Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 25. Juni 1890 erteilte die Bundesversammlung der schweizerischen Nordostbahn (SNoB) die Konzession für den Bau und Betrieb der Eisenbahnstrecke von Thalwil nach Zug. Die SNoB baute zwischen 1894 und 1897 die Eisenbahnlinie und in diesem Zusammenhang auch den Zimmerbergtunnel, der die Gemeinde Horgen und insbesondere die heutigen Grundstücke GB-Nrn. 5426 (Rohrstrasse 6) und 5614 (Rohrstrasse 8) unterquert. Im damaligen Enteignungsverfahren konnten die vom Tunnelbau beeinträchtigten Grundeigentümer ihre Forderungen anmelden und wurden entsprechend entschädigt. Im Grundbuch ist bis heute - zumindest für die beiden vorgenannten Parzellen - keine Tunnel- und Bahnbetriebsdienstbarkeit zugunsten der SNoB bzw. deren Rechtsnachfolgerin eingetragen. B. Am 19. November 2003 erwarb die X._ AG ein Kaufrecht an der Liegenschaft Rohrstrasse 8, dies in der Absicht, das Grundstück zu Wohnzwecken neu zu überbauen. Am 10. November 2004 kaufte sie die Liegenschaft und änderte ihr ursprüngliches Projekt wegen des unterquerenden Tunnels in weniger luxuriöse Mehrfamilienhäuser um. Da die Baumassenziffer dazu nicht ausreichte, erwarb die X._ AG am 7. Januar 2005 auch die benachbarte Liegenschaft an der Rohrstrasse 6 und realisierte hierauf ihr Vorhaben. C. Mit Schreiben vom 24. März 2005 gelangte die neue Grundeigentümerin an die Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG als Rechtsnachfolgerin der SNoB. In der Meinung, sie habe die Liegenschaft Rohrstrasse 8 ohne Eisenbahndienstbarkeiten erworben, verlangte sie, der Betrieb der Eisenbahnlinie sei einzustellen und der Tunnel zu verlegen bzw. zu beseitigen oder es sei ein Enteignungsverfahren zum Erwerb einer Tunnel- und Bahnbetriebsdienstbarkeit einzuleiten. In ihrem Schreiben stellte die X._ AG Entschädigungsansprüche für bauliche Mehrkosten und Ausgleichsforderungen für verursachten Minderwert des Restgrundstücks in der Höhe von insgesamt Fr. 630'000.-- in Aussicht. Am 10. Juni 2005 machte sie dieselben Ansprüche in Höhe von ca. Fr. 580'000.-- für die Liegenschaft Rohrstrasse 6 geltend. Diese Entschädigungsansprüche meldete die X._ AG auch bei der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, an. Zudem verlangte sie die Eröffnung eines Enteignungsverfahrens für den Erwerb einer Eisenbahn- und Tunneldienstbarkeit sowie die Zahlung von insgesamt Fr. 1'205'404.-- Enteignungsentschädigung zuzüglich 5% Zins seit 10. November 2004 bzw. 7. Januar 2005 durch die SBB. In ihrer Replik vom 3. März 2006 an die Schätzungskommission präzisierte die Gesuchstellerin ihren Antrag und forderte nur noch, die SBB AG sei zu verpflichten, ihr als nachträgliche Entschädigung Fr. 1'051'312.90 zuzüglich 5% Zins seit dem 10. November 2004 resp. 7. Januar 2005 zu bezahlen. D. Am 28. November 2007 wies die Schätzungskommission das Entschädigungsbegehren der X._ AG ab (Dispositiv Ziff. 1) und auferlegte der SBB AG die Zahlung der Verfahrenskosten (Dispositiv Ziff. 2) sowie eine Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 19'393.90 zugunsten der X._ AG (Dispositiv Ziff. 3). E. Gegen diesen Entscheid gelangte die X._ AG an das Bundesverwaltungsgericht. Im Wesentlichen beantragte sie die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Feststellung ihres Entschädigungsanspruchs. Eventualiter stellte sie Antrag auf Aufhebung des Entscheids und Überweisung der Verfahrensakten an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) zur Anordnung des Enteignungsverfahrens. Dispositiv-Ziff. 2 betr. Verfahrenskosten blieb allerdings unangefochten. Das Bundesverwaltungsgericht teilte den Verfahrensbeteiligten mit Verfügung vom 25. Juni 2008 mit, es beabsichtige, den Beschwerdeantrag auf Aufhebung der Dispositivziffer 1 des angefochtenen Entscheides abzuweisen und Dispositivziffer 3 (betr. Parteientschädigung) zu Ungunsten der Beschwerdeführerin abzuändern (reformatio in peius). Es räumte darum der Beschwerdeführerin die Gelegenheit ein, sich zur drohenden Schlechterstellung zu äussern. Davon machte die Beschwerdeführerin am 15. August 2008 Gebrauch und teilte mit, dass sie die Beschwerde nicht zurückziehen wolle. Die reformatio in peius komme allenfalls in Bezug auf den Haupt-, nicht aber beim Eventualantrag zur Anwendung. Im Weiteren äusserte sie sich unaufgefordert zu den vom Bundesverwaltungsgericht bekannt gegebenen Gründen für die Abweisung des Hauptantrags. F. Ein Ausstandsbegehren der Beschwerdeführerin gegen den Instruktionsrichter wies das Bundesverwaltungsgericht am 20. Oktober 2008 ab. G. Mit Urteil vom 25. November 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab und hob zudem Dispositiv-Ziff. 3 des Entscheids der Schätzungskommission auf, mit welchem der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung durch die SBB AG zugesprochen worden war. Die Kosten für das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht wurden der Beschwerdeführerin auferlegt. H. Die X._ AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Januar 2009 die Aufhebung der Ziff. 1-4 des vorerwähnten Urteils. Weiter sei festzustellen, dass die SBB verpflichtet seien, der Beschwerdeführerin volle Entschädigung zu leisten für (a) sämtliche ihr bei der Neuüberbauung der Liegenschaften Rohrstrasse 6 und 8 in Horgen durch den unter den beiden Grundstücken verlaufenden Eisenbahntunnel und durch den Eisenbahnbetrieb verursachten Mehrkosten sowie (b) für die durch den Tunnel und durch den darin abgewickelten Eisenbahnbetrieb verursachten Minderwerte der Stockwerkeinheiten auf den Grundstücken Rohrstrasse 6 und 8. Dazu verlangt die Beschwerdeführerin, das Verfahren sei zur Durchführung des Schätzungsverfahrens und zum Neuentscheid an die Schätzungskommission zurückzuweisen. Eventuell seien der angefochtene Entscheid und der Entscheid der Schätzungskommission vom 2. November 2006/28. November 2007 aufzuheben und es seien die Verfahrensakten zur Anordnung eines Enteignungsverfahrens an das UVEK zu überweisen. Subeventuell seien selbst für den Fall der Abweisung der vorzitierten Anträge Ziff. 1 und 3 des angefochtenen Urteils aufzuheben und es seien die Verfahrenskosten der Vorinstanz von Fr. 10'000.-- der SBB AG aufzuerlegen. Letztere sei zu verpflichten, die Beschwerdeführerin für das erstinstanzliche Verfahren mit insgesamt Fr. 26'575.60 (inkl. MwSt), eventuell mit Fr. 19'393.90, zu entschädigen. Ferner sei der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor der Vorinstanz eine durch das Bundesgericht festzusetzende Entschädigung zuzusprechen. Die SBB AG als Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne, während das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet. Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels halten die Parteien sinngemäss an ihren Anträgen fest.