Faits : A. A.a. L'État de Genève (ci-après: le locataire ou le demandeur) a pris à bail, depuis novembre 2002, une surface d'environ 1'000 m2 au rez-de-chaussée d'un immeuble à..., immeuble dont X._ GmbH (ci-après: la bailleresse ou la défenderesse) est devenue propriétaire en 2003. Jusqu'au 4 avril 2003, le locataire a payé le loyer à A._ (ci-après: la régie). Depuis le 4 avril 2003, il a été invité à le payer directement à la bailleresse, ce qu'il a fait; la régie n'était désormais plus chargée que du suivi technique du bâtiment. En octobre 2006, à la suite d'un changement de son système informatique, le locataire a versé par erreur le loyer du 4e trimestre 2006 par 86'358 fr. (85'458 fr. + 900 fr.) à la régie. Celle-ci a reconnu le caractère erroné du versement, mais étant elle-même créancière de la bailleresse pour un montant supérieur, elle a refusé de restituer ce montant au locataire. Le 5 août 2008, la bailleresse a fait notifier au locataire un commandement de payer portant sur le montant de 86'358 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2006. Le locataire a fait opposition. Par jugement par défaut du 28 septembre 2009, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition au commandement de payer. A.b. Une première procédure a opposé la bailleresse au locataire. Le 11 décembre 2009, le locataire a introduit une action en libération de dette contre la bailleresse. Par jugement du Tribunal des baux et loyers du 13 décembre 2010, son action a été rejetée et la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer à concurrence du montant litigieux et de ses intérêts a été prononcée. Le locataire s'est acquitté en mains de l'Office des poursuites du montant de 106'372 fr. 70 dû en vertu de ce jugement et la bailleresse a reçu le montant de 105'863 fr. 85 le 8 février 2011. A.c. Une seconde procédure a opposé la régie à la bailleresse. Le 23 décembre 2010, la régie a ouvert action contre la bailleresse en paiement du solde de ses créances, indiquant avoir exercé la compensation notamment avec le montant versé par le locataire pour le loyer du 4e trimestre 2006 à hauteur de 86'358 fr., qu'elle avait crédité à la bailleresse. Par jugement du 5 septembre 2014, le Tribunal de première instance de Genève a considéré notamment que la régie pouvait opposer en compensation à la bailleresse le montant de 86'358 fr. versé par le locataire et a condamné la bailleresse à payer à la régie le solde de 54'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2007. La régie a retiré l'appel qu'elle avait interjeté contre ce jugement, qui est devenu définitif en avril 2015. Le locataire a reçu une copie du jugement du 5 septembre 2014. A.d. Une troisième procédure oppose le locataire à la régie (art. 105 al. 2 LTF). Le 30 mai 2011, le locataire a ouvert contre la régie une action en remboursement du montant qu'il lui avait versé par erreur, devant le Tribunal de première instance de Genève. Cette procédure a par la suite été suspendue jusqu'à droit jugé dans la procédure opposant la régie à la bailleresse. A.e. Le locataire a encore introduit deux procédures de révision successives du jugement du 13 décembre 2010 (cf. A.b. ci-dessus), après que le Tribunal de première instance a considéré, par jugement du 5 septembre 2014 (cf. A.c. ci-dessus), que le montant versé par erreur par le locataire à la régie avait été valablement crédité de la contre-valeur du loyer versé par le locataire à hauteur de 86'358 fr. La première demande de révision du 29 octobre 2014 a été déclarée irrecevable par jugement du Tribunal de première instance du 16 février 2015, car le jugement du 5 septembre 2014 était un fait postérieur ne justifiant pas une révision et que, de plus, il faisait l'objet d'un appel (art. 105 al. 2 LTF). La seconde demande de révision du 12 août 2015 a été déclarée irrecevable par jugement du même Tribunal du 5 octobre 2015, car la révision n'était pas ouverte pour de vrais faits nouveaux. B.