Sachverhalt: A. A.a Die X._ Generalunternehmung AG (Beschwerdeführerin) bezweckt die Planung, Projektierung und Realisierung von Bauten aller Art als Total- und Generalunternehmerin sowie die Erbringung der damit zusammenhängenden Dienstleistungen. Die Y._ Bank SA/NV (Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft belgischen Rechts und bezweckt die Ausübung von Bankgeschäften. A.b A._ S.p.A., eine italienische Aktiengesellschaft, war als Subunternehmerin der XX._ Generalunternehmung AG beim Neubau XYZ._ in Bern für die Erstellung der Fassaden zuständig. Zur Sicherung der Vertragspflichten versprach die A._ S.p.A. eine Anzahlungs- sowie eine Ausführungsgarantie, die in der Folge von der Beschwerdegegnerin zugunsten der XX._ Generalunternehmung AG ausgestellt wurden. Das von der Beschwerdegegnerin am 15. Februar 2006 zuhanden der XX._ Generalunternehmung AG ausgestellte und mit "Anzahlungsgarantie/Vorauszahlungsgarantie" betitelte Dokument lautet wie folgt: "Wird sind informiert worden, dass Sie am 20.12.2005 mit der Firma A._ S.p.A. [...] einen Vertrag Nr. 8 über die BKP 215.2 Fassadenbau beim Bauprojekt 932017.-1, Neubau XYZ._ zum Preis von Sfr. 2'959'000.00 [...] abgeschlossen haben. Gemäss Vertrag werden Sie der Firma A._ S.p.A. [...] eine Anzahlung/Vorauszahlung in Höhe von Sfr. 1.183.600,00 [...] leisten. Als Sicherheit für die Rückerstattung der Anzahlung im Falle der nicht vertragsgemässen und fristgerechten Lieferung wurde die Stellung einer Bankgarantie vereinbart. Im Auftrag der Firma A._ S.p.A. [...] verpflichten wir [...] uns hiermit unwiderruflich, Ihnen auf Ihre erste Anforderung hin, ungeachtet der Gültigkeit und der Rechtswirksamkeit des eingangs erwähnten Vertrages und unter Verzicht auf alle Einwendungen und Einreden aus demselben den Anzahlungs-Vorauszahlungsbetrag von Sfr. 1.183.600,00 [...] beinhaltend Kapital, Zinsen und Kosten, zurückzuerstatten, gegen Erhalt Ihrer schriftlichen Zahlungsaufforderung und Bestätigung, wonach die Firma A._ S.p.A. [...] die bestellten Baumaterialien/Waren nicht oder nicht vertragsgemäss geliefert und/oder eingebaut hat. Unsere Garantie ist gültig bis der Gegenwert am Bauobjekt erreicht ist, jedoch mindestens bis 31.05.06. Aus Identifikationsgründen ist uns Ihre schriftliche Zahlungsaufforderung durch eine erstklassige Bank zuzuleiten mit der Bestätigung, dass sie rechtmässig unterzeichnet ist. Diese Garantie tritt erst in Kraft nach Eingang des Anzahlungsbetrages auf dem Konto-Nr _ bei der Y._ Bank Sa Nv, Succursale in Italia. Für diese Garantie gilt schweizerisches Recht." Am 2. März 2006 stellte die Beschwerdegegnerin zuhanden der XX._ Generalunternehmung AG ein mit "Ausführungsgarantie/Erfüllungsgarantie" betiteltes Dokument aus, das wie folgt lautet: "Wird sind informiert worden, dass Sie am 20.12.2005 mit der Firma A._ S.p.A. [...] einen Vertrag Nr. 8 über die BKP 215.2 Fassadenbau beim Bauprojekt 932017.-1, Neubau XYZ._ zum Preis von Sfr. 2'959'000.00 [...] abgeschlossen haben. Als Sicherheit für die nicht vertragsgemässe und fristgerechte Erfüllung des Werkvertrages wurde die Stellung einer Bankgarantie vereinbart. Im Auftrag der Firma A._ S.p.A. [...] verpflichten wir [...] uns hiermit unwiderruflich, Ihnen auf erste Aufforderung hin, ungeachtet der Gültigkeit und der Rechtswirkungen des eingangs erwähnten Vertrages und unter Verzicht auf alle Einwendungen und Einreden aus demselben sowie unter Ausschluss jeglicher verrechnungsweisen Tilgung, jeden Betrag bis Maximal Sfr. 295.900,00 [...] zurückzuerstatten, gegen Erhalt Ihrer schriftlichen Zahlungsaufforderung und Bestätigung, wonach die Firma A._ S.p.A. [...] ihre vertraglichen Verpflichtungen nicht ordnungsgemäss und fristgerecht erfüllt hat. Diese Garantie tritt in Kraft am Tag der Unterzeichnung des Werkvertrages und ist gültig bis 4 Monate über das Datum der Abnahme des Werkvertrages, jedoch mindestens bis 31.07.2007. Aus Identifikationsgründen ist uns Ihre schriftliche Zahlungsaufforderung durch eine erstklassige Bank zuzuleiten mit der Bestätigung, dass sie rechtmässig unterzeichnet ist. Für diese Garantie gilt schweizerisches Recht." Beide Verträge sehen einen Gerichtsstand in Zürich vor. Die Beschwerdegegnerin stellte beide Sicherungsinstrumente aufgrund einer Dokumentation aus, die ihr von der A._ S.p.A. ausgehändigt worden war. Dabei handelte es sich im Wesentlichen um ein nicht unterzeichnetes, mit 20. Dezember 2005 datiertes Werkvertragsdokument mit der XX._ Generalunternehmung AG und A._ S.p.A. als Parteien. Das Dokument regelte Rechte und Pflichten betreffend Fassadenbau beim Neubau XYZ._ und nahm Bezug auf ein Verhandlungsprotokoll und eine Auftragsbestätigung vom 28./30. November 2005. Demgemäss wurde die A._ S.p.A. als Subunternehmerin der Bau der Fassaden übertragen. Der Pauschalpreis war auf Fr. 2'959'000.-- veranschlagt. Die Montage sollte am 20. März 2006 beginnen, die Vollendung der Arbeiten war auf den 14. Juli 2006 terminiert. Die Beschwerdegegnerin ging bei Ausstellung der Sicherungsinstrumente davon aus, dass am 20. Dezember 2005 ein solcher Werkvertrag gültig abgeschlossen worden war. Am 21./30. Juni 2006 unterzeichneten die XX._ Generalunternehmung AG und A._ S.p.A. einen Werkvertrag betreffend Fassadenbau beim Neubau XYZ._. Dieser Vertrag wich wie folgt von dem mit 20. Dezember 2005 datierten Dokument ab: Der Werklohn wurde um rund Fr. 100'000.-- erhöht, der Leistungsumfang entsprechend erweitert und die Konventionalstrafe neu geregelt. Der Zeitplan sah den Montagebeginn nunmehr für den 2. August 2006 und die Vollendung der Arbeiten für den 28. Februar 2007 vor. Weitere Änderungen betrafen den energietechnischen Massnahmennachweis, die allgemeinen Geschäftsbedingungen und den Zahlungsplan. Am 31. März 2006 stellte die A._ S.p.A. der XX._ Generalunternehmung AG Rechnung für die Anzahlung. Davon - und somit auch von der Höhe der Rechnung - hatte die Beschwerdegegnerin keine Kenntnis. Am 10. Juli 2006 überwies die XX._ Generalunternehmung AG Fr. 1'100'000.-- auf ein Konto der A._ S.p.A. bei der Beschwerdegegnerin. Mit Schreiben vom 14. November 2006 beanspruchte die Beschwerdeführerin als Rechtsnachfolgerin der XX._ Generalunternehmung AG beide Sicherheiten und gab die im Vertragstext verlangten Bestätigungen ab. Die Beschwerdegegnerin verweigerte die Zahlungen. B. Am 17. Januar 2007 klagte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdegegnerin auf Zahlung von Fr. 1'395'900.-- plus Zins zu 5 % seit dem 17. November 2006. Das Handelsgericht wies die Klage mit Urteil vom 2. Juni 2009 ab. Das Handelsgericht erwog, dass die Anzahlungsgarantie mangels vollständiger Leistung der Anzahlung durch die Beschwerdeführerin nie wirksam geworden sei. Zudem erachtete es den Abruf sowohl der Anzahlungs- als auch der Ausführungsgarantie als zweckwidrig. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 2. Juni 2009 aufzuheben und die Klage sei gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Sachverhaltsfeststellung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. D. Mit Verfügung vom 1. September 2009 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.