Sachverhalt: A. A._ (Arbeitnehmer) war ab dem 1. März 2007 für B._ (Arbeitgeber) als Maurer tätig. Seit dem 16. März 2009 war der Arbeitnehmer gemäss einem Zeugnis von Dr. med. C._ vom 17. März 2006 unfallbedingt zu 100 % arbeitsunfähig. In der Folge bestätigten verschiedene Ärzte die weitere Arbeitsunfähigkeit des Arbeitnehmers, wobei Dr. med. D._ sich nicht darauf festlegte, ob diese unfall- oder krankheitsbedingt war. Der Arbeitnehmer meldete sich bei der SUVA, die am 5. Mai 2009 (KB 43) folgende Telefonnotiz erstellte: "Der Versicherte hat wieder Beschwerden bei der Hüfte und war am 01.03.09 bei Dr. C._, F._ in Behandlung. Er ist seit dem 01.03.09 zu 100 % arbeitsunfähig und möchte einen Rückfall anmelden da sein aktueller Arbeitgeber angeblich dies nicht tun will." Daraufhin liess die SUVA abklären, ob die Beschwerden des Arbeitnehmers auf einen Unfall vom 23. Dezember 2004 zurückgeführt werden können, was sie im Schreiben vom 19. Oktober 2009 verneinte. Die Gewerkschaft UNIA, handelnd durch E._, machte gegenüber dem Arbeitgeber verschiedene Forderungen des Arbeitnehmers geltend. Der Arbeitgeber antwortete mit Faxschreiben vom 27. Juni 2009: "Forderung A._ Nur soviel zu Punkt 1. und 2. Ihrer Forderung. Die anderen Punkte werde ich Ihnen bei nächster Gelegenheit erläutern. In Zukunft würde ich zuerst nachfragen bevor Sie alles glauben was diese Sozialschmarotzer Ihnen für Lügen auftischen. Ich werde mir die Option offenlassen zu klagen wegen Ruf- und Geschäftsschädigung. Wie bei A._ sieht es bei G._ aus, bei welchem vielleicht wir sogar Geld zurückfordern müssen. Beilage: Einzahlungen Ferien / 13.er 07" Im Antwortschreiben vom 29. Juni 2009 unterbreitete E._ dem Arbeitgeber eine Aufstellung von Forderungen des Arbeitnehmers, in der er namentlich ein Unfalltaggeld für die Zeit vom 16. März 2009 bis 30. Juni 2009 von Fr. 12'481.20 verlangte. Im gleichen Schreiben bat E._ den Arbeitgeber, den Gesamtbetrag von Fr. 28'137.10 in den nächsten zehn Tagen an den Arbeitnehmer zu überweisen. Mit handschriftlichem Faxschreiben vom 10. Juli 2009 teilte der Arbeitgeber der UNIA zu Handen von Herrn E._ mit: "Ich werde Ihnen von A._ und G._ bis 20.07.2009 die von uns bezahlten Leistungen auflisten und belegen. Momentan haben wir soviel zu tun, dass wir zuerst die Leute die arbeiten wollen unterstützen müssen. Nur soviel Ihre Abrechnung stimmt in keinem Punkt bei G._/A._. Im Übrigen hat mir die Suva vor längerer Zeit mitgeteilt das[s] wir auf Kosten der Suva keine Leistungen ausbezahlen dürfen solange nicht geklärt ist ob Unfall oder Kank. Beilag Zahlung Fr. 4000.-- an A._" Mit Schreiben vom 23. Juli 2009 forderte der Arbeitnehmer den Arbeitgeber unter Androhung einer fristlosen Kündigung im Säumnisfall auf, den ausstehenden Lohn des Jahres 2009 bis zum 31. Juli 2009 zu zahlen oder eine Sicherheit zu leisten. Mit Schreiben vom 29. Juli 2009 kündigte der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer das Arbeitsverhältnis per 30. September 2009. Zur Begründung führte der Arbeitgeber an: "Wir behalten uns vor, das Arbeitsverhältnis fristlos zu kündigen, da zu viele Unwahrheiten was die bezahlten Ferien 2007/2008 sowie den 13. Monatslohn anbelangt erzählt wurden und über die UNIA noch einmal kassiert werden wollten. Gleichfalls habe ich persönlich Herr A._ mit dem Fahrrad in seiner so genannten "Unfallzeit" von H._ her kommend in Richtung I._ fahren sehen. Man darf nach Arzt keine sitzende und keine anstrengende Arbeit ausführen, aber über weite Strecken Fahrrad fahren kann Mann. Das ist jedoch Sache der SUVA diese Abklärungen vorzunehmen. Tatsache ist dass keine Vertrauensbasis mehr besteht und ein weiteres Zusammenarbeiten aus meiner Sicht nicht möglich ist." Im Schreiben vom gleichen Tag erklärte der Arbeitnehmer gegenüber dem Arbeitgeber: "Fristlose Kündigung Sehr geehrter Herr B._ Mit Schreiben vom 23.07.09 habe ich Sie gebeten, den ausstehenden Lohn zu bezahlen oder eine Sicherheit für den ausstehenden wie auch den zukünftigen Lohn zu leisten. Da weder eine Zahlung noch eine Sicherheitsleistung erfolgte, löse ich hiermit androhungsgemäss das Arbeitsverhältnis fristlos auf. Auch die Arbeitsverhältnisse sind unzumutbar und für mich nicht tolerierbar. Ich bitte Sie, mir sofort den Lohn für dieses Jahr sowie den Lohnersatz bis zum Ablauf der ordentlichen Kündigungsfrist, also vom 1.08.09 bis 31.10.09 nebst anderen noch offenen Ansprüchen (13. Monatslohn, Ferien, Spesen) zu überweisen und mir eine korrekte Lohnabrechnung zuzustellen. Sollten Sie nicht in der Lage sein, diese Ansprüche zu erfüllen, bitte ich um eine schriftliche Bestätigung meines Guthabens sowie um Ihre Zahlungsvorschläge. Eine Betreibung oder Klage bleibt vorbehalten. Gleichzeitig bitte ich Sie um die Ausstellung eines Arbeitszeugnisses über Leistungen und Verhalten, damit ich raschestmöglich wieder eine neue Stelle finden kann. [...]" Im Schreiben vom 5. August 2009 führte der Arbeitgeber gegenüber dem Arbeitnehmer aus: "Betrifft: Kündigung Ihr Schreiben vom 29.07.2009 Geehrter Herr A._ Wie wir Ihrem Schreiben vom 29.07.2009 entnehmen, sind [Sie] nach unserem Telefongespräch gleichentags bei welchem ich Ihnen die Kündigung nebst einem Schreiben auch telefonisch mitgeteilt habe, der gleichen Meinung wie ich, dass eine sofortige Beendigung des Arbeitsverhältnisses für beide Seiten das Beste ist. Mit der Forderung der sofortigen Bezahlung Ihrer Ansprüche inkl. Kündigungsfrist kann ich mich einverstanden erklären wen[n] wir einen Pauschalbetrag vereinbaren. Ich schlage einen Pauschalbetrag per Saldo aller Ansprüche von Fr. 16'000.00 vor, (Aufstellung folgt) ansonsten müssen wir die Angelegenheit vor Gericht klären. Damit wären Sie aus dem Arbeitsverhältnis entbunden und können sich per sofort um eine andere Stelle bemühen. Das mit dem Arbeitszeugnis ist so eine Sache. [...]" B. Nachdem das Friedensrichteramt Kreis Schaffhausen im am 24. Februar 2011 eingeleiteten Schlichtungsverfahren die Klagebewilligung erteilte hatte, klagte der Arbeitnehmer (Kläger) mit Eingabe vom 27. Juni 2011 beim Kantonsgericht Schaffhausen gegen den Arbeitgeber (Beklagter) auf Zahlung von Fr. 30'000.-- brutto nebst 5 % Zins seit 1. August 2009. Zur Begründung dieser Forderung machte der Kläger an der Hauptverhandlung am 10. November 2011 geltend, der Beklagte schulde ihm: Krankentaggelder von Fr. 17'419.95: Mittagessenentschädigungen von Fr. 4'980.--; für das Jahr 2008 - Lohn von brutto Fr. 1'876.50; - Lohn für Überstunden von brutto Fr. 2'431.67; - Lohn für Ferien von brutto Fr. 2'611.57; - einen 13. Monatslohn von brutto Fr. 4'714.91; für das Jahr 2009 - Lohn von brutto Fr. 1'452.02; - einen 13. Monatslohn von brutto Fr. 562.66; - eine Kündigungsentschädigung von brutto Fr. 6'687.80 Dem Kläger stehe damit ein Zahlungsanspruch von Fr. 42'737.08 zu, eingeklagt seien jedoch nur Fr. 30'000.--. Bereits in Ziffer 9 seiner Klage vom 27. Juni 2011 hatte der Kläger ausgeführt, eine Nachklage bezüglich des Restbetrages oder eines Arbeitszeugnisses sei nicht vorgesehen. Der Beklagte schloss an der Hauptverhandlung auf Abweisung der Klage. Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, dem Arbeitnehmer stünden für das Jahr 2008 ein Lohnanspruch von Fr. 3'907.-- brutto (E. 2.1.2), für das Jahr 2009 ein Lohnanspruch von Fr. 1'368.90 brutto (E. 2.1.3) und aufgrund der berechtigten fristlosen Kündigung ein Schadenersatzanspruch von Fr. 6'687.80 brutto (E. 2.4) zu, was addiert Fr. 11'963.70 brutto ergebe. Zudem habe der Kläger Anspruch auf Krankentaggelder von Fr. 17'419.95 netto (E. 2.5) und auf Mittagessenentschädigungen (E. 2.2) von Fr. 1'872.-- netto, was zusammen Fr. 19'291.95.-- netto ergebe und einem Bruttobetrag von Fr. 23'024.15 entspreche. Dieser Betrag könne aufgrund der Begrenzung des Klagebegehrens auf Fr. 30'000.-- brutto nur im Umfang von Fr. 18'036.30 (Fr. 30'000.-- - Fr. 11'963.70) zugesprochen werden, was einem Nettobetrag von Fr. 15'112.60 entspreche. Gemäss diesen Erwägungen verpflichtete das Kantonsgericht den Arbeitgeber mit Urteil vom 26. Januar 2012, dem Arbeitnehmer Fr. 11'963.70 brutto und Fr. 15'112.60 netto nebst Zins von 5 % seit August 2009 zuzüglich einer Parteientschädigung von Fr. 7'267.35 zu bezahlen. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies eine dagegen vom Arbeitgeber erhobene Berufung mit Urteil vom 21. September 2012 ab. C. Der Arbeitgeber (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts vom 21. September 2012 aufzuheben und auf die Klage nicht einzutreten oder diese eventuell abzuweisen. Mit Präsidialverfügung vom 13. November 2012 wurde der Beschwerde die vom Beschwerdeführer beantragte aufschiebende Wirkung erteilt. Der Arbeitnehmer (Beschwerdegegner) schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Obergericht verzichtet auf eine Stellungnahme.