Sachverhalt: A. B._ ist Gesellschafter und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der A._ GmbH, die betreute Wohngemeinschaften betreibt. Vom Stammkapital in der Höhe von Fr. 40'000.- befinden sich Fr. 39'000.- im Besitz von B._. Für das Jahr 2009 erfasste die Ausgleichskasse des Kantons Thurgau bei der A._ GmbH eine beitragspflichtige Lohnsumme von Fr. 1'280'740.55. Bei einer Arbeitgeberkontrolle vom 28. August 2014 stellte die Ausgleichskasse fest, für 2009 sei eine Lohnsumme in Form von Leasingaufwand und Unterhaltskosten für einen von B._ genutzten Personenwagen VW Touareg im Betrag von Fr. 17'040.- nicht abgerechnet worden. Am 15. September 2014 erliess die Ausgleichskasse eine Nachzahlungsverfügung für diese Summe in der Höhe von Fr. 2'045.35 für AHV/IV/EO-Beiträge, Beiträge an die Familienausgleichskasse und Verwaltungskosten. Zudem verfügte sie Verzugszinsen von Fr. 481.50. Auf Einsprache hin hielt die Ausgleichskasse an beiden Verfügungen fest (Entscheid vom 3. Juli 2015). B. In Gutheissung der von der A._ GmbH eingereichten Beschwerde hob das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau den Einspracheentscheid vom 3. Juli 2015 mit Entscheid vom 18. November 2015 auf. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Ausgleichskasse, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben. Die A._ GmbH schliesst sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde.