Sachverhalt: A. A._ (Beklagter) war als nebenamtlicher Lehrbeauftragter sowohl für das Grundstudium (HTL) als auch auf Weiterbildungsstufe (NDS/NDK) bei der Schule X._ (Klägerin) tätig. Daneben war er mit der Leitung des Instituts Y._ betraut. Grundlage dieses Lehrauftrages war insbesondere der Vertrag vom 20. September 1996 zwischen der Klägerin und der A._ AG, deren Mitinhaber der Beklagte war. In diesem Lehrauftrag wurde die Lektionenzahl für das Grundstudium (HTL) und die Weiterbildungsstufe (NDS/NDK) festgesetzt und die Entschädigung im Rahmen des Jahresplanes für 40 Wochen auf pauschal Fr. 91'400.-- festgesetzt (Ziff. 1.1 und 1.2 des Vertrages). Die Entschädigung für zusätzliche Lektionen wurde auf Fr. 117.-- (für HTL) bzw. Fr. 160.-- (für NDS/NDK) festgelegt (Ziff. 1.3), wobei bestimmt wurde, dass die Entschädigung die Unterrichtserteilung, die Unterrichtsvorbereitung sowie die Nachbehandlung beinhalte (Ziff. 1.4). Sodann wurde vereinbart, dass die erteilten Lektionen auf den jeweiligen Lektionenabrechnungsblättern (HTL und NDS/NDK) separat einzutragen seien (Ziff. 2) und dass die A._ AG, deren Mitarbeiter der Beklagte war, monatlich Rechnung stelle (Ziff. 3). Während der hier relevanten Abrechungsperiode vom Wintersemester 1996/97 bis und mit Sommersemester 2000 erhielt der Beklagte monatliche Akontozahlungen von Fr. 8'100.--. Entgegen der Vereinbarung in Ziff. 3 des Vertrages vom 20. September 1996 lieferte der Beklagte jedoch - mit Ausnahme einer Übergangszeit in der zweiten Hälfte 1996 - keine Akontorechnungen ab. Am 26. August 1999 kündigte die Klägerin den Lehrauftrag mit dem Beklagten auf den 31. März 2000, stellte jedoch unter bestimmten Bedingungen eine Weiterbeschäftigung in Aussicht, und dem Beklagten wurden für die beiden folgenden Semester befristete Lehraufträge erteilt, bevor am 25. Juni 2001 die definitive Kündigung auf den 31. Oktober 2001 erfolgte. Am 15. August 2001 wurde der Beklagte auf eigenen Wunsch per sofort freigestellt. Während der Zeit seiner Lehrtätigkeit bei der Klägerin bearbeitete der Beklagte bzw. die A._ AG unter dem Namen der Klägerin auch Aufträge für Dritte. Die hiefür in Rechnung gestellten Beträge wurden auf ein Konto der Klägerin überwiesen. Der Beklagte stellte seinerseits die von ihm ausgeführten Tätigkeiten der Klägerin nach Aufwand in Rechnung. Ab Dezember 2000 liess der Beklagte die Zahlungen der Kunden der Klägerin nicht mehr auf deren Konto, sondern auf ein eigenes Konto bei der Bank B._ überweisen. Daneben stellte er seinen Aufwand weiterhin der Klägerin in Rechnung. Nachdem die Klägerin im Zusammenhang mit der definitiven Kündigung des Lehrauftrages vom 31. Oktober 2001 auch "die Zusammenarbeit im Rahmen der Dienstleistungsprojekte" beendet hatte, verlangte sie vom Beklagten die eigenmächtig vereinnahmten Rechnungsbeträge zurück. Der Beklagte seinerseits machte Gegenforderungen für seine Lehrtätigkeit in der Zeit vom Wintersemester 1996/97 bis und mit Sommersemester 2000 geltend und erklärte Verrechnung. B. Am 22. März 2002 beantragte die Klägerin dem damaligen Bezirksgericht St. Gallen unter Vorbehalt des Nachklagerechts, der Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 173'849.10 zuzüglich Zins zu verpflichten. Mit Entscheid vom 26. Mai 2004 hiess das Kreisgericht St. Gallen die Klage im Betrag von Fr. 171'212.45 zuzüglich Zins gut (Ziff. 1), nahm vom Nachklagevorbehalt Vormerk (Ziff. 2) und regelte die Kosten- und Entschädigungsfolgen (Ziff. 3 und 4). Gegen diesen Entscheid erhob der Beklagte Berufung ans Kantonsgericht St. Gallen. Mit Entscheid vom 25. Oktober 2006 verpflichtete das Kantonsgericht den Beklagten, der Klägerin Fr. 125'792.50 zuzüglich Zins zu bezahlen (Ziff. 1). Sodann bestätigte das Kantonsgericht die Ziffern 2, 3 und 4 des erstinstanzlichen Urteils (Ziff. 2) und regelte für das kantonale Berufungsverfahren die Kosten- und Entschädigungsfolgen (Ziff. 3 und 4). C. Mit Berufung vom 27. November 2006 beantragt der Beklagte dem Bundesgericht, den Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 25. Oktober 2006 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei die Klage abzuweisen. Die Klägerin beantragt in der Berufungsantwort, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. D. Das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen wies eine gegen den Entscheid des Kantonsgerichts erhobene Nichtigkeitsbeschwerde am 7. Juni 2007 ab, soweit darauf einzutreten war.