Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) erwarb per 1. Dezember 2002 das Sonderrecht an den Restaurations- und Hotelbetriebsräumen sowie fünf Wohnungen des Aparthotels "M._" in O._. Fünf Stockwerkeigentümer (Eigentümer, Kläger, Beschwerdegegner) von Ferienwohnungen im Aparthotel "M._" haben sich zur einfachen Gesellschaft "YX._" zusammengeschlossen, um ihre Interessen gegenüber der neuen Hotelbetreiberin X._ AG zu wahren. B. Der Streitsache liegt eine öffentlichrechtliche Verpflichtung der Eigentümer zugrunde, ihre Ferienwohnungen im Aparthotel "M._" hotelmässig bewirtschaften zu lassen. B.a Mit Verfügung Nr. 1089/79 vom 24. Januar 1980 erteilte das Grundbuchinspektorat Graubünden gestützt auf Art. 4 Abs. 4 der damaligen Verordnung vom 10. November 1976 über den Erwerb von Grundstücken in Fremdenverkehrsorten durch Personen im Ausland (VGF; AS 1976 2389) der Firma P._ die Grundsatzbewilligung, 667/1000 der Wohnungswertquoten aus der Liegenschaft Parzelle Nr. L._, Aparthotel "M._" in O._, an Personen im Ausland zu veräussern, wobei jeder einzelne Verkauf noch einer Einzelbewilligung bedürfe. Die Bewilligung enthielt u.a. die Auflage einer hotelmässigen Bewirtschaftung sowie die Verpflichtung zum Abschluss eines Mietvertrages mit einer Hotelbetriebsorganisation. In der Folge wurden Einzelbewilligungen für den Verkauf der Wohnungen erteilt und diese verkauft. Die Eigentümer der einzelnen Stockwerkeigentumseinheiten schlossen mit der Hotelbetriebsgesellschaft einen Mietvertrag, worin sie sich verpflichteten, die Wohnung mindestens sechs Monate pro Jahr zur hotelmässigen Weitervermietung zur Verfügung zu stellen. Als Mietpreis wurden 43 % des reinen Logementpreises der tatsächlich besetzten Logiernacht vereinbart. Die Verträge enthielten überdies die Klausel: "Dieser Vertrag darf nur mit Zustimmung des Grundbuchinspektorats Graubünden aufgehoben oder abgeändert werden". B.b Per 1. Dezember 2002 verkaufte die damalige Betreibergesellschaft, die RX._ AG, das Sonderrecht an den Restaurations- und Hotelbetriebsräumen sowie fünf Wohnungen an die X._ AG. Der Kaufvertrag enthielt die Bestimmung, dass die Käuferin ausdrücklich keine Mietverträge übernehme, wodurch aber die Pflicht zur hotelmässigen Bewirtschaftung nicht entfalle. In der Folge teilte die X._ AG den vermietungspflichtigen Stockwerkeigentümern mit, der alte Mietvertrag sei nicht mehr in Kraft, bot ihnen aber den Abschluss eines neuen Mietvertrags mit geänderten Konditionen an. Die Stockwerkeigentümer lehnten die vorgeschlagenen Änderungen ab. Die meisten von ihnen kündigten ihrerseits am 4. September 2003 den bestehenden Mietvertrag per 30. Oktober 2003, da die X._ AG den Mietzins gemäss früherem Vertrag nicht bezahlt hatte. B.c Mit Gesuch vom 3. Juli 2003 beantragte die X._ AG dem Grundbuchinspektorat Graubünden, die vermietungspflichtigen Stockwerkeigentümer seien zu mahnen, mit ihr einen wirtschaftlich tragbaren Mietvertrag gemäss Gutachten der Schweizerischen Gesellschaft für Hotelkredit (nachfolgend: Gutachten der SGH oder Mustermietvertrag der SGH) vom 20. November 2002 abzuschliessen und eine exzessive Eigenbelegung insbesondere während der Hochsaison zu unterlassen. Daraufhin erliess das Grundbuchinspektorat am 28. November 2003 eine Verfügung, worin unter anderem festgehalten wurde, dass der Mietvertrag gemäss Globalbewilligung Nr. 1089/79 unverändert als Grundlage für die hotelmässige Bewirtschaftung gelte und für beide Parteien verbindlich sei. Weiter wurden die Eigentümer der Wohnungen verpflichtet, zum Abschluss eines neuen, für den Hotelbetrieb wirtschaftlich tragbaren Mietvertrags Hand zu bieten. Für die einseitige Durchsetzung von Vertragsänderungen wurde die X._ AG an den Zivilrichter verwiesen. Dagegen erhob die X._ AG Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 16. Dezember 2003 ab. Daraufhin gelangte die X._ AG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht, welches diese mit Urteil vom 3. Juni 2004 teilweise guthiess und die Sache zur neuen Beurteilung an das Grundbuchinspektorat zurückwies. Das Bundesgericht hielt fest, das Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (BewG; SR 211.412.41) gebe den Verwaltungsbehörden die Möglichkeit, die Wohnungseigentümer unter Androhung des Bewilligungswiderrufs zu ermahnen, bestimmte, von den Verwaltungsbehörden inhaltlich festgelegte Änderungen der Mietverträge zu akzeptieren (Urteil 2A.617/2003, auszugsweise publ. in BGE 130 II 290). B.d Mit Verfügung vom 6. Dezember 2004 erkannte das Grundbuchinspektorat, die Auflagen aus der Grundsatzbewilligung seien bezüglich Mietzinsen und Regelung der Eigenbelegung rückwirkend auf den 1. Dezember 2002 dem Mietvertragsentwurf gemäss Gutachten der SGH vom 20. November 2002 anzugleichen, unter ausdrücklicher Androhung des Widerrufs der Erwerbsbewilligungen im Weigerungsfalle. Gemäss diesem Gutachten soll das Hotel dann wirtschaftlich geführt werden können, wenn das an die Eigentümer zu entrichtende Vermietungsentgelt den Satz von 16 % des Bruttobeherbergungsertrages nicht übersteige und die Selbstnutzung durch die Eigentümer strenger geregelt werde. Da das Grundbuchinspektorat zur Auffassung kam, dieses habe für die Wohnungseigentümer einen unzumutbaren Verlust aus der Vermietung zur Folge, hob es die Bewirtschaftungsauflagen für die Parteien per Datum seiner Verfügung auf (Ziff. 3 des Verfügungsdispositivs). Sodann stellte es fest, dass der Hotelbetriebsgesellschaft keinerlei Entschädigungen als Ausgleich für den Widerruf der Bewirtschaftungsauflagen zugesprochen würden (Ziff. 4 des Verfügungsdispositivs). Das Verwaltungsgericht wies eine gegen Ziff. 3 und 4 des Dispositivs der Verfügung des Grundbuchinspektorats erhobene Beschwerde der X._ AG mit Urteil vom 12. April 2005 ab. Das Bundesgericht wies die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen dieses Urteil am 16. Dezember 2005 ebenfalls ab (2A.433/2005, auszugsweise publ. in BGE 132 II 171). C. C.a In der Folge kam es zwischen den Eigentümern und der X._ AG zu Auseinandersetzungen bezüglich der Entschädigung für die hotelmässige Inanspruchnahme ihrer Apartwohnungen. Zusammen mit weiteren Stockwerkeigentümern gelangten die Eigentümer am 22. November 2006 an das Bezirksgericht Surselva mit dem im Laufe des Verfahrens abgeänderten Begehren, die X._ AG sei zu verpflichten, ihnen den Mietzins für die Bewirtschaftung ihrer Wohnungen im Aparthotel vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 von insgesamt Fr. 17'270.20 nebst 5 % Zins seit dem 1. Dezember 2003 zu bezahlen, sowie Fr. 103'225.55 nebst 5 % Zins seit dem 1. August 2005 für die Beherbergungen in ihren Wohnungen vom 7. Dezember 2004 bis zur Schliessung des Hotelbetriebes im April 2006. Die X._ AG erhob ihrerseits Widerklage mit dem im Laufe des Verfahrens abgeänderten Begehren, die Eigentümer seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, ihr Fr. 142'652.60 oder einen Betrag nach richterlichem Ermessen zuzüglich 5 % Zins ab dem 7. Dezember 2004 zu bezahlen, eventualiter einen nach ihrer Wertquote entsprechenden oder nach richterlichem Ermessen bestimmten Betrag. C.b Das Verfahren wurde zunächst auf die Frage der örtlichen Zuständigkeit beschränkt, welche schliesslich mit Bundesgerichtsentscheid vom 16. Mai 2008 namentlich für die Kläger bejaht wurde (Urteil 4A_133/2008, auszugsweise publ. in BGE 134 III 475). Mit Urteil vom 12. Juli 2010 hiess das Bezirksgericht Surselva die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, den Klägern für die vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 an deren Apartwohnungen vorgenommene Bewirtschaftung Fr. 17'270.20 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. Dezember 2003 zu bezahlen. Die Widerklage wurde abgewiesen. C.c Das Kantonsgericht von Graubünden hiess mit Urteil vom 25. Januar 2011 sowohl die Berufung der Beklagten wie auch die Berufung der Kläger teilweise gut und entschied, die Beklagte habe den Klägern für die Bewirtschaftung von deren Wohnungen für die Zeit vom 1. Dezember 2002 bis zum 6. Dezember 2004 den Betrag von Fr. 16'710.70 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. Dezember 2003 und für die Zeit vom 7. Dezember 2004 bis zum 30. April 2006 den Betrag von Fr. 16'725.55 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. September 2005 zu bezahlen. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden vom 25. Januar 2011 sei in dem Sinne zu ändern, dass ihre kantonale Berufung gutgeheissen und die kantonale Berufung der Kläger abgewiesen werde. Dementsprechend seien die Kläger in Gutheissung ihrer Widerklage zu verpflichten, ihr Fr. 87'027.60 oder einen Betrag nach richterlichem Ermessen zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 7. Dezember 2004 zu bezahlen, eventualiter seien die Kläger gemäss ihrer Wertquote zur Bezahlung der Beträge von Fr. 10'282.80 (Kläger 1), Fr. 10'282.80 (Kläger 2), Fr. 43'398.-- (Kläger 3), Fr. 8'778.-- (Kläger 4) und Fr. 1'286.-- (Kläger 5) oder einen nach richterlichem Ermessen anteilsmässigen Betrag zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 7. Dezember 2004 zu verurteilen, eventuell sei die Sache zur Festlegung der Entschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie stellt ausserdem den Verfahrensantrag, es sei ein gerichtliches Gutachten anzuordnen für den Fall, dass das Bundesgericht in der Sache selbst entscheide. Die Kläger und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde.