Sachverhalt: A. Die X._ AG bezweckt gemäss Handelsregistereintrag die Projektierung und Erstellung einer Golfanlage samt Infrastruktur in A._ sowie deren Instandhaltung und Erneuerung. Sie kann die Anlagen selbst betreiben oder verpachten. Die Aktiengesellschaft ist seit dem 1. Januar 1996 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingetragen. Betrieben wird die Golfanlage durch den Golfclub X._, ein Verein im Sinne von Art. 60 ff. ZGB. Anlässlich einer Kontrolle bei der X._ AG über die Quartale 1/1996 bis 3/2000 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung fest, dass Vereinsmitglieder des Golfclubs X._ die Baukostenbeiträge direkt an die X._ AG bezahlt hatten. Die Eidgenössische Steuerverwaltung qualifizierte die Baukostenbeiträge als ein Entgelt, das von Dritten, den Vereinsmitgliedern, dafür bezahlt wird, dass die X._ AG dem Verein die Golfanlage zur Verfügung stellt. Mit Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 197'146 forderte die Eidgenössische Steuerverwaltung für die Quartale 1/1996 bis 3/2000 auf den Baukostenbeiträgen die Mehrwertsteuer im Betrag von Fr._ nebst Verzugszins nach. Mit Entscheid vom 7. Februar 2006 und Einspracheentscheid vom 15. März 2006 bestätigte sie die Steuernachforderung. B. Die X._ AG führte Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Das Bundesverwaltungsgericht, welches das Verfahren übernommen hatte, wies mit Urteil vom 28. Dezember 2007 die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 28. Dezember 2008 aufzuheben und es sei auf die Steuernachforderung zu verzichten und die nachgeforderte Steuer wieder gutzuschreiben. Bereits bezahlte Beträge seien samt Vergütungszins zurückzuerstatten. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Stellungnahme. Der Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung beigelegt.