Sachverhalt: A. Die IV-Stelle des Kantons Freiburg sprach dem 1966 geborenen A._ mit Verfügung vom 2. April 2001 für verschiedene Perioden jeweils eine befristete ganze Invalidenrente zu. Ab Januar 2001 bestand für eine leichte, nicht kniebelastende Tätigkeit wieder eine volle Arbeitsfähigkeit. Mit Schreiben vom 4. Mai 2002 liess sich der Versicherte erneut bei der Invalidenversicherung anmelden. Er machte nun vor allem diverse Schmerzen und eine depressive Entwicklung geltend. Der mit einer Begutachtung beauftragte Dr. med. B._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, diagnostizierte eine seit Juli 2002 bestehende Somatisierungsstörung bei einer um 50 % eingeschränkten Arbeitsfähigkeit (Expertise vom 8. September 2003). Dr. med. C._, Fachärztin FMH für Rheumatologie, stellte folgende Diagnosen: chronische Knieschmerzen multifaktorieller Ätiologie, chronisches rezidivierendes cervikocephales und cervikobrachiales Schmerzsyndroms links, depressives Entwicklung bei einer psychosozialen Belastungssituation (Gutachten vom 16. August 2004). Dem Versicherten sei es ihres Erachtens während ca. 2 Stunden täglich zumutbar, eine leichte körperliche Tätigkeit in einer mehrheitlich sitzenden Position auszuüben. Die Leistungsfähigkeit sei dabei um 10 % reduziert. Mit Verfügung vom 25. Juli 2005 sprach die IV-Stelle A._ mit Wirkung ab dem 1. Juli 2002 erneut eine ganze Rente zu. Im Rahmen eines im Januar 2009 eröffneten Rentenrevisionsverfahrens holte die IV-Stelle je ein Gutachten des Dr. med. D._, Facharzt FMH für Rheumatologie, vom 20. Mai 2010 und des Dr. med. E._, Facharzt FMH für Neurologie, Psychiatrie und Psychotherapie, vom 1. Juli 2010 ein. Am 26. Oktober 2010 bestätigte die IV-Stelle, die Weiterausrichtung der bisherigen ganzen Rente. Am 13. Februar 2012 leitete die IV-Stelle ein weiteres Revisionsverfahren ein und hob mit Verfügung vom 9. Juli 2014 - unter Hinweis auf die am 1. Januar 2012 in Kraft getretene Schlussbestimmung zur 6. IV-Revision - den Anspruch auf die Invalidenrente auf. Gleichentags wurde dem Versicherten für die Dauer der Wiedereingliederungsmassnahmen während maximal zwei Jahren eine Rente zugesprochen (Verfügung vom 9. Juli 2014). B. Das Kantonsgericht Freiburg wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 24. August 2016 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren. Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel findet nicht statt.