(Art. 13c Abs. 2 ANAG; 96-Stunden-Frist), hat sich ergeben: A.- Der aus Syrien stammende H._, geb. 1969, kam am 22. April 2000 von Kairo her im Flughafen Zürich-Kloten an. Am 23. April 2000 stellte er im Transitbereich des Flughafens ein Asylgesuch. Mit Verfügung vom 25. April 2000 verweigerte ihm das Bundesamt für Flüchtlinge die Einreise vorläufig und wies ihm für die Dauer des weiteren Asylverfahrens bis längstens 10. Mai 2000 den Transitbereich des Flughafens Zürich-Kloten als Aufenthaltsort zu. Am 5. Mai 2000 bewilligte ihm das Bundesamt für Flüchtlinge die Einreise in die Schweiz nicht, wies ihn vorsorglich aus der Schweiz nach Ägypten weg, erklärte die vorsorgliche Wegweisung als sofort vollstreckbar und beauftragte die Flughafenpolizei mit dem Vollzug der Wegweisung; einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Am 10. Mai 2000 wies die Schweizerische Asylrekurskommission ein Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der inzwischen eingereichten Beschwerde ab. Diese Verfügung wurde dem Betroffenen am 12. Mai 2000 eröffnet. Am 15. Mai 2000 wurde H._ "zwecks Gewährung des rechtlichen Gehörs" auf dem Polizeiposten des Flughafens in Haft genommen. Am 16. Mai 2000 verfügte die Fremdenpolizei des Kantons Zürich die Ausschaffungshaft bis zum 15. August 2000 und beantragte dem Haftrichteramt die Bestätigung der Haft. Am 18. Mai 2000 entschied der Haftrichter am Bezirksgericht Zürich, dass die angeordnete Ausschaffungshaft nicht bestätigt werde. Er begründete dies damit, dass die 96-Stunden-Frist, innerhalb welcher die Ausschaffungshaft durch eine richterliche Behörde zu überprüfen sei, im Flughafenverfahren mit der Eröffnung des vollstreckbaren, vorsorglichen Wegweisungsentscheids beginne. Diese Frist habe im konkreten Fall am 12. Mai 2000 (um 9.20 Uhr) begonnen und sei somit am 16. Mai 2000 (um 9.20 Uhr) abgelaufen. Das Begehren um Haftprüfung sei erst am 18. Mai 2000 (um 8.15 Uhr) beim Haftrichteramt eingegangen und deshalb verspätet. Dadurch seien wesentliche Verfahrensvorschriften verletzt worden. Da eine Gefährdung der öffentlichen Sicherheit weder von der Fremdenpolizei geltend gemacht werde noch den Akten entnommen werden könne, sei der Antragsgegner aus der Haft zu entlassen. H._ wurde noch am gleichen Tag (18. Mai 2000) aus der Haft und aus dem Transitbereich des Flughafens Zürich-Kloten entlassen. Am 23. Mai 2000 wurde er von der Empfangsstelle Kreuzlingen dem Kanton St. Gallen zugewiesen. B.-Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement (im Folgenden: Departement) hat am 16./19. Juni 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben und beantragt, den Entscheid des Haftrichters vom 18. Mai 2000 aufzuheben. Das Departement rügt eine Verletzung von Bundesrecht, weil der Haftrichter davon ausgehe, dass die 96-Stunden-Frist zur Überprüfung der angeordneten Ausschaffungshaft nicht ab dem Zeitpunkt der tatsächlichen Inhaftierung (am 15. Mai 2000), sondern bereits ab Eröffnung des Entscheids der Asylrekurskommission vom 12. Mai 2000 zu laufen begonnen habe. Die Fremdenpolizei des Kantons Zürich hat unter Hinweis auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Haftrichter am Bezirksgericht Zürich hat ausdrücklich auf Vernehmlassung verzichtet, während sich H._ nicht vernehmen liess.