Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer der 62'504 m2 und 32'654 m2 grossen Parzellen Nrn. 240 und 241, Grundbuch Jonschwil. Beide Grundstücke sind unbebaut und der Landwirtschaftzone zugeteilt sowie teilweise bzw. ganz als Fruchtfolgefläche (FFF) ausgeschieden. Die nebeneinanderliegenden Grundstücke werden einzig durch die schmale Bachparzelle Nr. 242 getrennt, auf welcher der Schwarzenbach als offener Entwässerungsgraben fliesst. Bei der nordwestlichen Ecke des Grundstücks Nr. 241 mündet der Bach in einen rechteckigen Durchlass unterhalb der Berghofstrasse. Ab hier verläuft der Bach eingedolt, unmittelbar an einer Transformatorenstation vorbei, durch das Siedlungsgebiet. Nach rund 160 m tritt der Bach wieder zu Tage. B. Am 15. April 2010 stellte die Politische Gemeinde Jonschwil ein Baugesuch für die Öffnung und Umlegung des Schwarzenbachs. Danach soll der Bach neu unmittelbar vor der Eindolung in einer Linkskurve nach Süden über die nordwestliche Ecke des Grundstücks Nr. 241 geleitet werden; von dort soll er unter einer neuen Strassenbrücke hindurch und anschliessend südlich an der Transformatorenstation vorbei auf die Parzelle Nr. 1628 als leicht mäandrierendes Niedriggewässer offen geführt werden. Die bestehende Eindolung soll saniert und fortan als öffentlicher Regenwasserauffangkanal für das Siedlungsgebiet genutzt werden. Für die Umlenkung des Baches werden 120 m2 des Grundstücks Nr. 241 benötigt. Mit der Auflage des Wasserbauprojekts erliess der Gemeinderat gleichzeitig den Teilzonenplan Breiti II, mit dem die Parzelle Nr. 1628 von der Landwirtschaftszone in die Bauzone bzw. (im Bereich des neuen Bachlaufs) in die Grünzone Freihaltung eingezont werden soll, und den Baulinienplan Schwarzenbach, der beidseits des Bachs Gewässerabstandslinien festlegt. C. X._ erhob gegen das Wasserbauprojekt und gegen beide Planerlasse Einsprache. Er verlangte, das Projekt und die Planerlasse seien derart anzupassen, dass sein Grundstück von der Bachverlegung unberührt bleibe. Der Gemeinderat wies die Einsprache am 20. Oktober 2010 ab. D. Gegen den abschlägigen Beschluss der Gemeinde erhob X._ am 8. November 2010 beim Baudepartement des Kantons St. Gallen Rekurs. Er verlangte die Abänderung des Bachprojekts und der Planerlasse; zudem sei festzustellen, dass die formelle Enteignung unzulässig sei. Die Rekursbehörde wies das Rechtsmittel mit Entscheid vom 29. Juni 2011 ab. E. Dagegen erhob X._ am 13. Juli 2011 beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen Beschwerde. Er wehrte sich vor allem dagegen, dass er wertvolles Ackerland hergeben müsse, damit andernorts Bauland geschaffen werden könne, und zwar einzig deshalb, weil die Gemeinde vor 20 Jahren die Transformatorenstation am falschen Ort errichtet habe. Das Verwaltungsgericht sistierte das Verfahren, bis das Baudepartement die nötigen Genehmigungen für die angefochtenen Änderungen erlassen hatte (Genehmigung des Teilzonenplans Breiti II und des Baulinienplans Schwarzenbach vom 14. November 2012; Genehmigung des Gewässerbauprojekts vom 1. Oktober 2012). Diese Unterlagen wurden den Verfahrensbeteiligten zur Stellungnahme zugestellt. Am 24. Januar 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. F. Dagegen hat X._ am 7. März 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts, der Rekursentscheid des Baudepartements und der Einspracheentscheid des Gemeinderates Jonschwil seien aufzuheben. Das Verfahren sei zur Festsetzung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für die kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Gemeinde Jonschwil, das Verwaltungsgericht und das Baudepartement schliessen auf Abweisung der Beschwerde. A._ (Eigentümer der Parzelle Nr. 1628) hat sich nicht vernehmen lassen. In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest. G. Mit Verfügung vom 13. Mai 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.