Sachverhalt: A. A.a. Die B._AG (Grundeigentümerin, Gesuchstellerin, Beschwerdegegnerin) hat ihren Sitz in P._ und bezweckt insbesondere den Handel mit sowie die Verwaltung, Erstellung, Renovation und Vermietung von Immobilien aller Art. Fondation A._ (Stiftung, Vertreterin, Gesuchsgegnerin, Beschwerdeführerin) ist eine Stiftung mit Sitz in Q._, die kantonal beaufsichtigt wird. Sie bezweckt die Entwicklung der Vorsorge, indem sie Investoren ermöglicht, direkt in individuelle, durch Titel gesicherte Hypothekardarlehen zu investieren. A.b. Die Parteien haben im Jahr 2011 mehrere Verträge abgeschlossen. Die Grundeigentümerin (die damals als C._AG firmierte) schloss zunächst am 18. April und 19. Mai 2011 zusammen mit zwei Privatpersonen als "Schuldner" mit "diversen Gläubigern", direkt vertreten durch die Stiftung, drei Hypothekardarlehensverträge für die Projekte "R._", "S._" und "T._", wofür ihr die Gläubiger Darlehen in Höhe von Fr. 10'500'000.--, Fr. 6'200'000.-- und Fr. 13'100'000.-- gewährten. Diese Darlehen sollten gesichert werden durch fiduziarische Übereignung von Inhaberschuldbriefen auf den Grundstücken, welche die Grundeigentümerin unter anderem mit den gewährten Darlehen überbauen wollte. Entsprechend wurden zwischen den Darlehensnehmern ("Schuldner" genannt) und der Stiftung ("Gläubigerin" genannt) am gleichen Tag Sicherungsübereignungen über je bestimmte Inhaberschuldbriefe auf den entsprechenden Grundstücken abgeschlossen. Schliesslich unterzeichneten die Parteien allgemeine Geschäftsbedingungen betreffend die Darlehen. B. Mit Eingabe vom 4. November 2015 erhob die Grundeigentümerin beim Handelsgericht des Kantons Aargau Klage gegen die Stiftung. Sie beantragte, die Stiftung sei zur Herausgabe der auf ihren Grundstücken lastenden Inhaberschuldbriefe zu verpflichten, eventuell sei sie zur Rechenschaft darüber zu verpflichten, wem sie diese weitergegeben hat (Klagebegehren 1); ausserdem beantragte sie, die Beklagte sei unter Vorbehalt des Nachklagerechts zu verpflichten, ihr Fr. 46'725.-- zuzüglich Zins zu 6% seit 4. November 2015 zu bezahlen (Klagebegehren 2). Ihre Klage verband sie mit Anträgen auf Erlass vorsorglicher Massnahmen wie folgt: "a) Es sei der Beklagten unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 5'000 für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung sowie deren verantwortlichen Organen unter Androhung von Busse nach Art. 292 StGB für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung zu verbieten, über die vorstehend unter Rechtsbegehren Ziff. 1a) aufgeführten Inhaberschuldbriefe in irgendeiner Form, sei es entgeltlich oder unentgeltlich, zu verfügen, insbesondere diese zu übertragen, (zu Eigentum) zu begeben, zu verpfänden und zu belasten; b) die Beklagte sei unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 5'000 für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung sowie deren verantwortliche Organe seien unter Androhung von Busse nach Art. 292 StGB für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung zu verpflichten, bis am Folgetag des Tages der Kenntnisnahme der entsprechenden Verfügung die unter Rechtsbegehren Ziff. 1a) vorstehend aufgeführten Inhaberschuldbriefe beim Obergericht des Kantons Aargau, Handelsgericht, zu hinterlegen sowie bis auf anders lautende Anordnung des Gerichts und längstens bis zum rechtskräftigen Abschluss in der Hauptsache beim Obergericht des Kantons Aargau, Handelsgericht, hinterlegt zu lassen; c) eventualiter. Soweit sich die unter Rechtsbegehren Ziff. 1a) vorstehend aufgeführten Inhaberschuldbriefe im Besitze Dritter befinden, sei die Beklagte unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 5'000 für jeden Fall der Zuwiderhandlung sowie seien deren verantwortliche Organe unter Androhung von Busse nach Art. 292 StGB für jeden Fall der Zuwiderhandlung anzuweisen, umgehend alles Notwendige vorzukehren, um die Inhaberschuldbriefe wieder zu beschaffen und beim vorliegend angerufenen Gericht zu hinterlegen; die entsprechenden Bemühungen seien gegenüber der Klägerin und dem Gericht zu belegen; d)es seien die Betreibungsämter P._, S._ und U._ anzuweisen, vom vorläufigen Verwertungsverbot gemäss vorstehender lit. a Vormerk zu nehmen und Betreibungsbegehren auf Pfandverwertung durch die Beklagte oder verfahrensfremde Dritte zurückzuweisen resp., eventualite r, im Rahmen solcher Betreibungsbegehren gestellte Begehren auf Errichtung einer Zwangsverwaltung abzuweisen; e) eventualiter. Soweit bis zum Zeitpunkt des Erlasses (super-) provisorischer Massnahmen gestützt auf unter Ziff. 1a) aufgeführte Inhaberschuldbriefe bereits Betreibungen auf Pfandverwertung eingeleitet worden sind, seien die Betreibungsämter P._, S._ und U._ anzuweisen, vom Verwertungsverbot gemäss vorstehender lit. a) Vormerk zu nehmen und die laufenden Betreibungen zu sistieren sowie bereits eingesetzte Zwangsverwaltungen abzuberufen." Der Vizepräsident des Handelsgerichts Aargau erliess am 5. November 2015 superprovisorisch eine Verfügung, in der er seine Zuständigkeit feststellte (Ziffer 1), das summarische Verfahren für anwendbar erklärte (Ziffer 2) und der Beklagten bzw. deren Organe unter Strafandrohung vorsorglich verbot, über die einzeln bezeichneten Inhaberschuldbriefe entgeltlich oder unentgeltlich zu verfügen, insbesondere diese zu verpfänden, zu belasten oder verwerten zu lassen (Ziffer 3); im Übrigen wies er das Gesuch um Anordnung superprovisorischer Massnahmen ab. Danach hörte er die Parteien in einem doppelten Schriftenwechsel an. Am 3. Februar 2016 erliess der Vizepräsident des Handelsgerichts Aargau folgenden Entscheid: "1. 1.1. Soweit das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen vom 4. November 2015 nicht bereits infolge Rückzugs abgeschrieben wird, wird der Gesuchsgegnerin in Gutheissung des Gesuchs im verbleibenden Umfang unter Androhung einer Ordnungsbusse von bis zu Fr. 5'000.00 für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung sowie der Bestrafung der verantwortlichen Organe für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung nach Art. 292 StGB mit sofortiger Wirkung vorsorglich verboten, über folgende Inhaberschuldbriefe entgeltlich oder unentgeltlich, zu verfügen, insbesondere diese zu übertragen, (zu Eigentum) zu begeben, zu verpfänden, zu belasten oder verwerten zu lassen: a) Inhaberschuldbriefe lastend auf den klägerischen Liegenschaften an der Strasse V._, P._, Grundbuchblätter 946 und 948, alle im 1. Rang, max. Zinsfuss 12%, Gesamtpfandrecht mit P._/946 und P._/948, im Betrag von - CHF 1'000'000, ID.003-2012/001473 - CHF 1'000'000, ID.003-2012/001474 - CHF 1'000'000, ID.003-2012/001475 - CHF 500'000, ID.003-2012/001476 - CHF 500'000, ID.003-2012/001477 - CHF 500'000, ID.003-2012/001478 - CHF 500'000, ID.003-2012/001479 - CHF 500'000, ID.003-2012/001480 - CHF 500'000, ID.003-2012/001481 - CHF 500'000, ID.003-2012/001482 - CHF 500'000, ID.003-2012/001483 - CHF 250'000, ID.003-2012/001484 - CHF 250'000, ID.003-2012/001485 - CHF 250'000, ID.003-2012/001486 - CHF 250'000, ID.003-2012/001487 - CHF 250'000, ID.003-2012/001488 - CHF 250'000, ID.003-2012/001489 - CHF 200'000, ID.003-2012/001490 - CHF 200'000, ID.003-2012/001491 - CHF 200'000, ID.003-2012/001493 - CHF 200'000, ID.003-2012/001494 - CHF 200'000, ID.003-2012/001496 - CHF 150'000, ID.003-2012/001497 - CHF 150'000, ID.003-2012/001499 - CHF 100'000, ID.003-2012/001500 - CHF 100'000, ID.003-2012/001501 - CHF 100'000, ID.003-2012/001502 - CHF 100'000, ID.003-2012/001503 - CHF 100'000, ID.003-2012/001504 - CHF 100'000, ID.003-2012/001505 - CHF 100'000, ID.003-2012/001506 b) sowie die Inhaberschuldbriefe lastend auf den klägerischen Liegenschaften Strasse W._, T._, Grundbuchblätter 1560,1564,1607-001, 1608-001,1600-001,1621, 1622, 1623, 1624, 1625, 1626, 1658, 1659, 1660, 1661, 1662, 1663, 1668, 1669, 1670 und 1671, alle im 1. Rang, max. Zinsfuss 12%, Gesamtpfandrecht mit T._/1560, T._/1564, T._/1607-001, T._/1608-001, T._ 1609-001, T._/1621, T._/1622, T._/1623, T._/1624, T._/1625, T._/1626, T._/1658, T._/1659, T._/1660, T._/1661, T._/1662, T._/1663, T._/1668, T._/1669, T._/1670, T._/1671 - CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000009 - CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000012 - CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000013 - CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000014 - CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000015 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000016 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000017 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000018 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000037 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000038 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000039 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000040 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000041 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000042 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000043 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000044 - CHF 500'000, ID.006-P-2013/000045 - CHF 250'000, ID.006-P-2013/000060 - CHF 250'000, ID.006-P-2013/000061 - CHF 250'000, ID.006-P-2013/000062 - CHF 250'000, ID.006-P-2013/000063 - CHF 200'000, ID.006-P-2013/000064 - CHF 200'000, ID.006-P-2013/000070 - CHF 200'000, ID.006-P-2013/000071 - CHF 200'000, ID.006-P-2013/000072 - CHF 100'000, ID.006-P-2013/000073 - CHF 100'000, ID.006-P-2013/000074 - CHF 100'000, ID.006-P-2013/000077 c) sowie die Inhaberschuldbriefe lastend auf den klägerischen Liegenschaften X._ und Weg Y._, Z._; Grundbuchblätter 2089 und 1000, alle im 1. Rang, max. Zinsfuss 12%, Gesamtpfandrecht mit S._/2089 und Z._/1000 - CHF 200'000, ID.010-2013/010211 - CHF 200'000, ID.010-2013/010212 - CHF 200'000, ID.010-2013/010213 - CHF 200'000, ID.010-2013/010214 - CHF 200'000, ID.010-2013/010215 - CHF 200'000, ID.010-2013/010216 - CHF 1'000'000, ID.010-2013/010205 - CHF 250'000, ID.010-2013/010206 - CHF 250'000, ID.010-2013/010207 - CHF 250'000, ID.010-2013/010208 - CHF 250'000, ID.010-2013/010209 - CHF 500'000, ID.010-2013/010210 - CHF 500'000, ID.010-2013/010217 - CHF 500'000, ID.010-2013/010218 - CHF 500'000, ID.010-2013/010219 - CHF 500'000, ID.010-2013/010220 - CHF 500'000, ID.010-2013/010221; 1.2. Art. 292 StGB lautet () 1.2. Art. 292 StGB lautet () 2. Die einbezahlte Sicherheitsleistung der Gesuchstellerin in der Höhe von Fr. 100'000.00 bleibt aufrechterhalten. (Kosten) " In der Begründung bejahte das Handelsgericht zunächst seine Zuständigkeit, gelangte in einer Hauptsacheprognose zum Schluss, dass die Darlehensverträge sittenwidrig und folglich nichtig seien, weshalb auch das Eigentum an den Inhaberschuldbriefen nicht übergegangen sei und der Gesuchstellerin ein Vindikatonsanspruch zustehe; den nicht leicht wieder gut zu machenden Nachteil der Gesuchstellerin bejahte das Gericht aufgrund der glaubhaft gemachten drohenden Zahlungsunfähigkeit der Gesuchsgegnerin und der damit verbundenen Gefährdung allfälliger Schadenersatzansprüche sowie eines allfälligen Reputationschadens, die Dringlichkeit bejahte das Gericht, weil der Gesuchstellerin eine "flächendeckende " Einleitung von Betreibungen auf Grundpfandverwertungen drohe und auch die Verhältnismässigkeit der Massnahme bejahte das Gericht. Schliesslich lehnte es eine Erhöhung der Sicherheitsleistung ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Gesuchsgegnerin, der Entscheid des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 3. Februar 2016 sei aufzuheben und es sei auf das Massnahmegesuch nicht einzutreten mangels Zuständigkeit (Ziffer 1a), das Massnahmegesuch der Beschwerdegegnerin sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist (Ziffer 1b), und die mit Verfügung vom 5. November 2015 angeordneten und mit Entscheid vom 3. Februar 2016 bestätigten Massnahmen seien aufzuheben; eventualiter sei die Sicherheitsleistung auf Fr. 3'144'000.-- (Dossier "T._"), Fr. 2'520'000.-- (Dossier "R._") und Fr. 1'488'000.-- (Dossier "S._") zu erhöhen oder zur angemessenen Neufestsetzung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie macht geltend, das Verbot der Verwertung von Inhaberschuldbriefen für rund 30 Darlehensgeber zur Sicherung von Krediten in Höhe von Fr. 29,8 Mio. - die zusammen mit ausstehenden Zinsen rund 35 Millionen Franken betrügen - verbiete ihr, ihren vertraglichen Verpflichtungen gegenüber den "Gläubigern " nachzukommen, deren Namen sie in Beilage 4 aufführt. Da die Darlehensforderungen schon bei Gewährung im Jahre 2011 wegen betrügerischer Expertisen (unter Beteiligung der Beschwerdegegnerin) nicht gedeckt gewesen seien, lasse sich der steigende Verlust durch einen günstigen Endentscheid nicht mehr beseitigen. Sie rügt die Verletzung von Art. 30 BV und die willkürliche Anwendung von Zuständigkeitsnormen der ZPO, die willkürliche Missachtung von Bundesrecht, namentlich des Vorrangs des SchKG und die Verletzung der Dispositionsmaxime, die willkürliche Anwendung von Bundesrecht sowie die Verletzung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit der Sicherheitsleistung. Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Beschwerdeantwort, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat repliziert, die Beschwerdegegnerin hat ausdrücklich auf Duplik verzichtet.