Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl hat am 16. Februar 2009 gegen X._ Anklage erhoben wegen qualifizierten Drogendelikten (gewerbs- und bandenmässiger Handel mit Marihuana und Haschisch). Er befindet sich seit 16. Januar 2008 in strafprozessualer Haft. Ein Haftentlassungsgesuch des Angeklagten vom 15. April 2009 wies der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich mit Verfügung vom vom 18. April 2009 ab. B. Gegen den haftrichterlichen Entscheid gelangte X._ mit Beschwerde vom 25. Mai 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung der Verfügung vom 18. April 2009 sowie seine sofortige Haftentlassung. Der kantonale Haftrichter und die Staatsanwaltschaft haben am 27. Mai bzw. 2. Juni 2009 auf Vernehmlassungen je ausdrücklich verzichtet.