Sachverhalt: A. X._ ist teilweise als selbständiger Landwirt auf seinem Betrieb in Z._ tätig und bezieht zudem eine Invalidenrente sowie ein Taggeld nach UVG. Er lebt von seiner Ehefrau getrennt und das Scheidungsverfahren ist bereits im Gang. Seine beiden Kinder, geboren in den Jahren 1991 und 1992, leben bei der Mutter. B. Mit Eingabe vom 24. April 2008 an das Kantonsgericht Appenzell Ausserrhoden erklärte sich X._ für zahlungsunfähig und beantragte die Konkurseröffnung über sein Vermögen. Nach Einholung verschiedener Unterlagen wies der Einzelrichter das Gesuch am 23. Mai 2008 ab. Er bejahte die Aussicht auf eine Schuldenbereinigung und erachtete das Gesuch überdies als rechtsmissbräuchlich. C. Daraufhin gelangte X._ an das Obergericht von Appenzell Ausserrhoden, welches seine Appellation am 1. September 2008 abwies. Der Einzelrichter verneinte zwar die Aussicht auf eine Schuldenbereinigung, beurteilte indessen das Gesuch als offensichtlich rechtsmissbräuchlich. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. Oktober 2008 beantragt X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheides und die Eröffnung des Konkurses über sein Vermögen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.