Sachverhalt: Sachverhalt: A. Der 1985 geborene B._ leidet seit 1996 an einer schweren Verhaltensstörung, welche ab Dezember 1997 psychotherapeutisch behandelt wurde. Vom 28. Oktober bis 27. November 1998 erfolgte eine Hospitalisation im Kinderspital Z._, wo eine Zwangsstörung mit Zwangsgedanken und -handlungen, eine schwere depressive Episode, eine stark introvertierte Persönlichkeit, ein Analprolaps und ein kachektischer Zustand diagnostiziert wurden. Im Januar 1999 erfolgte die Aufnahme in der kinderpsychiatrischen Therapiestation des Kinderspitals. Am 27. November 1998 hatten die Eltern B._ zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung angemeldet. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte den Bericht des Kinderspitals Z._ vom 21. Dezember 1998 ein und gewährte am 4. Februar 1999 für die Zeit vom 1. Januar bis 31. Dezember 1999 medizinische Massnahmen in Form von stationärer Psychotherapie mit integrierter Sonderschulung, welche sie am 18. Februar 2000 bis Dezember 2000 verlängerte. Mit Schreiben vom 17. November 2000 teilte Dr. med. M._ vom Kinderspital Z._ der IV-Stelle mit, der Versicherte sei am 6. Oktober 2000 aus der Psychotherapiestation ausgetreten. Die ambulante Weiterbehandlung werde von Dr. phil. G._ durchgeführt. Da diese zwingend indiziert sei, werde um Kostenübernahme ersucht. Nach Einholung des Berichts des Kinderspitals vom 11. Dezember 2000 sprach die IV-Stelle B._ mit Verfügung vom 7. Februar 2001 ambulante Psychotherapie für die Zeit vom 1. Januar 2001 bis 30. Juni 2002 zu. Mit Verfügung vom 17. September 2001 erteilte sie auch Kostengutsprache für die ambulante Psychotherapie für die Dauer vom 6. Oktober bis 31. Dezember 2000. Da der Versicherte zudem der dauernden medizinischen und pflegerischen Hilfe und Überwachung bedurfte, sprach ihm die IV-Stelle von November 1999 bis Ende Juni 2001 Pflegebeiträge für Hilflosigkeit schweren Grades und ab Juli 2001 bis 30. Juni 2002 für Hilflosigkeit mittleren Grades zu. Am 30. Juni 2002 stellten die Eltern von B._ ein Gesuch um Verlängerung des Pflegebeitrages für Hilflosigkeit mittleren Grades und medizinischer Massnahmen in Form von Psychotherapie. Der Pflegebeitrag wurde am 21. November 2002 für die Zeit vom 1. Juli 2002 bis 31. März 2003 verlängert. Zur Klärung des Anspruchs auf Psychotherapie holte die IV-Stelle die Berichte des Dr. med. R._ vom 6. Dezember 2002 und des Dr. phil. G._ vom 1. Februar 2003 ein. Mit Verfügung vom 25. Februar 2003 verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf medizinische Massnahmen, da eine Verbesserung der Eingliederungsfähigkeit nicht gegeben sei. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 7. April 2003 fest. Am 30. Juni 2002 stellten die Eltern von B._ ein Gesuch um Verlängerung des Pflegebeitrages für Hilflosigkeit mittleren Grades und medizinischer Massnahmen in Form von Psychotherapie. Der Pflegebeitrag wurde am 21. November 2002 für die Zeit vom 1. Juli 2002 bis 31. März 2003 verlängert. Zur Klärung des Anspruchs auf Psychotherapie holte die IV-Stelle die Berichte des Dr. med. R._ vom 6. Dezember 2002 und des Dr. phil. G._ vom 1. Februar 2003 ein. Mit Verfügung vom 25. Februar 2003 verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf medizinische Massnahmen, da eine Verbesserung der Eingliederungsfähigkeit nicht gegeben sei. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 7. April 2003 fest. B. Die von den Eltern von B._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 16. September 2003 gut, indem es den Einspracheentscheid vom 7. April 2003 aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie über den Anspruch auf medizinische Massnahmen ab 1. Juli 2002 im Sinne der Erwägungen verfüge. B. Die von den Eltern von B._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 16. September 2003 gut, indem es den Einspracheentscheid vom 7. April 2003 aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie über den Anspruch auf medizinische Massnahmen ab 1. Juli 2002 im Sinne der Erwägungen verfüge. C. Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag auf Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und Bestätigung des Einspracheentscheids vom 7. April 2003. Während die Eltern von B._ auf eine Vernehmlassung verzichten, schliesst das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) auf Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.