Sachverhalt: A. A.a Die 1950 geborene S._ arbeitete in verschiedenen Positionen bis hin zur Geschäftsstellenleiterin bei einer Filiale der Firma X._. Im Dezember 1993 zog sie sich bei einem Skiunfall ein Schleudertrauma der basalen Halswirbelsäule (HWS) zu. Trotz persistierenden Beschwerden, insbesondere in Form von Kopf- und Nackenschmerzen und einer eingeschränkten Beweglichkeit des HWS nahm sie ihre Tätigkeit kurz nach dem Unfall bis zur vollen Arbeitsfähigkeit wieder auf. Das schwere residuelle Zervikalsyndrom hielt auch nach physiotherapeutischer Behandlung weiter an, als es im Mai 1996 zu einer Exazerbation wegen eines erneuten Schleudertraumas nach Sturz im Badezimmer kam. S._ arbeitete weiter in einem vollen Pensum. Vom 15. Mai bis 12. Juni 2001 wurde sie an der Klinik R._ stationär behandelt. Gemäss Austrittsbericht vom 2. Juli 2001 litt sie an einem chronischen zervikozephalen und zervikospondylogenen Syndrom bei Status nach Distorsionstrauma der HWS im Dezember 1993, an einem Rezidiv bei Stolpersturz 1996 mit direktem Trauma und einer Rissquetschwunde am linken Augenlid sowie einem weiteren Rezidiv im März 2001 bei einem indirekten Trauma durch eine gelöste Arretierung einer Behandlungsliege, an einem lumbospondylogenen Syndrom rechts, einem Hypermobilitätssyndrom, an seit dem ersten Unfall bestehenden Kiefergelenkschmerzen, Hypacusis (Schwerhörigkeit) und einem Tinnitus beidseits. Nach dem Rehabilitationsaufenthalt arbeitete S._ wiederum zu 100 %. An der Klinik für Rheumatologie am Spital Y._, wo S._ im Dezember 2002 begutachtet wurde (Expertise vom 20. Februar 2003), stellten die Ärzte die Diagnosen eines chronischen zervikozephalen und -brachialen Syndroms nach Schädelkontusionen und HWS-Distorsionen, eines myofaszialen Syndroms rechtsbetont im Schulter-/Nackenbereich bei partieller Hypermobilität, einer depressiven Verstimmung im Sinne einer Anpassungsstörung, eines chronischen rezidivierenden lumbospondylogenen Syndroms, einem Verdacht auf degenerative Veränderungen im linken Kiefergelenk, einer Hochtonperceptionsschwerhörigkeit, eines Tinnitus beidseits und Lärmempfindlichkeit. Die Arbeitsfähigkeit betrage aktuell 100 %. S._ arbeitete ab dem 1. Januar 2003 als Cash-Service Beraterin, da bei der Filiale der Firma X._ die Position der Geschäftsstellenleiterin aufgehoben worden war. Ab 16. März 2003 reduzierte sie ihre Tätigkeit auf ein Pensum von 50 %. A.b Am 2. Dezember 2003 meldete sich S._ bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Am 23. Januar 2004 erlitt sie einen weiteren Unfall. Die Versicherte wurde auf der Skipiste von einem Snowboarder angefahren, worauf sie auf den Kopf stürzte. Wiederum wurde die Diagnose einer HWS-Distorsion I - II Grades gestellt. Sie nahm ihre Arbeit in der Folge nicht mehr auf. Die Arbeitgeberin richtet eine volle Rente der Pensionskasse aus. Die IV-Stelle Bern und die für den letzten Unfall zuständige UVG-Versicherung (Winterthur-Versicherungen, nunmehr AXA Versicherungen) liessen S._ bei der MEDAS am Spital Y._ medizinisch begutachten. Gemäss Expertise vom 10. Januar 2006, welche durch eine Ärztin für Orthopädie und durch einen Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie durchgeführt wurde, sei die Arbeitsfähigkeit der Versicherten einzig durch eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung im Umfang von 40 % beeinträchtigt. Anhand der orthopädischen Befunde sei der Beruf einer Bankkauffrau sowohl in leitender Funktion, als auch als Schaltermitarbeiterin mit voller Leistung möglich. Nachdem der die Winterthur beratende Psychiater, Dr. med. U._, das psychiatrische Teilgutachten in verschiedener Hinsicht als "dürftig und nicht schlüssig" erachtete, liess diese Versicherung am Spital E._ ein weiteres interdisziplinäres Gutachten erstellten. S._ wurde dabei vom Chefarzt der Klinik für Rheumatologie und Rehabilitation, von einem Facharzt für Psychiatrie FMH und einem solchen für Neurologie FMH begutachtet. Zusammenfassend kamen die Experten zum Schluss, die Nacken- und Kopfschmerzen, die Schulter- und Armbeschwerden sowie die Lumbalschmerzen und die Epicondylalgie seien organischer Genese, wobei die Kopf- und Nackenschmerzen im Vordergrund stünden. Die Nackenbeschwerden hätten zu einer schmerzbedingten Einschränkung sämtlicher körperlichen Aktivitäten geführt, woraus nunmehr eine deutliche muskuläre Dysbalance resultiere. Als Folge der muskulären Dysbalance habe sich auch ein funktionelles Thoracic Outlet-Syndrom eingestellt, welches angiologisch sowohl apparativ wie klinisch habe erhärtet werden können. Die von der Versicherten aufgeführten psychischen und kognitiven Einschränkungen wie Schlafstörungen, Müdigkeit, erhöhte Reizbarkeit und Gedächtnisprobleme seien im Rahmen einer chronischen Schmerzproblematik durchaus erklärbar. Allerdings bestehe eine Diskrepanz zwischen der Dauer, der Intensität und den subjektiven Belastungslimiten einerseits und den gefundenen strukturellen Veränderungen und funktionellen Einschränkungen andererseits, die sich rein somatisch nicht erklären liessen. Diese Diskrepanz sei ihres Erachtens auf eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung zurückzuführen. Im bisherigen Beruf als Bankangestellte sei die Versicherte zu 50 % arbeitsfähig. Es gäbe keine Verweisungstätigkeit, in der eine höhere Arbeitsfähigkeit zumutbar oder möglich wäre. Mit Verfügung vom 16. Februar 2006 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren ab. Sie berief sich dabei auf das MEDAS-Gutachten und hielt fest, es handle sich bei der diagnostizierten somatoformen Schmerzstörung nicht um eine gesundheitliche Beeinträchtigung, welche als Invalidität im Sinne des Gesetzes gelte. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 26. Oktober 2007). B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 8. August 2008 ab. C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Rentenleistungen zuzusprechen. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.