Sachverhalt: A. Am 22. Mai 2008 beschloss die Gemeindeversammlung der Einwohnergemeinde (EG) Brienz den ersten Teil der Ortsplanungsrevision. Dabei wies sie u.a. die bisher in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzellen Brienz Gbbl. Nrn. 3031, 2881, 3563, 2896 und einen Teil von Nr. 2882 der Bauzone zu (Einzonung Nr. 3/34 "Stockmatte"). Nachdem das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) in Aussicht gestellt hatte, die Genehmigung für diese Einzonung zu verweigern, erhoben die Eigentümerinnen und Eigentümer der betroffenen Grundstücke sowie die EG Brienz Einsprache. Mit Verfügung vom 26. Mai 2009 bestätigte das AGR die angekündigte Verweigerung und wies die Einsprachen ab. B. Die A._AG, B. und C._, D. und E._, F. und G._ sowie die EG Brienz gelangten hierauf an die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion (JGK) des Kantons Bern. Diese wies die Beschwerden am 6. September 2010 ab, soweit sie darauf eintrat. C. Das daraufhin von sämtlichen unterlegenen Beschwerdeführern angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Bern schützte den angefochtenen Entscheid mit Urteil vom 28. Juni 2011, nachdem es am 29. März 2011 eine Augenscheins- und Instruktionsverhandlung vor Ort durchgeführt hatte. D. In ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. September 2011 beantragen die EG Brienz, die A._AG, B. und C._, D. und E._ sowie F. und G._ die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils. Desgleichen sei die Nichtgenehmigung der Einzonung durch das AGR aufzuheben und der Einzonungsentscheid der Gemeindeversammlung Brienz zu genehmigen. Die JGK und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern schliessen je auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) hat sich ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen und beantragt dem Bundesgericht, die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdeführer halten in einer weiteren Eingabe vom 9. Januar 2012 sinngemäss an ihren Anträgen und deren Begründung fest.