Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 892, Grundbuch Berneck. Nach dem Zonenplan der Politischen Gemeinde Berneck vom 3. März 1989 / 24. April 2003 liegt das Grundstück in der Landwirtschaftszone und im Wald. Es befindet sich an einem Nordhang und hat eine Fläche von rund zwei Hektaren. Im oberen, südlichen Teil befindet sich rund eine Hektare Wald, im unteren, nördlichen Teil rund eine Hektare Wiesland. Ungefähr in der Mitte des Grundstücks verläuft von Nordost nach Südwest ansteigend das unbefestigte Schlossbüchelsträsschen. Im Norden grenzt die Parzelle an den Littenbach. Der Landwirt A._ hat das Grundstück in Pacht. Im Bereich des Wieslands nutzt er es als ökologische Ausgleichsfläche. Der Landwirtschaftsbetrieb des Pächters umfasst insgesamt eine landwirtschaftliche Nutzfläche von rund 17 Hektaren und einen Nutztierbestand von 18 Grossvieheinheiten. Es wird vorwiegend Gras- und Milchwirtschaft betrieben. Am 25. August 2006 reichte X._ ein Baugesuch für Geländeveränderungen auf seinem Grundstück im Bereich des Wieslandes ein. Beabsichtigt wird, an zwei Stellen Erdreich abzutragen und den Aushub an drei anderen Stellen für Geländeauffüllungen zu verwenden. Am 20. November 2006 verweigerte das Amt für Raumentwicklung (heute: Amt für Raumentwicklung und Geoinformation, AREG) die Zustimmung zur Baubewilligung und am 5. Dezember 2006 lehnte der Gemeinderat Berneck das Baugesuch ab. X._ rekurrierte erfolglos bei der Regierung des Kantons St. Gallen gegen die Abweisung der Baubewilligung. Mit Urteil vom 3. April 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde von X._ ebenfalls ab, soweit es darauf eintrat. Es schützte die Begründung des Rekursentscheids, wonach die geplanten Geländeveränderungen nicht betriebsnotwendig im Sinn von Art. 16a des Bundesgesetzes über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700) und deshalb nicht zonenkonform seien. Sodann seien die Voraussetzungen für eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG nicht erfüllt. B. X._ hat gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Bewilligung seines Baugesuchs. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Das Verwaltungsgericht schliesst unter Verweis auf die Begründung im angefochtenen Urteil auf Beschwerdeabweisung. Das kantonale Baudepartement beantragt ebenfalls, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat Berneck hat unter Verweis auf seine Stellungnahme im Rekursverfahren auf Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Raumentwicklung als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde lässt sich vernehmen, ohne Antrag zu stellen. Der Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht und das Baudepartement haben je nochmals Stellung genommen.