Sachverhalt: A. Die Kontrollstelle zur Bekämpfung der Geldwäscherei (Kontrollstelle GwG) erhebt Gebühren für ihre Verfügungen und Dienstleistungen. Das Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 zur Bekämpfung der Geldwäscherei im Finanzsektor (Geldwäschereigesetz, GwG; SR 955.0) sieht vor, dass die Selbstregulierungsorganisationen (SRO; Art. 24 ff. GwG) und die direkt durch die Kontrollstelle GwG beaufsichtigten Finanzintermediäre (DUFI; Art. 18 Abs. 1 lit. b GwG) zur Deckung der nicht individuell zurechenbaren Kosten eine jährliche Aufsichtsabgabe zu entrichten haben (Art. 22 GwG in der Fassung gemäss Ziff. I 17 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 2003 über das Entlastungsprogramm 2003, in Kraft seit 1. Januar 2006 [AS 2004 1647]). Der Bundesrat hat deren Einzelheiten in der Verordnung vom 26. Oktober 2005 über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei geregelt (Gebührenverordnung Kontrollstelle, GebV Kst; SR 955.033.2). B. Am 7. September 2006 legte die Kontrollstelle GwG die vom VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen geschuldete Aufsichtsabgabe für das Jahr 2006 auf Fr. XXX.-- fest. Der Betrag war in eine für alle SRO gleiche Grundabgabe von Fr. 41'038.-- und eine nach Bruttoertrag und Anzahl der jeweils angeschlossenen Finanzintermediäre berechnete Zusatzabgabe aufgeteilt. Diese machte beim VQF Fr. XXX.-- aus (Bruttoertrag: Fr. XXX.--; angeschlossene Finanzintermediäre: XXX). Das Bundesverwaltungsgericht legte auf Beschwerde hin am 7. November 2007 unter Berücksichtigung einer Verminderung der Bruttoerträge und der Aufsichtskosten die vom VQF zu leistende Aufsichtsabgabe auf Fr. XXX.-- fest. Es berechnete die geschuldete Abgabe unter Ausklammerung der in Art. 7 GebV Kst vorgesehenen Grundabgabe ausschliesslich nach den Kriterien für die Zusatzabgabe und begründete dies damit, dass der Bundesrat mit Art. 7 GebV Kst den ihm in Art. 22 Abs. 4 GwG eingeräumten Ermessensspielraum überschritten, dem Legalitätsprinzip zu wenig Rechnung getragen und die verschiedenen SRO in gesetzwidriger Weise rechtsungleich behandelt habe. C. C.a Die Eidgenössische Finanzverwaltung ist am 14. Dezember 2007 gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts an das Bundesgericht gelangt (Verfahren 2C_726/2007). Sie beantragt, (Ziff. 1) diesen aufzuheben und (Ziff. 2) festzustellen, dass die Grundabgabe gestützt auf Art. 7 GebV Kst zu Recht erhoben worden sei. Die Aufsichtsabgabe 2006 des VQF Vereins zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen sei (Ziff. 3) auf Fr. XXX.-- festzulegen (Grundabgabe: Fr. 43'899.--; Zusatzabgabe: Fr. XXX.--). Die Eidgenössische Finanzverwaltung macht geltend, die Ausgestaltung der Aufsichtsabgabe, bestehend aus einer fixen Grundgebühr und einer variablen Zusatzgebühr, sei sachlich gerechtfertigt und treffe keine rechtsungleichen Unterscheidungen. Die Vorinstanz habe die geschuldete Abgabe zudem insofern falsch berechnet, als sie zwar den bereits bezahlten Betrag von Fr. XXX.-- einer nicht beschwerdeführenden SRO von den Kosten abgezogen, es jedoch unterlassen habe, auch die Zahl von deren Mitgliedern (XXX) sowie ihren Bruttoertrag (Fr. XXX.--) von den jeweiligen Gesamtwerten in Abzug zu bringen, was dazu führe, dass Fr. 11'527.-- der abzugeltenden Kosten ungedeckt geblieben seien. Der VQF beantragt, die Anträge der Finanzverwaltung in Ziffer 1 und 2 gutzuheissen; Ziffer 3 sei abzuweisen. C.b Am 17. Dezember 2007 ist der VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen seinerseits mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sowie die Verfügung der Kontrollstelle GwG vom 7. September 2006 aufzuheben und (eventuell) die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 2C_741/2007). Die Eidgenössische Finanzverwaltung, Kontrollstelle GwG, beantragt, die Beschwerde abzuweisen, festzustellen, dass die Erhebung der Aufsichtsabgabe gemäss Art. 22 GwG und der Verordnung des Bundesrats rechtens sei und die Aufsichtsabgabe 2006 für den VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen auf Fr. XXX.-- festzulegen. D. Das Bundesverwaltungsgericht hat in beiden Verfahren darauf verzichtet, eine Vernehmlassung einzureichen. Mit Verfügung vom 17. Januar 2008 hat der Abteilungspräsident die Verfahren 2C_726/2007 und 2C_741/2007 vereinigt. Am 27. Februar 2008 legte er der Beschwerde des VQF Vereins zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen antragsgemäss aufschiebende Wirkung bei.