hat sich ergeben: (Inhaltsübersicht s. Anhang) A.- Der Sachverhalt bis zur Verleihung der Rahmenkonzession für den Ausbau des Flughafens Zürich (5. Bauetappe) lässt sich dem bundesgerichtlichen Urteil vom 24. Juni 1998 (BGE 124 II 293 ff.) entnehmen. B.- Das Eidgenössische Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (EVED, heute: Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, UVEK) erteilte dem Kanton Zürich als Halter des Flughafens Zürich- Kloten mit der Rahmenkonzession vom 5. Februar 1997 die grundsätzliche Bewilligung für die 5. Bauetappe. Zentraler Bestandteil des Ausbauvorhabens bildet ein neues Abfertigungsgebäude, das sog. Dock Midfield, das vom bisherigen Baukomplex losgelöst innerhalb des Pisten-Dreiecks des Flughafens erstellt werden soll. Dieses künftige Dock wird durch zwei Tunnels mit dem Flughafenkopf sowie durch zusätzliche Rollwege mit dem heutigen Pistensystem verbunden werden. Weiter soll als Drehscheibe für die Flugpassagiere ein neues Airside Center zwischen den bestehenden Terminals A und B eingerichtet werden. Zur 5. Bauetappe gehören auch verschiedene Projekte für den landseitigen Verkehr. Geplant sind insbesondere ein Bahnhofterminal, ein Bushof und ein zusätzliches Parkhaus sowie die Aufstockung der Parkhäuser B und F. Die Strassenverkehrsanlagen werden ebenfalls neu an den Flughafenkopf angeschlossen werden. Zudem sollen die Anlagen für die Frachtabfertigung sowie der Werkhof ausgebaut und neu erschlossen werden. Die vom EVED erteilte Rahmenkonzession wurde von verschiedenen Privaten, Organisationen sowie von schweizerischen und deutschen Gemeinwesen mit eidgenössischer Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten. Das Bundesgericht hiess diese Beschwerden mit Urteil vom 24. Juni 1998 teilweise gut, soweit auf sie eingetreten werden konnte. Das Bundesgericht stellte im Wesentlichen fest, dass die dem Umweltverträglichkeitsbericht zu Grunde gelegte Prognose über den künftigen Flugverkehr angesichts der inzwischen eingetretenen Entwicklung als eindeutig und in erheblichem Ausmass unzutreffend bezeichnet werden müsse. Dieser Mangel bei der Feststellung des Sachverhalts müsse im nachfolgenden Verfahrensschritt - also in den Baukonzessionsverfahren - behoben werden. Das bedeute, dass die Umweltverträglichkeitsprüfung in den folgenden Verfahren in all jenen Bereichen, in denen sie direkt oder indirekt auf der Flugverkehrs-Prognose beruhe, zu wiederholen bzw. zu ergänzen sei und allenfalls neue Bedingungen und Auflagen für den geplanten Ausbau zu formulieren seien. Dementsprechend hob das Bundesgericht Dispositiv Ziffer 1.2 der angefochtenen Konzession auf, wonach Belange, über welche in der Rahmenkonzession endgültig entschieden werde, für Behörden und Dritte verbindlich und in den folgenden Baukonzessionsverfahren nicht mehr zu prüfen seien. Die in Dispositiv Ziffern 3.5.2 und 3.6 umschriebenen Auflagen wurden zum Teil neu formuliert. Im Übrigen nahm das Gericht aus prozessökonomischen Gründen zu verschiedenen von den Beschwerdeführern aufgeworfenen Fragen Stellung (vgl. BGE 124 II 293 E. 16 ff. S. 327 ff.). C.- Für die Erlangung der Baukonzessionen teilte der Kanton Zürich sein Ausbauvorhaben in folgende Teilprojekte auf: - Dock Midfield - Rollwege und Vorfeld Midfield - Anlagen für die Reinigung der Enteiserabwässer - Übergeordnete Bauinstallationsplätze - Strassentunnel inkl. Gepäcktunnel und Medienkanal - Landseitiger Verkehrsanschluss - Airside Center - Flughafenkopf landside/Parkhaus C/Bahnhofterminal - Personen-Transport-System (PTS) mit Tunnel - Aufstockung Parkhäuser B und F - Standplätze West - Zufahrt Werkhof Später wurde das Verfahren für das Projekt "Flughafenkopf landside/Parkhaus C/Bahnhofterminal" nochmals unterteilt. Die Baukonzessionsgesuche, die bereits vor dem bundesgerichtlichen Entscheid über die Rahmenkonzession eingereicht worden waren, wurden im Nachgang an diesen überarbeitet und ergänzt. Zudem liess der Kanton Zürich verschiedene Ergänzungsberichte zum Umweltverträglichkeitsbericht (erster Stufe) erstellen, denen die vom Bundesgericht verlangte neue Flugverkehrsprognose zu Grunde gelegt wurde (Fachbericht Luft, Fachbericht Landseitiger Verkehr, Fachbericht Fluglärm, Kartensatz Fluglärm, Technischer Anhang Fluglärm, Synthesebericht). Nach der neu angestellten Prognose über den Flugverkehr, die auf der Angebotskapazität des Flughafens beruht, ist für den Ausgangszustand im Jahre 2010 (ohne Ausbau) insgesamt mit 316'000 Flugbewegungen und für den Betriebszustand im Jahr 2010 (mit Ausbau) mit 421'000 Flugbewegungen zu rechnen. Diese Zunahme des Flugverkehrs wirkt sich gemäss den ergänzten Unterlagen am deutlichsten auf dem Gebiet der Lufthygiene aus, bewirkt sie doch ein Ansteigen der NOx-Emissionen von rund 1'800 t im Ist-Zustand (1997) auf 2'620 t im Ausgangszustand und auf 3'440 t im Betriebszustand. Die Lärmbelastung wird nach den neuen Berechnungen in der Nacht ebenfalls erheblich verstärkt, am Tag dagegen nur leicht zunehmen. D.- Das Baukonzessionsgesuch für die Standplätze West wurde vorweg am 20. Oktober 1998 im Bundesblatt veröffentlicht (BBl 1999 S. 4827) und in den kantonalen Publikationsorganen angezeigt. Gegen dieses Gesuch wandte der Schutzverband der Bevölkerung um den Flughafen Zürich (SBFZ) ein, der Bau der geplanten Standplätze gehöre zur 5. Bauetappe und dürfe nicht unternommen werden, bevor die zusätzliche, vom Bundesgericht verlangte Umweltverträglichkeitsprüfung abgeschlossen sei. Nach Durchführung einer Einigungsverhandlung mit dem Schutzverband erteilte das UVEK am 9. April 1999 dem Kanton Zürich die verlangte Baukonzession (vgl. BBl 1999 S. 2818), die unangefochten blieb. E.- Die weiteren Ausschreibungen der Baukonzessionsgesuche erfolgten in der ersten Hälfte des Jahres 1999. Am 12. Januar 1999 veröffentlichte das UVEK das Gesuch für den Anschluss Werkhof (BBl 1999 S. 287). Am 23. Februar 1999 folgte das Baukonzessionsgesuch für das Dock Midfield, gemeinsam mit den Gesuchen für die übergeordneten Bauinstallationsplätze, für neue Rollwege und ein neues Vorfeld, für den landseitigen Verkehrsanschluss und für die Anlagen zur Reinigung der Enteiserabwässer (BBl 1999 S. 1128). In der Anzeige des Gesuchs für das Dock Midfield wurde auf die Aufteilung des Gesamtprojektes in Teilprojekte aufmerksam gemacht und bekanntgegeben, dass mit dem Baukonzessionsgesuch auch die vom Bundesgericht geforderten Ergänzungsberichte zum Umweltverträglichkeitsbericht erster Stufe (Rahmenkonzession) sowie die Unterlagen zu allen projektübergreifenden Umweltbelangen aufgelegt würden. Weiter wurde vermerkt, dass das UVEK den Landkreis Waldshut, die Kantone Aargau, Thurgau, Schaffhausen und Zürich anhöre. Der Landkreis und die Kantone hörten ihrerseits die interessierten Gemeinden sowie die übrigen Betroffenen in ortsüblicher Weise an. Das Baukonzessionsgesuch für den Strassen- und Medientunnel wurde im Bundesblatt am 2. März 1999 publiziert (BBl 1999 S. 1477), die Gesuche für die Aufstockung der Parkhäuser B und F, für das Personen-Transport-System, den Flughafenkopf landside/Bahnhofterminal/Parkhaus C sowie für das Airside Center am 13. Mai 1999 (BBl 1999 S. 2819 ff.). F.- Im Anschluss an die Publikation des Baukonzessionsgesuches für das Dock Midfield gingen bei der Flughafendirektion Zürich rund 2000 Stellungnahmen von Gemeinwesen, Organisationen und Privatpersonen ein. Vereinzelt beteiligten sich Drittpersonen auch an den übrigen Anhörungsverfahren. Mit Eingabe vom 30. April 1999 nahm das Ministerium für Umwelt und Verkehr Baden-Württemberg zum Baukonzessionsgesuch sowie zu den Ergänzungen zum Umweltverträglichkeitsbericht erster Stufe (Rahmenkonzession) Stellung. Im Mai 1999 äusserten sich die Kantone Aargau, Schaffhausen, Thurgau und der Landkreis Waldshut zum Vorhaben, wobei der Kanton Schaffhausen und der Landkreis Waldshut die Auffassung vertraten, die Baukonzession sei jedenfalls zur Zeit zu verweigern. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich setzte sich in ihren Eingaben vom 20. Mai und 12. Juli 1999 mit dem Ergebnis der Anhörung auseinander. G.- Neben den kantonalzürcherischen Fachstellen liessen sich die interessierten Bundesbehörden - insbesondere das Bundesamt für Raumplanung und das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft als eidgenössische Umweltschutzfachstelle - zu den Baukonzessionsgesuchen vernehmen. Das Bundesamt für Raumplanung (BRP) unterstrich in seiner Stellungnahme vom 5. Juli 1999 die Problematik einer weiteren wesentlichen Entwicklung des Flugverkehrs, die sich nachteilig auf die umliegenden Siedlungsräume auswirken werde. Die maximal zulässige Zahl der Flugbewegungen dürfe nicht allein aus der Angebotskapazität hergeleitet, sondern müsse anhand der Lärmbelastungsgrenzwerte für Landesflughäfen und der geltenden Nutzungspläne der umliegenden Gebiete bestimmt werden. Die erforderliche Abstimmung zwischen dem Ausbau des Flughafens und der Siedlungsentwicklung sei daher erst möglich, wenn die Lärmbelastungsgrenzwerte festgelegt worden seien, wenn Lösungen der planerischen Konflikte im Sachplan Infrastruktur der Luftfahrt (SIL) aufgezeigt worden seien und die Revision der Verordnung über die Infrastruktur der Luftfahrt abgeschlossen sei. Im Übrigen sei die Vereinbarkeit des Vorhabens mit dem Richtplan des Kantons Zürich nicht nachgewiesen. Schliesslich erklärte sich das BRP ausser Stande, dem Antrag des Kantons Zürich betreffend die Anpassung des Mindestumfangs an Fruchtfolgeflächen aufgrund der vorliegenden Unterlagen zuzustimmen. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) äusserte sich im Baukonzessionsverfahren Dock Midfield zunächst provisorisch am 19. Februar 1999 zum Problemkreis Biosphäre und am 16. März 1999 zum landseitigen Verkehr. In drei Eingaben vom 8. Juli 1999 beurteilte es gewisse Ergänzungen zum Umweltverträglichkeitsbericht, das Schallschutzkonzept Fluglärm sowie nochmals den Bericht über den landseitigen Verkehr und das Konzept zur Erreichung des "Modalsplit"-Ziels. Am 22. Juli 1999 vervollständigte das Bundesamt seine Stellungnahme zum Bereich Natur und Landschaft. In seiner Eingabe vom 23. Juli 1999 nahm das BUWAL schliesslich eine umfassende Beurteilung der Ergänzungen zum Umweltverträglichkeitsbericht Rahmenkonzession vor. Es wies insbesondere darauf hin, dass gemäss korrigierter Luftverkehrsprognose nach dem Flughafenausbau nicht mit jährlich 240'000 Flugbewegungen, sondern mit 421'000 Starts und Landungen zu rechnen sei. Diese mögliche Entwicklung des Flugverkehrs könne hinsichtlich der Lärmsituation und der Lufthygiene nicht mehr als umweltverträglich gelten, da die Immissionsgrenzwerte weiträumig und auf unabsehbare Zeit hin überschritten würden. Demzufolge sei die Baukonzession nur unter gewissen Auflagen zu gewähren. Einerseits dürften die Stickoxidemissionen von Flugbetrieb und Abfertigung innerhalb des erweiterten Perimeters ab dem Jahre 2010 den Plafond von 2'200 t pro Jahr nicht übersteigen. Andererseits seien die Nachtflugbewegungen so festzulegen, dass keine Überschreitungen der Alarmwerte aufträten, was ungefähr 5'000 Nachtflugbewegungen pro Jahr entspreche. Diese Betriebseinschränkungen könnten jedoch nur als Kompromisslösung gelten, welche sich allein mit Rücksicht auf die volkswirtschaftliche Bedeutung des Flughafens Zürich rechtfertigen lasse. Weiter stellte das BUWAL die Anträge, dass die Fluglärmkarten zu aktualisieren seien, sobald der Bundesrat die Belastungsgrenzwerte festgelegt habe, und dass die Massnahmen zur präziseren Führung des Flugbetriebs - wie das Flight Management System - konsequent weiterzuführen seien. Der Bericht des BUWAL vom 23. Juli 1999 ist vom 17. bis 31. August 1999 öffentlich aufgelegt worden. Es gingen dazu zahlreiche Stellungnahmen ein. Anschliessend erhielt der Kanton Zürich nochmals Gelegenheit, sich zu den wichtigsten Vorbringen zu äussern. H.- Mit separaten Entscheiden vom 17. August 1999 erteilte das UVEK dem Kanton Zürich je eine Baukonzession für die Projekte Zufahrt Werkhof und Strassentunnel mit Gepäcktunnel und Medienkanal sowie für die übergeordneten Bauinstallationsplätze. Am gleichen Tag erliess das UVEK in den drei Baukonzessionsverfahren für das Dock Midfield, für die Rollwege und das Vorfeld Midfield sowie für das Personen-Transport- System eine Verfügung, mit der die Bauvorhaben "teilweise bewilligt" bzw. gewisse Vorarbeiten freigegeben wurden. Bewilligt wurden insbesondere das Abhumusieren der für das Dock Midfield, die Rollwege und das Vorfeld benötigten Flächen sowie die Rodung von 13'744 m2 Wald und eine Ersatzaufforstung von 17'100 m2. Gegen die Baukonzessionen und die Verfügung vom 17. August 1999 haben die Gemeinde Adlikon und Mitbeteiligte sowie die deutsche Gemeinde Hohentengen am Hochrhein zusammen mit weiteren Beteiligten je eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ersucht (1A.218/1999 und 1A.219/1999). Mit Präsidialverfügung vom 8. Oktober 1999 wurde den Verwaltungsgerichtsbeschwerden insoweit aufschiebende Wirkung beigelegt, als sie sich gegen die Baukonzession für den Strassentunnel sowie die Verfügung betreffend Abhumusierung, Rodung und Ersatzaufforstung richteten. Die aufschiebende Wirkung ist in dem Sinne eingeschränkt worden, als nur Vollziehungshandlungen bzw. Vorkehren unterbleiben müssten, die nicht wieder rückgängig gemacht werden könnten. Zudem ist festgelegt worden, dass die aufschiebende Wirkung bei der Erteilung der Baukonzession für das Projekt Dock Midfield dahinfalle. Mit Urteil vom 9. November 1999 wies das Bundesgericht die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden waren. In den Erwägungen wurde allerdings festgestellt, dass die Einwendungen der Beschwerdeführer gegen den Baubeginn vor abgeschlossener Umweltverträglichkeitsprüfung und vor dem Entscheid über das Hauptprojekt des Flughafenausbaus hätten gutgeheissen werden müssen, wenn dieser Entscheid nicht inzwischen ergangen wäre. I.- Mit Verfügung vom 5. November 1999 erteilte das UVEK dem Kanton Zürich die Baukonzession für das Dock Midfield unter zahlreichen Auflagen. Das Dispositiv der Verfügung ist in sechs Ziffern bzw. Abschnitte unterteilt (1. Bauprojekt, 2. Auflagen, 3. Frist, 4. Parteientschädigung, 5. Gebühr und 6. Rechtsmittelbelehrung). In Ziffer 1 wird neben der Aufzählung der massgebenden Pläne und Unterlagen unter anderem entschieden, dass den Erleichterungsanträgen stattgegeben werde (Ziffer "1.6 Lärm"). In Ziffer "1.7 Raumplanung" genehmigt das Departement den Lärmbelastungskataster. Die in Ziffer 2 umschriebenen Auflagen lauten - soweit hier interessierend - wie folgt: "2.1 Massnahmen gemäss UVB