Sachverhalt: A. Auf Begehren der Z._ AG eröffnete das Kantonsgericht Zug über die X._ GmbH in der Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes Zug mit Entscheid vom 12. Februar 2013 den Konkurs. Am 21. Februar 2013 erhob die X._ GmbH Beschwerde und am 14. März 2013 reichte sie ein Schreiben ein, wonach sämtliche Ausstände beglichen worden seien. Ausserdem stellte sie am 4. April 2013 ein Fristwiederherstellungsgesuch und sie ergänzte auch ihre Beschwerde. Mit Entscheid vom 8. April 2013 trat das Obergericht des Kantons Zug auf die Beschwerde nicht ein, setzte aber das Datum der Konkurseröffnung zufolge gewährter aufschiebender Wirkung neu auf den 8. April 2013 fest. B. Gegen diesen Entscheid hat die X._ GmbH am 10. April 2013 eine Beschwerde erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung, eventualiter um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung. Mit Präsidialverfügung vom 25. April 2013 wurde die aufschiebende Wirkung in dem Sinn erteilt, als der Konkurs eröffnet bleibt, jedoch bis zum bundesgerichtlichen Entscheid Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben, bereits getroffene Sicherungsmassnahmen aber aufrechterhalten bleiben. Am 10. Mai 2013 wurde eine Beschwerdeergänzung zu den Akten gereicht.