A.- Der 1963 geborene K._ bezog ab 1. Februar 1992 eine ganze Invalidenrente. Mit Verfügung vom 22. April 1994 setzte die IV-Stelle Nidwalden diese auf eine halbe herab. Am 24. Juni 1996 ersuchte K._ um revisionsweise Erhöhung auf eine ganze Rente. Die IV-Stelle lehnte dieses Gesuch mit Verfügung vom 4. Dezember 1996 ab und hob zudem die halbe Rente auf Ende Januar 1997 auf. Eine daraufhin erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 11. August 1997 ab. Die hiegegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 12. Juni 1998 in dem Sinne gut, dass es die Sache zu näheren Abklärungen an die IV-Stelle zurückwies. Die IV-Stelle holte ein Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 5. Juli 1999 ein und lehnte die Ausrichtung einer Rente mit Verfügung vom 29. September 1999 erneut ab. B.- Die dagegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 2. Oktober 2000 ab. C.- K._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, es sei ihm ab 1. Juni 1996 eine ganze Invalidenrente auszurichten. Zudem ersucht er um unentgeltliche Verbeiständung. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherung sich nicht vernehmen lässt.