Faits : A. Le 5 février 2015, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a retiré à A._ le permis de conduire à titre préventif pour une durée indéterminée, en raison d'une consommation problématique d'alcool voire d'une dépendance. Cette mesure se fonde sur les résultats de prises de sang faisant apparaître des valeurs de transferrine carboxy-déficiente (CDT) situées entre 2,4% et 3% (pour une valeur de référence de 1,6% au maximum). L'Unité de médecine et de psychologie du trafic (UMPT) a été chargée d'une expertise pour déterminer l'aptitude à la conduite. Cette décision est entrée en force. Le 27 août 2015, sur la base du rapport de l'UMPT, le SAN a subordonné le droit de conduire à la poursuite de l'abstinence ou de la restriction de la consommation d'alcool et à la présentation d'une attestation médicale en janvier et en juillet 2016. B. Par décision du 13 avril 2016, confirmée le 3 juin 2016 sur réclamation, le SAN a prononcé un nouveau retrait préventif du permis de conduire ainsi que la mise en oeuvre d'une expertise. Selon le rapport de son médecin traitant, l'intéressé faisait preuve d'une abstinence à l'alcool durant la semaine et d'une consommation de type festif les week-ends avec une bonne dissociation alcool-conduite. L'une des trois prises de sang avait révélé une valeur de CDT de 1,7%. Par arrêt du 4 octobre 2016, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé la décision du SAN. Les prises de sang effectuées depuis deux ans avaient dans certains cas présenté un taux de CDT supérieur à la valeur admise; dans d'autres cas, elles se situaient dans la zone grise (entre 1,3 et 1,6), alors que, dans deux décisions précédentes, le SAN avait exigé que ces valeurs soient dans les normes. En dépit de l'amélioration présentée durant les derniers mois, l'intéressé connaissait des difficultés à contrôler sa consommation d'alcool, ce qui constituait un indice suffisant permettant un retrait préventif. L'expertise devrait toutefois intervenir dans les meilleurs délais. C. A._ forme un recours en matière de droit public par lequel il demande la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que son permis de conduire lui est restitué, le retrait préventif étant révoqué. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction. II requiert la restitution de l'effet suspensif, qui a été refusée par ordonnance du 9 novembre 2016. La Cour de droit administratif et public conclut au rejet du recours en se référant aux considérants de son arrêt. Le SAN se réfère également à l'arrêt attaqué. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours, sans observations.