Sachverhalt: A. Die Gemeinde Rueun ordnete am 14. Dezember 1990 eine Gesamtmelioration für ihr gesamtes Gemeindegebiet an. Die Gemeindeversammlung genehmigte am 20. April 1991 das Reglement für die Durchführung der Gesamtmelioration und bestellte die Schätzungskommission. Am 25. August 2005 publizierte das kantonale Amt für Landwirtschaft, Strukturverbesserungen und Vermessung die Neuzuteilung in der Gesamtmelioration. Die Unterlagen lagen vom 26. August bis zum 14. September 2005 öffentlich auf. In der Publikation wurde darauf hingewiesen, dass Einsprachen gegen die Neuzuteilung, gegen die Nachbonitierung, gegen fehlende oder im Güterzettel neu eingetragene Anmerkungen, Vormerkungen und Dienstbarkeiten und gegen die Stallschätzung erhoben werden können. Die Eheleute X._ führen in Rueun/ Gula einen Landwirtschaftsbetrieb. Dem Ehemann wurde im Rahmen der Gesamtmelioration Rueun die Eigentümer-Nr. 117, der Ehefrau die Eigentümer-Nr. 226 zugeteilt. B. Die Ehegatten X._ erhoben Einsprache bei der Schätzungskommission und verlangten unter anderem die Aufhebung der Neuzuteilung an sie, d.h. an die Eigentümer-Nrn. 117 und 226, eventualiter die Zuweisung der Parzellen 196 und 197, Salavras, samt Stall sowie von Parzelle 210, Gula, und des Stalls auf der Parzelle 61 in Bual Sura. Überdies beantragten sie, die Ausscheidung der Wegparzelle 201, Gula, sei aufzuheben und das diese Parzelle umfassende Land sei dem Eigentümer 117 zuzuweisen unter Aufhebung des Überbaurechts Nr. 545 und unter Bildung eines Fusswegrechts zwischen den Parzellen 204 (Wegparzelle zum Hof Gula) und dem Fusswegrecht zulasten der Parzelle 212. Nachdem die Einsprache in Einigungsverhandlungen teilweise bereinigt werden konnte, entschied die Schätzungskommission am 13. März 2006, dass die Zuteilung an die Ehegatten X._ gemäss dem beiliegenden Güterzettel und dem beiliegenden Planausschnitt von Bual Sura erfolge. Die protokollarisch festgehaltenen Änderungen der Zuteilung in Gula und Val Sins Ransauls seien darin verarbeitet. Die Regelung bezüglich Abbruch des Bienenhauses und Entfernung der Bäume auf der alten Parzelle 939 in Bual Sura zulasten des Ausbaus des Güterweges bleibe unverändert, ebenso die Zuteilung des Stalles Nr. 63 in Starpuns sut (Zuteilung an Giacum Cadalbert). Der Wertanteil des Ehemannes X._ (2/8) am Stall Nr. 63 in Starpuns sut werde unverändert bei Fr. 900.-- belassen. C. Gegen diesen Entscheid der Schätzungskommission erhoben die Ehegatten X._ Rekurs beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Mit Urteil vom 27. Oktober 2006 wies das Verwaltungsgericht den Rekurs ab. Diesen Entscheid hob das Bundesgericht auf staatsrechtliche Beschwerde der Ehegatten X._ hin mit Urteil 1P.48/2007 vom 11. Juni 2007 auf, weil die Mitwirkung eines Ingenieurs sowohl als beratender Fachmann für die Meliorationskommission wie auch als Aktuar der Schätzungskommission gegen Art. 29 Abs. 1 BV verstiess. D. Am 2. August 2007 entschied die Schätzungskommission der Gesamtmelioration Rueun, dass sowohl der Antrag auf Neuzuteilung der Parzellen 196/197 im Gebiet Salavras an die Eheleute X._ als auch die Neuzuteilung von Parzelle 51 oder eines Teils davon statt Parzelle 56 im Gebiet Bual Sura an die Ehefrau X._ abgewiesen werden (Ziff. 2 Dispositiv). Die Neuzuteilung an die erwähnten Eheleute erfolge nach den beiliegenden Güterzetteln 117 und 226 und den beiliegenden Planausschnitten von Bual Sura, Gula (Hof der Eheleute) und Valsins/Ransauls. Die protokollarisch festgehaltenen Änderungen der Zuteilung in Gula und Valsins/ Ransauls (nach nochmaliger Einigungsverhandlung am 11. Juli 2007) seien darin verarbeitet (Ziff. 3). E. Gegen diesen Entscheid der Schätzungskommission gelangten die Eheleute X._ mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht mit den Begehren um Aufhebung der Ziff. 2 und 3 des angefochtenen Entscheids und Rückweisung der Angelegenheit zur Beweisergänzung und Neubeurteilung an die Vorinstanz. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 20. Mai 2008 ab. F. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. September 2008 beantragen die Eheleute X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 20. Mai 2008 sei aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie rügen eine offensichtlich unrichtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 97 Abs. 1 BGG) sowie die Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV). G. Das Verwaltungsgericht sowie die Schätzungskommission und die Meliorationskommission beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Stellungnahme an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Die im verwaltungsgerichtlichen Verfahren beigeladenen A._ und B._, denen Land zugeteilt werden soll, auf welches die Beschwerdeführer Anspruch erheben, liessen sich nicht vernehmen. H. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2008 lehnte der Präsidnet der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung ein Gesuch der Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung ab.