Sachverhalt: A. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Uri verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 26. Juni 2013 wegen Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz zu einer Busse von Fr. 400.-- und auferlegte ihr die Verfahrenskosten von Fr. 150.--. Der Strafbefehl wurde X._ am 9. Juli 2013 mit eingeschriebener Sendung zugestellt. Mit E-Mail an die Sicherheitsdirektion vom 12. bzw. 15. Juli 2013 erhob der von ihr in Deutschland beigezogene Rechtsvertreter Einsprache gegen den Strafbefehl. Die Sicherheitsdirektion überwies die Einsprache am 30. Juli 2013 an die Staatsanwaltschaft des Kantons Uri. Die Staatsanwaltschaft trat am 27. August 2013 auf die Einsprache nicht ein. B. Das Obergericht des Kantons Uri wies die gegen die Nichteintretensverfügung gerichtete Beschwerde von X._ am 16. Dezember 2013 ab. C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, auf die Einsprache einzutreten; eventualiter sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, die Akten zum Entscheid über die Gültigkeit der Einsprache dem zuständigen Einzelrichter zu überweisen. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung. Das Obergericht des Kantons Uri beantragt sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf die Einreichung einer Vernehmlassung.