Sachverhalt: A. Die D._ Holding AG (Beklagte) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz im Kanton Freiburg. Ihr Aktienkapital beträgt Fr. 1'700'000.-- und ist eingeteilt in 17'000 Namenaktien. Die A._ GmbH (Klägerin 1) und B._ (Kläger 2) sind Aktionäre der Beklagten. Sie unterbreiteten dem Verwaltungsrat im Hinblick auf die Generalversammlung vom 20. November 2004 diverse Fragen. Nachdem Dr. F._ für den Verwaltungsrat der Beklagten die Fragen an der Generalversammlung vom 20. November 2004 beantwortet hatte, stellte die Klägerin 1 den Antrag, "über die Fragenkomplexe Nr. 2 bis 8 wie sie von Dr. F._ im Traktandum 1a vorgetragen wurden, eine Sonderprüfung gemäss Art. 697a ff. OR durchzuführen". Die Generalversammlung lehnte den Antrag mit 14'736 gegen 2'087 Stimmen ab. B. Am 21. Februar 2005 ersuchten die Klägerin 1, der Kläger 2 sowie C._ (Kläger 3) und G._ beim Präsidenten des Zivilgerichts des Seebezirks um Anordnung einer Sonderprüfung. Die Klägerin 1 hielt bei Klageeinleitung 484 Namenaktien, die Kläger 2 und 3 hielten je 16 Namenaktien und G._ 1'531 Namenaktien. Nach Darstellung der Kläger wurden der Klägerin 1 zudem 40 Namenaktien rechtswidrig vorenthalten, sodass ihr 524 Namenaktien zuzurechnen seien, was die Beklagte anerkannte. Die Kläger hielten im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs um Einsetzung eines Sonderprüfers somit insgesamt 2'087 Namenaktien. Am 2. Februar 2006 erklärte G._ den Rückzug seiner Klage. Die verbleibenden Kläger vertraten noch 556 Namenaktien. Mit Verfügung vom 14. Februar 2006 beschränkte der Präsident des Zivilgerichts des Seebezirks das Verfahren auf die Frage der Aktivlegitimation. Mit Urteil vom 15. Februar 2006 nahm der Zivilgerichtspräsident vom Streitabstand von G._ Vormerk (Ziffer 1) und wies die Klage auf Sonderprüfung infolge fehlender Aktivlegitimation ab (Ziffer 2). C. Der Appellationshof des Kantonsgerichts Freiburg wies am 21. August 2006 die Berufung der Kläger 1-3 ab, soweit darauf einzutreten war. Das Gericht ging mit dem erstinstanzlichen Gerichtspräsidenten davon aus, dass die Kläger im Zeitpunkt der Klageanhebung über insgesamt 2'047 bzw. 2'087 Namenaktien verfügt hatten und damit über mehr als 10 % des Aktienkapitals der Beklagten. Nach dem Rückzug der Klage von G._ am 2. Februar 2006 besassen die Kläger 1-3 insgesamt nur noch 556 Namenaktien oder 3,27 % des Aktienkapitals der Beklagten. Das Kantonsgericht erkannte wie schon der Präsident des Zivilgerichts des Seebezirks, dass das gesetzliche Quorum von 10 % des Aktienkapitals gemäss Art. 697b Abs. 1 OR nicht nur bei Einleitung des Verfahrens, sondern auch im Zeitpunkt des Entscheids über das Gesuch um Einsetzung eines Sonderprüfers gegeben sein müsse. D. Mit Berufung vom 25. September 2006 stellen die Kläger das Rechtsbegehren, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 21. August 2006 sei aufzuheben und die Sache zu allfälliger Aktenergänzung und zu neuer Entscheidung an das Kantonsgericht Freiburg zurückzuweisen. Sie rügen, die Vorinstanz habe Art. 697b OR verletzt, als es davon ausging, dass das für den Antrag auf Einsetzung eines Sonderprüfers erforderliche Quorum von 10 % bis zum Entscheid des Richters gegeben sein müsse. E. Die Beklagte schliesst in der Antwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werden kann.