Sachverhalt: A. A.a. A._ hatte sich am 4. Juli 2006 bei einer Auffahrkollision ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule zugezogen. Mit Verfügung vom 11. November 2010 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Zürich gestützt auf das vom Unfallversicherer eingeholte Gutachten des Zentrums B._ vom 13. Juli 2009 (mit psychiatrischer sowie neurologisch-neuropsychologischer Abklärung durch das Institut C._) mit Wirkung ab dem 1. Mai 2008 eine bis zum 30. September 2008 befristete halbe Invalidenrente zu. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich bestätigte dies mit Entscheid vom 31. Mai 2012. A._ führte dagegen am 16. August 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Das Verfahren (8C_613/2012) wurde mit Verfügung vom 14. September 2012 unter Hinweis auf die Rechtsprechung nach BGE 138 II 386 sistiert. A.b. Am 31. August 2012 beantragte A._ unter Hinweis auf einen neuen Arztbericht die Revision des Entscheides vom 31. Mai 2012. Das Sozialversicherungsgericht wies das Gesuch mit Beschluss vom 26. September 2012 ab, soweit darauf eingetreten wurde. Das Bundesgericht hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil 8C_899/2012 vom 7. Mai 2013 gut. Es erwog, dass dem Gesuch auf Einleitung eines Revisionsverfahrens stattzugeben sei und weitere Abklärungen angezeigt seien. Es hob den Beschluss des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2012 auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie über das Revisionsgesuch neu entscheide. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich holte beim Zentrum B._, PD Dr. med. D._ und Frau Dr. med. E._, welche das Gutachten vom 13. Juli 2009 erstattet hatten, ein Ergänzungsgutachten vom 2. Oktober 2015 ein. Über die beantragte Ablehnung der Gutachter wegen Vorbefassung hatten das Sozialversicherungsgericht mit den Beschlüssen vom 29. August 2013 und das Bundesgericht mit den Urteilen 8C_716/2013 und 8C_717/2013 vom 10. Februar 2014 abschlägig befunden. Gestützt auf das neue Gutachten des Zentrums B._ wies das Sozialversicherungsgericht das Revisionsgesuch mit Entscheid vom 3. März 2016 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der angefochtene Entscheid und die Verfügung der IV-Stelle vom 11. November 2010 aufzuheben und es seien ihm die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.