Sachverhalt: A. Die A._ AG (Klägerin) ist Inhaberin des Patents CH 0000 "Sammelhefter". Sie gelangte am 17. Juni 2002 an das Kantonsgericht Nidwalden und stellte folgende Anträge: es sei der B._ AG (Beklagte) unter Straffolge zu verbieten, Sammelhefter mit den im Begehren aufgeführten Merkmalen, namentlich Hefter mit den Bezeichnungen X._, Y._ und Z._ in der Schweiz herzustellen, zu verkaufen usw.; die Beklagte sei zur Auskunft über ihre Geschäfte mit entsprechenden Sammelheftern zu verpflichten; es sei der Klägerin nach ihrer Wahl Schadenersatz oder der von der Beklagten erzielte Gewinn zuzusprechen. Die Beklagte beantragte das Nichteintreten, eventuell die Abweisung der Klage. Der Gerichtspräsident beschränkte das Verfahren auf die Eintretensfrage. B. Mit Urteil vom 5. November 2003 trat das Kantonsgericht Nidwalden, Grosse Kammer II, auf die Klage nicht ein. Zur Begründung führte das Gericht aus, das klägerische Rechtsbegehren auf Unterlassung sei mangels ausreichender Umschreibung des Verletzungsgegenstandes unzulässig. Ausserdem kam das Gericht zum Schluss, auf die Klage sei auch wegen doppelter Rechtshängigkeit nicht einzutreten. C. Die Klägerin hat gegen dieses Urteil eidgenössische Berufung eingereicht mit den Rechtsbegehren, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben und das Kantonsgericht Nidwalden anzuweisen, auf ihre Klage einzutreten; eventualiter sei das Kantonsgericht anzuweisen, auf ihre Klage einzutreten, wobei das Unterlassungsbegehren bei unverändertem Rest wie folgt einzuschränken sei: "Es sei der Beklagten unter Androhung der Straffolgen von Art. 292 StGB zu verbieten, Sammelhefter, die mit den Bezeichnungen X._, Y._ und Z._ gekennzeichnet sind, in der Schweiz herzustellen (...) ." Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.