Sachverhalt: A. A.a Z._ kaufte im Jahr 1993 von der einfachen Gesellschaft I._/J._ das Grundstück H._-Gbbl. Nr. xxxx an der S._strasse 55 in H._. X._ und Y._ kauften als einfache Gesellschaft von derselben Verkäuferin das benachbarte Grundstück H._-Gbbl. Nr. yyyy und die Ehegatten R._/W._ sowie die Partei U._/V._ zwei angrenzende Parzellen. In der Folge schlossen sich die vier Parteien zur Baugesellschaft "K._" zusammen. Der Zweck der Gesellschaft bestand darin, die Parzellen mit vier zusammengebauten Einfamilienhäusern zu überbauen. Die Partei U._/V._ schied in der Folge aus, worauf die drei verbliebenen Parteien dieses Grundstück erstanden und die vier Grundstücke durch Neuparzellierung auf drei Grundstücke mit grösserer Fläche reduzierten. A.b Ab Juli 1994 wurden die drei Parzellen mit Einfamilienhäusern überbaut. Die elektrische Haupterschliessung wurde auf dem Grundstück von Z._ errichtet, wobei diverse Elektroleitungen in einem nahe bei seiner Gebäudehülle liegenden Elektroschacht (Schlaufschacht) gefasst wurden. Vom Schlaufschacht führen weitere Zuleitungen zu den drei Häusern. Im Vorfeld des Bezuges der Einfamilienhäuser im Jahr 1995 kam es zu ersten Wassereintritten im Luftschutzkeller des Hauses von Z._. Im Jahre 1999 erfolgte in dieser Liegenschaft erneut ein relevanter Wassereintritt, welcher dazu führte, dass sämtliche Wände des Untergeschosses bis auf eine Höhe von ca. 50 cm ab Boden total durchfeuchtet wurden. Die Ursache für die Wassereintritte war die mangelhafte Konstruktion des gemeinschaftlich genutzten Schlaufschachtes. A.c Durch die inhaltlich übereinstimmende Klausel in den Ziffern 8 und 9 der Kaufverträge von Z._ und den Parteien X._ und Y._ vom 1. Juni 1993 verpflichteten sich diese für ein gegenseitiges Wegrecht sowie für alle übrigen im Zusammenhang mit der Überbauung erforderlichen gegenseitigen Erschliessungsdienstbarkeiten zum Abschluss eines Dienstbarkeitsvertrages Hand zu bieten. Die entsprechende Klausel lautet wie folgt : "Zur Erschliessung der vier vorgenannten Grundstücke ist im nordwestlichen Teil der Parzellen von der S._strasse her die Erstellung eines Weges in der Breite von ca. 2.5 m geplant. Für dieses gegenseitige Wegrecht sowie für alle übrigen im Zusammenhang mit der genannten Überbauung erforderlichen gegenseitigen Erschliessungsdienstbarkeiten verpflichtet sich der Käufer ebenfalls, zum Abschluss des Dienstbarkeitsvertrages Hand zu bieten. Art und Umfang der erforderlichen gegenseitigen Erschliessungsdienstbarkeiten werden endgültig durch das Architekturbüro A._ AG festgesetzt." B. B.a Z._ reichte am 19. September 2001 beim Gerichtskreis VIII L._ ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung betreffend Schadensursache für die Wassereintritte, Schadensverantwortung und Überprüfung vorgeschlagener Sanierungsmassnahmen und -kosten ein. Das Gesuch wurde mit Entscheid vom 22. November 2001 der Gerichtspräsidentin 2 gutgeheissen, worauf die Erstellung eines Gutachtens in Auftrag gegeben wurde. B.b Mit Klage vom 12. Januar 2006 stellte Z._ das Rechtsbegehren, X._ und Y._ seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, ihm einen Fr. 16'000.-- übersteigenden Betrag nebst Zins zu 5 % seit 12. August 2004 für die Sanierungskosten und die Kosten für die vorsorgliche Beweisführung zu bezahlen. Mit Eingabe vom 16. März 2006 schlossen X._ und Y._ auf Abweisung der Klage. Zudem beantragten sie widerklageweise, Z._ sei unter anderem zu verpflichten, innert gerichtlich zu bestimmender Frist einen Dienstbarkeitsvertrag gemäss Entwurf des Notars N._ aus dem Jahr 1995 zu unterzeichnen. Der Gerichtspräsident 8 des Gerichtskreises VIII L._ verpflichtete mit Urteil vom 12. März 2008 X._ und Y._ zur Bezahlung von Fr. 2'123.30 nebst Zins zu 5 % seit dem 13. Januar 2006 und Fr. 374.85 nebst Zins zu 5 % seit dem 5. Februar 2008. Im Übrigen wies er die Klage ab und verurteilte Z._ in teilweiser Gutheissung der Widerklage, den Dienstbarkeitsvertrag gemäss Entwurf des Notars N._ innert 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils zu unterzeichnen. B.c Am 28. März 2008 erklärte Z._ gegen dieses Urteil Appellation. Er stellte an der Hauptverhandlung vor Obergericht das modifizierte Rechtsbegehren, X._ und Y._ seien zu verpflichten, ihm unter solidarischer Haftbarkeit einen Betrag von Fr. 39'724.45 nebst Verzugszins zu 5 % ab 13. Januar 2006 auf Fr. 39'349.60 und ab 5. Februar 2008 auf Fr. 374.85 zu bezahlen. Die Widerklage sei vollumfänglich abzuweisen. X._ und Y._ beantragten die Abweisung der Klage und die Gutheissung ihrer Widerklage. Mit Urteil vom 4. November 2008 wurden X._ und Y._ verpflichtet, Z._ einen Betrag von Fr. 21'876.65 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 21'501.80 seit 13. Januar 2006 und auf Fr. 374.85 seit 5. Februar 2008 zu bezahlen. Im Übrigen wurde die Klage sowie die Widerklage auf Verurteilung zur Unterzeichnung des Dienstbarkeitsvertrages abgewiesen. Zudem wurden die Kosten ausgangsgemäss verteilt. C. X._ und Y._ (fortan: Beschwerdeführer) sind am 16. Januar 2009 mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragen die Abweisung der Klage, soweit sie den Betrag von Fr. 2'498.15 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 2'123.30 seit dem 13. Januar 2006 sowie Zins zu 5 % auf Fr. 374.85 seit dem 5. Februar 2008 übersteigt. Zudem sei Z._ (nachfolgend: Beschwerdegegner) zu verurteilen, den Dienstbarkeitsvertrag, abgeändert durch das Streichen der Ziffer betreffend das Benützungsrecht für den allgemeinen Velounterstand sowie das Hinzufügen des Satzes "Gleiches gilt für den Schlaufschacht im Haus Nr. xxxx", innert 30 Tagen seit Rechtskraft des Urteils zu unterzeichnen. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.