Retentionsrecht, hat sich ergeben: A.- Die A._ AG (nachfolgend: A._) und die B._ AG (nachfolgend: B._), beide in Niederhasli, liessen in der Zeit vom 6. November 1997 bis zum 26. Februar 1999 insgesamt 71'480 kg Rhabarbern geschnitten, 92'440 kg Zwiebel-Würfel und 5'760 kg Apfel-Würfel, nebst geringen Mengen anderer Gemüse- und Obstsorten, an das Kühl- und Lagerhaus der Y._ in Rümikon überführen und dort einlagern. Am 5./25. Januar 1999 kaufte die X._ AG, Zürich, von der B._ 90'000 kg Zwiebel-Würfel, 35'000 kg Rhabarbern geschnitten und 15'000 kg Apfel-Würfel zum Gesamtpreis von Fr. 273'908. 25. Über die A._ wurde am 27. April 1999 der Konkurs eröffnet. Am 27. Mai 1999 gab das Konkursamt Niederglatt die bei der Y._ eingelagerten Waren - von den Apfelwürfeln nur 4'500 kg - zu Gunsten der X._ AG frei, falls diese der Y._ deren Lagerkosten bezahle. Am 8. Juni 1999 stellte die Y._ der X._ AG Fr. 70'744. 15 für aufgelaufene Lagerkosten in Rechnung. Ebenfalls im Juni 1999 teilte die X._ AG der Y._ mit, sie habe 90'000 kg Zwiebel-Würfel an die C._ AG in Schaan/FL verkauft und verlangte gleichzeitig die Herausgabe der eingelagerten Produkte. Daraufhin beanspruchte die Y._ das Retentionsrecht an der gesamten Lagerware. Die X._ AG liess das Retentionsrecht bestreiten, offerierte aber am 16. September 1999 die Hinterlegung von Fr. 73'000.-- auf ein Sperrkonto beim Bezirksgericht Zürich nach Auslagerung der Zwiebeln. In der Folge verlangte die Y._ AG von der X._ AG die Auslagerung der gesamten Ware gegen Bezahlung der Lagerkosten bis zum 22. September 1999. Später verkaufte die Y._ die bei ihr eingelagerten Zwiebel-Würfel für Fr. 126'000.-- an die C._ AG in Schaan/FL und liess die Rhabarbern und Apfel-Stücke entsorgen. Den Erlös aus dem Verkauf der Zwiebel-Würfel beanspruchte die Y._ zur Deckung ihrer Lagerkosten. B.- Am 2. Oktober 2000 erhob die X._ AG beim Handelsgericht des Kantons Aargau Klage gegen die Y._ und verlangte deren Verurteilung zu Schadenersatz in Höhe von Fr. 273'908. 25 nebst 5% Verzugszins seit 17. Juni 1999. Mit Urteil vom 6. September 2001 wies das Handelsgericht die Klage ab. C.- Mit eidgenössischer Berufung beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, es sei die Y._ zu verpflichten, ihr Schadenersatz in der Höhe von Fr. 251'264.-- nebst Zinsen zu 5% seit 10. März 2000 zu bezahlen (Antrag Ziff. 1). Eventualiter verlangt sie, es sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen (Antrag Ziff. 2) sowie bei Annahme eines gültigen Retentionsrechts die Y._ zu verpflichten, ihr Fr. 177'990.-- nebst Zins zu 5% seit 10. März 2000 zu bezahlen (Antrag Ziff. 3). Das Handelsgericht des Kantons Aargau hat auf Gegenbemerkungen verzichtet. Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden.