Sachverhalt: A. A.D._, verheiratet mit B.D._, war in U._ wohnhaft und übte eine selbstständige Erwerbstätigkeit als Landwirt aus. Mit Kaufvertrag vom 20. November 2003 übertrug er seinen Landwirtschaftsbetrieb auf seinen Sohn C.D._, wobei er das Grundstück Grundbuch (GB) U._ Nr. aaa, Parzelle bbb ("E._"), das Grundstück GB U._ Nr. ccc, Parzelle ddd ("F._"), und das Grundstück GB U._ Nr. eee, Parzelle fff ("G._") für sich zurückbehielt. Am 27. Mai 2013 veranlagte die Steuerkommission U._ die Steuerpflichtigen für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'572'000.-- und mit einem steuerbaren Vermögen von Fr. 1'499'000.--. Die Steuerkommission ermittelte einen steuerbaren Kapitalgewinn von Fr. 1'764'879.-- und brachte einen AHV-Beitrag von Fr. 153'300.-- in Abzug. Sie hiess mit Einspracheentscheid vom 11. November 2014 eine von den Steuerpflichtigen gegen die Veranlagungsverfügung erhobene Einsprache teilweise gut und reduzierte den Steuerfaktor Einkommen um den Kapitalgewinn aus Überführung von Geschäftsvermögen, indem sie feststellte, der steuerbare Kapitalgewinn in Höhe von Fr. 1'763'741.-- unterliege separat der privilegierten Liquidationsbesteuerung nach § 45 Abs. 1 lit. f des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG/AG). Auf einen dagegen erhobenen Rekurs der Steuerpflichtigen trat das Spezialverwaltungsgericht des Kantons Aargau mangels Rechtsschutzinteresse nicht ein und wies die Steuerpflichtigen auf die Rechtsmittel gegen die separate Veranlagungsverfügung hin. Am 13. Oktober 2015 veranlagte die Steuerkommission U._ die Steuerpflichtigen für das Steuerjahr 2003 (separate Jahressteuer) mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'763'700.-- und wies die dagegen von den Steuerpflichtigen geführte Einsprache am 8. Dezember 2015 ab. B. Mit Urteil vom 22. September 2016 wies das Spezialverwaltungsgericht des Kantons Aargau den von den Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid erhobenen Rekurs ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die von den Steuerpflichtigen dagegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 10. Februar 2017 ebenfalls ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. März 2017 an das Bundesgericht beantragen die Steuerpflichtigen, es sei festzustellen, dass die Verjährung eingetreten sei. Eventualiter beantragen sie, die Sache sei im Sinne der Begründungen und des vorstehenden Sachverhalts kostenfällig an die Vorinstanzen zurückzuweisen und eine allfällige Besteuerung sei nach § 44a oder § 43 StG/AG vorzunehmen. Die Vorinstanz und die Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das kantonale Steueramt schliesst sich dem angefochtenen Urteil an und schliesst implizit auf Abweisung der Beschwerde. In je einer weiteren Eingabe lassen sich die Beschwerdeführer und das kantonale Steueramt nochmals zur Sache vernehmen.