Faits: A. Le 4 février 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève a donné suite à une demande d'entraide judiciaire et ordonné la transmission à l'autorité requérante, à Londres, de la documentation relative à des comptes bancaires détenus notamment par A._, C._ et B._. Ces ordonnances de clôture ont été notifiées à l'établissement bancaire concerné. Le 5 février 2009, les avocats constitués pour les trois personnes précitées se sont adressés au Juge d'instruction pour obtenir des pièces du dossier, avec élection de domicile en leur étude. Il leur fut répondu le lendemain que des décisions de clôture avaient déjà été rendues. Les documents ont été transmis à l'étranger le 31 mars 2009. Dans le cadre de recours formé auprès de la Cour des plaintes du Tribunal fédéral contre d'autres décisions de clôture rendues le même jour dans la même affaire, les avocats ont pris connaissance, le 23 juin 2009, des trois ordonnances précitées. Ils ont recouru le 7 juillet 2009 en demandant préalablement une notification formelle de ces décisions. B. Par arrêt du 30 septembre 2009, la Cour des plaintes a déclaré les recours recevables, contre l'avis du Juge d'instruction. Au moment du prononcé des ordonnances de clôture, les avocats n'étaient pas constitués, de sorte que la notification à l'établissement bancaire était suffisante; ce dernier n'avait d'ailleurs pas à informer les titulaires des comptes clôturés. Toutefois, le délai de recours ne courrait qu'à partir de la connaissance effective des décisions attaquées, soit en l'occurrence le 23 juin 2009. Les recours étaient donc formés en temps utile. Ils ont été rejetés sur le fond par référence aux arrêts rendus précédemment, ceux-ci n'ayant pas été attaqués. C. Par acte du 12 octobre 2009, l'Office fédéral de la justice (OFJ) forme un recours en matière de droit public. Il estime en substance que les recours auraient dû être déclarés irrecevables par la Cour des plaintes, car déposés après l'exécution de la décision de clôture. La Cour des plaintes a renoncé à présenter des observations. Le Juge d'instruction conclut à l'admission du recours. Les intimés A._, C._ et B._ concluent à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.