Sachverhalt: A. Das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG) hat die Kapitalgewinnbesteuerung bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken massgeblich geändert, weshalb beim Übergang vom alten zum neuen System (per 1. Januar 2001) die Anlagekosten, zulässigen Abschreibungen und Buchwerte festzulegen sind. Das erfolgte im Falle der Eheleute A.X._ und B.X._ im Rahmen der Veranlagung für das Steuerjahr 2001. Einen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau teilweise gut und bestimmte die Werte neu. B. Auf Beschwerde hin legte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 27. August 2008 die massgeblichen Werte wie folgt fest: Anlagekosten Abschreibungen Buchwert Gebäude 380'484 256'410 124'074 Boden 49'000 49'000 Wald 8'500 8'500 Streitig waren u.a. (1) die Berücksichtigung zusätzlicher Kosten für den Bau einer Güllengrube, welche die Beschwerdeführer vollumfänglich (Fr. 55'632.-- ) zu den Anlagekosten rechnen wollten, (2) die Abschreibungen auf Gebäuden, welche die Beschwerdeführer nur für vier Jahre und zum Satz von 2,5 % anerkannten, sowie (3) die Sofortabschreibungen im Rahmen der Ersatzbeschaffung 1993/94, welche nach Ansicht der Beschwerdeführer im Rahmen der kumulierten Abschreibungen per 1. Januar 2001 einkommenssteuerrechtlich nicht berücksichtigt werden dürfen. C. Gegen diesen Entscheid führen die Steuerpflichtigen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien die Anlagekosten für Gebäude auf Fr. 316'664.--, die Abschreibungen für Gebäude auf Fr. 177'530.-- und der Buchwert für Gebäude auf Fr. 139'134.-- festzulegen. Die Werte für Boden und Wald blieben unbestritten. Das Steueramt des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Verwaltungsgericht verzichtete auf Vernehmlassung. In der Stellungnahme zu den Vernehmlassungen hielten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.