Sachverhalt: A. Die X._ AG ist seit dem 16. August 1961 im Handelsregister eingetragen. Sie hat zum Zweck die Fabrikation und den Vertrieb von Stärkungs- und Heilmitteln auf Hefe- und pflanzlicher Basis. Seit dem 1. Januar 1995 ist sie im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Am 2. März 1994 ersuchte die X._ AG die Eidgenössische Steuerverwaltung um Bestätigung, dass mehrere von ihr hergestellte bzw. vertriebene Präparate ab dem Zeitpunkt der Einführung der Mehrwertsteuer mit dem ermässigten Mehrwertsteuersatz (von damals 2 %) besteuert würden, darunter auch die beim Bundesamt für Gesundheit als Speziallebensmittel registrierten "X._ Aufbaupräparate" (hergestellt aus Hefe und Wildpflanzen), flüssig und Tabletten. Die Eidgenössische Steuerverwaltung antwortete mit Schreiben vom 16. März 1994, die Umschreibung der dem reduzierten Mehrwertsteuersatz unterliegenden Medikamente sei noch offen. Es sei allerdings davon auszugehen, dass Präparate, die zum Einnehmen bestimmt seien und nicht mehr als 0,7 Volumenprozent Alkohol enthielten, als Ess- oder Trinkwaren mit dem reduzierten Mehrwertsteuersatz besteuert würden. In einem weiteren Schreiben vom 17. Mai 1994 legte die X._ AG dar, das Aufbaupräparat sei seit 20 Jahren beim Bundesamt für Gesundheit als Speziallebensmittel registriert. Zu dessen Herstellung werde Pflanzenhefe plasmolysiert (im Gärvorgang verflüssigt), wobei ungefähr 2 % Gewichtsalkohol entstünden; ansonsten werde kein Alkohol beigegeben. Das Bundesamt für Gesundheit reihe das Aufbaupräparat als alkoholfreies Speziallebensmittel ein, da der Alkoholgehalt pro Einnahmedosis äusserst gering sei. Sie werde das Aufbaupräparat (flüssig und Tabletten) daher zum Mehrwertsteuersatz für Lebensmittel von 2 % abrechnen. Im März 1999 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der X._ AG eine Kontrolle betreffend die Steuerperioden 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 1998 durch. Weder die in diesem Zusammenhang ausgestellten zwei Ergänzungsabrechnungen noch die diesbezüglichen Weisungen an die Gesellschaft vom 10. März 1999 befassen sich mit dem Aufbaupräparat. Nachdem die X._ AG die Eidgenössische Steuerverwaltung darauf hingewiesen hatte, dass bei einer weiteren Kontrolle bei einem ihrer Kunden das Aufbaupräparat nun dennoch als Heilmittel bezeichnet und aufgrund des Alkoholgehalts von ca. 2,5 Gewichtsprozenten dem Normalsteuersatz von 7,6 % unterstellt worden sei, teilte die Eidgenössische Steuerverwaltung der X._ AG am 14. Juli 2004 mit, eine Anerkennung des Aufbaupräparates als alkoholfreies Getränk, Essware oder Medikament sei nicht möglich, da dieses 2,5 Volumenprozent Alkohol enthalte. Am 28. Dezember 2004 erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Ergänzungsabrechnung (1. Quartal 1999 bis 3. Quartal 2004), mit welcher sie der X._ AG die sich aus den beiden Steuersätzen ergebende Mehrwertsteuer-Differenz von Fr. 393'948.--, zuzüglich Verzugszins zu 5 % seit 30. August 2002, nachbelastete. Auf Einsprache der Steuerpflichtigen hin bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Entscheid vom 25. August 2005 die Nachforderung. Gegen den Einspracheentscheid erhob die X._ AG am 26. September 2005 Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Nachdem das Bundesverwaltungsgericht das Verfahren am 1. Januar 2007 übernommen hatte, hiess es die Beschwerde mit Entscheid vom 1. Oktober 2008 gut und stellte fest, dass die X._ AG die nachgeforderte Mehrwertsteuer nicht schulde. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Eidgenössische Steuerverwaltung dem Bundesgericht im Hauptantrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. Oktober 2008 aufzuheben und ihren Einspracheentscheid vom 25. August 2005 zu bestätigen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die X._ AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen.