Sachverhalt: A. X._ betreibt in A._ eine Garage. Er ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. B. Im März und April 2000 führte die ESTV eine Mehrwertsteuerkontrolle durch. Gestützt darauf forderte sie für die Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 1999 Fr. 39'220.-- zuzüglich Verzugszins nach. Auf Einsprache hin reduzierte sie den Betrag auf Fr. 27'090.35. Im Übrigen wies sie die Einsprache ab. Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies das Bundesverwaltungsgericht ab. C. Vor Bundesgericht beantragt X._, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. März 2009 sei aufzuheben und die ESTV (Hauptabteilung MWST) sei anzuweisen, "die auf Eintauschfahrzeuge aufgerechnete MWST, in Weiterführung bzw. als Abschluss des durch den Verwaltungsakt neu geschaffenen Sachverhaltes, als Vorsteuer zum Abzug zuzulassen". Ferner sei die Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (MWSTV; AS 1994 1464 ff.) auf ihre Verfassungsmässigkeit, insbesondere in Bezug auf das treuwidrige Verhalten des Bundesrates, zu überprüfen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung, die ESTV beantragte, die Beschwerde abzuweisen.