Sachverhalt: A. Mit Eingabe vom 17. September 2012 an die Polizeistation Wattwil liess X._ durch Klausfranz Rüst-Hehli Strafanzeige wegen Amtsanmassung gemäss Art. 287 StGB gegen Y._, Gemeindepräsident von Lichtensteig und Geschäftsstellenleiter der Vereinigung der St. Galler Gemeindepräsidentinnen und Gemeindepräsidenten (VSGP) erstatten. Darin wird ihm insbesondere vorgeworfen, er habe ohne rechtliche Befugnis verlangt, die Familie von X._ müsse von ihrer Aufenthaltsgemeinde Gossau weg in eine andere Gemeinde des Kantons St. Gallen ziehen, um dort Sozial- bzw. Nothilfe beziehen zu können. Das Untersuchungsamt Uznach leitete die Strafanzeige an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen zur Durchführung eines Ermächtigungsverfahrens weiter. Die Anklagekammer erteilte am 12. November 2012 keine Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Y._ mit der Begründung, es liege kein Tatverdacht gegen ihn vor. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, es sei festzustellen, dass die Anklagekammer für die Ermächtigung zur Durchführung des Strafverfahrens unzuständig sei, der angefochtene Entscheid sei ersatzlos aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, über die Eröffnung eines Strafverfahrens zu befinden. Eventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zur weiteren Abklärung des Sachverhalts zurückzuweisen. Ausserdem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Die Anklagekammer verzichtet auf Vernehmlassung. Y._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen, X._ die Verfahrenskosten aufzuerlegen und ihren Rechtsvertreter zu verurteilen, ihm eine Entschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen. In ihren verschiedenen Eingaben hält X._ an der Beschwerde fest.