Sachverhalt: A. Die IBC (Industrielle Betriebe Chur) Energie Wasser Chur überprüfte als Inhaberin der Grundwasserfassungen Rossboden die dortige Schutzzonenausscheidung und passte den Schutzzonenplan sowie das Schutzzonenreglement an. Im geänderten Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 vom 18. Dezember 2008 ist die Parzelle Nr. 1844 im nördlichen Bereich teilweise als Schutzzone S3 und teilweise als Schutzareal (SA) gelb gekennzeichnet. Die Änderungen des Schutzzonenplans wurden am 20. Februar 2009 publiziert und danach 20 Tage öffentlich aufgelegt. Dagegen erhob das eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) Einsprache, mit der es insbesondere beantragte, auf das im Schutzzonenplan vom 18. Dezember 2008 vorgesehene Grundwasserschutzgebiet (bzw. -areal) zu verzichten. Am 25. Januar 2010 wies der Stadtrat Chur die Einsprache ab. B. Gegen diesen Einspracheentscheid erhob das VBS eine Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Graubünden. Dieser wies am 20. Dezember 2010 die Beschwerde ab, soweit er darauf eintrat und genehmigte das vom Stadtrat Chur erlassene Schutzzonenreglement für die Grundwasserfassung Rossboden und den Schutzzonenplan vom 18. Dezember 2008. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden wies eine dagegen vom VBS erhobene Beschwerde mit Urteil vom 28. Februar 2013 ab, soweit es darauf eintrat. C. Das VBS (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 28. Februar 2013 aufzuheben und sowohl dem Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 als auch dem Schutzzonenreglement für die Grundwasserfassungen Rossboden vom 18. Dezember 2008 die Genehmigung zu verweigern, soweit das Grundwasserschutzareal gemäss Schutzzonenplan Nr. GR398 / B1 betroffen ist. Mit Präsidialverfügung vom 18. September 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Das Verwaltungsgericht und der Stadtrat der Stadt Chur schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Regierung des Kantons Graubünden beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, es könne nicht abschliessend beurteilen, ob die bestehende und künftige militärische Nutzung sich mit der Festlegung des Gewässerschutzareals vereinbaren lasse. Der Beschwerdeführer gibt in seiner Replik an, die Parzelle Chur Nr. 1844 werde für Gefechtsübungen mit scharfer Munition genutzt, was in einem Grundwasserschutzareal nicht zulässig sei. Die Regierung des Kantons Graubünden führt in ihrer Replik aus, das umstrittene Schutzareal habe im Schutzzonenplan nur den Charakter eines Hinweises. Die Stadt Chur behauptet in ihrer Replik, die bisherige militärische Nutzung des Gewässerschutzareals sei auch in Zukunft möglich. Der Beschwerdeführer wendet in seiner Duplik ein, entgegen der Annahme der Stadt Chur sei das Grundwasserschutzareal auch ein Zielgebiet für Flachbahn- und Steilfeuerwaffen. Die Stadt Chur widerspricht dieser Angabe in ihrer Triplik. Der Beschwerdeführer verlangt in seiner Quadruplik bezüglich der Nutzung der Ausbildungsplätze als Schiessplatz mit scharfer Munition eine Stellungnahme des BAFU und einen Augenschein. In einer weiteren Eingabe hält die Stadt Chur an ihren bisherigen Ausführungen fest.