Faits : A. A.a. Z._ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a travaillé pour la société X._ Sàrl (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse) en qualité de menuisier à compter du mois d'août 2008, à raison de 42,5 heures par semaine, activité qu'il a complétée par celle de responsable technique du département de menuiserie dès le mois d'avril 2011. Selon le contrat de travail, l'employé a droit à quatre semaines de vacances par année et, pour une activité de 42,5 heures par semaine, à une rémunération horaire de 28 fr., qui a ensuite augmenté progressivement à 31 fr. 50, hors vacances, treizième salaire et jours fériés. Le contrat mentionne encore que " l'employé a droit à son salaire total durant les vacances ".