Sachverhalt: A. Mit Verfügung vom 13. Juni 2002 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich der 1957 geborenen H._ aufgrund die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Rückenbeschwerden eine ganze Invalidenrente ab 1. Oktober 2001 zu. Anlässlich einer Rentenrevision im Juni 2003 wurde die Rente mit Verfügung vom 16. September 2004 - bestätigt mit Einspracheentscheid vom 20. Dezember 2004 - ab 1. November 2004 auf eine Dreiviertelsrente herabgesetzt. Nach einer erneuten Operation am Rücken zufolge einer Wirbelsäulen-Affektion (vom 1. Januar 2005) sprach die IV-Stelle der Versicherten gestützt auf den Verlaufsbericht des behandelnden Arztes PD Dr. med. L._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, insbesondere Wirbelsäulenchirurgie, Klinik B._, vom 29. Juni 2005 eine befristete ganze Rente vom 1. April bis 30. Juni 2005 und ab 1. Juli 2005 wiederum eine Dreiviertelsrente zu (Verfügungen vom 5. Januar 2006). Mit Einsprache vom 23. Januar 2006, die im Einverständnis mit der Versicherten als Revisionsgesuch entgegengenommen wurde, machte diese eine erneute Verschlechterung des Gesundheitszustandes mit Hinweis auf eine nochmalige Operation am 22. Dezember 2005 geltend. Im Zuge des Vorbescheidverfahrens holte die IV-Stelle ein polydisziplinäres Gutachten beim Institut X._ ein, welches am 21. Januar 2008 erstattet wurde. Gestützt darauf wies sie das Gesuch um Erhöhung der Dreiviertels- auf eine ganze Rente ab Februar 2006 ab (Verfügung vom 30. Juni 2008). B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Einzelrichterentscheid vom 15. Januar 2010 ab. C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen, namentlich eine ganze Invalidenrente für die Zeit vom 1. Februar 2006 bis und mit 31. Juli 2007. Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.