Sachverhalt: A. Die X._AG erhielt am 5. Oktober 1993 die kommunale Baubewilligung für den Betrieb eines Lager- und Umschlagplatzes für Industrieabfälle in Stäfa (Uerikon). Grundlage hierfür bildete das Konzept I. Die Baubewilligung stand unter ausdrücklichem Vorbehalt der notwendigen kantonalen Errichtungsbewilligung, welche von der damaligen Direktion der öffentlichen Bauten am 29. Dezember 1993 gestützt auf das überarbeitete Konzept II für einen Umschlagplatz für Industrieabfälle erteilt wurde (vgl. Entscheid der Baudirektion des Kantons Zürich vom 10. März 2011). B. Seither haben sich sowohl die Betriebsverhältnisse als auch die rechtlichen Grundlagen geändert. Am 18. April 2007 erhielt die Betreiberin vom kantonalen Amt für Abfall, Wasser Energie und Luft (AWEL) eine bis Ende März 2008 befristetet provisorische Bewilligung zur Entgegennahme verschiedener Abfälle gemäss der eidgenössischen Verordnung über den Verkehr mit Abfällen vom 22. Juni 2005 (VeVA; SR 814.610). Darin verlangte das AWEL zusätzliche Angaben zu der von der X._AG ebenfalls nachgesuchten Bewilligung zur Entgegennahme von Altfahrzeugen. Die vorgelegten Unterlagen waren nicht ausreichend, weshalb die Betreiberin ermahnt wurde. Am 24. September 2008 reichte Letztere gewisse Angaben in Form eines Erweiterungsgesuchs nach. Dieses enthielt eine Liste von zusätzlich zur Entgegennahme beantragten Abfällen, ohne jedoch detailliertere Angaben im Sinn von Art. 9 VeVA zu machen. Nachdem der Betrieb die geforderten ergänzenden Unterlagen in der Folge nicht beibrachte, erkundigte sich das AWEL am 24. Februar 2010 nach dem Stand der Dinge. Am 13. April 2010 enthielt das Gesuch für die ordentliche Betriebsbewilligung schliesslich die notwendigen zusätzlichen Angaben. Dem Gesuch wurde vom AWEL am 13. Juli 2010 entsprochen: Die Bewilligung zur Entgegennahme bestimmter Abfälle im Sinne der VeVA wurde unter Auflagen und Bedingungen bis zum 31. Juli 2015 erteilt. C. Dagegen gelangte der Nachbar der X._AG, Y._, an die kantonale Baudirektion, welche seinen Rekurs am 10. März 2011 teilweise guthiess. Aufgehoben wurde einzig Auflage Ziff. 2 der Errichtungsbewilligung aus dem Jahr 1993, im Übrigen wurde der Rekurs abgewiesen. D. Die Verfügung der Baudirektion focht Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Im Rahmen dieses Verfahrens stellte die X._AG am 27. Mai 2011 das Gesuch, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Die Abteilungspräsidentin i.V. des Verwaltungsgerichts wies das Gesuch am 14. Juli 2011 ab. E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 17. August 2011 beantragt die X._AG dem Bundesgericht, in Aufhebung der Verfügung vom 14. Juli 2011 sei der Beschwerde von Y._ vor dem Verwaltungsgericht die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Eventualiter sei die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens ersucht die Beschwerdeführerin ebenfalls um Entzug der aufschiebenden Wirkung. Y._ als privater Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um Entzug der aufschiebenden Wirkung. Das AWEL hält an der erteilten Bewilligung fest und befürwortet den Entzug der aufschiebenden Wirkung. Es wird darin von der Baudirektion unterstützt, während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Der Beschwerdeführer hält in einer weiteren Eingabe an seinen Anträgen fest.