Sachverhalt: A. Das Kreisgericht VII Konolfingen sprach A X._ am 18. Oktober 2007 der mehrfachen, mengenmässig qualifizierten, gewerbsmässigen und teilweise bandenmässigen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie der gewerbsmässigen und bandenmässigen Geldwäscherei schuldig. Es verurteilte sie zu einer Freiheitsstrafe von 2 Jahren unter Anrechnung der Untersuchungshaft und einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 30.--. Für die Freiheitsstrafe gewährte das Gericht den bedingten Strafvollzug bei einer Probezeit von 3 Jahren. B. Auf Appellation des Generalprokurators bezüglich der Strafzumessung verurteilte das Obergericht des Kantons Bern A X._ am 20. Januar 2009 zu einer Freiheitsstrafe von 2 3⁄4 Jahren sowie einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 40.--. Für die Freiheitsstrafe gewährte es den teilbedingten Strafvollzug. Es legte die unbedingt vollziehbare Strafe auf 9 Monate und die bedingt vollziehbare Strafe auf 24 Monate Freiheitsstrafe fest, bei einer Probezeit von 2 Jahren. C. Gegen dieses Urteil erhebt A X._ Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht sie um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. D. Das Obergericht des Kantons Bern hat mit Schreiben vom 31. August 2009 auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die a.o. Generalprokuratorin des Kantons Bern beantragt mit Eingabe vom 9. September 2009, zur Betäubungsmittelmenge sei von den erstinstanzlichen Schuldsprüchen auszugehen und reformatorisch über die Strafzumessung zu entscheiden.