Sachverhalt: A. A.a. Der 1967 geborene A._, ausgebildeter Elektrotechniker, war zuletzt als Hilfsmonteur bei der B._ AG tätig. Er meldete sich am 6. April 2005 unter Hinweis auf Rücken- und Kopfschmerzen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach diversen Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht sowie nach Beizug der Akten des Krankentaggeldversicherers und der Unfallversicherung sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich A._ mit Verfügung vom 20. Juni 2006, bestätigt durch Einspracheentscheid vom 26. September 2006, ab 1. April 2005 ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 59% eine halbe Invalidenrente zu. Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Februar 2008 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid aufhob und die Sache zur Einholung eines polydisziplinären Gutachtens an die IV-Stelle zurückwies. A.b. Gestützt auf das bereits vor Ergehen des kantonalen Entscheids veranlasste Gutachten der Gutachterstelle D._ vom 8. Februar 2008 und nach Einholung eines Berichts des Psychiatrie-Zentrums C._, vom 9. Oktober 2008, wo der Versicherte vom 21. April - 8. Mai 2008 stationär behandelt wurde, sowie eines Verlaufsgutachtens der Gutachterstelle D._ vom 30. Juli 2010, sprach die IV-Stelle A._ nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 23. März 2012 wiederum ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 59% mit Wirkung ab 1. April 2005 eine halbe Invalidenrente zu. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach Einholung eines ergänzenden schriftlichen Berichts der Gutachterstelle D._ zum Gutachten samt Verlaufsgutachten vom 8. April 2013 gut und änderte die Verfügung der IV-Stelle vom 23. März 2012 insoweit ab, als es feststellte, dass der Versicherte mit Wirkung ab 1. April 2005 Anspruch auf eine Dreiviertelsrente und mit Wirkung ab 1. September 2010 Anspruch auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung hat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle sinngemäss die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und die Bestätigung ihrer Verfügung vom 23. März 2012. A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt deren Gutheissung.