Sachverhalt: A. Mit Mahnung/Verfügung vom 5. April 2008 erhob das Strassenverkehrsamt des Kantons Thurgau bei X._ den Betrag von Fr. 100.--, bestehend aus der Gebühr für eine Fahrzeugprüfung vom 16. Januar 2008 von Fr. 80.-- und einer Mahngebühr von Fr. 20.--. Dagegen rekurrierte X._ an die kantonale Rekurskommission für Strassenverkehrssachen, wobei er geltend machte, es müsse sich um ein Versehen handeln, denn die Gebühr sei bereits am 18. Dezember 2007 von seiner Gutschrift über Fr. 70.45 in Abzug gebracht worden und den restlichen Betrag von Fr. 9.55 habe er am 31. Januar 2008 überwiesen. B. Mit Entscheid vom 23. Juni 2008 wies die Rekurskommission für Strassenverkehrssachen des Kantons Thurgau den Rekurs ab mit der Begründung, der Beschwerdeführer habe am 18. Dezember 2007 die periodische Fahrzeugprüfung versäumt, wofür ein Betrag von Fr. 80.-- in Rechnung gestellt und die Gutschrift von Fr. 70.45 in Abzug gebracht worden sei (Rechnung Nr. A._ vom 21. Dezember 2007). Am 16. Januar 2008 habe die Fahrzeugprüfung dann stattgefunden, wofür wiederum eine Gebühr von Fr. 80.-- erhoben worden sei (Rechnung Nr. B._ vom 25. Januar 2008). Auf Letztere beziehe sich die Mahnung/Verfügung, die folglich zu Recht erlassen worden sei. C. Mit Eingabe vom 12. August 2008 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde mit dem Antrag, den Entscheid der Rekurskommission zu "widerrufen" und die Rechnung für die Motorfahrzeugprüfung vom 18. Dezember 2007 "für ungültig" zu erklären. Er bringt vor, gar nie ein Aufgebot für die angeblich versäumte Prüfung vom 18. Dezember 2007 erhalten zu haben. D. Das Präsidium der Rekurskommission für Strassenverkehrssachen des Kantons Thurgau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) verzichtet auf eine Stellungnahme mit der Begründung, die vorliegende Beschwerdesache betreffe die Erhebung kantonaler Gebühren und damit nicht Fragen des Strassenverkehrsrechts des Bundes.