Sachverhalt: A. A.a. Die IR-Marke Nr. xxx._ wurde am 13. August 2007 mit Schutzausdehnung auf die Schweiz auf den Namen der Y._ GmbH & Co. KG im Internationalen Register eingetragen und hat folgendes Erscheinungsbild: Die Registrierung beruht auf einer deutschen Basismarke mit Prioritätsdatum vom 11. Juni 2007 und wurde am 18. Oktober 2007 von der Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI) an das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (nachfolgend: IGE) notifiziert. Sie wird für die folgenden Waren beansprucht: Klasse 18 Produits en cuir et imitations du cuir (compris dans cette classe), à savoir sacs et autres récipients non adaptés à leur contenu, ainsi que petits articles de maroquinerie, notamment porte-monnaie, portefeuilles, étuis pour clefs; malles et sacs de voyage; parapluies, parasols. Klasse 25 V êtements, chaussures, articles de chapellerie. Klasse 28 Jeux et jouets; articles de gymnastique et de sport (compris dans cette classe). A.b. Das IGE erliess am 9. Oktober 2008 eine vorläufige vollständige Schutzverweigerung mit der Begründung, bei "V (fig.) " handle es sich um ein zum Gemeingut gehörendes Zeichen. Die grafische Gestaltung des Buchstabens "V" sei ungenügend und könne dem Zeichen keine Unterscheidungskraft verleihen. Mit Eingabe vom 3. März 2009 bestritt die Y._ GmbH & Co. KG mit Hinweis auf eine Reihe eingetragener Marken mit grafisch gestalteten Einzelbuchstaben, dass die grafische Gestaltung des Buchstabens "V" ungenügend sei, und beantragte, die IR-Marke Nr. xxx._ in sämtlichen angemeldeten Warenklassen zur Eintragung zuzulassen. Sie wies zudem darauf hin, dass das Zeichen als Gemeinschaftsmarke eingetragen worden sei. Mit Schreiben vom 26. Mai 2009 hielt das IGE an der vollständigen Schutzverweigerung der internationalen Registrierung Nr. xxx._ fest. Ergänzend machte das IGE geltend, dass vorliegend hauptsächlich Waren beansprucht würden, die der Bekleidung dienten und textilen resp. ledernen Charakter hätten, weshalb die gestrichelte Linie die Befestigung (das Annähen) des Einzelbuchstabens "V" widerspiegle. Solche funktionalen Elemente könnten per se keinen unterscheidungskräftigen Gesamteindruck zur Folge haben. Festzuhalten sei im Weiteren, dass weder ein Anspruch auf Gleichbehandlung bestehe noch einzelnen Fehleinträgen des Instituts oder ausländischen Entscheiden eine präjudizielle Wirkung zukomme. Die Y._ GmbH & Co. KG hielt in der Folge an ihren bisher vorgebrachten Argumenten fest und bestritt, dass die grafische Ausgestaltung des Zeichens "V" als funktionales Element verstanden werde. Zudem verwies sie auf weitere vergleichbare Voreintragungen. A.c. Mit Verfügung vom 24. November 2009 verweigerte das IGE der internationalen Registrierung Nr. xxx._ definitiv die Schutzausdehnung auf die Schweiz für die beanspruchten Waren der Klassen 18, 25 und 28. B. Gegen die Verfügung des IGE vom 24. November 2009 erhob die Y._ GmbH & Co. KG Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Während des hängigen Beschwerdeverfahrens übernahm die X._ SE die Parteistellung der Y._ GmbH & Co. KG infolge einer Umstrukturierung. Mit Urteil vom 29. März 2010 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die X._ SE dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. März 2010 sei aufzuheben und die internationale Registrierung Nr. xxx._ sei in der Schweiz für alle beanspruchten Waren zuzulassen. Sowohl das IGE als auch die Vorinstanz haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.