A.- P._, geboren 1995, reiste im September 1997 mit seinen Eltern aus Bosnien in die Schweiz ein, wo sie ein Asylgesuch stellten. Der wegen eines Infektes um die Jahreswende 1997/98 konsultierte Kinderarzt erkannte bei I._ eine Blaufärbung, weshalb er ihn an den Kinderkardiologen überwies. Die spezialärztliche Abklärung ergab, dass das Kind an einem angeborenen Herzfehler leidet, der sobald als möglich operiert werden sollte (Bericht des Dr. med. P._, Oberarzt Kinderkardiologie am Spital Y_, vom 10. Januar 1998). Die durch das Schweizerische Rote Kreuz, Zentrum für Asylbewerber in X_, verlangte Kostengutsprache wies die Concordia Schweizerische Kranken- und Unfallversicherung (nachfolgend: Concordia), welcher die Mitglieder der Familie I._ im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zugewiesen worden waren, mangels gesetzlicher Leistungspflicht ab (Schreiben vom 20. Februar 1998). Auf Ersuchen des Sozialdienstes des Spitals Y_ vom 17. März 1998 erliess die Konkordia am 30. März 1998 eine ablehnende Verfügung, woran sie auf Einsprache hin mit Entscheid vom 29. April 1998 festhielt. B.- Die durch den Rechtsdienst X_ namens des Versicherten hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, nach Durchführung eines doppelten Schriftenwechsels, in dessen Verlauf die Parteien an ihren abweichenden Standpunkten festgehalten hatten, ab (Entscheid vom 3. Dezember 1998). C.- P._, gesetzlich vertreten durch seinen Vater, lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichts- und des Einspracheentscheides sei die Concordia zu verpflichten, ihm die für die Behandlung seines Herzleidens erforderlichen Leistungen im Rahmen der gesetzlichen Krankenpflegeversicherung zu erbringen. Während die Concordia auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, beantragt das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) deren Gutheissung.