Faits : A. A.a. Les époux A._ se sont mariés en 1996 à U._. Trois enfants sont issus de cette union, à savoir C._ (1996), D._ (2002) et E._ (2005). Les époux A._ vivent séparés depuis le 21 décembre 2007. A.b. A.A._ est propriétaire individuel de la parcelle 329 de la commune de V._. Ledit bien-fonds a été acquis par donation de son père le 2 août 1999 moyennant reprise de la dette hypothécaire de 110'000 fr. Les parties, des amis de celles-ci, ainsi que la famille de B.A._ ont fait d'importants travaux sur ladite parcelle. B. B.a. Le 18 janvier 2010, A.A._ a adressé une demande unilatérale en divorce au Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte (ci-après: Tribunal d'arrondissement), concluant notamment à ce que le régime matrimonial soit liquidé selon précisions à fournir. B.b. Par réponse du 19 avril 2010, B.A._ a notamment conclu à ce que le régime matrimonial de la participation aux acquêts des époux soit dissous et liquidé et s'est réservé le droit de préciser cette conclusion en cours d'instance sur la base de l'expertise qu'elle avait requise. B.c. En cours d'instance, une expertise comptable a été mise en oeuvre et l'expert-comptable F._, de la société Fiduciaire G._ SA, a été désigné en qualité d'expert. Son rapport a été adressé le 28 septembre 2012 au Tribunal d'arrondissement. B.d. Par avis du 23 janvier 2012, le Président du Tribunal d'arrondissement a désigné Me I._ en qualité de notaire commis à la liquidation du régime matrimonial. Par courrier du 26 juin 2014 adressé à Me I._, A.A._ a notamment indiqué qu'il n'avait pas eu accès aux comptes de son épouse. De même, il a précisé qu'il avait retiré 50'000 fr. au guichet d'une banque liechtensteinoise afin d'acquérir du mobilier pour son nouveau logement. Le 9 octobre 2014, B.A._ a adressé des pièces à la notaire. Il en ressort notamment qu'elle a versé la somme de 68'450 fr. sur le compte commun dont elle était titulaire avec A.A._ au mois de juillet 1999, dont 19'979 fr. provenant de ses avoirs LPP. Il en ressort également que A.A._ a versé la somme de 15'000 fr. sur le compte commun à la même période. Le 24 septembre 2015, la notaire a adressé son rapport au Président du Tribunal d'arrondissement. B.e. Par avis du 28 septembre 2015, le Président du Tribunal d'arrondissement a fixé aux parties un délai pour présenter leurs observations sur l'expertise de Me I._ et pour requérir un complément d'expertise ou une seconde expertise. Par courrier du 29 octobre 2015, le conseil de B.A._ a déclaré que sa mandante acceptait le rapport en liquidation du régime matrimonial. Dans une lettre du 29 janvier 2016, le conseil de A.A._ s'est déterminé sur l'expertise susmentionnée. Il a contesté plusieurs points de celle-ci, demandé que ses observations soient prises en considération et requis la production de pièces complémentaires. Par avis du 1 er février 2016, le Président du Tribunal d'arrondissement a déclaré que les remarques faites par A.A._ au sujet du rapport d'expertise relevaient de l'appréciation des preuves et devraient être plaidées à l'audience de jugement. Il a de plus précisé qu'il n'y avait pas matière à complément d'expertise. Il a toutefois fixé à B.A._ un délai pour produire les pièces établissant le montant retenu par l'expert immobilier mandaté par la notaire comme coût des travaux sur l'immeuble de V._. Elle s'est exécutée le 18 février suivant. B.f. Dans une écriture du 11 juillet 2016, A.A._ a actualisé ses conclusions, notamment en sollicitant la liquidation et dissolution du régime matrimonial en ce sens que B.A._ soit condamnée à lui verser la somme de 3'225 fr. 66 à ce titre. B.g. A l'audience de jugement du 22 novembre 2017, B.A._ a notamment conclu à ce que A.A._ lui verse la somme de 246'614 fr. 70 à titre de liquidation du régime matrimonial. Pour sa part, A.A._ a modifié ses conclusions du 11 juillet 2016 notamment en ce sens que B.A._ soit condamnée à lui payer la somme de 42'536 fr. 20 à titre de liquidation du régime matrimonial. B.h. Par jugement du 13 février 2018, le Tribunal d'arrondissement a notamment liquidé le régime matrimonial des époux A._ en ce sens que A.A._ doit payer à B.A._ la somme de 246'614 fr. 70 (chiffre XII.1 du dispositif), que A.A._ reste seul propriétaire de la parcelle 329 de V._ et reste seul débiteur de la dette hypothécaire y relative (ch. XII.2), que B.A._ reste seule propriétaire de la parcelle 1983 de W._ et des parcelles 11153 et 11958 de X._ et seule débitrice de la dette hypothécaire relative à chacun de ces biens-fonds (ch. XII.3), que chacun des époux A._ reste seul créancier et débiteur des comptes ouverts à son nom (ch. XII.4), que A.A._ reste seul titulaire de l'assurance-vie dont il est titulaire auprès de H._ (ch. XII.5), que B.A._ reste seule titulaire et propriétaire de son entreprise individuelle (ch. XII.6), que chacun des époux A._ reste seul propriétaire des véhicules en sa possession (ch. XII.7) et que A.A._ pourra récupérer au domicile de B.A._, moyennant entente préalable des parties sur la date de l'enlèvement des objets, un tableau nature morte, un grand miroir, ainsi que des photos et des films (ch. XII.8), et a constaté qu'au surplus, le régime matrimonial était dissous et liquidé (ch. XIII). C. C.a. Par actes des 9 et 16 mars 2018, les parties ont toutes deux interjeté un appel contre le jugement du 13 février 2018. Au titre de la liquidation du régime matrimonial, B.A._ a toutefois requis uniquement de pouvoir conserver les photos de famille exclusivement prises par elle. A.A._, quant à lui, a conclu à la réforme du chiffre XII.1 du dispositif du jugement entrepris en ce sens que B.A._ doit lui verser la somme de 42'536 fr. 20, subsidiairement 4'184 fr. 70. Plus subsidiairement, il a conclu à l'annulation du jugement querellé et au renvoi de la cause aux premiers juges pour nouvelle décision. C.b. Par arrêt du 3 août 2018, communiqué aux parties le 7 suivant, la Cour d'appel a rejeté l'appel de B.A._ (ch. I du dispositif) et a partiellement admis celui de A.A._ (ch. II). Elle a réformé le jugement entrepris au chiffre XII.1 de son dispositif en ce sens que A.A._ est condamné à payer la somme de 81'470 fr. 85 à B.A._ au titre de la liquidation du régime matrimonial (ch. III) D. Par acte du 14 septembre 2018, A.A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 3 août 2018. Il conclut principalement à son annulation et à sa réforme en ce sens que B.A._ est condamnée à lui verser la somme de 44'981 fr. 30 au titre de la liquidation du régime matrimonial. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du chiffre III de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Invitées à se déterminer, la Cour d'appel s'est référée aux considérants de son arrêt et l'intimée a conclu implicitement au rejet du recours. Avant d'être invitée à répondre et de se voir communiquer les écritures de recours, l'intimée avait, dans une détermination spontanée du 20 septembre 2018, conclu à l'irrecevabilité du recours pour cause de tardiveté. Le recourant a répliqué le 27 mai 2019.