Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 22. September 2005, bestätigt durch Einspracheentscheid vom 20. September 2006, stellte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) sämtliche Versicherungsleistungen per 31. März 2005 ein, welche sie dem 1948 geborenen J._ für die Folgen eines Unfalles vom 3. Januar 2003 erbracht hatte. B. Gegen den seinem Rechtsvertreter am 25. September 2006 zugestellten Einspracheentscheid vom 20. September 2006 liess J._ am 10. Januar 2007 Beschwerde erheben, auf welche das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich infolge versäumter Beschwerdefrist nicht eintrat (Entscheid vom 21. März 2007). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt J._ beantragen, der kantonale Entscheid sei aufzuheben, die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese sei anzuweisen, auf die Beschwerde vom 10. Januar 2007 einzutreten. Sowohl die SUVA als auch das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.