Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 24. April 2009 versetzte der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich X._ in Untersuchungshaft. Nachdem ihm die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat am 12. Juni 2009 den vorzeitigen Strafantritt bewilligt hatte, ordnete der Haftrichter mit Verfügung vom 30. September 2009 erneut die Untersuchungshaft an. Mit Verfügung vom 16. Oktober 2009 bewilligte die Staatsanwaltschaft X._ wiederum den vorzeitigen Strafantritt. Seither befindet er sich im vorzeitigen Strafvollzug. Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ mit Urteil vom 7. Dezember 2009 der Widerhandlung gegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 des Betäubungsmittelgesetzes (BetmG; SR 812.121) schuldig. Er wurde zu einer Freiheitsstrafe von 10 Monaten verurteilt, wobei ihm 230 Tage Untersuchungshaft und vorzeitiger Strafvollzug angerechnet wurden. Mit Präsidialverfügung gleichen Datums wies das Bezirksgericht das Gesuch von X._ um bedingte Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 5. Januar 2010 beantragt X._ im Wesentlichen, die Präsidialverfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 7. Dezember 2009 sei aufzuheben und er selbst sei aus dem vorzeitigen Strafvollzug zu entlassen. Das Bezirksgericht Zürich verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.