Sachverhalt: A. X._ betrieb in Thun/BE die Versicherungsgeneralagentur Y._ AG. Aufgrund einer Überprüfung der Buchhaltung der Gesellschaft leitete die Steuerverwaltung des Kantons Bern am 4. Oktober 2001 gegen diese ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren ein. Im Jahr 2002 wurde die Gesellschaft verkauft, worauf sie den Namen änderte und den Sitz in den Kanton Tessin verlegte. Am 22. Mai 2003 wurde über sie der Konkurs eröffnet. Am 12. März 2007 leitete die kantonale Steuerverwaltung gegen X._ ein Nachsteuerverfahren ein betreffend geldwerte Leistungen, die ihm in den Jahren 1997 bis 2000 von der Y._ AG zugeflossen sein sollen. Mit Einspracheverfügung vom 22. Mai 2007 wurde von X._ für die Jahre 1997 bis 2000 bei den kantonalen Steuern eine Nachsteuer von Fr. 72'055.25, bei der direkten Bundessteuer eine solche von Fr. 15'212.35 erhoben (Ermessenstaxation, einschliesslich Verzugszinsen). Gegen diese Einspracheverfügung erhob X._ Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 14. Dezember 2010 hat diese infolge eingetretener Einleitungsverjährung den Rekurs gutgeheissen und die Nachsteuerverfügung betreffend die kantonalen Steuern und die Gebühren aufgehoben. Die Beschwerde wurde ebenfalls gutgeheissen und die Nachsteuerverfügung betreffend die direkte Bundessteuer aufgehoben; da die Voraussetzungen für eine Ermessenstaxation nicht erfüllt seien, wurde die Sache zur Durchführung des Nachsteuerverfahrens an die kantonale Steuerverwaltung zurückgewiesen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Steuerverwaltung des Kantons Bern dem Bundesgericht, das erwähnte Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Bern betreffend die Nachsteuer für die direkte Bundessteuer aufzuheben und die Akten zur Beurteilung der Ermessensveranlagungen an die Steuerrekurskommission zurückzuweisen. X._ und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung stellt den Antrag, die Beschwerde gutzuheissen.