Sachverhalt: A. Am 29. Juni 2005 ist es auf der Kantonsstrasse von Y._ in Richtung Z._ zu einem folgeschweren Verkehrsunfall gekommen, bei welchem der Motorradlenker F. X._ von einem aus der Felswand herabstürzenden Stein am Kopf getroffen wurde und noch auf der Unfallstelle an seinen schweren Kopfverletzungen verstarb. Mit Verfügung vom 23. November 2006 stellte die Staatsanwaltschaft Nidwalden die in der Folge gegen verschiedene Funktionäre des Kantons Nidwalden eingeleitete Strafuntersuchung ein. B. B.a Am 30. Juni 2009 reichten die Ehefrau des Verstorbenen A. X._, seine Söhne B. und C. X._sowie seine Eltern D. und E. X._ (Kläger, Beschwerdeführer) beim Kantonsgericht Nidwalden Klage gegen den Kanton Nidwalden (Beklagter, Beschwerdegegner) ein und stellten folgende Rechtsbegehren: "1.1 Der Beklagte habe 1.1.1. als Schadenersatz insgesamt CHF 20'000.00 an die Kläger A. X._, D. X._ und E. X._ sowie 1.1.2. als Genugtuung 1.1.2.1. CHF 30'000.00 an A. X._; 1.1.2.2. CHF 20'000.00 an B. X._; 1.1.2.3. CHF 20'000.00 an C. X._; 1.1.2.4. CHF 20'000.00 an D. X._; 1.1.2.5. CHF 20'000.00 an E. X._ zu bezahlen, je zuzüglich Verzugszins zu 5 % p.a. seit 29. Juni 2005 (Tag des Unfalls); 1.2 unter Kosten- und Entschädigungsfolge zulasten des Beklagten." Mit Urteil vom 22. Juni 2011 wies das Kantonsgericht Nidwalden die Klage ab. B.b Gegen dieses Urteil erhoben die Kläger Berufung an das Obergericht des Kantons Nidwalden. Dieses wies die Berufung mit Urteil vom 24. Mai 2012 ab und bestätigte das Urteil des Kantonsgericht Nidwalden vom 22. Juni 2011. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 24. Mai 2012 sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Präsidialverfügung vom 15. Oktober 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.