Sachverhalt: A. X._ befindet sich seit dem 14. Februar 2008 in Haft. Sie wird der Beteiligung an der Einfuhr von mehreren Kilogramm Kokain und damit der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz verdächtigt. Die Untersuchungshaft wurde mit dringendem Tatverdacht und Kollusionsgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH) begründet. Mit Verfügungen vom 13. Mai 2008 und vom 8. August 2008 verlängerte der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich die Untersuchungshaft um jeweils drei Monate. Mit Schreiben vom 11. September 2008 stellte die Verdächtigte ein Haftentlassungsgesuch, das der Haftrichter mit Verfügung vom 17. September 2008 ablehnte. B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 1. Oktober 2008 beantragt X._ im Wesentlichen, die Verfügung des Haftrichters vom 17. September 2008 sei aufzuheben und sie selbst sei aus der Haft zu entlassen. Sie rügt eine Verletzung der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 BV), des Beschleunigungsgebots (Art. 31 Abs. 3 BV und Art. 5 Ziff. 3 EMRK) und der Begründungspflicht (Art. 29 Abs. 2 BV). Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich und die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat verzichten auf eine Vernehmlassung.