Sachverhalt: A. Die X._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) ist eine Immobiliengesellschaft, deren Aktien von einem Anlagefonds der Y._ gehalten werden. Sie ist Eigentümerin der Liegenschaft E._, die im Jahre 1955 erstellt wurde und die sie im Jahre 2004 renovierte. A.A._ (Beschwerdegegner bzw. Beklagter 1) und die Eheleute D._ (Beschwerdegegner bzw. Beklagte 2 und 3) sind langjährige Mieter je einer Wohnung in der Liegenschaft der Klägerin. Der Mietzins belief sich vor der Renovation auf Fr. 1'547.-- für die Wohnung des Beklagten 1 und auf Fr. 1'802.-- für die Wohnung der Beklagten 2 und 3. Je mit amtlichem Formular vom 19. November 2004 zeigte die Klägerin den Beklagten Mietzinserhöhungen auf den 1. März 2005 an, die sie neben Kostensteigerungen (von Fr. 25.50 bzw. Fr. 29.75) mit den durchgeführten Arbeiten begründete. Der Netto-Mietzins des Beklagten 1 sollte danach Fr. 2'145.--, jener der Beklagten 2 und 3 Fr. 2'436.-- betragen. B. Die Beklagten fochten die Mietzinserhöhungen mit Eingaben vom 29. November 2004 bei der zuständigen Schlichtungsbehörde an. Da keine Einigung zustande kam, gelangte die Klägerin am 2. März 2005 an das Mietgericht Horgen mit den Begehren, es sei festzustellen, dass ein monatlicher Netto-Mietzins von Fr. 2'096.-- für die Wohnung des Beklagten 1 und von Fr. 2'385.-- für die Wohnung der Beklagten 2 und 3 ab 1. März 2005 nicht missbräuchlich sei. Das Bezirksgericht Horgen stellte mit Beschluss vom 9. Januar 2007 fest, dass mit Wirkung ab 1. April 2005 ein monatlicher Netto-Mietzins von Fr. 1'951.20 für die vom Beklagten 1 gemietete Wohnung und von Fr. 2'231.80 für die von den Beklagten 2 und 3 gemietete Wohnung nicht missbräuchlich sei; im Mehrbetrag wurde die Klage abgewiesen. C. Mit Beschluss vom 5. September 2007 stellte das Obergericht des Kantons Zürich fest, dass die mit Formular vom 19. November 2004 mitgeteilte Mietzinserhöhung für die vom Beklagten 1 gemietete Wohnung in der Liegenschaft E._ im Umfang von Fr. 418.-- (neuer Netto-Mietzins Fr. 1'965.--) mit Wirkung ab 1. April 2005 nicht missbräuchlich ist. So weit die Klägerin mehr verlangte, wurde die Klage abgewiesen (Ziffer 1). Das Obergericht stellte zudem fest, dass die mit Formular vom 19. November 2004 mitgeteilte Mietzinserhöhung für die von den Beklagten 2 und 3 gemietete Wohnung in der Liegenschaft E._ im Umfang von Fr. 444.-- (neuer Netto-Mietzins: Fr. 2'246.--) mit Wirkung ab 1. April 2005 nicht missbräuchlich ist. So weit die Klägerin mehr verlangte, wurde die Klage abgewiesen (Ziffer 2). Ausserdem bestätigte das Obergericht die Kostenverlegung erster Instanz unter Neufestsetzung der Gebühr (Ziffer 3), setzte die Gebühr zweiter Instanz fest (Ziffer 4), auferlegte der Klägerin 9/10 und den Beklagten je 1/20 der Kosten (Ziffer 5) und verpflichtete die Klägerin zur Bezahlung einer Parteientschädigung (Ziffer 6). Das Obergericht qualifizierte die ausgeführten Arbeiten mit dem Bezirksgericht als umfassende Überholung im Sinne von Art. 14 der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen (VMWG; SR 221.213.11). Es berücksichtigte bei den anrechenbaren Kosten im Unterschied zur ersten Instanz ein Honorar für Planungskosten in Höhe von Fr. 21'520.-- sowie die den Mietern für Unannehmlichkeiten bezahlte Entschädigung von Fr. 20'191.15. Mit der ersten Instanz lehnte das Gericht jedoch die Berücksichtigung einer "Fondskommission" von Fr. 18'373.70 sowie von Anwaltskosten für das Bauvorhaben von Fr. 1'189.15 bei den massgebenden Kosten ab; ausserdem lehnte es wie schon das Bezirksgericht die Überwälzung der gesamten Kosten für die Dampfgarer an die Beklagten ab und berücksichtigte diese bei den übrigen Investitionen. Den für die Mietzinserhöhung massgebenden Anteil der Kosten legte das Gericht mit der ersten Instanz auf 50 % fest. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 11. Oktober 2007 stellt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht folgende Anträge: 1. a) Dispositiv-Ziffern 1-3 und 5-6 des angefochtenen Beschlusses des Obergerichtes des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, vom 5. September 2007, seien aufzuheben; b) in Gutheissung der Beschwerde sei festzustellen, dass folgende monatliche Nettomietzinse für die von den Beschwerdegegnern gemieteten Wohnungen in der Liegenschaft E._ mit Wirkung ab 1. April 2005 nicht missbräuchlich sind: Beklagter 1 (...): CHF 2'096.00 Beklagte 2 und 3 (...): CHF 2'385.00 c) die Kosten des erst- und zweitinstanzlichen Verfahrens seien den Beklagten aufzuerlegen und es sei der Klägerin für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren eine angemessene Prozessentschädigung zuzusprechen; 2. eventualiter sei der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; .. ..." Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe Art. 14 VMWG verletzt, indem sie das Baukommissionshonorar nicht zu den überwälzbaren Investitionskosten gerechnet und den wertvermehrenden Anteil der umfassenden Überholung auf 50 % statt wie von ihr verlangt auf 65 % der massgebenden Kosten festgesetzt habe. E. Die Beschwerdegegner stellen in der Antwort den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen.