Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegnerin) schloss zwischen Mai 2002 bis Januar 2003 sechs Mietverträge mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) ab, mit welchen sie Gewerberäume in einer Liegenschaft in B._ mietete. Sie beabsichtigte, darin eine Brockenstube zu betreiben. Zwischen den Parteien kam es in der Folge zu Streitigkeiten über angebliche Zahlungsrückstände der Beschwerdegegnerin, welche ihrerseits behauptete, durch eindringendes Wasser seien gelagerte Gegenstände beschädigt worden. Zudem bestand Uneinigkeit über die Gültigkeit von Kündigungen, welche die Beschwerdeführerin ausgesprochen hatte. Im Rahmen dieser Auseinandersetzungen schlossen die Parteien diverse Vergleiche, und die Beschwerdegegnerin hinterlegte Fr. 62'460.-- beim Gemeindekassieramt B._. Schliesslich wurde vereinbart, sämtliche noch bestehenden Mietverträge per 30. Juni 2005 zu beenden. Am 9. August 2005 gab die Beschwerdegegnerin die Räume zurück. B. Mit Schreiben vom 8. September 2004 hatte die Beschwerdegegnerin beim Kreisgericht Rheintal Klage eingereicht, woraufhin die Beschwerdeführerin Widerklage erhob. Beide Parteien stellten diverse Forderungs- und Feststellungsbegehren und verlangten die Auszahlung des hinterlegten Betrages. Das Kreisgericht entschied, der hinterlegte Betrag sei im Umfang von Fr. 47'796.70 an die Beschwerdegegnerin und im Umfang von Fr. 14'663.30 der Beschwerdeführerin herauszugeben und die aufgelaufenen Zinsen den Parteien je zur Hälfte auszurichten. Während die Beschwerdegegnerin diesen Entscheid akzeptierte, erhob die Beschwerdeführerin kantonale Berufung mit dem Antrag, die Klage abzuweisen und den hinterlegten Betrag zu ihren Gunsten freizugeben. Am 11. August 2008 entschied das Kantonsgericht St. Gallen im Wesentlichen gleich wie das Kreisgericht. Es sprach den Parteien allerdings keinen Zins zu, da die hinterlegte Miete nicht verzinst werde. C. Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen und Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Das Kassationsgericht trat mit Zirkulationsentscheid vom 17. April 2009 auf die Beschwerde nicht ein, da die Nichtigkeitsbeschwerde nicht gegeben ist, wenn das Bundesrecht wie in Art. 274d Abs. 1 OR ein rasches Verfahren vorschreibt. Vor Bundesgericht hält die Beschwerdeführerin im Wesentlichen an ihren vor Kantonsgericht gestellten Begehren fest, während die Beschwerdegegnerin auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf einzutreten ist.