Sachverhalt: A. Das Besondere Untersuchungsrichteramt Basel-Landschaft eröffnete am 14. Dezember 2010 gegen X._ ein Untersuchungsverfahren wegen ordnungswidriger Führung der Geschäftsbücher, Steuerbetrug und Gehilfenschaft zur ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ AG. Am 16. Dezember 2010 wurde gegen deren Angestellten, Y._, ein Untersuchungsverfahren wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung eröffnet. Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft dehnte am 14. September 2011 das Verfahren gegen X._ auf die Straftatbestände des gewerbsmässigen Betrugs und der Urkundenfälschung aus. Gleichentags eröffnete sie ein Verfahren gegen Z._ wegen gewerbsmässigen Betrugs, Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsbesorgung. Am 6. August 2013 stellte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft die gegen X._, Y._ und Z._ geführte Strafuntersuchung ein. Sie auferlegte die Kosten des Verfahrens X._ und Y._ zu je 40% und nahm den auf Z._ entfallenden Anteil auf die Staatskasse. Die Staatsanwaltschaft verzichtete darauf, X._ und Y._ eine Entschädigung respektive Genugtuung zuzusprechen, während sie die Entschädigung und Genugtuung für Z._ auf insgesamt Fr. 1'548.40 bemass. Die gegen die Einstellungsverfügung im Kosten- und Entschädigungspunkt erhobene Beschwerde von X._ hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft am 5. November 2013 teilweise gut. Es auferlegte die Verfahrenskosten und die Urteilsgebühr von insgesamt Fr. 9'575.-- zu drei Vierteln (Fr. 7'181.25) X._ und zu einem Viertel (Fr. 2'393.75) dem Staat. Dem früheren Rechtsvertreter von X._ sprach es eine Entschädigung von Fr. 11'989.10 zu. B. Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt im Wesentlichen, X._ seien die gesamten Verfahrenskosten sowie die Urteilsgebühr aufzuerlegen und keine Entschädigung zuzusprechen. Zudem habe X._ die Kosten des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens zu tragen, ohne diesbezüglich eine Entschädigung zu erhalten. Eventualiter sei der Beschluss des Kantonsgerichts aufzuheben und zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. X._ beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, eventualiter sei der Beschluss des Kantonsgerichts aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Kantonsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde.