Sachverhalt: A. Der 1998 geborene A._ ist Inhaber eines Führerausweises auf Probe. Am 8. Juni 2018 verursachte er einen Verkehrsunfall, als er beim Rückwärtsfahren eine korrekt entgegenkommende Fahrradfahrerin übersah und mit dieser kollidierte. Mit Strafbefehl vom 20. Juli 2018 sprach ihn die Staatsanwaltschaft Nidwalden der fahrlässigen einfachen Verkehrsregelverletzung durch Nichtbeherrschen des Fahrzeugs infolge ungenügender Vorsicht beim Rückwärtsfahren für schuldig und bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 200.-. Dieser Strafbefehl erwuchs in der Folge in Rechtskraft. Am 27. Juni 2018 teilte ihm das Verkehrssicherheitszentrum OW/NW mit, es werde die Einleitung eines Administrativverfahrens geprüft; das Verfahren werde jedoch bis zum Abschluss des Strafverfahrens sistiert. Am 8. September 2018 verursachte A._ als Fahrzeugführer eines militärischen Fahrzeugs wegen nicht angepasster Geschwindigkeit einen Selbstunfall, wobei drei seiner fünf Mitfahrer leichte Verletzungen erlitten. Daraufhin annullierte das Verkehrssicherheitszentrum OW/NW mit Verfügung vom 14. Januar 2019 und Einspracheentscheid vom 14. März 2019 den Führerausweis auf Probe. B. Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 30. September 2019 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, das Verkehrssicherheitszentrum OW/NW sei unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides anzuweisen, ihm den Führerausweis auf Probe wieder zu erteilen. Das Verkehrssicherheitszentrum OW/NW und das Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde.