Sachverhalt: A. Die X._ AG erstattete am 3. Februar 2010 Strafanzeige und stellte gleichzeitig Strafantrag gegen A._ sowie die B._ AG wegen Verdachts auf Verletzung des Geschäftsgeheimnisses im Sinne von Art. 162 StGB. Die X._ AG - spezialisiert in der Kadervermittlung für zeitlich befristete Projekte - wirft A._ vor, als ehemaliger Branchen- und Marketingleiter bei ihr mehrere Tausend dem Geschäftsgeheimnis unterliegende Datensätze möglicher Kunden und Manager entwendet zu haben. Diese Informationen habe er in seiner neuen Funktion als Leiter Marketing und Vertrieb der direkten Konkurrentin B._ AG offengelegt und dort zur Abwerbung von Kunden und Managern der X._ AG benutzt. B. B.a Mit Verfügung vom 5. September 2011 stellte die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug die Strafuntersuchung gegen A._ und die B._ AG mangels eines die Anklage rechtfertigenden Tatverdachts ein. Gleichzeitig trat es auf die von der X._ AG adhäsionsweise geltend gemachten Zivilforderungen nicht ein und verwies diese auf den Zivilweg. B.b Am 18. September 2011 erhob die X._ AG beim Obergericht des Kantons Zug gegen die Einstellungsverfügung Beschwerde. Mit Eingabe vom 18. November 2011 ersuchte sie beim Obergericht zudem um Akteneinsicht in Kundendateien der B._ AG. Mit Verfügung vom 29. März 2012 wies das Obergericht das Akteneinsichtsgesuch ab. Mit Urteil gleichen Datums wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. C. Die X._ AG führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht und beantragt zur Hauptsache, das Urteil sowie die Verfügung des Obergerichts aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, die Strafuntersuchung im Sinne der Erwägungen weiterzuführen. A._ und die B._ AG beantragen in getrennten Eingaben, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Obergericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die X._ AG und A._ halten in einem weiteren Schriftenwechsel an ihren Begehren und Vorbringen fest.