Faits : A. A.a. Les Chemins de fer fédéraux suisses (ci-après: CFF) sont au bénéfice de concessions de forces hydrauliques qui leur ont été octroyées par les communes valaisannes de Finhaut, Martigny, Martigny-Combe, Salvan, Trient et Vernayaz (ci-après: les Communes). Le 1 er décembre 2012, les CFF ont indiqué à chacune desdites communes le montant de redevance hydraulique qu'ils allaient leur verser pour l'année 2012, à savoir 1'561'520 fr. à la commune de Finhaut, 15'680 fr. à la commune de Martigny, 229'120 fr. à la commune de Martigny-Combe, 1'712'960 fr. à la commune de Salvan, 766'800 fr. à la commune de Trient et 476'040 fr. à la commune de Vernayaz. Le 19 décembre 2012 toutefois, les CFF leur ont signifié qu'ils allaient amputer de 60% les montants annoncés le 1 er décembre 2012, pour tenir compte de l'impôt spécial cantonal sur les forces hydrauliques (ci-après: l'impôt spécial), auquel ils s'estimaient désormais assujettis, comme le concluait l'avis de droit qui avait été rédigé sur mandat de l'actuel Département des finances et de l'énergie du canton du Valais (ci-après: le Département cantonal). A.b. Le 4 novembre 2013, les Communes ont ouvert devant le Tribunal cantonal, Cour de droit public, du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) une action de droit public dirigée contre les CFF et contre l'Etat du Valais (ci-après: le Canton). La cause a été enregistrée sous le n° A1 13 384. Contre les CFF, les Communes concluaient à ce que ceux-ci soient condamnés à verser 549'792 fr. à la commune de Finhaut, 9'408 fr. à la commune de Martigny, 137'472 fr. à la commune de Martigny-Combe, 1'009'278 fr. à la commune de Salvan, 460'808 fr. à la commune de Trient et 271'584 fr. à la commune de Vernayaz, avec intérêt à 5% dès le 31 janvier 2013. Contre le Canton, les Communes ont conclu à ce qu'il soit constaté que celui-ci n'avait pas le droit d'assujettir les CFF à l'impôt spécial. Le Canton a conclu à l'irrecevabilité de l'action à titre principal. A titre subsidiaire, il a proposé son rejet et a pris des conclusions reconventionnelles en paiement contre les Communes en restitution de montants qu'elles avaient perçus des CFF au titre de redevances et qui auraient dû, à son avis, lui être versés au titre de l'impôt spécial. Les CFF ont conclu à l'irrecevabilité de l'action à titre principal; à titre subsidiaire, ils ont conclu à son rejet et à ce que les Communes leur versent 2'286'672 fr. (recte: 2'856'672 fr.; art. 105 al. 2 LTF) dès le 31 janvier 2012, à titre de restitution de l'impôt spécial indûment perçu en 2011. A.c. Le 27 juin 2014, le Département cantonal a notifié aux CFF trois décisions de taxation portant sur l'impôt spécial dû pour les années 2010, 2011 et 2012. Tant les Communes que les CFF ont formé une réclamation contre ces décisions de taxation auprès du Département cantonal, qui a statué le 13 février 2015. Contre ces décisions sur réclamation, les Communes et les CFF ont formé un recours administratif auprès du Conseil d'Etat du canton du Valais, qui a statué le 15 juin 2016 en rejetant le recours des CFF et des Communes après avoir, pour ces dernières, renoncé à se prononcer sur leur qualité pour agir, étant donné le caractère infondé de leurs griefs. Les Communes (cause enregistrée sous n° A1 16 201) et les CFF (cause enregistrée sous n° A1 16 202) ont formé un recours de droit administratif auprès du Tribunal cantonal contre la décision du 15 juin 2016 du Conseil d'Etat. B. Le Tribunal cantonal a joint les causes A1 13 384 (action de droit public), A1 16 201 et A1 16 202 (recours de droit administratif) et statué par arrêt du 5 octobre 2018. Dans la cause A1 13 384, il a " débouté " les Communes, le Canton et les CFF de l'ensemble de leurs conclusions. S'agissant de la cause A1 16 201, il a estimé que le recours de droit administratif des Communes était irrecevable; enfin, il a rejeté le recours formé par les CFF dans la cause A1 16 202. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les Communes demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 5 octobre 2018 dans les causes A1 13 384 et A1 16 201 et de les renvoyer au Tribunal cantonal pour nouvelle décision, sous suite de frais et dépens. Elles soutiennent en substance que le Tribunal cantonal a violé le droit en considérant qu'elles ne pouvaient pas agir par la voie de l'action de droit public contre le Canton et contre les CFF (cause A1 13 384) et qu'elles n'avaient pas qualité pour recourir pour contester les décisions de taxation d'impôt spécial qui avaient été notifiées aux CFF (cause A1 16 201). Le Tribunal cantonal s'est déterminé, contestant la qualité de partie des Communes. Les CFF et le Canton se sont déterminés et concluent au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. Les Communes ont répliqué. Le Canton a dupliqué, alors que les CFF ont indiqué renoncer à le faire.