Faits : A. A.a. X._ SA, Y._ SA et Z._ S.A. sont les promotrices d'un immeuble sis à... dans le canton de Neuchâtel. Agissant en société simple comme entreprise générale (ci-après: l'entreprise générale), elles ont adjugé à U._ - U1._ (ci-après: l'entrepreneur) - entreprise individuelle spécialisée dans le revêtement de sol, en particulier la pose de carrelage - les travaux liés au relèvement des balcons et terrasses de l'immeuble. Ces travaux, qui devaient initialement être réalisés au mois d'octobre 2011, ont finalement été exécutés au printemps 2012. Le 7 mai 2012, l'entreprise générale a indiqué à l'entrepreneur avoir constaté des défauts affectant notamment les joints extérieurs des balcons. Le 31 août 2012, elle a invité l'entrepreneur à remettre en état les balcons, à ses frais; elle a renouvelé cette demande les 22 mars et 4 juin 2013. A.b. L'entreprise générale a sollicité en juillet 2013 une expertise technique privée auprès de l'Association suisse du carrelage (ASC), pour expliquer notamment le décollement du carrelage observé et contrôler si le choix de celui-ci était adapté. Il ressort du rapport d'expertise privée établi par L._, expert reconnu ASC, que le désordre dû au décollement a été causé par plusieurs facteurs, comme l'exposition et la grandeur de l'objet extérieur, le choix de la couleur et du format des carreaux, la section des joints et le manque de joints de dilatation. En outre, l'entrepreneur n'avait pas suivi les préconisations de pose assurant un travail dans les règles de l'art de la profession de carreleur. L'expert privé a estimé le coût des travaux de réfection à 78'000 fr. TTC. A.c. L'entrepreneur a contesté sa responsabilité pour les défauts allégués. Il a exposé que les matériaux utilisés lors de la réalisation des travaux avaient été commandés et fournis par l'entreprise générale sans qu'il ait eu le moindre mot à dire. Celle-ci avait aussi choisi la manière de poser le carrelage. Au début de l'année 2012, l'entrepreneur avait signalé à l'entreprise générale le caractère inapproprié des matériaux ainsi que du procédé imposés, mais celle-ci avait refusé de tenir compte de ces avertissements et avait exigé la pose du carrelage. En outre, les échafaudages permettant l'accès aux balcons par l'extérieur avaient été enlevés prématurément, de sorte qu'il lui avait été impossible d'effectuer les travaux restants. Dès lors, les éventuels dégâts, causés par des infiltrations d'eau dues à l'absence de joints des têtes de dalles des balcons, étaient selon lui exclusivement dus aux matériaux ainsi qu'à la méthode imposés par l'entreprise générale, ainsi qu'au démontage prématuré des échafaudages décidé par celle-ci. Le 23 août 2013, l'entrepreneur a fait notifier à l'entreprise générale un commandement de payer pour un montant de 20'000 fr., correspondant au solde ouvert de sa dernière facture, auquel l'entreprise générale a fait opposition totale. Le 26 septembre 2013, l'entreprise générale a fait notifier à l'entrepreneur un commandement de payer de 150'000 fr. Cet acte a été frappé d'opposition totale. B. B.a. Le 30 avril 2014, X._ SA, Y._ SA et Z._ S.A. ont saisi le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers d'une demande tendant, sous suite de frais et dépens, au paiement par U._ de la somme de 78'203 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 9 septembre 2013 sur la somme de 78'000 fr., ainsi qu'à la mainlevée définitive de l'opposition totale formée au commandement de payer dans la poursuite introduite le 26 septembre 2013 à hauteur de 78'203 fr. plus intérêts. Par mémoire du 16 juillet 2014, U._ a déposé une réponse et une demande reconventionnelle par laquelle il a conclu, sous suite de frais et dépens, au rejet de la demande et à la condamnation des demanderesses à lui payer le solde ouvert de sa dernière facture, soit 20'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 15 juillet 2012. Les demanderesses ont conclu au rejet de la conclusion reconventionnelle prise par le défendeur. Le 16 novembre 2015, U._ a informé le tribunal que la société A._ Sàrl (ci-après: la défenderesse ou l'entrepreneur), ayant son siège à... (NE), avait repris l'ensemble des actifs et passifs de sa raison individuelle. Le juge instructeur a pris acte de la substitution de partie. Le 25 janvier 2016, les demanderesses ont augmenté leurs conclusions à 102'034 fr. 95, en produisant deux factures établies par l'entrepreneur de substitution B._ & Cie, auquel elles avaient fait appel pour procéder aux travaux de réfection. Le 17 février 2016, soit après l'ouverture des débats principaux, elles ont à nouveau amplifié leurs conclusions. B.b. Dans le cadre de la procédure probatoire, le tribunal a procédé à l'interrogatoire des parties ainsi qu'à l'audition de cinq témoins; une expertise judiciaire a été mise en oeuvre. B.b.a. L'instruction a permis d'établir que l'entreprise générale avait fourni les carrelages à l'entrepreneur, lequel avait cependant commandé et fourni le matériel de pose. L'entrepreneur a allégué avoir signalé à l'entreprise générale, notamment à M._, dessinateur architecte employé par Y._ SA, le caractère inapproprié des matériaux fournis. Il a offert de prouver cette allégation par l'audition des parties, par témoins et par l'expertise judiciaire. Seul le témoin O._, employé de U._, a indiqué que son patron l'avait informé qu'il avait eu des discussions, auxquelles ce témoin n'avait pas assisté, au sujet de la technique de pose et du matériel à utiliser. La défenderesse n'avait pas été d'accord avec ce que voulaient les demanderesses, composées d'architectes, mais celles-ci lui avaient demandé d'effectuer le travail sans discuter. Les parties et les autres témoins ne sont pas revenus sur le choix du carrelage. Le témoin M._ a déclaré qu'il ne savait pas qui avait opéré le choix du carrelage sur les balcons mais qu'en général cette décision émanait des clients. L'expert judiciaire a précisé qu'un carreleur devait refuser de débuter l'ouvrage s'il ne voulait pas voir sa responsabilité engagée lorsque l'environnement qui lui était proposé et les moyens à sa disposition ne lui convenaient pas. Quant à L._, il a notamment déclaré: « En principe, c'est au carreleur de déterminer si un carrelage est adéquat et quels joints sont nécessaires. Si l'architecte demande autre chose, il doit dire non. » B.b.b. L'entrepreneur a également allégué que l'entreprise générale lui avait imposé le mode de faire. Il lui avait signalé que cette méthode était inappropriée, notamment s'agissant des pentes à créer au moyen de colle seulement. Il a offert de prouver cette allégation par l'audition des parties, par témoins et par l'expertise judiciaire. N._, administrateur de Y._ SA, interrogé en qualité de partie, et le témoin M._, employé de la société précitée, ont tous deux indiqué ne pas avoir donné d'instructions à la défenderesse concernant la manière d'améliorer la pente du balcon ou la taille des joints de carrelage. Entendu en qualité de partie, U._, associé gérant de la défenderesse, a notamment déclaré ce qui suit: « L'entreprise C._ s'est déplacée pour constater qu'aucune pente n'était faite sur les balcons. Aucun balcon n'avait de pente. C'est M. N._ qui nous a dit de faire les pentes à la colle. Je lui ai dit que les pentes se faisaient en principe avec un produit de réagréage. Aucun budget n'avait été prévu pour cela. Les pentes des balcons du haut ont été faites au mortier, ceux du bas à la colle. » Il a ajouté ce qui suit: « On nous a toujours demandé des petits joints. Nous avons toujours eu cette façon de faire. Je n'ai pas rendu attentif le maître d'ouvrage sur la nécessité d'utiliser des joints plus épais (...). En 2011, je ne savais pas qu'il fallait mettre des joints de dilatation tous les 2 mètres (...). La direction des travaux ne nous a jamais demandé pourquoi nous ne mettions pas des joints de dilatation tous les deux mètres. » Les témoins O._ et P._ ont déclaré qu'ils avaient reçu des instructions selon lesquelles ils devaient créer les pentes avec de la colle, mais ils n'ont pas indiqué qui avait pris cette décision. O._ a bien rapporté que la défenderesse avait eu des discussions avec les demanderesses au sujet de la technique de pose, mais il n'y avait pas assisté. Selon l'expert privé L._, la section des joints et le manque de joints de dilatation étaient aussi des facteurs qui avaient causé le désordre dû au décollement. L'expert judiciaire a confirmé l'appréciation de l'expert privé L._ selon laquelle les joints devaient mesurer au moins 5 millimètres alors que la largeur de ceux posés sur les balcons était de 3 millimètres. B.b.c. L'entrepreneur a enfin allégué avoir averti l'entreprise générale qu'il lui était impossible de protéger les têtes de dalles des balcons en l'absence d'échafaudages; il en aurait notamment informé M._. Il a offert de prouver ces allégations par l'audition des parties, par témoins et par l'expertise judiciaire. Lors de son interrogatoire, U._ a notamment déclaré ce qui suit: « Nous n'avions pas besoin d'échafaudages pour la pose du carrelage mais seulement pour la finition des têtes de dalles. Pendant les séances de chantier, j'ai informé M. M._ que nous avions besoin d'un échafaudage pour finir les têtes de dalles. Je précise que le carrelage a bien été posé avec un double encollage. Il faut de toute façon intervenir sur les têtes de dalles pour les finitions. » Le témoin M._ a exposé que les échafaudages avaient été enlevés avant la remise des clés, qu'il y avait un planning et des délais à tenir et qu'il ne se souvenait pas de discussions avec la défenderesse concernant les échafaudages. Les autres témoins n'ont pas indiqué avoir informé l'entreprise générale de la nécessité d'avoir des échafaudages ou une nacelle pour exécuter correctement l'ouvrage sur les balcons. Lors de son interrogatoire, N._ a notamment fait les déclarations suivantes: « En ce qui concerne les échafaudages, ils ont été retirés en novembre 2011 et l'entreprise défenderesse a posé le carrelage sur les balcons au printemps 2012. Elle ne nous a jamais dit qu'elle avait besoin d'échafaudage pour ces travaux. Ce n'est qu'après que nous ayons (sic) fait valoir la garantie que l'entreprise a parlé des échafaudages. » Les échafaudages ont été démontés le 14 novembre 2011. Les procès-verbaux de chantier ne font aucune référence à la nécessité d'un échafaudage ou d'une nacelle pour la finition des têtes de dalles, étant précisé que le procès-verbal du 8 mai 2012 mentionne qu'il y a lieu d'effectuer les finitions des têtes des balcons et de poser le carrelage autour des écoulements. Ce n'est que dans un courrier daté du 21 juin 2013 que l'entrepreneur a expliqué à l'entreprise générale la nécessité d'un échafaudage ou d'une nacelle pour réaliser les joints de carrelage des têtes de dalles des balcons. L'expert judiciaire a estimé que la direction des travaux devait savoir qu'un échafaudage ou une nacelle était nécessaire pour exécuter les travaux dans les règles de l'art. A près la visite des lieux du 18 janvier 2017 et compte tenu de la hauteur de l'immeuble, il estimait que, pour effectuer un travail dans les règles de l'art, les balcons devaient être libres de tout élément pouvant gêner le travail du carreleur et celui-ci devait disposer d'un échafaudage ou d'une nacelle. B.b.d. L'expert judiciaire a indiqué que l'expertise privée L._, qui faisait état d'un devis estimatif de 78'000 fr. TTC pour les travaux de réfection, constituait un bon document de base pour calculer l'indemnisation que devait verser la défenderesse. Selon lui, il convenait de retirer du montant total ressortant de la facture établie par l'entreprise B._ & Cie pour les travaux de réfection la somme de 12'000 fr., correspondant à l'estimation de l'installation d'un échafaudage - qui n'avait pas été facturée par ladite société aux demanderesses -, pour le mettre en rapport avec le devis estimatif établi par l'expert privé L._ sans les échafaudages. Il est ainsi parvenu à un montant total de 83'758 fr. 15, soit de 90'458 fr. 80 TTC. L'expert judiciaire a précisé que ce montant prenait en compte, de manière raisonnable, les travaux supplémentaires effectués par l'entreprise B._ & Cie - en raison de son intervention dans des appartements déjà aménagés et habités - par rapport au devis estimatif établi par l'expert privé L._. B.c. Par jugement du 25 juin 2018, le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers a déclaré irrecevables les conclusions modifiées du 17 février 2016. Il a condamné la défenderesse à verser solidairement aux demanderesses la somme de 90'458 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 9 septembre 2013, a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition totale formée au commandement de payer dans la poursuite initiée le 26 septembre 2013 à hauteur de 90'458 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 9 septembre 2013 et a condamné reconventionnellement les demanderesses à payer à la défenderesse la somme de 20'000 fr. En substance, le tribunal a estimé que la défenderesse ne pouvait pas se prévaloir du fait que les demanderesses, bien qu'actives dans la construction ou exploitant un bureau d'architecture, disposaient des qualifications requises pour le choix des carrelages. En conséquence, la défenderesse, munie d'un savoir-faire particulier de carreleur, devait donner aux demanderesses un avis formel relatif au caractère inapproprié des matériaux fournis; or, n'ayant pas démontré l'avoir fait, elle endossait la pleine responsabilité pour ce défaut. Elle n'avait pas davantage prouvé avoir reçu des instructions relatives à la manière de procéder ni avoir émis le moindre avis sur ce point, de sorte qu'elle était pleinement responsable de ce défaut. Le tribunal a considéré que l'avis de la défenderesse concernant la nécessité d'avoir des échafaudages ou une nacelle pour effectuer les finitions sur les têtes de dalles était tardif. Partant, elle ne pouvait pas se prévaloir de ces circonstances pour échapper à ses responsabilités; en outre, il lui appartenait de se procurer les échafaudages en vue d'exécuter les travaux de finition, si bien qu'elle était responsable des défauts liés, selon elle, au démontage prématuré des échafaudages. Le tribunal a retenu que les demanderesses n'avaient pas accepté les défauts et en avaient avisé en temps utile la défenderesse. Comme celle-ci ne s'était pas exécutée dans le délai imparti pour remédier aux défauts, elle devait être condamnée à payer les travaux de réfection effectués par l'entrepreneur de substitution B._ & Cie à hauteur de 90'458 fr. 80. Enfin, les demanderesses devaient verser à la défenderesse le montant de 20'000 fr. représentant le solde de sa rémunération. B.d. Par arrêt du 4 décembre 2018, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté, avec suite de frais et dépens de deuxième instance, l'appel interjeté par la défenderesse contre le jugement du 25 juin 2018, qu'elle a confirmé. C. Par acte du 22 janvier 2019, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle a conclu, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que les conclusions principales prises par les demanderesses soient rejetées, et subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Par réponse du 21 février 2019, les demanderesses ont conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité, et à la confirmation de l'arrêt attaqué. L'autorité précédente a déclaré se référer aux considérants de son arrêt.