Sachverhalt: A. A.a Die Stiftung Pensionskasse Z._ (ab 1. April 2004 umbenannt in Pensionskasse X._; im Folgenden: Pensionskasse) wurde im Jahre 1941 gegründet mit dem Zweck, die berufliche Vorsorge für die Arbeitnehmer der Stifterfirma durchzuführen. Die Expertin für berufliche Vorsorge Y._) war von 1996 bis 2002 als Expertin für berufliche Vorsorge für die Pensionskasse tätig. Infolge von Umstrukturierungen bei der Stifterfirma ergab sich eine erhebliche Reduktion des Versichertenbestandes, so dass der Stiftungsrat im Oktober 1996 beschloss, auf den 31. August 1996 eine Teilliquidation durchzuführen. Mit Verfügung vom 3. Dezember 1996 genehmigte das Departement des Innern des Kantons St. Gallen den Verteilplan, welcher u.a. auch eine Zuteilung von freien Mitteln an die Rentner vorsah. Eine gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde hiess die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Urteil vom 26. Februar 1999 gut mit der Folge, dass der von der Teilliquidation betroffene Destinatärkreis neu festzulegen und der Verteilplan zu überarbeiten war. Daraufhin erarbeitete die Expertin für berufliche Vorsorge Y._ drei Varianten für den Verteilplan der freien Mittel. Am 3. Mai 1999 beschloss der Stiftungsrat eine davon und genehmigte die Festlegung der freien Mittel per 31. März 1999 und der Destinatäre, die in den Genuss der freien Mittel kommen. Am 2. Februar 2000 erstellte die Expertin für berufliche Vorsorge Y._ einen "Bericht zur Teilliquidation per 31. März 1999". Darin wurde festgestellt, dass die freien Mittel Fr. 14'571'900.- betragen. Davon seien gemäss dem Verteilschlüssel (Bezugsgrösse: Austrittsleistung per 31. März 1999 bzw. ausgerichtete Austrittsleistung abzüglich der eingebrachten Einlagen [Freizügigkeitsleistungen, Einkaufssummen]) Fr. 6'499'100.- kollektiv oder individuell den Rentnern gutzuschreiben. Der Stiftungsrat beschloss im Februar 2000, den Anteil an den freien Mitteln sowohl den ausscheidenden Versicherten als auch den verbleibenden aktiven Versicherten und Rentenbezügern individuell zuzuweisen. Bei den Rentnern sollten mit dem Anteil an den freien Mitteln die laufenden und anwartschaftlichen Renten lebenslang erhöht werden. Mit Verfügung vom 8. Februar 2000 genehmigte das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons St. Gallen den Verteilplan. A.b Mit Schreiben vom 18. November 2002 orientierte die Expertin für berufliche Vorsorge Y._ das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen, dass gemäss versicherungstechnischer Bilanz eine erhebliche Unterdeckung bestehe, schlug Sanierungsmassnahmen vor (Kürzung der Austrittsleistungen und der Renten um 45 %), und forderte die Aufsichtsbehörde auf, rechtsverbindlich Anweisung zu erteilen, die Leistungen wie vorgeschlagen zu kürzen. Nachdem die Aufsichtsbehörde die vorgeschlagenen Massnahmen abgelehnt hatte, wies die Expertin für berufliche Vorsorge Y._ am 13. Dezember 2002 die Aufsichtsbehörde darauf hin, dass sie ihre Verantwortung als Pensionskassenexpertin nicht mehr wahrnehmen könne, und legte ihr Mandat per sofort nieder. A.c Nachdem die Pensionskasse in der Bilanz per 31. März 2005 einen Deckungsgrad von 86,3 % ausgewiesen hatte, beschloss der Stiftungsrat am 23. August resp. 14. September 2005 einen Massnahmenplan zur Behebung der Unterdeckung, wobei namentlich für eine Dauer von zehn Jahren von allen laufenden Renten ein Rentnerbeitrag von 20 % (mithin beinahe die im Rahmen der Teilliquidation erfolgte Erhöhung der Renten) erhoben wurde. Dieser Rentnerbeitrag wurde inzwischen letztinstanzlich mit Urteil des Bundesgerichts vom 3. Juli 2009 als rechtsgültig erklärt (Verfahren 9C_708/2008, 9C_709/2008, 9C_899/2008 und 9C_904/2008). B. Die Pensionskasse erhob am 5. Juli 2006 beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen Klage auf Verantwortlichkeit gemäss Art. 52 BVG gegen die Expertin für berufliche Vorsorge Y._ mit dem Rechtsbegehren, ihr einen Betrag nach richterlichem Ermessen, eventualiter den Betrag von Fr. 6'499'100.- nebst Zins zu 5 % seit 1. September 1996 zu bezahlen. Das Versicherungsgericht bejahte mit Zwischenentscheid vom 19. Oktober 2007 seine Zuständigkeit und wies nach zweifachem Schriftenwechsel mit Entscheid vom 3. April 2009 und Ergänzungsentscheid vom 21. April 2009 die Klage ab. C. Die Pensionskasse erhebt Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten und erneuert das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet (Art. 102 Abs. 1 in initio BGG).