USG/TVA - Deponiebewilligung für Siedlungsabfall (Betriebsbewilligung für die Etappe 3 der Reaktordeponie Cholwald, Gemeinde Ennetmoos), hat sich ergeben: A.- Gestützt auf ein Gesuch vom 3. April 1991 erteilte das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) dem Kehrichtverwertungsverband Nidwalden am 29. August 1994 eine generelle Rodungsbewilligung für 67'900 m2 Waldareal im Gebiet Cholrüti/Cholwald, Gemeinde Ennetmoos. Die Bewilligung erfolgte im Hinblick auf die Erweiterung der seit 1965 bestehenden Deponie (Deponiestellen 1 und 2) durch eine Deponie 3 zur Ablagerung von unbehandeltem Kehricht (nach vorgängigem Kiesabbau) und eine Deponie 4 für behandelte Siedlungsabfälle/Kehrichtschlacke sowie von Bauabfällen ohne brennbare Anteile. Die Bewilligung zur Rodung von weiteren 32'200 m2 Wald für eine Deponie 5 wurde verweigert. Gleichzeitig gab das Departement zwecks Errichtung der Deponie 3 und zwecks Errichtung einer Schmutzwasserleitung 50'900 m2 Waldareal zur Rodung frei. Gemäss Ziff. 24 des Freigabeentscheids fällt die Bewilligung dahin, wenn die bewilligte Zweckentfremdung des Waldareals bis Ende 2002 noch nicht ausgeführt ist. Das Bundesgericht wies die von zwei Umweltschutzorganisationen gegen diese Verfügung erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 17. Juli 1995 ab (auszugsweise publ. in URP 1995 S. 709 ff.). Die Deponie 3 war nach den ursprünglichen Plänen in zwei und ist nach den endgültigen Plänen von 1997 in drei Etappen unterteilt, wobei nur noch die Etappen 1 und 2 für die Aufnahme von unbehandeltem Siedlungsabfall vorgesehen sind. Zwischen August 1995 und Januar 1996 erfolgte die Rodung für alle drei Etappen. Ab Ende September 1995 bis Ende Juli 1996 wurde der Aushub/Kiesabbau für die Etappe 1 vorgenommen. Anschliessend wurde die Abdeckung des Untergrunds für diese Etappe eingebaut, und zudem wurden die gemeinsamen Installationen (Tunnelzufahrt, Abwasserleitung und Werkleitungstunnel) der Deponien 3 und 4 errichtet. Im Mai 1997 wurde die Deponie 3.1 gestützt auf eine provisorische, befristete Betriebsbewilligung des Regierungsrats des Kantons Nidwalden in Betrieb genommen. Am 7. Juli 1997 ersuchte der Kehrichtverwertungsverband Nidwalden die Bundesbehörden um die vorzeitige Freigabe der Rodung von zusätzlichen 6'100 m2 Waldareal (Teilfreigabe der für die Deponie 4 vorgesehenen Fläche von 17'300 m2 Waldareal). Das Gesuch wurde mit unvorhergesehenem Platzbedarf für die Lagerung von Kies- und Abdeckmaterial begründet. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) erteilte den gewünschten Freigabeentscheid am 11. Februar 1998. Gleichzeitig änderte es Ziff. C 24 des ursprünglichen Freigabeentscheids vom 29. August 1994 dahingehend ab, dass die Bewilligung dahinfalle, wenn die bewilligte Zweckentfremdung des Waldareals bis Ende 1999 noch nicht ausgeführt sei. Diese Abänderung begründete es damit, dass gemäss Art. 53a der am 10. Dezember 1990 ergangenen Technischen Verordnung über Abfälle (TVA, SR 814. 600) in der Fassung vom 14. Februar 1996, diese in Kraft seit 1. April 1996, die Ablagerung von Siedlungsabfällen nur noch bis Ende 1999 gestattet werden könne. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft. B.- Am 16. Juni 1998 erteilte der Regierungsrat des Kantons Nidwalden dem Kehrichtverwertungsverband Nidwalden und dem Zweckverband Kehrichtbeseitigung Obwalden, der seit dem 25. Juni 1997 Mitbetreiber der Deponie Cholwald ist, die definitive Betriebsbewilligung für die Deponie 3. Als Deponiedauer für unbehandelten Siedlungsabfall gibt der im Entscheid enthaltene Projektbeschrieb, auf den das Dispositiv verweist, ca. Ende Oktober 1998 für das Kompartiment 3.1 und Ende 2002 für das Kompartiment 3.2 an. Gegen die Betriebsbewilligung gelangte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden. Dieses wies die Beschwerde am 21. Juni 1999 ab, im Wesentlichen mit der Begründung, dass der gemäss Art. 53a TVA vorgesehene Termin im vorliegenden Fall aus Gründen des Vertrauensschutzes nicht anwendbar sei. C.- Mit Eingabe vom 10. September 1999 führt das UVEK Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Es beantragt, der verwaltungsgerichtliche Entscheid vom 21. Juni 1999 sei dahingehend abzuändern, dass die Ablagerung unbehandelter Siedlungsabfälle auf dem Kompartiment 3.2 der Deponie Cholwald nur noch bis am 31. Dezember 1999 zu gestatten sei. Der Kehrichtverwertungsverband Nidwalden, der Zweckverband Kehrichtbeseitigung Obwalden, die politische Gemeinde Ennetmoos, die Uertekorporation Ennetmoos sowie der Regierungsrat des Kantons Nidwalden beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und verweist im Übrigen auf den angefochtenen Entscheid.