Sachverhalt: A. X._ ist deutscher Staatsangehöriger und hatte zeitweilig Aufenthalt in der Schweiz. Er war im Jahre 2007 als Arbeitnehmer bei der A._ AG in R._ beschäftigt und für sein Einkommen dem Steuerabzug an der Quelle unterworfen. Mit Verfügung vom 14. Juli 2007 verpflichtete die Steuerbehörde die Arbeitgeberin, einen Quellensteuerabzug zum festen Satz von 10 % gemäss Tarif D für Nebenerwerb vorzunehmen. Am 27. Dezember 2007 stellte X._ Antrag auf Rückerstattung der im Jahre 2007 bezahlten Quellensteuer. Er machte geltend, die Quellensteuer sei nicht nach Tarif D, sondern nach Tarif A0d (Alleinstehender ohne Kinder, ohne Kirchensteuer) zu berechnen. Mit Verfügung vom 20. März 2008 wies die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern den Antrag auf Rückerstattung ab. Sie erwog, die wöchentliche Arbeitszeit habe weniger als 15 Stunden und das monatliche Bruttoeinkommen weniger als Fr. 2'000.-- betragen. Die Tätigkeit gelte daher als Nebenerwerb und es komme Tarif D zur Anwendung. Eine Einsprache wies die Dienststelle Steuern am 6. Mai 2008 ab. B. X._ gelangte an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Er machte geltend, für die Quellenbesteuerung sei grundsätzlich auf die persönlichen - sozialen - Verhältnisse des Quellensteuerpflichtigen abzustellen. Es handle sich in seinem Fall um eine ausschliessliche Haupterwerbstätigkeit einer beschränkt erwerbsfähigen Person ohne Ersatzeinkünfte. Der Tarif D sei rein proportional ausgestaltet, da bei Nebenerwerb die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit kein tauglicher Massstab sein könne. Auf die Haupterwerbstätigkeit in einer Grössenordnung weit unter dem Existenzminimum könne der Tarif D, welcher keine Rücksicht auf die persönlichen Verhältnisse nehme, nicht angewendet werden. Mit Urteil vom 19. September 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde des Steuerpflichtigen ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, es sei das Urteil aufzuheben und die zuviel bezogene Quellensteuer, abgerechnet gemäss Tarif A0d, zurückzuerstatten. Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern, das kantonale Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde.