(Zwangsmedikation und Isolierung), hat sich ergeben: A.- S._, geboren am 21. Juli 1977, wurde vom 18. Februar bis zum 18. März 1997 wegen schwer wahnhaft-deliranten Zuständen verbunden mit Polytoxikomanie in der Klinik Waldau der psychiatrischen Universitätsklinik Bern behandelt. Am 5. Oktober 1997 wurde er gestützt auf einen fürsorgerischen Freiheitsentzug wegen Selbstgefährdung und Behandlungsbedürftigkeit erneut in die Klinik eingewiesen. Der Regierungsstatthalter II von Bern ordnete am 14. Oktober 1997 für vorläufig sechs Wochen die stationäre Begutachtung von S._ an. Der gegen diese Verfügung erhobene Rekurs wurde von der kantonalen Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen am 23. Oktober 1997 abgewiesen. In einem Gutachten vom 11. November 1997 gelangten die Ärzte zum Schluss, dass S._ an einer schizophrenen Psychose leide. Zudem könne die Diagnose einer Polytoxikomanie einschliesslich Missbrauchs von LSD, Ecstasy, Kokain und Cannabis gestellt werden. Aufgrund der Hartnäckigkeit der Symptomatik, zu der die Krankheitsuneinsichtigkeit und Behandlungsunwilligkeit gehörten, müsse mit einem langjährigen Krankheitsverlauf gerechnet werden. Da der Drogenkonsum einen Zusammenhang zur psychotischen Dekompensation von S._ aufweise, müsse bei der Therapie besonderer Wert auf Drogenfreiheit gelegt werden. Am 18. November 1997 verfügte der Regierungsstatthalter, S._ sei für unbestimmte Zeit in der Klinik zurückzubehalten. Am 2. Januar 1998 entwich S._ während eines Spaziergangs aus der Klinik, kehrte jedoch am Abend des 5. Januar 1998 aus eigenem Antrieb dorthin zurück. Am folgenden Tag wurde er in die Akutstation und kurze Zeit später ins Isolierzimmer verlegt, wo er zur Einnahme von Medikamenten gezwungen wurde. Am 8. Januar 1998 forderte der Verein "Psychex" die Klinik schriftlich auf, S._ aus dem Isolierzimmer zu entlassen und die Zwangsmedikation einzustellen. Die Klinik antwortete darauf mit Schreiben vom 9. Januar 1998, dass die entsprechenden Vorbereitungen getroffen würden. Am 14. Januar 1998 beschwerte sich der inzwischen anwaltlich vertretene S._ bei der Gesundheits- und Fürsorgedirektion des Kantons Bern gegen die Klinik und beantragte die Feststellung, dass die Zwangsmedikation und die Einschliessung im Isolierzimmer verfassungswidrig seien; gleichzeitig ersuchte er um Erlass vorsorglicher Massnahmen und um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Am 17. Januar 1998 durfte S._ das Isolierzimmer verlassen. Das von ihm gestellte Gesuch um Entlassung aus der Klinik wurde von der kantonalen Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen am 28. Januar 1998 in zweiter Instanz abgewiesen. Die kantonale Gesundheits- und Fürsorgedirektion trat am 9. Februar 1998 auf das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen nicht ein und wies den Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege wegen materieller Aussichtslosigkeit der Beschwerde vom 14. Januar 1998 ab; in der Sache selbst fällte sie keinen Entscheid. Gegen die Nichtgewährung der unentgeltlichen Rechtspflege beschwerte sich S._ beim kantonalen Verwaltungsgericht, wobei er auch für dieses Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege beantragte. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde sowie den prozessualen Antrag am 21. April 1998 ab. B.- Die am 25. Mai 1998 von S._ wegen verfassungswidriger Nichtbewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege erhobene staatsrechtliche Beschwerde hiess das Bundesgericht am 23. September 1998 gut, soweit es darauf eintrat, und hob den verwaltungsgerichtlichen Entscheid auf (Verfahren 1P.337/1998; BGE 124 I 304 ff.). In der Folge wurde S._ für das kantonale Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege gewährt. Am 12. April 1999 wies die Gesundheits- und Fürsorgedirektion die Beschwerde ab, mit welcher die Feststellung beantragt worden war, dass die Zwangsmedikation und die Einschliessung im Isolierzimmer verfassungswidrig gewesen seien. Gegen diesen Entscheid wehrte sich S._ beim Verwaltungsgericht, das die Beschwerde am 27. September 1999 teilweise guthiess und feststellte, dass die gegenüber S._ vom 6. bis 17. Januar 1998 erfolgten Zwangsmassnahmen ab dem 8. Januar 1998 unzulässig gewesen seien. C.- S._ hat gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht erhoben und beantragt, es sei in teilweiser Aufhebung von Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids festzustellen, dass auch die am 6. und 7. Januar 1998 stattgefundene Zwangsmedikation und Isolierung verfassungswidrig gewesen sei. Für das Verfahren vor Bundesgericht ersucht S._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Stellungnahme die Abweisung der Beschwerde. Die Gesundheits- und Fürsorgedirektion hat auf eine Vernehmlassung stillschweigend verzichtet.