Sachverhalt: A. A.a. A._, geboren 1960, Mutter von erwachsenen Kindern, arbeitete zuletzt teilzeitlich als Küchenhilfe im Hotel B._ und meldete sich am 8. Juni 2001 unter Hinweis auf Rücken-, Hand- und Kopfschmerzen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Ab dem 1. Oktober 2001 bezog sie eine ganze Invalidenrente (Verfügung vom 30. Januar 2003). Im Rahmen einer Rentenüberprüfung gestützt auf die am 1. Januar 2012 in Kraft getretenen Schlussbestimmungen der Änderung des IVG vom 18. März 2011 betreffend pathogenetisch-ätiologisch unklare syndromale Beschwerdebilder ohne nachweisbare organische Grundlage holte die IV-Stelle des Kantons Aargau ein Gutachten der medizinischen Abklärungsstelle MEDAS Zentralschweiz (mit rheumatologischer, neurologischer und psychiatrischer Abklärung) vom 13. März 2013 ein. Mit Verfügung vom 20. August 2013 hob sie den Rentenanspruch auf. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 23. September 2014 ab. A.b. Auf ein neues Leistungsbegehren trat die IV-Stelle mit Verfügung vom 23. Juni 2016 nicht ein. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 31. Januar 2017 ab. A.c. Mit Verfügung vom 3. November 2017 trat die IV-Stelle auch auf eine weitere Neuanmeldung vom 14. Februar 2017 nicht ein. B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 23. April 2018 ab. C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei auf ihr Leistungsgesuch einzutreten. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.