Mehrwertsteuer (Subventionen), hat sich ergeben: A.- Die eingangs erwähnten Verkehrsunternehmen sind seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Teilweise unterstehen sie der Gruppenbesteuerung. In ihren Abrechnungen für die Mehrwertsteuer für das 1. Quartal 1995 brachten die Verkehrsunternehmen verschiedene Einwendungen an. So bestritten sie u.a. ihre Pflicht, den Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, soweit sie Subventionen und Beiträge der öffentlichen Hand erhielten (Art. 30 Abs. 6 der hier noch anwendbaren Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer, MWSTV, SR 641. 201). Sie betrachten die zitierte Vorschrift als verfassungswidrig und somit nicht anwendbar. Die Eidgenössische Steuerverwaltung erliess deshalb am 9. August 1995 für jedes dieser Verkehrsunternehmen einen Entscheid im Sinne von Art. 51 MWSTV, mit dem sie feststellte, das Verkehrsunternehmen müsse "den Vorsteuerabzug nach Massgabe der von der öffentlichen Hand geleisteten Subventionen und anderen Beiträge verhältnismässig kürzen (Art. 30 Abs. 6 MWSTV)". Mit Einspracheentscheiden vom 2. und 8. Juli 1997 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Entscheide. Sie erwog im Wesentlichen: Subventionen seien gemäss Art. 26 Abs. 6 lit. b MWSTV nicht Teil des Entgelts bzw. des steuerbaren Umsatzes. Aus diesem Grund sehe Art. 30 Abs. 6 MWSTV für die Vorsteuerabzug-Seite eine Korrektur in dem Sinne vor, dass der Vorsteuerabzug nach Massgabe der von der öffentlichen Hand erhaltenen Subventionen und Beiträge zu kürzen sei. Diese Regelung sei verfassungsmässig und vom Verkehrsunternehmen anzuwenden. Die Frage, welche Leistungen der öffentlichen Hand (Deckungsbeiträge, Investitionsbeiträge, Schuldnachlässe usw. ) als Subventionen zu betrachten seien und zu einer Kürzung des Vorsteuerabzuges führen müssten, liess die Eidgenössische Steuerverwaltung ausdrücklich offen. Die weiteren von den Verkehrsunternehmen im Zusammenhang mit den Steuerabrechnungen bestrittenen Punkte - Frage der übergangsrechtlichen Behandlung von Fahrausweisen, Fahrvergünstigungen für das Personal etc. - verwies die Eidgenössische Steuerverwaltung in separate Verfahren, die letztinstanzlich mit Urteil des Bundesgerichts vom 3. August 2000 (2A. 527/1999) erledigt werden konnten. B.- Die Steuerpflichtigen führten je Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Diese vereinigte die Verfahren und hiess mit Urteil vom 2. Februar 1999 die Beschwerden im Sinne der Erwägungen gut und hob die Einspracheentscheide auf. Sie fand, Art. 30 Abs. 6 MWSTV sei verfassungswidrig und könne nicht zur Folge haben, dass der Vorsteuerabzug gekürzt werden müsse. C.- Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Anträgen, der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Steuerpflichtigen den Vorsteuerabzug im Verhältnis der ihnen ausbezahlten Subventionen zu kürzen haben. Die Beschwerdegegnerinnen (Verkehrsunternehmen) beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerrekurskommission verzichtete auf eine Vernehmlassung.