Sachverhalt: A. Die Konsorten X._ und Y._ erwarben mit Kaufvertrag vom 14. April 2003 von der Gemeinde Z._ 4719 m2 Land zum Preis von Fr. 520.-- pro m2. Es war beabsichtigt, das Kaufobjekt nach Erwerb, Parzellierung und Überbauungsplanung zu veräussern und durch Dritte überbauen zu lassen. Der Vertrag sah für diejenigen Parzellen bzw. Wohneinheiten, welche bis zur vollständigen Abschaffung der Handänderungssteuer im Kanton Zürich noch nicht weiterveräussert worden sind, eine Nachzahlung von Fr. 30.-- pro m2 vor. Per 1. Januar 2005 wurde die Handänderungssteuer im Kanton Zürich abgeschafft. Nach Parzellierung, Überbauungsplanung und erteilter Baubewilligung veräusserten die Konsorten in der Zeit vom 26. Februar bis 16. März 2004 mit einer Ausnahme alle Parzellen an Familienmitglieder (Ehefrauen, Kinder). Der Gemeinderat Z._ beurteilte das Verhalten als rechtsmissbräuchlich und bestand auf der Erfüllung der vertraglich vereinbarten Nachzahlung. Diese wurde beglichen. B. Mit Entscheiden vom 1. Juni 2006 veranlagte der Finanzausschuss der Gemeinde Z._ X._ und Y._ für die Handänderungen vom 26. Februar bis 16. März 2004 zu Grundstückgewinnsteuern von insgesamt Fr. 38'767.50. Der Finanzausschuss qualifizierte die Kaufpreisnachzahlungen als Bestandteil des von den Konsorten seinerzeit geleisteten Erwerbspreises. Die Anlagekosten, bestehend im Wesentlichen aus Erwerbspreis (Fr. 520.--/m2) und Nachzahlung (Fr. 30.--/m2), verlegte er entsprechend den Landflächen anteilmässig auf die einzelnen Handänderungen. Mit Einsprache verlangten die Steuerpflichtigen, die Veranlagungen seien gemäss den Selbstdeklarationen vorzunehmen. Zudem machten sie geltend, die Kaufpreisnachzahlungen von Fr. 30.--/m2 seien durch die Käufer bezahlt worden. Aufgrund dieser Äusserung rechnete der Finanzausschuss im Einspracheentscheid vom 15. August 2006 die Kaufpreisnachzahlungen nunmehr zum Kauferlös und nicht mehr zu den Anlagekosten. An der flächenmässigen Ausscheidung des seinerzeitigen Erwerbspreises auf die einzelnen Parzellen hielt der Finanzausschuss der Gemeinde fest. Daraus folgten Grundstückgewinnsteuern im Gesamtbetrag von Fr. 91'140.--. C. Gegen den Einspracheentscheid vom 15. August 2006 führten X._ und Y._ am 15. September 2006 Rekurs bei der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich. Sie beantragten u.a., es seien die Grundstückgewinnsteuern "unter Zugrundelegung der tatsächlichen Verkaufserlöse" neu festzusetzen. Nach ihrer Ansicht sind für die Verlegung des Erwerbspreises auf die einzelnen Parzellen nicht nur die reinen Landflächen, sondern auch die baulichen Nutzungsmöglichkeiten jeder einzelnen Parzelle zu berücksichtigen. Eventuell sei ein Gutachten einzuholen. In der Folge ordnete die Steuerrekurskommission ein Gutachten zur Frage der Verlegung des Erwerbspreises auf die einzelnen Parzellen an. Am 25. Februar 2008 fand ein Augenschein statt, an welchem die Expertin das vorläufige Gutachten mündlich erstattete. Auf dieser Basis stellte der Referent den Parteien am 27. Februar 2008 einen Vergleichsvorschlag mit mehreren Varianten zur Stellungnahme zu. Mit Eingabe vom 28. April 2008 bestritten die Steuerpflichtigen das Gutachten und beantragten, dieses sei unter Berücksichtigung bestimmter Zusatzfragen schriftlich auszufertigen. Zudem machten sie erstmals im Rekursverfahren geltend, dass die Kaufpreisnachzahlungen von Fr. 30.--/m2 entweder beim Aufwand und beim Erlös oder dann weder beim Aufwand noch beim Erlös zu berücksichtigen seien. Mit Eingabe vom 30. Mai 2008 erklärte der Vertreter der Gemeinde Z._ Anerkennung des Rekurses vom 15. September 2006. Mit Entscheid vom 8. Juli 2008 hiess die Rekurskommission den Rekurs gut, soweit darauf einzutreten war, und setzte die Grundstückgewinnsteuern neu auf insgesamt Fr. 40'117.50 fest. Auf die Frage, ob die Kaufpreisnachzahlungen beim Kauferlös oder als Anlagekosten zu berücksichtigen seien, trat die Rekurskommission nicht ein. Sie erwog, die Rekurrenten hätten diese Frage erst mit ihrer Stellungnahme vom 28. April 2008 zum Gutachten und damit verspätet aufgeworfen. D. Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 18. März 2009 ab, soweit darauf einzutreten war. E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2009 aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sei ferner ein Augenschein durchzuführen. Die Gemeinde Z._ und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete auf eine Stellungnahme. Auf Antrag der Beschwerdeführer wurde ein zweiter Schriftenwechsel durchgeführt.