Sachverhalt: A. A._, geboren 1953, war vom 18. Februar 1991 bis 30. April 1999 bei der zur Nestlé Suisse SA gehörenden Firma X._ als Verkaufschauffeur tätig und beim Fonds de Pensions Nestlé, Vevey, berufsvorsorgeversichert. Bereits am 18. September 1998 meldete er sich unter Hinweis auf eine Diskushernie sowie Beschwerden im linken Bein und "Nerven" bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Umschulung auf eine neue Tätigkeit, Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit, Arbeitsvermittlung) an. Die Stadt Y._, von der A._ ab 1. Juni 2001 Sozialhilfe bezog, ersuchte den Fonds de Pensions Nestlé mit Schreiben vom 16. Februar 2005 um "Prüfung und Erbringung der reglementarischen Leistungen", weil die zur Invalidität führende Arbeitsunfähigkeit während des Anstellungsverhältnisses bei der Nestlé SA eingetreten sei. Mit Verfügung vom 13. April 2006 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich A._ eine ganze Invalidenrente zu bei einem Invaliditätsgrad von 67 % ab 1. September 1998 sowie Zusatzrenten für die damalige Ehefrau und vier seiner sechs Kinder (geboren in den Jahren 1981, 1983, 1986 und 1995). Der Fond de Pensions Nestlé teilte A._ am 19. Februar 2007 mit, als Folge der IV-Verfügung vom 13. April 2006 stehe ihm unter Berücksichtigung der Verjährungsfrist von fünf Jahren ab 1. April 2001 eine Invalidenpension zu nebst Kinderrenten für die Tochter I._ (geboren am 30. Juni 1983) vom 1. April bis 30. Juni 2001, für die Tochter P._ (geboren am 20. September 1986) vom 1. April 2001 bis 30. September 2004 sowie für den Sohn A._ (geboren 8. Juni 1995). Zugleich ersuchte die Vorsorgeeinrichtung um Zustellung entsprechender Studienbescheinigungen, sofern sich die Töchter über das 18. Altersjahr hinaus in Ausbildung befunden haben sollten. A._ liess mit Schreiben vom 20. März 2007 geltend machen, der Fonds de Pensions Nestlé berufe sich zu Unrecht auf die Verjährung der Leistungen für die Zeit vor dem 1. April 2001. Weiter reichte er diverse Bescheinigungen ein betreffend die Ausbildung seiner Töchter Z._ (geboren 1973), S._ (geboren 1981), P._ und I._. Die Vorsorgeeinrichtung hielt in der Folge an ihrer Haltung fest. B. A._ liess beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage gegen den Fond de Pensions Nestlé erheben und die Zusprechung einer Invalidenrente entsprechend einem Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. Januar 1999 nebst Zins beantragen sowie von Kinderrenten für die Töchter I._, P._, S._ und Z._ "gemäss den anwendbaren, reglementarischen Bestimmungen", nebst Zins, ebenfalls seit 1. Januar 1999. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Klage mit Entscheid vom 26. März 2009 teilweise gut und verpflichtete die Vorsorgeeinrichtung - zusätzlich zur ganzen obligatorischen und überobligatorischen Invalidenpension ab 1. April 2001 - zur Bezahlung von Kinderrenten, für die Tochter I._ vom 1. April 2001 bis 31. Oktober 2007 und für die Tochter P._ sowie den Sohn A._ vom 1. April 2001 bis auf Weiteres, wobei für die bis 16. November 2007 fällig gewordenen Rentenbetreffnisse Verzugszinse von 5 % und für übrigen Leistungen ab dem jeweiligen Fälligkeitsdatum zuzusprechen seien. Im Übrigen wies es die Klage und gleichzeitig auch das Gesuch des A._ um unentgeltliche Rechtsverbeiständung wegen Aussichtslosigkeit und fehlender Notwendigkeit ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung eine Invalidenrente entsprechend einem Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. Januar 1999 "gemäss den anwendbaren, reglementarischen Bestimmungen", zuzüglich Zins von 5 % seit Klageeinleitung, sowie die Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung für das vorinstanzliche Verfahren beantragen. Gleichzeitig ersucht er um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung für das Verfahren vor dem Bundesgericht.