Sachverhalt: A. Am 1. Mai 2005 verliess die seit dem 21. Mai 1993 mit B.C._ verheiratete A.C._ den gemeinsamen Haushalt. Am 15. Juli 2005 fand eine Eheschutzverhandlung statt, in welcher vorsorgliche Massnahmen erlassen wurden. Am 26. April 2007 reichten die Eheleute C._ ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein und am 15. Juni 2007 eine von beiden Ehegatten unterzeichnete Scheidungskonvention. An der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2007 wurde den Eheleuten die Genehmigung der Konvention in Aussicht gestellt und Frist angesetzt, sie zu bestätigen. Am 2. Oktober 2007 teilte A.C._ dem Bezirksgericht mit, dass sie am gemeinsamen Scheidungsbegehren festhalte, hingegen die Scheidungskonvention widerrufe. B. Am 16. Juli 2008 reichte A.C._ gegen B.C._ eine Strafanzeige ein wegen "Betrugs, Körperverletzung etc.", in welcher sie ihn beschuldigte, sie während der Ehe wiederholt geschlagen und verletzt sowie in der Steuererklärung unwahre Angaben über sein Einkommen gemacht zu haben. Staatsanwalt Carlo Blatter von der Staatsanwaltschaft See/Oberland sistierte die aufgrund dieser Strafanzeige eingeleitete Strafuntersuchung am 12. November 2008 mit der Begründung, um Doppelspurigkeiten bei der Sachverhaltsabklärung zu vermeiden, sei zunächst das hängige Revisionsverfahren bzw. die rechtskräftige Erledigung des Scheidungsverfahrens abzuwarten. A.C._ rekurrierte gegen die Sistierung mit den Anträgen, sie aufzuheben, die Strafuntersuchung wieder aufzunehmen und die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen. Eventuell sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Einstellungsverfügung zu erlassen. Mit Verfügung vom 12. Juni 2009 hiess die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich den Rekurs, soweit sie darauf eintrat, teilweise gut und hob die Sistierung hinsichtlich der Delikte gegen Leib und Leben auf und wies die Staatsanwaltschaft See/Oberland an, das Verfahren insoweit weiterzuführen (Dispositiv-Ziff. 1). Das Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Blatter wies sie ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sie auferlegte die Kosten des Rekursverfahrens von 600 Franken zu 2/3 und diejenigen des Ausstandsverfahren von 600 Franken vollumfänglich A.C._ (Dispositiv-Ziff. 3). Für das Rekursverfahren sprach sie A.C._ eine Parteientschädigung von 400 Franken zu. Für die Beurteilung des Gesuchs, Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin von A.C._ einzusetzen, erklärte sich die Oberstaatsanwaltschaft als unzuständig und überwies es an die zuständige Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil. C. A.C._ rekurrierte gegen die Ablehnung des Ausstandsbegehrens (Dispositiv-Ziff. 2) und die Auferlegung der Kosten des Ausstandsverfahrens an die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich. Gegen die Sistierung des Strafverfahrens erhob sie zudem Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht (Verfahren 1B_212/2009). Die Direktion der Justiz und des Innern wies den Rekurs am 4. September 2009 ab, soweit sie darauf eintrat (Dispositiv-Ziff. I). Sie trat auf den Antrag auf Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Bestellung einer unentgeltlichen Rechtsvertreterin für das Rekursverfahren nicht ein (Dispositiv-Ziff. II). Die Verfahrenskosten von 700 Franken auferlegte sie A.C._ (Dispositiv-Ziff. III). D. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 12. Oktober 2009 beantragt A.C._ in der Sache im Wesentlichen, Dispositiv-Ziff. I der Verfügung der Direktion der Justiz und des Innern aufzuheben und ihren Rekurs betreffend den Ausstand von Staatsanwalt Carlo Blatter gutzuheissen. Sie wendet sich zudem gegen die vorinstanzliche Kosten- und Entschädigungsregelung (Anträge 9-11) und beantragt die Aufhebung der Dispositiv-Ziff. II und III. Weiter stellt sie 7 Anträge zum Verfahren; darauf ist in den Erwägungen zurückzukommen. Für das bundesgerichtliche Verfahren beantragt sie unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung; ihre Vertreterin sei mit mindestens 3'000 Franken zu entschädigen. Am 19. Oktober 2009 ergänzte sie die Beschwerde. E. Staatsanwalt Blatter und die Oberstaatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung. Die Direktion der Justiz und des Innern verzichtet darauf unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid. In ihrer Replik beantragt A.C._, verschiedene Bankkonti von B.C._ superprovisorisch zu sperren.