Sachverhalt: A. X._ ist seit 1975 Eigentümer des Grundstücks Nr. 571, Grundbuch Gaiserwald. Die Parzelle ist der Landwirtschaftszone zugeteilt. Teilweise liegt sie im Waldgebiet. Auf dem Grundstück stehen ein Wohnhaus, eine Garage, eine Remise sowie ein Kleintierstall. Zudem wurden im Garten eine Pergola und ein Aussenschwimmbecken erstellt. Zwischen 1973 und 1983 wurden auf dem Grundstück verschiedene Bauten bzw. Umbauten durchgeführt, für welche keine Bewilligung bzw. Zustimmung der kantonalen Behörden eingeholt worden war. 1991 erteilte der Gemeinderat Gaiserwald eine Baubewilligung für einen Wohnhausanbau. Das Vorhaben sah ausserhalb des bestehenden Gebäudevolumens eine Erweiterung der anrechenbaren Geschossfläche um 77.62 m2 und der bewilligten Nebenfläche um 85.69 m2 vor. Das damals zuständige kantonale Amt für Umweltschutz stimmte dem Projekt am 10. Juni 1991 zu. B. Am 29. Mai 2006 reichte X._ ein nachträgliches Baugesuch für den Umbau eines rund 75 m2 umfassenden Bereichs im nordöstlichen Teil des Erdgeschosses des Wohnhauses in eine "Wellness-Oase" ein. Der Bau war zu diesem Zeitpunkt bereits vollendet. Mit raumplanungsrechtlicher Teilverfügung vom 17. Juli 2007 verweigerte das kantonale Amt für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) die Zustimmung zu diesem Gesuch. Es stellte fest, dass das Wohnhaus schon vor dem 1. Juli 1972 nicht mehr landwirtschaftlich genutzt worden sei. Die nachträgliche Zustimmung zu den Baubewilligungen des Gemeinderats Gaiserwald von 1973, 1976, 1977 und 1981 wurde verweigert und festgehalten, das Wohnaus, die Remise, die Garage sowie der Kleintierstall seien formell und materiell rechtswidrig. Desgleichen verweigerte das AREG die Zustimmung zum Umbau des Wohnhauses. Es begründete dies damit, dass ein gewerblicher Vorbestand nicht nachweisbar sei. Der frühere Projektplan von 1976 habe bei der Erweiterung der Wohnfläche in die Scheune im Bereich der heutigen Wellness-Oase einen Stall bzw. ein Futterlager ausgewiesen. Die nun vorgenommene vollständige Zweckänderung sei nicht mehr mit dem Kriterium der teilweisen Änderung vereinbar, weshalb das ARGE dem Umbau nicht nachträglich zustimmen könne. Die Baukommission Gaiserwald verweigerte daraufhin am 5. November 2007 die Bewilligung für die Umnutzung und den Umbau der Räume im Erdgeschoss des Wohnhauses in eine Wellness-Oase, dies unter Hinweis auf die kantonale Beurteilung vom 17. Juli 2007. C. Gegen den Beschluss der kommunalen Baukommission gelangte der Grundeigentümer ans Baudepartement des Kantons St. Gallen. Er beantragte die Aufhebung des angefochtenen Gemeindebeschlusses und der kantonalen Teilverfügung vom 17. Juli 2007. Nach Durchführung eines Augenscheins wies das Baudepartement den Rekurs am 23. Dezember 2008 ab, soweit er sich gegen die verweigerte Baubewilligung und die verfügte Anmeldung des Verbots der baulichen Nutzungserweiterung im Grundbuch richtete (Ziff. 1 des Entscheids). Indes befand es, dass für die Wiederherstellungsarbeiten nicht der Zustand vom 13. Juni 1991 massgeblich sei, sondern entweder auf jenen vom 1. Juli 1972 oder auf eine heute bewilligungsfähige Nutzung abzustellen sei. Es hob darum lit. B1 des kommunalen Beschlussdispositivs auf und wies die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde Gaiserwald zurück (Ziff. 2). Als vorsorgliche Massnahme erliess das Baudepartement für die Dauer des Verfahrens ein teilweises Nutzungsverbot und untersagte die gewerbliche Nutzung der Liegenschaft für Therapie- und Wellnessangebote ("Wellness-Quelle") ab 1. April 2009 (Ziff. 3). D. Am 5. Januar 2009 erhob X._ Beschwerde beim Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen mit dem Antrag, Ziff. 3 des Rekursentscheids vom 23. Dezember 2008 aufzuheben. Zur Begründung führte er an, das Baudepartement habe das strittige Nutzungsverbot einige Tage vor Erlass des Rekursentscheids völlig überraschend in Betracht gezogen. Im gesamten Rekursverfahren sei von einer solchen Massnahme nie die Rede gewesen. Ein Nutzungsverbot laufe auf eine massive Beeinträchtigung seiner verfassungsmässigen Rechte hinaus, werde ihm doch damit die seit vor Mitte 1972 andauernde gewerbliche Nutzung seiner Liegenschaft praktisch verunmöglicht. Der Präsident des Verwaltungsgerichts wies die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Februar 2009 ab. E. In seiner Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. März 2009 beantragt X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an den vorinstanzlichen Richter zurückzuweisen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Die Baukommission Gaiserwald verzichtet auf eine Stellungnahme, während das kantonale Baudepartement auf Abweisung der Beschwerde schliesst. Desgleichen beantragt der Verwaltungsgerichtspräsident, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Am 7. Mai 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.