Sachverhalt: A. X._ hat seinen steuerrechtlichen Wohnsitz in D._/LU. Seit 1. März 2006 arbeitet er bei der UBS AG in R._/GE und wohnt während der Woche als Wochenaufenthalter in U._. Dort bewohnt er eine 31⁄2-Zimmer-Wohnung, die seinen Grosseltern gehört, zu einem monatlichen Mietzins von Fr. 850.--. B. In der Steuererklärung 2006 machte X._ unter anderem Mehrkosten bei auswärtigem Wochenaufenthalt geltend, nämlich Fr. 3'885.-- notwendige Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung und Fr. 10'000.-- für die auswärtige Unterkunft. In der Veranlagungsverfügung vom 28. Februar 2008 anerkannte die Steuerbehörde nur Fr. 1'250.-- Mehrkosten für auswärtige Verpflegung sowie Fr. 2'429.-- für die Unterkunft am Wochenaufenthaltsort als berufsbedingte Mehrkosten. Die hiergegen erhobene Einsprache wies die Steuerkommission für Unselbständigerwerbende am 29. April 2008 ab. Mit Urteil vom 21. November 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut. Es bestätigte den Abzug für Mehrkosten für auswärtige Verpflegung, erhöhte dagegen den Abzug für auswärtige Unterkunft auf Fr. 3'484.--, und setzte das steuerbare Einkommen bei den Staats- und Gemeindesteuern neu auf Fr. 19'900.-- und bei der direkten Bundessteuer neu auf Fr. 20'400.-- sowie das steuerbare Vermögen auf Fr. 27'000.-- fest. Entgegen der Steuerbehörde stellte das Verwaltungsgericht nicht auf den tatsächlich bezahlten (Freundschafts)-Preis für die 31⁄2-Zimmerwohnung von Fr. 850.-- ab, sondern auf einen ortsüblichen Mietzins von Fr. 1'045.-- für eine 3-Zimmerwohnung in U._ und multiplizierte den Zimmerpreis (Fr. 348.40) mit der Anzahl Monate (März bis Dezember), ausmachend Fr. 3'484.--. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern erhebt X._ mit Eingabe vom 12. Januar 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er stellt den Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 21. November 2008 sei aufzuheben und es seien Mehrkosten der Unterkunft bei auswärtigem Wochenaufenthalt für eine Einzimmerwohnung von monatlich Fr. 720.-- oder Fr. 7'200.-- für zehn Monate anzuerkennen. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht. D. Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme.