Sachverhalt: A. Der Bauausschuss Opfikon erteilte der Y._ AG am 6. März 2012 die Bewilligung für einen An- und Aufbau am bestehenden Bürogebäude auf dem Grundstück Kat.-Nr. 6521 in Opfikon-Glattbrugg. Da das Projekt zu einer Überschreitung der maximalen Ausnützung führt, ist vorgesehen, die fehlende Ausnützung, die einer Grundstücksfläche von 254.9 m2entspricht, vom Grundstück Kat.-Nr. 7808 zu übertragen. Dieses steht im Eigentum der SBB. Gegen den Beschluss des Bauausschusses rekurrierte die Kommanditgesellschaft X._ ans Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses wies den Rekurs mit Entscheid vom 19. Juli 2012 ab. Eine daraufhin von der Kommanditgesellschaft X._ eingelegte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 21. November 2012 ebenfalls ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. Januar 2013 beantragt die Kommanditgesellschaft X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der Bauausschuss Opfikon beantragt, die Beschwerde sei mangels Legitimation der Beschwerdeführerin abzuweisen und die Entscheide des Verwaltungsgerichts und des Baurekursgerichts seien ohne materielle Prüfung aufzuheben, weil das Verfahren von Beginn weg von der falschen Partei geführt worden sei; eventuell sei die Beschwerde materiell zu beurteilen und vollumfänglich abzuweisen. Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels hat die Beschwerdegegnerin auf eine weitere Stellungnahme verzichtet, während die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen festhält.