Sachverhalt: A. Die Personalvorsorgestiftung X._ (im Folgenden: Vorsorgestiftung) bezweckt die berufliche Vorsorge im Rahmen des BVG und seiner Ausführungsbestimmungen für die Arbeitnehmer der Stifterfirma. Nachdem in Bezug auf die Finanzierung der Altersguthaben Fragen aufgetaucht waren und nach Gesprächen mit dem Amt für Stiftungen und berufliche Vorsorge des Kantons Basel-Landschaft (nachfolgend: Aufsichtsbehörde) beauftragte die Vorsorgestiftung am 7. Oktober 2005 die Firma Z._ mit einem Berechnungsmandat. Diese lieferte am 12. Januar 2006 ihren Bericht ab, worin sie ausführte, ihre Aufgabe habe nicht darin gelegen, die effektive Höhe der Altersguthaben bzw. die Vorsorgeleistungen der Rentenbezüger zu bestimmen, sondern vielmehr in der Feststellung und Prüfung der Berechnungsmethodik bzw. der in den Jahresrechnungen ausgewiesenen Werte. Nach erneuter Unterredung mit der Vorsorgestiftung verpflichtete die Aufsichtsbehörde die Stiftung mit Verfügung vom 1. September 2006, einen anerkannten Experten für berufliche Vorsorge zu beauftragen, die reglementarischen Altersguthaben der aktiven oder ausgetretenen Destinatäre und die Vorsorgeleistungen der Rentenbezüger zu berechnen, wobei der Berechnung unpräjudiziell folgende Prämissen zu Grunde zu legen seien: a) Die bis zum 31. Dezember 1984 vorhandenen (wohlerworbenen) Altersguthaben werden vollumfänglich gewahrt und zum reglementarischen, also mindestens zum gesetzlichen Zinssatz verzinst. b) Die Altersguthaben werden ab 1. Januar 1985 im reglementarischen, mindestens also im gesetzlichen Umfang, geäufnet und verzinst. Dabei sind auch sämtliche gesamtarbeitsvertraglichen Verpflichtungen zu respektieren. c) Die Verjährung ihrer Ansprüche vorbehalten, sind in die Berechnungen sämtliche Mitarbeitenden der Firma X._ einzubeziehen, welche seit dem 1. Januar 1985 Destinatärinnen oder Destinatäre der Personalvorsorgestiftung sind oder waren, mithin auch all jene, welche zwischenzeitlich ausgetreten, zur PK-SBV übergetreten oder Bezüger von Vorsorgeleistungen geworden sind. Im letzteren Fall sind ggf. die Hinterlassenen als Destinatärinnen und Destinatäre zu betrachten. d) Stichtag für die Berechnung ist der 31. Dezember 2005. Diese Berechnungen sind in drei Varianten vorzunehmen. Dabei gilt für alle Varianten, dass die Mindestleistungen gemäss BVG jederzeit erfüllt sein müssen. e) Die jährliche Betrachtung der Erfüllung des BVG ist ab 1990 zu beachten (Art. 28 des Vorsorgereglements, Ausgabe 1990). f) Die jährliche Betrachtung der Erfüllung des BVG ist ab 1995 zu beachten (Art. 5.8.1 des Vorsorgereglements, Ausgabe 1995). g) Die jährliche Betrachtung der Erfüllung des BVG ist nicht zu beachten. Zudem verhielt die Aufsichtsbehörde den Stiftungsrat, die Rechte gegen allfällige Ersatzpflichtige zu wahren und gegebenenfalls verjährungsunterbrechende Massnahmen zu treffen. Sodann wies sie die Vorsorgestiftung an, die Geschäftsführung sowie die Führung der Alterskonten für die Jahre 1985 bis 2005 durch eine ausgewiesene und anerkannte Kontrollstelle prüfen und testieren zu lassen. Für die Auftragserteilung bezeichnete sie vier in Frage kommende Revisionsgesellschaften. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 1. September 2009 ab. Es bejahte namentlich die Verhältnismässigkeit der angeordneten aufsichtsrechtlichen Massnahmen. C. Die Vorsorgestiftung lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei die Verfügung vom 1. September 2006 und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Aufsichtsbehörde schliesst auf Abweisung der Beschwerde, währenddem sich das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) der Stellungnahme enthält.