Sachverhalt: A. Am 10. Mai 1999 meldete sich der 1970 geborene K._ unter Hinweis darauf, dass er wegen seiner "Bandscheiben und Nerven" nicht mehr arbeitsfähig sei, bei der liechtensteinischen Invalidenversicherung zum Bezug einer Invalidenrente an. Von September 2000 bis September 2001 war er bei der X._ AG, Zweigniederlassung Schweiz, angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Personalvorsorgestiftung A._ AG berufsvorsorgeversichert, während die Anstalt "Liechtensteinische Invalidenversicherung" mit Verfügung vom 28. August 2001 einen Leistungsanspruch ablehnte. Auf ein erneutes Rentengesuch vom 10. September 2002 hin sprach sie ihm nach Erlass eines Vorbescheides vom 28. April 2003 mit Verfügung vom 23. Juni 2003 eine ganze Invalidenrente ab Oktober 2002 zu. Nach einer ursprünglichen Herabsetzungsverfügung vom 20. September 2004 bestätigte die IV mit Widerrufsverfügung vom 1. Dezember 2006 die ganze Rente. Auf Gesuch hin lehnte die Personalvorsorgestiftung einen Anspruch aus BVG mit Schreiben vom 19. Dezember 2003 und 27. Januar 2004 ab. B. Nachdem der Oberste Fürstliche Gerichtshof die örtliche Unzuständigkeit der Liechtensteiner Gerichte für die Klage vom 22. Juni 2006 mit Urteil vom 14. Juni 2007 in dritter Instanz festgestellt hatte, beantragte K._ mit Eingabe vom 22. April 2008 beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Ausrichtung einer BVG-Invalidenrente rückwirkend ab 1. Oktober 2002. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die Klage mit Entscheid vom 14. Juli 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt K._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides beantragen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung. Die Personalvorsorgestiftung A._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung verzichtet.