Sachverhalt: A. Die Bundesanwaltschaft eröffnete am 13. Oktober 2004 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren gegen Urs und Marco Tinner wegen des Verdachts der Widerhandlungen gegen die eidgenössische Güterkontroll- und Kriegsmaterialgesetzgebung (Lieferung von proliferationsrelevantem Material bzw. von Gasultrazentrifugen-Technologie für das libysche Nuklearwaffenprogramm). Am 18. August 2005 dehnte sie das Verfahren auf den Vater Friedrich Tinner und den Vorwurf der Geldwäscherei aus. Die Bundesanwaltschaft beschlagnahmte bei der Familie Tinner eine grosse Menge elektronischer Daten. Darunter befanden sich auch Pläne für den Bau von Kernwaffen. Am 27. Oktober 2006 wurde eine erneute Hausdurchsuchung durchgeführt, um sämtliches proliferationsrelevante Material, insbesondere Baupläne für Kernwaffen, sicherzustellen. Im Oktober 2006 ersuchte die Internationale Atomenergieorganisation (IAEO) über die Schweizer Mission in Wien die Bundesanwaltschaft um Einsicht in proliferationsrelevante Informationen aus dem Aktenbestand des Verfahrens i.S. Tinner. Auf Antrag des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements (EJPD) stimmte der Bundesrat diesem Gesuch zu und entschied, die Zusammenarbeit mit der IAEO auf Art. 184 Abs. 3 BV abzustützen. US-amerikanische Behörden traten mit den schweizerischen Behörden in Kontakt und wiesen darauf hin, dass die Tinners auch für die USA gearbeitet hätten. Die amerikanischen Behörden wollten vermeiden, dass diese Zusammenarbeit im Verlauf des Strafverfahrens aufgedeckt und verfolgt würde. Am 29. August 2007 lehnte es der Bundesrat gestützt auf Art. 105 BStP ab, die Ermächtigung zur Strafverfolgung der mutmasslichen Angehörigen der amerikanischen Nachrichtendienste in Bezug auf Artikel 271 StGB (verbotene Handlungen für einen fremden Staat) und der Tinners in Bezug auf Artikel 301 StGB (Nachrichtendienst für einen fremden Staat) zu erteilen. Am 14. November 2007 beschloss der Bundesrat auf Antrag des EJPD, sämtliche bei der Familie Tinner beschlagnahmten Akten unter Aufsicht der IAEO zu vernichten. Der Besitz dieser Akten stelle ein schwerwiegendes Problem für die Eidgenossenschaft dar: Die Informationen würden ein Proliferationsrisiko bergen. Die USA drängten auf die Übergabe der Akten an sie selbst oder aber auf deren vollständige Vernichtung. Das EJPD verwies in seinem Antrag auf die ausserordentliche Brisanz und Gefährlichkeit der Informationen, die völkerrechtlichen Verpflichtungen sowie die aussenpolitische Tragweite. Es mass den dadurch betroffenen Interessen gegenüber dem Interesse an der Durchführung eines rechtsstaatlichen Strafverfahrens überwiegende Bedeutung zu. B. Der Eidgenössische Untersuchungsrichter eröffnete am 7. März 2008 die Voruntersuchung gegen Max Schmid, Marco Tinner, Urs Tinner und Friedrich Tinner wegen Widerhandlungen gegen das Bundesgesetz vom 13. Dezember 1996 über das Kriegsmaterial (KMG; SR 514.51) und das Bundesgesetz vom 13. Dezember 1996 über die Kontrolle zivil und militärisch verwendbarer Güter sowie besonderer militärischer Güter (GKG; SR 946.202) und Geldwäscherei (Art. 305bis StGB). Gemäss dem Vernichtungskonzept, welches die Vorsteherin des EJPD am 14. Februar 2008 genehmigt hatte, konnte die IAEO bis zum 22. Februar 2008 Akten anfordern, um sie bis zu deren Zerstörung Ende Mai 2008 zu studieren. Diese Akten wurden auch dem Eidgenössischen Untersuchungsrichter zur Einsicht zur Verfügung gestellt. Im April 2008 konsultierte dieser den Inhalt der zwanzig Bundesordner mehrmals, wobei ihm einzig erlaubt wurde, handschriftliche Notizen zu machen. Der Eidgenössische Untersuchungsrichter meldete in der Folge am 25. April 2008 der Vorsteherin des EJPD, dass er die zur Verfügung gestellten Unterlagen für seine Untersuchung nicht mehr benötige. Die letzten Unterlagen wurden am 6. Juni 2008 vernichtet. C. Die Bundesanwaltschaft stellte im Dezember 2008 fest, dass sich in ihrem Archiv Aktenkopien aus dem Verfahren Tinner befinden, über welche sie gemäss Beschluss des Bundesrates vom 14. November 2007 nicht mehr hätte verfügen dürfen. Der Bundesrat beschloss am 11. Februar 2009, diese Unterlagen von Spezialisten der IAEO im Beisein von Vertretern der Bundesanwaltschaft, des Bundesamtes für Polizei und des Bundesamtes für Justiz begutachten und eine Triage vornehmen zu lassen. Dies geschah vom 18. bis 20. März 2009. Die proliferationsrelevanten Akten wurden identifiziert und markiert und befinden sich seither in der Obhut des Bundesrates. Die übrigen Aktenkopien wurden dem Eidgenössischen Untersuchungsrichteramt (URA) übergeben und stehen für das Strafverfahren uneingeschränkt zur Verfügung. Am 24. Juni 2009 beschloss der Bundesrat, dass die das Atombombendesign betreffenden 103 Seiten aus den Akten zu entfernen und durch Platzhalter zu ersetzen seien. Auf den Platzhaltern sei soweit möglich kurz die Natur der entfernten Seiten zu beschreiben. Danach seien diese 103 Aktenseiten vom EJPD zu vernichten. Die die Urananreicherung betreffenden Akten seien vom EJPD sicher aufzubewahren und zusammen mit den erwähnten Platzhaltern den Strafverfolgungsbehörden in geeigneter Form zugänglich zu machen. Dabei dürften die Strafverfolgungsbehörden, die Angeschuldigten und deren Anwälte sowie die urteilenden Gerichte diese Akten nur konsultieren und davon Handnotizen erstellen, die Akten aber nicht kopieren. Die die Urananreicherung betreffenden Akten sowie die erwähnten Platzhalter seien nach Abschluss des Strafverfahrens vom EJPD zu vernichten. Dieser Beschluss wurde in Form einer Medienmitteilung des EJPD vom 24. Juni 2009 bekannt gemacht. D. Die Bundesanwaltschaft verfügte am 2. Juli 2009 die Beschlagnahme der sich in der Obhut des Bundesrates befindlichen Aktenkopien: Diese seien dem URA herauszugeben oder jederzeit zugänglich zu machen. Mit Schreiben vom 6. Juli 2009 teilte der Bundesrat mit, der Beschluss vom 24. Juni 2009 stütze sich auf das verfassungsunmittelbare Verordnungs- und Verfügungsrecht des Bundesrates gemäss den Art. 184 und 185 BV. Dagegen stehe kein Rechtsmittel zur Verfügung. Der Beschluss sei endgültig. Die Beschlagnahmeanordnung des URA stosse daher ins Leere. E. Das URA leitete das Schreiben des Bundesrates am 7. Juli 2009 an die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts weiter, da es sich seines Erachtens um eine Beschwerde nach Art. 214 ff. BStP handeln könnte. Mit Entscheid vom 8. Juli 2009 erkannte die I. Beschwerdekammer, dass die Eingabe des Bundesrates nicht als Beschwerde entgegen genommen werden könne, weil die vorinstanzliche Verfügung nicht als Beschlagnahmeanordnung, sondern als Herausgabeaufforderung zu betrachten sei. Gegen diese sei lediglich eine Einsprache im Sinne von Art. 69 Abs. 3 BStP zulässig. Die Beschwerdekammer hielt das URA an, sich die Unterlagen nötigenfalls mit Zwangsmitteln zu beschaffen, soweit sich der Bundesrat weiterhin einer Herausgabe widersetzen sollte. Den vom Bundesrat geltend gemachten Geheimhaltungsinteressen sei durch Siegelung der Unterlagen Rechnung zu tragen. F. In der Folge führte das URA am 9. Juli 2009 in den Räumlichkeiten der Bundeskriminalpolizei und des Bundessicherheitsdienstes eine Hausdurchsuchung durch. Dem URA wurde hierbei der Zugang zu den Räumen, in denen die Aktenkopien lagern, von Vertretern des Bundesamtes für Polizei verwehrt. Daraufhin stellte das URA den Tresor sicher, in dem die Schlüssel zu den Archivräumen und den Aktenschränken verwahrt werden, und versiegelte diesen. Mit Entsiegelungsbegehren vom 13. Juli 2009 an die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts beantragte das URA, es sei die Durchsuchung des am 9. Juli 2009 beschlagnahmten und versiegelten Tresors zu gestatten, es sei die Durchsuchung der Räumlichkeiten und Behältnisse zu gestatten, die sich mit den im Tresor befindlichen Schlüsseln öffnen lassen, und es sei die Durchsuchung der sich in diesen Räumlichkeiten und Behältnissen befindlichen Akten zu gestatten, so-weit sie dem Strafverfahren gegen die Beschuldigten zugeordnet werden können. Der Bundesrat nahm zu diesem Gesuch nicht Stellung. Die Bundesanwaltschaft verzichtete ebenfalls auf eine Stellungnahme. Friedrich Tinner schloss auf kostenfällige Abweisung des Gesuchs des URA. Marco Tinner vertrat die Auffassung, dass schon aufgrund der Vernichtung der Originalakten im Herbst 2007 ein faires Strafverfahren nicht mehr möglich sei. In die laufende Diskussion wolle sich die Verteidigung nicht einmischen, da ihr ein Abwägen zwischen den im Konflikt stehenden Rechtsgütern nicht möglich sei. Sollte jedoch der Antrag des URA auf Entsiegelung gutgeheissen werden, so sei auch der Verteidigung der uneingeschränkte und ohne Auflagen mögliche Zugang zu den Akten zu gewährleisten. G. Mit Schreiben vom 4. August 2009 teilte das URA der I. Beschwerdekammer mit, dass ihm am 3. August 2009 unter Auflagen Einsicht in die zur Diskussion stehenden Akten gewährt worden sei. Der Bundesrat habe trotz Siegelung des Tresors weiterhin Zugriff auf die Akten. Bei der Akteneinsicht habe sich herausgestellt, dass neben den Unterlagen zur Herstellung von Atomwaffen weitere Akten dem Zugriff der Justiz entzogen seien. Es handle sich um den gesamten Beilageordner Nr. 10 zum polizeilichen Schlussbericht vom 30. Mai 2006, der u.a. beweisrelevante Unterlagen zur Zusammenarbeit der Familie Tinner mit den amerikanischen Diensten enthalte. Das URA präzisierte daher sein Entsiegelungsbegehren dahingehend, dass dieses sich auf die den Platzhaltern zugrunde liegenden Dokumente und den gesamten Beilageordner Nr. 10 beziehe. Bezüglich der übrigen Akten beantragte es neu, dass der Zugang zu den mit Platzhaltern versehenen Akten ohne Auflagen zu gewähren sei und diese zu den übrigen Verfahrensakten zu nehmen seien. H. Mit Entscheid vom 24. August 2009 schrieb die I. Beschwerdekammer das Entsiegelungsbegehren als gegenstandslos geworden ab, soweit dem URA die Akten bereits für eine Durchsuchung zugänglich gemacht worden seien. Im Übrigen (d.h. hinsichtlich der den Platzhaltern zugrunde liegenden Originaldokumente und dem Beilagenordner Nr. 10 zum polizeilichen Schlussbericht vom 30. Mai 2006) hiess es das Gesuch im Sinne der Erwägungen gut und ermächtigte das URA, die verbleibenden Akten zu entsiegeln und zu durchsuchen, "soweit sie ihm vom Bundesrat zugänglich gemacht werden". I. Gegen diesen Entscheid erhob die Bundesanwaltschaft am 18. September 2009 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Ziffern 1 und 2 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben und das Entsiegelungsgesuch des URA sei ohne Einschränkungen gutzuheissen. Die I. Beschwerdekammer sei anzuweisen, einen Entscheid zu treffen, welche Unterlagen genau zu entsiegeln und zu durchsuchen seien, und welche Unterlagen den Strafverfolgungsbehörden zur weiteren prozessualen Verwendung konkret überlassen werden können. J. Das URA unterstützt die Anträge der Bundesanwaltschaft. Das Bundesstrafgericht und Urs Tinner haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Die übrigen Verfahrensbeteiligten haben sich nicht vernehmen lassen.