Sachverhalt: A. Die B._AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) und die A._AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) haben in den Jahren 2008 bis 2011 auf dem Gebiet der Wasserhöchstdruckarbeiten zur Sanierung von Eisenbahnwagen zusammengearbeitet. Durch Kündigung der Beklagten per 20. November 2011 wurde der am 20. November 2008 geschlossene Zusammenarbeitsvertrag beendet. Im Zuge der Beendigung dieser Zusammenarbeit stellte sich die Frage, was mit der von der Klägerin auf ihre Kosten entwickelten, sich auf dem Sanierungsgelände der Beklagten befindlichen Wasseraufbereitungsanlage geschehen solle. Die Beklagte nutzte die Wasseraufbereitungsanlage noch mindestens (unbestritten) bis zum 9. Mai 2012. B. Mit Klage vom 26. Januar 2013 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihr Fr. 124'800.-- zu bezahlen, zuzüglich Verzugszins von 5 % seit 15. Januar 2012 bzw. (geändertes Begehren) seit 1. Juli 2012. Mit Beschluss vom 27. März 2015 schrieb das Handelsgericht die Klage zum Teil als erledigt ab, und zwar im Umfang des Zinses von 5 % auf Fr. 124'800.-- für die Zeit vom 12. Januar 2012 bis am 30. Juni 2012 zufolge Rückzugs (B.Disp.Ziff. 1) und im Umfang von Fr. 21'328.-- zufolge Anerkennung der Forderung (B.Disp.Ziff. 2). Mit Urteil vom 27. März 2015 wies es die Klage im Mehrbetrag ab (U.Disp.Ziff. 1). Die Gerichtsgebühr setzte es auf Fr. 11'000.-- fest und auferlegte die Kosten zu 4/5 der Klägerin und zu 1/5 der Beklagten, und es verpflichtete die Klägerin, der Beklagten eine Parteientschädigung von Fr. 10'500.-- zu bezahlen (U.Disp.Ziff. 2 - 4). C. Die Beklagte erhebt Beschwerde in Zivilsachen gegen den Beschluss und das Urteil des Handelsgerichts vom 27. März 2015 und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Ihr Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung wurde mit Präsidialverfügung vom 16. Juli 2015 abgewiesen. Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.