Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 26. Juni 2007 erteilte der Bauausschuss Hombrechtikon der Y._ AG die baurechtliche Bewilligung für diverse Änderungen eines Projekts für sieben Einfamilienhäuser auf den Grundstücken Kat.-Nrn. 4832-4835 im Gebiet Birkenrain/Wisentalstrasse. Die rechtskräftige Bewilligung des ursprünglichen Projekts durch den Gemeinderat Hombrechtikon datiert vom 1. November 2005. B. Gegen den Beschluss vom 26. Juni 2007 erhob X._ Rekurs bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich und verlangte dessen Aufhebung sowie die Abweisung des Gesuchs der Beschwerdegegnerin um Änderung der baurechtlichen Bewilligung vom 1. November 2005; eventuell sei dieses Gesuch zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Baurekurskommission wies den Rekurs ab, soweit sie darauf eintrat. Gegen diesen Rekursentscheid reichte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ein. Sie beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Änderung der Bewilligung vom 1. November 2005 sei zu verweigern; eventuell sei dieses Gesuch zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 18. Juni 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erwog insbesondere, eine Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz wegen eines unterlaufenen Verfahrensfehlers sei nicht erforderlich, da dieser Mangel im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht behoben werden könne. Die Vorinstanz sei zudem zu Recht auf den Rekurs insoweit nicht eingetreten, als die Beschwerdeführerin von Projektänderungen nicht betroffen sei. C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 18. Juni 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 1. September 2008 (Postaufgabe: 3. September 2008) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Verweigerung des Gesuchs der Beschwerdegegnerin um Änderung der baurechtlichen Bewilligung vom 1. November 2005. Eventuell sei dieses Gesuch zur Gewährung des rechtlichen Gehörs und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 1 BV) und des Willkürverbots (Art. 9 BV). D. Mit Präsidialverfügung vom 7. November 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. E. Das Verwaltungsgericht und die Beschwerdegegnerin beantragen in ihren Stellungnahmen Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Hombrechtikon hat auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet.