Sachverhalt: A. Das zürcherische Gesetz über das Gesundheitswesen vom 4. November 1962 (im Folgenden: Gesundheitsgesetz bzw. GesG/ZH) gewährt in § 17 den Ärzten ausserhalb der Städte Zürich und Winterthur das Recht, mit Bewilligung der Direktion des Gesundheitswesens eine Privatapotheke zu führen. Die Tätigkeit der Apotheker ist in §§ 23 ff. GesG/ZH geregelt. Die regierungsrätliche Verordnung über den Verkehr mit Heilmitteln vom 28. Dezember 1978 (im Folgenden: Heilmittelverordnung bzw. HMV/ZH) enthält in §§ 51 ff. nähere Bestimmungen über die Privatapotheken der Ärzte. Die Inhaber von Privatapotheken dürfen Arzneimittel nur für Patienten mitgeben, die bei ihnen in Behandlung stehen (§ 52 HMV/ZH). B. In einem Urteil vom 13. Juli 1973 (publ. in: ZBl 74/1973 S. 504 ff.) verneinte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich das Vorliegen einer rechtsungleichen Behandlung durch den in § 17 GesG/ZH statuierten Ausschluss der in Zürich und Winterthur praktizierenden Ärzte von der Selbstdispensation. Hingegen gelangte das Verwaltungsgericht im genannten Urteil zum Schluss, das für die Ärzte in den Städten Zürich und Winterthur geltende Selbstdispensationsverbot verstosse gegen die Handels- und Gewerbefreiheit. Aufgrund einer Vereinbarung der Ärztegesellschaft des Kantons Zürich mit dem Apothekerverein des Kantons Zürich wurden in der Folge aber nur wenige Selbstdispensationsbewilligungen für Ärzte in Zürich und Winterthur erteilt (vgl. ZBl 99/1998 S. 572-574). C. C.a Mit Entscheid vom 26. Februar 1998 (publ. in: ZBl 99/1998 S. 568 ff.) - betreffend das Gesuch eines HMO-Zentrums in Zürich um Erteilung der Bewilligung zur Medikamentenabgabe - bejahte das Verwaltungsgericht aufgrund der dahingehenden bundesgerichtlichen Rechtsprechung die grundsätzliche Vereinbarkeit von Einschränkungen der Selbstdispensation mit der Handels- und Gewerbefreiheit. In der Beschränkung des Verbotes auf die Städte Zürich und Winterthur erblickte das Gericht aber einen Verstoss gegen die Rechtsgleichheit. Der kantonale Gesetzgeber sei bei Erlass bzw. Weiterführung der in § 17 GesG/ZH enthaltenen Regelung davon ausgegangen, die Medikamentenabgabe sei zum Schutze der öffentlichen Gesundheit durchwegs den Apotheken vorzubehalten, wobei in Gebieten mit ungenügender Versorgung durch öffentliche Apotheken die Selbstdispensation trotz der damit verbundenen Gefahren als das kleinere Übel zugelassen werden müsse. Die seit dem Jahre 1951 bestehende Abgrenzung zwischen den Städten Zürich und Winterthur einerseits und den übrigen Gemeinden andererseits habe seinerzeit noch als zulässige Pauschalierung gelten können. Nachdem jedoch heute in zahlreichen Landgemeinden eine oder mehrere Apotheken bestünden, halte die in § 17 GesG/ZH getroffene räumliche Abgrenzung vor dem Rechtsgleichheitsgebot nicht mehr stand. Aufgrund der heutigen Dichte und Verteilung von Apotheken im Kanton Zürich bestehe für die in § 17 GesG/ZH getroffene Unterscheidung kein vernünftiger und sachlicher Grund mehr. Ob darüber hinaus auch ein Verstoss gegen die Gleichbehandlung der Gewerbegenossen vorliege, liess das Gericht offen. Aufgrund akzessorischer Normenkontrolle sei § 17 GesG/ZH nicht anzuwenden, soweit diese Bestimmung eine Selbstdispensationsbewilligung für Ärzte in Zürich und Winterthur ausschliesse. Da es Aufgabe des Gesetzgebers und nicht des Verwaltungsgerichts sei, die Frage der Selbstdispensation verfassungskonform zu regeln und der Entscheidungsspielraum durch das ergehende Urteil nicht eingeschränkt werden dürfe, sei die konkret anbegehrte Selbstdispensationsbewilligung nur bis zum Inkrafttreten einer neuen gesetzlichen Regelung zu erteilen, ohne dass hiefür dannzumal ein Bestandsschutz beansprucht werden könne. C.b Der Inhaber einer in der Nähe des oben erwähnten HMO-Zentrums gelegenen Apotheke führte gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung des Willkürverbotes sowie der derogatorischen Kraft des Bundesrechts, auf welche das Bundesgericht mit Urteil 2P.195/1998 vom 15. Juni 1999 (publ. in: ZBl 101/2000 S. 533 ff.), von gewissen Verfahrensrügen abgesehen, mangels Legitimation des Beschwerdeführers nicht eintrat. D. Die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich bewilligte in der Folge 87 Gesuche für die Medikamentenabgabe durch Ärzte in Zürich und Winterthur. Seit September 1998 sistierte sie die noch hängigen, zu hunderten eingegangenen Gesuche, dies zunächst bis zum Vorliegen des bundesgerichtlichen Entscheides vom 15. Juni 1999 bzw. bis zum Vorliegen der Begründung desselben, dann bis zu einem Volksentscheid über die Neuregelung der Selbstdispensation. Die dagegen beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich erhobenen Beschwerden blieben erfolglos. Im Frühjahr 2001 befasste sich der Kantonsrat mit der Neuregelung der Selbstdispensation. Eine erste Vorlage, welche als Gegenvorschlag zu zwei eingereichten und wieder zurückgezogenen Volksinitiativen der Apothekerschaft einerseits und der Ärzteschaft andererseits konzipiert war, sah im Wesentlichen vor, dass Ärzten die Führung einer Privatapotheke bewilligt wird, wenn sich in einer Gemeinde keine oder im Verhältnis zur Bevölkerung zu wenige öffentliche Apotheken befinden oder wenn diese für wesentliche Teile der Bevölkerung schlecht erreichbar sind. Ferner war die Abgabeberechtigung für den Fall vorgesehen, dass sich innerhalb eines Umkreises von 500 m zur Praxis keine Apotheke befindet und der Arzt sich an den allgemeinen medizinischen Notfalldiensten der Standesorganisationen beteiligt. Diese Vorlage wurde von den Stimmberechtigten am 23. September 2001 mit 54 % Neinstimmen verworfen (vgl. die Darstellung in der Vernehmlassung der Gesundheitsdirektion). Die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich hielt trotz dieses Ergebnisses die Sistierung der Gesuche um Selbstdispensation für Ärzte in Zürich und Winterthur aufrecht, wogegen eine Gesuchstellerin erfolglos an das Verwaltungsgericht und hernach an das Bundesgericht gelangte (Urteil 2P.225/2002 vom 26. Mai 2003). Eine zweite, vom Regierungsrat ausgearbeitete Gesetzesvorlage sah vor, dass Ärzte in Gemeinden ohne mindestens eine Apotheke mit durchgehender Öffnungszeit die Abgabeberechtigung erlangen konnten. Seitens der Ärzte wurde gegen diese vom Kantonsrat verabschiedete Gesetzesänderung das Referendum ergriffen. In der Volksabstimmung vom 30. November 2003 wurde auch diese Neuregelung mit einer Mehrheit von 59 % abgelehnt. E. Der Regierungsrat des Kantons Zürich beschloss in der Folge am 10. März 2004 eine Änderung von § 51 der Verordnung über den Verkehr mit Heilmitteln, wonach Ärzte nunmehr im ganzen Kantonsgebiet, d.h. auch in den Städten Zürich und Winterthur, mit Bewilligung der Gesundheitsdirektion eine Privatapotheke führen können. Die geänderte Bestimmung lautet wie folgt: § 51 Zur Führung einer ärztlichen Privatapotheke ist eine Bewilligung der Direktion des Gesundheitswesens erforderlich. Die Bewilligung wird praxisberechtigten Ärztinnen und Ärzten sowie ambulanten gemeinnützigen Institutionen nach § 9 der Ärzteverordnung erteilt. Für die Einrichtungen der Privatapotheken gelten die §§ 15 bis 18 sowie 23 und 35 dieser Verordnung. Zur Behebung untergeordneter Mängel kann die Bewilligung mit Auflagen versehen werden. Die Bewilligungen werden befristet und auf Gesuch erneuert, wenn die Voraussetzungen fortbestehen. Die zur Abgabe von Medikamenten berechtigten Ärztinnen, Ärzte und ambulanten gemeinnützigen Institute sind verpflichtet, in ihren Praxisräumen an gut sichtbarer Stelle den Hinweis anzubringen, dass die Medikamente auch gegen Rezept in der Apotheke bezogen werden können. F. Der Apothekerverband des Kantons Zürich sowie drei Inhaber von in Zürich, Winterthur und Fehraltdorf gelegenen Apotheken führen gegen diesen Beschluss des Regierungsrates am 19. Mai 2004 staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, die Verordnungsänderung aufzuheben. Sie rügen eine Verletzung der Gewaltenteilung, der derogatorischen Kraft des Bundesrechts sowie der Rechtsgleichheit und des Vertrauensschutzes. In ihrer Beschwerdeergänzung vom 17. September 2004 halten die Beschwerdeführer an ihren Vorbringen fest. Die Gesundheitsdirektion beantragt namens des Regierungsrates, auf die Beschwerde wegen fehlender Legitimation nicht einzutreten, eventuell die Beschwerde abzuweisen. Mit Verfügung vom 10. Juni 2004 erteilte der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung der staatsrechtlichen Beschwerde aufschiebende Wirkung. G. Mit Eingabe vom 19. Mai 2004 führte eine Gruppe von Stimmberechtigten aus dem Kanton Zürich beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde (1P.301/2004) wegen Verletzung der politischen Rechte gemäss Art. 85 lit. a OG, mit der ebenfalls die Aufhebung des Beschlusses des Regierungsrates über die Änderung von § 51 der Heilmittelverordnung verlangt wird. Mit der Behandlung dieser - bei der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hängigen - Beschwerde wurde bis zum Abschluss des vorliegenden Verfahrens 2P.131/2004 zugewartet.