Sachverhalt: A. Die Bundesanwaltschaft eröffnete am 21. Juli 2003 gegen X._ und andere Beschuldigte ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie Beteiligung an bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation. Mit Verfügung vom 17. August 2006 stellte sie das Verfahren gegen X._ wegen Beteiligung an bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation ein. Das eidgenössische Untersuchungsrichteramt eröffnete am 12. September 2006 auf Antrag der Bundesanwaltschaft die Voruntersuchung wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Mit Verfügung vom 15. April 2009 stellte die Bundesanwaltschaft das Verfahren bezüglich des Verdachts des mehrfachen Anstalten-Treffens zur Einfuhr grosser Mengen von Betäubungsmitteln ein. Sie erhob am 16. April 2009 Anklage wegen Einfuhr von 1,6 kg Kokaingemisch. B. Das Bundesstrafgericht sprach X._ mit Entscheid vom 24. September 2009 der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 19 1⁄2 Monaten (Dispositivziffer 2). C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Bundesanwaltschaft, es sei Dispositivziffer 2 des Urteils des Bundesstrafgerichts aufzuheben, und die Sache zur diesbezüglichen Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese sei anzuweisen, die neu festzulegende Strafe jedenfalls auf über 19 1⁄2 Monate anzusetzen. D. Das Bundesstrafgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. X._ stellt in seiner Vernehmlassung ebenfalls den Antrag auf die kostenpflichtige Abweisung der Beschwerde.