nachträgliche Baubewilligung (Ausnahmebewilligung), hat sich ergeben: A.- S._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 340, Schwellbrunn. Darauf befindet sich ein ca. hundertjähriges Wohnhaus in Kreuzgiebelbauweise mit Treppenhausanbau an der Nordwestseite (strassenseitig). Das Grundstück liegt ausserhalb der Bauzone. Mit Baugesuch vom 15. April 1992 ersuchte S._ um Bewilligung für einen Umbau des Hauses. Die Baudirektion des Kantons Appenzell Ausserrhoden bewilligte am 5. Juni 1992 das Vorhaben nur teilweise und verband damit unter anderem die Auflage, den Treppenhausanbau mit der Verlängerung des bestehenden Quergiebels zu überdecken. Am 20. Juli 1992 reichte S._ ein überarbeitetes Bauprojekt ein, welches unter anderem die verlangte Giebelüberdeckung des Treppenhausanbaus und auf der Südostseite im ersten Obergeschoss einen Balkon enthielt. Am 14. September 1992 erteilte die Baudirektion die Baubewilligung mit einigen Auflagen. In der Folge wurde anlässlich einer Baukontrolle festgestellt, dass die Bauausführung erheblich vom bewilligten Projekt abwich. Nebst anderen nicht mehr streitigen Punkten war auf der Südostseite anstelle des bewilligten einen Balkons im ersten Obergeschoss ein bis ins zweite Obergeschoss reichender Balkonanbau erstellt und der darüber liegende Kreuzgiebel zu einem Balkondach erweitert worden. Am 18. Mai 1994 reichte S._ ein nachträgliches Baugesuch ein, welches am 6. September 1994 nur teilweise bewilligt wurde. Nicht bewilligt wurde unter anderem der zweigeschossige Balkonanbau mit Überdachung; es wurde dessen Abbruch bis auf den ursprünglich bewilligten Balkon im ersten Obergeschoss verfügt. S._ erhob dagegen erfolglos Rekurs an den Regierungsrat und anschliessend Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 29. September 1999, versandt am 1. Februar 2000, im hier noch streitigen Punkt ab. B.- S._ erhob mit Eingabe vom 2. März 2000 (Postaufgabe 3. März 2000) Beschwerde an das Bundesgericht. Mit Schreiben vom 16. März 2000 setzte das Bundesgericht S._ gemäss Art. 108 Abs. 3 OG eine Nachfrist an. Innert Frist reichte S._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde ein mit dem Rechtsbegehren, das Urteil des Verwaltungsgerichts insoweit aufzuheben, als die Baubewilligung für den Balkonanbau über dem 1. Obergeschoss inkl. Überdachung verweigert und der Abbruch bestätigt wurde. Demgemäss sei die Baubewilligung für den Balkonanbau über dem 1. Obergeschoss inklusive der Überdachung zu erteilen. Eventualiter sei das Urteil hinsichtlich Balkonanbaute über dem 1. Obergeschoss und Überdachung aufzuheben und die Angelegenheit zur erneuten Beurteilung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. C.- Der Regierungsrat des Kantons Appenzell Ausserrhoden beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Raumentwicklung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. D.- Mit Verfügung des Präsidenten der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 12. Mai 2000 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.