Sachverhalt: A. Am 21. Juli 2006 erhob die X._ (Beschwerdeführerin) beim Kantonsgericht Graubünden gegen die in Chur domizilierte Y._ AG (Beschwerdegegnerin) eine patentrechtliche Klage. Der Kantonsgerichtspräsident ordnete die Erstellung eines Sachverständigengutachtens an. Am 30. April 2007 reichten die Parteien Anträge zur Nomination und Instruktion des Sachverständigen ein. Mit prozessleitender Verfügung vom 14. Februar 2008 setzte der Kantonsgerichtspräsident als Sachverständigen Patentanwalt Z._ von der Firma A._ AG ein. Nach erfolgter Experteninstruktion vom 10. März 2008 orientierte der Experte den Kantonsgerichtspräsidenten am 4. Juni 2008 telefonisch über den Umstand, dass er bzw. seine Kanzlei in einer anderen Patentsache von einer Drittfirma beauftragt worden sei, diese als Lizenznehmerin bei der Verhandlung und Abwicklung eines Patentlizenzvertrages mit der Erfinderin und hiesigen Beschwerdeführerin zu vertreten. Seine Mandantin habe dabei lizenzvertraglich die Pflicht übernommen, beim Europäischen Patentamt ein Patent auf den Namen der Beschwerdeführerin zu erwirken. Zur Herstellung der Handlungsfähigkeit der Kanzlei vor dem Europäischen Patentamt sei diese von der Beschwerdeführerin formell bevollmächtigt worden. Nach Angaben des Experten äusserte sich der Kantonsgerichtspräsident ihm gegenüber dahingehend, dass dieser Umstand kein Befangenheitsproblem darstelle. Der Auftrag an Patentanwalt Z._ zur Erstellung der Gerichtsexpertise wurde jedenfalls nicht widerrufen. Am 1. Dezember 2008 erstattete er sein Gutachten. Dieses wurde den Parteien am 4. Dezember 2008 zugestellt. B. Am 26. Januar 2009 stellte die Beschwerdegegnerin nebst weiteren Begehren den Antrag, Patentanwalt Z._, sei seiner Funktion als gerichtlicher Experte zu entheben und sein Gutachten vom 1. Dezember 2008 aus dem Recht zu weisen. Zur Begründung brachte sie im Wesentlichen vor, dass zwischen dem Gutachter Z._, der geschäftsführendes Mitglied der Patentanwaltskanzlei A._ sei, und der Beschwerdeführerin ein im August 2007 eingegangenes und andauerndes Mandatsverhältnis bestehe. Mit Schreiben vom 30. Januar 2009 nahm der Gerichtsexperte Stellung zur Ausstandsfrage. Dabei stellte er ein Mandatsverhältnis zwischen ihm bzw. der Kanzlei A._ und der Beschwerdeführerin in Abrede. Die Kanzlei arbeite ausschliesslich im Auftrag und auf Weisung einer Lizenznehmerin an der dem Patent EP XXX._ zu Grunde liegenden Erfindung. Mit Verfügung vom 21. August 2009 wies der instruierende Richter die mit Eingabe vom 26. Januar 2009 gestellten Anträge der Beschwerdegegnerin vollumfänglich ab. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdegegnerin Beschwerde an die II. Zivilkammer des Kantonsgerichts Graubünden, u. a. mit den Anträgen, die angefochtene Verfügung aufzuheben, Patentanwalt Z._, seiner Funktion als gerichtlicher Experte zu entheben und sein Gutachten vom 1. Dezember 2008 aus dem Recht zu weisen. Mit Beiurteil vom 16. Dezember 2009 hiess das Gericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit darauf einzutreten war, hob die angefochtene Verfügung auf und schloss das Gutachten von Z._ vom 1. Dezember 2008 als Beweismittel aus. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Beiurteil des Kantonsgerichts vom 16. Dezember 2009 vollumfänglich aufzuheben. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt unter Verzicht auf Gegenbemerkungen, die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei.