Faits: A. Les 10 décembre 2010 et 2 février 2011, X._ a déposé plainte à l'encontre de Y._ des chefs de soustraction de données personnelles, de lésions corporelles simples durant une période de ménage commun, d'utilisation abusive d'une installation de télécommunication et de vol. Elle reprochait notamment à Y._ de s'être introduit illicitement dans sa messagerie électronique, aux environs du 26 janvier 2011, et d'avoir supprimé des données personnelles. Elle a ensuite produit un courrier que lui avait adressé A., ingénieur informatique, le 21 février 2011, lequel estimait qu'elle avait été victime d'un piratage informatique (sans précision quant à son auteur). B. Par ordonnance du 13 octobre 2011, le Ministère public a décidé de ne pas entrer en matière sur la plainte précitée, constatant en substance que les faits dénoncés n'avaient pas pu être vérifiés et confirmés, de sorte qu'aucune prévention pénale ne pouvait être établie. X._ a porté sa cause devant la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) qui a rejeté son recours par arrêt du 25 novembre 2011, considérant en bref que la plaignante n'avait produit aucun élément permettant d'incriminer le prévenu dans l'intrusion de son système informatique. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 25 novembre 2011 et de renvoyer la cause au Ministère public pour ouverture d'une instruction. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à "l'autorité cantonale" pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une mauvaise application des art. 6, 7 et 310 CPP. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt et n'a pas d'observations à formuler. Le Ministère public s'en remet à l'appréciation du Tribunal fédéral quant à la forme et conclut au rejet du recours comme étant mal fondé.