Faits: A. Dès le 12 mars 2001, X._ a travaillé en qualité d'aide de bureau temporaire auprès de Y._. Le contrat de travail, conclu pour trois mois, disposait expressément que les rapports contractuels étaient réglés par les dispositions du Code des obligations et que le règlement du personnel de l'employeur - qui prévoyait notamment une assurance perte de gain en cas de maladie - ne s'appliquait pas aux employés temporaires. A son échéance, le contrat a été prolongé pour trois nouveaux mois. X._ a été en incapacité de travail pour cause de maladie durant une semaine à partir du 13 juillet 2001 et pour une durée de deux à trois semaines dès le 26 juillet 2001. Ensuite de ce second arrêt, il ne s'est plus présenté à son poste. Le 20 août 2001, Y._ a résilié le contrat de travail avec effet immédiat. Le 28 septembre 2005, X._ a demandé à Y._ 6'400 fr. bruts à titre de salaire pour la période du 18 août au 30 septembre 2001 et d'indemnité en compensation du droit aux vacances, ainsi que 23'040 fr. à titre de dommages-intérêts en compensation de l'indemnité que l'assurance perte de gain aurait dû verser pour la période du 1er octobre 2001 au 1er juillet 2002. Y._ a refusé d'y donner suite. B. Le 13 avril 2006, X._ a ouvert action contre Y._ en paiement des sommes susmentionnées. Par jugement du 30 août 2007, la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine a rejeté la demande. X._ a interjeté recours en appel contre ce jugement, augmentant ses conclusions à 30'000 fr., au motif qu'il avait appris que Y._ assurait les salaires de ses employés à 100% et pas seulement à 80%. Par arrêt du 13 août 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté le recours. C. X._ (le recourant) dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que son adverse partie soit condamnée à lui verser 30'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2002, avec suite de dépens des instances cantonales et fédérale. Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours, sous suite de dépens. La Cour de céans a délibéré en séance publique le 13 janvier 2009.