Faits : A. A.a. Le 15 novembre 2016, C._ SA (ci-après : C._), par l'intermédiaire de D._ SA, a déposé les signes « EFG._ » et « EF-G._ » devant l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle (IPI). L'IPI a refusé d'enregistrer le premier signe (« EFG._ »), mais conféré la protection au second (« EF-G._ »), qui a été enregistré sous le no yyy le 24 novembre 2016, pour les classes 5 (" compléments nutritionnels; compléments diététiques à usage médical; aliments pour bébés; farines lactées pour bébés; lait en poudre pour bébés; compléments nutritionnels à usage médical pour les femmes enceintes et les mères qui allaitent; préparations de vitamines ") et 29 (" plats cuisinés à base de légumes, pommes de terre, fruits, viande, volaille, poisson et produits alimentaires provenant de la mer; lait; produits laitiers; succédanés de lait; boissons lactées où le lait prédomine; boisson à base de lait contenant des céréales et/ou du chocolat; yoghourts; lait de soja [succédané de lait] "). En se basant sur cette marque suisse, C._ a obtenu l'enregistrement international « EF-G._ » (marque IR no xxx) auprès de l'Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI) le 14 décembre 2016. Elle a désigné, comme pays de protection, l'Australie, Bahreïn, la Colombie, l'Union européenne, la République islamique d'Iran, le Mexique, Oman, les Philippines, la Russie, Singapour et le Vietnam. Le 3 mars 2017, l'Union européenne a conféré la protection au signe et, le 4 mai 2017, les Philippines en ont fait de même. Entre 2016 et 2017, C._ a lancé un produit de nutrition pour nourrissons contenant des oligosaccharides du lait humain ( human milk oligosaccharide), désignés sous l'appellation EFG._ par divers sites internet. Les oligosaccharides du lait humain sont des sucres complexes qui sont contenus dans le lait maternel (principalement avec le lactose et les lipides) qui ont fait l'objet de projets de recherche et de production par plusieurs sociétés dans le monde, en vue d'une commercialisation du produit. Le 7 juin 2017, l'Office australien de la propriété intellectuelle a adressé à C._ un avis de refus provisoire d'inscription de la marque « EF-G._ » (pour les classes 5 et 29) au motif qu'il s'agissait d'une combinaison de lettres descriptives, qui ne permettait pas de distinguer les biens spécifiés. A.b. Le 2 août 2017, A._ a adressé à C._ un courrier dans lequel elle s'étonne de ce que cette dernière société tente d'obtenir la protection par le droit des marques pour un acronyme (EF-G._) connu qui désigne une classe de composés appelés « oligosaccharides du lait humain » que l'industrie désigne par l'abréviation EFG._, tout en relevant que le trait d'union ajouté dans le signe ne suffit pas à lui donner un caractère distinctif. A._ signale qu'elle a engagé des actions dans l'Union européenne, à Panama, au Brésil et en Suisse pour s'opposer et/ou invalider les requêtes et enregistrements du signe « EF-G._ ». Elle a exprimé son souhait de régler l'affaire à l'amiable et sollicité de C._ un retrait immédiat et l'abandon des requêtes et enregistrements pour ce signe, en lui fixant un délai au 16 août 2017 pour prendre position. C._ a informé A._ qu'elle n'entendait pas donner suite à sa requête. A.c. En octobre 2017, C._, par le biais d'une entité appartenant à C1._, a commercialisé à Hong Kong une formule pour enfants contenant des EFG._. Le 19 octobre 2017, une demande de brevet de la société D._ SA portant sur un système de formule pour enfants comprenant des niveaux variables de EFG._, a été publiée aux Etats-Unis. A.d. La marque suisse « EF-G._ » (no yyy) n'a fait l'objet d'aucune opposition. B. Le 22 mars 2018, A._et B._ AG (ci-après : les demanderesses) ont ouvert action en constatation de nullité contre C._ (ci-après : la défenderesse) devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois. Elles ont conclu à ce que la nullité de la marque suisse no yyy « EF-G._ » soit constatée et à ce qu'il soit ordonné à l'IPI de radier la marque du registre des marques. La défenderesse a conclu à l'irrecevabilité de l'action et, subsidiairement, à son rejet. Par arrêt du 1er novembre 2019, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a prononcé l'irrecevabilité des conclusions prises par les demanderesses et fixés les frais et dépens dus par celles-ci. Les demanderesses exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. Elles concluent, principalement, à son annulation, à ce que la nullité de la marque suisse no yyy « EF-G._ » soit constatée et à ce qu'il soit ordonné à l'IPI de radier la marque du registre des marques suisse. Subsidiairement, elles concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal, à ce que la demande soit déclarée recevable et à ce que la cause soit renvoyée à la cour cantonale pour jugement sur le fond. Plus subsidiairement, elles sollicitent l'annulation de l'arrêt entrepris, à ce que des dépens leur soient octroyés et, « encore plus subsidiairement », le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle fixation du montant des dépens. Les recourantes invoquent une violation de l'art. 52 LPM et, subsidiairement, une transgression de l'art. 91 al. 2 CPC. L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris. Subsidiairement, elle conclut à ce qu'il soit constaté que les conclusions réformatoires prises par les recourantes sont irrecevables. Les parties ont encore chacune déposé des observations.