Bauhandwerkerpfandrecht, hat sich ergeben: A.- Auf Begehren der Y._ AG wies der Einzelrichter im summarischen Verfahren des Bezirks Winterthur das Grundbuchamt Winterthur-Altstadt mit Verfügung vom 11. Februar 1997 vorsorglich an, auf dem Grundstück Kat.-Nr. xy des Vereins Z._ im Sinne von Art. 961 ZGB ein Bauhandwerkerpfandrecht für eine Forderung von Fr. 431'219. 75 nebst Zins zu 5 % seit dem 17. Dezember 1996 vorläufig im Grundbuch einzutragen. Am 5. März 1997 bestätigte der Einzelrichter diese Anordnung. Gleichzeitig setzte er der Y._ AG eine Frist von 30 Tagen ab Zustellung der Verfügung an, um die Klage auf Feststellung von Bestand und Umfang des Pfandrechts beim Friedensrichter einzuleiten, verbunden mit der zusätzlichen Verfügung, dass innerhalb einer weiteren Frist von 30 Tagen, vom Datum der Weisung an gerechnet, die Klage beim zuständigen Gericht anhängig zu machen wäre. Die Y._ AG stellte am 8. April 1997 beim Friedensrichteramt Winterthur das Begehren um Durchführung des Sühnverfahrens. Streitig war damals noch ein Pfandrecht bzw. eine Forderung von Fr. 297'932. 35 nebst 5 % Zins seit dem 17. Dezember 1996. Eine Einigung kam nicht zustande, worauf der Friedensrichter am 20. Juni 1997 die Weisung ausstellte. B.-Mit Eingabe vom 1. September 1997 reichte die Y._ AG beim Bezirksgericht Winterthur gegen den Verein Z._ Klage ein und verlangte, das Grundbuchamt sei anzuweisen, auf dem Grundstück Kat.-Nr. xy des Beklagten ein Bauhandwerkerpfandrecht für eine Pfandsumme von Fr. 297'932. 35 nebst 5 % Verzugszins seit 17. Dezember 1996 definitiv einzutragen, und der Beklagte sei zu verpflichten, ihr den genannten Betrag sowie aufgelaufene Verzugszinsen von Fr. 2'221. 45 zu zahlen. Im Verlaufe des Verfahrens trat die X._ AG die Rechtsnachfolge der Klägerin an. Das Bezirksgericht Winterthur wies die Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts am 5. September 2000 ab und erteilte dem Grundbuchamt Winterthur-Altstadt die Weisung, die mit Verfügung vom 5. März 1997 angeordnete Vormerkung eines Bauhandwerkerpfandrechts im Grundbuch zu löschen. Eine Berufung der Klägerin wies das Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich am 12. April 2001 ab. C.- Mit eidgenössischer Berufung beantragt die Klägerin, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zur weiteren Behandlung und Entscheidung über die Anspruchsgrundlagen des eingeklagten Bauhandwerkerpfandrechts an die Vorinstanz zurückzuweisen. Hilfsweise stellt sie den Antrag, die Klage mangels materieller Bestreitung gutzuheissen. Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung. Das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen zur Berufung verzichtet.