Sachverhalt: A. Am 27. November 2007 verfügte die Baukommission der Einwohnergemeinde Rüttenen (im Folgenden: Baukommission), die ohne Baubewilligung erstellten Bauten auf Grundbuch Nr. 146 am nördlichen Rand des "Bargetzi-Steinbruchareals" seien bis zum 31. März 2008 zu entfernen. Falls die Bauten nicht innert Frist beseitigt würden, werde das Oberamt mit der Vollstreckung beauftragt. Die Baukommission erwog, die Eheleute X._ lebten als Fahrende in Rüttenen. Sie hätten auf Grundbuch Nr. 146 am genannten Ort Bauten ausserhalb der Bauzone errichtet. Ein Baugesuch hätten sie dafür nie eingereicht. Eine nachträgliche Bewilligung sei ausgeschlossen, weil die Bauten materiell baurechtswidrig seien. Verhalte es sich so, seien die Bauten zu beseitigen (E. 3.1). Die Verfügung ihres Abbruchs verstosse nicht gegen Treu und Glauben (E. 3.3). B. Die von den Eheleuten X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bau- und Justizdepartement des Kantons Solothurn (im Folgenden: Departement) mit Verfügung vom 13. Oktober 2008 ab, soweit es darauf eintrat. Es stellte fest, dass die von der Baukommission wegverfügten Bauten weder zonenkonform noch standortgebunden seien. C. Die von den Eheleuten X._ hiergegen eingereichte Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn am 11. März 2009 gut. Es hob den Beschluss der Baukommission sowie die Verfügung des Departements auf und erkannte, die Bauten und Anlagen der Eheleute seien baupolizeilich zu tolerieren. Eine künftige Erweiterung der Bauten und Anlagen sei ausgeschlossen. Das Verwaltungsgericht erwog, die Kleinsiedlung der Eheleute liege in der Gewerbezone. Sie sei nicht bewilligungsfähig, da nach dem kommunalen Reglement in der Gewerbezone nur betriebsnotwendige Wohnungen erstellt werden dürften. Zudem werde der Wald- und der Heckenabstand nicht eingehalten (E. 4). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sei die Befugnis der Behörden, den Abbruch eines baugesetzwidrigen Gebäudes oder Gebäudeteils anzuordnen, grundsätzlich auf 30 Jahre befristet. Die ältesten Gebäude bestünden hier seit 21 Jahren. Vor knapp zehn Jahren sei eine Erweiterung vorgenommen worden. Eine konkrete Gefahr für Leib und Leben gehe von der Kleinsiedlung nicht aus (E. 5a). Ein Vorbehalt sei für Fälle zu machen, in denen die Baupolizeibehörden zwar vor Ablauf der Frist von 30 Jahren einschritten, die rechtswidrigen Gebäude oder Gebäudeteile aber über Jahre hinaus geduldet hätten, obschon ihnen die Gesetzwidrigkeit bekannt gewesen sei oder sie diese bei Anwendung der gebotenen Sorgfalt hätten kennen müssen. Dies sei hier der Fall. Der Sohn der Eheleute X._ sei in Rüttenen zur Schule gegangen. Im Januar 2001 habe die Baukommission den Eheleuten das Aufstellen eines Heizöltanks bewilligt. Die Baubehörde sei sich dabei bewusst gewesen, dass der Waldabstand nicht eingehalten sei. Hier müsse der verfassungsrechtliche Schutz von Treu und Glauben (Art. 9 BV) Platz greifen. Die Baukommission, die Grundeigentümerin und die Betreiberin des Steinbruchs hätten die Situation jahrelang hingenommen. Nun könne baupolizeilich nicht plötzlich Remedur geschaffen werden. Wohl sei die Siedlung vor ca. 10 Jahren erweitert worden und die Nutzung habe sich intensiviert, indem die Eheleute nicht mehr nur während einiger Wintermonate dort wohnten. Dies sei aber auch schon jahrelang so und führe bloss dazu, dass künftige Erweiterungen auszuschliessen seien (E. 5b). D. Die Einwohnergemeinde Rüttenen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben; die Eheleute X._ seien anzuweisen, die auf Grundbuch Nr. 146 erstellten bzw. abgestellten mobilen und immobilen Bauten und Anlagen innert angemessener, richterlich zu bestimmender Frist zu beseitigen; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Anweisung, eine angemessene Frist für die Beseitigung der Bauten anzusetzen. E. Das Verwaltungsgericht und die Eheleute X._ haben Gegenbemerkungen eingereicht je mit dem Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Die Einwohnergemeinde hat eine Replik eingereicht. Sie hält an ihren Anträgen fest.