Sachverhalt: A.a Am 16. August 2011 eröffnete das Amtsgericht Nürnberg/ Deutschland über das Vermögen der Z._ AG, mit statutarischem Sitz in Herisau/AR, das Insolvenzverfahren. Die Eröffnung erfolgte als Hauptinsolvenzverfahren gemäss Art. 3 der Verordnung (EG) Nr. 1346/2000 vom 29. Mai 2000 über Insolvenzverfahren (EuInsVO; ABl. EG 2000 L 160/1), welcher die Zuständigkeit mitgliedstaatlicher Gerichte am Mittelpunkt der hauptsächlichen Interessen des Schuldners vorsieht. Als Insolvenzverwalter wurde X._, Rechtsanwalt in Deutschland, ernannt. A.b Bereits am 21. Juni 2011 wurde vom Einzelrichter des Kantonsgerichts des Kantons Appenzell Ausserrhoden über die Z._ AG infolge Mängel in der Organisation die Liquidation in Anwendung von Art. 731b OR nach den Vorschriften über den Konkurs angeordnet. Am 19. April 2012 stellte der Einzelrichter das Konkursverfahren mangels Aktiven ein. Am 5. Juli 2011 löste zudem die Einzelrichterin des Kantonsgerichts Appenzell Ausserrhoden die Z._ AG durch Konkurs auf; bereits am 18. August 2011 stellte sie das Konkursverfahren mangels Aktiven ebenfalls ein. Die Z._ AG ist im Handelsregister ungelöscht bzw. mit dem Zusatz "in Liquidation" eingetragen. A.c Im Zuge des Strafverfahrens gegen Organe der Z._ AG sperrte die Staatsanwaltschaft Nürnberg-Fürth bzw. rechtshilfeweise die Staatsanwaltsschaft des Kantons St. Gallen bei der Bank Y._ liegende Vermögenswerte bzw. Kontoguthaben, mutmasslich Fr. 9 Mio. an Geldern geschädigter Kunden. A.d Am 8. Februar 2012 gelangte Insolvenzverwalter X._ an das Konkursamt St. Gallen und verlangte rechtshilfeweise im Wesentlichen die Sicherung und Weiterleitung von Vermögen bzw. Guthaben der Z._ AG bei der Bank Y._ an die Insolvenzmasse, insbesondere für den Fall der strafrechtlichen Deblockierung. Er stützte sein Vorgehen auf die Konkursübereinkunft zwischen schweizerischen Kantonen und dem Königreich Bayern aus dem Jahre 1834. B. Mit Verfügung vom 18. Mai 2012 wies das Konkursamt das Rechtshilfeersuchen ab. Es verneinte eine staatsvertragliche oder gesetzliche Grundlage zur Einforderung der Bankguthaben auf dem Rechtshilfeweg. Gegen die Verfügung erhob Insolvenzverwalter X._ betreibungsrechtliche Beschwerde. Am 3. Juli 2012 wies das Kantonsgericht St. Gallen als kantonale Aufsichtsbehörde für Konkurs die Beschwerde ab. C. Mit Eingabe vom 14. September 2012 hat Insolvenzverwalter X._ Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Der Beschwerdeführer beantragt im Wesentlichen, der Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde vom 3. Juli 2012 sei aufzuheben und das Konkursamt St. Gallen anzuweisen, dem Amts- und Rechtshilfeersuchen vom 8. Februar 2012 zu entsprechen; insbesondere seien u.a. Sicherungsvorkehren, Publikationen und die von Weiterleitung von Auszahlung der Bankguthaben der Z._ AG bei der Bank an die Insolvenzmasse anzuordnen. Weiter ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Mit Verfügung vom 26. September 2012 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung im Sinne der Erwägungen zuerkannt. In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.