unentgeltlichen Nutzungsrechts), hat sich ergeben: A.- X._ (geb. 1918) übertrug am 21. Februar 1998 das Einfamilienhaus Grundstück Nr. 2732 in Kriens mit Beginn von Nutzen und Schaden ab 1. März 1998 schenkungsweise seiner Tochter. Gleichentags schloss die Tochter mit ihren Eltern einen Vertrag über die Vermietung dieser Liegenschaft zu einem indexierten Jahresmietzins von Fr. 10'000.-- mit Mietantritt am 1. März 1998. Dieser Mietvertrag wurde im Grundbuch vorgemerkt und sieht insbesondere ein lebenslängliches Mietrecht zu Gunsten von Ehepaar X._ (letztere geb. 1922) vor. Aufgrund der Grundstücksübertragung korrigierte die Veranlagungsbehörde mit Zwischenveranlagung für die Bezugszeit vom 1. März bis 31. Dezember 1998 das steuerbare Einkommen und Vermögen von Ehepaar X._. Dabei setzte sie unter anderem die Position "Mietwert der eigenen Liegenschaft" auf Null. Die Zwischenveranlagung ist in Rechtskraft erwachsen. Für die Steuerperiode 1999/2000 setzte die Veranlagungsbehörde das steuerbare Einkommen auf Fr. 64'100.-- (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. auf Fr. 72'300.-- (direkte Bundessteuer) fest. Dabei rechnete sie bei Ehepaar X._ die Differenz zwischen dem Eigenmietwert der Liegenschaft von Fr. 13'650.-- (75% von Fr. 18'200.--) und dem vereinbarten Jahresmietzins von Fr. 10'000.--, also Fr. 3'650.--, als Einkommen aus Nutzungsrechten auf. B.- Die hiegegen erhobene Einsprache von Ehepaar X._ blieb erfolglos. Die Steuerpflichtigen erhoben dagegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Dieses hiess die Beschwerde betreffend die (vorliegend strittige) direkte Bundessteuer gut, hob den Einspracheentscheid der Steuerkommission des Kreises 2A vom 21. März 2000 auf und setzte das steuerbare Einkommen für die Jahre 1999/2000 auf Fr. 68'700.-- fest (Jahressteuer Fr. 1'049.--). C.- Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 2. April 2001 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Eingabe vom 16. Mai 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben. Sie stellt den Antrag, das steuerbare Reineinkommen für das Ehepaar X._ für die direkte Bundessteuer 1999/2000 auf Fr. 72'300.-- festzulegen. D.- Das Ehepaar X._ sowie das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Steuerkommission des Kreises 2A hat sich nicht vernehmen lassen.