Sachverhalt: A. X._ und seine Schwester Y._ erklärten mit Schreiben vom 29. Dezember 2004 den Austritt aus der katholischen Kirche. Die Kirchgemeinde Amriswil erhielt die Briefe am 31. Dezember 2004. Sie bestätigte am 25. Januar 2005 den Austritt und erklärte, die Einwohnerkontrolle darüber zu informieren. Das Steueramt Amriswil erachtete in der Folge X._ und Y._ bis Ende 2004 für kirchensteuerpflichtig. Die Einsprache und der Rekurs, den X._ gegen die verfügte Kirchensteuerpflicht für das Jahr 2004 erhob, blieben ohne Erfolg. Das Steueramt Amriswil sowie die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau stützten sich auf die Mitteilung der Katholischen Kirchgemeinde Amriswil, mit welcher der Kirchenaustritt per 1. Januar 2005 bestätigt worden war, und lehnten eine selbständige Überprüfung des Austrittszeitpunktes ab. Am 3. Oktober 2006 machte X._ gegenüber der katholischen Kirchgemeinde Amriswil geltend, er und seine Schwester seien per 30. Dezember 2004 aus der katholischen Kirche ausgetreten und nicht erst per 1. oder per 25. Januar 2005. Der Katholische Kirchenrat des Kantons Thurgau nahm dieses Schreiben als Beschwerde entgegen, da die Austrittsbestätigungen vom 25. Januar und vom 26. August 2005 mit keiner Rechtsmittelbelehrung versehen gewesen seien. Er wies die Beschwerde am 11. April 2008 ab und stellte fest, dass die Austrittserklärung per 1. Januar 2005 rechtswirksam geworden sei. B. X._ und Y._ beantragen dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Mai 2008, den Entscheid des Katholischen Kirchenrats vom 11. April 2008 aufzuheben und festzustellen, dass sie am 30. Dezember 2004 bzw. eventualiter am 31. Dezember 2004 im Zeitpunkt der Aushändigung ihrer Schreiben an die Kirchgemeinde aus der katholischen Kirche ausgetreten seien. C. Der Katholische Kirchenrat und die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau ersuchen um Abweisung der Beschwerde. Die Katholische Kirchgemeinde Amriswil, vertreten durch ihre Kirchenvorsteherschaft, hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.