Sachverhalt: A. Der am 16. Oktober 2005 verstorbene Z._ hat den elterlichen Landwirtschaftsbetrieb im Jahre 1952 übernommen. Er führte keine Buchhaltung und war gemäss Aargauer Praxis auf Grund seines Alters (geb. 1918) hiervon befreit. Mit dem Inkrafttreten des revidierten aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG) auf den 1. Januar 2001 setzten die Steuerbehörden die Buchwerte für Landwirte in seiner Situation neu fest. B. Die Steuerkommission R._ veranlagte Z._ am 13. Mai 2004 für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001. Dabei legte sie die Anlagekosten, Abschreibungen und Buchwerte der landwirtschaftlichen Grundstücke und Gebäude per 1. Januar 2001 auf Einsprache hin am 31. März 2005 wie folgt fest: Anlagekosten Abschreibungen Buchwert Gebäude Fr. 298'863.-- Fr. 48'197.-- Fr. 250'666.-- Land und Wald Fr. 7'797.-- Fr. 0.-- Fr. 7'797.-- Meliorationen Fr. 71'395.-- Fr. 63'348.-- Fr. 8'047.-- Total Fr. 111'545.-- Das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau bestätigte diesen Entscheid am 27. April 2006. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hiess die hiergegen gerichtete Beschwerde am 24. Januar 2007 teilweise gut, hob den Buchwert des Bodens (Land und Wald) auf Fr. 30'116.-- an und setzte jenen für die Meliorationen auf Fr. 1'798.-- herab, womit die steuerlich berücksichtigten Abschreibungen noch Fr. 95'475.-- betrugen. C. Die Erbengemeinschaft Z._ beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die aargauischen Steuerbehörden und Steuergerichte anzuweisen, die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) umzusetzen. Mit Ersatzbeschaffungen verbundene altrechtliche Sofortabschreibungen minderten die Anlagekosten (und erhöhten damit den dereinst steuerbaren Grundstückgewinn), dürften jedoch aufgrund des Steuerharmonisierungsgesetzes nicht (mehr) als wiedereingebrachte Abschreibungen einkommenssteuerrechtlich erfasst werden. Das Steueramt des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen; das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verweist auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid. D. Mit Verfügung vom 16. März 2007 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das mit der Beschwerde verbundene Sistierungsgesuch ab.