Sachverhalt: A. Die A._ AG erstattete am 3. April 2012 bei der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt Strafanzeige gegen X._ wegen Veruntreuung, eventualiter ungetreuer Geschäftsbesorgung. X._ wurde vorgeworfen, er habe als Verwaltungsrat der X._ SA im September 2011 veranlasst, dass die B._ AG der A._ AG gehörende Säcke mit insgesamt 42,475 Tonnen Harnstoff, welche die X._ SA in dem von ihr gemieteten Silo der B._ AG in Muttenz gelagert habe, umetikettiert habe, indem diese die Etiketten der A._ AG entfernt und neu die Etiketten der X._ SA angebracht habe. Die B._ AG habe in der Folge die Herausgabe der Harnstoffsäcke verweigert, als die A._ AG diese habe abholen lassen wollen. Im Zeitpunkt der inkriminierten Tat hatten die A._ AG Sitz in Bern, die X._ SA Sitz in Chamoson, Kanton Wallis, und die B._ AG Sitz in Muttenz, Kanton Basel-Landschaft, mit einem Lager in Muttenz sowie einer Zweigniederlassung im Kanton Basel-Stadt. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt eröffnete eine Strafuntersuchung gegen X._. Sie bestrafte diesen mit Strafbefehl vom 23. Juli 2012 wegen unrechtmässiger Aneignung mit einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 360.-- und mit einer Busse von Fr. 2'160.-- respektive, bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse, mit einer Ersatzfreiheitsstrafe von 22 Tagen. X._ erhob gegen den Strafbefehl Einsprache. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt hielt am Strafbefehl fest und überwies diesen mit den Akten an das Strafgericht Basel-Stadt. Am 17. Juli 2013 wurde der Termin der Hauptverhandlung vor dem Strafgericht Basel-Stadt auf den 5. September 2013 angesetzt. Mit Schreiben vom 4. September 2013 an die Staatsanwaltschaft hielt die Verfahrensleiterin fest, im Rahmen der Vorbereitung habe sich aus den Akten ergeben, dass sich die Ware im Silo der B._ AG im Auhafen befunden habe und die inkriminierte Umetikettierung dort vorgenommen worden sei. Damit könne sich die Frage nach der Zuständigkeit stellen und somit auch, ob ein Urteil in der Sache ergehen könne, oder eine Verfahrenseinstellung zu prüfen wäre, wobei den Parteien das rechtliche Gehör zu gewähren sei. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt antwortete, sie sei aufgrund der Strafanzeige der (offenbar) irrigen Annahme gewesen, die fragliche Ware sei im Terminal Kleinhüningen der B._ AG im Kanton Basel-Stadt gelagert und somit umetikettiert worden. Im Falle einer Umetikettierung in Muttenz sei der Kanton Basel-Landschaft zuständig. Allerdings sei gemäss Art. 38 StPO die Bestimmung eines abweichenden Gerichtsstandes zulässig, wenn triftige Gründe dafür sprächen. Darunter fielen auch prozessökonomische Überlegungen. Vorliegend sei davon auszugehen, dass die Behörden des Kantons Basel-Landschaft eine Übernahme des Verfahrens auch aus diesen Gründen ablehnen würden, da das Verfahren im Kanton Basel-Stadt schon weit fortgeschritten sei. Die Privatklägerin teilte mit, dass sie den Entscheid über die örtliche Zuständigkeit dem Gericht anheimstelle und an der Hauptverhandlung vom 5. September 2013 nicht teilnehmen werde. Mit Verfügung vom 5. September 2013 wies die Strafgerichtspräsidentin das Verfahren zur Klärung des Gerichtsstandes an die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt zurück. Diese fragte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft um Übernahme des Verfahrens an, was diese mit Schreiben vom 13. September 2013 ablehnte. Am 23. September 2013 ersuchte die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt die Staatsanwaltschaft des Kantons Wallis um Übernahme des Verfahrens, was diese mit Schreiben vom 1. Oktober 2013 ablehnte. Hierauf ersuchte die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt mit Eingabe vom 3. Oktober 2013 das Bundesstrafgericht um Festlegung des Gerichtsstandes. Mit Beschluss vom 25. Februar 2014 trat die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts auf das Gesuch nicht ein, da dieses nicht gemäss Art. 40 Abs. 2 StPO "vor der Anklageerhebung" eingereicht worden sei, worunter aus Gründen der Verfahrenseffizienz nur die erstmalige Anklageerhebung verstanden werden könne. Die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts setzte sich also mit dem Gerichtsstandskonflikt nicht auseinander. In der Folge erliess die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt am 28. Juli 2014 erneut einen Strafbefehl gegen X._, welcher inhaltlich dem Strafbefehl vom 23. Juli 2012 entsprach. Sowohl die Privatklägerin A._ AG als auch der Verurteilte X._ erhoben Einsprache. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt hielt am Strafbefehl fest und überwies diesen zusammen mit den Akten wiederum an das Strafgericht Basel-Stadt. B. Das Einzelgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Stadt trat mit Verfügung vom 16. Juli 2015 auf die Anklage nicht ein mit der Begründung, die Strafbehörden des Kantons Basel-Stadt seien örtlich nicht zuständig. Die von der Privatklägerschaft dagegen erhobene Beschwerde wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, mit Entscheid vom 5. August 2015 ab. C. Die A._ AG erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie stellt die Anträge, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt sei aufzuheben, das Strafgericht Basel-Stadt sei auf die Anklage in der Form des Strafbefehls vom 28. Juli 2014 einzutreten, eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Das Appellationsgericht Basel-Stadt hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat auf Vernehmlassung verzichtet. X._ beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die A._ AG erhielt die Gelegenheit, zu den Vernehmlassungen Stellung zu nehmen.