Faits: A. Statuant sur les appels formés par X._, d'une part, et par A._, C._ et D._, d'autre part, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a, par jugement du 14 juin 2011, libéré X._ des chefs d'obtention frauduleuse d'une prestation (art. 150 CP) et d'infraction à la loi fédérale du 19 décembre 1986 contre la concurrence déloyale (LCD; RS 241). Elle l'a déclaré coupable de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (art. 150bis CP) et d'infraction par métier aux art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g de la loi fédérale du 9 octobre 1992 sur le droit d'auteur et les droits voisins (loi sur le droit d'auteur, LDA; RS 231.1). X._ s'est vu condamné à une peine pécuniaire de 100 jours-amende à 70 fr., avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'à une amende de 3'000 fr. et au paiement aux parties plaignantes d'une indemnité à titre de remise de gain de 98'435 fr. 80 avec intérêts à 5% dès le 10 décembre 2010. B. Par arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012, la cour de céans a admis le recours interjeté par X._ et l'a libéré des chefs d'infraction retenus, dès lors que l'infraction à l'art. 150bis CP était prescrite et que les éléments constitutifs des art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g LDA n'étaient pas réalisés. La cause a été renvoyée au Tribunal cantonal du canton du Jura pour qu'il statue à nouveau sur les prétentions civiles des parties plaignantes et sur les frais et dépens des instances cantonales. C. Statuant sur renvoi, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a, par jugement du 27 juin 2013, condamné X._ à payer à A._ et C._ (à l'exclusion de D._), à titre de remise de gain, la somme de 63'472 fr. 55 avec intérêts à 5% dès le 10 décembre 2010. Les frais de procédure étaient partagés et les parties plaignantes étaient condamnées à verser, solidairement entre elles, les dépens de deuxième instance au prévenu, fixés à 6'710 fr. 05. La cour cantonale a considéré que D._ n'était pas titulaire des prétentions qu'elle faisait valoir en justice, de sorte qu'elle n'avait pas de légitimation active. Le jugement cantonal repose sur les faits suivants, tels qu'arrêtés par le Tribunal fédéral dans son arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012. C.a. A._ et C._ proposent des abonnements aux chaînes E._ en Suisse depuis 1996 et F._ depuis le 1 er octobre 2008. Les chaînes concernées sont cryptées et payantes. Pour les réceptionner, l'abonné doit disposer d'un décodeur. Lorsque celui-ci reçoit les données, il envoie un signal à la carte numérique fournie au client, qui l'identifie techniquement et qui, si elle contient les droits, va donner accès aux chaînes qui pourront être visionnées sur le téléviseur. Les données envoyées par satellite au décodeur sont cryptées par un système développé et commercialisé par D._. C.b. Depuis le mois de février 2005, X._ a exploité sous la raison individuelle "G._" un commerce dont le but était la vente de matériel satellite. D'abord installé à son domicile, il a ouvert un magasin le 4 août 2007. Il a mis en place un système de partage de carte ( "card sharing" ) qui permettait à ses clients de visionner les chaînes de E._ et F._ contre une rémunération dont le coût était inférieur à celui d'un abonnement obtenu directement auprès de A._ ou de C._. Pour ce faire, il vendait à ses clients un appareil de type Dreambox 500 S qui faisait office de récepteur. Il programmait celui-ci en ajoutant dans le système un logiciel téléchargé sur internet. Cette modification permettait à l'appareil de se connecter automatiquement à un serveur installé chez lui, qui décryptait les données grâce à la dizaine d'abonnements qu'il avait contractés auprès d'un distributeur français. Les chaînes de E._ et de F._ pouvaient alors être regardées par ses clients bien qu'ils ne disposassent pas d'un abonnement officiel. C.c. La vente des appareils Dreambox représentait 70% du chiffre d'affaires de X._. Selon lui, seuls 70 à 80% d'entre eux étaient modifiés. Il facturait un appareil 580 fr. ou 380 fr. selon qu'il était équipé ou pas du système de partage de carte. L'abonnement lui-même était à 200 fr. la première année, puis 160 fr. les années suivantes. Certains clients ont acheté à X._ des accès à son serveur uniquement, qu'ils ont ensuite revendus à plusieurs personnes qui modifiaient elles-mêmes leur appareil afin de se connecter au serveur du précité. X._ a vendu des appareils et des abonnements jusqu'en octobre 2007. Il a encore perçu par la suite plusieurs montants de 160 fr., correspondant au prix de la prolongation d'abonnement, voire de 180 fr. à titre de "service Dreambox". Il a coupé le serveur auquel ses clients se connectaient à la fin du mois de janvier 2008. Environ 450 clients ont bénéficié de son système. D. X._ interjette un recours en matière pénale contre le jugement du 27 juin 2013 et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation en ce sens que les prétentions civiles de A._ et de C._ soient rejetées, que l'intégralité des frais judiciaires soient mis à leur charge et qu'il lui soit alloué une équitable indemnité pour ses dépens relatifs à la procédure de première instance ainsi qu'à celle devant le Tribunal cantonal, à hauteur de 33'736 fr. 65. Invitées à se déterminer sur le recours, les parties plaignantes ont conclu au rejet de celui-ci dans la mesure de sa recevabilité, avec suite de frais et dépens. La Cour pénale du Tribunal cantonal a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité et à la confirmation de son jugement. Après communication de ces réponses à X._, celui-ci a persisté dans ses conclusions aux termes de ses observations du 7 janvier 2014. Les intimées et le recourant ont encore déposé des observations spontanées, les 15 et 23 janvier 2014.