Sachverhalt: A. X._ geriet am 19. Februar 2008, um ca. 00:05 Uhr, auf der Sihlstrasse in Adliswil, am Steuer seines Personenwagens in eine Polizeikontrolle. Zwei kurz nacheinander durchgeführte Atemlufttests ergaben Blutalkoholwerte von 0,86 und 0,88 Promillen. Er wurde daraufhin in die Räumlichkeiten des Verkehrszuges der Kantonspolizei nach Zürich verbracht, um eine Blutentnahme vorzunehmen. X._ liess sich kein Blut entnehmen. Die Polizei verzichtete darauf, eine zwangsweise Blutentnahme anzuordnen, nahm ihm jedoch den Führerausweis auf der Stelle vorläufig ab. Am 4. März 2008 teilte die Abteilung Administrativmassnahmen der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich X._ mit, sie warte den Ausgang des Strafverfahrens ab, bevor sie einen Entscheid über die Administrativmassnahmen treffe. Mit Strafbefehl vom 27. März 2008 verurteilte die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis X._ wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand im Sinne von Art. 91 Abs. 1 Satz 2 SVG in Verbindung mit Art. 31 Abs. 2 SVG sowie Art. 2 Abs. 1 VRV zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen à 130 Franken und einer Busse von 1'000 Franken. Sie hielt für erwiesen, dass er beim fraglichen Vorfall sein Fahrzeug mit einer Blutalkoholkonzentration von über 0,8 Gewichtspromillen gelenkt hatte. Der Strafbefehl blieb unangefochten. B. Am 9. Juli 2008 entzog die Sicherheitsdirektion X._ den Führerausweis "aufgrund einer schweren Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften im Sinne von Art. 16c Abs. 1 lit. b SVG und Art. 16c Abs. 2 lit. a SVG" für drei Monate. Am 9. Dezember 2008 wies der Regierungsrat des Kantons Zürich den Rekurs von X._ gegen diese Entzugsverfügung ab. Am 23. April 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde von X._ gegen diesen regierungsrätlichen Entscheid ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ sinngemäss, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Sicherheitsdirektion aufzuheben und ihm gegenüber aufgrund einer leichten Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften im Sinne von Art. 16a Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 4 SVG auf jegliche weitere Massnahmen zu verzichten oder ihn eventuell im Sinne von Art. 16a Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 3 SVG zu verwarnen. Ausserdem sei ihm für das Verfahren vor Bundesgericht eine vollumfängliche Parteientschädigung zuzusprechen, und die Verfahrenskosten sämtlicher Instanzen seien vom Staat zu übernehmen. Die Sicherheitsdirektion verzichtet auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme zur Vernehmlassung des ASTRA. X._ hält an der Beschwerde fest.