Sachverhalt: A. Mit Strafbefehl vom 6. August 2011 büsste die Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach A._ wegen Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz mit Fr. 250.--. Dagegen erhob er Einsprache. Am 2. März 2012 stellte der Beschuldigte ein Ausstandsbegehren gegen den untersuchungsleitenden Staatsanwalt. Am 22. März 2012 wies der Vizepräsident der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau das Ausstandsbegehren ab. Auf Beschwerde des Beschuldigten hin hob das Bundesgericht mit Urteil vom 13. November 2012 den obergerichtlichen Entscheid vom 22. März 2012 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung zurück an die Vorinstanz (Verfahren 1B_281/2012). B. Am 11. Januar 2013 fällte der Vizepräsident der Beschwerdekammer einen neuen Entscheid, den der Beschuldigte am 15. Februar 2013 (nochmals) mit Beschwerde an das Bundesgericht anfocht. Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Gutheissung seines Ausstandsbegehrens. Der Vizepräsident der Beschwerdekammer und die Staatsanwaltschaft haben auf Gegenbemerkungen je ausdrücklich verzichtet.