Faits: A. B._ S, société anonyme sise à X._ (Genève), active notamment dans les produits haut de gamme de l'horlogerie, possède un capital-actions de 1'400'000 fr., composé de 1'400 actions nominatives de 1'000 fr. C._, administrateur président, possède 700 actions, A._, administrateur vice-président, 699 actions, et D._, administrateur secrétaire, détient 1 action à titre fiduciaire pour le compte de A._. Les trois administrateurs sont titulaires de la signature collective à deux. Les statuts de B._ SA, dans leur teneur au 28 octobre 2004, dressés par le notaire E._, comprennent un art. 15, qui dispose ce qui suit: " Le Conseil d'administration se compose d'un ou de plusieurs membres. En règle générale, il est élu lors de l'assemblée générale ordinaire et pour la durée d'une année. Les membres du Conseil d'administration restent en fonction jusqu'à ce que l'assemblée générale ait procédé à une nouvelle élection ou qu'elle les ait reconduits dans leur fonction. La démission ou la révocation demeurent réservées. S'ils remplacent un administrateur en cours de mandat, les nouveaux administrateurs sont élus pour la durée résiduelle du mandat de ceux qu'ils remplacent. Les membres du Conseil d'administration sont rééligibles (...). " L'assemblée générale ordinaire de B._ SA s'est tenue le 26 octobre 2011, en présence de C._ et de D._, qui représentait en outre A._. En raison d'un conflit majeur opposant les actionnaires de la société, les voix exprimées par C._ ont rencontré l'opposition de celles de D._ et A._, de sorte que le bilan et les comptes de résultat au 31 décembre 2010 n'ont pas été approuvés, le report de la perte d'exercice n'a pas été décidé, les trois administrateurs et l'organe de révision n'ont pas été réélus. B. B.a. Faisant valoir que la société se trouvait dans une situation de carence dans son organisation au sens de l'art. 731b CO, C._ a déposé auprès du Tribunal de première instance de Genève, le 4 novembre 2011, une requête dirigée contre la société, concluant à la nomination d'un commissaire pour celle-ci. Il s'est opposé à ce que A._ et D._ représentent B._ SA. Le Tribunal de première instance a restreint les débats à la question de la représentation de B._ SA à la procédure.