Sachverhalt: A. Die X._ Ltd (Klägerin, Beschwerdeführerin) ist eine in Australien domizilierte Gesellschaft australischen Rechts. Die Y._ Bank (Schweiz) AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft schweizerischen Rechts mit Sitz in Basel, die gemäss Fusionsvertrag vom 18. Dezember 2009 die Z._ Bank (Schweiz) AG mit Sitz in Zürich absorbiert hat. Nach Darstellung der Klägerin hat A._, einer ihrer Aktionäre, für sie im Jahre 2001 nach Investitionsmöglichkeiten gesucht. Dabei sei er an B._ gelangt, der ihn überredet habe, in angeblich von der Z._ Bank emittierte und durch gewinnträchtige Investitionen unterlegte Schuldscheine zu investieren. Zu diesem Zweck habe A._ mit B._ ein "Placement Agreement" geschlossen. Die Investitionssumme von USD 5 Mio. sollte auf ein "bankeigenes" Konto bei der Z._ Bank (Schweiz) AG in Genf (nachfolgend: Z._ Bank Genf) überwiesen werden. Die Überweisung erfolgte als mehrgliedrige Kettenüberweisung: Die Klägerin erteilte am 12. bzw. 14. Februar 2002 der S._ Bank Ltd. in Sydney (nachfolgend: S._ Bank Sydney) den Auftrag, vom dortigen Konto der Klägerin USD 5 Mio. auf ein Konto bei der Z._ Bank Genf zu überweisen. Angesichts der Währung in US-Dollar beauftragte die S._ Bank Sydney die S._ Bank New York mit der Überweisung, welche ihrerseits der Z._ Bank New York den Betrag in US-Dollar auf deren US-Dollar Konto bei der S._ Bank New York gutschrieb. Die Z._ Bank New York wiederum schrieb diese Summe der Z._ Bank Genf gut. Der Betrag von USD 5 Mio. sollte dem bei der Z._ Bank Genf liegenden Konto Nr. uuu._ gutgeschrieben werden. Die diesbezügliche SWIFT Meldung bezeichnete als begünstigten Kunden "uuu._ Z._ Bank Private Banking Switzerland". Die Z._ Bank Genf als Empfängerbank schrieb den Betrag dem Nummernkonto uuu._ gut, welches allerdings B._ als Inhaber auswies. In der Folge verfügte dieser über die Gelder für eigene Zwecke und für die Klägerin unwiederbringlich. B. Die Klägerin ist im Wesentlichen der Auffassung, da die am Konto tatsächlich berechtigte Person mit der in der SWIFT-Meldung genannten nicht übereinstimmte, hätte das Geld nicht ohne Rückfrage dem Konto gutgeschrieben werden dürfen. Sie erhebt in diesem Zusammenhang auch strafrechtliche Vorwürfe gegen zwei Angestellte der Beklagten, die mit B._ zusammengewirkt haben sollen. Mit Klage vom 29. Oktober 2010 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr USD 5 Mio. nebst Zins zu 5 % seit 14. Februar 2002 zu bezahlen. Das Handelsgericht wies mit Urteil vom 6. November 2012 die Klage ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.