Sachverhalt: A. Der 1971 geborene J._ begab sich wegen Alkohol-Abhängigkeit und depressiven Zustandsbilds erstmals vom 7. Mai bis 16. Juli 2007 in der Klinik X._ in stationäre Behandlung. Es folgten weitere Aufenthalte vom 1. September bis 30. November 2007 und vom 27. Juni bis 27. Juli 2008. Anlässlich des Letzten diagnostizierten die Assistenzärztin H._ und der Oberarzt Dr. med. P._ zusätzlich eine seit der Jugendzeit bestehende kombinierte Persönlichkeitsstörung mit schizoiden und zwanghaften (und narzisstischen) Persönlichkeitsanteilen ICD-10 F 61.0 (Bericht vom 15. Oktober 2008). Wegen gemischter Persönlichkeitsstörung und Alkohol-Abhängigkeit meldete die Klinik J._ am 22. Juli 2007 bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau zur Früherfassung an. Nach weiteren stationären Aufenthalten liess die IV-Stelle ihn durch Dr. med. L._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, psychiatrisch begutachten. Gestützt auf dessen Bericht vom 16. Dezember 2011 sprach sie J._ mit Verfügung vom 21. August 2012 rückwirkend für die Zeit vom 1. Mai 2008 bis 30. September 2011 eine befristete ganze Invalidenrente zu. B. Auf Beschwerde hin und nach vorgängig gewährter Möglichkeit des Beschwerderückzugs änderte das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Verfügung mit Entscheid vom 13. Februar 2013 dahingehend, als es den Rentenbeginn auf den 1. Januar 2009 festsetzte. C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und um unbefristete Ausrichtung der Invalidenrente, eventualiter Rückweisung an das kantonale Gericht oder an die Verwaltung zu neuem Entscheid, ersuchen. Zugleich wird ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gestellt.