Faits: A. A._ était propriétaire des parcelles n°s 4779 et 6542 du cadastre de la commune de Cortaillod, respectivement d'une surface de 3'000 et de 6'514 m2. Il avait acquis la première en 1967. Quant à la seconde, elle était constituée de l'ancien article 4831, acquis en 1968 ainsi que de 1'882 m2 provenant de l'ancien article 4829, achetés en 1998. Selon le plan d'aménagement communal de 1965 et son règlement correspondant, l'actuelle parcelle n° 6542 était sise en zone de grève ONC (ordre non contigu) IV et la parcelle n° 4779 en zone ONC III. Suite à la modification du plan d'aménagement en 1975, ces deux articles ont été colloqués en zone d'utilisation différée. Le nouveau plan d'aménagement sanctionné par le Conseil d'Etat le 27 octobre 1999 a classé la majeure partie des parcelles n°s 6542 (soit 5'975 m2) et 4779 (soit 2'673 m2) en zone d'urbanisation, plus particulièrement en zone touristique. B. Par décision du 8 novembre 2004, le Département de la gestion du territoire (ci-après: le département) a respectivement fixé à 103'965 et à 26'997 fr. 30, les contributions dues par A._ à la suite du changement d'affectation des parcelles n°s 6542 et 4779. A._ a recouru contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal administratif). Par arrêt du 13 août 2007, cette autorité a admis partiellement le recours. Elle a annulé la décision entreprise, en tant qu'elle concernait l'article 6542, la cause étant renvoyée au département pour complément d'instruction et nouvelle décision éventuelle sur ce point. Elle a rejeté le recours pour le surplus. Le Tribunal administratif a estimé que la zone d'utilisation différée, à tout le moins dans le secteur en question, ne devait pas être considérée comme une zone à bâtir. L'attribution des deux parcelles à la zone touristique, constructible, constituait donc bien une mesure entraînant un avantage majeur. Par ailleurs, le fait que ces dernières aient antérieurement été classées en zone constructible n'était pas déterminant. S'agissant de la parcelle n° 6542, la Cour cantonale a relevé qu'il n'était pas contesté que la servitude qui la grevait n'autorisait que la construction de maisons à caractère familial, ce qui faisait obstacle à une valorisation compte tenu des exigences de la zone touristique. A moins d'un accord entre les propriétaires des fonds dominant et servant, la mesure d'aménagement était sans effet sur la constructibilité du bien-fonds. Il ne ressortait pas du dossier qu'un accord ait été envisagé ou qu'il ait été sur le point d'aboutir. Cette question n'avait d'ailleurs pas fait l'objet d'un véritable examen, de sorte que la cause devait être retournée au département pour instruction. A._ est décédé le 21 novembre 2006. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les héritiers de A._, soit B._, D._ et C._, ainsi que E._, avocat agissant en qualité d'exécuteur testamentaire, demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 13 août 2007 et de dire qu'aucune indemnité pour plus-value n'est due pour l'article 4779. Subsidiairement, ils requièrent que la cause soit renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils se plaignent d'une violation de l'art. 5 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT). Ils invoquent en outre le principe de l'interdiction de l'arbitraire ainsi que le droit d'être entendu, en particulier le droit à une décision motivée. Le Tribunal administratif et le département concluent au rejet du recours. L'Office fédéral du développement territorial a indiqué que l'affaire ne soulevait pas, au regard du droit fédéral de l'aménagement et de la planification, de questions de principe nécessitant des observations de sa part.