Faits : A. A._ SA, sise à B._, est inscrite au registre du commerce depuis 1994. La société a pour but " l'exploitation d'un laboratoire en cosmétologie, en analyses par chromatographie en phase gazeuse et spectrométrie de masse ainsi que le commerce de produits naturels ". Elle comprend trois personnes; C._ en est le directeur et responsable de l'assurance-qualité. Le 23 novembre 1994, l'autorité cantonale compétente lui a octroyé une autorisation d'exploitation pour " le reconditionnement et le commerce de gros de substances actives d'origine végétale et d'adjuvants nécessaires à leur mise en forme galénique, en qualité de distributeur, ainsi qu'à la fabrication de préparations magistrales à partir de ces mêmes substances ". Cette autorisation a été renouvelée régulièrement. Le 6 juin 2006, Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques (ci-après: Swissmedic ou l'Institut) a "transformé (renouvelé) " l'autorisation délivrée jusqu'alors par le canton de Vaud, et octroyé à A._ SA une autorisation d'exploitation, valable jusqu'au 5 juin 2011. Cette autorisation portait sur la fabrication (activités de conditionnement primaire et secondaire de médicaments non prêts à l'emploi d'origine végétale et " fabrication de médicaments selon une formule magistrale ou propre au sens de l'art. 9 al. 2 let. a et c de la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques [ci-après: loi sur les produits thérapeutiques ou LPTh, RS 812.21] sur mandat d'un détenteur d'une autorisation cantonale pour le commerce de détail au sens de l'art. 30 LPTh pour la remise par le mandant ") et le commerce de gros de médicaments (non prêts à l'emploi); pour toutes ces activités, l'autorisation mentionnait D._ comme responsable technique. Le 14 avril 2011, A._ SA a déposé auprès de Swissmedic une demande de renouvellement de son autorisation d'exploitation (n° 102500395), demande réitérée le 22 avril 2013 (n° 102500457). Afin de se prononcer sur cette demande, Swissmedic a mandaté l'Inspectorat de Suisse Occidentale des Produits Thérapeutiques (ci-après: l'Inspectorat), afin de vérifier si les conditions pour le maintien de l'autorisation d'exploitation étaient toujours remplies. L'inspection et l'évaluation de la requête ne pouvant être menées à bien avant l'échéance de l'autorisation le 5 juin 2011, Swissmedic a accordé à l'intéressée plusieurs prolongations d'exploitation, de six mois à un an, et ce jusqu'au 31 juillet 2014. L'inspection de base a eu lieu le 21 mai 2012 et a été menée par E._ et un inspecteur en formation qui ont rédigé un rapport daté du 7 juin 2012. Ce document relevait différents défauts dont deux, à savoir l'absence d'un système d'assurance de qualité au sein de l'entreprise et le fait que le responsable technique n'assumait pas correctement ses responsabilités au regard des règles applicables, ont été classés comme étant " critiques ". Après que A._ SA eut remis un plan de mesures correctrices à Swissmedic, une inspection de suivi a été effectuée le 11 novembre 2013 par l'inspecteur F._. Celui-ci a élaboré un rapport du 22 novembre 2013 qui constatait que le défaut relatif au système de qualité n'avait été que partiellement corrigé et que celui relatif au responsable technique ne l'avait pas été du tout; A._ SA devait soumettre un nouveau plan de mesures correctives. Après des échanges de courriers et des délais prolongés, Swissmedic a, par décision du 26 août 2014, rejeté la demande de renouvellement de l'autorisation d'exploitation déposée par A._ SA au motif que les conditions légales d'octroi de l'autorisation d'exploitation n'étaient plus remplies. B. Par arrêt du 30 mai 2018, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de la société. Swissmedic avait mené deux inspections à la suite desquelles A._ SA avait eu l'occasion de corriger les défauts constatés; or, celle-ci ne satisfaisait toujours pas à deux conditions définies par les dispositions topiques sur les produits thérapeutiques, à savoir un système d'assurance de la qualité et la présence d'un responsable technique. Compte tenu des faits, la mesure adoptée n'était ni inappropriée, ni excessive, ni disproportionnée. Swissmedic n'avait pas abusé de son pouvoir d'appréciation, pas plus qu'il n'avait fait preuve de formalisme excessif, en refusant le renouvellement de l'autorisation en cause. C. Dans un " recours ", A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'ordonner à Swissmedic de renouveler immédiatement les autorisations d'exploitation n° s 102500395 et 102500457, subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour une nouvelle décision dans le sens des considérants. Swissmedic conclut au rejet du recours, sous suite de frais. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. A._ SA s'est encore prononcée par écriture du 25 septembre 2018.