Sachverhalt: A. A.a X._ ist Eigentümer der in der Bauernhofzone gelegenen Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314. Auf dem Grundstück befindet sich unter anderem ein unter Schutz gestelltes Bauernhaus mit einer Nebenbaute (Gebäude Unterbälliz 5 und 5a). Im Jahr 2003 erkundigte sich X._ bei der Einwohnergemeinde Uetendorf nach Um- und Ausbaumöglichkeiten dieser Gebäude. Mit Schreiben vom 25. Februar 2005 bestätigte ihm die kommunale Hochbau- und Planungskommission die Erläuterungen zur Baubewilligungspflicht von baulichen Änderungen und Nutzungsänderungen ohne bauliche Massnahmen, welche die Baupolizeibehörde anlässlich einer Begehung vor Ort am 2. Februar 2005 abgegeben hatte. Am 23. März 2006 stellte die Bauverwaltung der Einwohnergemeinde Uetendorf fest, dass am Gebäude Unterbälliz 5 ohne entsprechendes Baugesuch baubewilligungspflichtige Arbeiten vorgenommen worden waren (vorbereitete Nutzungs- und Fassadenänderungen). Sie verfügte deshalb gleichentags die sofortige Baueinstellung. Mit Verfügung vom 21. Juli 2006 wies die Einwohnergemeinde Uetendorf X._ an, den rechtmässigen Zustand im Ökonomie- und im östlichen Anbauteil vom 25. Februar 2005 (unter Berücksichtigung der statischen Erfordernisse) bis zum 30. November 2006 wiederherzustellen. A.b Am 14. August 2006 reichte X._ ein Baugesuch ein für den vollständigen Ausbau im östlichen Teil des Gebäudes Unterbälliz 5 (Ökonomieteil und Anbau) mit Teilabbruch des Satteldachs und Neubau eines Flachdachs, den Anbau eines Autounterstands sowie den Neubau zweier freistehender Gartenhäuser. Mit Verfügung vom 28. November 2006 legte die Hochbau- und Planungskommission Uetendorf das Baubewilligungsverfahren als Leitverfahren fest und holte verschiedene Amts- und Fachberichte ein. Die Denkmalpflege des Kantons Bern (KDP) stellte mit Amtsbericht vom 5. März 2007 den Antrag, die Baubewilligung sei zu verweigern, da das Vorhaben weder die denkmalschutz- noch die raumplanungsrechtlichen Anforderungen erfülle. Das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) verweigerte am 6. Juli 2007 die Ausnahmebewilligung für das Bauen ausserhalb der Bauzone im Sinn von Art. 24 ff. des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700). Mit Gesamtbauentscheid vom 7. September 2007 verweigerte die Einwohnergemeinde Uetendorf dem Bauvorhaben daher in allen Teilen die Bewilligung. Zudem wies sie X._ an, den rechtmässigen Zustand im Ökonomie- und östlichen Anbauteil vom 25. Februar 2005 (unter Berücksichtigung der statischen Erfordernisse) bis Ende Dezember 2007 wiederherzustellen, wobei sie einzelne Massnahmen ausdrücklich aufführte. A.c Gegen den Gesamtbauentscheid führte X._ Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Mit Entscheid vom 14. März 2008 wies die Direktion das Rechtsmittel ab, soweit sie darauf eintrat, und bestätigte den Gesamtbauentscheid der Einwohnergemeinde Uetendorf. Die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands legte sie neu auf drei Monate seit Rechtskraft ihres Entscheids fest. In der Folge erhob X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit folgenden Rechtsbegehren: "Hauptbegehren: 1. Es sei der Gesamtbauentscheid vom 7. September 2007 aufzuheben. 2. Es sei festzustellen, dass die Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314 von Bundesrechts wegen der Wohn- und Gewerbezone WG2 gemäss Art. 56 des Baureglementes der Einwohnergemeinde Uetendorf zugehörig ist. 3. Es sei die Sache zur Prüfung des Baugesuches unter Berücksichtigung der Zonenzugehörigkeit der Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314 zur Wohn- und Gewerbezone WG2 gemäss Art. 56 des Baureglementes der Einwohnergemeinde Uetendorf an die Bauverwaltung Uetendorf zurückzuweisen. Eventuell: 1. Es sei festzustellen, dass die Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314 von Bundesrechts wegen der Wohn- und Gewerbezone WG2 gemäss Art. 56 des Baureglementes der Einwohnergemeinde Uetendorf zugehörig ist. 2. Es sei Ziffer D4 des Gesamtbauentscheides vom 7. September 2007 bezüglich Wiederherstellung aufzuheben. 3. Es sei die Sache zur Prüfung des Umfanges der Wiederherstellung unter Berücksichtigung der Zonenzugehörigkeit der Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314 zu der Wohn- und Gewerbezone WG2 an die Bauverwaltung Uetendorf zurückzuweisen. Subeventuell: 1. Es sei die Einwohnergemeinde Uetendorf anzuweisen, in einem Umzonungsverfahren die Parzelle Uetendorf Gbbl. 314 der Wohn- und Gewerbezone WG2 zuzuweisen. 2. Es sei das vorliegende Verfahren bis nach der Umzonung zu sistieren. 3. Es sei das vorliegende Beschwerdeverfahren nach der Umzonung weiterzuführen." Mit Urteil vom 10. Juli 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ beim Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, es sei festzustellen, dass die Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314 von Bundesrechts wegen der Wohn- und Gewerbezone WG 2 gemäss Art. 56 des Baureglements der Einwohnergemeinde Uetendorf zugehörig sei, und es sei die Sache zur Prüfung des Baugesuchs unter Berücksichtigung der Zonenzugehörigkeit der Parzelle Uetendorf Gbbl. Nr. 314 zur Wohn- und Gewerbezone WG2 gemäss Art. 56 des Baureglements der Einwohnergemeinde Uetendorf an die Bauverwaltung Uetendorf zurückzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts insoweit aufzuheben, als er Ziffer D4 des Gesamtbauentscheids vom 7. September 2007 bezüglich der Wiederherstellung betrifft, und es sei der Umfang der Wiederherstellung unter Berücksichtigung der Zonenzugehörigkeit der Parzelle Uetendorf Gbbl. 314 durch das Bundesgericht neu festzusetzen. C. Das Verwaltungsgericht sowie die Einwohnergemeinde Uetendorf schliessen auf Beschwerdeabweisung. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern und das Bundesamt für Raumentwicklung als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde haben auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat unter Aufrechterhaltung seiner Anträge nochmals Stellung genommen.