Sachverhalt: A. Der 1975 geborene G._ war als Automonteur der Garage S._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 9. November 2000 einen Auffahrunfall erlitt. Der Versicherte wurde noch am Unfalltag mit Verdacht auf eine C4-Fraktur in das Spital X._ verbracht; dieser Verdacht bestätigte sich allerdings nicht, vielmehr wurde eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Es folgten zahlreiche medizinische (u.a. neurologische, rheumatologische und psychiatrische) Abklärungen und Behandlungen. Am 30. Juni 2005 war der Versicherte erneut in einen Auffahrunfall verwickelt, was zu einer vorübergehenden Verstärkung der Beschwerden führte. Zudem verdrehte er sich am 31. Juli 2005 das linke Knie, weshalb am 3. November 2005 eine Teilmeniskektomie des medialen Meniskus durchgeführt wurde. Nach einer stationären Abklärung des Versicherten in der Rehaklinik Y._ (Bericht vom 7. März 2006 inklusive konsiliarische psychiatrische Beurteilung vom 14. Februar 2006) stellte die SUVA mit Verfügung vom 25. Juli 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 13. Dezember 2006, die Leistungen per 31. August 2006 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht natürlich und adäquat kausal zum Unfallereignis seien. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. Februar 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides seien die gesetzlichen Leistungen über den 31. August 2006 hinaus weiterhin zu erbringen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.