Auflösung des Dienstverhältnisses, hat sich ergeben: A.- C._, geb. 1941, trat am 1. August 1993 als Angestellter in der Funktion Chef Logistik der Hauptwerkstätte Olten (HWO) in den Dienst der Schweizerischen Bundesbahnen (SBB). Am 3. Februar 1997 verfügte die Direktion Zugförderung und Wektstätten (ZfW), dass C._ ab 1. März 1997 in der HWO mit Sonderaufgaben ohne Vorgesetztenfunktion betraut und unter Beibehaltung der bisherigen Einreihung (23. Lohnklasse) zum Technischen Beamten umbenannt sowie direkt dem Vorstand der Hauptwerkstätte unterstellt werde. Zudem werde er vorläufig im Angestelltenverhältnis belassen und nicht ins Beamtenverhältnis aufgenommen. Beschwerden bei der Generaldirektion SBB und der Eidgenössischen Personalrekurskommission blieben erfolglos. Am 7. September 1999 wies das Bundesgericht eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dieser Angelegenheit ab (Verfahren 2A.482/1998). Seit dem 10. Februar 1997 war C._ zu 100% krank geschrieben. Am 10. Dezember 1997 verfügte die Direktion Personal der SBB eine Reduktion des Lohnanspruches um die Hälfte (zuzüglich den ungekürzten Ortszuschlag). Erneut blieben Beschwerden bei der Generaldirektion SBB sowie der Eidgenössischen Personalrekurskommission ohne Erfolg und wies das Bundesgericht am 7. September 1999 eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde in diesem Zusammenhang ab (Verfahren 2A.125/1999). B.- Mit Verfügung vom 17. Januar 2000 löste die Organisationseinheit Grossunterhalt Rollmaterial das Dienstverhältnis von C._ auf den 30. April 2000 wegen gesundheitlicher Nichteignung auf. Am 29. Mai 2000 wies der Zentralbereich Personal der SBB eine dagegen erhobene Beschwerde ab und legte das Auflösungsdatum neu auf den 30. Juni 2000 fest. C._ führte dagegen Beschwerde bei der Eidgenössischen Personalrekurskommission, welche die Beschwerde am 20. November 2000 abwies und den Entscheid des Zentralbereichs Personal der SBB bestätigte. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 29. Dezember 2000 beantragt C._, den Entscheid der Personalrekurskommission aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an diese zurückzuweisen; überdies ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Der Zentralbereich Personal der SBB und die Eidgenössische Personalrekurskommission haben auf die Einreichung einer Vernehmlassung verzichtet.