Sachverhalt: A. Das Gebiet Geissberg/Altenwegen liegt im Nordwesten der Stadt St. Gallen. Es wird durch die Autobahn A1 von Südwesten nach Nordosten durchschnitten. Von Süden her führt die Geissbergstrasse ab der Zürcher Strasse über den Knoten Russen und den Interio-Kreisel zur Grenze der Gemeinden St. Gallen und Gaiserwald. Gemäss Zonenplan der Stadt St. Gallen vom 1. November 1980 war das Gebiet grösstenteils der Gewerbe-Industrie-Zone mit einer maximalen Gebäudehöhe von 18 m (GI H18) zugewiesen, der Weiler Altenwege sowie die Grundstücke Nrn. W2264, W2283 und W3692 dem übrigen Gemeindegebiet. B. Am 15. November 2005 beschloss das Stadtparlament die Teilzonenplanänderung Altenwegen. Der Weiler Altenwegen wurde vom übrigen Gemeindegebiet in die Wohn-Gewerbezone W3 (WG3) eingezont und die Grundstücke Nrn. W2264, W2283 und W3692 im Gebiet Altenwegen der GI H18 zugeteilt. Für letztere gelten folgende Nutzungsbeschränkungen: "Zulässig sind: a) Industrie- und Gewerbebetriebe, einschliesslich Büro- und Verwaltungsabteilungen mit höchstens 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche während der massgebenden täglichen Spitzenstunde des übergeordneten Strassennetzes (Montag bis Samstag) b) Verkehrsextensive Dienstleistungsbetriebe wie Büro- und Verwaltungsabteilungen ohne grossen Publikumsverkehr mit höchstens 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche während der massgebenden täglichen Spitzenstunde des übergeordneten Strassennetzes (Montag bis Samstag). Nicht zulässig sind: a) Verkaufsbetriebe sowie Fachmärkte b) Einkaufszentren c) Verkehrsintensive Freizeitbetriebe d) Verkehrsintensive Dienstleistungsbetriebe wie Büro- und Verwaltungsabteilungen mit grossem Publikumsverkehr". Die Zonenplanänderung wurde vom Baudepartement am 23. Februar 2006 genehmigt und trat am 1. April 2006 in Kraft. C. Am 13. Juni 2006 erliess der Stadtrat St. Gallen eine auf drei Jahre befristete Planungszone mit dem Ziel, eine Fahrtenbegrenzung im gesamten Gebiet Geissberg/Altenwegen einzuführen. Am 11. November 2008 beantragte der Stadtrat beim Stadtparlament den Erlass einer Beschränkung pro ha Grundfläche auf 100 Fahrten während der abendlichen Spitzenstunde von Montag bis Freitag und 25 Fahrten während der Spitzenstunde am Samstag und Sonntag. Das Stadtparlament wies die Zonenplanänderung am 16. Juni 2009 an den Stadtrat zurück und wies ihn an, auf die geplanten Fahrtenbeschränkungen von Montag bis Freitag zu verzichten. D. Der Stadtrat überarbeitete daraufhin die Zonenplanänderung und beantragte am 17. August 2010 folgende Nutzungsbestimmungen im Perimeter Geissberg/Altenwegen: "Zulässig sind zonengemässe Nutzungen, wenn während den nachmittäglichen Spitzenstunden des übergeordneten Strassennetzes am Samstag und Sonntag 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche nicht überschritten werden." Während der öffentlichen Auflage vom 30. August bis 29. September 2010 gingen 13 Einsprachen verschiedener Grundeigentümerinnen und Mieterinnen im Gebiet Geissberg/Altenwegen ein, darunter die im Rubrum genannten Beschwerdegegnerinnen. Der Stadtrat wies die Einsprachen am 29. September 2011 ab und erliess am 22. November 2011 die Zonenplanänderung. Das fakultative Referendum wurde nicht ergriffen. E. Gegen den jeweiligen Einspracheentscheid rekurrierten die Einsprecherinnen beim Baudepartement. Dieses wies den Rekurs der VI Liegenschaften AG und der Lawil AG am 26. Mai 2014 ab. Die übrigen Rekurse hiess es teilweise gut und änderte den Text der Planlegende wie folgt ab (Änderungen fett) : "Zulässig sind zonengemässe Nutzungen, wenn während den nachmittäglichen Spitzenstunden des übergeordneten Strassennetzes am Samstag zwischen 14.00 Uhr bis 15.00 Uhr und Sonntag zwischen 16.00 Uhr und 17.00 Uhr 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche nicht überschritten werden." F. Gegen die Entscheide des Baudepartements erhoben die Einsprecherinnen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Sie beantragten die Aufhebung der Zonenplanänderung Geissberg/ Altenwegen; das Baudepartement und der Stadtrat St. Gallen schlossen auf Abweisung der Beschwerden. Am 23. Juni 2014 genehmigte das Baudepartement die Zonenplanänderung Geissberg/Altenwegen. Am 25. Mai 2016 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerden gut, soweit es darauf eintrat, und hob die angefochtenen Entscheide auf. Es befand, die angefochtene Planung verletze den Grundsatz der Planbeständigkeit. G. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die Politische Gemeinde St. Gallen am 17. August 2016 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei mit Ausnahme der Grundstücke W2264, W2283 und W3692 aufzuheben und die Einspracheentscheide des Stadtrates vom 29. September 2011 sowie die Rekursentscheide des Baudepartements vom 26. Mai 2014 (ebenfalls mit Ausnahme dieser Grundstücke) zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Politische Gemeinde St. Gallen zurückzuweisen. H. Die im Rubrum genannten Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die N._ AG hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) und das kantonale Baudepartement haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. I. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik vom 14. November 2016 an ihren Anträgen fest.