Sachverhalt: A. Die X._ AG erwarb mit Kaufvertrag vom 30. Oktober 2008 die (unbebaute) Liegenschaft Kat.-Nr. yyy in der Gemeinde U._ (ZH). Der Preis für die Fläche von 6'674 m2 betrug Fr. 5'539'420.-- (Fr. 830.--/m2). Nach Verrechnung der Entschädigungen für verschiedene Ausnützungsübertragungen zugunsten und zulasten des Grundstücks wurde der Preis des Kaufobjekts auf Fr. 5'438'610.-- festgesetzt. Die X._ AG plante, das Grundstück mit vier Mehrfamilienhäusern (mit 28 Wohnungen und zwei Disporäumen) sowie einer Tiefgarage zu überbauen und im Stockwerkeigentum zu veräussern. Zu diesem Zweck begründete sie am 6. September 2010 Stockwerkeigentum und veräusserte zwischen dem 7. und 24. September 2010 die Miteigentumsanteile mit Ausnahme des Parkplatzes Nr. 28 an verschiedene Erwerber. Diese schlossen mit der Y._ AG separate Pauschalwerkverträge ab, welche die schlüsselfertige Erstellung der Wohnungen, Nebenräume und Parkplätze samt der gemeinschaftlichen Anlagen und Einrichtungen zum Gegenstand hatten. Bezüglich des Parkplatzes Nr. 28 schloss die X._ AG mit der Y._ AG einen Werkvertrag ab. B. In der am 1. November 2010 eingereichten Steuererklärung deklarierte die X._ AG einen Grundstückgewinn von insgesamt Fr. 123'369.40 (resultierende Grundstückgewinnsteuer: Fr. 0.--). Nach dem Verkauf des Parkplatzes Nr. 28 reichte sie am 18. November 2010 eine Ergänzung der Steuererklärung ein. Mit Auflage vom 9. März 2012 und Mahnung vom 11. Mai 2012 forderte das Steueramt der Stadt U._ die X._ AG auf, ein vollständiges Exemplar des Werkvertrags bezüglich der Stockwerkeinheit A7, die detaillierte Bauabrechnung der Y._ AG sowie sämtliche Verträge einzureichen, welche die X._ AG mit der Y._ AG im Zusammenhang mit dem vorliegenden Projekt abgeschlossen hatte. Die X._ AG nahm jeweils Stellung, reichte aber die eingeforderten Unterlagen nicht ein mit der Begründung, diese seien für die Einschätzung der Grundstückgewinnsteuer nicht relevant. Am 4. Oktober 2012 schätzte die Stadt U._, Ausschuss für Grundsteuern, den steuerbaren Gewinn der X._ AG infolge nicht erfüllter Mitwirkungspflichten nach pflichtgemässem Ermessen auf total Fr. 543'816.--, und auferlegte dieser eine Grundstückgewinnsteuer von insgesamt Fr. 136'327.50. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 14. März 2013 fest. Den dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 1. Oktober 2014 und erläuterndem Beschluss vom 6. November 2014 teilweise gut, indem es die Grundstückgewinnsteuer von Fr. 136'327.50 auf Fr. 847.50 herabsetzte. Der zu besteuernde Grundstückgewinn betrug Fr. 5'100.--. Die von der Stadt U._ erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 1. April 2015 gut und bestätigte den Einspracheentscheid vom 14. März 2013, mit dem die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 136'327.50 festgesetzt worden war. C. Die X._ AG erhebt am 18. Mai 2016 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit den Anträgen, das angefochtene Urteil aufzuheben und den Entscheid des Steuerrekursgerichts vom 1. Oktober 2014 zu bestätigen, um die Grundstückgewinnsteuer von Fr. 136'327.50 auf Fr. 847.50 herabzusetzen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Begründung und neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht und das Kantonale Steueramt Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Stadt U._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde; sie beantragt zudem die Zusprechung einer Parteientschädigung. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Vernehmlassung.