Sachverhalt: A. Die 1967 geborene J._ war zuletzt als Chauffeuse und Lageristin der A._ AG erwerbstätig gewesen, als sie sich am 19. November 2002 unter Hinweis auf einen am 8. Juni 2001 erlittenen Unfall bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau (nachfolgend: die IV-Stelle) zum Leistungsbezug anmeldete und die Umschulung auf eine neue Tätigkeit beantragte. Am 11. Juli 2007 sprach die IV-Stelle der Versicherten rückwirkend die Kosten für die zwischen August 2003 und Juli 2006 absolvierte Umschulung zur kaufmännischen Angestellten an der Schule O._ gut. Demgegenüber verneinte die IV-Stelle nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 3. März 2009 bei einem Invaliditätsgrad von 24 % einen Rentenanspruch der Versicherten. B. Die von J._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 9. September 2009 ab, soweit es auf sie eintrat. C. Mit Beschwerde beantragt J._ sinngemäss, die IV-Stelle sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, rückwirkend ab Beendigung des Praktikums bei der B._ AG eine ganze Invalidenrente auszurichten; eventuell sei die Sache an die Beschwerdegegnerin zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung. D. Ein von J._ gestelltes Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies das Bundesgericht mit Entscheid vom 21. Mai 2010 ab, da die Versicherte ihre Bedürftigkeit nicht hinreichend nachgewiesen hatte.