Sachverhalt: A. Die Erbengemeinschaft Y._ sel. ist Eigentümerin des Grundstücks Nr. 1011 in Altstätten. Dieses liegt gemäss Zonenplan der Gemeinde Altsätten vom 11. Juni 1996 in der Landwirtschaftszone. Das rund 12'376 m2 umfassende Grundstück ist mit einem Wohnhaus (Gebäudeversicherungs-Nr. 2467), einer Scheune sowie einer Remise überbaut. Das landwirtschaftlich geschätzte Grundstück befand sich am 1. Juli 1972 im Eigentum von Y._ sel. Dieser bewirtschaftete im Jahr 1972 unter Einbezug weiterer Grundstücke eine landwirtschaftliche Nutzfläche von rund 2,4 ha. Der damalige Viehbestand betrug vier bis fünf Grossvieheinheiten. Neben der landwirtschaftlichen Tätigkeit arbeitete Y._ sel. damals an drei Tagen pro Woche in verschiedenen Baugeschäften. Nach dem Zukauf eines weiteren Grundstücks umfasste die landwirtschaftliche Nutzfläche im Jahre 1982 rund 3,1 ha. Bis 1986 bewirtschaftete Y._ sel. das Land selbst, anschliessend wurde es an Dritte verpachtet. Der Enkel von Y._ sel., X._, beabsichtigt, das Wohnhaus Gebäudeversicherungs-Nr. 2467 abzubrechen und ein neues Wohnhaus zu erstellen. Dazu will er nach der Erteilung der Baubewilligung das Grundstück Nr. 1011 von der Erbengemeinschaft Y._ sel. erwerben und gleichzeitig die Gebäudegrundfläche und soviel Umschwung, wie nach dem Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991 (SR 211.412.11, BGBB) zulässig ist, abparzellieren, damit das Wohnhaus und der unmittelbare Umschwung nicht mehr dem BGBB unterstehen. B. Mit raumplanungsrechtlicher Teilverfügung vom 18. Oktober 2006 lehnte das damalige Amt für Raumentwicklung des Kantons St. Gallen (kurz ARE; seit 1. Januar 2008 Amt für Raumentwicklung und Geoinformation, kurz AREG), ein von X._ eingereichtes Bauermittlungsgesuch betreffend Abbruch des bestehenden Wohnhauses und Bau eines neuen Wohnhauses ab. Es erwog im Wesentlichen, die Beurteilung des Baugesuches richte sich nach Art. 24d des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (SR 700; RPG), weshalb nur ein zurückhaltender Umbau bzw. eine Sanierung und Erweiterung innerhalb des bestehenden Gebäudes in Frage komme. Am 3. Januar 2007 stellte X._ ein Baugesuch betreffend "Abbruch und Wiederaufbau des bestehenden Wohnhauses Gebäudeversicherungs-Nr. 2467, Grundstück Nr. 1011". Das ARE hielt mit raumplanungsrechtlicher Verfügung vom 29. März 2007 an seiner im Vorentscheid vom 18. Oktober 2006 vertretenen Auffassung fest und verweigerte die Zustimmung zum Baugesuch. Gestützt darauf zog X._ sein Baugesuch am 23. April 2007 zurück. C. Mit Schreiben vom 1. Juni 2007 reichte X._ ein weiteres Baugesuch ein, das wiederum den Abbruch des bestehenden Wohnhauses Gebäudeversicherungs-Nr. 2467 und den Neubau eines Wohnhauses an dessen Stelle zum Gegenstand hat. Er machte geltend, vorliegend sei nicht Art. 24d RPG anzuwenden, sondern Art. 24c RPG, weshalb die Bewilligung zu erteilen sei. Während der Einsprachefrist erhoben der Schweizer Heimatschutz sowie der Heimatschutz St. Gallen/Appenzell I.Rh. Einsprache gegen das Baugesuch, mit dem Antrag, dieses sei abzulehnen. Das ARE hielt mit raumplanungsrechtlicher Verfügung vom 3. September 2007 erneut an seiner Beurteilung fest und verweigerte abermals die Zustimmung zum Bauvorhaben. Mit Beschluss vom 24. September 2007 lehnte der Stadtrat Altstätten die Baubewilligung gestützt auf die Verfügung des ARE ab. Gegen diesen Beschluss erhob X._ am 11. Oktober 2007 Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen, welches mit Entscheid vom 12. August 2008 den Rekurs abwies. Es erwog im Wesentlichen, dass das Wohnhaus Gebäudeversicherungs-Nr. 2467 am 1. Juli 1972 landwirtschaftlich genutzt worden sei und bauliche Massnahmen ausschliesslich nach Art. 24d RPG zu beurteilen seien. Demnach sei der Wiederaufbau einer landwirtschaftlichen Wohnbaute nur nach Zerstörung durch höhere Gewalt zulässig, nicht jedoch bei freiwillig abgebrochenen landwirtschaftlichen Wohnbauten. Hierauf gelangte X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, welches die Beschwerde mit Urteil vom 22. Januar 2009 abwies. D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. März 2009 beantragt X._ dem Bundesgericht die Aufhebung des angefochtenen Urteils des Verwaltungsgerichts. Die kantonale Genehmigung gemäss Art. 25 Abs. 2 RPG sowie die Baubewilligung für das Bauvorhaben gemäss dem Baugesuch vom 4. Juni 2007 für den Abbruch des bestehenden Wohnhauses und den Neubau eines Einfamilienhauses mit Wärmepumpe mit Erdsonde, seien uneingeschränkt zu erteilen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Heimatschutz St. Gallen/Appenzell I.Rh. beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Baudepartement und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Politische Gemeinde Altstätten verzichtete auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Raumentwicklung schliesst in seiner Stellungnahme vom 13. Mai 2009 auf Abweisung der Beschwerde. In seiner Replik vom 14. Juli 2009 hält X._ an seinen Anträgen fest.