Sachverhalt: A. Die X._ AG baut auf dem in einer Abbauzone gelegenen Grundstück GB Zell Nr. 1400 im Gebiet Zeller Allmend gestützt auf verschiedene bau- und waldrechtliche Bewilligungen Kies ab. Im Juli 2006 verlangte Y._, Eigentümerin des angrenzenden Grundstücks GB Zell Nr. 434, beim Gemeinderat Zell unter anderem einen Baustopp und die Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands. Sie machte geltend, im Bereich ihrer Grundstücksgrenze habe die X._ AG entlang des Abbaurands der Kiesgrube unrechtmässig einen Erdwall- und damm errichtet. Der Gemeinderat wies die Anträge mit Entscheid vom 27. Februar 2007 ab. Vom 2. bis 23. April 2007 wurde ein "Projektoptimierungsgesuch" der X._ AG öffentlich aufgelegt, das unter anderem auf eine Anpassung der Endgestaltung der Kiesgrube abzielt und auch den genannten Erdwall betrifft. Eine von Y._ gegen den Entscheid der Gemeinde vom 27. Februar 2007 erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 16. Oktober 2007 gut. Es hob den kommunalen Entscheid auf und wies die Sache zur Durchführung eines förmlichen Baubewilligungsverfahrens mit öffentlicher Auflage über den umstrittenen Erdwall an die Gemeinde zurück. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. November 2007 beantragt die X._ AG im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 16. Oktober 2007 sei aufzuheben und die mit der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde gestellten Rechtsbegehren seien abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Sie macht insbesondere geltend, beim umstrittenen Erdwall handle es sich um ein temporäres Materialdepot im Zusammenhang mit dem Kiesabbau, welches in der rechtskräftigten Abbauzone nicht gesondert bewilligt werden müsse. Der Erdwall schütze im Übrigen die Nachbarn vor den Immissionen des Kiesabbaus und liege somit auch im öffentlichen Interesse. Die vom Verwaltungsgericht statuierte Bewilligungspflicht sei mit dem Bundesrecht nicht vereinbar. Das Verwaltungsgericht und die Beschwerdegegnerin schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Zell weist in ihrer Stellungnahme auf weitere Verfahren betreffend den Kiesabbau im Gebiet Zeller Allmend hin und beantragt die Gutheissung der vorliegenden Beschwerde. C. Mit Verfügung vom 14. Januar 2007 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ein Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass während dem hängigen bundesgerichtlichen Verfahren einstweilen kein Baubewilligungsverfahren für den umstrittenen Erdwall durchzuführen ist. Im Übrigen hat er das Gesuch abgewiesen.