Sachverhalt: A. Die A._ Company, U._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist ein Pharmaunternehmen mit Sitz auf den Bermudas und Inhaberin des europäischen Patents EP xxx. Das Patent wurde am 10. Mai 2017 unter anderem mit Wirkung für die Schweiz erteilt und beansprucht pharmazeutische Formulierungen mit den Wirkstoffen Oxycodon und Naloxon zur Behandlung von Schmerzen und der gleichzeitigen Reduktion von Nebenwirkungen. Das Patent basiert auf einer Teilanmeldung, die sich auf die internationale Patentanmeldung WO yyy vom 4. April 2003 beziehungsweise deren regionale Phase EP zzz (Stammanmeldung) bezieht. Beansprucht wird die Priorität der deutschen Patentanmeldungen DE vvv und DE www vom 5. April 2002. Anspruch 1 der internationalen Stammanmeldung war wie folgt formuliert: A storage stable pharmaceutical preparation comprising oxycodone and naloxone characterized in that the active compounds are released from the preparation in a sustained, invariant and independent manner. Nach erfolgter Änderung im Anmeldeverfahren lautete Anspruch 1 des Streitpatents EP xxx schliesslich: Pharmaceutical oral preparations for use in treating pain and for use in concurrently reducing opioid induced obstipation, wherein each preparation comprises as the actives oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof and naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof is present in said preparations in a range of usable absolute amounts and in a ratio of 2:1 to naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, characterized in that the actives are released from the preparations in a sustained, invariant and independent manner. Die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist ein Pharmaunternehmen mit Sitz in V._ (Schweiz). B. Am 10. Mai 2017 reichte die B._ AG beim Bundespatentgericht eine Klage gegen die A._ Company ein. Sie beantragte, den schweizerischen Teil des europäischen Patents EP xxx als nichtig zu erklären. Den gleichen Antrag stellte sie betreffend den schweizerischen Teil des europäischen Patents EP uuu (das auf einer parallelen Teilanmeldung beruht, indes nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens ist). Sie argumentierte unter anderem, der Gegenstand des Patents gehe über den Inhalt der Anmeldung hinaus. Die A._ Company erhob mit Klageantwort vom 28. August 2017 Widerklage und stellte mit Duplik vom 13. Juli 2018 - unter anderem - den Eventualantrag, Anspruch 1 des schweizerischen Teils des europäischen Patents EP xxx sei wie folgt aufrechtzuerhalten: Storage stable pharmaceutical oral preparations for use in treating pain and for use in concurrently reducing opioid induced obstipation, wherein each preparation comprises as the actives oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof and naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof is present in said preparations in a range of usable absolute amounts and in a ratio of 2:1 to naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, characterized in that the actives are released from the preparations in a sustained, invariant and independent manner. Am 6. Juni 2019 erstattete Patentrichter Tobias Bremi ein Fachrichtervotum, zu dem die Parteien am 25. Juni 2019 und am 20. August 2019 Stellung nahmen. Mit Urteil vom 7. November 2019 hiess das Bundespatentgericht die Klage gut und stellte fest, dass jeweils der schweizerische Teil der europäischen Patente EP xxx und EP uuu nichtig ist (Dispositiv-Ziffer 1). Die Widerklage wies es ab (Dispositiv-Ziffer 2). Die auf Fr. 50'000.-- festgesetzte Gerichtsgebühr (Dispositiv-Ziffer 3) wurde der A._ Company auferlegt (Dispositiv-Ziffer 4). Ferner verurteilte das Bundespatentgericht die A._ Company, der B._ AG eine Parteientschädigung von Fr. 116'815.20 zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 5). C. Die A._ Company verlangt mit Beschwerde in Zivilsachen, die Dispositiv-Ziffern 1, 4 und 5 des Urteils des Bundespatentgerichts seien aufzuheben. In der Sache beantragt sie, der schweizerische Teil des europäischen Patents EP xxx sei ihrem Eventualantrag vom 13. Juli 2018 entsprechend aufrechtzuerhalten; eventualiter sei die Sache insoweit an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Ausserdem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Das Bundespatentgericht verzichtete auf Vernehmlassung. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde, und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin replizierte, worauf die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht hat. Mit Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2019 wurde dem Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung superprovisorisch entsprochen, soweit das Bundespatentgericht die Nichtigkeit des schweizerischen Teils des europäischen Patents EP xxx festgestellt hat. Mit Präsidialverfügung vom 13. März 2020 wurde diese Anordnung bestätigt und im Mehrumfang das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.