Faits : A. A.a. Par contrat du 31 août 1988, X.1_, qui a été reprise au 1er janvier 1994 par X._ (ci-après: la banque ou la demanderesse), a accordé à six personnes, soit B._, C._, D._, A._, E._ et F._ (ci-après: les emprunteurs ou les défendeurs), en tant que débiteurs solidaires, un prêt à terme fixe de 4'075'000 fr., garanti par nantissement de trois cédules hypothécaires au porteur de 2'400'000 fr., 600'000 fr. et 1'075'000 fr. grevant trois unités d'étages (correspondant à deux appartements avec cave) d'un immeuble à Genève dans lesquelles les débiteurs exerçaient la profession d'avocat. La durée du prêt était de un an, renouvelable d'année en année par tacite reconduction. Le prêt portait intérêts à " 5,25% l'an net, variable selon les conditions du marché ". Un amortissement de 80'000 fr. par année, la première fois trois ans après décaissement des fonds était convenu (art. 105 al. 2 LTF). L'art. 9 des conditions générales de la banque signées par les emprunteurs et appliquées par la cour cantonale concerne les " Comptes courants " et prévoit l'envoi au client pour signature d'un bien-trouvé, qui, même s'il n'est pas renvoyé signé à la banque, vaut reconnaissance d'un bien-trouvé tacite faute de réclamation dans les 10 jours. En vertu de l'art. 5 des conditions spéciales de la banque, " dans le cas où la banque devrait exercer une poursuite, ainsi que dans les cas de demeure du ou d'un titulaire, les intérêts seront dus à un taux supérieur de 2% au taux en vigueur à ce moment, commission payable en sus, ce à partir du dernier règlement ". Le prêt était géré sous compte n° K... (ci-après: le prêt K ou le compte K). A.b. Le codébiteur F._ est décédé en 1993 et sa succession, répudiée, a été déclarée en faillite le 16 mars 1994. La succession n'a pas été assignée en justice dans la présente procédure. B. B.a. Le 10 juillet 1998, la banque a dénoncé le prêt K au remboursement intégral et sommé les débiteurs solidaires de lui rembourser le montant de 4'296'552 fr. au 30 juillet 1998. Selon le document intitulé " Échelle d'intérêts " du compte K et annexé au courrier de dénonciation du prêt K, le montant de 4'296'552 fr. se décomposait en un montant en capital de 3'930'000 fr. et un montant en intérêts de 366'552 fr. Il mentionnait un taux d'intérêt de 5,75% jusqu'au 30 juillet 1998 et un taux de pénalité de 0,5%. Le 8 octobre 1998, la banque a également dénoncé au remboursement les cédules hypothécaires, puis a introduit, le 12 novembre 1999, contre chacun des emprunteurs une poursuite en réalisation de gage immobilier. Ceux-ci ont fait opposition aux commandements de payer. B.b. Le 4 avril 2000, la banque et les emprunteurs ont conclu un accord intitulé " Convention et reconnaissance de dette ", par lequel ceux-ci ont reconnu expressément et irrévocablement devoir à la banque les montants de 3'930'000 fr. au titre de capital et de 629'528 fr. 40 à titre d'intérêts, les deux montants dus au 29 février 2000, sur le prêt hypothécaire K. Dans son préambule (ch. 3), cet accord indique: " En date du 10 juillet 1998, [la banque] a dénoncé au remboursement pour le 30 juillet 1998, faute de règlement à cette date des échéances dues, le prêt hypothécaire [K], en capital, intérêts (dont le taux applicable à ce compte à cette date et ultérieurement est de 5,75% et 0,50% de pénalité) et frais " (art. 105 al. 2 LTF). Cet accord n'entraînait pas de novation au sens de l'art. 116 CO. Selon diverses clauses de remboursement du prêt prévues par cet accord, le cours des intérêts était suspendu à certaines conditions, dont la vente des appartements en propriété par étages dans certains délais. Si les conditions n'étaient pas respectées, la banque reprenait l'ensemble de ses droits avec effet rétroactif, y compris le cours des intérêts. Le premier appartement a été vendu hors délai, mais par amendement du 23 juillet 2001 à l'accord du 4 avril 2000, la suspension des intérêts a été prorogée rétroactivement jusqu'à cette première date et pour une période supplémentaire de trois mois dans la perspective de la vente du second appartement. Celui-ci n'a pas été vendu dans le délai au 23 octobre 2001, mais le 16 janvier 2003. Dans l'intervalle, différents actes dans la poursuite en réalisation de gage ont eu lieu. Le 13 octobre 2004, la banque a formé une réquisition de poursuite ordinaire contre chacun des emprunteurs pour un montant de 324'083 fr. 75 avec intérêts à 7,75% dès le 1er janvier 2003, poursuites qui ont été ensuite retirées dans le cadre de tentatives de résolution amiable du litige. Celles-ci sont toutefois demeurées infructueuses. C. Le 30 septembre 2011, la banque a ouvert action en paiement contre les cinq codébiteurs, concluant à leur condamnation au paiement des montants de 324'083 fr. 05 avec intérêts à 5,75% l'an dès le 24 août 2011 (solde du prêt hypothécaire K) et de 180'111 fr. 30 avec intérêts à 5% l'an dès le 26 septembre 2011 (frais de retard). Les quatre premiers débiteurs ont conclu au rejet de la demande alors que le cinquième, E._, a indiqué vouloir rester étranger à la procédure concernant le principe et la quotité de la créance et a formé une demande récursoire contre ses quatre codébiteurs solidaires, concluant à ce qu'ils soient condamnés à le relever de toute condamnation à son encontre. La procédure a été limitée à la demande principale, par ordonnance du 21 octobre 2013. La banque a produit divers extraits et relevés du compte K. Elle a produit également un relevé expurgé dont il ressort que 16 montants avaient été versés sur le compte K entre le 10 avril 2000 et le 21 janvier 2003. Pour se conformer à l'ordonnance de preuves du tribunal de première instance, elle a encore produit l'ensemble des documents qu'elle était parvenue à réunir, ainsi qu'un tableau récapitulatif (dans lequel un des seize versements, de 19'560 fr., avait été omis). Les seize montants effectivement versés sont les suivants: - 10 avril 2000: 12'000 fr. - 18 avril 2000: 175'000 fr. - 19 avril 2000: 290'000 fr. - 20 avril 2000: 10'000 fr. - 21 avril 2000: 19'560 fr. - 26 avril 2000: 10'000 fr. - 2 mai 2000: 15'000 fr. - 26 juillet 2000: 22'000 fr. - 30 septembre 2000: 11'900 fr. - 1er décembre 2000: 11'000 fr. - 9 février 2001: 11'500 fr. - 3 avril 2001: total intermédiaire 11'300 fr. 599'260 fr. - 30 mai 2001: 1'740'440 fr. - 1er juin 2001: 198'000 fr. - 31 décembre 2001: 75'849 fr. - 21 janvier 2003: total 2'200'000 fr. 4'813'549 fr. Les défendeurs ont objecté que ces documents étaient pour certains lacunaires et pour d'autres incompréhensibles, car illisibles ou partiellement caviardés, qu'ils ne pouvaient retracer l'origine et la destination des mouvements du compte et n'y retrouvaient pas la trace des loyers payés par différents locataires. La requête d'expertise judiciaire qu'ils ont présentée a été rejetée dans la mesure où une telle expertise ne pouvait pas porter sur des questions relevant du droit et de l'interprétation des contrats. Le tribunal de première instance a rejeté la demande de la banque, par jugement du 25 janvier 2017. En bref, il a considéré que le taux d'intérêt appliqué par la banque postérieurement à la résiliation du prêt était excessif, celle-ci n'ayant pas fait bénéficier les emprunteurs des baisses de taux auxquelles ils pouvaient prétendre; il s'ensuivait que les calculs sur lesquels reposait sa créance étaient erronés et qu'il était impossible de déterminer le montant de celle-ci, à supposer qu'une telle créance existât. Statuant sur appel de la banque le 5 décembre 2017, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a réformé le premier jugement et condamné les cinq défendeurs, conjointement et solidairement, à payer à la banque les montants de 292'057 fr. avec intérêts à 5,75% l'an dès le 30 septembre 2011 (solde sur le capital du prêt K encore dû au 30 septembre 2011) et de 157'081 fr. avec intérêts à 5% l'an dès la même date (solde sur les intérêts au 30 septembre 2011). Elle a retourné la cause au tribunal de première instance pour examen des prétentions récursoires du codébiteur E._. Se limitant aux seuls griefs soulevés, la cour a argumenté en deux étapes: Dans une première étape, la cour cantonale a examiné quel était le taux des intérêts applicable dès la résiliation du prêt le 10 juillet 1998 avec effet au 30 juillet 1998 et postérieurement à l'accord du 4 avril 2000 et l'a arrêté à 6,25%, soit 5,75% d'intérêts et 0,5 % de pénalité. Elle s'est fondée pour le dire sur l'échelle d'intérêts du compte K qui accompagnait le courrier de résiliation du prêt du 10 juillet 1998 et sur l'accord du 4 avril 2000. Essentiellement, elle a retenu, par interprétation de la volonté subjective des parties, que celles-ci étaient tombées d'accord pour appliquer le taux d'intérêts de 6,25%, plutôt que le taux conventionnel variable majoré de 2%. Dans une seconde étape, elle a examiné les montants versés par les emprunteurs et les soldes dus sur le capital et sur les intérêts et a conclu que, faute pour les défendeurs d'avoir apporté la preuve de l'inexactitude des montants reconnus dans l'accord du 4 avril 2000, ces montants constituent la base de calcul et la référence pour l'existence d'éventuelles sommes encore dues pour la période antérieure à l'accord du 4 avril 2000 et mutatis mutandis pour la période postérieure à cet accord. En droit, elle a considéré que les emprunteurs supportent le fardeau de la preuve du remboursement du montant prêté et des intérêts, mais, seulement si le prêteur rend vraisemblable une violation de l'obligation ou une exécution incomplète. Ainsi, pour la période antérieure à l'accord du 4 avril 2000, elle a retenu que, par cette convention les défendeurs ont reconnu devoir à la banque les montants de 3'930'000 fr. en capital et de 629'528 fr. 40 au titre des intérêts, tous montants dus au 29 février 2000, que cette convention n'emportait toutefois pas novation et que, partant, cette reconnaissance de dette ne privait pas les emprunteurs de la possibilité de démontrer que les montants reconnus n'étaient pas ou pas entièrement dus. Or, selon elle, les défendeurs n'ont pas démontré qu'ils auraient effectué des remboursements ou des versements qui n'auraient pas été comptabilisés par la banque, ni n'ont démontré que les intérêts facturés dans cette convention seraient erronés; en tous les cas, les défendeurs n'ont pas contesté les différents relevés qui leur ont été adressés par la banque et ils sont donc réputés en avoir accepté la teneur. Si la banque a tenu la comptabilité des opérations relatives au prêt litigieux, elle a rendu vraisemblable que les défendeurs ne s'étaient qu'incomplètement acquittés de leurs obligations, de sorte que les emprunteurs supportaient le fardeau de la preuve de leur libération. La banque a suffisamment collaboré à la preuve en produisant différents relevés; il appartenait aux emprunteurs de conserver la date de tous les versements qu'ils allèguent avoir effectués pour pouvoir les prouver. En ce qui concerne la période postérieure à l'accord du 4 avril 2000, elle a retenu que les défendeurs n'ont pas démontré s'être acquittés d'autres montants que ceux admis par la banque, que des montants versés, au titre de loyers, par des tiers n'ont pas été établis et que le fait que la banque ait omis de comptabiliser un versement ne permet pas de retenir que les défendeurs ne pouvaient vérifier les sommes effectivement dues, ni qu'aucune valeur ne puisse être accordée aux indications de la banque. Enfin, la cour cantonale a procédé au calcul des montants encore dus, compte tenu des versements (dont les prix de vente) effectués après le 29 février 2000: elle a affecté prioritairement les versements au paiement des intérêts conformément à l'art. 85 al. 1 CO, et arrêté les soldes dus à 292'057 fr. en capital et 157'081 fr. au titre d'intérêts. Elle y a ajouté des intérêts à 5,75% sur le capital et des intérêts à 5% sur la créance d'intérêts dès la date de la demande en justice. D. Trois des codébiteurs solidaires, soit B._, C._ et D._ ont interjeté un recours en matière civile le 1er février 2018 contre l'arrêt du 5 décembre 2017, concluant à sa réforme en ce sens que la banque soit déboutée des conclusions de sa demande et, subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils invoquent un établissement incomplet et arbitraire des faits, un défaut de motivation, une appréciation arbitraire des faits, une violation des art. 116 CO et 8 CC et la violation de ses obligations contractuelles par la banque. La banque conclut au rejet du recours. La codébitrice solidaire A._ a interjeté un recours séparément (affaire 4A_69/2018), faisant valoir des griefs différents. Invitée à se déterminer comme partie intéressée au présent recours, elle a fait siens les griefs des recourants. Le codébiteur solidaire E._ s'est également déterminé. Les parties principales ont encore déposé chacune de brèves observations. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.