Sachverhalt: A. Der 1963 geborene V._ war als Schweisser der A._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 18. Oktober 2002 ein Metallgeländer, an dem er arbeitete, umstürzte und ihn an Nacken und Hinterkopf traf. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Der Versicherte konnte seine angestammte Arbeit am 4. November 2002 wieder voll aufnehmen. V._ war weiterhin bei der SUVA gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sich am 3. September 2003 bei Montagearbeiten eine Kette löste und ihn unterhalb des linken Auges traf. Auch für die Folgen dieses Ereignisses anerkannte die SUVA ihre Leistungspflicht und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 6. Oktober 2006 und Einspracheentscheid vom 21. Februar 2007 per 31. Oktober 2006 ein, da die darüber hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch ein Unfallereignis verursacht worden seien. B. Die von V._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 27. Januar 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt V._ sinngemäss, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Leistungen auch über den 31. Oktober 2006 hinaus zu erbringen. Gleichzeitig stellt er ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.