Sachverhalt: A. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft befand X._ am 29. April 2008 zweitinstanzlich des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Urkundenfälschung, des Pfändungsbetrugs, der mehrfachen groben Verletzung von Verkehrsregeln sowie der einfachen Verletzung der Verkehrsregeln schuldig und verurteilte ihn als Gesamtstrafe (unter Einbezug der durch den Widerruf vollziehbar gewordenen Reststrafe von neun Monaten und 14 Tagen) zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren sowie zu einer Busse von Fr. 100.--. Gleichzeitig ordnete es an, dass diverse beschlagnahmte Gegenstände gestützt auf Art. 69 StGB zur Vernichtung eingezogen würden. B. Eine von X._ gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde in Strafsachen, welche sich auf die Verurteilungen in zwei Anklagepunkten (10a und 10b) und die Frage der Einziehung beschränkte, hiess die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts mit Urteil vom 16. Februar 2009 teilweise, das heisst den Anklagepunkt 10a und die Einziehung betreffend, gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an das Kantonsgericht Basel-Landschaft zurück (Urteil 6B_748/2008). C. Mit Eingabe vom 12. März 2009 reichte X._ beim Kantonsgericht Basel-Landschaft ein Gesuch um Wiederaufnahme des Verfahrens ein. Mit Urteil vom 7. April 2009 erklärte das Kantonsgericht Basel-Landschaft X._ erneut des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Urkundenfälschung, des Pfändungsbetrugs, der mehrfachen groben Verletzung von Verkehrsregeln sowie der einfachen Verletzung der Verkehrsregeln schuldig und verurteilte ihn als Gesamtstrafe (unter Einbezug der durch den Widerruf vollziehbar gewordenen Reststrafe von 9 Monaten und 14 Tagen) zu einer Freiheitsstrafe von 3 Jahren und 9 Monaten sowie zu einer Busse von Fr. 100.--. Mit Urteil vom gleichen Tag erkannte das Kantonsgericht Basel-Landschaft, auf das Befangenheitsgesuch und das Gesuch um Wiederaufnahme des Verfahrens von X._ werde nicht eingetreten. D. Gegen diesen Nichteintretensentscheid erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen, insbesondere mit den Anträgen, das Urteil der Vorinstanz sei aufgrund der Befangenheit des Gesamtgerichts als nichtig zu betrachten, eventualiter sei der Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter beantragt X._ namentlich, es sei festzustellen, dass seine Ansprüche auf rechtliches Gehör und auf Schutz vor Willkür verletzt und Beweisanträge ohne Begründung abgewiesen worden seien. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.