Sachverhalt: A. A.a. In teilweiser Gutheissung einer Klage der X._ AG (nachfolgend: Klägerin) verpflichtete das Regionalgericht Bern-Mittelland mit Entscheid vom 8. April 2011 A._ (nachfolgend: Beklagter), der Klägerin Fr. 150'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 9. September 2008 zu bezahlen und hob in diesem Umfang den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 20844699 des Betreibungsamtes Bern-Mittelland auf. A.b. Diesen Entscheid hob das Obergericht des Kantons Bern mit Urteil vom 21. Dezember 2011 (Verfahren ZK 11 314) in teilweiser Gutheissung einer Berufung des Beklagten auf und wies die Streitsache zur Durchführung einer Expertise und zu neuer Beurteilung an das Regionalgericht zurück (Dispositiv-Ziffern 1 und 2). Es verurteilte die Klägerin, die oberinstanzlichen Gerichtskosten von Fr. 7'500.-- zu bezahlen und den Beklagten für das oberinstanzliche Verfahren mit Fr. 12'643.50 zu entschädigen (Dispositiv-Ziffern 3 und 4). A.c. Auf die gegen diesen Rückweisungsentscheid gerichtete Beschwerde der Klägerin trat das Bundesgericht mit Urteil 4A_56/2012 vom 12. März 2012 nicht ein. B. B.a. Das Regionalgericht entschied nach Durchführung des Beweisverfahrens mit Urteil vom 4. Februar 2013 erneut. Es verpflichtete den Beklagten wiederum zur Zahlung von Fr. 150'000.-- nebst Zins an die Klägerin und hob in diesem Umfang den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 20844699 auf. Die Kosten auferlegte es dem Beklagten. B.b. Der Beklagte erhob gegen diesen Entscheid am 6. März 2013 Berufung beim Obergericht des Kantons Bern (act. 9, Verfahren ZK 13 135). Dieses Verfahren ist noch hängig. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. März 2013 beantragt die Klägerin (nachstehend: Beschwerdeführerin) dem Bundesgericht,die Ziffern 3 und 4 des Entscheids des Obergerichts des Kantons Bern vom 21. Dezember 2011 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Eventualiter sei der Beklagte (nachstehend: Beschwerdegegner) zu verurteilen, die Gerichtskosten des Verfahrens ZK 11 314 vor dem Obergericht des Kantons Bern zu be-zahlen und die Beschwerdeführerin für dieses Verfahren angemessen zu entschädigen. Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Eventualiter sei sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. In ihrer Replik stellt die Beschwerdeführerin das Begehren, das Beschwerdeverfahren sei bis zum rechtskräftigen Abschluss des Hauptverfahrens (ZK 13 135) vor Obergericht zu sistieren. Der Beschwerdegegner widersetzt sich diesem Begehren in der Duplik.