Sachverhalt: A. Y._ war von 1988 bis Ende Juni 2003 Geschäftsführer der Firma X._ AG und für die berufliche Vorsorge bei der Stiftung Pensionskasse X._ (im Folgenden: Pensionskasse) versichert. Von Juni 1996 bis Februar 2002 war er überdies Vizepräsident und ab 6. Februar bis 17. Juli 2002 Präsident der Pensionskasse. Ab 1994 investierte die Pensionskasse in die Firma I._, die ab April 1999 an der kanadischen Börse und ab Dezember 2000 auch an der Schweizer Börse kotiert war. Ab Juni 2001 führte die kanadische Börsenaufsicht eine Untersuchung gegen die Firma I._ wegen nichtkonformer finanzieller Transaktionen und ab Juli 2002 wegen Bezahlung illegaler Off-Shore-Kommissionen durch. Y._ gehörte dem Verwaltungsrat der Firma I._ an, ebenso der damalige Direktor der Pensionskasse A._. Gegenstand der Untersuchungen der kanadischen Börsenaufsicht waren Finanztransaktionen der Firma I._. Diese erwarb kotierte, aber wertlose Gesellschaften. Diese Aktienmäntel wurden durch Zukäufe wertloser Gesellschaften "aufgepumpt" und hernach gewinnbringend an andere Investoren veräussert. In zwei Fällen leistete die Firma O._ AG, eine schweizerische Gesellschaft, eine Bürgschaft zwecks Sicherstellung des von Investoren der Firma I._ für übertragene Aktien geschuldeten Kaufpreises (von der Pensionskasse kurz O._-Transaktion genannt). Im September 2001 musste die Firma O._ AG die abgegebenen Garantien im Gesamtbetrag von 14 Millionen Kanadischen Dollars (CAD) erbringen. Dazu war sie ausserstande. In der Folge gelangte P._, CEO der Firma I._, an die Pensionskasse und ersuchte diese um Gewährung eines Darlehens von insgesamt 14,7 Mio. CAD an die Firma O._ AG. Diesem Ansinnen entsprach die Pensionskasse. Das Darlehen wurde von der Firma O._ AG nicht zurückbezahlt, weshalb der Pensionskasse ein entsprechender Ausfall entstand. Die Pensionskasse X._ machte u.a. Y._ für den entstandenen Schaden verantwortlich. Sie weigerte sich, die ihm zustehenden Altersrenten auszurichten und erklärte die Verrechnung. B. Am 18. Dezember 2008 liess Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau Klage einreichen mit dem Antrag, die Pensionskasse sei zu verpflichten, ihm Vorsorgeleistungen im Betrag von mindestens Fr. 200'686.-, nebst Zins zu 5 % seit 15. Januar 2008, zu bezahlen. Das Verwaltungsgericht führte einen dreifachen Schriftenwechsel und eine Beweisverhandlung unter Einvernahme des Zeugen T._, früherer Vizedirektor der Pensionskasse, und eine Befragung des Versicherten durch, worauf die Parteien zum Beweisergebnis Stellung nahmen. Mit Entscheid vom 3. November 2010 verpflichtete das Verwaltungsgericht die Pensionskasse in Gutheissung der Klage, Y._ die monatlich geschuldeten Rentenbetreffnisse rückwirkend ab 1. Februar 2007 und für die Zukunft auszurichten, wobei die ausstehenden Rentenbetreffnisse mit jeweils 5 % zu verzinsen seien. C. Mit Verfügung des Bundesamtes für Sozialversicherungen (BSV) vom 13. Dezember 2010 wurde die Pensionskasse X._ aufgehoben. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Pensionskasse X._ in Liquidation beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Klage abzuweisen. Eventuell sei die Sache zu ergänzender Feststellung des Sachverhalts an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Ferner ersucht sie um die Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Y._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau nimmt in ablehnendem Sinne Stellung zur Beschwerde. Das BSV äussert sich zum Rechtsstreit, ohne einen Antrag zu stellen. D. Mit Verfügung vom 6. Mai 2011 gewährte die Instruktionsrichterin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. E. In weiteren Eingaben halten die Parteien an ihren Standpunkten fest. F. Am 23. März 2012 wurde eine publikumsöffentliche Beratung durchgeführt.