Sachverhalt: A. Im Jusletter vom 1. März 2010 veröffentlichte X._ eine Abhandlung zum Thema "Minarettverbot: Offene Fragen zur Umsetzung". Der Text von Y._ mit dem Titel "Minarettverbot: Ein Versuch zu seiner Infragestellung - Antwort auf den " Jusletter ' von X._" wurde einem Journalisten zugestellt und auf der Website des Aktionskomitees "Gegen die strategische Islamisierung der Schweiz" (KSIS) veröffentlicht. B. Am 22. März 2011 erstattete X._ bei der Staatsanwaltschaft Emmental-Oberaargau des Kantons Bern Strafanzeige gegen Y._ und unbekannte Täterschaft wegen übler Nachrede (Art. 173 StGB) und unlauteren Wettbewerbs (Art. 3 lit. a i.V.m. Art. 23 des Bundesgesetzes gegen den unlauteren Wettbewerb vom 19. Dezember 1986[UWG; SR 241] ). Mit Schreiben vom 31. März 2011 ergänzte X._ seine Anzeige dahin gehend, dass der Geschäftsführer des KSIS, A._, sich geweigert habe, den Artikel von der Website zu nehmen. Es sei zu prüfen, ob sich A._ der Nichtverhinderung einer strafbaren Veröffentlichung (Art. 322 bis StGB) strafbar gemacht habe. Im September 2011 übernahm die Staatsanwaltschaft See/Oberland des Kantons Zürich das Strafverfahren gegen Y._ und stellte es am 21. Februar 2012 ein. Der leitende Staatsanwalt genehmigte die Einstellungsverfügung am 23. Februar 2012. C. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde des X._ gegen die Einstellungsverfügung am 14. Januar 2013 ab. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt im Hauptpunkt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde hinsichtlich der Rechtshängigkeit der mit der Strafanzeige gestellten Zivilforderung aufschiebende Wirkung zu erteilen. E. Der Präsident der strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ordnete am 20. Februar 2013 die aufschiebende Wirkung provisorisch an und lud die Vorinstanz, die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und den Beschwerdegegner zur Vernehmlassung zu dieser Frage ein, worauf sie verzichteten.