Sachverhalt: A. X._ missachtete am 9. Februar 2008 in der Stadt Zürich das Rotlicht eines Lichtsignals. Mit Übertretungsanzeige der Stadtpolizei Zürich vom 20. Februar 2008 wurde er gestützt auf Ziff. 309.1. Anhang 1 Ordnungsbussenverordnung vom 4. März 1996 (OBV; SR 741.031) mit einer Ordnungsbusse von Fr. 250.-- belegt. X._ ersuchte die Stadtpolizei Zürich um Ratenzahlungen. Diese entsprach dem Gesuch nicht, leitete nach unbenutzter Zahlungsfrist das ordentliche Verfahren ein und verzeigte ihn beim Stadtrichteramt Zürich. Mit Verfügung vom 17. April 2008 wurde X._ vom Stadtrichteramt Zürich wegen Missachtens eines Lichtsignals mit einer Busse von Fr. 250.-- bestraft. Ausserdem wurden ihm Spruch-, Schreib- und Zustellgebühren in der Höhe von insgesamt Fr. 278.-- auferlegt. Gegen diese Verfügung erhob X._ Einsprache, wobei er die in Rechnung gestellten Gebühren sowie den Umstand rügte, dass seinem Gesuch um Ratenzahlungen nicht entsprochen worden war. B. Der Einzelrichter des Bezirksgerichts Zürich bestätigte am 1. Oktober 2008 die mit Verfügung des Stadtrichteramts Zürich vom 17. April 2008 auferlegten Gebühren in der Höhe von insgesamt Fr. 278.-- zuzüglich einer nachträglich erhobenen Weisungsgebühr von Fr. 70.--. Zudem stellte er fest, dass die Verfügung des Stadtrichteramts Zürich vom 17. April 2008 in Rechtskraft erwachsen ist, soweit sie die Busse betrifft. C. X._ bezeichnet die von ihm nachträglich am 3. Dezember 2008 unterzeichnete Eingabe vom 24. November 2008 an das Bundesgericht ohne nähere Präzisierung als "Beschwerde". Es handelt sich dabei offensichtlich um eine Beschwerde in Strafsachen im Sinne von Art. 78 ff. BGG. Er beantragt, die Verfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 1. Oktober 2008 sei aufzuheben, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht er mit Eingabe vom 22. Dezember 2008 um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.