Sachverhalt: A. A.a. Die A._ AB (Patentinhaberin, Beklagte, Beschwerdeführerin) ist Inhaberin des Europäischen Patents EP eee B2 (Fulvestrant formulation). Es wurde am 8. Januar 2001 angemeldet und beansprucht die Prioritäten der britischen Patentanmeldungen GB bbb vom 10. Januar 2000 und GB ccc vom 12. April 2000. Das Patent wurde am 19. Oktober 2005, unter anderem mit Wirkung für die Schweiz, erteilt. A.b. Die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) bezweckt die Entwicklung, Herstellung und den Handel mit pharmazeutischen Produkten. Sie gehört dem C._-Konzern an, der auf Generika spezialisiert ist. A.c. Das Patent umfasst 31 Ansprüche. Der erste (allgemeine) Anspruch lautet wie folgt: "1. Use of fulvestrant in the preparation of a pharmaceutical formulation for the treatment of benign or malignant disease of the breast or reproductive tract by intra-muscular administration, wherein the formulation comprises fulvestrant in a ricinoleate vehicle, a pharmaceutically acceptable non-aqueous ester solvent, and a pharmaceutically acceptable alcohol, and wherein the formulation is adapted for attaining a therapeutically significant blood plasma fulvestrant concentration for at least 2 weeks." "1. Verwendung von Fulvestrant bei der Herstellung einer pharmazeutischen Formulierung zur Behandlung einer gutartigen oder bösartigen Erkrankung der Brust oder des Reproduktionstrakts mittels intramuskulärer Verabreichung, wobei die Formulierung Fulvestrant in einer Ricinoleat-Trägersubstanz, ein pharmazeutisch annehmbares, nichtwässriges Esterlösungsmittel und einen pharmazeutisch annehmbaren Alkohol umfasst, und wobei die Formulierung zur Erzielung einer mindestens 2 Wochen anhaltenden, therapeutisch signifikanten Fulvestrantkonzentration im Blutplasma hergerichtet ist." "1. Utilisation de fulvestrant dans l'élaboration d'une préparation pharmaceutique destinée au traitement d'une maladie bénigne ou maligne du sein ou de l'appareil reproducteur par injection intramusculaire, dans laquelle la préparation comprend du fulvestrant dans un véhicule de ricinoléate, un solvant d'ester non aqueux acceptable d'un point de vue pharmaceutique et un alcool acceptable d'un point de vue pharmaceutique, et dans laquelle la préparation est adaptée pour atteindre une concentration en fulvestrant dans le plasma sanguin significative d'un point de vue thérapeutique pendant au moins 2 semaines." B. B.a. Am 18. August 2015 gelangte die Klägerin an das Bundespatentgericht mit dem Rechtsbegehren, das Europäische Patent EP eee der Beklagten sei mit Wirkung für die Schweiz nichtig zu erklären. Die Beklagte beantragte die Abweisung der Klage. B.b. Nach einer Instruktions-/Vergleichsverhandlung ordnete das Gericht einen zweiten Schriftenwechsel an. Die Klägerin hielt in der Replik an ihrem Begehren fest, die Beklagte stellte in der Duplik 3 Eventualanträge (mit je mehreren Ansprüchen), in denen sie den Schutz des Patents in eingeschränkter Form begehrte. B.c. Am 7. März 2017 erstattete Dr. sc. nat. Dipl. Chem. Spillmann sein Fachrichtervotum, wozu die Parteien am 6. April bzw. 4. Mai 2017 Stellung nahmen. B.d. Die Hauptverhandlung fand am 13. Juni 2017 statt. In der Hauptverhandlung ergänzte die Beklagte ihren Eventualantrag 3 durch einen weiteren Anspruch, indem sie dem dort formulierten unabhängigen Anspruch 1 die Worte "for at least two weeks" beifügte. B.e. Mit Urteil vom 29. August 2017 erkannte das Bundespatentgericht in der Streitsache was folgt: "1. Auf den anlässlich der Hauptverhandlung von der Beklagten gestellten neuen Eventualantrag 3 wird nicht eingetreten. 2. In Gutheissung der Klage wird festgestellt, dass der schweizerische Teil des Europäischen Patents EP eee B 1 nichtig ist." C. C.a. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beklagte das Rechtsbegehren, das Urteil des Bundespatentgerichts vom 29. August 2017 sei aufzuheben und das Patent sei mit folgendem beschränktem Inhalt aufrechtzuerhalten: "Use of fulvestrant in the preparation of a pharmaceutical formulation for the treatment of breast cancer by intra-muscular administration to human patients, wherein the formulation comprises fulvestrant dissolved in a ricinoleate vehicle, a pharmaceutically acceptable alcohol consisting of a mixture of 10% weight of ethanol per volume of formulation and 10% weight benzyl alcohol per volume of formulation and 15% weight benzyl benzoate per volume of formulation wherein the ricinoleate vehicle is castor oil and the formulation is adapted for attaining a therpeutically significant blood plasma fulvestrant concentration of at least 8.5 ngml-1 for at least two weeks." Die Beschwerdeführerin bemerkt ausdrücklich, dass der im vorliegenden Verfahren allein aufrechterhaltene Antrag demjenigen entspricht, den sie im Hauptverfahren gestellt hat und auf den die Vorinstanz nicht eingetreten ist. Sie hält dafür, es handle sich nicht um einen neuen Antrag im Sinne von Art. 99 BGG, sondern um eine jederzeit zulässige Beschränkung. Den Nichteintretensentscheid der Vorinstanz (Dispositiv-Ziffer-1) hält sie denn auch mit der Begründung für falsch, dass es sich bei ihrem Antrag in der Hauptverhandlung um eine bis zum Abschluss des Verfahrens jederzeit zulässige, teilweise Klageanerkennung handle. Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Parteien haben repliziert und dupliziert. C.b. Mit Eingabe vom 7. November 2017 hat die Beschwerdeführerin ein Urteil des Gerichtshofs Den Haag eingereicht. Die Beschwerdegegnerin beantragt mit Eingabe vom 14. Dezember 2017, die Eingabe vom 7. November 2017 sei aus dem Recht zu weisen.