Faits: Faits: A. X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante), qui avait pour but la messagerie, le transport et tous autres services et activités en relation avec les transports locaux et internationaux, a été immatriculée en qualité d'assujettie au sens de l'art. 17 al. 1 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 1464 ss et les modifications ultérieures) du 1er janvier 1995 au 31 mars 1999. Elle décomptait selon les contre-prestations conve- nues. Elle a été dissoute par décision de son assemblée générale du 20 avril 1998. A la suite d'un contrôle fiscal, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale) a notifié à la Société, le 11 novembre 1998, une décision la condamnant à payer 39'997 fr. 88 à titre d'impôt et 3'022 fr. à titre d'intérêts moratoires. Cette imposition correspondait à certaines corrections opérées tant en faveur qu'en défaveur de la Société pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au quatrième trimestre 1996. Le 11 décembre 1998, la Société a interjeté une réclamation contre cette décision. Le 20 août 1999, elle a informé l'Administration fédérale de ce qu'une transaction était intervenue les 16 et 18 août 1999 dans le litige l'opposant à son partenaire contractuel, Y._ AG. Selon cet accord, la Société renonçait à exiger le paiement du solde des factures adressées à Y._ AG, à concurrence de 776'422 fr. 12 et Y._ AG abandonnait la créance de 2'255'262 fr. 25 dont elle se prévalait à son égard. La Société a déduit de cette convention au plan de la TVA que chaque renonciation valait contre-prestation de l'autre et qu'elle était créancière de l'Administration fédérale à hauteur de 103'572 fr., subsidiairement de 53'058 fr. Par décision sur réclamation du 26 novembre 2002, l'Administration fédérale a admis partiellement la réclamation et réformé sa décision en ce sens qu'un montant de 7'389 fr. 37 devait être restitué à la Société. Elle a notamment annulé l'imposition du chiffre d'affaires de 776'422 fr. 12 auquel la Société avait renoncé (nouvel avis de crédit du 26 novembre 2002). En revanche, elle a pris en considération, à titre de correction de la déduction de l'impôt préalable, un montant de 137'645 fr. correspondant à 6,1033 % de la créance de 2'255'662 fr. 25 abandonnée par Y._ AG, pour laquelle il fallait présumer que l'impôt préalable avait été déduit (chiffre 4 du dispositif, se référant au nouveau décompte complémentaire du 26 novembre 2002, relatif aux périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 mars 1999). Par décision sur réclamation du 26 novembre 2002, l'Administration fédérale a admis partiellement la réclamation et réformé sa décision en ce sens qu'un montant de 7'389 fr. 37 devait être restitué à la Société. Elle a notamment annulé l'imposition du chiffre d'affaires de 776'422 fr. 12 auquel la Société avait renoncé (nouvel avis de crédit du 26 novembre 2002). En revanche, elle a pris en considération, à titre de correction de la déduction de l'impôt préalable, un montant de 137'645 fr. correspondant à 6,1033 % de la créance de 2'255'662 fr. 25 abandonnée par Y._ AG, pour laquelle il fallait présumer que l'impôt préalable avait été déduit (chiffre 4 du dispositif, se référant au nouveau décompte complémentaire du 26 novembre 2002, relatif aux périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 mars 1999). B. La Société a déféré cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours), qui a rejeté le recours par décision du 22 novembre 2004. Analysant les conséquences en matière de TVA de la convention des 16 et 18 août 1999, cette autorité a retenu que l'accord en question entraînait une modification de la base d'imposition au sens des art. 31 et 35 OTVA nécessitant une régularisation de la TVA d'amont et d'aval. La Société n'ayant pas produit la facture portant sur le montant de 2'255'262 fr. 25 ni aucun document probant en relation avec la déduction de l'impôt préalable, la Commission de recours a confirmé que l'Administration fédérale était fondée à présumer que l'impôt préalable avait été déduit au moment de l'établissement de la facture, conformément à la méthode de décompte selon les contre-prestations convenues. La correction opérée par l'Administration fédérale le 26 novembre 2002 était en conséquence justifiée. B. La Société a déféré cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours), qui a rejeté le recours par décision du 22 novembre 2004. Analysant les conséquences en matière de TVA de la convention des 16 et 18 août 1999, cette autorité a retenu que l'accord en question entraînait une modification de la base d'imposition au sens des art. 31 et 35 OTVA nécessitant une régularisation de la TVA d'amont et d'aval. La Société n'ayant pas produit la facture portant sur le montant de 2'255'262 fr. 25 ni aucun document probant en relation avec la déduction de l'impôt préalable, la Commission de recours a confirmé que l'Administration fédérale était fondée à présumer que l'impôt préalable avait été déduit au moment de l'établissement de la facture, conformément à la méthode de décompte selon les contre-prestations convenues. La correction opérée par l'Administration fédérale le 26 novembre 2002 était en conséquence justifiée. C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision de la Commission de recours du 22 novembre 2004 et celle de l'Administration fédérale du 26 novembre 2002 et de condamner cette dernière à lui verser la somme de 90'258 fr. plus intérêt à 5% l'an dès le 1er septembre 1999. Elle dénonce la violation du principe de la bonne foi et du droit à la preuve et se plaint d'une appréciation arbitraire des faits constatés par la Commission de recours. La Commission de recours se réfère à sa décision et renonce à présenter des observations. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours.