Immissionen, Frühgeläut, hat sich ergeben: A.- Nachdem der Gemeinderat Bubikon am 1. Oktober 1997 auf einen Antrag von X._, das Frühgeläut der reformierten Kirche Bubikon von 05.00 Uhr auf 07.00 Uhr zu verschieben, nicht eingetreten war, zog er am 18. Februar 1998 seinen Entscheid in Wiedererwägung und ordnete an, dass dieses Frühgeläut nicht vor 06.00 Uhr stattfinden dürfe und auf durchschnittlich 50 Schläge zu beschränken sei. Gegen diesen Entscheid führte X._ erfolglos Rekurs bei der Baurekurskommission III und Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. B.- Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. Januar 1999 hat X._ beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Die Beschwerdeführerin beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei anzuordnen, dass das Frühgeläut der reformierten Kirche Bubikon ausnahmslos nicht vor 07.00 Uhr ertönen dürfe. C.- Die Reformierte Kirchgemeinde Bubikon und der Gemeinderat Bubikon beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Den gleichen Antrag stellt das Verwaltungsgericht. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) liess sich vernehmen, ohne einen Antrag zum Verfahrensausgang zu stellen. Es würde eine Verschiebung des Frühgeläuts auf 07.00 Uhr als verhältnismässig erachten. Die Parteien erhielten Gelegenheit, zum Bericht des BUWAL Stellung zu nehmen.