Sachverhalt: A. X._, geboren 1. Oktober 1954, türkische Staatsangehörige, war von 1976 bis 1988 mit dem Landsmann Y._ verheiratet. Aus der Ehe gingen vier Kinder hervor, nämlich die Töchter A._, geboren 1977, B._, geboren 1979, C._, geboren 1983, und der Sohn D._, geboren 1987. Bei der Scheidung wurden sämtliche Kinder unter die elterliche Sorge der Mutter gestellt. Der geschiedene Ehemann reiste anfangs März 1989 in die Schweiz ein und heiratete Mitte April 1989 eine hier niedergelassene Ungarin. Aufgrund dessen erhielt er am 26. April 1994 die Niederlassungsbewilligung. Die kinderlos gebliebene Ehe wurde im Februar 1995 geschieden. Am 15. September 1997 heirateten Y._ und X._ ein zweites Mal. Mitte Mai 2002 ersuchte Y._ um Erteilung einer Einreisebewilligung für den Sohn D._ zum dauernden Verbleib beim Vater. Mitte Oktober 2003 stellte er ein Gesuch auch um Erteilung der Aufenthaltsbewilligung für die Ehefrau, obwohl er seit dem Jahr 2000 in der Schweiz in Wohngemeinschaft mit einer Freundin lebte. X._ wurde in der Folge die Aufenthalts-, dem Sohn die Niederlassungsbewilligung erteilt. Am 6. März 2004 wurde die Tochter A._ in der Türkei von ihrer Schwiegermutter getötet. Um im Prozess auszusagen, kehrte X._ am 10. April 2004 in die Türkei zurück, worauf ihr Ehemann sie und den Sohn bei der Einwohnerkontrolle Geroldswil abmeldete, mit dem Hinweis, er habe sich von ihr getrennt. Am 26. Juni 2004 reiste indessen X._ wieder in die Schweiz ein, ebenso - etwas später - der Sohn. Nach einem ehelichen Streit suchte sie am 13. Juli 2004 ein Heim der Heilsarmee auf. Am 8. Oktober 2004 erliess das Bezirksgericht Zürich Eheschutzmassnahmen. Am 11. Dezember 2007 wurde die Ehe schliesslich geschieden und Y._ zur Leistung von Unterhaltsbeiträgen an seine Frau von monatlich Fr. 1'400.-- für die Dauer von fünf Jahren verpflichtet. Die Tochter B._ ist seit dem 12. Dezember 2006 mit dem italienisch-schweizerischen Doppelbürger Z._ verheiratet. In der Wohnung von Schwiegersohn und Tochter lebt X._ seit dem 15. Januar 2006. B. Mit Verfügung vom 7. April 2005 verweigerte das Migrationsamt des Kantons Zürich X._ die Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung. Dagegen erhob sie Rekurs an den Regierungsrat des Kantons Zürich, der diesen mit Beschluss vom 30. Januar 2008 abwies. Auf eine dagegen gerichtete Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich trat dieses mit Urteil vom 11. Juni 2008 nicht ein. C. Am 25. August 2008 hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und ihr die Aufenthaltsbewilligung zu erteilen. Zudem stellt sie Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Migration stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde. D. Dem von der Beschwerdeführerin gestellten Gesuch um aufschiebende Wirkung wurde mit Verfügung des Abteilungspräsidenten vom 1. September 2008 im Sinne der Erwägungen entsprochen.