Sachverhalt: A. Y._ (Beschwerdegegner) arbeitete vom 29. September 2008 bis Januar 2009 als Betriebsmechaniker in einer Zweigniederlassung der X._ AG, (Beschwerdeführerin). Am 30. April 2009 belangte er die Beschwerdeführerin vor dem Arbeitsgericht Rheintal auf Zahlung von insgesamt Fr. 30'000.-- brutto als Entschädigung für ungerechtfertigte fristlose Entlassung, Überstunden und nicht bezogene Ferien. Die Beschwerdeführerin beantragte die Abweisung der Klage und verlangte mit Widerklage, der Beschwerdegegner sei zur Bezahlung von Schadenersatz in durch ein Beweisverfahren zu ermittelnder Höhe (maximal Fr. 30'000.--) zu verpflichten. Sie behauptete, der Beschwerdegegner habe diverse Arbeiten aus seinem Aufgabenbereich nicht oder nur schlecht verrichtet und ihr durch diverse Fehlmanipulationen einen erheblichen Schaden verursacht. Mit Entscheid vom 9. November 2009 schützte das Kreisgericht Rheintal die Klage des Beschwerdegegners im Betrage von Fr. 22'180.-- netto und Fr. 6'155.10 brutto. Die Widerklage wies es ab, im Wesentlichen mit der Begründung, die Behauptungen der Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegner sei für einen Schaden von maximal Fr. 30'000.-- verantwortlich, seien völlig unsubstanziiert und ungenügend zum Beweis verstellt worden. B. Die Beschwerdeführerin gelangte mit Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen, zur Hauptsache mit dem Antrag auf Abweisung der Klage und Gutheissung der Widerklage. Das Kantonsgericht trennte das Verfahren betreffend die Widerklage ab und sprach dem Beschwerdegegner mit Entscheid vom 22. Juli 2010 Fr. 19'380.-- netto und Fr. 6'155.10 brutto zu. Die Beschwerdeführerin zog diesen Teilentscheid an das Bundesgericht weiter, welches die Beschwerde jedoch abwies (Urteil des Bundesgerichts 4A_517/2010 vom 11. November 2010). Insoweit ist das Urteil des Kantonsgerichts rechtskräftig. Nach Fortsetzung des Verfahrens betreffend die Widerklage wies das Kantonsgericht die Berufung am 6. Februar 2012 ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des Entscheides vom 6. Februar 2012 und die Gutheissung der Widerklage. Hilfsweise sei das Verfahren zu neuer Entscheidung unter Beachtung des rechtlichen Gehörs der Beschwerdeführerin an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.