der Tösstalbahn, hat sich ergeben: A.-Mit Beschluss vom 11. März 1981 bewilligte der Regierungsrat des Kantons Zürich der Gemeinde Turbenthal, am Unterlauf des Chämibachs (öffentliches Gewässer im Grundeigentum des Kantons Zürich) verschiedene bauliche Veränderungen vorzunehmen. Der Bach sollte auf einer Länge von 960 m ausgebaut werden. Bewilligt wurde dabei unter anderem die Erstellung eines neuen, ca. 36 m langen Bachdurchlasses aus Stahlbeton mit rechteckförmigem lichtem Durchflussquerschnitt von mindestens 3,80 m Breite und mindestens 1,70 m Höhe für die Kreuzung mit der von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) betriebenen Tösstalbahn (Kreuzungspunkt Bahn/Bach). Die Gemeinde wurde für die Prüfung und Genehmigung der Pläne an die SBB verwiesen, und es wurde ihr vorgeschrieben, dass die Bauausführung im engsten Einvernehmen mit den zuständigen Organen der SBB zu erfolgen habe. Vorgesehen wurden Staatsbeiträge an die Kosten des Ausbaus des offenen Bachgerinnes, nicht hingegen an die Kosten für die Erstellung, Verlegung oder Anpassung von Kunstbauten (wie insbesondere der Bachdurchlass unter der Tösstalbahn); die entsprechenden Aufwendungen sollten ausschliesslich von den Eigentümern solcher Bauten getragen werden. Im Beschluss wurde festgehalten, dass der Unterhalt des Bachdurchlasses Sache der Gemeinde Turbenthal sei, soweit dieser nicht durch die SBB selbst vorgenommen werde. B.-Die Gemeinde Turbenthal und die SBB konnten sich über die Tragung bzw. Aufteilung der durch den Ausbau des Bachdurchlasses unter der Tösstalbahn entstandenen Kosten nicht einigen. Die Gemeinde leitete daher beim Bundesamt für Verkehr ein Anstandsverfahren im Sinne von Art. 40 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742. 101) ein. Sie stellte am 10. April 1995 das Begehren, die SBB hätten ihr die Kosten für einen neuen Durchlass, einschliesslich Anpassungs- und Nebenarbeiten, in der Höhe von Fr. 800'000. -- nebst Zins (von 5% für Fr. 140'000. -- ab 15. März 1991 und für Fr. 660'000. -- ab 1. Januar 1993) zu vergüten. Die SBB lehnten das Begehren vollumfänglich ab. Im Laufe des Verfahrens, am 24. Januar 1996, stellte die Gemeinde zusätzlich das Begehren, die SBB seien zu verpflichten, die Kosten von Unterhalt und Erneuerung des Bauwerks zu tragen, eventuell sei die entsprechende Kostentragungspflicht festzustellen. Mit Verfügung vom 27. Januar 1997 stellte das Bundesamt für Verkehr fest, dass die SBB die Kosten für den (künftigen) Unterhalt und für die (künftige) Erneuerung des neuen Chämibachdurchlasses bei der Tösstalbahn tragen müssten. Darüber hinausgehend wurde die Klage abgewiesen, also insbesondere das Begehren um Vergütung der Kosten für den (Neu-)Bau des Durchlasses sowie der Anpassungs- und Nebenarbeiten. Die Gemeinde Turbenthal erhob am 27. Februar 1997 gegen diese Verfügung Beschwerde beim Eidgenössischen Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (heute: Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation) mit dem Begehren, die Klage vollumfänglich gutzuheissen. Die SBB beantragten am 23. Juni 1997, die angefochtene Verfügung sei in dem Sinne modifiziert zu bestätigen, dass festgestellt werde, dass die Gemeinde nebst den Kosten für die Änderung auch diejenigen für den Unterhalt des Chämibachdurchlasses bei der Tösstalbahn tragen müsse. Mit Entscheid vom 21. Januar 1999 wies das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation die Beschwerde der Gemeinde Turbenthal ab (Ziff. 1 des Dispositivs). In teilweiser Gutheissung des Antrags der SBB vom 23. Juni 1997 stellte es zudem fest, dass die Gemeinde die (allfälligen Mehr-)Kosten für den (künftigen) Unterhalt zu tragen habe, die auf die geänderte Kreuzung zurückzuführen sind (Ziff. 2 des Dispositivs). C.-Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 19. Februar 1999 beantragt die Gemeinde Turbenthal, den Departementsentscheid aufzuheben, die Verfügung des Bundesamtes für Verkehr vom 27. Januar 1997 insoweit aufzuheben, als darin ihre Klage abgewiesen wurde, und ihr Begehren vom 10. April 1995 in vollem Umfang gutzuheissen. Das Departement beantragt kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Die SBB stellen den Antrag, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen und den Departementsentscheid vom 21. Januar 1999 vollumfänglich zu bestätigen.