Sachverhalt: A. A.X._ und B.X._ betreiben seit 1983 in R._ ein landwirtschaftliches Gewerbe. Sie führen keine Buchhaltung und sind gemäss Aargauer Praxis auf Grund ihres Alters (geb. 1931 bzw. 1930) hiervon befreit. Mit dem Inkrafttreten des revidierten aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG) auf den 1. Januar 2001 setzten die Steuerbehörden die Buchwerte für Landwirte in ihrer Situation neu fest. B. Die Steuerkommission R._ veranlagte A.X._ und B.X._ am 11. Dezember 2003 für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001. Dabei legte sie die Anlagekosten, Abschreibungen und Buchwerte der landwirtschaftlichen Grundstücke und Gebäude per 1. Januar 2001 wie folgt fest: Anlagekosten Abschreibungen Buchwert Gebäude Fr. 499'764.-- Fr. 123'914.-- Fr. 375'850.-- Land und Wald Fr. 78'875.-- Fr. 0.-- Fr. 78'875.-- Mit Einspracheentscheid vom 25. November 2004 hielt die Steuerkommission hieran fest. Das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau hiess den hiergegen gerichteten Rekurs am 5. Juli 2006 in dem Sinne teilweise gut, als es die Abschreibungen auf dem Gebäude erst seit der Hofübernahme im Jahre 1983 berücksichtigte (statt 1968), diese so auf Fr. 102'664.-- reduzierte und den massgebenden Buchwert des Gebäudes auf Fr. 397'100.-- anhob. Im Detail ergaben sich hinsichtlich der Gebäude folgende Werte: Anlagekosten Abschreibungen Buchwert Hofübernahme Fr. 50'000.-- Fr. 22'500.-- Fr. 27'500.-- Investition 1983 Fr. 29'764.-- Fr. 29'764.-- Fr. 0.-- Hofumbau 1993 Fr. 420'000.-- Fr. 50'400.-- Fr. 369'600.-- Gebäude total Fr. 499'764.-- Fr. 102'664.-- Fr. 397'100.-- Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau bestätigte diesen Entscheid auf Beschwerde hin am 19. Dezember 2006. C. A.X._ und B.X._ beantragen vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die aargauischen Steuerbehörden und Steuergerichte anzuweisen, die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) umzusetzen. Mit Ersatzbeschaffungen verbundene altrechtliche Sofortabschreibungen nach dem bisherigen aargauischen Steuergesetz - wie die von ihnen getätigte Investition aus dem Jahre 1983 - minderten die Anlagekosten (und erhöhten damit den dereinst steuerbaren Grundstückgewinn) und dürften aufgrund des Steuerharmonisierungsgesetzes nicht (mehr) als wiedereingebrachte Abschreibungen einkommenssteuerrechtlich erfasst werden. Das Steueramt des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen; das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verweist auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid.