Sachverhalt: A. X._ ist der Vater des 1995 geborenen Kindes A Y._. Mit Urteil des Bezirksgerichts St. Gallen vom 8. Juli 1997 wurde er zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 600.-- bis zum vollendeten 6. Altersjahr, von Fr. 650.-- bis zum 12. Altersjahr und von Fr. 700.-- bis zum ordentlichen Abschluss der Erstausbildung verpflichtet. B. Im Februar 2008 erhob der Vater eine Abänderungsklage mit der Begründung, er habe 2003 geheiratet und aus dieser Ehe sei 2005 ein Kind hervorgegangen. Zudem habe sich seine Einkommenssituation wegen zeitweiser Arbeitslosigkeit verschlechtert. Das Kreisgericht St. Gallen setzte den Kindesunterhalt mit Urteil vom 19. September 2008 auf Fr. 350.-- ab August 2008 fest. Mit Entscheid vom 2. März 2009 verpflichtete das Kantonsgericht St. Gallen den Vater zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 350.-- ab Februar bis Juli 2008, von Fr. 200.-- ab April 2009 und solange er unverschuldet arbeitslos bleibt, längestens aber bis März 2010, und anschliessend von Fr. 350.-- bis das Kind eine angemessene Ausbildung abschliessen kann. C. Gegen diesen Entscheid hat der Vater am 2. April 2009 eine Beschwerde eingereicht mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Abänderung dahingehend, dass ab Februar 2008 und mindestens für die Dauer seiner Arbeitslosigkeit keine Unterhaltsbeiträge festzusetzen seien. Mit Gesuch vom 21. April 2009 ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.