Sachverhalt: A. X._ wird vorgeworfen, von Juli 2004 bis Januar 2005 sowie von Mitte August 2008 bis Mitte März 2009 sexuelle Handlungen mit seiner Tochter (Jahrgang 2004) vorgenommen zu haben. X._ ist nicht der leibliche Vater, hat die Tochter indessen anerkannt und ist somit deren gesetzlicher Vater. Im Weiteren wird X._ angelastet, er habe der Grossmutter der Tochter und deren Lebenspartner am 25. Januar 2009 angedroht, er werde sie umbringen, wenn die Tochter zu einer Pflegefamilie komme. Schliesslich habe er am 11. September 2007 in einem Geschäft an seinem Wohnort eine Motorsäge gekauft, obschon er wusste, dass er den Kaufpreis nicht werde begleichen können. B. Das Bezirksgericht Brugg erklärte X._ am 13. September 2011 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind, der Drohung und des Betruges schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und sechs Monaten, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft. Ferner entschied es über die Zivilforderungen. Gegen diesen Entscheid erhoben X._ und seine Tochter Berufung beim Obergericht des Kantons Aargau. Dieses bestätigte mit Urteil vom 25. Oktober 2012 das erstinstanzliche Urteil im Schuld- und Strafpunkt und verpflichtete X._ zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 25'000.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 1. Dezember 2008 an die Tochter. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und die Sache sei mit der Auflage, den prozessualen Anträgen sei vollumfänglich nachzukommen, an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.