Sachverhalt: A. Am 12. November 2005 kam es zwischen H.C._ (Beschwerdegegner I) und E.A._ (Beschwerdegegner II) zu einer tätlichen Auseinandersetzung, in deren Verlauf letzterer auch ein Messer eingesetzt haben soll. B. Mit Urteil vom 10. Januar 2007 sprach das Bezirksgericht Zürich H.C._ (Beschwerdegegner I) der einfachen Körperverletzung im Sinne von Art. 123 Ziff. 1 Abs. 1 StGB schuldig und bestrafte ihn mit einer unbedingten Geldstrafe von 190 Tagessätzen zu Fr. 30.-- als Gesamtstrafe. Vom Vorwurf der qualifizierten einfachen Körperverletzung im Sinne von Art. 123 Ziff. 2 Abs. 1 StGB wurde er freigesprochen. Gleichentags sprach das Bezirksgericht E.A._ (Beschwerdegegner II) der einfachen Körperverletzung im Sinne von Art. 123 Ziff. 1 Abs. 1 und Ziff. 2 Abs. 1 StGB und der Sachbeschädigung im Sinne von Art. 144 Abs. 1 StGB schuldig. Vom Vorwurf der mehrfachen Drohung im Sinne von Art. 180 StGB sprach es ihn frei. Er wurde bestraft mit einer bedingten Geldstrafe von 240 Tagessätzen zu Fr. 30.--, wovon 36 Tagessätze als durch Untersuchungshaft geleistet galten. C. Sowohl H.C._ als auch E.A._ erhoben Berufung. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich erhob Anschlussberufung. D. An der mündlichen Berufungsverhandlung schlossen die Parteien unter Mitwirkung des Obergerichts des Kantons Zürich folgende Vereinbarung: "1. H.C._ und E.A._ erklären ihr gegenseitiges Desinteresse an der weiteren Strafverfolgung. 2. Jeder Angeklagte verpflichtet sich, die Kosten seines Strafverfahrens (Untersuchungskosten sowie Kosten des erst- und zweitinstanzlichen Gerichtsverfahren), einschliesslich Kosten seiner amtlichen Verteidigung/Rechtsvertretung, zu bezahlen. 3. E.A._ verpflichtet sich, H.C._ als Ausgleich der gegenseitigen Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche Fr. 2000.- zu bezahlen, zahlbar in vier monatlichen Raten à Fr. 500.-, erstmals am 1. des Monats, welcher der Rechtskraft der Abschreibungsbeschlüsse folgt." E. Mit Beschluss vom 21. April 2008 nahm das Obergericht des Kantons Zürich von der Vereinbarung Vormerk und schrieb beide Strafprozesse in Anwendung von Art. 53 StGB als erledigt ab. F. Mit zwei in den vorliegend wesentlichen Punkten identischen Beschwerden in Strafsachen beantragt die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich die Aufhebung des Beschlusses vom 21. April 2008 und die Rückweisung an die Vorinstanz. G. Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme. Beide Beschwerdegegner beantragen in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdegegner I verlangt zudem die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.