Sachverhalt: A. X._ arbeitete bis 30. April 2001 als angestellte Rechtsanwältin in einer Zürcher Anwaltskanzlei. Am 16. März 2001 sprach ihr der Schweizerische Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (SNF) einen Beitrag von Fr. 255'000.-- für drei Jahre als "Salär bzw. persönlicher Beitrag an den Lebens-unterhalt der Gesuchstellerin" zu. Diese finanzielle Leistung erfolgte im Hinblick auf die Realisierung eines Forschungsprojekts, das zu einer Habilitationsschrift ausgebaut werden sollte. Anfangs September 2001 wurde X._ die erste Jahrestranche von Fr. 85'000.-- des ab 1. August 2001 laufenden Projekts ausbezahlt. Auf den 1. März 2002 trat sie eine befristete Stelle als assoziierte Professorin an der Universität R._ an, weshalb der Schweizerische Nationalfonds einem Projektunterbruch mit entsprechender Suspendierung der Beitragszahlung zustimmte. B. Das kantonale Steueramt veranlagte X._ mit Einschätzungs- und Einspracheentscheid vom 13. Mai 2003 bzw. 3. Februar 2005 für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 109'600.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 80'000.--. Dabei behandelte sie die volle erste Tranche der Zahlung des Schweizerischen Nationalfonds von Fr. 85'000.-- des Jahres 2001 als steuerbares Einkommen. Die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich wies den dagegen gerichteten Rekurs am 22. Februar 2006 ab und verwarf den Einwand, die Zahlung des Schweizerischen Nationalfonds sei nicht bzw. nur pro rata temporis (August bis Dezember), d.h. mit Fr. 35'416.--, steuerbar. Im Gegensatz zum kantonalen Steueramt qualifizierte sie die Zahlung als voll steuerbare Unterstützung, weil sie den Grundbedarf der steuerpflichtigen Person bei weitem übersteige. Das von X._ angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess deren Beschwerde mit Entscheid vom 13. Dezember 2006 teilweise gut (StR 62, 437) und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich zurück. Das Gericht erwog, weder das kantonale Steueramt noch die Vorinstanz hätten die steuerpflichtige Person zur Höhe der Kosten der notwendigen Lebenshaltung, zu welchen hier ebenso die Ausbildungskosten zu rechnen seien, angehört. C. Gegen diesen Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Dezember 2006 (versandt am 4. Januar 2007) führt X._ mit Eingabe vom 7. Februar 2007 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und ihr steuerbares Einkommen für das Steuerjahr 2001 ohne Einbezug der Zahlung des Schweizerischen Nationalfonds auf Fr. 24'600.-- festzusetzen; eventuell sei nur der Betrag zu erfassen, welcher den Grundbedarf übersteigt (Verfahren 2A.103/2007). D. Mit Verfügung vom 15. Februar 2007 sistierte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das bundesgerichtliche Verfahren bis zum neuen Entscheid der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich. E. Im zweiten Rechtsgang wies die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich den Rekurs am 5. Juni 2007 nach Anhörung der steuerpflichtigen Person zu den ihr in der Steuerperiode 2001 angefallenen Lebenshaltungs- und Ausbildungskosten erneut ab. Die hiergegen beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich erhobene Beschwerde blieb ohne Erfolg. F. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Dezember 2007 beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 24. Oktober 2007 aufzuheben und ihr steuerbares Einkommen für das Steuerjahr 2001 ohne Einbezug der Zahlung des Schweizerischen Nationalfonds auf Fr. 24'600.-- festzusetzen, eventuell sei nur der Betrag zu erfassen, welcher den Grundbedarf übersteigt. Sie rügt sinngemäss eine willkürliche und rechtsungleiche Rechtsanwendung (Verfahren 2C_715/2007). G. Mit Verfügung vom 19. Dezember 2007 vereinigte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung die beiden Verfahren und und nahm das Verfahren 2A.103/2007 wieder auf. H. Das kantonale Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerden. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Vernehmlassungen.