Sachverhalt: A. Y._ und Z._ sind Eigentümer der 914 m2 grossen Parzelle Nr. 2049 in der Wohnzone W1 in Oberägeri. Am 2. Juni 2010 reichten sie ein Gesuch für den Neubau eines Einfamilienhauses mit Einliegerwohnung ein. Dagegen erhob u.a. X._, Eigentümer der Parzelle Nr. 938, Einsprache. Mit Vereinbarung vom 6. September 2010 übertrug die W._ AG zugunsten der Bauparzelle eine anrechenbare Geschossfläche von 36.56 m2, was einer anrechenbaren Landfläche von 228.50 m2 entspricht. Diese Ausnützungsübertragung erfolgte vom Strassengrundstück Nr. 928 im Transit über das angrenzende Grundstück Nr. 2050, die beide im Eigentum der W._ AG stehen. Am 18. Oktober 2010 erteilte der Gemeinderat Oberägeri die Baubewilligung und wies die dagegen gerichteten Einsprachen ab, soweit sie nicht auf den Zivilweg verwiesen worden waren. B. Dagegen erhob u.a. X._ Verwaltungsbeschwerde beim Regierungsrat des Kantons Zug. Dieser wies die Beschwerde am 28. Juni 2011 ab, soweit er darauf eintrat. Gegen den regierungsrätlichen Entscheid führte u.a. X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug. Dieses wies die Beschwerde am 31. Mai 2012 ab. C. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 13. Juli 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an den Gemeinderat Oberägeri zurückzuweisen. D. Die Beschwerdegegner beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Der Regierungsrat des Kantons Zug und der Gemeinderat Oberägeri schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Im weiteren Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen fest. E. Mit Verfügung vom 18. September 2012 wurde das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung abgewiesen.