Sachverhalt: A. Die B._ AG (Vermieterin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) und die A._ GmbH (Mieterin, Beklagte, Beschwerdeführerin) schlossen am 30. April 2009 einen Mietvertrag über Geschäftsräume in Z._. Der Bruttomietzins betrug monatlich Fr. 8'013.--. Per 1. Januar 2011 wurde der Mietzins auf Fr. 8'119.-- erhöht. Ab Juni 2012 bezahlte die Mieterin keinen Mietzins mehr und bestand stattdessen auf Verrechnung der ausstehenden Mietzinse mit dem Guthaben von Fr. 48'000.-- gemäss Ziffer 21 des Mietvertrages. B. B.a. Mit Klage vom 23. Oktober 2012 beantragte die Vermieterin dem Bezirksgericht Rheinfelden, die Mieterin sei zur Zahlung von Fr. 24'351.-- nebst Zins zu verurteilen und in den Betreibungen Nr. xxx und Nr. yyy des Betreibungsamtes Kaiseraugst sei der Rechtsvorschlag in der Höhe von Fr. 8'117.-- bzw. Fr. 16'292.55 aufzuheben. Mit Entscheid vom 17. Januar 2013 hiess die Gerichtspräsidentin des Bezirksgerichts Rheinfelden die Klage gut und hob den Rechtsvorschlag in den beiden Betreibungen im beantragten Umfang auf. B.b. Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Aargau, welches diese mit Entscheid vom 24. September 2013 abwies. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 24. September 2013 sei aufzuheben und die Klage vom 23. September (recte: Oktober) 2012 sei abzuweisen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, nicht auf die Beschwerde einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Präsidialverfügung vom 25. Februar 2014 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung abgewiesen.