Sachverhalt: A. X._ wurde vom Kreisgericht St. Gallen mit Entscheid vom 13. Juli 2005 des gewerbsmässigen Betrugs und der mehrfachen Urkundenfälschung schuldig gesprochen und zu einer Zuchthausstrafe von fünf Jahren verurteilt, unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 15 Tagen. Er wurde bei der Anerkennung der Zivilforderung der Bank Y._ im Betrag von Fr. 1'457'252.05 befasst und verpflichtet, ihr den Betrag von Fr. 49'600'685.15 zuzüglich Zins zu bezahlen. Die beschlagnahmten Vermögenswerte auf dem Bankkonto wurden zur Verrechnung mit der Zivilforderung der Bank freigegeben. X._ wurde ferner zur Zahlung der Kosten des Strafverfahrens von Fr. 44'503.85 und einer Parteientschädigung von Fr. 6'000.-- verpflichtet. Dagegen führte X._ Berufung. B. Mit Entscheid vom 4. September 2006 sprach das Kantonsgericht St. Gallen X._ vom Vorwurf der mehrfachen Urkundenfälschung und des gewerbsmässigen Betrugs für den Tatzeitraum vor dem 15. November 1992 infolge Verjährung frei. Im Übrigen wurde die Berufung abgewiesen. Das Kantonsgericht verpflichtete X._, die Kosten des Berufungsverfahrens von Fr. 11'000.-- und eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen. C. Mit Eingabe vom 13. Dezember 2006 führt X._ staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Kantonsgerichts vom 4. September 2006 sei vollumfänglich aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesgericht hat mit Präsidialverfügung vom 22. Januar 2007 der staatsrechtlichen Beschwerde hinsichtlich des Strafpunktes die aufschiebende Wirkung zuerkannt. D. In der Vernehmlassung beantragt die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen die Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht und die Bank Y._ haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. X._ hat sich zu den Vernehmlassungen mit Replik vom 20. Februar 2007 geäussert.