Sachverhalt: A. B.B._ und die von ihm beherrschten Gesellschaften D._ AG und E._ AG investierten in den Jahren vor 1992 in die Anlagefonds X._ und Y._. Im Dezember 1992 widerriefen sie die Kollektivanlageverträge für insgesamt 20'148 Anteile X._ und 16'165 Anteile Y._. Im Zusammenhang mit der Rücknahme der Anteile kam es zum Streit mit der Fondsleitung der beiden Fonds, der C._ mit Sitz in Z._ (Beklagte). Dieser wurde vorgeworfen, sie habe das Fondsvermögen im Rücknahmezeitpunkt, aber auch schon während Jahren zuvor, insbesondere seit 1983, zu tief bewertet, weshalb die Auszahlung bei Rücknahme der Anteilscheine zu niedrig ausgefallen sei. Überdies sei durch die Neuausgabe von Anteilen unter dem tatsächlichen Wert das Fondsvermögen verwässert worden. Im Zusammenhang mit dem Immobiliengeschäft wird der Beklagten als Verwalterin der X._ angelastet, mit der "W._" ein äusserst schwieriges Projekt von der Y._ übernommen und darin investiert zu haben, ohne zu berücksichtigen, dass die Vermietungsbemühungen der Y._ gescheitert waren. Durch die erfolgten Abschreibungen sei das Fondsvermögen geschädigt worden. B. Mit Klage beim Handelsgericht des Kantons Zürich verlangten die ausscheidenden Anleger von der Beklagten die Erteilung verschiedener Auskünfte, Zahlung des korrekt berechneten Rücknahmepreises für die Anteilscheine und Schadenersatz wegen Schädigung des Fondsvermögens. Mit Beschluss vom 21. Juni 1994 trennte das Handelsgericht die Auskunftsbegehren vom übrigen Verfahren ab und sistierte das Forderungsverfahren kurze Zeit später. Im abgetrennten Verfahren verpflichtete es die Beklagte am 21. August 2000 zur Erteilung verschiedener Auskünfte. Dieses Urteil bildet nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. C. Am 29. Januar 2001 hob das Handelsgericht die Sistierung des Forderungsverfahrens auf. B.B._ war im Laufe des Verfahrens verstorben. Dieses wurde jedoch von seiner Rechtsnachfolgerin A.B._ (Klägerin 1) weitergeführt. Aus den beiden ehemals von B.B._ beherrschten Aktiengesellschaften ging durch Fusion die B._ GmbH (Klägerin 2) als Rechtsnachfolgerin der ursprünglichen Gesellschaften hervor. D. Mit den im Forderungsprozess verbliebenen Rechtsbegehren verlangt die Klägerin 1 Zahlung von Fr. 866'139.--, die Klägerin 2 von Fr. 2'194'315.--, je nebst Zins, wobei eine höhere Forderung aufgrund des Beweisergebnisses vorbehalten wurde. Zudem fordern die Klägerinnen Fr. 59'774.60 als Ersatz für die Kosten der Auskunftsbeschaffung. Mit Urteil vom 1. Dezember 2004 wies das Handelsgericht die Klage ab. E. Gegen dieses Urteil führen die Klägerinnen Berufung an das Bundesgericht und beantragen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Streitsache an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beklagte schliesst auf kostenfällige Abweisung der Berufung.