Sachverhalt: A. Am 8. Mai 2008 entzog das Departement des Innern des Kantons Solothurn X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit. Es erwog, die im Anschluss an eine Trunkenheitsfahrt vom 20. Juni 2007 (Blutalkoholgehalt von mindestens 2,28 Promille) angeordnete verkehrsmedizinische Untersuchung habe ergeben, dass er alkoholabhängig sei. Da X._ der Führerausweis bereits am 17. Mai 2006 wegen einer Trunkenheitsfahrt vom 14. April 2006 (Blutalkoholgehalt mindestens 1,87 Promille) für vier Monate entzogen worden war, auferlegte es ihm eine Sperrfrist von einem Jahr. Es führte aus, ein Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises werde nur Aussicht auf Erfolg haben, wenn er eine mindestens einjährige, durch Haarproben kontrollierte Totalabstinenz nachweisen könne, Beratungsgespräche mit einer Fachperson für Alkoholprobleme geführt und eine erneute verkehrsmedizinische Kontrolluntersuchung erfolgreich bestanden habe. B. Am 12. Dezember 2008 stellte X._ ein Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises. Am 7. April 2009 liess das Departement des Innern nach Einholung eines verkehrsmedizinischen Gutachtens X._ wieder als Motorfahrzeug- und Motorradführer zum Strassenverkehr zu und händigte ihm den Führerausweis unter der Auflage wieder aus, sich zum Nachweis der andauernden Alkoholabstinenz während der Dauer von 2 Jahren in Abständen von jeweils 6 Monaten einer verkehrsmedizinischen Kontrolluntersuchung inkl. Haarprobe zu unterziehen und sich zu diesem Zweck im August 2009, im Februar 2010, im August 2010 und im Februar 2011 zur Kontrolluntersuchung mit Haarprobe anzumelden. Mit Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn beantragte X._, ihn von dieser Auflage zu befreien oder sie eventuell auf ein Jahr zu begrenzen. Dieses wies die Beschwerde am 23. Juni 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und ihn von der Auflage zu befreien, eine zweijährige Alkoholabstinenz nachzuweisen. D. Das Departement des Innern liess unter Verweis auf das Urteil des Verwaltungsgerichts auf Vernehmlassung verzichten. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) hält die verfügte Auflage in zeitlicher Hinsicht für verhältnismässig. Es frage sich indessen, ob dies auch für die Kontrolle der Abstinenz durch Haaranalysen zutreffe, da deren Kosten wohl ungleich höher seien als die Analysen von Blutproben. Zudem bestünden gegen die Kontrolle der Abstinenz durch Haaranalysen einige Bedenken, insbesondere weil diesbezüglich keine verbindlichen bundesrechtlichen Vorgaben betreffend die interne und externe Qualitätskontrolle der Laboratorien bestünden. Die Analysemethode sei zudem neu, bei der Interpretation der Ergebnisse müssten im Vergleich zu anderen biologischen Matrices viele Besonderheiten berücksichtigt werden; es bestehe ein dringender Bedarf nach vereinheitlichten Richtlinien für die Interpretation. Ein Abstinenzbeweis sei mit der Methode zudem nicht zu erbringen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Replik zur Vernehmlassung des ASTRA. X._ sieht seine Vorbringen durch das ASTRA bestätigt und hält an der Beschwerde fest. Zudem ersucht er, ihr aufschiebende Wirkung einzuräumen. E. Am 8. Dezember 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.