Sachverhalt: A. A._ (geb. 1999) fuhr am 10. Dezember 2014 mit einem B._ gehörenden landwirtschaftlichen Traktor mit grünem Kontrollschild samt Anhänger von Siblingen zur Kehrichtverbrennungsanlage Hard und zurück, um Abfälle der Gemeinde zu entsorgen. Dabei wurde er von der Polizei angehalten. Die von den Polizeibeamten eingeforderte Sonderbewilligung für gewerbliche Fahrten konnte A._ nicht vorweisen. Auf Befragung gab er an, seit Ende August 2014 mehrere solcher Fahrten zur Abfallentsorgung unternommen zu haben. Mit Strafbefehl vom 10. Februar 2015 erteilte die Jugendanwaltschaft des Kantons Schaffhausen A._ einen Verweis wegen mehrfachen Führens eines Motorfahrzeugs, ohne hierfür den erforderlichen Führerausweis zu besitzen, und mehrfacher Übertretung der Verkehrsregelverordnung durch Verwendung eines landwirtschaftlich immatrikulierten Fahrzeugs für gewerbliche Fahrten. Der Strafbefehl blieb unangefochten. B. Am 12. März 2015 entzog die Verkehrsabteilung der Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen A._ den Führerausweis Kategorie M/G für die Dauer von einem Monat. Am 1. September 2015 wies der Regierungsrat des Kantons Schaffhausen den Rekurs von A._ gegen die Entzugsverfügung ab. A._ focht den Entscheid beim Obergericht des Kantons Schaffhausen an. Dieses trat am 16. Oktober 2015 auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wegen Verspätung nicht ein. Am 16. März 2016 hiess das Bundesgericht die Beschwerde von A._ gegen das Obergerichtsurteil gut, soweit es darauf eintrat, hob dieses auf und wies die Sache zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurück (Urteil 1C_589/2015). Am 19. Juli 2016 wies das Obergericht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, die Entzugsverfügung der Staatsanwaltschaft vom 12. März 2015 aufzuheben und das Administrativverfahren einzustellen oder ihn eventuell zu verwarnen. D. Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde abzuweisen. In zwei Eingaben legt A._ Akten aus dem Strafprozess gegen B._ ins Recht. E. Am 20. September 2016 sprach das Kantonsgericht Schaffhausen B._ vom Vorwurf des Überlassens eines Motorfahrzeugs an einen Führer ohne den erforderlichen Ausweis frei. Das Urteil blieb unangefochten. F. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. In seiner Replik hält A._ an der Beschwerde fest.