Sachverhalt: A. X._ ist selbständiger Landwirt und IV-Rentner. Mit Verfügung vom 26. Juni 2006 veranlagte die Steuerkommission von E._/AG X._ für die direkte Bundessteuer 1997/1998 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. _. Das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit wurde nach Ermessen auf Fr. _ festgesetzt. B. Mit Entscheid vom 14. November 2007 wies die Steuerkommission die Einsprache von X._ ab, welcher beantragt hatte, die Veranlagung sei infolge Verjährung aufzuheben resp. das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sei auf Fr. _ herabzusetzen. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. September 2008 ab. Die gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, mit Urteil vom 26. Januar 2009 ab. C. Dagegen führt X._ mit Eingabe vom 5. März 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 26. Januar 2009 sei aufzuheben und "es sei die Verjährung anzunehmen". Eventualiter beantragt er, das Einkommen sei auf Fr. _ herabzusetzen. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht sowie eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung. D. Das Steueramt des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf einen Antrag verzichtet.