Sachverhalt: A. Am 16. März 2006 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ wegen verschiedener Delikte unter anderem zu einer Busse von Fr. 10'000.--. Dieses Urteil ist in Rechtskraft erwachsen. Da die Busse nicht bezahlt wurde, eröffnete das Obergericht am 5. Februar 2009 auf Begehren der Inkassostelle der Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Bussenumwandlungsverfahren gemäss Art. 49 Ziff. 3 aStGB. Das Bussenumwandlungsbegehren konnte X._ erst am 27. April 2009 via Gemeindeverwaltung Frauenkappelen rechtsgültig zur Vernehmlassung zugestellt werden. X._ liess sich in der Folge nicht vernehmen. B. Mit Beschluss vom 28. Mai 2009 wandelte das Obergericht des Kantons Bern auf Antrag der Generalprokuratur die am 16. März 2006 ausgefällte Busse von Fr. 10'000.-- in drei Monate Haft um. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen vor Bundesgericht, in der er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Die 1. Strafkammer des Obergerichts sowie die Generalprokuratur des Kantons Bern verzichteten auf eine Vernehmlassung.