Sachverhalt: A. Die Gebrüder Z._ und X._ waren Eigentümer des Landwirtschaftsbetriebes "R._" in S._. Das Land stand teilweise in ihrem Gesamt-, teilweise in ihrem hälftigen Miteigentum. Eine Buchhaltung führten die beiden Landwirte nicht. Ab 1993 war der Betrieb an A._, Sohn von Z._, verpachtet. Mit Vertrag vom 26. Juni 2000 trennten Z._ und X._ von der Hofparzelle S._ Nr. _, Parz. _, einen Teil von 560 Aren ab und veräusserten die neue Parzelle zum Preis von Fr. 3'850'000.-- an eine lokale Bauunternehmung. Der Kaufpreis war wie folgt zu tilgen: Anzahlung Fr. 430'000.-- Zahlung bei Vertragsunterzeichnung Fr. 1'295'000.-- Zahlung nach Abbau von 3 Hektaren Kies, spätestens nach 5 Jahren Fr. 1'625'000.-- unverzinsliches Darlehen an die Käuferin Fr. 500'000.-- Den Verkäufern bzw. ihren Rechtsnachfolgern wurde das - im Grundbuch vorgemerkte - Recht eingeräumt, die Parzelle nach Beendigung des Kiesabbaus und der Rekultivierung zum Preis von Fr. 500'000.-- zurückzukaufen. Mit Kaufvertrag vom 30. Juni 2000 veräusserten Z._ und X._ den restlichen Betrieb für Fr. 400'000.-- dem bisherigen Pächter A._. B. Mit Verfügung vom 4. Februar 2005 veranlagte die Steuerkommission S._ X._ und Y._ zu einer Sondersteuer auf einem Liquidationsgewinn von Fr. 853'700.-- für die Staats- und Gemeindesteuer 2000. Diesen Betrag erhöhte sie mit Einspracheentscheid vom 8. Juni 2006 auf Fr. 875'519.--. Einen dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 22. November 2007 teilweise gut und setzte den Liquidationsgewinn aufgrund folgender Berechnung auf Fr. 837'750.-- fest: Erlös nach Vertrag vom 26. Juni 2000 (Diskontierung Teilentgelt) Fr. 3'698'923.-- Erlös nach Vertrag vom 30. Juni 2000 Fr. 400'000.-- Fr. 4'098'923.-- ./. Restanlagewert Fr. 747'923.-- Liquidationsgewinn Fr. 3'351'000.-- Steuerbarer Liquidationsgewinn nach 50% Besitzesdauerabzug Fr. 1'675'500.-- Die Hälfte hiervon Fr. 837'750.-- Den Restanlagewert berechnete das Steuerrekursgericht wie folgt: Jahr Objekt Nettoinvestition Abschreibung Restanlagewert 1948 Hofübernahme, Anteil Land 43'000 43'000 1998 Kauf Parzelle Nr. _ 580'000 580'000 1952 Aussiedlung (Haus/Scheune) 72'516 58'013 14'503 1966 Bau Wohnhaus Nr. _ 122'000 47'580 74'420 1984 Scheunenanbau/ Belagsarbeiten 0 0 1990 Siloanlage 40'000 4'000 36'000 Total 747'923 Eine gegen das Urteil des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, mit Urteil vom 6. Mai 2008 ab. C. Dagegen führen X._ und Y._ mit Eingabe vom 2. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 6. Mai 2008 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung "an die Vorinstanzen" zurückzuweisen. Sie rügen sinngemäss eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie unrichtige Rechtsanwendung. D. Das Steueramt des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) auf einen Antrag verzichten.