Faits: A. La société immobilière X._ (ci-après: la Société immobilière), fondée à Genève en 1924, a pour but l'acquisition, la construction, la location et la vente de tous immeubles situés dans le canton de Genève. Son capital-actions s'élève à 50'000 fr. A._ SA (ci-après: la Compagnie), fondée à Genève le 2 mai 1998, a pour but la prospection dans le domaine commercial, agricole et immobilier. Le 15 avril 2000, la société B._ SA, représentée par C._, a vendu la totalité du capital-actions de la Société immobilière à la Compagnie, représentée par Y._ et D._, au prix de 3'900'000 fr., selon contrat de vente du 13 avril 2000, qui précisait que le vendeur était propriétaire à titre fiduciaire du capital-actions et agissait pour le compte de tiers. L'acquéreur reprenait à décharge du vendeur le compte-courant "débiteur" d'un montant de 2'138'083 fr. 54. Le 25 avril 2000, le siège de la Société immobilière a été déplacé à l'adresse de Y._, qui a été inscrit comme son administrateur unique. L'assemblée générale extraordinaire du 14 décembre 2001 a décidé la dissolution de cette dernière. Y._ a été désigné liquidateur. B. Par courrier du 30 septembre 2003, la Société immobilière en liquidation (ci-après toujours: la Société immobilière) a demandé à l'Administration fédérale des contributions l'autorisation de remplacer le paiement de l'impôt anticipé, calculé sur un excédent de liquidation de 6'513'265 fr. 49, par une déclaration de la prestation imposable, en mentionnant la Compagnie comme unique bénéficiaire. Sur demande de l'Administration fédérale des contributions, Y._ a produit, le 11 novembre 2003, des copies du bilan final de liquidation et de la formule 1050, puis, le 4 décembre 2003, une copie du contrat de vente d'actions du 13 avril 2000, en précisant qu'il n'y avait aucune relation entre le vendeur et l'acheteur et en indiquant que E._ était l'actionnaire de la Compagnie. Le 20 janvier 2004, il lui a communiqué que, selon les informations qu'il avait reçues de la part de C._, le tiers pour lequel la société B._ SA avait agi dans le cadre du contrat de vente du 13 avril 2000 était de nationalité suisse et domicilié en Suisse. Le 24 février 2004, Y._ a finalement précisé que C._ avait agi pour le compte de F._, domicilié à G._, et que celui-ci était le seul actionnaire de la société B._ SA. Le 1er mars 2004, il a produit la copie d'un courrier reçu de C._, selon lequel la société B._ SA avait agi pour le compte de la société H._ SA, à G._, dissoute par faillite le 18 juin 2001. Par courrier du 31 mars 2004, l'Administration fédérale des contributions a écrit à la Société immobilière qu'elle ne disposait d'aucun document l'informant précisément de l'identité réelle de son précédent actionnaire et devait donc refuser la demande de procédure de déclaration, le procédé utilisé permettant d'éluder l'impôt. Par courrier du 26 avril 2004, la Société immobilière a répondu que les conditions d'une évasion fiscale n'étaient pas réalisées et que la créance d'impôt anticipé dû sur les bénéfices reportés jusqu'en 1997 était désormais prescrite. Par courrier du 19 mai 2004, l'Administration fédérale a maintenu sa position et écarté l'exception de prescription. Les 11 octobre et 24 novembre 2004, la Société immobilière a communiqué à l'Administration fédérale des contributions qu'elle avait vainement tenté d'obtenir des informations sur son actionnariat et l'évolution du compte-courant actionnaire de la société depuis 1990. Par courrier du 8 décembre 2004 adressé à Y._, l'Administration fédérale des contributions a invité la Société immobilière à payer le montant de 2'279'642 fr. 90 à titre d'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation, les conditions pour bénéficier de la procédure de déclaration n'étant pas remplies, ce à quoi la Société immobilière s'est opposée. Par courrier du 15 mars 2005, F._ a déclaré à l'Administration fédérale des contributions qu'il n'avait jamais été propriétaire du capital-actions de la Société immobilière. Le 16 mars 2005, l'Administration fédérale des contributions a demandé à K._, administrateur unique de la société H._ SA, de lui transmettre une copie du contrat d'achat du capital-actions de la Société immobilière, ainsi qu'une copie du contrat de vente, ou du contrat de fiducie si un mandataire avait procédé à la vente pour le compte de la société H._ SA. Le 18 mars 2005, ce dernier a répondu que, suite à la faillite de la société H._ SA, il ne disposait plus d'aucun document. C. Par décision formelle du 25 avril 2005, l'Administration fédérale des contributions a refusé la demande de la Société immobilière de remplacer le paiement de l'impôt par une déclaration et l'a sommée de verser le montant de 2'279'642 fr. 90. Le 23 mai 2005, la Société immobilière a déposé une réclamation contre cette décision, concluant à son annulation et à ce que la procédure de déclaration lui soit accordée. Par décision du 18 mai 2007, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la réclamation, confirmé le montant de la créance d'impôt pour le paiement de laquelle elle a déclaré en outre Y._ solidairement responsable. Par mémoires du 20 juin 2007, la Société immobilière et Y._ ont interjeté recours contre la décision du 18 mai 2007 auprès du Tribunal administratif fédéral. Ils ont demandé au Tribunal administratif fédéral d'annuler la décision attaquée et d'inviter l'Administration fédérale des contributions à autoriser la procédure de déclaration. D. Par arrêt du 24 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les recours de la Société immobilière et de Y._. En substance, la Société immobilière en liquidation n'avait pas fourni les noms de ses anciens actionnaires, de sorte qu'il n'avait pas été possible à l'Administration fiscale de vérifier le droit au remboursement de l'impôt anticipé perçu sur l'excédent de liquidation et donc de s'assurer de l'absence d'évasion fiscale. En sa qualité de liquidateur, Y._ était débiteur solidaire de l'impôt anticipé. Enfin, la prescription n'était pas acquise pour l'impôt anticipé dû sur l'excédent de liquidation. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société immobilière et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 24 juillet 2009 par le Tribunal administratif fédéral, de dire que la créance est prescrite à hauteur de 1'016'178 fr. 80 et que la procédure de déclaration doit être accordée, subsidiairement de dire que la procédure de déclaration est accordée sous déduction du montant d'impôt de 999'468 fr. plus subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral. Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours. F. Par ordonnance du 2 octobre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif déposée par la Société immobilière et Y._.