Sachverhalt: A. Die Eheleute A.A._ und B.A._ geb. B._ sind wohnhaft in U._/BE. Der Ehemann betätigte sich im hier interessierenden Zeitraum (Jahre 2001 und 2002) im Bereich der Personalvermittlung. Hierzu wirkte er als Geschäftsführer mit Einzelunterschrift, nicht aber Gesellschafter der C._ GmbH mit Sitz in V._/FR und Zweigniederlassung in W._/BE. Die Gesellschaft wurde am 30. November 2001 gegründet, wobei die Bücher rückwirkend per 1. Juli 2001 eröffnet wurden. Die Gründung erfolgte sacheinlageweise durch Übernahme von Aktiven und Verbindlichkeiten der Einzelunternehmung "D._". Aufgrund der Betriebsstätte ist die GmbH im Kanton Bern beschränkt steuerpflichtig. In den Jahren 2001 und 2002 verfügte die C._ GmbH über kein von einer Steuerverwaltung genehmigtes Spesenreglement. Mit Entscheid vom 18. Februar 2014 hat der zuständige freiburgische Gerichtspräsident über die C._ GmbH den Konkurs eröffnet. B. Im Rahmen der Veranlagung des ersten Geschäftsjahrs der GmbH, einem Langjahr (1. Juli 2001 bis 31. Dezember 2002), anerkannte die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg einen Bruttolohn von A.A._ von Fr. 180'000.-- (2001: Fr. 60'000.--; 2002: Fr. 120'000.--) und Effektivspesen von rund Fr. 68'700.-- (2001: Fr. 19'966.--; 2002: Fr. 48'804.--). Demgegenüber beanstandete sie die zusätzlich beanspruchten Pauschalspesen von Fr. 83'000.-- (2001: Fr. 24'000.--; 2002: Fr. 59'000.--) und setzte diese auf Fr. 4'500.-- (2001: Fr. 1'500.--; 2002: Fr. 3'000.--) herab. Gemäss Veranlagungsanzeige vom 26. April 2004 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg in der GmbH unverbuchte geldwerte Leistungen von insgesamt Fr. 121'132.-- auf. Dabei handelte es sich um den Privatanteil an den Pauschalspesen von A.A._ (Fr. 78'500.--), einen Privatanteil an den Autokosten (Fr. 2'500.--) und um Einkommens- und Vermögenssteuern der Eheleute A.-B._, die diese durch die GmbH hatten bezahlen lassen (Fr. 40'132.--). Die Steuerverwaltung des Kantons Bern schloss sich hinsichtlich der bernischen Betriebsstätte den vom Hauptsteuerdomizil getroffenen Aufrechnungen im Umfang von Fr. 121'132.-- an. Die GmbH und deren Organe haben die Aufrechnungen anerkannt. Die Veranlagungsverfügungen 2001/2002 der beiden Kantone sind in Rechtskraft erwachsen. C. Die Eheleute A.-B._ haben in ihren Steuererklärungen der Jahre 2001 und 2002 die geldwerten Leistungen nicht deklariert. Aufgrund der fehlenden Deklaration ist das entsprechende Einkommen auch nicht in die Veranlagungsverfügungen 2001 und 2002 eingeflossen. Die geldwerten Leistungen fanden erstmals in der Steuererklärung 2003 Niederschlag, als die Eheleute eine Schuld ("zinsloses Darlehen") gegenüber der C._ GmbH im Umfang von Fr. 121'132.-- auswiesen. D. Mit Schreiben vom 8. September 2005 eröffnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern gegenüber den Eheleuten A.-B._ ein Nachsteuer- und ein Strafsteuerverfahren. Sie schloss die beiden Verfahren mit zwei Verfügungen vom 19. Oktober 2007 ab. In der Nachsteuerverfügung rechnete sie die übersetzten Pauschalspesen (Fr. 78'500.--), den Privatanteil an den Autokosten (Fr. 2'500.--) und Steuern von noch Fr. 21'649.-- auf, insgesamt Fr. 102'649.--. Dies führte zu Nachsteuern von Fr. 44'007.45, nämlich der Kantons- und Gemeindesteuer des Kantons Bern von Fr. 29'102.50 und der direkten Bundessteuer von Fr. 14'904.95 (je inkl. Zins). Die Bussenverfügung lautete auf einen Betrag von Fr. 18'343.95 (Kantons- und Gemeindesteuern von Fr. 11'977.95, direkte Bundessteuer von Fr. 6'366.--), entsprechend einem Faktor von 0,5 des angepassten hinterzogenen Steuerbetrags. E. Mit zwei Einspracheverfügungen vom 6. Februar 2008 bestätigte die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Nachsteuerverfügung und setzte sie die Steuerbusse geringfügig auf Fr. 18'181.45 herab (direkte Bundessteuer von nunmehr Fr. 6'203.50 bei unveränderter Kantons- und Gemeindesteuer von Fr. 11'977.95). Dagegen erhob A.A._ Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese sistierte das Nachsteuerverfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafsteuerverfahrens und wies alsdann die beiden Rechtsmittel, soweit die Steuerbussen betreffend, mit Entscheid vom 6. Dezember 2011 ab. Eine dagegen erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies dieses mit Urteil vom 29. Januar 2014 ab. F. Mit Eingabe vom 28. Februar 2014 erhebt A.A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, in Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids vom 29. Januar 2014 sei er vom Vorwurf der Steuerhinterziehung freizusprechen. Das Verwaltungsgericht und die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Vernehmlassung. Der Steuerpflichtige repliziert.