hat sich ergeben: A.- Am 29. Oktober 1993 schloss die Underberg AG (Beklagte) mit der Toys "R" Us AG (Nebenintervenientin) einen Generalunternehmervertrag. Die Nebenintervenientin verpflichtete sich, auf der Liegenschaft Kat. Nr. 5176 (Industriestrasse 29) Dietlikon/ZH ein Gebäude mit einem Erdgeschoss und zwei Obergeschossen zu erstellen. Nach Fertigstellung sollte die Nebenintervenientin das Untergeschoss und Teile des Obergeschosses als Mieterin nutzen können. Bestellungsänderungen waren nur zulässig, sofern dies zu keiner Verzögerung der Fertigstellung des Bauvorhabens führte und die Beklagte allfällige Mehrkosten übernahm. Die Nebenintervenientin schloss im Mai 1996 mit der Firma Zschokke Generalunternehmung AG einen Subgeneralunternehmervertrag, in dem sie dieser die Vertragserfüllung übertrug. Als Termin für die Vollendung des Bauwerkes wurde im Subgeneralunternehmervertrag der 27. September 1997 bestimmt. Ebenfalls im Mai 1996 hatten die Beklagte und die Nebenintervenientin eine Vereinbarung geschlossen, in der sich die Nebenintervenientin verpflichtete, das Gebäude bis spätestens 1. Oktober 1997 fertigzustellen. B.- Am 4. Dezember 1996 verkaufte die Beklagte der Wells Fargo Finance Holding AG, Zug (Klägerin) das zu bebauende Grundstück zum Preis von Fr. 13'588'000.--. Im Kaufvertrag regelten die Parteien das Schicksal des mit der Nebenintervenientin abgeschlossenen Vertrages, wobei die Klägerin sich gegen Abtretung sämtlicher Rechte aus diesem Vertrag zur vollen Schadloshaltung der Beklagten verpflichtete. Über die Einzelheiten trafen die Parteien am gleichen Tag eine Zusatzvereinbarung. In dieser Vereinbarung hielten sie fest, die Klägerin sei berechtigt, das in Bau befindliche Geschäftshaus nach ihren Bedürfnissen auszubauen und auszugestalten, soweit es nicht an die Nebenintervenientin vermietet sei. Die Klägerin verlangte darauf von der Nebenintervenientin den Bau eines dritten Obergeschosses. Da die Nebenintervenientin einem Schuldnerwechsel nicht zugestimmt hatte, gab die Beklagte der Nebenintervenientin die Bestellungsänderung selbst in Auftrag. Die Nebenintervenientin hielt diese Bestellungsänderung für unzulässig und stellte das Gebäude fristgerecht nach den ursprünglichen Plänen fertig. C.- Am 14. Mai 1997 reichte die Klägerin beim Handelsgericht Zürich Klage ein und verlangte von der Beklagten unter anderem die Übertragung der Liegenschaft. Die Beklagte erhob zunächst Widerklage. Dann einigten sich die Parteien darauf, die Übertragung des Grundstückes vorzunehmen, wobei die Beklagte auf die Einrede verzichtete, die Klägerin habe dadurch die Mängelfreiheit der Liegenschaft anerkannt. Gemäss der Vereinbarung stellte die Klägerin ein neues Rechtsbegehren und verlangte Fr. 7,5 Mio. nebst Zins für den Minderwert wegen Nichtrealisierung des 3. Obergeschosses. Die Beklagte liess die Widerklage fallen. Am 21. September 1999 schrieb das Handelsgericht das Verfahren in Bezug auf die durch den Vergleich geregelten Punkte als erledigt ab. Das verbleibende Klagebegehren wies es ab. D.- Gegen diesen Entscheid hat die Klägerin Berufung eingelegt. Sie beantragt, das Urteil aufzuheben und die Angelegenheit an das Handelsgericht mit der Auflage zurückzuweisen, über den der Klägerin wegen Vertragsverletzung der Beklagten zustehenden Forderungsanspruch in quantitativer Hinsicht zu entscheiden. Die Beklagte und die Nebenintervenientin beantragen, auf die Berufung nicht einzutreten. Eventuell schliessen sie auf Abweisung der Berufung.