Faits : A. A._ est propriétaire de la parcelle n° 112 du cadastre de la commune de Coinsins, sise dans la "zone du Château" prévue par l'article 3.5 du règlement sur les constructions et l'aménagement du territoire de la Commune de Coinsins approuvé par le Conseil d'Etat le 8 avril 1987 (ci-après: RC). Cette parcelle, d'une surface de 24'881 m2, supporte notamment le château de Coinsins et ses dépendances; celles-ci comprennent, au nord-est, un ensemble avec un corps longitudinal central situé entre un rural au nord et un "cottage" au sud, regroupé par l'ECA sous le n° 5 (ci-après: "le corps longitudinal central"). Le château et la glacière sont classés "Monuments historiques" dans leur ensemble, par arrêté du Conseil d'Etat vaudois du 24 avril 1996. Les immeubles ECA nos 5, 8, 10, 11, 12, 14 ainsi que les trois fontaines situées dans la propriété et les aménagements paysagers existants ou anciens du site figurant sur le plan de protection du château sont portés à l'inventaire. L'ensemble du château et de son parc, y compris le bâtiment ECA n° 5, a reçu la note 2 (monument d'importance régionale) lors du recensement architectural du canton de Vaud. Le 17 décembre 2012, le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique, Division patrimoine (ci-après: le SIPAL) a préavisé négativement (préavis oral) un projet prévoyant le remplacement de deux fenêtres à châssis rampants (velux) dans la toiture du corps longitudinal central par une grande verrière. Par courrier du 9 avril 2013, A._ a informé la Municipalité de Coinsins (ci-après: la Municipalité) qu'elle allait entreprendre des travaux d'entretien et de réparation sur ses toitures "côté Lausanne" (soit le bâtiment ECA n° 5) qui avaient beaucoup souffert durant l'hiver. Le 18 avril 2013, la Municipalité lui a répondu qu'elle autorisait la rénovation à l'identique des toitures de sa propriété, tout en attirant son attention sur le fait qu'aucune ouverture supplémentaire ou agrandissement (fenêtres, velux, etc.) ne devait être effectué. Après avoir constaté que des verrières de dimensions plus importantes étaient en construction dans la toiture du corps longitudinal central, la Municipalité a, par courrier du 13 juin 2013, ordonné l'arrêt immédiat des travaux; elle a aussi enjoint à l'intéressée de transmettre les documents nécessaires en vue d'une mise à l'enquête publique des travaux en cours de réalisation. A._ n'a pas donné suite à cette dernière injonction et la Municipalité lui a ordonné, par décision du 17 juin 2014, de supprimer les verrières posées sur sa toiture et rétablir à l'identique celle-ci. Dans l'intervalle, sur dénonciation de la Municipalité, le Préfet du district de Nyon a, par ordonnance pénale du 20 février 2014, condamné A._ à une amende de 1'500 fr. pour avoir réalisé des travaux sans solliciter l'autorisation préalable de l'autorité cantonale compétente en matière de protection des monuments et sites. A._ a recouru contre la décision municipale du 17 juin 2014 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP). Durant l'instruction de son recours, la prénommée a déposé un nouveau projet portant sur le remplacement des velux d'origine par deux verrières; ce projet - autorisé par la Municipalité et le SIPAL (permis du 15 janvier 2015) - n'a toutefois pas été réalisé par l'intéressée. Celle-ci a par la suite déposé en mars 2015 un nouveau dossier (pose de capteurs solaires de part et d'autre des verrières existantes) qui a été refusé par la Municipalité et le SIPAL. B. Après avoir tenu une inspection locale le 19 février 2016 en présence des parties, la CDAP a, par arrêt du 25 mai 2016, rejeté le recours de A._ et confirmé la décision municipale du 17 juin 2014 ordonnant la remise en état de la toiture. En substance, elle a considéré que les verrières réalisées (constituées de deux éléments latéraux, ajoutés à la partie ouvrante) portaient atteinte à la toiture du corps longitudinal central faisant partie des dépendances historiques du château, en violation de l'art. 3.5 RC. L'ordre de remise en état était en outre proportionné. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal du 25 mai 2016 en ce sens que la décision municipale du 17 juin 2014 est annulée. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif. Aux termes de leurs observations respectives, le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué et la Municipalité conclut au rejet du recours. Egalement appelé à se déterminer, le SIPAL se réfère aux écritures produites devant le Tribunal cantonal. La Municipalité a apporté un court complément à ses observations. Par ordonnance du 15 juillet 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.