Sachverhalt: A. X._ war Hauptaktionär und Präsident des Verwaltungsrates, später einziges Mitglied des Verwaltungsrates, der Versicherungsgeneralagentur Y._ AG. Im Jahr 2002 änderte die Y._ AG ihre Firma und verlegte den Sitz in den Kanton Tessin. Im Jahr 2003 fiel die Gesellschaft in Konkurs, wobei das Konkursverfahren mangels Aktiven eingestellt und die Gesellschaft im September 2003 im Handelsregister gelöscht wurde. B. B.a. Am 12. März 2007 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern (nachfolgend: Steuerverwaltung) gegen X._ ein Nachsteuerverfahren betreffend geldwerte Leistungen ein, die ihm in den Jahren 1997 bis 2000 von der Y._ AG zugeflossen sein sollen. Mit Einspracheentscheid vom 22. Mai 2007 auferlegte die Steuerverwaltung X._ für die Jahre 1997 bis 2000 ermessensweise eine Nachsteuer von Fr. 72'055.25 (kantonale Steuern) bzw. Fr. 15'212.35 (direkte Bundessteuer). B.b. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 14. Dezember 2010 gut und wies die Sache an die Steuerverwaltung zurück. Bei den kantonalen Steuern war die Verjährung eingetreten, während bei der direkten Bundessteuer die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation nicht vorlagen. B.c. Die anschliessende Beschwerde der Steuerverwaltung betreffend die direkte Bundessteuer wies das Bundesgericht am 24. Juni 2011 ab (Verfahrens-Nr. 2C_123/2011). B.d. Am 2. Mai 2012 auferlegte die Steuerverwaltung X._ eine Nachsteuer in der Höhe von Fr. 39'056.20 inkl. Verzugszins (direkte Bundessteuer). Die dagegen erhobene Beschwerde wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 11. Juni 2013 ab. Strittig blieben vor der Vorinstanz eine Spesenaufrechnung in der Höhe von Fr. 20'000.-- (Veranlagungsperiode 1999/2000) und Daueraufträge in der Höhe von insgesamt CHF 51'000.-- (Veranlagungsperioden 1997/98 und 1999/2000). C. Vor Bundesgericht beantragt X._, den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 11. Juni 2013 aufzuheben und von den vorgenommenen Aufrechnungen abzusehen, eventuell die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern, die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) beantragen die Abweisung der Beschwerde.