Genf-Thayngen(-Warszawa), hat sich ergeben: A.- Mit Verfügung des Eidgenössischen Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartements vom 24. Dezember 1992 wurde der Einzelfirma Reisebüro A._, Inhaber B._, mit Wirkung ab 1. Januar 1993 eine bis zum 31. Dezember 1995 befristete Automobilkonzession I (Nr. 490) erteilt für die regelmässige gewerbsmässige Beförderung von Personen mit Motorfahrzeugen auf der Strecke Zürich-Thayngen(-Wroclaw) mit Absetzen bzw. Aufnahme von Reisenden auf dem schweizerischen Teilstück in Zürich. Am 15. April 1996 bewilligte das Bundesamt für Verkehr die Linienführung von Zürich bis Warszawa mit Aufnahme- bzw. Absetzmöglichkeit von Reisenden in Zürich (neu Bewilligung Nr. A 8) sowie am 15. März 1999 die Streckenführung von Genf bis Warszawa (Ausdehnung der Bewilligung Nr. A 8), je gültig bis 31. Dezember 2000. B.- Im Zusammenhang mit einer von der Stadtpolizei Zürich (Gewerbepolizei/ARV-Kontrolle) beabsichtigten Überprüfung der Arbeits- und Ruhezeit berufsmässiger Motorfahrzeugführer erklärte B._ am 15. September 1999, er führe diese Kontrollen nicht selber durch, da das auf der Strecke Genf-Warszawa eingesetzte Fahrzeug der polnischen Stiftung X._, Warschau, vermietet werde. Nach einer ersten Orientierung am 1. Oktober 1999, dass damit die Voraussetzungen für die Bewilligung Nr. A 8 nicht mehr gegeben wären, sowie dem Eingang der angeforderten Fahrzeugausweiskopien stellte das Bundesamt für Verkehr am 3. November 1999 fest, dass von den vier dem Reisebüro zur Verfügung stehenden, als Mietfahrzeuge zugelassenen Wagen nebst einem 14-plätzigen Kleinbus lediglich das an die Stiftung X._ vermietete Fahrzeug auf der fraglichen Strecke einsetzbar war. Am 21. Januar 2000 forderte es das Reisebüro A._ unter Androhung des Bewilligungsentzugs auf, bis zum 18. Februar 2000 von der Vermietung der im Linienverkehr nach Polen eingesetzten Fahrzeuge abzusehen und die Kontrollschilder mit den in Art. 82 Abs. 1 lit. a der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen im Strassenverkehr (VZV; SR 741. 51) beschriebenen Kennzeichen zu versehen. Unter Hinweis darauf, dass wiederholt einschlägige Vorschriften verletzt und Anordnungen der Stadtpolizei Zürich sowie des Bundesamtes für Verkehr nicht eingehalten worden seien, entzog das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation dem Reisebüro A._ am 7. September 2000 die Bewilligung Nr. A 8 für regelmässige gewerbsmässige Beförderungen von Personen im grenzüberschreitenden Linienverkehr auf der Strecke Genf-Thayngen mit sofortiger Wirkung, ohne Entschädigung sowie mit sofortiger Einstellung des Verkehrs. C.- Hiergegen hat B._ am 16. November 2000 beim Bundesrat Beschwerde eingereicht mit den Anträgen, den Widerruf der Bewilligung Nr. A 8 für den grenzüberschreitenden Verkehr auf der Strecke Genf-Thayngen(-Warszawa) aufzuheben und ihm den Weiterbetrieb der Personenbeförderung auf der genannten Linie zu bewilligen. Das Bundesamt für Verkehr schliesst auf Abweisung der Beschwerde. D.- Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement überwies die Eingabe am 28. November 2000 dem Bundesgericht, da entgegen der Rechtsmittelbelehrung im angefochtenen Entscheid die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen stehe. Am 4. Dezember 2000 bestätigte der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung die Eröffnung eines entsprechenden Verfahrens. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2000 wurde festgestellt, dass der Beschwerde in Bezug auf die Gebührenauferlegung gemäss angefochtenem Entscheid von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zukomme; im Übrigen wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.