Sachverhalt: A. Am 20./23. Januar 1986 schlossen die Y._ AG und die Z._ AG (die Klägerinnen) mit der X._ AG (die Beklagte) einen - der SIA-Norm 118 unterstehenden - Werkvertrag ab. Darin verpflichtete sich die Beklagte, das Dach einer Industriehalle mit "Vatec Pur" zu beschichten. Der Werklohn wurde auf Fr. 108'000.-- netto festgesetzt. Bei der Halle handelt es sich um eine Stahlkonstruktion mit einem Dach aus 17 ganzen bzw. 34 halben Shed-Rinnen. Der wasserdichte Belag wurde unter Hochdruck vollflächig haftend auf die Blechrinnen aufgespritzt. Die Arbeiten wurden im Herbst 1986 abgeschlossen. Im Mai 1987 teilten die Klägerinnen der Beklagten mit, dass sich die Beschichtung teilweise auflöse und "abbrösle", worauf die Beklagte 1987 und 1988 Nachbesserungsarbeiten ausführte. Die ursprünglich mit "Vatec Pur" beschichteten Shed-Rinnen wurden mit "Nuflex", einer feuchtigkeitshärtenden PU-Beschichtung, ausgebessert. Im Schlussbericht der EMPA vom 25. Januar 1990 wurde nach Durchführung einer künstlichen Bewitterung festgehalten, die "Vatec Pur"-Beschichtung sei gegen Witterungseinflüsse beständig, wogegen die "Nuflex"-Reparaturbeschichtung nur beschränkt witterungsbeständig sei. Mit einer ersten Klage vom 4. Juli 1990 verlangten die Klägerinnen, die Beklagte habe alle Shedrinnen mit mehr als 5% reparierter Originalbeschichtung neu mit "Vatec Pur" zu beschichten; eventualiter sei die Beklagte zu verpflichten, den Minderwert der Werkhalle, mindestens aber Fr. 100'000.-- zu bezahlen. Mit Urteil vom 12. Februar 1993 wies das Bezirksgericht St. Gallen das Nachbesserungsbegehren wegen unverhältnismässig hoher Kosten ab, verpflichtete die Beklagte jedoch, als Minderwert der Werkhalle Fr. 120'000.-- zu bezahlen. Eine dagegen erhobene Berufung der Beklagten wies das Kantonsgericht St. Gallen mit Urteil vom 24. Februar 1994 ab. B. Mit Schreiben vom 20. Juni 1996 rügten die Klägerinnen erneut Mängel an der von der Beklagten angebrachten Beschichtung. Sie führten aus, die Flicke blätterten in grossem Umfang ab, die Beschichtung "zerbrösele" und es bildeten sich eingeschlossene Wasserstaus unter der Beschichtung. Ferner zeigten sich bei den eingelagerten Gegenständen in der Halle Feuchtigkeitserscheinungen. Mit Schreiben vom 15. Dezember 1997 forderten die Klägerinnen die Beklagte auf, "den untauglichen Belag zu entfernen und das Dach fachgerecht neu zu beschichten". Dies wurde von der Beklagten mit Schreiben vom 15. Januar 1998 abgelehnt. Mit Klage vom 4. Februar 1998 beantragten die Klägerinnen im Wesentlichen, sie seien zu ermächtigen, die Sanierung des Daches bei einem Dritten in Auftrag zu geben. Für die zu erwartenden Kosten sei die Beklagte zu verpflichten, einen Vorschuss von Fr. 364'500.-- zu bezahlen. Mit Entscheid vom 18. Mai 2001 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, den Klägerinnen für die Sanierungsarbeiten an der Werkhalle einen Kostenvorschuss von Fr. 180'000.-- zu leisten. Dieser sei zurückzuerstatten, wenn und soweit die Arbeiten nicht innerhalb von drei Jahren ab Leistung des Kostenvorschusses ausgeführt und abgerechnet worden seien. Im Übrigen wurde die Klage abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. C. Mit Berufung vom 15. August 2001 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Die Klägerinnen beantragen die Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. Eine gegen den Entscheid des Handelsgerichts gerichtete Nichtigkeitsbeschwerde wurde vom Kassationsgericht des Kantons St. Gallen mit Urteil vom 18. Dezember 2001 abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.