Faits: A. Le 1er février 2004, F.X._ et H.X._ ont engagé Y._ en qualité de serveuse au Buffet B._ à ..., pour un salaire qui s'élevait en dernier lieu à 3'422 fr. 85. Le 21 juillet 2005, F.X._ et H.X._ ont résilié le contrat de travail pour le 31 octobre 2005, car ils avaient décidé de mettre un terme anticipé au contrat de bail à ferme du Buffet B._. A ce moment-là, ils savaient que Y._ était enceinte. Quelques semaines plus tard, ils ont proposé à celle-ci de venir travailler dans leur nouvel établissement à ..., lui mettant gratuitement à disposition l'une des chambres pendant le temps de sa grossesse. Y._ a refusé cette proposition vu la durée des trajets entre son domicile de ... et .... Elle a également décliné leur offre de lui mettre une chambre à disposition, car elle vivait avec son ami et allait avoir un enfant. Le 1er novembre 2005, les époux A._ ont repris le Buffet B._. Par lettre du 21 novembre 2005, Y._ a fait savoir à F.X._ que "suite à l'entretien téléphonique du 18 novembre 2005, je vous confirme que Monsieur et Madame A._ m'avaient certifié de m'engager au Buffet B._ alors que je travaillais encore pour Monsieur et Madame X._. Par la suite, j'avais contacté Madame A._ au sujet du contrat de travail et je lui ai parlé au sujet du salaire du mois de novembre qu'elle me doit d'après mon avocat (...). Madame A._ l'a très mal pris et m'a formulé que je ne ferais pour finir plus partie du service". L'enfant de Y._ est né le 19 février 2006. B. Le 27 mars 2006, Y._ a introduit à l'encontre de F.X._ et H.X._ une action tendant au versement de 21'165 fr. 25, soit 17'114 fr. 25 représentant les salaires de novembre 2005 à mars 2006 et 4'051 fr. correspondant à des heures supplémentaires qui n'avaient pas été payées ainsi que des indemnités pour les jours de repos et de vacances non pris en 2005. Le 7 avril 2006, la Caisse de chômage Z._ (ci-après: la caisse de chômage) a été subrogée dans les droits de Y._ pour un montant qui s'est finalement élevé à 7'585 fr. 65. Le 26 mai 2006, F.X._ et H.X._ ont déposé une demande reconventionnelle à l'encontre de Y._, concluant au versement de 826 fr. 40 correspondant à des heures manquantes. Le 8 janvier 2007, H.X._ a été déclaré en faillite. La procédure s'est poursuivie avec F.X._, à laquelle l'assistance judiciaire a été accordée le 9 novembre 2007. Par jugement du 9 novembre 2007, la Chambre des prud'hommes de la Glâne a rejeté l'action en paiement du 27 mars 2006. En bref, elle a considéré que les parties avaient décidé d'un commun accord de cesser leurs relations contractuelles avec effet au 31 octobre 2005. Le 7 janvier 2008, Y._ a interjeté un recours contre ledit jugement, concluant à son annulation et à la condamnation de F.X._ à lui verser la somme de 30'805 fr. 65 avec intérêt à 5 % l'an dès le 31 mars 2006, sous réserve des prestations touchées par l'assurance-chômage. Le 22 janvier 2008, la caisse de chômage a déposé une déclaration d'intervention à concurrence de 7'585 fr. 65. Par arrêt du 12 septembre 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg a partiellement admis le recours de Y._ dans la mesure où il était recevable, déclaré irrecevable le "recours" de la caisse de chômage et, partant, modifié le jugement du 9 novembre 2007 en ce sens que F.X._ est condamnée à payer à Y._ 7'402 fr. 05 bruts avec intérêt à 5 % dès le 31 mars 2006. En résumé, elle a nié l'existence d'une transaction claire mettant fin au contrat de travail d'un commun accord. C. F.X._ (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 12 septembre 2008 et principalement au rejet intégral de l'action en paiement de Y._, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale ou à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants, sous suite de frais et dépens de la procédure cantonale et fédérale. Elle sollicite également l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale, et requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif au recours. Y._ (l'intimée) n'a pas été invitée à se déterminer.