Sachverhalt: A. Die Gemeindeversammlung der Einwohnergemeinde Saanen beschloss am 11. März 2011 eine Revision ihrer Ortsplanung. Diese betrifft insbesondere die Schaffung von neuen Wohnzonen für Ortsansässige und neuen Gewerbezonen sowie Anpassungen im Bereich der touristischen Infrastrukturen und Hotelzonen. Verschiedene Vorhaben wurden von der Revision getrennt und sollen mit einer separaten Vorlage beschlossen werden, darunter die Planungen für die Orthopädische Privatklinik Schönried und den Campus für die Privatschule Le Rosey in Schönried sowie eine Regelung zur Zweitwohnungsbeschränkung. Am 10. Januar 2012 beschloss der Gemeinderat zusätzliche Änderungen des Baureglements (GBR). Das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) genehmigte die neuen Vorschriften und Pläne am 16. Februar 2012. Die gegen die Ortsplanungsrevision und die Änderungen gerichteten Einsprachen - darunter zwei der Helvetia Nostra - wies es ab, soweit es darauf eintrat. B. Gegen die Genehmigungsverfügung des AGR führte Helvetia Nostra am 14. März 2012 Beschwerde bei der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK). Diese gab den von Zonenplanänderungen betroffenen Grundeigentümerinnen und Grundeigentümern Gelegenheit, sich am Verfahren zu beteiligen. Am 19. Februar 2013 fällte die JGK einen Teilentscheid und wies folgende Begehren ab, soweit sie darauf eintrat: - Erstellung eines vollständigen Naturschutzinventars und dessen Integration in den Zonenplan, - Neuformulierung von Art. 42 GBR betreffend Bauabstand zum Wald, - Ergänzung von Art. 5 GBR mit einem Bewilligungsverbot für Zweitwohnungen sowie Streichung von Art. 16 Ziff. 2 GBR betreffend hotelmässig bewirtschafteter Wohnungen, - Streichung der Ein- bzw. Umzonung im Gebiet Kählen, - Streichung der Umzonung des Grundstücks des Le Rosey-Instituts in Gstaad in die Dorfbauzone, ö- Ergänzung des Zonenplans Schönried mit Grenzen für grössere Bauvorhaben bzw. Rückzonung von in der Bauzone gelegenen, mangels Erschliessung nicht überbaubarer Parzellen in Schönried und Saanenmöser, - Einwand gegen die separaten Planerlassverfahren für einen Campus des Le Rosey-Instituts und eine Orthopädische Privatklinik in Schönried. Hinsichtlich der Einzonungen in den Gebieten Wispile, Zone mit Planungspflicht (ZPP) B3A Alpenblick sowie Hindere Büel trennte die JGK das Verfahren ab. Das Verfahren betreffend die ZPP B3A Alpenblick und die Einzonung Hindere Büel schrieb die JGK am 8. Juli 2013 als gegenstandslos geworden ab, nachdem die Beschwerdeführerin die Beschwerde in diesen Punkten zurückgezogen hatte. Mit Entscheid vom 29. April 2014 wurde die Einzonung Wispile nicht genehmigt. C. Gegen den Teilentscheid vom 19. Februar 2013 erhob Helvetia Nostra am 14. März 2013 Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Verwaltungsgericht Bern wies die Beschwerde am 12. Februar 2014 ab, soweit es darauf eintrat. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat Helvetia Nostra am 13. März 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das verwaltungsgerichtliche Urteil und die vorinstanzlichen Entscheide der JGK, des AGR und der Gemeinde Saanen seien aufzuheben. Die Einwohnergemeinde Saanen sei anzuweisen, ohne Verzug zur gesamten Neuüberprüfung der Bauzonen für Wohnnutzung zu schreiten und zudem die angefochtene Zonenplanung wie folgt abzuändern: - Neu sei ein vollständiges Naturschutzinventar für die ganze Gemeinde Saanen zu erstellen und in den Gemeindezonenplan zu integrieren. - Art. 42 GBR sei wie folgt zu formulieren: "Art. 42 Bauabstand vom Wald und von Feldgehölzen 1. Der Waldabstand richtet sich nach den Vorschriften der eidgenössischen und kantonalen Waldgesetzgebung. 2. Der Bauabstand von Feldgehölzen, Hecken, Waldrändern, Baumgruppen und markanten Einzelbäumen ist dem Bauabstand vom Wald gleichgestellt. 3. Die Entfernung von Feldgehölzen, Hecken, Waldrändern, Baumgruppen und markanten Einzelbäumen bedarf einer Bewilligung des Amts für Natur. 4. Das Gesuch um die Bewilligung des Amts für Natur ist im Anzeiger von Saanen und im Amtsblatt unter Angabe der betroffenen Parzellennummer und des Standorts unter Ansetzung der Frist für die Einsichtnahme der Gesuchunterlagen und für die Einsprache zu veröffentlichen." - Neu sei zu Art. 5 GBR folgende Bestimmung einzufügen: "Der Bau von Zweitwohnungen wird nicht bewilligt." - Art. 16 Ziffer 2 GBR (betr. hotelmässig bewirtschaftete Wohnungen) sei ersatzlos zu streichen. - Die Umzonung der Parzellen Nrn. 4971, 4972, 5246, 5060, 5418, 5411, 5412 und Neueinzonung der Grundstücke Nrn. 178, 1694.02 und 3374 im Gebiete Kählen in Gstaad (Zonenplan 4) sei zu streichen. - Sämtliche Bauzonenzuweisungen in Saanenmöser und Schönried (Zonenpläne Nrn. 1 und 2) seien zu streichen, insbesondere die Bauzonenzuweisung der Parzelle 584 in Saanenmöser. - Die Einzonung der Rosey-Grundstücke (Nrn. 419, 2346, 2980, 3049 und 4851) in die Dorfkernzone sei zu streichen. Diese Grundstücke seien in eine Zone mit Planungspflicht einzuweisen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Instruktion und zur Neubeurteilung zurückzuweisen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt die Beschwerdeführerin den Beizug der Vorakten zu dieser und zu früheren Zonenplanrevisionen und Projekten sowie die Edition sämtlicher Fach- und Amtsberichte des Amts für Natur, des Naturschutzinspektorats, der Kommission zur Pflege der Orts- und Landschaftsbilder (OLK) sowie sämtliche Akten des AGR betreffend die Gemeinde Saanen, ab dem Jahr 1990. Die Gemeinde sei aufzufordern, detaillierte Berichte zu erstellen über die Baureserven in der rechtsgültig definierten Bauzone, über die Eigentümer der in der Nichtbauzone befindlichen Häuser und Wohnungen, deren Wohnsitz und die in den letzten zehn Jahren für diese Häuser und Wohnungen erteilten Baubewilligungen, sowie über die öV-Erschliessung sämtlicher vorgesehener Neueinzonungen und der noch nicht überbauten Parzellen der rechtsgültig genehmigten Bauzone, unter Angabe der genauen Fläche und deren EGK (Elementkostengliederung). Schliesslich seien Fachberichte der Bundesämter für Raumentwicklung (ARE) und für Umwelt (BAFU) anzufordern. E. Das Verwaltungsgericht und die Einwohnergemeinde Saanen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die JGK schliesst auf Abweisung der Beschwerde. F. Mit Eingabe vom 26. Juni 2014 weist die Beschwerdeführerin darauf hin, dass die JGK auf Beschwerde der Grundeigentümerin eine weitere Grundfläche von 941 m2 in die Bauzone überführt habe, und beantragt den Beizug der diesbezüglichen Akten.