Sachverhalt: Sachverhalt: A. Die Genossenschaft Y._ mit Sitz in Aarau (nachstehend: Beklagte) erstellte in den Jahren 1998/99 die Überbauung "A._" in B._. Für dieses Bauprojekt lieferte die X._ AG mit Sitz in Lupfig (nachstehend: Klägerin) Waschautomaten im Rechnungsbetrag von insgesamt Fr. 27'655.30. Zudem führte die Klägerin Elektroinstallationsarbeiten aus, für welche sie Fr. 264'062.40 in Rechnung stellte. Die Beklagte beglich die Rechnung für die erste Teillieferung der Waschautomaten im Betrag von Fr. 13'642.65 und bezahlte die Elektroinstallationsarbeiten bis auf eine Restschuld von Fr. 63'162.40. Am 29. Oktober 2001 unterzeichneten die Parteien einen öffentlich beurkundeten Kaufvertrag, gemäss welchem die Beklagte die 4 1/2-Zimmerwohnung "W 17" in der Überbauung "A._" an die Klägerin und die C._ GmbH als Miteigentümerinnen je zu einer Hälfte verkaufte. Der Kaufpreis von Fr. 398'000.-- war gemäss Zifffer III/2 des Vertrages wie folgt zu tilgen: a) durch Verrechnung mit einer Forderung der C._ GmbH von Fr. 90'654.70, b) durch Verrechnung mit einer Forderung der Klägerin von Fr. 79'345.30 und c) durch Ablösung der aufhaftenden Grundpfandschulden von effektiv Fr. 228'000.-- innert 10 Tagen nach Grundbucheintrag. In Ziffer IV des Vertrages wurde vereinbart: Am 29. Oktober 2001 unterzeichneten die Parteien einen öffentlich beurkundeten Kaufvertrag, gemäss welchem die Beklagte die 4 1/2-Zimmerwohnung "W 17" in der Überbauung "A._" an die Klägerin und die C._ GmbH als Miteigentümerinnen je zu einer Hälfte verkaufte. Der Kaufpreis von Fr. 398'000.-- war gemäss Zifffer III/2 des Vertrages wie folgt zu tilgen: a) durch Verrechnung mit einer Forderung der C._ GmbH von Fr. 90'654.70, b) durch Verrechnung mit einer Forderung der Klägerin von Fr. 79'345.30 und c) durch Ablösung der aufhaftenden Grundpfandschulden von effektiv Fr. 228'000.-- innert 10 Tagen nach Grundbucheintrag. In Ziffer IV des Vertrages wurde vereinbart: "1. Nutzen und Gefahr gehen am 1. November 2001 auf die Käuferschaft über. "1. Nutzen und Gefahr gehen am 1. November 2001 auf die Käuferschaft über. 2. Der beurkundende Notar ist beauftragt, diesen Vertrag dem Grundbuchamt zur Eintragung anzumelden, sobald ihm ein unwiderrufliches Zahlungsversprechen der finanzierenden Bank der Käuferschaft vorliegt, wonach diese die Ablösung der aufhaftenden Grundpfandschulden gemäss Ziffer III/2/lit. c termingerecht vornehmen wird. Das Zahlungsversprechen darf ausser der Bedingung, dass der vorliegende Vertrag im Grundbuch eingetragen sein muss und dass im Zusammenhang mit dem vorliegenden Vertrag auf dem Kaufsobjekt für die finanzierende Bank Grundpfandrechte zu errichten sind, keine weiteren Bedingungen enthalten. Das Zahlungsversprechen hat innert 7 Tagen seit Vertragsunterzeichnung beim Notar vorzuliegen. Neben dem unwiderruflichen Zahlungsversprechen muss dem beurkundenden Notar zudem eine Bestätigung der UBS AG, Lenzburg, als Gläubigerin des auf dem Kaufsobjekt lastenden Schuldbriefes per Fr. 275'000.-- vorliegen, wonach diese bestätigt, dass mit der Restkaufpreiszahlung von Fr. 228'000.-- die Grundpfandschulden und allfällige aufgelaufene Zinsen vollständig abgelöst sind. Neben dem unwiderruflichen Zahlungsversprechen muss dem beurkundenden Notar zudem eine Bestätigung der UBS AG, Lenzburg, als Gläubigerin des auf dem Kaufsobjekt lastenden Schuldbriefes per Fr. 275'000.-- vorliegen, wonach diese bestätigt, dass mit der Restkaufpreiszahlung von Fr. 228'000.-- die Grundpfandschulden und allfällige aufgelaufene Zinsen vollständig abgelöst sind. 3. [...]" Dieser Grundstückkauf wurde bis heute nicht vollzogen. Mit Zahlungsbefehl Nr. 1._ vom 29. November 2004 liess die Klägerin die Beklagte über Fr. 77'175.-- nebst Zins zu 5 % seit 1. Juni 2001 betreiben, worauf diese Rechtsvorschlag erhob. Am 22. Februar 2005 verpflichtete sich die Beklagte in einem vor dem Friedensrichteramt des Kreises Aarau abgeschlossenen Vergleich, der C._ GmbH per saldo aller Ansprüche Fr. 100'000.-- zu bezahlen. In der Folge kam die Beklagte dieser Verpflichtung nach. Am 22. Februar 2005 verpflichtete sich die Beklagte in einem vor dem Friedensrichteramt des Kreises Aarau abgeschlossenen Vergleich, der C._ GmbH per saldo aller Ansprüche Fr. 100'000.-- zu bezahlen. In der Folge kam die Beklagte dieser Verpflichtung nach. B. Am 11. April 2005 belangte die Klägerin die Beklagte beim Gerichtspräsidium Aarau auf Zahlung von Fr. 77'175.05 zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Juni 2001. Zudem verlangte die Klägerin, die Kosten des Zahlungsbefehls von Fr. 100.-- seien der Beklagten aufzuerlegen und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1._ sei aufzuheben. Mit Verfügung vom 9. Juni 2005 überwies das Gerichtspräsidium die Streitigkeit an das Handelsgericht des Kantons Aargau. Mit Eingabe vom 15. Juli 2005 änderte die Klägerin ihr Klagebegehren bezüglich des Verzugszinses, welchen sie neu auf Fr. 14'021 seit 8. Februar 2000 und auf Fr. 63'162.40 seit 18. Mai 2001 verlangte. Zur Begründung der Klage führte die Klägerin an, ihr stünden im geltend gemachten Umfang Forderungen gegenüber der Beklagten aus Lieferungen und Werkleistungen bezüglich der Überbauung "A._" zu. Der einst beabsichtigte Kauf einer Wohnung von der Beklagten sei nicht zustande gekommen, weshalb insoweit keine Verrechnung möglich sei. Die Beklagte bestritt dies und wendete insbesondere ein, die Forderungen der Klägerin seien durch Verrechnung getilgt worden. Das Handelsgericht wies die Klage mit Urteil vom 27. Juni 2006 ab. C. Mit der am 13. September 2006 eingereichten Berufung beantragt die Klägerin, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 27. Juni 2006 sei aufzuheben und die Klage sei gutzuheissen. Die Beklagte stellt den Antrag, die Berufung sei vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden dürfe.