Sachverhalt: A. In einer Betreibung auf Grundpfandverwertung der Bank X._ (Beschwerdegegnerin) gegen A._ (Beschwerdeführer), damals unbekannten Aufenthalts, stellte das zuständige Betreibungsamt am 17. September 1993 einen Pfandausfallschein über Fr. 8'648'304.-- aus (vgl. Art. 158 SchKG). Mit Begehren vom 16. Januar 2006 setzte die Beschwerdegegnerin die Ausfallforderung in Betreibung. Der Beschwerdeführer erhob Rechtsvorschlag. Im darauf folgenden Rechtsöffnungsverfahren erwirkte die Beschwerdegegnerin provisorische Rechtsöffnung für die genannte Forderung. B. Der Beschwerdeführer leitete am 10. Juli 2006 fristgerecht Aberkennungsklage ein, im Wesentlichen mit der Begründung, die mit der Ausstellung des Pfandausfallscheins ausgelöste zehnjährige Verjährungsfrist (Art. 127 OR) habe am 17. September 2003 geendet und sei somit am 16. Januar 2006, als die Beschwerdegegnerin den Beschwerdeführer erneut betrieben habe, bereits abgelaufen gewesen. Diese Betreibung habe somit keine Unterbrechung der Verjährung nach Art. 135 Ziff. 2 OR bewirken können. Die Beschwerdegegnerin wandte demgegenüber ein, der Beschwerdeführer sei im Zeitpunkt der Ausstellung des Pfandausfallscheins unbekannten Aufenthalts gewesen. Er sei erst am 24. Juni 2005 von Venezuela nach Zürich gezogen, wie sie in Erfahrung gebracht habe. Bis dahin habe die Forderung nicht vor einem schweizerischen Gericht geltend gemacht werden können, weshalb die Verjährung erst nach diesem Datum zu laufen begonnen habe (Art. 134 Abs. 1 Ziff. 6 OR). Das mit der Sache befasste Handelsgericht des Kantons Zürich wies die Klage am 31. August 2007 ab und erklärte die der Beschwerdegegnerin erteilte provisorische Rechtsöffnung für definitiv. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Forderung von Fr. 8'648'304.-- nebst Zins und Kosten, für welche die Beschwerdegegnerin provisorische Rechtsöffnung erlangt hatte, abzuerkennen. Eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, nachdem das Bundesgericht ihr Gesuch um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung mit Verfügung vom 6. Dezember 2007 abgewiesen hat.