Sachverhalt: A. Mit Entscheid vom 22. Februar 2012 wies der Vormundschaftsrat des Kantons Basel-Stadt X._ (geb. 1984) zur umfassenden Abklärung seines physischen und psychischen Gesundheitszustandes für höchstens drei Monate, d.h. bis zum 22. Mai 2012, in die Universitären Psychiatrischen Kliniken Y._ (UPK) ein und beauftragte die Einrichtung, ein entsprechendes Gutachten zu erstellen. Kurz nach dem Eintritt von X._ (23. Februar 2012) kam es am 25. Februar 2012 zu einem Zwischenfall, in dessen Verlauf X._ einen Mitpatienten als Kopfgeldjäger bezeichnete und daraufhin tätlich angriff. Gemäss den nachträglichen Angaben der UPK vom 22. März 2012 wurde X._ isoliert und wegen erweitert bestehender Fremdaggressivität mit Zyprexa und Temesta oral zwangsmediziert. Am Folgetag (26. Februar 2012) wurden X._ unter Aufgebot der Polizei zwangsweise Haldol und Stesolid intramuskulär gespritzt, da er Morddrohungen gegenüber dem Pflegepersonal ausgesprochen und sich bedrohlich und aggressiv verhalten hatte. Am 27. Februar 2012 beantragte die Pflege bei der zuständigen Oberärztin, Frau Prof. Dr. A._, die Genehmigung der Zwangsbehandlung von X._ gestützt auf § 22 Abs. 4 bzw. § 13 Abs. 4 Psychiatriegesetz. Die Genehmigung wurde mündlich erteilt, die entsprechende schriftliche Bestätigung aber erst später ausgestellt. Im Rahmen dieser Behandlung wurden die Medikamente Zyprexa und Temesta verordnet, die X._ in der Folge "ohne Druck" einnahm. B. Am 16. März 2012 erhob der anwaltlich verbeiständete X._ Beschwerde gegen die medikamentöse Zwangsbehandlung und beantragte, es sei festzustellen, dass die seit der Einweisung erfolgten Zwangsmedikationen gegen Art. 8 EMRK verstossen. Es sei den UPK zu untersagen, ihm gegen seinen Willen Medikamente zu verabreichen (1). Schliesslich sei festzustellen, dass die UPK nur zur Vornahme einer Zwangsmedikation berechtigt seien, wenn sie vorgängig die Einwilligung der Psychiatrie-Rekurskommission oder einer hierfür geschaffenen weisungsgebundenen Behörde einholten (2). Anlässlich der Verhandlung vom 27. März 2012 hörte die Rekurskommission X._ sowie die Oberärztin der UPK, Dr. B._, an und hiess mit Entscheid vom gleichen Tag die gegen die durchgeführte medikamentöse Zwangsbehandlung erhobene Beschwerde aus formellen Gründen gut, wies aber die Feststellungsanträge gemäss den Ziffern 1 und 2 der Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war. C. X._ hat gegen den seinem Anwalt am 5. April 2012 in voller Ausfertigung zugestellten Entscheid am 14. Mai 2012 (Postaufgabe) beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er beantragt, die Ziffer 2 des Urteils der Psychiatrie-Rekurskommission vom 27. März 2012 sei aufzuheben (1) und es sei festzustellen, dass die seit der Einweisung erfolgte Zwangsmedikation gegen Art. 8 EMRK und das Grundrecht der persönlichen Freiheit verstosse. Den UPK sei zu untersagen, ihm gegen seinen Willen Medikamente zu verabreichen (2). Ferner sei festzustellen, dass er erst dann zwangsmediziert werden dürfe, wenn ihm vorgängig der Rechtsweg zur Verfügung gestanden habe (3). Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. D. Die Psychiatrie-Rekurskommission des Kantons Basel-Stadt beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verweist auf ihr Urteil.