Sachverhalt: A. A._ wird vorgeworfen, am 7. Oktober 2005 mit Hilfe seines Laptops, Scanners und Druckers sowie einer Farbkopiermaschine in der Landesbibliothek in Glarus insgesamt acht Zweihunderternoten hergestellt zu haben. Gleichentags setzte er in den Restaurants Sternen in Netstal/GL und Mc Donald's in Glarus je eine sowie in der Diskothek BlueBox in Niederurnen/GL drei dieser Blüten erfolgreich ab. Am 12. Oktober 2005 wies die Verkäuferin am Bahnhofskiosk in Netstal eine Note als gefälscht zurück. Am 15. Oktober 2005 bezahlte er im Club Q in Zürich zunächst zwei Konsumationen jeweils mit einer der gefälschten Zweihunderternoten, beim Versuch, eine dritte Konsumation mit Falschgeld zu bezahlen, wurde er festgenommen. B. Am 22. November 2006 sprach der Einzelrichter der Strafkammer des Bundesstrafgerichts A._ schuldig der Geldfälschung gemäss Art. 240 Abs. 1 und 2 StGB sowie des mehrfachen Betrugs nach Art. 146 Abs. 1 StGB und bestrafte ihn mit drei Monaten Gefängnis, bedingt vollziehbar (Dispositivziffern 3 und 4). Vom Vorwurf des Betrugs zulasten der Restaurants Sternen und Mc Donald's wurde er freigesprochen (Dispositivziffer 1). Das Verfahren wegen Betrugs zulasten des Bahnhofskiosks Netstal wurde eingestellt (Dispositivziffer 2). C. Dagegen erhebt die Bundesanwaltschaft eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde, mit der sie die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung verlangt. D. Der Einzelrichter der Strafkammer des Bundesstrafgerichts hat am 5. April 2007 eine Vernehmlassung zur Nichtigkeitsbeschwerde eingereicht, mit der er die Abweisung der Beschwerde beantragt. Der Beschwerdegegner liess sich innerhalb der angesetzten Frist nicht vernehmen.