Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AG wurde am 18. Januar 2001 als Beteiligungsgesellschaft durch die B._ AG gegründet und firmierte vorerst als C._ AG mit Sitz in U._/BE. Sie erlitt infolge Abschreibungen auf Beteiligungen in den Jahren 2001 und 2002 Verluste von rund 15 Mio. Fr. Sie wurde in liquide Form gebracht und war in den Jahren 2003 bis 2006 inaktiv. Im Jahr 2006 wurde sie im Hinblick auf einen Beteiligungserwerb umbenannt und vollumfänglich saniert, einerseits durch Herabsetzung des Aktienkapitals von 17 Mio. Fr. auf 4 Mio. Fr., wobei der Herabsetzungsbetrag vollumfänglich zur Reduktion der Unterbilanz verwendet wurde, andererseits durch einen Zuschuss à fonds perdu durch die B._ AG von rund 3,2 Mio. Fr. Nachdem der geplante Beteiligungserwerb gescheitert war, verlegte die A._ AG am 19. Juni 2007 ihren Sitz nach V._/ZH und änderte ihren Zweck dahin gehend, dass sie neu Dienstleistungen im Bereich des Forderungsmanagements sowie des Inkassowesens erbringt. Alleinaktionärin war stets die B._ AG. A.b. Mit der D._ AG in V._/ZH besass die B._ AG eine weitere hundertprozentige Tochtergesellschaft, die im Inkassogeschäft sowie im Bereich Kunden- und Kreditkartengeschäft aktiv war. Vom Kunden- und Kreditkartengeschäft wollte sich die B._ als Folge eines strategischen Entscheides trennen. Mit Vertrag vom 27. Juni 2007 übernahm die A._ AG rückwirkend ab 1. Januar 2007 von der D._ AG deren Inkassogeschäft einschliesslich Personal und das benötigte Sachanlagevermögen zu Buchwerten zum Preis von 4 Mio. Fr. Die dergestalt in verkaufsfähige Form gebrachte D._ AG konnte in der Folge an die E._ AG veräussert werden. A.c. Per 31. Oktober 2009 wurde die A._ AG durch die F._ AG - auch eine Tochtergesellschaft der B._ AG - absorbiert, womit ihre Steuerpflicht endete. Seither firmiert die F._ AG als Rechts- und Steuernachfolgerin der (alten) A._ AG ebenfalls als A._ AG. B. In der Steuererklärung 2009 deklarierte die A._ AG einen Reingewinn von Fr. 1'626'493.-- und verrechnete diesen mit den aus den Vorjahren (ab 2002) verbliebenen Verlusten von rund 16,5 Mio. Fr. Abweichend davon schätzte das Kantonale Steueramt Zürich die Steuerpflichtige für die direkte Bundessteuer 2009 (Periode vom 1.1. bis 31.10.) mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 734'000.-- ein. Dabei liess es lediglich den Verlust des Geschäftsjahres 2007, soweit dieser nicht bereits mit dem im Geschäftsjahr 2008 erzielten Gewinn verrechnet werden konnte, zum Abzug zu. Die Verrechnung mit Verlusten aus den Jahren 2002 bis 2006 wurde der Steuerpflichtigen verweigert. Eine Einsprache blieb ohne Erfolg. Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 24. August 2012 ab. Dabei erklärte es in einem ersten Schritt die von der Steuerpflichtigen gewünschte Verlustverrechnung unter dem Gesichtswinkel von Art. 67 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) als grundsätzlich zulässig, verweigerte jedoch die Verlustverrechnung infolge Steuerumgehung. Das in der Folge angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess mit Urteil vom 22. Mai 2013 demgegenüber die Beschwerde der Steuerpflichtigen gut, und veranlagte die Steuerpflichtige für die direkte Bundessteuer vom 1. Januar 2009 bis 31. Oktober 2009 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 0.-- bei einem Eigenkapital von Fr. 4'744'000.--. C. Hiergegen führt das Kantonale Steueramt Zürich Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Mai 2013 sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 8. März 2012 sei zu bestätigen. Die A._ AG (Beschwerdegegnerin) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt Gutheissung, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schiesst auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei).