Sachverhalt: A. A._ reichte am 17. März 2011 als Geschäftsführer der Schuhläden X._ GmbH Strafanzeige gegen den ehemaligen Leiter der Zürcher Filiale Y._ ein. Er wirft diesem vor, zwischen dem 31. August 2010 und dem 24. Januar 2011 in der Zürcher Filiale der X._ Tageseinnahmen in Höhe von Fr. 13'278.80 veruntreut zu haben. Gemäss Strafanzeige werden jeden Abend ein Tagesabschluss erstellt, die Einnahmen gezählt und in einem Couvert in einer verschlossenen Schublade aufbewahrt. Es gehört zu den Aufgaben des Filialleiters, die Einnahmen auf das Konto der X._ einzuzahlen. B. Am 4. Oktober 2011 stellte die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl das Verfahren ein. Die gegen die Einstellung erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Zürich am 6. Januar 2012 gut. Die Staatsanwaltschaft stellte das wieder aufgenommene Verfahren am 19. Juni 2012 erneut ein. Das Obergericht wies die Beschwerde der X._ mit Beschluss vom 6. Dezember 2012 ab. C. Die X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl sei anzuweisen, das Strafverfahren weiterzuführen und gegen Y._ Anklage zu erheben. Eventualiter sei der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur erneuten Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung. Y._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen.