OZD 632. 2-110 - B 117542, hat sich ergeben: A.- Die Staatsanwaltschaft Freiburg i.Br. führt gegen B._ und weitere Personen ein Strafverfahren wegen des Verdachts der Steuerhinterziehung und der Beihilfe hierzu. Die Beschuldigten werden verdächtigt, bei der Einfuhr von Pferden in die Europäische Gemeinschaft, insbesondere in die Bundesrepublik Deutschland, den Zollbehörden unwahre oder gefälschte Rechnungen mit zu niedrigen Transaktionspreisen vorgelegt zu haben, um möglichst niedrige Einfuhrabgaben zu bezahlen. Am 2. September 1999 ersuchte die Staatsanwaltschaft Freiburg i.Br. (Zweigstelle Lörrach) das Bundesamt für Polizeiwesen um die Gewährung von Rechtshilfe. Im Rechtshilfeersuchen wird u.a. die Durchführung einer Hausdurchsuchung in den Geschäftsräumen der Reithalle sowie der Wohnung von X._ und die Teilnahme von deutschen Zollfahndungsbeamten bei einem Teil der erbetenen Durchsuchungen und Vernehmungen beantragt. B.- Nach summarischer Prüfung des Ersuchens kam das Bundesamt zum Ergebnis, das Ersuchen entspreche den Formerfordernissen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. April 1959 (EUeR; SR 0.351. 1) und des mit Deutschland am 13. November 1969 abgeschlossenen Vertrags zur Ergänzung dieses Überein- kommens (Zusatzvertrag; SR 0.351. 913.61). Das BAP übertrug die Durchführung des Rechtshilfeersuchens der Eidgenössischen Zollverwaltung, die nach schweizerischem Recht für die Verfolgung von Fällen des Abgabebetrugs zuständig ist (Art. 79 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSG; SR 351. 1]). C.- Am 5. Mai 2000 erliess die Oberzolldirektion eine Eintretensverfügung gegenüber X._. Darin wurde dem Rechtshilfebegehren entsprochen und die Teilnahme von deutschen Beamten an den Rechtshilfemassnahmen bewilligt. Die Direktion des I. Zollkreises wurde mit dem Vollzug beauftragt. D.- Am 7. Februar 2001 fand die Durchsuchung des Reitstalles sowie des Wohnhauses von X._ statt. Sie wurde von zwei schweizerischen Zollbeamten im Beisein eines deutschen Zollfahndungsbeamten durchgeführt. Da X._ abwesend war, wurden der Durchsuchungsbefehl vom 5. Februar 2001 und die Eintretensverfügung seinem Angestellten A._ eröffnet. Dieser informierte X._ telefonisch, auch über die Anwesenheit eines deutschen Beamten. X._ erklärte sich mit der Durchsuchung im Beisein von A._ einverstanden. Die Zollbeamten beschlagnahmten Bankbelege und diverse Ordner mit Geschäftskorrespondenz. Die Buchhaltungsunterlagen 1995-1999 sowie zwei Ordner mit Bankbelegen aus dem Jahr 2000 wurden nach telefonischer Rücksprache mit X._ im Büro seines Treuhänders in Zofingen abgeholt. E.- Am 19. Februar 2001 erhob X._ gegen die Eintretensverfügung der Oberzolldirektion Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht mit folgenden Anträgen: 1. Es sei festzustellen, dass es unzulässig war, dem anwesenden deutschen Beamten anlässlich der Hausdurchsuchung beim Beschwerdeführer Gelegenheit zur eingehenden Sichtung der Akten und zur Anfertigung von Notizen über Geschäftsgeheimnisse des Beschwerdeführers zu geben, bevor von der zuständigen Behörde über Gewährung und Umfang der Rechtshilfe entschieden ist; 2. Es sei die ersuchende Behörde einzuladen, die vom anwesenden deutschen Beamten nach schweizerischem Verfahrensrecht rechtswidrig erlangten Informationen im hängigen und in künftigen Straf- und Verwaltungsverfahren (insbesondere in Steuerverfahren) nicht zu Beweis- oder Ermittlungszwecken zu verwenden und die anlässlich der Hausdurchsuchung vom 7. Februar 2001 erstellten Notizen des anwesenden deutschen Beamten den Schweizer Behörden herauszugeben; 3. Es sei anzuordnen, dass im Falle einer allfälligen Rechtshilfeleistung ein Spezialitätsvorbehalt angebracht wird, der folgenden Wortlaut enthält: "Die anlässlich der Hausdurchsuchung bei Herrn X._ vom 7. Februar 2001 durch den anwesenden deutschen Beamten gewonnenen Erkenntnisse und gemachten Notizen wurden aus schweizerischer Sicht unrechtmässig gewonnen und dürfen in keinem Straf- oder Verwaltungsverfahren, ungeachtet ob sich dieses Verfahren gegen Herrn X._ oder einen anderen Angeschuldigten oder einen Dritten richtet, verwendet werden - gleichgültig, ob zu Beweis- oder Ermittlungszwecken - oder Dritten zu Kenntnis gebracht oder zugänglich gemacht werden.. " 4. Die generelle Bewilligung zur Teilnahme deutscher Beamten an den Rechtshilfemassnahmen und damit Ziff. 2 der Eintretensverfügung sei aufzuheben und die vollziehende Behörde anzuweisen, über die Zulassung deutscher Behörden zu einzelnen Rechtshilfemassnahmen jeweils bei Anordnung dieser Massnahme zu entscheiden. F.- Die Eidgenössische Oberzolldirektion beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Das Bundesamt für Justiz, Abteilung internationale Rechtshilfe, schliesst auf Abweisung der Beschwerde. G.- In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest und beantragt zusätzlich, es sei dem Antrag 4 der Verwaltungsgerichtsbeschwerde (betreffend genereller Bewilligung zur Teilnahme deutscher Beamten) aufschiebende Wirkung zu erteilen. H.- In ihrer Stellungnahme vom 16. Mai 2001 beantragt die Oberzolldirektion, das Gesuch um aufschiebende Wirkung sei als gegenstandslos zu erklären bzw. abzuweisen. Zur Begründung, weshalb das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung obsolet geworden sei, bringt die Oberzolldirektion neue Tatsachen vor und gibt Zusicherungen zum weiteren Verlauf des Rechtshilfeverfahrens ab. Diese neuen Vorbringen können nur bei der Beurteilung des Antrags auf aufschiebende Wirkung berücksichtigt werden, nicht aber beim Entscheid in der Hauptsache, d.h. bei der Beurteilung der Beschwerdeanträge 1-4: In der Hauptsache wurde der Schriftenwechsel mit der Replik vom 30. April 2001 abgeschlossen; der Oberzolldirektion wurde kein Duplikrecht eingeräumt, sondern lediglich die Möglichkeit, zum Verfahrensantrag auf Gewährung der aufschiebenden Wirkung (Beschwerdeantrag 5) Stellung zu nehmen. Aus diesem Grunde erübrigt es sich, dem Beschwerdeführer Gelegenheit zur Stellungnahme zu den neuen Vorbringen der Oberzolldirektion zu gewähren.