Sachverhalt: A. Am 4. März 2010 unterbreitete das Bundesamt für Strassen (ASTRA) dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) das Ausführungsprojekt "Nationalstrassen N3/N13, Verzweigung Sarganserland, SABA Schwetti" zur Genehmigung. Das Projekt sieht vor, das bestehende Entwässerungssystem der Nationalstrasse N13 nördlich des Anschlusses Trübbach mit einer Strassenabwasserbehandlungsanlage (SABA) zu erweitern, damit das gereinigte Strassenabwasser bei der Einleitung in den Vorfluter Schwettigiessen die Anforderungen des Gewässerschutzes erfüllt. Am bestehenden Ölrückhaltebecken sollen Zu-, Ab- und Überleitungen sowie Pumpen eingebaut werden. Zudem sind ein Absetz- und Retentionsfilterbecken sowie eine Zufahrtsstrasse geplant. B. Im Rahmen der öffentlichen Auflage vom 8. April bis 7. Mai 2010 erhob unter anderem die Ortsgemeinde Wartau Einsprache gegen das Ausführungsprojekt. Sie verlangte im Wesentlichen von der Errichtung der geplanten SABA Schwetti abzusehen, weil das Projekt den Grundsatz des sorgsamen Umgangs mit Nutzland verletze und die Voraussetzungen für eine Enteignung nicht ausgewiesen seien. Eventualiter beantragte sie eine angemessene Entschädigung für das beanspruchte Land. C. Das UVEK genehmigte das Ausführungsprojekt am 9. November 2010 unter Vorbehalt verschiedener Auflagen. Die Einsprache der Ortsgemeinde Wartau wies es ab, soweit es darauf eintrat. Bezüglich des Entschädigungsbegehrens hielt das UVEK fest, dieses werde nach Abschluss des Plangenehmigungsverfahrens an die zuständige Eidgenössische Schätzungskommission (ESchK) überwiesen. D. Gegen die Plangenehmigung erhob die Ortsgemeinde Wartau Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses führte am 28. Juni 2011 einen Augenschein durch. Am 27. Dezember 2011 hiess es die Beschwerde teilweise gut, hob die Plangenehmigungsverfügung auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Diese müsse den von der Gemeinde Wartau vorgeschlagenen Alternativstandort Hüttenbrunnen bzw. einen anderen, den Kulturlandschutz hinreichend berücksichtigenden Standort detailliert prüfen. E. Dagegen hat das UVEK am 3. Februar 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Es beantragt, Ziff. 1 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids sei aufzuheben, soweit die Plangenehmigungsverfügung aufgehoben und die Sache zu weiteren Abklärungen zurückgewiesen werde. F. Die Gemeinde Wartau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.