Faits : A. Avant 2014, X._ a été condamné à cinq reprises, notamment pour actes d'ordre sexuel avec un enfant, délit manqué de viol et viol en 2002 et 2009, ainsi que pour des violences physiques sans connotation sexuelle en 2005, 2009 et 2011. Le 15 février 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a condamné X._ à une peine privative de liberté d'ensemble de 18 mois et a ordonné en sa faveur un traitement ambulatoire au sens de l'art. 63 CP. Le 30 mai 2011, X._ a été libéré conditionnellement, à condition qu'il se soumette à des contrôles d'abstinence aux stupéfiants et poursuive son suivi psychothérapeutique ambulatoire. B. Par jugement du 7 février 2014, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a condamné X._, pour voies de fait qualifiées, injure, menaces qualifiées, contrainte, contrainte sexuelle, contravention à la LStup et infraction à la LArm, a révoqué la libération conditionnelle octroyée le 30 mai 2011 et a infligé au prénommé une peine privative de liberté d'ensemble de quatre ans et demi (sous déduction de 290 jours de détention avant jugement), une peine pécuniaire de 20 jours-amende à 10 fr. le jour ainsi qu'une amende de 600 francs. Le tribunal a en outre ordonné la poursuite du traitement ambulatoire à visées psychothérapeutiques et de traitement des addictions au sens de l'art. 63 CP. C. Lors du réexamen de la libération conditionnelle de X._, le Juge d'application des peines du canton de Vaud a entendu ce dernier le 31 janvier 2017 et a ordonné une expertise psychiatrique de l'intéressé. L'expert, le Dr Y._, a rendu ses conclusions dans un rapport du 3 juillet 2017 et un complément du 18 septembre 2017. Il a notamment indiqué qu'il était judicieux de se poser la question d'un changement de mesure, sous la forme d'une mesure thérapeutique institutionnelle au sens de l'art. 59 CP, le traitement en psychothérapie devant être maintenu et le cadre devant être élargi progressivement de manière à ne pas favoriser une recrudescence des angoisses et des comportements dysfonctionnels de X._. Le terme des peines purgées par X._ a été atteint le 5 novembre 2017. Le prénommé demeure en détention pour des motifs de sûreté. D. Par jugement du 15 février 2018, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a levé la mesure de traitement psychothérapeutique ambulatoire instaurée en faveur de X._ par jugement du 15 février 2011 et reconduite par jugement du 7 février 2014, a prononcé à la place une mesure thérapeutique institutionnelle au sens de l'art. 59 CP et a ordonné le maintien en détention de l'intéressé pour des motifs de sûreté. Par arrêt du 16 mars 2018, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._ contre le jugement du 15 février 2018 - dans la mesure où celui-ci était recevable - et a confirmé cette décision. Par arrêt du 31 juillet 2018 (6B_510/2018), le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par X._ contre l'arrêt cantonal, a annulé celui-ci et a renvoyé la cause à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois pour nouvelle décision. En substance, il a relevé que l'autorité d'exécution n'avait jamais levé le traitement ambulatoire dont bénéficiait l'intéressé depuis 2011, de sorte que le juge du fond ne pouvait pas, en l'état, instaurer une mesure thérapeutique institutionnelle; il appartenait, dans un premier temps, à l'autorité d'exécution de lever le traitement ambulatoire concerné, avant que, le cas échéant et dans un second temps, la question du prononcé d'une éventuelle mesure thérapeutique institutionnelle puisse être examinée. E. Par ordonnance du 18 septembre 2018, le Juge d'application des peines vaudois a levé le traitement ambulatoire ordonné en faveur de X._ par jugement du 15 février 2011 et reconduit par jugement du 7 février 2014. Cette ordonnance a été confirmée par la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois le 3 octobre 2018 et par le Tribunal fédéral par arrêt du 15 novembre 2018 (6B_1130/2018). Par jugement du 9 février 2019, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a ordonné en faveur de X._ une mesure thérapeutique institutionnelle à teneur de l'art. 59 CP. Par arrêt du 28 février 2019, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a confirmé le jugement du 9 février 2019. F. Contre ce dernier arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. En substance, il conclut, principalement, à la réforme du jugement attaqué en ce sens qu'il est renoncé à ordonner l'institution d'une mesure thérapeutique institutionnelle à son encontre et qu'il est libéré avec effet immédiat. A titre subsidiaire, il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.