Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV) führt eine besondere Steueruntersuchung unter anderem gegen X._ wegen des Verdachts von schweren Steuerwiderhandlungen (in den Steuerperioden 2002-2006). Am 27. Januar 2009 erfolgten diverse Hausdurchsuchungen, insbesondere in der Privatwohnung seiner Ehefrau in St. Gallen. Die dort beschlagnahmten Papiere wurden vorsorglich versiegelt. B. Mit Schreiben vom 23. Februar 2009 erhob X._ Einsprache gegen die Durchsuchung der versiegelten Akten und Gegenstände gemäss Beschlagnahmeprotokoll. Am 27. März 2009 stellte die EStV beim Bundesstrafgericht das Gesuch um Entsiegelung und Durchsuchung der beschlagnahmten Unterlagen. Mit Entscheid vom 19. Juni 2009 (BE.2009.5) hiess das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, das Gesuch gut. C. Gegen den Entsiegelungsentscheid des Bundesstrafgerichtes gelangte X._ mit Beschwerde vom 24. August 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Verweigerung der Entsiegelung und Durchsuchung. Das Bundesstrafgericht beantragt mit Stellungnahme vom 7. September 2009, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Die EStV schliesst mit Vernehmlassung vom 11. September 2009 ebenfalls auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.