Sachverhalt: A. Staatsanwältin Gabriela Alkalay von der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl führte gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen des Verdachts, als Treuhänderin in das Verwalten und Verschieben von Drogengeldern verwickelt gewesen zu sein. Am 5. März 2010 ersuchte sie die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich, ihr das Überwachen des Telefon- und E-Mail-Verkehrs von X._ zu genehmigen. Die Anklagekammer erteilte die Genehmigung am 9. März 2010. Am 20. Februar 2013 stellte die Staatsanwaltschaft das Verfahren gegen X._ betreffend "Verbrechen gegen das Betäubungsmittelgesetz/Geldwäscherei" ein und erhob beim Bezirksgericht Bülach Anklage wegen Betrugs etc. Am 19. April 2013 reichte X._ bei der Leitenden Staatsanwältin der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl eine Strafanzeige gegen die Staatsanwältin Gabriela Alkalay ein betreffend "Verleumdung/Üble Nachrede, Irreführung der Rechtspflege, Amtsmissbrauch, Freiheitsberaubung, Nötigung, Amtsgeheimnisverletzung etc.". Am 26. April 2013 überwies die Leitende Staatsanwältin die Sache ans Obergericht des Kantons Zürich. Sie hielt fest, die Strafanzeige enthalte auch ein Ausstandsbegehren gegen die Staatsanwältin Gabriela Alkalay. In Bezug auf die Strafanzeige hielt sie fest, nach summarischer Prüfung liege kein deliktsrelevanter Tatverdacht vor, weshalb sie beantrage, die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens nicht zu erteilen. Das Obergericht trennte das Ausstands- vom Ermächtigungsverfahren. In Letzterem erteilte es der Staatsanwaltschaft am 25. Juli 2013 "die Ermächtigung zur Strafverfolgung (vorab Entscheid über die Untersuchungseröffnung bzw. Nichtanhandnahme eines Strafverfahrens) gegen die Gesuchsgegnerin nicht". B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Beschluss des Obergerichts aufzuheben und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl, eventuell eine ausserkantonale Staatsanwaltschaft zu beauftragen, gegen Staatsanwältin Gabriela Alkalay eine Strafuntersuchung anhand zu nehmen, d.h. zu prüfen, ob eine Strafuntersuchung zu eröffnen sei oder nicht. Sie ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. C. Das Obergericht, die Leitende Staatsanwältin, und die Oberstaatsan-waltschaft verzichten auf Vernehmlassung. X._ reicht eine Beschwerdeergänzung ein.