Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen mehrfacher Beschimpfung, mehrfacher Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte und mehrfacher Widerhandlung gegen das SVG. Mit Entscheid vom 6. Januar 2012 ordnete das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau die Untersuchungshaft an. In der Folge verlängerte es sie dreimal, zuletzt mit Verfügung vom 29. August 2012 bis am 4. Oktober 2012. Gegen diese Verfügung erhob X._ Beschwerde an die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau. Mit Entscheid vom 26. September 2012 wies das Obergericht die Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 9. Oktober 2012 beantragt X._, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und er selbst sei in Freiheit zu entlassen. Das Zwangsmassnahmengericht und das Obergericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Beschwerdeführer habe ein Gesuch um vorzeitigen Massnahmenvollzug gestellt, das mit Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 27. September 2012 (und mit Zustimmung des Amts für Justizvollzug vom 8. Oktober 2012) bewilligt worden sei. Damit bestehe kein aktuelles Rechtsschutzinteresse mehr an der Beschwerde. Der Beschwerdeführer weist in seiner Stellungnahme dazu darauf hin, dass er trotz vorzeitigem Massnahmenvollzug nach wie vor ein Interesse an der Beschwerde habe.