Kernzonenplan Ottikon, hat sich ergeben: A.- Mit Beschluss vom 30. Januar 1997 revidierte der Grosse Gemeinderat der Stadt Illnau-Effretikon die kommunale Richt- und Nutzungsplanung, bestehend unter anderem aus der Bau- und Zonenordnung, dem Zonenplan 1:5000 und den Kernzonenplänen für die einzelnen Ortsteile. Nach dem Beschluss des Grossen Gemeinderats entdeckte das mit der Revision beauftragte Planungsbüro im Rahmen der Bereinigung der Revisionsunterlagen für die öffentliche Auflage und für die Genehmigung durch den Regierungsrat, dass die Zonengrenze im Kernzonenplan Ottikon Massstab 1:1000 im Bereich des Grundstücks Kat.-Nr. 6178, neu 6589, nicht mit dem Zonenplan Massstab 1:5000 übereinstimmte. Während im Zonenplan der entsprechende Grundstücksteil (ca. 12,5 a) in der Kernzone lag, war er im Kernzonenplan in der Landwirtschaftszone eingezeichnet. Das Planungsbüro korrigierte dies und brachte die Zonengrenze auf dem Kernzonenplan mit dem Zonenplan in Übereinstimmung, so dass der fragliche Grundstücksteil in der Kernzone lag. Die öffentliche Auflage erfolgte ab 7. März 1997 während 20 Tagen. Sie umfasste unter anderem den überarbeiteten Kernzonenplan Ottikon mit den vorgenommenen Korrekturen. Die revidierte Nutzungsplanung wurde am 4. März 1998 vom Regierungsrat des Kantons Zürich unter Vorbehalt einiger hier nicht interessierender Punkte genehmigt. B.- Am 22. Juni 1999 reichten Anita und Marco Greter beim Bezirksrat Pfäffikon Beschwerde und Rekurs sowie eine Aufsichtsbeschwerde gegen den Stadtrat Illnau-Effretikon ein. Mit Beschwerde/Rekurs beantragten sie, der Gemeindebehörde Illnau-Effretikon zu untersagen, für das fragliche Grundstück eine Baubewilligung zu erteilen; ferner sei festzustellen, dass der vom Regierungsrat genehmigte Kernzonenplan nicht dem vom Grossen Gemeinderat genehmigten Plan entspreche, und die vom Stadtrat vorgenommene Änderung am Kernzonenplan, eventuell die Zuordnung des Grundstücks zum Übergangsbereich, als nichtig zu erklären oder allenfalls aufzuheben. Subeventuell sei der Stadtrat anzuweisen, die Änderungen nachträglich in einem korrekten Verfahren festzusetzen. In der Aufsichtsbeschwerde beantragten sie, es sei festzustellen, dass der vom Stadtrat dem Regierungsrat unterbreitete Kernzonenplan Ottikon nicht dem vom Grossen Gemeinderat genehmigten Plan entspreche; ferner seien die beanstandeten Vorgänge zu untersuchen, die Verantwortlichkeiten festzustellen und die nötigen Massnahmen zu treffen sowie die für die nachträgliche Durchführung eines rechtmässigen Planfestsetzungsverfahrens erforderlichen Anweisungen zu erteilen. Der Bezirksrat Pfäffikon trat am 15. Dezember 1999 auf den Rekurs/Beschwerde nicht ein und gab der Aufsichtsbeschwerde im Sinne der Erwägungen keine Folge. Er erwog, mit Rekurs/Beschwerde werde eine Rechtsverletzung im Sinne von § 151 Abs. 1 Ziff. 1 des kantonalen Gemeindegesetzes vom 6. Juni 1926 gerügt. Die Beschwerdefrist dafür betrage 30 Tage (§ 128 des kantonalen Wahlgesetzes vom 4. September 1983 [WAG] in der Fassung gemäss Verwaltungsrechtspflegegesetz vom 8. Juni 1997). Die Beschwerde richte sich gegen einen öffentlich aufgelegten Kernzonenplan. Die Beschwerdefrist habe daher mit der amtlichen Veröffentlichung zu laufen begonnen, weshalb die Eingabe verspätet sei. Zur Aufsichtsbeschwerde erwog der Bezirksrat, der Zonenplan, wonach das fragliche Grundstück zur Kernzone gehöre, sei korrekt festgelegt worden. Das Grundstück sei bereits vorher in der Kernzone gelegen; eine Auszonung sei im Rahmen der Planungsarbeiten nie zur Diskussion gestanden. Die Korrektur der Zonengrenze auf dem Kernzonenplan sei als blosse Berichtigung zulässig gewesen. Für die Anordnung aufsichtsrechtlicher Massnahmen bestehe kein Anlass. C.- Anita und Marco Greter erhoben dagegen am 10. Januar 2000 Rekurs an den Regierungsrat des Kantons Zürich und gleichzeitig Aufsichtsbeschwerde gegen die Behörden der Gemeinde Illnau-Effretikon. Sie beantragten, den Nichteintretensentscheid des Bezirksrats aufzuheben und die angefochtene Sache an den Bezirksrat zur materiellen Behandlung zu überweisen. Zudem sei der regierungsrätliche Genehmigungsbeschluss wiedererwägungsweise aufzuheben. Schliesslich seien die Vorgänge in Ausübung der Oberaufsicht zu untersuchen und die allenfalls erforderlichen Massnahmen zu treffen. D.- Zudem stellte Marco Greter am 7. Januar 2000 beim Bezirksrat Pfäffikon ein Gesuch um Wiederherstellung der Beschwerdefrist gegen den Beschluss des Grossen Gemeinderats vom 30. Januar 1997. Der Bezirksrat trat mit Präsidialverfügung vom 14. Januar 2000 auf dieses Gesuch nicht ein. E.- Der Regierungsrat des Kantons Zürich wies am 21. Juni 2000 die Beschwerde von Anita und Marco Greter ab und gab der Aufsichtsbeschwerde keine Folge. F.- Anita und Marco Greter erhoben am 2. August 2000 staatsrechtliche Beschwerde gegen den Beschluss des Regierungsrats sowie gegen die Präsidialverfügung des Bezirksrats vom 14. Januar 2000. Sie stellen den Antrag, den Beschluss des Regierungsrats vom 21. Juni 2000 aufzuheben, den Genehmigungsbeschluss des Regierungsrats vom 4. März 1998 aufzuheben, soweit er den Zonenplan Gemeindeteil Ottikon und den Kernzonenplan Ottikon betrifft, den Beschluss des Grossen Gemeinderats vom 30. Januar 1997 aufzuheben, insoweit darin der Verlauf der Kernzonengrenze in Ottikon festgelegt wurde, die Präsidialverfügung des Bezirksrats Pfäffikon vom 14. Januar 2000 aufzuheben und die zuständigen Behörden anzuweisen, den Verlauf der Kernzonengrenze Ottikon ordnungsgemäss festzusetzen und den Beschluss in gesetzmässiger Weise zu publizieren. Ferner beantragen sie, als vorsorgliche Massnahme die Baurekurskommission III des Kantons Zürich anzuweisen, die pendenten Rekurse betreffend das Grundstück Nr. 6589 in Ottikon bis zum Entscheid über die Beschwerde zu sistieren. G.- Die Stadt Illnau-Effretikon und der Bezirksrat Pfäffikon stellen den Antrag die Beschwerde und das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen abzuweisen. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich beantragt namens des Regierungsrats, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen. H.- Mit Verfügung des Präsidenten der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 14. September 2000 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.