Sachverhalt: A. Am 3. Oktober 2014 stellte die A._ AG (Bauherrin) bei der Stadt Chur das Gesuch, auf der Parzelle 12129 am X._weg "..." und "..." in Chur die Errichtung eines Doppelhauses S und S1 zu bewilligen. Die Bauparzelle liegt im Quartierplangebiet Brändli. Nach einer materiellen Vorprüfung wies die Baubehörde der Stadt Chur das Baugesuch am 23. Oktober 2014 an die Bauherrin zurück und teilte ihr unter anderem mit, dass die als Dispo- und Fitnessräume ausgeschiedenen Flächen im Untergeschoss der Ausnützungsziffer anzurechnen seien. Mit Schreiben vom 5. November 2014 machte die Bauherrin geltend, diese Berechnungsweise sei unzutreffend. B. Am 21. Oktober 2014 reichte die Bauherrin bei der Stadt Chur ein überarbeitetes Baugesuch ein und ergänzte am 1. Dezember 2014 die Gesuchsunterlagen um eine detaillierte Berechnung der anrechenbaren Geschossfläche (aGF). Die Baupolizei der Stadt Chur hielt jedoch an ihrer Auffassung fest, dass die im Untergeschoss als Fitnessräume bezeichneten Flächen sowie deren Erschliessungsflächen bei der Berechnung der Ausnützungsziffer zu berücksichtigen seien und wies daher das Baugesuch am 3. Dezember 2014 zufolge Überschreitung der zulässigen aGF zurück. Am 27. Januar 2015 erliess der Stadtrat der Stadt Chur eine anfechtbare Verfügung, mit der er das Baugesuch abwies. Dagegen erhob die Bauherrin eine Beschwerde, die das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 25. August 2015 abwies. C. Die Bauherrin (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, Ziff. 1 des Dispositivs des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 25. August 2015 aufzuheben und die Stadt Chur anzuweisen, das Baugesuchsverfahren fortzusetzen. Eventuell sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht und der Stadtrat von Chur beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Beschwerdeführerin reichte zur Stellungnahme der Stadt Chur eine Replik ohne neue Anträge ein.