Sachverhalt: A. A.a Mit öffentlicher Urkunde vom 18. Februar 1986 erwarb B._ (Jg. 1941) von D._ (Jg. 1901) und B._ sen. (Jg. 1916) die beiden Grundstücke IR Birmenstorf Nr. 01._ und IR Birmenstorf Nr. 02._ zum Preis von Fr. 50'000.--. Im Gegenzug räumte der Käufer B._ der Verkäuferin D._ ein lebenslängliches und unentgeltliches Nutzniessungsrecht an IR Birmenstorf Nr. 01._ ein. Ausserdem gewährte er seinen beiden Brüdern, Y._ (Jg. 1944) und Z._ (Jg. 1946), (Beschwerdegegner) an den beiden Grundstücken IR Birmenstorf Nr. 01._ und Nr. 02._ Vorkaufsrechte sowie Kaufsrechte. Ziff. C.II. der öffentlich beurkundeten Vereinbarung vom 18. Februar 1986 lautet als massgebliche Bestimmung zu den hier streitigen Kaufsrechten wie folgt: "Rechtseinräumung/Kaufpreise Herr B._, 1941, als neuer Eigentümer der beiden Grundstücke 1. IR Birmenstorf Nr. 01._ (...) 2. IR Birmenstorf Nr. 02._ (...) räumt hiermit seinen beiden Brüdern, die Herren Y._, 1944, und Z._, 1946, beide von und in Birmenstorf, an den vorgenannten Grundstücken IR Birmenstorf Nrn. 01._ und 02._ folgende Kaufsrechte im Sinne der gesetzlichen Vorschriften zu den nachgenannten Bedingungen ein: a) An IR Birmenstorf Nr. 01._, Parz. 03._: Ein Kaufsrecht zum Preis von Fr. 45'000.-- (Franken fünfundvierzigtausend); b) An IR Birmenstorf Nr. 02._, Parz. 04._: Ein Kaufsrecht zum Preis von Fr. 5'000.-- (Franken fünftausend). Die Kaufsrechte sind nur dann ausübbar, wenn der Kaufsrechtsgeber ohne Nachkommen verstorben ist. Der oder die Kaufsrechtsberechtigten haben den Kaufpreis bei Ausübung des Rechtes bar innert 30 Tagen seit Ausübung des Kaufsrechts zu bezahlen. Die Kaufsrechte können von den Berechtigten gemeinsam als Miteigentümer zu je 1/2 oder vom Einzelnen mit Zustimmung des anderen Berechtigten ausgeübt werden. Die Kaufsrechte sind nicht übertragbar, aber vererblich." Unter Ziff. C.lV. der Vereinbarung wurde zudem Folgendes vereinbart: "Dauer der Kaufsrechte Die beiden Kaufsrechte beginnen mit Eintrag im Grundbuch (Tagebucheintrag) und werden auf unbestimmte Zeit eingeräumt. Die Eintragung im Grundbuch kann nur für die maximale Dauer von 10 Jahren erfolgen. Danach gelten die Kaufsrechte unter den Vertragsparteien aber mit obligatorischer Wirkung weiter. Wird nach Ablauf der Vormerkungsfrist ein neuer Eintrag gewünscht, so ist diesbezüglich eine neue Vereinbarung notwendig." In Ergänzung hierzu räumte B._ seinen beiden Brüdern in der gleichen öffentlichen Urkunde je ein limitiertes Vorkaufsrecht an den beiden Grundstücken ein. Die Vorkaufsrechte sollten im Grundbuch vorgemerkt werden. Die Urkunde vom 18. Februar 1986 enthält weiter einen "Nachtrag zum Kaufsrechtsvertrag (Ziff. C)" mit folgendem Wortlaut: "Die Kaufsrechtsberechtigten, die Herren Y._, 1944, und Z._, 1946, nehmen zur Kenntnis, dass das vereinbarte Kaufsrecht wegen der eventuellen Nicht-Ausübbarkeit (wenn der Kaufsrechtsgeber B._, 1941, in den nächsten 10 Jahren nicht stirbt) im Grundbuch nicht eingetragen werden kann. Die Kaufsrechtsberechtigten erklären sich damit einverstanden, dass das Kaufsrecht deshalb nur rein obligatorisch, ohne Grundbucheintrag gilt. Die Grundbuchanmeldung betr. das Kaufsrecht wird hiermit zurückgezogen." A.b Am 30. März 1986 vereinbarten die Parteien mit einem "Ergänzungsvertrag zum Kauf-/Kaufsrechtsvertrag etc. vom 18. Februar 1986" einen neuen Vorkaufspreis für den Fall, dass B._ in das Wohnhaus Nr. 05._ eigene Mittel investieren würde. A.c Mit öffentlicher Urkunde vom 21. Februar 1992 übertrug B._ seinen beiden Brüdern schenkungsweise je 1/100 Miteigentum an den beiden Grundstücken IR Birmenstorf Nr. 01._ und Nr. 02._. Je 98/100 Miteigentum an den beiden Grundstücken verblieben bei ihm. Das auf der Grundlage der Vereinbarung vom 18. Februar 1986 eingetragene Vorkaufsrecht wurde gelöscht, und das gesetzliche Vorkaufsrecht der Miteigentümer wurde geändert. A.d Am 11. September 1997 verstarb B._. Er hatte seine Ehefrau X._ (Beschwerdeführerin) im Erbvertrag vom 10. September 1993 als Universalerbin für sein ganzes Vermögen eingesetzt. Diese Erbeneinsetzung stand zwar im Widerspruch zum Erbvertrag, den B._ mit den Beschwerdegegnern am 23. Januar 1992 abgeschlossen hatte und wonach die hier streitigen Miteigentumsanteile von 98/100 bei seinem Tod zu einem Anrechnungswert von Fr. 60'000.-- an die Beschwerdegegner oder deren Nachkommen fallen sollten. Im Verfahren OR.1998.50650 wurde die Verfügung zugunsten der Beschwerdeführerin im Erbvertrag vom 10. September 1993 als gültig beurteilt, weil B._ beim Abschluss des Erbvertrags vom 23. Januar 1992 mit seinen Brüdern Y._ und Z._ unter Drohung bzw. Zwang im Sinne von Art. 469 ZGB gestanden hatte. A.e Mit Schreiben vom 11. Dezember 2003 erklärten die Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin, sie übten auf der Grundlage der öffentlichen Urkunde vom 18. Februar 1986 die Kaufsrechte für die Grundstücke IR Birmenstorf Nr. 01._ und Nr. 02._ aus. B. B.a Mit Klage vom 12. Mai 2005 stellten die Beschwerdegegner dem Bezirksgericht Baden folgenden Antrag: "1. Das Grundbuchamt Baden sei anzuweisen, a) die 98/100 Miteigentum der Beklagten an - IR Birmenstorf Nr. 01._, Kat. Plan 06._, Parzelle 03._ 1,10 a Gebäudeplatz und Umgelände, E._wegli Wohnhaus Nr. 05._ Schopf Nr. 07._ - IR Birmenstorf Nr. 02._, Kat. Plan 06._, Parzelle 04._ 1,05 a Umgelände, E._wegli mit je 49/100 auf die Kläger 1 und 2 zu übertragen, unter Übernahme der Schuldpflicht per Eigentumsübertrag auf alle auflastenden Gesamtpfandrechte über insgesamt Fr. 540'000.--, mit Maximalzinsfuss 9 % durch die Kläger 1 und 2, wofür diese miteinander solidarisch haften, b) auf Wunsch der Beklagten sei zu ihren Gunsten auf den beiden Grundstücken ein lebenslängliches und ausschliessliches Wohnrecht gemäss Art. 776-778 ZGB einzutragen. 2. Soweit die durch die Kläger 1 und 2 übernommene Schuldpflicht für den auflastenden Namenschuldbrief ersten Ranges vom 21. Februar 1992 über Fr. 140'000.-- mit Maximalzinsfuss 9 % effektiv grösser ist als Fr. 49'000.--, sei die Beklagte zu verurteilen, den Klägern 1 und 2 je die Hälfte der Differenz zu zahlen, sollte die effektive Schuld kleiner sein, wären die Kläger zu verpflichten, der Beklagten die Differenz zu zahlen." Zur Begründung führten die Beschwerdegegner aus, nach der Einräumung der Kaufsrechte und der Vorkaufsrechte zu ihren Gunsten habe B._ die Liegenschaft E._wegli renoviert und für die Finanzierung einen Schuldbrief über Fr. 140'000.-- errichtet. In diesem Zusammenhang seien die vorgemerkten Vorkaufsrechte gelöscht worden; ihnen seien aber je 1/100 Miteigentum an den Grundstücken übertragen und es sei die Abänderung des gesetzlichen Vorkaufsrechts vorgemerkt worden. Zur weiteren Absicherung der Vorkaufsrechte seien auf den Miteigentumsanteilen von B._ zwei Inhaberschuldbriefe von je Fr. 200'000.-- errichtet und je einer an die beiden Beschwerdegegner übergeben worden. Das Kaufsrecht sei aber weiterhin gültig gewesen. Als Universalerbin habe die Beschwerdeführerin von B._ sämtliche Rechte und Pflichten im Zusammenhang mit dem Kaufsrecht aufgrund des Vertrags vom 18. Februar 1986 übernommen. Mit Einschreiben vom 11. Dezember 2003 hätten die Beschwerdegegner ihr Kaufsrecht ausgeübt. Das Kaufsrecht habe sich nach der Schenkung von je 1/100 Miteigentum an die Beschwerdegegner auf die bei B._ verbliebenen 98/100 Miteigentum bezogen. Die Beschwerdeführerin sei im Verfahren betreffend Ungültigkeit des Erbvertrags vom 23. Januar 1992 ermächtigt worden, sich als Miteigentümerin zu 98/100 im Grundbuch eintragen zu lassen, verweigere nun aber die Eigentumsübertragung auf der Grundlage der Kaufsrechtsausübung. Die Differenz zwischen dem geschuldeten Kaufpreis und der aktuellen Hypothekarbelastung sei auszugleichen. Mit als "Klage" bezeichneter Eingabe vom 4. Mai 2005 beantragte die Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegner seien je einzeln bzw. gemeinsam und solidarisch zu verpflichten, ihr die beiden Inhaberschuldbriefe von je Fr. 200'000.--, haftend im gleichberechtigten 1. Rang auf dem Miteigentumsanteil A der Beschwerdeführerin auf IR Birmenstorf Nr. 01._ und Nr. 02._, unbelastet herauszugeben. Zur Begründung machte die Beschwerdeführerin geltend, es seien ihr mit rechtskräftigem Urteil 98/100 Miteigentum an den Grundstücken IR Birmenstorf Nr. 01._ und Nr. 02._ zugesprochen worden. Die Beschwerdegegner hätten sich von ihrem verstorbenen Ehemann B._ mit Druck und Zwang je 1/100 Miteigentum an diesen Grundstücken sowie je einen Schuldbrief übertragen lassen. Da die Beschwerdegegner die Herausgabe der Schuldbriefe verweigerten, müsse sie diese gerichtlich herausverlangen. Mit Verfügung vom 4. Oktober 2005 vereinigte der Präsident des Bezirksgerichts die mit den Klagen der beiden Parteien eingeleiteten Verfahren und verfügte, die Klageschrift der Beschwerdeführerin vom 4. Mai 2005 sei formell als Widerklage im zuerst eingeleiteten Verfahren zu behandeln. Die Beschwerdegegner hielten mit Replik und Widerklageantwort an den Ziffern 1a und 2 ihres Rechtsbegehrens fest. Da die Beschwerdeführerin erklärt habe, sie wolle ihr Wohnrecht ausüben, sei die Ziffer 1b wie folgt zu ändern: "Das Grundbuchamt Baden sei anzuweisen, b) zu Gunsten der Beklagten auf den beiden Grundstücken ein lebenslängliches und ausschliessliches Wohnrecht gemäss Art. 776-778 ZGB einzutragen." Am 22. November 2007 fällte das Bezirksgericht folgendes Urteil: "1. Das Grundbuchamt Baden wird angewiesen, die 98/100 Miteigentum der Beklagten und Widerklägerin an den Grundstücken IR Birmenstorf Nr. 01._, Kat. Plan 06._, Parzelle 03._, 1,10 a Gebäudeplatz und Umgelände, E._wegli, Wohnhaus Nr. 05._, Schopf Nr. 07._ und IR Birmenstorf Nr. 02._, Kat. Plan 06._, Parzelle 04._, 1,05 a Umgelände, E._wegli, mit je 49/100 auf die Kläger und Widerbeklagten 1 und 2 zu übertragen, unter Übernahme der Schuldpflicht per Eigentumsübertrag für alle auflastenden Gesamtpfandrechte. 2. Das Grundbuchamt Baden wird angewiesen, zu Gunsten der Beklagten und Widerklägerin auf den Grundstücken IR Birmenstorf Nr. 01._, Kat. Plan 06._, Parzelle 03._, 1,10 a Gebäudeplatz und Umgelände, E._wegli, Wohnhaus Nr. 05._, Schopf Nr. 07._ und IR Birmenstorf Nr. 02._, Kat. Plan 06._, Parzelle 04._, 1,05 a Umgelände, E._wegli, ein lebenslängliches und ausschliessliches Wohnrecht gemäss Art. 776 bis 778 ZGB einzutragen. 3. Falls die durch die Kläger und Widerbeklagten übernommene Schuldpflicht für den auflastenden Namenschuldbrief ersten Ranges vom 21.02.1992 über Fr. 140'000.-- mit Maximalzinsfuss 9 % effektiv grösser ist als Fr. 50'000.--, wird die Beklagte und Widerklägerin verpflichtet, den Klägern und Widerbeklagten je die Hälfte der Differenz zu bezahlen. Sollte die effektive Schuldpflicht kleiner sein, werden die Kläger und Widerbeklagten verpflichtet, der Beklagten und Widerklägerin die Differenz zu bezahlen. 4. Die Widerklage wird abgewiesen." Zur Begründung führte das Bezirksgericht aus, die Auslegung der Kaufsrechtsvereinbarung in der öffentlichen Urkunde vom 18. Februar 1986 erfolge, da der tatsächliche Vertragswille nach dem Tod von B._ nicht mehr festgestellt werden könne, nach dem Vertrauensprinzip. Die Formulierung, wonach die Kaufsrechte mit Eintrag im Grundbuch beginnen würden, stelle bei grammatikalischer Auslegung keine Bedingung dar, sondern beziehe sich auf einen rein zeitlichen Aspekt. Die systematische Auslegung ergebe, dass in Ziff. C.ll. der öffentlichen Urkunde Rechte eingeräumt und Bedingungen explizit und übersichtlich formuliert worden seien. Wären die Parteien davon ausgegangen, dass die Kaufsrechte nur unter der Bedingung des Grundbucheintrages hätten entstehen sollen, so wäre eine solche Bedingung in Ziff. C.ll., in der auch die anderen Bedingungen aufgeführt worden seien, aufgenommen worden. Insgesamt sei davon auszugehen, dass die Kaufsrechte auch ohne Vormerkung gelten sollten. Dieser Befund sei durch die Aussage des Zeugen und beurkundenden Notars Dr. F._ bestätigt worden; der Zweck der Kaufsrechte habe darin bestanden, die Grundstücke in der Familie zu behalten. Die Kaufsrechte seien durch die Übertragung von Miteigentumsanteilen an die Beschwerdegegner in der öffentlichen Urkunde vom 21. Februar 1992 nicht untergegangen: Mit der Übertragung von Miteigentum seien nicht die Grundstücke, sondern allein die Ausübung der Eigentumsrechte daran geteilt worden. Die Kaufsrechte bestünden entsprechend weiterhin für die in Miteigentum aufgeteilten Grundstücke. Die Beschwerdegegner hätten ihr Kaufsrecht mit Schreiben vom 11. Dezember 2003 gültig ausgeübt, so dass die Klage hinsichtlich der Eigentumsübertragung gutzuheissen sei. Auch das Klagebegehren betreffend die Übertragung der auf den Grundstücken lastenden Schuldbriefe sei gutzuheissen: Dass die Grundstücke im Zeitpunkt der Vereinbarung der Kaufsrechte unbelastet gewesen seien und der Wert der Kaufsrechte mit Fr. 50'000.-- angegeben worden sei, müsse dazu führen, dass die Beschwerdegegner allfällige Hypothekarschulden vom Kaufpreis in Abzug bringen könnten. Die Beschwerdeführerin sei daher zu verpflichten, den Beschwerdegegnern den Differenzbetrag zwischen dem Kaufpreis von Fr. 50'000.-- und einer allfälligen höheren effektiven Hypothekarschuld zu bezahlen. Der Beschwerdeführerin sei nach Ziff. C.Vll. der öffentlichen Urkunde vom 18. Februar 1986 für den Fall, dass sie den Kaufsrechtsgeber überlebt und im Wohnhaus bleiben möchte, ein unentgeltliches Wohnrecht eingeräumt worden. Die Beschwerdeführerin habe für den Fall des Bestandes des Kaufsrechts erklärt, das Wohnrecht zu beanspruchen und die Beschwerdegegner hätten in der Replik ausgeführt, das Wohnrecht zu akzeptieren. Daher sei zugunsten der Beschwerdeführerin ein lebenslängliches und ausschliessliches Wohnrecht nach Art. 776 bis 778 ZGB im Grundbuch einzutragen. Die Klage sei demzufolge vollumfänglich gutzuheissen. B.b Gegen dieses Urteil appellierte die Beschwerdeführerin an das Obergericht des Kantons Aargau mit dem Antrag, die Klage abzuweisen und die Widerklage gutzuheissen. Mit Urteil vom 30. April 2009 wies das Obergericht die Appellation ab. Es kam zum Schluss, dass die Parteien in der Vereinbarung vom 18. Februar 1986 die beiden Kaufsrechte inter partes gültig vereinbart hätten und die persönliche Pflicht zur Erfüllung der Kaufsrechtsvereinbarung von B._ auf die Beschwerdeführerin als dessen Erbin übergegangen sei. Die Klage war damit gutzuheissen. Das Obergericht erwog weiter, da infolgedessen die Beschwerdegegner auch für die Miteigentumsanteile, die bisher im Eigentum der Beschwerdeführerin gestanden seien, als Eigentümer im Grundbuch eingetragen würden, blieben die beiden streitigen Schuldbriefe von je Fr. 200'000.-- als Eigentümerschuldbriefe auf den beiden Grundstücken bestehen und der Beschwerdeführerin fehle der Rechtsgrund für einen Herausgabeanspruch. Demnach wies es die Widerklage ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 30. April 2009 aufzuheben. Die Klage sei abzuweisen und die Widerklage gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegner beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. D. Mit Präsidialverfügung vom 28. September 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.