Sachverhalt: A. Vor der Strafkammer des Bundesstrafgerichts ist ein Strafverfahren hängig gegen Y._ und weitere Mitangeklagte wegen Unterstützung bzw. Beteiligung an einer kriminellen Organisation und Geldwäscherei. Rechtsanwalt X._ trat nach Einleitung des Ermittlungsverfahrens als privater Verteidiger von Y._ und Z._ auf. B. Mit rechtskräftiger Verfügung vom 2. September 2004 liess die Bundesanwaltschaft (BA) den privaten Verteidiger wegen Interessenkollisionen nicht weiter zu. Mit ebenfalls in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 1. September 2004 ernannte die BA Rechtsanwalt A._ als amtlichen Verteidiger von Y._, nachdem dieser (trotz entsprechender Aufforderung der BA) keinen neuen erbetenen Privatverteidiger gemeldet hatte. C. Mit Schreiben vom 18. bzw. 21. November 2008 ersuchte Rechtsanwalt X._ um Wiederzulassung als erbetener privater Verteidiger von Y._. Am 19. Dezember 2008 wies der Präsident der Strafkammer des Bundesstrafgerichts das Gesuch ab. D. Gegen die Präsidialverfügung der Strafkammer vom 19. Dezember 2008 gelangten Rechtsanwalt X._ sowie Y._ mit Beschwerde vom 16. Januar 2009 an das Bundesgericht. Sie beantragen (in der Hauptsache) die Zulassung des Beschwerdeführers 1 als erbetener privater Verteidiger des Beschwerdeführers 2 im hängigen gerichtlichen Hauptverfahren. Die BA und der Präsident der Strafkammer beantragen mit Stellungnahmen vom 5. bzw. 9. Februar 2009 je die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführer replizierten am 16. Februar 2009.