Sachverhalt: A. Mit Urteil des Strafgerichtspräsidiums vom 27. Februar 2008 wurde X._ in Abänderung des Strafbefehls des Bezirksstatthalteramtes Arlesheim vom 23. April 2007 wegen mehrfacher Widerhandlung gegen die Verordnung vom 19. Juni 1995 über die Arbeits- und Ruhezeit der berufsmässigen Motorfahrzeugführer und -führerinnen (Chauffeurverordnung, ARV 1, SR 822.221) schuldig gesprochen und zu einer Busse von Fr. 4'000.-- verurteilt. B. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft stellte am 15. Dezember 2008 das Verfahren gegen X._ zufolge Eintritts der Verfolgungsverjährung ein. C. Gegen das Urteil des Kantonsgerichts erhebt die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, X._ sei der mehrfachen Widerhandlung gegen die Chauffeurverordnung schuldig zu sprechen und mit einer Busse von Fr. 4'000.-- zu belegen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und die Sache an das Kantonsgericht zurückzuweisen. D. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft als auch X._ beantragen die Abweisung der Beschwerde.