A.- Mit Verfügung vom 3. Juni 1997 verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau den Anspruch von M._ auf eine Rente der Invalidenversicherung. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 2. März 1998 diesen Verwaltungsakt auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie eine psychiatrische Begutachtung über die Arbeitsfähigkeit auch für leichte körperliche Tätigkeit anordne und hernach über die Rentenfrage erneut entscheide. In der Folge wurde M._ durch Dr. med. H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, ambulant untersucht und begutachtet (Expertise vom 14. September 1998). Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens erliess die IV-Stelle am 3. Dezember 1999 wiederum eine anspruchsverneinende Verfügung. B.- M._ liess hiegegen Beschwerde erheben, welche die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 16. Mai 2000 mit der Feststellung guthiess, dass ab dem frühestmöglichen (durch die IV-Stelle noch festzulegenden) Zeitpunkt Anspruch auf eine ganze Invalidenrente bestehe. C.- Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, es sei der kantonale Entscheid aufzuheben. M._ lässt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat keine Vernehmlassung eingereicht.