Sachverhalt: A. Die A._ GmbH (Klägerin, Beschwerdeführerin) und die B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) schlossen im Juni 2009 einen Werkvertrag über Boden- und Wandplattenarbeiten in der Wohnüberbauung C._ in U._. Am 26. bzw. 31. August 2009 unterzeichneten sie einen weiteren Werkvertrag über Boden- und Wandplattenarbeiten in der Wohnüberbauung D._ in V._. In beiden Verträgen war als Werklohn ein Pauschalpreis vorgesehen: Für das Objekt C._ betrug dieser Fr. 1'360'000.-- netto und für die D._ Fr. 305'000.-- netto. Die Beklagte leistete der Klägerin Akontozahlungen von insgesamt Fr. 1'100'000.-- für das C._ und von Fr. 270'000.-- für die D._. Die Parteien hatten schon vor diesen beiden Projekten zusammengearbeitet. Insbesondere waren sie im Zusammenhang mit dem Wohnpark E._ in U._ ein Werkvertragsverhältnis über Boden- und Wandplattenarbeiten eingegangen. In der Wohnüberbauung C._ wurden 118 Wohneinheiten erstellt, in der D._ deren 34. In 20 Wohneinheiten im C._ und in einer Wohneinheit an der D._ führte die Klägerin gar keine Arbeiten aus. In acht Wohneinheiten des Projekts C._ und sechs Wohneinheiten der D._ leistete sie Arbeiten in reduziertem Umfang. B. Mit Klage vom 13. März 2012 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Bern, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 196'613.-- nebst Zins sowie Fr. 200.-- Betreibungskosten und Fr. 250.-- Kosten des Aussöhnungsversuchs zu bezahlen. Ferner sei in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Oberland, Dienststelle Oberland West, definitive Rechtsöffnung zu erteilen. In der Replik erhöhte die Klägerin die Klageforderung auf Fr. 198'784.70. Die Beklagte trug auf Abweisung der Klage an und erhob Widerklage auf Bezahlung von Fr. 53'776.75 nebst Zins. An der Fortsetzungsverhandlung reduzierte sie ihre Widerklageforderung auf Fr. 49'000.--. Mit Entscheid vom 4. Dezember 2013 wies das Handelsgericht die Klage ab und verpflichtete die Klägerin in weitgehender Gutheissung der Widerklage, der Beklagten Fr. 45'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Widerklage ab. C. Die Klägerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Handelsgerichts vom 4. Dezember 2013 aufzuheben und die Klagebegehren gutzuheissen. Die Widerklage der Beklagten sei vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beklagte beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.