Sachverhalt: A. A._ wurde am 3. August 2004 bedingt aus einer Freiheitsstrafe (5 Jahre wegen Drogendelikten) entlassen. Während der anschliessenden dreijährigen Probezeit für die Reststrafe von 637 Tagen beging er erneut Betäubungsmitteldelikte, weshalb ihn das Kriminalgericht des Kantons Luzern am 26. April 2007 unter anderem wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu 3 Jahren Freiheitsstrafe verurteilte. Dieses Urteil erwuchs in Rechtskraft, nachdem A._ seine dagegen eingereichte Appellation zurückgezogen hatte. Am 23. Januar 2008 entliess ihn das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern (Abteilung Vollzugs- und Bewährungsdienste) erneut bedingt aus dem Strafvollzug, worauf er am 26. Januar 2008 fremdenpolizeilich nach Albanien ausgeschafft wurde. B. Aufgrund einer Meldung des Bundesamtes für Justiz (Schweizerisches Strafregister), in welcher auf die bedingte Entlassung vom 3. August 2004 hingewiesen wurde, widerrief das Kriminalgericht diese am 17. April 2008. Auf Rekurs von A._ hin hob das Obergericht des Kantons Luzern diesen Widerrufsentscheid am 26. August 2008 auf. Es entschied, dass die bedingte Entlassung gemäss Verfügung des Departements des Innern des Kantons Aargau vom 9. Juli 2004 nicht widerrufen werde. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern, der Entscheid des Obergerichtes sei aufzuheben und die Sache bezüglich der Widerrufsfrage zur erneuten Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. D. Während von Seiten des Beschwerdegegners keine Stellungnahme eingegangen ist, beantragt die Vorinstanz die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.