Faits : A. A.a. A._ est membre du personnel du Pouvoir judiciaire de la République et canton de Genève et occupe le poste de cadre supérieur avec responsabilités hiérarchiques. Sa fonction est colloquée en classe 27 et plus de l'échelle des traitements. Elle entrait dans le champ d'application de l'ancien article 23A de la loi [du canton de Genève] du 21 décembre 1973 concernant le traitement et les diverses prestations alloués aux membres du personnel de l'Etat, du pouvoir judiciaire et des établissements hospitaliers (LTrait; RS/GE B 5 15). Cette disposition était ainsi libellée: Dès le 1er janvier 2009 et jusqu'à l'entrée en vigueur d'une nouvelle évaluation des fonctions, les cadres dès la classe 27 exerçant des responsabilités hiérarchiques peuvent percevoir une indemnité, égale à 8,3 % de leur salaire annuel, versée en 13 mensualités. Le traitement, indemnité incluse, ne peut dépasser le montant correspondant à la classe 33, position 21, de l'échelle des traitements. Le Conseil d'Etat fixe par règlement la liste des bénéficiaires. A.b. Cette disposition est entrée en vigueur le 1er janvier 2009. Le même jour, une modification du règlement d'application du 17 octobre 1979 de la loi concernant le traitement et les diverses prestations alloués aux membres du personnel de l'Etat, du pouvoir judiciaire et des établissements hospitaliers (RTrait; RS/GE B 5 15.01) est entrée en vigueur, dont l'annexe contenait une "liste des fonctions de cadres supérieurs, classe 27 et plus, avec responsabilités hiérarchiques". Cette liste énumérait les fonctions concernées de médecins des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et de cadres supérieurs de l'administration cantonale, ainsi que du pouvoir judiciaire. A.c. L'art. 23A LTrait a été abrogé par la loi 11328 du 29 janvier 2015 intitulée "Loi modifiant la loi concernant le traitement et les diverses prestations alloués aux membres du personnel de l'Etat, du pouvoir judiciaire et des établissements hospitaliers (LTrait) (Suppression du 14e salaire des cadres supérieurs, dans un esprit de partage et de solidarité) ". Parallèlement à cette abrogation, cette loi a introduit dans la LTrait un art. 23B ainsi libellé: Art. 23B Personnel médical (nouveau) Dès l'entrée en vigueur de la loi 11328, du 29 janvier 2015, et jusqu'à l'entrée en vigueur d'une nouvelle évaluation des fonctions mais au plus tard jusqu'au 31 décembre 2017, les médecins des HUG dès la classe 27 exerçant des responsabilités hiérarchiques peuvent percevoir une indemnité, égale à 8,3 % de leur salaire annuel, versée en 13 mensualités. Le traitement, indemnité incluse, ne peut dépasser le montant correspondant à la classe 33, position 14, de l'échelle des traitements. Le Conseil d'Etat fixe par règlement la liste des bénéficiaires. La loi 11328 a été publiée dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (FAO) du 6 février 2015. Par arrêté du 25 mars 2015, paru dans la FAO du 27 mars 2015, le Conseil d'Etat a constaté l'expiration du délai référendaire et promulgué la loi qui est entrée en vigueur le lendemain. A.d. Le 20 avril 2015, la Commission de gestion du pouvoir judiciaire (ci-après: la commission de gestion) a informé A._ qu'en exécution de la nouvelle réglementation l'indemnité de 8,3 % serait supprimée à partir du mois d'avril 2015. B. Saisie d'un recours, la Cour d'appel du pouvoir judiciaire (ci-après: la cour d'appel) l'a rejeté par arrêt du 26 juillet 2016. C. A._ forme un recours en matière de droit public dans lequel elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au rétablissement en sa faveur de l'indemnité de 8,3 % sans interruption dès le 1er avril 2015. L'intimée conclut au rejet du recours, ce que demande également la cour d'appel. La recourante a fait part de ses observations par écriture du 15 mai 2017.