Sachverhalt: A. Das Bezirksamt Lenzburg führt gegen X._ und weitere Mitbeschuldigte eine Strafuntersuchung wegen Personenwagendiebstahls. Er befand sich vom 31. August 2007 bis 18. Oktober 2007 in Untersuchungshaft. Am 25. Januar 2008 stellte X._ ein Ablehnungsbegehren gegen den Bezirksamtmann des Bezirks Lenzburg als leitenden Untersuchungsrichter. Das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau wies das Ablehnungsbegehren mit Urteil vom 28. Januar 2008 ab, soweit es darauf eintrat. B. X._ führt mit Eingabe vom 29. Februar 2008 Beschwerde an das Bundesgericht. Er beantragt, die Verfügung des Obergerichts aufzuheben und die Sache an das Obergericht zur Gutheissung des Ablehnungsgesuchs zurückzuweisen. Er ersucht zudem um unentgeltliche Prozessführung. C. Der abgelehnte Untersuchungsrichter und das Obergericht beantragen je Beschwerdeabweisung. X._ hat sich mit Eingabe vom 6. Mai 2008 dazu geäussert.