Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG (Mieterin, Klägerin, Beschwerdeführerin) ist Mieterin einer 4.5-Zimmerwohnung im ersten Obergeschoss West des Wohn- und Geschäftshauses Strasse Z._ in A._. Der Mietvertrag datiert vom 17. September 2004 und wurde mit dem vormaligen Eigentümer der Liegenschaft abgeschlossen, welcher die Liegenschaft per 8. Oktober 2010 an die Y._ AG (Vermieterin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) verkaufte. A.b Mit Schreiben vom 8. November 2010 orientierte die Vermieterin die Mieterin über den Eigentümerwechsel sowie die Übernahme der mit dem Voreigentümer abgeschlossenen Mietverträge mit allen Rechten und Pflichten. Im genannten Schreiben teilte die Vermieterin der Mieterschaft auch mit, dass sie sie persönlich kennenlernen möchte und in den nächsten Tagen zwecks einer Bestandesaufnahme einen Rundgang durch die gemieteten Räume machen werde. A.c Am 22. März 2011 gab die Vermieterin der Mieterin bekannt, dass die Analyse der Bausubstanz ergeben habe, dass das Gebäude die Umweltstandards nicht mehr erfülle und deshalb vollständig renoviert werden müsse. Da das Bewohnen und Arbeiten im Haus aufgrund des Umfangs der Sanierungsmassnahmen nicht mehr zumutbar sei, kündigte die Vermieterin das Mietverhältnis auf den 30. Juni 2011. B. B.a Am 8. Juli 2011 reichte die Mieterin beim Kantonsgericht Nidwalden Klage ein mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass die Kündigung der Vermieterin vom 22. März 2011 ungültig und damit unwirksam sei, eventualiter sei festzustellen, dass die Kündigung gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstosse, subeventualiter sei das Mietverhältnis erstmals um drei Jahre respektive nach Ermessen des Gerichts zu erstrecken. Mit Urteil vom 1. Dezember 2011 wies das Kantonsgericht Nidwalden die Klage ab und stellte fest, dass die Kündigung durch die Vermieterin gültig und wirksam per 30. Juni 2011 erfolgt sei und nicht gegen Treu und Glauben verstosse. Ferner hiess es das Ausweisungsgesuch der Vermieterin gut und verpflichtete die Mieterin, die Wohnung innert 10 Tagen (nach Rechtskraft des Urteils) zurückzugeben. B.b Mit Entscheid vom 20. September 2012 wies das Obergericht des Kantons Nidwalden die von der Klägerin gegen das Urteil des Kantonsgericht Nidwalden erhobene Berufung ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, die Beschwerde sei vollumfänglich gutzuheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 20. September 2012 sei in sämtlichen Punkten aufzuheben, eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beklagte beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Präsidialverfügung vom 3. Dezember 2012 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.