Sachverhalt: Sachverhalt: A. Ehepaar X._ sind heute Eigentümer der Liegenschaft Zwinglistrasse 49, Parzelle Nr. C3356, Grundbuch St. Gallen. Das Grundstück liegt gemäss Zonenplan der Stadt St. Gallen vom 1. November 1980 in der Wohnzone W3a sowie im Baumschutzgebiet. Zudem befindet sich die Liegenschaft im Plangebiet des Überbauungsplans Greifenacker vom 17. Juni 1921 bzw. 3. Juni 1954. Die nach Süden stark abfallende Parzelle wurde in den Jahren 2004/2005 mit einem 9.8 m langen und 7.8 m breiten fünfstöckigen, turmartigen Einfamilienhaus mit Flachdach überbaut. Südlich des Hauses steht eine geschützte Blutbuche, deren Krone mit einem Durchmesser von fast 20 m das Haus überragt. An der nordwestlichen Grundstücksecke liegt die Parzelle Nr. C4934, mit einer in den Hang hinein gebauten Trafostation. Auf dem Dach dieser Station befindet sich ein Carport mit zwei Autoabstellplätzen für die Liegenschaft Zwinglistrasse 49. Nördlich grenzt die Parzelle Nr. C3356 an die Zwinglistrasse. Die dahinter liegende Nachbarparzelle Nr. C2459 (Dufourstrasse 105) ist mit einem dreigeschossigen Mehrfamilienhaus mit Giebeldach überbaut. An der nordwestlichen Grundstücksecke liegt die Parzelle Nr. C4934, mit einer in den Hang hinein gebauten Trafostation. Auf dem Dach dieser Station befindet sich ein Carport mit zwei Autoabstellplätzen für die Liegenschaft Zwinglistrasse 49. Nördlich grenzt die Parzelle Nr. C3356 an die Zwinglistrasse. Die dahinter liegende Nachbarparzelle Nr. C2459 (Dufourstrasse 105) ist mit einem dreigeschossigen Mehrfamilienhaus mit Giebeldach überbaut. B. Am 30. Juli 2001 reichte der Architekt Y._ bei der Baupolizei St. Gallen ein Baugesuch für ein Einfamilienhaus auf dem Grundstück Nr. C3356 ein. Eigentümerin der Parzelle war zum damaligen Zeitpunkt noch die Stadt St. Gallen. Dagegen erhob der Nachbar und Eigentümer der Parzelle Nr. C3511, A._, Einsprache, weil aufgrund des massgebenden Überbauungsplans eine Überbauung von Grundstück Nr. C3356 unzulässig sei. In einer vorläufigen Beurteilung hielt die Leitung der Baupolizei am 5. September 2001 fest, aufgrund der gegenwärtigen Rechtslage sei die Erteilung einer baupolizeilichen Ausnahmebewilligung in keiner Art und Weise gerechtfertigt. Aus städtebaulicher Sicht sei die Baupolizei jedoch der Auffassung, dass ein Neubau mit dem vorgesehenen Volumen auf dieser Parzelle durchaus berechtigt sei. Das Baugesuch könne daher nur bewilligt werden, wenn der Überbauungsplan vollständig aufgehoben oder eine Teilaufhebung für die Parzelle Nr. C3356 rechtskräftig geworden sei. Nach verschiedenen Besprechungen zwischen den Parteien und Behörden zog A._ seine Einsprache am 17. Juni 2002 zurück. In einer vorläufigen Beurteilung hielt die Leitung der Baupolizei am 5. September 2001 fest, aufgrund der gegenwärtigen Rechtslage sei die Erteilung einer baupolizeilichen Ausnahmebewilligung in keiner Art und Weise gerechtfertigt. Aus städtebaulicher Sicht sei die Baupolizei jedoch der Auffassung, dass ein Neubau mit dem vorgesehenen Volumen auf dieser Parzelle durchaus berechtigt sei. Das Baugesuch könne daher nur bewilligt werden, wenn der Überbauungsplan vollständig aufgehoben oder eine Teilaufhebung für die Parzelle Nr. C3356 rechtskräftig geworden sei. Nach verschiedenen Besprechungen zwischen den Parteien und Behörden zog A._ seine Einsprache am 17. Juni 2002 zurück. C. Mit Beschluss vom 1. Juli 2002 bewilligte die Baupolizeikommission der Stadt St. Gallen das Baugesuch unter Bedingungen und Auflagen. Im Bewilligungsentscheid wurde unter anderem festgehalten, der Überbauungsplan schliesse grundsätzlich eine weitere Überbauung der Parzelle aus, weshalb das Vorhaben baurechtswidrig sei. Es sei eigentlich angezeigt, den Plan aufzuheben. Weil der Perimeter aber viele Parzellen umfasse und der Ausgang eines Aufhebungsverfahrens ungewiss sei, komme die Baupolizeikommission zum Schluss, die im öffentlichen Interesse liegende Verdichtung bzw. bauliche Ausnützung eines eingezonten Grundstückes sei über eine Ausnahmebewilligung zu ermöglichen. Da der Überbauungsplan keine Vorschriften über die Bauweise enthalte, würden ergänzend die Regelbauvorschriften für die Wohnzone 3a gelten. In dieser Zone seien dreigeschossige Bauten mit einer maximalen Gebäudehöhe von 11 m zugelassen. Die Aufnahmen des Vermessungsamtes zeigten, dass mit dem Projekt die maximal zulässige Gebäudehöhe von 11 m ab Niveaupunkt exakt eingehalten werde. C. Mit Beschluss vom 1. Juli 2002 bewilligte die Baupolizeikommission der Stadt St. Gallen das Baugesuch unter Bedingungen und Auflagen. Im Bewilligungsentscheid wurde unter anderem festgehalten, der Überbauungsplan schliesse grundsätzlich eine weitere Überbauung der Parzelle aus, weshalb das Vorhaben baurechtswidrig sei. Es sei eigentlich angezeigt, den Plan aufzuheben. Weil der Perimeter aber viele Parzellen umfasse und der Ausgang eines Aufhebungsverfahrens ungewiss sei, komme die Baupolizeikommission zum Schluss, die im öffentlichen Interesse liegende Verdichtung bzw. bauliche Ausnützung eines eingezonten Grundstückes sei über eine Ausnahmebewilligung zu ermöglichen. Da der Überbauungsplan keine Vorschriften über die Bauweise enthalte, würden ergänzend die Regelbauvorschriften für die Wohnzone 3a gelten. In dieser Zone seien dreigeschossige Bauten mit einer maximalen Gebäudehöhe von 11 m zugelassen. Die Aufnahmen des Vermessungsamtes zeigten, dass mit dem Projekt die maximal zulässige Gebäudehöhe von 11 m ab Niveaupunkt exakt eingehalten werde. D. Am 7. Juli 2003 reichte der Architekt Y._ ein Korrekturgesuch ein. Dieses sah den Einbau eines Lifts mit einer entsprechenden Dachaufbaute sowie zwei gedeckte Parkplätze und eine Grundrissänderung vor. Die Baupolizeibehörde bewilligte den Lifteinbau und die Erweiterung des Autounterstands am 7. August 2003. Am 4. September 2003 ging das Eigentum an der Parzelle Nr. C3356 auf Ehepaar X._ über. Am 23. August bzw. 4. September 2003 schlossen die Eigentümer der Liegenschaften Zwinglistrasse 45 und 49 einen Dienstbarkeitsvertrag ab. Zugunsten der Parzelle Nr. C3511 von A._ und zulasten des Baugrundstücks Nr. C3356 wurde eine Baubeschränkung vereinbart und im Grundbuch eingetragen. Danach ist auf dem Grundstück Nr. C3356 eine maximale Bauhöhe (Dachrand) von 735.5 m ü.M., eine maximale Baubreite von 7.8 m und eine maximale Baulänge von 11.5 m erlaubt. Die im Rahmen eines weiteren Korrekturgesuchs eingereichten Begehren um Änderung der Umgebung, Fällung eines Baumes und Erstellung eines zusätzlichen Sitzplatzes bewilligte die Baupolizeibehörde am 16. Januar 2004. Die im Rahmen eines weiteren Korrekturgesuchs eingereichten Begehren um Änderung der Umgebung, Fällung eines Baumes und Erstellung eines zusätzlichen Sitzplatzes bewilligte die Baupolizeibehörde am 16. Januar 2004. E. Anlässlich einer Rohbaukontrolle vom 6. Dezember 2004 stellte die Baupolizeibehörde fest, dass die Konstruktion der Decke über dem zweiten Obergeschoss respektive das Flachdach um ca. 30 cm erhöht worden war. Eine Kontrolle des Ausführungsplans ergab, dass der Dachrand neu auf einer Kote von 735.77 m ü.M. lag, womit die zulässige Gebäudehöhe ohne Bewilligung ca. 30 cm überschritten war. Bei der Rohbaukontrolle war das Dach mit Dachpappe abgedeckt und auf diese Weise vor eindringendem Wasser geschützt. Der Innenraum war im Rohbau fertig erstellt. Hierauf stellte die Baupolizei die Bauarbeiten mit Verfügung vom 10. Dezember 2004 ein. Sie hielt u.a. fest, die Fortsetzung der Bauarbeiten an und im Bereich der Decke über dem zweiten Obergeschoss sei in Bestätigung der bereits mündlich ausgesprochenen Baueinstellung vom 9. Dezember 2004 ausdrücklich untersagt. Bis spätestens 24. Dezember 2004 sei der Baupolizei ein Korrekturgesuch einzureichen. Die Baueinstellung gelte bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Baubewilligung. E. Anlässlich einer Rohbaukontrolle vom 6. Dezember 2004 stellte die Baupolizeibehörde fest, dass die Konstruktion der Decke über dem zweiten Obergeschoss respektive das Flachdach um ca. 30 cm erhöht worden war. Eine Kontrolle des Ausführungsplans ergab, dass der Dachrand neu auf einer Kote von 735.77 m ü.M. lag, womit die zulässige Gebäudehöhe ohne Bewilligung ca. 30 cm überschritten war. Bei der Rohbaukontrolle war das Dach mit Dachpappe abgedeckt und auf diese Weise vor eindringendem Wasser geschützt. Der Innenraum war im Rohbau fertig erstellt. Hierauf stellte die Baupolizei die Bauarbeiten mit Verfügung vom 10. Dezember 2004 ein. Sie hielt u.a. fest, die Fortsetzung der Bauarbeiten an und im Bereich der Decke über dem zweiten Obergeschoss sei in Bestätigung der bereits mündlich ausgesprochenen Baueinstellung vom 9. Dezember 2004 ausdrücklich untersagt. Bis spätestens 24. Dezember 2004 sei der Baupolizei ein Korrekturgesuch einzureichen. Die Baueinstellung gelte bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Baubewilligung. F. Am 20. Dezember 2004 reichten Y._ sowie Ehepaar X._ ein Korrekturgesuch für die bereits ausgeführte Erhöhung des Gebäudes um 36 cm ein. Dagegen erhoben die B._ AG, die Eigentümerin der Nachbargrundstücke Nrn. C2458 und C2459, und A._ Einsprache. Die Baupolizeikommission entschied am 21. Januar 2005, es lägen keine Gründe vor, welche die Erteilung einer Ausnahmebewilligung rechtfertigen würden. Die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei allerdings unverhältnismässig. Dagegen gelangten beide Einsprecher sowie der Architekt mit Rekurs ans Baudepartement des Kantons St. Gallen. Y._ beantragte die Erteilung einer Ausnahmebewilligung, währenddem die Nachbarn um den Rückbau der Baute auf das Ausmass der rechtskräftigen Baubewilligung ersuchten. Das Baudepartement wies sämtliche Rekurse mit Entscheid vom 13. Februar 2006 ab, soweit diese nicht gegenstandslos geworden waren. F. Am 20. Dezember 2004 reichten Y._ sowie Ehepaar X._ ein Korrekturgesuch für die bereits ausgeführte Erhöhung des Gebäudes um 36 cm ein. Dagegen erhoben die B._ AG, die Eigentümerin der Nachbargrundstücke Nrn. C2458 und C2459, und A._ Einsprache. Die Baupolizeikommission entschied am 21. Januar 2005, es lägen keine Gründe vor, welche die Erteilung einer Ausnahmebewilligung rechtfertigen würden. Die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei allerdings unverhältnismässig. Dagegen gelangten beide Einsprecher sowie der Architekt mit Rekurs ans Baudepartement des Kantons St. Gallen. Y._ beantragte die Erteilung einer Ausnahmebewilligung, währenddem die Nachbarn um den Rückbau der Baute auf das Ausmass der rechtskräftigen Baubewilligung ersuchten. Das Baudepartement wies sämtliche Rekurse mit Entscheid vom 13. Februar 2006 ab, soweit diese nicht gegenstandslos geworden waren. G. Die Parteien erhoben hierauf Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, im Wesentlichen mit den gleichlautenden Anträgen wie im Rekursverfahren. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde von A._ und der B._ AG mit Urteil vom 14. September 2006 gut, wohingegen es diejenige von Y._ abwies. Ehepaar X._ wies es an, die Höhe des Wohnhauses auf dem Grundstück Nr. C3356 auf das in der Baubewilligung vom 1. Juli 2002 festgelegte Mass zu reduzieren. G. Die Parteien erhoben hierauf Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, im Wesentlichen mit den gleichlautenden Anträgen wie im Rekursverfahren. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde von A._ und der B._ AG mit Urteil vom 14. September 2006 gut, wohingegen es diejenige von Y._ abwies. Ehepaar X._ wies es an, die Höhe des Wohnhauses auf dem Grundstück Nr. C3356 auf das in der Baubewilligung vom 1. Juli 2002 festgelegte Mass zu reduzieren. H. Mit Eingaben vom 20. Oktober 2006 erheben sowohl Y._ als auch Ehepaar X._ staatsrechtliche Beschwerden gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 14. September 2006. Ehepaar X._ (als Beschwerdeführer 1) berufen sich auf die Eigentumsgarantie und machen eine Verletzung des Willkürverbotes infolge unvollständiger Sachverhaltsfeststellung, eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots sowie der Gemeindeautonomie geltend. Y._ (als Beschwerdeführer 2) rügt die willkürliche Anwendung kantonalen Baurechts, insbesondere die unrichtige und unvollständige Feststellung des Sachverhalts sowie eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots. Alle Beschwerdeführer ersuchen zudem um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schliesst auf Abweisung beider Beschwerden. Das Baudepartement des Kantons St. Gallen verzichtet unter Verweis auf seinen Entscheid auf einen formellen Antrag. Desgleichen sieht die Politische Gemeinde St. Gallen von einer Stellungnahme ab. Die B._ AG und A._ als private Beschwerdegegner beantragen die Abweisung der Beschwerden. Auch im weiteren, zum Teil unaufgefordert eingereichten Schriftenwechsel halten die Parteien sinngemäss an ihren Begehren fest. Mit Präsidialverfügung vom 21. November 2006 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.