Sachverhalt: A. B.X._ wurden diverse Wirtschaftsstraftatbestände (Betrug, ungetreue Geschäftsbesorgung, Veruntreuung, Urkundenfälschung etc.) vorgeworfen. Die Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht Zürich war auf den 11. - 13. Mai 2005 angesetzt. Am 12. Mai 2005 erlag B.X._ den Folgen eines Suizidversuchs vom Vortag. B. Den beteiligten Parteien wurde Gelegenheit zur Stellungnahme zum Kosten- und Entschädigungspunkt eingeräumt. Mit Beschluss vom 7. Juli 2005 wurde auf die Anklage wegen Eintritts eines Prozesshindernisses (Tod) nicht eingetreten und das Verfahren abgeschrieben. Die Kosten der Untersuchung (Fr. 280'004.70) und des gerichtlichen Verfahrens (Fr. 15'999) wurden dem Nachlass von B.X._ zu 4/5 auferlegt. Die Gutachterkosten wurden dem Nachlass vollumfänglich auferlegt. Dem Nachlass wurde eine Prozessentschädigung von Fr. 50'000.-- zugesprochen. C. Die Witwe des Angeschuldigten, A.X._, rekurrierte gegen diesen Kostenentscheid. Mit Sitzungsbeschluss vom 7. Mai 2008 wies das Obergericht des Kantons Zürich den Rekurs ab. D. Dagegen erhebt A.X._ Beschwerde in Strafsachen. Sie verlangt die Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses. E. Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde (Schreiben vom 15. September 2008; act. 10). Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 23. September 2008 die Abweisung der Beschwerde unter Verweis auf den angefochtenen Beschluss (act. 11).