Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 13. Dezember 2011 verpflichtete die Fürsorgebehörde Wettswil H._ zur Rückerstattung unrechtmässig bezogener wirtschaftlicher Hilfe im Umfang von Fr. 37'849.50. Den dagegen erhobenen Rekurs wies der Bezirksrat Affoltern mit Beschluss vom 19. April 2012 ab. B. Auf eine von H._ gegen diesen Beschluss erhobene Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Juli 2012 mangels Einhaltung der Rechtsmittelfrist nicht ein. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt H._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und die Sache sei an dieses zurückzuweisen, damit es auf die Beschwerde eintrete. Zudem stellt er für das bundesgerichtliche Verfahren ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung. Die Fürsorgebehörde Wettswil verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht beantragt Abweisung der Beschwerde.