Sachverhalt: A. Der Gemeinderat Zumikon bewilligte A. und B. C._ am 18. August 2003 unter Nebenbestimmungen den Umbau ihres Wohnhauses auf dem Grundstück Gbbl. Nr. 1471 in Zumikon. In Dispositiv-Ziffer 1.1.1 der Bewilligung wurde angeordnet, dass zu Lasten des Baugrundstücks ein Nutzungsrevers mit dem Inhalt im Grundbuch einzutragen sei, dass die in der Liegenschaft in der Ausnützungsberechnung nicht enthaltenen Räume nicht zu Wohn-, Schlaf- und Arbeitszwecken oder als Ankleide- oder Garderobenraum genutzt werden dürften. Am 22. September 2003 reichten A. und B. C._ gegen die Eintragung des Nutzungsrevers Rekurs bei der damaligen Baurekurskommission des Kantons Zürich ein. In der Folge wurde das Verfahren mit Bezug auf die Eintragung des Nutzungsrevers sistiert und die Parteien wurden jährlich eingeladen, mitzuteilen, ob an der Sistierung des Rekursverfahrens nach wie vor Interesse bestehe. Am 9. August 2004 stimmte der Gemeinderat Zumikon einer Projektänderung zu. Der hiergegen von der Nachbarschaft erhobene Rekurs wurde am 26. April 2005 abgewiesen, ebenso wie die gegen den Rekursentscheid am 2. Juni 2005 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich erhobene Beschwerde. Mit Beschluss vom 17. September 2007 erteilte der Gemeinderat Zumikon A. und B. C._ die Genehmigung für Abänderungspläne über die Raumaufteilung, Dachflächenfenster und Umgebungsarbeiten. In Dispositiv-Ziffer 2 des Beschlusses wurde insbesondere Vormerk genommen, dass die Ausnützung von 180 m2 auf 191 m2 Nutzfläche erhöht worden und dass das Rekursverfahren bezüglich der baulichen Nutzung der Liegenschaft noch hängig sei. Mit Rekurs vom 22. Oktober 2007 an die damalige Baurekurskommission stellten A. und B. C._ Antrag auf Aufhebung von Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids vom 17. September 2007. Dieses Verfahren wurde am 25. Oktober 2007 ebenfalls sistiert. Auf Nachfrage des neu anstelle der Baurekurskommission zuständigen Baurekursgerichts des Kantons Zürich verlangte der Gemeinderat Zumikon mit Eingabe vom 19. September 2013 die Aufhebung der Verfahrenssistierung. Am 1. Oktober 2013 wurden die beiden Verfahren antragsgemäss fortgesetzt. Mit Entscheid vom 8. Juli 2014 hiess das Baurekursgericht die Rekurse teilweise gut. Es hob Dispositiv-Ziffer 1.1.1 des Beschlusses des Gemeinderats Zumikon vom 18. August 2003 und Dispositiv-Ziffer 2 des Gemeinderatsbeschlusses vom 17. September 2007 auf und überwies die Sache zuständigkeitshalber an die Baudirektion des Kantons Zürich. Am 15. September 2014 erhoben A. und B. C._ gegen diesen Entscheid Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Mit Urteil vom 23. April 2015 hiess dieses die Beschwerde im Kosten- und Entschädigungspunkt gut. Im Übrigen, soweit die Überweisung der Angelegenheit an die Baudirektion betreffend, wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Eingabe vom 17. Juni 2015 führen A. und B. C._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz oder ans Baurekursgericht. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Der Gemeinderat Zumikon und die Baudirektion verzichten auf Vernehmlassungen. Das Bundesamt für Raumentwicklung ARE hat eine Stellungnahme eingereicht, ohne ausdrücklich Anträge zu stellen. Die Beschwerdeführer halten an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest.