Sachverhalt: A. Die Y._ AG ist Eigentümerin des ehemaligen Lagerhauses an der Bürenstrasse 1 in Lyss. Im Januar 2009 reichte die X._ AG ein Baugesuch für die Umnutzung dieses Gebäudes in Büroräume ein. Nachdem die Baubewilligungsbehörde die Parkplatzsituation beanstandet hatte, zog die X._ AG das Gesuch zurück und stellte sich auf den Standpunkt, die Umnutzung benötige keine Bewilligung bzw. sei bereits früher bewilligt worden. Auf Ersuchen der Einwohnergemeinde Lyss verfügte das Regierungsstatthalteramt Seeland am 17. Mai 2011, dass die Umnutzung bewilligungspflichtig sei. Diese Verfügung wurde von der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) am 11. November 2011 bestätigt. Am 28. Dezember 2012 erliess die Einwohnergemeinde Lyss eine Wiederherstellungsverfügung mit - soweit relevant - folgendem Inhalt: "1. [Zweckentfremdungsverbot für die oberen Stockwerke] 2. [Zweckentfremdungsverbot für die unteren Stockwerke] 3. Der Vorplatz im Süden des Gebäudes Bürenstrasse 1 darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung, das heisst ab 01. März 2013, nicht mehr für Zwecke der Zu- und Wegfahrt sowie der Parkierung genutzt werden (Zweckentfremdungs- und Benützungsverbot: Abstellen von Fahrzeugen verboten). Wird der Vorplatz nach Ablauf dieser Frist weiterhin als Zu- und Wegfahrt benutzt, wird die Baupolizeibehörde das Zweckentfremdungs- und Benützungsverbot durch das Anbringen eine[s] Stellstreifens, Natursteinquadern oder ähnlichem sowie einer entsprechenden Markierung auf Kosten der Verfügungsadressatin 1 (Grundeigentümerin) ersatzvornahmeweise durchsetzen. 4. Der Vorplatz im Norden des Gebäudes Bürenstrasse 1 darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung nur zur Parkierung von Fahrzeugen benützt werden, die der bewilligten Nutzungen im Hauptgebäude oder der Nutzung durch die Verfügungsadressatin 3 dienen (Zweckentfremdungsverbot: Verbot der Fremdparkierung). 5. [Strafandrohung]. 6. Die Benützungsverbote nach Ziffer 1 und 3 sowie die Zweckentfremdungsverbote nach Ziffern 1 bis 4 hiervor sind durch die Baupolizeibehörde im Grundbuch anzumerken (Art. 29 BauG). 7. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziffer 3 der vorliegenden Verfügung und der Anordnung die Zweckentfremdung im Grundbuch anzumerken (Ziffer 6 der Verfügung) wird die aufschiebende Wirkung entzogen. 8. [Hinweis auf nachträgliches Baugesuch] 9. -11. [Kosten, Rechtsmittelbelehrung und Mitteilung]" Gegen die Verfügung erhoben die X._ AG und die Y._ AG Beschwerde an die BVE. Dabei stellten sie das Gesuch, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen, soweit diese entzogen worden sei. Mit Verfügung vom 1. März 2013 wies die BVE das Gesuch ab. Eine von der X._ AG und der Y._ AG dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 1. Oktober 2013 ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. November 2013 beantragen die X._ AG und die Y._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben. Die BVE hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Verwaltungsgericht und die Einwohnergemeinde Lyss beantragen in ihrer jeweiligen Stellungnahme die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerinnen halten in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Mit Präsidialverfügung vom 2. Dezember 2013 hat das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerinnen um aufschiebende Wirkung abgewiesen.