Faits: A. La société anonyme X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante), dont le siège se trouve à Y._ (GE), est propriétaire de plusieurs parcelles sises sur le territoire de la commune de Z._. Entre 2004 et 2006, elle a obtenu l'autorisation de construire sur celles-ci plusieurs bâtiments locatifs désignés par les lettres A, E, F, G, I et J. B. Le 19 avril 2005, la commune de Z._ a arrêté à 58'854 fr. 50 la taxe provisoire de raccordement au réseau des eaux usées pour le bâtiment A. Ce montant correspondait à 1,1 % de la valeur cadastrale provisoire, plus la TVA. Le montant définitif serait fixé une fois que la valeur cadastrale aurait été définitivement arrêtée. La Société a contesté le taux de 1,1 % en faisant valoir qu'elle avait dû mettre en place un système permettant de "réinjecter dans le terrain" les eaux pluviales, ce qui lui avait occasionné des coûts de près de 100'000 fr. pour le seul bâtiment A. La taxe ne portait donc que sur les eaux usées, de sorte que la tarification devait être revue. La commune de Z._ n'a pas accédé à cette demande, tout en renonçant à percevoir immédiatement la taxe provisoire. Le 21 mai 2007, la commune de Z._ a fixé la taxe de raccordement définitive des bâtiments A et E à 61'425 fr. 90 pour chacun. Elle a en outre arrêté les taxes provisoires des autres bâtiments. A l'encontre de ces prononcés, la Société a recouru au Conseil d'Etat du canton du Valais, qui l'a déboutée par décision du 23 janvier 2008. La Société a déféré cette décision au Tribunal cantonal du canton du Valais, en concluant principalement à son annulation et à ce que la taxe de raccordement des immeubles A, E, F, G, I et J n'excède pas 0,6 % de la valeur cadastrale définitive. Par arrêt du 11 juillet 2008, le Tribunal cantonal a admis partiellement le recours en ce qui concernait les taxes de raccordement des immeubles F, G, I et J. S'agissant de celles des immeubles A et E, les juges cantonaux ont rejeté le recours en rendant un arrêt incitatif. Ils ont considéré que, pour ces immeubles, prélever une taxe de raccordement de 1,1 %, sans faire de distinction entre le propriétaire qui n'évacue que ses eaux usées dans les canalisations publiques et celui qui y déverse également les eaux claires, est contraire aux principes de la causalité et de l'égalité de traitement. Un montant additionnel devrait être exigé en cas de déversement d'eaux claires, ce qui n'était toutefois pas prévu par le droit communal. Les juges ont cependant estimé que la fixation de la taxe litigieuse à 0,6 % de la valeur cadastrale, comme le demandait la recourante, risquerait de créer d'autres inégalités de traitement et exposerait la commune à une insuffisance de ressources. Dans ces circonstances, le Tribunal cantonal a jugé qu'il n'était pas en mesure d'arrêter lui-même une réglementation particulière valable jusqu'à ce que le législateur communal y ait pourvu. Il a donc invité celui-ci à modifier la législation, afin de créer la base légale nécessaire à la perception d'une taxe additionnelle. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 11 juillet 2008 en tant qu'il concerne les immeubles A et E et, principalement, de fixer la taxe de raccordement y relative à 0,6 % de la valeur cadastrale au maximum; à titre subsidiaire, elle conclut à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A titre préalable, elle demande que son recours soit doté de l'effet suspensif. L'autorité précédente et le Conseil d'Etat ont renoncé à se déterminer sur les conclusions du recours et la requête d'effet suspensif. La commune de Z._ conclut à l'admission de la requête d'effet suspensif et au rejet du recours. Par ordonnance du 16 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal de céans a admis la requête d'effet suspensif.