Sachverhalt: A. K._, geboren 1959, erlitt am 29. September 2005 einen Arbeitsunfall. Er wurde aus offenbar nicht restlos geklärten Gründen durch eine abgelegte Betonfräsmaschine verletzt, wobei er sich am linken Knie eine 10cm lange Hautverletzung (schräg von lateral kranial nach medial kaudal oberhalb der Patella verlaufend) mit Quadrizepssehnendurchtrennung und an der linken Hand Wunden dorsal über dem Grundglied des Zeigefingers und in der Interdigitalfalte zwischen Daumen und Zeigefinger mit einer Durchtrennung des radialen Gefässnervenbündels des Zeigfingers und einer 50%igen Durchtrennung des radialen Strecksehnenapparates über der Grundphalanx des Zeigfingers zuzog. K._ wurde im Spital X._ operiert und am 5. Oktober 2005 nach komplikationslosem Verlauf und mit reizlosen Wundverhältnissen entlassen. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher er für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und entrichtete Taggelder. Nach einem Aufenthalt in der Klinik Y._ vom 14. März bis zum 11. April 2006 und einer kreisärztlichen Untersuchung durch Dr. med. W._ am 18. Juli 2006 schloss die SUVA den Fall ab und sprach dem Versicherten am 24. Oktober 2006 eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 13% und am 20. Februar 2007 unter Annahme, dass eine leidensangepasste Tätigkeit vollschichtig zumutbar sei, mit Wirkung ab 1. April 2007 eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 21% zu. Mit Einspracheentscheid vom 18. September 2007 bestätigte sie die beiden Verfügungen. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 5. Februar 2009 ab. C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an die SUVA zurückzuweisen. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.