Sachverhalt: A. A._ stürzte am 3. Februar 2016 um ca. 12.00 Uhr in einem von B._ gelenkten Bus der Linie 33 der Verkehrsbetriebe Zürich (VBZ). Dabei fiel sie auf die Treppenstufen des Aufgangs zur hintersten Sitzreihe des Busses und zog sich eine Kontusion der Lendenwirbelsäule sowie des rechten Oberschenkels zu. B. Am 21. April 2016 reichte A._ einen Strafantrag gegen B._ wegen fahrlässiger Körperverletzung im Sinne von Art. 125 Abs. 1 StGB ein. Weil es sich bei dieser als Buschauffeurin der VBZ um eine Beamtin im Sinne von Art. 110 Abs. 3 StGB handelt, überwies die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat die Akten an das Obergericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, über die Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung zu entscheiden. Nachdem beide Beteiligte eingeladen worden waren, zur Frage der Ermächtigung Stellung zu nehmen, entschied das Obergericht mit Beschluss vom 18. August 2016, der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegen B._ nicht zu erteilen. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. September 2016 gelangt A._ an das Bundesgericht und beantragt, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und es sei die Ermächtigung zur Eröffnung einer Strafuntersuchung zu gewähren. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat, die Oberstaatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf eine Stellungnahme. B._ (Beschwerdegegnerin) hat sich nicht vernehmen lassen.