Sachverhalt: A. Die X._ GmbH ist Inhaberin des selbständigen und dauernden Baurechts Nr. 2769 an der Liegenschaft Bern Gbbl. Nr. 1375 (Lagerweg 12) in Bern. Das Grundstück liegt in der Wohnzone W, gehört zur Bauklasse 4 und ist mit einem Mehrfamilienhaus (Erdgeschoss, drei Obergeschosse, Untergeschoss und Tiefgarage) überbaut. Die Zone ist der Lärmempfindlichkeitsstufe II zugeteilt. Nebst dem Wohnen sind darin nicht störende Arbeitsnutzungen auf bis zu 10 % der Bruttogeschossfläche erlaubt. Nach einer Überprüfung der Liegenschaft hielt das Bauinspektorat der Stadt Bern mit Schreiben vom 13. Mai 2009 fest, die meisten Wohnungen seien zu Erotikbetrieben umgenutzt worden, und verfügte die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Hiergegen beschwerte sich die X._ GmbH am 15. Juni 2009 bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) und reichte gleichzeitig ein nachträgliches Baugesuch zur "Umnutzung reiner Wohnnutzung in teilweise gewerbliche Nutzung" ein. Im Hinblick auf die Gesuchsbehandlung schrieb die BVE das Beschwerdeverfahren vom Geschäftsverzeichnis ab. Am 21. Oktober 2009 ergänzte die X._ GmbH ihr nachträgliches Baugesuch, insbesondere mit einem Gesuch um eine Ausnahmebewilligung für die Einrichtung von Studios für Massagedienstleistungen im Untergeschoss. Mit Verfügung vom 4. Mai 2011 erteilte das Bauinspektorat der Stadt Bern den Bauabschlag und ordnete erneut die Wiederherstellung an (Aufgabe der Erotiknutzung im Untergeschoss und Rückführung in Lagerraum; Verbot der gewerblichen Nutzung des Erdgeschosses und der Obergeschosse und gegebenenfalls Rückführung in Wohnnutzung). B. Gegen diese Verfügung beschwerte sich die X._ GmbH ohne Erfolg bei der BVE und anschliessend beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses hielt in seinem Urteil vom 13. Februar 2012 fest, Sexbetriebe stellten in Wohnzonen mit hohem Wohnanteil praxisgemäss stark störende und deshalb zonenwidrige Nutzungen dar; besondere Verhältnisse, die eine Ausnahmebewilligung rechtfertigen könnten, seien nicht vorgebracht worden. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde daher ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Eingabe vom 19. März 2012 führt die X._ GmbH Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die nachträgliche Baubewilligung für die Umnutzung des Lagerraums in einen Massagesalon zu erteilen, eventuell die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bauinspektorat der Stadt Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde, eventuell unter Bestätigung der Wiederherstellung nur für das Erdgeschoss und die Obergeschosse. Die BVE schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern stellt Antrag auf Abweisung, soweit auf die Beschwerde einzutreten sei. Mit Eingabe vom 12. Juni 2012 hat sich die Beschwerdeführerin abschliessend geäussert.