Sachverhalt: A. Am 23. Juli 2009 erstattete X._ Strafanzeige gegen den Kantonstierarzt Y._. Dieser soll sich des Amtsmissbrauchs und der Tierquälerei schuldig gemacht haben, indem er die Schafe von X._ abtransportieren und gegen die Blauzungenkrankheit impfen liess. Ausserdem habe er in der Überführungs- bzw. Rückführungsliste falsche Angaben gemacht und dadurch eine Falschbeurkundung begangen. B. Die Staatsanwaltschaft Graubünden eröffnete am 1. September 2009 ein Strafverfahren gegen Y._ und sistierte dieses, bis das verwaltungsrechtliche Verfahren in gleicher Sache mit Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 22. Februar 2011 rechtskräftig entschieden war. Am 28. Juni 2013 verfügte sie die Einstellung des Strafverfahrens gegen Y._. Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies das Kantonsgericht von Graubünden am 27. November 2013 ab. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, das Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden vom 27. November 2013 sei aufzuheben. Die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, Y._ beim zuständigen Gericht wegen Amtsmissbrauchs, Urkundenfälschung und Tierquälerei anzuklagen, eventuell mittels Strafbefehl schuldig zu sprechen und angemessen zu bestrafen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese anzuweisen, die beantragten Beweise abzunehmen. D. Die Staatsanwaltschaft Graubünden beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Das Kantonsgericht von Graubünden und Y._ verlangen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.