Sachverhalt: A. Mit Kontumaz-Urteil vom 10. September 2008 verurteilte das Bezirksgericht Landquart A._, B._ und C._ (Beschwerdeführer) zur Bezahlung von Fr. 300'000.-- zuzüglich Zins an D._ (Beschwerdegegner). Das Urteil erging im Kontumazverfahren, weil die Beschwerdeführer den mehrfach eingeforderten Gerichtskostenvorschuss trotz entsprechendem Hinweis auf die Säumnisfolgen nicht geleistet hatten. B. Gegen dieses Kontumaz-Urteil erhoben die Beschwerdeführer Berufung an das Kantonsgericht von Graubünden mit dem Antrag, Ziff. 1 und 3 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben und die Klage abzuweisen. Das Kantonsgericht wies die Berufung als offensichtlich unzulässig zurück und schrieb sie mit Verfügung vom 27. November 2008 gestützt auf Art. 224 Abs. 1 ZPO/GR ab. Das Kantonsgericht kam zum Schluss, dass die säumige Partei nach Art. 133 Abs. 2 ZPO/GR lediglich die Durchführung des Kontumazverfahrens mittels Beschwerde an den Kantonsgerichtsausschuss anfechten könne. Das Abwesenheitsurteil sei nicht mittels Berufung in der Sache anfechtbar. Die Beschwerdeführer hätten zunächst eine Wiederherstellung nach Art. 130 ZPO/GR innerhalb der einmonatigen Frist gemäss Ziff. 4 des Kontumaz-Urteils verlangen müssen. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 26. Dezember 2008 beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei die Verfügung des Kantonsgerichts Graubünden vom 27. November 2008 aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Weiter sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen. Der Beschwerdegegner und das Kantonsgericht schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde, sofern auf sie einzutreten sei. D. Mit Präsidialverfügung vom 30. Dezember 2008 wurde der Beschwerde superprovisorisch die aufschiebende Wirkung erteilt.