Sachverhalt: A. A.a X._ nahm 1990 Wohnsitz in Oberlunkhofen, Kanton Aargau. Im Juli 2001 bezog er eine Wohnung in Zürich, wo er sich als Wochenaufenthalter anmeldete. Mit Schreiben an das Gemeindesteueramt Oberlunkhofen vom 23. Dezember 2002 stellte er sich auf den Standpunkt, sein Steuerdomizil befinde sich in Zürich, und beantragte einen Vorentscheid über die Steuerhoheit ab 2001. Nach einem Meinungsaustausch zwischen dem Gemeindesteueramt Oberlunkhofen und dem Kantonalen Steueramt Zürich (Schreiben Gemeindesteueramt Oberlunkhofen vom 9. Januar 2003, Schreiben Kantonales Steueramt Zürich vom 3. März 2003) stellte die Steuerkommission Oberlunkhofen mit Verfügung vom 10. Juni 2003 fest, das Steuerdomizil von X._ befinde sich in Oberlunkhofen. Am 24. Juni 2003 teilte das Steueramt der Stadt Zürich X._ schriftlich mit, aufgrund der Feststellungsverfügung der Gemeinde Oberlunkhofen könne sein Wochenaufenthalterstatus (in Zürich) längstens bis Ende Januar 2006 anerkannt werden. Gegen die Feststellungsverfügung (Steuerdomizilentscheid) der Steuerkommission Oberlunkhofen vom 10. Juni 2003 führte X._ Einsprache und sodann Rekurs. Mit Urteil vom 21. Oktober 2004 hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau den Rekurs gut, hob den Einspracheentscheid vom 7. August 2003 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerkommission Oberlunkhofen zurück. Nach einer telefonischen Befragung, anlässlich welcher X._ angegeben hatte, seiner Einschätzung nach befinde sich sein Lebensmittelpunkt seit 1. Juli 2001 in Zürich, verfügte die Steuerkommission Oberlunkhofen, dass X._ ab 1. Juli 2001 in Oberlunkhofen nicht mehr steuerpflichtig sei (Verfügung vom 7. April 2005). A.b Am 25. Mai 2005 stellte das kantonale Steueramt Zürich X._ die Steuererklärungsformulare für die Jahre 2001, 2002 und 2003 zu. Nachdem er die Steuererklärungen nicht eingereicht hatte, wurde er am 12. Juli 2005 gemahnt. In der Folge verlangte X._ eine Fristerstreckung. Diese wurde ihm mit der Begründung verwehrt, Mahnfristen seien gesetzlich nicht erstreckbar. Am 21. Oktober 2005 wurde er für die Steuerjahre 2001, 2002 und 2003 nach pflichtgemässem Ermessen je mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 50'000.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 0.-- eingeschätzt. Mit Einsprache verlangte X._, es sei ein Feststellungsentscheid über die Steuerhoheit im Kanton Zürich zu erlassen. Er stellt sich auf den Standpunkt, das kantonale Steueramt habe mit der Zuschrift an das Steueramt Oberlunkhofen vom 3. März 2003 (von welcher er eine Kopie erhalten hatte) auf die Steuerhoheit verzichtet und den Steueranspruch für die Steuerjahre 2001 und 2002 verwirkt. Mit Vorentscheid vom 16. Mai 2006, bestätigt auf Einsprache hin am 11. Januar 2007, befand das Kantonale Steueramt Zürich, dass X._ ab der Steuerperiode 2001 im Kanton Zürich steuerpflichtig sei. Den Rekurs von X._ wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich mit Urteil vom 4. Mai 2007 ab, hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Angelegenheit zur Durchführung des Einspracheverfahrens betreffend die Einschätzungen 2001 bis 2003 an das kantonale Steueramt zurück. Sie erwog, die Voraussetzungen für den Erlass eines Vorentscheides über die Steuerpflicht seien nicht erfüllt gewesen; es sei nunmehr das Einspracheverfahren durchzuführen. B. Eine Beschwerde des Steuerpflichtigen gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich vom 4. Mai 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 19. Dezember 2007 ab. C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.