Sachverhalt: A. Die kantonale Arbeitslosenkasse St. Gallen richtete der Firma X._ AG für die Monate Januar bis Dezember 2009 Kurzarbeitsentschädigung aus. Ab Januar 2010 beantragte der Firmeninhaber Dr. W._ für das Personal der Firma X._ AG eine Weiterführung der Kurzarbeit unter seiner zweiten Firma Y._ AG, welches in identischer Besetzung auch für diese Unternehmung arbeitete (Schreiben vom 1. Februar 2010). Die Arbeitslosenkasse zahlte der Firma Y._ AG daraufhin für die Monate Januar bis Mai 2010 Kurzarbeitsentschädigung aus. Nach Überprüfung der Rechtmässigkeit dieser Leistungen verfügte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) am 8. Juni 2010 die Rückforderung unrechtmässig bezogener Versicherungsleistungen in der Höhe von Fr. 89'971.75, da die wirtschaftlich bedingten Ausfallstunden nicht überprüfbar seien. Daran hielt es auf Einsprache hin fest (rechtskräftiger Einspracheentscheid vom 22. Juni 2010). Das Amt für Arbeit des Kantons St. Gallen lehnte verfügungsweise am 27. August 2010 ein Gesuch der Firma X._ AG um Erlass der Rückerstattung mangels guten Glaubens ab, was es mit Einspracheentscheid vom 14. März 2011 bestätigte. B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 21. Dezember 2011 ab. C. Die Firma Y._ AG lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die Sache zur Beurteilung der grossen Härte an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Amt für Arbeit des Kantons St. Gallen, das kantonale Versicherungsgericht sowie das SECO haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.