Sachverhalt: A. Am 11. Dezember 2008 wurde X._ in Untersuchungshaft versetzt. Die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich erhob gegen ihn am 28. April 2009 Anklage wegen mehrfachen qualifizierten Drogendelikten und weiteren Straftaten. Gleichentags stellte der Angeklagte ein Gesuch um Haftentlassung. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich entschied darüber mit Verfügung vom 7. Mai 2009, indem er (gestützt auf § 67 i.V.m. § 58 StPO/ZH) von Amtes wegen die Fortdauer der Sicherheitshaft anordnete und das Gesuch um Entlassung aus der Untersuchungshaft als gegenstandslos geworden bezeichnete. B. Gegen die haftrichterliche Verfügung vom 7. Mai 2009 gelangte X._ mit Beschwerde vom 13. (Posteingang: 18.) Mai 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt zur Hauptsache seine sofortige Haftentlassung. Die Staatsanwaltschaft und der kantonale Haftrichter haben auf Vernehmlassungen je ausdrücklich verzichtet.