Sachverhalt: A. Das Kreisgericht VIII Bern-Laupen erklärte X._ am 22. August 2008 der Vergewaltigung (mehrfach begangen in der Zeit von ca. 2000 bis November 2006), der sexuellen Nötigung (mehrfach begangen in der Zeit von 1999 bis November 2006), der sexuellen Handlungen mit Kindern (mehrfach begangen in der Zeit von 1999 bis 26. August 2006) und der Freiheitsberaubung (begangen in der Zeit zwischen Januar und November 2006) zum Nachteil von Y._ schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von sieben Jahren, unter Anordnung einer ambulanten psychotherapeutischen Behandlung während und nach dem Strafvollzug, sowie zur Bezahlung von Fr. 500.-- Schadenersatz und einer Genugtuung von Fr. 30'000.--. X._ appellierte gegen die Verurteilung wegen Vergewaltigung, sexueller Nötigung, sexuellen Handlungen mit Kindern (beschränkt auf die Zeit von 1999 bis Herbst 2003) und Freiheitsberaubung. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte am 10. Juni 2009 das erstinstanzliche Urteil im Schuld- und Zivilpunkt. Es verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von sechs Jahren. Der Schuldspruch wegen sexuellen Handlungen mit Kindern in der Zeit von Herbst 2003 bis 26. August 2006 erwuchs unangefochten in Rechtskraft. B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. September 2009 beantragt X._, das Urteil des Obergerichts vom 10. Juni 2009 aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ ersucht um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde sowie unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.