Sachverhalt: A. A._, geboren 1960, war von April 1999 bis Dezember 2008 in leitender Funktion bei der B._ AG tätig. Am 10. April 2009 meldete sie sich wegen psychischer Probleme und Rückenschmerzen bei der IV-Stelle Zürich zum Leistungsbezug an. Ab 1. April 2010 war sie bei der C._ AG in einem 100%-Pensum als Direktorin HR Operations tätig. Nach erwerblichen und medizinischen Abklärungen sprach ihr die Verwaltung mit Verfügung vom 9. Mai 2011 eine ganze Invalidenrente ab Oktober 2009 und eine Viertelsrente ab April 2010 zu. Diese Verfügung ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen. Anlässlich einer Rentenrevision im Jahr 2012 hob die IV-Stelle die bislang ausgerichtete Rente mit Verfügung vom 9. April 2013 auf. Auch diese Verfügung wurde rechtskräftig. Nachdem A._ im Sommer 2014 ihre Anstellung bei der C._ AG aufgrund eines Vertrauensverlusts seitens der Arbeitgeberin verloren hatte, machte sie am 13. November 2014 eine gesundheitliche Verschlechterung geltend. Die IV-Stelle trat auf das Gesuch ein und veranlasste eine polydisziplinäre Begutachtung bei der Neurologie Toggenburg AG, Polydisziplinäre Begutachtungsstelle, MEDAS, Wattwil (Expertise vom 3. Februar 2016). Am 17. März 2016 teilte A._ mit, sie habe auf den 1. März 2016 eine neue Stelle angetreten. Nach Einholung einer ergänzenden Stellungnahme der Gutachter vom 18. Mai 2016, verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 30. September 2016 einen Leistungsanspruch. B. Die Beschwerde der A._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 13. April 2018 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei Dr. med. D._, Neurologie Toggenburg AG, aufgrund von Befangenheit in den Ausstand zu setzen und die mit ihm zusammenhängenden Berichte aus den Akten zu weisen, eventualiter seien neue medizinische Abklärungen zu tätigen. Es sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihr die gesetzlichen Leistungen, insbesondere eine Rente der Invalidenversicherung, zuzusprechen, eventualiter sei die Sache an die Verwaltung zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.