Sachverhalt: A. X._ und Y._ deklarierten in ihren Steuererklärungen für die Steuerperioden 2004 und 2005 Einkünfte aus Wertschriften und Guthaben von Fr. _ und Fr. _ sowie einen Vermögensbestand an Wertschriften und Guthaben von Fr. _ und Fr. _. Der überwiegende Anteil dieser Einkünfte und Vermögenswerte entfällt auf die Anteile an Kapitalgesellschaften und Genossenschaften. B. In ihren Veranlagungen vom 13. Juni 2007 korrigierte die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen den Wertschriftenertrag für die Steuerperiode 2004 auf Fr. _. Im Übrigen übernahm sie die deklarierten Einkünfte und Vermögenswerte und wendete dafür denselben Steuersatz an wie für das gesamte steuerbare Einkommen und Vermögen. Mit Schlussrechnungen vom 16. Juli 2007 wurden diese Veranlagungen eröffnet. C. Dagegen erhob X._ am 13. August 2007 Einsprache mit dem Antrag, es seien die ausgeschütteten Gewinne aus Kapitalgesellschaften und Genossenschaften nur zum halben Satz des steuerbaren Gesamteinkommens zu besteuern; für die Beteiligungen an Kapitalgesellschaften und Genossenschaften sei überdies die Steuer nur zu zwei Dritteln des Satzes des steuerbaren Gesamtvermögens zu berechnen. Am 28. August 2007 wies die Kantonale Steuerkommission Schaffhausen die Einsprache ab. D. Mit Entscheid vom 14. Dezember 2007 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen einen dagegen erhobenen Rekurs ab. E. X._ und Y._ führen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, eventuell subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragen in ihrer entsprechenden Eingabe vom 16. Januar 2008, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und es sei die Einsprache vom 11. August 2007 gutzuheissen; die ausgeschütteten Gewinne aus Kapitalgesellschaften und Genossenschaften seien nur zum halben Satz des steuerbaren Gesamteinkommens zu besteuern, und für die Besteuerung der Beteiligung an Kapitalgesellschaften sei die Steuer nur zu zwei Dritteln des Satzes des steuerbaren Gesamtvermögens zu berechnen. Gerügt wird im Wesentlichen ein Verstoss gegen Art. 8 BV (Rechtsgleichheitsgebot), gegen Art. 127 Abs. 2 BV (Grundsätze der Besteuerung, insbesondere Allgemeinheit, Gleichmässigkeit und Verhältnismässigkeit der Besteuerung sowie Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit) und gegen Art. 11 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Schaffhausen vom 17. Juni 2002 (KV-SH; Rechtsgleichheitsgebot). F. Die Steuerkommission des Kantons Schaffhausen und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat unter Verweis auf seinen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet. G. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts entschied über die Beschwerde an einer öffentlichen Sitzung am 25. September 2009.