Sachverhalt: A. Die A._ AG (Klägerin) mit Sitz in Baar bezweckt den Erwerb, die Verwertung und Veräusserung von Immaterialgüterrechten auf dem Gebiet der Getränke- und Nahrungsmittelbranche, insbesondere den Erwerb und die Verwertung von Patenten und Lizenzen im Bereich der Zubereitung von Kaffee und Milch. Die B._ AG (Beklagte) mit Sitz in Niederrohrdorf bezweckt die Fabrikation sowie den Handel mit Metallwaren, insbesondere Kaffeemaschinen. Die Klägerin verfügt über das exklusive Nutzungsrecht am Europäischen Patent X._ (Klagepatent) in allen Ländern, in denen Patente angemeldet worden sind oder noch angemeldet werden können oder bereits erteilt sind. Das Klagepatent ist auch im schweizerischen Register für europäische Patente eingetragen. Das Nutzungsrecht stützt sich auf einen am 15. Oktober 1993 mit der italienischen Firma C._ Srl. geschlossenen Lizenzvertrag und beschränkt sich auf das Gebiet der professionellen Maschinen im Gastronomiebereich. Das Klagepatent beansprucht eine Vorrichtung zur Durchmischung von Milch, Luft und Dampf, insbesondere zur Zubereitung von Cappuccino und vergleichbaren Getränken in Kaffeemaschinen (Milchschäumer). Die Beklagte bezieht seit Jahren Milchschäumer bei der italienischen Unternehmung D._ Srl. - der Litisdenunziatin im vorinstanzlichen Verfahren - und vertreibt diese Milchschäumer in der Schweiz und im Fürstentum Liechtenstein. Diese Milchschäumer beanspruchen das Klagepatent. Am 9. März 1998 mahnte die Klägerin die Beklagte wegen Patentverletzung ab und bot ihr gleichzeitig den Abschluss eines Lizenzvertrages an, was die Beklagte ablehnte. B. Mit Klage vom 28. August 2000 beim Handelsgericht des Kantons Aargau verlangte die Klägerin von der Beklagten im Wesentlichen die Unterlassung der Patentverletzung (Ziff. 1) und Schadenersatz (Ziff. 2). Mit Teilurteil vom 26. Juni 2003 wurde der Beklagten in teilweiser Gutheissung der Klage verboten, den streitgegenständlichen Milchschäumer zu vertreiben. C. Am 27./28. August 2003 schlossen die Parteien den folgenden Teilvergleich: 1. Die Beklagte verzichtet auf eine Berufung gegen das Teilurteil vom 26. Juni 2003. Sie übernimmt die auf das Teilurteil entfallenden Gerichtskosten und Parteientschädigungen. 2. Die Beklagte anerkennt damit, dass sie für den Vertrieb des streitgegenständlichen Schäumers der Klägerin eine Entschädigung schuldet. 3. Die Klägerin verzichtet auf die Durchsetzung ihrer Unterlassungsansprüche betreffend die Milchschäumer und deren Verwendung durch die Beklagte, solange die Beklagte die vorsorgliche Verfügung vom 24. Januar 2003 einhält. Die vorsorgliche Verfügung vom 24. Januar 2003 wird dementsprechend aufrechterhalten. 4. Die Parteien werden sich im September 2003 zusammensetzen im Bestreben, gemeinsam eine Vereinbarung für die von der Beklagten geschuldete Entschädigung zu finden, wobei es jeder Partei ausdrücklich freisteht, den Präsidenten des Handelsgerichts des Kantons Aargau zu bitten, in diesem Zusammenhang eine Referentenaudienz einzuberufen." D. Ein Einigungsversuch betreffend die gemäss Ziff. 2 geschuldete Entschädigung scheiterte, weshalb der Instruktionsrichter die Fortsetzung des Verfahrens veranlasste. Am 18. Februar 2004 reichte die Klägerin die erste zusätzliche Rechtsschrift ein, wobei die Begehren im Wesentlichen auf Schadenersatz (Ziff. 1) und Offenlegung der Verkaufszahlen der Beklagten (Ziff. 2 und Ziff. 3) lauteten. Am 30. Juli 2004 stellte die Klägerin gestützt auf die ihr bekannt gegebenen Verkaufszahlen in ihrer zweiten zusätzlichen Rechtsschrift den folgenden Antrag mit Bezugnahme auf ihre Klage vom 28. August 2000: "Die Beklagte sei entsprechend Klagebegehren Ziff. 2 zu verpflichten, der Klägerin für die vom 1. Januar 1998 bis zum Ablauf der Schutzdauer am 31. Januar 2006 in Verletzung des im schweizerischen Register eingetragenen Europäischen Patents X._ in die Schweiz bzw. Liechtenstein eingeführten oder in diesem Gebiet in Verkehr gebrachten oder sonst wie widerrechtlich benützten Vorrichtungen zum Schäumen von Milch gemäss Klagebegehren Ziff. 1c den Betrag von Fr. 727'500.00 zuzüglich Zins und Zinseszins zu 5% p.a. seit der Fälligkeit der fiktiven Lizenzgebühr bzw. dem jeweiligen Datum des Inverkehrbringens zu bezahlen; alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Beklagten." Zur Begründung führte die Klägerin im Wesentlichen aus, dass nach Bekanntwerden der Zahl der effektiv durch die Beklagte verkauften Schäumer die geltend gemachte Pauschale von Fr. 90'000.-- p.a. sicher mehr als gerechtfertigt sei, da die Beklagte bedeutend mehr Schäumer verkaufe als angenommen. Die der Klägerin auf dem Markt bezahlten Lizenzgebühren seien aufgrund ihrer Monopolstellung gerechtfertigt. Sie sei dennoch ausdrücklich bereit, sich auf die Jahrespauschale gemäss ursprünglichem Klagebegehren zu beschränken. Am 23. September 2004 erstattete die Beklagte ihre erste zusätzliche Rechtsschrift mit Anträgen, die sie an der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2005 wie folgt präzisierte: 1. Die Schadenersatzforderung der Klägerin sei abzuweisen, soweit sie sich auf Milchschäumer bezieht, welche nach dem 26. Juni 2003, eventuell 27./28. August 2005 in Verkehr gebracht worden sind, und soweit sie sich auf Milchschäumer bezieht, welche vor dem 1. Januar 2003 in Verkehr gebracht worden sind, und 1. soweit sie den Betrag von Fr. 3.96 pro Milchschäumer übersteigt unter Verrechnung allenfalls in Italien von D._ Srl. bezahlten Lizenzen, und soweit sie Zinsen zum Gegenstand hat, welche 5% p.a. ab 30. September des Jahres der Entstehung der Forderung übersteigen. 2. (Kosten)." Am 23. September 2004 stellte die Beklagte folgenden, später nicht mehr präzisierten Antrag: "Die Lizenzforderung sei auch auf Missbräuchlichkeit gemäss Art. 2 Abs. 2 ZGB und Art. 7 Abs. 2 lit. c KG zu überprüfen und gegebenenfalls dem Preisüberwacher zur Prüfung vorzulegen." E. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, für die Zeit bis Ende 2002 habe die Klägerin von der Konkurrenz der Beklagten keine Lizenzgebühren für Import und Verwendung von Milchschäumern verlangt, weshalb aus der Verwendung der Schäumer durch die Beklagte auch kein Schaden entstanden sei. Für die restliche Zeit nach dem 26. Juni 2003 habe die Klägerin der Beklagten die Verwendung der Schäumer ausdrücklich erlaubt. Für diese Zeit sei der Schadenersatz tiefer zu bemessen, da die von der Klägerin eingereichten Verträge keine Grundlage für die Bemessung des Schadenersatzes nach der Lizenzanalogie bieten würden. Darüber hinaus bestritt die Beklagte, dass der Klägerin überhaupt ein Schaden entstanden sei. Die Lizenzforderung der Klägerin sei überdies missbräuchlich im Sinne von Art. 7 KG und unangemessen gemäss Art. 13 PüG. F. F. G. H. Mit Urteil vom 23. August 2005 erkannte das Handelsgericht des Kantons Aargau: 1. In teilweiser Gutheissung von Klagebegehren Ziffer 2 wird die Beklagte verpflichtet, der Klägerin Fr. 720'000.-- zuzüglich Zinsen von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 1998, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 1999, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 2000, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 2001, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 2002, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 2003, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 2004, von 5 % auf Fr. 90'000.-- ab 30. Januar 2005 zu bezahlen. 1. Das Klagebegehren Ziffer 3 wird als zufolge Gegenstandslosigkeit erledigt abgeschrieben. 2. Soweit mit der Klage mehr oder anderes verlangt wird, wird sie abgewiesen. 3. Auf den Verfahrensantrag der Beklagten auf Vorlage der klägerischen Lizenzverträge an den Preisüberwacher wird nicht eingetreten. I. Mit Berufung vom 26. September 2005 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, Ziff. 1 des Urteils des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 23. August 2005 sei aufzuheben und die Sache sei zur ergänzenden Feststellung der tatsächlichen Verhältnisse und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Klägerin beantragt die Abweisung der Berufung.