Sachverhalt: A. A.a. Am 29. April 2002 wurde über die Y._ AG der Konkurs eröffnet. Die X.Z._ Ltd. als Konkursgläubigerin wurde vom ausseramtlichen (a.a.) Konkursverwalter gemäss rechtskräftiger Kollokationsverfügung vom 30. April 2007 mit einer Forderung im Betrag von Fr. 523'342.55 zugelassen. Am 17. November 2010 hinterlegte der a.a. Konkursverwalter die auf die Konkursgläubigerin entfallende 1. Abschlagszahlung im Betrag von Fr. 209'337.-- mit der Begründung, dass die Forderung (infolge Illiquidität der tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse) streitig sei, und behielt sich die Verrechnung mit allfälligen Schadenersatzforderungen der Konkursmasse vor. A.b. Am 8. Februar 2012 erklärte der a.a. Konkursverwalter die Verrechnung der hinterlegten Abschlagszahlung mit einer Schadenersatzforderung sowie mit Hinweis auf die unberechtigte Gewinnerzielung durch Nutzung von der Konkursitin zustehenden Rechten ("Indefeasible Rights of Use" bzw. "IRU") am Unterwasser-Glasfasernetzwerk der Konkursgläubigerin. A.c. Hiergegen gelangte die X.Z._ Ltd. an das Bezirksgericht Bülach als untere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibung- und Konkurssachen und beantragte die Auszahlung der Abschlagszahlung im (hinterlegten) Umfang von Fr. 209'337.--. Mit Entscheid vom 10. Oktober 2012 wurde die Beschwerde gutgeheissen, die Verfügung vom 8. Februar 2012 betreffend Verrechnung aufgehoben und der a.a. Konkursverwalter angewiesen, die hinterlegte Abschlagszahlung auszuzahlen; auf die gleichzeitig gegen "die Konkursmasse" gerichtete Beschwerde wurde nicht eingetreten. B. Das Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs hiess die Beschwerde der Konkursmasse, vertreten durch den a.a. Konkursverwalter, am 24. Januar 2013 gut und ordnete (anstelle der erstinstanzlichen Gutheissung) die Abweisung der Beschwerde der Konkursgläubigerin an. Auf die gleichzeitige, "selbständige" Beschwerde des a.a. Konkursverwalters wurde nicht eingetreten. C. Die X._ Limited (vormals X.Z._ Ltd.) hat am 5. Februar 2013 Beschwerde in Zivilsachen gegen die Konkursmasse der Y._ AG in Liquidation erhoben. Die Beschwerdeführerin beantragt, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs vom 24. Januar 2013 aufzuheben. In der Sache verlangt sie die Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheides, d.h. die Verfügung des a.a. Konkursverwalters vom 8. Februar 2012 betreffend Verrechnung sei aufzuheben und die Konkursmasse anzuweisen, die hinterlegte Abschlagszahlung (im Wert per 31. Dezember 2011: Fr. 209'460.70) auszuzahlen. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.