Sachverhalt: A. A.a. Die Baukommission Rüschlikon erteilte A.A._ am 12. April 2012 die baurechtliche Bewilligung für die Erstellung eines Einfamilienhauses auf dem Grundstück Kat.-Nr. xxx an der Strasse X._ in Rüschlikon. Zusammen mit dem baurechtlichen Entscheid wurde die konzessions- und gewässerschutzrechtliche Bewilligung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 24. April 2012 eröffnet. Gemäss Disp.-Ziff. III.2 ist der Kanton berechtigt, das für die Realisierung eines öffentlichen Seewegs benötigte Land (bis zu 3.5 m Breite) auf dem Baugrundstück unentgeltlich zu beanspruchen. A.b. Dagegen rekurrierten der Schweizer Heimatschutz (SHS) und die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZVH) an das Baurekursgericht. Auch die Bauherrschaft (A.A._ und Mitbeteiligte) erhob Rekurs mit dem Antrag, Disp.-Ziff. III.2 der Baudirektionsverfügung (betr. Seeuferweg) sei ersatzlos aufzuheben. Mit Entscheid vom 26. März 2013 vereinigte das Baurekursgericht die beiden Verfahren, trat auf den Rekurs des Zürcher Heimatschutzes (ZVH) nicht ein, hiess den Rekurs des Schweizer Heimatschutzes (SHS) gut und hob den Beschluss der Baukommission Rüschlikon und die Verfügung der Baudirektion auf. Den Rekurs der Bauherrschaft schrieb es als gegenstandslos geworden ab. Gegen den Rekursentscheid erhob die Bauherrschaft Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 5. September 2013 ab (Verfahren VB.2013.00340). Mit Urteil vom 21. Oktober 2013 hiess das Bundesgericht eine Beschwerde der Bauherrschaft gut und hob den Entscheid des Verwaltungsgerichts auf. Zugleich wies es die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Baudirektion des Kantons Zürich und die Baukommission Rüschlikon sowie zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurück (BGE 140 II 437). A.c. Am 23. Oktober 2014 setzte das Verwaltungsgericht die Kosten- und Entschädigungsfolgen des verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahrens VB.2013.00340 neu fest und wies die Sache im Übrigen zur Neuverlegung der Kosten im Rekursverfahren an das Baurekursgericht zurück. Das Baurekursgericht verlegte die Kosten im Betrag von Fr. 8'420.--am 24. März 2015 im Wesentlichen dem Grundsatz nach gleich wie in seinem Entscheid vom 26. März 2013. Es auferlegte der Bauherrschaft und der Baudirektion je rund die Hälfte der Kosten, d.h. genau je einen Anteil von 1/42 zu Lasten von C.A._ und D.A._, einen solchen von je 1/63 zu Lasten von E.A._, F.A._ und G.A._, einen weiteren von 37/84 zu Lasten von A.A._; ein Anteil der Kosten von 11/28 wurde der Baudirektion des Kantons Zürich und ein solcher von 1/14 dem Zürcher Heimatschutz (ZVH), da auf dessen Rekurs nicht einzutreten war, auferlegt. Überdies verpflichtete das Baurekursgericht die Bauherrschaft zur Bezahlung einer Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- an den Schweizer Heimatschutz (SHS). B. Mit Urteil vom 31. Dezember 2015 wies der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich eine gegen den Kosten- und Entschädigungsentscheid des Baurekursgerichts vom 24. März 2015 gerichtete Beschwerde der Bauherrschaft ab. C. Dagegen führt die Bauherrschaft Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit folgenden Anträgen: "1. Das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Kosten der Rekursverfahren... vor dem Baurekursgericht des Kantons Zürich... in der Höhe von Fr. 8'420.-- seien wie folgt zu auferlegen: - zu 1⁄4 dem Zürcher Heimatschutz ZVH - zu 11/28 dem Schweizer Heimatschutz - zu 1/84 C.A._ - zu 1/84 D.A._ - zu 1/126 E.A._ - zu 1/126 F.A._ - zu 1/126 G.A._ - zu 37/168 A.A._ - zu 15/56 der Baudirektion des Kantons Zürich 2. Für die Rekursverfahren... seien keine Parteientschädigungen zuzusprechen. 3. Eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. ..." Zur Begründung wird im Wesentlichen ein Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör sowie eine willkürliche Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts geltend gemacht. Der Schweizer Heimatschutz (SHS) und der Zürcher Heimatschutz (ZVH) schliessen in einer gemeinsamen Stellungnahme auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion des Kantons Zürich verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Baukommission Rüschlikon beteiligte sich nicht am Verfahren. Mit einer weiteren Eingabe vom 14. März 2016 äusserte sich die Bauherrschaft nochmals zur Sache.