Sachverhalt: A. Seit den 1940er Jahren wird im Gebiet Zeller Allmend Kies abgebaut, und zwar seit 1973 durch die Y._ AG Zell. Dieser wurde 1994 ein Abbauvolumen von ca. 4.36 Mio. m3 und ein Auffüllvolumen von ca. 2.97 Mio. m3 bewilligt. Am 14. Februar 2007 reichte die Y._ AG Zell ein Gesuch um Bewilligung einer Projektoptimierung betreffend Rekultivierung/Aufforstung Zeller Allmend und Luthernwald ein. Das Gesuch sah eine Reduktion des Abbauvolumens auf 3.97 Mio. m3 und eine Erhöhung des Auffüllvolumens um ca. 50'000 m3 auf neu 3.02 Mio. m3 vor, um vermehrt unverschmutztes Aushubmaterial verwerten zu können. Gegen das Gesuch wurden verschiedene Einsprachen von Anwohnern erhoben, die vermehrte Lärm- und Luftimmissionen befürchteten. Die X._ AG Zell, Eigentümerin des rund 25 m von der Zufahrtsstrasse zur Kiesgrube entfernt liegenden Grundstücks Nr. 517 GB Zell, verlangte in ihrer Einsprache u.a., es seien Nachtfahrten zwischen 18 Uhr abends und 6 Uhr morgens ausdrücklich zu untersagen. B. Am 20. Oktober 2009 erteilte der Gemeinderat Zell die Bewilligung zur Anpassung der Endgestaltung der Kiesgrube Zeller Allmend unter Bedingungen und Auflagen. Gleichzeitig wies er die Einsprachen ab, soweit er darauf eintrat. Die dagegen erhobene Beschwerde der X._ AG Zell wies das Verwaltungsgericht Luzern am 23. November 2010 ab. In Gutheissung der Beschwerde der X._ AG Zell hob das Bundesgericht am 28. September 2011 (Urteil 1C_10/2011) den verwaltungsgerichtlichen Entscheid auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurück. C. Am 28. November 2011 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und ergänzte die Baubewilligung des Gemeinderats Zell vom 20. Oktober 2009 mit einer neuen Ziff. 3.14 wie folgt: