Sachverhalt: A. J._, geboren 1964, meldete sich am 12. August 2005 unter Hinweis darauf, dass er am 12. November 2002 einen Unfall erlitten habe, seither unter verschiedenen Beschwerden leide und deshalb seit dem 7. Dezember 2004 arbeitsunfähig sei, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau zog die Akten des Unfallversicherers bei, holte Berichte der behandelnden Ärzte ein, klärte die erwerbliche Situation ab und liess den Versicherten im Spital X._ begutachten (Gutachten vom 12. Juli 2007). Deren Ärzte attestierten eine 70%ige Arbeitsfähigkeit für sämtliche körperlich leichten bis mittelschwer belastenden Tätigkeiten in wirbelsäulenadaptierten Wechselpositionen, wobei in der ergänzenden Stellungnahme vom 11. August 2007 präzisiert wurde, dass zu 20 % eine Einschränkung aufgrund der psychiatrischen Diagnose (aktuell leichte depressive Episode und anhaltende somatoforme Schmerzstörung) bestehe, die zusätzlichen 10 % durch die aktuell bestehende Dekonditionierung und die muskuläre Dysbalance bedingt seien. In Abweichung von dieser Einschätzung nahm die IV-Stelle gestützt auf die Stellungnahme ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes unter Berücksichtigung lediglich der muskulären Dysbalance eine Arbeitsfähigkeit von 90 % an, ermittelte einen Invaliditätsgrad von 22 % und lehnte daher den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 20. Mai 2008 ab. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 ab. C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zur beruflichen Abklärung zurückzuweisen. D. Mit Verfügung vom 3. März 2009 hat das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen.