Sachverhalt: A. Am 1. Mai 2005 verliess die seit dem 21. Mai 1993 mit Y.Z._ verheiratete X.Z._ den gemeinsamen Haushalt. Am 15. Juli 2005 fand eine Eheschutzverhandlung statt, in welcher vorsorgliche Massnahmen erlassen wurden. Am 26. April 2007 reichten die Eheleute Z._ ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein und am 15. Juni 2007 eine von beiden Ehegatten unterzeichnete Scheidungskonvention. An der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2007 wurde den Eheleuten die Genehmigung der Konvention in Aussicht gestellt und Frist angesetzt, sie zu bestätigen. Am 2. Oktober 2007 teilte X.Z._ dem Bezirksgericht mit, dass sie am gemeinsamen Scheidungsbegehren festhalte, hingegen die Scheidungskonvention widerrufe. B. Am 16. Juli 2008 reichte X.Z._ gegen Y.Z._ eine Strafanzeige ein wegen "Betrugs, Körperverletzung etc.", in welcher sie ihn beschuldigte, sie während der Ehe wiederholt geschlagen und verletzt sowie im Eheschutzverfahren eine Steuererklärung mit unwahren Angaben über sein Einkommen vorgelegt zu haben. Staatsanwalt Carlo Blatter von der Staatsanwaltschaft See/Oberland sistierte die aufgrund dieser Strafanzeige eingeleitete Strafuntersuchung am 12. November 2008 mit der Begründung, um Doppelspurigkeiten bei der Sachverhaltsabklärung zu vermeiden, sei zunächst das hängige Revisionsverfahren bzw. die rechtskräftige Erledigung des Scheidungsverfahrens abzuwarten. X.Z._ rekurrierte gegen die Sistierung mit den Anträgen, sie aufzuheben, die Strafuntersuchung wieder aufzunehmen und die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen. Eventuell sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Einstellungsverfügung zu erlassen. Mit Verfügung vom 12. Juni 2009 hiess die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich den Rekurs, soweit sie darauf eintrat, teilweise gut. Sie hob die Sistierung hinsichtlich der Delikte gegen Leib und Leben auf und wies die Staatsanwaltschaft See/Oberland an, das Verfahren insoweit weiterzuführen (Dispositiv-Ziff. 1). Das Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Blatter wies sie ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sie auferlegte die Kosten des Rekursverfahrens von 600 Franken zu 2/3 und diejenigen des Ausstandsverfahren von 600 Franken vollumfänglich X.Z._ (Dispositiv-Ziff. 3). Für das Rekursverfahren sprach sie X.Z._ eine Parteientschädi-gung von 400 Franken zu. Für die Beurteilung des Gesuchs, Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin von X.Z._ einzusetzen, erklärte sich die Oberstaatsanwaltschaft als unzuständig und überwies es an die zuständige Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil. X.Z._ erhob gegen diese Verfügung der Oberstaatsanwaltschaft sowohl Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich als auch Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Gegen den Rekursentscheid der Direktion der Justiz und des Innern (Verfahren 1B_294/2009) und den Entscheid der Bezirksgerichtspräsidentin (Verfahren 1B_314/2009) sind beim Bundesgericht ebenfalls Beschwerden von X.Z._ hängig. C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X.Z._, Dispositiv-Ziff. 1 der oberstaatsanwaltschaftlichen Verfügung dahingehend zu ergänzen, dass der Rekurs vollumfänglich gutgeheissen, die Sistierung aufgehoben und die besondere Staatsanwaltschaft IV angewiesen werde, das Verfahren auch hinsichtlich der Vermögensdelikte weiterzuführen. Dispositiv-Ziff. 3 sei aufzuheben, und sämtliche Kosten des Rekurs- und des Ausstandsverfahren sowie sämtliche bei den Vorinstanzen angefallene Kosten seien auf die Staatskasse zu nehmen, soweit sie nicht dem Angeschuldigten aufzuerlegen seien. Dispositiv-Ziff. 4 sei zu ergänzen, und der Geschädigten sei eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen, welche direkt an Rechtsanwältin Haubold auszurichten sei. Die Vorinstanzen seien anzuweisen, diese im Rekurs- wie im Strafverfahren als unentgeltliche Geschädigtenvertreterin zu bestellen. Soweit deren Kosten für die Interessenwahrung durch die Entschädigung gemäss Dispositiv-Ziff. 3 der angefochtenen Verfügung nicht gedeckt würden, sei die Vorinstanz zu verpflichten, Rechtsanwältin Haubold aus der Staatskasse zu entschädigen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht X.Z._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung, wobei Rechtsanwältin Haubold eine Entschädigung von 3'000 Franken zuzusprechen sei. D. Die Oberstaatsanwaltschaft hält in ihrer Stellungnahme am angefochtenen Entscheid fest. Mit ihrer Replik reichte X.Z._ (u.a.) Bankauszüge von Y.Z._ ein und beantragt, superprovisorisch verschiedene seiner Bankkonti zu sperren.