Les charges incompressibles de A._ ont été arrêtées à 2'885 fr. par mois. A.c Dame A._ travaille comme éducatrice spécialisée à 80% et gagne, à ce titre, 5'910 fr. nets par mois. Ses charges mensuelles incompressibles ont été arrêtées à 3'099 fr. Les charges incompressibles de C._ et D._ ont été arrêtées respectivement à 722 fr. et 2'801 fr. par mois, ce dernier montant étant réduit à 2'700 fr. dans la mesure où l'entretien de base de l'aîné est partiellement couvert par les frais de l'internat qu'il fréquente durant les périodes scolaires. B. Par jugement sur mesures protectrices de l'union conjugale du 13 décembre 2001, le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance) a autorisé les conjoints à vivre séparés, a confié la garde des enfants à leur mère, tout en réservant un droit de visite usuel au père, et a condamné ce dernier à verser une contribution mensuelle à l'entretien de sa famille de 1'000 fr. A._ n'a jamais payé la contribution d'entretien. L'exercice de son droit de visite a quant à lui donné lieu à différentes difficultés. Par décision du 28 février 2007, l'Autorité de surveillance des tutelles, a modifié le droit de visite de A._ de sorte qu'il soit exercé un samedi par quinzaine dans un point-rencontre. Une curatrice a en outre été chargée de l'organisation et de la surveillance des relations personnelles. C. C.a En date du 19 août 2008, dame A._ a déposé une demande unilatérale de divorce par-devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Elle a en particulier conclu à ce qu'il soit renoncé au partage des avoirs de prévoyance accumulés par les époux pendant le mariage. A._ s'est déclaré d'accord avec le principe du divorce, mais s'est opposé aux autres conclusions de son épouse. Par jugement du 26 octobre 2009, le Tribunal de première instance a prononcé le divorce des époux A._ (chiffre 1), attribué l'autorité parentale et la garde des enfants à leur mère (chiffre 2), fixé les modalités du droit de visite du père (chiffres 3 et 4), maintenu la mesure de curatelle de surveillance de l'exercice de ce droit (chiffre 5), condamné A._ à contribuer à l'entretien de ses enfants à hauteur de 600 fr. par mois jusqu'à l'âge de 15 ans révolus, respectivement 750 fr. par mois dès 15 ans révolus jusqu'à la majorité ou jusqu'à la fin d'une formation régulièrement suivie (chiffre 6), constaté la liquidation du régime matrimonial (chiffre 7) et renoncé à procéder au partage des avoirs de prévoyance professionnelle (chiffre 8). C.b Statuant le 13 octobre 2011 sur appel de A._, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a partiellement réformé le jugement attaqué, en ordonnant notamment le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés par dame A._ pendant la durée du mariage, soit du 30 novembre 1999 au 4 décembre 2009, la cause étant transmise à la Chambre des assurances sociales pour instruction et décision (chiffre 8). D. Le 17 novembre 2011, dame A._ exerce un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'il soit renoncé au partage de ses avoirs de prévoyance professionnelle accumulés pendant le mariage. A l'appui de ses conclusions, la recourante invoque la violation des art. 123 al. 2 et 2 al. 2 CC. Elle sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire. L'intimé n'a pas été invité à répondre.