Sachverhalt: A. B._ kam mit H._ überein, für ihn Hanf anzupflanzen und ihm den geernteten Hanf zu übergeben. Zu diesem Zweck pachtete er in der Ortschaft D._ von einem Bauer 51 Aren Ackerland. An den jährlichen Pachtzins von Fr. 6'000.-- schoss ihm H._ Fr. 4'000.-- vor. Ende Mai 2002 pflanzte er ca. 1800 Setzlinge THC-reicher Hanfsorten, die er zuvor von H._ bezogen hatte. Bevor B._ den Hanf (THC-Gehalt 12,3-15%) ernten konnte, wurde dieser amtlich beschlagnahmt. Gemäss Übereinkunft hätte B._ von H._ Fr. 5'000.-- für den Anbau und die Aufzucht der Pflanzen erhalten sollen. B. Gestützt auf diesen Sachverhalt und weitere Anklagepunkte verurteilte das Kantonsgericht Schaffhausen B._ am 24. August 2005 wegen qualifizierter und mehrfacher einfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie mehrfacher Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes zu 16 Monaten Gefängnis als Zusatzstrafe zu einem Strafbefehl vom 13. Januar 2003. Gleichzeitig widerrief es den bedingten Strafvollzug jener Haftstrafe von 14 Tagen sowie einer Gefängnisstrafe von 2 Monaten vom 16. Juni 2000. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies am 24. August 2007 eine Berufung von B._ ab und verurteilte ihn zu einer Gesamtstrafe von 18 Monaten Freiheitsstrafe. Das Bundesgericht hiess am 11. April 2008 eine Beschwerde des Verurteilten gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie ihn vom Vorwurf der bandenmässigen Begehung freispreche und ein neues Urteil fälle. C. Das Obergericht verurteilte B._ am 31. Oktober 2008 wegen mehrfacher einfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und mehrfacher Übertretung desselben zu 10 Monaten Freiheitsstrafe als teilweise Zusatzstrafe zu zwei Strafbefehlen vom 13. Januar 2003 und 13. April 2005. Gleichzeitig schrieb es das Berufungsverfahren in Bezug auf den Widerruf der 2-monatigen Gefängnisstrafe ab und verzichtete auf den Vollzug der 14-tägigen Haftstrafe. D. B._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.