Sachverhalt: A. X._ wurde mit Urteil des Landgerichts Uri vom 16./17. April und 2. Mai 2007 des Mordes durch Unterlassen, des Entziehens von Unmündigen, des Diebstahls und des geringfügigen Diebstahls für schuldig befunden und zu elf Jahren Freiheitsstrafe und Fr. 210.-- Busse (ersatzweise drei Tage Freiheitsstrafe) verurteilt. Sie legte gegen das Urteil Berufung an das Obergericht des Kantons Uri ein. Am 2. Juni 2008 zeigte der stellvertretende Vorsitzende der Strafrechtlichen Abteilung des Obergerichts den Verfahrensbeteiligten an, in welcher Zusammensetzung des Gerichts vorgesehen ist, über die Berufung von X._ zu entscheiden. Am 11. Juni 2008 reichte X._ bei der Strafrechtlichen Abteilung des Obergerichts ein Ausstandsbegehren und verlangte die Feststellung, dass die Richter Frei-Föhn, Burgener und Schuler den Ausstand zu wahren haben. Zur Begründung führte sie aus, es sei gleichzeitig ein Strafverfahren wegen Amtsmissbrauchs und Amtsgeheimnisverletzung hängig, in welchem sich ihr Rechtsvertreter Y._ und die genannten Richter als Streitparteien gegenüber stünden. Zudem hätten diese Richter in einem weiteren Verfahren gegenüber ihrem Rechtsvertreter ein personenbezogenes Werturteil gefällt, indem sie ihn als unglaubwürdig bezeichnet hätten (siehe dazu Urteil des Obergerichts des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, vom 21. April 2008). B. Mit Beschluss vom 13. Oktober 2008 wies das Obergericht unter Ausschluss der abgelehnten Richter das Ausstandsbegehren ab, soweit es darauf eintrat. Es erwog, der Umstand, dass der Rechtsvertreter von X._ (u.a.) gegen die abgelehnten Oberrichter eine Strafanzeige eingereicht habe, vermöge für sich allein deren Ausstand nicht zu rechtfertigen. Zudem treffe es nicht zu, dass das Obergericht im Urteil vom 21. April 2008 ein personenbezogenes Werturteil über Rechtsanwalt Y._ gefällt habe. Es habe in diesem Verfahren lediglich dessen Aussagen einer kritischen Würdigung unterzogen. Die Art und Weise dieser Beweiswürdigung sei bei objektiver Betrachtung nicht geeignet, die Unabhängigkeit und Unbefangenheit der Oberrichter Frei-Föhn, Burgener und Schuler im Strafverfahren von X._, die durch Rechtsanwalt Y._ vertreten ist, in Frage zu stellen. C. Gegen den Beschluss des Obergerichts vom 13. Oktober 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 17. November 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids sei aufzuheben und ihr Ausstandsgesuch gegen die Oberrichter Frei-Föhn, Burgener und Schuler sei gutzuheissen. Eventuell sei Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Sie rügt sinngemäss eine Verletzung ihres Anspruchs auf ein verfassungsmässiges Gericht (Art. 30 Abs. 1 BV). D. Das Obergericht schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft und die anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerinnen verzichten ausdrücklich auf eine Stellungnahme. E. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 25. März 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten.