Sachverhalt: A. A._ ist Eigentümerin einer 31⁄2-Zimmer Wohnung im Dachgeschoss und eines Gewerberaumes im Erdgeschoss des Wohn- und Geschäftshauses auf der Parzelle Nr. xxxx in der Wohn- und Gewerbezone von Wengen (Gemeinde Lauterbrunnen). Am 15. Dezember 2010 forderte die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen von A._ Auskunft über die Nutzung ihres Gewerberaums. Diese teilte der Gemeinde am 7. April 2011 mit, der Raum sei an einen Verein vermietet und stehe den Vereinsmitgliedern als Sauna und Fitnessraum zur Verfügung. Am 24. Januar 2012 erliess die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen eine Wiederherstellungsverfügung, mit welcher sie A._ aufforderte, sämtliche Teile der Sauna- und Wellnessanlage im Gewerberaum bis zum 1. Juni 2012 vollständig zu entfernen. Am 3. September 2012 hiess die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) die Beschwerde von A._ gegen die Wiederherstellungsverfügung teilweise gut. Sie verpflichtete sie, sämtliche Teile und Apparate der Sauna- und Wellnessanlage im Gewerberaum, mit Ausnahme des WC und des Lavabos, innert dreier Monate ab Rechtskraft der Verfügung vollständig zu entfernen. Im Übrigen wies sie die Beschwerde ab. Am 28. Juni 2013 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerde von A._ gegen die Verfügung der BVE ab, soweit es darauf eintrat. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, das Urteil des Verwaltungsgerichts und die Wiederherstellungsverfügung der Einwohnergemeinde Lauterbrunnen aufzuheben. Ausserdem ersucht sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. C. Mit Verfügung vom 4. Oktober 2013 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu. D. Die BVE verzichtet auf Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht und die Einwohnergemeinde Lauterbrunnen beantragen, die Beschwerde abzuweisen. A._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.