Sachverhalt: A. Mit letztwilliger Verfügung vom 12. Mai 1999 bestimmte A._ die A._-Stiftung mit Sitz in B._ zu seiner Erbin. Seine Ehefrau X._ und seine Tochter C._ setzte er auf den Pflichtteil und legte die ihnen zukommenden Anteile mittels Teilungsvorschriften fest. Zudem richtete er mit letztwilliger Verfügung vom 22. April 2002 eine Reihe von Vermächtnissen aus. In seinem Testament vom 9. Mai 2003 ernannte er Y._ als Willensvollstrecker. Am 19. Mai 2003 verstarb A._ an seinem letzten Wohnsitz in D._. B. Mit Beschwerde vom 8. Februar 2007 verlangte X._ im Wesentlichen die Absetzung von Y._ als Willensvollstrecker und die Anordnung einer Erbschaftsverwaltung; eventualiter beantragte sie dessen Suspendierung und subeventualiter den Erlass von richterlichen Weisungen an den Willensvollstrecker. Zur Begründung führte sie aus, der Willensvollstrecker sei gleichzeitig Stiftungsrat der vom Erblasser gegründeten A._-Stiftung und befinde sich deshalb in einem unlösbaren Interessenkonflikt: Einerseits müsste er als Willensvollstrecker bestrebt sein, alle Nachlasswerte festzustellen und insbesondere die nicht deklarierten Vermögenswerte des Erblassers, die vermutungsweise über Trusts gehalten würden, zur Nachlassmasse zu ziehen; andererseits habe er als Stiftungsrat ein Interesse daran, dass die undeklarierten Vermögenswerte nicht aufgefunden würden. Er habe die hängige Erbschaftsklage gegen die Anstalten F._ und G._ von K._ immer wieder verzögert, er habe sich geweigert, in K._ gegen mutmassliche Informationsträger auf Auskunft über die nicht deklarierten Vermögenswerte zu klagen, und er habe auch in anderer Hinsicht nicht genügend nach den undeklarierten Werten gesucht. Mit Verfügung vom 11. Juli 2008 wies das Bezirksgericht L._ die Beschwerde ab und verpflichtete X._ zu einer Gerichtsgebühr von Fr. 584'888.-- und einer Entschädigung von Fr. 379'163.-- zzgl. MwSt an den Willensvollstrecker; es ging dabei von einem Streitwert von Fr. 89,83 Mio. aus (Wert der nicht deklarierten Vermögenswerte gemäss Angaben der Beschwerdeführerin von Fr. 92 Mio., abzüglich Nachsteuern von Fr. 10,5 Mio., zuzüglich Darlehen von Fr. 8,33 Mio., welches die Beschwerdeführerin mit der Beschwerde erzwingen wollte). In teilweiser Gutheissung der Kostenbeschwerde gegen die Gerichtskosten und des Rekurses gegen die Parteientschädigung setzte das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 8. Dezember 2008 die erstinstanzliche Gerichtsgebühr auf Fr. 450'000.-- und die Parteientschädigung auf Fr. 320'000.-- zzgl. MwSt fest; es ging dabei von einem Streitwert von Fr. 118 Mio. aus, modifizierte aber gegenüber der ersten Instanz die nach der Gebührenordnung möglichen Zu- und Abschläge. C. Gegen den Beschluss des Obergerichts hat X._ am 7. Januar 2009 Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um Festsetzung der erstinstanzlichen Gerichtsgebühr auf Fr. 23'062.50 oder auf einen Betrag nach Ermessen des Bundesgerichtes, eventuell um Rückweisung der Sache an das Obergericht. Mit Präsidialverfügung vom 16. Januar 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Das Obergericht hat auf das Einreichen einer Vernehmlassung verzichtet.