Sachverhalt: A. Mit Dekret vom 21. August 2007 für die kantonalen Gesamterneuerungswahlen im Jahr 2008 legte der Regierungsrat des Kantons Schwyz die Wahlen für den Kantonsrat und den Regierungsrat auf den 16. März 2008 fest. In Bezug auf die Kantonsratswahl im Einzelnen hielt er fest, dass jede Gemeinde einen Wahlkreis bilde und für die Verteilung der Mandate der Regierungsratsbeschluss vom 13. August 2002 gelte; danach ist die Anzahl von Mandaten pro Gemeinde festgelegt; sie variiert zwischen 11 Mandaten (für Schwyz) und 1 Mandat (für 13 Gemeinden). B. Am 16. März 2008 fand u.a. die Wiederwahl des Kantonsrates statt. Die Ergebnisse wurden im Amtsblatt vom 20. März 2008 (S. 628 ff.) veröffentlicht, unter Hinweis auf die Beschwerdemöglichkeiten. Mit Eingabe vom 29. März 2008 erhob Toni Reichmuth Beschwerde gegen die Kantonsratswahl. Am 31. März 2008 reichten Toni Reichmuth, Stefan Scheidegger und weitere Mitbeteiligte Beschwerde ein und verlangten, dass die Ergebnisse der Kantonsratswahl wegen schwerwiegender Verletzung der Wahlrechtsgleichheit für ungültig zu erklären seien. Die Rechts- und Justizkommission hörte eine Delegation der Beschwerdeführer an. Mit Bericht vom 14. Mai 2008 beantragte sie dem Kantonsrat, auf die Beschwerde nicht einzutreten und die Ergebnisse der Wahlen zu erwahren. Die Kommission führte aus, dass die Beschwerdeführer, soweit sie die Sitzverteilung unter den verschiedenen Gemeinden und die unterschiedlich grossen Mandatszahlen in den Gemeinden in Frage stellen, den Regierungsratsbeschluss vom 13. August 2002 oder aber das Regierungsratsdekret vom 21. August 2007 hätten anfechten müssen. In materieller Hinsicht führte die Kommission im Eventualstandpunkt aus, dass das Schwyzer Wahlverfahren mit einem Gemisch aus Verhältnis- und Mehrheitsverfahren vor der Bundesverfassung standhalte. Mit Beschluss vom 25. Juni 2008 schloss sich der Kantonsrat der vorberatenden Kommission an, trat auf die gegen die Kantonsratswahl gerichtete Beschwerde nicht ein und erwahrte die Ergebnisse der Kantonsratswahlen. C. Am 30. August 2008 haben Stefan Scheidegger und die Grünen Schwyz beim Bundesgericht Beschwerde erhoben und die Aufhebung des Nichteintretensentscheides des Kantonsrates und die materielle Behandlung ihrer Wahlbeschwerde verlangt. Sie beanstanden zum einen, dass die Auszählung und Zuordnung von Restmandaten nach der Methode Hagenbach-Bischoff vor der Verfassung nicht standhalte und die kleine Partei der Grünen Schwyz verfassungswidrig benachteilige. Zum andern erachten sie es als verfassungswidrig, dass der Kantonsrat auf ihre Beanstandung der Wahlkreisgeometrie bzw. der Sitzverteilung unter den Gemeinden nicht eingetreten ist. Mit Schreiben vom 9. September 2008 bestätigt Stefan Scheidegger, nunmehr als einziger Beschwerdeführer aufzutreten. Die Rechts- und Justizkommission des Kantonsrates beantragt mit Vernehmlassung vom 23. Oktober 2008 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Stefan Scheidegger ergänzte seine Beschwerdeschrift am 31. Oktober 2008 und am 20. Januar 2009. Mit Verfügung vom 23. Dezember 2008 ist das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung abgewiesen worden.