Sachverhalt: A. X._ (geb. 1989) erhob am 19. September 2006 bei der Kantonspolizei Thurgau Strafanzeige gegen Y._ (geb. 1989) wegen Verdachts der Vergewaltigung, eventuell sexueller Nötigung. X._ wurde am 18. Oktober 2006 durch die Kantonspolizei St. Gallen befragt (Videobefragung). Y._ wurde am 2. Dezember 2006 durch die Kantonspolizei Thurgau und am 19. Januar 2007 durch die Jugendanwaltschaft des Kantons Thurgau einvernommen. Mit Einstellungsverfügung vom 14. Februar 2007 stellte die Jugendanwaltschaft die Strafuntersuchung gegen Y._ mangels zureichender Gründe für eine weitere Strafverfolgung (§ 137 Abs. 1 StPO/TG) ein. Mit Entscheid vom 11. September 2007, spediert am 22. Oktober 2007, hiess die Anklagekammer des Kantons Thurgau die Beschwerde von X._ gegen die Einstellungsverfügung gut und wies die Jugendanwaltschaft an, die Strafuntersuchung im Sinne der Erwägungen fortzusetzen. B. Mit Eingabe vom 9. Februar 2007 stellte X._ bei der Anklagekammer des Kantons Thurgau ein Ausstandsbegehren gegen den Jugendanwalt. Der Präsident der Anklagekammer des Kantons Thurgau wies das Ausstandsgesuch mit Verfügung vom 13. September 2007 ab. Er hielt dafür, der Jugendanwalt habe im Strafverfahren gegen Y._ Verfahrensfehler gemacht. Diese seien aber nicht derart gravierend, dass sie einer Amtspflichtverletzung gleichzusetzen wären. Auch sei nicht ersichtlich, dass die Verfahrensfehler wiederholt begangen worden wären. C. Mit Beschwerde an das Bundesgericht vom 17. Oktober 2007 beantragt X._ die Aufhebung der Verfügung vom 13. September 2007. Der Jugendanwalt sei zu verpflichten, für die weitere Strafuntersuchung gegen Y._ in den Ausstand zu treten, und die weitere Strafuntersuchung sei einem unbefangenen Untersuchungsrichter zu übertragen. Die Verfahrenskosten von Fr. 400.-- für das Ausstandsverfahren (vor der Anklagekammer) seien auf die Staatskasse zu nehmen, und die Anklagekammer sei zu verpflichten, die Beschwerdeführerin für das Ausstandsverfahren angemessen zu entschädigen. Sie ersucht überdies um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren. Mit Eingabe vom 24. Oktober 2007 übersandte X._ dem Bundesgericht den inzwischen zugestellten Entscheid der Anklagekammer vom 11. September 2007 betreffend Einstellung der Strafuntersuchung und stellte ein Gesuch um vorsorgliche Massnahmen. D. In der Vernehmlassung beantragt der Präsident der Anklagekammer die Abweisung der Beschwerde. Der Jugendanwalt habe Verfahrensfehler gemacht, die von der Anklagekammer mit Entscheid vom 11. September 2007 korrigiert worden seien. Dies bedeute aber nicht, dass der Jugendanwalt auch voreingenommen sei und in den Ausstand treten müsse. Der Jugendanwalt hat sich nicht vernehmen lassen. E. Mit Präsidialverfügung vom 14. November 2007 hat das Bundesgericht dem Gesuch von X._ vom 24. Oktober 2007 entsprochen, wonach die Jugendanwaltschaft anzuweisen sei, bis zum Abschluss des bundesgerichtlichen Verfahrens keine weiteren Untersuchungshandlungen im Strafverfahren gegen Y._ vorzunehmen.