Sich bestechen lassen (Art. 315 aStGB)(Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich [II. Strafkammer] vom 16. September 1998 [S2/U/O/SB960341/jv]), hat sich ergeben: A.- In der Anklage vom 4. Juli 1994 wird Raphael Engelbert Huber in 20 Anklagepunkten (Ziff. III - XXII) vorgeworfen, als Leiter der Abteilung Wirtschaftswesen bei der Finanzdirektion des Kantons Zürich (Ziff. II) zwischen Mitte 1982 und November 1991 von Gastgewerblern unstatthafte geldwerte Vorteile gefordert respektive entgegengenommen und dabei zu erkennen gegeben haben, dass er diese als Zuwendungen für pflichtwidrige Amtshandlungen verstehe; verschiedene Male habe er seine Amtspflichten tatsächlich verletzt. In der Nachtragsanklage vom 23. Januar 1995 werden ihm der Missbrauch seiner Stellung als Präsident der Prüfungskommission A für die Erteilung von Fähigkeitsausweisen durch Bevorzugung von vier Kandidaten sowie eine Trunkenheitsfahrt vom 16. April 1994 in Zürich vorgeworfen (Urteil Obergericht S. 9 f.). B.- Das Obergericht des Kantons Zürich (II. Strafkammer) trat am 16. September 1998 im Berufungsverfahren gegen ein Urteil des Bezirksgerichts Zürich (1. Abteilung) vom 21. August 1995 auf mehrere Anklagepunkte zufolge Verjährung nicht ein. Es fand Raphael Engelbert Huber schuldig - des mehrfachen (qualifizierten) Sichbestechenlassens im Sinne von Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB gemäss der Anklage Ziff. IV in Sachen A._ bezüglich des Akzepts des Zinserlasses von Fr. 35'000. -- sowie Ziff. VI, VII und X; - des mehrfachen Sichbestechenlassens im Sinne von Art. 315 Abs. 1 StGB gemäss der Anklage Ziff. IV i.S. B._, Ziff. V, Ziff. VIII i.S. C._, Ziff. XII bezüglich der Aufforderung zur Zahlung und Annahme von Fr. 10'000. --, Ziff. XV bezüglich der Annahme von Fr. 10'000. --, Ziff. XVI, Ziff. XVII in Bezug auf die Forderung von Fr. 50'000. -- sowie Ziff. XVIII, XIX, XX, XXI; - des Fahrens in angetrunkenem Zustand im Sinne von Art. 91 Abs. 1 SVG; - der versuchten Vereitelung der Blutprobe im Sinne von Art. 91 Abs. 3 SVG in Verbindung mit Art. 22 Abs. 1 StGB. Das Obergericht fand ihn in mehreren Anklagepunkten nicht schuldig des Sichbestechenlassens (Art. 315 StGB) sowie des Amtsmissbrauchs (Art. 312 StGB) und sprach ihn von diesen Vorwürfen frei. Es bestrafte ihn mit 4 1/2 Jahren Zuchthaus (abzüglich 489 Tage angerechneter Hafttage) und Fr. 200'000. -- Busse. Es verpflichtete ihn, dem Staat den unrechtmässig erlangten Vermögensvorteil von Fr. 918'680. -- abzuliefern (Urteilsdispositiv Obergericht S. 167 ff. sowie Urteilsdispositiv des Bezirksgerichts im Urteil Obergericht S. 2 ff.). Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies am 17. April 2000 eine Nichtigkeitsbeschwerde von Raphael Engelbert Huber ab, soweit es darauf eintrat. C.- Raphael Engelbert Huber erhebt Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. D.- Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme zur Nichtigkeitsbeschwerde. E.- Das Bundesgericht weist mit Entscheid heutigen Datums eine staatsrechtliche Beschwerde von Raphael Engelbert Huber ab, soweit es darauf eingetreten ist.