Sachverhalt: A. Die 1968 geborene K._ meldete sich am 16. Februar 2006 zum Leistungsbezug bei der IV-Stelle des Kantons Zürich an. Gestützt auf die medizinischen Abklärungen, insbesondere das psychiatrische Gutachten des Dr. med. S._ vom 2. Dezember 2006, sprach die IV-Stelle nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren ab 1. Februar 2005 bis 30. Juni 2006 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu, für die Zeit danach verneinte sie einen Anspruch (Verfügung vom 8. November 2007). B. Die dagegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. November 2008 in dem Sinne teilweise gut, als es die Renteneinstellung auf Ende März 2008 anordnete. Zudem wies es die Verwaltung an, den Anspruch auf berufliche Massnahmen zu prüfen. C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids, eine unbefristete ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Sodann sei festzustellen, dass sich die gesundheitlichen Verhältnisse nicht verändert haben. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, derweil sich das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) nicht vernehmen lässt. D. Mit Verfügung vom 4. März 2009 erteilte der Instruktionsrichter der Beschwerde die aufschiebende Wirkung, und er ersuchte Dr. med. S._, Unterlagen zur beruflichen Qualifikation - namentlich Diplome und Praxisbewilligungen - einzureichen, was dieser am 19. März 2009 befolgte. Mit Verfügung vom 7. April 2009 stellte der Instruktionsrichter einen Teil der eingereichten Unterlagen den Verfahrensbeteiligten zu und gab vom wesentlichen Inhalt der übrigen Unterlagen Kenntnis. Die Beschwerdeführerin liess sich am 20. April 2009 zu den Unterlagen vernehmen.