Sachverhalt: A. A.a Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG; SR 734.7) in Kraft getreten. Gemäss Art. 18 Abs. 1 dieses Gesetzes wird das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene von der nationalen Netzgesellschaft betrieben. Die Netzgesellschaft muss Eigentümerin des von ihr betriebenen Netzes sein (Art. 18 Abs. 2 StromVG). Die Elektrizitätsversorgungsunternehmen überführen bis spätestens fünf Jahre nach dem Inkrafttreten des Gesetzes (d.h. bis spätestens 1. Januar 2013) das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene auf die nationale Netzgesellschaft (Art. 33 Abs. 4 StromVG). Kommen die Elektrizitätsversorgungsunternehmen dieser Verpflichtung nicht nach, erlässt die Elektrizitätskommission (ElCom) auf Antrag der nationalen Netzgesellschaft oder von Amtes wegen die erforderlichen Verfügungen (Art. 33 Abs. 5 StromVG). A.b Am 1. Juni 2010 stellte die nationale Netzgesellschaft swissgrid ag bei der ElCom ein Gesuch mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass das gesamte 220/380-kV-Netz als Übertragungsnetz gelte (mit den in den Beilagen definierten Ausnahmen) und das Eigentum daran an die nationale Netzgesellschaft zu übertragen sei. Die ElCom stellte das Gesuch am 5. Juli 2010 allen Übertragungsnetzeigentümern zu und gab ihnen Gelegenheit, dazu Stellung zu nehmen. A.c Mit Schreiben vom 9. Juli 2010 reichte die Nordostschweizerische Kraftwerke Grid AG (nachfolgend: NOK Grid AG) ebenfalls ein Feststellungsbegehren betreffend Definition und Abgrenzung des Übertragungsnetzes bei der ElCom ein. Sie beantragte, das Übertragungsnetz sei aufgrund einer an den Funktionen ausgerichteten Betrachtungsweise zu definieren und vom Verteilnetz abzugrenzen. Das Feststellungsbegehren der swissgrid ag mit der spannungsbasierten Zuordnung sei abzuweisen. A.d Am 11. November 2010 erliess die ElCom eine Verfügung, die sie der swissgrid ag, der NOK Grid AG und den Übertragungsnetzeigentümern eröffnete. Darin wurde u.a. festgehalten: "(...) 3. Grenzüberschreitende Leitungen und die erforderlichen Nebenanlagen auf der Spannungsebene 220/380 kV gehören zum Übertragungsnetz und sind auf die swissgrid ag zu überführen, unabhängig davon, ob sie mit dem Übertragungsnetz vermascht sind oder nicht. 4. Leitungen im grenzüberschreitenden Übertragungsnetz einschliesslich der zur Übertragung von Elektrizität erforderlichen Nebenanlagen, die nach dem 1. Januar 2005 in Betrieb genommen wurden, und für die eine Ausnahme beim Netzzugang und bei der Berechnung der anrechenbaren Kosten gewährt wurde, gehören zum Übertragungsnetz. Sie sind nach Ablauf der Ausnahmeregelung auf die swissgrid ag zu überführen. 5. Nicht grenzüberschreitende Zubringerleitungen zu Leitungen gemäss Ziffer 4 und die erforderlichen Nebenanlagen auf Spannungsebenen tiefer als 220 kV gehören nach Ablauf der Ausnahmeregelung für Leitungen und erforderliche Nebenanlagen gemäss Ziffer 4 zum Übertragungsnetz. Sie sind auf diesen Zeitpunkt auf die swissgrid ag zu überführen. (...) 10. Stichleitungen gehören nicht zum Übertragungsnetz und sind nicht auf die swissgrid ag zu überführen. Das Gesuch der swissgrid ag wird in diesem Punkt teilweise gutgeheissen. Ziffer 3b des Gesuchs der NOK Grid AG wird teilweise gutgeheissen. Stichleitungen, die nach einem Netzausbau Teil des vermaschten Übertragungsnetzes werden, gehören ab diesem Zeitpunkt zum Übertragungsnetz und sind auf die swissgrid ag zu überführen." B.a Gegen diese Verfügung erhoben die Azienda elettrica ticinese (AET) und die AET NE1 SA am 4. Januar 2011 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht (Verfahren A-69/2011) mit dem Hauptantrag (A): "1. Il ricorso è accolto. 2. La decisione 11 novembre 2010 della Commissione federale dell'elettricità ElCom (921-10-005) è modificata e completata con l'inserimento di un nuovo punto dal seguente tenore: 5bis. Nei casi, come quello della rete di distribuzione di AET fra Magadino e Mendrisio, in cui la rete di distribuzione ha due punti di connessione con la rete di trasporto, al gestore della rete di distribuzione non possono incombere oneri in relazione alle quantità di energia che transita sulla sua rete, destinata alla rete di trasporto (riconoscimento del diritto di netting, rimborso delle perdite, ecc.). 3. La definizione e delimitazione della rete di trasporto, come chiesto al punto 2 del presente ricorso, deve essere presa in considerazione per il calcolo delle tariffe a partire dal 1° gennaio 2009. 4. Le spese e la tassa di giustizia sono poste a carico della Commissione federale dell'elettricità ElCom, la quale è condannata a corrispondere ad AET e ad AET NE1 SA congrue ripetibili." Im Weiteren stellten sie die folgenden Eventualbegehren (B): "1. Il ricorso è accolto. Il punto 5 della decisione 11 novembre 2010 della Commissione federale dell'elettricità ElCom (921-10-005) è annullato e le linee di 220 kV Magadino - Manno di AET NE1 SA e 150 kV Manno - Mendrisio di AET sono riconosciute appartenere alla rete di trasporto e devono essere trasferite a swissgrid SA. 2. La definizione e delimitazione della rete di trasporto, come chiesto al punto 1 del presente ricorso, deve essere presa in considerazione per il calcolo delle tariffe a partire dal 1° gennaio 2009. 3. Le spese e la tassa di giustizia sono poste a carico della Commissione federale dell'elettricità ElCom, la quale è condannta a corrispondere ad AET e ad AET NE1 SA congrue ripetibili." B.b Das Bundesverwaltungsgericht hiess mit Urteil vom 12. April 2012 die Beschwerde teilweise gut und stellte in Abänderung resp. Ergänzung von Ziff. 5 des Dispositivs der Verfügung vom 11. November 2010 fest, dass die 150 kV-Verbindung Manno-Mendrisio zum Übertragungsnetz gehöre und bis spätestens 1. Januar 2013 ins Eigentum der swissgrid ag zu überführen sei (Ziff. 1). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Ziff. 2). C. Mit Eingabe vom 15. März 2012 erheben die AET und die AET NE1 SA gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag: "1. Il ricorso è accolto. 1.1 Il punto 1 della sentenza 12 aprile 2012 del Tribunale amministrativo federale è modificato e completato come segue: La domanda 1 in via subordinata del ricorso 4 gennaio 2011 al TAF è accolta. Di conseguenza, in modifica, rispettivamente completamento, della cifra 5 del dispositivo della decisione del 11 novembre 2010, è accertato che le linee 220 kV Magadino-Manno di AET NE1 SA e 150 kV Manno-Mendrisio di AET appartengono alla rete di trasporto e devono essere trasferite a swissgrid SA. 1.2 Il punto 2 della sentenza 12 aprile 2012 del Tribunale amministrativo federale è modificato nel senso che le domande no. 2 e 3 in via principale e la domanda no. 2 in via subordinata del ricorso 4 gennaio 2011 sono irricevibili." Zudem beantragen sie Abänderung der vorinstanzlichen Kostenverlegung. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt, dem Begehren der Beschwerdeführerinnen sei stattzugeben und die swissgrid ag pflichtet dem Antrag der Beschwerdeführerinnen bei. Die ElCom äussert sich zur Sache, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichtet auf eine Stellungnahme. Die ElCom stellt am 23. Oktober 2012 dem Bundesgericht ihr Schreiben vom 2. Oktober 2012 an alle Parteien des erstinstanzlichen Verfahrens zu, worin sie eine teilweise Wiedererwägung der Verfügung vom 11. November 2010 in Betracht zieht. Die AET und die AET NE1 SA äussern sich mit Eingabe vom 30. Oktober 2012 zu den eingegangenen Stellungnahmen.