Faits: A. P._, née en 1974, travaillait comme ouvrière au service de l'entreprise X._ SA. A ce titre, elle était assurée contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 4 avril 2004, la prénommée a subi un accident de la circulation en tant que passagère arrière droite d'une automobile conduite par son mari. Celui-ci, qui circulait sur la voie de dépassement d'une autoroute à une vitesse en dessous de 100 km/h, a brusquement dû se rabattre vers la droite pour éviter un autre véhicule roulant en sens inverse. Au cours de cette manoeuvre, la voiture a dérapé et percuté la glissière de sécurité. P._ a été projetée contre la portière droite qu'elle a heurtée de la tête et de l'épaule. Elle a été transportée à l'Hôpital Y._ où l'on a posé les diagnostics de commotion cérébrale (Glasgow à 15), distorsion cervicale, contusions des mains et de la cuisse gauche; elle a bénéficié d'une surveillance neurologique de 24 heures. La CNA a pris en charge le cas. Dans un rapport du 6 mai 2004, le docteur R._ a fait état de douleurs à la colonne cervicale et dorsale, ainsi que de fortes douleurs à l'épaule droite. L'assurée s'est également plainte de céphalées. Un examen par arthro-IRM de l'épaule n'a révélé aucune pathologie significative mis à part une légère bursite sous-acromiale. P._ a repris son travail à 35% le 7 mars 2005, puis à 50% dès le mois d'août 2005. Après avoir requis une expertise technique (rapport biomécanique du 31 mars 2005) et l'avis de son médecin d'arrondissement (rapport du docteur E._ du 22 juin 2005), la CNA a mandaté le Centre Z._ pour une expertise. Dans ce cadre, le docteur D._, médecin responsable du Centre Z._, a confié des consiliums spécialisés aux docteurs H._, rhumatologue, U._, neurologue, et S._, psychiatre. Selon les conclusions des experts du Centre Z._, au-delà d'une période de deux à trois ans à compter de l'accident, les troubles de l'assurée - cervico-brachialgies et état de stress post-traumatique - étaient à mettre en relation avec des facteurs étrangers à celui-ci (rapport du 14 juin 2007). Par décision du 22 octobre 2007, confirmée sur opposition le 3 janvier 2008, la CNA a mis un terme à ses prestations (prise en charge du traitement médical et indemnité journalière) au 31 octobre 2007. B. Par jugement du 13 janvier 2009, la Cour des affaires de langue française du Tribunal administratif du canton de Berne a rejeté le recours de l'assurée contre la décision sur opposition de la CNA (du 3 janvier 2008). C. P._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la CNA poursuive le versement des prestations LAA auxquelles elle a droit dès le 1er novembre 2007; subsidiairement, à ce que la cause soit renvoyée au tribunal cantonal pour nouveau jugement au sens des considérants. La CNA conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publi-que a renoncé à se déterminer. D. Par lettre du 26 novembre 2009, la recourante a demandé une suspension de la procédure pour lui permettre de déposer un rapport du docteur I._ qui a procédé à un nouvel examen de son cas.