Sachverhalt: A. Die X._ AG mit Sitz in U._ verkaufte am 21. Juni 2013 die Siedlung Y._ (Grundstücke Kat.Nr. yyy und yyy mit 2'515 m 2 bzw. 7'724 m 2 Fläche und den Gebäuden V._strasse 3, 5a und 5b, 7a und 7b bzw. V._strasse 1/ W._strasse 64 und 66) zum Preis von Fr. 32'500'000.-- an die Z._ AG. Entgegen dem Antrag der X._ AG auf Aufschub der Grundstückgewinnsteuer zufolge Ersatzbeschaffung auferlegte die Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ der Steuerpflichtigen am 26. Februar 2014 eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 2'982'929.30. B. Eine dagegen erhobene Einsprache hiess die Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ am 31. März 2014 teilweise gut und reduzierte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 2'773'374.95. Sie berücksichtigte dabei die von der X._ AG geltend gemachten korrigierten Anlagekosten; einen Aufschub der Grundstückgewinnsteuer aufgrund einer Ersatzbeschaffung verweigerte sie indessen erneut. Gegen diesen Entscheid erhob die X._ AG Rekurs, welcher vom Steuerrekursgericht am 31. März 2015 abgewiesen wurde. In der Folge gelangte die X._ AG an das Verwaltungsgericht, welches die Beschwerde mit Urteil vom 13. Januar 2016 abwies. C. Die X._ AG legt mit Eingabe vom 22. Februar 2016 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die veranlagte Grundstückgewinnsteuer sei infolge Ersatzbeschaffung aufzuschieben. Eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, subeventualiter an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich, zur vollständigen Erhebung des Sachverhalts und Neuentscheidung zurückzuweisen. Die Stadt U._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Steueramt Zürich sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf die Stellung eines Antrags. Die X._ AG nimmt zum Vernehmlassungsergebnis abschliessend Stellung und hält an ihren Rechtsbegehren fest.