Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin und Klägerin) bezweckt den Betrieb eines Architektur- und Bauleitungsbüros sowie einer Generalunternehmung. Ihr Mehrheitsaktionär und Verwaltungsratspräsident ist B._. A._ (Beschwerdegegner und Beklagter) betreibt ein Architekturbureau. Mit Gesellschaftsvertrag vom 10. September 1992 schlossen sich der Beschwerdegegner und B._ zur einfachen Gesellschaft "Konsortium C._" zusammen, deren Zweck der Erwerb und die Überbauung des Grundstücks Kat. Nr. 1._ (6'507 m2) in der Gemeinde D._ mit anschliessendem Verkauf der Überbauung war. Gemäss diesem Konsortialvertrag hatte der Beschwerdegegner die Architekturleistung zu erbringen, während der Beschwerdeführerin die Überbauung "als Generalunternehmer mit offener Abrechnung und einem GU-Honorar von 4 %" oblag. Vereinbarungsgemäss kaufte der Beschwerdegegner daraufhin das Grundstück in seinem eigenen Namen. Im Februar 1993 erstellte die Beschwerdeführerin einen Kostenvoranschlag über eine Bausumme von Fr. 12.09 Mio. Die Baubewilligung für die Überbauung des Grundstücks mit fünf Mehrfamilienhäusern (Blöcke A, B1/B2 und C1/C2) wurde im August 1993 erteilt. Im März 1994 verkaufte der Beschwerdegegner einen Teil des Grundstücks der Anlagestiftung 2. Säule der damaligen Kreditanstalt zum Preis von Fr. 1.5 Mio. Einen weiteren Grundstücksteil erwarb B._ im Oktober 1994 zum Preis von Fr. 890'000.--, während das restliche Land beim Beschwerdegegner verblieb. Vom 31. Oktober 1994 datiert schliesslich ein Generalunternehmer-Werkvertrag (nachfolgend: GU-Vertrag) zwischen dem Beschwerdegegner und B._ als Bestellern und der Beschwerdeführerin als Unternehmerin betreffend die schlüsselfertige Erstellung des Blocks A zum Pauschalpreis von Fr. 2.65 Mio. auf dem Grundstück von B._ und des Doppelblocks C1/C2 zum Pauschalpreis von Fr. 5.85 Mio. auf demjenigen des Beschwerdegegners. A.b Am 30. Juni 1999 erstellte die Beschwerdeführerin die Schlussabrechnung über die Erstellung des Blocks C1/C2, wobei sie vom Pauschalpreis von Fr. 5.85 Mio. Akontozahlungen von Fr. 5'130'200.-- und Baukreditzinsen von Fr. 79'514.-- in Abzug brachte und Fr. 874'827.-- "Zahlungen für A._" hinzurechnete. Den daraus resultierenden Saldo von Fr. 1'515'113.-- zuzüglich Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer stellte sie dem Beschwerdegegner in Rechnung. B. B.a Mit Klage vom 22. November 1999 belangte die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Zürich auf Bezahlung von Fr. 1'515'113.-- sowie Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer nebst Zins. In der gerichtlichen Auseinandersetzung ging es vor allem um die Gültigkeit des GU-Vertrags vom 31. Oktober 1994, auf den die Beschwerdeführerin ihre Forderung stützte. Der Beschwerdegegner stellte sich auf den Standpunkt, es habe sich dabei um ein simuliertes Rechtsgeschäft zur Erlangung höherer Baukredite gehandelt, weshalb der Vertrag zwischen den Parteien keine Gültigkeit entfalte. Die Auseinandersetzung über die Bauabrechnung habe gestützt auf den Konsortialvertrag zu erfolgen. Das Bezirksgericht kam in seinem Urteil vom 9. Juni 2005 zum Schluss, dass der GU-Vertrag vom 31. Oktober 1994 mängelfrei zustande gekommen sei. Nach Abzug der unumstrittenen Akontozahlungen resultiere daraus ein Restguthaben von Fr. 719'800.--. Darüber hinaus könne die Beschwerdeführerin von den geschuldeten 6.5 % Mehrwertsteuer den Anteil des Beschwerdegegners von Fr. 165'335.-- zusätzlich geltend machen. Aus diesen Gründen hiess das Bezirksgericht die Klage im Umfang von Fr. 719'800.-- zuzüglich Zins zu 5 % ab 19. Juli 1999 zuzüglich Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer gut. B.b Auf Berufung des Beschwerdegegners hin wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 19. Juni 2007 die Klage ab. Zusammenfassend gelangt das Obergericht zum Schluss, dass sich aufgrund des Beweisverfahrens nicht feststellen lasse, aus welchen Motiven die Konsortialpartner und die Beschwerdeführerin den GU-Vertrag ursprünglich abgeschlossen haben. Ebenso wenig stehe eindeutig fest, welche Pläne die Parteien damit verfolgten. Es bestünden jedoch Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdegegner und B._ von Anfang an nicht beabsichtigten, mit dem GU-Vertrag das Konsortialverhältnis aufzulösen und das Grundstück und den Doppelblock C1/C2 definitiv in das Privateigentum des Beschwerdegegners zu übertragen, sondern ihn bloss aus Gründen der Zweckmässigkeit und im Hinblick "auf das Aussenverhältnis (z.B. Fiskus, Bankkredite, Käufer)" schlossen. Das Verhalten des Beschwerdegegners und von B._ zur Zeit des Abschlusses des GU-Vertrags würden den Willen der Konsortialpartner belegen, das Baukonsortium weiterzuführen. Der GU-Vertrag sei zwischen den Konsortialpartnern und im Verhältnis zur Beschwerdeführerin im Wesentlichen unbeachtet geblieben. Die Beschwerdeführerin müsse sich ihr eigenes Verhalten bezüglich der Finanzierung, Nebenkosten und der Bauabrechnung und jenes ihres Mehrheitsaktionärs anrechnen lassen. Dieses Beweisergebnis führe zwingend zum Schluss, dass die Abrechnung im Rahmen der Auflösung des Baukonsortiums zu erfolgen habe. Die Beschwerdeführerin und B._ hätten sich auch nach dem Abschluss des GU-Vertrags jahrelang weiterhin als Konsorte bzw. Partnerin des Konsortiums verhalten. Angesichts dessen stelle das Verhalten der Beschwerdeführerin, sich erst im Jahre 1999 auf den GU-Vertrag zu berufen, zudem ein venire contra factum proprium dar, das nach Art. 2 ZGB keinen Rechtsschutz verdiene. Der GU-Vertrag falle als Abrechnungsgrundlage ausser Betracht, weshalb die Klage abzuweisen sei. B.c Die von der Beschwerdeführerin gegen das Urteil des Obergerichts erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht mit Zirkulationsbeschluss vom 29. Juli 2008 ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. September 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Juni 2007 aufzuheben und der Beschwerdegegner zu verurteilen, der Beschwerdeführerin Fr. 719'800.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 19. Juli 1999 sowie Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer zu bezahlen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.