Sachverhalt: A. Der Kanton Aargau und Pro Natura Aargau planen, das Auengebiet von nationaler Bedeutung bei Rietheim zu renaturieren. Der 1,5 km lange Seitenarm Chly Rhy soll wieder an den Rhein angebunden und künstliche Aufschüttungen beseitigt werden; zudem sollen im Auengebiet neue Stillgewässer, ein Trockenstandort und verschiedene Kleinstrukturen angelegt werden und das Rheinufer gewässerökologisch aufgewertet werden. Das Projekt ist ein wichtiges Teilstück des Auenschutzparks Aargau, der in der Verfassung des Kantons Aargau vom 25. Juni 1980 (KV) sowie in dem vom Grossen Rat beschlossenen Sachprogramm Auenschutzpark Aargau und im kantonalen Richtplan vorgesehen ist. Der in der Volksabstimmung vom 6. Juni 1993 angenommene § 42 Abs. 5 KV sieht vor, dass der Kanton Aargau innert zwanzig Jahren nach Inkrafttreten der Verfassungsbestimmung zum Schutze des bedrohten Lebensraumes der Flussauen und zur Erhaltung der landschaftlich und biologisch einzigartigen, national bedeutsamen Reste der ehemaligen Auengebiete einen Auen-Schutzpark schafft. Dieser soll sich, ausgehend vom Wassertor der Schweiz, aus Teilflächen längs der Flüsse Aare und Reuss und ihrer Zuflüsse zusammensetzen und eine Gesamtfläche von mindestens einem Prozent der Kantonsfläche aufweisen. Aufgrund des Widerstands der Gemeinde Rietheim und von Landwirten gegen das Renaturierungsprojekt, wurde ein Mediationsverfahren durchgeführt. Dieses mündete 2010 in eine Vereinbarung über die Realisierung eines Auenprojekts "Chly Rhy" im Rietheimerfeld (Mediationsvereinbarung) mit einem Moratorium von 10 Jahren für weitergehende Renaturierungen. Am 24. Oktober 2012 erteilte der Regierungsrat des Kantons Aargau die Projektgenehmigung (einschliesslich Bau-, Rodungs- und weiterer Bewilligungen) für das Wasserbauprojekt "Auenrenaturierung Chly Rhy Rietheim" unter Auflagen und Bedingungen. Den Einwendungen von A._ wurde in der Projektbewilligung teilweise Rechnung getragen; im Übrigen wurden sie abgewiesen. B. Gegen den regierungsrätlichen Entscheid erhob A._ am 29. November 2012 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses hiess die Beschwerde teilweise gut und ergänzte den Entscheid des Regierungsrats mit der Auflage, auf Ersuchen des Eigentümers auf dem Kellerboden der Liegenschaft Gebäude Nr. 96 auf Parzelle Nr. 357 einen Sickerteppich zu erstellen und ihn an ein bis zwei Pumpensümpfe anzuschliessen, um einer Vernässung der Kellerräume bei hohen Wasserständen entgegenzuwirken. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. C. Dagegen hat A._ am 27. Mai 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt, es sei festzustellen, dass Pro Natura Aargau keine Parteistellung habe und ihr demgemäss auch keine Parteientschädigung zustehe. Die Rodungsbewilligung sei zu verweigern und es sei ein Verbot jeglicher Bautätigkeit am natürlichen Rheinufer sowie ein Verbot der Zweckentfremdung der jetzigen Fruchtfolgeflächen zu erlassen. Das Projekt sei abzulehnen, da es eine Hochwassergefahr hervorrufe und dadurch die Existenz des Beschwerdeführers gefährde. Das Enteignungsrecht sei zu verweigern. Sämtliche Kosten seien auf die Staatskasse zu nehmen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt er, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. D. Das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau sowie Pro Natura Aargau beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung sei abzuweisen; eventualiter sei auf einen Zwischenentscheid zu verzichten und stattdessen kurzfristig der Hauptentscheid zu fällen; dieser sollte vor dem 1. Dezember 2013 eröffnet werden. E. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass das Wasserbauprojekt nicht gegen die Bundesumweltgesetzgebung verstösst. F. In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest und lädt das Bundesgericht ein, sich durch einen Augenschein vor Ort von der intakten Landschaft zu überzeugen.