Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Tagsatzung beschloss am 28. Juli 1804 den Bau des Linthwerks. Dieses umfasst im Wesentlichen den Escherkanal und den Linthkanal. Mit dem Escherkanal wurde die Glarner Linth, die einst direkt durch die Linthebene in Richtung Oberer Zürichsee floss, in den Walensee umgeleitet. Dieser dient als Retentionsbecken und Geschiebesammler. Der Linthkanal entwässert den Walensee in den Zürichsee. Von Weesen bis Ziegelbrücke fliesst der Linthkanal in einem Einschnitt; unterhalb von Ziegelbrücke liegt er dagegen über dem Terrain, weshalb die Vorfluter in diesem Bereich nicht mehr in die Linth entwässern. Sie werden als Hintergräben parallel zur Linth in den Obersee geführt. Bei Benken ist zur Entwässerung ein zweiter Hintergraben, der sogenannte F-Kanal, angelegt. Das darin anfallende Wasser wird vor der Grynau, im Pumpwerk Uznach, auf das Niveau des rechten Hintergrabens gepumpt. Mit diesen Massnahmen wurden die Linthebene und das Walenseegebiet gegen Hochwasser geschützt und der Walenseespiegel erheblich abgesenkt. Bis Ende 2003 war das Linthwerk ein eidgenössisches Unternehmen. Am 23. November 2000 schlossen die Kantone St. Gallen, Glarus Schwyz und Zürich die Interkantonale Vereinbarung über das Linthwerk (Linthkonkordat) für die gemeinsame Aufgabenerfüllung im Bereich des Linthwerks. Die neue Trägerschaft ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit, die von der Linthkommission geführt wird. Sie übernahm am 1. Januar 2004 die Rechte und Pflichten der Eidgenössischen Linthunternehmung. B. Die Eidgenössische Linthkommission beschloss 1998, das Linthwerk bezüglich Hochwasserschutz und konstruktiver Sicherheit zu überprüfen. Dabei stellte sich heraus, dass es in seinem aktuellen Zustand den Belastungen eines 100-jährigen Hochwassers nicht mehr zu genügen vermag. Untersuchungen zeigten mehrere Schwachstellen und eine potentielle Schadensumme von rund 280 Mio. Franken bei einem Schadensereignis (Dammbruch) mit einer Eintretenswahrscheinlichkeit von 30 bis 100 Jahren. Im Mai 1999 und im August 2005 fanden Hochwasserereignisse statt, die den Handlungsbedarf bestätigten. Das Linthwerk erarbeitete daraufhin das Projekt Hochwasserschutz Linth 2000 mit den Teilprojekten Escherkanal und Linthkanal. Das Projekt sieht eine Sanierung der bestehenden wasserbaulichen Anlagen vor. Als Schutzziel wurde für den Linthkanal im Bereich zwischen Ziegelbrücke und Zürichsee ein gefahrloser Abfluss von 360 m3/s festgelegt, was einem 100-jährigen Hochwasser entspricht. Auch extremere Hochwasserereignisse sollen ohne grossräumige Schäden bewältigt werden können. Dies bedingt eine geotechnische Sanierung der Dämme sowie eine Verbesserung der Zugänglichkeit für Unterhalt und Intervention. Schliesslich wurde für extreme, mehr als 100-jährige Hochwasser eine Notentlastung im Bereich Hänggelgiessen in der Gemeinde Schänis vorgesehen. Weiter sind ökologische Aufwertungen beabsichtigt, um den Gewässerlebensraum der Linth zu verbessern. C. Das Auflageprojekt Linthkanal lag vom 25. Oktober bis 23. November 2005 samt Umweltverträglichkeitsbericht und Rodungsgesuch bei den beteiligten Gemeinden öffentlich auf. Innerhalb der Auflagefrist wurden gegen das Ausführungsprojekt Linthkanal 95 Einsprachen erhoben. Diese wurden von der Linthkommission der Regierung des Kantons St. Gallen zum Entscheid überwiesen. Aufgrund der Einsprachen wurde das Projekt in verschiedenen Teilbereichen überarbeitet. Im Bereich der Hochwasserentlastung Hänggelgiessen soll anstelle einer unregulierten Überfallkante ein gesteuertes Wehr erstellt werden, das bei einem Extremereignis geöffnet und anschliessend wieder geschlossen werden kann. Damit soll der Überlastfall besser gesteuert werden können. Das Linthwerk verpflichtete sich, für Schäden aus Extremereignissen an Grundstücken, die nachweislich als Folge einer gezielten Entlastung aus dem Gewässersystem Linthkanal entstehen sollten, anteilmässig nach der Verursachung Entschädigung zu leisten bzw. den Schaden zu ersetzen. Am 12. Juni 2007 genehmigte die Regierung des Kantons St. Gallen das Projekt Linthkanal unter Bedingungen und Auflagen als umweltverträglich und wies die verbleibenden Einsprachen ab, soweit sie darauf eintrat. D. Gegen diesen Entscheid erhoben A._ und weitere Einsprecher am 4. Juli 2007 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Sie verlangten im Wesentlichen, die Sanierung des Linthkanals sei in der Weise auszuführen, dass das Bauwerk auf seiner vollen Länge jederzeit mindestens 500 m3/s Wasser sicher abführen könne, und erst bei einer Wasserführung über dieser Menge eine Ausleitung von Wasser aus dem Linthkanal in das Ufergebiet in der Schänner Ebene erfolge. Zudem sei auf die vorgesehene Kanalausweitung und Renaturierung im Gebiet Hänggelgiessen zu verzichten. Am 12. Februar 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat. E. Dagegen haben A._ und die weiteren im Rubrum genannten Personen am 2. April 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragten, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung zurückzuweisen, mit der Auflage, das Projekt nur mit folgenden Änderungen zu genehmigen: Die Sanierung des Linthkanals sei in der Weise auszuführen, dass das Bauwerk auf seiner vollen Länge, namentlich auch im Streckenabschnitt von oberhalb Hänggelgiessen bis zur Einmündung in den Zürichsee, jederzeit mindestens 500 m3 Wasser pro Sekunde sicher abführen kann. Die im Gebiet der Schänner Ebene vorgesehenen Vorkehrungen für den Überlastfall müssen baulich, technisch und betrieblich so ausgestaltet sein, dass eine Ausleitung von Wasser aus dem Linthkanal in das Ufergebiet erst ab einer Wasserführung im Linthkanal von mehr als 500 m3/s erfolgt. Die Genehmigung des Projektteils Ausweitung Hänggelgiessen sei auszusetzen, bis zum Abschluss der dafür vorgesehenen Untersuchungen/Versuche, und es sei danach, entsprechend dem Ausgang der Untersuchungen/Versuchen, dieser Projektteil nicht zu genehmigen oder nur mit jenen Auflagen und Bedingungen zu genehmigen, die eine Verschlechterung des bestehenden Hochwasserschutzes ausschliessen." Eventualiter sei das Projekt mit diesen Änderungen zu versehen und zu genehmigen. F. Die Linthkommission schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Baudepartement und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) ist der Auffassung, Art. 4 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1991 über den Wasserbau (WBG; SR 721.100) sei nicht verletzt und die vorgesehene Notentlastung stelle keine unverhältnismässige Belastung der Beschwerdeführer dar. G. In ihrer Replik vom 27. Oktober 2008 änderten die Beschwerdeführer ihre Anträge dahingehend ab, dass nicht mehr die "sichere" Abführung von 500 m3/s Wasser (mit Freibord) verlangt wird, sondern nur noch, dass der Linthkanal von Anfang bis Ende eine gleichbleibende Kapazität von 500 m3/s "bordvoll" aufweist, und erst ab einer solchen Wasserführung eine Ausleitung von Wasser in das Ufergebiet der Schänner Ebene erfolgt. H. Mit Verfügung vom 5. Juni 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.