Faits: A. Le 31 octobre 2001, X._, ressortissant marocain né en 1961, a épousé au Maroc une compatriote titulaire d'une autorisation d'établissement dans le canton de Genève. Le 10 avril 2002, il est entré officiellement en Suisse au bénéfice d'une autorisation de séjour pour regroupement familial, régulièrement renouvelée jusqu'au 9 avril 2005. Le 17 septembre 2002, X._ a été condamné par ordonnance pénale du Procureur du canton de Genève pour lésions corporelles simples au préjudice de son épouse. La plainte ayant été retirée le 30 septembre 2002, cette ordonnance a été annulée par le Tribunal de police. Le 13 mars 2003, l'épouse de X._ a informé l'Office cantonal de la population du canton de Genève qu'elle vivait séparée de son mari depuis le 3 février 2003. Le 21 mars 2003, elle a déposé une demande unilatérale de divorce. Le 13 août 2003, est né A._, fils des époux X._. Par ordonnance du 30 janvier 2004, le Procureur du canton de Genève a condamné X._ à une peine de 8 jours d'emprisonnement avec sursis durant trois ans et à une amende de 600 fr. pour conduite en état d'ébriété. Par jugement du 17 février 2005, entré en force le 5 avril 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce des époux X._ et attribué l'autorité parentale sur A._ et sa garde à sa mère. Après avoir enquêté sur les relations entre X._ et son fils, l'Office cantonal de la population a déclaré à l'intéressé qu'il était disposé à autoriser la poursuite de son séjour sur le territoire cantonal, mais que cette décision demeurait soumise à l'approbation de l'Office fédéral des migrations. B. Par décision du 9 janvier 2006, l'Office fédéral des migrations a refusé de donner son approbation à la prolongation de l'autorisation de séjour de X._ et lui a imparti un délai au 10 avril 2006 pour quitter la Suisse. A l'appui de sa décision, il a considéré en substance que l'intéressé ne pouvait plus se prévaloir de son mariage avec une personne disposant d'une autorisation d'établissement en Suisse. Son séjour en Suisse avait été bref eu égard aux quarante années qu'il avait vécues au Maroc. Il n'avait que de faibles capacités professionnelles et son comportement avait négativement attiré l'attention des autorités. Le souhait de rencontrer son fils un jour par semaine durant quelques heures ne justifiait pas le renouvellement de l'autorisation, le droit de visite pouvant être exercé depuis le Maroc. L'exécution du renvoi était en outre possible et licite. Le 9 février 2006, X._, représenté par une mandataire, a interjeté recours contre la décision rendue le 9 janvier 2006 auprès du Département fédéral de justice et police. Il demandait l'annulation de cette décision et la délivrance d'une autorisation de séjour afin de pouvoir continuer à entretenir des relations avec son fils. Il a fait valoir que son droit de visite allait être élargi, qu'il était à la recherche d'un emploi qui lui permettrait de continuer à assumer ses obligations financières envers son fils, qu'il bénéficiait du soutien de ses frères et soeurs établis en Suisse et qu'il n'avait passé que cinq années au Maroc depuis 1986. Par courrier du 3 octobre 2007, X._ a annoncé au Tribunal administratif fédéral qu'il avait trouvé du travail et versait régulièrement la contribution d'entretien de son fils. Le 12 décembre 2007, le Service de protection des mineurs du canton de Genève a adressé au Tribunal administratif fédéral un rapport daté du 10 décembre 2007 évaluant la relation entre X._ et son fils. Par ordonnance du 21 décembre 2007, le Tribunal administratif fédéral a communiqué sa composition, transmis copie du rapport d'évaluation du 10 décembre 2007 à l'Office fédéral des migrations et à la mandataire de X._ et imparti à ce dernier un délai au 21 janvier 2008 pour faire part des derniers développements relatifs à sa situation, notamment en ce qui concerne les relations avec son fils et le règlement des contributions d'entretien, preuves à l'appui. Le 8 février 2008, la mandataire de X._ a communiqué au Tribunal administratif fédéral la résiliation de son mandat. Par courrier du 28 mars 2008, invoquant les problèmes d'acheminement du courrier qu'avait connus X._, cette même mandataire a demandé au Tribunal administratif fédéral un délai au 4 avril 2008 pour produire les explications et les justificatifs demandés par ordonnance du 21 décembre 2007. C. Par arrêt du 28 mars 2008, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de X._. Il a considéré que les relations avec son fils A._ n'avaient été effectives que quinze mois après la naissance de ce dernier, qu'elles se déroulaient dans un cadre protégé et que le droit de visite s'exerçait un jour par semaine de 10h00 à 18h00. Même si, depuis le mois de septembre 2005, l'intéressé avait beaucoup investi dans la relation avec son fils et que l'autorité envisageait un élargissement du droit de visite, comme le confirmait le rapport du 10 décembre 2007, cette relation demeurait ténue et ne s'exerçait pas de manière autonome. Il a constaté que l'intéressé ne versait pas de manière régulière les contributions d'entretien de son fils, qu'il n'avait d'ailleurs pas fourni les justificatifs demandés et que sa situation professionnelle était précaire. Il avait exercé divers emplois peu qualifiés, avait été victime d'un accident de travail en août 2003, n'avait plus travaillé jusqu'en avril 2007 pour ne retrouver que des emplois temporaires entrecoupés de périodes de chômage. Dans ces conditions, comme l'intéressé avait exercé des violences à l'encontre de son épouse durant la vie commune, qu'il avait été condamné à 8 jours d'emprisonnement avec sursis pendant trois ans et à une amende de 600 fr. pour conduite en état d'ébriété, son comportement n'était ni irréprochable ni exempt de toute plainte, de sorte qu'il se justifiait de refuser le renouvellement de l'autorisation de séjour, le droit de visite pouvant être organisé depuis son pays d'origine en fonction des séjours touristiques autorisés par la loi. Enfin, toutes les conditions pour exécuter le renvoi de X._ au Maroc étaient réunies. Le 2 avril 2008, le Tribunal administratif fédéral a accusé réception du courrier de la mandataire de X._, précisant qu'il n'avait pas été possible de prendre son contenu en considération et que l'arrêt du 28 mars 2008 avait été notifié directement à l'intéressé. Le 3 avril 2008, X._, agissant par sa mandataire, a décrit sa relation avec son fils, sa situation professionnelle et produit diverses preuves, notamment en relation avec les paiements des pensions alimentaires. Par courrier du 8 avril 2008, le Tribunal administratif fédéral a accusé réception du courrier du 3 avril 2008, indiquant qu'il était versé au dossier sans suite. D. Par mémoire du 5 mai 2008 adressé au Tribunal administratif fédéral, X._ a demandé la révision de l'arrêt du 28 mars 2008. Par arrêt du 20 mai 2008, constatant que l'intéressé avait déposé le même jour un recours auprès du Tribunal fédéral, le Tribunal administratif fédéral n'est pas entré en matière sur la demande de révision et a transmis le dossier de cette procédure au Tribunal fédéral. E. Par mémoire du 5 mai 2008, intitulé recours de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral l'annulation de l'arrêt du 28 mars 2008, la prolongation de son séjour en Suisse et un délai pour compléter son mémoire. Il se plaint de la constatation arbitraire des faits et de la violation de l'art. 8 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'Office fédéral des migrations en propose le rejet. F. Par ordonnance du 9 mai 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.