Faits: A. Par jugement du 10 mars 2003, le Président du Tribunal de l'arrondissement de Lausanne a prononcé le divorce de A._ et de B._ et ratifié leur convention sur les effets du divorce prévoyant que l'autorité parentale et la garde de leurs deux enfants, C._ (1995) et D._ (1998), seraient attribuées à la mère et que le père contribuerait à l'entretien de chacun des enfants par le versement d'une pension mensuelle de 1'050 fr. jusqu'à ce que l'enfant ait atteint l'âge de 12 ans révolus, puis de 1'150 fr., jusqu'à l'âge de 16 ans révolus, et enfin de 1'300 fr. jusqu'à la majorité ou l'indépendance financière de l'enfant. Les motifs de ce jugement précisaient que le montant des contributions d'entretien avait été établi sur la base d'un revenu mensuel net, treizième salaire compris et hors allocations familiales, pour le père - alors médecin assistant - de 6'800 fr. et pour la mère - juriste et employée à 70% - de 4'850 fr. Le 17 mai 2007, A._ est devenue la mère d'une fille, E._, née de son second mariage. La mère et son nouvel époux vivent séparés depuis septembre 2009 et sont actuellement en instance de divorce. Au mois de février 2010, les parties sont convenues que l'enfant cadet, D._, vive chez son père pour un " temps d'essai ". Par la suite, la fille des parties, C._, a également manifesté son désir de vivre auprès de son père. B. Par demande du 30 août 2011 en modification du jugement de divorce, le père a conclu à ce que l'autorité parentale et la garde des enfants lui soient attribuées et à ce que la mère contribue à l'entretien de chaque enfant par le versement d'une pension mensuelle "fixée à dire de justice". Le 29 février 2012, la mère a conclu au rejet de la demande du père. B.a. Le père a déposé le 21 juin 2012 une requête de mesures provisionnelles tendant à l'octroi de l'autorité parentale et de la garde des enfants et à ce que la mère contribue à l'entretien de chacun des enfant par le versement d'une pension mensuelle de 900 fr., allocations familiales en sus. Lors de l'audience de mesures provisionnelles du 28 juin 2012, les parties sont convenues d'attribuer l'autorité parentale et la garde des enfants au père. Le Président du tribunal a ratifié cet accord sur le siège pour valoir jugement partiel définitif et exécutoire et a rayé la cause du rôle dans cette mesure. Sur la question encore litigieuse de la contribution pécuniaire pour l'entretien des enfants, le père a, par mémoire du 24 août 2012, conclu au versement par la mère, pour l'enfant cadet, D._, d'une pension mensuelle de 1'050 fr., dès le 1er septembre 2011 et jusqu'à ce que l'enfant ait atteint l'âge de 16 ans révolus, puis de 1'150 fr., jusqu'à la majorité ou l'indépendance financière de cet enfant; et, pour l'enfant aînée, C._, d'une pension mensuelle de 1'150 fr., dès le 1er juillet 2012 et jusqu'à sa majorité ou son indépendance financière. La mère a conclu le même jour au rejet des conclusions du demandeur en fixation d'une contribution d'entretien. B.b. Par jugement du 17 octobre 2012, le Président du tribunal a d'abord constaté que les parties avaient signé une convention le 28 juin 2012, ratifiée par ce magistrat pour valoir jugement, attribuant l'autorité parentale et la garde des enfants au père, puis a astreint la mère à contribuer à l'entretien de sa fille C._, dès le 1er juillet 2012, par le versement d'une pension mensuelle de 835 fr., hors allocations familiales, jusqu'à la majorité de l'enfant ou au-delà jusqu'à l'achèvement d'une formation professionnelle, ainsi qu'à l'entretien de son fils D._, dès le 1er septembre 2011, par le versement d'une pension mensuelle de 835 fr., jusqu'à l'âge de 16 ans révolus, puis de 1'000 fr. dès lors et jusqu'à la majorité de l'enfant ou au-delà jusqu'à l'achèvement d'une formation professionnelle. B.c. Statuant par arrêt du 14 janvier 2013, notifié aux parties le 25 février 2013, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel formé par la mère le 19 novembre 2012 tendant principalement à la suppression de son obligation d'entretien. C. Par acte du 28 mars 2013, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement au renvoi de la cause à l'autorité précédente, subsidiairement à la réforme de la décision de première instance en ce sens qu'elle n'est la débitrice d'aucune contribution pour l'entretien des enfants et, plus subsidiairement encore, à la réforme de la décision de première instance en ce sens qu'elle contribuera, dans un délai de six mois suivant l'arrêt définitif et exécutoire, à l'entretien de ses deux enfants C._ et D._, par le versement d'une somme fixée à dire de justice mais qui ne saurait être supérieure à 300 fr. pour chacun. Au préalable, la recourante sollicite l'octroi de l'effet suspensif à son recours. Faute de motivation sur cet aspect, la requête d'effet suspensif de la recourante a d'emblée été rejetée, par ordonnance du 2 avril 2013 du Président de la Cour de céans. Des réponses n'ont pas été requises.