Sachverhalt: A. Am 22. Januar 2001 stellte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine besoldungsmässige Diskriminierung der beim Kanton Zürich angestellten Krankenpflegenden gegenüber den kantonalen Polizisten fest. Daraufhin gelangten verschiedene Berufsorganisationen aus dem Gesundheitsbereich an die Stadt Zürich. Sie machten geltend, auch die Einreihung der städtischen Krankenpflegenden und weiterer Berufe im Gesundheitswesen sei diskriminierend und verlangten Lohnnachzahlungen für die letzten fünf Jahre. Nachdem die Stadt Zürich die Begehren abgewiesen hatte, gelangten die Berufsorganisationen an den Bezirksrat Zürich. Dieser hiess den Rekurs teilweise gut und stellte fest, dass die Entlöhnung der Krankenpflegenden, Unterrichtsassistenten und Kliniklehrer in der Zeit vom 1. Januar 1997 bis zum 30. Juni 2002 gegen Art. 8 Abs. 3 BV und Art. 3 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz [GlG; SR 151.1]) verstossen habe. Er hielt eine Anhebung um je zwei Besoldungsklassen für geboten, um eine diskriminierende Entlöhnung zu vermeiden. Mit Entscheid vom 20. Dezember 2006 bestätigte das Verwaltungsgericht den bezirksrätlichen Entscheid im Wesentlichen. Das Bundesgericht wies die dagegen erhobenen Beschwerden ab (Urteil 2A.97 und 98/2007 vom 20. November 2007). B. Auf den 1. Juli 2002 setzte der Stadtrat von Zürich die Verordnung über das Arbeitsverhältnis des städtischen Personals vom 28. November 2001 (Personalrecht; PR) sowie die entsprechenden Ausführungsbestimmungen vom 27. März 2002 (AB PR) in Kraft. Damit führte die Stadt Zürich ein neues Lohnsystem ein, das unter anderem im Pflegebereich zu besser entlöhnten Einreihungen führte. Nach dem neuen Besoldungssystem richtet sich der Lohn der städtischen Angestellten im Wesentlichen nach dem Schwierigkeitsgrad der Funktion, der nutzbaren Erfahrung und dem Leistungsbeitrag (Art. 47 PR). Jede Stelle ist aufgrund der betreffenden Funktionsumschreibung einer von 18 Funktionsstufen (FS 1-18) zuzuordnen (Art. 48 ff. PR). Jeder Funktionsstufe wird gemäss einer Lohnskala ein Jahreslohn als Mittelwert zugeordnet, wobei sich die konkreten Löhne der Angestellten innerhalb eines von diesem Mittelwert abhängigen Lohnbands bewegen. Die Bandbreite des Lohnbands beträgt +/-5 %, ausgehend vom Mittelwert (Art. 52 PR). Die Zunahme an nutzbarer Erfahrung führt innerhalb einer Funktionsstufe in 15 Schritten zu einem Lohnanstieg von höchstens 22.5 % (Art. 52 Abs. 3 PR). C. X._ arbeitet seit Oktober 1989 als Leiterin der Fachweiterbildung Anästhesie im Stadtspital Triemli. Gestützt auf die neurechtlichen Personalbestimmungen wurde sie per 1. Juli 2002 in die Funktionsstufe 10 der Funktionskette 308 überführt; als nutzbare Erfahrung wurden ihr 9 Jahre angerechnet; die Lage im Lohnband betrug 95 % des Mittelwertes (Verfügung vom 27. Oktober 2003). Dadurch wurde ihr bisheriger Jahreslohn von jährlich Fr. 100'983 um 7.75 % auf Fr. 108'812 angehoben. Auf Einsprache von X._ rechnete der Stadtrat Zürich ihr rückwirkend per 1. Juli 2002 neu 10 Jahre nutzbare Erfahrung an. Im Übrigen liess er die Einreihung unverändert (Beschluss vom 8. Februar 2006). Dadurch erhöhte sich der Jahreslohn auf Fr. 110'189. D. Mit Rekurs an den Bezirksrat Zürich verlangte X._ per 1. Juli 2002 die Einreihung in Funktionsstufe 11, unter Anrechnung einer nutzbaren Erfahrung von 13 Jahren; zudem sei die Lage im Lohnband auf 100 % festzulegen. Am 30. August 2007 hiess der Bezirksrat den Rekurs teilweise gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Stadt Zürich zurück, um X._ nach Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids bezüglich ihres Lohns im alten Lohnsystem nochmals per 1. Juli 2002 ins neue Lohnsystem überzuleiten. Aus den Erwägungen ergibt sich, dass der Antrag auf Einreihung in Funktionsstufe 11 gutgeheissen, derjenige auf Anrechnung einer nutzbaren Erfahrung von 13 Jahren abgewiesen wurde; keine abschliessende Anordnung traf der Bezirksrat betreffend die prozentuale Lage im Lohnband. E. Gegen diesen Beschluss gelangten sowohl die Stadt Zürich als auch X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. X._ wandte sich gegen die Rückweisung der Angelegenheit durch den Bezirksrat und beantragte ihre Einreihung in die Funktionsstufe 11, nutzbare Erfahrung 10 Jahre, Lage im Lohnband 100 %. Die Beschwerde der Stadt Zürich richtete sich gegen die Einreihung in die Funktionsstufe 11 und die Vorgaben des Bezirksrats hinsichtlich der Platzierung im Lohnband. Am 9. Juli 2008 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde insoweit gut, als es die angeordnete Rückweisung an die Stadt Zürich aufhob. Im Übrigen wies es die Beschwerden ab. Es bestimmte, dass X._ in Abänderung der Verfügung des Direktors des Stadtspitals Triemli vom 27. Oktober 2003 sowie des Einspracheentscheids des Stadtrates vom 8. Februar 2006 rückwirkend per 1. Juli 2002 unter Anrechnung einer nutzbaren Erfahrung von 10 Jahren und einer Lage im Lohnband von 95 % des Mittelwertes in die Funktionsstufe 11 eingereiht werde. Dies ergibt einen Jahreslohn per 1. Juli 2002 von rund Fr. 120'550. F. Dagegen hat X._ am 12. September 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und eventualiter subsidiäre Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, Ziff. 1 und 4 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben und sie sei ab dem 1. Juli 2002 in die Funktionsstufe 11, nutzbare Erfahrung 10 Jahre, Lage im Lohnband 100 %, einzureihen. Dies entspricht einem Jahreslohn von Fr. 126'896. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Stadt Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Eidgenössische Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann (EBG) hat auf eine Stellungnahme im vorliegenden Fall verzichtet und verweist sinngemäss auf die von ihm vorgebrachten Argumente in den konnexen Fällen 1C_54, 56, 58, 60, 62, 68 und 338/2008. Dort hatte das EBG die Gutheissung der Beschwerden beantragt. In ihrer Replik vom 29. Januar 2009 hielt die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.