Sachverhalt: A. Mit Strafbefehl vom 20. Oktober 2017 sprach die Staatsanwaltschaft Baden A._ der Förderung des rechtswidrigen Aufenthalts in der Schweiz schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu je Fr. 110.- bei einer Probezeit von zwei Jahren und zu einer Busse von Fr. 1'500.- respektive 14 Tagen Ersatzfreiheitsstrafe bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse. A._ erhob dagegen fristgerecht Einsprache. Die Staatsanwaltschaft hielt am Strafbefehl fest und überwies die Akten dem Bezirksgericht Baden zur Durchführung des Hauptverfahrens. B. In der Folge erliess die Gerichtspräsidentin des Bezirksgerichts Baden am 7. Dezember 2017 eine Beweisverfügung, in welcher sie unter anderem die persönliche Befragung von A._ anordnete. Sodann lud sie diesen am 27. Februar 2018 zur Hauptverhandlung vom 11. Juni 2018 vor. Nachdem A._ nicht zur Verhandlung erschienen war und sich durch seinen Verteidiger vertreten liess, stellte die Gerichtspräsidentin das unentschuldigte Fernbleiben von A._ fest und entschied, diesen erneut vorzuladen und die Verhandlung zu schliessen. C. Mit Verfügung vom 12. Juni 2018 wurde A._ zur neu angesetzten Hauptverhandlung vom 17. September 2018 vorgeladen. Nachdem er unentschuldigt auch nicht zu dieser Verhandlung erschien und wiederum lediglich sein Verteidiger anwesend war, stellte die Gerichtspräsidentin des Bezirksgerichts Baden gleichentags mit Verfügung vom 17. September 2018 fest, dass die Einsprache von A._ als zurückgezogen gelte und der Strafbefehl vom 20. Oktober 2017 in Rechtskraft erwachsen sei. D. Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau am 18. Oktober 2018 ab, soweit es darauf eintrat. Sodann verweigerte es die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und amtlichen Verteidigung und auferlegte A._ die Verfahrenskosten. E. A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 18. Oktober 2018 und die Verfügung des Bezirksgerichts Baden vom 17. September 2018 seien aufzuheben und das Verfahren sei an das Bezirksgericht zur ordentlichen Durchführung des Strafverfahrens zurückzuweisen. Für das Verfahren vor Obergericht sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und der Unterzeichnete sei zu seinem unentgeltlichen Rechtsvertreter zu bestellen. A._ ersucht für das Verfahren vor Bundesgericht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.