Sachverhalt: A. Die Ehegatten Y._ reichten am 12. Dezember 2006 beim Gemeinderat Morschach ein Baugesuch für den Neubau eines Mehrfamilienhauses mit Dorfcafé auf den Grundstücken KTN 418, 746 und 747 ein. Nachdem dagegen drei Einsprachen eingegangen waren, zog die Bauherrschaft das Gesuch wieder zurück. Am 2. Oktober 2007 ersuchten die Ehegatten Y._ erneut um eine Baubewilligung, dies wiederum für ein Mehrfamilienhaus mit Dorfcafé auf denselben Grundstücken. Innert der Auflagefrist erhoben die Ehegatten X._ Einsprache gegen das Vorhaben. B. Der Gemeinderat von Morschach wies die vorerwähnte Einsprache sowie zwei weitere mit Beschluss vom 29. Januar 2008 ab und erteilte der Bauherrschaft die Baubewilligung unter Auflagen und Bedingungen. Eine gegen diesen Beschluss erhobene Beschwerde von den Ehegatten X._ wies der Regierungsrat des Kantons Schwyz mit Beschluss vom 1. Juli 2008 kostenfällig ab. C. Hierauf gelangten die Beschwerdeführer ans kantonale Verwaltungsgericht, welches die Beschwerde mit Urteil vom 20. November 2008 ebenfalls abwies, soweit es darauf eintrat. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Januar 2009 beantragen die Ehegatten X._ dem Bundesgericht die Aufhebung des angefochtenen Urteils des Verwaltungsgerichts sowie der Baubewilligung und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanzen zur Neubeurteilung. Zudem ersuchen sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Die Gemeinde Morschach stellt Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die Ehegatten Y._ als private Beschwerdegegner beantragen ebenfalls, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Allenfalls sei sie abzuweisen. Desgleichen schliessen der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Sämtliche Beteiligten hatten zudem Möglichkeit, sich zur Gewährung der aufschiebenden Wirkung zu äussern. Mit Verfügung vom 5. Februar 2009 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das entsprechende Gesuch der Beschwerdeführer ab. Daraufhin gelangten die Beschwerdeführer am 17. März 2009 erneut mit einem gleichlautenden Ersuchen an das Bundesgericht. Sie machten in erster Linie in einem anderen beim Bundesgericht anhängig gemachten Verfahren (1C_8/2009) geltend, die Bauarbeiten hätten bereits begonnen. Für den vorliegenden Fall äusserten sie die Vermutung, dass auch auf den Grundstücken der Beschwerdegegner Bäume gefällt würden. Zu diesem Begehren konnten sich nochmals sämtliche Beteiligten vernehmen lassen. Die diesbezüglichen Eingaben sind jeweils den übrigen Beteiligten zur Kenntnisnahme zugestellt worden. In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer sinngemäss an ihren Anträgen fest.