A.- Der 1953 geborene Z._ ersuchte im Mai 1995 die Invalidenversicherung um berufliche Massnahmen, insbesondere Umschulung zum Naturarzt. Mit Verfügung vom 26. April 1996 lehnte die IV-Stelle Nidwalden das Leistungsbegehren ab, was das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 23. September 1996 bestätigte. Auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde hob das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 2. Februar 1998 Entscheid und Verfügung auf und wies die Sache zur Neubeurteilung, nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen, an die Verwaltung zurück. Gestützt auf den Arztbericht des Dr. med M._, FMH Innere Medizin speziell Rheumaerkrankungen, vom 8. April 1998 sowie den Schlussbericht des Berufsberaters vom 25. Juni 1998 lehnte die IV-Stelle mit Verfügung vom 2. Oktober 1998 den Anspruch auf Umschulung zum Naturarzt erneut ab. B.- Die von Z._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 31. Mai 1999 ab. C.- Z._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit den Rechtsbegehren, in Aufhebung von Entscheid und Verfügung sei die Sache zur ergänzenden medizinischen und berufsberaterischen Abklärung an die Verwaltung zurückzuweisen; im Weitern sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, im Eventualstandpunkt bei Gutheissung des Rechtsmittels das Absehen von der Auferlegung von Kosten. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat keine Vernehmlassung eingereicht. D.- Mit Eingabe vom 12. Oktober 2000 hat Z._ das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege zurückziehen lassen.