Sachverhalt: A. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau (StVA) erteilte X._ am 29. März 2010 einen Lernfahrausweis der Kategorie B (Personenwagen). X._ absolvierte die Theorieprüfung mit Erfolg, scheiterte aber an der praktischen Prüfung dreimal, zuletzt am 4. Juli 2011. Am 22. Juli 2011 verfügte das StVA gestützt auf Art. 23 Abs. 2 VZV, X._ könne nur nach einem positiven Fahreignungstest zu einer weiteren praktischen Führerprüfung zugelassen werden. Ausserdem hielt es fest, sein Lernfahrausweis sei abgelaufen. Am 9. Dezember 2011 wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung des StVA ab. Am 26. September 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts sowie das Resultat der dritten Führerprüfung von 4. Juli 2011 aufzuheben. Er sei ohne weitere Auflagen und Bedingungen zur dritten praktischen Führerprüfung zuzulassen, d.h. ohne einen Fahreignungstest zu absolvieren und einen neuen Lernfahrausweis zu lösen. C. Das StVA, das DVI und das Verwaltungsgericht verzichten auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen beantragt, die Beschwerde abzuweisen.