Sachverhalt: A. Die CSL Behring Recombinant Facility AG (nachfolgend: CSL) beabsichtigt, auf den Parzellen Nrn. 2912 und 3257 in Lengnau eine Produktionsanlage zur Herstellung von Blutgerinnungsfaktoren zu erstellen. Die Parzellen befinden sich im Eigentum der Burgergemeinde Lengnau und liegen im kantonalen Entwicklungsschwerpunkt Arbeiten (ESP-A) Lengnaumoos gemäss kantonalem Richtplan. Die planungsrechtlichen Grundlagen sollen mittels einer kantonalen Überbauungsordnung (KÜO) geschaffen werden. Mit Beschluss vom 24. Juni 2014 bezeichnete der Regierungsrat den Erlass der KÜO als prioritäres Verfahren im Sinne von Art. 2a des Berner Koordinationsgesetzes vom 21. März 1994 (KoG; BSG 724.1). Am 3. November 2014 reichte die CSL ein Baugesuch ein für den Neubau einer Produktionsanlage inklusive dazugehörender Administrations-, Lager- und Logistikgebäude. Die Burgergemeinde Lengnau stellte am 4. November 2014 ein Baugesuch für die Detailerschliessung des KÜO-Areals. Die ehemaligen Städtischen Werke Grenchen (SWG) ersuchten am 19. September 2014 um die Bewilligung für die Umlegung der Gashochdruckleitung. Diese Bewilligungsverfahren wurden von der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK) mit dem Planerlassverfahren koordiniert. Gegen das Vorhaben erhob A._ am 9. Februar 2015 Einsprache. Mit Verfügung vom 30. April 2015 beschloss die JGK die KÜO "CSL Lengnau", erteilte die beantragten Bewilligungen und entschied über die Einsprachen; auf diejenige von A._ trat sie nicht ein. B. Gegen diese Verfügung erhoben A._ und weitere Einsprecher am 1. Juni 2015 je einzeln Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Bern. Dieser vereinigte die Beschwerdeverfahren und wies die Rechtsmittel am 29. Juni 2015 ab. C. Dagegen erhob A._ am 30. Juli 2015 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil der Einzelrichterin vom 23. September 2015 ab, soweit es darauf eintrat. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat A._ am 26. Oktober 2015 (Poststempel), mit Ergänzung vom 30. Oktober 2015, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die JGK zurückzuweisen. E. Die CSL, die Burgergemeinde Lengnau und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die JGK und die Einwohnergemeinde Lengnau schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Am 16. November 2015 reichte die Beschwerdeführerin eine weitere Beschwerdeergänzung und zusätzliche Unterlagen zu den Akten. In ihrer Replik vom 3. Dezember 2015 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest und reicht weitere Unterlagen ein. F. Mit Verfügung vom 16. November 2015 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.