Sachverhalt: A. R._ war als Lernender bei der Autospenglerei G._ bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sein Personenwagen am 6. Februar 2000 bei Eisglätte in einer Linkskurve bei einer Geschwindigkeit von 50 bis 70 km/h ins Schleudern geriet und in der Folge abseits der Strasse frontal mit einem Baum kollidierte. R._ begab sich in Begleitung seiner Mutter ins kantonale Spital X._, welches eine Commotio cerebri sowie eine Riss-Quetsch-Wunde am rechten Unterschenkel medial diagnostizierte und den Versicherten anderntags wieder entliess (Bericht vom 17. Februar 2000). Am 17. Juli 2000 nahm er seine Tätigkeit wieder vollständig auf. Im Frühjahr 2004 verspürte R._, als Angestellter bei der Firma S._, im Nahkampftraining einen Zwick im Rücken; überdies bemerkte er eine Woche später ein Knacken im Rücken, als er einen Bewohner eines Asylantenheims ins Bett trug (gemäss Besprechung mit der SUVA vom 22. Februar 2005); bei beiden Ereignissen war er nicht mehr bei der SUVA versichert. Der behandelnde Dr. med. B._, Klinik V._, diagnostizierte ein chronisches thorako-zervikovertebrales Schmerzsyndrom. Am 24. Januar 2005 meldete R._ der SUVA einen Rückfall zum erlittenen Autounfall, für welchen die SUVA weitere Leistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeld zusprach. Durch einen Sturz auf das Gesäss am 2. Januar 2006 verschlimmerte sich vorübergehend die Rückenproblematik. Mit Verfügung vom 26. November 2008 verneinte die SUVA einen Anspruch auf Integritätsentschädigung. Anlässlich der hiegegen eingereichten Einsprache hob die SUVA diese Verfügung auf und gelangte - nachdem sie das medizinische Dossier ihrem Versicherungsmediziner Dr. med. P._, Facharzt FMH für Chirurgie, vorgelegt hatte - zum Schluss, die für den im Januar 2005 gemeldeten Rückfall erbrachten Leistungen seien zu Unrecht erfolgt, da keine der dabei geltend gemachten Beschwerden überwiegend wahrscheinlich auf den Unfall vom 6. Februar 2000 zurückzuführen seien, und forderte vom Versicherten Taggeldleistungen in der Höhe von Fr. 20'367.35 zurück. Gleichzeitig verneinte sie einen weiteren Anspruch auf Versicherungsleistungen, insbesondere auch auf Integritätsentschädigung und Invalidenrente (Verfügung vom 20. März 2009). Im Rahmen des laufenden Einspracheverfahrens hob sie die Verfügung vom 20. März 2009 wieder auf. Nach weiteren medizinischen Abklärungen stellte die SUVA ihre Versicherungsleistungen mit Verfügung vom 31. August 2010 auf Ende September 2010 ein, da keine adäquat kausalen Unfallfolgen mehr vorlägen. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung (Einspracheentscheid vom 12. November 2010). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 13. Januar 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt R._, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und des Einspracheentscheids seien ihm weitere Leistungen der Unfallversicherung zuzusprechen, namentlich sei die SUVA zur Leistung einer Integritätsentschädigung zu verpflichten. Eventuell sei die Sache zur Einholung eines unabhängigen medizinischen Gutachtens an die SUVA zurückzuweisen. Ferner wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.