Faits : A. A.a. Le 24 janvier 2017, A._ a déposé plainte contre X._ pour violences conjugales, séquestration et menaces. A l'appui de sa plainte, elle déclarait être arrivée à Genève le 10 mars 2016 pour y épouser X._ qu'elle avait rencontré à l'occasion de fêtes de famille au Kosovo. Elle n'avait pas le droit de quitter l'appartement dans lequel ils vivaient avec les parents et les trois frères et soeurs de son mari. Son mari la prenait fréquemment par la gorge et l'étranglait. A une occasion en particulier, le 10 juillet 2016, il lui avait donné plusieurs coups de poing et de pied au niveau de la tête et des flancs. Elle était tombée en arrière et s'était tapée le coude. Elle n'avait pas fait appel à la police parce qu'elle n'avait pas son téléphone portable et qu'elle avait peur, son mari lui ayant dit qu'il allait la tuer et tuer un membre de sa famille. Le 13 juillet 2016, elle était partie voir sa famille au Kosovo, pour deux semaines environ, accompagnée du frère de son beau-père. Elle avait vu un médecin au Kosovo auquel elle avait dit, parce qu'elle avait peur, qu'elle avait fait une chute. Elle n'avait pas osé parler de sa situation à sa famille. Le 13 janvier 2017, elle avait quitté l'appartement et s'était rendue à la police. Son mari lui avait envoyé des messages de menace, notamment qu'il allait la retrouver, lui ouvrir le ventre et " y mettre le feu ". A.b. Entendu par la police le 21 février 2017, X._ a déclaré que personne n'avait jamais empêché son épouse de sortir de la maison. Elle rencontrait les soeurs de sa mère et se rendait aux Charmilles et à Balexert avec cette dernière. Il lui était également arrivé de sortir avec sa cousine. Elle ne sortait pas seule parce qu'elle ne connaissait pas Genève ni la Suisse et ne parlait pas français. Avec son épouse, ils étaient retournés au Kosovo durant la période de Noël-Nouvel An 2016 et elle y était retournée seule ensuite. Il n'avait jamais frappé son épouse ni ne l'avait prise à la gorge. Le père et la mère de X._ ont également indiqué qu'A._ n'avait jamais été empêchée de sortir et qu'ils n'avaient jamais été témoins de violence de la part de leur fils sur sa femme. A.c. Par ordonnance pénale du 29 mai 2017, le Ministère public du canton de Genève a condamné X._ pour injure et menaces à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis de 3 ans, ainsi qu'à une amende de 600 francs. Le Ministère public a en revanche refusé d'entrer en matière sur les infractions de lésions corporelles simples et de séquestration. B. Par arrêt du 11 janvier 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours d'A._ à l'encontre de l'ordonnance de non-entrée en matière du Ministère public du 29 mai 2017. En substance, elle a retenu que les versions étaient contradictoires et qu'il n'existait pas d'élément objectif des infractions de séquestration et de lésions corporelles simples. Dès lors qu'une enquête n'était pas en mesure d'apporter des éléments susceptibles de renforcer les charges, l'ordonnance querellée était justifiée. C. A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 11 janvier 2018 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice, à ce qu'il soit dit que l'ordonnance de non-entrée en matière pénale n'est pas conforme au droit et à ce qu'il soit ordonné à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de renvoyer la cause au Ministère public en vue de l'ouverture d'une procédure pénale. Subsidiairement, elle sollicite l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle requiert par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire, ainsi que la désignation de Me Clara Schneuwly en qualité de défenseur d'office et l'octroi d'une indemnité appropriée pour l'activité déployée par son conseil. D. Invités à se déterminer, le ministère public et X._ ont conclu au rejet du recours et la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. A._ a renoncé à répliquer.