Faits: A. Par avis publié au Bulletin officiel du canton du Valais du 17 octobre 2008, l'Association de la station d'épuration (STEP) d'Evionnaz et environs (ci-après: l'Association) a mis en soumission, par voie de procédure ouverte, les travaux d'adaptation des installations électriques de la STEP, marché non soumis à l'Accord international sur les marchés publics du 15 avril 1994 (AMP-OMC; RS 0.632.231.422). Les critères d'adjudication retenus et leur pondération faisaient état: 1) du prix (60%) 2) de la qualité et de la bienfacture (30%) 3) des délais d'exécution (10%). Parmi les huit offres déposées, celle de Y._ SA (212'553 fr.25) et de X._ SA (252'583 fr.70) étaient les plus basses. Sur une échelle culminant à 10 points, la grille de notation établie le 3 décembre 2008 a attribué à Y._ SA 6 points pour le critère no 1, 2,4 points pour le critère no 2 et 0,6 point pour le critère no 3, le total des points ascendant à 9,0. Les points attribués à X._ SA ont été respectivement de 4,98, 3,0 et 0,40, soit un total de 8,38. Le 9 décembre 2008, le mandataire de l'Association pour le réfection de la STEP d'Evionnaz et environs s'est adressé à Y._ SA en invitant celle-ci à justifier son offre, particulièrement en ce qui concerne le coût des câbles. Y._ SA a répondu, le 11 décembre 2008, que son offre couvrait ses prix de revient, que le coût des câbles était fondé sur une offre de son fournisseur et que les temps de tirage avaient été estimés en fonction de sa large expérience dans ce domaine. Par décision du 16 février 2009, communiquée à X._ SA le 25 février 2009, le Comité de direction de l'Association a adjugé le marché à Y._ SA. B. Le 12 mars 2009, X._ SA a recouru auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais, (ci-après: le Tribunal cantonal). Elle a conclu à l'annulation de la décision d'adjudication et, principalement, à l'adjudication du marché à son profit, subsidiairement, au renvoi du dossier à l'Association pour nouvelle décision d'adjudication dans le sens des considérants. Elle a soutenu que l'offre de Y._ SA ne permettait pas la couverture du prix de revient, qui devait être calculée sur la base de la Convention collective de travail des installateurs-électriciens et des monteurs de lignes du canton du Valais du 19 novembre 2007 (ci-après: la CCT) et sur le catalogue des articles normalisés de l'Union suisse des installateurs électriciens (ci-après: le CAN). En présence d'une offre anormalement basse, constitutive de concurrence déloyale, l'adjudicateur aurait dû exclure l'offre de Y._ SA. Statuant par arrêt du 29 mai 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a retenu, en substance, que Y._ SA avait répondu affirmativement à la question de l'adjudicateur portant sur le respect des conditions de travail de la CCT et de l'adéquation de ses prestations avec celles contenues dans cette convention et que l'allégation de X._ SA, selon laquelle Y._ SA devrait sous-payer son personnel pour tenir les prix annoncés, ne reposait sur aucun indice plausible. Enfin, même dans l'hypothèse où l'offre de l'adjudicataire était inférieure au prix de revient, X._ SA n'avait pas établi que Y._ SA serait dans l'incapacité d'exécuter correctement le marché litigieux. C. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision d'adjudication et l'arrêt du Tribunal cantonal du 29 mai 2009, principalement de renvoyer le dossier au Tribunal cantonal ou à l'Association pour nouvelle décision d'adjudication dans le sens des considérants, subsidiairement, de constater l'illicéité de la décision d'adjudication litigieuse. Elle se plaint de la violation du droit d'être entendu et d'arbitraire dans l'application du droit cantonal. Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer sur le recours. L'Association et Y._ SA concluent, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours.