Faits: A. Le 9 novembre 2006, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a rejeté la demande de prestations de N._ tendant à l'octroi d'une indemnité journalière d'attente. L'assuré a déféré cette décision au Tribunal des assurances du canton de Vaud. Il a sollicité simultanément le bénéfice de l'assistance judiciaire provisoire que le juge instructeur a refusé de lui octroyer par décision incidente du 11 décembre 2006. Celui-ci lui a imparti à cette occasion un délai échéant au 15 janvier 2007 pour verser une avance de frais de 1'000 fr. ou déposer une décision du Bureau de l'assistance judiciaire au greffe du tribunal, en l'avertissant qu'à défaut, le recours serait déclaré irrecevable. B. N._ a interjeté un recours de droit administratif contre cette décision en concluant principalement à son annulation et subsidiairement à sa réforme, en ce sens que le montant de l'avance de frais soit ramené à 200 fr. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud et l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) ont conclu au rejet du recours, tandis que l'office AI a renoncé à se déterminer. C. Par ordonnance du 1er février 2007, le Président de la IIe Cour de droit social a accordé l'effet suspensif au recours.