Faits : A. Venue en Suisse avec sa mère en 1987 dans le but d'y rejoindre son père qui y avait déposé une demande d'asile, A._, ressortissante polonaise née en 1974, est demeurée depuis lors en ce pays, au bénéfice d'une autorisation d'établissement - qui a été transformée en une autorisation d'établissement UE/AELE à partir de 2012. En 2006, A._ a contracté mariage avec un ressortissant suisse. Deux enfants sont issus de cette union. B. Le 28 janvier 2014, A._ a introduit une demande de naturalisation facilitée fondée sur son mariage. Dans le cadre de l'instruction de cette demande, l'intéressée a signé, le 28 janvier 2014, une déclaration écrite par laquelle elle indiquait avoir respecté l'ordre juridique suisse au sens de l'art. 26 aLN et précisait notamment qu'elle s'était acquittée de tous les impôts échus à cette date ou être au bénéfice d'un arrangement accordé par les autorités fiscales et respecter ledit engagement. Sur demande de l'Office fédéral des migrations (ODM; devenu le Secrétariat d'Etat aux migrations [SEM]), le Service vaudois de la population a rendu un rapport d'enquête le 8 décembre 2014. Il en ressortait que la prénommée était inconnue des autorités de police et n'était l'objet d'aucune poursuite ou d'actes de défaut de bien; l'existence d'arriérés d'impôts et la conclusion d'un arrangement portant sur des paiements échelonnés de ces arriérés y étaient mentionnées. Ce rapport était accompagné de la copie d'une lettre de l'Administration cantonale vaudoise des impôts du 2 février 2015 adressée à A._ et à son époux, qui comportait un relevé général des créances impayées pour la période comprise entre les années 2006 et 2015 (dont le montant total s'élevait à 286'635 francs). Il ressortait notamment des documents fiscaux versés au dossier que, par courrier du 13 juin 2012, l'Administration cantonale vaudoise des impôts a soumis à A._ et à son mari une proposition de rectification de taxation par procédure simplifiée portant sur leurs déclarations d'impôt 2006 à 2008. Il y était précisé qu'une procédure pour soustraction d'impôt avait été ouverte en raison de soupçons de soustraction d'impôt consommée et tentée; "la présente proposition comprend une majoration des éléments rectifiés en lieu et place des amendes qui devraient être formellement prononcées; si vous l'acceptez, la procédure d'enquête pour soustraction d'impôt sera clôturée par la présente décision de majoration laquelle vaut décision de sanction". Ce courrier était accompagné d'un récapitulatif des modifications apportées aux taxations examinées et de l'indication des compléments d'impôts à payer qui en résultaient (60'166 francs). Le 2 juin 2015, relevant que la condition liée au respect de l'ordre juridique suisse prescrite par l'art. 26 al. 1 let. b aLN impliquait que le candidat à la naturalisation bénéficie d'une bonne situation financière, le SEM a proposé à A._ de retirer sa demande et de déposer une nouvelle requête après avoir assaini ses dettes. L'intéressée a répondu que les créances mentionnées dans le relevé général de l'Administration cantonale vaudoise des impôts du 2 février 2015 concernaient des contributions publiques dues à la suite d'un contrôle de l'ancienne société de son époux. Elle a ajouté que le couple était à jour dans le paiement des impôts courants. Le 21 octobre 2015, le SEM a informé la prénommée qu'il maintenait sa position antérieure en lui signalant qu'elle avait la possibilité de retirer sa demande ou de solliciter le prononcé d'une décision formelle à ce sujet. Par courriers des 10 décembre 2015, 3 février 2016 et 12 août 2016, A._ a confirmé ne pas retirer sa demande de naturalisation. Par décision du 23 août 2016, le SEM a prononcé le rejet de la demande de naturalisation facilitée présentée par A._. Par arrêt du 3 octobre 2018, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours déposé contre la décision du 23 août 2016. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 3 octobre 2018, en ce sens que la naturalisation facilitée lui est octroyée. Elle conclut subsidiairement à l'annulation de l'arrêt du 3 octobre 2018 et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Le Tribunal administratif fédéral a conclu au rejet du recours. Le SEM a renoncé à se déterminer et a conclu au rejet du recours. L'intéressée a répliqué par courrier du 9 janvier 2019.