Sachverhalt: A. Der 1949 geborene D._ war als Bildhauer der B._ AG, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Berufskrankheiten versichert, als er am 6. September 2001 seine Atemprobleme der SUVA melden liess. Nach medizinischen Abklärungen erklärte die Anstalt den Versicherten mit Verfügung vom 21. September 2004 rückwirkend per 1. Januar 2002 für nicht geeignet für alle Arbeiten mit Exposition zu Quarz- und Halbmetallstaub. Die SUVA erbrachte zudem für die Zeit vom 1. Mai 2002 bis 30. April 2006 eine Übergangsentschädigung. Für die verbliebenen Restfolgen der Berufskrankheit sprach sie mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 16. Juni 2009 dem Versicherten ab 1. Mai 2006 eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 14 % und eine Entschädigung für eine Integritätseinbusse von 5 % zu. Nachdem die IV-Stelle des Kantons Thurgau am 10. August 2009 einen Invaliditätsgrad des Versicherten von 47 % ab 1. Juli 2002 erkannt hatte, berechnete die SUVA mit Verfügung vom 11. Dezember 2009 und Einspracheentscheid vom 14. Juni 2010 den Übergangsentschädigungsanspruch für die Zeit vom 1. Mai 2002 bis 30. April 2006 neu: Diese Neuberechnung ergab einen Saldo zugunsten der Anstalt von Fr. 75'743.-. Die SUVA kündete gleichzeitig an, diesen Betrag mit der Nachzahlung der Invalidenversicherung und der laufenden Rente zu verrechnen. B. Die von D._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 19. Januar 2011 gut und wies die Sache zur Prüfung einer Überentschädigung an die SUVA zurück. C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihr Einspracheentscheid vom 14. Juni 2010 zu bestätigen. Während D._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.