Sachverhalt: A. A.a Der 1962 geborene S._ arbeitete seit dem 1. April 2001 als Versicherungsberater bei einem Generalagenten der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (im Folgenden: Mobiliar) und war bei der gleichen Gesellschaft gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 25. Januar 2002 stürzte er beim Skifahren und zog sich dabei eine mehrfragmentäre intraartikuläre Tibiakopffraktur rechts und eine Commotio Cerebri zu. Die Unfallversicherung richtete Leistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeld aus. Das Arbeitsverhältnis wurde vom Arbeitgeber auf den 30. Juni 2002 gekündigt. Ab dem 2. September 2002 erachtete der behandelnde Arzt, Dr. med. H._, Facharzt FMH für Orthopädie und Chirurgie, von der Sport Clinic, seinen Patienten in angepasstem Rahmen wieder für halbtags arbeitsfähig. Gestützt darauf orientierte die Mobiliar den Versicherten am 10. Februar 2003, dass sie ab dem 2. September 2002 von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit ausgehe. Trotz Entfernung des Osteosynthesematerials am 13. Juni 2003 war der Heilungsverlauf nach wie vor verzögert. Eine MRI-Untersuchung ergab deutliche Zeichen eines Knochenödems und eine kleine Osteonekrose zentral im medialen Tibiakopf ohne Hinweis für eine Algodystrophie (Schreiben Dr. med. H._ vom 21. Oktober 2003). Gemäss Expertise vom 10. März 2004 des Dr. med. M._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, bestanden noch Restbeschwerden unsicherer Herkunft, ein Status nach möglicher Algodystrophie sowie Verdachte auf psychische Verstimmung im Sinne einer Depression und einer Fehlverarbeitung der Unfallfolgen sowie auf Perseveration und Anspruchshaltung. Für eine Büroarbeit mit wechselnder sitzender, respektive wenig gehender Tätigkeit scheine eine Arbeitsfähigkeit von 70 bis 80 Prozent zu bestehen. Da S._ mit der Begutachtung nicht einverstanden war, liess er sich am Spital X._ durch Dr. med. R._, Chefarzt der orthopädischen Klinik, und PD Dr. med. A._, Chefarzt der Rehabilitation, untersuchen. Gemäss den Berichten vom 19. Mai und 15. Juni 2004 persistiere der Verdacht auf einen Morbus Sudeck. Dr. med. R._ attestierte eine vollständige Arbeitsunfähigkeit. Mit Schreiben vom 14. September 2004 konkretisierte PD Dr. med. A._ seine Diagnose auf ein Complex regional pain syndrome (CRPS) Typ I. Die eingeleitete medikamentöse Therapie zeige bereits eine Besserung. Eine am 12. Juli 2004 im Auftrag der Invalidenversicherung durchgeführte psychiatrische Begutachtung ergab, entgegen des im Gutachten des Chirurgen Dr. med. M._ geäusserten Verdachts, keine Befunde und dementsprechend auch keine Arbeitsunfähigkeit aus psychischen Gründen. Dr. med. M._ schloss sich in der Folge auf Nachfrage der Mobiliar hin der Beurteilung der Ärzte am Spital X._ an und postulierte seinerseits ab 19. Mai 2004 eine volle Arbeitsunfähigkeit, welche von der Unfallversicherung am 20. Oktober 2004 formlos verfügt wurde. A.b Am 20. Dezember 2004 stürzte S._ infolge Glatteis und zog sich dabei eine suprakondyläre Femurmehrfragmentfrakur rechts zu. Die Mobiliar eröffnete dem Verunfallten mit Verfügung vom 6. April 2005, dass sie für diesen Unfall keine Leistungen erbringe, da die Versicherungsdeckung bereits am 2. März 2003 definitiv geendet habe. Jener erhob Einsprache. Die Unfallversicherung holte bei PD Dr. med. K._, Spezialarzt für Chirurgie FMH, eine aktengestützte Beurteilung hinsichtlich eines Zusammenhanges zwischen den beiden Unfällen und der ohne den zweiten Unfall geschätzten Arbeitsfähigkeit ein (Gutachten vom 27. September 2005 und vom 24. Mai 2006). Demnach schätzte der Experte die hypothetische Arbeitsfähigkeit als Versicherungsberater im Aussendienst auf 75%, in einer ausschliesslichen Bürotätigkeit auf 100%, und den Integritätsschaden aufgrund der Tibiakopffrakturen auf 30%. Mit Verfügung vom 25. August 2006 teilte die Mobiliar S._ mit, ihres Erachtens könnte er auf Grund der am 25. Januar 2002 erlittenen Verletzungen in einer Bürotätigkeit bei einem vollen Pensum Fr. 60'083.- im Jahr verdienen. Bei einem Einkommen als Gesunder von Fr. 75'827.- ergebe sich ein Invaliditätsgrad von 21%. In diesem Rahmen werde ihm ab 1. August 2006 eine Rente ausgerichtet. Der versicherte Verdienst betrage Fr. 72'450.-, die Integritätsentschädigung 30%. Auch gegen diese Verfügung erhob der Versicherte Einsprache, welche gemeinsam mit jener gegen die Verfügung vom 6. April 2005 mit Entscheid vom 28. September 2007 abgewiesen wurde. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies mit Entscheid vom 12. März 2009 die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm durch die Mobiliar auch Leistungen für den Unfall vom 20. Dezember 2004 zu gewähren und über den 31. Juli 2006 hinaus Taggeld zu bezahlen und Heilbehandlung zu erbringen. Eventualiter sei ihm für den Unfall vom 25. Januar 2002 eine Rente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von mindestens 38% und eines versicherten Verdienstes von Fr. 91'800.- auszurichten. Die Mobiliar schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.