Sachverhalt: A. X._ wurde am 23. November 2008 wegen dringenden Tatverdachts der Brandstiftung und Fortsetzungsgefahr verhaftet. Er befindet sich seither in Untersuchungshaft. Nach der Anklageschrift der Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft vom 24. März 2009 wird ihm mehrfache (teilweise versuchte) Brandstiftung, Widerhandlung gegen das Waffengesetz sowie mehrfache Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz vorgeworfen. Am 7. April 2009 ersuchte X._ um Entlassung aus der Untersuchungshaft, eventuell unter Anordnung geeigneter Ersatzmassnahmen. Er machte geltend, die Fortsetzungsgefahr sei weggefallen, weil die Gefahr eines Rückfalls nach dem über ihn erstellten Gutachten vom 11. Februar 2009 als gering eingestuft werden müsse. Der Präsident des Strafgerichts Basel-Landschaft wies das Haftentlassungsgesuch mit Verfügung vom 17. April 2009 ab, weil der dringende Tatverdacht und die Fortsetzungsgefahr fortbestünden. Er bestätigte die Verlängerung der Untersuchungshaft (nunmehr Sicherheitshaft) vorläufig bis zur Durchführung der gerichtlichen Hauptverhandlung, längstens bis zum 24. September 2009. B. Mit Beschwerde vom 19. Mai 2009 beantragt X._, die Verfügung des Präsidenten des Strafgerichts sei aufzuheben und er sei aus der Haft zu entlassen. Eventuell sei er unter Anordnung geeigneter Ersatzmassnahmen aus der Haft zu entlassen. Er rügt in mehrfacher Hinsicht die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) und des Verhältnismässigkeitsprinzips sowie willkürliche Beweiswürdigung. C. Die Staatsanwaltschaft und das Strafgerichtspräsidium beantragen die Abweisung der Beschwerde. Aus der ausführlichen Vernehmlassung des Präsidenten des Strafgerichts geht hervor, dass er mit Verfügung vom 12. Mai 2009 einem Antrag des Beschwerdeführers um Verlegung in eine geeignete Massnahmenanstalt entsprochen hat.