Sachverhalt: A. In der Gemeinde A._, Gebiet B._, befindet sich seit über 50 Jahren ein Garagenbetrieb in der Landwirtschaftszone. Der Betrieb, welcher eine Tankstelle, eine Auto-Waschanlage, ein Wohnhaus und eine Werkstatt mitumfasst, wird heute von X._ geführt. Dieser legte dem Amt für Raumordnung und Vermessung des Kantons Zürich Ende August 2007 den Entwurf eines Gestaltungsplans zur Vorprüfung vor, um auf diesem Weg eine Modernisierung und einen Ausbau seines Betriebs zu erreichen. Gemäss Gestaltungsplan bliebe das Wohnhaus bestehen (Baubereich A), doch würde der daran anschliessende, eingeschossige Werkstattanbau durch einen zweigeschossigen Büro- und Werkstattanbau ersetzt (Baubereich B). Neu soll südlich angrenzend an den Werkstattneubau eine eingeschossige Halle für Postautos (Postautobetrieb A._-C._) gebaut werden (Baubereich C). Die bestehende Tankstelle mit Waschbox soll einem Neubau mit Tankstelle, Büro- und Verkaufsräumen für Neuwagen und Auto-Waschbox weichen (Baubereiche D1 und D2). Neu ist ein Autounterstand für 28 Gebrauchtfahrzeuge zwischen der Halle für Postautos und dem Bereich Tankstelle/Waschbox/Verkaufsräume geplant. Vom Werkstattgebäude (westlich) bis zur Waschbox (östlich) soll eine Unterniveau-Garage mit 22 Parkplätzen für Neuwagen und Kundenfahrzeuge entstehen. Benötigt würden hierzu das Grundstück Kat.-Nr. 4470 (2'370 m2) sowie Teile des Grundstücks Kat.-Nr. 4469 (1'550 m2), welche X._ hinzukaufen möchte. Im Bericht vom 4. Dezember 2007 kam das Amt für Raumordnung und Vermessung zum Schluss, dass das nicht zonenkonforme Vorhaben einer Kleinbauzone gleichkomme, die einzig der Realisierung und Erweiterung des Gewerbebetriebs diene, was sich mit dem Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet nicht vereinbaren lasse. B. Nachdem im Projekt die Perimeterfläche durch eine Redimensionierung der überdachten Autounterstände von 5'000 m2 auf 4'000 m2 reduziert worden war, verabschiedete der Gemeinderat A._ den privaten Gestaltungsplan zuhanden der kantonalen Vorprüfung und publizierte das Vorhaben am 5. Dezember 2008. Das Amt für Raumordnung und Vermessung nahm am 14. Januar 2009 eine zweite Vorprüfung vor, hielt jedoch an seiner Auffassung fest, mit dem Gestaltungsplan würde eine unzulässige Kleinbauzone begründet. Mit Schreiben vom 27. Januar 2009 beantragte Pro Natura Zürich dem Gemeinderat A._, es sei auf die Festsetzung des privaten Gestaltungsplans zu verzichten, da damit eine unzulässige Gewerbezone innerhalb der Landwirtschaftszone geschaffen würde. Am 8. April 2009 genehmigte der Gemeinderat A._ den privaten Gestaltungsplan B._ und beantragte der Gemeindeversammlung die Zustimmung zum Gestaltungsplan. Diese wurde anlässlich der Gemeindeversammlung vom 15. Juni 2009 mit grossem Mehr erteilt. Am 26. Juni 2009 publizierte der Gemeinderat A._ die Zustimmung der Gemeindeversammlung zum privaten Gestaltungsplan B._. C. Mit Eingabe vom 15. Juli 2009 erhoben Pro Natura Schweiz und Pro Natura Zürich Rekurs an die Baurekurskommission III des Kantons Zürich mit dem Antrag, den Gemeindeversammlungsbeschluss vom 15. Juni 2009 aufzuheben. Am 19. November 2009 führte die Baurekurskommission einen Augenschein durch. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2009 hiess sie die Rekurse gut und hob den Beschluss der Gemeindeversammlung A._ vom 15. Juni 2009 auf. D. Gegen diesen Entscheid erhoben die Gemeinde A._ und X._ am 8. Februar 2010 Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Verfügung vom 7. September 2010 genehmigte die Baudirektion des Kantons Zürich den Privaten Gestaltungsplan B._. Mit Urteil vom 13. Januar 2011 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde der Gemeinde A._ und von X._ ab. E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. März 2011 beantragen die Gemeinde A._ und X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. Januar 2011 und den Entscheid der Baurekurskommission vom 16. Dezember 2009 aufzuheben und den Beschluss der Gemeindeversammlung A._ vom 15. Juni 2009 betreffend Festsetzung des privaten Gestaltungsplans B._ zu bestätigen. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. F. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Pro Natura Schweiz und Pro Natura Zürich wie auch die Baudirektion des Kantons Zürich stellen Antrag auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Raumentwicklung ARE verzichtet auf eine Vernehmlassung. In ihrer Stellungnahme vom 4. Juli 2011 halten die Beschwerdeführer an ihrem Standpunkt fest. Am 9. August 2011 hat die Pro Natura Zürich eine weitere Eingabe gemacht. Diese wurde den übrigen Verfahrensbeteiligten zur Kenntnisnahme zugestellt.