Sachverhalt: A. X._ lebte im Jahr 2006 getrennt von seiner Ehefrau. Die Obhut über seine drei Kinder war während dieses Zeitraums gemäss gerichtlicher Regelung vom 10. Juni 2003 der Ehefrau anvertraut. X._ war zudem verpflichtet, Unterhaltsbeiträge für die Kinder an seine Ehefrau zu zahlen. Mitte August 2006 zog er von A._ nach B._ um, wo seine Ehefrau lebt. Seither nahmen die Ehegatten die Obhut über die Kinder abwechselnd wahr. Der Gerichtspräsident des Bezirks Saane passte die Regelung des Getrenntlebens am 15. Januar 2007 dementsprechend an. X._ verlangte, dass ihm für die Kantonssteuer 2006 die Hälfte des Sozialabzugs für die drei Kinder gewährt und der reduzierte Steuersatz für getrennt lebende Eltern, die mit Kindern im gleichen Haushalt zusammenleben, angewendet werde. Die kantonalen Behörden lehnten beides ab. B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. Juni 2008 beantragt X._ dem Bundesgericht sinngemäss, den in dieser Sache zuletzt ergangenen Entscheid des Kantonsgerichts des Kantons Freiburg - Steuergerichtshof - vom 16. Mai 2008 aufzuheben und ihm für die Kantonssteuer 2006 die Hälfte des Kinderabzugs zu gewähren sowie den reduzierten Steuersatz für getrennt lebende Eltern, die mit Kindern zusammenleben, anzuwenden. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. C. Die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg ersucht um Abweisung der Beschwerde. Der Steuergerichtshof beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet.