Sachverhalt: A. Die im Jahre 2001 gegründete X._ GmbH mit ursprünglichem Sitz in G._ weist ein Stammkapital von Fr. 20'000.-- auf. Gesellschafterin ohne Zeichnungsberechtigung mit einer Stammeinlage von Fr. 19'000.-- ist A._; ihr Ehemann B._ ist Gesellschafter mit einer Stammeinlage von Fr. 1'000.-- sowie Geschäftsführer mit Einzelunterschrift. Die X._ GmbH bezweckt im Wesentlichen die Erstellung von Buchhaltungen und Abschlüssen, die Durchführung von Revisionen, Steuerberatungen, Unternehmensbegleitungen, Firmengründungen und Unternehmensbewertungen. In den Jahren 2002 bis 2006 betrieb A._ zudem die Einzelfirma Y._ mit Sitz in F._. Deren Zweck bestand in der Erstellung von Buchhaltungen und Abschlüssen sowie im Durchführen von Revisionen, Steuerberatungen und Unternehmensbegleitungen. B. Für die Steuerperiode 2003 deklarierte die X._ GmbH einen Reingewinn von Fr. 2'056.--. Mit Veranlagungsverfügung vom 12. Dezember 2005 setzte die kantonale Steuerverwaltung Schwyz resp. die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer den steuerbaren Reingewinn für die Kantons- sowie für die direkte Bundessteuer 2003 auf Fr. 66'500.-- fest. Nebst diversen kleineren Aufrechnungen erfasste sie insbesondere eine geldwerte Leistung von Fr. 57'243.-- aus Ertragsverzicht zugunsten der Einzelfirma von A._. Eine dagegen erhobene Einsprache wies die kantonale Steuerkommission mit Entscheid vom 7. Juli 2008 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hiess mit Entscheid vom 4. März 2009 eine Beschwerde insoweit gut, als es die Aufrechnung der geldwerten Leistungen von Fr. 57'243.-- aufhob und den steuerbaren Reingewinn der X._ GmbH auf Fr. 9'331.-- herabsetzte. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 4. März 2009 führen die Steuerverwaltung und die Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons Schwyz mit Eingabe vom 28. April 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 4. März 2009 sei aufzuheben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerkommission vom 7. Juli 2008 sei zu bestätigen. Sie rügen die Verletzung von Bundesrecht und eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts. D. Während die Beschwerdegegnerin die Abweisung der Beschwerde und die Eidgenössische Steuerverwaltung deren Gutheissung beantragen, verzichtet das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf eine Vernehmlassung.