Sachverhalt: A. Die Y._ Corporation und ihre Tochtergesellschaften sowie die X._ AG und ihre Tochtergesellschaft schlossen am 12. bzw. 15. Dezember 2011 einen Vergleich, welchen das Handelsgericht des Kantons Zürich mit rechtskräftiger Verfügung vom 20. Dezember 2011 genehmigte, unter Abschreibung des vor dem Gericht hängigen Verfahrens. Im Vergleich anerkannten die X._ AG und ihre Tochtergesellschaft in Ziff. 1 verschiedene Beträge. Hierfür wurde in Ziff. 2 ein Zahlungsplan mit monatlichen Raten vereinbart, bei dessen Einhaltung sich die Schuld auf 80 % reduzieren sollte. Die Ziff. 2 endet mit der Klausel: "Geraten die Beklagten mit einer Rate mit mehr als 30 Tagen in Verzug, so wird die gesamte Restforderung bis zu 100 % der Schuld gemäss Ziff. 1 sofort fällig und zahlbar." B. Nachdem die X._ AG einen Teil der per 31. Juli 2012 zahlbaren Rate erst am 6. September 2012 geleistet hatte, leitete die Y._ Corporation für die gesamten Restbeträge die Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Zürich 3 ein und verlangte mit Gesuch vom 9. November 2012 definitive Rechtsöffnung. Mit Urteil vom 9. Januar 2013 erteilte das Bezirksgericht Zürich die definitive Rechtsöffnung für Fr. 1'316'534.97, Fr. 831'170.-- und Fr. 349'436.--, je nebst Zins zu 5 % seit 31. August 2012. Mit Urteil vom 18. März 2013 wies das Obergericht des Kantons Zürich die hiergegen erhobene Beschwerde ab. C. Gegen dieses Urteil erhob die X._ AG am 28. März 2013 eine Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren um dessen Aufhebung und Abweisung des Rechtsöffnungsgesuchs, eventualiter um Beschränkung der Rechtsöffnung auf bestimmte Teilbeträge [welche näher bezeichnet werden und dem Tilgungsplan gemäss Ziff. 2 des Vergleichs entsprechen]. Mit Präsidialverfügung vom 22. April 2013 wurde die aufschiebende Wirkung erteilt, auf das Massnahmegesuch der Beschwerdegegnerin (Verpflichtung zu einer Sicherstellung) aber nicht eingetreten. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.