Faits : A. A.a. A compter du 1er janvier 2016, A._ SA (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à X._ Sàrl, Y._ et Z._ (ci-après, pris ensemble: les locataires) un espace showroom à... pour un loyer mensuel de 3'279 fr., avec un acompte de charges de 267 fr. en sus. Par courrier du 21 novembre 2016, les loyers et frais accessoires des mois d'octobre et novembre 2016 n'ayant pas été payés, la bailleresse a sommé les locataires de lui payer le montant de 8'163 fr. 85 dans un délai de 30 jours, les menaçant de résilier le bail conformément à l'art. 257d al. 2 CO à défaut de paiement dans le délai imparti. Les locataires ne s'étant pas acquittés du montant réclamé, la bailleresse a résilié le bail le 19 janvier 2017, par avis recommandés sur formule officielle, avec effet au 28 février 2017. A.b. Le 6 février 2017, X._ Sàrl a invoqué des défauts et fait valoir en compensation des factures demeurées impayées par la bailleresse. Elle a en outre fait notifier à la bailleresse un commandement de payer de 194'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 7 février 2017, en indiquant comme cause une facture du 1er février 2017. La bailleresse a fait opposition totale au commandement de payer et a indiqué aux locataires, par courrier du 15 février 2017, qu'elle n'avait jamais reçu de facture, qu'elle ignorait la nature du montant réclamé et qu'elle requérait une copie de la facture dont ils se prévalaient. A.c. Par requête du 16 février 2017 adressée à la commission de conciliation, X._ Sàrl a ouvert action en annulation de la résiliation du bail, subsidiairement en prolongation de celui-ci. Par requête de conciliation du 15 mai 2017 adressée au Président du Tribunal d'arrondissement de La Côte, les locataires ont ouvert action en paiement contre la bailleresse, pour un montant de 100'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2016. B. B.a. Le 6 mars 2017, la bailleresse a requis du juge de paix du district de Morges l'expulsion des locataires selon la procédure de protection dans les cas clairs (art. 257 CPC). Les locataires se sont déterminés sur cette requête le 15 mai 2017, concluant à son rejet. Par ordonnance du 14 juin 2017, le juge de paix a ordonné aux trois locataires de restituer les locaux d'ici au vendredi 30 juin 2017, à midi. B.b. Seuls deux locataires, soit X._ Sàrl et Y._, ont interjeté appel contre l'ordonnance du 14 juin 2017. Statuant le 30 octobre 2017, la Cour d'appel civile du tribunal cantonal du canton de Vaud a déclaré l'appel irrecevable et, par surabondance, l'a rejeté en ce qui concerne la compensation. C. Contre l'arrêt de la Cour d'appel civile, qui leur a été notifié le 3 novembre 2017, X._ Sàrl et Y._ ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 29 novembre 2017. Ils ont conclu préalablement à l'octroi de l'effet suspensif au recours, principalement à la réforme de l'arrêt, en ce sens que l'ordonnance du 14 juin 2017 soit annulée et la requête d'annulation de la résiliation du bail du 15 mai 2017 soit instruite, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause aux autorités cantonales pour nouveau jugement. Ils se plaignent de violation des art. 70 al. 1 et 257 CPC et de déni de justice. La requête d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 4 décembre 2017. L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer.