Sachverhalt: A. A.a Mit Verfügung vom 28. Mai 2002 lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen den Leistungsanspruch des 1971 geboren T._ ab, was das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 1. Mai 2003 bestätigte. A.b Auf eine neue Anmeldung zum Rentenbezug vom 28. Mai 2003 trat die Verwaltung mit Verfügung vom 11. Dezember 2003 und Einspracheentscheid vom 19. März 2004 nicht ein. Die dagegen gerichtete Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 26. August 2004 ab. Das Eidgenössische Versicherungsgericht wies die von T._ erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil I 781/04 vom 17. Februar 2005 ab. A.c Mit Verfügung vom 15. August 2005 trat die IV-Stelle auf eine weitere Neuanmeldung vom 20. April 2005 wiederum nicht ein und bestätigte dies mit Einspracheentscheid vom 12. Januar 2006. A.d Am 12. Januar 2007 erging die dritte Neuanmeldung zum Bezug von IV-Leistungen. Mit Vorbescheid vom 14. Mai 2007 und Verfügung vom 21. Juni 2007 trat die IV-Stelle auch darauf gestützt auf Stellungnahmen des Regionalen Ärztlichen Dienstes nicht ein. B. Soweit es darauf eintrat, wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 15. September 2008 ab. C. T._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, die Sache sei unter Aufhebung des kantonalen Entscheides zur genaueren Abklärung an die IV-Stelle zurückzuweisen; eventualiter habe diese ein Obergutachten zu veranlassen; ferner beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 18. November 2008 weist das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.