Faits : A. Le 26 juin 2015, X._ SA a déposé une plainte pénale contre son ex-employé, A._ et ainsi que contre d'autres personnes, identifiées ultérieurement, pour violation de domicile (art. 186 CP) et vol d'usage (art. 94 LCR). Elle leur reproche d'avoir, sans son accord, pénétré dans ses locaux et d'avoir conduit les véhicules se trouvant à l'intérieur et à l'extérieur desdits locaux pour réaliser un clip musical. A._ a été licencié par X._ SA le 7 novembre 2014, avec effet au 31 janvier 2015 et libéré immédiatement de l'obligation de travailler. A._ a saisi la juridiction des prud'hommes à la suite de son licenciement pour faire valoir ses prétentions. A._ a, à son tour, déposé une plainte pénale contre E._, directeur de X._ SA, à la suite d'un courrier de l'avocat de X._ SA du 21 avril 2015 le menaçant de déposer une plainte pénale contre lui, à la suite de l'utilisation sans droit de ses locaux et voitures pour le tournage du clip musical, s'il ne renonçait pas aux prétentions qu'il faisait valoir en lien avec son contrat de travail. Par ordonnance pénale du 22 janvier 2016, E._ a été reconnu coupable de tentative de contrainte. E._ a formé opposition contre cette ordonnance et la procédure suit son cours. B. Par ordonnance du 22 janvier 2016, après l'audition par la police des personnes visées par la plainte de X._ SA, le Ministère public a décidé de ne pas entrer en matière sur la plainte pénale (art. 310 al. 1 let. a et c CPP cum art. 52 CP). Aucune des infractions dénoncées, pour des motifs divers, ne pouvait être retenue à l'encontre des mis en cause, à l'exception de A._. L'infraction de vol d'usage était bien réalisée pour ce qui le concernait mais sa culpabilité et les conséquences de ses actes étaient manifestement peu importante, de sorte qu'il n'y avait pas davantage lieu d'entrer en matière sur cet aspect de la plainte. C. Par arrêt du 30 juin 2016, la Chambre pénale de recours du canton de Genève a rejeté le recours interjeté par X._ SA contre cette ordonnance de non-entrée en matière. La Chambre pénale a considéré qu'une non-entrée en matière se justifiait dès lors que la culpabilité des auteurs et les conséquences de leurs actes étaient de peu d'importance. Elle a souligné qu'il serait totalement disproportionné de solliciter les autorités pénales pour instruire un cas aussi insignifiant, survenu vraisemblablement plus de deux ans auparavant. D. X._ SA forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation partielle en tant qu'il confirme le refus d'entendre un témoin et l'ordonnance de non-entrée en matière pour le vol d'usage. Elle sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle rende un nouveau jugement, subsidiairement au Ministère public pour qu'il ouvre une instruction pénale sur l'infraction de vol d'usage.