Sachverhalt: A. Das Strafgericht des Kantons Zug verurteilte X._ am 4. Juli 2008 wegen mehrfachen und versuchten Diebstahls, Raubes, mehrfacher Sachbeschädigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs sowie Vergewaltigung zu 39 Monaten Freiheitsstrafe. Es ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf. Das Obergericht des Kantons Zug trat am 10. März 2009 auf die Berufung des Verurteilten mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht ein. Auf Beschwerde hin hob die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts den Obergerichtsentscheid auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_302/2009 vom 28. September 2009). B. Im Rahmen der Ergänzung der Berufungsbegründung vom 30. Oktober 2009 ersuchte X._ um Haftentlassung. Die Vorsitzende der Strafrechtlichen Abteilung des Obergerichts des Kantons Zug wies dieses Haftentlassungsgesuch am 10. November 2009 ab. Sie bejahte den Tatverdacht, die Fluchtgefahr sowie die Verhältnismässigkeit der Haft. C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 11. November 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Rückweisung der Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz. Er macht im Wesentlichen eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend. Überdies ersucht der Beschwerdeführer um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die Strafrechtliche Abteilung des Obergerichts beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik an Antrag und Begründung fest.