Sachverhalt: A. Das Bundesstrafgericht erklärte X._ mit Entscheid vom 11. Juli 2008 der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 21 Monaten, mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen à CHF 1'000.--. Von der Anklage der Geldwäscherei sprach es ihn frei. Ferner hiess es die Zivilforderung der Aeroflot Russian Airlines (Aeroflot) im Grundsatz gut und verpflichtete X._ zur Leistung von Schadenersatz an die Geschädigte. Zur Bemessung ihres Anspruchs verwies es diese auf den Zivilweg. Mit Ergänzung vom 27. Oktober 2008 entschied das Bundesstrafgericht über die Einziehung der auf den beschlagnahmten Konten blockierten Vermögenswerte bzw. die Erhebung von Ersatzforderungen gegenüber X._ sowie verschiedenen Privatpersonen und Handelsgesellschaften. B. Die Bundesanwaltschaft führt Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Urteils in Bezug auf den Freispruch von der Anklage der Geldwäscherei sowie im Strafpunkt. Sie beantragt ferner, X._ sei zusätzlich der qualifizierten Geldwäscherei im Sinne von Art. 305bis Ziff. 2 lit. c StGB schuldig zu sprechen und insgesamt zu einer Freiheitsstrafe von 4 Jahren sowie zu einer Busse von CHF 500'000.-- zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. C. X._ beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.