Sachverhalt: A. Am 16. Oktober 2009 reichte D._, Mitglied und Vertreter der Erbengemeinschaft X._, beim Gemeinderat Stetten eine Voranfrage zum Ausbau des Ober- und Dachgeschosses der Liegenschaft auf der Parzelle Nr. 207, Stetten, ein. Die Abteilung für Baubewilligungen des aargauischen Departements Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) erwog am 26. November 2009, eine Erweiterung der Wohnnutzung sei nicht möglich, weshalb einem entsprechenden Vorhaben keine kantonale Zustimmung in Aussicht gestellt werden könne. Weiter hielt sie fest, bisher sei kein Gesuch für die Umnutzung und Fremdvermietung des ehemaligen Junghennenaufzuchtstalls auf derselben Parzelle eingereicht worden. Sie ersuchte deshalb den Gemeinderat, die entsprechenden Unterlagen bei D._ einzufordern und dem Kanton zuzustellen. B. Aufgrund eines entsprechenden gemeinderätlichen Beschlusses vom 7. Dezember 2009, reichte die Erbengemeinschaft X._ ein Baugesuch für die Nutzungsänderung des Junghennenaufzuchtstalls ein. Gleichzeitig teilte D._ dem Gemeindeschreiber mit, er beabsichtige, das Dachgeschoss zu isolieren. Der Gemeinderat bewilligte am 29. März 2010 die Nutzungsänderung unter verschiedenen Auflagen und Bedingungen. Der zusätzlichen Isolation des Dachgeschosses (Estrich) wurde dagegen die Bewilligung versagt. C. Anlässlich einer Baukontrolle vom 13. April 2010 stellte die kommunale Bauverwaltung fest, dass unbewilligte Isolationsarbeiten im Dachgeschoss des Wohnhauses im Gange waren; daraufhin verlangte der Gemeinderat mit superprovisorischer Verfügung vom 16. April 2010 die unverzügliche Einstellung der Bauarbeiten. Ein Gesuch der Erbengemeinschaft X._ um aufschiebende Wirkung wies der Regierungsrat des Kantons Aargau am 5. Mai 2010 in Bestätigung der Baueinstellung ab. D. Auf Beschwerde der Erbengemeinschaft X._ hin, nahm der Regierungsrat am 1. September 2010 Vormerk davon, dass die Beschwerdeführerin die Entwässerungsleitung des Hühnerstalls ausser Betrieb nahm. Im Übrigen wies der Regierungsrat die Beschwerde ab, soweit er darauf eintrat. Für die Beseitigung der rechtswidrigen Isolation und die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands setzte er eine Frist von drei Monaten ab Rechtskraft seines Entscheids an. E. Das daraufhin angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde mit Urteil vom 21. Januar 2011 ab. Am 1. April 2011 beantragt die Erbengemeinschaft X._, bestehend aus A._, B._, C._ und D._, dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und der Entscheide der Vorinstanzen. Es sei festzustellen, dass das Anbringen einer Innenisolation im rechtmässig erstellten, nach heutigen Vorgaben unzureichend isolierten Wohngebäude der Beschwerdeführerin nicht bewilligungspflichtig sei. Zur Neuregelung der Kostenfolgen sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin, die Sache sei in Aufhebung des angefochtenen Urteils und der Entscheide der Vorinstanzen zur Neubeurteilung im Sinne einer nachträglichen Bewilligungserteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Subeventuell sei die Sache in Aufhebung des angefochtenen Urteils und der vorangegangenen Entscheidungen an den Gemeinderat zurückzuweisen, damit dieser in Beachtung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes eine andere Massnahme als den Rückbau zur Verhinderung einer Umnutzung des Estrichraums in Wohnzwecke verfüge. Mit einem weiteren Subeventualantrag fordert die Beschwerdeführerin die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur weiteren Beweiserhebung. Der Gemeinderat Stetten, das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) verzichten allesamt auf eine Vernehmlassung. Mit Verfügung vom 17. Mai 2011 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.