Faits : A. A.a. Jusqu'en novembre 2000, D._ a été l'administrateur unique de C._, puis il a été remplacé à ce poste par A._. Dès mai 2006, ce dernier est devenu administrateur-président tandis que D._ est redevenu administrateur. B._ SA - dont l'administrateur et actionnaire est A._ - et D._ sont les actionnaires de C._, le pourcentage appartenant à chacun faisant l'objet d'un litige. Les relations entre les deux administrateurs s'étant dégradées, il a été décidé de procéder à la scission de l'entreprise C._. Depuis 2009, des procédures civiles et pénales ont opposé, d'une part, B._ SA et A._ à, d'autre part, D._. Certaines procédures pénales ont fait l'objet d'ordonnances de classement (P1) ou de non-entrée en matière (P2). Dans le cadre civil, D._ a été condamné, le 13 octobre 2011, à remettre à B._ SA 50% des actions de C._ (C1). La dissolution de cette société a été prononcée le 4 décembre 2014 et un liquidateur a été nommé (C2); l'appel intenté contre ce jugement a été déclaré irrecevable le 12 avril 2016 par la Chambre civile de la Cour de justice de la République et canton de Genève. A.b. Le 25 juillet 2011, B._ SA et A._ ont déposé une nouvelle plainte pénale contre D._ pour faux dans les titres, obtention frauduleuse d'une constatation fausse, voire soustraction d'objet mis sous main de l'autorité. Cette cause a été confiée à la Procureure Rita Sethi-Karam (P4). Au cours de l'instruction, D._ a été mis en prévention de tentative de contrainte le 18 juin 2013, d'abus de confiance le 7 avril 2014, de faux dans les titres et d'obtention frauduleuse d'une constatation fausse le 1er septembre 2014 et d'inobservation des prescriptions légales sur la comptabilité le 22 septembre 2014. Des séquestres ont été ordonnés sur les avoirs du prévenu, ainsi que sur ceux de ses sociétés et la procédure a été suspendue entre le 25 novembre 2014 et le 5 mars 2015. Différentes décisions du Ministère public, respectivement l'absence de telles décisions, ont été portées devant l'autorité de recours (cf. le rejet du recours pour déni de justice le 24 juin 2013 par la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi que ses arrêts du 22 juin 2016 concernant la qualité de personne appelée à donner des renseignements de A._ lors des auditions, ainsi que la levée des séquestres portant sur les comptes de sociétés de D._). Les parties ont été entendues à de nombreuses reprises, notamment les 13 et 24 juin 2016. Lors de la première de ces auditions, A._ a été mis en prévention de gestion déloyale. Au cours de la seconde, le liquidateur de C._, ainsi que son comptable ont été entendus; selon le procès-verbal, les témoins ont été interrompus par A._ et par le mandataire de celui-ci; A._ a ensuite été prié de quitter la salle dans la mesure où il "invectivait" le témoin. Son avocat a alors requis la récusation de la Procureure. Cette demande - à laquelle s'est opposée la magistrate - a été complétée par courrier du 24 juin 2016. Le 21 juillet 2016, le liquidateur de C._ a informé le Ministère public que le procès-verbal de la séance du 24 juin 2016 ne transcrivait pas correctement ses déclarations; il a également relevé que son comptable avait été interrompu lors de son témoignage. Par avis de prochaine clôture du 15 décembre 2016, la Procureure a informé les parties de son intention de classer la procédure à l'égard de A._, de rendre, s'agissant de D._, une ordonnance pénale pour inobservation des prescriptions légales sur la comptabilité et de classement s'agissant des autres chefs de prévention; un délai au 30 décembre 2016 a été imparti aux parties pour déposer leurs éventuelles réquisitions de preuve. B. Après différents échanges d'écritures, ainsi que le dépôt de déterminations spontanées des conseils de C._, la Chambre pénale de recours a rejeté, par arrêt du 27 janvier 2017, la demande de récusation déposée dans le cadre de la procédure P3 [recte P4] par B._ SA et A._. C. Par acte du 22 février 2017, A._ et B._ SA forment un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et à la récusation de la Procureure Rita Sethi-Karam pour la procédure P4. Subsidiairement, ils demandent le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Les recourants sollicitent, à titre de mesures provisionnelles, la suspension de la procédure P4, afin notamment d'empêcher la clôture de l'instruction annoncée pour le 28 février 2017. Invitée à se déterminer, l'autorité précédente n'a pas formulé d'observations. Quant à la Procureure intimée, elle a conclu au rejet du recours. Le 25 avril 2017, les recourants ont persisté dans leurs conclusions. Par ordonnance du 24 février 2017, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la demande de mesures provisionnelles.