Sachverhalt: A. Der 1969 geborene L._ war zuletzt als Mitarbeiter der Firma B._ AG erwerbstätig gewesen, als er sich am 4. Februar 2008 bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug anmeldete. Mit Verfügung vom 23. Oktober 2009 sprach diese dem Versicherten eine Entschädigung wegen Hilflosigkeit leichten Grades zu. Demgegenüber verneinte die IV-Stelle nach Vorliegen des Gutachtens der Medizinischen Abklärungsstelle X._ vom 31. Oktober 2009 und nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 27. Januar 2011 einen Rentenanspruch. B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Mai 2012 ab. C. Mit Beschwerde beantragt L._, ihm sei unter Aufhebung der Verfügung vom 27. Januar 2011 und des kantonalen Gerichtsentscheides eine ganze Rente der Invalidenversicherung auszurichten. Gleichzeitig stellt der Versicherte ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. D. Im Rahmen des vom Bundesgericht zu dem von ihm beigezogenen Bericht der Dr. med. M._, Augenklinik des Universitätsspitals Z._, vom 15. Juni 2009 gewährten rechtlichen Gehörs hält L._ an seinen Anträgen fest. E. Das Bundesgericht hat am 5. März 2013 eine öffentliche Beratung durchgeführt.