Arbeitsvertrag; Überstunden, hat sich ergeben: A.- Am 10. Juli 1996 schlossen die Parteien einen Arbeitsvertrag mit einem Beschäftigungsgrad von 50 % bei einem Jahresgehalt von Fr. 47'647. 25 brutto. Die Anstellung war vom 1. Oktober 1996 bis zum 30. Juni 1997 befristet. Gemäss Stellenbeschreibung war die Arbeitnehmerin X._ mit der Projektleitung "Hotelwerkstatt" betraut. Ihre Aufgabe bestand darin, die Inbetriebnahme eines Hotels vorzubereiten, welches durch behinderte Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter geführt wird. Am 26. Juni 1997 vereinbarten die Parteien in einem neuen Arbeitsvertrag, das Arbeitsverhältnis vom 1. Juli 1997 bis zum 30. November 1997 mit einem Beschäftigungsgrad von 60 % und einem Jahresgehalt von Fr. 58'290. 55 weiterzuführen. Im gleichen Vertrag war die unbefristete Anstellung von X._ ab dem 1. Dezember 1997 vorgesehen. In beiden Arbeitsverträgen war eine 42-Stunden-Woche (für 100 %) vereinbart. Nachdem X._ ihren Arbeitgeber mit Schreiben vom 5. November 1997 um einen Lösungsvorschlag für ihren "Ferienanspruch und die geleisteten und noch zu leistenden Überzeiten" ersucht hatte, legte sie ihm im Januar 1998 die Berechnung einer Entschädigung für geleistete Überstunden und nicht bezogene Ferien und Feiertage vor. Aus den beiden befristeten Arbeitsverhältnissen machte sie insgesamt ein Bruttoguthaben von Fr. 39'435. 74 geltend. Die Parteien gelangten in der Folge zu keiner Einigung. B.- Mit Klage vom 22. Juni 1998 beantragte die Arbeitnehmerin X._ dem Bezirksgericht St. Gallen, ihr Arbeitgeber sei zur Bezahlung von Fr. 31'840. 24 nebst Zins, eventuell von Fr. 26'090. 70 nebst Zins sowie zur Gewährung eines zusätzlichen Ferienanspruchs von 186, 38 Arbeitsstunden, subeventuell von Fr. 23'675. 67 nebst Zins sowie zur Gewährung eines Ferien- und Freizeitanspruches von 241, 51 Arbeitsstunden zu verpflichten. Das Bezirksgericht St. Gallen hiess mit Urteil vom 15. März 1999 die Klage im Umfang von Fr. 26'090. 70 nebst Zins gut und gewährte der Arbeitnehmerin einen zusätzlichen Ferienanspruch von 131, 25 Arbeitsstunden. Auf Berufung des Arbeitgebers reduzierte das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 13. Januar 2000 den zugesprochenen Betrag auf Fr. 5'749. 55 nebst Zins für nicht bezogene Ferien und wies die weitergehenden Forderungen ab. C.- Mit Urteil vom 9. Oktober 2000 hiess das Bundesgericht die Berufung der Klägerin gegen das kantonsgerichtliche Urteil teilweise gut, hob dieses mit Ausnahme von Ziff. 1 Abs. 1 (Ferienentschädigung im Betrag von Fr. 5'749. 55) auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Das Bundesgericht erwog, die Vertragsklausel "Arbeitszeit: Die Arbeitszeit beträgt 42 Stunden pro Woche. Überstunden sind nur in Absprache mit dem Präsidenten zu leisten" zeige, dass beide Parteien mit der Notwendigkeit der Leistung von Überstunden rechneten und dass dafür über den Lohn hinaus eine Entschädigung geschuldet war. Das Bundesgericht hielt sodann dafür, der Arbeitgeber habe die Mehrleistungen der Klägerin im Nachhinein genehmigt, weshalb diese grundsätzlich entschädigungspflichtig seien. Zur Notiz der Klägerin zu Handen der Kassiererin "Wenn ich die Überzeit nicht kompensieren kann (...), lassen wir es, keine Mehrkosten. Ist für Dich auch ok?" hielt das Bundesgericht fest, das Kantonsgericht habe es unterlassen, Erwägungen zum diesbezüglichen wirklichen Parteiwillen anzustellen. Damit es dies nachhole, wies das Bundesgericht die Sache an die Vorinstanz zurück. Diese hatte nach dem bundesgerichtlichen Urteil mit Blick auf die behauptete rechtsmissbräuchliche Geltendmachung der Überstundenentschädigung auch darüber zu entscheiden, ob der Beklagte aufgrund des genannten Schreibens an die Kassiererin oder anderer im kantonalen Verfahren vorgetragener Umstände nach Treu und Glauben davon ausgehen durfte, die Klägerin wolle für künftige Überstunden nicht entschädigt werden. D.- Das Kantonsgericht hat hierauf am 30. März 2001 die Klägerin sowie den Präsidenten und ein Vorstandsmitglied des Beklagten, A._ und B._, als Parteien einvernommen. In der Folge hiess es die Klage wiederum im Betrag von Fr. 5'749. 55 nebst Zins gut und wies sie im Übrigen ab. E.- Gegen dieses Urteil erhebt die Klägerin sowohl staatsrechtliche Beschwerde als auch eidgenössische Berufung an das Bundesgericht. Mit Berufung beantragt sie, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache sei zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei der Beklagte zu verpflichten, der Klägerin einen Betrag von Fr. 26'090. 70 nebst 5 % Zins seit 23. März 1998 zu bezahlen. Das Kantonsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung. F.-Das Bundesgericht hat die staatsrechtliche Beschwerde mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist.