Sachverhalt: A. Die Keytrade AG bzw. Keytrade SA oder Keytrade Ltd. (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist eine schweizerische Aktiengesellschaft mit Sitz in Thalwil/ZH. Sie wurde am 2. Mai 1997 in das Handelsregister eingetragen und bezweckt den weltweiten Handel mit Rohstoffen, insbesondere mit chemischen Düngemitteln, inklusive Transport, Lagerung und alle damit zusammenhängenden Aktivitäten. Die Keytrade Bank SA (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine belgische Aktiengesellschaft und wurde 1998 gegründet. Am 18. Februar 2009 liess sie im Handelsregister des Kantons Genf eine Zweigniederlassung unter der Firma Keytrade Bank SA, Bruxelles, succursale de Genève eintragen. Die Beklagte bezweckt den Betrieb einer Bank und den Wertpapierhandel. B. Am 23. Dezember 2009 klagte die Keytrade AG beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Keytrade Bank SA und verlangte von ihr zunächst, die Führung der Firma Keytrade Bank SA, Bruxelles, succursale de Genève in der Schweiz nach Ablauf einer angemessenen Frist zu unterlassen. Dieses Begehren sei aufgrund der Verwechslungsgefahr zwischen der prioritätsälteren Firma der Klägerin und der jüngeren Firma der schweizerischen Zweigniederlassung der Beklagten begründet. Weiter klagte sie gestützt auf Art. 29 Abs. 2 ZGB auf Unterlassung der Anmassung ihres Namens durch die Beklagte und beantragte, dieser sei zu verbieten, sich oder ihre schweizerische Zweigniederlassung oder ihre Dienstleistungen in der Schweiz weiterhin mit "Keytrade Bank" oder "Keytrade Bank Geneva Branch" zu bezeichnen. Schliesslich beantragte sie die Löschung des von der Beklagten verwendeten Domain-Namens "keytradebank.ch". Zur Durchsetzung ihrer Begehren verlangte die Klägerin die Androhung einer Bestrafung nach Art. 292 StGB im Zuwiderhandlungsfall. Mit Urteil vom 1. Dezember 2011 hiess das Handelsgericht die Klage wie folgt gut: "1. Der Beklagten wird mit Wirkung ab dem 61. Tag nach Rechtskraft dieses Urteils verboten, die Firma der Zweigniederlassung "Keytrade Bank SA, Bruxelles, succursale de Genève" zu führen, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Busse wegen Verstosses gegen Art. 292 StGB im Falle der Zuwiderhandlung. 2. Der Beklagten wird mit Wirkung ab dem 31. Tag nach Rechtskraft dieses Urteils verboten, sich oder ihre schweizerische Zweigniederlassung oder ihre Dienstleistungen mit "Keytrade Geneva Branch Bank" oder "Keytrade Bank" zu bezeichnen, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Busse wegen Verstosses gegen Art. 292 StGB im Falle der Zuwiderhandlung. 3. Die Beklagte wird verpflichtet, innerhalb einer Frist von 30 Tagen nach Rechtskraft dieses Urteils den Domain-Namen "keytradebank.ch" löschen zu lassen, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Busse wegen Verstosses gegen Art. 292 StGB im Falle der Zuwiderhandlung. ..." C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 1. Dezember 2011 aufzuheben und die Klage sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.