Sachverhalt: A. Die Aids-Hilfe Schweiz ist ein Verein, der als Dachorganisation den Kampf gegen Aids und die daraus entstehenden Folgen führt und unterstützt. Sie ist seit dem 1. Januar 1995 bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Das Bundesamt für Gesundheit (BAG) hat mit der Aids-Hilfe Schweiz Verträge abgeschlossen, mit denen es ihr verschiedene Aufgaben im Bereich der HIV/Aids-Prävention übertragen hat. Mit Verfügungen vom 6. Mai 2004 forderte die ESTV von der Aids-Hilfe Schweiz für die Steuerperioden vom 1. Semester 1998 bis zum 2. Semester 2000 Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. _ und für die Steuerperioden vom 1. Quartal 2001 bis zum 4. Quartal 2003 solche in der Höhe von Fr. _. Sie begründete Ihre Entscheide im Wesentlichen damit, dass die Verträge mit dem BAG jeweils einen klar definierten Leistungskatalog enthielten; es liege ein Austausch von konkreten Leistungen und folglich keine Subvention vor. Mit Einspracheentscheid vom 10. März 2005 hielt die ESTV grundsätzlich an ihrem Standpunkt fest, reduzierte die Steuer aber um Fr. _. B. Die Aids-Hilfe Schweiz erhob gegen den Einspracheentscheid Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission. Mit Urteil vom 11. Dezember 2007 wies das Bundesverwaltungsgericht, welches das Verfahren übernommen hatte, die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Aids-Hilfe Schweiz, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts und damit auch Dispositiv Ziffern 2 und 3 des Einspracheentscheids (wo die Steuerforderung beziffert wird) seien aufzuheben. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Bundesverwaltungsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat.