Sachverhalt: A. Die Mars AG (vormals Masterfoods AG, Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Baar. Sie bezweckt die Herstellung von Lebens- und Futtermitteln sowie den Handel mit Waren verschiedener Art, insbesondere Lebens- und Futtermitteln. Sie vertreibt unter der Marke MALTESERS einen kugelförmigen "Bitesize-Snack" mit Schokoladeüberzug und Malzkern. Gegenwärtig wird MALTESERS in folgender Ausstattung vertrieben, wobei umstritten ist, wann diese lanciert wurde: Die Ausstattung besteht aus einem Stehbeutel aus Plastik, der ungefähr 17 cm hoch und 15.5 cm breit ist. Der Beutel hat einen roten Hintergrund. In der Mitte zeigt die Ausstattung zirka diagonal von links unten nach rechts oben leicht geschwungen verlaufend in weiss mit schwarzem Rand den Schriftzug MALTESERS, wobei sich die Schriftgrösse in Richtung Wortende um ungefähr die Hälfte verringert. Um den Schriftzug herum sind 16 ganze braune Kugeln zu sehen (10 oberhalb der Schrift, 6 unterhalb), die scheinbar fliegen oder schweben und die von links oben beleuchtet einen Schatten auf den unteren Teil der Ausstattung werfen. Leicht rechts der Mitte ist eine halbierte Kugel zu sehen, die eine gelbliche poröse Füllung zeigt. Im oberen Drittel der Verpackung, im Hintergrund sowie im Vordergrund um die aufgeschnittene Kugel sind gelbliche Kreise unterschiedlicher Transparenz sichtbar, die an Lichtreflexe erinnern. Dem oberen Beutelrand entlang verläuft eine gestrichelte weisse Linie. Die Nestlé Schweiz AG (Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Vevey. Sie bezweckt die Herstellung, den Verkauf und Vertrieb von Waren aller Art. B. Auf Gesuch der Beschwerdeführerin verbot der Vizepräsident des Handelsgerichts des Kantons Aargau der Beschwerdegegnerin mit Entscheid vom 31. Juli 2006 gestützt auf Art. 3 lit. d und Art. 2 UWG vorsorglich, " die von ihr unter der Bezeichnung 'KIT KAT POP CHOC' zum Verkauf angebotenen Waren gemäss nachfolgender Abbildung in der Schweiz anzubieten, zu vertreiben, auszuführen, sonst wie in Verkehr zu bringen oder im geschäftlichen Verkehr, einschliesslich der Benutzung in der Werbung, zu benutzen, durch Dritte benutzen zu lassen oder deren Benutzung durch Dritte zu begünstigen ." Eine von der Beschwerdegegnerin gegen diesen Entscheid erhobene staatsrechtliche Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil vom 21. Dezember 2006 (4P.222/2006, in: sic! 5/2007 S. 374) ab. C. Mit Klage vom 1. September 2006 beim Handelsgericht des Kantons Aargau stellte die Beschwerdeführerin zwecks Prosequierung der angeordneten vorsorglichen Massnahmen folgendes Rechtsbegehren: " Der Beklagten [Beschwerdegegnerin] sei unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe gemäss Art. 292 StGB zu verbieten, die von ihr unter der Bezeichnung «KIT KAT POP CHOC» zum Verkauf angebotenen Waren in einer Verpackung gemäss nachfolgender Abbildung in der Schweiz anzubieten, zu vertreiben, auszuführen, zu lagern, sonst wie in Verkehr zu bringen oder im geschäftlichen Verkehr, einschliesslich der Benutzung in der Werbung, zu benutzen, durch Dritte benutzen zu lassen oder deren Benutzung durch Dritte zu begünstigen (...) " Zur Begründung machte sie im Wesentlichen geltend, dass die Beschwerdegegnerin durch den Vertrieb des Produkts Kit Kat POP CHOC in der Ausstattung gemäss Rechtsbegehren gegen Art. 2 und Art. 3 lit. d und e UWG verstosse, indem sie eine Verwechslungsgefahr mit der Ausstattung der Beschwerdeführerin schaffe, sich in unlauterer Weise systematisch an deren Ausstattung anlehne und deren Ruf ausbeute. Überdies stützte sie den Verbotsanspruch auf Art. 3 Abs. 1 lit. c und Art. 13 Abs. 2 MSchG. Das Handelsgericht wies die Klage am 11. Dezember 2008 ab, soweit es darauf eintrat. Es hielt dafür, es fehle der MALTESERS-Ausstattung an Kennzeichnungskraft, weshalb sich die Beschwerdeführerin für diese nicht auf den lauterkeitsrechtlichen Schutz vor Schaffung einer Verwechslungsgefahr berufen könne. Ebenso wenig sei der Tatbestand einer unlauteren Anlehnung oder Rufausbeutung gegeben. Markenrechtliche Ansprüche scheiterten bereits an der mangelnden Aktivlegitimation, da die Beschwerdeführerin nicht Inhaberin der beanspruchten Marken sei. D. Die Beschwerdeführerin erhob gegen dieses Urteil Beschwerde in Zivilsachen, mit der sie die Aufhebung des angefochtenen Urteils verlangt und ihr vor Handelsgericht gestelltes Rechtsbegehren erneuert, eventuell die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht zur Neubeurteilung beantragt. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Mit Schreiben vom 22. April 2009 reichte die Beschwerdegegnerin die Kopie eines Urteils des Appellationshofs von Antwerpen (B) vom 9. April 2009 mit französischer Übersetzung zu den Akten. Das Schreiben und die Beilagen wurden der Beschwerdeführerin zur Kenntnisnahme zugestellt.