Sachverhalt: A. Der 1948 geborene N._ bezog seit Oktober 1998 eine ganze Invalidenrente. Seit 24. Januar 2008 befindet er sich im vorzeitigen Strafvollzug. In der Folge sistierte die IV-Stelle des Kantons Thurgau nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren die Invalidenrente mit Verfügung vom 26. Juni 2008 rückwirkend ab 31. Januar 2008. Mit einer weiteren Verfügung vom 30. Juni 2008 forderte die IV-Stelle die dem Versicherten von Februar bis Juni 2008 zu viel ausgerichteten Rentenbetreffnisse von total Fr. 6075.- zurück. B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde änderte das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Verfügung vom 26. Juni 2008 dahin ab, dass es die Invalidenrente für die Dauer des Strafvollzugs lediglich zur Hälfte einstellte. Dementsprechend reduzierte es die verfügte Rückforderung um die Hälfte auf Fr. 3037.50 (Entscheid vom 28. Januar 2009). C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben; ferner ersucht es darum, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren. Während N._ die Abweisung der Beschwerde beantragen und um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen lässt, schliesst die IV-Stelle auf Gutheissung der Beschwerde. D. Mit Verfügung der Instruktionsrichterin vom 7. Juli 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.