Sachverhalt: A. X._ ist Inhaber des Führerausweises Kategorie A und B. Am 7. September 2011 um 02.35 Uhr war er mit seinem Motorrad unterwegs und wurde in Drobollach (Österreich) von einem von der Behörde hiezu ermächtigten Organ der Strassenaufsicht zu einer Überprüfung der Atemluft auf Alkohol aufgefordert. Der Alkoholtest mit dem Vortestgerät ergab einen Alkoholgehalt von 0,67 mg/l. Die Atemluftmessung mit dem Alkomaten verweigerte X._. Aufgrund dieses Vorfalls verurteilte ihn die Bundespolizeidirektion Villach (Strafamt) mit Straferkenntnis vom 7. September 2011 wegen Verweigerung der Überprüfung der Atemluft auf Alkoholgehalt zur Bezahlung einer Geldstrafe in Höhe von EUR 1'600.00 nebst Verfahrenskosten von EUR 160.00. Gleichentags erliess das Verkehrsamt der Bundespolizeidirektion Villach ein Fahrverbot in Österreich für die Dauer von sechs Monaten. Mit Verfügung vom 31. Mai 2012 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis für die Dauer von drei Monaten ab dem 27. Juli 2012 bis und mit dem 26. Oktober 2012. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres mit Entscheid vom 17. September 2012 ab. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. April 2013 ab, soweit es darauf eintrat. C. X._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung der Verwaltungsverfügung vom 31. Mai 2012 sei vom Ausfällen einer Administrativmassnahme gänzlich abzusehen. Eventuell sei er mit einer Verwarnung zu belegen oder das Verfahren an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau und das Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.