hat sich ergeben: A.- Die Plastic AG (Klägerin) beauftragte am 4. Januar 1985 die Johann Dürr AG (Beklagte) mit der Dachsanierung des Fabrikgebäudes der Thuroplast AG in Lichtensteig. Am 8. Januar 1985 bestätigte die Beklagte den Auftrag und hielt fest, dass auf Arbeit und Material für 10 Jahre Garantie geleistet werde. Im Frühjahr 1993 meldete die Klägerin der Beklagten diverse Wassereintritte. Diese führte gewisse Reparaturarbeiten durch und stellte dafür Rechnung. Die Klägerin verweigerte die Zahlung unter Hinweis auf die Garantie und bemängelte, das Dach sei trotz der Reparatur immer noch undicht. Die Beklagte weigerte sich, eine Dachsanierung vorzunehmen, da die Schäden nicht auf fehlerhafte Arbeit zurückzuführen seien. Die Klägerin suchte beim Bezirksgericht Neutoggenburg um eine vorsorgliche Beweisaufnahme nach, worauf der Sachverständige Urs Spuler am 27. Oktober 1994 ein Gutachten erstattete. Da die Beklagte sich immer noch weigerte, eine Sanierung der Dachhaut vorzunehmen, wurde das Dach im September 1995 durch Drittfirmen saniert. B.- Am 23. Dezember 1997 klagte die Klägerin beim Handelsgericht St. Gallen gegen die Beklagte und verlangte Fr. 81'948.-- nebst Zins. Dieses Klagebegehren reduzierte sie im Verlaufe des Prozesses auf Fr. 77'449.-- nebst Zins. Am 7. September 1999 sprach das Handelsgericht der Klägerin Fr. 9'000.-- nebst Zins zu und wies die Klage im Übrigen ab. C.- Gegen dieses Urteil hat die Klägerin Berufung erhoben. Sie verlangt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben, soweit die Klage abgewiesen werde, und ihr Fr. 63'000.-- nebst Zins zuzusprechen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.