Sachverhalt: A. A.a Der 1961 geborene B._ arbeitete seit 13. März 1991 bis 31. März 2001 als Gipser/Handlanger bei der Firma Y._. Am 19. Dezember 1998 erlitt er bei einem Autounfall eine Commotio cerebri, Schnittwunden sowie Kontusionen des Thorax beidseits und der linken Hand. Am 8. Dezember 2000 und 31. März 2001 erlitt der Versicherte mit seinem Auto Auffahrkollisionen. Seit 3. April 2001 war er zu 100 % als Gipser bei der Firma X._ angestellt. Am 1. November 2001 stürzte er von einer Leiter, wobei er sich Kontusionen der Lendenwirbelsäule (LWS) sowie des rechten Knies mit Bursitis präpatellaris rechts zuzog. Im Kreisspital F._ wurde am 10. Dezember 2001 eine Bursektomie präpatellaris am rechten Knie und am 15. Dezember 2001 eine Hämatomausräumung im Bursektomie-Bereich am rechten Knie vorgenommen. Vom 26. Juni bis 7. August 2002 war der Versicherte in der Rehaklinik A._ hospitalisiert. Am 20. September 2002 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Zur Abklärung der Verhältnisse zog die IV-Stelle des Kantons Zürich die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) und diverse Arztberichte bei. Mit Verfügung vom 16. Juni 2005 sprach sie dem Versicherten ab 1. November 2002 eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 53 % zu. Dagegen erhob der Versicherte Einsprache, womit er ein Zeugnis des Hausarztes Dr. med. J._, Innere Medizin FMH, vom 16. Februar 2005 und einen Bericht des Dr. med. R._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 29. Juni 2005 einreichte. Mit Entscheid vom 21. November 2005 wies die IV-Stelle die Einsprache ab, soweit sie darauf eintrat. A.b Die SUVA sprach dem Versicherten mit Verfügung vom 10. September 2004 ab 1. August 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 53 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 45 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 21. Februar 2005 ab. Die dagegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab. Diese Sache ist Gegenstand des beim Bundesgericht hängigen Verfahrens 8C_457/2007. B. Die gegen den Einspracheentscheid der IV-Stelle vom 21. November 2005 eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung zurückzuweisen und eine korrekte medizinische Gesamtbeurteilung durchzuführen und ein psychiatrisches Obergutachten einzuholen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.