Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) mit Sitz in Zug hat ein Aktienkapital von Fr. 100'000.--, unterteilt in 100 Namenaktien à je Fr. 1'000.--. Gemäss den bei der Gründung ausgestellten Aktienzertifikaten ist B._ (Kläger, Beschwerdegegner) mit Wohnsitz in V._, Lettland, Eigentümer von insgesamt 98 Namenaktien der A._ AG. Die zwei weiteren Aktienzertifikate lauten je auf den "Verwaltungsrat (Pflichtaktien) ". C._ (Präsident) und B._ (Vizepräsident) sind als Verwaltungsräte der Gesellschaft im Handelsregister eingetragen; bis 23. Juli 2010 war noch ein weiteres Verwaltungsratsmitglied eingetragen. A.b. Im Rahmen einer in Lettland gegen D._ geführten Strafuntersuchung, in der B._ offenbar Mitbeschuldigter war, belegte die lettische Staatsanwaltschaft mit Verfügungen vom 17. und 19. Dezember 2007 53 in Lettland deponierte Aktien der Beklagten mit "Arrest" und betraute Rechtsanwalt C._ mit deren sicheren Verwahrung ("safe custody"). Am 15. Juli 2000 hielt die A._ AG in den Büroräumlichkeiten von Rechtsanwalt C._ in W._ eine ordentliche Generalversammlung ab. Dabei war unter den Teilnehmern streitig, wer wie viele Stimmrechte ausüben konnte: Der Kläger war der Auffassung, er verfüge über 98 Stimmrechte; demgegenüber war Rechtsanwalt C._ als Verwaltungsratspräsident der Gesellschaft der Ansicht, der Kläger könne nur an 45 seiner Aktien Stimmrechte ausüben, während er selber 55 Aktienstimmen vertrete. Mit diesen 55 Stimmen, und gegen die Stimmen des Klägers, wählte die Generalversammlung in der Folge C._ als einzigen Verwaltungsrat; zugleich wurde der Kläger als Verwaltungsrat abgewählt. Nach Auffassung des Klägers wurden hingegen mit 98 gegen 2 Stimmen er selber und Rechtsanwalt C._ sowie neu E._ als Verwaltungsräte der Beklagten gewählt. B. B.a. Noch am gleichen Tag erhob der Kläger beim Handelsregisteramt des Kantons Zug schriftlichen Einspruch gegen seine Abwahl als Verwaltungsrat. Das Kantonsgericht Zug ordnete in der Folge die Aufrechterhaltung der Registersperre bis zu einem rechtskräftigen Entscheid über die Nichtigkeit bzw. die Anfechtung der Beschlüsse der Generalversammlung der Beklagten vom 15. Juli 2010 an. B.b. Mit Eingabe vom 6. Dezember 2010 reichte B._ beim Kantonsgericht Zug Klage gegen die A._ AG ein und beantragte die Nichtigerklärung bzw. eventualiter die Aufhebung der erwähnten Generalversammlungsbeschlüsse vom 15. Juli 2010 betreffend die Wahl von C._ als einziger Verwaltungsrat und die Abwahl des Klägers (Antrags-Ziffern 1 und 2). Ausserdem sei festzustellen, dass an der Generalversammlung vom 15. Juli 2010 E._, B._ und C._ gewählt wurden (Antrags-Ziffer 3). Mit Urteil vom 13. September 2012 hob das Kantonsgericht Zug die Beschlüsse der Generalversammlung der Beklagten vom 15. Juli 2010 betreffend die Wahl von C._ als einziger Verwaltungsrat und die Abwahl des Klägers als Verwaltungsrat in der Version von C._ auf. Auf Antrags-Ziffer 3 der Klage trat es nicht ein. B.c. Die Beklagte erhob gegen den kantonsgerichtlichen Entscheid vom 13. September 2012 Berufung und beantragte dem Obergericht des Kantons Zug, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben. Eventualiter - im Falle der Aufhebung des Generalversammlungsbeschlusses - sei festzustellen, dass E._ nicht in den Verwaltungsrat gewählt wurde; subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Urteil vom 3. Dezember 2013 wies das Obergericht des Kantons Zug die Berufung der Beklagten ab, soweit es darauf eintrat, und bestätigte das kantonsgerichtliche Urteil vom 13. September 2012. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 3. Dezember 2013 aufzuheben und die Klage sei abzuweisen. Eventualiter - im Falle der Aufhebung des Generalversammlungsbeschlusses - sei festzustellen, dass E._ nicht in den Verwaltungsrat gewählt wurde; subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde. D. Mit Verfügung vom 21. Februar 2014 stellte das Bundesgericht fest, dass der Beschwerde im Umfang der gestellten Begehren von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zukommt.