Sachverhalt: A. In der Nacht vom 19. auf den 20. Januar 2004 brach im B._ Hotel ein Brand aus. Das gesamte Gebäude wurde bis auf die Grundmauern zerstört. Der beigezogene wissenschaftliche Dienst der Stadtpolizei Zürich kam zum Schluss, dass mindestens zwei unabhängige und relativ weit auseinanderliegende Brandherde (im Bereich des leer stehenden Zimmers 207 im 2. Obergeschoss sowie im Treppenaufgang des 3. Obergeschosses bzw. 1. Dachgeschosses) existierten, weshalb von Brandstiftung ausgegangen wurde. B. Anlässlich des Personalweihnachtsessens vom 18. Dezember 2003 - rund einen Monat vor dem Brand - wurde ein Fehlalarm ausgelöst, wobei anders als bei früheren Fehlalarmen der laute Sirenenalarm nicht zu hören gewesen ist. Da der Fehlalarm durch übermässiges Rauchen in einem der Personalzimmer ausgelöst worden war, stellte Y._, Vertreter der Eigentümergemeinschaft des Hotels, den Alarm beim entsprechenden Tableau der Rezeption zurück und deaktivierte unbeabsichtigt die Brandmeldegruppe 8 im Dachgeschoss. Weshalb der Sirenenalarm ausgeschaltet war, konnte polizeilich nicht ermittelt werden. X._ wird vorgeworfen, dass er nach dem Fehlalarm vom 18. Dezember 2003 sowie einem weiteren Fehlalarm vom 1. Januar 2004 die Funktionstauglichkeit der Brandmeldeanlage nicht geprüft und den Grund für das Ausbleiben des Sirenenalarms nicht abgeklärt hat. Eine Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Körperverletzung wurde gegen ihn angehoben, da sich A.A._ und A.B._ in der Folge nur noch mit einem Sprung aus dem Fenster retten konnten und sich dabei verletzten. C. Am 29./30. Juni 2009 verurteilte das Kantonsgericht Obwalden X._ wegen fahrlässiger einfacher Körperverletzung zum Nachteil von A.A._ sowie A.B._ zu einer Geldstrafe von 15 Tagessätzen zu Fr. 80.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von zwei Jahren. D. Gegen dieses Urteil erhoben X._ Appellation sowie die Privatklägerin A.A._ Anschlussappellation. Das Obergericht des Kantons Obwalden hiess am 31. Januar 2011 die Appellation einzig im Kostenpunkt gut und wies sie im Übrigen, wie auch die Anschlussappellation, ab. E. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, die Beschwerde sei gutzuheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Obwalden vom 31. Januar 2011 aufzuheben. Auf den Strafantrag der beiden Privatkläger sei mangels rechtsgültigen Strafantrags nicht einzutreten, weswegen das Verfahren gemäss Art. 114 aStPO/OW einzustellen sei. Für die Zivilansprüche seien die Privatkläger an das Zivilgericht zu verweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten sei. F. Die Beschwerde in Strafsachen von Y._ in derselben Angelegenheit wird im Verfahren 6B_223/2011 beurteilt.