Sachverhalt: A. Das Bundesamt für Privatversicherungen (nachfolgend: Bundesamt) als Aufsichtsbehörde über die Privatversicherungen liess aus Sicherheitsgründen bei den Lebensversicherungen die so genannte Zillmerung jahrelang nicht bzw. nur beschränkt zu. Bei der Zillmerung handelt es sich um die Umlagerung des Abschlussaufwands der Lebensversicherung wie Provisionen oder Verwaltungskosten auf die Prämienzahlungen der ersten Jahre. Verboten waren insbesondere die Aktivierung nicht getilgter Abschlusskosten bzw. deren Abzug vom Deckungskapital. Im Jahre 2001 lockerte das Bundesamt seine Praxis. So erlaubte es mit Rundschreiben vom 9. Oktober 2001 die Aktivierung nicht amortisierter Abschlusskosten für Einzelversicherungen erstmals im Jahresabschluss 2001. B. Die Pax Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft (im Folgenden: Pax) betreibt sowohl Einzel- als auch Kollektivversicherungsgeschäfte, unter anderem solche im Bereich der beruflichen Vorsorge gemäss dem Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831.40). Für die Jahre 2001 und 2002 aktivierte die Pax Abschlusskosten aus dem Einzelversicherungsgeschäft im Betrag von insgesamt 60 Millionen Franken. Sie glich damit im Wesentlichen die in den gleichen Jahren erlittenen Verluste bei den Kapitalerträgen im Kollektivversicherungsgeschäft aus. Einen Teil dieser Aktivierung (20 Millionen Franken) hat die Pax inzwischen bereits wieder abgeschrieben. C. Am 1. April 2004 traten neue Gesetzesbestimmungen zur Berufsvorsorge in Kraft. Dabei wurden mit einer Revision des Lebensversicherungsrechts unter anderem alle Versicherungsunternehmen im Bereich der beruflichen Vorsorge verpflichtet, ab dem 1. Januar 2005 den Sicherungsfonds für die Lebensversicherung aufzuteilen in einen solchen für die berufliche Vorsorge und einen zweiten für das übrige Versicherungsgeschäft; auch die jährliche Betriebsrechnung ist seither in eine solche für die berufliche Vorsorge und eine zweite für das übrige Geschäft aufzugliedern (so genannte Transparenzbestimmungen; Art. 6a des Bundesgesetzes vom 18. Juni 1993 über die direkte Lebensversicherung, Lebensversicherungsgesetz, LeVG, AS 1993 3221, in der Fassung vom 3. Oktober 2003, AS 2004 1707). Diese Bestimmungen wurden später in Art. 37 des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 2004 betreffend die Aufsicht über Versicherungsunternehmen (Versicherungsaufsichtsgesetz, VAG; SR 961.01) integriert, dies unter gleichzeitiger Aufhebung des Lebensversicherungsgesetzes (vgl. dazu Ziff. I 5. des Anhangs zum VAG). D. In der Folge reichte die Pax dem Bundesamt einen Plan zur Aufteilung des Sicherungsfonds ein, der von diesem am 28. Oktober 2004 genehmigt wurde. Hinsichtlich der jährlichen Betriebsrechnung für die berufliche Vorsorge (erstmals für 2005) ergab sich jedoch eine Meinungsverschiedenheit zwischen der Pax und dem Bundesamt. Die Pax sah eine anteilmässige Abschreibung der aktivierten Abschlusskosten zulasten des Kollektivversicherungsgeschäftes vor; sie begründete dies damit, sie habe die Abschlusskosten im Bereich der Einzelversicherung in den Jahren 2001 und 2002 hauptsächlich deshalb aktiviert, um in der beruflichen Vorsorge angesichts nicht kontrollierbarer Schwierigkeiten (Börseneinbruch, hoher BVG-Zinssatz) ein ausgeglichenes Ergebnis ausweisen zu können; es müsse daher auch möglich sein, diese Kosten im Geschäft der beruflichen Vorsorge innerhalb der Mindestausschüttungsquote (Legal Quote) anteilmässig abzuschreiben. Das Bundesamt stellte jedoch in Aussicht, dieser Abschreibung die Genehmigung zu verweigern, da nach seiner Auffassung die Abschreibung einer dem Individualgeschäft zuzuordnenden Position bei der Berufsvorsorge gegen die Transparenzvorschriften verstosse, und zwar unabhängig davon, dass die Aktivierung dem gesamten Geschäft, also auch dem Kollektivbereich, zugute gekommen sei. Auf Gesuch der Pax hin traf das Bundesamt am 16. Dezember 2005 eine anfechtbare Verfügung, mit der es feststellte, dass Abschreibungen aktivierter Abschlusskosten im Bereich der beruflichen Vorsorge unzulässig seien. Zur Begründung wurde im Wesentlichen ausgeführt, bei der Kollektivversicherung (mangels Verwertbarkeit) nicht aktivierbare bzw. bei der Individualversicherung aktivierte Abschlusskosten dürften bei der beruflichen Vorsorge auch nicht abgeschrieben werden; das von der Pax beabsichtigte Vorgehen unterlaufe die gesetzliche Mindestquote und stelle einen Missbrauch dar, weshalb es von der Aufsichtsbehörde nicht gedeckt werden könne. E. Gegen die Feststellungsverfügung des Bundesamtes reichte die Pax Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ein. Dieses hiess die Beschwerde am 3. Mai 2007 im Sinne der Erwägungen gut und hob die Verfügung des Bundesamtes vom 16. Dezember 2005 auf. In den Erwägungen führte es im Wesentlichen aus, massgeblich sei die Rechtslage vor dem Inkrafttreten der Transparenzbestimmungen. Der Bilanzsanierungsbedarf der Jahre 2001 und 2002 bei der Pax stamme nicht aus der Einzelversicherung, sondern aus dem Geschäftsbereich der Kollektivversicherung. Das Bundesamt habe die Nutzung der aktivierten Abschlusskosten als Überschusszuweisungen bei der beruflichen Vorsorge mehrere Jahre genehmigt und damit die Verwendung der aktivierten Abschlusskosten als Schwankungsreserven billigend in Kauf genommen. Die Pax habe daher in guten Treuen davon ausgehen dürfen, dass die Verwendung der in der Einzelversicherung aktivierten Abschlusskosten zum Ausgleich von Verlusten sowie für Überschusszuweisungen im Kollektivversicherungsgeschäft dem anwendbaren Aufsichtsrecht nicht widerspreche. Durch diesen Vorgang seien den Einzelversicherten Vermögenswerte entzogen und im Bereich der beruflichen Vorsorge eingesetzt worden. Eine verursachungsgerechte Überschussbeteiligung verlange, dass die aktivierten Abschlusskosten anteilmässig auch den Kollektivversicherten belastet würden, ansonsten sie gegenüber den Einzellebensversicherten bevorteilt wären. Ein anderes Vorgehen aufgrund der nachträglich eingeführten Transparenzbestimmungen führe zu einer ungerechtfertigten Ungleichbehandlung. Es müsse der Pax gestattet sein, die Vermögenswerte in diejenige Sparte zurückzuführen, in der das Vermögen gebildet worden sei. Die Verfügung des Bundesamts verstosse daher gegen Bundesrecht. F. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 13. Juni 2007 an das Bundesgericht beantragt das Bundesamt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. Mai 2007 aufzuheben. Es begründet dies im Wesentlichen damit, bei der beruflichen Vorsorge sei es gesetzlich nicht erlaubt, die Abschlusskosten vom Deckungskapital abzuziehen, weshalb sowohl die Anrechnung als auch die Abschreibung von nicht getilgten Abschlusskosten bei der Kollektivversicherung unzulässig seien. Überdies handle es sich nicht um Schwankungsreserven (auf der Passivseite), sondern um Rechnungsabgrenzungsposten (auf der Aktivseite), die weder der Einzel- noch der Kollektivversicherung zugeordnet worden seien, da es insoweit gar keine Trennung der beiden Bereiche gegeben habe. Das geplante und vom Bundesverwaltungsgericht gebilligte Vorgehen der Pax führe zu einer rückwirkenden Änderung der Zuteilung der Abschlusskosten über die Betriebsrechnung, welche die Regelung über die Mindestausschüttungsquote (Legal Quote) unterlaufen könne. Im Ergebnis gehe es um Verluste, die nicht in die Betriebsrechnung übertragen werden dürften, sondern vom Kapitalgeber zu tragen seien, weshalb auch keine Benachteiligung bzw. Ungleichbehandlung der Individualversicherten vorliege. Die Pax und das Bundesverwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde.