Sachverhalt: A. Der Armeeangehörige (Zeitsoldat) Oblt X._ (geb. 1974) bewarb sich um eine Stelle als Zugführer/Klassenlehrer-Gehilfe. Da er als Angehöriger der Armee auch Zugang zu militärisch als geheim klassifizierten Informationen, zu geheimem Armeematerial und zu militärischen Anlagen (Schutzzonen 2 und 3) hatte, wurde eine Personensicherheitsüberprüfung im Sinne von Art. 19 Abs. 1 lit. c des Bundesgesetzes vom 21. März 1997 über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit (BWIS; SR 120) bzw. der Verordnung vom 19. Dezember 2001 über die Personensicherheitsprüfungen (PSPV; SR 120.4) eingeleitet. X._ stimmte dieser Überprüfung am 10. März 2003 zu. Am 9. Juli 2003 wurde X._ von zwei Mitarbeitern der Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen des Eidgenössischen Departementes für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) befragt. Die Befragung wurde auf Tonträger (Minidisc) aufgenommen. Die Abklärungen ergaben, dass gegen X._ 26 bzw. 27 offene Betreibungen bzw. Verlustscheine (Forderungssumme insgesamt Fr. 67'351.60) bestanden; zudem wies er 16 Einträge wegen Verkehrsregelverletzungen auf. Am 2. September 2003 erliess die Fachstelle Personensicherheitsprüfungen eine "Risikoverfügung mit Auflagen", mit welcher sie feststellte, X._ werde "nicht grundsätzlich als Sicherheitsrisiko im Sinne von BWIS und PSPV erachtet". Er könne jedoch als Offizier der Schweizer Armee nur mit der Auflage eingesetzt werden, dass ihm ausschliesslich (höchstens) der Zutritt zu militärischen Anlagen der Schutzzone 2 und zu vertraulich klassifizierten Informationen gestattet werde. Das Ergebnis der persönlichen Befragung wurde in der Verfügung zusammengefasst. Am 29. September 2003 wandte sich X._ an die Rekurskommission VBS. Er beanstandete insbesondere die Art, wie die Befragung - auch die seiner Referenzen - durchgeführt worden sei, und wünschte, sich "unter fairen Bedingungen" noch einmal äussern zu können. Da die Beschwerde den Mindestanforderungen von Art. 52 Abs. 1 VwVG nicht genügte, wies sie der Präsident der Rekurskommission VBS zur Verbesserung zurück. Am 22. Oktober 2003 reichte X._ eine verbesserte Beschwerde ein. Am 31. Januar 2004 verfügte der Präsident der Rekurskommission VBS u.a., der Schweizerischen Eidgenossenschaft, vertreten durch das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport, werde eine Frist von 20 Tagen angesetzt, um ein schriftliches und von den Parteien unterzeichnetes Protokoll über die persönliche Befragung von X._ einzureichen (Ziff. 1). B. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 10. Februar 2004 beantragt das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport, Ziffer 1 der Präsidialverfügung der Rekurskommission VBS vom 20. Dezember 2003 aufzuheben. Der Präsident der Rekurskommission VBS beantragt, die Beschwerde abzuweisen. X._ hat auf eine Vernehmlassung bzw. auf ein Rechtsbegehren ausdrücklich verzichtet.