Sachverhalt: A. X._, geb. 1948, ist Apotheker und seit 1980 Inhaber einer eigenen Apotheke in Z._ VS. Für den obligatorischen Teil seiner berufliche Vorsorge war er bei der Pensionskasse des Schweizerischen Apothekervereins (Caisse de Pension de la Société Suisse de Pharmacie, SSPH) angeschlossen und für die Zusatzvorsorge bei der Pensionskasse SHP. Zwischen 1996 und 2000 tätigte X._ Einkäufe in die SHP von insgesamt Fr. 736'000.--. Ende Januar 2001 ersuchte er die beiden Einrichtungen um Auszahlung seines Vorsorgeguthabens, worauf ihm die SHP am 6. Februar 2001 Fr. 1'297'509.-- überwies und die SSPH am 28. Februar 2001 Fr. 45'409.--. Die beiden Kapitalzahlungen wurden von der Steuerverwaltung des Kantons Wallis einer gesonderten Jahressteuer 2001 unterworfen. B. Am 15. Februar 2001 amortisierte X._ die für sich und seine Ehefrau zu je Fr. 400'000.-- vollumfänglich fremdfinanzierte Leibrentenversicherung mit Einmalprämie bei der Basler Versicherung, indem er insgesamt Fr. 784'510.-- zurückzahlte. Auf den 1. Januar 2004 schloss er sich wieder der SSPH an und zahlte 2004 und 2005 je Fr. 144'563.-- (d.h. ordentlicher Beitrag Fr. 44'563.-- und Einkaufsbeitrag Fr. 100'000.--) ein. Für die Steuerperioden 2004 und 2005 liess die Walliser Steuerverwaltung die Einzahlungen nicht zum Abzug zu und rechnete diese Beträge bei der Staats- und der direkten Bundessteuer zum steuerbaren Einkommen. Dagegen gelangte X._, nach erfolglosen Einsprachen, an die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis. Diese hiess die Beschwerden am 18. November 2009 gut und gewährte den beantragten Steuerabzug. C. Am 18. Januar 2010 hat die Steuerverwaltung des Kantons Wallis Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt sinngemäss, den Entscheid der Steuerrekurskommission aufzuheben; die von X._ 2004 und 2005 geleisteten Pensionskassenbeiträge seien bei der Staats- und der Bundessteuer nicht zum Abzug zuzulassen. D. X._ schliesst auf Abweisung und die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Gutheissung der Beschwerde. Die Steuerrekurskommission hat auf eine Stellungnahme verzichtet.