Sachverhalt: A. Mit Klage vom 10. Juli 2012 vor dem Handelsgericht des Kantons Aargau stellte die B._ AG (Klägerin) gegen die A._ AG (Beklagte) das Rechtsbegehren, die Beklagte sei kostenfällig zu verurteilen, der Klägerin den Betrag von Fr. 131'480.55 (Restwerklohnforderung) zuzüglich Verzugszins zu bezahlen, und der in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Zürich 5 erhobene Rechtsvorschlag sei in diesem Umfang aufzuheben. Mit Urteil vom 15. Mai 2014 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut. Es verurteilte die Beklagte, der Klägerin Fr. 128'900.95 zu bezahlen (Dispositiv Ziff. 1), beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Zürich 5 für den Betrag von Fr. 128'900.95 "unter der Voraussetzung, dass die Klägerin die Bedingung im zweitletzten Absatz der Gewährleistungsgarantie der Bank C._ AG Nr. yyy vom 13. Mai 2014 auf den Betrag von Fr. 128'900.95 anpassen lasse" (Dispositiv Ziff. 2), auferlegte der Beklagten die Gerichtskosten (Dispositiv Ziff. 3.1) und sprach der Klägerin eine Parteientschädigung zu (Dispositiv Ziff. 3.2). Eine von der Beklagten dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil 4A_439/2014 vom 16. Februar 2015 teilweise gut, da die Verurteilung der Beklagten zur Zahlung der Restlohnforderung nur bedingt auszusprechen sei und eine Beseitigung des Rechtsvorschlages auf Anerkennungsklage hin das Vorliegen einer unbedingten Schuldpflicht voraussetze. Es hob entsprechend das Urteil vom 15. Mai 2014 auf und verurteilte die Beklagte in teilweiser Gutheissung der Klage, der Klägerin Fr. 128'900.95 zu bezahlen unter der Voraussetzung, dass die Klägerin entweder die Bedingung im zweitletzten Absatz der Gewährleistungsgarantie Nr. yyy der Bank C._ AG vom 13. Mai 2014 auf den Betrag von Fr. 128'900.95 anpassen lässt oder eine auf den Betrag von Fr. 128'900.95 lautende Garantie einer schweizerischen Grossbank oder einer Kantonalbank mit gleichem Wortlaut zugunsten der Beklagten beibringt. Im Übrigen wies das Bundesgericht Beschwerde und Klage ab. Ferner wies es die Sache zu neuer Entscheidung über die Kosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurück. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren auferlegte es der Beklagten und verpflichtete diese zur Zahlung einer Parteientschädigung an die Klägerin. B. Das Handelsgericht entschied mit Urteil vom 6. März 2015 neu über die Verlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens. Es auferlegte die Gerichtskosten von Fr. 12'100.-- wiederum der Beklagten und verpflichtete diese erneut, der Klägerin eine Parteientschädigung von Fr. 22'300.-- zu bezahlen. C. Die Beklagte beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. April 2015, das Urteil des Handelsgerichts vom 6. März 2015 sei aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei das Urteil vom 6. März 2015 aufzuheben und wie folgt neu zu fassen: "1. Die Gerichtskosten für das Verfahren vor Handelsgericht von Fr. 12'100.00 werden der Beklagten zu 2/3, d.h. im Umfang von Fr. 8'066.65, und der Klägerin zu 1/3, d.h. im Umfang von Fr. 4'033.35, auferlegt. Die Gerichtskosten werden mit den von der Klägerin geleisteten Kostenvorschüssen von Fr. 9'172.00 verrechnet. Der Fehlbetrag von Fr. 2'928.00 hat die Beklagte zu bezahlen. Die Beklagte hat der Klägerin Fr. 5'138.65 direkt zu überweisen. 2. Die Beklagte hat der Klägerin eine Parteientschädigung in gerichtlich festgesetzter Höhe von Fr. 7'440.00 zu bezahlen." Die Klägerin (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hält an der im angefochtenen Urteil vertretenen Rechtsauffassung fest.