Sachverhalt: A. A.a Dr. Jürgen Amann schuf über die Dr. Amann AG mehrere "Sachwert-Beteiligung-Kommanditgesellschaften" (KG), die es Anlegern ermöglichten, als Kommanditäre in Immobilien zu investieren, welche von der jeweiligen Personengesellschaft erworben, erstellt und vermietet wurden. Die KG VIII ist Eigentümerin des Hotels "Schweizerhof" in Zermatt, wobei die Seiler Hotels Zermatt AG das Hotel-Management besorgt. Sie ist einzige Kommanditärin der KG IX, die ihrerseits Eigentümerin einer ebenfalls durch das Hotel "Schweizerhof" genutzten Liegenschaft ist. A.b Am 20. Mai 2008 stellte die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) fest, dass die "Dr. Amann-Gruppe" gegen das Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen (KAG; SR 951.31) verstossen habe, und versetzte die verschiedenen "Sachwert-Beteiligung-Kommanditgesellschaften" in Liquidation. Auf die hiergegen gerichtete Beschwerde der KG IX trat das Bundesverwaltungsgericht am 31. Juli 2009 nicht ein; jene der KG VIII hiess es gut, soweit darauf einzutreten war (Urteil B-4312/2008). Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass die KG VIII kein fremdverwaltetes "Investitionsvehikel", sondern eine operativ tätige Gesellschaft sei, für die das Kollektivanlagengesetz nicht gelte. Auf Beschwerde der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht (FINMA) hin hob das Bundesgericht dieses Urteil am 5. November 2010 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die FINMA zurück; die Aktivitäten der KG VIII seien (ursprünglich) unter das Kollektivanlagengesetz gefallen, doch sei die von der EBK/FINMA ihr gegenüber verfügte Liquidation ohne weitere Prüfung der Verhältnismässigkeit dieser Massnahme und der von der KG VIII angebotenen anderen Lösungen zur Bereinigung der Situation unzulässig gewesen (Urteil 2C_571/2009). B. B.a Mit Verfügung vom 30. Mai 2011 wies die FINMA die Handelsregisterämter des Kantons Nidwalden und Zug an, die Eintragung der Ernst & Young AG als Untersuchungsbeauftragte der KG VIII bzw. KG IX zugunsten von Gabriele Kubatzki zu löschen; diese war mit Gesellschafterbeschluss vom 14. Dezember 2007 als Geschäftsführerin der KG VIII bezeichnet worden, was der Komplementär bestritt, wobei es wegen des aufsichtsrechtlichen Eingreifens der EBK jedoch zu keinem definitiven zivilrechtlichen Entscheid mehr gekommen war. Ebenfalls am 30. Mai 2011 informierte die FINMA den Rechtsvertreter der KG VIII und KG IX darüber, dass sie aufsichtsrechtlich gestützt auf das Urteil des Bundesgerichts zum Schluss komme, dass diese mit ihrer Entflechtung von Dr. Amann und seinen Firmen nicht mehr unter das KAG falle und sie ihr Verfahren deshalb auf den 31. Mai 2011 einstelle. B.b Gegen die Anordnungen der FINMA an die beiden Handelsregisterämter gelangte Jürgen Amann am 14. Juli 2011 an das Bundesverwaltungsgericht. Mit Zwischenentscheid vom 5. Oktober 2011 bejahte dieses dessen Beschwerdelegitimation; gleichzeitig wies es den Einwand zurück, die Beschwerde sei verspätet eingereicht worden. Am 7. Dezember 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Eingabe in der Sache selber gut, hob die angefochtenen Verfügungen der FINMA vom 30. Mai 2011 auf und hielt die Handelsregisterämter der Kantone Nidwalden und Zug an, die Eintragung von Gabriele Kubatzki als einzelzeichnungsberechtigte Geschäftsführerin der KG VIII und KG IX (wieder) zu löschen. Es wies die Sache an die FINMA zurück, damit sie "auf geeignete und rechtskonforme Weise" sicherstelle, dass die Löschung der von ihr veranlassten Einträge zu keiner unzumutbar langen Phase der Handlungsunfähigkeit der beiden Kommanditgesellschaften führe. Sowohl der Entzug der Geschäftsführereigenschaft von Jürgen Amann als auch die Gültigkeit des Beschlusses der ausserordentlichen Gesellschafterversammlung vom 14. Dezember 2007 bildeten je Gegenstand eines zurzeit immer noch hängigen zivilrechtlichen Verfahrens, dem die FINMA nicht mit den entsprechenden Anordnungen habe vorgreifen dürfen. C. Die KG VIII und KG IX beantragen vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben. Sie machen geltend, dieses sei zu Unrecht auf die Beschwerde von Jürgen Amann eingetreten, da die Eingabe verspätet eingereicht worden sei. Jürgen Amann beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht und die FINMA haben darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Der Abteilungspräsident wies am 22. Februar 2012 das mit der Eingabe verbundene Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. Die FINMA teilte dem Bundesgericht hierauf am 24. Februar 2012 mit, dass sie die Parteien in Vollstreckung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts dazu angehalten habe, "für die KG VIII beim zuständigen Zivilgericht umgehend um die unverzügliche Ernennung eines Sachwalters zu ersuchen; für die KG IX um die unverzügliche Ernennung eines Sachwalters zu ersuchen", falls das Handelsregisteramt Zug mitteile, "dass die von der FINMA mit heutiger Post angeordnete Wiederherstellung der Unterschriftenregelung entsprechend dem Zustand vor Einschreiten der Eidg. Bankenkommission (jetzt FINMA) am 11. Januar 2008 nicht möglich" sei. Am 30. März 2012 ging beim Bundesgericht der Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- ein. Mit Schreiben vom 29. und 30. März 2012 ersuchte Gabriele Kubatzki darum, diesen zurückzubezahlen, da er vom Anwalt der KG VIII bzw. der KG IX vorgeschossen worden sei; es seien die Seiler Hotels Zermatt AG oder das Bundesverwaltungsgericht anzuhalten, den Kostenvorschuss zu bezahlen; allenfalls sei ein entsprechender "staatlicher Vorschuss" zu gewähren.