Sachverhalt: A. A._, geboren 1964, arbeitete als Kranführer bei der B._ AG als er am 24. Dezember 2010 in Slowenien einen Autounfall erlitt. Sein Auto, das von einem Verwandten gelenkt wurde, kollidierte frontal mit einem Geisterfahrer. A._ zog sich dabei insbesondere eine Ruptur der Milz, welche in der Folge vollständig entfernt werden musste (Splenektomie), sowie eine Schulterverletzung zu. Seine Arbeitstätigkeit nahm er in der Folge nicht mehr auf. Am 16. Mai 2011 meldete er sich unter Hinweis auf die seit dem Unfall verbleibenden Beschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau klärte die medizinische und die erwerbliche Situation ab und liess A._ durch die PMEDA Polydisziplinäre Medizinische Abklärungen, Zürich, untersuchen (Gutachten vom 15. Mai 2014). Gestützt darauf sprach sie A._ mit Verfügung vom 19. Oktober 2015 für die Zeit vom 1. Dezember 2011 bis zum 30. Juni 2014 eine ganze Invalidenrente zu. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. April 2016 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Anträgen, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm ab dem 1. Juli 2014 weiterhin eine ganze Invalidenrente auszurichten und es seien zusätzliche medizinische und erwerbliche Abklärungen zu treffen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Bundesgericht hat die vorinstanzlichen Akten eingeholt und verzichtet auf einen Schriftenwechsel.