Sachverhalt: A. A.a X._ (geb. 1940) trat am 15. Oktober 1968 im Rahmen eines Strafverfahrens in die Kantonale Psychiatrische Klinik (KPK) Y._ ein, nachdem er in A._ grundlos mehrere Passanten angegriffen hatte. Am 17. Juni 1969 wurde er zufolge Unzurechnungsfähigkeit von der Anklage der einfachen Körperverletzung und der Tätlichkeit freigesprochen und in einer Heil- oder Pflegeanstalt verwahrt. Eine formelle Aufhebung dieser Massnahme erfolgte nicht. X._ verblieb aber weiterhin in der Anstalt, wurde schliesslich am 30. März 1999 entlassen und in einem Pflegeheim auf dem Klinikareal untergebracht. A.b Am 5. November 1999 verfügte der Bezirksarzt-Stellvertreter B._ im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung die Einweisung von X._ in die KPK Y._. Mit Eingabe vom 15. Januar 2009 stellte X._ ein Entlassungsgesuch, welches die Klinik mit Entscheid vom 16. Januar 2009 abwies. B. B.a Am 20. Januar 2009 erhob X._ gegen die verweigerte Entlassung Klage bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen mit den Anträgen, ihn sofort aus der Klinik zu entlassen, ihm die unentgeltliche Prozessführung zu bewilligen und seinen Vertreter als unentgeltlichen Rechtsbeistand zu bestellen. Am 22. Januar 2009 wurde X._ im Beisein seines Anwalts durch den bezeichneten Fachrichter einvernommen, welcher überdies gleichentags seinen gutachterlichen Bericht erstattete. Nach diesem Bericht leidet X._ an einer paranoiden Schizophrenie (ICD: 20) mit persistierendem Grössenwahn. Aus den Akten ergibt sich zudem, dass X._ tätlich und aggressiv wird. B.b Mit Präsidialverfügung vom 19. Februar 2008 (recte 2009) wurde X._ die unentgeltliche Verbeiständung bewilligt. Anlässlich der mündlichen Verhandlung vom 26. Januar 2009 wurde X._ im Beisein seines Vertreters und eines Pflegers und des begutachtenden Fachrichters durch die urteilende Kommission angehört. In diesem Verfahren beantragte der Beschwerdeführer die sofortige Entlassung und ersuchte ferner darum, die angeordneten Zwangsmassnahmen (zwangsweise Verabreichung von Medikamenten) aufzuheben. Am 27. Februar 2009 erklärte sich die Kommission für die Beurteilung der Zwangsmassnahmen nicht zuständig, erachtete die Aufrechterhaltung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung für rechtmässig und wies aus diesen Überlegungen die Klage ab, soweit darauf einzutreten war. Auf die Erhebung von Kosten wurde verzichtet und der Anspruch des X._ aus unentgeltlicher Rechtsverbeiständung im Klageverfahren gegenüber dem Staat auf Fr. 2'735.20 festgesetzt. C. X._ gelangt mit einer am 1. April 2009 der Post übergebenen Beschwerde in Zivilsachen seines Anwalts an das Bundesgericht. Er beantragt, den Entscheid der Verwaltungsrekurskommission vom 27. Februar 2009 aufzuheben und ihn sofort aus der Anstalt zu entlassen. Auf seinen vor der kantonalen Instanz gestellten Antrag auf Aufhebung der Zwangsbehandlung sei einzutreten und diese Massnahme aufzuheben. Schliesslich sei dem Rechtsvertreter der mit detaillierter Aufstellung ausgewiesene Aufwand von Fr. 6'392.-- zuzusprechen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht der Beschwerdeführer ebenso um unentgeltliche Rechtspflege. Es ist keine Vernehmlassung eingeholt worden. D. Nachdem das Urteil in der Sache im Dispositiv an die Betroffenen versandt worden war, ging beim Bundesgericht am 29. April 2009 die am 28. April 2009 der Post übergebene Begründung zum Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren ein.