Sachverhalt: A. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern veranlagte X.X._ im Rahmen eines Nachsteuerverfahrens mit Verfügung vom 2. Juli 2001 für die Steuerjahre 1993/1994 bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern auf einen steuerbaren Vermögensertrag aus Teilliquidation von Fr. 252'800.--. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie ab, worauf X.X._ an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern rekurrierte. Diese wies den Rekurs am 19. Oktober 2004 ab. Mit Entscheid vom 29. März 2005 trat das Verwaltungsgericht des Kantons Bern auf eine Beschwerde gegen den Rekursentscheid wegen Verspätung nicht ein. X.X._ erhob gegen diesen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht. Am 12. Mai 2005 starb X.X._, worauf seine Erben X.A._, X.B._, X.C._ und X.D._ in den Prozess eintraten. Mit Urteil vom 23. März 2006 hiess das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde gut und hob den angefochtenen Entscheid auf (Urteil 2P.120/2005). Das Verwaltungsgericht nahm in der Folge das Verfahren wieder auf und wies die Beschwerde mit Entscheid vom 23. August 2007 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten bzw. subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 18. September 2007 beantragen die Erben von X.X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 23. August 2007 sei aufzuheben und von der Veranlagung eines steuerbaren Einkommens infolge Teilliquidation im Nachsteuerverfahren sei abzusehen; ferner sei die Verfügung der Steuerbehörden vom 2. Juli 2001 aufzuheben. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Vernehmlassung verzichtet hat.