Sachverhalt: A. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen dem 1951 geborenen M._ mit Verfügungen vom 25. Januar und 5. März 2008 rückwirkend ab 1. Juni 2006 bei einem Invaliditätsgrad von 54 % eine halbe Invalidenrente zu. B. Die ASGA Pensionskasse, bei welcher M._ als Kundenmaler bei der Firma K._ bis 30. Juni 2005 für die berufliche Vorsorge versichert gewesen war, führte gegen beide Verfügungen Beschwerde. Sie beantragte, unter Aufhebung der Verfügungen vom 25. Januar und 5. März 2008 sei der Invalidenrentenbeginn auf August 2006 festzulegen. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen vereinigte die beiden Beschwerdeverfahren. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 trat es auf die Beschwerden nicht ein. C. Die ASGA Pensionskasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei der Rentenbeginn auf den 16. August 2006 festzulegen; eventuell sei festzustellen, dass ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad bestehe; subeventuell sei die Sache zu materieller Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Während M._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichten, beantragt die IV-Stelle als Mitbeteiligte, die Beschwerde sei gutzuheissen. Die ebenfalls als Mitinteressierte beigeladene Stiftung Auffangeinrichtung BVG äussert sich zur Sache, ohne einen Antrag zu stellen.