A.- Der 1925 geborene M._ lebt seit 1994 von seiner Ehefrau B._ getrennt. Im Juni 1998 meldete er sich zum Bezug einer Ergänzungsleistung zur Rente der Alters- und Hinterlassenenversicherung an. Die EL-Stelle des Kantons Thurgau ermittelte die anerkannten Ausgaben und anrechenbaren Einnahmen. Gestützt darauf errechnete sie einen Einnahmenüberschuss und wies das Leistungsgesuch mit Verfügung vom 11. September 1998 ab. Auf Grund einer Neuberechnung bestätigte sie mit Verfügung vom 30. November 1998 die Gesuchsabweisung. Der Einnahmenüberschuss ergab sich unter anderem daraus, dass M._ ein hypothetischer, familienrechtlicher Unterhaltsbeitrag in der Höhe des den Existenzbedarf der Ehefrau übersteigenden Einkommens im Betrag von Fr. 3'135.- angerechnet wurde. B.- Die von M._ dagegen erhobene Beschwerde hiess die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 27. April 1999 in dem Sinne teilweise gut, als es die Verfügung vom 30. November 1998 aufhob und die Sache an die EL-Stelle zurückwies, damit diese zusätzliche Abklärungen in Bezug auf die anrechenbaren Vermögenswerte vornehme und hernach, unter Nichtanrechnung familienrechtlicher Unterhaltsbeiträge und des reduzierten Zinses, im Sinne der Erwägungen über einen allfälligen Anspruch auf Ergänzungsleistungen neu verfüge. C.- Das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der vorinstanzliche Rückweisungsentscheid sei insoweit aufzuheben, als damit die Nichtanrechnung familienrechtlicher Unterhaltsbeiträge angeordnet worden sei. M._ beantragt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Rekurskommission schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Die EL-Stelle des Kantons Thurgau lässt sich in gutheissendem Sinne vernehmen.