Sachverhalt: A. Am 5. Oktober 2001 wurde der SAirGroup die provisorische Nachlassstundung gewährt, und am 26. Juni 2003 wurde die Bestätigung des von der Schuldnerin mit den Gläubigern geschlossenen Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung rechtskräftig. B. Am 20. und 27. Juni 2005 leitete die SAirGroup in Nachlassliquidation (Klägerin) bei den Friedensrichterämtern Klage gegen die Credit Suisse (Beklagte) ein. Die Klägerin focht gestützt auf Art. 288 SchKG zwei von der Schuldnerin veranlasste und am 29. Mai und 3. August 2001 von der UBS AG ausgeführte Überweisungen von Fr. 4'770'000.-- an die Beklagte an, wovon je Fr. 1'585'333.-- an die Citibank N.A. und an die Deutsche Bank weitergeleitet worden seien; der Rest sei bei der Beklagten verblieben. Am 21. November 2005 reichte sie beim Handelsgericht Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, dass die Beklagte zu verpflichten sei, ihr Fr. 1'603'333.-- zuzüglich Zinsen zu bezahlen. C. Das Handelsgericht Zürich beschränkte das Verfahren auf die Frage, ob mit der Anfechtungsklage die Verwirkungsfrist gemäss Art. 331 SchKG gewahrt worden sei. Mit Vorurteil vom 11. Mai 2007 stellte das Handelsgericht fest, dass die Klägerin die zweijährige Verwirkungsfrist des Art. 331 i.V.m. Art. 292 SchKG bezüglich ihrer Anfechtungsklage gegen die Beklagte gewahrt hat. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 15. Juni 2007 beantragt die Credit Suisse (Beschwerdeführerin) dem Bundesgericht, es sei das Vorurteil des Handelsgerichts vom 11. Mai 2007 aufzuheben und es sei die Anfechtungsklage abzuweisen. Die SAirGroup in Nachlassliquidation (Beschwerdegegnerin) beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.