Sachverhalt: A. Die A._ AG baut im Nassenfeld, südwestlich der Gemeinde Neckertal (bis 31. Dezember 2008: Gemeinde Mogelsberg) Kies ab. Eine erste Bewilligung dafür wurde am 27. März 1975 erteilt. Am 23. Mai 2002 reichte die A._ AG zwei Abbau- und Deponiepläne samt Umweltverträglichkeitsbericht ein für das Teilgebiet Ost und das Teilgebiet Süd (mit den Unterabschnitten Mitte und West). Insgesamt sollen innerhalb von 30 bis 40 Jahren 3.7 Mio. m3 Kies abgebaut werden, davon liegen (im Teilgebiet Süd-Mitte) rund 500'000 m3 im Grundwasser. Die vom Gemeinderat am 11. Juni 2002 erlassenen Abbau- und Deponiepläne wurden vom 19. Juni bis 18. Juli 2002 öffentlich aufgelegt. B. Am 10. Februar 2004 bewilligte der Gemeinderat den Kiesabbau im Teilgebiet Ost (Etappen I bis III) sowie die Wiederauffüllung mit unverschmutztem Material. Das Baudepartement genehmigte am 30. April 2004 den Abbau-, nicht aber den Deponieplan. Für das Teilgebiet Süd verweigerte das St. Galler Amt für Umweltschutz (AFU) am 23. April 2004 die gewässerschutzrechtliche Bewilligung zum Kiesabbau und trat auf den Antrag auf Errichtung einer Inertstoffdeponie nicht ein. Das geplante Abbauvorhaben liege nach der kantonalen Gewässerschutzkarte im Gewässerschutzbereich Au, zum Schutz der nutzbaren unterirdischen Gewässer, in dem ein Kiesabbau unter dem Grundwasserspiegel unzulässig sei. Mit Verfügung vom 20. Januar 2003 verweigerte das Kantonsforstamt die nachgesuchte Rodungsbewilligung aus denselben Gründen. Daraufhin gelangte der Gemeinderat Neckertal zum Schluss, dass die Genehmigung des Abbau- und Deponieplans nicht beantragt werden könne; es eröffnete diesen Beschluss zusammen mit den kantonalen Verfügungen im Oktober 2004 der A._ AG. C. Den dagegen erhobenen Rekurs der A._ AG wies die Regierung des Kantons St. Gallen am 25. April 2006 ab, soweit sie darauf eintrat. Am 27. Februar 2007 hiess das Verwaltungsgericht St. Gallen eine Beschwerde der A._ AG teilweise gut; es wies die Regierung an, dem Beweisantrag der A._ AG stattzugeben und mittels Gutachten festzustellen, ob das Nassenfeld aus einem zusammenhängenden Grundwasserfeld bestehe oder ob sich im Gebiet Süd Teilgebiet Mitte ein isoliertes Grundwasserbecken befinde. Treffe Letzteres zu, sei weiter zu klären, ob dieses Vorkommen für sich allein genügend ergiebig sei, um zur Trinkwasserversorgung in Notlagen genutzt zu werden bzw. ob ihm jeweils Wassermengen von 230 l/min. entnommen werden können und ob es möglich sei, die Entnahmemenge vorübergehend auf ein Mehrfaches zu steigern, ohne dass befürchtet werden müsse, dass Quellen versiegen. D. Das Baudepartement und die A._ AG kamen überein, dass sich das für die A._ AG tätige Geologiebüro F._ AG einerseits und das AFU andererseits um eine übereinstimmende Beurteilung bemühen sollten. Am 9. Oktober 2009 erklärte sich das AFU mit der von der F._ AG am 30. Juni 2009 erstatteten «Hydrogeologischen Standortbestimmung im Gebiet Nassenfeld» (nachfolgend «Standortbestimmung») grundsätzlich einverstanden. Die Regierung wies den Rekurs am 1. Mai 2012 ab, soweit sie darauf eintrat. Gestützt auf die Standortbestimmung ging sie davon aus, dass das Grundwasservorkommen mengenmässig mindestens für die Trinkwasserversorgung in Notfällen geeignet sei. Die Zuweisung des Teilgebietes zum Gewässerschutzbereich Au sei daher sachlich begründet, was einen Kiesabbau unterhalb des Grundwasserspiegels ausschliesse. Die dagegen erhobene Beschwerde der A._ AG wies das Verwaltungsgericht am 24. März 2015 ab. E. Am 12. Mai 2015 hat die A._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 24. März 2015 und vom 27. Februar 2007 seien aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Regierung des Kantons St. Gallen zurückzuweisen. F. Das Verwaltungsgericht und das Baudepartement (namens der Regierung) beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Gemeinderat Neckertal unterstützt die Beschwerde, da kein Bedarf für das Grundwasservorkommen im Nassental für die öffentliche Trinkwasserversorgung bestehe. Die übrigen Beteiligten (Grundeigentümer im geplanten Abbaugebiet) haben sich nicht vernehmen lassen. Das BAFU kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, das angefochtene Urteil stehe im Einklang mit den bundesrechtlichen Gewässerschutzvorschriften. Das Bundesamt für Raumplanung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. G. In ihrer Replik vom 4. Januar 2016 und ihrer Eingabe vom 8. Februar 2016 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest und macht ergänzende Ausführungen, insbesondere zur Beeinträchtigung des Grundwasservorkommens infolge der mit dem Kiesabbau verbundenen Aufschüttungen.