Sachverhalt: A. Die X._ AG (Klägerin) betreibt einen Grossvertrieb für Glückwunschkarten, in dem Y._ (Beklagter) von September 2000 bis Ende August 2001 gestützt auf einen mündlichen Arbeitsvertrag als Aussendienstmitarbeiter für den Kartenverkauf zuständig war. Im Rahmen dieses Vertrages vereinbarten die Parteien eine pauschale Spesenentschädigung von Fr. 1'000.-- pro Monat. Mit Darlehensvertrag vom 16. März 2001 gewährte die Klägerin dem Beklagten ein Darlehen über Fr. 40'000.--, das am 9. April 2001 ausbezahlt wurde und am Tag der Auflösung des Arbeitsverhältnisses, d.h. am 31. August 2001 zur Rückzahlung fällig wurde. Am 7. September 2001 gestand die Klägerin dem Beklagten eine zusätzliche, mit der Darlehensforderung zu verrechnende Spesenentschädigung von Fr. 2'000.-- zu und am 11. Oktober 2001 bezahlte der Beklagte der Klägerin Fr. 20'000.-- zurück, wodurch sich deren Darlehensforderung auf Fr. 18'000.-- reduzierte. B. Mit Weisung vom 23. Oktober 2002 beantragte die Klägerin der Bezirksgerichtskommission Weinfelden im Wesentlichen, der Beklagte sei zur Rückzahlung des offenen Darlehensbetrages von Fr. 18'000.-- nebst Zins, zur Zahlung von 5 % Zins auf Fr. 20'000.-- vom 1. September 2001 bis 11. Oktober 2001 sowie zur Leistung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 11'247.25 nebst Zins zu verpflichten. Ferner stellte sie verschiedene Herausgabebegehren. Der Beklagte beantragte die Abweisung der Schadenersatzforderung und der Herausgabebegehren. Sodann hielt er den Forderungen der Klägerin Verrechnungsansprüche entgegen, weil ihm im Rahmen des Arbeitsverhältnisses eine zu geringe Spesenentschädigung ausbezahlt worden sei. Die Bezirksgerichtskommission verpflichtete den Beklagten mit Urteil vom 24. November 2003, der Klägerin verschiedene Gegenstände herauszugeben. Im Übrigen wies sie die Klage ab, soweit diese nicht gegenstandslos geworden war. Auf Berufung der Klägerin hiess das Obergericht des Kantons Thurgau die Klage am 30. September 2004 im Umfang von Fr. 1'000.-- nebst Zins gut und verpflichtete den Beklagten zur Herausgabe verschiedener Gegenstände. Im Übrigen wies es die Klage ab. Es kam zum Schluss, der Beklagte könne die Darlehensforderung im Betrag von Fr. 17'000.-- mit nicht abgegoltenen Ansprüchen auf Auslagenersatz verrechnen. Die Schadenersatzforderung der Klägerin wies es ab. C. Die Klägerin beantragt mit eidgenössischer Berufung, das Urteil des Obergerichts vom 30. September 2004 aufzuheben und den Beklagten zu verpflichten, ihr Fr. 18'000.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 1. September 2001 sowie 5 % Zins auf Fr. 20'000.-- vom 1. September 2001 bis 11. Oktober 2001 zu bezahlen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung und ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.