Sachverhalt: A. Mit Strafbefehl vom 30. Juni 2011 sprach die Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn X._ der einfachen Verkehrsregelverletzung durch Vortrittsrechtsmissachtung (Art. 90 Ziff. 1 SVG i.V.m. Art. 14 Abs. 1 VRV, Art. 36 Abs. 2 SSV, Art. 27 Abs. 1 SVG) und der groben Verkehrsregelverletzung durch brüskes Bremsen (Art. 90 Ziff. 2 SVG i.V.m. Art. 12 Abs. 2 VRV, Art. 26 Abs. 1 und Art. 37 Abs. 1 SVG) schuldig. Sie hielt für erwiesen, dass X._ am 3. August 2010, um ca. 07:30 Uhr, am Steuer eines Personenwages bei der Kreuzung Schöneggstrasse/Hofweg in Grenchen dem vortrittsberechtigten Motorradfahrer A._ den Vortritt abschnitt, anschliessend in der Schmelzistrasse grundlos brüsk bremste und dadurch den hinter ihm fahrenden A._ ernsthaft gefährdete. Die Staatsanwaltschaft verurteilte ihn wegen dieses Vorfalls und weiterer, hier nicht interessierender gemeinrechtlicher Delikte, zu einer bedingten Geldstrafe von 50 Tagessätzen à Fr. 130.-- und einer Busse von Fr. 600.--. Der Strafbefehl blieb unangefochten. B. Am 30. August 2011 entzog das Departement des Innern, vertreten durch die Motorfahrzeugkontrolle, X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit, mindestens aber für zwei Jahre. X._ erhob gegen diesen Sicherungsentzug Beschwerde beim Obergericht des Kantons Solothurn. C. Am 11. Oktober 2011 wies die Beschwerdekammer des Obergerichts ein von X._ eingereichtes Gesuch zur Wiederherstellung der Frist zur Anfechtung des Strafbefehls ab. Der Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen. D. Am 27. Februar 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn die Beschwerde von X._ gegen den Sicherungsentzug ab, soweit des darauf eintrat. E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung unter Anwendung von Art. 16a SVG oder eventuell Art. 16b SVG an das Departement des Innern zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. F. Am 5. Juni 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. G. Die Motorfahrzeugkontrolle und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen und verzichten auf weitere Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen beantragt, die Beschwerde abzuweisen.