aktienrechtliche Verantwortlichkeit, hat sich ergeben: A.- D._ war seit spätestens 1986 Aktionär und vom 25. Februar 1987 bis 1. März 1991 Geschäftsführer der F._ AG. Diese Gesellschaft erwarb am 24. November 1988 sämtliche Aktien der E._ Holding AG, welche ihrerseits seit dem 10. Dezember 1987 alle Aktien der E._ AG hielt. Am 12. Dezember 1988 schlossen die F._ AG, die E._ AG und die Bank C._ eine Vereinbarung zur Sanierung der E._ AG. Darin verpflichtete sich die F._ AG unter anderem, die Software der E._ AG zum Preis von Fr. 3'000'000.-- zu kaufen. Der Kaufpreis war zur Hälfte bis Ende 1988 zu bezahlen, für die übrigen Fr. 1'500'000.-- sollte die E._ AG der F._ AG ein langfristiges Darlehen gewähren. Die F._ AG und die E._ AG schlossen dementsprechend am 15. Dezember 1988 einen Kauf- und Lizenzvertrag sowie einen Darlehensvertrag. Danach sollte das Darlehen von Fr. 1'500'000.-- in jährlichen Raten von Fr. 300'000.-- amortisiert werden, erstmals per 30. November 1989. Am 5. Juli 1990 wurde über die E._ AG und über die E._ Holding AG infolge einer Überschuldungsanzeige nach Art. 192 aSchKG der Konkurs eröffnet. Der F._ AG wurde am 28. Juni 1991 eine Nachlassstundung gewährt. Der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung wurde am 3. Dezember 1991 richterlich genehmigt. B.- Die Bank A._ und B._ sind Gläubigerinnen der E._ AG. Im Verlauf des Jahres 1991 liessen sie sich von der Konkursmasse die Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Organe der konkursiten E._ AG abtreten. Die Gläubigerinnen reichten am 2. September 1993 Klage beim Amtsgericht Luzern-Stadt ein. Sie verlangten im Wesentlichen die Verurteilung von vier Beklagten, unter ihnen D._, zur Bezahlung von Fr. 3'000'000.-- nebst Zins gestützt auf Art. 754 Abs. 1 und Art. 759 aOR. Das Amtsgericht Luzern-Stadt wies die Klage gegen D._ am 21. Dezember 1998 ab. Das Gericht verneinte dessen Passivlegitimation wegen fehlender Organeigenschaft. Mit Urteil vom 18. April 2001 wies das Obergericht des Kantons Luzern auf Appellation der Klägerinnen hin die Klage aus den im Wesentlichen gleichen Gründen ebenfalls ab. C.- Die Klägerinnen haben gegen das Urteil des Obergerichts Luzern sowohl staatsrechtliche Beschwerde wie Berufung eingereicht. Mit Urteil vom heutigen Tag hat das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist. Die Klägerinnen beantragen in ihrer Berufung die teilweise Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Anweisung an das Obergericht, auf die gegen den Beklagten gerichtete Appellation vollumfänglich einzutreten und einen neuen Sachentscheid zu fällen. Der Beklagte schliesst in der Antwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten ist.