Sachverhalt: A. Das Kreisgericht Gaster-See verurteilte am 25. Juni 2008 X._ wegen mehrfachen Raubs, mehrfacher Freiheitsberaubung und mehrfachen Hausfriedensbruchs zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren unter Anrechnung der Auslieferungs- bzw. Untersuchungshaft seit dem 12. September 2007. Der amtliche Verteidiger wurde vom Staat entschädigt. Gegen das Urteil erhob X._ Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen. Er beantragte im Wesentlichen, der Entscheid sei aufzuheben, er selbst sei freizusprechen und auf die beurteilten Schadenersatz- und Genugtuungsforderungen sei nicht einzutreten. B. X._ ersuchte den Präsidenten der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen um Erlass der Einschreibgebühr. Dieser wies das Gesuch mit Verfügung vom 1. September 2008 ab. Dagegen erhob X._ Beschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung sei aufzuheben und die Einschreibgebühr sei ihm zu erlassen. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde gut (Urteil 1B_296/2008 vom 11. Dezember 2008). C. Dem Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen stellte X._ mit Eingabe vom 20. August 2008 ein Gesuch um amtliche Verteidigung im Berufungsverfahren vor dem Kantonsgericht. Das Gesuch wurde mit Verfügung vom 2. September 2008 abgewiesen. X._ erhob gegen diese Verfügung Beschwerde. Mit Entscheid vom 27. Oktober 2008 wies der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen das Rechtsmittel ab. D. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 27. November 2008 beantragt X._, der Entscheid des Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung zurückzuweisen. Er rügt die Verletzung von Art. 29 Abs. 3 BV und verschiedener anderer Bestimmungen der BV und der EMRK. Der Präsident des Verwaltungsgerichts und das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen beantragen in ihrer jeweiligen Vernehmlassung vom 1. Dezember 2008 bzw. vom 2. Dezember 2008 die Abweisung der Beschwerde.