Sachverhalt: A. Die Spital Thurgau AG betreibt auf dem Grundstück Nr. 1005 in Landschlacht, das im Eigentum der Politischen Gemeinde Münsterlingen steht, das Kantonsspital Thurgau. Östlich der Parzelle Nr. 1005 liegt in der Landwirtschaftszone die Parzelle Nr. 1489, ebenfalls im Eigentum der Politischen Gemeinde Münsterlingen. Am 6. Oktober 2010 beschloss der Gemeinderat Münsterlingen, die südliche Hälfte der Parzelle Nr. 1489 von der Landwirtschaftszone in eine Klinikzone (K) einzuzonen. Zudem sollte die Südostecke der Parzelle Nr. 1005 ebenfalls der Klinikzone zugewiesen werden (bisher Zone für öffentliche Bauten und Anlagen). Mit der Einführung der Klinikzone sollten Art. 8 des kommunalen Baureglements vom 29. Mai 2002 mit einer neuen lit. h und Art. 16 des Baureglements mit neuen Bestimmungen zu den Höchst- und Mindestmassen der Regelbauweise ergänzt werden. Die Änderungen wurden vom 15. Oktober bis 3. November 2010 öffentlich aufgelegt. Am 3. November 2010 erhob X._ Einsprache gegen die geplante Neuzonierung und beantragte, auf die Änderungen des kommunalen Baureglements betreffend die Klinikzone K samt Einzonung der Parzelle Nr. 1489 sei zu verzichten. Die Politische Gemeinde Münsterlingen wies die Einsprache am 14. Januar 2011 ab. Dagegen wurde kein Rechtsmittel ergriffen. Am 18. Januar 2011 erhob X._ gegen die Vorbereitung und Durchführung der Gemeindeversammlung der Politischen Gemeinde Münsterlingen, an der über die geplanten Änderungen der kommunalen Bauordnung abgestimmt werden sollte, Stimmrechtsrekurs beim Departement für Inneres und Volkswirtschaft des Kantons Thurgau (DIV). An der Gemeindeversammlung vom 25. Januar 2011 wurden die geplanten Änderungen angenommen. Am 28. Januar 2011 zog X._ seinen Stimmrechtsrekurs wieder zurück. Dafür gelangte er am 14. Februar 2011 an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU), wobei er wiederum gegen die beschlossene Revision der Bau- und Zonenordnung betreffend "Spital Ost" rekurrierte. Mit Rekursentscheid vom 13. Mai 2011 trat das Departement auf den Rekurs nicht ein. Gleichzeitig genehmigte es die Revision der Bau- und Zonenordnung. Gegen diese beiden Entscheide gelangte X._ mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 30. November 2011 ab, soweit es darauf eintreten konnte. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 24. Januar 2012 beantragt X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Verwaltungsgericht sei einzuladen, die Streitsache in Anerkennung der Rechtsmittellegitimation des Beschwerdeführers materiell zu beurteilen. Eventuell sei die Angelegenheit an das Departement für Bau und Umwelt zur materiellen Beurteilung zurückzuweisen. Weiter stellt er den Antrag, der Genehmigungsentscheid des Departements für Bau und Umwelt vom 13. Mai 2011 über die Zonenplanänderung sei aufzuheben. Das Verwaltungsgericht und das Departement für Bau und Umwelt beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Politische Gemeinde Münsterlingen schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Y._ AG und die Z._ AG stellen den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Die Bundesämter für Raumentwicklung (ARE), Umwelt (BAFU) und Kultur (BAK) verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. In einer weiteren Eingabe hält der Beschwerdeführer an den Anträgen und an der Begründung seiner Beschwerde fest. C. Mit Präsidialverfügung vom 20. März 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt.