Faits : A. A.A._ et B.A._ sont copropriétaires de la parcelle n o ddd de la Commune de C._, sise au Chemin eee. D'une surface de 300 m 2, cette parcelle supporte un bâtiment d'habitation de 23 m 2et une place-jardin de 277 m 2. Elle est colloquée en zone de maisons de vacances au sens du plan partiel d'affectation "Le Chablais" (PPA) et de son règlement (RPPA), tous deux approuvés par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 22 août 1990, ainsi que du règlement communal sur le plan d'extension et la police des constructions (RPE), approuvé le 23 septembre 1977. Le bien-fonds précité se trouve dans les périmètres de l'Inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (IFP, objet n o 1208, Rive sud du lac de Neuchâtel) et de celui des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ISM, objet n o 416, Grande Cariçaie). Il n'est en revanche pas compris dans le périmètre de la décision cantonale de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel des 4 octobre 2001 et 25 mars 2002 (ci-après: la décision de classement), qui englobe la rive du lac du secteur des eee. Ce secteur, parcelle n o ddd comprise, fait enfin l'objet de l'accord intercantonal sur la protection de la rive sud du lac de Neuchâtel et des rives du lac de Morat signé par les Conseils d'Etat des cantons de Fribourg et de Vaud le 1 er, respectivement le 9 juin 1982, fondé sur un plan directeur proprement dit et sur un catalogue de mesures annexées. Par le passé, la Municipalité de C._ a délivré à A.A._ et B.A._ des autorisations de construire portant sur l'élévation de leur chalet et l'ajout d'un étage (28 octobre 1999) ainsi que sur la modification d'ouvertures et la création d'un escalier extérieur (7 juin 2000); la commune a de même autorisé l'agrandissement de la chambre à coucher (16 janvier 2002). B. Le 12 septembre 2013, A.A._ et B.A._ ont déposé auprès de la municipalité une demande d'autorisation portant sur l'agrandissement de la terrasse, la création d'un couvert et la fermeture, côté est, de leur chalet. L'agrandissement de la terrasse concerne le balcon situé à l'étage, dont l'extension sera chapeautée d'un couvert flanqué, du côté nord-est, d'une paroi latérale partiellement vitrée; selon les plans, il sera pourvu d'un balcon et de deux niveaux habitables, le niveau inférieur étant situé à la hauteur du sol naturel. Un nouvel escalier en colimaçon partant devant la façade nord-ouest et permettant d'accéder au balcon est également projeté en remplacement de l'escalier de meunier existant. Le projet a été mis à l'enquête publique du 5 novembre au 6 décembre 2013; il n'a pas suscité d'opposition. Le 19 novembre 2013, la Centrale des autorisations CAMAC a transmis à la municipalité la détermination de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et paysage (ci-après: DGE). Après avoir rappelé que la parcelle n o ddd était comprise dans l'IFP ainsi que dans l'ISM, la DGE a indiqué que les périmètres de ces inventaires fédéraux auraient dû être modifiés lors de l'adoption, en 2002, de la décision cantonale de classement de la réserve des Grèves de la Motte. La direction cantonale a précisé que des démarches sur ce point étaient en cours auprès de la Confédération, afin de permettre l'édification, dans ce secteur, d'autres constructions que celles mentionnées à l'art. 5 let. d de l'ordonnance sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale du 1 er mai 1996 (ordonnance sur les sites marécageux; RS 451.35). Sur cette base, la DGE a préavisé défavorablement le projet, demandant d'attendre la modification de la limite. Dans son courriel du 27 mars 2014, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a indiqué qu'il semblait qu'une partie du site marécageux n'avait pas été prise en compte lors de la délimitation des réserves, sur le plan cantonal; selon l'office fédéral, la protection du site marécageux devrait également être mise en oeuvre dans ces zones situées hors réserves, où se trouve notamment la parcelle de A.A._ et B.A._. L'OFEV a précisé qu'il ne pouvait entrer en matière sur une adaptation du périmètre fédéral avant d'en avoir discuté avec les cantons concernés. Par ailleurs, l'avenir des chalets situés dans les réserves de la Rive sud n'ayant pas encore été clarifié, il serait prématuré, selon l'office fédéral, de se prononcer à ce stade sur les suites à réserver à ce dossier. Le 1 er avril 2014, la Centrale des autorisations CAMAC a adressé sa synthèse à la municipalité. Il en ressort notamment que la DGE a refusé de délivrer l'autorisation spéciale requise, considérant que les travaux projetés sur la parcelle n o ddd, inscrite à l'IFP et à l'ISM, contrevenaient à l'art. 5 al. 2 let. d de l'ordonnance sur les sites marécageux. La Commission des rives du lac (CRL) a, pour sa part, préavisé négativement le projet. Par décision du 16 avril 2014, la municipalité a refusé le permis de construire sollicité. C. Par actes des 19 et 21 mai 2014, A.A._ et B.A._ ont recouru contre cette décision municipale à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Par arrêt du 24 février 2015, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a en substance considéré que le périmètre de protection de l'ISM, englobant la parcelle n o ddd, primait le périmètre de classement cantonal, dont dite parcelle était en revanche exclue. Estimant les travaux projetés contraires à la protection prévue par le droit fédéral, en particulier par les art. 23d de la loi fédérale sur la protection de la nature du 1 er juillet 1966 (LPN; RS 451) et l'art. 5 let. d de l'ordonnance sur les sites marécageux, la cour cantonale a confirmé le refus de la DGE de délivrer l'autorisation spéciale nécessaire et la décision communale du 16 avril 2014. D. D.a. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les recourants demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et, statuant au fond, de délivrer le permis de construire requis; subsidiairement, ils sollicitent le renvoi de la cause à l'instance précédente pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Se référant aux considérants de son arrêt, le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours. La DGE renonce, dans un premier temps, à se déterminer et renvoie à l'arrêt attaqué; elle précise néanmoins que l'incertitude liée au fait que le périmètre de l'ISM ne coïncide pas avec celui de la décision cantonale de classement ne peut être levée que par l'OFEV, qui doit procéder à une révision du périmètre fédéral. La CRL se réfère à ses déterminations cantonales du 1 er juillet 2015. D.b. Egalement invité à se déterminer, l'OFEV requiert pour sa part la suspension de la procédure dans le but de mener, avec le canton de Vaud, des discussions concernant l'harmonisation du périmètre de l'ISM avec celui de la décision cantonale de classement; la DGE et les recourants ont adhéré à cette requête. Par ordonnance du 4 septembre 2015, le Président de la Ire Cour de droit public a suspendu la procédure jusqu'au 29 février 2016. Par décision du 2 mars 2016, il a ordonné la reprise de l'instruction de la cause; il a en outre interpellé l'OFEV et la DGE s'agissant de l'état d'avancement du processus d'harmonisation. En réponse, la DGE a indiqué, le 11 mars 2016, que la demande de modification du périmètre de protection de l'objet n o 416 ISM était intégrée à la procédure de révision des ordonnances fédérales de protection des biotopes et sites marécageux en cours; la direction cantonale a en conséquence suggéré une nouvelle suspension de l'instruction du recours. Confirmant les indications de la DGE, l'OFEV a précisé qu'une décision du Conseil fédéral sur ce point était attendue pour le quatrième trimestre 2016. Par acte du 9 juin 2016, les recourants ont consenti à une nouvelle suspension de la procédure jusqu'au 31 mars 2017. Aux termes de leur correspondance du 19 juin 2017, les recourants ont requis que la cause soit jugée. Par ordonnance du 29 juin 2017, le Président de la Cour de céans a ordonné la reprise de l'instruction. D.c. Le 1 er novembre 2017, sont entrées en vigueur les modifications du 29 septembre 2017 de l'ordonnance sur les sites marécageux (RO 2017 5401); celles-ci portent notamment sur la révision de l'objet n o 416, Grande Cariçaie (cf. Annexe 3 à l'ordonnance sur les sites marécageux), ramenant les limites du périmètre fédéral de protection à celles définies par le classement cantonal des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel. Par courrier du 1 er novembre 2017, l'OFEV a indiqué que, suite à cette révision, la parcelle n o ddd de la Commune de C._, appartenant aux recourants, se trouve désormais hors du périmètre de l'objet ISM n o 416. Le 3 novembre 2017, l'office fédéral a en outre produit la description de l'objet ISM en cause ainsi que sa représentation cartographique. Interpellée à ce propos, la DGE a observé que le projet litigieux ne nécessite plus d'autorisation spéciale de sa part et que "la commune peut délivrer le permis de construire". Les recourants ont pour leur part maintenu leurs conclusions aux termes de leurs observations du 20 novembre 2017.