Faits: A. A.a X._ et dame Y._ se sont mariés le 21 septembre 1991. Ils n'ont pas conclu de contrat de mariage. En 2001, ils ont notamment acquis, en copropriété pour moitié chacun, un chalet situé à A._, pour la somme de 1'100'000 fr.; après d'importants travaux d'aménagement, le coût total de l'acquisition s'est élevé à 4'400'000 fr. L'immeuble a été grevé d'un prêt hypothécaire de 2'670'000 fr. et l'époux a investi un montant de 1'744'000 fr. dans l'acquisition et l'aménagement de ce bien. Sur cette somme, 1'010'424 fr. provenaient de ses biens propres, représentant 22,96% du coût total de l'acquisition, et 733'576 fr. de ses acquêts. A.b Statuant sur requête commune, le Tribunal de première instance de Genève a, par jugement du 14 novembre 2005, prononcé le divorce des époux et, notamment, homologué les articles VI et VII de la convention sur les effets accessoires du divorce signée le 18 mars 2005 par ceux-ci. Il ressort de l'art. VI ch. 6 de cette convention que les époux ont convenu de demeurer copropriétaires du chalet de A._. L'art. VI ch. 9 prévoit par ailleurs qu'en cas de vente du chalet à un tiers, "le produit de réalisation net dudit chalet, obtenu après déduction du solde de la dette hypothécaire, du remboursement à X._ de ses fonds propres correspondant au 20% de la valeur du chalet au moment de sa réalisation, de la commission de l'éventuel courtier et de l'impôt sur la plus-value immobilière, fera l'objet d'un partage par moitié entre les époux". A.c Le 20 octobre 2006, les parties ont vendu leur propriété de A._ ainsi que les meubles la garnissant pour un montant total de 15'475'000 fr., à savoir 14'500'000 fr. pour la parcelle n° ... (chalet), 475'000 fr. pour la parcelle n° ... et 500'000 fr. pour les meubles. Le prix de vente a fait l'objet d'une répartition partielle, dans la mesure où l'hypothèque (2'680'975 fr.) a été remboursée, les impôts (3'631'218 fr. 60) acquittés, les commissions de courtage (204'440 fr. et 279'760 fr.) payées. Des versements de 2'889'304 fr. à dame Y._ et 5'377'762 fr. à X._ ont été effectués. Le solde, de 411'540 fr. 40, est demeuré bloqué sur le compte ouvert auprès du Crédit Suisse par le notaire chargé d'instrumenter l'acte. B. B.a Les parties ne sont pas parvenues à s'entendre sur la répartition de ce montant. X._ soutient que la part de ses biens propres doit se calculer sur le prix de vente du chalet avant déduction de la dette hypothécaire, de l'impôt sur le gain immobilier et des frais de courtage, à savoir sur 14'500'000 fr., alors que, pour dame Y._, c'est sur la valeur vénale, au sens de l'art. 211 CC, à savoir après déduction de l'impôt et de la commission de courtage, mais avant le remboursement de la dette hypothécaire, que la part de fonds propres de son ex-époux doit se calculer. Par acte du 11 mai 2007, X._ a assigné dame Y._ devant le Tribunal de première instance de Genève en paiement de 411'540 fr. 40, avec intérêts à 5% dès le 20 octobre 2006, le tribunal devant préalablement constater qu'il avait droit à l'intégralité des fonds détenus par le notaire. Le 26 novembre 2007, dame Y._ s'est opposée à la demande et a conclu, "reconventionnellement", au versement de cette somme en ses mains. B.b Par jugement du 10 juin 2008, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté la demande en paiement déposée par X._, accordé à dame Y._ la somme de 411'540 fr. 40 et invité le notaire à verser ce montant en mains de l'intéressée. B.c Par arrêt du 20 février 2009, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel déposé par X._ contre ce jugement. C. Contre cet arrêt, X._ interjette le 30 mars 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit dit qu'il a droit à l'intégralité des fonds se trouvant actuellement encore en mains de Me B._, notaire à A._, au titre de solde du produit de la vente des parcelles n° ... et ... conclue à A._ le 20 octobre 2006 et à ce que dame Y._ soit condamnée à lui verser la somme de 411'540 fr. 40 avec intérêts à 5% à compter du 20 octobre 2006; il conclut par ailleurs au rejet de la demande "reconventionnelle". Il se plaint d'une violation de l'art. 18 CO. Par ordonnance du 4 mai 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif présentée par le recourant. Dame Y._ conclut au rejet du recours. La Cour de justice du canton de Genève se réfère aux considérants de son arrêt.