Sachverhalt: A. Die X._ AG, nunmehr in Liquidation (Beschwerdeführerin) und die Y._ AG waren beide in einem Industriegebäude in Z._ eingemietet, welches am 1. August 2002 durch einen Brand weitgehend zerstört wurde. Die Beschwerdeführerin macht die Beschwerdegegnerin für den Brand und den daraus entstandenen Schaden verantwortlich. Sie behauptet, trotz ihrer Sach- und Betriebsunterbruchsversicherung habe sie sich von den Folgen des Brandes wirtschaftlich nicht erholen können und befinde sich heute in Liquidation. Mit einer Teilklage vom 6. Dezember 2006 verlangte sie vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich von der Beschwerdegegnerin Fr. 1'000'000.-- nebst Zins. Sie berief sich auf entgangenen Gewinn aus dem Geschäftsbereich Microcomponents (MC), wobei sie einstweilen nur den Schaden vom 1. August 2002 bis zum 31. Dezember 2006 einklagte, sowie auf nutzlos gewordene Aufwendungen im Bereich High Density Interconnects (HDI), diesbezüglich unter Vorbehalt späterer Einforderung des entgangenen Gewinns. Von der Gesamtforderung für die geltend gemachten Positionen von Fr. 22'607'694.97 verlangte sie mit der Teilklage die erste Million. Zur Begründung des Schadens berief sie sich auf einen am 29. Juli 2002 unterzeichneten Businessplan und machte geltend, sie sei durch den Brand daran gehindert worden, die darin festgelegten Ziele zu erreichen. Die Investoren hätten das Interesse verloren, so dass die Beschwerdeführerin zunächst den Bereich HDI und schliesslich das gesamte Unternehmen habe schliessen müssen. Sie verlangte neben dem Ersatz der nutzlos gewordenen Aufwendungen im HDI-Bereich als Schaden im MC-Bereich im Wesentlichen die Differenz zwischen dem Ergebnis gemäss Businessplan 2002 - 2006 und dem im Betrachtungszeitraum tatsächlich erzielten. Insbesondere mit Bezug auf den MC-Bereich sei der Schaden in Anwendung von Art. 42 Abs. 2 OR zu schätzen. B. Mit Urteil vom 26. Januar 2010 wies das Handelsgericht die Klage ab. Die gegen dieses Urteil erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht das Kantons Zürich am 11. Oktober 2011 ab, soweit es darauf eintrat. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, beide kantonalen Entscheide aufzuheben, und sie wiederholt ihr Begehren aus dem Verfahren vor Handelsgericht. Eventuell beantragt sie die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht, wobei sie einzelne Anweisungen an das Handelsgericht nennt, die das Bundesgericht mit einer Rückweisung verbinden soll. Ihrem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 14. Dezember 2011 statt. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten und eventuell die Beschwerde abzuweisen. Dem durch die Beschwerdeschrift verursachten unnötigen Aufwand sei bei der Festsetzung der Parteientschädigung Rechnung zu tragen. Beide kantonalen Instanzen haben auf Vernehmlassung verzichtet.