Sachverhalt: A. A._ (Kläger und Berufungsbeklagter) ist seit vielen Jahren im Bereich der professionellen Vermögensverwaltung tätig und Gründer der B._ AG. Am 19. September 2000 eröffnete der Kläger bei der Bank X._ Genf (Beklagte und Berufungsklägerin), der Schweizer Tochter des Bankenkonzerns XL._, ein Konto/Depot. Mit dem Antrag auf Kontoeröffnung unterzeichnete der Kläger gleichzeitig auch die entsprechenden AGB der Beklagten, ein Mandat für die Treuhandverwaltung von Anlagen sowie einen Pfandvertrag. Mit Kaufvertrag vom 25. September 2000 und nachfolgend ausgeübter Option veräusserte der Kläger die Aktien der B._ AG an die Beklagte. Die Beklagte überwies den Kaufpreis auf das Konto/Depot des Klägers. Die Parteien diskutierten in der Folge über einen Rückkauf der Aktien der B._ AG und unterzeichneten am 2. April 2004 diesbezüglich eine "lettre d'intention". Die Beklagte sieht darin einen verbindlichen Kaufvertrag, während der Kläger von einer Absichtserklärung ausgeht. Die Beklagte verlangt vom Kläger Schadenersatz wegen Nichterfüllung des behaupteten Kaufvertrags über die Rückübertragung der Aktien der B._ AG. Ausserdem leitet die Beklagte eine Forderung gegen den Kläger aus einer von ihr der C._ AG abgegebenen Garantie ab. Für beide Forderungen macht die Beklagte gestützt auf die Pfandvereinbarung vom 19. September 2000 ein Pfandrecht geltend. Im Juli 2004 blockierte sie das klägerische Konto/Depot. B. Am 16. Dezember 2004 gelangte der Kläger an das Handelsgericht des Kantons Zürich mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verpflichten, die verfügte Sperre auf dem Wertschriftendepot Nr. 0000 innert 24 Stunden nach Rechtskraft des Urteils aufzuheben und das Depot vollumfänglich freizugeben (unter Androhung der Bestrafung nach Art. 292 StGB und unter Vorbehalt des Nachklagerechts). Die Beklagte erhob die Einrede der Unzuständigkeit mit der Begründung, die Parteien hätten in sämtlichen Verträgen den Gerichtsstand Genf vereinbart. Im Aktienkaufvertrag vom 25. September 2000 hatten die Parteien Folgendes festgehalten: "In the event of a dispute between the parties relating to the validity, interpretation or implementation of this agreement or resulting therefrom, each party will endeavour to settle the matter amicably. Should an amicable solution not have been reached two months after the dispute has been raised by one party, each party will be free to bring the case before the Courts of the Canton of Geneva to which the parties hereby irrevocably submit." Das am 19. September 2000 unterzeichnete Mandat für Treuhandanlagen enthält folgende (fettgedruckte) Klausel: "Ausschliesslicher Gerichtsstand für alle Rechtsverfahren ist Genf". Die Pfandurkunde vom 19. September 2000 sieht Folgendes vor: "Für jede Anfechtung sind ohne Vorbehalt des Wohnsitzes der Parteien die Gerichte des Kantons Genf zuständig". Die am 19. September 2000 unterzeichneten Allgemeinen Geschäftsbedingungen der Beklagten sahen als ausschliesslichen Gerichtsstand Genf vor. Die AGB der Beklagten vom März 2002 bestimmen schliesslich: "[...] Gerichtsstand ist der Ort des Sitzes der Bank." C. Mit Beschluss vom 9. Juni 2005 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Unzuständigkeitseinrede der Beklagten ab. Das Gericht folgte der Ansicht des Klägers nicht, dass der vorliegende Fall einen Konsumentenvertrag zum Gegenstand habe und daher die Gerichtsstandsklauseln gemäss Art. 9 Abs. 1 und Art. 22 GestG ungültig seien. Es kam indessen zum Schluss, die aktuelle Fassung der AGB der Beklagten enthalte einen Gerichtsstand am Ort der Zürcher Niederlassung. D. Die Beklagte beantragt mit Berufung vom 13. Juli 2005, der Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 9. Juni 2005 sei aufzuheben und auf die Klage sei nicht einzutreten. Sie rügt, die Vorinstanz habe bundesrechtliche Zuständigkeitsbestimmungen verletzt, indem sie bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vom klaren Wortlaut der Gerichtsstandsvereinbarung im Sinne von Art. 9 GestG abgewichen sei. E. Der Kläger beantragt in der Antwort die Abweisung der Berufung. Er hält daran fest, dass der Konsumentengerichtsstand nach Art. 22 GestG anwendbar sei.