Sachverhalt: A. Mit Entscheid vom 12. April 2016 eröffnete das Kreisgericht St. Gallen auf Begehren der B._ AG (Beschwerdegegnerin und Gläubigerin in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamts St. Gallen) über die A._ GmbH (Beschwerdeführerin und Schuldnerin) den Konkurs per 12. April 2016, 10.00 Uhr. Dagegen erhob die Beschwerdeführerin am 18. April 2016 Beschwerde an das Kantonsgericht St. Gallen. Sie verlangte die Aufhebung der Konkurseröffnung und die Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Mit Entscheid vom 9. Juni 2016 wies das Kantonsgericht die Beschwerde ab, womit das Gesuch um aufschiebende Wirkung hinfällig wurde. B. Am 11. Juli 2016 hat die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Entscheids und den Verzicht auf die Konkurseröffnung. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung. Das Kantonsgericht hat auf Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung verzichtet. Die Beschwerdegegnerin hat sich dem Gesuch widersetzt. Mit Präsidialverfügung vom 27. Juli 2016 hat das Bundesgericht der Beschwerde in dem Sinne aufschiebende Wirkung zuerkannt, als der Konkurs eröffnet bleibt, jedoch bis zum bundesgerichtlichen Entscheid Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben, mit anderen Worten das Konkursverfahren nicht gefördert werden darf, aber bereits getroffene Sicherungsmassnahmen aufrecht erhalten bleiben. Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, in der Sache aber keine Vernehmlassungen eingeholt.