Sachverhalt: A. Die 1960 geborene Q._ meldete sich am 8. September 2004 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau sprach nach erwerblichen Abklärungen und gestützt namentlich auf das Gutachten der Academy X._, Spital X._, vom 29. Dezember 2009 eine ganze Rente der Invalidenversicherung mit Wirkung ab 1. November 2003 bis 31. Januar 2005 und vom 1. Februar 2005 an unbefristet eine Viertelsrente zu (Verfügung vom 2. Juli 2008). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 8. April 2009 in dem Sinne teilweise gut, als es ab 1. Februar 2005 einen Anspruch auf eine halbe Invalidenrente bejahte (Invaliditätsgrad 51 %). C. Die IV-Stelle des Kantons Aargau führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids und in Abänderung der Verfügung vom 2. Juli 2008 sei festzustellen, dass Q._ ab 1. Februar 2005 keinen Anspruch auf eine Invalidenrente habe. Eventualiter sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben. Während die Versicherte auf Abweisung der Beschwerde schliesst, folgt das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) den Anträgen der IV-Stelle.