Sachverhalt: A. Die B._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) nahm für die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) jeweils die Einfuhrverzollung an der Zollstelle in Schaanwald vor. Die Beklagte importierte im Mai 2007 eine Ladung Geflügelprodukte mit einem Bruttogewicht von 17'937 kg und einem Nettogewicht von 16'076 kg aus Slowenien in die Schweiz. Über die Art der Waren, das Brutto-/Nettogewicht sowie das Taxgewicht informierte sie die Klägerin am 12. Mai 2007 vorab per Telefax. Der Lastwagen traf am 14. Mai 2007 abends an der Zollstelle Schaanwald ein. In der Folge gelang es der Klägerin nicht, die gesamte Ware, sondern lediglich einen Anteil von 5'707.4 kg brutto, zum Kontingentzollansatz zu verzollen. Der Antrag auf Verzollung der Gesamtladung zum Kontingentzollansatz wurde durch das EDV-System der Zollverwaltung zurückgewiesen, weil die Beklagte zu jenem Zeitpunkt nicht über genügend Kontingente verfügte. Nach der Rückweisung des Antrags führten C._ von der Klägerin und der für die Beklagte handelnde D._ am 15. Mai 2007 ein Telefongespräch, dessen Inhalt umstritten blieb. Die Klägerin verzollte daraufhin von der Gesamtladung von 17'937 kg brutto einen Warenanteil von 12'229.6 kg brutto zum Ausserkontingentzollansatz, bezahlte die entsprechende Rechnung der Eidgenössischen Oberzolldirektion über Fr. 97'284.55 und stellte diesen Betrag - zuzüglich ihrer Provision von Fr. 501.10 - der Beklagten in Rechnung. Diese stellte sich in der Folge auf den Standpunkt, nie mit einer Verzollung zum Ausserkontingentzollansatz einverstanden gewesen zu sein und verweigerte die Zahlung. Nach der Verzollung stellte die Klägerin ein Gesuch um nachträgliche Zulassung der zum höheren Tarif veranlagten 12'229.6 kg zum Kontingentzollansatz. Mit Schreiben vom 9. November 2007 teilte ihr die Eidgenössische Zollverwaltung mit, dass eine Änderung der Verzollung nicht mehr möglich sei. Die Beklagte warf der Klägerin daraufhin vor, die Verweigerung der nachträglichen Umbuchung sei auf deren Nachlässigkeit zurückzuführen. B. B.a. Mit Urteil vom 13. Januar 2011 verpflichtete das Handelsgericht des Kantons Zürich die Beklagte zur Zahlung von Fr. 97'785.65 nebst 5 % Zins seit dem 8. April 2008 an die Klägerin. Den Rechtsvorschlag in der eingeleiteten Betreibung hob es im gleichen Umfang auf. Im Mehrbetrag wies das Handelsgericht die Klage ab. Das Handelsgericht sah es aufgrund der Zeugeneinvernahmen als erwiesen an, dass die Klägerin am 15. Mai 2007 von der Beklagten angewiesen worden war, die Verzollung des nicht akzeptierten Teils der Ware (d.h. 12'229.6 kg) vorläufig zum Ausserkontingentzollansatz vorzunehmen. Die Klägerin habe die Verzollung demnach weisungsgemäss vorgenommen. B.b. Mit Urteil vom 1. Juli 2011 hiess das Bundesgericht eine von der Beklagten gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat, es hob das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Januar 2011 auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Handelsgericht zurück (Verfahren 4A_128/2011). B.c. Nach erfolgter Rückweisung und Durchführung eines ergänzenden Beweisverfahrens mitsamt Zeugeneinvernahmen verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte mit Urteil vom 10. Juli 2014, der Klägerin Fr. 97'785.65 nebst 5 % Zins seit dem 29. Mai 2007 zu bezahlen; im Mehrbetrag wies es die Klage ab. Den Rechtsvorschlag in der eingeleiteten Betreibung hob es im gleichen Umfang auf. B.d. Mit Urteil vom 2. Juni 2015 hiess das Bundesgericht eine von der Beklagten gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 10. Juli 2014 erhobene Beschwerde teilweise gut, es hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Handelsgericht zurück (Verfahren 4A_546/2014). Das Bundesgericht erwog, aus der Begründung im angefochtenen Entscheid werde nicht klar, ob das Handelsgericht den Einwand der Beschwerdeführerin überhaupt prüfte, dass eine nachträgliche Umbuchung (der zum höheren Ansatz veranlagten 12'229.6 kg) zum Kontingentzollansatz wenigstens teilweise, also hinsichtlich der im massgebenden Zeitpunkt tatsächlich verfügbaren Kontingente (d.h. 11'469.6 kg), möglich gewesen wäre. Eine Auseinandersetzung mit der Aussicht auf eine zumindest teilweise Umbuchung habe sich angesichts der Aussage des sachverständigen Zeugen wie auch der übrigen Zeugen aufgedrängt, die bestätigten, dass die fehlenden 760 kg zum Ausserkontingentzollansatz hätten verzollt werden müssen. Darüber, ob und inwiefern unter den gegebenen Umständen eine nachträgliche Verzollung zum niedrigeren Kontingentzollansatz auch hinsichtlich der im Zeitpunkt der Einfuhr von den vorhandenen Kontingenten gedeckten Menge (also 11'469.6 kg von 12'229.6 kg) von vornherein aussichtslos gewesen wäre, schweige sich das angefochtene Urteil aus; eine Begründung wäre aber erforderlich gewesen (E. 2.2.3). Ausserdem führte das Bundesgericht aus, das Handelsgericht werde bei seinem neuen Entscheid auch zu beurteilen haben, inwiefern bei der Verteilung der Prozesskosten das Unterliegen der Beschwerdegegnerin im Beschluss vom 26. März 2013 (act. 113) zu berücksichtigen sei, der in Dispositiv-Ziffer 2 vorsieht, dass über die entsprechenden Kosten- und Entschädigungsfolgen im Endentscheid befunden werde, jedoch im angefochtenen Entscheid bei der Kostenverteilung unerwähnt blieb (E. 2.2.4). B.e. Mit Urteil vom 23. Oktober 2015 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte erneut, der Klägerin Fr. 97'785.65 nebst 5 % Zins seit dem 29. Mai 2007 zu bezahlen und hob den Rechtsvorschlag in der eingeleiteten Betreibung im gleichen Umfang auf. Im Mehrbetrag wies es die Klage ab. Das Handelsgericht prüfte, ob nach Art. 34 Abs. 3 und 4 ZG sowie Art. 88 f. ZV im Nachhinein durch das Beschwerdeverfahren noch ein "bestmögliches Splitting" in dem Sinne hätte herbeigeführt werden können, dass die im Zeitpunkt der Einfuhr von den vorhandenen Kontingenten gedeckte Menge (also 11'469.6 kg von 12'229.6 kg) nachträglich zum niedrigeren Kontingentzollansatz verzollt worden wäre. Es erwog zunächst, dass kein grundsätzliches Verbot bestehe, im Rahmen des Berichtigungsverfahrens im Nachhinein einen Teil der Ladung zum niedrigeren Tarif abzurechnen. Zur Beantwortung der Frage, ob im konkreten Fall ein bestmögliches Splitting im Rahmen des Beschwerdeverfahrens noch möglich gewesen wäre, erachtete das Handelsgericht das Schreiben der Eidgenössischen Zollverwaltung (EZV) vom 9. November 2007 als von zentraler Bedeutung. Dieses Schreiben fusse nach Aussage des Zeugen E._ vom 23. Januar 2014 auf den Ausführungen der Oberzolldirektion vom 23. Oktober 2007, die den Ablauf der Zollanmeldung aufzeigten. Danach habe die Klägerin, bevor die definitive Veranlagung der angemeldeten Warenpartie angenommen worden sei, drei Fehlversuche übermittelt. Als Fazit halte die Oberzolldirektion fest, dass die Verzollung zum Ausserkontingentzollansatz in diesem Fall korrekt und ein Gesuch um nachträgliche Zulassung zum tieferen Kontingentzollansatz abzulehnen sei. Dies sei der Klägerin mit Schreiben vom 9. November 2007 mitgeteilt worden mit dem klaren und unmissverständlichen Hinweis, dass eine Änderung der Verzollung nicht mehr möglich sei, weil aufgrund des konkreten Verzollungsvorgangs (mehrfache erfolglose Verzollungsversuche zum Kontingentzollansatz) die Zollverwaltung von einer Umgehung der elektronischen Kontingentskontrolle und der Risikoanalyse der Zollverwaltung ausgehe. Ein nachträgliches Beschwerdeverfahren zur Erzielung einer Korrektur sei demnach von vornherein unmöglich, wenn seitens der Zollverwaltung - wie im vorliegenden Fall - ein Umgehungstatbestand festgestellt werde. Es sei diesbezüglich darauf hinzuweisen, so das Handelsgericht, dass die Fehlversuche in den mangelhaften Kontingenten der Beklagten als Importeurin begründet gewesen seien, wofür der Klägerin als Spediteurin keine Verantwortung auferlegt werden könne. Die Klägerin habe die Verzollung weisungsgemäss vorgenommen und ein Beschwerdeverfahren sei - auch im Hinblick auf ein nachträgliches bestmögliches Splitting - von vornherein aussichtslos gewesen. Hinsichtlich der Parteikosten im Zusammenhang mit dem zugunsten der Beklagten ausgefallenen Beschluss vom 26. März 2013 führte das Handelsgericht aus, das entsprechende klägerische Wiedererwägungsgesuch habe über die ganze Prozessdauer und in Anbetracht des gesamten Prozessaufwands lediglich einen zu vernachlässigenden Verfahrensschritt dargestellt, so dass eine Quantifizierung des darauf entfallenden Aufwands unverhältnismässig erscheine. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, die Klage sei - sinngemäss unter Aufhebung des angefochtenen Urteils des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Oktober 2015 - abzuweisen. Eventualiter beantragt sie, die Gerichtskosten für das kantonale Verfahren seien ihr lediglich zu zwei Dritteln zu auferlegen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht am 29. Februar 2016 eine Replik eingereicht.