Sachverhalt: A. Die Gemeinden Bellikon und Widen beabsichtigen, den Fuss- und Radweg zwischen den beiden Ortschaften auszubauen. Die geplante Wegverbindung tangiert die Parzelle Nr. 377 in Bellikon und die Parzelle Nr. 255 in Widen. Beide Grundstücke stehen im Miteigentum von X._ und Y._. Das Wegbauprojekt wurde in beiden Gemeinden öffentlich aufgelegt. Es gingen dagegen mehrere Einsprachen ein. Nachdem der Kanton Aargau dem Projekt unter der Auflage, dass der Weg auf eine Breite von 2 m reduziert wird, die Zustimmung erteilt hatte, bewilligten die Gemeinderäte von Bellikon und Widen am 23. Juni 2008 das Wegbauprojekt und wiesen die Einsprachen ab, soweit sie darauf eintraten. Die Baubewilligung erwuchs in Rechtskraft. Parallel zum neuen Wegabschnitt soll hangseits ein Tiefgraben angelegt werden, um das Hangwasser aufzufangen. Das Wasser soll zum einen Richtung Bellikon in einen bestehenden Schacht, zum andern Richtung Widen durch eine noch zu erstellende Leitung in den Kreuzweidbach geleitet werden. Der Bach ist derzeit eingedolt. Er soll bis hinunter zur Kantonsstrasse geöffnet werden. Das entsprechende Wasserbauprojekt wurde am 7. Februar 2008 vom Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau rechtskräftig bewilligt. Mit der Zustimmung der Gemeinde Widen ersuchte der Gemeinderat Bellikon am 17. Juli 2006 die kantonale Schätzungskommission nach Baugesetz um Einleitung des Enteignungsverfahrens für das Wegbauprojekt. Der Präsident der Schätzungskommission führte eine Einigungsverhandlung durch, bei welcher sich jedoch keine umfassende Einigung ergab. Die Einsprachen, welche X._ und Y._ erhoben hatten, wurden deshalb an den Regierungsrat überwiesen. Mit Beschluss vom 13. Mai 2009 wies dieser die Einsprachen ab und ordnete die Enteignung für den Fuss- und Radweg an. Der Beschluss erwuchs unangefochten in Rechtskraft, worauf die Schätzungskommission das Verfahren wieder aufnahm. Am 17. August 2010 entschied die Schätzungskommission im Wesentlichen, dass von der Parzelle Nr. 377 ca. 1065 m2 zugunsten der Einwohnergemeinde Bellikon und von der Parzelle Nr. 255 ca. 821 m2 zugunsten der Einwohnergemeinde Widen enteignet werden. Die Entschädigung wurde auf Fr. 8.--/m2 festgelegt. Weiter wurde festgestellt, dass sich die Parteien bezüglich der Beschränkung der Nutzungsmöglichkeiten auf eine Entschädigungssumme von Fr. 2'940.-- geeinigt hatten. In Bezug auf die Entschädigungsforderungen entschied die Schätzungskommission, dass diese 20 Tage nach Rechtskraft des Entscheids fällig werden. Weitergehende Forderungen wies sie ab. Auf die von X._ und Y._ betreffend ein Pachtverhältnis erhobenen Forderungen trat sie nicht ein. Eine gegen den Entscheid der Schätzungskommission erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 13. April 2011 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 26. Mai 2011 beantragen X._ und Y._ im Wesentlichen die Aufhebung der Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Schätzungskommission. Die Angelegenheit sei an die Vorinstanzen zurückzuweisen und den Beschwerdeführern sei eine Entschädigung von mindestens Fr. 35'089.-- zuzusprechen. Zudem sei zu verfügen, dass die Gemeinde den Pächter zu entschädigen habe. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Der Gemeinderat von Bellikon schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In ihrer Stellungnahme dazu halten die Beschwerdeführer ausdrücklich an ihren Anträgen und Rügen fest.