Sachverhalt: A. A.a. Die C._ AG (Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in U._ bezweckt die Übernahme und Ausführung von Hoch- und Tiefbauten aller Art sowie sämtlicher Holzarbeiten. Die A._ ag (früher: B._ AG, vgl. dazu E. 1 unten; Bestellerin, Beklagte, Beschwerdeführerin) mit Sitz in V._ bezweckt u.a. die Ausführung von Generalunternehmeraufträgen sowie aller damit zusammenhängender Dienstleistungen. A.b. Die Parteien schlossen einen Werkvertrag, mit welchem die damalige B._ AG als Generalunternehmerin und Bauleiterin der "Überbauung D._" bzw. "Wohnüberbauung E._" die C._ AG mit Baumeisterarbeiten betraute. Das Überbauungsprojekt umfasste die Erstellung von 12 Mehrfamilienhäusern mit Tiefgaragen auf den Grundstücken Nr. xxx und yyy in W._. Die Unternehmerin sollte ihre Leistungen zu einem Pauschalpreis von Fr. 8'350'000.-- erbringen. A.c. Die Unternehmerin verlangt nun für Kosten, die ihr aufgrund einer durch die Bestellerin zu verantwortende Bauablaufstörung erwachsen seien, eine Mehrvergütung von Fr. 788'399.50. Weiter macht sie eine Forderung von Fr. 161'921.50 aufgrund einer Erhöhung der Stahlkosten geltend. Schliesslich fordert sie für Pumpenstunden, die in der Pauschale ebenfalls nicht enthalten gewesen seien, einen Betrag von Fr. 92'358.60. Insgesamt macht sie mithin eine Forderung von Fr. 1'042'679.60 geltend. B. Am 15. Mai 2012 reichte die Unternehmerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein und beantragte, die Bestellerin sei zur Zahlung von Fr. 1'042'679.60 nebst Zins zu verurteilen. Mit Urteil vom 4. August 2015 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage teilweise gut und verpflichtete die Bestellerin zur Zahlung von Fr. 484'219.97 nebst Zins. Das Handelsgericht ist der Auffassung, die Unternehmerin habe einen Anspruch auf Mehrvergütung in der Höhe von Fr. 406'326.17, weil die Bestellerin den Baubeginn für die Häuser 3 und 4 verschoben und damit ihre Mitwirkungspflichten verletzt habe. Zudem kommt das Handelsgericht nach Würdigung der Beweismittel zum Schluss, das Risiko einer Erhöhung des Stahlpreises trage die Bestellerin, weshalb die Unternehmerin Anspruch auf Fr. 77'893.80 für höhere Stahlkosten habe. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. September 2015 beantragt die Bestellerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 4. August 2015 sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin vertritt die Ansicht, die Beschwerdegegnerin habe der Änderung des Bauprogramms zugestimmt oder habe jedenfalls auf eine Mehrvergütung verzichtet. Auch ein Anspruch aufgrund höherer Stahlkosten bestehe nicht, da eine Stahlpreissteigerung nach dem Willen der Parteien im Pauschalpreis inbegriffen gewesen sei, weshalb die Teuerung zulasten der Beschwerdegegnerin gehe. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht.