Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer des Grundstücks Nr. 1064, Grundbuch Wattwil. Nach dem Landwirtschaftszonenplan der Politischen Gemeinde Wattwil vom 28. April 1999 liegt das 64'928 m2 grosse Grundstück ausserhalb der Bauzone, grösstenteils in der Landwirtschaftszone, teils im Wald. Das Gelände fällt von Südosten nach Nordwesten ab. Das Grundstück ist mit einem Wohnhaus mit angebautem Kälberstall, einem Laufstall für 56 Grossvieheinheiten und einer Feldscheune überbaut. Über das Grundstück führt eine Gemeindestrasse und ein Gemeindeweg. lm Jahr 1994 sanierte X._ das Wohnhaus mit Zustimmung des damals zuständigen kantonalen Amts für Umweltschutz. Am 7. September 1998 stimmte das kantonale Planungsamt (heute: Amt für Raumentwicklung) dem Neubau einer Jauchegrube von 510 m3 und dem Anbau einer Liegehalle mit 30 Liegeplätzen an den Stall Gebäude‐Nr. 3492 zu. Gemäss Situationsplan sollten im Bereich des Bauvorhabens mit dem anfallenden Aushubmaterial geringfügige Terrainanpassungen vorgenommen werden. Der Gemeinderat Wattwil bewilligte das Bauvorhaben am 29. September 1998 und wies darauf hin, die Jauchegrube sei anzuböschen und das gestaltete Terrain sei dem gewachsenen Gelände möglichst anzupassen. Da aus den nachträglich angeforderten Plänen hervorging, dass X._ für die Aufschüttung eine grosse Fläche beanspruchen wollte, verlangte der Gemeinderat, dass die Ausführung der Rohplanie der Bauverwaltung zur Kontrolle angemeldet werde. In der Folge stellten Gemeindevertreter fest, dass sich X._ nicht an die Baubewilligung hielt. Statt die bewilligte Geländeanpassung im Bereich der Jauchegrube und des Laufstalls vorzunehmen, hatte er damit begonnen, den abhumusierten Hang zwischen Stall und Wald aufzuschütten. Auf Verlangen reichte er am 19. April 2000 für die Auffüllung ein Baugesuch nach. Nach den dazugehörigen Plänen sollte nördlich der neuen Liegehalle bis direkt an den Wald eine rund 40 m lange Senke 5 m bis 6 m hoch aufgefüllt werden. Ohne die erforderliche Zustimmung des Kantons eingeholt zu haben, bewilligte der Gemeinderat Wattwil am 23. Mai 2000 die bereits durchgeführte Terrainauffüllung. Er hielt fest, X._ habe sich bereit erklärt, das Gelände nicht über das folgende Ausmass hinaus zu verändern: - 20 m ab Waldrand Richtung Stall/Jauchegrube kann das Terrain um 1,8 m aufgeschüttet werden, flach gegen den Waldrand auslaufend. Die bestehende Mulde muss noch ersichtlich sein; - 20 m bergwärts ab dieser Marke kann das Terrain um 2,5 m aufgeschüttet werden, die bestehende Mulde muss auch hier noch ersichtlich sein; - die Aufschüttung ab dieser Marke Richtung vorbestandenem Weg ist ebenfalls leicht als Mulde zu gestalten; - gesamthaft gesehen muss das vorbestandene Gelände auch nach der Aufschüttung gut erkennbar sein." B. Am 24. Juli 2000 ersuchte X._ um Bewilligung einer Liegehalle für Hochlandrinder südlich des Rindviehstalls Gebäude‐Nr. 3492. Das kantonale Amt für Raumentwicklung stimmte dem Gesuch am 6. Oktober 2000 zu. Am 18. September 2000 stellten Gemeindevertreter fest, dass sich X._ nicht an die Bewilligung vom 23. Mai 2000 gehalten hatte. Er hatte die Senke nördlich des Stalls wesentlich stärker als vereinbart aufgefüllt und hatte zudem damit begonnen, westlich der Feldscheune (Gebäude‐Nr. 698) eine weitere Mulde aufzufüllen bzw. einen Damm zu erstellen. Am 20. September 2000 verfügte der Gemeinderat Wattwil einen Baustopp und leitete eine Schadensberechnung für den gesteigerten Gemeingebrauch der Zufahrtsstrassen wegen der vielen Transportfahrten ein. Gleichzeitig erstattete er gegen X._ Strafanzeige und teilte der Y._ AG mit, es dürfe kein Material mehr abgelagert werden. Am 9. November 2000 wurde X._ wegen mehrfacher Widerhandlungen gegen baurechtliche Vorschriften mit Fr. 1'200.-- gebüsst. Am 3. Oktober 2000 reichte X._ Pläne für die ausgeführte Aufschüttung und für eine weitere Aufschüttung von 2'800 m3 ein. Während der Auflagefrist wurden keine Einsprachen erhoben. Am 10. November 2000 schickte die Bauverwaltung Wattwil die Projektänderung dem kantonalen Amt für Raumentwicklung zur Prüfung. Sie hielt fest, die ausgeführten Aufschüttungen würden in keiner Weise der Baubewilligung entsprechen. Es sei nie Thema gewesen, dass ein Fliessgewässer überschüttet und die Linienführung des Gemeindewegs 3. Klasse zum Gebäude-Nr. 698 verändert werden dürfe. Anlässlich eines Augenscheins vom 4. Juni 2003 stellten die Baukommission Wattwil und das kantonale Amt für Raumentwicklung fest, dass X._ wiederum ohne Bewilligung gebaut hatte. Er hatte an der Scheune Gebäude-Nr. 3492 eigenmächtig einen Melkstand angebaut und die Liegehalle nicht entsprechend den Plänen erstellt. Am 30. Oktober 2003 stellten Vertreter der Gemeinde und des Kantons zudem fest, dass X._ erneut Erdmaterial zugeführt hatte. Die Baukommission Wattwil verfügte am 27. November 2003 wiederum einen Baustopp und forderte den Bauherrn auf, ein nachträgliches Baugesuch einzureichen oder den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen. Gleichzeitig drohte sie ihm Ersatzmassnahmen an. Auf ein nachträgliches Baugesuch von X._ hin verweigerte das kantonale Amt für Raumentwicklung am 24. August 2005 die Zustimmung für die Geländeauffüllungen und die neue Flurstrasse. Sodann lehnte es eine nachträgliche Ausnahmebewilligung zur Unterschreitung des gesetzlichen Waldabstands ab. Der Gemeinderat Wattwil wurde angewiesen, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen. C. Am 29. September 2005 entschied die Baukommission Wattwil unter anderem, dass die widerrechtlich erstellten Bauten und Anlagen (Geländeauffüllung und Flurstrasse) innert eines Jahres ab Rechtskraft dieser Verfügung vollständig zu entfernen und der rechtmässige Zustand wieder herzustellen seien. Ausserdem wurde die Durchführung einer Ersatzmassnahme angedroht. Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 21. Oktober 2005 Rekurs bei der Regierung des Kantons St. Gallen. Er verlangte unter anderem die nachträgliche Bewilligung für die Geländeauffüllungen und die Aufhebung der Anordnung der Baukommission Wattwil vom 29. September 2005, wonach die Aufschüttungen zu entfernen seien. Am 9. Januar 2007 wies die Regierung den Rekurs von X._ ab und wies die Angelegenheit im Sinn der Erwägungen zur allfälligen Ergänzung des Entscheids vom 29. September 2005 an den Gemeinderat Wattwil zurück. Der Entscheid wurde im Wesentlichen damit begründet, die Baukommission Wattwil habe die Geländeauffüllungen und die neue Flurstrasse zu Recht nachträglich nicht bewilligt und die Wiederherstellung der Geländesenkungen angeordnet. Was das Verfahren betreffend Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands betreffe, rechtfertige sich indessen, die am Rekursverfahren nicht beteiligte Y._ AG einzubeziehen, zumal sie ebenfalls als Verhaltensstörerin und Verursacherin zu qualifizieren sei. Die Regierung wies deshalb die Angelegenheit zur Klärung der Verantwortlichkeit und der subjektiven Wiederherstellungspflicht dieses Unternehmens sowie zur allfälligen Ergänzung des angefochtenen Entscheids an den Gemeinderat Wattwil zurück. D. X._ erhob gegen den Entscheid der Regierung vom 9. Januar 2007 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Er beantragte im Wesentlichen, der Entscheid der Regierung sei aufzuheben und die ganze Angelegenheit sei an die Gemeinde Wattwil zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid der Regierung aufzuheben, und die Geländeauffüllungen seien nachträglich zu bewilligen; auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei zu verzichten. Das Verwaltungsgericht führte am 12. September 2007 einen Augenschein durch und stellte fest, dass sich unter der Aufschüttung ein eingedoltes Gerinne befinde und dass das Gelände zwischen Stall und Feldscheune eine schmale Mulde aufweise, durch die in nördlicher Richtung ein Gewässer fliesse. Darüber sei ein gut sichtbarer Damm aufgeschüttet worden, der eine beträchtliche Höhe aufweise. Mit Urteil vom 12. September 2007/15. Oktober 2007 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Es hob den Entscheid der Regierung vom 29. September 2005 insofern auf, als er die Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Bereich des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts, der beim Laufstall von Südosten nach Nordwesten zum Wald abfällt, betraf. Zudem verpflichtete es den Beschwerdeführer, der Gemeinde Wattwil spätestens sechs Monate nach Rechtskraft seines Entscheids ein Projekt für den Rückbau der Wegverbindung zwischen Laufstall und Feldscheune einzureichen. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintreten konnte. E. Mit Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 15. und 29. November 2007 beantragen der Kanton St. Gallen und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE), das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit damit die Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Bereich des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts verneint werde. X._ sei anzuweisen, innert angemessener Frist den rechtmässigen Zustand unter fachkundiger Anleitung wiederherzustellen bzw. innert sechs Monaten bei der Gemeinde Wattwil ein entsprechendes Rückbauprojekt einzureichen. Eventuell sei die Sache zur Anordnung des rechtmässigen Zustands an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführer rügen insbesondere eine Verletzung der Art. 16 und 24 ff. des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700) und von Bestimmungen des Waldrechts, des Gewässerschutzrechts, des Abfallrechts sowie einen Verstoss gegen den Vorrang des Bundesrechts (Art. 49 BV) wegen fehlerhafter Anwendung von kantonalem Recht, mit welchem Bundesrecht vollzogen werden soll. F. Das Verwaltungsgericht und die Gemeinde Wattwil beantragen die Abweisung der Beschwerden. Der private Beschwerdegegner stellt den Antrag, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Baudepartement des Kantons St. Gallen schliesst auf Gutheissung der Beschwerde des Bundesamts für Raumentwicklung.