Sachverhalt: A. Der 1954 geborene E._ meldete sich am 2. Juni 2003 unter Hinweis auf eine am 26. November 2001 durchgeführte Herzoperation bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse, insbesondere nach Durchführung einer Abklärung in der beruflichen Abklärungsstelle Y._ (Bericht vom 21. Juli 2004), verneinte die IV-Stelle des Kantons Uri - ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 29% - mit Verfügung vom 25. Oktober 2004 und Einspracheentscheid vom 8. März 2005 einen Rentenanspruch des Versicherten. Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Uri mit Entscheid vom 30. September 2005 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie nach Vornahme weiterer Abklärungen zum psychischen Zustand von E._ über dessen Rentenanspruch neu verfüge. Nach Einholung eines psychiatrischen Gutachtens des Dr. med. A._, Institut für medizinische Begutachtung (IMB), vom 22. Mai 2006 sowie weiterer medizinischer Berichte und Durchführung des Vorbescheidverfahrens wies die IV-Stelle mit Verfügung vom 16. November 2006 das Leistungsbegehren von E._ - ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 32% - erneut ab. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Uri nach Einreichung eines Berichts des Dienstes X._ vom 23. Januar 2007 und der Klinik B._ vom 13. August 2007 durch den Versicherten mit Entscheid vom 14. Dezember 2007 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt E._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei festzustellen, dass bei ihm ein Invaliditätsgrad von mindestens 70%, eventuell mindestens 60%, subeventuell mindestens 50%, subsubeventuell mindestens 40% bestehe, eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. D. Mit Eingabe vom 28. März 2008 lässt E._ ein versicherungspsychiatrisches Gutachten des Dr. med. C._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 20. März 2008 nachreichen, welches der Vorinstanz und der IV-Stelle zur Kenntnisnahme zugestellt wurde.