Faits : A. A.a. Y._ SA, devenue X._ SA en novembre 2016 (citée ci-après:X._ SA), dont le siège est à C._ (GE), a pour but l'exploitation d'une entreprise de transport de béton et autres matériaux, ainsi que l'exploitation de garages. A.Y._, domicilié à C._, en est l'actionnaire unique et, depuis le 23 avril 2013, l'administrateur unique. Avant cela, il en était l'administrateur président et son fils l'administrateur secrétaire. A.Y._ est également administrateur unique de la société Z._ SA, sise à D._ (GE), qui a pour but l'exploitation d'une sablière, le transport et la vente de sable et de gravier, ainsi que toutes opérations s'y rattachant. Il détient l'entier du capital-actions de cette société. A.Y._ exploite en outre la raison individuelle "A.Y._", qui est une entreprise de transports de matériaux par camions et qui possède un garage avec atelier de réparation. Pour sa part, B.Y._, fils de A.Y._, gère l'entreprise individuelle "B.Y._" inscrite depuis le 12 décembre 2000 au registre du commerce qui a pour but le transport et la location de véhicules, l'exploitation de garages, ainsi que le commerce et la représentation de matériaux de construction. Le 25 novembre 2011, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a informé X._ SA de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction de l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), ainsi que des impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) pour les années 2002 à 2010: la société semblait avoir accordé des prestations appréciables en argent à son actionnaire et aux proches de celui-ci par le biais de la location de véhicules appartenant à ceux-ci pour des montants surfaits. A la demande du fisc, A.Y._ et B.Y._ lui ont chacun transmis différentes pièces, dont des tableaux indiquant les véhicules et engins loués à X._ SA, ainsi qu'à Z._ SA. Le 5 avril 2013, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X._ SA des décisions de rappel d'impôts pour l'IFD et les ICC des années 2002 à 2010, ainsi que les amendes y relatives. Le fisc a déterminé le prix de la location, en se fondant sur la valeur d'achat des biens communiquée par l'intimée: le montant de la location ne devait pas excéder ce qui serait facturé par une société de leasing, à savoir des annuités constituées du remboursement du crédit et des intérêts sur la valeur résiduelle des biens, telles qu'elles auraient été chargées pour chaque véhicule et benne loués par la société, et ce pour des durées de respectivement cinq et quatre ans pour les véhicules et les bennes. La distribution dissimulée de bénéfice ainsi fixée se montait au total à 11'960'000 fr. pour les années 2002 à 2010. Les amendes ICC et IFD étaient fixées au 3⁄4 du montant de l'impôt soustrait. Par décisions sur réclamation du 23 juillet 2014, l'Administration fiscale cantonale a confirmé les reprises et les amendes en cause. A.b. Le 18 décembre 2015, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a partiellement admis le recours de X._ SA et annulé les décisions sur réclamation du 23 juillet 2014: les reprises et les amendes étaient justifiées dans leur principe, cependant l'Administration fiscale cantonale avait calculé le montant des locations comme s'il s'agissait d'un leasing, en prenant en compte l'amortissement des actifs et un intérêt aux taux définis par les lettres-circulaires en la matière; il convenait plutôt de calculer le coût d'une "vraie location" dans laquelle les charges sont assumées par le locataire, en tenant notamment compte des risques et fonctionnalités assumés par chacune des parties; ce coût devait être pris en considération pendant toute la durée de la location et donc également après les quatre ou cinq ans d'amortissement; en effet, un camion conserve une valeur même une fois amorti et l'autorité fiscale ne pouvait partir du principe que le contribuable qui loue un engin depuis cinq ans ne doit plus déduire des loyers pour celui-ci, au motif qu'il aurait dû l'acheter. Les montants des reprises et des amendes devaient être recalculés par l'autorité de taxation en se basant sur des montants de loyers admissibles pour l'usage des actifs en cause, sans limiter l'admission des locations à la période nécessaire à l'amortissement de l'engin loué. B. X._ et l'Administration fiscale cantonale ont interjeté recours à l'encontre de ce jugement auprès de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) qui les a rejetés, par arrêt du 21 février 2017. En ce qui concernait les reprises, seules encore en cause devant le Tribunal fédéral, elle a jugé qu'il existait bel et bien une prestation appréciable en argent et a confirmé le raisonnement développé à ce propos dans le jugement attaqué. Quant aux montants qui constituaient cette prestation, la Cour de justice a estimé que la solution retenue par le fisc ne prenait en compte aucun prix de location pour la période de mise à disposition des véhicules après cinq ans, ni leur remplacement par des véhicules neufs aux conditions du leasing, ce qui ne correspondait pas à l'échange tel qu'il avait été réalisé, ni aux prix de pleine concurrence pour un échange similaire; les corrections qui devaient être apportées par l'autorité de taxation aux montants déclarés par la contribuable, s'agissant de la location des véhicules et engins, devaient donc se fonder d'une part sur le prix de location usuel, déduction faite des charges prises en compte par la contribuable, et d'autre part sur la durée de location des véhicules dépassant les années d'amortissement de leur valeur initiale. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt du 21 février 2017 de la Cour de justice et de confirmer les décisions sur réclamation du 23 juillet 2014. X._ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, sous suite de dépens. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours et la confirmation des décisions sur réclamation du 23 juillet 2014. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans leurs dernières observations, l'Administration fiscale cantonale et X._ SA ont persisté dans leurs conclusions.