Sachverhalt: A. X._ erstattete am 7. November 2012 gegen Y._ und unbekannte Täterschaft Strafanzeige u.a. wegen "Körperverletzung und sexuellen Missbrauchs mit Kindern". Er ersuchte darum zu prüfen, inwieweit Y._ oder eine Drittperson den Art. 188, 189, 192, 193 und 122 respektive 123 StGB zuwidergehandelt habe. Ferner sei abzuklären, inwieweit eine nicht namentlich bezeichnete Person des damaligen Sekundarschulinspektorats des Kantons eines der genannten Tätigkeitsdelikte durch Unterlassen begangen habe. Er sei von 1962 bis 1972 als Zögling im Kinderheim des Vereins Z._ vor allem durch Y._ systematisch körperlich, aber auch sexuell misshandelt worden. Die Übergriffe hätten bei ihm ein posttraumatisches komplexes Belastungssyndrom ausgelöst. Auch weitere Personen, welche damals Heiminsassen des Klosters Z._ gewesen seien, berichteten über solche Vorfälle. Die Staatsanwaltschaft Frauenfeld nahm das Verfahren am 19. November 2012 infolge Verjährung nicht an die Hand. Die Beschwerde gegen die Nichtanhandnahmeverfügung wies das Obergericht des Kantons Thurgau am 7. März 2013 ab. B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt in der Hauptsache, es seien Ziffer 1 und 3 des angefochtenen Entscheids aufzuheben. Die kantonalen Instanzen seien anzuweisen, gegen Y._ Anklage zu erheben und X._ eine Parteientschädigung zuzusprechen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.