Sachverhalt: A. X._ überschritt am 3. Dezember 2011 auf der Rheintalstrasse in Liestal mit seinem Personenwagen die innerorts zulässige Höchstgeschwindigkeit nach Abzug der Sicherheitsmarge um mindestens 49 km/h. Am 28. Februar 2012 entzog ihm die Polizei Basel-Landschaft, Abteilung Administrativmassnahmen (in der Folge: Administrativbehörde), vorsorglich den Führerausweis. Gleichzeitig ordnete sie die Abklärung seiner Fahreignung an. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat am 3. Juli 2012 ab. B. Hiergegen reichte X._ beim Kantonsgericht Basel-Landschaft Beschwerde ein. Die Präsidentin des Kantonsgerichts wies diese am 16. Oktober 2012 ab, soweit sie darauf eintrat. C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, den Entscheid der Präsidentin des Kantonsgerichts vom 16. Oktober 2012 aufzuheben; auf die Anordnung eines vorsorglichen Führerausweisentzugs sowie einer verkehrspsychologischen Untersuchung sei zu verzichten und ihm der Führerausweis unverzüglich zurückzuerstatten; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu erteilen. D. Der Regierungsrat und das Bundesamt für Strassen schliessen je auf Abweisung der Beschwerde. Die Administrativbehörde und die Präsidentin des Kantonsgerichts haben auf eine Stellungnahme verzichtet. X._ hat eine Replik eingereicht. E. Am 27. Dezember 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.