Sachverhalt: A. Y._ und X._ heirateten 1999 im Kosovo. Aus ihrer Ehe gingen zwei Kinder hervor. X._ lebt seit 1989 hier, Y._ kam erst 1998 in die Schweiz. Am 21. November 2007 erstattete X._ Strafanzeige gegen ihren Ehemann wegen mehrfacher Vergewaltigung, mehrfacher Drohung und mehrfacher einfacher Körperverletzung. Zugleich wurde der gemeinsame Haushalt aufgelöst. X._ wirft ihrem Ehemann vor, er habe sie nach der Geburt des ersten Kindes über Jahre hinweg (von 2000 bis letztmals 20. November 2007) mehrmals wöchentlich, zum Teil mehrmals täglich, gegen ihren Willen zum Geschlechtsverkehr gezwungen und sei gegenüber ihr sowie den Kindern verschiedentlich tätlich geworden. Zudem habe er sie bedroht. B. Das Bezirksgericht Baden sprach Y._ am 1. September 2010 der mehrfachen Vergewaltigung, der mehrfachen einfachen Körperverletzung, der mehrfachen Tätlichkeiten und der Drohung schuldig. Es bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von sechs Jahren und einer Busse von Fr. 500.--. Zudem verpflichtete ihn das Bezirksgericht, X._ eine Genugtuung von Fr. 30'000.-- zu bezahlen. Das Obergericht des Kantons Aargau sprach Y._ am 3. Mai 2012 von den Vorwürfen der mehrfachen Vergewaltigung und der mehrfachen einfachen Körperverletzung in Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro reo" frei. Es verurteilte ihn wegen mehrfacher Tätlichkeit und Drohung zu einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 10.-- und zu einer Busse von Fr. 500.--. Auf die Zivilforderung von X._ trat es nicht ein. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau aufzuheben und das bezirksgerichtliche Urteil zu bestätigen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.