Sachverhalt: A. Am 28. November 2011 verstarb der am 18. September 1924 geborene A._ mit letztem Wohnsitz in B._. Als gesetzliche Erben hinterliess er seine Kinder Y._, X._ und C._. Mit Testament vom 12. Mai 2003 hatte der Erblasser Y._ und C._ zugunsten von X._ auf den Pflichtteil gesetzt, welche im Sinn einer Teilungsvorschrift überdies das Haus D._ in B._ inkl. Inventar zum Verkehrswert übernehmen sollte, wobei die Schätzung durch die Willensvollstreckerin zu veranlassen sei. Mit Testament vom 10. November 2003 hatte er weiter verfügt, X._ solle das Haus D._ inkl. Inventar zu dem von der kantonalen Schätzungskommission geschätzten Verkehrswert ohne Anrechnung an ihren Erbanspruch erhalten, unter Vorbehalt der Pflichtteile; der Rest des Nachlasses solle zu gleichen Teilen auf die drei Kinder aufgeteilt werden. Mit Abtretungsvertrag vom 10. November 2004 hatte der Erblasser sein Haus D._ an X._ übereignet. Der Abtretungswert der Liegenschaft war auf Fr. 1'488'000.-- festgelegt worden, wovon die Parteien den auf Fr. 209'040.-- festgelegten Kapitalwert des Wohnrechtes abgezogen hatten. Mit Testament vom 10. November 2004 hatte der Erblasser ausserdem angeordnet, dass nach seinem Tod das Inventar des Hauses D._ in das Eigentum von X._ übergehen solle, ohne Anrechnung an ihren Erbteil. In einem Nachtrag vom 7. Oktober 2009 zum Testament vom 10. November 2004 hatte er verfügt, dass die Geldbeträge, welche er X._ und C._ bereits ausgerichtet habe und ihnen auch in Zukunft zukommen lassen werde, bei der Erbteilung nicht auf ihren Erbanteil anzurechnen seien. Mit einem weiteren Nachtrag vom 12. Oktober 2009 war Y._ auf den Pflichtteil gesetzt und die verfügbare Quote zu gleichen Teilen X._ und C._ zugeschlagen worden. B. Mit Eingabe vom 3. Februar 2012 verlangte Y._, das Grundbuchamt sei anzuweisen, das Grundstück D._ mit einer Verfügungssperre (Grundbuchsperre) zu belegen und ihm eine Frist von sechs Monaten einzuräumen, um die Klage (Ungültigkeits-, Erbteilungs- und/oder Herabsetzungsklage) zu prosequieren; eventualiter sei das Grundstück mit Arrest zu belegen. Mit Arrestbefehl vom 6. Februar 2012 hiess das Bezirksgericht E._ das Arrestgesuch gestützt auf Art. 271 Abs. 1 Ziff. 4 SchKG antragsgemäss über eine Forderungssumme von Fr. 3'345'676.75 (Pflichtteilsanspruch von 1⁄4 von Fr. 13'382'706.90) gut. Ferner verfügte das Bezirksgericht E._ am 7. Februar 2012 gestützt auf Art. 262 Abs. 1 lit. c ZPO superprovisorisch eine Verfügungsbeschränkung zulasten der genannten Parzelle; diese Verfügung wurde mit Massnahmeentscheid vom 27. April 2012 wieder aufgehoben. Zwecks Arrestprosequierung reichte Y._ am 24. Februar 2012 ein Schlichtungsgesuch ein (Ungültigkeits- und Erbteilungs-, evtl. Herabsetzungsklage). Am 5. März 2012 erhob X._ Arresteinsprache, mit welcher sie die Aufhebung des Arrestbefehls bzw. des Arrestes verlangte. Mit Entscheid vom 30. April 2012 wies das Bezirksgericht E._ diese ab, unter Bestätigung des am 6. Februar 2012 angeordneten Arrestes. Hiergegen erhob X._ Beschwerde, mit welcher sie die vollumfängliche Aufhebung des Arresteinspracheentscheides und die Aufhebung des Arrestbefehls bzw. Arrestes verlangte. Mit Entscheid vom 3. August 2012 wies das Kantonsgericht von Graubünden die Beschwerde ab. C. Gegen den Entscheid des Kantonsgerichts hat X._ am 6. September 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren, dieser sei aufzuheben und das Arrestbegehren abzuweisen, soweit der Arrest den Betrag von Fr. 752'558.90 übersteige; eventualiter wird die Aufhebung und Rückweisung der Sache an das Kantonsgericht verlangt. Mit Eingaben vom 10. Oktober 2012 bzw. 9. November 2012 verlangten sowohl das Kantonsgericht als auch der Beschwerdegegner die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.