Sachverhalt: A. Die 1974 geborene V._ war bis 10. Oktober 2008 als Sachbearbeiterin bei der D._ AG tätig gewesen. Am 1. Oktober 2008 meldete sie sich unter Hinweis auf einen am 29. Januar 2006 erlittenen Verkehrsunfall, bei dem sie sich ein Polytrauma mit mittelschwerem bis schwerem Schädelhirntrauma zugezogen hatte, zur Früherfassung und zum Leistungsbezug in Form von Arbeitsvermittlung bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Bern zog die Akten der Unfallversicherung bei, worunter ein polydisziplinäres Gutachten der medizinischen Abklärungsstelle X._ vom 10. Dezember 2009, und holte eine interdisziplinäre Expertise bei der medizinischen Abklärungsstelle Y._ ein (Gutachten vom 1. Dezember 2011). Am 23. Februar 2012 verneinte die IV-Stelle verfügungsweise einen Anspruch auf berufliche Massnahmen und Rente. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die dagegen erhobene Beschwerde, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war, mit Entscheid vom 9. Januar 2013 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt V._ beantragen, die Sache sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheids an die Vorinstanz, eventuell an die Beschwerdegegnerin, zur Einholung eines neuen medizinischen Gutachtens zurückzuweisen. Gleichzeitig wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.