Sachverhalt: A. Die Y._ AG wurde vom Regierungsrat des Kantons Zürich mit dem Bau der Bahn A._ beauftragt, wozu sie vom Bundesrat eine Eisenbahn-Infrastrukturkonzession und das Enteignungsrecht erhielt. Eine Teilstrecke quert das Grundstück B._-GBB-xxx der X._ AG. Im Jahr 2003 schlossen der Kanton Zürich, die Y._ AG und die Eidgenossenschaft als Rechtsvorgängerin der X._ AG einen öffentlich-rechtlichen Vergleichsvertrag (nachfolgend Vergleich 2003), dessen wesentlicher Inhalt die Begründung einer Dienstbarkeit statt der Enteignung war. Dabei wurde der voraussichtliche Platzbedarf des für die Querung des Grundstückes vorgesehenen Bahndammes auf 4'075 m2 beziffert und die Entschädigung auf Fr. 350 pro m2 festgelegt, wobei das genaue Mass der beanspruchten Fläche nach der Bauvollendung ermittelt und allfällige Differenzen zum betreffenden Preis pro Quadratmeter ausgeglichen werden sollten. Am 5. Dezember 2006 erwarb die X._ AG von der Eidgenossenschaft das fragliche Grundstück, unter Übernahme der Rechte und Pflichten aus dem Vergleich 2003. Infolge einer vom Bundesamt für Verkehr genehmigten Planänderung sollte anstelle der vorgesehenen Dammschüttung ein Eisenbahnviadukt erstellt werden, welches schliesslich auch realisiert wurde. Ab Juli/August 2008 begannen die Bauarbeiten auf dem Grundstück der X._ AG. Die Betriebsbewilligung für die Bahn A._ wurde am 6. Dezember 2010 erteilt, worauf die Bahn am 12. Dezember 2010 in Betrieb genommen wurde. Aufgrund des geringeren Platzbedarfs des Viadukts schlossen die Y._ AG und die X._ AG am 20. Januar 2011 einen öffentlich beurkundeten Dienstbarkeitsvertrag (nachfolgend Vertrag 2011). Er bezieht sich auf den Vergleich 2003 und hatte zum Zweck, das abgeänderte Projekt rechtlich zu sichern, die aufgrund des Vergleichs 2003 begründeten Dienstbarkeiten entsprechend den geänderten Plänen zu revidieren und den geldmässigen Ausgleich der Änderungen festzulegen; subsidiär sollte weiterhin der Vergleich 2003 Geltung haben. In Ziff. 3.4 des Vertrages 2011 wurde die von der X._ AG zu leistende "Ausgleichszahlung aufgrund Reduktion der Dienstbarkeitsfläche" auf Fr. 692'160.-- festgesetzt. Ferner wurde in Ziff. 3.2 des Vertrages 2011 ein Kostenbeitrag des jeweiligen Grundstückseigentümers an die Erstellung des Brückenbauwerks von Fr. 800'000.-- festgelegt. Diese beiden Beträge wurden gemäss Ziff. 2 des Vertrages 2011 mit Grundpfandverschreibungen von Fr. 700'000.-- im 6. Rang und von Fr. 800'000.-- im 7. Rang auf dem vorgenannten Grundstück gesichert. B. Mit am 15. März 2012 zugestelltem Zahlungsbefehl Nr. yyy des Betreibungsamtes B._ leitete die Y._ AG für die Beträge von Fr. 692'160.-- sowie Fr. 5'167.50 (Vertragszins von 20. Januar 2011 bis 9. Mai 2011) je nebst Verzugszins zu 5 % seit 10. Mai 2011 eine Betreibung auf Grundpfandverwertung ein. Nachdem die X._ AG Rechtsvorschlag erhoben hatte, verlangte die Y._ AG mit Gesuch vom 26. April 2012 provisorische Rechtsöffnung. Die X._ AG machte Willensmängel (Grundlagenirrtum und absichtliche Täuschung) geltend und focht den Vertrag 2011 am 18. Juni 2012 gestützt auf Art. 31 OR an. Mit Entscheid vom 16. April 2013 erteilte das Bezirksgericht C._ die provisorische Rechtsöffnung für die vorstehend genannten Beträge sowie für das Pfandrecht lastend auf B._-GBB-xxx. Die hiergegen erhobene Beschwerde der X._ AG wurde vom Obergericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. November 2013 und vom Bundesgericht mit Urteil vom 1. Juli 2014 abgewiesen (Verfahren 5A_964/2013). C. Am 9. Dezember 2013 reichte die X._ AG eine Aberkennungsklage ein, mit welcher sie die Feststellung des Nichtbestehens der betriebenen Forderungen verlangte. Mit Urteil vom 7. Dezember 2015 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab. D. Gegen dieses Urteil hat die X._ AG am 1. Februar 2016 eine Beschwerde eingereicht, mit welcher sie dessen Aufhebung und die Feststellung verlangt, dass die betriebenen Forderungen nicht bestehen; eventualiter wird die Rückweisung an das Handelsgericht und subeventualiter der Aufschub der Vollstreckung bis zur rechtskräftigen Beurteilung der öffentlich-rechtlichen Verrechnungsforderungen verlangt. Mit Präsidialverfügung vom 19. Februar 2016 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.