Sachverhalt: A. Z._, geboren 1962, arbeitete als Chef bei der Basis X._ der Armee. Es handelt sich dabei um eine Funktion mit besonderer Sicherheitsempfindlichkeit, für welche die periodische Durchführung einer Personensicherheitsprüfung vorgesehen ist. Z._ stimmte der Sicherheitsprüfung am 5. Januar 2011 zu und ermächtigte die Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen im Bereich Informations- und Objektsicherheit (Fachstelle IOS; nachfolgend: Fachstelle oder Beschwerdegegnerin) des Eidg. Departementes für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) zur Erhebung der erforderlichen Daten. Nachdem die Fachstelle Kenntnis von mehreren strafrechtlich relevanten Vorfällen mit rechtskräftiger Verurteilung wegen Pornografie erhalten und daraufhin Z._ persönlich befragt hatte, gewährte sie ihm das rechtliche Gehör. Am 3. November 2011 erliess die Fachstelle eine negative Risikoverfügung, wonach Z._ als Sicherheitsrisiko erachtet und unter anderem empfohlen wurde, von seiner Weiterverwendung in der Funktion als Chef bei der Basis X._ der Armee sei abzusehen; zudem dürfe ihm kein Zugang mehr zu vertraulich und geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen mit Schutzzonen A und B gewährt werden. B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die von Z._ gegen die negative Risikoverfügung erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 25. Juni 2012 ab. C. Z._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur Durchführung der notwendigen Beweismassnahmen im Sinne der nachfolgenden Begründung zurückzuweisen. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass der Beschwerdeführer kein Sicherheitsrisiko darstelle. Der ersuchenden Stelle sei zu empfehlen, dem Beschwerdeführer Zugang zu vertraulich und geheim klassifizierten Informationen, Materialien und militärischen Anlagen mit Schutzzonen A oder B zu gewähren.