Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) führte ab Ende November 2007 gegen die Anera AG, die Filmart AG, die EJK Ostschweiz Immobilien AG, die Blum Trade AG sowie gegen X._ ein Aufsichtsverfahren wegen des Verdachts der unbewilligten Entgegennahme von Publikumseinlagen. Am 27. Februar 2008 stellte sie gestützt auf den Bericht des Untersuchungsbeauftragten vom 31. Januar 2008 fest, dass die Anera AG, die Filmart AG, die EJK Ostschweiz Immobilien AG und die Blum Trade AG gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegengenommen und damit gegen das Bankengesetz verstossen hätten. Sie eröffnete über die Anera AG und die Filmart AG den bankenrechtlichen Konkurs und versetzte die EJK Ostschweiz Immobilien AG und die Blum Trade AG in Liquidation. X._ untersagte sie, unter jeglicher Bezeichnung selbst oder über Dritte Publikumseinlagen gewerbsmässig entgegenzunehmen oder für die Entgegennahme von Publikumseinlagen oder eine andere den Banken vorbehaltene Tätigkeit in Inseraten, Prospekten, Rundschreiben, elektronischen oder anderen Medien zu werben. B. Die betroffenen Gesellschaften und X._ gelangten hiergegen erfolglos an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses ging in seinem Urteil vom 16. Dezember 2008 ebenfalls davon aus, dass die Firmengruppe um X._ über die Anera AG und die Filmart AG gewerbsmässig bankenrechtliche Einlagen im Umfang von rund Fr. 4,1 Mio. entgegengenommen habe. Die Gelder seien teilweise dazu gebraucht worden, Handwerker zu entlöhnen, welche an den Immobilien der EJK Ostschweiz Immobilien AG und der Blum Trade AG Arbeiten ausgeführt hätten; ein weiterer Teil der Mittel habe dazu gedient, Verbindlichkeiten der Filmart AG, der EJK Ostschweiz Immobilien AG sowie Darlehens- und andere Schulden von X._ zu begleichen. Da die Anera AG überschuldet sei und bei der Filmart AG sowohl gemäss provisorischem wie ungeprüftem Abschluss 2006 das Fremdkapital das Eigenkapital übersteige, seien diese zu Recht in den bankenrechtlichen Konkurs versetzt worden; die EJK Ostschweiz Immobilien AG und die Blum Trade AG hätten als Teil der Gruppe ihrerseits bankenrechtlich liquidiert werden dürfen. C. Die Filmart AG (in Konkurs) und die EJK Ostschweiz Immobilien AG (in Liquidation) sind hiergegen am 2. Februar 2009 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts und die Verfügung der Bankenkommission aufzuheben, soweit sich diese auf sie bezögen. Sie machen geltend, keine Publikumseinlagen entgegengenommen und nicht als Gruppe mit der Anera AG gehandelt zu haben. Die Filmart AG sei nicht überschuldet; im Übrigen sei sie im "Nachtgeschäft" (Cabarets) und die EJK Ostschweiz Immobilien AG im Immobilienbereich tätig, weshalb die Liquidationen unverhältnismässig erschienen. Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.