Sachverhalt: A. Das Appellationsgericht Basel-Stadt sprach X._ mit Urteil vom 11. September 2012 und 6. Oktober 2012 zweitinstanzlich der sexuellen Nötigung, der einfachen Körperverletzung, der Drohung, der mehrfachen Nötigung und mehrfachen Tätlichkeiten, alles zum Nachteil seiner damaligen Lebenspartnerin A._, und der mehrfachen groben Verletzung der Verkehrsregeln schuldig. In einem Punkt sprach es ihn von der Anklage der Drohung frei. Es verurteilte ihn zu einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 360 Tagessätzen zu Fr. 100.-- und zu einer Busse von Fr. 600.--. Das Appellationsgericht verpflichtete X._ zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 366.90 und einer Genugtuung von Fr. 4'000.-- an A._. Im Mehrbetrag verwies es deren Forderungen auf den Zivilweg (betreffend Schadenersatz) bzw. wies sie ab (betreffend Genugtuung). B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Appellationsgerichts sei teilweise aufzuheben, und er sei von den Vorwürfen der sexuellen Nötigung, der einfachen Körperverletzung, der Drohung und der mehrfachen Nötigung sowie Tätlichkeiten freizusprechen. Sämtliche Zivilforderungen von A._ seien abzuweisen. Im Übrigen sei das Urteil zu bestätigen. Eventualiter sei es aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.