Sachverhalt: A. X._ und Y._ gehörten u.a. sämtliche Aktien der R._ AG sowie 50 % der Aktien der U._ AG. Die Beteiligung an der U._ AG hatte X._ mit Vereinbarung vom 19. Dezember 1995 zum symbolischen Preis von Fr. 1.-- erworben, und er war als Verwaltungsratspräsident der R._ AG in der Folge dafür verantwortlich, dass diese Gesellschaft gewisse laufende Rechnungen und Lohnkosten der U._ AG bezahlte. Entsprechend wies die R._ AG erstmals per 31. Dezember 1997 ein Kontokorrent-Guthaben von Fr. 47'161.60 gegenüber der U._ AG aus, und dieses wuchs im Laufe des Jahres 1998 bis auf Fr. 143'557.-- an. Nachdem am 22. September 1998 über die U._ AG der Konkurs eröffnet und dieser einen Monat später mangels Aktiven eingestellt werden musste, wurde dieses Darlehen gegenüber der U._ AG bei der R._ AG vollständig abgeschrieben. Diese Abschreibung wurde allerdings von den Steuerbehörden des Kantons Schwyz nicht als geschäftsmässig begründet erachtet und aufgerechnet. Die Aufrechnung bei der R._ AG wurde zuletzt mit Einspracheentscheid vom 22. Mai 2001 rechtskräftig bestätigt. B. Mit Veranlagungsverfügung vom 19. April 2000 betreffend die direkte Bundessteuer 1999/2000 wurde das steuerbare Einkommen von X._ und Y._ aufgrund ihrer Selbstdeklaration auf Fr. 65'300.-- festgesetzt. Diese Verfügung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. C. Am 20. Juli 2001 leitete die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz gegen X._ und Y._ eine Strafuntersuchung wegen vollendeter Steuerhinterziehung bezüglich der Veranlagungsperiode 1999/2000 ein, weil die bei der R._ AG erfolgte Aufrechnung (vgl. vorne lit. A, am Ende) beim Alleinaktionär nicht als geldwerte Leistung deklariert worden war. Mit Verfügung vom 8. Juli 2003 befand die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz X._ der vollendeten Steuerhinterziehung für schuldig und verpflichtete die Eheleute unter solidarischer Haftung, für die Steuerperiode 1999/2000 Nachsteuern in der Höhe von Fr. 18'281.50 (inklusive Verzugszinsen) und eine Busse von insgesamt Fr. 16'358.-- zu bezahlen (Totalbetrag Fr. 34'639.50). Das Steuerstrafverfahren gegen Y._ wurde eingestellt. Die hiegegen erhobene Einsprache der Ehegatten X._ - Y._ hiess die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz mit Entscheid vom 12. November 2007 teilweise gut und setzte die Busse auf insgesamt Fr. 9'814.80 (60 % der Normalbusse) herab. Die geforderten Nachsteuern und Verzugszinsen blieben unverändert auf Fr. 18'281.50 (vgl. Anhang 5 und 6 des Einspracheentscheides). D. Gegen diesen Entscheid gelangten die Eheleute X._ - Y._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses hiess ihre Beschwerde mit Entscheid vom 29. August 2008 insoweit ("im Sinne der Erwägungen") teilweise gut, als es die geschuldeten Nach- und "Strafsteuern" (recte: Bussen) auf der Basis einer steuerbaren geldwerten Leistung im Durchschnitt der Bemessungsjahre 1997/98 auf Fr. 47'195.-- (statt Fr. 87'195.--) bestimmte und die Sache zur Festsetzung entsprechend korrigierter Nachsteuern und Bussen an die Vorinstanz zurückwies. Das Gericht ging davon aus, dass die Darlehensgewährung im Umfang von Fr. 80'000.-- geschäftsmässig begründet gewesen sei, weshalb sich die X._ und Y._ zugeflossene geldwerte Leistung um durchschnittlich Fr. 40'000.-- reduziere. E. Mit Eingabe vom 17. Oktober 2008 erhebt die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) gegen das genannte Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 29. August 2008 (versandt am 16. September 2008) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei insoweit aufzuheben, als der Verlust auf dem Darlehen an die U._ AG in vollem Umfang - zusätzlich zu den unbestrittenen Aufrechnungen - als nicht deklarierte geldwerte Leistung der Nach- und "Strafsteuer" zu unterstellen sei. Sie rügt eine Verletzung von Bundesrecht. Die Eheleute X._ - Y._ beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hat sich nicht vernehmen lassen.