Sachverhalt: A. Am 13. August 2015 erhob die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin). Darin stellte sie die folgenden Rechtsbegehren: "1. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin für die bei der Einfamilienhausüberbauung U._-Strasse in V._, gelieferten und montierten Kücheneinrichtungen einen Betrag von CHF 38'164.80 nebst Zins zu 5% seit 26. August 2010 zu bezahlen. 2. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin die verzugsbedingten Hinterlegungskosten in Höhe von CHF 4'833.40 nebst Zins zu 5% seit 26. August 2010 zu bezahlen. 3. Es sei die Beklagte zu verurteilen, die gegenüber der Klägerin erhobene Betreibung Nr. xxx, vom 13.03.2013 in Höhe von CHF 16'623.80 zurückzuziehen und die Betreibung im Betreibungsregister unter ihren Kostenfolgen löschen zu lassen. -..]" Die Beklagte erhob hinsichtlich der Klagebegehren 2 und 3 die Einrede der Unzuständigkeit, welche das Handelsgericht mit Beschluss vom 2. Februar 2016 abwies (Geschäfts-Nr.: HG150162-O). B. Die Beklagte verlangt mit Beschwerde in Zivilsachen, der Beschluss des Handelsgerichts sei aufzuheben, und auf die Klagebegehren 2 und 3 sei nicht einzutreten. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Ergänzung des Sachverhalts und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung. Die Klägerin liess sich nicht vernehmen. C. Mit Präsidialverfügung vom 10. Mai 2016 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.