Sachverhalt: A. Z._ (Ehemann) (1954) und X._ (Ehefrau) (1959) heirateten im Jahr 1988. Sie haben die gemeinsamen Kinder S._ (1987), T._ (1991) und U._ (1993). Seit Beginn des Jahres 2002 leben die Ehegatten getrennt. B. Gestützt auf die Klage des Ehemannes vom 3. Mai 2004 schied das Bezirksgericht Arlesheim die Ehe am 21. August 2007. In finanzieller Hinsicht verpflichtete es den Ehemann u.a. zu einer güterrechtlichen Zahlung von Fr. 327'574.45. Von einer Teilung der Vorsorgeguthaben sah es ab. Mit Appellation vom 30. August bzw. 26. November 2007 verlangte die Ehefrau die Überweisung einer Freizügigkeitsleistung von Fr. 176'161.60 und eine güterrechtliche Zahlung von Fr. 690'414.45, evtl. Fr. 566'099.90. Mit Urteil vom 9. Dezember 2008 verpflichtete das Kantonsgericht Basel-Landschaft den Ehemann zu einer güterrechtlichen Zahlung von Fr. 397'479.90 und wies das Begehren um Überweisung einer Freizügigkeitsleistung ab. C. Mit Bezug auf beide Streitpunkte sowie die Kostenregelung hat die Ehefrau am 2. Februar 2009 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils und um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung im Sinn der Erwägungen an das Kantonsgericht. In ihren Vernehmlassungen vom 16. bzw. 20. März 2009 verlangen sowohl das Kantonsgericht als auch der Ehemann die Abweisung der Beschwerde.