Sachverhalt: A. Das Landgericht Uri, Strafrechtliche Abteilung, sprach X._ mit Urteil vom 7. September 2010 wegen Überschreitens der zulässigen Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h auf der Autobahn um netto 39 km/h, begangen am 27. Januar 2010, der groben Verkehrsregelverletzung schuldig. Das Urteil ist in Rechtskraft erwachsen. Am 22. November 2011 verfügte das Amt für Strassen- und Schiffsverkehr des Kantons Uri gegenüber X._ den Führerausweisentzug für eine Dauer von zwölf Monaten, gerechnet ab Deponierung des Ausweises. Die gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde von X._ wies die Sicherheitsdirektion Uri mit Verfügung vom 1. Februar 2012 ab. Am 22. Februar 2012 reichte X._ beim Obergericht des Kantons Uri Verwaltungsgerichtsbeschwerde ein. Mit Entscheid vom 1. Juni 2012 wies das Obergericht die Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, der Entscheid des Obergerichts vom 1. Juni 2012 und die Verfügung des Amtes für Strassen- und Schiffsverkehr vom 22. November 2011 seien aufzuheben, und von einem Führerausweisentzug sei abzusehen. Die Sicherheitsdirektion und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassungen zur Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Eingaben wurden dem Beschwerdeführer zur Kenntnisnahme zugestellt.