Sachverhalt: A. Mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 1. Februar 2007 wies die IV-Stelle des Kantons Aargau ein Rentengesuch des 1966 geborenen B._ ab, da kein invalidisierender Gesundheitsschaden vorlag. Am 28. April 2008 meldete sich der Versicherte unter Hinweis auf einen Bericht des Dr. med. H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 14. April 2008 erneut zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle trat auf diese Neuanmeldung mit Verfügung vom 10. Juni 2008 nicht ein. B. Die von B._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. September 2009 ab, soweit es auf sie eintrat. C. Mit Beschwerde beantragt B._, er sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides zu berenten, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt B._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.