Sachverhalt: A. Am 21. Juli 2009 ersuchte die Schweizerische Bundesbahnen AG (SBB) das Bundesamt für Verkehr (BAV) um Durchführung eines ordentlichen Plangenehmigungsverfahrens betreffend die Planvorlage "Bahn 2000, 1. Etappe, Niveaufreie Einfahrt Wettingen - Rangierbahnhof Limmattal (Lehnenviadukt)". Während der Auflagefrist erhob unter anderem die Gemeinde Oetwil an der Limmat Einsprache. Mit Verfügung vom 2. Dezember 2011 genehmigte das BAV das Projekt, wobei es die Genehmigung mit verschiedenen Nebenbestimmungen verband. Auf die Einsprache der Gemeinde Oetwil an der Limmat trat es nicht ein. Gegen den Entscheid des BAV erhob die Gemeinde Oetwil an der Limmat Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 11. Juni 2012 ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die nach dem Bauvorhaben zu erwartende Verkehrszunahme sei zu gering, um zu wahrnehmbaren Immissionen auf dem Gemeindegebiet zu führen. Unter diesen Voraussetzungen sei die Gemeinde nicht berechtigt, Beschwerde zu führen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 22. August 2012 beantragt die Gemeinde Oetwil an der Limmat, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur materiellen Beurteilung ans Bundesverwaltungsgericht oder ans BAV zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die SBB und das BAV beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält fest, dass es der Gemeinde an der zur Beschwerdeführung notwendigen Betroffenheit mangle und deshalb die Plangenehmigungsverfügung des BAV vom 2. Dezember 2011 die Lärmschutzgesetzgebung des Bundes einhalte. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihren Anträgen und ihrer Rechtsauffassung fest. Mit Präsidialverfügung vom 8. Oktober 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung verliehen.