Sachverhalt: A. Die Antonie Deusser-Stiftung (Deusser-Stiftung) wurde am 23. Februar 1972 von Antonie Deusser errichtet und bezweckt, das künstlerische Oeuvre von August Deusser zu erhalten und öffentlich zugänglich zu machen. Seit 1978 hat die Stiftung ihren Sitz im Schloss Zurzach, das sich in ihrem Eigentum befindet. Im Schloss Zurzach hat ebenfalls die am 19. Januar 1998 von Estella Hirzel errichtete Arthur und Estella Hirzel Callegari-Stiftung (Hirzel-Stiftung) ihren Sitz; sie bezweckt die Unterstützung von Unternehmungen der Wohlfahrt, Wohltätigkeit, Gemeinnützigkeit und ähnlichen Institutionen und Sozialwerken. Hugo Ammann ist Stiftungsratspräsident beider Stiftungen. Er wohnt im Schloss Zurzach. Kurt Gosteli ist Mitglied beider Stiftungsräte. Beide sind seit der Gründung der jeweiligen Stiftung im Amt. Anfangs 1998 wurde Alexander von Senger Geschäftsführer des Schlossbetriebes und Mitglied beider Stiftungsräte. Im Frühling 1999 überwarfen sich Hugo Ammann und Alexander von Senger, der aus beiden Stiftungsräten abgewählt und durch Eliane Pires ersetzt wurde. B. Am 10. Mai 2000 reichte Alexander von Senger bei der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht (ESA) eine Aufsichtsbeschwerde ein, in welcher er gegen Hugo Ammann und Kurt Gosteli zahlreiche Vorwürfe betreffend Führung der Stiftungsgeschäfte erhob. Er verlangte die Feststellung der Nichtigkeit seiner Abwahl aus den Stiftungsräten, die Absetzung von Hugo Ammann, Kurt Gosteli und Eliane Pires als Stiftungsräte sowie eine Hausdurchsuchung und Beschlagnahme der Stiftungsakten. Mit Entscheid vom 12. April 2002 setzte die ESA sowohl Alexander von Senger als auch die zwischenzeitlich suspendierten Stiftungsräte Hugo Ammann, Kurt Gosteli und Eliane Pires wieder in ihrem Amt ein, erteilte ihnen u.a. den Auftrag, die beiden Stiftungsräte innerhalb von sechs Monaten mit zwei weiteren Personen zu ergänzen, und verfügte, dass der eingesetzte Stiftungsbeistand bis zur angeordneten personellen Ergänzung im Amt bleibe. Dagegen erhob Alexander von Senger Verwaltungsgerichtsbeschwerde, in welcher er u.a. eine ungenügende Abklärung der gegen Hugo Ammann und Kurt Gosteli erhobenen Vorwürfe geltend machte. Mit Urteilen vom 20. August 2002 (5A.7/2002 und 5A.8/2002) stellte das Bundesgericht die Nichtigkeit der Wahl von Eliane Pires fest und wies die Sache zur Abklärung der Vorwürfe und ergänzenden Sachverhaltsfeststellung an die ESA zurück. Mit Entscheid vom 5. April 2007 berief die ESA Hugo Ammann und Kurt Gosteli definitiv aus dem Stiftungsrat der Deusser-Stiftung ab, unter Aufhebung der Beistandschaft und Umwandlung in eine Sachwalterschaft bis zur personellen Ergänzung des Stiftungsrates und mit der Anordnung, dass der neue Stiftungsrat ein Konzept zur künftigen Tätigkeit vorzulegen habe und bis dahin keine über das Tagesgeschäft hinausgehenden Verfügungen treffen dürfe. Dagegen wurden Hugo Ammann und Kurt Gosteli wieder als Stiftungsräte der Hirzel-Stiftung eingesetzt und die diesbezügliche Beistandschaft aufgehoben, verbunden mit der Anordnung, dass der neue Stiftungsrat ein Konzept zur künftigen Tätigkeit vorzulegen habe und bis dahin keine über das Tagesgeschäft hinausgehenden Verfügungen treffen dürfe. C. Dagegen erhoben beide Seiten beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde. Hugo Ammann und Kurt Gosteli verlangten im Wesentlichen ihre Wiedereinsetzung bei der Deusser-Stiftung, einstweilig die Beibehaltung der Beistand- bzw. Sachwalterschaft sowie das Verbot, Bruno Baer, Michael E. Dreher, Roland A. Brun, Dirk R.P. Friedrich oder M. Andreas Textor in die Stiftungsräte aufzunehmen. Alexander von Senger verlangte im Wesentlichen, für die Deusser-Stiftung sei keine Sachwalterschaft einzuführen, sondern ihn als einzigen handlungsfähigen und zur Erweiterung des Gremiums befugten Stiftungsrat anzuerkennen, und mit Bezug auf die Hirzel-Stiftung seien Hugo Ammann und Kurt Gosteli als Stiftungsräte abzuberufen. Mit Urteil vom 6. März 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde von Hugo Ammann und Kurt Gosteli ab, während es diejenige von Alexander von Senger dahingehend guthiess, dass es Hugo Ammann und Kurt Gosteli auch für die Hirzel-Stiftung als Stiftungsräte definitiv absetzte, die Beistandschaft über die Deusser-Stiftung aufhob bzw. von einer Umwandlung in eine Sachwalterschaft absah und auch alle anderen Auflagen an die Stiftungsräte aufhob bzw. von entsprechenden Auflagen absah. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. April 2008 verlangen Hugo Ammann und Kurt Gosteli die vollumfängliche Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts; im Besonderen verlangen sie ihre Wiedereinsetzung in beiden Stiftungsräten, die Beibehaltung der Sachwalterschaft bis zu diesem Zeitpunkt sowie ein Verbot, Bruno Baer, Michael E. Dreher, Roland A. Brun, Dirk R.P. Friedrich oder M. Andreas Textor als Mitglieder in die Stiftungsräte aufzunehmen oder mit diesen Dienstleistungsverträge irgendwelcher Art abzuschliessen. Mit Präsidialverfügung vom 15. Mai 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Gemäss Schreiben vom 12. August 2008 verzichtet das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung. Alexander von Senger verlangt mit Vernehmlassung vom 3. September 2008 die Abweisung der Beschwerde. Die ESA beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 4. September 2008, die Beschwerde sei insofern gutzuheissen, als die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts verlangt werde; insbesondere sei das verfügte Massnahmenpaket zu bestätigen.