Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 23. Januar 2013 verneinte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen einen Anspruch des 1953 geborenen A._ auf eine Invalidenrente der Invalidenversicherung, da keine Invalidität vorliege. B. A._ erhob hiegegen Beschwerde. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen holte ein polydisziplinäres medizinisches Gutachten der MEDAS Zentralschweiz vom 12. Februar 2016 ein. Mit Entscheid vom 1. Juni 2016 hiess es die Beschwerde gut, hob die Verfügung vom 23. Januar 2013 auf, sprach dem Versicherten eine halbe Invalidenrente zu und auferlegte der IV-Stelle eine Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.- sowie (in Dispositiv-Ziffer 3) die von der MEDAS Zentralschweiz in Rechnung gestellten Gutachtenskosten von Fr. 13'931.15. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, Dispositiv- Ziffer 3 des vorinstanzlichen Entscheids sei dahingehend abzuändern, dass der IV-Stelle die Kosten des Gerichtsgutachtens nur bis zur Höhe von Fr. 11'432.35 überbunden würden. Das Versicherungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. A._ und die IV-Stelle verzichten je auf eine Vernehmlassung.