hat sich ergeben: A.- Das Bundesamt für Verkehr (im Folgenden: Bun-desamt) sicherte am 12. Juni 1989 gestützt auf das dama-lige Treibstoffzollgesetz vom 22. März 1985 (TZG; heuti-ger Titel: Bundesgesetz über die Verwendung der zweckgebundenen Mineralölsteuer, [MinVG]; SR 725. 116.2) sowie die damalige Verordnung vom 23. April 1986 über Beiträge an private Anschlussgeleise (Anschlussgeleise-Beitragsverordnung, AnBV; AS 1986 750) der A._ & Co. AG, X._, und der Gemeinde Y._ einen Bundesbei-trag von höchstens Fr. 250'500.-- für den Bau einer Verbindungsgleisanlage in X._ zu. Die jährliche Transportmenge wurde dabei auf 2'000 Tonnen veranschlagt. Am 8. Januar 1990 wurden der A._ & Co. AG Fr. 221'100.-- und der Gemeinde Y._ Fr. 29'400.-- überwiesen. Zusätz-lich sicherten die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) der A._ & Co. AG einen kommerziellen Beitrag von Fr. 50'000.-- zu, ebenfalls basierend auf einer jährlichen Transportmenge von 2'000 Tonnen. B.- Mit Verfügung vom 24. Juni 1999 erwog das Bundesamt, in keinem der Jahre 1990 bis 1996 hätten die über das Anschlussgleis abgewickelten Transporte die veranschlagte Tonnage von jährlich 2'000 Tonnen erreicht. Seit 1997 seien die Transporte vollständig eingestellt. Gestützt auf Art. 9 Abs. 4 AnBV sei deshalb der gewährte Beitrag zurückzufordern. Unter Berücksichtigung der maximal anrechenbaren Betriebsdauer von sieben Jahren seien gemäss Art. 9 Abs. 5 AnBV 65 % des ausgerichteten Beitrages zurückzufordern. Demgemäss verfügte das Bundesamt, die A._ & Co. AG habe von dem für den Bau des Verbindungsgleises ausgerichteten Beitrag eine Rückzahlung von Fr. 143'700.-- zu leisten. C.- Die A._ & Co. AG erhob gegen diese Verfügung am 18. August 1999 Beschwerde an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (im Folgenden: Departement). Sie brachte vor, die Nichtbenüt-zung des Gleises sei auf nicht konkurrenzfähige Preise und Dienstleistungen der Bahn zurückzuführen. Zudem sei der Rückforderungsanspruch verjährt. Schliesslich machte sie Verrechnung geltend. Das Departement wies die Beschwerde am 9. Dezember 1999 ab. Es erwog, die Nichterreichung der Transportmenge sei nicht auf die Schwierigkeiten mit dem Bahntransport zurückzuführen. Zudem berührten allfällige Unzulänglichkeiten des Bahntransports die Rechtsbeziehungen zwischen dem Bund als Subventionsgeber und der Beschwerdeführerin als Subventionsempfängerin nicht. Die Verjährungseinrede sei unbegründet, da das Bundesamt im Einvernehmen mit der Beschwerdeführerin die Rückforderung um zwei Jahre, bis Ende Mai 1999, ausgesetzt habe. Dadurch sei die Verjährung unterbrochen worden. Die Verrechnung mit allfälligen Schadenersatzansprüchen gegen die SBB sei nicht möglich, da diese dafür nach privatrechtlichen Grundsätzen einzustehen habe. D.- Mit Eingabe vom 19. Januar 2000 erhebt die A._ & Co. AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung vom 9. Dezember 1999 aufzuheben, eventualiter das Verfahren zur Ergänzung der Sachverhaltsabklärung zurückzuweisen. Das Departement beantragt, die Beschwerde abzuweisen.