Sachverhalt: A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Landschaft verurteilte X._ am 29. November 2006 wegen mehrfachen, teilweise versuchten, sexuellen Handlungen mit seiner damals 13-jährigen Tochter, mehrfachen versuchten Inzests sowie Konsums von Betäubungsmitteln zu einer Gefängnisstrafe von 21/4 Jahren und auferlegte ihm die Verfahrenskosten. X._ gelangte gegen dieses Urteil ans Kantonsgericht Basel-Landschaft, welches die Appellation mit Urteil vom 2. Dezember 2008 teilweise guthiess und X._ von der Anklage der sexuellen Handlungen mit einem Kind sowie des versuchten Inzests freisprach. Auf die Anklage wegen Konsums von Betäubungsmitteln trat das Kantonsgericht zufolge Verjährung nicht ein. Im Kostenpunkt entschied es, dass die Verfahrenskosten sowie die Urteilsgebühr des Strafgerichts je zur Hälfte X._ und dem Staat auferlegt werden (Dispositiv-Ziff. I). Die Gebühr des Kantonsgerichts von Fr. 14'400.- zuzüglich Gutachterkosten von Fr. 3'165.60 sowie Auslagen von Fr. 234.40 wurde ebenfalls je zur Hälfte X._ und dem Staat auferlegt (Dispositiv-Ziff. II). B. Mit Beschwerde in Strafsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 18. Februar 2009 beantragt X._, Dispositiv-Ziff. II des Urteils des Kantonsgerichts vom 2. Dezember 2008 aufzuheben und die zweitinstanzlichen Verfahrenskosten vollumfänglich dem Staat aufzuerlegen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.