Sachverhalt: A. Am 4. März 2004 notifizierte die Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI) die Eintragung der Marke Nr. 809'523 "Pralinenform" (3D) auf den Namen der August Storck KG (Gesuchstellerin, Beschwerdeführerin) im Internationalen Markenregister mit Anspruch auch für die Schweiz. Die Marke ist mit den Farben "Caramel, marron, beige" für "Confiseries, chocolat et produits chocolatés, pâtisseries" in Klasse 30 eingetragen. Sie sieht wie folgt aus: Das Institut für Geistiges Eigentum (IGE) erliess am 14. September 2004 eine vorläufige Schutzverweigerung gemäss Art. 6quinquies lit. b Ziff. 2 der Pariser Übereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967 (SR 0.232.04; im Folgenden: PVÜ ) sowie Art. 2 lit. a MSchG. Daran hielt das Institut auch nach einer Einschränkung der beanspruchten Waren auf "Schokoladeprodukte, nämlich Pralinen" fest. Mit Verfügung vom 8. August 2006 verweigerte das IGE der internationalen Registrierung Nr. 809'523 "marque tridimensionnelle" (chocolats) für alle beanspruchten Waren der Klasse 30, "Schokoladenprodukte, nämlich Pralinen" unter Verweis auf Art. 2 lit. a in Verbindung mit Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG den Schutz für die Schweiz. B. Mit Urteil vom 25. Juli 2007 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde der Gesuchstellerin ab und bestätigte die angefochtene Verfügung. Das Gericht kam mit dem IGE zum Schluss, die angemeldete dreidimensionale Form weiche nicht genügend von den für Pralinen erwarteten und gewohnten Formen ab, um im Gedächtnis der Abnehmer als Hinweis auf die betriebliche Herkunft der Produkte haften zu bleiben. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Gesuchstellerin die Anträge, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das IGE sei anzuweisen, der internationalen Registrierung Nr. 809'523 (3D-Marke - Pralinenform) den Schutz für die Schweiz für sämtliche beanspruchten Waren zu erteilen. Sie rügt, der angefochtene Entscheid bejahe zu Unrecht den absoluten Schutzverweigerungsgrund der Gemeinfreiheit im Sinne von Art. 6quinquies lit. b Ziff. 2 PVÜ und Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG in Verbindung mit Art. 2 lit. a MSchG. D. Das IGE stellt in der Vernehmlassung das Rechtsbegehren, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil ebenfalls die Abweisung der Beschwerde.