Faits: A. Par jugement du 21 janvier 2009, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a reconnu Y._ coupable de banqueroute frauduleuse. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de nonante jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 50 fr., et a suspendu l'exécution de cette peine, impartissant à l'intéressé un délai d'épreuve de deux ans. B. Statuant le 31 mars 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par Y._. En substance, cet arrêt cantonal repose sur les faits suivants: A la demande du couple A._, Y._, B._ et C._ ont créé le 5 avril 2004 la société D._ SA, dont le but était l'achat, la vente et la location de tout commerce. Les époux A._, qui ne voulaient pas apparaître comme actionnaire dans cette nouvelle entité, ont libéré le capital-actions de 100'000 fr. Toutefois, trois mois après sa création et alors que la société n'avait pas encore eu d'activité, ils ont récupéré leurs fonds propres, laissant subsister ainsi un manteau d'actions sans actif. Y._ a racheté au couple ce manteau d'actions pour la somme de 4'500 fr., montant correspondant aux frais de constitution de la société. Le 14 septembre 2004, il l'a revendu, pour le prix de 6'000 fr., à E._, qui lui avait été présenté par X._. En annexe au contrat figurait un bilan mensonger, selon lequel 97'500 fr. se trouvaient en caisse. Le bilan montrait ainsi, avec les frais de constitution de la société, un actif total de 100'000 fr., contrebalancé au passif par un capital du même montant. X._, dirigeant effectif de la société D._ SA, a cherché un local à Vevey pour l'exploitation du magasin D._ SA. Il a fourni l'agencement du magasin et a assuré la fourniture des vêtements durant la brève vie de la société. D._ SA a conclu avec F._ SA une convention, par laquelle cette dernière s'engageait à fournir des habits jusqu'au 31 décembre 2014 à son cocontractant, moyennant le versement d'une licence d'achat pour la somme de 50'000 fr. Y._ a vérifié la réalité comptable de cette opération tant sous l'angle de D._ SA, dont il était le comptable et le réviseur par le truchement de sa société G._ Sàrl, que sous l'angle de F._ SA, pour laquelle il assumait les mêmes fonctions. D._ SA a cessé son activité à la fin 2004. Sa faillite a été prononcée le 18 août 2005. Le 16 janvier 2006, l'Office des poursuites et faillites de Vevey a requis la suspension de la faillite faute d'actifs, au sens de l'art. 230 LP, au Président du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois, qui a dénoncé Y._, X._ et E._ le 17 janvier 2006. Finalement, l'un des créanciers a fait des avances de frais qui ont permis le traitement de la faillite. Le découvert de la faillite s'élève à 466'495 fr. C. Contre cet arrêt cantonal, Y._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Dénonçant la violation de l'art. 163 CP, Y._ conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il est libéré de l'infraction de banqueroute frauduleuse et, à titre subsidiaire, à l'annulation de celui-ci et au renvoi de la cause aux autorités cantonales pour nouveau jugement. Appelés à se déterminer, le Ministère public et la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois ont renoncé a déposé des observations.