Sachverhalt: A. X._, geb. 1957, bewohnt allein ein im Mai 2006 von seinem Vater erworbenes 5-1/2-Zimmer-Einfamilienhaus in A._. In seiner Steuererklärung für die direkte Bundessteuer 2006 machte er einen Unternutzungsabzug vom Eigenmietwert geltend, der ihm von der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau und - auf entsprechende Rechtsmittel hin - von allen kantonalen Instanzen verweigert wurde. B. Am 31. Januar 2009 hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Er beantragt, das kantonal letztinstanzliche Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 17. Dezember 2008 aufzuheben und den Unternutzungsabzug zu gewähren. C. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.