Sachverhalt: A. X._ befindet sich seit dem 29. Juni 2009 in Untersuchungshaft. Es wird ihm unter anderem zur Last gelegt, am 17. Mai 2009 gemeinsam mit zwei weiteren Angeschuldigten die zum Widerstand unfähige Geschädigte Y._ in Kenntnis deren Zustandes zu beischlafsähnlichen respektive anderen sexuellen Handlungen missbraucht und die sexuellen Handlungen mit seiner Fotokamera gefilmt zu haben. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich beantragte am 29. September 2009 die Verlängerung der Untersuchungshaft. Mit Verfügung vom 1. Oktober 2009 gab der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich dem Antrag statt und verlängerte die Untersuchungshaft bis zum 1. Januar 2010 wegen Kollusionsgefahr. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung der haftrichterlichen Verfügung und die Entlassung aus der Untersuchungshaft. Eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege im Verfahren vor Bundesgericht. C. Der Haftrichter hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft schliesst auf Beschwerdeabweisung. Der Beschwerdeführer hat repliziert.