Sachverhalt: A. Mit Urteil des Regionalgerichts Berner Jura-Seeland vom 1. Februar 2013 wurde A._ der sexuellen Handlungen mit Kindern sowie des Versuchs dazu (mehrfach begangen), der Pornografie (mehrfach begangen) und der sexuellen Belästigung für schuldig erklärt und zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren verurteilt. Der Vollzug der Freiheitsstrafe wurde zugunsten einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss Art. 59 Abs. 1 StGB aufgeschoben. Mit Verfügung der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug des Kantons Bern vom 7. September 2012 wurde A._ zum vorzeitigen Massnahmenantritt gemäss Art. 236 StPO in die Therapieabteilung der Justizvollzugsanstalt Thorberg eingewiesen. Der Vollzugsbeginn wurde auf den 12. September 2012 festgelegt, womit die fünfjährige Höchstdauer der Massnahme nach Art. 59 StGB am 11. September 2017 erreicht wurde. Zwischenzeitlich, d.h. am 16. August 2016, wurde A._ in die Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel verlegt. Die Bewährungs- und Vollzugsdienste des Kantons Bern beantragten dem Regionalgericht Berner Jura-Seeland am 14. Juni 2017 die Verlängerung der stationären Massnahme für weitere fünf Jahre. Weiter stellten sie den Antrag, dass durch das zuständige Gericht bei Erreichen der Höchstdauer am 11. September 2017 Sicherheitshaft oder Ersatzmassnahmen anzuordnen seien und deren Ausgestaltung den Bewährungs- und Vollzugsdiensten zu übertragen sei. Am 23. August 2017 stellte das Regionalgericht Berner Jura-Seeland dem Regionalen Zwangsmassnahmengericht Berner Jura-Seeland den Antrag auf Anordnung von Sicherheitshaft für A._ für die vorläufige Dauer von drei Monaten. Dieses ordnete mit Entscheid vom 31. August 2017 Sicherheitshaft bis am 30. November 2017 an und verfügte, dass deren Vollzug nach Möglichkeit in den Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel zu erfolgen habe. B. Diesen Entscheid des Zwangsmassnahmengerichts focht A._ mit Beschwerde vom 16. September 2017 beim Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, an. Mit Beschluss vom 10. Oktober 2017 hiess das Obergericht die Beschwerde teilweise gut und stellte fest, dass das rechtliche Gehör von A._ verletzt worden war. Soweit weitergehend, wies es die Beschwerde ab. C. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 13. November 2017 an das Bundesgericht beantragt A._ in der Hauptsache, den Beschluss der Vorinstanz aufzuheben und ihn (eventuell unter Anordnung von Ersatzmassnahmen) umgehend aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft stellt Antrag auf Beschwerdeabweisung. Der Beschwerdeführer verzichtet auf eine weitere Stellungnahme.