Sachverhalt: A. Die Dr. O.K. Wack Chemie GmbH mit Sitz in Ingolstadt in Deutschland (Klägerin) entwickelte einen Komplettreiniger für Motorräder, den sie seit 1980 unter der Bezeichnung S100 in Deutschland vertrieb. Später dehnte sie ihr Angebot auf Produkte wie Korrosionsschutz-Mittel, Hochglanzpolitur, Kettenspray und dergleichen aus. Hinzu kamen weitere Absatzmärkte, wie die Schweiz, Österreich, die Niederlande, Grossbritannien, Australien und Südafrika. Seit 1984 exportierte die Gesellschaft ihr Produkt S100 auch in die USA, wo die Brookside Import Specialities Inc. mit Sitz in Branford (Beklagte) den Vertrieb übernahm. Diese liess in der Folge das Zeichen S100 in den USA und Kanada mit Zustimmung der Klägerin auf ihren eigenen Namen als Marke eintragen. Im Jahre 1992 beendeten die Parteien ihre Zusammenarbeit wegen schwerwiegender Meinungsverschiedenheiten. Die Beklagte liess den Motorradreiniger fortan bei einem deutschen Konkurrenzunternehmen der Klägerin herstellen. Am 9. März 1992 wurde das Zeichen S100 vom US-Patent- und Markenamt als Marke der Beklagten für definitiv erklärt. Die Eintragung wurde am 17. Mai 2000 rechtskräftig. Beide Parteien meldeten unabhängig voneinander im Oktober 1994 die Marke S100 in Deutschland an. Während die Marke der Beklagten gelöscht wurde, wurde die von der Klägerin hinterlegte Marke gemäss Entscheiden des Bundespatentgerichtes vom 12. Dezember 2000 und des Bundesgerichtshofes vom 30. Oktober 2003 definitiv eingetragen. In der Schweiz wurde das Zeichen S100 am 11. Mai 1998 von der Beklagten mit Erfolg zur Eintragung als Marke angemeldet. Als die Klägerin später die gleiche Marke ebenfalls zur Eintragung anmeldete, erhob die Beklagte am 4. September 2002 gestützt auf ihre früher erfolgte Hinterlegung Widerspruch. Das Widerspruchsverfahren ist zur Zeit noch hängig. B. Mit der am 7. August 2003 beim Handelsgericht des Kantons Bern eingereichten Klage stellte die Klägerin folgende Begehren: 1. Die Schweizer Marke Nr. 456.104 S 100 sei nichtig zu erklären für: Klasse 2: Couleurs, vernis, laques; produits contre la corrosion, préservatifs contre la rouille. Klasse 3: Substances pour lessiver; préparations pour nettoyer, polir, dégraisser et abraser; torchons, chiffons et éponges pour nettoyer, polir, dégraisser et abraser des véhicules, en particulier des motos; savons. 2. Der Beklagten sei zu verbieten, die Bezeichnung S 100 als Marke zu verwenden für Produkte zur Reinigung und Pflege von Fahrzeugen einschliesslich Antikorrosions- und Rostschutzmittel, Putz- und Poliermittel, Lappen und Schwämme. 3. Das Verbot sei mit der Strafandrohung gemäss Art. 403 ZPO bzw. Art. 292 StGB gegen die Organe der Beklagten für den Zuwiderhandlungsfall zu verbinden, namentlich gegen Herrn Stephen Gay, 14 Fox Hill Drive, 6413 Clinton, Connecticut, USA, Präsident und Inhaber der Beklagten. 4. .... (zurückgezogen) 5. .... (zurückgezogen) 6. 6.1 Die Beklagte sei zu verpflichten und die Klägerin sei auf Kosten der Beklagten zu ermächtigen, das Urteil innert 30 Tagen nach dessen Rechtskraft je einmal auf einer halben Seite in der Fachzeitschrift TÖFF, Motor-Presse (Schweiz) AG, Bahnstrasse 24, 8603 Schwerzenbach, sowie in der österreichischen Händlerzeitschrift Motorrad-Händler zu publizieren. 6.2 Eventualiter sei für den Fall, dass vor der Rechnungslegung ein Zwischenentscheid betreffend Nichtigkeit und Unterlassung ergeht, dieser anstelle des Endurteils innert 30 Tagen nach dessen Rechtskraft zu publizieren." Mit Urteil vom 16. November 2004 wies das Handelsgericht des Kantons Bern die Klage ab. Das Gericht kam zum Ergebnis, dass sich die Klägerin nicht auf Markenschutz berufen könne, weil weder die Voraussetzungen von Art. 3 (ältere Marke der Klägerin) noch von Art. 4 MSchG (Agentenmarke der Beklagten) gegeben seien. Ebenfalls verneint wurde ein unlauteres Verhalten der Beklagten im Sinne von Art. 2 und 3 lit. d UWG. C. Die Klägerin hat gegen das Urteil des Handelsgerichts Berufung eingereicht mit folgenden Anträge: 1. Das Urteil des Handelsgerichts Bern Nr. HG 03 9018 vom 16. November 2004 sei aufzuheben und die Schweizer Marke Nr. 456.104 - S100 der Beklagten sei für nichtig zu erklären für die Waren der Klasse 2, namentlich couleurs, vernis, laques; produits contre la corrosion, préservatifs, contre la rouille sowie Waren der Klasse 3, namentlich substances pour lessiver; préparations pour nettoyer, polir, dégraisser et abraser; torchons, chiffons et éponges pour nettoyer, polir, dégraisser et abraser des vehicles, en particulier des motos; savons. 2. Der Beklagten sei zu verbieten, die Marke S100 zur Kennzeichnung von Produkten zur Reinigung und Pflege von Fahrzeugen zu verwenden, einschliesslich Antikorrosions- und Rostschutzmittel, Putz- und Poliermittel, Lappen und Schwämme. 3. Das Verbot sei mit der Strafandrohung gemäss Art. 403 ZPO bzw. Art. 292 StGB gegen die Organe der Beklagten für den Zuwiderhandlungsfall zu verbinden, namentlich gegen Herrn Stephen H. Gay, 14 Fox Hill Drive, 6413 Clinton, Connecticut, USA, Präsident und Inhaber der Beklagten. 4. Eventualiter sei anstelle der Gutheissung der Klage gemäss den Ziffern 1 bis 3 die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zwecks Ergänzung des Sachverhalts betreffend Verwirkung und namentlich des von der Beklagten geltend gemachten wertvollen Besitzstands. .. ....." Die Beklagte stellt in ihrer Berufungsantwort Antrag auf Abweisung der Berufung.