Sachverhalt: A. Der 1985 im Irak geborene A._ arbeitete als Hilfskoch im Hotel B._. Am 2. Februar 2012 stürzte er auf einer Treppe und zog sich Verletzungen am Rücken zu. Er meldete sich am 20. Juli 2012 wegen chronischen Schmerzen und psychischen Beschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Aargau (IV-Stelle) traf Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht. Sie holte bei der medizinischen Abklärungsstelle C._ ein bidisziplinäres Gutachten (orthopädisch/traumatologisch sowie psychiatrisch) vom 14. Mai 2014 ein. Zudem zog sie die Akten der involvierten Unfallversicherung, unter anderem mit einem interdisziplinären Gutachten des ärztlichen Zentrums D._ vom 20. Juni 2013, bei. Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie vom Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD) nahm dazu Stellung. Mit Verfügung vom 3. November 2014 verneinte die IV-Stelle einen Leistungsanspruch, da kein invalidisierender Gesundheitsschaden vorliege. B. Beschwerdeweise beantragte A._, in Aufhebung der Verfügung vom 3. November 2014 seien ihm eine Rente der Invalidenversicherung und berufliche Massnahmen zuzusprechen. Es sei ein medizinisches Obergutachten in psychiatrischer und orthopädischer Fachrichtung und eine BEFAS-Abklärung in Auftrag zu geben, eventuell sei die Sache zur Vornahme der beantragten Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde mit Entscheid vom 2. Juni 2015 ab. C. A._ lässt mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm eine Invalidenrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese nach weiteren Abklärungen über den Rentenanspruch neu verfüge, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen. In prozessualer Hinsicht lässt er um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen. Die IV-Stelle und die mitbeteiligten Pensionskassen GastroSocial und Hotela schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.