Faits : A. A.a. A._ SA (anciennement: B._ SA; ci-après: la société), de siège à C._, est inscrite au registre du commerce du canton de Vaud depuis le 30 octobre 1974. Elle a pour administrateur avec signature individuelle D._, qui est également l'actionnaire unique. Depuis le 1 er mars 2011, elle a pour but l'organisation et la tenue de comptabilité, la gérance et l'administration d'immeubles, ainsi que la prise de participations immobilières. Jusqu'alors, son but était l'importation, l'exportation et le commerce de toute denrée alimentaire, notamment de poissons de mer, ainsi que l'organisation et la tenue de comptabilité, travaux de gérance et mandats fiduciaires. A.b. La société tient un inventaire des véhicules qu'elle utilise dans le cadre de son activité. Pour les périodes 2003 à 2010, elle a répertorié entre sept et huit véhicules par année. En sus, la société a loué, entre 2003 et 2008, un véhicule à l'épouse de l'actionnaire, puis, entre 2009 et 2010, une voiture de livraison à l'actionnaire. Selon les extraits du Service des automobiles et de la navigation, la société détenait deux plaques d'immatriculation pour les véhicules et une troisième pour une remorque. Les autres plaques d'immatriculation utilisées étaient au nom de l'épouse de l'actionnaire (trois plaques), d'un des fils de l'actionnaire (une plaque) et de celui-ci (trois plaques). L'actionnaire et son épouse étaient en sus titulaires chacun d'une plaque d'immatriculation, dont l'utilisation n'est pas connue. Les véhicules mentionnés dans l'inventaire bénéficiaient de plaques interchangeables avec des véhicules de tourisme non répertoriés. A.c. Pour les années 2003 à 2010, la société a déclaré les bénéfices et capitaux imposables suivants: bénéfice imposable (fr.) capital imposable (fr.) 2003 19'931 153'903 2004 36'003 89'906 2005 33'443 73'350 2006 5'917 79'267 2007 31'607 101'541 2008 32'709 134'249 2009 10'716 154'298 2010 11'935 166'233 B. B.a. Le 2 juin 2005, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé pour 2003 le bénéfice et le capital imposables de la société pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC). Celle-ci a élevé une réclamation contre cette décision, qu'elle a maintenue ensuite de la proposition de règlement de l'Office d'impôt. Le dossier a été transmis à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale). Le 10 juin 2009, l'Office d'impôt a notifié à la société les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2004 à 2007, tant en matière d'IFD que d'ICC. La société a déposé des réclamations contre ces décisions, que l'Office d'impôt a indiqué maintenir le 15 octobre 2009. Le 2 septembre 2013, l'Office d'impôt a notifié à la société les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2008 à 2010 en matière d'IFD et d'ICC. La société a formé des réclamations. Le 30 avril 2015, l'Administration cantonale a établi une proposition de règlement portant sur les années 2003 à 2010, dans laquelle, pour chaque année fiscale, elle n'a admis en déduction que 4/9e de l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la société. Celle-ci a contesté cette proposition. B.b. Le 26 août 2016, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation portant sur la période fiscale 2003 et a rejeté celles relatives aux périodes fiscales 2004 à 2007, ainsi que 2008 à 2010. Elle a retenu les éléments imposables suivants: bénéfice imposable (fr.) capital imposable (fr.) 2003 58'879 173'000 2004 80'960 209'000 2005 72'026 93'000 2006 30'807 99'000 2007 50'682 130'000 2008 68'231 163'000 2009 21'384 174'000 2010 45'760 186'000 Pour les frais de véhicules, l'Administration cantonale a procédé à une reprise auprès de la société d'une part privée correspondant à 3/9e de l'ensemble des frais comptabilisés pour 2003, de 5/9e pour 2004, de 4/9e pour 2005, de 3/9e pour 2006, de 4/9e pour 2007 et de 5/9e pour 2008, 2009 et 2010. B.c. Contre la décision sur réclamation du 26 août 2016, la société a formé un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 5 avril 2019, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours et partiellement annulé la décision sur réclamation du 26 août 2016. Il a constaté que le droit de taxer la période fiscale 2003 était prescrit et renvoyé, pour les périodes fiscales 2004 à 2010, le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal cantonal a confirmé le principe des reprises au titre de frais privés de véhicules dans le chef de la société, ainsi que, dans son principe, la méthode de calcul de l'Administration cantonale, mais lui a renvoyé le dossier pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt tenant compte d'un ratio de 4/9e à titre de part privée pour les périodes fiscales 2004 à 2010, 5/9e des frais comptabilisés étant considérés comme justifiés commercialement. Par ailleurs, le Tribunal cantonal ayant, dans le cadre de l'affaire connexe relative à l'imposition des époux D._ pour les périodes fiscales 2004 à 2010 et faisant également l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral (2C_485/2019), refusé la déduction de frais d'administration d'immeubles par la société, il a retenu qu'il convenait de réduire le bénéfice imposable de la société à concurrence du montant de ces frais d'administration. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, outre l'effet suspensif, de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 5 avril 2019 dans le sens que la reprise de la part non justifiée par l'usage commercial sur les frais de véhicules corresponde à l'addition des frais de réparation et d'exploitation directement attribuables au véhicule privé et d'une quote-part des frais d'exploitation non directement attribuables, calculée proportionnellement aux kilomètres roulés à titre privé par rapport au total des kilomètres, subsidiairement à la proportion entre le véhicule privé et tous les véhicules considérés dans les frais de véhicules. Le Tribunal cantonal, se référant aux considérants de son arrêt, a renoncé à se déterminer sur le recours, ainsi que sur la demande d'effet suspensif. L'Administration cantonale ne s'est pas déterminée sur la requête d'effet suspensif et a conclu, sous suite de frais, au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée en substance à la réponse de l'Administration cantonale et a conclu dans le même sens au rejet du recours, sous suite de frais. A._ SA a déposé des observations finales, en maintenant ses conclusions. L'effet suspensif a été accordé au recours par ordonnance présidentielle du 13 juin 2019.