Sachverhalt: A. Die Baukommission der Gemeinde Lindau erteilte am 22. Mai 2008 der C._AG unter Nebenbestimmungen die Baubewilligung für eine Arealüberbauung mit drei Mehrfamilienhäusern und einer Unterniveaugarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 767 in Lindau. Die Baurekurskommission III des Kantons Zürich hiess am 21. Januar 2009 die Rekurse verschiedener Nachbarn, unter ihnen A._ und B._, gut und hob die Baubewilligung auf. Sie erwog, das Bauvorhaben genüge den nach § 71 des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) für Arealüberbauungen geltenden erhöhten Gestaltungsanforderungen nicht, weshalb die Baubewilligung aufzuheben sei, ohne dass die weiteren Rügen zu prüfen wären. Die Gemeinde Lindau und die C._AG erhoben gegen diesen Rekursentscheid Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses kam im Urteil vom 7. Oktober 2009 zum Schluss, die örtliche Baubehörde habe entgegen der Auffassung der Baurekurskommission III ihren Ermessensspielraum nicht überschritten, indem sie dem Bauvorhaben die vom Gesetz verlangte besondere Qualität zugebilligt habe. Es hiess die Beschwerden gut, hob den angefochtenen Entscheid der Baurekurskommission III auf und wies die Akten zu weiterer Untersuchung und neuem Entscheid an diese zurück. Das Bundesgericht trat mit Urteil 1C_24/2010 vom 24. Juni 2010 auf die von A._ und B._ gegen dieses Verwaltungsgerichtsurteil erhobene Beschwerde nicht ein. B. B.a Am 29. September 2010 wies die Baurekurskommission III die Rekurse von D._ und E._ einerseits und von A._ und B._ anderseits ab. Sie unterzog sich der Bindungswirkung des verwaltungsgerichtlichen Rückweisungsentscheids vom 7. Oktober 2009 und übernahm dessen Beurteilung, wonach die Baukommission Lindau ihr Ermessen nicht überschritten habe, indem sie dem Bauvorhaben die vom Gesetz verlangte besondere Qualität zubilligte. Die weiteren Einwände von D._ und E._ beurteilte sie als unbegründet. B.b Mit Eingabe vom 3. November 2010 erhoben A._ und B._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 7. Oktober 2009. A._ und B._ einerseits sowie D._ und E._ erhoben zudem Beschwerde ans Verwaltungsgericht und beantragten im Wesentlichen, den Rekursentscheid und die Baubewilligung aufzuheben. B.c Das Bundesgericht trat mit Urteil 1C_506/2010 vom 11. Januar 2011 auf die von A._ und B._ gegen dieses Verwaltungsgerichtsurteil erhobene Beschwerde nicht ein. B.d Das Verwaltungsgericht trat am 9. März 2011 auf die Beschwerde von A._ und B._ nicht ein und wies diejenige von D._ und E._ ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen A._ und B._, die Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 7. Oktober 2009 und vom 9. März 2011 sowie die mit Beschluss der Baukommission Lindau vom 22. Mai 2008 erteilte Baubewilligung für eine Arealüberbauung auf dem Grundstück Kat.-Nr. 767 in Lindau aufzuheben. Sie verlangen, alle Akten, inklusive des Modells, beizuziehen. Ausserdem ersuchen sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung und beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Es teilt mit, das Modell sei der Bauherrschaft bereits zurückgegeben worden. Die C._AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen und den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 9. März 2011 zu bestätigen. Die Gemeinde Lindau verweist auf die Vorakten und verzichtet auf eine erneute Vernehmlassung. D. Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat der Beschwerde am 6. Juni 2011 aufschiebende Wirkung zuerkannt. E. A._ und B._ verzichten auf eine Replik.