Faits: A. A.a S._ travaillait en qualité de grutier et exerçait une activité accessoire de nettoyeur. Le 12 avril 1997, il s'est blessé à la cheville droite en jouant au football. Il a subi une fracture-luxation (type Maisonneuve), une fracture partielle de la malléole postérieure et une déchirure du ligament deltoïde, qui ont nécessité une opération le 18 avril suivant (cf. le rapport opératoire de la doctoresse D._ du 22 avril 1997). La Caisse nationale suisse en cas d'accidents (CNA), auprès de laquelle il était assuré, a pris en charge le traitement médical et alloué des indemnités journalières. Du 22 octobre au 3 décembre 1997, l'assuré a accompli un séjour à la Clinique X._ où l'on a constaté qu'il ne serait plus en mesure de reprendre son ancienne profession. Dans un rapport d'examen final (du 22 septembre 1998), le docteur A._, médecin d'arrondissement de la CNA, a conclu à une capacité de travail résiduelle totale dans une activité en position assise ou en alternant la position assise et debout avec des déplacements en terrain plat, sans longues marches, stations debout prolongées ou utilisation d'échelles; en raison de la persistance de douleurs à l'effort et d'une réduction de la mobilité, il a évalué le taux de l'atteinte à l'intégrité à 5 %, correspondant à un début d'arthrose moyenne tibio-tarsienne. La CNA a alloué une rente, fondée sur une incapacité de gain de 45 %, dès le 1er octobre 1999, ainsi qu'une indemnité pour atteinte à l'intégrité de 5 % (décision du 24 décembre 1999). Entre-temps, le 10 décembre 1997, S._ a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Il a suivi un stage d'observation professionnelle, puis a été été soumis à une expertise auprès du docteur U._, spécialiste en chirurgie orthopédique, qui a rendu des conclusions similaires à celles du médecin de la CNA (rapport du 15 avril 1999). Le 14 avril 2000, l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (OCAI) a octroyé à l'assuré un quart de rente, assorti des rentes complémentaires pour sa famille, avec effet au 1er avril 1998. Après l'échec d'une tentative de reclassement effectuée au mois de mars 2000, l'OCAI a derechef confirmé le droit de l'assuré à un quart de rente dès le 1er septembre 2000. Le 4 novembre 2002, S._ a débuté une activité à mi-temps comme magasinier auprès de l'entreprise W._ SA. A.b Le 13 février 2004, cet employeur a signalé une rechute de l'accident du 12 avril 1997, en mentionnant une incapacité de travail depuis le 3 octobre 2003. A l'issue d'un nouvel examen de l'assuré, le docteur A._ a estimé que l'état était stabilisé, qu'il n'y avait pas d'aggravation au niveau de la cheville droite justifiant de modifier l'exigibilité fixée auparavant et qu'en ce qui concernait des douleurs lombaires, celles-ci n'étaient pas en lien de causalité avec l'accident du 12 avril 1997 (rapport du 25 mai 2004). Sur cette base, la CNA a refusé d'allouer des prestations pour les troubles et l'incapacité de travail annoncés (décision du 3 juin 2004). S._ a formé opposition. Au vu des observations de la doctoresse D._, qui faisait état d'un syndrome du canal tarsien post-traumatique, d'une tendinopathie du jambier postérieur ainsi que d'un important valgus de l'arrière-pied, la CNA a décidé de confier une expertise au docteur E._. Ce médecin a conclu que l'assuré présentait une synostose calcanéo-naviculaire préexistante à l'accident qui s'était passagèrement décompensée par celui-ci; la capacité de travail résiduelle était restée la même; néanmoins, une reprise du traitement médical sous forme d'une intervention chirurgicale se justifiait pour traiter les douleurs à l'arrière-pied (rapport d'expertise du 13 mars 2006 et son complément du 14 août 2007). D'autres avis médicaux ont été versés au dossier (notamment des docteurs J._, médecin traitant, et L._, de l'Hôpital Y._). La CNA a écarté l'opposition dans une nouvelle décision du 14 novembre 2007. Par décision du 8 décembre 2006, l'OCAI a rejeté une demande de révision de la rente AI présentée par l'assuré le 29 janvier 2004. Saisi d'un recours, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales l'a rejeté par jugement du 5 mai 2008 (cause A/283/2007). Par arrêt de ce jour, la Ière Cour de droit social du Tribunal fédéral a rejeté le recours interjeté par S._ contre ce jugement (cause 8C_983/2008). B. L'assuré a déféré la décision sur opposition de la CNA (du 14 novembre 2007) au Tribunal cantonal genevois des assurances. En cours de procédure, il a indiqué qu'il allait se soumettre à une triple-arthrodèse du pied droit le 2 mai 2008 au Centre Z._. Après avoir interpellé les docteurs G._ et R._, chirurgiens au Centre Z._, le tribunal a partiellement admis le recours dans le sens des considérants et renvoyé la cause à l'assureur-accidents pour nouvelle décision (jugement du 15 septembre 2008). Il a retenu que la CNA devait prendre en charge l'opération subie et ses suites sur la capacité de travail de l'assuré, mais a confirmé le refus de celle-ci d'augmenter la rente d'invalidité servie. C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation "en tant qu'il a refusé d'admettre une aggravation de [son] état de santé dès le 3 octobre 2003". Il demande, sous suite de dépens, que le Tribunal fédéral statue à nouveau en condamnant la CNA à lui allouer dès le 3 octobre 2003 une rente LAA de 70 % au moins et confirme l'obligation de celle-ci de prendre en charge l'intervention du 2 mai 2008. La CNA conclut au rejet du recours en ce qui concerne l'augmentation de la rente et s'en rapporte à justice pour le surplus. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.