Sachverhalt: A. Die Bausektion der Stadt Zürich bewilligte A._ und B._am 27. März 2012 die Aufstockung des Einfamilienhauses mit einem Attika-Geschoss auf dem Grundstück Nr. OB3490 an der Frohburgstrasse 26 in Zürich. Dagegen rekurrierte X._, direkter Nachbar der Bauherrschaft, beim Baurekursgericht. Dieses hiess den Rekurs am 28. September 2012 teilweise gut und ordnete an: "Die baurechtliche Bewilligung für den beheizten Wintergarten im 1. Obergeschoss wird verweigert. Im Übrigen wird die baurechtliche Bewilligung unter folgenden [sc. im Bausektionsbeschluss genannten] Bedingungen und Auflagen erteilt." X._ gelangte an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das dessen Beschwerde am 30. Januar 2013 abwies. Es hielt fest, dass das bestehende Gebäude den Grenzabstand unterschreite, dafür ein Näherbaurecht bestehe und das Attika-Geschoss den gesetzlichen Grundgrenzabstand von 5 m einhalte. In der Sache selbst führte es aus, die Frage, ob die umstrittene Dienstbarkeit ein Bauverbot vorsehe, sei unter dem Gesichtswinkel von § 320 Satz 1 PBG/ZH nicht ausschlaggebend und sei vom Zivilrichter zu beurteilen. B. Gegen diesen Entscheid hat X._ beim Bundesgericht am 15. März 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt im Hauptpunkt die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und der zugrunde liegenden Baubewilligung. Er rügt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör und macht Verletzungen des Willkürverbots und der Eigentumsgarantie geltend. C. A._ und B._ als Beschwerdegegner beantragen sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Denselben Antrag stellt die Bausektion des Stadtrates. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. D. Mit Verfügung vom 6. Mai 2013 ist das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen worden.