Entschädigung und Kostenauflage, hat sich ergeben: A.- Das Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau führte gegen S._ und zwei weitere Angeschuldigte eine Strafuntersuchung wegen verschiedener Delikte. Mit Beschluss der a.o. Untersuchungsrichterin 3 des Untersuchungsrichteramtes II Emmental-Oberaargau und der Staatsanwaltschaft II Emmental-Oberaargau vom 7./21. Juli 1999 wurde die Strafverfolgung gegen die drei Angeschuldigten teilweise aufgehoben. Bezüglich S._ wurde die Strafverfolgung wegen unwahren Angaben über Handelsgesellschaften, ungetreuer Geschäftsführung, evtl. Veruntreuung, angeblich mehrfach begangen, und Urkundenfälschung bzw. Anstiftung dazu, unter Auferlegung der Verfahrenskosten von Fr. 1'400. -- und ohne Ausrichtung einer Entschädigung aufgehoben; wegen Erschleichens einer falschen Beurkundung wurde S._ an das Kreisgericht V Burgdorf-Fraubrunnen überwiesen. B.- Gegen diesen Beschluss reichten S._ und der mitangeschuldigte W._ bei der Anklagekammer des Kantons Bern einen Rekurs ein mit dem Antrag, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben, soweit ihnen Verfahrenskosten auferlegt wurden und die Ausrichtung einer Entschädigung verweigert wurde. Die Anklagekammer wies mit Beschluss vom 19. August 1999 den Rekurs ab. C.- S._ hat am 27. September 1999 staatsrechtliche Beschwerde gegen diesen Beschluss der Anklagekammer des Kantons Bern beim Bundesgericht eingereicht. Er stellt den Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Er beruft sich auf Art. 6 Ziff. 2 EMRK und Art. 4 aBV (vgl. Art. 32 Abs. 1 der neuen Bundesverfassung, nBV) und macht geltend, der angefochtene Entscheid verstosse gegen die Unschuldsvermutung. D.- Die stellvertretende Generalprokuratorin des Kantons Bern stellt in ihrer Vernehmlassung den Antrag, die staatsrechtliche Beschwerde sei abzuweisen. Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern beantragt unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid ebenfalls deren Abweisung.