Art. 5, 9, 27, 29 Abs. 2 und 36 Abs. 3 BV (Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung als Ärztin), hat sich ergeben: A.- Dr. med. A._, geboren 1960, praktiziert seit 1993 als selbständige Ärztin mit Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke in Z._. Im Oktober 1995 hatte A._ einem Patienten, der bei einem anderen Arzt in einem Methadonprogramm stand, mehrmals die Medikamente Toquilone (Wirkstoff Methaqualon) und Rohypnol (Wirkstoff Flunitrazepam) - beides Benzodiazepine - verschrieben. Die Gesundheitsdirektion wies sie in der Folge darauf hin, wegen der Gefahr bei kombiniertem Konsum von Benzodiazepinen und Opiaten seien solche Verschreibungen an drogenabhängige Patienten unter den Ärzten abzusprechen. Nachdem A._ dem genannten Patienten sowie zwei weiteren drogenabhängigen Personen in den folgenden Monaten erneut wiederholt Rohypnol verschrieben hatte, fand am 28. Januar 1997 eine Aussprache mit dem Kantonsarzt und dessen Stellvertreter statt. Dabei entstand auf Grund der Schilderungen der Ärztin der Eindruck, dass sie die Kontrolle in der Behandlung von drogensüchtigen Patienten verloren hatte und sich durch diese Patienten bedroht und erpresst fühlte. Dies führte am 17. Februar 1997 zu einer Verfügung der Gesundheitsdirektion, welche A._ im Wesentlichen Folgendes auferlegte: Ein grundsätzliches Verbot der Verschreibung und der Abgabe von Medikamenten, die unter die Betäubungsmittelgesetzgebung fallen; als Ausnahme von diesem Verbot jedoch die Erlaubnis, psychotrope Substanzen gemäss Art. 3 lit. b der Verordnung über die Betäubungsmittel und die psychotropen Stoffe vom 29. Mai 1996 (BetmV; SR 812. 121.1) über die Apotheke X._ in Z._ zu verschreiben (an Drogenabhängige jedoch nur mit Bewilligung des Kantonsärztlichen Dienstes im Einzelfall), ferner ein absolutes Verbot der Verschreibung der psychotropen Substanzen Flunitrazepam und Methaqualon. Schliesslich enthielt die Verfügung einen Vorbehalt für den Betäubungsmittelbezug bei der Kantonsapotheke in Notfällen. Für den Fall erneuter Regelwidrigkeiten bei der Berufsausübung wurde A._ der Entzug der Praxisbewilligung angedroht. Im gleichen Sinne schränkte auch die Kantonale Heilmittelkontrolle am 16. Juli 1997 die an A._ erteilte Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke ein. B.-Am 5. November 1999 stellte die Stadtpolizei Zürich in der Drogenszene bei B._, dessen Ehefrau als Arzthelferin bei A._ angestellt ist, verschiedene psychotrope Medikamente sicher, darunter auch Toquilone (Methaqualon), Rohypnol (Flunitrazepam), Dormicum (Midazolam) und Valium (Diazepam). B._ erklärte, er selber sei kein Drogenkonsument, sondern gehöre einer Institution an, die Drogensüchtige zum Aufhören bewegen wolle. Er gehe zwei- bis dreimal pro Monat in die Drogenszene und sammle jeweils die von den Süchtigen vor Polizeiaktionen versteckten Drogen ein, um sie zu vernichten. Von den in seinem Besitz befindlichen Medikamenten habe er das Dormicum für seinen Sohn und das Nozinam (nicht psychotrop) von A._, ansonsten stammten die Medikamente von den Süchtigen. Anlässlich einer Hausdurchsuchung bei der Familie B._ wurden neben verschiedenen rezeptpflichtigen nicht-psychotropen Medikamenten auch zwei psychotrope vorgefunden, nämlich 1,5 mg Lexotanil (Bromazepam) und 30 mg Normaform (Phentermin). Gemäss Polizeirapport hatte A._ auf telefonische Anfrage angegeben, sie habe B._ "diese Medikamente" abgegeben, da er an einer Nervenkrankheit leide. Anlässlich einer durch die Kantonale Heilmittelkontrolle am 29. Februar 2000 durchgeführten Inspektion in der Arztpraxis von A._ mussten verschiedene Arzneimittel eingezogen werden. Dies betraf zum grossen Teil Produkte, deren Verfalldatum abgelaufen war, sodann zwei registrierungspflichtige Produkte, für deren Bezug und Verwendung A._ über keine Bewilligung der Gesundheitsdirektion im Sinne von § 6a der Verordnung über den Verkehr mit Heilmitteln vom 28. Dezember 1978 verfügte, und schliesslich eine Packung Rohypnol und eine Packung Ionamine (Phentermin). Eine Nachfrage bei der Y._ AG ergab sodann, dass A._ in der Zeit zwischen Juli 1997 und Februar 2000 zahlreiche psychotrope Arzneimittel bezogen hatte, welche unter das Verbot der Gesundheitsdirektion fielen. Dabei handelte es sich einerseits um verschiedene Schlaf- und Beruhigungsmittel sowie um Appetitzügler, die sie zwar an nicht drogenabhängige Personen verschreiben, aber nicht selber abgeben durfte. Ausserdem hatte sie in der fraglichen Zeit insgesamt 191 Packungen Rohypnol und 84 Packungen Toquilone bezogen, welche sie weder abgeben noch verschreiben durfte. Schliesslich waren drei Notfallprodukte geliefert worden, die nur über die Kantonsapotheke hätten bezogen werden dürfen. C.- A._ nahm - von der Gesundheitsdirektion hierzu aufgefordert - zu diesen Vorfällen Stellung. Sie machte im Wesentlichen geltend, die Medikamente habe sie an nicht drogenabhängige Patienten aus ihrem Familien- und Freundeskreis bzw. in zwei Fällen an Patienten abgegeben, die die Medikamente nicht von der Apotheke X._ hätten beziehen wollen. Andere Medikamente seien von ihrer Praxisvertreterin bestellt worden. Rohypnol und Ritalin habe sie selber konsumiert; sie verwende zuweilen 4-5 mg Rohypnol, um schlafen zu können, und umgekehrt zur Bewältigung ihrer 60-80 Std. /Woche Ritalin, um in der Nacht wach zu bleiben. Mit dem Polizeirapport schliesslich habe sie "medizinisch nichts zu tun", diesbezüglich habe sie sich aus Rücksicht auf ihre Sekretärin "zu einer falschen Aussage am Telefon" hinreissen lassen. D.- Mit Verfügung vom 28. April 2000 entzog die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich A._ die Bewilligung zur selbständigen ärztlichen Tätigkeit. Die Gesundheitsdirektion erwog, A._ habe wiederholt und über längere Zeit gegen die mit der Verfügung vom 17. Februar 1997 auferlegten Beschränkungen verstossen, weshalb ihr - wie in der genannten Verfügung angedroht - die Bewilligung zu entziehen sei. A._ erhob am 8. Juni 2000 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, mit der sie beantragte, die Verfügung der Gesundheitsdirektion vom 28. April 2000 aufzuheben, eventuell die Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung aufrechtzuerhalten unter Aufhebung der Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 29. August 2000 ab. E.- A._ hat am 19. Oktober 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben, eventuell die Sache zu neuer Entscheidung an dieses zurückzuweisen. Die Gesundheitsdirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. F.- Der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 7. November 2000 die aufschiebende Wirkung beigelegt.