A.- Mit Verfügung vom 9. August 1994 liess die Erziehungsdirektion (heute: Bildungsdirektion) des Kantons Zürich die Schule X._ als Sonderschule im Einzelfall für C._ (geb. 1986) für das Schuljahr 1994/95 zu, worauf die Invalidenversicherung Sonderschulbeiträge leistete. Mit Verfügung vom 19. Juli 1996 erteilte die Erziehungsdirektion der Schule rückwirkend die Zulassung auch für das Schuljahr 1995/96. Hierauf sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich C._ mit Verfügung vom 30. Juli 1996 Sonderschulmassnahmen "weiterhin bis Ende Schuljahr 1998/1999" zu. Mit Verfügung vom 18. März 1998 hob die IV-Stelle die Verfügung vom 30. Juli 1996 wiedererwägungsweise auf und hielt fest, dass für den Besuch der Primarstufe an der Schule X._ keine Sonderschulbeiträge geleistet würden, solange diese Institution keine Zulassung vorweisen könne. B.- Auf Beschwerde der Eltern von C._ hin sistierte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich das Verfahren bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheides betreffend Zulassung der Schule X._ als Sonderschule. Nachdem das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) mit Verfügung vom 17. August 1999 und auf Beschwerde der Schule hin das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) mit rechtskräftig gewordenem Entscheid vom 15. Juni 2000 die Zulassung der Schule abgelehnt hatten, wies das kantonale Gericht die Beschwerde der Eltern von C._ mit Entscheid vom 21. Februar 2001 ab. C.- Die Eltern führen Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der kantonale Entscheid und die Wiedererwägungsverfügung vom 18. März 1998 seien aufzuheben. Eventuell sei die Bildungsdirektion des Kantons Zürich anzuweisen, die Schule X._ als Sonderschule für C._ zuzulassen. Subeventuell sei den Eltern das rechtliche Gehör zu gewähren. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das BSV auf eine Vernehmlassung verzichtet.