A.- Née en 1971, Y._ est notamment au bénéfice d'un permis de conduire pour véhicules automobiles depuis 1990. Elle n'a pas d'antécédents connus en matière de circulation routière. Célibataire, elle habite une ferme isolée entre C._ et D._. Après avoir occupé un emploi à E._, elle a été un certain temps au chômage; elle travaille actuellement à A._, où elle ne peut que difficilement se rendre autrement qu'en voiture depuis son domicile. Le 8 juin 1999, à 7 heures 25, elle a été enregistrée par un radar alors qu'elle circulait à B._ en direction de F._, à une vitesse de 72 km/h (marge de sécurité déduite), bien que la vitesse à cet endroit était limitée à 50 km/h, commettant ainsi un excès de vitesse de 22 km/h. Elle a déclaré avoir circulé sur ce tronçon, annoncé par le signal "Vitesse maximale, Limite générale", à la vitesse réglementaire, mais avoir accéléré trop tôt, soit avant le signal marquant la fin de la limitation, passant ainsi à une vitesse excessive devant le radar. Bien qu'à ce moment le trafic était important à cet endroit, il n'a pas été constaté qu'elle aurait créé un danger grave. B.- Par décision du 2 août 1999, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (ci-après: SAN) a ordonné, en application des art. 16 et 17 LCR, le retrait du permis de conduire de Y._ pour une durée d'un mois dès le 14 septembre 1999. Y._ a recouru contre cette décision au Tribunal administratif du canton de Vaud, sollicitant l'effet suspensif, qui lui a été accordé le 16 août 1999. Par arrêt du 29 octobre 1999, le Tribunal administratif a admis le recours, annulé la décision attaquée et renvoyé la cause au SAN pour qu'il statue à nouveau au sens des considérants. Relevant que B._ est un petit hameau, composé d'une dizaine de bâtiments dont seule la moitié se trouve à proximité immédiate de la route cantonale, il a estimé que, dans ces conditions, il y avait lieu d'admettre que l'infraction avait été commise hors localité; or, selon les critères applicables en tel cas, l'excès de vitesse constaté pouvait encore être considéré comme un cas de peu de gravité au sens de l'art. 16 al. 2 in fine LCR, dès lors que les circonstances concrètes (accélération à la fin de la zone de limitation, absence de création d'un danger grave) et la réputation de l'intéressée le permettaient; en conséquence, le retrait de permis devait être remplacé par un avertissement. C.- Le SAN forme un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de l'art. 16 al. 2 LCR, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la confirmation de sa décision du 2 août 1999. Dans sa réponse, l'intimée demande au Tribunal fédéral d'examiner son cas en tenant compte de la difficulté qu'elle aurait de se rendre à son travail autrement qu'en voiture et de la nécessité que la mesure soit exécutée de manière à ce qu'elle ne se retrouve pas au chômage. Le Tribunal administratif vaudois conclut au rejet du recours, se référant pour l'essentiel à sa décision. L'Office fédéral des routes (OFR), observant notamment que l'infraction ne saurait être considérée comme ayant été commise hors localité, conclut à l'admission du recours.