Faits: A. A.a Le 24 octobre 1997, la société H._ a déposé plainte pour gestion déloyale, diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et gestion fautive. A l'appui de cette dénonciation, elle a exposé les indices suivants permettant de soupçonner l'existence d'un transfert illicite d'actifs entre les sociétés A._ SA et B._ SA: - la transformation d'une société immobilière (C._ SA) en une nouvelle société indépendante, B._ SA, alors que X._ annonçait simultanément aux banques des mesures d'assainissement de A._ SA pour obtenir un moratoire; - l'administration de B._ SA confiée à l'organe de révision de A._ SA, en particulier à Y._, qui était simultanément chargé de mener les discussions avec les créanciers de cette dernière; - l'incapacité vraisemblable de B._ SA de payer à A._ SA une contre-prestation correcte pour la reprise de l'ensemble des activités de celle-ci; - la prétendue découverte d'une perte de 426'089 fr. sur les travaux en cours; - l'augmentation extraordinaire des frais d'administration de A._ SA. A.b Après avoir procédé à de nombreuses mesures d'instruction et ordonné l'établissement d'expertises qui ont été remises respectivement les 16 septembre 1998 (expertise D._), 19 novembre 2001 et 19 février 2004 (expertise E._), le juge d'instruction, par ordonnance du 20 décembre 2004, a renvoyé X._ et Y._, devant le Tribunal pénal économique, pour diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers, éventuellement gestion déloyale ou gestion fautive, avantages accordés à certains créanciers, et également faux dans les titres pour ce qui concerne X._. B. Le 11 octobre 2005, X._ a été dénoncé pour contrainte et délit manqué de contrainte. Il lui était reproché d'avoir menacé les organes de la société H._ du dépôt d'une plainte pénale pour diffamation si la dénonciation dudit établissement n'était pas retirée dans un délai de 10 jours, ainsi que d'avoir fait notifier à F._ et G._, des commandements de payer de respectivement 950'000 fr. et 95'000 fr. Par ordonnance complémentaire du 3 avril 2006, le juge d'instruction a renvoyé X._ devant le Tribunal pénal économique, pour délit manqué de contrainte s'agissant de la notification des poursuites précitées. Par ordonnance complémentaire du 24 août 2006, il l'a encore une fois renvoyé devant la même autorité, pour délit manqué de contrainte, suite à la notification de nouvelles poursuites aux dénonciateurs. C. Par jugement du 13 février 2007, le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg a notamment reconnu X._ coupable de gestion fautive, de faux dans les titres et de délit manqué de contrainte, l'a acquitté des chefs de prévention de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et de gestion déloyale et a pris acte de la prescription en tant qu'elle concerne l'infraction d'avantages accordés à certains créanciers. X._ a ainsi été condamné à une peine privative de liberté de 9 mois, avec sursis pendant deux ans. Par arrêt du 4 juin 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a notamment rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours de X._. D. Ce dernier a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation du principe d'accusation et des art. 22 et 181 CP, il a conclu, principalement, à son acquittement des chefs de prévention de gestion fautive, de faux dans les titres et de délit manqué de contrainte et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt entrepris. Il a également requis l'effet suspensif.