Sachverhalt: A. Am 8. Februar 2014 wies die bei der A._ AG tätige Filialleiterin X._ zwei ihrer Mitarbeitenden telefonisch an, einen Kassenfehlbestand von Fr. 100.- durch die Verbuchung einer nicht stattgefundenen Retoure auszugleichen. Die Mitarbeitenden erstellten daraufhin einen fiktiven Retourenbeleg. B. Die Staatsanwaltschaft Baden erhob am 29. Juni 2016 Anklage gegen X._ wegen Anstiftung zur Urkundenfälschung. Das Bezirksgericht Baden sprach X._ mit Urteil vom 10. März 2017 frei und verwies die Schadenersatzansprüche der A._ AG auf den Zivilweg. C. Auf Berufung der Staatsanwaltschaft und der A._ AG erkannte das Obergericht des Kantons Aargau X._ am 13. März 2018 der Anstiftung zur Urkundenfälschung für schuldig. Es verurteilte sie zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu je Fr. 80.- bei einer Probezeit von zwei Jahren. Die Schadenersatzansprüche der A._ AG verwies es auf den Zivilweg. D. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, sie sei von Schuld und Strafe freizusprechen und die Zivilansprüche der A._ AG seien abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.