Faits : A. Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné notamment X._ pour escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et blanchiment d'argent à une peine privative de liberté de 37 mois et à une peine pécuniaire de 205 jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans et l'a acquitté de l'accusation de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre X._ d'un montant de 3'908'086 fr., mis une part des frais s'élevant à 60'000 fr. à sa charge et alloué une indemnité au défenseur d'office de X._ de 219'955 fr. 75 TVA non comprise. B. Par arrêt du 22 décembre 2017, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière pénale formé par X._ contre le jugement précité, annulé celui-ci et renvoyé la cause au TPF pour nouvelle décision (6B_695/2014). Il en a fait de même s'agissant de deux autres co-prévenus, soit U._ (6B_688/2014) et V._ (6B_659/2014). C. C.a. A la suite du renvoi des causes par le Tribunal fédéral, le TPF a repris, dans le cadre d'un même dossier, les causes concernant X._, U._ et V._ (SK.2017.76). C.b. Le 17 janvier, respectivement le 26 janvier 2018, U._ et V._ ont requis la tenue de nouveaux débats. Le 14 février 2018, le TPF a imparti un délai au Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC), aux deux prénommés et à X._ pour se déterminer sur l'ouverture d'un échange d'écritures en lieu et place d'une nouvelle audience de jugement. Le 21 février 2018, le MPC a déclaré s'en remettre à justice. Par écriture du 28 février 2018, U._ a confirmé sa requête, déjà formulée le 17 janvier 2018, tendant à la tenue de nouveaux débats. Le 19 mars 2018, X._ s'est exprimé à son tour en faveur d'une nouvelle audience de jugement. Le 22 mars, respectivement le 5 avril 2018, le TPF a avisé les parties que le réexamen des peines et des questions accessoires requis par le Tribunal fédéral pouvait être effectué sur la base du dossier. A cette occasion, le TPF a fixé un délai au MPC pour déposer des déterminations écrites sur les points devant être réexaminés. Par écriture du 26 avril 2018, le MPC a conclu au maintien des peines prononcées par le TPF selon son jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Il s'en est remis à justice s'agissant du sort des questions accessoires et a requis que les frais de procédure soient mis à la charge des prévenus. Le 30 avril 2018, le TPF a communiqué aux prévenus la détermination écrite du MPC et ils ont été invités à se déterminer par écrit sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. U._ et V._ ont chacun déposé une détermination écrite le 11 juin 2018. Quant à X._, il s'est déterminé par écrit le 20 juin 2018. Il a conclu à ce qu'il soit condamné à une peine privative de liberté assortie du sursis complet et que les frais de procédure soient mis à la charge de l'Etat. Il a également requis l'octroi d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice de ses droits de procédure. Le 12 juin, respectivement le 21 juin 2018, le TPF a notifié au MPC les déterminations écrites des prévenus pour une réplique éventuelle. Le MPC ayant renoncé à répliquer, le TPF a prononcé la clôture de l'échange d'écritures le 3 juillet 2018. Le 17 juillet 2018, le TPF a imparti un délai aux défenseurs des prévenus pour qu'ils déposent une note d'honoraires indiquant précisément l'activité accomplie dans la présente procédure, afin que le TPF puisse se prononcer sur les indemnités pour les frais de défense requises par les prévenus. Différents échanges ont eu lieu à ce sujet. S'agissant du conseil de X._ (désigné conseil d'office par le TPF le 9 mai 2018), celui-ci a déposé le 26 septembre 2018 une note d'honoraires détaillée, chiffrant à 14'308 fr. 70 (TVA et débours compris) les frais de son activité dans la procédure. Le 3 octobre 2018, le TPF a avisé les parties qu'il disposait désormais de toutes les informations nécessaires pour rendre son jugement. C.c. Le TPF a rendu son jugement le 11 décembre 2018. Il a notamment condamné X._ pour escroquerie, blanchiment d'argent simple et aggravé à une peine privative de liberté de 36 mois, peine partiellement suspendue à concurrence de 18 mois, avec un délai d'épreuve de deux ans, et à une peine pécuniaire de 180 jours-amende à 35 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans. D. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement précité. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté d'au maximum 20 mois, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une peine pécuniaire de 180 jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause au TPF pour nouvelle décision au sens des considérants. Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé, se référant au jugement attaqué cependant que le MPC a conclu à son rejet. Ces écritures ont été communiquées à titre de renseignements à X._.