Sachverhalt: A. A.a. Am 12. Juni 2014 stellte die D._ AG U._ (nachfolgend D._ AG), mit Sitz in V._/TG, beim Bezirksgericht Münchwilen das Gesuch um provisorische Nachlassstundung. Am 23. Juni 2014 bewilligte der Einzelrichter des Bezirksgerichts als Nachlassrichter der Schuldnerin die provisorische Nachlassstundung (für 4 Monate) bis am 24. Oktober 2014; als Sachwalterin setzte er die C._ GmbH, mit Sitz in W._/ZH, ein. Weiter setzte er der D._ AG Frist zu Bezahlung des Vorschusses (Fr. 20'000.--) für das Sachwalterhonorar an. A.b. Am 5. Dezember 2014 wies der Nachlassrichter das Gesuch um Bewilligung der definitiven Nachlassstundung ab und "gewährte die provisorische Nachlassstundung für weitere 4 Monate, d.h. bis am 6. April 2015". Er setzte wiederum die C._ GmbH als Sachwalterin der D._ AG ein und bewilligte ein Sachwalterhonorar von "Fr. 150.--/Stunde (einschliesslich Spesen für den Raum Ostschweiz, zuzüglich MWST) ". A.c. Am 2. September 2015 eröffnete der Nachlassrichter schliesslich den Konkurs über die D._ AG. Das für die Durchführung des Konkurses zuständige Konkursamt Frauenfeld gelangte am 23. März 2016 an den Nachlassrichter und ersuchte, die von der Sachwalterin geltend gemachten Honorare im Umfang von Fr. 154'150.-- (von insgesamt Fr. 175'150.--) zu prüfen und darüber zu entscheiden. A.d. Mit Entscheid vom 2. Juni 2016 stellte der Nachlassrichter fest, das Honorar für die "erste" provisorische Nachlassstundung sei bereits genehmigt worden, und genehmigte das Honorar für die "zweite" provisorische Nachlassstundung gemäss den (näher bezeichneten) Mandatsrechnungen. B. B.a. Gegen den Honorarentscheid des Nachlassrichters gelangten die A._ AG, mit Sitz in X._/TG, sowie B._, beide Gläubiger der in Konkurs gefallenen D._ AG, mit Beschwerde an das Obergericht des Kantons Thurgau. Sie beantragten, der Entscheid des Nachlassrichters sei aufzuheben, und die Mandatsrechnungen der C._ GmbH seien im Umfang von Fr. 12'900.-- und Fr. 7'500.-- nicht zu genehmigen; sodann sei die frühere Sachwalterin zu verpflichten, Fr. 20'400.-- an die Konkursitin zurückzuerstatten, und im Umfang von Fr. 153'700.-- sei die Sache zu neuer Entscheidung an den Nachlassrichter zurückzuweisen. B.b. Das Obergericht trat mit Entscheid vom 30. August 2016 auf die Beschwerde der A._ AG und von B._ mangels Beschwerdelegitimation nicht ein. C. Mit Eingabe vom 30. September 2016 sind die A._ AG und B._ mit Beschwerde (in Zivilsachen) an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragen, der obergerichtliche Nichteintretensentscheid sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Behandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sind die Akten, aber keine Vernehmlassungen eingeholt worden.