Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist in erster Linie mit dem Erwerb, der Verwaltung und Verwertung von Immaterialgüterrechten im Bereich der modernen Finanzmarktökonomie und -informatik im In- und Ausland beschäftigt und gemäss ihrer Sachdarstellung Teil der X._-Gruppe. Die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) befasst sich primär mit der Entwicklung und dem Vertrieb von Produkten sowie der Erbringung von Dienstleistungen im Bereich der Finanzinformationen. Die Parteien pflegten seit 1991 Vertragsbeziehungen. Zuletzt schlossen sie am 8. Februar 2000 einen Vertrag betreffend die Wartung und den Vertrieb des "A._ Data Model" ("A._ Data Model"-Vertrag). Gegenstand dieses Vertrags ist das "A._ Data Model", ein logisches oder abstraktes Datenmodell. Von entscheidender Bedeutung für die Auseinandersetzung zwischen den Parteien ist das Datenübermittlungsmodell "B._ Data Feed". Der "A._ Data Model"-Vertrag enthält zusammengefasst u.a. folgende Regelungen: Ziff. 1 hält fest, dass die Parteien gemeinsam Eigentümer des "A._ Data Model" sind und der Vertrag "die gegenseitigen Rechte und Pflichten, unter denen dieses Datenmodell am Markt angeboten und gewartet wird, sowie alle anderen Rechtsverhältnisse unter den Parteien betreffend das "A._ Data Model" regelt. In Ziff. 2.1 Abs. 1 wird präzisiert, dass die Parteien Eigentümer bzw. Inhaber sämtlicher Eigentums-, Urheber- und sonstiger Leistungsschutzrechte des bzw. am "A._ Data Model" sind. Gemäss Ziff. 2.1 Abs. 3 ist es den Parteien untersagt, über das "A._ Data Model" anders als im Vertrag vorgesehen eigentums- oder urheberrechtlich oder sonst wie zu verfügen. In Ziff. 2.2 räumen sich die Parteien gegenseitig ein zeitlich unbegrenztes, nicht übertragbares, nicht ausschliessliches und unentgeltliches Lizenzrecht am "A._ Data Model" zur Eigennutzung ein. Ziff. 2.3 bestimmt, dass das "A._ Data Model" von beiden Parteien auf eigene Rechnung und in eigenem Namen unter den Bedingungen des Vertrags an alle Arten von Unternehmen lizenziert werden kann. In Ziff. 3.1 verpflichten sich die Parteien unter dem Titel "Grundsatz betreffend Geheimhaltung und Lizenzpflicht", das Datenmodell geheim zu halten und nur gegenüber Kunden offenzulegen, die entweder eine entgeltliche "A._ Data Model"-Lizenz gemäss Ziff. 4 erworben oder im Rahmen von Verkaufsgesprächen eine Geheimhaltungsverpflichtung unterzeichnet haben. Ziff. 3.2 steht unter dem Titel "Ausnahmen von der Lizenzpflicht" und erklärt in Abs. 1 die Parteien für berechtigt, Dienstleistungen bzw. Produkte, die auf dem "A._ Data Model" basieren - wie beispielsweise das "B._ Data Feed" der Beschwerdegegnerin - im Rahmen dieses Vertrags (im besonderen der Ziff. 3 und 4) zu vertreiben, ohne dass die Kunden eine "A._ Data Model"-Lizenz erwerben müssen, um diese Dienstleistungen bzw. Produkte vertragsgemäss nutzen zu dürfen. Dies ist der Fall, wenn die Dienstleistungen und Produkte einerseits an gut sichtbarer Stelle als auf dem "A._ Data Model" basierend bezeichnet werden und wenn anderseits im Rahmen von Verträgen oder den Allgemeinen Geschäftsbedingungen mit solchen Kunden festgehalten wird, dass die gelieferten Daten vom Kunden ausschliesslich dazu verwendet werden dürfen, diese in einer Datenbank mit einer bestehenden bzw. eindeutig anderen Struktur abzubilden. Gemäss Abs. 2 hat die Beschwerdegegnerin den Inhalt von Anhang 6 in ihre Verträge bzw. die Allgemeinen Geschäftsbedingungen aufzunehmen und die Restriktionen bei ihren Kunden durchzusetzen. Ziff. 4 handelt von der Lizenzierung des "A._ Data Model" und Ziff. 4.3.4 von der Bruttoerlösaufteilung. Demnach erhalten von den Bruttoerlösen, welche die Beschwerdegegnerin erzielt, die Beschwerdegegnerin 15 % und die Beschwerdeführerin 85 %. Die von der Beschwerdeführerin erzielten Bruttoerlöse gehen zu 100 % an die Beschwerdeführerin. Die Beschwerdeführerin vertrat die Auffassung, dass die Beschwerdegegnerin den "A._ Data Model"-Vertrag vom 8. Februar 2000 verletzt habe und ihr daher Schadenersatzansprüche gegen die Beschwerdegegnerin zustünden, die sie - mit einer Ausnahme - noch nicht beziffern könne, bevor nicht die Beschwerdegegnerin ihre Auskunfts- und Dokumentationspflicht erfüllt habe. B. Am 11. April 2005 reichte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein und stellte folgendes Rechtsbegehren (gemäss Replik): 1. Die Beschwerdegegnerin sei unter Androhung von Ungehorsamstrafe im Widerhandlungsfall gemäss Art. 292 StGB zu verpflichten, der Beschwerdeführerin Kopien sämtlicher seit dem 8. Februar 2000 von der Beschwerdegegnerin a) mit Kunden abgeschlossener Verträge (inkl. die darin als Vertragsbestandteile bezeichneten Dokumente) betreffend (i) den von ihr vertriebenen "B._ Data Feed" oder von Teilen davon resp. (ii) die entsprechende Dokumentation, insbesondere sämtliche Abonnementsverträge sowie die darauf Anwendung findenden - 'Allgemeine(n) Geschäftsbedingungen (AGB), Telekurs C._' - 'Besondere(n) Bedingungen für Telekurs "B._ Data Feed", Telekurs C._' b) mit Drittparteien, insbesondere Softwareentwicklungs- und Finanzdienstleistungsunternehmen abgeschlossener Vereinbarungen (inkl. die darin als Vertragsbestandteile bezeichneten Dokumente), die (i) die Zurverfügungstellung des "B._ Data Feed" oder von Teilen davon resp. (ii) von entsprechender Dokumentation durch die Beschwerdegegnerin zum Gegenstand haben und die es den Vertragspartnern ermöglichen, die Integration des "B._ Data Feed" in eigene resp. (Software-)Produkte Dritter vorzunehmen und die so entwickelten Produkte zu eigenen Zwecken zu verwenden oder zu vermarkten c) mit Kunden abgeschlossener Lizenz- und anderer Vereinbarungen (inkl. die darin als Vertragsbestandteile bezeichneten Dokumente) betreffend die Nutzung des Valoren-Datenmodells "A._ Data Model" d) mit Kunden im Rahmen von Verkaufsgesprächen abgeschlossener Geheimhaltungsvereinbarungen zu übergeben, bezüglich lit. a bis c unter Angabe der Mitarbeiterzahl eines jeden einzelnen Kunden / einer jeden einzelnen Vertragspartei zum Zeitpunkt des jeweiligen Vertragsschlusses. 2. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin Fr. 34'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 18. Oktober 2000 zu bezahlen. Das Nachklagerecht wird ausdrücklich vorbehalten. 3. Nach Erlass eines (Teil-)Urteils gemäss Ziff. 1 und 2 sei der Beschwerdeführerin Frist anzusetzen zur Erstattung der bezifferten (Nach-)Klage. Mit Urteil vom 28. Juni 2007 wies das Handelsgericht die Klage ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und entsprechend den vorinstanzlich gestellten Begehren (Ziffern 1 und 2) zu verfahren. Eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie vollumfänglich abzuweisen und das Urteil des Handelsgerichts zu bestätigen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Am 11. Dezember 2007 reichte die Beschwerdeführerin unaufgefordert eine Stellungnahme zur Beschwerdeantwort der Beschwerdegegnerin ein.