Caisse interprofessionnelle d'AVS de la Fédération romande des syndicats patronaux (CIAM-AVS), rue de St-Jean 98, 1201 Genève, recourante, contre X._ SA, intimée, et Commission cantonale de recours en matière d'AVS/AI, Genève A.-La société X. _SA (ci-après : la société), dont le siège est à B._, a pour but l'exécution de tous mandats entrant dans l'activité d'une société fiduciaire et de révision. A._ en est l'administrateur doté de la signature individuelle. Le 25 juin 1998, la Caisse interprofessionnelle d'assurance-vieillesse et survivants de la Fédération romande des syndicats patronaux (ci-après : la CIAM), à laquelle la société est affiliée, a procédé à un contrôle d'employeur. Dans un rapport du 5 août 1998, elle a constaté que des rémunérations versées durant les années 1993 à 1997 à A._ n'avaient pas été déclarées par l'employeur. Aussi, par décision du même jour, la caisse a-t-elle réclamé à la société un montant de 2231 fr. 45, somme représentant les cotisations AVS/AI/APG/AC - frais d'administration compris - dues pour la période du 1er janvier 1993 au 31 décembre 1997. B.- La société a recouru contre cette décision, dont elle demandait implicitement l'annulation, devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI. Elle faisait valoir que A._ était en droit, en sa qualité d'expert-comptable indépendant, de percevoir ses honoraires francs de cotisations sociales et de ne s'acquitter de celles-ci que sur son résultat net, après déduction des frais administratifs nécessaires à l'exécution de ses mandats. Par jugement du 7 mai 1999, la juridiction cantonale a admis partiellement le recours, en ce sens que seules les rémunérations hors taxe sur la valeur ajoutée (TVA) devaient être soumises à cotisations. C.- La CIAM interjette recours de droit administratif contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation en tant qu'il exclut du salaire soumis à cotisations les indemnités versées par la société à A._ au titre de la prise en charge de la TVA due sur ses honoraires d'administrateur. Ni l'intimé ni A._ n'ont présenté de préavis sur le recours. De son côté, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose l'admission de celui-ci.