Sachverhalt: A. Am 14. Mai 2008 ersuchte die X._ Inc. (Beschwerdeführerin) das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) um Eintragung der Wortmarke "Zacapa", die für "Rum, Rumspirituosen, Liköre aus Rum, Cocktails aus Rum sowie Rum enthaltende alkoholische Getränke" der Klasse 33 beansprucht wird (Gesuch Nr. 111._). Mit Schreiben vom 19. August 2008 beanstandete das IGE das angemeldete Zeichen mit der Begründung, es stelle Gemeingut dar, sei irreführend und verstosse gegen geltendes Recht. Denn "Zacapa" bezeichne ein Departement der Republik Guatemala und den gleichnamigen Hauptort des Departements. Die Region "Zacapa" sei vor allem für die Herstellung von Zuckerrohrschnaps respektive wegen seiner Rumprodukte bekannt, weshalb davon auszugehen sei, dass "Zacapa" zumindest von Fachkreisen als geografische Angabe verstanden werde. Das Zeichen verstosse zudem gegen das TRIPS-Abkommen. Die Beschwerdeführerin beantragte in ihrer Stellungnahme vom 17. Oktober 2008, der Marke "Zacapa" sei vollumfänglich Schutz zu erteilen. Zur Begründung brachte sie vor, "Zacapa" sei ein in der Schweiz unbekanntes, unbedeutendes Städtchen. Es sei daher davon auszugehen, dass der Name "Zacapa" vom durchschnittlichen Konsumenten in der Schweiz nicht als geografische Bezeichnung verstanden werde oder aber - wenn "Zacapa" als geografischer Name erkannt werde - nicht lokalisiert werden könne, denn in Honduras und Kolumbien existierten gleichnamige Ortschaften. Zudem stehe ein anderer Sinngehalt - nämlich das für seine Rumprodukte bekannte Unternehmen "Zacapa" - im Vordergrund. Im Weiteren bestehe auch keine Täuschungsgefahr, da eine solche nur anerkannt werden könne, wenn der fragliche Begriff als wirkliche geografische Herkunftsangabe und nicht wie hier als blosses Fantasiewort aufzufassen sei. Die Marke "Zacapa" verstosse auch nicht gegen das TRIPS-Abkommen, da feststehe, dass die geografische Bezeichnung weder die Eigenschaften der Ware präge noch ihr einen besonderen Ruf verleihe. Mit Schreiben vom 23. Dezember 2008 hielt das IGE an der Rückweisung des angemeldeten Zeichens fest. Die Beschwerdeführerin rügte mit Eingabe vom 29. Mai 2009, das IGE sei nicht auf die von ihr vorgebrachte Mehrdeutigkeit der geografischen Angabe "Zacapa" eingegangen. Zudem werde die angemeldete Marke nicht vom Schutz des TRIPS-Abkommens erfasst, da die darunter vertriebenen Spirituosen nach international bekannten Herstellungsmethoden aus Rohstoffen verschiedenster Herkunft gebrannt werden könnten, ohne dass sich Qualität oder andere Eigenschaften änderten. Schliesslich berief sich die Beschwerdeführerin auf die Ausnahmebestimmungen von Art. 24 Abs. 4 und 9 TRIPS. Am 4. September 2009 teilte das IGE der Beschwerdeführerin mit, dass es an der Schutzverweigerung aufgrund von Art. 2 lit. a, c und d MSchG festhalte. Zur Begründung brachte es vor, im guatemaltekischen Departement "Zacapa" werde, im Gegensatz zu den weiteren Ortschaften namens "Zacapa", nachweislich Rum produziert. Die Qualität von Rum werde entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin von seiner geografischen Herkunft, insbesondere von der Herstellungsmethode und den Ausgangsstoffen in den jeweiligen Ursprungsregionen beeinflusst. Deshalb gelte das vorliegende Zeichen im Zusammenhang mit Rum und rumhaltigen alkoholischen Getränken als geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS, und könne in Verbindung mit Art. 23 Abs. 2 TRIPS nur für solche alkoholische Getränke aus dem Departement Zacapa in Guatemala als Marke zugelassen werden. Ohne Einschränkung der Waren auf diese Herkunft verstosse das Zeichen demnach gegen Art. 23 Abs. 2 TRIPS und müsse gemäss dieser Bestimmung sowie gemäss Art. 2 lit. d MSchG zurückgewiesen werden. Die von der Beschwerdeführerin angerufenen Ausnahmebestimmungen seien im vorliegenden Fall nicht anwendbar. Zudem wiederholte das IGE, weshalb das Zeichen "Zacapa" auch aufgrund von Art. 2 lit. a und c MSchG zurückzuweisen sei. Die Beschwerdeführerin wies mit Eingabe vom 5. März 2010 ein weiteres Mal darauf hin, dass der Name "Zacapa" drei verschiedene geografische Bedeutungen habe und somit mehrdeutig sei. Alle drei Orte befänden sich in Gebieten, in denen Rum hergestellt werde. Aufgrund der Mehrdeutigkeit handle es sich beim Zeichen "Zacapa" weder um eine Herkunftsangabe im Sinne von Art. 47 MSchG, noch um eine geografische Angabe im Sinne des TRIPS-Abkommens. Mit Verfügung vom 9. Juni 2010 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch Nr. 111._ "ZACAPA" vollumfänglich zurück. B. Gegen diese Verfügung gelangte die Beschwerdeführerin an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und die Marke "Zacapa" in der Schweiz für sämtliche beanspruchten Waren der Klasse 33 zum Schutz zuzulassen. Mit Urteil vom 10. November 2010 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 10. November 2010 aufzuheben und die Marke "Zacapa" (Eintragungsgesuch Nr. 111._) vollumfänglich zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Eventualiter sei die Marke "Zacapa" (Eintragungsgesuch Nr. 111._) mit der Einschränkung "alle Waren aus Guatemala stammend" vollumfänglich zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Subeventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Das IGE beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.