Sachverhalt: A. X._ erhob am 17. September 2009 bei der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat Strafanzeige gegen Dr.med. A._, Dr.med. B._ und Dr.med. C._ wegen Betrugs, Urkundenfälschung, falschen Gutachtens sowie Verstosses gegen Art. 70 IVG i.V.m. Art. 87 AHVG. Der Strafanzeiger machte geltend, er habe am 3. November 2000 einen Autounfall erlitten und gesundheitliche Beeinträchtigungen davongetragen, weswegen er sich bei der Invalidenversicherung angemeldet habe. Im Rahmen medizinischer Abklärungen sei er am 18./19. Juni bzw. 25. Juli und 3. September 2007 von Dr. A._, Dr. B._ und zwei weiteren Ärztinnen begutachtet worden. Am 3. September 2007 habe Dr. A._ das Teilgutachten einer Kollegin (ohne Rücksprache mit dieser) verändert bzw. korrigiert, indem er die beim Anzeiger festgestellte Arbeitsunfähigkeitsrate von 80% auf 50% reduziert habe. Dr. B._ und Dr. C._ hätten das Schlussgutachten vom 17. Dezember 2007 unterzeichnet und seien deshalb mitverantwortlich. B. Mit Verfügung vom 23. Dezember 2010 stellte die Staatsanwaltschaft die eröffnete Strafuntersuchung definitiv ein. Eine von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, mit Beschluss vom 12. Oktober 2011 ab, soweit es darauf eintrat. C. Gegen den Beschluss des Obergerichtes gelangte X._ mit Beschwerde vom 16. November 2011 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet hat. Von den privaten Beschwerdegegnern ist innert angesetzter Frist keine Vernehmlassung eingetroffen. Nach Ablauf der auf 2. Februar 2012 angesetzten (nicht erstreckbaren) Frist zur allfälligen Einreichung einer Replik hat der Beschwerdeführer (am 10. Februar 2012) weitere Akten eingereicht und einen Antrag auf Aktenbeizug gestellt.