Sachverhalt: A. Gestützt auf eine Basiseintragung der X._, (Beschwerdeführerin) mit Priorität in den Benelux-Staaten vom 7. September 2005 wurde die Wortbildmarke IR 866'199 MAGNUM (fig.) unter anderem mit Schutzanspruch für die Schweiz im internationalen Register eingetragen. Die Eintragung der Marke wurde dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE; Beschwerdegegner) am 17. November 2005 mitgeteilt. Die Marke hat folgendes Erscheinungsbild mit dem Farbanspruch "Gold": Sie ist für folgende Waren registriert: Klasse 29 Lait et produits laitiers. Klasse 30 Cacao; pâtisseries et confiseries, desserts; glace de consommation; glaces à l'eau; produits de confiserie congelés; glaces comestibles; préparations destinées à la confection des produits précités, non comprises dans d'autres classes. Klasse 32 Boissons non-alcooliques; sirops et autres préparations pour faire des boissons. B. B.a. Mit "Notification de refus provisoire partiel (sur motifs absolus) " vom 15. November 2006 verweigerte das IGE der Marke den Schutz für die Klassen 29 und 32. Das IGE machte geltend, das Zeichen MAGNUM (fig.) sei für die Waren dieser Klassen beschreibend. Darunter werde mindestens im französischen Sprachraum eine grosse Flasche verstanden, die den Inhalt von zwei gewöhnlichen Flaschen fasst. Die Verkehrskreise verstünden die internationale Registrierung als Hinweis auf die Produktaufmachung und nicht auf einen Hersteller. Aufgrund des beschreibenden Sinngehalts fehle dem Zeichen die nötige Unterscheidungskraft, weshalb die Bezeichnung auch weiterhin der Konkurrenz offen stehen müsse, welche diese Bezeichnung sonst nicht mehr benutzen dürfe. Die nur geringfügige grafische Gestaltung des Schriftzugs sei nicht geeignet, der internationalen Registrierung die nötige Unterscheidungskraft zu verleihen. Demgegenüber genehmigte das IGE die Eintragung für die Produkte der Klasse 30. Mit Verfügung vom 18. März 2008 verweigerte das IGE der Marke den Schutz für die Klassen 29 und 32 definitiv. B.b. Mit Urteil vom 25. Mai 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht eine von der Beschwerdeführerin gegen die Verfügung des IGE vom 18. März 2008 erhobene Beschwerde ab und bestätigte den angefochtenen Entscheid. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 25. Mai 2009 sei aufzuheben und das IGE sei anzuweisen, der internationalen Registrierung Nr. 866'199 in der Schweiz den Schutz für sämtliche beanspruchten Waren der Klassen 29 und 32 zu gewähren. Sowohl das IGE als auch die Vorinstanz haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.