A.- Die Firma A._ AG (im Folgenden Firma), bezog für die Zeit vom 1. Januar bis 31. Mai 1996 sowie vom 1. Juli bis 30. September 1997 Kurzarbeitsentschädigung. Die Arbeitslosenkasse Graubünden führte am 14. November 1997 bei der Firma eine Betriebskontrolle durch. Gestützt auf die daraus gewonnenen Erkenntnisse teilte die Verwaltung der Firma mit, sie beabsichtige, die zur Auszahlung gelangten Kurzarbeitsentschädigungen mangels Kontrollierbarkeit des Arbeitszeitausfalles zurückzufordern. In der Folge stellte die Arbeitgeberin neue Beweismittel in Aussicht, welche den Arbeitszeitausfall belegen sollten. Nach Mahnung wurden diese am 24. August 1998 eingereicht, worauf die Ausgleichskasse die Firma mit Verfügung vom 21. Mai 1999 verpflichtete, die für die Zeit vom 1. Januar bis 31. Mai 1996 sowie vom 1. Juli bis 30. September 1997 bereits ausbezahlten Kurzarbeitsentschädigungen im Betrag von Fr. 45'846.75 zurückzuerstatten. B.- Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit am 6. Januar 2000 eröffnetem Entscheid vom 24. September 1999 ab. C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt die Firma die Aufhebung des angefochtenen Entscheids sowie der Verfügung vom 21. Mai 1999 beantragen. Die Arbeitslosenkasse schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Staatssekretariat für Wirtschaft lässt sich nicht vernehmen.