Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AG (Klägerin und Beschwerdeführerin) wurde im September 1997 durch das Ehepaar B._, das Ehepaar D._, F._ und G._ rückwirkend auf den 1. April 1997 gegründet. Am Aktienkapital beteiligten sich die Ehepaare D._ und B._ mit je 48 %. Je zwei Prozent des Aktienkapitals zeichneten G._ und F._. Als Verwaltungsrat bestellten die Gründeraktionäre G._ als Präsidenten, F._, D.D._ und B.B._ (Beklagter und Beschwerdegegner) als Mitglieder. B.B._ wurde zudem von der Gesellschaft als Geschäftsführer angestellt. A.b. Bis zur Gründung der A._ AG betrieb B.B._ einen Landwirtschaftsbetrieb mit Milchwirtschaft und Ackerbau. Hierzu gehörte einerseits die Parzelle Nr. xxx (Grundbuch U._), die im Eigentum von B.B._ steht, sowie die Parzelle Nr. yyy (Grundbuch U._), welche 12,36 Hektaren Land umfasst. Diese Parzelle pachtete B.B._ von der Ortsgemeinde U._. Das Ehepaar D._ war seinerseits Pächter der Parzelle Nr. zzz (Grundbuch U._), welche 6,2 Hektaren umfasst und ebenfalls im Eigentum der Ortsgemeinde U._ steht. Auf dieser Parzelle betrieb das Ehepaar D._ bereits vor der Gründung der A._ AG intensiven Bio-Obstanbau. Infolge der von den Ehepaaren B._ und D._ geplanten Zusammenarbeit gab B.B._ seinen Landwirtschaftsbetrieb auf und brachte die von ihm bewirtschafteten Grundstücke ein. Daraufhin betrieb die A._ AG insbesondere auf der Parzelle Nr. yyy Obstbau und übernahm die entsprechenden Investitionen. Parzelle Nr. xxx, auf der sich das Wohnhaus und die Ökonomiegebäude des Ehepaars B._ befinden, wurde als sogenannte Ausgleichsfläche ausgewiesen. A.c. Im Verlauf der weiteren Zusammenarbeit ergaben sich bald Differenzen zwischen den Hauptaktionären der A._ AG u.a. im Zusammenhang mit der Entlöhnung von B.B._ als Geschäftsführer. Im Jahre 2004 zeichnete sich ein Ende der Zusammenarbeit ab, indem der gemeinsame Betrieb wieder aufgelöst werden sollte. Die Aktionäre beschlossen daraufhin, landwirtschaftliche Experten beizuziehen und es wurden Varianten und Möglichkeiten für eine Betriebsaufteilung vorgeschlagen und diskutiert. Diese Verhandlungen zogen sich in der Folge dahin. Am 17. Dezember 2004 kündigte B.B._ zusammen mit seiner Ehefrau gegenüber der A._ AG die Pacht der Parzellen Nr. yyy und Nr. xxx per 1. April 2006. Die A._ AG widersetzte sich diesen Kündigungen. Mit Bezug auf die Parzelle Nr. yyy bestritt sie, dass B.B._ ihr gegenüber als Verpächter anzusehen sei. Mit Bezug auf die Parzelle Nr. xxx hielt sie eine Kündigung frühestens auf den 11. November 2022 für möglich. Das Kreisgericht Werdenberg-Sargans stellte im Entscheid vom 3. November 2005 die Gültigkeit der Kündigung der Pachtverhältnisse per 31. März 2007 fest. Im Übrigen wurde die Klage, insbesondere ein entsprechendes Erstreckungsbegehren der A._ AG, abgewiesen. Die dagegen erhobene Berufung wurde mit Urteil des Kantonsgerichtes St. Gallen vom 17. Januar 2007 vollumfänglich abgewiesen. Mit Urteil 4A_10/2007 vom 18. April 2007 wies das Bundesgericht die daraufhin von der A._ AG erhobene Beschwerde ebenfalls ab, soweit es darauf eintrat. A.d. Nach dem Ende der Verfahren betreffend Kündigung des Pachtverhältnisses und Rückgabe der Betriebsflächen an das Ehepaar B._ nahmen die Parteien im Sommer 2007 Verhandlungen auf über den Austritt des Ehepaars B._ als Aktionäre, die Ausgleichung der gegenseitig vorhandenen Forderungen sowie über die Abgeltung der Investitionen, welche die A._ AG auf dem vormals von B.B._ an die Gesellschaft verpachteten Land getätigt hatte. Nachdem sich die Parteien nicht einigen konnten, reichte die Klägerin am 31. Juli 2008 beim Kreisgericht Werdenberg-Sargans eine entsprechende Klage ein. Am 3. Juni 2009 schlossen die Parteien diesbezüglich einen Vergleich ab: Als Abgeltung der Wertvermehrung gemäss Art. 23 des Bundesgesetzes über die landwirtschaftliche Pacht verpflichtete sich B.B._, die A._ AG mit über einer halben Million Franken zu entschädigen. Diese Entschädigung basierte auf einem Schätzungsbericht, den die Parteien gemeinsam in Auftrag gegeben hatten. Mit der Entschädigungsforderung der A._ AG wurden verschiedene Gegenansprüche von B.B._ bzw. dessen Ehefrau verrechnet. Zur Abgeltung der Restforderung von Fr. 88'000.-- wurde vereinbart, dass die Aktien des Ehepaars B._ zu einem Preis von Fr. 33'000.-- auf E.D._, den Sohn von Aktionär und Verwaltungsrat D.D._, übertragen werden und B.B._ innert 10 Tagen noch den Betrag von Fr. 55'000.-- an die A._ AG bezahlt. Zudem trat B.B._ eigenes Pachtland an die A._ AG ab. Im Weiteren enthält der Vergleich Regelungen über die Eigentumsverhältnisse an Gerätschaften und eine Saldoklausel. Mit Entscheid vom 21. Juli 2009 schrieb das Kreisgericht Werdenberg-Sargans das hängige Verfahren infolge Vergleichs als erledigt ab. Diese Vergleichsvereinbarung wurde von den daran Beteiligten vollzogen. B. Mit Klage vom 15. Dezember 2010 stellte die A._ AG die folgenden Begehren gegen B.B._: "1. Der Beklagte sei zu verpflichten, der A._ AG Fr. 900'000.-- nebst 5 % Zins seit dem 30. April 2007 zu bezahlen. 2. Die Klägerin behält sich das Nachklagerecht vor. 3. Unter Kosten- und Entschädigungsfolge." Die A._ AG machte im Wesentlichen geltend, der Beklagte habe als Verwaltungsrat und Geschäftsführer der Klägerin Sorgfalts- und Treuepflichten verletzt. Dies habe zu einem Schaden geführt, der durch die Vereinbarung vom 3. Juni 2009 nicht gedeckt sei. Das Ehepaar D._ als Gesellschafter und Aktionäre sowie weitere Aktionäre hätten ihre Schadenersatzansprüche gegen den Beklagten an die Klägerin abgetreten. Insbesondere mache sie die in den Pachtstreitverfahren aufgelaufenen Prozesskosten in der Höhe von Fr. 107'697.-- als auch einen entgangenen Gewinn in der Höhe von Fr. 1'860'533.-- als Schaden geltend. Der entgangene Gewinn ergebe sich als Folge aus der durch die Kündigung des Pachtverhältnisses verminderten Produktionsfläche. Unter Berücksichtigung sog. "disproportionaler " Mehrkosten für Personal und Maschinen von Fr. 238'497.-- bzw. Fr. 177'867.-- belaufe sich der entstandene Schaden auf total Fr. 2'276'877.--. Mit Entscheid vom 14. Januar 2014 wies das Handelsgericht die Klage ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Handelsgerichts aufzuheben und der Beklagte sei zu verpflichten, der A._ AG Fr. 900'000.-- nebst 5 % Zins seit dem 30. April 2007 zu bezahlen; eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zur Abnahme der offerierten Beweise zurückzuweisen.