Sachverhalt: A. Am 21. März 2000 hinterlegte die Schweizerische Post (Beschwerdeführerin) das Wortzeichen POST beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) zum Schutz verschiedener Waren und Dienstleistungen. Mit Verfügung vom 4. Juli 2001 sistierte das IGE das Markeneintragungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Beschwerdeverfahrens MA-AA 12/00 betreffend die Eintragung der schweizerischen Marke 496 219 (Farbe "Gelb"). Mit Schreiben vom 3. Juli 2003 nahm die Beschwerdeführerin Bezug auf ein Telefonat des IGE, gemäss dem die Sistierung vom 4. Juli 2001 aufgehoben sei, und reichte ein aktualisiertes und standardisiertes Waren- und Dienstleistungsverzeichnis nach. Der Schutz wurde für folgende Waren und Dienstleistungen beantragt: Klasse 9 Programme für elektronische Datenverarbeitungsanlagen und -geräte; magnetische oder optische Datenträger; Verkaufsautomaten; mit Zahlungsmitteln betätigte Automaten; Automaten zur Tätigung von Geldgeschäften jeglicher Art und zu Informationszwecken. 14 Uhren, Wecker. 16 Druckerzeugnisse; einschliesslich Bücher, Zeitschriften, Broschüren, Prospekte und andere Publikationen; Handbücher im Zusammenhang mit Computerprogrammen; Papeteriewaren, Schreibwaren, Briefständer; Papierwaren für Verpackungszwecke, Verpackungsmaterialien (Pappe, Karton); Kunststoff-Verpackungsmaterialien in Form von Hüllen, Tüten, Folien; Briefmarken. 18 Leder und Waren daraus, soweit in Klasse 18 enthalten; Jutetaschen (Einkaufstaschen); Gepäckstücke (soweit in Klasse 18 enthalten) wie Reisetaschen, Reise- und Handkoffer, Rucksäcke. 20 Verpackungs-, Transport- und Lagerbehälter sowie Container, aus Kunststoff, Holz und anderen Materialien, soweit in Klasse 20 enthalten. 22 Verpackungsbeutel aus textilem Material. 28 Spiele; Spielzeug, insbesondere Postautomodelle oder Modell-Poststellen; Spielkarten. 35 Werbung- und Verkaufsförderung, Vermietung von Werbefläche, insbesondere auf einer Webseite; Vermietung von Räumlichkeiten zu Verkaufszwecken; Vermietung von Verkaufsautomaten; Marketing, Marktforschung; Unternehmensberatung, Beratung bei der Organisation und Führung von Unternehmen; betriebswirtschaftliche Beratung; Personalberatung; Geschäftsführung im Bereich elektronischer Marktplätze; Detailhandel über elektronische Kanäle (auch Internet); Verwaltung von Kundenadressdateien; Betrieb einer Agentur zum Import von Fahrzeugen; Vervielfältigung von Dokumenten; Sammeln und Systematisieren von Daten in einer Datenbank, nämlich elektronische Verarbeitung von Geschäfts- und Finanzabläufen; Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen; alle vorgenannten Dienstleistungen auch per elektronische Kanäle. 36 Finanz- und Rechnungswesen, Geldgeschäfte, Zahlungsverkehr; Inkassogeschäfte; Immobilienwesen, Versicherungswesen; finanzielle Beratung von Unternehmen sowie Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen; alle vorgenannten Dienstleistungen auch per elektronische Kanäle. 37 Reparaturwesen; Reinigung von Fahrzeugen. 38 Telekommunikation, insbesondere Sprach- und Datenübermittlung; Übermittlung von Daten und Informationen zwischen Kunden und Unternehmen per Telekommunikationsmittel, mittels Computer sowie über elektronische Kanäle; Auskünfte über elektronische Übermittlung von Daten und Informationen sowie auf dem Gebiet der Abwicklung von Kundenbeziehungen mittels Telekommunikation und über elektronische Kanäle; Vermitteln von Nachrichten; Telefondienst, nämlich Call-Center; Übermitteln von Daten aus einer Datenbank; Telefon-, Telekopier- und Bildschirmtextdienst, Mobilfunkdienst; Zurverfügungstellen von Zugriff auf globale Computernetzwerke und Computerdatenbanken; Beratung auf dem Gebiet der elektronischen Übermittlung von Dokumenten, Bildern, Daten und Informationen sowie auf dem Gebiet der Übermittlung von Informationen zwischen Kunden und Unternehmen per Telekommunikation, mittels Computer oder über elektronische Kanäle; Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen. 39 Lieferung, Lagerung, Verpackung, Beförderung und Verteilung von Waren, Beförderung von Briefen, Briefsendungen sowie von sonstigen beweglichen Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren und andere Güter; Beförderung von Personen sowie beweglichen Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren und sonstige Güter mit Kraftfahrzeugen, Schienenbahnen, Schiffen und Flugzeugen; Verpackung, Versand und Verteilung von Sendungen sowie Dokumenten, Wertsachen, Waren und anderen Gütern; Vermittlung von Beförderungsleistungen; Kurierdienste; Veranstaltung, Vermittlung, Management und Durchführung von Reisen; Lagerung von beweglichen Sachen wie Briefe, Briefsendungen, Dokumente, Wertsachen, Waren und andere Güter, Vermietung von Lagerraum für bewegliche Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren, andere Güter und Fahrzeuge; Vermietung von Lagercontainern; Erteilung von Auskünften über Lagerhaltung; Autovermietung; Betrieb von Fahrzeugen auf gemeinschaftlicher Basis (Car-Sharing, Car-Pooling), Planung von Verkehrslösungen für Personen- und Güterverkehr; Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen. 40 Druckarbeiten. 41 Dienstleistungen im Zusammenhang mit Aus- und Weiterbildung, insbesondere auf dem Gebiet des Verkehrswesens, der Beförderung von Personen, Waren und Gütern sowie im Zusammenhang mit Finanz- und Geldgeschäften aller Art; sportliche und kulturelle Anlässe (Billettvorverkaufsstelle); Vermietung von Ausbildungsanlagen. 42 Erarbeiten von Datenverarbeitungsprogrammen; Beratung auf dem Gebiet der Datenverarbeitung; Vermietung von Betriebszeit auf Computer-Hardware (Service- und Access-Provider); Vermietung von Computersoftware; Lizenzvergabe von gewerblichen Schutzrechten und Verwertung von Patenten; Vermieten von Zugriff auf eine Datenbank; Design von Webstellen, Vermietung von Patenten; Vermieten von Zugriff auf eine Datenbank; Design von Webseiten, Vermietung und Wartung von Speicherplätzen zur Benutzung als Webseiten für Dritte (Hosting); Programmieren und instandhalten, einschliesslich optimieren, von Webseiten für Dritte; Entgeltliches und unentgeltliches Vermitteln von Zugriffszeit auf eine Datenbank, zum Ansehen oder Herunterladen von Daten, Informationen und Grafiken oder Bildern über elektronische Medien (Internet); Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen; Rechtsberatung. 45 Beratung auf dem Gebiet der Sicherheit. A.a Mit Beanstandung vom 11. November 2003 erachtete das IGE das Zeichen POST für folgende Waren und Dienstleistungen als kennzeichnungskräftig: Klasse 14 Uhren, Wecker. Klasse 16 Handbücher im Zusammenhang mit Computerprogrammen. Klasse 18 Leder und Waren daraus, Jutetaschen; Gepäck (soweit in Klasse 18 enthalten) wie Reisetaschen, Reise- und Handkoffer, Rucksäcke. Klasse 37 Reparaturwesen; Reinigung von Fahrzeugen. Klasse 39 Autovermietung; Betrieb von Fahrzeugen auf gemeinschaftlicher Basis (Car-Sharing, Car-Pooling); Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen. Klasse 41 Sportliche Aktivitäten; Unterhaltung; Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe (Billettvorverkaufsstelle); Vermietung von Ausbildungsanlagen. Mit Bezug auf die übrigen Waren und Dienstleistungen der Klassen 9, 16, 20, 22, 28, 35, 36, 38, 39, 40, 41, 42 und 45 stellte das IGE die Zurückweisung des Eintragungsgesuchs in Aussicht. Es führte an, das Zeichen POST gehöre zum Gemeingut, da es in direkter Weise wesentliche Eigenschaften, die Zweckbestimmung, den Inhalt oder den Verkaufs- bzw. Erbringungsort der so bezeichneten Produkte beschreibe. Zudem handle es sich bei der Bezeichnung POST um einen Begriff des allgemeinen Sprachgebrauchs, der keine konkrete Unterscheidungskraft besitze und der Allgemeinheit freigehalten werden müsse. Im Übrigen enthalte das am 3. Juli 2003 eingereichte Waren- und Dienstleistungsverzeichnis hinsichtlich der Klassen 35 und 42 weitere Dienstleistungen, die im ursprünglich eingereichten Gesuch nicht aufgeführt worden seien. Es stehe der Beschwerdeführerin frei, diese Dienstleistungen aus der Waren- und Dienstleistungsliste zu streichen, ansonsten das Hinterlegungsdatum auf den Tag der Mitteilungsänderung verschoben werde. In der Stellungnahme zur Beanstandung vom 20. September 2004 teilte die Beschwerdeführerin mit, die gegenüber dem ursprünglichen Verzeichnis hinzugefügten Dienstleistungen in den Klassen 35 und 42 würden gestrichen. Im Übrigen beantragte sie die Eintragung für sämtliche beanspruchten Waren und Dienstleistungen. Mit Schreiben vom 16. März 2006 hielt das IGE an der Zurückweisung gemäss Beanstandung vom 11. November 2003 fest. Auch beanstandete es das aktualisierte und standardisierte Waren- und Dienstleistungsverzeichnis, da mehrere Begriffe nicht der Klassifikation gemäss dem internationalen Abkommen von Nizza entsprächen. Mit Schreiben vom 5. September 2006 hielt die Beschwerdeführerin an ihrem Standpunkt fest und beantragte die Eintragung des hinterlegten Zeichens als Marke für die beanspruchten Waren und Dienstleistungen. Mit Schreiben vom 21. November 2006 teilte das IGE mit, dass die Dienstleistung "Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe" (Klasse 41) unter die im ursprünglichen Waren- und Dienstleistungsverzeichnis aufgeführte Dienstleistung "Betrieb einer Vorverkaufsstelle" in Klasse 35 subsumiert werden könne. Deshalb könne die Dienstleistung "Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe" ohne Verschiebung des Hinterlegungsdatums beibehalten werden. Sie stellte weiter fest, dass die Beschwerdeführerin zur Beanstandung des Waren- und Dienstleistungsverzeichnisses nicht Stellung genommen habe. Sie gewährte ihr deshalb die Möglichkeit, vor Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung das Waren- und Dienstleistungsverzeichnis zu korrigieren. Mit Schreiben vom 22. November 2006 erklärte die Beschwerdeführerin, mit den Korrekturvorschlägen des IGE bezüglich des Waren- und Dienstleistungsverzeichnisses einverstanden zu sein. A.b Mit Verfügung vom 29. Dezember 2006 liess das IGE das Markeneintragungsgesuch für folgende Waren und Dienstleistungen zu (Ziffer 2 des Dispositivs): Klasse 14 Uhren, Wecker. Klasse 16 Handbücher im Zusammenhang mit Computerprogrammen. Klasse 18 Leder und Waren daraus, Jutetaschen; Gepäck (soweit in Klasse 18 enthalten) wie Reisetaschen, Reise- und Handkoffer, Rucksäcke. Klasse 37 Reparaturwesen; Reinigung von Fahrzeugen. Klasse 39 Autovermietung; Betrieb von Fahrzeugen auf gemeinschaftlicher Basis (Car-Sharing, Car-Pooling); Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen. Klasse 41 Sportliche Aktivitäten; Unterhaltung; Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe (Billettvorverkaufsstelle); Vermietung von Ausbildungsanlagen (Audiogeräte, Filmgeräte, Videokameras und Filmzubehör). Für die weiteren beanspruchten Waren und Dienstleistungen wies das IGE das Gesuch zurück (Ziffer 1 des Dispositivs). Zur Begründung führte das IGE an, beim Begriff POST handle es sich aufgrund der zahlreichen Einträge in einschlägigen Nachschlagwerken (www.wikipedia.de; http://post.know-library.net; Brockhaus Enzyklopädie; der Brockhaus in 10 Bänden -2005-; WAHRIG, Deutsches Wörterbuch, 7. Auflage 2005) um eine Sachbezeichnung. Demnach erschöpfe sich das Zeichen in Verbindung mit den fraglichen Waren und Dienstleistungen in einem direkten Hinweis bezüglich deren Art, Inhalt, Objekt, Zweckbestimmung, Erbringer, Art des Erbringers sowie Verkaufsort respektive Erbringungsort. Aufgrund des direkt beschreibenden Charakters werde der Konsument in der Bezeichnung POST keinen Hinweis auf eine betriebliche Herkunft erkennen. Es fehle dem Zeichen die vom Gesetz geforderte konkrete Unterscheidungskraft. Das Zeichen sei auch freihaltebedürftig bzw. für einen Teil der Dienstleistungen der Klasse 39 absolut freihaltebedürftig. Für diese Dienstleistungen könne sich das Zeichen nicht durchsetzen. Für die übrigen strittigen Waren und Dienstleistungen sei die Durchsetzung grundsätzlich möglich, aber aufgrund der eingereichten demoskopischen Umfrage und Belege nicht glaubhaft gemacht. B. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin am 2. Februar 2007 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte die Aufhebung von Ziffer 1 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung und die Eintragung des Zeichens POST als Marke für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen im Markenregister, eventualiter die Rückweisung der Sache an das IGE. Mit Urteil vom 9. Juni 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab und bestätigte die angefochtene Verfügung. Es folgte auch der Begründung des IGE für die Abweisung. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juni 2008 sei aufzuheben und das Zeichen POST als Marke für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen im Markenregister einzutragen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subeventualiter an das IGE, zurückzuweisen. Weiter beantragt die Beschwerdeführerin die Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Das IGE beantragt die Abweisung der Beschwerde.