Sachverhalt: A. A.a Der 1947 geborene L._, spanischer Staatsangehöriger, reiste 1966 in die Schweiz ein, besitzt die Niederlassungsbewilligung C und war zuletzt vom 1. September 1991 bis Ende Dezember 2000 bei der U._ AG als Lagermitarbeiter tätig. Am 23. Februar 2001 meldete er sich unter Hinweis auf Rücken- und Schulterbeschwerden erstmals bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Invalidenrente an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht verneinte die IV-Stelle Bern mit in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 26. Oktober 2001 einen Rentenanspruch des Versicherten aufgrund eines Invaliditätsgrades von 18 %. A.b Am 22. November 2002 meldete sich L._ wegen Verschlechterung des Gesundheitszustandes erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Rente) an. Gestützt auf das eingeholte interdisziplinäre Gutachten der Dres. med. E._, Spezialärztin FMH für Neurochirurgie, und H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 21./24. November 2003 sprach die IV-Stelle Bern dem Versicherten mit Verfügung vom 29. September 2004 rückwirkend ab 1. November 2001 aufgrund eines Invaliditätsgrades von 48 % eine Viertelsrente zu. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 29. März 2005 fest. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 7. Oktober 2005 gut, hob den Einspracheentscheid vom 29. März 2005 auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie nach weiteren Abklärungen über den Leistungsanspruch des Versicherten neu verfüge. Nach Einholung eines interdisziplinären Gutachtens des ärztlichen Begutachtungsinstituts X._ vom 22. Februar 2007 und Stellungnahmen des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 19. April und 28. Juni 2007 verneinte die IV-Stelle nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 19. Juli 2007 einen Rentenanspruch aufgrund eines Invaliditätsgrades von 19 %. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 7. Oktober 2008 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt L._ beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheids sei ihm rückwirkend ab 1. November 2001 eine angemessene Invalidenrente auszurichten, eventuell sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie nach zusätzlichen medizinischen Abklärungen über den Leistungsanspruch neu verfüge. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.