Sachverhalt: A. Am 27. März 2007 bewilligte der Kleine Landrat der Landschaft Davos Gemeinde das Gesuch von Y._ um Abbruch der Gebäude Assek. Nr. 258, 258b und 258c und um Neubau eines Wohn- und Gewerbehauses auf Parzelle Nr. 823, Dischmastrasse 9 in Davos Dorf, und wies die Einsprache der Nachbarin X._ ab. Die Baubehörde genehmigte einen auf 6 m reduzierten Gewässerabstand zum Landwasser; dieser wurde mit einem im Grundbuch anzumerkenden Beseitigungsrevers verbunden. B. Dagegen erhob X._ am 30. April 2007 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Sie machte u.a. geltend, das Bauvorhaben halte den Gewässerabstand zu dem - parallel zum Landwasser, westlich der Bauparzelle - verlaufenden Wiesenbächlein nicht ein und überdecke diesen teilweise. C. Am 17. Januar 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ ab und sprach Y._ eine aussergerichtliche Entschädigung von Fr. 4'014.15 zu. D. Dagegen hat X._ am 1. April 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Baubewilligung zu versagen; eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht bzw. an die erste Instanz zurückzuweisen. E. Das Verwaltungsgericht und die Landschaft Davos Gemeinde beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Y._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Im zweiten Schriftenwechsel hielten die Beteiligten an ihren Anträgen fest. F. Am 28. Mai 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.