Sachverhalt: A. Am 30. März 2010 besuchte X._ das Solarium "A._" in Wohlen. Am darauffolgenden Tag wurden lebensgefährliche Brandverletzungen festgestellt. X._, die notfallmässig im Kantonsspital Baden aufgenommen worden war, musste umgehend auf die Verbrennungsintensivstation des Universitätsspitals Zürich verlegt werden. Am 9. April 2010 erstattete sie Strafanzeige gegen Unbekannt wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung. Die darauf folgenden Ermittlungen richteten sich gegen Y._, Geschäftsführerin des Solariums. Nach durchgeführter Untersuchung stellte die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten das Strafverfahren gegen Y._ mit Verfügung vom 11. März 2011 ein. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 29. Juni 2011 ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 14. September 2011 beantragt X._, der Entscheid des Obergerichts bzw. die Einstellungsverfügung seien aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, die Untersuchung zu vervollständigen und Anklage zu erheben. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.