Sachverhalt: A. Das Ehepaar X._ hatte am 14. November 2010 eine verbale und handgreifliche Auseinandersetzung. Unmittelbar danach fuhr es mit dem Fahrzeug von X.B._ zur Polizeistation Sissach. Dort reichten die Ehegatten gegenseitig Strafanzeige ein. X.B._ führte das Auto mit überhöhter Geschwindigkeit, beging mehrere Verkehrsregelverletzungen und soll X.A._ bedroht haben. X.A._ stellte am 15. November 2010 gegen X.B._ Strafantrag wegen sämtlicher in Frage kommender Delikte. Zudem reichte er am 26. Januar 2011 eine Zivilklage ein. Mit einer Teil-Einstellungsverfügung vom 29. März 2012 stellte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft, Hauptabteilung Liestal, das Strafverfahren gegen die Beschuldigte X.B._ in Bezug auf Tätlichkeiten, eventualiter einfache Körperverletzung, mehrfache Gefährdung des Lebens, Drohung und wegen Fahrens in nicht fahrfähigem Zustand in Anwendung von Art. 319 Abs. 1 lit. a und b StPO ein. Die Zivilklage wurde auf den Zivilweg verwiesen. Hiergegen erhob X.A._ Beschwerde beim Kantonsgericht Basel-Landschaft. Dessen Abteilung Strafrecht wies die Beschwerde mit Beschluss vom 24. Juli 2012 ab. Sie verneinte in Bezug auf Art. 129 StGB Tatbestandsmässigkeit und Schuld. Hinsichtlich der Drohung nach Art. 180 StGB fehlte es an einem hinreichenden Verdacht. Der Tatbestand von Art. 91 Abs. 1 SVG erschien dem Kantonsgericht offensichtlich als nicht erfüllt. In Bezug auf den Straftatbestand von Art. 90 Ziff. 2 evt. von Art.90 Ziff. 1 SVG hatte die Staatsanwaltschaft einen Strafbefehl in Aussicht gestellt. B. Gegen diesen Beschluss des Kantonsgerichts hat X.A._ beim Bundesgericht am 14. September 2012 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt dessen Aufhebung und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz; ferner seien die Zivilforderungen vollumfänglich gutzuheissen. Das Kantonsgericht beantragt mit seiner Vernehmlassung die vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Denselben Antrag stellt die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft. X.B._ verzichtet als Beschwerdegegnerin auf eine Stellungnahme. Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik an seinen Anträgen fest.