Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft (bzw. zu Beginn des Verfahrens bis Ende 2010: das Kantonale Untersuchungsrichteramt) des Kantons Thurgau führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Urkundendelikten, Geldwäscherei und Veruntreuung. Mit Ablehnungsbegehren vom 22. Februar 2011 und vom 9. März 2011 verlangte X._ den Ausstand von Staatsanwalt Y._. Das Obergericht des Kantons Thurgau wies die Ablehnungsgesuche am 7. April 2011 ab. Das Bundesgericht wies die von X._ gegen diesen Obergerichtsentscheid eingereichte Beschwerde mit Urteil 1B_317/2011 vom 6. September 2011 ab, soweit es darauf eintrat. B. Am 2. Mai 2012 reichte X._ ein Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Y._ ein, welches vom Obergericht des Kantons Thurgau am 31. Mai 2012 abgewiesen wurde. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Obergerichts aufzuheben und das Ablehnungsbegehren gegen Staatsanwalt Y._ gutzuheissen. C. Der stellvertretende Oberstaatsanwalt Y._ verzichtet auf Vernehmlassung. Das Obergericht beantragt unter Hinweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen.