Werkvertrag; Mängel (Art. 370 Abs. 3 OR), hat sich ergeben: A.- Die Rechtsvorgängerin der M._ AG schloss im Jahre 1993 als Bauherrin mit der Rechtsvorgängerin der L._ AG als Totalunternehmerin einen Werkvertrag über die schlüsselfertige Ausführung von vier Mehrfamilienhäusern in der Überbauung X._ zu einem Pauschalpreis von Fr. 8'700'000.--. Die Parteien erklärten das Leistungsverzeichnis sowie die SIA-Norm 118 zum ergänzenden Vertragsbestandteil. Die Bauten wurden im Jahre 1995 erstellt und am 20. November 1995 abgenommen. Nachdem die Hauseigentümerin M._ AG im Haus D unter dem Treppenlauf UG/EG und an der Kellerwand Feuchtigkeitsflecken entdeckt hatte, besichtigten die Parteien am 15. Dezember 1998 gemeinsam den festgestellten Schaden. Mit Gesuch vom 31. März 1999 leitete die Hauseigentümerin M._ AG beim Bezirksgericht Bischofszell ein Verfahren zur vorsorglichen Beweisaufnahme u.a. hinsichtlich konstruktiver und planerischer Mängel in den Häusern A, B, C und D ein. Das Verfahren wurde nach Einholung einer gerichtlichen Expertise mit Verfügung vom 7. September 1999 abgeschlossen. B.-Mit Urteil vom 19. Juni/15. November 2000 hiess das Bezirksgericht Bischofszell die Klage der Hauseigentümerin M._ AG auf Bezahlung von Fr. 144'623. 35 nebst Zins als Minderwert zufolge Werkmängeln an den Häusern A bis D vollumfänglich gut. Die dagegen erhobene Berufung der Unternehmerin L._ AG wies das Obergericht des Kantons Thurgau ab. Es reduzierte jedoch das Klagebegehren von Amtes wegen, mit dem Einverständnis der Klägerin, auf Fr. 104'632. 35 und korrigierte damit ein Missverständnis der beiden Parteien und des Bezirksgerichts hinsichtlich der Berechnung des Minderwerts im gerichtlichen Gutachten. C.-Mit Berufung beantragt die Unternehmerin L._ AG dem Bundesgericht, das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Gleichzeitig erhebt sie staatsrechtliche Beschwerde. Das Obergericht sowie die Klägerin und Berufungsbeklagte beantragen die Abweisung der Berufung. D.-Mit Urteil vom heutigen Tag hat das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen.