Sachverhalt: A. Am [Datum]._ wurde das Flugzeug McDonnell Douglas DC-9-83, HB-_, betrieben durch die Fluggesellschaft Z._ unter der Flugnummer Nr._, auf einem Bedarfsflug von A._ nach B._ eingesetzt. Der erste Anflug fand auf die Piste C._ in B._ statt. Bei anspruchsvollen Wetterbedingungen konnte die Maschine im Endanflug nicht stabilisiert werden, worauf ein Durchstart erfolgte. Dabei berührte die HB-_ mit dem linken Flügel den Pistenbelag, wobei Teile des Flügels beschädigt wurden. Personen kamen dabei nicht zu Schaden. Nach einem zweiten Anflug aus der Gegenrichtung auf die Piste D._ konnte die Maschine ohne weitere Ereignisse landen. Der erste Landeanflug wurde von Copilot Y._ als "pilot flying" (PF) durchgeführt, während der Kommandant X._ als "pilot not flying" (PNF) agierte. B. Das Bundesstrafgericht befand X._ und Y._ am 8. Juni 2009 der fahrlässigen Störung des öffentlichen Verkehrs schuldig. Es verurteilte X._ zu einer Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 175.-- und Y._ zu einer Geldstrafe von 65 Tagessätzen zu Fr. 200.-- und gewährte beiden den bedingten Strafvollzug. C. Gegen dieses Urteil wenden sich X._ und Y._ mit Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragen, sie seien von Schuld und Strafe freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen. Die Kosten des bundesgerichtlichen und des vorinstanzlichen Verfahrens seien auf die Gerichtskasse zu nehmen, und es sei ihnen für beide Verfahren je eine angemessene Parteientschädigung auszurichten.