Sachverhalt: A. X._ wird vorgeworfen, von November 1997 bis April 2000 zusammen mit mehreren Mittätern in Griechenland ein hochtechnologisiertes Labor zur Herstellung von Amphetamintabletten in grossen Mengen betrieben zu haben. Dieses Labor befand sich auf dem Firmenareal der von ihm präsidierten B._ AG und der von ihm mitbeherrschten A._ GmbH in Kazarma/Korinth. Weil X._ als griechisch-schweizerischer Doppelbürger nicht an Griechenland ausgeliefert werden konnte, ersuchte das griechische Justizministerium die Schweiz um Übernahme des dort gegen diesen geführten Strafverfahrens. Am 13. Juli 2005 erhob die Schweizerische Bundesanwaltschaft beim Bundesstrafgericht Anklage gegen X._ wegen qualifizierter Widerhandlungen gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung sowie wegen Anstiftung zu falschem Zeugnis. Mit Entscheid vom 22. September/25. Oktober 2005 trat das Bundesstrafgericht auf die Anklage wegen fehlender Bundesgerichtsbarkeit nicht ein. Dieser Entscheid wurde vom Bundesgericht aufgehoben (BGE 132 IV 89). B. Am 5. Juli 2006 befand das Bundesstrafgericht X._ der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 2 und 6 in Verbindung mit Art. 19 Ziff. 2 lit. a BetmG schuldig, sprach ihn indes vom Vorwurf des Verkaufs von Betäubungsmitteln (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 BetmG) frei. Auf die Anklage betreffend Anstiftung zu falschem Zeugnis (Art. 307 StGB), respektive Versuchs dazu, trat es nicht ein. Es verurteilte X._ zu 6 1⁄2 Jahren Zuchthaus und zu einer Busse von Fr. 600'000.--. C. Gegen diesen Entscheid erhoben sowohl die Schweizerische Bundesanwaltschaft als auch X._ eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde. Mit Urteil 6S.479/2006 bzw. 6S.482/2006 vom 4. Juli 2007, teilweise publiziert in BGE 133 IV 324, hiess der Kassationshof des Bundesgerichts die Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft teilweise gut, hob den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 5. Juli 2006 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an das Bundesstrafgericht zurück. Im Übrigen wies das Bundesgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Das Bundesgericht erwog, das Bundesstrafgericht habe der Bundesanwaltschaft mit Bezug auf den Anklagevorwurf der Anstiftung zu falschem Zeugnis Gelegenheit zur Verbesserung der Anklage zu geben. Sodann hielt es fest, das Bundesstrafgericht hätte aufgrund der Feststellung, wonach aus der illegalen Betäubungsmittelproduktion ein Vermögensvorteil realisiert worden sei, auf eine Einziehung jener Vermögenswerte oder auf eine Ersatzforderung erkennen müssen. Die Nichtigkeitsbeschwerde von X._ wies das Bundesgericht hingegen mit gleichem Datum ab, soweit es darauf eintrat. D. Nach Ergänzung der Anklageschrift durch die Bundesanwaltschaft betreffend den Anklagepunkt "Anstiftung zu falschem Zeugnis" sprach das Bundesstrafgericht X._ mit Entscheid vom 16. September 2008 von den Vorwürfen des Verkaufs von Betäubungsmitteln (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 BetmG) und der Anstiftung zu falschem Zeugnis (Art. 307 StGB), respektive des Versuchs dazu, frei (Entscheid-Dispositiv Ziff. 1). Hingegen befand es ihn der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 2 und 6 in Verbindung mit Art. 19 Ziff. 2 lit. a BetmG schuldig (Entscheid-Dispositiv Ziff. 2) und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 51⁄2 Jahren sowie zu einer Geldstrafe von 360 Tagessätzen zu je Fr. 350.-- (Entscheid-Dispositiv Ziff. 3). Des Weiteren begründete es zulasten von X._ und zugunsten der Eidgenossenschaft eine Ersatzforderung von Fr. 500'000.-- (Entscheid-Dispositiv Ziff. 4). Es hob die Sperre verschiedener Konti und eines Depots bei der Bank F._ soweit auf, als es zur Begleichung der Ersatzforderung notwendig sei. Überdies befand es, die Sperre der Konti und des Depots werde nach Begleichung der Ersatzforderung aufgehoben (Entscheid-Dispositiv Ziff. 7). Schliesslich entschied das Bundesstrafgericht, die in Entscheid-Dispositiv Ziff. 7 nicht genannten, bei der Bank F._ gesperrten Konti sowie das gesperrte Unterdepot würden sofort zugunsten des Berechtigten freigegeben, und die richterlich verfügte Sperre im Grundbuch Bremgarten/AG (Gemeinde Uezwil) werde sofort aufgehoben (Entscheid-Dispositiv Ziff. 8). E. Gegen diesen Entscheid führen sowohl die Schweizerische Bundesanwaltschaft (Verfahren 6B_692/2009) als auch X._ (Verfahren 6B_693/2009) Beschwerde in Strafsachen. Beide verlangen die teilweise Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. X._ stellt weiter den Antrag, die Vorinstanz habe in neuer Besetzung, das heisst ohne die bisher mit der Angelegenheit befassten Bundesstrafrichter und Gerichtsschreiber, zu entscheiden. Die Bundesanwaltschaft beantragt, die Höhe der Ersatzforderung sei auf Fr. 4 Mio., eventualiter auf Fr. 2,3 Mio. festzusetzen. Ausserdem ersucht sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen. Ferner sei als Anordnung vorsorglicher Massnahmen die Bank F._ anzuweisen, die in Entscheid-Dispositiv Ziff. 7 genannten Konti und das Depot sowie das in Entscheid-Dispositiv Ziff. 8 aufgeführte Unterdepot sofort zu sperren. Überdies sei das Grundbuchamt Bremgarten/AG anzuweisen, über die in der Gemeinde Uezwil gelegenen Grundstücke eine Grundbuchsperre anzumerken. Mit zwei ergänzenden Gesuchen stellt die Bundesanwaltschaft weitere Anträge um Anordnung vorsorglicher Massnahmen. F. Mit Verfügung vom 12. Oktober 2009 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde der Bundesanwaltschaft die aufschiebende Wirkung, soweit im Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 16. September 2008 die Sperrung von Konti und Depots bei der Bank F._ sowie eine Sperre im Grundbuchamt Bremgarten/AG (Gemeinde Uezwil) aufgehoben wurden. Die in den beiden ergänzenden Gesuchen beantragten vorsorglichen Massnahmen wies das Bundesgericht hingegen ab. G. Das Bundesstrafgericht verzichtet auf eine Stellungnahme zu den Beschwerden. Die Bundesanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde von X._, soweit auf diese eingetreten werden könne. X._ stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde der Bundesanwaltschaft.