Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 14. Dezember 2009 verweigerte die Baubehörde Wangen-Brüttisellen dem Atelier "A._" als Bauherrschaft die sexgewerbliche Nutzung einer Wohnung in einem Mehrfamilienhaus in der Wohnzone "W3 60 %" in Brüttisellen und ordnete die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands innert 60 Tagen an. Als Vertreterin der Bauherrschaft wurde X._ aufgeführt. Auf den von X._ hiergegen erhobenen Rekurs trat die Baurekurskommission III des Kantons Zürich mit Entscheid vom 5. Mai 2010 nicht ein. Die von X._ gegen diesen Nichteintretensentscheid geführte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. November 2010 ab. Mit Urteil 1C_571/2012 vom 18. April 2011 hiess das Bundesgericht die von X._ eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gut und wies die Sache zur neuen Beurteilung im Sinn der Erwägungen an die Baurekurskommission III des Kantons Zürich (ab dem 1. Januar 2011: Baurekursgericht des Kantons Zürich) zurück. Mit Entscheid vom 15. Juni 2011 hiess das Baurekursgericht den Rekurs von X._ teilweise gut und setzte die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu auf 120 Tage ab Rechtskraft der Verfügung vom 14. Dezember 2009 an. Im Übrigen wies es den Rekurs ab. Am 17. August 2011 erhob X._ gegen diesen Entscheid Beschwerde ans Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 21. Dezember 2011 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 6. Februar 2012 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 21. Dezember 2011 sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass sie berechtigt sei, die von ihr gemietete Wohnung in Brüttisellen in der betreffenden Wohnzone sexgewerblich zu nutzen. Eventualiter sei ihr die sexgewerbliche Nutzung der Wohnung zu bewilligen. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese oder die Baubehörde Wangen-Brüttisellen sei anzuweisen, ihr die sexgewerbliche Nutzung der Wohnung zu bewilligen. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Baurekursgericht und die Baubehörde Wangen-Brüttisellen stellen Antrag auf Beschwerdeabweisung. Der am Verfahren beteiligte Y._ - Eigentümer der Wohnung, in welcher sich das Atelier "A._" befindet - liess sich nicht vernehmen. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme vom 20. April 2012 an ihren Anträgen fest.