Faits : A. A.a. La société X._ SA (ci-après: la Société), dont le siège est à A._, a pour but social le développement d'un laboratoire dont les activités couvrent la recherche, le développement, la fabrication, la commercialisation, l'importation, l'exportation et la représentation de produits pharmaceutiques à usage humain ou vétérinaire. La précitée s'est spécialisée dans les domaines de la sérocytothérapie, de l'homéopathie et de la nutrithérapie. La Société dispose entre autres d'une gamme de 27 médicaments portant le nom de B._®. Il s'agit de suppositoires contenant des sérums d'origine équine dont le principe actif est des globulines équines obtenues après immunisation par des extraits porcins de tissus spécifiques. Il ne s'agit pas de médicaments homéopathiques. A.b. La Société produit également trente-trois serum equi anti-tissulaires 4 DH, sous forme de gouttes orales, (ci-après: préparations) suivants: serum equi articulaire, serum equi broncho-poumons, serum equi cardio-pulmo-rénal, serum equi coeur-vaisseaux, serum equi côlon, serum equi conjonctif, serum equi cortex, serum equi diencéphale, serum equi disques vertébraux, serum equi dvpf, serum equi émonctoires, serum equi foie, serum equi génital f, serum equi génital m, serum equi hépato-vasculo-rectal, serum equi lympho, serum equi malpighien, serum equi muqueuse urinaire, serum equi muscles lisses, serum equi nerveux central, serum equi neuroendocrine, serum equi neuroglandulaire f, serum equi neuroglandulaire m, serum equi neurovasculaire, serum equi oeil, serum equi ofb, serum equi pulmo-neural, serum equi reins, serum equi sinus, serum equi sre, serum equi sympathtique total, serum equi tendino-musculaire, serum equi vaisseaux. Chaque préparation contient, comme matière première des immunoglobulines, qui sont fabriquées de la même manière que les principes actifs correspondant des B._ (évaluation annexée aux décisions du 2 novembre 2012 p. 5; art. 105 al. 2 LTF). Les serum equi anti-tissulaires sont commercialisés sur le marché italien depuis 1986 et sur le marché suisse depuis 2006, pour ce dernier sur la base d'une annonce, fondée sur l'ancien droit, valable jusqu'au 2 janvier 2010 (art. 105 al. 2 LTF). B. En avril 2009, la société a déposé, auprès de Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques (ci-après : Swissmedic ou l'Institut), une demande d'autorisation simplifiée de mise sur le marché, en tant que médicament homéopathique sans indication, pour les 33 préparations précitées. Le 30 mars 2010, l'Institut a informé la Société que les préparations pouvaient continuer à être commercialisées en Suisse jusqu'à ce que des décisions définitives soient rendues. Par 33 décisions du 2 novembre 2012, l'Institut a rejeté les demandes d'autorisation de mise sur le marché en tant que médicament homéopathique du serum equi anti-tissulaires décliné dans les 33 préparations susmentionnées. L'Institut a encore précisé que les préparations ne pourraient plus être distribuées ni remises en Suisse et dans la Principauté du Liechtenstein à compter de l'entrée en force des 33 décisions précitées. Par arrêt du 14 février 2017, le Tribunal administratif fédéral, après avoir joint les causes, a rejeté le recours dirigé contre ces trente-trois prononcés, en retenant en substance que les préparations serum equi anti-tissulaires ne répondaient pas à la définition d'un médicament homéopathique, que leur utilisation selon un principe thérapeutique homéopathique n'était pas démontrée et qu'il en allait de même de la notoriété suffisante en homéopathie. Il a également estimé que le principe de la légalité avait été respecté et que l'Institut n'avait pas excédé son pouvoir d'appréciation. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA, demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 14 février 2017 du Tribunal administratif fédéral, ainsi que les décisions de Swissmedic du 2 novembre 2012 et de délivrer les 33 autorisations de mise sur le marché sollicitées; subsidiairement, d'annuler les décisions de Swissmédic et de renvoyer le dossier à cette autorité pour agir au sens des considérants. Swissmedic conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral et le Département fédéral de l'intérieur ont renoncé à se prononcer. La recourante a répliqué, en joignant à son mémoire une nouvelle pièce, et Swissmedic dupliqué. La recourante a produit de nouvelles observations.