Sachverhalt: A. Am 24. April 2009 verurteilte das Kreisgericht IV Aarwangen-Wangen A._ wegen vorsätzlicher Tötung seiner Schwägerin zu einer Freiheitsstrafe von neun Jahren. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte dieses Urteil am 23. Februar 2010. Mit Urteil 6B_781/2010 vom 13. Dezember 2010 wies das Bundesgericht eine von A._ erhobene Beschwerde ab, soweit es auf diese eintrat. Der Strafvollzug von A._ endete am 16. Januar 2017. B. Am 16. November 2016 beantragte das Amt für Justizvollzug des Kantons Bern, Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug, dem Regionalgericht Emmental-Oberaargau die Änderung der Sanktion nach Art. 65 Abs. 1 StGB (stationäre therapeutische Massnahme), eventualiter nach Art. 65 Abs. 2 StGB (Verwahrung). Auslöser für die Einleitung des nachträglichen Verfahrens war der Therapieverlaufsbericht von Dr. med. B._ vom 11. Juni 2016, in welchem dieser festhielt, dass er den Diagnosen der am 2. Juli 2008 bzw. 1. November 2013 verfassten Gutachten von Dr. med. C._ bzw. Dr. med. D._, die übereinstimmend von einer kombinierten Persönlichkeitsstörung paranoider, schizoider und kränkbarer Ausprägung sprächen, nicht folgen könne. Aufgrund seiner bisherigen Erfahrungen mit A._ könne ebenso gut die Diagnose einer schleichend und eher symptomarm verlaufenden Psychose aus dem Formenkreis der Schizophrenie, zu klassifizieren nach ICD-10 unter F21 "schizotype Störung", gestellt werden. Dass es unter diesen Voraussetzungen nicht zu einer stationären Massnahme nach Art. 59 StGB oder einer Verwahrung nach Art. 64 StGB gekommen sei, sei aus heutiger, forensisch-psychiatrischer Sicht schlicht unverständlich. Am 24. Oktober 2016 verfügte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug die Verlegung von A._ zwecks stationärer Begutachtung in die Universitären Psychiatrischen Kliniken (UPK) Basel. Dr. med. E._ erstellte am 19. Dezember 2016 einen Zwischenbericht zum aktuellen Stand der Begutachtung. Das Regionale Zwangsmassnahmengericht Emmental-Oberaargau ordnete am 11. Januar 2017, auf Antrag des Regionalgerichts vom 27. Dezember 2016, Sicherheitshaft vom 16. Januar 2017 (Ende des Strafvollzugs) bis und mit 31. März 2017 an. Gegen diesen Entscheid reichte A._ am 23. Januar 2017 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Bern ein. Er beantragte, der Entscheid des Zwangsmassnahmengerichts sei aufzuheben, und er sei per sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Mit Beschluss vom 9. Februar 2017 wies das Obergericht die Beschwerde von A._ ab und auferlegte diesem die Verfahrenskosten von Fr. 1'200.--. Das Obergericht erwog, aus dem von Dr. med. E._ von den UPK Basel verfassten Zwischenbericht vom 19. Dezember 2016 gehe hervor, dass aufgrund des andauernden Gutachtenprozesses eine fundierte Diskussion der bisherigen diagnostischen Einschätzungen (Persönlichkeitsstörung oder Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis) und insbesondere der damit verbundenen Aussagen zur Legalprognose nicht möglich sei. Nach Einschätzung von Dr. med. E._ sollten die weitere Verhaltensbeobachtung im Rahmen der stationären Begutachtung sowie die noch stattfindenden persönlichen Kontakte des Gutachters zur weiteren Prüfung der Differentialdiagnose einer Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis beitragen. Das Obergericht schloss, die Prüfung der von Dr. med. B._ gestellten Diagnose durch die UPK Basel sei damit noch ausstehend. Im Zwischenbericht werde die Einschätzung durch Dr. med. B._ nicht diskutiert und es würden keine Aussagen zur Frage der Rückfallgefahr oder zur Massnahmebedürftigkeit gemacht. Zwischen Dr. med. B._ und A._ hätten 12 Gespräche stattgefunden. Auf die Beurteilung von Dr. med. B._ dürfe bis zum Vorliegen des Gutachtens der UPK Basel abgestellt werden (vgl. Beschluss vom 9. Februar 2017 E. 6). Am 2. März 2017 legten Dr. med. E._ und Dr. med. F._ von den UPK Basel ihr forensisch-psychiatrisches Gutachten vor. Sie kamen zum Schluss, aus forensisch-psychiatrischer Sicht sei eine kombinierte Persönlichkeitsstörung mit paranoiden und schizoiden Anteilen (ICD-10 F61.0) zu diagnostizieren. Das Vorliegen einer Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis, namentlich einer schizotypen Störung (ICD-10 F21), könne mit hinreichender diagnostischer Sicherheit ausgeschlossen werden (Gutachten vom 2. März 2017 S. 71). Eine forensisch-psychotherapeutische Behandlung im Sinne einer stationären Massnahme nach Art. 59 StGB erachten die Gutachter als nicht erfolgversprechend (Gutachten vom 2. März 2017 S. 74). Gestützt auf diese gutachterlichen Ergebnisse vom 2. März 2017 beantragte das Regionalgericht dem Zwangsmassnahmengericht am 9. März 2017 die Entlassung von A._ aus der Sicherheitshaft. C. Mit Eingabe vom 15. März 2017 führt A._ gegen den Beschluss des Obergerichts vom 9. Februar 2017 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, den Entscheid der Vorinstanz vom 9. Februar 2017 aufzuheben und ihn per sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Das Obergericht und das Zwangsmassnahmengericht verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Beschwerdeabweisung. D. Mit Entscheid vom 28. März 2017 hiess das Zwangsmassnahmengericht den Antrag des Regionalgerichts vom 9. März 2017 gut und entliess A._ zuhanden der Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde Oberaargau aus der Sicherheitshaft. Mit Eingabe vom 6. April 2017 an das Bundesgericht hält A._ an seiner Beschwerde fest. Er habe trotz seiner Haftentlassung ein rechtliches Interesse an der Behandlung seiner Beschwerde. Bei rechtswidrig angewandten Zwangsmassnahmen habe er gemäss Art. 431 StPO einen Anspruch auf Entschädigung und Genugtuung.