Sachverhalt: A. Im Zusammenhang mit einem Verkehrsunfall vom 28. November 2007 kontrollierte die Stadtpolizei Zürich um ca. 02.45 Uhr X._ an seinem Wohnort in Zürich. Da sie ihn verdächtigte, den Unfall mit seinem Personenwagen in angetrunkenem Zustand verursacht zu haben, wurde ihm auf der Polizeiwache zwangsweise eine Blutprobe entnommen. Anschliessend verbrachte man ihn in die Ausnüchterungszelle. Die spätere Blutanalyse ergab einen Blutalkoholgehalt zum Zeitpunkt der Blutentnahme von 2.44 - 2.70 Gewichtspromille. B. Am 6. Dezember 2007 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich Strafanzeige gegen die beteiligten Funktionäre der Stadtpolizei Zürich. Er warf ihnen vor, sich des Hausfriedensbruchs, der Freiheitsberaubung, der Körperverletzung, der Amtsanmassung, der Nötigung, der "unterlassenen Hilfestellung" sowie weiterer Tatbestände schuldig gemacht zu haben. C. Am 27. August 2008 trat die Anklagekammer des Obergerichtes des Kantons Zürich auf die Strafanzeige nicht ein, weshalb gegen die Angezeigten keine Strafuntersuchung eröffnet wurde. Ein von X._ dagegen erhobener Rekurs wies die II. Zivilkammer des Obergerichtes des Kantons Zürich mit Beschluss vom 30. September 2008 ab. D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ sinngemäss, der Beschluss der II. Zivilkammer sei aufzuheben, und es sei die Untersuchung entsprechend seiner Strafanzeige durchzuführen. Er stellt zudem das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.