Sachverhalt: A. Die X._ AG ist eine Immobiliengesellschaft mit Sitz in Aarau. Ihr Hauptaktionär und einziger Verwaltungsrat ist Z._. Im Dezember 1998 beschloss die Gesellschaft, zu Lasten ihrer Jahresrechnung 1998 einen Betrag von Fr. 2'500'000.-- an die noch zu gründende "Z._ Stiftung" zu überweisen. Per Ende 1998 bildete sie ein antizipatives Passivum in dieser Höhe. Im Jahr 1999 wurde die Stiftung im Kanton Luzern errichtet und als steuerfrei erklärt. Im gleichen Jahr überwies ihr die X._ AG den Betrag von Fr. 2'500'000.-- und zudem Fr. 1'750'000.--, welche der Erfolgsrechnung 1999 der Gesellschaft belastet wurden. B. Für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 machte die X._ AG im Zusammenhang mit dem genannten antizipativen Passivum und in der Höhe von Fr. 2'298'173.-- einen Verlustvortrag aus dem Jahr 1998 geltend (zusätzlich zu einem hier nicht mehr streitigen sonstigen Verlustvortrag in der Höhe von Fr. 134'076.--). Dieser zusätzliche Verlustvortrag wurde ihr von allen kantonalen Instanzen verweigert, zuletzt vom Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 1. Dezember 2010. C. Am 28. Januar 2011 hat die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, das verwaltunsgerichtliche Urteil aufzuheben und bei den Kantons- und Gemeindesteuern 2001 den Verlustvortrag von Fr. 2'298'173.-- (zusätzlich) zu berücksichtigen. D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerveraltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonale Steueramt Aargau stellt den Antrag, die Sache "zur abschliessenden materiellen Beurteilung" an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.