Sachverhalt: A. A.a E._ (Erblasser) starb am 31. Juli 2003. Er und seine Ehefrau hatten am 6. Januar 1971 einen Ehevertrag geschlossen und eine Gütergemeinschaft vereinbart. Danach ging das Gesamtgut zu drei Vierteln an die Ehefrau und zu einem Viertel an die fünf Kinder, zu denen X._ und Y._ (Beschwerdeführerinnen) gehören. A.b Z._ (Beschwerdegegner) wurde vom Erblasser mit letztwilliger Verfügung vom 9. Juli 1997 als Willensvollstrecker eingesetzt und nahm das Amt an. Gemäss dem Vertrag über die güterrechtliche und erbrechtliche Teilung vom 11./20. November 2003 und der Teilungsrechnung vom 29. Oktober 2004 betrug das bereinigte Reinvermögen rund 100 Mio. Fr. und sollten davon rund 65 Mio. Fr. an die überlebende Ehefrau und rund 35 Mio. Fr. an die fünf Kinder zu gleichen Teilen (je 7 Mio. Fr.) gehen. Unter den Passiven hatte der Beschwerdegegner in der Teilungsrechnung sein Honorar mit Fr. 333'918.40 eingesetzt. A.c Die überlebende Ehefrau und die fünf Kinder genehmigten die Teilungsrechnung und erteilten dem Willensvollstrecker die Entlastung. Die Beschwerdeführerinnen unterzeichneten die entsprechenden Erklärungen am 5. bzw. 7. November 2004, nachdem sie zuvor Erkundigungen zur Höhe des Honorars eingeholt hatten. Im November 2004 wurde den fünf Kindern je ihr Erbanteil ausbezahlt. Am 1. Dezember 2004 liess sich der Beschwerdegegner sein Honorar ab dem Nachlasskonto überweisen. B. Mit Klage vom 24. März 2009 begehrten die Beschwerdeführerinnen, (1.) das Willensvollstreckerhonorar des Beschwerdegegners sei nach Massgabe der einschlägigen gesetzlichen Bestimmungen, höchstens aber mit einem Betrag von Fr. 44'168.50 (inkl. Auslagen, Spesen und MWSt.) gerichtlich festzulegen und (2.) den Beschwerdegegner zu verurteilen, den Beschwerdeführerinnen je Fr. 24'747.55 nebst Zins zu bezahlen. Der Beschwerdegegner beantragte, auf das Begehren 1 nicht einzutreten, das Begehren 2 abzuweisen und eventualiter die Klage vollumfänglich abzuweisen. Das Zivilgericht Basel-Stadt und auf Appellation der Beschwerdeführerinnen hin das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt traten auf das Feststellungsbegehren mangels Interesses nicht ein und wiesen das Leistungsbegehren ab, weil es von den Beschwerdeführerinnen als einzelne Erbinnen allein nicht erhoben werden könne, sondern von allen Erben als notwendige Streitgenossen gestellt werden müsse (Urteil vom 9. Juni 2010 und Entscheid vom 27. Juni 2012). C. Mit Eingabe vom 28. November 2012 beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht, den appellationsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an das Appellationsgericht, eventuell an das Zivilgericht zurückzuweisen. Es sind die kantonalen Akten eingeholt worden. Der Beschwerdegegner und das Appellationsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Vernehmlassungen wurden den Beschwerdeführerinnen angezeigt.