Sachverhalt: A. A.a Mit Eingabe vom 27. Mai 2010 reichte die X._ AG (Beschwerdeführerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich ein Massnahmebegehren gegen die Y._ AG (Beschwerdegegnerin 1) sowie die in Belgien domizilierten Gesellschaften Z._ NV (Beschwerdegegnerin 2) und Q._ BVBA (Beschwerdegegnerin 3) ein. Die Beschwerdeführerin beantragte, es sei den Beschwerdegegnerinnen "unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft im Widerhandlungsfall zu untersagen, den antimykotischen Stift gegen Nagelpilz, den sie unter der Marke R._ bewerben und verkaufen ..., in die Schweiz einzuführen, hier zu bewerben, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise gewerblich zu verwenden". Dabei machte sie geltend, der von den Beschwerdegegnerinnen hergestellte bzw. vertriebene Stift verletze ihr Patent EP 111._. Der unabhängige Anspruch 1 des Streitpatents lautet wie folgt: "Wasserfreie und von film- und lackbildenden Zusätzen freie, topisch anwendbare Mittel zur Behandlung von Onychomykosen und zur Nagelpflege, enthaltend a. eine oder mehrere Wirksubstanzen b. einen oder mehrere CrC4-Alkylester der Milchsäure, der Apfelsäure, der Weinsäure oder der Zitronensäure als Carrier und c. gegebenenfalls physiologisch verträgliche Hilfsstoffe." Der inkriminierte Stift der Beschwerdegegnerinnen hat unstrittig einen Wassergehalt von 2 %. A.b Mit Verfügung vom 11. Februar 2011 wies der Einzelrichter im summarischen Verfahren am Handelsgericht des Kantons Zürich das Massnahmebegehren ab (Dispositiv-Ziffer 1). Er erwog, der Beschwerdeführerin sei es nicht gelungen, glaubhaft zu machen, dass das Merkmal "wasserfrei" des unabhängigen Anspruchs 1 dahingehend auszulegen sei, dass ein Wassergehalt von 2 % darunter falle. Damit habe die Beschwerdeführerin nicht glaubhaft gemacht, dass der Stift der Beschwerdegegnerinnen in den Schutzbereich des Streitpatents falle. Der Einzelrichter setzte im Weiteren die Gerichtsgebühr auf Fr. 35'000.-- fest (Dispositiv-Ziffer 2), auferlegte der Beschwerdeführerin die Kosten (Dispositiv-Ziffer 3) und verpflichtete sie zur Zahlung einer Prozessentschädigung an die Beschwerdegegnerinnen von je Fr. 35'000.-- (Dispositiv-Ziffer 4). B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es seien Dispositiv-Ziffern 1, 3 und 4 der Verfügung des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 11. Februar 2011 aufzuheben und die Sache sei zu neuer Entscheidung über die Gewährung der vorsorglichen Massnahme an das Handelsgericht zurückzuweisen. Dabei sei das Handelsgericht anzuweisen, das beantragte Verbot zu erlassen, eventualiter sei ein Fachrichtervotum, subeventualiter ein Kurzgutachten einzuholen. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. C. Mit Verfügung vom 21. März 2011 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung ab.