Sachverhalt: A. Der indische Staatsangehörige X._ (geb. 13. Dezember 1981) reiste am 11. Dezember 2000 illegal in die Schweiz ein und ersuchte um Asyl. Mit Verfügung vom 27. Dezember 2000 trat das Bundesamt für Flüchtlinge (heute: Bundesamt für Migration) auf das Gesuch nicht ein und wies X._ aus der Schweiz weg. Die Wegweisung konnte mangels Reisepapiere nicht vollzogen werden. Ab dem 21. Februar 2005 galt X._ als verschwunden. Am 17. Juni 2005 heiratete er die Schweizer Bürgerin Y._ (geb. 1984). Gestützt auf die Heirat wurde X._ am 20. Juni 2005 eine bis zum 16. Juni 2006 gültige Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der Ehefrau erteilt. B. Mit Verfügung vom 4. Januar 2006 widerrief die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich (Migrationsamt) die Aufenthaltsbewilligung und setzte X._ Frist zum Verlassen der Schweiz bis zum 31. März 2006. Zur Begründung wurde ausgeführt, gewichtige Indizien deuteten zwar auf das Vorliegen einer Scheinehe hin, die Frage könne jedoch offen gelassen werden, da X._ rechtsmissbräuchlich an der nur noch formell bestehenden Ehe festhalte, weshalb ihm kein Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung zustehe. C. X._ rekurrierte dagegen an den Regierungsrat des Kantons Zürich, der mit Beschluss vom 2. Juli 2008 die Nichtverlängerung der mittlerweile abgelaufenen Aufenthaltsbewilligung wegen Rechtsmissbrauchs bestätigte. Die dagegen beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eingereichte Beschwerde blieb ohne Erfolg. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. April 2009 beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. Februar 2009 aufzuheben und seine Aufenthaltsbewilligung zu verlängern. Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten beigezogen, jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt.