Sachverhalt: A. B.F._, der Vater von A.F._ (Beschwerdeführer), eröffnete 1981 bei der damaligen Bank G._ (die Bank G._ fusionierte 1998 mit der Bank X._; Beschwerdegegnerin) im Namen des Beschwerdeführers ein in Schweizer Franken zu führendes Konto und Wertschriftendepot mit der Konto Nr. 1._. Als Identifikationsnachweis legte B.F._ den Pass CH2._ vor. Als Korrespondenzsprache wurde Deutsch und als Korrespondenzadresse Frau C.F._, H._-Strasse, in J._, angegeben. Unter "Besondere Instruktionen" wurde festgehalten, dass bis zur Volljährigkeit des Beschwerdeführers der Vater B.F._ verfügungsberechtigt sei. Am 8. Februar 1986 unterzeichnete der mittlerweile volljährige Beschwerdeführer einen Antrag zur Kontoeröffnung, mit welchem ein in Schweizer Franken zu führendes Konto und Wertschriftendepot eröffnet wurde. Das Konto, ein Jugendsparheft (JSK), und Wertschriftendepot erhielten wiederum die Konto Nr. 1._. Als rechtliches Domizil des Beschwerdeführers wurde H._-Strasse, in J._, und als Beruf Student angegeben. Als Identifikationsnachweis diente erneut der Pass CH2._. Die Korrespondenz sollte unverändert in Deutsch erfolgen und weiterhin an Frau C.F._, H._-Strasse, in J._, gesandt werden. Gleichentags unterzeichnete der Beschwerdeführer eine Bankvollmacht zugunsten seines Vaters. Die Bankvollmacht hatte folgenden Wortlaut: "Ich Unterzeichnende(r) A.F._ wohnhaft in England erteile(n) unbeschränkte Vollmacht, mit dem Recht zur Substitution, an Herrn B.F._, H._-Strasse, in J._ zu meiner Vertretung gegenüber der Bank G._ in Basel und insbesondere zur Verfügung über die sämtlichen auf meinen Namen bei ihm hinterlegten Vermögenswerte und zur Eingehung von Verbindlichkeiten. Demzufolge ist mein Bevollmächtigter insbesondere befugt, rechtsverbindlich in meinem Namen Titel zu hinterlegen, zu kaufen, zu verkaufen, zu verpfänden, zu konvertieren und zurückzuziehen, alle Einzahlungen oder Abhebungen in irgendwelcher Form, sei es durch Checks oder auf andere Weise, vorzunehmen alle Abrechnungen, Quittungen, Entlastungen, Richtigbefunde, Abtretungen sowie Übertragungen zu unterzeichnen, Wechsel, Checks, Anweisungen oder ähnliche Papiere irgendwelcher Art auszustellen, anzunehmen, zu indossieren oder zu quittieren, sich Korrespondenzen, Rechnungs- und Depotauszüge sowie Aufstellungen aushändigen zu lassen, einen Gerichtsstand zu erwählen, ausserdem alles zu tun, was er als nützlich oder erforderlich erachtet. Diese Vollmacht umfasst auch Verfügungen des Bevollmächtigten zu eigenen Gunsten. Der Bevollmächtigte ist berechtigt, für sich allein zu handeln. [...] London, 8.2.1986 [...]" Ende 1986 lagen rund CHF 250'000.-- auf dem Konto des Beschwerdeführers, die aber nicht vom Beschwerdeführer stammten. Wie bereits vor 1986 kümmerte sich in der Folge ausschliesslich B.F._ um das Konto. Der Beschwerdeführer selber hat nie Vermögenswerte in diese Kontobeziehung eingebracht. Am 18. Mai 1991 unterzeichnete der Beschwerdeführer sodann für das Konto/Depot Nr. 1._ die "Erklärung bei Eröffnung eines Kontos oder Depots" resp. das sogenannte Formular A. Als an den einzubringenden Werten wirtschaftlich berechtigt gab er sich selber sowie seine beiden Geschwister D.F._ und E.F._, alle drei wohnhaft an der H._-Strasse in J._, an. Vom 9. Juni 1997 datiert ein von B.F._ im Namen des Beschwerdeführers mit der Beschwerdegegnerin geschlossener Portfolio Management Vertrag. Die Beschwerdegegnerin war beauftragt, die Vermögenswerte auf dem Konto Nr. 1._ nach freiem Ermessen in Aktien anzulegen. Aus einem Schreiben von B.F._ an die Beschwerdegegnerin vom 6. Oktober 1998 geht hervor, dass er am Vortag den Portfolio Management Vertrag gekündigt hatte. B.F._ beabsichtigte, die Verwaltung des Kontos selber zu übernehmen, sich auf einige wenige Aktien zu spezialisieren und aktiv Handel mit Profit zu treiben. Am 11. März 1999 erhöhte die Beschwerdegegnerin auf Antrag von B.F._ eine bereits bestehende Kreditlinie von CHF 4'500'000.-- auf CHF 5'000'000.--. Von 1998 bis 2001 kaufte und verkaufte B.F._ Wertpapiere spekulativen Charakters, vor allem an der NASDAQ. Die sogenannten "net assets" auf dem Konto Nr. 1._ entwickelten sich folgendermassen: "31. Dezember 1999 USD 7'010'997 31. März 2000 USD 6'537'954 30. Juni 2000 USD 4'758'106 30. September 2000 USD 4'024'549 " Dann folgte der Zusammenbruch an der Börse und es ergaben sich folgende Saldi: "31. Dezember 2000 USD 822'156 31. März 2001 USD 814'711 30. Juni 2001 USD 873'497" B.F._ teilte der Beschwerdegegnerin am 18. August 2000 mit, es solle keine Post mehr nach J._ gesendet werden und instruierte sie dann am 30. September 2000, die Post banklagernd aufzubewahren. Mit Schreiben vom 19. Dezember 2000 verlangte B.F._ schliesslich, die zukünftige Korrespondenz in Englisch an ihn, c/o L._-Strasse, London, England, zu schicken. Zwischen Oktober und Ende Dezember 2000 brachte B.F._ seine Unzufriedenheit mit der Entwicklung auf dem Konto Nr. 1._ und der Beratung der Beschwerdegegnerin in mehreren Schreiben an diverse Exponenten und Organe der Beschwerdegegnerin zum Ausdruck. Mit Schreiben vom 27. Dezember 2000 ersuchte die Beschwerdegegnerin B.F._ um die Vervollständigung des "Tax Form US Withholding Tax". Dieser Aufforderung kam der Beschwerdeführer nicht nach. Am 31. Januar 2001 kündigte die Beschwerdegegnerin die Kontobeziehung Nr. 1._ und die ausstehende Kreditlinie fristlos und verlangte von B.F._, die ausstehende Kreditschuld von USD 653'608.84 bis 16. Februar 2001 zurückzubezahlen, ansonsten die sich im Depot befindlichen Titel verwertet würden. Die Beschwerdegegnerin sandte die Kündigung an die von B.F._ zuletzt bekannt gegebene Adresse in London, übermittelte diese ebenfalls per Fax an die Faxnummer von B.F._ in K._ und hielt diese ausserdem noch banklagernd. Die Kündigung konnte B.F._ in London nicht zugestellt werden und wurde von der Post retourniert. Die Beschwerdegegnerin sandte diese deshalb am 7. Februar 2001 schliesslich auch noch an die Adresse in J._. Die Beschwerdegegnerin verkaufte am 26. und 27. Februar 2001 mehrere Titel aus dem Depot des Kontos Nr. 1._, um den ausstehenden Kredit abzulösen. Auf Instruktion von B.F._ sollten die restlichen Titel auf ein Konto bei der Bank M._ in Gibraltar überwiesen werden. Die Überweisung stellte sich dann aber als unmöglich heraus. Die Beschwerdegegnerin versuchte daraufhin am 6. Juli 2001 und 15. August 2001 vergeblich, B.F._ den Schlusssaldo von USD 873'858.34 mit einem Check auszustellen. Mit Schreiben vom 16. Januar 2002 teilten N._ Solicitors der Beschwerdegegnerin mit, sie seien von B.F._ mit dem Transfer der Vermögenswerte, die die Beschwerdegegnerin für die Familie F._ halte, auf ihr Klientenkonto bei der Bank O._ beauftragt worden. Sie würden die Beschwerdegegnerin die vollständigen Details wissen lassen. Die Beschwerdegegnerin wandte sich daraufhin am 21. Januar 2002 an B.F._, machte ihn darauf aufmerksam, dass sie ohne entsprechende Vollmacht nicht befugt sei, der Aufforderung von N._ Solicitors Folge zu leisten und bat ihn, die Überweisungsinstruktion zu bestätigen. Mit Faxschreiben vom 23. Januar 2002 bestätigte B.F._, dass die betreffenden Vermögenswerte und zwei Briefumschläge dem Klientenkonto von N._ Solicitors bei der Bank O._ zu überweisen seien. Gestützt auf diese Instruktion sandte die Beschwerdegegnerin am 24. Januar 2002 einen Check [über USD 873'858.34], zwei Briefumschläge sowie die seit August 2000 bis Januar 2001 banklagernd gehaltene Korrespondenz an N._ Solicitors. In der Folge verlangte der Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin erfolglos die Auszahlung des Schlusssaldos an ihn. B. Der Beschwerdeführer gelangte mit Teilklage vom 13. Februar 2006 an das Handelsgericht des Kantons Zürich und beantragte mit in der Replik geändertem Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin sei unter Vorbehalt von Nachklagen zu verpflichten, ihm Fr. 30'000.-- nebst Zins, eventuell USD 18'750.-- nebst Zins zu bezahlen. Zur Begründung führte er zum einen an, die Beschwerdegegnerin habe nicht mit befreiender Wirkung die Instruktion des Bevollmächtigten, B.F._, befolgen dürfen, den Schlusssaldo auf ein Klientenkonto von N._ Solicitors zu überweisen. Zum anderen sei der tatsächliche Schlusssaldo höher als der überwiesene Betrag gewesen. Ihm stehe deshalb nach wie vor ein Erfüllungsanspruch zu. Das Handelsgericht wies die Klage am 30. September 2008 ab. C. Gegen das betreffende Urteil des Handelsgerichts erhob der Beschwerdeführer Beschwerde in Zivilsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Klage gutzuheissen, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.