Sachverhalt: A. A.a Dem 1955 geborenen Elektroingenieur HTL und Wirtschaftsinformatiker HWV G._ musste der linke Daumen wegen eines malignen Melanoms vorerst teilweise und am 30. Januar 2003 vollständig amputiert werden. Am 12. Mai 2003 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Nidwalden zum Leistungsbezug an. Diese klärte den Sachverhalt durch Beizug verschiedener Arztberichte und Berichte der Arbeitgeber ab. Während die behandelnden Ärzte eine Arbeitsfähigkeit von 50 % attestierten, kam der Arzt der IV-Stelle Dr. med. A._, zur Erkenntnis, es bestehe keine Arbeitsunfähigkeit. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2004 und Einspracheentscheid vom 21. März 2005 verneinte die IV-Stelle den Leistungsanspruch des G._. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 1. Mai 2006 ab. Das Bundesgericht hob mit Urteil vom 14. Dezember 2007 den kantonalen Entscheid auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit diese Abklärungen über die zumutbare Arbeitsfähigkeit sowie die tatsächlich erzielten beziehungsweise zumutbarerweise zu erzielenden Verdienste des G._ treffe. A.b Mit Entscheid vom 26. Mai 2008 kam das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zur Erkenntnis, die gesundheitlichen Beeinträchtigungen und deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit des Versicherten liessen sich aufgrund der vorhandenen Arztberichte nicht schlüssig beurteilen. Es wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit diese ein medizinisches Gutachten in Auftrag gebe, in welchem die Einschränkungen in der angestammten sowie in anderen zumutbaren Tätigkeiten konkretisiert würden. Danach habe sie über den Rentenanspruch des Versicherten neu zu verfügen. A.c Die IV-Stelle beauftragte das Zentrum X._ mit der entsprechenden Expertise. Die Untersuchungen fanden im Februar 2010 statt. Mit Datum vom 18. Mai 2010 erstattete das Zentrum X._ ihr Gutachten. Neben dem Allgemeinstatus wurden je ein handchirurgisches (Dr. med. W._), ein neurologisches (Dr. med. H._) und ein psychiatrisches (med. pract. B._) Konsilium eingeholt. Zusammenfassend kamen die Ärzte zum Schluss, dem Versicherten sei aus gesundheitlichen Gründen, insbesondere dem chronischen neuropathischen Schmerzbild beziehungsweise den Nebenwirkungen der hoch dosierten Medikamente, in einer Tätigkeit, wie er sie vor der Daumenamputation ausgeübt hatte (Projektleiter im IT-Bereich), noch täglich eine Arbeit von 3 bis 4 Stunden, entsprechend 40 bis 50 %, zumutbar. Eine zusätzliche Nebenerwerbstätigkeit - wie vor der Operation - sei nicht mehr zumutbar. Als Informatiklehrer betrage die zumutbare Arbeitsfähigkeit 4 bis 6 Lektionen pro Tag, je nach dem, ob doziert oder nur überwacht werden müsse. In psychiatrischer Hinsicht bestehe keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Auf Anfrage kam Dr. med. C._, Facharzt FMH für innere Medizin, vom Regionalen Ärztlichen Dienst der IV-Stellen der Zentralschweiz (RAD), zum Schluss, der Versicherte habe während längerer Zeit über das von den Gutachtern als zumutbar erachtete hinaus gearbeitet, woraus geschlossen werden könne, dass die effektive Zumutbarkeit über dem von den Experten geschilderten liege. Gestützt darauf, und auf die Angaben über in den Jahren 2003 bis 2009 effektiv erzielte Löhne, sprach die IV-Stelle G._ mit Verfügung vom 8. November 2010 eine vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 befristete Viertelsrente zu. Darüber hinaus bestehe kein rentenbegründender Invaliditätsgrad. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 11. April 2011 ab. C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Hauptantrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm ab dem 1. Januar 2004 eine unbefristete Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % zuzusprechen. Eventuell sei ihm, zusätzlich zur Berentung bis zum 31. Dezember 2007, ab 1. Januar 2010 und weiterhin eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % zuzusprechen und subeventualiter sei die Sache zur ergänzenden Abklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.