Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV) führt eine besondere Steueruntersuchung unter anderem gegen X._ und die Y._ AG wegen des Verdachts von schweren Steuerwiderhandlungen (in den Steuerperioden 2002-2006). Am 27. Januar 2009 erfolgten diverse Hausdurchsuchungen insbesondere in Büroräumlichkeiten in Niederuzwil. Die dort beschlagnahmten Papiere und elektronischen Datenträger wurden vorsorglich versiegelt. B. Die EStV forderte den Mitbeschuldigten Z._ (Sohn von X._) und die B._ AG als Benutzer der Büroräumlichkeiten zur Mitteilung auf, ob sie gegen die Durchsuchung der beschlagnahmten Gegenstände Einsprache erheben wollten. Z._ liess mitteilen, dass weder er noch die B._ AG Mieter der Büroräumlichkeiten seien; ihm gehörten nur zwei beschlagnahmte Bundesordner sowie der Computer, dessen elektronische Daten kopiert und sichergestellt worden waren. C. Gestützt auf die Angaben von Z._ wandte sich die EStV an X._ und die Y._ AG. Mit Schreiben vom 16. Februar 2009 erhoben diese Einsprache gegen die Durchsuchung der versiegelten Akten und Gegenstände gemäss Beschlagnahmeprotokoll. Am 27. März 2009 stellte die EStV beim Bundesstrafgericht das Gesuch um Entsiegelung und Durchsuchung von beschlagnahmten Unterlagen. Mit Entscheid vom 19. Juni 2009 (BE.2009.8 und BE.2009.9) hiess das Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, das Gesuch gut. D. Gegen den Entsiegelungsentscheid des Bundesstrafgerichtes gelangten X._ und die Y._ AG mit Beschwerde vom 24. August 2009 an das Bundesgericht. Sie beantragen in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Verweigerung der Entsiegelung und Durchsuchung. Das Bundesstrafgericht beantragt mit Stellungnahme vom 7. September 2009, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Die EStV schliesst mit Vernehmlassung vom 11. September 2009 ebenfalls auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.