Sachverhalt: A. Y._war am Abend des 18. Februar 2006 zusammen mit seinem Bruder bei A._ und B._ zu Besuch. Im Verlaufe des Besuchs beschwerte sich der im selben Haus wohnhafte X._ über Lärm. Darauf kam es zu einer tätlichen Auseinandersetzung, an welcher sich zunächst A._ und B._ beteiligten. B._ versetzte X._ einen Fusstritt in den Brustbereich und Faustschläge, worauf sich dieser über die Treppe hinunter zu seiner Wohnung begab. A._, B._, Y._und sein Bruder folgten X._ vor seine Wohnung. Dort schlug ihn Y._mit der Faust ins Gesicht. Gemäss der Anklageschrift (Strafverfügung) erlitt X._ folgende Verletzungen: eine Hals- und Brustwirbelsäulendistorsion, Schädel-, Thorax- und Lendenwirbelsäulenkontusionen sowie eine Rippenfraktur. B. Die Amtsgerichtsstatthalterin von Olten-Gösgen sprach Y._auf seine Einsprache gegen die Strafverfügung der Staatsanwaltschaft Solothurn vom 14. August 2007 mit Urteil vom 14. Mai 2008 vom Vorwurf des Hausfriedensbruchs frei. Hingegen fällte sie einen Schuldspruch wegen einfacher Körperverletzung, begangen zum Nachteil von X._. Der ebenfalls wegen einfacher Körperverletzung verurteilte B._ akzeptierte die Strafverfügung der Staatsanwaltschaft Solothurn vom 14. August 2007. C. Y._reichte im Schuldpunkt Appellation an das Obergericht des Kantons Solothurn ein, welches ihn am 12. November 2008 vom Vorwurf der einfachen Körperverletzung freisprach. D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ als Opfer Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und Y._sei wegen einfacher Körperverletzung zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter stellt er ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. E. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn beantragt mit Eingabe vom 16. Juni 2009, die Beschwerde sei gutzuheissen. Y._ verzichtet mit Schreiben vom 17. Juni 2009 auf eine Vernehmlassung. Das Obergericht des Kantons Solothurn beantragt mit Eingabe vom 18. Juni 2009, unter anderem mit Verweis auf die Begründung im angefochtenen Entscheid, die Abweisung der Beschwerde.