A.- Par décision du 6 novembre 1990, la Fondation institution supplétive LPP (la Fondation) a prononcé l'affiliation d'office de M._, appareilleur, avec effet au 1er août 1988. Elle lui a adressé, le 1er juin 1992, un décompte de primes pour les années 1988, 1989 et 1990, années durant lesquelles celui-ci avait employé du personnel. Aucun paiement n'étant intervenu, la Fondation a fait notifier le 16 mars 1998, par l'intermédiaire de l'Office des poursuites de Lausanne-Est, une poursuite à l'adresse de M._. Elle requérait paiement de 15 906 fr. 10 avec intérêt à 5 % dès le 1er janvier 1998, ainsi que 150 fr. pour ses frais de contentieux. M._ a fait opposition au commandement de payer n° 641668. B.- La Fondation a ouvert action contre M._ devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud par mémoire du 13 janvier 1999. Elle a conclu, en définitive, à ce que M._ soit reconnu, sous suite de dépens, son débiteur pour la somme de 15 906 fr. 10, montant échu au 31 décembre 1997, ainsi qu'à la mainlevée de l'opposition formée au commandement de payer n° 641668 sous suite de frais et dépens. M._ a conclu au rejet de la demande. Par jugement du 18 mars 1999, notifié le 13 octobre 1999, le tribunal des assurances a rejeté la demande au motif que celle-ci était prescrite. C.- La Fondation interjette recours de droit administratif contre ce jugement. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à titre principal à ce que M._ soit astreint à lui payer la somme de 15 906 fr. 10, montant échu au 31 décembre 1997, et demande la levée définitive de l'opposition au commandement de payer n° 641668 de l'Office des poursuites de Lausanne-Est, subsidiairement le renvoi de la cause au tribunal des assurances pour nouveau jugement. M._ n'a pas répondu au recours. De son côté, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose l'admission du recours.