Sachverhalt: A. A.X._ wohnt in Y._ SG und arbeitet in Z._ SG. In seinen Steuererklärungen für die Perioden 1999 bis 2007 machte er Berufsauslagen für die Zurücklegung des Arbeitswegs mit dem Privatauto im Umfang von jeweils 11'500 km pro Jahr geltend und zog er von seinem steuerbaren Einkommen Fr. 6'210.-- (je für 1999 und 2000) bzw. Fr. 6'785.-- (je für 2001 bis 2007) ab. Seine Erklärungen erwuchsen unkorrigiert in Rechtskraft. B. Wie den Steuerbehörden des Kantons St. Gallen im Nachhinein bekannt wurde, gehörte A.X._ in den hier massgeblichen Perioden einer Fahrgemeinschaft mit eigenem Bus an und beschränkten sich seine Transportkosten in Wirklichkeit auf eine Kostenbeteiligung von Fr. 100.-- pro Monat. Mit Nachsteuerverfügung vom 25. September 2009 wurde der jeweilige Differenzbetrag zu den in den Steuererklärungen angegebenen Pauschalfahrkosten bei der Staatssteuer 1997 bis 2007 nacherfasst. Diese Nachbesteuerung wurde auf Einsprache hin bestätigt, von der kantonalen Verwaltungsrekurskommission aufgehoben, aber vom Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen kantonal letztinstanzlich mit Urteil vom 29. August 2011 geschützt. C. Am 30. September 2011 haben die Eheleute A.X._ und B.X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen im Wesentlichen, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben, dasjenige der kantonalen Verwaltungsrekurskommission vom 9. Dezember 2010 zu bestätigen und die Wegkostenpauschale zu gewähren. D. Das kantonale Steueramt St. Gallen, das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.