Sachverhalt: A. X._, deren Fahreignung gemäss Verfügung des Strassenverkehrsamts des Kantons Zürich vom 3. November 2010 von der Einhaltung einer Alkoholfahrabstinenz abhängig war, unterzog sich am 28. Juli 2011 einer verkehrsmedizinischen Untersuchung am Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich (IRMZ). Laut Untersuchungsbericht vom 19. August 2011 ergab die Haaranalyse einen Wert von 120 pg/mg Ethylglucoronid im Haar. Es sei davon auszugehen, dass sie zwischen Mitte Januar und Mitte Juli 2011 einen "starken, chronischen Alkoholkonsum" betrieben habe, weswegen von einer verkehrsmedizinisch relevanten Alkoholproblematik ausgegangen werden müsse. Gestützt auf diesen Bericht entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Zürich X._ am 5. Oktober 2011 den Führerausweis auf unbestimmte Zeit. Die Wiedererteilung machte es von einem günstigen verkehrsmedizinischen Gutachten abhängig. Einem allfälligen Rekurs entzog es die aufschiebende Wirkung. B. X._ rekurrierte gegen diese Verfügung an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich mit den Anträgen, sie aufzuheben und ihr den Führerausweis unter den Auflagen gemäss Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 3. November 2010 zu belassen. In prozessualer Hinsicht beantragte sie, dem Rekurs aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. B.a Am 13. Oktober 2011 wies die Sicherheitsdirektion das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab. Das Verwaltungsgericht schützte diesen Entscheid am 22. Dezember 2011. B.b Am 8. März 2012 hiess die Sicherheitsdirektion den Rekurs, soweit er nicht gegenstandslos geworden war, gut und hob die angefochtene Verfügung auf. Sie beauftragte das Strassenverkehrsamt im Sinne der Erwägungen, X._ den Führerausweis umgehend und vorsorglich auf unbestimmte Zeit oder bis zur Abklärung von Ausschlussgründen zu entziehen. B.c Am 16. März 2012 entzog das Strassenverkehrsamt X._ gestützt auf Art. 30 VZV den Führerausweis vorsorglich bis zur Abklärung von Ausschlussgründen. Diese rekurrierte gegen diese Verfügung an die Sicherheitsdirektion. B.d Am 30. April 2012 erhob X._ gegen den Rekursentscheid der Sicherheitsdirektion vom 8. März 2012 Beschwerde ans Verwaltungsgericht mit den Anträgen, der Auftrag zum vorsorglichen Führerausweisentzug sei aufzuheben und der Führerausweis sei ihr herauszugeben. B.e Am 15. Mai 2012 sistierte der Regierungsrat des Kantons Zürich den ihm von der Sicherheitsdirektion zuständigkeitshalber zur Behandlung überwiesenen Rekurs von X._ gegen die Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 16. März 2012. B.f Am 22. August 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen den Rekursentscheid der Sicherheitsdirektion vom 8. März 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben, die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 30. April 2012 gestellten Anträge gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung zurückzuweisen. D. Das Verwaltungsgericht, die Sicherheitsdirektion und das Strassenverkehrsamt beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen.