Sachverhalt: A. X._ ist Eigentümer eines Bauernbetriebs auf der Parzelle Gbbl. Nr. 328 in Maienfeld. Im Norden der Parzelle befinden sich zwei Ökonomiegebäude (Geb. 59A und 59A-B). Im mittleren Bereich der Parzelle steht eine Reithalle (Geb. 59A-C) mit zwei Anbauten, nämlich einer Remise (Geb. 59A-G) und einer Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F). In dieser Führanlage hält X._ 33 Kälber zur Grossviehmast. Das Grundstück Gbbl. Nr. 328 liegt in der Landwirtschaftszone mit überlagerter Pferdeausbildungs- und Pferdepensionszone. In dieser überlagerten Zone sind Bauten und Anlagen zulässig, die der Aufzucht und Ausbildung von Pferden dienen (vgl. Art. 37 des Baugesetzes der Stadt Maienfeld vom 9. November 2010). Im Südosten grenzen die im Eigentum von A._ stehenden und sich heute ebenfalls in der Landwirtschaftszone befindenden Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 an das Grundstück von X._. Die Stadt Maienfeld beabsichtigt eine Gesamtrevision des bisherigen Zonenplans 1997. Während die Parzelle Gbbl. Nr. 328 unverändert in der Landwirtschaftszone mit überlagerter Pferdeausbildungs- und Pferdepensionszone verbleiben soll, ist geplant, die Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 von der Landwirtschaftszone in die Wohnzone 1 umzuzonen und mit einer Quartierplanpflicht zu belegen. Am 30. Juni 2010 nahm X._ im Rahmen der Mitwirkungsauflage, welche vom 31. Mai 2010 bis zum 30. Juni 2010 durchgeführt wurde, zur neuen Ortsplanung Maienfeld (insb. Zonenplan und Genereller Gestaltungsplan) Stellung und wendete ein, die von seinem Kälbermast-Betrieb ausgehenden Geruchsemissionen stünden der Einzonung der Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 in die Wohnzone 1 entgegen. Am 22. Oktober 2010 beurteilte der Schweizerische Bauernverband (SBV) im Auftrag von X._ die Problematik der Geruchsemissionen unter Anwendung der von der (ehemaligen) Eidgenössischen Forschungsanstalt für Agrarwirtschaft und Landtechnik (FAT) herausgegebenen Empfehlungen für Mindestabstände von Tierhaltungsanlagen (FAT-Richtlinie Nr. 476 von 1995). Der SBV folgerte, der Kälbermast-Betrieb in der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) halte den FAT-Mindestabstand zu den Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 nicht ein. Am 3. Oktober 2010 reichte X._ bei der Stadt Maienfeld ein Gesuch um nachträgliche Bewilligung der vorgenommenen Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zur Kälberhaltung ein. Am 9. November 2010 beschloss das Maienfelder Stimmvolk die Gesamtrevision der Ortsplanung in der geplanten Form. Am 20. Dezember 2010 erhob X._ gegen diesen Beschluss Planungsbeschwerde an die Regierung des Kantons Graubünden und beantragte die Nichtgenehmigung der Umzonung der Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 von der Landwirtschaftszone in die Wohnzone 1; die Parzellen seien der Landwirtschaftszone zuzuweisen. Am 6. Juni 2011 nahm das Amt für Natur und Umwelt (ANU) des Kantons Graubünden gegenüber der Regierung zur Planungsbeschwerde Stellung. Das ANU kam zum Schluss, sowohl bei einer Einzelbetrachtung der Ställe als auch bei Berücksichtigung der gegenseitigen Beeinflussung mehrerer Ställe seien die FAT-Mindestabstände im bewilligten Zustand gegenüber den Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 eingehalten. Anders wäre es, wenn die nicht bewilligte Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zur Haltung von 33 Kälbern zur Mast berücksichtigt würde. Am 5. Juli 2011 wies die Regierung die Planungsbeschwerde von X._ ab. Gleichzeitig genehmigte sie die Ortsplanungsrevision unter Bedingungen und Auflagen. Am 8. September 2011 erhob X._ Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit unverändertem Hauptantrag entsprechend seiner Planungsbeschwerde an die Regierung. Des Weiteren beantragte er, das Verfahren sei zu sistieren, bis das beim Verwaltungsgericht bereits hängige Verfahren R 11 38 betreffend die nachträgliche Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zur Kälberhaltung behandelt und die Zulässigkeit der aktuellen Nutzung geklärt sei. Allenfalls seien die Verfahren zu vereinigen, und es sei im vorliegenden Verfahren vorfrageweise die materielle Rechtmässigkeit des aktuellen Betriebszustands zu klären. Die Stadt Maienfeld beantragte die Abweisung der Beschwerde. Sie führte namentlich aus, es sei nachgewiesen, dass die FAT-Mindestabstände - ausser wenn die Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zur Kälberhaltung nachträglich bewilligt würde - der Einzonung der beiden fraglichen Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 nicht entgegenstünden. Auch die Regierung stellte Antrag auf Beschwerdeabweisung. Sie hielt fest, falls die Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zum Kälbermast-Betrieb berücksichtigt werden müsste, würde gegenüber einem grossen Teil des neu eingezonten Landes der FAT-Mindestabstand nicht einhalten, was bedeuten würde, dass die neue Wohnzone in Gutheissung der Beschwerde kaum genehmigt werden könnte. Andernfalls sei die neue Wohnzone "FAT-konform". Mangels erteilter Bewilligung könne die Umnutzung nicht zum legalen Ist-Zustand geschlagen werden. Ebenso wenig könne die Umnutzung nachträglich bewilligt werden, da sie gegenüber der bestehenden Bauzone im Nordwesten des Betriebs die erforderlichen FAT-Abstände nicht einhalte. Die Neueinzonung der Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 sei somit zulässig. Am 29. Juni 2012 führte das Verwaltungsgericht einen Augenschein durch. Mit Urteil vom 3. Juli 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab (Verfahren R 11 80). Gleichentags hiess es im Verfahren R 11 38 die von X._ gegen einen Nichteintretensentscheid der Stadt Maienfeld auf das nachträgliche Baugesuch zur Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zur Kälberhaltung geführte Beschwerde aus formellen Gründen (Rechtsverweigerung) teilweise gut und wies die Stadt Maienfeld unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids an, das Bewilligungsverfahren fortzusetzen. Die Angelegenheit ist zur Zeit noch bei der Stadt Maienfeld hängig. B. Mit Eingabe vom 18. Oktober 2012 führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 3. Juli 2012 (Verfahren R 11 80) sei aufzuheben, und es sei die an der Gemeindeversammlung der Stadt Maienfeld vom 9. November 2010 beschlossene und von der Regierung des Kantons Graubünden am 5. Juli 2011 genehmigte Ortsplanungsrevision insoweit aufzuheben, als die Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 von der Landwirtschaftszone in die Wohnzone 1 umgezont worden seien. Mitaufzuheben seien auch der von den Stimmberechtigten der Stadt Maienfeld am 9. November 2010 beschlossene Zonenplan und der Generelle Gestaltungsplan 1:2'000, soweit dieser die Parzellen Gbbl. Nrn. 329 und 2'444 betreffe. Eventualiter sei die Sache zur erneuten Prüfung und Entscheidung ans Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Subeventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und das Verwaltungsgericht anzuweisen, das Verfahren R 11 80 bis zum rechtskräftigen Entscheid über sein nachträgliches Baugesuch betreffend die Umnutzung der Führanlage für Pferde (Geb. 59A-F) zum Kälbermast-Betrieb zu sistieren. Das Verwaltungsgericht und die Stadt Maienfeld beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Regierung stellt Antrag auf Beschwerdeabweisung. Der Beschwerdeführer hält in einer weiteren Eingabe an seinem Standpunkt und an seinen Anträgen fest.