Sachverhalt: Mit Verfügung vom 6. April 2006 und Einspracheentscheid vom 15. Mai 2006 wurde der 1968 geborene U._ auf der Grundlage der Arbeitgeberhaftung gemäss Art. 52 AHVG verpflichtet, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich Fr. 12'443.60 zu bezahlen. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich trat auf die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 18. September 2006 wegen Verspätung nicht ein. U._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt sinngemäss, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die Ausgleichskasse auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme.