Sachverhalt: A. A._ stellte der X._ GmbH in den Jahren 1996 und 1997 wiederholt fiktive Rechnungen über Blumenverkäufe aus. Sie dienten dazu, das Einfuhrkontingent der X._ GmbH zu erhöhen. Die Zollkreisdirektion Basel verfügte am 28. August 2000 gestützt auf Art. 12 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0), dass A._ wegen Widerhandlungen gegen die Zollgesetzgebung einen Zollbetrag von Fr. 205'976.95 zu bezahlen habe. Die Oberzolldirektion hiess am 11. Mai 2006 die von A._ dagegen erhobene Beschwerde gut. Sie stellte gestützt auf Art. 124 der - am 1. Mai 2007 aufgehobenen - Verordnung vom 10. Juli 1926 zum Zollgesetz (aZV; AS 42 339 und BS 6 514) zugleich fest, dass durch die ihm vorgeworfenen Widerhandlungen ein Zoll von Fr. 202'488.-- "betroffen" werde. Dieser Betrag diene zur Bemessung einer allfälligen Busse im Verwaltungsstrafverfahren sowie einer allfälligen solidarischen Mithaftung gemäss Art. 12 Abs. 3 VStrR. Das Bundesverwaltungsgericht hiess am 12. Juni 2007 die von A._ dagegen ergriffene Beschwerde gut, hob den Entscheid der Oberzolldirektion auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an diese Instanz zurück. B. Die Oberzolldirektion beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. Juli 2007, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 12. Juni 2007 aufzuheben und festzustellen, dass durch die A._ vorgeworfenen Widerhandlungen ein Zoll von Fr. 202'488.-- hinterzogen wurde. C. A._ stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.