Faits: A. A.a X._ SA (ci-après: X._ ou la société) est une société anonyme sise à Genève, enregistrée le *** 2007. Son but statutaire est l'amélioration des conditions de vie, notamment par la mise en place d'initiatives et de projets dans les secteurs de la défense de la dignité humaine, l'éducation et la formation, la santé et la médecine (y compris traditionnelle), la protection de l'environnement, la communication et sensibilisation, ainsi que la contribution au développement de projets de microfinance. Par décisions du 17 décembre 2008 respectivement du 4 mars 2009, les autorités compétentes ont exonéré X._ des impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) pour une durée de dix ans à partir de la période fiscale 2008, ainsi que de l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour une durée indéterminée à partir de la même période. A.b X._ a clos son premier exercice à fin 2007 et se retrouvait de ce fait imposable pour la période fiscale 2007. A la demande de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) qui avait reçu la déclaration fiscale 2007, la société a produit des courriers concernant le poste «Dons/projets divers» d'un montant de 48'460.- fr. constitué de deux dons: un premier de 28'460 fr. et un second de 20'000 fr.- seul encore en cause devant le Tribunal fédéral. Une lettre du 29 mars 2008 de l'association «A._», sise à Genève, confirmait la réception de ce don destiné à la réalisation d'une bibliothèque pour femmes d'un collège afghan. A.c Le 19 mars 2009, l'Administration fiscale a fait parvenir à X._ des bordereaux pour les ICC et pour l'IFD de la période fiscale 2007, période pour laquelle X._ ne bénéficiait pas encore d'exonération. Le premier mentionnait un bénéfice imposable de 69'972 fr. et un capital imposable de 122'588 fr.; l'impôt total s'élevait à 16'770 fr. 70; le second bordereau fixait le bénéfice imposable à 69'900 fr. pour un impôt de 5'941 fr. 50. L'Administration fiscale n'avait pas admis la déduction des charges de 48'460.- fr. présentées sous le poste «Dons/projets divers», estimant qu'elles n'étaient pas justifiées par l'usage commercial. Par deux décisions du 23 juillet 2009, l'une relative à l'ICC et l'autre à l'IFD, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation de la société. A.d Le Tribunal de première instance du canton de Genève a, par jugement du 31 octobre 2011, rejeté le recours formé contre les décisions sur réclamation. X._ n'avait pas démontré que les associations bénéficiaires de ses dons avaient leur siège en Suisse et étaient exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique. Interpellée par X._, B._ a confirmé, par courriel du 7 décembre 2011, que «A._» était une association à but non lucratif exonérée d'impôts, mais qu'elle n'avait pas de lettre de l'Administration fiscale «sous la main». B. X._ a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après : la Cour de justice) contre le jugement susmentionné. La société argumentait, notamment, qu'elle n'était que propriétaire à titre fiduciaire des fonds reçus; elle n'en était, en effet, que la gardienne et elle avait l'obligation de les utiliser et de les transmettre conformément au but de leur collecte; ces fonds ne pouvaient, dès lors, pas être considérés comme un revenu. Par arrêt du 2 octobre 2012, la Cour de justice a partiellement admis le recours. Elle a, en cela, suivi les conclusions de l'Administration fiscale qui avait finalement reçu les pièces prouvant la déductibilité du don de 28'460 fr. Elle a toutefois rejeté le recours en tant que le don de 20'000 fr. à «A._» était concerné. Elle a, en particulier, refusé de procéder à l'audition de B._. Elle ne souscrivait pas à l'existence d'un rapport de fiducie entre X._ et «A._»; la société n'avait produit aucun contrat écrit ni aucun élément permettant de retenir que l'obligation qu'elle avait de verser les sommes en cause au bénéficiaire était de nature juridique et non uniquement morale. Elle retenait, en outre, que «A._» n'était pas au bénéfice d'une exonération fiscale, exonération qui était une condition pour la déductibilité du don. C. X._ déclare «recourir» contre l'arrêt du 2 octobre 2012 de la Cour de justice. Elle demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'annuler l'arrêt susmentionné et de renvoyer la cause à cette autorité judiciaire pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque exclusivement la violation de son droit d'être entendue consécutive au refus de procéder à l'audition de B._. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt, alors que l'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.