Sachverhalt: A. X._ kaufte am 15. Oktober 2002 die Parzelle Nr. *** "A._" in B._ zum Preis von 1,1 Mio. Franken. In den Jahren 2003 bis 2005 baute er die Liegenschaft für über 1,5 Mio. Franken um, wobei allein Fr. 922'288.35 auf das Jahr 2003 entfielen. Das bisher als landwirtschaftlich genutzte Zweifamilienhaus mit Scheune und Schweinestall wurde in ein nur noch Wohn- und Freizeitzwecken dienendes Einfamilienhaus umfunktioniert; die Annexgebäude werden nun als Pferdestall genutzt. B. In ihrer Steuererklärung 2003 wiesen X._ und Y._ Liegenschaftsunterhaltskosten von Fr. 922'288.35 aus, wovon sie Fr. 384'519.50 als abzugsfähige Kosten geltend machten. Die Steuerkommission Hilfikon veranlagte die Eheleute X._ und Y._ am 1. Dezember 2005 für die Kantons- und Gemeindesteuer auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 308'900.--; abzugsfähige Liegenschaftsunterhaltskosten anerkannte sie nicht, weil der geltend gemachte Umbau einem Neubau entspreche. Eine Einsprache dagegen hiess die Steuerkommission am 19. August 2008 insoweit teilweise gut, als sie Liegenschaftsunterhaltskosten von Fr. 160'274.-- zum Abzug zuliess und das steuerbare Einkommen auf Fr. 148'600.-- herabsetzte. Der dagegen gerichtete Rekurs und die anschliessend erhobene Beschwerde waren erfolglos. C. X._ und Y._ beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 2. Februar 2011 aufzuheben, die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz (Anerkennung von weiteren Fr. 127'435.-- als abzugsfähige Instandstellungskosten) zurückzuweisen, eventualiter die Normalgebrauchsdauer gemäss kantonalem Merkblatt als bundesrechts- und verfassungswidrig festzustellen und die Vorinstanz anzuweisen, diese angemessen zu erhöhen und für die direkte Bundessteuer einen Entscheid zu fällen. Sie rügen eine unrichtige Anwendung von Bundesrecht sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. eine Rechtsverweigerung. D. Während die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung der Beschwerde beantragt, verzichten das Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf eine Stellungnahme unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid.