Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 17. Oktober 1996 sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau der 1964 geborenen Y._ ab 1. Januar 1994 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu, wobei sie die Bemessung des Invaliditätsgrades von 52 % nach der Methode des Betätigungsvergleichs (Haushalt) vornahm. Die zu Grunde liegende Diagnose lautete auf Fibromyalgiesyndrom und generalisierte Tendomyopathie. Nach einem im Jahr 2002 durchgeführten Rentenrevisionsverfahren teilte die IV-Stelle der Versicherten am 23. Dezember 2002 mit, der Invaliditätsgrad betrage 51 %, weshalb sich am Rentenanspruch nichts ändere; sie wendete dabei die gemischte Methode an mit einem Erwerbsanteil von 60 % (umgewichteter Teilinvaliditätsgrad 62 %) und einem Haushaltsanteil von 40 % (Einschränkung 33 %). Eine Verfügung erliess sie nicht. Zu einer Rentenrevision kam es erneut im Jahr 2005, wobei die IV-Stelle eine polydisziplinäre Begutachtung veranlasste und eine Haushaltabklärung vornahm (Abklärungsbericht vom 17. Mai 2006). Mit Blick auf die Abklärungsergebnisse, insbesondere das interdisziplinäre Gutachten vom 23. Oktober 2007 des Instituts X._ bei erneut ausgewiesener Fibromyalgie, verfügte die IV-Stelle die Renteneinstellung auf Ende Februar 2008. Sie begründete dies mit einem Invaliditätsgrad von nurmehr 14 % (Verfügung vom 23. Januar 2008). B. Die von Y._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 9. September 2008 gut. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, es sei, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids, die Verfügung der IV-Stelle vom 23. Januar 2008 zu bestätigen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu geben. Die IV-Stelle schliesst auf Gutheissung der Beschwerde, währenddem die Versicherte deren Abweisung beantragt. D. Der Instruktionsrichter des Bundesgerichtes wies das Ersuchen um Erteilung der aufschiebenden Wirkung mit Verfügung vom 24. März 2009 ab.