Sachverhalt: A. Der 1968 geborene B._ erlitt im Jahr 1984 einen Fahrradunfall und zog sich dabei eine Hirnerschütterung, eine Rissquetschwunde links temporal sowie eine Prellung am linken Oberschenkel zu. Am 23. November 2005 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich (IV-Stelle) zog insbesondere die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) bei und gab beim medizinischen Zentrum X._ ein Gutachten in Auftrag, welches am 22. Dezember 2007 erstattet wurde. Mit Verfügung vom 6. Mai 2008 wies sie das Rentenbegehren des Versicherten ab. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher der Versicherte unter anderem ein Gutachten des medizinischen Instituts Y._ vom 10. März 2009 einreichte, mit Entscheid vom 16. November 2009 ab. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm unter Kosten- und Entschädigungsfolge ab Januar 2006 eine halbe Invalidenrente auszurichten. Eventuell sei die Angelegenheit an die Beschwerdegegnerin zur weiteren Sachverhaltsabklärung zurückzuweisen. Er beantragt ferner, die Beschwerdegegnerin sei zusätzlich zu verpflichten, ihm die Kosten des Privatgutachtens des medizinischen Instituts Y._ von Fr. 12'374.- zu ersetzen.