Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die X._ SA (Klägerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Zürich, deren Verwaltungsratspräsident A._ ist. Die Klägerin verlangt von Y._ (Beklagter) die Herausgabe und Übertragung eines Aktienzertifikats vom 2. September 2002 über 99 Namenaktien der B._ AG. Dem Streit liegt folgender Sachverhalt zugrunde: Die B._ AG, deren im Jahre 1999 einziger Verwaltungsrat ebenfalls A._ war, war Konkursgläubigerin im Konkurs der C._ AG. A._ wollte namens der B._ AG drei Grundstücke aus dem Konkurs C._ AG günstig erwerben, diese überbauen und mit Gewinn weiterverkaufen. Die B._ AG konnte als Konkursgläubigerin im Konkurs der C._ AG ein Mehrgebot nach Art. 256 Abs. 3 SchKG einreichen. A._ wollte diesen Vorteil ausnützen. Der B._ AG fehlten dazu aber die erforderlichen Mittel. Der Beklagte sollte daher den Kauf finanzieren. Die B._ AG und der Beklagte schlossen in der Folge einen mündlichen Darlehensvertrag über CHF 2'170'000.-- ab. Die Summe wurde der Konkursmasse C._ AG bezahlt. Das Darlehen des Beklagten an die B._ AG sollte durch einen Schuldbrief von CHF 2'170'000.-- sichergestellt werden. Vorgesehen war, dass der Schuldbrief zu Lasten der zu erwerbenden Grundstücke errichtet und dem Beklagten ausgehändigt wird. Die B._ AG kaufte von der Konkursmasse die Grundstücke. Der Kaufvertrag wurde öffentlich beurkundet. Er sah vor, dass er dahinfällt, wenn die Bewilligung nach der Lex Friedrich nicht eingehalten werden kann. In diesem Fall war der Kaufpreis an die B._ AG zurückzuzahlen. Am 16. Februar 1999 räumte A._ namens der B._ AG dem Beklagten eine Vollmacht ein. Am 26. März 1999 erhöhte die B._ AG ihr Aktienkapital von CHF 50'000.-- auf CHF 100'000.-- und den Nennwert der Aktien von CHF 500.-- auf CHF 1'000.--. Das Aktienkapital war nur zur Hälfte einbezahlt. A._ hatte am 26. März 1999 einen Zeichnungsschein unterzeichnet und die Aktien für einen Tag übernommen, jedoch gleichentags an die Klägerin zurückübertragen. Die Kapitalerhöhung wurde am 15. April 1999 im Handelsregister eingetragen. Am 29. April 1999 übergab A._ dem Beklagten ein Aktienzertifikat Nr. 1 der B._ AG über 99 Namenaktien mit einem Nennwert von je CHF 500.--. Das Zertifikat wurde demnach nicht an den neuen Nennwert der vorausgehenden Kapitalerhöhung angepasst. Der Rechtsgrund dieser Übertragung ist streitig. Die Klägerin geht von einer Hinterlegung aus, der Beklagte behauptet die Vereinbarung einer Sicherungsübereignung. Auf der Vorderseite des übergebenen Aktienzertifikats wird der Rechtsinhaber nicht mit Namen genannt (Blanketturkunde). Auf der Rückseite unterschrieb A._ als Veräusserer des Zertifikats. Unstreitig ist, dass A._ nicht darauf hingewiesen hat, dass er die Aktien dem Beklagten namens der Klägerin übertrug. Weiter zeigt die Rückseite den Beklagten als Erwerber. Das Indossament auf der Rückseite trägt das Datum vom 8. April 1999. Trotz der Indossierung des Titels kam es nicht zu einem Eintrag des neuen Erwerbers ins Aktienbuch der B._ AG. Der Beklagte hat später das Aktienzertifikat vom 8. April 1999 mit einem Strich von oben rechts nach unten links durchgestrichen und mit dem Vermerk "ersetzt durch neues Zertifikat vom 2.9.02" versehen. Streichung und Vermerk sind weder datiert noch unterschrieben. In der Folge kam es zum Streit zwischen A._ und dem Beklagten über die Realisierung des Projekts. Am 3. Mai 1999 widerrief A._ namens der B._ AG die dem Beklagten eingeräumte Vollmacht. Am 1. Juli 1999 kündigte der Beklagte das Darlehen gegenüber der B._ AG und verlangte Rückzahlung. Da die Zustimmung zum Kauf nach der Lex Friedrich verweigert wurde, fiel der Kaufvertrag dahin und die Konkursmasse C._ AG war verpflichtet, den Kaufpreis an die B._ AG zurückzuzahlen. Der Schuldbrief zur Sicherstellung des Darlehens konnte nicht ausgestellt werden. Eine Rückzahlung des Darlehens an den Beklagten erfolgte nicht. A._ zedierte namens der B._ AG Teilsummen des Rückerstattungsanspruches gegenüber der Konkursmasse C._ AG an die Klägerin und an andere Personen. Der Beklagte warf A._ in diesem Zusammenhang vor, die B._ AG habe das ihr eingeräumte Darlehen durch die Zessionen veruntreut. Er erstattete Strafanzeige. Im Zuge der Strafuntersuchung beschlagnahmte die Strafuntersuchungsbehörde den einbezahlten Kaufpreis von CHF 2'170'000.-- bei der Konkursmasse C._ AG. Der Beklagte verlangte von der B._ AG, dass er als Eigentümer der 99 Namenaktien eingetragen werde. A._ verweigerte namens der B._ AG die Eintragung, worauf der Beklagte Klage erhob (Befehlsverfahren). Das Obergericht des Kantons Zürich befahl der B._ AG daraufhin mit Beschluss vom 27. Oktober 2000, den Beklagten als Namenaktionär ins Aktienbuch einzutragen. Ferner ordnete es an, dass der Entscheid den Eintrag ersetzt, wenn die B._ AG sich weigert, den Beklagten ins Aktienbuch einzutragen. Dieser Beschluss ist seit Dezember 2000 rechtskräftig. Seit dem 19. April 2001 ist nunmehr der Beklagte einziger Verwaltungsrat der B._ AG. Er stellte am 2. September 2002 ein neues Zertifikat der B._ AG über 99 Namenaktien zu einem Nennwert von CHF 1'000.-- für jede Aktie aus. Das Zertifikat lautet auf den Namen des Beklagten. Die Klägerin verlangt die Herausgabe und Indossierung dieses Zertifikates. Am 26. August 2003 änderte die B._ AG ihre Statuten und erhöhte das Aktienkapital von CHF 100'000.-- auf CHF 250'000.--, bestehend aus 250 Namenaktien zu je CHF 1'000.--. Die Statutenänderung wurde am 29. August 2003 im Tagebuch des Handelsregisters des Kantons Glarus eingetragen. Die Klägerin hat den Kapitalerhöhungs-Beschluss angefochten. Am 26. August 2003 änderte die B._ AG ihre Statuten und erhöhte das Aktienkapital von CHF 100'000.-- auf CHF 250'000.--, bestehend aus 250 Namenaktien zu je CHF 1'000.--. Die Statutenänderung wurde am 29. August 2003 im Tagebuch des Handelsregisters des Kantons Glarus eingetragen. Die Klägerin hat den Kapitalerhöhungs-Beschluss angefochten. B. Am 3. Oktober 2003 stellte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Zürich folgende Rechtsbegehren: 1. Der Beklagte sei zu verpflichten, das Zertifikat über 99 Namenaktien Nr. 1-99 vom 2. September 2002 der B._ AG, Glarus, gehörig indossiert und mit dem Vermerk über die Eintragung der X._ SA im Aktienbuch der Gesellschaft, innert zehn Tagen nach Rechtskraft des Urteils der Klägerin zu übergeben. 2. Im Falle der Gutheissung des Rechtsbegehrens Ziff. 1 sei für den Weigerungsfall folgendes anzuordnen: a) Ungehorsamsstrafe gemäss Art. 292 StGB b) Die Androhung, dass das Indossament und der Vermerk über die Eintragung der Klägerin im Aktienbuch der Gesellschaft durch das Urteilsdispositiv ersetzt werden. 3. Eventuell sei festzustellen, dass die Klägerin im Verhältnis zur B._ AG, Glarus, als Aktionärin der 99 Namenaktien Nr. 1-99 anerkannt sei." Mit Beschluss vom 11. November 2005 trat das Handelsgericht auf das Feststellungsbegehren nicht ein. Mit Urteil gleichen Datums wies es die Klage auf Herausgabe und Indossierung des Aktienzertifikats der B._ AG vom 2. September 2002 ab. Dagegen erhob die Klägerin Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Beschluss vom 12. Dezember 2006 ab, soweit es auf sie eintrat. Dagegen erhob die Klägerin Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Beschluss vom 12. Dezember 2006 ab, soweit es auf sie eintrat. C. Die Klägerin beantragt mit eidgenössischer Berufung, Dispositiv-Ziffern 1, 3 und 4 des Urteils des Handelsgerichts seien aufzuheben und der Beklagte in Gutheissung der Berufung zu verpflichten, das Zertifikat über 99 Namenaktien Nr. 1-99 vom 2. September 2002 der B._ AG, Glarus, gehörig indossiert und mit dem Vermerk über die Eintragung der X._ SA im Aktienbuch der Gesellschaft, innert zehn Tagen nach Rechtskraft des Urteils der Klägerin zu übergeben. Für den Weigerungsfall sei folgendes anzuordnen: a) Ungehorsamsstrafe gemäss Art. 292 StGB b) Die Androhung, dass das Indossament und der Vermerk über die Eintragung der Klägerin im Aktienbuch der Gesellschaft durch das Urteilsdispositiv ersetzt werden. Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache dem Handelsgericht zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Der Beklagte beantragt, die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und das Urteil des Handelsgerichts zu bestätigen.