Sachverhalt: A. Von 1996 bis 2004 war F._ (Kläger, Beschwerdegegner) Projektleiter bei der X._ GmbH (Beklagte, Beschwerdeführerin). Sein monatlicher Bruttolohn betrug ursprünglich Fr. 6'600.--, ab Januar 2002 Fr. 7'000.-- zuzüglich Pauschalspesen von Fr. 300.-- und 13. Monatslohn. Mit Schreiben vom 29. Oktober 2003 kündigte die Beklagte den (nicht in schriftlicher Form vorhandenen) Arbeitsvertrag mit dem Kläger ordentlich auf den 31. Januar 2004. Der Kläger machte ein Guthaben aus Überstunden geltend, das die Beklagte bestritt. B. B.a Am 14. Juni 2007 gelangte der Kläger an das Arbeitsgericht Winterthur mit dem Begehren, die Beklagte sei zur Bezahlung von Fr. 30'000.-- brutto nebst 5 % Zins seit 1. Februar 2004 zu verpflichten. Mit Urteil vom 6. November 2008 wies das Arbeitsgericht Winterthur die Klage nach Durchführung eines Beweisverfahrens ab. B.b Gegen das Urteil des Arbeitsgerichts legte der Kläger Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich ein. Mit Beschluss vom 19. Oktober 2009 verurteilte dieses die Beklagte in Gutheissung der Klage, dem Kläger Fr. 27'837.-- netto zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. Februar 2004 zu bezahlen. Das Obergericht kam zwar mit der ersten Instanz zum Schluss, dass der Kläger die von ihm behaupteten Überstunden mit den eingereichten Urkunden und den Aussagen der einvernommenen Zeugen nicht zu beweisen vermöge. Das Gericht hielt indes die in der Buchhaltung der Beklagten ausgewiesenen Überstunden-Guthaben des Klägers für beweiskräftig. Diese betrugen per Ende 2003 Fr. 45'000.--. Da der Restanspruch des Klägers bei behaupteten 957 Überstunden (im Wert von Fr. 47'850.--) abzüglich 150 Stunden für private Arbeiten Fr. 40'350.-- ergab, erachtete das Gericht die eingeklagten Fr. 30'000.-- brutto - entsprechend Fr. 27'837.-- netto - für ausgewiesen. B.c Mit Zirkulationsbeschluss vom 6. April 2011 wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde der Beklagten gegen das Urteil des Obergerichts ab, soweit es darauf eintrat. Das Kassationsgericht hielt den Schluss des Obergerichts, dass sich die Beschwerdeführerin den Inhalt ihrer Buchhaltung trotz der bestehenden Widersprüche zu den Aufzeichnungen des Beschwerdegegners anrechnen lassen müsse, weder für widersprüchlich noch geradewegs unhaltbar. Die Würdigung der Zeugenaussagen durch das Obergericht erachtete das Kassationsgericht für vertretbar und wies die entsprechende Rüge der Verletzung des Willkürverbotes ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 31. Mai 2011 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es seien die Beschlüsse des Kassationsgerichts Zürich vom 6. April 2011 und des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Oktober 2009 aufzuheben und die Forderungsklage des Beschwerdegegners abzuweisen, eventualiter seien die angefochtenen Beschlüsse aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie rügt die Verletzung der Art. 321c OR und Art. 957 ff. OR i.V.m. Art. 8 ZGB sowie eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts. Der Beschwerdegegner beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen und der Beschluss des Obergerichts Zürich vom 19. Oktober 2009 sei zu bestätigen, eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen, um das Beweisverfahren zu ergänzen. Die Vorinstanzen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 27. Juni 2011 wurde das Gesuch der Beklagten um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.