Sachverhalt: A. Die X._ AG focht die gegenüber ihr vom Kantonalen Steueramt Zürich bei der direkten Bundessteuer für die Periode von Juli 2005 bis Juni 2006 verfügte Veranlagung bis vor das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Das Gericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 3. März 2010 ab und trat dabei auf eine Eingabe der Gesellschaft, mit der diese auf die Beschwerdeantwort des Steueramtes repliziert hatte, nicht ein. B. Die X._ AG hat am 24. April 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils und macht u.a. eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs wegen des Nichteintretens auf ihre Replik geltend. C. Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.