Sachverhalt: A. X._ erwarb am 24. Oktober 1988 die Parzelle Nr. 2545 im "Wagliseibode" in Flühli, welche nach dem vom Regierungsrat des Kantons Luzern am 19. Januar 1981 genehmigten Teilzonenplan "Wagliseibode" vom 10. Oktober 1977 in einer Bauzone lag. Im Jahr 1989 leitete die Gemeinde Flühli eine Revision ihrer Ortsplanung ein. Die kommunalen Behörden verfolgten die Absicht, das Gelände im Bereich "Wagliseibode" einer Bauzone zweiter Etappe zuzuweisen und diese Zone mit einer Gestaltungs- oder Bebauungspflicht zu belegen. Das eingeleitete Nutzungsplanverfahren fand in der Folge wegen der Kollision mit den Bestrebungen des Moorschutzes keinen Abschluss. B. Entgegen der ursprünglichen Absichten der Behörden wurde im Gebiet "Wagliseibode" kein Moorschutzbiotop von nationaler Bedeutung ausgeschieden. Mit Erlass der Moorlandschaftsverordnung vom 1. Mai 1996 (Moorlandschaftsverordnung; SR 451.35) wurde das Gebiet jedoch ins Bundesinventar der Moorlandschaften von besonderer Schönheit und von nationaler Bedeutung aufgenommen. Am 5. August 1996 legte das Amt für Natur- und Landschaftsschutz des Kantons Luzern zudem einen Schutzplan auf, in welchem das Gebiet, in dem sich die Parzelle Nr. 2545 befindet, als Moorschutzgebiet von regionaler Bedeutung ausgeschieden wurde. Auf eine von X._ erhobene Einsprache hin wurde das Moorschutzgebiet von regionaler Bedeutung im südöstlichen Bereich des Geländes um ca. 950 m2 verkleinert. Der grössere Teil der Parzelle Nr. 2545 wurde jedoch mit der vom Regierungsrat des Kantons Luzern beschlossenen Verordnung zum Schutz der Moore vom 2. November 1999 (Moorschutzverordnung; SRL Nr. 712c) dem Moorschutzgebiet (Zone "Mahd") zugeteilt. Auf sämtlichen Flächen, die von der kantonalen Moorschutzverordnung erfasst sind, dürfen weder Bauten und Anlagen errichtet noch Terrain- und Bodenveränderungen vorgenommen werden. Gegen die auf die kantonale Verordnung zum Schutz der Moore gestützte Unterschutzstellung des grösseren Teils der Parzelle Nr. 2545 erhob X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, welches die Beschwerde am 21. Mai 2002 abwies, soweit es darauf eintrat. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht am 9. April 2003 ab (Urteil 1A.129/2002). C. Am 26. November 2007 stimmte die Gemeindeversammlung von Flühli einem Zonenplan "Wagliseibode" zu. Der Regierungsrat des Kantons Luzern genehmigte diesen Zonenplan am 26. August 2008. Gegen den Nutzungsplan gelangten Pro Natura (Schweizerischer Bund für Naturschutz), Pro Natura Luzern sowie drei Privatpersonen ans Verwaltungsgericht und gegen dessen abweisenden Entscheid ans Bundesgericht. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde am 25. Oktober 2010 im Wesentlichen gut und hob den Entscheid des Verwaltungsgerichts insoweit auf, als er den Einbezug der 950 m2 grossen Südostecke der Parzelle Nr. 2545 in die Bauzone bestätigte (Urteil 1C_43/2010). D. Bereits zuvor, am 25. Januar 2005, stellte X._ bei der Schätzungskommission des Kantons Luzern den Antrag, der Staat Luzern sei zu verpflichten, ihm wegen des Entzugs der baulichen Nutzungsmöglichkeit auf dem mit der kantonalen Verordnung zum Schutz der Moore unter Schutz gestellten Teil der Parzelle Nr. 2545 unter dem Titel "materielle Enteignung" eine Entschädigung in der Höhe von Fr. 1'538'400.-- zuzüglich Zins zu 5% seit dem 1. Dezember 1999 zu bezahlen. Das Entschädigungsbegehren bezog sich somit ausschliesslich auf den grösseren Teil der Parzelle Nr. 2545, der im Gegensatz zur 950 m2 grossen Südostecke nicht aus dem Moorschutzgebiet von regionaler Bedeutung entlassen worden war. Am 25. September 2008 wies die Schätzungskommission des Kantons Luzern das Entschädigungsgesuch ab. Eine von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 11. Mai 2011 ebenfalls ab. E. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 11. Mai 2011 gelangt X._ mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Juni 2011 ans Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Verfahren zur Festsetzung der Enteignungsentschädigung an die Vorinstanzen zurückzuweisen. Eventualiter sei das Verfahren zwecks Ergänzung des Beweisergebnisses und der Beweiswürdigung betreffend die Voraussetzungen der materiellen Enteignung an die Vorinstanzen zurückzuweisen. F. Die Vorinstanz beantragt unter Hinweis auf die Erwägungen des angefochtenen Urteils die Abweisung der Beschwerde. Die Schätzungskommission beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde. Das Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement des Kantons Luzern beantragt im Namen des Regierungsrats, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Raumentwicklung verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Eingaben vom 18. und 20. Oktober 2011 hält der Beschwerdeführer an der Beschwerde fest.