Sachverhalt: A. Mit Totalunternehmervertrag vom 14. März/24. Juli 2007 verpflichtete sich die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) bzw. ihre Rechtsvorgängerin gegenüber der R._ AG zur Planung, Erstellung und Übergabe des Bauwerks "3 MEFH an der Strasse W._, V._, Grundstück Kat.-Nr. xxx, yyy, zzz". Die R._ AG begründete an den drei Grundstücken Stockwerkeigentum und verkaufte die Stockwerkeinheiten, wobei sie in den Kaufverträgen ihre Mängelrechte und Garantieansprüche gegenüber der Beklagten abtrat. In der Folge wurden Mängel an den Fassaden aller drei Häuser gerügt, die auch durch Nachbesserungsarbeiten der Beklagten nicht behoben worden seien. B. B.a. Nach erfolglosem Schlichtungsversuch wurde am 19. Januar 2015 beim Bezirksgericht Zürich Klage eingereicht mit dem Begehren, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, die Kosten der Ersatzvornahme für die Behebung der gerügten Mängel betr. Unzulänglichkeiten der verputzten Aussenwärmedämmung der Bauwerke U._, V._, zu bezahlen und hierfür einen Vorschuss in der Höhe der durch ein Gutachten festzustellenden mutmasslichen Kosten zu leisten, mindestens Fr. 1 Mio., sowie die vorprozessualen Parteikosten von Fr. 17'024.35 zu ersetzen, zuzüglich verschiedene Zinsbetreffnisse. Als "Klägerschaft" wurde genannt: "Stockwerkeigentümerschaften U._, V._" und anschliessend siebzehn natürliche Personen mit Vor- und Nachname. Das Bezirksgericht trat mit Beschluss vom 23. Juli 2015 nicht auf die Klage ein, da das Handelsgericht sachlich zuständig sei. Der Beschluss führte als "Klägerin" die " Stockwerkeigentümergemeinschaft U._, V._ " auf. B.b. Unter der gleichen Parteibezeichnung wie in der vorgenannten Klage reichte die klagende Partei in der Folge einerseits am 31. August 2015 eine identische Klage beim Handelsgericht des Kantons Zürich ein und erhob anderseits am 14. September 2015 gegen den Beschluss des Bezirksgerichts Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich. Mit Beschluss vom 21. Oktober 2015 sistierte das Obergericht das Berufungsverfahren. Mit Beschluss vom 23. Oktober 2015 trat das Handelsgericht auf die Klage ebenfalls nicht ein. Dies, weil es das Bezirksgericht als sachlich zuständig erachtete (und nicht etwa aufgrund bereits anderweitiger Rechtshängigkeit derselben Sache). Mit Beschluss vom 3. Dezember 2015 änderte das Obergericht sein Rubrum; an Stelle der "Stockwerkeigentümergemeinschaft U._, V._" nannte es fortan die einzelnen Stockwerkeigentümer mit Name, Vorname, Geburtsdatum, Bürgerort und Adresse als Kläger. Sodann führte es das Verfahren fort. Mit Urteil vom 9. März 2016 hiess es die Berufung gut; das Bezirksgericht sei sachlich zuständig für die Klage. Es hob den Beschluss des Bezirksgerichts auf und wies die Sache zur Ergänzung des Verfahrens und zu neuer Entscheidung an dieses zurück. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts sei kostenfällig aufzuheben und auf die (kantonale) Berufung sei nicht einzutreten; eventualiter sei die (kantonale) Berufung abzuweisen (Ziff. 1). Eventualiter dazu sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht, subeventualiter an die erste Instanz, zurückzuweisen (Ziff. 2). Die Gegenseite trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Parteien haben unaufgefordert repliziert und dupliziert.