Faits : A. La Fondation collective Trianon (ci-après: la fondation) est une institution de prévoyance inscrite au registre du commerce du canton de Genève; son but est de réaliser la prévoyance professionnelle selon la LPP en faveur d'employés de sociétés et d'indépendants affiliés ayant leur siège en Suisse. Depuis le 1 er janvier 2007, D._ (Switzerland) SA (ci-après: l'employeur) est affiliée en tant qu'employeur pour la prévoyance professionnelle de ses employés auprès de la Caisse de prévoyance de D._ SA au sein de la fondation (ci-après: la caisse). A la suite de plusieurs départs de collaborateurs en 2008, dont ceux de A._ et B._, l'employeur s'est adressé à la fondation, le 3 février 2009, pour lui faire part d'un cas de restructuration et lui a demandé de prendre toutes les mesures utiles. Dans un rapport de liquidation du 8 mars 2010, l'expert mandaté par la fondation a conclu à l'existence d'un cas de liquidation partielle au sens du règlement de liquidation partielle de la fondation, relevant que la restructuration avait impliqué une diminution des capitaux de prévoyance des assurés actifs de 59,95 % du 31 décembre 2007 au 31 octobre 2009. Le taux de couverture des prestations réglementaires atteignait 87,08 %. Ce rapport a été contesté par 13 assurés qui niaient l'existence même d'une restructuration et d'une situation de liquidation partielle. Saisi par la fondation en sa qualité d'autorité de surveillance, l'Office fédéral des assurances sociales (ci-après: l'OFAS) a invité l'expert à établir un plan de répartition et chargé le conseil de fondation de le mettre en oeuvre, par décision du 14 décembre 2011. B. B.a. Par trois arrêts du 16 mai 2013, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours de la fondation (C-498/2012) et partiellement les recours de deux assurés (C-541/2012 et C-543/2012) qui avait été dirigés contre la décision de l'OFAS du 14 décembre 2011. Il a reconnu un cas de liquidation partielle pour cause de restructuration pour la période du 3 février 2008 au 31 octobre 2009, date reportée au 31 décembre 2009. Le tribunal a jugé que la procédure de liquidation concernait l'ensemble des assurés sortis durant la période précitée, peu importe que les départs aient été volontaires ou non, impliquant pour chacun d'eux le versement d'une prestation de sortie établie selon le rapport de l'expert de la fondation du 8 mars 2010. L'affaire a été renvoyée pour nouvelle décision à l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de Genève (ci-après: l'autorité cantonale de surveillance), devenue compétente entretemps. Le 16 décembre 2014, l'autorité cantonale de surveillance a rendu une décision concernant la procédure de liquidation partielle de la caisse. Elle a notamment constaté que les conditions de la liquidation partielle étaient dûment réalisées, que la période déterminante pour la restructuration portait sur les années 2008-2009, que le cercle des assurés concernés par la liquidation partielle correspondait aux assurés sortis en 2008 et 2009, y compris l'assuré sorti volontairement, et admis que la fondation était en droit de retenir le découvert, tel que déterminé par le rapport sur la liquidation partielle du 8 mars 2010, sur la prestation de libre passage des assurés sortants. B.b. A._ et B._, qui avaient quitté l'employeur respectivement le 31 mars 2008 et le 30 avril 2008, ont déféré conjointement la décision du 16 décembre 2014 au Tribunal administratif fédéral. A titre principal, ils ont conclu à ce qu'il fût constaté que les conditions d'une liquidation partielle en 2008 n'étaient pas réunies en ce qui les concerne; à titre subsidiaire, ils ont conclu à l'annulation de la décision litigieuse et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure. Leur recours a été rejeté par jugement du Tribunal administratif fédéral du 19 décembre 2016. C. A._ et B._ interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement. Principalement, ils concluent à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Subsidiairement, ils demandent de réformer ce jugement et de constater que les conditions d'une liquidation partielle en 2008 n'étaient pas remplies en ce qui les concerne. Très subsidiairement, ils concluent à la réforme du jugement, en ce sens que les conditions d'une liquidation partielle en 2008 sont réunies, mais au renvoi au surplus de l'affaire à l'autorité inférieure pour détermination des montants dus au titre de transfert collectif de provisions et réserves de fluctuation et de l'éventuel transfert individuel ou collectif de fonds libres. L'autorité cantonale de surveillance et la fondation concluent au rejet du recours. L'OFAS a renoncé à se déterminer.