Sachverhalt: A. Die B._ Foundation ersuchte am 26. Februar 2015 das Kantonsgericht Zug in der gegen die A._ AG eingeleiteten Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Appenzell um Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung für Fr. 824'610.50 nebst Zins zu 5 % seit 21. November 2014 (Darlehensrückzahlung). Mit Entscheid vom 26. Juni 2015 erteilte das Kantonsgericht die provisorische Rechtsöffnung für Fr. 765'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 21. November 2014. B. Die A._ AG erhob dagegen am 9. Juli 2015 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Zug, welches diese mit einem ersten Urteil vom 1. Oktober 2015 abwies. Dieser Entscheid wurde vom Bundesgericht mit Urteil vom 18. Mai 2016 (5A_790/2015) aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. C. Mit Urteil vom 15. September 2016 hat das Obergericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde die provisorische Rechtsöffnung erteilt für Fr. 590'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 21. November 2014. Im übrigen Umfang hat es das Rechtsöffnungsgesuch der B._ Foundation abgewiesen. D. Mit der vorliegenden Beschwerde in Zivilsachen beantragt die A._ AG (Beschwerdeführerin) wiederum die Abweisung des Rechtsöffnungsbegehrens in vollem Umfang; eventuell die Rückweisung der Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz. Zudem beantragt sie die aufschiebende Wirkung. Mit Präsidialverfügung vom 22. November 2016 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung, dem sich die B._ Foundation (Beschwerdegegnerin) widersetzt hat, abgewiesen. Die Einholung von Vernehmlassungen in der Sache wurde nicht angeordnet. Die dennoch anstelle einer blossen Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung eingereichte vollständige Beschwerdeantwort wurde der Beschwerdeführerin zur Kenntnisnahme zugestellt, welche dazu ihrerseits unaufgefordert Stellung nahm.