Sachverhalt: A. Z._ und W._ vermieteten V._ und U._ mit Mietvertrag vom 1. Dezember 1999 per 1. Februar 2000 416 m2 Verkaufsfläche im 2. Obergeschoss des Einkaufszentrums A._ in B._ zur Benutzung als Restaurant. Mit Nachtrag II vom 19. September 2000 wurden die Rechte und Pflichten der Mieterschaft rückwirkend auf den Mietbeginn auf die Restaurant X._ GmbH (Beschwerdeführerin) übertragen. Per 1. Mai 2002 ging das Eigentum am Einkaufszentrum A._ auf die Pensionskasse T._ über, die bis zum 30. August 2003 Vermieterin war. Mit Nachtrag III zum Mietvertrag vom 29. August 2003 trat die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) per 1. September 2003 als Untervermieterin in das Mietverhältnis ein und übernahm dieses mit allen Rechten und Pflichten. Von Januar bis September 2003 wurde die Liegenschaft umgebaut. Für die dadurch entstandenen Schäden und Umsatzeinbussen entschädigte die Pensionskasse T._ die Beschwerdeführerin mit Fr. 100'000.--. Am 15. März 2004 übte die Beschwerdeführerin die Option auf Verlängerung des bis 31. März 2005 fest abgeschlossenen Mietvertrages bis 31. März 2010 aus. Mit Schreiben vom 22. August 2005 an die Beschwerdegegnerin rügte sie verschiedene Mängel, ohne ein konkretes Begehren zu stellen oder eine Mietzinsherabsetzung zu verlangen. Am 21. November 2005 gelangte die Beschwerdeführerin an die Schlichtungsbehörde für das Mietwesen des Bezirks Baden mit dem Begehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin rückwirkend seit 1. Oktober 2003 bis zur vollständigen Mängelbeseitigung eine Nettomietzinsreduktion im Umfang von 20% zu gewähren. Zudem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von insgesamt Fr. 258'533.35 nebst Zins zu bezahlen. Eine Einigung kam vor der Schlichtungsbehörde nicht zustande. Die Beschwerdegegnerin setzte der Beschwerdeführerin am 13. November 2006 eine Frist von 30 Tagen zur Bezahlung der offenen Mietzinse für das dritte und vierte Quartal 2006 im Betrag von Fr. 49'105.10 und drohte ihr die Kündigung im Sinne von Art. 257d OR an. Am 19. Dezember 2006 kündigte sie den Mietvertrag per 31. Januar 2007. Am 8. März 2007 fand die Übergabe des Mietobjekts statt. B. Am 10. Januar 2007 erhob die Beschwerdeführerin beim Gerichtspräsidium Baden Klage mit den Anträgen, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin rückwirkend seit 1. Oktober 2003 bis zur vollständigen Mängelbeseitigung eine Nettomietzinsreduktion im Umfang von 20% zu gewähren. Zudem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von insgesamt Fr. 186'144.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Klage und erhob Widerklage auf Bezahlung von Fr. 96'801.80 nebst Zins. Am 13. April 2010 wies die Präsidentin 4 des Bezirksgerichts Baden die Klage ab und trat auf die Widerklage nicht ein. Die Beschwerdeführerin erhob Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau und beantragte, die Klage gutzuheissen. Mit Entscheid vom 2. Juli 2012 wies das Obergericht die Beschwerde ab. C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts vom 2. Juli 2012 aufzuheben. Die Sache sei zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz reichte eine kurze Vernehmlassung ein, ohne einen Antrag zu stellen. Die Beschwerdeführerin replizierte, worauf die Beschwerdegegnerin auf Gegenbemerkungen verzichtete. D. Mit Präsidialverfügung vom 22. Oktober 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.