Faits : A. Dès le 2 juillet 2007, X._ (ci-après: l'employée) a travaillé en qualité de secrétaire de direction pour Z._ SA (ci-après: l'employeuse), pour un " salaire annuel AVS " de 88'400 fr. Le 4 juillet 2007, A._ (fils de l'administrateur de la société), supérieur hiérarchique de l'employée et chargé de gérer les dossiers du personnel, a remis à celle-ci une demande d'admission à l'assurance collective de prévoyance de B._ SA (ci-après: l'assureur), ainsi qu'un questionnaire de santé, ces deux documents ayant été préalablement complétés (soit l'en-tête pour le questionnaire) par la société employeuse. Sur invitation de A._, l'employée, assise à son bureau, a signé la demande d'admission et complété le questionnaire en indiquant son numéro AVS et en répondant aux questions de santé. Craignant d'être licenciée durant son temps d'essai, elle a intentionnellement répondu de manière incorrecte à deux questions, niant avoir entrepris un contrôle médical les cinq années précédentes ou pris régulièrement des médicaments (question e), et réfutant avoir souffert de troubles médicaux, psychiques, à la suite d'un accident, d'une maladie ou d'une infirmité (question h). Il n'est pas établi que A._ se serait tenu derrière l'employée au moment où elle a rempli le questionnaire médical, ni qu'il se trouvait dans le même bureau. Le supérieur hiérarchique a ensuite expédié les deux documents à l'assureur, sans garder de copie, sans que l'on sache sous quelle forme ils ont été communiqués à l'assurance. Par courrier du 21 décembre 2007, l'employée a été licenciée, avec effet au 31 janvier 2008, au motif que l'employeuse n'était pas satisfaite de ses prestations. L'employée a été en incapacité de travail pour raison de santé du 7 janvier au 31 mai 2008. Elle a ensuite été reconnue invalide à 100% dès le 21 décembre 2007. Par courrier du 19 novembre 2009, l'assureur a refusé d'allouer à son assurée des prestations allant au-delà des prestations LPP minimales légales du plan de prévoyance conclu avec l'employeuse. Elle invoque une réticence, l'employée n'ayant, selon elle, pas répondu de manière exacte au questionnaire de santé rempli le 4 juillet 2007. B. Par demande du 11 décembre 2013, l'employée (ci-après également: la demanderesse) a ouvert une action en responsabilité contre son employeuse (ci-après également: la défenderesse), concluant à ce que celle-ci lui verse le montant de 534'304 fr., intérêts en sus. La défenderesse a conclu au rejet de la demande. Par jugement du 8 février 2016, la Chambre patrimoniale du canton de Vaud a rejeté les conclusions prises par la demanderesse. Par arrêt du 7 juillet 2016, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par la demanderesse et confirmé le jugement entrepris. C. L'employée exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal vaudois. Elle conclut, principalement, à sa réforme en ce sens que la défenderesse soit condamnée à lui verser le montant de 534'304 fr., intérêts en sus, et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière inexacte et incomplète (art. 97 al. 1 LTF), d'avoir transgressé les art. 3 s. et 12 s. LPD, les art. 328, 328b et 362 CO, ainsi que l'art. 29 al. 1 Cst. (déni de justice). La société intimée conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Chacune des parties a encore déposé des observations.