Sachverhalt: A. X._ wird zur Last gelegt, am 5. Januar 2008 um circa 15.45 Uhr an der Y._strasse ... in 8048 Zürich das Opfer Z._ durch diverse Pistolenschüsse in den Oberkörper getötet zu haben. X._ befindet sich seit dem 7. Januar 2008 in Untersuchungshaft. Mit Verfügung vom 26. Dezember 2008 verlängerte der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich die Untersuchungshaft wegen Fluchtgefahr bis zum 7. April 2009. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung der haftrichterliche Verfügung und seine unverzügliche Entlassung aus der Untersuchungshaft. Ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Der Haftrichter und der zuständige Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich verzichten auf Vernehmlassung.