Faits: A. D._, née en 1962, bénéficiait d'une rente d'invalidité ainsi que de prestations complémentaires cantonales et fédérales d'un montant de 2'421 fr. depuis le 1er janvier 2008 et de 2'218 fr. depuis le 1er janvier 2009. Elle percevait également des subsides destinés à la réduction des primes d'assurance-maladie pour elle et sa fille C._. Par décision du 6 février 2009, le Service des prestations complémentaires de la République et canton de Genève (SPC) a réclamé à l'assurée le remboursement du montant de 1'392 fr. correspondant aux subsides à la couverture des primes de l'assurance maladie versés à sa fille pour la période courant du 1er septembre au 31 décembre 2008. Par décision du même jour, le SPC a réduit de façon rétroactive le montant mensuel des prestations complémentaires versées à l'assuré de 2'421 fr. à 1'822 fr. pour la période courant du 1er septembre au 31 décembre 2008 et de 2'218 fr. à 1'843 fr. à compter du 1er janvier 2009. Le SPC a réclamé par la même occasion la restitution d'un montant de 3'146 fr. correspondant aux prestations complémentaires indûment perçues par l'assurée durant la période courant du mois de septembre 2008 au mois de février 2009. Les décisions du 6 février 2009 ont été confirmées sur opposition le 16 mars 2009. B. Par jugement du 3 septembre 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a partiellement admis le recours formé par l'assurée contre la décision du 16 mars 2009, en ce sens qu'il a annulé l'obligation qui lui était faite de restituer la somme de 1'392 fr. et renvoyé la cause au SPC afin qu'il procède à un nouveau calcul des prestations complémentaires au sens des considérants. C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à la confirmation de sa décision du 16 mars 2009 en tant qu'elle concerne les prestations complémentaires de droit fédéral. Il assortit son recours d'une requête d'effet suspensif. D._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer. D. Par ordonnance du 30 octobre 2009, le Juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours du SPC.