Sachverhalt: A. A.a Die Spielbank X._ AG wurde im September 2007 Opfer eines Checkbetrugs: Ein französischer Spieler löste bei ihr drei gefälschte Bankchecks über je EUR 400'000.-- (Fr. 1'932'000.--) ein; nach dem Spiel liess er sich Fr. 247'525.-- in bar und Fr. 344'000.-- per Check (EUR 213'600.--) auszahlen. Im Dezember 2007 gelang es verschiedenen Tätern zudem, sich mit einem elektronischen Gerät an gewissen Geldspielautomaten "Credits", d.h. Spielmittel, ohne Einwurf von Geldstücken zu verschaffen und hernach gewisse Auszahlungen zu erwirken. A.b Im Zusammenhang mit diesen Vorkommnissen ersuchte die Spielbank X._ AG die Eidgenössische Spielbankenkommission (ESBK), den für die Berechnung der Spielbankenabgabe relevanten Bruttospielertrag (im Weiteren auch: BSE) um Fr. 1'302'375.-- (Checkbetrug) bzw. Fr. 15'749.-- (Automatenmanipulation) zu reduzieren. Es sei bei den entsprechenden Spielen zu keinem werthaltigen Einsatz gekommen, weshalb der Bruttospielertrag angepasst werden müsse. Die ESBK wies die Begehren am 4. Juli 2008 ab und setzte die Spielbankenabgabe auf insgesamt Fr. 62'126'511.91 fest; sie bezifferte den nach den Akontozahlungen noch zu leistenden Betrag auf Fr. 1'054'498.91. Die ESBK begründete ihren Entscheid im Wesentlichen damit, dass steuertechnisch der Spielvorgang (als Verbrauch) erfasst werde und nicht das wirklich vereinnahmte Entgelt. Der Umtausch von Geld in Jetons sei "eine Art Devisentausch", der nicht zum Spielvertrag gehöre; Erfüllungsprobleme bei diesem seien für das Spiel irrelevant, weshalb die Einsätze der Spielbankenabgabe unterstünden. Die Spielenden hätten mit gültigen Jetons bzw. Credits gesetzt und gewonnen oder verloren. Der Spielvertrag könne seiner Natur wegen nicht rückabgewickelt werden, doch bestünden für die Spielbank schadenersatz- bzw. bereicherungsrechtliche Ersatzansprüche, die allenfalls erfolgreich durchgesetzt werden könnten. Bei Geldspielautomaten beginne das Spiel erst mit dessen Auslösung durch den Spieler nach Leisten des Einsatzes, weshalb das Erschleichen eines Kredits vor dem Spiel erfolge und damit nicht geeignet sei, den Bruttospielertrag zu beeinflussen. B. Das Bundesverwaltungsgericht hob am 12. Januar 2009 die Verfügung der ESBK auf und wies die Sache "zur neuen Beurteilung" an die Vorinstanz zurück, "damit diese eine neue Veranlagung der Spielbankenabgabe 2007 im Sinne der Erwägungen" vornehme: Weder dem historischen Willen des Gesetzgebers noch der Spielbankengesetzgebung lasse sich entnehmen, dass die Spielbanken nicht nur das Ausfallrisiko unrechtmässig ausbezahlter Gewinne zu tragen hätten, sondern darüber hinaus auch Abgaben auf deliktisch oder zumindest rechtswidrig generierten Spielumsätzen entrichten müssten, denen kein realer vermögensrechtlicher Einsatz gegenüberstehe. Der Begriff "Bruttospielertrag" setze voraus, dass der Spieler einen der Spielbank real zufliessenden geldwerten Spieleinsatz leiste, was hier nicht der Fall gewesen sei, weshalb die umstrittenen Beträge nicht zum Bruttospielertrag hätten gerechnet werden dürfen. Weil die ESBK keine tatsächlichen Abklärungen zur Höhe der unrechtmässig erzielten Spielumsätze getroffen habe, sei die Sache an sie zurückzuweisen, damit sie eine Neuveranlagung der Spielbankenabgabe 2007 im Sinne der Erwägungen vornehme. C. Die Eidgenössische Spielbankenkommission (ESBK) beantragt vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben. Dieses habe das einschlägige Bundesrecht falsch angewandt und insbesondere den Begriff des "Einsatzes" nicht korrekt ausgelegt. Das Bundesverwaltungsgericht und die Spielbank X._ AG beantragen, die Beschwerde abzuweisen bzw. abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.