Faits: A. Le 30 août 2005, le Gouvernement de la République et Canton du Jura a adopté l'arrêté fixant la répartition des charges découlant du paiement des allocations familiales aux personnes sans activité lucrative pour 2004 (ci-après: l'arrêté du 30 août 2005), publié au Journal officiel de la République et Canton du Jura du 7 septembre 2005 et entré immédiatement en vigueur. Selon l'art. 1er de cet arrêté, le coût des allocations familiales versées aux personnes sans activité lucrative s'élève pour 2004 à 1'994'655 fr.; cette somme est répartie entre la Caisse cantonale d'allocations familiales et les caisses privées reconnues d'allocations familiales selon une clef de répartition basée sur les salaires déterminants conformément au tableau annexé à l'arrêté. D'après ce tableau, la Caisse de compensation pour allocations familiales de l'Union patronale interprofessionnelle (ci-après: la Caisse d'allocations familiales interprofessionnelle) doit s'acquitter, d'un montant de 315'554 fr. 40. B. Serge Riat SA est une entreprise de peinture membre de la Caisse d'allocations familiales interprofessionnelle. A ce titre, elle est tenue de lui verser des contributions qui couvrent également les allocations familiales en cause. C. Agissant par la voie du recours de droit public pour violation de l'art. 8 Cst., la Caisse d'allocations familiales interprofessionnelle (ci-après: la recourante n° 1) et Serge Riat SA (ci-après: la recourante n° 2) demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement d'annuler l'arrêté du 30 août 2005, subsidiairement de l'annuler dans la mesure où il met à charge de la Caisse un montant de 315'554 fr. 40. Le Gouvernement de la République et Canton du Jura conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, subsidiairement au prononcé d'une décision l'incitant à adopter une loi conforme à la Constitution. Lors d'un second échange d'écritures, les recourantes ont confirmé leurs conclusions et proposé le rejet de la conclusion subsidiaire du Gouvernement jurassien. Ce dernier a confirmé ses conclusions.