Sachverhalt: A. A._ (Arbeitnehmer, Beschwerdegegner) arbeitete ab dem 1. September 2006 als Senior Consultant, ab dem 1. August 2007 als Projekt Manager und ab dem 1. Januar 2009 als Senior Projekt Manager für die X._ AG (Arbeitgeberin, Beschwerdeführerin). Integrierender Bestandteil des schriftlichen Arbeitsvertrags vom 31. März 2006 war ein gleichentags von beiden Parteien unterzeichnetes "Honorarreglement". Der Arbeitsvertrag enthielt hinsichtlich der Entschädigung von A._ lediglich einen Verweis auf das Honorarreglement, das seinerseits folgende Regelung beinhaltet: "1. Einkommen Das Einkommen setzt sich wie folgt zusammen: 1.1 Grundgehalt Das Grundgehalt beträgt CHF 100'000.00 p.a. / pro rata temporis. 1.2 Bonus Der jährlich variable Bonus wird nach einem vom Verwaltungsrat verabschiedeten Beurteilungssystem im Rahmen der einmal jährlich stattfindenden Leistungsbeurteilung festgelegt. Er kann bei Zielerreichung bis 40% des Grundgehaltes betragen. Bei Übererfüllung der Ziele kann der Bonus erhöht werden. Die Beurteilung der Zielerreichung erfolgt auf Basis der vereinbarten Jahresziele und Assignments. Das Beurteilungssystem basiert auf folgenden Zielfeldern: Wirtschaftliches Ergebnis, Akquisition/CG-Arbeit, Projektabwicklung/Projektqualität, Mitarbeiterführung/-entwicklung, Produktentwicklung/Innovation/PG-Arbeit sowie spezielle Assignments/ Beiträge zum Ganzen. 1.3 Zielgehalt Das jährliche Zielgehalt setzt sich aus dem Grundgehalt und dem Bonus zusammen. 2. Zahlungs-/Abrechnungsmodus Das Grundgehalt des Mitarbeiters von CHF 100'000.00 p.a. ist zahlbar in 13 Raten. Die Auszahlung des Bonus erfolgt vierteljährlich in Form einer à-conto-Zahlung unter Berücksichtigung des Standes der Zielerreichung und Kundenzahlungen für die verantworteten Projekte. Die endgültige Schlussabrechnung des Bonus erfolgt einen Monat nach der jährlich stattfindenden Leistungsbeurteilung im Rahmen der Gehaltszahlung. Die Zahlungen verstehen sich brutto, davon abgezogen werden die Personal-/Sozialversicherungsbeiträge. 3. Inkrafttreten / Bemerkungen Dieses Reglement tritt am 1. September 2006 in Kraft. Der Verwaltungsrat ist im Sinne des Unternehmenszweckes und dessen Entwicklung und Förderung berechtigt und gehalten, das Honorarreglement jährlich anzupassen." Für die Monate September bis Dezember 2006 wurde A._ aufgrund der Leistungsbeurteilung mit dem Hinweis "Bonus bei Zielerreichung gem. Honorarreglement: CHF 13'333.35 (brutto) " ein Bonus von brutto Fr. 14'000.-- ausbezahlt. Per 1. April 2007 wurden sein Grundgehalt auf Fr. 105'000.-- und der "Bonus bei Zielerreichung" auf "max. 50 %" erhöht. Für das Jahr 2007 wurde A._ aufgrund der Leistungsbeurteilung mit dem Hinweis "Bonus bei Zielerreichung gem. Honorarreglement: CHF 46'687.50 (brutto) " ein Bonus von brutto Fr. 38'300.-- ausbezahlt. Per 1. Januar 2008 wurde das Grundgehalt von A._ auf Fr. 110'000.-- erhöht; per 1. Januar 2009 erfolgte eine weitere Erhöhung des Grundgehalts auf Fr. 121'000.--. Am 26. Februar 2009 teilte die Arbeitgeberin A._ mit, der Verwaltungsrat habe am 23. Februar 2009 "nach den Richtlinien des neuen Honorierungssystems" die "Beschlüsse über die Gesamteinkommen 2008 getroffen". Danach betrage das "Gesamteinkommen" von A._ Fr. 165'436.--, wobei sich dieser Betrag aus dem Grundgehalt von Fr. 110'000.-- und einem Bonus von Fr. 55'436.-- zusammensetze. Am 3. April 2009 beschloss der Verwaltungsrat der X._ AG eine sogenannte "Einkommensgestaltung", mit der er bezweckte, "eine Leistungsgemeinschaft zu etablieren, die im Dienste des OneFirm Konzeptes steht". Darin wurden für die "Bemessung und Zuteilung der Boni" sowie deren "Ermittlung und Auszahlung" die folgenden Grundsätze festgelegt: "[...] 4.1. Die Bonifizierung erfolgt aus dem Jahresergebnis, aber nicht für das Jahresergebnis. 4.2. Die Höhe der zur Bonifizierung verfügbaren Summe entscheidet der VR in freier Würdigung der Gesamtleistung des Unternehmens gemäss unserer Central Performance Controls (CPCs) und aller dafür relevanten Umstände. Bonifizierungen können auch durch nicht-geldmässige Leistungen des Unternehmens erfolgen. 4.3. Die Gesamtbonussumme wird durch Entscheid des Verwaltungsrats funktionsgerecht aufgeteilt. Innerhalb einer Entwicklungskategorie werden zwei Drittel der jeweils verfügbaren Bonussumme im Sinne des OneFirm-Prinzips nach Funktionen verteilt. Das letzte Drittel dient der Würdigung individueller Sonderleistungen. 4.4. In der Probezeit und in den auf die Probezeit folgenden zwölf Kalendermonaten partizipiert der Mitarbeitende nicht am Bonus-System. 4.5. Bei Kündigung besteht für die vor der Kündigung liegenden zwölf Monate des Arbeitsverhältnisses ebenfalls kein Bonusanspruch. 4.6. In beiden Fällen liegt eine freiwillige Bonusvergabe abhängig von der erbrachten Leistung im Ermessen des Verwaltungsrates. [...] 5. [...] Die Ermittlung allfälliger Boni erfolgt durch den Verwaltungsrat nach Abnahme des Jahresabschlusses durch die Generalversammlung. Bis dahin bleibt die individuelle Bonussumme variabel und kann nicht im Voraus berechnet werden [...]" Zugleich arbeitete die Arbeitgeberin ein diesen Bestimmungen entsprechendes neues "Honorarreglement" aus. Dieses sollte das bisherige Honorarreglement ersetzen und sah unter dem Passus "Zur Kenntnis genommen und akzeptiert" eine Rubrik für Namen und Unterschrift des jeweiligen Arbeitnehmers vor. In diesem Honorarreglement wurde der Bonus als solcher "im Sinne von Art. 322d OR" qualifiziert und unter anderem festgehalten, ein "grundsätzlicher Anspruch auf Bonifizierung" bestehe nicht. Das neue Honorarreglement wurde A._ nie zur Unterzeichnung unterbreitet. Für das Jahr 2009 richtete die Arbeitgeberin A._ in den Monaten April bis September 2009 Bonus-Akontozahlungen von insgesamt Fr. 17'640.-- aus. Mit Brief vom 22. Februar 2010 teilte die Arbeitgeberin A._ mit, "aufgrund" seiner "ausserordentlichen Leistung" werde sein Grundgehalt per 1. Januar 2010 auf Fr. 125'000.-- erhöht. Mit E-Mail vom 16. März 2010 teilte die Arbeitgeberin sodann den bonusberechtigten Mitarbeitern mit, der Verwaltungsrat habe aufgrund des schlechten Geschäftsergebnisses beschlossen, "für das Jahr 2009 keine Boni auszuschütten"; die bereits erfolgten Akontozahlungen würden jedoch nicht zurückgefordert. Als Bonus für das Jahr 2010 wurden A._ - vorerst akonto - insgesamt Fr. 19'000.-- ausbezahlt, wobei es in der Folge bei diesem Betrag blieb. Am 14. September 2010 kündigte A._ das Arbeitsverhältnis per 31. Dezember 2010. Nach seinem Austritt forderte er von der Arbeitgeberin für die Jahre 2009 und 2010 einen Restbonus von Fr. 42'860.-- (entsprechend der Differenz zwischen Fr. 60'500.-- [50 % von Fr. 121'000.--] und den ausgerichteten Fr. 17'640.--) respektive Fr. 43'500.-- (Differenz zwischen Fr. 62'500.-- [50 % von Fr. 125'000.--] und den ausgerichteten Fr. 19'000.--). Die Arbeitgeberin wies diese Forderung zurück. B. Am 26. September 2011 erhob A._ beim Kreisgericht St. Gallen Klage mit dem Begehren, die X._ AG sei zu verpflichten, ihm Fr. 86'360.-- brutto zuzüglich Zins zu bezahlen. Das Kreisgericht hiess die Klage mit Entscheid vom 7. Juni 2012 gut. Die von der X._ AG dagegen erhobene Berufung wies das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 26. Februar 2013 ab. C. Die X._ AG beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung, subeventualiter zur Beweisabnahme und Entscheidung an die Vorinstanz/-en zurückzuweisen. A._ begehrt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne, und der angefochtene Entscheid sei zu bestätigen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung. Mit Präsidialverfügung vom 8. Mai 2013 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.