Sachverhalt: A. Die ehemalige C._ & Co. AG führte in Horn während rund 100 Jahren einen Textilveredelungsbetrieb auf den Liegenschaften Nrn. 2, 3, 12 und 576. Nach der Betriebsstilllegung im Jahre 1989 zeigten Untersuchungen, dass das Werksareal mit Abfällen und Altlasten (insbesondere chlorierte Kohlenwasserstoffe [CKW]) belastet war. Eigentümer der Liegenschaften sind heute die A._ AG (Parzelle Nr. 2), die B._ AG (Liegenschaften Nrn. 3 und 12) und die Politische Gemeinde Horn (Liegenschaft Nr. 576). B. Am 11. Februar 2011 ordnete das Thurgauer Amt für Umwelt (AfU) die Eintragung von zwei Teilstandorten in den Kataster der belasteten Standorte an: Nr. 4421 S 08a für die Parzellen Nrn. 3 und 12 und Nr. 4421 S 08b für Parzelle Nr. 2. Es ging aufgrund der Standortuntersuchungen von drei räumlich und hinsichtlich der Belastungsursache klar abgrenzbarer Hauptschadstoffherden (sog. Hotspots) aus: Turmix auf Parzelle Nr. 2 und Appretur/Weiherhaus sowie Färberei auf Parzelle Nr. 3. Die dagegen erhobene Beschwerde der A._ AG hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau am 13. Februar 2013 gut; das Bundesgericht trat auf die dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil 1C_381/2013 vom 14. April 2014 nicht ein. In der Folge wurden die Parzellen 2, 3 und 12 wieder als ein belasteter Standort Nr. 4421 S O8 im kantonalen Kataster eingetragen. C. Bereits am 6./14. Februar 2012 hatte die B._ AG ein Gesuch um Rückbau und Altlastensanierung für die Liegenschaften Nrn. 3 und 12 eingereicht. Dagegen erhob die A._ AG Einsprache, insbesondere weil sie im Grenzbereich der Parzellen Nrn. 2 und 3 (vor allem im Bereich des Dolenbachs) weitere CKW-Belastungen (sekundäre Hotspots) vermutete, die für beide Parzellen gesamthaft untersucht und saniert werden müssten. Die Gemeinde wies die Einsprache am 21. September 2012 ab und erteilte gleichentags die Baubewilligung; zugleich eröffnete sie den Entscheid des Amts für Umwelt (AfU) vom 6. September 2012. Den dagegen erhobenen Rekurs hiess das DBU am 6. Juli 2015 teilweise gut. Es verlangte als Auflage vor Sanierungs- und Baubeginn verschiedene Sondierungen im Grenzbereich der Parzellen Nrn. 2 und 3; diese müssten klar zeigen, dass keine sekundären CKW-Quellen bzw. Hotspots existierten. Im Übrigen wies es den Rekurs ab. Es entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung, weil die Sanierung der Parzelle Nr. 3 dringlich sei und eine akute Gefährdung des Bodensees als Trinkwasserspeicher bestehe. D. Dagegen erhob die A._ AG am 27. Juli 2015 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Sie beantragte, die Baubewilligung sei aufzuheben und es sei festzustellen und zu verfügen, dass das altlastenrechtliche Verfahren für den ganzen belasteten Standort KbS-Nr. 4421 S 08 in der Gemeinde Horn gesamthaft durchzuführen sei. Zudem stellte sie zahlreiche Eventualanträge, insbesondere zur Sicherung von Gebäuden im Grenzbereich, zu weiteren Beprobungen und Analysen im Grenzbereich der Parzellen Nrn. 2 und 3 und zur Gewährleistung ihrer Parteistellung im altlastenrechtlichen Verfahren. Überdies beantragte sie, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Am 31. Juli 2015 stellte der Präsident des Verwaltungsgerichts die aufschiebende Wirkung superprovisorisch wieder her. E. Am 3. August 2015 brach auf dem Areal der Liegenschaft Nr. 3 ein Grossbrand aus. Dieser zerstörte weite Teile der Gebäude auf Liegenschaft Nr. 3 und beschädigte auch ein angebautes Gebäude auf Parzelle Nr. 2. Am 14. August 2015 beantragte die B._ AG, der Beschwerde sei unverzüglich die aufschiebende Wirkung zu entziehen, eventualiter zumindest für den Rückbau schwer kontaminierter Stoffe und einsturzgefährdeter Gebäude. Auch das DBU und das Amt für Umwelt (AfU) stellten am 20. und 21. August 2015 entsprechende Anträge. Die A._ AG schloss am 24. August 2015 auf Abweisung dieser Anträge; eventualiter sei dem Eventualantrag mit Nebenbestimmungen stattzugeben. Am Augenschein des Verwaltungsgerichts vom 31. August 2015 nahm sie den Hauptantrag (auf Abweisung) zurück und hielt nur noch am Eventualantrag fest. F. Am 4. September 2015 erliess der Gemeinderat Horn eine Verfügung, mit der die B._ AG baupolizeilich angewiesen wurde, unverzüglich die Beseitigung des Brandschutts auf Grundstück Nr. 3 in Absprache mit dem AfU zu planen und bei Vorliegen der notwendigen Zustimmungen des AfU umzusetzen. Einem allfälligen Rekurs wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Die A._ AG erhob gegen diese Verfügung Rekurs, weil notwendige arbeitsgesetzliche und umweltrechtliche Schutz-Anordnungen fehlten, ohne aber die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung zu verlangen. G. Mit Entscheid vom 16. September 2015 bestätigte das Verwaltungsgericht Ziff. 5 des Rekursentscheids (Entzug der aufschiebenden Wirkung) und hob die superprovisorische Verfügung vom 31. Juli 2015 auf. H. Dagegen hat die A._ AG am 13. Oktober 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sowie Ziff. 5 des Dispositivs des Entscheids des DBU vom 6. Juli 2015 seien aufzuheben und der Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau vom 27. Juli 2015 sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Am 19. Oktober 2015 reichte die Beschwerdeführerin eine Beschwerdeergänzung ein. I. Das DBU, das AfU und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Horn beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die B._ AG (Beschwerdegegnerin) beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. J. Am 13. November 2015 reichte die Beschwerdeführerin eine "Noveneingabe" ein. Danach sei - im Einvenehmen mit der Beschwerdegegnerin - nunmehr eine Offerte der Firma Sieber Cassina + Partner AG für koordinierte Untersuchungen im Grenzbereich der Parzellen Nrn. 2 und 3 eingeholt. Deren Offerte habe dazu geführt, dass sich das AfU zwischenzeitlich mit den Eventualanträgen Ziff. 2 lit. a und b der Beschwerdeführerin einverstanden erklärt habe. In ihrer Replik vom 30. November 2015 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen und Begründungen fest. Sie teilt mit, dass am 1. Dezember 2015 die Untersuchungen im Grenzbereich in Angriff genommen würden. Am 25. Januar 2016 reichte die Beschwerdeführerin eine weitere "Noveneingabe" zum zwischenzeitlich vorliegenden Beurteilungsbericht der Firma Sieber Cassina + Partner AG ein.