Faits: A. La société A._ est propriétaire de la parcelle 617 du registre foncier de la commune d'Avry, sise en zone industrielle. Par décision du 14 avril 2008, la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg (ci-après: la Direction cantonale) a ordonné l'inscription de l'aire d'exploitation située sur la parcelle susmentionnée dans le cadastre des sites pollués du canton de Fribourg, conformément à l'art. 5 de l'ordonnance fédérale du 26 août 1998 sur l'assainissement des sites pollués (ci-après: l'ordonnance sur les sites contaminés ou OSites; RS 814.680). Elle a prévu que l'inscription comporterait les informations suivantes: a) Emplacement: zone industrielle, 1754 Avry (secteur Avry-sur-Matran), RF 617, coordonnées 570'980/181'330 b) Type d'activité sur le site: commerce de gros de machines et de matériel agricole (code NOGA 51.66) c) Période approximative d'exploitation: de 1969 à nos jours d) Investigations et mesures de protection de l'environnement déjà réalisées: investigations réalisées = non e) Atteintes déjà constatées = non f) Domaines de l'environnement menacés: eaux souterraines = non, eaux de surface = non, sol = non, atmosphère = non g) Evénements particuliers = non h) Classement OSites selon art. 5 : Site pour lequel on ne s'attend à aucune atteinte nuisible ou incommodante à l'environnement. La Direction cantonale a retenu que l'entreprise en cause exerçait depuis 1969 des activités liées au commerce de gros de machines et de matériel agricoles, qui faisaient partie des branches susceptibles d'être concernées par une pollution, conformément à l'annexe 1 de la directive de l'Office fédéral de l'environnement relative à l'établissement du cadastre des sites pollués datée de 2001 (ci-après: directive OFEV 2001). Dans la mesure où, selon une décision du Service cantonal de l'environnement du 4 octobre 1988, il avait été constaté à l'époque que la place de la station de service et les colonnes de distribution n'étaient pas sécurisées, la vraisemblance d'une pollution du site devait être admise. L'entreprise n'avait pas réussi à prouver qu'aucune activité susceptible de polluer avait été effectuée sur le site, que les mesures de protection nécessaires contre les atteintes avaient été prises depuis le début ou que des démarches adéquates démontraient la non-pollution du site. B. Par arrêt du 22 septembre 2008, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ contre la décision de la Direction cantonale du 14 avril 2008. Elle a considéré pour l'essentiel que la pollution du site était très probable, au sens de l'art. 5 al. 3 OSites, au vu des conditions non conformes au droit en vigueur qui avaient prévalu pendant des années dans l'exploitation d'une activité à risque. Les griefs soulevés par l'intéressée ne modifiaient pas cette constatation. La décision respectait en outre le principe de la proportionnalité. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de dire que l'aire d'exploitation n° 2174-1023 située sur la parcelle 617 du registre foncier d'Avry n'est pas inscrite dans le cadastre des sites pollués du canton de Fribourg. Elle conclut en outre à ce que les frais de procédure devant les instances précédentes soient mis à la charge de l'Etat de Fribourg. Le Tribunal cantonal renvoie aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours. La Direction cantonale conclut également au rejet du recours. Dans ses déterminations, l'Office fédéral de l'environnement constate que la décision attaquée est conforme au droit fédéral de la protection de l'environnement. La recourante a répliqué le 19 février 2009. Par ordonnance du 24 novembre 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.