Sachverhalt: A. Mit Rapport vom 31. Oktober 2015 zeigte die Luzerner Polizei A._ bei der Staatsanwaltschaft wegen Kaufs, Besitzes und Konsums von Marihuana an. Eine Kopie des Rapports stellte die Polizei dem Strassenverkehrsamt des Kantons Luzern zu. Mit Verfügung vom 19. November 2015 ordnete das Strassenverkehrsamt die Überprüfung der Fahreignung von A._ durch das Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich an. Auf die von A._ hiergegen erhobene Beschwerde trat das Kantonsgericht Luzern am 4. Januar 2016 nicht ein. Der Entscheid erwuchs in Rechtskraft. Am 6. April 2016 untersuchte Dr. med. Tamara Rohner Sonderegger, Fachärztin für Rechtsmedizin und Verkehrsmedizinerin SGRM, A._. Am 2. Juni 2016 erstattete sie ihr Gutachten. Sie verneinte die Fahreignung, da A._ die notwendige Cannabisabstinenz nicht belegen könne. B. Am 8. Juni 2016 entzog das Strassenverkehrsamt gestützt auf das Gutachten A._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit. Dagegen erhob A._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Am 25. August 2016 zog das Strassenverkehrsamt die Verfügung vom 8. Juni 2016 in Wiedererwägung und hob sie auf. Es erteilte A._ den Führerausweis wieder unter folgenden Auflagen: A._ habe bis zum 30. September 2016 bei seinem Hausarzt eine Urinprobe auf Cannabis abzugeben und deren Ergebnis dem Strassenverkehrsamt unaufgefordert zuzustellen (Ziff. 3). Falls das Strassenverkehrsamt bis zum 31. Oktober 2016 nicht im Besitz des Ergebnisses des Urintests sei, werde es einen vorsorglichen Führerausweisentzug und eine erneute Überprüfung der Fahreignung anordnen (Ziff. 4). Die Auflagen würden im Führerausweis mit "Code 101" eingetragen (Ziff. 5). A._ reichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Kantonsgericht ein mit dem Antrag, die Ziffern 3-5 der Verfügung vom 25. August 2016 aufzuheben. Am 25. Oktober 2016 wies das Kantonsgericht die Beschwerde ab (Ziff. 1). Es bewilligte das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und erhob deshalb keine amtlichen Kosten (Ziff. 2). Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wies es ab (Ziff. 3). C. A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, die Ziffern 1 und 3 des Urteils des Kantonsgerichts vom 25. Oktober 2016 seien aufzuheben und dem Beschwerdeführer für das kantonsgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Verbeiständung durch Rechtsanwalt Yann Moor zu gewähren. D. Das Kantonsgericht hat Gegenbemerkungen eingereicht mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Strassenverkehrsamt hat sich vernehmen lassen. Es beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen beantragt unter Hinweis auf das seines Erachtens zutreffende Urteil des Kantonsgerichts die Abweisung der Beschwerde. A._ hat dazu Stellung genommen. E. Mit Verfügung vom 29. November 2016 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.