Sachverhalt: A. B. A. und B. X._ (Kläger, Beschwerdeführer) reichten am 21. Juni 2011 beim Regionalgericht Emmental-Oberaargau Klage ein gegen die Pensionskasse Y._ (Beschwerdegegnerin) mit dem Begehren, der zwischen den Parteien am 13. Juni 2007 abgeschlossene Immobilienkauf sei wegen Willensmangels unverbindlich zu erklären und rückabzuwickeln, eventuell sei Schadenersatz für Mietzinsausfall zu sprechen. Mit Verfügung vom 6. Juli 2011 setzte der Gerichtspräsident den Beschwerdeführern Frist an zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 160'000.--. C. Die Kläger erhoben gegen diese Verfügung Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern mit dem Antrag, es sei diese Verfügung aufzuheben und ein neuer Kostenvorschuss in der Höhe von Fr. 55'000.-- oder eines anderen angemessenen Betrags zu verfügen. Mit Verfügung vom 16. September 2011 verlängerte der erstinstanzliche Gerichtspräsident auf Antrag der Beschwerdeführer die Frist zur Leistung des Gerichtskostenvorschusses bis 20 Tage nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheids des Obergerichts des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 5. Oktober 2011 wies das Obergericht des Kantons Bern die Beschwerde ab. Das Gericht stellte fest, dass die Beschwerde gemäss Art. 103 in Verbindung mit Art. 319 ff. ZPO zulässig und binnen der 10-tägigen Frist nach Art. 321 Abs. 2 ZPO eingereicht worden sei. Zur Begründung des Entscheids ging das Obergericht davon aus, dass die Tarife für die Prozesskosten, bis zu deren mutmasslichen Höhe gemäss Art. 98 ZPO ein Vorschuss von der klagenden Partei erhoben werden kann, nach Art. 96 ZPO von den Kantonen festgesetzt werden. Nach dem massgebenden kantonalen Recht wird danach im ordentlichen Verfahren bei einem Fr. 2 Mio. übersteigenden Streitwert eine Gebühr zwischen 0.5 % und 7 % des Streitwerts erhoben, wobei in Richtlinien des Verbandes bernischer Richterinnen und Richter konkretisiert wird, dass die durchschnittliche Gebühr 3.75 % des Streitwerts betragen soll. Das Gericht verwarf die Rüge der Beschwerdeführer, dass der beim vorliegenden Streitwert von Fr. 4'476'484.80 verfügte Vorschuss das Kostendeckungsprinzip oder das Äquivalenzprinzip verletze im Wesentlichen aus der Erwägung, dass die Gesamtkosten der Justiz mit den Gerichtsgebühren nicht gedeckt sind und nach der Rechtsprechung das Äquivalenzprinzip erlaubt, in gewissem Rahmen mit den Gebühren für bedeutende Geschäfte den Ausfall in weniger bedeutenden etwas auszugleichen. Das Obergericht erwog sodann, dass der Vorschuss, der hier unbestritten im Rahmen des gesetzlichen Tarifs liegt, die Höhe des Entscheids über die Gerichtskosten nicht präjudiziert und allein aufgrund der Klageschrift in der Regel keine gesicherten Angaben über den Aufwand gemacht werden können. D. Die Beschwerdeführer gelangen mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und stellen das Rechtsbegehren, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 5. Oktober 2011 sei aufzuheben und es sei ein neuer Kostenvorschuss in der Höhe von Fr. 55'000.-- oder eines anderen angemessenen Betrags zu verfügen, eventualiter sei das Obergericht anzuweisen, einen entsprechenden Kostenvorschuss zu verfügen. Sie rügen, die Vorinstanz habe die Höhe des Vorschusses willkürlich festgesetzt, weil sie auf die konkreten Umstände nicht eingegangen sei und nur den Streitwert herangezogen habe. Die Akten wurden beigezogen. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.