Sachverhalt: A. Am 28. März 2007 erteilte das Europäische Patentamt der Merck & Co., Inc., New Jersey, USA, (Beschwerdeführerin) das Streitpatent EP 1 175 904. Dieses betrifft die Verwendung des pharmazeutischen Wirkstoffs "Alendronsäure" zur Behandlung von Osteoporose. Anspruch 1 des Streitpatents lautet wie folgt: "Verwendung von Alendronat bei der Herstellung eines Medikaments zur Behandlung von Osteoporose bei einem Menschen, der eine solche Behandlung benötigt, wobei das Medikament an den Menschen als eine Einheitsdosis, die etwa 70 mg der Alendronatverbindung auf Gewichtsbasis an aktiver Alendronsäure enthält, gemäss einem Dauertherapieplan mit einem Dosierungsintervall von einmal pro Woche oral verabreicht wird." Alendronsäure war bereits vorher als pharmazeutischer Wirkstoff zur Behandlung von Osteoporose bekannt. B. B.a Am 28. Januar 2008 klagten die Helvepharm AG, Frauenfeld, sowie die Streuli Pharma AG, Uznach, (Beschwerdegegnerinnen) beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdeführerin mit dem Rechtsbegehren, es sei die Nichtigkeit des schweizerischen Anteils des europäischen Patents Nr. 1 175 904 festzustellen und es sei das Institut für Geistiges Eigentum anzuweisen, die Löschung dieses Patents im schweizerischen Patentregister vorzunehmen. Mit Urteil vom 14. April 2009 hiess das Handelsgericht die Klage gut. Es gelangte im Wesentlichen zum Schluss, die beanspruchte Dosierung sei gemäss Art. 2 Abs. 2 lit. a PatG und Art. 52 Abs. 4 des EPÜ 1973 von der Patentierung ausgeschlossen. B.b Eine von der Beschwerdeführerin gegen das handelsgerichtliche Urteil vom 14. April 2009 erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 16. Juni 2010 ab, soweit es darauf eintreten konnte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 14. April 2009 aufzuheben und die Klage vom 28. Januar 2008 abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Verfügung vom 9. September 2010 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Mit Verfügung vom 1. November 2010 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Fristansetzung zur Einreichung einer Replikschrift ab. Dabei wies es die Beschwerdeführerin darauf hin, dass es ihr freistehe, sich zur Beschwerdeantwort zu äussern, dass eine Replikschrift jedoch umgehend einzureichen sei. Am 8. November 2010 reichte die Beschwerdeführerin ihre Replikschrift ein. Diese wurde den Beschwerdegegnerinnen am 10. November 2010 zugestellt.