Sachverhalt: A. Die C._ B.V. (Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in Amsterdam, Niederlande, ist Aktionärin der D._ AG mit Sitz im Kanton Basel-Landschaft. A._ und B._ (Beklagte, Beschwerdeführer) sind Verwaltungsräte der D._ AG. Am 7. Februar 2014 reichte die Klägerin beim Kantonsgericht Nidwalden Klage gegen die Beklagten betreffend Forderungen aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit ein, wobei sie geltend machte, der Wohnsitz der Beklagten liege in Emmetten, Kanton Nidwalden. Mit Klageantwort vom 24. September 2014 erhoben die Beklagten die Einrede der fehlenden örtlichen Zuständigkeit. Sie bestreiten in Emmetten einen Wohnsitz zu haben. B. Mit Zwischenentscheid vom 20. November 2014 wies das Kantonsgericht Nidwalden die Einrede der fehlenden örtlichen Zuständigkeit ab und trat auf die Klage ein. Eine dagegen erhobene Berufung der Beklagten wies das Obergericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 24. November 2015 ab und bestätigte den erstinstanzlichen Zwischenentscheid. C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin sei zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Mit Präsidialverfügung vom 8. Februar 2016 wurde das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung als gegenstandslos abgeschrieben, da das Kantonsgericht mit Verfügung vom 1. Februar 2016 den Prozess bis zum Entscheid des Bundesgerichts über die Beschwerde eingestellt hat.