Sachverhalt: A. A.a X._, geboren 1962, verbrachte seine Kindheit in Vietnam und gelangte nach eigenen Angaben Ende September 1980 als anerkannter Flüchtling in die Schweiz. Nach einem ersten Aufenthalt in der Kantonalen Psychiatrischen Klinik Y._ (KPK) im Jahre 1983 kam es zu acht weiteren Einweisungen zwischen 1984 und 1993. Alsdann wurde X._ mehrere Jahre ambulant betreut. Vom 26. Juli bis 25. August 2008 musste er erneut in die KPK verbracht werden, wo beim Patienten eine paranoide Schizophrenie mit episodischem Verlauf und zunehmendem Residuum diagnostiziert wurde. A.b Am 15. September 2008 reichte eine Frau Strafanzeige gegen X._ wegen sexueller Belästigung und eventuell wegen Nötigung ein. Dr. med. A._, Amtsarzt des Kantons St. Gallen, ordnete am 18. September 2008 die Einweisung von X._ in die KPK an. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2008 wies die ärztliche Leitung der KPK das Entlassungsgesuch von X._ ab. B. B.a Dagegen gelangte X._ an die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Er wurde am 16. Oktober 2008 von Dr. med. B._, ärztliche Fachrichterin, einvernommen, die gleichentags ihren gutachterlichen Bericht erstattete. Auf ein weiteres Entlassungsgesuch von X._ trat die KPK am 20. Oktober 2008 nicht ein. B.b Die Verwaltungsrekurskommission führte am 23. Oktober 2008 die mündliche Anhörung von X._ in Anwesenheit seines Beistandes in der KPK durch und wies am gleichen Tag seine Klage ab. Am 19. November 2008 teilte die KPK X._ auf ein erneutes Gesuch hin mit, dass eine Entlassung im jetzigen Zeitpunkt nicht in Frage komme. C. Am 24. November 2008 wandte sich X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) an die Verwaltungsrekurskommission und verlangte seine sofortige Entlassung. Die Eingabe wurde samt den kantonalen Akten an das Bundesgericht weitergeleitet. Der Beschwerdeführer reichte zudem am 27. November 2008 beim Bundesgericht ein Entlassungsgesuch ein. Die Verwaltungsrekurskommission beantragte am 3. Dezember 2008 die Abweisung der Beschwerde. D. Die Beschwerde wurde an der Sitzung der II. zivilrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 18. Dezember 2008 öffentlich beraten und das Urteil anschliessend an die Beratung und Abstimmung mündlich eröffnet.