Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdeführer) und die Apotheke Y._ GmbH als Mieter schlossen mit der Z._ AG (Vermieterin, heute zufolge Fusion X._ AG, Beschwerdegegnerin) einen Mietvertrag über ein Ladenlokal ab zum Betrieb einer Apotheke. Wegen Zahlungsrückstands der Mieter sprach die Vermieterin per 31. August 2005 eine Kündigung aus. In dem darauffolgenden Ausweisungs- und Kündigungsschutzverfahren schlossen die Parteien einen Vergleich über die Fortsetzung des Mietverhältnisses, in welchem sich die Vermieterin unter Anderem bereit erklärte, auf eine per 31. Oktober 2006 fällige Rate von Fr. 49'123.50 für ausstehende Mietzinse zu verzichten, sofern die Mieter die vereinbarten Raten zur Tilgung der Mietzinsausstände fristgemäss überweisen und kumulativ auch ihre Zahlungs-, Melde- und Abrechnungsverpflichtungen gemäss dem Vergleich erfüllen würden. B. Da die Mieter nach Auffassung der Vermieterin nicht sämtlichen Pflichten nachgekommen waren, leitete sie für Fr. 49'123.50 Betreibung ein. Sie erhielt provisorische Rechtsöffnung, worauf der Beschwerdeführer Aberkennungsklage einreichte. Nach gescheiterter Schlichtungsverhandlung wies das Bezirksgericht Uster, nachdem ein erstes Urteil wegen formeller Mängel aufgehoben worden war, am 20. Mai 2009 die Aberkennungsklage ab und erklärte die provisorisch erteilte Rechtsöffnung für definitiv. Gleich entschied am 1. September 2009 das Obergericht des Kantons Zürich. Mit Beschwerde in Zivilsachen hält der Beschwerdeführer im Wesentlichen an der Aberkennungsklage fest. Sein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 22. Oktober 2009 ab. Der Beschwerdeführer suchte mit Schreiben vom 8. November 2009 persönlich um unentgeltliche Rechtspflege nach, leistete aber schliesslich den verlangten Kostenvorschuss. Die Beschwerdegegnerin schliesst im Wesentlichen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.