Sachverhalt: A. Die Swisscom (Schweiz) AG (im Folgenden: Swisscom) plant auf dem Grundstück Kat.-Nr. 8168 an der Sternhaldenstrasse in Stäfa die Erstellung einer Mobilfunkanlage. Dieses Grundstück liegt in der Freihaltezone und ist mit Bahnanlagen überbaut. Die Antenne der geplanten Mobilfunkanlage soll auf einem bestehenden Fahrleitungsmast angebracht werden. Mit Beschluss vom 14. Februar 2006 erteilte der Gemeinderat Stäfa der Swisscom die baurechtliche Bewilligung für das geplante Vorhaben, nachdem die Baudirektion des Kantons Zürich am 11. Januar 2006 bereits eine Ausnahmebewilligung verfügt hatte. B. Gegen diese Beschlüsse erhoben X._ , Y._ sowie Z._ Rekurs bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich und, nach Abweisung ihres Rekurses, Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde am 13. März 2008 teilweise gut. Es ging davon aus, es handle sich um eine vollständig innerhalb des Siedlungsgebiets liegende Freihaltezone, auf die kantonales Recht Anwendung finde. Zuständig für die Erteilung der Ausnahmebewilligung sei deshalb nicht die Baudirektion, sondern die örtliche Bewilligungsbehörde. Es hob deshalb die angefochtenen Entscheide auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an den Gemeinderat Stäfa zurück. C. Dagegen hat die Swisscom am 21. Mai 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei ihr die Bewilligung für das streitbetroffene Bauvorhaben zu erteilen; eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, damit dieses materiell über das Bauvorhaben entscheide. D. Das Verwaltungsgericht beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegner schliessen auf Abweisung der Beschwerde; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Baudirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Auch die Gemeinde Stäfa hat sich nicht vernehmen lassen. In Replik und Duplik halten die Parteien an ihren Anträgen fest. E. Mit Verfügung vom 19. Juni 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.