Sachverhalt: A. X._ erstattete am 15. September 2011 eine Strafanzeige wegen verschiedener Vorfälle, die bis ins Jahr 2004 zurückreichen. Sie richtete sich gegen "sämtliche involvierten Beamten, auch diejenigen, welche mir eine unabhängige Untersuchung gem. Art. 13 & 16 FoK verweigern, gem. Art. 115 StGB ... wegen Nötigung zu Suizid, aus selbstsüchtigen, niederen Motiven, sowie wegen vorsätzlicher Körperverletzung und Folter gem. Art. 122 StGB, dazu wegen Amtsmissbrauch, Begünstigung ...". Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl überwies die Sache der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Diese überwies die Sache wiederum dem Obergericht des Kantons Zürich zum Entscheid über die Erteilung oder Nichterteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Untersuchung. Mit Beschluss des Obergerichts, III. Strafkammer, vom 10. Januar 2012 wird der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zum Entscheid über die Untersuchungseröffnung bzw. die Nichtanhandnahme des Verfahrens gegen Unbekannt nicht erteilt. Das Obergericht weist auf eine seit Jahren andauernde Auseinandersetzung des Anzeigeerstatters mit Y._ und auf zwei Strafverfahren hin, in denen dieser jeweilen freigesprochen worden war. Es führt ferner aus, dass aus der Anzeige nicht hervorgehe, wer konkret durch welche Handlung welchen Straftatbestand erfüllt haben soll. Entsprechendes sei auch den beigezogenen Akten nicht zu entnehmen. Somit liege kein Anfangsverdacht vor, weshalb die Ermächtigung zu verweigern sei. B. X._ hat am 26. Januar 2012 beim Bundesgerichtspräsidenten Beschwerde erhoben, mit dem Betreff "X._ c. Zürich; Moldovan-Beschluss vom OG am 10.01.12" und unter dem Titel "Verstoss gegen Art. 13 ff. FoK (SR 0.105) und wirksame Beschwerde". Der Beschwerdeführer führt im Wesentlichen das Folgende aus: Seit dem 9. August 2004 befänden sich die Zürcher Beamten in einer Tretmühle von Amtsmissbräuchen und entsprechenden Vertuschungen. Er selber sei seither surrealem Staatsterror ausgesetzt. Er habe dadurch posttraumatische Belastungsstörungen erlitten, welche mittlerweile zu einer andauernden Persönlichkeitsveränderung geführt hätten. In rechtlicher Hinsicht weist der Beschwerdeführer auf die absolute Natur von Art. 3 EMRK hin. Dieselbe Natur wiesen Art. 13 und 16 der UN-Folterkonvention auf. Danach habe er Anspruch auf eine unabhängige Untersuchung. Er habe seit dem 26. Juni 2010 unzählige entsprechende Anträge gestellt. Wegen seiner Zivilforderungen sei der konspirative Ermächtigungsbeschluss des Obergerichts widerrechtlich. Er hält Verstösse gegen das Beschleunigungsverbot und das Recht auf eine wirksame Beschwerde fest und beklagt sich über unmenschliche Behandlung. Ebenso soll er keine einsprachefähige Verfügung erhalten haben. Es sei tatsachenwidrig, wenn ihm ein Antrag auf Nichterteilung der Ermächtigung unterstellt werde. Er verlangt erneut und mit Nachdruck eine unabhängige Untersuchung gemäss Art. 13 und 16 Folterkonvention. Ferner bezieht sich der Beschwerdeführer auf einen fürsorgerischen Freiheitsentzug. Eine Einweisungsverfügung habe er erst am dritten Tag erhalten. Diese habe übelste Verleumdungen enthalten. Als Folge einer von ihm erhobenen Beschwerde habe ihn die Klinik Burghölzli entlassen müssen. Das Ermächtigungsverfahren sei mit Art. 3 EMRK und Art. 13 und 16 UN-Folterkonvention nicht vereinbar. Er habe bereits am 30. April 2011 sämtliche Zürcher Beamten wegen Befangenheit abgelehnt, sodass zuerst über dieses Ausstandsbegehren hätte befunden werden müssen. Zusammenfassend stellt der Beschwerdeführer sinngemäss die folgenden Anträge: Durchführung einer unabhängigen Untersuchung gemäss Folterkonvention, vollumfängliche Behebung des verursachten Schadens inkl. Lohnausfall seit dem 1. Juni 2009, Überweisung der Strafsache an das Bundesstrafgericht, Herausgabe der geheimen Akten bei der Oberstaatsanwaltschaft, aufschiebende Wirkung. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl, die Oberstaatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer liess dem Bundesgericht weitere Eingaben zukommen: vom 9. Februar 2012, vom 29. Februar 2012, vom 12. März 2012 (zwei Schreiben), vom 3. April 2012, vom 2. Mai 2012 und vom 3. Mai 2012 (zwei Eingaben). Er ersucht um einen zweiten Schriftenwechsel, aufschiebende Wirkung und Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.