Lufttüchtigkeitszeugnisses für den Helikopter HB-XYS, hat sich ergeben: A.- Im Juni und Juli 1998 führte die Helikopterunternehmung X._ AG in der Walliser Gemeinde Liddes im Val d'Entremont Holztransportflüge durch. Sie setzte dazu namentlich den Helikopter HB-XYS (Typ Ecureuil AS 350 B2) ein. Das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL, im Folgenden: Bundesamt) inspizierte am 7. Juli 1998 den Holzablageplatz in der Gemeinde Liddes. Am 13. Juli 1998 führten Vertreter des Bundesamts mit einem Super-Puma-Helikopter der Luftwaffe eine Wägung verschiedener dort zwischengelagerter Holzstämme durch. Auf Grund weiterer Abklärungen kam das Bundesamt zum Ergebnis, es sei mit dem Helikopter HB-XYS eine Überlast geflogen und dadurch die Lufttüchtigkeit der Maschine beeinträchtigt worden. Es verfügte deshalb am 24. Juli 1998, der Helikopter HB-XYS dürfe mit sofortiger Wirkung und bis nach erfolgter Gesamtüberholung des Triebwerks nicht mehr in Verkehr gesetzt werden (Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses). Der Entzug wurde damit begründet, dass die Lufttüchtigkeit in Frage gestellt sei. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Diese Verfügung wurde nicht angefochten. Nach weiteren Abklärungen und gestützt auf einen Bericht der Firma A._ SA, der Herstellerin des Helikopters, erliess das Bundesamt am 10. August 1998 eine neue Verfügung, die diejenige vom 24. Juli 1998 aufhob. Darin wurde erneut angeordnet, der Helikopter dürfe mit sofortiger Wirkung nicht mehr in Verkehr gesetzt werden, da sein Triebwerk grundüberholt werden müsse. Einer allfälligen Beschwerde wurde erneut die aufschiebende Wirkung entzogen. Gegen diese Verfügung beschwerte sich die X._ AG beim Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK, im Folgenden: Departement), wobei sie um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ersuchte. Das Departement wies das Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung am 14. August 1998 ab. Diese Zwischenverfügung wurde nicht angefochten. Die Beschwerde selber wies das Departement mit Entscheid vom 22. September 1998 ab, wobei auf die Erhebung von Kosten verzichtet wurde. Am 21. Oktober 1998 gelangte die X._ AG gegen diesen Entscheid mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Ein Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung stellte sie nicht. In der Hauptsache beantragte sie, der Beschwerdeentscheid vom 22. September 1998 sei aufzuheben und festzustellen, dass keine Überlastung des Helikopters HB-XYS stattgefunden habe und dass deshalb die Lufttüchtigkeit nicht in Frage gestellt und der Lufttüchtigkeitsausweis zurückzuerstatten sei (Verfahren 2A.525/1998). In der Zwischenzeit brachte die X._ AG das Triebwerk des fraglichen Helikopters nach Frankreich zur Grundüberholung. Nachdem diese durchgeführt worden war, konnte die X._ AG den Helikopter ab dem 14. November 1998 wieder einsetzen. Bereits vom 17. September 1998 bis zum 4. November 1998 hatte die X._ AG die Maschine mit einem von dritter Seite angemieteten Triebwerk wieder eingesetzt. Gestützt auf den Untersuchungsbericht der Firma B._ vom 12. November 1998 reichte die X._ AG am 3. Dezember 1998 beim Departement ein Gesuch um Revision des Beschwerdeentscheides vom 22. September 1998 ein und beantragte, den zu revidierenden Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass die Lufttüchtigkeit des Helikopters HB-XYS nie in Frage gestellt gewesen sei. Gegen den abweisenden Entscheid des Departements vom 4. Juni 1999 erhob die X._ AG am 5. Juli 1999 ebenfalls Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Schweizerischen Bundesgericht (Verfahren 2A.352/1999). In diesem Verfahren beantragte sie ebenfalls, es sei festzustellen, dass keine Überbelastung des Helikopters HB-XYS stattgefunden habe und dass das Lufttüchtigkeitszeugnis am 10. August 1998 zu Unrecht entzogen worden sei. Da die X._ AG den fraglichen Helikopter nach der Grundüberholung des Triebwerks ab dem 14. November 1998 wieder einsetzen konnte, verneinte das Bundesgericht mit Entscheid vom 22. Dezember 1999 das Vorliegen eines aktuellen Rechtsschutzinteresses und trat auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 5. Juli 1999 nicht ein, währenddem es die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 29. Oktober 1998 als gegenstandslos geworden abschrieb. B.- Bereits am 3. September 1999 hatte die X._ AG gestützt auf das Bundesgesetz vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (VG; SR 170. 32) Schadenersatzansprüche gegen die Schweizerische Eidgenossenschaft in Höhe von Fr. 367'606. 55 geltend gemacht. Zur Begründung führte die Gesuchstellerin aus, der Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses für den Helikopter HB-XYS sei widerrechtlich erfolgt. Namentlich hätten das Bundesamt und das Departement im Verfahren um den Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses den Sachverhalt unkorrekt abgeklärt, die Beweise falsch gewürdigt und den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Durch den widerrechtlichen Entzug des Lufttüchtigkeitszeugnisses sei ein erheblicher Schaden entstanden. Insbesondere habe der Helikopter HB-XYS vom 26. Juli 1998 bis zum 14. November 1998 überhaupt nicht oder bloss mit einem angemieteten Ersatztriebwerk eingesetzt werden können, was zu Einnahmeausfällen respektive Mietkosten geführt habe. Das Eidgenössische Finanzdepartement ist auf das Begehren um Schadenersatz mit Verfügung vom 25. September 2000 nicht eingetreten, soweit die X._ AG Ersatz für Einnahmeausfälle oder Ersatztriebwerkskosten für den Zeitraum vom 26. Juli 1998 bis und mit dem 21. September 1998 geltend gemacht hatte. Für den restlichen Zeitraum wies es das Schadenersatzbegehren ab. C.- Mit Eingabe vom 26. Oktober 2000 hat die X._ AG gegen diesen Entscheid Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, die Verfügung des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 25. September 2000 aufzuheben. Weiter stellt sie den Antrag, die Schweizerische Eidgenossenschaft sei zur Anerkennung und Bezahlung von Schadenersatz in Höhe von Fr. 372'414. 50 zuzüglich 7,5% Mehrwertsteuer und 5% Zins seit dem 14. November 1998 an die X._ AG zu verpflichten. Eventuell sei die Sache zur betragsmässigen Festsetzung des Schadenersatzes an die Vorinstanz zurückzuweisen. D.- Das Eidgenössische Finanzdepartement beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen. Mit Eingabe vom 19. Dezember 2000 hat die X._ AG zur Vernehmlassung des Rechtsdienstes des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 6. Dezember 2000 unaufgefordert erneut Stellung genommen und wiederum beantragt, dem in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gestellten Rechtsbegehren stattzugeben. E.- Die Parteien haben auf die Durchführung einer Parteiverhandlung verzichtet.