Sachverhalt: A. Die C._ GmbH war als Totalunternehmerin mit dem Neubau der Notstromversorgung des Kernkraftwerks U._ beauftragt. Die Bauten waren unter anderem auf Liegenschaften zu realisieren, die im Eigentum der B._ AG stehen. Die C._ GmbH zog die D._ GmbH für die Planung, Lieferung, Montage und Inbetriebnahme der Brandmeldeanlagen und Löscheinrichtungen bei, welche ihrerseits gewisse Leistungen an die A._ AG vergab. Auf Gesuch der A._ AG ordnete der Präsident des Handelsgerichts des Kantons Aargau superprovisorisch die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts auf dem Grundstück der B._ AG, GB V._ Nr. xxx, für den Betrag von Fr. 397'966.50 zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 273'118.50 ab 13. Januar 2015 und 5 % auf Fr. 124'848.-- ab 17. Februar 2015 an (Verfügung vom 24. Februar 2015). Mit Verfügung vom 1. April 2015 bestätigte der Präsident des Handelsgerichts vorsorglich die superprovisorisch verfügten Anordnungen und setzte der A._ AG Frist zur Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts. Die von der B._ AG dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 5A_327/2015 vom 17. Juni 2015). B. Am 10. Juli 2015 klagte die A._ AG vor dem Handelsgericht des Kantons Aargau gegen die B._ AG auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts. Die C._ GmbH reichte mit Eingabe vom 3. September 2015 eine Bankgarantie der E._ SA ein mit den Begehren, es sei festzustellen, dass damit hinreichende Sicherheit im Sinne von Art. 839 Abs. 3 ZGB für die zur Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts angemeldete Forderung geleistet sei, und das provisorisch eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht sei zu löschen. Sie beantragte weiter, an Stelle der B._ AG in den Prozess einzutreten, eventuell auf deren Seite als Nebenintervenientin zugelassen zu werden. Mit Verfügung vom 25. September 2015 schrieb der Präsident des Handelsgerichts das Verfahren hinsichtlich der definitiven Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts zufolge Gegenstandslosigkeit ab (Dispositiv-Ziff. 1), stellte fest, dass die eingereichte Bankgarantie als hinreichende Sicherheit gemäss Art. 839 Abs. 3 ZGB gelte und an die Stelle des provisorisch eingetragenen Bauhandwerkerpfandrechts trete (Dispositiv-Ziff. 2), und wies die Obergerichtskasse an, die Bankgarantie nur gestützt auf ein rechtskräftiges Urteil bzw. entsprechendes Surrogat hin freizugeben (Dispositiv-Ziff. 3). Ferner wies er das zuständige Grundbuchamt an, das provisorisch eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht nach Eintritt der formellen Rechtskraft seines Entscheids zu löschen (Dispositiv-Ziff. 4). Ausserdem wurde die C._ GmbH als Nebenintervenientin zugunsten der B._ AG zugelassen (Dispositiv-Ziff. 5) und Frist zur Erstattung einer Klageantwort angesetzt (Dispositiv-Ziff. 6). C. Die A._ AG (fortan: Beschwerdeführerin) hat am 19. Oktober 2015 Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die Dispositiv-Ziff. 1-4 der Verfügung vom 25. September 2015 seien aufzuheben, es sei festzustellen, dass die von der C._ GmbH eingereichte Bankgarantie nicht als hinreichende Sicherheit gemäss Art. 839 Abs. 3 ZGB gelte, und das Handelsgericht sei anzuweisen, das ordentliche Verfahren betreffend definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts weiterzuführen. Mit Verfügung vom 11. November 2015 hat der Präsident der urteilenden Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Die B._ AG (fortan: Beschwerdegegnerin) und die C._ GmbH (fortan: Nebenintervenientin) haben am 20. bzw. 21. Juli 2016 zur Beschwerde Stellung genommen. Das Handelsgericht hat auf Vernehmlassung und die Beschwerdeführerin auf Bemerkungen zu den Stellungnahmen der Beschwerdegegnerin und der Nebenintervenientin verzichtet.