Sachverhalt: A. Die moldawische Staatsangehörige X._ (geb. 28. September 1974) reiste im November 1998 in die Schweiz ein, wo sie in den folgenden Jahren aufgrund von Kurzaufenthaltsbewilligungen als Tänzerin in verschiedenen Cabarets tätig war. Am 16. Dezember 2002 heiratete sie einen Schweizer Bürger (geb.1971), den sie im November 2001 in einem Cabaret in Burgdorf, wo sie als Tänzerin arbeitete, kennen gelernt hatte. Gestützt auf die Heirat wurde ihr eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib beim Ehemann erteilt. Seit der Eheschliessung haben sich die Eheleute insgesamt dreimal getrennt, wobei der Richter jedes Mal Eheschutzmassnahmen anordnete. Die dritte Trennung erfolgte am 1. März 2007. B. Mit Verfügung vom 2. April 2008 wies das Amt für Bevölkerung und Migration des Kantons Freiburg das Gesuch von X._ vom 5. November 2007 um Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung ab und setzte ihr eine Frist von 30 Tagen zum Verlassen des Landes. Zur Begründung führte es aus, die Ehe bestehe nur noch formell und diene einzig dazu, X._ den Aufenthalt in der Schweiz zu ermöglichen. X._ beschwerte sich dagegen erfolglos beim Kantonsgericht Freiburg. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Januar 2009 beantragt X._, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 25. November 2008 aufzuheben, das Gesuch um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung gutzuheissen, eventualiter die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz bzw. an die erste Instanz zurückzuweisen. Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten beigezogen, jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt.