Sachverhalt: A. Mit zwei Veranlagungsverfügungen vom 7. April 2005 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Aargau die P._ GmbH (seit 1. Januar 2003: C._ GmbH) zur Bezahlung von 2001 und 2002 zu wenig entrichteten Sozialversicherungsbeiträgen nach Bundes- und kantonalem Recht sowie Betreibungskosten zuzüglich 5 % Verzugszins seit 4. Dezember 2004. Am selben Tag verfügte sie Verzugszinsen für die Zeit vom 1. Januar 2002 bis 3. Dezember 2004 und weitere Betreibungskosten. Mit Entscheid vom 6. Juni 2005 wies die Ausgleichskasse die hiegegen erhobenen Einsprachen ab. B. Die C._ GmbH erhob beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau Beschwerde und beantragte, die mit den Verfügungen vom 7. April 2005 geltend gemachten Forderungen seien abzuweisen. Nach Vernehmlassung der Ausgleichskasse und Einholung weiterer Unterlagen sistierte das kantonale Gericht am 24. Mai 2006 das Verfahren bis zum Abschluss des laufenden steuerrechtlichen Revisionsverfahrens betreffend die am Recht stehende Firma für 2001 bis 2003 und ersuchte das Kantonale Steueramt um entsprechende Mitteilung mittels Aktenzustellung. Am 11. September 2009 teilte es den Parteien mit, dass die Steuerunterlagen eingetroffen seien und das Verfahren fortgesetzt werden könne. Mit Entscheid vom 20. Oktober 2009 hob das kantonale Versicherungsgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde den Einspracheentscheid vom 6. Juni 2005 auf und wies die Sache zum Erlass einer neuen Beitrags- sowie Verzugszinsverfügung betreffend das Beitragsjahr 2001 im Sinne der Erwägungen an die Ausgleichskasse zurück. C. Die Ausgleichskasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 20. Oktober 2009 sei aufzuheben und die Sache zur Gewährung des rechtlichen Gehörs sowie zur anschliessenden Neubeurteilung an das kantonale Versicherungsgericht zurückzuweisen. Das kantonale Gericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die C._ GmbH hat sich nicht innert Frist vernehmen lassen.