Sachverhalt: A. Die Bootshafen AG Luzern betreibt den Segelbootshafen Tribschenhorn in Luzern. Sie beabsichtigt, diesen zu sanieren und zu erweitern. Grundeigentümer des Seegrundstücks Nr. 15, GB Luzern rechtes Ufer (Vierwaldstättersee), sowie des Ufergrundstücks Nr. 1424, GB Luzern linkes Ufer, ist der Kanton Luzern. Die Ufergrundstücke Nrn. 1370, 1373, 3667, alle GB Luzern linkes Ufer, stehen im Eigentum der Stadt Luzern. Im Wesentlichen umfassen die geplanten Sanierungs- und Erweiterungsmassnahmen den Ersatz der bestehenden Schwimmstege, die Erhöhung der Bootsplatzkapazität im Hafenbecken durch Verdichtung (Verringerung der Stegabstände) sowie die Erstellung eines zusätzlichen Stegs (fünf statt der bisherigen vier Stege). Die bestehende Mole soll Richtung See gedreht und um rund 23 m verlängert werden. Dies entspricht einer Vergrösserung des Hafenareals von heute 25'595 m2 um 6'170 m2 (ca 17 %) auf neu 41'764 m2. Die Anzahl der Bootsplätze soll von 578 um 55 (+ 9.5 %) auf 633 aufgestockt werden. B. Das Baugesuch der Bootshafen AG Luzern lag zusammen mit dem Umweltverträglichkeitsbericht (UVB) vom 31. März 2009 im Zeitraum vom 28. September bis 19. Oktober 2009 öffentlich auf. Innert Frist gingen Einsprachen u.a. von der Korporation Luzern sowie des Landschaftsschutzverbands Vierwaldstättersee (LSVV), worin auch die Einsprache der Aqua Viva mitenthalten war, ein. Im Rahmen der Vernehmlassung reichten die kantonalen Dienst- und Amtsstellen Verkehr und Infrastruktur (vif), Umwelt und Energie (uwe), Landwirtschaft und Wald (lawa), Denkmalpflege und Archäologie (da), Strassenverkehrsamt, Wasserpolizei, Immobilien sowie die Stadt Luzern ihre Berichte ein. Mit Entscheid vom 30. Juni 2010 erteilte die Dienststelle Raumentwicklung, Wirtschaftsförderung und Geoinformation (rawi) des kantonalen Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartements dem Vorhaben die Baubewilligung, die raumplanungsrechtliche Ausnahmebewilligung, die Bewilligung nach Wasserbau-, Fischerei- und Waldgesetz sowie nach der Verordnung über die Schifffahrt, dies unter Auflagen und Bedingungen. Die Ausnahmebewilligung nach Art. 22 Abs. 2 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 (NHG; SR 451) für die Beseitigung der Ufervegetation erteilte sie im Rechtsspruch hingegen nicht ausdrücklich. Die Einsprache der Korporation Luzern wies sie ab, soweit sie darauf eintrat. Ebenso wies sie die Einsprachen des LSVV und der Aqua Viva ab, soweit sie diese nicht als erledigt erklärte. C. Hierauf gelangten der LSVV und die Aqua Viva am 23. Juli 2010 ans Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Sie beantragten, der Entscheid der Dienststelle rawi sei aufzuheben und die Baubewilligung für die Erweiterung des Bootshafens sei zu verweigern. Auch die Korporation Luzern erhob am 27. Juli 2010 Beschwerde und stellte Antrag auf Aufhebung des Amtsentscheids. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern vereinigte die beiden Verfahren, hiess die Beschwerden gut und hob den Entscheid der Dienststelle rawi vom 30. Juni 2010 mit Urteil vom 1. September 2011 auf. D. Mit ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. Oktober 2011 beantragt die Bootshafen AG Luzern dem Bundesgericht, das Urteil des luzernischen Verwaltungsgerichts vom 1. September 2011 aufzuheben und den Entscheid der Dienststelle rawi vom 30. Juni 2010 zu bestätigen. Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückzuweisen. Der LSVV beteiligt sich mangels Legitimation nicht am Verfahren vor Bundesgericht, während die Korporation Luzern und die Aqua Viva je auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Dienststelle rawi verzichtet auf eine Vernehmlassung, verweist aber auf seinen Entscheid. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern beantragt unter Hinweis auf sein Urteil die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat sich ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen und stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) verzichtet auf eine Vernehmlassung. In ihren weiteren Eingaben zu den diversen Stellungnahmen hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen und deren Begründung fest.