Faits : A. Par jugement du 14 juillet 2017, le Tribunal criminel de l'arrondissement de Lausanne a libéré X._ du chef de prévention d'infraction grave à la loi fédérale sur les stupéfiants et mis fin à l'action pénale dirigée contre lui, a ordonné la confiscation et la dévolution à l'Etat du montant, séquestré, de 48'426 fr. et a mis les frais de justice, par 47'049 fr. 25, à la charge de X._. B. Statuant le 10 janvier 2018, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis très partiellement l'appel formé par X._ contre ce jugement, qu'elle a réformé en ce sens que la confiscation et la dévolution à l'Etat du montant séquestré de 48'426 fr. ne sont pas ordonnées; les frais de justice, par 47'049 fr. 25, mis à la charge de X._, sont compensés à due concurrence avec ledit montant. Les faits à l'origine de la procédure sont les suivants. X._ a fait l'objet d'une instruction ouverte en juin 2002 menée dans le cadre d'une enquête de vaste ampleur relative à des infractions à la loi fédérale sur les stupéfiants. Il était notamment accusé d'avoir, en février 2002, livré près de 4 kg de cocaïne pure à deux personnes, à Lausanne et à Zurich. Par ordonnance du 14 décembre 2006, le Juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne a, notamment, prononcé un non-lieu dans l'enquête instruite contre le prévenu pour blanchiment d'argent et infraction grave à la LStup et a ordonné la confiscation du montant de 48'426 fr. séquestré en main du prévenu le 25 avril 2005. Le magistrat a précisé que l'enquête pourra être rouverte si X._ était arrêté ou se mettait à la disposition de la justice. Par ordonnance du 10 août 2016, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a ordonné la reprise de l'instruction. Par ordonnance du 20 décembre 2016, il a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, la requête de levée de séquestre déposée par X._. Le 13 janvier 2017, le prévenu, au bénéfice d'un certificat produit par son défenseur, ne s'est pas présenté à une première audience de jugement, qui a été renvoyée au 31 janvier 2017. Le prévenu a une seconde fois fait défaut aux débats, produisant un nouveau certificat médical attestant de problèmes de santé durables. Le Tribunal criminel a alors décidé de suspendre la procédure et son président a, par courrier du 10 février 2017, interpellé les parties au sujet de la prescription qui pourrait intervenir en faveur du prévenu, leur demandant au surplus de se déterminer sur le sort des frais de justice. En date du 10 mars 2017, le Ministère public a conclu à ce que l'intégralité des frais de justice soit mise à la charge du prévenu et requis que le Tribunal confirme la confiscation du montant de 48'426 fr. séquestré par décision du 20 décembre 2016. Le prévenu a, par courrier du 24 mars 2017, conclu à ce que l'intégralité des frais de justice soit laissée à la charge de l'Etat; il a en outre sollicité l'allocation d'une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. a CPP, ainsi que la levée du séquestre et la restitution du montant de 48'426 francs. C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement de la Cour d'appel pénale. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à la réforme du jugement attaqué en ce sens que le séquestre est levé et que le montant séquestré lui est restitué, avec intérêt à 5% dès le jour du séquestre, les frais de la procédure d'appel étant mis à la charge du canton de Vaud, celui-ci étant astreint à une indemnité équitable pour les dépens de deuxième instance. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue à nouveau. D. Invité à présenter des observations, le Ministère public conclut au rejet du recours. Pour sa part, la cour cantonale n'a pas d'observations à formuler et se réfère aux considérants de son arrêt.