Sachverhalt: A. B._ (geboren 15. Januar 1992) leidet an Cataracta juvenilis (beidseits) bei Mikrocornea. Am 12. und am 14. Oktober 2005 wurde sie an beiden Augen operiert. Mit Verfügung vom 21. Februar 2006 lehnte die IV-Stelle Luzern eine Kostengutsprache für medizinische Massnahmen ab, da der korrigierte Fernvisus beider Augen die zur Anerkennung als Geburtsgebrechen vorausgesetzten Grenzwerte nicht erreiche. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 24. April 2007 fest mit der zusätzlichen Begründung, die Voraussetzungen nach Art. 12 IVG seien mangels Eingliederungswirksamkeit der Staroperation nicht erfüllt. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 16. September 2008 gut, soweit es darauf eintrat, und verpflichtete die IV-Stelle Luzern, der Beschwerdeführerin ab 2. August 2005 Kostengutsprache für medizinische Massnahmen für das Geburtsgebrechen Ziff. 419 GgV Anhang auszurichten. C. Die IV-Stelle Luzern führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 24. April 2007 zu bestätigen. Ferner sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. B._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen unter Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen reicht keine Vernehmlassung ein. D. Mit Verfügung vom 1. Dezember 2008 hat der Instruktionsrichter der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.