Sachverhalt: A. X._ leidet seit über 30 Jahren an einer bipolaren Psychose. Er lebt seit April 1997 von seiner Frau getrennt. Er wurde für die Steuerperioden 1997/98 und 1999/2000 (wie bereits in den Vorjahren) nach Ermessen eingeschätzt, nachdem er keine Steuererklärungen eingereicht hatte. Die Steuerverwaltung, welche erst bei der Veranlagung 1999/2000 von der Trennung Kenntnis erhielt, taxierte den Steuerpflichtigen für beide Perioden in ähnlicher Höhe wie in den Vorjahren (das heisst so, wie wenn er beide Einkommen zu versteuern hätte). Die Steuerveranlagung 1997/98 erfolgte am 2. März 1998, diejenige für die Steuerperiode 1999/2000 am 1. März 2000. Mit Schreiben vom 4. Dezember 2001 reichte der Steuerpflichtige die Steuererklärungen für 1997/98 und 1999/2000 ein und beantragte mit Hinweis auf die Trennung von seiner Ehefrau, die beiliegenden Steuererklärungen zu überprüfen und die allfällige "Steuerrevision zu veranlassen". Das Schreiben wurde von einer Sozialarbeiterin des Psychiatriezentrums Münsingen verfasst und von ihr und dem Steuerpflichtigen unterzeichnet. Mit Verfügung vom 2. März 2002 nahm die Steuerverwaltung für die Periode 1997/1998 eine Zwischentaxation per 1. April 1997 vor. In Bezug auf die Periode 1999/2000 erging kein Entscheid zum Revisionsgesuch. Mit Eingabe vom 23. Mai 2006 liess der Steuerpflichtige durch seinen Rechtsanwalt das Revisionsgesuch in Bezug auf die Veranlagung 1999/2000 erneuern. Mit Verfügung vom 28. November 2006 wies die Steuerverwaltung des Kantons Bern das Revisionsgesuch für die Veranlagungsperiode 1999/2000 ab. Mit Einspracheentscheid vom 15. Mai 2007 bestätigte sie diese Verfügung. B. Rekurs und Beschwerde wies die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit Entscheid vom 10. Juni 2008 ab. C. Gegen diesen Entscheid führt der Steuerpflichtige hinsichtlich der direkten Bundessteuer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Steuerverwaltung des Kantons Bern sei anzuweisen, die Steuerveranlagung 1999/2000 zu revidieren. Steuerverwaltung und Steuerrekurskommission des Kantons Bern wie auch die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen Abweisung der Beschwerde. Hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuern hat der Beschwerdeführer Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern erhoben.