Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau erhob am 25. Juni 2009 bei der Bezirksgerichtlichen Kommission Steckborn Anklage gegen X._ wegen Rassendiskriminierung. Am 20. Juli 2009 stellte dieser ein Ablehnungsbegehren gegen den Gerichtspräsidenten Dr. René Schwarz, welches von der Bezirksgerichtlichen Kommission Steckborn am 1./7. Oktober 2009 abgewiesen wurde. X._ erhob gegen diesen Beschluss Beschwerde ans Obergericht des Kantons Thurgau mit dem Antrag, Bezirksgerichtspräsident Schwarz habe im Strafverfahren gegen ihn in den Ausstand zu treten. Das Obergericht des Kantons Thurgau wies die Beschwerde am 2. November 2009 ab. B. Mit Beschwerde vom 11. Dezember 2009 beantragt X._, diesen obergerichtlichen Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass Bezirksgerichtspräsident Schwarz im Strafverfahren gegen ihn in den Ausstand zu treten habe. Das Obergericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Bezirksgerichtspräsident Schwarz beantragt, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.