Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdeführer) mit Wohnsitz in Rio de Janeiro, Brasilien, ist ein professioneller Fussballspieler und gehört dem Brasilianischen Fussballverband (Confederaçào Brasileira de Futebol; CBF) an. Er spielte im Jahr 2007 für den Club B._ und im Jahr 2008 für den Club C._. Er nahm mehrmals am internationalen Club-Wettbewerb "Copa Libertadores de América" teil. Fünfmal spielte er international für das brasilianische Nationalteam. Die Fédération Internationale de Football Association (FIFA; Beschwerdegegnerin 1) ist die Weltorganisation im Fussball mit Sitz in Zürich. Sie bezweckt, mittels der ihr angeschlossenen nationalen Fussballverbände den Fussball weltweit zu kontrollieren. Sie legt zu diesem Zweck Regeln und Bestimmungen fest und stellt ihre Durchsetzung sicher. Die World Anti-Doping Agency (WADA; Beschwerdegegnerin 2) ist eine Stiftung nach schweizerischem Recht. Die Hauptgeschäftsräumlichkeiten befinden sich in Montreal, Kanada. Zweck der Beschwerdegegnerin 2 ist der weltweite Kampf gegen Doping im Sport in allen seinen Formen. Der Beschwerdeführer wurde am 14. Juni 2007 anlässlich eines Spiels zwischen B._ und D._ einer Dopingkontrolle unterzogen. Diese ergab einen positiven Dopingbefund. Das Superior Tribunal de Justiça Desportiva do Futebol (STJD) suspendierte den Beschwerdeführer am 9. Juli 2007 provisorisch für 30 Tage. Am 24. Juli 2007 verhängte die Disziplinarkommission des CBF gegen den Beschwerdeführer eine Sperre von 120 Tagen. Dagegen appellierte der Beschwerdeführer an das STJD, welches am 2. August 2007 den Entscheid der Disziplinarkommission aufhob. Es folgte dem Argument des Beschwerdeführers, er sei unschuldiges Opfer einer Kontamination und habe sich nicht fahrlässig verhalten. Demnach beendete es die provisorische Sperre des Beschwerdeführers. B. Beide Beschwerdegegnerinnen erklärten am 6. bzw. 11. September 2007 beim Tribunal Arbitral du Sport (TAS) Berufung gegen den Entscheid des STJD und verlangten eine zweijährige Sperrung des Beschwerdeführers. Das TAS setzte sich aus den parteibenannten Schiedsrichtern Peter Leaver und José Juan Pintò sowie aus Prof. Massimo Coccia als Obmann zusammen. Mit Schreiben vom 6. Dezember 2007 wurde den Parteien mitgeteilt, dass sich das TAS zur Beurteilung der Berufungsverfahren für zuständig erachtete, wobei die diesbezügliche Begründung im Endentscheid geliefert werde. Mit Schiedsentscheid vom 11. September 2008 bejahte das TAS seine Zuständigkeit zur Beurteilung der Berufungen der Beschwerdegegnerinnen, soweit sie sich gegen den CBF und den Beschwerdeführer richteten. In Gutheissung der Berufungen hob es den Entscheid des STJD vom 2. August 2007 auf und verhängte gegen den Beschwerdeführer eine Sperre vom 6. Dezember 2007 bis zum 7. November 2009. C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Schiedsentscheid des TAS vom 11. September 2008 vollumfänglich aufzuheben und das TAS in dieser Sache für unzuständig zu erklären. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das TAS verweist auf seinen Schiedsentscheid vom 11. September 2008.