Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin 1) und die Y._ AG (Beschwerdeführerin 2) sind Mitglieder einer einfachen Gesellschaft, die sich Baukonsortium Q._ nennt und die Überbauung Q._ auf dem Grundstück 111._ in P._ erstellt hat. Die Beschwerdeführerin 1 bezweckt die Erstellung von Hoch- und Tiefbauten aller Art, den Kauf und Verkauf sowie die Vermittlung und Verwaltung von Liegenschaften, die Ausführung von Aufträgen und Arbeiten als Generalunternehmer und Ingenieur sowie die Erstellung von Expertisen und Schätzungen. Die Beschwerdeführerin 2 bezweckt den Betrieb eines Holzbaugeschäftes mit Sägerei, Zimmerei und Schreinerei sowie den Handel mit Holz. Die Z._ AG (Beklagte 1, Beschwerdegegnerin) hat die Vornahme geotechnischer Beratung, die Ausarbeitung von hydrogeologischen und geotechnischen Gutachten und die Durchführung von entsprechenden Untersuchungen wie Sondierungen, Messungen etc. zum Zweck. Die R._ AG (Beklagte 2) bezweckt unter anderem die Ausführung aller Bohr-, Spreng- und Messarbeiten und der damit zusammenhängenden Ingenieurtätigkeiten im In- und Ausland, Beratungen und Expertisen auf dem Gebiet der Spreng- und Messtechnik und die Ausführung von Ankerbohrungen und Verankerungen aller Art. Zweck der S._ AG (Beklagte 3) ist die Bearbeitung von Fragen aus der Geologie, Hydrogeologie, aus dem Umweltbereich sowie verwandter Fachgebiete mit Schwerpunkt im nördlichen Teil des Kantons Zürich und in dessen angrenzenden Gebieten. A.b Im Oktober 2004 starteten die Beschwerdeführerinnen die Überbauung Q._ in P._. Kurz nach Aufnahme der Bauarbeiten begann der Hang zu rutschen. Die Beschwerdeführerinnen besichtigten daraufhin im November 2004 den Hang mit der Beklagten 3 und nahmen wenig später zwecks Erstellung einer Hangsicherung mit den Beklagten 1 und 2 Kontakt auf. Die ausgeführte Hangsicherung mit Selbstbohr-Vollverbundankern führte indes nicht zum gewünschten Ergebnis. Nach fortdauernden Hangrutschungen veranlassten die Beschwerdeführerinnen im Januar 2005 die Wiederauffüllung der Baugrube und die Projektierung und Ausführung einer anderen Hangsicherung. Die Beschwerdeführerinnen verlangen von allen drei Beklagten unter solidarischer Haftung Schadenersatz mit der Begründung, sie hätten ihre vertraglichen Pflichten im Zusammenhang mit der Hangsicherung verletzt. B. Am 4. April 2006 reichten die Beschwerdeführerinnen beim zuständigen Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die drei Beklagten ein. Gemäss Eingabe vom 4. Juli 2008 beantragten sie unter anderem, die Beklagten 1, 2 und 3 seien unter solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, den Beschwerdeführerinnen Fr. 1'500'000.-- zuzüglich Zins von 5 % seit dem 21. August 2007 zu bezahlen; unter Nachklagevorbehalt. Mit (nicht Gegenstand des vorliegenden Beschwerdeverfahrens bildendem) Teilurteil vom 13. Oktober 2008 wies das Handelsgericht die Klage gegen die Beklagte 3 ab. Mit Teilurteil vom 17. Dezember 2008 wies das Handelsgericht die Klage auch gegen die Beklagte 1 ab. Es qualifizierte das Vertragsverhältnis der Parteien als gemischten Vertrag, der überwiegend Verpflichtungen werkvertraglicher Natur, indessen auch solche auftragsrechtlicher Natur enthalte. Die Pflichten, deren Verletzung die Beschwerdeführerinnen geltend machten, ordnete es denjenigen werkvertraglicher Natur zu, weshalb es die Haftung der Beklagten 1 nach den werkvertraglichen Vorschriften prüfte. Mangels rechtzeitiger Mängelrüge ging das Handelsgericht davon aus, dass die Beschwerdeführerinnen ihre Mängelrechte gemäss Art. 368 OR gegenüber der Beklagten 1 verwirkt hätten. Gegen das Teilurteil des Handelsgerichts vom 17. Dezember 2008 erhoben die Beschwerdeführerinnen kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Zirkulationsbeschluss vom 26. März 2010 ab, soweit es darauf eintrat. C. Die Beschwerdeführerinnen beantragen dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Teilurteil des Handelsgerichts vom 17. Dezember 2008 aufzuheben und die Beklagte 1 unter solidarischer Haftbarkeit mit der Beklagten 2 zu verpflichten, den Beschwerdeführerinnen Fr. 1'500'000.-- zuzüglich Zins seit dem 21. August 2007 zu bezahlen; unter Nachklagevorbehalt. Eventualiter sei die Streitsache an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung zurückzuweisen. Den Beschluss des Kassationsgerichts fechten die Beschwerdeführerinnen nicht an. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.