Sachverhalt: A. A.a X._, stammend aus Mazedonien (Kumanovo), gelangte am 8. Juni 1993 illegal in die Schweiz, weshalb gegen ihn eine bis zum 27. Juni 1995 gültige Einreisesperre verhängt wurde. Ein Gesuch der Schweizer Bürgerin A._, für X._ ein Besuchervisum für die Schweiz zu erhalten, wurde am 8. Dezember 1993 abgelehnt. Am 9. April 1994 schlossen X._ und A._ in Kumanovo die Ehe. Nach Aufhebung der Einreisesperre nahm X._ am 1. April 1995 bei seiner Ehefrau in der Schweiz Wohnsitz. Fünf Jahre später wurde ihm die Niederlassungsbewilligung erteilt. Gestützt auf die Ehe mit A._ stellte X._ am 13. Juni 2000 ein Gesuch um erleichterte Einbürgerung. Im Rahmen dieses Verfahrens unterzeichneten er und seine Ehefrau am 16. November 2000 gemeinsam eine Erklärung, wonach sie in einer tatsächlichen, ungetrennten stabilen ehelichen Gemeinschaft an derselben Adresse zusammenlebten und weder Trennungs- noch Scheidungsabsichten bestünden. Gleichzeitig nahmen sie unterschriftlich zur Kenntnis, dass die erleichterte Einbürgerung nicht möglich ist, wenn vor oder während des Einbürgerungsverfahrens einer der Ehegatten die Trennung oder Scheidung beantragt hat oder keine tatsächliche eheliche Gemeinschaft mehr besteht. Ebenfalls bestätigten sie zu wissen, dass die Verheimlichung solcher Umstände zur Nichtigerklärung der Einbürgerung führen könne. Am 11. Dezember 2000 wurde der Beschwerdeführer erleichtert eingebürgert. Am 23. August 2001 liessen sich X._ und A._ scheiden. Diese verheiratete sich am 15. November 2001 mit einem türkischen Staatsangehörigen. X._ seinerseits heiratete am 21. Dezember 2001 eine Mazedonierin (B._) und stellte für diese ein Gesuch um Familiennachzug. Diesem wurde nicht stattgegeben. Die Ehe wurde am 25. November 2002 wieder geschieden. Am 17. Dezember 2003 heiratete X._ wiederum eine Mazedonierin (C._). Dem Gesuch um Familiennachzug wurde diesmal entsprochen. Die mazedonische Ehefrau reiste am 2. Mai 2004 in die Schweiz ein. Zu diesem Zeitpunkt sass X._ als Angeschuldigter eines am 13. März 2004 angeblich begangenen Tötungsversuchs zum Nachteil von D._ in Untersuchungshaft. A.b Bereits am 10. Februar 2003 hatte das Bundesamt für Migration (BFM) X._ mitgeteilt, es bestehe Grund zur Annahme, dass er die Einbürgerung erschlichen habe und die Voraussetzungen für eine Nichtigerklärung erfüllt seien. Gleichzeitig wurde X._ Gelegenheit zur Stellungnahme eingeräumt. Auf Veranlassung des BFM wurde die Schweizer Ex-Ehefrau vom Amt für Handelsregister und Zivilstandswesen des Kantons Thurgau am 6. Oktober 2003 befragt. Nach einem Hinweis des Ausländeramtes des Kantons Thurgau über das im Kanton St. Gallen gegen X._ eröffnete Strafverfahren betreffend Tötungsversuch zum Nachteil von D._ zog das BFM im April 2005 die Akten des Ausländeramtes des Kantons St. Gallen hinzu, welche unter anderem Protokolle vom 13. und 15. April 2004 über die Einvernahme von D._ durch das Untersuchungsamt St. Gallen sowie einen entsprechenden Bericht der Kantonspolizei St. Gallen vom 18. August 2004 enthielten. Danach habe D._ mit X._ seit 1999 eine Beziehung unterhalten. Er habe immer wieder versprochen, sie zu heiraten, und sei deswegen im April 2003 beim Zivilstandsamt Rorschach vorstellig geworden. Der Termin für die Trauung sei aber mehrere Male kurzfristig verschoben und im Oktober 2003 von X._ endgültig abgesagt worden. Im Bericht der Kantonspolizei St. Gallen ist ferner eine beim Bruder von X._ sichergestellte Videokassette erwähnt. Diese belege eine durch einen Imam in Mazedonien am 26. August 2000 geschlossene Ehe von X._ mit einer gewissen E._. Das BFM gab X._ am 20. Mai 2005 Gelegenheit zu einer abschliessenden Stellungnahme. Am 26. Oktober 2005 erteilte der Heimatkanton (Thurgau) die Zustimmung zur Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung. Daraufhin erklärte das BFM mit Verfügung vom 4. November 2005 die erleichterte Einbürgerung von X._ für nichtig. X._ beschwerte sich am 7. Dezember 2005 gegen die Verfügung des BFM beim Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement (EJPD). Am 19. Mai 2006 ersuchte das EJPD die schweizerische Ex-Ehefrau, einen gestützt auf die von X._ vorgebrachten Argumente erstellten Fragenkatalog zur Eheschliessung und zur erleichterten Einbürgerung zu beantworten. Mit Schreiben vom 5. Juli 2006 teilte diese mit, man solle die Vergangenheit ruhen lassen, und bat um Verständnis und Respektierung ihrer Einstellung. Mit Zwischenverfügung vom 26. März 2007 wurde X._ Kopien des Fragenkatalogs sowie des Antwortschreibens der Ex-Ehefrau zugestellt und aufgefordert, sich dazu zu äussern. Trotz zweimaliger Fristerstreckung liess sich der Beschwerdeführer nicht vernehmen. Am 2. April 2008 wurde X._ vom Kreisgericht St. Gallen wegen versuchter Tötung und einfacher Körperverletzung zu Lasten von D._ zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren verurteilt. Dagegen legte X._ beim Kantonsgericht St. Gallen Berufung ein. Das Bundesverwaltungsgericht, welches die beim EJPD am 1. Januar 2007 hängigen Beschwerden übernommen hatte, wies die gegen die Verfügung des BFM betreffend Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung erhobene Beschwerde mit Urteil vom 27. Februar 2009 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ beim Bundesgericht die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts. Verfahrensrechtlich ersucht er um Erteilung der aufschiebenden Beschwerdewirkung und um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Das Bundesverwaltungsgericht und das BFM haben auf eine Stellungnahme verzichtet. D. Mit Verfügung vom 4. Mai 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.