Sachverhalt: A. A._ wurde am 4. August 2014 verhaftet und anschliessend in Untersuchungshaft versetzt. Er soll in einer Thuner Apotheke die Apothekerin mit einem Messer bedroht haben, nachdem er wegen Meinungsverschiedenheiten über die Dosierung des ihm abzugebenden Methadons in Wut geraten sei. Nach seiner Verhaftung auf der Wache soll er zudem den Polizeibeamten gedroht haben, sie bei nächstbester Gelegenheit zu erschiessen. Am 24. Juni 2015 verurteilte das Regionalgericht Oberland A._ wegen Drohung, Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie Verstössen gegen das BetmG zu einer Geldstrafe von 90 Tagessätzen und einer stationären Massnahme. Gleichzeitig versetzte es ihn in den vorzeitigen Massnahmenvollzug. Die Urteilsbegründung eröffnete das Regionalgericht Oberland am 8. Oktober 2015. Mit Berufungserklärung vom 10. November 2015 ans Obergericht des Kantons Bern beantragte A._, die stationäre Massnahme nach Art. 59 StGB aufzuheben und eine ambulante Massnahme nach Art. 63 StGB anzuordnen. Mit Anschlussberufung vom 30. November 2015 beantragte die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern, anstelle der Geldstrafe eine Freiheitsstrafe von 9 Monaten auszusprechen. Mit Schreiben vom 18. Dezember 2015 informierte das Regionalgefängnis Burgdorf das Obergericht im Rahmen des hängigen Berufungsverfahrens, bei der Durchsicht der Effekten von A._ sei ein Tagebuch mit mehreren Einträgen mutmasslich strafrechtlich relevanten Inhalts gefunden worden. Darin beschreibe A._ unter anderem, dass er gerne eine Frau gnadenlos und ohne Reue töten würde, weil ihm dies ein Dämon befehle. Mit Verfügung vom 22. Dezember 2015 nahm der Präsident der 2. Strafkammer des Obergerichts vom Bericht des Regionalgefängnisses Burgdorf Kenntnis und stellte ihn den Parteien zu. Er stellte in Aussicht, die im Bericht erwähnten Tagebuchtexte A._s im Hinblick auf eine Beweisbeschlagnahme zu durchsuchen und wies das Regionalgefängnis Burgdorf an, sie A._ bis auf andere Anordnung nicht herauszugeben. Er setzte A._ Frist an, sich im Sinn von Art. 247 Abs. 1 StPO zur beabsichtigten Durchsuchung und allfälligen Beschlagnahme der Texte zu äussern. Mit Eingabe vom 25. Januar 2016 beantragte A._ die Siegelung der Tagebuchtexte nach Art. 248 Abs. 1 StPO. Die Generalstaatsanwältin beantragte mit Stellungnahme vom 18. Februar 2016, die Versiegelung des Tagebuchs aufzuheben, es zu durchsuchen und die beweisrelevanten Passagen zu den Akten zu nehmen. Mit Beschluss vom 23. März 2016 hob das Obergericht (u.a.) die Versiegelung des Tagebuchs auf und ordnete an, es zu durchsuchen und, soweit beweisrelevant, in Kopie zu den Akten zu nehmen (Dispositiv-Ziffer 4). B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. April 2016 beantragt A._, den Beschluss des Obergerichts vom 23. März 2016 (bzw. dessen Dispositiv-Ziffer 4, gegen die sich die Beschwerde ausschliesslich richtet) aufzuheben, das Tagebuch zu versiegeln und seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Am 18. April 2016 verfügte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung superprovisorisch, dass bis zum Entscheid über das Gesuch um aufschiebende Wirkung alle Vollziehungsvorkehrungen zu unterbleiben haben. Gleichentags hob das Obergericht seinen Beschluss auf, die Versiegelung des Tagebuchs aufzuheben und es zu durchsuchen. Es ordnete an, die von diesem erstellten Kopien zusammen mit dem Original vorläufig bis zum Entscheid des Bundesgerichts aus den Akten zu entfernen. Es wies die Parteien und die Expertin an, die ihnen zugestellten Tagebuchkopien unverzüglich und ohne Erstellung von Kopien zurückzusenden. D. Das Obergericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen und teilt mit, die Berufungsverhandlung sei auf den 17. Juni 2016 angesetzt. Die Generalstaatsanwältin beantragt, die Beschwerde abzuweisen. A._ liess sich innert Frist nicht vernehmen.