Sachverhalt: A. Am 26. September 2014 erhob die A._ SA (Klägerin, Beschwerdeführerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich Aberkennungsklage gegen die B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit folgendem Rechtsbegehren: "1. Es sei festzustellen, dass die Forderung, für welche der beklagten Partei mit Entscheid der Präsidentin des Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye vom 18. März 2014 provisorische Rechtsöffnung erteilt wurde, nicht besteht. 2. Die "décision de mainlevée provisoire" [Entscheid der provisorischen Rechtsöffnung] durch die Präsidentin des Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye vom 18. März 2014 sei aufzuheben. 3. (1) Die Kosten der provisorischen Rechtsöffnung im Verfahren vor der Präsidentin des Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye vom 18. März 2014 seien der Beklagten aufzuerlegen. (2) Der Klägerin sei eine Kosten- und Parteientschädigung im Verfahren vor der Präsidentin des Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye vom 18. März 2014 zuzusprechen. 4. Die Betreibung Nr. xxx des Office des poursuites de la Broye sei zu löschen. 5. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beklagten." Mit Eingabe vom 12. Januar 2015 ergänzte die Klägerin ihr Rechtsbegehren dahingehend, dass die Aberkennungsklage eventualiter als negative Feststellungsklage gemäss Art. 85a SchKG entgegenzunehmen sei, unter Aufrechterhaltung ihrer Begehren vom 26. September 2014. Das Handelsgericht trat mit Beschluss vom 23. Februar 2015 auf die Klage nicht ein. Es war zum Schluss gekommen, dass die Frist zur Einreichung der Aberkennungsklage abgelaufen sei und diese bei ihm verspätet eingereicht wurde; die Voraussetzungen von Art. 63 ZPO für einen Rückbezug (Rückdatierung) der Rechtshängigkeit auf den Zeitpunkt der früheren Einreichung der Klage bei einem unzuständigen Gericht (am 25. März 2014) seien nicht gegeben. Das klägerische Begehren sei als Klage nach Art. 85a SchKG entgegenzunehmen, für die das Handelsgericht aber weder örtlich noch sachlich zuständig sei. B. Die Klägerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. April 2015, diesen Beschluss aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.