Sachverhalt: A. Die 1978 geborene A._ war bei der Firma X._ angestellt und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 23. Oktober 2006 zog sie sich als Beifahrerin, weil sie noch nicht richtig ins Auto eingestiegen war, dislozierte Metatarsalefrakturen II-IV rechts und eine distale intraartikuläre Grundgliedfraktur Dig. I rechts zu; gleichentags wurde sie im Spital S._ operiert (Kirschnerdrahtosteosynthese Metatarsalefrakturen II-IV rechts). Am 23. Dezember 2006 wurden daselbst die Kirschnerdrähte entfernt. Am 26. Juni 2007 erfolgte im Spital U._ eine Plattenosteosynthese; dabei stellte der Operateur, Dr. med. J._, Co-Chefarzt Chirurgie, die Diagnose Pseudarthrose des Metatarsale II rechts bei Status nach Metatarsale-Serienfraktur, so genannter Morbus Sudeck. Am 18. Februar 2008 diagnostizierte Dr. med. J._ einen Status nach Plattenosteosynthese einer Pseudarthrose des Metatarsale II rechts und einen Unguis incarnatus lateral Grosszehe rechts und führte eine Plattenentfernung und eine Keilexzision nach Kocher durch. Mit Verfügung vom 16. August 2010 stellte die SUVA die Heilbehandlung und das Taggeld per 31. August 2010 ein; die Voraussetzungen für weitere Geldleistungen (Invalidenrente/Integritätsentschädigung) seien nicht erfüllt. Am 10. Oktober 2010 brach sich die Versicherte den rechten Fuss. Ihre Einsprache gegen obige Verfügung wies die SUVA mit Entscheid vom 15. Juli 2011 ab. B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Uri ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 6. Juli 2012). C. Mit Beschwerde beantragt die Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihr über den 31. August 2010 hinaus die vollumfänglichen Leistungen aus UVG zuzusprechen: Taggelder bei 100%iger Arbeitsunfähigkeit und vollumfängliche Heilbehandlung; eventuell eine Invalidenrente bei 100%iger Invalidität, eine in ihrer Höhe zu bestimmende Integritätsentschädigung und die Heilbehandlung nach Art. 21 UVG; subeventuell sei die Sache an die Vorinstanz oder die SUVA zurückzuweisen zwecks Vornahme weiterer medizinischer Abklärungen in Form eines externen polydisziplinären Gutachtens. Ferner verlangt sie die unentgeltliche Rechtspflege. Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. Am 31. Januar 2013 reicht die Versicherte eine Stellungnahme ein.