Sachverhalt: A. Die A._ AG ist Eigentümerin der in der Dorfzone liegenden Parzelle Nr. xxx, Grundbuch Salenstein. Sie stellte am 20. November 2012 ein Baubewilligungsgesuch für den Abbruch der bestehenden Bauten auf diesem Grundstück und für den Neubau von zwei Mehrfamilienhäusern mit Tiefgarage und Zufahrtsstrasse. Dagegen erhoben u.a. G._ und die Erbengemeinschaft B._ Einsprache. Diese wies die Politische Gemeinde Salenstein am 27. Februar 2013 ab und erteilte mit Entscheid vom 22. März 2013 der A._ AG die Baubewilligung unter Auflagen und Bedingungen. Während der dagegen von den Einsprechern erhobene Rekurs an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU) erfolglos blieb, hiess das Verwaltungsgericht deren Eingabe mit Urteil vom 21. Januar 2015 gut. Die dagegen von der A._ AG erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht am 26. Oktober 2015 gut, weil die Begründung im angefochtenen Entscheid widersprüchlich war und der Entscheid im Ergebnis willkürlich erschien, und wies die Sache zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurück (Verfahren 1C_208/2015). B. Das Verwaltungsgericht hiess die von den Einsprechern erhobene Beschwerde mit Urteil vom 16. Dezember 2015 erneut gut und hob den Rekursentscheid des DBU sowie den Einspracheentscheid und die Baubewilligung der Politischen Gemeinde Salenstein auf, weil das Grundstück durch das Bauvorhaben übernutzt würde. C. Gegen diesen Entscheid gelangt die A._ AG mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Februar 2016 an das Bundesgericht und beantragt dessen Aufhebung sowie die Rückweisung der Angelegenheit zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht. G._ und die Erbengemeinschaft B._ (Beschwerdegegner) schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das DBU verzichtet auf eine Stellungnahme. Die Politische Gemeinde Salenstein hat sich nicht vernehmen lassen. Die Beschwerdeführerin hält in der Replik an ihren Anträgen fest.