Faits : A. A.a. B._, née le 17 janvier 2015 est issue d'une union libre entre A._ (1990) et C._ (1993). Le 18 février 2015, A._ a reconnu sa fille devant l'Officier d'Etat civil de Morges (VD). Par déclaration approuvée par le Juge de paix du district de Morges le 23 février 2015, C._ et A._ ont convenu d'exercer conjointement l'autorité parentale sur leur fille. A.b. Le 7 janvier 2017, C._ a déposé une plainte pénale à l'encontre de A._ pour voies de fait, menace et injure, en lien avec des faits qui se seraient déroulés la veille. A.c. Par décision du 8 mai 2017, la Juge de paix du district de Nyon (ci-après: Juge de paix) a notamment ouvert une enquête en détermination du lieu de résidence de l'enfant B._ et en fixation du droit de visite de A._ (ch. I du dispositif), dit que A._ exercerait son droit de visite sur sa fille par l'intermédiaire du Point Rencontre deux fois par mois, pour une durée maximale de deux heures, à l'intérieur des locaux exclusivement, les six premières visites, puis pour une durée maximale de trois heures, avec l'autorisation de sortir des locaux en fonction du calendrier d'ouverture et conformément au règlement et aux principes de fonctionnement du Point Rencontre, qui étaient obligatoires pour les deux parents (III). A.d. Dans un rapport d'évaluation du 22 décembre 2017 établi à la demande de la Juge de paix, le Service de protection de la jeunesse (ci-après: SPJ) a proposé de maintenir le lieu de résidence de B._ auprès de sa mère, d'élargir le droit de visite du père à six heures à l'extérieur du Point Rencontre jusqu'à ce qu'une évaluation médicale ait été effectuée et, en fonction de ce bilan, si aucun élément ne s'y opposait, d'élargir le droit de visite de A._ du samedi matin au dimanche en fin de journée, avec passage de l'enfant dans un lieu neutre. A.e. Par acte du 28 mars 2018, B._, représentée par sa mère C._, a introduit une action en modification de la contribution d'entretien avec mesures superprovisionnelles et provisionnelles par-devant le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte. Elle a notamment conclu, sur mesures superprovisionnelles, à ce que l'autorité parentale et la garde exclusives la concernant soient attribuées à C._ et à ce qu'un droit de visite restreint d'une durée maximale de deux heures par quinzaine, dans le cadre du Point Rencontre, avec interdiction de sortir des locaux, soit conféré à A._. Sur mesures provisionnelles et au fond, elle a notamment repris les mêmes conclusions. A.f. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 3 avril 2018, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte (ci-après; Présidente) a notamment dit que le droit de visite de A._ sur sa fille s'exercerait dorénavant de manière restreinte dans le cadre du Point Rencontre, à raison d'une durée maximale de deux heures par quinzaine avec interdiction de sortir des locaux. A.g. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 26 juillet 2018, la Présidente a notamment dit que l'autorité parentale demeurait conjointe (ch. I du dispositif), a confié la garde de l'enfant à sa mère (II), a dit que l'exercice du droit de visite de A._ sur sa fille s'exercerait par l'intermédiaire du Point Rencontre deux fois par mois, pour une durée de six heures, avec l'autorisation de sortir des locaux, en fonction du calendrier d'ouverture et conformément au règlement et aux principes de fonctionnement du Point Rencontre, qui étaient obligatoires pour les deux parents (IV). B. B.a. Par acte du 13 août 2018, B._ a interjeté appel contre cette ordonnance concluant à son annulation et à sa réforme en ce sens notamment que l'autorité parentale et la garde exclusives soient attribuées à sa mère et qu'un droit de visite restreint d'une durée maximale de deux heures par quinzaine, dans le cadre du Point Rencontre, avec interdiction de sortir des locaux, soit conféré à A._, jusqu'à droit jugé au fond. Elle a également requis l'octroi de l'effet suspensif à son appel. B.b. Par ordonnance du 20 août 2018, la Juge déléguée de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Juge déléguée) a admis la requête d'effet suspensif. C. Par acte du 21 septembre 2018, A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette ordonnance sollicitant son annulation et sa réforme en ce sens que la requête d'effet suspensif formée par B._ dans le cadre de son appel du 13 août 2018 est rejetée. Il sollicite également l'octroi de l'effet suspensif pour la procédure fédérale ainsi que d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. Des déterminations n'ont pas été requises. D. Par ordonnance présidentielle du 9 octobre 2018, la requête d'effet suspensif assortissant le recours a été rejetée.