Sachverhalt: A. X._ (Beklagte und Beschwerdeführerin) schloss mit der Y._ GmbH (Klägerin und Beschwerdegegnerin) eine Vertriebsvereinbarung auf Provisionsbasis. Gemäss Anhang 5 zu dieser Vereinbarung erhielt sie für die Startphase anteilig monatliche Vorschusszahlungen von EUR 5'000.-- bis zum Erreichen eines Provisionsvolumens von dieser Höhe. Ab diesem Zeitpunkt war eine monatliche Rückzahlung aus dem erzielten Überschuss vereinbart. B. Am 6. Februar 2009 kündigte die Klägerin das Vertragsverhältnis fristlos und verlangte mit Klage vom 15. Dezember 2009 von der Beklagten die Rückzahlung der Vorschüsse im Umfang von EUR 20'500.-- nebst Zins mit der Begründung, die Beklagte habe während der Dauer des Vertrages kein einziges Geschäft vermittelt und daher die Vorschüsse nach Massgabe des Rechts der ungerechtfertigten Bereicherung zurückzuerstatten. Nachdem die Klageantwort der anwaltlich nicht vertretenen Beklagten am 22. April 2010 einen Tag nach Ablauf der zweimal erstreckten Frist beim Kantonsgericht des Kantons Obwalden eingegangen war, wies der Kantonsgerichtspräsident I die Eingabe als verspätet aus dem Recht. Dagegen erhob die Beklagte einen Rekurs, der mangels Leistung des Kostenvorschusses mit Entscheid des Obergerichtspräsidenten des Kantons Obwaldens vom 2. September 2010 als erledigt abgeschrieben wurde. Am 7. Februar 2011 hiess das Kantonsgericht die Klage mit Ausnahme einer Korrektur bezüglich des Zinsenlaufes gut. Mit Berufung an das Obergericht des Kantons Obwalden beantragte die nunmehr anwaltlich vertretene Beklagte sinngemäss, die Klage kostenfällig abzuweisen und eventualiter festzustellen, dass die Klageantwort rechtzeitig eingereicht worden sei, und die Sache an das Kantonsgericht zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Das Obergericht wies die Berufung am 21. März 2012 ab, wobei es der Beklagten die unentgeltliche Prozessführung bewilligte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, festzustellen, dass die Verfügung des Kantonsgerichts vom 31. Mai 2010, mit der die Klageantwort aus dem Recht gewiesen wurde, nichtig sei und die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Am 15. Juni 2012 gewährte das Bundesgericht der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wies das Bundesgericht am 20. August 2012 ab, worauf die Beschwerdeführerin binnen erstreckter Frist den Kostenvorschuss leistete. Vernehmlassungen wurden nur zur Gewährung der aufschiebenden Wirkung eingeholt.