Sachverhalt: A. X._ wird u.a. dringend verdächtigt, sich zwischen März 1996 und April 2004 zusammen mit weiteren Angeschuldigten zum Nachteil von über 500 Kunden der A._ Investment AG in Liquidation sowie der A._ selbst der Veruntreuung, des Betrugs, der ungetreuen Geschäftsbesorgung, der Urkundenfälschung und der Geldwäscherei schuldig gemacht zu haben. Der Deliktsbetrag soll sich auf ca. Fr. 67.8 Mio. belaufen. B. Nachdem sich der Angeschuldigte noch während eines früheren Strafverfahrens wegen gewerbsmässigen Betrugs mit einem Deliktsbetrag von Fr. 5.4 Mio. zu Beginn des Jahres 2004 nach Brasilien abgesetzt hatte, wurde er aufgrund von Haftbefehlen am 6. Oktober 2004 dort in Auslieferungshaft genommen. Inzwischen war am 1. März 2004 gegen ihn und drei Mitangeschuldigte im vorliegenden zweiten Strafverfahren Anzeige erstattet worden. Am 16. August 2007 - in der Zwischenzeit unter Hausarrest - tauchte er unter und floh aus Brasilien. Am 23. April 2008, nach vorheriger Kontaktaufnahme mit dem Verhöramt des Kantons Schwyz, stellte sich der Angeschuldigte den argentinischen Behörden und wurde noch am gleichen Tag in Auslieferungshaft genommen. Am 5. Mai 2008 wurde er auf freien Fuss gesetzt und am 4./5. Juli 2008 in die Schweiz überführt, wo er sich bis am 8. Juli 2008 in Untersuchungshaft befand. Auf dieses Datum hin wurde er entlassen unter der Voraussetzung, dass er - ohne in Freiheit zu gelangen - den Vollzug der Strafe aus dem ersten Verfahren antrete. Der Haftgrund der Fluchtgefahr gelte im vorliegenden Verfahren so lange als beseitigt, als der Angeschuldigte nicht in Freiheit gelange. In diesem Sinne trat X._ am 8. Juli 2008 den Strafvollzug der mit Urteil des Kantonsgerichts Schwyz vom 23. August 2007 ausgefällten teilbedingten Strafe von 29 Monaten und 25 Tagen Freiheitsstrafe, respektive die zu vollziehenden 14 Monate (abzüglich 6 Tage Untersuchungshaft) an. Am 26. März 2009 bewilligte ihm das Amt für Justizvollzug auf Gesuch hin den Beziehungsurlaub mit Wirkung ab 27. März 2009. Das Verhöramt des Kantons Schwyz ordnete daraufhin sofort Untersuchungshaft wegen Fluchtgefahr an. Auf eine vorgängige Hafteinvernahme hatte der Angeschuldigte verzichtet. C. Am 31. März 2009 erhob X._ gegen diese Haftverfügung beim Kantonsgericht Schwyz Haftbeschwerde mit den Anträgen, die Haftverfügung vom 27. März 2009 sei aufzuheben und er sei unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Die Kantonsgerichtsvizepräsidentin wies die Beschwerde mit Verfügung vom 6. April 2009 ab, da sie die Fluchtgefahr nach wie vor als gegeben erachtete. D. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 20. April 2009 beantragt X._ die Aufhebung sowohl der Haftverfügung vom 27. März 2009 als auch des Beschwerdeentscheids vom 6. April 2009 und seine unverzügliche Entlassung aus der Untersuchungshaft. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Das Verhöramt des Kantons Schwyz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Desgleichen beantragt die Vizepräsidentin des Kantonsgerichts die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. In seiner Replik hält der Beschwerdeführer sinngemäss an seinen Ausführungen und Anträgen fest.