Sachverhalt: A. Am 30. Juli 2009 meldete Emmentaler Switzerland, Consortium Emmentaler AOC (Beschwerdeführer) beim IGE (Beschwerdegegner) mit dem Gesuch Nr. 58321/2009 die Marke "EIN STÜCK SCHWEIZ" für Käse mit der geschützten Ursprungsbezeichnung "Emmentaler" in Klasse 29 gemäss Nizzaklassifikation zur Eintragung in das schweizerische Markenregister an. Das IGE beanstandete mit Schreiben vom 3. November 2009, das Zeichen werde als "Ein Teil der Schweiz" verstanden und beschreibe damit direkt die Ware bzw. deren Herkunft. Die Marke sei deshalb dem Gemeingut zuzurechnen. Dem widersprach der Beschwerdeführer mit Antwort vom 13. November 2009. Mit Festhaltung vom 25. Februar 2010 hielt das IGE an seiner Auffassung fest, die Wortfolge "ein Stück", kombiniert mit einem Ländernamen, sei im deutschen Sprachgebrauch ebenso üblich wie ihre Kombination mit abstrakten Begriffen wie "Glück", "Freiheit" etc. Das Zeichen werde demnach von den Verkehrskreisen als "Ein Teil der Schweiz" im Sinne von "Ein Teil der schweizerischen Kultur, Tradition, Herkunft und/oder Essgewohnheit" wahrgenommen. Das Zeichen wirke insofern für sämtliche strittigen Waren direkt beschreibend. Es erschöpfe sich in einer Sachbezeichnung derselben, indem es darauf hinweise, dass es sich um einen Teil der schweizerischen Kultur, Tradition, Herkunft und Essgewohnheit handle. Diese Auslegung stehe im Zusammenhang mit den beanspruchten Waren im Vordergrund, sodass entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers auch keine entscheidrelevante Mehrdeutigkeit des Zeichens vorhanden sei. Mit Verfügung vom 15. März 2011 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch für sämtliche der beanspruchten Waren zurück. Zur Begründung führte es unter anderem an, Wortfolgen, die aus "ein Stück" mit einem nachfolgenden Ländernamen gebildet werden, seien im deutschen Sprachraum verbreitet. Solche Redewendungen dienten üblicherweise dazu anzuzeigen, dass etwas im übertragenen Sinn zu einem Land gehört. Die in der Festhaltung vom 25. Februar 2010 gegebene Begründung der Zurückweisung der strittigen Marke werde dahingehend modifiziert, dass sich der Sinngehalt dem Abnehmer erschliesse, weil die Verwendung des Schlagworts "Ein Stück Schweiz" generell und erst recht im Zusammenhang mit Käse üblich sei, und nicht, weil das Zeichen beschreibend sei. B. Gegen diese Verfügung gelangte der Beschwerdeführer erfolglos an das Bundesverwaltungsgericht, das seine Beschwerde am 7. Mai 2012 abwies. Das Bundesverwaltungsgericht anerkannte, dass die Wortfolge "Ein Stück Schweiz" als Slogan zu qualifizieren sei, dem jedenfalls die abstrakte Unterscheidungseignung nach Art. 1 Abs. 1 MSchG nicht abgesprochen werden könne. Er sei einprägsam, kurz und wirke schlagwortartig, und er werde bei einem wesentlichen Teil der massgeblichen Verkehrskreise (Heimat-)Gefühle wecken, insbesondere im Kontext mit einem Warenangebot von Käse. Das Gericht verneinte indessen die Schutzfähigkeit des Slogans, weil er dem Gemeingut gemäss Art. 2 lit. a MSchG angehöre und eine Verkehrsdurchsetzung, der das Zeichen an sich zugänglich wäre, nicht glaubhaft gemacht sei. C. Der Beschwerdeführer erhob gegen diesen Entscheid am 8. Juni 2012 Beschwerde in Zivilsachen mit dem Antrag, das Zeichen "EIN STÜCK SCHWEIZ" für Käse mit der geschützten Ursprungsbezeichnung "Emmentaler" (Klasse 29) als Marke einzutragen. Das IGE beantragt unter Verzicht auf eine Stellungnahme, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.