Sachverhalt: A. Der türkische Staatsangehörige X._ (geb. 1981) reiste am 4. März 2000 in die Schweiz ein und stellte ein Asylgesuch. Nach erfolglosem Asylverfahren wurde er aufgefordert, die Schweiz bis zum 15. Januar 2002 zu verlassen. Seit dem 19. Februar 2002 galt er als verschwunden. Am 1. Oktober 2004 heiratete X._ in Zürich eine schweizerisch-finnische Doppelbürgerin. Von November 2004 bis Juli 2005 hielt sich die Ehegattin in Finnland auf. Auf ihre Rückkehr hin wurde X._ eine Aufenthaltsbewilligung (letztmals verlängert bis zum 30. September 2007) zum Verbleib bei der Ehegattin erteilt. Anscheinend lebte X._ bereits nach der Rückkehr der Ehegattin nicht mehr mit ihr zusammen. Jedenfalls spätestens ab Frühling 2007 hielt sich die Ehegattin im Ausland auf. Ende September 2007 teilte X._ der Sicherheitsdirektion (Migrationsamt) des Kantons Zürich allerdings mit, die Ehegattin weile zurzeit nur in den Ferien und komme demnächst zurück; von Trennung könne keine Rede sein. B. Mit Verfügung vom 12. Februar 2008 lehnte die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich das Gesuch von X._ vom 28. August 2007 um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung wegen rechtsmissbräuchlicher Berufung auf die Ehe ab. X._ rekurrierte dagegen an den Regierungsrat des Kantons Zürich. Anfangs Oktober 2008 erklärte er auf der Staatskanzlei, er lebe seit einem Jahr getrennt von seiner Frau, habe seit sechs Monaten überhaupt keinen Kontakt mit ihr und wisse auch nicht, wo er sie erreichen könnte. Er erkundigte sich ferner nach seinen Verbleibschancen in der Schweiz, falls er eine türkische Bekannte mit Aufenthaltsbewilligung heiraten würde. Der Regierungsrat wies den Rekurs gegen die Verweigerung der Bewilligungsverlängerung mit Beschluss vom 12. November 2008 ab. X._ beschwerte sich dagegen erfolglos beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. März 2009 beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Januar 2009 aufzuheben und der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Das Bundesgericht hat die Akten der kantonalen Behörden beigezogen, jedoch darauf verzichtet, Vernehmlassungen einzuholen. D. Mit Verfügung vom 11. März 2009 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.