Sachverhalt: A. Das Arzneimittel A._ mit dem Wirkstoff Ribavirin dient zur Behandlung der chronischen Hepatitis C bei Erwachsenen. Die X._ AG besitzt die Zulassung dieses Präparats in der Form von Filmtabletten mit einer Dosisstärke von 200mg. Am 30. März 2005 ersuchte sie die Swissmedic, Schweizerisches Heilmittelinstitut (im Folgenden: Swissmedic) A._-Tabletten auch in einer Dosisstärke von 400mg zuzulassen. Letztere wies das Gesuch am 10. Mai 2006 ab. Das Bundesverwaltungsgericht hiess die Beschwerde, welche die X._ AG gegen diesen Entscheid erhob, am 9. April 2007 teilweise gut und wies die Sache mit der Anweisung an die Swissmedic zurück, das vereinfachte Zulassungsverfahren für das Arzneimittel A._ 400mg, Filmtabletten, fortzusetzen. B. Mit einer als Verwaltungsgerichtsbeschwerde bezeichneten Eingabe vom 30. Mai 2007 beantragt die Swissmedic dem Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. April 2007 aufzuheben und ihre Verfügung vom 10. Mai 2006 zu bestätigen. Die X._ AG stellt den Antrag, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. C. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde am 5. September 2007 im Sinne der Erwägungen die aufschiebende Wirkung zuerkannt.