Sachverhalt: A. Am 4. November 2005 bestellte die C._ S.A. (Bestellerin) mit Sitz in Spanien bei der B._ AG mit Sitz in U._ (Lieferantin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) eine Biodieselanlage. Die für den damit abgeschlossenen Liefervertrag (Supply Agreement) massgeblichen Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) sahen in Ziffer 9.1 für allfällige Streitigkeiten aus dem Vertrag U._ als Gerichtsstand vor. Endabnehmerin der Biodieselanlage war die A._ S.A. (Endabnehmerin, Beklagte, Beschwerdeführerin) mit Sitz in Spanien. Wegen Zahlungsschwierigkeiten der Bestellerin schloss diese mit der Lieferantin und der Endabnehmerin am 6. März 2006 einen Übernahmevertrag (Assignment Agreement). Gemäss Ziffer 1 dieses Vertrages übertrug die Bestellerin ihre Rechte und Pflichten aus dem Liefervertrag auf die Endabnehmerin, die Lieferantin akzeptierte diese Übertragung und verpflichtete sich, ihre Lieferverpflichtungen gemäss den Bedingungen des Liefervertrages gegenüber der Endabnehmerin zu erfüllen, welche sich ihrerseits verpflichtete, der Lieferantin die in Ziffer 2 des Übernahmevertrages erwähnten noch ausstehenden Zahlungen zu leisten. In Ziffer 6.1 des Übernahmevertrages sahen die Parteien vor, dass dieser Vertrag dem spanischen Recht unterstehe und in Übereinstimmung damit auszulegen sei. Ziffer 6.2 des Übernahmevertrages erklärte für alle Streitigkeiten aus diesem Vertrag, namentlich betreffend Auslegung, Gültigkeit, Erfüllung und Beendigung, die Gerichte der Stadt V._, Spanien, als zuständig. B. B.a. Am 9. Februar 2010 klagte die Lieferantin vor dem Bezirksgericht Arlesheim gegen die Endabnehmerin auf Leistung von Fr. 52'040.--, sowie auf Feststellung, dass das umstrittene Biodieselverarbeitungswerk vertragsgemäss geliefert worden sei und weder Wandelungs-, Nachbesserungs- noch Minderungsansprüche bestünden. Nachdem das Bezirksgericht das Verfahren einstweilen auf die Frage der örtlichen Zuständigkeit beschränkt hatte, bejahte es diese mit Zwischenentscheid vom 12. Mai 2011. Die von der Beklagten gegen diesen Zwischenentscheid angehobene Berufung hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 6. Dezember 2011 gut und erklärte das Bezirksgericht Arlesheim in Aufhebung des angefochtenen Entscheids für örtlich unzuständig. Mit Urteil 4A_177/2012 vom 17. Juli 2012 hob das Bundesgericht den Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 6. Dezember 2011 auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Kantonsgericht zurück. B.b. Nachdem beide Parteien je ein Rechtsgutachten zum spanischen Recht eingereicht hatten, holte das Kantonsgericht mit Verfügung vom 26. Juni 2013, unterzeichnet durch Gerichtspräsidentin Christine Baltzer-Bader, beim Schweizerischen Institut für Rechtsvergleichung in Lausanne (SIR) ein Gutachten zum massgeblichen spanischen Recht ein. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich zum Rechtsgutachten des SIR und den Stellungnahmen der Gegenpartei zu äussern, wobei die entsprechenden prozessleitenden Verfügungen ebenfalls von der erwähnten Gerichtspräsidentin unterzeichnet waren. Am 20. Mai 2014 wies das Kantonsgericht in neuer Zusammensetzung die Berufung ab und bestätigte den Zwischenentscheid des Bezirksgerichts Arlesheim vom 12. Mai 2011. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 20. Mai 2014 sei aufzuheben. Es sei festzustellen, dass das Bezirksgericht Arlesheim zur Beurteilung der Klage örtlich unzuständig sei. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zzgl. MwSt. zu Lasten der Beschwerdegegnerin. Ausserdem stellt sie den prozessualen Antrag, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft sei zu bestätigen und es sei festzustellen, dass das Bezirksgericht Arlesheim örtlich zuständig sei; unter o/e-Kostenfolge zu Lasten der Beschwerdeführerin. Gegen die Erteilung der aufschiebenden Wirkung opponierte sie nicht. Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein. Die Beschwerdegegnerin verzichtete auf Gegenbemerkungen. Die Vorinstanz liess sich zur Frage der Zusammensetzung des Spruchkörpers vernehmen und trägt auf Abweisung der Beschwerde an. D. Mit Präsidialverfügung vom 26. September 2014 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.