Sachverhalt: A. X._ wurde der Führerausweis am 17. April 2009 wegen einer langjährigen Alkohol- und Medikamentenabhängigkeit auf unbestimmte Zeit entzogen. Am 3. Dezember 2009 liess das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern X._ gestützt auf ein günstiges Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Uni Zürich (IRMZ) wieder zum motorisierten Strassenverkehr zu, wobei es ihm u.a. auferlegte, sich einer psychiatrischen und suchtspezifischen Betreuung sowie einer kontrollierten Totalabstinenz in Bezug auf Alkohol und Non-Benzodiazepine zu unterziehen. Am 9. November 2010 ergänzte das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt seine Verfügung vom 3. Dezember 2009 und änderte sie ab. Die Änderungen bzw. Ergänzungen betrafen im Wesentlichen die technische Durchführung der Abstinenzkontrolle und enthielten die Verpflichtung, sich regelmässig ärztlich kontrollieren und allfällige psychische Erkrankungen behandeln zu lassen sowie den ärztlichen Anweisungen strikte Folge zu leisten. Zudem wurde der Beschwerdeführer verpflichtet, beim Fahren eine Sehhilfe zu tragen. Am Abstinenzgebot hielt es unverändert fest. Am 19. Januar 2011 wies das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt die Einsprache von X._ gegen diese Verfügung ab. Am 22. Juni 2011 wies die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern die Beschwerde von X._ gegen diesen Einspracheentscheid ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und ihn aus den Auflagen zu entlassen oder eventuell die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt verzichtet unter Verweis auf die kantonalen Entscheide auf Vernehmlassung. Die Rekurskommission beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.