Faits : A. A.a. La Société d'équipement de la région d'Ajoie et du Clos du Doubs (ci-après: la SEDRAC) est une association de droit public, dont peuvent être membres la République et canton du Jura, ainsi que les communes du district de Porrentruy. Son objectif consiste dans l'achat, l'équipement et la mise à disposition d'immeubles industriels propres à assurer un développement économique harmonieux dans le district de Porrentruy. Pour pallier la pénurie de terrains équipés et bien situés, cette association a décidé de développer une nouvelle zone d'activités d'intérêt cantonal à C._. Les propriétaires des terrains concernés sont a priori d'accord de céder les surfaces nécessaires, mais demandent d'autres terres en compensation. Une promesse de vente a ainsi été signée avec Z._, propriétaire de l'immeuble feuillet n° **** du ban de D._, d'une surface de 133'744 m2. Cette parcelle est en zone agricole et prise à ferme par X._, agriculteur. La SEDRA entend acquérir ce terrain dans le but de l'échanger avec les terres agricoles qui passeraient en zone à bâtir dans le cadre de la réalisation de la nouvelle zone d'activités d'intérêt cantonal. Dans ce but, elle a adressé à la Commission foncière rurale du canton du Jura (ci-après: la Commission foncière) une demande tendant à constater que l'acquisition de ce bien pourrait être autorisée pour servir de remploi en cas de réalisation de la nouvelle zone d'activités. A.b. Par décision du 6 juillet 2012, la Commission foncière a constaté, d'une part, que la vente de l'immeuble en cause n'était pas soumise à l'interdiction de partage matériel du droit foncier rural et, d'autre part, que la SEDRAC pourrait être autorisée à acquérir l'immeuble en question pour l'échanger, ceci sous réserve de différentes conditions (liées à la localisation de la nouvelle zone d'activités, au prix convenu, à la qualité des nouveaux propriétaires et à l'obligation d'une éventuelle revente). Le 26 février 2013, statuant sur opposition de X._, fermier de la parcelle en question, la Commission foncière a partiellement modifié sa décision et a rejeté l'opposition pour le surplus. Elle a ainsi constaté que la SEDRAC ne pourrait être autorisée à acquérir l'immeuble en question. En substance, elle a retenu que, selon l'art. 65 al. 1 let. b de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR ou la loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11), l'acquisition par la collectivité publique ou par ses établissements est autorisée quand elle sert au remploi en cas d'édification d'un ouvrage; or, le "dézonage" de terrains agricoles en zone à bâtir ne constituait pas un ouvrage. B. Par arrêt du 30 septembre 2013, le Tribunal cantonal de la République et canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a admis le recours de la SEDRAC et a annulé la décision sur opposition du 26 février 2013. Il a jugé que la SEDRAC souhaitait équiper une future zone industrielle, ce qui devait être considéré comme un ouvrage prévu conformément aux plans du droit de l'aménagement du territoire au sens de l'art. 65 al. 1 let. b LDFR. En outre, le projet de zone correspondait à un objectif précis et à une procédure réalisable. Toutes les conditions légales étaient donc réalisées. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 30 septembre 2013 du Tribunal cantonal. La SEDRAC et le Tribunal cantonal proposent, sous suite de frais et dépens, le rejet du recours et la confirmation de l'arrêt attaqué. La Commission foncière a renoncé à se déterminer sur le recours. Après avoir consulté l'Office fédéral de la justice et l'Office fédéral de l'agriculture, l'Office fédéral du développement territorial conclut que l'autorisation requise ne saurait être accordée, les conditions d'application de l'art. 65 al.1 let. b LDFR n'étant pas satisfaites. Z._ n'a pas déposé d'observations. Les parties se sont encore prononcées par écriture du 30 avril 2014 et du 24 juin 2014 pour X._ respectivement du 28 mai 2014 pour la SEDRAC.