Sachverhalt: Sachverhalt: A. Mit Zahlungsbefehl vom 8. Juli 2004 liess die Y._ AG (Beklagte) die Z.X._ AG (Klägerin) für Fr. 104'769.75 nebst Zins zu 6 % seit 1. Oktober 2002 und Verzugsschaden von Fr. 5'855.-- betreiben und erlangte am 7. Oktober 2004 provisorische Rechtsöffnung für Fr. 104'769.75 nebst Zins zu 5 % seit 1. Oktober 2002. Dabei stützte sie sich auf folgende, von der einzelzeichnungsberechtigten Geschäftsführerin der Klägerin, A._, unterzeichnete Schuldanerkennung: "Z.X._ AG, vertreten durch Frau A._, bestätigt hiermit, dass der Betrag von CHF 104'769.75 (...) gemäss beiliegender Zusammenstellung geschuldet wird an Herrn B._, ... " Die der Schuldanerkennung zu Grunde liegende Forderung hatte B._ als ursprünglicher Gläubiger der Beklagten abgetreten. Die der Schuldanerkennung zu Grunde liegende Forderung hatte B._ als ursprünglicher Gläubiger der Beklagten abgetreten. B. Am 22. November 2004 erhob die Klägerin beim Kantonsgericht Nidwalden Aberkennungsklage und beantragte, es sei festzustellen, dass die gesamte von der Beklagten in Betreibung gesetzte Forderung nicht bestehe. Das Kantonsgericht wies die Klage ab. Es kam zum Ergebnis, gemäss der Schuldanerkennung schulde die Klägerin, vertreten durch A._, B._ den Betrag von Fr. 104'769.75. Ein Verpflichtungsgrund werde nicht genannt, so dass es sich um ein abstraktes Schuldbekenntnis handle, welches mit Bezug auf den Schuldgrund zu einer Umkehr der Beweislast führe. In materiellrechtlicher Hinsicht seien nur zwei Punkte zu prüfen. Erstens stelle sich die Frage, ob B._ gestützt auf den Eintrag im Handelsregister von A._ als alleinzeichnungsberechtigter Geschäftsführerin auf deren Berechtigung, die Klägerin zu vertreten, habe schliessen dürfen. Daraus folge dann ohne Weiteres, ob sich die Beklagte auf die im Namen der Klägerin unterzeichnete Schuldanerkennung berufen dürfe. Nur wenn die Klägerin im vorliegenden Verfahren den vollen Beweis erbracht hätte, dass A._ die Klägerin entgegen dem Handelsregisterauszug nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen, müsste sie die Schuldanerkennung nicht gegen sich gelten lassen. Dieser Beweis sei der Klägerin indessen nicht geglückt. In einem nächsten Schritt sei das der Schuldanerkennung zugrunde liegende Rechtsverhältnis zu prüfen. Mit Datum vom 31. Januar 2000 sei zwischen der Klägerin und B._ eine Vereinbarung abgeschlossen worden, welche von diesem und A._ als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführerin unterzeichnet worden sei. Basis der Vereinbarung bildete ein E-Mail, welches A._ am 18. Januar 2000 an B._ gesandt habe. Darin ging es um einen Vorschlag für die beabsichtigte Zusammenarbeit. Es werde eine Zahlung von Fr. 50'000.-- erwähnt, die B._ zur Sicherung seiner Loyalität zu leisten habe. A._ schrieb in ihrem E-Mail, sie habe die Angelegenheit mit ihrem Verwaltungsrat der X._ AG besprochen. Nach Auffassung des Kantonsgerichts ist nicht ersichtlich, inwiefern B._ an der Berechtigung der Geschäftsführerin zu diesem Vorgehen hätte zweifeln müssen. Er habe in der Zeugenbefragung glaubhaft ausgesagt, dass er die Geschäftsführerin mit der Klägerin gleichgesetzt habe. Die Geschäftsführerin habe den Eindruck erweckt, die Klägerin sei ihre Gesellschaft. Sie selbst - die Geschäftsführerin - sei nur wegen der Nationalitätsvorschriften nicht Verwaltungsrätin. Aus dem Umstand, dass seine Zahlungen teilweise auf das Konto der Geschäftsführerin geflossen seien oder im Namen der Geschäftsführerin erfolgten, kann die Klägerin nach Auffassung des Kantonsgerichts nichts ableiten, da das Konto in der ursprünglichen Vereinbarung ausdrücklich als Geschäftskonto angegeben werde. Auf die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Einzelpositionen sei nicht einzugehen, da aufgrund der unterzeichneten Vereinbarung hinreichend erstellt sei, dass zwischen B._ und der Klägerin ein Zusammenarbeitsverhältnis bestand und er in guten Treuen habe davon ausgehen dürfen, alle Zahlungen zu Gunsten der Klägerin vorzunehmen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich. Damit habe die Klägerin den Beweis, dass die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Forderungen nicht bestünden, nicht erbringen können, weshalb die Forderung ausgewiesen sei. Selbst wenn man davon ausgehe, durch die Schuldanerkennung habe die Klägerin persönliche Schulden ihrer Geschäftsführerin übernommen, so dass eine Doppelvertretung vorliege, helfe dies der Klägerin nicht, da B._ immer der Ansicht gewesen sei, seine Leistungen zu Gunsten der Klägerin zu erbringen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich. In einem nächsten Schritt sei das der Schuldanerkennung zugrunde liegende Rechtsverhältnis zu prüfen. Mit Datum vom 31. Januar 2000 sei zwischen der Klägerin und B._ eine Vereinbarung abgeschlossen worden, welche von diesem und A._ als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführerin unterzeichnet worden sei. Basis der Vereinbarung bildete ein E-Mail, welches A._ am 18. Januar 2000 an B._ gesandt habe. Darin ging es um einen Vorschlag für die beabsichtigte Zusammenarbeit. Es werde eine Zahlung von Fr. 50'000.-- erwähnt, die B._ zur Sicherung seiner Loyalität zu leisten habe. A._ schrieb in ihrem E-Mail, sie habe die Angelegenheit mit ihrem Verwaltungsrat der X._ AG besprochen. Nach Auffassung des Kantonsgerichts ist nicht ersichtlich, inwiefern B._ an der Berechtigung der Geschäftsführerin zu diesem Vorgehen hätte zweifeln müssen. Er habe in der Zeugenbefragung glaubhaft ausgesagt, dass er die Geschäftsführerin mit der Klägerin gleichgesetzt habe. Die Geschäftsführerin habe den Eindruck erweckt, die Klägerin sei ihre Gesellschaft. Sie selbst - die Geschäftsführerin - sei nur wegen der Nationalitätsvorschriften nicht Verwaltungsrätin. Aus dem Umstand, dass seine Zahlungen teilweise auf das Konto der Geschäftsführerin geflossen seien oder im Namen der Geschäftsführerin erfolgten, kann die Klägerin nach Auffassung des Kantonsgerichts nichts ableiten, da das Konto in der ursprünglichen Vereinbarung ausdrücklich als Geschäftskonto angegeben werde. Auf die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Einzelpositionen sei nicht einzugehen, da aufgrund der unterzeichneten Vereinbarung hinreichend erstellt sei, dass zwischen B._ und der Klägerin ein Zusammenarbeitsverhältnis bestand und er in guten Treuen habe davon ausgehen dürfen, alle Zahlungen zu Gunsten der Klägerin vorzunehmen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich. Damit habe die Klägerin den Beweis, dass die der Schuldanerkennung zugrunde liegenden Forderungen nicht bestünden, nicht erbringen können, weshalb die Forderung ausgewiesen sei. Selbst wenn man davon ausgehe, durch die Schuldanerkennung habe die Klägerin persönliche Schulden ihrer Geschäftsführerin übernommen, so dass eine Doppelvertretung vorliege, helfe dies der Klägerin nicht, da B._ immer der Ansicht gewesen sei, seine Leistungen zu Gunsten der Klägerin zu erbringen und nicht für die Geschäftsführerin persönlich. C. Die gegen das Urteil des Kantonsgerichts gerichtete Appellation wies das Obergericht des Kantons Nidwalden ab. Es erkannte, die Schuldanerkennung sei dann nicht wirksam, wenn ein Interessenkonflikt vorlag, der für B._ erkennbar gewesen sei oder hätte erkennbar sein müssen. Allein aus der Tatsache, dass A._ einzelzeichnungsberechtigte Geschäftsführerin der Klägerin gewesen sei, habe B._ zwar noch nicht darauf schliessen können, dass sie Alleineigentümerin der Aktien sei. Dadurch, dass sie als solche auftrat, sich gegenüber Dritten als solche ausgab und der Verwaltungsrat nie in Erscheinung trat, habe sie den Eindruck erweckt, sie habe in der Firma die volle Kompetenz und auch das Sagen. Aus dem Umstand allein, dass B._ Zahlungen, insbesondere den Betrag von Fr. 50'000.--, auf ein privates Konto der Geschäftsführerin getätigt hatte, könne keine Bösgläubigkeit abgeleitet werden. Er habe, wie das Kantonsgericht richtig ausgeführt habe, davon ausgehen dürfen, diese Zahlungen an die Klägerin zu leisten. Nur wenn die Klägerin den vollen Beweis erbringe, dass B._ gewusst habe, dass die Geschäftsführerin die Klägerin nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen, müsste sie die Schuldanerkennung nicht gegen sich gelten lassen. Die Argumentation des Kantonsgerichts, insbesondere was die Glaubwürdigkeit der Zeugenaussage des B._ betreffe, sei insgesamt schlüssig und nachvollziehbar, weshalb darauf, zusätzlich zu den eigenen Erwägungen des Obergerichts, abgestützt werden könne. C. Die gegen das Urteil des Kantonsgerichts gerichtete Appellation wies das Obergericht des Kantons Nidwalden ab. Es erkannte, die Schuldanerkennung sei dann nicht wirksam, wenn ein Interessenkonflikt vorlag, der für B._ erkennbar gewesen sei oder hätte erkennbar sein müssen. Allein aus der Tatsache, dass A._ einzelzeichnungsberechtigte Geschäftsführerin der Klägerin gewesen sei, habe B._ zwar noch nicht darauf schliessen können, dass sie Alleineigentümerin der Aktien sei. Dadurch, dass sie als solche auftrat, sich gegenüber Dritten als solche ausgab und der Verwaltungsrat nie in Erscheinung trat, habe sie den Eindruck erweckt, sie habe in der Firma die volle Kompetenz und auch das Sagen. Aus dem Umstand allein, dass B._ Zahlungen, insbesondere den Betrag von Fr. 50'000.--, auf ein privates Konto der Geschäftsführerin getätigt hatte, könne keine Bösgläubigkeit abgeleitet werden. Er habe, wie das Kantonsgericht richtig ausgeführt habe, davon ausgehen dürfen, diese Zahlungen an die Klägerin zu leisten. Nur wenn die Klägerin den vollen Beweis erbringe, dass B._ gewusst habe, dass die Geschäftsführerin die Klägerin nicht oder nicht in vollem Umfang hätte vertreten dürfen, müsste sie die Schuldanerkennung nicht gegen sich gelten lassen. Die Argumentation des Kantonsgerichts, insbesondere was die Glaubwürdigkeit der Zeugenaussage des B._ betreffe, sei insgesamt schlüssig und nachvollziehbar, weshalb darauf, zusätzlich zu den eigenen Erwägungen des Obergerichts, abgestützt werden könne. D. Gegen das Urteil des Obergerichts führt die Klägerin beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Berufung. Auf die Beschwerde ist das Bundesgericht nicht eingetreten. Mit der Berufung verlangt die Klägerin im Wesentlichen die Gutheissung der Klage. Die Beklagte schliesst auf kostenfällige Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.