Sachverhalt: A. D._ (geboren 1948) und M._ (geboren 1948) arbeiteten bei der Einwohnergemeinde X._. Bis 31. Dezember 2007 waren die Angestellten der Einwohnergemeinde für die berufliche Vorsorge bei der Aargauischen Pensionskasse, seit 1. Januar 2008 bei der Transparenta Sammelstiftung für berufliche Vorsorge (im Folgenden: Transparenta) versichert. Da mit dem Wechsel der Vorsorgeeinrichtung ein Systemwechsel vom Leistungs- zum Beitragsprimat verbunden war, wurde von der Einwohnergemeinde X._ eine teilweise Besitzstandsgarantie beschlossen. D._ und M._ liessen sich per 30. April 2010 vorzeitig pensionieren. Gestützt auf die Besitzstandsgarantie erhielten D._ und M._ Zusatzgutschriften, über deren Höhe die Versicherten und die Einwohnergemeinde X._ nicht einig waren. Am 17. März 2010 liessen D._ und M._ Klage beim Personalrekursgericht des Kantons Aargau einreichen mit dem Antrag, die Einwohnergemeinde X._ sei zu verpflichten, diejenigen Zusatzgutschriften in die Pensionskasse einzuzahlen, welche notwendig sind, um ihren Besitzstand zu wahren. Am 21. August 2010 verstarb M._, worauf seine Witwe S._ in den Prozess eintrat. Mit Entscheid vom 25. März 2011 wies das Personalrekursgericht die Klage ab. B. D._ und S._ lassen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen, mit welcher sie den vorinstanzlich gestellten Antrag erneuern; eventuell sei das Verfahren zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Einwohnergemeinde X._ und das Personalrekursgericht äussern sich in ablehnendem Sinne zur Beschwerde, worauf D._ und S._ an ihrem Rechtsbegehren festhalten lassen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. C. Mit Verfügung des Präsidenten der II. sozialrechtlichen Abteilung vom 15. November 2011 wurden die Parteien sowie das Personalrekursgericht aufgefordert, im Rahmen eines zweiten Schriftenwechsels dazu Stellung zu nehmen, ob das kantonale Personalrekursgericht in sachlich-funktioneller Hinsicht zuständig gewesen sei, den vorliegend angefochtenen Entscheid zu erlassen. Das Personalrekursgericht und die Parteien liessen sich in der Folge zu dieser Frage vernehmen, wobei alle die Zuständigkeit der Vorinstanz bejahten.