Faits : A. A.a. Le 9 octobre 2009, Z._ SA, société active dans la prise de participation d'entreprises (ci-après: la propriétaire ou la demanderesse), est devenue propriétaire de l'immeuble litigieux qu'elle a acquis de A._ selon acte notarié du 10 septembre 2009. La propriétaire a loué l'immeuble, comprenant des locaux commerciaux et un appartement de fonction, à la société U._ SA, qui était active dans l'horlogerie et dont A._ était administrateur ou gérant, par contrat des 7 septembre/5 novembre 2009. Le loyer mensuel a été fixé au montant de 5'830 fr. (+ frais accessoires). Selon l'art. 9 de ce contrat, la locataire était autorisée à sous-louer les locaux à n'importe quelles conditions, sans avoir à requérir le consentement du bailleur ni avoir l'obligation de lui indiquer les conditions de la sous-location. La locataire a concédé le droit d'utiliser les locaux à titre gratuit à trois sociétés, L._ SA, M._ Sàrl et N._ SA, dont A._ était administrateur ou gérant. B._, directeur de U._ SA, a attesté le 1er septembre 2011 que la première des sociétés pouvait rester comme sous-locataire sans le paiement d'une location, puis le 30 novembre 2011, il a établi une attestation similaire au profit de la deuxième société. La troisième société, qui n'a été créée que le 26 novembre 2013 ne bénéficie pas d'une telle attestation, mais elle a été inscrite comme ayant son adresse dans les locaux. Les trois sociétés ont fusionné le 9 juin 2016 et sont devenues X._ SA, à.... Par souci de simplification, on ne parlera plus désormais que de la société (ci-après: la sous-occupante ou la défenderesse). A.b. La faillite de la société locataire a été prononcée le 10 décembre 2013. La propriétaire bailleresse a résilié le bail principal sur formule officielle adressée à l'Office des faillites le 31 mars 2014, avec effet au 30 avril 2014. Le congé n'a pas été contesté par l'administration de la faillite de la locataire. La propriétaire a produit sa créance d'arriérés de loyer pour la période du 1er décembre 2011 au 30 juin 2014 dans la faillite de la locataire, soit 181'350 fr. (31 mois à 5'850 fr.) et 13'116 fr. 85 à titre d'intérêts, laquelle a été admise à l'état de collocation pour 188'838 fr. Le dividende des créances de première classe était estimé à 50% et celui des créances de 3e classe à zéro. A.c. Il n'est pas établi que la locataire aurait résilié le contrat de prêt de la société sous-occupante. Il n'est pas non plus établi que la propriétaire aurait consenti à ce que la société sous-occupante demeure dans les locaux au-delà du 30 avril 2014. A.d. Le 16 juin 2014, la propriétaire a adressé au Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers une requête de mesures provisionnelles à l'encontre de la société sous-occupante pour obtenir son évacuation de l'immeuble. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 31 juillet 2014, le tribunal a ordonné à la société de quitter les lieux dans un délai de 20 jours. Statuant sur l'appel de celle-ci, la Cour d'appel civile a en réalité considéré, en dépit des termes utilisés dans le dispositif de son arrêt, que la société sous-occupante pouvait rester à titre provisoire jusqu'à droit connu sur le fond (arrêt cantonal ainsi interprété par l'arrêt 4A_90/2015 du 1er avril 2015 consid. 1.3). Saisi d'une nouvelle requête de mesures provisionnelles de la requérante, le tribunal l'a rejetée par ordonnance du 20 mai 2015. Au cours de la procédure d'appel, les parties ont trouvé un accord en ce sens que la société s'est engagée à quitter les locaux d'ici au 31 août 2015, les prétentions en indemnisation pour occupation illicite des locaux étant expressément réservées. La société a quitté les lieux conformément à cet accord. B. Dans l'intervalle, le 3 octobre 2014, par demande adressée au Tribunal civil régional du Littoral et du Val-de-Travers dans le délai fixé par ordonnance de mesures provisionnelles, la propriétaire avait ouvert une action en revendication contre la société sous-occupante. Sa demande comprend également une action en indemnisation pour occupation illicite des locaux, laquelle tend en définitive à la condamnation de la sous-occupante à lui payer le montant de 200 fr. par jour effectif d'occupation, soit 97'600 fr, avec intérêts à 5% l'an pour la période du 1er mai 2014 au 31 août 2015, et un montant de 8'640 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le dépôt de la demande pour ses frais d'avocat avant-procès en vertu de l'art. 41 CO. La défenderesse ayant quitté les locaux le 31 août 2015, elle ne conclut plus désormais qu'au rejet de la demande d'indemnité, considérant avoir occupé licitement les locaux. Par jugement du 20 avril 2017, le tribunal a condamné la société sous-occupante à payer à la bailleresse le montant de 106'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2015 sur 97'600 fr.et dès le 3 octobre 2014 sur 8'460 fr. Le montant de 97'600 fr. correspond à 488 jours à 200 fr. pour occupation illicite des locaux du 1er mai 2014 au 31 août 2015 et le montant de 8'640 fr. est alloué pour les frais de défense avant-procès de la demanderesse. En bref, le premier juge a retenu que la société ne pouvait ignorer que sa présence dans les locaux au-delà du 30 avril 2014 posait problème, que la propriétaire n'avait pas consenti à ce qu'elle occupe les locaux au-delà de l'échéance du bail principal, qu'après la résiliation de celui-ci, la société ne pouvait plus se prévaloir du droit d'usage gratuit que lui avait concédé la locataire, même si celle-ci ne l'avait pas dénoncé, que son occupation était donc illicite pour la période du 1er mai 2014 au 31 août 2015 et qu'elle lui devait donc une indemnité en vertu de l'art. 41 CO. Statuant le 15 août 2018, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a partiellement admis l'appel de la sous-occupante défenderesse et a réduit le montant qu'elle doit payer à la propriétaire au montant de 88'200 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 18 mars 2015, l'occupation n'ayant été illicite que du 16 juin 2014 au 31 août 2015. S'écartant de l'argumentation juridique du premier juge, la cour cantonale a considéré que le droit d'utiliser les locaux à titre gratuit, bien qu'il soit un droit personnel non opposable au propriétaire, n'avait pas pris fin avec l'expiration du bail principal résilié mais seulement à partir du moment où la propriétaire a déposé sa requête de mesures provisionnelles en évacuation de la sous-occupante. C. Contre cet arrêt, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 19 septembre 2018, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit constaté qu'elle occupait licitement les locaux et, partant, qu'elle ne doit aucune indemnité à la propriétaire en relation avec l'occupation des locaux. En bref, elle soutient que la résiliation du bail principal laisse subsister le contrat de prêt gratuit qui lui avait été accordé et que, faute de résiliation de celui-ci par la locataire, elle était en droit de demeurer dans les locaux. En conséquence, elle estime ne devoir aucune indemnité pour la période litigieuse. La propriétaire n'a pas été invitée à répondre au recours.