Faits: A. Par jugement du 31 août 2012, le Tribunal de police genevois a condamné X._ pour vol, dommages à la propriété, violation de domicile, infraction à la LEtr et vol d'importance mineure, révoqué la libération conditionnelle accordée par le Tribunal d'application des peines et mesures le 21 décembre 2011, fixé une peine privative de liberté d'ensemble de 15 mois, sous déduction de la détention avant jugement, et prononcé une amende de 200 fr., la peine de substitution étant de 2 jours. B. Par arrêt du 20 décembre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._. En bref, il en ressort les éléments suivants. Le 24 mai 2012, X._ a été arrêté alors qu'il venait de voler trois bouteilles de vodka dans un commerce du Petit-Lancy. Il était en outre soupçonné d'avoir commis un cambriolage le 13 janvier 2012 sur les lieux duquel des traces de son ADN ont été retrouvées. A la suite de son arrestation, ses empreintes d'oreille ont été prélevées. Après comparaison avec la banque de données des traces d'oreille, la Brigade de police technique et scientifique (ci-après : BPTS) a établi une correspondance entre l'empreinte d'oreille de X._ et quatre traces d'oreille prélevées sur les lieux de quatre cambriolages commis les 20 juin 2011, 9 février 2012, 15 et 29 mars 2012. X._ a reconnu être l'auteur de deux d'entre eux ainsi que de celui du 13 janvier 2012. Il a été condamné par le Tribunal de police pour les cinq cambriolages. Lors de l'audience de première instance, l'inspectrice ayant procédé aux comparaisons des traces d'oreille et des empreintes d'oreille de X._ a été entendue. Elle a notamment déclaré que la méthode utilisée était récente, mais elle était pratiquée à Genève depuis 1986 et était fiable, en dépit du fait que les comparaisons étaient faites à l'oeil nu, sans l'aide d'un ordinateur. Les résultats étaient contrôlés par deux personnes. Dans le cadre de son appel, X._ a uniquement remis en cause sa condamnation pour le cambriolage du 20 juin 2011. Il a requis, à titre de mesures d'instruction, la production au dossier de la trace d'oreille retrouvée sur la porte de l'appartement cambriolé le 20 juin 2011 et les empreintes d'oreille prélevées sur lui, ainsi que l'audition du Prof. Christophe Champod de l'Institut de police scientifique de l'Université de Lausanne. Lors de l'audience d'appel, il a produit deux publications du Prof. Champod relatives à l'utilisation de la méthode de comparaison des empreintes d'oreille dans les enquêtes policières. La cour cantonale a refusé les mesures d'instruction requises et écarté des débats les deux publications produites. Elle a confirmé la condamnation de X._ pour les cinq cambriolages. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, sous suite de dépens, principalement à son acquittement des infractions de vol, dommages à la propriété et violation de domicile en relation avec le cambriolage commis le 20 juin 2011 et à la réduction de sa peine en conséquence, subsidiairement, à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il requiert par ailleurs l'assistance judiciaire. Parmi les parties plaignantes, seule Y._ a été invitée à déposer des observations sur le recours, les infractions ici litigieuses relatives au cambriolage du 20 juin 2011 ne concernant pas les autres parties plaignantes. Cette dernière et la cour cantonale, qui se réfère aux considérants de son arrêt, ont renoncé à se déterminer, alors que le Ministère public a conclu au rejet du recours.