Faits : A. Le 30 juillet 2014, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a, sur réclamation, adressé à X._, architecte indépendant actif dans l'immobilier, un bordereau d'impôt cantonal et communal 2009, mentionnant un revenu imposable de 520'160 fr. et une fortune imposable de 19'024'449 fr. pour un montant total d'impôts de 380'950 fr. 90 et un bordereau d'impôt fédéral direct 2009 retenant un revenu imposable de 525'300 fr. pour un montant d'impôts de 57'227 fr. 75. Par acte du 27 août 2014, invoquant le caractère confiscatoire de cette imposition, le contribuable a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance. Par jugement du 13 juillet 2015, le Tribunal administratif de première instance a admis le recours du contribuable, retenant que le montant de l'impôt cantonal et communal 2009 représentait 73,24% du revenu imposable et qu'entre 2005 et 2009, ce pourcentage avait été supérieur à 60%, ce qui représentait une période suffisamment longue pour admettre le caractère confiscatoire de l'impôt. En conséquence, le montant de l'impôt cantonal et communal 2009 devait être réduit à 312'096 fr., correspondant à 60 % du revenu imposable. Le dossier était renvoyé à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle décision de taxation dans ce sens. Le 14 août 2015, l'Administration fiscale cantonale a recouru auprès de la Cour de justice contre le jugement rendu le 13 juillet 2015 par le Tribunal administratif de première instance. Ce dernier avait procédé à une application rétroactive, incomplète et erronée des règles du bouclier fiscal définies à l'art. 60 de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08, entrée en vigueur au 1er janvier 2011). B. Par arrêt du 21 février 2017, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours. Entre 2006 et 2009, le pourcentage de 70 % du revenu net imposable pour l'impôt cantonal et communal avait été atteint en 2007 et en 2009. Il n'y avait pas lieu de retenir l'année fiscale 2005, où le très important pourcentage supérieur à 600 %, exceptionnel, n'avait fait l'objet d'aucune explication ni de la part de l'Administration fiscale cantonale ni de celle du contribuable. A l'aune du seul critère du pourcentage, l'élément de la durée n'était pas réalisé dans le cas particulier. En effet, en prenant en compte l'impôt fédéral direct pour la période 2006-2009, le pourcentage de 70 % était certes dépassé chaque année (pour 2009, 84,49%), mais en intégrant dans le calcul un rendement net de 1% de la fortune nette conformément à la jurisprudence, ce pourcentage n'était plus atteint lors d'aucune année. La question de savoir jusqu'à quel point il y avait lieu de tenir compte de l'impôt fédéral direct pour l'application d'un bouclier fiscal cantonal, dont la finalité n'était pas de préserver la fiscalité fédérale, pouvait ainsi demeurer ouverte. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le contribuable demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 21 février 2017 par la Cour de justice du canton de Genève en ce sens qu'un rabais d'impôt cantonal et communal 2009 de 127'401 fr. 45, subsidiairement de 75'385 fr. 45, lui est accordé. Il se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits et de la violation des art. 9 et 26 Cst. La Cour de justice renonce à déposer des observations. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. Le contribuable a répliqué.