Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner) arbeitete seit 1. Juli 2002 bei X._ SA (Beschwerdeführerin) als Personalberater. Art. 9 des Arbeitsvertrags vom 1. Mai 2002 enthielt ein Konkurrenzverbot. Die Beschwerdeführerin verfasste mehrere Nachträge zum Arbeitsvertrag, die der Beschwerdegegner jeweils unterzeichnete. Sowohl der Arbeitsvertrag als auch die Nachträge verwiesen für "alles Weitere" auf den Rahmenarbeitsvertrag in der jeweils geltenden Fassung. Der Nachtrag 2/2004 enthielt die Änderung der Lohnhöhe, der Pauschalspesen, der Kommission sowie des Jahresbonus und bestätigte die Austrittsklausel sowie das Konkurrenzverbot. Mit dem Nachtrag 1/2005 wurde der Beschwerdegegner zum Abteilungsleiter Technik/Industrie/Bau befördert; die Lohnhöhe, Pauschalspesen, Kommission, Jahresbonus sowie die Austrittsklausel und das Konkurrenzverbot wurden weiterhin als gültig erklärt. Mit dem Nachtrag 2/2006 wurde die Kommission abgeändert und im Übrigen der Lohn sowie der Jahresbonus bestätigt. Die Austrittsklausel sowie das Konkurrenzverbot fanden keine Erwähnung. Mit Schreiben vom 15. Februar 2007 kündigte der Beschwerdegegner seine Arbeitsstelle per Mitte April 2007 und arbeitet seit 1. Mai 2007 bei der Y._ AG in Basel. B. Im September 2007 erhob die Beschwerdeführerin beim Bezirksgericht Arlesheim Klage und beantragte, den Beschwerdegegner zur Bezahlung einer Konventionalstrafe von Fr. 51'480.-- nebst Zins zu verpflichten, mit der Begründung, der Beschwerdegegner habe das im Arbeitsvertrag vom 1. Mai 2002 vereinbarte Konkurrenzverbot verletzt. Mit Urteil vom 19. Februar 2008 wies das Bezirksgericht die Klage ab. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, ein allfälliger Verweis, dass neben dem Rahmenarbeitsvertrag noch einzelne Bestimmungen des ursprünglichen Einzelarbeitsvertrags weiterhin Gültigkeit hätten, finde sich in keinem Nachtrag. In Betrachtung des Gesamtzusammenhangs der verschiedenen Vereinbarungen der Parteien sowie deren Inhalts ergebe sich, dass sämtliche Regelungen von früheren Nachträgen zum Arbeitsvertrag mit einem neu vereinbarten Nachtrag ersetzt worden seien und damit keine Geltung mehr beanspruchen könnten. Dies gelte auch für das Konkurrenzverbot, das in den beiden früheren Nachträgen ausdrücklich bestätigt und durch die Nichterwähnung im Nachtrag 2/2006 aufgehoben worden sei. Die Aufhebung eines Konkurrenzverbots könne konkludent erfolgen. Demgemäss habe zum Zeitpunkt der Beendigung des Arbeitsverhältnisses keine gültige Vereinbarung über ein Konkurrenzverbot bestanden. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies die Appellation der Beschwerdeführerin, die beantragte, den Beschwerdegegner zur Bezahlung eines reduzierten Betrags von Fr. 30'000.-- nebst Zins zu verpflichten, mit Urteil vom 21. Oktober 2008 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, der Beschwerdeführerin Fr. 30'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt unter Hinweis auf ihren Entscheid, die Beschwerde sei abzuweisen.