Faits : A. A.a. Le 4 octobre 2014, une manifestation non autorisée dont le but était de protester contre le défilé du bicentenaire de la police a eu lieu à Genève. Environ 250 personnes, dont des membres de A._, y ont participé. Cette manifestation a dégénéré et des actes de violence sur des biens et des personnes ont été commis. X._ était en tête du cortège, vêtu notamment d'un pull à capuche noir et d'une casquette et filmait l'évènement au moyen d'une caméra. A la suite de diverses plaintes, une instruction pénale a été ouverte à l'encontre de X._ pour violence et menace contre les fonctionnaires (art. 285 CP) et émeute (art. 260 CP). Il lui était notamment reproché d'avoir pris part à ladite manifestation ainsi que d'avoir insulté, lors de celle-ci, un agent de police. A.b. Par ordonnance du 25 septembre 2015, le Ministère public de la République et canton de Genève a partiellement classé la procédure dirigée contre X._ du chef d'émeute, faute d'avoir pu établir avec certitude qu'il avait fait partie des manifestants ayant commis les dégâts du 4 octobre 2014. Les frais de procédure de 500 fr. étaient mis à sa charge et l'indemnité pour les frais de défense requise a été refusée. Par ordonnance pénale du même jour, le ministère public a notamment déclaré X._ coupable de violence ou menaces contre les autorités et les fonctionnaires (art. 285 CP) et d'injures (art. 177 al. 1 CP). A.c. Par arrêt du 18 décembre 2015, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours, a rejeté le recours formé par X._ contre l'ordonnance de classement partiel qu'elle a confirmée et l'a condamné aux frais de la procédure. A.d. Par arrêt du 31 octobre 2016 (6B_67/2016), le Tribunal fédéral a admis le recours de X._, a annulé l'arrêt du 18 décembre 2015 et a renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Il a jugé en substance que la mise à la charge de X._ des frais violait l'art. 426 al. 2 CPP. Il a estimé que dans la mesure où la question de l'indemnisation du prévenu (cf. art. 429 CPP) devait être traitée en relation avec celle des frais, le recours devait également être admis sur ce point. B. Par arrêt du 24 novembre 2016, la Cour de justice a laissé les frais de procédure de première instance et de la deuxième instance à la charge de l'Etat, alloué à X._ une indemnité de 5'158 fr. 30 et alloué à son avocat une indemnité de 2'000 francs. C. Le ministère public forme un recours en matière pénale contre l'arrêt cantonal et conclut à la réforme de cet arrêt en ce sens qu'aucune indemnité n'est octroyée à X._.