Werkvertrag; Vereinbarung, hat sich ergeben: A.-Am 20. März 1992 unterzeichneten Willi Kaufmann für die Kaufmann & Co. (nachfolgend Beklagte) als Unternehmer und Freddy Schwegler, damals einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsrat der G. Schwegler AG (heute G. Schwegler AG in Konkurs, nachfolgend Klägerin), unter der Bezeichnung "Freddy Schwegler, c/o Schwegler AG" als Bauherr, einen Werkvertrag über Baumeisterarbeiten in der Überbauung Bauholz in Wittenbach. Mit Vereinbarung vom 10. Juli 1992 verpflichtete sich die Beklagte sodann, einen Teilbetrag ihres Werklohnes stehen zu lassen. Dieser Stehbetrag von Fr. 400'000.-- gelte als Rückhaltegeld zur Auslösung von einschlägigen Arbeitsleistungen der Klägerin gegenüber der Beklagten, deren Beteiligungsfirmen oder befreundeten Unternehmen und könne in Teilbeträgen oder gesamt jederzeit abgegolten werden. Die Stehbetragssumme sollte mit den erteilten Gegengeschäften um den jeweiligen Betrag verringert werden. In der Folge schlossen die Beklagte selbst oder andere, mit ihr verbundene Unternehmen verschiedene Gegengeschäfte mit der Klägerin, wobei der jeweilige Werklohn vom Guthaben von ursprünglich Fr. 400'000.-- in Abzug gebracht wurde. Mit Schreiben vom 24. Mai 1995 forderte die Beklagte "Freddy Schwegler c/o Schwegler AG" auf, die zu diesem Zeitpunkt noch offene Forderung sicherzustellen, worauf Gottfried Schwegler am 7. Juli 1995 einen Pfandvertrag über Fr. 144'938. 20 im Grundbuch eintragen liess. Am 12. Juli 1995 wurde der Klägerin vom Bezirksgericht Unterrheintal die Nachlassstundung bewilligt. Gestützt auf eine Auftragsbestätigung vom 15. September 1995 lieferte sie der Beklagten in der Zeit zwischen September und November 1995 Fenster und stellte hierfür am 27. November 1995 einen Betrag von insgesamt Fr. 46'327.-- in Rechnung. Am 5. Februar 1996 fiel die Klägerin schliesslich in Konkurs. Die Beklagte errechnete im März 1996 ein Guthaben von Fr. 1'087. 90. Diesen Betrag beglich Freddy Schwegler persönlich am 11. Februar 1997 durch Barzahlung. Danach erteilte die Beklagte ihr Einverständnis zur Löschung der Grundpfandverschreibung. B.-Am 9. Oktober 1998 belangte die Klägerin die Beklagte beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen auf Bezahlung von Fr. 46'327.-- nebst Zins. Sie machte geltend, einerseits sei fraglich, ob die Klägerin überhaupt Schuldnerin der Stehbetragsforderung der Beklagten geworden war, mit der die Werklohnforderungen verrechnet wurden. Anderseits habe die Beklagte den eingeklagten, für Fensterlieferungen geschuldeten Betrag erst am 26. November bzw. 7. Dezember 1995 und damit nach Bewilligung der Nachlassstundung am 12. Juli 1995 zur Verrechnung gebracht. Die Bekanntmachung der Nachlassstundung sei gleich zu behandeln wie die Konkurseröffnung. Gemäss Art. 213 Abs. 2 SchKG sei aber die Verrechnung ausgeschlossen, wenn ein Gläubiger des Gemeinschuldners erst nach Konkurseröffnung Schuldner desselben oder der Konkursmasse werde. Das Handelsgericht wies die Klage mit Entscheid vom 19. Januar 2000 ab. C.-Die Klägerin gelangt mit Berufung ans Bundesgericht und beantragt, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Beklagte zu verpflichten, den Betrag von Fr. 46'327.-- zuzüglich Zins zu bezahlen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.