Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AG (vormals C._ AG; Klägerin, Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in U._ (Schweiz). Sie bezweckt die Herstellung von Lebensmitteln sowie Verpackung von und Handel mit Waren aller Art. Die B._ Ltd. (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Hongkong. A.b. Vom 13. bis zum 17. Dezember 2008 trafen sich ein Angestellter und der Verwaltungsratspräsident der A._ AG in Hongkong mit Vertretern der B._ Ltd. zu einem Meeting. Hintergrund des Meetings war ein Streit der Parteien über die Frage, wem zwei Patentanmeldungen betreffend Kaffeekapseln und eine Patentanmeldung betreffend einen Mechanismus zum Aufstechen der Kaffeekapseln zustehen würden. Als Inhaber war in allen drei Patentanmeldungen die B._ Ltd. angegeben. A.c. Die Parteien sind sich nicht einig über das Ergebnis des Meetings in Hongkong. Die B._ Ltd. macht geltend, die Parteien hätten sich darauf geeinigt, dass sie der A._ AG die Patentanmeldung betreffend den Aufstechmechanismus abtrete und demgegenüber die Patentanmeldungen betreffend die Kaffeekapseln behalte. Die A._ AG bestreitet das Zustandekommen einer Vereinbarung. A.d. Am 19. Dezember 2008 trat die B._ Ltd. der A._ AG die Patentanmeldung betreffend den Aufstechmechanismus ab. Die A._ AG fordert von der B._ Ltd. zusätzlich die Abtretung der Patentanmeldungen betreffend die Kaffeekapseln. B. B.a. Am 21. Juni 2010 reichte die A._ AG beim Handelsgericht des Kantons Bern gegen die B._ Ltd. Klage auf Abtretung der Patentanmeldungen betreffend die Kaffeekapseln ein. Ihr in der Replik abgeändertes Rechtsbegehren lautete wie folgt: "1. Die Beklagte sei zu verpflichten, die Europäische Patentanmeldung vvv (Veröffentlichungsnummer: EP www) kostenlos an die Klägerin abzutreten. Eventualiter sei die Beklagte zu verpflichten, die Europäische Patentanmeldung vvv (Veröffentlichungsnummer: EP www) kostenlos an die Klägerin zu Mitinhaberschaft (Art. 3 Abs. 2 und Art. 33 Abs. 2 PatG) abzutreten. 2. Die Beklagte sei zu verpflichten, die Europäische Patentanmeldung xxx (Veröffentlichungsnummer: EP yyy; EP-Teil der internationalen Patentanmeldung zzz) kostenlos an die Klägerin abzutreten. Eventualiter sei die Beklagte zu verpflichten, die Europäische Patentanmeldung xxx (Veröffentlichungsnummer: EP yyy; EP-Teil der internationalen Patentanmeldung zzz) kostenlos an die Klägerin zu Mitinhaberschaft (Art. 3 Abs. 2 und Art. 33 Abs. 2 PatG) abzutreten." B.b. Mit Verfügung vom 5. April 2013 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Frage des Zustandekommens und des Inhalts der in der Zeit vom 13. bis zum 17. Dezember 2008 in Hongkong allenfalls getroffenen Vereinbarung der Parteien und auf deren allfällige rechtliche Bedeutung. B.c. Mit Entscheid vom 2. Juli 2013 wies das Handelsgericht des Kantons Bern die Klage ab. Es kam zum Schluss, es sei Schweizer Recht auf die Streitigkeit anwendbar. Als Ergebnis der Beweiswürdigung hielt es fest, die Parteien hätten anlässlich der Verhandlungen in Hongkong vom 13. bis zum 17. Dezember 2008 einen übereinstimmenden Willen dahingehend geäussert, dass die B._ Ltd. der A._ AG die Patentanmeldung betreffend den Aufstechmechanismus übertrage, nicht jedoch die Patentanmeldungen betreffend die Kaffeekapseln. Die A._ AG habe somit kein Recht auf Abtretung der Patentanmeldungen betreffend die Kaffeekapseln. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 28. April 2014 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und es sei die Klage gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin beantragt zudem die Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht. D. Mit Präsidialverfügung vom 6. August 2014 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.