Faits : A. X._ est propriétaire d'une parcelle dans une commune du canton de Genève. Cette parcelle fait l'objet d'un plan localisé de quartier adopté le 2 février 2005 par le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat). Le 27 juin 2008, l'intéressée a déposé cinq demandes d'autorisation de construire sur la parcelle en cause auprès du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève (ci-après: le Département). Le 22 septembre 2009, elle a accepté les conditions posées par le Département, et en particulier les conditions financières prévoyant une taxe d'équipement public de respectivement 451'612 fr., 271'678 fr., 346'976 fr., 253'765 fr. et 174'777 fr. pour les cinq demandes d'autorisation de construire. Le 30 novembre 2009, le Département a délivré les cinq autorisations demandées. Le 21 juin 2010, par cinq bordereaux, le Département a facturé à l'intéressée les montants relatifs à la taxe d'équipement. Chaque bordereau portait la mention "En cas de contestation, le présent bordereau, valant décision administrative, peut faire l'objet d'un recours adressé dans les trente jours à compter de sa notification à la commission de recours en matière administrative". Ces bordereaux sont entrés en force, faute d'avoir été contestés par l'intéressée. Par courrier du 21 février 2013, le maire de la commune genevoise sur le territoire de laquelle se trouvent les parcelles de l'intéressée a indiqué à l'agence immobilière mandatée par cette dernière que dans la mesure où aucune cession au domaine public communal n'était prévue dans le périmètre du plan localisé de quartier, et que la commune ne serait pas astreinte à réaliser d'éventuels travaux d'aménagement de voies de communication publique situées en limite du plan, elle "ne saurait faire valoir d'éventuels frais au titre de la taxe d'équipement". Le 18 mars 2013, l'intéressée a écrit au Département pour lui signifier que les factures du 21 juin 2010 avaient été laissées en suspens ensuite des négociations qu'elle avait engagées avec la commune. Ces négociations avaient abouties, la commune renonçant à lui demander le paiement de la taxe d'équipement. Elle a ainsi invité le Département à lui confirmer qu'il acceptait sans réserve cette détermination et qu'il annulait purement et simplement lesdites factures. B. Le 13 février 2014, à la suite de divers échanges entre l'intéressée et le Département, celui-ci a adressé à X._ cinq courriers intitulés "factures échues" et contenant des bordereaux datés du 31 décembre 2013. Ces factures reprenaient les montants déjà facturés le 21 juin 2010. Le 17 mars 2014, l'intéressée a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) contre ces cinq bordereaux. Après avoir joint les causes le 26 juin 2014, cette autorité a tenu une audience le 1er septembre 2014. Par jugement du 17 décembre 2015, elle a déclaré les recours irrecevables. L'intéressée a contesté ce prononcé le 1er février 2016 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 4 octobre 2016, la Cour de justice a rejeté le recours de X._. Elle a jugé en bref que les bordereaux du 13 février 2014 n'étaient que des mesures d'exécution des décisions du 21 juin 2010 contre lesquelles l'intéressée n'avait pas recouru et qu'ils n'étaient pas susceptibles de faire l'objet d'un recours. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 4 octobre 2016 de la Cour de justice, ainsi que les cinq bordereaux du 31 décembre 2013, et de la dispenser d'acquitter une quelconque taxe d'équipement; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité, ainsi que les cinq bordereaux, et renvoyer la cause au Département pour qu'il statue sur le montant de la taxe d'équipement. Elle invoque en substance la protection de sa bonne foi, une violation du principe de la confiance et l'inconstitutionnalité de la taxe d'équipement. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Département conclut au rejet du recours. Dans des observations finales, X._ a confirmé ses conclusions.