Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist eine in E._ domizilierte Aktiengesellschaft und bezweckt insbesondere die Unternehmens-, Finanz- und Versicherungsberatung und die Vermittlung von Versicherungen. A._ (Kläger, Beschwerdeführer), B._, C._ und D._, die sich alle im Bereich der Versicherungen betätigen, beschlossen im Jahre 2002 bzw. 2003, gemeinsam als Mehrfachagenten oder unabhängige Broker/Makler und Berater im Markt aufzutreten. Zu diesem Zweck stellte B._ die von ihm gehaltene (inaktive) Beklagte als Rechtsträgerin zur Verfügung, die damals "Y._ AG" hiess und schliesslich in die heutige Firma umbezeichnet wurde. A.a Am 30. Juli 2003 beschloss die Generalversammlung der Beklagten, das Aktienkapital von Fr. 50'000.-- auf Fr. 100'000.-- zu erhöhen. Es setzt sich danach aus 100 Namenaktien zu Fr. 1'000.-- zusammen. Das neue Aktienkapital wurde von B._ und dem Kläger je zur Hälfte gezeichnet. B._ stellte als Verwaltungsratspräsident der Beklagten 10 Namenaktien à nominal Fr. 1'000.-- und zwei Aktienzertifikate über je 45 Aktien aus und unterzeichnete diese. Als Eigentümer der Aktien Nr. 1 - 5 sowie des Zertifikats Nr. 1 (Aktien Nr. 11 - 55) sind B._, als Eigentümer der Aktien Nr. 6 - 10 sowie des Zertifikats Nr. 2 (Aktien Nr. 56 - 100) der Kläger aufgeführt. Auf der Rückseite aller Aktien und Zertifikate ist die Übertragung der Aktien auf das "Aktionärskonsortium X._ AG" festgehalten, wobei die Übertragung mit Datum vom 7. August 2003 vom jeweiligen Eigentümer als Zedent unterschrieben und von einem Mitglied des Verwaltungsrats visiert ist. Die zedierten Aktien wurden dem Treuhänder F._ zur Aufbewahrung übergeben. A.b Am 23. Dezember 2003 wurde eine ausserordentliche Generalversammlung der Beklagten durchgeführt. C._ und D._ wurden in den Verwaltungsrat der Beklagten gewählt. Nach dem Generalversammlungsprotokoll waren alle Aktien der Beklagten vertreten, da das Aktionärskonsortium X._ AG anwesend war, vertreten durch den Kläger, B._, C._ und D._. Die vier Partner verhandelten in der Folge erfolglos über den Inhalt eines Gesellschaftsvertrages/Aktionärbindungsvertrages, der ihnen vom Treuhänder F._ in mehreren Fassungen unterbreitet wurde. A.c Nachdem sich das Verhältnis zwischen dem Beschwerdeführer und den übrigen Partnern zunehmend verschlechtert hatte, kündigte die Beklagte das Arbeitsverhältnis mit dem Beschwerdeführer am 19. Oktober 2004. Das Kündigungsschreiben unterzeichneten die Verwaltungsräte C._ und B._. Der Beschwerdeführer klagte in der Folge ausstehende Löhne beim zuständigen Kreisgericht St. Gallen ein. A.d Mit Eingabe vom 11. April 2005 reichte der Beschwerdeführer beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage betreffend Feststellung der Nichtigkeit bzw. Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse vom 11. Februar 2005 und vom 24. März 2005 ein. Am 28. Juli 2006 gelangte er ausserdem mit Klage auf Ungültigerklärung der Generalversammlungsbeschlüsse vom 29. Mai 2006 an das Handelsgericht. Dieses vereinigte auf Antrag des Klägers und mit Zustimmung der Beklagten die beiden Verfahren. A.e Der Beschwerdeführer stellte im Verfahren vor dem Handelsgericht St. Gallen schliesslich folgende Anträge: 1. Es sei gerichtlich festzustellen, dass die Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2002 der W._ AG (bis zum 13. September 2002 Y._ AG) von der Generalversammlung nicht abgenommen worden ist. 2. Es sei gerichtlich festzustellen, dass sämtliche Generalversammlungsbeschlüsse der Beklagten, getroffen an den Generalversammlungen vom 11. Februar 2005, vom 24. März 2005 und vom 29. Mai 2006 nichtig sind. 3. Es sei das Handelsregisteramt St. Gallen gerichtlich anzuweisen, die aufgrund des Generalversammlungsbeschlusses der X._ AG vom 29. Mai 2006 und des Feststellungsbeschlusses des Verwaltungsrates gleichen Datums im Register eingetragene Kapitalherabsetzung und Wiedererhöhung auf CHF 100'000.-- zu löschen. ..." B. Mit Entscheid vom 22. Februar 2008 stellte das Handelsgericht des Kantons St. Gallen fest, dass die Klagen auf Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse zurückgezogen worden sind (Dispositiv-Ziffer 1). Den Beschluss der Generalversammlung der Beklagten vom 11. Februar 2005 auf Genehmigung der Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2003 erklärte es für nichtig (Dispositiv-Ziffer 2). Im Übrigen wies es die Klagen ab, soweit darauf eingetreten wurde (Dispositiv-Ziffer 3) und verlegte die Kosten (Dispositiv-Ziffer 5 - 6). Das Gericht stellte fest, dass der Beschwerdeführer die Klage auf Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse zurückgezogen habe, weil ihm die Aktivlegitimation fehle; denn die Aktien der Beklagten ständen dem Aktionärskonsortium X._ AG zu und das Konsortium als einfache Gesellschaft sei einzige Aktionärin. Auf Ziffer 3 des Klagebegehrens trat das Gericht nicht ein, weil es sich dabei um eine nach kantonalem Prozessrecht unzulässige Klageänderung handelte. Die Nichtigkeit sämtlicher Generalversammlungsbeschlüsse verneinte das Gericht mit der Begründung, die an den Aktien zu gesamter Hand berechtigten Personen hätten für ihre Willensbildung das Mehrheitsprinzip vorgesehen und der Kläger wäre jedenfalls beim Einstimmigkeitsprinzip zur Zustimmung verpflichtet gewesen, da es um die Sanierung der Aktiengesellschaft gegangen sei und er bei der Kapitalherabsetzung und Wiedererhöhung gleich behandelt worden sei wie die übrigen Partner der einfachen Gesellschaft und schliesslich habe er sich den Vorwurf gefallen zu lassen, nicht rechtzeitig interveniert zu haben. Das Handelsgericht kam dagegen zum Schluss, die Revision im Jahre 2003 sei von G._ durchgeführt worden, obwohl die Z._ AG für dieses Geschäftsjahr als Revisionsstelle eingesetzt war; da dessen Bericht daher keinen Revisionsbericht im Sinne des Gesetzes darstelle, Beschlüsse über die Annahme der Jahresrechnung und die Verwendung des Bilanzgewinnes aber ohne Revisionsbericht nichtig seien, sei der an der Generalversammlung vom 11. Februar 2005 gefasste Beschluss betreffend Genehmigung der Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2003 nichtig. Schliesslich wies das Gericht das Rechtsbegehren 1 des Klägers auf Feststellung, dass die Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2002 nicht vorliege, mangels Rechtsschutzinteresses ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt der Beschwerdeführer die Anträge, die Ziffern 3 - 6 des Entscheides des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 22. Februar 2008 seien aufzuheben (Ziffer 1), es sei festzustellen, dass sämtliche Generalversammlungsbeschlüsse der Beschwerdegegnerin, getroffen an den Generalversammlungen vom 24. März 2005 und vom 29. Mai 2006 nichtig seien (Ziffer 2), und das Handelsregisteramt des Kantons St. Gallen sei gerichtlich anzuweisen, die aufgrund des Generalversammlungsbeschlusses der Beschwerdegegnerin vom 29. Mai 2006 und des Feststellungsbeschlusses des Verwaltungsrats gleichen Datums im Register eingetragene Kapitalherabsetzung und Wiedererhöhung auf Fr. 100'000.-- zu löschen (Ziffer 3). Er rügt, der angefochtene Entscheid verletze insofern Art. 706b und Art. 20 OR, als er die Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 29. Mai 2006 verneine, obwohl "die einzige Aktionärin" nicht vertreten gewesen sei. Er kritisiert den Schluss der Vorinstanz, dass die Gesellschafter des Aktionärskonsortiums X._ AG den Willen der einfachen Gesellschaft nach dem Mehrheitsprinzip gebildet hätten und dass er jedenfalls zur Mitwirkung an der Sanierung verpflichtet gewesen wäre, da nämlich eine Sanierung gar nicht notwendig gewesen sei; die anderen Gesellschafter hätten zudem ihrerseits nicht in guten Treuen annehmen dürfen, dass er dem angeblichen Sanierungsbeschluss zustimmen würde. Auch die Beschlüsse vom 11. Februar und 24. März 2005 seien Scheinbeschlüsse von Nichtmitgliedern der Beschwerdegegnerin. Schliesslich bemerkt der Beschwerdeführer zur Begründung seines Beschwerdeantrages 3, er sei sich bewusst, dass das Handelsgericht darauf nicht eingetreten sei, aber die Wiederholung im vorliegenden Verfahren dränge sich aus Gründen der Prozessökonomie auf. D. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. E. Mit Verfügung vom 23. Mai 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Anordnung vorsorglicher Massnahmen im Sinne von Art. 104 BGG abgewiesen. Der Beschwerde wurde aufschiebende Wirkung gewährt.