Überbauungsordnung Kehrichtverbrennungsanlage Thun, hat sich ergeben: A.- Die AG für Abfallverwertung (AVAG) entsorgt im Auftrag von ungefähr 150 Gemeinden die Abfälle aus den Gebieten Aaretal südlich Belp, Schwarzenburgerland, Berner Oberland und Emmental (nachfolgend als AVAG-Region bezeichnet). Die AVAG projektierte im Verlauf der neunziger Jahre für die Entsorgung der bisher auf Reaktordeponien abgelagerten Abfälle die Errichtung einer Schwelbrennanlage, verwarf dieses Vorhaben aber Mitte 1998. Statt dessen nahm sie die Projektierung einer Kehrichtverbrennungsanlage (KVA) mit konventioneller Rostfeuerung auf. Entsprechend einem Gesuch der AVAG vom 23. April 1999 erliess der Regierungsrat des Kantons Bern am 15. September 1999 die kantonale Überbauungsordnung KVA Thun in Form eines Gesamtentscheides unter zahlreichen Bedingungen und Auflagen. Die Gesuchsunterlagen enthalten unter anderem einen Umweltverträglichkeitsbericht (UVB) vom 22. März 1999. Die Überbauungsordnung umfasst namentlich den Überbauungsplan, die Überbauungsvorschriften sowie verschiedene Erschliessungs- und Leitungspläne. Der Regierungsrat genehmigte mit dem Gesamtentscheid nicht nur die Überbauungsordnung, sondern erteilte gleichzeitig auch die Baubewilligung für das Vorhaben (umfassend Entladehalle, Bunkergebäude, Ofen- und Kesselhaus, Energiegebäude, Betriebsgebäude und Aussenanlagen) und wies die zahlreichen dagegen gerichteten Einsprachen ab, soweit er darauf eintrat. Gegen diesen Beschluss gelangten die Einwohnergemeinden Hilterfingen und Oberhofen am Thurnersee, 355 lokale Organisationen und Privatpersonen sowie die Stiftung Greenpeace Schweiz an das kantonale Verwaltungsgericht, welches die Beschwerden am 26. April 2000 abwies, soweit es darauf eintrat. B.- Die Bau- und Wohngenossenschaft Friedheim, der Bernstrasse-Leist Steffisburg, die Stiftung Greenpeace Schweiz, der Hohmad-Leist Thun, der Lerchenfeld-Leist Thun, die IG Velo Region Thun, die Schweizer Demokraten (Regionalsektion Thun-Konolfingen), die Schweizerische Volkspartei (SVP, Sektion Thun), der Westquartier-Leist Thun sowie 285 Einzelpersonen oder Ehepaare, überwiegend mit Wohnsitz in Thun oder Steffisburg, haben am 2. Juni 2000 gegen das Urteil des Verwaltungsgerichtes beim Bundesgericht gemeinsam Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Sie beantragen im Wesentlichen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei der Bauabschlag zu verfügen. Am 21. Juni 2000 reichten die Beschwerdeführer unaufgefordert Bemerkungen des Regierungsstatthalters des Amtsbezirks Thun ein, mit der Bitte, dieses Schreiben zu den Akten zu nehmen. Das Verwaltungsgericht, die AVAG und die Justiz-, Gemeinde und Kirchendirektion beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Einwohnergemeinde Thun hat auf Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) hat am 25. September 2000 zur Sache Stellung genommen; sinngemäss beantragt das Amt die Abweisung der Beschwerde. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich dazu zu äussern. Die Beschwerdeführer erhielten zudem antragsgemäss Gelegenheit, auf die Beschwerdeantworten zu replizieren. Sie liessen die gesetzte Frist ungenutzt verstreichen. C.- Am 11. Juli 2000 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Am 26. September 2000 bewilligte der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung das Gesuch der Beschwerdegegnerin, die (teilweise umgestürzten) Profile des Vorhabens zu entfernen.