Sachverhalt: A. Im Jahre 1981 eröffnete H._ (Beschwerdeführer) bei der Rechtsvorgängerin der X._ AG (Beschwerdegegnerin) ein Kontokorrentkonto in USD unter der Nummer yyy._. Die damals geltenden allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) der Beschwerdegegnerin wurden zur Vertragsgrundlage erhoben. Ab April 1982 wurden bei der Konto führenden Bank zudem Treuhanddepots für das Vermögen auf dem Kontokorrent unterhalten und in diesem Rahmen für den Beschwerdeführer Festgeldanlagen getätigt. Der Beschwerdeführer äufnete sein Kontokorrentkonto unter anderem mittels Überweisungen und nahm andererseits Checkbezüge vor. Am 12. Januar 1985 erteilte er Instruktionen bezüglich der Anlage der Gelder auf den Treuhanddepots und verlangte die banklagernde Aufbewahrung sämtlicher Korrespondenzen. B. Am 29. März 1985 wurde dem Kontokorrent ein Check mit Nr. 46687 über USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'658.10 belastet, das Konto auf Ende des ersten Quartals 1985 geschlossen, der Saldo per 31. März 1985 gezogen und über die betreffende Kontokorrentperiode ein Kontoauszug erstellt, der auch den Checkbezug vom 29. März 1985 auswies. Der Kontoauszug wurde instruktionsgemäss banklagernd aufbewahrt. C. Am 23. Februar 1997 erteilte der Beschwerdeführer per Fax einen Überweisungsauftrag über USD 16'600.-- zugunsten seines Kontos bei der Bank Q._ in P._, wobei er damals wusste, dass sein Guthaben auf dem Kontokorrentkonto noch rund USD 17'000.-- betrug. Das Kontokorrent wurde am 5. März 1997 saldiert und am 7. März 1997 geschlossen. Der nach Abzug von Spesen und Gebühren auf dem Kontokorrent noch vorhandene Restbetrag von USD 17'082.36 wurde dem Beschwerdeführer am 4. März 1997 überwiesen. Weitere Konten des Beschwerdeführers unter dem Stamm yyy._ waren damals nicht mehr vorhanden. D. Frühestens im Oktober 2004, rund siebeneinhalb Jahre nach Erteilung des letzten Überweisungsauftrags, nahm der Beschwerdeführer wieder Kontakt mit der Beschwerdegegnerin auf. Am 24. Mai 2007 liess er sie zwecks Unterbrechung der Verjährung betreiben. Er reichte am 12. August 2009 beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'685.10 nebst Zins zu bezahlen. Er ist der Ansicht, bei Saldierung des Kontokorrents hätten sich noch drei Depots bei der Beschwerdegegnerin in der Höhe von insgesamt ca. USD 3'180'000.-- bei der Beschwerdegegnerin befunden. Im Oktober 2004 habe er sich danach erkundigt und vom Verschwinden der Gelder auf seinen Depots erfahren. Er geht davon aus, dass Checks mit ihm unbekannten Nummern, die keinesfalls aus der Serie stammten, die er von der Beschwerdegegnerin erhalten hatte, von einer unbekannten Drittperson im Gesamtbetrag von USD 1'325'996 seinem Kontokorrentkonto belastet worden seien. Es sei zwingend davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin zur Deckung derartiger Checkbezüge Gelder aus seinen Depots auf das Kontokorrentkonto transferiert habe. Mit der Klage verlangt er die Rückerstattung der Belastung seines Kontokorrentkontos vom 29. März 1985 aufgrund des Checkbezugs in der Höhe von USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'658.10 (Check Nr. 46687). Das Handelsgericht wies die Klage am 28. März 2011 wegen Verjährung des geltend gemachten Anspruchs ab. E. Mt Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das handelsgerichtliche Urteil aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm USD 40'000.-- bzw. Fr. 45'658.10 nebst Zins zu bezahlen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Handelsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat.