Sachverhalt: A. Am 13. August 2006 um 6.30 Uhr morgens wurde X._ am General Guisan Quai in Zürich von der Stadtpolizei angehalten. Nach einer Atemluftkontrolle wurde er in Handschellen gelegt und zur Feststellung der Blutalkoholkonzentration auf eine Polizeiwache geführt. Dort verweigerte er eine Blutentnahme, welche daraufhin gewaltsam durchgeführt wurde. Im Anschluss an die Entnahme wurde er wegen Verdachts auf einen "EPI-Anfall" ins Universitätsspital Zürich verbracht. X._ macht geltend, anlässlich der Verhaftung und der Blutentnahme von den Polizeibeamten und dem Amtsarzt misshandelt worden zu sein. B. Am 13. November 2006 erhob X._ Strafanzeige gegen die Beamten der Stadtpolizei Zürich, B._, C._, D._, E._, F._ und G._, sowie gegen den für die Blutentnahme zuständigen Amtsarzt, Dr. med. A._, wegen einfacher Körperverletzung, Tätlichkeiten und Amtsmissbrauchs. C. Am 26. Februar 2007 beschloss die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich, dass auf die Strafanzeige nicht eingetreten und daher keine Strafuntersuchung eröffnet wird. D. Ein dagegen erhobener Rekurs wies die II. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich mit Beschluss vom 6. September 2007 ab. E. X._ führt Beschwerde in Strafsachen, mit der er im Wesentlichen die Aufhebung von Ziff. 1, 4 und 5 des angefochtenen Beschlusses und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz beantragt. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. F. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.