Sachverhalt: A. Die B._-Versicherungen (Versicherung) schloss mit A._ (Versicherter) unter der Police Nr. 16.839.198 per 23. Mai 1997 für den Personenwagen VW Golf 1800 Super G hinsichtlich der Risiken Haftpflicht, Kasko und Unfall eine Motorfahrzeugversicherung "Strada" ab. Auf Antrag des Versicherten vom 24. Januar 1998 nahm die Versicherung seinen zweiten Personenwagen VW Golf 1600 New Orleans in die Versicherung unter der Police Nr. 16.839.198 auf. Beide Fahrzeuge wurden mit der gleiche Wechselnummer benutzt. Gemäss einem Antrag des Versicherten vom 22. Juni 1999 wurde an Stelle des VW Golf 1600 New Orleans der Personenwagen BMW 325i versichert. In diesem vom Versicherten unterzeichneten Antrag gab er - wie bereits in den vorherigen ebenfalls unterzeichneten Anträgen - wahrheitswidrig an, sein Vater, C._, sei der häufigste Fahrzeugführer. Entsprechend einem Antrag des Versicherten vom 16. Februar 2000 erfasste die Versicherung nur noch den Personenwagen BMW 325i und auf Antrag vom 27. April 2001 zusätzlich das Fahrzeug Opel Kadett 1300i GL, wobei erneut eine einzige Wechselnummer verwendet wurde. Diese beiden Anträge sind elektronisch erzeugt und vom Agenten der Versicherung, nicht aber vom Versicherten unterzeichnet worden. Am 21. Oktober 2001 verunfallte der Vater des Versicherten mit dem Personenwagen BMW 325i. Beim Unfall wurde die Schwester des Versicherten als Mitfahrerin verletzt. Zudem erlitten Dritte einen Sachschaden. Zur Deckung des durch den Unfall verursachten Schadens leistete die Versicherung insgesamt Fr. 40'907.90. Am 23. September 2002 kündigte der Versicherte der Versicherung die Motorfahrzeugversicherung mit der Police Nr. 16.839.198. Am 15. Februar 2005 schrieb die Versicherung dem Versicherten, in seinem Versicherungsantrag vom 22. Juni 1999 habe er als häufigsten Fahrzeugführer seinen Vater angegeben. Dieser habe jedoch anlässlich seiner Befragung am 9. Februar 2005 ausgesagt, der BMW 325i sei von seinem Sohn gekauft und auch fast ausschliesslich durch ihn gelenkt worden. Dies habe der Versicherte am 10. Februar 2005 gegenüber der Versicherung bestätigt. Damit sei der Tatbestand der falschen Antragsdeklaration erfüllt, weshalb die Versicherung gemäss Art. 6 VVG per 22. Juni 1999 vom Vertrag unter Policen-Nr. 16.839.198 zurücktrete und alle Aufwendungen ab diesem Datum zurückfordere. Sie habe für einen Marderschaden vom 1. Juli 2001 Fr. 737.95 und im Zusammenhang mit dem Unfall vom 21. Oktober 2001 Fr. 40'907.90 bezahlt. Darüber hinaus sei eine Bearbeitungsgebühr von Fr. 500.-- geschuldet, weshalb der Versicherte der Versicherung insgesamt Fr. 42'145.85 zu erstatten habe. Mit Zahlungsbefehl vom 27. Mai 2005 liess die Versicherung den Versicherten über diesen Betrag nebst Zins zu 5 % seit 25. Januar 2005 betreiben. Der Versicherte erhob Rechtsvorschlag. B. Am 18. November 2005 klagte die Versicherung (Klägerin) beim Bezirksgericht Höfe gegen den Versicherten (Beklagter) auf Zahlung von Fr. 42'145.85 nebst Zins zu 5 % seit 15. Februar 2005. Das Bezirksgericht hiess die Klage am 25. Juni 2007 gut. In teilweiser Gutheissung einer dagegen gerichteten Berufung des Beklagten verpflichtete das Kantonsgericht Schwyz diesen mit Urteil vom 16. Dezember 2008, der Klägerin Fr. 41'007.90 nebst 5 % Zins seit 15. Februar 2005 zu bezahlen. Eine den Kostenentscheid betreffende Anschlussberufung der Klägerin wies das Kantonsgericht ab. C. Der Beklagte (Beschwerdeführer) erhob Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Kantonsgerichts vom 16. Dezember 2008 sowie das Urteil des Bezirksgerichts Höfe vom 25. Juni 2007 aufzuheben und die Klage abzuweisen. Zudem stellte der Beschwerdeführer ein Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung, das mit Präsidialverfügung vom 7. Juli 2009 abgewiesen wurde. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.