hat sich ergeben: A.- Die Gresta Data AG befasste sich mit der Entwicklung von Software-Programmen. Anfangs der neunziger Jahre hatte sie die Absicht, ein umfassendes, hardwareunabhängiges Banken-Softwareprogrammpaket zu realisieren, dem sie die Bezeichnungen "DIALBA 2000/PRIBAS 2000/VERMÖGEN 2000" gab. Das Programm "DIAlBA 2000" richtete sich speziell an die Raiffeisenbanken, während "PRIBAS 2000" für Privatbanken und "VERMÖGEN 2000" für die Vermögensverwaltung gedacht war. Am 29. Januar/24. Februar 1992 schlossen die Gresta Data AG und der Schweizer Verband der Raiffeisenbanken (SVRB) einen Vertrag, der die Fortentwicklung des Softwarepaketes "DIALBA 2000" durch die Gresta mit Unterstützung des SVRB zum Gegenstand hatte. Als Ziel des Projektes wurde die Entwicklung eines Softwarepaketes genannt, das bei einer Vielzahl von Raiffeisenbanken eingesetzt werden könne. Gemäss Art. 6 Abs. 1 des Vertrages stand dem SVRB "für den Fall des Abbruches des Projektes durch GRESTA das Recht zu, sämtliche im Zeitpunkt des Abbruches vorliegenden Ergebnisse der Projektarbeit sowie die Lizenz am Softwarepaket mit Berechtigung zum Vertrieb im Raiffeisenbereich und zur Weiterentwicklung zu übernehmen". Am 28. Dezember 1992 beschloss der Verwaltungsrat der Gresta Data AG die Anmeldung des Konkurses der Gesellschaft. Am 18. Mai 1993 eröffnete der Konkursrichter des Bezirksgerichts Zürich den Konkurs über die Gresta Data AG. Das Konkursverfahren wurde am 12. Juli 1993 mangels Aktiven eingestellt. Gegen die Löschung der Gesellschaft im Handelsregister wurde Einsprache erhoben, was dazu führte, dass sich die Gesellschaft seither gemäss Art. 66 Abs. 2 HRegV (Handelsregisterverordnung vom 7. Juni 1937; SR 221.411) in Liquidation befindet. Das Projekt "DIALBA 2000" wurde nach der Konkurseröffnung über die Gresta Data AG zunächst gemeinsam vom SVRB und der Bank Wegelin & Co. fortgesetzt. Am 30. Juni 1993 gründeten der SVRB und die erwähnte Bank die Basoft Neue Bankensoftware AG, welche die Arbeit am Projekt übernahm und weiter führte. In der Folge veräusserte die Bank ihre Beteiligung an dieser Gesellschaft an den SVRB. Dieser teilte in einem an die Raiffeisenbanken gerichteten Rundschreiben vom 30. August 1993 mit, dass die neue Softwarelösung "DIALBA 2000" kurz vor dem Markteintritt stehe. B.- Nachdem der SVRB Geldforderungen der Gresta Data AG in Liquidation abgelehnt hatte, reichte diese im März 1995 beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage ein. Die Klägerin stellte den Antrag, den Beklagten für die Verwertung des Softwareprogrammpaketes "DIALBA 2000" zur Bezahlung eines vom Beweisergebnis abhängigen und daher später zu beziffernden Betrages nebst 5 % Zins seit 13. April 1994 zu verpflichten (Antrag Ziffer 1). Sie stellte zudem die Rechtsbegehren, den Beklagten zu verpflichten, ihr für die zukünftige Nutzung des Softwareprogrammpaketes "DIALBA 2000" einen vom Beweisergebnis abhängigen und daher später zu beziffernden Anteil an allen zukünftigen Verwertungsvorteilen aus diesem Paket auszurichten (Antrag Ziffer 2), und festzustellen, dass sie Miturheberin des Softwareprogrammpaketes "DIALBA 2000" sei und dass daher jegliche Verwendung dieses Paketes ihrer Zustimmung bedürfe, auszunehmen seien lediglich die Vertriebsrechte im Sinne der Überlassung zur Nutzung an Verbandsmitglieder des Beklagten (Antrag Ziffer 3). Mit Entscheid vom 29. September 1998 wies das Handelsgericht die Rechtsbegehren Ziffer 1 und 2 ab und trat auf das Rechtsbegehren Ziffer 3 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein. Das Handelsgericht kam aufgrund der Auslegung der Vereinbarung vom 29. Januar/24. Februar 1992 nach dem Vertrauensgrundsatz zum Ergebnis, es sei zwischen den Vertragsparteien vereinbart worden, dass der Beklagte der Klägerin für deren Entwicklungsarbeit am Softwarepaket "DIALBA 2000" keine Entschädigung schulde. Die Klägerin reichte gegen diesen Entscheid kantonale Nichtigkeitsbeschwerde und eidgenössische Berufung ein. Die Nichtigkeitsbeschwerde wurde vom Kassationsgericht des Kantons St. Gallen mit Urteil vom 28. April 1999 abgewiesen, soweit es auf sie eintrat. Eine von der Klägerin gegen diesen Entscheid gerichtete staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung von Art. 4 aBV ist mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen worden, soweit darauf eingetreten werden konnte. C.- Mit der vorliegenden Berufung beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts zur Neuentscheidung an dieses zurückzuweisen; eventualiter den Beklagten zu verpflichten, der Klägerin für die Verwertung des überlassenen Softwareprogrammpaketes "DIALBA 2000" den Betrag von 6 Millionen Franken nebst 5 % Zins seit 13. April 1994 und Fr. 100.-- Kosten des Vermittlungsvorstandes vom 1. Februar 1995 zu bezahlen. Der Beklagte stellt die Anträge, auf die Berufung nicht einzutreten, eventualiter Haupt- und Eventualbegehren der Klägerin abzuweisen und das Urteil des Handelsgerichts zu bestätigen. Auf Gesuch des Beklagten ist die Klägerin mit Präsidialverfügung vom 1. Oktober 1999 zur Sicherstellung einer der Gegenpartei allfällig geschuldeten Parteientschädigung angehalten worden. Sie hat die Sicherheitsleistung im Betrag von Fr. 20'000.-- rechtzeitig erbracht.