Faits : A. La société A._ AG (ci-après: la société constructrice) est propriétaire des parcelles n° 6910 et n° 6911 du registre foncier de la commune de Lausanne, situées à l'angle formé par la place B._ et la rue C._. Le 10 février 2010, la Municipalité de Lausanne a délivré à la société précitée un permis de construire pour démolir le bâtiment construit sur la partie centrale de la parcelle n° 6911, et pour transformer partiellement le bâtiment, construit sur la parcelle n° 6910 et sur la fraction de la parcelle n° 6911 longeant la rue C._. La Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté, par arrêt du 20 octobre 2010, les recours formés contre l'octroi du permis de construire. Le 11 octobre 2013, la société constructrice a déposé une nouvelle demande de permis de construire en vue d'un changement d'affectation du sous-sol du bâtiment projeté sur les parcelles nos 6910 et 6911. La Municipalité a délivré le permis de construire et levé l'opposition y relative lors de sa séance du 3 juillet 2014. Par arrêt du 31 mars 2015, le Tribunal cantonal a très partiellement admis le recours formé par la propriétaire d'une parcelle voisine et a réformé la décision municipale en ce sens que la condition suivante était ajoutée au permis de construire: "La direction des travaux doit être assurée par un mandataire professionnellement qualifié à savoir un architecte répondant aux exigences de l'art. 107 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RS/VD 700.11) pour la direction générale des travaux et un ingénieur bénéficiant des qualifications fixées par l'art. 107a LATC pour la direction des travaux de fondations spéciales et l'ensemble des travaux de génie civil du bâtiment. La société constructrice, avant de commencer les travaux, doit communiquer à la Municipalité le nom des mandataires professionnellement qualifiés chargés de la direction générale des travaux en qualité d'architecte chargé de la direction spéciale des travaux de fondation et de génie civil en qualité d'ingénieur et signaler immédiatement tout changement intervenant dans les mandats confiés pour assurer la direction des travaux". B. A la suite d'une visite du chantier effectuée par les collaborateurs de la commune de Lausanne en mai 2018, la conseillère municipale en charge de la Direction du logement, de l'environnement et de l'architecture a informé A._ AG, le 20 juin 2018, de ce que ses services avaient constaté que les travaux avançaient très lentement, que la localisation du chantier dans le centre-ville suscitait des interrogations, non seulement pour la population mais également au niveau politique. Relevant que les explications données à l'inspecteur de la construction étaient lacunaires, elle a invité les responsables de la société constructrice à la rencontrer le 6 juillet 2018. Il ressort des notes relatives à cette séance établies par le Service d'architecture de la commune de Lausanne (ci-après: le Service d'architecture) que les retards dans l'avancement du chantier, s'ils pouvaient en partie être expliqués par des contraintes techniques et diverses procédures, étaient "au-delà de l'usuel"; de plus, l'aspect visuel de la façade sur la place B._ était déplorable et participait au sentiment d'une situation non maîtrisée et laissée à l'abandon. Les représentants de la société constructrice ont indiqué que la dalle du 2ème étage allait prochainement être coulée, que le gros oeuvre serait terminé fin octobre 2018 et que le chantier devrait être achevé dans huit à dix mois; subsisteraient alors les travaux relatifs aux aménagements des divers lots commercialisés. Les représentants de la commune ont requis, dans un délai fixé au 20 juillet 2018, la production par la société constructrice d'un organigramme présentant la version actualisée des divers acteurs, un planning actualisé du chantier sur l'ensemble du projet, des garanties sur les démarches de commercialisation entreprises, des intentions claires et un projet pour les façades de B._ et C._, y compris un planning ainsi qu'une mise en ordre générale du chantier "pour donner une image positive et maîtrisée". Le 20 juillet 2018, le conseil de A._ AG a écrit au Service d'architecture pour l'informer du dépôt des pièces requises. Il a précisé que les travaux spécifiques étaient terminés, que la fin du chantier était planifiée pour la fin de l'année 2018, que la phase de commercialisation était en bonne voie, que décision avait été prise de conserver les façades existantes donnant sur la place B._ et la rue C._ en limitant l'intervention à un nettoyage et à une remise en état et que les mesures demandées pour redonner une "image positive du chantier" avaient été prises; l'organigramme produit mentionnait le nom de deux architectes. Le 19 février 2019, le Service d'architecture a, une nouvelle fois, rencontré les représentants de la société constructrice. Par courriel du 13 mars 2019, il leur a demandé de produire le procès-verbal de la séance du 19 février 2019, le programme des travaux à jour, les plans d'exécution et les procès-verbaux de chantier hebdomadaires. Dans un courrier du 2 mai 2019, le Service d'architecture a constaté que, malgré plusieurs demandes répétées par téléphone et par courriels, les documents requis n'avaient pas été produits; un nouveau délai au 5 mai 2019 était imparti à cet effet. Par courrier du 16 mai 2019, la Municipalité a informé A._ AG de ce que l'art. 118 al. 3 LATC permettait de retirer un permis de construire si, sans motifs suffisants, l'exécution des travaux n'était pas poursuivie dans les délais usuels; elle a relevé que les travaux avaient connu de nombreux retards et que, depuis mai 2015, quasiment aucune avancée significative n'avait été constatée sur le chantier; malgré de très nombreux échanges avec le Service d'architecture et des relances dudit service, l'absence de réponses constantes de la part du maître d'ouvrage et de ses représentants était constatée et, en l'état, toujours aucun dossier pour la rénovation des façades et les transformations du bâtiment existant; le 20 juin 2018, une mise en demeure formelle avait été adressée; constatant que les travaux n'avançaient pas, il avait été demandé à la société constructrice de s'expliquer sur les raisons d'un tel retard, inacceptable compte tenu de la localisation du chantier et de son ampleur; depuis cette date, les travaux n'avaient pas progressé de manière sensible; en outre, des doutes sérieux étaient apparus quant à la volonté de la propriétaire de mener le projet à terme, ainsi que sur sa capacité à financer le projet; aujourd'hui, l'aboutissement des travaux conformément aux permis de construire délivrés apparaissait hautement improbable pour la Municipalité. Dès lors, et afin de pouvoir examiner la suite qu'il convenait de donner à la présente affaire, la Municipalité a imparti un délai ultime au 30 juin 2019 pour fournir un certain nombre de documents (notamment la liste détaillée des mandataires et des entreprises sous contrat qui ont la charge de réaliser ces travaux, le programme détaillé des travaux à jour signé par les mandataires en charge de le mettre en oeuvre et le propriétaire, tous les plans d'exécution du chantier sous forme papier et PDF, la confirmation écrite et signée par les mandataires en charge de ce dossier que tous les travaux réalisés ont été effectués conformément aux deux permis de construire délivrés, une estimation du nombre d'ouvriers qui devraient travailler sur ce chantier jusqu'à la fin de l'année 2019 et les variations y relatives ainsi que le projet de dossier complémentaire du traitement des façades et des travaux de transformation). Le 28 juin 2019, le conseil de A._ AG a transmis à la Municipalité un programme des travaux faisant état d'une fin de chantier au 30 juillet 2020, des plans format papier, une clé USB contenant lesdits plans, un rapport d'inspection établi le 25 juin 2019 par D._ SA, un contrat d'entreprise signé entre A._ AG et E._ SA le 8 janvier 2019 (contrat d'entreprise générale portant exclusivement sur les travaux de bétonnage et de maçonnerie). Le 1er juillet 2019, une visite du chantier a été effectuée à la demande de la commune de Lausanne à laquelle ont participé l'architecte adjointe du Service d'architecture, le mandataire de la commune (F._) et G._ pour A._ AG. A cette occasion, il a été constaté que la construction du gros oeuvre était toujours au niveau de la dalle du 1er étage, le coffrage et le ferraillage étant toujours en place mais rouillés depuis les visites faites en février et mai 2019. Dans le compte-rendu de la visite, l'architecte adjointe du Service d'architecture a relevé que les travaux avançaient toujours de manière très chaotique, sans réelle planification, ni organisation. Elle a aussi souligné que plusieurs des travaux réalisés ne correspondaient pas au permis de construire (notamment le bassin au niveau -2, le positionnement de la trémie des escalators et la démolition des groupes sanitaires dans le bâtiment transformé) et devaient faire l'objet d'une mise à jour des plans, voire nécessiter des autorisations supplémentaires. Ce dernier constat n'était pas partagé par le représentant de la société constructrice. Des problèmes de sécurité, notamment pour les ouvriers présents sur le chantier, et de salubrité étaient aussi mis en évidence. Le 25 juillet 2019, F._, l'expert mandaté par la Municipalité, a établi un rapport dans lequel il se prononçait notamment sur les constatations faites lors de la visite du chantier du 1er juillet 2019 et sur les pièces remises par A._ AG le 28 juin 2019. Il a relevé en particulier des problèmes au niveau de la sécurité tant pour les ouvriers oeuvrant sur le site que pour les utilisateurs du domaine public adjacent au chantier. Selon lui, il était impératif de faire arrêter les travaux dans les plus brefs délais et de retirer les permis de construire. Il a observé que ces derniers n'étaient pas respectés en raison d'une réalisation non conforme; il convenait aussi de sécuriser le chantier jusqu'à une nouvelle mise à l'enquête. Le 29 juillet 2019, le Service d'architecture a établi une analyse technique selon laquelle les travaux avaient connu de nombreux retards, ceci depuis la délivrance du permis principal en 2010; dès la délivrance du permis complémentaire (permis devenu définitif et exécutoire le 31 mars 2015), en tous les cas depuis mai 2015, quasiment aucune avancée significative n'avait été constatée sur le chantier ouvert depuis février 2011. S'agissant des documents produits le 28 juin 2019 par A._ AG, il était notamment relevé que le seul contrat d'entreprise produit (portant uniquement sur le gros oeuvre) était insuffisant pour attester de l'organisation et de la poursuite du chantier, qu'aucun programme détaillé (planning) n'avait été produit (ce qui ne permettait pas d'avoir une évaluation claire de la planification et des moyens qui seraient mis en oeuvre pour assurer les différents étapes de la réalisation), que les plans fournis n'étaient pas des plans d'exécution et qu'ils n'étaient pas mis à jour et qu'aucune réponse n'avait été donnée à la demande relative au nombre d'ouvriers devant travailler sur le chantier jusqu'à la fin de l'année 2019 et les variations y relatives. Sur ce dernier point, il était relevé que, si la présence de quatre ouvriers avait été constatée lors des visites annoncées en février 2019 et le 1er juillet 2019, aucun ouvrier n'était sur place lors de visites surprises effectuées en mai et juin 2019; l'analyse technique confirmait l'existence d'un certain nombre de différences entre les plans sur la base desquels les permis de construire avaient été délivrés en 2010 et 2014 et ce qui avait été réalisé (notamment la fosse technique, la trémie des escalators du nouveau bâtiment et la démolition des groupes sanitaires du bâtiment transformé). C. Par décision du 15 août 2019, la Municipalité a, en application de l'art. 118 al. 3 LATC, retiré les permis de construire délivrés à A._ AG les 10 février 2010 et 3 juillet 2014. Elle a aussi ordonné de procéder à différentes mesures conservatoires et de remise en état d'ici au 15 novembre 2019. La société constructrice a recouru contre la décision municipale du 15 août 2019 auprès du Tribunal cantonal. A la requête de la Municipalité, un rapport du Contrôle des chantiers de la construction dans le canton de Vaud relatif à un contrôle du chantier litigieux effectué le 27 novembre 2019 a été produit. Le 3 décembre 2019, le Tribunal cantonal a tenu audience et a procédé à une inspection locale. Il a constaté qu'une fosse de dimensions nettement supérieures à celle prévue par les plans d'enquête avait été réalisée au deuxième sous-sol, que les trémies n'étaient pas superposées et leur emplacement ne correspondait pas aux plans d'enquête, que les murs périphériques en parpaing étaient montés à 80 % au 1er et 2ème sous-sol, que le raccordement entre les murs en parpaing et la dalle restait à réaliser à ces mêmes étages et qu'à l'exception des murs porteurs, les étages du bâtiment existant avaient été vidés, sans que cela ne soit prévu dans les permis de construire. S'agissant de la fosse précitée, les représentants de la société constructrice n'ont pas donné d'explications relatives à la différence observée. En outre, les représentants de la Municipalité ont insisté sur de nombreuses malfaçons techniques et ont soutenu que A._ AG n'avait pas remis de rapport amiante en lien avec le bâtiment transformé, ce que les représentants de la société constructrice ont contesté. Le Tribunal cantonal a encore constaté que certains panneaux installés sous l'avant-toit du bâtiment sis sur la parcelle n° 6910 (côté rue C._), au-dessus de la voie publique, étaient déformés, qu'un panneau manquait sur la façade sud du même bâtiment (côté place B._), qu'une plateforme était installée sur cette même façade et reposait sur la marquise. Les représentants de la société constructrice ont expliqué que la plateforme précitée n'était plus utilisée. Les représentants de la Municipalité ont demandé néanmoins une justification de la résistance de la plateforme et, en particulier, de la marquise. Le conseil de A._ AG a produit, le 29 janvier 2020, un rapport de conformité établi par D._ SA. Il en ressort notamment que les murs porteurs en maçonnerie au niveau -2 et -1 ont désormais été réalisés, que les palissades de chantier à la rue C._ ont été démontées avec la restitution du cheminement pour piétons sur le domaine public et que des panneaux en bois ont été montés le long de la rue C._ pour la fermeture et la protection du chantier. Par arrêt du 13 mars 2020, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision municipale du 15 août 2019. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ AG demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce qu'il annule la décision du 15 août 2019, maintient les permis de construire délivrés les 10 février 2010 et 3 juillet 2014 et supprime les mesures conservatoires et les travaux de remise en état figurant au chiffre III de la décision du 15 août 2019, sous suite de frais et dépens. Elle conclut subsidiairement à l'annulation de l'arrêt du 13 mars 2020 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Le Tribunal cantonal, la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud et l'Etablissement cantonal d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels (ECA) renoncent à se déterminer. La Municipalité de Lausanne conclut au rejet du recours. Après s'être déterminée spontanément par courrier du 8 juin 2020, la recourante a répliqué, par courrier du 16 juillet 2020. E. Par ordonnances des 3 juin et 9 juillet 2020, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a rejeté les requêtes de mesures provisionnelles présentées par la recourante tendant à ce qu'elle soit autorisée à reprendre et poursuivre les travaux de gros oeuvre conformément aux permis de construire et selon le planning des travaux transmis au Tribunal cantonal le 16 janvier 2020 et le descriptif de ceux-ci transmis à la Municipalité le 28 juin 2019.