aktienrechtliche Verantwortlichkeit, hat sich ergeben: A.-Am 12. Januar 1989 wurde die X._ AG mit Sitz in St. Gallen gegründet. B._ war Präsident und C._ Delegierter des Verwaltungsrates. Unter anderem tätigte die X._ AG Vermögensanlagen in Australien. Am 16. August 1993 wurde über sie der Konkurs eröffnet. Darin meldeten C._ und A._ verschiedene Forderungen an. Ferner machten sie weitere Forderungen ihrer Tochter D._ geltend. Im Rahmen eines von B._ vor Bezirksgericht St. Gallen eingeleiteten Kollokationsverfahrens unterzeichnete dieser am 30. März 1995 eine Vereinbarung, worin er die Kollokation der Forderungen von C._, A._ und D._ im Gesamtbetrag von Fr. 6'098'995.-- anerkannte. Nach der Darstellung von A._ soll sie persönlich mit einer Forderung von Fr. 3'142'569.-- kolloziert sein. In der Folge haben sich C._, A._ und D._ die Verantwortlichkeitsansprüche der X._ AG gegen deren Organe von der Konkursverwaltung nach Art. 260 SchKG abtreten lassen. Am 31. Oktober 1998 hat D._ - vertreten durch ihren Beistand - ihre im Konkurs der X._ AG angemeldete und kollozierte Forderung an C._ und A._ abgetreten. B.-Mit Klage vom 7. Juli 1997 beantragte A._ dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen, B._ sei zu verpflichten, ihr Fr. 3'142'569.-- nebst Zins zu 5% seit dem 16. August 1993 zu bezahlen. Im gleichen Verfahren wurden von verschiedenen weiteren Klägern mehrere zusätzliche Forderungen gegen B._ erhoben. Mit Entscheid vom 30. Juni 2000 wies das Handelsgericht des Kantons St. Gallen die Klage von A._ ab und verurteilte sie, Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 27'000.-- sowie B._ eine Prozessentschädigung von Fr. 67'500.-- zu bezahlen. C.-Mit Berufung vom 14. September 2000 beantragt A._ dem Bundesgericht, den Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen aufzuheben, soweit ihre Klage unter Kosten- und Entschädigungsfolgen abgewiesen worden sei, und das Verfahren zur weiteren Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei B._ zu verpflichten, ihr Fr. 3'142'569.-- zu bezahlen. Die Berufungsantwort von B._ ging verspätet beim Bundesgericht ein. Mit Beschluss vom 16. November 2000 wurde A._ die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt und Rechtsanwalt Dr. Christoph Bürgi, Blumenbergplatz 1, 9000 St. Gallen, als Rechtsbeistand beigegeben.