Sachverhalt: A. Y._ erstatte Strafanzeige/Strafanträge gegen X._ wegen Beschimpfung (Art. 177 StGB) sowie wegen Verleumdung (Art. 174 Ziff. 2 StGB). In der Folge reichte X._ eine Privatstrafklage gegen Y._ wegen übler Nachrede (Art. 173 StGB) ein. Mit Urteil vom 6. November 2007 sprach das Gerichtspräsidium Zofingen (unter dem Vorsitz von Gerichtspräsident II, Peter Wullschleger) die Beklagte vom Vorwurf der üblen Nachrede frei, befand sie der Beschimpfung (Art. 177 Abs. 1 StGB) schuldig und nahm von einer Strafe Umgang (Art. 177 Abs. 2 StGB). Mit Schreiben vom 14. Mai 2008 stellte X._ im Hinblick auf die Fortführung des gegen ihn weiterhin hängigen Verfahrens ein Ausstands- und Ablehnungsbegehren gegen den Gerichtspräsidenten II des Bezirksgerichts Zofingen, Peter Wullschleger. Die Inspektionskommission des Obergerichts des Kantons Aargau, der das Ersuchen zur Behandlung überwiesen worden war, wies das Ausstands- und Ablehnungsbegehren am 30. Januar 2009 ab. Sie hielt zum einen dafür, dass die Bewilligung eines Fristerstreckungsgesuches keine Teilnahme im Sinne von § 41 lit. c der Aargauer Strafprozessordnung (StPO) darstelle und keinen Ausstandsgrund begründe. Zum andern, dass die Mitwirkung am Urteil vom 6. November 2007 und die Strafbefreiung keinen Ablehnungsgrund bildeten. B. Gegen diesen Entscheid hat X._ beim Bundesgericht am 5. März 2009 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er ersucht um Aufhebung des angefochtenen Entscheides und um Gutheissung seines gegen Peter Wullschleger gerichteten Ablehnungs- und Ausstandsbegehrens. Peter Wullschleger und die Inspektionskommission des Obergerichts haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Die Beschwerdegegnerin Y._ hat sich nicht vernehmen lassen. C. Mit Verfügung vom 30. März 2009 ist das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen worden.