Sachverhalt: A. A._ gründete 1971 die "B._ Stiftung" und die "C._ Stiftung" sowie 1986 die "Fondation D._". Am 29. August 2007 gingen die Aktiven und Passiven der Fondation D._ zufolge Fusion auf die Medizinalstiftung über, die in "E._ Stiftung" umbenannt wurde. Die Kunststiftung ist seit 16. November 2004 in Liquidation. B. Y._ war im Sinn von Art. 393 Ziff. 4 aZGB als Beistand der Fondation D._ eingesetzt. Am 30. November 2006 erstattete er der Vormundschaftsbehörde der Stadt Zürich seinen Schlussbericht. Mit Beschluss vom 7. Juni 2007 setzte die Vormundschaftsbehörde einerseits die Entschädigung für den Beistand fest und leitete andererseits den geprüften Schlussbericht an den Bezirksrat weiter, der diesen am 12. Juli 2007 ohne Begründung genehmigte, unter Fristansetzung zur Beanstandung des Schlussberichts und zur Anforderung eines begründeten Entscheids. Dies tat die E._ Stiftung, indem sie am 15. Februar 2008 umfangreiche Beanstandungen vorlegte und einen begründeten Entscheid verlangte. Mit Beschluss vom 24. April 2008 genehmigte der Bezirksrat den Schlussbericht mit einlässlicher Begründung. Dagegen erhob die E._ Stiftung Rekurs, den das Obergericht des Kantons Zürich am 27. Juni 2008 unter Bestätigung des angefochtenen Beschlusses des Bezirksrats abwies. C. Gegen den obergerichtlichen Beschluss hat die E._ Stiftung am 2. September 2008 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Angelegenheit zur Neubeurteilung. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.