Pflanzenschutzmittel, hat sich ergeben: A.- Am 12. April 1995 erteilte die Forschungsanstalt für Obst-, Wein- und Gartenbau, Wädenswil, der C._ S.A., welche damals Generalvertreterin des belgischen Unternehmens D._ S.A. war, die Erstbewilligung für das Inverkehrbringen eines Pflanzenschutzmittels mit der Handelsbezeichnung "X._" unter der Kontr. Nr. 5279. Es handelt sich dabei um ein Fungizid mit dem Wirkstoff Propamocarb-hydrochlorid gegen falschen Mehltau an Kopfsalat, Lattich und Zierpflanzen, Keimlingskrankheiten an Samen und Jungpflanzen im Gemüsebau sowie gegen Krankheiten durch pathogene Bodenpilze bei Zierpflanzen. Auf Gesuch der A._ AG vom 29. August 1995 wurde dieser am 26. September 1995 unter der Kontr. Nr. W 5315 die Zweitbewilligung für das Inverkehrbringen von "X._" unter der Handelsbezeichnung "Y._" erteilt. Schon vor "X._" war das Pflanzenschutzmittel "Z._" der Herstellerin E._ auf dem Markt, für das der F._ AG die Erstbewilligung erteilt worden war (Kontr. Nr. W 2479). Im Gesuch der C._ S.A. für das Pflanzenschutzmittel "X._" war vermerkt: "Produit identique à Z._". Die beiden im Hauptstoff (Propamocarb-hydrochlorid) und im Anwendungsgebiet gleichen Produkte unterscheiden sich in den Beistoffen, die verwendet werden, um die Aktivsubstanz wirksam zu machen. Bei "X._" ist zudem aufgrund des Fabrikationsverfahrens ein Nebenprodukt vorhanden, das bei "Z._" fehlt. B.- Die A._ AG vertrieb zunächst unter der Bezeichnung "Y._" das Produkt von D._ S.A., seit 1997 aber - ebenfalls unter der Bezeichnung "Y._" - dasjenige von E._, wobei auf den Etiketten als Herstellerin weiterhin D._ S.A. bezeichnet wurde. Auf Antrag der D._ S.A. vom 31. März 1999 nahm das Bundesamt für Landwirtschaft am 7. Mai 1999 an mehreren Lagerorten der A._ AG eine Bemusterung des Produkts "Y._" vor. In ihrer Stellungnahme vom 18. August 1999 an das Bundesamt für Landwirtschaft machte die A._ AG geltend, die C._ S.A. habe bei Einreichung ihres Gesuches um Bewilligung für das Pflanzenschutzmittel "X._" den Eindruck erweckt, dass dieses identisch sei mit "Z._", was nicht zutreffe. Was seit 1997 durch die A._ AG als "Y._" vertrieben werde, sei mit "Z._" identisch, dies im Gegensatz zu "X._". Die Verwendung der Etiketten mit dem Vermerk "Produktion bei D._" sei irrtümlicherweise erfolgt, weil die früheren Etiketten "Y._" routinemässig aufgebraucht worden seien. Da die von C._ S.A. behauptete Identität von "X._" mit "Z._" nicht zugetroffen habe, müsse der C._ S.A. bzw. der D._ S.A. die am 12. April 1995 erteilte Bewilligung W 5279 entzogen werden, während das gegen die A._ AG gerichtete Verfahren als erledigt abzuschreiben sei. C.- Mit Verfügung vom 14. September 1999 entschied das Bundesamt für Landwirtschaft, der A._ AG werde ab sofort verboten, unter der Etikette "Y._" ein anderes als das der Bewilligung zu Grunde liegende, von der D._ S.A. hergestellte Pflanzenschutzmittel zu vertreiben. Die A._ AG habe die sich noch im Handel befindenden Flaschen mit falschem "Y._" bis am 15. Oktober 1999 zurückzurufen. Es werde ihr ab sofort verboten, das Pflanzenschutzmittel "Z._" zu vertreiben. Eine Nichtbefolgung der Verfügung ziehe Bestrafung nach Art. 292 StGB nach sich, und einer allfälligen Beschwerde werde die aufschiebende Wirkung entzogen. Auf Beschwerde der A._ AG hin stellte die Rekurskommission EVD mit Zwischenverfügung vom 11. November 1999 die aufschiebende Wirkung wieder her. Schon zuvor, nämlich am 1. Oktober 1999, war der A._ AG auf ihr Gesuch hin unter der Kontr. Nr. W 5927 die Zweitbewilligung zum Produkt "Z._" der Firma E._ (Kontr. Nr. 2479) erteilt worden, womit die Verfügung vom 14. September 1999 hinsichtlich des Verbots, "Z._" zu vertreiben, gegenstandslos geworden war. Mit Entscheid der Rekurskommission EVD vom 22. September 2000 wurde die von der A._ AG erhobene Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten und die angefochtene Verfügung nicht gegenstandslos geworden war. Im wesentlichen begründete die Rekurskommission ihren Entscheid damit, dass die A._ AG, nunmehr umbenannt in B._ AG, einzig über die Zweitbewilligung für das Inverkehrbringen von "X._" unter der Handelsbezeichnung "Y._" verfügte, nicht aber über die Bewilligung, "Z._" unter der Bezeichnung "Y._" zu vertreiben. Darin liege ein Verstoss gegen die einschlägigen Bestimmungen, weshalb das Bundesamt zu Recht eingeschritten sei und die angeordneten Massnahmen getroffen habe. D.- Die B._ AG hat mit Eingabe vom 23. Oktober 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, den Beschwerdeentscheid der Rekurskommission EVD aufzuheben, soweit damit die Verfügung des Bundesamtes für Landwirtschaft vom 14. September 1999 geschützt werde, eventuell sei die Sache an die Rekurskommission oder das Bundesamt zurückzuweisen. Das Bundesamt für Landwirtschaft beantragt in seiner Vernehmlassung vom 24. November 2000, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen. Die Rekurskommission EVD hat auf Vernehmlassung verzichtet. E.- Das präsidierende Mitglied der II. öffentlichrechtlichen Abteilung hat am 25. Oktober 2000 superprovisorisch alle Vollziehungsvorkehrungen untersagt. Das von der Beschwerdeführerin gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wird mit dem heutigen Entscheid in der Sache selbst gegenstandslos.