Sachverhalt: A. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft (BA) führt seit Oktober 2004 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren gegen X._ wegen des Verdachtes des gewerbsmässigen Anlagebetruges und weiterer Delikte. Am 5. März 2007 dehnte die BA das Strafverfahren auf Y._ (die Ehefrau des Hauptbeschuldigten) aus, welche der Geldwäscherei verdächtigt wird. Im Rahmen des Ermittlungsverfahrens erfolgten zwischen dem 6. und 8. März 2007 Hausdurchsuchungen in zwei Liegenschaften. Auf Einspruch der von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten hin wurden die beschlagnahmten umfangreichen Dokumente und elektronischen Daten versiegelt. B. Nachdem die BA die Beschuldigten eingeladen hatte, sich zur Frage des definitiven Umfanges der Beschlagnahme und Versiegelung schriftlich zu äussern, erliess die BA am 30. April 2007 eine Feststellungs- und Beschlagnahmeverfügung. C. Am 8. Mai 2007 stellte die BA beim Bundesstrafgericht das Gesuch um Entsiegelung der genannten Dokumente und elektronischen Datenträger und um deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit prozessleitender Verfügung vom 23. Juli 2007 ordnete die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes (BK) an, dass der zuständige richterliche Referent der BK im Entsiegelungsverfahren eine Sichtung und Triage der beschlagnahmten und versiegelten Dokumente und Daten vorzunehmen habe. Auf eine von X._ dagegen erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 15. Januar 2008 nicht ein (Verfahren 1B_200/2007). D. Anlässlich der Entsiegelungsverhandlung vom 3. März 2008 (im Beisein der Parteien) unterzog der zuständige richterliche Referent der BK die beschlagnahmten Schriftdokumente einer Sichtung und Triage. Die von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten wurden anlässlich der Entsiegelungsverhandlung aufgefordert, der BK Stellungnahmen zukommen zu lassen zur Frage der Zulässigkeit der Durchsuchung der verbleibenden (anlässlich der richterlichen Sichtung nicht ausgesonderten) Aktenstücke. E. Die sichergestellten und versiegelten elektronischen Daten wurden anlässlich der Entsiegelungsverhandlung vom 3. März 2008 keiner richterlichen Triage unterzogen. Statt dessen wurde dem Hauptbeschuldigten eine CD-ROM ausgehändigt, welche die Ordnerverzeichnisse der Laufwerke der beschlagnahmten elektronischen Datenträger enthielt, und die beiden von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten wurden aufgefordert, der BK mitzuteilen, innerhalb welcher Verzeichnisse sich geheimnisgeschützte Daten befänden. F. Mit Verfügung vom 24. April 2008 entschied der Präsident der I. BK, dass die BA berechtigt sei, den Inhalt des elektronischen Datenträgers HD Lacie 150 GB (Aufschrift "Trading Archive") zu durchsuchen. G. Was die verbleibenden zwölf elektronischen Laufwerke betrifft, ordnete der Präsident der I. BK (in der gleichen Verfügung vom 24. April 2008) Folgendes an: Die von den Zwangsmassnahmen betroffenen Beschuldigten hätten die dort gespeicherten geheimnisgeschützten Dateien einzeln zu bezeichnen, auf einen separaten Datenträger zu kopieren und der BK in lesbarer Form einzureichen. H. Am 5. September 2008 entschied das Bundesstrafgericht, I. BK, wie folgt über das (verbleibende) Entsiegelungs- und Durchsuchungsgesuch der BA: 1. Das Gesuch wird teilweise gutgeheissen. 2. Die Gesuchstellerin wird ermächtigt, die im Sinne der oben stehenden Erwägungen freigegebenen, am 6./7. März 2007 sichergestellten Papiere zu durchsuchen. 3. Die Gesuchstellerin wird im Sinne der oben stehenden Erwägungen ermächtigt, die verbleibenden Inhalte der sichergestellten Laufwerke nach Erfüllung der in E. 6.4 gemachten Auflage zu durchsuchen. 4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 7'500.-- wird den Gesuchsgegnern unter solidarischer Haftbarkeit zur Bezahlung auferlegt. I. Gegen den Entscheid der BK vom 5. September 2008 gelangte die BA mit Beschwerde vom 7. Oktober 2008 an das Bundesgericht. Sie beantragt, Ziffer 3 des Dispositives des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und die BK sei anzuweisen, die zu löschenden Dateien selbst genau zu bezeichnen und zu löschen und die restlichen Dateien der BA zur Durchsuchung zu überlassen. Die BK hat am 16. Oktober 2008 auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet. Mit Stellungnahmen vom 24. bzw. 27. Oktober 2008 beantragen die beiden Beschuldigten und privaten Verfahrensbeteiligten je die Gutheissung der Beschwerde.