Sachverhalt: A. Mit Verfügungen vom 25. Januar und 5. März 2008 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen dem 1951 geborenen M._ rückwirkend ab 1. Juni 2006 eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 54 % zu. Die ASGA Pensionskasse, bei welcher M._ als Kundenmaurer bei der X._ AG bis 30. Juni 2005 für die berufliche Vorsorge versichert gewesen war, führte gegen beide Verfügungen Beschwerde. Sie beantragte, unter Aufhebung der Verfügungen vom 25. Januar und 5. März 2008 sei der Invalidenrentenbeginn auf August 2006 festzulegen. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen vereinigte die beiden Beschwerdeverfahren. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 trat es auf die Beschwerde nicht ein. In teilweiser Gutheissung der von der ASGA Pensionskasse eingereichten Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, soweit darauf einzutreten war, hob das Bundesgericht den kantonalen Entscheid auf und wies die Sache an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurück, damit es über die Beschwerde materiell entscheide (Urteil vom 30. April 2009). B. Mit Entscheid vom 15. Dezember 2009 wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde der ASGA Pensionskasse im Sinne der Erwägungen unter Aufhebung der angefochtenen Verfügungen vom 25. und 5. März 2008 ab und stellte fest, dass der Versicherte ab 1. Januar 2006 bei einem Invaliditätsgrad von 58 % Anspruch auf eine halbe Invalidenrente habe. C. Die ASGA Pensionskasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei der Beginn der Invalidenrente auf August 2006 festzulegen; eventuell sei festzustellen, dass ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad besteht. Während M._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichten das Bundesamt für Sozialversicherungen, die IV-Stelle und die als Mitinteressierte beigeladene Stiftung Auffangeinrichtung BVG auf eine Vernehmlassung.