Sachverhalt: A. Über die Krankenkasse A._ wurde am 28. April 2005 der Konkurs eröffnet. Anlässlich der ersten Gläubigerversammlung vom 24. Oktober 2007 liess das Büro u.a. X._ als Gläubiger und Vertreter von 11 Gläubigern als Teilnehmer zu. Die Gläubigerversammlung beschloss, keine ausseramtliche, sondern das Konkursamt Winterthur-Altstadt, handelnd durch die Mobile Equipe des Notariatsinspektorates, als Konkursverwaltung einzusetzen (Traktandum 5) und auf die Wahl eines Gläubigerausschusses zu verzichten (Traktandum 7). Am 29. Oktober 2007 erhob X._ Beschwerde beim Bezirksgericht Winterthur als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen und verlangte, dass die von ihm vorgelegten 71 Vollmachten (nicht nur 11 davon) als gültig erachtet werden und er als Vertreter von 110 Stimmen zur ersten Gläubigerversammlung zugelassen werde. Zudem seien die Vertreter D._ und E._ zu Unrecht mit 57 Stimmen zugelassen worden. Die Abstimmung sei ein zweites Mal durchzuführen. B. Mit Entscheid vom 25. Februar 2008 trat die untere Aufsichtsbehörde auf die Beschwerde nicht ein. Hiergegen erhob X._ Beschwerde, welche das Obergericht des Kantons Zürich als obere kantonale Aufsichtsbehörde mit Entscheid vom 11. Juni 2008 abwies, soweit darauf eingetreten wurde. Auf Beschwerde in Zivilsachen hin hob das Bundesgericht den Entscheid der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde mit Urteil 5A_405/2008 vom 30. September 2008 auf und wies die Vorinstanz an, über die Gültigkeit der von X._ vorgelegten Vollmachten und die Zulassung der betreffenden Gläubigerstimmen zu entscheiden. Mit Beschluss vom 10. März 2009 wies die obere kantonalen Aufsichtsbehörde die Beschwerde erneut ab. C. Mit Eingabe vom 23. März 2009 führt X._ Beschwerde in Zivilsachen. Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des Beschlusses der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde vom 10. März 2009 sowie desjenigen des Büros der ersten Gläubigerversammlung vom 24. Oktober 2007, soweit er anders ausgefallen wäre, wenn die von ihm vorgelegten Vollmachten und entsprechend die vom Beschwerdeführer vertretenen 110 Stimmen als gültig angenommen worden wären. Es seien zudem die von ihm vorgeschlagenen ausseramtlichen Konkursverwalter und der von ihm vorgeschlagene Gläubigerausschuss als ernannt zu erklären. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.