Sachverhalt: A. X._ wird gewerbsmässiger Anlagebetrug zum Nachteil von 115 Personen(-gruppen) vorgeworfen. In der Zeit vom 30. März 1998 bis zum 25. August 2004 schloss er unter dem Namen "Q._" und seit Oktober 2000 unter der Bezeichnung "R._" mit 115 Anlegern Vermögensverwaltungsaufträge ab. Er garantierte den Anlegern, das erhaltene Geld ausschliesslich für den Handel mit standardisierten Optionen in Schweizer Franken einzusetzen und ihnen mindestens den eingesetzten Betrag zurückzuerstatten. Einige Zeit nach Erhalt der Gelder wies er den Kunden auf Kontoführungsblättern Gewinne aus, obwohl er beim Optionshandel mehrheitlich Verluste erlitt. Er bot auch Spezialanlagen mit einer kurzen Laufzeit von 2-3 Monaten an und stellte bei Anlagen von mindestens Fr. 50'000.-- einen Gewinn von 15 %, ab Juni bis August 2004 von 20-30 % in Aussicht. Über das hohe Risiko des Verlusteintritts klärte er seine Auftraggeber nicht auf. Ab Anfang September 1998 war X._ in immer grösserem Ausmass überschuldet. Insgesamt vertrauten die Anleger X._ in 371 Barzahlungen oder Überweisungen rund Fr. 12.8 Mio. an. Von diesem Betrag zahlte dieser rund Fr. 6.3 Mio. an die Kunden aus, setzte Fr. 2.5 Mio. für eigene Zwecke ein und erwirtschaftete einen Verlust von rund Fr. 4 Mio. Am 22. September 2004 teilte er seinen Klienten mit, dass er zahlungsunfähig sei. B. B.a Das Strafgericht Basel-Landschaft sprach X._ mit Urteil vom 26. Juni 2009 des gewerbsmässigen und des einfachen Betruges, der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung sowie der mehrfachen Falschbeurkundung schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft. In verschiedenen Punkten sprach es X._ von der Anklage des gewerbsmässigen Betrugs und der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung frei. Ferner entschied es über die Einziehung der beschlagnahmten Gegenstände und Vermögenswerte sowie über die Zivilforderungen. B.b Eine von X._ gegen diesen Entscheid erhobene Appellation hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Urteil vom 23. Juni 2010 teilweise gut. Es sprach ihn - mit Ausnahme von sechs Fällen - vom Vorwurf des gewerbsmässigen Betruges frei und erklärte ihn stattdessen der qualifizierten Veruntreuung schuldig. In Bezug auf den Schuldspruch des gewerbsmässigen Betruges und die mehrfache qualifizierte Veruntreuung zum Nachteil einer Erbengemeinschaft, der mehrfachen Falschbeurkundung sowie des einfachen Betruges zum Nachteil der Sozialhilfebehörde A._ bestätigte es das erstinstanzliche Urteil. Das Kantonsgericht verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren, mit teilbedingtem Vollzug im Umfang von zwei Jahren, unter Auferlegung einer Probezeit von drei Jahren und unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft. B.c Am 14. März 2011 hiess das Bundesgericht eine vom Besonderen Untersuchungsrichteramt des Kantons Basel-Landschaft geführte Beschwerde in Strafsachen gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Verfahren 6B_796/2010). Eine von X._ gegen die Festsetzung der Parteientschädigung erhobene Beschwerde wies es mit selbem Datum als gegenstandslos vom Geschäftsverzeichnis ab (Verfahren 6B_797/2010). C. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft hiess mit Urteil vom 29. August 2011 die von X._ geführte Appellation in Bezug auf die Aufhebung der Beschlagnahme eines Guthabens auf einem Vorsorgekonto und dessen Anrechnung an die Verfahrenskosten gut. In den übrigen Punkten bestätigte es das erstinstanzliche Urteil. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und das gegen ihn geführte Strafverfahren sei einzustellen. Eventualiter stellt er den Antrag, er sei in Abänderung des angefochtenen Urteils (mit Ausnahme von sechs Fällen) von der Anklage des gewerbsmässigen Betruges zum Nachteil der im Anhang der Anklageschrift aufgeführten Personen freizusprechen, stattdessen der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung schuldig zu erklären und zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren, bedingt aufschiebbar im Umfang von zwei Jahren, bei einer Probezeit von drei Jahren und Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft zu verurteilen. Subeventualiter sei das angefochtene Urteil hinsichtlich der Strafzumessung abzuändern und die Freiheitsstrafe auf drei Jahre herabzusetzen, unter Gewährung des teilbedingten Vollzugs im Umfang von zwei Jahren, bei einer Probezeit von drei Jahren, sowie unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. E. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft stellt in seiner Vernehmlassung Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Staatsanwaltschaft beantragt unter Verzicht auf Ausführungen die Abweisung der Beschwerde. Es wurde kein weiterer Schriftenwechsel angeordnet. X._ hat zu den ihm zur Kenntnis gebrachten Vernehmlassungen keine Bemerkungen eingereicht.