Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Uri verurteilte A._ mit Strafbefehl vom 10. Januar 2012 wegen sexueller Handlungen mit Kindern und Abhängigen zu einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 30.--. Dagegen erhob er am 12. und 30. Januar 2012 Einsprache bei der Staatsanwaltschaft. Weil die erste Einsprache formungültig war und die Zweite nicht fristgerecht erfolgte, erwuchs der Strafbefehl in Rechtskraft. A._ stellte am 12. Oktober 2012 bei der Staatsanwaltschaft erfolglos das Gesuch, seine Eingabe vom 30. Januar 2012 sei als Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist gegen den Strafbefehl zu behandeln und es sei ihm ein amtlicher Verteidiger zu bestellen. Die Beschwerde A._s wies das Obergericht des Kantons Uri am 27. März 2013 ab. B. A._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen, damit sie die Einsprachefrist gegen den Strafbefehl wiederherstelle. Eventualiter sei die Sache zur Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.