Sachverhalt: A. Im Anschluss an eine Kontrolle bezüglich des 4. Quartals 1995 bis zum 2. Quartal 2000 verlangte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) mit Ergänzungsabrechnung vom 14. September 2000 von der Genossenschaft X._ eine Nachzahlung auf die Mehrwertsteuer von Fr. 805'964.-- für die Zeit vom 4. Quartal 1995 bis zum 4. Quartal 1998. Ausserdem forderte sie auf diesem Betrag einen Verzugszins von 5 % ab dem sog. mittleren Verfalldatum, das sie auf den 5. Dezember 1997 festsetzte. Ihren Entscheid bestätigte sie mit Verfügung vom 13. März 2001. Die von der Genossenschaft X._ bis vor das Bundesverwaltungsgericht erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos (Einspracheentscheid der ESTV vom 16. Dezember 2004 und Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 16. November 2007). Darauf wandte sie sich am 4. Januar 2008 an das Bundesgericht. Dieses hiess ihre Beschwerde nur betreffend die Verzugszinsen gut; es wies die Sache zur Neufestsetzung des mittleren Verfalldatums an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil 2C_11/2008 vom 16. Mai 2008). B. Die Eidgenössische Steuerverwaltung setzte hierauf am 27. Oktober 2008 das Datum für den Beginn des Verzugszinsenlaufs neu auf den 15. Mai 1998 fest. Dagegen erhob die Genossenschaft X._ Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte dort, die Mehrwertsteuerforderung um Gutschriften von Fr. 22'227.60 und Fr. 2'265.-- zu reduzieren und den Verzugszins sowie das mittlere Verfalldatum auf dem dadurch verbleibenden Betrag von Fr. 781'471.-- neu zu erheben. Das Bundesverwaltungsgericht hiess die Beschwerde mit Urteil vom 6. Februar 2010 teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es wies die Sache zur "Neuberechnung der Verzugszinse" im Sinne seiner Erwägungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Dabei folgte es nicht der Argumentation der Genossenschaft X._. Vielmehr erkannte es von Amtes wegen, dass es die Eidgenössische Steuerverwaltung unterlassen habe, einen Teilbetrag der Steuernachforderung in Höhe von Fr. 10'737.--, der vor Bundesgericht nicht mehr streitig war, bei der Ermittlung des mittleren Verfalldatums mitzuberücksichtigen. C. Mit Beschwerde vom 15. März 2010 beantragt die Genossenschaft X._ dem Bundesgericht, "die Steuerforderung von Fr. 805'964.-- plus Verzugszinsen auf diesem Betrag [...] vollumfänglich aufzuheben, da die Festsetzungsverjährung nach Art. 42 MWSTG eingetreten" sei. Eventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. Februar 2010 aufzuheben und die Sache "zur Neuberechnung der Verzugszinsen im Sinne der Erwägungen" an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückzuweisen. Diese stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit ergänzender Eingabe vom 21. Juni 2010 hält die Genossenschaft X._ an ihren Anträgen fest. D. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde mit Verfügung vom 30. April 2010 antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.