Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 16. Oktober 2006 beauftragte die IV-Stelle des Kantons Zürich die Ausgleichskasse für das schweizerische Bankgewerbe eine Viertelsrente von Dezember 2003 bis März 2004 und eine ganze Rente ab April 2004, befristet bis Juli 2004, zu verfügen. Am 18. November 2010 forderte die IV-Stelle zu viel bezahlte Leistungen im Betrage von Fr. 24'708.- zurück, da die ursprünglichen Leistungsverfügungen versehentlich unbefristet blieben. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Mit Schreiben vom 7. Februar 2011 liess S._ um Erlass der Rückforderung ersuchen, da sie diese in gutem Glauben bezogen habe und eine Rückforderung für sie eine grosse Härte bedeute. Mit Verfügung vom 6. April 2011 lehnte die nunmehr zuständige IV-Stelle des Kantons Aargau das Gesuch ab, da die Voraussetzung des guten Glaubens nicht erfüllt sei. B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 3. April 2012 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der vorinstanzliche Entscheid und die ihr zugrunde liegende Verfügung seien aufzuheben, eventuell sei der Schutz des guten Glaubens zu bestätigen und die Sache zur Prüfung der Frage der grossen Härte an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.