Sachverhalt: A. P._, geboren 1969, ersuchte am 7. September 2004 erstmals um Leistungen der Invalidenversicherung, was die IV-Stelle des Kantons St. Gallen am 22. März 2005 ablehnte. Am 16. April 2008 meldete sie ihr Hausarzt, Dr. med. E._, Facharzt für Allgemeine Medizin, zur Früherfassung an. Mit Schreiben vom 9. Juni 2008 forderte die IV-Stelle P._ auf, sich zum Leistungsbezug anzumelden, was am 20. Juni 2008 erfolgte. Die IV-Stelle holte verschiedene medizinische Berichte sowie einen Arbeitgeberbericht ein und liess sie durch das Institut X._, polydisziplinär abklären. Gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ vom 5. Mai 2010 und das ergänzende Schreiben vom 3. November 2010 ging die IV-Stelle von einer vollen zumutbaren Arbeitsfähigkeit aus und lehnte einen Anspruch auf eine Invalidenrente ab (Vorbescheid vom 12. Juli 2010; Verfügung vom 15. November 2010). B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die von P._ dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 31. Oktober 2012 ab und sprach ihrem Rechtsanwalt im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege eine Entschädigung von Fr. 2800.- zu. C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihr eine volle (recte: ganze) Invalidenrente, eventualiter beschränkt vom 19. Mai 2008 bis Ende Juni 2010, auszurichten. Zudem sei die Vorinstanz anzuweisen, die Kostennote ihres Rechtsanwalts bezüglich des notwendigen Aufwands zu beurteilen.