Sachverhalt: A. Mit öffentlicher Urkunde vom 18. Dezember 2009 verkaufte B._ (Kläger, Beschwerdegegner) der A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) eine Gewerbeliegenschaft (Grundstücke Nr. xxx und yyy, beide GB U._), die vorher an einen galvanischen Betrieb (C._ AG) vermietet war. Der Beklagten waren Kontaminationsschäden im Erd- und Untergeschoss des Kaufobjekts auf dem Grundstück Nr. yyy (Liegenschaft V._) bekannt und sie verfügte in diesem Zusammenhang über verschiedene Unterlagen. Bereits am 16. Dezember 2009 hatten die Parteien eine Vereinbarung in Bezug auf die vorhandenen Schäden abgeschlossen. Darin verpflichtete sich der Kläger unter anderem dazu, der Beklagten zur Sicherstellung der voraussichtlich anfallenden Schadensbehebungskosten den Betrag von Fr. 200'000.-- zu überweisen (Ziffer II Abs. 1 Satz 1). Sollten die effektiven Schadensbehebungskosten mehr als Fr. 200'000.-- betragen, so verpflichtete sich der Kläger auch zur Bezahlung des übersteigenden Differenzbetrags (Ziffer II Abs. 1 Satz 2). Art und Umfang der effektiv erforderlichen Schadensbehebungsarbeiten sollen durch einen Gerichtsexperten festgelegt werden, anschliessend soll dieser zwei Offerten für die erforderlichen Schadensbehebungsarbeiten einholen; für die Bestimmung der Höhe der Schadensbehebungskosten soll der tiefere Offertbetrag exkl. Mehrwertsteuer massgebend sein (Ziffer II Abs. 1 Satz 3). Zudem tritt die Beklagte dem Kläger sämtliche Ansprüche im Zusammenhang mit der Schadensbehebung des Erdgeschosses sowie des Untergeschosses der Liegenschaft gegenüber der C._ AG ab (Ziffer II Abs. 2 Satz 1). Die Schadensbehebung in den Räumlichkeiten des Untergeschosses sowie des Erdgeschosses der Liegenschaft V._ sowie allfällige Umbau- oder sonstige Arbeiten dürfen ohne ausdrückliche Einwilligung des Klägers erst dann erfolgen, wenn Art und Umfang der Schadensbehebung durch einen Gerichtsexperten rechtskräftig festgelegt worden sind; dies hat spätestens bis zum 30. Juni 2010 zu erfolgen (Ziffer II Abs. 2 Satz 2). Die Verletzung einer dieser obligatorischen Verpflichtungen soll zu Folge haben, dass die vorangehend erwähnte Schadensbehebungspflicht entfällt und die Beklagte den Betrag von Fr. 200'000.-- innert 10 Tagen seit erster Aufforderung an den Kläger zu bezahlen hat (Ziffer II Abs. 2 Satz 3). Der Kläger kam seiner Verpflichtung gemäss Ziffer II Abs. 1 der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 nach und überwies der Beklagten per 4. Januar 2010 Fr. 200'000.--. Nach erfolgter Übertragung der Grundstücke wies der Kläger die Beklagte mit E-Mail vom 19. Januar 2010 darauf hin, dass er mit den Sanierungs- bzw. Malerarbeiten im Untergeschoss der Liegenschaft V._ nicht einverstanden sei; die Lokalität hätte nur als Lager exklusive Festinstallationen benutzt werden dürfen. Er verwies des Weiteren auf die Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 und bat um die sofortige Einstellung sämtlicher Arbeiten. Mit Schreiben vom 21. April 2010 gelangte der Kläger an die Beklagte und gab an, anlässlich einer Besichtigung vor Ort am 16. März 2010 festgestellt zu haben, dass im Untergeschoss erhebliche Sanierungsarbeiten vorgenommen worden seien, d.h. Kontaminationsschäden seien eliminiert worden und die Feststellung der effektiven Schadenssumme durch die noch ausstehende Expertise sei nicht mehr möglich. Mit Schreiben vom 10. Mai 2010 forderte der Rechtsvertreter des Klägers die Beklagte gestützt auf Ziffer II der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 dazu auf, dem Kläger Fr. 200'000.-- zu überweisen. Die Beklagte verweigerte die Rückerstattung des erhaltenen Betrags. B. B.a. Am 10. April 2012 reichte der Kläger beim Kantonsgericht Nidwalden Klage ein mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm den Betrag von Fr. 200'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 2. Mai 2010 zu bezahlen. Das Kantonsgericht hiess die Klage mit Urteil vom 16. Mai 2013 gut. Es erwog, die Beklagte habe ihre vertragliche Pflicht zur Unterlassung von Schadensbehebungs- und sonstigen Arbeiten in der Liegenschaft V._ verletzt und schulde dem Kläger daher eine Konventionalstrafe in genannter Höhe. Eine von der Beklagten gegen das kantonsgerichtliche Urteil vom 16. Mai 2013 erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Nidwalden mit Urteil vom 5. Juni 2014 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 5. Juni 2014 aufzuheben (Antrags-Ziffer 1). Eventualiter sei die Streitsache zur Vervollständigung der Sachverhaltsfeststellung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Antrags-Ziffer 2). Subeventualiter sei die Konventionalstrafe auf Fr. 800.-- zu reduzieren (Antrags-Ziffer 3). Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht eine Replik eingereicht.