Sachverhalt: A. Der Gemeinderat Bonstetten erteilte der D._ GmbH am 29. April 2003 die baurechtliche Bewilligung für die Wohnüberbauung Chüeweid mit sechs Wohnhäusern. Am 31. Januar 2005 bewilligte die Baukommission eine Projektänderung unter Nebenbestimmungen. Es wurde mit Blick auf gestalterische Vorschriften in der Kernzone unter anderem verlangt, dass die First- und Traufhöhen der Giebellukarnen gegenüber den Abänderungsplänen um 1 m tiefer gesetzt werden. Diese Nebenbestimmung wurde von der Bauherrschaft mit Rekurs angefochten, mit dem Begehren, die First- und Traufhöhen der Giebellukarnen lediglich um 50 cm zu senken. Gleichzeitig reichte sie ein Wiedererwägungsgesuch mit denselben Anträgen ein. Nachdem diesem Ersuchen kein Erfolg beschieden war, zog die Bauherrschaft auch das Rekursverfahren zurück. In der Folge wurden revidierte Pläne eingereicht, welche die um 1 m verkleinerten Lukarnen aufwiesen. B. Nach der Bauabnahme durch die Gemeinde teilte die Bauherrschaft dem Bausekretariat mit, dass die Lukarnen nun versehentlich doch 50 cm höher als bewilligt erstellt worden seien. Sie ersuchte, diese nicht auf das bewilligte Höhenmass zurückversetzen zu müssen. Der Gemeinderat verlangte vorerst von der Bauherrschaft, dass bei den noch nicht bezogenen Häusern der Überbauung die Lukarnen entsprechend der Baubewilligung angepasst werden. In Bezug auf die fertig erstellten, verkauften und bezogenen Häuser X und Y ordnete er schliesslich am 18. Dezember 2007 das Folgende an: "I. Der D._ GmbH wird befohlen, die Lukarnen bei den Liegenschaften Büelmatt X und Y bis spätestens sechs Monate ab Rechtskraft dieses Beschlusses in der Höhe so zu reduzieren, dass sie Disp.-Ziff. Ia des Baukommissionsbeschlusses vom 31. Januar 2005 und damit den bewilligten Änderungsplänen vom 22. August 2005 entsprechen. II. Die Eigentümer der Liegenschaften Büelmatt X und Y werden verpflichtet, die in Disp.-Ziff. 1 oben genannte Reduktion der Lukarne zu dulden." C. Eheleute A._, Eheleute B._ sowie Eheleute C._, Eigentümer der Liegenschaften Büelmatt X und Y, fochten den Gemeinderatsbeschluss bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich an. Diese wies den Rekurs am 16. Dezember 2008 ab. Sie legte die Grundsätze über die Wiederherstellung rechtswidrig erstellter Bauten dar und kam zum Schluss, dass die Interessen an der Wiederherstellung diejenigen der Rekurrierenden überwögen. D. Am 23. April 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die von den Eigentümern erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab. Es hielt fest, dass die Abweichungen vom bewilligten Projekt erheblich und die präjudiziellen Aspekte bedeutsam seien, die Bauherrschaft nach dem vorangehenden Verfahren fahrlässig gehandelt habe, die Baukontrolle gegenüber den Eigentümern keine Vertrauensbasis schaffe und trotz der beachtlichen Interessen der Betroffenen der Rückbau ohne grösseren Eingriff in die Wohnnutzung realisiert werden könne. E. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts haben Eheleute A._, Eheleute B._ sowie Eheleute C._ beim Bundesgericht am 10. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und des Beschlusses des Gemeinderats, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung. F. Die Gemeinde Bonstetten beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest. G. Mit Verfügung vom 13. Juli 2009 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung beigelegt worden.