Sachverhalt: A. X._ führt einen landwirtschaftlichen Betrieb in Pfäffikon (ZH). Im Betrieb werden Rinder im Umfang von rund 20 Grossvieheinheiten gehalten. Beim Stallgebäude besteht ein ca. 150 m2 grosser, unüberdachter Laufhof; dieser kann durch die Kühe, Kälber und Rinder dauernd genutzt werden. Der Laufhof wird in die Güllengrube entwässert. Der Boden des Laufhofs ist allerdings nur teilbefestigt; er ist mit nicht vermörtelten, aneinanderstossenden Verbundsteinen belegt. B. Mit Verfügung vom 5. Juni 2007 forderte das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft des Kantons Zürich (AWEL) X._ auf, den Laufhof in dem Sinne zu sanieren, dass der Boden undurchlässig auszugestalten sei. Dieser müsse aus dichtem Ortsbeton oder Asphalt erstellt und in die Güllengrube entwässert werden. Das AWEL setzte dem Betroffenen eine Frist bis 1. Mai 2008, um ein bewilligungsfähiges Sanierungsprojekt einzureichen, und eine weitere Frist bis 31. Oktober 2008, um die Sanierung auszuführen. C. X._ focht die Verfügung des AWEL bei der Baudirektion des Kantons Zürich an; diese wies den Rekurs am 12. September 2007 ab. Den Rechtsmittelentscheid der Baudirektion zog X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich weiter. Parallel dazu stellte er ein Wiedererwägungsgesuch bei der Baudirektion. Daraufhin wurde das Verfahren am Verwaltungsgericht sistiert. Auf der Ebene der Baudirektion wurden Beweise abgenommen. In diesem Rahmen bot die Baudirektion X._ an, ihm eine Frist von sechs Jahren für die bauliche Sanierung des Platzes zu gewähren. Dieser lehnte das Angebot ab. Der Vorsteher der Baudirektion teilte X._ in der Folge mit Schreiben vom 25. April 2008 mit, dass er auf den Wiedererwägungsantrag nicht eingehen könne. Das Verwaltungsgericht nahm das Beschwerdeverfahren wieder auf und fällte am 9. Juli 2008 seinen Entscheid. Damit wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid legt X._ mit Eingabe vom 13. September 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein. Er beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und eine Befreiung von der Sanierungspflicht. Das AWEL ersucht um Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat Verzicht auf eine Vernehmlassung erklärt. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) erachtet in seiner Vernehmlassung vom 14. November 2008 eine Sanierung des Laufhofs aus der Sicht des Gewässerschutzrechts des Bundes nicht für notwendig; zum Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens stellt das BAFU keinen Antrag. Das AWEL reicht Gegenbemerkungen zur Stellungnahme des BAFU ein. Der Beschwerdeführer hält in seiner Eingabe vom 9. Januar 2009 sinngemäss an den gestellten Anträgen fest. Die Gegenbemerkungen des AWEL und die Eingabe vom 9. Januar 2009 sind den Verfahrensbeteiligten gegenseitig zur Kenntnis gebracht worden. Sie haben sich in der Folge nicht mehr dazu vernehmen lassen.