Sachverhalt: A. X._ (1951) ist die Mutter von Y._ (1983), welche mit Beschluss des Bezirksrates B._ vom 30. Oktober 2002 gestützt auf Art. 369 ZGB entmündigt wurde. Die Tochter lebte während längerer Zeit mit ihrer Mutter in der gleichen Wohnung in A._. Mit Schreiben vom 1. Oktober 2008 ordnete die Amtsvormundin an, dass die Tochter fortan in einer professionell betreuten Wohnform leben solle, und sie wurde darauf in der Wohngruppe C._ in A._ platziert. B. Mit Eingabe vom 2. Oktober 2008 beschwerte sich die Mutter bei der Vormundschaftsbehörde A._ gegen den angeordneten Wechsel der Wohnverhältnisse. Am 8. Oktober 2008 hörte der Sekretär der Vormundschaftsbehörde die Tochter an. Mit Beschluss vom 13. Oktober 2008 wies die Vormundschaftsbehörde die Beschwerde ab mit der Begründung, die Neuregelung der Wohnsituation sei dringend nötig. Um zu verhindern, dass die Tochter in eine schwierige Situation hineingerate, sei sodann einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Mit Eingabe vom 27. Oktober 2008 verlangte die Mutter vom Bezirksrat B._ die Aufhebung dieses Beschlusses. Mit weiterer Eingabe vom 4. November 2008 verlangte sie die vorsorgliche Rückplatzierung der Tochter und die sofortige Aufhebung der Kontaktsperre. Am 7. November 2008 führte die Bezirksratsschreiberin Telefongespräche mit dem direkten Vorgesetzten der Tochter in der Institution S._, wo sie halbtags in geschütztem Rahmen arbeitet, sowie einer weiteren dortigen Bezugsperson. Mit Schreiben vom 10. November 2008 hielt die Amtsvormundin fest, eine Rückkehr in die Wohnung der Mutter müsse wegen deren krankhaften Einflusses als sehr schädlich für die Tochter angesehen werden. Gleichentags wurde die Bezirksratsschreiberin vom Vorgesetzen der Institution S._ telefonisch orientiert, die Tochter sei sehr aufgeregt zur Arbeit erschienen; sie habe berichtet, dass sie der Mutter gesagt habe, es gefalle ihr in der Wohngruppe C._ und sie wolle dort bleiben, worauf die Mutter ausserordentlich heftig und ungehalten reagiert habe. Die Tochter sei ausser sich gewesen und habe das Gefühl gehabt, wenn sie sich für die Wohngruppe entscheide, verliere sie die Liebe der Mutter. Darauf wurde die Tochter am 12. November 2008 von einer Delegation des Bezirksrats in der Wohngruppe C._ angehört. Dabei wurde festgestellt, dass es ihr nach ihren eigenen Angaben gut geht und es ihr im C._ gefällt; sie habe sich entschieden, dort zu bleiben, was aber nicht gegen ihre Mutter gerichtet sei. C. Parallel zum vorstehend geschilderten Beschwerdeverfahren der Mutter erhob die Tochter am 17. Oktober 2008 bei der Vormundschaftsbehörde A._ Einsprache gegen den Entscheid der Amtsvormundin. Sie habe starkes Heimweh und möchte trotz ihres Wohlbefindens in der Wohngruppe C._ lieber wieder zu ihrer Mutter in die Wohnung ziehen. Mit Verfügung vom 6. November 2008 beauftragte die Vormundschaftsbehörde A._ den kinder- und jugendpsychiatrischen Dienst in D._ mit der Begutachtung der Tochter. Dabei sollten insbesondere die Fragen beantwortet werden, was der wirkliche Wunsch der Tochter betreffend Selbständigkeit und Aufenthaltsort sei und welche Massnahmen erforderlich seien, um ihre Integrität der Persönlichkeit, ihr Wohl und ihre Entwicklung sicherzustellen, und unter welchen Rahmenbedingungen Kontakte mit der Mutter stattfinden könnten. D. Mit Zwischenverfügung vom 13. November 2008 entschied der Bezirksrat B._, dass das parallele Beschwerdeverfahren der Mutter sistiert werde, bis die Vormundschaftsbehörde A._ gestützt auf das Gutachten über die Beschwerde der Tochter entschieden habe. Gleichzeitig wies der Bezirksrat das Gesuch der Mutter um vorsorgliche Massnahmen (sofortige Rückplatzierung der Tochter und Aufhebung der Kontaktsperre) vom 4. November 2008 ab. Gegen die Sistierung des Beschwerdeverfahrens und gegen die Abweisung der vorsorglichen Massnahmen erhob die Mutter Rekurs, den das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 18. März 2009 abwies, soweit es darauf eintrat. Das Obergericht wies aus materiellen Gründen auch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab. E. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. April 2009 verlangt die Mutter die Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses und die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das obergerichtliche Verfahren, die Aufhebung des Zwischenentscheides des Bezirksrates B._ wegen Rechtsverzögerung, Vorbefasstheit der Ratsschreiberin, Missachtung des rechtlichen Gehörs in Bezug auf die Protokollierungspflicht etc., die Aufhebung des Entscheides der Vormundschaftsbehörde wegen formeller Rechtsverweigerung, Verletzung des Akteneinsichtsrechts, der Begründungspflicht, fehlender Sachverhaltsermittlung etc., die Aufhebung des Entscheides der Amtsvormundin wegen formeller Rechtsverweigerung, Verletzung des Anhörungsrechts, der Begründungspflicht, fehlender Sachverhaltsermittlung etc., die vollständige Aufhebung der Kontaktregelung zwischen Mutter und Tochter sowie die Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.