Sachverhalt: A. Z._ versuchte am 28. November 2002, im Zustand völliger Unzurechnungsfähigkeit, mit einem Messer einen Polizeibeamten zu töten. Am 12. Juni 2004 wurde er deswegen vom Obergericht des Kantons Zürich letztinstanzlich mit einer stationären Massnahme belegt. Im Mai 2005 wurde er bedingt entlassen. Ein Jahr später wurde die Entlassung widerrufen. Am 23. August 2007 ordnete Oberrichter A._, gestützt auf ein neues psychiatrisches Gutachten, Sicherheitshaft gegen Z._ an, welche in der Folge nicht vollzogen wurde. Am 1. September 2007 wurde Z._ von der Stadtpolizei Uster zwangsweise in die Psychiatrische Klinik M._ eingeliefert, wobei die Amtsärztin B._, welche die Fürsorgerische Freiheitsentziehung (FFE) anordnete, von einer Fremdgefährdung ausging. Am 3. September 2007 stellte Z._ ein Entlassungsgesuch. Der zuständige Einzelrichter am Bezirksgericht N._, X._, setzte die Hauptverhandlung auf den 7. September 2007 an und bestellte bei Dr. Y._ ein psychiatrisches Gutachten. Z._ wurde, insbesondere gestützt auf dieses an der Hauptverhandlung vorgetragene Gutachten, gleichentags aus der FFE entlassen. Am 16. September 2007 erstach Z._ in P._ den Taxichauffeur C._. B. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich hegte den Verdacht, verschiedene mit Z._ beruflich befasste Richter und Beamte - Psychiater, Polizisten, Justizvollzugsbeamte -, seien durch strafrechtlich relevantes Fehlverhalten dafür verantwortlich, dass sich Z._ am 16. September 2007 auf freiem Fuss befand, und hätten sich daher möglicherweise der fahrlässigen Tötung schuldig gemacht. Sie tätigte entsprechende Vorabklärungen und beantragte am 15. Januar 2008 der Anklagekammer des Zürcher Obergerichts, gegen verschiedene Personen, darunter Bezirksrichter X._, eine Strafuntersuchung zu eröffnen. Die Anklagekammer wies am 29. Februar 2008 das Gesuch ab, gegen Bezirksrichter X._ eine Strafuntersuchung zu eröffnen. Gegen diesen Beschluss der Anklagekammer rekurrierten die Staatsanwaltschaft IV, die Mutter des Opfers und ihr Lebenspartner. Die II. Zivilkammer des Obergerichts trat am 11. August 2008 auf den Rekurs der Geschädigten nicht ein und eröffnete gegen X._ keine Strafuntersuchung. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich, diesen Entscheid der II. Zivilkammer aufzuheben und entweder reformatorisch eine Verfahrenseröffnung anzuordnen oder die Sache zu diesem Zweck an die Vorinstanz zurückzuweisen. In seiner Vernehmlassung beantragt X._, die Beschwerde abzuweisen. Die II. Zivilkammer verzichtet auf Vernehmlassung.