Sachverhalt: A. Die X._ AG absorbierte im Jahr 2006 die zu 100% ihrer Tochtergesellschaft Y._ AG gehörende Z._ AG. Für das Geschäftsjahr 2006 wies sie einen Reingewinn von Fr. 2'866'619.-- aus und verrechnete diesen mit den Vorjahresverlusten der fusionierten Z._ AG von Fr. 889'956.--. Der Verlustvortrag setzte sich aus zwei Forderungsverzichten der Y._ AG gegenüber ihrer damals notleidenden Tochtergesellschaft (Z._ AG) zusammen. Einerseits ging es um den Verzicht auf das seinerzeit gewährte Startdarlehen von Fr. 499'956.--, andererseits um die Aufgabe einer Forderung aus Lieferungen und Leistungen von Fr. 390'000.--. B. Der Steuerkommissär veranlagte die X._ AG am 19. Dezember 2008 für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode 2006 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 2'866'600.--, wobei er keinen Verlustvortrag zuliess. Die hiergegen erhobene Einsprache hiess das Kantonale Steueramt Zürich am 30. Juni 2009 teilweise gut und setzte den steuerbaren Gewinn auf Fr. 2'366'600.-- herab, indem es den Darlehensverzicht von Fr. 499'956.-- zur Verrechnung zuliess. Auf Beschwerde hin erachtete die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich auch den Betrag von Fr. 390'000.-- als gewinnmindernd und wies die Sache mit Entscheid vom 20. Januar 2010 zur Überprüfung der Höhe des ganzen Verlustvortrags an die Vorinstanz zurück. Dagegen beschwerte sich die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das die Beschwerde am 30. Juni 2010 abwies, soweit es darauf eintrat. Auf eine gegen dieses Urteil gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht am 13. Dezember 2010 nicht ein (Urteil 2C_712/2010). C. Aufgrund des Rückweisungsentscheides der Kantonalen Steuerrekurskommission vom 20. Januar 2010 liess das Kantonale Steueramt den gesamten Verlustvortrag im Betrag von Fr. 889'956.-- zur Verrechnung zu. Das wurde von der Eidgenössischen Steuerverwaltung angefochten, aber von allen kantonalen Instanzen bestätigt, zuletzt vom Verwaltungsgericht mit Urteil vom 9. Mai 2012. D. Am 28. Juni 2012 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie stellt den Antrag, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 9. Mai 2012 aufzuheben und den steuerbaren Reingewinn 2006 der X._ AG bei der direkten Bundessteuer auf Fr. 2'866'556.-- festzusetzen. E. Die X._ AG und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonale Steueramt Zürich hat auf eine Stellungnahme verzichtet.