Sachverhalt: A. Nordöstlich der Altstadt von Wil liegt das rund 109'000 m2 grosse Gebiet Weierhofhang-Sonnhalden-Grund, für das am 21. Mai 1976 der Gestaltungsplan "Neualtwil" als Sondernutzungsplan erlassen wurde. Diesem lag die Grundidee einer Gesamtüberbauung mit etappenweiser Erstellung von ungefähr 500 Wohnungen zugrunde, wobei moderner Wohnkomfort mit den städtebaulichen Vorzügen der Wiler Altstadt verschmolzen werden sollten. Nachdem das westliche Plangebiet gemäss dem Sondernutzungsplan überbaut worden war, gerieten die Bautätigkeiten ins Stocken. Ende der 1990er Jahre wurden im östlichsten Teil noch zwei Mehrfamilienhäuser erstellt. Ein zwischen den beiden bebauten Teilen liegendes Gebiet von rund 40'000 m2 blieb unbebaut. Dabei handelte es sich um die Grundstücke Nrn. aaa und bbb sowie ccc, ddd und eee, die der W._ AG mit Sitz in Wil bzw. der Politischen Gemeinde Wil selbst gehören. B. Am 19. Januar 2007 schloss die Stadt Wil mit der V._ AG mit Sitz in Frauenfeld einen Kaufvertrag über die ihr gehörenden Grundstücke ab. Dieser beruhte auf der Vereinbarung, dass der Sondernutzungsplan abzuändern sei und enthielt die auflösende Bedingung, dass die Grundbuchanmeldung für die Eigentumsübertragung erst mit Besitzantritt bzw. 30 Tage nach Rechtskraft des überarbeiteten Gestaltungsplans erfolge. In der Folge initiierten die Gemeindebehörden die Anpassung des Sondernutzungsplans mit dem Ziel, eine an die geänderten Gewohnheiten angepasste zeitgemässe Wohnüberbauung für Miet- und Eigentumswohnungen zu verwirklichen. Am 3. Dezember 2009 erliess der Stadtrat Wil den Gestaltungsplan "Neualtwil II". Dieser lag vom 13. Januar 2010 bis zum 11. Februar 2010 öffentlich auf, worauf zahlreiche Einsprachen eingingen. Im Wesentlichen verlangten die Einsprecher, dass auf die Planänderung verzichtet werde. Mit Entscheid vom 3. November 2010 wies der Stadtrat die Einsprachen ab. C. Gegen die abschlägigen Einspracheentscheide erhoben sämtliche Einsprecher Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen, wobei später zehn Rekurrenten das Rechtsmittel zurückzogen. Das Baudepartement holte eine interne Vernehmlassung des Amtes für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) ein und führte am 14. Juli 2011 in Anwesenheit der Verfahrensbeteiligten und von Behördenvertretern einen Augenschein durch. Mit Entscheid vom 18. August 2011 schrieb das Baudepartement den Rekurs ab, soweit dieser zurückgezogen worden war, und wies ihn im Übrigen ab, soweit es darauf eintrat. Am 31. August 2011 genehmigte das Baudepartement des Kantons St. Gallen den neuen Sondernutzungsplan. D. Gegen den abweisenden Rekursentscheid reichten am 2. September 2011 37 Rekurrenten Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen ein und beantragten im Wesentlichen die Aufhebung des Rekursentscheides. Am 29. September 2011 zog die U._ AG ihre Beschwerde mit der Begründung zurück, dass sie sich mit der W._ AG und der V._ AG verglichen habe und dass sich diese zu Änderungen des angefochtenen Gestaltungsplanes verpflichtet hätten. Die übrigen 36 Beschwerdeführer modifizierten in ihrer Replik vom 13. Februar 2012 ihr Rechtsbegehren in dem Sinne, dass der Rekursentscheid bloss soweit aufzuheben sei, als er sie selbst betreffe. Mit Urteil vom 3. Juli 2012 schrieb das Verwaltungsgericht die Beschwerde der U._ AG und jene der übrigen 36 Beschwerdeführer als gegenstandslos ab, soweit diese die Beschwerde zurückgezogen hatten. Gleichzeitig hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde der übrigen 36 Beschwerdeführer im Sinne der Erwägungen teilweise gut und wies sie darüber hinaus ab. Aus den Erwägungen ergibt sich, dass sich der strittige Gestaltungsplan "Neualtwil II" nach Auffassung des Verwaltungsgerichts mit Ausnahme der Baute C1 als rechtmässig erweist. Wegen übermässiger Beeinträchtigung der Nachbarschaft änderte das Verwaltungsgericht einzig Art. 7 der besonderen Vorschriften in dem Sinne ab, dass für die Hauptbaute C1 maximal drei Vollgeschosse zulässig sind, und ergänzte Art. 8 Abs. 1 der besonderen Vorschriften dahingehend, dass das Gebäude C1 die Grundfläche eines Attikageschosses gemäss den reglementarischen Vorschriften des Baureglements einzuhalten hat. E. Am 10. September 2012 erhoben noch drei Personen, nämlich X._, Y._ und Z._, beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben, soweit damit die vor dem Verwaltungsgericht erhobene Beschwerde unter Kosten- und Entschädigungsfolge abgewiesen worden sei. Zur Begründung wird im Wesentlichen die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie ein Verstoss gegen Bundesrecht, insbesondere gegen den Grundsatz der Planbeständigkeit, geltend gemacht. F. In einer gemeinsamen Beschwerdeantwort vom 10. Oktober 2012 schliessen die W._ AG und die V._ AG auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Baudepartement und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen stellen Antrag auf Abweisung, die Stadt Wil auf Abweisung, soweit auf die Beschwerde eingetreten werden könne. Die Stadt Wil weist ergänzend darauf hin, dass die im Vertrag über den Verkauf der stadteigenen Grundstücke enthaltene Klausel über die Resolutivbedingung verlängert worden sei; neu falle der Vertrag entschädigungslos und ohne gegenseitige Schadenersatzforderungen dahin, wenn bis zum 31. Dezember 2013 kein rechtskräftiger überarbeiteter Gestaltungsplan zustande komme. G. In Replik und Duplik halten X._, Y._ und Z._ einerseits sowie die W._ AG und die V._ AG andererseits an ihren Standpunkten fest. Das kantonale Baudepartement und die Stadt Wil haben auf weitere Stellungnahmen verzichtet. Das Verwaltungsgericht liess sich innert Frist nicht verlauten. H. Am 28. Januar 2013 reichten X._, Y._ und Z._ eine weitere Eingabe ein, wozu sich die W._ AG und die V._ AG am 12. Februar 2013 nochmals äusserten. Andere Rechtsschriften gingen beim Bundesgericht nicht mehr ein.