Sachverhalt: A. R._, geboren 1952, meldete sich am 20. Mai 2003 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 11. März 2005 und Einspracheentscheid vom 30. September 2005 lehnte die IV-Stelle Luzern den Anspruch auf berufliche Massnahmen gestützt auf ein Gutachten der Frau Dr. med. H._, Psychiatrie Psychotherapie FMH, vom 17. Dezember 2004 ab mit der Begründung, dass sich einzig die Alkoholabhängigkeit des Versicherten auf die Arbeitsfähigkeit auswirke, ein invalidisierendes psychisches Leiden indessen nicht vorliege. B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 28. November 2006 in dem Sinne gut, als es die Sache an die IV-Stelle zurückwies zur Durchführung eines Einkommensvergleichs unter Zugrundelegung einer 60%igen Arbeitsfähigkeit. C. Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Während R._ auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.