Sachverhalt: A. Der Gemeinderat Volketswil erteilte der X._ AG am 12. Juni 2007 die Bewilligung für das Ausstellungs- und Gewerbezentrum "Baucity" auf dem Grundstück Kat.-Nr. 7522 an der Industriestrasse in Volketswil. Den hiergegen vom Verkehrsclub der Schweiz (VCS) erhobenen Rekurs hiess die kantonale Baurekurskommission III am 20. Februar 2008 teilweise gut und ergänzte die Baubewilligung in Dispositiv Ziffer I mit folgender Nebenbestimmung: "Für alle Kundenparkplätze ist ab der ersten Minute eine Gebühr in der Höhe von Fr. 2.-- pro Stunde, degressiv nach Ablauf der ersten Stunde bis auf mindestens Fr. 1.-- pro Stunde, unter vollständigem Verzicht auf Gratisabstellplätze und unter gänzlichem Verbot jeder Rückerstattung von Gebühren zu erheben. Die Gebührenpflicht ist mit geeigneten Mitteln sicherzustellen, die mindestens den gleichen Effekt wie die übliche Einrichtung einer zentralen Kassierstation in Kombination mit einer Schrankenanlage bei der Einfahrt und der Ausfahrt aufweisen." B. Die X._ AG zog diesen Entscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich weiter. Dieses hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Juli 2008 teilweise gut, soweit es darauf eintrat, und fasste die erwähnte, im Rekursentscheid enthaltene Nebenbestimmung wie folgt: "Für alle Kundenparkplätze ist ab der ersten Minute eine mit zunehmender Parkierungsdauer degressiv verlaufende Gebühr zu erheben. Für die erste angebrochene Stunde hat die Gebühr mindestens Fr. 2.-- und für die zweite angebrochene Stunde mindestens Fr. 1.-- zu betragen. Die Rückerstattung dieser Mindestgebühren ist nicht zulässig." C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 15. September 2008 beantragt der VCS im Wesentlichen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit damit die vor der Vorinstanz erhobene Beschwerde der X._ AG teilweise gutgeheissen und die Kosten- und Entschädigungsfolgen entsprechend geregelt wurden. Der Entscheid der Baurekurskommission vom 20. Februar 2008 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Die X._ AG und das Verwaltungsgericht beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Volketswil verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Schluss, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts verletze kein Umweltrecht des Bundes. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme zu den Eingaben der übrigen Verfahrensbeteiligten an seinen Anträgen und seiner Rechtsauffassung fest.