Sachverhalt: Sachverhalt: A. Im Februar 2001 schlossen die X._ AG (Kläger) und die Y._ AG (Beklagte) einen Werkvertrag für die Baumeisterarbeiten einer Einfamilienhausüberbauung in Männedorf. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist eine Forderung von Fr. 467'857.05 nebst Zins, welche die Klägerin gestützt auf diesen Werkvertrag von der Beklagten geltend macht. Der Forderungsbetrag basiert auf dem Saldo der Schlussrechnung, von welchem diverse Beträge in Abzug gebracht wurden. Die Beklagte bestreitet die Forderung im Wesentlichen aus zwei Gründen. Einerseits macht sie geltend, die Forderung sei nicht substantiiert und ausgewiesen. Andrerseits macht sie zusätzliche Abzüge in der Höhe des Klagebetrages verrechnungsweise geltend, insbesondere Ansprüche aus positiver Vertragsverletzung und Mängelhaftung. A. Im Februar 2001 schlossen die X._ AG (Kläger) und die Y._ AG (Beklagte) einen Werkvertrag für die Baumeisterarbeiten einer Einfamilienhausüberbauung in Männedorf. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist eine Forderung von Fr. 467'857.05 nebst Zins, welche die Klägerin gestützt auf diesen Werkvertrag von der Beklagten geltend macht. Der Forderungsbetrag basiert auf dem Saldo der Schlussrechnung, von welchem diverse Beträge in Abzug gebracht wurden. Die Beklagte bestreitet die Forderung im Wesentlichen aus zwei Gründen. Einerseits macht sie geltend, die Forderung sei nicht substantiiert und ausgewiesen. Andrerseits macht sie zusätzliche Abzüge in der Höhe des Klagebetrages verrechnungsweise geltend, insbesondere Ansprüche aus positiver Vertragsverletzung und Mängelhaftung. B. Mit Klage vom 12. Januar 2004 belangte die Klägerin die Beklagte beim Handelsgericht des Kantons Zürich auf Bezahlung von Fr. 467'857.05 nebst Zins zu 5 % seit dem 1. Mai 2003. Mit Urteil vom 24. April 2006 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab. B. Mit Klage vom 12. Januar 2004 belangte die Klägerin die Beklagte beim Handelsgericht des Kantons Zürich auf Bezahlung von Fr. 467'857.05 nebst Zins zu 5 % seit dem 1. Mai 2003. Mit Urteil vom 24. April 2006 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab. C. Mit Berufung vom 6. Juni 2006 beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 24. April 2006 sei vollumfänglich aufzuheben, und die Beklagte sei zur Bezahlung von Fr. 467'857.05 nebst Zins zu 5 % seit dem 1. Mai 2003 zu verurteilen. Die Beklagte beantragt, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht des Kantons Zürich hat auf eine Berufungsantwort verzichtet. Das Handelsgericht des Kantons Zürich hat auf eine Berufungsantwort verzichtet. D. Parallel zur Berufung ans Bundesgericht hat die Klägerin eine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde ans Kassationsgericht des Kantons Zürich erhoben. Mit Sitzungsbeschluss vom 5. Februar 2007 hat das Kassationsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte. Auf eine gegen diesen Beschluss erhobene Beschwerde in Zivilsachen ist das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tag nicht eingetreten.