Faits: A. Par jugement du 12 mars 2007, la faillite de la société Y._ Sàrl a été prononcée avec effet le même jour à 16 heures. Le 11 avril 2007, la première assemblée des créanciers a désigné une administration spéciale, en la personne de Maître X._, avocat, et prévu la constitution d'une commission de surveillance au sens de l'art. 237 al. 3 LP, composée des syndicats, de la caisse de chômage et de Maître Beat Rieder. B. B.a Le 15 juillet 2011, les sociétés A._ AG, B._ AG, D._ et C._, ont adressé une plainte au Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice, autorité inférieure en matière de plainte LP. Invoquant de nombreuses irrégularités commises par l'administrateur spécial de la faillite ainsi que des retards injustifiés, elles ont notamment pris les conclusions suivantes au fond: « 1. Herr X._, ausseramtlicher Konkursverwalter der Y._ Sàrl im Konkurs, ist im Sinne von Art. 14 Abs. 2 Ziff. 4 SchKG seines Amtes zu entheben. 2. Das Bezirksgericht Martigny setzt sofort, nach vorheriger Anhörung des Gläubigerausschusses, ein neuen Konkursverwalter ein. ... » B.b Par décision du 16 août 2011, le juge du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice a déclaré irrecevable l'écriture des plaignantes du 15 juillet 2011 et l'a transmise à l'autorité de surveillance au sens de l'art. 14 LP et 3a de la loi valaisanne d'application de la LP (LALP, RSV 281.1), à savoir au délégué aux poursuites et faillites du canton du Valais, comme objet éventuel de sa compétence. Statuant sur recours des plaignantes, le Tribunal cantonal du canton du Valais, autorité supérieure de surveillance en matière de LP, l'a rejeté par arrêt du 12 décembre 2011. Par arrêt du 4 juin 2012, le Tribunal fédéral a admis le recours en matière civile formé par les recourantes et renvoyé la cause au juge du Tribunal de district pour nouvelle décision. C. C.a Sur renvoi, le juge du Tribunal de district a rejeté la plainte du 15 juillet 2011 tendant à la révocation de l'administrateur spécial de la faillite, par décision du 2 août 2012. C.b Statuant sur recours, le Tribunal cantonal du canton du Valais a partiellement admis la plainte, par jugement du 26 novembre 2012, et a ordonné à l'administrateur spécial de déposer un inventaire définitif et de convoquer la deuxième assemblée des créanciers dans les meilleurs délais, de prendre les mesures de conservation utiles, ainsi que d'examiner l'opportunité de solliciter la reprise des procédures judiciaires actuellement suspendues. D. La 10 décembre 2012, les sociétés plaignantes exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elles concluent à la destitution de X._, administrateur spécial de la faillite, et à ce qu'ordre soit donné au Tribunal du district de Martigny, après audition de la commission de surveillance, de nommer un nouvel administrateur de la faillite et de prendre les mesures de sûreté nécessaires. Elles se plaignent d'arbitraire, de déni de justice et de retard injustifié, ainsi que de violation des art. 14, 237 et 240 ss LP. Dans sa réponse du 28 janvier 2013, l'intimé conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.