Sachverhalt: A. Dr. med. F._ (Beschwerdeführer) war von 1974 bis ca. 2001 als selbständig erwerbender Radiologe tätig und führte eine eigene Praxis. Im Jahr 1999 trat er an die Bank X._ AG (Beschwerdegegnerin) heran, um sich bezüglich einer Altersvorsorge beraten zu lassen. Er beabsichtigte, sich per Ende 2001 aus dem Berufsleben zurückzuziehen. Die Beschwerdegegnerin ist eine Bank, die unter anderem Vermögensverwaltung betreibt. Von Mai 1999 bis Januar 2005 führte der Beschwerdeführer bei der Beschwerdegegnerin ein Konto und ein Depot. Er liess sich von ihr eine Finanzplanung hinsichtlich seiner Altersvorsorge erstellen, die in der Folge mehrfach mit Nachträgen ergänzt wurde. Der Beschwerdeführer unterzeichnete im Nachgang zum ersten Gespräch vom 21. Mai 1999 zwischen ihm und den Herren G._ und Dr. H._ von der Beschwerdegegnerin am 26. Mai 1999 einen Konto-/Depotvertrag. Darin verlangte er eine banklagernde Zustellung seiner Konto- und Depotbelege. Darüber hinaus sollte die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer gemäss spezifischer Instruktion während der ganzen Vertragsbeziehung Quartalsabschlüsse seines Kontos und Depots an seine Wohnadresse zustellen. Ende Juni 1999 überwies er Fr. 366'000.-- auf das neu eröffnete Konto. Nach Besprechung und Ergänzung des Finanzplans erteilte der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin am 1. November 1999 einen Vermögensverwaltungsauftrag mit dem Anlageziel "Ausgewogen", dessen Bestandteil auch die Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) bildeten. Zudem schloss er am 2. Dezember 1999 mit der Beschwerdegegnerin einen Rahmenkreditvertrag über Fr. 100'000.-- ab und unterzeichnete die notwendige "Allgemeine Faustpfandverschreibung und Abtretungserklärung". Anfang 2000 überwies der Beschwerdeführer rund Fr. 800'000.-- auf das Konto bei der Beschwerdegegnerin und bestätigte am 28. Februar 2000 telefonisch, dieses Geld sei gemäss dem erteilten Vermögensverwaltungsauftrag vom 1. November 1999 anzulegen. Am 20. Juli 2000 wurde das Anlageziel auf "Ausgewogen mit Wachstum" geändert und gleichzeitig ein neuer Vermögensverwaltungsvertrag unterzeichnet. Im Mai 2001 informierte der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin, dass der Verkauf der Anteile am Y._ Institut sowie an der Z._ AG für Fr. 2'600'000.-- bevorstehe und er anfangs 2002 mit einer Auszahlung von seiner beruflichen Vorsorge von rund Fr. 4'000'000.-- rechne. Daraufhin wurden die Finanzplanung angepasst und die Varianten 6 und 6a berechnet sowie am 21. Mai 2001 mit dem Beschwerdeführer besprochen. Am 23. Juli 2001 fand eine weitere Besprechung zwischen dem Beschwerdeführer, dessen Steuerberater, I._, sowie Herrn G._ statt. Dabei wurde festgehalten, dass Fr. 1'600'000.-- nicht anzulegen seien, damit die hohen Steuer- und Sozialversicherungsforderungen davon beglichen werden könnten. Zudem wurde die Anlagestrategie auf "Ausgewogen" geändert. Im Nachgang zu dieser Besprechung unterzeichnete der Beschwerdeführer am 26. Juli 2001 die notwendigen Formulare zur Benutzung des "X._ Banking". Schliesslich wurde im Verlauf des Augusts 2001 der Erlös aus dem Verkauf der Anteile am Y._ Institut auf das Konto bei der Beschwerdegegnerin überwiesen. Am 21. September 2001 begleitete Herr G._ den Beschwerdeführer zu einer Sitzung bei dessen beruflicher Vorsorgeversicherung, der Q._. Thema dieser Sitzung war das Altersguthaben und dessen Auszahlung. An dieser Sitzung wurde erneut darauf hingewiesen, dass Fr. 1'600'000.-- jederzeit verfügbar zu halten seien. Im Oktober 2001 wurden unter Berücksichtigung der bevorstehenden Auszahlung des BVG-Alterskapitals vier neue Varianten zur Finanzplanung erstellt und mit dem Beschwerdeführer besprochen. Im Verlaufe des vierten Quartals transferierte der Beschwerdeführer die BVG-Gelder zur Beschwerdegegnerin. Am 11. Januar 2002 wurde das Anlageziel des aktuellen Vermögensverwaltungsauftrags von "Ausgewogen" auf "Ausgewogen mit Wachstum" geändert, und der Beschwerdeführer unterzeichnete entsprechend einen neuen Vermögensverwaltungsauftrag. Am 3. Februar 2002 wurde der Beschwerdeführer über den Einsatz von Kapitalschutzprodukten informiert. Am 2. April 2003 erfolgte ein weiterer Wechsel der Anlagestrategie von "Ausgewogen mit Wachstum" zu "Ausgewogen". Damit einher ging der Abschluss eines neuen Vermögensverwaltungsauftrags per 4. April 2003. Nach Zustellung des Quartalreports per 30. Juni 2004 teilte der Beschwerdeführer mit, dass er mit der Performance nicht zufrieden sei. Daraufhin wurden weitere Nachträge zur Finanzplanung erstellt, die am 20. Juli 2004 vom Beschwerdeführer, seinem Sohn sowie den Herren G._ und K._ von der Beschwerdegegnerin besprochen wurden. Mit Schreiben vom 29. September 2004 entzog der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin das Vermögensverwaltungsmandat, was die Beschwerdegegnerin am 30. September 2004 bestätigte. Mit Schreiben vom 25. Januar 2005 löste der Beschwerdeführer seine gesamte Beziehung zur Beschwerdegegnerin auf. B. Am 12. Juni 2008 reichte der Beschwerdeführer beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm einen Fr. 1'886'705.-- übersteigenden Betrag nebst Zins zu 5 % seit 23. September 2004 nebst Verzugszins zu 5 % seit 12. Oktober 2006 zu bezahlen. Zudem stellte er den "Prozessantrag", die Beschwerdegegnerin "sei zu verpflichten, eine Aufstellung gemäss Randziffer 81 dieser Eingabe zu erstellen und danach sei dem Beschwerdeführer Frist zur Stellungnahme dazu und zur Bezifferung seiner Forderung zu setzen". Mit Beschluss vom 3. April 2009 wurde dieser "Prozessantrag" abgewiesen. In der Replik wiederholte der Beschwerdeführer dennoch sämtliche gestellten Editionsbegehren und ergänzte diese. Ebenso beantragte er, diese materiellrechtlich zu behandeln. Bekanntlich habe er eine Stufenklage gestellt und seinen Klageanspruch nur vorläufig beziffert. Das Handelsgericht prüfte, welche der in der Klageschrift gestellten Editionsbegehren vom "Prozessantrag" resp. von Randziffer 81 der Klage erfasst sind. Dabei hiess es einzig das Editionsbegehren 1 gut, das von der Beschwerdegegnerin dem Grundsatz nach anerkannt worden war. Betreffend die Stufenklage hielt es fest, diese bezwecke nicht, dass durch die Verknüpfung des Hilfsanspruchs auf Rechnungslegung mit dem Hauptanspruch auf Schadenersatz erst das Klagefundament, sprich die allenfalls erfolgten Pflichtverletzungen, erforscht werde. Das Gericht gelangte zum Ergebnis, dass keine der vom Beschwerdeführer geltend gemachten Pflichtverletzungen zu schützen sei und andere nicht konkretisiert worden seien, weshalb kein Schadenersatz auf solcher Grundlage gefordert werden könne. Auch habe es der Beschwerdeführer unterlassen, genügend konkrete Behauptungen zur Schadensbegründung aufzustellen. Da es nicht Zweck der Stufenklage sei, erst eine Schadensbegründung zu liefern, sondern lediglich die einzelnen Schadenspositionen zu beziffern, sei eine Stufenklage auch aus diesem Grund nicht angezeigt. Mit Urteil vom 12. Mai 2011 verpflichtete das Handelsgericht die Beschwerdegegnerin unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Busse nach Art. 292 StGB im Falle der Zuwiderhandlung, dem Beschwerdeführer innert 30 Tagen ab Rechtskraft dieses Urteils alle Belege, Unterlagen und Korrespondenz über die klägerischen Konten und Depots betreffend den Zeitraum vom 1. November 1999 bis 30. November 2004 Zug um Zug gegen Bezahlung von Fr. 0.10 pro Kopie oder die tieferen von ihr geltend gemachten Kosten herauszugeben. Im Übrigen wies es die Klage ab. C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Handelsgerichts vollumfänglich aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.