Sachverhalt: A. Das Untersuchungsamt Altstätten führte eine Strafuntersuchung gegen X._ unter anderem wegen des Verdachts der versuchten vorsätzlichen Tötung, der Vergewaltigung, der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind, der Pornografie, der Gewalt und Drohung gegen Beamte sowie der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Seit dem 15. November 2006 befindet sich X._ im Kanton St. Gallen in Untersuchungshaft. Mit Urteil vom 14. Dezember 2007 beurteilte das Bundesgericht die Haft als rechtmässig (1B_261/2007). B. Am 23./26. April 2008 sprach das Kreisgericht Rheintal X._ frei vom Vorwurf der versuchten vorsätzlichen Tötung, der Vergewaltigung (zum Nachteil von A._), der sexuellen Handlungen mit einem Kind (zum Nachteil von B._) sowie der Widerhandlung gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer. Es befand ihn dagegen schuldig der sexuellen Handlungen mit einem Kind (zum Nachteil von A._), der mehrfachen Pornografie, der Nötigung, der Drohung, der Gewalt und Drohung gegen Beamte sowie des mehrfachen Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz und auferlegte ihm eine Freiheitsstrafe von 3 Jahren, unter Anrechnung von 544 Tagen Untersuchungshaft. Zudem erklärte es eine aufgrund einer bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug verbliebene Reststrafe von 122 Tagen als vollziehbar. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen hat gegen das Urteil des Kreisgerichts Berufung erhoben. Sie beantragt, X._ sei auch schuldig zu sprechen der versuchten vorsätzlichen Tötung, eventualiter der Gefährdung des Lebens, der Vergewaltigung (zum Nachteil von A._) und der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind (zum Nachteil von B._). Er sei zu einer Freiheitsstrafe von 10 Jahren zu verurteilen und nach deren Verbüssung zu verwahren. X._ hat gegen das kreisgerichtliche Urteil ebenfalls Berufung erhoben. Er beantragt, er sei wegen Pornografie und Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Geldstrafe zu verurteilen. Im Übrigen sei er von allen Anklagepunkten freizusprechen. Die Reststrafe von 122 Tagen sei nicht vollziehbar zu erklären. C. Am 28. April 2008 ersuchte X._ um Haftentlassung. Tags darauf beantragte die Untersuchungsrichterin die Verlängerung der Haft. Am 14. Mai 2008 wies der Haftrichter am Kreisgericht Rheintal das Haftentlassungsgesuch ab und verlängerte die Untersuchungshaft. Die von X._ hiergegen erhobene Beschwerde wies die Anklagekammer des Kantons St. Gallen am 24. Juni 2008 ab. Dagegen führte X._ Beschwerde in Strafsachen. Mit Urteil vom 10. September 2008 (1B_223/2008) befand das Bundesgericht, die Anklagekammer habe nicht geprüft, ob die Fortsetzungsgefahr durch Ersatzmassnahmen gebannt werden könne (E. 2.6.2). Es hiess deshalb die Beschwerde teilweise gut, hob den Entscheid der Anklagekammer auf und wies die Sache an diese zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Am 28. Oktober 2008 kam die Anklagekammer zum Schluss, Ersatzmassnahmen reichten zur Bannung der Fortsetzungsgefahr nicht aus. Dieser Entscheid blieb unangefochten. D. Am 3. Oktober 2008 reichte X._ ein weiteres Haftentlassungsgesuch ein. Mit Entscheid vom 3. November 2008 wies dieses die Haftrichterin des Kreisgerichts Gaster-See ab. Dagegen erhob X._ Beschwerde. Am 12. November 2008 verlängerte der Haftrichter des Kreisgerichts Rheintal die Untersuchungshaft bis vorläufig längstens zum 11. Februar 2009. Auch dagegen erhob X._ Beschwerde. Mit Entscheid vom 18. Dezember 2008 vereinigte die Anklagekammer die beiden Beschwerdeverfahren. Es hiess die Beschwerde gegen den Entscheid der Haftrichterin des Kreisgerichts Gaster-See in einem hier nicht interessierenden Punkt gut. Im Übrigen wies es die Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat. E. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, die Entscheide der Anklagekammer vom 18. Dezember 2008 und des Haftrichters des Kreisgerichts Rheintal vom 12. November 2008 seien insoweit aufzuheben, als das Haftverlängerungsgesuch abzuweisen und der Beschwerdeführer sofort aus der Haft zu entlassen sei; eventualiter sei die zuständige Behörde anzuweisen, angemessene Auflagen oder Ersatzmassnahmen mit der Haftentlassung zu verbinden. F. Die Anklagekammer und der Haftrichter des Kreisgerichts Rheintal haben auf Gegenbemerkungen verzichtet. Die Staatsanwaltschaft hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. G. X._ hat zur Vernehmlassung der Staatsanwaltschaft Stellung genommen.