Sachverhalt: A. X._ (geb. 1959), verheiratet mit Y._, ist von der Z._ AG (mit Hauptsitz in Bern und einer Zweigniederlassung in Freiburg [mit Sitz bei der A._ AG]) als eidg. Wirtschaftsprüferin angestellt. Die Z._ AG - sie erbringt u.a. Dienstleistungen in den Bereichen Treuhand, Revisionen, Expertisen und Buchführungen - war im Herbst 2000 von einer GmbH in eine Aktiengesellschaft umgewandelt worden. X._ war bereits Gesellschafterin bei der GmbH, und sie übernahm bei der Gründung der AG 45 Aktien im Nominalwert von je Fr. 1'000.--. Schon damals war sie sowohl bei der Z._ AG als auch bei der A._ AG als Angestellte tätig. Mit Darlehensvertrag vom 8. September 2000 gewährte die Z._ AG X._ ein innerhalb von 6 Monaten beidseitig kündbares, jährlich mit 3,5 % zu verzinsendes Darlehen in der Höhe von Fr. 45'000.--. Dieses Darlehen deklarierten die Eheleute XY._ fortan regelmässig in ihren Steuererklärungen. Im Übrigen schloss X._ mit der A._ AG eine Vereinbarung ab, wonach sie erklärte, sowohl Eigentümerin von 45 Aktien (mit einem Nominalwert von Fr. 1'000.--) der Z._ AG als auch deren Darlehensnehmerin (über Fr. 45'000.--) zu sein. Dabei verpflichtete sich die A._ AG, die genannten Aktien auf Verlangen, spätestens aber beim Austritt der Aktionärin aus den Diensten der Gesellschaft, zu einem Preis von Fr. 1'000.-- pro Stück zu erwerben und den Kaufpreis direkt an die Z._ AG zur Tilgung des Darlehens zu bezahlen. X._ verpflichtete sich ihrerseits, die genannten Aktien spätestens bei ihrem Austritt aus den Diensten der Gesellschaft zum selben Preis an die A._ AG zu verkaufen, wobei der Kaufpreis an die Z._ AG zur Tilgung des Darlehens bezahlt werden solle. Die gleiche Vereinbarung betraf auch die beiden anderen Aktionäre der Z._ AG (B._, Bremgarten [Anzahl Aktien: 45 à Fr. 1'000.--, Darlehenssumme Fr. 45'000.--] und C._, Givisiez [Anzahl Aktien: 10 à Fr. 1'000.--, Darlehenssumme Fr. 10'000.--]). Mit Verfügung vom 16. Dezember 2004 der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg wurde das steuerbare Einkommen von X._ für das Steuerjahr 2003 mit Fr. D.-- (betreffend die direkte Bundessteuer) bzw. mit Fr. E.-- (betreffend die Kantonssteuer) veranlagt. Diese Veranlagung blieb unangefochten. B. Anfangs 2006 wurde die Z._ AG von der Steuerverwaltung des Kantons Bern für die Gewinn- und Kapitalsteuer der Steuerperiode 2003 veranlagt. Dabei wurde unter dem Titel "Simuliertes Darlehen X._" ein Betrag von Fr. 45'000.-- aufgerechnet. Entsprechende Aufrechnungen wurden auch bezüglich der übrigen Aktionärsdarlehen vorgenommen. Zur Begründung dieser Aufrechnungen führte die Steuerverwaltung des Kantons Bern aus: "Stellt das simulierte Darlehen eine zivilrechtlich untersagte Einlagenrückgewähr dar, unterliegen die geldwerten Leistungen in vollem Umfang der Einkommenssteuer. Eine Rückleistung von Kapitalanteilen einer Aktiengesellschaft an den Anteilinhaber ist nur bei einer förmlichen Kapitalherabsetzung (Art. 732 OR) oder einer Liquidation (Art. 745 OR) steuerfrei (Bgr. in StE 1997 B 24.4 Nr. 43)". Diese Veranlagung erwuchs in Rechtskraft. C. Am 5. September 2006 informierte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die freiburgischen Steuerbehörden über die Veranlagung der Z._ AG und insbesondere über die darin vorgenommene Aufrechnung simulierter Darlehen. Gestützt auf diese Meldung eröffnete die freiburgische Veranlagungsbehörde X._ am 21. September 2006 eine "berichtigte" Veranlagungsverfügung ("Taxation: Definitive Rectifiée") mit einer Aufrechnung von Fr. 45'000.-- für das Steuerjahr 2003, und zwar mit folgenden Bemerkungen ("Remarques"): "Nous avons rajouté une somme de Fr. 45'000.-- sous code 3.41. Cette reprise est considérée comme répartition dissimulée de bénéfices suite au contrôle des comptes de la société A._ AG par le Service des personnes morales du canton de Berne". Eine gegen diese Verfügung erhobene Einsprache von X._ wies die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg mit Entscheid vom 23. Januar 2007 sowohl hinsichtlich der Kantonssteuer als auch der direkten Bundessteuer ab, und mit Urteil vom 30. Mai 2008 wies das Kantonsgericht Freiburg (Steuergerichtshof) Rekurs und Beschwerde gegen den Einspracheentscheid ebenfalls ab. D. Mit Eingabe vom 14. Juli 2008 führt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, den angefochtenen Entscheid sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch hinsichtlich der Kantonssteuer aufzuheben, unter Verzicht auf die Aufrechnung von Fr. 45'000.-- und mit entsprechender Reduktion des steuerbaren Einkommens auf Fr. D.-- (im Bund) bzw. Fr. E.-- (im Kanton). Die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht (Steuergerichtshof) des Kantons Freiburg schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen. Mit Eingabe vom 6. Mai 2009 hat sich X._ noch einmal unaufgefordert an das Bundesgericht gewandt und neue Beweismittel eingereicht.