Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich führte eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachtes qualifizierter Drogendelikte. Am 1. Oktober 2007 wurde gegen den Angeschuldigten Untersuchungshaft angeordnet. Diese wurde mehrmals verlängert (letztmals mit haftrichterlicher Verfügung vom 30. September 2008). B. Am 4. Dezember 2008 erhob die Staatsanwaltschaft Anklage beim Bezirksgericht Zürich wegen mehrfachen qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz. Mit Verfügung vom 17. Dezember 2008 ordnete der Haftrichter des Bezirksgerichtes Zürich an, dass der Angeklagte in Sicherheitshaft verbleibe. Bei diesem Entscheid stützte sich der Haftrichter auf die bisher ergangenen haftrichterlichen Verfügungen, die Anklageschrift vom 4. Dezember 2008 und die "übrigen Akten" der Staatsanwaltschaft. C. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 17. Dezember 2008 gelangte X._ mit Beschwerde vom 16. Januar 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Rückweisung der Haftsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. Der kantonale Haftrichter beantragt mit Vernehmlassung vom 26. Januar 2009 (sinngemäss) die Abweisung der Beschwerde, während die Staatsanwaltschaft auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet hat. Der Beschwerdeführer replizierte am 3. Februar 2009.