Sachverhalt: A. Die am 22. Dezember 2000 geborene R._ leidet an einem schweren kognitiven Entwicklungsrückstand, zerebralen Entwicklungsstörungen sowie infantilem Autismus (Geburtsgebrechen Ziff. 401 Anhang zur Verordnung über Geburtsgebrechen [GgV]). Die IV-Stelle des Kantons Zürich erteilte Kostengutsprachen für heilpädagogische Früherziehung, Sonderschulmassnahmen und Übernahme von Ergotherapie als medizinische Massnahme einschliesslich ärztlich verordneter Behandlungsgeräte. Mit Gesuch vom 14. Oktober 2004 stellte die Mutter S._ als gesetzliche Vertreterin Antrag auf Ausrichtung einer Hilflosenentschädigung an R._. Nach Abklärung der Verhältnisse vor Ort am 23. Februar 2005 (Bericht vom 25. Februar 2005) sprach die IV-Stelle dieser mit Verfügung vom 25. Februar 2005 und Einspracheentscheid vom 24. Mai 2005 ab 1. Dezember 2004 eine Hilflosenentschädigung für Minderjährige wegen leichter Hilflosigkeit zu; gleichzeitig verneinte sie den Anspruch auf die beantragte Entschädigung wegen mittelgradiger Hilflosigkeit sowie einen Intensivpflegezuschlag. B. Gegen den Einspracheentscheid vom 24. Mai 2005 erhob R._ am 21. Juni 2005 Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich. Pendente lite verfügte die IV-Stelle am 29. Juli 2005 ab 1. April 2005 die Ausrichtung einer Entschädigung wegen Hilflosigkeit mittleren Grades. Mit Entscheid vom 27. November 2006 hiess das Sozialversicherungsgericht die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde gut, soweit sie durch die pendente lite erlassene Verfügung nicht gegenstandslos geworden war; es hob diesen auf und änderte die Verfügung vom 29. Juli 2005 in dem Sinne ab, dass R._ bereits ab 1. Dezember 2004 Anspruch auf eine Entschädigung für Hilflosigkeit mittleren Grades habe und diese um einen Intensivpflegezuschlag entsprechend einem invaliditätsbedingten Betreuungsaufwand von mindestens vier Stunden pro Tag zu erhöhen sei. C. Die IV-Stelle des Kantons Zürich erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt Aufhebung des Entscheides des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 27. November 2006. R._ lässt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen; Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.