Faits : A. A._ SA a entrepris des travaux de rénovation dans des appartements d'un immeuble situé sur la parcelle n o 2346 de la commune de Vernier dont elle est propriétaire. Lors d'une inspection le 20 juin 2013, le Service de toxicologie de l'environnement bâti (ci-après: STEB) a constaté que deux chantiers de rénovation avaient été entrepris aux 15ème et 22ème étages de cet immeuble, sis au 8 de l'avenue du Lignon; selon le procès-verbal d'inspection, des interventions sans précaution, en l'absence de diagnostic amiante avant travaux, avaient été entreprises sur des matériaux susceptibles de contenir de l'amiante. Le laboratoire B._ SA a procédé à l'examen d'échantillons prélevés sur place par le STEB et a constaté, dans son rapport du 26 juin 2013, la présence d'amiante chrysotile dans la colle ainsi que dans les dallettes de sol des cuisines des appartements. Par décision du 26 juin 2013 (déclarée exécutoire nonobstant recours), le Département genevois de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement (devenu depuis lors le Département de l'environnement, des transports et de l'agriculture [DETA]), soit pour lui le STEB, a ordonné la suspension immédiate des chantiers et la réalisation d'une expertise amiante; A._ devait mandater une entreprise de désamiantage reconnue pour retirer les matériaux amiantés qui avaient été endommagés par les travaux; la reprise des travaux était conditionnée à la remise de divers rapports. Le 16 octobre 2013, le STEB a constaté, lors d'une nouvelle inspection locale, que A._ n'avait pas réalisé d'expertise amiante et que les travaux étaient en cours d'achèvement au 15 ème étage et achevés au 22 ème étage, l'appartement étant occupé par une locataire (cf. procès-verbaux d'inspection du 16 octobre 2013). Le même jour, le STEB a inspecté un chantier de rénovation d'un appartement du 14ème étage; il a constaté que des interventions sans précaution, en l'absence de diagnostic amiante avant travaux, avaient été entreprises sur des matériaux susceptibles de contenir de l'amiante. Le DETA a ordonné, le 18 octobre 2013, les mêmes mesures que celles exigées dans sa décision du 26 juin 2013 (suspension des travaux et réalisation d'une expertise amiante). Le DETA a ordonné, par décision du 22 octobre 2013, l'assainissement de cet appartement dès lors que de l'amiante chrysotile avait été identifiée par le laboratoire B._ dans les colles de la cuisine et de la véranda de l'appartement. Le 13 novembre 2013, le DETA a ordonné l'assainissement d'un appartement du 19 ème étage dont la rénovation avait été entreprise sans diagnostic amiante avant travaux et dans lequel de l'amiante chrysotile avait été identifiée par le laboratoire B._ dans la colle et les dallettes de sol de la cuisine, ainsi que dans du mastic vitrier et de la poussière du sol du palier. B. Par décision du 26 janvier 2015, le DETA a infligé à A._ une amende administrative de 200'000 francs, en raison du non-respect des décisions des 26 juin, 18 et 22 octobre 2013. Le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a, par jugement du 16 septembre 2015, admis partiellement le recours formé par A._ contre cette décision et a fixé le montant de l'amende à 105'000 francs. Par arrêt du 29 novembre 2016, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ contre le jugement du 16 septembre 2015. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt entrepris en ce sens qu'aucune amende ne lui soit infligée, subsidiairement que l'amende soit fixée au maximum à 5'000 francs. A titre encore plus subsidiaire, elle conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision. La cour cantonale n'a pas d'observations à formuler et se réfère aux considérants de son arrêt. Aux termes de ses observations, le DETA a conclu au rejet du recours. La recourante n'a pas répliqué.