Faits: A. X._SA est une société de placement de personnel, qui a son siège à .... Elle possède une succursale à ... et fait partie d'une holding, qui emploie 50'000 personnes en Europe. A.a Par contrat du 11 juillet 2000, X._SA, succursale de ..., a engagé pour une durée indéterminée Y._, avec effet dès le 10 avril 2000. Le salaire mensuel brut était fixé à 5'000 fr. durant la période d'essai, puis à 5'500 fr., les frais de déplacement étant payés en sus. Un intéressement sur le chiffre d'affaires annuel était prévu en cas de réalisation des objectifs et marges, selon des critères devant faire l'objet d'avenants annuels. Une clause de non-concurrence a également été convenue entre les parties. A.b Le 6 juin 2001, un nouveau contrat de travail a été signé, lequel annulait et remplaçait le précédent. Y._ était engagé en qualité de conseiller en personnel et responsable médical, avec effet dès le 1er juin 2001. Une clause de non-concurrence était convenue pour toute la durée du contrat, ainsi que pour les trois années suivant son expiration. Aucune condition salariale ne figurait dans le contrat. Le 1er juin 2001, les parties avaient déjà signé un avenant prévoyant, dès le 1er juin 2001, un salaire mensuel brut de 5'500 fr., versé 12 fois l'an, auquel s'ajoutaient 500 fr. à titre de frais fixes - forfaitaires - mensuels. Dans ce salaire était comprise une indemnité pour la clause de non-concurrence. Une commission de 10% sur chacun des placements stables et de 0,5 fr. sur chaque heure facturée en placements temporaires était prévue, à condition que l'objectif mensuel soit atteint. L'avenant prévoyait aussi la possibilité pour l'employé de bénéficier d'un bonus fixé et discuté avec la direction, « en fin d'année, si tous les termes de ses objectifs » étaient respectés. Deux documents, intitulés « objectifs 2001 » et « objectifs 2002 », ont également été signés par les parties au litige. B. Le 27 mars 2003, Y._ a ouvert action contre X._SA devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève. La Caisse Z._ est intervenue à la procédure en qualité de créancière subrogée pour un total de 10'016 fr.90, correspondant aux indemnités de chômage versées à Y._ durant les mois de février à avril 2003. Le jugement prononcé le 6 juillet 2005 par la juridiction des prud'hommes a été annulé le 25 avril 2006 par la Cour d'appel. Ce jugement a été, à son tour, annulé par arrêt du Tribunal fédéral du 25 septembre 2006. Le 17 janvier 2007, la Cour d'appel a rendu un nouveau jugement. Le 22 juin 2007, le Tribunal fédéral a, pour la seconde fois, annulé le jugement rendu par la Cour d'appel. Statuant le 22 février 2008, l'autorité cantonale a condamné X._SA à verser à Y._ la somme de 31'836 fr.80, avec intérêts au taux légal de 5% dès le 27 mars 2003, prononcé que la Caisse Z._ était subrogée dans les droits de Y._ à concurrence des prestations versées, condamné Y._ à verser à X._SA une indemnité de 5'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 26 janvier 2004, autorisé les parties à compenser leurs prétentions à due concurrence et, enfin, condamné X._SA à établir en faveur de la partie adverse un certificat de travail simple et un autre circonstancié, dont la teneur a été reproduite dans le dispositif du jugement. La motivation du jugement querellé sera détaillée ci-après, dans la mesure utile à l'examen du recours. C. C.a X._SA exerce un recours en matière civile à l'encontre de l'arrêt du 22 février 2008. Elle propose l'annulation de l'arrêt et invite le Tribunal fédéral à débouter Y._ de ses conclusions tendant au paiement d'un bonus pour les années 2001 et 2002, à débouter la Caisse Z._ de ses conclusions, à confirmer au surplus l'arrêt rendu le 22 février 2008, à condamner Y._ et la Caisse Z._ en tous les dépens de la procédure de recours auprès du Tribunal fédéral et à débouter les intimés de toutes autres ou contraires conclusions. A titre subsidiaire, elle demande à ce que la cause soit renvoyée à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur la question des bonus que réclame Y._ pour les années 2001 et 2002 et qu'elle soit confirmée pour le surplus. Y._ propose de débouter X._SA de toutes ses conclusions. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire s'agissant de la réponse au recours. La Caisse Z._ (l'intervenante) s'en remet à l'appréciation du Tribunal fédéral. Quant à l'autorité cantonale, elle se réfère à son arrêt du 22 février 2008, dans les termes duquel elle persiste. C.b Le recours en matière civile interjeté parallèlement par Y._ a été retiré le 14 août 2008. Par ordonnance du 25 août 2008, la cause 4A_169/2008 a été rayée du rôle.