Sachverhalt: A. A.a Der 1970 geborene M._ war bis 30. April 2003 Chauffeur bei der Firma X._ AG. Danach war er arbeitslos und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 17. Juni 2004 war er auf der Autobahn in eine Auffahrkollision involviert. Das Spital Z._ diagnostizierte eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der Lendenwirbelsäule (LWS). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Sie holte diverse Arztberichte, eine biomechanische Kurzbeurteilung (Triage) der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 31. Januar 2005 und ein polydisziplinäres (internistisches, rheumatologisches, neurologisches und psychiatrisches) Gutachten der Academy Y._, Universitätsspital B._, vom 2. Juli 2007 ein. Hierin wurden folgende Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt: Chronisches zervikovertebrales bis zervikozephales Schmerzsyndrom (ICD-10 M54.2/M53.0) bei/mit Status nach HWS-Distorsion am 17. Juni 2004; kleiner medianer bis mediolateraler Diskushernie rechts bei degenerativen Bandscheibenveränderungen, ohne Einengung des Spinalkanals, ohne Nervenwurzelkompression; pseudoradikulärer Schmerzausstrahlung ohne sensomotorisches radikuläres Reiz- oder Ausfallsyndrom; Wirbelsäulenfehlhaltung und muskulärer Dysbalance. Ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit seien eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) und eine leichte depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F32.01). Mit Verfügung vom 27. August 2007 stellte die SUVA die Leistungen per 31. August 2007 ein. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie ab. Es bestünden keine organisch objektivierbaren Unfallfolgen. Die adäquate Kausalität zwischen dem Unfall und den anhaltenden Beschwerden sei nach der Praxis für psychische Unfallfolgen zu verneinen (Entscheid vom 27. Februar 2008). A.b Mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich den Rentenanspruch des Versicherten. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. November 2009 ab. Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_65/2010. B. Die gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 27. Februar 2008 erhobene Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 27. November 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm die UVG-Leistungen aus dem Unfall vom 17. Juni 2004 über den 31. August 2007 hinaus zu gewähren; die Sache sei zur Durchführung eines polydisziplinären Gutachtens, zur Bestätigung des adäquaten Kausalzusammenhangs und zur Festlegung der Rente und Integritätsentschädigung an die SUVA zurückzuweisen. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit (BAG) verzichtet auf eine Vernehmlassung. Am 15. Juli 2010 schickte das Bundesgericht der SUVA und dem BAG die im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren abgegebenen Vernehmlassungen des BSV vom 4. Juni 2010 (samt Schreiben der Academy Y._ vom 25. Mai 2010) und des Versicherten vom 16. Juni 2010 zur Stellungnahme. Die SUVA schliesst sich mit Eingabe vom 23. Juli 2010 den Ausführungen des BSV an; das BAG verzichtet auf eine Stellungnahme.