Sachverhalt: A. A.a. Mit Entscheid vom 14. Januar 2014 wies die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde (KESB) Y._ X._ in Anwendung von Art. 426 ZGB fürsorgerisch in die Universitären Psychiatrischen Kliniken (UPK) Z._ ein. Die Massnahme war bis zum 18. April 2014 befristet. X._ gelangte dagegen mit Beschwerde an die Rekurskommission für fürsorgerische Unterbringungen (FU-Rekurskommission), welche die Beschwerde am 11. Februar 2014 abwies. X._ wandte sich anschliessend mit Eingabe vom 20. März 2014 an das Bundesgericht. Er beantragte die Aufhebung der Massnahme und ersuchte um unentgeltliche Rechtspflege. Mit Schreiben vom 31. März 2014 teilte der Anwalt von X._ dem Bundesgericht mit, die fürsorgerische Unterbringung sei am 26. Februar 2014 aufgehoben worden, nachdem X._ nicht mehr aus dem Ausgang zurückgekehrt war und eine Fahndung nach ihm erfolglos blieb. In der Folge schrieb das Bundesgericht das Verfahren in Anwendung von Art. 32 Abs. 2 BGG als gegenstandslos ab (Urteil 5A_234/2014 vom 2. April 2014). A.b. Am 21. März 2014 ordnete Dr. med. A._ von den Medizinisch-pharmazeutischen Diensten (MPD) C._ erneut die fürsorgerische Unterbringung von X._ an und wies ihn in die UPK ein. Dagegen erhob X._ am 26. März 2014 Beschwerde bei der FU-Rekurskommission. A.c. Die FU-Rekurskommission beauftragte Dr. med. B._ mit der Begutachtung von X._. Das Gutachten lag am 27. März 2014 vor. Am 1. April 2014 hörte die Rekurskommission X._, die behandelnde Ärztin und den Beistand von X._ an. Im Anschluss daran wies die FU-Rekurskommission die Beschwerde ab und verfügte wie folgt: "Herr X._ kann aufgrund der am 21. März 2014 verfügten fürsorgerischen Unterbringung weiterhin bis längstens zum 2. Mai 2014 in den Universitären Psychiatrischen Kliniken (UPK) untergebracht werden. Sollte die Einrichtung der Auffassung sein, dass Herr X._ auch nach diesem Zeitpunkt einer fürsorgerischen Unterbringung bedarf, müsste sie bis spätestens 18. April 2014 schriftlich Antrag an die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde stellen." B. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 29. April 2014 wendet sich X._ (Beschwerdeführer) an das Bundesgericht. Er beantragt, den Entscheid der FU-Rekurskommission vollumfänglich aufzuheben. Dementsprechend sei die über ihn verhängte fürsorgerische Unterbringung sofort aufzuheben und er aus der UPK zu entlassen; eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesgericht hat keine Vernehmlassungen, aber die vorinstanzlichen Akten eingeholt. Aus diesen ergibt sich, dass die KESB Y._ am 28. April 2014 eine vorsorgliche Massnahme erliess und darin wie folgt verfügte: "Im Sinne einer vorsorglichen Massnahme wird X._ gestützt auf Art. 445 Abs. 1 ZGB i.V.m. Art. 426 Abs. 1 ZGB in den Universitären Psychiatrischen Kliniken/Z._ untergebracht. Die vorsorgliche Massnahme ist bis zum 20. Mai 2014 befristet. Nach Ablauf des vorgenannten Datums fällt die Massnahme dahin, wenn sie nicht zuvor bestätigt oder abgeändert wird."