Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümerin des Grundstücks A._-GBB-xxx. Y._ ist Eigentümer des benachbarten Grundstückes A._-GBB-yyy, über welches ein im Grundbuch mit dem Stichwort "Fahrwegrecht mit Unterhaltsabrede" eingetragener Weg führt, der als Zufahrt zu dem auf der Parzelle Nr. xxx gelegenen Hof dient. B. Am 25. April 2012 erliess das Bezirksgericht B._ auf Gesuch von X._ hin einen vorsorglichen Massnahmeentscheid, in welchem es die sofortige Entfernung des auf der Erschliessungsstrasse abgestellten Traktoranhängers anordnete und Y._ unter Strafandrohung verbot, die Durchfahrt auf der Erschliessungsstrasse in Zukunft zu behindern oder zu blockieren. Sodann setzte es X._ in Ziff. 4 des Dispositivs eine Frist von zwei Monaten ab Rechtskraft des Entscheides zur gerichtlichen Geltendmachung ihres diesbezüglichen Anspruches. In der Rechtsmittelbelehrung erwähnte das Bezirksgericht, dass die Berufung die Rechtskraft und die Vollstreckbarkeit von Entscheiden über vorsorgliche Massnahmen nicht hemme. Der Entscheid wurde X._ am 26. April 2012 zugestellt. Am 6. Juli 2012 reichte X._ im ordentlichen Verfahren die Klage ein. Mit Entscheid vom 6. September 2012 trat das Bezirksgericht B._ auf diese nicht ein mit der Begründung, die zweimonatige Prosequierungsfrist habe am 27. April 2012 zu laufen begonnen und sei demzufolge nicht eingehalten. Mit Entscheid vom 6. Februar 2013 wies das Obergericht des Kantons Luzern die hiergegen erhobene Berufung mit der gleichen Begründung ab. C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 23. März 2013 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um Anweisung der Vorinstanzen, auf ihre Klage vom 6. Juli 2012 einzutreten und diese materiell zu entscheiden. Mit Präsidialverfügung vom 24. April 2013 wurde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. In seiner Vernehmlassung vom 20. Juni 2013 hat der Beschwerdegegner auf Abweisung der Beschwerde geschlossen. Das Obergericht hat sich nicht vernehmen lassen.