Faits: A. Pendant les périodes fiscales 2001 à 2006, X._ était contribuable et domiciliée à Genève et administratrice de la société Y._ SA. Elle a également géré une station service de 2003 à 2005. Dans sa déclaration fiscale 2001-B du 20 mai 2002, elle a déclaré un revenu brut de 45'336 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 6 décembre 2002, elle a reçu un bordereau définitif pour l'impôt cantonal et communal 2001-B d'un montant de 35 fr., fondé sur un revenu imposable de 31'821 fr. et sur une fortune égale à 0. Le même jour, elle a reçu un bordereau pour l'impôt fédéral direct 2001 d'un montant de 96 fr., fondé sur un revenu de 34'500 fr. Dans sa déclaration fiscale 2002 du 1er mars 2003, elle a déclaré un revenu brut imposable de 45'336 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 11 novembre 2003, elle a reçu un bordereau de taxation pour l'impôt cantonal et communal 2002 d'un montant de 35 fr. 75, fondé sur un revenu de 33'199 fr. et sur une fortune égale à 0. Le même jour, elle a reçu un avis de taxation pour l'impôt fédéral direct 2002, selon lequel elle n'était pas imposable, sous réserve d'un rappel d'impôt. Dans sa déclaration fiscale 2003 du 11 novembre 2004, elle a déclaré un revenu brut imposable de 182'208 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 20 décembre 2004, elle a reçu un bordereau définitif pour l'impôt cantonal et communal 2003 d'un montant de 32'354 fr. 90, fondé sur un revenu imposable de 159'520 fr. Le même jour, elle a reçu un bordereau pour l'impôt fédéral direct 2003 d'un montant de 7'921 fr., fondé sur un revenu de 151'900 fr. X._ a formé une réclamation contre ces bordereaux. Dans sa déclaration fiscale 2004 du 31 juillet 2005, elle a déclaré un revenu de 187'185 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Elle a fait l'objet, le 9 octobre 2006, d'un bordereau de taxation d'impôt cantonal et communal 2004 d'un montant de 27'511 fr. 70, fondé sur un revenu imposable de 142'593 fr. et sur une fortune égale à 0. Le même jour, elle a fait l'objet d'un bordereau d'impôt fédéral direct 2004 d'un montant de 6'036 fr., fondé sur un revenu imposable de 137'400 fr. Dans sa déclaration fiscale 2005 de 10 juin 2006, elle a déclaré un revenu brut de 94'827 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 22 novembre 2006, elle a fait l'objet d'un bordereau de taxation d'impôt cantonal et communal 2005 d'un montant de 6'016 fr. 50, fondé sur un revenu imposable de 70'806 fr. et sur une fortune égale à 0. Dans sa déclaration fiscale 2006 du 14 juin 2007, elle a déclaré un revenu brut imposable de 46'020 fr. Elle n'était pas titulaire de comptes bancaires et n'avait aucune fortune. Le 12 décembre 2007, elle a fait l'objet d'un bordereau de taxation d'impôt cantonal et communal 2006 d'un montant de 57 fr. 60, fondé sur un revenu de 37'511 fr. et une fortune de 558 fr. B. Le 10 janvier 2008, l'Administration fiscale du canton de Genève a informé l'intéressée de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pour soustraction d'impôt pour l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct, portant sur les exercices fiscaux 2002 à 2006 inclus. La réclamation que celle-ci avait formulée contre les bordereaux de taxation de l'exercice 2003 serait également traitée. Le 6 juin 2008, l'Administration fiscale a informé l'intéressée qu'elle étendait le contrôle à l'exercice 2001. L'Administration avait appris que cette dernière avait effectué plusieurs retraits d'un compte de la société ouvert à la Banque C._, dont elle donnait la liste. Le total des retraits s'était élevé à 110'500 fr. en 2001, 119'500 fr. en 2002 et 188'142 fr. en 2003. Par pli recommandé du 24 juin 2008, X._ a transmis ses «attestations» des comptes bancaires ouverts à la Banque C._ ainsi qu'une attestation de la Banque D._ certifiant qu'elle n'avait pas eu de compte en euros de 2001 à 2004. Elle exposait en outre n'avoir jamais encaissé le moindre revenu de la société Y._ et n'avait fait que rendre service à A._ son administrateur, en prélevant de l'argent du compte de la société pour le lui remettre. Le 22 août 2008, l'Administration fiscale a annoncé la fin des procédures en rappel d'impôt et en soustraction d'impôt et lui a notifié des bordereaux de suppléments d'impôts dont les montants sont les suivants: IFD repr. sur revenu repr. sur fortune suppl. d'impôt intérêts 2001 110550 - 6551 1342,25 2002 119500 - 7726 1279,95 2003 188142 - 24479 3148,60 2004 440 - 65 6,20 total 38821 ICC repr. sur revenu repr. sur fortune suppl. d'impôt intérêts 2001 110550 0 27811,80 4'679,50 2002 119550 0 30851,45 3980,85 2003 188142 10023 58539,35 6280,30 2004 440 0 126,65 6,85 2005 339 145019 413,80 20,70 2006 506 87290 131,40 2,70 total 117874,45 Pour les années 2001 à 2003, les reprises sur le revenu correspondaient à des revenus non déclarés sous forme de retraits du compte bancaire de la société Y._, ainsi qu'aux intérêts de comptes bancaires non déclarés. Les reprises sur la fortune correspondaient au solde des comptes bancaires non déclarés. Pour les années 2004 à 2006, les reprises sur le revenu correspondaient aux intérêts de comptes bancaires non déclarés. Les reprises sur la fortune correspondaient au solde des comptes bancaires non déclarés. Le même jour, l'Administration fiscale a notifié à X._ deux bordereaux d'amende d'un montant correspondant à une fois le montant soustrait, soit 117'874 fr. pour l'impôt cantonal et communal 2001 à 2006 et 38'821 fr. pour l'impôt fédéral direct 2001 à 2004. Le 16 septembre 2008, X._ a déposé des réclamations contre l'ensemble des bordereaux de rappel d'impôt et d'amende du 22 août 2008, qui ont été rejetées, le 19 septembre 2008, par deux décisions distinctes de l'Administration fiscale, l'une concernant l'impôt cantonal et communal 2001 à 2006 et l'autre concernant l'impôt fédéral direct 2001 à 2004. Le 14 octobre 2008, X._ a interjeté recours contre les deux décisions sur réclamation du 19 septembre 2008 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts cantonaux et communaux et auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral direct, devenues le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative, elle-même remplacée, le 1er janvier 2011, par le Tribunal administratif de première instance. Le 11 octobre 2010, la Commission cantonale de recours en matière administrative, après avoir joint les causes, a rejeté le recours. C. Par mémoire du 22 novembre 2010, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif, devenu depuis le 1er janvier 2011 la chambre administrative de la Cour de justice, concluant à l'annulation de la décision de la commission cantonale de recours en matière administrative du 11 octobre 2010. Le 13 janvier 2011, le juge délégué a ordonné l'apport de la procédure pénale P/19'758/2004. Il en ressortait que A._ avait été condamné le 2 février 2009 à une peine privative de liberté pour abus de confiance, faux dans les titres et inobservation des prescriptions légales en matière de comptabilité (art. 352 CP), que X._ ni B._ n'avaient été inculpés ou condamnés et qu'à l'origine de l'ouverture de l'information pénale se trouvait une dénonciation de l'office fédéral de la police pour des soupçons d'activité de blanchiment d'argent via les comptes bancaires de la société Y._. Entendu par la police le 25 août 2005, A._ a indiqué être le propriétaire de la société Y._. Il a précisé que les retraits d'argent liquide effectués par X._ avaient pour but le paiement de fournisseurs ou avaient pu être liés à des prêts accordés à B._. X._, de son côté, a indiqué être l'amie de A._ et ne pas connaître B._. Elle avait été administratrice de la société Y._. Elle avait apporté 100'000 fr. à la société, qu'elle avait récupérés par la suite. Les sommes qu'elle avait prélevées en argent liquide sur les comptes de la société étaient liées au remboursement du capital précité et à des prêts qu'elle avait consentis à A._. B._, entendu également, a confirmé les mécanismes des prêts. D. Par arrêt du 31 juillet 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours déposé par X._ contre la décision de la Commission cantonale de recours en matière administrative du 11 octobre 2010. Il n'y avait pas lieu de procéder à l'audition demandée par l'intéressée de deux témoins, celle de son compagnon à l'époque des faits et celle du bénéficiaire allégué des fonds prélevés. Les deux témoins étaient certes liés à l'utilisation du compte de la société Y._. Ils avaient tous deux étés entendus par la police et par le juge d'instruction durant la procédure P/19758/2004, dont le dossier avait été produit en l'espèce dans la présente procédure. Ils avaient confirmé d'une manière générale que l'un avait prêté à l'autre différents montants moyennant commission. Toutefois, la chronologie de ces prêts n'avait pas pu être établie précisément, ni le lien existant entre ceux-ci et les montants prélevés par l'intéressée, qui avaient transité par le compte en question. Aucune pièce n'avait été retrouvée et l'intéressée n'en avait pas produit qui nécessitait une instruction complémentaire. L'audition des deux témoins ne permettrait pas à l'intéressée, près de dix ans après les faits, d'apporter la preuve qu'elle n'avait pas bénéficié de ces prélèvements. Sur le fond, l'intéressée n'avait mentionné dans ses déclarations fiscales aucun des quatre comptes bancaires dont elle était titulaire auprès de la Banque C._ et de la Banque D._ alors que ces comptes étaient régulièrement utilisés, pour des montants parfois importants. Elle n'avait fourni aucune explication probante au sujet des différents prélèvements qu'elle avait effectués, principalement en argent liquide, sur le compte de la société ouvert à la Banque C._ alors même qu'elle en était l'administratrice et qu'à ce titre, elle avait la maîtrise des comptes et notamment la charge de faire en sorte qu'une comptabilité commerciale soit tenue, conformément aux principes du droit commercial qui inclut la nécessité de conserver des pièces comptables en rapport avec les mouvements de fonds affectant la trésorerie de la société. Dans ces circonstances, l'administration fiscale, qui avait transmis la liste des mouvements dont elle considérait qu'ils concernaient la contribuable, était en droit, en l'absence de justifications précises de ces mouvements, de retenir, au vu de leurs montants et de leurs rythmes, qu'il s'agissait de revenus occultes qu'il y avait lieu de reprendre au titre de la taxation sur le revenu. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle subsidiaire du recours constitutionnel, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de procéder à l'audition de A._ et B._, d'annuler l'arrêt rendu le 13 juillet 2012 par la Cour de justice du canton de Genève et confirmer les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 2001 à 2006 sans tenir compte des sommes retirées des comptes de la société Y._. Les recours ont été enregistrés sous les numéros d'ordre 2C_918/2012 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_919/2012 pour l'impôt fédéral direct. F. Par ordonnance du 19 octobre 2012, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif. Le 25 octobre 2012, l'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont conclu à la confirmation de l'arrêt attaqué.