Sachverhalt: A. Mit Verfügungen vom 29. Juni 2007 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Bern S._, Geschäftsführer der A._ GmbH, und W._, Erbin der Gesellschafterin E._, in solidarischer Haftung zur Bezahlung von Schadenersatz für entgangene Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 22'177.45. In teilweiser Gutheissung der dagegen erhobenen Einsprachen reduzierte sie die Schadenersatzforderung auf Fr. 21'754.80 (Entscheide vom 29. Oktober 2007). B. Die von S._ und W._ hiegegen angehobenen Beschwerden hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 13. Oktober 2008 gut, und es hob die Einspracheentscheide auf. C. Die Ausgleichskasse erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, die Einspracheentscheide vom 29. Oktober 2007 seien, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides, zu bestätigen.