Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 25. Oktober 2010 sprach die IV-Stelle Basel-Landschaft dem 1962 geborenen A._ für die Zeit von Juni 2009 bis Juni 2010 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 50 % eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. B. Die dagegen vom Versicherten erhobene Beschwerde mit dem Antrag, es sei ihm entsprechend der effektiven Erwerbsunfähigkeit ab Juni 2009 eine unbefristete Invalidenrente zuzusprechen, hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, nach Einholung eines Gerichtsgutachtens vom 23. Dezember 2011 mit Entscheid vom 10. Mai 2012 in dem Sinne gut, als es befand, der Beschwerdeführer habe ab 1. Juni 2009 Anspruch auf eine Dreiviertelrente und ab 1. Juli 2010 auf eine Viertelrente. C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, ihre Verfügung sei wiederherzustellen, wobei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen sei. In seiner Vernehmlassung schliesst der Beschwerdegegner auf Nichteintreten auf die Beschwerde, eventualiter sei diese abzuweisen, so weit auf sie eingetreten wird. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.