Sachverhalt: A. Am 12. Januar 2007 sprach das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt X._ im Berufungsverfahren schuldig des qualifizierten Raubes, der Gefährdung des Lebens, der einfachen Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, der versuchten einfachen Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, der Nötigung, der versuchten Nötigung, der mehrfachen Hehlerei, der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, der einfachen und groben Verletzung von Verkehrsregeln sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz und verurteilte ihn zu 8 Jahren Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der bis dahin erstandenen Haft. Zudem erklärte das Appellationsgericht eine am 2. Mai 2001 vom Strafgericht Basel-Stadt wegen mehrfachen, teilweise versuchten Raubes und versuchter Nötigung bedingt ausgesprochene Freiheitsstrafe von einem Jahr als vollziehbar. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 12. Mai 2007 ab (6B_48/2007). X._ verbüsst seine Strafe seit dem 19. Juli 2005 in der Strafanstalt Y._. Am 29. Oktober 2007 stufte ihn die Interkantonale Fachkommission zur Beurteilung der Gemeingefährlichkeit von Straftätern der Kantone Solothurn, Basel-Landschaft und Basel-Stadt (im Folgenden: Internkantonale Fachkommission) als gemeingefährlich ein und empfahl die Einholung eines psychiatrischen Gutachtens. Am 24. September 2008 erstattete der Forensisch-Psychiatrische Dienst der Universität Bern das Gutachten. Am 10. November 2008 stufte die Interkantonale Fachkommission X._ erneut als gemeingefährlich ein. Sie empfahl, zurzeit keine Vollzugsöffnungen vorzunehmen und durch das zuständige Gericht die Anordnung einer vollzugsbegleitenden therapeutischen Massnahme prüfen zu lassen. Am 30. Dezember 2008 stellte die Abteilung Freiheitsentzug und Soziale Dienste des damaligen Justizdepartements des Kantons Basel-Stadt beim Appellationsgericht den Antrag auf Prüfung der nachträglichen Anordnung einer vollzugsbegleitenden psychotherapeutischen Behandlung. Am 4. Dezember 2009 wies das Appellationsgericht den Antrag mangels gesetzlicher Grundlage ab. Es warf aufgrund entsprechender Hinweise in den Berichten der Interkantonalen Fachkommission und im Gutachten jedoch die Frage auf, ob nicht eine stationäre Behandlung, welche sich zunächst auf die Erzielung einer Therapie- bzw. Veränderungsbereitschaft konzentrieren würde, erfolgversprechend wäre. Eine stationäre Behandlung könnte im Gegensatz zu einer ambulanten Massnahme auch nachträglich angeordnet werden (Art. 65 Abs. 1 StGB). Hierzu hätten sich die Gutachter noch nicht ausdrücklich geäussert, was gegebenenfalls nachzuholen wäre. In der Folge gab die Abteilung Strafvollzug des Justiz- und Sicherheitsdepartements des Kantons Basel-Stadt beim Forensisch-Psychiatrischen Dienst der Universität Bern ein Ergänzungsgutachten in Auftrag, welches am 30. Juni 2010 erstattet wurde. Unter Hinweis darauf beantragte die Abteilung Strafvollzug am 7. Juli 2010 dem Appellationsgericht die Prüfung der nachträglichen Anordnung einer Verwahrung gemäss Art. 65 Abs. 2 StGB, wobei auch die Möglichkeit der nachträglichen Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss Art. 65 Abs. 1 StGB nicht ausgeschlossen werden solle. Am 6. Mai 2011 ordnete das Appellationsgericht nach Anhörung von X._ und der ergänzenden Befragung der Gutachterin die nachträgliche Verwahrung gemäss Art. 65 Abs. 2 StGB an. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht am 30. Januar 2012 teilweise gut. Es hob das Urteil des Appellationsgerichts vom 6. Mai 2011 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurück (6B_487/2011). Das Bundesgericht erwog, aufgrund der Gutachten sei nicht gänzlich auszuschliessen, dass eine adäquate Behandlung innert absehbarer Zeit zu einer das Rückfallrisiko erkennbar reduzierenden Entwicklung von X._ führen könne. Insbesondere könne seine Motivierbarkeit für eine Therapie nicht generell ausgeschlossen werden, zumal der im Zeitpunkt des bundesgerichtlichen Urteils 29-jährige Beschwerdeführer noch nie einer rechtsgenüglichen therapeutischen Behandlung zugeführt worden sei. Die Sache sei daher zur neuen Beurteilung an das Appellationsgericht zurückzuweisen. Dieses werde zu prüfen haben, ob eine stationäre Massnahme nach Art. 65 Abs. 1 StGB anzuordnen sei. Am 22. August 2012 schob das Appellationsgericht den Restvollzug der am 12. Januar 2007 ausgesprochenen und vollziehbar erklärten Freiheitsstrafen auf und ordnete nachträglich eine stationäre therapeutische Massnahme an. Dagegen erhob X._ erneut Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Dieses Verfahren ist derzeit bei der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hängig (6B_597/2012). B. Das Vollzugsende der vom Appellationsgericht am 12. Januar 2007 ausgesprochenen und vollziehbar erklärten Freiheitsstrafen fiel auf den 19. März 2013. Am 5. März 2013 beantragte die Abteilung Strafvollzug dem Appellationsgericht, zur Sicherstellung der weiteren Inhaftierung von X._ entsprechende Anordnungen zu treffen. Am 18. März 2013 ordnete der Appellationsgerichtspräsident über X._ bis zum rechtskräftigen Entscheid des Bundesgerichts über die stationäre Massnahme Sicherheitshaft an. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass das Appellationsgericht zur Anordnung von Sicherheitshaft nicht zuständig gewesen sei. Eventualiter sei der Entscheid des Appellationsgerichts vom 18. März 2013 aufzuheben und festzustellen, dass die Voraussetzungen für die Anordnung von Sicherheitshaft nicht gegeben seien. Er sei umgehend aus der Haft zu entlassen. D. Die Abteilung Strafvollzug hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Appellationsgerichtspräsident beantragt unter Hinweis auf seinen Entscheid vom 18. März 2013 die Abweisung der Beschwerde. X._ hat dazu keine weiteren Bemerkungen mehr eingereicht.