Faits: A. A.a La société X._ SA, à A._, a pour but la recherche, le développement, la fabrication, ainsi que l'ingénierie dans les domaines technique, mécanique, chimique et industriel. Elle a été fondée en 1985 par B._, qui avait déposé un brevet pour un système sécurisé de prélèvements de produits toxiques. En 1992, B._ a également ouvert une succursale aux Etats-Unis, X._ INC, dont il est toujours actionnaire unique. En automne 2004, comme le brevet concernant le système de prélèvements a été déclaré nul par les autorités judiciaires, B._ a alors décidé de fermer son entreprise suisse et a licencié tout son personnel. Il a cependant accepté, en 2005, de transmettre ses actions à ses trois enfants, de quitter le conseil d'administration et de confier la direction de la société à ses deux fils, qui siègent aussi au conseil d'administration. A.b X._ SA livre du matériel à la société américaine X._ INC. Comme le paiement intervient avec un important retard, cette dernière bénéficie d'une ligne de crédit en compte-courant auprès de X._ SA qui se montait à 340'772 fr. au 31 décembre 2004 et à 434'189 fr. au 31 décembre 2006. Ce crédit était accordé sans contre-prestation correspondante. Dans les comptes de X._ INC au 30 juin 2006 figurait un montant de 1'197'719 USD à titre de dette envers X._ SA, alors que la comptabilité de cette dernière ne mentionnait aucune créance correspondante. B. En 2008, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après : le Service cantonal) a procédé à un contrôle des comptes de X._ SA pour les exercices 2005 et 2006. Dans son rapport du 24 juin 2008, il a opéré une reprise de 10'600 fr. correspondant aux intérêts du solde du compte-courant de 2005 et 2006 dû par X._ INC. Le rapport proposait aussi de porter à l'actif des comptes de X._ SA un montant correspondant à la dette de 1'197'719 USD et de comptabiliser au passif un montant identique sous la forme d'une postposition. L'intérêt dû sur ce prêt a été établi à 38'700 fr. pour l'année 2005 et à 33'800 fr. pour l'année 2006. Partant, le Service cantonal a pris les conclusions suivantes : Nature des reprises Exercice 2005 Exercice 2006 Intérêts sur C/C X._ INC Fr. 10'600.-- Fr. 10'600.-- Intérêts sur créances X._ INC non comptabilisées Fr. 38'700.-- Fr. 33'800.-- Provision pour perte de change Fr. 250'000.-- A suivre A suivre Provision pour risque produit Fr. 200'000.-- A suivre A suivre Créances envers X._ INC non comptabilisées A comptabiliser A comptabiliser Total des reprises Fr. 49'300.-- Fr. 44'400.-- Sur la base de ces reprises, la Commission d'impôt des personnes morales a, par bordereaux du 4 juillet 2008, arrêté à 702'505 fr. le bénéfice imposable de X._ SA, tant en matière d'impôts cantonal et communal que d'impôt fédéral direct, pour l'année 2005 et à 126'199 fr. pour l'année 2006. Le 25 août 2008, la Commission d'impôt a rejeté la réclamation déposée par X._ SA contre ces taxations. C. X._ SA a recouru contre cette décision auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (en abrégé: la Commission de recours), en concluant principalement à l'annulation des reprises portant sur les intérêts. A titre complémentaire, elle acceptait l'activation du montant de la créance de 1'197'719 USD envers X._ INC, à condition que puisse être comptabilisée une provision du même montant. Par décision du 20 janvier 2010, notifiée le 10 septembre 2010, la Commission de recours a admis partiellement le recours dans le sens des considérants, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Constatant que X._ INC était dans une situation financière difficile, elle a ainsi accepté la proposition de X._ SA selon laquelle, parallèlement à la comptabilisation, à l'actif de son bilan fiscal au 31 décembre 2005, de la créance de 1'197'719 USD, une provision du même montant soit constituée. Les juges ont en revanche confirmé la décision du 25 août 2006 concernant les intérêts. Ils ont retenu que la mise à disposition d'une ligne de crédit sans contre-prestation complémentaire constituait une prestation appréciable en argent justifiant une reprise de 10'600 fr. à titre d'intérêt pour chacun des exercices 2005 et 2006. Il en allait de même du non-prélèvement d'intérêt sur la créance non comptabilisée de 1'197'719 USD. D. A l'encontre du jugement du 20 janvier 2010, X._ SA forme auprès du Tribunal fédéral un "recours au sens de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct" (LIFD; RS 642.11) et conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de la décision de la Commission de recours en matière fiscale du 20 janvier 2010. Partant, elle demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler la reprise d'intérêts sur le compte courant de X._ INC, ainsi que la reprise des intérêts sur la créance de 1'197'719 USD, et subsidiairement, d'admettre une provision équivalente aux intérêts repris. La Commission de recours a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Le Service cantonal des contributions propose de rejeter le recours sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie à la décision attaquée, ainsi qu'aux observations de la Commission de recours du 22 décembre 2010, et conclut au rejet du recours sous suite de frais.