Sachverhalt: A. A._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) und die B._ GmbH (Klägerin, Beschwerdegegnerin) schlossen am 25. März 2011 einen Werkvertrag betreffend den Bau eines Ferienbungalows in U._ ab. B. Am 31. August 2012 erhob die Klägerin beim Kantonsgericht Obwalden Klage mit dem Begehren, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 85'595.50 nebst Verzugszinsen zu verpflichten. Ferner sei der in der entsprechenden Betreibung erhobene Rechtsvorschlag zu beseitigen. Die Beklagte beantragte die Abweisung der Klage und bestritt die örtliche Zuständigkeit des Kantonsgerichts Obwalden. Das Kantonsgericht beschränkte das Verfahren vorerst auf die Frage der örtlichen Zuständigkeit. Mit Zwischenentscheid vom 20. März 2014 erklärte sich das Kantonsgericht Obwalden für zuständig. Eine dagegen von der Beklagten erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Obwalden am 12. November 2014 ab und bestätigte den Entscheid des Kantonsgerichts. C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts vollumfänglich aufzuheben und festzustellen, dass das Kantonsgericht Obwalden für das Hauptverfahren (Forderung aus Werkvertrag) örtlich nicht zuständig sei. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht, subeventualiter an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt, auf die appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil nicht einzutreten, eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.