Sachverhalt: A. Das Obergericht des Kantons Bern sprach X._ am 12. Oktober 2004 in Bestätigung des Urteils des Kreisgerichts II Biel-Nidau vom 11. März 2004 der sexuellen Nötigung zum Nachteil von A._ schuldig. Es verurteilte ihn deswegen sowie unter Berücksichtigung der in Rechtskraft erwachsenen erstinstanzlichen Schuldsprüche wegen teilweise qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz zu 4 1⁄2 Jahren Zuchthaus. Das Bundesgericht hob am 27. April 2005 dieses Urteil in teilweiser Gutheissung der von X._ eingereichten staatsrechtlichen Beschwerde auf und wies die Sache zur Beweisergänzung an das Obergericht des Kantons Bern zurück. B. Nachdem das Strafverfahren betreffend sexuelle Nötigung von A._ eingestellt worden war, setzte das Obergericht des Kantons Bern am 15. Oktober 2008 gestützt auf die in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche des Kreisgerichts II Biel-Nidau vom 11. März 2004 das Strafmass fest und verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 30 Monaten. Es rechnete ihm 242 Tage Untersuchungshaft und den vorzeitigen Strafantritt vom 2. Dezember 2003 bis 11. Mai 2005 an die Strafe an. C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen, mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 15. Oktober 2008 sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.