Sachverhalt: A. Nachdem es die ProTIP Personalvorsorgestiftung (im Folgenden: ProTIP) abgelehnt hatte, die von H._ geforderte Austrittsleistung an eine neue Vorsorgeeinrichtung zu überweisen, liess dieser am 12. November 2004 beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Vorsorgeeinrichtung Klage einreichen. Er beantragte, die ProTIP sei zu verpflichten, ihm eine Freizügigkeitsleistung in gerichtlich zu bestimmender Höhe (mindestens Fr. 373'159.95), zuzüglich Zins zu 5 % auf ein Konto bei der Pensionskasse X._ zu überweisen. Das Sozialversicherungsgericht, bei welchem drei weitere analoge Klagen eingegangen waren, vereinigte die vier Prozesse mit Verfügung vom 12. Juli 2005. Mit Entscheid vom 16. März 2009 verpflichtete es die ProTIP in teilweiser Gutheissung der Klage, die von H._ eingebrachte Freizügigkeitsleistung von Fr. 162'517.10 auf das auf seinen Namen geführte Konto bei seiner derzeitigen Vorsorgeeinrichtung zu übertragen, zuzüglich Zins zu 5 % seit 12. November 2004. B. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Hauptantrag, unter teilweiser Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die ProTIP zu verpflichten, ihm die Freizügigkeitsleistung in gerichtlich festgestellter Höhe, mindestens jedoch Fr. 373'159.95, zuzüglich Verzugszins von 5 % seit 30. September 2004, an die Sammelstiftung Y._, Vertrag Nr. ..., eventuell auf ein neu zu eröffnendes Freizügigkeitskonto, zu überweisen. Ferner lässt H._ verschiedene Eventualanträge stellen. Die ProTIP lässt zur Hauptsache auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen äussert sich zum Rechtsstreit, ohne einen Antrag zu stellen.