Sachverhalt: A. X._, geb. 1982, wurde aufgrund einer chronisch paranoid-halluzinatorischen Schizophrenie mit Beschluss der Vormundschaftsbehörde B._ vom 2. April 2008 im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung (FFE) in die psychiatrische Klinik A._ eingewiesen. Am 13. Mai 2008 beantragte X._ bei der Vormundschaftsbehörde die Entlassung. Am 20. Mai 2008 gelangte er an das Vize-Gerichtspräsidium Kreuzlingen, das auf seine Eingabe mit Verfügung vom 28. Mai 2009 nicht eintrat, weil die Vormundschaftsbehörde zu entscheiden habe. Das Obergericht des Kantons Thurgau wies den hiergegen eingereichten Rekurs am 9. Juni 2008 ebenso ab wie das Bundesgericht am 14. Juli 2008 die dagegen erhobene Beschwerde in Zivilsachen (5A_379/2008). B. Am 29. Mai 2008 verfügte die Vormundschaftsbehörde den vorläufigen Entzug der Handlungsfähigkeit. Auf Empfehlung der Fachkommission Psychiatrie wurde die FFE mit Beschluss vom 5. Juni 2008 wieder aufgehoben, wobei die gleichentags erfolgte Entlassung aus der Klinik mit verschiedenen Auflagen verbunden wurde (regelmässige weitere Betreuung durch die externen psychiatrischen Dienste, regelmässige von der Klinik verordnete Medikamenteneinnahme, Durchführung einer psychiatrischen Begutachtung durch das EPD C._, Erarbeitung einer geregelten Tagesstruktur). Gegen diese beiden Beschlüsse erhob X._ am 11. Juni 2008 beim Departement für Justiz und Sicherheit des Kantons Thurgau (DJS) eine Vormundschaftsbeschwerde und beantragte, dass er ohne Auflagen zu entlassen sei; zudem sei ihm die Handlungsfähigkeit wieder zuzuerkennen. Mit Beschluss vom 29. September 2008 verfügte die Vormundschaftsbehörde die Aufhebung des vorläufigen Entzuges der Handlungsfähigkeit. Die provisorisch eingerichtete Vormundschaft werde wieder in die bereits früher bestehende Vertretungs- und Verwaltungsbeistandschaft überführt. Die mit der Entlassung aus der FFE verfügten Auflagen würden als aufgehoben gelten bzw. es werde X._ überlassen, ob und in welchem Rahmen er davon Gebrauch zu machen gedenke. Zur Begründung wurde ausgeführt, dass er noch immer völlig krankheitsuneinsichtig sei, dass sich aber die Aufrechterhaltung der provisorischen Vormundschaft nicht rechtfertige; es sei indes eine Frage der Zeit, bis sich eine erneute Prüfung von weitergehenden behördlichen Massnahmen aufdränge. Aufgrund dieser Verfügung schrieb das DJS die Vormundschaftsbeschwerde am 1. Oktober 2008 als gegenstandslos ab (Ziff. 1). Es wurden keine Kosten erhoben (Ziff. 2), aber Adriano Marti nicht als unentgeltlicher Rechtsvertreter ernannt (Ziff. 3), da er nicht im Anwaltsregister des Kantons Thurgau eingetragen sei und auch keine Gründe für ein besonderes Vertrauensverhältnis vorgebracht worden seien, und es wurde X._ auch kein Ersatz für ausseramtliche Kosten zugesprochen, weil keine komplizierten Sach- oder Rechtsfragen gegeben seien (Ziff. 4). C. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2008 verlangte X._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Entscheid vom 1. Oktober 2008 sei aufzuheben, Adriano Marti sei als unentgeltlicher Rechtsvertreter zu bestätigen, es sei ihm eine Prozessentschädigung zuzusprechen, es sei festzustellen, dass Art. 5 EMRK und Art. 397a ff. ZGB verletzt worden seien, und es sei auch für das verwaltungsgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. In seinem Urteil vom 25. März 2009 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde - unter Aufhebung von Ziff. 4 des Entscheides des DJS - gut, soweit es darauf eintrat. Es entschädigte den Beschwerdeführer für ausserrechtlichen Aufwand mit Fr. 2'216.-- und gewährte für denjenigen Teil der Beschwerde, auf welchen es nicht eintrat, die unentgeltliche Rechtspflege. Für das Beschwerdeverfahren verpflichtete es das DJS, X._ mit Fr. 1'250.-- für die ausserrechtlichen Kosten zu entschädigen; sodann ernannte es Adriano Marti für denjenigen Teil der Beschwerde, auf welchen nicht eingetreten wurde, zum unentgeltlichen Rechtsbeistand und entschädigte ihn mit Fr. 460.--. D. Gegen dieses Urteil hat X._ am 19. Mai 2009 Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung, soweit das Verwaltungsgericht einen Nichteintretensentscheid gefällt hatte, sowie um Feststellung, dass das FFE-Verfahren vor der Vormundschaftsbehörde B._ und die im Zusammenhang damit verfügten Auflagen Art. 5 EMRK, Art. 31 BV und Art. 397a ff. ZGB verletzt hätten. Sodann wird auch für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Mit Vernehmlassung vom 2. Juni 2009 verlangt das Verwaltungsgericht die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vormundschaftsbehörde B._ hat sich nicht vernehmen lassen.