Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 20. Dezember 2010 erteilte die Bausektion des Stadtrats Zürich X._ die Bewilligung für den Neubau eines Mehrfamilienhauses am Brunnackerweg 6 in Zürich (Grundstück Kat.-Nr. WI416). Dagegen erhob Y._ Rekurs beim Baurekursgericht des Kantons Zürich. Nach Durchführung eines Augenscheins hiess dieses das Rechtsmittel mit Entscheid vom 27. Mai 2011 teilweise gut. Es ergänzte den Baubewilligungsentscheid mit der Auflage, vor Baubeginn seien beim Amt für Baubewilligungen abgeänderte Pläne, mit denen die Einhaltung der für Hauptgebäude und für besondere Gebäude maximal zulässigen Gebäudegrundfläche nachgewiesen werde, einzureichen und bewilligen zu lassen. Gegen den Entscheid des Baurekursgerichts erhoben sowohl Y._ als auch X._ Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Urteil vom 23. November 2011 vereinigte das Verwaltungsgericht die beiden Verfahren, wies die Beschwerde von X._ ab und jene von Y._ gut und hob die Entscheide der Bausektion und des Baurekursgerichts auf. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 20. Januar 2012 beantragt X._ im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei insofern aufzuheben, als damit die Beschwerde von Y._ gutgeheissen worden sei. Eventualiter sei die Baubewilligung mit den erforderlichen Auflagen zur gestalterischen Verbesserung der Fensteranordnung und des Balkonturms zu erteilen. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht und der Beschwerdegegner beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Bausektion beantragt deren Gutheissung.