Faits: A. A.a X._ SA, société anonyme ayant son siège à La Chaux-de-Fonds (ci-après: la société), est propriétaire des bâtiments nos xx et yy à La Chaux-de-Fonds, situés sur les articles 1 et 2 du cadastre de cette ville. La Caisse de pensions A._, la Caisse de pensions B._, la Caisse de pensions C._, D._ SA et la Fondation de prévoyance E._, réunies sous l'appellation de Groupement F._ (ci-après: le groupement), sont titulaires en copropriété, pour différentes quotes-parts, d'un droit de superficie faisant l'objet d'un droit distinct et permanent immatriculé comme tel au registre foncier (article 3 du cadastre de La Chaux-de-Fonds) et portant sur l'intégralité de la surface de l'article 4, lui-même propriété de la commune de La Chaux-de-Fonds. Le groupement est à l'origine de la construction d'un vaste complexe immobilier, connu sous le nom de Y._, sur la parcelle de plus de 36'000 m2 dont il bénéficie. Les travaux ont impliqué des tirs de minage qui se sont déroulés dans le courant de l'été 1992, sans qu'en soit connue avec précision la date de début et de fin. Auparavant, les promoteurs avaient confié à un architecte, Z._, le mandat de dresser un constat détaillé de l'état de tous les bâtiments voisins du chantier, au nombre desquels figuraient les deux immeubles de la société. Au cours des travaux de minage, deux propriétaires voisins ont signalé l'apparition de dégâts causés à leurs bâtiments, sis aux nos aa et bb. L'architecte susnommé a été appelé à faire un nouveau constat de l'état de ces immeubles, dont les propriétaires ont en fin de compte été indemnisés par l'assureur de l'entreprise qui avait effectué les minages. Au 1er octobre 1992, aucun autre cas n'avait été signalé. A.b Par lettre du 28 juin 1994, adressée à l'entreprise générale chargée de la réalisation des travaux, la société a indiqué que des fissures nouvelles étaient apparues à l'intérieur de ses immeubles et qu'elle avait rencontré des problèmes de fermeture de portes et fenêtres, ce qu'elle mettait implicitement en relation avec les opérations de minage de « l'année passée ». Elle invitait en conséquence l'entre-preneur général à prendre contact avec elle pour constater les dégâts. Un premier constat a eu lieu le 12 décembre 1994. Il a été suivi d'un échange de correspondance puis, le 20 septembre 1995, d'un deuxième constat, à l'occasion duquel le recours à un expert a été décidé. Le 15 novembre 1995 - alors que le chantier était achevé - l'architecte susmentionné a établi un rapport comparant l'état actuel des immeubles concernés à celui de juin 1992. Constatant l'existence de nouvelles fissures, ce rapport les attribuait implicitement aux travaux d'excavation de l'été 1992. Comme ledit architecte était censé se limiter à un constat exhaustif de toutes les fissures constatées sur les immeubles de la société, la qualité d'expertise n'a pas été reconnue à son intervention. Une nouvelle rencontre ayant pour but le choix d'un expert a réuni la société, le groupement et divers assureurs le 28 mars 1996. Des propositions ont été faites à ce sujet, puis les mandataires des intéressés ont encore échangé de la correspondance. Le 5 juin 1997, le groupement a fait savoir à la société qu'il avait décidé de ne pas entrer en matière sur les dommages qu'elle alléguait. Le 24 août 1995, le groupement avait signé une renonciation à invoquer la prescription, pour autant que celle-ci n'eût pas déjà été acquise à cette date. Diverses prolongations ont reporté les effets de cette renonciation au 30 juin 1997. La société a requis des poursuites le 18 juin 1997 et des commandements de payer la somme de 500'000 fr. en capital ont été adressés à chaque membre du groupement entre le 3 et le 5 juillet 1997. Ils ont tous été frappés d'opposition totale. A.c Le 17 juin 1998, la société a ouvert action contre les membres du groupement, en concluant à ce qu'ils soient condamnés à lui payer la somme de 57'956 fr.55 avec intérêts à 5% dès le 18 juin 1997. Elle demandait en outre que la mainlevée de l'opposition faite aux commandements de payer soit prononcée à concurrence de cette somme. Les membres du groupement ont conclu au rejet de la demande, en invoquant la prescription de la prétention. Ils ont de plus contesté différents postes du compte de dommage. Dans le cadre de l'administration des preuves, une expertise a été ordonnée et confiée à une société d'hydrogéologie, de géotechnique et de géologie, pour élucider l'origine des dommages causés aux immeubles de la société. Il en résulte que les fissures subies par les bâtiments ont, selon toute vraisemblance, d'autres causes que les tirs de minage de l'été 1992. B. Par jugement du 23 septembre 2002, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté la demande. Selon cette autorité, si les dommages allégués étaient consécutifs aux tirs de minage effectués en 1992, comme le soutenait la société, ils étaient nécessairement apparus avant la fin de cette même année: invoquée pour la première fois en juin 1994, la créance en réparation de la société était donc prescrite. Comme la demanderesse n'avait pas démontré l'existence d'un lien de causalité entre un éventuel excès dans l'exercice de ses droits de la part du groupement et des fissures qui seraient apparues tardivement, sa demande devait être rejetée en toutes hypothèses. B.a Contre ce jugement, la société a déposé à la fois un recours de droit public et un recours en réforme au Tribunal fédéral. Le 16 avril 2003, la IIe Cour civile du Tribunal fédéral a rejeté le recours de droit public, dans la mesure de sa recevabilité. Elle a en revanche partiellement admis le recours en réforme, en tant que recevable, annulé le jugement du 23 septembre 2002 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal fédéral a considéré en substance que la cour neuchâteloise avait méconnu la notion de connaissance effective du dommage au sens de l'art. 60 CO, qui régissait la prescription à laquelle était soumise la demande, en considérant que la demanderesse aurait dû inspecter ses immeubles rapidement. Le délai d'une année, prévu à l'al. 1 de cette dernière disposition, partait en effet du jour où le lésé avait effectivement eu connaissance du dommage, et non de celui où il aurait pu découvrir l'importance de sa créance en faisant preuve de l'attention commandée par les circonstances. Or, s'il était concevable que la société ait rapidement eu une connaissance effective du dommage, l'autorité cantonale n'avait cependant effectué aucune constatation sur ce point. Il lui incombait en conséquence de compléter l'état de fait et de déterminer, sur cette base, à quel moment la société avait effectivement eu connaissance du dommage. Si l'autorité cantonale arrivait à la conclusion que la demande n'était pas prescrite, il lui appartiendrait de se prononcer sur l'existence éventuelle d'un lien de causalité naturelle et adéquate entre les opérations de minage et les fissures invoquées, ce qui n'avait pas été fait. B.b A la demande des parties, une instruction complémentaire limitée à la question de la prescription a d'abord été menée. Par jugement sur moyen séparé du 25 septembre 2006, la Cour civile neuchâteloise a rejeté l'exception de prescription soulevée par le défendeur. C. Statuant à nouveau par jugement du 21 avril 2008, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, se fondant sur les conclusions de l'expert, a rejeté la demande en réparation du dommage, au motif que l'existence d'un lien de causalité naturelle et adéquate entre les opérations de minage conduites par le groupement défendeur durant l'été 1992 et le dommage allégué par la société demanderesse n'avait pas été dûment établi. Cette autorité a par ailleurs considéré que la nouvelle argumentation de la recourante visant à étendre la relation de cause à effet qu'il convenait d'établir, en ce sens que le lien de causalité ne devait plus être noué seulement entre les tirs de minage et les fissures, mais, de façon générale, entre celles-ci et la conduite du chantier, n'était pas recevable, pour divers motifs. D. La société exerce un recours en matière civile contre le jugement du 21 avril 2008. Elle demande au Tribunal fédéral de condamner les membres du groupement à lui payer la somme de 57'956 fr.55 avec intérêts à 5% dès le 18 juin 1997 et de prononcer, à concurrence de ce montant, la mainlevée de l'opposition faite aux commandements de payer nos 1, 2, 3, 4 et 5. Subsidiairement, la recourante conclut au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelles instruction et décision. Les intimées proposent le rejet du recours. L'autorité cantonale n'a pas formulé d'observations et s'est référée aux considérants de son jugement.