Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich führt gegen AX._ eine Strafuntersuchung wegen Betrugs etc. AX._ wird verdächtigt, einen auf das Konto seiner Gesellschaft bei der B._ überwiesenen Betrag von 15.7 Mio. US-Dollar zu seinem eigenem Nutzen unrechtmässig verwendet zu haben. Obwohl er gewusst habe, dass dieser Betrag dem Konto seiner Gesellschaft aufgrund einer Falschbuchung gutgeschrieben worden sei, habe er die Bank im Irrtum bestärkt, er sei an dem Geld berechtigt. Er habe innert vier Tagen nach der Falschbuchung den Betrag von 15.7 Mio. US-Dollar auf verschiedene Konti im In- und Ausland transferiert und das Geld der B._ nicht zurückerstattet. B. Am 2. Dezember 2011 verfügte die Staatsanwaltschaft gegenüber der C._ unter anderem die Herausgabe von Bankunterlagen und eine Sperre des Kontos der A._ im Umfang von Fr. 640'000.-- (entsprechend EUR 520'000.--), weil konkrete Hinweise darauf bestünden, dass vom Konto der Gesellschaft von AX._ bei der B._ wenige Tage nach der Falschbuchung ein Betrag von EUR 516'024.69 auf das Konto der A._ bei der C._ überwiesen worden sei und weil anzunehmen sei, dass diese Vermögenswerte durch strafbare Handlungen erlangt worden seien. In Ergänzung zur Verfügung vom 2. Dezember 2011 ordnete die Staatsanwaltschaft am 16. Januar 2012 die Sperrung sämtlicher angelegter oder verwalteter Vermögenswerte bei der C._ an, an denen die A._ alleine oder gemeinsam mit Dritten berechtigt sei. C. Die A._ erhob gegen die Verfügungen der Staatsanwaltschaft vom 2. Dezember 2011 und vom 16. Januar 2012 Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zürich. Die Staatsanwaltschaft führte im obergerichtlichen Verfahren aus, am 25. November 2011 sei ein Betrag von EUR 1'499'958.68 auf das Konto der A._ bei der C._ überwiesen worden. Es bestehe der Verdacht, dass dieser Betrag aus dem Vermögen stamme, welches AX._ nach der Falschbuchung zunächst auf ein Konto im Ausland überwiesen habe. Mit Beschluss vom 28. August 2012 wies das Obergericht die Beschwerde der A._ ab, soweit es darauf eintrat. D. Gegen den Beschluss des Obergerichts vom 28. August 2012 hat die A._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid und die Sperre ihres Kontos bei der C._ seien aufzuheben. Eventualiter sei die Kontosperre auf einen Betrag von Fr. 640'000.-- (entsprechend EUR 520'000.--) zu beschränken. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Mit Eingabe vom 7. Februar 2013 hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest. E. Am 27. Februar 2013 hat die Staatsanwaltschaft neue Akten eingereicht und dem Bundesgericht mitgeteilt, daraus ergebe sich eine neue Sachverhaltsdarstellung hinsichtlich der Herkunft der gesperrten EUR 1'499'958.68.--.