Sachverhalt: A. X._ wird gemäss der Anklageschrift der Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern vom 2. Juli 2008 gewerbsmässiger Betrug nach Art. 146 Abs. 2 StGB, gewerbsmässiger betrügerischer Missbrauch einer Datenverarbeitungsanlage nach Art. 147 Abs. 2 StGB, Datenbeschädigung nach Art. 144bis Ziff. 2 StGB, mehrfache Urkundenfälschung nach Art. 251 Ziff. 1 StGB, mehrfache Widerhandlung gegen Art. 19 Ziff. 1 BetmG (SR 812.121) und gewerbsmässige Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 (HMG; SR 812.21) nach Art. 86 Abs. 1 lit. a-c i.V.m. Abs. 2 HMG vorgeworfen. Die Staatsanwaltschaft beantragt eine Freiheitsstrafe von sechseinhalb Jahren sowie - unter der Voraussetzung der Massnahmebereitschaft von X._ - eine stationäre Massnahme für junge Erwachsene nach Art. 61 StGB. X._ ist seit dem 28. Juni 2007 in Untersuchungshaft bzw. im vorzeitigen Strafvollzug. Im Rahmen des laufenden Strafverfahrens war er zuvor bereits vier Mal in Untersuchungshaft: vom 3. Juli bis 18. Juli 2001, vom 21. März bis 28. Juni 2002, vom 18. Februar bis 11. März 2004 und vom 14. Juni 2005 bis 21. März 2007. Am 21. März 2007 wurde er unter verschiedenen Auflagen aus der Haft entlassen, wurde jedoch am 28. Juni 2007 wegen des dringenden Verdachts der erneuten deliktischen Tätigkeit wieder festgenommen und in Untersuchungshaft gesetzt. Seit dem 31. August 2007 befindet sich X._ im vorzeitigen Strafvollzug. Mit Entscheid vom 29. Februar 2008 wurde der vorzeitige Vollzug einer Massnahme nach Art. 61 StGB angeordnet. Die Aufnahme in eine geeignete Einrichtung scheiterte jedoch. Mit Entscheid vom 26. August 2008 entsprach der Präsident des Kriminalgerichts des Kantons Luzern dem Gesuch X._s um neuerliche Versetzung in den vorzeitigen Strafvollzug. Mit Schreiben vom 19. Januar 2009 beantragte X._ die Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug. Mit Entscheid vom 21. Januar 2009 lehnte der Präsident des Kriminalgerichts das Gesuch ab. Ein dagegen erhobenes Rechtsmittel wurde vom Obergericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 5. Februar 2009 abgewiesen. B. Mit Beschwerde an das Bundesgericht vom 16. Februar 2009 beantragt X._ im Wesentlichen die Entlassung aus dem vorzeitigen Strafantritt, eventuell unter Anordnung von Ersatzmassnahmen. Zudem sei das Strafverfahren einzustellen und sein amtlicher Verteidiger auszuwechseln. Die Staatsanwaltschaft liess sich nicht vernehmen. Das Obergericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.