Sachverhalt: A. Die seit 1997 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragene X._ AG mit Sitz in F._/GR (im Folgenden: Steuerpflichtige) befasst sich gemäss ihren eigenen Angaben zur Hauptsache mit der Vermietung ihrer Kühlhausanlage in G._/VS. Die Steuerpflichtige reichte für die Steuerperioden 1997 bis 2. Quartal 2000 die Abrechnungsformulare ein und beglich die ausgewiesenen Mehrwertsteuerbeträge vorbehaltlos. Auch für das 3. und 4. Quartal 2000 deklarierte sie die Mehrwertsteuern, unterliess es jedoch, die in den Abrechnungen ausgewiesenen Steuerbetreffnisse zu überweisen. Für das 1. und 2. Quartal 2001 reichte sie keine Abrechnungen mehr ein. Da die Steuerpflichtige die von ihr ausgewiesene Steuerschuld für das 3. und 4. Quartal 2000 von insgesamt Fr. 36'791.40 sowie die für das 1. und 2. Quartal 2001 von der Eidgenössischen Steuerverwaltung ermessensweise festgesetzte und mit Ergänzungsabrechnung vom 9. Oktober 2001 nachgeforderte Steuer von Fr. 22'000.-- nicht bezahlte, leitete die Eidgenössische Steuerverwaltung die Betreibungsverfahren ein. Mit Entscheiden vom 24. April 2002 und 13. Februar 2002 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Forderungen und hob die Rechtsvorschläge der Steuerpflichtigen gegen die Zahlungsbefehle auf. Die dagegen von der Steuerpflichtigen am 11. März bzw. 9. Mai 2002 erhobenen Einsprachen wurden am 5. April 2006 abgewiesen. Gegen die Einspracheentscheide gelangte die Steuerpflichtige an die Eidgenössische Steuerrekurskommission. Das Bundesverwaltungsgericht vereinigte die beiden Verfahren nach deren Übernahme und wies die Beschwerden am 9. Juni 2008 ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Steuerpflichtige dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juni 2008 sowie alle Entscheide der unteren Instanzen aufzuheben. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. C. Mit Verfügung vom 23. Juli 2008 hat das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.