Sachverhalt: A. X._ wohnt in A._, Fürstentum Liechtenstein, und ist seit Oktober 2006 bei der M._ AG in einer Managementfunktion unselbständig erwerbstätig (Vollzeitpensum). An rund 60 Prozent der Arbeitstage übt er seine unselbständige Erwerbstätigkeit am Firmensitz in Basel aus mit täglicher Rückkehr nach A._/FL, 40 Prozent des Arbeitspensums erfüllt er in seinem Heimbüro in A._/FL. Mit Verfügung vom 11. Oktober 2006 verpflichtete die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt die Arbeitgeberin, den Quellensteuerabzug für X._ auf dem gesamten Bruttoeinkommen vorzunehmen. Eine Einsprache hiess die kantonale Steuerverwaltung mit Entscheid vom 4. April 2007 teilweise gut, indem sie in Abgrenzung der beidseitigen Steuerhoheiten den Quellensteuerabzug auf die 60 Prozent der Bruttoeinkünfte beschränkte, welche auf die Berufstätigkeit in Basel entfallen. B. Einen Rekurs von X._ gegen den Einspracheentscheid der Steuerverwaltung wies die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 24. Januar 2008 ab. Hiergegen führte X._ Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt (als Verwaltungsgericht). Dieses hiess mit Urteil vom 11. Dezember 2008 die Beschwerde gut und hob die angefochtenen Entscheide auf. Es befand, dass die Einkünfte aus der unselbständigen Erwerbstätigkeit auch für die 60 Prozent des Einkommens, das X._ mit seinen täglichen Fahrten von seinem Wohnort A._/FL an den Arbeitsort in Basel und zurück erzielt, von der schweizerischen Steuerhoheit ausgenommen sind, da er diesbezüglich als Grenzgänger im Sinne von Art. 5 Abs. 2 des Abkommens zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und dem Fürstentum Liechtenstein über verschiedene Steuerfragen vom 22. Juni 1995 (SR 0.672.951.43, nachfolgend: "Abkommen") zu betrachten sei. C. Gegen diesen Entscheid führt die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, es sei das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 11. Dezember 2008 aufzuheben und es sei festzustellen, dass der Beschwerdegegner nicht als Grenzgänger im Sinne von Art. 5 Abs. 2 des Abkommens zu qualifizieren sei. Die Quellensteuerpflicht des Beschwerdegegners sei im Sinne des Einspracheentscheids zu bestätigen. Sie rügt eine Verletzung von Bundesrecht und von Völkerrecht. Der Beschwerdegegner und das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt (als Verwaltungsgericht) beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete auf eine Vernehmlassung.