Sachverhalt: A. Am 5. August 2016 reichte die A._ SA (Klägerin, Beschwerdeführerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich eine Klage gegen drei Beklagte ein. Die Beklagten führte sie in ihrer Klage wie folgt auf: "E._ AG, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz) Beklagte 1 C._, Y._ (Frankreich), Zweigniederlassung Schweiz, Z._, Beklagte 2 D._ AG Beklagte 3" B. Mit Beschluss vom 16. August 2016 trat das Handelsgericht des Kantons Zürich auf die Klagen gegen die Beklagte 1 (Beschwerdegegnerin 1) und gegen die Beklagte 2 (Beschwerdegegnerin 2) nicht ein (Dispositiv-Ziff. 3). Es setzte die Gerichtsgebühr auf Fr. 6'000.-- fest (Dispositiv-Ziff. 4) und auferlegte die Gerichtskosten der Klägerin (Dispositiv-Ziff. 5). Das Handelsgericht korrigierte vorab von Amtes wegen die offensichtlich unrichtige Parteibezeichnung der Beklagten 1, welche sich am 28. Januar 2016 (Eintrag ins Tagesregister) von der "E._ AG, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz) " habe umfirmieren lassen in "B._ SE, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz) ". Sodann führte es aus, bei den Beklagten 1 und 2 handle es sich um Zweigniederlassungen, die nicht parteifähig seien. Da es somit an einer Prozessvoraussetzung fehle, sei auf die Klagen gegen die Beklagten 1 und 2 nicht einzutreten. C. Gegen diesen Beschluss führt die Klägerin beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen mit folgenden Anträgen: "1. Es seien Dispositivziffern 3 bis 5 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2016 (...) aufzuheben und auf die Klage gegen die Beschwerdegegnerinnen 1 und 2 einzutreten sowie die Streitsache zur Weiterführung des Verfahrens und zur Beurteilung in der Sache selbst an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen. 2. Es seien im Rubrum die Parteibezeichnungen wie folgt anzupassen: Beschwerdegegnerin/Beklagte 1: B._ SE, mit Sitz in W._ (Deutschland); Zustellungsdomizil: B._ SE, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz) und Beschwerdegegnerin/Beklagte 2: C._, mit Sitz in Y._ (Frankreich); Zustellungsdomizil: C._, Y._ (Frankreich), Zweigniederlassung Schweiz, Z._. 3. Eventualiter zu Rechtsbegehren 1 und 2 seien Dispositivziffern 3 bis 5 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2016 (...) aufzuheben und das Verfahren zur neuen Entscheidung an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen. 4. (Kosten- und Entschädigungsfolgen)." Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben repliziert und dupliziert.