Sachverhalt: A. Die SAirGroup verkaufte der Y._, nunmehr X._ im Dezember 2000 im Rahmen einer "Share Swap Transaction" 250'000 ihrer eigenen Aktien zum aktuellen Marktwert von Fr. 275 pro Aktie ("Initial Price"), total ausmachend Fr. 68,75 Mio ("Equity Notional Amount"). Der Vertrag sah ein "Cash Settlement", d.h. eine spätere Abrechnung über den endgültigen Kaufpreis vor ("Final Price"), indem die SairGroup einen Minderwert bzw. die X._ einen Mehrwert zwischen dem ursprünglichen Kaufpreis ("Initial Price") und dem sich aufgrund des Aktienkurses am Ende der Laufzeit bestimmenden Endabrechnungspreises auszugleichen hatte ("Capital Appreciation" bzw. "Capital Depreciation"). Der Zeitpunkt für das "Cash Settlement" wurde auf ein Jahr nach Vertragsunterzeichnung festgesetzt. Es bestand keine Rückkaufspflicht der SAirGroup am Ende der Laufzeit. Der Vertrag konnte von der SAirGroup jederzeit und von der X._ unter bestimmten Voraussetzungen vorzeitig gekündigt werden. Von diesem Recht machte die SAirGroup insofern Gebrauch, als sie im März 2001 eine Teilkündigung aussprach und von der X._ 50'000 Aktien zum Preis von Fr. 185 pro Aktie erwarb. Während der Laufzeit des Vertrages war die SAirGroup zur Zahlung von Zinszahlungen ("Floating Amounts") verpflichtet (LIBOR-Satz plus Spread). Die X._ hatte demgegenüber die als Aktionärin erhaltenen Dividenden an die SAirGroup abzuliefern. Zudem hatte die X._ Anspruch auf Ausgleichszahlungen ("Collaterals"), wenn der Börsenkurs der Aktien unter 50% des "Initial Price" fallen sollte, und umgekehrt hatte die X._ entsprechende Zahlungen an die SAirGroup zu erbringen, wenn der Aktienkurs wiederum auf über 60% dieses Wertes stieg. Die SAirGroup erbrachte im Jahr 2001 folgende "Collaterals": Fr. 28,25 Mio. am 11. April, Fr. 4,15 Mio. am 20. April, Fr. 2,7 Mio. Am 13. Juni, Fr. 2,9 Mio. am 18. Juni, Fr. 2,6 Mio. am 26. Juni, Fr. 3 Mio. am 21. August, Fr. 3,7 Mio. am 3. September, Fr. 2,9 Mio. Am 7. September, Fr. 2,6 Mio. am 17. September, Fr. 2,7 Mio. Am 19. September und Fr. 2,7 Mio. am 25. September 2001. Umgekehrt zahlte die X._ infolge Ansteigens des Aktienkurses am 4. Mai Fr. 3,8 Mio. und am 29. Juli Fr. 8,4 Mio. an die SairGroup. Am 5. Oktober 2001 wurde der SAirGroup die provisorische Nachlassstundung bewilligt; am 4. Dezember 2001 wurde sie in eine definitive umgewandelt. Im Rahmen eines am 22. Mai 2003 genehmigten Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung hat die SAirGroup ihr Vermögen an die Gläubiger abgetreten. B. Für die Differenz zwischen den vorgenannten "Collaterals" und den Rückzahlungen erhob die SAirGroup in Nachlassliquidation am 21. November 2005 eine Anfechtungsklage mit dem Begehren, die X._ sei zur Bezahlung von Fr. 46 Mio. nebst Zins zu 5% seit 20. Juni 2005 zu verpflichten. Mit Urteil vom 15. Mai 2008 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab. C. Gegen dieses Urteil hat die SAirGroup in Nachlassliquidation am 26. Juni 2008 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung und "Gutheissung der Klage", eventualiter um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht. In ihrer Vernehmlassung vom 15. Dezember 2008 verlangt die Beschwerdegegnerin, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen, subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.