Sachverhalt: A. Am 13. Juni 2008 beschloss die Bundesversammlung die Genehmigung und die Umsetzung des Notenaustauschs zwischen der Schweiz und der Europäischen Gemeinschaft betreffend die Übernahme der Verordnung (EG) Nr. 2252/2004 über biometrische Pässe und Reisedokumente. Gegen diesen Bundesbeschluss wurde das Referendum ergriffen. An der Volksabstimmung vom 17. Mai 2009 wurde der Bundesbeschluss mit 953'136 Ja-Stimmen (50.14 %) gegen 947'632 Nein-Stimmen (49.86 %) angenommen. Mit teilweise gleichlautenden Eingaben erhoben Rudolf Güntert, Sonja Sorg, André Besson und weitere Personen beim Regierungsrat des Kantons Zürich Abstimmungsbeschwerden gemäss Art. 77 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 1976 über die politischen Rechte (BPR; SR 161.1). Mit Verfügung vom 3. Juni 2009 vereinigte die Präsidentin des Regierungsrats die insgesamt 96 Beschwerden und wies sie ab, soweit sie darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 15. Juni 2009 beantragen Rudolf Güntert, Sonja Sorg und André Besson im Wesentlichen, die Abstimmung sei schweizweit für ungültig zu erklären und es sei eine neue Abstimmung anzuordnen. Eventualiter sei die Verfügung der Präsidentin des Regierungsrats aufzuheben und die Angelegenheit mit verschiedenen Anordnungen zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Regierungsrat beantragt in seiner Stellungnahme vom 2. Juli 2009 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die ebenfalls zur Stellungnahme eingeladene Bundeskanzlei liess sich nicht vernehmen. C. Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 1. Oktober 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten.