Sachverhalt: A. X._ wurde mit Verfügung des Regierungstatthalteramtes Thun vom 21. August 2008 gestützt auf die Bestimmungen über den fürsorgerischen Freiheitsentzug auf unbestimmte Zeit in das Psychiatriezentrum Münsingen (PZM) eingewiesen. Die Einweisung war mit der deutlichen Verwahrlosung des Betroffenen bei gleichzeitiger Überbelastung des Umfeldes und einer Benzodiazepinintoxikation begründet, die zur Bewusstlosigkeit des Betroffenen führte und dessen notfallmässige Einlieferung in das Spital erforderte. B. Der durch Rechtsanwalt Burges vertretene Betroffene rekurrierte dagegen an die kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehung und ersuchte um Entlassung; ferner beantragte er die unentgeltliche Rechtspflege mit Bestellung seines Anwalts als unentgeltlichen Rechtbeistand. Mit Urteil vom 10. September 2008 wies die Kommission sowohl den Rekurs in der Sache (Ziffer 1) als auch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab und gewährte keine Entschädigung (Ziffer 2 und 3). C. Der Betroffene gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und beantragt, die Ziffern 2 und 3 des Urteils der Rekurskommission aufzuheben, die unentgeltliche Rechtspflege zu bewilligen und ihm einen amtlichen Rechtsbeistand in der Person von Rechtsanwalt Burges zu bestimmen. Für das Verfahren vor Bundesgericht ersucht er ebenso um unentgeltliche Rechtspflege. Die kantonale Rekurskommission schliesst auf Abweisung des Rekurses. D. Der Beschwerdeführer hat sich im Anschluss an die Vernehmlassung der Rekurskommission mit einer am 20. Oktober 2008 der Post übergebenen Eingabe unaufgefordert vernehmen lassen.