(Entlassung aus Sicherheitshaft), hat sich ergeben: A.- M._ wird vorgeworfen, in der Nacht vom 9. auf den 10. August 1999 gemeinsam mit R._ die in Zürich angetroffene und in seine Wohnung eingeladene L._ dort festgehalten und mehrfach vergewaltigt zu haben. M._ befindet sich seit dem 11. August 1999 in Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich geht in ihrer Anklageschrift vom 12. Januar 2000 hinsichtlich des Tathergangs davon aus, dass sich die Geschädigte am besagten Abend zusammen mit M._ in dessen Wohnung begab, wobei ihnen R._ etwas später nachgefolgt sei. Danach sei die Geschädigte, die sich plötzlich nicht mehr wohl gefühlt habe und die Wohnung habe verlassen wollen, am Weggehen gehindert worden. Nach einem vergeblichen Fluchtversuch über den Balkon, auf dem die Geschädigte um Hilfe gerufen habe, sei sie von den beiden Männern mehrfach vergewaltigt worden. Die 4. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich sprach M._ und R._ mit Urteil vom 30. März 2000 von den Vorwürfen der mehrfachen Vergewaltigung und der Freiheitsberaubung frei und bestrafte letzteren wegen einfacher Körperverletzung zu 14 Tagen Gefängnis; auf die Schadenersatz- und Genugtuungsbegehren der Geschädigten L._ trat es nicht ein. Weiter sprach das Bezirksgericht M._ und R._ eine Genugtuung von Fr. 6'000.-- resp. Fr. 12'000.-- zu. Die schriftliche Urteilsbegründung steht noch aus. Im Anschluss an die Hauptverhandlung verfügte der Vorsitzende der 4. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich die Entlassung aus der Sicherheitshaft. Im Hinblick auf eine allfällige Berufung verfügte die Bezirksanwaltschaft Zürich gleichentags in Bezug auf beide Angeschuldigte Sicherheitshaft wegen Fluchtgefahr. Am 31. März 2000 erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich Berufung gegen das bezirksgerichtliche Urteil und beantragte dem Zürcher Obergericht die Bestätigung der vorläufig verfügten Sicherheitshaft. Der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts holte von den beiden Angeklagten eine Stellungnahme ein und bestätigte mit Verfügung vom 13. April 2000 die von der Bezirksanwaltschaft vorläufig angeordnete Sicherheitshaft. B.- Gegen diese Präsidialverfügung haben beide Angeklagte staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht erhoben (zum Beschwerdeverfahren in Sachen R._: s. Dossier 1P.278/2000). M._ beantragt die Aufhebung der angefochtenen Verfügung sowie die unverzügliche Entlassung aus der Sicherheitshaft, wobei ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren sei. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet. Der Beschwerdeführer hat zu den Ausführungen der Staatsanwaltschaft keine Replik eingereicht.