Faits: A. La société X._ Sàrl (ci-après: la Société), qui est active dans le commerce en gros et la distribution d'antennes, de matériel et d'accessoires s'y rapportant, est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 26 janvier 1999. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 20'000 fr. La Société comptait, comme associé gérant, Y._, pour une part de 10'000 fr., et deux autres associés gérants détenant chacun une part de 5'000 fr. Y._ exploite en outre une entreprise individuelle, dont le but est le commerce, la location et la réparation d'appareils radio, télévision, chaîne Hi-Fi. Sur la base de la déclaration fiscale 2000 de la Société, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration) a notifié, le 23 juillet 2001, un bordereau pour les impôts cantonal et communal 2000 s'élevant à 95 fr. 35, calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr. Sur la base de la déclaration fiscale 2001 de la Société, l'Administration a notifié, le 19 décembre 2002, un bordereau de 130 fr. 35 pour les impôts cantonal et communal 2001, toujours calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr. Pour ces deux années, l'Administration a pris en compte les éléments imposables de la Société qui ressortaient de ses comptes et indiquaient un chiffre d'affaires de 2'592'004 fr. 95 en 2000 et de 2'803'596 fr. 99 en 2001. B. Le 21 août 2003, l'Administration a informé la Société de l'ouverture d'une procédure de vérification portant sur les périodes fiscales 1999 à 2001, au motif qu'elle avait constaté certaines anomalies dans ses déclarations fiscales. Après vérifications, un rapport a été établi le 19 décembre 2003 par la direction du contrôle de l'Administration. Selon ce rapport, Y._ n'aurait déployé aucune activité en 2000 et en 2001 auprès de la Société, de sorte que les montants de 66'000 fr. par an portés aux comptes de celle-ci au titre de salaire versé à Y._ correspondraient à un dividende déguisé. Le 15 avril 2004, l'Administration a informé la société qu'elle mettait un terme à la procédure ouverte à son encontre et lui a notifié des rappels d'impôt portant au total sur 16'267 fr. 95 pour 2000 et 21'623 fr. 15 pour 2001. Ces montants correspondaient à des reprises concernant le versement du salaire de Y._ et la prise en charge de frais privés d'un véhicule. Un bordereau d'amende de 17'229 fr., correspondant à la moitié de l'impôt soustrait, a également été notifié à la Société. Le 12 mai 2004, la Société a formé une réclamation, contestant les conclusions de l'autorité fiscale au sujet de l'activité déployée par Y._ et affirmant que celui-ci avait effectivement travaillé pour elle. En revanche, les reprises concernant les frais de véhicule ont été admises. Partant, elle a conclu à l'annulation des bordereaux de rappel d'impôt 2000 et 2001 en matière d'impôt cantonal et communal en tant qu'ils concernaient la reprise et les intérêts de retard relatifs aux salaires versés à Y._, ainsi qu'à l'annulation de l'amende. Le 6 septembre 2004, l'Administration a rejeté la réclamation et maintenu les bordereaux contestés, en relevant que les montants versés à Y._ en 2000 et en 2001 correspondaient à un dividende et devaient donc être imposés comme bénéfice auprès de la Société. C. Statuant le 18 juin 2007 sur recours de la Société, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt l'a admis et a annulé les bordereaux 2000 et 2001, ainsi que l'amende. Elle a considéré que l'ouverture de la procédure de vérification à l'encontre de la Société n'était pas justifiée, car l'Administration cherchait ainsi uniquement à obtenir des informations sur un autre contribuable, à savoir Y._. Par arrêt du 11 décembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'Administration, au motif que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies. D. L'Administration fiscale cantonale, sous la signature d'une collaboratrice juriste, a formé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du 11 décembre 2007, dont elle demande l'annulation, sous suite de frais et dépens. X._ conclut au rejet du recours, tout en mettant en doute la qualité de la juriste qui a signé le recours pour engager l'Administration. L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations. Donnant suite à la demande de la Juge chargée de l'instruction du 24 avril 2008, le Directeur général de l'Administration a fait parvenir au Tribunal fédéral un document attestant que l'avocate signataire du présent recours a le pouvoir d'engager la recourante.