Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Bern führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen diverser Konkursdelikte. Am 11. November 2005 stellte die Kantonspolizei beim Betreibungs- und Konkursamt Berner Oberland eine Festplatte sicher, welche X._ im Rahmen eines Konkursverfahrens abgegeben hatte. In der Folge konnte die Festplatte nicht mehr aufgefunden werden, bis sie X._ selbst bei einer Akteneinsicht am 25. Oktober 2010 entdeckte. Anlässlich der Einvernahme, welche der Akteneinsicht vorangegangen war, hatte X._ geltend gemacht, auf der Festplatte befänden sich Daten, die ihn entlasten würden. Mit Schreiben vom 27. Oktober 2010 beantragte er die Auswertung aller darauf gespeicherten Daten. Da die Festplatte über 30'000 Dateien enthielt, forderte ihn die Staatsanwaltschaft in der Folge auf, die Daten im Beisein der Kantonspolizei selber zu sichten, die entlastenden Elemente zu bezeichnen und dafür eine geeignete Software zur Verfügung zu stellen. Gegen diese Verfügung erhob X._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern, welches das Rechtsmittel teilweise guthiess. Daraufhin setzte die Staatsanwaltschaft am 31. Oktober 2011 ein neues Schreiben auf. Sie fragte X._ nunmehr an, ob er bei der Sichtung der Dateien seine (freiwillige) Mithilfe anbiete und die zum Lesen der Dateien geeignete Software zur Verfügung stellen könne. Gleichzeitig setzte sie ihm eine Frist zur Antwort bis am 16. November 2011. Am letzten Tag vor Ablauf der Frist verlangte X._ von der Staatsanwaltschaft, die Festplatte sei zu versiegeln. Dieses Gesuch wurde von der Staatsanwaltschaft am 4. Mai 2012 abgewiesen. Es sei verspätet erfolgt; zudem fehle X._ die Legitimation und sei sein Verhalten rechtsmissbräuchlich, da er zuvor die Auswertung der Daten verlangt habe. Eine gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Bern mit Beschluss vom 6. August 2012 ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 12. September 2012 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts und die Verfügung der Staatsanwaltschaft seien aufzuheben und es sei die Versiegelung der Festplatte anzuordnen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Obergericht und die Generalstaatsanwaltschaft haben auf eine Stellungnahme verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 4. Oktober 2012 hat das Bundesgericht das Gesuch des Beschwerdeführers um Erlass einer vorsorglichen Massnahme gutgeheissen und die vorläufige Versiegelung der Festplatte angeordnet.