Faits : A. A la suite d'un échange de plaintes entre les ex-époux X._ et A._, le Ministère public a rendu, le 12 août 2016, deux ordonnances. Par la première, il a ordonné le classement de la procédure pénale dirigée d'une part contre A._ pour voies de fait qualifiées, injure et menaces qualifiées et d'autre part contre X._ pour injure (I); il a par ailleurs dit qu'aucune indemnité fondée sur les art. 429 al. 1 let. a et 433 CPP ne serait allouée à X._ (II). La seconde ordonnance reconnaît A._ coupable de menaces qualifiées, le condamne à une peine pécuniaire assortie du sursis ainsi qu'à une amende et met à sa charge un tiers des frais de la procédure. B. Par arrêt du 14 septembre 2016, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis partiellement le recours interjeté par X._ contre l'ordonnance de classement, dont elle a réformé le chiffre II du dispositif en ce sens qu'aucune indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. a CPP n'est allouée à X._. Les frais d'arrêt (par 720 fr.) ont été mis par moitié à la charge de X._ et par moitié à la charge de A._. Enfin, une indemnité (437 fr. 40), correspondant à une heure et demie d'activité d'avocat au tarif horaire de 270 fr., a été allouée à X._ pour la procédure de recours et mise à la charge de l'Etat. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Chambre des recours pénale. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau et subsidiairement à la réforme dudit arrêt en ce sens qu'aucune partie des frais d'arrêt n'est mise à sa charge et qu'une indemnité de 567 fr. lui est allouée, à la charge de l'Etat, pour ses frais de conseil pour la procédure cantonale de recours. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.