Sachverhalt: A. Am 22. Juli 2005 wurde X._ festgenommen, nachdem A._ ihn beschuldigte hatte, sie am 17. Juli vergewaltigt zu haben. Am folgenden Tag wurde A._ mittels Videobefragung einvernommen. Im Anschluss daran wurde X._ zum Vergewaltigungsvorwurf befragt und freigelassen. B. Vom 26. August bis 6. September 2005 war X._ in Untersuchungshaft wegen des Verdachts, am 11. März und 14. Juli 2005 an zwei Raubüberfällen gegen Tankstellen teilgenommen zu haben. Am 25. September 2007 erhob die Staatsanwaltschaft Anklage wegen Vergewaltigung sowie wegen Teilnahme an einem Raubüberfall. C. Am 19. Dezember 2007 wurde X._ wegen Drogenbesitzes verhaftet und am 21. Dezember 2007 aus der Haft entlassen. Am 21. Januar 2008 wurde er in diesem Zusammenhang erneut verhaftet. Mit Verfügung vom 4. Februar 2008 wurde ihm der vorzeitige Strafantritt bewilligt. Am 14. März 2008 erhob die Staatsanwaltschaft Zusatzanklage betreffend des Vorwurfs der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. D. Am 1. April 2008 fand die Hauptverhandlung statt. Der Präsident der 2. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich ordnete Beweisergänzungen an, u.a. die Einvernahme der Geschädigten A._ als Zeugin. E. Am 2. April 2008 ersuchte X._ um Haftentlassung. Diesen Antrag wies der Haftrichter am Bezirksgericht Zürich mit Verfügung vom 10. April 2008 ab. Der Haftrichter bejahte Kollusionsgefahr aufgrund der vom Bezirksgericht angeordneten erneuten Befragung von A._. Am 6. Mai 2008 hiess das Bundesgericht die dagegen gerichtete Beschwerde von X._ gut, weil keine Kollusionsgefahr vorliege. Es wies die Sache zur Prüfung allfälliger weiterer Haftgründe an den Haftrichter zurück. F. Mit Verfügung vom 15. Mai 2008 wies der Haftrichter am Bezirksgericht Zürich das Gesuch um Entlassung aus dem vorzeitigen Strafantritt erneut ab, diesmal gestützt auf Fluchtgefahr und Wiederholungsgefahr. Dagegen hat X._ am 20. Mai 2008 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und er sei aus der Haft zu entlassen. Eventualiter seien die zuständigen kantonalen Behörden anzuweisen, angemessene Auflagen oder Ersatzmassnahmen mit der Haftentlassung zu verbinden. Überdies beantragt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. G. Die Staatsanwaltschaft und der Haftrichter haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.