Sachverhalt: A. Der Verwaltungsrat der X._ AG beabsichtigte im Jahr 1999, das Unternehmen, welches bis zu diesem Zeitpunkt stets Verluste geschrieben hatte, an die Börse zu bringen. Das wichtigste Produkt der X._ AG war die Software "Z._". Im Hinblick auf den Börsengang beauftragte der Verwaltungsrat, welchem unter anderen C._ (Beklagter 1), D._ (Beklagter 2), E._ (Beklagter 3) und F._ (Beklagter 4) angehörten, die Bank Y._ mit der Begleitung des Börsenganges als Lead Bank. Weitere Aufträge wurden an diverse Rechtsberater, Wirtschaftsprüfer und an eine PR-Agentur erteilt. Der Emissionsprospekt für den Börsengang datiert vom 24. November 1999. Darin wurde unter anderem der Ausgabepreis auf Fr. 240.-- pro Aktie festgesetzt. Am 25. November 1999 war der erste Handelstag der Aktien der X._ AG an der Börse. Bereits an diesem ersten Tag stieg der Aktienkurs von Fr. 240.-- um 65 % auf Fr. 390.--. Am 3. Dezember 1999 erwarb A._ (Kläger 1) 50 Aktien der X._ AG zum Kurs von Fr. 399.--. Der Kaufpreis betrug demzufolge inkl. Kommissionen und Abgaben total Fr. 20'076.75. Am 10. und 21. Februar 2000 kaufte B._ (Kläger 2) je 20 Aktien der zum Preis von Fr. 905.-- bzw. Fr. 775.-- pro Titel. Der entrichtete Kaufpreis betrug inkl. Kommissionen und Abgaben total Fr. 33'763.15. B. Nach dem Börsengang stieg der Kurs der Aktienkurs zunächst steil an. Einen Höchststand erreichte der Kurs am 8. Februar 2000 mit Fr. 1'100.-- pro Aktie. Die Höchstmarke von Fr. 1'100.-- wurde nochmals am 2. März 2000 erreicht. Im Frühling/Sommer 2000 geriet die X._ AG in einen Liquiditätsengpass. Der Versuch, in genügendem Ausmass Neukunden zu überzeugen, misslang. Am 26. Oktober 2000 musste der Geschäftsbetrieb eingestellt und am 6. November 2000 die Nachlassstundung beantragt werden. Die Software "Z._" wurde am 15. November 2000 an die neu gegründete new X._ AG verkauft. Auch die new X._ AG musste ihren Geschäftsbetrieb im April 2001 einstellen. Der Kläger 2 verkaufte seine Aktien am 10. Mai 2000 zum Preis von Fr. 413.--. Daraus resultierte ein Erlös von Fr. 16'439.80. Ausgehend von einem Kaufpreis von Fr. 33'763.15 erlitt der Kläger 2 einen Verlust von Fr. 17'323.35. Der Kläger 1 verkaufte seine Titel zum Preis von Fr. 9.01 und löste dabei insgesamt noch Fr. 427.50. Unter Berücksichtigung des Kaufpreises von Fr. 20'076.75 erlitt er einen Verlust von Fr. 19'649.25. C. Am 13. Dezember 2004 gelangten die Kläger ans Handelsgericht des Kantons Bern und beantragten, die Beklagten 1 bis 4 sowie die Bank Y._ seien unter solidarischer Haftung zu verpflichten, dem Kläger 1 den Betrag von Fr. 19'649.25 sowie dem Kläger 2 den Betrag von Fr. 17'323.35, je zuzüglich Zins von 5% seit 18. Oktober 2004, zu bezahlen. Im Verlauf des Verfahrens vor dem Handelsgericht trafen die Kläger 1 und 2 mit der Bank Y._ einen Vergleich. Mit Urteil vom 15. November 2005 wies das Handelsgericht des Kantons Bern die Klage gegen die verbleibenden Beklagten 1 bis 4 ab. D. Mit Berufung vom 10. April 2006 beantragen die Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 15. November 2005 aufzuheben und die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen. D.a Die Beklagten beantragen die Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht des Kantons Bern verzichtet auf eine Vernehmlassung. E. Mit Urteil vom heutigen Tag wies das Bundesgericht eine gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde ab.