Sachverhalt: A. Am 10. Februar 2005 erteilte die Einwohnergemeinde Roggwil X._ eine Baubewilligung für die Sanierung und Erweiterung seines Wohnhauses Unterer Bündtenackerweg 7 in der Wohnzone W2 (Parzelle Nr. 786). B. Mit Eingabe vom 18. April 2006 stellte X._ ein Projektänderungsgesuch und beantragte die Erteilung einer Ausnahmebewilligung für die Umnutzung eines Teils des Kellers in eine Zweizimmerwohnung. Diese sollte durch eine Abgrabung entlang der Westfassade erschlossen und belichtet werden. An ihrer Sitzung vom 19. April 2006 kam die Baukommission Roggwil zum Ergebnis, die Wohnnutzung im Untergeschoss könne nicht bewilligt werden. Es ist nicht mehr feststellbar, ob dieser Beschluss dem Baugesuchsteller mitgeteilt wurde; jedenfalls wurde nie eine Ausnahmebewilligung erteilt. Dennoch liess X._ im Untergeschoss ein Badezimmer einbauen und Arbeitsräume einrichten. C. Seit dem 28. März 2008 besteht an den Wohneinheiten der Liegenschaft Stockwerkeigentum. X._ ist gemäss Grundbuch Eigentümer der Einheiten Nrn. 786-1 (Zweieinhalbzimmerwohnung im Untergeschoss, Keller 4 + 5) und Nr. 786-4 (Loft/Dachwohnung im Dachgeschoss, Keller 3). Am 28. April 2008 reichte X._ ein Baugesuch für die Umnutzung eines Teils des Untergeschosses zum Wohnen und Arbeiten ein und stellte ein entsprechendes Ausnahmegesuch. Seit Mai 2008 bewohnt er die Räumlichkeiten im Untergeschoss. Nachdem der Regierungsstatthalter von Aarwangen (heute: Regierungsstatthalteramt Oberaargau) mit Amtsbericht vom 29. August 2008 zum Schluss gekommen war, die Ausnahmebewilligung könne nicht erteilt werden, verweigerte die Gemeinde Roggwil dem Vorhaben am 21. April 2009 die Bau- und Ausnahmebewilligung. Sie forderte X._ auf, die widerrechtlich vorgenommenen Bauarbeiten im Untergeschoss bis zum 31. Juli 2009 rückgängig zu machen und die betreffenden Räume einer reinen Kellernutzung zuzuführen. D. Hiergegen erhob X._ am 18. Mai 2009 Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Diese forderte ihn auf, neue Pläne für eine allfällige reine Gewerbenutzung der Räumlichkeiten einzureichen. Mit Entscheid vom 4. Januar 2010 hiess die BVE die Beschwerde teilweise gut und änderte die Verfügung der Gemeinde wie folgt ab: "2 a) Für die nachgesuchte Umnutzung von Räumen im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenacker 7 in Wohnräume wird der Bauabschlag erteilt. b) Die Abgrabung auf der Westseite des Gebäudes ist auf eine maximale Breite von 5 m zurückzubauen. Diese maximale Breite gilt für die gesamte Höhe der Abgrabung. c) Die Kücheneinrichtung im Untergeschoss ist vollständig zu entfernen. 3 a) Für die Umnutzung des auf dem Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 als "Gewerbe Raum 1" bezeichneten Raumes im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenacker 7 in einen gewerblichen Arbeitsraum wird gemäss Art. 63 Abs. 2 BauV die Baubewilligung unter der Auflage erteilt, dass die Eingangstüre des Kellers aus einem lichtdurchlässigen Material wie Glas besteht. b) Der gefangene Raum neben dem Badezimmer sowie der im Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 als "Gewerbe Raum 2" bezeichnete Raum, in dem sich bisher die Küche befand, dürfen nicht als gewerbliche Arbeitsräume sondern nur als Kellerräume benutzt werden." Im Übrigen bestätigte sie die Verfügung der Gemeinde und setzte die Wiederherstellungsfrist neu auf vier Monate ab Rechtskraft ihres Entscheids fest. E. Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 2. Februar 2010 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses hiess die Beschwerde am 13. September 2010 teilweise gut und hob Ziff. 2b des Entscheids der BVE (Zurückbau der Abgrabung) auf. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. F. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Gemeinde (Baubewilligungsbehörde) zurückzuweisen. Eventualiter sei die nachgesuchte Ausnahmebewilligung in Abänderung der vorinstanzlichen Entscheide zur Nutzung der Räume im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenackerweg 7 als Wohnräume inkl. Küche zu erteilen. Subeventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts betreffend die Wiederherstellung des auf dem Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 als "Gewerbe Raum 2" sowie als "Gewerbe Raum 3" bezeichneten Raums im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenackerweg 7 aufzuheben und die Baubewilligung für die Nutzung dieser Räume als Arbeitsräume gemäss Art. 63 Abs. 2 der Berner Bauverordnung vom 6. März 1985 (BauV) zu erteilen. G. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die BVE hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Gemeinde Roggwil beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen und der Entscheid der BVE vom 4. Januar 2010 sei zu bestätigen. H. Nach mehrfacher Fristverlängerung reichte der Beschwerdeführer am 30. April 2011 die Stellungnahme des von ihm beauftragten Architekten und dipl. Bauinspektors Roland Sommer ein. Dieser stellte folgende Anträge: "1. Das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. September 2010 sei aufzuheben, soweit es die Beschwerde abgewiesen hat. 2. Der Entscheid der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern vom 4. Januar sei bezüglich Ziff. 2 a-c) sowie bezüglich Ziff. 3b) aufzuheben. 3. Die Wiederherstellungsverfügung sei aufzuheben. 4. Die nachgesuchte Bau- und Ausnahmebewilligung (Nutzungsbewilligung für Wohnraum im Untergeschoss) sei zu erteilen und die notwendigen Ausnahmen seinen, soweit notwendig, zu gewähren (Ausnahme nach BauV Art. 64, Fensterfläche und BauV Art. 66, Fussboden unter dem fertigen Terrain). Alternativantrag: Rückweisung des Geschäfts an die Erstinstanz, die Einwohnergemeinde Roggwil, zur erneuten Beurteilung aufgrund überarbeiteter Pläne und Präzisierungen bezüglich eventuell noch notwendiger Ausnahmen (neue Baueingabe)." I. Mit Verfügung vom 30. November 2010 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.