Faits : A. Le 1er février 2004, B._ (ci-après : le client) a octroyé à A._ SA (ci-après : la société de gestion) - ayant notamment pour but la gestion et le commerce d'instruments financiers - un " pouvoir de gestion " sur son compte intitulé " xxx " ouvert auprès de la Banque U._ SA à Lausanne (ci-après : la banque). Le même jour, il a conclu avec la société de gestion un " contrat de commissions de gestion " conférant à celle-ci la possibilité de prélever directement deux types de commissions sur le compte bancaire : une commission de gestion (trimestrielle) et une commission de performance (semestrielle). Au cours de la relation contractuelle, le client s'est plaint de l'évolution négative de son compte. Pour éviter de le perdre, la société de gestion (par son administrateur, M._) lui a alors proposé, comme elle l'avait déjà fait précédemment pour d'autres clients, de signer deux documents afin de supprimer/suspendre le prélèvement des commissions. Le 8 mars 2007, le client et la société de gestion ont ainsi signé un formulaire intitulé " Mandat d'administration, gestion discrétionnaire / conseil " qui reproduisait les clauses en vigueur portant sur les deux types de commissions précités, le paragraphe consacré à la commission de performance étant toutefois intégralement biffé (ou barré) manuellement. Dans un document manuscrit du même jour (ci-après désigné par " l'accord de suspension "), les parties ont convenu de suspendre le prélèvement des commissions de gestion jusqu'à ce que le compte " xxx " revienne à sa valeur initiale de 4'200'000 USD. Il est précisé que, pour calculer celle-ci, il y a lieu de tenir compte des prélèvements ou versements ayant modifié le solde du compte. Entre 2007 et 2012, la société de gestion a prélevé 22 " commissions de gestion " (dont certaines étaient en réalité des commissions de performance), pour un total de 122'744.12 USD. Par ordre signé le 11 juin 2012, le client a révoqué avec effet immédiat le mandat de gestion conféré à A._ SA. Par courrier du 12 juin 2012, le client a fait savoir à la société de gestion qu'il venait de constater que celle-ci avait prélevé, à partir du 8 mars 2007, des commissions de performance pour l'année 2007, ainsi que des commissions de gestion. Par courrier du 11 septembre 2012, le client a sollicité de la société de gestion qu'elle lui crédite le montant de 130'400 fr. 35 (130'435 fr. après correction) correspondant au prélèvement de commissions de performance (en 2007) et de gestion (entre 2007 et 2012). Le 10 octobre 2012, le client a fait notifier à la société de gestion un commandement de payer pour un montant de 130'435 fr., intérêts en sus, auquel celle-ci a fait opposition totale. B. Le 9 novembre 2012, le client a ouvert action contre la société de gestion auprès de la Chambre patrimoniale cantonale vaudoise. La conciliation s'étant soldée par un échec, il a déposé sa demande le 4 avril 2013 et, dans ses dernières écritures, conclu à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui payer le montant de 122'744.12 USD, intérêts en sus, et à ce que la mainlevée de l'opposition formée par la défenderesse soit prononcée à due concurrence. Dans son rapport du 18 janvier 2015 (complété le 23 novembre 2015), l'expert-comptable sollicité par le tribunal constate que la condition qui permettrait de lever la suspension du prélèvement des commissions de gestion (gains > 4'200'000 USD) n'a pas été réalisée en 2007. Par jugement du 30 octobre 2017, la Chambre patrimoniale cantonale a condamné la défenderesse à payer au demandeur le montant de 114'400.54 USD, intérêts en sus. La défenderesse a interjeté appel auprès de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois contre ce jugement et le demandeur a requis la constitution de sûretés en garantie des dépens. La Cour d'appel civile a admis la requête et imparti un délai à l'appelante pour fournir les sûretés; le même jour, le demandeur a retiré sa requête. Par arrêt du 27 septembre 2018, la cour cantonale a rejeté l'appel. C. La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. Elle conclut à son annulation, à ce que la demande soit rejetée et les frais judiciaires des instances cantonales mis à la charge du demandeur, y compris ceux relatifs à la procédure portant sur la fourniture de sûretés. Subsidiairement, elle conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et décision. L'intimé conclut au rejet du recours. La recourante a encore déposé des observations. La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été admise par ordonnance présidentielle du 29 janvier 2019.