Sachverhalt: A. Am 3. April 2003 erlitt X._ einen Arbeitsunfall. Er und A._ transportierten über einen Handseilzug Isolierelemente in die Höhe. X._ bediente den Handseilzug, während A._ die Isolierelemente oben auf dem Baugerüst in Empfang nahm. Bei diesem Vorgang stürzte ein Paket Isolierelemente auf X._ und verletzte ihn. X._ erstattete am 12. September 2005 Strafanzeige gegen Unbekannt wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung. B. Mit Verfügung vom 15. Januar 2007 stellte die Staatsanwaltschaft See/ Oberland die Strafuntersuchung wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung gegen Unbekannt ein. Sie hielt fest, dass die Verletzungen, soweit sie auf den Unfall zurückzuführen sind, nicht schwer sind und dass ein Strafantrag wegen einfacher Körperverletzung innert der dreimonatigen Antragsfrist nicht eingereicht worden sei. C. Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies den dagegen erhobenen Rekurs von X._ mit Beschluss vom 17. September 2008 ab. D. X._ erhebt gegen diesen Beschluss Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, die Sache zur Fortführung der Strafuntersuchung und Anklageerhebung an die Staatsanwaltschaft See/Oberland zurückzuweisen. Weiter beantragt er, es sei ihm im Rahmen der Strafuntersuchung die Gelegenheit zu geben, eine Zivilforderung einzureichen, und die B._ AG sei zu verpflichten, alle sachdienlichen Dokumente zur Strafuntersuchung zu edieren. E. Das mit der Beschwerde gestellte Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege hat X._ am 24. November 2008 zurückgezogen.