Sachverhalt: A. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft verurteilte X._ am 29. Januar 2008 zweitinstanzlich wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und mehrfacher qualifizierter Geldwäscherei zu einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren und einer Busse von 4'000 Franken. Das Bundesgericht wies die Beschwerde von X._ gegen seine Verurteilung am 15. Juli 2008 ab. Im Rahmen dieses Strafverfahrens wurde X._ am 7. Januar 2005 in Untersuchungshaft genommen. Er befand sich anschliessend ohne Unterbruch in Untersuchungshaft, dann in Sicherheitshaft und zuletzt im Strafvollzug, aus dem er offenbar Ende 2008 oder Anfang 2009 bedingt entlassen wurde. B. Am 20. August 2008 beantragte X._ beim Kantonsgericht Basel-Landschaft eine Haftentschädigung von 12'341.23 US-$ sowie eine Genugtuung von 58'500 Franken. Er machte geltend, die Verfügung des Kantonsgerichts vom 29. November 2007, mit welcher die Sicherheitshaft gegen ihn bis zur Appellationsverhandlung vom 29. Januar 2008 bzw. längstens bis zum 29. Mai 2008 verlängert worden sei, sei nichtig und stelle keinen rechtsgültigen Haftbefehl dar. Die Sicherheitshaft sei zudem nicht vor deren Ablauf am 29. Mai 2008, sondern erst am 13. Juni 2008 wieder angeordnet worden, womit er weitere 17 Tage unrechtmässig inhaftiert gewesen sei. Das Kantonsgericht anerkannte, dass X._ zwischen dem 29. Mai und dem 13. Juni 2008 15 Tage ohne gültigen Haftbefehl inhaftiert war und sprach ihm dafür am 25. November 2008 in teilweiser Gutheissung seines Gesuchs eine Genugtuung von 1'500 Franken zu. C. Mit Beschwerde vom 3. März 2009 beantragt X._, diesen Beschluss des Kantonsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass er vom 29. November 2007 bis zum 13. Juni 2008 ohne rechtsgültigen Haftbefehl in Haft gehalten worden sei und daher im Grundsatz Anspruch auf eine Haftentschädigung habe. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.