Sachverhalt: A. Die seit dem 5. September 1996 im Handelsregister eingetragene "X._ GmbH" (nachfolgend: die Gesellschaft) verfügt seit November 1997 über ein Stammkapital von Fr. 100'000.--. Gesellschafter sind der Geschäftsführer A.X._ mit 98% und seine Ehefrau B.X._ mit 2% Anteil am Stammkapital. Die Gesellschaft ist aus der Privatisierung der Y._-Werkstatt des Bundesamtes für Bevölkerungsschutz und Sport hervorgegangen. Der seinerzeitige Leiter der Werkstatt, A.X._ (Bruttolohn 1995: Fr. 88'899.-- und 1996: Fr. 93'758.--), hat diesen ehemaligen Bundesbetrieb übernommen und in die erwähnte Gesellschaft eingebracht, deren Zweck wie folgt umschrieben ist: "Bearbeitung und Handel mit Leder- und Textilartikeln sowie Beratung und Erbringen von Dienstleistungen auf dem Gebiet der Textiltechnologie; kann sich an anderen Unternehmen beteiligen und Grundstücke erwerben, belasten und veräussern". Die Hauptaufgabe des Geschäftsführers A.X._ bestand anfänglich darin, die bisher von Armeeaufträgen abhängige Gesellschaft auf private Auftraggeber auszurichten. Dieses Ziel gelang ihm, und er konnte die Mitarbeiterzahl von vier (1996) auf vierzehn (2002) erhöhen und die Schuldenlast des Unternehmens erheblich abbauen. Die finanzielle Situation der Gesellschaft präsentiert sich ab ihrer Gründung wie folgt: Geschäftsjahr Umsatz Fr. Reingewinn Fr. Salär A.X._ Fr. 1997 (16 Monate) 1'724'949.-- 487'124.-- 113'580.-- 1998 1'698'745.-- 198'116.-- 128'984.-- 1999 1'563'389.-- - 126'407.-- 157'650.-- 2000 1'809'499.-- 43'704.-- 290'010.-- 2001 (prov.) 1'474'781.-- - 4'771.-- 204'790.-- 2002 (prov.) 37'946.-- 175'336.-- B. Für das Geschäftsjahr 2000 deklarierte die Gesellschaft einen Gewinn von Fr. 43'704.-- und einen Verlustvortrag von Fr. 171'606.--. Abweichend hiervon wurde sie von der Steuerverwaltung des Kantons Bern, Kreis Oberland, auf einen Ertrag von Fr. 107'904.--, einen Verlustvortrag von Fr. 126'407.-- und damit auf einen bei der direkten Bundessteuer massgebenden Verlust von Fr. 18'503.-- veranlagt. Anders als in der Selbstschatzung anerkannte die Steuerbehörde insbesondere die Salärbezüge von A.X._ im Ausmass von Fr. 69'000.-- (recte: Fr. 65'000.--) nicht als geschäftsmässig begründet und nahm eine entsprechende Aufrechnung vor. Daran hielt sie auch im Einspracheverfahren mit Entscheid vom 3. März 2003 fest. Eine Beschwerde der Gesellschaft hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit Entscheid vom 9. Dezember 2003 teilweise gut und setzte den steuerbaren Gewinn pro 2000 nach Anrechnung des Verlustvortrages mit Fr. null sowie den verrechenbaren Verlustvortrag per 1. Januar 2001 auf Fr. 12'503.-- (bzw. aufgrund einer Berichtigung vom 22. Januar 2004 auf Fr. 87'503.--) fest, indem sie die für das Jahr 2000 erhaltenen Bezüge von A.X._ in vollem Umfang als geschäftsmässig begründet anerkannte. Das für die direkte Bundessteuer massgebende Eigenkapital wurde mit Fr. 653'672.-- bestätigt. C. Hiergegen hat die Steuerverwaltung des Kantons Bern mit Eingabe vom 3. Februar 2004 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und ihre Einspracheverfügung zu bestätigen. D. Die Gesellschaft und die Steuerrekurskommission beantragen die Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) auf deren Gutheissung schliesst.