Sachverhalt: A. Das Schweizerische Heilmittelinstitut (Swissmedic) lehnte am 21. November 2007 ein Gesuch des Vereins "Dignitas - Menschenwürdig leben - Menschenwürdig sterben" (im weitern: Verein oder "Dignitas") ab, bei Vorliegen eines ärztlichen Rezeptes Natrium-Pentobarbital (NaP) zur Sterbehilfebegleitung beziehen, verwenden, aufbewahren und abgeben zu dürfen. B. Mit Urteil vom 10. Oktober 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die von "Dignitas" hiergegen gerichtete Beschwerde ab: Der Umgang mit Betäubungsmitteln, wozu das Natrium-Pentobarbital gehöre, solle wegen der damit verbundenen Missbrauchsgefahr nur bestimmten Medizinalpersonen mit den nötigen Fachkenntnissen sowie Institutionen ermöglicht werden, welche über entsprechend ausgebildetes Personal verfügten. Aus Art. 8 EMRK ergebe sich nichts anderes: Der Entscheid, "Dignitas" keine Bewilligung zum Umgang mit NaP zu erteilen, sei erforderlich und verhältnismässig, "um die generelle Rezeptpflicht und das Verbot der Lagerhaltung weiterhin durchsetzen zu können". C. Der Verein "Dignitas - Menschenwürdig leben - Menschenwürdig sterben" beantragt mit Eingabe vom 15. November 2008 vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und das Heilmittelinstitut anzuweisen, ihm "unter sichernden Bedingungen die Bewilligung zu erteilen, Natrium-Pentobarbital zum Zwecke der Durchführung lege artis von Freitod-Begleitungen beziehen, befördern, lagern, besitzen und abgeben zu dürfen"; eventuell sei festzustellen, dass sein gegenwärtig geübter Umgang mit Natrium-Pentobarbital als befugt im Sinne des BetmG zu betrachten sei. Der Verein "Dignitas" macht geltend, dass es ihm nicht darum gehe, auf die ärztliche Rezeptpflicht für die Abgabe von NaP zurückzukommen, sondern die "tatsächliche Entwicklung" im Bereich von dessen Anwendung regeln zu lassen. Das Bundesverwaltungsgericht, das Schweizerische Heilmittelinstitut und das Eidgenössische Departement des Innern haben darauf verzichtet, sich zur Beschwerde zu äussern.