Sachverhalt: A. Mit Beschluss vom 4. September 2008 bewilligte der Hochbau- und Planungsausschuss Männedorf der Sunrise Communications AG (Sunrise) die Erstellung einer Mobilfunk-Basisstation für GSM- und UMTS auf dem SBB-Areal, Grundstück Kat.-Nr. 7340, an der Alten Landstrasse 2 in Männedorf. Die Antenne soll als Gemeinschaftsanlage zusammen mit der Swisscom Schweiz AG (Swisscom) und der SBB betrieben werden. Das Baugrundstück, auf dem sich bereits heute eine Antennenanlage befindet, liegt in der Zone für öffentliche Bauten Oe2. B. Den dagegen von A._, B._ und C._ erhobenen Rekurs hiess die Baurekurskommission II des Kantons Zürich nach Durchführung eines Augenscheins am 29. Juni 2010 gut und hob die Baubewilligung auf. Die Rekurskommission ging davon aus, die geplante Baute trete mit ihren Ausmassen vom Aussichtspunkt "Weieren" aus optisch überaus stark störend in Erscheinung. Sie verletze damit das besondere Einordnungsgebot nach § 238 Abs. 2 des Zürcher Gesetzes vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht (PBG). C. Gegen den Rekursentscheid gelangten sowohl die Sunrise als auch der Hochbau- und Planungsausschuss Männedorf mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerden am 1. Dezember 2010 teilweise gut. Es entschied, dass § 238 Abs. 2 PBG nicht anwendbar sei, weil kein einordnungsmässiger Bezug zwischen der geplanten Mobilfunk-Antennenanlage und dem Aussichtspunkt "Weieren" bestehe. Es hob den Rekursentscheid auf und wies die Akten zur Prüfung der weiteren Rügen der damaligen Rekurrierenden und zu neuer Entscheidung an die Baurekurskommission II zurück. Auf die dagegen gerichtete Beschwerde von A._, B._ und C._ trat das Bundesgericht am 30. Mai 2011 nicht ein (Urteil 1C_46/2011). D. Im zweiten Rechtsgang wies das Baurekursgericht den Rekurs von A._, B._ und C._ am 8. November 2011 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 8. August 2012 ab. E. Gegen beide verwaltungsgerichtlichen Entscheide haben A._, B._ und C._ am 17. September 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, die angefochtenen Entscheide seien aufzuheben, der Entscheid der Baurekurskommission vom 29. Juni 2010 sei zu bestätigen und es sei die Bewilligung zur Erstellung einer Mobilfunk-Antennenanlage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 7340 in Männedorf zu verweigern. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. F. Sunrise, der Hochbau- und Planungsausschuss Männedorf und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest. Die Beschwerdegegnerin und die Gemeinde äusserten sich am 5. und 7. Februar 2013 dazu. G. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.