Faits: A. A._ et B._ sont propriétaires des parcelles n° 264, 267 et 266 du registre foncier de la commune de Prangins. Le bien-fonds n° 267, sis en "aire de construction A" au sens du plan partiel d'affectation du centre approuvé par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 16 juin 1989 (ci-après: le PPA), est directement contiguë à la rue des Alpes. Il supporte un bâtiment comprenant notamment une confiserie-chocolaterie, érigé en bordure du domaine public et sur la quasi-totalité de la largeur de la parcelle. Une construction annexe a également été édifiée sur cette parcelle, derrière le bâtiment principal. Sur la parcelle n° 266, contiguë au bien-fonds n° 267 et sise partiellement en "aire de construction A" et pour le reste en "aire de dégagement", un hangar servant de laboratoire a été construit. Le 15 juin 2007, A._ et B._ ont requis la démolition du bâtiment annexe et du hangar situés sur les parcelles n° 266 et 267, ainsi que la construction d'un immeuble de trois appartements sur lesdites parcelles à réunir. Le dossier d'enquête comprenait une demande de dérogation telle que prévue par l'art. 9.3 bis du règlement communal sur les constructions et l'aménagement du territoire approuvé par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 2 décembre 1983 (RCAT). Soumis à l'enquête publique du 20 novembre au 20 décembre 2007, le projet a notamment suscité l'opposition de D._, propriétaire d'un bien-fond contigu sis à la rue des Alpes 10, et de la propriété par étages "PPE C._". Par décision du 16 janvier 2008, la Municipalité de Prangins (ci-après: la municipalité) a refusé le permis de construire requis, au motif que la dérogation à l'obligation d'aménager des places de stationnement ne pouvait être accordée en l'état, la topographie des lieux n'empêchant pas la réalisation de telles places sur les parcelles appartenant aux constructeurs. De plus, la terrasse projetée sur la parcelle n° 266 ne respectait pas la distance à la limite de 3 mètres au moins, par rapport à la parcelle n° 263. B. Le 11 février 2008, A._ et B._ ont recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le Tribunal cantonal). Le 25 septembre 2008, le Tribunal cantonal a tenu une audience et a procédé à une inspection locale en présence des parties. Par arrêt du 29 avril 2009, il a admis partiellement le recours et annulé la décision de la municipalité du 16 janvier 2008. Il a considéré d'une part, que le projet n'était pas conforme à l'art. 5.3 RCAT relatif à la distance à la limite, d'autre part qu'il ne lui appartenait pas "de décider s'il y avait lieu d'accorder d'emblée une dérogation aux constructeurs ou s'il convenait au préalable d'examiner les mesures foncières qui permettraient d'éviter une telle dérogation dans le cadre d'un projet modifié comprenant des places de parc". Il a donc renvoyé le dossier à la municipalité "pour la suite utile et nouvelle décision". Par arrêt du 25 mai 2009, le Tribunal cantonal a rectifié les frais et les dépens figurant dans le dispositif de l'arrêt du 29 avril 2009. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune de Prangins demande principalement au Tribunal fédéral de réformer le dispositif de l'arrêt attaqué, en ce sens que le recours déposé par A._ et B._ à l'encontre de la décision du 16 janvier 2008 est rejeté, avec suite de frais et dépens, et de confirmer ladite décision. Elle conclut subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants, et très subsidiairement à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les frais et dépens de la procédure cantonale doivent être répartis selon une proportion décidée par l'autorité cantonale entre les opposants et les constructeurs, à l'exclusion de la commune de Prangins. Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir statué ultra petita et se plaint notamment d'une application arbitraire des art. 90 et 99 de la loi cantonale de procédure administrative du 28 octobre 2008 (LPA; RSV 173.36). Elle prétend également que les juges cantonaux ont mal appliqué les art. 19 et 20 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700). Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours. La "PPE C._" et D._ concluent à l'admission du recours. Bien qu'ils y aient été invités, A._ et B._ ne se sont pas déterminés. D. Par ordonnance du 25 juin 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.