Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Dielsdorf sprach X._ mit Urteil vom 4. September 2008 der einfachen Körperverletzung sowie der fahrlässigen schweren Körperverletzung schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 300 Tagessätzen zu Fr. 60.-- bei einer Probezeit von drei Jahren. Zudem hielt es fest, dass X._ gegenüber dem Geschädigten A._ grundsätzlich verpflichtet ist, Schadenersatz und Genugtuung zu leisten. Zur genauen Feststellung des Schadenersatzanspruchs sowie der Höhe der Genugtuung wurde der Geschädigte auf den Zivilprozessweg verwiesen. B. Das erstinstanzliche Urteil wurde X._ am 6. November 2008 schriftlich und begründet eröffnet. Mit Eingabe vom 14. November 2008 meldete X._ fristgerecht Berufung beim Bezirksgericht Dielsdorf an, wobei er festhielt, dass er die Berufung nicht einschränke. Beanstandungen nannte er nicht. In der Folge teilte das Bezirksgericht Dielsdorf den übrigen Verfahrensbeteiligten am 17. November 2008 die Berufung mit und setzte ihnen Frist, um sich ihr anzuschliessen. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2008 wurde die Berufungserklärung dem Obergericht des Kantons Zürich zugestellt. C. Das Obergericht des Kantons Zürich erachtete die von X._ erhobene Berufung als rechtzeitig angemeldet. Es stellte weiter fest, dass er innert Frist keine Beanstandungen mitgeteilt hatte. Mit Beschluss vom 13. Januar 2009 trat es auf die Berufung nicht ein. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 13. Januar 2009 sei aufzuheben und die Sache zwecks Eintretens auf die Berufung an die Vorinstanz zurückzuweisen. E. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.