Sachverhalt: A. Mit Klage vom 17. Mai 2011 beantragten die Société des Produits Nestlé SA, die Nestec SA und die Nestlé Nespresso SA (Klägerinnen, Beschwerdeführerinnen) dem Handelsgericht des Kantons Zürich im Wesentlichen, es sei der Denner AG und der Alice Allison SA (Beklagte, Beschwerdegegnerinnen) bis zum Ablauf des jeweiligen Schweizer Teils der europäischen Patente EP 0 512 468, EP 0 512 470 und EP 1 646 305 unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe im Widerhandlungsfall nach Art. 292 StGB und der Zwangsvollstreckung zu verbieten, gerösteten und gemahlenen Kaffee enthaltende Portionspackungen, die bestimmte Merkmale aufweisen, in der Schweiz herzustellen, zu lagern, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen, oder bei einer dieser Handlungen mitzuwirken. Mit Beschluss vom 11. Januar 2012 überwies das Handelsgericht das Verfahren dem Bundespatentgericht zur Beurteilung. B. B.a. Mit Schreiben vom 7. Juni 2012 wurden die Parteien vom Bundespatentgericht auf den 2. Oktober 2012 zur Instruktionsverhandlung vorgeladen. Unter den Mitwirkenden seitens des Gerichts war als Fachrichter (Referent) Dipl. El.-Ing. ETH Peter Rigling angeführt. Mit Schreiben vom 28. September 2012 informierte der Präsident des Bundespatentgerichts die Parteien, Richter Rigling habe ihm mitgeteilt, dass er im Zusammenhang mit der Konfliktabklärung in einem anderen Verfahren vor dem Bundespatentgericht darauf gestossen sei, dass seine Patentanwaltskanzlei Troesch Scheidegger Werner AG seit dem 25. April 2012 die Gesellschaft Migros France in einer Markensache vertrete. Der Präsident erklärte, seines Erachtens erfülle dieser Sachverhalt keinen der Tatbestände gemäss Art. 3 oder 4 der Richtlinien des Bundespatentgerichts zur Unabhängigkeit. Noch am gleichen Tag teilte der Rechtsvertreter der Klägerinnen dem Bundespatentgericht mit, dass er ein Ausstandsbegehren stellen werde, woraufhin die auf den 2. Oktober 2012 angesetzte Instruktionsverhandlung abgesagt wurde. Mit Eingabe vom 3. Oktober 2012 beantragten die Klägerinnen, Fachrichter Peter Rigling habe in den Ausstand zu treten; eventualiter sei er in den Ausstand zu versetzen. Mit Schreiben vom 26. November 2012 nahm Richter Rigling zum Ausstandsgesuch Stellung und erklärte, seines Erachtens liege kein Ausstandsgrund vor. Die von seiner Kanzlei Troesch Scheidegger Werner AG in einer Markenangelegenheit vertretene Migros France sei nicht Streitpartei im vorliegenden Prozess. Ferner gehe es bei der durch einen Partner der Troesch Scheidegger Werner AG bearbeiteten Markenangelegenheit offensichtlich nicht um die gleiche Sache wie im zu beurteilenden Verfahren. Schliesslich seien mit der Vertretertätigkeit im Zusammenhang mit einer schweizerischen Markenanmeldung lediglich geringe Einnahmen verbunden. Am 27. November 2012 wurde das Schreiben von Richter Rigling den Parteien zur Stellungnahme zugestellt. Mit Eingabe vom 10. Dezember 2012 hielten die Klägerinnen an ihrem Ausstandsbegehren fest. B.b. Zur Begründung ihres Ausstandsbegehrens machten die Klägerinnen geltend, Migros France gehöre wie die beklagte Denner AG zur Migros-Gruppe. Wie die Denner AG verkaufe die Migros in der Schweiz eine Nespresso-kompatible Kaffeekapsel. Entsprechend sei beim Bundespatentgericht auch gegen den Migros-Genossenschafts-Bund ein Patentverletzungsverfahren eingeleitet worden, wobei in jenem Verfahren die Zusammensetzung der Gerichtsdelegation für eine allfällige Instruktionsverhandlung noch nicht bestimmt oder jedenfalls den Klägerinnen noch nicht mitgeteilt worden sei. Sowohl im vorliegenden Verfahren gegen die Denner AG wie auch im parallelen Verfahren gegen deren Eigentümer gehe es unter anderem um die Auslegung und Verletzung desselben Patents (EP 1 646 305) und es stellten sich weitestgehend dieselben Sachverhalts- und Rechtsfragen. Im Umfang dieser Gemeinsamkeiten werde der Ausgang des vorliegenden Verfahrens deshalb präjudizielle Wirkung für das Verfahren gegen den Migros-Genossenschafts-Bund haben. Der Migros-Genossenschafts-Bund, so die Klägerinnen weiter, sei nicht nur Eigentümer der beklagten Denner AG, sondern kümmere sich auch um deren immaterialgüterrechtliche Angelegenheiten. Mit ganz wenigen Ausnahmen verwalte der Migros-Genossenschafts-Bund sämtliche Marken der Denner AG. Es sei auch zu vermuten, dass seitens der Migros eine Vertreterin oder ein Vertreter an der Instruktionsverhandlung vom 2. Oktober 2012 teilgenommen hätte; die Klägerinnen könnten dies jedoch nicht verifizieren, weil gemäss Auskunft des Bundespatentgerichts die E-Mails der Parteivertreter, mit denen dem Gericht Namen und Funktion der teilnehmenden Personen bekannt gegeben wurden, nicht parteiöffentlich seien. Ihre eigenen Marken habe die Migros bisher in aller Regel selbst verwaltet. Dies ergebe sich aus dem Swissreg-Auszug, der die im Namen des Migros-Genossenschafts-Bunds seit dem 1. Januar 2005 angemeldeten Marken zeige. Von 439 Marken würden lediglich zwei nicht durch den Migros-Genossenschafts-Bund selbst verwaltet. Eine dieser beiden Marken sei gerade die Marke, deren Anmeldungsverfahren seit fünf Monaten von Troesch Scheidegger Werner AG betreut werde. Die andere dieser beiden Marken, die Marke "SAVIVA", sei am 31. Mai 2012 angemeldet worden und werde von der Kanzlei MeyerLustenberger Lachenal betreut; diese zähle Bundespatentrichter Simon Holzer als Partner. Im gleichen Zeitraum der fraglichen Anmeldungen (von April bis Juni 2012) habe die Migros jedoch 17 zusätzliche Marken selbst neu angemeldet. Im Juli und August 2012 seien noch weitere acht Migros- und eine Denner-Markenanmeldung hinzugekommen, die alle von der Migros-Gruppe direkt betreut würden. Welche Zwecke die plötzliche und isolierte Fremdverwaltungsstrategie der Migros verfolge, sei für die Klägerinnen völlig unklar. Die Beklagten äusserten sich nicht zum Ausstandsbegehren. B.c. Mit Beschluss der Gerichtsleitung vom 13. Februar 2013 wies das Bundespatentgericht das Ausstandsbegehren gegen den nebenamtlichen Richter Peter Rigling ab. Art. 28 PatGG regle im Sinne einer lex specialis gegenüber der ZPO, wann ein Richter wegen eines Mandats einer Person aus seiner Kanzlei in den Ausstand zu treten habe; nämlich immer dann, wenn diese eine Prozesspartei vertrete. Dies sei vorliegend nicht der Fall. Die Person aus der Kanzlei von Richter Rigling vertrete nicht eine der Prozessparteien, sondern eine ausländische Konzerntochter der Konzernmutter einer der Prozessparteien. Damit sei der Tatbestand von Art. 28 PatGG eindeutig nicht erfüllt. Stehe fest, dass die Vertretung der Migros France durch einen Kanzleikollegen als solche keinen Ausstandsgrund für Richter Rigling darstelle, bleibe zu prüfen, ob spezielle Umstände vorlägen, die doch auf eine Befangenheit im Sinne von Art. 47 ZPO schliessen liessen. Es bestehe jedoch insbesondere kein Anlass zur Befürchtung, Richter Rigling lasse sich wegen der Mandatierung seiner Kanzlei mit einem einzelnen unbedeutenden Mandat der Migros France zu einer sachfremden Beurteilung des vorliegenden Prozesses hinreissen. In diesem Zusammenhang gelte es zu betonen, dass jede Prozesspartei am Bundespatentgericht eine potentielle Klientin der Kanzleien der nebenamtlichen technischen und juristischen Richter darstelle und man deswegen nicht davon ausgehe, dass sich der Richter im einzelnen Fall auf die Seite derjenigen Partei schlage, die der prestigeträchtigere oder interessantere Klient wäre. Das System des Bundespatentgerichts mit den nebenamtlichen Richtern, die im Hauptamt in einer Rechtsanwalts- oder Patentanwaltskanzlei tätig sind, stehe und falle mit der Annahme, dass die nebenamtlichen Richter sich nicht von solchen Überlegungen leiten liessen. Für Vermutungen in der von den Klägerinnen geäusserten Art bestehe deshalb kein Raum, womit sich das Ausstandsgesuch als unbegründet erweise. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Klägerinnen dem Bundesgericht, es sei der Beschluss der Gerichtsleitung des Bundespatentgerichts vom 13. Februar 2013 aufzuheben und es sei Fachrichter Peter Rigling in den Ausstand zu versetzen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerinnen haben auf eine Beschwerdeantwort verzichtet. Die Vorinstanz reichte dem Bundesgericht am 29. April 2013 ihre Stellungnahme ein, zu der sich die Beschwerdeführerinnen mit Eingabe vom 14. Mai 2013 äusserten.