Sachverhalt: A. X._ erteilte als stellvertretender Honorarkonsul in Maskat (Oman) im Zeitraum von September 1999 bis Oktober 2003 134 bangladeschischen Staatsangehörigen ein Visum für die Einreise in die Schweiz. Dabei täuschte er durch Anfertigung fiktiver Anträge und weiterer Dokumente vor, die Visa seien für 134 omanische Staatsbürger, für die keine Visumsbeschränkungen bestanden, ausgestellt worden. Die echten Visaanträge der 134 bangladeschischen Staatsangehörigen sowie allfällige Beilagen vernichtete er, nachdem er von der erfolgten Einreise der fraglichen Personen in die Schweiz erfahren hatte. Für die Erteilung der Visa nahm er insgesamt 60'300 omanische Rial (entspricht 211'050 Schweizer Franken) entgegen. B. Im Wesentlichen gestützt auf diesen Sachverhalt sprach das Bundesstrafgericht X._ am 28. November 2005 der mehrfachen Urkundenfälschung im Amt und der Vorteilsannahme schuldig und bestrafte ihn mit neun Monaten Gefängnis unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs. Von der Anklage der mehrfachen Urkundenfälschung im Amt hinsichtlich der Einträge in das Visumsregister in 134 Fällen, der mehrfachen Unterdrückung von Urkunden, des mehrfachen Sich-Bestechen-Lassens hinsichtlich zweier 1998 erteilter Visa sowie 27 weiterer Visa und der mehrfachen Widerhandlung gegen das ANAG sprach es ihn frei. Auf die Anklage des mehrfachen Sich-Bestechen-Lassens hinsichtlich der Erteilung von 134 Visa trat es nicht ein. C. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft erhebt gegen das Urteil des Bundesstrafgerichts Nichtigkeitsbeschwerde beim Bundesgericht. Sie beantragt, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Das Bundesstrafgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdegegner beantragt in seiner Vernehmlassung sinngemäss die Abweisung der Beschwerde.