Sachverhalt: A. Am 22. September 2004 kam es an einem unbewachten Bahnübergang zum Zusammenstoss zwischen dem SBB Schnellzug Nr. 1829, Lausanne - Luzern, und dem Personenwagen VW XXX._. D._, die Ehefrau von A._ (Beschwerdeführer 1) und Mutter von B._ (Beschwerdeführer 2) und C._ (Beschwerdeführerin 3), und E._, der siebenjährige Sohn resp. Bruder der Beschwerdeführer, kamen bei diesem Unfall ums Leben. Die Schweizerische Bundesbahnen SBB AG (Beschwerdegegnerin) liess durch ihre Rechtsvertreterin den Beschwerdeführern mit Schreiben vom 23. Januar 2006 folgendes Angebot unterbreiten: "- Haftung (...). Im vorliegenden Fall ist meine Mandantin aufgrund der konkreten Ausgangslage bereit, sich im Rahmen von 30 % an den finanziellen Unfallfolgen zu beteiligen. Dieses Angebot erfolgt ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung. - Akontozahlung Damit ich Ihr Gesuch um eine Akontozahlung überprüfen kann, bitte ich Sie, mich mit der notwendigen Dokumentation zu bedienen. In Erwartung Ihrer Rückmeldung verbleibe ich (...)" Mit Schreiben vom 13. Juli 2006 wiederholte die Anwältin der Beschwerdegegnerin ihr Angebot, befristete es aber bis zum 30. August 2006. Auch dieses Angebot erfolgte ausdrücklich "ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung". Innert Frist erfolgte keine Annahmeerklärung seitens der Gegenpartei. Der Anwalt der Beschwerdeführer ersuchte die Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 7. November 2006 um Abgabe eines Verjährungsverzichts bis und mit 31. Dezember 2008. Hierauf teilte ihm die Beschwerdegegnerin mit, dass die Schadenersatzforderung der Beschwerdeführer ohne Zweifel verjährt sei und sie gegenüber den Beschwerdeführern auf die Einrede der Verjährung bis zum 31. Dezember 2007 verzichte, wobei dieser Verzicht weder eine grundsätzliche noch eine massliche Anerkennung einer Rechtspflicht enthalte und unter dem Vorbehalt stehe, dass die Verjährung bis zum heutigen Zeitpunkt nicht eingetreten sei. Mit Schreiben vom 31. Januar 2007 teilte der Anwalt der Beschwerdeführer namens seiner Mandanten mit, dass er unpräjudiziell bereit sei, den Versorgerschaden mit einer Haftungsquote von 30 % zu berechnen und auf Genugtuungen zu verzichten. Eine diesbezügliche Antwort der Beschwerdegegnerin liegt nicht vor. B. Die Beschwerdeführer stellten am 13. Juli 2007 das Ladungsbegehren zum Aussöhnungsversuch, der in der Folge am 29. Oktober 2007 stattfand und fruchtlos verlief. Die Beschwerdegegnerin gab mit Schreiben vom 8. November 2007 auf Anfrage der Beschwerdeführer einen weiteren Verjährungseinredeverzicht bis zum 31. Dezember 2009 ab, unter dem Vorbehalt, dass die Verjährung bis zum damaligen Zeitpunkt nicht eingetreten sei. Mit Eingabe vom 26. April 2008 reichten die Beschwerdeführer beim Gerichtskreis VIII Bern-Laupen gegen die Beschwerdegegnerin Klage ein. Sie beantragten, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihnen aus dem Unfallereignis vom 22. September 2004 einen je Fr. 30'000.-- übersteigenden Betrag zuzüglich Zins zu bezahlen. Das Verfahren wurde auf die Frage der Verjährung beschränkt. Der Gerichtspräsident 8 kam zum Schluss, die Schadenersatzforderung sei verjährt. Er wies daher mit Urteil vom 23. April 2009 die Klage ab. Gegen dieses Urteil gelangten die Beschwerdeführer an das Obergericht des Kantons Bern. Dieses schützte die Auffassung des Gerichtspräsidenten und wies die Klage am 15. September 2009 ebenfalls ab. C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihnen Schadenersatz und Genugtuung nach richterlichem Ermessen zuzusprechen. Das Urteil des Obergerichts vom 15. September 2009 sei vollumfänglich aufzuheben und das Verfahren sei zur materiellen Beurteilung der Schadenersatzklage an den Gerichtskreis VIII Bern-Laupen zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin begehrt, die Beschwerde abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Stellungnahme.