Sachverhalt: A. Die 1989 geborene H._ liess am 5. September 2006 bei der IV-Stelle des Kantons Zürich ein Gesuch u.a. um medizinische Massnahmen zur Behandlung einer Anorexia nervosa stellen. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren wies die IV-Stelle das Leistungsgesuch mit Verfügung vom 15. Februar 2007 ab. B. Die hiegegen eingereichten Beschwerden der Versicherten (vertreten durch ihren Vater) sowie der obligatorischen Krankenpflegeversicherung Swica hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Juni 2008 gut, nachdem es zuvor die beiden Verfahren vereinigt hat. Das Gericht stellte auf während der Hängigkeit der Beschwerde seitens der Swica eingereichte Stellungnahmen behandelnder Ärzte ab. C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie die Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 15. Februar 2007. Ferner ersucht das BSV um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Die Swica und sinngemäss die Versicherte (ausserhalb der Frist) schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die IV-Stelle unterstützt das Rechtsbegehren des BSV. D. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2008 erteilte der Instruktionsrichter der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.