Sachverhalt: A. Am 4. September 1992 gewährten die eingangs aufgeführten Kantonalbanken sowie die Solothurner Kantonalbank der "Swissair" Schweizerischen Luftverkehrs-Aktiengesellschaft (nachfolgend: Swissair) einen Konsortialkredit über Fr. 30 Mio. mit einer festen Laufzeit von zehn Jahren. Der Kredit war jährlich per 15. September zu 73⁄4 % zu verzinsen. Die Zürcher Kantonalbank hatte seitens der Gläubiger die Federführung für diesen Kredit inne. Der Kreditanteil der Solothurner Kantonalbank wurde am 16. September 1994 von der Zürcher Kantonalbank übernommen. Die SAirGroup AG (nachfolgend: SAir) entstand im Jahre 1997 als Rechtsnachfolgerin der Swissair und war ab 1998 Schuldnerin des Konsortialkredites. Am 17. September 2001 leistete die SAir die fällige Zinszahlung von Fr. 2'337'916.65. B. Am 2. Oktober 2001 musste die SAir ihren Flugbetrieb einstellen (sogenanntes Grounding). Auf deren Ersuchen bewilligte das Bezirksgericht Zürich der SAir am 5. Oktober 2001 die provisorische Nachlassstundung. Der vorgeschlagene Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung wurde am 20. Juni 2003 bestätigt, welche Verfügung am 26. Juni 2003 in Rechtskraft erwachsen ist. C. Mit Zirkularbeschluss vom 23. März 2005 verzichtete der Gläubigerausschuss der SAir auf die Geltendmachung der Anfechtungsansprüche gegen die eingangs aufgeführten Kantonalbanken und trat sie im Betrag der Zinszahlung vom 17. September 2001 an 50 Obligationäre ab, welche sie ihrerseits an die IG Swissair Obligationäre GmbH (nachfolgend: IG) abtraten. D. Am 12. September 2005 reichte die IG beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Zürcher Kantonalbank gestützt auf Art. 288 SchKG eine Forderungsklage über Fr. 2'337'916.64 ein, eventualiter sei diese und die weiteren eingangs aufgeführten Kantonalbanken für ihren jeweiligen Konsortialanteil an der erhaltenen Zinszahlung solidarisch zur Rückzahlung zu verpflichten. Die Forderung sei zu 5 % seit dem 17. September 2001 zu verzinsen. Mit Urteil vom 27. September 2007 wies das Handelsgericht die Klage ab. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde am 8. Oktober 2008 ab, soweit darauf einzutreten war. E. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 31. Oktober 2008 ist die IG (nachfolgend: Beschwerdeführerin) an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des handelsgerichtlichen Urteils und erneuert die im kantonalen Verfahren erhobenen Forderungsbegehren gegen die eingangs aufgeführten Kantonalbanken (nachfolgend: Beschwerdegegnerinnen). Eventualiter wird die Rückweisung an die Vorinstanz verlangt. Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.