Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt gegen Y._ und dessen Ehefrau eine fiskalstrafrechtliche besondere Untersuchung wegen des Verdachts von schweren Steuerwiderhandlungen. Gemäss den Ermittlungen sei der Beschuldigte Hauptaktionär der X._AG. Am 2. September 2010 erliess die ESTV Verfügungen (Grundbuchsperren), mit welcher sie dreizehn im Eigentum dieser Gesellschaft befindliche Liegenschaften beschlagnahmte. B. Eine von der Gesellschaft dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, mit Entscheid vom 10. Dezember 2010 gut, indem es die Grundbuchsperren aufhob. Die von der ESTV gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 1. April 2011 gut. Es hob den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 10. Dezember 2010 auf und wies die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Verfahren 1B_419/2010). Mit neuem Beschluss vom 16. November 2011 wies das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, die Beschwerde der Gesellschaft ab (Geschäftsnummer BV.2011.14). C. Gegen den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 16. November 2011 gelangte die X._AG mit Beschwerde vom 19. Dezember 2011 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung der Grundbuchsperren. Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 12. Januar 2012 die Abweisung der Beschwerde, während das Bundesstrafgericht auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet hat. Die Beschwerdeführerin replizierte am 24. Februar 2012. Am 13. (Postaufgabe: 14.) März 2012 reichte die ESTV unaufgefordert eine weitere Vernehmlassung ein. Die Beschwerdeführerin duplizierte am 19. Juni 2012.