(Senderstandorte Futtermühle Sempach und Mattgrat), hat sich ergeben: A.- Mit Verfügung vom 26. März 1997 erteilte das Eidgenössische Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (heute Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation [UVEK], im Folgenden: Departement) der Radio Sunshine Betriebs AG (im Folgenden: Radio Sunshine AG oder Radio Sunshine) eine Konzession für die Veranstaltung regionaler und lokaler Programme. Bewilligt wurden (im technischen Anhang zur Konzession) zwei Senderstandorte, nämlich der Rooterberg (mit Rundstrahler) und der Zugerberg (mit Hauptstrahlrichtung 125°). Diese Verfügung wurde von der Konzessionärin nicht angefochten und erwuchs somit in Rechtskraft. Im Konzessionsgesuch vom 26. August 1996 hatte die Radio Sunshine AG allerdings auf die "umfangreichen Vorakten" verwiesen und geltend gemacht, sie sei mit dem Verbreitungskonzept (mit Ausnahme des Hauptsenderstandortes) nicht einverstanden. Die Gesellschaft teilte dem Bundesamt für Kommunikation (BAKOM, im Folgenden: Bundesamt) unmittelbar nach der Konzessionserteilung denn auch mit, die im Anhang beigelegten Sender-Daten würden bei weitem nicht ausreichen. Man verlasse sich aber darauf, dass die "berechtigten Forderungen vollumfänglich auf Basis der Vorakten erfüllt" würden und keine Verwaltungsbeschwerde nötig sei. Am 30. November 1998 genehmigte das Departement die Erweiterung der Verbreitungseinrichtungen von Radio Sunshine durch den Sender Menzingen. B.- Mit Verfügung vom 21. Dezember 1998 stellte das Bundesamt fest, Radio Sunshine habe das Programm seit mindestens August 1998 zumindest zeitweise von weiteren Senderstandorten aus verbreitet, welche nicht im technischen Anhang zur Konzession vom 26. März 1997 aufgeführt seien. Das Bundesamt forderte die Radio Sunshine AG unter Androhung der Ersatzvornahme auf, den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen. Gegen diese Verfügung erhob die Gesellschaft Beschwerde an das Departement. Dieses lehnte vorab ein Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab und wies Radio Sunshine an, die nicht bewilligten Senderanlagen bis zum 17. September 1999 abzuschalten. Eine gegen diese Zwischenverfügung erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil vom 15. Oktober 1999 ab. Am 13. April 2000 entschied das Departement in der Sache selbst und wies die Beschwerde der Radio Sunshine AG ab. C.- Mit Eingabe vom 29. Mai 2000 führt die Radio Sunshine AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit den Anträgen, den Departementsentscheid vom 13. April 2000 aufzuheben und "den Betrieb der Füllsender Futtermühle, Sempach und Mattgrat zu genehmigen", eventuell die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Departement beantragt, die Beschwerde abzuweisen.