Sachverhalt: A. A.a Der 1951 geborene B._ bezog seit November 1970 wegen einer Epilepsie und einer Oligophrenie eine ganze Rente der Invalidenversicherung, welche über die Jahre wiederholt revisionsweise bestätigt wurde. Im Rahmen einer (weiteren) Revision von Amtes wegen liess die nach einem Wohnortswechsel seit November 2005 zuständige IV-Stelle Bern B._ im Medizinischen Abklärungsinstitut X._ inderdisziplinär abklären. In neurologischer Hinsicht liess sich ein früher bestehendes Anfallsleiden vermuten, eine Erkrankung mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit wurde diesbezüglich nicht diagnostiziert. Ebenso wenig wurde die Diagnose einer Oligophrenie, allerdings bei tief normaler Intelligenz, bestätigt, sodass aus interdisziplinärer Sicht mindestens seit den späten Neunzigerjahren die Arbeitsfähigkeit nicht eingeschränkt sei. Körperliche Anstrengungen seien einzig auf zu hebende und zu tragende Lasten unter 10 bis 15 kg, sowie auf Arbeiten ohne eigene oder fremde Gefährdung bei Auftreten eines allfälligen epileptischen Anfalls zu limitieren (Gutachten vom 26. Juni 2007). Die daraufhin von der IV-Stelle gewährte Beratung und Unterstützung bei der Stellensuche wurde mangels Kooperation des Versicherten eingestellt. Nach Einholung einer Stellungnahme ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) hob die IV-Stelle verfügungsweise am 22. Februar 2010 die ganze Invalidenrente auf. A.b Nachdem das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die dagegen geführte Beschwerde gutgeheissen und die Sache zwecks Durchführung erforderlicher beruflicher Rehabilitationsmassnahmen für die erwerbliche Verwertbarkeit der wiedergewonnenen vollständigen Arbeitsfähigkeit an die Verwaltung zurückgewiesen hatte (Entscheid vom 18. November 2010), gewährte die IV-Stelle die ganze Invalidenrente vorläufig weiter und veranlasste eine arbeitsmarktlich-medizinische Abklärung (AMA) in der Genossenschaft Y._ (Bericht vom 2. September 2011). Mit Verfügung vom 30. November 2011 hob die IV-Stelle die ganze Invalidenrente auf das Ende des der Zustellung folgenden Monats auf und schloss mit Verfügung vom 6. Dezember 2011 die beruflichen Massnahmen ab. B. Die gegen die Verfügung vom 30. November 2011 geführte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 29. März 2012 ab. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einreichen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihm ab 1. Februar 2012 weiterhin eine ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz bzw. an die IV-Stelle Bern zurückzuweisen. Ferner wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.