Sachverhalt: A. Die Steuerkommission Bellikon/AG veranlagte X._ und Y._ für die Steuerperiode 1999/2000 bei den Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 93'600.--; dabei wurden insbesondere die von den Steuerpflichtigen geltend gemachten Schuldzinsen der Jahre 1997 und 1998 nicht vollumfänglich zum Abzug zugelassen. Eine von den Steuerpflichtigen erhobene Einsprache wurde teilweise gutgeheissen; eine Erhöhung des Schuldzinsenabzuges wurde nicht gewährt. Gegen den Einspracheentscheid gelangten die Steuerpflichtigen ohne Erfolg an das Steuerrekursgericht. Auf eine von X._ gegen dessen Urteil gerichtete Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mangels Begründung nicht ein. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 25. Juli 2009 aufzuheben und die Angelegenheit zur materiellen Behandlung der Beschwerde an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, das Kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.