Obergerichts des Kantons Bern [JG 041/III/2000] vom 29. März 2001), hat sich ergeben: A.- Am 14. Dezember 1999 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ wegen qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und wegen sexueller Handlungen mit Kindern zu zwölf Jahren Zuchthaus, Fr. 20'000.-- Busse und zu fünfzehn Jahren Landesverweisung. B.- Weil X._ die Busse nicht bezahlte, ersuchte die Steuerverwaltung des Kantons Bern das Obergericht mit Schreiben vom 10. November 2000 um Umwandlung der Busse in Haft. Der Aufenthalt des Schuldners sei unbekannt. Der Präsident der 3. Strafkammer des Obergerichts forderte darauf hin X._ mittels Publikation im Amtsblatt vom 6. Dezember 2000 auf, die Busse zu bezahlen oder sich zum Umwandlungsbegehren vernehmen zu lassen. X._ liess sich nicht vernehmen. Der Generalprokurator des Kantons Bern stellte am 29. Januar 2001 den begründeten Antrag, die Busse in drei Monate Haft umzuwandeln. Nachdem die kantonalen Behörden in Erfahrung gebracht hatten, dass sich X._ in den Etablissements de la Plaine de l'Orbe im Strafvollzug befindet, forderte der Präsident der 3. Strafkammer des Obergerichts diesen mit einer Frist von zehn Tagen erneut auf, die Busse zu bezahlen oder sich vernehmen zu lassen. X._ kam der Aufforderung nicht nach. Darauf wandelte die 3. Strafkammer des Obergerichts die Busse von Fr. 20'000.-- mit Beschluss vom 29. März 2001 in drei Monate Haft um. C.- X._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag um Aufhebung des Umwandlungsbeschlusses. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung. D.- Der stellvertretende Generalprokurator des Kantons Bern hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.