Sachverhalt: A. X._ fuhr am 7. November 2010 um ca. 15.50 Uhr mit einem Personenwagen auf der Autobahn A6-Süd von Rubigen in Richtung Muri. Bei Regen und nasser Fahrbahn verlor er die Herrschaft über seinen Wagen und prallte gegen die Mittelleitplanke. Es kam zu Sachschaden. B. Am 28. Februar 2011 entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern (im Folgenden: Strassenverkehrsamt) X._ wegen schwerer Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln in Anwendung von Art. 16c Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG den Führerausweis für die Dauer von drei Monaten. Am 13. April 2011 sistierte die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern (im Folgenden: Rekurskommission) die von X._ dagegen erhobene Beschwerde bis zum Abschluss des in der gleichen Sache laufenden Strafverfahrens. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern sprach X._ am 9. August 2011 in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 SVG der einfachen Verletzung von Verkehrsregeln schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 500.--. Der Strafbefehl erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Am 23. November 2011 wies die Rekurskommission die von ihm gegen den Entscheid des Strassenverkehrsamtes erhobene Beschwerde ab. Sie kam zum Schluss, es liege eine schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln vor. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Entscheid der Rekurskommission aufzuheben; der Führerausweis sei ihm im Sinne von Art. 16b Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG für einen Monat zu entziehen; der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. D. Am 5. Juni 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt. E. Die Rekurskommission und das Bundesamt für Strassen schliessen je auf Abweisung der Beschwerde. Das Strassenverkehrsamt hat auf eine Stellungnahme verzichtet. X._ hat eine Replik eingereicht.