(Anordnung der Untersuchungshaft), hat sich ergeben: A.- Der aus dem Kosovo stammende R._ wurde vom Bezirksgericht Baden am 2. Juli 1998 der versuchten vorsätzlichen Tötung, der Gefährdung des Lebens sowie weiterer Delikte schuldig gesprochen und zu zehn Jahren Zuchthaus sowie zu fünfzehn Jahren Landesverweisung verurteilt. Die dagegen erhobene Berufung des Angeklagten wies das Obergericht des Kantons Aargau am 24. Juni 1999 ab. R._ verbüsst diese Strafe in der Strafanstalt Thorberg. B.-Die Bezirksanwaltschaft II für den Kanton Zürich führt gegen R._ ein Strafverfahren wegen Verdachts der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Mit Eingabe vom 12. Juni 2001 stellte sie dem Haftrichter des Bezirkes Zürich Antrag auf Anordnung der Untersuchungshaft gegen R._. Sie führte in der Begründung aus, der Angeschuldigte werde dringend verdächtigt, in den Jahren 1996 und 1997 mit grossen Mengen Heroin in den Kantonen Zürich, Aargau und Bern gehandelt zu haben. R._ stelle jede Beteiligung am Drogenhandel in Abrede. Er sei mit verschiedenen Personen zu konfrontieren. Bis dies vorgekehrt sei, bestehe Kollusionsgefahr. Ausserdem liege Fluchtgefahr vor. Der Angeschuldigte sei Bürger der Republik Jugoslawien und verbüsse zurzeit eine mehrjährige Strafe in der Strafanstalt Thorberg. Im Falle einer Verurteilung wegen der ihm zur Last gelegten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz hätte er mit einer mehrjährigen Zusatzstrafe zu rechnen. Bei einer Freilassung bestünde daher die Gefahr, dass er sich der Strafverfolgung und der Strafverbüssung durch Flucht entziehen würde. Der Angeschuldigte sei in der Zeit zwischen dem 9. April und dem 3. Mai 2001 zwecks Befragungen im hängigen Strafverfahren nach Zürich überführt worden, wobei der Strafvollzug nicht unterbrochen worden sei. Nachdem er sich mit einer erneuten Überführung nach Zürich im Rahmen des Strafvollzugs nicht einverstanden erklärt habe, könne die Überführung nach Zürich nicht im Rahmen des Strafvollzugs erfolgen. Damit der Angeschuldigte dem Haftregime von Zürich unterstehe, werde die Anordnung von Untersuchungshaft im Bezirk Zürich beantragt. Mit Verfügung vom 13. Juni 2001 versetzte der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich den Angeschuldigten in Untersuchungshaft. C.- R._ liess gegen diesen Entscheid am 9. Juli 2001 durch seinen Anwalt staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht einreichen. Er beantragt, die angefochtene Verfügung des Haftrichters sei aufzuheben. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. D.- Die Bezirksanwaltschaft II für den Kanton Zürich und der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verzichteten auf eine Vernehmlassung.