Sachverhalt: A. Mit Anklageschrift vom 17. November 2008 wirft die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich X._ versuchte vorsätzliche Tötung vor. Er soll am 5. September 2007, um circa 21.54 Uhr, im Restaurant Y._ in Zürich ein Hackbeil ergriffen und dieses dem Mitangeklagten A._ mit den Worten "schneid ihn" bzw. "schlag ihn" übergeben haben, nachdem sich dieser und B._ im Verlaufe einer verbalen Auseinandersetzung gegenseitig zu stossen begonnen hatten. A._ habe daraufhin das Hackbeil erhoben und mehrere Male bewusst und gewollt von oben herab in Richtung des Kopfes von B._ geschlagen, was auch der Angeklagte gewollt, zumindest aber in Kauf genommen habe, da er A._ weiterhin angefeurt habe. B._ habe eine Schnittverletzung und einen Bruch der Elle (Abtrennung) im Ellenbogenbereich davongetragen, da er einmal am linken Arm getroffen worden sei, den er schützend über seinen Kopf gehalten habe. Der Angeklagte habe im Rahmen seiner Tatbeteiligung zumindest in Kauf genommen, dass der Geschädigte tödliche Kopfverletzungen hätte erleiden können. Mit Verfügung vom 24. November 2008 ordnete die Präsidentin der Anklagekammer die Sicherheitshaft des Angeklagten an. Ferner forderte sie den Angeklagten auf, seine Rechte nach § 198 und § 198a der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO; LS 321) wahrzunehmen. Nach Einsicht in die Eingabe des Angeklagten vom 23. Januar 2009 liess die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich mit Beschluss vom 2. Februar 2009 die Anklage zu und überwies den Angeklagten dem Geschworenengericht des Kantons Zürich zur Beurteilung. Am 2. Februar 2009 ersuchte der Angeklagte persönlich bei der Staatsanwaltschaft IV um Entlassung aus der Sicherheitshaft. Die Stellungnahme des amtlichen Verteidigers, womit am Haftentlassungsgesuch festgehalten wurde, ging am 4. März 2009 bei der Anklagekammer ein. Mit Verfügung vom 6. März 2009 wies der Stellvertreter der Präsidentin der Anklagekammer das Haftentlassungsgesuch wegen Kollusionsgefahr ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ die Aufhebung der Haftverfügung der Anklagekammer und seine unverzügliche Entlassung aus der Sicherheitshaft. Eventualiter sei das Verfahren zur Prüfung von Ersatzmassnahmen und zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Die zuständige Staatsanwältin der Staatsanwaltschaft IV verzichtet unter Verweis auf ihren Antrag auf Fortsetzung der Sicherheitshaft vom 20. Februar 2009 auf eine ausführliche Vernehmlassung. Die Präsidentin der Anklagekammer verzichtet ebenfalls auf Stellungnahme. Der Beschwerdeführer hat nicht repliziert.