Sachverhalt: A. F._, geboren 1969, war von 1. Juli 1996 bis 31. Dezember 2005 beim Service U._ als Supervisor angestellt und in dieser Eigenschaft bei den SWICA Versicherungen AG (nachfolgend: Swica) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 23. Dezember 2004 wurde er in seinem stehenden Auto von hinten angefahren. Die Swica erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 20. Februar 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 16. Mai 2007, stellte die Swica ihre Leistungen per 31. Oktober 2005 ein. Sie verzichtete jedoch in ihrer Verfügung auf die Rückforderung der noch bis Ende 2006 erbrachten Leistungen. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 24. Oktober 2008 ab. C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Swica zu verpflichten, die ihm aus der obligatorischen Unfallversicherung und der Unfallversicherung in Ergänzung zum UVG zustehenden Leistungen zu erbringen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Swica schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Am 15. Januar 2009 liess F._ die Berichte des Dr. med. H._, Facharzt für Neurologie, vom 30. Dezember 2008 und des Osteopathen B._, Therapien/Rehabilitation, Spital X._, vom 9. Januar 2009 nachreichen.