Sachverhalt: A. Das Bausekretariat der Gemeinde Arth stellte am 28. Juni 2010 fest, dass im Gewerbegebäude an der Gotthardstrasse "..." in Goldau/SZ (KTN 3040) unbewilligte Nutzungsänderungen bzw. Umbauarbeiten vorgenommen wurden. Mit Schreiben vom 1. Juli 2010 wurde die X._ AG aufgefordert, ein Baugesuch einzureichen. Am 25. Oktober 2010 ersuchte die X._ AG um die Bewilligung für die Umbauarbeiten und Nutzungsänderungen auf dem Grundstück KTN 3040. Mit Beschluss vom 16. Mai 2011 entschied der Gemeinderat Arth, dem nachträglichen Baugesuch im Sinne der Erwägungen zu entsprechen und die Baubewilligung zu erteilen. Abgewiesen wurde dagegen das Gesuch um Einbau eines Wohnateliers; dieses sei innert einer Frist von vier Monaten ab Rechtskraft des Beschlusses aufzuheben und dürfe nicht weiter zum Wohnen benützt werden. B. Die X._ AG focht den Beschluss des Gemeinderates Arth beim Regierungsrat des Kantons Schwyz an, welcher die Beschwerde am 2. November 2011 abwies, soweit er darauf eintrat. Das von der X._ AG hierauf angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die Beschwerde mit Entscheid vom 18. Januar 2012 ab, soweit es darauf eintrat. C. Dagegen führt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 18. Januar 2012 sowie den Beschluss des Regierungsrates vom 2. November 2011 vollumfänglich aufzuheben. Der Beschluss des Gemeinderates Arth vom 16. Mai 2011 sei bezüglich Ziffer 2 und 3 aufzuheben. Die nachträgliche Baubewilligung für den Einbau des Wohnateliers im 2. Obergeschoss des Gewerbegebäudes an der Gotthardstrasse "..." in Goldau sei zu erteilen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht oder an den Gemeinderat zurückzuweisen. D. Der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Amt für Raumentwicklung des Kantons Schwyz hat Verzicht auf eine Vernehmlassung erklärt. Der Gemeinderat Arth liess sich nicht vernehmen. In der Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Rechtsbegehren fest. E. Mit Verfügung vom 2. April 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. F. Gestützt auf Art. 23 Abs. 1 BGG hat die Vereinigung sämtlicher Abteilungen des Bundesgerichts am 30. November 2012 über die Rechtsfrage entschieden, ob es im schriftlichen gerichtlichen Verfahren grundsätzlich geboten sei, Eingaben den Parteien, die durch einen Anwalt vertreten sind, unter Ansetzung einer Frist zur allfälligen Stellungnahme zuzustellen. Die Frage wurde im Sinne der nachstehenden Erwägungen (E. 2) entschieden.