Sachverhalt: A. X._ wird vorgeworfen, zusammen mit A._ und B._ am 4. Mai 2008 um 03.05 Uhr in einem Nachtclub in Rümlang den späteren Geschädigten C._ mit einem Messer bedroht und in den Bauch gestochen zu haben. Der Geschädigte musste sich in Spitalpflege begeben. X._ ist geständig, den Geschädigten mit einem Messer gestochen zu haben, macht aber geltend, er sei von einer Gruppe von Männern, worunter sich der Geschädigte befunden habe, tätlich angegangen worden. In der Folge soll X._ um 03.40 Uhr in einem Nachtclub in Zürich wiederum zusammen mit A._ und B._ den späteren Geschädigten D._ mit einem Messer in den Flankenbereich gestochen haben. Der Geschädigte wurde danach im Universitätsspital Zürich stationär behandelt. X._ ist geständig, den Geschädigten mit einem Messer gestochen zu haben, macht aber geltend, der Geschädigte habe ihn mit einem Stein angegriffen. X._ befindet sich seit dem 7. Mai 2008 in Untersuchungshaft. Es wird gegen ihn wegen versuchter schwerer Körperverletzung ermittelt. Mit Verfügung vom 7. August 2008 bewilligte der Haftrichter des Bezirksgerichts Dielsdorf die Verlängerung der Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr. Die dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil 1B_230/2008 vom 25. August 2008 ab. Auf Antrag der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich, Gewaltdelikte, verlängerte der mittlerweile zuständige Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich, am 5. November 2008 die Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr bis zum 7. Februar 2009. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung der haftrichterlichen Verfügung vom 5. November 2008 und die Entlassung aus der Untersuchungshaft. Ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im Verfahren vor Bundesgericht. C. Der Haftrichter und der zuständige Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich, Gewaltdelikte, haben auf Vernehmlassung verzichtet.