A.- Par courrier du 28 avril 1999, l'entreprise X._ SA a résilié, pour le 31 juillet 1999, le contrat de travail qui la liait à C._. Ce dernier a alors présenté à la Caisse de chômage de la Communauté sociale interprofessionnelle (CSI) une demande d'indemnités journalières. Par décision du 27 août 1999, la caisse a suspendu le droit de l'assuré aux indemnités journalières, pour une durée de 16 jours. Selon elle, son comportement avait donné à son employeur un motif de résiliation du contrat de travail. B.- Par jugement du 13 mai 2000, le Tribunal cantonal jurassien (Chambre des assurances) a partiellement admis le recours interjeté par l'assuré et renvoyé la cause à la caisse pour instruction complémentaire et nouvelle décision. C.- Le Secrétariat d'Etat à l'économie interjette recours de droit administratif, concluant à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité judiciaire cantonale. L'intimé ne s'est pas déterminé, alors que le Tribunal cantonal propose le rejet du recours, au terme de ses observations.