Faits : A. A la suite d'une opération immobilière initiée en 2002 et à laquelle A._ avait participé, une procédure pénale a été ouverte par-devant le Ministère public genevois. Dans le cadre de cette affaire, le Ministère public a rendu une ordonnance pénale le 13 avril 2018 à l'encontre de B._, le reconnaissant coupable d'escroquerie et de faux dans les titres au préjudice de C._ et le condamnant au paiement d'une créance compensatrice de 265'000 francs. Le 8 mai 2018, le Ministère public a ordonné le classement de la procédure en tant qu'elle était dirigée contre D._, qu'il a condamnée au paiement d'une créance compensatrice de 265'000 francs. Enfin, le 29 mai 2018, le Ministère public a rendu deux ordonnance de classement à l'encontre de E._ et de A._ respectivement et les a chacun condamnés au paiement d'une créance compensatrice de 1'320'000 fr. et au quart des frais de la procédure. En ce qui concerne A._ plus précisément, il a maintenu le séquestre d'un compte bancaire à F._ pour garantir le paiement des montants précités et lui a refusé toute indemnité. B. Par arrêt du 14 décembre 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a admis le recours formé par A._ contre l'ordonnance de classement du 29 mai 2018. Elle a annulé le prononcé de la créance compensatrice et renvoyé la cause au Ministère public pour qu'il lève le séquestre sur le compte bancaire et fixe l'indemnité due à A._ pour ses frais de défense dans la procédure préliminaire. Elle a laissé les frais de l'instance à la charge de l'Etat et alloué à A._, à la charge de l'Etat, une indemnité de 5'500 fr., sans TVA, pour ses frais de défense en instance de recours. Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants. B.a. Dans le courant de l'année 2002, E._, associé avec A._ dans la société G._ SA, a proposé à B._ de trouver des clients disposés à participer à une opération immobilière consistant en l'acquisition d'un immeuble (dit " H._ ") à I._. Pour rechercher des investisseurs, B._ s'est adressé à D._, gestionnaire de fortune. C._ s'est montré intéressé et le montage suivant lui a été proposé: - J._ AG détiendrait l'immeuble pour le compte des actionnaires, qui en seraient propriétaires par l'intermédiaire de K._ SA. Dans ce but, J._ AG avait contracté un prêt hypothécaire de 23'000'000 francs. - K._ SA, qui détenait la totalité du capital social de J._ AG, avait accordé à cette dernière un prêt actionnaire de 9'890'000 fr. pour le financement du solde du prix. K._ SA, détenue par L._ SA, avait B._ pour ayant droit économique. Les différents investisseurs détiendraient les actions de K._ SA via des sociétés offshores. B.b. Le 14 novembre 2002, un contrat de réservation de l'immeuble a été signé entre le vendeur, M._ AG et l'acheteur, J._ AG, pour un prix de vente de 32'890'000 fr., dont 1'000'000 fr. devaient être versés pour la réservation. B._ a versé ou fait verser à M._ AG, pour le compte de C._, 1'000'000 fr. le 18 novembre 2002 puis 3'000'000 fr. le 3 février 2003. Le 5 février 2003, E._, pour le compte de J._ AG, a signé le contrat de vente avec M._ AG au prix susmentionné. N._, autre client de D._ qui s'était montré intéressé à investir 5'000'000 fr. dans l'opération, a effectué deux versements de 3'375'000 fr. puis de 1'625'000 francs. Selon des documents datés de septembre 2003, C._ détenait 13% de l'immeuble " H._ ". Au printemps 2004, il s'est dégagé de l'opération en revendant ses actions pour le prix de 2'600'000 francs à L._ SA. B.c. Le 30 août 2007, N._ a déposé plainte pénale contre B._ pour escroquerie, voire abus de confiance, contre D._ pour complicité d'escroquerie, voire complicité d'abus de confiance, ainsi que contre tout tiers qui aurait participé à ces infractions, soit notamment les associés de G._ SA, A._ et E._. N._ expliquait notamment avoir reçu une plaquette de vente, datée de juin 2002, chiffrant le prix de l'immeuble " H._ " à 38'000'000 fr. et la part de fonds propres nécessaires à 15'000'000 francs. Pour avoir reçu copie, en été 2007, du contrat de vente du 5 février 2003, il avait constaté que le prix de l'acquisition avait été, en réalité, de 32'890'000 fr., financée par un crédit hypothécaire de 23'000'000 fr. et par les fonds propres (crédit actionnaire) de 9'890'000 francs. Il estimait, en conséquence, avoir été trompé sur le véritable prix d'achat de l'immeuble, ainsi que sur le pourcentage qui lui revenait dans les actions de K._ SA. B.d. Les quatre mis en cause ont été entendus par la police, puis par le Juge d'instruction. Par ordonnance du 9 février 2010, le Ministère public genevois a classé la procédure. Statuant le 28 juin 2011 sur recours de N._, la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le classement et retourné la cause au Ministère public, estimant qu'il existait des indices suffisants de la commission, par les mis en cause ou certains d'entre eux, des infractions d'escroquerie et de faux dans les titres, voire de toute autre infraction pouvant résulter de la procédure, et la cause a été renvoyée à l'instruction. Le 16 septembre 2011, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevables les recours intentés contre cet arrêt par E._ et A._ (causes 1B_450/2011 et 1B_452/2011). A la suite de la reprise de la procédure pénale, B._, D._, E._ et A._ ont été à nouveau entendus par le Procureur, d'abord en qualité de personnes appelées à donner des renseignements, puis en tant que prévenus. Il a en particulier été établi que B._ était seul à l'origine des documents comportant le prix d'achat de 38'000'000 fr. de l'immeuble " H._ " qui avaient été remis à C._, lequel les avait transmis à N._. B._ a reconnu qu'au moment de leurs paiements, ces deux investisseurs ignoraient que l'immeuble devait être acheté pour 32'890'000 francs. Par ordonnance du 21 juin 2016, le Ministère public a retiré la qualité de partie plaignante à N._. Sur recours de celui-ci, cette décision a été maintenue par la Chambre pénale de recours de la Cour de justice le 5 septembre 2016 puis par le Tribunal fédéral le 17 janvier 2017 (cause 1B_372/2016). B.e. Dans ses déterminations sur le recours cantonal de A._, le Ministère public a concédé une erreur de plume et invité la cour cantonale à ramener à 1'305'000 fr. le montant de la créance compensatrice. C. Le 23 avril 2019, le Tribunal fédéral a rejeté les recours de E._ et de A._ à l'encontre des arrêts de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du 6 novembre 2018 écartant leurs demandes de récusation du Procureur en charge de la procédure (causes 1B_545/2018, 1B_546/2018, 1B_551/2018 et 1B_552/2018). D. Le Ministère public forme un recours en matière pénale contre l'arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du 14 décembre 2018. Il conclut principalement à la confirmation du prononcé d'une créance compensatrice de l'Etat envers A._ à hauteur de 1'305'000 fr., du refus d'allouer une indemnité à A._, de la condamnation de ce dernier au paiement d'un quart des frais de procédures, soit 15'000 fr., et du maintien du séquestre prononcé sur les avoirs détenus sur le compte ouvert auprès de la Banque O._. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision.