Sachverhalt: A. H._, geboren 1972, leidet seit Geburt an verschiedenen gesundheitlichen Beeinträchtigungen (unter anderem psychoorganisches Syndrom nach schwerer Gelbsucht als Neugeborener). Seit 1. August 1993 bezieht er Rentenleistungen der Invalidenversicherung in unterschiedlichem Umfang. Mit Wirkung ab 1. Januar 2002 richtet ihm die Invalidenversicherung eine ganze Rente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 80 % aus. Am 1. April 2001 trat H._ eine neue Erwerbstätigkeit als landwirtschaftlicher Angestellter in der Jungpflanzenbaumschule des M._ (nachfolgend: Arbeitgeber) an, wo er als Allrounder mit einer angepassten Beschäftigung einen Jahreslohn von Fr. 22'067.- erzielte. In dieser Eigenschaft war er bei der "Winterthur" Schweizerische Versicherungs-Gesellschaft (heute: AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA oder Beschwerdeführerin) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. Als er am 3. Februar 2004 bei Häcksler-Arbeiten Äste nachschieben wollte, geriet er mit dem rechten Fuss in den Häcksler. In der Folge musste ihm am 11. Februar 2004 der rechte Unterschenkel amputiert werden. Die AXA übernahm die Heilbehandlung und richtete ein Taggeld aus. Mit Verfügung vom 29. Mai 2006, bestätigt durch Einspracheentscheid vom 13. September 2007, sprach die AXA dem Versicherten für die ihm dauerhaft verbleibende Beeinträchtigung der gesundheitlichen Unversehrtheit eine Integritätsentschädigung auf Grund einer Integritätseinbusse von 35 % sowie mit Wirkung ab 1. Juni 2006 - basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 22'087.- - eine Invalidenrente auf Grund einer unfallbedingten Erwerbsunfähigkeit von 25 % zu. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des H._ hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. Juni 2009 gut und änderte den angefochtenen Einspracheentscheid der AXA vom 13. September 2007 insoweit ab, als es feststellte, dass der Versicherte ab 1. Juni 2006 Anspruch auf eine Invalidenrente hat, welche auf einem Invaliditätsgrad von 100 % und einem versicherten Verdienst von Fr. 22'087.- basiert. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die AXA die Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheides; gleichzeitig ersucht sie darum, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Während H._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit (BAG) auf eine Vernehmlassung. D. Mit Verfügung vom 2. Dezember 2009 hat der Präsident der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.