Sachverhalt: A. Die A._ S.r.l. (Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdeführerin), ein italienisches Transportunternehmen, schloss mit der B._ AG (Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdegegnerin), einem schweizerischen Eisenbahnverkehrsunternehmen, am 29. Oktober 2010 ein "Rail Traction Service Agreement" (nachfolgend: RTSA) ab. Darin verpflichtete sich die Beklagte unter anderem, Traktionsleistungen zu erbringen und Eisenbahnwagen zur Verfügung zu stellen. Für eine sog. Rundfahrt (d.h. Fahrt von Köln nach Domodossola und zurück bzw. von Domodossola nach Köln und zurück) wurde ein Preis von EUR 26'500.-- vereinbart (Annex B zum RTSA). Mengenmässig sah das RTSA 5 Rundfahrten pro Woche vor. Als minimale Menge vereinbarten die Parteien 230 Rundfahrten (Annex A zum RTSA). Aufgrund fehlender Wagen beim vertraglich vorgesehenen Projektbeginn am 10. Januar 2011 (vgl. Ziff. 1 RTSA) unterzeichneten die Parteien am 2./7. Februar 2011 noch einen Zusatz zum RTSA ("Annex 1"), der für die Zeitperiode ab dem Projektstart am 7. Februar und bis zum 27. Februar 2011 einen reduzierten Preis von EUR 24'200.-- festlegte. Als die Klägerin im März 2011 gewisse Rechnungen nicht bezahlte, stellte die Beklagte ihre Leistungen ab 23. März 2011 ein. B. Mit Klage vom 26. April 2011 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von EUR 3 Mio. zu bezahlen, zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 22. März 2011. Sie machte geltend, die Beklagte habe zu keinem Zeitpunkt die versprochenen Wagen zur Verfügung stellen können. Die Beklagte habe aber weiterhin den Preis verlangt und in Rechnung gestellt, welcher während der Gültigkeitsdauer des Annex, d.h. bis und mit 27. Februar 2011, gegolten habe. Sie, die Klägerin, habe diese Rechnungen - wie vertraglich vorgesehen - bestritten. Die Beklagte sei nicht berechtigt gewesen, den Vertrag zu kündigen. Nun fordere sie von der Beklagten das Erfüllungsinteresse (entgangener Gewinn) und beschränke sich im vorliegenden Verfahren im Sinn einer Teilklage auf die Forderung von EUR 3 Mio. Die Beklagte bestritt die Klage und beantragte widerklageweise, die Klägerin sei zu verpflichten, ihr den Betrag von EUR 280'294.56 zuzüglich Zins zu 3 % über dem 3-Monats Euribor (4.53 %) seit dem 9. September 2011 zu bezahlen. Sie bestritt, dass sie ihre Leistungen nicht vertragskonform erbracht habe. Sie habe ihre Leistungen einstellen müssen, weil die Klägerin Rechnungen nicht bezahlt habe. Mit ihrer Widerklage verlangt sie die Bezahlung dieser Rechnungen und Schadenersatz für Mietkosten und Wagenstillstand. Das Handelsgericht des Kantons Zürich wies mit Urteil vom 13. Oktober 2015 die Klage ab und schützte die Widerklage teilweise im Betrag von EUR 254'250.04 zuzüglich Zins zu 4.53 % seit dem 9. September 2011. Die Gerichtskosten auferlegte es im Betrag von Fr. 127'794.-- der Klägerin und im Betrag von Fr. 1'291.-- der Beklagten. Die Klägerin wurde verpflichtet, der Beklagten eine Prozessentschädigung von Fr. 98'000.-- zu bezahlen. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Handelsgerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an dieses zurückzuweisen. Mit Präsidialverfügung vom 8. Februar 2016 wurde dem Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung stattgegeben und das mit der Stellungnahme zum Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung gestellte Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung abgewiesen. Sowohl die Beschwerdegegnerin wie die Vorinstanz verzichteten auf eine Vernehmlassung in der Hauptsache.