Faits: A. Par décision du 12 mars 2008, l'Office cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Genève (ci-après: l'OCAN) a ordonné une mesure de retrait du permis de conduire de X._ pour une durée de douze mois. La prénommée a recouru contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice [ci-après: la Cour de justice]). Lors de l'audience de comparution personnelle des parties, l'OCAN a, à la demande de l'avocat qui représentait l'intéressée, accepté de repousser l'exécution de la mesure à la fin de l'année 2008. Faisant suite à cette audience, X._ a, par l'intermédiaire de son avocat, retiré le recours formé contre la décision de l'OCAN. Le Tribunal administratif a, par décision du 27 mai 2008, pris acte du retrait du recours formé contre la décision de l'OCAN. Le 5 juin 2008, l'OCAN a indiqué à X._ qu'elle devait lui communiquer son permis de conduire le 1er janvier 2009, date à partir de laquelle la mesure de retrait du permis prenait effet. X._ n'a cependant pas déposé son permis de conduire à cette date. Le 30 mars 2009, à l'occasion d'un constat d'infraction par la gendarmerie genevoise pour conduite sans permis, celui-ci a été saisi. Le 12 octobre 2009, X._ a déposé une demande de révision de la décision du 27 mai 2008 auprès du Tribunal administratif qui l'a déclarée irrecevable le 11 mai 2010; le recours formé contre ce prononcé a été rejeté par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_310/2010 du 6 décembre 2010). B. Par décision du 23 juin 2009, l'OCAN a ordonné une nouvelle mesure de retrait du permis de conduire de X._ pour une durée indéterminée, au minimum pour deux ans; cette mesure était fondée sur l'infraction commise le 30 mars 2009 (conduite sous le coup d'un retrait de permis). Le 30 juillet 2009, la prénommée a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (devenue depuis le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance [ci-après: le TAPI]), en présentant une requête de restitution de l'effet suspensif qui a été définitivement rejetée par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_116/2010 du 17 mai 2010). Sur le fond, X._ soutenait ignorer avoir fait l'objet d'une mesure de retrait du permis de conduire entrée en force. Dans ses observations du 9 octobre 2009, la prénommée a précisé que le mandataire qui l'avait représentée en audience de comparution personnelle le 14 mai 2008 devant le Tribunal administratif l'avait informée de l'offre consistant à lui accorder un délai au 1er janvier 2009 pour déposer son permis de conduire, moyennant retrait de son recours; celui-ci avait précisé que, faute de réponse de sa part avant le 25 mai 2008, il partait de l'idée qu'elle retirait son recours. Elle avait laissé un message oral à l'étude de celui-ci lui demandant de maintenir le procès; celui-ci n'avait toutefois pas pris connaissance de ce message et avait retiré le recours. Elle n'avait pas reçu copie de la décision du Tribunal administratif du 27 mai 2008 et ignorait donc le 30 mars 2009 qu'elle n'était plus en droit de conduire. C. Par arrêt du 1er février 2011, le TAPI a rejeté le recours formé contre la décision de l'OCAN du 23 juin 2009. L'intéressée a recouru auprès de la Cour de justice contre cet arrêt. Depuis l'infraction commise le 30 mars 2009, X._ a commis une nouvelle infraction à la loi sur la circulation routière le 5 octobre 2010. A la suite de l'infraction, l'OCAN a ouvert une nouvelle procédure de retrait sans en informer le TAPI et a, le 31 janvier 2011, rendu une nouvelle décision lui retirant définitivement, mais au minimum pour une durée de cinq ans, son permis de conduire. L'intéressée a saisi le TAPI d'un recours contre cette décision lequel a suspendu l'instruction du recours contre la décision de l'OCAN du 31 janvier 2011. D. La Cour de justice a, par arrêt du 27 septembre 2011, confirmé le prononcé du TAPI du 1er février 2011. Selon cette autorité, le retrait du recours interjeté contre la décision de l'OCAN du 12 mars 2008 - privant X._ de son permis pour une durée de douze mois - avait valablement été effectué par son précédent mandataire et, selon l'accord intervenu, cette mesure prenait effet le 1er janvier 2009. La décision du 27 mai 2008 prenant acte du retrait du recours lui avait été notifiée en son domicile élu; il en allait de même du courrier de l'OCAN réclamant le dépôt du permis de conduire. La recourante avait donc conduit le 30 mars 2009 alors qu'elle était sous le coup d'une mesure de retrait de permis, infraction pouvant être qualifiée de grave. La mesure de retrait prononcée correspondait à la durée minimale du retrait compte tenu de ses antécédents et de la gravité de l'infraction (art. 16c al. 2 let. d de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière [LCR, RS 741.01]). E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au TAPI pour réexamen. Elle se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits, d'une violation des art. 32 ss CO ainsi que de son droit d'être entendue. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'OCAN n'a pas présenté d'observations.