Sachverhalt: A. X._ wurde am 21. August 2008 wegen des Verdachts, in grossem Ausmass mit Kokain gehandelt zu haben, in Basel festgenommen und anschliessend wegen Kollusionsgefahr in Untersuchungshaft gesetzt. Am 18. September 2008 wurde die Haft wegen Kollusions- und Fluchtgefahr verlängert. Mit Verfügung vom 12. November 2008 verlängerte die Haftrichterin Basel-Stadt die Haft bis zum 9. Januar 2009. In der Folge wies die Appellationsgerichtspräsidentin Basel-Stadt eine Beschwerde von X._ am 18. Dezember 2008 ab. Sie bejahte das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts sowie von Kollusions- und Fluchtgefahr und erachtete die Aufrechterhaltung der Haft als verhältnismässig. B. Gegen diesen Haftentscheid hat X._ beim Bundesgericht am 28. Januar 2009 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung der Haftentscheidungen vom 18. Dezember und 12. November 2008 und die sofortige Haftentlassung, eventualiter die Rückweisung zwecks Entlassung aus der Haft unter Anordnung sachgerechter Ersatzmassnahmen; ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Er rügt Verletzungen der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 BV) sowie von zahlreichen weiteren Grundrechten und macht eine unzureichende Sachverhaltsermittlung geltend. Das Strafgericht und die Appellationsgerichtspräsidentin beantragen mit ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde. X._ hat keine Replik eingereicht.