Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 7. Dezember 2010 erteilte der Gemeinderat Bachenbülach der Jumbo-Markt AG die baurechtliche Bewilligung für den Abbruch des bestehenden und den Neubau eines neuen Verkaufsgebäudes mit Tiefgarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1960 an der Bramenstrasse 2 in Bachenbülach. Das Grundstück liegt gemäss der geltenden Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Bachenbülach von 2008 (BZO) in der Industriezone I1 innerhalb des Perimeters des öffentlichen Gestaltungsplans "Zentrum Grenzstrasse". Bewilligt wurden dabei nebst einer Verkaufsfläche von 8'810 m2 256 Parkplätze, wovon 179 für Kunden und 77 für Beschäftigte. B. Am 25. August 2011 hiess das Baurekursgericht des Kantons Zürich einen dagegen vom Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) erhobenen Rekurs teilweise gut. Insbesondere fasste es den Bewilligungsentscheid hinsichtlich die Erschliessung mit öffentlichen Verkehrsmitteln und die Situierung der Beschäftigtenparkplätze neu. Im Übrigen wies das Baurekursgericht den Rekurs ab, soweit es darauf eintrat. C. C.a. Dagegen führte der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. In der Sache beantragte er im Wesentlichen, es sei festzustellen, dass für das Bauvorhaben insgesamt nur 158 Parkplätze, wovon 132 für Kunden und 26 für Beschäftigte, zulässig seien, weshalb die angefochtene Baubewilligung aufzuheben oder eventuell entsprechend neu zu fassen sei; überdies sei festzustellen oder eventuell anzuordnen, dass die Parkplatzbewirtschaftung degressiv (Gebühr von zwei Franken für die erste Stunde und von mindestens einem Franken für die zweite Stunde) auszugestalten und eine Rückerstattung der Mindestgebühren auszuschliessen sei; angefochten wurde schliesslich auch die Höhe der Gerichtsgebühren. C.b. Mit Urteil vom 30. Mai 2012 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und ergänzte die Baubewilligung im Zusammenhang mit der Parkplatzbewirtschaftung mit folgender Anordnung: "Die Rückerstattung dieser Mindestgebühren ist nicht zulässig." Überdies reduzierte es die Gerichtsgebühr des Entscheids des Baurekursgerichts erheblich. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. August 2012 an das Bundesgericht beantragt der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS), das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben, soweit damit seine Beschwerde abgewiesen worden sei. In der Sache stellt er in Wiederholung seines Standpunktes vor dem Verwaltungsgericht ergänzend das Rechtsbegehren, es sei festzustellen und eventuell direkt anzuordnen, dass für das Bauvorhaben insgesamt nur 158 Parkplätze, wovon 132 für Kunden und 26 für Beschäftigte, zulässig seien. Überdies beantragt der Verkehrs-Club erneut die Anpassung der Parkplatzbewirtschaftung im Sinne seiner Anträge vor dem Verwaltungsgericht. E. Die Jumbo-Markt AG sowie der Gemeinderat Bachenbülach stellen Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Baurekursgericht und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen jeweils ohne weitere Ausführungen auf Abweisung der Beschwerde bzw. auf Abweisung, soweit darauf einzutreten sei. In seiner Vernehmlassung vom 10. Dezember 2012 kommt das Bundesamt für Umwelt (BAFU) zum Schluss, dass das Urteil des Verwaltungsgerichts kein Bundesrecht verletze. F. In seiner Replik zieht der Verkehrs-Club der Schweiz seine Begehren zur Parkplatzbewirtschaftung mit Blick auf ein in der Zwischenzeit ergangenes Urteil des Bundesgerichts in einem analogen Fall (Urteil 1C_463/2011 vom 30. August 2012) zurück, hält im Übrigen aber an seinen Anträgen fest. Die Jumbo-Markt AG und die Gemeinde Bachenbülach beharren im Wesentlichen auf ihren Standpunkten.