Sachverhalt: A. Die A._ AG betreibt in Leibstadt eine Autogarage mit einer Tankstelle. Mit Schreiben vom 1. Februar 2011 teilte das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (nachstehend: BVU) der A._ AG mit, es fehle eine Abwasservorbehandlung für Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung, weshalb spätestens bis am 30. Juni 2011 bei der Gemeinde ein Gesuch für den Einbau einer solchen Anlage einzureichen sei. Die A._ AG teilte dem BVU mit Schreiben vom 18. Februar 2011 zusammengefasst mit, in der gesetzten Frist sei die verlangte Veränderung nicht möglich, weil der Umbau der Tankstelle sowie eine Erweiterung der Werkstatt inklusive Tiefgarage geplant seien. Das Projekt sehe eine Abwasseranlage vor und werde in den nächsten fünf Jahren realisiert. Im Antwortschreiben vom 3. März 2011 führte das BVU namentlich aus, zur Sanierung der Entwässerung könne einer Fristerstreckung von fünf Jahren nicht zugestimmt werden. "Entweder wird die Sanierung der Entwässerung in den nächsten Monaten realisiert oder wir müssen ein Einleitungsverbot für das Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung aussprechen. Bitte teilen Sie uns mit, ob die Möglichkeit besteht, bis zum Umbau in fünf Jahren das Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung zu sammeln und zu entsorgen." Mit Schreiben vom 30. März 2011 teilte das BVU dem Geschäftsführer der A._ AG mit (act. 93 f.) : "Am 28. März 2011 fand eine Besprechung in Ihrem Betrieb statt. [...] Sie machen geltend, dass 1. Die bestehende Abwasservorbehandlung (Mineralölabscheider) die Anforderungen an die Einleitung von Abwasser in die Kanalisation erfüllt und deshalb die bestehende Abwasservorbehandlung erst bei der Realisierung der zweiten Bauetappe (Umbau Garage und Tankstelle) ersetzt werden muss. 2. Da die zweite Bauetappe voraussichtlich noch im Jahr 2014 fertig gestellt werden soll, ist der Ersatz der bestehenden Abwasservorbehandlung zum jetzigen Zeitpunkt unverhältnismässig. Weiteres Vorgehen Analyse Kohlenwasserstoffe aus dem Mineralölabscheider -..] Ersatz des bestehenden Mineralölabscheiders Der Ersatz des bestehenden Mineralölabscheiders ist in der zweiten Bauetappe vorgesehen. Den neuen Abscheider jetzt zu ersetzen und ihn dann in drei Jahren wieder zu versetzen ist unverhältnismässig." B. Bei einer Kontrolle vom 11. September 2014 wurden im Betrieb der A._ AG bezüglich der Entwässerung des Platzes für Motor- und Chassisreinigungen und der Tankstelle Mängel festgestellt. Am 16. Dezember 2014 verfügte die Abteilung für Umwelt des BVU gegenüber der A._ AG: "1. Ab dem 1. Januar 2015 dürfen keine Fahrzeugreinigungen mehr durchgeführt werden, bis eine dem Stand der Technik entsprechende Entwässerung der Waschplätze vorliegt. 2. Die Entwässerung der Tankstelle muss entsprechend den geltenden Vorschriften angepasst werden. Gemäss der Schweizer Norm SN 502000 sind Vorbehandlungsanlagen bei Tankstellen und Umschlagplätzen mit einem selbsttätigen Abschluss (Überlaufsicherung) auszurüsten. Der Tankstellen- und Umschlagplatz muss dicht und mediumsbeständig sein. Die Entwässerung hat in die Schmutzwasserkanalisation zu erfolgen. 3. Ist die Tankstellenentwässerung, sowie die Abdichtung des Tankstellen- und Umschlagplatzes bis zum 31. März 2015 nicht saniert, muss die Tankstelle ab dem 1. April 2015 bis zur erfolgten Sanierung ausser Betrieb genommen werden. 4. Der Abschluss der Sanierung muss der Gemeinde und der Abteilung für Umwelt 5001 Aarau mitgeteilt werden. 5. Erst nach schriftlicher Freigabe durch die Abteilung für Umwelt darf der Betrieb der Tankstelle wieder aufgenommen werden." Eine von der A._ AG gegen diese Verfügung eingereichte Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. Juni 2015 ab, wobei er den abgelaufenen Termin zur Umsetzung der verlangten Anpassungen bezüglich der Entwässerung des Waschplatzes auf einen Monat und für die Abdichtung der Tankstelle auf drei Monate ab Rechtskraft seines Entscheids festlegte. Diesen Regierungsratsentscheid focht die A._ AG mit Beschwerde an, die das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 23. Februar 2016 abwies, soweit es darauf eintrat. C. Die A._ AG (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 24. Juni 2015, den Regierungsratsbeschluss vom 24. Juni 2015 und die Verfügung des BVU vom 16. Dezember 2014 mit Ausnahme der bereits erfüllten Verpflichtung zur Abdichtung des Tankstellenplatzes aufzuheben. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Regierungsrat des Kantons Aargau und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Stellungnahme zum Ergebnis, die Vorinstanz habe das Gewässerschutzgesetz nicht verletzt. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihren Ausführungen in der Beschwerde fest.