Faits : A. A.a. A.F._ et A.H._ étaient propriétaires de quatre parcelles (n os 1 [contenant une ferme], 2, 3 et 4) situées sur la commune de.... Z._, qui venait de reprendre une exploitation agricole, a acquis les parcelles nos 3 et 4. X._, qui désirait occuper la ferme et accueillir des animaux, a acheté les parcelles nos 1 et 2. Il était alors prévu que cette dernière parcelle soit morcelée (divisée), puis répartie entre elle et Z._. Le 28 octobre 2005, les époux A._ et X._ ont signé l'acte de vente de la parcelle no 2 (surface totale de 40'682 m2). Le document indique qu'une partie du terrain (28'182 m2) fait l'objet d'un bail à ferme (avec les fermiers T.H._ et T.F._) intégralement repris par X._, celle-ci pouvant en revanche exploiter librement l'autre partie (12'500 m2). A.b. Le même jour, X._ (ci-après: la promettante-venderesse ou, pour simplifier, la venderesse) et Z._ (ci-après: le promettant-acheteur, ou, pour simplifier, l'acheteur) ont signé une promesse de vente devant notaire. Selon le texte de la promesse, " les parties s'engagent irrévocablement, dès que Monsieur le Préfet du district de... aura donné les autorisations [de morcellement et d'aliénation selon la Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural], à conclure un contrat de vente en vertu duquel [la venderesse] vendra à [l'acheteur] une parcelle de 28'182 m2 à déduire de l'immeuble [faisant l'objet] du feuillet no 2 de... (...), les parties s'engageant également irrévocablement à faire inscrire ce contrat au registre foncier ". Le prix de vente a été fixé à 76'091 fr.40. La promesse de vente prévoit une peine conventionnelle obligeant la partie qui ferait obstacle à la vente à payer à l'autre partie une " amende conventionnelle de CHF 76'091 fr.40 ", même si la demande de conclusion du contrat de vente finit par aboutir ou se réalise par une décision arbitrale ou par un jugement, toute action en dommages-intérêts demeurant réservée. Si les parties n'ont pas rédigé directement un contrat de vente, c'est parce qu'elles supposaient, à cette époque, qu'une autorisation préalable du préfet était nécessaire pour opérer le morcellement de la parcelle no 2. A.c. S'agissant de l'objet du contrat, les parties se sont mises d'accord, dans la promesse de vente, sur une surface précise (soit 28'182 m2), mais elles n'y ont joint aucun plan permettant de déterminer l'assiette de cette surface (sur l'aire de la parcelle no 2). A cet égard, la cour cantonale a jugé que l'emplacement de la surface était néanmoins déterminable, puisque les anciens fermiers (T.H._ et T.F._) exploitaient déjà une partie bien distincte de la parcelle no 2, qui correspondait précisément à celle promise à l'acheteur. Dans sa détermination du 29 novembre 2016, l'autorité précédente est toutefois revenue sur ce constat en reconnaissant (suite aux critiques de la recourante) que la situation des anciens locataires était floue (s'agissant de l'emplacement de la parcelle louée au cours des années) et qu'on ne pouvait en inférer aucune information précise pour déterminer la forme et l'emplacement de la parcelle faisant l'objet de la promesse de vente. Il a en revanche été retenu que, après une première correction du géomètre-conservateur (faisant passer la parcelle litigieuse de 320 ares [et non " arrhes " comme le répète la cour cantonale!] à 280 ares), l'assiette et les contours du morcellement étaient désormais déterminés en 2012 et qu'ils n'ont plus été contestés par la venderesse. La dernière intervention de la venderesse ne visait pas la forme et l'emplacement de la parcelle (dorénavant fixés), mais elle tendait à corriger les m2 de celle-ci, les faisant passer de 28'299 m2 à 28'182 m2 (soit un chiffre correspondant à celui contenu dans la promesse de vente). A.d. Le 23 novembre 2005, les parties ont aussi signé un contrat de bail à ferme pour une durée de 30 ans et portant sur une surface de 281,82 ares, soit 28'182 m2. La venderesse s'est également engagée à résilier pour le 31 décembre 2011 le contrat de bail à ferme qui la liait à T.H._ et T.F._. Dans une décision du 1er juin 2012, le Préfet du Jura bernois a finalement constaté que l'autorisation sollicitée par les parties n'était pas nécessaire et que l'acheteur pouvait acquérir la parcelle convenue avec la venderesse. A.e. Par courrier du 24 août 2012, la venderesse, se rétractant soudainement, a informé l'acheteur qu'elle n'avait plus l'intention d'exécuter la promesse de vente et qu'elle entendait conserver la totalité de la parcelle no 2. Il a été retenu que, même si la venderesse a fait état des " difficultés survenues en lien avec le parcellement [de] l'immeuble ", son revirement s'explique par le fait qu'elle ne s'était pas rendue compte au cours des années qu'elle ne disposait pas de suffisamment de terrain (pour ses propres activités) avec la surface de 12'500 m2et qu'elle entendait exploiter elle-même la totalité de la parcelle, qui était dorénavant libre de tout contrat de bail à ferme. B. B.a. Par demande du 3 septembre 2013, l'acheteur (ci-après également: le demandeur) a sollicité du Tribunal régional Jura bernois-Seeland (Agence du Jura bernois) d'ordonner le transfert de la propriété de la parcelle litigieuse, conformément à la promesse de vente du 28 octobre 2005 et de condamner la venderesse (ci-après également: la défenderesse) à lui payer la somme de 76'091 fr.40 au titre de peine conventionnelle. Subsidiairement, il a conclu à ce que la défenderesse soit condamnée à exécuter en sa faveur la promesse de vente et à lui payer le montant de 76'091 fr.40 au titre de peine conventionnelle. Par réponse du 24 décembre 2013, la défenderesse a conclu principalement à ce que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions et, à titre subsidiaire, à ce qu'il soit dit que la peine conventionnelle prévue dans la promesse de vente du 28 octobre 2005 doit être comprise dans le sens que le versement au demandeur de l'unique montant de 76'091 fr.40 la libère de tout engagement. Reconventionnellement, elle a conclu à ce qu'il soit dit que le contrat de bail conclu entre les parties le 23 novembre 2005 est nul. Le demandeur a confirmé ses premières conclusions et sollicité le rejet de la demande reconventionnelle. Par jugement du 9 décembre 2015, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland a prononcé le transfert de la propriété de la parcelle, alors en mains de la défenderesse, au demandeur, conformément à la promesse de vente du 28 octobre 2005, contre le paiement du prix de vente de 76'091 fr.40; il a également condamné la défenderesse à payer au demandeur une peine conventionnelle, qu'il a toutefois réduite à 20'000 fr.; il a rejeté, pour le surplus, la demande, ainsi que la demande reconventionnelle. B.b. Par jugement du 1er septembre 2016, la Cour suprême du canton de Berne, 2e Chambre civile, a rejeté l'appel formé par la défenderesse, en apportant toutefois divers correctifs au dispositif rendu par la première instance s'agissant de l'objet du transfert, la formulation " conformément à la promesse de vente du 28 octobre 2005 " étant, selon elle, " trop vague " et la parcelle litigieuse étant dorénavant définie sur la base du dernier projet de mutation du géomètre-conservateur. C. La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 1er septembre 2016. Elle conclut à ce qu'il soit réformé en ce sens que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions principales et subsidiaires, qu'en conséquence, la nullité de la promesse de vente soit prononcée et que la nullité du contrat de bail à ferme conclu le 23 novembre 2005 soit déclarée. A titre subsidiaire, la recourante reprend les mêmes conclusions, mais, reconnaissant implicitement la validité de la peine conventionnelle, elle demande à ce qu'il soit dit qu'il lui suffit de payer celle-ci (soit 76'091 fr.40) pour se libérer de tout engagement à l'égard du demandeur. " A titre encore plus subsidiaire ", elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision. L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.