Sachverhalt: A. Das Jugendgericht Brugg verurteilte X._ am 22. September 2010 unter anderem wegen versuchten bewaffneten Raubes, Raufhandels, mehrfacher einfacher Körperverletzung, mehrfacher Nötigung, Drohung und Beschimpfung zu einer Freiheitsstrafe von 24 Monaten, unter Anrechnung von 162 Tagen Untersuchungshaft, sowie zu einer Busse von Fr. 400.--. B. Bevor X._ am 12. April 2012 aus dem Strafvollzug entlassen werden sollte, beantragte die Jugendanwaltschaft am 10. April 2012 beim Jugendgericht Brugg, nachträglich eine stationäre Massnahme nach Art. 59 StGB anzuordnen. Zusätzlich stellte sie Antrag auf Anordnung von Sicherheitshaft. Diesem folgend versetzte das Zwangsmassnahmengericht X._ am 12. April 2012 in Haft. Seine dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau am 15. Mai 2012 ab. Am 13. Juni 2012 wies das Jugendgericht Brugg den Antrag auf Anordnung einer stationären Massnahme ab. Das Obergericht wies die gegen diesen Entscheid eingelegte Berufung der Jugendanwaltschaft am 26. Februar 2013 ab und entliess X._ aus der Haft. Das Bundesgericht hiess die von X._ gegen dieses Urteil geführte Beschwerde in Strafsachen (6B_326/2013) am 2. September 2013 gut und wies die Sache zur Prüfung seines Anspruchs auf Genugtuung aus Überhaft an die Vorinstanz zurück. Am 28. November 2013 sprach das Obergericht des Kantons Aargau X._ für die ausgestandene Überhaft eine Genugtuung von Fr. 32'200.-- zu. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, Ziffer 4 des Urteils vom 28. November 2013 sei aufzuheben und ihm für die Überhaft eine Genugtuung von Fr. 64'400.-- zuzusprechen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.