Sachverhalt: A. L._ war seit der Gründung der E._ GmbH im Jahr 2006 deren Geschäftsführer, ab 13. Februar 2008 bis 8. Juni 2009 Gesellschafter und Geschäftsführer. Mit Verfügung vom .... November 2009 wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet. Das Verfahren wurde am .... Juli 2010 mangels Aktiven eingestellt und die Gesellschaft am .... Juli 2010 von Amtes wegen gelöscht. Als Arbeitgeberin war die E._ GmbH der Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich (SVA) angeschlossen. Diese forderte mit Verfügung vom 13. August 2010 (unter anderem) von L._ Schadenersatz für entgangene Sozialversicherungsbeiträge in Höhe von Fr. 30'841.30. Die dagegen erhobene Einsprache des L._ wies sie mit Einspracheentscheid vom 15. Oktober 2010 ab. B. L._ beantragte beschwerdeweise beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Aufhebung des Entscheides. Das kantonale Sozialversicherungsgericht änderte in teilweiser Gutheissung der Beschwerde den Einspracheentscheid dahingehend ab, als es L._ verpflichtete, (solidarisch) Schadenersatz in Höhe von Fr. 28'681.50 zu bezahlen (Entscheid vom 29. Juni 2012). C. L._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. In prozessualer Hinsicht ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Die Ausgleichskasse schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.