Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau wirft X._ unter anderem vor (Anklagepunkte 1.3 und 1.4), im Februar 2007 ihren mitangeklagten Ehemann A._ (Verfahren 6B_12/2012) zweimal nach Horw gefahren zu haben. Während der Fahrt habe dieser einen Treffpunkt beim Warenhaus Otto's vereinbart, wo er B._ zwei Drogenblöcke von insgesamt 1 kg Heroin übergeben habe. Im März 2007 habe A._ erneut einen Drogentransport nach Horw durchgeführt, wo er B._ wiederum ca. 1 kg Heroin beim Warenhaus Otto's übergeben habe. X._ habe auch bei diesem Transport das Fahrzeug gelenkt. B. Das Bezirksgericht Lenzburg sprach X._ am 24. März 2011 vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Anklagepunkte 1.1-1.4) frei. Die von der Staatsanwaltschaft dagegen erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Aargau am 29. September 2011 teilweise gut, sprach X._ der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Anklagepunkte 1.3 und 1.4) schuldig und verurteilte sie zu einer Freiheitsstrafe von 20 Monaten unter Anrechnung von sieben Tagen Untersuchungshaft. Den Vollzug der Strafe schob es bei einer Probezeit von zwei Jahren auf. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau sei aufzuheben, und sie sei von Schuld und Strafe freizusprechen.