Faits : A. A.a. Par contrat de bail à loyer du 5 janvier 2014, A._ SA (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à B._ SA (ci-après: la locataire) des locaux commerciaux pour un loyer annuel, charges non comprises, de 77'058 fr., du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2018, renouvelable tacitement d'année en année, avec préavis de résiliation de douze mois. Selon le contrat et le plan annexé, la mise en location porte sur trois locaux, une surface extérieure, une parcelle à l'usage de parking (signalée en rouge sur le plan) et une surface de parking dans la cour intérieure de l'immeuble (signalée en bleu sur le plan). Celle-ci devait rester libre de tout matériel et les véhicules qui y étaient garés ne devaient pas être placés devant les portes fenêtres des autres locataires. L'art. 19 du contrat de bail prévoit qu'une place de parking est réservée à l'usage de la bailleresse. A.b. La locataire s'est plainte de plusieurs défauts dès le mois de mai 2014, en lien notamment avec le bouilleur, la chaudière, les toilettes, le portail d'entrée, la climatisation, l'éclairage et les mauvaises herbes dans la cour. Elle a ensuite sollicité la création de trois places de parc supplémentaires pour les visiteurs. Entre février et novembre 2015, elle s'est plainte de divers défauts résultant du stationnement des véhicules dans la cour intérieure et à l'extérieur, de l'installation de caméras de surveillance par la bailleresse et de l'entreposage de déchets. A.c. De son côté, la bailleresse a adressé à la locataire, dès le mois de juin 2014, plusieurs reproches portant notamment sur une enseigne publicitaire et un robinet installés sans autorisation, le stationnement des véhicules, ainsi que l'entreposage de déchets et de matériel en dehors des surfaces louées. A.d. Le 9 novembre 2015, la régie a informé la locataire que le marquage des places de parking dans la cour allait être réalisé le 11 novembre 2015. La locataire a alors requis la remise des plans de traçage et relevé que le marquage des places de parking extérieures, réalisé à son insu durant le week-end des 7 et 8 novembre 2015, avait eu pour conséquence de réduire de 57,40 m2 la surface de parking extérieur dont elle avait l'usage exclusif. Le 30 novembre 2015, la régie a mis en demeure la locataire de supprimer un robinet extérieur et de n'utiliser que les neuf places de parking dont elle avait la jouissance. Elle lui a également indiqué que les travaux de marquage dans la cour intérieure allaient être réalisés le 7 décembre 2015. La locataire a alors signalé qu'il s'agissait d'une modification du bail à son détriment, ce qui impliquait l'emploi d'une formule officielle. Elle a noté que les places de parc à sa disposition avaient ainsi été réduites de treize à neuf places sans aucune compensation, que, si le contrat de bail signé par les parties ne réservait qu'une seule place à la bailleresse, le nouveau marquage avait pour effet de lui en octroyer six (donc cinq de plus pour la bailleresse), et que le projet de la bailleresse prévoyait une perte de deux places supplémentaires dans la cour intérieure. A.e. La locataire a également sollicité le retrait des caméras de surveillance qui avaient été installées par la bailleresse. Le 11 avril 2016, elle s'est plainte de ce que le cylindre du local de citerne avait été changé, sans qu'elle en soit informée et sans qu'on lui transmette une nouvelle clef. B. B.a. Le 13 avril 2016, la bailleresse a résilié le bail pour le 31 décembre 2018. Elle a indiqué que le congé était motivé par le fait que la locataire ne respectait pas les règles du bail portant sur le parcage des véhicules et l'entreposage du matériel. La tentative de conciliation s'étant soldée par un échec, la locataire a porté l'affaire devant le Tribunal des baux et loyers le 2 novembre 2016. Elle a conclu à l'annulation du congé et, subsidiairement, à une prolongation de bail de six ans, soit jusqu'au 31 décembre 2024. Elle a également sollicité une réduction du loyer à 6'234 fr. 60, charges comprises, dès le 1er janvier 2019. Parallèlement, par demande du 2 novembre 2016 introduite après échec de la conciliation au Tribunal des baux et loyers, la locataire a conclu à ce qu'elle soit autorisée à consigner le loyer jusqu'à ce que la bailleresse procède à la suppression du marquage effectué les 7 et 8 novembre 2015, que ladite zone soit délimitée entièrement en sa faveur et qu'une surface de 228 m2 soit mise à sa disposition sous le tunnel arrière du bâtiment, sous peine d'une condamnation de la bailleresse à une amende d'ordre de 200 fr. par jour d'inexécution. Elle a également conclu à ce qu'elle soit autorisée à entreprendre elle-même les modifications, aux frais de la bailleresse, faute d'exécution dans les 30 jours suivant l'entrée en force de la décision, et à une réduction de loyer de 7,75% dès le 9 novembre 2015, jusqu'à complète suppression du marquage et mise à disposition de l'intégralité de la zone parking. Les loyers consignés par la locataire depuis septembre 2016 devaient être libérés en sa faveur, à due concurrence, une fois les modifications effectuées. La bailleresse s'est opposée aux deux demandes. B.b. Par jugement du 21 décembre 2017, le Tribunal a annulé le congé donné le 13 avril 2016 pour le 31 décembre 2018 (ch. 1 du dispositif), débouté la locataire de toutes ses conclusions (ch. 2), ordonné la restitution du loyer consigné à la bailleresse (ch. 3) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 4). En substance, les premiers juges se sont prononcés sur trois objets : premièrement, ils ont retenu que le motif du congé (soit le non-respect du bail en lien avec le parcage de véhicules et l'entreposage de matériel) invoqué par la bailleresse n'était qu'un prétexte et que la résiliation devait être annulée; deuxièmement, ils ont nié l'existence d'un défaut en lien avec la surface du parking et la surface de stockage; troisièmement, ils ont rejeté les prétentions de la locataire en suppression des défauts et en réduction du loyer et libéré les loyers consignés en faveur de la bailleresse. B.c. Par arrêt du 25 février 2019, rendu sur appels de la bailleresse et de la locataire, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice a annulé le ch. 2 du dispositif du jugement entrepris et, statuant à nouveau sur ce point, condamné la bailleresse à procéder à la suppression du marquage au sol des places de parc situées dans l'aile droite du bâtiment, dans un délai de 30 jours dès l'entrée en force de l'arrêt. Elle a confirmé le jugement pour le surplus. C. Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile le 1er avril 2019, concluant principalement à sa réforme, en ce sens que le congé est déclaré valable et que la locataire est déboutée de toutes ses conclusions, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.) ainsi que de violation des art. 18, 259 ss et 266 CO. La locataire intimée a conclu au rejet du recours. Chacune des parties a encore déposé des observations. Par ordonnance présidentielle du 4 juin 2019, l'effet suspensif a été conféré au recours.