Faits : A. Par jugement du 15 septembre 2015, le Juge pénal du Tribunal de première instance du canton du Jura a déclaré X._ coupable de lésions corporelles graves par négligence au préjudice d'un subalterne lors d'un accident de chantier sur lequel il travaillait en qualité de contre-maître. B. Par jugement du 14 juin 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a admis l'appel formé par X._ et l'a libéré de la prévention de lésions corporelles graves par négligence. Il lui a alloué une indemnité de dépens de 10'678 fr. 50 pour la procédure de première instance et de 2'802 fr. 60 pour la procédure d'appel. C. Contre ce dernier jugement, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation du jugement attaqué et à sa réforme en ce sens que le canton du Jura est condamné à lui verser, au titre de l'indemnité prévue à l'art. 429 al. 1 let. a CPP, un montant de 22'561 fr. 20 pour la procédure de première instance et un montant de 4'665 fr. 60 pour la procédure de deuxième instance.