Faits: A. Dame X._, née en 1962, et X._, né en 1964, se sont mariés en 1988, sous le régime de la séparation de biens. Un enfant, A._, né en 1990, est issu de cette union. B. Par jugement du 14 mai 2008, la juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura a prononcé le divorce des époux. Elle a refusé de partager la prévoyance professionnelle accumulée par les époux durant le mariage et a pris acte que le mari reconnaissait devoir à l'épouse un montant de 32'000 fr. Le mari a appelé de ce jugement en demandant le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle des parties. L'épouse a conclu au rejet de l'appel. Statuant le 15 septembre 2009, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a réformé le jugement attaqué en ce sens qu'elle a fait droit aux conclusions du mari. C. Par mémoire du 19 octobre 2009, l'épouse a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal dans la mesure où il ordonne le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle. Par ordonnance du 15 décembre 2009, l'effet suspensif a été attribué au recours. Des déterminations n'ont pas été requises.