Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) erstellte als Bauherrin und Totalunternehmerin die Überbauung U._ bestehend aus zwei Terrassenhäusern mit je sechs Wohnungen sowie zusammen einer Tiefgarage. Mit vier Werkverträgen vom 28. März bzw. 28. April 2008 betraute sie die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Bauleistungen im Bereich der Sanitäranlagen und Wärmeerzeugung. Bestandteil der Werkverträge war jeweils auch die SIA-Norm 118 (Version 1977/1991). Nach Fertigstellung der Überbauung traten in verschiedenen Wohnungen Wasserschäden auf. A.b. Mit einer Vereinbarung von Mai/Juni 2009 beschlossen die Beklagte, die Versicherung C._, Unternehmen D._ und die Versicherung E._ sowie F._ (c/o G._ AG) und H._ (c/o I._ AG) als Experten, die Terrasse der Wohnung xxx solle unter der fachmännischen Leitung der beiden Experten zurückgebaut werden, wobei die Experten die Ursachen der Feuchtigkeitsschäden dokumentieren und die Verantwortlichkeiten der am Bau beteiligten Unternehmen festlegen sollten. Die beiden Experten erstellten das baufachliche Gutachten am 18. August 2009. In einem weiteren Bericht vom 26. August 2009 nahmen sie die Verantwortungszuweisungen auf die am Bau beteiligten Unternehmen vor. Für den Bereich "Sanitärleitungen und Terrassenentwässerung" bestimmten sie einen Kostenanteil von 15.49 %, wobei davon ein Anteil von 60 % auf die Klägerin entfalle. Über sämtliche Mängelbereiche hinweg wurde der Klägerin somit ein Verantwortlichkeitsanteil von 9.29 % zugewiesen (60 % von 15,49 %). B. B.a. Mit Klage vom 9. Dezember 2010 beim Handelsgericht des Kantons Aargau beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 239'721.60 nebst Zins zu 5 % seit 15. Februar 2009 auf Fr. 30'990.35 und seit 1. Juni 2009 auf Fr. 208'731.25 zu verpflichten. Der eingeklagte Betrag ergebe sich aus dem ursprünglichen Werkpreis von Fr. 487'117.-- sowie einer Forderung von Fr. 72'604.60 für zusätzliche Arbeiten, abzüglich eines bereits bezahlten Betrages von Fr. 320'000.--. Die Beklagte beantragte die Abweisung der Klage. B.b. Das Handelsgericht des Kantons Aargau schützte die Klage mit Urteil vom 14. Mai 2014 vollumfänglich. Es auferlegte die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 14'421.70 der Beklagten und diese wurde verpflichtet, die Klägerin für ihre Parteikosten mit Fr. 34'420.30 zu entschädigen. Das Handelsgericht nahm an, die Werkpreisforderung der Klägerin sei von der Beklagten grundsätzlich anerkannt worden. Diese mache einzig (und nicht bloss im Eventualstandpunkt) Verrechnung mit Gegenforderungen aus Sachgewährleistung bzw. Schadenersatz geltend. Aus ihren Rechtsschriften werde nicht klar, auf welche Rechtsgrundlage sie ihren Verrechnungsanspruch stütze. Sie habe nie behauptet, gegenüber der Klägerin Wandelung, Minderung oder Nachbesserung erklärt zu haben. Der Verrechnungsanspruch könne sich somit nicht auf diese Grundlagen stützen. Vielmehr müsse davon ausgegangen werden, dass die Beklagte einen Schadenersatzanspruch geltend mache. Dieser richte sich jedoch nur auf Ersatz des Mangelfolgeschadens, nicht auf Ersatz von Schäden an der vom Unternehmer gelieferten Sache selber. Diesen Schaden habe die Beklagte nicht genügend substanziiert. Zwar erscheine als erstellt, dass die Klägerin für einen Werkmangel verantwortlich sei. Jedoch fehlten substanziierte Ausführungen der Beklagten dazu, welcher Schaden ihr durch diesen Werkmangel entstanden sei. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 14. Mai 2014 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sodann sei der Beschwerde superprovisorisch die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um aufschiebende Wirkung an. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein und stellte gleichzeitig ein Sistierungsgesuch. Mit Präsidialverfügung vom 29. September 2014 wurden die Gesuche um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens abgewiesen.