Sachverhalt: A. Am 16. Dezember 2014 erhob A._, geb. 2001, Strafanzeige gegen X._ wegen sexueller Handlungen mit Kindern und sexueller Nötigung. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg eröffnete am 6. Januar 2015 die Untersuchung und befragte X._, dessen Bruder, A._ sowie deren Mutter teilweise mehrfach. Ferner liess sie ein aussagepsychologisches Gutachten über die Ausführungen von A._ erstellen. Die Gutachterin gelangte zum Schluss, dass aus aussagepsychologischer Sicht nicht empfohlen werden könne, die Anschuldigungen des Mädchens zur wesentlichen Grundlage eines Strafverfahrens zu machen. B. Die Staatsanwaltschaft stellte das Strafverfahren gegen X._ am 1. Juli 2016 ein. Das Kantonsgericht Freiburg wies die dagegen gerichtete Beschwerde von A._ am 11. November 2016 ab. C. A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der kantonsgerichtliche Entscheid sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, das Strafverfahren gegen X._ fortzuführen und Anklage zu erheben. Eventualiter sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, ein zweites aussagepsychologisches Gutachten in Auftrag zu geben, subeventualiter das Gutachten vom 27. März 2016 methodenkritisch überprüfen zu lassen. Sie ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. D. Die Staatsanwaltschaft und das Kantonsgericht verzichten auf eine Stellungnahme. X._ lässt sich vernehmen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.