Sachverhalt: A. A. und B. C._ führen in Schwarzenbach (Gemeinde Jonschwil) einen Landwirtschaftsbetrieb. Im Jahr 2008 erstellten sie in einer Wegdistanz von rund 450 m von der Betriebsleiterwohnung und dem bisherigen Ökonomiegebäude (Grundstück Nr. 81) einen Rindviehlaufstall samt Güllengrube (Grundstück Nr. 82). Mit dem am 20. Mai 2010 erlassenen Teilzonenplan "Wingarten II" wurden das Grundstück Nr. 81 mit der Betriebsleiterwohnung und der alten Scheune sowie der an das Grundstück Nr. 81 angrenzende südliche Teil des ebenfalls im Eigentum von A. und B. C._ stehenden Grundstücks Nr. 79 von der Landwirtschaftszone in die Bauzone umgeteilt. Die vom Grundstück Nr. 79 abgetrennte Fläche wurde in 16 nicht überbaute Grundstücke aufgeteilt. Am 30. April 2012 bewilligte der Gemeinderat Jonschwil mit der Zustimmung des kantonalen Amts für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) den Neubau einer Remise mit Werkstatt, einer Mistplatte und eines Heuraums unmittelbar östlich des Rindviehlaufstalls. Nachdem das AREG am 2. August 2012 auch dem Neubau eines Betriebsleiterwohnhauses bei den Ökonomiegebäuden zugestimmt hatte, erteilte der Gemeinderat Jonschwil am 16. August 2012 die entsprechende Bewilligung und wies eine von der Stiftung WWF Schweiz erhobene Einsprache ab. Das Baudepartement hiess einen vom WWF gegen die Baubewilligung vom 16. August 2012 erhobenen Rekurs am 11. Februar 2013 gut und hob die Teilverfügung des AREG vom 2. August 2012 sowie die Baubewilligung vom 16. August 2012 auf. Zur Begründung führte es aus, das neue Wohnhaus sei betrieblich nicht notwendig und der Neubau deshalb nicht zonenkonform. Die Distanz zwischen dem bestehenden Betriebsleiterwohnhaus und den Ökonomiegebäuden sei mit knapp 450 m zumutbar. Zudem hätten A. und B. C._ die Möglichkeit, innerhalb der Bauzone in einer Entfernung von rund 160 m von diesen Gebäuden zu bauen. Soweit sie zwischenzeitlich sämtliche Baugrundstücke veräussert beziehungsweise für Dritte reserviert hätten, sei ihnen dieses Verhalten anzurechnen. Eine von A. und B. C._ gegen den Entscheid des Baudepartements erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen mit Urteil vom 11. März 2014 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 2. Mai 2014 beantragen A. und B. C._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur Aufhebung des Entscheids des Baudepartements und zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen der kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der WWF beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Baudepartement, das Verwaltungsgericht sowie das zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) ersuchen um Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde beantragt dagegen deren Gutheissung. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik an ihren Anträgen fest. C. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 11. Mai 2016 an einer öffentlichen Sitzung beraten.