Sachverhalt: Sachverhalt: A. Im Jahre 2000 hatte die Y._ AG (Klägerin) für die X._ AG (Beklagte) verschiedene Einzelaufträge zur Entwicklung eines Verfahrens für die Herstellung des pharmazeutischen Wirkstoffes SPP100 (Blutdrucksenkungspräparat) ausgeführt. Im Frühjahr 2001 unterzeichneten die Parteien ein nicht datiertes "Collaborative Research and Development Agreement" (im Folgenden: CRD-Vertrag). Dabei handelte es sich um einen Rahmenvertrag für die von der Klägerin ab 1. Januar bis 31. Dezember 2001 in zehn Unterprojekten (Project Plans) zu leistende Entwicklungs-, Forschungs- und Produktionstätigkeit. In Ziff. 3.1 des CRD-Vertrages wurde die Vergütung für die von der Klägerin zu leistende Tätigkeit wie folgt geregelt: "X._ AG will pay to Y._ AG all costs associated with the Project Plans at the annual rate of two hundred and ninetythousand Swiss Francs (CHF 290,000.-) plus any and all VAT or other similar tax per full time equivalent ("FTE"), based on 1750 hours as described in Exhibit A. Y._'s AG annual FTE rate shall remain unchanged until December 31st, 2001 [...]." Im Anhang A des CRD-Vertrages wurde in Bezug auf die FTE-Vergütung Folgendes festgehalten: "Number of FTEs: The distribution of FTEs for the work to be performed at Y._ AG shall be as follows: 2001: X._ AG will commit to support a minimum of 10 FTEs at Y._ AG [...]. Definition FTE: An FTE is a calculation unit based on hours of human resources (employees) in an GMP environment. This environment includes: - all necessary technical infrastructure und equipment (qualified productions plants, labs, ventilation, nitrogen supply, vacuum etc.) - organization (project coordination, QA, logistics etc.)." Im Rahmen der Vertragsabwicklung erstattete die Klägerin der Beklagten monatlich Bericht in Form von sogenannten "Tracking Tools". Mit E-Mails vom 5. Oktober und 8. November 2001 teilte die Klägerin der Beklagten mit, dass die vereinbarten zehn FTE-Einheiten aufgebraucht und bereits zusätzliche Arbeiten für Fr. 179'705.-- geleistet worden seien. In der Folge stellte die Klägerin der Beklagten für die durch die Zahlung von zehn FTE-Einheiten in der Höhe von Fr. 2,9 Mio. nicht gedeckten Arbeitsleistungen sowie für noch nicht bezahlte Materialkosten insgesamt Fr. 565'842.60 in Rechnung. Die Beklagte weigerte sich, den geforderten Betrag zu bezahlen. Im Rahmen der Vertragsabwicklung erstattete die Klägerin der Beklagten monatlich Bericht in Form von sogenannten "Tracking Tools". Mit E-Mails vom 5. Oktober und 8. November 2001 teilte die Klägerin der Beklagten mit, dass die vereinbarten zehn FTE-Einheiten aufgebraucht und bereits zusätzliche Arbeiten für Fr. 179'705.-- geleistet worden seien. In der Folge stellte die Klägerin der Beklagten für die durch die Zahlung von zehn FTE-Einheiten in der Höhe von Fr. 2,9 Mio. nicht gedeckten Arbeitsleistungen sowie für noch nicht bezahlte Materialkosten insgesamt Fr. 565'842.60 in Rechnung. Die Beklagte weigerte sich, den geforderten Betrag zu bezahlen. B. Am 15. Mai 2002 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Aargau, die Beklagte sei zu verpflichten, Fr. 565'842.60 zuzüglich Zins zu bezahlen. Mit Klageantwort und Widerklage vom 11. September 2002 beantragte die Beklagte, die Klage sei abzuweisen, und die Klägerin sei zu verpflichten, Fr. 2'219'494.85 zurückzuerstatten. Im weiteren Verlauf des Verfahrens reduzierte die Klägerin die eingeklagte Forderung auf Fr. 502'471.76 und die Beklagte den widerklageweise geltend gemachten Anspruch auf Fr. 1'813'636.80. Mit Urteil vom 1. Juli 2004 hiess das Handelsgericht des Kantons Aargau die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin Fr. 451'532.75 zuzüglich Zins zu bezahlen; die Widerklage wurde abgewiesen. Mit Urteil vom 1. Juli 2004 hiess das Handelsgericht des Kantons Aargau die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin Fr. 451'532.75 zuzüglich Zins zu bezahlen; die Widerklage wurde abgewiesen. C. Mit Berufung vom 7. September 2004 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 1. Juli 2004 sei aufzuheben, die Klage sei abzuweisen, und die Klägerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 1'475'424.05 zuzüglich Zins zu bezahlen. Die Klägerin beantragt, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Klägerin beantragt, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. D. Mit Urteil vom heutigen Tag wurde die gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.