A.- Der 1957 geborene K._ meldete sich am 10. Mai 1996, nachdem er eine erste, am 14. August 1986 eingereichte Anmeldung am 30. Oktober 1987 zurückgezogen hatte, erneut wegen Rücken- und zeitweise auch Beinschmerzen zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Dr. med. S._ diagnostizierte in seinem Arztbericht vom 13./16. August 1996 ein chronisches Lumbovertebralsyndrom bei degenerativen und anamnestisch posttraumatischen Veränderungen der Wirbelsäule, anamnestisch arterielle Hypertonie, Nikotinabusus/Äthylabusus und Adipositas. Der Versicherte sei als Flohmarkthändler seit mindestens dem 12. April 1996 zu 75 % arbeitsunfähig. Bei einer allfälligen Umschulung sei zu berücksichtigen, dass er keine Lasten mehr heben könne, sodass an eine sitzende Tätigkeit zu denken sei. In einem am 20. Oktober 1997 von der MEDAS erstatteten Gutachten wurde zudem eine zyklothyme Persönlichkeit festgestellt und für die Tätigkeit als Flohmarkthändler unter Berücksichtigung der orthopädischen und psychiatrischen Aspekte eine Arbeitsunfähigkeit von 60 % ermittelt. Für rückenangepasste, wechselbelastende Tätigkeiten, wo nur das psychische Leiden beschränkend wirke, betrage die Arbeitsunfähigkeit 30 %. Der IV-Berufsberater berichtete am 18. November 1997, der Versicherte sei gewillt, seine Tätigkeit im Handel beizubehalten und schliesse berufliche Massnahmen sowie eine Arbeit im Angestelltenverhältnis aus. Mit Verfügung vom 29. Dezember 1997 lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen das Leistungsbegehren des Versicherten ab, nachdem sie bei einer zumutbaren Tätigkeit als Reprogehilfe gestützt auf ein Valideneinkommen von Fr. 55'900. - und ein Invalideneinkommen von Fr. 36'002. 40 einen Invaliditätsgrad von 36 % ermittelt hatte. B.- Beschwerdeweise liess K._ beantragen, die angefochtene Verfügung sei anhand der Ergebnisse, welche das noch vorgesehene Kernspintomogramm vom 27. Januar 1998 und die neurologische Untersuchung vom 2. Februar 1998 liefern würden, neu zu überprüfen. In ihrer Vernehmlassung vom 9. März 1998 wies die Verwaltung darauf hin, dass von der Anordnung beruflicher Massnahmen wegen mangelnder Kooperationsbereitschaft des Beschwerdeführers abgesehen worden sei. Dagegen brachte der Versicherte in seiner Replik vom 31. März 1998 vor, den Beruf des Reprofotografen gebe es nicht mehr. Zudem sei er seit bald zwei Jahren zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Nach Einholung der Berichte über die erwähnten Untersuchungen und eines durch die MEDAS am 29. Januar 1999 erstellten Ergänzungsgutachtens hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen in Gutheissung der Beschwerde die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache zur ergänzenden Abklärung und zur neuen Entscheidung an die Verwaltung zurück (Entscheid vom 30. Juni 1999). C.- Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihre Verfügung zu bestätigen. Während K._ sinngemäss auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, lässt sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen. Auf die Rechtsschriften wird, soweit erforderlich, in den Erwägungen eingegangen.