Sachverhalt: A. X._, geboren 1985, wurde am 28./29. September 2004 als Panzergrenadier ausgehoben. Am 11. Juli 2005 trat er in die Rekrutenschule ein. Aufgrund belastungsabhängiger Kniebeschwerden wurde er von der zuständigen medizinischen Untersuchungskommission für militärdienstuntauglich erklärt und am 19. September 2005 vorzeitig aus dem Militärdienst entlassen. Mit Schreiben vom 24. November 2005 anerkannte die SUVA Militärversicherung eine Verschlimmerungshaftung für die Kniebeschwerden links. Die Haftung hinsichtlich der rechtsseitigen Kniebeschwerden wurde mit Verfügung vom 27. September 2006 abgelehnt, was mit rechtskräftigem Einspracheentscheid vom 8. Oktober 2007 bestätigt wurde. Mit Verfügung vom 30. Mai 2008 befreite die Dienststelle Militär, Zivilschutz und Justizvollzug, Wehrpflichtersatz, des Kantons Luzern X._ für das Jahr 2005 gestützt auf Art. 4 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes über die Wehrpflichtersatzabgabe (WPEG; SR 661) von der Ersatzpflicht, wobei sie festhielt, er habe für spätere Jahre die Ersatzabgabe zu entrichten. Eine dagegen erhobene Einsprache wurde am 21. Juli 2008 abgewiesen. B. Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Abgaberechtliche Abteilung, mit Urteil vom 28. Februar 2011 gut, nachdem es vorgängig die Vornahme einer medizinischen Begutachtung angeordnet hatte. Es schloss, die Vorinstanz habe im angefochtenen Einspracheentscheid zu Recht darauf erkannt, dass der Befreiungsgrund von Art. 4 Abs. 1 lit. b WPEG für das Jahr 2005, nicht aber für die Folgejahre gegeben sei. Der von ihr getroffenen Feststellung, wonach ab dem Jahr 2006 eine Wehrpflichtersatzabgabe zu entrichten sei, stünden jedoch die Erwägungen des Urteils des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte (EGMR) in Sachen Glor gegen die Schweiz vom 30. April 2009 entgegen, was im Ergebnis zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids und zur Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde führe. C. Hiergegen führt die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV), Wehrpflichtersatzabgabe, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern sei aufzuheben und der Einspracheentscheid der kantonalen Bezugsbehörde sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen. X._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Eventuell sei die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dem Beschwerdegegner sei für das Verfahren vor dem Schweizerischen Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege für die Gerichts- und Beweiskosten zu bewilligen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern (Abgaberechtliche Abteilung) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Wehrpflichtersatzverwaltung des Kantons Luzern teilt mit, der Beschwerde der ESTV nichts mehr anzufügen zu haben.