Faits: A. Depuis le 1er novembre 2007, A._ (ci-après: l'employée) a été engagée, en qualité d'assistante en pharmacie diplômée, par X._ Sàrl (ci-après: l'employeuse), société avec siège à Genève et ayant pour but d'exploiter une pharmacie et une parfumerie. En dernier lieu, l'employée a perçu un salaire de 4'500 fr. brut par mois. Le 16 novembre 2009, l'employeuse a résilié le contrat de travail de son employée pour le 30 novembre 2009. Le 19 novembre 2009, l'employée - par l'intermédiaire de son syndicat - a signalé à son employeuse que le délai de congé de deux mois prévu par son contrat et la loi n'avait pas été respecté. Elle a réclamé le versement de son salaire jusqu'à l'échéance du délai de congé le 31 janvier 2010. Le 30 novembre 2009, l'employeuse a résilié le contrat de travail qui la liait à l'employée avec effet immédiat. Le licenciement immédiat était motivé par le fait que l'employée se serait accordée sans droit et à plusieurs reprises un rabais de 40% pour l'achat de produits de parfumerie. L'employée a formellement contesté son licenciement immédiat et réclamé le versement de son salaire jusqu'au 31 janvier 2010. L'employeuse a déposé une plainte pénale à l'encontre de son employée pour abus de confiance, subsidiairement pour vol. Par ordonnance du Ministère public du 15 mars 2011, la plainte a été classée, les éléments constitutifs d'une infraction pénale faisant défaut. B. L'employée a actionné en paiement son employeuse devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève, concluant à ce qu'elle lui verse au total 22'500 fr., intérêts en sus, soit 9'000 fr. à titre de salaire pendant le délai de congé (deux mois) et 13'500 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif (trois mois de salaire). Elle a ensuite formé une demande additionnelle tendant au paiement de 256 fr. pour des heures supplémentaires et de 117 fr. 90 au titre de prélèvements indus effectués sur son salaire. L'employeuse s'est opposée à la demande. La Caisse de chômage B._ (ci-après: la Caisse de chômage) est intervenue dans la procédure en vertu de son droit de subrogation légale à l'encontre de l'employeuse, à concurrence de 1'516 fr. 80, montant correspondant aux indemnités journalières versées en faveur de l'employée pour la période du 1er décembre 2009 au 31 janvier 2010. Plusieurs témoins ont été entendus. Par jugement du 15 mars 2012, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à payer à la demanderesse la somme brute de 9'000 fr., intérêts en sus (sous déduction de la somme nette de 1'516 fr. 80 qui devait être versée à la Caisse de chômage), le montant net de 13'500 fr., intérêts en sus, et les sommes de 256 fr. et 117 fr. 90. Sur appel de l'employeuse, la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes, par arrêt du 29 août 2012, a confirmé le jugement entrepris. C. L'employeuse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 29 août 2012. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, à ce qu'il soit constaté qu'elle a valablement résilié le contrat de travail pour justes motifs, qu'elle ne doit aucune indemnité ni aucun salaire, à l'exception de la somme brute de 256 fr. (pour les heures de travail supplémentaires) et qu'elle ne doit aucun montant à la Caisse de chômage; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Elle invoque une violation des art. 152 al. 1 et 317 al. 1 CPC, de l'art. 337 CO, de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'art. 9 Cst. L'employée (ci-après: l'intimée) n'a déposé aucune observation. La Caisse de chômage a conclu au rejet du recours, à la confirmation de l'arrêt attaqué, plus spécifiquement à la condamnation de la recourante à lui verser la somme nette de 1'516 fr. 80. L'effet suspensif sollicité par la recourante lui a été accordé par ordonnance présidentielle du 26 octobre 2012.