Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer der Parzelle Kat.-Nr. 4475 an der Dorfstrasse 67 im Gebiet "Hell" in Wetzikon. Diese grenzt im nördlichen Teil an das Flachmoor von nationaler Bedeutung Nr. 2212 "Robenhauserriet/Pfäffikersee" (Anh. 1 der Verordnung vom 7. September 1994 über den Schutz der Flachmoore von nationaler Bedeutung [Flachmoorverordnung; SR 451.33]) sowie an das Hochmoor von nationaler Bedeutung Nr. 103 "Robenhauserriet/Pfäffikersee" (Anh. 1 der Verordnung vom 21. Januar 1991 über den Schutz der Hoch- und Übergangsmoore von nationaler Bedeutung [Hochmoorverordnung; SR 451.32], vgl. E. 3.2 des angefochtenen Entscheids). Mit Verfügung Nr. 7028 vom 22. August 2007 änderte die Baudirektion die Verordnung zum Schutz des Pfäffikerseegebietes vom 27. Mai 1999 (im Folgenden: SchutzV) und setzte im Bereich "Hell" die Zonen neu fest. Die Parzelle Nr. 4475 wurde in einem Abstand von 15 m bis zum Flachmoor der Naturschutzumgebungszone II A und im Übrigen der hydrologischen Pufferzone II H1 zugewiesen. Gleichentags erteilte die Baudirektion den Nutzungsberechtigten der Parzelle Nr. 4475 die Ausnahmebewilligung, die Naturschutzumgebungszone II A im bisherigen Rahmen weiter als Haus- und teilweise (bis zu einem Abstand von 10 m zum Flachmoor) als Gemüsegarten zu nutzen (Verfügung Nr. 7031). B. X._ erhob gegen die Verfügung Nr. 7028 zunächst erfolglos Rekurs an den Regierungsrat und anschliessend Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 12. Oktober 2011 ab. C. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 1. Dezember 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und es sei auf die Festlegung einer Pufferzone auf dem Grundstück Nr. 4475 zu verzichten. Eventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht oder an die Baudirektion des Kantons Zürich zurückzuweisen. D. Das Verwaltungsgericht und der Schweizer Vogelschutzes SVS/BirdLife Schweiz beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der WWF hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, die Anordnung der Pufferzone sei zu Recht erfolgt. In seiner Replik vom 25. April 2012 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.