Sachverhalt: A. Das mit der Bahn 2000 1. Etappe Ende 2004 von den Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG (SBB) in Betrieb genommene Angebotskonzept sieht derzeit in Lenzburg nur einen Fernverkehrshalt pro Stunde vor. Gleichzeitig kann aus dem Freiamt pro Stunde nur noch ein Regionalzug nach Lenzburg einfahren. Der zweite Fernverkehrshalt soll nun wieder eingeführt werden. Dies bedingt, dass sämtliche Regionalzüge aus dem Freiamt wieder nach Lenzburg geleitet werden, um ein Umsteigen auf den Fernverkehr zu ermöglichen. Erforderlich ist dazu ein drittes Gleis zwischen der Verzweigung Gexi und dem Bahnhof Lenzburg (Projekt Gexi: "Bahn 2000 1. Etappe, SBB-Strecke Killwangen-Rupperswil [km 29.700 - 32.350], 3. Gleis Gexi-Lenzburg"). Die Lärmsanierung Lenzburg war zuvor am 17. August 2004 rechtskräftig genehmigt worden. Am 16. September 2005 beschloss das Bundesamt für Verkehr (BAV), die Realisierung der vom Projekt Gexi betroffenen Lärmschutzwände östlich des Bahnhofs Lenzburg zu sistieren. Aufgrund des engen Sachzusammenhangs sei ein überarbeitetes Lärmsanierungsprojekt für den Abschnitt Lenzburg Ost zusammen mit dem Plangenehmigungsgesuch für das dritte Gleis Gexi-Lenzburg einzureichen. B. Die Projektänderung der Lärmsanierung Lenzburg Ost und das Projekt Gexi wurden gleichzeitig öffentlich aufgelegt. Mit Verfügung vom 4. April 2008 erteilte das BAV den SBB hierfür die Plangenehmigung. C. Gegen diese Verfügung reichte X._ - Eigentümer der an die Bahnlinie angrenzenden Parzelle Gbl.-Nr. 1070, Othmarsingerstrasse 35, 37, 37a und 39 - am 8. Mai 2008 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ein. Er beantragte einerseits, die Berechnung der Verhältnismässigkeit gemäss Kosten-Nutzen-Index (KNI) sei für die Lärmschutzwand 2 detailliert und nachvollziehbar offen zu legen. Zudem erachtete er die Spezialgesetzgebung über die Lärmsanierung der Eisenbahn und insbesondere den Emissionsplan 2015 vorliegend als nicht einschlägig. Weiter sei bei der Ermittlung der Beurteilungspegel der Mehrverkehr vom und zum projektierten, neuen nationalen Güterverkehr-Hub im Rangierbahnhof Limattal zu berücksichtigen. Der Beschwerdeführer machte überdies geltend, als Grundlage bei der Beurteilung der anzuordnenden Lärmschutzmassnahmen sei im Teilbereich L1 auf die Lärmempfindlichkeitsstufe abzustellen, welche der tatsächlichen Nutzung in diesem reinen Wohnquartier entspreche (ES II). Auch sei im neuen Trassee zwischen dem Autobahnzubringer und der neuen Strassenüberführung Römerweg eine Unterschottermatte einzubauen. Eventuell sei diese Massnahme auf den Bereich der Mehrfamilienhäuser an der Othmarsingerstrasse 35, 37, 37a und 39 zu begrenzen. Er verlangte eine angemessene Erhöhung der Lärmschutzwand 2 und schliesslich die Anweisung an die SBB, das bestehende Gehölz auf ihrem Land entlang der Grenze zu seiner Parzelle 1 m breit stehen zu lassen und Pflanzen, welche dem Ausbau zum Opfer fallen sollten, wieder aufzuforsten. Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerde am 18. Juni 2009 ab, soweit es darauf eintrat. D. Mit Eingabe vom 25. August 2009 erhebt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das erwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts. Neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids verlangt der Beschwerdeführer die Feststellung, dass sein rechtliches Gehör verletzt worden sei und dass durch den Beschluss des Bundesparlaments vom 11. März 2009 zur Bahnlärmsanierung eine neue rechtspolitische Situation entstanden sei. Des Weitern sei festzustellen, dass die Sachlage nur unzureichend und in Verletzung der einschlägigen Richtlinien ermittelt worden sei. Insbesondere sei der Teilbereich L1 fehlerhaft festgelegt, der KNI mit viel zu hohen Kosten für den baulichen Lärmschutz berechnet, die Zahl der nutzniessenden Personen in der KNI-Rechnung zu tief eingesetzt, ein zu hoher "Schienenbonus" K1 für die Nachtzeit eingerechnet und auf zu tiefe Emissionspegel abgestellt worden. Zudem macht der Beschwerdeführer eine Verletzung der Rechtsgleichheit geltend, weil die Vorgaben des BAV für die Projektierung der baulichen Lärmschutzmassnahmen entlang von Eisenbahnen praxiswidrig übergangen worden seien. Auch dazu verlangt er eine entsprechende Feststellung des Bundesgerichts. Festzustellen sei überdies, dass die Plangenehmigungsverfügung vom 17. August 2004 zum Lärmsanierungsprojekt Lenzburg durch das vorliegende Plangenehmigungsverfahren zum 3. Gleis Gexi-Lenzburg überholt werde und für das Neubauprojekt auch hinsichtlich der Lärmschutzmassnahmen keine präjudizielle Wirkung entfalte. Er begehrt weiter die Feststellung, dass die SBB für seine Liegenschaft lärmsanierungspflichtig seien und dass die gerügten Verfahrensfehler nachzubessern seien (Beschwerdeantrag 1). Ferner sei festzustellen, dass die Spezialgesetzgebung über die Lärmsanierung der Eisenbahnen und insbesondere der Emissionsplan 2015 im vorliegenden Fall nicht anwendbar seien und dass das Bauvorhaben rechtlich als wesentlich geänderte Anlage, eventuell als einfache geänderte Anlage zu qualifizieren sei. Wie bereits vor dem Bundesverwaltungsgericht fordert der Beschwerdeführer die Feststellung, dass bei der Beurteilung der anzuordnenden Lärmschutzmassnahmen im Teilbereich L1 auf die Lärmempfindlichkeitsstufe (ES) abzustellen sei, welche der tatsächlichen Nutzung in einem reinen Wohnquartier entspreche (d.h. der ES II), und nicht auf die Zonenzuteilung gemäss der Bauordnung (ES III). Das Bundesgericht habe festzustellen, dass diese Rechtsfragen bei der Weiterbearbeitung der Plangenehmigung zu berücksichtigen seien (Beschwerdeantrag Nr. 2). Sodann fordert der Beschwerdeführer, zwischen dem Autobahnzubringer und der neuen Strassenüberführung Römerweg sei im neuen Trassee eine Erschütterungs- und Schalldämpfung einzubauen (z.B. eine Schotteruntermatte oder ein verschäumtes Schotterbett). Eventuell sei diese Massnahme auf den Bereich der Mehrfamilienhäuser an der Othmarsingerstrasse 35, 37, 37a und 39 zu begrenzen (Beschwerdeantrag Nr. 3). An baulichen Massnahmen verlangt der Beschwerdeführer dort, wo das gewachsene Terrain ("Dammkrone") die Schienenoberkante ("SOK") um 7 m oder mehr überrage, seien die Lärmschutzwand 2 und die Bohrpfahlwand derart zu erstellen, dass sie zusammen die Höhe des flachen Terrains der Parzellen Nrn. 1070 (Othmarsingerstrasse 37 und 37a) und 1074 (Gexistrasse 3) um 1.50 m überragten (Beschwerdeantrag Nr. 4). Schliesslich sei der Gehölzstreifen entlang der Parzelle Nr. 1070 derart wieder aufzuforsten, dass er den Bahnverkehr während der belaubten Jahreszeit visuell abschirme (genügend langes, genügend dichtes und genügend hohes Gehölz [Beschwerdeantrag Nr. 5]). Am 22. Januar 2010 stellte der Beschwerdeführer zusätzlich das Gesuch, "es sei der Beschwerdegegnerin vorsorglich zu verbieten, das neue (dritte) Gleis Lenzburg-Gexi einzuschottern, bevor im laufenden Verfahren 1C_325/2009 über den Antrag Nr. 3 entschieden worden sei". E. Die SBB als Beschwerdegegnerin schliesst auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Dem Gesuch des Beschwerdeführers um vorsorgliche Massnahmen widersetzt sie sich. Das BAV nimmt Stellung zum Antrag 5 des Beschwerdeführers und weist darauf hin, dass die Erhaltung des Gehölzstreifens aufgrund seiner Verfügung vom 10. Juli 2009 antragsgemäss sichergestellt sei. Im Übrigen beantragt es die Abweisung der Beschwerde unter Hinweis auf seine Plangenehmigungsverfügung vom 4. April 2008 sowie verschiedene Vernehmlassungen im vorinstanzlichen Verfahren. Wie die Beschwerdegegnerin wendet es sich gegen eine Gutheissung des beschwerdeführerischen Gesuchs vom 22. Januar 2010. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf Stellungnahmen zu den Begehren des Beschwerdeführers verzichtet. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat sich auf Einladung des Bundesgerichts ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen. Hierauf hat sich der Beschwerdeführer zu den Vernehmlassungen der Beschwerdegegnerin und des BAFU geäussert. Er hält sinngemäss an seinen Anträgen fest. F. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat mit Verfügung vom 3. Februar 2010 das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung bzw. um Erlass einer anderen vorsorglichen Massnahme abgewiesen, da der Beschwerdeführer nicht darzulegen vermochte, inwiefern ein nicht wieder gutzumachender Nachteil entstehen könnte.