Sachverhalt: A. Der 1963 im ehemaligen Jugoslawien geborene I._ reiste am 1. Juli 1998 in die Schweiz ein. Im Oktober 1998 stürzte er auf einer Treppe und erlitt eine Rotatorenmanschetten-Ruptur. Im April 1999 kam eine Meniskusläsion mit persistierender Knieschwellung dazu. Am 19. Juni 2002 meldete sich I._ erstmals zum Bezug von IV-Leistungen (Berufsberatung, Umschulung) an. Mit in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 10. Juni 2005 wies die IV-Stelle Obwalden das Gesuch ab, da die versicherungsmässigen Voraussetzungen nicht erfüllt seien. Am 6. Dezember 2007 beantragte I._ erneut IV-Leistungen (Medizinische Eingliederungsmassnahmen, Rente) und machte neben den bestehenden Beschwerden einen Diabetes Mellitus Typ II und eine periphere Polyneuropathie geltend. Nach Abklärungen zum Gesundheitszustand des Versicherten wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren mit Vorbescheid vom 21. Februar 2008 und Verfügung vom 25. April 2008 ab, da sich die Verhältnisse nicht in einer für den Anspruch erheblichen Weise geändert hätten. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden mit Entscheid vom 12. November 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt I._ beantragen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Obwalden sei aufzuheben, er sei zu berenten und es seien weitere medizinische Abklärungen anzuordnen. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung. Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden und die IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.