A.- Die 1951 geborene G._ meldete sich am 7. Februar 1996 unter Hinweis auf Fuss-, Bein-, Rücken- und Hüftschmerzen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Basel-Stadt zog die Akten der Basler Versicherungen, so unter anderem einen Bericht des Dr. med. H._, Spezialarzt FMH für orthopädische Chirurgie (vom 7. Dezember 1995), bei und liess die Versicherte in der Psychiatrischen Universitätspoliklinik des Kantonsspitals X._ begutachten (Expertise vom 19. Juli 1996). Gestützt darauf wies sie - nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens - das Gesuch ab (Verfügung vom 3. Oktober 1996). B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher die Ansprecherin unter anderem einen Bericht des Prof. Z._, Abteilungsleiter Infektiologie, Departement Innere Medizin des Kantonsspitals X._ (vom 29. Oktober 1996), ins Recht legte, wies die Rekurskommission für die Ausgleichskassen des Kantons Basel-Stadt nach Einholung eines ergänzenden Berichtes der Psychiatrischen Universitätspoliklinik vom 19. Juni 1997 ab (Entscheid vom 12. März 1998). C.- G._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, es sei ihr, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides, ab 1. September 1996 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur Feststellung des Invaliditätsgrades an die Verwaltung zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, hat sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lassen.