Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AG (Kägerin, Zessionarin, Beschwerdeführerin) hat ihren Sitz in U._. Ihr statutarischer Zweck umfasst im Wesentlichen den Import und Export sowie den Handel mit Maschinen, Werkzeugen und Geräten sowie deren Wartung und Reparatur. Die B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in V._ ist ein staatlich beaufsichtigtes Revisionsunternehmen im Sinne von Art. 7 RAG. Sie war vom 8. April 1994 bis zum 3. Dezember 1998 sowie vom 12. Dezember 2003 bis zum 4. April 2006 gesetzliche Revisionsstelle der C._ AG. Am 4. April 2006 wurde über die C._ AG der Konkurs eröffnet. A.b. Die D._ AG arbeitete mit der C._ AG von 1982 bis zu deren Konkurseröffnung im April 2006 zusammen; sie stellte Fleischverarbeitungsmaschinen her, welche die C._ AG weltweit vertrieb. Im Konkurs der C._ AG wurde die D._ AG mit einer Forderung von 1'356'101.45 zugelassen. Am 15. Januar 2008 trat ihr das Konkursamt Aargau die Inventarposition "Verantwortlichkeitsansprüche gegenüber der B._ AG, in V._" gemäss Art. 260 SchKG ab. Mit Zessionserklärung vom 3. Juni 2011 trat die D._ AG ihrerseits ihre Konkursforderung samt den Prozessführungsrechten an die Klägerin ab, deren Verwaltungsrat aus denselben Personen besteht wie ihr eigener Verwaltungsrat. B. B.a. Am 20. Januar 2012 reichte die Zessionarin Klage beim Handelsgericht des Kantons Aargau ein mit dem Begehren, die Beklagte sei zu verurteilen, ihr einen Betrag von Fr. 100'000.-- nebst 5 % Zins seit 12. Februar 2004 zu bezahlen; sie behielt sich eine Nachklage ausdrücklich vor. Die Klägerin machte im Wesentlichen geltend, die Konkursitin bzw. deren Gläubigergesamtheit habe einen Fortführungsschaden dadurch erlitten, dass die Beklagte als Revisionsstelle pflichtwidrig unterlassen habe, dem Richter die Überschuldung anzuzeigen. Hätte sie dies rechtzeitig getan, wäre der Konkurs über die C._ am 12. Februar 2004 statt erst am 4. April 2006 eröffnet worden. Dadurch wäre der Konkursverlust der Gläubiger geringer ausgefallen. B.b. Mit Urteil vom 2. Juni 2015 wies das Handelsgericht des Kantons Aargau die Klage ab. Das Gericht holte ein Gerichtsgutachten ein zur Frage, wie sich die Bilanz der C._ AG zu Liquidationswerten am 12. Februar 2004 präsentiert hätte. Der Gutachter gelangte zum Schluss, dass die C._ AG zum genannten Zeitpunkt mit Fr. 2'107'000.-- überschuldet gewesen wäre. Tatsächlich war die C._ AG im Konkurs mit Fr. 2'147'166.-- überschuldet. Das Handelsgericht stellte grundsätzlich auf die Gerichtsexpertise ab, korrigierte jedoch einzelne Positionen. Es erhöhte im Sinne der Klägerin den hypothetischen Erlös aus einer Forderung der Konkursitin gegenüber der E._ SA um Fr. 122'000.--. Im Sinne der Beklagten korrigierte es dagegen die Positionen "Warenvorräte" um 179'000.-- auf der Aktivseite und "Verpflichtungen aus Lieferungen und Leistungen" auf der Passivseite um Fr. 588'000.-- in der Annahme, die C._ AG hätte bei Konkurseröffnung am 12. Februar 2004 das Geschäft "Warenübernahme durch die D._ AG" nicht abschliessen können. Schliesslich reduzierte das Gericht die Rückstellung für Debitoreninkasso im Sinne der Beklagten um Fr. 12'000.--. Das Handelsgericht gelangte zum Schluss, die Überschuldung der C._ AG habe zwischen dem 12. Februar 2004 (Konkurseröffnung bei behauptetem pflichtgemässem Verhalten der Beklagten) und dem 4. April 2006 (tatsächliche Konkurseröffnung) um Fr. 200'833.80 abgenommen. C. Die Klägerin hat beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Anträgen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 2. Juni 2015 sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr einen Betrag von Fr. 100'000.-- zu bezahlen, eventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an das Handelsgericht des Kantons Aargau zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin rügt als "falsche Tatsachenfeststellung " namentlich, die Beurteilung der gegen die F._ Ltda. gerichtete Forderung durch den Gutachter und das Handelsgericht sei falsch, der Gutachter und die Vorinstanz setzten den Liquidationswert der Warenvorräte bei einem Buchwert von Fr. 475'000.-- willkürlich auf Fr. 51'000.-- fest und das Handelsgericht habe die Annahmen des Gutachters in die falsche Richtung korrigiert; als "falsche Rechtsanwendung" rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 2 ZGB, die Verletzung der Grundsätze über die Rechnungslegung und Prüfungsstandards, Willkür und "Beweiswürdigung, Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör". Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Parteien haben repliziert und dupliziert. Die Beschwerdeführerin hat ihrer Replik ein Zusatzgutachten einer G._ AG vom 28. Oktober 2015 beigelegt. D. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wurde mit Präsidialverfügung vom 19. November 2015 abgewiesen.