Sachverhalt: A. A._ (Kläger, Beschwerdegegner) erlitt mit seinem Mofa am 14. Juli 2001 einen Selbstunfall. Sein Sturz verursachte an beiden Armen Frakturen der Radiusköpfchen. Am 19. Juli 2001 wurde er am Kantonsspital Sarnen durch die Dres. med. B._ und C._ operiert. Postoperativ präsentierte sich rechts eine Fallhand. Am 8. August 2001 wurde eine axonale Läsion des Ramus profundus des Nervus radialis rechts festgestellt. Am 26. September 2001 führte Dr. D._ im Kantonsspital Obwalden einen Sehnentransfer durch, der die Beweglichkeit des Handgelenks und der Hand verbessern sollte. Nach einem Reha-Aufenthalt, einer weiteren Operation und der (teilweisen) Wiederaufnahme der Arbeitstätigkeit sprach die SUVA dem Kläger mit Verfügung vom 12. November 2003 eine Invalidenrente im Umfang von 20 % ab 1. November 2003 sowie eine Integritätsentschädigung zu. Die Handgelenkbeweglichkeit und die Beweglichkeit des Daumens sowie zweier Finger seien diskret eingeschränkt. Von Seiten der rechten oberen Extremität bestehe eine Einschränkung für das Heben von Gewichten über 15-20 kg bis Brusthöhe und über 5-10 kg darüber, wie auch für das ganztägige Aussetzen an vibrierenden, hämmernden und schlagenden Einflüssen. B. Am 2. Mai 2008 erhob der Kläger beim Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden Klage gegen den Kanton Obwalden (Beklagter, Beschwerdeführer) und beantragte, dieser habe ihm Fr. 1'031'128.-- nebst Zins, Fr. 20'000.-- vorprozessuale Anwaltskosten sowie den Rentenausfallschaden zu bezahlen. Es sei ein Rektifikationsvorbehalt aufzunehmen. Er machte geltend, die Operateure Dres. med. B._ und C._ hätten bei der Operation der Radiusköpfchenimpressionsfraktur rechts den Nervus radialis durchtrennt. Es liege sowohl eine Sorgfaltspflichtverletzung als auch eine Verletzung der Aufklärungspflicht vor. Durch die Nervenverletzung könne er nur noch eingeschränkt im angestammten Beruf im Leitungsbau arbeiten und sich im Haushalt betätigen. Das Verfahren wurde zunächst sistiert, bis eine die Haftung ablehnende Verfügung des Beklagten ergangen war. Mit Entscheid vom 21. Februar 2013 verpflichtete das Verwaltungsgericht den Beklagten, dem Kläger Fr. 149'599.-- nebst verschiedenen Zinsbetreffnissen zu bezahlen. Es verneinte eine Sorgfaltspflichtverletzung bei der medizinischen Behandlung des Klägers, bejahte aber eine Verletzung der ärztlichen Aufklärungspflicht; eine hypothetische Einwilligung des Klägers in den Eingriff sei zu verneinen. Den behaupteten Schaden erachtete es nur im zugesprochenen Umfang als gegeben bzw. erstellt. Dem Kläger seien indessen eine Genugtuung und eine Entschädigung für vorprozessuale Anwaltskosten zuzusprechen. C. Auf eine dagegen gerichtete Beschwerde des Beklagten trat das Bundesgericht mit Urteil 4A_185/2013 vom 17. Juni 2013 nicht ein. Der Rechtsweg an das Bundesgericht stehe gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts nicht offen, weil das Verwaltungsgericht dieses nach dem Inkrafttreten der schweizerischen Zivilprozessordnung (1. Januar 2011) als nach kantonalem Recht erste und einzige kantonale Instanz gefällt habe (vgl. dazu BGE 139 III 252). In der Folge beurteilte das Obergericht des Kantons Obwalden das Rechtsmittel als Berufungsgericht. Mit Entscheid vom 17. Juni 2014 wies es die Berufung ab und bestätigte den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 21. Februar 2013. D. Dagegen erhob der Beklagte erneut Beschwerde in Zivilsachen. Er beantragt die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 17. Juni 2014 und die Abweisung der Klage vom 2. Mai 2008. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner und die Vorinstanz beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.