Sachverhalt: A. Vor Inangriffnahme der Bauarbeiten für den Eisenbahntunnel der Doppelspur-Strecke Zürich HB - Thalwil liessen die Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG (im Folgenden: SBB oder Enteignerin) an verschiedenen Gebäuden Rissaufnahmen erstellen, so auch am Mehrfamilienhaus Z._-Strasse in Thalwil. Am 27. Mai 1998 nahm das beauftragte Büro eine Zwischenaufnahme und - nach Abschluss der Bauarbeiten - am 1. Oktober 2002 eine Endaufnahme vor. Das abschliessende Rissprotokoll wurde der Grundeigentümerin X._ offenbar am 15. November 2002 zugestellt. Diese versuchte hierauf nach eigener Darstellung mehrmals, mit den zuständigen Verantwortlichen der SBB telefonisch in Kontakt zu treten. Gemäss einer Notiz des Sachbearbeiters auf einem Blatt Papier, das auf der Rückseite das Datum 19. Mai 2003 trägt, wurde schliesslich auf den 6. Juni 2003 eine Besprechung anberaumt. An dieser offerierte die Projektleitung der Grundeigentümerin eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- bis Fr. 3'000.--. Da X._ dieses Angebot ausschlug, übergaben die SBB die Sache ihrer Haftpflichtversicherung. Die Winterthur Versicherungen bestätigten der Grundeigentümerin mit Schreiben vom 23. Juni 2003 ihre Bereitschaft zur Zahlung eines Beitrages von Fr. 3'000.--. In ihrem Schreiben wies die Versicherungsgesellschaft darauf hin, dass nach den vorgenommenen Erschütterungsmessungen in Nähe der fraglichen Liegenschaft die Richtwerte nie überschritten worden und daher tunnelbaubedingte Schäden unwahrscheinlich seien. Andererseits zeige die Schlussaufnahme des Gebäudes, verglichen mit dem Vorzustand, eine Zunahme von Rissbildungen. Das Angebot der SBB zu einer Kostenbeteiligung werde deshalb erneuert, wobei die Frage des Kausalzusammenhangs zwischen den Schäden und den Bauarbeiten der SBB offen bleibe. X._ lehnte die vorgeschlagene Regelung erneut ab. Nachdem auch weitere Verhandlungen ergebnislos verlaufen waren, gelangte X._ mit Schreiben vom 27. Februar 2004 an den Präsidenten der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, und verlangte, dass die SBB verpflichtet würden, 40% der Kosten für die Gebäude-Renovation in Höhe von Fr. 52'000.-- zu übernehmen. B. Nach Durchführung einer Augenscheins- und Schätzungsverhandlung entschied die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, am 28. Mai 2004, die Forderung der Enteigneten infolge Verwirkung nicht zuzulassen. Die Schätzungskommission erwog, die Einhaltung der Verwirkungsfrist sei von Amtes wegen zu prüfen. Da das Verfahren auf Begehren der Enteigneten eingeleitet worden sei, sei diese jedoch verpflichtet, an der Feststellung des Sachverhaltes mitzuwirken. Der Untersuchungsgrundsatz ändere sodann nichts an der Verteilung der materiellen Beweislast bzw. an der Regelung der Folgen der Beweislosigkeit: Der Entscheid falle zu Ungunsten jener Partei aus, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wolle. Nun habe die Enteignete spätestens mit der Mitteilung des Rissprotokolls am 15. November 2002 von der behaupteten Schädigung Kenntnis erhalten. Sie hätte daher ihr Entschädigungsbegehren dem Präsidenten der Schätzungskommission oder einer anderen Behörde bis 15. Mai 2003 zustellen müssen. Die Enteignete sei aber nicht in der Lage gewesen, genauere Angaben darüber zu machen, wann sie mit ihrer Forderung erstmals an die Enteignerin gelangt sei. Beim Präsidenten der Schätzungskommission sei ein Gesuch erst am 2. März 2004 eingegangen. Die Forderung der Enteigneten gelte daher als verwirkt. Selbst wenn aber die Forderungseingabe zugelassen werden müsste, wäre sie abzuweisen, da ein Zusammenhang zwischen den geltend gemachten Gebäudeschäden und den Bauarbeiten nicht nachweisbar sei. Zwar seien die von der Enteignerin vorgelegten Erschütterungsmessungen zur Beweisführung nicht geeignet. Wie sich aus dem Rissprotokoll ergebe, seien jedoch bereits vor dem Baubeginn erhebliche Risse am Gebäude der Enteigneten vorhanden gewesen. Aus dem Umstand, dass nach den Bauarbeiten weitere Risse festgestellt worden seien, lasse sich daher keineswegs ableiten, diese Risse seien Folge der Bauarbeiten. Ebenso wenig könne auf das Empfinden der Bewohner abgestellt werden. Es sei nicht ersichtlich und sei von der Enteigneten auch nicht weiter ausgeführt worden, auf welche Weise ein Zusammenhang zwischen den neuen Rissen und den Bauarbeiten der Enteignerin nachgewiesen werden könnte. Diese Beweislosigkeit wirke sich zu Ungunsten der Gesuchstellerin aus. C. Gegen den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, hat X._ sinngemäss Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und um eine angemessene Entschädigung für die Gebäudeschäden ersucht. Die SBB und die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde.