Sachverhalt: A. Mit Mietvertrag vom 30. August 2001 mietete die X._ AG (Beschwerdeführerin) von A._ (Beschwerdegegnerin) eine Fabrikhalle mit Büros und Parkplätzen in Winterthur-Wülflingen. Der Vertrag wurde für eine Dauer von zehn Jahren abgeschlossen, mit einer Option zugunsten der Beschwerdeführerin für weitere fünf Jahre. Im Laufe des Jahres 2003 entspann sich unter den Parteien eine Diskussion über die Zufahrt von Lastwagen zu der gemieteten Halle. Am 12./13. November 2003 schlossen die Parteien darüber eine Vereinbarung ab. Gegen Ende 2004 errichtete die Beschwerdegegnerin auf dem Grundstück ein neues Gebäude. In der Folge beanstandete die Beschwerdeführerin insbesondere, dass dieses Gebäude ihre Zufahrt erschwere. Die Beschwerdegegnerin wies die Vorwürfe schriftlich zurück. Die Beschwerdeführerin beharrte auf ihrem Standpunkt und erklärte nach Ansetzen einer Nachfrist am 5. August 2005 gestützt auf Art. 266g OR die Kündigung des Vertrages aus wichtigen Gründen per 6. Februar 2006. Ab September 2005 stellte sie die Mietzinszahlungen ein. Mit Schreiben vom 5. Oktober 2005 setzte die Beschwerdegegnerin eine Frist nach Art. 257d OR zur Bezahlung der rückständigen Mietzinse für die Monate September und Oktober 2005. Mit Schreiben vom 19. Oktober 2005 machte die Beschwerdeführerin geltend, es stünden ihr Schadenersatzansprüche zu, welche sie mit den bis zum Ende der Kündigungsfrist aufgelaufenen Mietzinsen verrechne. Am 15. November 2005 erklärte die Beschwerdegegnerin gestützt auf Art. 257d OR die Kündigung des Vertrages wegen Zahlungsverzugs per 31. Dezember 2005. Die Beschwerdeführerin räumte das Objekt am 6. Februar 2006. B. Am 13. Dezember 2005 gelangte die Beschwerdeführerin an die Schlichtungsbehörde Winterthur und beantragte, die Kündigung der Beschwerdegegnerin sei für unwirksam zu erklären, es sei die Wirksamkeit der Kündigung der Beschwerdeführerin festzustellen und es sei der Beschwerdeführerin Schadenersatz in der Höhe von Fr. 177'835.-- zuzusprechen. Die Beschwerdegegnerin verlangte die Abweisung dieser Begehren und beantragte widerklageweise im Wesentlichen, die Beschwerdeführerin sei zur Bezahlung von Fr. 16'438.-- zuzüglich Zins sowie zur Herausgabe von zwei Schlüsseln zu verpflichten. Nachdem keine Einigung erzielt werden konnte, setzte die Schlichtungsbehörde den Parteien mit Beschluss vom 20. März 2006 eine Frist von 30 Tagen, um ihre Klagen beim Mietgericht Winterthur einzureichen. In der Folge erhob die Beschwerdegegnerin am 27. April 2006 Klage beim Mietgericht Winterthur und stellte im Wesentlichen die Anträge, die Beschwerdeführerin sei zur Zahlung von Fr. 16'438.-- zuzüglich Zins und zur Herausgabe von zwei Schlüsseln zu verpflichten. Die Beschwerdeführerin beantragte dem Mietgericht Winterthur die Abweisung der Klage und verlangte widerklageweise, die Beschwerdegegnerin sei zur Zahlung von Fr. 100'000.-- zuzüglich Zins zu verpflichten. Mit Urteil vom 9. März 2007 verpflichtete das Mietgericht Winterthur die Beschwerdeführerin in teilweiser Gutheissung der Klage zur Bezahlung von Fr. 13'198.-- zuzüglich Zins (Ziff. 1), äusserte sich zu den Begehren über die Schlüssel (Ziff. 2) und Löschung des im Grundbuch eingetragenen Mietvertrages (Ziff. 3) und wies die Widerklage ab (Ziff. 4). Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Berufung ans Obergericht des Kantons Zürich und beantragte, das Urteil des Mietgerichts sei teilweise aufzuheben und ihre Widerklage sei vollumfänglich gutzuheissen. Mit Beschluss vom 17. Juli 2007 verpflichtete das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerdeführerin gleich wie das Mietgericht Winterthur zur Zahlung von Fr. 13'198.-- zuzüglich Zins (Ziff. 2) und wies die Widerklage ab (Ziff. 3). C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. September 2007 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, Ziff. 3 des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 17. Juli 2007 sei aufzuheben; die Widerklage sei gutzuheissen und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin einen Betrag von Fr. 100'000.-- zuzüglich Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.