Sachverhalt: A. Am 1. Februar 2008 schlossen D._ (Verkäufer, Beklagter, Beschwerdeführer) und die Z._ Holding AG (Käuferin, Klägerin, heute zufolge Fusion X._ AG, Beschwerdegegnerin) einen Kaufvertrag über sämtliche Aktien der X._ AG. Sie vereinbarten einen Kaufpreis von Fr. 10'950'000.--, der bis auf den vertraglich vorgesehenen Rückbehalt von total Fr. 1'500'000.-- beim Vollzug der Transaktion (Closing) zu bezahlen war. Die Käuferin sah sich - nach Abschluss des Geschäftsjahres 2007 - durch das Verhalten des Verkäufers getäuscht und forderte von ihm einen Betrag von Fr. 8'000'000.-- zurück. B. B.a. Mit Klage beim Handelsgericht des Kantons Zürich forderte die Klägerin, der Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 8'000'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Das Handelsgericht trat mangels sachlicher Zuständigkeit auf die Klage nicht ein und überwies diese an das Bezirksgericht Zürich. Dieses schützte die Klage mit Urteil vom 14. Juni 2012 im Betrag von Fr. 1'849'557.25 nebst 5 % Zins sei dem 2. August 2010. B.b. Die dagegen erhobene Berufung des Beklagten schützte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 5. März 2013 teilweise und verpflichtete den Beklagten, der Klägerin Fr. 1'392'018.20 (ohne Zins) zu bezahlen. Von den drei im Berufungsverfahren noch strittigen Punkten wies es die Berufung bezüglich des Garantiefalls "Q._" (Fr. 529'990.10) und der Baukosten (Fr. 200'000.--) ab. Im hauptsächlichen Streitpunkt, der Frage einer Zusicherung/Garantie betreffend die vorhandenen Bestellungen, reduzierte es den vom Bezirksgericht zuerkannten Betrag von Fr. 1'926'342.75 (41,69 % von Fr. 4'620'635.10) auf Fr. 1'717'028.-- (37,16 % von Fr. 4'620'635.10). Insgesamt ergab sich damit der Betrag von Fr. 2'447'018.20 und unter Berücksichtigung von zwei Verrechnungspositionen des Beklagten über Fr. 520'625.-- und Fr. 534'375.-- der zugesprochene Betrag von Fr. 1'392'018.20. C. C.a. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts sei (mit Ausnahme der Höhe der Gerichtskosten, Dispositiv-Ziffer 4) aufzuheben und die Klage abzuweisen. C.b. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt der Beschwerdeführer, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen und es sei davon Vormerk zu nehmen, dass er zur Sicherstellung der Parteikosten der Gegenpartei bereit und in der Lage sei, sofern die Beschwerdegegnerin ein entsprechendes Gesuch stelle. C.c. Mit Verfügung vom 23. Mai 2013 wies das Bundesgericht das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab, und es verpflichtete, einem Begehren der Beschwerdegegnerin entsprechend, den Beschwerdeführer mit Verfügung vom 3. Juni 2013 zur Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung im Betrag von Fr. 15'000.--. C.d. Mit Schreiben vom 31. Juli 2013 teilte die Beklagte unter Beilage eines Handelsregisterauszugs mit, dass sie mit der X._ AG fusioniert habe und bat um Vormerknahme der Gesamtnachfolge unter Anpassung des Rubrums. C.e. Die Beschwerdegegnerin beantragt Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des Urteils des Obergerichts. Dieses hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat unaufgefordert repliziert. Mit Schreiben vom 23. September 2013 hat der Beschwerdeführer erneut ein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gestellt. D. Am 6. August 2013 teilte das Betreibungsamt Bern-Mittelland mit, dass die Forderungen des Beschwerdeführers gegen das Bundesgericht aus der geleisteten Einschreibgebühr von Fr. 13'000.-- und der Sicherstellung für die Parteientschädigung von Fr. 15'000.-- verarrestiert worden seien.