Faits: A. Par jugement du 26 juin 2002, le Tribunal de district de Meilen (ZH) a prononcé le divorce de dame X._ et Y._ et a condamné celui-ci à contribuer à l'entretien de sa fille A._ à hauteur de 2'000 fr. par mois. Alléguant que Y._ ne s'acquittait pas des contributions d'entretien et qu'il avait quitté la Suisse, dame X._ a, le 6 août 2007, obtenu du juge unique du Tribunal de district de Zurich le séquestre des avoirs de son ex-mari auprès de la succursale zurichoise de la banque Pictet & Cie. Cette autorité a rejeté l'opposition formée par le séquestré. Cette décision a été confirmée par la Cour suprême du canton de Zurich. B. Se fondant toujours sur les contributions d'entretien impayées, dame X._ a, le 30 septembre 2007, déposé une requête de séquestre portant sur les biens de son ex-mari auprès du siège genevois de la banque Pictet & Cie à Genève. Donnant suite le 3 octobre 2007 à cette réquisition, le Vice-Président du Tribunal de première instance de Genève a ordonné le séquestre à hauteur de 56'078 fr. 50 correspondant aux arriérés de contributions d'entretien dus entre septembre 2002 et juin 2007. Sur opposition du séquestré, le Tribunal de première instance a, le 20 février 2008, révoqué l'ordonnance et levé la mesure; en bref, il a considéré que la requérante n'avait pas rendu vraisemblable l'existence de biens auprès de la banque genevoise. Par arrêt du 15 mai 2008, notifié le 20 mai suivant, la Cour de Justice du canton de Genève a rejeté le recours de la requérante et confirmé le jugement entrepris. C. Dame X._ forme un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Subsidiairement, elle demande le rejet de l'opposition à l'ordonnance de séquestre et la confirmation de celle-ci. Le 14 juillet 2008, la Juge présidant la cour de céans a admis la requête d'effet suspensif. L'intimé a conclu au rejet du recours. D. Le 15 décembre 2008, le Tribunal fédéral a délibéré sur ce recours en séance publique.