Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Lenzburg verurteilte X._ am 23. August 2012 wegen mehrfacher Vergewaltigung, mehrfacher sexueller Nötigung, mehrfacher einfacher Körperverletzung, mehrfacher versuchter schwerer Körperverletzung und weiterer Delikte zu einer Freiheitsstrafe von viereinhalb Jahren und einer Busse von Fr. 1'000.--. Dabei rechnete es die ausgestandene Untersuchungshaft vom 18. bis 26. März 2010 auf die Freiheitsstrafe an. Es beschloss zudem, dass der Beschuldige in Sicherheitshaft zu versetzen sei. Mit Eingabe vom 27. August 2012 stellte X._ ein Gesuch um Haftentlassung. Das Bezirksgericht Lenzburg wies das Gesuch mit Beschluss vom 3. September 2012 ab und befristete die Sicherheitshaft bis zum 23. Februar 2013. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau mit Entscheid vom 2. Oktober 2012 ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 5. November 2012 beantragt X._, das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben und er selbst sei sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf eine Stellungnahme verzichtet.