Faits: A. C._ (ci-après: l'assujetti ou l'intimé) exploite l'entreprise individuelle D._ (ci-après: l'entreprise), à M._, qui organise des voyages en autocar en Suisse et à l'étranger. A ce titre, il est immatriculé dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. B. Du 6 au 8 octobre 1999, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) a effectué auprès de l'entreprise un contrôle fiscal portant sur la période allant du 1er janvier 1995 au 30 juin 1999 (du 1er trimestre 1995 au 2ème trimestre 1999). A la suite de ce contrôle, a été établi le décompte complémentaire no 154'411 d'un montant de 13'107 fr., qui correspondait à des reprises portant notamment sur les points suivants: - l'impôt préalable payé à l'achat d'un tracteur de la société E._ SA avait été indûment mis en compte sur la base d'une quittance incomplète (reprise de 854 fr. 45); celui lié à l'achat d'un véhicule Fiat Ulysse, utilisé en partie à des fins privées, avait été mis en compte à 100%, alors qu'il pouvait être déduit seulement à concurrence de 50% (reprise de 1'214 fr. 50); - les factures se rapportant à des prestations de services exonérées totalement (voyages organisés entièrement à l'étranger) ou partiellement (voyages effectués au moins en partie à l'étranger) comportaient la mention « TVA 6,5% incluse » pour l'entier de la somme; l'assujetti n'avait décompté la TVA que sur la part des prestations qui n'était pas exonérée (reprise de 3'121 fr. 75); - la TVA sur les prestations à soi-même correspondant à la part privée de l'utilisation du véhicule Fiat Ulysse n'avait pas été acquittée (reprise de 1'320 fr. 90 [1'154.40 + 166.50]). Le décompte complémentaire a été confirmé par décision du 7 décembre 2000, puis sur réclamation le 25 septembre 2001. C._ a interjeté recours contre cette décision devant la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours). Par décision du 8 septembre 2003, la Commission de recours a partiellement admis le recours. Elle l'a rejeté s'agissant de la déduction de l'impôt préalable lié à l'acquisition du véhicule Fiat Ulysse. Pour le reste, elle a annulé la décision attaquée et retourné le dossier à l'Administration fédérale pour qu'elle procède dans le sens des considérants et rende une nouvelle décision. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision attaquée et de rétablir la décision sur réclamation du 25 septembre 2001. Elle dénonce une violation des art. 5, 8 al. 1 lettre a, 28 al. 1 et 29 al. 1 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 p. 1464 et les modifications ultérieures) et 63 PA. La Commission de recours a renoncé à déposer des observations. L'intimé n'a pas donné suite à l'invitation qui lui a été faite de se déterminer.