Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die A._ AG (Klägerin) ist im Traktoren- und Landwirtschaftsmaschinenbereich tätig. Sie unterhielt eine Bankbeziehung mit der B._ AG (Beklagte), welche von der Filiale Wil der Beklagten geführt wurde und insbesondere das Konto X._ umfasste. A.a Für das Konto X._ bestanden Unterschriftskarten. Insbesondere unterzeichneten zwei Direktionsmitglieder der Klägerin am 21. Oktober 1991 eine Unterschriftskarte, welche die "Kollektivunterschrift je zu zweien" von Dr. C._, D._, E._ und F._ festhielt. D._ war zunächst Verkaufsleiter der Klägerin. Am 3. Januar 1992 (SHAB-Publikation vom 17. 1.1992) wurde er als Mitglied des Verwaltungsrates und Geschäftsführer der Klägerin mit Einzelzeichnungsberechtigung ins Handelsregister eingetragen. Der Eintrag blieb bis zu seiner Pensionierung am 13. Juni 2002 unverändert. A.b Am 3. Februar 1995 ging D._ im Namen der Klägerin eine neue Bankbeziehung mit der Beklagten ein und eröffnete gleichzeitig das Kontokorrent Y._, das später als Nr. Z._ geführt wurde. Zur Begründung gab er dem Bankangestellten G._ an, er benötige im Auftrag der Firmengruppe der Klägerin grössere Geldbeträge für eine streng geheime Angelegenheit. Aus diesem Grund wurde auch vereinbart, dass die Korrespondenz zurückbehalten werde. D._ hinterlegte auf der gleichen Tags ausgestellten Unterschriftenkarte sein Unterschriftenmuster als Einzelzeichnungsberechtigter, G._ brachte darauf den handschriftlichen Hinweis "lt. SHAB i.O." an. Die Unterschriftenkarte wurde nicht unterzeichnet. Am gleichen Tag liess D._ zwei Bankchecks auf den Inhaber über Fr. 300'000.-- und Fr. 350'000.-- ausstellen, die am 6. Februar 1995 eingelöst und dem Kontokorrent Y._ mit Fr. 300'010.-- und Fr. 350'010.-- belastet wurden. Am 8. August 1995 und am 4. März 1996 tätigte D._ Barbezüge von Fr. 100'000.-- und Fr. 120'000.--. Es folgten keine weiteren Bezüge. Das Konto wurde quartalsweise mit den aufgelaufenen Negativzinsen belastet. A.c Mit Schreiben vom 4. Februar 2000 forderte die B._ AG D._ an die Adresse der Klägerin auf, den Kontokorrent-Kredit auf dem Konto Z._ in Höhe von Fr. 1'195'750.-- bis spätestens 28. Februar 2000 abzulösen bzw. zurückzuführen, ansonsten sich die B._ AG veranlasst sehe, "einen entsprechenden Übertrag ab dem ordentlichen Kontokorrent X._ vorzunehmen". Nachdem eine solche Rückführung nicht erfolgte, wurde das Konto am 4. September 2000 mit einem Negativsaldo von Fr. 1'235'194.35 aufgelöst. Das Kontokorrent X._ wurde am 4. September 2000 mit demselben Betrag belastet. Nach Angaben der Klägerin erfuhr ihr zuständiger Finanzchef F._ erst mit dieser Belastung, dass ein geheimes Konto existiert hatte. A.d Erstmals mit Schreiben vom 12. August 2003 gelangte die Klägerin an die Beklagte und verlangte Schadenersatz in Höhe von Fr. 1'235'914.35 plus Zinsen seit dem 4. September 2000. In ihrer Antwort vom 2. September 2003 bestritt die Beklagte die Forderung mit der Begründung, sie sei ihrer Sorgfaltspflicht bei Eröffnung und Führung der Geschäftsbeziehung vollumfänglich nachgekommen. Die Klägerin liess der Beklagten darauf einen Zahlungsbefehl über Fr. 1'235'914.35 zustellen, wogegen die Beklagte Rechtsvorschlag erklärte. A.e Gegen D._ wurde im Kanton St. Gallen eine Strafuntersuchung geführt. A.e Gegen D._ wurde im Kanton St. Gallen eine Strafuntersuchung geführt. B. Am 9. Juli 2004 befasste die Klägerin das Handelsgericht des Kantons St. Gallen mit den Begehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 1) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 2). Sie machte geltend, es sei zwischen den Parteien in Bezug auf die Bankverbindung XY._ kein Vertrag zustande gekommen und die Beklagte habe jedenfalls das Konto Y._ bzw. Z._ grobfahrlässig eröffnet bzw. geführt, weshalb die Belastung des Kontos X._ mit dem Sollsaldo auf diesem Kontokorrent nicht gültig erfolgt sei. Die Beklagte stellte sich auf den Standpunkt, sie habe das Konto korrekt eröffnet und geführt. B. Am 9. Juli 2004 befasste die Klägerin das Handelsgericht des Kantons St. Gallen mit den Begehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 1) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 2). Sie machte geltend, es sei zwischen den Parteien in Bezug auf die Bankverbindung XY._ kein Vertrag zustande gekommen und die Beklagte habe jedenfalls das Konto Y._ bzw. Z._ grobfahrlässig eröffnet bzw. geführt, weshalb die Belastung des Kontos X._ mit dem Sollsaldo auf diesem Kontokorrent nicht gültig erfolgt sei. Die Beklagte stellte sich auf den Standpunkt, sie habe das Konto korrekt eröffnet und geführt. C. Das Handelsgericht des Kantons St. Gallen wies die Klage mit Urteil vom 27. März 2006 ab. Das Gericht gelangte zwar zum Schluss, dass die Beklagte bzw. der für sie handelnde G._ bei der Eröffnung der neuen Bankbeziehung durch D._ nicht gutgläubig war, sondern angesichts der Vielzahl ungewöhnlicher Umstände hätte abklären müssen, ob ein Missbrauch der Vertretungsmacht vorlag. Das Gericht folgte dagegen der Ansicht der Beklagten, dass die Klägerin aufgrund des beinahe 3-jährigen Schweigens im Anschluss an die Belastung des Kontos X._ am 4. September 2000 den Rechnungsauszug samt Belastung genehmigt habe. C. Das Handelsgericht des Kantons St. Gallen wies die Klage mit Urteil vom 27. März 2006 ab. Das Gericht gelangte zwar zum Schluss, dass die Beklagte bzw. der für sie handelnde G._ bei der Eröffnung der neuen Bankbeziehung durch D._ nicht gutgläubig war, sondern angesichts der Vielzahl ungewöhnlicher Umstände hätte abklären müssen, ob ein Missbrauch der Vertretungsmacht vorlag. Das Gericht folgte dagegen der Ansicht der Beklagten, dass die Klägerin aufgrund des beinahe 3-jährigen Schweigens im Anschluss an die Belastung des Kontos X._ am 4. September 2000 den Rechnungsauszug samt Belastung genehmigt habe. D. Mit Berufung vom 19. Mai 2006 stellt die Klägerin die Anträge, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. März 2006 sei aufzuheben (Ziffer 1) und die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 2) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 3). D. Mit Berufung vom 19. Mai 2006 stellt die Klägerin die Anträge, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. März 2006 sei aufzuheben (Ziffer 1) und die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 2) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 3). E. Die Beklagte schliesst in der Berufungsantwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten ist.