Sachverhalt: A. Der 1963 geborene W._ war als Bezüger von Taggeld der Arbeitslosenversicherung bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 19. November 2004 erlitt er als Lenker eines Personenwagens einen Auffahrunfall. W._ verspürte sofort Schmerzen im Bereich der Halswirbelsäule mit Ausstrahlung in beide Ohren und einen Tinnitus. Im erstbehandelnden Spital X._ wurde die Diagnose einer Halswirbelsäulen-Distorsion gestellt und weiter notiert, der Patient mache einen deutlich depressiven Eindruck, was von seiner Frau indessen als normaler Zustand bezeichnet wurde. Die SUVA richtete Versicherungsleistungen unter anderem in Form eines stationären Aufenthaltes in der Rehaklinik Y._ und verschiedener fachärztlicher Abklärungen und Behandlungen (vor allem ORL und Psychiatrie) aus. Dr. med. S._, Spezialarzt FMH für Neurologie, hielt in seinem Bericht vom 7. Februar 2006 fest, das diagnostizierte deutliche myofasziale Zervikalsyndrom allein könne die eingeschränkte Beweglichkeit der Halswirbelsäule nicht erklären. In bildgebenden Verfahren fanden sich weder Hinweise auf eine Behinderung der neuralen Strukturen noch Anhaltspunkte für Bandläsionen am cranio-zervikalen Übergang oder eine Instabilität. Dieser Beurteilung schloss sich auch der behandelnde Hausarzt, Dr. med. A._, an (Bericht vom 20. März 2006). Schliesslich liess die SUVA den Versicherten von ihren beratenden Ärzten, Dr. med T._, Facharzt FMH für Chirurgie, Dr. med. R._, Fachärztin FMH für Psychiatrie und Psychotherapie und Dr. med. M._, Facharzt FMH für ORL, untersuchen. Es wurden die Diagnosen eines chronifizierten cervicocephalen Schmerzsyndroms, ohne objektivierbare strukturelle Unfallfolgen und einer seit über einem Jahrzehnt stabilen Kausalgie des linken Fusses bei einem Status nach Vorfussfraktur und Sudeck (Unfall im Jahre 1987), einem Verdacht auf eine Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F.60) und einer leichten depressiven Symptomatik im Rahmen der Persönlichkeitsstörung - differenzialdiagnostisch einer leichten depressiven Episode (ICD-10 F.32.0) - sowie eines schweren bis sehr schweren posttraumatischen Tinnitus gestellt. Mit Verfügung vom 9. Juli 2007 stellte die SUVA mit der Begründung, es fehle - ausser beim Tinnitus - an organischen Unfallfolgen und die subjektiven Beschwerden seien nicht adäquat kausal mit diesem, ihre Leistungen auf den 31. Juli 2007 ein. Für den als Unfallfolge anerkannte Tinnitus richtete sie eine Entschädigung für eine Integritätseinbusse von 7,5 % aus. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 29. November 2007). B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 24. September 2009 ab. C. W._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm nach weiterer Abklärung des Sachverhaltes ab 1. August 2007 eine angemessene Invalidenrente auszurichten. Er lässt letztinstanzlich unter anderem ein von der Invalidenversicherung eingeholtes polydisziplinäres Gutachten der MEDAS vom 27. Oktober 2009 auflegen. Im Weiteren ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung. Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.