Sachverhalt: A. Y._ ist Eigentümerin der an der B._strasse in Ennetbürgen gelegenen, mit einem Wohnhaus überbauten Parzelle Nr. xxx, GB Ennetbürgen. Am 31. Oktober 2008 reichte sie beim Gemeinderat ein Baugesuch für einen Um- und Ausbau ihres Hauses ein. Verschiedene Nachbarn, darunter X._, die Eigentümerin der östlich angrenzenden Liegenschaft Nr. yyy, erhoben Einsprache gegen das Bauvorhaben. Am 2. Juli 2009 bewilligte der Gemeinderat Ennetbürgen das Baugesuch von Y._ und wies die Einsprachen ab. Am 31. August 2010 wies der Regierungsrat des Kantons Nidwalden die Verwaltungsbeschwerde von X._ gegen die Baubewilligung ab. Am 31. Oktober 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von X._ gegen diesen regierungsrätlichen Entscheid ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts und die Baubewilligung aufzuheben oder die Sache eventuell ans Verwaltungsgericht zur Neubeurteilung zurückzuweisen. C. Das Verwaltungsgericht, der Regierungsrat und die Gemeinde Ennetbürgen verzichten auf Vernehmlassung. Y._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.