Sachverhalt: A. Der ausserordentliche Staatsanwalt der Region Oberland des Kantons Bern Sandro Thomann erliess am 30. Oktober 2012 einen Strafbefehl gegen X._, mit dem er diesem wegen mehrfacher Drohung gegen Behörden und Beamte (Art. 285 Abs. 1 StGB), Drohung (Art. 180 Abs. 1 StGB) und Beschimpfung (Art. 177 StGB) eine Geldstrafe von 30 Tagessätzen à 70 Franken auferlegte. X._ erhob Einsprache gegen diesen Strafbefehl, wobei er sinngemäss auch den Ausstand von Staatsanwalt Thomann verlangte. Die Beschwerdekammer in Strafsachen der Strafabteilung des Obergerichts des Kantons Bern wies das Ausstandsgesuch am 31. Januar 2013 kostenpflichtig ab. B. X._ beantragt mit Beschwerde vom 12. Februar 2013, diesen Entscheid des Obergerichts wegen Verfahrensfehlern sowie Verweigerung des rechtlichen Gehörs und sämtliche ihm vom Obergericht je auferlegten Kosten aufzuheben, da er armengenössig sei. Zudem ersucht er sinngemäss um unentgeltliche Rechtspflege. C. Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung. Staatsanwalt Thomann beantragt, die Beschwerde kostenfällig abzuweisen. D. X._ reicht eine Beschwerdeergänzung ein, in der er im Wesentlichen beantragt, es sei festzustellen, dass die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde (KESB) Oberland West für seinen Fall nicht zuständig und eine Bevormundung nach Art. 398 ZGB nicht zulässig sei.