Sachverhalt: A. Gegen X._, der seit 18. Juni 1985 den Führerausweis der Kategorie B besitzt, sind seit 2008 drei strassenverkehrsrechtliche Administrativmassnahmen angeordnet worden: Am 19. Mai 2008 wurde ihm der Führerausweis wegen einer leichten und einer schweren Widerhandlung für drei Monate entzogen, am 5. Juni 2008 wurde er infolge einer leichten Widerhandlung verwarnt und am 6. Januar 2011 wurde ihm der Führerausweis nach einer erneuten leichten Widerhandlung für einen Monat entzogen. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis vorsorglich und ordnete eine verkehrspsychologische Begutachtung an. Zur Begründung führte es aus, gemäss dem Rapport der Polizei Basel-Landschaft sei X._ am 24. September 2011 auf der Autobahn A2 diverse Male vor ein anderes Fahrzeug gefahren und habe dieses ausgebremst. Aufgrund des bereits getrübten automobilistischen Leumunds müsse die charakterliche Eignung zum Führen eines Motorfahrzeugs bezweifelt werden. Die hiegegen erhobenen Beschwerden wurden abgewiesen, letztinstanzlich mit Urteil des Bundesgerichts 1C_308/2012 vom 3. Oktober 2012. Am 30. Oktober 2012 unterzog sich X._ beim Verkehrsinstitut in Solothurn der angeordneten verkehrspsychologischen Untersuchung. Gestützt auf dessen Gutachten vom 26. November 2012 entzog das Strassenverkehrsamt X._ mit Verfügung vom 14. Dezember 2012 den Führerausweis rückwirkend ab dem 3. November 2011 auf unbestimmte Zeit. Die Wiedererteilung wurde von der Absolvierung von mindestens 14 Verkehrstherapie-Sitzungen, einer anschliessenden erneuten verkehrspsychologischen Begutachtung und einer amtsärztlichen Abklärung der Fahreignung abhängig gemacht. Ausserdem hielt das Strassenverkehrsamt ausdrücklich fest, dass weitere Abklärungen vorbehalten würden und dass über eine erzieherische Massnahme betreffend den Vorfall vom 24. September 2011 in Basel und Pratteln nach rechtskräftigem Abschluss des parallelen Strafverfahrens entschieden werde. B. Die gegen die Verfügung vom 14. Dezember 2012 erhobene Beschwerde wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) des Kantons Aargau mit Entscheid vom 25. Februar 2013 ab. Die daraufhin eingereichte Beschwerde samt Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. April 2013 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. Juni 2013 beantragt X._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides unter Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Strassverkehrsamt, das DVI und das Bundesamt für Strassen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.