Sachverhalt: A. Die A._ GmbH, Hamburg/D (Beschwerdeführerin), ist Inhaberin der internationalen Marke Nr. 688 990. Die dreidimensionale Formmarke ist wie folgt registriert: Sie wurde unter anderem für das Gebiet der Schweiz für folgende Waren beansprucht: - Klasse 16: Matières pour emballage, notamment paquets de cigarettes. - Klasse 34:Tabac, produits de tabac, notamment cigarettes; articles pour fumeurs, compris dans cette classe. Das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) verweigerte der Marke den Schutz am 26. März 1999 provisorisch, wogegen die Beschwerdeführerin am Schutz auch für die Schweiz festhielt. B. Mit Verfügung vom 10. Januar 2005 verweigerte das IGE der internationalen Marke Nr. 688 990 den Schutz für die Schweiz gestützt auf Art. 6quinquies lit. B Ziff. 2 PVÜ (SR 0.232.04) und Art. 2 i.V.m. Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG für die beanspruchten Waren der Klassen 16 und 34. Die Beschwerdeführerin verzichtete am 2. Februar 2005 auf die Beanspruchung ihrer internationalen Marke für das Gebiet der Schweiz in Bezug auf die Waren der Klasse 16. Gegen die Schutzverweigerung für die in Klasse 34 beanspruchten Waren erhob sie Beschwerde bei der eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum. C. Mit Entscheid vom 1. Februar 2006 wies die Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum die Beschwerde ab und bestätigte die angefochtene Verfügung bezüglich der Waren der Klasse 34. Die Rekurskommission erwog, es handle sich um eine im Verkehr technisch notwendige Form, weshalb sie gemäss Art. 2 lit. b MSchG vom Markenschutz ausgeschlossen sei. Für den Fall, dass ein absolutes Freihaltebedürfnis zu verneinen wäre, hielt sie ausserdem den Nachweis der Verkehrsdurchsetzung nicht für erbracht. Die Rekurskommission lehnte es auch ab, die Eintragungsfähigkeit der Formmarke wegen ihrer Zulassung im Ursprungsland Deutschland als Grenzfall zu qualifizieren und den Schutz im Zweifel zuzulassen. Nach Ansicht der Rekurskommission lag kein Grenzfall, sondern vielmehr ein eindeutiger Fall vor. D. Mit Eingabe vom 2. März 2006 stellt die Beschwerdeführerin den Antrag, der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum vom 1. Februar 2006 sei aufzuheben und das IGE anzuweisen, die internationale Markeneintragung Nr. 688 990 (dreidimensionale Marke) für die Waren der Klasse 34 zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Sie hält dafür, die Zulassung im Ursprungsland Deutschland, in dem eine ähnlich strenge Praxis bestehe, müsse berücksichtigt werden und reicht erstinstanzliche Urteile der Niederlande und von Deutschland ein, welche die Gültigkeit ihrer Marke bestätigen. Die Beschwerdeführerin bekräftigt ihren Standpunkt, dass die Marke unterscheidungskräftig sei. Sie rügt als Verletzung des rechtlichen Gehörs, dass ihr die Vorinstanz keine Gelegenheit geboten habe, sich zum als entscheidend erachteten Sachverhalt zu äussern und die Vorinstanz auf eingereichte Beweismittel nicht eingegangen sei. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe die (ursprüngliche) Unterscheidungskraft der Formmarke zu Unrecht verneint und damit Art. 2 lit. a oder lit. b MSchG verletzt. Sie hält zudem daran fest, dass sich ihre Marke schon 1997 durch einen rund zwölfjährigen, intensiven Gebrauch im Verkehr durchgesetzt habe. E. Das IGE und die Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde.