Faits : A. A._ et B._ sont les parents de C._, née en 2012. Après avoir vécu quelques années ensemble, le couple s'est séparé et un important conflit relationnel les oppose. B._ s'est notamment présenté le 17 janvier 2017 à un poste de police pour signaler que son ex-compagne l'accusait, par SMS, d'avoir touché le sexe de leur fille. Interpellée par téléphone, A._ a déclaré qu'il lui devait de l'argent et que le message tendait à le faire réagir; elle a refusé de venir s'expliquer. Le 13 février 2017, A._ a informé la police que B._ aurait commis des abus sexuels sur leur fille. La mère, l'enfant et le père ont été entendus par les autorités. Le troisième, auditionné en tant que prévenu le 24 mars 2017, a nié avoir commis les faits reprochés. Lors de son audition, B._ a déposé plainte pénale contre A._ pour calomnie et diffamation. Celle-ci a été entendue le 27 mars 2017 par la police en qualité de prévenue notamment pour calomnie (art. 174 CP). Le lendemain, le Ministère public de la République et canton de Genève a ouvert une instruction pénale pour dénonciation calomnieuse (art. 303 CP) et a auditionné A._; la prévenue a en substance contesté avoir inventé les faits dénoncés à l'encontre de son ex-compagnon. Dans ce cadre, le curateur de l'enfant, qui s'était porté en son nom partie plaignante au pénal et au civil, a sollicité la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique de A._. Celle-ci s'est opposée à cette mesure, relevant avoir dénoncé de bonne foi les abus aux autorités. Le 5 octobre 2017, le Procureur a informé les parties de son intention de mettre en oeuvre une telle mesure et A._ a confirmé son opposition, produisant notamment un courrier de B._ annonçant qu'il aurait suspendu sa plainte pour diffamation. Par mandat du 14 novembre 2017, le Ministère public a ordonné une expertise psychiatrique de la prévenue, afin de déterminer si celle-ci souffrait d'un trouble mental et si celui-ci aurait pu agir sur sa responsabilité au moment des faits, ainsi que pour déterminer le risque de récidive; les questions posées à l'expert étaient en lien avec l'état mental de la prévenue (art. 19 CP), ainsi que l'application éventuelle des art. 59, 60 et 63 CP. B. Le 19 avril 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours intenté par A._ contre ce mandat, faute d'intérêt juridiquement protégé à recourir. C. Par acte du 22 mai 2018, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation, à la reconnaissance de sa qualité pour recourir devant l'autorité précédente, à la constatation de la violation de l'art. 6 CEDH et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. La recourante demande également l'octroi de l'effet suspensif, ainsi que l'assistance judiciaire. La cour cantonale et le Ministère public s'en sont remis à justice s'agissant de l'effet suspensif et, pour le surplus, ont en substance renoncé à déposer des déterminations. Par ordonnance du 12 juin 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a traité la demande d'effet suspensif comme une requête de mesures provisionnelles et l'a admise.