Sachverhalt: A. Die Bergbahnen B._ AG ist Eigentümerin der Parzelle Nr. xxx auf dem Gebiet der Gemeinde Disentis/Mustér. Das Grundstück befand sich teilweise in der Wohnzone 2, 2. Nutzungsetappe. In den Jahren 2008/2009 wurde in der Gemeinde die Ortsplanung revidiert, wobei ca. 9'000 m 2 der Parzelle Nr. xxx neu der Wohnzone 2, 1. Nutzungsetappe, zugeteilt wurden. Am 8. bzw. 14. Oktober 2008 schlossen die Bergbahnen B._ AG und die Gemeinde eine öffentlich-rechtliche Vereinbarung über die Abschöpfung des aus dieser Einzonung resultierenden Mehrwerts ab. Darin verpflichtete sich die Bergbahnen B._ AG, den Mehrwert von Fr. 2'700'000.-- zu 30 %, ausmachend Fr. 810'000.--, im Sinne von Art. 19 Abs. 3 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden (KRG; BR 801.100) auszugleichen, sofern die Einzonung rechtskräftig werde. An Zahlungs statt sollte sie berechtigt sein, diesen Betrag in den nächsten zehn Jahren in betriebseigene Beschneiungsanlagen sowie alle die Attraktivität des Skigebiets erhaltende oder stärkende Gegenstände des Anlagevermögens zu investieren. Mit Schreiben vom 16. August 2011 teilte die Bergbahnen B._ AG der Gemeinde mit, sie habe gemäss Vereinbarung Investitionen in werterhaltende und -steigernde Anlagen in der Höhe von rund einer Million Franken getätigt. B. Am 19. Juni 2012 beurteilte die Gemeinde ein Vorentscheidgesuch der Bergbahnen B._ AG, vertreten durch die A._ AG, über ein Überbauungskonzept auf der Parzelle Nr. xxx. Sie führte aus, das Zweitwohnungsprojekt dieser Grössenordnung könne gemäss ihrer Richtlinie nur bewilligt werden, wenn eine öffentlich-rechtliche Vereinbarung zur Sicherung der Mittel abgeschlossen werde. Selbstverständlich bestehe diese Möglichkeit aber nur dann und insoweit, als sie noch mit den einschlägigen Bestimmungen des Bundesrechts vereinbar sei. Zu erwähnen sei dabei die bundesrätliche Zweitwohnungsverordnung (nachfolgend: ZwV; SR 702), welche die hier vorgesehenen Zweitwohnungen aller Wahrscheinlichkeit nicht mehr zulasse. C. Am 26. Oktober 2012 reichte die A._ AG als Bauherrin und Vertreterin der Bergbahnen B._ AG ein Baugesuch um Erstellung der Überbauung U._ mit Ein- und Mehrfamilienhäusern auf der Parzelle Nr. xxx ein. Die Basis hierfür sollte der Quartierplan mit den entsprechenden Vorschriften bilden. Das Baugesuch wurde vom 26. Oktober bis 15. November 2012 öffentlich aufgelegt. Dagegen erhob unter anderem Helvetia Nostra am 14. November 2012 Einsprache in italienischer Sprache mit dem sinngemässen Antrag, die Baubewilligung sei zu verweigern. Daraufhin wies sie das Bauamt der Gemeinde darauf hin, dass in der Gemeinde Rätoromanisch Amtssprache sei, allenfalls Deutsch als Zweitsprache. Die Einsprache sei in einer dieser Sprachen einzureichen. Am 20. November 2012 reichte Helvetia Nostra die Einsprache auf Deutsch nach. Die Gemeinde trat mit Entscheid vom 7. Dezember 2012 mangels Einsprachelegitimation nicht auf die Einsprache ein. Zuvor genehmigte sie am 3. Dezember 2012 den Quartierplan U._, der unangefochten in Rechtskraft erwachsen ist. D. Ebenfalls am 7. Dezember 2012 schlossen die Bergbahnen B._ AG und die Gemeinde eine zweite öffentlich-rechtliche Vereinbarung. Darin verpflichtete sich Erstere, den den Buchwert von Fr. 513'228.-- übersteigenden Gewinn aus der Veräusserung der unbewirtschafteten Zweitwohnungen auf der Parzelle Nr. xxx ausschliesslich für den Ausbau und den Betrieb ihres Skigebiets zu verwenden. Damit gemeint sind die Finanzierung einer Beschneiungsanlage oder einer Zubringeranlage von Sedrun ins Disentiser Skigebiet oder die Anschaffung und Herstellung von Anlagevermögen. E. Am 19. Dezember 2012 erteilte die Gemeinde der A._ AG die Baubewilligung. F. Sowohl gegen den Einspracheentscheid vom 7. Dezember 2012 als auch gegen die Baubewilligung vom 19. Dezember 2012 erhob Helvetia Nostra Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerden ab mit der Begründung, Helvetia Nostra sei nicht beschwerdelegitimiert. Die dagegen erhobenen Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht gut (Urteile 1C_220/2013 und 1C_312/2013 vom 30. August 2013). G. Am 24. Oktober 2013 teilte die A._ AG mit, am Baugesuch und an der Baubewilligung festhalten zu wollen. Das Verwaltungsgericht vereinigte daraufhin die beiden Verfahren R 13 15A (betreffend Einspracheentscheid) und R 13 60A (betreffend Baubewilligungserteilung) und lud die Bergbahnen B._ AG zum Verfahren bei. Mit Urteil vom 9. September 2014 hiess es die Beschwerde R 13 15A der Helvetia Nostra gut, soweit darauf eingetreten werde, und hob den Einspracheentscheid sowie die Baubewilligung auf. Auf die Beschwerde R 13 60A trat es nicht ein. H. Dagegen erhoben die A._ AG und die Bergbahnen B._ AG am 16. Januar 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit es sich auf die Beschwerdesache vor Vorinstanz R 13 15A beziehe (also nicht Disp.-Ziff. 1 Satz 3) und die Sache sei der Vorinstanz zu neuem Entscheid unter Gewährung des rechtlichen Gehörs zurückzuweisen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und festzustellen, dass Helvetia Nostra keine rechtsgenügliche Einsprache vor der Gemeinde erhoben habe und folglich die erteilte Baubewilligung in Rechtskraft erwachsen sei. Das Verwaltungsgericht und Helvetia Nostra (Beschwerdegegnerin) schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Disentis/Mustér hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerinnen halten in der Replik an ihren Anträgen fest.