Faits: A. A.a K & L Ruppert Stiftung & Co. Handels-KG (ci-après: K & L Ruppert), avec siège à Weilheim (Allemagne), fait partie du groupe K & L Ruppert, actif dans la vente de vêtements et disposant de cinquante filiales dans le sud de l'Allemagne. Le 23 mars 1990, K & L Ruppert a déposé la marque verbale "Coolwater" en Allemagne. La société a obtenu son enregistrement (marque allemande no 1159331) le 23 mai 1990 pour la classe 25 (vêtements et chaussures). K & L Ruppert ayant déposé une demande internationale, la marque a été inscrite, le 19 septembre 1990, au registre international des marques de l'Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI). L'enregistrement international (no 556'679) désigne la Suisse. A.b Zino Davidoff SA (ci-après: Davidoff) est une société de droit suisse, avec siège à Fribourg, inscrite au registre du commerce le 20 juin 1990, dont le but est le commerce de toutes sortes, notamment l'exportation des marques "Davidoff" et "Zino Davidoff" dans tous les domaines, à l'exception du domaine du tabac, et d'articles pour fumeurs. Le 31 août 1987, Davidoff a déposé la marque combinée "Davidoff Cool Water" (fig.) en Suisse. Elle a obtenu son enregistrement (marque suisse no 357'066) le 18 novembre 1987 pour la classe 3 (produits cosmétiques). Davidoff ayant déposé une demande internationale, la marque a été inscrite, le 12 février 1988, au registre international des marques de l'OMPI (no 518'673). Le 14 décembre 2000, Davidoff a également déposé la marque verbale "cool water" en Suisse. Elle a obtenu son enregistrement (marque suisse no 483'579) le 6 avril 2001 pour toutes sortes de préparations cosmétiques de la classe 3, du matériel de nettoyage de la classe 21, des couvertures en laine, de lits et de tables, et autre linge de maison de la classe 24 et des vêtements, cravates, chemises, costumes, chaussures, chapellerie de la classe 25. B. B.a Le 5 avril 2006, K & L Ruppert a ouvert action contre Davidoff devant la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de Fribourg. Elle a conclu à la constatation de la nullité de l'enregistrement de la marque suisse "cool water" (no 483'579) du 6 avril 2001, subsidiairement à la nullité de l'enregistrement de cette marque concernant les "préparations pour blanchir et autres substances pour lessiver, préparations pour nettoyer, savon (classe 3)", le "matériel de nettoyage (classe 21)", et les "couvertures en laine, couvertures de lits et tables, linges de lits, housses pour coussins, taie d'oreillers, services de toilette, serviettes-éponges, draps de bain, rideaux, tissus à décorer, draps de bains, rideaux (classe 24)", plus subsidiairement à la nullité de l'enregistrement de la marque précitée concernant les "vêtements, cravates, chemises, costumes, chaussures, chapellerie (classe 25)". Invoquant la priorité (art. 6 LPM) de son enregistrement international (no 556'679) qui désigne la Suisse, la demanderesse explique que le champ de protection de sa marque, inscrite pour la classe 25, s'étend également aux autres classes de produits lorsqu'il en résulte un risque de confusion. Elle soutient que, dans le domaine de la mode, les créateurs utilisent leur marque non seulement pour des vêtements mais aussi pour des produits cosmétiques et que, dès lors, il existe un risque de confusion entre sa marque et celle de la défenderesse enregistrée en 2001 notamment pour la classe 3. B.b Dans sa réponse et demande reconventionnelle du 12 septembre 2006, Davidoff conclut au rejet de la demande et à la constatation de la nullité de la partie suisse de l'enregistrement international (no 556'679) de la demanderesse, ainsi qu'à l'interdiction, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 CP, d'utiliser la marque "Coolwater" pour vendre des vêtements et des chaussures, les mettre dans le commerce ou les détenir à cette fin, d'en faire la publicité et d'accorder des licences correspondantes à des tiers. En substance, la défenderesse (et demanderesse reconventionnelle) reproche à K & L Ruppert une concurrence parasitaire. Elle allègue que, grâce aux articles de parfum et cosmétiques Davidoff de la ligne "Cool Water" introduits sur le marché allemand en 1988, le chiffre d'affaires de la marque de parfumerie Davidoff a connu un accroissement important. La défenderesse soutient que l'enregistrement de la marque "Coolwater" a été fait de mauvaise foi par la demanderesse, aussi bien en Allemagne qu'en Suisse. Selon elle, la marque de la demanderesse (inscrite pour la classe 25) violerait aussi sa marque suisse no 357'066 (enregistrée pour la classe 3), du fait qu'il y a - du propre aveu de la demanderesse - une similitude de produits engendrant un risque de confusion. B.c Dans sa réponse à la demande reconventionnelle déposée le 11 décembre 2006, la demanderesse (et défenderesse reconventionnelle) conteste l'image parasitaire donnée d'elle par sa partie adverse. Elle précise en outre qu'on ne saurait lui opposer le non-usage de sa marque en Suisse puisqu'en application de l'art. 5 de la Convention du 13 avril 1892 entre la Suisse et l'Allemagne concernant la protection réciproque des brevets, dessins, modèles et marques (RS 0.232.149.136; ci-après: la Convention de 1892), le titulaire conserve ses droits dans les deux pays s'il fait usage de la marque dans l'un des deux. Elle se prévaut en revanche du non-usage de la marque "cool water" (no 483'579) de la défenderesse (enregistrée le 6 avril 2001) en ce qui concerne les vêtements pour conclure à la perte du droit de la défenderesse sur ces produits depuis le 7 août 2006. B.d Le 8 octobre 2007, la défenderesse a pris l'initiative de déposer une duplique et a produit plusieurs pièces tendant à démontrer qu'elle a commercialisé ses produits de parfumerie "Cool Water" dès le début de l'année 1988. S'agissant des motifs du non-usage de sa marque "cool water" (no 483'579), la défenderesse en a expliqué les raisons; notamment, elle a allégué que le non-usage en Allemagne et en Suisse se justifiait en raison du litige avec la demanderesse. B.e Dans un arrêt du 20 avril 2009, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de Fribourg, admettant partiellement l'action de K & L Ruppert, a constaté la nullité de l'enregistrement de la marque suisse "cool water" (no 483'579) de la société Davidoff en ce qui concerne la classe 25 (vêtements, cravates, chemises, costumes, chaussures, chapellerie). Elle a rejeté les conclusions de K & L Ruppert pour le surplus et rejeté intégralement les conclusions reconventionnelles de Davidoff. Concernant le non-usage de la marque "cool water" (no 483'579) de la défenderesse, la cour cantonale a retenu qu'indépendamment de la question de savoir si la demanderesse était légitimée à invoquer ce non-usage dans une action ouverte avant l'échéance du délai de carence de l'art. 12 al. 1 LPM, il était patent que le litige opposant les deux parties constituait un juste motif de non-usage de la marque contestée. Cette question n'est plus discutée devant le Tribunal fédéral, et il n'y a pas lieu d'y revenir. C. C.a Davidoff exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 avril 2009. La recourante conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt cantonal entrepris, au rejet de la demande de K & L Ruppert, à ce que la nullité de la partie suisse de l'enregistrement international (no 556'679) de la marque "Coolwater" de l'intimée soit constatée (le jugement devant être transmis à l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle (IPI), étant indiqué que celui-ci devra communiquer la constatation de nullité à l'OMPI), à ce qu'il soit fait interdiction à l'intimée d'utiliser la marque "Coolwater" pour vendre des vêtements et des chaussures, les mettre dans le commerce ou les détenir à cette fin ou en faire de la publicité, ou d'accorder des licences correspondantes à des tiers, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 CP. Subsidiairement, la recourante conclut au rejet de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance inférieure. Faisant grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu que l'intimée a effectué un dépôt de mauvaise foi et, à titre subsidiaire, de ne pas avoir jugé qu'il existe un risque de confusion entre sa propre marque ("Davidoff Cool Water" (fig.) pour la classe 3) et la marque de l'intimée ("Coolwater" pour la classe 25), la recourante lui reproche d'avoir mal appliqué le droit fédéral, plus particulièrement les art. 2, 3 let. d et 9 LCD, les art. 3, 13 et 55 LPM, ainsi que l'art. 2 CC. Considérant que l'autorité précédente n'est pas véritablement entrée en matière sur la question du dépôt de mauvaise foi, elle lui reproche également d'avoir violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Dans son mémoire, la recourante introduit un fait non constaté par la cour cantonale, à savoir qu'elle est titulaire d'une seconde marque jouissant d'une antériorité par rapport à celle invoquée par l'intimée. Il s'agit de la marque "Cool Water" déposée en 1994, également pour la classe 3, avec mention d'une priorité d'usage remontant au 26 juillet 1988.