Sachverhalt: A. Die Lancôme Parfums et Beauté & Cie, Paris, (Klägerin) hinterlegte am 28. September 1999 die internationale Marke Nr. 730 668 "COLOR FOCUS" beim Eidgenössischen Institut für geistiges Eigentum (IGE). Dagegen erhob die Focus Magazin Verlag GmbH, München, (Beklagte) Widerspruch gestützt auf ihre internationale Marke Nr. 663 349 "FOCUS" (publiziert in der Gazette 1996/17 vom 21. Januar 1997). Das IGE hiess den Widerspruch gut und verweigerte der internationalen Marke der Klägerin definitiv den Markenschutz in der Schweiz. Die Klägerin war vom Widerspruchsverfahren ausgeschlossen worden, weil sie versäumt hatte, innert Frist einen Vertreter zu bestellen. Die Klägerin liess am 21. Oktober 2002 eine Benutzerrecherche für die Schweiz und Deutschland durchführen. Aufgrund des Ergebnisses dieser Recherche hinterlegte sie am 31. Oktober 2002 beim IGE wiederum die Marke "COLOR FOCUS". Am 4. Februar 2003 wurde die Marke unter der IR-Nummer 507 332 eingetragen, worauf die Beklagte am 25. April 2003 erneut Widerspruch erhob. Das Widerspruchsverfahren wurde bis zur Entscheidung im vorliegenden Verfahren sistiert. Grundlage der internationalen Marke der Beklagten bildet die in Deutschland seit dem 25. Mai 1996 eingetragene Marke Nr. 394 07 564 "FOCUS". Gegen diese international für verschiedene Länder registrierte deutsche Basismarke der Beklagten wurden in Deutschland Widersprüche eingereicht. B. Am 30. Dezember 2002 gelangte die Klägerin an das Handelsgericht des Kantons Bern mit dem Begehren, der schweizerische Teil der internationalen Marke Nr. 663 349 "FOCUS" sei für die Waren in den Klassen 3 und 5 nichtig zu erklären und das rechts kräftige Urteil dem IGE mitzuteilen. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen an, die Beklagte habe ihre Marke während fünf Jahren für Waren der Klassen 3 und 5 weder in der Schweiz noch in Deutschland gebraucht, weshalb die Marke gemäss Art. 12 Abs. 1 MSchG nichtig zu erklären und im Markenregister in diesem Umfang zu löschen sei. Das Handelsgericht wies die Klage am 2. September 2003 ab. Es legte Art. 12 Abs. 1 MSchG in dem Sinne aus, dass die fünfjährige Benutzungsschonfrist erst mit rechtskräftigem Abschluss eines ausländischen Widerspruchsverfahrens gegen die Basismarke zu laufen beginne, solange der schweizerische Teil von deren Schicksal gemäss Art. 6 Abs. 2 und 3 MMA abhänge; der Fristenlauf habe somit noch gar nicht begonnen. Eventuell erwog das Gericht, die Beklagte könnte ein gegen die Basismarke hängiges Widerspruchsverfahren als wichtigen Grund für den Nichtgebrauch im Sinne von Art. 12 Abs. 1 MSchG erfolgreich geltend machen; denn bis zur Erledigung dieses Widerspruchs herrsche dieselbe Unsicherheit über das Schicksal der internationalen Marke wie bei einem gegen sie selbst erhobenen Widerspruch. Schliesslich verwarf das Gericht die Behauptung der Klägerin, dass die umstrittene Marke in den Klassen 3 und 5 eine reine Defensivmarke sei. C. Die Klägerin hat am 28. November 2003 Berufung eingereicht und stellt folgende Rechtsbegehren: 1. Das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 2. September 2003 sei aufzuheben. 2. Es sei der schweizerische Teil der IR-Marke 663 349 FOCUS für die Waren in Klasse 3 (savons; parfumerie, huiles essentielles, savons, fards, cosmétiques, lotions pour les cheveux, produits de soins corporels et de beauté, eaux et crèmes de rasage, désodorisants à usage personnel; produits de toilette tels que produits de nettoyage et dentifrices) nichtig zu erklären. 3. Es sei der schweizerische Teil der IR-Marke 663 349 FOCUS für die Waren in Klasse 5 (Produits pharmaceutiques et hygiéniques; substances diététiques à base de vitamines, d'albumine et/ou à base d'hydrates de carbone en tant que denrées alimentaires pour l'alimentation fortifiante ou substances diététiques réduites en substances nutritives, à valeur calorifique contrôlée, aliments fortifiants pour le sport, préparations fortifiantes contenant des vitamines, des minéraux ainsi que des oligoéléments et des préparations stimulantes, ou similaires; les produits précités à usage médical) nichtig zu erklären. 4. Es sei das rechtskräftige Urteil dem Insitut für Geistiges Eigentum, 3003 Bern, mitzuteilen." D. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.