Faits : A. A.a. A.X._ est l'actionnaire unique de Y._ SA, actuellement en liquidation, dont le but social était l'achat, la vente, le courtage et la régie d'immeubles, ainsi qu'accessoirement la gestion de fortunes, l'exploitation d'un portefeuille d'assurances et la "remise des commerces". Son époux, B.X._, était l'unique administrateur de la société, avec signature individuelle, depuis sa fondation en 1996, et en est devenu le liquidateur unique depuis le 1er juin 2010. A.X._ et B.X._ vivent séparés depuis le 15 novembre 1990. Par décision de taxation du 28 janvier 2011, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a fixé, pour la période fiscale 2009 et compte tenu de la répartition internationale, les impôts cantonaux et communaux sur le revenu et la fortune (ci-après: ICC) de A.X._ à 116'682 fr., sur la base d'un revenu et d'une fortune imposables de respectivement 102'798 fr. et 8'814'833 fr.; l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) se montait à 7'958 fr. pour un revenu imposable de 148'600 fr. A.X._ a contesté la valeur des actions de Y._ SA arrêtée à 2'988'000 fr. dans les décisions de taxation susmentionnées; selon elle, la société était insolvable et la valeur des actions était nulle. L'Administration fiscale cantonale a alors constaté que Y._ SA (ci-après: la société) avait amorti dans ses comptes 2009 un prêt de 3'948'254 fr. en faveur de B.X._ qu'elle a considéré comme un proche. Elle a estimé que ce prêt simulé constituait une prestation appréciable en argent imposable auprès de l'actionnaire A.X._, ce qui a abouti à la reprise d'un rendement de participation s'élevant à 2'368'952 fr. (montant représentant le 60% de la prestation, compte tenu de la réduction pour participation) intégré dans le revenu imposable de celle-ci. En conséquence, les décisions sur réclamation du 17 novembre 2014, tout en fixant la valeur des actions de la société à 0 fr., faisaient état d'un montant total pour les ICC de la période fiscale 2009 de 847'185 fr. correspondant à un revenu et une fortune imposables de respectivement 2'472'118 fr. et 5'837'122 fr. L'IFD de la même période était arrêté à 289'558 fr. sur la base d'un revenu imposable de 2'517'900 fr. A.b. Le 12 octobre 2015, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a rejeté le recours de A.X._. B. Par arrêt du 28 mars 2017, la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a également rejeté le recours de A.X._. Elle a en substance jugé que l'opération en cause avait été possible uniquement en raison des liens qui unissaient A.X._ et son époux; cet élément justifiait une imposition en application de la théorie du triangle. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice en ce sens que le montant de 3'948'254 fr. doit être retranché de son revenu imposable tant au titre de l'IFD que des ICC pour la période fiscale 2009 et de renvoyer, en tant que besoin, la cause à l'autorité de taxation pour une nouvelle décision de taxation; subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure, voire auprès de l'Administration fiscale cantonale, pour un complément éventuel et une nouvelle décision dans le sens des considérants. L'Administration fiscale cantonale, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. A.X._ s'est encore prononcée par écriture du 6 septembre 2017.