Sachverhalt: A. Im Rahmen einer Strafuntersuchung gab X._ zu, Kokain konsumiert zu haben. Gestützt auf den Rapport der Kantonspolizei Zürich ordnete die Abteilung Administrativmassnahmen des Strassenverkehrsamts des Kantons Zürich am 25. Juni 2009 eine verkehrsmedizinische Untersuchung an, der sich X._ am 19. November 2009 unterzog. Am 2. Februar 2010 beliess die Abteilung Administrativmassnahmen X._ den Führerausweis unter der Auflage, eine kontrollierte Alkohol- und Betäubungsmittelabstinenz einzuhalten und an regelmässigen Besprechungen mit einer Fachperson für Alkoholprobleme teilzunehmen. Gestützt auf das Ergebnis einer Abstinenzkontrolle vom 16. August 2010, wonach X._ sowohl Alkohol als auch Kokain konsumiert habe, entzog ihm die Abteilung Administrativmassnahmen am 12. November 2010 den Führerausweis auf unbestimmte Zeit und machte die Wiedererteilung von einem günstigen verkehrsmedizinischen Gutachten abhängig. Die Rekursabteilung der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich wies den Rekurs von X._ am 2. September 2011 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde von X._ gegen diesen Rekursentscheid am 13. Dezember 2011 ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ sinngemäss, das Verwaltungsgerichtsurteil aufzuheben, ihm den Führerausweis allenfalls unter Auflagen wiederzuerteilen oder allenfalls einen Warnungsentzug von 3 Monaten zu verhängen. Ausserdem sei er zu entschädigen. Er ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und, falls notwendig, die Beigabe eines unentgeltlichen Rechtsvertreters. C. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet im Übrigen auf Vernehmlassung. Die Abteilung Administrativmassnahmen und die Rekursabteilung der Sicherheitsdirektion beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das ASTRA beantragt, die Beschwerde abzuweisen.