Sachverhalt: A. Seit dem Jahre 2001 wurden in Biel-Benken (BL) verschiedene Katzen angeschossen, welche zum Teil ihren Schussverletzungen erlagen. Aus dem Kadaver einer Katze wurde ein Projektil des Kalibers 22 si-chergestellt. Aufgrund der Aussage einer Geschädigten, sie habe gehört, dass X._ in dieser Gegend schon auf Vögel und Katzen geschossen habe, eröffnete das Bezirksstatthalteramt Arlesheim gegen diesen eine Strafuntersuchung. Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft stellte das Verfahren gegen X._ am 10. Juli 2008 ein und überband ihm die Hälfte der Verfahrenskosten von Fr. 848.-. X._ gelangte gegen die Kostenauflage an das Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft, welches die Beschwerde mit Beschluss vom 10. November 2008 abwies. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 31. Januar 2009 beantragt X._, der Beschluss des Verfahrensgerichts vom 10. November 2008 sei aufzuheben, und es seien ihm keine Verfahrenskosten aufzuerlegen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. Die Staatsanwaltschaft und das Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schliessen auf Abweisung der Beschwerde.