Sachverhalt: A. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Thurgau entzog X._ am 27. September 2007 den Fahrzeugausweis und die Kontrollschilder TG ... für den Personenwagen Rover 623, Stamm-Nr. ... Diese Verfügung wurde damit begründet, dass das Fahrzeug für den Betrieb mit Bioethanol E85 umgebaut worden sei und für das dabei verwendete Zusatzsteuergerät nach einer Fahrzeugprüfung keine Zulassung erteilt werden könne. Es liege kein Nachweis vor, dass die massgebenden Abgas- und Geräuschvorschriften beim Betrieb mit Bioethanol E85 eingehalten würden und das umgerüstete Auto verkehrssicher sei. Gegen diese Verfügung gelangte X._ an die kantonale Rekurskommission für Strassenverkehrssachen, welche seinen Rekurs mit Entscheid vom 17. Dezember 2007 abwies und die Verfügung des Strassenverkehrsamts bestätigte. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 6. März 2008 beantragt X._, der Entscheid der Rekurskommission sei aufzuheben. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das kantonale Strassenverkehrsamt hat sich nicht vernehmen lassen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) stimmt in seiner Stellungnahme dem angefochtenen Entscheid im Ergebnis zu, ohne einen Antrag zum Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens zu stellen.