Sachverhalt: A. W._, geboren 1961, schloss 1981 in Sarajevo (Bosnien-Herzegowina) die Ausbildung als Maschinenzeichnerin ab, nahm 1986 bei ihrem damaligen Ehemann in der Schweiz Wohnsitz und betätigte sich seit 1989 selbstständigerwerbend als Masseuse. Seit einer Heckauffahrkollision vom 4. Juli 2002 klagt sie über chronische Nacken- und Kopfschmerzen, Schwindel, Gangunsicherheit, Schlafstörungen, Erschöpfungszustand und Ängste, weshalb sie sich am 10. August 2004 bei der IV-Stelle Bern zum Rentenbezug anmeldete. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen ermittelte die IV-Stelle basierend auf dem polydisziplinären Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle vom 7. Januar 2008 (nachfolgend: MEDAS-Gutachten) einen Invaliditätsgrad von 20% und verneinte gestützt darauf einen Rentenanspruch (Verfügung vom 31. Juli 2008). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der W._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 3. Februar 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt W._ beantragen, die Invalidenversicherung habe ihr unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids "die gesetzlichen Leistungen gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100% zu erbringen." Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese nach Einholung eines interdisziplinären Obergutachtens über den Leistungsanspruch der Versicherten neu entscheide. Schliesslich ersucht die Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.