Sachverhalt: A. Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte X._ am 11. März 2009 zweitinstanzlich wegen Vergewaltigung, sexueller Handlungen mit Kindern, teilweise wegen sexueller Nötigung sowie einfacher Körperverletzung zum Nachteil seiner Stieftochter zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten. Für 24 Monate gewährte es ihm den bedingten Strafvollzug. B. Gegen dieses Urteil erhebt X._ mit Eingabe vom 4. Mai 2009 Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 11. März 2009 sei aufzuheben. Er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Verfahrenskosten seien dem Staat aufzuerlegen. Es sei ihm eine angemessene Entschädigung zuzusprechen. C. Das Bundesgericht sistierte das Verfahren, nachdem X._ am 7. Mai 2009 beim Kassationshof des Obergerichts ein Revisionsgesuch eingereicht hatte. Der Kassationshof des Obergerichts des Kantons Bern wies das Begehren um Revision am 22. Dezember 2010 bzw. das Bundesgericht die dagegen erhobene Beschwerde am 10. Mai 2011 (vgl. Urteil 6B_63/2011 vom 10. Mai 2011) ab. D. Das Obergericht des Kantons und die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern verzichteten auf eine Vernehmlassung. Y._ stellte am 30. März 2011 ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Sie beantragte am 20. April 2011, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Verfahrenskosten seien X._ aufzuerlegen. Er sei zu verpflichten, ihr die Parteikosten gemäss beigelegter Honorarnote, d.h. Fr. 1'895.95, zu bezahlen.