Sachverhalt: A. Am 27. April 2007 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis vorsorglich bis zur Abklärung von Ausschlussgründen auf unbestimmte Zeit und ordnete eine fachärztliche Begutachtung an zur Klärung der Fragen, ob bei ihm eine die Fahreignung ausschliessende Trunksucht vorliege und unter welchen Voraussetzungen die Fahreignung wieder bejaht werden könne. Zur Begründung führte es an, X._ habe gemäss Zeugnis der neurologischen Klinik des Kantonsspitals Aarau vom 5. April 2007 am 4. April 2007 mehrere durch Alkoholentzug provozierte epileptische Anfälle erlitten, was Zweifel an seiner Fahreignung erwecke. Am 29. September 2010 erteilte das Strassenverkehrsamt X._ den Führerausweis nach Einholung eines psychiatrischen Gutachtens vom 25. März 2009 und eines neuropsychologischen bzw. neurologischen Gutachtens vom 8. September 2010 gestützt auf Art. 14 Abs. 2 lit. b und c SVG unter verschiedenen Auflagen wieder, namentlich einer ärztlich begleiteten und kontrollierten Alkoholabstinenz während mindestens zweier Jahre, sofortigem Melden anfallartiger Störungen an den Arzt und das Strassenverkehrsamt, regelmässiger Einnahme allfällig verordneter Medikamente (Dispositiv-Ziffer 1) und dem Bestehen einer neuen Führerprüfung (Dispositiv-Ziffer 4). Am 20. Januar 2011 wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung des Strassenverkehrsamts ab. Am 17. August 2011 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ teilweise gut, hob Dispositiv-Ziffer 4 der Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 29. September 2010 auf und ersetzte sie durch folgende neue Dispositiv-Ziffer 4: Am 17. August 2011 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ teilweise gut, hob Dispositiv-Ziffer 4 der Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 29. September 2010 auf und ersetzte sie durch folgende neue Dispositiv-Ziffer 4: "4. a) Der Beschwerdeführer wird verpflichtet, eine Kontrollfahrt gemäss Art. 29 VZV zu absolvieren. b) Das Strassenverkehrsamt wird angewiesen, den Beschwerdeführer zu einer Kontrollfahrt aufzubieten." Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ sinngemäss, ihm den Führerausweis sofort und ohne oder allenfalls mit der einzigen Auflage zu erteilen, beim Lenken eines Motorfahrzeugs "0,0 Promille" einzuhalten. Allenfalls sei ihm der Führerausweis sofort zurückzugeben mit der Anordnung, bei einem Fahrlehrer abzuklären, ob eine "PW-Auffrischung" notwendig sei und gegebenenfalls die erforderlichen Fahrstunden zu absolvieren. Oder aber es sei ihm der Führerausweis gestaffelt zurückzugeben, zunächst der Mofa-Ausweis, nach 2-3 Monaten der Ausweis der Kategorie "Vespacar/Piaggio-Ape", nach weiteren 2-3 Monaten der Ausweis Kategorie A1 und nach weiteren 2-3 Monaten der Ausweis der Kategorie Personenwagen. C. Das Strassenverkehrsamt, das DVI und das Verwaltungsgericht verzichten auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.