Sachverhalt: A. A._ (Kläger; Beschwerdeführer) war seit dem 1. Januar 2005 als Direktor bei der X._ AG (Beklagte; Beschwerdegegnerin) angestellt. Im Arbeitsvertrag war ein Fixlohn von Fr. 280'000.-- vereinbart, und es wurde ein Bonus in Aussicht gestellt. In den Jahren 2005 bis 2007 wurden Boni von Fr. 560'000.--, Fr. 600'000.-- und von Fr. 550'000.-- teils in bar, teils als aktienbasierte Wertrechte (Incentive Share Units; ISU) ausbezahlt. Am 19. Januar 2009 unterzeichneten die Parteien die Dokumente " Exemption from Duties " sowie " Professional Reorientation-Transfer Agreement ". Gemäss diesen war der Kläger ab dem 20. Januar 2009 freigestellt. Am 23. April 2009 hielt die Beklagte fest, sie gehe von einer einvernehmlichen Auflösung des Arbeitsverhältnisses per 31. August 2009 aus. Nachdem der Kläger dagegen protestiert hatte, kündigte sie das Arbeitsverhältnis mit Schreiben vom 9. Juni 2009 auf den 30. September 2009. B. Vor dem Arbeitsgericht Zürich verlangte der Kläger von der Beklagten Fr. 140'000.-- Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung und unzulässiger Freistellung. Zusätzlich zu dem für das Jahr 2008 ausbezahlten Bonus von Fr. 183'000.-- beanspruchte er Fr. 147'000.-- nebst Zins in bar sowie 3'841 ISUs zum Fair Value von Fr. 23.70 oder deren Gegenwert bei Fälligkeit von Fr. 247'499.10. Für das Jahr 2009 forderte er Fr. 427'500.-- nebst Zins. In der Replik beantragte er zudem, die Beklagte zu verpflichten, ihm ein in englischer Sprache vorformuliertes Arbeitszeugnis auszustellen. Auf die Abänderung des Arbeitszeugnisses trat das Arbeitsgericht mit Beschluss vom 13. Januar 2011 nicht ein. Mit Urteil vom selben Tag verpflichtete es die Beklagte, dem Kläger Fr. 97'000.-- (zusätzlicher Bonus für das Jahr 2009) und Fr. 210'000.-- (zusätzlicher Bonus für die Zeit vom 1. Januar bis 30. September 2009), jeweils brutto nebst Zins zu bezahlen. Die Beklagte erhob Berufung und beantragte im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Der Kläger erneuerte mit Anschlussberufung die Begehren um Ausstellung des Zeugnisses und Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung und verlangte Fr. 147'000.-- zuzüglich Fr. 220'857.50 als Gegenwert für 3'841 ISUs sowie Fr. 427'500.--, alles nebst Zins. Mit Beschluss und Urteil vom 1. November 2012 trat das Obergericht des Kantons Zürich auf die Anschussberufung nicht ein, soweit diese das Arbeitszeugnis betraf. Die Klage hiess es lediglich im Umfang von Fr. 210'000.-- brutto nebst Zins gut. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm Fr. 147'000.-- zuzüglich Fr. 220'857.50 als Gegenwert für 3'841 ISUs zu bezahlen sowie Fr. 427'500.--, alles nebst Zins. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten und eventuell diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat Bemerkungen zur Beschwerdeantwort eingereicht. Die Beschwerdegegnerin hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.