Sachverhalt: A. Am 30. Juni 2005 beantragte die Lindt & Sprüngli AG (Beschwerdeführerin) beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) Markenschutz für zwei dreidimensionale Marken "Lindor", nach Wicklerform in Cellophanpapier eingepackte Kugeln, mit dem Farbanspruch rot und dem Farbanspruch blau für Süss-Waren der internationalen Klasse 30. Die unter den Nummern 55346/2005 und 55347/2005 registrierten Formen sehen wie folgt aus: Bild nicht abrufbar Nachdem das IGE die Eintragungsgesuche beanstandet hatte, erklärte die Beschwerdeführerin, sie werde die Verkehrsdurchsetzung der beanspruchten Formen für "Schokoladenware" mit einem Umfragegutachten belegen. Am 15. März 2006 reichte sie die Resultate der Befragung ein und beantragte, die beiden Formen für "Schokoladenware" als durchgesetzte Marken einzutragen und ausserdem die Formen für diejenigen Waren einzutragen, für welche das IGE keine Beanstandung ausgesprochen hatte, nämlich für "Kakaopulver zum Herstellen von Getränken, Schokoladensaucen und Sirupen". Mit Verfügungen vom 14. September 2006 verweigerte das IGE den Markeneintragungsgesuchen Nr. 55346/20005 und Nr. 55347/2005 (dreidimensionale Marken, 3D) die Eintragung für die beanspruchten "Schokoladenwaren" in Klasse 30. Das IGE kam zum Schluss, die Formen machten das "Wesen der Ware" aus und seien nach Art. 2 lit. b des Bundesgesetzes über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (Markenschutzgesetz, MschG) vom 28. August 1992 (SR 232.11) vom Markenschutz absolut ausgeschlossen. Darüber hinaus sei auch der Ausschlussgrund von Art. 2 lit. a MSchG erfüllt, da das Zeichen Gemeingut darstelle und die Verkehrsdurchsetzung nicht glaubhaft gemacht sei. B. Die Beschwerdeführerin erhob rechtzeitig Beschwerden bei der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum mit den Begehren, die Verfügungen vom 14. September 2006 aufzuheben und die unter Gesuchs-Nummern 55346/2005 und 55347/2005 hinterlegten Marken "Lindor"-Kugel blau (3D) und "Lindor"-Kugel rot (3D) ohne Einschränkung für "Schokolade und Schokoladenwaren" (Klasse 30) in das Markenregister einzutragen. Die Rekurskommission vereinigte die Verfahren und überwies die Sache an das Verwaltungsgericht des Bundes. Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerden mit Urteil vom 27. März 2007 ab und bestätigte die angefochtenen Verfügungen. Das Gericht nahm im Unterschied zur ersten Instanz an, dass ein absoluter Ausschlussgrund im Sinne von Art. 2 lit. b MSchG nicht vorliege. Es gelangte jedoch zum Schluss, die Form gehöre zum Gemeingut nach Art. 2 lit. a MSchG und die Durchsetzung im Verkehr sei nicht belegt. C. Mit Beschwerde vom 27. April 2007 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. März 2007 sei aufzuheben (Ziffer 1) und die unter der Gesuchs-Nr. 55346/2005 und Nr. 55347/2005 hinterlegten Marken "Lindor-Kugeln" (3D) seien für "Schokolade und Schokoladewaren" (Klasse 30) in das Markenregister einzutragen (Ziffer 2). Die Beschwerdeführerin rügt im Wesentlichen, die Vorinstanz habe die Verkehrsdurchsetzung der von ihr beanspruchten Waren zu Unrecht verneint. D. Das IGE beantragt in der Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Es hält zunächst daran fest, dass die beanspruchten Formen das Wesen der Ware ausmachen, stimmt zwar der Beschwerdeführerin insofern zu, dass die Begründung der Vorinstanz den Nachweis nackter Warenformen verunmöglichen würde, hält aber für den Fall, dass seiner primären Ansicht nicht gefolgt würde, die Verkehrsdurchsetzung vorliegend für nicht ausreichend glaubhaft gemacht. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete unter Hinweis auf die Begründung des angefochtenen Urteils auf eine Vernehmlassung.