Sachverhalt: A. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen führt gegen X._ ein Administrativverfahren zur Abklärung seiner Fahreignung, nachdem er am 28. März 2010 unter dem Einfluss von Alkohol (Blutalkoholgehalt von mindestens 0,77 Promille) und Cannabis (THC-Gehalt im Blut von 2,3 Mikrogramm/l) ein Auto gelenkt hatte. Es kann auf die eingehende Sachverhaltsdarstellung im Urteil 1C_386/2011 vom 2. Dezember 2011 verwiesen werden. B. Nachdem X._ seinen Rekurs gegen die Anordnung einer verkehrspsychologischen Untersuchung zurückgezogen hatte, ersuchte er am 1. März 2012 das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, ihn zur verkehrspsychologischen Begutachtung beim Institut für Rechtsmedizin Zürich (IRM) anzumelden. Er ersuchte um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung, insbesondere auch in Bezug auf die angeordnete Begutachtung. Am 5. April 2012 wies das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ab. Der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen wies die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung am 7. Juni 2012 ab und wies das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das Verwaltungsgerichtsverfahren ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Verwaltungsgerichtsentscheid aufzuheben und ihm für das Administrativverfahren vor dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt sowie für das verwaltungsgerichtliche Verfahren unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren, insbesondere auch für die Kosten der verkehrspsychologischen Untersuchung. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er ebenfalls um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. D. Das Sicherheits- und Justizdepartement sowie der Präsident des Verwaltungsgerichts beantragen, die Beschwerde abzuweisen.