Sachverhalt: A. Der 1975 geborene H._ war als Service Engineer der X._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 14. April 2003 in einem Tunnel ein Fahrzeug auf das Auto des Versicherten auffuhr. Im Spital Y._ wurde noch am gleichen Tag eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 29. Juli 2008 und Einspracheentscheid vom 15. November 2010 per 31. August 2008 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht mehr adäquat kausal durch das Unfallereignis vom 14. April 2003 verursacht worden seien. B. Die von H._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. März 2012 ab. C. Mit Beschwerde beantragt H._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Leistungen auch über den 31. August 2008 hinaus zu erbringen. Zudem sei ihm der Ersatz der Gutachtenskosten für das Gutachten vom 11. Februar 2010 im Umfang von Fr. 12'500.- zuzusprechen.