Sachverhalt: A. Per 1. Januar 1988 schlossen A._ (Beschwerdeführer) als Vermieter und B._ (Beschwerdegegner) als Mieter einen Vertrag über die Miete eines Einfamilienhauses in C._. Der Mietzins betrug monatlich Fr. 1'150.--. Während der Dauer des Mietverhältnisses erhöhte der Beschwerdeführer den Mietzins mehrmals: Im September 1990 kündigte er dem Beschwerdegegner brieflich eine Erhöhung auf Fr. 1'360.-- pro Monat an unter Hinweis auf drei Hypothekarzinserhöhungen seit Vertragsabschluss. Die Parteien unterzeichneten einen vom Beschwerdeführer verfassten Zusatzvertrag zum Mietvertrag, worin ein neuer Mietzins von monatlich Fr. 1'360.-- ab 1. April 1991 aufgeführt war. Mit Schreiben vom 17. März 1992 erhöhte der Beschwerdeführer den Mietzins per 1. Juli 1992 um weitere Fr. 150.-- auf Fr. 1'510.-- monatlich. Als Begründung führte er die Teuerung des Eigenkapitals und die nicht immer ganz durchgeführte Anpassung an die Hypothekarzinserhöhung an. In einem Schreiben vom 22. November 2000, das vom Beschwerdegegner unterzeichnet wurde, fasste der Beschwerdeführer mit dem Beschwerdegegner mündlich getroffene Abmachungen zusammen. Am 12. Dezember 2000 unterzeichneten die Parteien auf dem Formular des aargauischen Hauseigentümerverbands einen neuen Mietvertrag mit einem Mietzins von Fr. 1'700.-- pro Monat ab 1. Januar 2001. Das Mietverhältnis endete am 31. Januar 2004. B. Am 1. Dezember 2004 erhob der Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Laufenburg Klage mit dem Antrag, der Beschwerdeführer sei zur Zahlung von Fr. 47'350.-- nebst Zins zu 5 % ab 1. Juni 1999 zu verpflichten, entsprechend den noch nicht verjährten nichtigen Mietzinserhöhungen ab 1. Oktober 1994. Mit Urteil vom 13. Dezember 2006 hiess das Bezirksgericht Laufenburg die Klage teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, dem Beschwerdegegner Fr. 7'030.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 15. Juli 2002 zu zahlen. Das Gericht kam zum Schluss, dass keine der vorgenommenen Mietzinserhöhungen mit dem von Art. 269d Abs. 1 OR vorgeschriebenen Formular erfolgt und der Beschwerdeführer der Begründungspflicht für Mietzinserhöhungen nicht rechtsgenügend nachgekommen sei. Dies habe die Nichtigkeit der Erhöhungen zur Folge. Der Grundsatz von Treu und Glauben stehe einer Rückforderung für die beiden ersten Mietzinserhöhungen jedoch entgegen; die Geltendmachung der Rückforderung für die letzte Mietzinserhöhung per 1. Januar 2001 sei hingegen nicht rechtsmissbräuchlich. C. Das Obergericht des Kantons Aargau hiess die Appellation des Beschwerdegegners teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer zur Bezahlung von Fr. 47'350.-- nebst Zins von 5 % seit dem 13. September 2004; die Anschlussappellation des Beschwerdeführers wies es ab. Das Obergericht gelangte zum Schluss, dass der Beschwerdegegner bei Zahlung der Mietzinse weder die Formvorschriften noch die Anfechtungsmöglichkeiten gekannt habe und verneinte ein rechtsmissbräuchliches Verhalten des Beschwerdegegners. D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 28. April 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 18. März 2008 sei aufzuheben und die Klage des Beschwerdegegners abzuweisen. Eventualiter beantragt er die Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. Er rügt eine Verletzung von Art. 2 Abs. 2 und Art. 8 ZGB sowie von Art. 9 BV. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.