Sachverhalt: A. A.a. Im Zeitraum vom 1. Januar 1996 bis 31. Dezember 2013 hatten sich zwischen den Prämien der obligatorischen Krankenpflegeversicherung und den Kosten für die medizinischen Leistungen in einigen Kantonen Ungleichgewichte gebildet. In gewissen Kantonen waren im Verhältnis zu den Leistungen zu hohe oder zu tiefe Prämien erhoben worden. In den Kantonen mit zu hohen Prämien hatten sich entsprechend Überschüsse angehäuft, während in Kantonen mit zu tiefen Prämien Defizite entstanden waren. In der Folge leitete die Bundesversammlung am 21. März 2014 mit dem Erlass von Art. 106 bis 106c KVG, in Kraft vom 1. Januar 2015 bis 31. Dezember 2017, Massnahmen zu einer Prämienkorrektur in die Wege (AS 2014 2463;ergänzt durch die bundesrätliche Verordnung vom 12. September 2014 über die Prämienkorrektur [SR 832.107.21; nachfolgend: Prämienkorrekturverordnung]; vgl. Botschaft des Bundesrates zur Änderung des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung vom 15. Februar 2012, BBl 2012 1923). Mit den Gesetzesnovellen sollen die jeweils zu viel oder zu wenig bezahlten Prämien zu rund der Hälfte ausgeglichen werden. Die Finanzierung wird je zu einem Drittel durch den Bund, die Versicherten in den begünstigten Kantonen sowie die Krankenversicherer bestritten. Art. 106a KVG regelt die Beiträge zur Prämienkorrektur durch die Versicherer und den Bund. Dabei bezahlen gemäss dessen Abs. 1 die Versicherer und der Bund einen Beitrag in einen Fonds zugunsten der Versicherten, in deren Wohnsitzkanton zu viel Prämien bezahlt wurden. Die Versicherer leisten in den Fonds einen einmaligen Beitrag von Fr. 33.- pro versicherte Person am Ende des zweiten Jahres nach Inkrafttreten der Änderung des KVG vom 21. März 2014 (Abs. 2). Die Versicherer finanzieren ihre Beiträge über einen Einmalzuschlag auf den Prämien. Sie können ihre Beiträge auch aus den Reserven finanzieren, falls diese übermässig sind (Abs. 3). Die Versicherer unterbreiten die Einmalzuschläge auf den Prämien dem Bundesamt für Gesundheit (BAG) zur Genehmigung und informieren die Versicherten transparent darüber (Abs. 4). A.b. Im Rahmen der Analyse der provisorischen Berichterstattung zum Geschäftsjahr 2014 stellte das BAG fest, dass die in Luzern domizilierte CSS Holding AG Zuschüsse in der Höhe von Fr. 8,5 Mio. in die Sanagate AG, von Fr. 58,6 Mio. in die CSS Kranken-Versicherung AG und von Fr. 12,8 Mio. in die Arcosana AG, allesamt mit Sitz in Luzern (nachfolgend: KVG-Gesellschaften), geleistet hatte. Diese bezweckten, die Umsetzung der sog. Prämienkorrektur nach Art. 106a KVG zu finanzieren und die Solvenz einzelner KVG-Gesellschaften zu steigern. Am 20. Februar 2015 teilte das BAG den KVG-Gesellschaften mit, dass die getätigten Zuschüsse einen Verstoss gegen Art. 60 Abs. 2 KVG (aufgehoben - wie auch weitere nachfolgend mit "alt" gekennzeichnete Bestimmungen - durch Anhang Ziff. 2 des Krankenversicherungsaufsichtsgesetzes vom 26. September 2014, mit Wirkung seit 1. Januar 2016 [AS 2015 5137; BBl 2012 1941]) darstellten, wonach die Finanzierung der obligatorischen Krankenpflegeversicherung selbsttragend sein müsse. Gleichzeitig forderte es die KVG-Gesellschaften auf, Massnahmen zur Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands zu nennen. Mit Stellungnahme vom 9. März 2015 bestätigten die betroffenen Unternehmen, dass die CSS Holding AG als Muttergesellschaft entschieden habe, einen Teil ihrer freien Gewinnreserven zur einmaligen Alimentierung der Reserven einzelner KVG-Gesellschaften zu verwenden und deren Eigenkapital mit Zuschüssen aufzustocken. Für die Umsetzung der sog. Prämienkorrektur gemäss Art. 106a KVG sei einmalig eine entsprechende zweckgebundene Rückstellung gebildet worden. Am 23. März 2015 liess das BAG den KVG-Gesellschaften Weisungen "betreffend Zuschüsse in die obligatorische Krankenpflegeversicherung" zustellen. Darin forderte es diese gestützt auf altArt. 21 Abs. 3, 5 und 5bis KVG, altArt. 13 Abs. 2 und altArt. 60 Abs. 2 sowie Art. 106a Abs. 3 KVG im Sinne der Erläuterungen einzuhalten und die erhaltenen Zuschüsse bis Ende April 2015 rückgängig zu machen. Im Weiteren wies das Bundesamt darauf hin, dass die vorsätzliche oder fahrlässige Zuwiderhandlung gegen die Weisungen mit Busse bis zu Fr. 5'000.- bestraft würde (altArt. 93a Abs. 1 lit. b KVG) und die Öffentlichkeit über die zu treffende Massnahme informiert werden könne. A.c. Die KVG-Gesellschaften beantragten dem BAG Mitte September 2015, den Einmalzuschlag auf den Prämien freiwillig, unpräjudiziell und ohne Anerkennung einer Rechtspflicht - im Sinne der Rückerstattung der Einmalzuschläge an die Versicherten für den Fall der gerichtlich bestätigten Rechtmässigkeit der Finanzierung der Zuschüsse durch die Konzernmutter - im Rahmen der Prämientarifierung 2016 zu erheben. Das BAG nahm die Anträge als Genehmigungsgesuche entgegen und bewilligte mit Verfügungen vom 22./23. September 2015 die entsprechenden Prämientarife wie auch die einmaligen Prämienzuschläge (in voller Höhe von Fr. 33.- pro versicherte Person). B. B.a. Gegen die Weisungen des BAG vom 23. März 2015 liessen die KVG-Gesellschaften Beschwerden beim Bundesverwaltungsgericht einreichen. Dieses vereinigte die Verfahren und trat mit Entscheid vom 7. September 2015 auf die Rechtsvorkehren nicht ein. B.b. Die gegen die Verfügungen des BAG vom 22./23. September 2015 angehobenen Beschwerdeprozesse wurden ebenfalls vereinigt und mit Entscheid vom 3. Dezember 2015 sistiert. C. Die KVG-Gesellschaften lassen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und das Rechtsbegehren stellen, in Aufhebung des bundesverwaltungsgerichtlichen Nichteintretensentscheids vom 7. September 2015 sei die Angelegenheit zum Entscheid in der Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das BAG beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen; subeventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerinnen lassen sich am 11. Januar 2016 erneut vernehmen.