Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Bülach verurteilte X._ am 27. Mai 2008 wegen Gefährdung des Lebens, Tätlichkeiten, Drohung sowie Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 12 Monaten. Die Kosten des gerichtlichen Verfahrens, einschliesslich derjenigen der amtlichen Verteidigung, auferlegte es X._. Die Untersuchungskosten nahm es auf die Staatskasse. X._ gelangte gegen die Kostenauflage an das Obergericht des Kantons Zürich, welches den Rekurs mit Beschluss vom 14. April 2009 abwies. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 18. Mai 2009 beantragt X._, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und das Urteil des Bezirksgerichts im Kostenpunkt dahingehend zu ergänzen, als die Kosten des gerichtlichen Verfahrens, einschliesslich derjenigen der amtlichen Verteidigung, von Seiten des Staates nur geltend gemacht und zwangsweise durchgesetzt werden dürfen, wenn seine wirtschaftlichen Verhältnisse die Bezahlung erlauben. X._ ersucht um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.