Faits: A. A.a Par contrat de vente du 6 juillet 2005, la société Y._ SA, entreprise appartenant à X._ et comptant une soixantaine de salariés, a transféré à la société Z._ SA avec effet rétroactif au 30 avril 2005, l'un de ses trois secteurs de production (V._), lequel comptait 26 collaborateurs. Les rapports de travail de 23 sur 26 collaborateurs de l'unité précitée de Y._ SA furent transférés à Z._ SA avec pour conséquence un changement d'institution de prévoyance au 1er janvier 2006 pour les salariés concernés, lesquels ont quitté la Caisse de pensions X._ et ont intégré celle de Z._ SA. A.b Par courrier du 18 septembre 2006, Me Marc Nufer, avocat, agissant au nom des salariés transférés de Y._ SA à Z._ SA, requit de la Caisse de pensions X._ qu'elle procède à une liquidation partielle en raison de la restructuration de Y._ SA. Il demanda par ailleurs qu'une proposition et un plan de répartition des réserves et des fonds libres (y compris les provisions et les réserves de fluctuation) fussent soumis aux employés transférés. La Caisse de pensions X._ s'y refusa par réponse du 10 octobre 2006, faisant valoir que le détachement de personnes intervenu à la suite de la vente d'une division de Y._ SA à Z._ SA ne permettait pas, selon son règlement de liquidation partielle en cours d'approbation, de procéder à une liquidation partielle faute d'un nombre de personnes suffisant au regard de l'effectif de X._. A.c Par décision du 15 décembre 2006, l'Autorité de surveillance des fondations du canton de Neuchâtel (ci-après: l'Autorité de surveillance), organe de surveillance de la Caisse de pensions X._, approuva le règlement de liquidation partielle du 16 novembre 2006 de ladite Caisse. L'approbation de ce règlement fit l'objet de publications dans la Feuille Officielle Suisse du Commerce (FOSC) le 4 janvier 2007, dans la Feuille Officielle du canton de Neuchâtel et dans la Feuille des Avis Officiels du canton de Vaud le 5 janvier 2007 indiquant un délai de recours de 30 jours à compter desdites publications. La décision d'approbation du règlement ne fut pas contestée. A.d Le 1er février 2007, Me Nufer s'adressa à l'Autorité de surveillance en lui demandant de rendre une décision obligeant la Caisse de pensions X._ à procéder à une liquidation partielle. L'Autorité de surveillance répondit le 2 mars 2007 qu'au regard des 10'190 personnes constituant l'effectif total de la Caisse de pensions X._, le transfert des 26 collaborateurs de Y._ SA ne représentait qu'une réduction de 0,21 % (recte: 0,25 %), laquelle n'entraînait pas une liquidation partielle de l'institution de prévoyance. Dans une correspondance ultérieure du 19 avril 2007, l'Autorité de surveillance indiqua que le règlement de liquidation partielle de la Caisse de pensions X._, approuvé le 15 décembre 2006 et applicable rétroactivement depuis le 1er janvier 2005, ne prévoyait pas de liquidation partielle dans le cas d'espèce et qu'il appartenait à l'institution de prévoyance de se prononcer à ce sujet. Le 23 mai 2007, agissant au nom de 18 collaborateurs concernés par le transfert de Y._ SA à Z._ SA, Me Nufer requit une nouvelle fois de l'Autorité de surveillance qu'elle se prononce sur les conditions d'une liquidation partielle et rende une décision susceptible de recours. A.e Par décision du 15 juin 2007, l'Autorité de surveillance conclut que les conditions d'une liquidation partielle de la Caisse de pensions X._ n'étaient pas remplies. B. Agissant au nom de A._ et 17 consorts détachés de Y._ SA, Me Nufer interjeta un recours contre la décision précitée devant le Tribunal administratif fédéral en concluant, sous suite de frais et dépens, à ce qu'il soit ordonné à la Caisse de pensions X._ d'exécuter une procédure de liquidation partielle et d'élaborer un plan de répartition pour la distribution des réserves et des fonds libres (provisions et réserves de fluctuations incluses) en faveur des recourants. Invitée à se prononcer sur le recours, l'Autorité de surveillance proposa de le rejeter et de confirmer sa décision du 15 juin 2007. Pour sa part, la Caisse de pensions X._ conclut au rejet du recours. Par arrêt du 3 avril 2009, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours dans la mesure où il était recevable, annulé la décision de l'Autorité de surveillance du 15 juin 2007 et lui a renvoyé la cause pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. C. La Caisse de pensions X._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation, en concluant sous suite de frais et dépens, à ce qu'il soit constaté que les conditions d'une liquidation partielle ne sont pas remplies ainsi qu'à la confirmation de la décision de l'Autorité de surveillance du 15 juin 2007. Les intimés concluent au rejet du recours et à la confirmation du jugement attaqué. L'Autorité de surveillance des institutions de la prévoyance et des fondations du canton de Neuchâtel, Office de surveillance, a renoncé à se déterminer. D. Par ordonnance du 2 septembre 2009, le juge instructeur a admis la requête d'effet suspensif formée par la recourante. A la demande du juge délégué à l'instruction, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a déposé des observations portant sur la réalisation d'un cas de liquidation partielle. Les parties ont ensuite pu faire usage de la faculté qui leur était accordée de déposer des déterminations.