Sachverhalt: A. J._, geboren 1965, arbeitet seit Mai 1994 als Physiotherapeut in der Physiotherapiepraxis des L._ und ist im Rahmen dieses Arbeitsverhältnisses bei der BVG-Vorsorgestiftung FISIO (bis 4. Januar 2003: BVG-Vorsorgestiftung SPV, Sempach; heute: BVG-Vorsorgestiftung physioswiss) berufsvorsorgeversichert. Am 6. November 1997 erlitt er als Velofahrer einen Verkehrsunfall, bei welchem er sich eine Commotio cerebri mit Kontusion der Halswirbelsäule (HWS) und eine nicht dislozierte Nasenbeinfraktur zuzog (Kurzbericht des Dr. med. A._ vom 7. November 1997). Die Unfallversicherung (Berner Versicherungen, Bern; heute: Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft, Bern [im Folgenden: Allianz]), erbrachte die gesetzlichen Leistungen und richtete Taggelder aus. Am 21. Juli 2000 meldete sich J._ bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich sprach J._ nach medizinischen und erwerblichen Abklärungen sowie Beizug der Akten der Unfallversicherung bei einem Invaliditätsgrad von 40 % ab 6. November 1998 eine Viertelsrente und bei einem Invaliditätsgrad 53 % ab 1. Februar 1999 eine halbe Rente zu (Verfügung vom 4. Juli 2001). Die Allianz verfügte am 13. Mai 2005 die Zusprechung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 53 % ab 1. Januar 2005 sowie einer Integritätsentschädigung in Höhe von Fr. 9'720.- bei einem Integritätsschaden von 10 %. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 24. Januar 2006 ab. Die BVG-Vorsorgestiftung FISIO (welche ihrerseits mit der Rentenanstalt/Swiss Life, Zürich, einen Vorsorgevertrag abgeschlossen hatte) anerkannte ihre grundsätzliche Leistungspflicht, lehnte die Auszahlung einer Invalidenrente jedoch zufolge Überversicherung ab. B. Am 5. September 2007 liess J._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage erheben gegen die BVG-Vorsorgestiftung FISIO und die Zusprechung einer Invalidenrente von jährlich Fr. 11'785.- nebst Zins zu 5 % ab 5. September 2007 beantragen. Zudem sei die Vorsorgestiftung zur Kostenübernahme für ein Lohngutachten in Höhe von Fr. 3'228.- zu verpflichten. Das Sozialversicherungsgericht wies die Klage mit Entscheid vom 26. März 2009 ab. C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung der "ungekürzten Leistungen" der beruflichen Vorsorge von jährlich Fr. 9'319.- nebst Zins sowie die Erstattung der Kosten für das Lohngutachten beantragen. Eventualiter sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem beantragt er eine öffentliche Verhandlung. Die Vorsorgeeinrichtung schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.