Faits : A. Par jugement du 15 février 2016, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a reconnu X._ coupable de calomnie (art. 174 CP) et l'a condamnée à une peine pécuniaire avec sursis de 70 jours-amende à 70 fr. le jour, ainsi qu'à une amende de 1'000 francs. Il l'a également condamnée à verser à A._ un montant de 1'500 fr. à titre d'indemnité pour tort moral et de 4'800 fr. à titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par la procédure de première instance. B. Statuant sur l'appel de X._, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté par jugement du 1er juillet 2016. Elle a également admis la requête d'indemnité déposée par A._ pour les dépenses occasionnées par la seconde instance fondée sur l'art. 433 CP et lui a alloué 1'909 fr. 45 à ce titre. En résumé, la cour cantonale a retenu les faits suivants: Dans le courant de l'année 2014 et jusqu'au début de l'année 2015, X._, née en 1967, alors assistante en formation au Centre Social Régional de B._, a, sachant que cela était faux, déclaré à plusieurs personnes de son entourage professionnel, ainsi que dans le cadre de l'École sociale, qu'elle était victime de mobbing de la part de sa cheffe d'unité et supérieure hiérarchique, A._. Les actes de mobbing auraient débuté lorsque celle-ci lui aurait fait des avances d'ordre affectif et sentimental auxquelles elle n'aurait pas cédé. A._ a déposé plainte pénale le 4 février 2015, après avoir appris de tiers que X._ l'accusait de mobbing et de harcèlement. C. Contre le jugement cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à sa libération de l'accusation de calomnie et au versement d'une indemnité en application de l'art. 429 al. 1 let. a CPP. Subsidiairement, elle conclut à ce que le jugement attaqué soit réformé en ce sens qu'un montant de 1'453 fr. soit alloué à A._, au titre de l'art. 433 CPP, pour les dépenses occasionnées par la procédure cantonale d'appel.