Sachverhalt: A. Am 4. Oktober 1988 sprach die Ausgleichskasse des Kantons Zürich A._, geboren 1964, eine Umschulung zu Lasten der Invalidenversicherung zu. Sie hob diese Leistungszusprache am 17. Oktober 1988 wieder auf, da A._ aus der Schule ausgetreten war. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) sprach ihm ab 1. April 1989 eine Rente bei einer Invalidität von 15 % für die Folgen seines Unfalls vom 8. Juni 1983 zu. Die neu zuständige Ausgleichskasse Zürcher Arbeitgeber verfügte am 8. Dezember 1992 und am 1. Juni 1994 die Übernahme der Kosten der Umschulung zum technischen Kaufmann. Nachdem A._ diese Umschulung erfolgreich beendet hatte, ersuchte er um weitere Massnahmen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle des Kantons Zürich verneinte zuerst einen Rentenanspruch und sprach ihm am 22. September 1999 nach erhobenen Einwänden gestützt auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums Römerhof (MZR) vom 8. Dezember 1998 ab 1. Januar 1998 eine halbe Invalidenrente zu. Dies bestätigte sie am 9. November 2001 und am 28. Juli 2005. Die SUVA hielt am 19. April 2005 an der Höhe der von ihr ausgerichteten Invalidenrente fest. Die nunmehr zuständige IV-Stelle des Kantons Thurgau bestätigte am 8. Dezember 2008 den Anspruch auf eine halbe Invalidenrente. Am 11. April 2014 leitete sie eine erneute Rentenrevision ein. Nach Vornahme erwerblicher Abklärungen und Einholung zweier Berichte bei med. pract. B._, Facharzt für Allgemeine Medizin, vom 6. August und 12. September 2014 sowie der SUVA-Akten stellte sie am 26. Juni 2015 die Aufhebung der Invalidenrente in Aussicht. Rechtsanwalt Györffy nahm am 31. August 2015 Stellung zum Vorbescheid und ersuchte gleichzeitig um eine Fristansetzung bis 30. September 2015 zur Einreichung weiterer Unterlagen. Die IV-Stelle teilte ihm am 2. September 2015 mit, die Frist im Vorbescheidverfahren könne nicht verlängert werden und neue medizinische Berichte seien bis zum 11. September 2015 einzureichen. Am 11. September 2015 ersuchte Rechtsanwalt Györffy um Fristansetzung zur Einreichung neuer medizinischer Unterlagen sowie einer weiteren Stellungnahme bis 30. September 2015. Am 30. September 2015 beantragte er eine Fristerstreckung bis 30. Oktober 2015. Mit Verfügung vom 15. Oktober 2015 hob die IV-Stelle die Invalidenrente auf Ende des folgenden Monats auf. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 13. April 2016 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese unter Wahrung des rechtlichen Gehörs und des Anspruchs auf ein faires Verfahren neu entscheide. Eventualiter sei ihm weiterhin eine halbe Invalidenrente auszurichten, subeventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese nach Durchführung weiterer Abklärungen neu entscheide. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet in seiner Vernehmlassung auf einen Antrag. D. A._ lässt in seiner Eingabe vom 17. November 2016 (Postaufgabe: 18. November 2016) an seinen Begehren festhalten.