Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin, Klägerin) beantragte beim Bezirksgericht Bremgarten mit Klage vom 6. August 2011 u.a., die Y._ AG in Liquidation (Beschwerdegegnerin, Beklagte) sei unter Androhung von Strafe gemäss Art. 292 StGB zu verpflichten, die Parzelle (Nr. xxx) bzw. das Gebäude (Nr. yyy) in M._, Gemeinde N._, innert 10 Tagen nach Eröffnung des Entscheids zu räumen und zu verlassen. Es sei die Klägerin zugleich zu ermächtigen, die polizeiliche Vollstreckung auf Kosten der Beklagten zu verlangen. Am 21. September 2011 trat der Gerichtspräsident III von Bremgarten auf "das Gesuch" bzw. auf die Klage nicht ein, da der Sachverhalt weder unbestritten noch sofort beweisbar sei und auch die Rechtslage keineswegs klar erscheine (Art. 257 Abs. 1 und 3 ZPO). Eine gegen diesen Entscheid erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 19. März 2012 ab. B. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, dieses Urteil aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventuell sei das Verfahren zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und eine Instruktionsverhandlung durchzuführen. Die Vorinstanz verzichtete unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin reichte am 5. September 2012 eine Replik ein.