Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die Z._ Forschungsstiftung Technologie (im Folgenden: Stiftung) war eine Stiftung gemäss Art. 80 ff. ZGB. Sie bezweckte die Unterstützung und Durchführung von wissenschaftlichen Arbeiten und Programmen - insbesondere von Projekten mit hohem Risiko im Hochtechnologiebereich - im Interesse der Z._ AG und ihrer Konzerngesellschaften. Sie unterstützte die langfristige Interessensicherung der Z._ AG und ihrer Konzerngesellschaften als unabhängige, technologieorientierte Unternehmen. Zur Erreichung des Stiftungszwecks wurde ihr ein Anfangskapital von Fr. 3 Mio. gewidmet. Die Äufnung erfolgte durch Zuwendungen der Stifterin oder Dritter sowie durch die Erträgnisse des Stiftungsvermögens. Die Statuten sahen überdies vor, dass zur Erfüllung des Stiftungszwecks neben den Zinsen auch das Stiftungsvermögen selber ganz oder teilweise in Anspruch genommen werden konnte. Mit Statutenänderung vom 2. Juni 1998 wurden Name und Zweck der Stiftung dahingehend geändert, dass die bis dahin verwendete Bezeichnung "Z._" durch "X._" ersetzt wurde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung führte in den Monaten September und November 1997 bei der Stiftung eine Kontrolle gemäss Art. 50 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuerverordnung; MWSTV; AS 1994 1464) durch. Überprüft wurde der Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis zum 30. September 1997. In der Folge erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Ergänzungsabrechnung über eine Nachbelastung von Fr. 503'525.--. Sie begründete dies damit, dass entgeltlich erbrachte Forschungsarbeiten steuerbar seien. Für nicht entgeltlich erbrachte Leistungen, die aus dem Stiftungsvermögen bzw. aus Finanzerträgen finanziert werden, würden dagegen keine steuerbaren Umsätze resultieren, weshalb der Vorsteuerabzug hierfür ausgeschlossen sei. Bei gemischter Verwendung von Leistungen sei eine verhältnismässige Kürzung vorzunehmen. Dies treffe z.B. für Leistungen zu, welche durch Dritte erbracht und nicht wieder an Dritte weiter verrechnet würden. Nachdem die Stiftung die Aufhebung der Nachbelastung verlangt hatte, bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 15. Januar 1999 die Ergänzungsabrechnung. Die von der Stiftung dagegen erhobene Einsprache wurde am 30. Juni 2003 abgewiesen und die Nachforderung von Fr. 503'525.-- nebst Verzugszins bestätigt. Infolge Verrechnung mit Vorsteuerüberschüssen ergab sich nur noch eine Nachzahlung des Verzugszinses von Fr. 35'588.--. Nachdem die Stiftung die Aufhebung der Nachbelastung verlangt hatte, bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 15. Januar 1999 die Ergänzungsabrechnung. Die von der Stiftung dagegen erhobene Einsprache wurde am 30. Juni 2003 abgewiesen und die Nachforderung von Fr. 503'525.-- nebst Verzugszins bestätigt. Infolge Verrechnung mit Vorsteuerüberschüssen ergab sich nur noch eine Nachzahlung des Verzugszinses von Fr. 35'588.--. B. Infolge Fusion der Stiftung mit der X._ Forschungsstiftung und Übertragung sämtlicher Aktiven und Passiven wurde die Stiftung mit Wirkung auf den 31. März 2002 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen gelöscht. B. Infolge Fusion der Stiftung mit der X._ Forschungsstiftung und Übertragung sämtlicher Aktiven und Passiven wurde die Stiftung mit Wirkung auf den 31. März 2002 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen gelöscht. C. Am 29. August 2003 wandte sich die X._ Forschungsstiftung als Rechtsnachfolgerin der X._ Forschungsstiftung Technologie an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und beantragte die Feststellung der Nichtigkeit des Einspracheentscheides vom 30. Juni 2003. Im Eventualantrag verlangte sie dessen Aufhebung; subeventualiter ersuchte sie festzustellen, dass durch die Verrechnungserklärung die Vorsteuerguthaben vom 4. Quartal 1996 bis zum 4. Quartal 1998 endgültig festgestellt bzw. infolge unwiderrufbarer Gestaltungserklärung untergegangen seien. Mit Entscheid vom 12. Mai 2004 wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. C. Am 29. August 2003 wandte sich die X._ Forschungsstiftung als Rechtsnachfolgerin der X._ Forschungsstiftung Technologie an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und beantragte die Feststellung der Nichtigkeit des Einspracheentscheides vom 30. Juni 2003. Im Eventualantrag verlangte sie dessen Aufhebung; subeventualiter ersuchte sie festzustellen, dass durch die Verrechnungserklärung die Vorsteuerguthaben vom 4. Quartal 1996 bis zum 4. Quartal 1998 endgültig festgestellt bzw. infolge unwiderrufbarer Gestaltungserklärung untergegangen seien. Mit Entscheid vom 12. Mai 2004 wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 14. Juni 2004 beantragt die X._ Forschungsstiftung dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 12. Mai 2004 unter Neuregelung der Kostenfolge aufzuheben. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerrekurskommission hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.