Sachverhalt: A. Y._ (Kläger; Beschwerdegegner) schloss als Firmeninhaber der Einzelunternehmung Z._ mit der X._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) eine kollektive Krankentaggeldversicherung per 1. Juli 2010 ab. Am 1. September 2010 meldete er der Versicherung eine seit diesem Datum bestehende volle Arbeitsunfähigkeit wegen Krankheit. Die Versicherung richtete zunächst Krankentaggelder aus und tätigte Abklärungen. Mit Schreiben vom 24. März 2011 erklärte sie aufgrund einer Meldepflichtverletzung die sofortige Kündigung der Krankentaggeldversicherung und die Einstellung ihrer Leistungen. B. Am 14. September 2011 beantragte der Kläger dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, es sei festzustellen, dass zwischen den Parteien ein in allen Teilen rechtsgültiger Versicherungsvertrag bestehe, und es seien ihm von der Beklagten seit 1. Februar 2011 für maximal 591 verbleibende Tage Krankentaggelder auszurichten, vorerst Fr. 42'967.10 nebst Zins. Diesen Betrag erhöhte er im Verfahren für den Zeitraum bis 31. März 2012 auf Fr. 75'458.75. Zudem sei ihm die Auflösungsgebühr von Fr. 30.-- zurückzuerstatten. Die Beklagte verlangte die Abweisung der Klage und die Rückerstattung der bereits geleisteten Taggelder. Mit Urteil vom 15. Januar 2013 trat das Sozialversicherungsgericht auf das Feststellungsbegehren nicht ein und sprach dem Kläger Fr. 75'458.75 nebst Zins und Fr. 30.-- Auflösungsgebühren zu. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen verlangt die Beklagte vor Bundesgericht, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass zwischen den Parteien kein Versicherungsvertrag bestehe, eventuell eine Forderung gegenüber der Beklagten zu verneinen. Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, und eventuell, diese abzuweisen. Das Sozialversicherungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.