Sachverhalt: A. Am 8. Dezember 2011 erteilte die Planungs- und Baukommission Thalwil der Swisscom (Schweiz) AG die baurechtliche Bewilligung für den Bau und Betrieb einer Mobilfunksendeanlage mit einer Gesamtleistung von maximal 2'600 WERP. Die Anlage soll auf einem im Baurecht erstellten Autowerkstattgebäude mit Parkhaus auf dem Grundstück Gbbl. Nr. 9'761 in der Gewerbezone G in Thalwil errichtet werden. Gegen die Bewilligungserteilung erhoben X._ und Y._ sowie weitere Beteiligte am 23. Januar 2012 Rekurs ans Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess den Rekurs mit Entscheid vom 3. Juli 2012 gut und hob den Beschluss der Planungs- und Baukommission Thalwil vom 8. Dezember 2011 auf. Mit Beschwerde vom 28. August 2012 gelangte die Swisscom (Schweiz) AG ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Urteil vom 5. Dezember 2012 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde gut, hob den Entscheid des Baurekursgerichts vom 3. Juli 2012 auf und stellte den Bauentscheid der Planungs- und Baukommission Thalwil vom 8. Dezember 2011 wieder her. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 8. Februar 2013 beantragen X._ und Y._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 5. Dezember 2012 und die Baubewilligung seien aufzuheben. Das Verwaltungsgericht und die Swisscom (Schweiz) AG beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Planungs- und Baukommission Thalwil stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Das Bundesamt für Umwelt BAFU hat eine Vernehmlassung eingereicht, ohne ausdrücklich Anträge zu stellen. In ihrer Stellungnahme vom 10. Juni 2013 halten die Beschwerdeführer an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest.