Sachverhalt: A. A.a. Mit Arbeitsvertrag vom 19. November 2001 stellte die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) B._ (Kläger, Beschwerdegegner) als stellvertretenden Geschäftsführer und Verkaufsleiter an. Der Lohn setzte sich aus einem Fixum (Grundlohn) von brutto Fr. 11'500.--, einem 13. Monatslohn in der Höhe des 1,5-fachen Grundlohns und einem Jahresbonus von Fr. 25'000.-- bei Erreichung eines Deckungsbeitrages von Fr. 1'800'000.-- zusammen. Am 29. Oktober 2003 offerierte die Beklagte dem Kläger unter dem Titel "Aufhebung/Kündigung des Arbeitsvertrages vom 19. November 2001" mit Hinweis auf dessen neue Budgetverantwortung neu ein Fixum von Fr. 100'000.-- (12 x Fr. 8'333.35) sowie einen Bonus von Fr. 60'000.-- bei Erreichen eines Deckungsbeitrages von Fr. 500'000.--, von Fr. 80'000.-- bei Erreichen eines Deckungsbeitrages von Fr. 600'000.-- und von Fr. 100'000.-- bei Erreichen eines Deckungsbeitrages von Fr. 800'000.--. Ab 1. Januar 2004 bezog der Kläger einen Monatslohn von Fr. 8'333.35, ab 2005 zusätzlich einen 13. Monatslohn in gleicher Höhe. Am 29./30. Juni 2004 vereinbarten die Parteien für das Jahr 2004 zusätzlich zum vereinbarten Jahresgehalt eine Prämie von netto Fr. 25'000.--. Am 29. September 2008 kündigte die Beklagte das Arbeitsverhältnis per 31. Dezember 2008. A.b. Gestützt auf den Arbeitsvertrag vom 19. November 2001 forderte der Kläger von der Beklagten vorerst für die Jahre 2004 bis 2008 Fr. 242'915.60 an (Grund-) Lohn nach. In der Folge machte er im Sinne einer Alternativbegründung Bonusansprüche für die Jahre 2004 bis 2008 von Fr. 340'000.-- geltend. Am 16. Oktober 2009 betrieb der Kläger die Beklagte über einen Betrag von Fr. 400'000.-- zuzüglich 5 % Zins ab 17. Oktober 2009. Die Beklagte erhob Rechtsvorschlag. B. B.a. Mit Klage vom 4. Dezember 2009 beim Bezirksgericht Weinfelden verlangte der Kläger im Wesentlichen, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 388'338.70 brutto zuzüglich Zins und Betreibungskosten, eventuell zur Zahlung von Fr. 289'587.79 brutto zuzüglich Zins und Betreibungskosten zu verpflichten. Die Forderung basierte auf den für die Jahre 2004 bis 2008 geltend gemachten Boni für die Erreichung der vereinbarten Zielvorgaben (Deckungsbeiträge) abzüglich die zu viel ausbezahlten 13. Monatslöhne und zuzüglich Fr. 25'000.-- (drei Monatslöhne für die Monate Januar bis März 2009). Das Bezirksgericht führte ein Beweisverfahren durch und holte ein Gutachten zur Höhe der massgeblichen Deckungsbeiträge ein. Gestützt auf dieses Gutachten schützte es mit Entscheid vom 1. Oktober 2013 die Klage teilweise und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 368'338.70 (brutto) zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 250'000.-- seit dem 28. Februar 2009 sowie auf Fr. 118'338.70 seit dem 25. November 2009 zu bezahlen. B.b. Gegen diesen Entscheid reichte die Beklagte am 8. November 2013 Berufung beim Obergericht des Kantons Thurgau ein und beantragte im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Abweisung der Klage. Der Kläger beantragte Abweisung der Berufung und erhob Anschlussberufung mit dem Begehren, die erstinstanzliche Kostenverteilung sei aufzuheben und der Beklagten sämtliche Kosten und Entschädigungen aufzuerlegen. Das Obergericht erklärte mit Entscheid vom 1. April 2014 die Anschlussberufung als unbegründet und die Berufung als teilweise begründet. Es schützte die Klage teilweise und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 288'338.70 zuzüglich 5 % Zins auf Fr. 250'000.-- seit dem 28. Februar 2009 sowie auf Fr. 38'338.70 seit dem 25. November 2009 zu bezahlen. Die Beklagte sei berechtigt, die von ihr abzuführenden Sozialversicherungsbeiträge vom zugesprochenen Betrag in Abzug zu bringen, sofern sie nachweise, dass diese tatsächlich geschuldet und bezahlt worden seien. Entgegen der Erstinstanz war das Obergericht der Auffassung, es könne nicht ohne Weiteres auf die Ergebnisse des Gutachtens abgestellt werden, weil der Experte den Umsatz, den Wareneinkauf (variable Kosten) und somit den Deckungsbeitrag für die gesamte Sparte (Fenster/Türen/Parkett/Laminat) berechnet habe und darin auch die nicht (jedenfalls nicht ohne weitere Abklärungen) dem Kläger zurechenbare Anteile enthalten seien. Aufgrund einer Würdigung von den vom Gutachten bestätigten Teilaspekten, namentlich der eindeutig dem Kläger zurechenbaren Umsätze, der von der Beklagten mit der Klage eingereichten Tabellen mit Soll/Ist-Vergleichen und unter Berücksichtigung eines herabgesetzten Beweismasses (überwiegende Wahrscheinlichkeit) bzw. in Anwendung von Art. 42 Abs. 2 OR, ermittelte es die Deckungsbeiträge selber. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 1. April 2014 sei aufzuheben und es sei die Klage vom 4. Dezember 2009 abzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge für die beiden kantonalen Verfahren und das Beschwerdeverfahren zu Lasten des Beschwerdegegners. Ausserdem stellte sie den Verfahrensantrag, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Der Beschwerdegegner trägt auf Abweisung der Beschwerde und des Verfahrensantrags an. Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung sowie auf eine Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung. Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein. D. Mit Präsidialverfügung vom 14. Oktober 2014 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.