Sachverhalt: A. A.a Die am 8. Juni 1998 geborene S._ bezog wegen eines Geburtsgebrechens (frühkindlicher Autismus) seit 18. Februar 2002 Leistungen der Invalidenversicherung (heilpädagogische Früherziehung im vorschulpflichtigen Alter). Am 20. Juni 2002 liess S._, vertreten durch ihre Mutter, um Zusprechung eines Pflegebeitrages ersuchen. Die IV-Stelle des Kantons Bern wies das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 1. November 2002 ab. In der Folge ersuchte der Vater von S._ um Übernahme der Kosten für eine diätetische Behandlung seiner Tochter in Frankreich und liess der IV-Stelle umfangreiche diesbezügliche Unterlagen zukommen. Die IV-Stelle beauftragte die universitären Psychiatrischen Dienste, Kinder- und Jugendpsychiatrische Klinik X._ (Frau Dr. med. I._), mit einem Gutachten vom 15. Januar 2004, und holte eine Stellungnahme des Bundesamtes für Sozialversicherungen (BSV) vom 19. November 2004 ein. Mit Verfügung vom 17. Dezember 2004 wies sie das Leistungsbegehren ab. Nachdem S._ am 12. Juli 2004 von ihrem Vater zusätzlich zum Bezug einer Hilflosenentschädigung angemeldet worden war, veranlasste die IV-Stelle einen Abklärungsbericht vom 27. Dezember 2004 und verfügte darüber am 30. Dezember 2004. A.b Gegen die Verfügungen vom 17. und 30. Dezember 2004 liess S._, vertreten durch ihren Vater, Einsprachen erheben und einerseits um Übernahme der Kosten für medizinische Massnahmen, anderseits um den Verzicht auf eine Wartezeit und die Zusprechung von Pflegebeiträgen bei einer Hilflosigkeit mindestens mittleren Grades sowie eines Intensivpflegezuschlages ersuchen. Die IV-Stelle bestätigte ihre Verfügungen mit zwei Einspracheentscheiden vom 10. Mai 2005. B. Gegen beide Verfügungen liess S._, weiterhin vertreten durch ihren Vater, Beschwerden erheben. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern vereinigte die beiden Verfahren (Verfügung vom 1. Juli 2005). Mit Entscheid vom 18. Dezember 2006 hiess es die Beschwerde betreffend Hilflosenentschädigung teilweise gut und wies die IV-Stelle an, ab 1. Juli 2003 einen Pflegebeitrag bzw. Hilflosenentschädigung für mittlere Hilflosigkeit ab 1. Juli 2003 auszurichten und über den Anspruch auf Verzugszinsen neu zu verfügen. Die Beschwerde betreffend medizinische Massnahmen wies es ab. C. Die nunmehr durch Fürsprecher Stefan Rolli, Bern, vertretene S._ lässt hiegegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie des Einspracheentscheides beantragen, soweit die Kostenübernahme für die Abklärung und Behandlung der Schwermetallbelastung sowie der Darmpilzerkrankung verweigert werde. Weiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die IV-Stelle zurückzuweisen. IV-Stelle und Bundesamt für Sozialversicherungen schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung.