Faits : A. A.a. B._ (ci-après: l'assuré, le demandeur, l'intimé) a travaillé comme chauffeur poids lourds auprès de la société U._ dès le 1er août 2001. Cette société a conclu avec A._ SA (ci-après: l'assurance, la défenderesse, la recourante) un contrat d'assurance-maladie collective d'indemnités journalières. Suite à une micro-déchirure du ménisque droit, puis en raison de divers symptômes attribués par son médecin traitant à une maladie de Lyme (borréliose), le demandeur a fait valoir une incapacité totale de travail à partir du 12 août 2015. A.b. Après avoir tout d'abord indemnisé le demandeur, son assureur accidents a mis un terme à ses prestations au 30 avril 2016. À partir du 1er mai 2016, la défenderesse a versé au demandeur des indemnités journalières à hauteur de 179 fr.80 (calculé sur la base d'un salaire mensuel de 5'360 fr.). Par courrier du 12 octobre 2016, la défenderesse a informé le demandeur qu'elle allait cesser le versement des indemnités journalières à compter du 1er novembre 2016. Elle a motivé cette décision par le résultat d'une expertise qu'elle avait mandatée et qui concluait à une capacité de travail totale du demandeur à partir du 12 septembre 2016. Après un nouvel examen de l'état de santé du demandeur, sous l'angle psychique cette fois, la défenderesse a confirmé par courrier du 20 décembre 2016 sa position selon laquelle les indemnités journalières n'étaient pas dues au-delà du 31 octobre 2016. B. Par demande du 26 juillet 2017, dont les conclusions ont été modifiées en cours de procédure, le demandeur a conclu à ce que la défenderesse soit condamnée à lui verser la somme de 98'350 fr. plus intérêts à 5% dès le 15 octobre 2017. Par arrêt du 16 avril 2019, le Tribunal cantonal du canton de Fribourg a partiellement admis la demande et condamné la défenderesse à verser au demandeur le montant de 98'170 fr.80 avec intérêts à 5% l'an dès le 15 octobre 2017. C. La recourante a formé un recours en matière civil au Tribunal fédéral en vue d'obtenir l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 16 avril 2019. Elle conclut à ce qu'il soit constaté que les indemnités journalières prononcées par l'autorité précédente ne sont pas dues. Dans une conclusion subsidiaire quelque peu confuse, elle réitère sa demande de constatation tout en concluant à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'intimé et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours, ce dernier renvoyant aux considérants de l'arrêt entrepris. Par ordonnance présidentielle du 7 août 2019, l'effet suspensif a été conféré au recours.