Sachverhalt: A. Am 12. Oktober 2015 erteilte der Gemeinderat Schwerzenbach der C._ AG die Baubewilligung für die Erstellung der Wohnüberbauung "Ifang-Areal" auf verschiedenen Grundstücken an der Ifangstrasse in Schwerzenbach unter gleichzeitiger Eröffnung der damit zusammenhängenden Verfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 25. August 2015. Am 27. November 2015 reichte die D._ AG als Mieterin von Gewerberäumen an der X._strasse "...", einer vom Bauperimeter nur durch die Ifangstrasse getrennten, direkt gegenüberliegenden Liegenschaft, Rekurs beim Baurekursgericht des Kantons Zürich ein. Im Dezember 2015 verkaufte die C._ AG die Grundstücke mitsamt dem Projekt der B._ AG. Das Baurekursgericht nahm daraufhin einen entsprechenden Parteiwechsel im Verfahren vor. Nach dem zweiten Schriftenwechsel sistierte der Präsident des Baurekursgerichts das Verfahren. Am 3. April 2017 teilte der Rechtsvertreter der D._ AG dem Baurekursgericht mit, das Mietverhältnis sei von seiner Mandantin auf die A._ AG übergegangen, die in das Rekursverfahren eintreten wolle, und beantragte einen entsprechenden Parteiwechsel sowie die Weiterführung des Verfahrens. Die B._ AG widersetzte sich dem Parteiwechsel nicht. Mit Präsidialverfügung vom 6. September 2017 entliess das Baurekursgericht die D._ AG aus dem Verfahren, nahm die A._ AG als Rekurrentin darin auf und setzte den Prozess fort. Am 4. April 2018 wies das Baurekursgericht den Rekurs ab. B. Mit Urteil vom 29. November 2018 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine dagegen von der A._ AG erhobene Beschwerde im Sinne der Erwägungen ab. Es führte dazu aus, entgegen der Auffassung des Baurekursgerichts sei der Eintritt der Nachmieterin als Rekurrentin in das baurechtliche Bewilligungsverfahren anstelle ihrer rekurrierenden Vormieterin unzulässig. Die Nachfolge in der Miete bringe keinen Eintritt in die prozessuale Parteistellung mit sich. Anders als bei der Übertragung von Eigentum an einer Liegenschaft trete ein neuer Mieter nicht in die Rechtsstellung des Vormieters ein, sondern leite seine Rechte einzig aus dem Verhältnis zum Vermieter ab. Eine Nachfolge in die Parteistellung setze die Rechtsmittellegitimation der neuen Partei voraus, wofür im Baubewilligungsverfahren bei Mietern ein langfristiges Mietverhältnis notwendig sei, das aber mit einer Kündigung dahinfalle. Im zu beurteilenden Fall sei die Nachmieterin nicht in die Rechtsstellung der Vormieterin eingetreten und habe deshalb nicht über das erforderliche Rechtsschutzinteresse im Zeitpunkt der Rekurserhebung verfügt, weshalb ein Parteiwechsel ausgeschlossen sei. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht beantragt die A._ AG, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an dieses zurückzuweisen; eventuell sei das Baugesuch abzuweisen. Zur Begründung wird im Wesentlichen geltend gemacht, das angefochtene Urteil verletze den bundesrechtlichen Grundsatz der Einheit des Verfahrens. Die A._ AG habe den Mietvertrag ihrer Vormieterin übernommen, sei daher sehr wohl in deren Rechtsstellung eingetreten und habe im Übrigen ohnehin ein ausreichendes aktuelles schutzwürdiges Interesse an der Beschwerdeführung. Da dies vor Bundesgericht zutreffe, müsse es auch vor dessen Vorinstanzen gelten. Die B._ AG stellt mit der Begründung, weitere Verzögerungen vermeiden zu wollen, Antrag auf Gutheissung der Beschwerde und Rückweisung der Streitsache zur weiteren inhaltlichen Beurteilung an das Verwaltungsgericht. Der Gemeinderat Schwerzenbach verzichtete auf eine Stellungnahme. Die Baudirektion des Kantons Zürich und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.