A.- Der 1954 geborene H._ leidet seit seinem 5. Lebensjahr an einem Diabetes mellitus und entsprechenden Folgeerkrankungen (Blindheit des rechten Auges, Gefässveränderungen). Per 31. Dezember 1991 kündigte er seine Stelle als Amtsvormund bei der Gemeindeverwaltung X._, wobei er bereits ab Juni 1991 sein Arbeitspensum zwecks Weiterbildung reduziert hatte (Management-Diplomkurs von 1991 bis 1993 bei der Schule Y._). Von Januar 1993 bis Dezember 1994 bezog er Leistungen der Arbeitslosenversicherung, darunter auch Vergütung von Kurskosten, und erwarb in dieser Zeit ein weiteres Diplom der Schule Y._ (Personalassistent). In der Folge absolvierte er ein Semester an der Wirtschafts- und Verwaltungsschule und verschiedene sprachliche Weiterbildungen. Am 11. Januar 1996 meldete sich H._ zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau holte nebst einer Auskunft der Arbeitgeberin vom 12. Februar 1996 auch Berichte des Dr. med. F._, Spezialarzt für Innere Medizin, vom 9. Februar 1996 und des Dr. med. S._, Augenarzt FMH, vom 26. Februar 1996 ein. Zudem veranlasste sie bei Dr. med. J._, Spezialarzt für Psychiatrie und Psychotherapie, eine Begutachtung (Expertise vom 18. Juni 1996). Mit Verfügung vom 15. Mai 1997 wurde H._ rückwirkend ab 1. November 1995 eine ganze Invalidenrente zugesprochen. Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess die AHV/IV-Rekurskommission mit Entscheid vom 7. April 1998 dahingehend gut, dass die Sache zur weiteren Abklärung betreffend den Rentenbeginn an die IV-Stelle zurückgewiesen wurde. Nach Beizug ergänzender Auskünfte der Arbeitgeberin, der Dres. med. F._ und J._ sowie des Prof. Dr. med. G._, Spital Z._, hielt die IV-Stelle am Rentenbeginn fest und sprach H._ mit Verfügung vom 25. Januar 1999 erneut rückwirkend ab 1. November 1995 eine ganze Invalidenrente zu. B.- Hiegegen liess H._ Beschwerde erheben und die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab 1. Januar 1993 beantragen. Mit Entscheid vom 29. September 1999 wies die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau die Beschwerde ab. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt H._ das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren erneuern und zusätzlich eventualiter beantragen, die Sache sei zur weiteren Abklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lässt.