Sachverhalt: A. Die fairsicherungsberatung ag (Beschwerdeführerin) erbringt Dienstleistungen im Bereich der Versicherung, Vorsorge und Finanzplanung. Sie ist in allen Versicherungsfragen beratend tätig, bietet aber auch weitere Leistungen an, beispielsweise Führung von Verhandlungen mit Versicherungsgesellschaften, Anwälten und anderen Betroffenen im Schadenfall, Betreuung und Beratung bei Versicherungswechsel, Kurse und Seminare im Versicherungs-, Vorsorge- und Finanzbereich. Bei ihrer Gründung im Jahre 2001 übernahm sie als Sacheinlage die Aktiven und Passiven der Einzelfirma "fairsicherungsberatung" von F._. Dieser erteilte der Beschwerdeführerin die Lizenz zum Gebrauch seiner am 30. August 1994 in der Klasse 36 hinterlegten Marke "Fairsicherungsberatung" und ermächtigte sie zudem, die sich aus der Marke ergebenden Schutzrechte in eigenem Namen und in eigenem Interesse geltend zu machen. Auf den Namen der Beschwerdeführerin sind zudem die Domain-Namen "fairsicherung.ch" sowie "fairsicherungsberatung.ch" eingetragen. Die B._ Versicherung AG hinterlegte am 12. September 2007 die Marken "fairsicherung", "Autofairsicherung", "Lebensfairsicherung", "Direktfairsicherung", "Rechtsschutzfairsicherung", "Krankenfairsicherung" und "Reisefairsicherung" jeweils für die Klassen 35, 36, 42, und 45. Gegen diese Markeneintragung erhob die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 17. Januar 2008 Widerspruch. Die B._ Versicherung AG wurde am 11. Januar 2008 in "B._ AG" umbenannt und gleichentags die C._ Versicherung AG in B._ Versicherung AG. Diese wirbt mit Begriffen wie "Autofairsicherung" und "fairsichert". Am 9. Juni 2008 wurde sie zufolge Fusion mit der A._ Versicherungs-Gesellschaft (Beschwerdegegnerin) im Handelsregister gelöscht. Die A._ Versicherungs-Gesellschaft betreibt alle Arten von Versicherungs- und Rückversicherungsgeschäften mit Ausnahme der direkten Lebensversicherung. Sie betreibt eine Zweigniederlassung in E._, die unter dem Namen B._ Versicherungen geführt wird. Die Beschwerdeführerin forderte die Beschwerdegegnerin erfolglos zu einer Erklärung auf, die Verwendung von "fairsicherung" in der Werbung und im geschäftlichen Verkehr zu unterlassen. B. Am 28. März 2008 unterbreitete die Beschwerdeführerin dem Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen gestützt auf Art. 59 MSchG und Art. 14 UWG in Verbindung mit Art. 28c - 28f ZGB ein Massnahmengesuch mit dem Antrag, es sei der Beschwerdegegnerin unter Androhung der Bestrafung gemäss Art. 403 ZPO/BE im Widerhandlungsfall vorsorglich zu verbieten, den Begriff "fairsicherung" als Ganzes, als Wortbestandteil, in Kombination oder in abgeleiteter Form, insbesondere in Verb- oder Adjektivform (z.B. "fairsichern", "fairsichert" etc.), im Zusammenhang mit ihren Versicherungsprodukten und -leistungen oder sonst wie im Geschäftsverkehr zu verwenden und/oder damit Werbung zu machen, z.B. in Printprodukten, in Werbefilmen oder -spots oder im Internet. Der Gerichtspräsident wies das Gesuch mit Entscheid vom 18. Juli 2008 ab. Auf Appellation der Beschwerdeführerin mit leicht modifiziertem Rechtsbegehren bestätigte das Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, diesen Entscheid am 3. November 2008. C. Die Beschwerdeführerin erhob dagegen Beschwerde in Zivilsachen. Sie beantragt, der Beschwerdegegnerin sei in Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 3. November 2008 unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft oder Busse gemäss Art. 292 StGB im Widerhandlungsfall vorsorglich zu verbieten, den Begriff "fairsicherung" als Ganzes, als Wortbestandteil, in Kombination oder in abgeleiteter Form, insbesondere in Verb- oder Adjektivform (z.B. "fairsichern", "fairsichert" etc.), im Zusammenhang mit ihren Versicherungsprodukten und -leistungen oder sonst wie im Geschäftsverkehr selbst oder durch Tochtergesellschaften, Zweigniederlassungen oder Lizenznehmer zu verwenden und/oder damit Werbung zu machen, z.B. in Printprodukten, in Werbefilmen oder -spots oder im Internet. Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen und Weisungen des Bundesgerichts an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Stellungnahme.