Sachverhalt: A. Die 1962 geborene G._ ist seit 1989 als Pflegehelferin im Spital X._ tätig und bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Oktober 2003 wurde die Versicherte von einer Lifttüre eingeklemmt. Dr. med. R._, Innere Medizin FMH, welcher von G._ wegen anhaltender Schmerzen am 5. April 2004 aufgesucht wurde, stellte die Diagnose eines Rotatorenmanschettenrisses an der rechten Schulter. Er attestierte während eines Monates eine volle, danach eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit und behandelte die Beschwerden vorerst mittels Physiotherapie und Schmerzmedikation. Ab Juni 2004 übernahm der Chefarzt Orthopädie am Spital X._, Dr. med. H._, die Behandlung der Versicherten. Dieser stellte mit Bericht vom 1. Februar 2005 die Diagnose einer Bursitis subacromialis rechts mit Tendinopathie der Supraspinatussehne sowie einer mässiggradigen AC-Gelenksarthrose rechts; am 13. Juli 2005 nahm der Arzt eine arthroskopische Akromionplastik, Bursektomie und AC-Resektion vor. Im Herbst 2005 traten auch an der linken Schulter Beschwerden auf. Dr. med. H._ stellte hier die Diagnose eines subakromialen Impingements (Bericht vom 18. Oktober 2005). Auf Grund der anhaltenden Beschwerden liess die Zürich G._ am 28. Juni 2006 durch Dr. med. L._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, begutachten. Dieser stellte in seiner Expertise vom 22. August 2006 die Diagnosen eines posttraumatischen Impingement-Syndroms rechts bei degenerativ veränderter Supraspinatus-Sehne und begleitender AC-Arthrose rechts, einem Status nach arthroskopischer vorderer Acromioplastik und AC-Resektion rechts sowie einem subacromialen Impingement-Syndrom links. Mit Verfügung vom 22. Januar 2007 stellte die Zürich ihre Leistungen auf den 31. Januar 2007 ein, da ihres Erachtens zwischen dem Unfall vom 9. Oktober 2003 und den anhaltenden Beschwerden nur noch möglicherweise ein natürlicher Kausalzusammenhang bestehe. Nachdem die Unfallversicherung noch einen Aktenbericht ihres beratenden Arztes, Dr. med. T._, Facharzt FMH für Chirurgie, vom 25. Juni 2007, eingeholt hatte, hielt sie mit Einspracheentscheid vom 29. August 2007 an ihrer Verfügung fest. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 6. Mai 2009 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt G._ beantragen, es sei ihr ab Februar 2007 eine Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 33 % auszurichten. Die Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.