Sachverhalt: A. Die Politische Gemeinde Thundorf beabsichtigt, den westlichen Ortsrand mit dem Gestaltungsplan Ildbach zu erschliessen. Der Erschliessungs- und Überbauungsplan, der Planungsbericht und die Sonderbauvorschriften lagen öffentlich auf. A._ und B._ erhoben beim Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU) Einsprache. Nach verfahrensrechtlichen Zwischenschritten wies das DBU die Einsprache am 23. November 2011 ab. Mit Entscheid vom 1. Dezember 2011 genehmigte es den Gestaltungsplan Ildbach, nahm allerdings von der Genehmigung den Bewirtschaftungsweg sowie die Ziff. 5.5 der Sonderbauvorschriften zur Ausnützung aus. In der Folge hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die Beschwerde der Einsprecher am 5. September 2012 teilweise gut, hob Ziff. 5.9 Satz 2 der Sonderbauvorschriften für den Gestaltungsplan Ildbach auf und nahm von der verbindlichen Zusage der Gemeinde Kenntnis, den Ildbach im Gebiet der im Gestaltungsplan blau schraffierten Fläche zu öffnen. B. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts haben A._ und B._ beim Bundesgericht am 29. Oktober 2012 Beschwerde erhoben und beantragen, den angefochtenen Entscheid insoweit aufzuheben, als die Beschwerde abgewiesen und der Gestaltungsplan sinngemäss bestätigt worden war. Die Politische Gemeinde Thundorf beantragt die Abweisung der Beschwerde. Denselben Antrag stellen das Departement für Bau und Umwelt und das Verwaltungsgericht, je unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid.