Sachverhalt: A. Am 15. November 2011 stellte B._ ein Baugesuch für die Instandstellung des Engadinerhauses sowie den Abbruch und den Neubau des Anbaues Chesa C._ auf dem Grundstück Nr. xxxx in der Dorfkernzone der Gemeinde Silvaplana/GR. Dagegen gingen zwei Einsprachen ein, namentlich eine solche der Stockwerkeigentümergemeinschaft auf der Nachbarparzelle Chesa A._, wobei unter anderem die vorgesehene Gebäudehöhe bemängelt wurde. Die Baubehörde der Gemeinde Silvaplana wies die Einsprachen am 20. Februar 2012 ab. B. Am 28. August 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden eine dagegen erhobene Beschwerde ab. C. Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe vom 15. Oktober 2012 an das Bundesgericht beantragt die Stockwerkeigentümergemeinschaft Chesa A._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und das Baugesuch von B._ abzuweisen; eventuell sei die Sache an die Baubehörde zurückzuweisen. Zur Begründung wird im Wesentlichen eine aktenwidrige, widersprüchliche und einseitige Sachverhaltsfeststellung sowie die falsche rechtliche Würdigung der Gebäudehöhe geltend gemacht. D. B._ und das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Silvaplana stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde.