Sachverhalt: A. Die Bundesanwaltschaft erhob am 31. März 2008 Anklage gegen X._. In der Folge sprach ihn das Bundesstrafgericht mit Entscheid vom 8. Januar 2009 der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten. Zudem verfügte es die Einziehung von drei sichergestellten Mobiltelefonen und setzte eine Ersatzforderung von Fr. 1'150.-- für den Erlös aus dem Drogenhandel fest. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Bundesstrafgerichts sei aufzuheben, und die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Das Bundesstrafgericht und die Bundesanwaltschaft beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, bzw. sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.