Sachverhalt: A. Am 19. Juli 2005 beantragte die X._ (Gesuchstellerin, Beschwerdeführerin) beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) die Eintragung einer dreidimensionalen Marke für "Zuckerwaren, Schokolade und Schokoladewaren, feine Backwaren" (Klasse 30) im Markenregister. Diese sieht wie folgt aus: Die Gesuchstellerin hielt an ihrem Gesuch auch fest, nachdem das IGE dieses beanstandet hatte. Mit Verfügung vom 30. November 2006 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch 01950/2005 "Milchmäuse (3D-Marke) " für sämtliche beanspruchten Waren zurück mit der Begründung, dass dem Zeichen die konkrete Unterscheidungskraft fehle. Es könne nicht zum Markenschutz zugelassen werden, da es zum Gemeingut gehöre (Art. 2 lit. a MSchG). B. Mit Urteil vom 2. Oktober 2007 wies das Bundesverwaltungsgericht eine dagegen erhobene Beschwerde der Gesuchstellerin ab und bestätigte die angefochtene Verfügung. Das Gericht kam zum Schluss, die angemeldete dreidimensionale Form weiche nicht genügend von den für das entsprechende Warensegment erwarteten und gewohnten Formen ab, um im Gedächtnis der Abnehmer als Hinweis auf die betriebliche Herkunft der Produkte haften zu bleiben. Dem Zeichen fehle mithin die nötige Unterscheidungskraft, weshalb es zu Recht als dem Gemeingut zugehörend im Sinne von Art. 2 lit. a MSchG zurückgewiesen worden sei. Das Gericht verwarf zudem einen Anspruch auf Gleichbehandlung, den die Gesuchstellerin im Hinblick auf diverse Voreintragungen geltend gemacht hatte. Auch konnte es keine Praxisänderung des IGE erkennen, weshalb es den von der Gesuchstellerin in diesem Zusammenhang vorgebrachten Argumenten nicht folgte. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin, das Urteil vom 2. Oktober 2007 sei aufzuheben und das IGE anzuweisen, die mit dem Markeneintragungsgesuch 01950/2005 "Milchmäuse (3D-Marke) " angemeldete Marke in das Markenregister einzutragen. Das IGE und das Bundesverwaltungsgericht beantragen in ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde.