(Margenbesteuerung), hat sich ergeben: A.- Die Garage X._ AG handelt mit neuen und gebrauchten Motorfahrzeugen und führt Service- und Reparaturarbeiten an Motorfahrzeugen aus. Sie ist im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingetragen. Gestützt auf die Ergebnisse einer im Betrieb der Steuerpflichtigen vorgenommenen Kontrolle stellte ihr die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Ergänzungsabrechnung Nr. 17938 vom 17. September 1997 für die Mehrwertsteuer 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1997 Fr. 109'988.-- in Rechnung. Die Nachbelastung hat ihren Grund darin, dass die Steuerpflichtige beim Verkauf von gebrauchten Motorfahrzeugen in den Kundenrechnungen auf die Mehrwertsteuer hingewiesen hatte, obschon sie die Steuer aufgrund der Differenz zwischen Verkaufs- und Ankaufspreis abrechnete (sog. Differenzbesteuerung) und in diesen Fällen keine Hinweise auf die Steuer in den Rechnungen enthalten sein dürfen. Mit Entscheid vom 28. Mai 1998, bestätigt auf Einsprache hin am 2. August 1999, hielt die Eidgenössische Steuerverwaltung an der Steuerforderung, mit einer geringfügigen Korrektur beim Steuerbetrag, fest. B.- Mit Entscheid vom 14. November 2000 hiess die Eidgenössische Steuerrekurskommission die Beschwerde der Garage X._ AG im Sinne der Erwägungen teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Die Steuerrekurskommission erwog, die Anwendung der Differenzbesteuerung beim Verkauf eines gebrauchten Fahrzeuges könne nicht davon abhängig gemacht werden, dass die Kundenrechnung keinen Hinweis auf die Mehrwertsteuer enthalte. Art. 28 Abs. 4 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer bestimme, wie die Rechnung bei einem nach der Differenzmethode besteuerten Geschäft abgefasst werden müsse, nicht aber die Voraussetzungen für die Differenzbesteuerung. Wohl müsse der Gefahr begegnet werden, dass der Abnehmer eines nach der Differenzmethode abgerechneten Geschäfts aufgrund des falschen Hinweises in der Rechnung auf die Mehrwertsteuer den Vorsteuerabzug vornehme. Diese Gefahr bestehe indessen nicht oder nicht mehr, wenn die fraglichen Rechnungen vor ihrer Verwendung durch den Abnehmer von der Garage wieder erlangt und vernichtet würden oder wenn die Lieferung an einen nicht der Mehrwertsteuer unterstehenden Abnehmer erfolgt sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung habe die Sache gemäss diesen Grundsätzen neu zu prüfen. C.- Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, es sei der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 2. August 1999 zu bestätigen. Die Garage X._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerrekurskommission verzichtete auf Vernehmlassung.