Faits : A. A.a. La société A._ SA (ci-après: la société), créée en 1976 et inscrite au registre du commerce du canton de Genève, a pour but les "prestations de nettoyage, d'hygiène et de services dans le domaine de l'entretien, de la maintenance et de l'exploitation de bâtiments, de matériels et de leur environnement; les prestations de services aux utilisateurs de locaux et à leur environnement; les prestations de désinfection et de traitement des déchets; les prestations de conseil et de formation professionnelle dans le domaine du nettoyage et de services". A.b. La société a acquis, le 1 er janvier 2005, la totalité des actions de C._ AG (ci-après: C._) au prix de 5'284'200 fr., le 1 er janvier 2006 de D._ AG (ci-après: D._) pour un prix de 4'281'376 fr. et, le 24 juillet 2009, de E._ SA (ci-après: E._) pour un prix de 5'762'000 fr. B. B.a. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2011, la société a déclaré comme suit les participations dans les trois sociétés (montants en francs suisses) : Nbre Désignation Brut Amortiss./ provision Net 250 C._ 2'477'550 467'775 2'009'775 200 D._ 3'253'816 217'672 3'036'144 100 E._ 4'732'000 500'000 4'232'000 Total 10'463'366 1'185'447 9'277'919 A la suite d'une demande de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale), la société a indiqué avoir calculé "l'amortissement" sur les participations de la manière suivante: date achat coût achat valeur fiscale selon propre estimation (méthode des praticiens) différence à amortir amortiss. annuel C._ 01.01.2005 5'284'200 1'542'000 3'742'200 467'775 D._ 01.01.2006 4'281'376 2'540'000 1'741'376 217'672 E._ 24.07.2009 5'762'000 1'126'718 4'635'282 500'000 Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a fixé, pour 2011, les impôt s cantonal et communal sur le bénéfice (ci-après: ICC) à 910'645 fr. 35 et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à 697'770 fr. 15. Elle a procédé à une reprise de 6'080'457 fr. dans le bénéfice (montant du "fonds d'amortissement" figurant au bilan de la société, correspondant à l'amortissement annuel de 1'185'447 fr. et aux amortissements cumulés 2005 à 2010 [4'895'010 fr.]) et dans le capital (dissolution des réserves latentes). Par décisions du 12 décembre 2017, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation formée par la société contre les bordereaux du 17 août 2017, en ce sens qu'elle a tenu compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise effectuée. Elle a fixé les ICC à 755'705 fr. 80 et l'IFD à 572'752 fr. 15. B.b. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2012, la société a déclaré les participations dans les trois sociétés de la manière suivante: Nbre Désignation Brut Amortiss./ provision Net 250 C._ 2'009'775 467'775 1'542'000 200 D._ 3'036'144 257'672 ( recte: 217'672) 2'778'472 ( recte: 2'818'472) 100 E._ 4'232'000 500'000 3'732'000 Total 9'277'919 1'225'447 ( recte: 1'185'447) 8'052'472 ( recte: 8'092'472) Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a procédé, pour 2012, à un redressement de 1'225'447 fr. dans le bénéfice imposable (montant annuel de l'amortissement déclaré), ainsi qu'à une reprise de 7'305'904 fr. dans le capital imposable (réserves latentes constituées par les amortissements depuis l'acquisition des participations). Elle a fixé les ICC à 470'046 fr. 05 et l'IFD à 298'790 fr. 40. Statuant sur réclamation, l'Administration cantonale a, le 19 décembre 2017, admis partiellement celle-ci, afin de tenir compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise. Elle a fixé les ICC à 431'279 fr. 50 et l'IFD à 273'633 fr. 40. B.c. Contre les décisions sur réclamation des 12 et 19 décembre 2017, la société a formé un recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance), en concluant à leur annulation. Devant cette autorité, elle a produit une étude de valorisation réalisée par B._ SA en janvier 2018 en application de la méthode " Discounted Cash Flow " (DCF) et corroborée par la méthode "des multiples", démontrant selon elle que les corrections de valeur annoncées n'étaient pas exagérées. Par jugement du 26 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance a très partiellement admis le recours et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour 2011, il a confirmé la reprise d'un montant de 6'080'457 fr. dans le bénéfice et le capital. En ce qui concerne 2012, il a fixé la reprise de l'amortissement annuel à 1'185'447 fr., au lieu de 1'225'447 fr., et a renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule l'IFD et les ICC 2012 en conséquence. B.d. La société a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 17 décembre 2019, la Cour de justice a rejeté le recours. En substance, elle a retenu que les "amortissements/provisions" déclarés par la contribuable en 2011 et 2012 sur les participations dans les trois sociétés n'étaient pas justifiés par l'usage commercial, ce qui autorisait les reprises effectuées par l'autorité fiscale. C. Contre l'arrêt du 17 décembre 2019, la société A._ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt querellé et à sa réforme en ce sens que les ICC et l'IFD 2011 et 2012 soient fixés d'après les éléments qu'elle avait déclarés pour chaque période fiscale (en tenant compte, pour 2012, du rectificatif résultant du jugement du Tribunal administratif de première instance du 26 novembre 2018). Subsidiairement, elle conclut, pour l'IFD 2011 et pour les ICC 2011 et 2012 à l'annulation de la reprise d'un montant de 4'895'010 fr., correspondant à la dissolution du "fonds d'amortissement" constitué par les amortissements déclarés entre 2005 et 2010. Plus subsidiairement, la société sollicite le renvoi à l'autorité précédente pour nouvelle décision. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale se rallie aux considérants de l'arrêt de la Cour de justice et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. La société A._ SA a déposé des observations, tout en maintenant ses conclusions.