Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft wirft Y._ vor, im Jahr 1999 anlässlich einer Übernachtung im Elternhaus seines Freundes A._ die damals 14-jährige X._ in ihrem Zimmer sexuell missbraucht bzw. vergewaltigt zu haben. Er habe ihre Brüste berührt, sich neben sie gelegt und sei mit seinen Fingern in ihre Scheide eingedrungen. Sie habe sein Glied reiben und in den Mund nehmen müssen. Daraufhin habe er ihr die Pyjamahosen heruntergezogen und sich auf sie gelegt. Er habe versucht mit seinem Glied vaginal in sie einzudringen. X._ habe Y._ gebeten, ein Kondom zu verwenden. Nachdem er sich eines übergezogen habe, habe er den Geschlechtsverkehr bis zum Samenerguss vollzogen. Ein Jahr später habe er mehrmals ihre Trainerjacke geöffnet, worunter sie nackt gewesen sei. B. Das Kreisgericht Wil SG verurteilte Y._ am 29. Februar 2012 wegen sexueller Handlung mit einem Kind und Vergewaltigung zu einer bedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 24 Monaten, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit einem Kind im Jahr 2000 sprach es ihn frei. Es verpflichtete ihn zur Leistung einer Genugtuung von Fr. 15'000.-- an X._. Das Kantonsgericht St. Gallen sprach Y._ am 24. April 2013 von den Vorwürfen der Vergewaltigung, der sexuellen Handlungen mit einem Kind und der sexuellen Nötigung zum Nachteil von X._ frei. Es wies ihre Zivilklage ab und verpflichtete den Staat, Y._ eine Genugtuung von Fr. 5'000.-- zu bezahlen. C. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen sei aufzuheben, und das Urteil des Kreisgerichts Wil SG zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.