Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Brugg-Zurzach führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts von Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz. Am 3. Dezember 2010 erliess das (damals noch zuständige) Bezirksamt Brugg eine Beschlagnahme- und Vernichtungsverfügung (betreffend Hanfwaren, Hanf-Indooranlage und verbotene Kakteen). Gegen die ihr am 7. Dezember 2010 eröffnete Verfügung erhob die Beschuldigte mit Eingabe vom 17. Januar 2011 Beschwerde (soweit gewisse Kakteen von der Vernichtungsanordnung betroffen waren). Mit Entscheid vom 24. Mai 2011 trat das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, wegen Fristablaufs auf die Beschwerde nicht ein. B. Gegen den Entscheid des Obergerichts gelangte X._ mit Beschwerde vom 30. Juni (Posteingang: 5. Juli) 2011 an das Bundesgericht. Sie beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.