hat sich ergeben: A.- Die Rivella International AG ist Inhaberin der Wortmarke RIVELLA und zweier Wort-/Bildmarken RIVELLA. Die Rivella AG (Klägerin), welche das Milchserumgetränk 'Rivella' produziert, ist an diesen Marken als Lizenznehmerin berechtigt und namentlich auch befugt, mit rechtlichen Schritten gegen Verletzungshandlungen vorzugehen. Die Denner AG (Beklagte) bezog in den Jahren 1988 bis 1996 Rivella-Produkte bei der Klägerin. Nach dem Auslaufen der vertraglichen Beziehungen plante die Beklagte, ein Konkurrenzprodukt zu Rivella unter dem Namen 'apiella' auf den Markt zu bringen. Am 5. November 1996 startete sie mit einem Werbespot am Schweizer Fernsehen eine entsprechende Werbekampagne und am darauffolgenden Tag den Verkauf von apiella. B.- Auf Gesuch der Klägerin um Erlass einer vorsorglichen Massnahme hin verbot der Einzelrichter des Handelsgerichts des Kantons Zürich der Beklagten mit Verfügung vom 26. November 1996 im Wesentlichen, apiella in der vorliegenden Form zu vertreiben oder dafür zu werben und die Bezeichnung apiella auf Flaschen für Getränke zu verwenden. Mit der darauf eingereichten ordentlichen Klage verlangte die Klägerin neben der Zahlung von Schadenersatz und der Erstattung des unrechtmässig erlangten Gewinnes im Wesentlichen ein an die Beklagte gerichtetes Verbot, apiella in der vorliegenden Form zu vertreiben, zu bewerben oder die Bezeichnung apiella für Getränke zu verwenden; überdies beantragte sie die Feststellung, dass die Beklagte ihre Rechte an der Ausstattung des Getränks rivella-rot sowie ihre Rechte an der Wortmarke Nr. 366920 RIVELLA und der Bildmarke Nr. 412855 RIVELLA verletzt habe, indem sie die Bezeichnung apiella für Getränke verwendet hat. Schliesslich sei die Beklagte zu verpflichten, das Urteil auf ihre Kosten in verschiedenen Zeitungen sowie am Fernsehen zu veröffentlichen. Mit Verfügung vom 27. Oktober 1997 wurde das Verfahren aus prozessökonomischen Gründen auf die Verletzungsfrage beschränkt. Mit Vor- bzw. Teilurteil vom 29. Juni 1999 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich das Unterlassungs-, das Feststellungs- und das Publikationsbegehren grösstenteils gut. Eine gegen dieses Urteil gerichtete Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 12. April 2000 ab, soweit es darauf eintrat. C.- Die Beklagte hat gegen das Urteil des Handelsgerichts eidgenössische Berufung eingelegt. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Klage abzuweisen; eventualiter sei der Fall an die Vorinstanz zur Beweisabnahme über die Frage der Gefahr der Verwechslung bzw. Fehlzurechnung zurückzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung und Bestätigung des angefochtenen Urteils.