Sachverhalt: A. X._ und Y._ übernahmen als einfache Gesellschaft auf den 19. Januar 1998 das Restaurant Pizzeria S._ in A._. Sie meldeten sich am 14. März 1998 bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) als Mehrwertsteuerpflichtige an und erhielten die Mehrwertsteuernummer 4_. Auf den 1. November 1999 übernahmen sie zusätzlich die Führung des Restaurants T._ im Tennis Center in A._. Am 30. Juni 2001 wurden sie aus dem Register der Mehrwertsteuerpflichtigen gelöscht, nachdem X._ und Z._ das Restaurant Pizzeria S._ übernommen hatten, die ihrerseits ab 1. Juli 2001 unter der Mehrwertsteuernummer 5_ abrechneten. B. Die ESTV führte zwischen dem 21. April und dem 11. Mai 2004 bei den Steuerpflichtigen eine Kontrolle durch. Dabei stellte sie unter anderem fest, dass zwar die Debitoren/Kassarapporte und die Belege für die Kreditoren vorhanden waren, aber ein Kassabuch fehlte und die Geschäftsbücher unordentlich geführt und unvollständig waren. Sodann stimmten die deklarierten Umsätze teilweise nicht mit der Buchhaltung überein. Die ESTV legte deshalb die Umsätze ausgehend vom effektiven Materialaufwand gemäss der Buchhaltung mittels Schätzung fest. Mit Ergänzungsabrechnung Nr. 275'831 forderte sie von X._ und Y._ für die Periode vom 1. Januar 1999 bis 31. Dezember 2000 einen Betrag von Fr. 32'555.-- zuzüglich Verzugszins und mit Ergänzungsabrechnung Nr. 275'832 für die Periode vom 1. Januar bis 30. Juni 2001 einen solchen von Fr. 7'296.-- zuzüglich Verzugszins nach. Mit zwei formellen Entscheiden vom 5. Juli 2004 bestätigte die ESTV ihre Steuernachforderungen. Eine dagegen erhobene Einsprache wurde mit Entscheid vom 27. Juni 2007 abgewiesen, worauf die Steuerpflichtigen an das Bundesverwaltungsgericht gelangten. Mit Entscheid vom 17. Januar 2008 wies dieses die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts und des Einspracheentscheids sowie die Rückweisung der Angelegenheit zwecks neuer Festsetzung der Nachforderung an die ESTV. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragen sie, die Beschwerde sei mit der unter dem gleichen Datum eingereichten, parallelen Beschwerde ihrer Rechtsnachfolger X._ und Z._ zu vereinigen. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das Bundesverwaltungsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat.