Faits: A. Le Syndicat d'améliorations foncières de Rue-Chapelle (ci-après : le Syndicat) a mis à l'enquête publique du 8 novembre au 9 décembre 2008 un projet de remaniement parcellaire portant notamment sur un nouvel état de propriété, des servitudes, des charges foncières, des droits personnels annotés, des sentiers publics ainsi que les soultes et leur adaptation à leur valeur réelle. Ce projet concerne en particulier A._ qui exploite plusieurs parcelles dans le périmètre du remaniement, conjointement avec d'autres parcelles en affermage sises à proximité. Dans l'ancien état, A._ était propriétaire de dix parcelles agricoles et forestières, d'une surface totale de 172'435 m2 et d'une valeur agricole moyenne de 86 points par m2. Ces parcelles se trouvaient disséminées dans le périmètre du remaniement. Les parcelles du Champ de la Croix, d'une surface de 2.9 ha, se trouvaient en moyenne à environ 1'500 m de son centre d'exploitation. Par ailleurs, la surface totale sise en zones de protection des eaux S II et S III représentait 34'107 m2. Dans le nouvel état, tel que projeté par le Syndicat, A._ s'est vu attribuer quatre parcelles agricoles et forestières d'une surface totale de 174'430 m2. Ce nouvel état a permis un rapprochement des terres agricoles du centre d'exploitation, terrains se situant désormais très proches de la ferme (0 m pour la parcelle 18.2 NE de 9.3 ha et 400 m pour la parcelle 18.1 NE de 4.3 ha). Seule la parcelle agricole 18.4 NE (dite "en Cudrilles") de 2.5 ha se trouve à 1'000 m de la ferme, le recourant ayant toutefois insisté pour garder du terrain à cet endroit. La valeur agricole moyenne des parcelles du nouvel état est de 88 points par m2. Par ailleurs, au nouvel état, la surface en zone de protection S II et S III est passée à 48'060 m2, ce qui constitue une augmentation de surface en zone de protection de 13'953 m2. A._ était déjà propriétaire à l'ancien état du 70% de la nouvelle parcelle 18.1 NE, laquelle se situe actuellement entièrement en zone de protection des eaux. B. Les 5 et 8 décembre 2008, A._ a formé deux oppositions contre certains objets mis à l'enquête publique. Il a conclu à ce que lui soient attribuées des parcelles en zone constructible et en particulier à ce qu'il puisse conserver la parcelle 88 AE. Il a également contesté l'attribution de nouveaux terrains en zone de protection des eaux S II et S III. Après avoir vainement tenté la conciliation, notamment au cours de cinq séances de prises de v?ux, la Commission de classification du Syndicat (ci-après: la Commission de classification) a rejeté les oppositions le 13 mars 2009. C. A._ a recouru auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'améliorations foncières du canton de Fribourg (ci-après: la Commission cantonale de recours) et a conclu à l'annulation de la décision précitée. Une première séance de conciliation et inspection des lieux s'est tenue le 31 août 2009 et une seconde le 29 octobre 2009. A cette occasion, A._ a maintenu ses conclusions et demandé en particulier que la parcelle 88 AE lui soit attribuée. Il estimait en effet que cette parcelle pourrait être construite, car elle était entourée d'un chemin et qu'un garage s'y trouvait déjà, tout en reconnaissant qu'elle se situait pour l'instant en zone agricole. Interrogé lors de cette séance, le secrétaire de la Commission de classification a confirmé que la commune n'avait pas l'intention de modifier le plan d'aménagement local dont l'adoption datait de 2008. Le 5 novembre 2009, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours de l'intéressé. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de renvoyer l'affaire à la Commission cantonale de recours, subsidiairement à la Commission de classification, pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. La Commission cantonale de recours n'a pas d'observations particulières à formuler et conclut rejet du recours. La Commission de classification se réfère à la décision attaquée. Le Syndicat renonce à prendre position. B._ et C._, qui se sont vus attribuer, dans le nouvel état, la parcelle 88 AE revendiquée par le recourant, concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Les parties ont répliqué et le recourant a confirmé ses conclusions le 20 avril 2010. Par courrier du 22 avril 2010, le recourant a fait parvenir diverses pièces au Tribunal fédéral, sans commentaire.