Faits : A. Par jugement du 27 mars 2018, le Tribunal pénal de première instance du canton du Jura a condamné B._, pour viol, voies de fait et infraction à la loi fédérale sur les étrangers et l'intégration (LEI; RS 142.20), à une peine privative de liberté de 36 mois, dont 18 mois ferme et 18 mois avec sursis pendant cinq ans, et à une amende contraventionnelle de 200 francs. Sur le plan civil, il a condamné B._ à verser à A._ la somme de 10'000 fr. à titre de tort moral, avec intérêt à 5 % à compter du 30 juin 2015. B. Par jugement du 15 novembre 2018, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a admis l'appel formé par B._. Elle a libéré ce dernier des préventions de viol et de lésions corporelles simples, éventuellement de voies de fait, mais a maintenu la condamnation pour infraction à la loi fédérale sur les étrangers. Elle a prononcé une peine pécuniaire de 30 jours-amende avec sursis pendant deux ans, le montant du jour-amende étant fixé à 50 francs. En substance, elle a retenu les faits suivants: B.a. En novembre 2014, A._ est arrivée à Milan en provenance de la Côte d'Ivoire, avec de faux papiers. A la demande d'un ami africain, B._ est allé la chercher en Italie et l'a ramenée chez lui à Courtemautruy. Il l'a hébergée et, après quelques temps, ils ont entretenu des relations sexuelles. A._ vivait dans l'appartement de B._ qui subvenait à ses besoins. Pendant la journée, lorsque B._ était au travail, elle se rendait régulièrement chez les époux C._, voisins et amis de B._. Elle avait un téléphone à sa disposition qu'elle utilisait notamment pour contacter une amie domiciliée en France. Entre fin décembre 2014 et février 2015, B._ est parti en Côte d'Ivoire, laissant A._ seule à son domicile. Lorsqu'il est revenu à la fin du mois de février 2015, les relations entre les parties se sont détériorées. Pour autant, A._ a continué à vivre chez B._ jusqu'à la fin juin 2015 et elle est tombée enceinte. Le 25 juin 2015, elle a quitté le domicile de B._. C.C._ est venu la chercher et l'a conduite à Delémont chez sa soeur, D._. Par la suite, A._ s'est annoncée auprès d'un centre pour requérants d'asile et s'est finalement rendue à la police bâloise pour se plaindre d'avoir été violée par B._. B.b. La version des parties divergent sur les raisons de la détérioration de leurs relations et sur le caractère consenti ou non des relations sexuelles qu'elles ont entretenues après le retour d'Afrique de B._. Celui-ci prétend avoir appris en Afrique que A._ avait déjà un enfant; elle n'avait pas de papiers, contrairement à ce qu'elle lui avait dit, de sorte qu'elle se trouvait en situation irrégulière en Suisse et qu'il ne pouvait donc pas continuer à l'héberger. Il a cependant toléré qu'elle reste chez lui et a continué d'avoir des rapports sexuels avec elle; ceux-ci étaient librement consentis et il n'a jamais frappé ou menacé A._. Celle-ci explique, quant à elle, avoir constaté un changement d'attitude de B._ à son égard lorsqu'il est rentré d'Afrique en février 2015; elle a entendu une conversation téléphonique entre B._ et une femme en Côte d'Ivoire et elle a compris qu'il entretenait une relation avec elle. Elle a dès lors refusé d'avoir encore des rapport sexuels avec lui. B._ l'y a contrainte en la frappant et en la menaçant de la dénoncer à la police, ce qui aurait entraîné son renvoi en Afrique. Il la frappait tous les jours. Il l'a mise à la porte lorsqu'il a appris qu'elle était enceinte. La cour cantonale a considéré qu'il n'était pas possible de considérer que les déclarations de l'une des parties étaient plus crédibles que celles de l'autre et qu'il subsistait un doute insurmontable quant à la réalité des faits dénoncés par A._. Ainsi conformément au principe in dubio pro reo, elle a libéré B._ des préventions de viol et de lésions corporelles simples, éventuellement voies de fait, commises au préjudice de A._. C. Contre ce dernier jugement, A._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à la réforme du jugement en ce sens que B._ est condamné pour viol et lésions corporelles simples à une peine à dire de justice et qu'il lui doit paiement d'un montant de 10'000 fr. à titre de tort moral. A titre subsidiaire, elle sollicite l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement dans le sens des considérants. En outre, elle requiert l'assistance judiciaire.