Sachverhalt: A. Das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt führt eine Voruntersuchung gegen X._ insbesondere wegen mehrfacher Gefährdung durch Sprengstoffe in verbrecherischer Absicht. Es wirft ihm namentlich vor, am 1. August 2007 auf dem Rütli wenige Minuten nach Abschluss der Bundesfeier einen Sprengkörper zur Explosion gebracht zu haben. Am 29. Januar 2008 nahm die Bundeskriminalpolizei X._ fest. Mit Entscheid vom 1. Februar 2008 ordnete der Leitende Eidgenössische Untersuchungsrichter die Untersuchungshaft an. B. Am 19. Februar 2008 ersuchte X._ um Haftentlassung. Mit Entscheid vom 7. März 2008 wies der Eidgenössische Untersuchungsrichter das Gesuch ab. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesstrafgericht (I. Beschwerdekammer) am 16. April 2008 ab. Ein weiteres Haftentlassungsgesuch wies der Eidgenössische Untersuchungsrichter am 24. Juni 2008 ab. C. Am 28. August 2008 ersuchte X._ erneut um Haftentlassung. Mit Entscheid vom 12./15. September 2008 wies der Eidgenössische Untersuchungsrichter das Haftentlassungsgesuch ab. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesstrafgericht (I. Beschwerdekammer) am 31. Oktober 2008 teilweise gut. Es verfügte die Entlassung von X._ aus der Untersuchungshaft unter Anordnung folgender Ersatzmassnahmen: Einer Sicherheitsleistung von Fr. 10'000.-- durch die Eltern, einer Passsperre und einer Meldepflicht. D. Am 3. November 2008 erhob die Bundesanwaltschaft Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, dieser sei aufschiebende Wirkung zu gewähren und X._ in Haft zu belassen; der Entscheid des Bundesstrafgerichts sei in Bezug auf Ziffer 1 (Haftentlassung) und Ziffer 2 (Ersatzmassnahmen) aufzuheben, das Haftentlassungsgesuch vom 28. August 2008 abzuweisen und die Untersuchungshaft zu bestätigen. Die Bundesanwaltschaft wies darauf hin, sie behalte sich vor, bis zum Ablauf der Beschwerdefrist (am 3. Dezember 2008) eine ergänzende Beschwerdebegründung einzureichen. E. Der Leitende Eidgenössische Untersuchungsrichter verzichtete auf eine Vernehmlassung. Gegen die Gewährung der aufschiebenden Wirkung erhob er keine Einwände. X._ liess sich vernehmen mit dem Antrag, der Beschwerde sei grundsätzlich keine aufschiebene Wirkung zu erteilen; eventualiter sei davon Kenntnis zu nehmen, dass er einverstanden wäre, eventualiter unter Auferlegung von richterlich zu bestimmenden Ersatzmassnahmen nach richterlich zu bestimmender Frist, aber spätestens am 30. November 2008, aus der Untersuchungshaft entlassen zu werden. In der Sache beantragt er, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei; der Entscheid des Bundesstrafgerichts sei grundsätzlich zu bestätigen und X._ unter Anordnung der im angefochtenen Entscheid verfügten Ersatzmassnahmen aus der Untersuchungshaft zu entlassen; die Regelung des Bundesstrafgerichts hinsichtlich der Verfahrenskosten und Entschädigungen sei zu bestätigen; eventualiter sei X._ unter Auferlegung von richterlich zu bestimmenden Ersatzmassnahmen nach richterlich zu bestimmender Frist, aber spätestens am 30. November 2008, aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Das Bundesstrafgericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet. F. Mit Verfügung vom 18. November 2008 erteilte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung. Überdies lud er die Bundesanwaltschaft ein, dem Bundesgericht umgehend mitzuteilen, ob sie beabsichtige, eine ergänzende Beschwerdebegründung einzureichen. G. Mit Schreiben vom 20. November 2008 teilte die Bundesanwaltschaft dem Bundesgericht mit, dass sie auf eine ergänzende Beschwerdebegründung verzichte.