Sachverhalt: A. A._ war Lokomotivführer bei der SBB AG und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 18. Februar 2007 erlitt er bei einem Verkehrsunfall ein Polytrauma. Mit drei Verfügungen vom 16. September 2015 sprach ihm die IV-Stelle Aargau ab 1. Februar 2008 bis 31. Oktober 2009, ab 1. Juni 2011 bis 31. Dezember 2012 und ab 1. März 2013 bis 30. Juni 2015 eine ganze Invalidenrente zu. Die ihm nachzuzahlenden Renten verrechnete sie wie folgt: Im Zeitraum vom 1. Februar 2008 bis 31. Oktober 2009 mit dem eigenen Anspruch aufgrund ausbezahlter Tagegelder von Fr. 12'585.60 und mit demjenigen der SBB AG von Fr. 60'467.55; im Zeitraum vom 1. Juni 2011 bis 31. Dezember 2012 mit dem eigenen Anspruch aufgrund ausbezahlter Taggelder von Fr. 12'806.40 und mit demjenigen der SUVA von Fr. 16'425.60; im Zeitraum vom 1. März 2013 bis 30. Juni 2015 mit dem eigenen Anspruch von Fr. 58'140.70 und mit demjenigen der SUVA von Fr. 59'903.30. B. Die hiegegen erhobenen, gegen die Verrechnungen gerichteten Beschwerden wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 4. Mai 2016 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache zur erneuten Vornahme der Nachzahlungsabrechnungen und zum Erlass neuer Verfügungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Die IV-Stelle und die SUVA schliessen auf Beschwerdeabweisung. Die Pensionskasse SBB und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf Vernehmlassung.