Sachverhalt: A. Am 28. Juni 1999 meldete sich der 1970 geborene A._ bei der IV-Stelle des Kantons St. Gallen zum Leistungsbezug an. Nachdem die IV-Stelle bei der MEDAS Zentralschweiz ein Gutachten vom 22. August 2002 veranlasst hatte, wonach A._ aufgrund eines chronifizierten zervikozephalen Schmerzsyndroms und einer Anpassungsstörung in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % eingeschränkt sei, während Dr. med. B._, Regionaler Ärztlicher Dienst (RAD) der IV-Stelle, eine Verwertung lediglich im geschützten Rahmen als möglich erachtete (Stellungnahme vom 21. Oktober 2002), sprach ihm die IV-Stelle mit Verfügung vom 20. März 2003 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 92 % ab 1. April 2003 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu und am 28. April 2003 eine solche für den Zeitraum vom 1. September 2001 bis 31. März 2003. Im Rahmen eines im Jahre 2006 aufgenommenen Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle ein polydisziplinäres Verlaufsgutachten bei der MEDAS Zentralschweiz vom 19. Juli 2007 ein. Die Experten gingen wiederum von einer 50 %-igen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit aus, wobei sie dies neu mit einer diagnostizierten schizotypen Störung begründeten. Während die RAD-Ärztin Dr. med. C._ diese Auffassung hinsichtlich Arbeitsfähigkeit in ihrer Stellungnahme vom 7. August 2007 teilte, sahen die Eingliederungsberater A._ als nicht vermittelbar an (Schlussbericht der Eingliederungsberatung vom 30. August 2007). Die IV-Stelle bestätigte daraufhin am 9. November 2007 den Anspruch auf eine ganze Rente. Anlässlich einer weiteren Revision erging das Gutachten der MEDAS Ostschweiz vom 6. August 2014, worin A._ eine 100 %-ige Arbeitsfähigkeit attestiert wurde (vgl. ergänzende Stellungnahme des psychiatrischen Gutachters vom 1. Oktober 2014). Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren zog die IV-Stelle mit Verfügung vom 4. September 2015 die Verfügungen vom 20. März 2003, vom 28. April 2003 und vom 21. Februar 2006 in Wiedererwägung und hob die Invalidenrente auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats auf. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 15. April 2016 in Aufhebung der Verfügung vom 4. September 2015 gut. C. Die IV-Stelle St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der vorinstanzliche Entscheid vom 15. April 2016 sei aufzuheben und es sei die Sache zur Beurteilung der Voraussetzungen einer Wiedererwägung der Verfügung vom 28. April 2003 an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet, lässt A._ Abweisung der Beschwerde beantragen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Verfügung vom 14. Juli 2016 anerkennt das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.