Sachverhalt: A. X._ (Ehefrau) Diener (nachfolgend: Beschwerdeführerin) und Y._ (Ehemann) (nachfolgend: Beschwerdegegner) sind seit 1995 verheiratet und haben zwei Kinder R._ (geb. 1997) und S._ (geb. 2002). Die Ehegatten reichten im Februar 2005 beim Kreisgericht Gaster-See ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein. Am 14. März 2005 stellte die Beschwerdeführerin ein Gesuch um vorsorgliche Massnahmen im Ehescheidungsverfahren. Mit Entscheid vom 6. Juli 2005 betreffend vorsorgliche Massnahmen wurde u.a. der Beschwerdeführerin die eheliche Wohnung zugewiesen, und es wurden die Kinder unter ihre Obhut gestellt. Ausserdem wurde der Beschwerdegegner verpflichtet, Unterhaltsbeiträge von insgesamt Fr. 2'110.-- (Fr. 500.-- für S._, Fr. 650.-- für R._ zuzüglich Fr. 340.-- Kinderzulagen sowie Fr. 620.-- für die Beschwerdeführerin) zu bezahlen, und sein Umgang mit den Kindern wurde geregelt. Im Oktober 2005 reiste die Beschwerdeführerin mit den Kindern in ihre Heimat Ecuador ab, wo sie mit diesen bis heute lebt. Mit Eingabe vom 13. April 2006 beantragte der Beschwerdegegner die Abänderung des Massnahmeentscheids, weil die Lebenskosten der Beschwerdeführerin und der Kinder in Ecuador wesentlich tiefer und seine Unterhaltsverpflichtungen deshalb herabzusetzen seien. Mit Entscheid vom 27. Oktober 2006 wies die Richterin das Abänderungsgesuch ab. Das Kreisgericht Gaster-See schied die Ehe mit Urteil vom 23. Oktober 2007, hielt sich jedoch für unzuständig, die elterliche Sorge und den persönlichen Umgang mit den Kindern zu regeln. Es verpflichtete den Beschwerdegegner, für den Fall einer Zuteilung des Sorgerechts an die Beschwerdeführerin indexierten Kinderunterhalt von Fr. 670.-- für jedes Kind plus allfällige Kinderzulagen zu bezahlen. Sodann stellte es fest, dass der gebührende Unterhalt der Beschwerdeführerin nicht gedeckt werden könne, und sprach ihr einen güterrechtlichen Ausgleich von Fr. 1'850.-- zu. B. Gegen dieses Urteil erklärte die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 7. Januar 2008 beim Kantonsgericht St. Gallen Berufung mit den Anträgen, ihr die elterliche Sorge über die Kinder zu übertragen und dem Vater ein angemessenes Besuchsrecht einzuräumen, den Kinderunterhalt auf je Fr. 900.-- anzusetzen und ihr nach Wegfall eines Kinderunterhaltsbeitrags nachehelichen Unterhalt von Fr. 500.-- während 80 Monaten zuzusprechen. Sodann verlangte sie, den Beschwerdegegner zur Übernahme sämtlicher Familienschulden zu verpflichten. Der Beschwerdegegner beantragte mit Eingabe vom 25. Januar 2008 die Abweisung der Berufung und stellte zugleich das Massnahmegesuch, den vorsorglich verfügten Ehegattenunterhalt aufzuheben und ihm Gelegenheit zu einem Ferienaufenthalt mit den Kindern im November 2008 zu geben. Am 7. Mai 2008 unterbreitete das Kantonsgericht den Parteien einen Vergleichsvorschlag. In der Folge erklärten sich die Parteien im Rahmen einer Teilvereinbarung insbesondere hinsichtlich der Zuteilung der elterlichen Sorge sowie des Umgangs mit den Kindern einverstanden und unterbreiteten die Festsetzung des Kinder- und Ehegattenunterhalts dem Gericht zur Entscheidung. C. Mit Verfügung vom 10. November 2008 hiess der Vizepräsident der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen gut und hob die Unterhaltspflicht des Beschwerdegegners gegenüber der Beschwerdeführerin rückwirkend per Ende Januar 2008 auf. Ferner teilte die II. Zivilkammer des Kantonsgerichts mit Entscheid vom 10. November 2008 die alleinige elterliche Sorge über die Töchter R._ und S._ der Beschwerdeführerin zu, räumte dem Beschwerdegegner und den Töchtern das Recht ein, zweimal pro Jahr während den Schulferien 14 Tage miteinander zu verbringen, wobei dieser die Töchter erstmals im Herbst 2008 in Ecuador besuchen dürfe, verpflichtete den Beschwerdegegner, an den Unterhalt der beiden Töchter R._ und S._ monatlich im Voraus je Fr. 750.-- zuzüglich allfällige Kinderzulagen bis zur Volljährigkeit, längstens aber bis zum Abschluss einer ordentlichen Erstausbildung zu bezahlen, stellte fest, dass für die Beschwerdeführerin keine zur Deckung des gebührenden Unterhalts ausreichende Rente habe festgesetzt werden können, genehmigte die Teilvereinbarung, wonach die Beschwerdeführerin das Recht habe, im Falle des Belangtwerdens für Familienschulden auf den Beschwerdegegner zurückzugreifen, und bestätigte das erstinstanzliche Urteil betreffend Ehescheidung, Indexierung Kinderunterhalt, Güterrecht sowie Freizügigkeitsguthaben. D. Mit Beschwerde vom 11. Dezember 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheids der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts, soweit er den Kinderunterhalt des Beschwerdegegners betrifft, und dessen Verpflichtung zur Bezahlung von Unterhaltsbeiträgen an die beiden Töchter R._ und S._ von monatlich im Voraus je Fr. 900.-- ab 1. Februar 2008 bis zum 31. Dezember 2008, Fr. 860.-- ab 1. Januar bis zum 31. Dezember 2009, Fr. 900.-- ab 1. Januar 2010 bis zum 31. Dezember 2010 und Fr. 920.-- ab 1. Januar 2011 bis zur Volljährigkeit, längstens aber bis zum Abschluss einer ordentlichen Erstausbildung jeweils zuzüglich allfällige Kinderzulagen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin die Aufhebung der Verfügung vom 10. November 2008, subeventualiter die Verpflichtung des Beschwerdegegners zur Bezahlung von Unterhaltsbeiträgen an die Beschwerdeführerin von monatlich Fr. 350.-- ab 1. Februar 2008 bis zum Abschluss des vorliegenden Verfahrens. Ferner ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.