Sachverhalt: A. Die B._ AG mit Sitz in U._ wurde am 24. Februar 1998 durch Beschluss der Generalversammlung aufgelöst. Als Liquidatorin wurde A._ eingesetzt. Nach Durchführung der Liquidation wurde die Gesellschaft am 11. April 2000 im Handelsregister gelöscht. B. Mit Gesuch vom 14. Mai 2014 beantragte A._ dem Handelsgericht des Kantons Zürich, es sei die B._ AG in Liquidation zwecks Einleitung eines Betreibungsverfahrens aufgrund eines Verlustscheins vom 14. April 1994 in der Höhe von Fr. 100'000.-- wieder im Handelsregister einzutragen. Mit Verfügung vom 20. Mai 2014 trat das Handelsgericht auf das Gesuch wegen sachlicher Unzuständigkeit nicht ein. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt A._ dem Bundesgericht, es sei die Verfügung des Handelsgerichts aufzuheben und es sei das Gesuch zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat eine Stellungnahme eingereicht, ohne Antrag zu stellen.