Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft warf X._ vor, er habe in der Steuererklärung der Y._ AG vom 21. November 2006 betreffend die Grundstückgewinnsteuer für den Verkauf einer Liegenschaft in Schlieren vom 1. November 2006 eine Mäklerprovision von Fr. 100'000.-- abgezogen, obwohl gar keine solche bezahlt worden oder geschuldet gewesen sei. Zur Täuschung habe er eine fiktive Rechnung der A._ Treuhand AG an die Y._ AG vom 1. November 2006 eingereicht. Die Y._ AG, c/o Z._ AG, habe am 8. November 2006 Fr. 100'000.-- auf ein Konto der A._ Treuhand AG einbezahlt. Diese habe am 10. November 2006 Fr. 91'000.-- mit der Mitteilung "Y._ AG Provision" an die Z._ AG weiterüberwiesen. X._ habe damit die Grundstückgewinnsteuer der Y._ AG um ca. Fr. 40'000.-- verkürzen wollen. Das Strafverfahren geht auf eine Strafanzeige der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich vom 6. Oktober 2009 zurück. Das Steueramt Schlieren verweigerte im Veranlagungsentscheid vom 20. November 2007 die Anrechnung der Mäklerprovision von Fr. 100'000.--. B. Das Bezirksgericht Dietikon erklärte X._ am 19. Juni 2012 des Steuerbetrugs im Sinne von § 261 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 220.-- sowie einer Busse von Fr. 600.--. Es auferlegte ihm die Verfahrenskosten. X._ erhob gegen diesen Entscheid Berufung. C. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 27. August 2013 frei. Im Kostenpunkt bestätigte es den erstinstanzlichen Entscheid und auferlegte X._ die zweitinstanzlichen Gerichtskosten. Eine Prozessentschädigung sprach es ihm nicht zu. D. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Verfahrenskosten der kantonalen Instanzen vollumfänglich auf die Staatskasse zu nehmen und ihm eine Entschädigung für die private Verteidigung zuzusprechen. Eventualiter seien die Kosten des zweitinstanzlichen Verfahrens vollumfänglich bzw. grösstenteils auf die Staatskasse zu nehmen und es sei ihm für das zweitinstanzliche Verfahren eine, allenfalls reduzierte, Entschädigung für die private Verteidigung zuzusprechen. E. Die Vorinstanz und die Staatsanwaltschaft verzichteten auf eine Stellungnahme.