Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 11. Februar 2009 stellte das Bezirksamt Münchwilen die Strafuntersuchung gegen Y._ wegen Verdachts der fahrlässigen Körperverletzung infolge Verkehrsunfalls ein. Gegen diese Einstellungsverfügung erhob X._ Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons Thurgau. Am 21. April 2009 wies diese die Beschwerde ab. B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Verfahren an das Bezirksamt Münchwilen zur Weiterführung der Strafuntersuchung wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung i.S.v. Art. 125 Abs. 2 StGB und zur anschliessenden Anklageerhebung an das zuständige Gericht zurückzuweisen. C. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beschwerdeführerin, die übrigen Verfahrensbeteiligten liessen sich nicht vernehmen.