Faits : A. Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné notamment V._ pour complicité d'escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et faux dans les titres à une peine privative de liberté de 46 mois et à une peine pécuniaire de 255 jours-amende à 250 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté de l'accusation de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre V._ d'un montant de 36'047'967 fr., mis une part des frais s'élevant à 80'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 70'000 francs. B. Par arrêt du 22 décembre 2017, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière pénale formé par V._ contre le jugement précité, annulé celui-ci et renvoyé la cause au TPF pour nouvelle décision (6B_659/2014). Il en a fait de même s'agissant de trois autres co-prévenus, soit U._ (6B_688/2014), X._ (6B_695/2014) et Z._ (6B_653/2014). C. C.a. A la suite du renvoi des causes par le Tribunal fédéral, le TPF a repris, dans le cadre d'un même dossier, les causes concernant X._, U._ et V._ (SK.2017.76). Il a en revanche jugé Z._ séparément (SK.2017.75) qu'il a, par jugement du 3 juillet 2018, condamné pour escroquerie à une peine pécuniaire de 270 jours-amende à 190 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans. Ce jugement a fait l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral (arrêt 6B_869/2018 du 27 décembre 2018). C.b. Le 17 janvier, respectivement le 26 janvier 2018, U._ et V._ ont requis la tenue de nouveaux débats. Le 14 février 2018, le TPF a imparti un délai au Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC), aux deux prénommés et à X._ pour se déterminer sur l'ouverture d'un échange d'écritures en lieu et place d'une nouvelle audience de jugement. Le 21 février 2018, le MPC a déclaré s'en remettre à justice. Par écriture du 28 février 2018, U._ a confirmé sa requête, déjà formulée le 17 janvier 2018, tendant à la tenue de nouveaux débats. Le 19 mars 2018, X._ s'est exprimé à son tour en faveur d'une nouvelle audience de jugement. Le 22 mars, respectivement le 5 avril 2018, le TPF a avisé les parties que le réexamen des peines et des questions accessoires requis par le Tribunal fédéral pouvait être effectué sur la base du dossier. A cette occasion, le TPF a fixé un délai au MPC pour déposer des déterminations écrites sur les points devant être réexaminés. Par écriture du 26 avril 2018, le MPC a conclu au maintien des peines prononcées par le TPF selon son jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Il s'en est remis à justice s'agissant du sort des questions accessoires et a requis que les frais de procédure soient mis à la charge des prévenus. Le 30 avril 2018, le TPF a communiqué aux prévenus la détermination écrite du MPC et ils ont été invités à se déterminer par écrit sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. U._ et V._ ont chacun déposé une détermination écrite le 11 juin 2018. Quant à X._, il s'est déterminé par écrit le 20 juin 2018. V._ a conclu à ce que la peine privative de liberté qui lui a été infligée soit assortie du sursis complet, que la peine pécuniaire à prononcer à son encontre n'excède pas 100 jours-amende et que cette dernière peine soit également assortie du sursis complet. En outre, il a requis l'octroi d'une indemnité équitable pour l'exercice raisonnable de ses droits de procédure conforme aux exigences de l'arrêt de renvoi. Le 12 juin, respectivement le 21 juin 2018, le TPF a notifié au MPC les déterminations écrites des prévenus pour une réplique éventuelle. Le MPC ayant renoncé à répliquer, le TPF a prononcé la clôture de l'échange d'écritures le 3 juillet 2018. Le 17 juillet 2018, le TPF a imparti un délai aux défenseurs des prévenus pour qu'ils déposent une note d'honoraires indiquant précisément l'activité accomplie dans la présente procédure, afin que le TPF puisse se prononcer sur les indemnités pour les frais de défense requises par les prévenus. S'agissant du conseil de V._, celui-ci a déposé, le 20 août 2018, une note d'honoraires de 50'000 francs. Après avoir été interpellé par le TPF, il a fait savoir, le 31 août 2018, qu'il renonçait à déposer une note d'honoraires détaillant son activité et qu'il ne s'opposait pas à la fixation d'une indemnité forfaitaire. Le 3 octobre 2018, le TPF a avisé les parties qu'il disposait désormais de toutes les informations nécessaires pour rendre son jugement. C.c. Le TPF a rendu son jugement le 11 décembre 2018. Il a notamment condamné V._ pour complicité d'escroquerie, faux dans les titres et blanchiment d'argent aggravé à une peine privative de liberté ferme de 41 mois et à une peine pécuniaire de 230 jours-amende à 180 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans. Il a arrêté la part des frais imputable à V._ à 83'000 fr., mis celle-ci à la charge de V._ à raison de 55'000 fr. et laissé le solde à la charge de la Confédération. Il a en outre condamné la Confédération à verser, à titre d'indemnité pour l'exercice raisonnable des droits de procédure, un montant de 296'925 fr. à V._ et dit que cette indemnité est partiellement compensée avec la part des frais de procédure de 55'000 fr. mis à la charge de V._, la part restante de l'indemnité, soit 241'925 fr., étant portée en déduction des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre V._. D. V._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement précité. Il conclut, avec suite de dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté compatible avec l'octroi du sursis complet, que la Confédération est condamnée à lui verser une indemnité de 296'925 fr. à titre d'indemnité pour l'exercice raisonnable des droits de procédure, que cette indemnité est partiellement compensée avec la part des frais de procédure de 55'000 fr., la part restante de 241'925 fr. lui étant versée et non pas compensée avec la créance compensatrice. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause au TPF pour nouvelle décision au sens des considérants. Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé, se référant au jugement attaqué cependant que le MPC a conclu à son rejet. V._ s'est déterminé sur ces écritures par courrier du 18 juin 2019, lequel a été communiqué à titre de renseignements au MPC et au TPF le 19, respectivement 20, juin 2019.