"Unterer Graben/Müller-Friedberg-Strasse", hat sich ergeben: A.- Urs Wagner ist Eigentümer der Liegenschaften Grundbuch St. Gallen Nr. C 2621 und C 2625 am Unteren Graben Nr. 21 und 25 und an der Müller-Friedberg-Strasse Nr. 6 und 8. Die Grundstücke liegen gemäss dem Zonenplan der Stadt St. Gallen vom 1. November 1980 in der Wohn-Gewerbe-Zone Bauklasse 5a (WG 5a) und werden ausserdem vom Überbauungsplan für das Gebiet zwischen dem Unteren Graben und der Müller-Friedberg-Strasse vom 7. Oktober 1953 mit Änderung vom 19. Januar 1990 (nachfolgend: Überbauungsplan) erfasst. Die Grundstücke des Überbauungsplangebiets sind mit einer Garage und Tankstelle, einer mehrstöckigen Parkgarage sowie mit Bürogebäuden überbaut. Die Änderung des Überbauungsplans vom 19. Januar 1990 beinhaltete eine Erhöhung der Gesimshöhenkoten, in deren Folge das Gebäude Unterer Graben 25/ Müller-Friedberg-Strasse 8 um ein Geschoss aufgestockt wurde. Im Verlaufe des Jahres 1997 bereitete das Hochbauamt der Stadt St. Gallen eine erneute Änderung des Überbauungsplans vor. Dabei wurde eine Aufstockung des dreigeschossigen Gebäudes am Unteren Graben 21 um zwei und des Gebäudes Unterer Graben 25/Müller-Friedberg-Strasse 8 um ein Voll- sowie um ein gemeinsames nordseitiges Attikageschoss vorgesehen. Das Vorhaben wurde mit der erwünschten innerstädtischen Verdichtung an optimaler, zentrumsnaher und gut erschlossener Lage begründet sowie damit, dass der Universität St. Gallen der Zusammenzug von heute verstreuten Arbeitsplätzen an einem zentralen Ort ermöglicht werden solle. Am 7. Oktober 1997 beschloss der Stadtrat die Abweisung der gegen die Planänderung erhobenen Einsprachen und die Vorlage an den Grossen Gemeinderat. Dieser stimmte der Änderung des Überbauungsplans am 28. Oktober 1997 zu. B.- Gegen den Einspracheentscheid des Stadtrats vom 7. Oktober 1997 erhoben Kurt Pischl sowie eine weitere benachbarte Grundeigentümerin erfolglos Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen. Die unterlegenen Rekurrenten gelangten an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Das Verwaltungsgericht erwog in seinem Entscheid vom 18. Februar 1999 zusammengefasst, die Vorinstanz habe den Sachverhalt zuwenig eingehend geprüft. Namentlich seien Widersprüche zwischen den Erwägungen der Vorinstanz und den Vernehmlassungen bzw. Amtsberichten der verschiedenen Ämter nicht ausgeräumt worden. Es könne nicht zuverlässig beurteilt werden, ob die umstrittene Planänderung den angestrebten Zweck, die Verwirklichung einer Gesamtüberbauung mit städtebaulich guter Qualität, erreiche. Ferner sei unklar, ob der Überbauungsplan im konkreten Fall ein besseres Projekt als die Regelbauweise gewährleiste und auch den Interessen der Nachbarn angemessen Rechnung trage. Das Verwaltungsgericht wies daher die Angelegenheit zur Klärung der städtebaulichen Qualität der geplanten Änderungen des Überbauungsplans an das Baudepartement zurück. Die übrigen Rügen der Beschwerdeführer verwarf das Verwaltungsgericht. Unter anderem gelangte es zum Schluss, es liege keine Verletzung des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG, SR 814. 01) und der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV, SR 814. 41) vor. Insbesondere dürfe hingenommen werden, dass für das Gebiet des Überbauungsplans noch keine Lärm-Empfindlichkeitsstufe festgesetzt worden sei, da dies im Rahmen des Baubewilligungsverfahrens nachgeholt werden könne. C.- Kurt Pischl hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts am 26. März 1999 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, soweit damit die Rüge der Verletzung von Art. 43 f. LSV abgewiesen wurde. Weiter verlangt er die Aufhebung des Überbauungsplans "Müller-Friedberg-Strasse/Unterer Graben" samt ergänzenden Vorschriften gemäss Auflage vom 7. Juli 1997. Urs Wagner und das Baudepartement beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Die Stadt St. Gallen und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. D.- Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) nahm zur Frage Stellung, ob im angefochtenen Planungsverfahren Empfindlichkeitsstufen gemäss Art. 43 f. LSV festzulegen seien. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich dazu zu äussern. E.- Mit Verfügung vom 18. Mai 1999 wies der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung ab.