Sachverhalt: A. Am 25. Januar 2011 beschloss die Erwachsenen- und Kinderschutzkommission der Stadt Bern (EKSK), der an Wahnvorstellungen leidenden X._ die elterliche Obhut über ihre Kinder S._ (geb. xxxx 2004), T._ (geb. xxxx 2005) und U._ (geb. xxxx 2007) unmittelbar auf den bevorstehenden Zeitpunkt eines ihr gegenüber ausgesprochenen FFE bzw. Klinikeintritts gemäss Art. 310 Abs. 1 ZGB zu entziehen (Ziff. 1) und entzog einem allfälligen Rekurs wegen Selbstgefährdung und wegen Fremdgefährdung "vor allem der Kinder" die aufschiebende Wirkung (Ziff. 4). Sodann bestätigte die EKSK die bestehenden Erziehungsbeistandschaften über die Kinder (Ziff. 3) und veranlasste die Unterbringung der Kinder in einer geeigneten Institution (Ziff. 2). B. Gegen diesen Entscheid wandte sich X._ mit Eingabe vom 8. Februar 2011 an die Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehung des Obergerichts des Kantons Bern und verlangte die Aufhebung des erstinstanzlichen Beschlusses. Mit Entscheid vom 24. August 2011 wies diese den Rekurs ab. C. Hiergegen gelangt X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. Oktober 2011 an das Bundesgericht. Sie verlangt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und ersucht um Zuteilung der Obhut über ihre drei Kinder, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt sie den Antrag auf aufschiebende Wirkung sowie auf unentgeltliche Rechtspflege für das Verfahren vor dem Bundesgericht unter Beiordnung des sie vertretenden Rechtsanwalts. Mit Verfügung vom 10. Oktober 2011 wies die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung das Begehren um aufschiebende Wirkung ab. Es wurden die Akten, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.