Sachverhalt: A. Die Bank Z._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) betrieb X._ (nachfolgend: Beschwerdegegner) in Prosequierung des Arrestes Nr. 622874 für Fr. 42'479'696.95 und Fr. 3'983'596.-- sowie Arrestkosten von Fr. 887.40 und Kosten des Zahlungsbefehls von Fr. 410.--. In dieser Betreibung erhob der Beschwerdegegner am 6. August 2007 Rechtsvorschlag mit der Begründung, nicht zu neuem Vermögen gekommen zu sein. Am 4. September 2007 legte das Betreibungsamt des Seebezirks diesen Rechtsvorschlag dem Präsidenten des Zivilgerichts des Seebezirks zur Bewilligung vor. B. Mit Eingabe vom 26. September 2007 legte der Beschwerdegegner dem Präsidenten des Zivilgerichts seine finanzielle Situation dar. Mit Entscheid vom 31. Oktober 2007 bewilligte der Präsident des Zivilgerichts den Rechtsvorschlag des Beschwerdegegners. C. Mit Beschwerde vom 26. November 2007 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheids des Präsidenten des Zivilgerichts sowie die Feststellung, dass der Beschwerdegegner zu neuem Vermögen gekommen sei, eventualiter die Rückweisung an die Vorinstanz. Der Beschwerdegegner schliesst in seiner Vernehmlassung vom 12. März 2008 auf Abweisung der Beschwerde und beantragt unentgeltliche Rechtspflege. Der Präsident des Zivilgerichts nahm mit Eingabe vom 13. Februar 2008 zum vorinstanzlichen Verfahren Stellung, verzichtete jedoch auf eine weiter gehende Vernehmlassung.