Sachverhalt: A. A.a Am 23. November 2010 verfügte der Präsident des Kantonsgerichts Appenzell Ausserrhoden in Anwendung von Art. 731b OR die Auflösung der Z._ AG, mit Sitz in A._, und ordnete deren Liquidation nach den Vorschriften des Konkurses an. Am 4. März 2011 gab der Einzelrichter des Kantonsgerichts dem Antrag des Konkursamtes des Kantons Appenzell Ausserrhoden, Zweigstelle Heiden, auf Durchführung summarischen Konkursverfahrens statt. Auf Ersuchen des Konkursamtes stellte der Präsident des Kantonsgerichts am 6. Dezember 2011 das Konkursverfahren mangels Aktiven ein. Nach Leistung des notwendigen Kostenvorschusses durch einen Gläubiger nahm das Konkursamt das Verfahren anfangs 2012 wieder auf. A.b Im Rahmen dieses Verfahrens erliess das Konkursamt sodann eine Reihe von Anordnungen. So legte es unter anderem am 3. Februar 2012 den Kollokationsplan und den zweiten Teil des Inventars auf, wobei es in der Publikation im SHAB auch auf die Leistung des Kostenvorschusses für die Wiederaufnahme des Verfahrens hinwies. Am 14. Februar 2012 setzte das Konkursamt die interne Versteigerung der "X._"-Markenrechte auf den 2. März 2012 an. Ebenfalls am 14. Februar 2012 erliess es ein Gläubigerzirkular betreffend die Abtretung diverser Rechtsansprüche. A.c Die X._ GmbH und die Y._ GmbH haben in diesem Konkursverfahren Forderungen angemeldet. Sie erhoben am 16. Februar 2012 Beschwerde beim Obergericht Appenzell Ausserrhoden, Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, mit dem Antrag (Verfahren AB 12 3), die konkursamtliche Verfügung vom 14. Februar 2012 betreffend die interne Versteigerung aufzuheben (Ziff. 1). Zudem seien sämtliche Verfügungen des Konkursamtes seit dem 22. Dezember 2011 aufzuheben, insbesondere diejenige betreffend die Auflegung des Inventars und des Kollokationsplans vom 3. Februar 2012 sowie das Gläubigerzirkular vom 14. Februar 2012 zwecks Abtretung diverser Rechtsansprüche (Ziff. 2). Die Beschwerdeführerinnen stellten zudem das Gesuch, dieses Verfahren mit der bereits am 13. Februar 2012 gegen die Wiederaufnahme des Konkursverfahrens eingereichten Beschwerde (Verfahren AB 12 2) zu vereinigen. Ferner ersuchten sie, der Beschwerde vom 13. Februar 2012 und derjenigen vom 16. Februar 2012 die aufschiebende Wirkung zu gewähren. B. Mit Verfügung vom 20. Februar 2012 hiess der Präsident das mit Beschwerde vom 16. Februar 2012 gestellte Gesuch der Beschwerdeführerinnen um aufschiebende Wirkung gut, da die angefochtene Versteigerung eine Verwertungshandlung darstelle (Verfahren AB 12 3). Gleichentags wies der Präsident das mit Beschwerde vom 13. Februar 2012 gestellte Gesuch der Beschwerdeführerinnen um aufschiebende Wirkung ab, da die Auflage des Kollokationsplans und des Inventars keine Verwertungshandlung darstellten (Verfahren AB 12 2). C. Die X._ GmbH und die Y._ GmbH sind mit Beschwerde in Zivilsachen vom 2. März 2012 an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführerinnen beantragen, ihrer Beschwerde an die kantonale Aufsichtsbehörde vom 16. Februar 2012 die aufschiebende Wirkung zu erteilen, soweit sie sich gegen das Gläubigerzirkular vom 14. Februar 2012 betreffend die Abtretung diverser Rechtsansprüche richte. Dies habe in Ergänzung der Präsidialverfügung vom 20. Februar 2012 betreffend die interne Versteigerung zu erfolgen (Verfahren AB 12 3). Eventualiter sei die kantonale Aufsichtsbehörde in diesem Sinne anzuweisen. Am 16. März 2012 gewährte die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung der Beschwerde in Zivilsachen die aufschiebende Wirkung. Das Konkursamt beantragt bereits im Rahmen der Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Präsident der kantonalen Aufsichtsbehörde räumt in seiner Antwort ein, zum Gesuch um aufschiebende Wirkung im Rahmen der Beschwerde gegen das Gläubigerzirkular bisher keine Verfügung erlassen zu haben.