Sachverhalt: A. Die SAirGroup ging im Jahre 1997 durch Änderung der Firma aus der Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft hervor. Sie war die Holdinggesellschaft mit Anteilen an verschiedenen, im Fluggeschäft tätigen Gesellschaften, unter anderem der SAirLines mit der für den eigentlichen Flugbetrieb zuständigen, neuen Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft. Die SAirGroup war zudem Gruppenträgerin der im Jahre 1999 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragenen Mehrwertsteuergruppe "Swissair", Nr. 446'099, mit einer Vielzahl unter einheitlicher Leitung stehender Gesellschaften mit Sitz in der Schweiz. Infolge der weltweiten Krise der zivilen Luftfahrt Ende der Neunzigerjahre und aufgrund der eingeschlagenen sog. Hunter-Strategie kam die gesamte Gruppe in finanzielle Schwierigkeiten, was schliesslich zum Grounding der Flotte am 2./3. Oktober 2001 führte. Am 5. Oktober 2001 wurde das Gesuch verschiedener Gruppengesellschaften, so auch der SAirGroup, um provisorische Nachlassstundung bewilligt. Gleichentags gewährte die Schweizerische Eidgenossenschaft aufgrund der eingeleiteten Sanierungsschritte der Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft eine massgebliche Finanzierungshilfe im Form eines Darlehens über Fr. 450 Mio. Am 24./25. Oktober 2001 sicherte der Bund ein weiteres Darlehen von maximal Fr. 1'000 Mio. zu, womit die Weiterführung eines reduzierten Streckennetzes sichergestellt werden sollte (BBl 2001 VI 6439 ff.). Im Monat Dezember 2001 wurde der SAirGroup die definitive Nachlassstundung bewilligt und wurden die Gläubiger aufgefordert, ihre Forderungen beim Sachwalter einzureichen. An der Gläubigerversammlung vom 26. Juni 2002 wurde den Gläubigern ein Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung unterbreitet. Am 22. Mai 2003 genehmigte der Nachlassrichter den Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung. Das Bezirksgericht Zürich bestätigte diesen mit Verfügung vom 20. Juni 2003. Mit Wirkung ab 1. April 2002 hob die Eidgenössische Steuerverwaltung die Mehrwertsteuergruppe Nr. 446'099 auf. B. Im Rahmen des Nachlassverfahrens teilte die Eidgenössische Steuerverwaltung verschiedenen Konzerngesellschaften sowie dem Sachwalter mit, dass sie die bei ihr geltend gemachten Vorsteuerguthaben mit den Darlehensforderungen des Bundes aus der gewährten Finanzierungshilfe verrechnen wolle. Aufgrund der eingereichten Mehrwertsteuerabrechnungen und der durch die Eidgenössische Steuerverwaltung erfolgten Kontrollen ermittelte die Eidgenössische Steuerverwaltung ein Vorsteuerguthaben per 13. März 2003 von Fr._, das durch Verrechnung getilgt werden soll. Mit Schreiben vom 9. Juli 2004 bestritt die SAirGroup die Verrechnungspraxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung, und am 8. September 2004 verlangte sie einen förmlichen Entscheid und Auszahlung des Vorsteuerguthabens der Mehrwertsteuergruppe Nr. 446'099. Mit Entscheid vom 21. Dezember 2004 verrechnete die Eidgenössische Steuerverwaltung die Mehrwertsteuerguthaben der SAirGroup für den Zeitraum vor Eröffnung der provisorischen Nachlassstundung wie auch für den Zeitraum danach. Eine Einsprache wies die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Entscheid vom 13. Oktober 2006 ab. C. Gegen den Einspracheentscheid vom 13. Oktober 2006 führte die SAirGroup in Nachlassliquidation bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission Beschwerde. Sie beantragte, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung verpflichtet werde, ihr die Vorsteuerguthaben vom 2. Quartal 2001 bis zum 1. Quartal 2002 auszuzahlen. In der Begründung wird u.a. dargelegt, dass die Voraussetzungen für eine Verrechnung weder nach Obligationenrecht noch nach Schuldbetreibungs- und Konkursrecht erfüllt seien und auch die Gruppenbesteuerung keine Möglichkeit für eine Verrechnung eröffne. Mit Urteil vom 14. Januar 2009 hiess das Bundesverwaltungsgericht, welches das Verfahren von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, die Beschwerde teilweise gut und hob den Einspracheentscheid "im Sinne der Erwägungen" auf. Die Gutheissung erfolgte insofern, als das Bundesverwaltungsgericht eine Verrechnung der Vorsteuerguthaben mit den Darlehensforderungen des Bundes mangels Gegenseitigkeit ausschloss. Es erwog, Schuldnerin der Darlehen des Bundes sei die Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft, während die Vorsteuerguthaben nach Auflösung der Mehrwertsteuergruppe den einzelnen Gruppengesellschaften als Gläubiger zur gesamten Hand zustünden. Eine Auszahlung der Vorsteuerguthaben an die Beschwerdeführerin lehnte das Gericht ab, weil nach Auflösung der Gruppenbesteuerung per 1. April 2002 eine Gruppenträgerin nicht mehr bestehe. Stattdessen ordnete es an, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung unter Einbezug aller am 31. März 2002 bestehenden Gruppenmitglieder "in neuen Verfahren darüber zu befinden habe, wem welches Vorsteuerguthaben zusteht". D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die SAirGroup in Nachlassliquidation dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. Januar 2009 sei insoweit aufzuheben, als die Vorinstanz ihren Antrag auf Auszahlung der Vorsteuerguthaben der Mehrwertsteuergruppe abgewiesen und ihr die vorinstanzlichen Kosten auferlegt und lediglich eine reduzierte Parteientschädigung zugesprochen habe. Die Eidgenössische Steuerverwaltung sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin das Vorsteuerguthaben aus den Steuerperioden 2. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 in der Höhe von insgesamt Fr._ zuzüglich Vergütungszinsen auszuzahlen. Im Eventualantrag beantragt die Beschwerdeführerin, die Eidgenössische Steuerverwaltung sei anzuweisen, die Vorsteuerguthaben gemäss beigefügter Aufstellung an die einzelnen Mitglieder auszuzahlen. Im Anschluss an die beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde reichte die SAirGroup bei der Vorinstanz ein Erläuterungsgesuch ein, das diese mit Urteil vom 15. April 2009 abwies, soweit darauf einzutreten war. Das bundesgerichtliche Verfahren blieb solange sistiert. Mit Verfügung vom 9. Juli 2009 wurden die übrigen Mitglieder der Mehrwertsteuergruppe gemäss Liste der Eidgenössischen Steuerverwaltung als "andere Beteiligte" im Sinne von Art. 102 Abs. 1 BGG ins Verfahren aufgenommen und zur Vernehmlassung eingeladen. E. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, es sei die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdeführerin sei zudem anzuweisen, der Eidgenössischen Steuerverwaltung einen Vertreter zu bezeichnen, der befugt ist, die Gemeinschaft zur gesamten Hand zu vertreten. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Stellungnahme. Die gemäss Art. 102 Abs. 1 BGG als "andere Beteiligte" zur Vernehmlassung eingeladenen Mitglieder der ehemaligen Mehrwertsteuergruppe äussern sich wie folgt: Die Balair/CTA-Leisure AG in Liquidation verzichtet darauf, Anträge zu stellen oder sonstige Parteirechte auszuüben. Mit gleicher Begründung tut dies auch die GlobePool AG in Liquidation. Die Transliq AG teilt namens der Swisscargo AG in Nachlassliquidation mit, dass die Ausführungen der Beschwerdeführerin zutreffen und die Vorsteuerguthaben der Swisscargo AG im Umfange von Fr._ mit Gegenforderungen der SAirGroup verrechnet wurden. Das noch verbleibende Vorsteuerguthaben in der Höhe von Fr._ sei mit der Verrechnung auf die SAirGroup übergegangen. Die Sodereal Holding AG (für die Société Montreux-Palace SA) hält dafür, dass das ausstehende Vorsteuerguthaben in der Höhe von Fr._ inklusive Vergütungszins von 5% direkt an die Sodereal Holding AG auszuzahlen sei. Die Mindpearl AG beantragt, dass entweder die Eidgenössische Steuerverwaltung oder die SAirGroup in Nachlassliquidation anzuweisen seien, der Mindpearl AG ihr MWST-Vorsteuerguthaben von mindestens Fr._ zuzüglich Vergütungszins auszuzahlen. Das Konkursamt Bassersdorf beantragt namens der Swissair Sabena Airline Management Partnership, London, Zweigniederlassung Kloten (AMP CH), Abweisung der Beschwerde sowie die direkte Auszahlung des Mehrwertsteuerguthabens an die Konkursverwaltung der AMP CH. Die SR Technics Switzerland AG geht davon aus, dass sie sich betreffend der Vorsteuerguthaben für das 2. Quartal 2001 bis und mit dem 1. Quartal 2002 im Innenverhältnis mit der Beschwerdeführerin geeinigt habe und es deshalb für sie keine Rolle spiele, ob das ihr zustehende Vorsteuerguthaben in einem ersten Schritt an die Beschwerdeführerin und dann von dieser an sie weitergeleitet werde, oder ob eine direkte Auszahlung erfolge. Die Flightlease AG in Nachlassliquidation beantragt mit ihrer Vernehmlassung, dass das angefochtene Urteil aufgehoben und die Eidgenössische Steuerverwaltung verpflichtet wird, der Beschwerdeführerin die Vorsteuerguthaben aus den Steuerperioden für das 2. Quartal 2001 bis zum 1. Quartal 2002 auszubezahlen. Gutheissung der Beschwerde beantragt auch die Swissair Training Center AG in Liquidation. Die SAirLines in Nachlassliquidation (handelnd für die durch Fusion absorbierten S Air Services AG, S Air Relations AG und S Air Logistics AG) macht geltend, dass eine unzulässige reformatio in peius sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorliege, weshalb die Beschwerde schon aus diesem Grunde gutzuheissen sei. Hinzu komme eine fehlende Rechtsgrundlage für die Liquidationstätigkeit der Eidgenössischen Steuerverwaltung und die Tatsache, dass die Mehrwertsteuergruppenliquidation weder Aufgabe der Eidgenössischen Steuerverwaltung sei, noch diese dafür prädestiniert sei. Die Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft in Nachlassliquidation beantragt Gutheissung der Beschwerde. Im weiteren verlangte sie, dass der Beschwerdeführerin das Vorsteuerguthaben nebst Vergütungszinsen zwecks Inkasso und späterer Überweisung an die einzelnen Beteiligten auszubezahlen sei. Die Gate Gourmet Switzerland GmbH und die Gate Gourmet GmbH beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Sie verlangen insbesondere, dass auf die Beschwerde deshalb nicht einzutreten sei, weil die Beschwerdeführerin nicht zur Beschwerde legitimiert und die Beschwerde ungenügend begründet worden sei bzw. unzulässige Noven vorgebracht würden. Die Avireal SA, Suisse Romande, und die Avireal AG, Kloten, verzichteten auf eine Vernehmlassung.