Faits : A. A.a. A._ SA (ci-après: la demanderesse) est titulaire du brevet européen.... Celui-ci a pour objet une invention visant à permettre de réaliser un oscillateur à balancier-spiral d'un diamètre supérieur aux dimensions habituelles, limité au contour extérieur de la serge pour une même fréquence, ou ayant une fréquence plus élevée avec les mêmes dimensions qu'un oscillateur habituel. Les sept revendications du brevet sont les suivantes : " 1. Balancier pour mouvement d'horlogerie comportant une serge, des bras reliant la serge à l'axe de balancier et des masselottes permettant d'ajuster le balourd et de régler le moment d'inertie, caractérisé en ce que la serge comporte des plots dirigés vers l'intérieur, ladite serge et lesdits plots étant traversés par un trou taraudé dans lequel lesdites masselottes sont vissées depuis l'intérieur. 2. Balancier selon la revendication 1, caractérisé en ce que les plots sont dirigés radialement vers l'intérieur. 3. Balancier selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que les plots sont disposés sur la surface interne de la serge du balancier. 4. Balancier selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que les plots sont disposés sur l'une des surfaces frontales de la serge du balancier. 5. Balancier selon l'une des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que la longueur du filetage correspond à la course maximum des masselottes définie par la largeur des plots et de la serge, sans débordement à l'extérieur de la serge. 6. Balancier selon l'une des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que les plots sont disposés entre les bras. 7. Balancier selon l'une des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que les plots sont disposés dans des évidements prévus dans les bras." A.b. La demanderesse invoque la violation de son brevet par M._ SA et N._ SA (ci-après: les défenderesses), celles-ci commercialisant un balancier pour mouvement d'horlogerie intégré dans leurs propres calibres xxx et yyy. Les défenderesses contestent la validité et la violation du brevet litigieux. B. B.a. Le 20 mai 2015, la demanderesse a saisi le Tribunal fédéral des brevets d'une demande dirigée contre les défenderesses. Les conclusions de la demanderesse, plusieurs fois modifiées au cours de la procédure, se lisent comme suit : "1. Ordonner aux Défenderesses, sous la menace d'une amende d'ordre de 1000 francs pour chaque jour d'inexécution selon l'art. 343 al. 1 lit. c CPC, mais au moins d'une amende d'ordre de 5000 francs selon l'art. 343 al. 1 lit. b CPC et de la peine prévue à l'art. 292 CP dirigée contre ses organes responsables, de cesser immédiatement jusqu'à l'expiration de la partie suisse du brevet... de fabriquer, entreposer, offrir, vendre ou mettre en circulation de quelque autre manière, exporter et/ou inciter des tiers à de tels actes, participer à de tels actes ou favoriser de tels actes : Principalement 1.1a) des balanciers pour mouvement d'horlogerie avec les caractéristiques suivantes, décrites à l'aide de l'illustration se trouvant dans l'Annexe de la Demande : - le balancier comporte une serge, des bras reliant la serge à l'axe de balancier et des masselottes permettant d'ajuster le balourd et de régler le moment d'inertie, et - la serge comporte des plots dirigés radialement vers l'intérieur; - les plots et la serge sont traversés par un trou taraudé dans lequel des masselottes sont vissées, - les masselottes sont dépourvues de tête et dotées de lobes internes permettant leur vissage depuis l'extérieur de la serge. Subsidiairement 1.1b) des balanciers selon la conclusion 1.1a) avec la caractéristique supplémentaire suivante : - les masselottes peuvent être mues indépendamment les unes des autres. Plus subsidiairement 1.1c) des balanciers selon la conclusion 1.1b) avec la caractéristique supplémentaire suivante : - la serge présente une surface externe de diamètre constant sur tout son pourtour. 1.2) des mouvements d'horlogerie comportant au moins un balancier tel que décrit au chiffre 1.1); 1.3) des montres comportant au moins un mouvement tel que décrit au chiffre 1.2 et/ou au moins un balancier tel que décrit au chiffre 1.1). 2. Ordonner aux Défenderesses de rendre des comptes concernant le chiffre d'affaires et le bénéfice réalisés par les actes décrits au chiffre ci-dessus, notamment en indiquant : 2.1) toute vente et livraison, en indiquant les quantités, les dates et les prix, ainsi que les noms et adresses des acheteurs, 2.2) les dates de fabrication et les quantités correspondantes, 2.3) les coûts de production, en indiquant chaque poste de ces coûts et la confirmation de l'exactitude de ces informations par un réviseur indépendant et qualifié. 3. Ordonner la confiscation et la destruction des balanciers selon chiffre 1.1. 4. Permettre à la Demanderesse de chiffrer sa prétention financière après la reddition des comptes selon le chiffre 2 ci-dessus et ordonner aux Défenderesses de payer à la Demanderesse le montant ainsi chiffré. (...) " B.b. Les défenderesses ont principalement conclu au rejet de la demande et, par demande reconventionnelle, ont pris les conclusions suivantes: "Dire et constater que la partie suisse du brevet d'invention... est nulle et de nul effet; Ordonner à l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle de procéder immédiatement à la radiation de la partie suisse du brevet d'invention... du Registre suisse des brevets; Débouter A._ SA de toute autre conclusion; (...) " B.c. Les conclusions portant sur la demande reconventionnelle prises subséquemment par la demanderesse, et modifiées à plusieurs reprises au cours de la procédure, tendent à maintenir le brevet litigieux tout en limitant ses revendications. Ces conclusions sont les suivantes : "1. Prendre acte de la limitation des revendications de la partie suisse du brevet européen... comme suit et rejeter la demande reconventionnelle pour le surplus dans la mesure de sa recevabilité : Principalement 1. Balancier pour mouvement d'horlogerie comportant une serge, des bras reliant la serge à l'axe de balancier et des masselottes permettant d'ajuster le balourd et de régler le moment d'inertie, caractérisé en ce que la serge comporte des plots dirigés radialement vers l'intérieur, ladite serge et lesdits plots étant traversés par un trou taraudé dans lequel lesdites masselottes sont vissées depuis l'intérieur. 2. Balancier selon la revendication 1, caractérisé en ce que les plots sont disposés sur la surface interne de la serge du balancier. 3. Balancier selon l'une des revendications 1 à 2, caractérisé en ce que la longueur du filetage correspond à la course maximum des masselottes définie par la largeur des plots et de la serge, sans débordement à l'extérieur de la serge. 4. Balancier selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les plots sont disposés entre les bras. 5. Balancier selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les plots sont disposés dans des évidements prévus dans les bras. Subsidiairement 1. Balancier pour mouvement d'horlogerie comportant une serge, des bras reliant la serge à l'axe de balancier et des masselottes permettant d'ajuster le balourd et de régler le moment d'inertie, caractérisé en ce que la serge comporte des plots dirigés radialement vers l'intérieur, ladite serge et lesdits plots étant traversés par un trou taraudé dans lequel lesdites masselottes sont vissées depuis l'intérieur, et en ce que les masselottes peuvent être mues indépendamment les unes des autres. 2. Balancier selon la revendication 1, caractérisé en ce que les plots sont disposés sur la surface interne de la serge du balancier. 3. Balancier selon l'une des revendications 1 à 2, caractérisé en ce que la longueur du filetage correspond à la course maximum des masselottes définie par la largeur des plots et de la serge, sans débordement à l'extérieur de la serge. 4. Balancier selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les plots sont disposés entre les bras. 5. Balancier selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les plots sont disposés dans des évidements prévus dans les bras. Plus subsidiairement 1. Balancier pour mouvement d'horlogerie comportant une serge, des bras reliant la serge à l'axe de balancier et des masselottes permettant d'ajuster le balourd et de régler le moment d'inertie, caractérisé en ce que la serge comporte des plots dirigés radialement vers l'intérieur, ladite serge et lesdits plots étant traversés par un trou taraudé dans lequel lesdites masselottes sont vissées depuis l'intérieur, et en ce que les masselottes peuvent être mues indépendamment les unes des autres et en ce que la serge présente une surface externe de diamètre constant sur tout le pourtour. 2. Balancier selon la revendication 1, caractérisé en ce que les plots sont disposés sur la surface interne de la serge du balancier. 3. Balancier selon l'une des revendications 1 à 2, caractérisé en ce que la longueur du filetage correspond à la course maximum des masselottes définie par la largeur des plots et de la serge, sans débordement à l'extérieur de la serge. 4. Balancier selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les plots sont disposés entre les bras. 5. Balancier selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que les plots sont disposés dans des évidements prévus dans les bras. (...) " B.d. Après que le juge rapporteur, Frank Schnyder, a rendu son avis spécialisé le 28 juillet 2017, les parties ont pris position sur celui-ci. La demanderesse a soumis, en addition de ses conclusions principales, subsidiaires et plus subsidiaires, des conclusions encore plus subsidiaires sur l'action principale ainsi que sur l'action reconventionelle. Ces nouvelles conclusions encore plus subsidiaires se distinguent par la modification de la revendication 1 du brevet litigieux, une caractéristique supplémentaire y étant ajoutée. Cette première revendication modifiée se lit dans la nouvelle conclusion encore plus subsidiaire sur l'action reconventionnelle comme suit (soulignement ajouté afin d'exposer la modification) : "1. Balancier pour mouvement d'horlogerie comportant une serge, des bras reliant la serge à l'axe de balancier et des masselottes permettant d'ajuster le balourd et de régler le moment d'inertie, caractérisé en ce que la serge comporte des plots dirigés radialement vers l'intérieur, ladite serge et lesdits plots étant traversés par un trou taraudé dans lequel lesdites masselottes sont vissées depuis l'intérieur, et en ce que les masselottes sont mécaniquement indépendantes les unes des autres, et en ce que la serge présente une surface externe de diamètre constant sur tout son pourtour et en ce que les masselottes ne dépassent pas de la surface extérieure de la serge. " Cette caractéristique supplémentaire a également été ajoutée dans la nouvelle conclusion encore plus subsidiaire sur l'action principale. B.e. Par décision du 14 mars 2018, le Tribunal fédéral des brevets a rejeté la demande principale, admis la demande reconventionnelle, déclarant la partie suisse du brevet d'invention... nulle, et a ordonné à l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle la radiation de celle-ci du registre suisse des brevets. C. La demanderesse (ci-après: la recourante) exerce un recours en matière civile contre la décision du 14 mars 2018. Elle conclut à ce que la décision entreprise soit annulée et à ce que les conclusions plus subsidiaires de sa prise de position du 27 décembre 2017 soient admises. À titre subsidiaire, elle demande que les conclusions encore plus subsidiaires de sa prise de position du 27 décembre 2017 soient admises. Plus subsidiairement encore, elle conclut à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal fédéral des brevets afin qu'il statue à nouveau. Les défenderesses (ci-après: intimées) concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'autorité précédente a renoncé à se déterminer. Les parties ont répliqué et dupliqué. Par ordonnance du 4 juin 2018, le Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif de la recourante.