Sachverhalt: A. Die Parteien besassen Kiesabbaurechte an benachbarten Grundstücken in der Gemeinde C._. Durch den Kiesabbau bildete sich zwischen der Grube X._ der B._ AG (Beschwerdegegnerin, Klägerin) und der Grube Y._ der A._ AG (Beschwerdeführerin, Beklagte) eine Krete. Betreffend deren Abbau schlossen die Parteien am 9. Juli 1980 einen Vertrag. Die wesentlichen Vertragsbestimmungen lauteten wie folgt: "7. Die A._ AG baut auf ihre Rechnung und unter den nachstehend aufgeführten Bedingungen die Krete zwischen den beiden Gruben ab und besorgt das Aufladen. Die Kosten des Abbaues und des Aufladens gehen vollumfänglich zu Lasten der Firma A._ AG. 8. Die Firma A._ AG stellt der Firma B._ AG täglich eine Zusammenstellung samt Kopien der Lieferscheine über Kubatur und Klasse der am Vortag ab ihrer Grube abtransportierten Materialien zu. 9. Für das von der Firma A._ AG in der Grube der Firma B._ AG gemäss Ziff. 7 und 8 abgebaute Wandkies wird folgende Entschädigung vereinbart: a) Die Firma B._ AG bezieht von der Firma A._ AG ab der Grube Y._ dieselbe Menge Kies von der gleichen Qualität, wie die Firma A._ AG gemäss Ziff. 7 und 8 oben in der Grube der Firma B._ AG abgebaut und aufgeladen hat. Das Abbauen und Aufladen erfolgt in diesem Falle grundsätzlich durch die Firma A._ AG auf ihre Kosten. Ist pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 vorgesehen, so ist das Aufladen Sache der Firma B._ AG. b) Die Firma A._ AG bezahlt der Firma B._ AG neben der Leistung gemäss Ziff. 9 lit. a für das gemäss Ziff. 7 in der Grube der Firma B._ AG abgebaute Kies 1. Klasse eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3, zahlbar monatlich auf Ende des auf den Abbau folgenden Monats. Als Grundlage für die Auszahlungen gelten die Lieferscheine gemäss Ziff. 8 dieser Vereinbarung. c) Die Firma B._ AG bezahlt der Firma A._ AG für die Kiesbezüge gemäss Ziff. 9 lit. a dieser Vereinbarung eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3 bezogenen Wandkieses 1. Klasse, zahlbar monatlich auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats." Im Rahmen dieser Vertragsbestimmungen bezog die Beschwerdeführerin ab März 1980 bis September 1984 190'525.5 m3 Kies ab dem Abbaugebiet der Beschwerdegegnerin, wobei sie diese mit Fr. 2.-- pro m3 vergütete. B. Am 20. Februar 2004 reichte die Beschwerdegegnerin beim Amtsgericht Willisau Klage ein und stellte folgende Anträge: "1. Die Beklagte habe der Klägerin jeweils auf Verlangen ab ihrer Kiesgrube in C._ insgesamt 103'339.8 m3 Wandkies 1. Qualität zu liefern, unter folgenden Bedingungen: a) Das Abbauen und Aufladen hat durch die Beklagte auf deren Kosten zu erfolgen. Soweit pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 Kies erfolgt, sei die Beklagte in Bezug auf die 300 m3 übersteigende Menge Kies von der Pflicht zum Aufladen zu entbinden. b) Das Kies kann von der Klägerin zu den üblichen Geschäftszeiten der Beklagten (Montag bis Freitag von 06.30 Uhr bis 11.45 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.15 Uhr, an Samstagen nach vorheriger Vereinbarung) bezogen werden. c) Die Klägerin hat der Beklagten eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3 Wandkies 1. Klasse zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats. 2. Es sei festzustellen, dass das Bezugsrecht der Klägerin gemäss Ziff. 1 auf Dritte übertragbar ist. 3. Soweit die vertragskonforme Lieferung von Wandkies 1. Qualität für die Beklagte unmöglich sein sollte, habe sie der Klägerin pro m3 Wandkies, der noch nicht bezogen wurde, den Betrag von Fr. 26.-- (Fr. 28.-- gemäss aktueller Preisliste der Beklagten abzüglich Fr. 2.--) zu vergüten." Die Beschwerdeführerin beantragte die Abweisung der Klage. Eventuell habe sie der Beschwerdegegnerin für die gerichtlich festzulegende ausstehende Menge Erstklasswandkies maximal Fr. 7.-- pro m3 zu bezahlen, wobei ein Betrag von Fr. 172'261.97 zuzüglich 5 % Verzugszins seit 1. Januar 2003 in Verrechnung abzuziehen sei. In einem zweiten Rechtsschriftenwechsel hielten die Parteien an ihren Anträgen fest. Die Beschwerdeführerin modifizierte ihren Eventualantrag dahingehend, dass sie neu einen Betrag von Fr. 355'778.-- nebst 5 % Zins seit 1. Januar 2005 zur Verrechnung stellte. Mit Urteil vom 12. Juli 2007 entschied das Amtsgericht wie folgt: "1. Die Beklagte hat der Klägerin jeweils auf Verlangen ab ihrer Kiesgrube in C._ insgesamt 103'339.80 m3 Wandkies 1. Qualität - unter nachfolgenden Modalitäten - zu liefern: 1.1. Das Abbauen und Aufladen hat durch die Beklagte auf deren Kosten zu erfolgen. Soweit pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 Kies erfolgt, ist die Beklagte in Bezug auf die 300 m3 übersteigende Menge Kies von der Pflicht zum Aufladen entbunden. 1.2. Das Kies kann von der Klägerin zu den üblichen Geschäftszeiten der Beklagten (Montag bis Freitag vom 06.30 Uhr bis 11.45 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.15 Uhr, an Samstagen nach vorheriger Vereinbarung) bezogen werden. 1.3. Die Klägerin hat der Beklagten eine Entschädigung von Fr. 2.-- pro m3 Wandkies 1. Klasse zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats. 2. Es wird festgestellt, dass das Bezugsrecht der Klägerin gemäss Ziff. 1 dieses Rechtsspruchs auf Dritte übertragbar ist. 3. Die anderslautenden und weitergehenden Anträge der Parteien werden abgewiesen." Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Appellation an das Obergericht des Kantons Luzern und begehrte im Hauptpunkt die Abweisung der Klage. Eventualiter beantragte sie, bei grundsätzlicher Bejahung der Leistungspflicht durch das Gericht habe sie dieser Leistungspflicht durch Bezahlung von Fr. 723'168.60 nachzukommen. Subeventualiter verlangte sie die Bestätigung der Dispositiv-Ziffern 1, 1.1 und 1.2 des angefochtenen Urteils. Zusätzlich beantragte sie, die Beschwerdegegnerin habe ihr eine Entschädigung von mindestens Fr. 7.40 pro m3 Wandkies erster Klasse zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des auf den Bezug folgenden Monats; vorbehältlich richterlichen Ermessens. Der Bezug dürfe 5'000 m3 pro Monat nicht übersteigen, vorbehalten blieben die Liefermöglichkeiten. In der Appellationsbegründung vom 5. Mai 2008 erhöhte die Beschwerdeführerin ihre eventualiter beantragte Leistungspflicht auf Fr. 902'927.65. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Appellation. Eventuell habe ihr die Beschwerdeführerin pro m3 Wandkies, der noch nicht bezogen worden sei, Fr. 26.-- zu vergüten. Das Obergericht wies mit Urteil vom 13. Januar 2009 die Appellation ab, soweit es auf sie eintrat, und bestätigte das Urteil des Amtsgerichts. C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen Folgendes: "1. Das Urteil des Obergerichts Luzern vom 13. Januar 2009 in Sachen A._ AG gegen B._ AG sei aufzuheben. 2. Der vorliegenden Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. 3. Die Beschwerdeführerin habe der Beschwerdegegnerin jeweils auf Verlangen ab ihrer Kiesgrube in C._ insgesamt maximal 103'339.80 m3 Wandkies 1. Qualität unter den nachfolgenden Modalitäten zu liefern: 3.1 Das Abbauen und Aufladen durch die Beschwerdeführerin hat auf deren Kosten zu erfolgen. Soweit pro Tag ein Bezug von mehr als 300 m3 Kies erfolgt, ist die Beschwerdeführerin in Bezug auf die 300 m3 übersteigende Menge Kies von der Pflicht zum Aufladen entbunden. 3.2 Der Kies kann von der Beschwerdegegnerin zu den üblichen Geschäftszeiten der Beklagten, Montag bis Freitag von 06.30 Uhr bis 11.45 Uhr und von 13.00 Uhr bis 17.15 Uhr (an Samstagen nach vorheriger Vereinbarung), bezogen werden. 3.3 Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin eine Entschädigung in der Höhe der Fremdkosten (zurzeit mind. Fr. 7.40 pro m3 Wandkies erster Klasse) zu vergüten, zahlbar monatlich je auf Ende des den Bezug folgenden Monats; vorbehalten bleibt das richterliche Ermessen. 4. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen." Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. D. Mit Präsidialverfügung vom 30. März 2009 wurde das Gesuch, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, abgewiesen.