Sachverhalt: A. Wegen Überschreitens der signalisierten Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h (innerorts) um mindestens 16 km/h (nach Abzug der technischen Messtoleranz) am 2. Juni 2006 in Zürich wurde X._ mit Verfügung des Stadtrichteramtes Zürich vom 27. Juli 2006 mit Fr. 290.-- rechtskräftig gebüsst und mit Verfügung des Strassenverkehrsamtes des Kantons Aargau vom 16. Februar 2007 verwarnt. Eine vom Lenker gegen die administrative SVG-Verwarnung erhobene Beschwerde wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI) am 17. März 2008 ab. Die vom Lenker gegen den Entscheid des DVI eingereichte Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, mit Urteil vom 13. November 2008 gut, indem es die Verwarnungsverfügung des Strassenverkehrsamtes und den Beschwerdeentscheid des DVI aufhob. B. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichtes gelangte das Bundesamt für Strassen mit Beschwerde vom 16. Januar 2009 an das Bundesgericht. Es beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Verwarnung des Lenkers. Das Strassenverkehrsamt, das DVI und das Verwaltungsgericht haben je auf Stellungnahmen ausdrücklich verzichtet. X._ beantragt mit Vernehmlassung vom 31. März 2009 die Abweisung der Beschwerde.