Sachverhalt: A. Mit Entscheid vom 16. November 2010 erteilte der Einzelrichter des Kreisgerichts Werdenberg-Sarganserland B._ (Beschwerdegegner) in der von diesem gegen A._ (Beschwerdeführer) angehobenen Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes M._ auf Verwertung eines Grundpfandes für Fr. 127'274.30 nebst Zins und Betreibungskosten provisorische Rechtsöffnung. B. Am 29. Dezember 2010 reichte der Beschwerdeführer beim Vermittleramt Werdenberg eine Aberkennungsklage ein, mit der er die Feststellung des Nichtbestands der Forderung und des Grundpfandrechts verlangte. Mit Eingabe an das Vermittleramt vom 5. Januar 2011 zog er diese Klage wieder zurück mit dem Hinweis, gemäss Art. 198 der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO) entfalle bei Aberkennungsklagen das vorgängige Schlichtungsverfahren; damit fehle es seit diesem Zeitpunkt an der sachlichen Zuständigkeit des Vermittleramtes; der Klagerückzug erfolge deshalb angebrachtermassen und er werde die Klage "innert der Nachfrist von 20 Tagen (Art. 63 Abs. 1 und 3 ZPO i.V.m. Art. 83 Abs. 2 SchKG) direkt beim Kreisgericht" einreichen. Am 25. Januar 2011 reichte der Beschwerdeführer beim Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland eine gleichlautende Aberkennungsklage ein. Mit Entscheid vom 20. Oktober 2011 hiess das Kreisgericht die Aberkennungsklage (teilweise) gut. Es aberkannte die Forderung von Fr. 127'274.40 nebst Zins, für die provisorische Rechtsöffnung erteilt worden war, und stellte fest, dass das Grundpfandrecht zugunsten des Beschwerdegegners nicht besteht. Dagegen gelangte der Beschwerdegegner mit Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen und beantragte, den Entscheid des Kreisgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer erhob Anschlussberufung, mit der er die Aberkennung der Forderung über Fr. 130'564.85 nebst Zins und Betreibungskosten verlangte. Am 1. Februar 2012 wies die Präsidentin des Kantonsgerichts das Gesuch des Beschwerdeführers, es sei ihm im Berufungsverfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, zufolge Aussichtslosigkeit ab, wobei sie annahm, auf die Aberkennungsklage könne voraussichtlich wegen verpasster Klagefrist nach Art. 83 Abs. 2 SchKG nicht eingetreten und die Klage könne auch nicht als negative Feststellungsklage nach Art. 85a SchKG entgegengenommen werden. Das Bundesgericht hiess eine vom Beschwerdeführer dagegen erhobene Beschwerde am 28. August 2012 gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Verfahren 4A_131/2012). Diese bewilligte am 11. Oktober 2012 die unentgeltliche Rechtspflege, nachdem sie die Erfolgsaussichten der Aberkennungsklage selbst als nicht aussichtslos beurteilt hatte. Mit Entscheid in der Sache vom 7. Mai 2013 trat das Kantonsgericht in Gutheissung der Berufung auf die Aberkennungsklage und die negative Feststellungsklage gemäss Art. 85a SchKG nicht ein. Die Anschlussberufung wies es ab. Es erkannte, dass die Klagefrist nach Art. 83 Abs. 2 SchKG verpasst worden sei und die Klage auch nicht in Bezug auf die strittige Forderung als negative Feststellungsklage nach Art. 85a SchKG entgegengenommen werden könne. C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Kantonsgerichts vom 7. Mai 2013 ausser in einem hier nicht interessierenden Entscheidpunkt aufzuheben. Auf die Aberkennungsklage sei einzutreten und die Sache daher zur materiellen Behandlung (Berufung und Anschlussberufung) an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Aberkennungsklage als negative Feststellungsklage gemäss Art. 85a SchKG entgegenzunehmen und die Sache daher zur materiellen Behandlung (Berufung und Anschlussberufung) an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Das Bundesgericht verzichtete auf die Einholung einer Beschwerdeantwort bzw. Vernehmlassung.