Sachverhalt: A. A.a Der 1968 geborene J._ arbeitete vom 1. Juli 2002 bis 31. Mai 2004 als Elektromonteur bei der Firma E._ AG und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Zudem war er bei der Baugenossenschaft A._ im Rahmen eines Nebenerwerbs zusammen mit seiner Ehefrau seit 1. Oktober 2001 als Hauswart angestellt; ab 1. Januar 2005 übte nur noch die Ehefrau diese Tätigkeit aus. Am 20. Dezember 2003 erlitt der Versicherte bei einer Auffahrkollision eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Zur Abklärung der Verhältnisse holte sie diverse Arztberichte ein. Mit Schreiben vom 1. November 2005 reduzierte sie die Taggeldleistungen ab 1. Januar 2006 von 100 % auf 50 % und stellte sie ab 1. März 2006 gänzlich ein. Am 30. März 2006 verlangte der Versicherte die Ausrichtung der ihm zustehenden Taggelder und die Prüfung der Rentenfrage unter Einholung eines polydisziplinären Gutachtens. Ab 1. Mai 2006 absolvierte er in einer Firma ein sechsmonatiges Wiedereingliederungsprogramm. Mit Verfügung vom 19. Oktober 2006 stellte die SUVA die Versicherungsleistungen per sofort ein, da kein objektivierbarer organischer Gesundheitsschaden vorliege und der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 20. Dezember 2003 und den anhaltenden Beschwerden zu verneinen sei; es bestehe kein Anspruch auf Invalidenrente und/oder Integritätsentschädigung. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2006 bestätigte sie das Schreiben vom 1. November 2005 betreffend Taggelder. Gegen die Verfügungen vom 19. Oktober und 15. Dezember 2006 erhob der Versicherte Einsprache. Sein Krankenversicherer erhob gegen erstere Verfügung Einsprache, zog sie aber in der Folge zurück. Mit Entscheid vom 6. August 2007 wies die SUVA die Einsprache gegen die Verfügung vom 19. Oktober 2006 ab; in teilweiser Gutheissung der Einsprache gegen die Verfügung vom 15. Dezember 2006 sprach sie dem Versicherten ab 1. März bis 19. Oktober 2006 weiterhin halbe Taggeldleistungen zu und stellte sie danach ein. A.b Mit Verfügungen vom 11. Februar 2008 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem Versicherten ab 1. Dezember 2004 bis 31. März 2006 eine ganze Invalidenrente (Invaliditätsgrad 100 %) und ab 1. April bis 31. Mai 2006 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu. Mit Verfügungen vom 24. April 2008 sprach sie ihm ab 1. Juni 2006 bis 31. Januar 2007 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 50 %) zu. Die gegen diese Verfügungen eingereichten Beschwerden wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab, nachdem es die beiden Verfahren vereinigt und den Versicherten auf eine mögliche reformatio in peius hingewiesen hatte; es hob diese Verfügungen auf, soweit ihm damit über den 31. Januar 2006 hinaus eine Rente zugesprochen wurde (Entscheid vom 6. Februar 2009). Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_362/2009. B. Die gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 6. August 2007 eingereichte Beschwerde hiess das kantonale Gericht in dem Sinne teilweise gut, als es ihn dahingehend aufhob und feststellte, dass der Versicherte vom 1. Januar bis 31. März 2006 Anspruch auf Taggelder auf der Basis einer 100%igen und vom 1. April bis 19. Oktober 2006 auf der Basis einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit habe. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 6. Februar 2009). C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm ab 20. Oktober 2006 die Versicherungsleistungen gemäss UVG (Heilbehandlungskosten, Unfalltaggelder) auszurichten; die SUVA sei anzuhalten, ein verwaltungsunabhängiges polydisziplinäres Gutachten einzuholen und danach die Rentenfrage zu prüfen; es sei ein zweiter Schriftenwechsel durchzuführen. Er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Gesundheit (BAG) auf Vernehmlassung verzichtet.