Sachverhalt: A. Mit Einspracheentscheid vom 1. Dezember 2003 sprach die Winterthur Versicherungen (heute: AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA) dem 1960 geborenen A._ für die Folgen des Unfalls vom 17. Dezember 1994 (Sturz auf das linke Knie) und des am 3. März 1999 gemeldeten Rückfalls eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 20 % für die chronischen Kniebeschwerden links zu; im Übrigen bestätigte sie die Verfügung vom 17. September 2002, mit welcher sie die Pflegeleistungen und Kostenvergütungen auf den 28. Februar 2002 und die Taggeldleistungen ab dem 1. September 2002 eingestellt sowie einen Anspruch auf Invalidenrente verneint hatte. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. November 2005 insoweit gut, dass der Einspracheentscheid vom 1. Dezember 2003 aufgehoben und die Sache an die AXA zurückgewiesen wurde, damit diese, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Leistungsansprüche neu verfüge. Die AXA holte u.a. das Gutachten der Klinik X._, vom 30. Januar 2008 (mit Ergänzungen vom 31. Oktober 2008 und 20. Mai 2009) ein. Mit Verfügung vom 10. August 2009 stellte sie erneut die Pflegeleistungen und Kostenvergütungen auf den 28. Februar 2002 und die Taggeldleistungen ab dem 1. September 2002 ein, sprach dem Versicherten eine Integritätsentschädigung auf Basis einer Integritätseinbusse von 20 % zu und verneinte einen Anspruch auf Invalidenrente mangels leistungsbegründenden Invaliditätsgrades; zudem verneinte sie den natürlichen Kausalzusammenhang der geltend gemachten Handgelenksbeschwerden beidseits mit dem Unfall vom 17. Dezember 1994 bzw. dem Rückfall vom 3. März 1999 und deren Folgen. Eine Einsprache lehnte sie ab (Einspracheentscheid vom 27. April 2010). B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hielt das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Februar 2012 fest, dass A._ ab 1. September 2002 Anspruch auf eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 22 % und auf eine Integritätsentschädigung in Höhe von 25 % des Höchstbetrages des versicherten Jahresverdienstes hat. C. Mit Beschwerde beantragt die AXA, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben. A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Mit Verfügung vom 25. Juni 2012 erkennt das Bundesgericht der Beschwerde der AXA die aufschiebende Wirkung zu.