Sachverhalt: A. Die Politische Gemeinde Güttingen revidierte 2011 ihre Ortsplanung. Während der öffentlichen Auflage erhoben A.A._ und B.A._, Eigentümer der Liegenschaft Nr. 461, Einsprache und verlangten, die Richtplanfläche auf der Liegenschaft Nr. 461 sei von der Landwirtschaftszone in die Wohn- und Gewerbezone WG3 einzuzonen. Die Einsprache wurde abgewiesen und die Zonenplanung ohne die verlangte Einzonung beschlossen. Das Departement für Bau und Umwelt (DBU) des Kantons Thurgau wies den Rekurs von A.A._ und B.A._ ab. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Thurgauer Verwaltungsgericht am 5. September 2012 gut und wies die Sache an die Gemeinde zurück, um im Sinne der Erwägungen den Teil der Liegenschaft Nr. 461, der gemäss Richtplan zum Siedlungsgebiet gehöre und auf dem bereits Gebäude erstellt wurden (ohne Remise), einer geeigneten Bauzone zuzuweisen. B. Die Gemeinde arbeitete daraufhin eine Zonenplanänderung aus, welche die entsprechenden Teile der Liegenschaft Nr. 461 teilweise der WG2 und teilweise der Gewerbezone G zuwies. Der Rest der Parzelle wurde in der Landwirtschaftszone bzw. der Landschaftsschutzzone belassen. Am 24. September 2013 erhoben C.C._ und D.C._ Einsprache. Sie machten geltend, sie führten auf der Parzelle Nr. 461 einen Landwirtschaftsbetrieb; durch die geplante Zonenänderung werde ihrem Betrieb die Existenzgrundlage entzogen. Sie hätten von vorangegangenen Rechtsmittelverfahren keine Kenntnis gehabt und könnten sich daher erst jetzt gegen die geplante Einzonung des Geländes wehren. Der Gemeinderat wies ihre Einsprache am 19. November 2013 ab. Gegen die Zonenplanänderung wurde das Referendum ergriffen. Am 21. Januar 2014 lehnte die Gemeindeversammlung die projektierte Zonenplanänderung ab. C. Gegen den Gemeindeversammlungsbeschluss erhoben A.A._ und B.A._ Rekurs beim DBU. C.C._ und D.C._ wurden als Drittbeteiligte zum Verfahren zugelassen. Am 23. Februar 2015 hiess das DBU den Rekurs gut und wies das Betriebsareal auf Parzelle Nr. 461 entsprechend der vom 6. bis 25. September 2013 öffentlich aufgelegten Zonenplanänderung "X._" teils der WG2 und teils der Gewerbezone zu. D. Dagegen führte die Gemeinde Güttingen Beschwerde beim Verwaltungsgericht Thurgau. Dieses hiess die Beschwerde am 24. Februar 2016 gut, soweit es darauf eintrat, und hob den Rekursentscheid des DBU auf. E. Am 3. Mai 2016 haben A.A._ und B.A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der verwaltungsgerichtliche Entscheid sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass C.C._ und D.C._ nicht zur Verfahrensbeteiligung legitimiert seien und ihnen die Vorinstanz zu Unrecht eine Parteientschädigung für das Beschwerdeverfahren zugesprochen habe. Im Sinn des Entscheids des DBU vom 25. März 2015 sei festzustellen, dass das Betriebsareal auf Parzelle Nr. 461 entsprechend der vom 6. bis 25. September 2013 öffentlich aufgelegten Zonenplanänderung "X._" der WG2 bzw. der Gewerbezone G zugewiesen werde und dass die Zonenplanänderung im Sinne von Ziff. 4 des Departementsentscheids genehmigt sei. Eventualiter sei die Sache ans DBU zurückzuweisen mit der Verpflichtung, die Genehmigung zu erteilen, sobald der neue Richtplan des Kantons Thurgau durch den Bundesrat genehmigt und das Einzonungsmoratorium aufgehoben worden sei. Subeventualiter sei die Sache an die Gemeinde zurückzuweisen mit der Verpflichtung, spätestens innert einem Monat nach Genehmigung des Richtplans des Kantons Thurgau durch den Bundesrat die ursprüngliche Zonenplanänderung "X._" gemäss Plan Nr. 1185.10 vom 8. September 2012 erneut öffentlich aufzulegen und das Einzonungsverfahren ohne weitere Verzögerungen durchzuführen. F. C.C._ und D.C._ (im Folgenden: die privaten Beschwerdegegner) und die Gemeinde Güttingen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das DBU hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) beantragt die Abweisung der Beschwerde. G. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik vom 15. September 2016 an ihren Anträgen und Ausführungen fest.