Sachverhalt: A. A._ ist Eigentümerin der mit einem Wohnhaus überbauten Parzelle Nr. 114 in Mühledorf. Das Grundstück befindet sich in der Landwirtschaftszone und liegt zudem im Perimeter des kantonalen Naturschutzgebiets "Gerzensee und Umgebung" vom 8. Juni 1965/ 9. Dezember 1966. Am 28. Februar 2011 stellte A._ ein Gesuch, ihre Parzelle aus dem Naturschutzgebiet zu entlassen. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern wies dieses Begehren am 20. September 2011 ab. Die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern am 21. August 2012 ab. Die Gemeindeversammlung Mühledorf beschloss am 8. März 2012, den südlichen, überbauten Teil der Parzelle Nr. 114 in die Bauzone umzuzonen, falls das Grundstück aus dem kantonalen Naturschutzgebiet entlassen werde. B. A._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. September 2012, es sei das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 21. August 2012 aufzuheben und ihre Parzelle Nr. 114 aus dem Naturschutzgebiet "Gerzensee und Umgebung" zu entlassen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde. Die Einwohnergemeinde Mühledorf und die Volkswirtschaftsdirektion haben auf Vernehmlassung verzichtet. Die zur Äusserung eingeladenen Bundesämter für Umwelt und für Raumentwicklung haben keine Anträge gestellt. Die Beschwerdeführerin hält in einer weiteren Eingabe an ihren Anträgen fest.