Sachverhalt: A. Die Bank Z._ AG (nachfolgend Z._ oder Beschwerdegegnerin) gewährte der SAirGroup (nachfolgend SAir oder Beschwerdeführerin) seit 1999 einen Geldmarktkredit (Money Market Line). Im August 2000 wurde der Kredit mit maximal Fr. 50 Mio. weitergeführt bis 15. November 2000, dann bis 15. Februar und anschliessend bis 15. Mai 2001 um jeweils drei Monate verlängert. Danach wurde der Kredit um weitere zwei Wochen und ab dem 29. Mai jeweils tageweise verlängert. Mitte Juni verlangte Z._ die Rückzahlung des Kredits. Mit Schreiben vom 28. Juni offerierte sie zwar eine Verlängerung über den 29. Juni hinaus für einen weiteren Monat, allerdings nur gegen den auf Kosten der SAir erfolgenden Abschluss eines Credit Default Swap als Sicherung. Weil die SAir am Markt keinen Credit Default Swap zu kaufen vermochte und Z._ deshalb nicht mehr zu einer Kreditverlängerung bereit war, leistete die SAir am 29. Juni die vollständige Rückzahlung im Umfang von Fr. 50'006'388.90 (Kreditsumme nebst Zinsen). Auf Gesuch vom 4. Oktober 2001 hin wurde der SAir am Folgetag die provisorische Nachlassstundung bewilligt, welche später in eine definitive umgewandelt wurde. Am 20. Juni 2003 wurde der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung vom 26. Juni 2002 gerichtlich bestätigt. B. Mit Klage vom 18. November 2005 verlangte die SAir gestützt auf Art. 288 SchKG die Verurteilung der Z._ zu einer Zahlung von Fr. 50'006'388.90 zuzüglich Zins zu 5% seit dem 20. Juni 2005. Mit Klageantwort vom 27. März 2006 schloss jene auf Klageabweisung. Mit Urteil vom 26. November 2007 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab. Die hiergegen erhobene Nichtigkeitsklage der SAir wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 22. Dezember 2008 ab, soweit es darauf eintrat. C. Gegen diese beiden Urteile hat die SAir am 13. Februar 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um deren Aufhebung und um Verpflichtung der Z._ zur Zahlung von Fr. 50'006'388.90 zuzüglich Zins zu 5% seit dem 20. Juni 2005, eventuell um Rückweisung der Sache an das Handelsgericht. In ihrer Vernehmlassung vom 2. April 2009 verlangt Z._ die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, eventualiter die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht. Beide kantonalen Instanzen verzichten auf eine Vernehmlassung. D. Am 11. Mai 2009 ging die Z._ in der Bank X._ AG auf. Nach deutschem Umwandlungsrecht ist damit das Vermögen der Z._ einschliesslich der Verbindlichkeiten auf die Bank X._ AG übergegangen.