Sachverhalt: A. Mit Totalunternehmerwerkvertrag vom 6. Juni 2006 (nachfolgend: TU-Werkvertrag) betraute die B._ AG (Bestellerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) die A._ AG (Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdeführerin) mit der Planung und Erstellung der Überbauung C._ in U._, umfassend den Neubau von 6 Mehrfamilienhäusern mit 54 Eigentumswohnungen und 96 Parkplätzen, zu einem Globalpreis von Fr. 20'586'694.-- (Werkpreis: Fr. 19'194'546.-- plus sog. Budgetbeträge) inkl. 7,6 % MwSt. Das Bauvorhaben wurde in mehreren Etappen erstellt: 1. Etappe: Häuser C und D; 2. Etappe: Haus B; 3. Etappe: Haus E; 4. Etappe: Haus A; 5. Etappe: Haus F; die Position Infra (Infrastruktur/Umgebung) verteilte sich über mehrere Etappen. Die Wohnungen wurden teilweise verkauft, teilweise vermietet. Die Klägerin erstellte je Etappe eine eigene Schlussrechnung; jene für die erste, zweite und dritte Etappe datieren je vom 6. Juli 2010, jene für die vierte und fünfte Etappe sowie für die Infra-Position datieren je vom 22. Juni 2012. Ebenfalls am 22. Juni 2012 erstellte die Klägerin eine Schlussabrechnung für verspätete Zahlungen und eine weitere für zusätzliche Leistungen. B. B.a. Mit Klage vom 27. Mai 2014 beim Handelsgericht des Kantons Aargau beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'483'747.60 zuzüglich Zins zu 5 % seit Klageeinreichung zu bezahlen. Sie begründete ihre Forderung mit einem Anspruch auf Entrichtung der vereinbarten Teuerung gemäss TU-Werkvertrag vom 6. Juni 2006. Mit Replik vom 13. November 2014 zog die Klägerin ihre Klage im Umfang von Fr. 325'090.21 zurück und verlangte noch die Bezahlung von Fr. 1'158'656.79 nebst Zins. Sie beanspruchte damit die Teuerung (nur noch) auf dem Werkpreis von Fr. 19'194'546.-- (ohne Budgetbeträge und Nachträge). B.b. Das Handelsgericht schützte die Klage mit Urteil vom 3. September 2015 im Betrag von Fr. 40'185.76 zuzüglich 5 % Verzugszins seit 27. Mai 2014. Es kam zum Schluss, teuerungsberechtigt seien Forderungen von insgesamt Fr. 8'214'291.55. Massgeblich sei der Preisstand bzw. Gesamt-Baukostenindex per 1. Januar 2008. Das ergebe einen Teuerungsanspruch von Fr. 205'185.76, von dem es eine bereits geleistete Zahlung von Fr. 165'000.-- abzog. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 3. September 2015 sei, soweit es die Klage abweist, kostenfällig aufzuheben und es sei die Klage im Betrag von Fr. 948'796.78 zuzüglich 5 % Zins seit 27. Mai 2014 gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung und zur Neuverteilung der Prozess- und Parteikosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin macht im bundesgerichtlichen Verfahren einzig geltend, als Stichtag für den Beginn der Teuerungsberechnung sei das Datum der Offertabgabe massgeblich, nicht der 1. Januar 2008. Die Beschwerdegegnerin trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz teilte mit zusätzlichen Hinweisen zu ihrer Begründung der Vertragsauslegung mit, dass sie an ihrem Urteil festhalte. Die Parteien haben unaufgefordert repliziert bzw. dupliziert.