Sachverhalt: A. Die Kriminal- und Anklagekommission des Obergerichts des Kantons Luzern ordnete am 18. Januar 2001 eine ambulante Massnahme gegen X._ an, nachdem bei ihm im Zusammenhang mit einem Strafverfahren wegen Drohung und Gewalt gegen Behörden und Beamte eine chronische paranoide Schizophrenie diagnostiziert worden war. Später eröffnete das Amtsstatthalteramt Luzern gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen einfacher Körperverletzung, begangen am 16. Dezember 2007, zum Nachteil seines Zimmernachbarn B._ in der Pension "E._" in Luzern. Am 5. November 2009 stellte das Amtsstatthalteramt das Verfahren mangels Schuldfähigkeit von X._ ein und ersuchte die Kriminal- und Anklagekommission des Obergerichts des Kantons Luzern um Anordnung einer ambulanten Massnahme mit stationärer Initiierung gemäss Art. 63 StGB. Dieses Verfahren wird auf Antrag von X._ vor dem ordentlichen Richter durchgeführt und ist derzeit beim Amtsgericht Luzern-Stadt hängig. B. Am 5. Oktober 2009 ordnete das Amtsstatthalteramt Luzern eine dringliche vorsorgliche ambulante Massnahme nach § 89bis Abs. 1 StPO/LU an. Gleichzeitig beantragte es eine stationäre Initiierung der Massnahme. Gegen diesen Entscheid erhob X._ Rekurs beim Obergericht des Kantons Luzern. Dieses wies den Rekurs mit Entscheid vom 16. November 2009 ab. C. X._ führt gegen den Rekursentscheid des Obergerichts des Kantons Luzern Beschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Ihm sei ausserdem die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, und es sei ihm Heinz Ottiger als Anwalt beizugeben. D. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.