Sachverhalt: A. In dem seit 17. Juli 2007 hängigen Scheidungsverfahren entzog das Bezirksgericht Hinwil Y._ (Ehefrau) mit Verfügung vom 19. Oktober 2007 die Obhut über die beiden Kinder R._ (geboren 1994) und S._ (geboren 1998) und teilte diese X._ (Ehemann) zu. Einem allfälligen Rekurs wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. B. Y._ gelangte gegen die erstinstanzliche Verfügung an das Obergericht des Kantons Zürich und verlangte die Obhut über die beiden Kinder. Mit Präsidialverfügung vom 6. November 2007 wurde dem Rekurs die aufschiebende Wirkung hinsichtlich der Obhut über die Tochter S._ wieder erteilt. Zudem wurde das Besuchsrecht gegenüber beiden Kindern für die Dauer des Verfahrens neu festgelegt. Das Bezirksgericht Hinwil wurde aufgefordert, innert 10 Tagen darzutun, ob es sich bei seiner Verfügung um eine vorsorgliche Massnahme oder um eine einstweilige Anordnung innerhalb des vorsorglichen Massnahmeverfahrens handle. C. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 7. November/7. Dezember 2007 an das Bundesgericht gelangt. Er beantragt die Aufhebung der obergerichtlichen Präsidialverfügung vom 6. November 2007. Mit Verfügung vom 13. November 2007 erteilte der Präsident der II. zivilrechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung. Die Akten des Obergerichts sind um die in der angefochtenen Verfügung verlangte Stellungnahme des Bezirksgerichts Hinwil zur Rechtsnatur seiner Verfügung vervollständigt worden, wozu sich die Parteien haben äussern können. In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.