Sachverhalt: A. Die Alstom Technology Ltd., Baden (Gesuchstellerin, Beschwerdeführerin) meldete am 18. April 2005 eine dreidimensionale Marke "Turbinenfuss" beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) an. Nachdem das IGE die Anmeldung beanstandet hatte, präzisierte die Gesuchstellerin am 27. Juli 2007 das Warenverzeichnis und reichte am 21. November 2005 anstelle der bisherigen Darstellung eine neue Markenabbildung ein. Die bereinigte Anmeldung für das Markeneintragungsgesuch Nr. 53196/2005 betrifft folgende Darstellung: Die dreidimensionale Marke wird für folgende Waren der internationalen Klasse 7 beansprucht: "Komponenten von Strömungsmaschinen, nämlich Schaufeln; Komponenten von Strömungsmaschinen zur Anordnung in rotierenden Baugruppen, nämlich Turbinenlaufschaufeln oder Verdichterlaufschaufeln; Komponenten von Strömungsmaschinen zur Anordnung in statischen Baugruppen, nämlich Turbinenlaufschaufeln oder Verdichterlaufschaufeln; Befestigungselemente (Maschinenteile) zur Befestigung von Komponenten in einer rotierenden oder statischen Baugruppe einer Strömungsmaschine, insbesondere einer Gasturbine; Tannenbaumbefestigungselemente (Maschinenteile) zur Befestigung von Turbinenschaufeln oder Verdichterschaufeln in einer Gasturbine; Schaufelfüsse von Turbinenschaufeln oder Verdichterschaufeln; Komponenten von Strömungsmaschinen zur Befestigung in rotierenden oder statischen Baugruppen, nämlich Wärmestausegmente, Diffusorsegmente, Strömungsleitelemente, Dichtungselemente, Labyrinthsegmente." Das IGE wies das Markeneintragungsgesuch mit Verfügung vom 12. Juli 2006 für alle beanspruchten Waren zurück. B. Mit Urteil vom 14. März 2007 wies das Verwaltungsgericht des Bundes die Beschwerde der Gesuchstellerin ab und bestätigte die Verfügung des IGE. Das Verwaltungsgericht kam zum Schluss, die seitlichen Wellen des "Tannenbaums" seien rein technisch motiviert und auch das stilisierte "A" sei weder als Bestandteil noch nach dem Gesamteindruck als betrieblicher Herkunftshinweis erkennbar, zumal eine technische Funktion des Rechtecks denkbar sei. Da die angemeldete Form nicht als verkehrsdurchgesetzt angemeldet wurde und die Gesuchstellerin eine derartige Einschränkung abgelehnt hatte, prüfte das Gericht nicht, ob die Form eine nachträgliche Unterscheidungskraft erlangt hatte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 27. April 2007 stellt die Gesuchstellerin folgende Anträge: "Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. März 2007 (...) betreffend das Markenhinterlegungsgesuch Nr. 53196/2005 "dreidimensionale Marke" sei aufzuheben und das Institut für Geistiges Eigentum sei anzuweisen, die Marke gemäss Markeneintragungsgesuch Nr. 53196/2005 "dreidimensionale Marke" im schweizerischen Markenregister einzutragen. Eventualiter: Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. März 2007 (...) betreffend das Markenhinterlegungsgesuch Nr. 53196/2005 "dreidimensionale Marke" sei soweit das nachfolgende, eingeschränkte Warenverzeichnis betreffend aufzuheben, und das Institut für Geistiges Eigentum sei anzuweisen, die Marke gemäss Markeneintragungsgesuch Nr. 53196/2005 "dreidimensionale Marke" mit dem nachfolgenden, eingeschränkten Warenverzeichnis im schweizerischen Markenregister einzutragen: Beanspruchte Waren (Kl. 7) : Komponenten von Strömungsmaschinen zur Anordnung in statischen Baugruppen, nämlich Turbinenlaufschaufeln oder Verdichterlaufschaufeln; Befestigungslemente (Maschinenteile) zur Befestigung von Komponenten in einer rotierenden oder statischen Baugruppe einer Strömungsmaschine, insbesondere einer Gasturbine; Komponenten von Strömungsmaschinen zur Befestigung in rotierenden oder statischen Baugruppen, nämlich Wärmestausegmente, Diffusorsegmente, Strömungsleitelemente, Dichtungselemente, Labyrinthsegmente." Subeventualiter: Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. März 2007 (...) sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück zu weisen. " Ausserdem stellt die Beschwerdeführerin die prozessualen Anträge, es sei der Beschwerde hinsichtlich der von der Vorinstanz festgelegten Kostenliquidation die aufschiebende Wirkung zu erteilen und das Protokoll der Instruktionsverhandlung der Vorinstanz vom 28. Februar 2007 sowie die anlässlich dieser Verhandlung erstellten Fotos seien aus den Akten zu weisen. D. Das Bundesverwaltungsgericht und das IGE beantragen in ihren Antworten, die Beschwerde sei abzuweisen.