Sachverhalt: A. Das Bundesamt für Zivilluftfahrt genehmigte mit Verfügung vom 29. März 2005 ein so genannt vorläufiges Betriebsreglement für den Flughafen Zürich, das die Flughafen Zürich AG am 31. Dezember 2003 vorgelegt hatte. Gemäss der Rechtsmittelbelehrung begann die Beschwerdefrist bei persönlicher Eröffnung an die Parteien an dem auf die Eröffnung folgenden Tag, für übrige Betroffene an dem auf die Publikation folgenden Tag zu laufen. Weiter enthielt die Rechtsmittelbelehrung einen Hinweis auf den Stillstand der Beschwerdefrist vom siebten Tag vor bis und mit dem siebten Tag nach Ostern. Der Ostersonntag fiel auf den 27. März 2005; der Fristenstillstand endete am 3. April 2005. B. Die Verfügung des Bundesamts wurde dem Regierungsrat des Kantons Aargau am 30. März 2005 zugestellt. Dieser beschwerte sich hiergegen mit Eingabe vom 29. April 2005 bei der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt. Die Beschwerde wurde allerdings erst am 4. Mai 2005 der Post übergeben. Die Rekurskommission trat mit Entscheid vom 25. August 2005 auf die Beschwerde wegen verspäteter Erhebung nicht ein; die Frist sei am 3. Mai 2005 abgelaufen. In diesem Entscheid wurde gleichzeitig auf eine parallele Beschwerde von zwei anderen Beschwerdeführern nicht eingetreten. C. Gegen den Entscheid der Rekurskommission hat der Kanton Aargau am 22. September 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Die Rekurskommission ersucht um Abweisung der Beschwerde.