Sachverhalt: A. Mit Urteil vom 10. März 2006 sprach das Kreisgericht X Thun X._ der versuchten Erpressung, der Verletzung des Schriftgeheimnisses, des Betrugs und der Urkundenfälschung schuldig. Ein von X._ gegen dieses Urteil eingereichtes Revisionsgesuch hiess der Kassationshof des Obergerichts des Kantons Bern mit Entscheid vom 4. Juli 2007 gut. Er hob das Urteil des Kreisgerichts Thun auf und wies die Sache zur Neubeurteilung dem Gerichtskreis XI Interlaken-Oberhasli zu. Am 6. April 2011 verfügte der Präsident des Regionalgerichts Oberland, dass das Strafverfahren gegen X._ zusammen mit neuen Strafanzeigen wegen Betrugs und Verleumdung, evtl. übler Nachrede an der Hauptverhandlung vom 28. Juli 2011 in Thun von Gerichtspräsident Gammeter beurteilt werde. Am 25. August 2011 verlangte der amtliche Verteidiger der Beschuldigten die Überweisung des Verfahrens an ein Regionalgericht ausserhalb der Gerichtsregion Oberland/Thun wegen Befangenheit. Das Regionalgericht Thun überwies das Ablehnungsgesuch an die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern, bei welcher am 28. August 2011 ein zusätzliches Ablehnungsgesuch der Beschuldigten einging. Mit Beschluss vom 17. November 2011 wies das Obergericht das Ausstandsgesuch ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 22. Dezember 2011 beantragt X._ die Aufhebung des Beschlusses des Obergerichts vom 17. November 2011 und die Gutheissung des Ausstandsgesuchs gegen Gerichtspräsident Gammeter und das Regionalgericht Oberland in Thun. Das Verfahren sei an ein unabhängiges Gericht ausserhalb der Gerichtsregion Oberland/Thun zu überweisen. Ausserdem stellt die Beschwerdeführerin einen Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege. Das Regionalgericht Oberland und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassungen. C. Mit Präsidialverfügung vom 19. Januar 2012 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt.