Faits: A. Par jugement du 16 avril 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a reconnu X._ coupable d'injure, de menaces, de violence ou menaces contre les autorités et les fonctionnaires, de violation simple des règles de la circulation routière et de violation des devoirs en cas d'accident. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de 120 jours-amende, à 50 fr. le jour, ainsi qu'à une amende de 500 fr., la peine de substitution en cas de non-paiement de l'amende étant de 10 jours, peine partiellement complémentaire à celle prononcée le 6 octobre 2009. Cette autorité a également renoncé à révoquer le sursis accordé le 6 octobre 2009 et mis à la charge de X._ une partie des frais de procédure. B. Par jugement du 16 août 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a partiellement admis l'appel formé par X._ et réduit le montant du jour-amende de 50 fr. à 20 fr. le jour. Elle a repris le jugement du 16 avril 2012 pour le surplus. S'agissant de la condamnation de X._ pour violence ou menaces contre les autorités et les fonctionnaires, l'autorité cantonale a retenu, en bref, les faits suivants: B.a. Le 11 octobre 2009, à 3 h. 08, la Centrale d'engagement et de transmission a sollicité l'intervention de la gendarmerie, à la suite d'un appel de A._, harcelée par une personne qui s'est avéré être X._. Les policiers B._ et C._ se sont rendus à T._ où ils ont rencontré X._, fortement aviné, vociférant et créant du scandale. Ce dernier était blessé à la main droite après avoir cassé un carreau de la porte de l'immeuble de A._, qui avait refusé de lui ouvrir. B.b. X._ s'est tout de suite montré agressif envers les gendarmes. Il a menacé de les frapper si l'un d'eux le touchait. B._ et C._ ont été rejoints par D._ et E._ de la brigade canine. X._ a refusé de les suivre et s'est violemment débattu. Même menotté, il a continué à résister aux gendarmes touten fulminant et donnant des coups de pied. Il a également proféré des menaces à l'encontre des familles respectives des intervenants. C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation du jugement du 16 août 2012 en ce sens qu'il est libéré des chefs d'accusation d'injure et de menaces ou violence contre les autorités et les fonctionnaires, subsidiairement est libéré du chef d'accusation de violence contre les autorités et les fonctionnaires. Il requiert également que ce jugement soit modifié afin que la peine soit ramenée à 20 jours-amende, à 20 fr. le jour, et sollicite le renvoi de la cause pour le surplus à l'autorité cantonale afin qu'elle statue sur le sort des frais au niveau cantonal.