Sachverhalt: A. Der 1952 geborene S._ arbeitete als dipl. Pflegefachmann in einer Kaderfunktion im Spital X._. Am 25. März 2005 meldete er sich unter Angabe einer koronaren Herzkrankheit und einer Erschöpfungsdepression bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Dr. med. K._ erstattete am 27. Januar 2006 im Auftrag der IV-Stelle Bern ein psychiatrisches Gutachten. Mit Verfügung vom 22. Februar 2006 verneinte die IV-Stelle bei einem errechneten Invaliditätsgrad von 25 % einen Anspruch auf Rente. Nachdem S._ Einsprache erhoben und weitere medizinische Berichte eingereicht hatte, erstattete die Akademie A._ des Universitätsspitals B._ im Auftrag der IV-Stelle am 14. März 2008 ein interdisziplinäres Gutachten. Mit Einspracheentscheid vom 27. Juni 2008 hiess die IV-Stelle die Einsprache teilweise gut und bejahte den Anspruch auf eine Viertelsrente bei einem errechneten Invaliditätsgrad von 46 % ab 1. Juli 2007. B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 30. März 2009 teilweise gut und sprach S._ von Januar 2005 bis September 2007 eine ganze und ab Oktober 2007 eine Viertelsrente zu. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) führen und die Aufhebung des kantonalen Entscheides sowie Festlegung des Invaliditätsgrades auf mindestens 70 % beantragen; ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.