Sachverhalt: A. Die ehemalige B._ AG mit Sitz in C._ besass eine vom Kanton Thurgau am 22. Juni 1999 ausgestellte, bis zum 21. Juni 2004 gültige Grosshandelsbewilligung für den Verkauf von Heilmitteln in der Schweiz. Am 1. Januar 2002 trat das Bundesgesetz vom 15. Dezember 2000 über Arzneimittel und Medizinprodukte (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21) in Kraft, wodurch die Aufsicht über die Heilmittel dem Schweizerischen Heilmittelinstitut (Swissmedic; im Folgenden: Institut) übertragen wurde. Am 28. März/4. April 2002 informierte die B._ AG das Institut über die geplante Änderung des Firmennamens in A._ AG und teilte zugleich mit, dass sie in der Schweiz kein eigenes Lager besitze, sondern wie bisher verwendungsfertige Arzneimittel aus einem Lager in Singen (D) in die Schweiz einführe. Das Institut bewilligte am 17. Juni 2002 den Namenswechsel für die restliche Gültigkeitsdauer der bisherigen Bewilligung, machte die A._ AG aber mit separatem Schreiben vom 19. Juni 2002 darauf aufmerksam, dass die Frage der Lagerhaltung im Ausland zu einem späteren Zeitpunkt geprüft werde. Nach einer weiteren Korrespondenz ersuchte die A._ AG mit Schreiben vom 28. Juli 2003 das Institut um Ausstellung einer rekursfähigen Verfügung betreffend die weitere Lagerhaltung in Singen. Das Institut verfügte am 22. August 2003 wie folgt: 1. Nach Ablauf der Betriebsbewilligung des Kantons Thurgau vom 22. Juni 1999 (inklusive der am 17. Juni 2002 von Swissmedic verfügten Namensänderung) kann die Belieferung der Kunden aus einem deutschen Lager durch die A._ AG ausschliesslich auf Grund einer Marktfreigabe nach erfolgter Einfuhr in die Schweiz vorgenommen werden. Eine direkte Belieferung von Kunden aus einem deutschen Lager ist nicht mehr erlaubt...." B. Die A._ AG erhob am 24. September 2003 Beschwerde an die Eidgenössische Rekurskommission für Heilmittel (im Folgenden: Rekurskommission) mit dem Antrag, die Verfügung des Instituts sei aufzuheben und dieses sei anzuweisen, der Beschwerdeführerin nach Ablauf der geltenden Bewilligung bei Erfüllung der gesetzlich vorgeschriebenen Voraussetzungen eine Betriebsbewilligung zu erteilen, auch wenn sie kein eigenes Lager in der Schweiz halte und ihre Kunden weiterhin direkt aus dem deutschen Lager in Singen beliefere. Eventuell sei festzustellen, der blosse Umstand, dass die Kunden der Beschwerdeführerin direkt aus dem deutschen Lager der Beschwerdeführerin in Singen beliefert würden, stelle keinen genügenden Grund für die Verweigerung der Betriebsbewilligung dar. Die Rekurskommission holte einen Amtsbericht des Staatssekretariats für Wirtschaft (seco) ein und wies die Beschwerde mit Urteil vom 11. Juni 2004 ab. C. Die A._ AG erhob am 14. Juli 2004 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil der Rekurskommission sowie die Verfügung des Heilmittelinstituts aufzuheben und festzustellen, der blosse Umstand, dass die Kunden direkt aus dem deutschen Lager in Singen beliefert würden, stelle keinen genügenden Grund für eine Verweigerung der Betriebsbewilligung dar. Eventuell sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersuchte die A._ AG um Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Mit verfahrensleitender Verfügung vom 19. Juli 2004 ordnete der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts superprovisorisch an, dass bis zum Entscheid in der Sache alle Vollziehungsvorkehrungen zu unterbleiben hätten. Das Institut beantragte am 17. August 2004, auf das Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht einzutreten, eventuell dieses abzuweisen. Mit Vernehmlassung vom 25. August 2004 schloss es auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Rekurskommission verzichtet auf einen Antrag zum Begehren auf aufschiebende Wirkung und beantragt in der Hauptsache die Abweisung der Beschwerde.