Sachverhalt: A. Y._ und X._ sind die Eltern des Sohnes A._, geb. 2003, und der Tochter B._, geb. 2004. A.a Mit Eheschutzverfügung des Gerichtspräsidenten C._ des Gerichtskreises D._ vom 31. Mai 2007 wurden die beiden Kinder unter die Obhut der Mutter gestellt und der persönliche Verkehr mit dem Vater geregelt. Das Gesuch um Abänderung des Eheschutzentscheids von Y._ vom 1. April 2008 wurde mit Entscheid des Gerichtspräsidenten vom 30. Oktober 2008 abgewiesen. A.b Unterdessen ist zwischen den Parteien ein Ehescheidungsverfahren hängig. Y._ beantragte als vorsorgliche Massnahme für die Dauer dieses Verfahrens die Obhut über die beiden Kinder. Mit Entscheid vom 8. Mai 2009 wies der Gerichtspräsident C._ des Gerichtskreises D._ das Gesuch ab. A.c Gegen diesen Entscheid erklärte Y._ Appellation beim Obergericht des Kantons Bern. Er beantragte die Obhut über die beiden Kinder. Zudem sei X._ zur Bezahlung von Kinderunterhaltsbeiträgen zu verpflichten und es sei die Erziehungsbeistandschaft an die zuständige Behörde seines Wohnortes zu übertragen. Weiter verlangte er die Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde sowie die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. Mit Entscheid vom 20. Juli 2009 wurde in teilweiser Gutheissung der Appellation die Obhut über die beiden Kinder für die Dauer des Scheidungsverfahrens Y._ zugeteilt. X._ wurde ein gerichtsübliches Besuchsrecht eingeräumt und die angeordnete Beistandschaft wurde bestätigt. Beiden Parteien wurde die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt. Soweit weitergehend wurde die Appellation abgewiesen. B. X._ (fortan: Beschwerdeführerin) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 26. August 2009 an das Bundesgericht gelangt. Sie verlangt die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts. Zudem ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde. Mit Vernehmlassung zum Gesuch um aufschiebende Wirkung vom 7. September 2009 verlangte Y._ (fortan: Beschwerdegegner) sinngemäss die Abweisung des Gesuchs. Zudem ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Mit Verfügung vom 9. September 2009 ist der Beschwerde mit Bezug auf die Obhutszuteilung die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden. In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.