(USG; LRV; kant. Massnahmenplan; Parkplatzvorschriften), hat sich ergeben: A.- Die Genossenschaft Coop Basel Liestal Fricktal beabsichtigt, auf dem in Zone 4 mit Gewerbeerleichterung liegenden Areal St. Jakobs-Strasse 175 in Basel einen Verbrauchermarkt mit einer Verkaufsfläche von rund 14'500 m2 zu errichten. Das Bauinspektorat des Kantons Basel-Stadt lehnte das entsprechende generelle Baubegehren, dem ein Umweltverträglichkeitsbericht (UVB) und ein Verkehrsgutachten beigefügt waren, am 4. Februar 1997 ab. Es stellte insbesondere fest, das Projekt erfülle die zonenrechtlichen Anforderungen gemäss dem Hochbautengesetz vom 11. Mai 1939 (HBG) nicht und die geplanten 700 Parkplätze widersprächen den Zielen der Luftreinhaltung. Gleichzeitig formulierte das Bauinspektorat die Bedingungen und Auflagen, die bei einem Baubegehren zu berücksichtigen wären. U.a. verlangte es einen vom Grossen Rat zu genehmigenden Überbauungsplan und die Beschränkung auf 310 Parkplätze. Gegen diesen Entscheid gelangte die Coop Basel Liestal Fricktal an die Baurekurskommission des Kantons Basel-Stadt, welche den Rekurs am 29. Oktober 1997 teilweise guthiess. Die Kommission bezeichnete die vorgesehene Nutzung als grundsätzlich zonenkonform, bestätigte indessen die Beschränkung auf 310 Parkplätze. B.- Die Coop Basel Liestal Fricktal gelangte gegen den Rekursentscheid an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, welches (als Verwaltungsgericht) das Rechtsmittel teilweise guthiess und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückwies. Den Erwägungen ist zu entnehmen, dass das Appellationsgericht insgesamt 567 Parkplätze für zulässig erachtet. C.- Der Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) führt gegen das Urteil des Appellationsgerichts vom 12. Februar 1999 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Neben verfahrensrechtlichen Anträgen ersucht er um die Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz, eventuell um die generelle Bewilligung von 310 Parkplätzen. Das Appellationsgericht und Coop Basel Liestal Fricktal schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Baudepartement des Kantons Basel-Stadt hält an der Begrenzung der Anzahl Parkplätze auf 310 fest. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft hat am 14. September 1999 zur Beschwerde Stellung genommen. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich dazu zu äussern. Ausserdem fand ein zweiter Schriftenwechsel statt. Dabei zog der VCS seine formellen Anträge zurück. Die übrigen Verfahrensbeteiligten halten an ihren Anträgen fest.