Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die Z._ Forschungsstiftung (im Folgenden: Stiftung) war eine Stiftung gemäss Art. 80 ff. ZGB. Sie bezweckte die Unterstützung und Durchführung von wissenschaftlichen Arbeiten und Programmen - insbesondere von Projekten mit hohem Risiko im Hochtechnologiebereich - im Interesse der Z._ AG und ihrer Konzerngesellschaften. Sie unterstützt die langfristige Interessensicherung der Z._ AG und ihrer Konzerngesellschaften als unabhängige, technologieorientierte Unternehmen. Zur Erreichung des Stiftungszwecks wurde ihr ein Anfangskapital von Fr. 20 Mio. gewidmet. Die Eidgenössische Steuerverwaltung führte in den Monaten September und November 1997 bei der Stiftung eine Kontrolle gemäss Art. 50 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuerverordnung; MWSTV; AS 1994 1464) durch. Überprüft wurde der Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis zum 30. September 1997. In der Folge erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Ergänzungsabrechnung über eine Nachbelastung von Fr. 5'376'638.--. Dieser Betrag setzte sich aus verschiedenen Positionen zusammen, wobei es sich im Wesentlichen um zu viel in Abzug gebrachte Vorsteuern handelt. Die Abzüge wurden durch die Eidgenössische Steuerverwaltung deshalb verweigert, weil es sich um Forschungsleistungen handle, die nicht gegen Entgelt erbracht, sondern aus dem Stiftungsvermögen oder aus Finanzerträgen finanziert worden seien. Mit Statutenänderung vom 5. Mai 1998 wurden Name und Zweck der Stiftung dahingehend geändert, dass die bis dahin verwendete Bezeichnung "Z._" durch "X._" ersetzt wurde. Nachdem die Stiftung die Aufhebung der Nachbelastung verlangt hatte, bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 15. Januar 1999 die Ergänzungsabrechnung. Die von der Stiftung dagegen erhobene Einsprache wurde am 30. Juni 2003 abgewiesen und die Nachforderung von Fr. 5'376'638.-- nebst Verzugszins von Fr. 517'562.-- bestätigt. Nachdem die Stiftung die Aufhebung der Nachbelastung verlangt hatte, bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung am 15. Januar 1999 die Ergänzungsabrechnung. Die von der Stiftung dagegen erhobene Einsprache wurde am 30. Juni 2003 abgewiesen und die Nachforderung von Fr. 5'376'638.-- nebst Verzugszins von Fr. 517'562.-- bestätigt. B. Am 29. August 2003 wandte sich die X._ Forschungsstiftung an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und beantragte die Aufhebung des Einspracheentscheides vom 30. Juni 2003. Im Eventualantrag verlangte sie festzustellen, dass durch die Verrechnungserklärung die Vorsteuerguthaben vom 1. Quartal 1997 bis zum 4. Quartal 1998 endgültig festgestellt bzw. infolge unwiderrufbarer Gestaltungserklärung untergegangen seien. Mit Entscheid vom 12. Mai 2004 wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. B. Am 29. August 2003 wandte sich die X._ Forschungsstiftung an die Eidgenössische Steuerrekurskommission und beantragte die Aufhebung des Einspracheentscheides vom 30. Juni 2003. Im Eventualantrag verlangte sie festzustellen, dass durch die Verrechnungserklärung die Vorsteuerguthaben vom 1. Quartal 1997 bis zum 4. Quartal 1998 endgültig festgestellt bzw. infolge unwiderrufbarer Gestaltungserklärung untergegangen seien. Mit Entscheid vom 12. Mai 2004 wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 14. Juni 2004 beantragt die X._ Forschungsstiftung dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 12. Mai 2004 unter Neuregelung der Kostenfolge aufzuheben. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerrekurskommission hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.