Sachverhalt: A. Die städtische Überbauung Luggweg in Zürich wurde in den Jahren 1958/1959 erstellt. Sie besteht aus zwei achtgeschossigen Laubenganghäusern und zehn Flachdachbauten und umfasst insgesamt 148 Wohnungen. Die Wohnsiedlung soll ausgerichtet auf einen Renovationszyklus von etwa 30 Jahren einer Renovation unterzogen werden. Der Stadtrat von Zürich bewilligte am 17. Januar 2007 für die Gesamtrenovation mit Wohnungszusammenlegungen der Wohnsiedlung Luggweg 24,5 Mio. Franken. Davon betrachtete er 23,15 Mio. Franken als gebundene Ausgaben und 1,35 Mio. Franken als neue Ausgaben. Im Weiteren beschloss er, von diesen Ausgaben 13,5 Mio. Franken als wertvermehrende Investitionen und 11 Mio. Franken als werterhaltende Investitionen zu verbuchen. B. Gegen diesen Stadtratsbeschluss vom 17. Januar 2007 gelangte Niklaus Scherr mit Stimmrechtsrekurs an den Bezirksrat Zürich. Er verlangte im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Stadtratsbeschlusses und stellt den Hauptantrag, es sei festzustellen, dass der gesamte Kreditbetrag von 24,5 Mio. Franken vom Gemeinderat zu bewilligen sei und dem fakultativen Referendum unterliege. Der Eventualantrag zielte auf die Feststellung, dass der Kreditbetrag von 13,5 Mio. Franken für die in der städtischen Bilanz als wertvermehrend zu aktivierenden Investitionen in die Bewilligungszuständigkeit des Gemeinderats falle und dem fakultativen Referendum unterstehe und der Subeventualantrag verlangte dies für einen Kreditanteil von über 2 Mio. Franken. Der Bezirksrat hiess den Stimmrechtsrekurs am 15. November 2007 teilweise gut und stellte fest, dass vom gesamten Kreditbetrag von 24,5 Mio. Franken ein Anteil von mehr als 2 Mio. Franken neue Ausgaben darstellten und in die Bewilligungszuständigkeit des Gemeinderats fielen. Der Bezirksrat wies die Stadt Zürich an, durch den Stadtrat eine entsprechende Vorlage ausarbeiten und dem Gemeinderat zum Beschluss unterbreiten zu lassen. C. Gegen den Beschluss des Bezirksrats vom 15. November 2007 erhoben die Stadt Zürich und Niklaus Scherr Rekurs beim Regierungsrat des Kantons Zürich. Die Stadt Zürich stellte den Antrag, dass der Beschluss des Bezirksrats, soweit er den erstinstanzlichen Rekurs gutheisse, aufzuheben sei. Niklaus Scherr stellte im Wesentlichen folgende Anträge: 1. Der Beschluss des Stadtrats betr. gebundene Ausgaben und den Objektkredit für die Gesamtrenovation und die Wohnungszusammenlegungen der Wohnsiedlung Luggweg sei aufzuheben. 2. a. Hauptantrag: Es sei festzustellen, dass der Kreditbetrag für die in der städtischen Bilanz als wertvermehrend aktivierten Investitionen in Höhe von 13,5 Mio. Franken nach Art. 41 lit. r Gemeindeordnung (Investitionen in Bauten des Finanzvermögens) in die Zuständigkeit des Gemeinderates fällt und dem fakultativen Referendum unterliegt. Der Stadtrat sei anzuweisen, dem Gemeinderat entsprechend Antrag zu stellen. 2. b. Eventualantrag: Der Entscheid der Vorinstanz sei dahingehend zu ergänzen, dass noch weitere Aufwendungen als die vom Bezirksrat akzeptierten als neu zu qualifizieren sind und damit dem fakultativen Referendum unterstehen. Darunter fällt namentlich die Neuinstallation von Solarkollektoren zur Warmwasservorwärmung. Mit Beschluss vom 3. September 2008 bestätigte der Regierungsrat den Beschluss des Bezirksrats vom 15. November 2007 im Wesentlichen und hiess den Stimmrechtsrekurs von Niklaus Scherr im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Der Stimmrechtsrekurs der Stadt Zürich wurde vom Regierungsrat abgewiesen. Der Regierungsrat kam zum Schluss, dass die bei den Wohnungszusammenlegungen anfallenden neuen Ausgaben mit Fr. 1.35 Mio. zu tief festgesetzt seien; sowohl die Kosten für Küchen und Bäder als auch jene für Maler- und Bodenarbeiten in den zusammengelegten Wohnungen stellten neue und nicht gebundene Ausgaben dar. Das Gleiche treffe zu für die Vergrösserung der Balkone, die Neuerstellung von sieben Balkonen, die Sanierung der zwei Kinderspielplätze, die Einrichtung eines Veloraums sowie die Erstellung von sieben Parkplätzen. Der Regierungsrat ordnete an, die Stadt habe die neuen Ausgaben für die Gesamtrenovation dem Gemeinderat zur Bewilligung zu unterbreiten. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Oktober 2008 beantragt die Stadt Zürich, der Beschluss des Regierungsrats vom 3. September 2008 sei insoweit aufzuheben, als der Stimmrechtsrekurs von Niklaus Scherr teilweise gutgeheissen und der Stimmrechtsrekurs der Stadt Zürich abgewiesen wurde. Der Beschluss des Stadtrats vom 17. Januar 2007 betreffend die Bewilligung der neuen und gebundenen Ausgaben für die Gesamtrenovation mit Wohnungszusammenlegungen der Wohnsiedlung Luggweg sei zu bestätigen. Zudem sei die Anordnung des Regierungsrats, wonach die Stadt Zürich die neuen Ausgaben für die Gesamtrenovation dem Gemeinderat zur Bewilligung zu unterbreiten habe, aufzuheben. E. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich und der Bezirksrat Zürich verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Niklaus Scherr beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen und der Beschluss des Regierungsrats zu bestätigen. F. Gleichzeitig mit der Beschwerde an das Bundesgericht vom 8. Oktober 2008 (Verfahren 1C_467/2008) erhob die Stadt Zürich gegen den Beschluss des Regierungsrats vom 3. September 2008 eine Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit denselben Anträgen. Das Verwaltungsgericht trat auf diese Beschwerde mit Beschluss vom 27. Oktober 2008 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein. Dagegen hat die Stadt Zürich am 18. November 2008 beim Bundesgericht vorsorglich eine weitere Beschwerde eingereicht (Verfahren 1C_529/2008). Sie beantragt darin, der Beschluss des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Verfahren sei an diese Instanz zur materiellen Behandlung zurückzuweisen, falls das Bundesgericht auf die im Verfahren 1C_467/2008 hängige Beschwerde der Stadt Zürich nicht eintreten sollte.