Faits: A. X._ SA et Y._ SA (ci-après: les demanderesses) sont des sociétés soeurs. Le but de la première est la fabrication et la commercialisation des montres haut de gamme X._ alors que le but de la seconde est l'acquisition et l'administration de droits de propriété intellectuelle. Les demanderesses ont réalisé des inventions dans le domaine du tourbillon. Certains de leurs mouvements intégrant ce dispositif mécanique sont logés dans un boîtier qui présente une protubérance de forme arrondie venant casser le cercle de la boîte. Le design de ce boîtier a fait l'objet d'un dépôt, par les demanderesses, auprès de l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle le 25 janvier 2005; il y a été enregistré le 8 mars 2005, puis a été publié le 31 mars 2005 (design suisse no 1). A la fin de l'année 2008, les demanderesses ont constaté que la société Z._ SA (ci-après: la défenderesse) lançait un modèle de montre présentant une boîte munie d'une protubérance. B. Devant la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, les demanderesses, se fondant sur leur design, ont notamment conclu à ce qu'il soit ordonné à la défenderesse de cesser de mettre dans le commerce une montre dont le boîtier présente une protubérance (conclusion no 1), de fournir le nom des fabricants de la boîte litigieuse (no 2), ainsi que tous les documents utiles permettant de déterminer le chiffre d'affaires réalisé par la défenderesse (no 3), à la condamnation de celle-ci à restituer le gain brut réalisé (no 4) et à ce que la confiscation et la destruction du stock de montres en sa possession soient ordonnées (no 5). La défenderesse, dans sa réponse et demande reconventionnelle, a notamment conclu au rejet de la demande et à ce que soit déclaré nul le design suisse no 1. Elle est d'avis que son boîtier laisse une impression générale différente de celle du design des demanderesses. Elle relève également que celui-ci n'est ni nouveau ni original et, invoquant une tierce antériorité, elle fait valoir le principe de la priorité du dépôt; selon elle, le design suisse no 2 de A._ SA, déposé le 23 novembre 2004 (et enregistré le 8 février 2005, puis publié le 28 février 2005), est prioritaire sur celui des demanderesses, de sorte que celles-ci ne peuvent se prévaloir d'aucun droit. Lors de l'audience d'instruction du 15 juin 2011, il a été convenu de juger de manière séparée les conclusions nos 1 et 2 de la demande ainsi que la conclusion de la défenderesse visant la nullité du design suisse no 1. Par jugement sur moyen séparé du 9 février 2012, la Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté les conclusions nos 1 et 2 de la demande principale et, donnant suite à la demande reconventionnelle, constaté la nullité du design suisse no 1. En substance, elle a admis que la nullité de l'enregistrement, invoquée par voie d'exception, pouvait être fondée sur l'art. 6 LDes. Elle a expliqué que la priorité d'un dépôt antérieur valait aussi bien pour des designs identiques que pour des designs similaires qui créent la même impression d'ensemble. Elle a alors observé que le design déposé par les demanderesses présentait les mêmes caractéristiques que le design déposé antérieurement par A._ SA et conclu qu'en raison de cette (tierce) antériorité l'enregistrement des demanderesses était nul. C. Les demanderesses exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement cantonal du 9 février 2012. Sollicitant l'octroi de l'effet suspensif à leur recours, elles concluent à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à la cour précédente. Les recourantes reprochent à celle-ci d'avoir fait une interprétation erronée de l'art. 6 LDes, accordant à cette disposition une portée trop large. L'intimée conclut au rejet du recours. L'effet suspensif sollicité par les recourantes a été accordé par ordonnance présidentielle du 4 avril 2012.