Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich führt gegen X._ eine Strafuntersuchung. Ihm wird vorgeworfen, am 6. September 2008 anlässlich einer verbalen Auseinandersetzung seine Ehefrau an den Haaren gepackt, sie gewürgt, ihr mit der Stirn einen Stoss gegen die Nase verpasst und sie in der Folge mit dem Tod bedroht zu haben. X._ wurde noch am Tag des Vorfalls verhaftet. Der beigezogene Notfallarzt diagnostizierte Wahnvorstellungen und wies ihn am folgenden Tag in eine geschlossene psychiatrische Klinik ein. Mit Verfügung vom 26. September 2008 ordnete der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich Untersuchungshaft an. Ein Haftentlassungsgesuch des Angeschuldigten lehnte der Haftrichter mit Verfügung vom 31. Oktober 2008 ab. Zur Beantwortung verschiedener mit dem psychischen Zustand von X._ in Zusammenhang stehenden Fragen gab die Staatsanwaltschaft ein Gutachten in Auftrag. Der beauftragte Arzt reichte am 19. November 2008 eine erste Stellungnahme ein. Das ausführliche Gutachten wird bis spätestens am 31. Dezember 2008 erwartet. Mit Schreiben vom 21. November 2008 beantragte X._, er sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen und im Rahmen eines vorzeitigen Massnahmenantritts in eine geeignete therapeutische Einrichtung einzuweisen. Zur Begründung seines Antrags stützte er sich insbesondere auf die erwähnte Stellungnahme vom 19. November 2008 des begutachtenden Arztes, wonach eine stationäre Behandlung angezeigt sei. Mit Verfügung vom selben Tag verweigerte die Staatsanwaltschaft dem Angeschuldigten den vorzeitigen Massnahmenantritt. Mit Verfügung vom 26. November 2008 lehnte der Haftrichter das Haftentlassungsgesuch ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 26. November 2008 beantragt X._, die Verfügung der Staatsanwaltschaft sei aufzuheben, es sei der vorzeitige Massnahmenantritt anzuordnen und er selbst sei zu diesem Zweck aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Die Staatsanwaltschaft beantragt sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer verzichtet auf eine Stellungnahme dazu.