Sachverhalt: A. Der türkische Staatsangehörige X._ (geb. 1983) reiste am 30. Juli 1996 im Rahmen des Familiennachzugs von Österreich her, wo er seit 1991 lebte, zu seinem Vater in die Schweiz ein und erhielt eine Aufenthaltsbewilligung. Am 21. Juli 2001 wurde ihm die Niederlassungsbewilligung erteilt. Bereits als Jugendlicher wurde X._ von der Jugendanwaltschaft des Kantons Aargau am 14. November 2001 wegen Raubs mit 14 Tagen Einschliessung bestraft. In der Folge musste er innert einem Jahr sechsmal wegen Widerhandlungen gegen das Transportgesetz gebüsst werden. Am 1. Oktober 2003 wurde X._ verhaftet. Mit Urteil 28. April 2005 sprach ihn das Bezirksgericht Bremgarten des Raubs, des mehrfachen teilweise versuchten Raubs, der mehrfachen Freiheitsberaubung, der mehrfachen Beschimpfung, der Drohung, der Hinderung einer Amtshandlung und der Schändung schuldig und bestrafte ihn mit sechs Jahren Zuchthaus. In teilweiser Gutheissung seiner Berufung wurde er mit Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. November 2006 vom Vorwurf der Schändung freigesprochen. Er wurde schuldig gesprochen des Raubs im Sinne von Art. 140 Ziff. 1 Abs. 1 und Art. 140 Ziff. 3 Abs. 3 StGB, der mehrfachen Freiheitsberaubung, der mehrfachen Beschimpfung, der Drohung sowie der Hinderung einer Amtshandlung und in eine Arbeitserziehungsanstalt eingewiesen. Im März 2007 entwich er aus dem Massnahmevollzug, meldete sich aber in der Folge wieder freiwillig zurück. B. Das Migrationsamt des Kantons Aargau verfügte am 7. August 2007 die Ausweisung von X._ aus der Schweiz auf den Zeitpunkt seiner Entlassung aus dem Massnahmevollzug. Am 16. August 2007 entwich X._ erneut aus dem Massnahmezentrum B._. Bei einer allgemeinen Personenkontrolle wurde er am 28. Oktober 2008 im Bahnhof Killwangen/Spreitenbach nach anfänglicher Flucht im Besitze von Marihuana angehalten, wobei er sich jedoch - wie sich nachträglich herausstellte - als seinen Bruder ausgab. Die von X._ gegen die Ausweisungsverfügung erhobene Einsprache wies der Rechtsdienst des Migrationsamtes mit Entscheid vom 26. September 2008 ab. Die dagegen beim Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau eingereichte Beschwerde blieb ohne Erfolg. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Januar 2009 beantragt X._, das Urteil des Rekursgerichts im Ausländerrecht vom 19. Dezember 2008 aufzuheben, eventualiter die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Aufforderung, X._ zu verwarnen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Das Migrationsamt und das Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau sowie das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde.