Faits: A. La société A._ exploite depuis de nombreuses années une centrale de production d'enrobé bitumineux en zone industrielle de la commune d'Ecublens. Elle a également bénéficié d'autorisations régulièrement renouvelées par le Service cantonal des eaux, sols et assainissement (ci-après: le SESA) d'exploiter une installation de traitement et d'élimination de déchets. Ces activités ont régulièrement donné lieu à des plaintes du voisinage, en raison des odeurs et poussières incommodantes dégagées. Au vu de nouvelles plaintes présentées à la commune en 2005, la municipalité d'Ecublens (ci-après: la municipalité) a pris contact avec le Service cantonal de l'environnement et de l'énergie (ci-après: le SEVEN), autorité cantonale compétente en matière de protection de l'air. Il ressort d'un rapport de contrôle réalisé le 20 juillet 2006 par le SEVEN que la centrale litigieuse présentait des émissions de carbone organique total de 177 et 213 mg/m3 (moyenne horaire). B. Après plusieurs échanges avec A._, tendant à obtenir de celle-ci un plan d'assainissement de son installation, le SEVEN a rendu une décision d'assainissement le 7 mars 2008. Il a considéré que les substances et produits organiques qui se trouvaient dans des mortiers recyclés étaient de diverses provenances et de nature indéterminée, qu'ils avaient fait l'objet de nombreuses transformations et mutations depuis les produits pétroliers de base qui constituaient eux-mêmes un grand mélange de résidus de la distillation de pétroles bruts de diverses origines. Ces produits avaient ensuite été exposés durant des années aux vicissitudes de la nature et de la météorologie. La composition de ces matières organiques était donc inconnue et non attribuable à l'une des classes des chiffres 71 ou 82 de l'annexe 1 de l'ordonnance du 16 décembre 1985 sur la protection de l'air (OPair; RS 814.318.142.1), qui concernent des substances pures telles que celles mentionnées dans cette annexe. En conséquence, le SEVEN devait apprécier les émissions de matières organiques inconnues, sous leur forme concentrée, et devait trouver une valeur limite d'émission globale représentative du problème et mesurable selon les moyens de la technique actuelle. Les valeurs limites figurant à l'annexe 1 OPair (substances et produits purs) n'étant pas appropriées, le SEVEN a déterminé la valeur limite d'émission en application de l'art. 4 OPair et fixé une limitation préventive de 20 mg/m3 de carbone organique total. Il a fixé un délai d'assainissement au 30 juillet 2011. Cette décision n'a pas été contestée. Le 1er juin 2011, A._ a présenté une demande de réexamen au SEVEN. Elle a expliqué que la valeur limite d'émission (VLE) de carbone organique total de 20 mg/m3 était hors norme et techniquement irréalisable, les centrales de la dernière génération atteignant une VLE de 100 mg/m3. Elle a notamment allégué qu'aucune centrale semblable dans le canton ni en Suisse ne répondait à cette exigence. Selon elle, la valeur de référence serait celle fixée dans l'annexe 1 ch. 71 let. c OPair, soit 150 mg/m3. Le 14 octobre 2011, le SEVEN a rendu une nouvelle décision d'assainissement qui annule et remplace celle du 7 mars 2008. L'assainissement attendu nécessitait le renouvellement complet de l'installation par un poste à tour haute, la mise en place d'un système de post-combustion ainsi que la fixation de la VLE de carbone organique à 50 mg/m3 conformément à l'état de la technique défini par la législation en vigueur en Allemagne. Le délai d'assainissement était fixé au 30 avril 2012. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). C. Par arrêt du 9 novembre 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours de A._. Il a réformé la décision du SEVEN du 14 octobre 2011, en ce sens que le délai d'assainissement est fixé au 9 mai 2013, et l'a confirmée pour le surplus. Il a considéré en substance que la valeur limite d'émission pour le carbone total de 50 mg/m3 correspondait à une valeur usuellement admise dans la pratique, depuis 2002 en Allemagne et à tout le moins depuis 2007 en Suisse, comme équivalent aux valeurs fixées par le Conseil fédéral dans les annexes de l'OPair et donc comme conforme aux conditions posées aux art. 11 al. 2 et 12 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01) et 4 OPair. Elle devait ainsi être considérée comme techniquement faisable. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 9 novembre 2012 dans le sens où la décision du SEVEN du 14 octobre 2011 est annulée en ce qui concerne l'obligation d'un renouvellement complet de l'installation, avec tour haute, et la fixation à 50 mg/m3 de la valeur limite d'émission du carbone organique total. Subsidiairement, la recourante conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, le dossier étant renvoyé au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une constatation incomplète des faits, d'une mauvaise application du droit fédéral ainsi que d'une violation de son droit d'être entendue. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et conclut au rejet du recours, au bénéfice des considérants de son arrêt. La Direction générale de l'environnement et la municipalité concluent également au rejet du recours. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV) soutient la limitation préventive des émissions correspondante du SEVEN concernant le "carbone total". Les parties ont pu s'exprimer sur cette prise de position. Par ordonnance du 28 janvier 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif de la recourante.