Sachverhalt: A. Am 11. April 2007 verweigerte die Baukommission Rüschlikon der X._ AG die Baubewilligung für zwei Plakatwerbeträger auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4603 (neu 5587) beim Kreisel Wachtstrasse/Eggstrasse mangels genügender Einordnung im Sinn von § 238 Abs. 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG). Gleichzeitig eröffnete sie die Verweigerung der strassenverkehrsrechtlichen Bewilligung wegen Beeinträchtigung der Verkehrssicherheit, welche der Sicherheitsvorstand der Gemeinde am 15. März 2007 ausgesprochen hatte. B. Gegen beide Verfügungen rekurrierte die X._ AG. Die Baurekurskommission II des Kantons Zürich vereinigte die Rekurse und hiess sie unter Aufhebung der Bewilligungsverweigerungen gut; die kommunalen Behörden wurden eingeladen, die Bewilligung zu erteilen, sofern das Bauvorhaben auch im Übrigen den einschlägigen Vorschriften entspreche. C. Dagegen gelangte die Gemeinde Rüschlikon mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 13. Februar 2008 gut, soweit sie nicht wegen Gegenstandslosigkeit abgeschrieben wurde. Das Verwaltungsgericht hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und stellte die Bauverweigerung der Baukommission vom 11. April 2007 wieder her. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ AG am 25. März 2008 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Plakatstellen bewilligungsfähig seien. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. E. Das Verwaltungsgericht und die Baukommission Rüschlikon beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Auch die Baurekurskommission schliesst auf Beschwerdeabweisung. F. In zwei Repliken vom 30. Mai 2008 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.