Sachverhalt: A. S._, geboren 1958, war bei der D._ AG als Aussendienstmitarbeiterin beschäftigt und führte daneben einen landwirtschaftlichen Betrieb. Sie erlitt am 30. Mai 1997 einen Autounfall, bei dem sie aus dem Fahrzeug geschleudert wurde und sich eine obere Plexusparese nach Duchenne C5/C6, eine mediale Seitenbandläsion mit leichter Aufklappbarkeit Grad II linkes Knie sowie eine Commotio cerebri mit HWS-Distorsion und initialem, lageabhängigem Drehschwindel und persistierenden Doppelbildern zuzog. Die Unfallversicherung (Northern Assurance [nunmehr AXA Versicherungen AG; im weiteren: AXA]) erbrachte obligatorische Leistungen. S._ meldete sich am 11. November 2004 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau (IV-Stelle) holte die Akten der AXA mit verschiedenen Gutachten (u.a. Dr. med. F._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, Expertise vom 11. Juli 2005 und Dr. med. M. T._, Spezialarzt für Neurologie FMH, Expertise vom 16. November 2005) ein. Mit Verfügung vom 4. Januar 2006 sprach die Unfallversicherung S._ eine Integritätsentschädigung von 10 % zu und übernahm die Heilbehandlung in Form von physiotherapeutischen Massnahmen im Zeitraum vom Oktober 2004 bis Oktober 2006. Weitere Leistungen wurden verweigert. Auf Anfechtung hin wurde S._ letztinstanzlich nebst den bereits von der AXA zugestandenen Leistungen ab 22. Oktober 2004 eine Invalidenrente von 25 % aus obligatorischer Unfallversicherung gewährt (Urteil 8C_506/2008 vom 5. März 2009). Die Versicherte weilte vom 24. bis 28. März 2006 infolge einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung (FFE) in der psychiatrischen Klinik X._. Gemäss Bericht des Oberarztes Dr. med. D._ vom 17. Mai 2006 konnte keine psychiatrische Diagnose gestellt werden, welche die Arbeitsfähigkeit einschränken würde. Mit Verfügung vom 18. Januar 2007 sprach die IV-Stelle S._ für die Zeit vom 1. November 2003 bis 30. April 2007 eine befristete halbe Rente zu. B. S._ liess dagegen Beschwerde erheben mit Antrag, es sei ihr eine volle (recte wohl ganze) unbefristete Rente zuzusprechen. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hob den Anspruch auf die befristete halbe Rente, nach Androhung einer reformatio in peius, mit Entscheid vom 26. Oktober 2010 auf und wies das Leistungsbegehren im übrigen ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihr in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides eine volle (recte wohl ganze) unbefristete Rente, eventuell eine Dreiviertelsrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur ergänzenden Feststellung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanzen zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht lässt S._ um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung ersuchen. Die IV-Stelle des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.