Sachverhalt: A. X._ AG reichte am 10. Juli 2009 dem Bundesamt für Zivilluftfahrt BAZL im Rahmen des Projektes "Y._" ihr komplett überarbeitetes Betriebshandbuch (Operations Manual, OM) zur Prüfung ein. Für die Prüfung der Teilbände OM-B und OM-C erliess das BAZL vier Verfügungen in der Höhe von insgesamt Fr. 12'384.--. Für die Prüfung des Teilbandes OM-D Issue 2 Revision 0 stellte das BAZL mit Kostenverfügung vom 10. August 2010 einen Betrag von Fr. 21'961.80 in Rechnung und für die Prüfung des Teilbandes OM-A Issue 2 Revision 0 mit Kostenverfügung vom 2. Mai 2011 einen Betrag von Fr. 19'893.60. Im weiteren stellte das BAZL der X._ AG am 12. Juli 2010 eine Gebühr von Fr. 450.-- in Rechnung für die Aufnahme eines Flugzeuges auf das Air Operator Certificate (AOC) sowie am 29. Juli 2010 eine solche von Fr. 540.-- für die Erneuerung des AOC. B. Gegen die Kostenverfügung vom 10. August 2010 für den Betrag von Fr. 21'961.80 führte die X._ AG am 6. September 2010 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht, gegen die Kostenverfügung vom 2. Mai 2011 für den Betrag von Fr. 19'893.60 am 3. Juni 2011. Mit Urteil vom 13. September 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerden teilweise gut. Es erkannte dabei, dass die Gebührenobergrenze von Fr. 50'000.-- gemäss Art. 39 der Verordnung vom 28. September 2007 über die Gebühren des Bundesamtes für Zivilluftfahrt (GebV-BAZL; SR 748.112.11) für die Prüfung des Betriebshandbuches insgesamt nicht überschritten werden dürfe. Der "Gebührenüberschuss" von Fr. 5'229.40 werde von den beiden angefochtenen Kostenverfügungen in Abzug gebracht; Fr. 3'000.-- von derjenigen vom 10. August 2010 in der Höhe von Fr. 21'961.80 und Fr. 2'229.40 von derjenigen vom 2. Mai 2011 in der Höhe von Fr. 19'893.60. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. Oktober 2011 beantragt die X._ AG, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6337/2010 vom 13. September 2011 sei aufzuheben und es sei für die Prüfung des Betriebshandbuchs, Teilbände OM-A und OM-D Issue 2 Revision 0, eine Gebühr zu Lasten der Beschwerdeführerin in der Höhe von Fr. 7'616.-- festzusetzen. Eventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und es sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesamt für Zivilluftfahrt BAZL beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) liess sich nicht vernehmen. Mit Eingabe vom 16. Januar 2012 nahm die Beschwerdeführerin Stellung zur Vernehmlassung des Bundesamtes für Zivilluftfahrt BAZL.