Sachverhalt: A. Im September 2001 erwarb X._ eine Eigentumswohnung zur Selbstnutzung in der Zürcher Gemeinde Y._ zum Preis von Fr. 892'477.--. Ihre bis dahin in der Stadt Uster selbst bewohnte Liegenschaft veräusserte sie im folgenden Monat für Fr. 1'165'000.--. Aus diesem Geschäft ermittelte die Kommission für Grundsteuern der Stadt Uster durch Anrechnung von Anlagekosten in der Höhe von knapp Fr. 950'700.-- einen Gewinn von Fr. 214'300.-- und forderte von X._ eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 53'335.--. Dies bestätigte sie mit Einspracheentscheid vom 12. März 2002. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich (im Folgenden: Steuerrekurskommission) am 29. Oktober 2002 gut und setzte die zu leistende Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 12'475.05 herab. Auf Beschwerde der Stadt Uster hin setzte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 21. Mai 2003 die von X._ geschuldete Grundstückgewinnsteuer wieder auf Fr. 53'335.-- fest. B. X._ hat am 26. Juni 2003 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Begehren, das Urteil des Verwaltungsgerichts "aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen". C. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie das Kantonale Steueramt Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Stadt Uster sowie die Steuerrekurskommission haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.