Sachverhalt: A. Der Kanton Zürich, vertreten durch das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL/ZH) der Baudirektion, plant in Zusammenarbeit mit der Stadt Uster den Ausbau des Aabachs im Abschnitt zwischen Zellweger-Wehr und der Brücke Weiherallee. Der Projektperimeter umfasst eine Länge von 580 m. Grundlage des Projekts bildet ein 2005 von Kanton und Stadt gemeinsam erarbeiteter Masterplan Aabach Uster, in dem ein Leitbild für den Aabach entwickelt und die gestalterischen Richtlinien für dessen Umsetzung definiert wurden. Der ebenfalls auf dieser Grundlage festgesetzte Gestaltungsplan Zellweger-Luwa-Areal grenzt im Nordwesten an den fraglichen Abschnitt des Aabachs und wird derzeit baulich realisiert. Das Bachausbauprojekt soll dem Hochwasserschutz, ökologischen Ansprüchen und der städtebaulichen Aufwertung des Aabachs dienen. Das Projekt wurde vom 12. Dezember 2011 bis 27. Januar 2012 öffentlich aufgelegt. Innert der Auflagefrist gingen drei Einsprachen gegen das Projekt ein, unter anderem diejenige von A. und B. C._, Eigentümer des Grundstücks Gbbl.-Nr. C3382, welches unmittelbar am fraglichen Abschnitt des Aabachs liegt. Einsprache erhob auch die Gesellschaft für Natur- und Vogelschutz Uster. Mit Beschluss vom 30. April 2013 setzte der Regierungsrat des Kantons Zürich das Projekt für den Ausbau des Aabachs im Abschnitt Zellweger-Wehr bis zur Brücke Weiherallee in der Stadt Uster fest (Ziff. I) und erteilte die dafür notwendige baurechtliche Bewilligung, das Enteignungsrecht sowie die fischerei- und raumplanungsrechtlichen Bewilligungen (Ziff. II). Gleichzeitig wies er die von A. und B. C._ erhobene Einsprache ab und trat auf jene der Gesellschaft für Natur- und Vogelschutz Uster wegen fehlender Legitimation nicht ein (Ziff. III). Weiter erteilte der Regierungsrat die gewässerschutzrechtliche und die wasserbaupolizeiliche Ausnahmebewilligung für den Uferweg und die Sitzelemente aus Kunststein im Uferstreifen des Aabachs (Ziff. IV). Sodann regelte er die weiteren Zuständigkeiten (Ziff. V) und behielt die Konzessionierung für den Umbau des Zellweger-Wehrs samt Einbau der Fischtreppe einem gesonderten Verfahren vor (Ziff. VI). Schliesslich bewilligte er eine gebundene Nettoausgabe für das Wasserbauprojekt von Fr. 2'916'550.- samt Teuerung (Ziff. VII und VIII). Diesen Beschluss fochten A. und B. C._ am 10. Juni 2013 mit Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Mit Urteil vom 16. Januar 2014 hiess dieses die Beschwerde teilweise gut. In Bestätigung der Dispositiv-Ziff. I bis VI des Beschlusses des Regierungsrats vom 30. April 2013 stellte es im Sinn der Erwägungen fest, dass eine dauernde Beanspruchung des Grundstücks von A. und B. C._ durch das festgesetzte Bauprojekt ausgeschlossen ist. Die Dispositiv-Ziff. VII und VIII des Beschlusses hob das Verwaltungsgericht auf. Es kam insoweit zum Schluss, es handle sich um eine neue einmalige Ausgabe von über Fr. 3'000'000.-- (Fr. 2'916'550.-- zuzüglich Projektkosten von Fr. 154'727.35), welche der Zustimmung der Mehrheit aller Mitglieder des Kantonsrats bedürfe (Art. 56 Abs. 2 lit. a KV/ZH [SR 131.211]); der Regierungsrat sei deshalb nicht befugt gewesen, die entsprechende Finanzierung zu beschliessen. Die Verfahrenskosten auferlegte das Verwaltungsgericht den Parteien je zur Hälfte (§ 65a Abs. 2 i.V.m. § 13 Abs. 2 des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes [VRG/ZH; LS 175.2]); angesichts des fehlenden überwiegenden Obsiegens einer Partei sprach es keine Parteientschädigungen zu (§ 17 Abs. 2 VRG/ZH). B. Mit Eingabe vom 28. Februar 2014 führen A. und B. C._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht und beantragen in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Urteils; eventualiter sei der Kosten- und Entschädigungspunkt aufzuheben und zu ihren Gunsten abzuändern. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion beantragt die Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Umwelt BAFU hat eine Stellungnahme eingereicht, ohne förmliche Anträge zu stellen. Die Beschwerdeführer haben am 27. Januar 2015 nochmals Stellung genommen und halten an ihrem Standpunkt fest.