Sachverhalt: A. Mit Eingabe vom 12. Mai 2015 klagte B._ Ltd (Klägerin, Beschwerdegegnerin) beim Bundespatentgericht gegen A._ Corporation (Beklagte, Beschwerdeführerin) auf Nichtigerklärung des schweizerischen Teils des Europäischen Patents Nr. xxx. Die Klägerin machte zur Begründung der Nichtigkeit insbesondere geltend, das fragliche Patent sei weder neu noch erfinderisch. Mit Verfügung vom 3. Juni 2015 wurde der Beklagten Frist gesetzt, um die Klage zu beantworten und um entweder ein Zustellungsdomizil oder einen Zustellungsempfänger in der Schweiz zu bezeichnen; Letzteres unter der Androhung, dass im Säumnisfall die Zustellung durch Publikation erfolgen werde. Der Beklagten wurde diese Verfügung rechtshilfeweise am 24. Juni 2015 zugestellt. Sie bezeichnete innert der angesetzten Frist weder ein Zustellungsdomizil oder einen Zustellungsempfänger in der Schweiz noch reichte sie eine Klageantwort ein. Das Bundespatentgericht setzte der Beklagten daraufhin mit Verfügung vom 15. September 2015 in Anwendung von A rt. 223 Abs. 1 ZPO eine Nachfrist bis 2. Oktober 2015 zur Erstattung der Klageantwort an; dies unter der Androhung, dass das Gericht im Säumnisfall einen Endentscheid treffe, sofern die Angelegenheit spruchreif sei, wobei andernfalls zur Hauptverhandlung vorgeladen werde. Die Zustellung erfolgte durch Publikation im Schweizerischen Handelsamtsblatt (SHAB). Auch diese Frist verstrich ungenutzt. B. Das Bundespatentgericht erachtete die Sache als spruchreif. Es beurteilte die von der Klägerin ins Feld geführte Veröffentlichung für alle unabhängigen Ansprüche des Patents Nr. xxx als neuheitsschädlich. Entsprechend hiess es die Klage mit Urteil vom 17. Februar 2016 gut und erklärte den Schweizer Teil des Streitpatents für nichtig. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Bundespatentgerichts vom 17. Februar 2016 aufzuheben, die Sache zur Neubeurteilung an das Bundespatentgericht zurückzuweisen und die Vorinstanz anzuweisen, ihr eine ordentliche Frist zur Beantwortung der Klage anzusetzen. Die Vorinstanz beantragt mit ihrer Vernehmlassung sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht eine Replik, die Beschwerdegegnerin hat ihm eine Duplik eingereicht. D. Mit Verfügung vom 18. April 2016 setzte das Bundesgericht das Beschwerdeverfahren bis zum Entscheid über das beim Bundespatentgericht anhängig gemachte Wiederherstellungsgesuch aus. Mit Verfügung vom 23. Mai 2016 wies das Bundespatentgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der Frist zur Erstattung einer Klageantwort ab. Mit Schreiben vom 9. Juni 2016 teilte die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht mit, sie verzichte auf eine Beschwerde gegen die Verfügung vom 23. Mai 2016. E. Mit Verfügung vom 9. Mai 2016 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab, wobei die Beschwerdegegnerin auf ihrer Zusicherung behaftet wurde, dass sie bis zum Eintritt der Rechtskraft des angefochtenen Urteils darauf verzichte, beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) die Löschung des Streitpatents zu beantragen.