Sachverhalt: A. X._, türkischer Staatsangehöriger, geboren 1966, ersuchte im April 2009 darum, in die vorläufige Aufnahme seiner Ehefrau miteinbezogen zu werden. Gestützt auf eine Haftverfügung des Amtes für Migration und Personenstand des Kantons Bern vom 26. Oktober 2009 wurde er am 9. November 2009 festgenommen und in Ausschaffungshaft versetzt. Am 10. November 2009 liess er durch seinen Rechtsvertreter ein Gesuch um Erlass einer Verfügung gemäss Art. 64 Abs. 2 AuG (Wegweisung) sowie ein Gesuch um sofortige Entlassung aus der Ausschaffungshaft stellen. B. Die Haftrichterin 7 des Haftgerichts III Bern-Mittelland trat mit Entscheid vom 11. November 2009 auf das Haftentlassungsgesuch nicht ein, weil noch keine richterliche Haftprüfung gemäss Art. 80 Abs. 2 AuG stattgefunden habe und ein Haftentlassungsgesuch gemäss Art. 80 Abs. 5 AuG frühestens einen Monat nach Haftprüfung gestellt werden könne. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde mit Urteil des Einzelrichters vom 12. November 2009 ab. C. X._, der in der Folge ausgeschafft worden war, hat am 14. Dezember 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben, das Verfahren zum materiellen Entscheid an das Haftgericht III Bern-Mittelland zurückzuweisen, ihm zu gestatten, sich bis zum rechtskräftigen Entscheid seines Gesuchs um Einschluss in die vorläufige Aufnahme der Ehefrau in der Schweiz aufzuhalten und in die Schweiz wieder einzureisen. Das Haftgericht III Bern-Mittelland sowie das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern verzichten auf eine Vernehmlassung; das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt Nichteintreten, eventualiter Abweisung. Das Bundesamt für Migration hat keine Vernehmlassung eingereicht. D. Mit Verfügung vom 22. Dezember 2009 hat die II. öffentlich-rechtliche Abteilung das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung abgewiesen.