Faits : A. Par jugement du 17 septembre 2015, le Tribunal de police des Montagnes et du Val-de-Ruz a reconnu A._, né en 1995, coupable de viol au sens de l'art. 190 CP sur la personne de X._, née en 1998, d'actes d'ordre sexuel sur des enfants au sens de l'art. 187 CP sur les personnes de X._ et de B._, née en 1998, ainsi que de dommages à la propriété commise au préjudice de C._ à D._. Il a condamné A._ à une peine privative de liberté de deux ans avec sursis pendant deux ans et l'a informé qu'en cas de nouveau crime ou délit pendant le délai d'épreuve, le sursis pourrait être révoqué. Il l'a aussi condamné à payer à X._ une indemnité de 15'000 fr. à titre de réparation morale, a taxé les honoraires des avocats d'office et mis les frais de la procédure à la charge du prévenu condamné. B. Par jugement du 12 mai 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a admis partiellement un appel de A._. Elle a abandonné la prévention de viol, subsidiairement de contrainte sexuelle, prétendument commise à l'encontre de X._, estimant que A._ n'avait pas usé de contrainte à l'égard de la victime. Elle a réduit la peine infligée à celui-ci par le Tribunal de police à 210 jours-amende à 10 francs le jour, avec sursis pendant deux ans, et a fixé l'indemnité pour réparation morale à 3'000 francs. Elle a confirmé pour le surplus le jugement du Tribunal de police et mis une partie des frais de la procédure d'appel à la charge de A._, le solde étant laissé à la charge de l'Etat. C. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 12 mai 2016. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.