Gemeindeautonomie, Nutzungsplanung, hat sich ergeben: A.- Die Gemeindeversammlung Bubikon beschloss am 25. März 1998 eine Revision der Nutzungsplanung. Dabei wurden unter anderem die Weiler Barenberg, Brach, Dienstbach, Gstein und Hüsli eingezont. Hiergegen erhoben die Pro Natura Schweiz und die Pro Natura Zürich am 4. Mai 1998 Rekurs an die Baurekurskommission III. Während des hängigen Rekursverfahrens erging am 11. Februar 1999 in einer anderen Streitsache ein Grundsatzbeschluss des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, wonach entgegen dem Wortlaut von § 329 Abs. 4 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG; in der Fassung vom 8. Juni 1997) der Genehmigungsentscheid der Baudirektion bzw. des Regierungsrates nicht erst in einem allfälligen Beschwerdeverfahren vor dem Verwaltungsgericht, sondern bereits im Rekursverfahren vor der Baurekurskommission einzuholen sei, weil sonst die bundesrechtliche Koordinationspflicht gemäss Art. 25a des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG, SR 700) verletzt werde (BEZ 1999 Nr. 3 = ZBl 1999, S. 491). Die Baurekurskommission III forderte gestützt auf diese verwaltungsgerichtliche Rechtsprechung die Baudirektion auf, hinsichtlich der streitbetroffenen Festlegungen den formellen Genehmigungsentscheid einzureichen. Dieser Aufforderung widersetzte sich die Baudirektion mit Schreiben vom 22. September 1999. Mit Entscheid vom 15. Dezember 1999 hob die Baurekurskommission den Beschluss der Gemeinde Bubikon auf, soweit damit die Weiler Barenberg, Dienstbach, Gstein und Hüsli einer Weilerkernzone zugewiesen wurden. Betreffend den Weiler Brach wurde der Rekurs abgewiesen. Dagegen erhoben Martin und Susanne von Arx sowie die Gemeinde Bubikon Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, den Beschluss der Rekurskommission, soweit die Rekurse gutheissend, aufzuheben und den Beschluss der Gemeindeversammlung zu bestätigen. B.- Das Verwaltungsgericht hiess mit Entscheid vom 2. März 2000 die Beschwerde von Martin und Susanne von Arx im Sinne der Erwägungen gut, hob den Entscheid der Baurekurskommission teilweise auf und wies die Sache zur Wiederaufnahme im Sinne der Erwägungen an die Baurekurskommission zurück. In den Erwägungen führte das Gericht aus, die Baurekurskommission habe entsprechend der verwaltungsgerichtlichen Rechtsprechung die Genehmigung der Baudirektion einzuholen. Dieser Rechtsprechung sei durch Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids Nachachtung zu verschaffen. Mit Beschluss vom gleichen Tag schrieb sodann das Verwaltungsgericht die Beschwerde der Gemeinde Bubikon im Sinne der Erwägungen als gegenstandslos ab, da der angefochtene Entscheid bereits mit dem Urteil i.S. von Arx aufgehoben worden sei. C.- Die Politische Gemeinde Bubikon erhebt staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, die beiden Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 2. März 2000 aufzuheben. Sie rügt eine Verletzung der Gemeindeautonomie (Art. 50 BV und Art. 48 KV/ZH) sowie von Art. 5, 9, 29 Abs. 1 und 46 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 49 BV. D.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Pro Natura Schweiz verzichtet ausdrücklich auf eine Stellungnahme. Die übrigen Verfahrensbeteiligten haben sich nicht geäussert.