Sachverhalt: A. D._ und die von ihm beherrschten Gesellschaften E._ AG und F._ AG investierten in den Jahren vor 1992 in die Anlagefonds G._ und H._. Im Dezember 1992 widerriefen sie die Kollektivanlageverträge. Im Z usammenhang mit der Rücknahme der Anteile kam es zum Streit mit der Fondsleitung der beiden Fonds, der C._ AG mit Sitz in U._ (Beklagte, Beschwerdegegnerin). Die Anleger warfen dieser vor, sie habe das Fondsvermögen im Rücknahmezeitpunkt und in den Jahren zuvor, insbesondere seit 1983, zu tief bewertet, weshalb die Auszahlung bei Rücknahme der Anteilscheine zu niedrig ausgefallen sei. Überdies sei durch die Neuausgabe von Anteilen unter dem tatsächlichen Wert das Fondsvermögen verwässert worden. Im Zusammenhang mit dem Immobiliengeschäft lasteten die Anleger der Beklagten als Verwalterin der G._ an, mit der "Residenz I._" ein äusserst schwieriges Projekt von der H._ übernommen und darin investiert zu haben, ohne zu berücksichtigen, dass die Vermietungsbemühungen der H._ gescheitert waren. Durch die erfolgten Abschreibungen sei das Fondsvermögen geschädigt worden. B. Mit Klage vom 14. April 1994 beim Handelsgericht des Kantons Zürich verlangten die ausscheidenden Anleger von der Beklagten die Erteilung verschiedener Auskünfte, Zahlung des korrekt berechneten Rücknahmepreises für die Anteilscheine, Schadenersatz wegen Schädigung des Fondsvermögens sowie Ersatz für die Kosten zur Feststellung der Unterbewertung der Anteilscheine. Mit Beschluss vom 21. Juni 1994 trennte das Handelsgericht die Auskunftsbegehren vom übrigen Verfahren ab und sistierte das Forderungsverfahren kurze Zeit später. Im abgetrennten Verfahren verpflichtete es die Beklagte am 21. August 2000 zur Erteilung verschiedener Auskünfte. Dieses Urteil erwuchs in Rechtskraft und bildet nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. In der Folge wurde das Forderungsverfahren wieder aufgenommen. D._ war im Laufe des Verfahrens verstorben. Dieses wurde jedoch von seiner Rechtsnachfolgerin A._ (Klägerin 1, Beschwerdeführerin 1) weitergeführt. Aus den beiden ehemals von D._ beherrschten Aktiengesellschaften, welche die streitbetroffenen Investitionen getätigt hatten, ging durch Fusion die B._ GmbH (Klägerin 2, Beschwerdeführerin 2) als Rechtsnachfolgerin hervor. Mit den im Forderungsprozess verbliebenen Rechtsbegehren verlangt die Klägerin 1 Zahlung von Fr. 866'139.--, die Klägerin 2 von Fr. 2'194'315.--, je nebst Zins, wobei eine höhere Forderung aufgrund des Beweisergebnisses vorbehalten wurde. Zudem fordern die Klägerinnen Fr. 59'774.60 als Ersatz für die Kosten der Auskunftsbeschaffung. Mit Urteil vom 1. Dezember 2004 wies das Handelsgericht die Klage ab. Am 1. November 2005 hiess das Bundesgericht eine dagegen erhobene Berufung gut, hob das Urteil vom 1. Dezember 2004 auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an das Handelsgericht zurück (Urteil 4C.47/2005 vom 1. November 2005 = BGE 132 III 186). Nach Durchführung eines Beweisverfahrens, insbesondere der Einholung eines gerichtlichen Gutachtens, verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte mit Urteil vom 24. Februar 2014, der Klägerin 1 Fr. 2'083.68 und der Klägerin 2 Fr. 5'834.47, je nebst Zins zu 5 % seit 18. Dezember 1992 zu bezahlen als Schadenersatz im Zusammenhang mit Abschreibungen auf Betriebseinrichtungen der "Residenz I._". Im Mehrbetrag wies es die Klage ab. C. Die Klägerinnen gelangten hiergegen mit Beschwerdeeingabe vom 27. März 2014 erneut an das Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil vom 24. Februar 2014 aufzuheben und die Sache zu neuerlichem Entscheid unter vollständiger und korrekter Abklärung des Sachverhalts an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 255'762.-- an die Beschwerdeführerin 1 und von Fr. 639'968.-- an die Beschwerdeführerin 2, je nebst Zins zu 5 % seit 15. Dezember 1992, sowie zur Zahlung von Fr. 59'774.60 an die beiden Beschwerdeführerinnen (als Ersatz der Kosten der Auskunftsbeschaffung) zu verurteilen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung derselben und auf Bestätigung des angefochtenen Urteils, eventuell auf Rückweisung des Verfahrens an die Vorinstanz zur Sachverhaltsabklärung. Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht.