Sachverhalt: A. Die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) schloss mit der B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mündlich einen Architektenvertrag ab. Unbestritten ist, dass zwischen den Parteien ein gültiger Vertrag zustande gekommen ist und dass sich die Entschädigung der Klägerin grundsätzlich nach dem tatsächlich erbrachten Zeitaufwand für die in Auftrag gegebenen Arbeiten errechnet. Die Klägerin fordert gestützt auf diesen Vertrag ein Honorar in der Höhe von Fr. 65'997.70 für in den Jahren 2012 und 2013 erbrachte Leistungen betreffend die Umnutzung bzw. den Umbau von zwei Praxisräumen in U._. B. Am 23. März 2015 erhob die Klägerin am Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die Beklagte und beantragte, diese sei zu verpflichten, ihr den oben genannten Betrag zuzüglich Zins zu 5 % seit 19. Juli 2014 zu bezahlen. Das Handelsgericht wies mit Urteil vom 29. September 2016 die Klage fast vollständig ab und verpflichtete die Beklagte einzig, den von ihr anerkannten Betrag von Fr. 397.70 zuzüglich Zins von 5 % seit 17. Juni 2014 an die Klägerin zu bezahlen. C. Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde an das Bundesgericht und beantragt, dass das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben, die Beschwerde gutzuheissen und die Sache zur Behebung der prozessualen Mängel und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen sei. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.