A.- Mit Verfügung vom 5. Februar 1996 legte das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) die Einrichtungs- und Betriebsbeiträge der Invalidenversicherung für die Wohnheime A._ und B._ für die Jahre 1992 bis und mit 1994 fest. Die den beiden Heimen gewährten Betriebsbeiträge machten mit Fr. 291'607. - für das Jahr 1992 99,88 % und mit Fr. 340'492. - für das Jahr 1993 99,05 % des jeweiligen Betriebsdefizites aus. Für 1994 deckte der Betriebsbeitrag das gesamte Defizit. Auf ein vom Verein X._ gestelltes Wiedererwägungsgesuch trat das BSV mit Wiedererwägungsverfügung vom 15. Juli 1997 zwar ein, lehnte jedoch das unter anderem gestellte Begehren, wonach auch die Beiträge für die Jahre 1992 und 1993 das gesamte Betriebsdefizit zu decken hätten, ab. B.- Die gegen die verfügte Beitragsgewährung für die Jahre 1992 und 1993 vom Verein X._ erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) mit Entscheid vom 15. Juni 1998 kostenfällig ab, soweit es darauf eintrat. Insbesondere lehnte es das Departement auch ab, die erst mit Verfügung vom 1. Dezember 1997 zugesprochenen und im Laufe des Beschwerdeverfahrens ebenfalls beanstandeten Betriebsbeiträge für die Jahre 1995 und 1996 in die Beurteilung mit einzubeziehen. C.- Der Verein X._ erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Begehren, die Verfügungen des BSV vom 5. Februar 1996 und 15. Juli 1997 sowie der Beschwerdeentscheid des EDI vom 15. Juni 1998 seien aufzuheben und die Invalidenversicherung sei zu verpflichten, für die Rechnungsjahre 1992/93 ungekürzte Betriebsbeiträge, nämlich für 1992 Fr. 291'950. - und für 1993 Fr. 343'758. - auszurichten. Sowohl das EDI als auch das BSV schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.