Faits: A. Par jugement du 2 mai 2006, le Tribunal correctionnel du district du Locle a condamné X._ pour tentatives d'escroquerie, faux dans les titres, induction de la justice en erreur et infractions aux art. 76 LPP et 112 LAA, à une peine de douze mois d'emprisonnement, peine complémentaire à celle prononcée le 6 mai 2000, avec sursis pendant trois ans. Il a révoqué les sursis accordés par le Tribunal de police du même district les 6 octobre 1997 et 6 mars 2000 et ordonné la restitution des objets séquestrés. En bref, cette condamnation reposait sur les faits suivants: X._ était le propriétaire du cabaret « C._ ». Ayant été victime d'un sinistre dans la nuit du 25 au 26 décembre 1998, il a présenté à son assurance une comptabilité laissant apparaître une situation plus favorable que la situation réelle afin d'obtenir une indemnité pour la perte d'exploitation subie. Dans la nuit du 9 au 10 janvier 2000, X._ a saccagé son fonds de commerce du bar « R._ ». Il a déguisé l'acte en cambriolage, puis a alerté la police en prétendant avoir été victime d'une infraction. Son but était de percevoir des prestations de son assurance. Enfin, alors qu'il exploitait le cabaret « C._ », puis le restaurant « R._ », X._ n'a pas versé aux institutions concernées les montants prélevés sur le salaire de ses employés. B. Saisie d'un pourvoi du condamné, la Cour de cassation neuchâteloise l'a partiellement admis par arrêt du 15 février 2007. Elle a annulé le jugement qui lui était déféré en tant qu'il condamnait X._ pour tentative d'escroquerie en relation avec les faits survenus dans la nuit du 9 au 10 janvier 2000 et renvoyé la cause au Tribunal correctionnel pour nouveau jugement. Un recours de X._ au Tribunal fédéral contre cet arrêt de renvoi a été déclaré irrecevable. C. Par jugement du 23 octobre 2007, le Tribunal correctionnel du district du Locle a acquitté X._ des chefs d'accusation de tentative d'escroquerie en relation avec les faits survenus dans la nuit du 9 au 10 janvier 2000 (arrêt de renvoi) et d'induction de la justice en erreur (en raison de la prescription). Il a réduit en conséquence la peine privative de liberté à huit mois, avec sursis pendant deux ans. Pour le surplus, il a renoncé à révoquer les sursis octroyés les 6 octobre 1997 et 6 mars 2000. Par arrêt du 15 décembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le pourvoi formé par X._. D. Contre ce dernier arrêt, X._ forme un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.