Sachverhalt: A. Die Swatch SA (Beschwerdeführerin) ist eine schweizerische Aktiengesellschaft, deren Zweck die Herstellung von und der Handel mit Uhren, Bijouterieartikeln, elektronischen Geräten wie auch von Konsumgütern jeder Art ist. Sie ist Inhaberin der als Gemeinschaftsmarke eingetragenen Wortmarke "swatch" mit dem Prioritätsdatum vom 15. April 1996. Die X._ SA (Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft aus Y._, deren Gesellschaftszweck sich über alle Tätigkeiten der Entwicklung, der Produktion und des Ein- und Verkaufs von Gütern und Dienstleistungen an etwelche mögliche nationale und internationale Abnehmer erstreckt. Im Handelsregister werden in der Rubrik "Werbung" auch Wertgegenstände wie namentlich Schmuck und Uhren genannt. Die Beschwerdegegnerin ist Inhaberin der Gemeinschafts (wort) marke "Icewatch" mit dem Prioritätsdatum vom 13. Dezember 2006 bzw. Inhaberin der Wort-/Bildmarke "Ice-Watch". Nachdem sie im Jahre 2005 entschied, Uhren in ihr Werbegeschenksortiment aufzunehmen, meldete sie am 13. Dezember 2006 beim europäischen Harmonisierungsamt für den Binnenmarkt (Harmonisierungsamt, HABM) die Wortmarke "icewatch" als Gemeinschaftsmarke in der Klasse 14 gemäss Nizza-Klassifikation an. Am 20. August 2008 erhob die Beschwerdeführerin dagegen Einspruch. Den betreffenden Streit legten die Parteien mit dem Abschluss einer "Abgrenzungsvereinbarung" vom 15./20. Mai 2008 bei, die den Eintrag der strittigen Marke erlaubte und wie folgt lautet: "The following is concluded: 1. X._ is the holder of CTM application n° AAA._ for the word trademark ICEWATCH in the international class 14. 2. SWATCH objected to the use and registration of the trademark ICEWATCH and introduced an opposition procedure with OHIM against aforementioned application (opposition n° BBB._). 3. X._ acknowledges the prior trademark rights for SWATCH on the term SWATCH and will never derive any rights against the use, registration or renewal by SWATCH of the trademark SWATCH. 4. X._ undertakes to use the trademark ICEWATCH only as a device trademark where the term "ICE" and the term "WATCH" are represented on two separate text lines. When referring to the product e.g. in commercial literature or in an article the applicant will be entitled to refer to the trademark as "ICE-WATCH" or "ice-watch", the two words always divided by a hyphen. 5. X._ untertakes to file for new trademark applications only as device trademark where the term "ICE" and the term "WATCH" are represented on two separate text lines. 6. With regard to points 4 and 5, SWATCH consents especially to the use and registration of the trademark ICEWATCH as shown below: 7. According to point 4, X._ undertakes to adapt its websitewww.ice-watch.com and to delete all references to the term ICEWATCH, except for those references in conformity with point 4 of the present agreement. 8. SWATCH declares having no objection against the use of the website www.ice-watch.com and any mention of the term www.ice-watch.com. 9. At latest within 10 days from the moment X._ executed point 7 of the present agreement, SWATCH will withdraw the CTM opposition n° BBB._. 10. X._ undertakes to refund the opposition fee and the costs incurred by the withdrawal of the opposition, costs fixed in a contractual way and limited to 550EUR. 11. The present agreement has world wide validity. It is granted for a duration corresponding to the duration of preservation of the titles protecting the tradmarks "ICEWATCH" and "SWATCH" and/or the use of the designation "ICE-WATCH". 12. This agreement is governed by Swiss Law. Any dispute ensuing from the present agreement and especially concerning its conclusion, its validity, its interpretation, its execution, its violation or its cancellation, as well as any extra contractual complaint, will be in the exclusive competence of the courts of the Canton Bern, Switzerland. 13. Should one ore more conditions of the present agreement be invalid, the contents of the other conditions of this agreement should not be affected. Possible ineffective conditions are to be replaced by effective ones which are in close relationship in the spirit and aim of this agreement." Die Beschwerdegegnerin bemühte sich in der Folge, die Konditionen aus der Abgrenzungsvereinbarung auch ihren Detaillisten weiterzugeben und diese vertraglich an die korrekte Verwendung der Marke "Ice-Watch" zu binden. Sie erzielte mit ihrem Uhrenabsatz grosse Erfolge und ist mittlerweile an allen grossen Ausstellungen und Messen präsent. Mit Kündigungsschreiben vom 5. Juni 2009 erklärte die Beschwerdeführerin die fristlose Auflösung der Abgrenzungsvereinbarung. Zur Begründung nannte sie folgende "offenkundige Verstösse" gegen die Abgrenzungsvereinbarung, die sie aus der Webseite "www.ice-watch.com" der Beschwerdegegnerin ersehen hatte: - Die "Neon Collection 2009" werde gross mit der Marke "ICE-WATCH" auf einer Zeile geschrieben präsentiert. - Im "Corporate Catalogue" werde den Kunden die Möglichkeit geboten, die Uhren mit der Wortmarke "ICE-WATCH" auf der Lünette anzupassen. - Die Marktstände der Beschwerdegegnerin seien in New York im Januar 2009, in London im Februar 2009 und in Seoul im Mai 2009 gross mit der Wortmarke "ICE-WATCH" oder "Ice-Watches" auf einer Zeile angeschrieben gewesen. Darüber hinaus verwies die Beschwerdeführerin, ohne konkrete Beispiele zu nennen, auf zahlreiche weitere Markenverwendungen durch die Beschwerdegegnerin, die der Abgrenzungsvereinbarung widersprächen. Vorgängig dem Kündigungsschreiben waren seitens der Beschwerdeführerin keine Rügen oder Mahnungen gegenüber der Beschwerdegegnerin betreffend ihre Markenverwendung erfolgt. Mit Schreiben vom 3. Juli 2009 bestritt die Beschwerdegegnerin die Kündigung "förmlich". Sie bat die Beschwerdeführerin, ihr Kopien der wesentlichen Elemente und Dokumente, auf die sich die Vorwürfe stützten, zukommen zu lassen, damit sie gehörig Stellung nehmen könne. Die Beschwerdeführerin verwies mit Schreiben vom 10. Juli 2009 auf die im Kündigungsschreiben vorgebrachten Gründe und bemerkte, dass die Beschwerdegegnerin zwischenzeitlich die Verletzungen behoben habe, weshalb sie sich ihrer Verstösse genau bewusst gewesen sei. Am 8. Januar 2010 erfuhr die Beschwerdegegnerin davon, dass die Beschwerdeführerin gegen die Anmeldung ihrer Wort-/Bildmarke "ICE-WATCH", gemäss Abgrenzungsvereinbarung auf zwei Zeilen geschrieben, am 17. September 2008 in den USA Widerspruch erhoben hatte. Seither erfolgten zahlreiche Widersprüche der Beschwerdeführerin gegen Markeneintragungsgesuche der Beschwerdegegnerin. B. B.a. Die Beschwerdegegnerin erhob am 14. Juli 2010 beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage gegen die Beschwerdeführerin. Sie beantragte mit anlässlich der Hauptverhandlung geänderten und ergänzten Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass die am 5. Juni 2009 ausgesprochene Kündigung der Abgrenzungsvereinbarung wirkungslos sei (Ziff. 1) und dass die Abgrenzungsvereinbarung betreffend die Marken ICE-WATCH und SWATCH gültig und für die Parteien rechtsverbindlich sei (Ziff. 2). Ferner sei der Beschwerdeführerin unter Androhung von Straffolgen gemäss Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall zu verbieten, Widerspruch zu erheben gegen sämtliche bereits hängigen oder zukünftigen Markeneintragungsgesuche der Beschwerdegegnerin für die Wort-/Bildmarke oder dreidimensionale "Ice-Watch"-Marke, welche die Worte Ice und Watch ausschliesslich in folgender Darstellung enthalten (Ziff. 3) : In Ziffer 4 des Rechtsbegehrens beantragte die Beschwerdegegnerin weiter, die Beschwerdeführerin sei unter Androhung von Straffolgen gemäss Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall zu verurteilen, 18 im Begehren im Einzelnen bezeichnete, in verschiedenen Ländern erhobene Widersprüche und jeden anderen Widerspruch gegen die Markeneintragungen der Beschwerdegegnerin für ihre Wort-/Bild-Marke ICE-WATCH, der möglicherweise von der Beschwerdeführerin bereits eingereicht sei oder bis zum Ergehen des Urteils im vorliegenden Verfahren eingereicht werde, zurückzuziehen. Sodann verlangte die Beschwerdegegnerin (Ziff. 5), die Beschwerdeführerin sei unter Androhung von Straffolgen gemäss Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall zu verurteilen, 8 im Begehren im Einzelnen bezeichnete, in verschiedenen Ländern erhobene Widersprüche und jeden anderen Widerspruch gegen die Markeneintragungen der Beschwerdegegnerin für ihre dreidimensionale Marke Ice-Watch, der möglicherweise von der Beschwerdeführerin bereits eingereicht sei oder bis zum Ergehen des Urteils im vorliegenden Verfahren eingereicht werde, zurückzuziehen. Schliesslich beantragte die Beschwerdegegnerin, die Beschwerdeführerin sei zu verurteilen, die Bestimmungen der Abgrenzungsvereinbarung einzuhalten, unter Androhung von Straffolgen gemäss Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall (Ziff. 6). B.b. Mit Entscheid vom 28. April 2011 stellte das Handelsgericht fest, dass die Kündigung vom 5. Juni 2009 wirkungslos und die Abgrenzungsvereinbarung für die Parteien rechtsverbindlich sei (Dispositiv Ziff. 1a/1b). Sodann verbot es der Beschwerdeführerin unter Androhung von Straffolgen gemäss Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall, Widerspruch zu erheben gegen sämtliche bereits hängigen oder zukünftigen Markeneintragungsgesuche der Beschwerdegegnerin für die Wort-/Bildmarke, welche die Worte "Ice" und "Watch" ausschliesslich in folgender Darstellung enthalten (Dispositiv Ziff. 2a) : Weiter verurteilte das Handelsgericht die Beschwerdeführerin unter Androhung von Straffolgen gemäss Art. 292 StGB für den Widerhandlungsfall, 18 im Einzelnen bezeichnete, in verschiedenen Ländern erhobene Widersprüche gegen die Markeneintragungen der Beschwerdegegnerin für ihre Wort-/Bild-Marke "Ice-Watch" zurückzuziehen (Dispositiv Ziff. 2b). Im Mehrumfang wies das Handelsgericht die Klage ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv Ziff. 3). Die Gerichtskosten auferlegte es zu drei Vierteln der Beschwerdeführerin und zu einem Viertel der Beschwerdegegnerin. Im gleichen Verhältnis verteilte es die Parteikosten (Dispositiv Ziffern 4 und 5). C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, es seien die Dispositiv Ziffern 1, 2, 4 und 5 des Urteils des Handelsgerichts aufzuheben und es sei auf die Klage vom 14. Juli 2010 nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Subeventuell sei die Streitsache zur Vervollständigung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.