Sachverhalt: A. Am 29. Juli 2003 ging bei der Schweizerischen Bundesanwaltschaft ein Rechtshilfeersuchen einer niederländischen Staatsanwaltschaft ein, in welchem diese um den Einsatz eines verdeckten Ermittlers zur Aufdeckung einer kriminellen Organisation im Sinne von Art. 260 StGB i.V.m. qualifiziertem Drogenhandel und Geldwäscherei nachsuchte. Nach einer summarischen Prüfung kam das Bundesamt für Justiz mit Verfügung vom 26. August 2003 zum Schluss, das Gesuch entspreche den Formerfordernissen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen (EueR) und es bestehe kein Grund, die Rechtshilfeleistung als offensichtlich unzulässig zu erklären. Die Durchführung des Rechtshilfeverfahrens übertrug es in Anwendung von Art. 17 Abs. 4 und Art. 79 Abs. 2 IRSG der Bundesanwaltschaft. Mit Eintretens- und Schlussverfügung vom 12. September 2003 entsprach die Bundesanwaltschaft dem Rechtshilfeersuchen und bewilligte den Einsatz niederländischer verdeckter Ermittler in der Schweiz unter verschiedenen Bedingungen und Auflagen bis zum 31. Dezember 2004. Gestützt darauf wurden im Rahmen der Operation "A._" verdeckte niederländische Ermittler in der Schweiz tätig. B. Mit Eingabe vom 23. Dezember 2004 ersuchte die Bundesanwaltschaft den Präsidenten der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts, den Einsatz der verdeckten Ermittler bis zum 31. Dezember 2005 nach Art. 18 Abs. 1 des auf den 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Bundesgesetzes über die verdeckte Ermittlung (BVE; SR 312.8) zu genehmigen. Mit Entscheid vom 5. Januar 2005 trat der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts auf das Gesuch der Bundesanwaltschaft zur Genehmigung eines verdeckten Ermittlers im Rahmen eines Rechtshilfeverfahrens nicht ein. Mit Beschwerde nach Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG ans Bundesgericht beantragte die Bundesanwaltschaft, diesen Entscheid aufzuheben und den Beschwerdekammerpräsidenten anzuweisen, auf das Genehmigungsersuchen einzutreten und einen materiellen Entscheid zu fällen. Mit Entscheid 1S.12/2005 vom 7. Februar 2005 trat das Bundesgericht auf die Beschwerde der Schweizerischen Bundesanwaltschaft nicht ein. Am 6. Juni 2005 wies der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts das Gesuch der Bundesanwaltschaft ab, seinen Entscheid vom 5. Januar 2005 in Wiedererwägung zu ziehen. Mit Schlussverfügung vom 28. Juni 2005 wies die Bundesanwaltschaft das Rechtshilfeersuchen einer niederländischen Staatsanwaltschaft im Strafverfahren gegen B._, C._ und andere wegen Verdachts der Mitgliedschaft einer kriminellen Organisation, des qualifizierten Betäubungsmittelhandels und der Geldwäscherei ab und verweigerte die Rechtshilfe. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 5. Juli 2005 beantragt das Bundesamt für Justiz, die Schlussverfügung der Bundesanwaltschaft vom 28. Juni 2005 sowie die Entscheide des Präsidenten der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vom 5. Januar 2005 und vom 6. Juni 2005 aufzuheben. Zudem sei die Bundesanwaltschaft anzuweisen, dem Bundesstrafgericht erneut die Genehmigung des Einsatzes des im Rechtshilfeersuchen einer niederländischen Staatsanwaltschaft vom 29. Juli 2003 beantragten verdeckten Ermittlers zu beantragen. Der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts legt in seiner Vernehmlassung insbesondere dar, dass seine beiden in dieser Angelegenheit ergangenen Entscheide letztinstanzlich seien und nicht auf dem Umweg über eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 80g Abs. 1 IRSG gegen die Schlussverfügung der Bundesanwaltschaft angefochten werden könnten. Die Bundesanwaltschaft schliesst sich den Ausführungen des Bundesamtes für Justiz an und beantragt, dessen Beschwerde gutzuheissen und ihre Schlussverfügung aufzuheben.