Sachverhalt: A. A._ und B._ züchteten ab 1994/95 im Elsass Pferde und verkauften diese auch in die Schweiz. Eine Untersuchung der Zollkreisdirektion Basel ergab, dass zwischen 1996 und 1999 zahlreiche dieser Pferde illegal über Grenzübergänge oder für den Warenverkehr geschlossene Zollstrassen zwischen Boncourt und Basel St. Louis in die Schweiz eingeführt wurden. Die Zollkreisdirektion Basel nahm gegen A._ und B._ sowie zahlreiche weitere Personen, darunter C._ und D._, Schlussprotokolle auf, in denen sie ihnen Widerhandlungen gegen das Zollgesetz, das Tierseuchengesetz, die Mehrwertsteuerverordnung und das Mehrwertsteuergesetz zur Last legte. Mit Verfügungen vom 31. Januar 2002 wurden A._, B._, C._, D._ und weitere Personen für die hinterzogenen Abgaben leistungspflichtig erklärt. B._, C._ und D._ fochten diese Verfügungen an. Über die Beschwerden von B._ und C._ entschied die Oberzolldirektion am 19. Mai 2004 bzw. am 17. November 2004; die Entscheide erwuchsen in Rechtskraft. In Sachen D._ entschied die Eidgenössische Zollrekurskommission am 29. September 2005 letztinstanzlich. Am 11. Oktober 2006 überwies die Eidgenössische Oberzolldirektion die Anklageschrift gegen A._, B._ und C._ an das zuständige Gericht des Kantons Basel-Landschaft zur gerichtlichen Beurteilung. Alle übrigen Fälle wurden durch verwaltungsstrafrechtlichen Entscheid der Zollverwaltung erledigt. Am 27. September 2007 gab das Strafgerichtspräsidium Basel-Landschaft dem Verfahren gegen A._ wegen eingetretener Verjährung keine weitere Folge. Gegen B._ und C._ erliess das Strafgericht Basel-Landschaft am 31. Januar 2008 Urteile, welche in Rechtskraft erwachsen sind. Am 16. Juni 2008 wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft die Beschwerde der Oberzolldirektion gegen die vorinstanzliche Verfügung ab. B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Eidgenössische Zollverwaltung, das kantonsgerichtliche Urteil aufzuheben, festzustellen, dass noch nicht sämtliche A._ vorgeworfenen Straftaten verjährt seien und die Sache zur Neubeurteilung ans Kantonsgericht zurückzuweisen. A._ beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen.