Sachverhalt: A. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern veranlagte A. und B.C._ für die Steuerperioden 1989/1990, 1991/1992 und 1993/1994 nach Ermessen, nachdem diese jeweils keine Steuererklärungen eingereicht hatten. Gestützt auf eine Buchprüfung kam die Steuerverwaltung später zum Schluss, dass die Ermessensveranlagungen der Steuerjahre 1989-1994 zu tief ausgefallen waren, weshalb sie am 17. Dezember 1999 gegen A. und B.C._ ein Nach- und Strafsteuerverfahren einleitete. Am 22. April 2005 erhob die Steuerverwaltung nach pflichtgemässen Ermessen festgesetzte Nachsteuern in der Höhe von insgesamt Fr. 1'046'550.15 (inkl. Verzugszins) sowie Gebühren von Fr. 12'000.--. Gegen A.C._ verhängte sie zusätzlich eine Busse wegen Steuerhinterziehung in der Höhe von Fr. 416'634.30. B. Die Steuerverwaltung wies die von A. und B.C._ dagegen erhobenen Einsprachen am 8. Juli 2005 ab. Am 10. August 2005 gelangten die Steuerpflichtigen betreffend Nachsteuer mit Rekurs an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Gleichzeitig beantragte A.C._ der Steuerverwaltung die (straf-) gerichtliche Beurteilung des Einspracheentscheids bezüglich der Steuerbusse. Das Rekursverfahren ruhte während der Dauer des darauf folgenden gerichtlichen Strafverfahrens und wurde erst nach dessen Abschluss (der zuständige Gerichtspräsident gab dem Steuerhinterziehungsverfahren wegen Verjährung keine weitere Folge) am 16. Februar 2011 fortgeführt. Am 25. März 2014 hiess die Steuerrekurskommission den Rekurs teilweise gut, indem sie den Einspracheentscheid aufhob, das steuerbare Einkommen von A. und B.C._ in der Bemessungsperiode 1989/1990 um Fr. 112'125.-- reduzierte, das steuerbare Vermögen von A. und B.C._ für die Steuerperioden 1991/1992 und 1993/1994 auf Fr. 0.-- festsetzte und die für das Nachsteuerverfahren erhobene Gebühr von Fr. 12'000.-- aufhob. Die Steuerrekurskommission wies die Sache zur entsprechenden Neuveranlagung an die Steuerverwaltung zurück. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die dagegen erhobene Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Es bestätigte dabei insbesondere die vorinstanzlichen Erwägungen, wonach die Veranlagungsverjährung der Nachsteuern für die Steuerperiode 1989/1990 bis 1993/1994 noch nicht eingetreten sei. C. Mit Eingabe vom 13. November 2014 erheben A. und B.C._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 9. Oktober 2014 sei wegen Eintritts der Veranlagungsverjährung aufzuheben. Das Verwaltungsgericht und die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet - mit dem Hinweis, dass es um eine Verjährungsfrage nach kantonalem Recht gehe - auf eine Stellungnahme. Die Beschwerdeführer replizieren.