Sachverhalt: A. Die Erben des am 30. Mai 1999 mit letztem Wohnsitz in Zürich verstorbenen C._ unterzeichneten am 3. Januar 2000 eine "Teilungsvereinbarung". Danach erhielt die im Kanton Zürich wohnhafte Witwe des Erblassers, D._, Fr. 3'800'000.-- zu Alleineigentum und an weiteren Fr. 2'850'000.-- die lebenslängliche Nutzniessung. An diesem Nutzniessungsvermögen erhielt die im Kanton Aargau wohnhafte Tochter der überlebenden Ehegattin, B._, eine Eigentumsquote von 30%, ausmachend Fr. 855'000.--. Zur Abwicklung der Nutzniessung zugunsten der Witwe wird im Teilungsvertrag Folgendes bestimmt: "Das Frau D._ zur lebenslänglichen Nutzniessung zustehende Betreffnis von Fr. 2'850'000.-- (...) wird in einem separaten Nutzniessungsdepot bei der Liechtensteinischen Landesbank platziert und durch die Erben, unter Federführung des Miterben E._ verwaltet. Das jährlich per 31.12. erstellte Depotverzeichnis ist jeweils allen Erben zur Einsicht und Unterzeichnung vorzulegen. Im weiteren wird allseitig verbindlich vereinbart, dass Frau D._ zur Abgeltung ihrer Nutzniessungsansprüche zulasten dieses Nutzniessungsvermögens eine jährliche Pauschale von Fr. 100'000.-- ausgerichtet wird und es wird ausdrücklich und allseitig bestätigt, dass sämtliche Erträge und Auslagen sowie alle Kursschwankungen zu Gunsten und zu Lasten der Depoteigentümer, d.h. der nutzniessungsbelasteten Kinder gehen." B. Die Steuerkommission Widen/AG veranlagte A._ und B._ mit Verfügung vom 13. Juli 2000 für die Steuerperiode 1999/2000 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. 99'100.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 813'000.--. Am 11. Dezember 2003 eröffnete die Steuerkommission den Steuerpflichtigen zwei Zwischenveranlagungen: Per 1. Juni 1999 wurde das steuerbare Einkommen auf Fr. 108'600.-- und das steuerbare Vermögen auf Fr. 1'668'000.-- festgesetzt; per 1. Januar 2000 wurde das steuerbare Einkommen auf Fr. 101'700.-- herabgesetzt und das steuerbare Vermögen auf Fr. 2'523'000.-- erhöht. Auf Einsprache gegen die erste Zwischenveranlagung hin reduzierte die Steuerkommission das steuerbare Vermögen auf Fr. 1'585'450.--. Eine Einsprache gegen die zweite Zwischenveranlagung wurde teilweise gutgeheissen: Die Steuerkommission anerkannte zwar die geltend gemachten Erbschaftssteuerschulden, hielt aber an der vermögenssteuerrechtlichen Erfassung von Fr. 855'000.-- fest und veranlagte das steuerbare Vermögen ab 1. Januar 2000 entsprechend mit Fr. 2'440'450.-- (Einspracheentscheid vom 24. Februar 2004). Ein dagegen erhobener Rekurs wurde vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 31. Mai 2006 abgewiesen. C. Mit Veranlagung vom 19. Februar 2003 wurde D._ vom Steueramt der Stadt Zürich für die Staats- und Gemeindesteuern 2000 auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 235'000.-- und ein steuerbares Vermögen von Fr. 7'277'000.-- eingeschätzt. Darin ist das bei B._ ab 1. Januar 2000 erfasste Vermögen von Fr. 855'000.-- ebenfalls mit einbezogen. D. A._ und B._ haben am 12. Juli 2006 staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung von Art. 127 Abs. 3 BV (Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung) erhoben. Sie beantragen, das Urteil des Steuerrekursgerichts des Kantons Aargau vom 31. Mai 2006 sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass es sich beim strittigen Vermögen um Nutzniessungsvermögen handle, das von der Nutzniesserin, Frau D._, zu versteuern sei. Die zuständige aargauische Instanz sei anzuweisen, die Zwischenveranlagung per 1. Januar 2000 für die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Aargau für die Steuerperiode 1999/2000 aufzuheben, und die im Kanton Aargau zu viel bezahlten Staats- und Gemeindesteuern seien zurückzuerstatten. Eventuell sei die Einschätzung für die Staats- und Gemeindesteuern 2000 des Kantons Zürich betreffend Frau D._ aufzuheben; die zuständige zürcherische Instanz sei anzuweisen, bei der Neueinschätzung für die Staats- und Gemeindesteuern 2000 das steuerbare Vermögen um denjenigen Anteil zu reduzieren, der A._ und B._ zur Besteuerung zugewiesen werde, und die im Kanton Zürich zu viel bezahlten Staats- und Gemeindesteuern seien zurückzuerstatten. E. Während das Kantonale Steueramt Aargau sowie das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau auf eine Vernehmlassung verzichtet haben, beantragt das Kantonale Steueramt Zürich, den Hauptantrag gutzuheissen und den Eventualantrag abzuweisen.