Faits: A. Depuis le 1er octobre 1997, Y._ (ci-après: le locataire) est locataire d'un appartement de deux pièces dont X._ SA (ci-après: la bailleresse) est propriétaire. Le contrat de bail à loyer prévoit un renouvellement aux mêmes conditions de six mois en six mois, sauf avis de résiliation donné au moins trois mois avant l'échéance. Le 1er septembre 2006, le locataire a sous-loué l'appartement en question à A._ (ci-après: le sous-locataire). Par courrier du 11 décembre 2006, la régie de la bailleresse a demandé au sous-locataire la production du contrat de sous-location. Ce dernier a répondu que le contrat avait été conclu oralement et sans date limite. Le 19 janvier 2007, la bailleresse a résilié le contrat de bail pour le 30 septembre 2007, au motif que le locataire sous-louait l'appartement sans avoir requis préalablement et par écrit son autorisation. B. Saisi par le locataire et statuant par jugement du 12 décembre 2007, le Tribunal des baux du canton de Vaud a prononcé que le contrat de bail avait été valablement résilié et qu'aucune prolongation de bail n'était accordée. En bref, il a considéré que la résiliation était valable dans la mesure où la sous-location avait été faite sans l'autorisation de la bailleresse et que la demande de prolongation du bail devait être rejetée en l'absence de conséquences pénibles pour le locataire. Par arrêt du 20 août 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours du locataire et annulé la résiliation de bail. En substance, elle a estimé que l'on ne saurait considérer que le locataire avait refusé de communiquer les conditions de la sous-location, dès lors que la bailleresse ne s'était pas adressée à lui mais au sous-locataire, que celui-ci ne pouvait être considéré comme son auxiliaire, et que l'on ne pouvait imputer au locataire les réponses du sous-locataire ou le caractère lacunaire desdites réponses. En outre, la violation formelle de l'obligation de demander préalablement le consentement écrit du bailleur, prévue à l'art. 22 des Dispositions paritaires romandes et règles et usages locatifs du Canton de Vaud [dans leur version adoptée le 24 novembre 1998]; ci-après: RULV), ne permettrait pas à elle seule de justifier une résiliation. Enfin, il n'était pas établi que le bail contrevenait à l'art. 22 al. 2 RULV, au vu du contrat de sous-location finalement produit et du fait que le locataire avait indiqué en procédure avoir l'intention de réintégrer l'appartement litigieux dans les deux ans. Pour le surplus, aucun autre élément du dossier ne permettait de considérer que la sous-location n'était pas autorisable pour d'autres motifs. C. La bailleresse (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à la réforme de l'arrêt du 20 août 2008 en ce sens que le contrat de bail a été valablement résilié le 19 janvier 2007 pour le 30 septembre 2007, avec suite de frais et dépens. Le locataire (l'intimé) propose le rejet des conclusions de son adverse partie, sous suite de frais et dépens. La Cour de céans a délibéré en séance publique le 10 mars 2009.