Faits: A. B.X._ exploitait des kiosques et exerçait une activité de grossiste en produits pour kiosques. En 1967, il a constitué la société D._ SA, avec quatre autres actionnaires. Ayant 63 actions, il détenait une participation de 7% dans cette société dont il est devenu administrateur. Il est mort en 1989 et son activité commerciale a été reprise par ses deux fils, A.X._ et C.X._, qui ont par ailleurs hérité des actions susmentionnées. Par contrat du 12 juin 2002, A.X._ et C.X._ ont vendu ces actions pour le prix global de 270'900 fr. Du 20 au 22 juin 2007, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a procédé à une expertise portant sur les comptes relatifs aux activités de A.X._ pour les années 2003 à 2005. Dans le projet de rapport qu'il a établi et envoyé électroniquement le 13 novembre 2007, l'expert a considéré que les actions susmentionnées faisaient partie de la fortune commerciale des frères X._ et proposé de soumettre le bénéfice en capital provenant de leur vente à l'impôt sur le revenu à titre de revenu extraordinaire pour l'année 2002 (imposition 2003A). A.X._ a fait part de ses observations sur ce projet le 8 janvier 2008. Le rapport d'expertise définitif a été établi le 21 février 2008. Le 25 mars 2008, la Commission d'impôt de district pour la commune de Sion (ci-après: la Commission d'impôt de district) a procédé à la taxation de A.X._ sur la base des propositions de l'expert et fixé le revenu extraordinaire imposable du contribuable pour l'année 2002 à 115'000 fr. Le 6 juin 2008, elle a rejeté la réclamation de l'intéressé contre cette décision. B. Par décision du 25 février 2009, notifiée le 27 avril 2009, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de A.X._ contre la décision de la Commission d'impôt de district du 6 juin 2008. C. Le 27 mai 2009, A.X._ a déposé au Tribunal fédéral un recours en matière de droit public à l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours du 25 février 2009. Il conclut, sous suite de frais (pour les procédures fédérale et cantonale) et dépens, à l'annulation de la décision attaquée. En outre, il demande à l'Autorité de céans, principalement, de dire "que la période fiscale 2002 durant laquelle les actions D._ SA ont été aliénées est atteinte par la prescription du droit de taxer" et, subsidiairement, de constater que les actions de D._ SA qu'il a aliénées appartenaient à sa fortune privée. Il requiert aussi le renvoi du dossier à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Commission cantonale de recours, le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais.