Sachverhalt: A. X._ gründete am 3. März 1995 den X._ Trust. Begünstigte sind der Gründer selbst, seine Familienangehörigen sowie seine Schwester. Dem Trust gehört die Investmentholding A._Ltd. mit Sitz auf den British Virgin Islands. Zwei ihrer Tochtergesellschaften waren die nach dem Recht Bermudas organisierte A.T._ Ltd. (nachfolgend: A.B._), sowie die am 30. April 1991 im Handelsregister des Kantons Zürich unter dem Namen A.F._ AG eingetragene und im Jahre 1998 umfirmierte A.T._ AG in Zürich (nachfolgend: A.Z._). Das Obergericht des Kantons Zürich nimmt an, dass X._ wirtschaftlich Berechtigter auch der beiden Tochtergesellschaften war, die mit Introducing Broker-Firmen Geschäfte tätigten, welche zu den diesem Verfahren zugrundeliegenden Strafverfahren führten (Urteil des Obergerichts vom 11. Dez. 2004, S. 40 f.). X._ war im Verwaltungsrat der erwähnten A._ Ltd. Bis zu seiner Verhaftung am 26. Dezember 1998 war er auch Verwaltungsrat der A.B._ und war einer der drei Direktoren dieser Firma. Bis September 1994 war er ferner Präsident des Verwaltungsrats der späteren A.Z._. In der Folge wurde Y._ Geschäftsführer und alleiniger Verwaltungsrat der A.Z._ und Geschäftsführer der A.B._ (Urteil des Obergerichts vom 11. Dez. 2004, S. 41). B. Weil die A.Z._ entgegen ihren Angaben nicht lediglich für eine ausländische Schwestergesellschaft, nämlich die A.B._, Geschäfte vermittelt habe, sondern vermutlich bereits seit April 1998, spätestens seit August 1998, auf Rechnung von Kunden mit Optionen und Futures gehandelt und für Kunden entsprechende Konten geführt, mithin selbständig mit Effekten gehandelt habe, ohne im Besitz der nötigen Bewilligungen zu sein, und weil die Organe der A.Z._ ausserdem den Sachverhalt bestritten hätten, obwohl stichhaltige Beweise das Gegenteil belegt hätten, ordnete die Eidgenössische Bankenkommission am 28. Oktober 1998 die Auflösung der A.Z._ an und setzte eine Treuhand-Firma in Zürich als Liquidatorin ein. Aus der Verfügung ergibt sich weiter, dass sich mehrere Kunden über hohe Verluste und übermässige Kommissionen beschwert hätten. Mit einer weiteren Verfügung vom 19. Nov. 1998 ordnete die Eidgenössische Bankenkommission zudem die Auflösung der A.B._ (Zweigniederlassung Zürich) an und beauftragte ebenfalls die Treuhand-Firma mit der Liquidation. Dies wurde damit begründet, dass die Organe der A.B._ gegenüber der Eidgenössischen Bankenkommission wahrheitswidrig erklärt hätten, bei der A.B._ handle es sich um eine ausländische Effektenhändlerin, die in der Schweiz eine Schwestergesellschaft habe (die A.Z._, die für sie Effektengeschäfte vermittle. Tatsächlich habe sich aber ergeben, dass die A.B._ in der Schweiz in den Geschäftsräumen der A.Z._ eine faktische Zweigniederlassung betrieben habe. Dort sei eine professionelle Handelsaktivität mit Optionen und Futures festgestellt worden, für die sie über keine Bewilligung verfügt habe. Hinzu komme, dass einige der Introducing Brokers, die mit der A.B._ zusammengearbeitet hätten, zu vielen Kundenbeschwerden Anlass gegeben hätten, und dass von einzelnen Kunden Strafanzeigen erfolgt seien. Die Eidgenössische Bankenkommission ordnete sowohl für die A.Z._ wie auch für die A.B._ (Zweigniederlassung Zürich) die sofortige Liquidation an (angefochtenes Urteil des Kassationsgerichts Zürich, S. 2 f.). Am 6. Januar 1999 erstatte die Liquidatorin Strafanzeige gegen X._ als wirtschaftlich Berechtigten der A.Z._ und A.B._ und gleichzeitigen Direktor der A.B._, ferner gegen Y._ als Geschäftsführer der A.Z._ und der A.B._ sowie gegen W._, der mit der Führung der Buchhaltung und dem internen Contolling beauftragt gewesen sei, wegen Betrugs, Veruntreuung, ungetreuer Geschäftsbesorgung, unwahrer Angaben über kaufmännische Gewerbe, Wucher, Gläubigerschädigung, Misswirtschaft und weiterer Straftaten. Unter anderem wurde ihnen vorgeworfen, sie hätten sich berufs- bzw. gewerbsmässig des Wuchers schuldig gemacht, indem Kunden, die für Börsentransaktionen Gelder auf Konten der A.Z._ und A.B._ überwiesen hätten, weit übersetzte Kommissionen verrechnet worden seien. Um hohe Kommissionen zu generieren, seien zusätzlich sehr viele Transaktionen abgewickelt worden. X._ wurde am 26. Dez. 1998 festgenommen, am 28. Dez. 1998 in Untersuchungshaft versetzt und am 23. Juli 1999 entlassen (angefochtenes Urteil S. 3 f.). C. Die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich stellte mit Verfügung vom 4. März 2003 das Strafverfahren gegen X._ aus gesundheitlichen Gründen ein. Sie auferlegte ihm je zur Hälfte die Untersuchungs- und Kanzleikosten und im Ganzen die Kosten für das medizinische Gutachten sowie die Einstellungsverfügung, insgesamt Fr. 66'521,50. Sie sprach ihm keine Umtriebsentschädigung und keine Genugtuung zu. Sie begründete die Kostenauflage damit, dass gemäss § 42 StPO/ZH die Kosten dem Angeschuldigten aufzuerlegen seien, wenn dieser die Untersuchung durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen verursacht habe. Die Auswertung eines grossen Teils der Kundenkonten habe ergeben, dass die meisten der Kunden nach rund sechs Monaten etwa 60 % der Anlagesumme verloren hatten und dass rund 80 % dieser Verluste auf Kommissionen zurückzuführen waren. Weil alle drei Stichproben zu diesem Resultat geführt hätten, stehe fest, dass diese Art der Bewirtschaftung der Kundenkonten System und Tradition hatte. X._ habe als Organ der A.B._ und damit auch der in den Räumen der A.Z._ aktiven Zweigstelle nicht vermeiden können, vom krassen Missverhältnis zwischen diesen Beträgen Kenntnis zu erhalten. Er habe auch die Vertragsvorlagen gekannt. Damit habe er gewusst, dass die A.B._ ihre Kunden über die Gesamthöhe und den Stellenwert der Kommissionen nicht gesetzmässig informierte (mit Hinweis auf ZR 82 Nr. 37 und [recte] BGE 124 III 155) und dass die Abrechnungen kein verlässliches Bild gaben. Indem er die unvollständige und irreführende Information zugelassen habe, habe er das Strafverfahren zumindest leichtfertig verursacht. Er habe auch gewusst, dass die A.B._ das Kundengeschäft in den Geschäftsräumen derA.Z._ abgewickelt habe bzw. dass die A.Z._ das auf Rechnung der A.B._ in Zürich tat und dass eine Bewilligungs- und Steuerpflicht bestand. Indem er dies zugelassen habe, habe er das Strafverfahren wiederum zumindest leichtfertig verursacht. D. X._ verlangte bezüglich der Kosten- und Entschädigungsregelung die gerichtliche Beurteilung und beantragte, die Kosten vollumfänglich auf die Staatskasse zu nehmen, ihn für die erlittenen Umtriebe mit mindestens 250'000 Franken zu entschädigen und ihm eine Genugtuung von 1 Mio. Franken zuzusprechen. Das Bezirksgericht Zürich bestätigte mit Verfügung vom 27. April 2004 die Kostenauflage durch die Bezirksanwaltschaft und wies das Entschädigungs- und Genugtuungsbegehren ab. Das Obergericht des Kantons Zürich wies mit Beschluss vom 11. Dez. 2004 den Rekurs gegen diese Verfügung des Bezirksgerichts ab. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hob am 22. Dez. 2005 das obergerichtliche Urteil auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an das Obergericht zurück, weil dieses auf nichtverwertbare Einvernahmeprotokolle abgestellt und damit den Nichtigkeitsgrund gemäss § 430 Abs. 1 Ziff. 4 StPO/ZH erfüllt habe. Das Obergericht wies in der Neubeurteilung mit Beschluss vom 4. Nov. 2006 den Rekurs erneut ab. Das Kassationsgericht wies mit Sitzungsbeschluss vom 29. Okt. 2007 die Nichtigkeitsbeschwerde gegen die obergerichtliche Neubeurteilung vom 4. Nov. 2006 ab, soweit es darauf eintrat. E. Nach Einstellung des Strafverfahrens gegen X._ am 4. März 2003 wurden mit Anklageschrift vom 20. Feb. 2004 Y._ als Verwaltungsrat und Geschäftsführer der A.Z._ und Geschäftsführer der A.B._ sowie V._ und U._ als Organe und Geschäftsführer einer der involvierten sechs Broker-Firmen wegen gewerbsmässigen Betrugs angeklagt. Das Bezirksgericht des Kantons Zürich sprach sie am 19. Jan. 2005 frei. Das Obergericht des Kantons Zürich (II. Strafkammer) bestätigte am 29. Nov. 2006 diesen Freispruch. Dabei wies es darauf hin, dass es nicht deshalb zur Liquidation der A._-Gesellschaften gekommen sei, weil die A.Z._ bereits jahrelang ohne Bewilligung Geschäfte getätigt und die A.B._ nur vorgeschoben hätte, sondern wegen des ungeschickten Einfädelns des Bewilligungsverfahrens vor der Eidgenössischen Bankenkommission. Im Übrigen habe das Eidgenössische Finanzdepartement der Strafanzeige nicht Folge geleistet, da es die ganze A._-Gruppe nach den Übergangsbestimmungen als Effektenhändlerin gemeldet betrachtet und damit einen Verstoss gegen das Eidgenössische Börsengesetz (BEHG) verneint habe (S. 27). In der Sache kam es zum Ergebnis, der Fall unterscheide sich von jenem in BGE 124 III 155 beschriebenen, und der Nachweis, dass die Geschädigten von den Angeklagten bewusst im Ungewissen über die Höhe und die Entstehungsweise der Kommissionen belassen worden seien, sei als vollumfänglich gescheitert zu betrachten (S. 32 f.). Sie hätten aber die Geschädigten hinsichtlich der Kostenträchtigkeit der Geschäftsmethode unvollständig und damit falsch informiert (S. 35 f.). Jedoch hätten sich die Abrechungen nicht zur Täuschung geeignet. Die darin aufgeführten Geschäfte und Kommissionen seien korrekt und vollständig, auch wenn die Darstellung nicht allzu zugänglich erscheine (S. 39 f.). Das völlige Untätigbleiben der Geschädigten trotz regelmässigen Eingangs der Tages- und Monatsabrechnungen müsse als Selbstverschulden qualifiziert werden (S. 56). Die gegen diesen Freispruch von der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich erhobene eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wies das Bundesgericht am 8. Mai 2007 ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6S.98/2007). In diesem Urteil führte das Bundesgericht aus, angesichts der Erkennbarkeit der schädigenden Kommissionsbelastungen erscheine bereits zweifelhaft, ob überhaupt eine strafrechtlich relevante Täuschung vorliege. Dies könne offen bleiben, da es jedenfalls an der Arglist fehle. Die Anleger hätten elementarste Vorsichtsmassnahmen vernachlässigt. Trotz der anhand von Abrechnungen ausgewiesenen massiven Belastungen erscheine das Untätigbleiben im Vergleich zur mangelhaften Information der Anleger über die Geschäftspraxis als vordergründige Schadensursache (E. 3.4). F. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den Sitzungsbeschluss des Kassationsgerichts vom 29. Okt. 2007 (oben Bst. D) aufzuheben, die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Kosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Mit Verfügung des Bundesgerichts vom 18. Februar 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Das Kassationsgericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichteten auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde.