Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug führte aufgrund mehrerer Anzeigen eine Strafuntersuchung gegen Xa._ und Xb._ wegen Betrugs bzw. Veruntreuung und ungetreuer Geschäftsbesorgung. Diesen wurde vorgeworfen, die Entschädigungen an die bei ihnen beschäftigten Zahnärzte A._, B._ und C._ nicht korrekt abgerechnet zu haben. Xa._ wurde zudem verdächtigt, sich der sexuellen Belästigung und der sexuellen Handlungen mit Abhängigen zum Nachteil einer Praktikantin bzw. einer Lehrtochter schuldig gemacht zu haben. Die Staatsanwaltschaft stellte die Strafuntersuchung gegen Xa._ und Xb._ am 14. November 2007 ein. Die Untersuchungskosten von Fr. 6'825.-- auferlegte sie zu 60 % Xa._ und zu 40 % Xb._. Es wurden keine Entschädigungen ausgerichtet. B. Xa._ und Xb._ gelangten gegen die Kostenauflage und die Verweigerung der Entschädigung an die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug. Diese nahm die Untersuchungskosten von Fr. 6'825.-- mit Urteil vom 20. August 2009 in teilweiser Gutheissung der Beschwerde zu 2/5 auf die Staatskasse und auferlegte sie zu 2/5 Xa._ und zu 1/5 Xb._. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 24. September 2009 beantragen Xa._ und Xb._, das Urteil vom 20. August 2009 aufzuheben, die Untersuchungskosten vollumfänglich auf die Staatskasse zu nehmen und ihnen für die eingestellte Strafuntersuchung eine Parteientschädigung von Fr. 65'280.15 zuzusprechen. Für das Beschwerdeverfahren vor dem Obergericht sei ihnen eine Entschädigung von Fr. 5'253.25 auszurichten. D. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde.