Rückerstattung einer BVG-Leistung; Darlehensvertrag, hat sich ergeben: A.- a) Die Stiftung Z._ (nachfolgend: Klägerin) ist eine im Handelsregister eingetragene Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. ZGB, Art. 331 OR und Art. 48 Abs. 2 BVG. Sie bezweckt die berufliche Vorsorge im Rahmen des BVG für die der Klägerin angeschlossenen Arbeitgeber. Für diese Unternehmungen betreibt sie die Vorsorge zugunsten der Arbeitgeber und Arbeitnehmer gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Tod und Invalidität. Domizilhalterin der Klägerin war die von A._ beherrschte und geführte Treuhandgesellschaft Y._ AG. A._ war ausserdem Stiftungsratspräsident der Klägerin und hatte zudem bis Ende 1994 Einsitz im Verwaltungsrat der X._ AG (nachfolgend: Beklagte), für die er seit Jahren im Rahmen eines Treuhandmandates die Buchhaltung führte. Dem Stiftungsrat der Klägerin gehörte in der fraglichen Zeit auch B._ an. B._ ist Verwaltungsratspräsident, Alleinaktionär und Geschäftsführer der Beklagten, welche eine Autogarage betreibt. Die Beklagte hatte sich mit Wirkung vom 15. Juli 1990 der Klägerin angeschlossen. b) Im Frühjahr 1994 befand sich die Beklagte in einem finanziellen Engpass. Sie benötigte Mittel, um ausstehende Warenumsatzsteuern zu begleichen. Vor diesem Hintergrund fand eine Besprechung zwischen B._ und A._ statt. Deren Inhalt und die damals getroffene Vereinbarung sind zwischen den Parteien umstritten. Am 29. März 1994 stellte die Klägerin zu Gunsten der Beklagten einen Check über Fr. 170'000. -- an die Ordre der Eidgenössischen Warenumsatzsteuer aus. Dieser Checkbezug ermöglichte der Beklagten, die ausstehende Steuerschuld zu bezahlen. Ende 1994 kam es zum Bruch der langjährigen Geschäftsbeziehungen zwischen A._ und B._. In der Folge wurde der Anschlussvertrag mit der Klägerin aufgelöst und die Beklagte wechselte zur Pensionskasse Auto- und Zweiradgewerbe in Bern. Die Klägerin überwies die entsprechenden Beträge an die neue Pensionskasse. B.- Nachdem die Beklagte verschiedene Aufforderungen seitens der Klägerin zur Rückzahlung der erbrachten Leistung unbeachtet liess, reichte die Klägerin am 27. August 1997 beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein. In dieser verlangte sie die Rückerstattung der ausgerichteten Fr. 170'000. -- nebst Zins. Mit Entscheid vom 24. Juni 1999 hiess das Handelsgericht die Klage gut. Die von der Beklagten gegen dieses Urteil eingereichte kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wurde mit Entscheid vom 4. September 2000 vom Kassationsgericht des Kantons Zürich abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte. C.- Die Beklagte führt gegen das Urteil des Handelsgerichts Berufung an das Bundesgericht und verlangt dessen Aufhebung sowie die Abweisung der Klage, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. Die Klägerin beantragt die Abweisung der Berufung.