Sachverhalt: A. Mit Verfügungen vom 10. April 2008 wurden X._ und Y._ von der Steuerverwaltung des Kantons Graubünden für die Steuerperiode vom 1. Januar bis zum 31. Dezember 2006 für die direkte Bundessteuer, für die Kantonssteuer und für die Gemeindesteuer definitiv veranlagt. Die dagegen erhobenen Einsprachen wurden mit Entscheiden vom 28. September 2009 teilweise gutgeheissen und die direkte Bundessteuer und die Kantonssteuer herabgesetzt. Die Steuerpflichtigen erhoben dagegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden und beantragten die Reduktion der Eigenmiete der von ihnen selbstgenutzten Wohnung und des Eigenmietwertes der vorübergehend vom Enkel der Erblasserin belegten Wohnung der Erbengemeinschaft A._ sowie den Abzug der geltend gemachten behinderungsbedingten Kosten für Fahrten ans Meer. B. Mit Urteil vom 2. Februar 2010 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden die Beschwerde von X._ und Y._ betreffend Kantons- und direkte Bundessteuer teilweise gut und wies die Sache zur Neuveranlagung aufgrund eines reduzierten Eigenmietwertes für die von den Steuerpflichtigen selbstgenutzte Wohnung an die kantonale Steuerverwaltung zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Es hielt fest, dass die Gemeindesteuer nicht Gegenstand des Beschwerdeverfahrens bildete. Am 17. Februar 2010 reichte die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden beim Verwaltungsgericht ein "Revisionsgesuch" ein. Sie machte geltend, sie sei hinsichtlich Eigenmietwertbesteuerung so vorgegangen wie vom Verwaltungsgericht verlangt. Dieses habe eine aktenkundige, erhebliche Tatsache aus Versehen nicht gewürdigt. Mit Eingabe vom 15. März 2010 haben X._ und Y._ eine Stellungnahme zum "Revisionsgesuch der Steuerverwaltung" sowie ein eigenes "Revisionsgesuch" eingereicht, womit sie die Abweisung des Revisionsgesuches der Steuerverwaltung betreffend die Berechnung des Eigenmietwertes der selbstgenutzten Wohnung, die Reduktion des Eigenmietwertes für die dem Verwandten unentgeltlich zur Verfügung gestellte Wohnung sowie die Abzugsfähigkeit der Transportkosten ans Meer beantragen. C. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden leitete das Revisionsgesuch der kantonalen Steuerverwaltung (Verfahren 2C_259/ 2010) sowie die Eingabe von X._ und Y._ vom 15. März 2010 (Verfahren 2C_258/2010) zur Behandlung an das Bundesgericht weiter. Die kantonale Steuerverwaltung erklärte mit Schreiben vom 1. April 2010, sie habe nicht Beschwerde an das Bundesgericht erheben wollen, weshalb die Beschwerde zurückgezogen werde. Das Verfahren 2C_259/2010 wurde daher zufolge Rückzugs der Beschwerde mit Verfügung des Bundesgerichts vom 7. April 2010 abgeschrieben. D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragt, die Beschwerde von X._ und Y._ abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerpflichtigen haben sich mit Eingabe vom 4. Oktober 2010 zu den Vernehmlassungen geäussert.