Sachverhalt: A. X._ führt einen Landwirtschaftsbetrieb mit einer Nutzfläche von rund 24 ha, wovon rund 10 ha in seinem Eigentum stehen. Er betreibt Milchvieh- und Zuchtschweinehaltung sowie Ackerbau. Die Schweinezucht umfasst zurzeit 24 Mutterschweine, einen Eber sowie 90 Ferkel. Am 2. Mai 2003 ersuchte X._ beim Gemeinderat Böttstein um eine Bewilligung für den Um- und Ausbau des auf Parzelle Nr. 448 in der Landwirtschaftszone bestehenden Schweinestalls. Die Schweinezucht soll auf 70 Mutterschweine erweitert werden. Hierzu sollen in der bestehenden Scheune 16 Abferkelboxen (Gesamtfläche: 17.19 m x 7.30 m) und 93 Aufzuchtplätze zu je 0.40 m2 geschaffen werden. Weitere 93 Aufzuchtplätze sollen in einer neuen Annexbaute (Grundfläche: 7.30 m x 6.80 m) eingerichtet werden. Der bestehende Schweinestall soll so umgebaut werden, dass dort das Deckzentrum und der ganze Galtschweinebereich (max. 54 Tiere) sowie 12 Plätze für die Eigenremontierung untergebracht werden können. Zudem soll nördlich der Annexbaute eine Luftwaschanlage mit einer Höhe von 8.95 m - die Höhe der Abluftventilatoren nicht miteingerechnet - realisiert werden. B. Die Koordinationsstelle Baugesuche des Baudepartements des Kantons Aargau stimmte dem Vorhaben am 15. Juli 2003 unter verschiedenen Bedingungen und Auflagen zu. Der Gemeinderat Böttstein hingegen hiess zahlreiche Einsprachen hinsichtlich der geltend gemachten Geruchsbelästigung gut und wies das Baugesuch am 29. Oktober 2003 ab. Auf Beschwerde von X._ hin hob der Regierungsrat des Kantons Aargau am 13. Oktober 2004 den kommunalen Entscheid vom 29. Oktober 2003 auf und wies die Sache zur Erteilung der Baubewilligung an den Gemeinderat Böttstein zurück. Gegen diesen Beschluss gelangte unter anderem der Gemeinderat Böttstein an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, welches die Beschwerde mit Urteil vom 10. April 2006 nach Durchführung eines Augenscheins und Anhörung eines Experten abwies. C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht vom 9. November 2006 beantragt die Einwohnergemeinde Böttstein, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 10. April 2006 sei aufzuheben. Sie rügt insbesondere die Verletzung von Umweltschutz-, Wald- und Raumplanungsrecht des Bundes. D. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung zur vorliegenden Beschwerde. Der Regierungsrat beantragt deren Abweisung. X._ stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält das umstrittene Vorhaben für mit dem Umweltschutz- und Waldrecht des Bundes vereinbar. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) weist darauf hin, dass die Grundlagen fehlen, um beurteilen zu können, ob die erweiterte Schweinehaltung als bodenabhängige Landwirtschaft gelten kann. Es verzichtet jedoch auf einen Antrag zum Ausgang des vorliegenden Verfahrens. Die Einwohnergemeinde Böttstein und X._ halten in weiteren Stellungnahmen an ihren Rechtsauffassungen fest.