Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG ist eine Aktengesellschaft mit Sitz in Y._. Sie wurde ursprünglich als X._ GmbH von B._, C._ und D._ gegründet. Kurz nach der Gründung kam E._ als Gesellschafter und Arbeitnehmer der Gesellschaft dazu. Anlässlich der Umwandlung in eine Aktiengesellschaft nahmen die vier Gesellschafter Einsitz in den Verwaltungsrat und übernahmen je 25 der insgesamt 100 Namenaktien, für welche gemäss Art. 5 der Statuten das Folgende gilt: "Die Gesellschaft führt über die Namenaktien ein Aktienbuch, in welches die Eigentümer und Nutzniesser mit Namen und Adresse eingetragen werden. Die Eintragung in das Aktienbuch setzt einen Ausweis über den Erwerb der Aktien zu Eigentum oder die Begründung einer Nutzniessung voraus. Falls die Gesellschaft Aktientitel oder Aktienzertifikate ausgegeben hat, muss sie die Eintragung auf dem Aktientitel bzw. dem Aktienzertifikat bescheinigen. Im Verhältnis zur Gesellschaft gilt als Aktionär oder Nutzniesser nur, wer im Aktienbuch eingetragen ist. Namenaktien dürfen nur mit Zustimmung des Verwaltungsrates übertragen werden. Diese Beschränkung gilt auch für die Begründung einer Nutzniessung. Der Verwaltungsrat kann die Eintragung im Aktienbuch aufgrund von Art. 685b Abs. 1 und 3 OR ohne Angabe von Gründen verweigern, wenn 1. die Gesellschaft dem Veräusserer der Aktien anbietet, die Aktien für eigene Rechnung, für Rechnung anderer Aktionäre oder für Rechnung Dritter zum wirklichen Wert im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs um Zustimmung zur Übertragung zu übernehmen; 2. der Erwerber von Aktien nicht ausdrücklich erklärt, dass er die Aktien im eigenen Namen und auf eigene Rechnung erworben hat. Will die Gesellschaft von ihrem Übernahmerecht gemäss vorhergehender Ziff. 1 Gebrauch machen, hat sie dies dem veräusserungswilligen Aktionär innerhalb von 10 Tagen seit dem Zeitpunkt des Eintragungsgesuches mitzuteilen. Die Festsetzung des wirklichen Wertes bestimmt sich nach dem Ertragswert, berechnet als Summe der auf einen bestimmten Stichtag kapitalisierten Ertragsüberschüsse, erfolgt durch eine entsprechende schriftliche Vereinbarung zwischen der Gesellschaft und dem Veräusserer. (...). (...) Darüber hinaus kann der Verwaltungsrat die Eintragung in das Aktienbuch aufgrund von Art. 685b Abs. 1 und 2 OR bei Vorliegen eines wichtigen Grundes verweigern. Ein wichtiger Grund im Sinne von Art. 685b Abs. 2 OR liegt vor, wenn: 1. die Übertragung der Aktien die Zusammensetzung des Aktionärskreises derart verändert, dass die Wahrung des Gesellschaftszweckes oder die wirtschaftliche Selbständigkeit der Gesellschaft gefährdet werden, oder 2. wenn der Erwerber direkt oder indirekt eine die Gesellschaft konkurrenzierende oder schädigende Tätigkeit ausübt. (...)." A.b Am 10. März 2006 kündigte die X._ AG den Arbeitsvertrag mit E._. Dieser suchte daraufhin einen Käufer für seine Aktien und fand diesen in A._. Mit an B._, C._ und D._ adressiertem Schreiben vom 3. Oktober 2006 hielt E._ Folgendes fest: "As previously declared to you and as per the Statuten of X._ AG I hereby officially advise you in your capacity as directors and shareholders of said company that I wish to transfer my shareholding in X._ AG to A._. This transfer will consist of my entire holding of 25% the company shares. I can confirm that A._ is purchasing the shares as a personal investment and that he has the funds available to proceed. Although the declaration is not a requirement I can declare that the purchase price of the shares will be £ 450,000 GBP. Should any of you have any objections or wish to purchase the shares yourselves can I please ask you to notify me according to the Statuten." Darauf reagierten B._ und D._ mit Schreiben vom 26. Oktober 2006 im Namen der X._ AG ("For X._ AG") wie folgt: "(...) You state that your letter constitutes a declaration "as per the Statuten of X._ AG". In addition you outline that X._ AG shall notify you according to the articles of association if the company has any objections to your plans to transfer the shares to A._ or if X._ AG wishes to purchase your shares. Please note that your shares are registered shares with restricted transferability. lf you want to sell the shares to a third party X._ AG has the right to refuse the (potential) acquirer or to take over the shares. On application for registration the acquirer shall provide X._ AG with the necessary information enabling X._ AG to take the decision." Daraufhin hielt E._ am 8. Dezember 2006 an die X._ AG "To the board of directors" fest: "(...) I informed the board of directors on 3rd October 2006 that I wished to transfer my shareholding (25%) within X._ AG to A._. Until now I have not received any approval for the requested transfer of my shareholding nor has the board of directors raised any of the objections as mentioned in Article 5 of the articles of association (Übertragungsbeschränkungen) towards this planned transfer. If the board of directors is of the opinion that it needs more information with respect to the buyer and / or the planned transfer, I kindly request the board of directors to provide me with the information required (in writing) at the latest by Wednesday 13th December 2006. However, I note that the board of directors has already been provided with the necessary information according to the articles of association. I refer to my letter of 3rd October 2006. Please note that the approval for the transfer of my shares is considered to be given if X._ AG has not refused the request within three months after receipt (probably needless to say the approval is considered to be given if X._ AG has refused the request for an unjustified reason), i.e. 3rd January 2007 - Swiss Law). (...)" Bezugnehmend auf dieses Schreiben erwiderte die Beklagte wiederum: "(...) Please note that the shares of X._ AG are registered shares in the sense of section 685a seq. of the Swiss Code of Obligations. You are registered as a shareholder of X._ AG. This is the current situation. You refer to Article 5 of X._ AG's articles of association. According to section 5 only shareholders registered in the shareholder register qualify as shareholders of the company. If a third party wants to become a shareholder of X._ AG such third party must apply for registration. By then X._ AG has the option as outlined in the articles of associations and only by then X._ AG will undertake the necessary investigations and take decisions. From the information you provide to us we learn that you plan to sell the shares to A._. Until now we did not hear anything from A._. We do not have any information or statement from A._ that he is in fact interested in buying the shares. If A._ is interested in acquiring the shares we are of course willing to meet him and - subject to confidentiality obligations - give him some information about X._ AG. However, X._ AG will only take decisions once there is an application of the acquirer (see Article 5 para 5 sentence 1 of the articles of association). The three months period you refer to is only triggered once the acquirer filed in an application. Finally we like to make clear that X._ AG does not approve any transfer if X._ AG does not refuse your request three months after receipt." Am 5. Februar 2007 gelangte schliesslich A._ persönlich an die X._ AG: "On october 3rd, 2006 E._ requested you on my behalf to give your consent to the transfer of the shareholding (25%) within X._ AG of E._ to me. In accordance with the bye-Iaws E._ declared that I will acquire the shares as a private holding and not as trustee for any other person so I will be the legal and beneficial owner of the shares. To my astonishment I never received a reaction from you and therefore I assume that I will be shortly registered as shareholder since the three months period in which the board of directores should have reacted with objections has expired." Die X._ AG ihrerseits bestätigte mit Schreiben vom 13. Februar 2007 den Erhalt dieses Briefes und fuhr fort: "As you informed us you want to acquire shares of X._ AG from E._ and you assume that you will be shortly registered as a shareholder. Please note that according to its bye-Iaws X._ AG will only accept persons as shareholders, if they are registered in the register of shareholders. In order to be registered in the register of shareholders a new shareholder must apply for registration. A basic requirement to be registered in the register of shareholders is the one that the applicant must give evidence that he is the legal owner of shares at X._ AG. As you state that you "will acquire" the shares we conclude that you currently do not own any shares of X._ AG. Therefore you are not in a position yet to apply for registration in the register of shareholders. Please be informed that we do not consider your letter as an explicit application to be registered in the register of shareholders. Once you have legal titel in one or more shares of X._ AG you can apply for registration. X._ AG will then verify if there are any reasons to refuse registration as set out in the bye-Iaws of X._ AG. Enclosed please find a copy of the relevant provisions of the bye-Iaws for further information. Concerning E._' letter of October 3rd, 2006 we like to stress that E._ never declared to act on your behalf. We answered E._ letter accordingly. For further questions concerning the aforementioned letter please refer to E._. (...)" A.c Am 14. Februar 2007 fand auf dem Notariat Riesbach-Zürich eine ausserordentliche Generalversammlung der X._ AG statt. Zu dieser waren am 12. Januar 2007 B._, C._, D._ und E._ eingeladen worden. Letzterer erschien nicht zur Generalversammlung. Stattdessen erschien Advocat Dr. F._ im Namen und Auftrag von A._ und erklärte, dass Uneinigkeiten zwischen den Aktionären und der X._ AG bestünden und insbesondere unklar sei, wer die Aktionäre der Beklagten seien, so dass die ausserordentliche Generalversammlung nicht stattfinden könne. Sollte sie dennoch abgehalten werden, würden deren Beschlüsse angefochten. Darauf verliess er die Generalversammlung und der Vorsitzende stellte widerspruchslos fest, dass nebst den anwesenden Aktionären E._ als Aktionär im Aktienbuch eingetragen sei, das gesamte Aktienkapital durch Aktionäre mit 75 Namenaktien zu Fr. 1'000.-- vertreten und die Generalversammlung damit ordnungsgemäss konstituiert und für die vorgesehenen Traktanden beschlussfähig sei. In der Folge wurde die Einführung eines bedingten Kapitals in der Höhe von Fr. 40'000.-- unter Ausschluss der Bezugsrechte der Aktionäre und eine ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- auf Fr. 460'000.-- durch Ausgabe von 360 Namenaktien von nominell Fr. 1'000.-- beschlossen. Bezüglich Bezugsrecht wurde u.a. Folgendes beschlossen (Ziff. 3.6 des Kapitalerhöhungsbeschlusses): "Die neuen Namenaktien werden an die Aktionäre im Verhältnis ihrer bisherigen Beteiligung zur Zeichnung offeriert, womit das gesetzliche Bezugsrecht gemäss Art. 652b Abs. 1 OR vollumfänglich gewahrt ist. Die den bisherigen Aktionären zustehenden Bezugsrechte sind nicht übertragbar; sie stehen ausschliesslich den bisherigen Aktionären zu. (...)." Mit Schreiben vom 14. Februar 2007 wurde den im Aktienbuch eingetragenen Aktionären eine Frist von 20 Tagen zur Ausübung der Bezugsrechte angesetzt. Am 8. März 2007 liess A._ der X._ AG mitteilen, dass er die auf seine 25 Namenaktien entfallenden Bezugsrechte auf die neu ausgegebenen Aktien vollständig ausübe. Die X._ AG nahm davon und vom Antrag auf Eintragung im Aktienbuch vom 21. Februar 2007 mit Brief vom 12. März 2007 formell Kenntnis. Gleichzeitig verlangte sie mit Blick auf die Prüfung des Gesuchs weitere Urkunden und Angaben. Darauf hielt der Rechtsvertreter von A._ mit Schreiben vom 28. März 2007 fest, dass die Abtretung der Aktien in der Form eines mündlichen Assignments nach UK-Recht erfolgt sei und die von der Beklagten gewünschte schriftliche Abtretungserklärung daher nicht existiere. Die verbindliche Erklärung von E._, seine Aktien an A._ abgetreten zu haben, genüge vollauf. Wenn gewünscht, werde E._ eine gleichlautende Erklärung zuhanden der X._ AG erstellen. Dem Schreiben legte er die formelle Erklärung von A._, dass er die 25 Aktien in eigenem Namen und auf eigene Rechnung erworben habe, sowie eine Beschreibung der vergangenen und gegenwärtigen Tätigkeiten von A._ bei. Am 4. April 2007 gelangte A._ wiederum an die X._ AG und drängte auf eine rasche Bestätigung seiner Eintragung im Aktienbuch der Gesellschaft und seiner Beteiligung an der Kapitalerhöhung. Am 5. April 2007 lehnte die X._ AG das Gesuch von A._ um Eintragung im Aktienbuch der Gesellschaft mit der Begründung ab, A._ habe die notwendige schriftliche Abtretungserklärung nicht vorgelegt und eine solche existiere gemäss seinen Angaben auch nicht. Mit Schreiben vom 11. April 2007 ersuchte A._ die X._ AG, auf diesen Entscheid zurückzukommen. Dem Schreiben legte er ein von ihm und E._ unterzeichnetes, vom 1. Oktober 2006 datiertes und als "Assignment of Shares" betiteltes Dokument folgenden Inhalts bei: "This letter is an assignment agreement for the transfer of shares in X._ AG from E._ to A._. It is agreed that E._ assigns his holding within X._ AG to A._." Die X._ AG kam in der Folge nicht auf ihren Nichteintragungsentscheid zurück. B. B.a Mit Klage vom 11. April 2007 beantragte A._ dem Bezirksgericht Zürich, es seien die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung der X._ AG vom 14. Februar 2007 betreffend Statutenänderung, ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- und Schaffung eines bedingten Kapitals von Fr. 40'000.-- für ungültig zu erklären und rückwirkend aufzuheben; eventualiter sei die X._ AG zu verpflichten, dem Kläger 90 Namenaktien zu je Fr. 1'000.-- Nennwert zum Bezugspreis von je Fr. 1'000.-- zu übergeben. Zur Begründung seiner Klage führte der Kläger an, dass er bereits im Zeitpunkt der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 Aktionär der Beklagten gewesen sei. Ihm hätten daher in dieser Versammlung Teilnahme-, Vertretungs- und Mitwirkungsrechte zugestanden. Ausserdem seien ihm Bezugsrechte auf die neu ausgegebenen Aktien zugekommen. Mit Urteil vom 9. Juli 2010 wies das Bezirksgericht die Klage vollumfänglich ab. Das Bezirksgericht erwog zunächst, dass der Erwerb und Verlust der Mitgliedschaft in einer Gesellschaft, die Art und Wirkung deren Übertragung, die Vinkulierung und das Recht zur Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen gemäss Art. 154 i.V.m. Art. 155 lit. f IPRG dem Inkorporationsstatut, vorliegend also schweizerischem Recht unterliegen. Das Bezirksgericht kam sodann zum Schluss, dass das auf den 1. Oktober 2006 datierte, mit "Assignment of Shares" betitelte Dokument inhaltlich zwar den Anforderungen an eine Zession nach schweizerischem Recht genüge. Dem Kläger sei es aber nicht gelungen, die erheblichen Zweifel an der Datierung der Übertragungsurkunde zu widerlegen. Als erwiesen gelten könne einzig, dass dieses Dokument der Beklagten am 11. April 2007 zugestellt worden sei. Einen früheren Zustellungs- und einen bestimmten Herstellungszeitpunkt vor dem 10. April 2007 habe der Kläger nicht beweisen können. Es sei daher davon auszugehen, dass die Zession der Namenaktien um den 10. April 2007 vorgenommen worden sei. Anlässlich der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 sei daher den tatsächlichen Eigentumsverhältnissen entsprechend noch E._ als Inhaber der Namenaktien der Beklagten im Aktienbuch eingetragen gewesen. Der Kläger habe somit in dieser Versammlung keine Rechte gehabt, weshalb auch die damals gefassten Beschlüsse gültig seien. Inhaltlich sei der Beschluss betreffend die Kapitalerhöhung nicht nichtig, sei doch das Bezugsrecht für die Aktionäre gleichermassen in dem Sinn eingeschränkt worden, dass die Übertragbarkeit desselben ausgeschlossen worden ist. Eine allfällige Anfechtbarkeit sei vom Kläger nicht zum Thema des Prozesses gemacht worden. Die Einschränkung des Bezugsrechtes sei daher rechtens, so dass nur die "bisherigen Aktionäre", mithin die Personen, welche zum Zeitpunkt der Fassung des Kapitalerhöhungsbeschlusses Aktionäre der Beklagten gewesen seien, bezugsberechtigt seien. Das treffe auf den Kläger nicht zu. Dieser sei erst nach Ablauf der Zeichnungsfrist Aktionär geworden. B.b Mit Urteil vom 16. November 2011 wies das Obergericht des Kantons Zürich die vom Kläger gegen das Urteil des Bezirksgerichts eingelegte Berufung ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts vom 16. November 2011 aufzuheben und es seien die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten vom 14. Februar 2007 betreffend Statutenänderung, ordentliche Kapitalerhöhung von Fr. 360'000.-- und Schaffung eines bedingten Kapitals, für ungültig zu erklären und rückwirkend aufzuheben. Eventualiter sei die Beklagte zu verpflichten, dem Kläger 90 Namenaktien zu je Fr. 1'000.-- Nennwert zum Bezugspreis von Fr. 1'000.-- zu übergeben. Die Beklagte beantragt in ihrer Vernehmlassung, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien reichten Replik und Duplik ein. D. Mit Präsidialverfügung vom 15. Februar 2012 wurde das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung gutgeheissen. Der Beschwerdeführer überwies in der Folge den geforderten Betrag von Fr. 8'000.-- an die Bundesgerichtskasse.