Sachverhalt: A. X._ (geb. 1960) stammt ursprünglich aus Mazedonien. Aus einer ersten Ehe, die im September 1994 geschieden wurde, sind die beiden Kinder Z._ (geb. 1990) und Y._ (geb. 1992) hervorgegangen, die unter seiner elterlichen Sorge stehen bzw. standen. Mitte 1998 heiratete X._ eine 1942 geborene Schweizerin, worauf das Migrationsamt des Kantons Zürich ihm eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei seiner Gattin erteilte. Im Juni 2004 wurde die Ehe geschieden. Im März 2005 heiratete X._ die ehemalige Schweizer Ehefrau (geb. 1940) seines Bruders. Am 10. Dezember 2006 ersuchte er erfolglos darum, seine beiden Kinder aus erster Ehe in die Schweiz nachziehen zu können (negativer Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. April 2008). B. Am 15. Januar 2010 beantragte X._ erneut, seinem Sohn Y._ die Einreise zum Verbleib bei ihm zu bewilligen. Das Migrationsamt des Kantons Zürich lehnte dies am 26. Oktober 2010 ab, da X._ am 28. Januar 1999 die Aufenthaltsbewilligung erhalten habe und ab diesem Zeitpunkt seinen Sohn altrechtlich hätte nachziehen können; neurechtlich hätte er sein Gesuch bis zum 31. Dezember 2008 einreichen müssen, was er nicht getan habe. Dass er erst am 16. März 2010 eingebürgert worden sei und damit einen Nachzugsanspruch erworben habe, ändere nichts daran, dass sein Gesuch verspätet erfolgt sei. Es lägen keine stichhaltigen Gründe vor, um einen nicht fristgerechten Nachzug zu gestatten. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich bestätigte diese Verfügung am 30. Mai 2011. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die von X._ und Y._ hiergegen eingereichte Beschwerde am 21. September 2011 gut und wies das Migrationsamt an, den Nachzug zu bewilligen. Es ging davon aus, dass die neurechtlichen Fristen erst mit Entstehen des gesetzlichen Anspruchs auf Familiennachzug zu laufen begonnen hätten, was hier am 16. März 2010 mit der Einbürgerung des Vaters der Fall gewesen sei. C. Das Bundesamt für Migration (BFM) beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben. Dieses verkenne Sinn und Zweck der neurechtlich eingeführten Nachzugsfristen; falls die betroffene Person bereits vor der Erteilung der Niederlassungsbewilligung oder der Einbürgerung die Möglichkeit des Familiennachzugs gehabt habe, sei dies bei der Berechnung der Nachzugsfristen zu berücksichtigen. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. X._ und Y._ ersuchen darum, die Beschwerde abzuweisen.