Sachverhalt: A. Die X._ ist eine Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. ZGB mit Sitz in V._ (AG). Gemäss ihren Statuten vom 23. Mai 2003 bezweckt sie die gemeinsame Anlage und Verwaltung der ihr anvertrauten Vorsorgegelder (Art. 2). Das Stiftungsvermögen besteht aus dem Stammvermögen und den Anlagegeldern, wobei die Vermögensanlage im Rahmen der Anlagevorschriften für die berufliche Vorsorge erfolgt (Art. 5). Steuerbefreite Einrichtungen der beruflichen Vorsorge, die ihren Sitz in der Schweiz haben, können ihr Vermögen der X._ zur Weiteranlage übertragen. Die Reinerträge der Stiftung werden jährlich entsprechend den Ansprüchen der Investoren ausgeschüttet (Art. 7 des Reglements vom 23. Mai 2003). Die X._ hielt im hier massgebenden Geschäftsjahr Immobilien im Wert von ca. 1,5 Mia. Franken. Am 25. Juli 2007 verkaufte sie aus ihrem Bestand die Grundstücke W._/BE Gbbl. Nrn. A._ und B._ für 61 Mio. Franken. Den Erlös reinvestierte sie vollumfänglich noch im selben Jahr in andere Immobilien in der Schweiz. B. Am 29. Februar 2008 deklarierte die X._ einen Grundstückgewinn von Fr. 11'180'751.-- und beantragte gleichzeitig den Aufschub der Besteuerung infolge Ersatzbeschaffung von betriebsnotwendigem Anlagevermögen. Mit Veranlagungsverfügung bzw. Einspracheentscheid vom 18. Juni 2008 bzw. 14. Oktober 2008 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Grundstückgewinnsteuer, unter Ablehnung des Steueraufschubs, einen steuerbaren Grundstückgewinn entsprechend der Steuererklärung von (gerundet) Fr. 11'180'700.-- und eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 5'310'906.50. Den gegen den Einspracheentscheid gerichteten Rekurs hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 13. November 2008 gut und gewährte den Steueraufschub nach kantonalem Recht. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen gerichtete Beschwerde am 21. März 2011 gut und bestätigte den Einspracheentscheid vom 14. Oktober 2008. Das Gericht erwog, es sei nicht betriebsnotwendiges Anlagevermögen reinvestiert worden, weshalb ein Steueraufschub nicht möglich sei. C. Vor Bundesgericht beantragt die X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 21. März 2011 aufzuheben, den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 16. Februar 2010 zu bestätigen und eventuell die Sache zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückzuweisen. Sie rügt eine Verletzung von kantonalem Recht. D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.