Faits : A. Une instruction pénale contre A._ a été ouverte le 28 septembre 2015 pour infractions à la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121). Le 4 mai 2016, le prévenu et un comparse ont été interpellés, chacun au volant d'un véhicule, par le corps des gardes-frontière. Environ seize kg d'amphétamines et de produits de coupage - soit 1'399 g d'amphétamines pures - se trouvaient dans la voiture du second. A._ a en substance admis avoir acheté cette drogue et espérait en tirer un bénéfice d'environ 16'000 francs. Dans le cadre d'une procédure bernoise, l'ADN de ce dernier a également été identifié sur un sachet contenant une certaine quantité de cannabis. A._ a été placé en détention provisoire le 7 mai 2016 par le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) pour une durée de trois mois. Cette mesure a été prolongée pour six mois le 2 août 2016 puis par ordonnance du 10 février 2017 jusqu'au 4 août 2017. B. Le 9 mars 2017, la Chambre pénale des recours du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a rejeté le recours intenté par A._ contre cette décision. Cette autorité a tout d'abord considéré que la surveillance secrète mise en oeuvre sur le téléphone portable que s'était procuré le prévenu en prison auprès de tiers n'était pas le résultat d'une tromperie des autorités, les écoutes pouvant dès lors être exploitées. Se référant en particulier au rapport de police du 28 septembre 2015 et aux déclarations des deux prévenus, la cour cantonale a ensuite rappelé l'existence de présomptions suffisantes de la participation de A._ à un trafic de produits stupéfiants (cannabis, cocaïne et ecstasy). La juridiction précédente a retenu l'existence de risques de fuite et de récidive qu'aucune mesure de substitution ne permettait de pallier. Elle a encore estimé que la détention ne violait pas le principe de proportionnalité quant à sa durée; il se justifiait de plus de prolonger cette mesure pour six mois, au vu de l'ampleur des actes d'investigation en cours. C. Par acte du 11 avril 2017, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à sa libération immédiate et, à titre de mesures de substitution, à l'obligation de déposer ses papiers d'identité, ainsi qu'à celle de se rendre à un poste de gendarmerie à raison d'une fois par semaine. A titre subsidiaire, il demande à ce que la prolongation de sa détention n'excède pas trois mois. Le recourant sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer, l'autorité précédente et le Ministère public ont conclu au rejet du recours; le Procureur a en particulier précisé que le recourant avait contesté, devant la Chambre pénale des recours, la licéité de la surveillance secrète portant sur le téléphone portable utilisé en détention. Le 2 mai 2017, le recourant a persisté dans ses conclusions.