Sachverhalt: A. Mit Kaufvertrag vom 30. März 2000 - eingetragen im Grundbuch am 3. April 2000 - erwarben A. und B.X._ je hälftig zu Miteigentum eine 5 1/2-Zimmerwohnung in Hergiswil für Fr. 1'500'000.-- zum Eigengebrauch. Dabei wurde der Übergang von Nutzen und Schaden auf den 1. Juli 2001 festgelegt. Nach viermonatigen Umbauarbeiten konnte die Eigentumswohnung am 1. Dezember 2001 bezogen werden. Das vorher bewohnte Eigenheim in der Wohn- und Geschäftsliegenschaft "W._" in Sarnen vermietete der Alleineigentümer A.X._ ab dem 1. Dezember 2001 an einen Dritten. Am 15. März 2004 - eingetragen im Grundbuch unter dem gleichen Datum - verkaufte er die Wohn- und Geschäftsliegenschaft zum Preis von Fr. 2'475'000.-- an die V._ AG. B. Mit Verfügung vom 10. Dezember 2004 veranlagte die kantonale Steuerverwaltung Obwalden für den Verkauf des "W._" einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 1'532'300.-- und eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 251'583.40. Die hiegegen erhobene Einsprache hiess die kantonale Steuerverwaltung mit Entscheid vom 28. April 2005 teilweise gut, indem sie den Grundstückgewinn um Fr. 17'200.-- auf Fr. 1'515'100.-- und damit die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 248'717.15 herabsetzte. Den beantragten teilweisen Steueraufschub wegen Ersatzbeschaffung des selbstgenutzten Wohneigentums lehnte sie jedoch ab. Die anschliessend im Kanton eingereichten Rechtsmittel blieben erfolglos. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. März 2008 beantragen A. und B.X._ dem Bundesgericht, das in dieser Sache zuletzt ergangene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Obwalden vom 28. Januar 2008 aufzuheben und den Steueraufschub "für 47% des Wertes" der Wohnliegenschaft "W._" zu gewähren; die Sache sei zur Neubeurteilung (recte: Neuberechnung) an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter sei festzustellen, dass die ersetzte Liegenschaft "innerhalb angemessener Frist" verkauft worden sei. D. Die kantonale Steuerverwaltung Obwalden verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden beantragt die Abweisung der Beschwerde. E. Mit Verfügung vom 9. April 2008 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das mit Beschwerdeeinreichung gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.