Sachverhalt: A. Die A._ AG betraute die X._ AG, (Klägerin) mit der Generalplanung der Sanierung/des Umbaus und der Aufstockung ihres Hochhauses in B._. Die Klägerin vergab die Ausführungsplanung und die Fachbauleitung der Tragwerksverstärkung sowie die Baukontrolle der Aufstockung Ende 1999 an die darauf spezialisierte Y._ AG (Beklagte). Mitte August 2000 führte ein stürmisches Unwetter dazu, dass die Windverbände knickten. Die Beklagte übernahm die Verantwortung für diesen Vorfall und bestätigte anfangs September 2000, es seien diverse Fehler bei der Ausführung der Ingenieurarbeiten durch sie gemacht worden. Zwischen den Parteien, deren Haftpflichtversicherungen sowie der A._ AG fanden verschiedene Besprechungen zur Schadensregelung statt. Ab Juni 2001 zog sich die Haftplichtversicherung der Beklagten, die C._ Versicherung, aus den Verhandlungen zurück und vertrat den Standpunkt, die A._ AG könne die Beklagte nicht direkt belangen, weshalb der Schaden durch die D._ Versicherung als Haftpflichtversicherung der Klägerin gedeckt werden müsse. Die C._ Versicherung leistete der A._ AG eine Zahlung von Fr. 300'000.--. Im Schreiben vom 15. Juni 2001 bezeichnete sie diese als Gefälligkeitszahlung und führte aus, daraus dürfe weder eine stillschweigende Anerkennung einer zivilrechtlichen Haftung der Beklagten abgeleitet werden, noch sei damit eine Anerkennung einer Schadenersatzforderung verbunden. In der Folge regelte die Klägerin mit Vereinbarung vom 20. September 2002 den Schadensfall einvernehmlich mit der A._ AG und entschädigte diese mit Fr. 1'083'799.65. B. Die Klägerin belangte die Beklagte mit Eingabe vom 5. Januar 2004 vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich auf Schadenersatz aus Vertrag in der Höhe von Fr. 1'265'184.-- nebst Zins zu 5 % seit 21. Oktober 2003 (Fr. 1'083'799.65 für die von der Klägerin an die A._ AG bezahlte Entschädigung [Fr. 860'311.65 unter dem Titel reine Baukosten; Fr. 223'488.-- unter dem Titel Folgekosten bzw. Position Inkonvenienz E._ AG]; Fr. 34'308.45 für Zinsen und Bankkosten im Zusammenhang mit der Schadensregelung bis am 20. Oktober 2003; direkter Schaden der Klägerin im Betrag von Fr. 147'076.-- [Fr. 59'641.30 für den mit der Bauleitung bezüglich der Verstärkungsarbeiten beauftragten Architekten F._; Fr. 22'830.55 für den Aufwand ihrer Mitarbeiter; Fr. 28'456.70 für den von Verwaltungsrat Rechtsanwalt G._ in Rechnung gestellten Betrag; Fr. 36'147.55 für die Anwaltskosten bis zur Klageeinleitung]). Am 30. Oktober 2006 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, der Klägerin Fr. 555'353.05 nebst Zins zu 5 % seit 21. Oktober 2003 zu bezahlen (Fr. 510'728.55 für die Entschädigung der A._ AG [Fr. 544'640.55 für reine Baukosten zuzüglich Fr. 266'088.-- für Folgekosten abzüglich der Zahlung der C._ Versicherung von Fr. 300'000.--]; Fr. 16'167.80 für Zinsen und Bankkosten; direkter Schaden der Klägerin im Betrag von Fr. 28'456.70.-- [Fr. 0.-- für die Kosten des Architekten F._; Fr. 0.-- für den Aufwand der Mitarbeiter; Fr. 28'456.70 für den von Verwaltungsrat Rechtsanwalt G._ in Rechnung gestellten Betrag; Fr. 0.-- für die Anwaltskosten bis zur Klageeinleitung]). Im Mehrbetrag wies es die Klage ab. Die gegen dieses Urteil von der Klägerin erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 5. Oktober 2007 ab, soweit es darauf eintrat. Gegen diesen Beschluss wurde kein Rechtsmittel ergriffen. C. Die Klägerin beantragt mit eidgenössischer Berufung, das Urteil des Handelsgerichts vom 30. Oktober 2006 aufzuheben und die Beklagte zur Bezahlung von Fr. 1'265'184.-- nebst Zins zu 5 % seit 21. Oktober 2003 zu verpflichten. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung und Bestätigung des angefochtenen Urteils.