Sachverhalt: A. A.a. Die Y._ AG mit Sitz in U._/ZG reichte am 18. Dezember 2006 die Steuererklärung 2005 ein und deklarierte dabei einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 5'859'609.--. Dieser Gewinn war darauf zurückzuführen, dass die Y._ AG aus der Rückgabe eigener Anteile an der (deutschen) Z._ GmbH (2006 Umwandlung in [deutsche] W._ AG und Börsengang) einen Kapitalgewinn von Fr. 7'790'687.-- verbucht hatte. Im Laufe des Jahres 2007 reichte die Y._ AG die Steuererklärung 2006 ein und deklarierte einen Reingewinn in der Höhe von Fr. 3'028'073.--. Dieser Gewinn war auf den verbuchten Kapitalgewinn von Fr. 1'537'997.-- aus dem Verkauf von Anteilen der (deutschen) W._ AG und den Börsengang zurückzuführen. A.b. Mit Fusionsvertrag vom 18. Juni 2008 übernahm die X._ AG (im Folgenden: Steuerpflichtige) mit Sitz in U._/ZG das gesamte Gesellschaftsvermögen mit allen Aktiven und Passiven ihrer Tochtergesellschaft Y._ AG rückwirkend per 1. Januar 2008. Am 27. Juni 2008 reichte die Steuerpflichtige rektifizierte Steuererklärungen für die Jahre 2005 und 2006 der Y._ AG ein. Sie führte aus, man habe erst bei der Fusion realisiert, dass die Y._ AG nur treuhänderisch für ihre Muttergesellschaft X._ AG gehandelt und die Beteiligung an der (deutschen) Z._ GmbH bzw. W._ AG gehalten habe, weshalb Bilanzberichtigungen vorzunehmen seien. Die rektifizierten Steuererklärungen 2005 und 2006 zeigten nur die Treuhandkommission als Ertrag (Fr. 410'015.95 bzw. Fr. 516'227.60) und somit einen Reingewinn von Fr. 31'113.-- (2005) bzw. Fr. 46'191.-- (2006) auf. B. Am 21. September 2011 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Zug die Veranlagung für die Steuerjahre 2005 und 2006 gestützt auf die ursprünglich eingereichten Steuererklärungen und Jahresrechnungen (2005: steuerbarer Reingewinn Fr. 5'859'600.-- bzw. Gewinnsteuer Fr. 498'066.--; 2006: steuerbarer Reingewinn Fr. 3'028'000.-- bzw. Gewinnsteuer Fr. 257'380.--). Sie führte dazu aus, die Korrektur der Jahresrechnung der Y._ AG infolge eines anderen Sachverhalts stelle hier keinen Bilanzfehler dar. Zudem sei bei der X._ AG in den Jahresrechnungen 2005 und 2006 keine Treuhandgesellschaft aufgeführt worden; deren Veranlagung sei bereits rechtskräftig, weshalb eine Bilanzberichtigung nicht möglich sei. Mit Entscheid vom 19. Juni 2012 wies die Rechtsmittelkommission der Steuerverwaltung des Kantons Zug die dagegen erhobene Einsprache ab. Gegen den Einspracheentscheid führte die Steuerpflichtige Rekurs beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug. Das Verwaltungsgericht wies mit Urteil vom 26. November 2013 den Rekurs ab. C. Gegen dieses Urteil führt die Steuerpflichtige mit Eingabe vom 9. Januar 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 26. November 2013 betreffend die direkte Bundessteuer 2005/2006 der Y._ AG sei aufzuheben. Der steuerbare Reingewinn des Geschäftsjahres 2005 sei gemäss rektifizierter Steuererklärung 2005 auf Fr. 31'113.-- und der steuerbare Reingewinn des Geschäftsjahres 2006 gemäss rektifizierter Steuererklärung 2006 auf Fr. 46'191.-- festzusetzen. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen (soweit darauf einzutreten sei). Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Am 1. April 2014 reichte die Beschwerdeführerin freiwillige Bemer-kungen ein.