Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Horgen verurteilte X._ am 25. Februar 2009 wegen Betrugs und Veruntreuung zum Nachteil von Y._ zu einer bedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 15 Monaten, als Zusatzstrafe zum Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis vom 2. Juni 2008. Es verpflichtete X._, Fr. 37'110.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 27. Juli 1998 sowie eine Prozessentschädigung von Fr. 16'000.-- an Y._ zu bezahlen und verwies deren Schadenersatzbegehren im Mehrbetrag auf den Zivilweg. B. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 16. November 2009 von den Vorwürfen der Veruntreuung und des Betrugs zum Nachteil von Y._ frei. Es hob die Verpflichtung von X._ zur Bezahlung der Zivilforderung und Prozessentschädigung an Y._ auf. Die Untersuchungs- und Verfahrenskosten beider Instanzen, inklusive der Kosten für die amtliche Verteidigung, auferlegte es X._ zur Hälfte und Y._ zu einem Viertel. Es verpflichtete Y._, X._ für die erbetene Verteidigung eine reduzierte Entschädigung von Fr. 7'500.-- sowie eine Umtriebsentschädigung von Fr. 750.-- zu bezahlen. C. Gegen dieses Urteil erhebt Y._ Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei vollumfänglich aufzuheben und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter seien Dispositivziffern 8 (Parteientschädigung von Fr. 7'500.-- an X._) und 10 (Umtriebsentschädigung von Fr. 750.-- an X._) aufzuheben und es sei von einer Entschädigung an X._ abzusehen. D. X._ ficht den Kostenentscheid mit separater Beschwerde (6B_19/2010) an. E. X._ beantragt in seiner Stellungnahme, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Soweit Dispositivziffern 8 und 10 des angefochtenen Entscheids aufgehoben würden, seien die entsprechenden Entschädigungszahlungen dem Kanton Zürich zu überbinden. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. Das Obergericht sowie die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.