Sachverhalt: A. Die Eheleute X._ und Y._ betrieben zusammen die Personengesellschaft A._, Personal- und Unternehmensberatung, in R._, wobei sie bis Ende 1998 zu je 60% und 40% beteiligt waren. Anfangs 1999 gab die Gattin ihre selbständige Erwerbstätigkeit auf, um fortan nur noch zu rund 20% als Teilzeitangestellte für die Firma tätig zu sein. Gleichzeitig wurden zwei neue Mitarbeiter eingestellt. Die Gewinne des Unternehmens entwickelten sich wie folgt: 1997/1998 1999/2000 2001/2002 2003/2004 CHF 372'856.-- CHF1'692'359.-- CHF 515'646.-- CHF 53'590.-- B. Am 21. August 2003 wurden die Eheleute X._ - Y._ für die direkte Bundessteuer der Periode 1999/2000 veranlagt. Der Gattin wurde eine Zwischenveranlagung wegen Aufgabe der selbständigen Erwerbstätigkeit verweigert. Dagegen erhob das Ehepaar erfolglos Einsprache und danach Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. C. Am 20. November 2008 haben die Eheleute X._ - Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, das Urteil der Steuerrekurskommission vom 14. Oktober 2008 aufzuheben; per 4. Januar 1999 sei eine Zwischenveranlagung für das Erwerbseinkommen der Ehefrau vorzunehmen. D. Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.