Sachverhalt: A. X._ wurde mit Verfügung vom 17. Dezember 2007 von der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde (RAB) unbefristet als Revisionsexperte zugelassen und ins Revisorenregister eingetragen. Mit Schreiben vom 13. Juli 2009 teilte die RAB X._ mit, sie sei über eine Anzeige an die Standeskommission der Treuhand-Kammer gegen ihn und die Y._ AG orientiert worden, wonach er bzw. die Y._ AG gegen die Vorschriften über die Unabhängigkeit verstossen hätten, und forderte ihn auf, hierzu Stellung zu nehmen. Nach Stellungnahme durch X._ und die Y._ AG eröffnete die RAB am 3. August 2010 gegen X._ ein Verfahren um Entzug der Zulassung. Mit Verfügung vom 24. Januar 2011 entzog die RAB X._ die Zulassung als Revisionsexperte und löschte die entsprechende Eintragung im Revisorenregister. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 5. Oktober 2011 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. November 2011 beantragt X._, das erwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben. Das Bundesverwaltungsgericht und das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Mit Eingabe vom 12. März 2012 hält X._ an seinen Anträgen fest.