Faits : A. A.a. En 1964, plusieurs communes de la région lausannoise ont constitué le Service intercommunal de taxis de l'arrondissement de Lausanne (ci-après : le Service intercommunal). Le Conseil communal des communes concernées a adopté le Règlement intercommunal sur le service des taxis (ci-après : RIT), qui est entré en vigueur le 1 er novembre 1964. Le RIT a été complété par un texte intitulé Prescriptions d'application du règlement intercommunal sur le service des taxis (ci-après : PARIT), en vigueur depuis le 1 er novembre 1966. Les communes membres du Service intercommunal se sont subséquemment regroupées en une Association de communes de la région lausannoise pour la réglementation du service des taxis (ci-après : l'Association), qui comporte, entre autres organes, un Conseil intercommunal compétent pour adopter le règlement intercommunal, ainsi qu'un Comité de direction compétent pour édicter les prescriptions d'application précitées. A.b. Par arrêt GE.2012.0162 du 3 décembre 2013, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après : la CDAP), statuant sur le recours d'un candidat à une concession de taxi, a confirmé ses jugements antérieurs selon lesquels le système d'attribution des autorisations de type A pour l'exploitation de taxis alors en vigueur dans la région lausannoise était contraire à la liberté économique, sous l'angle de l'égalité entre concurrents, en particulier aux motifs que le renouvellement quasi systématique des autorisations A à l'échéance de la durée réglementaire d'une année limitait à l'excès la réattribution des autorisations et que le nombre d'autorisations que les personnes morales pouvaient détenir n'était pas limité. A.c. Déférant à l'arrêt cantonal susmentionné, le Comité de direction de l'Association a, par préavis du 9 mars 2015, soumis au Conseil intercommunal un projet de révision partielle du RIT visant à "accélérer davantage le rythme de rotation des autorisations A". Le 7 mai 2015, le Conseil intercommunal a adopté les modifications suivantes du RIT : " art. 20 RIT : Les autorisations d'exploitation A sont attribuées pour partie à des compagnies exploitant plusieurs autorisations, pour partie à des exploitants individuels n'ayant qu'une autorisation. Le Comité de direction est compétent pour fixer le nombre d'autorisations dévolues à chaque catégorie d'exploitants. Dans son examen, il veillera à ce que la répartition des autorisations entre compagnies et exploitants individuels respecte un équilibre en fonction des rôles respectifs des unes et des autres. art. 21 RIT : La compagnie ou compagnie en formation qui sollicite plusieurs autorisations d'exploitation A présente un dossier contenant son projet de structure sociale, le nombre de véhicules et de conducteurs envisagés et toutes indications utiles sur son organisation. Des autorisations lui sont attribuées dans la limite des autorisations disponibles. art. 21bis RIT : Les compagnies ont le devoir, d'entente avec le central d'appel, de faire en sorte qu'un nombre de taxis minimum soit au moins toujours disponible pour répondre à toute heure aux besoins des clients, sauf circonstances majeures imprévisibles. En cas de besoin, notamment sur requête du central d'appel, le Comité de direction est compétent pour imposer aux compagnies la mise à disposition du public d'un nombre de véhicules déterminé à toute heure. Par ailleurs, les compagnies sont tenues d'offrir une formation professionnelle adéquate à un nombre suffisant de futurs nouveaux conducteurs. Art. 21quinquies RIT : Les autorisations d'exploitation A octroyées à une compagnie sont valables pour une durée de 12 ans, sauf mesures intermédiaires justifiées pour une infraction grave. Au cours de la douzième année, la compagnie qui sollicite un renouvellement de ses autorisations doit fournir un dossier complet sur sa situation économique et financière, le volume et la qualité de ses prestations et le respect des conditions réglementaires et des dispositions légales qui lui sont applicables. La Commission administrative procède à un examen complet du dossier en tenant compte des éventuels antécédents. Elle peut réclamer des renseignements complémentaires. Si la compagnie satisfait aux exigences, les autorisations lui sont renouvelées pour une durée de 12 ans. Après une durée ininterrompue de 24 ans au maximum, les autorisations A d'une compagnie ne lui sont plus renouvelées, mais font l'objet d'un appel d'offres. La compagnie peut y participer pour une nouvelle attribution. Art. 22 RIT : Peut solliciter l'octroi d'une autorisation d'exploitation A individuelle la personne qui réunit les conditions suivantes: a) être titulaire d'un carnet de conducteur de taxis et exercer le métier de conducteur de taxis depuis deux ans au minimum, à plein temps, soit au moins à raison de 1'500 heures par année; [...] Art. 22bis : S'il n'y a pas d'autorisation A immédiatement disponible, le requérant est inscrit sur une liste d'attente. Lorsque des autorisations sont disponibles dans les limites du numerus clausus, elles sont attribuées aux requérants inscrits sur la liste d'attente en fonction de critères essentiellement fondés sur la date d'inscription sur la liste, la durée effective d'activité dans la profession de taxis, la qualité des prestations fournies par le requérant jusque-là, ses antécédents; ces critères peuvent être complétés et précisés dans les PARIT. Le requérant peut, pendant deux ans, décliner l'octroi d'une autorisation et demander à conserver, pendant ce laps de temps, son droit lors d'une prochaine attribution. Si un requérant figurant dans la liste d'attente quitte la profession, il est tenu de confirmer expressément le maintien de sa candidature dans les deux ans au plus tard suivant sa cessation d'activité, puis de renouveler cette confirmation tous les deux ans pendant un laps de temps maximum de six ans, faute de quoi sa candidature est radiée de la liste. Art. 22quater RIT : Le titulaire d'une autorisation individuelle A est tenu de conduire lui-même son véhicule à raison de 1'500 heures par année au moins, sauf dispense expressément requise et accordée. [...] Art. 51 al. 3 RIT : A la fin de la course, le conducteur remet spontanément au client une quittance indiquant la date et l'heure de son établissement, le point de départ, le point d'arrivée, le prix de la course et permettant l'identification du chauffeur." Le 7 mai 2015 également, le Comité de direction a adopté un nouvel art. 17bis PARIT, dont la teneur est la suivante : "Art. 17bis PARIT : 1) Si le nombre de requérants sollicitant la délivrance d'une autorisation A est supérieur au nombre d'autorisations disponibles, la candidature est inscrite sur la liste d'attente. L'inscription prend effet à la date de la réception de la demande. Avis écrit en est communiqué à l'intéressé. 2) La Commission administrative établit et gère la liste d'attente. Les informations contenues dans la liste demeurent confidentielles. 3) Les critères d'attribution des autorisations A sont les suivants: a. La date de l'inscription dans la liste d'attente. b. La durée effective d'activité exercée dans la profession. Cette durée est exprimée en mois et correspond à la durée totale de l'activité déployée, rapportée à un plein temps. Il n'est tenu compte que des périodes au cours desquelles le candidat a été au bénéfice d'un [carnet de conducteur de taxis]. c. La qualité des prestations fournies. A ce titre, il est tenu compte de la réputation du candidat (art. 12 let. b et 16 let. a RIT), en particulier des mesures administratives ou pénales dont il aura fait l'objet ainsi que des manquements aux règles de la profession. Périodiquement, la Commission administrative examine toutes les candidatures déposées durant les deux années civiles consécutives les plus anciennes de la liste d'attente (période prise en considération). Toutes les candidatures déposées durant la période prise en considération sont mises sur pied d'égalité. Elles sont départagées en fonction de la durée d'activité dans la profession. Enfin, la Commission prend en considération les aspects qualitatifs du dossier de candidature. Celui qui a subi des sanctions pourra être rétrogradé au sein de la liste, cas échéant de la liste suivante. La Commission dispose d'un libre pouvoir d'appréciation. 4) A compter de son inscription sur la liste d'attente, le candidat est tenu d'informer spontanément et sans délai, la Commission administrative de toute circonstance susceptible d'avoir une influence sur l'examen de sa candidature (changement de profession, mesures administratives, sanctions pénales, décisions disciplinaires, prononcé de faillite, poursuite ou acte de défaut de biens, etc.). Il annoncera également tout changement de domicile. La Commission administrative procède périodiquement à la mise à jour de la liste d'attente. Elle procède d'office à la radiation des candidatures, notamment, lorsque les conditions de l'art. 22bis al. 3 RIT sont remplies." Ces modifications ont été approuvées par la Cheffe du Département des institutions et de la sécurité du canton de Vaud le 24 juin 2015, et cette approbation a été publiée dans la Feuille des avis officiels du 30 juin 2015. B. Le 20 juillet 2015, A._ et B._ ont déposé une requête à la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après : la Cour constitutionnelle) tendant, principalement, à l'annulation des modifications des art. 20, 21, 21bis, 21quinquies, 22 let. a, 22bis, 22quater, 1 ère phr., 51 al. 3 RIT, ainsi que de l'art. 17bis PARIT, et subsidiairement à l'annulation du RIT, en se plaignant pour l'essentiel d'une violation de la liberté économique et de l'égalité de traitement entre concurrents. La Cour constitutionnelle vaudoise a rejeté cette requête par arrêt CCST.2015.0003 du 31 mars 2016. C. A._ (ci-après : le recourant 1) et B._ (ci-après : le recourant 2) forment un "recours de droit public" contre l'arrêt de la Cour constitutionnelle vaudoise du 31 mars 2016. Ils concluent en substance, sous suite de frais et dépens de première instance et devant le Tribunal fédéral, principalement, à la réforme de l'arrêt entrepris dans le sens de l'annulation des art. 20, 21, 21bis, 21quinquies, 22 let. a, 22bis, 22quater, 1 ère phr., RIT et de l'art. 17 PARIT; subsidiairement, à l'annulation du RIT dans son intégralité, au motif qu'il ne contient pas de dispositions permettant une rotation dans un délai convenable des autorisations A ou que l'annulation des dispositions demandée à titre principal entraînerait celle du RIT dans son ensemble. Plus subsidiairement, ils requièrent l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à la Cour constitutionnelle pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué et renonce à formuler des observations. L'Association, par l'entremise de son Comité de direction, conclut au rejet du recours. Les recourants ont confirmé leurs conclusions dans leur réplique du 23 août 2016. Par ordonnance présidentielle du 31 mai 2016, le Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif déposée par les recourants.