Sachverhalt: A. Die Klägerin hat ihren Sitz in der Schweiz. Sie produziert und handelt mit pharmazeutischen Spezialitäten. Sie ist die grösste Herstellerin von Generika in der Schweiz. Die Beklagte ist in Dänemark ansässig. Sie ist auf die Erforschung, Herstellung und Vermarktung von Medikamenten gegen Erkrankungen des Zentralnervensystems spezialisiert. Sie war Inhaberin des Patents CH 626 886 für das Antidepressivum Citalopram. Am 30. April 1996 wurde ihr dafür ein ergänzendes Schutzzertifikat erteilt, das am 12. Januar 2002 ablief. A.a Die Beklagte meldete am 22. Februar 2001 das Patent CH 691 537 ("Kristalline Citaloprambase") an, mit folgenden Ansprüchen: 1. Eine kristalline Base von Citalopram oder ein Hydrobromid- oder Hydrochloridsalz von Citalopram dadurch gekennzeichnet, dass es eine Reinheit von mehr als 99,8% w/w hat. 2. Die kristalline Base von Citalopram oder ein Hydrobromid- oder Hydrochloridsalz von Citalopram gemäss Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass es eine Reinheit von mehr als 99,9% w/w hat. 3. Eine pharmazeutische Mischung enthaltend das Hydrobromid- oder Hydrochloridsalz von Citalopram gemäss einem der Ansprüche 1-2 oder die kristalline Base von Citalopram. 4. Eine pharmazeutische Zusammensetzung gemäss Anspruch 3, welche eine Tablette ist, die mittels a) direktem Komprimieren von Citalopram; oder b) mittels Komprimieren eines nassen Granulates von Citalopram oder c) mittels Komprimieren eines Schmelzgranulats von Citalopram hergestellt wird. 5. Die pharmazeutische Zusammensetzung gemäss Anspruch 4, worin das Citalopram in Mischung mit pharmazeutisch annehmbaren Hilfsstoffen vorliegt. 6. Die pharmazeutische Zusammensetzung gemäss einem der Ansprüche 3 bis 5, dadurch gekennzeichnet, dass sie das Razemat der Citaloprambase, des Citalopramhydrochlorids oder des Citalopramhydrobromids enthält." Die Klägerin beabsichtigt nach ihrer Darstellung, ein Citalopram-Präparat auf den Markt zu bringen. A.b Am 12. Juni 2003 befasste die Klägerin das Handelsgericht des Kantons Zürich mit dem Rechtsbegehren, es sei das Schweizer Patent Nr. 691 537 nichtig zu erklären und es sei das Institut für geistiges Eigentum anzuweisen, die Löschung des erwähnten Patents im Register vorzunehmen. Die Beklagte erhob Widerklage mit dem Begehren, es sei der Klägerin zu verbieten, pharmazeutische Produkte herzustellen, zu verkaufen, abzugeben oder zu bewerben, die Hydrobromidsalz von Citalopram mit einer Reinheit von mehr als 99,8% bzw. 99,9% enthalten. B. Mit Urteil vom 18. Oktober 2005 stellte das Handelsgericht des Kantons Zürich in Gutheissung der Hauptklage fest, dass das Schweizer Patent Nr. 691 537 nichtig ist. Die Widerklage wurde abgewiesen. Das Gericht gelangte zum Schluss, mit der in den Patentansprüchen definierten Reinheit des vorbekannten Stoffes Citalopram werde keine neue Erfindung offenbart und kein bisher unbekannter technischer Effekt erreicht, weshalb Neuheit und erfinderische Tätigkeit fehlten. C. Die Beklagte hat gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich Berufung eingereicht mit den Anträgen, der Entscheid des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 18. Oktober 2005 sei aufzuheben und die Klage auf Nichtigerklärung des Schweizer Patents Nr. 691 537 sei abzuweisen und festzustellen, dass das Schweizer Patent Nr. 691 537 nicht ungültig sei (Ziffer 1), eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Auflage, das Verfahren im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts neu zu beurteilen (Ziffer 2). Die Beklagte rügt die Verletzung von Art. 51 Abs. 1 lit. c OG mit der Begründung, die Vorinstanz gehe gemäss ihrer Sachverhaltsdarstellung davon aus, die Beklagte habe ihr wirtschaftlich erfolgreiches Medikament Seropram® durch Cipralex® ersetzt und damit Feststellungen getroffen, welche ihr Verhalten als rechtsmissbräuchlich erscheinen lassen könnten. Sie hält sodann möglicherweise Art. 43a Abs. 1 lit. a OG für verletzt, weil die Vorinstanz ihr Urteil an Ausführungen der Beschwerdekammer des Europäischen Patentamts anlehne. Sie rügt sodann, die Vorinstanz habe Art. 7 Abs. 1 PatG in Verbindung mit Art. 8 ZGB und Art. 1 Abs. 2 PatG verletzt, indem sie die Neuheit bzw. die erfinderische Tätigkeit verneinte. D. Die Klägerin stellt in der Antwort das Rechtsbegehren, die Berufung sei abzuweisen. E. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies mit Zirkulationsbeschluss vom 30. September 2006 eine Nichtigkeitsbeschwerde der Beklagten gegen das Urteil des Handelsgerichts ab, soweit darauf eingetreten werden konnte. Mit Urteil vom heutigen Tag wies das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde dagegen ab, soweit darauf einzutreten war. Auf eine direkt gegen das Urteil des Handelsgerichts vom 18. Oktober 2005 gerichtete staatsrechtliche Beschwerde wurde nicht eingetreten.