Sachverhalt: A. Mit Vertrag vom 18. Dezember 2008 kaufte die A._ AG (Käuferin, Beklagte, Beschwerdeführerin) von der B._ AG (Verkäuferin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) die Stockwerkeinheit U._-Grundbuchblatt Nr. xxx (Wohnung im Attikageschoss) sowie zwei Einstellplätze (U._-Grundbuchblatt Nrn. yyy und zzz). Bei Vertragsabschluss befand sich die Wohnung im Rohbau, welcher durch die Firma C._ AG erstellt worden war. Im Kaufpreis von Fr. 1,62 Mio. waren der Umbau für den Fahrstuhl sowie der Ausbau der Attikawohnung inbegriffen. Für den Innenausbau war die Verkäuferin verantwortlich. Die Abnahme der Wohnung erfolgte am 10. August 2009. In der Folge wurden seitens der Käuferin verschiedene Mängel geltend gemacht, weshalb die Parteien, unter Beteiligung der C._ AG, ein Schiedsgutachten im Sinne von Art. 189 ZPO erstellen liessen. B. B.a. Mit Klage vom 4. Juni 2012 beim Handelsgericht des Kantons Bern beantragte die Verkäuferin, die Käuferin sei zu verpflichten, ihr Fr. 80'000.-- (im Laufe des Verfahrens reduziert auf Fr. 70'000.-- und dann auf Fr. 68'000.--) nebst Zins zu 5 % seit 1. März 2012 zu bezahlen, und der Rechtsvorschlag in der Betreibung des Betreibungsamtes Bern-Mittelland sei zu beseitigen. Die Beklagte trug auf Abweisung der Klage an. Die Klägerin begründete ihre Forderung mit einer Kaufpreisrestanz aus dem Kaufvertrag vom 18. Dezember 2008 und die Beklagte machte verrechnungsweise Mängel in einem höheren Umfang als die Forderung der Klägerin geltend. B.b. Mit Zwischenentscheid vom 26. September 2013 stellte das Handelsgericht fest, dass der Klägerin gegenüber der Beklagten eine Forderung von Fr. 68'000.-- nebst Verzugszins von 5 % seit 1. März 2012 zusteht (Dispositiv-Ziffer 1), dass die Gewährleistungsrechte der Beklagten betreffend Mängel, über welche die Parteien ein Schiedsgutachten vereinbart haben, weder ausgeschlossen, verjährt, noch verwirkt sind (Dispositiv-Ziffer 2), dass die Mängelrechte der Beklagten in Bezug auf die lediglich mit Doppelverglasung versehenen Fenster verwirkt sind (Dispositiv-Ziffer 3), dass der Beklagten in Bezug auf die weiteren geltend gemachten Mängel gegenüber der Klägerin in diesem Verfahren keine Gewährleistungsansprüche zustehen (Dispositiv-Ziffer 4) und dass die Prozesskosten zur Hauptsache geschlagen und im Endurteil verlegt werden (Dispositiv-Ziffer 5). B.c. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2014 verurteilte das Handelsgericht des Kantons Bern die Beklagte, der Klägerin Fr. 31'023.85 nebst Zins von 5 % seit 1. März 2012 zu bezahlen und beseitigte in diesem Umfang den Rechtsvorschlag. Soweit weitergehend wurde die Klage abgewiesen; alles unter entsprechender Kosten- und Entschädigungsfolge. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid vom 29. Oktober 2014 sowie Ziffern 1 und 3 des Zwischenentscheids vom 26. September 2013 des Handelsgerichts des Kantons Bern seien kostenfällig aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur Sachverhaltsergänzung und neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf einzutreten ist, während die Vorinstanz auf eine Stellungnahme verzichtete.