Sachverhalt: A. B.Y._ schloss mit der selbständig praktizierenden Hebamme X._ einen Hausgeburtsvertrag ab. Am 19. April 2001 um 08.00 Uhr rief sie nach erfolgtem Blasensprung X._ an. Diese untersuchte B.Y._ um ca. 14.00 Uhr ein erstes Mal vaginal und stellte dabei keine Besonderheiten fest. Eine weitere vaginale Untersuchung um 22.00 Uhr ergab eine kindliche Herzfrequenz von 190 Schlägen pro Minute (nachfolgend SpM) und eine Öffnung des Muttermundes von 1 cm. Um 02.00 Uhr war der Muttermund bereits 8.5 bis 9 cm geöffnet, die Geburt ging jedoch nicht weiter voran. Obwohl die laufenden Kontrollen eine kindliche Herzfrequenz von 190 SpM ergaben, blieb X._ untätig. Sie nahm die Herztonmessungen lediglich mit einem Stethoskop vor. Erst um 04.37 Uhr alarmierte sie die Ambulanz. B.Y._ wies beim Eintritt ins Kantonsspital Aarau eine Körpertemperatur von 36,8 °C auf. Die kindliche Herzfrequenz betrug zwischen 190 und 200 SpM. A.Y._ kam am 20. April 2001 um 05.54 Uhr mit Hilfe einer Vakuumentbindung in stark reduziertem Allgemeinzustand zur Welt. Seither leidet sie an einer schweren Behinderung in Form einer cerebralen Lähmung und ist bei ihren alltäglichen Verrichtungen vollständig auf fremde Hilfe angewiesen. B.Y._ und Z._ erstatteten am 1. Dezember 2005 Strafanzeige gegen X._ wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung und Urkundenfälschung. B. Das Bezirksgericht Baden, 3. Abteilung, sprach X._ mit Urteil vom 15. April 2008 vom Vorwurf der Urkundenfälschung (Art. 251 Ziff. 1 StGB) frei. Es sprach sie der fahrlässigen schweren Körperverletzung schuldig und verurteilte sie zu einer bedingten Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu Fr. 110.-- und zu einer Busse von Fr. 6'000.--. Die Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche der Zivilkläger wies das Bezirksgericht dem Grundsatz nach gut und verwies sie im Übrigen auf den Zivilweg. Die von X._ gegen dieses Urteil erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, mit Urteil vom 25. August 2008 teilweise gut. Es sah von einer Verbindungsbusse ab. Im Übrigen wies es die Berufung ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und sie sei vom Vorwurf der fahrlässigen schweren Körperverletzung freizusprechen. Die Zivilklage sei vollumfänglich abzuweisen.