Werkvertrag; Aberkennung einer Forderung, hat sich ergeben: A.- Mit Vertrag vom 6. Juni 1990 betraute die Meili AG, Garten- und Sportplatzbau, die Leu + Mion AG, Bauunternehmung, mit Baumeisterarbeiten im Zusammenhang mit dem Projekt "Gewerbehaus Spisen" in Flurlingen. Die Bauherrin liess sich dabei von der Streich AG, Brüttisellen, vertreten. Mit schriftlicher Erklärung vom 12. Juli 1990 trat die Leu + Mion AG "ihre sämtlichen, sich aus dem Geschäftsbetrieb ergebenden, gegenwärtigen und zukünftigen Forderungen mit allen Nebenrechten" an die Schaffhauser Kantonalbank ab. Mit Schreiben vom 2. Mai 1991 zeigte die Schaffhauser Kantonalbank der Meili AG und der Streich AG an, dass das Restguthaben der Leu + Mion AG aus dem Werkvertrag an sie abgetreten worden sei. Am 17. September 1991 liess die Streich AG der Schaffhauser Kantonalbank eine Schlussabrechnung zukommen. Danach betrug das Restguthaben Fr. 110'418. 15, wovon Fr. 5'000.-- in WIR bezahlt werden sollten. Mit Datum vom 24. Mai 1991 bestätigten Hans Oertly von der Meili AG und ein Vertreter der Streich AG der Schaffhauser Kantonalbank auf deren Wunsch, die Notifikation erhalten zu haben und die Rechtsbeständigkeit der zedierten Forderung und die Verpflichtung, diese an die Schaffhauser Kantonalbank zu begleichen, anzuerkennen. Am 26. September 1991 teilte die Leu + Mion AG der Streich AG mit, die Geschäftsbeziehungen mit der Schaffhauser Kantonalbank seien abgebrochen und die Forderungsabtretung rückgängig gemacht worden, und die Leu + Mion AG sei wieder Gläubigerin der Forderung. Mit Vergütungsauftrag vom 27. September 1991 liess die Meili AG Fr. 105'418. 15 an die Leu + Mion AG überweisen. Mit Zahlungsbefehl des Betreibungsamtes Schaffhausen vom 17. Dezember 1991 betrieb die Schaffhauser Kantonalbank die Meili AG für Fr. 110'418. 15 nebst Zins zu 10 % seit 16. Dezember 1991 und Kosten. Nachdem die Meili AG Rechtsvorschlag erhoben hatte, erteilte der Bezirksrichter Schaffhausen der Schaffhauser Kantonalbank am 14. August 1992 die provisorische Rechtsöffnung für die Forderung samt Zins zu 5 % seit 16. Dezember 1991 und Kosten. B.- Mit Klage vom 11. Januar 1993 beantragte die Meili AG dem Kantonsgericht Schaffhausen, die Forderung der Schaffhauser Kantonalbank vollumfänglich abzuerkennen. Die Beklagte beantragte nebst der Abweisung der Klage widerklageweise die Verpflichtung der Klägerin zur Entrichtung eines Zinses von 10 %, eventuell 9,3 % auf der betriebenen Forderung. Am 24. November 1993 wurde die Meili AG mit Aktiven und Passiven von der Göldi AG, Garten- und Sportplatzbau, übernommen. Das Kantonsgericht wies mit Urteil vom 12. Januar 1998 sowohl die Aberkennungs- als auch die Widerklage ab und stellte fest, dass die Forderung der Beklagten gegenüber der Klägerin über Fr. 110'418. 15 nebst Zins zu 5 % seit 16. Dezember 1991 bestehe. Auf Berufung der Klägerin und Anschlussberufung der Beklagten hin bestätigte das Obergericht des Kantons Schaffhausen den erstinstanzlichen Entscheid mit Ausnahme der Kostenregelung. C.- Gegen das Urteil des Obergerichts führt die Klägerin Berufung mit dem Antrag, dieses aufzuheben und die Aberkennungsklage gutzuheissen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.