Sachverhalt: A. A._ führt in der Gemeinde Waldkirch einen Landwirtschaftsbetrieb mit einer Nutzfläche von rund 10,7 ha. Dieser befindet sich im Gewässerschutzbereich AU. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2009 verpflichtete das Amt für Umwelt und Energie des Kantons St. Gallen (AFU) A._, mit Blick auf das vorhandene Güllenlagervolumen den Viehbestand in den Wintermonaten auf maximal 21 Milchkühe und 8 Kälber zu reduzieren. Mit Verfügung vom 6. September 2011 wurden weitere Massnahmen angeordnet; unter anderem sei die Nutzung des permanent zugänglichen, nicht in die Güllengrube entwässerten Laufhofs unverzüglich einzuschränken. B. Am 26. Oktober 2012 eröffnete das AFU A._, er habe sowohl im Winter 2010/2011 als auch im Winter 2011/2012 die festgelegte Obergrenze für den Tierbestand deutlich überschritten, ohne die Lagerkapazitäten für Gülle vergrössert zu haben. Zudem sei festgestellt worden, dass aufgrund der nicht sachgemässen Nutzung des Laufhofs der dort anfallende Hofdünger versickere. Damit seien landwirtschaftsrelevante Gewässerschutzvorschriften im Jahr 2012 nicht eingehalten worden, was eine Kürzung der Direktzahlungen zur Folge haben werde. C. Den gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs wies das Baudepartement des Kantons St. Gallen nach Durchführung eines Augenscheins am 21. Oktober 2013 ab. Auf die dagegen gerichtete Beschwerde von A._ trat das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen am 23. Januar 2015 mangels genügender Beschwerdebegründung nicht ein. In einer materiellen Hilfsbegründung hielt es fest, dass die Beschwerde abzuweisen wäre, wenn darauf eingetreten werden könnte. D. Dagegen hat A._ am 13. März 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der vorinstanzliche Entscheid und die Verfügung vom 26. Oktober 2012 sei in Feststellung, dass kein Nichteinhalten landwirtschaftlicher Gewässerschutzvorschriften vorliege, aufzuheben. Eventualiter sei die Sache mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. E. Das Baudepartement beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.