Sachverhalt: A. Mit Kaufrechtsvertrag vom 19. Dezember 2003 räumten die drei Brüder X._, Y._ und Z._ als Gesamteigentümer (Erbengemeinschaft) der G._ AG das Kaufrecht an den Liegenschaften GB B._ Nr._ und Nr._ sowie an den selbständigen Miteigentumsanteilen M_ und M_ auf dem Grundstück GB B._ Nr._ ein. Am 6. Juni 2005 übte die G._ AG das Kaufrecht an den vier Liegenschaften in B._ zum Preis von Fr. _ aus. Aus dieser Veräusserung ergab sich ein Gewinn. Bereits am 7. Januar 2005 hatten dieselben Eigentümer eine Liegenschaft in C._ (GB Nr._) an die G._ AG zum Preis von Fr. _ verkauft. Daraus resultierte ein Verlust. B. Mit definitiven Veranlagungsverfügungen vom 26. Januar 2006 veranlagte die kantonale Steuerverwaltung Obwalden die drei Brüder für den Verkauf der Liegenschaften in B._, GB Nr._ und Nr._, auf einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. _ und für den Verkauf der beiden Miteigentumsanteile auf einen solchen von je Fr. _. Der Verlust aus dem Verkauf der Liegenschaft in C._ (GB Nr._) von Fr. _ wurde lediglich satzbestimmend berücksichtigt. Mit Einsprache verlangten die Steuerpflichtigen, der Grundstückverlust sei von den im gleichen Jahr erzielten Grundstückgewinnen abzuziehen. Mit Entscheid vom 6. Juni 2006 wies die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden die Einsprache ab. Mit Entscheid vom 6. Dezember 2006 bestätigte die Kantonale Steuerrekurskommission Obwalden die Veranlagung. X._, Y._ und Z._ führten Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden. Mit Entscheid vom 23. September 2008 wies dieses die Beschwerde ab. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Obwalden vom 23. September 2008 führen die Steuerpflichtigen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Obwalden sei aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer unter Anrechnung des anteiligen Verlusts aus dem Verkauf der Liegenschaft in C._, GB Nr._, festzusetzen. Sie rügen eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV), einen Verstoss gegen das Leistungsfähigkeitsprinzip (Art. 127 Abs. 2 BV) und das Rechtsgleichheitsgebot (Art. 8 BV) sowie eine willkürliche Anwendung von kantonalem Recht (Art. 9 BV). Die kantonale Steuerverwaltung Obwalden verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde.