Sachverhalt: A. A._, geboren 1959, hatte sich am 22. Oktober 1999 erstmals vorab wegen Schulterschmerzen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug angemeldet. Die IV-Stelle Zug gewährte berufliche Massnahmen, sodass die kaufmännisch ausgebildete, zuletzt jedoch in einem körperlich schweren Beruf (als Mitarbeiterin Bohrkontrolle bei der B._ AG) tätig gewesene Versicherte im Januar 2002 eine Vollzeitstelle als Büroangestellte (bei der C._ AG) antreten konnte. Nach der erfolgreichen beruflichen Eingliederung sprach ihr die IV-Stelle mit den Verfügungen vom 13. März 2003 für die Zeit vom 1. Juli bis zum 31. Dezember 2000 sowie vom 1. Juli bis zum 31. Dezember 2001 rückwirkend eine halbe Invalidenrente zu. Im Mai 2011 liess A._ durch ihren Hausarzt Dr. med. D._, eine gesundheitliche Verschlechterung geltend machen. Nachdem die IV-Stelle der Versicherten die Gelegenheit zur Einreichung weiterer Arztberichte eingeräumt hatte, trat sie auf die Neuanmeldung mit Verfügung vom 26. Februar 2013 nicht ein. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zug mit Entscheid vom 29. August 2013 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei auf ihr Leistungsgesuch einzutreten. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.