Sachverhalt: A. H._, geboren 1958, war Mitinhaber und Geschäftsführer der Firma N._ GmbH. Am 30. Oktober 2003 erlitt er einen Auffahrunfall. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher er für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und entrichtete Taggelder. Mit Verfügung vom 14. März 2008 und Einspracheentscheid vom 10. September 2008 hielt die SUVA fest, dass sich der versicherte Verdienst gemäss Vereinbarung vom 30. August 2001 auf Fr. 60'000.- belaufe. Gestützt auf den Besuchsrapport vom 21. Juni 2004 habe der letzte vor dem Unfall deklarierte Lohn im Jahr 2002 Fr. 66'000.- betragen, welcher Betrag als Taggeldbasis für den Unfall vom 30. Oktober 2003 diene. Die im Rahmen des Jahresabschlusses anfangs 2004 nachträglich rückwirkend gebuchten Lohnzahlungen für das Jahr 2003 in der Höhe von Fr. 119'600.- könnten nicht berücksichtigt werden. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 20. Mai 2009 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm ab dem 2. November 2003 ein Taggeld für eine Arbeitsunfähigkeit von 100% im Umfang des Höchstbetrages des versicherten Verdienstes zuzusprechen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.