Sachverhalt: A. Die Mitglieder der Erbengemeinschaft A._ (im Folgenden: Erbengemeinschaft) sind Eigentümer der in der Gemeinde Orpund gelegenen Parzellen Nrn. 167 und 168. Diese Parzellen werden teilweise für den Bau eines Abschnitts der Nationalstrasse N5 benötigt. Das Ausführungsprojekt wurde im Jahr 2002 erstmals öffentlich aufgelegt und vom Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) im Jahr 2004 genehmigt. Die Plangenehmigung wurde erfolgreich angefochten und das Ausführungsprojekt wurde mit einer gerichtlich angeordneten Anpassung erneut aufgelegt und im Jahr 2007 vom UVEK genehmigt. Diese Genehmigung blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. Am 1. Februar 2008 stellte der Kanton Bern bei der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, (im Folgenden: ESchK) ein Gesuch um Einleitung des Enteignungsverfahrens sowie um Gewährung der vorzeitigen Besitzeinweisung. Am 6. März 2008 wurde eine Einigungsverhandlung durchgeführt. Gleichentags ermächtigte die ESchK den Kanton Bern, von den beiden Parzellen im Umfang der vom UVEK genehmigten Landerwerbspläne vorzeitig Besitz zu ergreifen; ausserdem verfügte sie die Leistung einer Abschlagszahlung von Fr. 180'000.-- an die Erbengemeinschaft. Am 22. Oktober 2009 fand die Schätzungsverhandlung statt. Während in mehreren Punkten eine Einigung erzielt werden konnte, blieb insbesondere strittig, ob für die Enteignung von Teilen der beiden Parzellen der Verkehrswert von Bauland oder von Landwirtschaftsland zu entschädigen sei. Mit Entscheid vom 10. September 2010 verfügte die ESchK die Eigentumsübertragung bezüglich der betroffenen Teilflächen der Parzellen Nrn. 167 und 168 auf den Kanton Bern und legte die Entschädigungssummen fest. Diesbezüglich erwog die ESchK, es gebe keinen Anlass, für die Bestimmung der Entschädigung vom Verkehrswert im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung abzuweichen, denn die beiden Parzellen wären auch ohne das Nationalstrassenprojekt der Landwirtschaftszone zugeteilt worden. Es sei deshalb der Verkehrswert für Landwirtschaftsland zu entschädigen. Gegen diesen Entscheid erhoben die Mitglieder der Erbengemeinschaft am 14. Oktober 2010 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragten im Wesentlichen, es sei für die Bestimmung der Entschädigung auf den Verkehrswert von Bauland in einer Industriezone abzustellen. Es stehe fest, dass die rechtliche Situation der beiden Parzellen ohne die Planung der Nationalstrasse im Zeitpunkt der Einigungsverhandlung eine andere gewesen wäre. Massgebender Zeitpunkt für die Festsetzung der Entschädigung müsse das Jahr 1975 sein, als das generelle Projekt erstmals öffentlich aufgelegt worden sei. Damals hätten sich die beiden Parzellen in einer Bauzone befunden. Mit Urteil vom 5. April 2011 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Die Gerichtskosten auferlegte es dem Kanton Bern und verpflichtete diesen, den Mitgliedern der Erbengemeinschaft eine Parteientschädigung auszurichten. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. Mai 2011 beantragen die Mitglieder der Erbengemeinschaft im Wesentlichen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei im Hauptpunkt aufzuheben. Zudem sei der Kanton Bern zu verpflichten, ihnen eine auf dem Verkehrswert basierende Entschädigung zu bezahlen. In prozessualer Hinsicht beantragen die Mitglieder der Erbengemeinschaft, es sei ein Augenschein und ein Parteiverhör durchzuführen. Das Bundesverwaltungsgericht und das ebenfalls zur Stellungnahme eingeladene Bundesamt für Raumentwicklung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die ESchK und der Kanton Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Stellungnahme dazu im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.