Sachverhalt: A. Die Mitglieder der Baugesellschaft A._ reichten am 3. April 2002 bei der Einwohnergemeinde Muri ein generelles Baugesuch ein für den Neubau eines Gewerbehauses mit einem Anteil Büronutzung und zwei Dienstwohnungen auf der Parzelle Gbbl. Nr. 2565 an der Thunstrasse 235 in Muri. Das Areal liegt nach dem kommunalen Zonenplan in der Zone mit Planungspflicht (ZPP) "Tannental II". Nachdem das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern dem Verzicht auf Erlass einer Überbauungsordnung zugestimmt hatte, erteilte die Einwohnergemeinde Muri am 23. Januar 2003 die generelle Baubewilligung. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern am 3. Juni 2003 ab. Dieser Entscheid blieb unangefochten. Gestützt auf die generelle Baubewilligung stellte die X._ AG am 24. Februar 2005 bei der Einwohnergemeinde Muri ein Baugesuch für den Neubau eines Gewerbegebäudes mit einem Anteil Büronutzung auf der Parzelle Nr. 2565 (Ausführungsprojekt). Gegen das Vorhaben gingen keine Einsprachen ein. Die Einwohnergemeinde Muri erteilte dafür am 9. Februar 2006 die Gesamtbaubewilligung. Im Rahmen der Nebenbestimmungen (Ziff. 2 der Bewilligung) regelte sie unter anderem den Verkehr und die Verkehrszählung (Ziff. 2 der Nebenbestimmungen). Danach gilt für das ganze Gebäude bzw. die darin angesiedelten Betriebe eine Beschränkung auf 1'100 Fahrten im durchschnittlichen täglichen Verkehr (DTV). Hinsichtlich der Nutzung ordnete die Gemeinde Folgendes an (Ziff. 4 der Nebenbestimmungen) : "Die Nutzung muss mit den Bestimmungen in Artikel 51 des Baureglements 1994 der Gemeinde Muri bei Bern vereinbar sein. Die Baupolizeibehörde behält sich diesbezüglich ausdrücklich entsprechende Massnahmen vor (z.B. Verweigern der Betriebsbewilligung für Vorhaben mit grösserem Publikumsfahrverkehr)." Die erwähnte Vorschrift des Baureglements der Einwohnergemeinde Muri vom 6. Juni 1993 (GBR), in Kraft seit dem 1. Oktober 1994, lautet wie folgt: Art. 51 ZPP "Tannental II" 1 Die Zone mit Planungspflicht "Tannental II" bezweckt eine ausgewogene Nutzung für Produktions- und Dienstleistungsbetriebe (Werkhof, Werkstatt, Produktion, Lager, Büro). 2 Zulässig sind Bauten für Gewerbe- und Dienstleistungsbetriebe ohne grösseren Publikums-Fahrverkehr (insbesondere keine Einkaufszentren, Freizeitanlagen und dergleichen). Im Attika sind Wohnungen für das betriebsnotwendig an den Standort gebundene Personal gestattet. 3 Das Mass der Nutzung hat sich an der Verträglichkeit mit den umgebenden Verkehrsbauten und der nahen Landschaft zu orientieren und darf eine BGF von 12'400 m2 nicht übersteigen. Davon dürfen höchstens 20 % für Büronutzung verwendet werden. Die maximale Gebäudehöhe beträgt 13,5 m. 4 Es gelten die Bestimmungen für die Empfindlichkeitsstufe III (Art. 43 LSV); längs der Autobahn kann ein Streifen der Empfindlichkeitsstufe IV zugeordnet werden. Die Gesamtbaubewilligung der Einwohnergemeinde Muri vom 9. Februar 2006 blieb unangefochten. Die X._ AG ersuchte am 20. Oktober 2006 bei der Einwohnergemeinde Muri um eine Zusatzbewilligung für eine erste Projektänderung. Nachdem sich ein Einsprecher dagegen zur Wehr gesetzt hatte, änderte die X._ AG das Projekt am 15. Januar 2007 ein zweites Mal ab. Für diese zweite Projektänderung erteilte die Einwohnergemeinde Muri am 30. März 2007 die Zusatzbewilligung. Gemäss den Nebenbestimmungen (Ziff. 3 der Bewilligung) behalten die im Gesamtbauentscheid vom 9. Februar 2006 verfügten Auflagen ihre Gültigkeit (Ziff. 1 der Nebenbestimmungen). Weiter ordnete die Gemeinde folgendes an (Ziff. 4 der Nebenbestimmungen) : "Vor dem Verkauf oder der Vermietung von Räumlichkeiten ist die jeweilige Firma mit ihrem Tätigkeitsfeld (Nutzung) der Gemeinde bekanntzugeben und eine Genehmigung einzuholen." Gegen diesen Entscheid wurden keine Rechtsmittel ergriffen. Am 24. April 2007 gab die X._ AG die folgenden zukünftigen Mieterinnen (Firmen) und deren Nutzung für das Gewerbegebäude bekannt: Mieter 1: B._ AG, Nutzung: Cash & Carry Grossmarkt Mieter 2: C._ GmbH, Nutzung: Betten-, Möbel-, Wohnfachmarkt Mieter 3: D._ AG, Nutzung: Tierfachmarkt. Die Einwohnergemeinde Muri erteilte am 28. Juni 2007 eine Betriebsbewilligung für diese drei Betriebe. Im Sommer 2007 unternahm die SP Muri-Gümligen rechtliche Schritte gegen die gerüchteweise bekannt gewordene Zulassung von Fachmärkten im Gewerbegebäude auf der Parzelle Nr. 2565. Mit Entscheid vom 9. Januar 2008 stellte die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) fest, dass die Betriebsbewilligung vom 28. Juni 2007 nichtig sei; sie trat deshalb auf die Beschwerde der SP Muri-Gümligen nicht ein und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde zurück. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen gerichtete Beschwerde mit Urteil vom 21. April 2008 dahin gehend gut, dass es den Entscheid der BVE aufhob und die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückwies. Das Verwaltungsgericht erwog unter anderem, bei der "Betriebsbewilligung" handle es sich der Sache nach um eine (Teil-) Baubewilligung. In der Folge lud die BVE die Stiftung Y._ - die Eigentümerin der Parzelle Nr. 2565 - zum Verfahren bei. Mit Entscheid vom 21. April 2009 hiess die BVE die Beschwerde der SP Muri-Gümligen gut und hob die "Betriebsbewilligung" der Einwohnergemeinde Muri vom 28. Juni 2007 auf. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen erhobenen Beschwerden der X._ AG und der Stiftung Y._ teilweise gut. Unter anderem änderte es Ziff. 1 der Betriebsbewilligung wie folgt: "a) Soweit die B._ AG betreffend, wird auf die nachträgliche Baubeschwerde nicht eingetreten. b) Soweit die C._ GmbH und die D._ AG betreffend, wird die nachträgliche Baubeschwerde gutgeheissen und die Betriebsbewilligung der Einwohnergemeinde Muri vom 28. Juni 2007 aufgehoben. Für diese beiden Betriebe wird die Bewilligung verweigert." Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab und verlegte die Kosten des kantonalen Verfahrens neu. Am 8. Juni 2010 wies das Bundesgericht die gegen dieses Urteil erhobenen Beschwerden der X._ AG und der Stiftung Y._ ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 1C_497/2009 // 1C_499/2009). B. Die EG Muri eröffnete daraufhin ein Verfahren zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Mit Wiederherstellungsverfügung vom 23. Februar 2011 untersagte die EG Muri der D._ AG und der C._ GmbH nach Ablauf von neun Monaten ab Rechtskraft der Verfügung jegliche Verkaufsnutzung im Erdgeschoss des Gewerbehauses an der Thunstrasse 235. Sie wies zudem auf die Möglichkeit hin, ein nachträgliches Bau- und Ausnahmegesuch einzureichen. Die C._ GmbH, die D._ AG, die X._ AG und die Stiftung Y._ erhoben gegen diese Verfügung Beschwerde bei der BVE. Am 25. bzw. 28. März 2011 reichten sie nachträgliche Bau- und Ausnahmegesuche ein. Die BVE schrieb das Beschwerdeverfahren deshalb am 7. September 2011 als erledigt ab. Mit Verfügung vom 27. April 2012 wies die EG Muri die nachträglichen Bau- und Ausnahmegesuche der Stiftung Y._, der D._ AG und der C._ GmbH ab und trat auf dasjenige der X._ AG nicht ein. Sie untersagte sodann der Stiftung Y._, der D._ AG und der C._ GmbH, im Erdgeschoss des Gewerbegebäudes an der Thunstrasse 235 nach Ablauf von einem Jahr ab Rechtskraft der Verfügung eine Verkaufsnutzung auszuüben oder ausüben zu lassen. Dagegen erhoben die Stiftung Stiftung Y._ und die C._ GmbH Beschwerde bei der BVE. Diese lud die X._ AG auf deren Antrag hin zum Verfahren bei und wies die Rechtsmittel mit Entscheid vom 22. Oktober 2012 ab. C. Gegen diesen Entscheid erhob die C._ GmbH am 21. November 2012 beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Am 15. Januar 2013 wurde die Stiftung Y._ als Eigentümerin der Parzelle Nr. 2565 in das kantonale Verfahren einbezogen. Mit Entscheid vom 3. Juli 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. D. Gegen dieses Urteil führt die C._ GmbH mit Eingabe vom 28. August 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht mit den folgenden Anträgen: "Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 3. Juli 2013 sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei der Wiederherstellungsentscheid im Baugesuchsverfahren aufzuheben und es sei von einer Wiederherstellung abzusehen. Subeventualiter sei eine Wiederherstellungsfrist bis zum 30. November 2022 anzusetzen." Die BVE verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Einwohnergemeinde Muri schliesst in ihrer Eingabe auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Stiftung Y._ beantragt in ihrer Vernehmlassung die Gutheissung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält in einer weiteren Eingabe an ihrem Standpunkt fest. E. Mit Verfügung vom 26. September 2013 legte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung bei.