Sachverhalt: A. Der 1969 geborene S._ arbeitete nach gescheiterter Berufslehre ab 1. Oktober 1990 bis 31. Dezember 2000 als Hilfsarbeiter bei den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) und war im Rahmen dieser Anstellung bei der Pensionskasse SBB berufsvorsorgeversichert. Nachdem die Invalidenversicherung aufgrund der fachärztlich diagnostizierten Intelligenzminderung unklaren Ausmasses, jedoch zumindest leicht, mit deutlicher Verhaltensstörung (ICD-10: F70.1, bestehend seit Geburt) und rezidivierenden depressiven Störung (ICD-10: F33.4, bestehend seit jungem Erwachsenenalter) ab 1. Januar 2002 (Ablauf Wartejahr gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG, in Kraft gestanden bis Ende 2007) einen Invaliditätsgrad von 100 % anerkannt und mit Verfügung vom 23. Februar 2005 sowie Einspracheentscheid vom 13. Oktober 2005 rückwirkend ab 1. Juli 2002 (verspätete Anmeldung) eine ganze Invalidenrente zugesprochen hatte, liess S._ die Pensionskasse im Juli 2006 durch seine Beiständin um Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge ersuchen. Mit Schreiben vom 27. Juli 2006 lehnte die Pensionskasse das Rentenbegehren mit der Begründung ab, zwischen der während des Vorsorgeverhältnisses eingetretenen Arbeitsunfähigkeit und der späteren Invalidität aus psychischen Gründen bestehe kein sachlicher Zusammenhang. B. In Gutheissung der dagegen erhobenen Klage sprach das Verwaltungsgericht des Kantons Bern S._ mit Wirkung ab 1. Januar 2002 eine ganze Invalidenrente nach BVG zu (Entscheid vom 3. November 2008). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Pensionskasse SBB die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und Klageabweisung. S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.