Sachverhalt: A. Die A._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) firmierte seit dem 9. Dezember 2009 unter "B._-Media AG " und führt ihre aktuelle Firma seit dem 16. Dezember 2013. Die B._ Verlag AG (Klägerin und Beschwerdegegnerin) führt ihre Firma seit ihrer Gründung im Jahre 1997. B. Am 18. September 2013 gelangte die Klägerin an das Handelsgericht des Kantons Aargau mit dem Begehren, es sei der Beklagten und ihren verantwortlichen Organen unter Androhung nach Art. 292 StGB per sofort zu verbieten, die Firma B._-Media AG zu führen. Nachdem die Klägerin den Kostenvorschuss geleistet hatte, setzte der Instruktionsrichter der Beklagten am 27. September 2013 Frist für die Klageantwort. Diese Frist wurde auf Begehren der Beklagten mehrmals verlängert. Nachdem die Klägerin dem Handelsgericht am 30. Dezember 2013 mitgeteilt hatte, dass sich die Beklagte umfirmiert habe und um Abschreibung des Verfahrens wegen Klageanerkennung mit entsprechenden Kostenfolgen ersuchte, beschränkte der Instruktionsrichter die Klageantwort auf die Frage der Rechtsfolgen der Umfirmierung und gewährte mit Verfügung vom 6. Januar 2014 der Beklagten eine weitere Fristerstreckung für die Antwort. Mit Eingabe vom 3. Januar 2014, der schweizerischen Post am 13. Januar 2014 übergeben, erstattete die Beklagte eine vollumfängliche Klageantwort. Der Instruktionsrichter setzte der Beklagten mit Verfügung vom 22. Januar 2014 eine nicht erstreckbare Frist zur Behebung der Mängel der Klageantwort. Mit verbesserter Klageantwort vom 31. Januar 2014 (Postaufgabe 3. Februar 2014) beantragte die Beklagte, die Klage sei abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten sei, eventualiter habe das Gericht den Parteien eine Mediation zu empfehlen. Die Klägerin verzichtete in der Folge auf die Einreichung einer freiwilligen Replik, während die Beklagte mit unaufgeforderter Eingabe vom 31. März 2014 mitteilte, dass vorliegend entgegen den Ausführungen der Klägerin keine Klageanerkennung vorliege und sie an ihren bisherigen Ausführungen festhalte. Mit Verfügung vom 2. April 2014 schrieb der Vizepräsident des Handelsgerichts des Kantons Aargau das Verfahren gestützt auf Art. 242 ZPO ab und auferlegte die Kosten (Gerichtskosten und Parteientschädigung) gestützt auf Art. 107 Abs. 1 lit. e ZPO der Beklagten. Er hielt dafür, die Beklagte habe das Verfahren veranlasst, indem sie später eine verwechselbare Firma gewählt habe, und sie habe mit der Umfirmierung die Gegenstandslosigkeit herbeigeführt. C. Mit Beschwerde vom 15. Mai 2014 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei die Verfügung des Handelsgerichts Aargau vom 2. April 2014 mit Bezug auf die Gerichtskosten und Parteientschädigung aufzuheben und die Gerichtskosten seien jeweils hälftig auf die Parteien zu verteilen; die Parteientschädigung bzw. Rechtsanwaltskosten seien von jeder Partei selber zu tragen. Die Beschwerdeführerin beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.