Sachverhalt: A. Die X._ AG - am 26. Oktober 1998 mit Sitz in B._ gegründet - bezweckt laut Handelsregisterauszug insbesondere die Errichtung und den Betrieb einer Golfplatz-Anlage inklusive Clubhaus in A._. Sie ist zu diesem Zeitpunkt eine 100%-Tochtergesellschaft der Y._ International Inc. mit Sitz in Dallas, USA (nachfolgend: Y._). Seit dem 1. März 1999 ist sie im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. B. Im Juni, Juli und September 2002 führte die ESTV bei der X._ AG Kontrollen durch. Gestützt darauf forderte sie am 11. September 2002 für die Steuerperioden vom 1. März 1999 bis 31. Dezember 2000 Fr. 996'534.-- zuzüglich Verzugszins. Am 14. August 2003 bestätigte sie diese Forderung verfügungsweise. Dagegen hat die X._ AG Einsprache erhoben. Die ESTV hiess diese im Betrag von Fr. 657'057.-- gut, darüber hinaus wies sie diese ab. Der für den Zeitraum 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000 geschuldete Mehrwertsteuerbetrag belief sich noch auf Fr. 314'673.30 zuzüglich Verzugszins. Dagegen hat die X._ AG beim Bundesverwaltungsgericht erfolglos Beschwerde geführt. C. Die X._ AG beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 8. Juni 2009 aufzuheben und die ESTV zu verurteilen, ihr für die Steuerperioden 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000 eine Gutschrift in der Höhe von Fr. 314'673.30 auszustellen, sowie zu verpflichten, ihr zugunsten eine Gutschrift für die von ihr deklarierte Vorsteuerkürzung in Höhe von Fr. 46'669.-- nebst Vergütungszins von 5% ab 8. Mai 2002 zu erstellen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung und auf einen Antrag verzichtet. Die ESTV beantragt Abweisung und verweist im Wesentlichen auf ihre Stellungnahme im Verfahren vor der Vorinstanz.