Sachverhalt: A. A.a Der 1963 geborene C._ war seit April 2004 als Bauarbeiter bei der Firma M._ angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 4. April 2005 meldete die Arbeitgeberin, C._ habe am 29. März 2005 einen Unfall erlitten. Die SUVA zog verschiedene medizinische Unterlagen bei und liess C._ am 1. November 2005 durch den Kreisarzt Dr. med. F._ untersuchen. Mit Verfügung vom 29. November 2005 stellte sie ihre Taggeldleistungen per 28. November 2005 ein. Zur Begründung wurde ausgeführt, C._ leide an Schulterbeschwerden, welche keine Arbeitsunfähigkeit mehr verursachten, und an Beschwerden im Bereich der Halswirbelsäule (HWS), welche nicht Folgen des Unfalls vom 29. März 2005 darstellten. An diesem Standpunkt hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 22. März 2006 fest. A.b Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. März 2007 ab. Das Bundesgericht hiess die hiergegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 9. Juni 2008 (8C_241/2007) wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gut und wies die Sache an die Vorinstanz zurück. B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich forderte C._ auf, sich zu den offenen Fragen zu äussern und ordnete einen weiteren Schriftenwechsel an. Mit Entscheid vom 26. Februar 2009 wies es die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde lässt C._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen über den 28. November 2005 hinaus beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht. Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.