Versteigerung, Pfandausfall, Pfändung, hat sich ergeben: A.- Das Betreibungsamt Y._ stellte in der Betreibung Nr. xxx gegen A._ (Schuldner) am 18. Oktober 2000 der Bank B._ (Gläubigerin) den Pfandausfallschein für den Betrag von Fr. 909'222.-- aus, nachdem am 8. September 2000 das Grundstück Nr. ..., Grundbuch X._, verwertet worden war. Am 19. Oktober 2000 stellte die Bank B._ (nebst weiteren Gläubigern) das Fortsetzungsbegehren; die nachfolgende Pfändung vom 10. November 2000 erwies sich als fruchtlos. Am 26. Januar 2001 stellte das Betreibungsamt Y._ einen neuen Pfandausfallschein von Fr. 913'196. 20 aus, mit welchem es den Pfandausfallschein vom 18. Oktober 2000 ersetzte. Dieser neue Pfandausfallschein wurde A._ am 29. Januar 2001 mit einem die Berichtigung erklärenden Schreiben zugestellt. Hiergegen erhob A._ Beschwerde, welche die Aufsichtsbehörde des Kantons Schaffhausen über das Schuldbetreibungs- und Konkurswesen mit Entscheid vom 6. April 2001 abwies. B.- A._ hat den Entscheid der Aufsichtsbehörde mit Beschwerdeschrift vom 20. April 2001 (rechtzeitig) an die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer des Bundesgerichts weitergezogen. Er beantragt im Wesentlichen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen und die Nichtigkeit von Betreibungshandlungen festzustellen; sodann ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Die Aufsichtsbehörde schliesst auf Abweisung der Beschwerde, wobei den Gegenbemerkungen eine Erklärung von Richter C._ beiliegt, dass er nicht Bankrat der Bank B._ sei. Andere Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt. Die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer