Sachverhalt: A. A._ wird vorgeworfen, er habe unrechtmässig Vermögenswerte der B._ AG von über Fr. 4 Mio. auf sich und Dritte übertragen. Dabei habe er in der Buchhaltung der B._ AG eine falsche Verbuchung veranlasst sowie einen Kaufvertrag und mehrere Rechnungen falsch beurkundet. Ferner habe er zwei der B._ AG von deren Vorsorgestiftung gewährte Darlehen über je Fr. 160'000.-- nicht für die Umsetzung eines Sozialplans, sondern für die Begleichung anderer Verbindlichkeiten der B._ AG verwendet. Die X._-Stiftung, die Arbeitslosenkasse des Kantons Zug (nachfolgend: Arbeitslosenkasse) und die Y._ GmbH liessen sich im Konkurs der B._ AG Rechtsansprüche gegen A._ nach Art. 260 SchKG abtreten und erstatteten im Oktober 2006 Strafanzeige gegen ihn. B. Das Strafgericht des Kantons Zug verurteilte A._ wegen mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung und mehrfacher Urkundenfälschung zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 14 Monaten sowie einer Busse von Fr. 6'000.-- und verpflichtete ihn zur Bezahlung einer Ersatzforderung von Fr. 500'000.-- an den Staat. Von den übrigen Vorwürfen der ungetreuen Geschäftsbesorgung und der Urkundenfälschung sowie den Vorwürfen der mehrfachen Veruntreuung, des mehrfachen betrügerischen Konkurses, der mehrfachen Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung und der Misswirtschaft sprach es ihn frei. Auf die Zivilklage der X._-Stiftung, der Arbeitslosenkasse und der Y._ GmbH trat es nicht ein. Gegen diesen Entscheid erhoben A._, die X._-Stiftung, die Arbeitslosenkasse sowie die Y._ GmbH Berufung und die Staatsanwaltschaft Anschlussberufung beim Obergericht des Kantons Zug. A._ focht einen Schuldspruch wegen Urkundenfälschung sowie den Strafpunkt an. Die X._-Stiftung, die Arbeitslosenkasse sowie die Y._ GmbH beantragten, A._ sei sämtlicher angeklagter Delikte schuldig zu sprechen, die Ersatzforderung sei zu erhöhen und ihnen im Umfang der teilklageweise geltend gemachten Forderung zuzusprechen. Die beschlagnahmten Vermögenswerte seien bis zur vollständigen Bezahlung der Ersatzforderung mit Beschlag zu belegen. Auf ihre Zivilklage sei einzutreten und sie sei gutzuheissen. Ihnen sei eine Entschädigung für das erstinstanzliche Verfahren zuzusprechen. Das Obergericht trat auf die Berufung der X._-Stiftung, der Arbeitslosenkasse und der Y._ GmbH insoweit nicht ein, als sie sich gegen die Freisprüche von den Vorwürfen der mehrfachen Veruntreuung, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung und der Urkundenfälschung richtet. Im Übrigen trat es auf die Berufung ein. C. Die X._-Stiftung, die Arbeitslosenkasse sowie die Y._ GmbH beantragen mit Beschwerde in Strafsachen, der obergerichtliche Beschluss sei insoweit aufzuheben, als er ihnen die Legitimation zur Berufung aberkenne. Das Obergericht sei anzuweisen, auf ihre Berufung vollumfänglich einzutreten und ihnen für das obergerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen. D. Das Obergericht, die Staatsanwaltschaft und A._ wurden beschränkt auf die Frage der Parteientschädigung zur Vernehmlassung eingeladen. Das Obergericht beantragt unter Hinweis auf seine Erwägungen im angefochtenen Beschluss, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Staatsanwaltschaft und A._ verzichten auf eine Vernehmlassung.