Sachverhalt: A. Auf Betreibung der Z._ AG eröffnete das Bezirksgericht Zürich mit Urteil vom 4. September 2012 über X._ den Konkurs. Auf Beschwerde von X._ hin gewährte das Obergericht des Kantons Zürich am 14. September 2012 die aufschiebende Wirkung. Mit Urteil vom 25. September 2012 wies es jedoch die Beschwerde ab und eröffnete den Konkurs. B. Gegen dieses Urteil hat X._ am 28. Oktober 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung. In ihrer Vernehmlassung vom 31. Oktober 2012 hat die Beschwerdegegnerin erklärt, sie sei unter der Voraussetzung, dass der von ihr geleistete Vorschuss für die Konkurseröffnung an das Bezirksgericht Hochdorf und der bei der Obergerichtskasse hinterlegte Betrag überwiesen werde, im Sinn von Art. 174 Abs. 3 Ziff. 3 SchKG einverstanden, auf die Durchführung des Konkurses zu verzichten. Sie hat weiter festgehalten, dass die Forderung aus der Betreibung Nr. 173431 durch den Schuldner bereits beglichen und die Betreibung hiermit getilgt sei. Ferner hat sie darauf hingewiesen, dass sämtliche Gerichtskosten vom Schuldner zu begleichen wären und nicht aus ihrem Vorschuss entnommen werden dürften, weil jener die verspätete Zahlung wie auch die entstandenen Kosten durch sein Versäumen selber zu verantworten habe. Das Obergericht hat mit Stempel vom 31. Oktober 2012 auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 8. November 2012 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt.