A.- Le 9 juin 2000, l'Office fédéral des transports a approuvé les plans du projet des Chemins de fer fédéraux (CFF) en vue de la construction du "tronçon genevois" d'une troisième voie entre Coppet et Genève, (sur le territoire des communes de Versoix, Genthod, Bellevue et Pregny-Chambésy; coordonnées kilométriques: de 50.655 à 52.440 et de 52.580 à 58.130). Une procédure combinée - approbation des plans et expropriation - avait été ouverte à cet effet en 1995. Les époux X._, copropriétaires d'une parcelle à Genthod où se trouve leur maison d'habitation (parcelle n° 1777), se sont opposés au projet des CFF lors de l'enquête publique. En approuvant les plans, l'Office fédéral des transports a rejeté leur opposition. La réalisation du projet nécessite, selon les CFF, l'expropriation partielle de la parcelle n° 1777 (303 m2 à titre définitif et 157 m2 à titre provisoire, d'après le plan des droits à exproprier figurant dans le dossier mis à l'enquête publique). Le passage de la nouvelle voie est prévu dans cette emprise, un mur de soutènement d'un talus devant en outre être édifié entre la voie et la maison. B.- Les époux X._ ont recouru contre la décision d'approbation des plans auprès de la Commission de recours du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après: la Commission de recours). D'autres recours concernant le même tronçon, actuellement pendants, ont été joints à celui des époux X._. Les CFF ont demandé à la Commission de recours de prononcer la levée de l'effet suspensif, qui découlait du dépôt du recours des époux X._ ainsi que d'autres recours (cf. art. 55 al. 1 de la loi fédérale sur la procédure administrative [PA; RS 172. 021]). Par un prononcé du 5 décembre 2000, le Juge chargé de l'instruction a retiré l'effet suspensif aux recours dirigés contre l'approbation des plans, en assortissant cette décision de trois réserves, dont celle-ci: " Dans le secteur visé par le recours des époux X._, la construction du mur de soutènement sera suspendue lorsque celui-ci aura atteint une hauteur de trois mètres. " Ce prononcé a été notifié aux époux X._, à l'adresse de leur avocat. C.- Agissant par la voie du recours de droit administratif - leur acte ayant été déposé le 27 décembre 2000 -, les époux X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision du Juge instructeur de la Commission de recours et de restituer l'effet suspensif à leur recours pendant devant cette autorité. En substance, les recourants soutiennent qu'en l'état de la procédure, les CFF ne peuvent pas être autorisés à effectuer des travaux sur leur propriété, en modifiant la pente d'un talus et en édifiant un mur de soutènement, car le droit d'expropriation ne leur aurait pas été accordé à titre définitif pour ces aménagements. Les CFF concluent au rejet du recours de droit administratif. La Commission de recours a fait part de ses observations. L'Office fédéral des transports a renoncé à répondre au recours.