Sachverhalt: A. Die 1963 geborene M._, verheiratet und Mutter dreier Kinder (geb. 1982, 1984 und 1991), war als Mitarbeiterin im Hausdienst bei der Rehaklinik X._ angestellt und dadurch bei der Schweizerischen National-Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: National) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 27. Juni 2002 als Mitfahrerin einen Verkehrsunfall erlitt. Der von ihrem Ehemann gelenkte Wagen hielt innerorts hinter einem Auto, welches nach links abbiegen wollte, als ein Lieferwagenlenker die vor ihm stehenden Autos zu spät bemerkte und auffuhr. Der Wagen, in dem die Versicherte sass, wurde ca. 1.5 Meter in den vor ihm stehenden geschoben und erheblich beschädigt. Am Regionalspital Y._, in welches die Versicherte wegen sofort einschiessenden Schmerzen an der Halswirbelsäule eingeliefert wurde, stellte man die Diagnose eines Schleudertraumas mit HWS-Kontusion/-Distorsion. Die National erbrachte Heilbehandlung und richtete Taggeldleistungen aus. M._ unternahm verschiedene Arbeitsversuche im August und Oktober 2002 und ab Anfang 2003, welche jeweils nach kurzer Zeit wegen starker Beschwerdeexacerbationen wieder abgebrochen wurden. Nach medizinischen Abklärungen, einem stationären Rehabilitationsaufenthalt vom 5. März bis 2. April 2003 an der Rehaklinik X._ und ambulanter Psychotherapie, welche keine wesentliche Verbesserung des Gesundheitszustandes brachten, liess die National die Versicherte am Medizinischen Zentrum Z._ polydisziplinär untersuchen. Gestützt auf die Expertise vom 10. Mai 2005 eröffnete die Unfallversicherung der M._ mit Verfügung vom 24. Oktober 2005, sie stelle ihre Leistungen rückwirkend auf den 1. September 2005 ein. Zur Begründung führte sie aus, die noch geklagten Beschwerden stünden nicht in einem rechtserheblichen Zusammenhang zum Unfall vom 27. Juni 2002. Daran hielt die Unfallversicherung auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 20. September 2007). B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 13. August 2008 ab. C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Beschwerdebeklagte zu verpflichten, ihr rückwirkend ab 1. September 2005 die versicherten Leistungen auszurichten, insbesondere Taggelder bei einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit zu erbringen, eventuell eine Invalidenrente auf Grund eines 100%igen Invaliditätsgrades und eine Integritätsentschädigung basierend auf einer Integritätseinbusse von mindestens 50 % zu gewähren. Die National schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.