Sachverhalt: A. Die Bundesanwaltschaft führte gegen B._ (nachfolgend "Beschuldigter"), den ehemaligen Verwaltungsratspräsidenten der A.A._ AG, eine Strafuntersuchung wegen verbotener Handlungen für einen fremden Staat. Im Rahmen der Untersuchung forderte die Bundesanwaltschaft die A.A._ AG wiederholt zur Herausgabe bestimmter Unterlagen und Dateien auf. Für die Umtriebe im Zusammenhang mit den Akteneditionen ersuchte die A.A._ AG die Bundesanwaltschaft am 7. Juni 2018 um Ausrichtung einer Entschädigung in Höhe von Fr. 31'725.--, nachdem das Bundesstrafgericht den Beschuldigten am 9. Mai 2018 freigesprochen hatte. Eine gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht am 4. Dezember 2018 gut. Es hob das Urteil des Bundesstrafgerichts auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung zurück (Urteil 6B_804/2018). B. In der Zwischenzeit trat das Bundesstrafgericht mit Verfügung vom 21. November 2018 auf das von der Bundesanwaltschaft zuständigkeitshalber überwiesene Entschädigungsgesuch der A.A._ AG nicht ein. C. Die A.A._ AG erhob am 21. Dezember 2018 Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und es sei die Bundesanwaltschaft zu verpflichten, ihr den Betrag in Höhe von Fr. 31'725.-- zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen.