A.- Am 24. Juli 1997 wurde der Arbeitgeber S._ gestützt auf Art. 60 Abs. 2 BVG rückwirkend für die Zeit vom 1. Januar 1990 bis 30. April 1992 der Stiftung Auffangeinrichtung BVG, Zweigstelle Zürich, angeschlossen. Diese Verfügung ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen. Mit Rechnung vom 2. September 1997 forderte die Auffangeinrichtung von S._ für Beiträge, Zinsen und Verfügungskosten den Betrag von Fr. 3497. 15. Da der Arbeitgeber auch auf Mahnung hin keine Zahlung leistete, leitete die Auffangeinrichtung am 3. Dezember 1997 für den Forderungsbetrag von Fr. 3497. 15 nebst Zins zu 5 % seit 1. November 1997, für Mahnspesen von Fr. 100. - sowie Kosten für ausserordentliche Umtriebe von Fr. 150. - die Betreibung ein. Gegen den Zahlungsbefehl vom 8. Dezember 1997 erhob S._ Rechtsvorschlag. B.- Mit Eingabe vom 21. August 1998 reichte die Stiftung Auffangeinrichtung BVG beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, es sei ihr in der Betreibung Nr. ....... die definitive Rechtsöffnung zu gewähren und S._ sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 3497. 15 nebst Zins zu 5 % seit 1. November 1997 sowie Mahnspesen von Fr. 100. -, Kosten für ausserordentliche Umtriebe von Fr. 150. -, Zahlungsbefehlkosten von Fr. 70.- zuzüglich Fr. 16.90 für Zustellversuche zu bezahlen. Das Sozialversicherungsgericht wies die Klage mit Entscheid vom 28. September 1999 ab. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde erneuert die Stiftung Auffangeinrichtung BVG ihr im vorinstanzlichen Verfahren gestelltes Begehren. S._ hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Sozialversicherung schliesst auf Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.