Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 29. März 2001 erteilte der Bundesrat den Verkehrsbetrieben Glattal VBG, Aktiengesellschaft mit Sitz in Opfikon, die Konzession zum Bau und Betrieb der Glatttalbahn für die Dauer von fünfzig Jahren. Die Glatttalbahn soll als Strassenbahn mit einer Spurweite von 1 m die verkehrsmässige Erschliessung des Siedlungsraumes zwischen der Stadt Zürich und dem Flughafen Zürich-Kloten verbessern. Die insgesamt 12,7 km lange Neubaustrecke führt von Zürich-Oerlikon (Tramhaltestelle Messe/Hallenstadion) bis zur Haltestelle Ambassador, wo sich die Bahn verzweigt. Über den nördlichen Ast wird der Flughafen Kloten erreicht, während die in südöstlicher Richtung führenden Geleise den Raum Wallisellen erschliessen und über das Glatt-Zentrum zum Bahnhof Stettbach gelangen. Die Stadtbahn wird weitgehend ebenerdig verkehren und das Bahntrassee soll vorwiegend auf öffentlichem Strassenraum erstellt werden. Am 6. März 2002 reichten die Verkehrsbetriebe Glattal dem Bundesamt für Verkehr (BAV) die Pläne und das Plangenehmigungsgesuch für die neue Strassenbahn ein. Projektbestandteile bilden neben der Erstellung des Bahntrassees verschiedene Anpassungen und Umgestaltungen von öffentlichen Strassen, Plätzen und Wegen sowie der Bau von Nebenanlagen. Vorgesehen ist auch die Umlegung zahlreicher im Strassenkörper verlegter Werkleitungen. Nach Eröffnung des ordentlichen eisenbahn- und enteignungsrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens wurden während der Planauflage zahlreiche Einsprachen erhoben. In diesen verlangten u.a. die Eigentümer der vom Bahnbau betroffenen Werkleitungen, dass die Kosten der Umlegung von der Bahn übernommen würden. Die Einigungsverhandlungen verliefen in dieser Hinsicht erfolglos. Auf Antrag des kantonalen Tiefbauamtes verpflichtete die Baudirektion des Kantons Zürich mit Verfügung vom 2. Mai 2002 die Eigentümer der Werkleitungen, die Kosten für deren Verlegung zu übernehmen. Das hierauf von den Leitungseigentümern beim Regierungsrat angehobene Rekursverfahren wurde bis zum Vorliegen des rechtskräftigen Plangenehmigungsentscheides des BAV sistiert. Mit Entscheid vom 27. Januar 2004 erteilte das BAV dem Projekt Glatttalbahn unter verschiedenen Vorbehalten und Auflagen die Plangenehmigung. Hinsichtlich der Umlegung der Werkleitungen hielt das BAV fest, die im Auflagedossier enthaltenen Werkleitungspläne würden mit der Auflage genehmigt, dass die Anpassungen der Werkleitungen im Rahmen der Ausführungsprojektierung im Einvernehmen mit den jeweiligen Werkleitungseigentümern auszuarbeiten seien; im Streitfall entscheide das BAV. Auf die Begehren um Übernahme der Kosten für die Umlegung der Werkleitungen trat das Bundesamt nicht ein. Zu diesem Punkt wurde im Entscheid ausgeführt, es sei an sich unbestritten, dass der Bau der Stadtbahn der Eisenbahngesetzgebung unterstehe und die Bahnunternehmung über das Enteignungsrecht gemäss der Bundesgesetzgebung verfüge. Für die Benützung der öffentlichen Strassen bedürfe es allerdings gemäss Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes der nach kantonalem Recht erforderlichen Bewilligung. Diese sei vom Regierungsrat des Kantons Zürich erteilt worden. Die Benützung des Strassenraums sei daher kantonalrechtlich ausreichend gesichert. Der Kanton Zürich habe im Rahmen eines Verfahrens nach kantonalem Recht dafür zu sorgen, dass die Bahn von der erteilten kantonalen Bewilligung Gebrauch machen könne. Die Benützung des öffentlichen Strassenraums bilde somit nicht Gegenstand des eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens und auch nicht Gegenstand eines Enteignungsverfahrens. Demzufolge könne das BAV auf die von den Werkleitungseigentümern geltend gemachten Entschädigungsansprüche im Rahmen des Plangenehmigungsverfahrens mangels Zuständigkeit nicht eintreten. Über die Tragung der Kosten der Verlegung der bestehenden Werkleitungen sei vielmehr in einem Verfahren nach kantonalem Recht zu befinden. B. Gegen den Plangenehmigungs- und Einspracheentscheid des BAV haben insgesamt 15 Eigentümerinnen von Werkleitungen - nämlich die Flughafen Zürich AG (Beschwerdeführerin 1), die Swisscom Fixnet AG (Beschwerdeführerin 2), die Stadt Zürich, die Gruppenwasserversorgung Vororte und Glattal (GVG), die Nordostschweizerischen Kraftwerke (NOK), die Erdgas Zürich AG, die Industriellen Betriebe Kloten AG (IBK), die Gemeinde Rümlang, die Elektrizitätswerke des Kantons Zürich (EKZ), die Genossenschaft Wasserversorgung Dübendorf, die Glattwerk AG, die Energie Opfikon AG und die Stadt Opfikon (Beschwerdeführende 3) sowie die Avireal AG (Beschwerdeführerin 4) - bei der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (Rekurskommission INUM) Beschwerde erhoben. Die Beschwerdeführenden verlangten im Wesentlichen, dass das BAV angewiesen werde, auf ihre enteignungsrechtlichen Ansprüche einzutreten und über ihre Einsprachebegehren einen materiellen Entscheid zu fällen bzw. diese gutzuheissen. Die Beschwerdeführerin 2 stellte zudem den Antrag, dass das Bahntrassee an verschiedenen Orten verschoben und auf eine Umlegung der Leitungen verzichtet werde. Die Beschwerdeführenden 3 ersuchten um die Anweisung, dass die Verlegung der Werkleitungen durch die Eigentümerinnen selber oder durch ein von ihnen beauftragtes Unternehmen durchgeführt werden könne. Die Beschwerdeführerin 4 beantragte, die Kosten der Leitungsverlegung den Verkehrsbetrieben Glattal aufzuerlegen. Mit Entscheid vom 15. Oktober 2004 hiess die Rekurskommission INUM die Beschwerden der Beschwerdeführerin 1, der Beschwerdeführerin 2 und der Beschwerdeführerin 4 gut sowie jene der Beschwerdeführenden 3 teilweise gut. Die angefochtene Plangenehmigungsverfügung wurde aufgehoben, soweit die Vorinstanz auf die geltend gemachten Entschädigungsansprüche der Beschwerdeführenden für die Umlegung ihrer Versorgungsanlagen nicht eingetreten war. Die Streitsache wurde im Sinne der Erwägungen zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen (alles Dispositiv Ziffer 1). In ihren Erwägungen hielt die Rekurskommission INUM im Wesentlichen fest, bei der geplanten Glatttalbahn handle es sich um ein schienengebundenes Transportmittel mit eigenem Trassee, das - als Nebenbahn im Sinne von Art. 2 Abs. 1 des Eisenbahngesetzes - dem Bundesrecht unterstehe. Bau und Betrieb solcher Eisenbahnanlagen bedürften einer eidgenössischen Plangenehmigung, und der hierfür nötige Land- und Rechtserwerb sei im eidgenössischen Enteignungsverfahren zu tätigen. Dem kantonalen Recht unterstünden nur die Erstellung oder Änderung von Bauten, die nicht ganz oder überwiegend dem Bahnbetrieb dienten, so auch die sog. gemischten Bauten, deren Zwecksetzung vorwiegend bahnbetriebsfremd sei. Nun seien in den Strassen, die künftig als Trassee für die Stadtbahn dienen sollten, zahlreiche Werkleitungen (für Strom, Wasser, Abwasser, Gas, Fernwärme und Telekommunikation) verlegt, welche gemäss den Plänen entfernt werden sollen, um einen möglichst ungestörten, dauerhaften Bahnbetrieb zu gewährleisten. Diese Versorgungsanlagen dienten zwar unbestrittenermassen nicht dem Bahnbetrieb, doch sei dies im fraglichen Zusammenhang nicht ausschlaggebend; massgebend sei vielmehr, dass die Verlegung der Versorgungsanlagen allein aus bahnbetrieblichen Gründen erfolgen solle. Gehe es somit bei der Umlegung der Versorgungsanlagen um ein dem Bahnbetrieb dienendes Vorhaben, müssten die baulichen Massnahmen der Umlegung sowie alle damit zusammenhängenden Rechtsfragen im Rahmen des eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens durch das BAV genehmigt bzw. geklärt werden. Allein der Umstand, dass das Bahntrassee mehrheitlich öffentlichen Strassenraum beanspruche, mache das Eisenbahnprojekt noch nicht zu einem der kantonalen Strassengesetzgebung unterliegendes Strassenbauvorhaben. Daran vermöge Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes, der für die Erteilung einer Strassenbahn-Konzession eine kantonale Bewilligung verlange, nichts zu ändern. Mit dieser Bestimmung werde lediglich dem Umstand Rechnung getragen, dass die Strassenhoheit Sache der Kantone sei, und zu vermeiden versucht, dass beim Strassenbahn-Bau gegen den Strasseneigentümer zwangsweise vorgegangen werden müsse. Die Bestimmung von Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes ändere auch nichts an dem den Leitungseigentümern zugestandenen Recht, ihre Werkleitungen im öffentlichen Grund zu verlegen. Diese wohlerworbenen Rechte seien durch die Eigentumsgarantie geschützte Vermögenswerte, deren Substanz nur auf dem Wege der formellen Enteignung und gegen Entschädigung wieder entzogen oder eingeschränkt werden könne. Das BAV hätte sich demnach mit den im Einspracheverfahren gestellten Begehren betreffend die Umlegung der Versorgungsanlagen befassen müssen. Schliesslich stelle sich noch die Frage, ob ein enteignungsrechtliches Schätzungsverfahren durchzuführen oder anhand der Sondervorschriften des Eisenbahngesetzes über die Kostenfolgen der Umlegung der Werkleitungen zu befinden sei. Als solche fielen insbesondere Art. 19 über die Aufrechterhaltung öffentlicher Einrichtung sowie Art. 25 bis 32 über Kreuzungen in Betracht. Da sämtliche dieser Vorschriften die Kostentragung nach dem Verursacherprinzip regelten, könne offen bleiben, inwieweit - je nach Ausgestaltung des Projekts - die eine oder die andere Norm anwendbar sei. Die Vorinstanz habe demnach die Kostenfolgen für die Umlegung der Leitungen nach demselben Grundsatz zu regeln. Soweit die Beschwerdeführenden eine über die Art. 19 und Art. 31 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes hinausgehende Ersatzpflicht geltend machten, habe das BAV nach Art. 20 des Eisenbahngesetzes zu verfahren. Abschliessend stellte die Rekurskommission fest, die Leitungseigentümer könnten nicht verlangen, dass sie selbst bestimmen dürften, wer die notwendigen Verlegungsarbeiten vorzunehmen habe. Diese Frage betreffe die Vergabe der Bauaufträge, die sich nach den öffentlichen Submissionsvorschriften richte und demnach das Plangenehmigungsverfahren sprenge. C. Gegen den Entscheid der Rekurskommission INUM haben die Verkehrsbetriebe Glattal Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben mit dem Antrag, Dispositiv Ziffer 1 des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und die Plangenehmigungsverfügung des BAV zu bestätigen. In prozessualer Hinsicht ersucht die beschwerdeführende Aktiengesellschaft um Beiladung des Kantons Zürich. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der verfassungsrechtlichen Kompetenzordnung in dem Sinne, dass die Gleichrangigkeit der Bundeskompetenz in Eisenbahnsachen und der kantonalen Strassenhoheit missachtet worden sei. Gleichzeitig sei gegen Eisenbahnrecht, insbesondere gegen Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes, verstossen worden. Durch die gemäss Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes erteilte kantonale Bewilligung sei der Glatttalbahn eine Sondernutzungskonzession zur Inanspruchnahme der öffentlichen Strassen eingeräumt worden, gleich jener, über die die Werkleitungseigentümer verfügten. Das Verhältnis verschiedener Sondernutzungskonzessionäre untereinander bestimme sich nach den gesetzlichen Vorschriften über die Inanspruchnahme des öffentlichen Grundes; die Zuständigkeit liege beim Hoheitsträger über den öffentlichen Grund. Soweit Leitungen gemäss den Sondervorschriften des Fernmeldegesetzes auf öffentlichen Grund verlegt worden seien, liege allerdings keine Konzessionserteilung vor, sei der Leitungsinhaber von Bundesrechts wegen zur Umlegung der Leitung verpflichtet und habe die Vorinstanz daher auch die Bestimmungen des Fernmeldegesetzes verletzt. Für die übrigen Leitungen gelte die Umlegungspflicht gemäss § 37 des kantonalen Strassengesetzes. Die Durchleitungsrechte der Leitungseigentümer seien jedenfalls unter dem Vorbehalt der entschädigungslosen Beendigung eingeräumt worden und es sei fraglich, ob sie überhaupt unter dem Schutz der Eigentumsgarantie stünden. Es sprächen übrigens auch praktische Überlegungen dafür, die Konfliktregelung zwischen den verschiedenen Berechtigten beim Träger der Hoheit über den öffentlichen Grund zu belassen, habe doch dieser als Einziger die Übersicht über die erteilten Rechte und Bewilligungen. Wollte man die Frage der Kostenverteilung auf verschiedene Strassenbenützungsberechtigte im Plangenehmigungsverfahren behandeln, würde dieses auf sachfremde Fragen ausgedehnt und verkompliziert. Schliesslich wäre es auch stossend, wenn die Leitungsträger, die gesetzlich verpflichtet seien, ihre Leitungen auf eigene Kosten veränderten Verhältnissen anzupassen, im vorliegenden Verfahren von ihren finanziellen Obliegenheiten entlastet würden. D. Die Flughafen Zürich AG und die Swisscom Fixnet AG ersuchen um Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit auf diese überhaupt einzutreten sei. Die Stadt Zürich und die 11 weiteren von den gleichen Rechtsanwälten vertretenen Werkleitungseigentümerinnen beantragen Nichteintreten auf die Beschwerde; eventuell sei die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden könne. Die Avireal AG stellt Hauptantrag auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerinnen sprechen sich im Übrigen gegen eine Beiladung des Kantons Zürichs aus. Die Rekurskommission INUM ersucht um Abweisung der Beschwerde. Nach Auffassung des BAV ist die Beschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Plangenehmigungsverfügung des Bundesamtes zu bestätigen. Der ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Kanton Zürich ersucht um Beiladung als Nebenpartei. Materiell äussert er sich im Sinne der Beschwerdeführerin. E. Mit Verfügung des Instruktionsrichters vom 11. April 2005 ist der Schriftenwechsel abgeschlossen und der Entscheid über den Eintritt des Kantons Zürich in das bundesgerichtliche Verfahren auf einen späteren Zeitpunkt in Aussicht gestellt worden.