Faits : A. A.a. Par contrat du 30 novembre 2010, A.C._ et B.C._ ont pris à bail un appartement de six pièces au 3e étage d'un immeuble à..., appartenant à X._ SA. Le loyer a été fixé à 38'064 fr. par an, soit 3'172 fr. par mois. Le même jour, ils ont également pris à bail une place de parking dans le sous-sol de l'immeuble pour un loyer de 1'800 fr. par an, soit 150 fr. par mois. A.b. Par courrier du 20 novembre 2013, les locataires ont mis la bailleresse en demeure de réparer un certain nombre de défauts, dont la chaleur excessive dans l'appartement, nécessitant la pose de stores ou de toiles de tente, le manque de propreté des locaux communs de l'immeuble, des infiltrations d'eau dans le parking souterrain et un dysfonctionnement de la porte du garage, ainsi que le défaut de la porte palière, nécessitant son renforcement. B. Le 27 décembre 2013, par deux requêtes, l'une concernant l'appartement et l'autre la place de parking, les locataires ont ouvert action contre la bailleresse, concluant notamment à l'exécution de certains travaux et à la réduction des loyers en raison des défauts. A la suite de l'échec de la conciliation, les locataires ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 4 août 2014. Par jugement du 21 septembre 2015, le Tribunal a notamment condamné la bailleresse à installer des stores ou des toiles de tente sur la fenêtre du balcon sud de l'appartement (ch. 4) et accordé aux locataires une réduction du loyer de l'appartement de 5% " du 13 avril 2010 " (sans que l'on comprenne son raisonnement, le contrat de bail n'ayant été conclu que le 30 novembre 2010) jusqu'à l'installation desdits stores ou toiles (ch. 5), accordé une réduction du loyer de la place de parking de 5% du 20 novembre 2013 au 30 septembre 2014 (infiltrations d'eau) et de 5% du 28 juin 2013 au 31 octobre 2014 (porte du garage). Il a rejeté la demande de remplacement du cylindre de la porte palière et la réduction de loyer demandée pour défaut de propreté des espaces communs de l'immeuble. Statuant le 5 septembre 2016, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a, sur les points litigieux, réformé ce jugement en ce sens que la bailleresse doit remplacer le cylindre de la porte palière, que la réduction du loyer de l'appartement est admise à concurrence de 7,5% du 1er juillet 2014 jusqu'à l'installation de stores ou de toiles de tente sur le balcon et de 5% du 1er juillet 2013 au 31 janvier 2015 en raison du manque de propreté des locaux communs, que la réduction du loyer de la place de parking est admise à raison de 5% du 1er juin 2013 au 30 septembre 2014 (infiltrations d'eau) et de 5% du 25 juillet 2012 au 31 octobre 2014 (défaut de fermeture de la porte du garage). C. Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire le 10 octobre 2016, concluant en substance à ce que les conclusions des locataires en exécution de travaux et en réduction de loyers soient rejetées. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. Les intimés ont conclu à l'irrecevabilité du recours en matière civile, respectivement à son rejet, et subsidiairement au rejet du recours constitutionnel subsidiaire. Les parties ont encore déposé chacune des observations. L'effet suspensif a été attribué aux recours par ordonnance présidentielle du 7 novembre 2016.