Sachverhalt: A. Der 1971 geborene W._ erlitt im März 1995 eine stabile BWK-12-Fraktur, eine Commotio cerebri, ein ampulläres Nierenbecken rechts sowie eine Axillarisläsion. Mit Verfügung vom 19. Februar 2001 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich einen Rentenanspruch der Invalidenversicherung. Nach erneuter Anmeldung des Versicherten zum Leistungsbezug vom 8. August 2001, verweigerte die IV-Stelle mit Verfügung vom 14. Januar 2003 die Kostengutsprache für berufliche Massnahmen und sprach ihm mit Verfügung vom 5. November 2003 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 94 % mit Wirkung ab 1. September 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Das amtliche Revisionsverfahren im Jahr 2004 ergab gemäss Mitteilung vom 9. September 2004 einen unveränderten Anspruch auf die Invalidenrente. Anlässlich eines erneuten Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle mehrere Arztberichte ein und liess den Versicherten durch das Institut X._ medizinisch begutachten (Gutachten vom 15. November 2010). Mit Verfügung vom 17. Februar 2011 hob sie die Invalidenrente auf das Ende des folgenden Monats auf. B. Die dagegen von W._ erhobene Beschwerde mit den Begehren, die Invalidenrente sei weiterhin auszurichten, eine neurologische Abklärung sei anzuordnen und Wiedereingliederungsmassnahmen seien zu gewähren, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 10. Juli 2012 ab, soweit darauf einzutreten war. C. W._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragt unter Kosten- und Entschädigungsfolgen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm weiterhin eine Rente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 94 % zuzusprechen. Eventuell sei die IV-Stelle anzuweisen, weitere Abklärungen im Sinne einer neuropsychologischen Begutachtung vorzunehmen.