Faits: A. A.a Le 26 janvier 2009, la société X._ SA a requis le Président du Tribunal de première instance de Genève d'ordonner un séquestre sur les avoirs de l'Etat de Libye ou sur ceux de Y._ en main de A._ SA à hauteur de 3'990'313 fr. 39. Cette mesure a été autorisée le 3 février 2009 sur les seuls biens de l'Etat de Libye; elle n'a pas "porté". A.b Le 20 février 2009, X._ SA a déposé une nouvelle requête de séquestre, accompagnée de pièces complémentaires. Par ordonnance du 25 février 2009 (C/2549/2009-DSQ), le Président du Tribunal de première instance de Genève a autorisé le séquestre des avoirs de l'Etat de Libye (ch. I) et de ceux de Y._, mais appartenant en réalité à l'Etat de Libye (ch. II), à concurrence de 2'000'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 26 janvier 2009 (prétention réduite pour obtenir une diminution des sûretés à 200'000 fr.). B. Le 11 mars 2009, Y._ a formé opposition au second séquestre, faisant valoir que les biens séquestrés "lui appartiennent en pleine propriété". Par jugement du 14 juillet 2009, le Tribunal de première instance de Genève a, notamment, déclaré recevable l'opposition (ch. 1), révoqué l'ordonnance de séquestre (ch. 3) et ordonné la restitution des sûretés fournies par la requérante (ch. 4). Statuant le 26 novembre 2009 sur recours de la requérante, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement entrepris. C. Par mémoire du 28 décembre 2009, X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral; sur le fond, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué ainsi qu'à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet, de l'opposition au séquestre formée par Y._. L'autorité précédente se réfère aux considérants de son arrêt; l'intimée propose le rejet du recours et la confirmation de l'arrêt attaqué. D. Par ordonnance du 13 janvier 2010, la Présidente de la Cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours.