Sachverhalt: A. Die 1954 geborene A._ meldete sich am 25. Januar 2008 erneut zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an, nachdem die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit Verfügungen vom 18. Juli 2003 und vom 14./19. Februar 2007 (bestätigt mit Urteil des Bundesgerichts vom 28. Oktober 2008) die früheren Rentengesuche abgewiesen hatte. Nach umfangreichen medizinischen Abklärungen, insbesondere der Einholung eines polydisziplinären Gutachtens der MEDAS Spital X._ vom 5. Januar 2009 und dem Beizug eines ergänzenden Berichts dieser MEDAS vom 22. Februar 2010, basierend auf einer zusätzlichen neuropsychologischen Untersuchung vom 21. Januar 2010, sowie einer erneuten Stellungnahme der MEDAS vom 10. September 2010 gewährte die IV-Stelle eine befristete ganze Invalidenrente für die Zeit vom 1. April bis 30. Juni 2008 (Verfügung vom 20. Oktober 2011). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 25. April 2012 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte beantragen, unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihr spätestens ab Januar 2010 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Durchführung einer neuropsychologischen Oberbegutachtung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Die kantonalen Akten wurden beigezogen. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.