betreffend Stiftungsaufsicht; Rechtsverweigerung, hat sich ergeben: A.- Auf Ersuchen des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) in seiner Funktion als eidgenössische Stiftungsaufsicht stellte die Sozialbehörde Embrach die Dr. Rau'sche Kunststiftung (nachfolgend Stiftung) gestützt auf Art. 393 Ziff. 4 ZGB unter Beistandschaft (Verfügung vom 28. Mai 1999). Zum Beistand wurde Rechtsanwalt Dr. Stephan Eschmann, Zürich (nachfolgend Beistand), ernannt. Diese Anordnung wurde gerichtlich bestätigt, zuletzt vom Bundesgericht mit Urteil vom 3. Oktober 2000. Nachdem das Amtsgericht Baden-Baden das Begehren des Beistands um Bestellung eines Betreuers für den Stifter und Stiftungsratspräsidenten Dr. Gustav Rau abgelehnt und vorfrageweise dessen Geschäftsfähigkeit festgestellt hatte (Beschluss vom 20. September 2000), gelangte dieser an das EDI mit dem Begehren um sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost, Dr. Werner Thost und Pierre Boissonas, um Ernennung von Dietrich Stettler, Dr. Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten und um Aufhebung der Beistandschaft zufolge Neubestellung des Stiftungsrates. Daraufhin erliess das EDI am 22. Dezember 2000 eine superprovisorische Zwischenverfügung, worin es die Vormundschaftsbehörde von Embrach anhielt, den Beistand unverzüglich abzuberufen, an Stelle des Beistands rechtliche Schritte zur Einstellung eines Beschlagnahmeverfahrens in Paris betreffend 95 Bilder der Collection Rau zu unternehmen und den Beistand zur Aktenübergabe an den neuen Stiftungsrat anzuweisen (Ziff. 1). Weiter ordnete es die sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost, Dr. Werner Thost und Pierre Boissonas an und ernannte Fürsprecher Dietrich Stettler, Dr. Lukas Imark und René Peterhans zu neuen Stiftungsräten (Ziff. 2). Mit Ziff. 3 der Verfügung wurde das Handelsregisteramt Zürich angewiesen, die entsprechenden Eintragungen im Handelsregister vorzunehmen, und in Ziff. 4 wurde die Vormundschaftsbehörde dringend um sofortige Aufhebung der Beistandschaft für die Stiftung ersucht. Einer allfälligen Beschwerde gegen die Verfügung entzog das EDI die aufschiebende Wirkung (Ziff. 7). Gegen diese Verfügung beschwerte sich der Beistand für die Stiftung und in eigenem Namen beim Bundesgericht. Dieses trat mit Entscheid vom 19. Januar 2001 auf die Beschwerde nicht ein, weil der Kostenvorschuss verspätet geleistet worden war (Verfahren 5A.35/2000). B.- In der Folge ersuchte der Beistand das EDI um Aufhebung, eventuell Wiedererwägung der Zwischenverfügung vom 22. Dezember 2000. Auf dieses Gesuch trat das EDI nicht ein (Brief der Departementsvorsteherin vom 23. Februar 2001). C.- Mit Eingabe vom 28. März 2001 führen Stiftung und Beistand Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Sie beantragen die kostenfällige Aufhebung des Entscheids des EDI vom 23. Februar 2001. Im Weiteren sei die Nichtigkeit der Zwischenverfügung vom 22. Dezember festzustellen, eventuell die Sache zum Entscheid über die Nichtigkeit an das EDI zurückzuweisen. Die Beschwerdeführer ersuchen ausserdem um Erlass vorsorglicher Massnahmen und die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Beidem wurde mit Verfügung vom 2. April 2001 nicht entsprochen. D.- Am 4. April 2001 sind die Beschwerdeführer mit einem Begehren um Wiedererwägung der Anordnung betreffend vorsorgliche Massnahmen an das Bundesgericht gelangt. Mit Verfügung vom 9. April 2001 hat der Präsident der II. Zivilabteilung auch das Wiedererwägungsgesuch abgewiesen.