Faits: A. L'Aéroport international de Genève (ci-après: l'AIG) a engagé G._ en qualité de X._ 1 au mois de février 1996. Celui-ci a été nommé X._ 2 en décembre 1998. Depuis le 1er janvier 2009, G._ a travaillé à la section Y._ de la division Z._. Le 26 janvier 2005, G._ a été victime d'un accident professionnel qui l'a rendu incapable de travailler jusqu'au 7 avril 2005. Il s'est à nouveau retrouvé en arrêt de travail pour cause de maladie du 28 mars au 2 juillet 2006. Le 16 septembre 2006, l'intéressé s'est rendu à V._, à l'étranger, pour participer à un cours d'entraînement intensif d'une semaine. A son arrivée, il a présenté un certificat médical attestant une indisposition à porter de lourdes charges. En raison des exigences de sécurité très strictes prévalant dans cette école, sa participation a été refusée et il a été prié de rentrer chez lui. A la suite de cet incident, la Direction générale de l'AIG a reproché à G._ de ne pas avoir informé ses supérieurs hiérarchiques au sujet de son état de santé préalablement à son départ pour V._. Son comportement constituait une faute professionnelle, dès lors qu'il avait engendré des coûts inutiles et privé une autre personne de cette formation. L'intéressé a contesté les reproches formulés à son égard. G._ a été en incapacité de travail les 9 et 10 février 2007, en raison d'une grippe. Le 16 février suivant, il a reçu une lettre de sa hiérarchie le priant de lui fournir un certificat médical pour cette absence de deux jours. A cette occasion, il lui a été rappelé que s'il ne pouvait pas prendre son service pour des raisons de maladie, il devait avertir son responsable hiérarchique avant l'heure planifiée de sa prise de service, afin que son remplacement puisse être assuré dans les meilleurs délais. En outre, il devait présenter jusqu'à nouvel avis un certificat médical dès le premier jour d'absence. A défaut, des mesures plus coercitives seraient prises à son encontre, pouvant aller jusqu'à la résiliation des rapports de service. G._ a répondu le 24 février 2007. Le 9 mai 2008, M._ (représentant du syndicat des services publics) a écrit au directeur de l'AIG, lui demandant que les pressions exercées sur G._ cessent immédiatement et que les accusations dont ce dernier avait fait l'objet dans plusieurs courriers soient officiellement annulées par écrit. L'AIG a contesté le fait que G._ fût soumis à de quelconques pressions et a informé le syndicat qu'il ne souhaitait plus entrer en matière sur les faits invoqués. Au cours d'une réunion ayant eu lieu le 16 mars 2009 avec la Direction générale de l'AIG, G._, assisté de M._ et de son conseil, a exposé son souhait qu'une «décision» soit rendue au sujet des avertissements reçus entre 2006 et 2007. L'AIG a pour sa part indiqué que ceux-ci avaient déjà fait l'objet de plusieurs échanges de courriers, de sorte qu'elle n'entendait plus y revenir. La question de la fin des rapports de travail et la proposition de l'AIG de négocier une convention de départ a ensuite été abordée. A l'évocation de cette dernière éventualité, G._ a été pris d'un malaise et la discussion n'a pas pu se poursuivre. Depuis cette date, G._ s'est trouvé en incapacité de travail. Par courrier du 20 mars 2009, l'AIG a confirmé sa proposition de mettre un terme conventionnel aux rapports de travail. Le 26 mars 2009, G._ a contesté l'existence d'un conflit relationnel avec ses supérieurs hiérarchiques. Il a par ailleurs sollicité l'ouverture d'une enquête interne en application de l'art. 9 du Règlement sur la protection de la personnalité de l'AIG. Le 25 septembre 2009, l'AIG a ordonné l'ouverture d'une enquête interne et confié celle-ci à P._, président de la Cour de justice. Celui-ci a débuté son enquête par l'audition des témoins D._, R._, S._ et A._ le 9 décembre 2009. Le 11 décembre 2009, G._ a informé l'AIG qu'il reprendrait son travail à plein temps à partir du 4 janvier 2010. Par décision du 21 décembre 2009, l'AIG a licencié G._ avec effet au 30 juin 2010, tout en le libérant de l'obligation de travailler dès le 1er janvier 2010. G._ a recouru contre son licenciement devant la commission de recours de l'AIG. Après avoir procédé à l'audition des parties ainsi que de plusieurs témoins par audiences de comparution personnelle des 21 mai et 2 juillet 2010, la commission de recours de l'AIG a rejeté le recours de G._ par décision du 15 septembre 2010. B. G._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif (depuis le 1er janvier 2011: Chambre administrative de la Cour de justice). Il a sollicité l'annulation de la décision attaquée et sa réintégration ou, à défaut, le paiement d'une indemnité équivalente à dix-huit mois de salaire fixe, soit un montant de 138'159 fr. 90, avec intérêts à 5 % à compter du 30 juin 2010. Par jugement du 5 avril 2011, la juridiction cantonale a annulé la décision de licenciement et proposé la réintégration de G._. Elle a en outre ordonné à l'AIG, en cas de refus de procéder à la réintégration, de lui transmettre sa décision pour fixation d'une indemnité. C. L'AIG a formé un recours en matière de droit public dans lequel il a conclu, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la confirmation du licenciement prononcé le 21 décembre 2009. Subsidiairement, il a conclu au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. G._ conclut au rejet du recours. D. Par ordonnance du 14 septembre 2011, le juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours.