Sachverhalt: A. Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG, Zweigstelle Deutschschweiz (nachfolgend: Auffangeinrichtung), schloss die Eigentümergemeinschaft D._ und C._ mit Verfügung vom 19. Juli 2007 rückwirkend per 1. Januar 2006 zwangsweise an die Auffangeinrichtung an. Aus der der Ausgleichskasse Bern im Januar 2007 eingereichten Lohnbescheinigung 2006 ergebe sich, dass die Eigentümergemeinschaft als Arbeitgeberin seit dem 1. Januar 2006 dem Obligatorium unterstellten Arbeitnehmern Löhne ausgerichtet habe. Der Nachweis, welcher einen Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung als nicht notwendig erscheinen lasse, sei nicht erbracht. B. Die von C._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 12. November 2008 teilweise gut, indem es den Zwangsanschluss grundsätzlich bestätigte, diesen aber auf den 13. Februar 2006 festsetzte. C. C._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Vorinstanz. Während die Auffangeinrichtung auf Nichteintreten, eventualiter Abweisung der Beschwerde schliesst, beantragt die Vorinstanz die teilweise Gutheissung der Beschwerde in dem Sinne, dass der Anschluss an die Beschwerdegegnerin rückwirkend erst per 9. August 2006 erfolgen soll. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.