Sachverhalt: A. M._, geboren 1982, hatte bei der Firma W._ AG eine Anlehre als Holzbearbeiter absolviert und war in der Folge arbeitslos. Im Rahmen einer Zwischenverdiensttätigkeit erlitt er am 21. Oktober 2003 beim Einstellen einer Holzbearbeitungsmaschine einen Unfall, bei dem ihm die Fingerkuppen von Zeige-, Mittel- und Ringfinger der linken Hand abgetrennt wurden. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) kam für die Kosten der Heilbehandlung auf, richtete Taggelder aus und gewährte dem Versicherten eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 12,5 %. Einen Anspruch auf eine Invalidenrente lehnte sie mit Verfügung vom 3. Juli 2007 und Einspracheentscheid vom 11. Oktober 2007 ab unter Annahme, dass die Erwerbsunfähigkeit unter der Erheblichkeitsgrenze von 10 % liege. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 12. Januar 2009 ab. C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm eine Invalidenrente bei einem 10 % übersteigenden Invaliditätsgrad zuzusprechen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.