Sachverhalt: A. X._, geboren 1991, Staatsangehöriger der Republik Kolumbien, reiste im Jahr 1998 in die Schweiz ein, wo die Eltern für sich und ihn ein Asylgesuch stellten. Nach letztinstanzlicher Abweisung der drei Asylgesuche am 20. November 2000 und Rechtskraft der Wegweisungsverfügungen verliess der Vater das Land, während Mutter und Kind den Aufenthalt in der Schweiz ohne Bewilligung fortsetzten. Der Beschwerdeführer besuchte die Schulen in Zürich. Am 15. September 2009 griff die Polizei ihn auf, wenig später auch seine Mutter. Während sie unverzüglich nach Kolumbien zurückgeführt wurde, kam er in Ausschaffungshaft. Von 2007 bis 2009 geriet der Beschwerdeführer mehrfach mit dem Gesetz in Konflikt. Die Jugendanwaltschaft der Stadt Zürich sprach ihn am 17. September 2009 mit einer Erziehungsverfügung schuldig der mehrfachen Sachbeschädigung, des Hausfriedensbruchs, der Hinderung einer Amtshandlung, des Diebstahls eines geringfügigen Vermögenswerts sowie der Widerhandlung gegen die Ausländer- und der mehrfachen Übertretung der Betäubungsmittelgesetzgebung und bestrafte ihn mit Freiheitsentzug von 14 Tagen, unter Anrechnung von drei Tagen Polizeihaft, bedingt erlassen bei einer Probezeit von einem Jahr. B. Am 24. September 2009 stellte der Beschwerdeführer das Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung. In der Folge wurde er aus der Ausschaffungshaft entlassen und wohnt seither in einer Gastfamilie. Entgegen der zustimmenden Empfehlung der Härtefallkommission des Kantons Zürich vom 4. Dezember 2009 wies die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich das Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung am 17. Februar 2010 ab, was der Regierungsrat des Kantons Zürich auf Rekurs hin am 1. September 2010 bestätigte. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, hiess mit Urteil vom 29. Juni 2011 die dagegen gerichtete Beschwerde lediglich hinsichtlich der Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Rekursverfahren gut. Dem Urteil ist eine "Abweichende Meinung einer Minderheit der Kammer" angefügt. C. In seiner Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. September 2011 beantragt der Beschwerdeführer, das Urteil vom 29. Juni 2011 sei aufzuheben und die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich (Migrationsamt) sei anzuweisen, das Gesuch des Beschwerdeführers vom 24. September 2009 gutzuheissen und dem Bundesamt für Migration zur Zustimmung zu unterbreiten. Bundesamt und Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde. Mit Präsidialverfügung vom 21. September 2011 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt und mit Präsidialanordnung vom selben Tag von der Einforderung des Gerichtskostenvorschusses einstweilen abgesehen.