Sachverhalt: A. Die Kontrollstelle zur Bekämpfung der Geldwäscherei (Kontrollstelle GwG) erhebt Gebühren für ihre Verfügungen und Dienstleistungen. Das Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 zur Bekämpfung der Geldwäscherei im Finanzsektor (Geldwäschereigesetz, GwG; SR 955.0) sieht vor, dass die Selbstregulierungsorganisationen (SRO; Art. 24 ff. GwG) und die direkt durch die Kontrollstelle GwG beaufsichtigten Finanzintermediäre (DUFI; Art. 18 Abs. 1 lit. b GwG) zur Deckung der nicht individuell zurechenbaren Kosten eine jährliche Aufsichtsabgabe zu entrichten haben (Art. 22 GwG in der Fassung gemäss Ziff. I 17 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 2003 über das Entlastungsprogramm 2003, in Kraft seit 1. Januar 2006 [AS 2004 1647]). Der Bundesrat hat deren Einzelheiten in der Verordnung vom 26. Oktober 2005 über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei geregelt (Gebührenverordnung Kontrollstelle, GebV Kst; SR 955.033.2). B. Am 7. September 2006 legte die Kontrollstelle GwG die von der SRO des Schweizerischen Treuhänderverbands (SRO STV) geschuldete Aufsichtsabgabe für das Jahr 2006 auf Fr. XXX.-- fest. Der Betrag war in eine für alle SRO gleiche Grundabgabe von Fr. 41'038.-- und eine nach Bruttoertrag und Anzahl der jeweils angeschlossenen Finanzintermediäre berechnete Zusatzabgabe aufgeteilt. Diese machte bei der SRO STV Fr. XXX.-- aus (Bruttoertrag: Fr. XXX.--; angeschlossene Finanzintermediäre: XXX). Das Bundesverwaltungsgericht legte auf Beschwerde hin am 7. November 2007 unter Berücksichtigung einer Verminderung der Bruttoerträge und der Aufsichtskosten die von der SRO STV zu leistende Aufsichtsabgabe neu auf Fr. XXX.-- fest. Es berechnete die geschuldete Abgabe unter Ausklammerung der in Art. 7 GebV Kst vorgesehenen Grundabgabe ausschliesslich nach den Kriterien für die Zusatzabgabe und begründet dies damit, dass der Bundesrat mit Art. 7 GebV Kst den ihm in Art. 22 Abs. 4 GwG eingeräumten Ermessensspielraum überschritten, dem Legalitätsprinzip zu wenig Rechnung getragen und die verschiedenen SRO in gesetzwidriger Weise rechtsungleich behandelt habe. C. Die Eidgenössische Finanzverwaltung beantragt mit Eingabe vom 14. Dezember 2007, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass die umstrittene Grundabgabe zu Recht erhoben worden sei; die Aufsichtsabgabe 2006 der SRO STV sei neu auf Fr. XXX.-- festzulegen (Grundabgabe: Fr. 43'899.--; Zusatzabgabe: Fr. XXX.--). Die Eidgenössische Finanzverwaltung macht geltend, die Ausgestaltung der Aufsichtsabgabe, bestehend aus einer fixen Grundgebühr und einer variablen Zusatzgebühr, sei sachlich gerechtfertigt und treffe keine rechtsungleichen Unterscheidungen. Die Vorinstanz habe die geschuldete Abgabe zudem insofern falsch berechnet, als sie zwar den bereits bezahlten Betrag von Fr. XXX.-- einer nicht beschwerdeführenden SRO von den Kosten abgezogen, es jedoch unterlassen habe, auch die Zahl von deren Mitgliedern (XXX) sowie ihren Bruttoertrag (Fr. XXX.--) von den jeweiligen Gesamtwerten in Abzug zu bringen, was dazu führe, dass Fr. 11'527.-- der abzugeltenden Kosten ungedeckt geblieben seien. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die SRO des Schweizerischen Treuhänder-Verbands liess sich nicht vernehmen.