Sachverhalt: A. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau entzog X._ am 5. November 2010 den Führerausweis vorsorglich und ordnete an, er habe sich einer verkehrsmedizinischen Abklärung zu unterziehen. Einer allfälligen Beschwerde entzog es die aufschiebende Wirkung. Zur Begründung führte es an, die Regionalpolizei Spreitenbach habe ihm am 19. Oktober 2010 berichtet, es bestünde der Verdacht, dass X._ die Fahreignung abgehen könnte. X._ focht diese Verfügung beim Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) an, welches die Beschwerde am 2. Februar 2011 abwies und einer allfälligen Verwaltungsgerichtsbeschwerde die aufschiebende Wirkung entzog. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hiess die Beschwerde von X._ gegen diesen Departementsentscheid am 27. Juli 2011 teilweise gut, hob den vorsorglichen Führerausweisentzug auf und wies das Strassenverkehrsamt an, ihm den Führerausweis umgehend wieder auszuhändigen (Dispositiv-Ziffer 1). Die Anordnung der verkehrsmedizinischen Abklärung bestätigte es im Ergebnis. Es auferlegte dem Beschwerdeführer sowohl die Kosten des Verfahrens vor dem DVI (Dispositiv-Ziffer 2.1) als auch diejenigen des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens (Dispositiv-Ziffer 2.2) zu je einem Viertel. Es wies das Strassenverkehrsamt an, dem Beschwerdeführer die Hälfte der vor dem DVI entstandenen, auf Fr. 3'000.-- festgesetzten Parteikosten zu ersetzen (Dispositiv-Ziffer 3.1) und das DVI, ihm die Hälfte der vor Verwaltungsgericht entstandenen, auf Fr. 2'000.-- festgesetzten Parteikosten zu ersetzen (Dispositiv-Ziffer 3.2). B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Beschwerdeführer sinngemäss, den Entscheid des Verwaltungsgerichts dahingehend abzuändern, dass der Entscheid des DVI vollumfänglich aufgehoben werde. Die Kosten des Verfahrens vor dem DVI und dem Verwaltungsgericht seien vom Kanton Aargau zu tragen, und es sei das Strassenverkehrsamt anzuweisen, ihm die gesamten im Verfahren vor dem DVI entstandenen, gerichtlich auf Fr. 3'000.-- festgesetzten Parteikosten zu ersetzen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. C. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung erkannte der Beschwerde am 27. September 2011 aufschiebende Wirkung zu. D. Das Verwaltungsgericht, das DVI und das Strassenverkehrsamt verzichten auf Vernehmlassung in der Sache. Das ASTRA beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. Das DVI verzichtet auf weitere Stellungnahme. Das Strassenverkehrsamt beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts zu bestätigen.