Sachverhalt: A. Die Sunrise Communications AG (früher: TDC Switzerland AG) beabsichtigt, eine GSM-/UMTS-Mobilfunkanlage auf dem Flachdach des Gebäudes an der Bifangstrasse 32 (Parzelle Nr. 4443) in Wohlen zu errichten. Das Baudepartement des Kantons Aargau stimmte dem Vorhaben am 18. September 2003 unter Auflagen zu. Am 17. Januar 2005 erteilte der Gemeinderat Wohlen die Baubewilligung und wies die Einsprachen ab, soweit ihnen nicht durch Bedingungen und Auflagen entsprochen worden sei. B. Dagegen erhoben X._ und 16 weitere Einsprecher Verwaltungsbeschwerde an den Regierungsrat des Kantons Aargau. In diesem Verfahren reichte die Sunrise Communications AG ein neues Standortdatenblatt vom 13. April 2005 ein, welches die korrekte Anzahl Geschosse des Standortgebäudes berücksichtigte. Am 24. Juni 2005 nahm die NIS-Fachstelle eine erneute Überprüfung des Bauvorhabens vor. Am 10. Mai 2006 hiess der Regierungsrat die Beschwerden teilweise gut und änderte die Auflagen und Bedingungen der Baubewilligung ab. Die Sunrise Communications AG wurde verpflichtet, die Mobilfunkantennenanlage so zu montieren, dass der für die rechnerische Einhaltung des Anlagegrenzwertes erforderliche Höhenunterschied von mindestens 4.49 m zwischen der Unterkante der Antenne und dem Ort mit empfindlicher Nutzung Nr. 2 (OMEN 2) eingehalten werde. Überdies sei der Aufstieg auf das Flachdach stets verschlossen zu halten und mit einer gut sichtbaren Warntafel zu versehen, welche auf die Mobilfunkantennenanlage sowie die Strahlungsgefahr hinweist. Zudem seien Abnahmemessungen vorzunehmen. C. Gegen den regierungsrätlichen Entscheid führten X._ und 13 weitere Personen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses wies die Beschwerde am 11. April 2007 ab. D. Dagegen haben X._ und vier weitere Einsprecher Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, das Baugesuch nach Vornahme zusätzlicher Abklärungen neu zu beurteilen. Eventualiter sei der Entscheid des Gemeinderates Wohlen vom 17. Januar 2006 aufzuheben. E. Die Sunrise Communications AG (im Folgenden: Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Regierungsrat unterstützt den Antrag der Beschwerdeführer auf Berücksichtigung einer methodenbedingten Messunsicherheit der Probenahme von ±15%, weshalb die Beschwerde gutzuheissen sei. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält das angefochtene Urteil für bundesrechtskonform. F. In ihrer Replik vom 19. November 2007 halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest. Auch der Regierungsrat und die Beschwerdegegnerin beharren in ihren Stellungnahmen vom 28. November und vom 20. Dezember 2007 auf ihren Rechtspositionen.