Sachverhalt: A. A.a X._ reichte am 14. Juni 2002 ein Baugesuch für ein Wohn- und Geschäftshaus ein, das Bestandteil einer grösseren Überbauung mit Einstellhalle bildete und auf seinem Grundstück Nr. 48 in Hünenberg/ZG errichtet wurde. Mit Verfügung vom 15. Juli 2002 erteilte das Tiefbauamt des Kantons Zug die Bewilligung für die Erstellung einer - der Gesamtüberbauung dienenden - Einmündung in die Kantonsstrasse zwecks Zufahrt zu den Grundstücken, worunter zu demjenigen von X._. Am 6. Oktober 2003 bewilligte die Abteilung Bau und Planung der Gemeinde Hünenberg einen nachträglich eingereichten Umgebungsplan, auf dem unter anderem nördlich des Wohn- und Geschäftshauses von X._ angrenzend an die Kantonsstrasse ein Schotterrasenplatz eingezeichnet war. Dieser wurde später als Parkplatz genutzt bzw. zeitweise als solcher vermietet. A.b Mit Schreiben vom 9. Mai 2011 teilte die Abteilung Bau und Planung der Gemeinde Hünenberg X._ mit, festgestellt zu haben, dass die Fläche des ursprünglichen Schotterrasenplatzes eingekiest und teilweise mit Gittersteinen belegt worden sei. Dadurch bestehe die Möglichkeit der Nutzung als Parkplatz, was bewilligungspflichtig sei und der Zustimmung des Kantons bedürfe. Am 16. Mai 2011 reichte X._ eine entsprechende Bauanzeige für einen bereits erstellten Aussenparkplatz ein. Mit Schreiben vom 26. Mai 2011 teilte das kantonale Tiefbauamt der Gemeinde mit Blick auf die als gefährlich beurteilte Einmündung auf die Kantonsstrasse einen negativen Vorentscheid mit. In der Folge verweigerte der Gemeinderat Hünenberg am 4. Oktober 2011 die beantragte Baubewilligung und ordnete an, den widerrechtlich erstellten Aussenparkplatz innert sechs Monaten nach Rechtskraft des Baubewilligungsentscheides zu entfernen bzw. ihn baulich so umzugestalten, dass er nicht mehr angefahren werden könne. A.c Mit Beschluss vom 31. Januar 2011 wies der Regierungsrat des Kantons Zug eine dagegen erhobene Beschwerde ab. B. X._ führte dagegen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug, dessen verwaltungsrechtliche Kammer die Beschwerde am 31. Mai 2012 abwies. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 17. August 2012 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen; subeventuell sei zumindest die Auflage betreffend Verbauung der Zufahrt aufzuheben. Zur Begründung wird im Wesentlichen eine Gehörsverletzung wegen ungenügender Begründung des verwaltungsgerichtlichen Urteils sowie die Unverhältnismässigkeit der Anordnung über die Verbauung der Zufahrt geltend gemacht. D. Der Gemeinderat Hünenberg beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Baudirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zug schliessen auf Abweisung der Beschwerde. E. X._ hat sich am 14. Januar 2013 nochmals zur Sache geäussert.