Sachverhalt: A. Die Eheleute A. und B.X._ sind mit Ehevertrag vom 21. März 1989 vom Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung zum Güterstand der Gütertrennung gewechselt. Zugleich haben die Eheleute einen Vertrag auf Eigentumsübertragung infolge güterrechtlicher Auseinandersetzung und Schenkung abgeschlossen. Zur Abgeltung des hälftigen Anteils von B.X._ an der bisherigen Gesamterrungenschaft beider Ehegatten hat A.X._ der Ehefrau unter anderem eine im Bau befindliche Stockwerkeigentumseinheit in der Gemeinde K._ übertragen. Die Einheit befand sich vormals im Geschäftsvermögen des Ehemanns, der als Liegenschaftenhändler tätig war. Auf der gemeinschaftlichen Liegenschaft lastete ein Grundpfandrecht, welches zur Sicherung einer Baukreditschuld diente. Die Ehefrau ist im Vertrag auf Eigentumsübertragung in diese Baukreditschuld eingetreten, mit solidarischer Haftung gegen aussen und unter Übernahme der Hälfte des auf den Ehemann entfallenden Schuldanteils im internen Verhältnis. Da die Ehefrau durch die Eigentumsübertragung (abzüglich des Schuldeintritts) mehr erhielt, als sie aus der güterrechtlichen Auseinandersetzung fordern konnte, stand dem Ehemann eine Ausgleichsforderung zu, welche er der Ehefrau schenkungsweise erliess. Am 5. August 2005 hat B.X._ die Stockwerkeigentumseinheit verkauft. B. Die Eheleute A. und B.X._ deklarierten in ihrer Steuererklärung 2005 ein steuerbares Einkommen von Fr. 195'925.--. Das Steueramt des Kantons Zürich veranlagte die Eheleute am 1. Dezember 2010 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. 749'500.--, wobei aufgrund der Einschätzung des zuständigen Steuerkommissärs der Gewinn aus dem Verkauf der Stockwerkeigentumseinheit in der Höhe von Fr. 550'000.-- als Einkommen aus gewerbsmässigem Liegenschaftenhandel aufgerechnet wurde. Die dagegen erhobene Einsprache wies das Steueramt des Kantons Zürich am 2. Dezember 2011ab. Die anschliessende Beschwerde hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich am 18. Juni 2012 gut und reduzierte das steuerbare Einkommen um die Aufrechnung des Liegenschaftsgewinns. Dagegen erhob das Steueramt des Kantons Zürich Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, die mit Urteil vom 31. Oktober 2012 gutgeheissen wurde. C. Vor Bundesgericht beantragen die Eheleute A. und B.X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Oktober 2012 aufzuheben und das steuerbare Einkommen auf Fr. 199'532.-- festzusetzen, eventualiter die Angelegenheit an die Vorinstanz bzw. die Steuerverwaltung des Kantons Zürich zurückzuweisen zwecks Festsetzung des steuerbaren Einkommens auf Fr. 199'532.--. Das Steueramt des Kantons Zürich, die Eidgenössische Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.