Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich erhob am 26. Mai 2009 beim Bezirksgericht Zürich Anklage gegen X._ wegen qualifizierten Drogendelikten. Sie beantragt die Ausfällung einer Freiheitsstrafe von 7 1⁄2 Jahren. Am 21. Juni 2009 stellte der in Sicherheitshaft befindliche Angeklagte ein Gesuch um Bewilligung des vorzeitigen Strafantrittes, welches die Haftrichterin des Bezirksgerichtes Zürich mit Verfügung vom 25. Juni 2009 abwies. B. Gegen den haftrichterlichen Entscheid vom 25. Juni 2009 gelangte X._ mit Beschwerde vom 9. Juli 2009 an das Bundesgericht. Er beantragt die Gewährung des vorzeitigen Strafantrittes. Die Staatsanwaltschaft liess sich am 31. August 2009 vernehmen, während die Haftrichterin auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet hat. Auf eine Replik verzichtete am 7. September 2009 auch der Beschwerdeführer.