Sachverhalt: A. Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist Inhaberin einer Reihe von Patenten, die sich auf selbstklebende Bänder beziehen. Dazu gehört unter anderem das europäische Patent xxx. Anspruch 1 des Streitpatents betrifft den Schutz für ein selbstklebendes Band zum Verschliessen, Abdichten und Verkleben von Fugen (insbesondere in Ecken und Kanten) im Hausbau. Die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) bezweckt die Produktion und den Handel mit technischen Produkten, unter anderem mit selbstklebenden Montagebändern. B. B.a. Die B._ AG klagte am 28. Februar 2012 beim Bundespatentgericht gegen die A._ AG auf Nichtigerklärung des schweizerischen Teils von xxx mangels Neuheit und erfinderischer Tätigkeit. Die Beklagte beantragte mit Klageantwort vom 1. Juni 2012 Nichteintreten (mangels Rechtsschutzinteresses) bzw. Abweisung der Klage, eventualiter die Aufrechterhaltung des Streitpatents im Rahmen eines eingeschränkten Patentanspruchs, subeventualiter im Rahmen eines noch weiter eingeschränkten Anspruchs. Am 18. September 2012 fand eine Instruktionsverhandlung mit Vergleichsverhandlung statt, wobei keine Einigung erzielt werden konnte. Mit Replik vom 7. November 2012 berief sich die Klägerin wiederum auf die fehlende Neuheit bzw. erfinderische Tätigkeit, auch hinsichtlich der eingeschränkten Ansprüche nach den Eventual- und Subeventualbegehren der Beklagten. Mit Duplik vom 24. Januar 2013 stellte die Beklagte neue, die zuvor geltenden Anträge ersetzende Rechtsbegehren. Dabei schloss sie in ihrem Hauptbegehren nicht mehr auf Abweisung der Klage, sondern beantragte, es sei von der folgenden Einschränkung der Patentansprüche des schweizerischen Teils ihres europäischen Patents xxx Vormerk zu nehmen und es sei die Klage im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne (Antrags-Ziffer 1) : "1. Selbstklebendes Band zum Verschliessen, Abdichten und Verkleben von Fugen im Hausbau, und insbesondere von Fugen in Ecken und Kanten, mit einer Trägerschicht (1) an der Bandoberseite, einer Haftkleberbeschichtung (2) der Trägerschicht (1) an der Bandunterseite und mit einer abziehbaren Abdeckfolie (3) an der Bandunterseite, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein erster Faltabschnitt (4) des Bandes in Querrichtung entlang einer in Längsrichtung des Bandes verlaufenden ersten Faltungskante (5) umgefaltet ist, dass mindestens ein Teil der Haftkleberbeschichtung (2) entlang eines Längsabschnitts des Bandes nicht mit der Abdeckfolie (3) abgedeckt ist, und dass das Band in gefaltetem Zustand zu einer Klebeband-Rolle aufgerollt ist. 2. Band nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass [...] [...]" Eventualiter beantragte die Beklagte, es sei von der folgenden Einschränkung der Patentansprüche des schweizerischen Teils ihres europäischen Patents Vormerk zu nehmen und es sei die Klage im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne (Antrags-Ziffer 2) : "1. Verwendung eines selbstklebenden Bandes zum Verschliessen, Abdichten und Verkleben von Fugen im Hausbau, und insbesondere von Fugen in Ecken und Kanten, mit einer Trägerschicht (1) an der Bandoberseite, einer Haftkleberbeschichtung (2) der Trägerschicht (1) an der Bandunterseite und mit einer abziehbaren Abdeckfolie (3) an der Bandunterseite, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein erster Faltabschnitt (4) des Bandes in Querrichtung entlang einer in Längsrichtung des Bandes verlaufenden ersten Faltungskante (5) umgefaltet ist, dass mindestens ein Teil der Haftkleberbeschichtung (2) entlang eines Längsabschnitts des Bandes nicht mit der Abdeckfolie (3) abgedeckt ist, und dass das Band in gefaltetem Zustand zu einer Klebeband-Rolle aufgerollt ist. 2. Verwendung nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass [...] [...]" Der ursprüngliche (abhängige) Anspruch 16 ("Band nach einem der vorherigen Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Haftkleberbeschichtung (2) einen nichtklebenden Mittelstreifen aufweist") wurde in den beiden Anträgen jeweils gestrichen. Weil das Bundespatentgericht ihrer Ansicht nach über keine Sachkompetenz auf dem spezifischen Gebiet des Streitpatents verfüge, beantragte die Beklagte ausserdem, es sei ein Sachverständiger beizuziehen. Die Klägerin nahm zur Duplik mit Eingabe vom 14. Februar 2013 Stellung, wozu sich die Beklagte am 1. März 2013 äusserte. Am 8. März 2013 reichte die Beklagte dem Bundespatentgericht eine Abschrift ihres Gesuchs an das Europäische Patentamt (EPA) vom 4. März 2013 auf Beschränkung des Streitpatents nach Art. 105a EPÜ 2000 ein, nach dem im Streitpatent die beiden folgenden Elemente gestrichen werden sollten: Absatz [0025] der Beschreibung ("Falls die Haftkleberbeschichtung des erfindungsgemässen Bandes gemäss einer bevorzugten Ausführungsform einen nichtklebenden Mittelstreifen aufweist, so erleichtert dies besonders das Verkleben von Fugen zwischen zwei rechtwinklig aufeinanderstossenden Bauelementen, da ein schiefes Verkleben mit Faltenwurf gerade im Stossbereich dieser Bauelemente dadurch auf einfache Weise verhindert wird. Die Abdichtwirkung bleibt dabei in vollem Umfang erhalten, da die beiden Randbereiche des Bandes entsprechend verklebt werden können.") und Anspruch 16("Band nach einem der vorherigen Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Haftkleberbeschichtung (2) einen nichtklebenden Mittelstreifen aufweist."). B.b. In seinem Fachrichtervotum vom 22. März 2013 beurteilte der Richter Tobias Bremi den Patentanspruch 1 gemäss Antrags-Ziffer 1 wie auch Anspruch 1 nach Antrags-Ziffer 2 der Beklagten gemäss Duplik durch die Entgegenhaltung des japanischen Patents JP 8311417 (D3) als neuheitsschädlich vorweggenommen. Mit Eingabe vom 23. April 2013 äusserte sich die Klägerin zum Fachrichtervotum. Mit Stellungnahme vom 23. April 2013 ergänzte die Beklagte ihre Rechtsbegehren nach Antrags-Ziffern 1 und 2 gemäss Duplik wie folgt: Subeventualiter sei Vormerk zu nehmen, dass sie die Patentansprüche des schweizerischen Teils ihres europäischen Patents xxx wie folgt einschränke und es sei die Klage im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde (Antrags-Ziffer 3) : "1. Selbstklebendes Band zum Verschliessen, Abdichten und Verkleben von Fugen im Hausbau, und insbesondere von Fugen in Ecken und Kanten, mit einer Trägerschicht (1) an der Bandoberseite, einer Haftkleberbeschichtung (2) der Trägerschicht (1) an der Bandunterseite, wobei die Haftkleberbeschichtung keinen nichtklebenden Mittelstreifen aufweist, und mit einer abziehbaren Abdeckfolie (3) an der Bandunterseite, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein erster Faltabschnitt (4) des Bandes in Querrichtung entlang einer in Längsrichtung des Bandes verlaufenden ersten Faltungskante (5) umgefaltet ist, dass mindestens ein Teil der Haftkleberbeschichtung (2) entlang eines Längsabschnitts des Bandes nicht mit der Abdeckfolie (3) abgedeckt ist, und dass das Band in gefaltetem Zustand zu einer Klebeband-Rolle aufgerollt ist. 2. Band nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass [...] [...]" Subsubeventualiter sei von der folgenden Einschränkung der Patentansprüche des schweizerischen Teils ihres europäischen Patents Vormerk zu nehmen und es sei die Klage im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne (Antrags-Ziffer 4) : "1. Verwendung eines selbstklebenden Bandes zum Verschliessen, Abdichten und Verkleben von Fugen im Hausbau, und insbesondere von Fugen in Ecken und Kanten, mit einer Trägerschicht (1) an der Bandoberseite, einer Haftkleberbeschichtung (2) der Trägerschicht (1) an der Bandunterseite, wobei die Haftkleberbeschichtung keinen nichtklebenden Mittelstreifen aufweist, und mit einer abziehbaren Abdeckfolie (3) an der Bandunterseite, dadurch gekennzeichnet, dass zumindest ein erster Faltabschnitt (4) des Bandes in Querrichtung entlang einer in Längsrichtung des Bandes verlaufenden ersten Faltungskante (5) umgefaltet ist, dass mindestens ein Teil der Haftkleberbeschichtung (2) entlang eines Längsabschnitts des Bandes nicht mit der Abdeckfolie (3) abgedeckt ist, und dass das Band in gefaltetem Zustand zu einer Klebeband-Rolle aufgerollt ist. 2. Verwendung nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass [...] [...]" Ausserdem beantragte die Beklagte, das Verfahren sei bis zum Zeitpunkt des Wirksamwerdens der Beschränkung des Streitpatents nach Art. 105a EPÜ 2000 zu sistieren. Mit Eingabe vom 6. Juni 2013 erklärte die Klägerin, das EPA habe dem Beschränkungsantrag der Beklagten inzwischen stattgegeben, womit sich eine Sistierung erübrige. Das zentral beschränkte Streitpatent wurde anlässlich der Hauptverhandlung zu den Akten gereicht. Die Hauptverhandlung fand am 17. September 2013 statt. Den Antrag der Beklagten, es sei ein gerichtlicher Sachverständiger beizuziehen, lehnte das Bundespatentgericht ab. B.c. Mit Urteil vom 17. September 2013 stellte das Bundespatentgericht in Gutheissung der Klage die Nichtigkeit des schweizerischen Teils des europäischen Patents xxx fest. Es erwog ausgehend vom zentral beschränkten europäischen Patent, dass der vor Bundespatentgericht erklärte Teilverzicht von Anspruch 1 nach Antrags-Ziffer 1 der Beklagten den Anforderungen von Art. 24 PatG entspreche und damit zulässig sei. Es hielt dafür, dass der Begriff der Haftkleberbeschichtung in Anspruch 1 des Streitpatents nicht so ausgelegt werden könne, dass er sich ausschliesslich auf Strukturen erstrecke, bei denen die Haftkleberbeschichtung vollflächig auf der Unterseite aufgetragen ist. Die Entgegenhaltung D3 offenbare damit sämtliche Anspruchsmerkmale von Anspruch 1 nach Antrags-Ziffer 1 und sei neuheitsschädlich. Die Entgegenhaltung D3 sei auch für Anspruch 1 nach Antrags-Ziffer 2 neuheitsschädlich, da die D3 das Band genau zur und im Zusammenhang mit der Verwendung im Hausbau beschreibe. Selbst wenn aufgrund der Auslegung von Anspruch 1 nur eine vollflächige Beschichtung als erfindungsgemäss zu betrachten wäre, so das Bundespatentgericht weiter, würde es an der erfinderischen Tätigkeit fehlen. Die derart beanspruchte Erfindung ergebe sich für den Fachmann in nahe liegender Weise aus der Entgegenhaltung D3. In Bezug auf den erklärten Disclaimer ( "wobei die Haftkleberbeschichtung [2] keinen nichtklebenden Mittelstreifen aufweist" ) nach dem eingeschränkten Anspruch 1 gemäss Antrags-Ziffern 3 und 4 sah das Bundespatentgericht ausserdem die Voraussetzungen von Art. 24 Abs. 1 lit. c PatG, der auch für die Beschränkung des schweizerischen Teils eines europäischen Patents gelte, mangels Stütze in der Patentschrift für nicht gegeben an. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Bundespatentgerichts vom 17. September 2013 aufzuheben und es seien ihre Rechtsbegehren in der Fassung gemäss Stellungnahme vom 23. April 2013 zum Fachrichtervotum gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Bundespatentgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde; eventualiter sei die Sache zur Prüfung der weiteren im Recht liegenden neuheitsschädlichen und die erfinderische Tätigkeit widerlegenden Entgegenhaltungen an das Bundespatentgericht zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat sich mit Vernehmlassung vom 12. Dezember 2013 zu einzelnen Punkten der Beschwerde geäussert. Die Beschwerdeführerin reichte dem Bundesgericht am 14. Januar 2014 eine Replik, die Beschwerdegegnerin am 30. Januar 2014 eine Duplik ein.