Sachverhalt: Sachverhalt: A. Gemäss Art. 56 Abs. 1 des Baureglements der Stadt Arbon vom 21. Dezember 1999 (im Folgenden: Baureglement) erlässt der Stadtrat einen Plan zum Schutz und zur Pflege erhaltenswerter Natur- und Kulturobjekte. Nach Art. 57 Abs. 1 Baureglement sind die im Plan bezeichneten Naturobjekte für das Orts- und Landschaftsbild von besonderer Bedeutung und deshalb nach Möglichkeit zu erhalten. Das Fällen der aufgeführten Bäume untersteht der Bewilligungspflicht. Im Schutzplan Natur- und Kulturobjekte 2000 vom 21. Dezember 1999 (im Folgenden: Schutzplan) ist die "Seufzer-Allee" - ein Bestand von über 90 Rosskastanien auf der Seeuferpromenade - erfasst. Dieses Gelände (Parzellen Nrn. 2153a und b) gehört der Politischen Gemeinde Arbon (im Folgenden: Gemeinde). Weiter sind im Schutzplan Parkbäume auf der landseitig angrenzenden Parzelle Nr. 2151 eingetragen, die im Eigentum der Saurer Hamel AG steht. Laut der zum Schutzplan gehörenden Liste der Natur- und Kulturobjekte sind auf dieser Parzelle (Bahnhofstrasse 61) als Parkbäume die Buchen geschützt. Im Schutzplan Natur- und Kulturobjekte 2000 vom 21. Dezember 1999 (im Folgenden: Schutzplan) ist die "Seufzer-Allee" - ein Bestand von über 90 Rosskastanien auf der Seeuferpromenade - erfasst. Dieses Gelände (Parzellen Nrn. 2153a und b) gehört der Politischen Gemeinde Arbon (im Folgenden: Gemeinde). Weiter sind im Schutzplan Parkbäume auf der landseitig angrenzenden Parzelle Nr. 2151 eingetragen, die im Eigentum der Saurer Hamel AG steht. Laut der zum Schutzplan gehörenden Liste der Natur- und Kulturobjekte sind auf dieser Parzelle (Bahnhofstrasse 61) als Parkbäume die Buchen geschützt. B. Auf der Parzelle Nr. 2151 befand sich ein Fabrikgebäude, in dem zuletzt das Saurer Ersatzteillager untergebracht war. Der Stadtrat Arbon hatte als kommunale Baubehörde der Generalunternehmung HRS Hauser Rutishauser Suter AG (im Folgenden: HRS AG) im November 2001 den Abbruch dieser Baute und eine Überbauung mit fünf Mehrfamilienhäusern bewilligt. In jenem Rahmen hatte die Baubehörde erstmals Nebenbestimmungen über Veränderungen an den geschützten Baumbeständen auf dieser Parzelle und der Seeuferpromenade getroffen. Infolge eines dagegen gerichteten Rekurses der Stiftung von WWF Schweiz und WWF Thurgau hob der Stadtrat diese Nebenbestimmungen im April 2002 wieder auf und wies deren Bewilligung in ein separates Verfahren. Im Übrigen erwuchs die Baubewilligung in Rechtskraft. B. Auf der Parzelle Nr. 2151 befand sich ein Fabrikgebäude, in dem zuletzt das Saurer Ersatzteillager untergebracht war. Der Stadtrat Arbon hatte als kommunale Baubehörde der Generalunternehmung HRS Hauser Rutishauser Suter AG (im Folgenden: HRS AG) im November 2001 den Abbruch dieser Baute und eine Überbauung mit fünf Mehrfamilienhäusern bewilligt. In jenem Rahmen hatte die Baubehörde erstmals Nebenbestimmungen über Veränderungen an den geschützten Baumbeständen auf dieser Parzelle und der Seeuferpromenade getroffen. Infolge eines dagegen gerichteten Rekurses der Stiftung von WWF Schweiz und WWF Thurgau hob der Stadtrat diese Nebenbestimmungen im April 2002 wieder auf und wies deren Bewilligung in ein separates Verfahren. Im Übrigen erwuchs die Baubewilligung in Rechtskraft. C. Am 31. März 2003 verabschiedete der Stadtrat Arbon ein überarbeitetes Projekt vom 20. März 2003 zur Allee-Erneuerung auf den Parzellen Nrn. 2153a, 2153b und 2151. Er wies die Bauverwaltung an, dafür ein Baugesuchsverfahren im Sinne von § 7 des Gesetzes zum Schutz und zur Pflege der Natur und der Heimat des Kantons Thurgau in der Fassung vom 16. August 1995 (NHG/TG; RB 450.1) einzuleiten. Das Projekt wurde vom 4. bis 23. April 2003 öffentlich aufgelegt. Als Gesuchstellerin trat die Gemeinde auf. Das Vorhaben sah vor, die Seufzer-Allee im Abschnitt entlang der Grundstücksgrenze zur Parzelle Nr. 2151 neu zu gestalten. Dabei sollten 19 Kastanienbäume der landseitigen Baumreihe gefällt und an ihrer Stelle 15 Neupflanzungen vorgenommen werden. Dadurch würden die Abstände von rund 7 Meter auf 10,75 Meter vergrössert. Dieser Eingriff sollte die erste Etappe der gesamten Allee-Erneuerung bilden. Auf der Seeseite waren im Rahmen dieser Etappe keine Eingriffe an der Allee geplant. Ausserdem sollten laut dem Projekt vom 20. März 2003 fünf einzeln bezeichnete Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 zur Auslichtung des Bestands gerodet werden. Das Vorhaben sah vor, die Seufzer-Allee im Abschnitt entlang der Grundstücksgrenze zur Parzelle Nr. 2151 neu zu gestalten. Dabei sollten 19 Kastanienbäume der landseitigen Baumreihe gefällt und an ihrer Stelle 15 Neupflanzungen vorgenommen werden. Dadurch würden die Abstände von rund 7 Meter auf 10,75 Meter vergrössert. Dieser Eingriff sollte die erste Etappe der gesamten Allee-Erneuerung bilden. Auf der Seeseite waren im Rahmen dieser Etappe keine Eingriffe an der Allee geplant. Ausserdem sollten laut dem Projekt vom 20. März 2003 fünf einzeln bezeichnete Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 zur Auslichtung des Bestands gerodet werden. D. Die Stiftung WWF Schweiz vertreten durch die Sektion Bodensee/Thurgau erhob gegen das Gesuch Einsprache, um sich gegen das Fällen der Bäume zu wehren. Der Verkehrsclub der Schweiz, Sektion Thurgau, hatte eine Einsprache mit paralleler Zielsetzung eingelegt, aber nachträglich zurückgezogen. Die kommunale Baubehörde überwies das Verfahren zum Entscheid an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU), weil die Gemeinde in diesem Verfahren Parteistellung habe. Das DBU erweiterte den Kreis der Verfahrensparteien, in Anwendung von § 8 Abs. 2 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Thurgau vom 23. Februar 1981 (VRG/TG; RB 170.1), um die HRS AG und die Saurer Hamel AG, die als Verfahrensbeteiligte bezeichnet wurden. Mit Entscheid vom 8. Oktober 2003 bejahte das DBU, gestützt auf § 109 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Thurgau vom 16. August 1995 (PBG/TG; RB 700), seine Zuständigkeit. Es wies die Einsprache der Stiftung WWF Schweiz ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv Ziffer 2). In Ziffer 3 des Dispositivs wurde die Bewilligung für die beantragten Eingriffe mit folgenden Auflagen erteilt: "1. -:- "2. -:- "3. -:- 3.1 Naturobjekt "Seufzer-Allee": "1. -:- "2. -:- "3. -:- 3.1.1 Die Verjüngung mit Rosskastanienbäumen hat mit mindestens vier Jahre alten Jungbäumen zu erfolgen. 3.1.2 Die Gesuchstellerin hat beim nächsten Verjüngungsschritt an der Allee ein Gesamtverjüngungskonzept vorzulegen, in welchem unter Berücksichtigung des Gesundheitszustandes der Alleebäume zeitlich und umfangmässig begrenzte Verjüngungsschritte vorzusehen sind. 3.2 Einzelbäume und Baumgruppen auf Parzelle Nr. 2151: 3.2.1 Für die Eingriffe in die geschützten Parkbäume am nördlichen Rand der Parzelle Nr. 2151 sind an geeigneter Stelle auf der ursprünglichen Parzelle oder an einer andern Stelle auf Gemeindegebiet artgerechte Ersatzbäume zu pflanzen, wobei eine Baumgrösse 2. Klasse anerkannt wird." 3.2.1 Für die Eingriffe in die geschützten Parkbäume am nördlichen Rand der Parzelle Nr. 2151 sind an geeigneter Stelle auf der ursprünglichen Parzelle oder an einer andern Stelle auf Gemeindegebiet artgerechte Ersatzbäume zu pflanzen, wobei eine Baumgrösse 2. Klasse anerkannt wird." E. Die Stiftung WWF Schweiz reichte gegen den Entscheid des DBU Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau ein. Sie beantragte, in Aufhebung von Ziffern 2 und 3 des Dispositivs sei das Gesuch um teilweise Allee-Erneuerung auf den drei genannten Parzellen (mit Ausnahme von vier rotblühenden Rosskastanien) abzulehnen. Beim Augenschein, den das Verwaltungsgericht am 4. Februar 2004 durchführte, wurde festgestellt, dass auf der Parzelle Nr. 2151 zwischenzeitlich mehrere Bäume gefällt worden waren, unter anderem eine geschützte Blutbuche. Daraufhin formulierte die Stiftung WWF Schweiz das Rechtsbegehren wie folgt neu: 1. Die Ziffern 2 und 3 des Entscheides des DBU vom 8. Oktober 2003 seien aufzuheben; 2. Es sei präzise anzuordnen, wo und bis wann die Verfahrensbeteiligten für die gefällten Bäume auf Parzelle Nr. 2151 artgerechte Ersatzbäume 2. Klasse pflanzen müssen; 3. Das Gesuch um eine 'teilweise Allee-Erneuerung' sei (mit Ausnahme der vier rotblühenden Rosskastanien) abzuweisen." 3. Das Gesuch um eine 'teilweise Allee-Erneuerung' sei (mit Ausnahme der vier rotblühenden Rosskastanien) abzuweisen." F. Das Verwaltungsgericht erwog im Entscheid vom 16. Juni 2004, die Seufzer-Allee habe für das Orts- und Landschaftsbild eine hohe Bedeutung, ebenso für die Erholung der Bevölkerung. Eingriffe seien deshalb heikel und wollten wohlgeplant sein. Es gehe nicht an, einen Eingriff in einen Teil der Allee zu bewilligen, ohne dass ein Gesamtkonzept vorliege. Die Angelegenheit sei deshalb an die Gemeinde zurückzuweisen, der es überlassen bleibe, eine Gesamterneuerung mit etappenweiser Verwirklichung aufzulegen. Es sei jedoch klarzustellen, dass eine Gesamterneuerung der Allee nicht grundsätzlich nicht bewilligt werden könne, da die Allee als Ganzes und nicht deren Einzelbäume geschützt seien. Bezüglich der Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 verneinte das Verwaltungsgericht die Zulässigkeit der Überweisung des Einspracheverfahrens von der kommunalen Baubehörde an das DBU. Durch dieses Vorgehen sei eine Instanz übersprungen worden, was die Stiftung WWF Schweiz zu Recht gerügt habe. Die Sache sei deshalb insofern an die kommunale Baubehörde zum Entscheid zurückzuweisen. Allerdings gehe es nun nicht mehr um die Bewilligung eines Eingriffs, sondern um die Regelung der Ersatzpflanzung. Folglich entschied das Verwaltungsgericht wie folgt: 1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Ziffer 3 des Entscheides des Departements für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau aufgehoben und die Sache an die Politische Gemeinde Arbon zurückgewiesen: a) zur Ausarbeitung eines eventuellen Gesamtprojekts für die Erneuerung der "Seufzer-Allee" und b) zum Entscheid über die Ersatzpflanzungen bezüglich Parzelle Nr. 2151. 2. Die Stiftung WWF Schweiz bezahlt eine reduzierte Verfahrensgebühr von Fr. 1'000.--, abzüglich Kostenvorschuss, total Fr. 500.--. 3. Die HRS Hauser Rutishauser Suter AG und die Saurer Hamel AG bezahlen eine reduzierte Verfahrensgebühr von je Fr. 500.--, unter solidarischer Haftbarkeit. 4. Die ausseramtlichen Kosten der Beschwerdeführerin und der beiden Verfahrensbeteiligten werden wettgeschlagen. 5. (Mitteilung)." 5. (Mitteilung)." G. Die Stiftung WWF Schweiz führt gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts staatsrechtliche Beschwerde. Sie rügt eine Verletzung von Art. 9 BV (Willkürverbot) und Art. 29 Abs. 1 BV. Beantragt wird die Aufhebung von Ziffern 2 und 4 des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache in diesem Umfang an das Verwaltungsgericht. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Stadtrat Arbon verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die HRS AG und die Saurer Hamel AG haben durch ihren Rechtsvertreter mitgeteilt, dass sie sich am vorliegenden Verfahren nicht zu beteiligen wünschen. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Stadtrat Arbon verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die HRS AG und die Saurer Hamel AG haben durch ihren Rechtsvertreter mitgeteilt, dass sie sich am vorliegenden Verfahren nicht zu beteiligen wünschen. H. In einer unaufgefordert eingereichten Replik nimmt die Stiftung WWF Schweiz zur Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts Stellung. Dieses hat sich, auf Einladung durch das Bundesgericht, seinerseits zur Replik geäussert.