Sachverhalt: A. Z._, geboren 1981, hatte am 2. September 2006 einen Motorradunfall erlitten und sich dabei Frakturen an der Wirbelsäule (ohne neurologische Ausfälle) und am linken Unterarm zugezogen, welche im Spital U._ operativ versorgt wurden (Reposition, Stabilisation und dorsale Spondylodese Th2/Th7). In der Folge klagte er über anhaltende Rückenschmerzen. Nachdem die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) den Fall mit Verfügung vom 31. März 2008 abgeschlossen und die Versicherungsleistungen per 29. Februar 2008 eingestellt hatte, meldete sich Z._ am 24. April 2008 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte ein Gutachten des Instituts A._ vom 20. August 2009 ein und lehnte den Anspruch auf eine Invalidenrente gestützt darauf am 16. Februar 2010 ab. B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 14. März 2012 teilweise gut und sprach Z._ mit Wirkung ab dem 1. September 2007 eine bis zum 31. Mai 2008 befristete ganze Invalidenrente zu. C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihm über den 31. Mai 2008 hinaus eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen. Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.