Sachverhalt: A. Die X._ AG (Gesuchstellerin) und die Y._ AG (Gesuchsgegnerin) sind Internetprovider. Sie vereinbarten am 17./19. August 2011 ein sog. Zero Settlement Peering. Bei einem solchen erfolgt der Datenverkehr zwischen den beiden Netzen der Parteien kostenneutral. Die Gesuchsgegnerin kündigte diesen Vertrag mit Schreiben vom 27. Juni 2012 auf den 31. Juli 2012 und liess der Gesuchstellerin einenVertragsentwurf für einen neuen Interconnect Peering Vertrag zur Unterschrift zukommen, gemäss welchem neu ein Entgelt geschuldet gewesen wäre, wenn die Asymmetrie des Datenverkehrs das Verhältnis 1:2 übertroffen hätte. B. B.a. Mit Eingabe vom 19. Juli 2012 stellte die Gesuchstellerin beim Handelsgericht des Kantons Bern folgendes Begehren: 1. Es sei die Gesuchsgegnerin zu verpflichten, unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe nach Art. 292 StGB, mit der Gesuchstellerin eine Vereinbarung entsprechend derjenigen vom 17. August 2011 abzuschliessen, gültig ab dem 01. August 2012 bis zum rechtskräftigen Entscheid in der in dieser Sache zwischen den Parteien bisher noch nicht rechtshängigen Klage in der Hauptsache. Diese Vereinbarung soll insbesondere nachfolgend beschriebene Leistungen enthalten: a. Datenaustausch (Peering) zwischen dem Internet Knotenpunkt AS3303 der Gesuchsgegnerin mit dem Internet Knotenpunkt AS13030 der Gesuchstellerin. b. Datenaustausch (Peering) zwischen den mobilen Netzwerken der Gesuchsgegnerin mit dem Internet Knotenpunkt AS13030 der Gesuchstellerin. 2. Es sei der Gesuchsgegnerin zu verbieten, a. die Vereinbarung gemäss Rechtsbegehren Nr. 1 von der Einhaltung eines Datenaustauschverhältnis (Traffic Ratio) abhängig zu machen. b. für die gemäss Rechtsbegehren Nr. 1 zu erbringenden Leistungen eine Abgeltung zu verlangen. Sie ersuchte darum, die beantragte Verfügung superprovisorisch zu erlassen. Die Gesuchstellerin machte im Wesentlichen geltend, das Vorgehen der Gesuchsgegnerin verstosse gegen das Kartell- und Wettbewerbsrecht. Sie sei strukturell von der Gesuchsgegnerin abhängig und könne daher nicht auf einen anderen Peering-Partner umsteigen. Sie habe daher Anspruch darauf, dass diese gemäss Art. 13 lit. b KG verpflichtet werde, mit ihr einen marktgerechten und branchenüblichen Vertrag abzuschliessen. Da strittig und bisher noch nicht entschieden worden sei, ob Peering-Verträge einen Anwendungsfall der Interkonnektion gemäss Art. 11 Abs. 1 lit d des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (FMG; SR 784.10) darstellten, sei es ihr auch nicht möglich, den vorsorglichen Rechtsschutz über das Fernmeldegesetz zu erreichen. B.b. Mit Verfügung vom 20. Juli 2012 wies die Vizepräsidentin des Handelsgerichts das Begehren um Erlass einer superprovisorischen Verfügung mangels Dringlichkeit ab. Am 15. November 2012 ersuchte sie das Bundesamt für Kommunikation (BAKOM) um Erstellung eines Kurzgutachtens zu folgenden Fragen: 1.1 Fällt der vorliegend zu beurteilende Interconnect Peering Vertrag (Gesuchsbeilage 4) unter den Begriff der Interkonnektion im Sinne von Art. 3 lit. e FMG bzw. Art. 11 Abs. 1 lit. d FMG- 1.2 Wenn ja, handelt es sich bei der vorliegenden Streitsache um eine Streitigkeit über den Zugang im Sinne von Art. 11a FMG oder um eine Streitigkeit aus einer Vereinbarung über den Zugang im Sinne von Art. 11b FMG- 2.1 Ist dem BAKOM bekannt, ob Interconnect Peering Verträge im europäischen Raum unter den Begriff der Interkonnektion im Sinne der schweizerischen Rechtsordnung fällt- 2.2 Falls ja, wie werden die Kosten verteilt- 3. Haben Sie weitere Bemerkungen anzubringen- Am 21. Dezember 2012 erfolgte das Gutachten des BAKOM. Den Parteien wurde Gelegenheit zur Stellungnahme gegeben. B.c. Mit Entscheid vom 28. Januar 2013 trat die Vizepräsidentin des Handelsgerichts auf das Gesuch vom 19. Juli 2012 um vorsorgliche Massnahmen mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein. Massgeblich gestützt auf das Gutachten des BAKOM nahm sie an, Peeringverträge fielen unter den Interkonnektionsbegriff gemäss Art. 3 lit. e FMG. Sodann handle es sich nicht um eine Streitigkeit betreffend die Auslegung und Durchsetzung einer bestehenden Vereinbarung, für welche die Zivilgerichte zuständig seien. Vielmehr gehe es um die Fragedes Zugangs zu Einrichtungen und Diensten marktbeherrschender Anbieterinnen. Für Zugangsverfahren sei jedoch gemäss Art. 11a FMG die Eidgenössische Kommunikationskommission (ComCom) zuständig. C. Die Gesuchstellerin (Beschwerdeführerin) beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, der Nichteintretensentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 28. Januar 2013 sei aufzuheben und das Handelsgericht sei anzuweisen, materiell über das Gesuch der Beschwerdeführerin um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme zu entscheiden. Die Gesuchsgegnerin (Beschwerdegegnerin) beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Am 10. April 2013 teilte die Beschwerdeführerin mit nachträglicher Eingabe mit, dass sie am 28. März 2013 beim Bundesamt für Kommunikation (BAKOM) zuhanden der ComCom gegenüber der Beschwerdegegnerin ein Gesuch um Interkonnekt Peering Zugang und um Erlass vorsorglicher Massnahmen gestellt habe. Am 17. Juni 2013 stellte die Beschwerdegegnerin dem Bundesgericht die Zwischenverfügung der ComCom vom 11. Juni 2013 zu, mit welcher diese das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erlass vorsorglicher Massnahmen vom 28. März 2013 teilweise gutgeheissen hat.