Sachverhalt: A. Der 1953 geborene D._ ist seit 1991 als Pflegehilfe im Spital X._ tätig. Am 5. März 2007 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Basel-Landschaft klärte den medizinischen und erwerblichen Sachverhalt ab. Sie veranlasste eine medizinische Beurteilung durch das Zentrum Y._. Gestützt auf das interdisziplinäre Gutachten vom 10. Dezember 2007 verneinte sie nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 5. September 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 19 % den Anspruch auf eine Invalidenrente. B. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 4. März 2009 ab. C. D._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten; er beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sowie Zusprechung mindestens einer halben Invalidenrente; zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 10. Juni 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.