Sachverhalt: A. A.a A._ und B._ sind Miteigentümer des Grundstücks Nr. 1 in G._. Am 30. März 2007 gelangten sie mit einer Eigentums- und Grenzscheidungsklage gegen C._, Eigentümer des Grundstückes Nr. 2, F._, Eigentümer des Grundstückes Nr. 3, und D._ sowie E._, Miteigentümer des Grundstücks Nr. 4, an den Kreispräsidenten Fünf Dörfer. Sie beanspruchten je eine Teilfläche der genannten Grundstücke ihrer Nachbarn - insgesamt 87 m2 - als zu ihrem Grundstück zugehörig. Mit Urteil vom 2. Juli 2008 wies das Bezirksgericht Landquart die Klage ab. Die dagegen eingereichte Berufung wurde vom Kantonsgericht Graubünden am 14. Mai 2009 abgewiesen. Die daraufhin beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen ist noch hängig (Verfahren 5A_434/2009). A.b Mit Schreiben vom 13. August 2008 forderten A._ und B._ C._, F._ und D._ sowie E._ auf, die Verbundsteine gemäss dem behaupteten Grenzverlauf sowie die Kirschlorbeersträuche, je gemäss zugehöriger Skizze, zu entfernen. Für den Unterlassungsfall drohten sie den Nachbarn entsprechende Handlungen an. A.c Auf Ersuchen von C._, F._ und D._ sowie E._ wies der Kreispräsident Fünf Dörfer A._ und B._ mit Verfügung vom 23. Februar 2009 an, bis zum 31. März 2009 die auf dem Grundstück Nr. 4 entfernten Verbundsteine fachmännisch wieder einzubauen und die auf den Grundstücken Nr. 2, Nr. 3 und Nr. 4 angebrachten Markierungen zu entfernen. Sollten die genannten Arbeiten nicht fristgerecht ausgeführt werden, würden sie auf deren Kosten an einen Fachmann vergeben. B. Der Einzelrichter des Kantonsgerichts von Graubünden wies die Beschwerde von A._ und B._ am 30. März 2009 ab und setzte ihnen eine neue Frist zur Wiederherstellung auf den 31. Mai 2009 an. C. A._ und B._ sind mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 27. Mai 2009 an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführer beantragen die Aufhebung der einzelrichterlichen Verfügung und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. Die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Es sind keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt worden.