Sachverhalt: A. Die Regionale Staatsanwaltschaft Emmental-Oberaargau führt seit März 2010 ein Strafverfahren gegen X._. Sie wirft ihm verschiedene Delikte gegenüber seiner Ehefrau, Y._, und gegenüber deren Bekanntem, Z._, vor: Vergewaltigung seiner Ehefrau; einfache Körperverletzung, Tätlichkeit und Nötigung gegenüber Z._; wiederholte Tätlichkeiten gegenüber seiner Ehefrau; mehrfache Beschimpfung, mehrfache Drohung und mehrfacher Hausfriedensbruch gegenüber seiner Ehefrau und Z._. X._ wurde am 15. März 2010 nach einer tätlichen Auseinandersetzung mit Z._ in Untersuchungshaft versetzt. Am 26. März 2010 wurde er unter Anordnung von Ersatzmassnahmen wieder entlassen. Nach mehrmaligen Verwarnungen beantragte die Staatsanwaltschaft am 23. April 2012 weitere Ersatzmassnahmen, welche gleichentags vom Regionalen Zwangsmassnahmengericht Emmental-Oberaargau genehmigt wurden. Es wurde ihm ein Rayonverbot auferlegt und verboten, seine inzwischen von ihm getrennt lebende Ehefrau anzurufen, ihr oder Z._ nachzufahren und die beiden in der Öffentlichkeit anzusprechen bzw. zu überwachen. Am 15. Mai 2012 beantragte die Staatsanwaltschaft erneut die Anordnung von Untersuchungshaft und führte zur Begründung unter anderem aus, X._ habe am 11. Mai 2012 eine Beschimpfung und Nachtruhestörung begangen und gegen die ihm auferlegten Weisungen verstossen. Mit Entscheid vom 16. Mai 2012 ordnete das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft an. Es verlängerte sie später mit Entscheid vom 15. August 2012 bis zum 13. November 2012. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Bern mit Beschluss vom 7. September 2012 ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 3. Oktober 2012 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und er selbst sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.