Sachverhalt: A. Der Kanton Aargau betreibt ein Netz von 40 kantonalen Messstationen, um den Abfluss seiner kleineren Gewässer zu bestimmen. Dieses genügt den heutigen technischen und betrieblichen Anforderungen nicht mehr. Die Infrastruktur ist veraltet, und die Daten der meisten Stationen stehen nicht online zur Verfügung. Seit 1997 wurden 11 Stationen erneuert und online verfügbar gemacht. Im Rahmen des Projekts HydroNet Argovia - Online 2007 soll die Automation von weiteren 20 Messstationen realisiert werden. Im Herbst 2007 wurde mit dem Bau der Stationen begonnen. B. Am 30. August 2007 stellte der Kanton Aargau beim Bundesamt für Umwelt (BAFU) ein Gesuch um eine Bundesbeteiligung von Fr. 966'650.-- an die Projektkosten und von Fr. 750'000.-- an die Betriebs- und Unterhaltskosten. Das BAFU wies dieses Subventionsgesuch am 14. Juli 2008 ab. Das Bundesverwaltungsgericht bestätigte den Entscheid des BAFU. C. Mit Eingabe vom 8. Juli 2009 beantragt der Kanton Aargau, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 8. Juni 2009 und die Verfügung des BAFU vom 14. Juli 2008 aufzuheben, ihm die gesetzlichen Abgeltungen im Rahmen bewilligter Kredite zuzusichern bzw. ihm eine Bundesbeteiligung im Umfang von 25 % der Baukosten und der jährlichen Betriebskosten zu gewähren, eventualiter unter Feststellung der Beitragsberechtigung an die Vorinstanz bzw. an das BAFU zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht und das BAFU beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Der Kanton Aargau hat sich ein zweites Mal geäussert.