Faits : A. Le 26 juin 2007, C._ SA (ci-après : C._), société avec siège à... active notamment dans la représentation et l'achat d'avions, et D._ AG, société avec siège à... active en particulier dans l'acquisition et la gestion d'avions commerciaux, ont conclu un contrat de vente ayant pour objet un avion de la marque " xxx ", modèle yyy. La première s'engageait à remettre l'avion à la seconde, qui promettait de payer le prix de 3'480'000 USD, ensuite porté à 4'375'952 USD, des options supplémentaires ayant été commandées par D._ AG. Le 28 mai 2008, C._ a été radiée du registre du commerce à la suite de sa fusion (par absorption) avec B._ (ci-après, pour simplifier : la venderesse). Le 25 mars 2009, D._ AG a transféré à A._ AG (ci-après, pour simplifier : l'acheteuse) l'ensemble de ses droits et obligations découlant du contrat de vente du 26 juin 2007. Le 15 mai 2009, la venderesse a adressé à l'acheteuse une facture (no...) d'un montant de 4'375'952 USD, sous déduction d'un acompte déjà versé par l'acheteuse. Le 18 mai 2009, l'acheteuse a contresigné le certificat d'acceptation de l'avion, considérant celui-ci comme " en bon ordre " et conforme aux exigences contractuelles. Le certificat précisait que l'avion était provisoirement accepté, jusqu'à l'acceptation finale à Genève. Un second certificat d'acceptation a été établi à Genève le 23 juin 2009 et, depuis, l'acheteuse utilise l'avion. L'acheteuse s'est acquittée de la facture no... les 22 et 25 mai 2009. Par courriers des 12 et 31 mai 2010, la venderesse a informé l'acheteuse de ce que la TVA avait été omise lors de l'émission de la facture du 15 mai 2009. La vente, qui ne pouvait être assimilée à une exportation, était soumise à la TVA. La venderesse a adressé à l'acheteuse une facture complémentaire de TVA no... d'un montant de 332'572.35 USD, correspondant au montant de 358'679 fr. qu'elle avait elle-même versé au titre de l'impôt TVA au taux de change de USD/CHF 1.0785. Le 14 août 2010, la venderesse a mis l'acheteuse en demeure de s'acquitter du montant précité jusqu'au 30 août 2010. Le 30 août 2010, l'acheteuse a informé, pour la première fois, la venderesse qu'elle n'avait pas reçu les sièges qu'elle avait pourtant commandés (ce qui avait immobilisé l'avion et causé des coûts qu'elle avait dû supporter) et que divers systèmes pourtant demandés n'avaient toujours pas été installés. Elle a indiqué à la venderesse qu'elle n'examinerait le " problème de TVA " qu'après que celle-ci se soit exécutée. Le 24 septembre 2010, elle a ajouté que deux nouveaux problèmes avaient été constatés, en lien avec le radar météo et les cartes d'approche installés sur l'appareil. Le 25 juillet 2011, la venderesse a mis l'acheteuse en demeure de s'acquitter d'un montant de 345'072 fr.40 en sa faveur, correspondant à la facturation de la TVA (332'572.35 USD), de laquelle il convenait de déduire un montant de 14'731 fr.80 déjà versé. B. Le 15 décembre 2011, la venderesse a formé une demande en paiement contre l'acheteuse devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant à ce que celle-ci soit condamnée à lui payer le montant de 319'246 fr.65 USD, intérêts en sus, à titre de TVA et de 27'333 fr.85, intérêts en sus, au titre du dommage supplémentaire lié à la dépréciation du dollar américain. La défenderesse a conclu au déboutement de sa partie adverse et, subsidiairement, à ce qu'il soit dit que la créance de la demanderesse est éteinte par compensation de sa propre créance envers celle-ci, résultant des défauts de l'appareil. Par jugement du 19 décembre 2018, le Tribunal de Genève a condamné la défenderesse à verser à la demanderesse le montant de 344'307 fr.50, intérêts en sus, et débouté celle-ci de sa conclusion en paiement de 27'333 fr.85. Par arrêt du 6 septembre 2019, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement entrepris. C. La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. Elle conclut à sa réforme en ce sens que la demanderesse soit déboutée de l'intégralité de ses conclusions, subsidiairement, à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et la cause renvoyée à la cour précédente pour nouvelle décision. L'intimée conclut à ce que le recours soit déclaré " partiellement irrecevable " et qu'il soit rejeté. Les parties n'ont pas déposé d'autres observations. Par ordonnance du 7 novembre 2019, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a admis la demande de sûretés en garantie des dépens déposée par l'intimée et invité la recourante à verser à la Caisse du Tribunal fédéral le montant de 8'000 fr. Les sûretés requises ont été versées dans le délai imparti.