Sachverhalt: A. Mit Kaufvertrag vom 11. September 2000 erwarb die C._ SA (ursprüngliche Klägerin) von A._ (Beklagter, Beschwerdeführer) und D._ (ursprünglicher Beklagter 2) per 1. Januar 2000 sämtliche Aktien der (aus sechs Gesellschaften bestehenden) E._-Gruppe mit Sitz in U._. Die ursprüngliche Klägerin wurde in der Folge von der B._ AG mit Sitz in U._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) auf dem Wege der Fusion übernommen. Die Beklagten waren vor und nach dem Verkauf ihrer Aktien Verwaltungsräte der E._-Gruppe mit Einzelunterschrift. Im Februar 2004 wurden die Beklagten "fristlos entlassen". Der Kaufpreis für die Aktien umfasste einen fixen Betrag von Fr. 7,5 Mio. und eine variable Komponente (sog. "Earn-out"). Der Earn-out hing von den zu Konsolidierungszwecken an den Konzern gemeldeten Geschäftszahlen der E._-Gruppe in den Jahren 2000 bis 2005 ab. Die C._ SA zahlte den Beklagten neben dem fixen Kaufpreisanteil einen variablen Kaufpreis für die Jahre 2000 bis 2002 von insgesamt Fr. 8'897'000.-- (bzw. je Fr. 4'448'500.--). Für die Jahre 2003 bis 2005 erfolgten keine Zahlungen mehr. B. B.a. Nachdem die Klägerin ursprünglich mit Klage beim Bezirksgericht Zürich (Klageeingang am 24. November 2008) beide Beklagten auf Rückzahlung eines Teils des geleisteten Kaufpreises eingeklagt hatte, passte sie im Laufe des erstinstanzlichen Verfahrens und nach Abschluss eines Vergleichs mit dem Beklagten 2 ihr Rechtsbegehren an und verlangte, der Beklagte sei unter Vorbehalt des Nachklagerechts zu verpflichten, ihr Fr. 9'606'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Das Bezirksgericht schützte mit Urteil vom 17. Dezember 2014 die Klage teilweise und verpflichtete den Beklagten, der Klägerin Fr. 3'895'207.80 nebst Zins zu bezahlen. Es erwog, die Beklagten hätten ihre Pflicht zur Lieferung korrekter Zahlen als Grundlage für die Berechnung der Earn-out-Zahlung bzw. einer Kaufpreisreduktion verletzt, indem sie fiktive Rechnungen auf verschiedene Firmen erstellt und dann namens dieser Rechnungsschuldner aus eigenen Mitteln an die Klägerin Zahlungen (sog. Selbstzahlungen) geleistet hätten, um so gestützt auf zu hohe Gewinne Earn-out-Zahlungen an sich selber zu generieren. Gestützt auf diese Vertragsverletzung hätten sie den zuviel geleisteten Betrag unter solidarischer Haftbarkeit zurückzuzahlen. Es ermittelte ungerechtfertigte Earn-out-Zahlungen von insgesamt Fr. 6'386'000.--, was unter Anrechnung der um die Mehrwertsteuer verminderten Selbstzahlungen von Fr. 369'905.-- im Jahr 2000 und Fr. 1'212'387.20 im Jahr 2002 einen Schaden von Fr. 4'803'707.80 ergab. Davon brachte es den vom ursprünglichen Beklagten 2 anerkannten Betrag von Fr. 572'500.-- und den vergleichsweisen Honorarverzicht der F._ AG im Umfang von Fr. 336'000.-- in Abzug, was den Betrag von Fr. 3'895'207.80 ergab. Das Obergericht des Kantons Zürich hiess mit Urteil vom 22. Juli 2016 die vom Beklagten gegen das Urteil des Bezirksgerichts erhobene Berufung gut und wies die Anschlussberufung der Klägerin und die Klage ab. B.b. Mit Urteil vom 6. März 2017 (4A_539/2016) hiess das Bundesgericht die von der Klägerin erhobene Beschwerde gut, hob das Urteil des Obergerichts vom 22. Juli 2016 auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurück. Es stellte fest, die dem Beklagten vorgeworfenen Selbstzahlungen seien ausgewiesen; die gegenteilige Beweiswürdigung der Vorinstanz sei willkürlich. Der Beklagte könne sich nicht auf die von ihm behauptete Genehmigung seines Fehlverhaltens durch Organpersonen der Klägerin und als Verkäufer auch nicht auf die Décharge-Erteilung berufen. Eine Vertragsergänzung vom 17. Juli 2003, auf deren Art. 6 sich der Beklagte als Saldoklausel hinsichtlich der Zahlungen in den Jahren 2000-2002 berief, legte das Bundesgericht nach dem Vertrauensprinzip so aus, dass diese die Selbstzahlungen nicht erfasse. Da das Obergericht aufgrund seiner Rechtsauffassung keine Ausführungen zu den weiteren Voraussetzungen des geltend gemachten Rückforderungsanspruchs (Verschulden, Schaden, Kausalzusammenhang) gemacht hatte, wies das Bundesgericht die Sache zur abschliessenden Beurteilung an die Vorinstanz zurück. B.c. Mit Beschluss vom 6. September 2017 merkte das Obergericht vor, dass die Fr. 4'231'207.80 übersteigende Abweisung der Klage durch das Urteil des Bezirkgsgerichts Zürich, 7. Abteilung, vom 17. Dezember 2014 rechtskräftig ist. Mit Urteil vom gleichen Datum hob es in teilweiser Gutheissung der Berufung und der Anschlussberufung die Dispositiv-Ziffer 1 des Urteils des Bezirksgerichts auf und verpflichtete den Beklagten, der Klägerin Fr. 4'227'272.80 zuzüglich Zins von 5 % seit 26. Juni 2008 zu bezahlen. Ausgehend von dem vom Bezirksgericht festgestellten Schaden von Fr. 4'803'707.80 wies das Obergericht eine vom Beklagten beantragte Reduktion um Fr. 2'037'000.-- ab, welche dieser damit begründet hatte, dass im Geschäftsjahr 2001 ein ausserordentlicher Bonus von Fr. 679'000.-- ausbezahlt worden war, der aber unabhängig von den Geschäftsergebnissen gewesen sei und der unter Berücksichtigung des Multiplikators für die Earn-out-Zahlungen (Faktor 3) einen Betrag von Fr. 2'073'000.-- ergebe. Wegen einer Differenz in der Berechnung der Mehrwertsteuer von Fr. 3'935.-- reduzierte sie den Schaden auf Fr. 4'799'772.80. Sie verwarf den Einwand des Beklagten, dass er nur zur Hälfte für den Schaden einstehen müsse, weil er und der ursprüngliche Beklagte 2 jeweils nur die Hälfte der Kaufpreiszahlungen erhalten hätten; darauf komme es nicht an, denn zwischen beiden bestünde Solidarität. Als Konsequenz davon müsse sich die Klägerin aber den vom ursprünglichen Beklagten 2 vergleichsweise anerkannten Betrag von Fr. 572'500'.-- an ihren Schadenersatzanspruch anrechnen lassen. Sie schützte jedoch die Anschlussberufung im Betrag von Fr. 336'000.--, weil der von F._ AG gegenüber der Klägerin vergleichsweise akzeptierte Honorarverzicht in dieser Höhe nicht beim Schadenersatzanspruch angerechnet werden könne. Schliesslich lehnte sie die mit der Anschlussberufung verlangte Korrektur des Verzugszinses ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 9. Oktober 2017 beantragt der Beklagte im Wesentlichen, die Forderung der Beschwerdegegnerin unter Kosten- und Entschädigungsfolge vollumfänglich abzuweisen; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Mit Eingabe vom 26. Oktober 2017 stellte die Beschwerdegegnerin ein Gesuch um Sicherstellung der Parteientschädigung. Dieses wurde mit Präsidialverfügung vom 15. März 2018 abgewiesen. Ein Gesuch des Beschwerdeführers um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ist gegenstandslos geworden, nachdem der Beschwerdeführer nach unbestrittener Darstellung der Beschwerdegegnerin die aus dem angefochtenen Urteil resultierenden Forderungen zwischenzeitlich bezahlt hat.