Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach erhob am 10. Dezember 2012 beim Bezirksgericht Brugg Anklage gegen X._ wegen Mord an seiner Ehefrau, Gefährdung des Lebens und Widerhandlung gegen das Waffengesetz. Nachdem das Bezirksgericht in der Vorladung für die Hauptverhandlung die vorgesehene Besetzung des Gerichts bekannt gegeben hatte, verlangte X._ gestützt auf Art. 56 lit. b und f StPO den Ausstand von Vizepräsidentin Helen Leimbacher. Zur Begründung brachte er vor, Helen Leimbacher habe mit seinen drei Kindern, die damals 6, 11 und 17 Jahre alt gewesen seien, Anhörungen durchgeführt, welche unter anderem der Wahl eines Pflegeplatzes gedient hätten. Nach den emotional verlaufenen Befragungen müsse sie eine grosse Wut auf ihn haben und könne deshalb nicht mehr unvoreingenommen urteilen. Mit Entscheid vom 12. Februar 2013 wies die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau das Gesuch ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 7. März 2013 beantragt X._, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und das Ausstandsbegehren gutzuheissen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Helen Leimbacher beantragt die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.