Sachverhalt: A. Zwischen der X._ GmbH (Beschwerdeführerin) als Mieterin und den Y._ AG (Beschwerdegegnerin) als Vermieterin bestand ein Mietverhältnis über die Geschäftsflächen des ehemaligen Restaurants B._ in C._. Mit Schreiben bzw. amtlichem Formular vom 7. März 2011 kündigte die Beschwerdegegnerin das Mietverhältnis per 31. Januar 2013. Die Beschwerdeführerin erhob am 10. August 2011 beim Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland Klage gegen die Beschwerdegegnerin mit den Anträgen, es sei die Kündigung aufzuheben, eventuell festzustellen, dass der Mietvertrag bis 30. Juni 2017 unkündbar sei, subeventuell das Mietverhältnis bis zu diesem Zeitpunkt zu erstrecken. Die Einzelrichterin des Kreisgerichts stellte mit Entscheid vom 4. November 2011 die Gültigkeit der Kündigung fest und wies die Klage im weiteren Umfang ab. Am 27. September 2012 wies das Kantonsgericht St. Gallen eine von der Beschwerdeführerin gegen diesen Entscheid erhobene Berufung ab, soweit es darauf eintrat. Es trat dabei namentlich auf das Eventualbegehren um Mieterstreckung nicht ein. B. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, der Entscheid des Kantonsgerichts sei aufzuheben, soweit darin ein Nichteintretensentscheid erfolgt sei. Ferner sei das Mietverhältnis "mindestens um die Zeitdauer zu erstrecken, bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist gemäss ursprünglichem Mietvertrag (30.6.2017)", bzw. die Sache sei eventuell in dahingehendem Sinne an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht. Mit Präsidialverfügung vom 22. November 2012 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und mit Präsidialverfügung vom 30. Januar 2013 ein Gesuch derselben um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme abgewiesen.