Sachverhalt: A. X._ ist seit 1. Juli 2009 Chef der Abteilung A._ und Vizedirektor im Bundesamt B._ des Eidg. Departementes Z._. Die Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen im Bereich Informations- und Objektsicherheit (Fachstelle IOS; nachfolgend: Fachbehörde oder Beschwerdegegnerin) des Eidg. Departementes für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) fand anlässlich von verschiedenen Überprüfungen im Auftrag des Eidg. Departementes Z._ in Bezug auf X._ wiederholt kein Sicherheitsrisiko. Nachdem in Zeitungsartikeln über seine damalige, aus N._ stammenden Lebenspartnerin berichtet worden war, beantragte die für die Einleitung einer Personen überprüfung zuständige Personaldienststelle des Bundesamtes B._ mit Zustimmung von X._ vom 11. August 2010 die Durchführung einer erneuten Sicherheitsprüfung. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs erliess die Fachbehörde am 4. November 2010 eine negative Risikoverfügung, wonach X._ als Sicherheitsrisiko erachtet und unter anderem empfohlen wurde, von seiner Weiterverwendung in der besonders sicherheitsempfindlichen Funktion als Chef der Abteilung A._ sei abzusehen. B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die von X._ gegen die negative Risikoverfügung erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 20. September 2011 ab. C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei eine positive Risikoverfügung zu erlassen; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz bzw. die Fachstelle IOS zur Sachverhaltsabklärung und neuem Entscheid zurückzuweisen. Weiter ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. D. Mit Verfügung vom 12. Januar 2012 wies der Instruktionsrichter das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab, soweit es nicht gegenstandslos geworden war.