Faits: Faits: A. Par acte d'accusation du 20 octobre 2005, le Ministère public de la Confédération a renvoyé Y._ devant le Tribunal pénal fédéral, à Bellinzone, en qualité d'accusé de corruption active et de faux dans les titres, aux côtés de dix autres accusés. Il lui reprochait d'avoir versé, de 1994 à 1998, des commissions, pour un montant total de 25'000 à 30'000 francs, à X._, chef du secteur chauffage, ventilation, sanitaires de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne, en vue d'obtenir l'adjudication de travaux par l'Ecole polytechnique. En outre, il l'accusait d'avoir utilisé des fausses factures ou des fausses quittances adressées à sa société Z._ SA, afin que cette dernière puisse "justifier", dans sa comptabilité, les sorties de fonds destinées en réalité à verser les commissions promises à X._. S'agissant de l'accusation de faux dans les titres, l'acte d'accusation retenait ce qui suit: "Il est reproché à Y._ d'avoir, à Lausanne, entre 1994 et 1998, fait usage de faux fabriqués par diverses entreprises (D._, G._, K._), afin de justifier les paiements en faveur de X._ à titre de "commission", alors qu'il savait avoir besoin de ces faux documents pour sa comptabilité qui ainsi devenait fausse, qu'en résumé, il est reproché à Y._ d'avoir utilisé les faux suivants dans sa comptabilité". qu'en résumé, il est reproché à Y._ d'avoir utilisé les faux suivants dans sa comptabilité". B. Par arrêt du 20 février 2006, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné Y._, pour faux dans les titres selon l'art. 251 CP, à une amende de 2'000 francs, le délai de radiation étant fixé à un an. Elle l'a en revanche acquitté du chef d'accusation de corruption active, en raison de la prescription. Concernant l'infraction de faux dans les titres, la Cour a admis que la comptabilité de Z._ SA n'avait pas été faussée et que, sur le plan formel, le compte de pertes et profits de Z._ n'avait pas violé le principe de sincérité, car les frais de sous-traitance et les commissions constituaient des postes de la même rubrique imposée par l'art. 663 al. 3 CO. Les juges ont toutefois considéré que, par son comportement, Y._ avait contribué à la falsification des comptes de G._ SA, en honorant une facture de cette dernière qui ne correspondait à aucune prestation réelle et en sachant que le versement opéré par Z._ SA à G._ SA avait pour destinataire réel X._. Elle a conclu que Y._ était à l'origine de cette supercherie, car il avait exigé que les commissions qu'il acceptait de verser à X._ soient "justifiées" par une fausse facture, et qu'il devait en conséquence être condamné en qualité de coauteur avec G._. Concernant l'infraction de faux dans les titres, la Cour a admis que la comptabilité de Z._ SA n'avait pas été faussée et que, sur le plan formel, le compte de pertes et profits de Z._ n'avait pas violé le principe de sincérité, car les frais de sous-traitance et les commissions constituaient des postes de la même rubrique imposée par l'art. 663 al. 3 CO. Les juges ont toutefois considéré que, par son comportement, Y._ avait contribué à la falsification des comptes de G._ SA, en honorant une facture de cette dernière qui ne correspondait à aucune prestation réelle et en sachant que le versement opéré par Z._ SA à G._ SA avait pour destinataire réel X._. Elle a conclu que Y._ était à l'origine de cette supercherie, car il avait exigé que les commissions qu'il acceptait de verser à X._ soient "justifiées" par une fausse facture, et qu'il devait en conséquence être condamné en qualité de coauteur avec G._. C. Contre cet arrêt fédéral, Y._ dépose un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. et 169 al. 1 PPF, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. Le Ministère public de la Confédération conclut au rejet du pourvoi.