Art. 14 Abs. 2 UNO-Pakt II (Strafverfahren), hat sich ergeben: A.- Das Strafgericht Basel-Stadt verurteilte X._ am 25. März 1999 wegen mehrfacher sexueller Nötigung, Raubes, Beschimpfung, mehrfacher Drohung und Gehilfenschaft zur Nötigung zu drei Jahren Gefängnis. Ausserdem erklärte es eine am 29. August 1996 bedingt ausgesprochene 10-monatige Gefängnisstrafe vollziehbar. Es hielt u.a. für erwiesen, dass X._ am 9. März 1998 den damals 17-jährigen, geistig zurückgebliebenen Y._ in der Herrentoilette des Badischen Bahnhofs gezwungen hatte, ihn oral zu befriedigen, anschliessend gegen dessen Willen den Analverkehr mit ihm vollzogen und ihn schlussendlich ausgeraubt hatte, wobei er den Widerstand Y._ mit einem Faustschlag ins Gesicht gebrochen hatte. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt sprach X._ mit Urteil vom 29. März 2000 in einem untergeordneten, hier nicht weiter interessierenden Punkt frei und bestätigte im Übrigen das erstinstanzliche Urteil. B.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung von Art. 32 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 2 EMRK, Art. 14 Abs. 2 UNO-Pakt II, des Grundsatzes "in dubio pro reo" sowie der persönlichen Freiheit beantragt X._, das Urteil des Appellationsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C.- Die Staatsanwaltschaft und das Appellationsgericht beantragen unter Verweis auf die beiden in dieser Sache ergangenen Urteile, die Beschwerde abzuweisen. Y._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.