Sachverhalt: A. L._, geboren 1959, ist seit 1991 als selbstständiger Landwirt tätig. Daneben führte er verschiedene Arbeiten in unselbstständiger Stellung aus. Mit Anmeldung vom 17. Juni 2003 ersuchte er um Leistungen der Invalidenversicherung, namentlich um eine Rente. Die IV-Stelle Thurgau (nachfolgend: IV-Stelle) gewährte mit Verfügung vom 10. Dezember 2003 Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Zudem holte sie verschiedene ärztliche Stellungnahmen ein und prüfte die wirtschaftlichen Verhältnisse. Mit Verfügung vom 9. September 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2007, lehnte die IV-Stelle das Leistungsbegehren ab. Nachdem das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 9. Juli 2008 abgewiesen hatte, hob das Bundesgericht diesen Entscheid auf und wies die Sache an die IV-Stelle des Kantons Thurgau zurück, damit sie, nach Vornahme weiterer Abklärungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge (Urteil 8C_761/2008 vom 27. März 2009). Die IV-Stelle liess L._ polydisziplinär untersuchen (MEDAS-Gutachten vom 2. Dezember 2009; Ergänzung vom 18. Januar 2010) und holte eine wirtschaftliche Einschätzung beim Fachmann des Abklärungsdienstes Selbständigerwerbende, Ing. agr. HTL/Wirtschaftsing. FH, vom 23. September 2010 ein. Mit Verfügung vom 5. April 2011 wies sie das Leistungsbegehren von L._ ab. B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 11. Januar 2012 ab. C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 70 % auszurichten. Zudem ersucht er um einen zweiten Schriftenwechsel.