Sachverhalt: A. A.a K._, geboren 1965, ist Mutter von zwei Kindern (geboren 1998 und 2002). Sie leidet seit Geburt an einem perinatalen hirnorganischen Psychosyndrom mit verminderter intellektueller Leistungsfähigkeit. Nach Abschluss der Hilfsschule besuchte sie ein Jahr die Werkklasse. Anschliessend absolvierte sie eine Haushaltsausbildung (1981 - 1983) und eine Ausbildung zur Gärtnereigehilfin (1987 - 1989). Sie arbeitete dann rund eineinhalb Jahre in einer Gärtnerei. Es kam dort zu einer Überforderung und die Versicherte wechselte in die geschützten Werkstätten Stiftung X._, wo sie bis zur Geburt des ersten Kindes arbeitete. A.b Die IV-Kommission des Kantons Aargau sprach K._ mit Verfügung vom 2. August 1983 ab dem 1. August 1983 eine halbe Invalidenrente zu. Aufgrund eines am 26. November 1984 eingereichten Revisionsgesuches sprach sie der Versicherten mit Verfügung vom 12. März 1985 rückwirkend ab 1. November 1984 eine ganze Rente zu. Der Anspruch wurde in den nachfolgenden Revisionsverfahren bestätigt. K._ steht seit dem 13. Mai 2008 unter Beistandschaft. A.c Im Juni 2009 leitete die IV-Stelle des Kantons Aargau erneut eine Überprüfung der Invalidenrente ein. Sie untersuchte die medizinischen und wirtschaftlichen Verhältnisse und führte am 23. März 2010 eine Abklärung im Haushalt durch (Bericht vom 30. März 2010). Bei der MEDAS gab sie ein psychiatrisch-neuropsychologisch-internistisches Gutachten (vom 21. Februar 2011) in Auftrag. Die Experten führten aus, K._ sei in der freien Marktwirtschaft höchstens zu 20 % mit einer Leistungsminderung von 40 % arbeitsfähig. Sie sei einem Arbeitsumfeld oder Arbeitgeber nur begrenzt zumutbar. Bei einer ausserhäuslichen Tätigkeit benötige sie die Supervision durch Vorgesetzte. Eine Tätigkeit im geschützten Rahmen sei K._ während vier bis acht Stunden täglich mit einer Leistungsminderung von 40 % zumutbar. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verfügte die IV-Stelle am 18. Mai 2011 die Herabsetzung des Anspruchs auf eine Viertelsrente ab 1. Juli 2011. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 17. April 2012 ab. C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen; sie beantragt Aufhebung des angefochtenen Entscheides; die IV-Stelle sei zu verpflichten, ihr ab 1. Juli 2011 eine halbe Invalidenrente zuzusprechen; ferner ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege. Während Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen auf Vernehmlassung verzichten, beantragt die IV-Stelle Abweisung der Beschwerde.