Sachverhalt: A. X._, geboren 1976, arbeitet seit dem 1. Januar 2000 als Flugzeugelektriker bei A._ in Stans/NW. Vom 1. August 1999 bis am 31. März 2007 war er in Oberrickenbach (Gemeinde Wolfenschiessen/NW) als Wochenaufenthalter angemeldet. Per 1. April 2007 meldete sich X._ als Wochenaufenthalter in der Stadt Luzern an, wo er zusammen mit seiner Lebenspartnerin eine selbst möblierte 3-Zimmerwohnung bewohnt. B. Mit Feststellungsverfügung vom 14. Januar 2008 erklärte das regionale Steueramt der Stadt Luzern X._ ab dem 1. Januar 2007 in der Stadt Luzern als unbeschränkt steuerpflichtig. Eine Einsprache hiergegen wurde von der kantonalen Steuerkommission für Unselbständigerwerbende am 28. Februar 2008 abgewiesen. Die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies dieses mit Urteil vom 9. September 2008 ab. Für die Steuerperiode 2007 hat X._ im Kanton Graubünden eine Steuererklärung eingereicht. Eine Veranlagung ist - gemäss den Erwägungen der Vorinstanz - noch nicht erfolgt. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 9. September 2008 hat X._ mit Eingabe vom 13. Oktober 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 9. September 2008 aufzuheben und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Gerügt wird eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung des Schlechterstellungsverbots. D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die ebenfalls zur Stellungnahme aufgeforderte Steuerverwaltung des Kantons Graubünden verzichtet auf eine Stellungnahme. E. Mit Verfügung vom 11. November 2008 erkannte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung zu.