Faits : A. Le 13 mai 2013, Y._, qui était propriétaire de nombreux immeubles dans le canton de Genève, a fait inscrire une entreprise individuelle sous son nom au registre du commerce de la République et canton de Genève. Le but de cette entreprise était l'achat, la vente, la location, la gérance, la construction et la revente d'immeubles ainsi que toutes opérations y relatives. Le 9 octobre 2013, il a fait une demande de ruling auprès de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) pour procéder à une restructuration de son patrimoine immobilier. L'intéressé désirait transférer ses immeubles privés et commerciaux à trois sociétés à responsabilité limitée nouvellement créées, la société A._ Sàrl pour les immeubles privés, ainsi que les sociétés B._ Sàrl et X._ Sàrl pour les immeubles ou parts d'immeubles commerciaux. La société C._ Sàrl serait quant à elle détentrice des parts sociales des trois nouvelles sociétés, Y._ détenant l'entier des parts sociales de celle-ci dans sa fortune privée. La demande de ruling comportait une énumération des immeubles faisant partie de la fortune commerciale, respectivement privée de l'intéressé, ainsi que de ceux faisant l'objet du transfert aux trois sociétés. Par courrier du 11 octobre 2013, l'Administration fiscale a donné son accord aux incidences fiscales de cette restructuration, notamment l'absence de perception de droits de mutation. Le 22 novembre 2013, la société X._ Sàrl a été inscrite au registre du commerce et les actifs et passifs de Y._ ont été transférés à cette société au début du mois de décembre 2013, conformément à la demande du 9 octobre 2013. L'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce le 12 décembre 2013. Le 9 juillet 2015, Y._ a réinscrit l'entreprise individuelle précédemment radiée au registre du commerce. Le 2 septembre 2015, il a vendu à la société X._ Sàrl des immeubles qu'il détenait dans sa fortune commerciale, en copropriété à raison d'un tiers avec une autre société, au prix de 3'588'144 fr. (actifs de 19'574'227 fr. moins des passifs de 15'986'083 fr.). Le 29 septembre 2015, le notaire de Y._ a requis l'exonération des droits de mutation relatifs à ce transfert, ces immeubles ayant fait l'objet d'une promotion immobilière récente et ayant été oubliés par son client lors de la première restructuration. L'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce le 4 janvier 2016. B. Par décision de taxation du 2 février 2016, l'Administration fiscale a fixé les droits d'enregistrement (droits de mutation) à 587'231 fr. 10, sur la base d'une valeur de transfert de 19'574'227 francs. Y._, son notaire et la société X._ Sàrl ont tous trois élevé réclamation contre cette décision le 1 er mars 2016, estimant qu'aucun montant n'était dû au titre des droits de mutation pour le transfert intervenu le 2 septembre 2015. Cette réclamation a été rejetée par l'Administration fiscale dans une décision du 30 mars 2016. Le 2 mai 2016, les trois mêmes personnes ont contesté cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève qui, par jugement du 2 mai 2017, a rejeté le recours. Le 6 juin 2017, Y._, son notaire et la société X._ Sàrl ont interjeté recours contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 12 juin 2018, la Cour de justice a rejeté leur recours. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X._ Sàrl et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2018 et d'exempter de droits de mutation la transaction du 2 septembre 2015; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X._ Sàrl et Y._ ont confirmé leurs conclusions.