Faits: A. Par arrêt du 16 janvier 2013 à la suite d'un recours à l'encontre d'une ordonnance du ministère public du 4 décembre 2012, le Juge de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a fixé à 2'130 fr. 30 l'indemnité allouée à X._ en vertu de l'art. 429 al. 1 let. a CPP. B. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, avec suite de dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'une indemnité de 4'435 fr. 50 lui est allouée, subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La cour cantonale et le ministère public ont renoncé à se déterminer.