Sachverhalt: A. Der 1968 geborene D._ meldete sich am 30. Januar 2008 bei der IV-Stelle Thurgau zum Leistungsbezug an. Nach medizinischen Abklärungen insbesondere dem Beizug eines polydisziplinären Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 17. Mai 2010 und der Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach diese dem Versicherten mit Verfügung vom 4. April 2011 ab 1. Januar 2008 bis 31. März 2008 eine Dreiviertelsrente und ab 1. April 2008 bis 31. März 2010 eine befristete ganze Rente der Invalidenversicherung zu. B. Die dagegen unter Beilage eines Berichts des Dr. med. L._, orthopädische Chirurgie FMH, vom 16. Februar 2011 und des Dr. med. W._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 20. April 2011 erhobene Beschwerde überwies das angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 18. Mai 2011 zuständigkeitshalber dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses hob nach Androhung einer reformatio in peius die angefochtene Verfügung mit Entscheid vom 19. Oktober 2011 auf, mit der Feststellung, dass der Versicherte vom 1. Juli 2008 bis 30. Juni 2010 Anspruch auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung hat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt D._ beantragen, unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die IV-Stelle anzuweisen, vor Bemessung der Invalidität erwerbliche Abklärungen und berufliche Eingliederungsmassnahmen durchzuführen, eventuell sei dem Versicherten für die Zeit ab 1. Juli 2010 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Subeventuell sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese den Invaliditätsgrad neu ermittle. Ferner wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht. Die kantonalen Akten wurden beigezogen. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.