Sachverhalt: A. Die im Kanton Zug domizilierte X._ AG bezweckt insbesondere das Ausleihen und Vermitteln von Arbeitskräften, schwergewichtig auf dem Bausektor. Sie beschäftigt zahlreiche Temporärangestellte ausländischer Nationalität, die unter anderem über eine 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligung verfügen und für ihr Erwerbseinkommen an der Quelle besteuert werden. B. Die Kantonale Steuerverwaltung Zug eröffnete der X._ AG mit Verfügung vom 9. Februar 2006 die Quellensteuerabrechnungen der Monate April, Mai und Juni 2005 für die Inhaber von 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligungen. Dabei berechnete sie die Quellensteuern nicht wie die X._ AG aufgrund der Tarife A (für alleinstehende Steuerpflichtige) oder B (für verheiratete Steuerpflichtige), sondern aufgrund des Tarifs D (für Nebenerwerb zu einem festen Satz von 10 %). An dieser Veranlagung hielt sie auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 27. März 2006). Rekurs und Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wurden vom Verwaltungsgericht des Kantons Zug am 28. November 2006 abgewiesen. C. Die X._ AG hat am 9. Januar 2007 sowohl betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer 2005 als auch die direkte Bundessteuer 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 28. November 2006 sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, die Quellensteuerveranlagungen betreffend die 120-Tage-Kurzaufenthaltsbewilligungen der Monate April bis Juni 2005 gemäss den für den Kanton Zug geltenden ordentlichen Tarifen A und B zu veranlagen. Die Beschwerdeführerin rügt, die von der Steuerverwaltung vorgenommene Quellensteuerveranlagung entbehre jeglicher gesetzlicher Grundlage und verletze die verfassungsmässigen Grundsätze der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Zudem macht sie eine Verletzung des einschlägigen Personenfreizügigkeitsabkommens zwischen der Schweiz und der Europäischen Union geltend. D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen.