Sachverhalt: A. Y._ beabsichtigt, das auf seiner Parzelle Nr. 714 an der St. Niklausenstrasse 93 in Kastanienbaum stehende Einfamilienhaus umzubauen. Der Gemeinderat von Horw bewilligte sein Baugesuch am 22. November 2007 unter Bedingungen und Auflagen. Die Einsprachen von Z._ und der Eigentümerin der nördlich angrenzenden Parzelle Nr. 631, der X._ AG, wies er ab, soweit er darauf eintrat. Die Einsprache des Vereins "Pro Halbinsel Horw" erklärte er als erledigt. Gleichzeitig eröffnete er den Entscheid der Dienststelle Raumentwicklung, Wirtschaftsförderung und Geoinformation (rawi) vom 31. Oktober 2007, mit welchem diese eine Ausnahmebewilligung gemäss § 14 des kantonalen Waldgesetzes in Verbindung mit § 136 Abs. 4 PBG für die Unterschreitung des Waldabstandes zum östlich stockenden Wald erteilt hatte. Z._ und die X._ AG fochten die Baubewilligung sowie die Bewilligung der Dienststelle rawi beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern an. Sie beantragten, die Baubewilligung zu verweigern oder eventuell die angefochtenen Entscheide aufzuheben und die Sache an die Vorinstanzen zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden am 16. Februar 2009 ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts sowie die Entscheide des Gemeinderates Horw und der Dienststelle rawi aufzuheben und das Baubewilligungsgesuch abzuweisen. Eventuell sei das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen. C. Am 23. April 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. D. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Denselben Antrag stellt die Dienststelle rawi. Y._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt stellt fest, der angefochtene Entscheid verletze die Bundesgesetzgebung über den Wald nicht. Die Dienststelle rawi und der Gemeinderat von Horw verzichten auf eine Replik. Y._ und die X._ AG halten an ihren Standpunkten fest.