Sachverhalt: A. A._ wurde am 20. August 2009 von der Kantonspolizei Zürich festgenommen und mit Verfügung vom 21. August 2009 des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft gesetzt. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich verdächtigt A._ der sexuellen Handlungen mit Kindern (Art. 187 StGB). Er sei von der Association DIL SE, eines in Indien tätigen Kinderhilfswerks, angezeigt worden. A._ habe gemäss der Anzeige in den Jahren 2007 und 2008 je für einige Wochen als Freiwilliger in Einrichtungen der Association DIL SE in Kochi und Madurai in Indien gearbeitet und sich im Verlaufe dieser Tätigkeit an ihm anvertrauten Knaben im Alter von ca. 11 bis 13 Jahren vergangen. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2009 ersuchte A._ um Haftentlassung, eventuell unter Anordnung einer Schriftensperre oder eines Kontaktverbots. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2009 wies der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich das Gesuch ab. Zur Begründung führte er an, es bestehe neben dringendem Tatverdacht sowohl Kollusions- als auch Fluchtgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321). B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 11. November 2009 beantragt A._, die Verfügung des Haftrichters sei aufzuheben und er selbst sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen, eventualiter unter Auferlegung einer Schriftensperre oder eines Kontaktverbots. Die Staatsanwaltschaft verweist in ihrer Vernehmlassung unter anderem auf ihre früheren Anträge. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verweist seinerseits auf eine in der Zwischenzeit ergangene haftrichterliche Verfügung vom 20. November 2009, welcher er sich vollumfänglich anschliesse. Gemäss dieser neuen Verfügung wird die Untersuchungshaft bis zum 21. Februar 2010 fortgesetzt. Der Beschwerdeführer liess sich dazu nicht mehr vernehmen.