Sachverhalt: A. Der mazedonische Staatsangehörige X._ (geb. 1975) reiste am 15. Dezember 1991 in die Schweiz ein und erhielt am 21. Mai 1992 die Aufenthaltsbewilligung, um bei seinen Eltern zu verbleiben. Am 11. Dezember 2001 wurde ihm die Niederlassungsbewilligung erteilt. Aus der am 1. August 2002 in Mazedonien geschlossenen Ehe mit der ebenfalls niederlassungsberechtigten Landsfrau Y._ (geb. 1983) gingen zwei Töchter hervor (geb. 2003 und 2006). X._ hat seine Schweizer Berufslehre nicht beendet, fand jedoch trotz mehrmaligem Stellenverlust und vorübergehendem Sozialhilfebezug immer wieder Festanstellungen. Die Ehefrau ist ebenfalls erwerbstätig. Gegen X._ lagen zeitweise offene Verlustscheine in der Höhe von über CHF 45'000.-- vor. Zwischenzeitlich hat er Massnahmen zur Schuldentilgung eingeleitet; seit Januar 2009 sind keine offenen Betreibungen mehr verzeichnet. X._ hat folgende Straftaten begangen: Am 3. Mai 2002 verurteilte ihn das Bezirksamt Zofingen wegen Führens eines Motorfahrzeugs in angetrunkenem Zustand und grober Verkehrsregelverletzung durch Missachtung der signalisierten Höchstgeschwindigkeit zu einer bedingten Gefängnisstrafe von sieben Tagen und einer Busse von Fr. 1'500.--. Am 16. März 2007 wurde X._ vom Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau wegen Missbrauchs von Ausweisen und Schildern zu einer bedingten Geldstrafe von fünf Tagessätzen und einer Busse von Fr. 200.-- verurteilt. Am 23. Juni 2009 verurteilte ihn das Obergericht des Kantons Aargau wegen qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten und einer Busse von Fr. 100.--. B. Aufgrund der Delinquenz widerrief das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern mit Verfügung vom 12. März 2010 die Niederlassungsbewilligung von X._ und wies ihn aus der Schweiz weg. Die dagegen erhobene Beschwerde bei der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern wurde am 29. März 2011 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hob diesen Entscheid am 3. Januar 2012 insoweit auf, als X._ die unentgeltliche Prozessführung verweigert worden war, wies die Beschwerde im Übrigen aber ab. C. Vor Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 3. Januar 2012 aufzuheben, die Niederlassungsbewilligung nicht zu widerrufen und ihn lediglich zu verwarnen. Das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern stellt keinen Antrag. Die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern, das Bundesamt für Migration (BFM) und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer replizierte am 15. Juni 2012 auf die vorgenannten Eingaben. D. Am 9. Februar 2012 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.