Sachverhalt: A. Die X._ AG hat seit längerem im Rahmen des entsprechenden Zollkontingents Hartweizen zollbegünstigt in die Schweiz eingeführt und verarbeitet. Am 4. Juli 2001 hat sie eine Verwendungsverpflichtung der Oberzolldirektion unterzeichnet, wonach sie Hartweizen zur menschlichen Ernährung zollbegünstigt in die Schweiz einführen kann, sofern daraus überwiegend Mahlprodukte hergestellt werden, die als Kochgriess (Griess = Mahlprodukt in grober Körnung) oder als Dunst (weiter zerkleinerter und gereinigter feiner Griess) zur Teigwarenherstellung verwendet werden. Nach einer Betriebsprüfung nahm die Oberzolldirektion am 22. August 2006 eine Nachverzollung (zum Normalansatz von Fr. 74.--/q) von insgesamt 635'588 kg zollbegünstigt (zum Ansatz von Fr. 1.--/q) eingeführtem Hartweizen vor, weil dieser vom 3. Quartal 2002 bis und mit 4. Quartal 2004 nicht der Verwendungsverpflichtung entsprechend, sondern zur Herstellung von Backwaren verwendet worden sei. Die geforderte Zolldifferenz betrug einschliesslich Mehrwertsteuer Fr. 475'114.75. Eine gegen diese Verfügung gerichtete Beschwerde der X._ AG vom 22. September 2006 wurde am 10. September 2009 vom Bundesverwaltungsgericht abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts und die Verfügung der Oberzolldirektion aufzuheben. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Oberzolldirektion beantragt die Abweisung der Beschwerde.