Sachverhalt: A. In der von der Stiftung S._ gegen die X._ AG in A._ eingeleiteten Betreibung Nr. 1 erliess das Betreibungsamt Z._ am 9. Oktober 2008 die Konkursandrohung. Diese wurde der X._ AG am 15. Oktober 2008 zugestellt. B. Mit einer vom 21. Oktober 2008 datierten und am 22. Oktober 2008 der Post übergebenen Eingabe, die nicht unterzeichnet war, erhob die X._ AG beim Einzelrichter in Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden als kantonaler Aufsichtsbehörde Beschwerde gegen die Konkursandrohung. Am 23. Oktober 2008 erliess der Einzelrichter eine Verfügung, worin er die X._ AG auf die fehlende Unterschrift und daneben auch darauf aufmerksam machte, dass die Eingabe ungenügend begründet sei, und sie auf die Möglichkeit hinwies, innert der durch die Zustellung der Konkursandrohung ausgelösten Beschwerdefrist von zehn Tagen eine verbesserte Beschwerdeschrift einzureichen. Eine neue Eingabe ging bei der kantonalen Aufsichtsbehörde hierauf nicht ein. Am 3. November 2008 erkannte der Einzelrichter, dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werde. In der in seinem Entscheid enthaltenen Rechtsmittelbelehrung wird erklärt, dass innert 30 Tagen ab Zustellung beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen eingereicht werden könne. C. Mit einer vom 1. Dezember 2008 datierten und am 3. Dezember 2008 zur Post gebrachten Eingabe führt die X._ AG Beschwerde in Zivilsachen. Vernehmlassungen zur Beschwerde sind nicht eingeholt worden. Die Sache ist anlässlich einer öffentlichen Sitzung vom heutigen Tag beraten worden.