Sachverhalt: A. A.a Die Y._ AG, (Gesuchstellerin, Beschwerdegegnerin) stellt Werkzeuge für die Reinigung von Rohrleitungen und Abwasserkanälen her. X._, (Gesuchsgegner, Beschwerdeführer) war seit 1. Juni 2006 bei der Y._ AG als "Verkaufsleiter USA/International" angestellt. Am 27. März 2010 kündigte die Gesuchstellerin den Arbeitsvertrag mit dem Gesuchsgegner per 31. Mai 2010 unter sofortiger Freistellung. Am 27. April 2010 sprach sie überdies eine fristlose Kündigung aus mit der Begründung, das Vertrauensverhältnis sei gestört. B. Am 23. März 2011 stellte die Y._ AG beim Obergericht des Kantons Obwalden ein "Gesuch um Erlass eines Befehls im Sinne von Art. 257/262 i.V.m. Art. 261 ff./superprovisorische Verfügung nach Art. 265 ZPO" gegen X._. Mit Verfügung vom 25. März 2011 erliess der Obergerichtspräsident das beantragte superprovisorische Verbot unter Strafandrohung nach Art. 292 StGB. Nach Durchführung eines doppelten Schriftenwechsels und weiteren Eingaben der Parteien hiess der Obergerichtspräsident das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen mit Entscheid vom 30. Dezember 2011 gut und ersetzte die superprovisorische Verfügung vom 25. März 2011 durch die nachfolgenden Anordnungen: "2. Dem Gesuchsgegner wird vorsorglich verboten, ganz allgemein und insbesondere im Zusammenhang mit seiner Tätigkeit für die Firma C._ bzw. die Firma D._ GmbH und Co. KG, Fotos über Produkte sowie technische Angaben zu den Produkten der Gesuchstellerin in seinen Unterlagen, Prospekten und sonstigen Dokumentationen zu verwenden und/oder solche Dokumentationen an Dritte abzugeben. 3. Der Gesuchsgegner wird vorsorglich angewiesen, sämtliche im Zusammenhang mit seiner eigenen wie auch der Tätigkeit für die Firmen C._/D._ an Dritte abgegebenen Unterlagen, Prospekte sowie sonstigen Dokumentationen, die Fotos und/oder technische Anleitungen und sonstige technische Angaben zu Produkten der Gesuchstellerin enthalten, unverzüglich zurückzuverlangen und innert einer Frist von 45 Tagen seit Rechtskraft dieser Verfügung an das Obergericht zuhanden der Gesuchstellerin zur Vernichtung herauszugeben. 4. Der Gesuchsgegner wird vorsorglich angewiesen, sämtliche Unterlagen, Prospekte und sonstigen Dokumentationen, die Fotos und/oder technische Anleitungen oder sonstige technische Angaben über Produkte der Gesuchstellerin enthalten und sich noch in seinem Besitz befinden, innert 45 Tagen seit Rechtskraft dieser Verfügung an das Obergericht zuhanden der Gesuchstellerin zur Vernichtung herauszugeben. 5. Falls der Gesuchsgegner den Befehlen gemäss Disp.-Ziff. 2, 3 und 4 keine Folge leistet, kann er nach Art. 292 StGB bestraft werden. 5. Falls der Gesuchsgegner den Befehlen gemäss Disp.-Ziff. 2, 3 und 4 keine Folge leistet, kann er nach Art. 292 StGB bestraft werden. ... 6. Die Gesuchstellerin hat innert 60 Tagen seit Rechtskraft dieser Verfügung Klage zu erheben, ansonsten die unter Disp.-Ziff. 2, 3 und 4 vorstehend angeordneten Massnahmen ohne weiteres dahinfallen. ... " C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Obergerichtspräsidenten des Kantons Obwalden vom 30. Dezember 2011 aufzuheben, es sei das Gesuch der Beschwerdegegnerin vom 23. März 2011 um vorsorgliche Massnahmen abzuweisen und es sei festzustellen, dass die superprovisorische Verfügung des Obergerichtspräsidenten vom 25. März 2011 mit der Abweisung der vorsorglichen Massnahmebegehren gegenstandslos geworden ist. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sowohl die Beschwerdegegnerin als auch die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde. D. Mit Verfügung vom 20. Februar 2012 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung.