Sachverhalt: A. A.a. Mit Eingabe vom 31. August 2012 reichte die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) beim Einzelgericht am Bezirksgericht Uster gegen die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) und gegen den Verein C._ eine Klage ein. Sie beantragte, die Beklagte und C._ seien zu verpflichten, gegenüber dem Grundbuchamt Dübendorf eine - detailliert umschriebene - Grundbuchanmeldung abzugeben. Mit Verfügung vom 28. Juni 2013 trat das Einzelgericht auf die Klage ein. Die dagegen von der Beklagten eingereichte Berufung hiess das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 26. Juni 2014 gut und trat auf die (ursprüngliche) Klage mit Bezug auf die Beklagte nicht ein. Mit Verfügung vom 1. Oktober 2014 zog das Bezirksgericht sodann die Eintretensverfügung vom 28. Juni 2013 in Wiedererwägung und trat auch auf die Klage gegen den Beklagten C._ nicht ein. A.b. Am 11. August 2014 machte die Klägerin die gleichlautende Klage gegen die Beklagte am Bezirksgericht Uster im ordentlichen Verfahren anhängig. Das Bezirksgericht trat mit Beschluss vom 26. August 2014 mangels Zuständigkeit auf die Klage nicht ein. Auf eine gegen diesen Beschluss von der Beklagten erhobene Berufung trat das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 21. November 2014 mangels Beschwer nicht ein. B. Mit Eingabe vom 10. September 2014 machte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich eine wiederum gleichlautende Klage gegen die Beklagte (Verfahren HG140167) und am 20. Oktober 2014 eine ebenfalls gleichlautende Klage gegen C._ (Verfahren HG140199) anhängig. Das Handelsgericht beschränkte den Prozess "auf die Frage der Prozessvoraussetzungen". Mit Beschluss vom 20. März 2015 trat es auf die Klage ein (Disp.Ziff. 1) und vereinigte die Verfahren HG140199 und HG140167 (Disp.Ziff. 2). Es bejahte die von der Beklagten bestrittene örtliche Zuständigkeit, da zwar die Beklagte ihren Sitz in U._ habe, jedoch die Streitigkeit einen genügenden dinglichen Bezug zu einem im Kanton Zürich gelegenen Grundstück aufweise. Das Handelsgericht erachtete sich sodann entgegen der Bestreitung durch die Beklagte auch als sachlich zuständig, und es verwarf den Einwand der anderweitigen Rechtshängigkeit. Schliesslich stellte es fest, dass es sich bei der Beklagten und C._ um eine notwendige Streitgenossenschaft handle. Klagen gegen notwendige Streitgenossen müssten grundsätzlich gleichzeitig am gleichen Gericht erhoben werden. Obwohl die Klagen gegen beide Beklagten mit einer Differenz von einem Monat beim Handelsgericht anhängig gemacht worden seien, könnten die beiden Verfahren vereinigt werden und sei aufgrund der besonderen Umstände, die dazu geführt hatten, dass die Klagen vor Handelsgericht nicht gleichzeitig eingereicht worden waren, die Passivlegitimation der beiden Beklagten zu bejahen. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 20. März 2015 sei aufzuheben und auf die Klage sei nicht einzutreten. Eventuell sei der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Klage abzuweisen. Dem Gesuch, der Beschwerde aufschiebenden Wirkung zu gewähren, gab das Bundesgericht mit Präsidialverfügung vom 9. Juni 2015 statt. Die Beschwerdegegnerin trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.