Sachverhalt: A. Die X._ AG ist Eigentümerin des Anfang der 1970er-Jahre erstellten Wohn- und Geschäftshauses (mit Einstellhalle) VS Nr. 578 auf dem Grundstück GB Neuhausen am Rheinfall Nr. 715 an der Industriestrasse 23 in Neuhausen am Rheinfall. Am 29. Mai 2012 beschloss der Gemeinderat Neuhausen am Rheinfall Folgendes: "1. Die X._ AG wird aufgefordert, bis 30. September 2012 die erforderlichen Massnahmen zur Wiederherstellung der normgerechten Tragsicherheit (Normen des Schweizerischen Ingenieur- und Architekten-Vereins, insbesondere Nr. 269 i.V.m. dem Merkblatt Nr. 2018) des Gebäudes VS Nr. 578 auf dem Grundstück GB Neuhausen am Rheinfall Nr. 715 an der Industriestrasse 23 in Neuhausen am Rheinfall im Bereich der Einstellhallen (UG) und des Laubengangs auszuführen respektive ausführen zu lassen sowie dem Baureferat der Gemeinde Neuhausen am Rheinfall nach Abschluss der Arbeiten die Bestätigung eines unabhängigen Bauingenieurs über die normgerechte Tragsicherheit des Gebäudes VS Nr. 578 einzureichen. 2. Die X._ AG wird aufgefordert, bis 30. September 2012 dem Baureferat der Gemeinde Neuhausen am Rheinfall ein bis spätestens 31. März 2013 umzusetzendes Konzept mit den Massnahmen zur Sanierung der weiteren Stockwerke, der Dach- und Terrassenabdichtungen und der Aussenfassade des Gebäudes VS Nr. 578 auf dem Grundstück GB Neuhausen am Rheinfall Nr. 715 an der Industriestrasse 23 in Neuhausen am Rheinfall zuzustellen. 3. Die X._ AG respektive deren Organe und Vertreter werden hiermit darauf aufmerksam gemacht, dass das Nichtbefolgen dieser Aufforderungen (Ziff. 1 und 2 dieses Beschlusses) nach Art. 292 des Schweizerischen Strafgesetzbuchs vom 21. Dezember 1939 (SR 311.0) wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung mit Busse bestraft werden kann. 4. Die mit Verfügung vom 15. März 2011 angeordneten Sofortmassnahmen werden verlängert bis zum Abschluss der Arbeiten gemäss Ziff. 1. 5. Die Kosten der bis heute erfolgten Abklärungen betreffend die Tragfähigkeit des Gebäudes VS Nr. 578 von Fr. 24'556.40 sowie die Gebühr von Fr. 3'500.-- werden der X._ AG auferlegt. Das Bausekretariat Neuhausen am Rheinfall wird mit der Rechnungsstellung beauftragt. 6. Gegen diesen Entscheid können die Berechtigten innert 20 Tagen ab Erhalt beim Regierungsrat des Kantons Schaffhausen Rekurs erheben. Die Rekursschrift muss einen Antrag und seine Begründung enthalten und ist zu unterzeichnen. Der angefochtene Entscheid ist beizulegen oder genau zu bezeichnen. Die Beweismittel, auf die sich der Rekurrent beruft, sollen genau bezeichnet und soweit möglich beigelegt werden. 7. Einem allfälligen Rekurs wird die aufschiebende Wirkung entzogen. 8. [Mitteilung.]" B. Den gegen den Beschluss des Gemeinderats Neuhausen am Rheinfall vom 29. Mai 2012 erhobenen Rekurs der X._ AG hiess der Regierungsrat des Kantons Schaffhausen am 25. September 2012 teilweise gut und änderte die Ziff. 1 und 2 des angefochtenen Beschlusses wie folgt: "1. Die X._ AG wird verpflichtet, die erforderlichen Massnahmen zur Sicherstellung/Wiederherstellung der normgerechten Tragsicherheit (Normen des Schweizerischen Ingenieur- und Architekten-Vereins SIA, insbesondere Norm SIA 269 mit Verweisen, insbesondere Merkblatt Nr. 2018) des Gebäudes VS Nr. 578 auf dem Grundstück GB Neuhausen am Rheinfall Nr. 715 an der Industriestrasse 23 in Neuhausen am Rheinfall im Bereich der Einstellhallen (UG) und des Laubengangs im Sinn der Erwägungen ohne Verzug an die Hand zu nehmen. Die X._ AG wird im Sinn der Erwägungen verpflichtet, bis spätestens 15. November 2012 einen unabhängigen Bauingenieur mit der fachgerechten Prüfung der Sicherstellung/Wiederherstellung der normgerechten Tragsicherheit gemäss SIA 269 (mit Verweisen) zu beauftragen. Die erforderlichen Sanierungsmassnahmen gemäss SIA-Normen (SIA 269 mit Verweisen) sind bis spätestens 31. August 2013 auszuführen respektive ausführen zu lassen. Falls im Rahmen der Überprüfung des Bauwerks gemäss SIA 269 - neben den bestehenden Unterspriessungen - die Notwendigkeit von zusätzlichen sichernden Sofortmassnahmen (Ziff. 7.4 SIA 269) festgestellt werden sollte, ist die X._ AG verpflichtet, diese Massnahmen sofort umzusetzen. Nach Abschluss der Sanierungsarbeiten ist dem Baureferat der Gemeinde Neuhausen am Rheinfall die Bestätigung eines unabhängigen Bauingenieurs über die normgerechte Tragsicherheit des Gebäudes VS Nr. 578 einzureichen. 2. Die X._ AG wird verpflichtet, bis 31. August 2013 dem Baureferat der Gemeinde Neuhausen am Rheinfall ein bis spätestens 31. Dezember 2013 umzusetzendes Konzept mit den Massnahmen zur sicherheitsrelevanten Sanierung der weiteren Stockwerke, der Dach- und Terrassenabdichtungen und der Aussenfassade des Gebäudes VS Nr. 578 auf dem Grundstück GB Neuhausen am Rheinfall Nr. 715 an der Industriestrasse 23 in Neuhausen am Rheinfall zuzustellen." Die Ziff. 5 (Kostenfolge) des Beschlusses des Gemeinderats Neuhausen am Rheinfall vom 29. Mai 2012 hob der Regierungsrat sodann auf. Er wies sie im Sinn der Erwägungen zum neuen Entscheid an den Gemeinderat zurück. Im Übrigen bestätigte der Regierungsrat den Beschluss des Gemeinderats Neuhausen am Rheinfall vom 29. Mai 2012. Einer allfälligen Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen die Ziff. 1 und 2 seines Beschlusses entzog der Regierungsrat die aufschiebende Wirkung. C. Am 16. Oktober 2012 erhob die X._ AG gegen den Beschluss des Regierungsrats vom 25. September 2012 beim Obergericht des Kantons Schaffhausen Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragte, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben, eventuell sei die Sache zum erneuten Entscheid zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht stellte die Beschwerdeführerin den Antrag, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Mit Verfügung vom 9. November 2012 wies das Obergericht das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 17. Dezember 2012 beantragt die X._ AG, die Verfügung des Obergerichts vom 9. November 2012 sei aufzuheben und ihrer Beschwerde an das Obergericht vom 16. Oktober 2012 sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurückzuweisen. Der Gemeinderat Neuhausen am Rheinfall und der Regierungsrat beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht verzichtet auf eine Stellungnahme. In einer weiteren Eingabe hält die Beschwerdeführerin an ihren Rechtsbegehren fest. E. Mit Präsidialverfügung vom 22. Januar 2013 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt.