Sachverhalt: A. A.a Dr. Jürgen Amann schuf über die Dr. Amann AG mehrere "Sachwert-Beteiligung Kommanditgesellschaften", die es Investoren ermöglichten, durch eine Beteiligung als Kommanditäre in Immobilien zu investieren, welche von der jeweiligen Personengesellschaft erworben, erstellt und vermietet wurden. Jürgen Amann trat als unbeschränkt haftender Gesellschafter (Komplementär) aller Angebote auf. Die Dr. Amann AG übernahm die Konzeption und die Beratung der einzelnen Gesellschaften. Ziel der Anlagen war es jeweils, eine Immobilie zu kaufen, zu betreiben, sie 15 bzw. 16 Jahre zu halten und jährlich 6,25 % des eingesetzten Kapitals aus dem verfügbaren "Liquidationsüberschuss" ausbezahlt zu erhalten. Nach 16 Jahren, d.h. vollständiger Rückzahlung des Eigenkapitals, hätten die Investoren zusätzlich vom Überschuss aus dem Saldo des Verkaufserlöses (abzüglich Resthypothek) im Verhältnis der jeweiligen Kommanditeinlage profitieren sollen, was nach den Modellrechnungen zu einem Gesamtliquidationsrückfluss bezogen auf das investierte Eigenkapital von 185 % geführt hätte. In der Investitionsphase waren Organisationskosten für die Dr. Amann AG von ca. 15 % des Investitionsvolumens vorgesehen (Beratungsgebühren, Verkaufsprovisionen usw.). A.b Auf den 1. Januar 2007 trat das Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen (Kollektivanlagengesetz, KAG; SR 951.31) in Kraft, worauf die Dr. Amann AG der Eidgenössischen Bankenkommission (EBK) mitteilte, dass sie beabsichtige, die "Sachwert-Beteiligung Kommanditgesellschaften" der Gruppe in Kommanditgesellschaften für kollektive Kapitalanlagen (KkK) nach dem neuen Recht umzuwandeln. Die EBK informierte sie am 12. Juni 2007, dass hierfür vermutlich keine Bewilligung erteilt werden könne, setzte ihr aber Frist bis zum 31. Dezember 2007, alle "nach dem gleichen oder einem vergleichbaren Schema konzipierten und zur Dr. Amann-Gruppe gehörenden Kommanditgesellschaften in eine gesetzeskonforme Ausgestaltung zu überführen" bzw. ein entsprechendes Bewilligungs- und Genehmigungsgesuch einzureichen. Jürgen Amann und seine Dr. Amann AG bemühten sich in der Folge darum, die verschiedenen Kommanditgesellschaften zu liquidieren, was teilweise am Widerstand der Kommanditäre scheiterte. A.c Mit superprovisorischer Verfügung vom 11. Januar 2008 setzte die Bankenkommission bei den Gesellschaften der "Dr. Amann- Gruppe" einen Untersuchungsbeauftragten ein; gleichzeitig untersagte sie ihnen jede weitere Geschäftstätigkeit. Am 20. Mai 2008 stellte die EBK fest, dass die "Dr. Amann-Gruppe" gegen das Kollektivanlagengesetz verstosse, da sie kollektive Kapitalanlagen verwalte, aufbewahre, öffentlich anbiete und vertreibe, ohne über die notwendigen Bewilligungen zu verfügen (Ziff. I/1 des Dispositivs). Zudem nehme sie gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegen, was dem Bundesgesetz vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen (Bankengesetz, BankG; SR 952.0) widerspreche (Ziff. I/2 des Dispositivs). Die Bankenkommission verfügte gestützt hierauf über die Dr. Amann AG den aufsichtsrechtlichen Konkurs und versetzte die verschiedenen Sachwert-Beteiligung-Kommanditgesellschaften in Liquidation. B. Gegen die Verfügung der EBK gelangten die Dr. Amann & Co. Sachwert-Beteiligung Kommanditgesellschaften VIII und IX (im Weiteren auch: KG VIII bzw. KG IX) an das Bundesverwaltungsgericht, welches die Beschwerde der KG VIII am 31. Juli 2009 guthiess, soweit es darauf eintrat. Es hob die Ziffer 1 der Verfügung der EBK auf, soweit darin festgestellt wurde, die KG VIII habe als Teil der "Dr. Amann-Gruppe" kollektive Kapitalanlagen verwaltet, aufbewahrt, öffentlich angeboten bzw. vertrieben und damit gegen das Kollektivanlagengesetz verstossen. Ziffer 2 der Verfügung annullierte es, soweit der KG VIII darin vorgeworfen wurde, als Teil der "Dr. Amann-Gruppe" gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegengenommen und damit gegen das Bankengesetz verstossen zu haben. Das Bundesverwaltungsgericht begründete seinen Entscheid im Wesentlichen damit, dass die KG VIII nicht als "Investitionsvehikel" fremd verwaltet werde, sondern eine operative Gesellschaft sei, für die das Kollektivanlagengesetz nicht gelte. Die von den Kommanditären geleisteten Zahlungen stellten aus der Sicht der Gesellschaft Eigenmittel dar, weshalb sich auch der Vorwurf der bewilligungslosen Entgegennahme von Publikumseinlagen als unbegründet erweise. Mit Blick auf die konkreten Umstände könne schliesslich nicht gesagt werden, dass die KG VIII Teil der "Dr. Amann-Gruppe" bilde und die gegen diese angeordneten und in Rechtskraft erwachsenen aufsichtsrechtlichen Konsequenzen mittragen müsse. C. C.a Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) beantragt, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben, soweit er die Dr. Amann & Co. VIII Sachwert-Beteiligung Kommanditgesellschaft von ihrer Verfügung ausnehme; diese sei vollumfänglich zu bestätigen. Die von den Anlegern der KG VIII getätigten Einlagen würden fremd verwaltet. Der Hauptzweck der KG VIII liege nicht in einer operativen Tätigkeit, sondern in ihrer Funktion als "Investitionsvehikel", weshalb sie in den Geltungsbereich des Kollektivanlagengesetzes falle. Die KG VIII verstosse auch gegen das Bankengesetz, da ein Anspruch auf Rückzahlung der Investorengelder bestehe und die entsprechenden Einlagen für sie Fremdverbindlichkeiten darstellten. C.b Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die Dr. Amann & Co. VIII Sachwert-Beteiligung Kommanditgesellschaft beantragt, die Beschwerde abzuweisen: Weder Jürgen Amann noch die Dr. Amann AG seien an den Kommanditgesellschaften wirtschaftlich berechtigt. Alle Kommanditgesellschaften seien von einander unabhängig gewesen. Jürgen Amann vertrete seit Juni 2007 die KG VIII nicht mehr; spätestens seit dem 1. Januar 2008 bestehe mit ihm keine organisatorische oder personelle Verflechtung mehr. Die KG VIII sei eine operative Gesellschaft, die eine unternehmerische Tätigkeit ausübe (Kauf, Bewirtschaftung, gewerbliche Vermietung des Hotels Schweizerhof**** in Zermatt). Der einzelne Anleger sei Gesellschafter und nicht Darlehensgeber. Die Liquidation sei unverhältnismässig, da sie bereit sei, die Gesellschaftsorganisation nötigenfalls anzupassen. D. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung hat die Angelegenheit an ihrer Sitzung vom 5. November 2010 öffentlich beraten.