Interfactor Agreement; Abtretung, hat sich ergeben: A.- Im Jahre 1996 vereinbarte die Kuoni Reisen AG (Beklagte) mit der griechischen Fluggesellschaft Venus Airlines S.A. (fortan Venus), dass ihr Venus im Laufe des Jahres 1996 in verschiedenen Charterflügen Sitzplätze gegen Entgelt zur Verfügung stellen würde. Venus ihrerseits traf ein Factoring-Agreement mit der griechischen Ethnofact S.A. (fortan Ethnofact). Ethnofact wiederum trat die Forderungen der Venus gegenüber der Beklagten aus den Charterflügen im Rahmen eines Interfactor Agreements an die Banque Sofirec (Klägerin) ab. Im Oktober 1996 gab Venus ihre Geschäftstätigkeit wegen Insolvenz auf. B.- Mit Teilklage vom 12. Januar 1998 belangte die Klägerin die Beklagte unter Nachklagevorbehalt auf Zahlung von Fr. 1'000'000.--. Die Beklagte widersetzte sich dem Klagebegehren, indem sie sowohl Bestand als auch Fälligkeit der Forderung bestritt sowie Tilgung mittels Zahlung und Verrechnung geltend machte. Mit Urteil vom 21. Januar 2000 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage gut und merkte den Nachklagevorbehalt vor. Eine gegen dieses Urteil gerichtete kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 18. September 2000 ab, soweit es darauf eintrat. C.-Die Beklagte hat gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Januar 2000 eidgenössische Berufung eingelegt. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Klage abzuweisen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.