Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdeführer) und die Bank X._ (Beschwerdegegnerin) schlossen am 27. März 1992 einen Hypothekardarlehensvertrag über einen Betrag von Fr. 520'000.--. Das Darlehen wurde sichergestellt durch zwei Schuldbriefe im Nominalwert von Fr. 220'000.-- und Fr. 300'000.--, beide lastend auf Grundbuch Lengnau Nr. 000. Die Beschwerdegegnerin leitete im Jahr 2003 gegen den Beschwerdeführer und dessen Ehefrau B._ die Betreibung auf Grundpfandverwertung ein. Sowohl der Beschwerdeführer als auch die Ehefrau erhoben Rechtsvorschlag. Der Gerichtspräsident 3 des Gerichtskreises III Aarberg-Büren-Erlach erteilte am 10. Juli 2003 in der Betreibung Nr. 000 des Betreibungsamtes Berner Jura-Seeland, Dienststelle Büren, für den Betrag von Fr. 517'836.50 nebst Zins die provisorische Rechtsöffnung. Auf die dagegen erhobene Appellation trat der Appellationshof des Kantons Bern am 3. Dezember 2003 zufolge verspäteter Einreichung nicht ein. Am 21. Oktober 2005 wurde dem Beschwerdeführer die Versteigerung seiner Liegenschaft angezeigt. Die Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen des Kantons Bern stellte auf eine vom Beschwerdeführer eingereichte Beschwerde hin mit Entscheid vom 21. März 2006 die Nichtigkeit der Fortsetzung der Betreibung Nr. 000 und der daraufhin erfolgten Betreibungshandlungen fest. Sie erwog, der Gerichtspräsident habe zum Rechtsbegehren der Beseitigung des Rechtsvorschlags für das Pfandrecht in den Erwägungen zwar Stellung genommen, jedoch vergessen, seine Entscheidung ins Dispositiv aufzunehmen. Da der Rechtsvorschlag betreffend das Pfandrecht somit versehentlich im Dispositiv des Entscheids vom 10. Juli 2003 nicht beseitigt worden sei, habe diesbezüglich auch keine Fortsetzung der Betreibung erfolgen können. Gestützt auf diesen Entscheid der Aufsichtsbehörde berichtigte der Gerichtspräsident mit Verfügung vom 12. April 2006 den Rechtsöffnungsentscheid vom 10. Juli 2003, indem er die Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung für das Pfandrecht ins Dispositiv aufnahm. B. Der Beschwerdeführer erhob am 8. Mai 2006 Aberkennungsklage beim Richteramt Solothurn-Lebern. Er stellte das Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass die in Betreibung gesetzte Forderung sowie die in Betreibung gesetzten Pfandrechte nicht bestehen und damit abzuerkennen seien. Eventuell sei festzustellen, dass die in Betreibung gesetzten Pfandrechte nicht bestehen und damit abzuerkennen seien. Subeventuell sei festzustellen, dass die in Betreibung gesetzten Pfandrechte, soweit sie im Namenschuldbrief im 2. Rang vom 9. Juni 1989 verbrieft sind, nicht bestehen und damit abzuerkennen seien. Das Amtsgericht fällte am 13. Juni 2007 folgendes Urteil: 1. Das Subeventualbegehren der Aberkennungsklage ist gutgeheissen. 2. In Bestätigung von Ziffer 1 des Rechtsöffnungsentscheides des Gerichtspräsidenten 3 des Gerichtskreises III Aarberg-Büren-Erlach vom 12. April 2006 hat der Aberkennungskläger [Beschwerdeführer] der Aberkennungsbeklagten [Beschwerdegegnerin] Fr. 517'836.50 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2003 zu bezahlen. 3. Der Rechtsvorschlag des Aberkennungsklägers [Beschwerdeführers] in der Betreibung Nr. 000 des Betreibungsamtes Berner Jura - Seeland, Dienststelle Büren, ist für den Betrag von Fr. 517'836.50 nebst Zins zu 5,5 % seit 1. Januar 2003 und in Bezug auf die Pfandrechte, soweit sie im Schuldbrief vom 1. April 1974 im 1. Rang (auf GB Lengnau Nr. 000) verbrieft sind, aufgehoben. In Bezug auf die Pfandrechte, soweit sie im Namenschuldbrief im 2. Rang vom 9. Juni 1989 (auf GB Lengnau Nr. 000) verbrieft sind, ist der Rechtsvorschlag hingegen nicht aufgehoben. Das Amtsgericht erwog im Wesentlichen, das Grundpfand sei in zwei Schuldbriefen vom 1. April 1974 verkörpert. Derjenige im 1. Rang sei stets unverändert geblieben. Der Schuldbrief im 2. Rang sei gemäss Eintrag des zuständigen Grundbuchverwalters vom 9. Juni 1989 ohne schriftliche Zustimmung der Ehefrau von Fr. 20'000.-- auf Fr. 300'000.-- erhöht worden. Nach Art. 169 ZGB wäre eine Zustimmung der Ehefrau erforderlich gewesen, weshalb die Erhöhung der Pfandhaft nichtig sei. Sowohl der Beschwerdeführer als auch die Beschwerdegegnerin gelangten gegen dieses Urteil mit Appellation an das Obergericht des Kantons Solothurn. Der Beschwerdeführer beantragte die Gutheissung seiner Appellation und stellte im Wesentlichen die gleichen Rechtsbegehren wie vor dem Amtsgericht. Die Beschwerdegegnerin beantragte, das Urteil des Amtsgerichts vom 13. Juni 2007 sei aufzuheben und die Aberkennungsklage des Beschwerdeführers sei vollumfänglich zurückzuweisen, eventuell sei sie abzuweisen. Das Obergericht wies am 25. Januar 2008 die Aberkennungsklage ab, soweit es darauf eintrat. Es trat auf die Aberkennungsklage insofern nicht ein, als damit die Aberkennung der in Betreibung gesetzten Forderung beantragt wurde. C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 25. Januar 2008 aufzuheben und festzustellen, dass die mit Zahlungsbefehl Nr. 000 des Betreibungsamts Berner Jura-Seeland, Dienststelle Büren, in Betreibung gesetzte Forderung über Fr. 517'836.50 nebst Zins sowie die in Betreibung gesetzten Pfandrechte nicht bestehen und damit abzuerkennen seien. Eventuell sei festzustellen, dass die mit Zahlungsbefehl Nr. 000 in Betreibung gesetzten Pfandrechte nicht bestehen und damit abzuerkennen seien. Subeventuell sei festzustellen, dass die mit Zahlungsbefehl Nr. 000 in Betreibung gesetzten Pfandrechte - soweit sie im Namenschuldbrief im 2. Rang vom 9. Juni 1989 verbrieft sind - nicht bestehen und damit abzuerkennen seien. Als Eventualbegehren zu diesen materiellen Anträgen beantragt er, die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen und das Urteil des Obergerichts zu bestätigen. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. D. Mit Präsidialverfügung vom 8. April 2008 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wurde mit Verfügung vom 16. Juli 2008 bewilligt.