Faits : A. En 2014, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (devenu le 1 er juin 2018 le Département du territoire; ci-après: le Département) a élaboré un avant-projet de loi de modification des limites de zones n° 29'955-507, créant une zone de développement 3 au lieu-dit "Vailly-Sud - Route de Chancy" dans la commune de Bernex (ci-après : la commune). Le périmètre dudit projet se situe à proximité du futur terminus du prolongement de la ligne de tramway Cornavin-Onex-Bernex (TCOB) et en bordure sud de la route de Chancy. Ce secteur, d'une superficie de 57'260 m 2, est situé principalement sur les trois parcelles privées n os 2'347, 2'408 et 7'227, ceinturées par la route de Chancy et la route de Laconnex. Il concerne aussi deux parcelles du domaine public cantonal, soit les parcelles n° 7'556 (chemin de Bonne) et n° 7'750 (chemin du Champ-Manon pour partie). Ces biens-fonds sont sis en zone agricole, en continuité immédiate avec le tissu villageois. Ce projet de modification de zone a pour but de créer les conditions permettant une extension urbaine sur la zone agricole sur des parcelles enclavées entre le village de Bernex et la ligne du prolongement du tramway TCOB dans le cadre général du "Grand projet Bernex" et des objectifs y afférents, prévus par le plan directeur cantonal 2030 du canton de Genève approuvé par le Conseil fédéral le 29 avril 2015 (ci-après; PDCn 2030). Cette extension tend à réaliser un quartier mixte à forte dominante logements, avec des activités économiques et des services en lien avec la place située au terminus du tram. Ce projet vise, à terme, la création de six cents logements et de cent cinquante emplois pour le seul périmètre de Vailly-Sud. Le 20 mars 2015, le Département a soumis l'avant-projet de plan de modification de limites de zones à la commune et aux services concernés. Cet avant-projet de plan a fait l'objet de plusieurs préavis techniques, tous favorables ou favorables sous réserves. Le 18 mai 2015, la commune de Bernex s'est déclarée favorable sous réserves; il était nécessaire d'assurer une continuité entre les futures constructions et le bâti actuel; le respect des gabarits actuels, situés en zone 4B protégée, devait être assuré, tout comme les trames végétales et les vues sur le grand paysage; ces éléments devaient conduire à l'élaboration d'une image directrice. Du 17 novembre au 17 décembre 2015, l'avant-projet de loi a été mis à l'enquête publique. Il a fait l'objet d'observations négatives émanant notamment de la commune. Le 14 juin 2016, le Conseil municipal de Bernex a émis un préavis défavorable audit projet. Il a notamment relevé que le projet de plan directeur de quartier n° 29'948 pour les communes de Bernex et Confignon portait exclusivement sur le secteur de Bernex-Est; aucune image directrice n'avait été développée pour le secteur "Vailly-Sud - Route de Chancy", alors qu'elle était indispensable; le park and ride (P+R) terminus de Vailly devait être localisé sous le périmètre des futures habitations de Vailly-Sud, et non en surface au sud de la route de Chancy comme cela était prévu. B. Le 17 octobre 2016, le Conseil d'Etat du canton de Genève a déposé auprès du Grand Conseil le projet de loi 11'985 (ci-après: PL 11'985) modifiant les limites de zones sur le territoire de la commune de Bernex (création d'une zone de développement 3 au lieu-dit "Vailly-Sud - Route de Chancy" conformément au plan n° 29'955-507). Le PL 11'985 a fait l'objet d'une première procédure d'opposition du 28 octobre au 28 novembre 2016, suivie d'une procédure d'opposition portant sur la déclaration d'utilité publique prévue à l'art. 4 dudit projet de loi, ouverte du 29 novembre au 9 décembre 2016. La commune ainsi que 62 personnes ont formé opposition contre le PL 11'985. À la suite d'un important amendement à sa clause d'utilité publique, une deuxième procédure d'opposition au PL 11'985, annulant et remplaçant la première, a été ouverte du 24 février au 27 mars 2017, suivie d'une nouvelle procédure d'opposition à la déclaration d'utilité publique, ouverte du 28 mars au 7 avril 2017. Le 27 mars 2017, la commune a réitéré son opposition. Le 11 mai 2017, le Grand Conseil a adopté la loi 11'985, dans sa teneur à la suite de la modification de la clause d'utilité publique, et avec un article additionnel portant sur le rejet des oppositions formées contre le projet. Par arrêté du 17 mai 2017, le Conseil d'Etat a publié la loi 11'985. Le référendum n'a pas été demandé dans le délai expirant le 28 juin 2017. Par courrier du 25 juillet 2017, le Grand Conseil a informé la commune de l'adoption de la loi 11'985 et du rejet de son opposition. Par arrêté du 26 juillet 2017, publié dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève le 28 juillet 2017, le Conseil d'Etat a promulgué la loi 11'985, déclarée exécutoire nonobstant recours dès le lendemain de la publication. C. La commune de Bernex a interjeté recours contre la loi 11'985 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après : la Cour de justice) concluant à l'annulation du "projet de loi n° 11'985". Par arrêt du 26 juin 2018, la Cour de justice a rejeté le recours. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune de Bernex demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 26 juin 2018 et d'annuler le "projet de loi n° 11'985". Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour complément d'instruction et nouvelle décision. La Cour de justice et le Grand Conseil s'en rapportent à justice quant à la recevabilité du recours et concluent à son rejet. L'Office fédéral du développement territorial et l'Office fédéral de l'agriculture se sont déterminés. La commune a répliqué par courrier du 12 avril 2019.