Sachverhalt: A. A._ ist serbischer Staatsangehöriger. Er heiratete am 15. September 2011 in Serbien eine schweizerische Staatsangehörige, worauf er am 23. Januar 2012 in die Schweiz einreiste und ihm eine letztmals bis 31. Januar 2016 verlängerte Aufenthaltsbewilligung erteilt wurde. Am 12. Februar 2015 zog der Beschwerdeführer aus der ehelichen Wohnung aus. Am 26. Mai 2015 teilte die Ehefrau dem Amt für Migration und Integration des Kantons Aargau mit, sie habe nach Einsicht in das Facebook-Konto von A._ feststellen müssen, dass dieser seit eineinhalb Jahren in Kroatien eine Freundin habe, mit welcher er sich am 24. Oktober 2014 verlobt habe; gestützt auf diese Feststellungen müsse sie davon ausgehen, dass es sich bei ihrer Ehe nur um eine Aufenthaltsehe gehandelt habe. Nach Einsicht in Abbildungen, die A._ auf seinem Facebook-Profil gepostet hatte, und Gewährung des rechtlichen Gehörs verfügte das kantonale Migrationsamt am 10. August 2015, dass die Aufenthaltsbewilligung von A._ nicht mehr verlängert werde, und setzte ihm eine Ausreisefrist an. B. A._ erhob gegen diese Verfügung vom 10. August 2015 Einsprache beim Rechtsdienst des kantonalen Migrationsamtes, die am 13. November 2015 abgewiesen wurde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies seine dagegen geführte Beschwerde mit Urteil vom 29. Juni 2016 ab, soweit es darauf eintrat. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. August 2016 an das Bundesgericht beantragt A._, das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts vom 29. Juni 2016 sei kostenfällig aufzuheben, seine Aufenthaltsbewilligung sei zu verlängern, und auf seine Wegweisung sei zu verzichten, eventualiter sei die Angelegenheit zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Die Vorinstanz und das kantonale Migrationsamt schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Mit Verfügung vom 4. August 2016 erteilt der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.