Sachverhalt: A. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt sprach X._ am 11. Januar 2006 des Diebstahls, des Hausfriedensbruchs, des mehrfachen Konsums von Betäubungsmitteln und der Widerhandlung gegen das Waffengesetz schuldig und verurteilte ihn zu zwei Jahren Gefängnis. Anstelle des Vollzugs der Freiheitsstrafe ordnete es in Anwendung des damals geltenden Rechts, Art. 42 Ziff. 1 StGB, die Verwahrung des Verurteilten als Gewohnheitsverbrecher an. B. Die Abteilung Freiheitsentzug und Soziale Dienste des Justizdepartements des Kantons Basel-Stadt unterbreitete den Fall am 6. November 2006 dem Strafgericht Basel-Stadt zwecks Vornahme der in Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung des Strafgesetzbuches vom 13. Dezember 2002 vorgesehenen Überprüfung der altrechtlichen Verwahrung im Sinne von Art. 42 Ziff. 1 aStGB. Das Strafgericht überwies die Akten dem zuständigen Appellationsgericht. Dieses beauftragte die Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) mit der Erstellung eines Gutachtens, das sich unter anderem zur Notwendigkeit und den Erfolgsaussichten einer therapeutischen Behandlung von X._, zur Begehung weiterer möglicher Straftaten sowie zur Möglichkeit des Vollzugs der therapeutischen Massnahme in einer geeigneten Institution aussprechen sollte. Anlässlich der Verhandlung vor dem Appellationsgericht vom 12. Dezember 2007 beantragte die Verteidigung die Einholung eines Obergutachtens zur Massnahmebedürftigkeit und die Aufhebung der Massnahme, eventualiter die bedingte Entlassung unter Anordnung einer Probezeit von 5 Jahren und subeventualiter die Anordnung einer therapeutischen Massnahme im Foyer A._. C. Mit Entscheid vom 12. Dezember 2007 erkannte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stad, dass die mit Urteil vom 11. Januar 2006 gegen X._ gemäss Art. 42 Ziff. 1 aStGB angeordnete Verwahrung in Anwendung von Art. 64 StGB sowie Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB nach neuem Recht weitergeführt wird. D. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, es seien das Urteil des Appellationsgerichts vom 12. Dezember 2007 und die im Jahre 2006 gerichtlich angeordnete Verwahrung aufzuheben. Zudem ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. E. In seiner Vernehmlassung vom 3. Juli 2008 hat das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, ohne einen entsprechenden Antrag zu stellen, im Wesentlichen auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.