Sachverhalt: A. A.a H._, geboren 1960, verfügt über eine Ausbildung als Verkäuferin. Vom 1. Oktober 1989 bis 30. Juni 1993 war sie als Küchenhilfe bei der Firma X._ AG tätig. Am 8. November 1993 meldete sie sich unter Hinweis auf Krankheit bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Bern führte erwerbliche und medizinische Abklärungen durch. Mit Verfügung vom 21. Juli 1994 wies sie, nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren, das Leistungsbegehren mangels rentenbegründendem Invaliditätsgrad ab. Die hiegegen erhobene Beschwerde der H._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 13. Januar 1995 ab. Das Eidgenössische Versicherungsgericht, an welches H._ in der Folge Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben liess, wies diese mit Urteil I 81/95 vom 8. Juni 1995 ab. A.b Am 21. Dezember 2004 meldete der H._ behandelnde Dr. med. U._, Psychiatrie/Psychotherapie FMH, der IV-Stelle eine Verschlechterung der gesundheitlichen Verhältnisse. H._ reichte der IV-Stelle am 27. Februar 2007 eine Neuanmeldung ein mit der Begründung, seit dem Jahre 1995 habe sich ihr Gesundheitszustand "deutlich" verschlechtert. Sie leide an Nacken-, Rücken- und Schulterschmerzen sowie an extremem Kopfweh, Schwindel, Sensibilitätsstörungen an Beinen, Füssen und Händen; zudem an Angststörungen, derentwegen sie das Haus nicht mehr alleine verlassen könne, und schliesslich auch an Panikattacken und Depressionen. Die IV-Stelle führte wiederum erwerbliche Abklärungen durch und holte einen Bericht des Dr. med. U._ vom 13. März 2007 ein, dem weitere medizinische Akten beilagen. Auf Empfehlung ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Dr. med. M._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie) gab die IV-Stelle eine interdisziplinäre Abklärung im Institut Y._ vom 5. Dezember 2007, in Auftrag. Am 8. Februar 2008 reichte der Hausarzt Dr. med. F._, Allgemeine Medizin FMH eine Stellungnahme zum Gutachten des Instituts Y._ ein. Die IV-Stelle veranlasste eine Abklärung im Haushalt (Erhebung vom 8. April 2008). Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren und nochmaliger Stellungnahme des RAD (Dr. med. B._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie) vom 14. August 2008 verfügte die IV-Stelle am 4. November 2008 die Abweisung des Leistungsbegehrens bei einem Invaliditätsgrad von 24 %. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der H._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 5. März 2009 ab. C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die Aufhebung des angefochtenen Entscheides sowie die Feststellung beantragen, dass sie Anspruch auf eine halbe Invalidenrente habe. Eventualiter sei die Sache zur Vornahme zusätzlicher Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Bundesamt für Sozialversicherungen und Vorinstanz verzichten auf eine Vernehmlassung.