hat sich ergeben: A.- Mit Verfügung vom 3. August 1998 bewilligte das Bundesamt für Zivilschutz gemäss Art. 60 Abs. 1 der Zivilschutzverordnung vom 19. Oktober 1994 (ZSV; SR 520. 11) dem Kanton St. Gallen die Aufhebung des Zivilschutz-Ausbildungszentrums Altstätten. Zugleich verlangte es die Rückzahlung des seinerzeit an den Landerwerb ausgerichteten Bundesbeitrags in der Höhe von Fr. 177'302. --. Das Amt für Zivilschutz des Kantons St. Gallen erhob dagegen am 14. August 1998 vorsorglich Beschwerde an die Eidgenössische Rekurskommission für Zivilschutzangelegenheiten (im Folgenden: Rekurskommission). Gleichzeitig ersuchte es das Bundesamt festzustellen, dass sich der Bund an den Kosten der Beseitigung von Altlasten auf dem ehemaligen Ausbildungszentrum mit einem angemessenen Anteil zu beteiligen habe. Mit Verfügung vom 3. September 1998 lehnte das Bundesamt diesen Antrag ab. Das Amt für Zivilschutz des Kantons St. Gallen erhob dagegen wiederum Beschwerde an die Rekurskommission. B.- Mit Entscheid vom 9. November 1999 vereinigte die Rekurskommission die beiden Beschwerden und wies die erste Beschwerde (gegen die Verpflichtung zur Rückerstattung des Landerwerbskostenbeitrags) ab. Demgegenüber hiess es in Ziff. 2 des Dispositivs die zweite Beschwerde gut und stellte fest, dass sich der Bund mit einem angemessenen Anteil an den Kosten der Beseitigung der Altlasten des Zivilschutz-Ausbildungszentrums Altstätten (Grundstück Nr. 3408, Grundbuch Altstätten) zu beteiligen habe. C.- Das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport erhob am 17. Dezember 1999 Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, Ziff. 2 des Entscheides der Rekurskommission aufzuheben. D.- Das Amt für Zivilschutz des Kantons St. Gallen beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Rekurskommission verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das zur Stellungnahme eingeladene Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft vertritt die Ansicht, die Vorinstanz habe zu Unrecht eine Kostenbeteiligungspflicht des Bundes festgestellt.