Sachverhalt: A. Die X._ AG bezweckt den Betrieb eines Büros für Architektur, Ingenieurwesen, usw. In den Jahren 1997 und 1998 übte die Gesellschaft nur in bescheidenem Umfang eine betriebliche Tätigkeit aus. Per 1. Januar 1999 erwarb sie verschiedene Aktiven des Ingenieurbüros von A._, darunter auch die Beteiligung an der R._ Ltd. mit Sitz in Bermuda, in deren Besitz sich das ausschliesslich oder hauptsächlich durch A._ pilotierte Flugzeug Cessna Citation 500 befand. B. Am 23. Juli 2002 fanden bei der X._ AG, A._ und weiteren Personen Hausdurchsuchungen statt, die vom Untersuchungsrichter I in Biel wegen Verdachts auf Pfändungsbetrug, Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung, ungetreue Geschäftsbesorgung und Steuerbetrug angeordnet worden waren. Die dabei beschlagnahmten Akten wurden der Steuerverwaltung des Kantons Bern übergeben zur Prüfung, ob allenfalls Steuerdelikte begangen worden seien. Mit Schreiben vom 15. November 2004 leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren u.a. gegen die X._ AG ein. C. Am 9. Januar 2009 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Bern eine Nachsteuerverfügung sowohl für die direkten Bundessteuern als auch die Kantons- und Gemeindesteuern der Jahre 1997 bis 1999. Sie hielt darin fest, die Buchhaltung der X._ AG sei nicht ordnungsgemäss geführt und sie gehe davon aus, die Gesellschaft habe im Geschäftsjahr 1999 nicht alle Umsätze aus dem Taxiflugbetrieb verbucht. Die nicht verbuchten Umsätze seien unter Zuhilfenahme von zusätzlichen Unterlagen schätzungsweise ermittelt worden. Zudem seien A._ geldwerte Leistungen zugekommen und der Gesellschaft private Aufwendungen belastet worden, was nachträglich habe korrigiert werden müssen. Dementsprechend rechnete sie der X._ AG in der Steuerperiode 1999 zusätzliche Einnahmen aus dem Flugbetrieb von Fr. 576'998.80 und in den Steuerperioden 1997 bis 1999 geldwerte Leistungen von Fr. 55'000.-- (1997), Fr. 28'000.-- (1998) und 23'757.-- (1999) sowie Privataufwand von Fr. 42'400.-- (1999) auf. Mit Einspracheentscheid vom 24. März 2009 bestätigte die Steuerverwaltung des Kantons Bern diese Nachsteuerveranlagungen. D. Die X._ AG gelangte mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese hiess mit Urteil vom 14. Dezember 2010 den Rekurs hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern 1997 und 1998 gut, weil die Frist zur Einleitung des Nachsteuerverfahrens abgelaufen war, und hob die Nachsteuerveranlagungen ersatzlos auf. Hinsichtlich der direkten Bundessteuer 1997-1999 und der Staats- und Gemeindesteuern 1999 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern Beschwerde und Rekurs ab. Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission betreffend die direkten Bundessteuern 1997-1999 führte die Steuerpflichtige Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Dieses wies mit Urteil 2C_136/2011 vom 30. April 2012 die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Hinsichtlich der kantonalen Steuern reichten sowohl die Steuerpflichtige wie auch die kantonale Steuerverwaltung Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern ein. Dieses wies mit Urteil vom 19. Oktober 2012 beide Beschwerden ab. E. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 19. Oktober 2012 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des Urteils soweit das Steuerjahr 1999 betreffend sowie eine entsprechende Anpassung der Kostenverlegung. Die Vorinstanz, die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen allesamt die Abweisung der Beschwerde.