Sachverhalt: A. Das Place Hotel in I._ wird durch die X._ AG (Bestellerin) betrieben. Diese führte betreffend den Umbau der Gebäudeteile "Q._" und "R._" eine Totalunternehmersubmission durch. Die Y._ AG (Unternehmerin) mit Sitz in Zürich unterbreitete der Bestellerin am 26. März 2007 ein revidiertes Angebot, das diese am folgenden Tag annahm. Die Unternehmerin begann im April 2007 mit den Umbauarbeiten. Am 2. Mai und 11. Juni 2007 unterzeichneten die Parteien bezüglich der Umbauarbeiten einen Totalunternehmer-Werkvertrag (nachstehend: WerkV) mit folgenden Passagen: "3.1. Der Totalunternehmer verpflichtet sich, für die erforderliche Planung und schlüsselfertige Erstellung des Bauwerkes folgende Termine einzuhalten: [...] Fertigstellung Gebäudeteil Q._ inkl. Penthouse Suite und Gebäudehülle Gebäudeteil R._ 14.12.2007 Fertigstellung Innenausbau Gebäudeteil R._ 27.06.2008 Mitte Oktober 2007 wird beurteilt, ob die komplette Fertigstellung per 21.12.07 (Ziel), bzw. möglichst viele Geschosse mit Hotelzimmern/Suiten, erfolgt [...] 3.2 Termine Ausführungsplan und Realisierung des Vertragsobjektes gemäss vorliegendem Terminprogramm gemäss Beilage 9. 3.3 Der TU verpflichtet sich, alles zu unternehmen, um die garantierten Fertig-stellungstermine zu gewährleisten, eine Konventionalstrafe wird nicht verein-bart. Die Bauherrschaft behält sich bei Terminverzögerungen entsprechende Schadenersatzansprüche und Zahlungsabzüge vor. [...] 3.4 Sofern der garantierte Fertigstellungstermin verzögert oder gestoppt wird aus Gründen, die nicht durch den TU verursacht werden (gemäss Ziff. 3.5), verschiebt sich der Termin zur Ingebrauchnahme um die aus der Verzögerung resultierende Dauer. 3.5 Vorbehalten bleiben höhere Gewalt und andere vom Totalunternehmer nicht zu verantwortende Umstände wie Mobilmachung, Krieg, Erdbeben, Feuersbrunst, Streiks sowie Verspätung in den Entscheiden des Bauherrn (Materialwahl, Änderungen etc.) von mehr als 10 Arbeitstagen. In diesen Fällen verschiebt sich der Bezugstermin um die aus der Verzögerung resultierende Dauer. [...] 4. WERKPREIS UND HONORARE / TEUERUNG 4.1 Der Werkpreis ermittelt sich aufgrund der effektiven Baukosten gemäss Bauabrechnung bzw. der durch die Parteien genehmigten Mehr- und Minderkostenabrechnungen und dem dadurch angepassten Kostendachwerkpreis. [...] Total Kostendachwerkpreis inkl. Aufstockung exkl. MWST CHF 24'930'000.00 MWST 7.6 % CHF 1'894'680.00 Total Kostendachwerkpreis inkl. Aufstockung und MWST CHF 26'824'680.00 [...] 4.6 Überschreitet der Gesamtbetrag der Schlussabrechnung - einschliesslich Honorare und Risikoentschädigung des TU - den (allenfalls angepassten) Kostendach-Werkpreis, so geht die Kostendifferenz vollumfänglich zu Lasten des TU. 4.7 Liegt der Gesamtbetrag der Schlussabrechnung unter dem (allenfalls angepassten) Kostendach-Werkpreis, so hat der TU Anspruch auf 25 % der Kostendifferenz (exkl. MWST) 4.8 Die Zahlungen gemäss Zahlungsplan (Beilage 10) sind im Sinne eines bestimmten Verfalltages (Art. 102 Abs. 2 OR) jeweils spätestens innert 30 Tagen ab Teilrechnungsdatum zur Zahlung fällig. Die Zahlungen erfolgen auf das Konto einer schweizerischen Grossbank [...]. Der TU verpflichtet sich, dass von diesem Konto nur Zahlungen geleistet werden, die in direktem Zusammenhang mit der Erstellung der Bauten, gemäss Ziff. 1 dieses Vertrages, stehen und soweit diese dem Baufortschritt entsprechen. Sämtliche Zahlungen sind nur unter der Voraussetzung geschuldet, dass die jeweiligen Arbeiten gemäss Terminprogramm (Beilage 10) fertiggestellt und die Bedingungen gemäss Ziff. 10.2 dieses Werkvertrages eingehalten sind. Vorbehalten bleiben ferner allfällige Direktzahlungen an Subunternehmer des TU gemäss Ziff. 13.4 und allfällige Zahlungsrückbehalte seitens Bauherr. [...] 8.3 Optionen / Varianten Bauherr Die in der Beilage 2 definierten Positionen stellen Optionen der Bauherrschaft dar, welche als Mehr- oder Minderkosten (...) den Kostendach-Werkpreis verändern. Die einzelnen Optionen sind durch den Bauherrn rechtzeitig, nach Aufforderung und in Absprache mit dem TU, schriftlich zu bestätigen. Die Entscheidungsfrist des Bauherrn beträgt in der Regel 5 Arbeitstage. [...]" Der Zahlungsplan (Vertragsbeilage 10) enthält eine Liste von 20 Akontozahlungen mit folgenden Angaben: "Zahlungsplan (inkl. Aufstockung R._) Akonto Fälligkeit exkl. MWST inkl. MWST 1. Akonto 30. April 2007 CHF 420'000 CHF 451'920 [...] 9. Akonto 31. Dezember 2007 CHF 2'610'000 CHF 2'808'360 10. Akonto 31. Januar 2008 CHF 2'330'000 CHF 2'507'080 [...] 20. Akonto 30. November 2008 CHF 950'000 CHF 1'022'200 Total Schweizer Franken CHF 24'630'000 CHF 26'501'880" Am Ende des Dokuments findet sich folgender Hinweis: "Der Zahlungsplan wird entsprechend dem Baufortschritt und dem kompletten Fertigstellungstermin (Ziel 21.12.07 für den Gebäudeteil R._) gemäss Ziff. 3.1 dieses Vertrages Mitte Oktober 2007 nochmals beurteilt." Im Verlaufe des Jahres 2007 bezahlte die Bestellerin die ersten acht Akontozahlungen gemäss Werkvertrag über insgesamt Fr. 10,54 Mio. (zuzüglich MWSt). Die Unternehmerin stellte am 22. November 2007 die 9. Akontozahlung und am 5. Dezember 2007 die 10. Akontozahlung in Rechnung. Am 21. Dezember 2007 übergab die Unternehmerin zwölf der 13 Zimmer im Gebäudeteil Q._ an die Bestellerin. Die Übergabe des 13. Zimmers erfolgte am 24. Januar 2008. Die Gebäudehülle des Gebäudeteils R._ war per Weihnachten 2007 grundsätzlich fertiggestellt. Am 7. Februar 2008 verhängte die Bestellerin einen Baustopp bis Anfang April 2008. Im Schreiben vom 11. April 2008 führte sie gegenüber der Unternehmerin zusammengefasst aus, vor Weihnachten habe lediglich eine "bedingte Teilübergabe/Teilübernahme" stattgefunden; es gebe vom dritten Unter- bis zum dritten Obergeschoss fast unzählige Fertigstellungsarbeiten, die Penthouse Suite stehe dem Direktionsehepaar noch nicht zur Verfügung, im Dachbereich sei die Gebäudehülle noch unfertig, im Bereich R._ seien die meisten Rohinstallationen Haustechnik erst in Ansätzen vorhanden und mit den Gipserarbeiten sowie den Unterlagsböden sei noch nicht begonnen worden. Aus diesen Gründen sei einstweilen die 9. und 10. Akontozahlung gemäss Zahlungsplan zurückbehalten worden. Um für die Zeit bis zur vollständigen Fertigstellung und Abnahme der Gebäudeteile Q._ und R._ klare Verhältnisse zu schaffen, werde die Unternehmerin gebeten, eine Offerte für einen neuen, den wirklichen Baufortschritt berücksichtigenden Zahlungsplan zu unterbreiten. Ebenfalls am 11. Februar 2008 stellte die Unternehmerin der Bestellerin per Fax eine Frist bis zum 15. Februar 2008, um die beiden ausstehenden Akontozahlungen zu leisten. Mit E-Mail vom 15. Februar 2008 erklärte die Bestellerin, eine Leistung der 9. und 10. Akontozahlung bis und mit heute könne nicht in Frage kommen, weil dies der Baufortschritt nicht zulasse und zuerst von Seiten der Unternehmerin ein neuer Zahlungsplan offeriert werden müsse, welcher den tatsächlichen Baufortschritt berücksichtige, und ein alle Aspekte der Teil- und Ganzfertigstellung des Gebäudeteils Q._ wie des Gebäudeteils R._ berücksichtigendes Bauprogramm zu präsentieren sei. Am 19. Februar 2008 erklärte die Unternehmerin der Bestellerin "vorsorglich" den Vertragsrücktritt. Nach erfolglosen Gesprächen mit der Bestellerin bestätigte die Unternehmerin mit Schreiben vom 27. Februar 2008 den Vertragsrücktritt und erklärte, sie werde den Bau mit Stichtag 1. März 2008 abrechnen. Die Bestellerin übertrug in der Folge die Umbaufertigstellung an ein Konsortium und schloss mit fast allen Subunternehmern, die bisher für die Unternehmerin tätig waren, direkt Verträge zur Fertigstellung der Arbeiten ab. Am 9. Juli 2008 sandte die Unternehmerin der Bestellerin ihre Schlussrechnung über den Betrag von Fr. 14'551'565.20 (inkl. MWSt) und am 14. August 2008 eine entsprechende Mahnung. Am 1. Oktober 2008 leistete die Bestellerin der Unternehmerin eine Zahlung von Fr. 4 Mio. Nach einer Bestandesaufnahme von Mängeln im September 2008 erbrachte die Unternehmerin Nachbesserungsarbeiten, welche die Mängel bis auf zwei umstrittene Positionen behoben. B. Mit Weisung vom 10. September 2009 machte die Unternehmerin (Klägerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Bestellerin (Beklagte) eine Klage über Fr. 10'714'147.55 nebst Zins hängig. Mit Klageschrift vom 15. Februar 2010 reduzierte die Klägerin den eingeklagten Betrag auf Fr. 10'448'214.65 nebst Zins zu 5 % auf Fr. 2'808'360.-- seit 1. Januar 2008, auf Fr. 2'507'080.-- seit 1. Februar 2008, auf Fr. 9'236'125.20 seit 15. August 2008 (abzüglich Teilzahlung von Fr. 4'000'000.-- Wert 1. Januar 2008) und auf Fr. 89'880.65 seit Klageeinleitung. Damit verlangte die Klägerin den restlichen Werklohn für das von ihr bis zum Vertragsrücktritt erstellte Teilwerk. Die Beklagte schloss auf Abweisung der Klage, da der Vertragsrücktritt durch die Klägerin ungerechtfertigt erfolgt sei. Zudem verlangte die Beklagte verrechnungsweise Ersatz für ihren Aufwand für die Umbaufertigstellung und Mängelbehebungen, für Umsatz- und Ertragsausfälle und für einen Vertrauensschaden aus falscher Kostenschätzung. Mit Beschluss vom 6. Mai 2011 wies das Handelsgericht ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der Frist zur Erstattung der Duplik ab und wies die Duplikschrift vom 21. März 2011 samt Beilagen aus dem Recht. Auf eine gegen diesen Zwischenentscheid gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 4. August 2011 mangels eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht ein. Mit Beschluss vom 4. September 2012 schrieb das Handelsgericht das Verfahren im Umfang von Fr. 265'932.90 als durch Klagerückzug erledigt ab. Mit Urteil vom gleichen Tag verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte in teilweiser Gutheissung der Klage, der Klägerin Fr. 8'049'350.70 (inkl. MWSt) nebst Zins zu 5 % auf Fr. 2'808'360.-- (inkl. MWSt) seit dem 1. Februar 2008 sowie auf Fr. 6'733'901.-- (abzüglich Teilzahlung von Fr. 4'000'000.-- Wert am 1. Oktober 2008) seit dem 14. August 2008 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies das Handelsgericht die Klage ab. C. Die Beklagte (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Handelsgerichts vom 4. September 2012 aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventuell die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Präsidialverfügung vom 6. November 2012 wurde der Beschwerde auf Antrag der Beschwerdeführerin die aufschiebende Wirkung erteilt. Die Klägerin (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Beschwerdeführerin hat eine Replik und die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht. Das Handelsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.