Sachverhalt: A. Die Kantonspolizei Appenzell I.Rh. stellte am 20. Oktober 2006 bei einer Patrouillenfahrt im Holzerswald, Bezirk Oberegg, auf der Parzelle Nr. _ eine Schuttablagerung von mehreren Kubikmetern fest. Auf der Parzelle, welche in der Grundwasserschutzzone liegt, verläuft ein nicht asphaltierter Privatweg. Der Schutt war von X._ im Frühling 2006 angeliefert und abgeladen worden und wurde von A._ nach der Entdeckung durch die Polizei in den Privatweg eingebaut. B. Das Bezirksgericht Oberegg sprach X._ mit Urteil vom 20. Februar 2008 der fahrlässigen Widerhandlung gegen das Bundesgesetz über den Umweltschutz (SR 814.01, USG) schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 300.--. Das Kantonsgericht Appenzell I.Rh., Abteilung Zivil- und Strafgericht, wies mit Urteil vom 16. Dezember 2008 die von X._ dagegen erhobene Berufung ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._ sinngemäss, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen.