Sachverhalt: A. A._ (Beschwerdegegner) trat am 1. Mai 2006 bei der X._ AG (Beschwerdeführerin) eine Stelle als Facharzt für Anästhesie mit einem Pensum von 80 % an. Am 15. Mai 2006 fand zwischen dem Beschwerdegegner und dem Verwaltungsratspräsidenten der Beschwerdeführerin eine Besprechung statt. Per E-Mail vom 16. Mai 2006 teilte der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin mit, er wolle nicht, dass sein Name für Inserate im Zusammenhang mit der geplanten Schmerzklinik verwendet werde und halte das Inserat zum jetzigen Zeitpunkt für verfrüht und kontraproduktiv. Die Chance für einen späteren geordneten Aufbau der Schmerzklinik werde vertan. B. Mit Schreiben vom 22. Mai 2006, noch innerhalb der Probezeit, löste die Beschwerdeführerin den Vertrag mit dem Beschwerdegegner auf den 31. Mai 2006 auf. Der Verwaltungsratspräsident führte zur Begründung aus, er habe sich vorgestellt, dass der Beschwerdegegner neben seiner 80 % Tätigkeit als Anästhesiearzt die Schmerztherapie in einer 20 % Tätigkeit in der Klinik und für die Belegärzte übernehmen werde. Leider habe er nach einer Sitzung feststellen müssen, dass der Beschwerdegegner mit der Vorgehensweise und dem Zeitpunkt des Beginns der Schmerztherapie nicht einverstanden sei. Da man nicht die Zeit habe, noch einige Monate zu warten, und im Juni 2006 mit der Schmerztherapie starten möchte, kam der Verwaltungsratspräsident zum Schluss, die Stelle entspreche nicht der Vorstellung der Parteien, so dass man sich für eine andere Lösung entschieden habe. C. Am 14. Juli 2006 reichte der Beschwerdegegner beim Arbeitsgericht Rorschach Klage ein und verlangte von der Beschwerdeführerin als Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung Fr. 26'800.--, entsprechend zwei Monatslöhnen, nebst Zins. Während das Arbeitsgericht die Klage abwies, sprach das Kantonsgericht St. Gallen dem Beschwerdegegner am 21. August 2007 in teilweiser Gutheissung der kantonalen Berufung Fr. 20'000.-- nebst Zins zu. Die Beschwerdeführerin erhebt gegen diesen Entscheid Beschwerde in Zivilsachen und beantragt dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde.