Faits: A. A.a Par ordonnance du 9 décembre 2009, le Ministère public genevois a ordonné en faveur de l'Etat la confiscation de 4.5 millions de francs enregistrés sur trois comptes bancaires ouverts auprès d'UBS SA et détenus l'un conjointement par feu A._ et B._, un autre par Y._ et le dernier conjointement par feu A._ et X._. A.b Statuant par jugement du 2 septembre 2010 sur l'opposition formée à l'encontre de cette ordonnance, le Tribunal de police du canton de Genève a confirmé la confiscation en faveur de l'Etat des soldes des comptes précités. B. Par arrêt du 16 juin 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté les appels formés par X._ et par Y._. En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt. Feu A._ était le maître spirituel d'un mouvement dénommé C._, appelé aussi D._. Ce mouvement, dont le siège était localisé au domicile officiel de feu A._ aux Etats-Unis, était implanté dans de nombreux pays. En Suisse, l'association D._ Suisse romande (D._ SR) avait été fondée par l'un des adjoints de feu A._, F._, en vue d'organiser les séminaires et congrès de Suisse romande. Parallèlement, une association locale avait été créée dans de nombreux cantons, notamment à Genève (D._ Genève) et Lucerne (D._ Lucerne). Fondées sous l'impulsion de feu A._, ces entités satellites étaient autonomes et assumaient leurs propres charges. Toutefois, le cas échéant, elles lui redistribuaient une grande partie des bénéfices. L'association de Genève possédait ses propres locaux à Genève, où y étaient dispensés des cours de C._ et prodigués des traitements par l'énergie universelle. Le mouvement C._ était fondé sur les concepts de l'énergie universelle et des chakras, inspirés du yoga. Jusqu'en 2001, l'enseignement du C._ était dispensé à raison de six niveaux distincts, puis d'une vingtaine à partir de cette date. Il consistait à ouvrir les chakras pour absorber l'énergie universelle afin d'aboutir progressivement à administrer un traitement par un transfert d'énergie, d'abord au moyen d'un contact physique, ensuite à distance. Le sixième niveau d'enseignement devait permettre aux élèves d'atteindre la « quatrième dimension ». Il était enseigné que la méthode de l'énergie universelle était en mesure de soigner, voire de guérir, toutes sortes de maladies, y compris des maladies graves (cancer, sida). Les adeptes du mouvement C._ étaient issus de toutes les couches sociales, leur point commun étant le plus souvent leur état de faiblesse physique ou psychique ou celui de leurs proches, qu'ils espéraient pouvoir guérir au moyen des techniques enseignées. Les transferts d'énergie universelle, de même que le traitement par l'énergie, se faisaient gratuitement. En revanche, les cours et les séminaires étaient payants. Les tarifs des cours, progressifs, dépendaient du niveau suivi. Si les premiers niveaux étaient gratuits, les derniers pouvaient atteindre jusqu'à 2'000 fr., ce tarif ne comprenant ni les frais de déplacement, ni ceux de transport ou de nourriture. Seuls les cours des niveaux supérieurs étaient dispensés par feu A._, en personne ou par vidéo-conférence. Parallèlement, des séminaires annuels étaient organisés, les frais d'inscription se montant à quelques centaines de francs, dont le plus important avait eu lieu en janvier 1999 à Genève, auquel près de six mille personnes avaient assisté. L'enquête avait mis en évidence qu'en Suisse, autant qu'en Belgique et en France, deux-tiers au moins des bénéfices issus des cours et des séminaires organisés par les associations locales mais présidés par feu A._ avaient été rétrocédés à ce dernier par le biais des comptes bancaires de ces organisations. Ces montants avaient été versés sur plusieurs relations bancaires ouvertes auprès d'UBS SA par feu A._. Un montant de près de 4'415'000 fr. avait ainsi été crédité entre le 29 décembre 1995 et le 19 janvier 1999. C. X._ - agissant en son nom et comme exécutrice testamentaire de la succession de feu A._ - et Y._ forment chacun un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Ils concluent, sous suite de dépens, à son annulation et à sa réforme en ce sens qu'aucune confiscation n'est ordonnée. Invités à se déterminer sur les recours, la Chambre pénale s'est référée à son arrêt, tandis que le Ministère public a conclu au rejet. Dans leurs répliques, Y._ et X._ ont persisté dans leurs conclusions.