Kosten für Ersatzvornahme, hat sich ergeben: A.- Mit zwei getrennten Verfügungen vom 5. Dezember 1995 verweigerte der Gemeinderat Affoltern a.A. M._ die nachträgliche Baubewilligung für den Wiederaufbau und die Erweiterung des Gartengerätehauses ("Schopfs") Vers. Nr. 1253 auf dem Grundstück Kat. Nr. 1316 (Bauzone) in Affoltern. Er forderte den Gesuchsteller auf, die Baute inkl. Erweiterung innert zweier Monate nach Eintritt der Rechtskraft der Verfügungen abzubrechen (je Dispositiv Ziff. 2). Für den Fall, dass die Beseitigung nicht fristgerecht erfolge, sei das Bausekretariat beauftragt, die Beseitigung als Ersatzvornahme unter Verrechnung der Kosten an den Grundeigentümer ausführen zu lassen (je Dispositiv Ziff. 3). Die gegen diese beiden Verfügungen erhobenen Rechtsmittel wurden von den kantonalen Instanzen und vom Bundesgericht (Urteil vom 15. Dezember 1997) abgewiesen. B.- mit Schreiben vom 9. Januar 1998 teilte der Gemeinderat Affoltern a.A. M._ mit Hinweis auf die Beschlüsse des Gemeinderates vom 5. Dezember 1995 und den bundesgerichtlichen Entscheid vom 15. Dezember 1997 "ordnungshalber" mit, dass der Schopf Vers. Nr. 1253 innert zweier Monate nach Rechtskraft der Beseitigungsverfügung abzubrechen sei. In einem weitern Schreiben vom 19. Februar 1998 wies der Gemeinderat M._ darauf hin, dass die erwähnte Frist am 20. Februar 1998 ablaufen werde. Sofern die Beseitigung des Schopfs nicht termingerecht erfolge, sei die Ersatzvornahme für den 2. März 1998 vorgesehen. Nach einem ersten Versuch der Ersatzvornahme am 4. März 1998, der wegen Drohungen seitens M._s gegen die beauftragten Personen abgebrochen wurde, erfolgte die Ersatzvornahme am 26. März 1998. Mit Verfügung vom 27. April 1998 auferlegte der Gemeinderat Affoltern a.A. M._ die Kosten für die Ersatzvornahme im Betrag von Fr. 6'621. 10. C.- Gegen die Kostenverfügung erhob M._ Rekurs, der von der Baurekurskommission II am 17. November 1998 abgewiesen wurde. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, Einzelrichter der 1. Abteilung, am 16. Juni 1999 ab. D.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 6. September 1999 beantragt M._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und von einer Auferlegung der Ersatzvornahmekosten abzusehen. Mit nachträglicher Eingabe vom 29. September 1999 stellt der Beschwerdeführer ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Der Gemeinderat Affoltern a.A. und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. E.- Mit Verfügung vom 13. Oktober 1999 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt und das Verfahren bis zum Entscheid des Verwaltungsgerichts über das vom Beschwerdeführer anhängig gemachte Revisionsgesuch sistiert. Eine vom Beschwerdeführer beantragte weitere Sistierung des Verfahrens bis zur Erledigung des Strafverfahrens gegen Mitglieder der Gemeindebehörde wegen Freiheitsberaubung anlässlich der Ersatzvornahme hat er dagegen abgelehnt. Nachdem das Verwaltungsgericht am 15. Dezember 1999 auf das Revisionsgesuch des Beschwerdeführers nicht eingetreten ist, hat das Bundesgericht das Verfahren am 31. Januar 2000 wieder aufgenommen. Der Instruktionsrichter hat mit Verfügung vom 16. Oktober 2000 die vom Beschwerdeführer beantragte Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels abgelehnt und vier in den Vorakten fehlende Schreiben bei der Gemeinde Affoltern a.A. ediert. Mit Schreiben vom 17. Oktober 2000 hat der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers mitgeteilt, dass sein Mandat erloschen sei.