Sachverhalt: A. X._ wurde 1964 geboren und ist nigerianischer Staatsbürger. Er wurde am 8. November 2007 zusammen mit A._ wegen des Verdachts der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz verhaftet. Am 9. November 2007 wurde X._ aus der Haft entlassen und am 8. Oktober 2008 erneut verhaftet. Am 10. Oktober 2008 wurde er mit Entscheid des Haftrichters Basel-Stadt wegen des Verdachts der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz in Untersuchungshaft versetzt. Mit Entscheid vom 6. November 2008 verlängerte der Haftrichter die Untersuchungshaft bis am 2. Januar 2009. B. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 6. November 2008 reichte X._ Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt ein. Er beantragte, er sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen, eventualiter sei ihm die unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung zu bewilligen. Der Appellationsgerichtspräsident wies die Beschwerde mit Urteil vom 28. November 2008 ab. Er erwog, neben dem dringenden Tatverdacht seien bei X._ auch die Haftgründe der Fortsetzungs-, Kollusions- und Fluchtgefahr erfüllt. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung wurde abgewiesen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos sei. C. Gegen das Urteil des Appellationsgerichtspräsidenten vom 28. November 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 22. Dezember 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die unverzügliche Entlassung aus der Haft. Eventualiter beantragt er die Aufhebung des Kostenentscheids der Vorinstanz und die Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung und Rechtsverbeiständung für das vorinstanzliche Verfahren. Der Beschwerdeführer ersucht auch für das bundesgerichtliche Verfahren um Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Er hält die Fortsetzung der Haft mangels hinreichender Flucht-, Kollusions- und Fortsetzungsgefahr für ungerechtfertigt. D. Die Staatsanwaltschaft und der Appellationsgerichtspräsident des Kantons Basel-Stadt beantragen in ihren Stellungnahmen Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit eine Replik einzureichen Gebrauch gemacht. Mit Eingabe vom 8. Januar 2009 hält er an seinen bisherigen Ausführungen und Anträgen fest.