Konzession zur Ausnützung der Wasserkräfte des Lungerersees (Umwelt- und Gewässerschutz), hat sich ergeben: A.- Die Centralschweizerischen Kraftwerke AG (CKW) betrieben aufgrund einer 1919 erteilten Konzession seit 1921 das Lungerersee-Kraftwerk bei Giswil. 1980 entschied sich der Kantonsrat Obwalden für den Rückkauf des Kraftwerkes und die Bewirtschaftung im Eigenbetrieb. Am 12. Juli 1983 verlieh der Regierungsrat dem Elektrizitätswerk Obwalden (EWO), an dessen Dotationskapital der Kanton mit 8/15 und die sieben Einwohnergemeinden mit je 1/15 beteiligt sind, das Recht zur Nutzung der Höhenstufe zwischen dem Lungerersee und dem Sarnersee, unter zusätzlicher Nutzung der Oberflächenwasservorkommen des Kleinen und Grossen Melchtals von deren Fassung bis zum Sarnersee. Noch im selben Jahr stellte das EWO ein Gesuch für den Ausbau des Lungerersee-Kraftwerks. Das EWO sah im Wesentlichen vor, im Grossen und im Kleinen Melchtal die Wasserfassungen höher zu legen sowie zusätzlich den Tumlibach, die Giswiler Laui, den Mülibach, Wissibach und Altibach zu fassen. Im Verlauf des anschliessenden Auflage- und Einspracheverfahrens wurde ein zunächst im Kleinen Melchtal vorgesehenes Ausgleichsbecken an den Standort Tobelplätz auf der linken Talseite verlegt, was ein neues Auflageverfahren nach sich zog. Noch später wurden die geplanten Fassungen des Tumlibachs, des Wissibächlis und der Nebenbäche des Mülibachs aufgegeben. Mit dem redimensionierten Projekt soll die Energieproduktion von 98 Mio. kWh auf 135, 5 Mio. kWh erhöht werden. Für die Beurteilung des Gesuchs gab der Regierungsrat bei Prof. Dr. F. Klötzli und lic. phil. nat. H. Marrer ein ökologisches und beim Büro Dr. von Moos AG ein hydrogeologisches Gutachten in Auftrag. Das hydrogeologische Gutachten wurde im Oktober 1985, das Ökologiegutachten im November 1987 abgegeben. In der Folge wurde das EWO eingeladen, einen Bericht über die Umweltverträglichkeit (UVB) einzureichen. Mit Beschluss vom 13. Dezember 1988 stellte der Regierungsrat zudem fest, dass das Ausbauvorhaben des EWO formell und materiell einer neuen Konzession bedürfe. Im März 1989 wies der Regierungsrat eine erste Fassung des UVB zur Überarbeitung und Ergänzung zurück. Im April 1990 reichte das EWO einen überarbeiteten UVB ein. Dieser wurde öffentlich aufgelegt und einem umfangreichen Mitberichtsverfahren unterzogen. Gestützt auf dessen Ergebnisse und eigene Abklärungen erstattete das kantonale Amt für Umweltschutz (AfU) am 16. August 1994 einen Beurteilungsbericht über die Umweltverträglichkeit. Darin wird die Umweltverträglichkeit des Vorhabens unter Auflagen und Bedingungen bejaht. B.- Bereits 1989 hatte sich das EWO entschlossen, den Ausbau in Etappen zu realisieren. In der ersten Etappe wurden das bestehende Maschinenhaus durch eine Kavernenzentrale ersetzt und die Druckleitungen verlegt bzw. erneuert. Die erste Etappe konnte auf der Grundlage der Konzession von 1983 verwirklicht werden. Die entsprechende Bewilligung wurde 1991 erteilt. Der WWF Schweiz zog eine dagegen eingereichte Beschwerde nach Verhandlungen zurück. Die sanierte Anlage konnte im Mai 1994 in Betrieb genommen werden. Die zweite Etappe enthält die neuen Fassungen in den beiden Melchtälern, das Ausgleichsbecken Tobelplätz und den teilweisen Bau neuer Druckstollen, die dritte Etappe die Fassung der Giswiler Laui sowie weiterer Giswiler Bäche samt dem dafür erforderlichen Zuleitungsstollen zum Ausgleichsbecken. C.- Der Regierungsrat des Kantons Obwalden erteilte dem EWO am 24. Januar 1995 die für die zweite und dritte Etappe erforderliche Konzession zur Ausnützung der Wasserkräfte des Lungerersees, der Kleinen und Grossen Melchaa, der Giswiler Laui, des Mülibachs, des Altibachs und des Tobelgrabens, unter zahlreichen Bedingungen und Auflagen. Diese betreffen u.a. die Staukoten im Lungerersee sowie die in den gefassten Bächen erforderlichen Restwassermengen. Für die Giswiler Laui wird keine Restwassermenge festgelegt. Die für die Verwirklichung des Ausbauprojektes nach eidgenössischem und kantonalem Recht erforderlichen Bewilligungen werden ausdrücklich vorbehalten, insbesondere die gewässerschutzrechtliche, die fischereirechtliche und die forstpolizeiliche Bewilligung. Den Erwägungen zum Konzessionsentscheid ist indessen zu entnehmen, dass der Regierungsrat die Voraussetzungen für die Erteilung dieser Bewilligungen geprüft hat und für grundsätzlich erfüllt ansieht. Ferner steht die Konzessionserteilung unter dem Vorbehalt, dass der Bundesrat die Schutz- und Nutzungsplanung betreffend die untere Wasserfassung an der Grossen Melchaa genehmigt. Für das Ausgleichsbecken Tobelplätz, die Druckleitung vom Becken zum Unteraaboden sowie für die Zuleitung Laui samt den zugehörigen Fassungen schreibt der Konzessionsbeschluss eine UVP 2. Stufe vor. Bereits mit Verfügungen vom 7. März 1989 hatte der Regierungsrat über einen Teil der Einsprachen entschieden. Namentlich war er auf zwei Einsprachen des Unterwaldner Bundes für Naturschutz nicht eingetreten, weil diese nicht von der gesamtschweizerischen Organisation, sondern nur von deren regionaler Sektion eingereicht worden waren. Der Regierungsrat fügte jedoch bei, dass die in den Einsprachen geltend gemachten Anliegen von Amtes wegen geprüft und die Einsprachen daher als Stellungnahmen entgegengenommen würden (RRB Nr. 1233/1989). Die 1995 noch pendenten Einsprachen wurden im Konzessionsbeschluss vom 24. Januar 1995 im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen und im Übrigen abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde. D.- Gegen die Konzessionserteilung erhoben der WWF Schweiz und der Schweiz. Bund für Naturschutz (SBN; heute Pro Natura) am 8. März 1995 mit gemeinsamer Eingabe Verwaltungsgerichtsbeschwerde (Verfahren 1A.73/1995). Sie beantragen die Aufhebung des Konzessionsbeschlusses vom 24. Januar 1995 und die Rückweisung zur Neubeurteilung durch den Regierungsrat, eventuell die Genehmigung der Konzession unter zusätzlichen restriktiven Bedingungen. Mit im Wesentlichen gleichlautender Beschwerde vom 8. März 1995 beantragt auch die Schweizerische Stiftung für Landschaftsschutz und Landschaftspflege (SL), der angefochtene Konzessionsbeschluss sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an den Regierungsrat zurückzuweisen; eventuell sei die Beschwerde gutzuheissen und die Konzession nur unter zusätzlichen Bedingungen zu genehmigen (Verfahren 1A.75/1995). Der einzige Unterschied der beiden Beschwerden besteht darin, dass sich die SL, im Gegensatz zu WWF und SBN, im Eventualantrag dem Bau des Ausgleichsbeckens Tobelplätz nicht widersetzt. Der Regierungsrat und das EWO beantragen, auf die Beschwerden des SBN und der SL nicht einzutreten und jene des WWF abzuweisen. E.- Am 10. April 1995 entsprach der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung dem Gesuch, den Beschwerden die aufschiebende Wirkung beizulegen, im Sinne der Erwägungen. Auf Antrag des Eidgenössischen Departementes des Innern und der Vorinstanz sowie im Einverständnis mit dem EWO wurden die Beschwerdeverfahren mit Präsidialverfügung vom 1. September 1995 bis zum Entscheid des Bundesrates über die in der Konzession vorbehaltene Schutz- und Nutzungsplanung "Grosses Melchtal" ausgesetzt. Nachdem der Bundesrat die erwähnte Schutz- und Nutzungsplanung am 21. Oktober 1998 genehmigt hatte, nahm das Bundesgericht die Verfahren am 8. Dezember 1998 wieder auf. F.- Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) hat sich am 1. März 1999 zur Sache vernehmen lassen. Es enthält sich eines ausdrücklichen Antrages, weist jedoch auf verschiedene Mängel des angefochtenen Entscheides hin. Namentlich hält es den Verzicht auf Restwasserbestimmungen für die Giswiler Laui für rechtswidrig und bemängelt, dass die Abklärungen über die Umweltverträglichkeit des Vorhabens teilweise ungenügend seien. Die Beteiligten halten in ihren Stellungnahmen zur Vernehmlassung des UVEK an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Auch ein zweiter Schriftenwechsel ergab keine Annäherung der Standpunkte der Parteien.