Sachverhalt: A. Die BVG-Stiftung X._ in Liquidation erhob am 30. Dezember 2003 beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen Schadenersatzklage nach Art. 52 BVG gegen ihre ehemaligen Stiftungsräte W._, F._ (bzw. dessen Erben N._ [jun.] und M._) und A._ sowie gegen die Firma B._ und die V._ AG in Liquidation als Kontrollstelle. Am 16. Juni 2004 lud das Versicherungsgericht die T._ AG zum Verfahren bei. Mit unangefochten gebliebenem Entscheid vom 11. Juli 2005 trat es auf die Klage mangels örtlicher Zuständigkeit nicht ein und überwies sie samt den seit der Einreichung produzierten Akten dem Versicherungsgericht (recte: Verwaltungsgericht) von Appenzell Ausserrhoden. B. Mit Urteil vom 27. September 2006 trat das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden auf die Klage mangels örtlicher Zuständigkeit nicht ein. C. Die BVG-Stiftung X._ hat Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben mit dem Begehren, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden zu verpflichten, auf die Klage einzutreten; das Verfahren sei zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei festzustellen, dass das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zur materiellen Beurteilung der Klage zuständig sei. Subeventuell sei festzustellen, welches Gericht zur materiellen Beurteilung der Klage gegen welche Beklagte örtlich zuständig sei. Das Verwaltungsgericht von Appenzell Ausserrhoden und A._ beantragen Abweisung der Beschwerde. F._ jun. (als Erbe von N._ sen. sowie M._), W._, die V._ AG, die Firma B._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf einen Antrag. Die T._ AG teilt mit, dass sie sich am Verfahren nicht beteilige. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen äussert sich, ohne einen Antrag zu stellen.