Sachverhalt: A. Die 1961 geborene M._ meldete sich im Juni 2004 bei der Invalidenversicherung zum Bezug von Eingliederungsmassnahmen beruflicher Art und einer Rente an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich klärte die gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab. Unter anderem liess sie die Versicherte durch Dr. med. S._, Orthopädische Chirurgie FMH/FMS, untersuchen und begutachten (Expertise vom 12. Juni 2005). Mit Verfügung vom 12. August 2005 verneinte die IV-Stelle den Anspruch von M._ auf eine Invalidenrente, was sie mit Einspracheentscheid vom 10. November 2005 bestätigte. B. Die Beschwerde der M._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. November 2006 ab. C. M._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, Gerichtsentscheid und Einspracheentscheid seien aufzuheben und es sei ihr mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zwecks erneuter unabhängiger Begutachtung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.