Eintragung eines Inhaberschuldbriefs im Grundbuch, hat sich ergeben: A.- Mit Urkunde vom 24. Oktober 2000 errichtete Notar B._ einen Inhaberschuldbrief über Fr. 50'000.-- im 9. Rang bei einem Vorgang von Fr. 496'000.-- auf verschiedenen landwirtschaftlichen Grundstücken in C._ (Kanton Luzern), die im Eigentum von A._ stehen (Gesamtpfand). Gläubigerin und Pfandnehmerin ist die D._-Stiftung. Am 17. November 2000 bewilligte das Volkswirtschaftsdepartement des Kantons Luzern die sich mit dem neuen Pfandrecht ergebende Überschreitung der Belastungsgrenze gemäss Art. 73 ff. des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211. 412.11), worauf Notar B._ die öffentliche Urkunde über die Errichtung des Grundpfandes zur Eintragung beim Grundbuchamt E._ anmeldete. B.- Mit Verfügung vom 20. Dezember 2000 wies der Grundbuchverwalter von E._ die Anmeldung ab mit der Begründung, für die Errichtung von Schuldbriefen gelte die Katasterschatzung als Belastungsgrenze. Diese betrage hier Fr. 251'400.-- und werde mit dem neu errichteten Schuldbrief überschritten. Möglich sei die Errichtung einer Grundpfandverschreibung. Hiergegen beschwerten sich A._ und Notar B._ erfolglos beim Obergericht (Justizkommission) des Kantons Luzern. Dieses erwog in seinem Entscheid vom 5. Februar 2001, Art. 843 ZGB ermächtige die Kantone, für die Errichtung von Schuldbriefen eine amtliche Schätzung des Grundstücks vorzuschreiben und zu bestimmen, dass Schuldbriefe nur bis zum Betrag der Schätzung oder eines Bruchteils des Schätzungswertes errichtet werden dürften. Von dieser Möglichkeit habe der Kanton Luzern durch Erlass des Gesetzes vom 7. März 1939 betreffend die Belastungsgrenze für Schuldbriefe Gebrauch gemacht. Als Belastungsgrenze gelte die Katasterschatzung, die klar überschritten werde. Das kantonale Gesetz sei durch das BGBB nicht abgelöst worden. Zwar werde es mit dem Inkrafttreten des neuen kantonalen EG zum ZGB auf den 1. Januar 2002 aufgehoben. Bis dann sei es aber massgebend. C.- Mit Eingabe vom 5. März 2001 führen A._ und Notar B._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Sie beantragen, der Entscheid des Obergerichts und die Abweisungsverfügung des Grundbuchamtes E._ seien aufzuheben und letzteres sei anzuweisen, die Grundbuchanmeldung zu vollziehen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Zur Begründung machen die Beschwerdeführer geltend, seit dem Inkrafttreten des BGBB sei das kantonale Gesetz betreffend die Belastungsgrenze für landwirtschaftliche Grundstücke nicht mehr anwendbar. Obergericht und Grundbuchamt schliessen auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei). Auch das Bundesamt für Justiz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten sei.