Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Freiheitsberaubung und weiterer Delikte. Dem ebenfalls inhaftierten Bruder von X._, Y._, wirft sie vor, seine beiden bei der Kindsmutter in der Schweiz lebenden Söhne im Rahmen der Ausübung des Besuchsrechts am 15. Oktober 2011 widerrechtlich nach Nigeria verbracht zu haben. Es bestehe der Verdacht, dass X._ sich daran beteiligt habe. X._ wurde am 30. Mai 2012 festgenommen und am 1. Juni 2012 vom Zwangsmassnahmengericht des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft versetzt. Mit Verfügung vom 30. August 2012 verlängerte das Zwangsmassnahmengericht die Untersuchungshaft bis am 30. November 2012. Mit Schreiben vom 25. September 2012 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch, welches das Zwangsmassnahmengericht am 2. Oktober 2012 jedoch abwies. Dagegen erhob X._ Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zürich. Mit Beschluss vom 30. Oktober 2012 wies dieses das Rechtsmittel ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 16. November 2012 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und er selbst sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.