Sachverhalt: A. A.a. Die B._ AG mit Sitz in U._ (Patentinhaberin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) hat die Konstruktion und den Bau von Textilmaschinen zum Zweck. Sie ist Inhaberin des Europäischen Patents EP xxx (Anmeldung yyy, erteilt am zzz) "Verfahren und Vorrichtung zum Applizieren von flächigen Materialstücken, sowie Stickmaschine" mit Benennung der Schweiz. Die unabhängigen Patentansprüche 1 und 7 lauten wie folgt: "1. Verfahren, um mittels einer Stickmaschine flächige Materialstücke von gewünschter Form auf einen Stickboden, (Fig. 6:42) zu applizieren, wobei mindestens eine Materialschicht über dem Stickboden (42) angeordnet wird, und gesteuert durch das Programm der Stickmaschine eine Relativbewegung zwischen einer Schneidvorrichtung (47) und der Materialschicht (Fig. 6:44) erzeugt und dadurch ein flächiges Materialstück der gewünschten Form aus der Materialschicht (44) ausgeschnitten wird, dadurch gekennzeichnet, dass das Schneiden durch eine beheizbare Spitze (47) erfolgt und die Eindringtiefe der beheizbaren Spitze (47) in die Materialschicht (44) durch einen bei der Spitze (47) vorgesehenen Abstandhalter (55) festgelegt wird, sodass die Spitze nur in die zu schneidende Materialschicht (44) eindringt." "7. Vorrichtung für eine Stickmaschine, um auf dem Stickboden (42) flächige Materialstücke, zum Beispiel Figuren aus einem anderen Material (44) und/ oder einer anderen Farbe als das Material des Stickbodens durch Aufsticken zu applizieren, umfassend - einen Support (45) zur Befestigung der Vorrichtung an einer Stickmaschine, - eine beheizbare Spitze (47) zum Schneiden der zur Applikation verwende- ten Materialschicht (44), - und Mitteln (57, 59), um die beheizbare Spitze von der Ruhestellung in die Schneidstellung, und umgekehrt, zu bringen, dadurch gekennzeichnet, dass bei der beheizbaren Spitze (47) ein Abstandhalter (55) vorgesehen ist, der verstellbar ist, um die Eindringtiefe der Spitze (47) in die Materialschicht (44) festzulegen, sodass die Spitze nur in die zu schneidende Materialschicht (44) eindringt." A.b. Die A._ AG mit Sitz in V._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) bezweckt die Fabrikation und den Verkauf von Textilmaschinen, insbesondere von Stickmaschinen und Apparaten. Sie vertreibt unter anderem eine Stickmaschine "C._", die nach Ansicht der Klägerin genau die Merkmale (Ansprüche 1 und 7) ihres Patentes verwirklicht und ihr Patent damit nachmacht. B. B.a. Mit Klage vom 17. April 2014 gelangte die Patentinhaberin an das Bundespatentgericht und beantragte im Wesentlichen, der Beklagten sei die Herstellung und der Vertrieb von bestimmten Maschinen zu verbieten, welche ihr Patent verletzten, und die Beklagte sei zur Rechnungslegung über den Verkauf der "C._"-Maschinen zu verpflichten und danach zur Herausgabe des damit erzielten Nettogewinnes. Ihre konkreten Rechtsbegehren änderte sie mehrmals ab, letztmals im Dezember 2014. Die Beklagte beantragte Abweisung der Klage, soweit darauf einzutreten sei. Sie bestritt die Verletzung und machte geltend, das Patent der Klägerin sei nichtig. B.b. Dr.sc.nat. Tobias Bremi verfasste für das Bundespatentgericht ein Fachrichtervotum zur Rechtsbeständigkeit des Patents EP xxx und dessen Verletzung; die Parteien nahmen zum Fachrichtervotum Stellung. Das Gericht folgte im Resultat dem Fachrichtervotum des Richters, stützte sich aber noch auf weitere Beweismittel. B.c. Mit Teilurteil vom 4. Mai 2016 erkannte das Bundespatentgericht wie folgt: "1. In Gutheissung der Rechtsbegehren Ziff. 1 wird der Beklagten unter Bezugnahme auf Anhang 1unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.-- für jeden Tag der Nichterfüllung, mindestens aber CHF 5'000.--, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall verboten, in der Schweiz ein Verfahren anzuwenden, um mittels einer Stickmaschine Applikationen von gewünschter Form auf einem Stickboden zu applizieren, wobei mindestens eine Schicht Applikationsmaterial über dem Stickboden angeordnet wird und gesteuert durch das Programm der Stickmaschine eine Relativbewegung zwischen der beheizbaren Spitze 47 und der Schicht Applikationsmaterial erzeugt wird und dadurch eine Applikation der gewünschten Form aus der Schicht Applikation ausgeschnitten wird, wobei das Schneiden durch die beheizbare Spitze 47 erfolgt, die Stickmaschine über Stoffdrückertatzen 55 verfügt, die Schneidstellung der Stoffdrückertatzen 55 so eingestellt wird, dass die Stoffdrückertatzen während dem Schneiden die Schicht Applikationsmaterial berühren und in den Schneidstellungen der beheizbaren Spitze 47 und der Stoffdrückertatze 55 die Spitze der beheizbaren Spitze 47 in X-Richtung um ein festgelegtes Mass weiter vorne liegt als die Sohlen 55 der Stoffdrückertatzen 55, und die beheizbare Spitze 47 beim Schneiden nur in die zu schneidende Schicht Applikationsmaterial eindringt. 2. In Gutheissung der Rechtsbegehren Ziff. 2 wird der Beklagten unter Bezugnahme auf Anhang 1 unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.-- für jeden Tag der Nichterfüllung, mindestens aber CHF 5'000.--, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall verboten, mit Bezug auf Stickmaschinen, welche ein Verfahren anwenden, um Applikationen von gewünschter Form auf einem Stickboden zu applizieren, wobei mindestens eine Schicht Applikationsmaterial über dem Stickboden angeordnet wird und gesteuert durch das Programm der Stickmaschine eine Relativbewegung zwischen der beheizbaren Spitze 47 und der Schicht Applikationsmaterial erzeugt wird und dadurch eine Applikation der gewünschten Form aus der Schicht Applikationsmaterial ausgeschnitten wird, wobei das Schneiden durch die beheizbare Spitze 47 erfolgt und die Stickmaschine über Stoffdrückertatzen 55 verfügt, in Werbefilmen, Prospekten, Gebrauchsanweisungen, Betriebsanleitungen, Montageanleitungen sowie in jeder anderen Form der Kommunikation anzuregen, die Schneidstellung der Stoffdrückertatzen 55 so einzustellen, dass die Stoffdrückertatzen während dem Schneiden die Schicht Applikationsmaterial berühren und in den Schneidstellungen der beheizbaren Spitze 47 und der Stoffdrückertatzen 55 die Spitze der beheizbaren Spitze 47 in X-Richtung um ein festgelegtes Mass weiter vorne liegt als die Sohlen 55 der Stoffdrückertatzen 55, so dass die beheizbare Spitze 47 nur in die zu schneidende Schicht Applikationsmaterial eindringt. 3. In Gutheissung von Rechtsbegehren Ziff. 4 wird der Beklagten unter Bezugnahme auf die Anhänge 1 und 3 unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.-- für jeden Tag der Nichterfüllung, mindestens aber CHF 5'000.--, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall verboten, eine Vorrichtung C für eine Stickmaschine, welche Stickmaschine über Stoffdrückertatzen 55 verfügt, in der Schweiz herzustellen, zu lagern, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen, in der Schweiz oder aus der Schweiz anzubieten, in die Schweiz einzuführen oder aus der Schweiz auszuführen oder bei einer dieser Handlungen mitzuwirken, welche Vorrichtung C - einen Support zur Befestigung der Vorrichtung C an einer Stickmaschine; - eine beheizbare Spitze 47, um eine auf dem Stickboden aufgebrachte Schicht Applikationsmaterial zu schneiden, und - Mittel B um die beheizbare Spitze 47 von der Ruhestellung in die Schneidstellung und umgekehrt zu bringen, umfasst, und wobei gemäss Werbefilmen, Prospekten, Gebrauchsanweisungen, Betriebsanleitungen, Montageanleitungen oder anderen Kommunikationsmitteln der Beklagten die Schneidstellung der Stoffdrückertatzen 55 so eingestellt wird, dass die Stoffdrückertatzen während dem Schneiden die Schicht Applikationsmaterial berühren und in den Schneidstellungen die Spitze der beheizbaren Spitze 47 in X-Richtung um ein festgelegtes Mass weiter vorne liegt als die Sohlen 55 der Stoffdrückertatzen 55, so dass die beheizbare Spitze 47 nur in die zu schneidende Schicht Applikationsmaterial eindringt. 4. Die Beklagte wird unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000.-- pro Tag, mindestens aber CHF 5'000.-, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach Art. 292 StGB mit Busse im Widerhandlungsfall verpflichtet, der Klägerin innert 60 Tagen nach Rechtskraft dieses Teilurteils nach anerkannten Grundsätzen der Rechnungslegung detailliert Rechnung zu legen und Auskunft darüber zu erteilen, - wie viele Vorrichtungen gemäss Dispositiv-Ziffer 3; - wie viele beheizbare Spitzen gemäss Dispositiv-Ziffer 3; - wie viele Stickmaschinen enthaltend Vorrichtungen gemäss Dispositiv-Ziffer 3, die sie zwischen dem 22. Oktober 2008 und dem Zeitpunkt der Rechtskraft dieses Teilurteils hergestellt und/oder verkauft hat und welche Netto-Verkaufserlöse und Brutto-Gewinne (Verkaufserlös abzüglich Einstandspreis) sie damit erzielt hat, - wobei die erzielten Netto-Verkaufserlöse und Brutto-Gewinne separat nach Geschäftsjahr auszuweisen sind, und zwar gestützt auf die jeweilige Finanz- und Betriebsbuchhaltung der Beklagten, und zwar unter genauer Angabe der Faktoren, d.h. des Netto-Verkaufspreises, der direkten Kosten samt Fakturabelegen (Kreditoren), der Ertragskontenauszüge und der Rechnungskopien (Debitoren) sowie der einzelnen Verwaltungs-, Vertriebs- und Gemeinkosten. (Kostenregelung)". Anhang 1 Anhang 3 C. Die Beklagte stellt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen folgende Rechtsbegehren: "1. Das Teilurteil des Bundespatentgerichts vom 4. Mai 2016 (...) sei aufzuheben; 2.a. Auf die Klage der Klägerin sei nicht einzutreten. 2.b.Eventualiter sei die Klage der Klägerin abzuweisen; 2.c. Subeventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; Dabei sei die Vorinstanz anzuweisen, (i) es sei die von der Beklagten an der Hauptverhandlung präsentierte Stichplatte der angegriffenen Ausführungsform als Beweismittel zuzulassen und zu berücksichtigen; (ii) (a) es sei ein Sachverständigengutachten einzuholen, einschliesslich zur Tatfrage, ob die Stofftatzen der angegriffenen Ausführungsform beim Schneidprozess die Funktion ausüben, die Eindringtiefe der Spitze so festzulegen, dass die Spitze nur in die zu schneidende Materialschicht eindringt; (ii) (b) eventualiter: es sei das Fachrichtervotum gesamthaft in der tatsächlichen und rechtlichen Beurteilung der Verletzungsfrage sowie gesamthaft in der Beurteilung der klägerischen Rechtsbegehren auf der Grundlage der vollständigen Wortlaute der Ansprüche 1 und 7 des Streitpatents neu zu verfassen; (iii) es sei das Sachverständigengutachten oder ein neu verfasstes Fachrichtervotum den Parteien zur Stellungnahme vorzulegen; und (iv) es habe Dr. sc. nat. Tobias Bremi als Referent und Richter in den Ausstand zu treten." Die Beschwerdeführerin stellte als prozessuale Begehren weiter das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung sowie eventuell um Erlass von Schutzmassnahmen. Mit Präsidialverfügung vom 4. August 2016 wurde der Beschwerde mit Bezug auf Dispositiv-Ziffer 4 des angefochtenen Entscheides die aufschiebende Wirkung erteilt; im Mehrumfang wurde sie abgewiesen. Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Beschwerdeantwort die Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht. Darin zieht sie ihr Rechtsbegehren 2c (i) zurück.