A.- Die Firma X._ AG ist eine private Leistungserbringerin im Bereich der stationären Akut- und Langzeitrehabilitation, der Akut- und Langzeitpflege sowie der Psychogeriatrie mit rund 200 Mitarbeitern bei 15'000 Stellenprozenten. Am 30. Januar 1998 reichte sie dem Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit des Kantons Thurgau (neu: Amt für Wirtschaft und Arbeit, nachfolgend AWA) eine Voranmeldung von Kurzarbeit für Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter verschiedener Abteilungen ab 9. Februar 1998 ein. Zur Begründung gab sie im Wesentlichen an, im Leistungsbereich der Geriatrie sei sie auf der Spital- bzw. Pflegeheimliste des Kantons Thurgau und damit zur Leistungserbringung im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zugelassen. Mehr als die Hälfte der Patienten komme allerdings aus dem Kanton Zürich. In der ersten provisorischen Pflegeheimliste des Kantons Zürich sei sie nur mit Vorbehalt aufgeführt. Die Unsicherheit bezüglich des ausserkantonalen Patientengutes habe sich in den letzten Monaten einschneidend auf die Bettenbelegung ausgewirkt. Angesichts der voraussehbaren Probleme im Zusammenhang mit der Einführung des Krankenversicherungsgesetzes seien schon im Jahr 1995 die Weichen für eine angemessene Diversifizierung des Leistungsangebotes gestellt worden. Im Rahmen der notwendigen Restrukturierung sei ein Hotel geplant und der bisherige Tea Room-/Restaurantbetrieb werde vorübergehend eingestellt. Die Eröffnung des Hotels Y._ mit 98 Betten und Tagungszentrum sei auf Mai 1998 vorgesehen. Der Pflegebereich werde nicht in die Kurzarbeit einbezogen, da acht Mitarbeiter durch natürlichen Abgang ausgeschieden und nicht mehr ersetzt worden seien (Stellenabbau wegen rückgängiger Bettenauslastung). Mit fünf Verfügungen vom 20. Februar 1998 teilte das AWA mit, dass es gegen die Auszahlung von Kurzarbeitsentschädigung für die Zeit vom 9. Februar bis 8. Mai 1998 betreffend die Bereiche ZfP Schulung, Küche, Betriebsdienst, Wäscherei und Hausdienst keinen Einspruch erhebe. B.- In Gutheissung der dagegen vom Bundesamt für Wirtschaft und Arbeit (BWA, ab 1. Juli 1999 Staatssekretariat für Wirtschaft, nachfolgend seco) erhobenen Beschwerde stellte die Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung fest, es bestehe kein Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (Entscheid vom 3. Juni 1999). C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt die Firma X._ AG beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides vom 3. Juni 1999 seien die fünf Verfügungen des AWA vom 20. Februar 1998 zu bestätigen. Die Rekurskommission und das AWA beantragen Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das seco lässt sich nicht vernehmen.