Sachverhalt: Sachverhalt: A. Am 31. August 1992 schloss die A._ GmbH (Klägerin) - bzw. deren Rechtsvorgänger - mit der B._ AG (Beklagte) einen "Pachtvertrag" betreffend den Nachtclub X._ in Basel. Gemäss einem Nachtrag zum ursprünglichen Vertrag wurde der jährliche Mietzins mit Wirkung ab 1. Oktober 2002 auf Fr. 192'000.-- pro Jahr bzw. Fr. 16'000.-- pro Monat festgesetzt. Seit März 2003 traten Mängel an der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage auf. Die Parteien sind sich darin einig, dass diese Mängel zu einer Mietzinsreduktion von Fr. 2'000.-- führen. Trotz den aufgetretenen Mängeln bezahlte die Klägerin vorerst von März bis Dezember 2003 den vollen Mietzins von Fr. 16'000.-- pro Monat. Nachdem die Mängel weiterhin nicht behoben worden waren, hinterlegte die Klägerin bei der zuständigen Schlichtungsstelle für die Zeit von Januar bis April 2004 den monatlichen Mietzins von Fr. 16'000.--, insgesamt also Fr. 64'000.--. In der Folge hat die Klägerin den Mietzins für die Zeit von Mai bis Juli 2004 weder der Beklagten bezahlt noch bei der Schlichtungsstelle hinterlegt. Für die Zeit von August bis Oktober 2004 wurde der Klägerin der Mietzins erlassen, weil während dieser Zeit das Mietobjekt wegen Erneuerungsarbeiten nicht zur Verfügung stand. Per Ende Oktober 2004 wurde das Mietverhältnis zwischen den Parteien aufgelöst. Umstritten ist die Verwendung des hinterlegten Mietzinses von Fr. 64'000.-- unter Berücksichtigung des Herabsetzungsanspruchs der Klägerin einerseits und der Ansprüche der Beklagten auf Bezahlung des ausstehenden Mietzinses andrerseits. Seit März 2003 traten Mängel an der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage auf. Die Parteien sind sich darin einig, dass diese Mängel zu einer Mietzinsreduktion von Fr. 2'000.-- führen. Trotz den aufgetretenen Mängeln bezahlte die Klägerin vorerst von März bis Dezember 2003 den vollen Mietzins von Fr. 16'000.-- pro Monat. Nachdem die Mängel weiterhin nicht behoben worden waren, hinterlegte die Klägerin bei der zuständigen Schlichtungsstelle für die Zeit von Januar bis April 2004 den monatlichen Mietzins von Fr. 16'000.--, insgesamt also Fr. 64'000.--. In der Folge hat die Klägerin den Mietzins für die Zeit von Mai bis Juli 2004 weder der Beklagten bezahlt noch bei der Schlichtungsstelle hinterlegt. Für die Zeit von August bis Oktober 2004 wurde der Klägerin der Mietzins erlassen, weil während dieser Zeit das Mietobjekt wegen Erneuerungsarbeiten nicht zur Verfügung stand. Per Ende Oktober 2004 wurde das Mietverhältnis zwischen den Parteien aufgelöst. Umstritten ist die Verwendung des hinterlegten Mietzinses von Fr. 64'000.-- unter Berücksichtigung des Herabsetzungsanspruchs der Klägerin einerseits und der Ansprüche der Beklagten auf Bezahlung des ausstehenden Mietzinses andrerseits. B. Das Zivilgericht Basel-Stadt (Dreiergericht), welches seinerzeit noch eine Mangelhaftigkeit der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage ab März 2002 unterstellte, erkannte mit Urteil vom 29. November 2004 im Wesentlichen, dass der Pachtzins/Mietzins mit Wirkung ab März 2002 um monatlich Fr. 2'000.-- herabzusetzen sei und dass vom hinterlegten Mietzins Fr. 64'000.-- (Reduktion von Fr. 2'000.-- pro Monat für die Zeit von März 2002 bis Ende Oktober 2004) an die Klägerin und der Restbetrag an die Beklagte auszuzahlen sei. Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, mit welcher sie beantragte, es sei die Klage in Aufhebung des angefochtenen Urteils abzuweisen und die hinterlegten Mietzinse an sie herauszugeben. Mit Urteil vom 7. Juni 2005 erkannte das Appellationsgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde, dass der Pachtzins/Mietzins mit Wirkung ab März 2003 um monatlich Fr. 2'000.-- herabzusetzen und vom hinterlegten Mietzins im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.-- Fr. 8'000.-- an die Klägerin und Fr. 56'000.-- an die Beklagte auszuzahlen sei. Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, mit welcher sie beantragte, es sei die Klage in Aufhebung des angefochtenen Urteils abzuweisen und die hinterlegten Mietzinse an sie herauszugeben. Mit Urteil vom 7. Juni 2005 erkannte das Appellationsgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde, dass der Pachtzins/Mietzins mit Wirkung ab März 2003 um monatlich Fr. 2'000.-- herabzusetzen und vom hinterlegten Mietzins im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.-- Fr. 8'000.-- an die Klägerin und Fr. 56'000.-- an die Beklagte auszuzahlen sei. C. Mit Berufung vom 14. September 2005 beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt sei insoweit aufzuheben, als damit von den hinterlegten Mietzinsen Fr. 8'000.-- an die Klägerin und Fr. 56'000.-- an die Beklagte freigegeben werden. Vielmehr sei von den hinterlegten Mietzinsen Fr. 40'000.-- an die Klägerin und Fr. 24'000.-- an die Beklagte freizugeben. Eventualiter sei die Sache zur weiteren Abklärung des Sachverhaltes und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück zu weisen. Die Beklagte beantragt die Abweisung der Berufung.