Sachverhalt: A. Am 20. April 2006 erteilte die Kantonale Baukommission des Kantons Wallis X._ die Baubewilligung für die Sanierung (Um- und Ausbau) einer Jagdhütte. Diese liegt auf dem Gebiet der Gemeinde Obergoms (bis zur Gemeindefusion am 1. Januar 2009 Gebiet der Gemeinde Obergesteln), ausserhalb der Bauzone auf der Kühtalalp in einer Höhe von ca. 2'500 m.ü.M. Die Kantonale Baukommission verfügte dabei folgende Auflage: Die Baubewilligung wird mit einem absoluten Winterbenutzungsverbot belegt, d.h. das Gebäude darf vom ersten Schneefall bis zur Ausaperung nicht bewohnt werden. Dieses Winterbenutzungsverbot muss im Grundbuch angemerkt werden. X._ focht die Baubewilligung beim Staatsrat des Kantons Wallis an und beantragte die Aufhebung der Auflage. Mit Entscheid vom 12. August 2008 wies der Staatsrat das Rechtsmittel ab. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wurde vom Kantonsgericht des Kantons Wallis mit Urteil vom 9. Januar 2009 teilweise gutgeheissen. Das Kantonsgericht beschränkte das Winterbenutzungsverbot auf die Zeit vom 15. November bis zum 30. April. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 13. Februar 2009 beantragt X._ im Wesentlichen, die mit der Baubewilligung verbundene Auflage eines Winterbenutzungsverbots sei aufzuheben, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Kantonsgericht und der Staatsrat beantragen in ihrer jeweiligen Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Kantonale Baukommission schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Obergoms liess sich nicht vernehmen. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) erwägt in seiner Stellungnahme, dass die zeitliche Beschränkung der Benutzung der Hütte nicht nur wegen der auf dem Zugangsweg herrschenden Lawinengefahr, sondern auch gestützt auf Art. 42 Abs. 3 Satz 1 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) geboten scheine. Das Kantonsgericht, die Kantonale Baukommission und der Beschwerdeführer halten in ihren Stellungnahmen zur Vernehmlassung des ARE an ihren Anträgen fest. Der Staatsrat und die Gemeinde Obergoms liessen sich dazu nicht mehr vernehmen.