Sachverhalt: A. Die 1950 geborene G._, gelernte Verkäuferin und Mutter von drei Kindern (Jahrgang 1973, 1975 und 1980), war seit ihrer Heirat 1972 nicht mehr erwerbstätig. Ab Ende 1993 erzielte sie einen Verdienst mit dem Verkauf selbst hergestellter Puppen, bis sie am 9. September 1995 einen Verkehrsunfall erlitt. Neben Hilfsmitteln und einer Hilflosenentschädigung für leichte Hilfslosigkeit wurde ihr ab 1. September 1998 eine ganze Rente der Invalidenversicherung ausgerichtet (Verfügung vom 24. September 1998), was revisionsweise mit Verfügung vom 8. Dezember 2000 bestätigt wurde. Gegen die von der IV-Stelle Bern im Rahmen einer weiteren Rentenrevision angeordnete MEDAS-Begutachtung durch die ZVMB GmbH, erhob G._ den Einwand der Befangenheit des neuropsychologischen Teilgutachters Dr. phil. S._, weil dieser sie bereits im Auftrag des für den Verkehrsunfall zuständigen Motorfahrzeughaftpflichtversicherers untersucht habe, worauf die IV-Stelle die Teilbegutachtung durch lic. phil. D._ durchführen liess. Gestützt auf das am 6. November 2006 erstattete Gutachten des ZVMB, das als Diagnosen epileptische Gelegenheitsanfälle, die nicht von psychogenen Anfällen unterschieden werden könnten, und Spannungskopfschmerzen aufführte und eine volle Arbeitsfähigkeit attestierte, wurde nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens die Rente mit Verfügung vom 24. Januar 2007 und die Hilflosenentschädigung mit Verfügung vom 25. Januar 2007 aufgehoben. Beide Verfügungen erwuchsen unangefochten in Rechtskraft. Nach einem Gesuch um Arbeitsvermittlung vom März 2007 erfolgte vom 3. bis 28. September 2007 eine berufliche Abklärung in der BEFAS (Bericht vom 15. Oktober 2007), welche zum Schluss kam, zur Zeit sei die Eingliederungsfähigkeit von G._ nicht gegeben, worauf die Berufsberatung der IV-Stelle den Fall abschloss und mit Vorbescheid vom 6. November 2007 die Ablehnung beruflicher Eingliederungsmassnahmen in Aussicht gestellt wurde. Darauf stellte G._ am 14. November 2007 einen Antrag auf Wiedererwägung der rentenaufhebenden Verfügung vom 24. Januar 2007. Die IV-Stelle trat darauf nicht ein, wertete die Eingabe aber als Neuanmeldung. In der Folge reichte G._ Berichte des Hausarztes Dr. med. B._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH vom 9. Januar 2008 und der Frau Dr. med. W._, Spezialärztin für Neurologie FMH vom 18. Januar 2008 ein. In der Folge schlug der RAD mit Stellungnahme vom 28. Mai 2008 die Einholung eines Verlaufsberichts bei Dr. K._ vor. Schliesslich holte die IV-Stelle weitere Berichte des Dr. med. B._ vom 8. September 2008 sowie der Frau Dr. med. W._ vom 10. September 2008 ein. Gestützt darauf kam der RAD am 2. Oktober 2008 zum Schluss, die Einschätzung des Hausarztes und der behandelnden Neurologin bezüglich der Einschränkung der Arbeitsfähigkeit durch das Anfallsleiden stünden im Gegensatz zu denen der Gutachter der MEDAS. Zudem lägen neue Diagnosen vor, deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit auf Grund der vorliegenden Unterlagen nicht geklärt sei, weshalb ein Interdisziplinäres Verlaufsgutachten bei der MEDAS einzuholen sei, was die IV-Stelle veranlasste und G._ am 8. Oktober 2008 mitteilte. Auf deren Einwand vom 14. Oktober 2008, die ZVMB GmbH sei wegen ihrer Vorbefassung als Gutachterstelle ungeeignet, zumal auch gegen die Dres. med. R._ und S._ je ein Ablehnungsgrund vorliege, stellte sich die IV-Stelle mit Schreiben vom 22. Januar 2009 auf den Standpunkt, Befangenheit liege nicht vor und über die geltend gemachten - materiellen - Ablehnungsgründe könne nicht mit Verfügung befunden werden. B. Mit Eingabe an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern vom 6. Februar 2009 liess G._ beantragen, die IV-Stelle sei anzuweisen, eine beschwerdefähige Verfügung betreffend der geltend gemachten Ablehnungsgründe zu erlassen. Das Verwaltungsgericht nahm die Eingabe als Beschwerde entgegen und wies diese mit Einzelrichterentscheid vom 2. März 2009 ab, soweit es darauf eintrat. C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass gegen die MEDAS Bern ein Ablehnungsgrund vorliege. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung.