Sachverhalt: A. Mit Gesuch vom 15. September 2011 beantragte X._, ihm seinen wegen mangelnder Fahreignung entzogenen Führerausweis wieder zu erteilen. Am 10. Januar 2012 wies das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern das Gesuch ab, nachdem das Fahreignungsgutachten des Instituts für angewandte Psychologie Bern (IAP Bern) vom 29. November 2011 zum Schluss gekommen war, die Fahreignung von X._ sei aus charakterlichen Gründen nicht gegeben. Am 18. April 2012 wies die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts ab. B. Mit "Appellation" gegen diesen Entscheid der Rekurskommission beantragt X._ sinngemäss, ihn aufzuheben und ihm den Führerausweis wieder zu erteilen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. C. Die Rekurskommission beantragt unter Verweis auf ihren Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt verzichtet auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) bemerkt, dass seines Erachtens die Tatsache, dass sich X._ seit dem 8. Februar 2008 nichts mehr habe zuschulden kommen lassen, zu wenig berücksichtigt worden sei. Zudem erscheine es fraglich, was die Empfehlung der Gutachterstelle, die Wiederzulassung frühestens in zwei Jahren wieder zu prüfen, bezwecken solle, da für die Zwischenzeit keine Auflagen - beispielsweise der Besuch einer Therapie - auferlegt würden. Die Rekurskommission weist die Einwände des ASTRA als unbegründet zurück. X._ hält sinngemäss an der Beschwerde fest.