Sachverhalt: A. Die X._ AG, (nachfolgend X._ AG oder Steuerpflichtige) wurde am 4. März 2008 für die Staats- und Bundessteuern 2006 mit einem Reinertrag von Fr. 795'597.-- und einem Kapital von Fr. 666'461.-- eingeschätzt. Dabei nahm die Veranlagungsbehörde erhebliche Aufrechnungen u.a. aufgrund geldwerter Leistungen vor. Dagegen liess die X._ AG durch ihre damalige Vertreterin, die Y._ am 10. März 2008 Einsprache erheben. Am 13. November 2008 fand eine Einspracheverhandlung statt, an welcher der Sitzleiter der damaligen Vertreterin teilnahm. Mit Einspracheprotokoll vom 19. November 2008 wurde für einen Teil der Aufrechnungen festgehalten, diese würden akzeptiert, für einen weiteren Teil wurde festgehalten, darauf werde verzichtet, und in einem Punkt wurde festgehalten, die Einsprecherin müsse noch einen Nachweis erbringen. Das Protokoll wurde seitens der Steuerpflichtigen durch den Sitzleiter der damaligen Vertreterin unterzeichnet. Am 16. Dezember 2008 eröffnete das Steueramt des Kantons Solothurn den Einspracheentscheid, welcher auf dem Einspracheprotokoll basierte und mit dem die Einsprache teilweise gutgeheissen wurde, indem der steuerbare Reinertrag auf Fr. 629'343.-- und das steuerbare Kapital auf Fr. 597'439.-- festgesetzt wurden. B. Am 16. Januar 2009 liess die X._ AG durch ihre neue Vertreterin gegen den Einspracheentscheid Rekurs und Beschwerde erheben, wobei sie beantragte, der steuerbare Gewinn sei auf Fr. 10'426.-- und das steuerbare Kapital auf Fr. 741'439.-- festzusetzen. Mit Urteil vom 17. August 2009 trat das Steuergericht des Kantons Solothurn auf Rekurs und Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, der Sitzleiter der damaligen Vertreterin der X._ AG habe sich anlässlich der Einspracheverhandlung mit dem Vorgehen des Steueramtes betreffend verschiedene Aufrechnungen einverstanden erklärt. Das heisse, er habe nicht an den bisherigen Rechtsbegehren festgehalten. Damit weiche der Einspracheentscheid nicht von den (geänderten) Anträgen der Vertreterin der X._ AG ab. Diese sei daher nicht beschwert, womit es an einer zwingenden Prozessvoraussetzung fehle. C. Die X._ AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde vom 20. November 2009, das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 17. August 2009 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, einen Sachentscheid zu fällen. Das Steueramt des Kantons Solothurn und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, das Steuergericht des Kantons Solothurn beantragt die Abweisung, soweit darauf einzutreten sei. Mit Stellungnahme vom 17. März 2010 und Duplik vom 7. Mai 2010 halten die X._ AG und das Steueramt des Kantons Solothurn an ihren Anträgen fest.