Faits : A. A._, fondation en faveur des personnes handicapées du Jura bernois (ci-après: la Fondation), est propriétaire de la parcelle n° 22 du ban de la Commune de Tavannes, sur laquelle se trouve un immeuble classé digne de conservation (Objet-C) et faisant partie de l'ensemble-bâti A (Tavannes, Centre). Le 27 octobre 2014, la Fondation a déposé une demande de permis de construire auprès de la commune visant notamment à redistribuer et réaménager les chambres, les locaux de vie et les sanitaires et à remplacer les fenêtres et les portes. Dans le cadre de l'instruction de cette autorisation par la suppléante du préfet, durant le délai d'enquête, le Service des monuments historiques (ci-après: SMH) de l'Office de la culture du canton de Berne a déposé, le 25 novembre 2014, son rapport officiel. Ce service a en particulier expliqué que la réadaptation d'origine du fenestrage devait être prise en compte avec sa collaboration, prescrivant des fenêtres en bois munies de vitrages isolants et l'application de petits bois et croisillons fixés à l'intérieur du vitrage à fleur du vantail. Le SMH a confirmé ses exigences dans un courrier du 16 décembre 2014. Le 29 décembre 2014, la suppléante du préfet a constaté que le projet n'avait donné lieu à aucune opposition et a, de ce fait, autorisé le début anticipé des travaux. Par décision du 16 mars 2015, la suppléante du préfet a octroyé le permis de construire requis. Elle a retenu que les conditions posées dans le rapport du SMH du 25 novembre 2014 faisaient partie intégrante de la décision, à l'exception de l'exigence d'un fenestrage exclusivement en bois. Des fenêtres en bois-métal avec intégration de croisillons dans le double vitrage ont en définitive été autorisées. Cette décision a été notifiée à la Fondation, à la commune et au géomètre conservateur. B. Par courrier du 24 septembre 2015, le SMH a recouru auprès de la Direction des travaux publics, des transports et de l'énergie du canton de Berne (ci-après: TTE) contre la décision d'octroi du permis de construire du 16 mars 2015. Par décision du 10 mars 2016, la TTE a déclaré irrecevable le recours du SMH. Elle a cependant fait application de sa compétence de modifier d'office les décisions entachées de vices importants et a, sur cette base, imposé le remplacement des fenêtres en bois existantes par des fenêtres en bois avec intégration de croisillons dans le double vitrage, écartant par là même la possibilité d'installer des fenêtres en bois-métal. Le recours formé contre cette décision par la Fondation a été rejeté par jugement du Tribunal administratif du canton de Berne du 5 décembre 2017. En substance, les juges cantonaux sont arrivés à la conclusion que le SMH avait qualité pour recourir, dans la mesure où exiger de la part de ce service de déposer formellement une opposition, en plus du rapport officiel intervenu dans le délai d'enquête, constituerait une mesure excessivement formaliste; ils ont ensuite retenu que le SMH - à qui la décision litigieuse n'avait pas été communiquée - avait respecté le délai de trente jours dès la prise de connaissance de cette décision, qu'ils ont fixée, au plus tôt le 28 août 2015. Sur le fond, le Tribunal administratif a suivi l'appréciation de la TTE à teneur de laquelle la pose de fenêtre en bois-métal constituait une perte de substance portant une atteinte sérieuse au monument historique, non seulement au niveau architectural, mais également au niveau socio-culturel et que cette transformation était contraire au droit cantonal et à la jurisprudence cantonale; ainsi, c'était à bon droit que la TTE avait modifié le permis de construire octroyé par la préfecture et le recours de la Fondation devait être rejeté. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Fondation demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement cantonal ainsi que les chiffres 2, 3 et 4 de la décision du 10 mars 2016 de la TTE. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour prononcer lui-même l'annulation des chiffres précités de la décision de la TTE. La TTE, l'Office cantonal de la culture et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours. La commune de Tavannes n'a pas de commentaires à formuler. La recourante a répliqué.