Faits : A. A.a. A._ SA (ci-après: A._ ou la débitrice ou le donneur d'ordre), à Genève, société dont le but était l'achat, la vente et la distribution de différents types de biens de consommation (produits pharmaceutiques, produits de santé et d'hygiène humaine, vétérinaire et phytosanitaire, matériel médical, produits de consommation courante non réglementés, tels que produits de parfumerie, cosmétiques, denrées alimentaires, boissons et produits pour l'entretien et le nettoyage industriel et domestique) et dont l'administrateur unique était M._, a conclu le 12 novembre 2009 avec Z._ Limited (ci-après: Z._ ou la bénéficiaire ou la demanderesse), société active dans la vente en gros et dont le siège est à Londres (Royaume-Uni), un contrat portant sur l'achat de divers biens. Il était convenu que A._ devait choisir le fournisseur, négocier avec lui le prix d'achat des marchandises et les modalités de livraison et de transport, puis s'adresser à Z._ afin que celle-ci passe commande auprès dudit fournisseur et paie ce dernier. Ce système devait permettre à A._, qui devait ensuite payer Z._, de bénéficier de délais de paiement plus longs. A.b. Pour garantir les paiements dus à Z._, A._ a demandé et payé l'émission d'une garantie par Corporation X._ SA (ci-après: X._ ou la garante ou la défenderesse), dont le siège est à Luxembourg, et qui dispose à Genève de son principal lieu d'établissement, organisé sous forme de succursale. X._ a émis le 12 novembre 2009 une garantie indépendante de paiement de tout montant jusqu'à 5'000'000 euros au total en faveur de la bénéficiaire Z._ pour le contrat précité et " pour tous (les) contrats futurs pour des produits de consommation et/ou pharmaceutiques et/ou cosmétiques ou sanitaires et/ou autres produits ". En substance, X._ s'est engagée irrévocablement à payer, à première demande, 30 jours après la date d'émission de la facture de Z._ à A._, le montant dû à réception d'une demande écrite de Z._ certifiant que le montant réclamé selon le contrat est dû et demeure impayé par A._, accompagnée d'une copie ou de copies de factures impayées, avec une copie ou des copies de l'accusé ou des accusés de réception des marchandises (signé (s) par un signataire autorisé de A._). La garantie était valable jusqu'au 25 septembre 2010 à 17h. GMT. A.c. En exécution du contrat conclu le 12 novembre 2009, A._ a demandé à Z._, les 12 novembre et 7 décembre 2009, de passer deux commandes de marchandises auprès de B._ LP (ci-après B._ ou le fournisseur), à Londres. Les commandes ont été exécutées sans difficultés: Z._ a commandé et payé la marchandise à B._ et A._ lui a ensuite payé ses factures de 4'416'034,41 euros et 531'968,16 euros. A.d. En février 2010, A._ a informé Z._ de ce qu'elle entendait qu'une troisième commande soit passée auprès de B._, toutes les questions relatives à la livraison ayant déjà été traitées directement entre elle et le fournisseur B._. Le 1er mars 2010, Z._ a ainsi passé une troisième commande à B._ pour des produits de consommation et de beauté pour un total de 3'897'030,42 livres britanniques (GBP). Comme les précédentes, cette commande mentionnait que la marchandise devait être achetée par Z._ auprès de B._ et livrée chez A._, à Münchenstein (BL), en Suisse. Le 1er mars 2010, B._ a établi une facture à l'intention de Z._, avec un rabais. La facture mentionnait que la marchandise devait être expédiée le jour même. Le 2 mars 2010, A._ a signé un accusé de réception de la marchandise, reçue en bon état et en conformité avec la commande. Le 8 mars 2010, Z._ a payé la facture de B._ et a établi à son tour une facture à l'intention de A._ d'un montant de 3'897'030,42 GBP, payable au 6 juin 2010. A._ n'a pas payé la facture de Z._. A.e. Afin d'éviter l'appel à la garantie, A._ a proposé à Z._, par courriel du 7 juin 2010, de payer le solde de sa dette en trois versements. Par courriel du même jour, Z._ a toutefois attiré l'attention de A._ sur les pénalités de retard et demandé à X._ si elle était satisfaite de l'échéancier de paiement proposé. Le 8 juin 2010, X._ a répondu qu'elle acceptait les conditions de paiement, précisant que si l'un des paiements n'était pas effectué, Z._ disposait toujours de sa garantie. Elle indiquait par ailleurs être prête à examiner la possibilité d'émettre une nouvelle garantie pour de futures transactions entre Z._ et A._, cette dernière bénéficiant chez X._ d'une ligne de crédit de 25'000'000 euros. Le 8 juillet 2010, Z._ a adressé à A._ et X._ un accord destiné à formaliser les modalités de remboursement des montants et pénalités dus. Le 14 juillet 2010, X._ a écrit à Z._ que A._ la contacterait pour définir les derniers détails de l'accord et lui a confirmé qu'elle acceptait de prolonger la garantie jusqu'au mois de décembre 2010. A._ n'a toutefois pas signé cet accord. A.f. Par courriel du 2 septembre 2010, Z._ a informé X._ qu'à défaut de paiement de l'intégralité du montant dû d'ici au 5 septembre 2010, elle ferait appel à la garantie. N'ayant pas été payée par A._, Z._ a fait appel à la garantie par courrier du 6 septembre 2010, adressé le 8 septembre 2010 à X._, requérant le paiement de 5'000'000 euros et précisant que le montant impayé, y compris les pénalités de retard s'élevait à 5'106'911,45 euros. La bénéficiaire y a joint la copie de sa facture du 8 mars 2010, ainsi que la copie de l'accusé de réception de la marchandise signé par A._ le 2 mars 2010. A.g. X._ a émis des doutes quant à la réalité de la transaction au vu de la rapidité avec laquelle les biens avaient été livrés en Suisse, probablement depuis l'Angleterre. Le 16 septembre 2010, elle a requis de Z._ la production de documents supplémentaires, singulièrement les documents de transport. Z._ lui a répondu le même jour de s'adresser à B._ pour obtenir les documents de transport. L'administrateur de Z._, O._, a indiqué avoir demandé les documents de transport à B._, mais que cette dernière ne les lui a pas transmis. Il a expliqué ne pas avoir insisté, car la responsabilité liée au transport et à la livraison de la marchandise incombait à A._, Z._ n'étant en charge que de l'aspect financier de l'opération. Le 8 octobre 2010, B._ a déclaré que Z._ avait vendu et livré la marchandise à A._, qui l'avait à son tour revendue à C._ Sàrl (ci-après: C._), société sise à Templemars (France) et active en tant qu'intermédiaire du commerce en produits divers. La marchandise aurait transité par l'entrepôt de D._ SA en Belgique. A._, alors en faillite (cf. consid. A.h infra), a demandé à D._ SA et C._ de lui fournir les documents attestant de la remise de la marchandise à C._, ainsi que la facture de A._ à C._. La transaction entre A._ et C._ a fait l'objet d'une facture, du 26 février 2010, d'un montant de 3'956'265,74 euros, à payer directement à Z._. Le 13 octobre 2010, C._ a informé A._, X._ et Z._ qu'elle avait refusé certains lots de marchandises, ceux-ci étant à disposition chez le transporteur contre paiement des frais de stockage et de manutention, et que le paiement du reste de la marchandise reçue n'avait pas été effectué, en raison du retour non validé de la marchandise refusée, du non-paiement des frais de stockage et des pertes engagées du fait de cette mauvaise exécution de la commande. A.h. Dans l'intervalle, le 13 septembre 2010, A._ a été déclarée en faillite par le Tribunal de première instance de Genève. Z._ a produit une créance de 6'644'802 fr. 30, qui a été colloquée en troisième classe, et fait valoir ses droits de propriété (au vu de sa réserve de propriété) sur le stock d'articles détenu par la faillie. Z._ a reçu un dividende de 126'899 fr.15 et un acte de défaut de biens pour le solde. La faillite a été clôturée et A._ a été radiée du registre du commerce le 29 juin 2012. A.i. Le 12 août 2011, Z._ a fait notifier à X._ un premier commandement de payer le montant de 6'412'750 fr. (contre-valeur de 5'000'000 euros) avec intérêts à 5% l'an dès le 7 septembre 2010 et, le 17 septembre 2012, un second commandement de payer du même montant (poursuite n° xxx C). La poursuivie X._ a formé opposition à ces deux poursuites. B. Le 1er juillet 2013, Z._ a ouvert action contre X._ par requête de conciliation. Le 20 décembre 2013, elle a déposé sa demande devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant au paiement de 5'000'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 7 septembre 2010 et à la mainlevée définitive de l'opposition formée au second commandement de payer. Le Tribunal de première instance, par jugement du 24 novembre 2015, a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse le montant (de la garantie) de 5'000'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 7 septembre 2010 (ch. 1) et prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée par la débitrice au commandement de payer dans la poursuite n° xxx C. Statuant par arrêt du 4 novembre 2016, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel de la défenderesse et confirmé le jugement de première instance. C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal, concluant en substance au rejet de la demande et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation des conditions formelles de l'appel à la garantie, l'abus de droit (art. 2 CC) et, à cet égard, la violation des art. 3 et 8 CC, ainsi que l'arbitraire conduisant à la violation des art. 2, 3 et 8 CC. Par ordonnance présidentielle du 16 mars 2017, l'effet suspensif a été attribué au recours. L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. Les parties ont encore déposé chacune des observations.