Faits: A. X._ a été domicilié à A._ durant l'année 2001. Durant cette année-là, il a travaillé en qualité de responsable marketing auprès de B._ SA à Lausanne. Il a effectué les déplacements entre son domicile et son lieu de travail en voiture privée. Il a demandé la déduction de 26'565 fr. (230 j. x 210 km x 0.55) pour le transport depuis son domicile ainsi que 3'000 fr. de frais de repas pris à l'extérieur. Par décision du 10 avril 2003, l'Intendance des impôts du canton de Berne a taxé l'intéressé sur un revenu de 74'492 fr. pour l'impôt cantonal et communal et sur un revenu de 81'668 fr. pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001, retenant un montant de 25'410 fr. (220 j. x 210 km x 0.55) au titre de frais de déplacement duquel elle a retranché 21'730 fr. versés, selon certificat de salaire, par l'employeur à titre de "frais d'auto" (18'730 fr.) et "autres frais" (3'000 fr.). Seul un montant de 3'680 fr. a finalement été admis en déduction à titre de frais de déplacement. Par décisions du 19 février 2008 et du 14 octobre 2008, l'Intendance des impôts puis la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne ont confirmé la décision de taxation, l'intéressé n'ayant pas apporté la preuve que l'indemnité versée par son employeur ne servait qu'à couvrir ses frais de déplacement entre Lausanne et les diverses agences de B._ SA et non pas aussi les frais de déplacement entre son domicile et Lausanne. Par arrêt du 10 août 2009, le Juge unique du Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision rendue le 14 octobre 2008 par la Commission des recours en matière fiscale pour les mêmes motifs que cette dernière. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 10 août 2009 par le Tribunal administratif et de lui accorder une déduction au titre de frais de déplacement d'un montant de 26'565 fr., subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants et enfin plus subsidiairement de lui accorder une déduction de 13'000 fr. au titre de frais de déplacement. Le Tribunal administratif et l'Intendance des impôts du canton de Berne ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La Commission des recours en matière fiscale a renoncé à déposer des observations. X._ a présenté des contre-observations non sollicitées en date du 19 février 2010. C. Par ordonnance du 17 septembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'octroi de l'effet suspensif au recours déposée par l'intéressé.