Faits : A. X._ a été condamné, par jugement du Tribunal correctionnel genevois du 9 mai 2014, à une peine privative de liberté de trois ans et six mois, sous déduction de la détention subie avant jugement. Par décision du 10 novembre 2015, le Département genevois de la Sécurité et de l'économie (ci-après: DSE) a constaté que les conditions dans lesquelles s'était déroulée la détention de X._ entre le 9 mai et le 30 novembre 2014 étaient licites. B. Par arrêt du 16 août 2016, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, a rejeté le recours interjeté par X._ contre la décision du DSE. Il ressort de l'arrêt cantonal que, du 9 mai au 25 novembre 2014, la surface nette de la cellule que partageait X._ avec deux codétenus était de 10.83 m2 (surface de douche déduite). Il disposait dès lors d'une surface individuelle nette de 3.61 m2 durant 201 jours. Pendant cette période, il a bénéficié d'une heure de promenade quotidienne, d'une heure de sport hebdomadaire ainsi que de la possibilité de pratiquer une heure de sport supplémentaire deux à trois fois par semaine. Par ailleurs, il a travaillé dans un atelier cinq heures par jour durant cinq jours chaque semaine. C. X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'il soit constaté que ses conditions de détention étaient illicites du 9 mai au 25 novembre 2014 et qu'une indemnité de 63'200 fr. lui soit versée à titre de réparation. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Il requiert par ailleurs, le bénéfice de l'assistance judiciaire.