Sachverhalt: A. Der 1962 geborene Z._ meldete sich am 25. Januar 2002 wegen Rückenschmerzen zur Übernahme der Kosten einer Rumpforthese bei der Invalidenversicherung an. Mit Mitteilung vom 20. Februar 2002 sprach ihm die Verwaltung dieses Hilfsmittel zu. Am 1. Juli 2003 beantragte Z._ zudem eine Invalidenrente. Die IV-Stelle des Kantons Aargau tätigte medizinische und berufliche Abklärungen und gab schliesslich am 2. April 2007 eine interdisziplinäre Begutachtung im Zentrum X._ in Auftrag. Gestützt auf das Gutachten des Zentrums X._ vom 31. Januar 2008 sprach ihm die IV-Stelle mit Verfügung vom 25. August 2008 eine Viertelsrente ab 1. Januar 2006 zu. Nachdem der Versicherte Beschwerde an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau erheben liess, stellte dieses mit Beschluss vom 22. Oktober 2009 eine reformatio in peius in Aussicht und schrieb das Verfahren nach Beschwerderückzug ab. In der Folge veranlasste die IV-Stelle eine erneute medizinische Abklärung. Gestützt auf das Gutachten des Instituts Y._, vom 31. Januar 2011) zog die Verwaltung mit Verfügung vom 16. Mai 2011 ihre Verfügung vom 25. August 2008 in Wiedererwägung und stellte die Viertelsrente auf Ende des nach Zustellung der Verfügung folgenden Monats ein. B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 5. November 2012 ab. C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und sinngemäss beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihm über Ende Juni 2011 hinaus mindestens eine unbefristete Viertelsrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz oder an die Verwaltung zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen. Das Bundesgericht führt keinen Schriftenwechsel durch.