Sachverhalt: A. A._ beauftragte zu Beginn des Jahres 2009 die Allgemeine Plakatgesellschaft (APG) im Rahmen einer Aktion der Palästina-Solidarität, Region Zürich, ein Plakat an zwei verschiedenen Orten im ShopVille-RailCity (d.h. Bahnhof Zürich) auszuhängen. Dieses richtete sich gegen die israelische Siedlungspolitik. Drei Tage war das Plakat ausgehängt, bis die SBB am 26. März 2009 die sofortige Entfernung veranlasste. Nachdem die SBB weder ihren Entscheid rückgängig gemacht noch eine anfechtbare Verfügung erlassen hatte, erhob A._ eine Rechtsverweigerungsbeschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Während des Verfahrens erliess die SBB am 28. Oktober 2009 eine Verfügung und verbot den Aushang des Plakats. Dagegen erhob A._ erfolgreich Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht; die SBB wurde verpflichtet, den Plakataushang zu bewilligen. B. Vor Bundesgericht beantragt die SBB, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. März 2011 aufzuheben und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren. C. Die Beschwerdegegnerin hat mit ausführlicher Begründung beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell diese abzuweisen und den vorinstanzlichen Entscheid zu bestätigen. Die APG, welche als weitere Beteiligte nach Art. 102 Abs. 1 BGG in das Verfahren einbezogen wurde, und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichteten auf eine Vernehmlassung. D. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts hat am 20. Juni 2011 der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.