Sachverhalt: A. Das kantonale Steueramt Zürich schätzte am 20. Oktober 2006 die X._ AG für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 nach pflichtgemässem Ermessen ein, da diese trotz Mahnung keine Steuererklärung eingereicht hatte. Auf die von der Steuerpflichtigen dagegen erhobene Einsprache trat das kantonale Steueramt am 30. August 2007 mangels gleichzeitiger Einreichung der vollständigen Steuererklärung nicht ein. Die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich hiess am 18. Dezember 2007 das von der X._ AG gegen diesen Entscheid ergriffene Rechtsmittel gut und wies die Sache zur weiteren Behandlung und zum Neuentscheid im Einspracheverfahren an das kantonale Steueramt zurück. Letzteres wandte sich dagegen an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das die Beschwerde am 11. Juni 2008 abwies. B. Das kantonale Steueramt Zürich beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 11. Juni 2008 aufzuheben und seinen Einspracheentscheid vom 30. April 2007 zu bestätigen. Die Beschwerdegegnerin und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ersuchen um Abweisung der Beschwerde. Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Eidgenössische Steuerverwaltung stellt Antrag auf Gutheissung des Rechtsmittels.