Sachverhalt: A. P._ (geboren 1957) arbeitete zuletzt von Februar 1988 bis Ende Februar 1998 als Servicemitarbeiterin in einem Restaurant. Im Dezember 1998 meldete sie sich wegen psychischen Problemen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 31. März 2000 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Thurgau ab 1. März 1999 eine ganze Invalidenrente zu. Diese Rente wurde in den Jahren 2002 und 2005 in Revision gezogen, jedoch unverändert belassen. Im Rahmen eines weiteren im Sommer 2008 eingeleiteten Rentenrevisionsverfahrens liess die IV-Stelle die Versicherte am Ärztlichen Begutachtungsinstitut GmbH (Institut B._) polydisziplinär abklären (Gutachten vom 22. April 2009). Mit Vorbescheid vom 12. Juni 2009 stellte sie der Versicherten die Aufhebung der Rente in Aussicht. Nachdem die Versicherte vom 9. bis 16. Juli 2009 in der Klinik M._ hospitalisiert gewesen war, gab die IV-Stelle eine erneute Begutachtung beim Institut B._ in Auftrag (Gutachten vom 6. Mai 2010). Mit Verfügung vom 9. Juli 2010 hob sie die Rente per Ende August 2010 auf und sprach der Versicherten auf deren Gesuch hin am 19. Juli 2010 Arbeitsvermittlung zu. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 15. Dezember 2010 ab. C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihr eine ganze Rente zuzusprechen. Eventuell sei die Angelegenheit zur erneuten Entscheidung an die IV-Stelle, subeventuell an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner beantragt sie die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. IV-Stelle und kantonales Gericht schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Mit Eingabe vom 25. Mai 2011 macht die Beschwerdeführerin unter Einreichung eines Berichts der Klinik M._ vom 19. Mai 2011 eine massive Verschlechterung ihres Gesundheitszustandes geltend.