Sachverhalt: A. Z._ war ab 1. Februar 2002 bei der Fachhochschule X._ (nachfolgend: Fachhochschule) als wissenschaftlicher Mitarbeiter angestellt. Am 28. September 2007 stellte er der Universität Y._ Rechnung über Fr. 2'800.- für von ihm ausgeführte Arbeiten. Entgegen seinem Wunsch erfolgte die Zahlung mit der Lohnabrechnung über die Fachhochschule und es wurden darauf zusätzlich Sozialversicherungsbeiträge geleistet, so dass er insgesamt Fr. 3'008.- ausbezahlt erhielt. Z._ verlangte beim Direktionspräsidenten der Fachhochschule eine Berichtigung und Rückabwicklung der Zahlung, was am 21. Dezember 2007/28. Januar 2008 abgelehnt wurde. Die Beschwerdekommission der Fachhochschule (nachfolgend: Beschwerdekommission) wies am 19. März 2008 die Sache an die Direktion zurück. Diese ordnete am 1. Juli 2008 an, es werde Z._ der Betrag von Fr. 2'800.- überwiesen und seiner Lohnauszahlung der bereits geleistete Betrag von Fr. 3'008.- belastet. Z._ wehrte sich erneut dagegen. Am 16. Juli 2008 stellte ihm die Fachhochschule einen berichtigten Lohnausweis zu. Am 17. September 2008 hielt die Beschwerdekommission fest, die Fachhochschule werde auf ihrer Zusage behaftet, aus der Änderung des Lohnausweises keine Rückforderungen gegenüber Z._ zu erheben; im Übrigen lehnte es seine Forderungen ab. B. Die dagegen erhobene Klage wies das Personalrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 17. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat, auferlegte Z._ die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 1'205.- und verpflichtete ihn zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 2'194.75. C. Z._ erhebt subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Begehren, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben, und ersucht um einen zweiten Schriftenwechsel. Das Personalrekursgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Fachhochschule lässt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne, beantragen. D. Z._ richtete am 13. und 26. November 2009 sowie am 9. Dezember 2009 und 6. Februar 2010 weitere Eingaben ans Bundesgericht.