Faits: A. A.a. Mme B.X._, née en 1974, et M. A.X._, né en 1973, se sont mariés à Vernier (GE) le 11 août 2006. Le couple a une fille, C._, née en 2009 à Genève. M. A.X._ a un autre enfant, né d'un premier lit, dont il assume partiellement la charge. Les parties se sont séparées en avril 2011. A.b. L'épouse travaille à temps partiel pour un salaire net de 5'472 fr. 50 par mois; le mari réalise quant à lui un revenu mensuel net de 8'205 fr. 75. Les charges des parties sont contestées. B. Par jugement du 6 juillet 2012, le Tribunal de première instance du canton de Genève, statuant sur une requête de mesures protectrices de l'union conjugale déposée par l'épouse, a notamment condamné M. A.X._ à verser à celle-ci, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 1'900 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, ce dès le 1er avril 2011, sous déduction des montants déjà versés à ce titre (ch. 4). La garde de l'enfant était par ailleurs confiée à sa mère (ch. 2), un droit de visite étant aménagé en faveur de son père (ch. 3). Statuant le 14 décembre 2012 sur appel de l'époux, la Cour de justice a réformé le jugement de première instance en ce sens que la contribution d'entretien a été réduite à 1'600 fr. par mois, sous déduction d'une somme de 7'732 fr. 90. C. Agissant le 21 janvier 2013 par la voie du recours en matière civile, M. A.X._ réclame principalement que la contribution d'entretien soit fixée à 400 fr. par mois, sous déduction des sommes déjà versées à ce titre; subsidiairement, il réclame le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Invitées à se déterminer, l'intimée conclut au rejet du recours tandis que la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. D. Par ordonnance présidentielle du 12 février 2013, la requête d'effet suspensif formée par le recourant a été admise pour les aliments dus jusqu'en décembre 2012 et rejetée pour les sommes dues depuis lors.