Sachverhalt: A. B._, geboren 1963, arbeitete als selbstständige Hundebetreuerin und als Raumpflegerin. Bei einem Verkehrsunfall Ende August 2004 erlitt sie ein HWS-Distorsionstrauma. Am 4. April 2005 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau holte medizinische Berichte ein (u.a. Dr. med. K._, Arzt und Psychiater FMH, vom 10. Februar 2006; Psychosomatische Abteilung der Klinik X._, vom 3. Februar 2006; Hausarzt Dr. med. L._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, vom 28. März und 11. November 2006). Vom 20. November bis 16. Dezember 2006 hielt sich B._ in der Rehaklinik Y._ auf (Bericht vom 19. Januar 2007). In dem am 20. September 2007 erstatteten interdisziplinären Gutachten des medizinischen Zentrums E._ wurden als Leiden mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine leichte depressive Episode mit somatischen Symptomen (ICD-10 F32.01) und eine dissoziative Störung (Konversionsstörung, ICD-10 F44.9) diagnostiziert; in der angestammten Tätigkeit als selbstständig erwerbende Hundebetreuerin wurde die Arbeitsfähigkeit auf 70 % festgelegt und in einer behinderungsangepassten Beschäftigung (z.B. in einem Tierheim) auf 100 %; aus rheumatologischer Sicht sei das Belastungsprofil nicht eingeschränkt. Mit Vorbescheid vom 19. Dezember 2007 stellte die IV-Stelle B._ die Ablehnung des Leistungsbegehrens in Aussicht; diese erhob Einwände und reichte zusätzliche Unterlagen ein (Bericht Prof. Dr. med. A._, Facharzt FMH für orthopädische Chirurgie, Spital C._, vom 25. Oktober 2005; Austrittsbericht Klinik Z._, vom 2. November 2007; Attest Dr. med. L._, vom 14. März 2008). Nach Einholung des Arztberichtes der Klinik Z._ (Eingang bei der IV-Stelle am 22. April 2008), der Beurteilung des Regionalen Ärztlichen Dienstes (Dr. med. T._, vom 6. Mai 2008) und einer Stellungnahme der Versicherten (vom 4. Juni 2008) entschied die IV-Stelle im Sinne des Vorbescheides und verneinte mit Verfügung vom 16. Juni 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 30 % den Anspruch auf eine Invalidenrente. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 15. Oktober 2008 ab. C. B._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides und Feststellung eines Invaliditätsgrades von 100 %; eventualiter sei die Sache zur vollständigen medizinischen Neubegutachtung und zum Neuentscheid an die IV-Stelle zurückzuweisen; ferner beantragt sie die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 15. Januar 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.