Sachverhalt: A. Das Handelsregisteramt des Kantons Aargau forderte A._ (Beschwerdeführer) am 28. August 2007 auf, seine Einzelfirma "Gemüsebau A._" bis am 16. September 2007 zur Eintragung im Handelsregister anzumelden. Der Beschwerdeführer machte Weigerungsgründe geltend. Am 26. September 2007 überwies der Handelsregisterführer die Angelegenheit an die Justizabteilung des Departements Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) als kantonale Aufsichtsbehörde (Beschwerdegegner). Der Beschwerdeführer weigerte sich weiterhin, die verlangte Anmeldung vorzunehmen. In der Folge erliess das DVI am 7. April 2008 eine Verfügung, in der es feststellte, dass A._, Gemüsebau, in B._, eintragungspflichtig sei, und in der es den Handelsregisterführer beauftragte, die Eintragung ins Handelsregister zu veranlassen. Der Beschwerdeführer gelangte gegen diese Verfügung an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, welches die Beschwerde mit Urteil vom 3. November 2008 abwies. B. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass keine Pflicht zum Eintrag ins Handelsregister bestehe. Das DVI und das Verwaltungsgericht haben auf Stellungnahmen zur Beschwerde verzichtet, unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil.