Faits : A. A._ détenait la moitié du capital-actions de la société C._ SA (ci-après: la société). Par convention du 8 avril 2016, les actionnaires de la société ont vendu la totalité du capital social de celle-ci (250'000 fr.) pour un prix de 3'800'000 fr. Il y était précisé qu'avant l'exécution de la transaction, prévue pour le 18 avril 2016, la société "procédera au versement d'un dividende" de 150'000 fr. Lors de son assemblée générale du 15 avril 2016, la société a décidé de verser à ses actionnaires un dividende brut de 150'000 fr., dont l'échéance était fixée à cette même date. Le 4 mai 2017, un formulaire (n° 103) indiquant la distribution dudit dividende, ainsi que le prélèvement d'un impôt anticipé de 52'500 fr., a été remis à l'Administration fédérale des contributions. Dans leur déclaration fiscale pour l'année 2016, qu'ils ont déposée en juin 2017, A._ et son épouse, B._, (ci-après: les contribuables ou les recourants), n'ont pas indiqué le dividende versé par la société, mentionnant uniquement un "solde du compte" de 250'000 fr. résultant de la vente de cette dernière. Par courrier du 18 juillet 2017, les contribuables, faisant référence à leur déclaration fiscale 2016, ont demandé à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) de tenir compte d'une nouvelle valeur fiscale pour leur immeuble sis en Valais. Le dividende versé par la société n'était pas déclaré. Par courrier du 25 septembre 2017, l'Administration fiscale a notamment demandé aux contribuables de lui remettre une copie de la convention de vente de leur participation dans la société, ainsi que toute explication ou justification permettant d'expliquer l'augmentation de leur fortune, au 31 décembre 2016, à concurrence de 1'533'000 fr. Répondant à cette requête le 10 octobre 2017, les contribuables ont notamment remis la convention du 8 avril 2016. B. En taxant les contribuables pour les impôts fédéral direct (IFD), cantonal et communal (ICC) 2016, par bordereaux du 29 janvier 2018, l'Administration fiscale a rajouté à leurs revenus imposables un dividende de 75'000 fr., précisant que celui-ci leur avait été versé par la société le 15 avril 2016 et que l'impôt anticipé y relatif ne leur serait pas remboursé faute de l'avoir déclaré. Par décisions du 4 avril 2018, l'Administration fiscale a partiellement admis les réclamations formées par les contribuables contre les bordereaux précités, en rectifiant l'estimation de l'immeuble sis en Valais et en accordant un abattement pour participation qualifiée, mais en confirmant son refus de rembourser l'impôt anticipé. Par jugement du 29 octobre 2018, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a rejeté le recours déposé par les contribuables contre les décisions sur réclamation du 4 avril 2018. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite des frais et dépens, principalement et en substance, d'annuler le jugement précité du 29 octobre 2018 et d'ordonner le remboursement d'un montant de 26'250 fr. correspondant à l'impôt anticipé sur le dividende de 75'000 fr. versé le 15 avril 2016 par la société, par imputation sur le décompte fiscal de l'année 2016. Subsidiairement, les recourants concluent au renvoi de la cause au Tribunal administratif de première instance pour instruction complémentaire et nouvelle décision basée sur la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21) dans sa teneur après la modification du 23 septembre 2018. Dans ce même acte, les recourants requièrent préalablement la suspension de la procédure jusqu'au 15 février 2019, dans l'attente de l'entrée en vigueur de la modification précitée. La procédure a été suspendue par ordonnance présidentielle du 3 décembre 2018. A cette occasion, les parties ont été invitées à se prononcer sur l'issue du litige dans l'hypothèse d'une entrée en vigueur de la modification de la LIA du 23 septembre 2018. L'Administration fédérale des contributions a pris position sur ce point et conclu au rejet du recours. Les recourants ont maintenu leurs conclusions et l'Administration fiscale s'est ralliée à la détermination de l'Administration fédérale des contributions en concluant également au rejet du recours. Le 20 mars 2019, le Président de la Cour II du Tribunal fédéral a ordonné la reprise de la procédure. Les recourants ont déposé des observations spontanées, en concluant "conformément aux conclusions subsidiaires", au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle procède à une instruction des faits et statue sur l'existence d'une négligence sous l'angle du nouveau droit.