Sachverhalt: A. Der 1955 geborene A._ arbeitete als Mechaniker bei der B._ AG und war demgemäss bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 15. September 2008 rutschte er auf dem Maschinentisch aus und stürzte auf den Boden. Er zog sich dabei eine Kalkaneuskontusion mit Spongiosainfraktion des rechten Fusses zu. Die SUVA gewährte Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. Ab dem 3. August 2009 bestand wieder eine volle Arbeitsfähigkeit und die Unfallversicherung schloss den Fall formlos ab. Am 14. September 2010 reichte die Arbeitslosenkasse des Kantons Schaffhausen eine Rückfallmeldung ein, in der als betroffener Körperteil das linke Knie genannt wurde. Nach Durchführung einer kreisärztlichen Untersuchung zur Kausalitätsbeurteilung am 26. Oktober 2010 anerkannte die SUVA eine solche hinsichtlich der wieder aufgetretenen Fussbeschwerden rechts, wohingegen es weiterer Abklärung bedürfe, ob auch die Kniebeschwerden links auf den versicherten Unfall zurückzuführen seien. Mit Schreiben vom 22. Dezember 2010 wurde die Leistungspflicht hinsichtlich der Kniebeschwerden abgelehnt. Schliesslich verneinte die Unfallversicherung mit Verfügung vom 14. März 2012 eine über den 14. Februar 2012 hinaus andauernde Leistungspflicht für die als Rückfall gemeldeten Fussbeschwerden, da diese ausschliesslich krankhafter Natur seien. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 18. Mai 2012). B. B.a. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 28. Oktober 2014 ab. Das Bundesgericht hiess mit Urteil vom 26. März 2015 die dagegen geführte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten dahin gehend gut, als es den angefochtenen Entscheid aufhob und die Sache an das kantonale Gericht zu neuer Entscheidung zurückwies (Urteil 8C_879/2014). B.b. In Nachachtung des bundesgerichtlichen Urteils holte das Obergericht bei Dr. med. C._, leitender Arzt der Klinik für Orthopädie und Traumatologie am Spital D._, ein Gutachten ein, welches dieser mit Dr. med. E._, stellvertretende Oberärztin, am 23. Juli 2015 erstattete (nachfolgend: Gutachten KSW). Den Parteien wurde in der Folge Gelegenheit eingeräumt, zum Gutachten Stellung zu nehmen, wovon beide Gebrauch machten. Mit Entscheid vom 19. September 2016 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen die Beschwerde wiederum ab. C. A._ lässt dagegen erneut Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, die andauernden Fussschmerzen rechts und die Beeinträchtigungen im linken Knie sowie die daraus resultierende Arbeitsunfähigkeit seien auf den Unfall vom 15. September 2008 zurückzuführen. Die SUVA habe Rentenleistungen zu erbringen. Eventuell sei die Sache zu ergänzender Sachverhaltsabklärung an die SUVA zurückzuweisen. In formeller Hinsicht ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Bundesgericht führt keinen Schriftenwechsel durch.