Sachverhalt: A. Am 11. Dezember 2008 fuhr X._ kurz nach 14.30 Uhr in Basel bei stockendem Kolonnenverkehr durch die Klingentalstrasse in Richtung der Kreuzung Claragraben/Klingentalstrasse. Vor der Kreuzung hielt sie verkehrsbedingt an. Sie beabsichtigte, geradeaus weiterzufahren. Gleichzeitig näherte sich A._ auf dem Claragraben von rechts kommend und fuhr unmittelbar vor der Kreuzung über einen Fussgängerstreifen, den zwei Passantinnen bereits betreten hatten. Auf der Kreuzung kollidierten die beiden Personenwagen. B. Das Strafgericht Basel-Stadt sprach X._ am 16. Dezember 2010 vom Vorwurf der fahrlässigen schweren Körperverletzung und der mehrfachen groben Verletzung der Verkehrsregeln frei. A._ verurteilte es wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung und mehrfacher grober Verletzung der Verkehrsregeln zu einer bedingten Geldstrafe von 47 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und zu Fr. 300.-- Busse. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt appellierte gegen den Freispruch von X._. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt sprach sie am 29. Mai 2012 wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung und mehrfacher einfacher Verletzung der Verkehrsregeln schuldig. Von einer Bestrafung nahm das Gericht gestützt auf Art. 54 StGB Umgang. C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und sie sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Hinsichtlich Schadenersatz und Genugtuung sei der Entscheid der Vorinstanz zu bestätigen, wobei die Haftungsquote von 100 % ausdrücklich im Urteilsdispositiv festzulegen sei.