Sachverhalt: A. Am 30. Juni 2011 entsprach die Baubewilligungskommission der Stadt St. Gallen einem Baugesuch der X._ GmbH als Betreiberin des Lokals "Kultur am Gleis" unter Bedingungen und Auflagen. Gleichzeitig wies sie die öffentlich-rechtliche und die privatrechtliche Einsprache von Y._ ab. Auf einen Rekurs von Y._ trat das kantonale Departement des Innern am 10. Oktober 2011 nicht ein. Mit Urteil vom 14. Februar 2012 entschied das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen auf Beschwerde von Y._ hin, das Departement habe mit seinem Nichteintretensentscheid gegen die verfahrensrechtlichen Grundsätze zur Fristwahrung verstossen. Es hob den Entscheid vom 10. Oktober 2011 auf und wies das Departement des Innern an, dem Beschwerdeführer eine angemessene Nachfrist zur Rekursergänzung anzusetzen. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 6. März 2012 beantragte die X._ GmbH, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben. Zudem verlangte sie die unverzügliche Anordnung vorsorglicher Massnahmen. Das Bundesgericht trat auf die Beschwerde mangels rechtsgenüglicher Begründung mit Urteil vom 9. März 2012 (1C_145/2012) nicht ein. C. Da die Rechtsmittelfrist gegen das Urteil vom 14. Februar 2012 noch nicht abgelaufen war, gelangte die X._ GmbH mit Eingabe vom 23. März 2012 wiederum ans Bundesgericht. Mit ihrer neuerlichen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Beschwerdeführerin die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils. Y._ als privater Beschwerdegegner 1 schliesst auf Nichteintreten. Eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) als Beschwerdegegnerin 2 verzichten auf eine Vernehmlassung, ebenso der Stadtrat St. Gallen und das Departement des Innern des Kantons St. Gallen. Das kantonale Verwaltungsgericht beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. In ihrer weiteren Eingabe vom 15. Mai 2012 hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest.