Sachverhalt: A. Das Jugendgericht Brugg verurteilte X._ mit Urteil vom 22. September 2010 wegen versuchten bewaffneten Raubs, Raufhandels, mehrfacher Körperverletzung, mehrfacher Nötigung, Drohung, Beschimpfung, Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen, mehrfacher Hinderung einer Amtshandlung, mehrfacher, teilweise geringfügiger Sachbeschädigung und mehrfachen Vergehens gegen das Waffengesetz zu einer Freiheitsstrafe von 24 Monaten und einer Busse von Fr. 400.--. Die Strafe wurde zugunsten einer Einweisung in eine Einrichtung für junge Erwachsene gemäss Art. 61 StGB aufgeschoben. Mit Entscheid vom 4. Mai 2011 hob das Jugendgericht die Massnahme wegen Aussichtslosigkeit wieder auf und ordnete den Vollzug der Freiheitsstrafe an. Die Freiheitsstrafe endete am 12. April 2012. Am 10. April 2012 beantragten das Amt für Justizvollzug des Departements Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau die nachträgliche Anordnung einer stationären Massnahme nach Art. 59 StGB und die Jugendanwaltschaft gestützt darauf die Anordnung der Sicherheitshaft. Am 12. April 2012 ordnete das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau die Sicherheitshaft an. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wurde von der Jugendbeschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau mit Entscheid vom 15. Mai 2012 abgewiesen. Mit Urteil vom 13. Juni 2012 wies das Jugendgericht Brugg den Antrag auf Anordnung einer stationären Massnahme ab. Zudem erliess es folgenden Beschluss: "Der Beschuldigte geht zur Sicherung der Ausreise im Anschluss an die Hauptverhandlung zurück in Sicherheitshaft." Gleichentags meldete die Jugendanwaltschaft Berufung gegen dieses Urteil an und stellte zudem Antrag auf Aufrechterhaltung der Sicherheitshaft. Mit Verfügung vom 20. Juni 2012 hiess die Jugendstrafkammer des Obergerichts des Kantons Aargau diesen Antrag gut und ordnete bis am 13. Dezember 2012 die Sicherheitshaft an (Ziff. 1 des Dispositivs). Sie auferlegte X._ zudem die Gerichtskosten (Ziff. 2 des Dispositivs) und richtete dessen amtlichen Verteidiger eine Entschädigung aus, wobei es eine spätere Rückforderung gegenüber X._ vorbehielt (Ziff. 3 des Dispositivs). B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 19. Juli 2012 stellt X._ folgende Anträge: "1. Das angefochtene Urteil vom 20. Juni 2012 sei in den Ziffern 1 und 2 sowie in Ziffer 3 aufzuheben, soweit eine Rückforderung gemäss Art. 135 Abs. 4 StPO angeordnet wird. 2. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten seien unabhängig vom Ausgang des obergerichtlichen Verfahrens der Staatskasse zu auferlegen. 3. Die Rückforderungsverpflichtung des Beschwerdeführers gemäss Art. 135 Abs. 4 StPO sei unabhängig vom Ausgang des obergerichtlichen Verfahrens aufzuheben. 4. Dem Beschwerdeführer sei die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und der unterzeichnende Anwalt sei als unentgeltlicher Rechtsvertreter zu bestellen." Die Jugendanwaltschaft beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Jugendstrafkammer des Obergerichts beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.