Sachverhalt: A. Die X._ AG, L._, (Verpächterin, Beklagte, Beschwerdeführerin) schloss am 9. April 2002 mit der Y._ mbH (Pächterin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in L._ einen Pachtvertrag bezüglich der zwei an der Strasse K._ in L._ befindlichen Garni-Hotels A._ und B._ ab. In Ziffer 16.8 des Pachtvertrags vereinbarten die Parteien unter der Überschrift "Verdienstgarantie für die Pächterin" Folgendes: "In Anbetracht des langjährigen Pachtvertrages, die Wirtschaftslage und die Hotelsituation kann sich in dieser Zeit zu Ungunsten der Hotelbetriebe verändern, garantiert die Verpächterin für 10 Jahre einen durchschnittlichen Minimumverdienst 250'000 (zweihundertfünfzigtausend) Franken pro Jahr. Für die Berechnung dieser Summe gelten nur die effektiven Kosten der beiden Hotelbetriebe, die branchenüblich sind gemäss Erfa-Gruppen des Schweizer Hotelier-Vereins. In den Kosten dürfen Lohn und Sozialleistungen der Geschäftsleitung sowie alle nicht mit dem Pachtobjekt zusammenhängenden Aufwendungen der Pächterin nicht berücksichtigt werden. Die Pächterin muss die nötigen Anstrengungen unternehmen, dass dieser Minimumverdienst überschritten wird und muss diesen bei Nichterreichen schriftlich begründen und belegen." Ziffer 15 des Pachtvertrags vom 9. April 2002 sieht sodann vor, dass bei Streitigkeiten über Fr. 20'000.-- ein "dreigliedriges Schiedsgericht das entsprechende Urteil zu fällen" hat. B. Die Y._ mbH berief sich in der Folge darauf, der vertraglich vereinbarte Mindestverdienst sei nicht erreicht worden und leitete ein Schiedsverfahren ein. Dabei beantragte sie unter Vorbehalt der Mehrforderung die teilklageweise Verurteilung der X._ AG zur Zahlung von mindestens Fr. 400'000.--, zuzüglich Zins zu 6 % seit 13. Mai 2011. Beide Parteien ernannten je einen Schiedsrichter; die beiden Schiedsrichter ernannten ihrerseits mit Zustimmung der Parteien den Präsidenten des Schiedsgerichts. Mit Schiedsentscheid vom 12. Dezember 2012 hiess das Schiedsgericht die Klage im Wesentlichen gut und verurteilte die Beklagte zur teilklageweisen Zahlung von Fr. 400'000.--, zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 13. Mai 2011. Das Schiedsgericht erwog, es handle sich beim vereinbarten Mindestverdienst gemäss Ziffer 16.8 des Pachtvertrags um eine Garantieabrede im Sinne von Art. 111 OR. Hinsichtlich der vereinbarten Grundsätze zur Berechnung des Mindestverdiensts müsse die Beklagte darauf vertrauen können, dass nur solche Kosten berücksichtigt werden, die einer gemäss Erfa-Gruppe der Hotelleriesuisse branchenüblichen Kategorie zugeordnet werden können. Unter Berücksichtigung der angewendeten Vergleichszahlen der Hotelleriesuisse sei bei den von der Klägerin in den Jahren 2003 bis 2009 veranschlagten Kosten jedoch kein übersetzter Aufwand festzustellen. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei der angefochtene Entscheid des Schiedsgerichts vom 12. Dezember 2012 aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Schiedsgericht schliesst in seiner Vernehmlassung ebenfalls sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht am 4. März 2013 eine Replik, die Beschwerdegegnerin am 18. März 2013 eine Duplik eingereicht.