Sachverhalt: A. Mit Einspracheentscheid vom 12. Januar 2006 sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau M._ (geboren 1955) eine halbe Invalidenrente zu. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 19. Dezember 2006 in dem Sinne teilweise gut, dass es den Einspracheentscheid vom 12. Januar 2006 aufhob und die Sache zur weiteren Abklärung sowie neuer Verfügung im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurückwies. B. Nach Einholen eines Gutachtens des Instituts X._ vom 24. Januar 2008 hob die IV-Stelle mit Verfügung vom 22. April 2008 die Invalidenrente auf Ende Mai 2008 auf. Die daraufhin eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 14. Oktober 2008 ab. C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides "sei das die Verfügung der halben Rente anfechtende Verfahren als durch Rückzug für abgeschrieben festzustellen und damit die früher verfügte halbe Rente weiterlaufen zu lassen".