Faits : A. A.a. A Lausanne, le 10 février 2011, C.A._ a effectué, dans le cadre du recrutement pour le service militaire, des tests sportifs et médicaux; il ressortait en particulier de l'électrocardiogramme (ECG) alors pratiqué un QT de 372 et un QT corrigé (QTc) de 470. Ces résultats ont été examinés par le docteur Y._, médecin en charge de la commission de visite sanitaire, qui a constaté des variations dans le segment ST. En raison de celles-ci, le praticien a soumis le cas au docteur X._, médecin chef du Centre de recrutement de Lausanne. Après l'examen de l'ECG et la prise en compte de l'anamnèse de C.A._ - qui ne faisait état d'aucun précédent de maladies cardiovasculaires ou de mort prématurée dans la famille -, le docteur X._ a considéré que les variations constatées étaient dans les limites de la norme alors en vigueur (500 ms). C.A._ a été en conséquence déclaré apte au service militaire, sans qu'aucun commentaire ne lui soit fait quant aux résultats de son ECG. Le 2 juillet 2012, C.A._, alors âgé de 19 ans, a débuté son école de recrue à la place d'armes de D._. Le lendemain, lors d'un exercice de course de 4'800 mètres, il a dû s'arrêter à deux reprises, respirait difficilement, transpirait abondamment et a vomi au terme de l'exercice. Le 5 juillet 2012, lors d'une course, il a eu une crampe à la jambe, avait des difficultés à respirer et était rouge, ainsi qu'en sueur. Dès 18h00 ce même jour jusqu'au matin du 6 juillet 2012, il était de service de garde et a fait part à l'un de ses camarades de sa volonté de quitter l'armée. Durant les périodes de repos de la garde, il respirait fortement par la bouche avec des ronflements et des apnées marquantes durant son sommeil. Le 6 juillet 2012 au matin, C.A._ a demandé un entretien avec le psychologue, indiquant que son état mental était au plus bas, et a été dispensé pour cette journée d'activités physiques en raison des crampes de la veille. Entre le 2 et le 6 juillet 2012, C.A._ a échangé des messages "WhatsApp" avec sa mère, y exprimant ses difficultés physiques et psychiques à supporter la vie de caserne. Vers 23h30 le 6 juillet 2012, quelques minutes après l'extinction des lumières, un de ses camarades de chambre l'a entendu respirer fortement et faire un bruit anormal comme de l'apnée. S'étant rendu auprès de C.A._, ce camarade a constaté que celui-ci ne respirait plus, ainsi que l'absence de pouls au cou et au poignet. Trois camarades, ainsi que l'appointé-chef E._ - arrivé dans l'intervalle - ont placé C.A._ sur le sol et ont commencé des manoeuvres de réanimation; un massage cardiaque a été débuté immédiatement. A 23h48, le personnel infirmier de la place d'armes est arrivé, a poursuivi la réanimation et a administré un choc avec un défibrillateur. Les ambulanciers et la REGA sont arrivés entre 23h55 et 00h05; une intubation, ainsi que deux autres chocs électriques ont été pratiqués avant le départ de l'hélicoptère pour le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) vers 00h40. Aux urgences du CHUV, vers 00h58, la réanimation a été poursuivie jusqu'à la récupération d'un rythme cardiaque. Durant son hospitalisation, aucune récupération neurologique n'a été objectivée et des complications sur les plans respiratoire, rénal et hépatique, ainsi qu'au niveau cardiaque avec des épisodes d'arythmie se sont présentées. Les ECG effectués au CHUV ont montré un allongement de l'intervalle QT. Le 13 juillet 2012, à 01h30, après quatre jours d'hospitalisation, l'état de mort cérébrale a été constaté et le décès de C.A._ déclaré. Une autopsie médico-légale du corps de la victime a été effectuée le 16 juillet 2012 au Centre universitaire romand de médecine légale. Selon le rapport du 13 novembre suivant, le décès de C.A._ était consécutif à une encéphalopathie anoxique aiguë dans le cadre d'une défaillance multi-organique faisant suite à un arrêt cardio-circulatoire survenu le 6 juillet 2012. Quant à la cause de celui-ci, l'hypothèse la plus probable était celle d'un trouble aigu du rythme cardiaque. Ces conclusions ont été confirmées par les résultats obtenus lors des analyses moléculaires effectuées au Service de génétique médicale du CHUV en mars 2013, lesquelles ont indiqué qu'un syndrome de QT long de type 3 (QT 3) était à mettre en cause dans le décès de C.A._. A.b. La justice pénale militaire s'est déclarée incompétente par décision du 26 août 2013, les médecins en cause étant considérés comme des civils. A.c. Les parents de C.A._, A.A._ et B.A._, ont déposé plainte pénale le 21 octobre 2013 contre les docteurs Y._ et X._, ainsi que contre inconnu. Par ordonnance du 29 août 2016, le Ministère public central - division affaires spéciales - a ordonné le classement de la procédure dirigée contre X._ et Y._ pour homicide par négligence. B. Le 5 décembre 2016, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours intenté contre cette décision par A.A._ et B.A._. Elle a tout d'abord refusé leur demande de procéder à une contre-expertise médicale (cf. consid. 4.4.1). En se référant principalement au rapport d'expertise réalisé par le Professeur F._, cardiologue spécialisé en électrophysiologie (cf. consid. 4.2), la cour cantonale a ensuite confirmé la décision de classement de la procédure pour homicide par négligence, faute notamment de lien de causalité entre le fait que les deux médecins du Centre de recrutement aient déclaré la victime apte au service militaire et l'arrêt cardio-circulatoire de celle-ci intervenu pendant son sommeil (cf. consid. 4.4.2). C. Par acte du 1er février 2017, A.A._ et B.A._ forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause au Ministère public pour qu'il rende une ordonnance de mise en accusation pour homicide par négligence contre X._, ainsi que contre Y._ et qu'il mette en prévention, pour ce même chef d'infraction, le (s) supérieur (s) hiérarchique (s) des deux précédents en charge de l'organisation des visites médicales au recrutement de février 2011 et/ou en charge de l'application des recommandations de l'armée pour l'interprétation des ECG. A titre subsidiaire, ils demandent le renvoi de la cause au Ministère public afin qu'il ordonne une contre-expertise médicale, puis prenne les deux mesures susmentionnées. La cour cantonale et le Ministère public ont renoncé à se déterminer, se référant aux considérants de la décision attaquée. Y._ a conclu au rejet du recours. Quant à X._, il a conclu à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet.