Sachverhalt: A. Die X._ AG ist Eigentümerin des früheren Grundstücks Kat.-Nr. 3524 (neu 4214) in Obfelden. Für diese Parzelle besteht gemäss dem kantonalen Kataster ein Altlastenverdacht. Dasselbe gilt für das Nachbargrundstück Kat.-Nr. 3525 im Eigentum des Kantons Zürich. Das kantonale Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) verpflichtete die X._ AG am 5. März 2002 kostenfällig, die Durchführung einer Altlasten-Detailuntersuchung ihres Grundstücks zu veranlassen und dem Amt den entsprechenden Untersuchungsbericht bis spätestens Ende Dezember 2002 vorzulegen. B. Gegen diese Verfügung rekurrierte die Adressatin am 2. April 2002 beim Regierungsrat, welcher am 23. August 2006 einen abweisenden Beschluss fasste, soweit er darauf eintrat. C. Daraufhin erhob die X._ AG am 27. September 2006 Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht. Neben der Aufhebung der vorangegangenen Entscheide verlangte sie, der Kanton sei zu verpflichten, für sein Grundstück Kat.-Nr. 3525 in Obfelden ein umfassendes Überwachungs- und Sanierungskonzept auf eigene Kosten auszuarbeiten und ihr die Kosten für die Voruntersuchung von Kat.-Nr. 3524 zu erstatten. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde mit Urteil vom 19. September 2007 ab. D. Mit Eingabe vom 29. Oktober 2007 erhebt die X._ AG öffentlich-rechtliche Beschwerde beim Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils. Der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ein umfassendes Überwachungs- und eventuell Voruntersuchungs- und Sanierungskonzept für die Grundstücke Kat.-Nrn. 3524 und 3525 in Obfelden auszuarbeiten und die Kosten dafür sowie für allfällige vorzunehmende Voruntersuchungshandlungen vorzuschiessen. Gleichzeitig ersucht die Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und stellt den Antrag, das bundesgerichtliche Verfahren vorläufig bis Ende Juni 2008 zu sistieren; dies, nachdem die Parteien übereingekommen seien, Gespräche mit dem Ziel einer gütlichen Einigung zu führen. E. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts erkannte der Beschwerde mit Verfügung vom 22. November 2007 aufschiebende Wirkung zu und setzte das bundesgerichtliche Verfahren vorläufig bis Ende Juni 2008 aus. Auf zwei weitere Begehren der Beschwerdeführerin hin wurde die Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens bis Ende Juni 2009 verlängert. Nachdem die Beschwerdeführerin nochmals um Sistierung ersucht hatte, die Baudirektion des Kantons Zürich, resp. das AWEL, aber nicht von einer einvernehmlichen Lösung ausging, wurde das Verfahren vor Bundesgericht mit Verfügung des Präsidenten der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung vom 23. Oktober 2009 wieder aufgenommen und weiter instruiert. F. Die Baudirektion des Kantons Zürich verweist auf die Mitberichte des AWEL sowie des Immobilienamtes und schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat sich ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen. Aus seiner Sicht ist eine sachgerechte und kostengünstige Beurteilung des belasteten Standorts nicht gewährleistet, indem der Kanton zwei Einzelne zu je separaten Untersuchungen ihrer Parzellen verpflichtet. Das BAFU würde die Verpflichtung einer Inhaberin zur (ergänzenden) Voruntersuchung des gesamten belasteten Standorts empfehlen. Den Beteiligten wurde die Gelegenheit eingeräumt, sich zur Stellungnahme des BAFU zu äussern. Davon haben die Baudirektion und die Beschwerdeführerin Gebrauch gemacht, ohne von ihren Standpunkten abzuweichen.