Sachverhalt: A. Am 25. Juli 1999 unterzeichneten X._ (Beschwerdeführerin) und ihr Ehemann als solidarisch haftende Darlehensnehmer einen Darlehensvertrag über Fr. 100'000.--. Dieser Vertrag ersetzte einen bereits 1995 geschlossenen mündlichen Darlehensvertrag. Als Darlehensgeberin wird im Vertrag Y._ (Beschwerdegegnerin), die Schwester des Ehemannes der Beschwerdeführerin, genannt, welche den Vertrag auch unterzeichnete. Zwischen den Parteien ist umstritten, ob die Beschwerdegegnerin tatsächlich Darlehensgeberin ist und den Betrag aus einem Erbvorbezug von Fr. 135'000.-- zur Verfügung stellte oder ob sie den Vertrag lediglich in Vertretung ihres Vaters abschloss (ab Januar 1998 erledigte die Beschwerdegegnerin die finanziellen Angelegenheiten für ihre Eltern) und die Darlehensvaluta aus dessen Vermögen stammt. Im Januar 1995 hatte die Mutter der Beschwerdegegnerin nach einem Autounfall mit der Haftpflichtversicherung des Schädigers einen Vergleich über Fr. 135'000.-- abgeschlossen, welcher Betrag gemäss Anweisung des Vaters auf ein Konto der Beschwerdegegnerin floss. Von diesem Konto überwies diese am 19. Juli 1995 den Darlehensbetrag von Fr. 100'000.--. B. Am 14. Mai 1999 verstarb die Mutter der Beschwerdegegnerin (Schwiegermutter der Beschwerdeführerin). Das gemäss telefonischen Angaben der Beschwerdegegnerin erstellte Erbschaftsinventar wurde auf Intervention des Ehemannes der Beschwerdeführerin abgeändert, der ein ihm gewährtes Darlehen berücksichtigt wissen wollte. Dieses Darlehen wurde zuerst mit Fr. 135'000.-- in das Inventar aufgenommen und auf erneute Intervention des Ehemannes auf Fr. 100'000.-- korrigiert. C. Später wurde der Vater der Beschwerdegegnerin pflegebedürftig. Die Rechnungen des Pflegeheims von Januar 2000 bis April 2001, welche die Beschwerdegegnerin an den Ehemann der Beschwerdeführerin weiterleitete, wurden von einem Bankkonto des Ehemannes der Beschwerdeführerin bezahlt im Gesamtbetrag von Fr. 82'785.90. Das Geld hatte er von der Beschwerdeführerin erhalten. Fünf mal beglich die Beschwerdegegnerin den monatlichen Beitrag. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie und ihr Ehemann seien davon ausgegangen, mit der Zahlung der Pflegekosten werde das ihnen gewährte Darlehen getilgt. Am 14. Februar 2004 verstarb der Vater der Beschwerdegegnerin (Schwiegervater der Beschwerdeführerin). D. Nachdem die Beschwerdegegnerin aus dem Darlehensvertrag Fr. 50'000.-- in Betreibung gesetzt und provisorische Rechtsöffnung erhalten hatte, erhob die Beschwerdeführerin Aberkennungsklage, welche der Gerichtspräsident des Gerichtskreises VIII Bern Laupen abwies. Gleich entschied am 11. November 2008 das Obergericht des Kantons Bern auf Appellation der Beschwerdeführerin. E. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, in Gutheissung der Aberkennungsklage festzustellen, dass die in Betreibung gesetzte Forderung nicht bestehe. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf eine Stellungnahme verzichtet und auf die Akten verweist. Das Bundesgericht hat die Angelegenheit am 15. September 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten.