Sachverhalt: A. Am 16. November 2007 erliess die Eidgenössische Bankenkommission (EBK; heute: Eidgenössische Finanzmarktaufsicht FINMA) mit superprovisorischer Verfügung eine vorsorgliche Massnahme (Einsetzung eines Untersuchungsbeauftragten) gegen X._ und seine Einzelfirma A._, Zug, sowie seine Gesellschaft B._ AG, Zug. Mit Verfügung vom 24. Januar 2008 stellte die EBK Verstösse gegen das Bankengesetz und das Börsengesetz sowie eine Überschuldung fest und eröffnete über die A._ sowie die B._ AG den Konkurs. Diese Verfügung erwuchs in Rechtskraft. Das gegen X._ eröffnete Verwaltungsstrafverfahren wegen Verdachts auf Widerhandlung gegen das Anlagefonds- und Börsengesetz sowie gegen das Bankengesetz wurde mit Entscheiden vom 21. September 2009 bzw. 27. April 2010 des Eidgenössischen Finanzdepartements (EFD) eingestellt, da ihm kein strafrechtlich relevantes Verhalten vorgeworfen werden konnte. B. Mit Schreiben vom 31. März 2011 an das EFD verlangte X._ vom Bund Schadenersatz in der Höhe von Fr. 20'400'000.-- und Genugtuung in der Höhe von Fr. 300'000.--, da die Verfügungen der EBK zu Unrecht ergangen seien und ihn wirtschaftlich ruiniert hätten. Gegen den abweisenden Bescheid des EFD vom 29. August 2011 erhob X._ am 26. September 2011 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht und beantragte die unentgeltliche Rechtspflege sowie einen unentgeltlichen Rechtsbeistand. Das Bundesverwaltungsgericht lehnte das Gesuch von X._ um Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes zunächst ab; mit Urteil 2C_179/2012 vom 17. April 2012 stellte das angerufene Bundesgericht fest, dass der Beschwerdeführer im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung habe. In der Folge konkretisierte der nun vertretene X._ seine Anträge dahin gehend, der Bund sei zu verpflichten, ihm Schadenersatz von Fr. 6'287'390.-- zuzüglich Zinsen von 5 % von Fr. 4'854'000.-- seit dem 16. November 2007 oder einen höheren, nach gerichtlichem Ermessen festzusetzenden Betrag zu zahlen. Nach Durchführung einer öffentlichen Parteiverhandlung hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 7. Januar 2013 die Beschwerde in Bezug auf die Auferlegung einer Entscheidgebühr gut (Ziff. 1), wies im Übrigen aber die Beschwerde in der Hauptsache ab (Ziff. 2). C. X._ erhebt mit Eingabe vom 11. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, Ziff. 2 des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und die Angelegenheit zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei ihm im Sinne eines Zwischenentscheides die unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung zu gewähren. Auf die Anordnung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.