Ausnahmebewilligung für Kiesabbau, hat sich ergeben: A.- A._ ist Eigentümer der bisher landwirtschaftlich genutzten Parzelle Nr. ... im Gebiet "Ischlag" in der Gemeinde Kernenried. Sie liegt in der Nähe der Autobahn A 1 und grenzt an die künftige Neubaustrecke der SBB. A._ beabsichtigt, auf diesem Grundstück Kies abzubauen und die Grube mit Material, das beim Bau der neuen Eisenbahnlinie anfällt, wieder aufzufüllen. Der Regierungsstatthalter von Burgdorf verweigerte am 17. November 1998 jedoch die für dieses Vorhaben erforderliche Gesamtbaubewilligung, da ihm überwiegende gewässerschutzrechtliche Interessen entgegenstünden. Die von A._ gegen den Bauabschlag erhobenen Beschwerden an die Bau-, Energie- und Verkehrsdirektion und an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern blieben ohne Erfolg. B.- A._ hat den Entscheid des Verwaltungsgerichts mit einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten und beantragt dessen Aufhebung sowie die Erteilung der Kiesabbaubewilligung. Die Einwohnergemeinde Kernenried stellt den Antrag, es sei die Beschwerde gutzuheissen oder es seien die bernischen Behörden zumindest anzuhalten, einen Bauentscheid auf Grund einer Gesamtwürdigung des Projekts zu fällen. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) hat zu den gewässerschutzrechtlichen Fragen des beabsichtigten Kiesabbaus Stellung genommen und erklärt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts stehe mit dem Bundesrecht im Einklang. Den Beteiligten wurde Gelegenheit gegeben, sich zur Vernehmlassung des UVEK zu äussern.