Faits: A. Par jugement du 17 février 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a libéré Y._ du chef d'accusation d'abus de confiance, pris acte des huit jours de détention préventive qu'il avait subis, renvoyé X._ à agir devant le juge civil, alloué à Y._ une indemnité de 1'000 fr. à la charge de l'Etat et arrêté les frais à la charge de Y._ à 3'689 fr. 45, le solde étant laissé à la charge de l'Etat. B. X._ a formé appel contre ce jugement, concluant à la condamnation de Y._ pour abus de confiance et à l'allocation de 200'000 fr. à titre de dommages-intérêts. Par jugement du 7 octobre 2011, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel, confirmé le jugement de première instance, mis les frais de la procédure d'appel, par 1'100 fr., à la charge de X._, et alloué une indemnité de 3'024 fr. à Y._ pour ses frais de défense en appel, cette indemnité étant laissée à la charge de l'Etat. C. Le Ministère public du canton de Vaud forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant à sa réforme en ce sens que l'indemnité allouée à Y._ pour ses frais de défense en appel, par 3'024 fr., est mise à la charge de X._. D. Invitée à présenter des observations, X._ a conclu au rejet du recours et à la confirmation du jugement attaqué au motif que, les conclusions civiles n'ayant pas entraîné de dépenses particulières, aucune des hypothèses de l'art. 432 al. 1 et 2 CPP n'est réalisée. Pour sa part, Y._ s'en est remis à justice. Enfin, l'autorité cantonale a renoncé à se déterminer.