Faits : A. Les époux A._ se sont mariés en 2001. Trois enfants sont issus de leur union : C._, né en 2004, D._, née en 2005 et E._, née en 2007. Les parties vivent séparées depuis le mois de novembre 2011. Elles s'étaient convenues d'une garde alternée sur leurs enfants et ceux-ci ont été scolarisés en France voisine, au nouveau domicile du père. A.a. Par demande unilatérale du 3 septembre 2012, le père a ouvert action en divorce. A.b. La vie séparée des parties a été réglementée par plusieurs ordonnances de mesures provisionnelles. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 11 décembre 2012, le droit de garde sur les enfants a été attribué à la mère. En juillet 2013, la mère a déménagé avec les enfants dans la région zurichoise, d'où elle est originaire. Le droit de garde de la mère sur les enfants a été maintenu par ordonnance du 2 septembre 2013. Le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé cette ordonnance en appel, par arrêt du 8 janvier 2014. Depuis la rentrée 2013, les enfants ont été scolarisés dans le canton de Zurich. A.c. En cours d'instance de divorce, le Centre d'aide à l'enfance et à la jeunesse du canton de Zurich (Kinder- und Jugendhilfe, ci-après : Kjz) et le Service de protection de la jeunesse du canton de Vaud (ci-après : SPJ) ont été mandatés pour évaluer les conditions de vie des enfants auprès de chacun des parents. Une expertise familiale tendant a faire une évaluation globale de la situation a également été ordonnée, confiée à un spécialiste en psychologie légale. Un rapport d'expertise a ainsi été déposé le 1 er février 2016 et un complément le 6 avril 2016. Tant les deux offices que l'expert ont relevé, en substance, que l'attribution de la garde des enfants était secondaire, au contraire de la problématique des parents d'assumer leur part de responsabilité dans le conflit conjugal et de s'y désengager. B. Par requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles du 13 mai 2016, le père a conclu à l'attribution de la garde sur les trois enfants, sous réserve d'un droit de visite de la mère, à raison d'un week-end sur deux et durant la moitié des vacances scolaires, et à ce qu'aucune contribution d'entretien ne soit due, sous réserve d'une éventuelle proposition de la mère en faveur des enfants. B.a. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 19 août 2016, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a confié la garde des trois enfants au père, réservé à la mère un droit de visite s'exerçant à raison d'un week-end sur deux, du vendredi au dimanche, et durant la moitié des vacances scolaires, le passage des enfants s'effectuant en gare de Zurich HB le vendredi soir, à charge pour le père de les y accompagner, et en gare de Genève-Aéroport le dimanche soir, à charge de la mère de les y accompagner, astreint le père à contribuer à l'entretien de la mère par le versement d'une pension mensuelle de 700 fr., dès le transfert effectif des enfants, et condamné la mère à verser, en faveur des trois enfants, le montant des éventuelles allocations familiales qu'elle percevrait, dès le transfert effectif de la garde. Cette ordonnance a été rendue alors que les enfants se trouvaient en vacances avec leur père. A leur retour le 21 août 2016, les enfants ont passé une semaine auprès de leur mère et ont été raccompagnés par celle-ci à Genève le 28 août 2016, dans le but de préparer la rentrée scolaire du 1 er septembre 2016 en France voisine. Le 25 août 2016, la mère a formé appel, concluant à ce que la garde sur les enfants lui soit confiée, sous réserve d'un droit de visite du père un week-end sur deux et durant la moitié des vacances scolaires, et à ce que le père soit astreint à contribuer à l'entretien des siens par le versement d'une pension mensuelle de 4'400 fr., allocations familiales en sus. B.b. Statuant par arrêt du 2 septembre 2016, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel et confirmé l'ordonnance du 19 août 2016 de la Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte. C. Par acte du 29 septembre 2016, A.A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et, principalement, à sa réforme en ce sens que la garde sur les enfants lui est confiée, sous réserve d'un droit de visite du père un week-end sur deux du vendredi au dimanche, et durant la moitié des vacances scolaires, et à ce que le père soit astreint à contribuer à l'entretien des siens, dès et y compris le 1 er août 2016, par le versement d'une pension mensuelle de 4'400 fr., allocations familiales en sus; subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité précédente.