Sachverhalt: A. Die A._ AG (bzw. ihre Rechtsvorgängerin) hatte per 30. November 2004 im Rahmen einer Fusion sämtliche Aktiven und Passiven der B._ AG übernommen. In der Steuererklärung 2004 brachte die A._ AG den Verlustvortrag der B._ AG von Fr. 28'482'740.-- vom ausgewiesenen Reingewinn des Geschäftsjahres 2004 in Abzug. In der Folge verweigerte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteilen vom 18. November 2009 den Verlustabzug sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004. Die A._ AG zog das Urteil des Verwaltungsgerichts hinsichtlich der direkten Bundessteuer ans Bundesgericht weiter, während sie dasjenige bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern in Rechtskraft erwachsen liess. Das Bundesgericht erkannte (im zweiten Rechtsgang) mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 auf Zulässigkeit des Abzugs der Vorjahresverluste und setzte den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004 auf Fr. 0.-- fest. B. In den Steuererklärungen 2005, 2006 und 2007 brachte die A._ AG den um den Gewinn 2004 gekürzten, verbleibenden Verlustvortrag der B._ AG zum Abzug, wonach sich für jede der drei Steuerperioden ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.-- ergab. Das Kantonale Steueramt Zürich verweigerte mit Einschätzungsentscheiden vom 25. Mai 2011 bzw. Einspracheentscheid vom 5. April 2012 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern die Verlustverrechnung und schätzte die A._ AG mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 5'854'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2005), Fr. 4'919'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2006) und Fr. 5'440'600.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2007) ein. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht am 28. Juni 2012 ab. Die anschliessende Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht am 12. Juni 2013 gut und setzte den steuerbaren Reingewinn für die Steuerperioden 2005 bis 2007 auf jeweils Fr. 0.-- fest. C. Vor Bundesgericht beantragt das Kantonale Steueramt Zürich, den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Juni 2013 aufzuheben und den Einspracheentscheid vom 5. April 2012 zu bestätigen. Die A._ AG und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) verzichtet auf Vernehmlassung. D. Das Bundesgericht hat die Angelegenheit am 29. April 2014 öffentlich beraten.