Sachverhalt: A. B._, geboren 1950, erlitt am 27. August 2004 einen Unfall, bei welchem er sich am rechten Knie verletzte. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) sprach ihm eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 17 % zu. Am 6. Juni 2005 meldete sich B._ bei der IV-Stelle des Kantons Luzern zum Leistungsbezug an, welche ihm mit Vorbescheid vom 29. August 2008 mitteilte, das Rentenbegehren werde gestützt auf die Akten der SUVA abgelehnt. B._ liess bei der IV-Stelle des Kantons Zürich eine Stellungnahme einreichen. Diese leitete die Eingabe am 9. Oktober 2008 an die IV-Stelle des Kantons Luzern weiter, die mangels Eingang einer Stellungnahme innert Frist bereits am 6. Oktober 2008 im Sinne des Vorbescheids verfügt hatte. B. B._ liess dagegen Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich einreichen. Darauf trat dieses am 24. November 2008 mangels Zuständigkeit nicht ein und überwies die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, welches die Beschwerde am 24. November 2009 abwies, soweit es darauf eintrat. C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm eine ganze Invalidenrente zu gewähren. Eventualiter sei die Sache im Sinne seiner Ausführungen zurückzuweisen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.