Sachverhalt: A. Das Kantonsgericht Schaffhausen stellte im Eheschutzverfahren der Eheleute B.X._ und A.X._ am 1. April 2004 den gemeinsamen Sohn C.X._, geb. xx. April 2004, unter die Obhut von B.X._. Im Scheidungsverfahren beschloss es am 23. Oktober 2007 im Rahmen vorsorglicher Massnahmen, A.X._ sei u.a. berechtigt, C.X._ in ungeraden Jahren an Ostern und in geraden Jahren an Pfingsten zu sich zu nehmen. Ostern 2008 verbrachte C.X._ im Einverständnis der Mutter beim Vater. Am 8. Mai 2008 verfügte die Einzelrichterin am Kantonsgericht, B.X._ habe C.X._ am 9. Mai 2008, um 18 Uhr, an ihrer Wohnadresse seinem Vater zur Ausübung des Besuchsrechts bis Pfingstmontag zu übergeben. Für den Säumnisfall wies sie B.X._ auf die Strafdrohung von Art. 292 StGB hin. B.X._ verreiste über Pfingsten 2008 mit C.X._ nach München. B. Am 19. Mai 2008 erstattete A.X._ Strafanzeige gegen seine Ehefrau wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung und Entziehens von Unmündigen mit der Begründung, sie habe ihm C.X._ über Pfingsten nicht herausgegeben, sodass er sein Besuchsrecht nicht habe ausüben können. Das Untersuchungsrichteramt erliess am 18. Dezember 2008 und am 5. Mai 2009 Einstellungsverfügungen, welche beide im Rechtsmittelverfahren aufgehoben wurden. Am 12. August 2011 stellte die nunmehr zuständige Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen das Strafverfahren gegen B.X._ erneut ein. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies die Beschwerde von A.X._ gegen diese Einstellungsverfügung am 10. August 2012 ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A.X._, diesen Entscheid des Obergerichts aufzuheben, B.X._ der Entziehung von Unmündigen schuldig zu sprechen und angemessen zu bestrafen, sie zu verpflichten, ihm Fr. 887.-- zu bezahlen oder eventuell das Verfahren ans Obergericht zurückzuweisen. D. Das Obergericht teilt in seiner Vernehmlassung mit, dass es an seinem Entscheid festhalte. B.X._ beantragt sinngemäss, die Beschwerde abzuweisen. A.X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.