Sachverhalt: A. Die Sonderabfallverwertungs-AG, SOVAG, exportiert Filterasche aus Rückständen der Kehrichtverbrennung. Unter dem Begriff "Filterasche" werden Elektrofilterstaub aus Kehrichtverbrennungsanlagen (Anhang 2 zur Verordnung über den Verkehr mit Sonderabfällen vom 12. November 1986 [VVS; SR 814.610], Code 2023) und Schlamm aus der Rauchgaswäsche von Kehrichtverbrennungsanlagen (Anhang 2 zur VVS, Code 2024) zusammengefasst. Gleichbedeutend wird dafür auch die Bezeichnung "Filterstaub" verwendet. Diese Art von Sonderabfall kann in der Schweiz auf Reststoffdeponien, im Ausland aber auch in dafür berechtigten Untertagedeponien endgelagert werden. Die SWS Südwestdeutsche Salzwerke AG mit ihrer Tochtergesellschaft UEV Umwelt Entsorgung und Verwertung GmbH betreibt eine solche Untertagedeponie in Heilbronn/D und ist Geschäftspartnerin der SOVAG. Letztere führte bis Ende 2001 das Exportgeschäft von Filterasche mit der Entso Tech AG, die sich dann daraus zurückzog. B. Die Ablagerung von Abfällen auf einer Deponie in der Schweiz sowie deren Ausfuhr sind gemäss Art. 32e des Umweltschutzgesetzes (USG; SR 814.01) abgabepflichtig. Abs. 2 dieser Bestimmung ermächtigt den Bundesrat, die Abgabesätze festzulegen, und enthält dafür Rahmenbedingungen. Am 5. April 2000 hat der Bundesrat die Verordnung über die Abgabe zur Sanierung von Altlasten (VASA; SR 814.681) erlassen und auf den 1. Januar 2001 in Kraft gesetzt. Gemäss Art. 3 beträgt der Abgabesatz für die Lagerung in einer Reststoffdeponie Fr. 15.-- pro Tonne (Abs. 1 lit. a) und für die Ausfuhr zur Einlagerung in einer Untertagedeponie Fr. 50.-- pro Tonne (Abs. 2 lit. a). Im Falle der Ausfuhr wird die Abgabe vom Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) beim Exporteur erhoben (Art. 2 Abs. 2 i.V.m. Art. 6 Abs. 1 VASA). Die Verfügung stützt sich auf eine Deklaration des Abgabepflichtigen für die im vorangegangenen Kalenderjahr entstandenen Abgabeforderungen (Art. 5 Abs. 1 VASA). C. Das BUWAL setzte am 5. April 2002 bei der SOVAG und der Entso Tech AG die Abgabehöhe für die ausgeführte Filterasche im Jahr 2001 fest. Da der Export für eine Untertagedeponie bestimmt gewesen war, wendete das BUWAL den Tarif von Fr. 50.-- pro Tonne an: Verfügungs- Abgabepflichtiger Ausfuhrgewicht Abgabe 2001 nummer (in Tonnen) (in Franken) 1800288 SOVAG (Rubigen) 344.0 17'200.-- 1800289 SOVAG (Brügg) 20.805 1'040.25 1800290 Entso Tech AG 24'043.0 1'202'150.-- D. Die SOVAG und die Entso Tech AG reichten gegen die Verfügungen des BUWAL gemeinsam Verwaltungsbeschwerde beim Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) ein. Sie beantragten, die Verfügungen seien aufzuheben, und die ausgeführten Mengen seien zum Ansatz von Fr. 15.-- pro Tonne neu zu veranlagen. In verfahrensmässiger Hinsicht verlangten sie, die Beschwerde sei als so genannter Sprungrekurs direkt dem Bundesgericht zur Behandlung zu überweisen. Während der Hängigkeit des Verfahrens vor dem UVEK übernahm die SOVAG, mit Zustimmung des BUWAL, die angefochtene Abgabeschuld der Entso Tech AG. Das UVEK trat mit Entscheid vom 26. Februar 2004 auf die Beschwerde ein und wies sie ab. Dabei nahm es eine akzessorische Normenkontrolle des mitangefochtenen Art. 3 Abs. 2 lit. a VASA vor. Es prüfte die Norm auf ihre Vereinbarkeit mit Art. 32e Abs. 1 und 2 USG und verneinte eine unzulässige Lenkungswirkung oder eine Verletzung des Verursacherprinzips gemäss Art. 2 USG. Hauptsächlich befasste es sich mit dem Vorwurf, der höhere Satz für die Untertagedeponie verstosse im Vergleich zur Reststoffdeponie gegen die Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV), insbesondere gegen das Gebot der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen. In diesem Zusammenhang setzte es sich damit auseinander, dass das Sekretariat der Wettbewerbskommission die Tarifdifferenzierung bei den Abgabesätzen - auf Eingabe der Beschwerdeführerin und ihrer deutschen Geschäftspartnerin UEV GmbH hin - ebenfalls für wettbewerbsverzerrend gehalten hatte, weil keine entsprechenden Differenzen bei den externen Kosten vorlägen. Es hatte deshalb beim BUWAL am 24. April 2001 schriftlich angeregt, die Abgabesätze so rasch wie möglich wettbewerbsneutral auszugestalten. In der Folge verzichtete das Sekretariat allerdings darauf, der Wettbewerbskommission eine entsprechende Empfehlung zu beantragen. Es ging davon aus, der Verordnungsgeber habe sich trotz Kenntnis einer allfälligen wettbewerbsverzerrenden Wirkung für diese Abgabedifferenzierung entschieden. Angesichts dieser Überlegungen und nach einer eingehenden Interessenabwägung verwarf das UVEK den Einwand der Verletzung von Art. 27 BV sowie der ebenfalls angerufenen Art. 94 und Art. 96 BV. Schliesslich erkannte es, die angefochtene Abgabe habe weder eine zollähnliche Wirkung noch sei sie diskriminierend im Sinne des Freihandelsabkommens mit der Europäischen Gemeinschaft oder des Allgemeinen Zoll- und Handelsabkommens 1994 (GATT 1994), soweit letzteres überhaupt direkt anwendbar sei. E. Gegen den Entscheid des UVEK hat die SOVAG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und wiederum eine Reduktion der Abgabe auf Fr. 15.-- pro Tonne. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich der unrichtigen und unvollständigen Feststellung des Sachverhalts. BUWAL und UVEK ersuchen um Abweisung der Beschwerde. Im zweiten Schriftenwechsel haben die Parteien an ihren Anträgen festgehalten.