Sachverhalt: A. A.a Der 1964 geborene X._ arbeitete als Maurer bei der Bauunternehmung A._ AG, als er am 30. April 1992 eine Traktionsverletzung der rechten Schulter mit Ansatztendinosen periscapulär und subacromialem posttraumatischem Impingement-Syndrom erlitt. Die Behandlung erfolgte konservativ. Ab 18. Mai 1992 bestand wieder volle Arbeitsfähigkeit. Der Versicherte arbeitete ab 16. März 1998 als Maurer bei der Firma B._ AG und nebenberuflich seit 8. Juni 2002 als Raumpfleger bei der Reinigungsfirma C._ AG. Am 29. Juni 2002 rutschte er von einer Leiter und zog sich eine Rissquetschwunde am linken Oberschenkel mit Beteiligung der Muskulatur, aber ohne Gefäss- und Nervenläsion zu. Gleichentags wurde er im Spital Y._ operiert (Débridement und primärer Wundverschluss). Am 30. September 2003 meldete er sich wegen Schmerzen im linken Oberschenkel und Rücken sowie in der rechten Schulter bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Freiburg zog diverse Arztberichte und die SUVA-Akten bei. Mit Verfügung vom 28. Mai 2004 verneinte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente (Invaliditätsgrad 24 %) und bejahte denjenigen auf Arbeitsvermittlung. Die dagegen erhobene Einsprache hiess sie mit unangefochten in Rechtskraft erwachsenem Entscheid vom 20. Dezember 2004 teilweise gut und hob die Verfügung zwecks Vornahme weiterer Abklärungen auf. Sie holte Gutachten des Neurologen Dr. H._ vom 7. Februar 2005 und des Psychiaters Dr. med. E._ vom 23. Januar 2006 ein. Am 30. Mai 2006 war der Versicherte in einen Autounfall verwickelt; das Spital Z._ diagnostizierte am 31. Mai 2006 eine Distorsion der Halswirbelsäule. Mit Verfügung vom 24. Juli 2007 verneinte die IV-Stelle den Rentenanspruch (Invaliditätsgrad 24 %). A.b Mit Verfügung vom 19. November 2003 stellte die SUVA die Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld) an den Versicherten für die Folgen des Unfalls vom 29. Juni 2002 per 23. November 2003 ein. Mit Entscheid vom 8. Januar 2007 wies sie seine Einsprache ab, wobei sie ihre Leistungspflicht für die Unfälle vom 30. April 1992 und 29. Juni 2002 verneinte. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht Freiburg mit Entscheid vom 23. Dezember 2009 ab; im Rahmen dieses Verfahrens legte die SUVA einen Bericht des Psychiaters Dr. med. W._ vom 7. Dezember 2004 auf. Diese Sache ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_139/2010. B. Die gegen die Verfügung der IV-Stelle vom 24. Juli 2007 erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 23. Dezember 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm rückwirkend per 30. September 2003 eine Rente auf der Basis von 100 %, eventuell eine Rente auf der Basis von mindestens 55 % zuzusprechen; subeventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur Neuabklärung zurückzuweisen; es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.