Sachverhalt: A. A.a A._, geboren 1952, war zuletzt vom 16. Juli 1998 bis 31. April 2004 als Bauarbeiter bei der Firma R._ AG angestellt (letzter effektiver Arbeitstag: 22. Mai 2001). Am 6. Juni 2001 erlitt er einen Nichtbetriebs-Unfall, bei welchem er sich am rechten Bein verletzte (Pilon-tibiale-Fraktur; Operationsbericht des Spitals X._ vom 3. Juli 2001). Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher A._ obligatorisch gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. Am 11. Juli 2002 meldete sich A._ unter Hinweis auf den Unfall bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit) an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau zog die Akten der SUVA bei und führte erwerbliche Abklärungen durch. Am 14. Oktober 2003 verfügte die IV-Stelle die Gewährung von Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Am 24. Oktober 2003 teilte die SUVA A._ mit, sie schliesse den Schadenfall unter Übernahme der bisherigen Heilkosten grundsätzlich ab, wobei sie für die lebenslänglich notwendigen Kompressionsstrümpfe sowie die modifizierten Schuhe und Schuheinlagen weiterhin aufkomme. Vom 1. Dezember 2003 bis 12. März 2004 fand eine von der IV-Stelle veranlasste berufliche Abklärung in der Stiftung W._ für Behinderte statt (Abklärungsbericht vom 22. März 2004). Mit Verfügung vom 28. Mai 2004 sprach die SUVA A._ ab 1. Februar 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 38 % sowie eine Integritätsentschädigung von Fr. 21'360.- bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache des A._ hiess die SUVA mit Einspracheentscheid vom 8. September 2004 bezüglich des Invaliditätsgrades teilweise gut und erhöhte die Rente auf 39 %. Die übrigen Einsprachebegehren wies sie ab. Mit Verfügung vom 17. September 2004 wies das AWA Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Aargau den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung des A._ wegen fehlender Vermittlungsfähigkeit ab 1. Juni 2004 ab. Am 29. September 2004 verfügte die IV-Stelle die Abweisung des Anspruchs auf berufliche Massnahmen. Mit Verfügungen vom 7. Oktober 2005 sprach die IV-Stelle A._ eine befristete ganze Rente vom 1. Juni 2002 bis 31. Januar 2004 zu. Nachdem A._ hiegegen hatte Einsprache erheben lassen, holte die IV-Stelle einen Bericht ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Dr. med. G._) vom 27. Dezember 2005 ein und veranlasste ein versicherungspsychiatrisches Gutachten beim Institut Z._ vom 24. Mai 2006. Nach Eingang einer erneuten Stellungnahme des RAD-Arztes Dr. med. G._ vom 8. Juni 2006 wies die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 31. August 2006 die Einsprache ab, soweit sie nicht bereits gegenstandslos geworden war. A.b Am 23. November 2007 liess A._ einen Bericht des Dr. med. S._, Oberarzt der Psychiatrischen Dienste, vom 13. November 2007 ins Recht legen. Die IV-Stelle nahm diese Eingabe als Neuanmeldung entgegen und trat darauf ein. Nach Eingang einer Beurteilung dieses Berichtes durch RAD-Arzt Dr. med. G._ vom 6. Februar 2008 und durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte die IV-Stelle am 2. Juli 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des A._ wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 11. März 2009 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer 3/4-Rente beantragen. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Mit Eingabe vom 2. Juni 2009 legt er - nebst Unterlagen bezüglich seiner finanziellen Situation - einen Bericht des Dr. med. H._, Allgemeine Medizin FMH, vom 9. Mai 2009 ins Recht.