Faits : A. X._, domicilié dans le canton de Genève, est membre directeur de l'association A._ constituée en 2003. L'association A._ est une association au sens des art. 60 ss CC, inscrite au registre du commerce du canton de Genève depuis 2011, et dont le but statutaire est de «promouvoir l'effervescence de la musique électronique et ainsi donner aux jeunes les moyens de réaliser des projets vers ces fins communs (sic) ». Bien que, selon ses statuts, elle ne poursuive pas de but lucratif, elle exploite une discothèque sise à B._ à l'enseigne du C._ Club. Dès le 7 novembre 2003, elle a été considérée comme assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée par l'Administration fédérale des contributions. Le 29 juin 2005, X._ a signé sa déclaration fiscale 2004. Il déclarait exercer la profession de responsable logistique à 100 %, et avoir perçu comme seul revenu (à l'exception d'un «autre revenu» de 360 fr.) un salaire brut total de 36'000 fr. de la part de l'association D._. Le 4 août 2006, il a signé sa déclaration fiscale 2005. Il annonçait avoir perçu comme seul revenu (à l'exception d'un «autre revenu» de 360 fr.) un salaire brut total de 36'000 fr. de la part de D._. Le 28 juin 2007, il a signé sa déclaration fiscale 2006. Il déclarait exercer la profession de directeur technique et avoir perçu un salaire brut de 36'000 fr. de la part de l'association A._ (pour un taux d'activité de 50 %), et un salaire brut de 18'000 fr. de la part de D._ (pour un taux d'activité de 50 %) Le contrôle fiscal des 9 et 10 avril 2008 effectué par l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, a mis à jour des lacunes dans la comptabilité, soit notamment l'absence de caisse enregistreuse, de feuilles récapitulatives des recettes et de livre de caisse. L'Administration fédérale des contributions a reconstitué par estimation les chiffres d'affaires réalisés par l'association A._ entre le 7 novembre 2003 et le 30 septembre 2007 et arrêté, les 10 avril et 28 octobre 2008, des reprises pour un total de 85'449 fr. Le 20 janvier 2009, elle a confirmé dans une décision formelle les reprises notifiées les 10 avril et 28 octobre 2008. Par décision du 18 mai 2010 sur réclamation de l'association A._, elle a réduit la reprise à 54'025 fr. L'association A._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation du 18 mai 2010. Le 29 octobre 2008, l'Administration fiscale cantonale a informé X._ qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel d'impôt, pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal 2004 à 2006. Le 11 mars 2011, elle l'a informé que la procédure en rappel d'impôt et en soustraction d'impôt était étendue à l'impôt fédéral direct et à l'impôt cantonal et communal des périodes 2001 à 2003 en relation avec des prestations qu'il avait reçues de D._ et qui n'avaient pas été admises au chapitre de l'association. Le 8 avril 2011, l'Administration fiscale cantonale a informé X._ que la procédure en rappel et soustraction d'impôt concernant l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal pour les exercices 2001 à 2006 était close. Des reprises fondées sur les rectifications de l'Administration fédérale des contributions des recettes non comptabilisées, avaient été effectuées conformément au tableau suivant : Période de calcul prestation appréciable en argent de l'association A._1/3 prestation appréciable en argent de D._ IFD suppl. d'impôt et intérêts de retard ICC suppl. d'impôt et intérêts de retard 2001 1260 9,25 3,10 273,05 66,80 2002 1680 12,35 3,65 375,80 76,90 2003 1680 13,10 3,35 375,80 63,60 2004 0 2940 26,40 5,85 666,80 98,10 2005 68947 2940 3419,15 635,20 18569,15 2181,95 2006 73029 2940 4443,45 0 19652,90 0 Deux bordereaux d'amende ont été également notifiés à X._, un pour l'impôt fédéral direct, d'un montant de 3'480 fr. et l'autre pour l'impôt cantonal et communal, d'un montant de 20'286 fr. Ses bordereaux de taxation d'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2006 lui étaient également notifiés; l'impôt cantonal et communal 2006 s'élevait à 25'939 fr. 40 sur la base d'un revenu imposable de 116'691 fr. et l'impôt fédéral direct 2006 à 4'839 fr. 15 sur la base d'un revenu imposable de 119'300 fr. Le 17 mai 2011, X._ a déposé une réclamation auprès de l'Administration fiscale cantonale contre la décision du 15 avril 2011. Par deux décisions du 8 juillet 2011, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les reprises et rectifié les amendes les fixant à une fois le montant soustrait. Le 12 août 2011, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif de première instance contre les décisions sur réclamation du 8 juillet 2011. B. Par arrêt du 8 septembre 2011, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours déposé par l'association A._ en matière de taxe sur la valeur ajoutée. L'Administration fédérale des contributions était en droit de procéder à une reprise d'impôt et à procéder par estimation en utilisant la méthode des chiffres d'expérience. La marge retenue était du reste légèrement inférieure à la moyenne des entreprises du même genre (78 %) et était proche du minimum, soit 70 %. L'associaition A._ n'avait pas fourni les moyens de preuve permettant de considérer l'estimation comme manifestement erronée, et elle devait ainsi supporter les désavantages d'une situation illégale qu'elle avait elle-même créée. C. Par jugement du 10 décembre 2012, le Tribunal administratif de première instance a admis les recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles décisions de taxation de l'impôt cantonal et communal et de l'impôt fédéral direct 2005 et 2006 au sens des considérants. S'il était admis que l'association A._ avait réalisé durant les périodes fiscales concernées un bénéfice non comptabilisé, l'Administration fiscale cantonale n'apportait aucun élément factuel ni indice démontrant qu'un tiers de ce montant avait été versé à X._ ou que des frais de téléphone avaient été payés par D._. Le 16 janvier 2013, l'Administration fiscale cantonale a interjeté recours auprès de la Cour de justice du canton de Genève contre le jugement du 10 décembre 2012. D. Par arrêt du 26 novembre 2013, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. S'agissant des revenus provenant de l'association A._, la position de l'Administration fiscale cantonale s'appuyait sur deux indices, l'existence d'un chiffre d'affaires de l'association A._ sous-évalué et la position dirigeante au sein de celle-ci de l'intéressé partagée avec deux autres membres du comité, emportant, selon elle, présomption que le chiffre d'affaires non déclaré leur avait été versé à part égale. Nonobstant le fait que l'Administration fiscale cantonale n'avait pas apporté de preuve directe des versements, pareille présomption avait pour effet de demander à l'intéressé la preuve d'un fait négatif, ce qui ne pouvait être exigé de lui. S'agissant des prestations de téléphone portable prétendument versées de manière indue par D._, l'Administration fiscale cantonale invoquait des taxations entrées en force concernant cette association, mais ne les avait pourtant produites ni devant le Tribunal administratif de première instance, ni devant la Cour de justice. Les rappels d'impôts ainsi que les amendes devaient être annulés. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 26 novembre 2013 et de confirmer les décisions sur réclamation du 8 juillet 2011. Elle se plaint d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves ainsi que d'une violation de l'art. 8 CC. Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, le Tribunal fédéral a enregistré le recours sous les numéros d'ordre 2C_66/2014 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_67/2014 pour l'impôt fédéral direct. La Cour de justice du canton de Genève s'en tient aux considérants et dispositif de son arrêt. X._ conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'en remet à justice.