Sachverhalt: A. Mit dem Bundesgesetz über die Rüstungsbetriebe des Bundes vom 10. Oktober 1997 (BGRB; SR 934.21) wurde die Rechtsgrundlage für die Überführung der vormaligen Rüstungsunternehmen von unselbständigen öffentlich-rechtlichen Anstalten in Aktiengesellschaften des privaten Rechts geschaffen. Die Überführung in die neue Rechtsform wurde mit Stichtag 1. Januar 1999 vollzogen, indem der Bund sämtliche Aktiven und Passiven sowie Rechte und Verpflichtungen der bisherigen Rüstungsunternehmen mittels Sacheinlage in die vorher zu diesem Zweck gegründeten Aktiengesellschaften einbrachte. Anschliessend wurden die Aktien in die ebenfalls neu gegründete RUAG Schweiz AG (heute RUAG Holding) eingebracht. Der neue Konzern umfasste damit nebst der Holdinggesellschaft im Wesentlichen die vier operativen Unternehmungen SE Schweizerische Elektronikunternehmung AG, SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG, SM Schweizerische Munitionsunternehmung AG und SW Schweizerische Unternehmung für Waffensysteme AG. Die erforderlichen Massnahmen wurden rückwirkend mit Bundesratsbeschluss vom 26. Mai 1999 getroffen. Dieser Beschluss enthält auch die Genehmigung der Eröffnungsbilanz der neuen Firmengruppe per 1. Januar 1999, welche erstmals nach den Schweizer Fachempfehlungen zur Rechnungslegung (FER) erstellt wurde. Für den Konzernabschluss wechselte die RUAG Gruppe im Jahre 1999 zum Rechnungslegungsstandard nach Swiss GAAP FER (Swiss Generally Accepted Accounting Principles / Fachempfehlung zur Rechnungslegung) und im Jahre 2001 zu den International Financial Reporting Standards (IFRS). B. Die SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG übernahm per 1. Januar 1999 den Betrieb des ehemaligen Flugzeugwerks Emmen mit den Betriebsstätten in der Schweiz. Als ehemaliger Rüstungsbetrieb des Bundes war das Flugzeugwerk Emmen von der Steuer befreit. Mit der Aufnahme der Geschäftstätigkeit wurde die neu gegründete Gesellschaft steuerpflichtig. In der Eröffnungsbilanz nach Handelsrecht und nach FER per 1. Januar 1999 war eine Rückstellung von Fr. _ für Sozialplankosten zu Gunsten des überführten Personals enthalten. Im Hinblick auf den Konzernabschluss nach Swiss GAAP FER per 31. Dezember 1999 musste die SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG die Rückstellung für die Sozialplankosten nach Handelsrecht von Fr. _ um Fr. _ auf Fr. _ kürzen. Im Übergang zur Konzernrechnungslegung nach den IFRS musste die Rückstellung für Sozialplankosten per 31. Dezember 2001 ein weiteres Mal erheblich um Fr. _ reduziert werden. In den Abschlüssen nach Handelsrecht wurde die Rückstellung für Sozialplankosten jeweils beibehalten. Der Gewinnausweis in den Steuererklärungen erfolgte gemäss den handelsrechtlichen Abschlüssen. Seit dem 26. April 2001 firmiert die SF Schweizerische Unternehmung für Flugzeuge und Systeme AG als RUAG Aerospace AG und seit dem 8. Mai 2009 als RUAG Schweiz AG. C. Am 20. März 2006 beantragte die RUAG Aerospace AG der Steuerverwaltung des Kantons Luzern (heute Dienststelle Steuern des Kantons Luzern) die erfolgsneutrale Auflösung der Rückstellung für Sozialplankosten im Umfang der darin enthaltenen stillen Reserven von Fr. _ durch Ausbuchung über das Eigenkapital per 31. Dezember 2006. Zudem ersuchte sie, für die Steuerperioden 1999 bis 2005 die Kapitalsteuer auf dem zusätzlich steuerbaren Kapital nachzahlen zu können. Nachdem die kantonale Steuerverwaltung nach Abklärungen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung dem Antrag auf erfolgsneutrale Auflösung der Rückstellung nicht stattgegeben hatte, beantragte die RUAG Aerospace AG am 15. Januar 2007, die "überhöhten Sozialplanrückstellungen" im genannten Betrag gestaffelt in Raten in den Jahren 2006 bis 2010 sowohl handelsrechtlich wie auch steuerlich erfolgswirksam aufzulösen. Mit Veranlagungsverfügung vom 15. Juni 2007 für die Staats-, Gemeinde- und direkte Bundessteuer 2005 (Periode vom 1. Januar bis 31. Dezember) nahm die Steuerverwaltung des Kantons Luzern in der Höhe der Differenz zwischen der nach Handelsrecht bilanzierten und der nach IFRS massgebenden Rückstellung für Sozialplankosten eine Aufrechnung von Fr. _ beim steuerbaren Reingewinn und Kapital vor. Mit Einspracheentscheid vom 6. Dezember 2007 hielt die Steuerkommission juristische Personen an dieser Besteuerung fest. D. Mit Urteil vom 7. Mai 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Steuerpflichtigen hinsichtlich der Staats-, Gemeinde- und direkten Bundessteuer 2005 ab. E. Hiergegen führt die Steuerpflichtige mit Eingabe vom 12. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Rechtsbegehren, es sei unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 7. Mai 2009 die Sache zur Neuveranlagung auf der Grundlage eines steuerbaren Gesamtgewinns von Fr. _ und eines steuerbaren Gesamtkapitals von Fr. _ (gemäss Steuererklärung) bei der Staats-, Gemeinde- und direkten Bundessteuer an die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern und zur Neuverlegung der Kosten und Entschädigung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Zulässigkeit der Aufrechnung der angeblich nicht mehr geschäftsmässig begründeten Rückstellung für Sozialplankosten. Die Dienststelle Steuern beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Sie bestreitet die Sachdarstellung in der Beschwerde, soweit sie von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht. Im Übrigen verzichtete sie auf eine Stellungnahme. Das Verwaltungsgericht beantragt mit Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer. In Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern verzichtete sie auf die Stellung eines Antrags.