Sachverhalt: A. Die Stimmberechtigten des Kantons Zürich nahmen in der Volksabstimmung vom 30. November 2008 folgende neue Bestimmung des Gesundheitsgesetzes (GesG/ZH) an: § 17 Privatapotheken Zur Führung einer ärztlichen Privatapotheke ist eine Bewilligung der Direktion des Gesundheitswesens erforderlich. Die Bewilligung wird praxisberechtigten Ärztinnen und Ärzten sowie ambulanten gemeinnützigen Instituten gemäss Ärzteverordnung erteilt. Die Inhaberinnen und Inhaber von ärztlichen Privatapotheken dürfen Arzneimittel nur an Patientinnen und Patienten abgeben, die bei ihnen in Behandlung stehen. Die Abgabe hat unter ärztlicher Aufsicht und Verantwortung zu erfolgen. B. Der Apothekerverband des Kantons Zürich, zwei weitere Vereinigungen und vier Fachapothekerinnen erheben gegen den neu erlassenen § 17 GesG/ZH beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen, den Beschluss des Regierungsrats vom 9. Dezember 2008 über die Ergebnisse der kantonalen Volksabstimmung aufzuheben, soweit er die Zürcher Medikamentenabgabe-Initiative betrifft, und den Regierungsrat anzuweisen, den geänderten § 17 GesG/ZH nicht in Kraft zu setzen. Im Falle ihrer Inkraftsetzung sei die neue Bestimmung aufzuheben. Die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich ersucht im Auftrag des Regierungsrats um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Eidgenössische Departement des Innern hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Im zweiten Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen fest. C. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat am 31. März 2009 das Gesuch der Ärztegesellschaft des Kantons Zürich, im bundesgerichtlichen Verfahren als Beteiligte zugelassen zu werden, abgewiesen. D. Das Bundesgericht erhielt am 5. März 2010 Kenntnis davon, dass der angefochtene Beschluss des Regierungsrats vom 9. Dezember 2008 nicht rechtskräftig sei. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat darauf das Verfahren bis zur Erwahrung des Abstimmungsergebnisses sistiert. Nachdem die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts am 20. Januar 2011 eine Stimmrechtsbeschwerde gegen die Volksabstimmung vom 30. November 2008 abgewiesen hatte (Urteil 1C_468/2010), stellte der Regierungsrat am 16. Februar 2011 fest, dass das Abstimmungsergebnis vom 30. November 2008 rechtskräftig sei. Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung verfügte am 1. März 2011 die Wiederaufnahme des Verfahrens. E. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts entschied über die Beschwerde an einer öffentlichen Sitzung vom 23. September 2011.