Faits: A. En mai 2001, R.A._, par le truchement de sa société X._ Ltd, a octroyé un prêt à court terme de 80'000'000 CHF à B._. En garantie, ce dernier a transféré à X._ Ltd la propriété de deux cédules hypothécaires grevant un immeuble à Genève; parallèlement, il a accordé un droit d'emption sur le même immeuble à une autre société contrôlée par les frères A._. B._ n'a pas remboursé les montants prêtés à l'échéance et a partiellement contesté que le montant réclamé soit dû. Dans le courant du mois d'août 2001, Y._ Ltd et X._ Ltd ont chargé l'avocat genevois Z._ de recouvrer le montant du prêt, en capital et intérêts, au plus vite et par tous les moyens légaux possibles. Le mandat a duré environ six ans et demi; l'avocat, ses associés, collaborateurs et stagiaires y ont consacré, selon leur calcul, 1'289 heures. Les notes d'honoraires intermédiaires présentées par l'avocat, déterminées exclusivement en fonction du temps de travail, ont été régulièrement payées pour un montant total de 634'420,25 CHF. A la suite des démarches et procédures engagées, l'avocat a encaissé pour le compte de son client, le 20 février 2008, la somme de 90'004'046, 80 CHF. Le 14 mars 2008, Z._ a établi une note définitive fixant le montant total de ses honoraires à 2'127'000 CHF. Après déduction des sommes déjà versées, le décompte fait apparaître un solde de 1'521'972,70 CHF. Il a été contesté que l'avocat puisse ainsi majorer ses honoraires pour tenir compte du résultat obtenu. B. Le montant de ses honoraires n'ayant pas été admis, l'avocat Z._ a saisi, par requête du 2 mai 2008, la Commission de taxation des honoraires d'avocat du canton de Genève. Dans sa décision du 31 octobre 2008 [datée par inadvertance du 31 novembre 2008], la commission de taxation, après avoir constaté que les parties n'avaient pas conclu de convention en relation avec le mode de calcul des honoraires, a pris en considération l'ampleur du travail accompli et la complexité de la tâche. Elle a retenu que l'activité de l'avocat avait « été causale par rapport (au) résultat », à savoir l'encaissement pour le compte du client d'une somme très élevée. Si elle a estimé qu'il était conforme à l'art. 34 de la loi de la République et canton de Genève du 26 avril 2002 sur la profession d'avocat (LPAv; RSG E 6 10) de tenir compte du résultat obtenu, elle a toutefois estimé que le montant des honoraires, à considérer l'importance du dossier et sa complexité, ne devait pas dépasser 2 % du résultat obtenu. En conséquence, elle a réduit le montant des honoraires de 2'127'000 CHF à 1'800'000 CHF. C. X._ Ltd et Y._ Ltd exercent conjointement un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Invoquant une application arbitraire des art. 34 et 39 LPAv, une transgression de l'art. 12 de la loi fédérale du 23 juin 2000 sur la libre circulation des avocats (LLCA; RS 935.61), ainsi qu'une violation du droit d'être entendu, les recourantes concluent principalement à l'annulation de la décision attaquée et au déboutement de l'avocat; subsidiairement, elles requièrent le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les recourantes sollicitent également l'octroi de l'effet suspensif. L'avocat propose le rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Commission de taxation a déposé de brèves observations.