Sachverhalt: A. X._ und Y._ übernahmen per 1. Januar 1997 das Inventar (Viehhabe, Maschinen, Gerätschaften und Vorräte) des Landwirtschaftsbetriebes von A._ und B._. Obwohl vorgesehen war, den Hof auf denselben Zeitpunkt zu Eigentum zu übergeben, erfolgte die Übertragung erst am 19. November 2003. In der Übergangsphase waren X._ und Y._ Pächter des Hofes. In ihrer Eröffnungsbilanz per 1. Januar 1997 aktivierten sie die Remise mit einem Wert von Fr. 303'740.-- (Liegenschaftsvermögen) und verbuchten unter den Passiven eine Schuld gegenüber B._ "Baukredit Remise" in gleicher Höhe. Nach Aktivierung weiterer Investitionen sowie Vornahme von Abschreibungen betrugen der Buchwert der Remise Ende 1998 Fr. 326'400.-- und die Schuld "Baukredit Remise" Fr. 324'758.--. Mit Verfügung vom 5. Oktober 2004 veranlagte die Steuerkommission S._ X._ und Y._ für die Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 für ein steuerbares Einkommen von Fr. 78'500.-- und für ein steuerbares Vermögen von Fr. 63'000.--. Mit Einspracheentscheid vom 11. Mai 2006 legte sie das steuerbare Einkommen auf Fr. 67'273.-- und das steuerbare Vermögen auf Fr. 108'472.-- fest. Die von den Steuerpflichtigen geltend gemachten Abschreibungen auf der Remise in Höhe von Fr. 13'887.-- (1997) bzw. Fr. 13'585.-- (1998) wurden nicht anerkannt, und beim Vermögen wurden weder die Remise noch die entsprechende Schuld berücksichtigt. B. Einen hiergegen gerichteten Rekurs wies das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 25. Juli 2007 ab. Daraufhin führten X._ und Y._ am 10. September 2007 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 10. März 2008 vollumfänglich ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 10. März 2008 sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an die aargauischen Steuer- bzw. Steuerjustizbehörden zurückzuweisen zwecks Veranlagung gemäss den Jahresabschlüssen 1997/1998. Das Steueramt des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf einen Antrag verzichtet.