Sachverhalt: A. Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Basel-Landschaft führen gegen X._ ein Strafverfahren wegen Gefährdung des Lebens, einfacher Körperverletzung, Tätlichkeiten etc.. Nach der Anklageschrift der Staatsanwaltschaft vom 1. September 2009 soll er insbesondere am 1. März 2009, um ca. 23:30 Uhr, auf dem Wasserturmplatz in Basel, Y._ geschlagen und auf lebensgefährliche Weise gewürgt haben. X._ wurde kurz nach der Tat von der Polizei aufgegriffen und am 2. März 2009 in Untersuchungshaft genommen. Mit Eingabe vom 24. September 2009 an das Präsidium des Strafgerichts beantragte X._, es sei ihm gemäss § 89 Abs. 1 StPO der Vollzug der Untersuchungshaft in einer Strafvollzugsanstalt zu genehmigen. Er sei in die Strafanstalt Wauwilermoos zu überstellen. Die Staatsanwaltschaft beantragte in ihrer Vernehmlassung, X._ sei vorerst Gelegenheit zu geben, sich zu einer Verlegung in den Massnahmevollzug zu äussern. Falls er sich dazu bereit erkläre, sei dies zu bewilligen. Falls nicht, sei seinem Antrag auf Verlegung in eine Strafanstalt stattzugeben. Zur Begründung führte sie an, nach der Anklageerhebung würde einer Verlegung in den (vorzeitigen) Normalvollzug nichts mehr im Wege stehen. Da sie an der Hauptverhandlung mit hoher Wahrscheinlichkeit eine Massnahme beantragen werde, sei es sinnvoll, X._ bereits jetzt in eine Massnahmevollzugsanstalt zu überweisen, da er so die Gelegenheit hätte, die Zeit bis zur Hauptverhandlung für eine Therapie zu nutzen. X._ lehnte in seiner Stellungsnahme die Verlegung in eine Massnahmevollzugsanstalt ab und hielt an seinem Antrag fest. Am 30. September 2009 wies die Präsidentin des Strafgerichts das Gesuch von X._ um Vollzug der Untersuchungshaft in einer Strafvollzugsanstalt ab. Sie erwog, aufgrund des psychiatrischen Gutachtens müsse in Bezug auf Gewaltdelikte von einer hohen Rückfallgefahr ausgegangen werden, welcher nur in einem Untersuchungsgefängnis, nicht aber in einer Strafvollzugsanstalt genügend Rechnung getragen werden könne. B. Mit Beschwerde in Strafsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt X._, diese Verfügung der Strafgerichtspräsidentin abzuweisen und sein Gesuch zu bewilligen, die Untersuchungshaft in einer Strafvollzugsanstalt zu vollziehen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung. C. Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf Vernehmlassung. Die Präsidentin des Strafgerichts beantragt, die Beschwerde abzuweisen.