Sachverhalt: A. A._ zog sich am 22. Dezember 2007 bei einem Verkehrsunfall zahlreiche Verletzungen, u.a. ein Schädel-Hirntrauma, zu. Für die Folgen des Unfalls erbrachte die SWICA Gesundheitsorganisation die gesetzlichen Leistungen. Im September 2010 trat A._ eine Vollzeitstelle als Koch bei der Genossenschaft Migros an, wobei die IV-Stelle des Kantons Thurgau bis 31. Januar 2011 einen Einarbeitungszuschuss bezahlte. Für die Zeit vom 1. Dezember 2008 bis 31. Oktober 2009 sprach die IV-Stelle dem Versicherten eine ganze Invalidenrente zu (Verfügung vom 18. Februar 2011). Für den Zeitraum ab 1. November 2009 setzte sie den Invaliditätsgrad auf 38 % fest. Diese Verfügung blieb unangefochten. Auf den 30. September 2012 wurde der Arbeitsvertrag mit der Genossenschaft Migros aufgelöst. In der Folge war der Versicherte an verschiedenen Stellen als Küchenmitarbeiter tätig. Am 17. März 2015 meldete sich A._ wiederum bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Er wies auf den Verlust der Stelle bei der Migros und eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes hin. Gestützt auf ein vom Unfallversicherer bei der B._ AG, eingeholtes polydisziplinäres Gutachten vom 15. September 2015 verneinte die IV-Stelle mit Verfügungen vom 29. März 2016 sowohl einen Rentenanspruch als auch einen Anspruch auf berufliche Massnahmen (Invaliditätsgrad von 32 %). B. A._ liess Beschwerde führen mit den Anträgen, unter Aufhebung der Verfügungen vom 29. März 2016 seien ihm ab 1. November 2015 eine Viertelsrente und berufliche Eingliederungsmassnahmen zuzusprechen. Mit Entscheid vom 20. Juli 2016 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ die vorinstanzlich gestellten Rechtsbegehren erneuern. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.