Sachverhalt: A. Nach einem Rapport der Regionalpolizei vom 10. Juni 2012 meldete Y._ am 10. Juni 2012, 03.28 Uhr, sie habe von ihrer Kollegin X._ ein SMS mit einer Suizidandrohung erhalten. In der Wohnung von X._ brenne zwar Licht, sie reagiere aber nicht auf ihr Klingeln. Y._ befürchte, X._ könnte sich etwas angetan haben. Die Polizei gelangte durch eine offene Balkontür in die Wohnung, wo sie die auf dem Sofa schlafende X._ weckte. Diese gab an, sie leide wegen der Wechseljahre an Stimmungsschwankungen und leicht depressiven Verstimmungen. Sie habe 8 Hormontabletten genommen, um sich zu beruhigen; die Suizidankündigung habe sie nicht ernst gemeint. Der durchgeführte Atem-Alkoholtest ergab einen Blutalkoholwert von 1,2 Promillen. Nach Einschätzung der Polizeibeamten vor Ort hatte X._ keine ernsthaften Suizidabsichten; es bestehe jedoch der Verdacht, dass sie dem Alkohol übermässig zuspreche. Gestützt auf diesen Polizeirapport entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau am 21. Juni 2012 X._ den Führerausweis vorsorglich auf unbestimmte Zeit und ordnete an, sie habe sich einer eingehenden verkehrspsychiatrischen Begutachtung durch die Psychiatrischen Dienste Aargau (Klinik Königsfelden) zu unterziehen. Einer allfälligen Beschwerde entzog es die aufschiebende Wirkung. Das Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) hiess am 5. November 2012 die Beschwerde von X._ teilweise gut. Es hob den vorsorglichen Entzug des Ausweises und den Entzug der aufschiebenden Wirkung auf, bestätigte indessen die Verpflichtung zu einer verkehrspsychiatrischen Begutachtung. Am 13. November 2012 gab das Strassenverkehrsamt X._ den Führerausweis zurück. Am 1. Juli 2013 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Das Verwaltungsgericht verweist auf seinen Entscheid und verzichtet auf weitere Stellungnahme. Das DVI verzichtet auf Vernehmlassung. Das Strassenverkehrsamt beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.