Faits : A. En date du 27 septembre 2012, vers 12 heures, X._ est intervenu au domicile des époux C._ pour éliminer un nid de guêpes. Il a effectué ce travail en milieu de journée, sur le balcon d'un appartement situé dans un immeuble comportant de nombreux autres appartements avec balcon, sans prendre de précautions à l'égard du voisinage. Au moment de l'intervention de X._, B._ et D._, voisins des époux C._, déjeunaient sur leur balcon, qui jouxte celui des C._. Ils ont été attaqués par les guêpes échappées du nid objet de l'intervention de X._. D._, victime d'un choc anaphylactique provoqué par des piqûres de guêpes provenant dudit nid, est décédé deux jours plus tard. B._ a également été piquée aux bras et sur le crâne. Par jugement du 29 mai 2015, le Tribunal de police de la République et canton de Genève a déclaré X._ coupable d'homicide par négligence et de lésions corporelles simples par négligence, partant l'a condamné à 90 jours-amende à 100 fr. le jour avec sursis durant deux ans. Il l'a également condamné à payer aux parties plaignantes diverses indemnités à titre de réparation du dommage matériel et du tort moral, ainsi qu'une indemnité de procédure. Il a mis les frais de la procédure à la charge de X._et a fixé l'indemnité due à Maître Yaël Hayat, défenseur d'office. B. Par jugement du 10 mars 2016, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté l'appel de X._ et l'appel joint du Ministère public. Elle a condamné l'appelant à payer aux parties plaignantes une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de leurs droits dans la procédure d'appel et a mis à sa charge les trois quarts des frais de cette procédure. C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement de la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à sa libération des préventions d'homicide par négligence et de lésions corporelles simples par négligence, ainsi que, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert l'assistance judiciaire gratuite.