Sachverhalt: A. A._ und B._ erwarben am 1. Dezember 2000 das Grundstück Kat. Nr. xxx in der Gemeinde U._, Kanton Zürich, als Miteigentümer mit Anteilen von zwei resp. einem Drittel. Am 20. November 2002 begründeten A._ und B._ auf dem Grundstück ein selbständiges und dauerndes, im Grundbuch als Grundstück einzutragendes Baurecht für ein Mehrfamilienhaus und eine Tiefgarage für die Dauer bis 31. Dezember 2062. Am neu begründeten Baurechtsgrundstück übernahmen sie einen Anteil von 330/1000 als Miteigentümer selbst (Eigentümerbaurecht); Anteile von insgesamt 670/1000 gingen an Dritte. Gleichentags begründete die Miteigentümergemeinschaft Stockwerkeigentum am Baurechtsgrundstück. Die Stockwerkeinheiten wurden den einzelnen Miteigentümern nach Massgabe ihrer Quote zugewiesen. A._ und B._ erhielten die Stockwerkeinheit Grundbuchblatt yyy (300/1000 Miteigentum mit Sonderrecht an der Wohnung A4) sowie 3/10 Miteigentum an der Stockwerkeinheit Grundbuchblatt zzz (Unterniveaugarage mit Sonderrecht an 3 Abstellplätzen) zugeteilt. Am 28. April 2003 veräusserten A._ und B._ ihre Stockwerkeinheit sowie zwei Abstellplätze an C._ (insgesamt 320/1000 Miteigentum am Baurechtsgrundstück). B. Mit Veranlagungsentscheid vom 28. Juli 2011 auferlegte die Grundsteuerkommission der Gemeinde U._ A._ und B._ für die Veräusserung vom 28. April 2003, ausgehend von einem steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 451'300.--, eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 254'880.--. Dabei betrachtete sie als letzte massgebende Handänderung die Begründung des Eigentümerbaurechts vom 20. November 2002 und nahm auf der Grundstückgewinnsteuer von Fr. 169'920.-- (Grundtarif) den sog. Spekulationszuschlag infolge unterjähriger Besitzesdauer von 50 % vor. Mit Einspracheentscheid vom 6. Februar 2012 bestätigte die Grundsteuerkommission diese Besteuerung. Einen Rekurs der Steuerpflichtigen wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich am 25. Juli 2012 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, an welches die Steuerpflichtigen in der Folge gelangten, wies deren Beschwerde mit Urteil vom 22. Mai 2013 ebenfalls ab. Umstritten war allein die Berechnung der Besitzesdauer. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen A._ und B._ dem Bundesgericht, es sei die Grundstückgewinnsteuer von Fr. 254'880.-- auf Fr. 169'920.-- herabzusetzen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Grundsteuerkommission der Gemeinde U._, das Kantonale Steueramt Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung liessen sich nicht vernehmen.