Faits: A. Par contrat du 14 janvier 1997, X._ a cédé à H.Y._ et F.Y._ l'usage d'un appartement de 5 pièces et demie dans l'immeuble dont elle est propriétaire Z._ pour un loyer qui a été fixé en dernier lieu, dès le 1er avril 2001, à 2'047 fr. par mois, auxquels s'ajoutent 180 fr. de charges. A la fin 2002 et durant les premiers mois de l'année 2003, le bâtiment qui se trouvait à l'est de celui où se situe l'appartement loué a été démoli et remplacé par une nouvelle construction. Cette dernière, plus volumineuse et rehaussée d'un étage par rapport à l'ancienne, n'a diminué que très partiellement la vue à l'extrême gauche du balcon des locataires. Des fenêtres et des balcons du nouveau bâtiment voisin sont dorénavant situés à quelques mètres de la fenêtre d'une chambre de l'appartement loué, alors que l'immeuble détruit ne comportait ni fenêtre, ni balcon à cet endroit, ce qui a entraîné une certaine perte d'intimité dans la chambre des locataires. Se plaignant de cette nouvelle construction, les locataires ont demandé une diminution du loyer, que la bailleresse a refusée. Par la suite, ils ont demandé deux autres diminutions du loyer, en invoquant la baisse du taux hypothécaire. B. Le 19 mai 2003, les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers d'une demande en réduction du loyer. Le litige n'a pas été concilié lors de l'audience du 25 novembre 2003, mais la Commission de conciliation, avec l'accord des parties, a suspendu la cause jusqu'à fin février 2004, en raison de pourparlers transactionnels. La suspension a ensuite été prolongée jusqu'au 31 août 2005, puis jusqu'au 31 décembre 2005. Rien ne s'est passé à l'expiration de ce délai. Le 8 novembre 2006, la représentante des locataires a informé par téléphone la Commission de conciliation que les pourparlers avaient définitivement échoué. Sur quoi, la Commission de conciliation a délivré, en date du 9 novembre 2006, un procès-verbal constatant l'échec de la tentative de conciliation. Le juge a été saisi dans les trente jours. Par jugement du 23 août 2007, le Tribunal des baux du canton de Vaud a rejeté l'exception d'irrecevabilité soulevée par la bailleresse, laquelle soutenait que le procès-verbal de non-conciliation était nul parce que la procédure de conciliation s'était périmée en raison de l'inaction des parties pendant six mois à compter de l'expiration de la suspension, selon l'art. 125 al. 4 du code de procédure civile vaudois (CPC/VD) du 14 décembre 1966 (RSV 270.11), qui serait applicable par analogie. Le tribunal a par ailleurs considéré que les locataires n'avaient pas établi que le chantier de construction leur aurait causé des nuisances particulières et que la perte de vue résultant du nouveau bâtiment était trop minime pour justifier une réduction du loyer. En revanche, il a admis qu'il y avait une certaine perte d'intimité, en raison de la proximité des fenêtres et balcons du nouveau bâtiment, ce qui constituait "une petite entrave à l'usage de la chose louée" justifiant une réduction du loyer de 2%. Il a ensuite calculé la diminution de loyer résultant des baisses successives du taux hypothécaire, en partie compensées par l'augmentation de l'indice suisse des prix à la consommation. Il a admis une baisse de loyer de 12,39% dès le 1er octobre 2003, puis une nouvelle baisse de 1.8% à partir du 1er avril 2006. Le tribunal a par ailleurs estimé que la bailleresse avait échoué à apporter la preuve que le loyer se tenait dans les limites des loyers usuels, parce que les cinq éléments de comparaison apportés ne permettaient pas cette démonstration pour plusieurs raisons: deux appartements étaient gérés par le même gérant d'immeubles, les renseignements fournis n'étaient pas suffisants et les logements n'étaient pas comparables en raison des années de construction. Saisi d'un recours de la bailleresse formé contre ce jugement, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté, avec suite de frais, par arrêt du 30 octobre 2008. C. La bailleresse a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 30 octobre 2008. Se plaignant d'une violation arbitraire des règles de procédure cantonale, soutenant que le bâtiment voisin ne donnait pas lieu à un défaut de la chose louée et reprochant à la cour cantonale d'avoir écarté les cinq éléments de comparaison apportés pour prouver que le loyer se tenait dans les limites des loyers usuels, la recourante conclut à l'irrecevabilité de la demande, subsidiairement à son rejet et au maintien du loyer à 2'047 fr., plus subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure, le tout avec suite de frais et dépens. L'effet suspensif sollicité a été accordé par ordonnance du 17 février 2009. Les locataires, qui ne sont pas représentés par un avocat, n'ont pas déposé d'observations.