Sachverhalt: A. A._ (geb. 1980) ist die Mutter von D._ (geb. 2003) und C._ (geb. 2009), welche von zwei verschiedenen Vätern stammen. Ursprünglich hatte die Mutter für beide Söhne die alleinige elterliche Sorge inne und beide lebten bei ihr. Während D._ zu seinem Vater keinen Kontakt hat, lebt C._ aufgrund der nachfolgenden Vorfälle seit 2013 bei seinem Vater B._ (geb. 1983). B. Nachdem bereits in früheren Jahren Suizidversuche stattgefunden hatten, begab sich die Mutter nach einem erneuten Versuch im Frühjahr 2013 für zwei Wochen in stationäre psychiatrische Behandlung. C._ lebte deshalb von April bis August 2013 bei seinem Vater; D._ wurde bei Verwandten und Bekannten untergebracht. Am 4. Oktober 2013 beging der Lebenspartner der Mutter Suizid. C._ verbrachte in der Folge zwei Wochen beim Vater und kehrte danach zur Mutter zurück. Mit Verfügung vom 22. November 2013 entzog die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde U._ (KESB) der Mutter superprovisorisch die Obhut über die Söhne, wobei schon einige Tage zuvor D._ ins E._ eingetreten und C._ wieder zu seinem Vater gezogen war, wo er seither ununterbrochen lebt. Die KESB bestätigte die Verfügung am 28. November 2013 und setzte das Besuchsrecht der Mutter fest. Dagegen erhob die Mutter bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen Beschwerde. Während Hängigkeit des Verfahrens vor der Verwaltungsrekurskommission stellte die KESB C._ am 18. November 2014 unter die gemeinsame elterliche Sorge, womit beide Parteien einverstanden waren. Mit Entscheid vom 27. März 2015 teilte die Verwaltungsrekurskommission die Obhut über D._ der Mutter und diejenige über C._ dessen Vater zu, unter Regelung des Besuchsrechts der Mutter. Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht St. Gallen ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde vom 21. März 2016 verlangt A._ die Aufhebung der Entscheide des Kantonsgerichtes und der Verwaltungsrekurskommission sowie die Wiederherstellung der Obhut und des Aufenthaltsbestimmungsrechtes über C._; eventualiter verlangt sie die Feststellung, dass ihr die Obhut und das Aufenthaltsbestimmungsrecht uneingeschränkt zustehe. Ferner verlangt sie die unentgeltliche Rechtspflege. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.