Sachverhalt: A. S._, geboren 1953, meldete sich am 24. September 2008 unter Hinweis auf Schulterbeschwerden bei der Invalidenversicherung für berufliche Integration/Rente an. Die IV-Stelle klärte die gesundheitliche Situation des Versicherten ab. Im wesentlichen gestützt auf das von ihr veranlasste Gutachten der MEDAS (vom 26. Januar 2011), lehnte die IV-Stelle am 11. Juli 2011 das Rentengesuch gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 37 % verfügungsweise ab. B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die angefochtene Verfügung auf und sprach S._ bei einem Invaliditätsgrad von 43 % ab 1. März 2009 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu (Entscheid vom 2. September 2013). C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben. Ferner ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und verlangt, dem kantonalen Gericht seien die Verfahrenskosten aufzuerlegen und dieses sei zu verpflichten, ihr eine Parteientschädigung zu bezahlen. S._ lässt auf Nichteintreten auf die Beschwerde, eventuell auf deren Abweisung, schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen beantragt ebenfalls, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei diese abzuweisen.