Sachverhalt: A. Die X._ Ltd. ist eine nach dem Recht der U._ mit dortigem Sitz inkorporierte Gesellschaft. Am 27. Oktober 1997 schloss sie mit der Y._ AG (im Folgenden: Y._ AG) mit Sitz in V._ ein "Operation Management Agreement" ab. Darin betraute die X._ Ltd. die Y._ AG mit dem Aircraft Management ihres Flugzeugs vom Typ Boeing 727-200 (Kennzeichen yy-yyy). Auf ihre Anmeldung hin wurde die X._ Ltd. per 1. Dezember 2001 von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) in das Register der mehrwertsteuerpflichtigen Personen eingetragen. B. Am 3. Juni 2003 verfügte die ESTV die Löschung der X._ Ltd. aus dem Register der mehrwertsteuerpflichtigen Personen mit Wirkung per 31. Dezember 2002. Zugleich verpflichtete sie die X._ Ltd. zur Zahlung von Fr. 921'332.98 zuzüglich Verzugszins für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 (Zeitraum vom 1. Dezember 2001 [Mehrwertsteuerregistrierung] bis 31. März 2002) wegen zu Unrecht ausgerichteter Vorsteuerüberschüsse. Die dagegen erhobene Einsprache hiess die ESTV mit Entscheid vom 29. November 2007 teilweise gut. Sie reduzierte die Rückbelastung für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 auf Fr. 902'980.-- zuzüglich Verzugszins. Zudem kürzte sie (in Erweiterung des ursprünglich strittigen Zeitraums) den von der X._ Ltd. für die Abrechnungsperioden 2. Quartal 2002 bis 4. Quartal 2002 sowie 1. Quartal 2003 bis 4. Quartal 2003 geltend gemachten Vorsteuerabzug auf Fr. 6'737.40 bzw. Fr. 26'821.65. Sodann erachtete die ESTV entgegen ihrem Entscheid vom 3. Juni 2003 die Voraussetzungen für eine Steuerpflicht der X._ Ltd. weiterhin als erfüllt. Ihr Vorgehen begründete die ESTV im Wesentlichen damit, dass das Flugzeug überwiegend nicht für eine steuerbare und somit nicht für eine zum Vorsteuerabzug berechtigende Tätigkeit verwendet werde. Nur vereinzelte, von der Y._ AG verantwortete Flüge für Dritte führten nach Auffassung der ESTV bei der X._ Ltd. zu mehrwertsteuerrechtlich massgeblichem Umsatz. Das Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen den Einspracheentscheid gerichtete Beschwerde mit Urteil vom 15. Juni 2010 teilweise gut und wies die Sache zur neuen Festlegung der Vorsteuerabzugskürzung sowie zur Festlegung der Steuerschulden bzw. Guthaben an die ESTV zurück. Die ESTV nahm mit Einspracheentscheid vom 24. März 2015 eine neue Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung vor. Sie verpflichtete die X._ Ltd. für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 einen Betrag von Fr. 892'180.-- zuzüglich Verzugszins zurückzuerstatten. Mit Eingabe vom 27. April 2015 wandte sich die X._ Ltd. erneut an das Bundesverwaltungsgericht. In der Hauptsache verlangte sie die vollständige Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheids wegen Eintritts der Verjährung. Im Eventualbegehren beantragte sie eine Reduktion des Rückforderungsanspruchs. In seinem Urteil vom 7. Oktober 2015 verneinte das Bundesverwaltungsgericht eine Verjährung des Rückforderungsanspruchs. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde reduzierte sie jedoch den Rückforderungsanspruch gegenüber der X._ Ltd. für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 auf Fr. 834'779.-- zuzüglich Verzugszins. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 28. Oktober 2015 beantragt die X._ Ltd. (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils wegen Eintritts der Verjährung. Die für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 (Zeitraum vom 1. Dezember 2001 bis 31. Dezember 2003) zurückgeforderte Mehrwertsteuer von Fr. 834'779.-- zuzüglich gesetzlicher Verzugszinsen seien ihr wieder gutzuschreiben. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Präsidialverfügung vom 8. Dezember 2015 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen. Von ihrem Recht zur (fakultativen) Stellungnahme zu den eingeholten Vernehmlassungen machte die Beschwerdeführerin keinen Gebrauch.