Sachverhalt: A. X._ wurde für die direkte Bundessteuer 2005 rechtskräftig eingeschätzt. Am 10. November 2007 erklärte er, dass er in den Steuererklärungen der Jahre 2004 und 2005 irrtümlicherweise seinen Anteil an der Erbschaft seiner am 2. November 2004 verstorbenen Mutter nicht deklariert habe. Dazu legte er einen Bericht vor, wonach die Erbschaftsaktiven Aktien der nicht kotierten "A._ AG" enthielten. In der Folge eröffnete das Steueramt des Kantons Zürich ein Nachsteuerverfahren für die direkte Bundessteuer 2005. Mit Verfügung vom 24. Juni 2010 auferlegte es ihm eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 342.15. Die Einsprache mit diversen prozessualen Anträgen und dem Begehren, auf die Verzinsung der Nachsteuer zu verzichten, wies das Steueramt ab. Auf die Beschwerde mit wiederum verschiedenen prozessualen Anträgen (Ausstand der Zürcher Gerichte und der Vertreter der kantonalen Steuerverwaltung, mündliche Anhörung, Verfahrensvereinigung, Akteneinsicht in die Unterlagen der "A._ AG", unentgeltliche Rechtspflege), mit einem Antrag auf Wiedergutmachung materieller und immaterieller Schäden, mit einer Verpflichtung des Gerichts, verschiedene Strafanzeigen einzureichen, und mit dem Begehren, die Nachsteuer zu senken (weder Besteuerung der Erträge aus den Aktien der "A._ AG" noch der Wert der Aktien selbst sowie Verzicht auf Zinsnachforderungen), trat das Verwaltungsgericht nicht ein, da der Rekurs nicht rechtzeitig erfolgt sei. B. X._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. September 2011 aufzuheben, die bei der Vorinstanz eingereichten Anträge zu prüfen, festzustellen, dass ihm das rechtliche Gehör verweigert worden sei, eine Unbills- und Aufwandsentschädigung und für das Verfahren vor Bundesgericht eine mündliche Vorsprache. Das Bundesgericht hat die vorinstanzlichen Akten beigezogen.