Sachverhalt: A. Der damalige Bezirksamtmann-Stellvertreter des Bezirksamts Muri, Y._, führte 2004/2005 eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen sexueller Handlungen mit Kindern. Dieser wurde verdächtigt, am 15. Oktober 2004 über den Computer seiner Eltern auf der Gemeindehomepage der Stadt A._ einen Text platziert zu haben, mit welchem er "zwecks Abbau sexueller Spannungen weibliche Minderjährige" suchte. Anlässlich einer Akteneinsichtnahme äusserte sich Bezirksamtmann-Stellvertreter Y._ nach seinen eigenen Angaben gegenüber X._ wie folgt: "Wenn ich ihr Vater wäre und Sie meinen PC für solche Veröffentlichungen verwendet hätten, damit zuerst der Verdacht auf den Vater fällt, hätten Sie von mir links und rechts eins an die Ohren bekommen." Nach Darstellung von X._ lautete die Aussage Y._s: "Das sind also Sie gewesen! Ihnen hätte man links und rechts an den Grind geben sollen!" Das Strafverfahren wurde in der Folge eingestellt. B. Am 17. Juni 2012 war X._ am Steuer eines Traktors in einen Verkehrsunfall verwickelt. Staatsanwalt Y._ erliess wegen dieses Vorfalls am 6. September 2012 einen Strafbefehl, mit dem er X._ wegen verschiedener Verkehrsregelverletzungen zu einer Busse von Fr. 300.-- verurteilte. X._ erhob Einsprache gegen den Strafbefehl und machte dabei auch geltend, Staatsanwalt Y._ sei parteiisch und mit ihm im Sinn von Art. 56 lit. f StPO verfeindet. Das Obergericht wies das Ausstandsgesuch am 8. November 2012 ab. C. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, den Entscheid des Obergerichts kostenfällig aufzuheben, ihm eventualiter ein "letztstaatliches" Urteil zu geben oder subeventualiter den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache an dieses zur Durchführung einer öffentlichen Verhandlung zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er sinngemäss um unentgeltliche Rechtspflege. D. Das Obergericht und Staatsanwalt Y._ für die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten verzichten auf Vernehmlassung. X._ hält mit mehreren Eingaben an der Beschwerde fest.