Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist Beklagte im Verfahren HG 2006 50 vor dem Handelsgericht des Kantons Bern. Klägerin ist die Stockwerkeigentümergemeinschaft Y._, Bern, die Werkmängel an den Treppenhausoberlichtern geltend macht. Am Verfahren wirkten mit: der amtierende Vorsitzende Oberrichter A._ (Beschwerdegegner 1), Handelsrichter B._ (Beschwerdegegner 2) und Handelsrichter C._ (Beschwerdegegner 3). B. Mit Eingabe vom 24. November 2007 stellte die Beschwerdeführerin ein "Ablehnungsbegehren gegen Oberrichter A._ et al." mit folgenden Anträgen: 1. Es sei festzustellen, dass der amtierende Gerichtsvorsitzende die Ablehnungsregeln verletzt hat und er sei durch einen unbefangenen Richter zu ersetzen. 2. Es sei für das hängige Verfahren HG 06 50 ein zweites juristisches Mitglied zu ernennen. 3. Es seien für das hängige Verfahren HG 06 50 drei neue kaufmännische Handelsrichter zu ernennen. 4. Die bisherigen, verfassungswidrigen Verfahrensschritte seien durch das neu zusammengesetzte Gericht zu wiederholen. .. (...)." Mit Entscheid vom 21. Februar 2008 trat der Präsident i.V. des Handelsgerichts auf das Ablehnungsbegehren mit der Begründung nicht ein, die Ablehnungsgründe seien zufolge verspäteter Geltendmachung verwirkt; auch wenn das Begehren rechtzeitig gestellt worden wäre, hätte es im Übrigen abgewiesen werden müssen. C. Die Beschwerdeführerin stellt mit Beschwerde in Zivilsachen folgende Rechtsbegehren: 1. In Aufhebung des Entscheids des Präsidenten i.V. des Handelsgerichts vom 21. Februar 2008 a) sei festzustellen, dass das Handelsgericht im bisherigen Verfahren HG 06 50 nicht rechtmässig zusammengesetzt war; b) sei das Handelsgericht anzuweisen, zwei neue juristische Mitglieder und drei neue kaufmännische Handelsrichter für das Verfahren 06 50 zu bestimmen; und c) sei das neu zusammengesetzte Gericht anzuweisen, die bisherigen rechtswidrigen Verfahrensschritte zu wiederholen. 2. Eventualiter sei die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen." Der Beschwerdegegner 1 beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdegegner 2 liess sich nicht vernehmen. Der Beschwerdegegner 3 führt in seiner Stellungnahme aus, er habe zu keiner Zeit den geringsten Anlass gehabt und erkenne einen solchen auch zum jetzigen Zeitpunkt nicht, wegen irgendwelcher Befangenheit die Mitarbeit als Handelsrichter in diesem Verfahren abzulehnen. Die Vorinstanz liess sich zur Beschwerde vernehmen, ohne einen Antrag zu stellen. D. Mit dem heutigen Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung, die superprovisorisch angeordnet worden ist, gegenstandslos.