hat sich ergeben: A.- Die Elemetal AG (Beklagte) widmet sich der Planung und Erstellung von Industriebauten. In den Jahren 1989 - 1991 zog sie auf verschiedenen Baustellen die Comvit Industriebau AG (Klägerin) als Subunternehmerin bei. Zwischen den Parteien kam es in Bezug auf 15 Baustellen zum Streit über die Höhe der Vergütung. Daher reichte die Klägerin Klage beim Handelsgericht Bern ein und verlangte von der Beklagten insgesamt Fr. 374'044.75 nebst Verzugszinsen. Im Verlaufe des Verfahrens reduzierte die Klägerin ihre Forderung auf Fr. 325'393.60, und die Beklagte anerkannte die Forderung im Umfang von Fr. 250'129.95 jeweils zuzüglich Zinsen. B.- Das Handelsgericht verpflichtete die Beklagte am 23. Oktober 1998, zusätzlich zum anerkannten Betrag Fr. 55'743.65 zu bezahlen nebst Zins von 6.25% auf Fr. 305'618.90 seit dem 1. August 1991. C.- Gegen dieses Urteil hat die Beklagte staatsrechtliche Beschwerde und Berufung erhoben. Die staatsrechtliche Beschwerde hat das Bundesgericht heute abgewiesen, soweit es darauf eintrat. In der Berufung beantragt die Beklagte, sie sei zusätzlich zum anerkannten Betrag zur Zahlung von Fr. 30'051.35 nebst Zins von 6.25% auf Fr. 279'926.60 seit dem 1. August 1991 zu verpflichten. Im Übrigen sei die Klage abzuweisen. Die Klägerin beantragt, auf die Berufung nicht einzutreten, und schliesst eventuell auf Abweisung der Berufung.