Faits: A. Par arrêt du 29 août 2008, la Cour correctionnelle sans jury du canton de Genève a condamné C.X._ à deux ans de peine privative de liberté avec sursis pour actes d'ordre sexuel avec une enfant. Cette décision repose, en bref, sur les éléments suivants. A.a Dans sa requête en mesures protectrices de l'union conjugale du 18 février 1998, B.X._ a fait état de gestes déplacés de son mari, C.X._, sur sa fille A.X._, née le 6 septembre 1990. Elle a précisé qu'elle avait surpris son mari à deux reprises en train de se faire nettoyer le sexe par A.X._ alors qu'ils prenaient le bain ensemble. Elle a également fait état d'une scène où son époux se trouvait avec sa fille dans le lit conjugal et où elle avait entendu celle-ci dire « comme ça, tu me descends ma culotte ». Entendue par le Tribunal de première instance en avril 1998, D._ a déclaré que A.X._ lui avait été adressée pour faire un bilan complet de sa psychomotricité en mai ou juin 1997. Dès le début, elle avait eu des soupçons d'attouchements sexuels. Entendu par la même autorité en mai 1998, le pédopsychiatre E._ a déclaré que A.X._ lui avait dit avec des mots d'enfants que son père lui avait à plusieurs reprises touché le sexe. Chargée d'une expertise de crédibilité, la doctoresse F._ a indiqué, dans son rapport du 3 mars 1999, que A.X._ avait mentionné, lors des entretiens, les attouchements sexuels, qu'elle s'était montrée cohérente tant au niveau du discours que des attitudes et qu'elle n'avait présenté aucun signe de fabulation ni d'activité délirante, ou autre pathologie pouvant amener à une distorsion de sa perception de la réalité. L'expert a conclu qu'il n'y avait pas d'élément médico-psychologique susceptible de diminuer la crédibilité des déclarations de A.X._. C.X._ a été inculpé le 24 mars 1999 d'infractions à l'art. 187 CP pour avoir, à réitérées reprises, touché le sexe de sa fille et s'être fait laver son sexe par celle-ci. Il a catégoriquement contesté ces faits. A.b Dans un certificat médical du 14 août 2002, la doctoresse G._ a indiqué que A.X._ lui avait relaté quelques scènes, se situant dans le cadre d'abus sexuels à répétition, survenant en général les jours de congé, alors qu'elle avait entre 4 et 6 ans. Le 14 avril 2003, B.X._ a répondu au juge d'instruction, à la question de savoir si A.X._ lui avait expliqué pour quelle raison elle n'avait pas parlé plus tôt de ces autres abus, qu'en fait sa fille lui en avait sans doute déjà parlé à l'époque, mais qu'elle-même n'avait pas compris. Par exemple, sa fille lui avait dit il y a longtemps que son père lui avait fait un petit trou qui avait saigné, mais que celui-ci s'était rebouché. A une autre reprise, elle l'avait surprise en train de lécher l'entrejambe de son lapin en peluche et A.X._ lui avait expliqué que tous les parents nettoyaient leurs enfants de cette manière. Au regard notamment de ces nouvelles révélations, le juge d'instruction a ordonné une seconde expertise de crédibilité de l'enfant. Dans son rapport du 5 mai 2004, la doctoresse H._ a relevé que la fillette ne lui avait pas parlé des actes d'ordre sexuel - tels qu'une tentative de pénétration et une fellation - relatés dans le certificat médical établi par la doctoresse G._. En revanche, A.X._ avait relaté des attouchements sur son sexe, sans précision temporelle. Selon l'expert, il n'y avait pas de raison de contester la crédibilité de la jeune fille, du point de vue de son fonctionnement psychique. En revanche, la durée du temps écoulé, l'influence de l'entourage, l'image négative du père, les interrogatoires multiples et répétés auprès des différents interlocuteurs engendraient un doute concernant la crédibilité des déclarations de A.X._, qui apparaissaient ainsi comme moyennement crédibles. Le 16 décembre 2005, le juge d'instruction a inculpé à titre complémentaire C.X._ d'infractions à l'art. 187 CP pour avoir tenté sans succès de pénétrer sa fille, étant précisé qu'il a appuyé son sexe avec force contre son vagin au point qu'elle a eu mal, pour l'avoir léché entre les jambes, pour lui avoir demandé de lécher son sexe, étant précisé qu'il lui a également demandé de le caresser, jusqu'à éjaculation, et pour avoir à plusieurs reprises demandé à sa fille d'introduire son sexe dans sa bouche, étant précisé qu'à certaines occasions, il a éjaculé. C.X._ a catégoriquement contesté ces accusations. B. Par arrêt du 19 décembre 2008, la Cour de cassation genevoise a annulé l'arrêt de la Cour correctionnelle sans jury et acquitté C.X._ du chef d'accusation d'actes d'ordre sexuel avec un enfant. Elle a admis l'existence d'un doute sérieux quant à la culpabilité de l'intéressé. C. A.X._ et B.X._ ont déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une application arbitraire des art. 340, 350 et 352 CPP/GE et une violation des art. 9 et 29 al. 2 Cst., elles ont conclu à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de l'affaire à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.