Sachverhalt: A. B.X._, wohnhaft in D._ (SG), besitzt mit seiner Ehefrau A.X._ im Kanton St. Gallen vier Liegenschaften im Privatvermögen (drei in E._ und eine in D._) und in den Kantonen Thurgau bzw. St. Gallen vier Liegenschaften im Geschäftsvermögen (drei in F._, G._ und C._, alle TG, und eine in H._ SG); er wird als Liegenschaftenhändler besteuert. Mit Veranlagungsverfügung vom 9. Februar 2006 legte das Gemeindesteueramt D._ für die Staats- und Gemeindesteuern des Jahres 2004 ein im Kanton St. Gallen steuerbares Einkommen der Ehegatten X._ von gesamthaft Fr. 218'600.-- und ein dort steuerbares Gesamtvermögen von 1,41 Mio. Franken fest. Das Gemeindesteueramt C._ (TG) veranlagte die Eheleute X._ am 20. Februar 2006 für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 90'100.-- zum Satz von Fr. 206'300.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 1'806'800.-- zum Satz von Fr. 3'254'200.--. Eine hiergegen eingereichte Einsprache hiess das Gemeindesteueramt C._ am 6. März 2006 teilweise gut und legte das steuerbare Einkommen auf total Fr. 16'700.-- zum Satz von Fr. 206'300.-- fest. Es führte aus, die Liegenschaften im Kanton Thurgau seien Geschäftsvermögen, wobei die Schuldzinsen nach Objekt übernommen werden müssten. Die privaten Schuldzinsen seien zwar nach Lage der Aktiven auf das Privatvermögen zu verteilen; die Geschäftsliegenschaften im Kanton Thurgau müssten aber entgegen der Ansicht des Kantons St. Gallen keine privaten Schuldzinsen übernehmen. Dementsprechend wurde das Ehepaar X._ neu veranlagt. B. A. und B.X._ haben am 17. März 2006 gegen die Kantone Thurgau und St. Gallen staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht eingereicht wegen Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots. Sie beantragen, den Einspracheentscheid des Kantons Thurgau vom 6. März 2006 bzw. die neue Veranlagung aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an das Gemeindesteueramt C._ zurückzuweisen. Eventuell sei die Veranlagungsverfügung des Kantons St. Gallen vom 9. Februar 2006 aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid an das Gemeindesteueramt D._ zurückzuweisen. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau beantragt die Bestätigung des Einspracheentscheids vom 6. März 2006. Die Steuerverwaltung des Kantons St. Gallen beantragt, die Beschwerde gegen ihren Kanton abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.