Sachverhalt: A. Mit Urteil vom 2. März 2005 sprach der Präsident I des Bezirksgerichts Aarau X._ schuldig der mehrfachen Gewalt und Drohung gegen Beamte (Art. 285 Ziff. 1 StGB), des mehrfachen Hausfriedensbruches (Art. 186 StGB), der geringfügigen Sachbeschädigung (Art. 144 Abs. 1 i.V.m. Art. 172ter StGB), der Drohung (Art. 180 StGB), der mehrfachen Beschimpfung (Art. 177 Abs. 1 StGB) sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz (Art. 90 Ziff. 1, Art. 99 Ziff. 4 SVG), der mehrfachen Widerhandlung gegen das Transportgesetz (Art. 51 Abs. 1 TG) und der Widerhandlung gegen Art. 8 i.V.m. Art. 1 Abs. 1 des Bundesgesetzes betreffend Handhabung der Bahnpolizei. Eine dagegen von X._ erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 20. Juni 2006 ab. B. X._ führt gegen das Urteil des Obergerichts eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde und beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Das Obergericht hat sich mit Eingabe vom 7. September 2006 zur Beschwerde vernehmen lassen. Weitere Stellungnahmen wurden nicht eingeholt.