Sachverhalt: A. Der 1992 geborene C._ wurde von seinen Eltern am 15. März 2000 bei der Invalidenversicherung zum Bezug von IV-Leistungen für Minderjährige angemeldet, nachdem vom Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienst am 14. Januar 2000 eine spastische Cerebralparese (CP) rechtsbetont mit starker ataktischer Komponente (GgV 390) diagnostiziert worden war. Am 27. Juli 2001 sprach die IV-Stelle Aargau dem Versicherten medizinische Massnahmen vom 10. Januar 2000 bis 31. Dezember 2012 betreffend Behandlung des Geburtsgebrechens Nr. 390, einschliesslich ärztlich verordnete Behandlungsgeräte sowie Psychomotoriktherapie bzw. Hippotherapie nach ärztlicher Verordnung für vorerst zwei Jahre zu. Am 14. November 2002 gewährte sie ihm Kostengutsprache für Sonderschulmassnahmen im Externat vom 1. August 2002 bis 31. Juli 2004, nachdem eine im Vordergrund stehende Sprachentwicklungsstörung beschrieben worden war. Mit Verfügung vom 20. Februar 2003 wurde dem Versicherten gestützt auf den Arztbericht des KJPD vom 3. Dezember 2002 ambulante Psychotherapie als Begleitmassnahme zur Sprachheilbehandlung (nach Art. 12 IVG) vom 30. Januar 2003 bis 31. Januar 2004 zugesprochen. Diese wurde am 23. Januar 2004 bis 31. Januar 2005 nach ärztlicher Verordnung des KJPD im Zusammenhang mit dem Geburtsgebrechen Nr. 390 verlängert. Am 30. November 2005 gewährte die IV-Stelle erneut Kostengutsprache für ambulante Psychotherapie vom 1. Dezember 2005 bis 30. November 2006 im Zusammenhang mit dem Geburtsgebrechen. Mit Mitteilung vom 1. Juni 2006 wurde sodann Kostengutsprache für Sonderschulmassnahmen ab 14. August 2006 bis 31. Juli 2008 erteilt. Die Eltern des Versicherten stellten mit Eingabe vom 13. November 2007 erneut ein Gesuch um Verlängerung der Psychotherapie im Zusammenhang mit dem Geburtsgebrechen Nr. 390, nachdem zufolge Besuchs der Sonderschule die Durchführungsstelle gewechselt hatte. Nach Aktualisierung der medizinischen Unterlagen und dem Beizug einer Stellungnahme des Regional Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 1. April 2008 lehnte die IV-Stelle mit Vorbescheid vom 2. April 2008 das Leistungsgesuch ab, da aus den medizinischen Unterlagen hervorgehe, dass ein Therapieende nicht absehbar und die Prognose ungewiss sei, womit es sich nicht um eine Eingliederungsmassnahme gemäss Art. 12 IVG, sondern um eine Behandlung des Leidens an sich handle. Daran hielt sie mit gleichlautender Verfügung vom 15. Mai 2008 fest. B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 7. Juli 2009 gut, hob die Verfügung auf und verpflichtete die IV-Stelle, die Kosten für die medizinischen Massnahmen (Psychotherapie) im Zusammenhang mit dem Geburtsgebrechen nach Ziff. 390 GgV Anhang zu übernehmen. C. Die IV-Stelle führt unter Beilage der Stellungnahmen der RAD-Aerzte Dr. med. K._, FMH Kinder- und Jugendmedizin, Neuropädiatrie (vom 9. September 2009) und Dr. med. F._, Facharzt für Kinder- und Jugendpsychiatrie, Psychotherapie (vom 10. September 2009) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben und der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren. Der Versicherte lässt in der Vernehmlassung die Sistierung des Verfahrens bis zum 18. Januar 2010 beantragen, um aktuelle Berichte der behandelnden und abklärenden Ärzte einholen zu können, nachdem die IV-Stelle die früher im Rahmen des IV-Verfahrens gestellten Diagnosen in Frage stelle. Zudem erklärt er sich mit der Gewährung der aufschiebenden Wirkung einverstanden. Mit Eingabe vom 18. Januar 2010, welche den Parteien zur Kenntnisnahme zugestellt wurde, lässt er alsdann die Berichte des KJPD vom 11. Januar 2010 und des Dr. med. P._ vom 10. Dezember 2009 nachreichen und auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.