Sachverhalt: A. A.a X._ wird zur Last gelegt, sich am 19. Oktober 2007 seiner von ihm getrennt lebenden Ehefrau Y._ angenähert und ihr ohne Vorwarnung an die linke Wange geschlagen zu haben. Die Kantonspolizei Zürich ordnete deshalb gleichentags gestützt auf das zürcherische Gewaltschutzgesetz vom 19. Juni 2006 (GSG/ZH) ein Kontakt- und Rayonverbot bis zum 2. November 2007 zum Schutz von Y._ an. A.b Am 23. Oktober 2007 stellte X._ ein Gesuch um gerichtliche Beurteilung der am 19. Oktober 2007 gegen ihn verhängten Gewaltschutzmassnahmen. Mit Verfügung vom 25. Oktober 2007 bestätigte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirks Pfäffikon die angeordneten Schutzmassnahmen (Kontakt- und Rayonverbot). A.c Y._ ihrerseits stellte am 23. Oktober 2007 ein Gesuch um Verlängerung der durch die Kantonspolizei am 19. Oktober 2007 angeordneten Schutzmassnahmen. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2007 verlängerte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirks Pfäffikon die Schutzmassnahmen provisorisch bis zum 2. Februar 2008. X._ erhob dagegen Einsprache. Mit Verfügung vom 2. November 2007 wies der Einzelrichter in Strafsachen die Einsprache ab und verlängerte die von der Kantonspolizei am 19. Oktober 2007 angeordneten Schutzmassnahmen definitiv bis zum 2. Februar 2008. B. X._ hat gegen die Verfügung des Haftrichters vom 25. Oktober 2007 (gerichtliche Beurteilung der polizeilichen Schutzmassnahmen, Verfahrens-Nr. 1C_407/2007) und vom 2. November 2007 (definitive Verlängerung der polizeilichen Schutzmassnahmen, Verfahrens-Nr. 1C_409/2007) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt die Aufhebung der angefochtenen Verfügungen, die Übernahme der Kosten beider Verfahren auf die Staatskasse sowie für beide Verfahren die Zusprechung einer angemessenen Parteientschädigung, alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen. Ferner ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege im erstinstanzlichen Einspracheverfahren und im bundesgerichtlichen Verfahren. C. Der Haftrichter hat sowohl im Verfahren 1C_407/2007 als auch im Verfahren 1C_409/2007 auf Vernehmlassung verzichtet. Y._ als private Beschwerdegegnerin liess sich ebenfalls nicht vernehmen. Der Beschwerdeführer machte in beiden Verfahren beim Bundesgericht unaufgefordert eine Eingabe betreffend einer kantonspolizeilichen Zeugenbefragung. Im Verfahren 1C_407/2007 beantragte die Kantonspolizei Zürich Nichteintreten auf die Beschwerde und nahm zu den sie betreffenden Vorwürfen Stellung. Der Beschwerdeführer reichte im Verfahren 1C_407/2007 zur Vernehmlassung der Kantonspolizei unaufgefordert zwei weitere Eingaben ein.