Sachverhalt: A. Mit Mietvertrag vom 15. Oktober 1989 mietete A._ (Beschwerdeführerin) ab dem 1. Dezember 1989 von der Mutter und Rechtsvorgängerin von B._ (Beschwerdegegner) eine 41⁄2- Zimmerwohnung bzw. Büroräumlichkeiten im 2. Obergeschoss einer Liegenschaft in Zürich für einen Bruttomietzins von Fr. 2'700.-- monatlich. Der Beschwerdegegner kündigte das Mietverhältnis wegen einer Totalrenovation des Gebäudes unter Verwendung des amtlichen Formulars zunächst im Jahre 1995 auf den 31. März 2000, wobei er anführte, die frühzeitige Kündigung sollte den Mietern erlauben "etwas Passendes" zu finden. Eine weitere Kündigung erfolgte am 25. März 2002. Am 8. April 2002 schrieb die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner zur ersten Kündigung, diese sei faktisch nie vollzogen worden, weshalb von einem Weiterbestehen des ursprünglichen Mietverhältnisses auszugehen sei. Die zweite Kündigung sei nichtig, da sie nicht mit einem amtlichen Formular erfolgt sei. Vom Monat Mai 2000 an waren unter dem Titel Mietzins nur noch Fr. 1'800.-- überwiesen worden. Nachdem X._ im Juni 2007 die Verwaltung der Liegenschaft übernommen hatte, forderte er von der Beschwerdeführerin die Nachzahlung der Mietzinsdifferenz für die letzten 5 Jahre im Betrag von Fr. 54'000.--. Mit Urteil vom 16. Dezember 2008 erachtete das Mietgericht des Bezirks Zürich diese Forderung des Beschwerdegegners nebst Zins für ausgewiesen und hiess die entsprechende Klage gut. Die gegen dieses Urteil erhobene kantonale Berufung wies das Obergericht des Kantons Zürich am 25. Juni 2009 ab. B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 28. September 2009 ab. Der Beschwerdegegner schliesst auf Bestätigung des angefochtenen Entscheides unter Kostenfolge zu Lasten der Beschwerdeführerin, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.