Sachverhalt: A. X._, geboren 1940, und Y._, geboren 1941, heirateten im Jahre 1995. Sie haben keine gemeinsamen Kinder. Mit Kaufvertrag vom 8. Dezember 1993 erwarben sie die Liegenschaft ... Grundbuchblatt Nr. 1353 zu hälftigem Miteigentum. Der Kaufpreis betrug Fr. 910'000.--. B. Am 1. März 2004 verliess X._ den gemeinsamen Haushalt. Die Ehegatten unterzeichneten am 3. Juni 2004 eine Scheidungskonvention, mit welcher sie die Scheidung ihrer Ehe gestützt auf Art. 111 ZGB vorsahen und die Nebenfolgen regelten. Sie erklärten sich mit den heutigen Besitzverhältnissen als güterrechtlich auseinander gesetzt. Der Verkauf der gemeinsamen Liegenschaft in ... wurde zum bestmöglichsten Preis angestrebt und die Ablösung der hypothekarischen Belastung sowie die Rückzahlung eines Darlehens festgelegt. Eine Kaufpreisrestanz sollte bei X._ verbleiben, welche auch eine allfällige Grundstückgewinnsteuer zu übernehmen hatte. Y._ bevollmächtigte X._ mit dem Verkauf des Hauses und erteilte ihr entsprechend Vollmacht. Als Makler sollte A._ walten. Der Auszug von Y._ aus der von ihm noch genutzten Liegenschaft wurde im einzelnen festgelegt. Infolge ganz oder teilweisen Eintritts des Vorsorgefalles wurde auf die Teilung der Austrittsleistung aus der beruflichen Vorsorge verzichtet. Y._ verpflichtete sich bei Fälligkeit seiner Kaderversicherung einen Betrag von Fr. 30'000.-- an X._ zu leisten. Mit dieser Zahlung und der Veräusserung der gemeinsamen Liegenschaft erklärten sich die Ehegatten per Saldo aller Ansprüche als gegenseitig auseinander gesetzt und befriedigt, und zwar unabhängig vom Verkaufspreis der Liegenschaft. Beide Parteien verzichteten gegenseitig auf nachehelichen Unterhalt. C. Am 18. Juni 2004 liessen die Parteien die Scheidungskonvention dem Gerichtspräsidenten des Gerichtskreises II Biel-Nidau zukommen, worauf dieser mit Verfügung vom 21. Juni 2004 festhielt, dass das Verfahren nach Art. 111 ZGB zur Anwendung gelange. Am 2. Juli 2004 unterzeichnete X._ für sich und kraft Vollmacht in der Scheidungskonvention für Y._ einen Kaufvertrag mit B._ und C._ über die Liegenschaft der Parteien in .... Der Kaufpreis wurde auf Fr. 888'000.-- festgesetzt und gemäss der Scheidungskonvention verwendet. Die X._ zustehende Kaufpreisrestanz betrug Fr. 565'319.95. Y._ wurde am 5. Juli 2004 vom beurkundenden Notar über den Kaufvertrag in Kenntnis gesetzt. Die Handänderung der verkauften Liegenschaft im Kreisgrundbuchamt II Biel-Nidau erfolgte am 6. Oktober 2004. D. Am 6. Oktober 2004 widerrief X._ ihre Zustimmung zur Scheidungskonvention, hielt indes am gemeinsamen Scheidungsbegehren fest. Diese Erklärung bekräftigte sie anlässlich der gleichentags vor dem Gerichtspräsidenten des Gerichtskreises II Biel-Nidau anberaumten Anhörung der Parteien. Nach Ablauf der zweimonatigen Bedenkfrist bestätigten X._ und Y._ ihren Scheidungswillen. Mit Urteil vom 30. August 2007 schied der Gerichtspräsident die Ehe der Parteien und verpflichtete Y._ zur Zahlung von Fr. 30'000.-- als Entschädigung gemäss Art. 124 ZGB an X._ und stellte fest, dass die Ehegatten güterrechtlich auseinander gesetzt seien. E. Gegen das erstinstanzliche Scheidungsurteil gelangten beide Seiten an das Obergericht des Kantons Bern. Y._ schloss in seiner Appellation auf Aufhebung der Entschädigungszahlung von Fr. 30'000.--. X._ machte in ihrer Appellation unter dem Titel Güterrecht eine Forderung von Fr. 213'544.-- plus Zinsen und in ihrer Anschlussappellation eine höhere Entschädigungszahlung geltend. Im Verlaufe des Verfahrens zogen beide Seiten ihre Anträge betreffend die Entschädigungszahlung zurück. Mit Urteil vom 27. März 2008 stellte das Obergericht fest, dass das erstinstanzliche Urteil im Scheidungspunkt und betreffend die Entschädigungszahlung in Rechtskraft erwachen sei und stellte im Übrigen fest, dass die Parteien güterrechtlich auseinander gesetzt seien. F. X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Juni 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils im güterrechtlichen Punkt und betreffend die Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie die Rückweisung der Sache an die Erst- oder Vorinstanz zur Durchführung der güterrechtlichen Auseinandersetzung und zur Neuregelung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Verfahrens. Y._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.