Sachverhalt: A. Die Y._ AG erwarb am 23. Mai 1989 insgesamt 30'000 eigene Partizipationsscheine von vier Parteien, darunter auch von A.C._ und B.C._. Anschliessend annullierte sie das Partizipationsscheinkapital. Die Eidgenössische Steuerverwaltung betrachtete den Tatbestand als direkte Teilliquidation und erhob darauf mit Verfügung vom 15. November 1996 die Verrechnungssteuer in der Höhe von Fr. 7'231'700.--. Die auf A.C._ zu überwälzende Verrechnungssteuer belief sich auf Fr. 2'256'275.--, für B.C._ betrug sie Fr. 1'952'300.--. Mit Urteil 2A.420/2000 vom 15. November 2001 (publiziert in: ASA 71 S. 314) bestätigte das Bundesgericht letztinstanzlich die Verrechnungssteuer. Am 30. September 2002 bezahlte die Y._ AG die Verrechnungssteuer und überwälzte diese auf die Leistungsempfänger. Am 13. April 2003 starb A.C._ und am 18. August 2003 B.C._. Als Willensvollstrecker im Nachlass von A.C._ wurde Rechtsanwalt Z._ ernannt. Da A.C._ und B.C._ bzw. deren Erbengemeinschaften die Regressforderungen bestritten und gegen die Betreibungen Rechtsvorschlag erhoben, gelangte die Y._ AG an die Eidgenössische Steuerverwaltung. Mit Entscheid vom 12. Januar 2005, bestätigt auf Einsprache hin am 28. Februar 2006, befand diese, die Y._ AG habe die bezahlten Verrechnungssteuern auf die Erbengemeinschaften der A.C._ und des B.C._ zu überwälzen und verpflichtete diese, der Y._ AG den Verrechnungssteuerbetrag zu bezahlen. Hingegen erachtete sich die Eidgenössische Steuerverwaltung nicht zuständig, die Rechtsöffnung zu erteilen oder über die Verzugszinsforderungen zu befinden, weil darüber der zuständige Zivilrichter zu entscheiden habe. Sowohl die X._ AG als Rechtsnachfolgerin der Y._ AG wie auch die beiden Willensvollstrecker führten Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerden der Willensvollstrecker gut und wies diejenige der X._ AG ab. Es befand, dass die Regressforderungen der X._ AG gegenüber den Erbengemeinschaften absolut verjährt seien. Gegenüber der Erbengemeinschaft von A.C._ sei auch die relative Verjährung eingetreten (Urteil A-1165/2011 vom 21. Januar 2010). B. Mit Urteil 2C_188/2010, 2C_194/2010 vom 24. Januar 2011 ( teilweise publiziert in: ASA 79 S. 863, RDAF 2011 II 450) hiess das Bundesgericht eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten der X._ AG gegenüber Z._ als Willensvollstrecker im Nachlass von A.C._ gut, hob das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 21. Januar 2010 auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung und zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurück. Es erwog, das Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (VStG, SR 642.21) kenne keine absolute Verjährung, weder betreffend die Verrechnungssteuer- noch die Regressforderung. Es handle sich um ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers. Gegenüber dem Nachlass von B.C._ sei auch die relative Verjährung nicht eingetreten. Hingegen sei zu prüfen, ob die Forderung gegenüber A.C._ relativ verjährt sei. Aufgrund der tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz könne die Frage noch nicht beantwortet werden. In Bezug auf den Nachlass von B.C._ bestätigte das Bundesgericht die Regressforderung einschliesslich Verzugszinsen ab 29. Oktober 2002 (Datum der Zustellung des Zahlungsbefehls), hob den Rechtsvorschlag auf und erteilte Rechtsöffnung. C. Das Bundesverwaltungsgericht führte in der Folge einen weiteren zweifachen Schriftenwechsel durch, befragte F._, G._, H._ und I._ als Zeugen und wies mit Urteil vom 20. September 2012 (A-1165/2011) die Beschwerde ab. D. Hiergegen führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, es sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 20. September 2012 aufzuheben und Z._ als Willensvollstrecker im Nachlass von A.C._ zu verpflichten, der X._ AG den Betrag von Fr. 2'256'275.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 29. Oktober 2002 zu bezahlen; der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamts Zürich 6 sei aufzuheben und die Rechtsöffnung zu erteilen. Eventualiter sei die Sache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Willensvollstrecker schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Im zweiten Schriftenwechsel halten die Parteien an den gestellten Rechtsbegehren fest. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.