Sachverhalt: A. Das Strafgericht Basel-Stadt sprach X._ am 2. Dezember 2016 der qualifizierten sexuellen Nötigung, der mehrfachen Vergewaltigung (zum Nachteil von B._), der mehrfachen sexueller Nötigung, der Förderung der Prostitution, der mehrfachen Freiheitsberaubung, der Veruntreuung, der versuchten einfachen Körperverletzung, der mehrfachen Drohung, der mehrfachen Sachbeschädigung, der Tätlichkeiten und der mehrfachen Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes im Sinne von Art. 19a BetmG schuldig. In weiteren Anklagepunkten sprach es X._ von den erhobenen Vorwürfen frei. Im Anklagepunkt I.3.1 (Vorwurf der mehrfachen Vergewaltigung zum Nachteil von A._) stellte es das Verfahren zufolge Verletzung des Anklageprinzips ein. Weitere Einstellungen erfolgten infolge Verjährung, Fehlens bzw. Rückzugs des Strafantrags sowie zufolge "Verletzung des Konfrontationsrechts". Das Strafgericht widerrief die X._ mit Entscheid des Strafvollzugs Basel-Stadt vom 27. Mai 2014 gewährte bedingte Entlassung (Reststrafe von 339 Tagen) und verurteilte X._ unter Einbezug der für vollziehbar erklärten Reststrafe zu einer Gesamtfreiheitsstrafe von 6 Jahren und 5 Monaten, zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 10.-- sowie zu einer Busse von Fr. 800.--. Zudem verpflichtete es X._, A._ eine Genugtuung von Fr. 8'000.-- zzgl. Zins zu bezahlen. Die Zivilforderungen der übrigen Privatkläger verwies es auf den Zivilweg. Die Staatsanwaltschaft sowie X._ erhoben gegen dieses Urteil Berufung und A._ Anschlussberufung. B. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt sprach X._ mit Urteil vom 26. November 2018 der Vergewaltigung, der sexuellen Nötigung (Anklagepunkt I.3.2 Abs. 1), der Förderung der Prostitution, der Freiheitsberaubung und der Tätlichkeiten zum Nachteil von A._ sowie der Sachentziehung zum Nachteil von C._ schuldig. Von den Vorwürfen der qualifizierten sexuellen Nötigung, der mehrfachen Vergewaltigung, der mehrfachen Drohung und der Freiheitsberaubung zum Nachteil von B._ sowie der mehrfachen Vergewaltigung und der mehrfachen sexuellen Nötigung zum Nachteil von A._ sprach es ihn frei. Die Schuldsprüche wegen mehrfacher Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes sowie mehrfacher Sachbeschädigung erwuchsen unangefochten in Rechtskraft. Es verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 31/2 Jahren, zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 10.-- und zu einer Busse von Fr. 800.--. Von einer Rückversetzung in den Strafvollzug für die Reststrafe von 339 Tagen sah es in Anwendung von Art. 89 Abs. 4 StGB ab. Im Zivilpunkt bestätigte es, soweit angefochten, das erstinstanzliche Urteil. C. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, er sei von den Vorwürfen der Vergewaltigung, der sexuellen Nötigung, der Förderung der Prostitution und der Freiheitsberaubung zum Nachteil von A._ freizusprechen, deren Zivilforderung sei auf den Zivilweg zu verweisen und er sei für die erstandene Haft zu entschädigen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.