Sachverhalt: A. Die Kraftwerke Oberhasli AG (KWO) betreibt im Oberhasli neun Wasserkraftwerke, die aus 19 Wasserfassungen und 8 Stauseen (insgesamt 195 Mio. m3 Nutzinhalt) gespeist werden. Die Anlagen sind durch wasserführende Stollen und teilweise mit Pumpen untereinander verbunden. Mit Beschluss vom 12. Januar 1962 fasste der Regierungsrat des Kantons Bern sämtliche bestehenden Einzelkonzessionen der KWO in einer Gesamtkonzession für die damals sieben Kraftwerke zusammen. Mit Regierungsratsbeschluss vom 11. April 1973, genehmigt durch den Grossen Rat am 21. Mai 1973, wurde die Gesamtkonzession um zwei Projekte (Überleitung Handegg-Trift mit Zentrale Handegg III und Umwälzwerk Grimsel-Oberaar) ergänzt. B. Am 14. Oktober 2005 reichte die KWO beim Wasserwirtschaftsamt des Kantons Bern (WWA) ein Baugesuch für die Vergrösserung des Grimselsees ein. Das Vorhaben bildet Teil 3 des Investitionsvorhabens "KWO plus" und umfasst u.a. die Sanierung und Erhöhung der Staumauern Seeuferegg um 21.4 m und Spittellamm um 22 m sowie die Erhöhung der Staukote des Stausees Grimsel um 23 m auf 1'931.74 m.ü.M.. Mit Verfügung vom 28. Oktober 2005 wurde das Baubewilligungsverfahren als Leitverfahren festgelegt. Gegen das Vorhaben gingen 237 Einsprachen ein. Mit Gesamtbauentscheid vom 14. März 2007 erteilte das WWA dem Vorhaben die Baubewilligung mit 19 integrierten weiteren Bewilligungen, zahlreichen Bedingungen und Auflagen, und wies die Einsprachen ab. C. Gegen den Gesamtbauentscheid erhoben im April 2007 zahlreiche Einsprecher Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, darunter der Fischerei-Verein und Pachtvereinigung Oberhasli Meiringen und die Fischerei-Pachtvereinigung Interlaken (im Folgenden: Beschwerdegegner 1), Pro Natura Berner Oberland, WWF Bern, Pro Natura Bern, WWF Schweiz, Pro Natura - Schweizerischer Bund für Naturschutz, Greenpeace Schweiz, Stiftung Landschaftsschutz Schweiz, Schweizerische Greina-Stiftung, Rheinaubund, Schweizerische Energie-Stiftung, Grimselverein und Aqua Viva (im Folgenden: Beschwerdegegner 2) sowie die Grünen Kanton Bern (Beschwerdegegnerin 3). Am 3. April 2008 hob das Verwaltungsgericht den Gesamtbauentscheid und das koordinierte Baubewilligungsverfahren vom Amtes wegen auf. Es nahm an, das Projekt erfordere eine Änderung der bestehenden Konzession und sei deshalb im Konzessionsverfahren zu beurteilen; dabei müsse das Kraftwerk Grimsel 1 (Maschinengruppe Grimsel) konzessionsrechtlich umfassend neu beurteilt werden. Hierfür sei nicht das WWA, sondern der Grosse Rat zuständig. D. Dagegen hat die KWO am 2. Mai 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, das Baubeschwerdeverfahren gegen den Gesamtbauentscheid des WWA fortzuführen. E. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das WWA hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Die Beschwerdegegner 1 schliessen auf Beschwerdeabweisung; eventualiter sei die Beschwerde insofern nur teilweise gutzuheissen, als die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen sei, insbesondere zur konkreten Festlegung der mit einer Bewilligung verbundenen Auflagen betreffend Sanierungsmassnahmen, Schwall-Sunk-Betrieb, Spülreglement, Aufwertungsmassnahmen, Algenwuchs im Brienzersee und zusätzlichen Untersuchungen und Überwachungen. Die Beschwerdegegner 2 beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin 3 verzichtet auf eine Teilnahme am bundesgerichtlichen Verfahren. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält die Beurteilung des Verwaltungsgerichts, wonach das Vorhaben der Beschwerdeführerin eine Änderung der wesentlichen Bestandteile der Konzession darstellt und somit nicht im Baubewilligungsverfahren, sondern im Konzessionsverfahren zu beurteilen sei, für bundesrechtskonform. Beim Verfahren zur Verleihung einer neuen Konzession seien die Umweltvorschriften des geltenden Bundesrechts für Neuanlagen, insbesondere diejenigen der Gewässerschutz- und der Fischereigesetzgebung, anzuwenden. Das Bundesamt für Energie teilt mit, dass es sich den rechtlichen Folgerungen im angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts grundsätzlich anschliessen könne, und verzichtet auf weitere Ausführungen. F. In ihren Stellungnahmen zu den Vernehmlassungen hielten die Beteiligten an ihren Anträgen fest.