A.- C._, enseignante, est atteinte d'un kératocône bilatéral. Elle a été opérée par greffe cornéenne à l'oeil droit en 1973 et à l'oeil gauche en 1981. Elle présente un astigmatisme résiduel important. L'assurance-invalidité a pris en charge les verres de contact dont elle a besoin. Par décision du 20 juin 1997, l'Office cantonal de l'assurance-invalidité (OAI) du canton de Genève a avisé C._ que depuis le 1er mars 1996, avec l'entrée en vigueur de la nouvelle teneur du ch. 7.02* de l'annexe à l'OMAI, les verres de contact ne pouvaient plus être octroyés comme moyen auxiliaire d'un type particulier même en présence d'un astigmatisme irrégulier très prononcé et d'un kératocône. Etant donné que la correction par verres de contact était déjà indiquée avant les kératoplasties subies par l'assurée, lesquelles avaient rétabli le statu quo ante, la prise en charge de ce moyen auxiliaire par l'assurance-invalidité n'était plus possible. B.- Par jugement du 16 avril 1999, la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI a admis au sens des considérants le recours formé par C._. Elle a condamné l'OAI à verser à la recourante la somme de 1000 fr. à titre de participation à ses frais et dépens ainsi qu'à ceux de son mandataire. C.- L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) interjette recours de droit administratif contre ce jugement, en concluant à l'annulation de celui-ci et au rétablissement de la décision administrative litigieuse du 20 juin 1997. C._ conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. De son côté, l'OAI propose de l'admettre.