Liquidation, hat sich ergeben: A.- Die Vorsorgestiftung X._ ist eine patronale Stiftung, welche nach der Stiftungsurkunde insbesondere Leistungen im Falle von Alter, Krankheit, Unfall oder Invalidität an die Kadermitarbeiter (Ziff. 2.2 der Stiftungsurkunde), aber auch an das weitere Personal erbringt (Ziff. 2.3 der Stiftungsurkunde). Im Rahmen der Prüfung der Jahresrechnungen 1988 bis 1992 erhielt das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern davon Kenntnis, dass die Stifterfirma die Produktion stillgelegt hatte und seit 1989 nur noch als Ingenieurbüro mit den beiden Beschäftigten A._ und B._ weitergeführt wurde. Das Amt forderte daher am 14. Februar 1995 die Vorsorgestiftung auf, eine Teilliquidation durchzuführen. Nach mehreren weiteren Aufforderungen, teilweise verbunden mit Strafandrohung, machte die Stiftung mit Schreiben vom 5. Januar 1998 geltend, eine Teilliquidation sei nicht durchzuführen, da es sich um eine Kaderstiftung mit zwei Kadermitarbeitern, nämlich den Gesellschaftern A._ und B._, handle; zudem sei nicht die Produktion, sondern die Endmontage eingestellt worden, und die Mitarbeiter hätten die Firma freiwillig verlassen. An einer Besprechung vom 29. Januar 1998 machte die Stiftung geltend, die Unternehmensleitung habe nie entschieden, die Endmontage stillzulegen. Mit Schreiben vom 26. März 1999 führte sodann die Gesellschaft aus, die Gesellschaftsleitung habe nie beschlossen, die Abteilung Endmontage zu schliessen, eine solche Abteilung habe es gar nie gegeben. Schliesslich führte die Stiftung am 29. März 1999 aus, eine von den Kunden verlangte Neuausrichtung der Tätigkeit auf zusätzlichen Servicedienst im ganzen Gebiet der Schweiz, des Tirols und des Fürstentums Liechtenstein sei von den Mitarbeitern teilweise abgelehnt worden, weshalb ein Teil der Mitarbeiter die Firma aus eigenem Entschluss und zu verschiedenen Zeitpunkten verlassen hätten. Auf nochmalige Aufforderung der Aufsichtsbehörde vom 10. Juni 1999 beschloss der Stiftungsrat am 27. Dezember 1999, dass die Stiftung per 31. Dezember 1999 aufgelöst werde. Dabei sollten die ungebundenen Mittel von rund Fr. 520'000.- auf die beiden einzigen Kadermitarbeiter, nämlich die Herren A._ und B._, verteilt werden. B.- Die Aufsichtsbehörde verfügte am 10. Januar 2000, die Verteilung der freien Mittel werde nicht genehmigt. Zur Begründung hielt sie im Wesentlichen fest, dass aufgrund der vorliegenden Unterlagen erwiesen sei, dass der Stellenabbau in den Jahren 1987 bis 1989 aus wirtschaftlichen Gründen erfolgt sei. Es sei deshalb ein neuer Verteilplan auszuarbeiten, der die damals Ausgetretenen einbeziehe. Auf Einsprache hin bestätigte die Aufsichtsbehörde am 10. April 2000 die Verfügung. Die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge wies die dagegen von der Vorsorgestiftung eingereichte Beschwerde mit Urteil vom 5. September 2001 ab und wies die Aufsichtsbehörde an, der Vorsorgestiftung eine neue Frist zur Erstellung und Einreichung einer Liquidationsbilanz und eines neuen Verteilungsplanes anzusetzen. C.- Mit Eingabe vom 10. Oktober 2001 hat die Vorsorgestiftung X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge aufzuheben und den vom Stiftungsrat eingereichten Verteilungsplan zu genehmigen, eventuell die Sache zur Genehmigung an das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern zurückzuweisen. Das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdekommission und das Bundesamt für Sozialversicherung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 31. Oktober 2001 die aufschiebende Wirkung beigelegt.