Sachverhalt: A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt ein Verwaltungsstrafverfahren gegen Unbekannt wegen des Verdachts von Abgabebetrug, eventuell Hinterziehung von Verrechnungssteuern im Umfang von ca. Fr. 21,3 Mio., begangen im Geschäftsbereich der X._ SA (nachfolgend: Gesellschaft). Der Untersuchung liegt der Verdacht zugrunde, dass die Gesellschaft (im Geschäftsjahr 2009) ihrem Aktionär F._ eine verrechnungssteuerpflichtige Leistung (im Umfang von ca. Fr. 60,9 Mio.) habe zukommen lassen, ohne die darauf geschuldete Verrechnungssteuer gesetzeskonform zu deklarieren und abzurechnen. Im Rahmen der Untersuchung fand am 21. Mai 2012 eine Durchsuchung von Bankschliessfächern statt, deren Mieter F._ war. Dabei wurde ein elektronischer Datenträger sichergestellt, deren Besitzer F._ ist, und auf dessen Einsprache hin versiegelt. B. Mit Gesuch vom 24. Mai 2012 beantragte die ESTV beim Bundesstrafgericht die Entsiegelung des sichergestellten Datenträgers bzw. dessen Freigabe zur Durchsuchung. Mit Beschluss vom 4./5. Oktober 2012 hiess das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, das Entsiegelungsgesuch gut. C. Gegen den Entsiegelungsentscheid der Beschwerdekammer gelangte F._ mit Beschwerde vom 5. November 2012 an das Bundesgericht. Er beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 3. Dezember 2012 die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht liess sich inhaltlich nicht vernehmen. Mit prozessleitender Verfügung vom 4. Dezember 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Der Beschwerdeführer replizierte am 21. Januar 2013. Zur Duplik der ESTV vom 14. Februar 2013 nahm der Beschwerdeführer innert der auf 8. März 2013 angesetzten Frist keine Stellung.