Sachverhalt: A. Mit Anklageschrift vom 1. Mai 2008 beschuldigte die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug X._ verschiedener Delikte, u.a. versuchter Anstiftung zu Erpressung, Gewalt und Drohung gegen Beamte und einfacher Körperverletzung. Am 9. Mai 2008 liess die Präsidentin des Strafgerichts des Kantons Zug die Anklage zu, wies die Staatsanwaltschaft indessen an, sie zu ergänzen, da sie X._ Taten vorwerfe, die er teils vor, teils nach seiner Verurteilung durch das Strafgericht Zug vom 11. September 2006 begangen haben soll, ohne sich hinsichtlich der beantragten Sanktion zur retrospektiven Konkurrenz zu äussern. Am 13. Mai 2008 wurde dem Verteidiger von X._ die Sitzungsliste mit der Besetzung des Gerichts (A._, B._, C._ und Gerichtsschreiberin D._) zugestellt. Am 21. Mai 2008 ergänzte die Staatsanwaltschaft die Anklage vom 1. Mai 2008 und beantragte, X._ mit einer Zusatzstrafe zum Urteil des Strafgerichts vom 11. September 2006 zu bestrafen. Der Verteidiger von X._ nahm dazu am 23. Mai 2008 Stellung und beantragte am 27. Mai 2008, C._ habe wegen Vorbefassung in den Ausstand zu treten, da sie im Verfahren, das zum Urteil vom 11. September 2006 geführt habe, als Staatsanwältin die Anklage vertreten habe. Am 28. Mai 2008 beschloss das Strafgericht in der für die Hauptverhandlung vorgesehenen Besetzung, auf das Ausstandsgesuch wegen Verspätung nicht einzutreten. Es eröffnete den Beschluss zu Beginn der Hauptverhandlung vom 29. Mai 2008 mündlich und verurteilte X._ zu 12 Monaten Freiheitsstrafe, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil vom 11. September 2006, und als Zusatzstrafe zum Strafbefehl des Einzelrichteramts des Kantons Zug vom 23. März 2007, sowie mit einer Busse von 500 Franken. Es ordnete zudem eine ambulante Behandlung an, entliess ihn aus der Sicherheitshaft und richtete ihm für erstandene Überhaft eine Entschädigung von 5'000 Franken aus. X._ beschwerte sich gegen das Nichteintreten des Strafgerichts auf sein Ausstandsgesuch bei der Justizkommission des Obergerichts. Diese wies die Beschwerde am 22. September 2008 ab. Sie hob zwar den Nichteintretensbeschluss des Strafgerichts als ungültig auf mit der Begründung, es hätte das Ausstandsbegehren ohne Mitwirkung der betroffenen Richterin materiell beurteilen müssen, wies indessen das Ausstandsbegehren gegen Strafrichterin C._ ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, dieses Urteil der Justizkommission aufzuheben und festzustellen, dass gegen Strafrichterin C._ ein Ausstandsgrund bestanden habe, oder die Sache eventuell an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Das Strafgericht und das Obergericht beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen.