Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer des im Naturschutzgebiet Lauerzersee-Sägel-Schutt gelegenen Grundstücks KTN 1899 der Gemeinde Arth, bestehend aus Wald, Streu- und Wiesland. Auf dem Grundstück steht ein 1980 errichteter Weidstall. B. Im Nachgang zu einer am 5. Januar 2006 erteilten Schlagbewilligung stellte das Kantonsforstamt (heute: Amt für Wald und Naturgefahren, AWN) am 27. März 2008 fest, dass X._ auf seinem Grundstück Wurzelstöcke entfernt resp. mit Erdmaterial überdeckt habe, was als unbewilligte und rechtswidrige Rodung zu qualifizieren sei. Mit Verfügung vom 21. Mai 2008 verpflichtete es ihn, die gerodete Waldfläche auf seinem Grundstück wiederherzustellen. C. Die dagegen von X._ erhobene Beschwerde hiess der Regierungsrat des Kantons Schwyz am 15. April 2009 gut, weil unklar sei, ob Wald gerodet oder lediglich eine Bestockung auf einer Einwuchsfläche entfernt worden sei. Der Regierungsrat hob daher die Verfügung des AWN auf und wies die Sache zur Durchführung eines formellen Waldfeststellungsverfahrens und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück. Dieser Beschluss wurde am 27. Oktober 2009 vom Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz in der Hauptsache bestätigt und nur im Kostenpunkt abgeändert. D. In der Folge führte das AWN auf dem Grundstück KTN 1899 (sowie auf einem Teil des Nachbargrundstücks KTN 1896) eine Waldfeststellung durch. Hierzu beauftragte es die A._ AG, Nesslau, mittels Auswertung von Luftaufnahmen aus verschiedenen Jahren die ursprünglich vorhandene Bestockung zu ermitteln. Das Waldfeststellungsgesuch wurde vom AWN im Amtsblatt vom 5. Februar 2010 publiziert und öffentlich aufgelegt. Dagegen erhob X._ am 25. Februar 2010 Einsprache. Am 4. April 2011 verfügte das AWN die Waldfeststellung und wies die Einsprache von X._ ab. Der Regierungsrat bestätigte die Waldfeststellungsverfügung am 24. Januar 2012. Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies das Verwaltungsgericht am 20. Juni 2012 ab. E. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 14. September 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid samt den vorangegangenen Entscheiden des Regierungsrats und des AWN seien aufzuheben. Die Wald- bzw. Stockgrenze auf dem gesamten Grundstück sei entsprechend dem Zustand von 1980 bzw. 1990, eventuell jenem von 2011, festzulegen, wobei die Waldfläche von insgesamt 39 Aren auf dem ganzen Grundstück nicht überschritten werden dürfe. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an eine der Vorinstanzen zurückzuweisen. F. Das Verwaltungsgericht und das AWN schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass die umstrittene Fläche als Wald im Rechtssinne zu qualifizieren sei. G. In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.