Faits : A. A.a. Par contrat de bail à loyer du 16 décembre 2008, X._ SA (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse), représentée par la régie U._ SA, a remis à bail à A._ SA, B._ et C._ (ci-après: les locataires ou les défendeurs) une arcade commerciale d'environ 364 m2 au rez-de-chaussée d'un immeuble sis à Genève. Le loyer mensuel net était initialement de 11'400 fr. par mois, puis de 11'433 fr. par mois à compter du 1er janvier 2010. Les conditions générales annexées au contrat prévoyait en leur art. 1 ch. 4 que " le loyer et les provisions ou forfaits pour les frais accessoires sont payables par mois d'avance ". Le 6 janvier 2009, les parties ont encore conclu un contrat de bail à loyer portant sur un garage au sous-sol du même immeuble, pour un loyer mensuel de 250 fr. A.b. Tout au long du bail, le loyer a été payé à des dates irrégulières et les retards ont systématiquement été suivis d'un premier rappel au milieu du mois, puis, lorsque le loyer demeurait impayé, d'un deuxième rappel une dizaine de jours après. Plus de cinquante rappels ont ainsi été notifiés aux locataires au cours du bail. A.c. Par avis comminatoires du 9 septembre 2014, adressés par courriers recommandés, les locataires ont été mis en demeure de régler, dans les trente jours, les arriérés de loyer suivants pour l'arcade commerciale, faute de quoi le bail serait résilié en application de l'art. 257d al. 2 CO: - Loyer du mois de décembre 2013 Frs. 11'433.00 - Loyer du mois d'août 2014 Frs. 11'433.00 - Loyer du mois de septembre 2014 Frs. 11'433.00 Total en notre faveur Frs. 34'299.00 Il en est allé de même pour le bail du garage par avis comminatoire du 9 septembre 2014: - Loyer du mois de décembre 2013 Frs. 250.00 - Loyer du mois d'août 2014 Frs. 250.00 - Loyer du mois de septembre 2014 Frs. 250.00 Total en notre faveur Frs. 750.00 Ces courriers ont été retirés le 10 septembre 2014, de sorte que le délai comminatoire est arrivé à échéance le 10 octobre 2014. Les 15 et 25 septembre 2014, soit dans le délai comminatoire, les locataires n'ont versé que la somme de 22'866 fr., correspondant à deux mois de loyer de l'arcade commerciale. Aucun versement n'a été effectué, dans le délai comminatoire, pour le garage. A.d. Par avis officiel du 15 octobre 2014, la bailleresse a résilié les baux pour le 30 novembre 2014, au motif que les arriérés de loyer réclamés dans les mises en demeure du 9 septembre 2014 n'avaient pas été réglés dans leur intégralité. Le 16 octobre 2014, soit après l'échéance du délai comminatoire, les locataires ont versé la somme de 11'433 fr. pour le local commercial. Par courrier de la même date rédigé par B._, ils ont informé la bailleresse qu'ils avaient effectué le paiement d'une mensualité le jour même. Ils s'excusaient d'avoir pris du retard dans le paiement du loyer et précisaient qu'ils verseraient une prochaine mensualité le 21 octobre 2014 pour mettre la situation à jour. A cette date, ils ont également versé 750 fr. correspondant à trois mensualités pour le garage. Le 20 octobre 2014, les locataires ont versé 11'433 fr. pour le local commercial. Par courrier du même jour à la régie, B._ a encore écrit que: " Je savais que nous avions des retards pour nos loyers et je faisais mon maximum pour revenir à jour avec les deux paiements au courant du mois de septembre. Ce que je ne savais pas était que la somme était due dans son intégralité, car je n'étais pas présent pour réceptionner la mise en demeure ". Le 22 octobre 2014, les locataires ont versé 250 fr. pour le garage. B. B.a. Le 14 novembre 2014, les locataires ont contesté le congé devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Après l'échec de la conciliation, ils ont porté la cause devant le Tribunal des baux et loyers le 10 février 2015, concluant principalement à l'inefficacité des congés, subsidiairement à leur annulation. Ils se prévalaient du fait qu'ils s'étaient acquittés du loyer de décembre 2013 avant la mise en demeure et qu'ils avaient versé les deux loyers restants les 15 et 25 septembre 2014, soit dans le délai comminatoire. La bailleresse a conclu à la validité des congés, invoquant notamment que seuls deux loyers avaient été acquittés durant la période comminatoire, le troisième ayant été acquitté trop tard, soit le 16 octobre 2014, alors que le délai comminatoire était arrivé à échéance le 10 octobre 2014. B.b. Par jugement du 7 septembre 2015, le Tribunal des baux et loyers a déclaré valables les congés notifiés aux locataires le 15 octobre 2014 pour le 30 novembre 2014 concernant l'arcade commerciale et le garage. Statuant le 18 juin 2018 sur appel des locataires, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice a confirmé le jugement de l'instance précédente. Les motifs qu'elle a retenus à l'appui de son arrêt seront discutés dans la partie en droit. C. Contre cet arrêt, les locataires ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 17 août 2018, concluant à sa réforme en ce sens que celui-ci soit annulé et, principalement, qu'il soit constaté que les congés du 15 octobre 2014 avec effet au 30 novembre 2014 concernant le local commercial et le garage sont inefficaces, subsidiairement, qu'il soit dit que les congés précités sont annulés. Plus subsidiairement, ils ont conclu à l'annulation du congé portant sur le local commercial et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. Les locataires se plaignent d'arbitraire dans la constatation des faits, ainsi que de violation des art. 87, 257d al. 1, 271 al. 1 CO et de l'art. 2 CC. La bailleresse intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.