Sachverhalt: A. Die X._ AG war bis April 2009 Eigentümerin der Parzelle Nr. 3 des Grundbuchs Horn (TG) und führte darauf früher einen Textilveredelungsbetrieb. Zum Werksgelände gehörte neben der Parzelle Nr. 3 auch die Parzelle Nr. 2, welche heute im Eigentum der A._ AG steht. Westlich an die Parzelle Nr. 2 angrenzend liegt die Parzelle Nr. 576 der B._ GmbH. Mit Verfügung des kantonalen Amtes für Umwelt vom 13. März 1995 wurde die Parzelle Nr. 3 in den Kataster der belasteten Standorte eingetragen. Das Amt für Umwelt bezeichnete die drei genannten Grundstücke am 5. Dezember 2006 als sanierungsbedürftig und verpflichtete die X._ AG, ein Sanierungsprojekt vorzulegen. Mit Entscheid vom 31. Oktober 2007 hiess das kantonale Departement für Bau und Umwelt (DBU) einen von der X._ AG gegen die Verfügung vom 5. Dezember 2006 erhobenen Rekurs teilweise gut und hob die ihr auferlegte Pflicht zur Ausarbeitung eines Sanierungsprojekts für die Parzelle Nr. 576 auf. Im Übrigen wies das Departement für Bau und Umwelt den Rekurs ab. Gegen diesen Entscheid des Departements für Bau und Umwelt gelangte die X._ AG mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Sie beantragte, dass sie lediglich zur Ausarbeitung eines Sanierungsprojekts für ihre Parzelle Nr. 3 zum Schutz der oberirdischen Gewässer (Art. 10 der Altlasten-Verordnung vom 26. August 1998, AltlV, SR 814.680) zu verpflichten sei. Zur Detailuntersuchung der Parzelle Nr. 2 sei die heutige Eigentümerin A._ AG, eventualiter die X._ AG, zu verpflichten. Die B._ GmbH sei als Inhaberin der Parzelle Nr. 576 zu verpflichten, für diese Parzelle eine allfällige Ergänzung der historischen und technischen Untersuchung zu prüfen. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 12. November 2008 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Januar 2009 beantragt die X._ AG im Wesentlichen, die ihr auferlegte Pflicht, ein Sanierungsprojekt gemäss Art. 9 AltlV zum Schutz des Grundwassers auszuarbeiten, sei aufzuheben. Im Übrigen sei das Verfahren zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Sie rügt eine unzutreffende Sachverhaltsfeststellung durch das Verwaltungsgericht und die Verletzung von Bundesrecht. C. Das kantonale Departement für Bau und Umwelt und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die A._ AG beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten bzw. die Beschwerde sei abzuweisen, soweit die Beschwerdeführerin unzutreffende Sachverhaltsfeststellung und die Verletzung von Bundesrecht rüge. Die B._ GmbH stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne; zumindest gelte dies, soweit die Beschwerdeführerin die Entbindung von ihren Realleistungspflichten (Detailuntersuchung im Sinne von Art. 14 AltlV) bezüglich der Parzelle Nr. 576 beantrage. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) teilt mit, das Sanierungskonzept müsse aus seiner Sicht die drei Parzellen Nrn. 2, 3 und 576 umfassen. Eine weitere Untersuchung auf den Grundstücken Nrn. 2 und 576 erscheine vor Beginn der Ausarbeitung des Sanierungsprojekts indessen nicht erforderlich. Im Übrigen teilt das BAFU die Auffassung des Verwaltungsgerichts. Ein Teil der Verfahrensbeteiligten machte von der Gelegenheit, sich zur Eingabe des BAFU zu äussern, Gebrauch. Sie halten an ihren Rechtsauffassungen und Anträgen fest. D. Mit Präsidialverfügung vom 26. Februar 2009 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt. E. Mit Schreiben vom 22. April 2009 teilt die Beschwerdeführerin mit, dass die X._ AG mit Beschluss der Generalversammlung vom 27. März 2009 aufgelöst wurde und als X._ AG in Liquidation firmiere. Die Parzelle Nr. 3 sei an die Eberhard Bau AG verkauft worden. F. Mit Eingabe vom 22. Juni 2009 zieht die Beschwerdeführerin ihre Beschwerde mit Bezug auf die Parzelle Nr. 3 vorbehaltlos zurück. Soweit ihr jedoch in Bezug auf die Parzelle Nr. 2 der A._ AG Verpflichtungen auferlegt wurden, hält sie an der Beschwerde fest.