Faits: A. La Compagnie du chemin de fer Lausanne-Echallens-Bercher (ci-après: la Compagnie LEB) est une société anonyme qui a son siège à Echallens. Elle exploite la ligne de chemin de fer entre Lausanne et Bercher, ligne qui a été prolongée, en 1995, jusqu'à la station souterraine sise sous la place de Chauderon, à Lausanne. La contribution d'égouts à laquelle elle a été assujettie en raison de cette première prolongation a été confirmée par le Tribunal administratif, par arrêt du 24 juin 1999 (RDAF 2000 I 108). Dans le courant de l'année 2000, la Compagnie LEB a mis en service la station terminale du Flon, située sous la place de l'Europe, à Lausanne. Cette réalisation a été financée à raison de 33% par la Confédération et de 50% par le canton de Vaud, le solde étant pris en charge par les 38 communes intéressées, dont celle de Lausanne. Le 25 janvier 2001, l'Etablissement cantonal d'assurance-incendie (ci-après: l'ECA) a taxé l'ensemble du volume bâti par la Compagnie LEB, soit 20'237 m3, à 13'443'700 fr. (indice 108 de l'année 2001). B. Le 3 septembre 2001, le Service d'assainissement de la Direction des travaux de la Commune de Lausanne a établi un bordereau de contributions pour le raccordement de la gare de Lausanne-Flon au réseau collectif d'évacuation des eaux claires et des eaux usées d'un montant de 133'939 fr. 10; ce montant correspondait à la nouvelle valeur d'assurance incendie de 12'447'870 fr., ramenée au taux de 100 de 1990, puis multipliée au taux de 10o/oo fixé par le règlement communal, soit 124'478 fr. 70, TVA de 7,6% (9'460 fr. 40) en sus. Contestant l'utilisation de la valeur d'assurance incendie comme base de la taxation, la Compagnie LEB a recouru contre ce bordereau auprès de la Commission communale de recours en matière d'impôts communaux et de taxes spéciales de la Ville de Lausanne (ci-après; la Commission communale de recours) qui a rejeté le recours, par décision du 26 juin, notifiée le 19 août 2002. C. La Compagnie LEB a ensuite porté sa cause devant le Tribunal administratif qui, après avoir procédé à un double échange d'écritures, a également rejeté le recours. Il a considéré en substance que la taxe unique de raccordement aux équipements publics répondait à la définition d'une charge de préférence et que, destinée à couvrir les frais de constructions des infrastructures d'évacuation et de traitement des eaux, elle demeurait l'un des modes de prélèvement envisageable sous l'angle de l'art. 60a de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20). L'entrée en vigueur de cette disposition, le 1er novembre 1997 (RO 1997 p. 2243, 2448), ne remettait en effet pas en cause le critère de la valeur d'assurance incendie pour le calcul d'une contribution unique de raccordement, contrairement à ce que le Tribunal fédéral avait admis pour le calcul de la taxe annuelle due en contrepartie de l'utilisation des installations (ATF 128 I 46). Il a en outre considéré comme admissible le fait de ne pas tenir compte de la taxe payée par le précédent propriétaire, même s'il y avait un certain schématisme à assimiler la construction de la place de l'Europe, sous laquelle la gare a été réalisée, à la reconstruction d'un bâtiment après démolition de l'ancien bâtiment abritant l'EJMA (Ecole de jazz et de musique actuelle de Lausanne). D. Agissant par la voie du recours de droit public, la Compagnie LEB conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 12 octobre 2004, la cause étant renvoyée à cette instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle présente également une demande d'effet suspensif. Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. De son côté, la Commune de Lausanne a déposé des déterminations au terme desquelles, elle conclut, sous suite de frais, au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. E. Par ordonnance du 2 décembre 2004, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours, en précisant que cela n'empêchait pas "l'intérêt moratoire de courir dès l'échéance sur le montant qui sera finalement dû".