Sachverhalt: A. A.a. B._ (Kläger, Beschwerdegegner) führt das im Handelsregister eingetragene Einzelunternehmen B.B._ mit Sitz in U._ (Kanton Bern). Er betreibt ein Ingenieurbüro für erneuerbare und konventionelle Energietechnik. Die A._ Sàrl (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Gesellschaft französischen Rechts mit Sitz in V._, Frankreich. Sie bezweckt die Konstruktion, Realisierung und Finanzierung von Anlagen oder Kraftwerken für die Generierung von erneuerbaren Energien, insbesondere Solarkraftwerke zur Produktion von Strom und/oder Wärme und Kälte. A.b. B._ und die A._ Sàrl beschlossen zum Zweck der Planung und Realisierung des Photovoltaikprojektes "C._" in V._, Frankreich, eine Zusammenarbeit. A.c. Am 29. April 2011 schlossen die Parteien nachträglich eine Zusammenarbeitsvereinbarung (nachfolgend: Vereinbarung). Ziff. 1 dieser Vereinbarung lautet wie folgt: "Die Parteien stellen fest, dass B.B._ im Rahmen der Planung und Realisierung des Photovoltaikprojektes "C._" seit letzter Rechnungsstellung bis und mit März 2008 weitere Dienstleistungen erbracht hat und bis zum Abschluss des Projektes, welcher im Sommer dieses Jahres erfolgt, sowie während der Garantiephase weitere Dienstleistungen erbringen wird und zwar während der Bauphase in zeitlicher Hinsicht im Umfange von einem Tag, exklusive Reisezeit, pro Woche und während der Garantiephase lediglich nach Bedarf." Nach Ziff. 2 der Vereinbarung verpflichtete sich die A._ Sàrl, B._ für die "Mitwirkung an der Planung und Realisierung sowie Begleitung der Garantiephase" des Photovoltaikprojekts einen Betrag von pauschal Fr. 183'000.-- sowie für Spesen einen Betrag von pauschal Fr. 20'000.-- zu bezahlen. Geschuldet ist der Gesamtbetrag von Fr. 203'000.-- gemäss Vereinbarung "exkl. Mehrwertsteuer, sofern und soweit eine solche geschuldet sein sollte (wobei die Parteien davon ausgehen, dass aufgrund der Dienstleistungen im Ausland eine solche nicht geschuldet ist) ". In Ziff. 4 der Vereinbarung unterstellten die Parteien "die Mitwirkung der B.B._ sowie die vorliegende Vereinbarung dem schweizerischen Recht". A.d. Im Sommer 2011 kündigte B._ die Vereinbarung vom 29. April 2011. Zwischen den Parteien ist umstritten, ob B._ gestützt auf diese Vereinbarung Anspruch auf Zahlung des heute noch offenen Restbetrags von Fr. 153'000.-- hat. B. B.a. Am 9. April 2013 reichte B._ beim Handelsgericht des Kantons Bern gegen die A._ Sàrl Klage ein und beantragte, diese sei zur Zahlung von Fr. 153'000.-- nebst Zins zu verurteilen. B.b. Die Beklagte bestritt in ihrer Eingabe vom 28. Mai 2013 die internationale Zuständigkeit des Handelsgerichts. Sie machte geltend, die Parteien hätten in ihrer Vereinbarung implizit V._, Frankreich, als Erfüllungsort vereinbart. Zudem bestritt sie die Ausführungen des Klägers, wonach dieser 70-75 % seiner Leistungen in der Schweiz erbracht habe. Das Projekt C._ habe in V._ stattgefunden. B.c. Mit Verfügung vom 19. September 2013 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Frage der Zuständigkeit. B.d. Mit Zwischenentscheid vom 12. November 2013 bejahte das Handelsgericht des Kantons Bern seine Zuständigkeit. Es kam zum Schluss, die Parteien hätten keinen Erfüllungsort vereinbart. Die Zuständigkeit richte sich daher nach dem Erfüllungsort der charakteristischen Leistung (Art. 5 Ziff. 1 lit. b LugÜ). Der Kläger habe seine Dienstleistungen überwiegend in U._ (Kanton Bern) und in Bern erbracht. Damit sei die Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Bern gegeben. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. Februar 2014 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei der Zwischenentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern aufzuheben und es sei die Sache an das Handelsgericht zurückzuweisen mit der Anweisung, mittels eines Endentscheides auf die Klage nicht einzutreten. Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.