Sachverhalt: A. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 7. Dezember 1995 zweitinstanzlich unter anderem des Mordes schuldig und verurteilte sie zu einer lebenslänglichen Zuchthausstrafe. X._ verbüsste ihre Strafe in den Vollzugsanstalten Hindelbank und anderen Anstalten sowie während verschiedener Phasen in Spitälern und psychiatrischen Kliniken. Ab dem 28. Januar 2002 weilte sie im Psychiatriezentrum Rheinau (nachfolgend PZR). Seit dem 6. Januar 2009 befindet sich X._ in den Anstalten Hindelbank und seit dem 1. Juni 2009 im Normalvollzug. B. Die Leitung des PZR versetzte X._ per 14. August 2008 in die Sicherheitsabteilung des PZR. Das Amt für Justizvollzug (nachfolgend Justizvollzug) verfügte am 21. August 2008 rückwirkend die Versetzung sowie die Sistierung der Urlaubs- und Ausgangsbewilligungen. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Direktion der Justiz und des Innern (nachfolgend Justizdirektion) am 11. November 2008 ab. Mit Verfügung vom 3. Oktober 2008 verweigerte der Justizvollzug die bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug zum frühstmöglichen Zeitpunkt. Dagegen rekurrierte X._. Die Justizdirektion wies den Rekurs am 19. Dezember 2008 ab. C. X._ führte gegen die Entscheide der Justizdirektion Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches am 24. August 2009 die beiden Verfahren vereinigte. Das Verwaltungsgericht trat auf die Beschwerde gegen den Entscheid vom 11. November 2008 nicht ein. Die Beschwerde gegen den Entscheid vom 19. Dezember 2008 wies es ab. D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und sie sei bedingt aus dem Strafvollzug zu entlassen. Ihr sei in den kantonalen Verfahren die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und den unterzeichnenden Rechtsanwalt als unentgeltlichen Rechtsbeistand zu bezeichnen. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das vorliegende Verfahren.