Sachverhalt: A. A._ (Kläger, Beschwerdegegner) war nach eigenen Angaben seit dem 1. Januar 2005 bei der X._ Versicherung AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) krankentaggeldversichert. B. B.a Mit Eingabe vom 19. April 2012 erhob A._ Klage gegen die X._ Versicherung AG mit dem Begehren, die X._ Versicherung AG sei zu verpflichten, ihm Krankentaggeldleistungen im Betrag von Fr. 44'552.20 zuzüglich Zins zu 5 % ab dem 1. Juli 2008 auszurichten. B.b Mit Verfügung vom 31. Mai 2012 entschied der Referent des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich auf die Klage einzutreten und wies das Sistierungsgesuch der Beklagten ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei Ziffer 1 der Verfügung des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2012 aufzuheben und auf die Klage vom 19. April 2012 sei nicht einzutreten. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet. Der Kläger hat jedoch unaufgefordert erklärt, dass er sich einer Stellungnahme zur Beschwerde enthalte. D. Mit Präsidialverfügung vom 10. September 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.