Faits: A. A._ est propriétaire de l'art. 447 du registre foncier de la commune d'Avry. B._ est propriétaire de l'art. 745; il est également propriétaire de l'art. 835 en copropriété avec C._. Ces trois parcelles, qui font partie de la zone industrielle de Rosé, sont empiétées par la route de l'Industrie. L'emprise actuelle des servitudes est de 106 m2 pour l'art. 447, 40 m2 pour l'art. 745 et 224 m2 pour l'art. 835. Le 21 juillet 2001, le Conseil communal d'Avry a déposé une requête d'ouverture d'expropriation pour la reprise des routes de la zone industrielle de Rosé sur les propriétés foncières précitées. Cette demande était motivée par le souhait de la commune de revaloriser cette zone et faciliter l'accès à toutes les industries. Par ordonnance du 24 octobre 2001, le président de la Commission d'expropriation du canton de Fribourg (ci-après: la Commission d'expropriation) a ouvert la procédure d'expropriation et organisé une inspection des lieux. Au vu des problèmes soulevés par le tracé de la route d'accès à la route cantonale, les parties ont convenu de suspendre la procédure. Des discussions ont alors eu lieu entre les propriétaires précités et la communes; elles n'ont toutefois pas abouti. Le 17 décembre 2003, la commune d'Avry a décidé de poursuivre la procédure d'expropriation. Le 22 novembre 2005, les avis personnels ont été envoyés aux propriétaires concernés, indiquant que la procédure visait la remise gratuite au domaine public de la route de l'Industrie de 139 m2, 42 m2 et 200 m2 sur les art. 447, 745 et 835. A._ ainsi que B._ et C._ se sont opposés à l'expropriation. La séance de conciliation du 13 septembre 2006 s'est soldée par un échec. Le 22 novembre 2006, le président de la Commission d'expropriation a transmis l'opposition à la Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions (ci-après: la Direction cantonale) afin qu'elle statue sur l'intérêt public à l'expropriation requise par la commune. Par décision du 11 octobre 2007, la Direction cantonale a rejeté les oppositions après avoir constaté que l'expropriation prévue concernait un cas d'utilité publique déterminé par une loi et que la réalisation de l'ouvrage correspondait à un intérêt public. B. Par arrêt du 30 octobre 2008, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._, B._ et C._ et confirmé la décision de la Direction cantonale du 11 octobre 2007. Le Tribunal cantonal a considéré pour l'essentiel qu'en tant que voie de communication, la route de l'Industrie était un ouvrage d'utilité publique. Le transfert des portions litigieuses au domaine public, qui permettait à la commune d'homogénéiser le réseau routier de la zone industrielle, correspondait à un intérêt public important. Les expropriés n'invoquaient aucun argument pertinent capable de remettre en question l'intérêt public prépondérant de la reprise des portions de la route de l'Industrie. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt précité, de constater que l'expropriation ne remplit pas le critère de l'intérêt public prépondérant, partant d'admettre leur opposition, et d'admettre les prétentions qu'ils ont émises le 13 janvier 2006. Ils contestent la légalité de l'expropriation de la route de l'Industrie. De plus, l'expropriation litigieuse ne répondrait pas à un intérêt public et le Tribunal cantonal n'aurait arbitrairement pas pris en compte leur intérêt privé. Le Tribunal cantonal se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt pour conclure au rejet du recours. La commune d'Avry et la Direction cantonale concluent également au rejet du recours. Le 10 juin 2009, les recourants ont déposé un "mémoire complémentaire" et produit des pièces nouvelles.