Sachverhalt: A. A.a. Die 1957 geborene A._ hatte sich am 21. Oktober 2008 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug angemeldet. Mit Mitteilung vom 2. März 2009 hatte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen berufliche Eingliederungsmassnahmen abgelehnt und mit in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 18. September 2009 einen Rentenanspruch verneint. A.b. Am 5. August 2010 meldete sich A._ erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Gestützt auf die medizinische Aktenlage, namentlich diverse Berichte des Spitals B._ sowie Stellungnahmen des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) der Invalidenversicherung AI, AR, GR, SG, TG vom 22. November 2010 und 31. März 2011 trat die IV-Stelle mit Verfügung vom 6. April 2011 mangels relevanter Änderung des rechtserheblichen Sachverhalts seit der Verfügung vom 18. September 2009 auf das neue Leistungsbegehren nicht ein. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Verfügung vom 6. April 2011 mit Entscheid vom 6. Dezember 2012 auf und wies die IV-Stelle an, das Gesuch der Versicherten vom 5. August 2010 materiell zu prüfen. Die IV-Stelle klärte daraufhin die medizinische sowie die erwerbliche Situation ab. Sie holte insbesondere die Berichte der behandelnden Ärzte, Stellungnahmen des RAD sowie je ein polydisziplinäres Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) Ostschweiz, St. Gallen, vom 3. Februar 2014 und der medexperts AG vom 29. April 2015 mit Ergänzung vom 9. Juni 2015 ein. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 18. November 2015 ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 11% den Anspruch auf eine Invalidenrente. B. A._ liess gegen die Verfügung vom 18. November 2015 Beschwerde erheben und beantragen, es sei ihr eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 70% zuzusprechen, eventualiter sei die IV-Stelle zu verpflichten, ein polydisziplinäres Gutachten in Auftrag zu geben. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 31. Mai 2018 teilweise gut, hob die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache zur weiteren medizinischen Abklärung und anschliessenden Neuverfügung an die IV-Stelle zurück. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle, in Aufhebung des Entscheids vom 31. Mai 2018 sei die Streitsache zur Einholung eines Gerichtsgutachtens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das kantonale Gericht beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. A._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.