Faits : A. Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après: PALM). Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération. Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolleybus en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée, à l'exclusion de tout autre mode de transport). Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1 ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010. B. Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: les TL ou encore la société de transports) a requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après: tramway ou "t1"). En cours de procédure, les TL ont demandé d'intégrer à la concession une nouvelle liaison routière entre la rue de la Vigie et l'avenue Jules-Gonin (ci-après: liaison Vigie-Gonin). Après consultation des autorités fédérales, cantonales et communales, dite liaison routière a été intégrée à la concession. Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession n o 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Cette concession a pris effet le 1 er janvier 2012; elle est valable jusqu'au 31 décembre 2061. Les plans d'ensemble devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et la construction débuter après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018. Le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il a de même estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait au projet, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale (art. 6 al. 2 LCdF; cf. décision ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision p. 9 s.). C. Le 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril (Renens) et la liaison Vigie-Gonin (Lausanne). Le deuxième volet traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (ci-après: BHNS). Le troisième volet portait enfin sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (GAT). Le 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans (ci-après également: PAP) ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales à se déterminer jusqu'au 30 août 2012. L'OFT a également chargé le canton de procéder à la mise à l'enquête publique pendant 30 jours. L'enquête publique s'est déroulée du 12 juin au 12 juillet 2012. Elle a suscité 126 oppositions, dont celles de la société A._ SA ainsi que de B._, C._ SA, D._ SA, E._ Sàrl et F._ Sàrl (ci-après: B._ et consorts). Le 15 novembre 2012, le canton de Vaud a remis à l'OFT ses déterminations ainsi que celles de l'ensemble des services compétents. Ne remettant pas en cause la conformité du projet à son plan directeur cantonal, le canton de Vaud a cependant demandé que la construction de la bibliothèque communale (Maison du livre et du Patrimoine, ci-après également: MLP), prévue sous la liaison Vigie-Gonin, soit retirée de la PAP, estimant qu'une telle autorisation ne se justifiait pas sous l'angle de l'art. 18 LCdF. Les TL ont en conséquence été invités, le 19 novembre 2012, à examiner une variante au projet et, le cas échéant, de soumettre une modification de celui-ci à l'OFT. Le 20 mars 2013, l'OFT a transmis aux TL les préavis fédéraux des 14 juin 2012 (Caisse nationale d'assurances [CNA ou SUVA]), 11 et 17 décembre 2012 (Office fédéral des routes [OFROU]), 21 décembre 2012 (Inspection fédérale des installations à courant fort [ESTI] et Office fédéral de la culture [OFC]), 21 janvier 2013 (Office fédéral de l'environnement [OFEV]) et 12 mars 2013 (Office fédéral du développement territorial [ARE]). Les 25 septembre 2013 et 7 juillet 2014, la société de transports a indiqué à l'OFT envisager certaines modifications de son projet, notamment s'agissant de la suppression de la MLP. Ces modifications ont fait l'objet de deux enquêtes publiques complémentaires distinctes, dans le cadre desquelles différents intéressés ont formé opposition. D. Par décision du 7 mars 2016, l'OFT a approuvé le projet des TL du 22 mai 2012, modifié les 25 septembre 2013, 3 février et 20 août 2015 et complété une ultime fois le 4 février 2016. En ce qui concerne plus particulièrement la présente cause, l'office fédéral a rejeté l'opposition de la société A._ SA. Différents opposants, dont la société A._ SA, ont recouru contre cette décision au Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 2 février 2018, après avoir joint les causes, le tribunal a notamment rejeté le recours formé par la société A._ SA. Il a en substance considéré que la liberté économique de la recourante n'était pas atteinte de manière disproportionnée par le projet litigieux, plus particulièrement par les conséquences de la fermeture au trafic motorisé individuel (ci-après: TIM) du Grand-Pont et de la rue de Genève. E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué. Elle requiert également que la décision d'approbation des plans soit annulée, respectivement qu'elle soit rejetée. Subsidiairement, la société recourante conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle sollicite par ailleurs l'octroi de l'effet suspensif. Le Tribunal administratif fédéral conclut au rejet du recours. L'OFT demande également le rejet du recours, pour autant qu'il soit recevable. Il en va de même des TL. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV), renonce à se prononcer, estimant irrecevable le grief fondé sur l'art. 44 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01). La recourante a répliqué et s'est encore exprimée en dernier lieu le 30 novembre 2018. Par ordonnance du 8 mai 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a partiellement admis la requête d'effet suspensif, sous réserve - en résumé - de certains secteurs situés dans la région de Renens.