Sachverhalt: A. Am 9. Februar 2009 verurteilte die Bezirksgerichtliche Kommission Bischofszell X._ wegen Zweckentfremdung von Arbeitnehmerbeiträgen zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen à Fr. 40.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren sowie zu einer Busse von Fr. 600.--. X._ erhob gegen diesen Entscheid Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses hiess die Berufung am 29. September 2009 teilweise gut und reduzierte die Sanktion auf eine bedingte Geldstrafe von 10 Tagessätzen à Fr. 40.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren und einer Busse von Fr. 600.--. B. X._ führt gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Eventualiter sei von einer Bestrafung abzusehen. Subeventualiter sei die Strafsache zur rechtsgenüglichen Begründung und Vornahme ergänzender Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ beantragt ferner die Gewährung unentgeltlicher Rechtspflege und Verbeiständung. C. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragt die kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf überhaupt eingetreten werden könne. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.