Sachverhalt: A. A.a. Die B._, Liechtenstein, (Klägerin, Beschwerdegegnerin) nahm für die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) jeweils die Einfuhrverzollung an der Zollstelle in U._ vor. Die Beklagte importierte im Mai 2007 eine Ladung Geflügelprodukte mit einem Bruttogewicht von 17'937 kg und einem Nettogewicht von 16'076 kg aus Slowenien in die Schweiz. Über die Art der Waren, das Brutto-/Nettogewicht sowie das Taxgewicht informierte sie die Klägerin am 12. Mai 2007 vorab per Telefax. Der Lastwagen traf am 14. Mai 2007 abends an der Zollstelle U._ ein. In der Folge gelang es der Klägerin nicht, die gesamte Ware, sondern lediglich einen Anteil von 5'707.4 kg brutto, zum Kontingentzollansatz zu verzollen. Der Antrag auf Verzollung der Gesamtladung zum Kontingentzollansatz wurde durch das EDV-System der Zollverwaltung zurückgewiesen, weil die Beklagte zu jenem Zeitpunkt gemäss Systemangaben nicht über genügend Kontingente verfügte. Nach der Rückweisung des Antrags führten C._ von der Klägerin und der für die Beklagte handelnde D._ am 15. Mai 2007 ein Telefongespräch, dessen Inhalt umstritten blieb. Die Klägerin verzollte daraufhin von der Gesamtladung von 17'937 kg brutto einen Warenanteil von 12'229.6 kg brutto zum Ausserkontingentzollansatz, bezahlte die entsprechende Rechnung der Eidgenössischen Oberzolldirektion über Fr. 97'284.55 und stellte diesen Betrag - zuzüglich ihrer Provision von Fr. 501.10 - der Beklagten in Rechnung. Diese stellte sich in der Folge auf den Standpunkt, nie mit einer Verzollung zum Ausserkontingentzollansatz einverstanden gewesen zu sein und verweigerte die Zahlung. Nach der Verzollung stellte die Klägerin ein Gesuch um nachträgliche Zulassung der zum höheren Tarif veranlagten 12'229.6 kg zum Kontingentzollansatz. Mit Schreiben vom 9. November 2007 teilte ihr die Eidgenössische Zollverwaltung mit, dass eine Änderung der Verzollung nicht mehr möglich sei. Die Beklagte warf der Klägerin daraufhin vor, die Verweigerung der nachträglichen Umbuchung sei auf deren Nachlässigkeit zurückzuführen. A.b. Mit Urteil vom 13. Januar 2011 verpflichtete das Handelsgericht des Kantons Zürich die Beklagte zur Zahlung von Fr. 97'785.65 nebst 5 % Zins seit dem 8. April 2008 an die Klägerin. Den Rechtsvorschlag in der eingeleiteten Betreibung hob es im gleichen Umfang auf. Im Mehrbetrag wies das Handelsgericht die Klage ab. Das Handelsgericht sah es aufgrund der Zeugeneinvernahmen als erwiesen an, dass die Klägerin am 15. Mai 2007 von der Beklagten angewiesen worden war, die Verzollung des nicht akzeptierten Teils der Ware (d.h. 12'229.6 kg) vorläufig zum Ausserkontingentzollansatz vorzunehmen. Die Klägerin habe die Verzollung demnach weisungsgemäss vorgenommen. Den Einwand der Beklagten, das von der Klägerin nach der Verzollung angestrengte Beschwerdeverfahren zur nachträglichen Umbuchung der Ware auf den Kontingentzollansatz habe wegen der mangelnden Kompetenz der Klägerin nicht erfolgreich abgeschlossen werden können, liess das Handelsgericht ungeprüft; dies mit der Begründung, die Beklagte habe weder eine Verrechnungseinrede noch eine Widerklage erhoben. A.c. Mit Urteil vom 1. Juli 2011 hiess das Bundesgericht eine von der Beklagten erhobene Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat, es hob das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Januar 2011 auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Handelsgericht zurück (Verfahren 4A_128/2011). Das Bundesgericht, das auf zahlreiche weitere Vorbringen der Beklagten nicht eintrat, erwog insbesondere, dass die Beklagte, die dem eingeklagten Anspruch auf Verwendungsersatz (Art. 402 Abs. 1 OR) entgegenhielt, eine nachträgliche Umbuchung sei möglich gewesen, jedoch aus von der Klägerin zu vertretenden Gründen gescheitert, im vorinstanzlichen Verfahren keine Verrechnungseinrede oder Widerklage erheben musste, wie dies die Vorinstanz gefordert hatte. Entgegen der Ansicht des Handelsgerichts genügte ihre Einwendung, die getätigten Auslagen seien unnötig gewesen und die Klägerin habe sie aufgrund ihres unsorgfältigen Vorgehens selber zu tragen. Entsprechend hatte das Handelsgericht zu Unrecht ungeprüft gelassen, ob die Verweigerung der nachträglichen Zulassung zum Kontingentzollansatz durch die Zollbehörden - wie von der Beklagten behauptet - auf eine Nachlässigkeit der Klägerin zurückzuführen war und hatte es nicht bei der blossen Vermutung bewenden lassen können, die Umbuchung sei nicht mehr möglich gewesen, weil von der Beklagten nicht genügend Kontingente übertragen worden waren. Zudem erwog das Bundesgericht, dem angefochtenen Entscheid fehle es hinsichtlich der geltend gemachten vorprozessualen Rechtsverfolgungskosten an einer hinreichenden Begründung. B. B.a. Nach erfolgter Rückweisung eröffnete das Handelsgericht mit Beweisauflagebeschluss vom 4. Juni 2012 ein ergänzendes Beweisverfahren. Die Parteien bezeichneten ihre Beweismittel, woraufhin am 1. Oktober 2012 der Beweisabnahmebeschluss erging. Mit Beschluss vom 7. Juni 2013 wurden das Eidgenössische Finanzdepartement und das Bundesamt für Landwirtschaft aufgefordert, die von der Beklagten zur Edition begehrten Unterlagen einzureichen. Nach Erhalt der entsprechenden Unterlagen wurden den beiden Ämtern mit Schreiben vom 17. Juni 2013 verschiedene Verständnisfragen unterbreitet, die mit Eingaben vom 28. Juni 2013 bzw. 1. Juli 2013 beantwortet wurden. Am 23. Januar 2014 fanden die beantragten Zeugenbefragungen statt. Mit Eingaben vom 3. März 2014 nahmen die beiden Parteien zum gesamten Beweisergebnis Stellung. B.b. Mit Urteil vom 10. Juli 2014 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, der Klägerin Fr. 97'785.65 nebst 5 % Zins seit dem 29. Mai 2007 zu bezahlen; im Mehrbetrag (so auch hinsichtlich der eingeklagten vorprozessualen Anwaltskosten im Betrag von Fr. 3'166.05) wies es die Klage ab. Den Rechtsvorschlag in der eingeleiteten Betreibung hob es im gleichen Umfang auf. Das Handelsgericht erwog, eine nachträgliche Umbuchung, also eine nachträgliche Anwendung des Zollkontingentansatzes nach Art. 34 Abs. 4 lit. b des Zollgesetzes, könne nur dann erfolgen, wenn im Zeitpunkt der ursprünglichen Zollanmeldung die materiellen und die formellen Voraussetzungen für die Gewährung einer Zollermässigung erfüllt gewesen seien. Mit anderen Worten hätten im massgebenden Zeitpunkt der Einfuhr die benötigten Zollkontingente vorliegen müssen, damit ein Beschwerdeverfahren Aussicht auf Erfolg gehabt hätte. Die Beklagte habe jedoch im Zeitpunkt der Einfuhr nicht über die benötigten Kontingentanteile verfügt, um die ganze Menge zum tieferen Kontingentzollansatz zu verzollen, weshalb das Beschwerdeverfahren von vornherein aussichtslos gewesen sei und ein allfälliges nachlässiges Handeln der Klägerin im Rahmen des Beschwerdeverfahrens nicht weiter geprüft werden müsse. Entsprechend habe die Klägerin Anspruch auf den Auslagenersatz in Form von Mehrwertsteuer und Zoll. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, die Klage sei - sinngemäss unter Aufhebung des angefochtenen Urteils des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 10. Juli 2014 - abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht am 26. Januar 2015 eine Replik, die Beschwerdegegnerin am 11. Februar 2015 eine Duplik eingereicht.