Faits : A. A.a A la requête de la Compagnie Noga d'Importation et d'Exportation SA (ci-après: Noga), l'Office des poursuites de Genève a notifié, le 27 février 2003, à la Fédération de Russie un commandement de payer (poursuite no 03 116062 A) en recouvrement de 1'185'600'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 31 juillet 2002, correspondant à la contre-valeur de 800'000'000 USD dus en vertu d'un Protocole d'accord conclu entre les parties le 31 juillet 2002. Cet acte de poursuite a été frappé d'opposition. Par jugement du 7 juillet 2003, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition. Le 30 juillet 2003, la Fédération de Russie a soumis le litige à la Cour internationale d'arbitrage de la Chambre de commerce internationale, conformément au Protocole d'accord du 31 juillet 2002. Par courriers des 18 août 2003 et 2 octobre 2003, la Fédération de Russie a retiré l'appel qu'elle avait interjeté contre le jugement de mainlevée provisoire ainsi que l'action en libération de dette qu'elle avait introduite devant le Tribunal de première instance. B. B.a Le 12 septembre 2005, Noga a adressé à l'Office une réquisition de continuer la poursuite no 03 116062 A et de procéder à une saisie définitive, ainsi qu'une réquisition de convertir en saisie définitive le séquestre no 03 070378 G, ordonné le 22 décembre 2003 sur les avoirs de la Fédération de Russie auprès de CIM Banque et d'UBS SA, et validé par la poursuite no 03 116062 A. Le 3 novembre 2005, l'Office a signifié à IATA International Air Transport Association à Genève (ci-après: IATA) qu'il saisissait en ses mains tous les biens, actifs, actions, titres au porteur, obligations, etcqu'elle pourrait détenir pour le compte de la Fédération de Russie en son nom propre ou comme ayant droit économique par le truchement de personnes physiques et morales et toute créance dont la Fédération de Russie serait titulaire à son égard en son nom propre ou comme ayant droit économique par le truchement de personnes physiques ou morales, à quelque titre que ce soit, à concurrence de 1'378'594'263 fr. Il l'a invitée à verser immédiatement le montant à l'Office et a précisé que la notion d'ayant droit économique devait s'entendre au sens des art. 3 LBA, 305ter CP ainsi que des diverses dispositions régissant la Convention relative à l'obligation de diligence des banques (CDB 03). Le 28 novembre 2005, Moscow Center for Automated Air Traffic Control (ci-après: MATCC), qui revendique la propriété des avoirs saisis en mains de IATA, a porté plainte auprès de la Commission de surveillance contre l'avis de saisie du 3 novembre 2005, pour violation des art. 89 ss LP et de l'art. 92 al. 2 ch. 11 LP. B.b Parallèlement, le 24 novembre 2005, la Fédération de Russie a saisi la Commission de surveillance d'une dénonciation et, à titre subsidiaire, d'une plainte contre la décision de l'Office de donner suite aux réquisitions de continuer la poursuite. Par décision du 9 mars 2006, la Commission de surveillance a rejeté tant la dénonciation que la plainte. Contre cette décision, la Fédération de Russie a formé un recours de droit public au Tribunal fédéral et un recours auprès de la Chambre des poursuites et des faillites du Tribunal fédéral. Par ordonnance du 5 avril 2006, la Commission de surveillance a suspendu la procédure de plainte formée par MATCC jusqu'à droit jugé par le Tribunal fédéral sur les recours interjetés par la Fédération de Russie. Par arrêt du 21 septembre 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours de droit public; le même jour, la Chambre des poursuites et des faillites a partiellement admis le recours et réformé la décision attaquée en ce sens que les réquisitions de continuer la poursuite no 03 116062 A sont rejetées et que la saisie opérée auprès de CIM Banque et d'UBS SA demeure provisoire (arrêt 7B.55/2006). C. A la suite de ces arrêts, la Commission de surveillance a repris la procédure de plainte déposée par MATCC. Par décision du 14 décembre 2006, elle a rejeté la plainte et a précisé que, conformément à l'arrêt de la Chambre des poursuites et faillites du Tribunal fédéral du 21 septembre 2006, la saisie opérée en mains de IATA demeure provisoire. D. Le 28 décembre 2006, MATCC a formé un recours à la Chambre des poursuites et faillites du Tribunal fédéral; elle conclut principalement à la constatation de la nullité de la décision du 14 décembre 2006, subsidiairement à son annulation et à la libération des avoirs saisis, plus subsidiairement à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause à la Commission de surveillance. Elle requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. L'Office, IATA, la Fédération de Russie et Noga ont été invités à répondre; seules ces deux dernières l'ont fait. La Commission de surveillance se réfère aux considérants de sa décision. La demande d'effet suspensif a été rejetée.