Sachverhalt: A. Die Y._ AG beabsichtigt, auf der Parzelle Nr. 536 an der J._-Strasse in Muri AG eine GSM/UMTS-Mobilfunkanlage zu errichten. Der Gemeinderat Muri erteilte am 27. September 2010 unter Auflagen und Bedingungen die Baubewilligung für das Projekt und wies gleichzeitig die erhobenen Einwendungen ab. B. Die X._ AG ist Eigentümerin der Parzelle Nr. 2308, welche in der Nähe der projektierten Mobilfunkanlage liegt. Eine von ihr gegen die Baubewilligung erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Aargau am 22. Juni 2011 ab. Gegen den Entscheid des Regierungsrats erhob die X._ AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Mit Urteil vom 28. November 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, wobei es die Baubewilligung des Gemeinderats von Amtes wegen mit einer Auflage ergänzte, wonach die Baubewilligung unter dem Vorbehalt steht, dass die anwendbaren Anlagegrenzwerte für nichtionisierende Strahlung auch nach Realisierung von Nutzungsreserven an den neu entstehenden Orten mit empfindlichen Nutzungen durch Anpassung der Mobilfunkanlage respektive der Emissionen eingehalten werden. C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts hat die X._ AG am 1. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Angelegenheit zur Vornahme der erforderlichen Sachverhaltsabklärungen und zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Verfügung vom 6. März 2013 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Die Beschwerdegegnerin beantragt Beschwerdeabweisung. Die Vorinstanz und der Gemeinderat Muri haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Regierungsrat liess sich nicht vernehmen. Das zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt kommt zum Schluss, der angefochtene Entscheid stehe im Einklang mit der Umweltgesetzgebung des Bundes. Mit Eingabe vom 4. Juni 2013 hat die Beschwerdeführerin an der Beschwerde festgehalten.