Faits : A. Le 20 décembre 2012, la Direction générale des finances publiques françaises (ci-après: l'autorité requérante) a adressé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) deux demandes d'assistance administrative au sujet de la société française X._ Sàrl (ci-après: X._ France) en lien avec l'impôt sur les sociétés pour les années 2010 et 2011. L'autorité requérante exposait qu'elle avait constaté, au cours d'un contrôle fiscal dirigé contre X._ France, que celle-ci versait à deux sociétés suisses, X._ Holding Sàrl (ci-après: X._ Holding) et X._ Suisse Sàrl (ci-après: X._ Suisse) des montants à titre de rémunération de prestations de services, qu'elle déduisait de son bénéfice imposable. Or, ces trois sociétés étaient gérées par la même personne. L'autorité requérante souhaitait dès lors s'assurer de la réalité des prestations et demandait à cet effet à l'Administration fédérale les renseignements suivants, concernant respectivement X._ Holding et X._ Suisse (art. 105 al. 2 LTF) : - La société est-elle connue des autorités suisses? - Est-elle soumise au régime fiscal de droit commun? Quel est le taux d'impôt qui lui est appliqué et le montant d'impôt payé? Merci de communiquer la copie des bilans et des comptes de résultats 2010 et 2011. - Quelle est la nature de l'activité exercée par la société? Quels sont les moyens matériels et humains (locaux, personnel, actifs) dont dispose la société? - Merci de préciser le nom et l'adresse des dirigeants et associés, ainsi que la répartition du capital entre les associés par nature de titres. Déférant à des ordonnances de production, l'Administration fiscale du canton de Genève, X._ Holding et X._ Suisse ont transmis les informations demandées à l'Administration fédérale les 16 janvier et 22 avril 2014. B. Par décision finale du 14 octobre 2014, l'Administration fédérale a accordé l'assistance administrative à la France et décidé de lui transmettre en substance les informations suivantes (art. 105 al. 2 LTF) : - X._ Holding et X._ Suisse sont connues des autorités suisses, avec indication des dates auxquelles X._ Holding et X._ Suisse ont été inscrites au registre du commerce et une copie de leurs statuts. - Pour les années 2010 et 2011, X._ Suisse et X._ Holding étaient assujetties à l'impôt de manière illimitée aux impôts cantonaux, communaux et fédéral direct. Ont été indiqués les taux d'impôt sur le bénéfice et le capital appliqués, ainsi que les montants d'impôt qui en découlaient et qui ressortaient des décisions de taxation déjà établies. - X._ Suisse exerce une activité d'achat et de vente de pneumatiques en ligne en Suisse et à l'étranger. En 2010 et 2011, elle était domiciliée rue A._ à Carouge. Selon les informations reçues de la société, celle-ci disposait, pour l'année 2010, d'une surface d'environ 168 m2. Le loyer annuel s'élevait, selon les états financiers, à 65'621 francs. En 2011, la société disposait d'une surface de 238 m2 pour un loyer de 94'213 francs. - X._ Suisse a déclaré occuper en moyenne 7.33 personnes en 2010 et 10.27 personnes en 2011. - X._ Holding exerce une activité de société holding. En 2010 et 2011, elle occupait des locaux sis rue A._ à Carouge, que X._ Suisse a mis à sa disposition contre rémunération. - Durant la période sous contrôle, B._, domicilié à Genève, était l'unique associé gérant de X._ Suisse et de X._ Holding. - Une copie des bilans et comptes de résultat des sociétés pour les exercices 2010 et 2011 (sans les annexes aux comptes, jugées non pertinentes). X._ Suisse et X._ Holding ont interjeté recours contre la décision du 14 octobre 2014 de l'Administration fédérale, en concluant au rejet des demandes d'assistance administrative. Par arrêt du 25 septembre 2015, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours et annulé la décision querellée. En substance, il a considéré que les demandes d'assistance ne remplissaient pas la condition de la pertinence vraisemblable, que la France n'avait pas respecté le principe de la subsidiarité et qu'elle avait procédé à une pêche aux renseignements. C. L'Administration fédérale interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 25 septembre 2015. Elle conclut principalement, sous suite de frais, à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. Les intimées ont déposé une réponse et conclu à la confirmation de l'arrêt attaqué, sur laquelle l'Administration fédérale a renoncé à se déterminer.