Sachverhalt: A. Die Firma A._ AG erhielt von der Arbeitslosenkasse Basel-Land für die Monate Januar bis Oktober 2010 Kurzarbeitsentschädigungen. Im Nachgang zur Betriebskontrolle vom 17. März 2011 verfügte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) am 21. März 2011, die Firma A._ AG habe der Arbeitslosenkasse die in dieser Zeit bezogenen Entschädigungen in der Höhe von Fr. 109'415.15 zurückzuerstatten, weil die Versicherungsleistungen unrechtmässig bezogen worden seien. Daran hielt das SECO mit Einspracheentscheid vom 16. Mai 2011 fest. B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 14. Juni 2012 ab. C. Die Firma A._ AG lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und dabei die Aufhebung des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts und des Einspracheentscheids des SECO beantragen. Das SECO schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der Instruktionsrichter gewährt der Beschwerde mit Verfügung vom 22. Oktober 2012 antragsgemäss die aufschiebende Wirkung.