Sachverhalt: A. Die X._ GmbH, damals eine 100 % Tochtergesellschaft der X._ Holding AG, deklarierte für die Steuerperiode 2003 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 62'742'175.-- und ein Eigenkapital von Fr. 37'012'113.--. Für die Steuerperiode 2004 deklarierte sie einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 65'442'933.-- und ein Kapital von Fr. 9'178'913.--. Vom Kantonalen Steueramt Zürich wurde sie am 17. Juli 2008 für die Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 53'776'000.-- (2003) bzw. Fr. 9'178'000.-- (2004) eingeschätzt; dabei wurde festgehalten, die Gesellschaft werde als Holdinggesellschaft besteuert. Die Abweichungen zur Deklaration ergaben sich insbesondere aufgrund von Aufrechnungen wegen unterpreislichem Verkauf von Aktien der A._ AG an die X._ Holding AG, die B._ GmbH & Co. KG sowie die A._ AG selber. Dabei wurde dem während dem Einschätzungsverfahren geäusserten Antrag der X._ GmbH nicht gefolgt, wonach aufgrund einer handelsrechtswidrigen Verbuchung eine Bilanzberichtigung vorzunehmen, der Ertrag aus Kaufpreiserhöhung in der Jahresrechnung 2003 zu stornieren und als Beteiligungsertrag in der Jahresrechnung 2004 zu verbuchen sei, mit entsprechender Korrektur des steuerbaren Kapitals. Die X._ GmbH erhob gegen diese Einschätzungsentscheide ohne Erfolg Einsprache (Entscheid des Kantonalen Steueramts Zürich vom 29. Oktober 2008). Gemäss Handelsregistereintrag vom 7. Dezember 2007 gingen während dem laufenden Einspracheverfahren die Aktiven und Passiven der X._ GmbH infolge Fusion auf die X._ Holding AG über und die X._ GmbH wurde gelöscht. B. Die von der X._ Holding AG als Rechtsnachfolgerin der X._ GmbH gegen den Einspracheentscheid angerufene Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich wies den Rekurs mit Entscheid vom 16. März 2009 ab. Die dagegen von der X._ Holding AG erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (2. Kammer) mit Urteil vom 30. September 2009 ab. C. Die X._ Holding AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Dezember 2009 - welche sich sowohl gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 30. September 2009 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (SB.2009.00044; Verfahren 2C_856/2009) als auch gegen den gleichentags ergangenen separaten Entscheid betreffend die direkten Bundessteuern (SB.2009.00045; Verfahren 2C_857/2009) richtet -, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich sowie die Einsprache- und Einschätzungsentscheide der Kantonalen Steuerverwaltung Zürich seien aufzuheben. Die Beschwerdeführerin sei für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 37'012'000.-- und für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 mit einem solchen von Fr. 9'178'000.-- einzuschätzen. Eventualiter sei die Beschwerdeführerin für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 53'776'400.-- einzuschätzen. Schliesslich beantragt sie subeventualiter, die Gerichtsgebühr für den Entscheid des Verwaltungsgerichts betreffend Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004 (SB.2009.00044) sei auf Fr. 2'000.-- zu reduzieren. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (2. Abteilung) stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Kantonale Steueramt Zürich beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; bezüglich der subeventuell beantragten Reduktion der Gerichtsgebühr verzichtet es auf eine Stellungnahme. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf einen Antrag.