Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft für Besondere Aufgaben des Kantons Bern führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (illegaler Hanfanbau). Am 17. August 2011 beauftragte sie die Kantonspolizei, die vom Beschuldigten auf ca. 15-20 Aren angebauten Hanfbestände (ca. 1'000 Cannabispflanzen) vorläufig sicherzustellen bzw. ihren Umfang festzustellen sowie Hanfproben zu entnehmen und analysieren zu lassen. B. Nachdem die Analyse (durch das Institut für Rechtsmedizin der Universität Bern) THC-Gehalte von 1,7 bzw. 2,0 Prozent ergeben hatte, verfügte die Staatsanwaltschaft am 23. August 2011 die Beschlagnahme der Hanfbestände im Hinblick auf eine allfällige Einziehung. Sie beauftragte die Kantonspolizei, das Hanffeld fachmännisch zu schneiden und die Ernte an einem geeigneten und sicheren Ort zu lagern. Gleichentags wurde die Einziehungsbeschlagnahme vollzogen. Wegen unfachmännischer Lagerung (zu hohe Feuchtigkeit) erlitt die Hanfernte in der Folge einen Schimmelpilzbefall, weshalb die verdorbene Ware auf Anordnung der Staatsanwaltschaft am 9. September 2011 entsorgt und vernichtet werden musste. C. Mit Beschluss vom 15. Dezember 2011 trat das Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, auf die vom Beschuldigten gegen die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 17. August 2011 (vorläufige Sicherstellung und THC-Analyse) erhobene Beschwerde nicht ein. Die gegen die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 23. August 2011 (Einziehungsbeschlagnahme, Ernte/Aufbewahrung) gerichtete Beschwerde hiess das Obergericht in dem Sinne gut, als es feststellte, dass die Beschlagnahme (bzw. deren Vollzugsmodalitäten) "widerrechtlich" gewesen sei. D. Gegen den Entscheid des Obergerichts gelangte die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern mit Beschwerde vom 16. Januar 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Der beschuldigte private Beschwerdegegner beantragt mit Stellungnahme vom 3. Februar 2012 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet.