aus freien Mitteln der Pensionskasse), hat sich ergeben: A.- Die Versicherungskasse der Stadt Zürich, welche - neben einer Unfallversicherungskasse - eine Pensionskasse führt, ist eine Dienstabteilung des Finanzamtes der Stadt Zürich ohne eigene Rechtspersönlichkeit (Art. 67 Abs. 1 der Statuten). Organe der Versicherungskasse sind der Stadtrat, der Vorsteher des Finanzamtes und die Direktion der Versicherungskasse (Art. 68 Abs. 1 der Statuten); paritätisch besetzte Organe (vgl. Art. 51 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [BVG; SR 831. 40]) sind die Kassenkommission, der Kassenausschuss und die Anlagekommission (vgl. Art. 68 f. der Statuten). Die geltenden Statuten der Versicherungskasse datieren vom 22. Dezember 1993 und stützen sich auf Art. 118 der Gemeindeordnung der Stadt Zürich vom 26. April 1970 (Art. 1 der Statuten); die zu den Statuten gehörige Vollziehungsverordnung hat der Stadtrat am 16. November 1994 erlassen (vgl. Art. 70 Abs. 1 der Statuten). B.-Mit Beschluss vom 2. April 1997 änderte der Gemeinderat (Legislative) der Stadt Zürich die Art. 19 und 26 der Statuten der Versicherungskasse. Es wurde ein Mechanismus vorgesehen, nach dem bei anhaltend geringer Lohnteuerung die Beiträge des Arbeitgebers - und mit diesen die Altersgutschriften der Versicherten - reduziert werden (vgl. auch Art. 11bis der Vollziehungsverordnung). Zudem traf der Gemeinderat folgende "einmalige Übergangslösung": "Für das Geschäftsjahr 1997 wird auf die Erhebung von Risikobeiträgen für Vollversicherte gemäss Art. 26 Abs. 2 der Statuten der Versicherungskasse. .. verzichtet. Aus dem Jahresgewinn 1996 der Pensionskasse ist einmalig eine Risikoreserve zu bilden, welche 1997 zur Finanzierung der Risikobeiträge wieder aufzulösen ist" (Ziff. 3 des Beschlusses). C.- Die Konferenz der Personalverbände (KPV) reichte am 29. Mai 1997 beim Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich eine Aufsichtsbeschwerde ein, welche sich gegen die dargestellte "Übergangslösung" richtete. Zur Begründung machte sie geltend, die Finanzierung von Arbeitgeberbeiträgen aus dem Vermögen der Pensionskasse widerspreche den bundesrechtlichen Vorschriften über die berufliche Vorsorge. Über die Verwendung des freien Vermögens könne nur das paritätische (Mitbestimmungs-)Organ, also die Kassenkommission, entscheiden. Eine einmalige Übernahme der Risikobeiträge stelle einen individuell-konkreten Entscheid dar, der nicht auf dem Weg der Statutenrevision getroffen werden könne. Dieser Weg sei nur gewählt worden, um die Zustimmung der Kassenkommission zu umgehen. Das Amt wies die Aufsichtsbeschwerde am 25. Februar 1998 ab, was die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Urteil vom 26. Januar 2000 schützte. D.- Am 29. Februar 2000 hat die Konferenz der Personalverbände (KPV) Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, das Urteil der Eidgenössischen Beschwerdekommission, die Verfügung des Amtes für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich vom 25. Februar 1998 sowie die mit Ziff. 3 des Gemeinderatsbeschlusses vom 2. April 1997 vorgenommene Statutenänderung aufzuheben; weiter sei die Stadt Zürich anzuhalten, die Finanzierung der Risikobeiträge 1997 aus dem Jahresgewinn 1996 rückgängig zu machen und diese aus eigenen Mitteln zu finanzieren. Der Stadtrat von Zürich und das Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet in der Vernehmlassung vom 14. August 2000 darauf, einen Antrag zu stellen. Die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge hat nicht Stellung genommen.