Sachverhalt: A. Die Foot Locker Retail Inc. (Gesuchstellerin und Beschwerdegegnerin) beantragte am 6. April 2004 Markenschutz für das Zeichen COLORADO (fig.) für folgende Waren (Markeneintragungsgesuch 52266/2004) der Klassen 18: "Taschen, nämlich Schultertaschen, Allzwecksporttaschen, Tornister, Rucksäcke, Handtaschen, Kleidersäcke, Trag- und Reisetaschen"; sowie 25: "Kopfbedeckungen, Schuhwaren, Schuhe und Freizeitbekleidung, nämlich Freizeithosen, Hemden, Unterhosen, Jacken, Jeans, Westen, Sweatshirts, Jogginganzüge, T-Shirts, Trainerhosen, kurze Hosen, Pullover und Socken." Die schwarz-weiss hinterlegte Wort-/Bildmarke sieht wie folgt aus: Bild nicht abrufbar Das Institut für geistiges Eigentum (IGE) wies das Markeneintragungsgesuch mit Verfügung vom 23. Februar 2005 gestützt auf Art. 2 lit. c in Verbindung mit Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG (SR 232.11) zurück. Zur Begründung führte das IGE im Wesentlichen aus, in schweizerischen Verkehrskreisen werde COLORADO mit den USA in Verbindung gebracht und sowohl Kleidungsstücke wie Lederwaren würden in diesem US-Bundesstaat auch hergestellt, weshalb das Zeichen für Waren, die nicht aus den USA stammen, täuschend sei. B. Mit Entscheid vom 5. Mai 2006 hiess die Eidgenössische Rekurskommission für Geistiges Eigentum die Beschwerde der Gesuchstellerin gut, hob die Verfügung des IGE vom 23. Februar 2005 auf und wies dieses an, dem Markeneintragungsgesuch 52266/2004 vollumfänglich zu entsprechen. Sie ging zwar mit dem IGE davon aus, dass der Wortbestandteil COLORADO als geografischer Hinweis - auf den Bundesstaat Colorado im mittleren Westen der USA - verstanden werde. Sie legte dar, Warenmarken mit geografischen Angaben würden in der Praxis nur mit einem Zusatz in der Warenliste eingetragen, wonach die beanspruchten Waren aus dem Land stammen müssen, auf das die Herkunftsangabe hinweist. Diese Praxis sei in der Lehre bisher nicht beanstandet worden. Die Rekurskommission kam aber zum Schluss, die Praxis müsse geändert werden, denn es bestehe kein überwiegendes öffentliches Interesse an der präventiven Nichteintragung von Marken, von denen ein täuschender Gebrauch gemacht werden könnte. Sie werde daher in Zukunft Marken mit einem geografischen Inhalt ohne entsprechende Einschränkung der Waren- und Dienstleistungsliste zulassen, soweit kein qualifiziertes Schutzbedürfnis vorliege. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 2. Juni 2006 beantragt das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement, der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für Geistiges Eigentum vom 5. Mai 2006 sei aufzuheben und das Markeneintragungsgesuch 52266/2004 für Waren der Klassen 18 und 25 sei nur mit folgender Einschränkung zuzulassen: "Alle vorgenannten Waren US-amerikanischer Herkunft". D. Die Gesuchstellerin und die Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde sei abzuweisen.