Werkvertrag; Vereinbarung, hat sich ergeben: A.- Am 20. März 1992 unterzeichneten Willi Kaufmann für die Kaufmann & Co. (Beklagte) als Unternehmer und Freddy Schwegler, damals einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsrat der G. Schwegler AG (heute G. Schwegler AG in Konkurs, nachfolgend Klägerin), einen Werkvertrag über Baumeisterarbeiten in der Überbauung Bauholz in Wittenbach. Mit Vereinbarung vom 10. Juli 1992 verpflichtete sich die Beklagte sodann, einen Teilbetrag ihres Werklohnes stehen zu lassen. Dieser Stehbetrag von Fr. 400'000.-- gelte als Rückhaltegeld zur Auslösung von einschlägigen Arbeitsleistungen der Klägerin gegenüber der Beklagten, deren Beteiligungsfirmen oder befreundeten Unternehmen und könne in Teilbeträgen oder gesamt jederzeit abgegolten werden. Die Stehbetragssumme sollte mit den erteilten Gegengeschäften um den jeweiligen Betrag verringert werden. In der Folge schlossen die Beklagte selbst oder andere, mit ihr verbundene Unternehmen verschiedene Gegengeschäfte mit der Klägerin, wobei der jeweilige Werklohn vom Guthaben von ursprünglich Fr. 400'000.-- in Abzug gebracht wurde. Am 12. Juli 1995 wurde der Klägerin vom Bezirksgericht Unterrheintal die Nachlassstundung bewilligt. Gestützt auf eine Auftragsbestätigung vom 15. September 1995 lieferte sie der Beklagten in der Zeit zwischen September und November 1995 Fenster und stellte hierfür am 27. November 1995 einen Betrag von insgesamt Fr. 46'327.-- in Rechnung. Am 5. Februar 1996 fiel die Klägerin schliesslich in Konkurs. B.-Am 9. Oktober 1998 belangte die Klägerin die Beklagte beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen auf Bezahlung von Fr. 46'327.-- nebst Zins. Das Handelsgericht wies die Klage am 19. Januar 2000 ab. Auf Berufung der Klägerin erkannte das Bundesgericht, Freddy Schwegler als handelndes Organ der Klägerin habe diese nur gültig vertreten können, sofern kein für die Beklagte erkennbarer Interessenkonflikt zwischen ihm und der Klägerin bestand. Ein Interessenkonflikt sei indes ausgeschlossen, wenn das handelnde Organ Alleinaktionär gewesen sei, mithin das abgeschlossene Geschäft den Interessen allfälliger Minderheitsaktionäre nicht zuwiderlaufe. Da das angefochtene Urteil keine tatsächlichen Feststellungen zur Zusammensetzung des Aktionariats enthielt, wies das Bundesgericht die Sache zur weiteren Abklärung an das Handelsgericht zurück, welches die Klage mit Entscheid vom 29. September 2000 erneut abwies. C.- Mit Berufung an das Bundesgericht beantragt die Klägerin, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Beklagte zu verpflichten, den Betrag von Fr. 46'327.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung; eventuell beantragt sie die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht zu neuer Entscheidung.