Sachverhalt: A. A.a S._, geboren 1970 und Mutter zweier Kinder (Jahrgang 2003 und 2004), arbeitete bis Ende März 2003 als Küchen- und Haushalthilfe in einem Restaurantbetrieb. Am 23. Januar 2004 meldete sie sich wegen Beschwerden am linken Arm bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Aargau (IV-Stelle) nahm verschiedene Abklärungen, unter anderem in Form je einer psychiatrischen und rheumatologischen Untersuchung der Versicherten durch den Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD), vor und sprach ihr mit Verfügung vom 1. September 2008 in Anwendung der gemischten Bemessungsmethode eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 54 % zu. Auf Beschwerde der Pensionskasse GastroSocial hin hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau die Verfügung auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung der psychiatrischen Beschwerdesituation und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurück. Dieser Entscheid vom 3. November 2009 erwuchs in Rechtskraft. A.b Die IV-Stelle liess S._ bidisziplinär durch die Dres. med. J._, Facharzt FMH für Rheumatologie und I._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, begutachten. Nachdem sie mit Vorbescheid vom 27. September 2010 - nunmehr in der Annahme einer vollen Erwerbstätigkeit im Gesundheitsfalle - wiederum die Ausrichtung einer halben Rente in Aussicht stellte, liess die GastroSocial die Versicherte ihrerseits durch Dr. med. H._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, untersuchen. Dieser gelangte in seinem Gutachten vom 31. Januar 2011 zur Auffassung, die Probandin sei maximal zu 10 % in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt. Gestützt darauf teilte die IV-Stelle S._ mit, dass sie keinen Anspruch auf eine Invalidenrente habe (Verfügung vom 15. November 2011). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. Juni 2012 ab. C. S._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, es sei ihr in Aufhebung des kantonalen Entscheides eine Invalidenrente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; zudem ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung. Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.