Sachverhalt: A. Der 1955 geborene B._ war zuletzt als Geschäftsführer der X._ GmbH erwerbstätig gewesen, als er sich am 11. Juli 2008 unter Hinweis auf eine Depression bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug anmeldete. Nach medizinischen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidsverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 20. Juni 2011 einen Rentenanspruch des Versicherten. B. Die von B._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 3. September 2012 ab. C. Mit Beschwerde beantragt B._, es sei ihm unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. Juli 2007 eine ganze Rente der Invalidenversicherung auszurichten.