Sachverhalt: A. A.a A._, geboren 1956, wurde am 7. Oktober 2002 in einen Verkehrsunfall verwickelt, bei dem sie sich ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) zuzog. Unter Hinweis auf diese Verletzung meldete sie sich am 20. Februar 2004 bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich führte erwerbliche Abklärungen durch, zog die Akten der Unfallversicherung bei und holte Berichte ein beim Hausarzt Dr. med. H._, Innere Medizin FMH vom 27. August 2004, sowie bei Dr. med. R._, Neurologie FMH vom 6. Oktober 2004, dem weitere medizinische Beurteilungen beilagen. Zudem teilte sie A._ am 14. Dezember 2004 mit, es sei eine medizinische Abklärung nötig im Zentrum X._. Gegen diese Mitteilung liess A._ Einsprache erheben. Die IV-Stelle hielt am 12. Januar 2005 an der Begutachtung durch das Zentrum X._ fest. A._ liess beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde erheben, welches diese mit Entscheid vom 23. Mai 2005 abwies. A._ erhob Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Eidg. Versicherungsgericht. Am 14. Februar 2006 zog die IV-Stelle den Abklärungsauftrag zurück, weil das Zentrum X._ zwischenzeitlich einen Aufnahmestopp verhängt hatte. In Gutheissung der Beschwerde hob das Eidg. Versicherungsgericht mit Urteil vom 20. September 2006 den vorinstanzlichen Entscheid auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie in Ergänzung ihrer Mitteilung vom 14. Dezember 2004 der A._ die Namen der begutachtenden Ärzte bekannt gebe oder, sofern diese noch nicht bekannt seien, dies A._ mitteile mit dem Hinweis, die Namen würden ihr später direkt von der Begutachtungsstelle genannt. A.b Am 24. November 2006 teilte die IV-Stelle A._ mit, sie übernehme die Kosten einer medizinischen Abklärung durch das Institut Y._ welche am 21. März 2007 durchgeführt wurde (Gutachten vom 14. Juni 2007). Am 7. Dezember 2007 fand eine Abklärung der Arbeitsfähigkeit in Beruf und Haushalt statt (Bericht vom 11. Dezember 2007). Mit Vorbescheid vom 24. Juni 2008 stellte die IV-Stelle die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht und verfügte am 4. September 2008 entsprechend. B. Hiegegen liess A._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde erheben. Dieses veranlasste eine ergänzende Stellungnahme des Instituts Y._ (eingegangen beim Gericht am 23. Juli 2010) bezüglich eines zwischenzeitlich bei A._ diagnostizierten Aneurysmas. Es bot den Parteien Gelegenheit, hiezu Stellung zu nehmen, und wies die Beschwerde mit Entscheid vom 7. Dezember 2010 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Verpflichtung der IV-Stelle beantragen, ihr ab 1. Oktober 2003 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur interdisziplinären Neuabklärung zurückzuweisen. Des Weiteren lässt sie die Edition des Gutachtensauftrages an das Institut Y._ "samt Fragestellung" durch die IV-Stelle, der Teilgutachten durch das Institut Y._ sowie der MEDAS-Rahmenverträge, namentlich demjenigen betreffend das Institut Y._, samt Honorarregelung, beantragen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.