Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Nötigung (Art. 181 StGB). Sie wirft ihm vor, als Geschäftsführer des "Restaurants A._" in Zürich seine ehemalige Mitarbeiterin B._ mehrmals zur Leistung von Blankounterschriften auf Arbeitszeitkontrollblättern aufgefordert und angedroht zu haben, ansonsten den ihr zustehenden Lohn nicht zu zahlen. Am 19. Juni 2012 wurde am Wohnort und am Arbeitsort von X._ eine Hausdurchsuchung durchgeführt. Dabei wurden diverse Geschäftsunterlagen und zwei PCs sichergestellt und versiegelt. Mit Eingabe vom 4. Juli 2012 stellte die Staatsanwaltschaft ein Gesuch um Entsiegelung und Durchsuchung. Mit Verfügung vom 26. Oktober 2012 hiess das Zwangsmassnahmengericht am Obergericht des Kantons Zürich das Entsiegelungsgesuch gut und überliess die Durchsuchung den Strafverfolgungsbehörden. B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 29. November 2012 beantragt X._, die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts sei aufzuheben und die Gegenstände seien ihm unverzüglich und versiegelt zurückzugeben. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft hat sich nicht vernehmen lassen.