Faits: A. Dans sa déclaration fiscale 2003, datée du 26 juin 2004, X._ a fait état d'un revenu net de 125'327 fr. et d'une fortune nette de 1'147'739 fr. Sous la rubrique "observations", il a indiqué que son frère et lui-même allaient terminer le décompte d'une promotion qu'ils venaient de réaliser à B._ pour la fin août 2004. Le 19 avril 2005, l'administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'administration cantonale) a notifié à l'intéressé un bordereau pour les impôts cantonaux et communaux 2003 d'un montant de 21'646 fr. 10, calculé sur un revenu imposable de 95'434 fr au taux de 132'729 fr. et sur une fortune imposable de 454'119 fr. (recte: 454'129 fr.) au taux de 1'147'739 fr. Cette décision n'a pas été attaquée. Le 18 octobre 2005, l'administration cantonale a ouvert une procédure en rappel d'impôt pour l'année fiscale 2003. Consécutivement à une information du Service des contributions du canton du Valais, elle avait constaté que le contribuable, dans sa déclaration 2003, n'avait pas annoncé le résultat de la promotion immobilière réalisée fin 2003. Le 4 novembre 2005, le fisc a notifié à l'intéressé un bordereau rectificatif pour l'impôt cantonal et communal 2003, calculé sur un revenu imposable de 104'466 fr. au taux de 1'542'685 fr et sur une fortune imposable de 454'129 fr. au taux de 1'147'739 fr. Le supplément d'impôt s'élevait à 14'434 fr. 50. L'administration cantonale a précisé qu'en raison des circonstances (documents de la promotion joints à la déclaration fiscale 2004) elle renonçait à infliger une amende au contribuable. B. Le 23 mai 2006, X._ a sollicité la récupération de l'impôt anticipé du compte construction de la promotion "A._" à B._. Il se plaignait de la différence de traitement dans la récupération de l'impôt anticipé entre les cantons de Genève et du Valais, relevant que son frère, domicilié en Valais, avait pu récupérer l'impôt anticipé pour les années fiscales 2001 à 2004. Par décision du 9 juin 2006, confirmée sur réclamation le 20 septembre 2006, l'administration cantonale a refusé le remboursement de l'impôt anticipé relatif à la promotion "A._" sise à B._, en application de l'art. 23 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21), au motif que le contribuable n'avait pas déclaré en temps utile le revenu de ladite promotion, à savoir avant l'entrée en force de sa taxation. C. Le 9 juin 2008, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale) a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision de l'administration cantonale du 20 septembre 2006. Elle a considéré en substance que la requête tendant au remboursement de l'impôt anticipé prélevé en 2003 sur le compte construction de la promotion immobilière n'avait été formulée que le 23 mai 2006, alors que, d'une part, le contribuable n'avait pas fait figurer ledit compte dans l'état des titres de sa déclaration fiscale 2003, et que, d'autre part, sa taxation ordinaire 2003 ainsi que le bordereau de rappel d'impôt 2003 étaient tous les deux déjà entrés en force. Il y avait ainsi déchéance du droit au remboursement de l'impôt anticipé. D. X._ a contesté la décision précitée auprès de la Commission cantonale, qui a transmis le recours au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence. Il conclut au remboursement de son impôt anticipé. Il estime que sa demande de restitution de l'impôt anticipé, déposée lors de la procédure de rappel d'impôt pour la période 2003, l'a été en temps utile. La Commission cantonale n'a pas pris de conclusions. L'administration cantonale conclut au rejet du recours, avec suite d'émolument. L'Administration fédérale des contributions propose le rejet du recours, avec suite de frais.