Sachverhalt: A. Bei der X._ Inc. handelt es sich um eine Gesellschaft nach der Gesetzgebung der Cayman Islands mit exempted-Status (exempted company limited by shares) mit Sitz in George Town, Grand Cayman. Sie verfügt über kein Personal. Einziger Geschäftsführer (sole director) der Gesellschaft ist M._ von der N._ AG, Steuer- und Unternehmensberatung, in Zug. Die Gesellschaft wurde mit Wirkung ab 1. November 2000 als Mehrwertsteuerpflichtige bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung registriert. Gemäss den Angaben auf dem Fragebogen zur Mehrwertsteuerpflicht bezweckt die Gesellschaft die Vercharterung von Flugzeugen. Am 24. April 2001 führte die X._ Inc. ein Flugzeug der Marke und des Typs Bombardier Learjet 31A in die Schweiz ein und bezahlte darauf die Einfuhrsteuer von Fr. 800'579.95. In der Mehrwertsteuerabrechnung für das 2. Quartal 2001 machte sie die Einfuhrsteuer zum Vorsteuerabzug geltend. Bereits zuvor, am 7. März 2001, hatte die X._ Inc. mit der O._ Ltd., Zürich, einen Aircraft-Management-Vertrag ("Service Agreement") geschlossen. Darin verpflichtete sich die O._ Ltd. gegen ein entsprechendes Entgelt zur Erbringung sämtlicher Leistungen, die mit dem Betrieb des Flugzeugs anfallen. Die X._ Inc. machte für die ihr von der O._ Ltd. in Rechnung gestellten Leistungen wiederum den Vorsteuerabzug geltend. In der Folge verlangte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der X._ Inc. verschiedene Unterlagen ein und führte bei deren Geschäftsführer eine Kontrolle durch. Mit Ergänzungsabrechnung vom 25. Februar 2004 belastete sie der X._ Inc. die gesamten geltend gemachten Vorsteuern im Betrag von Fr. 870'298.-- zurück. Diese Rückbelastung bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Entscheid vom 9. Mai 2006 und Einspracheentscheid vom 6. August 2008. Sie begründete das im Wesentlichen damit, dass das Flugzeug ausschliesslich durch A.C._ benutzt worden sei, aber jeglicher Nachweis fehle, dass dieser die entsprechenden Rechnungen der X._ Inc. auch beglichen habe. Die geltend gemachten Vorsteuern seien offensichtlich nicht in steuerbare Ausgangsumsätze geflossen; damit sei der Vorsteuerabzug ausgeschlossen. Sodann müsse auch von einer Steuerumgehung ausgegangen werden. B. Eine Beschwerde der X._ Inc. gegen den Einspracheentscheid hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 11. Juni 2010 in einem Nebenpunkt teilweise gut, hob den Einspracheentscheid im entsprechenden Umfang auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Aus den Erwägungen ergibt sich, dass sich die Rückweisung einzig auf die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung noch vorzunehmende Rückabwicklung der bezahlten Mehrwertsteuern und zurückerstatteten Vorsteuern unter Berücksichtigung der Zinsen bezieht und die Beschwerde im Übrigen abgewiesen wurde. Das Bundesverwaltungsgericht begründete seinen Entscheid im Wesentlichen damit, es liege eine Steuerumgehung vor. Der Durchgriff auf den wirtschaftlich Berechtigten, A.C._, bewirke, dass keine Mehrwertsteuer geschuldet sei und keine Vorsteuer zurückverlangt werden könne, da dieser nicht mehrwertsteuerpflichtig sei. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ Inc. dem Bundesgericht, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Juni 2010 sei aufzuheben, soweit darin die Rückbelastung der von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Vorsteuern von total Fr. 870'298.-- verlangt werde. Die von der Beschwerdeführerin für die Perioden 4. Quartal 2002 bis 3. Quartal 2003 deklarierten Vorsteuerüberschüsse von Fr. 58'316.27 seien zuzüglich 5 % Zins innert 10 Tagen seit Rechtskraft des Bundesgerichtsentscheides auszuzahlen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Verfügung vom 17. September 2010 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Das Bundesgericht hat über die Beschwerde am 19. März 2012 öffentlich beraten.