Sachverhalt: A. Das Bezirksamt Baden führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung und mehrfachen unberechtigten Verwendens eines Fahrrads. X._ befindet sich seit dem 11. September 2009 in Untersuchungshaft. Am 22. September 2009 ordnete das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau die Verlängerung der Untersuchungshaft bis zum Eingang der Anklage beim Gericht bzw. zumindest bis zum Vorliegen einer Gerichtsstandserklärung an. B. Mit Eingabe vom 12. November 2009 stellte X._ einen Haftentlassungsantrag. Das Präsidium der Beschwerdekammer gab dessen Verteidiger Gelegenheit, sich zum Schlussbericht des Bezirksamts Baden vom 12. November 2009 zu äussern. Mit Verfügung vom 18. November 2009 wies es das Haftentlassungsgesuch ab. C. Am 13. November 2009 hat die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau Anklage gegen X._ wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, Hausfriedensbruch und der unberechtigten Verwendung eines Fahrrads erhoben. Die Anklage umfasst auch einen in der Nacht vom 16./17. Juni 2009 begangenen Einbruchsdiebstahl in eine Autogarage in Kloten. X._ befand sich deswegen vom 17. Juni bis 27. Juli 2009 im Kanton Zürich in Untersuchungshaft. D. Mit Verfügung vom 18. November 2009 setzte der Präsident des Bezirksgerichts Baden, 3. Abteilung, die Hauptverhandlung auf den 12. Januar 2010 an. Er ordnete die vorgesehenen Beweiserhebungen an, setzte den Parteien Frist für ergänzende Beweisanträge und bestimmte, dass X._ bis zur Hauptverhandlung in Haft bleibe. E. Gegen die Abweisung seines Haftentlassungsgesuchs hat X._ am 23. November 2009 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und er sei aus der Haft zu entlassen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. F. Das Präsidium der Beschwerdekammer beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. In seiner Replik vom 2. Dezember 2009 hielt der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.