Sachverhalt: A. Die Aare-Tessin AG für Elektrizität (Atel), die BKW FMB Energie AG, die Centralschweizerische Kraftwerke AG, die Elektrizitäts-Gesellschaft Laufenburg AG, das Elektrizitätswerk der Stadt Zürich (EWZ), die Energie Ouest Suisse (EOS) SA und die Nordostschweizerischen Kraftwerke (NOK) sind alle als Unternehmungen im Elektrizitätsbereich tätig. Unter anderem betreiben sie jeweils in ihrem Gebiet das bisher lediglich tatsächlich, nicht aber rechtlich zusammengeschlossene schweizerische Netz für die Übertragung von Höchstspannungsstrom. Im Jahre 2004 einigten sich die sieben Unternehmungen, die Aktiengesellschaft Swissgrid AG zu gründen, deren Zweck der Betrieb des schweizerischen Übertragungsnetzes und die Erbringung damit zusammenhängender Dienstleistungen ist. Mit diesem zentralen schweizerischen Netzbetreiber sollen das schweizerische Übertragungsnetz der Stromordnung der Europäischen Union angepasst und die in der politischen Diskussion des schweizerischen Gesetzgebers geplante nationale Netzgesellschaft vorgespurt werden (vgl. dazu die Botschaft des Bundesrates vom 3. Dezember 2004 zur Änderung des Elektrizitätsgesetzes und zum Stromversorgungsgesetz, BBl 2004 S. 1611 ff.). B. Am 29. November 2004 meldeten die sieben Unternehmungen das Zusammenschlussvorhaben bei der Wettbewerbskommission (Weko) an. Im Verlauf des Instruktionsverfahrens ergänzten sie ihr Gesuch in verschiedener Hinsicht; namentlich unterbreiteten sie mit einer Eingabe vom 16. Februar 2005 der Wettbewerbskommission verschiedene Massnahmen zur Entflechtung ihrer unternehmerischen Tätigkeiten und stellten ihr entsprechende überarbeitete Entwürfe des Rahmenvertrages und des Organisationsreglements zu. Mit Verfügung vom 7. März 2005 stellte die Wettbewerbskommission in Anwendung von Art. 10 des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 1995 über Kartelle und andere Wettbewerbsbeschränkungen (Kartellgesetz, KG; SR 251) fest, dass das Zusammenschlussvorhaben eine marktbeherrschende Stellung der Swissgrid AG auf dem Markt für Stromübertragung in verschiedenen Gebieten der Schweiz begründe bzw. verstärke, durch welche der wirksame Wettbewerb beseitigt werden könne (Dispositiv-Ziff. 1). Die Wettbewerbskommission genehmigte das Zusammenschlussvorhaben daher lediglich unter Auflagen, namentlich zur Zugangsgewährung an Dritte, zur Erstellung von Kostenrechnungen, zur Veröffentlichung von Netznutzungstarifen, zum Verbot der Erzeugung, des Verkaufs von und des Handels mit Elektrizität sowie zum Betreiben oder Halten von Stromverteilungseinrichtungen und zur Entflechtung zwischen der Swissgrid AG und anderen Unternehmungen im Bereich der Erzeugung, des Verkaufs und des Handels mit Strom (Dispositiv-Ziff. 2). Für Zuwiderhandlungen gegen diese Verfügung wurden Sanktionen nach dem Kartellgesetz angedroht (Dispositiv-Ziff. 3). C. Dagegen erhoben die sieben betroffenen Unternehmungen am 2. Mai 2005 Beschwerde bei der Rekurskommission für Wettbewerbsfragen (Reko/Wef). Darin beantragten sie die Aufhebung bzw. Abänderung der meisten vorerwähnten Auflagen, verlangten deren Befristung und für sämtliche Auflagen einen Vorbehalt hinsichtlich des Inkrafttretens des geplanten neuen Stromversorgungsgesetzes oder eines anderen ihre Stellung spezialgesetzlich normierenden Erlasses. Überdies ersuchten sie vorsorglich darum, es sei ihnen zu erlauben, das Zusammenschlussvorhaben Swissgrid AG vorläufig unter Einhaltung der im Sinne ihrer Beschwerdeanträge abgeänderten Auflagen zu vollziehen. Mit Zwischenverfügung vom 9. Juni 2005 wies der Präsident der Rekurskommission das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen ab. Eine dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht blieb erfolglos (Urteil 2A.397/2005 vom 3. Januar 2006).