Sachverhalt: A. Mit drei als Sicherungsübereignung bezeichneten Verträgen vom 19. März 2008 übertrug die A._ AG (welche damals noch B._ AG hiess und nachfolgend Schuldnerin genannt wird) der Bank X._ je einen Inhaberschuldbrief über Fr. 230'000.-- im 1. Rang auf den Grundstücken C._-GBB-8870 bzw. -8871 sowie -8872. Am 26. November 2010 verkaufte die Schuldnerin die Grundstücke an Y._, welcher zum Drittpfandgeber wurde; die Parteien vereinbarten zwar eine Bereinigung der Situation, welche in der Folge aber scheiterte. Mit gerichtlichem Entscheid vom 14. Juli 2011 wurde die Schuldnerin gemäss Art. 731b Abs. 1 Ziff. 3 OR aufgelöst und ihre Liquidation nach den Vorschriften über den Konkurs angeordnet. Nachdem die Bank die Schuldbriefe am 27. Oktober 2011 per 31. Januar 2012 gekündigt hatte, leitete sie mit Zahlungsbefehl Nr. zzz des Betreibungsamtes D._ vom 6. März 2012 die Betreibung auf Grundpfandverwertung ein, wobei sie die drei Schuldbriefe als Forderungstitel nannte. Y._ erhob am 9. März 2012 Rechtsvorschlag. B. Zur Beseitigung des Rechtsvorschlages stellte die Bank gegen Y._ für Fr. 931'500.-- nebst Zins zu 10 % seit 1. Februar 2012 ein Rechtsöffnungsgesuch. Mit Entscheid vom 8. Juni 2012 erteilte das Bezirksgericht Willisau lediglich für Fr. 397'125.-- nebst Zins zu 5 % seit 1. Februar 2012 sowie für das betreffende Grundpfandrecht die provisorische Rechtsöffnung. Hiergegen erhoben beide Parteien Berufung, wobei die Bank Rechtsöffnung für Fr. 742'273.-- nebst Zins zu 5 % seit 1. Februar 2012 auf Fr. 701'345.20 verlangte und der Drittpfandgeber einen Betrag von Fr. 375'331.25 ohne Zinsen zugestand. Mit Entscheid vom 10. Oktober 2012 erteilte das Obergericht des Kantons Luzern provisorische Rechtsöffnung für Fr. 375'331.25 sowie für das betreffende Grundpfandrecht. C. Gegen diesen Entscheid hat die Bank am 29. November 2012 eine Beschwerde erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Sache an das Obergericht. Dieses verlangte mit Vernehmlassung vom 10. Januar 2013 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Drittpfandgeber schloss mit Vernehmlassung vom 16. Januar 2013 auf Abweisung der Beschwerde. Die Sache wurde am 31. Oktober 2013 in einer öffentlichen Sitzung beraten.