Sachverhalt: A. Die Gemeindeversammlung Hinwil beschloss am 20. September 2007 Zustimmung zur Initiative betreffend Änderung des kommunalen Zonenplans Lenzdörfli. Der kommunale Zonenplan soll dergestalt geändert werden, dass das seit 1993 in der Zone WG/2.6 gelegene Quartier Lenzdörfli neu der Zone W/1.8 zugeteilt werde. Gegen diesen Beschluss rekurrierte die X._ AG, Eigentümerin eines 953 m2 grossen Grundstücks im Gebiet Lenzdörfli, wegen der durch die Zonenplanänderung erwirkten Einschränkung der Baufreiheit (Abzonung) an die Baurekurskommission III und beantragte die Aufhebung der Umzonung. Die Baurekurskommission wies den Rekurs am 21. Mai 2008 ab. In der Folge beschwerte sich die X._ AG gegen den Entscheid der Baurekurskommission beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Am 25. November 2008 genehmigte die Baudirektion des Kantons Zürich die beschlossene Teilrevision des Zonenplans. Mit Entscheid vom 20. August 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde der X._ AG ab. B. Die X._ AG hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass der angefochtene Beschluss der Gemeindeversammlung Hinwil unrechtmässig sei. C. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet im Übrigen auf Stellungnahme. Die Gemeinde Hinwil verzichtet ebenfalls auf Vernehmlassung.