Stiftungsaufsicht, hat sich ergeben: A.- Auf Ersuchen des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) in seiner Funktion als eidgenössische Stiftungsaufsicht stellte die Sozialbehörde Embrach die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung gestützt auf Art. 393 Ziff. 4 ZGB unter Beistandschaft (Verfügung vom 28. Mai 1999). Zum Beistand wurde Rechtsanwalt Dr. Stephan Eschmann, Zürich, ernannt. Diese Anordnung wurde gerichtlich bestätigt, zuletzt vom Bundesgericht mit Urteil vom 3. Oktober 2000 (teilweise publiziert in BGE 126 III 499). Nachdem das Amtsgericht Baden-Baden (BRD) das Begehren von Rechtsanwalt Stephan Eschmann um Bestellung eines Betreuers für den Stifter und Stiftungsratspräsidenten Dr. Gustav Rau abgelehnt und vorfrageweise dessen Geschäftsfähigkeit festgestellt hatte (Beschluss vom 20. September 2000), forderte dieser den Beistand mit Schreiben vom 30. November 2000 zum sofortigen Rücktritt auf. Da Stephan Eschmann der Aufforderung nicht nachkam, gelangte Gustav Rau am 15. Januar 2001 an das EDI mit dem Begehren um sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost, Dr. Werner Thost und Pierre Boissonas, um Ernennung von Fürsprecher Dietrich Stettler, Dr. Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten und um Aufhebung der Beistandschaft zufolge Neubestellung des Stiftungsrates. B.-Daraufhin erliess das EDI am 26. Februar 2001 eine Verfügung, worin es die Vormundschaftsbehörde von Embrach anhielt, Stephan Eschmann als Beistand unverzüglich abzuberufen (Ziff. 1a) und ihn anzuweisen, sämtliche Akten betreffend die Medizinalstiftung dem neuen Stiftungsrat zu übergeben (Ziff. 1b). Weiter ordnete es die sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost, Werner Thost und Pierre Boissonas an und ernannte Dietrich Stettler, Lukas Imark und René Peterhans zu neuen Stiftungsräten (Ziff. 2). Mit Ziff. 3 der Verfügung wurde das Handelsregisteramt Zürich angewiesen, die entsprechenden Eintragungen im Handelsregister vorzunehmen, und in Ziff. 4 wurde die Vormundschaftsbehörde um sofortige Aufhebung der Beistandschaft für die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung ersucht. Einer allfälligen Beschwerde gegen die Verfügung entzog das EDI die aufschiebende Wirkung (Ziff. 7). C.- Mit Eingabe vom 4. März 2001 führt die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung vom 26. Februar 2001 nichtig zu erklären, eventuell aufzuheben. Die Beschwerdeführerin ersucht im Weiteren um Erlass vorsorglicher Massnahmen, insbesondere um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Der Einladung des Präsidenten der II. Zivilabteilung an die Verfahrensbeteiligten, sich zu diesem Gesuch zu äussern (Verfügung vom 6. März 2001), sind das EDI mit Stellungnahme vom 16. März 2001 und Fürsprecher Dietrich Stettler mit Eingabe vom 19. März 2001 gefolgt. In der Folge hat der Präsident der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt und das Massnahmegesuch soweit weitergehend abgewiesen (Verfügung vom 22. März 2001). Am 29. März 2001 hat die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung ihre Verwaltungsgerichtsbeschwerde ergänzt. In der gleichen Eingabe hat sich der Beistand der Beschwerdeführerin, Stephan Eschmann ebenfalls als Beschwerdeführer konstituiert. D.- Das EDI schliesst in seiner Vernehmlassung vom 30. April 2001 auf Abweisung der Beschwerde. Dietrich Stettler beantragt dem Bundesgericht mit Eingabe vom 30. April 2001, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten, eventuell die Beschwerde abzuweisen. E.- Einem Ersuchen der Beschwerdeführer vom 7. Mai 2001, sich zu neuen Vorbringen in den Stellungnahmen vom 30. April 2001 äussern zu können, hat der Instruktionsrichter mit Verfügung vom 9. Mai 2001 entsprochen. Die zusätzliche Eingabe ist am 22. Mai 2001 eingereicht worden. Anschliessend haben die übrigen Beteiligten Gelegenheit erhalten, sich ein weiteres Mal zu äussern (Verfügung vom 5. Juni 2001). Das EDI hat seine Stellungnahme am 26. Juni 2001 eingereicht; Dietrich Stettler antwortete mit Eingabe vom 27. Juni 2001. F.- Am 30. Mai 2001 haben die Beschwerdeführer das Begehren um Durchführung einer öffentlichen Parteiverhandlung im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK gestellt, und mit Eingabe vom 27. Juni 2001 haben sie die Bundesrichter Bertrand Reeb, Niccolò Raselli und Thomas Merkli sowie Gerichtsschreiber Beat Zbinden abgelehnt. Mit Entscheid vom 3. Juli 2001 hat das Bundesgericht das Ablehnungsbegehren abgewiesen. Am 11. Juli 2001 ist die verlangte öffentliche Verhandlung durchgeführt worden. Die Beschwerdeführer haben darauf verzichtet zu plädieren.