Sachverhalt: A. A.a Mit Entscheid vom 10. Juli 2003 des Einzelrichters Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden wurde über die Y._ AG, mit Sitz in Hergiswil, der Konkurs eröffnet. Im Rahmen des summarisch durchgeführten Konkursverfahrens legte das Konkursamt Nidwalden vom 6. bis 26. Februar 2004 den Kollokationsplan auf; aufgrund einer nachträglich zugelassenen Forderung wurde der Kollokationsplan vom 24. August bis 13. September 2005 erneut aufgelegt. Gegen die Kollokationspläne gingen weder Beschwerden noch Klagen ein. A.b Mit Entscheid vom 20. Januar 2011 erlaubte der Einzelrichter Schuldbetreibung und Konkurs dem Konkursamt, das Konkursverfahren über die Y._ AG (in Anwendung von Art. 95 KOV) sofort zu schliessen, d.h. ohne auf die durchgeführte Geltendmachung der nach Art. 260 SchKG abgetretenen Ansprüche zu warten. Mit Entscheid vom 22. Februar 2011 wurde das Konkursverfahren als geschlossen erklärt. B. B.a Am 11. März 2011 ersuchte X._ das Konkursamt, eine Forderung von Fr. 1'602'427.67 in den Kollokationsplan aufzunehmen. Gleichzeitig erhob er Beschwerde nach Art. 17 SchKG und verlangte, den Kollokationsplan aufzuheben bzw. im Rahmen einer Neuauflage oder Ergänzung über die Abweisung oder Zulassung der eingegebenen Forderung zu entscheiden. B.b Am gleichen Tag erhob X._ Beschwerde (nach ZPO) beim Obergericht Nidwalden und beantragte, den Entscheid des Konkursrichters vom 22. Februar 2011 über die Schliessung des Konkursverfahrens aufzuheben. Am 9. Juni 2011 gewährte das Obergericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung und sistierte das Verfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Beschwerdeverfahrens nach Art. 17 SchKG. B.c Mit Entscheid vom 28. Oktober 2011 trat das Kantonsgericht (Zivilgericht/Einzelgericht SchKG) als kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen auf die betreibungsrechtliche Beschwerde von X._ nicht ein. C. X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. November 2011 an das Bundesgericht gelangt. Der Beschwerdeführer beantragt, der Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde vom 28. Oktober 2011 sei aufzuheben. In der Sache sei der Kollokationsplan aufzuheben und das Konkursamt anzuweisen, die angemeldete Forderung zu beurteilen bzw. durch Neuauflage oder Ergänzung des Kollokationsplanes über Abweisung oder Zulassung zu entscheiden. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die kantonale Aufsichtsbehörde hat unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Konkursamt hat sich nicht vernehmen lassen.