Sachverhalt: A. Mit Kaufvertrag vom 11. September 2000 erwarb die A._ (Switzerland) SA (ursprüngliche Klägerin) von B._ (Beklagter 1, Beschwerdegegner) und C._ (Beklagter 2) per 1. Januar 2000 sämtliche Aktien der (aus sechs Gesellschaften bestehenden) D._-Gruppe mit Sitz in U._. Die ursprüngliche Klägerin wurde in der Folge von der A._ AG mit Sitz in U._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) auf dem Wege der Fusion übernommen. Die Beklagten waren vor und nach dem Verkauf ihrer Aktien Verwaltungsräte der D._-Gruppe mit Einzelunterschrift. Im Februar 2004wurden die Beklagten "fristlos entlassen". Der Kaufpreis für die Aktien umfasste einen fixen Betrag von Fr. 7,5 Mio. und eine variable Komponente (sog. "Earn-out"). Der Earn-out hing von den zu Konsolidierungszwecken an den Konzern gemeldeten Geschäftszahlen der D._-Gruppe in den Jahren 2000 bis 2005 ab. Am 17. Juli 2003 unterzeichneten die Parteien eine Vertragsergänzung (Deed of Amendment to the Share Purchase Agreement; nachfolgend: Vertragsergänzung), in welchem die Berechnung des variablen Kaufpreisanteils für die Jahre 2003 bis 2005 neu geregelt wurde. Die A._ (Switzerland) SA zahlte den Beklagten neben dem fixen Kaufpreisanteil einen variablen Kaufpreis für die Jahre 2000 bis 2002 von insgesamt Fr. 8'897'000.-- (bzw. je Fr. 4'448'500.--). Für die Jahre 2003 bis 2005 erfolgten keine Zahlungen mehr. B. B.a. Nachdem die Klägerin ursprünglich mit Klage beim Bezirksgericht Zürich (Klageeingang am 24. November 2008) beide Beklagten auf Rückzahlung eines Teils des geleisteten Kaufpreises eingeklagt hatte, passte sie im Laufe des erstinstanzlichen Verfahrens ihr Rechtsbegehren an und verlangte, der Beklagte 1 sei unter Vorbehalt des Nachklagerechts zu verpflichten, ihr Fr. 9'606'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Das Bezirksgericht schützte mit Urteil vom 17. Dezember 2014die Klage teilweise und verpflichtete den Beklagten 1, der Klägerin Fr. 3'895'207.80 nebst Zins zu bezahlen. Es gelangte nach Durchführung eines Beweisverfahrens zum Ergebnis, die Beklagten hätten ihre Pflicht zur Lieferung korrekter Zahlen als Grundlage für die Berechnung der Earn-out-Zahlung bzw. einer Kaufpreisreduktion verletzt, indem sie fiktive Rechnungen auf verschiedene Firmen erstellt und dann namens dieser Rechnungsschuldner aus eigenen Mitteln an die Klägerin Zahlungen (sog. Selbstzahlungen) geleistet hätten, um so gestützt auf zu hohe Gewinne Earn-out-Zahlungen an sich selber zu generieren. Gestützt auf diese Vertragsverletzung hätten sie den unter dem Titel Earn-out zuviel geleisteten Betrag sowie einen Teil des fixen Betrages des Kaufpreises (negative Kaufpreisanpassung) unter solidarischer Haftbarkeit zurückzuzahlen. Zwar hätten die Parteien mit Art. 6 der Vertragsergänzung eine Saldoklausel getroffen hinsichtlich der Zahlungen in den Jahren 2000, 2001 und 2002. Damit sei zum Ausdruck gebracht worden, dass mit den Zahlungen in diesen Jahren die gegenseitigen Ansprüche bereinigt seien. Diese Vereinbarung sei aber im Hinblick auf die Selbstzahlungen wegen Irrtum ungültig, weil die Klägerin im fraglichen Zeitpunkt nicht mit fiktiven Rechnungen und deren Selbstzahlung durch den Beklagten 1 rechnen musste. Als nicht erstellt betrachtete das Bezirksgericht hingegen den Vorwurf, die Beklagten hätten nie erbrachte Leistungen und nie getätigte Lizenzgeschäfte aktiviert und fiktive Rechnungen ausgestellt und auch auf diese Weise die Berechnung der Earn-out-Zahlung manipuliert. B.b. Mit Urteil vom 22. Juli 2016 hiess das Obergericht des Kantons Zürich die vom Beklagten 1 gegen das Urteil des Bezirksgerichts erhobene Berufung gut, und wies es die Anschlussberufung der Klägerin und die Klage ab. Das Obergericht erwog, entgegen dem Bezirksgericht sei der Beweis nicht erbracht worden, dass der Beklagte 1 die strittigen Selbstzahlungen gemacht habe. Es erübrige sich daher, auf die weiteren Voraussetzungen einer möglichen Schadenersatzpflicht einzugehen. Im Rahmen einer Eventualbegründung ging das Obergericht sodann wie das Bezirksgericht davon aus, Artikel 6 der Vertragsergänzung sei als Saldoklausel zu verstehen. Anders als das Bezirksgericht nahm es aber an, eine rechtzeitige Irrtumsanfechtung sei nicht erfolgt und es verneinte einen Irrtum der Klägerin, denn im Zeitpunkt der Vereinbarung der Vertragsergänzung seien allfällige Verfehlungen des Beklagten 1bei der Klägerin bekannt gewesen. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an dieses zurückzuweisen; eventualiter verlangt sie vom Beschwerdegegner (wie bereits vor Obergericht) Fr. 4'231'207.80 nebst Zins; subeventualiter sei das Urteil des Bezirksgerichts zu bestätigen. Der Beschwerdegegner trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Mit Präsidialverfügung vom 11. Januar 2017 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.