Sachverhalt: A. Am 10. Januar 2012 entzog das Strassenverkehrsamt Thurgau X._ das Kontrollschild und den Fahrzeugausweis des Motorrads TG Nr._. Zur Begründung führte es an, er habe trotz zweimaliger Mahnung die Rechnung für eine Fahrzeugprüfung (Fr. 55.--) und Mahngebühren (Fr. 20.--) nicht bezahlt, weshalb es gestützt auf Art. 16 SVG den erwähnten Fahrzeugausweis und das Kontrollschild einziehe. Er habe es innert 5 Tagen dem Strassenverkehrsamt zurückzugeben. Falls er innert der gleichen Frist die erwähnten Beträge sowie die Gebühr der Verfügung von Fr. 120.--, insgesamt Fr. 195.--, bezahle, falle der Entzug dahin. Am 17. Januar 2012 beglich X._ die Rechnung für die Fahrzeugprüfung inkl. Mahngebühren in Höhe von insgesamt Fr. 75.--. Am 20. März 2012 wies die Rekurskommission für Strassenverkehrssachen den Rekurs von X._ gegen die Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 10. Januar 2012 ab. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies sie wegen Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels ab. Sie erwog, mit der Bezahlung der Grundforderung habe X._ sinngemäss zum Ausdruck gebracht, dass diese zu Recht erhoben worden sei. Die Verfügungsgebühr von Fr. 120.-- entspreche der einschlägigen Verordnung des Regierungsrats. Soweit er sinngemäss Verrechnung mit eigenen Guthaben in Höhe von insgesamt Fr. 1'355.-- geltend mache, so sei deren Existenz fraglich und nicht belegt, und eine Verrechnung gegen den Willen des Gemeinwesens wäre nach Art. 125 Ziff. 3 OR ohnehin nicht zulässig. B. X._ erhob Beschwerde ans Verwaltungsgericht mit dem Antrag, diesen Entscheid der Rekurskommission vollumfänglich aufzuheben. Am 18. April 2012 setzte der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau X._ eine Frist von 14 Tagen zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 700.-- an mit der Androhung, dass bei nicht fristgerechter Leistung des Vorschusses auf die Beschwerde nicht eingetreten würde. Am 7. Mai 2012 stellte X._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Am 16. Mai 2012 wies das Verwaltungsgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab und setzte X._ eine Frist von 14 Tagen ab Rechtskraft des Entscheids zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 700.-- an unter der Androhung, dass bei dessen nicht fristgerechter Leistung auf die Beschwerde nicht eingetreten würde. C. Mit Beschwerde ans Bundesgericht vom 15. Juni 2012 beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben. D. Der Präsident der Rekurskommission und das Verwaltungsgericht beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen. E. In seiner Replik hält X._ an der Beschwerde fest.