Sachverhalt: A. A.a Der 1963 geborene P._ meldete sich am 27. Dezember 2007 wegen "Schleudertrauma, Rückenschmerzen, Kopfschmerzen, Brustschmerzen, Probleme wegen eines Herzschrittmachers" bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau liess den Versicherten beim Begutachtungsinstitut X._ polydisziplinär abklären. Gemäss Expertise vom 11. November 2008 litt P._ an einer leichten bis mittelgradigen depressiven Episode, einer undifferenzierten Somatisierungsstörung, einem chronischen panvertebralen Schmerzsyndrom ohne radikuläre Ausfälle, chronischen Fussschmerzen rechts und es bestand Verdacht auf ein Brugada-Syndrom (genetische Herzrhythmusstörung). Aus polydisziplinärer Sicht sei der Explorand seit März 2003 für jegliche leichte bis mittelschwere Tätigkeiten zu 70 % arbeits- und leistungsfähig. Dies gelte auch für die zuletzt ausgeübte Tätigkeit als selbstständigerwerbender Immobilienvermittler, die in einem vollen Pensum - mit vermehrten Pausen - umgesetzt werden könne. Mit Verfügung vom 12. März 2009 wies die IV-Stelle das Rentenbegehren mit der Begründung ab, der Versicherte sei nicht während mindestens eines Jahres im Umfang von 40 % arbeitsunfähig gewesen. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 16. September 2009 ab, welcher vom Bundesgericht mit Urteil 8C_900/2009 vom 18. März 2010 bestätigt wurde. A.b Am 3. Mai 2010 erfolgte eine erneute Anmeldung zum Leistungsbezug. Mit Verfügung vom 16. Juli 2010 wies die IV-Stelle das neue Leistungsbegehren ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung wurde angeführt, einerseits sei mit dem anlässlich der Neuanmeldung eingereichten Bericht des behandelnden Psychiaters, Dr. med. K._, Klinik Y._, vom 17. Mai 2010 keine Verschlechterung des Gesundheitszustandes glaubhaft gemacht worden, weshalb nicht darauf eingetreten werden könne. Selbst wenn dies der Fall wäre, müsste im gegenwärtigen Zeitpunkt das Rentenbegehren abgewiesen werden, da die einjährige Wartefrist gemäss Art. 28 Abs. 1 lit. b IVG noch nicht erfüllt sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess eine dagegen gerichtete Beschwerde mit Entscheid vom 2. März 2011 gut und wies die IV-Stelle an abzuklären, ob sich der Gesundheitszustand des Versicherten seit Erlass der Verfügung vom 12. März 2009 in anspruchsrelevanter Weise verändert habe. A.c Die IV-Stelle liess P._ wiederum im Begutachtungsinstitut X._ polydisziplinär begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 21. November 2011 verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 24. April 2012 den Leistungsanspruch des Versicherten erneut. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 29. August 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt P._ beantragen, die Sache sei in Aufhebung des kantonalen Entscheides an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie eine stationäre Begutachtung seines Gesundheitszustandes anordne und danach über seinen Anspruch auf eine Invalidenrente neu entscheide. Das Bundesgericht hat die vorinstanzlichen Akten beigezogen. Es ist kein Schriftenwechsel durchgeführt worden.