Faits : A. A.a. Entre 2008 et 2009, B._ SA a fait construire à C._ dans la zone industrielle D._ un immeuble commercial dont la conception requerrait la pose de panneaux de verre de 5,47 m de hauteur, de 2,62 m de largeur et d'un poids de 1'100 kg, sur deux façades entières présentant une inclinaison de 23 degrés par rapport à la verticale. Cette tâche ne peut être qu'effectuée par des entreprises spécialisées au moyen d'un système de préhension de charge par le vide et d'un palonnier à contre-poids supportant ce système, le tout élevé par une grue. Le système de préhension par le vide proprement dit est normalement essentiellement composé de deux groupes de ventouses permettant la préhension et de deux agrégats " redondants " reliés par des tuyaux aux deux groupes de ventouses et à deux vannes de décharge. Ce système est fixé sur un châssis métallique. La société E._ SA, à F._, qui réalisait la structure métallique de l'ouvrage, a mandaté l'entreprise G._, à H._, raison individuelle dont X._ est le titulaire et qui est spécialisée dans la pose de panneaux de verre grands et lourds. L'entreprise avait déjà utilisé le système précité, qui était nécessaire à la pose de vitrages lourds inclinés ou dont le logement était difficile d'accès. Ne disposant pas du matériel nécessaire pour ce chantier, elle a loué une grue et un palonnier à contre-poids à l'entreprise I._ AG et à l'entreprise J._ AG un système de porte-ventouses permettant de lever 1'400 kg au maximum. Il s'agissait d'un système porte-ventouses fabriqué par la société K._ AG, à L._, spécialiste en la matière, et acheté par J._ AG en janvier 2004. Le porte-ventouse a toutefois été modifié, à savoir que les deux vannes de décharge ont été désolidarisées du châssis et les tuyaux allongés, au motif que les panneaux de verre devaient être hissés à une hauteur de plusieurs mètres. En outre, le palonnier ne comportait qu'un seul circuit et non pas deux, c'est-à-dire que les deux agrégats et les deux tuyaux aboutissant aux deux vannes de décharge ont été réunis en un seul agrégat et une seule conduite aboutissant à une seule vanne. La vanne en question, laissée " flottante ", n'était par ailleurs pas pourvue des indications " dépression " ( saugen) et " libération de charge " ( lösen) correspondant aux deux positions possibles du levier de la vanne. En vue de l'exécution des travaux précités, G._ a loué les services de M._, employé de l'entreprise individuelle N._, à O._, également spécialisée dans la pose de vitrages lourds. X._ et M._ se connaissaient puisqu'ils avaient travaillé ensemble pour le compte de la société P._. M._ était spécialisé dans le maniement des systèmes de préhension de charge de type porte-ventouses, tel que celui utilisé sur le chantier de C._. X._, responsable de la pose des panneaux en verre sur le chantier, n'avait pas exigé qu'un palonnier à deux circuits soit utilisé pour la pose des vitrages, ni que les panneaux en verre soient assurés contre les chutes au moyen d'un équipement de sécurité mécanique, comme par exemple des sangles. A.b. Les 7 et 8 janvier 2009, X._, ses employés, à savoir Q._, grutier, R._ et S._, tous deux vitriers, et M._ ont travaillé sur le chantier. M._ fonctionnait comme machiniste, c'est-à-dire commandait et manipulait le système de préhension de charge de type porte-ventouses au moyen de la vanne de " dépression " et le palonnier à contre-poids mobile au moyen d'une télécommande. Quinze vitrages ont ainsi été posés, chacun effectuant toujours la même tâche. Le 9 janvier 2009, vers 7h45, la même équipe a repris son activité. X._ et M._ ont appliqué les ventouses contre un premier panneau de verre. X._ s'est rendu à l'arrière du palonnier à contrepoids, pendant que Q._ s'occupait de la grue et que R._ et S._ se tenaient chacun d'un côté du vitrage pour le stabiliser. X._ et ses employés ont alors entendu M._ dire en suisse allemand " le levier est faux ". Après lui avoir demandé ce qu'il se passait, X._, Q._, R._ et S._ ont entendu M._ leur répondre: " c'est en ordre ". La manoeuvre a ainsi repris. M._ a actionné le contrepoids du palonnier. Puis, le grutier a dégagé le panneau de verre de son support et a ensuite levé la charge pendant que R._ et S._ faisaient pivoter le panneau de verre pour le mettre en position verticale. M._ est alors monté sur une échelle appuyée contre le châssis du système pour contrôler que le panneau de verre était bien bloqué en position verticale. Il est ensuite redescendu et a repassé devant le panneau de verre. A ce moment-là, X._, Q._, R._ et S._ ont vu le panneau de verre glisser lentement, toucher le sol sans se briser, rester un instant en équilibre, puis tomber sur M._, sans que l'avertisseur acoustique prévu en cas de décompression au-delà de la valeur limite et non voulue dans les ventouses ne se déclenche. X._ a crié à M._, peu avant que le panneau de verre ne touche le sol " attention la vitre tombe! ". Ce dernier est cependant resté immobile et a été tué sur le coup. B. B.a. Le 16 mai 2013, T._, directeur de l'Institut U._, architecte ETS, a déposé un rapport d'expertise. Le spécialiste a estimé qu'il était très probable que la température ambiante au moment des faits ne soit pas en lien avec l'accident du 9 janvier 2009. En outre, comme la vitre avait pu être levée, on pouvait partir du principe qu'au moment de l'accident, il n'y avait pas de givre sur la surface du verre. Selon l'expert, le défaut de perception, par les personnes présentes, de l'avertisseur acoustique avant l'accident permet de croire que la vanne de décharge était positionnée sur « lösen » (libérer), des pertes de vide dues à de petites voies de fuite dans le système ayant très probablement entraîné au final la chute du verre. En effet, habituellement, la vitre ne se détache immédiatement des ventouses que dans le cas où elle est fissurée ou lorsque la vanne est en position " lösen " et que - simultanément - le bouton rouge de la machine est pressé de manière continue, déclenchant ainsi l'avertisseur acoustique. S'il n'est pas appuyé sur le bouton rouge, la position " lösen " a pour seul effet de ne plus actionner les pompes qui génèrent le vide, ce vide étant petit à petit comblé par des infiltrations d'air, ce qui réduit progressivement l'adhérence des ventouses et permet à la vitre de glisser lentement. L'expert a conclu que la mauvaise manipulation de la vanne de décharge citée par les personnes impliquées avait eu une influence capitale dans l'accident. Les inscriptions manquantes « lösen » (libérer) et « saugen » (saisir) sur la vanne de décharge, ainsi que la commande non fixée de la vanne de décharge ont, selon lui, favorisé l'erreur de manipulation sur le palonnier à ventouses utilisé. L'expert a par ailleurs constaté que l'appareil utilisé ne correspondait pas au palonnier à ventouses d'origine, tel que produit initialement par la société K._ AG. Etant donné que l'appareil correspondait à un palonnier à un seul circuit et non pas à un palonnier à deux circuits, le mauvais positionnement de la vanne de décharge suffisait pour que la vitre se détache du palonnier à ventouses; en revanche, sur un palonnier à ventouses à deux circuits, il y a deux vannes de décharge à positionner sur « lösen » (libérer). L'expert a précisé que, dans l'hypothèse de l'utilisation d'un palonnier à un seul circuit, les verres devaient être assurés contre les chutes au moyen d'un équipement de sécurité mécanique, respectivement avec des sangles, selon la norme européenne SN EN 13155+A2, reprise par la Suisse en vertu de l'art. 4a LSIT (loi fédérale du 19 mars 1976 sur la sécurité d'installations et d'appareils techniques; RS 819.1). Toutefois, selon l'expert, en raison de l'inclinaison des façades sur lesquelles les vitres devaient être posées, cette exigence n'était presque pas applicable pour ce projet de construction, étant donné que les verres étaient déposés sur le bas et qu'ainsi les sangles ne pouvaient plus être retirées. L'expert a relevé que ces circonstances justifiaient d'autant plus l'utilisation d'un palonnier à ventouses à deux circuits. B.b. Le 17 septembre 2015, T._ a déposé un complément d'expertise (complément I), après avoir pris des renseignements auprès de la société K._ AG, qui lui a confirmé que des étiquettes munies des mentions " lösen "et " saugen " étaient posées sur l'ensemble des installations de préhension, tant avant le décès de M._ qu'après celui-ci. S'agissant de l'installation litigieuse, l'expert a précisé que celle-ci était à l'origine constituée d'un palonnier à ventouses à deux circuits indépendants avec deux robinets sphériques à trois voies avec valves, munis d'un manostat à pression posé de manière fixe, ainsi que d'une pompe pneumatique à membranes de réserve. Après les modifications opérées, qui ne peuvent pas être datées, le palonnier à ventouses ne fonctionnait alors plus qu'à un seul circuit, les deux robinets sphériques à trois voies ayant été réunis en un unique robinet sphérique à trois voies avec valves, le manostat étant flottant (et non pas fixé) et non étiqueté. L'expert a encore précisé que, lorsque le robinet sphérique à trois voies se trouvait sur la position " lösen ", aucune alarme ne retentissait lorsque les ventouses perdaient peu à peu leur force de préhension, au contraire d'une position sur " saugen ". Il a par ailleurs expliqué que la seule exigence de la norme européenne s'agissant de la libération de la charge était qu'elle devait être actionnée par une commande à double action, exigence qui était remplie sur l'installation litigieuse. L'expert a enfin relevé que le module d'apprentissage d'utilisation des palonniers à ventouses édité par la SUVA ne concernait que les installations à un circuit avec un second dispositif de levage (par exemple par des sangles), précisant que ce dispositif de levage ne pouvait pas être utilisé lors de la phase de retournement, ni lors de la phase d'installation des verres. B.c. Le 5 novembre 2015, l'expert a déposé un deuxième complément (complément II), dont il ressort que le second dispositif de levage de retenue à action positive (sangles) aurait pu être mis en place avant que M._ ne monte sur l'échelle pour procéder au contrôle. L'expert a néanmoins expliqué qu'en réalité, un tel dispositif n'était que rarement utilisé sur des installations à un circuit, étant donné que celui-ci devait être ôté juste avant la mise en place du panneau de verre, à savoir au moment le plus crucial. Pour l'expert, même si l'utilisation d'une installation à un circuit avec un second dispositif de levage était possible en l'espèce, la position et l'enlèvement de ce dispositif après le retournement de la charge et avant la mise en place du plateau de verre présentait toujours un risque, étant donné que des personnes se trouvaient alors aux abords de la charge. B.d. Le 2 décembre 2015, l'expert a déposé un troisième complément (complément III). Pour le spécialiste, les affirmations concernant l'étiquetage et figurant dans son premier rapport devaient être relativisées, dès lors qu'il avait visualisé un palonnier à ventouses relativement nouveau dont le fonctionnement du système de préhension par le vide s'effectuait au moyen d'une poignée qui ne portait pas d'inscription. C. C.a. Par jugement du 1er avril 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a reconnu X._ coupable d'homicide par négligence. Il lui a infligé une peine pécuniaire de dix jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 150 fr., et a suspendu l'exécution de cette peine pendant une durée de deux ans. En outre, il a accordé à A._, la mère de la victime, des indemnités pour dommages-intérêts et tort moral. C.b. Statuant le 5 septembre 2011, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le jugement du 1er avril 2011. Par arrêt du 12 juillet 2012 (6B_715/2011), la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis le recours de X._, a annulé l'arrêt précité et a renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. C.c. A la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a, par jugement du 11 octobre 2013, annulé le jugement du 1er avril 2011 rendu par le Tribunal de police et lui a renvoyé la cause pour nouvelle instruction et nouveau jugement au sens des considérants. Par jugement du 21 décembre 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a condamné X._, pour homicide par négligence, à une peine pécuniaire de dix jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 150 fr., a suspendu l'exécution de la peine et a fixé un délai d'épreuve de deux ans. Sur le plan civil, il a condamné l'intéressé à payer à A._, la mère de la victime, une somme de 4'380 fr. 60 à titre de dommages-intérêts et une somme de 20'000 fr. à titre de réparation du tort moral, ces valeurs étant échues, ainsi que la somme de 17'810 fr. 15 à titre d'indemnité pour les dépenses obligatoires de la procédure. C.d. Par jugement du 13 juin 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis l'appel formé par X._ et réformé le jugement du 21 décembre 2015 en ce sens qu'elle a libéré l'appelant du chef de prévention d'homicide par négligence et renvoyé A._ à agir devant le juge civil en ce qui concerne ses conclusions civiles à l'encontre de X._. D. Contre ce dernier jugement, A._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à la condamnation de X._ pour homicide par négligence à une peine pécuniaire de dix jours-amende, à 150 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'au versement d'une somme de 4'300 fr. 60 à titre de dommages-intérêts, d'une somme de 20'000 fr. à titre de réparation du tort moral et d'une somme de 17'810 fr. 15 à titre d'indemnité pour les dépenses obligatoires de la procédure. A titre subsidiaire, elle demande l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. L'intimé a conclu au rejet du recours et a sollicité l'assistance judiciaire. La cour cantonale et le ministère public ont renoncé à se déterminer. La recourante et l'intimé ont déposé des observations complémentaires.