Faits: A. X._ est domicilié à Arbaz en Valais. Durant les années 2005 et 2006, il a travaillé en qualité de comptable auprès de la société Y._ SA à Lausanne. Il a effectué les déplacements entre son domicile et son lieu de travail en voiture privée jusqu'à Sion, où il louait une place de parc, puis en train jusqu'à Lausanne en première classe. Dans sa déclaration pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période 2005, il a demandé la déduction de 21'550 fr. soit 4'700 fr. pour l'abonnement général de train en 1ère classe, 1'040 fr. de frais de voiture (soit 80 j. x 20 km x 65 ct.), 600 fr. pour location de place de parc à la gare de Sion, 3'000 fr. de frais de repas hors domicile, 1960 fr. de frais de deuxième repas hors domicile (pour 140 jours), 7'200 fr. de frais de logement et 3'050 fr. pour les autres dépenses professionnelles. Par décision de taxation du 13 septembre 2006, la Commission d'impôt de district d'Arbaz n'a admis que 18'150 fr. de dépenses professionnelles. Elle n'a admis que 3'100 fr. d'abonnement de train en 2ème classe, 6'000 fr pour les frais de logement et refusé les frais de place de parc. Le revenu imposable 2005 a été arrêté à 85'325 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 85'851 fr. pour l'impôt fédéral direct. Dans sa déclaration pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période 2006, il a demandé la déduction de 21'714 fr. soit 4'700 fr. pour l'abonnement général de train en 1ère classe, 1'040 fr. de frais de voiture (soit 80 j. x 20 km x 65 ct.), 600 fr. pour location de place de parc à la gare de Sion, 3000 fr. de frais de repas hors domicile, 1960 fr. de frais de deuxième repas hors domicile (pour 140 jours), 7'200 fr. de frais de logement et 3'214 fr. pour les autres dépenses professionnelles. Par décision de taxation du 5 janvier 2008, la Commission d'impôt de district d'Arbaz n'a admis que 18'314 fr. de dépenses professionnelles. Elle n'a admis que 3'100 fr. d'abonnement de train en 2ème classe, 6'000 fr pour les frais de logement et refusé les frais de place de parc. Le revenu imposable 2006 a été arrêté à 112'932 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 110'502 fr. pour l'impôt fédéral direct. Par décisions du 30 janvier 2008 respectivement du 16 juin 2008, la Commission d'impôt de district d'Arbaz a rejeté les réclamations déposées par l'intéressé contre les décisions de taxation des 13 septembre 2006 et 5 janvier 2008. Ce dernier a interjeté recours contre les décisions sur réclamation des 30 janvier 2008 et 16 juin 2008 auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). B. Par décisions séparées du 20 mai 2009, la Commission de recours a partiellement admis les recours et fixé le revenu imposable pour la période fiscale 2005 à 79'413 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 81'427 fr. pour l'impôt fédéral direct. Pour la période fiscale 2006, elle l'a fixé à 109'608 fr. pour l'impôt cantonal et communal et à 107'178 fr. pour l'impôt fédéral direct. Elle a jugé que l'on pouvait exiger de l'intéressé qu'il se rende en véhicule privé d'Arbaz à Sion, puis de Sion à Lausanne en train, ce qui conduisait à lui accorder une déduction pour les déplacements hebdomadaires en voiture entre Arbaz et Sion (20 km x 48 sem. x 65 ct. soit 624 fr.), pour l'abonnement de train en 2ème classe entre Sion et Lausanne (3'100 fr.) et pour la location d'une place de parc à la Gare de Sion. Constatant que la déduction des frais de véhicule privé entre Arbaz et Sion s'élevait à 624 fr. et ne dépassait que de peu les 600 fr. annuels de location de la place de parc de Sion, la Commission de recours a accordé une déduction, "tout bien considéré", de 300 fr. pour dite location en sus des 624 fr. de frais kilométriques forfaitaires pour chaque période fiscale. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral dans un premier mémoire (2C_440/2009) d'annuler le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2005 et de fixer le revenu imposable à 81'727 fr. et, dans un deuxième mémoire (2C_441/2009), d'annuler le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2006 et de fixer le revenu imposable à 107'478 fr. Elle conteste la déduction de 300 fr. accordée par la Commission de recours. Selon elle, pareille déduction viole le système des forfaits de l'art. 26 LIFD, parce qu'elle revient à l'admettre une fois en frais effectifs et une fois en frais forfaitaires. La Commission de recours conclut au rejet des recours sous suite de frais. Le Service cantonal des contributions conclut à l'admission des recours. X._ n'a pas donné suite à l'invitation à déposer des observations.