Sachverhalt: A. Die B._ AG (Bestellerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) plante ab 2009 ein neues Zentrallager an ihrem Sitz in U._, Österreich. Im Hinblick darauf schloss sie mit der A._ GmbH (Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdeführerin; Sitz in V._, Deutschland) Werkverträge ab. Darin verpflichtete sich die Unternehmerin zur Herstellung und Montage von Regalanlagen nach den Vorgaben der Bestellerin. Mit E-Mail vom 14. Oktober 2010 stellte die Unternehmerin der Bestellerin zwei Werkvertragsurkunden zu, eine betreffend das Schnittholz- und Plattenlager sowie eine betreffend das Automatiklager. Auf den beiden letzten Seiten der Vertragsurkunden wurde auf die Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen sowie Montagebedingungen bei Montageausführung der Unternehmerin verwiesen sowie darauf, dass diese unter einer bestimmten Faxnummer angefordert werden könnten. In § 15.4 der Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen befindet sich eine Erfüllungsortsklausel mit folgendem Wortlaut: "Bestimmt unsere Auftragsbestätigung nichts anderes, ist Erfüllungsort für den Leistungsgegenstand und für alle Zahlungen, andere Geldansprüche und empfangenen Wechsel unser jeweiliger Geschäftssitz, zurzeit W._, Schweiz." § 15.5 der AGB sieht weiter Folgendes vor: "Die Vertragsbeziehungen zwischen dem Kunden und uns unterliegen ausschliesslich dem materiellen Recht der Schweiz unter Ausschluss des UN-Übereinkommens über den internationalen Warenkauf vom April 1980 (Wiener Kaufrecht)." Die Bestellerin unterzeichnete je das letzte Blatt der Vertragsurkunden und retournierte diese an die Unternehmerin. Anlässlich einer späteren Vertragsänderung vom 29. November bzw. 15. Dezember 2010 betreffend das Plattenlager wies die Unternehmerin darauf hin, dass ihre Bedingungen im Internet heruntergeladen werden können. Diese waren zum Zeitpunkt der Änderung unter der Rubrik "Impressum " abrufbar. B. Am 26. Juni 2012 reichte die Unternehmerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein und beantragte, die Bestellerin sei zur Zahlung von EUR 667'603.30 nebst Zins zu verurteilen. Es handelt sich dabei um angeblich ausstehende Beträge für ausgeführte Arbeiten. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2012 erhob die Bestellerin die Einrede der Unzuständigkeit. Mit Beschluss vom 11. Januar 2013 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Unzuständigkeitseinrede der Bestellerin ab. Mit Urteil 4A_86/2013 vom 1. Juli 2013 hiess das Bundesgericht die dagegen eingelegte Beschwerde teilweise gut, hob den Beschluss des Handelsgerichts vom 11. Januar 2013 auf und wies die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Mit Beschluss vom 13. September 2013 trat das Handelsgericht mangels Zuständigkeit auf die Klage nicht ein. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Unternehmerin dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Handelsgerichts vom 13. September 2013 aufzuheben und die Zuständigkeit des Handelsgerichts Zürich festzustellen; eventualiter sei die Sache zur Beurteilung der Frage des Vorliegens einer gerichtsstandsbegründenden Erfüllungsortsvereinbarung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Bestellerin beantragt in ihrer Vernehmlassung Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin reichte Replik ein.