(Wiederaufnahme; Erlass der Einschreibgebühr)hat sich ergeben: A.- E._ wurde mit Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 21. November 1995 wegen sexueller Handlung mit einem Kind zu einer Gefängnisstrafe von zwei Jahren verurteilt. Anstelle des Strafvollzuges ordnete das Gericht die Verwahrung an. E._ stellte in der Folge mehrere Gesuche um Wiederaufnahme des Strafverfahrens. Diese wurden vom Kantonsgericht entweder durch Prozessurteil erledigt oder unbeantwortet zu den Akten gelegt. B.- Am 25. Mai 2001 liess E._ beim Kantonsgericht ein weiteres Wiederaufnahmegesuch einreichen. Unter anderem beantragte er, es sei auf die Erhebung einer Einschreibgebühr zu verzichten. Der Präsident der Strafkammer des Kantonsgerichts wies das Gesuch um Erlass der Einschreibgebühr mit Schreiben vom 15. Juni 2001 wegen offensichtlicher Unbegründetheit des Wiederaufnahmegesuchs ab und setzte eine zehntägige Notfrist zur Bezahlung der Einschreibgebühr an. Auf Intervention des Vertreters von E._ bestätigte er diese Anordnung mit Schreiben vom 21. Juni 2001, welches als abweisende Verfügung zu betrachten sei. C.- E._ hat am 29. Juni 2001 eine staatsrechtliche Beschwerde eingereicht. Er beantragt, es sei die Verfügung des Kantonsgerichts St. Gallen vom 21. Juni 2001 aufzuheben und das Gesuch um Erlass der Einschreibgebühr gutzuheissen. Daneben ersucht er um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde und Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Zur Begründung führt er im Wesentlichen aus, das Kantonsgericht habe zu Unrecht das Vorliegen neuer Tatsachen und Beweismittel verneint. Dies stelle eine formelle Rechtsverweigerung dar und verletze Art. 9 BV. D.- Das Kantonsgericht St. Gallen hat auf die Einreichung einer schriftlichen Vernehmlassung verzichtet.