Faits : A. La parcelle n° 803 de la commune de Bassecourt (Haute-Sorne) abrite l'ancienne usine Piquerez où étaient fabriquées des pièces de montres jusqu'en 2003. Le 17 novembre 2004, la propriétaire de l'époque a été informée que la parcelle serait inscrite au cadastre des sites pollués en tant que site pollué pour lequel on ne s'attend à aucune atteinte nuisible ou incommodante. A._ SA, société sise à Glovelier et active dans le domaine de la promotion immobilière, a acquis la parcelle en novembre 2005 lors d'une enchère publique de l'Office des poursuites et des faillites de Delémont, pour un prix de 820'000 fr. Dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire, A._ SA a effectué en 2006 des travaux d'investigation et d'assainissement. Elle a requis en vain de la part de l'Office de l'environnement du canton du Jura (ci-après: l'office) une prise en charge d'une partie de ces frais. B. Les investigations ont démontré l'existence d'une pollution par des solvants chlorés sous l'ancienne fosse d'eaux résiduaires. De nouvelles investigations étaient nécessaires afin de déterminer l'impact de cette pollution sur les eaux souterraines et de statuer sur le besoin d'assainissement. Par décision du 13 mai 2013, l'office a réparti les coûts d'investigation et d'assainissement à raison de 80% pour les précédents occupants du site (perturbateurs par comportement), à charge du canton, et de 20% pour A._ SA (perturbateur par situation). Cette décision a été confirmée le 3 décembre 2015 sur opposition; même si l'Office des faillites ne l'avait pas renseignée sur l'existence d'une pollution, A._ SA connaissait le passé industriel du site et pouvait se douter qu'il existait un risque. Elle allait aussi bénéficier des mesures d'investigation qui permettraient une mise en valeur, de sorte que la mise à sa charge d'une partie des frais d'investigation était justifiée. C. Par arrêt du 20 juillet 2016, la Cour administrative du Tribunal cantonal jurassien a rejeté le recours formé par A._ SA. Les conditions de vente de l'Office des poursuites et des faillites mentionnaient que le site était considéré comme pollué. La problématique des sites pollués était largement médiatisée et la recourante, active dans le domaine immobilier, connaissait l'affectation précédente du site. Elle ne pouvait ignorer que celui-ci était pollué. L'immeuble avait été acheté pour 820'000 fr. alors que sa valeur vénale était estimée à 2'370'000 fr. La part des frais d'assainissement mise à la charge de la recourante se situait entre 20'000 et 100'000 fr. Un assainissement permettrait de vendre à des conditions favorables. D. A._ SA forme un recours en matière de droit public contre ce dernier arrêt; elle en demande l'annulation ainsi que le renvoi de la cause à l'instance précédente. Subsidiairement, elle demande que sa participation aux coûts d'assainissement soit ramenée à 10%. La cour cantonale conclut au rejet du recours, sans formuler d'observations. L'office conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) s'est prononcé dans le sens du rejet du recours. Dans ses dernières observations, la recourante persiste en substance dans ses conclusions.