Faits: A. La société X._ SA (ou l'intimée), à Sion, fondée le 9 septembre 1999, a été inscrite au Registre du commerce du Valais central le 17 septembre suivant. Elle a pour but l'achat et la vente de tous biens mobiliers et immobiliers en Suisse. Son capital social, entièrement libéré, s'élève à 1'800'000 fr., divisé en actions nominatives de 1'000 fr. chacune. Son actionnaire principal et président du Conseil d'administration, A._, financier qui a la double nationalité britannique et suisse, détient 99,9% du capital-actions, tandis que MM. H._, administrateur et directeur administratif, et C._, membre du Conseil d'administration, sont titulaires d'une action chacun. Par acte notarié du 13 septembre 1999, X._ SA a acquis un immeuble en construction dénommé "Y._", sis sur la commune de Montana, qui comprenait une trentaine d'appartements résidentiels. Elle a ensuite transformé et vendu les appartements. Dans ses déclarations pour les sociétés à base de capitaux en matière d'impôts cantonaux et communaux, ainsi que pour l'impôt fédéral direct portant sur les exercices 2001 à 2003, X._ SA a indiqué un bénéfice de 418'812 fr. pour l'année 2001, de 1'609'091 fr. pour l'année 2002 et de 1'146'874 fr. pour l'année 2003. Le Service cantonal valaisan des contributions a décidé de procéder à une expertise des comptes de la société. Il est ressorti du rapport d'expertise du 22 avril 2005 que le total des ventes pour les années 2001 à 2004 a atteint la somme de 28'125'000 fr., que les commissions versées à des tiers durant cette période ont été de 5,75 % du chiffre d'affaires et que les honoraires pour les prestations effectuées par ZA._ Ltd, société basée en Angleterre, qui est intervenue dans la réalisation du projet, se sont élevés à 7,05% du chiffre d'affaires. Le paiement des honoraires a été effectué en faveur de la société ZB._ Ltd, inscrite au registre des sociétés de l'île de Guernesey le 22 juin 1999. L'expert estimait qu'il s'agissait de frais non justifiés par l'usage commercial et proposait que le montant de 1'913'030 fr., soit les honoraires des années 2001 à 2003 comptabilisés par X._ SA sur l'exercice 2003, soit ajouté au bénéfice imposable de cet exercice. Cela portait le bénéfice déclaré en 2003 de 1'146'874 fr. à 2'646'579 fr., après déduction d'une provision supplémentaire sur impôts de 413'325 fr. B. Le 10 juin 2005, la Commission d'impôt des personnes morales a procédé à la taxation de X._ SA. Suivant l'expertise, elle a arrêté le bénéfice net imposable pour l'année 2003 à 2'646'579 fr. Les bénéfices des années 2001 et 2002 déclarés par la société, soit 418'812 fr. et 1'609'091 fr., demeuraient inchangés. X._ SA a déposé une réclamation contre ce prononcé, en contestant la reprise de 1'913'030 fr. Elle a expliqué que la société ZA._ Ltd avait organisé le projet Y._ et l'avait ensuite géré. Il avait été convenu que celle-ci serait rémunérée à la performance, soit 7% du montant des ventes, ainsi que cela ressortait du contrat d'engagement du 28 octobre 1999 entre ZB._ Ltd et X._ SA. Elle a également produit une déclaration de ZA._ Ltd attestant l'absence de lien économique avec son actionnaire principal, A._. Par décision du 7 septembre 2005, la Commission d'impôts des personnes morales a rejeté la réclamation, en relevant l'insuffisance d'éléments probants quant à la justification économique des honoraires de ZA._ Ltd. C. X._ SA a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais qui, après avoir procédé à plusieurs auditions, a admis le recours, par décision du 17 décembre 2008. Elle a ainsi ramené le bénéfice net imposable en matière d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2003 à 1'146'874 fr., soit au montant déclaré par X._ SA. La Commission a retenu en bref que les auditions avaient renforcé la force probante des pièces déposées par X._ SA à l'appui de ses allégués, en y apportant quelques précisions. Elle en a déduit que ZB._ Ltd, société offshore, avait été constituée par ZA._ Ltd pour l'opération Y._; les tâches prévues par le contrat d'engagement avaient été effectuées par ZA._ Ltd, D._ y consacrant 80% de son temps de travail; sans lui, la promotion de l'immeuble Y._ n'aurait pas pu être effectuée telle qu'elle a été réalisée, dès lors que A._, financier, n'avait aucune expérience dans le domaine de la promotion immobilière; le montant des honoraires de ZA._ Ltd était tout à fait conforme à l'importance du projet Y._ et au travail de cette société; le fait que le paiement de ces honoraires ait été versé à ZB._ Ltd constituait une simple modalité de paiement convenue entre les deux sociétés. Partant, la juridiction cantonale a admis que les honoraires en cause constituaient des charges justifiées par l'usage commercial, qui pouvaient être déduites du bénéfice net. D. L'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et le Service cantonal des contributions forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et concluent à l'annulation de la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008, en tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal, sous suite de frais à la charge de X._ SA. Partant, ils demandent au Tribunal fédéral de confirmer la décision de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005, subsidiairement de renvoyer l'affaire à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour nouvelle décision. Au terme de ses déterminations, X._ SA conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais et dépens à la charge de l'Etat du Valais. La Commission cantonale de recours en matière fiscale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et propose d'admettre le recours sous suite de frais.