Sachverhalt: A. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, verlängerte mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 die Sicherheitshaft für X._ bis zum 29. April 2009. Das Bundesgericht schützte diesen Entscheid mit Urteil vom 17. Dezember 2008 (Verfahren 1B_289/2008 und 1B_299/2008). B. Am 14. November 2008 ersuchte X._ das Kantonsgericht um Bewilligung des vorzeitigen Strafvollzugs, sofern ihm ein alternativer Vollzug in der Region Basel zugestanden werde. Mit Verfügung vom 2. Dezember 2008 leitete das Kantonsgericht das Gesuch zuständigkeitshalber an die Sicherheitsdirektion des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Strafvollzug, weiter. Damit verband es den Hinweis, dass der Haftgrund der Fortsetzungsgefahr fortbestehe. Es erläuterte, aus seiner Sicht sei deswegen ein vorzeitiger Strafvollzug nicht möglich. In den Erwägungen klärte das Kantonsgericht den Gesuchsteller weiter über die in § 89 der kantonalen Strafprozessordnung (StPO/BL; SGS 251) verankerte Unterscheidung zwischen dem vorzeitigen Strafvollzug und dem Vollzug der Sicherheitshaft in einer Vollzugsanstalt auf. Bezüglich der zweitgenannten Form von Freiheitsentzug bejahte das Kantonsgericht, für die Bewilligung zuständig zu sein. Es enthielt sich aber in dieser Hinsicht eines förmlichen Entscheids über die Eingabe; vielmehr stellte es dem Gesuchsteller frei, ein neues Gesuch einzureichen. Dabei legte das Kantonsgericht dar, ein solcher Vollzug könne in der Region Basel mangels entsprechender Vollzugsanstalten nicht durchgeführt werden. In der Folge trat die kantonale Sicherheitsdirektion mit Verfügung vom 4. Dezember 2008 auf das ihr vom Kantonsgericht überwiesene Gesuch nicht ein. C. Gegen die kantonsgerichtliche Verfügung vom 2. Dezember 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 11. Dezember 2008 Beschwerde an das Bundesgericht. Er beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Bewilligung des vorzeitigen Strafvollzugs im Sinne seines Gesuchs. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren. Das Kantonsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft hat sich nicht vernehmen lassen. Dem Beschwerdeführer wurde Gelegenheit gegeben, sich zur Vernehmlassung des Kantonsgerichts zu äussern. Innert gesetzter Frist ist keine Eingabe eingegangen.