Faits : A. Par jugement du 25 août 2017 et rectification du 19 septembre 2017, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (TPF) a acquitté X._ du chef d'infraction d'emploi avec dessein délictueux d'explosifs ou de gaz toxiques (art. 224 al. 1 CP) et l'a reconnu coupable d'incendie intentionnel (art. 221 al. 1 CP). Il l'a condamné à une peine privative de liberté ferme de 21 mois, sous déduction de la détention subie avant jugement et a ordonné une mesure thérapeutique institutionnelle. Le TPF s'est fondé en substance sur les faits suivants. Le 5 décembre 2016, alors qu'il voulait attirer l'attention du ministère public valaisan afin d'être entendu par le procureur dans une affaire pénale, X._ a dispersé du combustible sur un véhicule stationné sur le parking du bâtiment public et y a mis le feu. Cela a entraîné l'incendie de trois voitures et des dommages à d'autres véhicules ainsi qu'au parking. X._ a également dispersé du produit à base de soufre dans l'entrée du bâtiment, ayant incommodé les personnes se trouvant à proximité. Le jour-même, X._ s'est présenté à la police comme étant l'auteur des faits. Le Ministère public de la Confédération (MPC) a désigné, le 10 janvier 2017, le Dr A._ et B._ afin de procéder à l'expertise psychiatrique de X._. Les deux experts ont remis au MPC une expertise intermédiaire, en date du 10 février 2017. La défense a demandé la récusation de B._, requête qui a été rejetée par le MPC en date du 20 février 2017. Le rapport d'expertise psycho-légale et psychiatrique a été transmis au MPC le 17 mars 2017. En substance, dans leur rapport, les experts ont posé le diagnostic de psychose paranoïaque (de type F.22) sévère et chronique, à l'origine du passage à l'acte de l'expertisé. Il présentait un risque de récidive élevé d'infractions de nature violente. Les experts préconisaient un traitement sous forme de soins psychiatriques soutenus et permanents, ainsi qu'un traitement médicamenteux, adapté et ininterrompu, afin d'apaiser les symptômes. Les experts ont estimé que l'expertisé n'avait pas totalement conservé ses capacités volitives au moment de l'acte et ont fait état d'une responsabilité moyennement diminuée. B. X._ forme un recours en matière pénale, subsidiairement " un recours de droit constitutionnel " auprès du Tribunal fédéral contre la décision du TPF et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation et au renvoi de la cause au TPF pour nouveau prononcé. Il conclut également à sa libération immédiate de la " détention préventive " et sollicite l'assistance judiciaire.