Faits: A. Au début de l'année 2007, la Communauté des copropriétaires A._ (ci-après la Communauté) a requis une poursuite en réalisation du gage immobilier grevant la part d'étage appartenant à la société D._ - parcelle no 1540 de la Commune de E._. La Communauté invoquait comme cause de l'obligation le non-paiement des charges de copropriété par étages pour la période du mois de décembre 2001 au mois d'août 2006, garanties par l'hypothèque légale no RF xxxx. Selon l'état des charges établi en vue de la vente aux enchères de la part d'étage, le montant admis pour la Communauté s'élevait à 126'249 fr. 60 plus intérêts, montant correspondant à deux créances hypothécaires légales inscrites. Sous l'intitulé " Gages conventionnels ", l'état des charges mentionne en outre une cédule hypothécaire au porteur de 1er rang d'un montant de 400'000 fr. en capital au nom de C._. Par lettre recommandée du 20 juillet 2009, la Communauté s'est opposée à l'admission de la cédule hypothécaire de premier rang. Le 3 août 2009, l'Office des poursuites et faillites de l'arrondissement de Nyon-Rolle a imparti à l'intéressée un délai de vingt jours pour ouvrir action en contestation de l'état des charges. B. Le 21 août 2009, B._, administrateur de la PPE A._, a ouvert action contre C._ devant la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud, au nom de la Communauté. Lors de l'audience de jugement du 8 février 2012, le Président a interpellé les parties sur la question de la justification des pouvoirs de l'administrateur. Son conseil a produit treize nouvelles pièces et a renoncé à la fixation d'un délai pour produire d'autres documents. Par jugement du 8 février 2012, la Cour civile a déclaré la demande irrecevable, jugeant que B._ n'avait pas justifié de ses pouvoirs. Statuant le 26 octobre 2012 sur l'appel interjeté par B._ et la Communauté, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté et a ainsi confirmé la décision entreprise. C. Agissant le 10 décembre 2012 par la voie du recours en matière civile, B._ et la Communauté concluent à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que la " qualité pour agir ", soit l'autorisation de représenter du premier nommé soit admise, la cause étant renvoyée à la Cour civile du Tribunal cantonal pour décision sur le fond. Les recourants invoquent la violation de l'art. 712t al. 2 CC, l'interdiction du formalisme excessif ainsi que la violation de l'art. 68 al. 2 du code de procédure civile vaudois (ci-après CPC/VD). Invités à se déterminer, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimé conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. D. La requête d'effet suspensif présentée par les recourants a été rejetée par ordonnance présidentielle du 11 décembre 2012.