Sachverhalt: A. Der Gemeinderat Zollikon unterbreitete der Gemeindeversammlung vom 22. Juni 2011 ein aus Parkierungsverordnung und Parkgebührenreglement bestehendes Parkplatzkonzept. Die Stimmberechtigten lehnten die Vorlage ab und wiesen das Geschäft an den Gemeinderat zurück. X._ reichte in der Folge der Gemeindekanzlei am 28. Juni 2011 eine Einzelinitiative mit dem Titel "Parkplatzkonzepte mit Anwohnerprivilegierung" ein; am 11. Oktober 2011 legte er einen überarbeiteten Vorschlag vor, der die ursprüngliche Initiative ersetzte. Der Gemeinderat beauftragte eine Arbeitsgruppe mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Vorlage. Diese einigte sich auf einen Gegenvorschlag zur Einzelinitiative. Anlässlich der Gemeindeversammlung vom 13. Juni 2012 nahmen die Stimmberechtigten den Gegenvorschlag an und lehnten die Einzelinitiative ab. B. A._ erhob am 19./20. Juni 2012 beim Bezirksrat Meilen Stimmrechtsrekurs und verlangte die Aufhebung des Gemeindeversammlungsbeschlusses. Der Bezirksrat behandelte diese Eingabe mit seinem Entscheid vom 9. August 2012 teils als Rekurs in Stimmrechtssachen, teils als Gemeindebeschwerde. Auf den Rekurs in Stimmrechtssachen trat er ohne Kostenfolge nicht ein, die Gemeindebeschwerde wies er unter Kostenfolge ab. Dagegen führte A._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde. Diese wurde mit Urteil vom 19. September 2012 abgewiesen. C. A._ hat beim Bundesgericht am 19. Oktober 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt die Aufhebung des Nichteintretens auf seinen Stimmrechtsrekurs und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanzen. Den als Gemeindebeschwerde behandelten Teil des Verwaltungsgerichtsurteils ficht er ausdrücklich nicht an. Das Verwaltungsgericht hat auf Bemerkungen verzichtet, der Gemeinderat Zollikon hat sich nicht vernehmen lassen.