Sachverhalt: A. Der nigerianische Staatsangehörige X._, geb. 7. September 1985, reiste nach eigenen Angaben am 9. September 2007 in die Schweiz ein, wo er ein Asylgesuch stellte. Das Bundesamt für Migration trat darauf am 25. Oktober 2007 nicht ein und verfügte die Wegweisung von X._. Am 20. November 2007 trat das Bundesverwaltungsgericht auf eine dagegen gerichtete Beschwerde nicht ein. B. Vom 3. Dezember 2007 bis zum 29. August 2008 befand sich X._ in Ausschaffungshaft. Unmittelbar daran schloss Durchsetzungshaft an, die vom Präsidenten des Rekursgerichts im Ausländerrecht des Kantons Aargau am 29. August 2008 erstmals genehmigt und seither regelmässig verlängert wurde. Bei einer Anhörung durch die nigerianische Konsulin am 29. Januar 2008 wurde X._ als Staatsangehöriger von Nigeria anerkannt. Da er sich aber weigerte, in sein Heimatland zurückzukehren, wurde kein Ersatzreisedokument ausgestellt. Am 23. April 2008 bestätigte eine Expertendelegation aus Nigeria die Anerkennung als nigerianischer Staatsangehöriger. Weitere Anhörungen durch die nigerianische Konsulin erfolgten am 15. Juli 2008 und am 14. Oktober 2008. Am 12. November 2008 scheiterte eine Ausschaffung, für die ein Flug gebucht war, daran, dass die Konsulin aufgrund der Weigerung von X._, nach Nigeria zurückzukehren, weiterhin kein Laissez-passer ausstellte. Am 13. Januar 2009 sowie am 7. April 2009 wurde X._ erneut erfolglos der nigerianischen Konsulin zugeführt. C. Am 15. Mai 2009 verlängerte das Migrationsamt des Kantons Aargau die Durchsetzungshaft bis zum 28. Juli 2009. Mit Urteil vom 25. Mai 2009 prüfte und bestätigte der Präsident des Rekursgerichts im Ausländerrecht des Kantons Aargau als Haftrichter die Haftverlängerung. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. Juni 2009 an das Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Haftrichters vom 25. Mai 2009 aufzuheben und ihn sofort aus der Haft zu entlassen; überdies sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu bewilligen. In der Folge holte das Bundesgericht beim Migrationsamt sowie beim Rekursgericht die Akten ein.