Faits: A. A.a Au cours des séances des 25 et 26 avril 2005, le Conseil communal de E._ a examiné la question de savoir s'il pouvait maintenir sa confiance à l'égard du conseiller X._ ou s'il devait prendre des mesures particulières à son encontre. Le Conseil a alors étudié un projet de lettre à l'attention du Préfet de la Sarine que lui a soumis le syndic, Y._. L'envoi de ce courrier a été accepté à l'unanimité. Son contenu est, en substance, le suivant: « Nous avons pris note de la condamnation, par le juge d'instruction, de X._ à 20 jours de prison avec sursis. Si l'on ajoute à cette condamnation toutes les plus petites affaires le concernant et qui ont été notées dans les procès-verbaux depuis octobre 2003, le Conseil communal n'a plus confiance en lui. Vous connaissez la situation critique de notre Commune et, dès lors, le Conseil a décidé à l'unanimité de vous demander de prendre les décisions qui s'imposent ». A.b Par décision du 28 avril 2005, le Préfet de la Sarine a suspendu provisoirement X._ avec effet immédiat jusqu'à droit connu sur la procédure de révocation ouverte devant le Conseil d'Etat. A.c Le 1er mai 2005 à la réception du procès-verbal de la séance des 25 et 26 avril 2005, A._, conseiller communal, a adressé à Y._, le message électronique suivant: « Concernant le PV de la dernière séance, j'ai des contestations à formuler, il ne reflète pas du tout notre séance et nos décisions prises mardi. Avant d'ameuter les médias ou autres, je désire que l'on en discute au Conseil lundi à 18 heures. Je ne peux pas approuver ce PV sous sa forme actuelle ». Dans un courrier du 2 mai 2005, cosigné par les conseillers B._ et C._, A._ a expliqué au Préfet de la Sarine qu'il était scandalisé par le contenu du courrier du Conseil du 26 avril 2005 qui ne refléterait pas les décisions prises par celui-ci. Cette lettre indique notamment ce qui suit: « Après votation à mains levées pour savoir si nous étions d'accord que M. X._ continue avec nous et garde ses dicastères, il y a eu trois Conseillers qui ont approuvé le maintien en place de X._, contre deux, le Syndic et la Vice-Syndique qui étaient pour éjecter X._ ... Pour moi, il y a vice de forme avec intention mensongère de cacher la vérité, car depuis notre mise en place au Conseil, M. Y._ a toujours dit qu'il ne voulait pas de X._ au Conseil, il lui aura donc fallu 18 mois d'effort et de boniment pour en arriver à ses fins. C'est la deuxième fois que notre Syndic signe des lettres au nom du Conseil communal avec une omission délibérée. Je vous demande donc de bien vouloir prendre ma lettre en considération, car je ne peux pas, en mon âme et conscience, accepter un faux ». A.d Le 2 mai 2005, le Conseil communal de E._ s'est réuni pour sa séance hebdomadaire. Il ressort du procès-verbal ce qui suit: