Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümerin der Strassenparzelle Nr. 1, Grundbuch A._ in B._. Y._ gehören die Liegenschaften Nrn. 2 und 3, beide Grundbuch A._ in B._. Sie liegen links und rechts der Strassenparzelle Nr. 1 und werden durch diese erschlossen. Auf den Grundstücken von Y._ befinden sich insgesamt sechs Bäume; zwei auf Grundstück Nr. 3 (serbische Fichte und Hängebuche) und vier auf Grundstück Nr. 2 (Japanische Zierkirsche, Serbische Fichte, Japanischer Fächerahorn und Hängebuche). B. B.a Am 1. September 2003 klagte X._ beim Kantonsgericht Nidwalden gegen Y._. Im Rahmen des erstinstanzlichen Verfahrens vertrat sie die Ansicht, dass die Bäume alle im Grenzunterabstand zu ihrer Strassenparzelle gepflanzt worden und demnach zu entfernen seien. Überdies stehe ihr ein Beseitigungsanspruch aus Bundesrecht zu, da der Blattabfall der Bäume im Herbst zu einem gefährlichen Zustand auf der Strassenparzelle führe. In einem Eventualbegehren beantragte sie, der Beklagte sei zu verpflichten, die die Strassenparzelle überragenden Äste der Bäume zu beseitigen. Mit Urteil vom 22. April 2004 wies das Kantonsgericht die Klage ab. B.b Gegen dieses Urteil reichte die Klägerin am 2. Juli 2004 beim Obergericht des Kantons Nidwalden Appellation ein mit den Anträgen: "...... 1. Die Appellation sei gutzuheissen und das Urteil des Kantonsgerichtes Nidwalden, Zivilabteilung, Kleine Kammer vom 22. April 2004 (ZK 03 36) sei aufzuheben. 2. Der Beklagte sei zu verpflichten, die vier auf der beklagtischen Liegenschaft 2, Grundbuch A._, gewachsenen Bäume und die zwei auf der beklagtischen Liegenschaft 3, Grundbuch A._, gewachsenen Bäume, welche näher als vier Meter zur klägerischen Strassenparzelle 1, Grundbuch A._, stehen, zu entfernen, 2.1 eventuell sei der Beklagte zu verpflichten, je die eine Hängebuche auf den beklagtischen Liegenschaften 2 und 3, Grundbuch A._, zu entfernen und die überragenden Äste der weiteren drei Bäume auf der beklagtischen Liegenschaft 2 sowie des weiteren Baumes auf der beklagtischen Liegenschaft 3, je Grundbuch A._, welche näher als 4 m zur klägerischen Strassenparzelle Liegenschaft 1, Grundbuch A._, stehen, zu beseitigen, 2.2 subeventuell sei der Beklagte zu verpflichten, die die klägerische Strassenparzelle, Liegenschaft 1, Grundbuch A._, überragenden Äste der vier auf der beklagtischen Liegenschaft 2, Grundbuch A._, gewachsenen Bäume und die zwei auf der beklagtischen Liegenschaft 3, Grundbuch A._, gewachsenen Bäume, welche näher als 4 m zur klägerischen Strassenparzelle/ Liegenschaft 1, Grundbuch A._, stehen, zu beseitigen, und zwar innert 30 Tagen nach Rechtskraft des Urteils, eventuell innert einer vom Gericht festzulegenden Frist, alles unter Androhung im Falle des Ungehorsams von Haft bis 10 Tage oder Busse bis Fr. 500.-- gemäss Art. 215 ZPO bzw. von Haft oder Busse gemäss Art. 292 StGB. 3. Die Klägerin sei, wenn die Frist gemäss vorstehender Ziff. 2 vom Beklagten nicht eingehalten wird oder das Entfernen der Bäume und/oder eventuell das Beseitigen der überragenden Äste nicht oder nicht vollständig entsprechend der Verpflichtung gemäss Ziff. 2 erfolgt, berechtigt zu erklären, den angeordneten Zustand auf Kosten des Beklagten durch die Polizei oder durch einen Gärtner unter Mithilfe der Polizei zu vollstrecken. .. ....." Nachdem das Obergericht am 11. November 2004 einen Augenschein durchgeführt hatte, wies es gleichentags die Appellation ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil. Es kam zum Schluss, die Rüge des Unterabstandes sei verjährt; der Klägerin stehe auch ein Beseitigungsanspruch gestützt auf Art. 679 i.V.m. Art. 684 ZGB nicht zu, da der behauptete Laubabfall keine übermässige Immission im Sinne des Gesetzes darstelle. Aber auch der Eigentumsfreiheitsklage nach Art. 641 Abs. 2 ZGB sei kein Erfolg beschieden. C. Die Klägerin gelangt mit Berufung an das Bundesgericht. Sie beantragt, das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben. Im Übrigen übernimmt sie die vor der letzten kantonalen Instanz gestellten Begehren (vgl. lit. B hiervor). Der Beklagte beantragt die Abweisung der Berufung, eventualiter eine allfällige Verpflichtung zur Beseitigung von Bäumen oder Ästen auf die Winterzeit zu legen. Das Obergericht hat unter Hinweis auf das angefochtene Urteil auf Gegenbemerkungen verzichtet.