Sachverhalt: A. Der 1970 geborene W._ war vom 1. Juli 2001 bis 30. April 2004 bei der Lebensversicherung X._ angestellt und gestützt auf dieses Arbeitsverhältnis bei der Pensionskasse Berner Versicherungs-Gruppe (im Folgenden: Pensionskasse) berufsvorsorgeversichert. Mit Austrittsabrechnung vom 16. Juni 2004 bezifferte die Pensionskasse die Austrittsleistung auf Fr. 83'484.05, und am 21. Juni 2004 überwies sie diesen Betrag zuzüglich Zins von Fr. 295.65 an die "Zürich" Versicherungs-Gesellschaft als Vorsorgeeinrichtung der neuen Arbeitgeberfirma. Mit Schreiben vom 14. April 2005 teilte die Pensionskasse der "Zürich" mit, die Freizügigkeitsleistung belaufe sich lediglich auf Fr. 30'128.15; gleichzeitig ersuchte sie um Rückerstattung des zu viel überwiesenen Betrags von Fr. 53'355.70. Die "Zürich" teilte am 27. Februar 2006 mit, dass der Kollektivversicherungsvertrag mit der neuen Arbeitgeberin von W._ auf die National Versicherung übergegangen sei, worauf die Pensionskasse in ihrer weiteren Korrespondenz sowohl diese Versicherung als auch W._ persönlich zur Rückerstattung von Fr. 53'355.70 aufforderte. Mit Schreiben vom 26. Februar 2007 erhob der Rechtsvertreter von W._ die Einrede der Verjährung. B. Am 23. Mai 2007 erhob die Pensionskasse Klage mit dem Rechtsbegehren, W._ sei zu verpflichten, ihr Fr. 53'543.40 nebst Zins von 3.25 % ab 1. Juni 2004 und von 3.5 % ab 1. Januar 2005 zu bezahlen. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich führte einen doppelten Schriftenwechsel durch und wies die Klage mit Entscheid vom 18. September 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Pensionskasse ihr vorinstanzlich gestelltes Rechtsbegehren erneuern. W._ lässt Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.