Sachverhalt: A. Die X._ GmbH mit Sitz in A._ ZG wird überwiegend von ihrem Geschäftsführer Y._ beherrscht, dessen Wohnsitz in B._ ZH ist. Da sich am statutarischen Sitz weder Leitung noch irgendwelche Geschäftseinrichtungen befinden, nahm das kantonale Steueramt Zürich mit Entscheid vom 7. Dezember 2007 die Steuerhoheit ab der Periode 2002 gegenüber der Gesellschaft in Anspruch, da deren tatsächliche Leitung und Verwaltung durch den Geschäftsführer an seinem Wohnsitz ausgeübt werde. Am 18. März 2009 bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich diesen Entscheid kantonal letztinstanzlich. B. Am 27. April 2009 hat die X._ GmbH Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Namentlich unter Berufung auf das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung beantragt sie im Wesentlichen, den verwaltungsgerichtlichen Entscheid aufzuheben. C. Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verweist auf den angefochtenen Entscheid.