Faits : A. Par ordonnance du 15 août 2018, le Ministère public de la République et canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur la plainte déposée par X._ et laissé les frais à la charge de l'Etat. B. Par arrêt du 10 octobre 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice a rejeté le recours formé par X._ contre cette ordonnance. En substance, il ressort de cet arrêt les éléments suivants. B.a. Le 23 novembre 2017, X._, né en 1968, a été arrêté par la police alors qu'il se trouvait dans le bâtiment universitaire A._, à B._. Il faisait alors l'objet de deux plaintes pénales: l'une émanait d'une agente de sécurité privée en poste à A._, employée de C._ SA, en relation avec des actes d'exhibitionnisme qui auraient été commis le 29 septembre 2017, alors que l'autre avait été déposée par l'Université de B._ pour violation de domicile, celle-ci lui reprochant de s'être rendu à réitérées reprises dans les locaux de l'université en dépit d'une interdiction d'entrée qui lui avait été signifiée le 24 septembre 2014 pour une durée illimitée. Emmené dans un premier temps au poste de D._ en vue d'y être fouillé et interrogé, l'intéressé a ensuite été transféré à l'Hôtel de police E._. Lors de son interrogatoire, il a contesté toute implication dans les actes d'exhibitionnisme qui lui étaient reprochés, se prétendant victime de calomnies. Pour le surplus, il s'est refusé à toute déclaration, faisant usage de son droit de se taire. Par ordonnance pénale du 24 novembre 2017, le Ministère public de la République et canton de Genève a condamné X._ pour violation de domicile (art. 186 CP) et exhibitionnisme (art. 194 al. 1 CP) à une peine pécuniaire de 45 jours-amende, à 30 fr. le jour, avec sursis pendant 3 ans. L'intéressé ayant formé opposition le 26 novembre 2017, le Ministère public a décidé de maintenir l'ordonnance pénale et de transmettre le dossier au Tribunal de police. B.b. Le 24 janvier 2018, X._ a déposé plainte auprès du Ministère public de la République et canton de Genève à raison des circonstances dans lesquelles la police était intervenue dans le cadre de son arrestation le 23 novembre 2017. Il reprochait en substance aux agents de police du poste de D._ et de l'hôtel de police E._ de l'avoir brutalisé, lui causant diverses lésions en particulier à la suite de son refus de se soumettre à la prise de ses empreintes digitales et à un frottis de la muqueuse buccale en vue de l'établissement de son profil ADN. Dans sa plainte, X._ est en outre revenu sur les motifs de son arrestation, arguant qu'il faisait l'objet depuis plusieurs années d'un " harcèlement " de l'Université de B._ et des employés de C._ SA, qui refusaient de manière injustifiée sa présence dans les bâtiments universitaires. B.c. Le 18 juillet 2018, l'Inspection générale des services (IGS), organe chargé des tâches de police judiciaire concernant les membres du personnel de la police (art. 63 al. 1 de la Loi genevoise sur la police [LPol/GE; RS/GE F 1 05]), a établi un rapport à l'attention du ministère public, après avoir notamment auditionné les agents F._ et G._, deux agents de sécurité publique qui avaient pris en charge le plaignant lors de son passage dans les locaux de sûreté de l'hôtel de police E._ les 23 et 24 novembre 2017. Il en ressort qu'après avoir fouillé l'intéressé au poste de police de D._, des agents de police avaient tenté de l'identifier formellement au moyen de ses empreintes digitales (test AFIS), mais qu'ils n'y étaient toutefois pas parvenus en raison de sa résistance. Conduit ensuite à l'hôtel de police E._, X._ avait manifesté une nouvelle fois son refus de laisser la police prendre ses données signalétiques (cf. art. 260 CPP) ainsi que d'effectuer un prélèvement non invasif d'échantillon de son ADN (cf. art. 255 al. 2 let. a CPP) par frottis de la muqueuse jugale. Le 24 novembre 2017, la Procureure de permanence a alors rendu deux ordonnances portant sur l'exécution de ces mesures. Dès cet instant, l'agent F._ avait pris le temps de négocier longuement avec l'intéressé, lui expliquant notamment que, s'il continuait à opposer de la résistance, la contrainte serait exercée, conformément à ce que prévoyaient les ordonnances rendues par le ministère public. Les négociations n'ayant pas abouti, les agents F._ et G._ avaient finalement saisi X._ chacun par un bras en prise d'escorte pour le conduire dans les locaux de la Brigade de police technique et scientifique (BPTS), également situés à l'hôtel de police. Sur place, X._ gardant les poings fermés, les agents avaient dû réaliser une clé de poignet, ce qui a amené l'intéressé à ouvrir sa main et permis aux agents de procéder à la prise des empreintes. Ils avaient en outre dû pincer le nez de l'intéressé pour permettre à un collaborateur de la BPTS de procéder au prélèvement d'ADN par frottis de la muqueuse jugale. B.d. Par arrêt du 1 er mars 2018, la Chambre pénale de recours, saisie d'un recours formé par X._, a annulé les ordonnances rendues le 24 novembre 2017 par la Procureure de permanence. En substance, elle a estimé que les décisions de procéder à la saisie des données signalétiques et au prélèvement d'un échantillon d'ADN violaient le principe de la proportionnalité, ces mesures n'étant pas nécessaires à l'identification de l'intéressé, ni à l'élucidation d'autres infractions du même genre. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 10 octobre 2018. Il demande, avec suite de frais et dépens, que " tous les faits dont il a été victime soient poursuivis, non seulement ceux correspondant à son arrestation mais aussi tous les autres ". Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.