Sachverhalt: A. Die Genossenschaft A._ war Mitglied des Vereins für Sozialversicherungsfragen von öffentlichen Institutionen des Kantons Bern. Als Arbeitgeberin war sie der Ausgleichskasse des Kantons Bern angeschlossen. Am 22. Juni 2012 trat die Genossenschaft A._ auf den 1. Januar 2013 dem Bernischen Geschäftsinhaberverband bei. Auf denselben Zeitpunkt beabsichtigte sie, zur Ausgleichskasse Geschäftsinhaber Bern des Verbandes zu wechseln, wogegen die kantonale Ausgleichskasse Einspruch erhob. Das von der Verbandsausgleichskasse und der Genossenschaft A._ angerufene Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) lehnte mit Verfügung vom 20. März 2013 den streitigen Kassenwechsel ab. B. Dagegen reichte die Genossenschaft A._ am 3. April 2013 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ein, welches mit Entscheid vom 27. Juni 2014 darauf nicht eintrat und die Sache zur Durchführung des Einspracheverfahrens zuständigkeitshalber an das BSV überwies. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt das BSV, der Entscheid vom 27. Juni 2014 sei aufzuheben und die Sache an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen, damit es materiell entscheide. Die Ausgleichskasse des Kantons Bern ersucht um Gutheissung der Beschwerde. Die Genossenschaft A._ äussert ihr Interesse an einem materiellen Entscheid, ohne einen Antrag zu stellen.