Faits: A. X._ SA (ci-après: X._), à Lausanne, est inscrite au Registre du commerce depuis 1969. Elle a pour but social l'exploitation d'une "entreprise de transports et de terrassements, ateliers de réparations pour camions et automobiles". Le capital-actions de cette société est de 50'000 fr. entièrement libéré, divisé en 50 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A._, président, de B._ et de C.X._, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D._ a également siégé dans le conseil d'administration. X._ Service SA (ci-après: X._ Service), à Lausanne, est inscrite au Registre du commerce depuis 1988. Elle a pour but social le "service de voirie, curage de canalisations, transports, vidange de fosses, entretien de routes". Le capital-actions de cette société est de 100'000 fr. entièrement libéré, divisé en 100 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A._, président, de B._ et de C.X._, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D._ a également siégé dans le conseil d'administration. Tous les administrateurs sont employés et actionnaires de X._ et de X._ Service. En plus de leur salaire de base, ils perçoivent, hormis C.X._, une part correspondant aux chiffres d'affaires et au bénéfice de ces sociétés. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice et le capital, X._ a été taxée définitivement pour les périodes allant de 2001 à 2005. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'Administration cantonale des impôts (ci après: l'Administration cantonale) a procédé à un contrôle des comptes de X._ pour ces périodes. Le 2 octobre 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure pour soustraction d'impôt à l'encontre de X._. Le 7 juin 2011, après avoir reçu les explications de la contribuable, l'Administration cantonale a rendu une décision de rappel d'impôt, taxation définitive et prononcé d'amendes. Pour l'impôt cantonal et communal, les rappels d'impôt ont porté sur le bénéfice imposable pour les périodes 2001 (soit 353'400 fr. au lieu de 253'700 fr.), 2002 (soit 257'400 fr. au lieu de 139'800 fr.), 2003 (soit 237'200 fr. au lieu de 133'900 fr.) et 2004 (soit 233'700 fr. au lieu de 143'000 fr), les montants fixés au titre du capital imposable n'étant de surcroît pas modifiés. Pour 2005, l'Administration cantonale a, au titre de la taxation définitive, arrêté le bénéfice imposable à 653'200 fr. (au lieu de 15'800 fr. déclaré) et le capital imposable à 1'838'000 fr. (au lieu de 1'330'000 fr. déclaré). Pour l'impôt fédéral direct, les compléments retenus pour le bénéfice imposable ont porté sur les périodes 2001 (soit 360'400 fr. au lieu de 258'700 fr.), 2002 (soit 262'600 fr. au lieu de 142'600 fr.), 2003 (soit 242'100 fr. au lieu de 136'700 fr.) et 2004 (soit 239'100 fr. au lieu de 146'300 fr). Pour 2005, l'Administration cantonale a, au titre de la taxation définitive, arrêté le bénéfice imposable à 671'500 fr. (au lieu de 16'200 fr.). Le montant total des compléments s'est élevé à 234'218,70 fr. pour l'impôt cantonal et communal (dont 232'823,65 fr. pour l'impôt sur le bénéfice), à 91'392 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le montant total des amendes prononcées s'est élevé à 112'300 fr. pour l'impôt cantonal et communal, 43'800 fr. pour l'impôt fédéral direct. L'Administration cantonale a fixé à 481'710,70 fr. le total final des compléments dus. Le 4 juillet 2011, X._ a interjeté une réclamation contre cette décision. Pour la période 2006, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'Office d'impôt des personnes morales) a, le 9 août 2011, fixé le bénéfice net de X._ à 207'400 fr., et le capital imposable à 1'982'000 fr., s'agissant de l'impôt cantonal et communal. L'Office d'impôt des personnes morales a établi l'impôt dû à ce titre à 50'185,80 fr. Pour l'impôt fédéral direct et la même période, l'Office d'impôt des personnes morales a fixé le bénéfice imposable à 207'400 fr., et l'impôt dû à 17'629 fr. Le 6 septembre 2011, X._ a déposé une réclamation contre cette décision. Le 14 octobre 2011, l'Administration cantonale a admis partiellement la réclamation du 4 juillet 2011, concernant les périodes allant de 2001 à 2005. Elle a réformé la décision du 7 juin 2011, en arrêtant le total des compléments dus au titre de l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice à 229'003,20 fr. (au lieu de 232'823,65 fr.), le total de l'impôt dû au titre de l'impôt fédéral direct à 89'887,50 fr. (au lieu de 91'392 fr.). L'Administration cantonale a également réduit le montant des amendes, soit 108'800 fr. pour l'impôt cantonal et communal (au lieu de 112'300 fr.), et 42'500 fr. pour l'impôt fédéral direct (au lieu de 43'800 fr.). Elle a rejeté la réclamation et confirmé la décision du 7 juin 2011 pour le surplus. Le total final des compléments ainsi arrêté s'élève à 470'190,70 fr. L'Administration cantonale a rejeté la réclamation du 6 septembre 2011, concernant la période 2006. X._ a recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud, en concluant à l'annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes. B. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice et le capital, X._ Service a déposé sa déclaration d'impôt pour les périodes 2005 et 2006. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'administration cantonale a procédé à un contrôle des comptes de X._ Service pour ces périodes. Le 2 octobre 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure pour soustraction d'impôt à l'encontre de X._ Service. Le 27 février 2009, l'Office d'impôt des personnes morales a, pour la période 2005 et s'agissant de l'impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et le capital imposable à 2'348'000 fr. L'Office d'impôt des personnes morales a fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 226'451,80 fr. Pour la même période et s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 90'491 fr. Le 27 mars 2009, X._ Service a formé une réclamation contre cette décision. Le 24 mai 2011, l'Office d'impôt des personnes morales a, pour la période 2006 et s'agissant de l'impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et le capital imposable à 2'424'000 fr. L'Office d'impôt des personnes morales a fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 22'033,45 fr. Pour la même période et s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 6'417,50 fr. Le 6 juin 2011, X._ Service a déposé une réclamation contre cette décision. Le 14 octobre 2011, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 27 mars 2009 et 6 juin 2011, et réformé les décisions des 27 février 2009 et 24 mai 2011. Pour la période 2005, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable à 1'044'300 fr., (au lieu de 1'064'600 fr.) pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que pour l'impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'186'900 fr. (au lieu de 2'348'000 fr.). Pour la période 2006, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable à 59'000 fr. (au lieu de 75'500 fr.) pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que pour l'impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'391'800 fr. (au lieu de 2'424'000 fr.). X._ Service a recouru, en concluant à l'annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes. C. Par arrêt du 28 mars 2013, le Tribunal a joint les causes de X._ et de X._. Il a partiellement admis le recours de X._ Service au sens des considérants, annulé la décision du 14 octobre 2011 et renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. Il a rejeté le recours de X._ et de X._ Service pour le surplus. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et de X._ Service demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 28 mars 2013 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud respectivement annulé en ce sens qu'aucune reprise n'est admise. Elles se plaignent de la violation de leur droit d'être entendues, de la violation de l'interdiction de l'arbitraire notamment dans l'appréciation des preuves ainsi que de l'établissement arbitraire des faits. Le Tribunal cantonal a produit le dossier de la cause et renoncé à déposer des observations. L'administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'administration fédérale des contributions se rallie aux observations et conclusions de l'Administration cantonale. Malgré une prolongation de délai au 26 août 2013 accordée par ordonnance du 2 août 2013 sur demande motivée du mandataire des intéressées, aucune observation complémentaire n'a été déposée.