Sachverhalt: A. Die X._ AG (nachfolgend die Steuerpflichtige) wurde am 11. November 1999 als Auffanggesellschaft der konkursiten und inzwischen liquidierten Betreiberin der A._ Bar und des gleichnamigen Dancings in B._ gegründet. Sie wird zu 99.8 % von Rechtsanwalt Y._ beherrscht, der auch ihr einziger Verwaltungsrat und Geschäftsführer ist. Ihr erstes Geschäftsjahr dauerte vom 11. November 1999 bis 31. Dezember 2000. Am 9. Januar 2008 erliess der Steuerkommissär für die Steuerperioden 2000 (11.11.1999 - 31.12.2000) und 2001 (1.1. - 31.12.2001) nach Rückweisung der Sache durch die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich (Entscheid vom 14. September 2005, 1. Rechtsgang) abgeänderte und verbesserte Einschätzungsentscheide. Diese Veranlagungen ergingen teilweise nach pflichtgemässem Ermessen. Gleichzeitig erliess er erstmals die Einschätzungen für die Steuerperioden 2002 (1.1. - 31.12.2002) und 2003 (1.1. - 31.12.2003) global nach pflichtgemässem Ermessen. Die Steuerpflichtige führte gegen die Einschätzungen der vier Perioden je Einsprache, auf die das Kantonale Steueramt Zürich jedoch nicht eintrat, da die Einsprachen gegen die Ermessensveranlagungen nicht rechtsgenügend begründet seien. Die Steuerpflichtige erhob Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission I (2. bzw. 1 Rechtsgang) und sodann Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 21. Januar 2009 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerden für die vier Perioden der Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer teilweise gut, soweit es darauf eintrat, und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zu neuem Entscheid im Einspracheverfahren an das Kantonale Steueramt zurück. Abweichend von der Rekurskommission erkannte es, dass auf die Einsprachen gegen die Ermessensveranlagungen einzutreten sei, da "das Nachholen der versäumten Mitwirkungshandlung nach der differenzierten bundesgerichtlichen Praxis keine Gültigkeitsvoraussetzung der Einsprache ist" (mit Hinweis auf das Urteil 2C_620/2007 und 621/2007 vom 2. Juli 2008). B. Das Kantonale Steueramt Zürich wies am 6. Juli 2009 die Einsprachen hinsichtlich aller vier Steuerperioden in zwei separaten Entscheiden für die Staats- und Gemeindesteuern und für die direkte Bundessteuer ab. Auf Rekurs der Steuerpflichtigen hin schätzte die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich (3. resp. 2. Rechtsgang) die Steuerpflichtige für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 beim steuerbaren Kapital geringfügig niedriger ein. Im Übrigen bestätigte sie die Einschätzungen für die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer 2000-2003 gemäss den neuen Einspracheentscheiden (Entscheid vom 13. April 2010). Das von der Steuerpflichtigen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies in der Folge mit Entscheid vom 8. Dezember 2010 die Beschwerde hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer für alle vier Perioden ab und auferlegte die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, "die Anfechtungsobjekte (gemeint ist der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Dezember 2010) seien vollumfänglich aufzuheben". Das Kantonale Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen (soweit darauf einzutreten sei). Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit sie die direkte Bundssteuer betrifft. Mit Verfügung vom 28. März 2011 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.