Sachverhalt: A. Die 1957 geborene O._ war als Heimleiterin des Alters- und Pflegeheims X._ bei den Elvia Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungen, nachstehend: die Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 5. Januar 2001 als Fussgängerin beim Überqueren eines Fussgängerstreifens von einem Auto angefahren und auf dessen Kühlerhaube geschleudert wurde. Das Spital Y._, in welches die Versicherte noch am Unfalltag gebracht wurde, diagnostizierte eine Commotio cerebri, ein HWS-Distorsionstrauma und multiple Kontusionen. Die Unfallversicherung anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Die Versicherte konnte am 11. Juni 2001 ihre bisherige Arbeit wieder aufnehmen, wobei sie sich aber nach eigenen Angaben bei gewissen Tätigkeiten schonte. Ab dem 13. März 2002 musste sie indessen ihre Arbeit im Alters- und Pflegeheim wieder niederlegen. Nach medizinischen Abklärungen sprach die Allianz der Versicherten mit Verfügung vom 3. April 2007 und Einspracheentscheid vom 13. Mai 2008 für die Zeit zwischen 13. März 2002 und 30. September 2006 Taggeldleistungen bei einem versicherten Tagesverdienst von Fr. 23.- zu; gleichzeitig verneinte sie einen Leistungsanspruch über den 30. Juni 2006 hinaus, da die anhaltend geklagten Beschwerden nicht mehr adäquat kausal durch das Unfallereignis vom 5. Januar 2001 verursacht worden seien. B. Die von O._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 6. Januar 2010 in dem Sinne teilweise gut, als es die Sache betreffend der Höhe des für die Taggelder in der Zeit zwischen dem 13. März 2002 und dem 30. September 2006 massgebenden versicherten Verdienstes zu weiteren Abklärungen und anschliessendem erneuten Entscheid an die Allianz zurückwies. Im Übrigen, insbesondere die Leistungseinstellung auf den 30. September 2006 betreffend, wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit das kantonale Gericht auf sie eintrat. C. Mit Beschwerde beantragt die Allianz, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihr Einspracheentscheid vom 13. Mai 2008 zu bestätigen. Während O._ auf Nichteintreten, eventuell Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.