Faits: A. Le 1er novembre 2004, X._ a été engagée, en qualité d'agente de sécurité privée, par Y._ SA (ci-après: Y._ SA), de siège à .... Le contrat initialement conclu a été modifié le 1er juin 2005, puis par avenant du 17 janvier 2006. Cet avenant prévoyait un salaire mensuel brut de 4'356 fr.15 pour 173 heures de travail par mois sur douze mois, tous types de primes inclus. Le 20 novembre 2006, X._ a été licenciée avec effet au 31 janvier 2007. Préalablement, la société employeuse lui avait adressé un double avertissement pour deux erreurs qualifiées de graves. Les 24 et 25 décembre 2006, X._ a été malade. Elle a repris le travail le 28 décembre 2006, après avoir bénéficié pendant deux jours, les 26 et 27 décembre 2006, d'un congé. B. B.a Le 14 mai 2007, X._ a ouvert action devant la juridiction des prud'hommes. Elle réclamait à Y._ SA les montants de 5'465 fr.45 et de 540 fr.35, avec intérêts à 5% dès le 1er février 2007, à titre de salaire et d'indemnité de vacances pour le mois de février 2007. La Caisse Z._ est intervenue dans la procédure. Par jugement rendu le 29 avril 2008, le Tribunal de la juridiction des prud'hommes a condamné, d'une part, Y._ SA à payer à X._ la somme brute de 5'287 fr.10, avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er mars 2007, sous déduction des 2'016 fr.45 dus à la Caisse Z._, et, d'autre part, X._ à payer à Y._ SA la somme de 500 fr. qu'elle a reconnu lui devoir, la compensation de ces créances étant autorisée à due concurrence; Y._ SA a, en sus, été condamnée à payer à la Caisse Z._ la somme nette de 2'016 fr.45. Faisant application de l'art. 336c al. 2 in fine et al. 3 CO, le Tribunal a considéré que le délai de congé a été suspendu durant les deux jours de maladie de la demanderesse, soit les 24 et 25 décembre 2006; ayant recommencé à courir du 26 décembre 2006 au 2 février 2007, il était prolongé au 28 de ce dernier mois. Dès lors que la demanderesse a proposé en vain ses services, les juges ont arrêté que le salaire du mois de février 2007 était dû. B.b Statuant le 27 novembre 2008 sur appel de Y._ SA, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement précédent et condamné X._ à restituer à Y._ SA la somme de 955 fr.45, composée du montant reconnu par l'employée comme étant dû (500 fr.) et de la part de l'indemnité de vacances à laquelle elle a renoncé (455 fr.45). Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions. La Cour d'appel a tout d'abord confirmé la réalité du bref épisode de maladie de l'employée; elle s'est ensuite référée à l'arrêt du Tribunal fédéral du 29 avril 2008, publié aux ATF 134 III 354, qui permet, selon la cour, de trancher le litige sans faire de calcul de périodes. Pour les magistrats, l'application de « la ratio legis de cette jurisprudence » est suffisante; dans la mesure où les règles relatives à la suspension du délai du préavis reposent sur l'idée que l'employé doit pouvoir disposer de l'entier de ce délai pour chercher du travail, il est légitime de faire abstraction d'une période de maladie qui n'est de toute manière pas susceptible d'affecter ces recherches. Tel est le cas si la maladie ou l'état maladif tombe sur un dimanche ou un jour férié. Ainsi, les magistrats ont considéré que, comme les deux jours de maladie coïncidaient, l'un (le 25 décembre) avec un jour férié, l'autre (le 24 décembre) avec un jour « semi-férié, selon les usages locaux », il tombe sous le sens qu'aucune recherche de travail ne peut être effectuée durant une telle période de fêtes. C. X._ exerce un recours constitutionnel subsidiaire. Elle invite le Tribunal fédéral à annuler l'arrêt attaqué, à confirmer le jugement du Tribunal des prud'hommes en tant qu'il condamne Y._ SA au paiement des sommes brutes de 4'460 fr. et de 371 fr.45, à annuler ce même jugement en tant qu'il condamne Y._ au paiement de la somme brute de 455 fr.45, à donner acte à X._ de ce qu'elle reconnaît devoir la somme de 500 fr. à Y._, à autoriser la compensation et à débouter Y._ de toutes autres, plus amples ou contraires conclusions. Subsidiairement, la recourante conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour statuer dans le sens des considérants. Y._ SA et la Caisse Z._, partie intervenante, ne se sont pas déterminées sur le recours. La Cour d'appel s'est, pour sa part, référée à son arrêt du 27 novembre 2008, dans les termes duquel elle persiste, sans présenter d'observations particulières.