Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat erhob am 28. Mai 2009 gegen (den am 8. Dezember 2008 in Untersuchungshaft versetzten) X._ Anklage wegen Drohung, Sachbeschädigung und Widerhandlung gegen das Waffengesetz. Mit Verfügung vom 24. August 2009 bewilligte der Haftrichter des Bezirksgerichtes Zürich ein Begehren des Angeklagten um vorzeitigen Strafantritt. Anlässlich der Hauptverhandlung vom 16. September 2009 ordnete das Bezirksgericht Zürich Beweisergänzungen durch die Staatsanwaltschaft an. Ein Haftentlassungsgesuch des Angeklagten vom 17. September 2009 wies der Haftrichter des Bezirksgerichtes Zürich mit Verfügung vom 25. September 2009 ab. B. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 25. September 2009 gelangte X._ mit Beschwerde vom 28. September 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und seine Haftentlassung. Die Staatsanwaltschaft beantragt mit Vernehmlassung vom 6. Oktober 2009 die Abweisung der Beschwerde, während der Haftrichter auf eine Stellungnahme verzichtet hat. Der Beschwerdeführer replizierte am 14. Oktober 2009.