Sachverhalt: A. X._ war am 29. März 2012 am Steuer eines Personenwagens von Bergün nach Thusis unterwegs. In Alvaschein fiel er einer Polizeipatrouille wegen langsamer Fahrweise auf. Er wurde in Thusis angehalten und kontrolliert. Dabei soll er angegeben haben, seit Jahrzehnten regelmässig Marihuana - wöchentlich ca. 4 Joints jeweils vor dem Zubettgehen - zu rauchen. Der Urin-Schnelltest fiel positiv aus. In der anschliessend im Spital Thusis entnommenen Blutprobe wurde der aktive Cannabiswirkstoff Tetrahydrocannabinol (THC) nachgewiesen, doch lag dessen Konzentration mit ca. 0.8 Mikrogramm/l unterhalb des von Art. 34 lit. a der Verordnung des ASTRA zur Strassenverkehrskontrollverordnung (SR 741.013.1; VSKV-ASTRA) festgelegten Nachweisgrenzwertes für THC von 1,5 Mikrogramm/l. Am 30. Mai 2012 verfügte das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden (StVA), X._ habe sich zur Abklärung seiner Fahreignung beim Psychiatrischen Dienst Graubünden spezialärztlich untersuchen zu lassen. Für den Fall, dass das Gutachten nicht bis zum 30. Juli 2012 bei ihm eintreffe, drohte es ihm an, den Führerausweis gestützt auf Art. 30 VZV vorsorglich auf unbestimmte Zeit zu entziehen. Am 30. Juli 2012 wies das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung ab und wies das StVA an, einen neuen Termin für die Einreichung des verkehrsmedizinischen Gutachtens anzusetzen. Dieser wurde vom StVA in der Folge auf den 17. September 2012 gelegt. Am 18. September 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass die spezialärztliche Begutachtung nicht angeordnet werden dürfe. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. C. Der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung wies das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung am 3. Dezember 2012 ab. D. Das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. X._ verzichtet unter Verweis auf die Vernehmlassung des ASTRA auf eine Replik. Das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit hält an seinem Standpunkt fest.