Sachverhalt: A. Die X._ AG (Beschwerdegegnerin) stellte A._ (Beschwerdeführer) mit Arbeitsvertrag vom 23. September 2003 an. Am 10. Januar 2005 kamen die Parteien überein, den zuvor geltenden Stundenlohn mit Wirkung ab 1. Januar 2005 durch einen Monatslohn der Lohnklasse B von Fr. 4'500.-- einschliesslich eines 13. Monatslohns zu ersetzen. Dieser Lohn wurde ab Mai 2005 auf Fr. 4'380.-- brutto herabgesetzt. Mit Zusatzvereinbarung vom 20. Januar 2005 zum Gesamtarbeitsvertrag für den schweizerischen Gerüstbau 2001-2003 (GAV) wurden per 1. April 2005 die effektiv bezahlten Löhne aller Lohnklassen generell um 1,8 % erhöht. Am 30. November 2005 kündigte die Arbeitgeberin den Arbeitsvertrag auf den 31. Januar 2006. Dagegen erhob der Beschwerdeführer mit Schreiben vom 29. Dezember 2005 Einsprache. Weil er am 26. und 27. Januar 2006 krank war, verlängerte sich das Arbeitsverhältnis bis Ende Februar 2006. Die Beschwerdegegnerin zog dem Beschwerdeführer vom Dezemberlohn und vom 13. Monatslohn für das Jahr 2005 insgesamt Fr. 5'706.95 ab. Sie begründete diesen Abzug damit, dass der Stundensaldo des Beschwerdeführers 210,75 Minusstunden aufweise. Vom Januarlohn zog die Arbeitgeberin für 11,2 Minusstunden weitere Fr. 272.05 ab. B. Mit Weisung vom 28. August 2006 klagte der Beschwerdeführer am 12. September 2006 bei der Bezirksgerichtlichen Kommission Arbon gegen die Beschwerdegegnerin unter anderem auf Zahlung von ausstehenden Lohnforderungen im Betrag von Fr. 9'435.85 sowie auf Ausrichtung einer Entschädigung von Fr. 13'662.-- wegen missbräuchlicher Kündigung. Mit Urteil vom 7. Juni 2007 hiess die Bezirksgerichtliche Kommission Arbon die Klage teilweise gut und verurteilte die Beschwerdegegnerin zu einer Lohnnachzahlung von Fr. 650.-- und einer Entschädigung von Fr. 5'000.-- wegen missbräuchlicher Kündigung. Die weitergehenden Forderungen wies sie ab. Auf Berufung beider Parteien reduzierte das Obergericht des Kantons Thurgau den geschuldeten Betrag mit Urteil vom 18. Oktober 2007 auf Fr. 1'788.95. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids in erster Linie die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Eventuell sei ihm Fr. 7'849.65 brutto an Lohn und Fr. 8'922.-- als Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung zuzusprechen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.