Sachverhalt: A. A. X._ betreibt in Zollikofen die Einzelfirma C._; über diese betreibt er einen Handel mit elektrotechnischen Artikeln und Verbindungselementen. Er ist zudem Inhaber der D._ AG, welche neben der Verarbeitung, Herstellung und Handel sowie Import und Export von technischen Lederwaren etc. das Führen eines Geschäfts der Litho-, Werbe- und Verpackungsbranche bezweckt. Nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Bern festgestellt hatte, dass A.X._ in seinen persönlichen Steuererklärungen ein Aktionärspassivdarlehen bzw. ein Guthaben von rund 1,66 Millionen Franken gegenüber der D._ AG nicht als Vermögen deklariert hatte, eröffnete sie gegen ihn und seine Ehefrau u.a. ein Nachsteuerverfahren. Mit Verfügung vom 18. Februar 2005 erhob die Steuerverwaltung des Kantons Bern bei A.X._ und B. X._ bei der Direkten Bundessteuer für die Jahre 1995 bis 2001 eine Nachsteuer im Betrag von Fr. 266'997.10. Eine Einsprache der Steuerpflichtigen blieb ohne Erfolg; ihre Beschwerde wurde am 11. Dezember 2007 von der Rekurskommission des Kantons Bern abgewiesen. B. Gegen den Entscheid der Rekurskommission gelangten die Steuerpflichtigen am 15. Januar 2008 entsprechend der Rechtsmittelbelehrung mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses übermittelte die Beschwerde mit Verfügung vom 11. März 2008 dem Bundesgericht; das gleichzeitig hängige Rekursverfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wurde bis zum Entscheid des Bundesgerichts über die Direkte Bundessteuer eingestellt. Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen.