Faits : A. Par jugement du 29 août 2018, le Tribunal de police du Littoral et du Val-de-Travers a reconnu X._ coupable de vols par métier, dommages à la propriété et violations de domicile et l'a condamné à une peine privative de liberté de 12 mois, sous déduction de la détention subie avant jugement, avec sursis pendant 2 ans. Il a ordonné son expulsion du territoire suisse pour une durée de 5 ans. Par ce même jugement, B._, C._ et E._ ont été reconnus coupables des mêmes infractions, les deux derniers, en application de la procédure par défaut. D._ a été reconnu coupable de complicité de vols par métier, dommages à la propriété et violations de domicile. F._ a été acquitté. B. Statuant sur appel de X._, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois l'a admis partiellement (les conclusions formelles étant rejetées) en ce sens qu'elle a abandonné l'aggravante du métier et a ramené la peine privative de liberté à 8 mois, avec sursis pendant 2 ans. Pour le surplus, elle a confirmé le jugement de première instance. En substance, le jugement cantonal repose sur les faits suivants. Le 5 février 2017, entre 1h30 et 3h05, de concert avec C._, X._ a causé des dégâts au Centre commercial H._ de U._ afin d'y pénétrer et y a soustrait, dans un dessein d'enrichissement illégitime, des paquets et des cartouches de cigarettes. Les dommages se sont élevés à 13'600 fr. et le butin à 30'000 francs. Le 11 février 2017, entre minuit et 02h15, au centre commercial I._ à V._, de concert avec B._, C._ et E._, X._, passager d'une fourgonnette qu'il s'est procurée, a indiqué la route à suivre et a participé au vol par effraction lors duquel ont été soustraits, dans un dessein d'enrichissement illégitime, des paquets et des cartouches de cigarettes ainsi qu'un coffre-fort. Les dommages totaux se sont élevés à 16'338 fr. 25 et le butin total à 70'881 fr. 80. C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement cantonal et conclut, principalement, à son acquittement complet et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'elle complète l'instruction au sens des considérants. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.