Sachverhalt: A. Am 22. Mai 2008 erklärte das Bundesamt für Migration die erleichterte Einbürgerung von X._ für nichtig. Mit Schreiben vom 9. Juni 2008 (Postaufgabe: 23. Juni 2008) erhob X._ gegen diesen Entscheid Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Mit Verfügung vom 17. Juli 2008 forderte ihn das Bundesverwaltungsgericht zur Leistung eines Kostenvorschusses bis zum 18. August 2008 auf und drohte mit Nichteintreten unter Kostenfolge. Das Schreiben wurde indessen am 29. Juli 2008 von der Post mit dem Vermerk "nicht abgeholt" retourniert. Mit Urteil vom 29. August 2008 trat das Bundesverwaltungsgericht deshalb auf die Beschwerde nicht ein. Mit Eingabe vom 4. September 2008 ersuchte X._ das Bundesverwaltungsgericht um Wiederherstellung der versäumten Frist zur Bezahlung des Kostenvorschusses. Er machte hauptsächlich geltend, der Gesundheitszustand seiner im Kosovo lebenden Mutter habe sich überraschend verschlechtert und er habe ihr beistehen müssen. Aus diesem Grund sei er samt seiner Familie am 15. Juli 2008 in den Kosovo gereist und erst am 17. August 2008 wieder in die Schweiz zurückgekehrt. Das Bundesverwaltungsgericht entschied mit Urteil vom 12. September 2008, X._ habe die Frist aus eigener Nachlässigkeit versäumt und lehnte das Wiederherstellungsgesuch ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. Oktober 2008 beantragt X._ im Wesentlichen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 12. September 2008 sei aufzuheben, das Wiederherstellungsgesuch sei gutzuheissen und die Vorinstanz sei anzuweisen, ihm eine neue, angemessene Frist zur Leistung des Kostenvorschusses anzusetzen. Das Bundesamt für Migration beantragt in seiner Vernehmlassung vom 29. Oktober 2008 die Abweisung der Beschwerde. Mit Vernehmlassung vom 24. November 2008 schliesst das Bundesverwaltungsgericht auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.