Sachverhalt: A. Auf einen Anruf von B.X._ hin, wonach sie von ihrem Vater zusammengeschlagen worden sei, rückten am 11. August 2006 vier Beamte der Stadtpolizei Zürich an die Neunbrunnenstrasse 140 in Zürich aus. Sie verhafteten dort A.X._. Nach Darstellung der Polizei versetzte dieser dabei einem der Beamten einen Fusstritt gegen den Magen, nach Darstellung A.X._s wandten diese unnötige Gewalt gegen ihn an, auch dann noch, als er bereits gefesselt und widerstandsunfähig gewesen sei. Bei der erkennungsdienstlichen Behandlung durch zwei Zivilangestellte der Kantonspolizei - Y._ und Z._ - vom 12. August 2006 sei es zu weiteren Übergriffen gekommen, insbesondere habe ihm der grauhaarige Beamte einen Fusstritt in die Hoden und rund 20 Faustschläge ins Gesicht versetzt. Am 8. November 2006 erstattete A.X._ durch seinen Anwalt Strafanzeige wegen Tätlichkeiten und/oder Körperverletzung sowie eventuell Amtsmissbrauchs gegen die vier Stadtpolizisten sowie gegen Y._ und Z._. Mit Beschluss vom 28. Februar 2007 [act. 2/5] erwog die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich, welche über die Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen Behördemitglieder und Beamte zu befinden hat, gegen die vier Stadtpolizisten keine Strafuntersuchung zu eröffnen, da kein hinreichender Anfangsverdacht gegen sie bestehe. Bezüglich des zweiten Vorfalls erwog die Anklagekammer, es läge weder ein Arztbericht vor, noch sei die Kantonspolizistin, welche angeblich die aufgerissene Lippe A.X._ gesehen habe, befragt worden, und wies die Sache an die Staatsanwaltschaft zurück mit dem Auftrag, die für die Beurteilung des hinreichenden Tatverdachts erforderlichen Vorabklärungen zu tätigen. Am 7. Mai 2007 trat die II. Zivilkammer des Obergerichts auf den Rekurs von A.X._ gegen den Beschluss der Anklagekammer vom 28. Februar 2007 nicht ein, weil sein Anwalt die ihm für die Unterzeichnung der Rechtsschrift angesetzte Nachfrist versäumt hatte. Das Bundesgericht trat am 12. Juni 2007 auf eine Beschwerde von A.X._ gegen diesen obergerichtlichen Beschluss nicht ein. B. Am 5. Mai 2008 beschloss die Anklagekammer, gegen Y._ und Z._ keine Strafuntersuchung zu eröffnen. Sie erwog, A.X._ habe sich als Anzeigeerstatter äusserst unkooperativ verhalten und sich sowohl geweigert, der Vorladung für eine polizeiliche Befragung Folge zu leisten, als auch den Gefängnisarzt Dr. C._, der ihn am 14. August 2006 untersucht hatte, vom Arztgeheimnis zu befreien. Aus den übereinstimmenden Aussagen von Y._, Z._, D._ und E._ ergäben sich keine Hinweise darauf, dass es bei der erkennungsdienstlichen Behandlung zu polizeilichen Übergriffen gekommen sei. Am 12. September 2008 wies die II. Zivilkammer den Rekurs von A.X._ gegen diesen Beschluss der Anklagekammer ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A.X._, den Entscheid der Zivilkammer aufzuheben und die Akten mit verbindlichen Weisungen zurückzuweisen. Gegen Y._ und Z._ sei eine Strafuntersuchung wegen Körperverletzung, Tätlichkeiten und schweren Amtsmissbrauchs an wehrlosen Opfern zu eröffnen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.