Sachverhalt: A. X._ besitzt den schweizerischen Führerausweis der Kategorie B (Personenwagen) seit dem 22. Februar 2002. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau ordnete am 19. August 2011 eine verkehrspsychiatrische Begutachtung im Zusammenhang mit dem Alkoholkonsum an. Am 25. November 2011 beliess es X._ den Führerausweis unter der Auflage der Alkoholabstinenz. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 13. März 2012 verfügte es den vorsorglichen Entzug des Führerausweises bis zur Abklärung von Ausschlussgründen für unbestimmte Zeit ab sofort mit der Auflage, dass sich X._ einer eingehenden verkehrspsychiatrischen Begutachtung zu unterziehen habe. B. Nach Eingang des Gutachtens von Dr. med. Y._ vom 1. Juni 2012 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit ab 14. März 2012 und machte die Wiedererteilung von einer Alkoholabstinenz unter ärztlicher Beratung und Kontrolle abhängig unter Vorbehalt weiterer Abklärungen (Verfügung vom 14. September 2012). Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) mit Entscheid vom 7. Dezember 2012 teilweise gut, hob die angefochtene Verfügung vom 14. September 2012 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Strassenverkehrsamt zurück. Ferner hielt es fest, der Führerausweis bleibe bis zur Abklärung von Ausschlussgründen gemäss Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 13. März 2012 gestützt auf die frühere vorsorgliche Massnahme vorläufig entzogen. C. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 30. April 2013 ab, soweit darauf einzutreten war. D. X._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass er ohne weiteres berechtigt sei, ohne Auflagen und/oder ohne Bedingungen im Führerausweis Fahrzeuge zu lenken. Weiter sei festzustellen, dass er sich keiner weiteren Begutachtung (und schon gar nicht bei Dr. med. Y._) mehr zu unterziehen habe. Es sei ihm daher umgehend ohne Auflagen und/oder Bedingungen der Führerausweis auszuhändigen bzw. wieder zu erteilen. Eventuell sei festzustellen, dass die Verfügungen des Strassenverkehrsamtes des Kantons Aargau vom 19. August 2011 vom 25. November 2011 vom 13. März 2012 sowie vom 14. September 2012 nichtig seien. Subeventuell seien die Verfügungen vom 19. August 2011, vom 25. November 2011 sowie vom 13. März 2012 nachträglich aufzuheben. Das Strassverkehrsamt des Kantons Aargau und das Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das DVI verzichten auf eine Vernehmlassung. E. Der Beschwerdeführer lässt weitere Eingaben und Unterlagen, namentlich in Zusammenhang mit Dr. med. Y._, einreichen.