Sachverhalt: A. Das Regionalgericht Berner Jura-Seeland verurteilte X._ am 9. Februar 2011 wegen einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, Tätlichkeit, Sachbeschädigung und Irreführung der Rechtspflege zu einer Freiheitsstrafe von 11 Monaten. Der Vollzug der Strafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme aufgeschoben. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte am 24. Juni 2011 im Wesentlichen die erstinstanzlichen Schuldsprüche und erkannte auf eine Freiheitsstrafe von 14 Monaten, die es zugunsten einer stationären Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB aufschob, sowie zu einer Busse von Fr. 800.--. Das Obergericht entschied am 6. Oktober 2015, die stationäre Massnahme werde mangels Verfügbarkeit eines Therapieplatzes aufgehoben und X._ aus der Massnahme entlassen, sofern er nicht bis spätestens 29. Februar 2016 in die Klinik Rheinau oder eine andere geeignete Institution eintreten könne. Eine dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 29. Dezember 2015 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_1147/2015). Das Amt für Freiheitsentzug und Betreuung des Kantons Bern, Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV), wies X._ am 25. Februar 2016 im Rahmen der mit Urteil des Obergerichts vom 24. Juni 2011 angeordneten stationären therapeutischen Massnahme vorübergehend in die forensisch-psychiatrische Station Etoine der Universitären Psychiatrischen Dienste Bern ein. Die Versetzung von der Interkantonalen Strafanstalt Bostadel in die Klinik erfolgte gleichentags. Per 19. Mai 2016 wurde X._ in das Zentrum für stationäre forensische Therapie Rheinau eingewiesen. B. Am 24. Mai 2016 stellte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug dem Regionalgericht Antrag auf Verlängerung der stationären Massnahme um fünf Jahre. Das Regionale Zwangsmassnahmengericht Berner Jura-Seeland ordnete am 13. Juni 2016 auf Antrag des Regionalgerichts Sicherheitshaft bis zum 23. September 2016 an, wobei der Vollzug nach Möglichkeit in der Klinik Rheinau zu erfolgen habe. Die dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht am 8. Juli 2016 ab. Die Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 16. August 2016 in der Hauptsache ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_834/2016). Am 9. September 2016 verlängerte das Regionalgericht die stationäre Massnahme um vier Jahre, was X._ mit Beschwerde anfocht. Am 9. November 2016 wies die Verfahrensleitung des Obergerichts ein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, die Verfügung des Obergerichts vom 9. November 2016 sei aufzuheben. Es sei der kantonalen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und er sei umgehend aus der Haft zu entlassen. Zudem ersucht er auch im bundesgerichtlichen Verfahren um aufschiebende Wirkung sowie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.