Faits : A. Par jugement rendu le 29 novembre 2017 et rectifié le 5 décembre 2017, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a constaté que X._ avait commis des agissements constitutifs, du point de vue objectif, de tentative de meurtre, voies de fait qualifiées, mise en danger de la vie d'autrui, vol d'importance mineure, dommages à la propriété et violation de domicile, l'a déclaré pénalement irresponsable des actes qui lui étaient imputés selon le rapport d'irresponsabilité dressé le 5 décembre 2017 par le Ministère public central division affaires spéciales, a ordonné la mise en oeuvre d'un traitement institutionnel en faveur de X._ et a rejeté les conclusions civiles prises par A._, B._, C._, D._, F._, G._, H._, E._ et I._. B. Statuant le 31 mai 2018, la Cour d'appel pénale vaudoise a rejeté les appels de X._, F._, G._ et H._. Admettant partiellement ceux de A._, B._, C._, D._ et E._, elle a déclaré que X._ doit payer à A._ la somme de 5'000 fr. à titre de réparation morale et de 463 fr. 10 à titre de dépens; à B._, la somme de 2'500 fr. à titre de réparation morale et de 329 fr. à titre de dépens; à C._, la somme de 2'500 fr. à titre de réparation morale et de 329 fr. à titre de dépens; à D._, la somme de 2'500 fr. à titre de réparation morale et de 329 fr. à titre de dépens; à E._, la somme de 2'500 fr. à titre de réparation morale et de 1'750 fr. à titre de dépens. B.a. En ce qui concerne les événements du 17 septembre 2016, la Cour d'appel pénale a retenu les faits suivants. Le 17 septembre 2016 vers 2h00, à J._, une patrouille de police constituée du sergent K._ et de l'appointée A._ est intervenue au domicile de X._ à la suite d'un accident de la circulation. A leur arrivée, les agents ont sonné à la porte d'entrée de la maison et ont tenté d'entrer en contact avec X._ en s'annonçant et en lui indiquant la raison de leur venue. Ils se sont ensuite dirigés du côté sud de la villa, dans le jardin, où des bruits de volets et de portes ont retenti. X._ a crié « au secours, au secours ». Les policiers lui ont alors dit « Monsieur c'est la police, on aimerait vous parler », ce à quoi il a répliqué « bande d'assassins ». Puis, les agents se sont déplacés du côté ouest de la villa et se sont positionnés derrière la voiture de marque L._ de couleur noire. K._ a contacté par radio le centre d'engagement et de transmissions (ci-après : CET) afin de savoir si X._ détenait une arme à feu et a demandé des renforts. Une deuxième patrouille est arrivée en soutien, composée des appointés M._ et N._. Les quatre intervenants sur place se sont munis de gilets lourds. M._ a pris contact avec le CET et leur a annoncé une prise d'otage. X._ a tiré plusieurs coups de feu au moyen de son arme SIG modèle P210 depuis le côté sud-ouest de la villa, sans que l'enquête ait pu déterminer dans quelle direction ces tirs ont eu lieu. M._ s'est déplacé derrière le véhicule de la première patrouille, stationnée parallèlement à la façade nord de la maison, tandis que A._ était positionnée le long de la haie côté ouest de la villa, munie d'un pistolet mitrailleur HK. Ils sont restés ainsi en position jusqu'à l'arrivée des gendarmes en renfort. Ensuite, M._ a demandé à A._ de prendre sa position derrière la voiture de la première patrouille, ce qu'elle a fait. Lorsqu'elle s'est positionnée derrière dit véhicule, la lumière automatique extérieure s'est enclenchée et X._ a crié : « c'est qui qui est là ? ». A._ s'est alors baissée derrière le véhicule, avant de se redresser une dizaine de secondes plus tard, en position de contre-tireur, avec son pistolet mitrailleur HK pointé en direction de la villa. Quelques instants plus tard, elle s'est relevée, a entendu une détonation et a vu la flamme d'un coup de feu se diriger à son encontre depuis le côté ouest de la villa. Elle s'est immédiatement accroupie derrière la voiture, en état de choc. En tout, X._ a visé et tiré dans sa direction à tout le moins à quatre reprises, selon les impacts de balle retrouvées au niveau du véhicule. Elle a pu être exfiltrée par ses collègues gendarmes, soit notamment E._, D._, B._ et C._, qui avaient formé une colonne d'assaut et s'étaient munis de boucliers de protection balistique. Pendant ce laps de temps, plusieurs autres coups de feu ont retenti. X._ a tiré deux fois en direction de la colonne d'assaut et le gendarme B._ a riposté en tirant, à son tour, deux coups de feu. X._ a, à nouveau, fait feu à deux reprises, si bien que B._ a répliqué en tirant deux coups de feu en direction de la façade nord de la villa, appuyé par son collègue C._ qui, lui-même, a tiré à une reprise. Finalement, le Détachement Action Rapide et de Dissuasion (ci-après : DARD) et le Groupe d'intervention de la police municipale de O._ sont intervenus et l'intéressé a été interpellé par les forces de l'ordre à 02h45. B.b. Pour les besoins de la cause, X._ a été soumis à une expertise psychiatrique confiée à la Dresse P._ et la psychologue Q._. Dans un rapport du 6 avril 2017, les expertes ont posé le diagnostic de schizophrénie paranoïde continue. La pathologie de X._ était décompensée au moment des faits qui lui sont reprochés. Il avait perdu son ancrage dans la réalité et appréhendait son environnement en fonction de sa compréhension délirante. Son comportement était fortement irrationnel, il se sentait assiégé, persécuté par la police, essayait d'obtenir le secours des gendarmes contre la police. Les expertes ont conclu à une irresponsabilité pénale complète de X._ et préconisaient un traitement institutionnel au sens de l'art. 59 CP, qui devrait débuter dans un établissement fermé adapté tel que R._. En date du 26 mai 2017, les expertes ont complété leur rapport, confirmant leur conclusions en ce sens que X._ souffre d'une pathologie psychotique grave, décompensée, dont il est totalement anosognosique, qui se manifeste par des troubles du comportement avec hétéro-agressivité. Un second complément a été déposé en date du 14 juin 2017, sans modification des conclusions. C. X._, agissant par l'intermédiaire de son mandataire, forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais, à la réforme du jugement de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois en ce sens qu'aucune réparation morale n'est allouée à A._, B._, C._, D._ et E._, qu'il est libéré de tous dépens mis à sa charge par le jugement précité, et que le séquestre prononcé sur les montants de 11'350 fr. et 6 fr. 50 est levé et les sommes précitées lui sont restituées. Il sollicite également le bénéfice de l'assistance judiciaire et l'octroi de l'effet suspensif au recours. Par acte du 5 août 2018, X._, agissant en personne, a également fait parvenir des " commentaires " sur le recours, à l'issue desquels il conclut à sa libération ainsi qu'au versement d'une réparation financière. D. Par ordonnance du 10 août 2018, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif. E. Invités à se déterminer, le ministère public et la cour cantonale y ont renoncé, cette dernière se référant au jugement entrepris. A._, B._, C._, D._ et E._ ont présenté des observations sur le recours formé par le mandataire du recourant. X._ a répliqué en personne et par l'intermédiaire de son mandataire.