Faits : A. A.a. Le 19 mai 2009, X._ SA (ci-après: l'entrepreneur ou la demanderesse) et D.Z._ ont conclu un contrat d'entreprise portant sur des travaux de chauffage et de ventilation, y compris les prestations d'ingénieur, les raccordements électriques et les travaux de génie civil. Les travaux concernaient la villa familiale qu'habitent D.Z._, A.Z._, B.Z._ et C.Z._ (ci-après: les maîtres de l'ouvrage ou les défendeurs), érigée sur la parcelle n°... de la Commune de.... Le contrat prévoyait un prix forfaitaire de 240'000 fr. toutes taxes comprises, payable en trois acomptes, soit 60'000 fr. à la signature du contrat, 60'000 fr. au début des travaux et 120'000 fr. avant la mise en service. Les travaux devaient commencer le 15 juin 2009 et se terminer le 7 août 2009, voire le 24 juillet 2009 si les délais de livraison des appareils le permettaient. A.b. L'entrepreneur a pris du retard sur le chantier. En réponse aux maîtres de l'ouvrage qui se plaignaient du retard accumulé et du froid qui régnait dans leur villa, il a indiqué par courriel du 1er octobre 2009 que le chauffage pourrait être mis en service le 20 octobre 2009. Il a par la suite annoncé la fin des travaux pour le 20 novembre 2009. Le 2 octobre 2009, l'entrepreneur a été averti par C.Z._ que tout dommage causé aux pavés de la cour en raison du poids des machines serait de sa responsabilité. Il a donc procédé à l'enlèvement des pavés de la cour, lesquels ont été remplacés par un nouveau revêtement, choisi et imposé par l'un des membres de la famille Z._. Les parties ont admis que la réfection du pavage de la cour représentait un coût de plus de 10'000 fr. Le 8 décembre 2009, l'entrepreneur a adressé à D.Z._ une facture de 120'000 fr., correspondant au troisième acompte prévu par le contrat du 19 mai 2009. Ce montant n'ayant jamais été acquitté, il n'a pas terminé les travaux de finition restants. La villa des maîtres de l'ouvrage ne fut pas assez chauffée durant l'hiver 2009-2010. Ils s'en sont plaints auprès de l'entrepreneur, en se prévalant du mauvais fonctionnement de l'installation de chauffage et d'une température inférieure à 15° C, qui avait nécessité l'évacuation des enfants de la famille. A.c. Sur requête de D.Z._ du 12 janvier 2010, le Juge de paix du district de Lavaux-Oron a chargé L._ AG d'effectuer une expertise hors procès concernant l'installation posée par l'entrepreneur. Il résulte du rapport d'expertise déposé le 29 octobre 2010 que l'installation nécessitait d'être terminée, les radiateurs électriques prévus devant être installés et la puissance des radiateurs à l'étage augmentée de 40%. Le 9 novembre 2010, les maîtres de l'ouvrage se sont prévalus des conclusions de l'expert hors procès pour valoir avis des défauts. Sur requête des maîtres de l'ouvrage, l'expert hors procès a déposé un complément d'expertise le 25 mai 2011 portant sur les coûts des travaux correctifs préconisés et le surcoût généré par les dépenses d'énergie supplémentaires consécutives à l'état défectueux de l'installation. A.d. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 4 août 2010, confirmant partiellement une ordonnance de mesures préprovisionnelles du 12 juillet 2010, le Juge instructeur de la Cour civile du Tribunal cantonal a ordonné l'inscription provisoire au registre foncier d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs d'un montant de 120'000 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 10 février 2010, plus accessoires légaux, en faveur de l'entrepreneur sur la parcelle n°... de la Commune de... et a dit que l'inscription provisoire resterait valable jusqu'à l'échéance d'un délai de trois mois après droit connu sur le fond du litige. B. B.a. Par demande du 1er novembre 2010, l'entrepreneur a notamment conclu à ce que les maîtres de l'ouvrage soient reconnus ses débiteurs solidaires et lui doivent immédiat paiement de la somme de 172'300 fr., plus intérêts à 5% l'an dès le 10 février 2010 sur 157'300 fr. et dès le 24 mars 2010 sur 15'000 fr., et à ce qu'il soit donné ordre au conservateur du Registre foncier de procéder à l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs d'un montant de 120'000 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 10 février 2010 en sa faveur sur l'immeuble des maîtres de l'ouvrage. La somme de 172'300 fr. correspond à l'acompte de 120'000 fr. demeuré impayé, soit au solde du prix forfaitaire, et la somme de 52'300 fr. correspond aux travaux de plus-value. Les défendeurs ont conclu au rejet de la demande et ont déclaré opposer en compensation leurs prétentions à hauteur de 232'031 fr. B.b. En cours d'instance, une expertise a été confiée à M._. Lorsque cet expert a visité la villa des défendeurs le 4 mars 2014, la société U1._, avait déjà exécuté des travaux sur l'installation de chauffage posée par la demanderesse. L'expert a donc également fondé son rapport sur les plans et les schémas de conception de l'installation et sur l'entretien qu'il a eu avec U._. Les constatations de l'expert judiciaire seront reprises en tant que de besoin dans la partie en droit. B.c. Par jugement du 23 décembre 2016, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté les conclusions prises par la demanderesse contre les défendeurs et ordonné au conservateur du Registre foncier de procéder à la radiation de l'inscription provisoire de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs. Elle a retenu une déduction totale sur le prix forfaitaire des travaux de 27'881 fr. 60 et ajouté un montant de 10'001 fr. à titre de travaux à plus-value. Du montant de 102'119 fr. 40 obtenu (240'000 fr. - 60'000 fr. - 60'000 fr. - 27'881 fr. 60 + 10'001 fr.), elle a cependant déduit 166'761 fr. 70 à titre de réduction de prix en raison des défauts qui entachaient l'ouvrage, de sorte que D.Z._, qui était seul tenu par le contrat, ne devait aucun montant à la demanderesse. B.d. Statuant le 16 janvier 2018, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel interjeté par la demanderesse et confirmé le jugement de première instance. C. Contre cet arrêt, la demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 19 février 2018, concluant principalement à sa réforme en ce sens que D.Z._ soit condamné à lui payer la somme de 114'836 fr. 12 plus intérêts à 5% l'an dès le 10 février 2010, qu'ordre soit donné au conservateur du Registre foncier du district Lavaux-Oron de procéder à l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs en sa faveur sur l'immeuble dont sont propriétaires les défendeurs sur le territoire de la Commune de... pour le montant précité, qu'ordre soit donné au conservateur du Registre foncier du district Lavaux-Oron de maintenir l'inscription provisoire de l'hypothèque légale grevant la parcelle n°... de la Commune de... en sa faveur à hauteur de 5'163 fr. 88 plus intérêts à 5% l'an dès le 10 février 2010 et que l'affaire soit renvoyée à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud aux fins d'établissement d'une expertise sur la valeur des travaux de remplacement des pavés de la cour qu'elle a facturés 30'000 fr., suivie d'une condamnation des défendeurs au paiement du montant arrêté par l'expert et l'inscription définitive d'une hypothèque légale en sa faveur à hauteur de 5'163 fr. 88 plus intérêts à 5% l'an dès le 10 février 2010. Subsidiairement, elle a conclu au renvoi de l'affaire à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint de violation des art. 169 al. 1 de la norme SIA 118, 8 CC, ainsi que des art. 82, 102 ss, 107 al. 2, 367, 368, 371 et 374 CO. Elle se plaint également à plusieurs reprises d'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.), de violation du droit d'être entendu (art. 29 Cst.) et requiert plusieurs complètements de l'état de fait. Les défendeurs intimés ont conclu principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement au rejet de celui-ci. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. La demande d'effet suspensif de la demanderesse a été acceptée par ordonnance du 9 mars 2018.