Sachverhalt: A. Im Rahmen einer Teiländerung des Bauzonen- und Kulturlandplans beschloss die Gemeinde Merenschwand am 24. Juni 2002, gestützt auf ein Grobkonzept, welches u.a. eine Schulhauserweiterung mit Aussensportanlagen sowie einer Erweiterung der Turnhalle vorsah, eine Einzonung von 73 a für öffentliche Bauten und Anlagen. Diese Teiländerung wurde am 25. September 2002 vom Regierungsrat des Kantons Aargau genehmigt. B. Vom 7. März bis 5. April 2006 lagen verschiedene Änderungen am Bauzonen- und Kulturlandplan mit Ergänzung der Bau- und Nutzungsordnung (BNO) der Gemeinde Merenschwand vom 24. Juni 1996/ 28. Oktober 1997 öffentlich auf. U.a. war eine Erweiterung der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen (OeBA) um 43 a im Schulbereich vorgesehen (Teiländerung "Schulareal"). Grund dafür war das Anliegen des im Jahre 2003 gegründeten Fussballclubs, ein den Normen des schweizerischen Fussballverbands entsprechendes Spielfeld zu erhalten, um darauf auch die Meisterschaften der Junioren-Spielklassen A-C austragen zu können. Dagegen erhoben X._, Y._ und die Z._ AG, Merenschwand, Einsprache. Der Gemeinderat wies diese mit Beschluss vom 8. Juni 2006 ab. C. Am 26. Juni 2006 lehnte die Gemeindeversammlung Merenschwand die Teiländerung "Schulareal" ab. Dagegen wurde das Referendum ergriffen, was dazu führte, dass die Teiländerung in der Urnenabstimmung vom 24. September 2006 doch noch angenommen wurde. D. Gegen den abweisenden Beschluss des Gemeinderats vom 8. Juni 2006 sowie den Beschluss der Einwohnergemeinde Merenschwand vom 24. September 2006 gelangten die unterlegenen Einsprecher an den Regierungsrat. Der Regierungsrat wies die Beschwerde am 29. August 2007 ab und genehmigte gleichentags die Teiländerung "Schulareal". X._, Y._ und die Z._ AG reichten hierauf Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht ein mit dem Antrag, die Entscheide des Regierungsrats vom 29. August 2007, den Beschluss des Gemeinderats vom 8. Juni 2006 und den Beschluss der Einwohnergemeinde vom 24. September 2006 aufzuheben. Weiter forderten sie u.a., den entsprechenden Landstreifen in der Landwirtschaftszone zu belassen. Mit Urteil vom 15. September 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. E. In ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Januar 2009 beantragen X._, Y._ und die Z._ AG dem Bundesgericht die vollumfängliche Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils vom 15. September 2008. Im Weiteren seien die Entscheide des Regierungsrats vom 29. August 2007, der Beschluss des Gemeinderats vom 8. Juni 2006 und der Beschluss der Einwohnergemeinde vom 24. September 2006 aufzuheben, soweit davon die Erweiterung der OeBA-Zone betroffen sei. Der entsprechende Landstreifen sei in der Landwirtschaftszone zu belassen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig ersuchen die Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Die Gemeinde Merenschwand und der Regierungsrat des Kantons Aargau schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht auf eine Stellungnahme verzichtet. Mit Verfügung vom 5. Februar 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen. Die Beschwerdeführer halten replizierend sinngemäss an ihren Anträgen fest.