Sachverhalt: Sachverhalt: A. Während Jahren vertrieb die A._ AG (Beklagte) in der Schweiz die Produkte der C._ GmbH mit Sitz in Deutschland. Dabei bezog die Beklagte die Produkte der C._ GmbH zunächst von der ebenfalls in Deutschland domizilierten D._ & Co. KG. Zu diesem Zweck wurde im Jahr 1959 zwischen der C._ GmbH - vertreten durch die D._ & Co. KG - sowie der Beklagten ein Vertrag abgeschlossen, welcher der Beklagten das Alleinvertriebsrecht für alle Produkte der C._ GmbH in der Schweiz sicherte. Im Jahr 1974 wurde die Belieferung des Schweizer Marktes auf eine neue Grundlage gestellt. Zu diesem Zweck gründete die C._ GmbH die B._ GmbH mit Sitz in Baselland (Klägerin). In der Folge wurden zwischen den Beteiligten zwei neue Verträge abgeschlossen. In einem ersten Vertrag vom 24. Oktober 1974 vereinbarten die D._ & Co. KG und die Klägerin u.a., dass die Klägerin den Vertrieb der von der D._ & Co. KG angebotenen Arzneimittelspezialitäten übernehme, insbesondere den Vertrieb der Produkte der C._ GmbH (sog. Liefervertrag). Mit dem zweiten Vertrag ebenfalls vom 24. Oktober 1974 zwischen der Klägerin und der Beklagten wurde der Beklagten das Alleinvertriebsrecht eingeräumt über alle von der Klägerin angebotenen Arzneimittelspezialitäten der C._ GmbH (sog. Alleinvertriebsvertrag). Einziger Verwaltungsrat und gleichzeitig Hauptaktionär der Beklagten war E._. Seine Söhne F._ und G._ sowie seine Ehefrau gehörten zur Geschäftsleitung der Beklagten. Gleichzeitig waren E._ sowie seine beiden Söhne F._und G._ auch Verwaltungsräte und Geschäftsleiter der Klägerin. In den Jahren 1987/1988 kam es zu Unstimmigkeiten zwischen den Parteien, worauf G._ mit sofortiger Wirkung als Geschäftsführer der Klägerin freigestellt wurde. Wenig später wurden E._ und sein Sohn G._ aus dem Verwaltungsrat der Klägerin abgewählt. In der Folge beauftragte der Verwaltungsrat der Klägerin eine Treuhandgesellschaft mit der eingehenden Prüfung der Buchhaltung für die Jahre 1978-1988. Gestützt auf den Bericht der Treuhandgesellschaft wurde der Alleinvertriebsvertrag vom 24. Oktober 1974 von der Beklagten am 31. Mai 1989 fristlos gekündigt. In der Folge beauftragte der Verwaltungsrat der Klägerin eine Treuhandgesellschaft mit der eingehenden Prüfung der Buchhaltung für die Jahre 1978-1988. Gestützt auf den Bericht der Treuhandgesellschaft wurde der Alleinvertriebsvertrag vom 24. Oktober 1974 von der Beklagten am 31. Mai 1989 fristlos gekündigt. B. Ebenfalls gestützt auf diesen Bericht verlangte die Klägerin mit Klage vom 30. Januar 1992, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 1'829'614.12 zuzüglich Zins zu verpflichten. Die Beklagte beantragte, auf die Klage sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Mit Urteil vom 20. März 2000 verurteilte das Zivilgericht Basel-Stadt die Beklagte, der Klägerin Fr. 633'615.26 zuzüglich Zins zu bezahlen. Gegen dieses Urteil erhoben beide Parteien Appellation beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Mit Urteil vom 5. Dezember 2001 bestätigte das Appellationsgericht das erstinstanzliche Urteil. B. Ebenfalls gestützt auf diesen Bericht verlangte die Klägerin mit Klage vom 30. Januar 1992, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 1'829'614.12 zuzüglich Zins zu verpflichten. Die Beklagte beantragte, auf die Klage sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Mit Urteil vom 20. März 2000 verurteilte das Zivilgericht Basel-Stadt die Beklagte, der Klägerin Fr. 633'615.26 zuzüglich Zins zu bezahlen. Gegen dieses Urteil erhoben beide Parteien Appellation beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Mit Urteil vom 5. Dezember 2001 bestätigte das Appellationsgericht das erstinstanzliche Urteil. C. Mit Berufung vom 13. Juni 2002 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, in Abänderung des Urteils des Appellationsgerichtes Basel-Stadt vom 5. Dezember 2001 sei die im Umfang von CHF 335'954.86 gutgeheissene Forderung unter dem Titel "Falscher Rabattsatz" vollumfänglich abzuweisen und es sei die unter dem Titel "Direktlieferung" geltend gemachte Gegenforderung von CHF 65'466.00 gutzuheissen und zur Verrechnung zuzulassen. Eventuell sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhaltes und zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Klägerin beantragt, auf die Berufung sei nicht einzutreten, soweit sie sich auf die Forderungsposition "Falscher Rabattsatz" beziehe; eventuell sei die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Appellationsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Urteil vom 11. Oktober 2002 ist die gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen worden.