Sachverhalt: A. Der Eigentümer der in der Wohnzone 2A liegenden Parzellen Nrn. 5042 und 5043 in Guntershausen (Politische Gemeinde Aadorf), Y._, beabsichtigt, die beiden Grundstücke mit je einem Einfamilienhaus inklusive Garage zu überbauen. Die Parzellen liegen an einem sich gegen Süden neigenden Hang. Der Grundstückseigentümer wohnt selber auf der östlich angrenzenden Parzelle. Westlich der beiden Baugrundstücke liegt die Parzelle Nr. 5044, die mittlerweile ebenfalls überbaut ist; das realisierte Bauprojekt ist aufgrund der dort vorgenommenen Aufschüttungen Gegenstand eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens. B. Die Gemeinde bewilligte das Baugesuch von Y._ am 15. März 2007 und wies gleichzeitig die Einsprache der X._ GmbH ab. Letztere ist Eigentümerin der südlich gelegenen, aber nicht direkt ans Bauvorhaben anstossenden Parzellen Nrn. 5023 und 4062. C. Gegen den abweisenden Entscheid gelangte die X._ GmbH an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU), welches den erstinstanzlichen Entscheid am 30. Juli 2007 bestätigte. Daraufhin erhob die unterlegene Rekurrentin Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses trat mit Urteil vom 19. Dezember 2007 mangels Legitimation der Beschwerdeführerin nicht auf die Beschwerde ein. D. Die gegen den Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts erhobene Beschwerde der X._ GmbH in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 6. Juni 2008 gut (Verfahren 1C_133/2008). Gleichzeitig wies es die Vorinstanz an, die Sache materiell zu behandeln. E. Das Verwaltungsgericht hiess hierauf die Beschwerde am 12. November 2008 in dem Sinne teilweise gut, als die Parzellen Nrn. 5042 und 5043 im Süden das Niveau der rechtskräftig bewilligten Terraingestaltung der westlich gelegenen Parzelle Nr. 5044 (Liegenschaft Töngi) zu übernehmen hätten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. F. Die X._ GmbH beantragt am 19. Januar 2009 mit einer als "staatsrechtliche Beschwerde" bezeichneten Eingabe die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils vom 12. November 2008. Die Baubewilligung für den Neubau der zwei Einfamilienhäuser mit Garagen auf den Parzellen Nrn. 5042 und 5043 sei zu verweigern. Y._ als Bauherr und privater Beschwerdegegner hat nicht von der Möglichkeit zur Stellungnahme Gebrauch gemacht. Der Gemeinderat und die Planungs- und Baukommission Aadorf verzichten auf materielle Ausführungen zur Angelegenheit; namens der Politischen Gemeinde beantragen sie die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sieht unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid ebenfalls von einer Vernehmlassung ab und schliesst auf Abweisung der Beschwerde.