Sachverhalt: A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der IR-Marke Nr. 000 AFRI-COLA (Wortmarke) mit Priorität der am 15. Juli 2003 in Deutschland hinterlegten Basiseintragung. Die Beschwerdeführerin beantragte den Schutz dieser Marke für das Gebiet der Schweiz für folgende Waren: Mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, cacao, sucre, riz, tapioca, sagou, succédanés de café; farines et préparations faites de céréales; pain, pâtisserie et confiserie; miel, sirop de mélasse; levure, poudre pour faire lever; sel; moutarde; vinaigre, sauces (condiments); épices; glace à rafraîchir; glaces comestibles et préparations essentiellement à base de glaces comestibles; crèmes glacées, glaces à la crème, sorbets, vacherins; sucreries, chocolat, produits au chocolat y compris les produits au chocolat fourrés; pralines, y compris celles fourrées aux fruits, au café, aux boissons sans alcool, au vin et/ou autres spiritueux ainsi que celles à base de lait ou produits laitiers, notamment de yaourt; pâtisseries de longue conservation, notamment gâteaux prêts à la consommation et gaufres, bonbons (Klasse 30). A.b Mit Schreiben vom 15. März 2005, irrtümlich datiert auf den 15. August 2005, erliess das Institut für Geistiges Eigentum (IGE; Beschwerdegegner) eine "Notification de refus provisoire total (sur motifs absolus)" mit der Begründung, AFRI-COLA sei für die beanspruchten Waren beschreibend, allenfalls täuschend. Einerseits sei AFRI eine geografische Herkunftsangabe, andererseits weise COLA für Extrakte aus dem Kolabaum bzw. der Kolanuss auf einen Bestandteil der gekennzeichneten Ware hin. Als Ganzes werde das Zeichen ohne Fantasieaufwand als "Extrakt der afrikanischen Kolanuss" verstanden und gehöre deshalb zum Gemeingut. Für Waren, die nicht aus Afrika stammten, sei AFRI-COLA zudem täuschend. Mit Verfügung vom 11. Januar 2006 verweigerte das IGE der IR-Marke Nr. 000 AFRI-COLA definitiv den Schutz für die beanspruchten Waren. B. B.a Die Beschwerdeführerin erhob gegen diese Verfügung Beschwerde an die damalige Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum. Per 1. Januar 2007 wurde das Verfahren an das Bundesverwaltungsgericht überwiesen. Mit Verfügung vom 30. November 2007 wurden die Parteien aufgefordert, beweiskräftige Belege zur Beantwortung von drei Sachverhaltsfragen im Zusammenhang mit der bestrittenen Qualifikation der Marke AFRI-COLA als irreführend bzw. als Gemeingut für die beanspruchten Waren der Klasse 29 und 30 einzureichen. Die Beschwerdeführerin antwortete mit Schreiben vom 17. Januar 2008, dass sie für die Beantwortung dieser Sachverhaltsfragen keine Mitwirkungspflicht treffe, weshalb sie auf die Einreichung von Beweismitteln verzichte. Mit Schreiben vom 18. Februar 2008 reichte das IGE Belege über Fair trade- und Entwicklungshilfeprojekte in Afrika, Auszüge aus dem Datenbanksystem der Eidgenössischen Zollverwaltung im Bereich Aussenhandelsstatistik ("Swiss-Impex") für das Jahr 2007 sowie Auszüge aus dem schweizerischen Pressearchiv ("Swissdox") ein. B.b Mit Urteil vom 1. Oktober 2008 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut; es hob Ziff. 1 der Verfügung vom 11. Januar 2006 teilweise auf und wies das IGE an, die Marke AFRI-COLA für die Waren glace à rafraîchir, glaces comestibles et préparations essentiellement à base de glaces comestibles, crèmes glacées, glaces à la crème, sorbets, vacherins, tapioca, pain, pâtisserie et confiserie, sirop de mélasse, levure, poudre pour faire lever, sauces (condiments), miel, moutarde, vinaigre, sucreries, chocolat, produits au chocolat y compris les produits au chocolat fourrés, pralines, y compris celles fourrées aux fruits, au café, aux boissons sans alcool, au vin et/ou autres spiritueux ainsi que celles à base de lait ou produits laitiers, notamment de yaourt, pâtisseries de longue conservation, notamment gâteaux prêts à la consommation et gaufres und bonbons (Klasse 30) ins Markenregister einzutragen. Im Übrigen wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab und bestätigte die angefochtene Verfügung. C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. Oktober 2008 betreffend die internationale Registrierung Nr. 000 aufzuheben, soweit er die von dieser Registrierung beanspruchten Waren nicht zum Markenschutz zulasse, d.h. für mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, sagou, sel, sucre, riz, cacao, épices, farines et préparations faites de céréales und succédanés de café (Klasse 30), und diese Registrierung sei in der Schweiz für alle beanspruchten Waren zuzulassen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin die Aufhebung des angefochtenen Entscheids sowie die Rückweisung zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subeventualiter an das IGE. Das IGE schliesst in seiner Antwort auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.