Sachverhalt: A. A.a Am 19. Juli 2004 mandatierte die im Kunsthandel tätige X._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) Rechtsanwalt A._ (Kläger, Beschwerdegegner), um für sie in diversen Angelegenheiten beratend und forensisch tätig zu werden. In der Folge betreute A._ die X._ AG intensiv und in zahlreichen Mandaten und es entstand dabei ein enges berufliches, sogar freundschaftliches Verhältnis mit deren Organ. Die X._ AG leistete im Jahre 2004 Kostenvorschüsse in der Höhe von insgesamt Fr. 55'000.--; ab Januar 2005 blieben die monatlichen Honorarrechnungen jedoch mehrheitlich offen. A.b Als Akonto seiner Honorarforderung händigte die X._ AG im Jahre 2005 oder 2006 A._ zwei Kunstwerke von B._ aus, wobei sich die Parteien einig waren, dass der Kaufpreis der Werke - der nicht bestimmt wurde - mit den Honorarforderungen verrechnet werden sollte. Die Kunstwerke befinden sich seit daher im Besitz von A._. A.c Mit Schreiben vom 26. Oktober 2006 legte A._ sämtliche Mandate nieder und stellte der X._ AG für die offenen Honorarrechnungen in der Höhe von Fr. 112'124.70 Rechnung. B. B.a Am 8. April 2009 reichte A._ beim ehemaligen Gerichtskreis XIII Obersimmental-Saanen eine Forderungsklage gegen die X._ AG ein, mit dem Begehren, die X._ AG sei zu verurteilen, ihm einen Betrag von Fr. 112'124.70 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 30. November 2005 zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Zug zu beseitigen und ihm die provisorische Rechtsöffnung zu erteilen. Mit Entscheid vom 27. Mai 2011 verurteilte der Gerichtspräsident des Regionalgerichts Oberland die Beklagte zur Bezahlung von Fr. 110'234.70 nebst Zins zu 5 % seit dem 30. November 2005 und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Zug in diesem Umfang. Sodann verurteilte es den Kläger, die beiden Bilder von B._ der Beklagten zurück zu geben. B.b Gegen dieses Urteil erhob sowohl der Kläger als auch die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 7. Februar 2012 hob das Obergericht die Dispositivziffer 3 (Rückgabe der beiden Bilder) des Urteils des Regionalgerichts Oberland auf und verurteilte die Beklagte, dem Kläger den Betrag von Fr. 110'684.70 nebst Zins zu 5 % seit dem 1. November 2006 zu bezahlen und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Zug in diesem Umfang. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 7. Februar 2012 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung oder Vervollständigung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Kläger beantragt die Abweisung der Beschwerde; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht unaufgefordert eine Replik, der Beschwerdegegner eine Duplik eingereicht. D. Mit Präsidialverfügung vom 4. April 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt und mit Präsidialverfügung vom 30. April 2012 wurde das Gesuch um Sicherstellung des Beschwerdegegners abgewiesen.