Sachverhalt: A. Mit Strafbefehlen vom 21. Oktober 2011 wurden X.a._ und X.c._ wegen Diebstahls und Hausfriedensbruchs sowie X.b._ zusätzlich wegen geringfügiger Sachbeschädigung je mit insbesondere einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu je Fr. 30.-- verurteilt. Auf Einsprache der Beschuldigten hin hielt die Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn am 11. Januar 2012 an den Strafbefehlen fest und überwies die Einsprachen dem Amtsgerichtspräsidenten von Bucheggberg-Wasseramt. Mit Eingabe vom 26. März 2012 stellten die Beschuldigten verschiedene Verfahrensanträge, namentlich mehrere Beweisanträge sowie ein Gesuch um Aussetzung (Sistierung) der Hauptverhandlung auf unbestimmte Zeit. Mit Verfügung vom 10. Mai 2012 wies der Amtsgerichtspräsident das Sistierungsgesuch ab, gab verschiedenen Beweisanträgen statt und wies die übrigen ab. Dagegen erhoben die drei Beschuldigten am 28. Mai 2012 Beschwerde bei der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Solothurn. Unter anderem verlangten sie dabei den Ausstand der Oberrichter Y.b._, Y.c._, Y.d._, Y.e._ und Y.f._ sowie von Oberrichterin Y.a._ (richtig: Y.a._) mit der Begründung, sie alle hätten sich zu den dem Strafverfahren zugrunde liegenden Geschehnissen vom 20. Juni 2011 bereits geäussert. Die Beschwerdekammer leitete das Ausstandsgesuch zuständigkeitshalber an die Strafkammer des Obergerichts als Berufungsgericht weiter. Mit Beschluss vom 11. Juni 2012 erkannte dieses das Ausstandsbegehren gegen die Oberrichter Y.d._, Y.f._ und Y.c._ als gegenstandslos und wies dasjenige gegen die Oberrichterin Y.a._ sowie die Oberrichter Y.b._ und Y.e._ ab. B. Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe beim Bundesgericht beantragen X.a._, X.b._ und X.c._, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben. Zugleich ersuchen sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. C. Die Oberrichter Y.f._, Y.e._ und Y.b._ sowie Oberrichterin Y.a._ haben auf einen Antrag verzichtet. Das Obergericht schliesst unter Verzicht auf weitere Ausführungen auf Abweisung der Beschwerde. Die Oberrichter Y.d._ und Y.c._ haben innert Frist keine Stellungnahme eingereicht. D. X.a._, X.b._ und X.c._ reichten am 6. November 2012 nochmals eine Eingabe zur Sache ein.