Sachverhalt: A. Das Kreisgericht II Biel-Nidau sprach X._ am 24. Oktober 2006 des gewerbs- und bandenmässigen Diebstahls, des Diebstahls, der mehrfachen Sachbeschädigung, des betrügerischen Missbrauchs einer Datenverarbeitungsanlage, des mehrfachen Hausfriedensbruchs, der Widerhandlung gegen das Waffengesetz, der versuchten Entwendung eines Fahrzeugs zum Gebrauch sowie der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz durch Verkauf von insgesamt mindestens 200 Gramm Heroingemisch (Reinheitsgrad ca. 13%) an A._ schuldig. Es verurteilte ihn zu dreieinhalb Jahren Zuchthaus unter Anrechnung der Untersuchungshaft und des vorzeitigen Strafantritts, als Zusatzsstrafe zur Strafverfügung der Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn vom 16. Februar 2006. B. Das Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer bestätigte am 13. November 2007 die von X._ angefochtenen Schuldsprüche wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und banden- und gewerbsmässigen Diebstahls zum Nachteil von B._. C. Die von X._ gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht am 2. Juni 2008 gut, soweit es darauf eintrat. Es wies die Sache zur Durchführung einer Konfrontationseinvernahme mit dem Zeugen A._ an die Vorinstanz zurück. Auf die Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung in Bezug auf die Verurteilung wegen qualifizierten Diebstahls zum Nachteil von B._ trat es nicht ein. D. Am 16. Dezember 2008 bestätigte das Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, nach durchgeführter Konfrontationseinvernahme, den Schuldspruch wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Es bestrafte X._ mit einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren. E. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt einen Freispruch vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Es sei mit einer Freiheitsstrafe von maximal 30 Monaten zu bestrafen, unter Anrechnung der Untersuchungshaft und des vorzeitigen Strafvollzugs. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er stellt ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.