Sachverhalt: A. X._ arbeitet als _. Er war mit Y._ verheiratet. Seit Juli 1992 leben die Ehegatten getrennt, im Jahre 1996 wurde die Ehe geschieden. Zwischen den Ehegatten bestand Gütertrennung. Y._ betrieb zusammen mit ihrer Schwester A._ das private Alters- und Pflegeheim B._ in C._. Neben den beiden Betriebsinhaberinnen arbeiteten auch X._ (zu ca. 50 %) und der gemeinsame Sohn Z._ (in geringem Umfang) im Altersheim mit. Z._ bezog einen Lohn, X._ erhielt keinen Lohn ausbezahlt. Wegen finanzieller Schwierigkeiten des Altersheims beschlossen die Beteiligten, ein "Schwarzgeldkonto" einzurichten (das später durch andere Konten abgelöst wurde). Es wurden darauf ab März 1988 in der Buchhaltung nicht erfasste Pensionsgelder von Altersheimbewohnern einbezahlt. Inhaber des Kontos war X._. Im März 1988 wurde auf den Namen Z._ ein weiteres Konto eröffnet, auf welches überhöhte Lohnzahlungen flossen. Am 1. Dezember 1993 erstatteten Y._, A._ und Z._ Strafanzeige gegen X._ wegen Veruntreuung, ev. Unterschlagung, Betrug usw. Am 4. Juli 1996 unterzeichneten die Ehegatten eine Ehescheidungskonvention, wonach X._ der Ehefrau aus Güterrecht noch einen Betrag von Fr. 90'000.-- schuldet. Die Strafanträge wurden hierauf (bezüglich der Antragsdelikte) zurückgezogen. In der Folge wurde X._ durch das zuständige Kreisgericht wegen Veruntreuung verurteilt. Das Obergericht des Kantons Bern stellte das Strafverfahren infolge Verjährung mit Urteil vom 15. April 2002 ein. B. Im Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren gegen X._ kam die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Erbschafts-, Schenkungs- und Nachsteuer, zum Schluss, dass X._ aus der "Schwarzgeldwirtschaft" insgesamt Fr. 100'000.-- bezogen habe. Mit Nachsteuer- und Bussenverfügung N 40213/02 A 01 vom 4. Februar 2005 auferlegte die kantonale Steuerverwaltung X._ für die direkte Bundessteuer der Jahre 1995-2000 insgesamt Fr. 8'190.55 für Nachsteuern, Busse und aufgelaufene Verzugszinsen. Die Busse von Fr. 4'007.50 betrug das 1.25-fache der Nachsteuer (Fr. 3'206.--). Weitere Verfügungen ergingen zu den kantonalen direkten Steuern. Hinsichtlich der direkten Bundessteuer kam es zu den folgenden Aufrechnungen: Steuerperiode 1995/96 Nebeneinkommen X._ "Altersheim B._" Fr. 1'855.-- Übrige Bezüge X._ "Altersheim B._" Fr. 300.-- Zinserträge Fr. 8'833.-- Steuerperiode 1997/98 Alimentenzahlungen Y._ an X._ Fr. 4'500.-- Zinserträge Fr. 7'159.-- Steuerperiode 1999/2000 Zinserträge Fr. 593.--. Mit Einspracheverfügung vom 8. April 2005 bestätigte die kantonale Steuerverwaltung die Nachsteuer- und Bussenverfügung für die direkte Bundessteuer. C. X._ führte Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese wies mit Entscheid vom 12. August 2008 die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuern (Nachsteuern und Busse) ab, auferlegte dem Beschwerdeführer die Kosten des Nachsteuerverfahrens und - anteilsmässig - des Strafsteuerverfahrens und sprach ihm eine Parteientschädigung für das Obsiegen im Strafsteuerverfahren betreffend die bernische Strafsteuer pro 1991/92 zu. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sei hinsichtlich der Nachsteuern und Busse für die direkte Bundessteuer der Jahre 1995 bis 2000 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Einem Gesuch des Beschwerdeführers, es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, gab der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung mit Verfügung vom 23. Oktober 2008 nicht statt. Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern beantragen dem Bundesgericht, es sei die Beschwerde abzuweisen. Hinsichtlich der kantonalen Steuern erhob der Steuerpflichtige Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Verfügung vom 18. September 2008 sistierte dieses das Verfahren bis zum Entscheid des Bundesgerichts.