Sachverhalt: A. Mit Beschlüssen vom 10. Mai und 18. Juni 2001 setzten die Gemeinden Bonstetten und Wettswil a.A. in teilweiser Revision ihrer Bau- und Zonenordnungen eine gemeindeübergreifende Erholungszone für einen Golfplatz im Gebiet Stierenmas sowie Vorschriften für diese Zone fest. Dadurch soll die bestehende Golfübungsanlage "Driving Range" Chrügelmatten, Wettswil a.A., zu einem 18-Loch-Golfplatz erweitert werden. Das Zonengebiet liegt in einer weiten, offenen Ebene zwischen den Dörfern von Wettswil a.A. und Bonstetten im Osten und teilweise bewaldetem Hanggebiet im Westen. Gemäss kantonalem Siedlungs- und Landschaftsplan vom 31. Januar 1995 (teilrevidiert am 2. April 2001) liegt es im Landwirtschaftsgebiet und zugleich im Bereich des Sachplans Fruchtfolgeflächen. Die gleiche Festlegung enthält der regionale Richtplan Knonaueramt (Siedlung und Landschaft) vom 3. Juni 1998. Neben der eigentlichen "Erholungszone Golf" von gut 60 ha werden zwei kleinere Teilbereiche ausgewiesen: Im Norden ein rund 80 m tiefer Bereich "Infrastruktur", in dem die für den Golfplatz notwendigen Parkplätze, Bauten, Anlagen sowie maximal zwei Wohnungen zulässig sind (Ziff. 1.2.1 der Zonenvorschriften [ZV]). Im westlich gelegenen "Bereich für den Gartenbau" von rund 100 m x 45 m dürfen das bestehende Wohnhaus und der bestehende Gartenbaubetrieb weiter genutzt werden (Ziff. 1.2.2 ZV). Die Erholungszone Golf ist ausschliesslich für den Bau und den Betrieb eines 18-Loch-Golfplatzes samt zugehörigen Nebenanlagen bestimmt (Ziff. 1.1 ZV). Gemäss Ziff. 1.3 ZV ist ein Drittel der für das Golfspiel genutzten Fläche naturnah zu gestalten, wobei diese Fläche auch östlich oder westlich angrenzend an die Erholungszone Golf liegen könne. Ziff. 4.1-4.5 ZV enthalten Grundsätze für die Gestaltung des Golfplatzes. Danach soll der Charakter der offenen, weiten Landschaft möglichst erhalten werden. Terrainveränderungen sind auf ein Minimum zu beschränken. Die langfristige Fruchtbarkeit des Bodens ist sicherzustellen. Die naturnah gestalteten Flächen sind möglichst zusammenzufassen. Zwischen dem Wald im Westen und den Ziegeleiweihern im Osten ist ein Vernetzungskorridor zu schaffen Eingedolte Gewässer sind nach Möglichkeit zu öffnen. Die Funktionstüchtigkeit der Entwässerungsanlage ist zu erhalten. Aus den Gewässern darf kein Wasser für die Pflege und den Unterhalt des Golfplatzes entnommen werden. Als planerische Grundlage für ein Bauprojekt ist ein privater Gestaltungsplans auszuarbeiten, in dem detaillierte Nutzungs-, Gestaltungs- und Massvorschriften für alle Bauten und Anlagen, die Detailgestaltung der ganzen Erholungszone (Terraingestaltung und Bepflanzung), die öffentlich zugänglichen Wege und deren Gestaltung, die Zahl der zulässigen Parkplätze und Grundsätze für den Betrieb und Unterhält der ganzen Anlage festzulegen sind (Ziff. 4.6 ZV). Hierfür ist ein öffentliches Mitwirkungsverfahren gemäss § 7 PBG durchzuführen; zuständig zur Festsetzung des Gestaltungsplans sind die Gemeinderäte der betroffenen Gemeinden (Ziff. 4.7 ZV). B. Gegen die Teilrevision der Zonenplanung erhoben A._ und weitere Personen Rekurs an die Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Diese hiess die Rekurse am 25. Juni 2002 gut und hob die beiden Gemeindeversammlungsbeschlüsse auf, weil es an einer Grundlage im regionalen Richtplan fehle. Am 8. Januar 2003 ergänzte der Regierungsrat den regionalen Richtplan Knonaueramt mit der Festlegung eines besonderen Erholungsgebiets C für den Golfplatz Stierenmas. C. Das von den Gemeinden Bonstetten und Wettswil a.A. angerufene Verwaltungsgericht lud die Baudirektion ein, bezüglich der streitbetroffenen Festlegungen der Bau- und Zonenordnungen den Genehmigungsentscheid zu treffen bzw. beim Regierungsrat einzuholen. Am 6. Januar 2004 genehmigte der Regierungsrat die Teilrevision der Zonenpläne. Von der Genehmigung ausgenommen wurden die auf Gemeindegebiet Bonstetten liegenden Grundstücke Kat.-Nrn. 439, 440 und 441, weil deren Eigentümer (der Beschwerdeführer B._) die Zustimmung zum Golfplatzprojekt verweigerte. Daraufhin hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerden am 9. September 2004 gut, soweit das Verfahren nicht gegenstandslos geworden sei, und wies die Sache wegen Änderung der planungsrechtlichen Grundlagen zur Neubeurteilung an die Baurekurskommission II zurück. Diese holte einen Amtsbericht der Fachstelle Bodenschutz des Amtes für Landschaft und Natur der Volkswirtschaftsdirektion zur agrarwirtschaftlichen Bodenqualität im Bereich der Erholungszone ein. Am 7. Februar 2006 wies sie die Rekurse ab. Dagegen erhoben A._ und weitere Personen Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 16. November 2006 ab. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid haben A._ und die weiteren im Rubrum genannten Personen am 22. Januar 2007 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei zusammen mit dem Entscheid der Baurekurskommission vom 7. Februar 2006 und den Beschlüssen der Gemeinden Bonstetten und Wettswil vom 10. Mai 2001 und 18. Juni 2001 aufzuheben. Aufzuheben sei auch der Entscheid des Regierungsrates über die Festsetzung des Erholungsgebietes C im regionalen Richtplan Knonaueramt. Eventualiter sei die Nichtigkeit von Ziff. 4.7 ZV festzustellen und Ziff. 1.3 Satz 2 ZV sei aufzuheben. E. Das Verwaltungsgericht und die Gemeinden Bonstetten und Wettswil beantragen die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) beantragt Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten sei. In ihren Stellungnahmen vom 4. und vom 11. Januar 2008 halten die Parteien an ihren Anträgen fest. F. Mit Verfügung vom 12. April 2007 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung gewährt.