Sachverhalt: A. Mit Entscheid vom 11. Juli 2008 erklärte das Bundesstrafgericht X._ der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung zum Nachteil der Aeroflot Russian Airlines (Aeroflot) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 21 Monaten, mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu CHF 1'000.--. Mit Urteilsergänzung vom 27. Oktober 2008 verpflichtete das Bundesstrafgericht die I._ Finance Ltd. und die M._ SA zur Zahlung von Ersatzforderungen in der Höhe von CHF 39'890'000.-- bzw. von CHF 3'442'800.-- an die Eidgenossenschaft. In beiden Fällen ordnete es an, dass zur Deckung dieser Forderungen die beschlagnahmten Bankkonten bei der UBS AG, lautend auf die I._ Finance Ltd., bzw. das Konto bei der Crédit Suisse, lautend auf die M._ SA, verwendet würden. Für die darüber hinausgehenden Beträge hob es die Beschlagnahmen im nationalen Strafverfahren auf. Schliesslich hielt es fest, dass über die Verwendung der eingezogenen Gelder und der realisierten Ersatzforderungen zugunsten der Aeroflot entschieden werde, wenn die Anspruchsvoraussetzungen erfüllt seien. B. Die I._ Finance Ltd. und die M._ SA führen je Beschwerde beim Bundesgericht, mit denen sie beantragen, es sei ihnen gegenüber von der Erhebung einer Ersatzforderung abzusehen und es sei die Beschlagnahme der Konten aufzuheben. Die darauf befindlichen Beträge seien freizugeben und an sie zurückzuerstatten. Ferner sei von der Zuweisung der beschlagnahmten Vermögenswerte an die Aeroflot abzusehen. Eventualiter beantragen sie, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur Einstellung des Verfahrens wegen örtlicher Unzuständigkeit sowie zur Freigabe der beschlagnahmten Konten zurückzuweisen. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.