Sachverhalt: A. Die C._ AG ist Eigentümerin der Parzellen Nrn. 404 und 671 in Gossau. Der B._ Immobilien AG gehören die Parzellen Nrn. 409 und 411. Diese Parzellen liegen in der Wohn-Gewerbe-Zone WG3 und werden, mit Ausnahme der Parzelle Nr. 671, vom Gestaltungsplan St. Gallerstrasse 91 - 101 überlagert. Das rund eine Hektare umfassende Plangebiet wird im Wesentlichen von den in den 90er-Jahren bewilligten Betriebsgebäuden der B._ AG geprägt. Das Gebiet wird in ost-westlicher Richtung vom eingedolten Haldenbach durchquert. Anfangs 2008 reichte die Gemeinde Gossau dem kantonalen Amt für Raumentwicklung den Entwurf für den Überbauungsplan St. Gallerstrasse 91 - 101 zur Vorprüfung ein. Mit dem neuen Sondernutzungsplan soll die Entwicklung des Garagenbetriebs sichergestellt werden. Die Parzelle Nr. 671 soll neu ins Plangebiet einbezogen werden. Am 22. Oktober 2008 beschloss der Stadtrat den Überbauungsplan. Er wurde vom 3. November bis zum 3. Dezember 2010 aufgelegt. Während der Auflagefrist erhob die A._ Ltd., Eigentümerin der ans Plangebiet anstossenden Parzelle Nr. 647 Einsprache. Sie beantragte, auf den Überbauungsplan zu verzichten. Er widerspreche dem Zonenzweck und sei rechtswidrig, da er nicht vorsehe, das eingedolte Gewässer zu öffnen. B. Mit Eingabe vom 2. Februar 2011, ergänzt am 18. Juli 2011, erhob die A._ Ltd. Rekurs gegen die Baubewilligung des Gemeinderats Gossau vom 30. Mai 1996 in Sachen "Neubau Spenglerei/Malerei auf dem Grundstück Nr. 411, Sonnenbühlstrasse, Gossau; Verlegung und Wiedereindolung des Haldenbachs gemäss Bewilligung des Baudepartements und des Finanzdepartements vom 3. April 1996". Sie beantragte im Wesentlichen, diese Baubewilligung sowie alle seither ergangenen Baubewilligungen für Vorhaben im Bereich des 10-metrigen Gewässerabstands des Haldenbachs aufzuheben oder eventuell festzustellen, dass sie zu Unrecht erteilt worden seien. Zudem sei festzustellen, dass die Bewilligung vom 3. April 1996 verfallen sei; eventuell sei der Gemeinderat anzuweisen, das entsprechende Baubewilligungsverfahren nachträglich durchzuführen oder die Bewilligung subeventuell aufzuheben. Am 2. Juli 2013 trat die Regierung des Kantons St. Gallen auf den Rekurs insoweit nicht ein, als mit diesem beantragt worden war, die Baubewilligung aufzuheben und festzustellen, die Departementalverfügung vom 3. April 1996 sei verfallen bzw. sie aufzuheben. Am 21. Oktober 2014 wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde der A._ Ltd. ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung führte es an, die Verfügung des Bau- und des Finanzdepartements vom 3. April 1996 sei gültig und zusammen mit der Baubewilligung vom 30. Mai 1996 in Rechtskraft erwachsen. Der Rekurs dagegen sei verspätet erfolgt, weshalb die Regierung darauf zu Recht nicht eingetreten sei. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die A._ Ltd., diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts, einschliesslich desjenigen der Regierung vom 2. Juli 2013, aufzuheben und gleichzeitig die Baubewilligung des Gemeinderats vom 30. Mai 1996 aufheben und festzustellen, dass die Bewilligung des Bau- und des Finanzdepartements vom 3. April 1996 nie rechtsgültig geworden sei bzw. sie aufzuheben. Eventuell sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. D. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Die B._ AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) verzichtet auf Stellungnahme. Die A._ Ltd. hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.