Sachverhalt: A. Die Motorfahrzeugkontrolle Basel-Landschaft (MFK) erteilte auf Gesuch von Dr. med. Y._ hin am 18. Februar 2010 die Bewilligung zur Verwendung von blauen Warnlichtern und Wechselklanghorn für zwei Motorwagen mit Wechselnummer und am 30. März 2010 für einen weitern Motorwagen (Blaulichtbewilligung). Die Bewilligung erging für den Betrieb einer mobilen Arztpraxis (Mobile Ärzte Lob) und die Durchführung von Notarzteinsätzen und Rettungsdienst bzw. im Hinblick auf Fahr- und Rettungsdienste für das Kantonsspital Bruderholz. Auf eine Anzeige hin und nach Durchführung eines Schriftenwechsels entzog die MFK Y._ am 25. Juni 2010 die Blaulichtbewilligung. Sie begründete dies damit, dass das Unternehmen "Mobile Ärzte Lob" nicht in das basellandschaftliche Rettungswesen eingebunden sei und daher mit Blick auf eine Weisung des UVEK die Voraussetzungen für die Blaulichtbewilligung fehlten. Der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft wies die von X._ bzw. Y._ erhobene Beschwerde am 21. Dezember 2010 ab. Er führte aus, dass X._ bzw. die Einzelunternehmung "Mobile Ärzte Lob" die gesetzlichen Voraussetzungen für die Blaulichtbewilligung nicht erfülle und sich nicht auf den Vertrauensgrundsatz berufen könne. In der Folge wies auch das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, die Beschwerde von X._ am 28. September 2011 ab, soweit darauf einzutreten war. Es wies darauf hin, dass die Voraussetzungen für die Blaulichtbewilligung fehlten, kein Anlass für eine Abweichung von der UVEK-Weisung bestehe, kein Vertrauenstatbestand vorliege, fehlerhafte Verfügungen abgeändert oder aufgehoben werden könnten und gewichtige Gründe für den Entzug der Bewilligung bestünden. Im Übrigen sei der Anspruch auf Gewährung des rechtlichen Gehörs nicht verletzt worden. B. Gegen diesen Entscheid des Kantonsgerichts haben die Firma "Mobile Ärzte Lob", X._ und Y._ beim Bundesgericht am 5. Dezember 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache an das Kantonsgericht und ersuchen um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Sie rügen Verletzungen des Anspruchs auf Gewährung des rechtlichen Gehörs und auf Vertrauensschutz, beanstanden die Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz und machen in genereller Weise geltend, das im Kanton Basel-Landschaft bestehende System des Rettungsdienstes sei mit der Bundesverfassung, der Kartellgesetzgebung und dem Binnenmarktgesetz nicht vereinbar. Der Rechtsdienst beantragt für den Regierungsrat die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Ohne materielle Stellungnahme ersucht das Bundesamt für Strassen ASTRA um Abweisung der Beschwerde. Mit Schreiben vom 5. März 2012 haben die Beschwerdeführer die Mandatsübernahme durch einen neuen Rechtsvertreter angezeigt. In ihrer Replik halten sie an ihren Anträgen fest.