Sachverhalt: A. Mit Einspracheentscheid vom 1. Oktober 2008 bestätigte die CSS Kranken-Versicherung AG ihre Verfügung vom 29. Mai 2008, mit welcher sie das Gesuch des M._ um Kostengutsprache für das Medikament Bondronat in Höhe von Fr. 6021.95 abgelehnt hatte. B. Auf die hiegegen eingereichte Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. März 2009 nicht ein, weil sie am 7. November 2008 verspätet eingereicht worden sei. C. M._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt sinngemäss, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei dem Fristwiederherstellungsgesuch stattzugeben und das kantonale Gericht zu verpflichten, auf die Beschwerde einzutreten.