Ermächtigung zur Strafverfolgung, hat sich ergeben: A.-R._ erlitt am 26. August 1997 bei einem Sturz vom Heuboden eine Rückenverletzung (LWK 1-Kompressionsfraktur). In der Folge wurde er vom 22. Oktober 1997 bis zum 12. November 1997 und erneut vom 28. Januar 1998 bis zum 11. März 1998 in der Rehabilitationsklinik Bellikon therapiert. Am 5. Mai 1998 wurde er vom SUVA-Kreisarzt Dr. med. H._ zur Prüfung der Arbeitsfähigkeit und des weiteren Vorgehens untersucht. Der Arzt gelangte dabei zum Ergebnis, dass für den Patienten eine 50%-ige Arbeitstätigkeit zumutbar sei, allerdings nur für Tätigkeiten mit Wechselbelastung und ohne das Tragen von Gewichten über maximal 10 bis 15 Kilogramm. Die Abschlussuntersuchung vom 24. September 1998 führte zum Schluss, dass für den Patienten Tätigkeiten mit Schlägen und Vibrationen auf die Wirbelsäule nicht mehr zumutbar seien; das Tragen von Lasten sei auf maximal 15 Kilogramm anzusetzen; sitzende Tätigkeiten mit guter Sitzposition seien zumutbar unter Einhaltung der Möglichkeit einer Wechselbelastung; andere Einschränkungen seien mit der Fraktur nicht gegeben. Gestützt auf diese Arztberichte sprach die SUVA R._ mit Verfügung vom 23. Juni 1999 aufgrund einer Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit von 15 % eine Invalidenrente von Fr. 455.-- pro Monat und eine Integritätsentschädigung von Fr. 9'720.-- zu. Demgegenüber erhielt er von der Invalidenversicherung aufgrund eines Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) Zentralschweiz vom 2. September 1999, wonach eine berufliche Wiedereingliederung des Versicherten nicht mehr möglich sei, eine volle Invalidenrente. B.- Am 13. Januar 2000 erhob R._ beim Amtsstatthalteramt Luzern Strafanzeige gegen Dr. H._ wegen Urkundenfälschung im Amt im Sinne von Art. 317 StGB bzw. Abgabe eines falschen Zeugnisses im Sinne von Art. 318 StGB. Zur Begründung berief er sich im Wesentlichen auf die Austrittsberichte der Rehabilitationsklinik Bellikon und das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle Zentralschweiz, die zu anderen Schlussfolgerungen gelangt seien als der Beschuldigte; daraus ergebe sich, dass dieser ein krass einseitiges, ja skandalöses Gutachten abgegeben habe. Am 6. Juli 2000 verfügte das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement, die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Dr. H._ werde nicht erteilt. C.- Gegen diese Verfügung hat R._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, sie sei aufzuheben und die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Dr. H._ sei zu erteilen. Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement und Dr. H._ beantragen in ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde.