Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach eröffnete am 27. Januar 2012 eine Strafuntersuchung wegen qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargauernannte Rechtsanwalt X._ am 21. Februar 2012 (rückwirkend ab 1. Februar 2012) als amtlichen Verteidiger. Mit Verfügung vom 14. Mai 2012 übernahm die Staatsanwaltsch aft II des Kantons Zürich das Strafverfahren von den Aargauer Strafverfolgungsbehörden. B. Am 22. Juni 2012 reichte der amtliche Verteidiger bei der Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach eine Honorarnote über Fr. 23'546.60 für seine Aufwendungen vom 1. Februar bis 15. Mai 2012 (im Aargauer Untersuchungsverfahren) zur Genehmigung ein. Am 22. Oktober 2012 verfügte die Staatsanwaltschaft, dem amtlichen Verteidiger werde (nach Rechtskraft der Verfügung) eine Entschädigung von Fr. 15'768.-- (inkl. MWST) ausbezahlt. Auf eine dagegen erhobene Beschwerde trat das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, mit Entscheid vom 20. Dezember 2012 nicht ein. C. Gegen den Nichteintretensentscheid des Obergerichtes gelangte der amtliche Verteidiger mit Beschwerde vom 31. Januar 2013 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Rückweisung der Beschwerdesache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf Stellungnahmen je ausdrücklich verzichtet.