Sachverhalt: A. Am 7. März 2011 erteilte der Gemeinderat Greifensee C.Y._ und D.Y._ unter verschiedenen Auflagen und Bedingungen die baurechtliche Bewilligung für den Neubau eines Einfamilienhauses mit einer angebauten Doppelgarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1215 an der Seestrasse 4 in Greifensee. Der Gemeinderat erwog insbesondere, die Westfassade müsse einen Grenzabstand von 3,5 m aufweisen. Dieser werde eingehalten. Die Garage werde auf die Grenze gebaut und verletze die Abstandsvorschriften für besondere Gebäude nicht. Dagegen erhoben A.X._ und B.X._ Rekurs beim Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses trat darauf am 6. Juli 2011 nicht ein. Hiergegen führten A.X._ und B.X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Am 25. Oktober 2011 hiess dieses die Beschwerde gut, hob den Entscheid des Baurekursgerichts auf und wies die Sache an dieses zurück. Am 30. Januar 2012 führte eine Delegation des Baurekursgerichts einen Augenschein durch. Am 14. März 2012 wies es den Rekurs ab. Die von A.X._ und B.X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 30. Mai 2012 ab. B. A.X._ und B.X._ führen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. Mai 2012 sowie die Baubewilligung für die Erstellung der angebauten Garage als besonderes Gebäude seien aufzuheben. Eventualiter sei beim vorgesehenen Bauvorhaben durch Einhalten eines Grenzabstandes von 1,5 m bei der Errichtung der Garage die Zerstörung der bestehenden Naturhecke sowie des hochstämmigen Kirschbaums abzuwenden. C. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verzicht auf Gegenbemerkungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat beantragt unter Hinweis auf seine Rekursantwort vom 23. Mai 2011 an das Baurekursgericht die Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion beantragt unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil die Abweisung der Beschwerde. C.Y._ und D.Y._ haben sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. A.X._ und B.X._ haben eine Replik eingereicht. C.Y._ und D.Y._ haben dupliziert. A.X._ und B.X._ haben hierzu Stellung genommen.