Sachverhalt: A. Am 1. Juli 2002 bewilligte die Baupolizeikommission der Stadt St. Gallen das Baugesuch des Architekten X._ für ein fünfstöckiges, turmartiges Einfamilienhaus mit Flachdach (sogenanntes Baumhaus) auf der Parzelle Nr. ... in St. Gallen. Die Liegenschaft befindet sich in der Wohnzone W3a, im Bereich des Überbauungsplans Greifenacker vom 17. Juni 1921 bzw. 3. Juni 1954. Am 4. September 2003 ging das Eigentum an der Parzelle Nr. ... auf die Eheleute Y._ über. B. Anlässlich einer Rohbaukontrolle vom 6. Dezember 2004 stellte die Baupolizeibehörde fest, dass die bewilligte Höhe des Dachrandes um 36 cm überschritten wurde. Am 20. Dezember 2004 reichten X._ sowie die Eheleute Y._ ein Korrekturgesuch für die bereits ausgeführte Erhöhung des Gebäudes um 36 cm ein. Dagegen erhoben zwei Nachbarn Einsprache. Die Baupolizeikommission und das Baudepartement entschieden am 21. Januar 2005 bzw. am 13. Februar 2006, es lägen keine Gründe vor, welche die Erteilung einer Ausnahmebewilligung rechtfertigen würden; dagegen erachteten sie die Wiederherstellung des ursprünglichen Zustands als unverhältnismässig. Die Nachbarn wie auch X._ erhoben dagegen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Dieses wies die Beschwerde von X._ am 14. September 2006 ab; in Gutheissung der Beschwerde der Nachbarn wies es die Eheleute Y._ als Grundstückseigentümer an, die Höhe des Wohnhauses auf das in der Baubewilligung vom 1. Juli 2002 festgelegte Mass zu reduzieren. Das Bundesgericht schützte dieses Urteil mit Entscheid vom 13. April 2007 (Verfahren 1P.708/2006 und 1P.710/2006). C. Am 31. August 2007 ersuchten die Eheleute Y._ die Stadt St. Gallen um Bewilligung eines vergrösserten Gebäudevolumens, womit der für die Gebäudehöhe massgebliche Niveaupunkt hangaufwärts verschoben worden wäre. Die Baupolizeibehörde wies das Gesuch am 16. November 2007 ab und verlangte von den Gesuchstellern ein Korrekturgesuch für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Das Baudepartement wies den dagegen erhobenen Rekurs am 11. September 2008 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde ans Verwaltungsgericht wurde am 10. Oktober 2008 zurückgezogen. D. Am 28. Januar 2008 verlangten die Eheleute Y._ von der Stadt St. Gallen die Aufhebung des Überbauungsplans für den Greifenacker. Der Stadtrat wies das Gesuch am 7. April 2008 ab. Das Baudepartement wies den dagegen erhobenen Rekurs am 30. November 2008 ab. E. Am 14. November 2008 reichten die Eheleute Y._ das im Beschluss vom 16. November 2007 verlangte Rückbaugesuch ein. Als Projektverfasser unterzeichneten die Firma X._ AG und die Z._ GmbH. Als Baubeginn wurde der 1. April 2008 angeführt. Am 24. November 2008 erfolgte die Bauanzeige. Gleichentags wurde den Eigentümern und der Firma X._ AG mit B-Post mitgeteilt, dass die Auflage vom 26. November bis 9. Dezember 2008 dauere. Auf Wunsch der Firma X._ AG stellte das Amt für Baubewilligungen dieser das Orientierungsschreiben per E-Mail vom 18. Dezember 2008 nochmals zu. Am 19. Dezember 2008 und 6. Januar 2009 rügte die Firma X._ AG, sie habe vom Orientierungsschreiben und von der Auflage keine Kenntnis erhalten und beantragte, die Ausschreibung sei neu anzusetzen. Am 9. Januar 2009 bewilligte die Baubewilligungskommission das Korrekturgesuch; mit den Bauarbeiten sei binnen dreier Monate nach Rechtskraft der Verfügung zu beginnen. Für den Fall der Nichtbefolgung wurde die Ersatzvornahme angedroht. F. Mit Eingabe vom 3. Februar 2009 erhob die Firma X._ AG Rekurs beim Baudepartement mit dem Antrag, der Beschluss vom 9. Januar 2009 sei aufzuheben und es sei zusammen mit allen Parteien in einer Mediation nach einer Lösung zu suchen, welche die Reduktion der Gebäudehöhe um 38 cm vermeide, jedoch gleichzeitig die Rechtmässigkeit der Baute sicherstelle bzw. wiederherstelle. Am 4. Februar 2009 erhoben auch Eheleute die Y._ Rekurs an das Baudepartement mit dem Antrag, die Baubewilligung sei ohne Ansetzung einer Frist, eventualiter mit einer längeren Frist, zu erteilen. Mit Entscheid vom 8. April 2009 trat das Baudepartement auf den Rekurs der Firma X._ AG nicht ein, weil diese zum Rekurs nicht legitimiert sei. Den Rekurs von den Eheleute Y._ wies das Departement am 11. Mai 2009 ab. Auf einen von der Firma X._ AG erhobenen "Anschlussrekurs" trat das Departement nicht ein. Gegen den Nichteintretensentscheid vom 8. April 2009 erhob die Firma X._ AG Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Dieses wies die Beschwerde am 14. Mai 2009 ab, soweit darauf einzutreten sei. G. Gegen diesen Entscheid hat die Firma X._ AG am 9. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben; auf ihren Rekurs gegen den Beschluss der Baubewilligungskommission der Stadt St. Gallen vom 9. Januar 2009 sei einzutreten und es sei dieser Beschluss aufzuheben. Im Rahmen einer Mediation sei eine Lösung zu erarbeiten, welche eine Reduktion der Gebäudehöhe um 38 cm vermeidet, jedoch gleichzeitig die Rechtmässigkeit der Baute sicherstelle bzw. wiederherstelle. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Baubewilligungskommission und das Baudepartement beantragen Abweisung der Beschwerde. In ihrer Replik vom 10. September 2009 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest. H. Bereits am 7. April 2009 hatte X._ um Revision des bundesgerichtlichen Urteils vom 13. April 2007 ersucht. Er machte geltend, die gesamten Rückbaukosten würden aufgrund von Schätzungen durch Experten nun auf rund Fr. 480'000.-- zu stehen kommen, was nicht mehr verhältnismässig sei. Diese Kosten seien erst mit dem Rückbauentscheid (Baubewilligung vom 9. Januar 2009) und den hierauf eingeholten Schätzungen evident geworden; in den früheren Verfahren habe er keinen Anlass gehabt, die vom kantonalen Hochbauamt genannte Summe von Fr. 200'000.-- zu verifizieren resp. zu bestreiten. Das Bundesgericht wies das Revisionsgesuch am 20. April 2009 ab, soweit es darauf eintrat, weil kein Revisionsgrund im Sinne von Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG vorliege. Schon im kantonalen Verfahren wie auch vor Bundesgericht sei die Verhältnismässigkeit der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ein zentraler Punkt gewesen, weshalb der Gesuchsteller und die Grundstückseigentümer jeden Grund gehabt hätten, die Kostenschätzung des Hochbauamts in Abrede zu stellen und konkrete Zahlen zu präsentieren, um die von ihnen behauptete Unverhältnismässigkeit zu belegen. Die heute präsentierten Expertenberichte hätten ohne Weiteres bereits im damaligen Zeitpunkt eingeholt werden können (Urteil 1F_9/2009, E. 2).