Sachverhalt: A. A.a Der 1970 geborene M._ war bis 30. April 2003 Chauffeur bei der Firma X._ AG und danach arbeitslos. Am 17. Juni 2004 war er auf der Autobahn in eine Auffahrkollision involviert. Das Spital Z._ diagnostizierte eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der Lendenwirbelsäule (LWS). Am 11. April 2005 meldete sich der Versicherte bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte diverse Arztberichte ein und zog die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) mit dem von dieser eingeholten polydisziplinären (internistischen, rheumatologischen, neurologischen und psychiatrischen) Gutachten der Academy Y._, Universitätsspital B._, vom 2. Juli 2007 bei. Hierin wurden folgende Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt: Chronisches zervikovertebrales bis zervikozephales Schmerzsyndrom (ICD-10 M54.2/M53.0) bei/mit Status nach HWS-Distorsion am 17. Juni 2004; kleiner medianer bis mediolateraler Diskushernie rechts bei degenerativen Bandscheibenveränderungen, ohne Einengung des Spinalkanals, ohne Nervenwurzelkompression; pseudoradikulärer Schmerzausstrahlung ohne sensomotorisches radikuläres Reiz- oder Ausfallsyndrom; Wirbelsäulenfehlhaltung und muskulärer Dysbalance. Ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit seien eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) und eine leichte depressive Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F32.01). Mit Verfügung vom 28. Oktober 2008 verneinte die IV-Stelle den Rentenanspruch (Invaliditätsgrad 24 %). A.b Mit Verfügung vom 27. August 2007 stellte die SUVA die dem Versicherten ausgerichteten Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld) per 31. August 2007 ein. Seine Einsprache wies sie am 27. Februar 2008 ab. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. November 2009 ab. Dies ist Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 8C_66/2010. B. Die gegen die Verfügung der IV-Stelle vom 28. Oktober 2008 eingereichte Beschwerde wies das kantonale Gericht mit Entscheid vom 27. November 2009 ab. C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zur Anordnung eines polydisziplinären (orthopädischen, rheumatologischen, neurologischen, neuropsychologischen und psychiatrischen) Gutachtens und zum Entscheid über seinen Leistungsanspruch zurückzuweisen. Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliessen auf Beschwerdeabweisung. Mit Eingabe vom 25. August 2010 reicht der Versicherte einen Auszug aus dem Medizinalberufsregister des Bundesamtes für Gesundheit bezüglich des am Gutachten der Academy Y._ vom 2. Juli 2007 mitwirkenden Arztes med. pract. O._.