Faits : A. A._ travaillait comme technicien de service pour le compte de B._ AG. A ce titre, il était assuré contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Par déclaration d'accident du 15 août 2013, son employeur a annoncé à la CNA que le 13 juillet 2013, le prénommé avait été victime d'une agression physique par une tierce personne sur la route, au cours de laquelle il avait subi une luxation de l'épaule droite. Les premiers soins avaient été donnés à l'Hôpital C._. Le docteur D._, spécialiste FMH en médecine interne, a attesté une incapacité de travail totale depuis le 15 juillet 2013. La CNA a pris en charge les frais de traitement. Par ordonnance pénale du 11 mars 2014, le procureur du canton de U._ a reconnu E._ coupable de violation simple des règles de la circulation routière et de lésions corporelles simples à l'encontre de A._ en raison de cette agression. Cette ordonnance n'a pas été contestée. L'assuré a pour sa part contesté l'ordonnance pénale du 11 mars 2014 le reconnaissant coupable de violation simple des règles de la circulation routière et de voies de fait. Le 6 mai 2014, il a été acquitté de ces deux chefs d'accusation. S'agissant des voies de fait, le juge a constaté qu'il n'était pas exclu que le prévenu se fût contenté de se défendre. Par décision du 9 juillet 2015, confirmée sur opposition le 4 novembre 2015, la CNA a réduit les prestations en espèces auxquelles avait droit l'assuré de 50 %, au motif que celui-ci avait été impliqué dans une bagarre. B. Par jugement du 21 juin 2016, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours dont elle avait été saisie par A._ contre la décision sur opposition de la CNA. C. A._ interjette un recours en matière de droit public. Il conclut à l'annulation du jugement, implicitement à sa réforme, en ce sens qu'il a droit à des prestations en espèces pleines et entières, sans aucune réduction. La CNA conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.