Faits: A. Le 25 novembre 2008, le Grand Conseil vaudois a adopté un décret relatif à la nouvelle classification des fonctions et à la nouvelle politique salariale de l'Etat de Vaud (DecFO, RS/VD 172.320). Entré en vigueur le 1er juillet 2009, ce décret prévoit notamment la création d'une commission de recours chargée de traiter les contestations liées au niveau des postes (ci-après: la commission), avec un recours possible au Tribunal de prud'hommes de l'administration cantonale (ci-après: le TriPAC). Au mois de décembre 2008, l'Etat de Vaud a adressé à ses collaborateurs des avenants à leur contrat de travail précisant notamment le niveau de fonction, avec effet au 1er janvier 2008. Le décret ayant fait l'objet d'un recours à la Cour constitutionnelle cantonale, assorti de l'effet suspensif, la commission n'a pas encore été constituée. Le Service du personnel de l'Etat de Vaud (ci-après: le SPEV) a donc fait savoir que les recours devaient lui être remis "pour adresse", et qu'ils seraient enregistrés auprès du TriPAC, dans l'attente de l'issue du recours auprès de la Cour constitutionnelle. De nombreux recours, destinés à la commission, ont ainsi été adressés, soit au SPEV, soit directement auprès du TriPAC. Au mois de mars 2009, le SPEV a remis aux chefs de service de l'Etat de Vaud une liste des quelque 1100 personnes qui avaient saisi la commission, par son intermédiaire. Après avoir saisi le Préposé à la protection des données et à l'information (ci-après: le Préposé), la Fédération des sociétés de fonctionnaires vaudois (FSF) a demandé au Président du Conseil d'Etat, le 14 mai 2009, de constater l'illicéité de la liste de recourants établie par le SPEV, d'ordonner la destruction de cette liste et d'en interdire l'utilisation, de détruire les copies de recours en mains du SPEV et de mettre un terme au traitement officieux des recours. Le Chef du SPEV a rejeté ces conclusions. B. Par décision du 27 juillet 2009, le Préposé a demandé au SPEV de détruire les éventuelles copies qu'il détenait de recours adressés à la commission, et d'informer les autorités d'engagement qu'elles devaient faire disparaître toute mention, dans les dossiers personnels des collaborateurs, des recours qui avaient été retirés. En tant qu'autorité chargée de réceptionner les recours, le SPEV était habilité à ouvrir le courrier, à enregistrer les dates de réception et à établir des listes à ce sujet. Il pouvait aussi, conformément à l'art. 7 al. 3 de la loi vaudoise sur la procédure administrative (LPA/VD, RS/VD 173.36), informer les autorités d'engagement (en principe les chefs de service), puisqu'il s'agissait des autorités appelées à participer à la procédure. La mention d'un recours dans les dossiers personnels était aussi admissible, sauf pour les recours qui avaient été retirés. L'éventuelle détention de copies de recours était inutile au SPEV, car celui-ci n'était pas compétent pour les traiter. Les autres conclusions de la FSF ont été écartées. C. La FSF a saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: la CDAP) qui, par arrêt du 20 janvier 2010, a réformé la décision du Préposé en ordonnant au SPEV de détruire les copies de recours retirés (I), en ordonnant au SPEV et aux autorités d'engagement de détruire les listes de recours retirés (II) et en demandant au SPEV d'informer les autorités d'engagement qu'elles devaient faire disparaître des dossiers personnels toute mention des recours retirés. La réception des recours et la transmission d'une liste de recourants aux autorités intimées étaient couvertes par la LPA/VD et non par la loi cantonale sur la protection des données (LPrD, RS/VD 172.65). La détention par le SPEV de copies des recours non retirés était également soumise à la LPA/VD, de sorte que le préposé n'était pas compétent pour en ordonner la destruction. S'agissant en revanche des recours retirés, la procédure administrative avait pris fin de sorte que la LPrD s'appliquait. Les données relatives au dépôt d'un recours n'étaient pas des données sensibles. La possession par le SPEV de copies de recours retirés ne se justifiait pas, pas plus que la conservation d'une liste de recours retirés et la mention correspondante dans les dossiers personnels et les listes détenues par les autorités d'engagement. D. Par acte du 3 mars 2010, la Fédération des sociétés de fonctionnaires vaudois forme un recours de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à la CDAP. Subsidiairement, elle reprend les conclusions soumises à l'instance précédente. La CDAP conclut au rejet du recours en se référant à son arrêt. Le Préposé a confirmé ses prises de position précédentes. Le SPEV conclut au rejet du recours.