Sachverhalt: A. Die SAirGroup (nachfolgend Group) war die Konzernobergesellschaft (Holdinggesellschaft) des Swissair-Konzerns. Die SAirLines (nachfolgend Lines) gehörte zu den Zwischenholdinggesellschaften; sie betrieb das Fluggeschäft und hielt Beteiligungen an weiteren Gesellschaften. Die Beschwerdegegnerin hiess in der vorliegend interessierenden Zeit Y._ Limited bzw. Y._. Am 10. April 2001 schloss die Lines mit der Y._ eine Vereinbarung namens "Overseas Securities Lender's Agreement" (nachfolgend OSLA). Dabei handelte es sich um einen von der "International Securities Lending Association" publizierten und standardisierten Rahmenvertrag für Wertschriftendarlehen. Konkret übertrug die Lines der Y._ ab 24. April 2001 für ein Jahr 3'400'000 Aktien der Z._ Airlines (nachfolgend Z._). Im Gegenzug verpflichtete sich die Y._, dieses Darlehen durch eine Barsicherheit ("Cash Collateral") abzusichern, wobei die Lines bei Nichtrückgabe der Aktien den Cash Collateral einbehalten durfte. Die Group fungierte als Zwischenglied, welches die Zahlungen für die Lines ausführte und diejenigen der Y._ für die Lines entgegennahm. Zusätzlich trat die Group gegenüber der Y._ als Aufbewahrerin der Barsicherheit auf. Zahlungen, welche die Group zugunsten der Lines vornahm oder welche sie für Rechnung der Lines erhielt, wurden im konzerninternen Verhältnis über Darlehen ("Inter Company Loans") ausgeglichen. Am 24. April 2001 hatten die Z._-Aktien einen Wert von EUR 13.98, was für das ganze Paket EUR 47'532'000.-- ausmachte. Im Gegenzug leistete die Y._ vereinbarungsgemäss einen "Cash Collateral" von 90%, d.h. EUR 42'778'800.--. Jeweils am 24. eines Monats sollte die Barsicherheit auf der Basis des aktuellen Kurswertes so angepasst werden, dass wieder eine 90%-Absicherung bestand ("Required Collateral Value"); zusätzlich zur monatlichen Anpassung war der Wert der Barsicherheit auch bei einem Absinken des Aktienwertes um mehr als 10% anzupassen. Als kombinierte Gebühr wurde ein sog. "Rebate" von EURIBOR plus 90 Basispunkte (0,9%) festgelegt. Dieser "Rebate" beinhaltete einerseits eine von der Y._ an die Lines geschuldete Ausleihgebühr für die Aktien und zugleich einen von der Lines an die Y._ geschuldeten Zins für die Barsicherheit. Der "Rebate" war jeweils zwei Arbeitstage nach dem 24. eines jeden Monats fällig. Allfällige Dividenden aus den Z._-Aktien waren an die Lines weiterzuleiten. Insgesamt erfolgten neun Ausgleichszahlungen, wobei die Y._ vier Zahlungen leistete und fünf erhielt. Dreimal sank der Aktienkurs um mehr als 10%, was einen "Margin Call" und damit eine zusätzliche Anpassung des "Cash Collateral" auslöste. Die Rebate-Gebühr wurde monatlich an die Y._ überwiesen, soweit sie sich nicht aufgrund eines Wertanstiegs der Z._-Aktien mit einer entsprechenden Erhöhung des "Cash Collateral" verrechnen liess. Eine letzte Zahlung der Y._ an die Group zugunsten der Lines erfolgte am 26. September 2001. Als die Lines danach ihre Verpflichtungen unter dem OSLA nicht mehr erfüllte ("Event of Default"), löste die Y._ gestützt auf die entsprechenden Bestimmungen den Vertrag auf, verkaufte die Aktien und erstattete der Lines den nach Deckung des "Cash Collateral" von 90% verbleibenden Wert von 10% in einem Betrag von EUR 812'965.13. Auf Gesuch vom 4. Oktober 2001 hin wurde der Group am 5. Oktober 2001 die provisorische Nachlassstundung bewilligt, welche später in eine definitive umgewandelt wurde. Am 20. Juni 2003 wurde der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung vom 26. Juni 2002 gerichtlich bestätigt. B. Im Rahmen der Differenz zwischen den Zahlungen verlangte die Group mit Anfechtungsklage vom 16. Februar 2006 von der Y._ den Betrag von EUR 18'146'366.41 nebst Zins zu 5% seit 17. Juni 2005, eventualiter die Bezahlung des entsprechenden Betrages in CHF, unter Bestimmung des Umrechnungstages und -kurses durch das Handelsgericht des Kantons Zürich. Am 4. September 2006 wurde die Klageantwort eingereicht. Mit Beschluss vom 17. November 2006 wurde die Unzuständigkeitseinrede abgewiesen, auf die Klage eingetreten und das Verfahren auf die Frage der Verwirkung beschränkt. Mit Vorurteil vom 27. September 2007 wurde festgestellt, dass die zweijährige Verwirkungsfrist für den Betrag von EUR 17'656'200.-- gewahrt ist. Die hiergegen erhobene Beschwerde der Y._ wies das Bundesgericht am 17. April 2008 ab (Urteil 5A_670/2007). In der Folge wurde für die Hauptsache ein zweiter Schriftenwechsel angeordnet. In ihrer Replik vom 9. März 2009 verlangte die Group von der Y._ die Bezahlung von EUR 17'550'872.18 nebst Zins zu 5% seit 17. Juni 2005, eventualiter die Bezahlung des entsprechenden Betrages in CHF, unter Bestimmung des Umrechnungstages und -kurses durch das Handelsgericht des Kantons Zürich. Am 24. August 2009 wurde die Duplik eingereicht. Am 20. Januar 2010 fand eine Referentenaudienz mit Vergleichsverhandlungen statt. Mit Verfügung vom 21. Januar 2010 wurde der Group eine Frist zur Stellungnahme zu den neuen Behauptungen in der Duplik angesetzt unter Hinweis, dass eigene neue Vorbringen vorbehältlich § 115 ZPO/ZH nicht mehr zulässig seien. Die Stellungnahme wurde am 29. März 2010 eingereicht. Mit Eingabe vom 1. April 2010 beantragte die Y._, die Stellungnahme als ungelesen aus dem Recht zu weisen. Mit Verfügung vom 6. April 2010 wurde festgehalten, dass über die Berücksichtigung der Stellungnahme vom 29. März 2010 im Endentscheid befunden werde. Mit Urteil vom 24. Januar 2011 erklärte das Handelsgericht die Stellungnahme vom 29. März 2010 als zulässig, da gerichtlich einverlangt. In der Sache wies es die Klage aber ab, zusammengefasst mit der Begründung, das erstmals in der Stellungnahme vom 29. März 2010 erhobene Vorbringen, zwischen der Group und der Lines liege ein Anweisungsverhältnis vor, sei verspätet und dementsprechend sei die Anfechtungsklage von der falschen Gesellschaft erhoben worden. C. Gegen das handelsgerichtliche Urteil hat die Group am 7. März 2011 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Verurteilung der Y._ zur Bezahlung von EUR 16'921'800.-- nebst Zins zu 5% seit 17. Juni 2005, eventualiter um Rückweisung des Sache an das Handelsgericht. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.