Sachverhalt: A. Die Zanox.de AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der am 8. Juli 2004 aufgrund einer in Deutschland eingetragenen Basismarke registrierten internationalen Marke Nr. 844 225 "AdRank". Sie beantragte für dieses Zeichen eine Schutzausdehnung auf die Schweiz für folgende Dienstleistungen: Klasse 35: Publicité; conseils en gestion; analyse de marché; expertises en productivité; analyse du potentiel de marché; traitement de données numériques; traitement de données électroniques pour le compte de tiers; mise à disposition d'informations sur l'internet en matière de recherches de marché, d'expertises en productivité et d'analyses du potentiel de marché. Klasse 38: Télécommunications; courrier électronique; services de courrier électronique; transmission de messages et images assistée par ordinateur; services d'une base de données, notamment transmission d'informations. Klasse 42: Services scientifiques et technologiques et services de recherche et développement y relatifs; conception et mise au point de matériel et logiciels informatiques; ingénierie en matière de logiciels; conception d'arts graphiques; recherche et développement pour le compte de tiers; conception d'animations informatiques; études scientifiques; mise à disposition de plates-formes sur l'internet. Das Institut für Geistiges Eigentum (IGE) erliess am 24. März 2006 eine partielle provisorische Schutzverweigerung mit der Begründung, dass das Zeichen bezüglich der beanspruchten Dienstleistungen beschreibend und daher nicht unterscheidungskräftig sei und an ihm ein Freihaltebedürfnis bestehe, davon ausgenommen die Dienstleistungen "Télécommunications; courrier électronique; services de courrier électronique; transmission de message et images assistée par ordinateur; services d'une base de données, notamment transmission d'informations" in Klasse 38 und "conception et mise au point de matériel et logiciels informatiques; ingénierie en matière de logiciels; conception d'arts graphiques; mise à disposition de plates-formes sur l'internet" in Klasse 42. Mit Stellungnahme vom 16. Juli 2006 bestritt die Beschwerdeführerin den Gemeingutcharakter des Zeichens AdRank. Die sich aus den beiden jeweils mehrdeutigen Bestandteilen "ad" und "rank" zusammengesetzte Wortkombination finde sich in keinem Wörterbuch. Auch sei die Marke im Ausland für die beanstandeten Dienstleistungen registriert worden. Mit Schreiben vom 18. Dezember 2006 hielt das IGE an der teilweisen Zurückweisung des Zeichens fest. Es handle sich dabei um einen Fachbegriff aus dem Bereich der Internetwerbung. Dieser werde in Zusammenhang mit den strittigen Dienstleistungen im Sinne von "Anzeigenrang" verstanden. Das Zeichen erschöpfe sich demnach in einer beschreibenden Angabe, weshalb ihm die erforderliche konkrete Unterscheidungskraft fehle und es freihaltebedürftig sei. Mit Eingabe vom 19. Februar 2007 machte die Beschwerdeführerin geltend, dass es sich bei der Marke AdRank um ein Fantasiewort handle, dem es, selbst wenn darin ein Zusammenzug der beiden Begriffe "advertisement" und "ranking" erblickt würde, nicht an der erforderlichen minimalen Unterscheidungskraft mangelte. B. Mit Verfügung vom 23. August 2007 gewährte das IGE der internationalen Registrierung Nr. 844 225 "AdRank" für folgende Dienstleistungen den Schutz in der Schweiz: Klasse 38: Télécommunications; courrier électronique; services de courrier électronique; transmission de messages et images assistée par ordinateur; services d'une base de données, notamment transmission d'informations. Klasse 42: Conception et mise au point de matériel et logiciels informatiques; ingénierie en matière de logiciels; conception d'arts graphiques; mise à disposition de plates-formes sur l'internet. Dagegen verweigerte sie dem Zeichen für die weiteren beanspruchten Dienstleistungen mangels Kennzeichnungskraft den Schutz in der Schweiz. C. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin am 21. September 2007 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, die definitive teilweise Schutzverweigerung zurückzunehmen und die Marke uneingeschränkt zu registrieren. Mit Urteil vom 3. September 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab. D. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2008 aufzuheben und die IR-Marke Nr. 844 225 "AdRank" in der Schweiz vollumfänglich zum Schutz zuzulassen. Das IGE sei anzuweisen, die IR-Marke Nr. 844 225 "AdRank" in der Schweiz für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen einzutragen. Das Bundesverwaltungsgericht und das IGE verzichten unter Hinweis auf die Begründung des angefochtenen Urteils bzw. der Verfügung vom 23. August 2007 auf eine Stellungnahme und beantragen die Abweisung der Beschwerde.