Sachverhalt: A. Die Politische Gemeinde Ermatingen hat vor, den ehemaligen Güterschuppen beim Bahnhof Ermatingen (Parzelle Nr. 404, im Eigentum der SBB) zu einem Jugendtreff umzubauen. Als Trägerschaft wirkt der Verein für Jugend und Freizeit Ermatingen, dem als Mitglieder die Politische Gemeinde Ermatingen sowie verschiedene Kirch- und Schulgemeinden angehören und mit welchem die SBB einen Mietvertrag bis 28. Februar 2015 abgeschlossen hat. Während der Auflage des Baugesuches erhob X._ als Eigentümer eines dem Projekt schräg gegenüber liegenden Wohnhauses und eines Mehrfamilienhauses mit zehn Mietwohnungen Einsprache. Er rügte unter anderem das Fehlen eines Betriebskonzepts für den Jugendtreff. Ohne ein solches könne nicht überprüft werden, inwiefern sich die Zweckänderung des Schuppens nachteilig auf seine Liegenschaften auswirke. Da mit übermässigen Lärmimmissionen zu rechnen sei, sei das Baugesuch nicht zu bewilligen. Da die Politische Gemeinde Ermatingen selber Bauherrin ist, wurde die Angelegenheit an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau zum Entscheid überwiesen. Dieses führte einen Augenschein durch, und es wurde eine Präzisierung zum Jugendtreff-Betrieb formuliert. Am 17. Juni 2005 wies das Department die Einsprache ab, soweit sie nicht durch Vergleich erledigt worden war. Gleichzeitig erteilte es der Politischen Gemeinde Ermatingen die Baubewilligung unter zahlreichen Auflagen. Gegen den Entscheid des Departementes gelangte X._ ans Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Zur Begründung machte er im Wesentlichen geltend, das Vorhaben sei nicht zonenkonform. Die betroffene Parzelle sei im Zonenplan weiss eingefärbt und als Bahnareal nicht dem Baugebiet zugeteilt. Weiter führte er u.a. an, durch das Projekt würden untolerierbare Lärmimmissionen entstehen und verlangte eine Lärmprognose. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 10. Mai 2006 ab. Mit Eingabe vom 29. August 2006 erhob X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Dieses hiess das Rechtsmittel mit Urteil 1A.180/2006 vom 9. August 2007 gut, hob das Urteil des Verwaltungsgerichts auf und wies die Angelegenheit zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Das Bundesgericht begründete die Beschwerdegutheissung damit, dass das Verwaltungsgericht keine Prognose über die zu erwartende Lärmbelastung des Jugendtreffs erstellt habe. Insbesondere würden Angaben zur Schalldämmung des Gebäudes fehlen. Die Bundesrechtskonformität des umstrittenen Projekts lasse sich daher nicht beurteilen. In Nachachtung des bundesgerichtlichen Urteils fasste das Verwaltungsgericht am 12. September 2007 einen Beweisbeschluss, mit dem bei dipl. Ing. ETH/SIA/SVI Y._ ein Lärmgutachten in Auftrag gegeben wurde. Ein hiergegen erhobenes Rekusationsbegehren wurde am 12. Dezember 2007 abgewiesen. Am 30. April 2008 erstattete der Experte eine Lärmprognose, zu welcher der Beschwerdeführer am 14. Juli 2008 Zusatzfragen stellte. Diese wurden vom Experten am 19. September 2008 beantwortet. In der Folge erhielten die Beteiligten Gelegenheit, hierzu abschliessende Bemerkungen und Ergänzungen einzureichen. Davon machte insbesondere der Beschwerdeführer am 7. November 2008 noch einmal Gebrauch. Mit Entscheid vom 18. Februar 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde erneut ab und wies das Departement für Bau und Umwelt an, die Baubewilligung um die in den Erwägungen erwähnten Auflagen zu ergänzen. B. X._ hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 18. Februar 2009 beim Bundesgericht wiederum Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Politischen Gemeinde Ermatingen sei die Baubewilligung nicht zu erteilen (Ziff. 1). Eventualiter sei die Lärmprognose des Büros Y._ vom 30. April 2008 aus dem Recht zu weisen, und es sei ein neuer Experte zu benennen, zu instruieren und mit der Durchführung der Lärmprognose zu betrauen (Ziff. 2). Eventualiter sei eine Oberexpertise durchzuführen (Ziff. 3). Eventualiter sei eine (nachträgliche) Experteninstruktion mit Anpassung des Expertiseauftrags durchzuführen (Ziff. 4). Eventualiter sei der Experte anzuweisen, die beschwerdeführerische Zusatzfrage 1 vom 14. Juli 2008 zu beantworten und es sei dem Unterzeichnenden die Antwort unter gleichzeitiger Fristansetzung zur Beweiswürdigung zuzustellen (Ziff. 5). Eventualiter sei das Baugesuch unter der Auflage zu bewilligen, dass für den geplanten Jugendtreff eine Massivbaukonstruktion gewählt wird (Ziff. 6). Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Politischen Gemeinde Ermatingen. Ausserdem ersucht der Beschwerdeführer um Durchführung eines Augenscheins und um Erteilung der aufschiebenden Beschwerdewirkung. C. Das Verwaltungsgericht, das Departement für Bau und Umwelt sowie die Politische Gemeinde Ermatingen schliessen auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Umwelt als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde liess sich ohne ausdrückliche Antragstellung vernehmen. Der Beschwerdeführer replizierte und hielt den Antrag 5 (Beantwortung einer Zusatzfrage durch den Experten) nicht mehr aufrecht. Die Politische Gemeinde Ermatingen nahm zur Vernehmlassung des BAFU Stellung. Des Weitern äusserte sie sich zur Replik des Beschwerdeführers. D. Mit Verfügung vom 28. Mai 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.