Kompostieranlage, hat sich ergeben: A.- Am 26. März 1995 ersuchte Josef Röllin die Gemeinde Menzingen um die Baubewilligung für einen betonierten Kompostmietenplatz mit Naturklär- und Löschwasserteich. Das Bauamt Menzingen übermittelte die Gesuchsunterlagen am 24. April 1995 der Baudirektion des Kantons Zug zur Prüfung und erklärte, dass der Gemeinderat das Bauvorhaben befürworte. Mit Verfügung vom 8. September 1995 erkannte die Baudirektion, dass der Erteilung der gemeindlichen Baubewilligung aus ihrer Sicht unter Berücksichtigung verschiedener, die Kompostmieten und die Abwasserbehandlung betreffenden Auflagen und Bedingungen, nichts entgegenstehe. Am 4. Juli 1997 führte das kantonale Amt für Umweltschutz eine Kontrolle des Teichs der Pflanzenkläranlage und des verwendeten Materials durch. Daraufhin teilte es am 10. Juli 1997 Josef Röllin mit, die in der Baubewilligung gemachten Auflagen Punkt 1.14 und 1.15 seien erfüllt. Eine zusätzliche Abdichtung sei somit nicht nötig. Nach einer Besichtigung der fertig erstellten Kompostieranlage bestätigte das Amt für Umweltschutz am 14. April 1998, dass diese den Vorgaben in der Baubewilligung entspreche und in Betrieb genommen werden könne. Die Anlage gelte damit als vom Amt abgenommen. B.- Nach Inbetriebnahme der Kompostieranlage nahmen Franz-Xaver Nussbaum und seine Familie Phenolgeschmack aus ihren unterliegenden Quellen Nrn. 450 und 451 wahr. Daraufhin führte das Amt für Umweltschutz am 3. Juli 1998 einen Färbversuch durch. Dieser erbrachte den Nachweis, dass die Quellen durch kontaminiertes Wasser aus der Pflanzenkläranlage der Kompostieranlage verschmutzt wurden. Am 18. August 1998 gelangte Franz-Xaver Nussbaum an die Baudirektion des Kantons Zug und wies darauf hin, dass das Wasser nicht mehr geniessbar sei. Er ersuchte sie, die Betriebsbewilligung für den Klärteich zu entziehen bzw. die Sanierung des Teichs zu veranlassen. Daraufhin nahm Josef Röllin von sich aus um den 20. August 1998 Abdichtungsarbeiten am Klärteich vor. Nach den Ausführungen des Amtes für Umweltschutz konnte er jedoch zu keiner Zeit den Nachweis erbringen, dass die Abdichtungsarbeiten technisch korrekt und vollständig ausgeführt wurden. Die Einwilligung zum Betreten des Hofes habe es erst am 25. August 1998 erhalten. Am 27. August 1998 einigte sich das Amt für Umweltschutz unter anderem mit der Schwester von Josef Röllin, Verena Röllin, welche die Kompostieranlage betreibt, über das weitere Vorgehen. Am 1. September 1998 kündigte das Amt Verena Röllin an, dass der obere Teich geleert und Profilaufnahmen mit dem Bohrstock gemacht würden. Dazu nehme es den Geologen Rudolf Bleiker mit. Nach Rücksprache mit ihrem Bruder teilte Verena Röllin am 2. September 1998 dem Amt telefonisch mit, dass dieses nicht mehr zum Teich gehen dürfe. Ihr Bruder wolle nicht mehr, dass etwas gemacht werde. Franz-Xaver Nussbaum könne bei ihm vorbeikommen, wenn er etwas wolle. Daraufhin erliess die Baudirektion noch gleichentags folgende Verfügung: "1. Die Massnahmen, welche das Amt für Umweltschutz zur Abwendung der unmittelbaren Gefahren ergreift, welche vom Pflanzenklärteich auf das Grundwasser ausgehen, sind zu dulden. 2. Die Kosten, welche durch diese Massnahmen anfallen, sind durch Sie zu tragen. Die Verrechnung der Kosten wird in einer speziellen Verfügung geregelt. 3. Dieser Verfügung wird die aufschiebende Wirkung entzogen. 4. (Spruchgebühr) 5. (Rechtsmittelbelehrung).. " Am 3. September 1998 wurde die Verfügung Josef Röllin im Beisein zweier Polizeibeamter eröffnet und mit den Sanierungsmassnahmen sogleich begonnen. Am 10. September 1998 ordnete das Amt für Umweltschutz zusätzliche Massnahmen an. Zugleich teilte es Josef Röllin mit, dass das weitere Vorgehen von der Baudirektion in einer Sanierungsverfügung festgesetzt werde. Am 17. September 1998 stellte die Baudirektion Josef Röllin einen entsprechenden Verfügungsentwurf zur Stellungnahme zu. C.- Am 1. Oktober 1998 erhob Josef Röllin gegen die Verfügung der Baudirektion vom 2. September 1998 Beschwerde beim Verwaltungsgericht mit dem Begehren, diese sei nich- tig zu erklären. Zudem beantragte er, die Baudirektion sei zur Übernahme verschiedener Kosten, die er teils nicht näher bezifferte, zu verpflichten. Am 4. November 1998 erstreckte das Verwaltungsgericht auf Gesuch der Baudirektion die Frist zur Vernehmlassung, nachdem die Parteien inzwischen über eine allfällige Sanierung der Anlage verhandelten. Am 3. November 1998 führte das Amt für Umweltschutz einen (zweiten) Färbversuch durch; die chemische Analyse der Wasserproben erfolgte im Labor von Dr. phil. nat. Heinz Otz, Hydrologe, in Bellwald. Auch bei diesem Markierversuch wurde die Fliessverbindung zwischen der Pflanzenkläranlage und den beiden Quellen nachgewiesen. Daraufhin unterbreitete die Baudirektion am 17. Dezember 1998 Josef Röllin einen Vergleichsvertrag, den dieser jedoch ausschlug, worauf das Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht fortgesetzt wurde. Nach weiteren erfolglosen Verhandlungen mit Josef Röllin erliess die Baudirektion während des noch hängigen Beschwerdeverfahrens am 16. April 1999 eine weitere Verfügung über die vorläufige Stilllegung der Kompostieranlage, die Festlegung der Kosten der Ersatzvornahme sowie die Anforderungen an die Sanierung der Pflanzenkläranlage. Auch gegen diese Verfügung erhob Josef Röllin am 25. Mai 1999 Beschwerde beim Verwaltungsgericht mit dem Antrag, diese sei nichtig zu erklären. Zudem führte er aus, an seinen Anträgen in der Beschwerde vom 1. Oktober 1998, welche für die neuerliche Beschwerde als Grundlage dienen könnten, halte er weiterhin fest. Nachdem das Verwaltungsgericht am 3. Mai 2000 einen Augenschein durchgeführt hatte, teilte ihm die Baudirektion am 16. August 2000 mit, das Amt für Umweltschutz habe in der Zwischenzeit unter notarieller Aufsicht und unter Anleitung des Labors der Ingenieurgeologie der ETH Zürich ein Experiment mit Markierstoff-Blindproben zur Festlegung der Nachweisgrenzen durchführen lassen, welche durch die beiden Laboratorien Dr. Otz und Naturaqua gemessen werden könnten. Aufgrund des Resultats des Experiments habe keine Einigung zwischen den Gutachtern in Bezug auf die Nachweisgrenze erzielt werden können. Die Experten seien sich unter anderem aber insofern einig, als der Nachweis der Fliessverbindung zwischen den Klärteichen Ausserblack und der Quelle von Franz-Xaver Nussbaum gegeben sei. Josef Röllin beantragte in seiner Stellungnahme vom 5. Februar 2001, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben, eventuell sei sie an die Vorinstanz zur ergänzenden Abklärung und Entscheidung zurückzuweisen. Mit Urteil vom 1. März 2001 wies das Verwaltungsgericht die beiden Beschwerden vom 1. Oktober 1998 und 25. Mai 1999 ab, soweit es darauf eintrat. D.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 2. April 2001 bittet Josef Röllin das Bundesgericht "um wohlwollende Bearbeitung dieser Streitsache und um Aufrechterhaltung meiner Anträge". Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Der Gemeinderat Menzingen verzichtet auf Vernehmlassung. Die Baudirektion des Kantons Zug beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht stellt denselben Antrag und weist unter Beilage eines Kaufvertrags vom 5. April 2001 darauf hin, dass der Beschwerdeführer seine Grundstücke in Finstersee inzwischen seiner Schwester Verena Röllin verkauft habe. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) führt ohne einen konkreten Antrag zu stellen aus, Streitgegenstand vor dem Bundesgericht sei lediglich die Stilllegung der Kompostieranlage. Unter Hinweis auf Art. 3 und 6 GSchG und gestützt auf die Verfahrensakten vertritt es die Auffassung, die Behörde habe mit der verfügten Stilllegung ihr Ermessen nicht überschritten. Im Hinblick auf eine allfällige Wiederaufnahme des Betriebs nennt es verschiedene Abklärungen, die vorzunehmen wären. Mit Eingabe vom 28. August 2001 beantragt Josef Röllin die Durchführung eines gerichtlichen Augenscheins. E.- Auf Aufforderung des Bundesgerichts vom 8. Mai 2001 hin teilt Josef Röllin mit, er habe seine Grundstücke an seine Schwester Verena Röllin für Fr. 425'000.-- verkauft. Dies entspreche in etwa dem Betrag, der beim Betreibungsamt Menzingen zu seinen Ungunsten aufgelaufen sei. Eine genaue Abrechnung habe er von diesem Amt bis heute noch nicht erhalten. Zudem bekräftigt er, an der Beschwerde festzuhalten. Seine Schwester erteilt ihm auf diesem Brief die Vertretungsbefugnis.