Sachverhalt: A. Die Abwasserentsorgung im Kanton Uri obliegt seit dem 1. Januar 2010 der kantonalen öffentlich-rechtlichen Körperschaft "Abwasser Uri", entsprechend der Regelung im kantonalen Umweltgesetz (KUG, Gesetzessammlung 40.7011) und der kantonalen Umweltverordnung (KUV; Gesetzessammlung 40.7015). Zu diesem Zweck übernimmt die Abwasser Uri die kommunalen Abwasseranlagen. In Bezug auf die Übernahme der Abwasseranlagen in Altdorf konnte zwischen der Einwohnergemeinde Altdorf und der Abwasser Uri keine umfassende Einigung erzielt werden. Es blieb ungeklärt, ob Grund und Boden der Abwasseranlagen Bestandteil der Sachübernahme sei und zu welchen finanziellen Bedingungen. Auf Ersuchen der Abwasser Uri entschied der Regierungsrat des Kantons Uri am 24. April 2012, dass die Einwohnergemeinde Altdorf der Abwasser Uri Grund und Boden soweit abzutreten habe, als dies für den längerfristigen Betrieb der Abwasserreinigungsanlage benötigt werde. Es sei indes ein limitiertes Vorkaufsrecht zugunsten der Einwohnergemeinde Altdorf bzw. eine Vertragsklausel vorzusehen, die die Abwasser Uri zur Rückübereignung des abgetretenen Grundstücks verpflichte, wenn dieses nicht mehr der Abwasserreinigung diene. Die Einwohnergemeinde Altdorf gelangte mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Obergericht des Kantons Uri und verlangte im Wesentlichen, sie sei zu verpflichten, den für den längerfristigen Betrieb der Abwasserreinigungsanlage benötigten Grund und Boden der Abwasser Uri im Baurecht gegen einen marktüblichen Baurechtszins zu überlassen. Die Verwaltungsrechtliche Abteilung des Obergerichts wies die Beschwerde am 11. Januar 2013 ab. B. Gegen diesen Entscheid des Obergerichts hat die Einwohnergemeinde Altdorf beim Bundesgericht am 13. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie ersucht um Aufhebung des Obergerichtsurteils und Feststellung der Verpflichtung im Sinne des vor Obergericht gestellten Antrages. Sie rügt Verletzungen der Gemeindeautonomie und des Willkürverbots. Der Regierungsrat verweist in seiner Vernehmlassung auf seinen Entscheid vom 24. April 2012 und beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Abwasser Uri schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt BAFU hält fest, dass das eidgenössischen Gewässerschutzrecht in Bezug auf die Eigentumsverhältnisse an Grund und Boden für die Kantone keine Vorgaben enthalte. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihren Anträgen fest. C. Mit Verfügung vom 19. März 2013 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.