Sachverhalt: A. Der Gemeindevorstand Klosters-Serneus erteilte am 31. März 2009 Y._ unter Auflagen und Bedingungen die Bewilligung für den Abbruch des bestehenden Mehrfamilienhauses auf Parzelle Nr. 474 und den Bau zweier neuer Mehrfamilienhäuser. Gleichzeitig wies er die gegen das Baugesuch eingereichte Einsprache von X._ ab. Dagegen erhob X._ am 9. Mai 2009 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses hiess das Rechtsmittel mit Urteil vom 28. Januar 2010 teilweise gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Zusammenfassend führte es aus, dass die Beschwerde hinsichtlich der teilweisen Verletzung des Grenzabstandes zur Parzelle Nr. 475 des Beschwerdeführers begründet sei. Diesbezüglich sei die Sache an die Gemeinde zurückzuweisen, damit sie darüber befinde, ob dieser Mangel mit einer Auflage in der Baubewilligung behoben werden könne. Auf eine gegen diesen Zwischenentscheid eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten trat das Bundesgericht mit Urteil 1C_141/2010 vom 8. März 2010 nicht ein, weil die Voraussetzungen von Art. 93 BGG nicht erfüllt waren. B. Am 12. August 2010 erliess der Gemeindevorstand eine Planungszone im Hinblick auf die Revision der Ortsplanung. Am 11. März 2011 reichte Y._ ein Projektänderungsgesuch ein, gegen welches X._ am 7. April 2011 Einsprache erhob. Der Gemeindevorstand gelangte mit Entscheid vom 19. Juli 2011 zum Schluss, dass die Baubewilligung vom 31. März 2009 vollumfänglich zu bestätigen sei, allerdings ergänzt mit der Auflage, dass die südwestliche Ecke von Haus A (Messpunkt 10) parallel zur Grenze von Parzelle Nr. 475 um 24 cm zurückzuversetzen sei. Weiter legte der Gemeindevorstand dar, der untergeordnete Mangel in der Baubewilligung vom 31. März 2009 bezüglich des Grenzabstands könne nicht dazu führen, dass das damals beurteilte Vorhaben der erst am 12. August 2010 (also rund 11⁄2 Jahre später) erlassenen Planungszone unterstellt werde. Hingegen unterstehe das Vorhaben der Planungszone, soweit nach dem Projektänderungsgesuch einzelne Wohnungsgrundrisse und -grössen geändert werden sollten. Da sich jedoch an der gesamten Bruttowohnfläche der Zweitwohnungen nichts ändere und auch die übrigen nachgesuchten Projektänderungen sowohl dem geltenden kommunalen Baugesetz als auch dem der Planungszone zugrunde liegenden Entwurf für ein neues Baugesetz entsprächen, könnten sie trotz der Planungszone bewilligt werden. Der Gemeindevorstand erteilte somit am 19. Juli 2011 die Baubewilligung für das geänderte Bauvorhaben und wies die Einsprache von X._ ab, soweit er darauf eintrat. Eine von X._ gegen die Baubewilligung vom 19. Juli 2011 erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit Urteil vom 13. Dezember 2011 ab. Es führt in seinem Urteil im Wesentlichen aus, die von der Gemeinde mittels Auflage verfügte Änderung des Projekts wegen des Grenzabstands bei Haus A (Messpunkt 10) unterstehe nicht der Planungszone, da es sich um eine Korrektur handle, die die Gemeinde auf Anordnung des Verwaltungsgerichts im Rückweisungsentscheid vom 28. Januar 2010 habe vornehmen müssen und die sich auf den damaligen Rechtszustand bezogen habe. Zudem handle es sich um eine derart untergeordnete Änderung, dass diese dem vorgesehenen neuen Recht gar nicht widersprechen könne. Sie sei deshalb zu Recht verfügt worden, was nicht ernsthaft bestritten werde. Die übrigen Projektänderungen habe die Gemeinde zu Recht der Planungszone unterstellt und deren baurechtliche Zulässigkeit nach neuem Recht zutreffend bejaht. Dies habe der Beschwerdeführer auch nicht ernsthaft bestritten. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. März 2012 beantragt X._, die Urteile des Verwaltungsgerichts vom 28. Januar 2010 und 13. Dezember 2011 seien aufzuheben und die Sache sei zur Aufhebung der Baubewilligung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In Bezug auf Urteil des Verwaltungsgerichts vom 28. Januar 2010 rügt der Beschwerdeführer Rechtsverletzungen bei der Messweise der Gebäudehöhe, hinsichtlich der Anwendung von Bestimmungen über die Sicherheit von Gebäuden und bei der Heilung von Mängeln mittels Nebenbestimmungen in der Baubewilligung. Zum Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. Dezember 2011 macht der Beschwerdeführer geltend, die kommunale Planungszone stehe der Realisierung des Vorhabens entgegen. Zudem könne das Vorhaben auch wegen des von Volk und Ständen am 11. März 2012 angenommenen Art. 75b BV nicht verwirklicht werden. D. Das Verwaltungsgericht und die Gemeinde Klosters-Serneus beantragen die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Denselben Antrag stellt der Beschwerdegegner. Der Beschwerdeführer hält in einer weiteren Eingabe an der Beschwerde fest. In weiteren Eingaben nehmen die Gemeinde Klosters-Serneus und der Beschwerdeführer zu einzelnen Punkten Stellung. Mit Eingabe vom 5. November 2012 ersucht die Bauherrschaft im Hinblick auf die Zweitwohnungsinitiative (Art. 75b BV mit Übergangsbestimmung Art. 197 Ziff. 9 BV) um Beurteilung der Beschwerde vor Ende 2012.