Sachverhalt: A. Im Jahr 1991 konnte X._, geb. 1928, wohnhaft gewesen in R._/AG, den Landwirtschaftsbetrieb M._ in der Gemeinde T._/AG (Gesamtfläche rund 25 ha) dank dem Verkauf einer Baulandparzelle in der Gemeinde R._ kaufen. Dieser Vorgang wurde als Ersatzbeschaffung steuerneutral behandelt. Daneben blieb X._ Eigentümer von Grundstücken in der Gemeinde R._ mit der Hofparzelle Nr. 396 (1'563 m2 Umschwung), der Parzelle Nr. 360 (6'160 m2 Bauland) und der Parzelle Nr. 1036 (3'236 m2 Weideland) sowie in der Nachbargemeinde S._/AG mit der Parzelle Nr. 1455 im Halte von 27'450 m2 (rekultiviertes Kiesabbauland). Anfangs 1992 gab X._ seine Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen auf und verpachtete den Landwirtschaftsbetrieb M._ in T._ sowie auch die Parzellen in R._ und S._ seinem Sohn B._. Mit Vertrag vom 20. April 1996 verkaufte X._ seinem Sohn B._ den Landwirtschaftsbetrieb M._ für Fr. 340'000.--. Die Bezahlung dieses Kaufpreises wurde B._ im Sinne eines Erbvorbezuges erlassen. Die verpachteten Parzellen in R._ und S._ behielt X._ zu Eigentum. Gleichentags schloss das Ehepaar X._ und Y._ mit seinen vier Kindern einen Erbvertrag ab. In diesem wurde insbesondere festgehalten, dass B._ mit der erfolgten Hofübergabe als künftiger Erbe seiner Eltern abgefunden sei und auf jeden weiteren Erbanteil verzichte. 1997 schenkte X._ seiner Tochter D._ einen Teil der Parzelle Nr. 360 in R._. Nach dem Tode von X._ am 27. Mai 2001 schlossen seine Erben am 3. März 2002 einen Erbteilungsvertrag ab, worin auch die Verteilung des Grundbesitzes geregelt wurde: Die überlebende Ehefrau Y._ erhielt die Hofparzelle Nr. 396 sowie den Erlös der zum Verkauf vorgesehenen Parzelle Nr. 1036. Der dem Erblasser verbliebene Rest der Parzelle Nr. 360 wurde zu gleichen Teilen (unter Anrechnung des "Vorbezugs" von D._) auf die drei Töchter des Erblassers aufgeteilt. An der Parzelle Nr. 1455 in S._ wurde Miteigentum begründet mit Quoten von jeweils einem Sechstel für jede der drei Töchter sowie der Hälfte für Y._. B. Die Steuerkommission R._ erblickte im Verkauf des Landwirtschaftsbetriebs M._ im April 1996 einen Liquidationstatbestand. Sie veranlagte mit Verfügung vom 18. September 2003 einen steuerbaren Liquidationsgewinn des Jahres 1996 in Höhe von Fr. 2'374'900.-- aus der Veräusserung des Landwirtschaftsbetriebs M._ sowie der Privatentnahme der vier Parzellen in R._ und S._. Eine Einsprache bzw. einen Rekurs wiesen die Steuerkommission R._ am 12. Januar 2004 bzw. das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 23. Oktober 2004 ab. Auf Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau erliess dieses am 23. Oktober 2007 einen Teilentscheid: Es stellte fest, X._ habe im Jahr 1996 seinen Landwirtschaftsbetrieb liquidiert und der dabei erzielte Gewinn unterliege der Liquidationsgewinnsteuer. Auf die Bemessung bzw. Bezifferung des Liquidationsgewinns wurde im Urteil vom 23. Oktober 2007 noch verzichtet. C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 23. Oktober 2007 führten die Erben des X._ und der inzwischen ebenfalls verstorbenen Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht, welche mit Urteil vom 15. April 2008 abgewiesen wurde, soweit darauf einzutreten war (Urteil 2C_707/2007). D. Am 19. September 2008 entschied das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hinsichtlich der Bemessung des steuerbaren Liquidationsgewinnes und setzte diesen auf Fr. 1'639'900.-- fest. E. Gegen dieses zweite Urteil des Verwaltungsgerichts führen die Steuerpflichtigen mit Eingabe vom 27. Oktober 2008 erneut Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie rügen eine mehrfache Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör sowie des Willkürverbots und stellen die folgenden Anträge: "1. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2008 sei ersatzlos aufzuheben. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Vornahme bzw. Veranlassung einer neuen, den gesetzlichen Anforderungen entsprechenden Schätzung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei die Schätzung durch das Bundesgericht zu veranlassen, welches diese ihrem Entscheid zu Grunde zu legen hat. 2. Es sei festzustellen, dass der Verkehrswert keine gesetzliche Grundlage findet, um Berechnungsbasis für die Bemessung eines Liquidationsgewinns zu sein. 3. Eventualiter sei festzustellen, dass die Vorinstanz zu Unrecht den Verkehrswert mit der Lageklassenmethode, anstelle der gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung bewährten Vergleichsmethode ermittelte. 4. Es sei festzustellen, dass die Vorinstanz die Beweisanträge der Beschwerdeführer zu Unrecht überhörte. 5. Es sei festzustellen, dass die Vorinstanz bei der Ermittlung des Liquidationswertes zu Unrecht den Betrag von Fr. 340'000.-- berücksichtigte. 6. Es sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer 2 für den Liquidationsgewinn nicht solidarisch haftender Erbe ist. 7. Es sei - von Amtes wegen - die Verwirkungsfrist von § 179 Abs. 4 aStG des Kantons Aargau zu beachten. 8. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen." Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verzichtet unter Hinweis auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid auf einen Antrag. Das kantonale Steueramt beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 21. August 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten. Gegenstand der Beratung bildete ausschliesslich die Frage der Verwirkung der streitigen Steuerforderung (vgl. E. 7).