Sachverhalt: A. Die 1951 geborene M._ war seit 1. Februar 2000 als Account Manager Supplies bei der Firma E._ AG tätig und damit bei der Schweizerischen National-Versicherungs-Gesellschaft (nachstehend: National) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 20. Mai 2000 verunfallte (Auffahrkollision). Zuvor hatte sie bereits am 16. April 1999 einen Unfall erlitten, bei dem ihr ein aus den Schienen gesprungenes Garagenkipptor auf den Kopf fiel und sie sich eine Kopf- und HWS-Kontusion und HWS-Distorsion sowie eine Rissquetschwunde links pariental zugezogen hatte. Die National erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 29. Juni 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 6. Februar 2007, stellte sie diese jedoch per 31. Dezember 2005 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal zum Unfallereignis vom 20. Mai 2000 seien. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 17. Dezember 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihr eine Rente sowie eine Integritätsentschädigung nach Gesetz zuzusprechen. Während die National auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.