Sachverhalt: A. Die Vorsorgestiftung X._ (vormals Personalvorsorgestiftung Y._) erhob am 27. Januar 2004 gegen ihre ehemaligen Stiftungsräte C._, H._, M._, P._ und J._ Klage aus Verantwortlichkeit nach Art. 52 BVG mit dem Begehren, die Beklagten seien zu verpflichten, ihr unter solidarischer Haftung einen vom Richter gemäss Art. 42 Abs. 2 OR zu schätzenden Betrag, mindestens aber Fr. 420'000.-, zuzüglich Zins zu bezahlen. Dabei argumentierte sie u.a., der Kaufpreis für das von ihr im Juni 1994 erworbene Mehrfamilienhaus O._ (inklusive Hobbyraum, 7 Garagen und 2 Doppelgaragen) von Fr. 2'400'000.- habe dessen Verkehrswert erheblich übertroffen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die Klage mit Entscheid vom 30. November 2005 ab mit der Begründung, der eingeklagte Schaden sei nicht ausgewiesen, weshalb eine Schadenersatzpflicht entfalle, ohne dass die weiteren Haftungsvoraussetzungen näher zu prüfen seien. In teilweiser Gutheissung der dagegen erhobenen Verwaltungsgerichtsbeschwerde hob das Bundesgericht mit Urteil B 11/06 vom 2. August 2007 den Entscheid vom 30. November 2005 insoweit auf, als damit die Klage auf Schadenersatz wegen Kaufs der Liegenschaft zu einem überhöhten Preis mit der Begründung, es sei kein Schaden entstanden, abgewiesen worden war. Es wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie im Sinne der Erwägungen vorgehe und über die Klage neu entscheide. B. Nach Einholung einer Expertise zum Verkehrswert des Mehrfamilienhauses im Zeitpunkt des Kaufs durch die Vorsorgestiftung wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Klage mit Entscheid vom 14. Januar 2009 erneut ab. C. Die Vorsorgestiftung X._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der Entscheid vom 14. Januar 2009 sei aufzuheben und die Beklagten seien zu verpflichten, ihr unter solidarischer Haftung Fr. 250'000.- zuzüglich Zins zu 5 % seit 27. Juni 1994 zu bezahlen; eventualiter sei festzustellen, dass ein Schaden in der Höhe von Fr. 250'000.- zuzüglich Zins vorliege und die Sache zur Prüfung der weiteren Haftungsvoraussetzungen an die Vorinstanz zurückzuweisen; subeventualiter sei die Sache zur richtigen Sachverhaltsfeststellung und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das kantonale Gericht und die im vorinstanzlichen Verfahren Eingeklagten schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet.