Sachverhalt: A. A.a Der 1975 geborene K._ war ab August 1995 in der Firma A._ AG als Zahntechniker angestellt und dadurch bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 3. Dezember 1995 wurde er als Lenker eines Personenwagens in einen Verkehrsunfall mit einer seitlich-frontalen Kollision verwickelt (Unfallmeldung UVG vom 11. Dezember 1995). Der Versicherte erlitt eine commotio cerebri, eine Distorsion der HWS (Halswirbelsäule), eine Claviculafraktur rechts sowie eine Kontusion des rechten Oberschenkels und war vom 3. bis 6. Dezember 1995 hospitalisiert (Austrittsbericht Klinik für Unfallchirurgie des Spitals Y._ vom 19. Dezember 1995). Die Zürich erbrachte die gesetzlichen Leistungen, indem sie für die Behandlung aufkam und Taggelder ausrichtete. Am 22. Januar 1996 nahm der Versicherte die Arbeit wieder vollumfänglich auf, die ärztliche Behandlung wurde am 23. April 1996 mit Restbeschwerden im Nacken abgeschlossen (Bericht Dr. med. U._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, vom 9. Januar 2001). A.b Ab Juli 1999 litt K._ unter Rückenschmerzen, welche zeitweilig zur Arbeitsunfähigkeit führten (Bericht Rheumaklinik und Institut für Physikalische Medizin des Spitals Y._ vom 8. Dezember 1999). Später klagte er auch über Schmerzen im Nacken-, Flanken- und Oberschenkelbereich (Bericht Dr. med. Z._, Neurologie FMH, vom 11. Dezember 2001). Vom 13. Juni bis 4. Juli 2002 war K._ in der Klinik R._ hospitalisiert (Austrittsbericht der Klinik vom 15. Juli 2002). Am 6. Dezember 2001 reichte die damalige Arbeitgeberin, die Firma C._ AG, eine Rückfallmeldung ein. Mit Verfügung vom 24. April 2002 verneinte die Zürich ihre Leistungspflicht mangels eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem versicherten Unfall und den geklagten Beschwerden. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 10. Februar 2003 fest. Gegen den Einspracheentscheid erhob der Versicherte beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde. Im Laufe des gerichtlichen Verfahrens hob die Zürich den Einspracheentscheid vom 10. Februar 2003 am 12. Juni 2003 wiedererwägungsweise auf, worauf das Verfahren zufolge Gegenstandslosigkeit abgeschrieben wurde. In der Folge wurde der Versicherte im Auftrag der Eidgenössischen Invalidenversicherung (IV) im Medizinischen Zentrum X._ (nachfolgend: MZX) begutachtet. Den Experten wurden auch Fragen des Unfallversicherers unterbreitet. Gestützt auf das MZX-Gutachten vom 5. November 2004 (mit Ergänzung vom 28. Januar 2005) verneinte die Zürich mit Verfügung vom 11. Februar 2005 erneut einen Leistungsanspruch des Versicherten infolge Fehlens eines natürlichen Kausalzusammenhangs. Daran hielt der Unfallversicherer mit Einspracheentscheid vom 13. Dezember 2005 fest. B. Die hiegegen vom Versicherten erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 5. Dezember 2006 ab. C. K._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Zürich zu verpflichten, die gesetzlichen Versicherungsleistungen auszurichten. Im Weiteren wird um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung ersucht. Während die Zürich auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.