Sachverhalt: A. X._ verbüsste seit dem 25. Januar 2005 in der Anstalt Realta mehrere Freiheitsstrafen aus verschiedenen Urteilen (insgesamt 37 Monate und 19 Tage Gefängnis). Auf Antrag des Anstaltsarztes wurde der Strafvollzug am 31. Januar 2005 (erneut) unterbrochen. Nach verschiedenen Spital- und Klinikaufenthalten trat X._ am 8. März 2005 in die Forel Klinik, Ellikon an der Thur, über. Mit nachträglicher richterlicher Anordnung sprach das Kreisgericht Werdenberg-Sargans am 15. Februar 2005 eine stationäre Alkoholtherapie aus und schob den Vollzug der Strafen auf. X._ wurde per 29. Juli 2005 vom damaligen Justiz- und Polizeidepartement des Kantons St. Gallen bedingt aus dem stationären Massnahmenvollzug in der Forel Klinik entlassen, unter Auferlegung einer Probezeit von zwei Jahren. Gleichzeitig ordnete es eine Bewährungshilfe an. Am 9. November 2007 wurde X._ wegen Rückfalls bezüglich seiner Alkoholabhängigkeit vom Departement verwarnt und wurden die Probezeit sowie die Dauer der Bewährungshilfe um ein Jahr verlängert. B. Das Kreisgericht Werdenberg-Sargans erkannte mit Entscheid vom 19. August 2008, X._ sei in den stationären Massnahmenvollzug zurückzuversetzen. Eine gegen diesen Entscheid von X._ erhobene Berufung wies das Kantonsgericht St. Gallen mit Urteil vom 2. Juli 2009 ab. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen, mit der er die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Rückweisung der Sache an das Kreisgericht Werdenberg-Sargans, eventualiter an die Vorinstanz zur Neubeurteilung beantragt. D. Das Kantonsgericht St. Gallen hat auf Stellungnahme verzichtet. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.