Sachverhalt: A. A.a. Die A._ Genossenschaft mit Sitz in Basel umfasste einerseits das operative Detailhandelsgeschäft mit zahlreichen Betriebsstätten in den verschiedenen Kantonen, insbesondere im Kanton Aargau, und übte andererseits die schweizweiten Leitungsfunktionen aus. In diesem Rahmen hielt sie auch diverse Beteiligungen, Immobilien und die Immaterialgüterrechte der gesamten A._-Gruppe (insbesondere die Marke "A._", aber auch Marken wie B._ und C._). Mit Vereinbarung vom 12. April 2013 wurden das operative Detailhandelsgeschäft und damit die Betriebsstätten mittels Vermögensübertragung (Ausgliederung) gemäss Art. 69 Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (FusG; SR 221.301) auf die neu gegründete und per 6. Mai 2013 in das Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragene Tochtergesellschaft "A._ Genossenschaft" überführt. Rechnungslegungsmässig und vertraglich erfolgte diese Übertragung rückwirkend per 1. Januar 2013. Ebenfalls am 6. Mai 2013 änderte die ursprüngliche A._ Genossenschaft bzw. neue Muttergesellschaft ihren statutarischen Zweck in jenen einer Konzernobergesellschaft (insbesondere Halten und Verwalten von Beteiligungen und Verwaltung sowie Verwertung der Markenrechte) und firmierte neu als "A._-Gruppe Genossenschaft", wobei der Sitz unverändert in Basel belassen wurde. Die Immaterialgüterrechte der A._-Gruppe verblieben bei der "A._-Gruppe Genossenschaft". Im Rahmen eines Steuerrulings der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt (StV BS) vom 19. März 2013 wurden die stillen Reserven auf diesen Immaterialgüterrechten mit Fr. 1'208.6 Mio. beziffert und diesbezüglich seitens der StV BS einem Steueraufschub gemäss § 80 Abs. 2 Steuergesetz vom 12. April 2000 des Kantons Basel-Stadt (StG BS; SG 640.100) zugestimmt. Schliesslich wurde der A._-Gruppe Genossenschaft mit Verfügung der StV BS vom 22. Mai 2015 rückwirkend per 1. Januar 2013 der Status einer privilegiert besteuerten Holdinggesellschaft nach dem StG BS zugesprochen. A.b. Die A._-Gruppe Genossenschaft und die StV BS gingen und gehen davon aus, dass trotz Umstrukturierung und des Statuswechsels zur Holdinggesellschaft keine Besteuerung der genannten stillen Reserven erfolgt, da aufgrund des StG BS ein Steueraufschub für die gesamten stillen Reserven greife, sofern die Immaterialgüterrechte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert würden. Das Kantonale Steueramt Aargau (KSt AG) stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, dass ein Teil der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten den aargauischen Betriebsstätten zuzuordnen sei und beanspruchte deshalb die quotale Besteuerung dieser ihrer Ansicht nach realisierten stillen Reserven im Rahmen der Steuerperiode 2012. Die A._-Gruppe Genossenschaft und die StV BS wiederum sind der Auffassung, bis am 31. Dezember 2012 habe weder eine Umstrukturierung noch ein Statuswechsel stattgefunden, weshalb in der Steuerperiode 2012 keine stillen Reserven realisiert worden seien. Ab der Steuerperiode 2013 verfüge die A._-Gruppe Genossenschaft mit Sitz in Basel, welche die Immaterialgüterrechte halte, zudem über keine Betriebsstätten mehr im Kanton Aargau, da letztere Teil der Tochtergesellschaft A._ Genossenschaft seien, weshalb im Kanton Aargau ein Anknüpfungspunkt für die Besteuerung der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten fehle. Einzig der Kanton Basel-Stadt verfüge diesbezüglich über die Steuerhoheit. B. Mit Veranlagungsverfügung vom 17. August 2015 gegenüber der A._-Gruppe Genossenschaft setzte das KSt AG den steuerbaren Gewinn für das Steuerjahr 2012 auf Fr. 1'097'547'074.-- fest und beanspruchte davon für die Steuerperiode 2012 eine Quote von 5.618 % zur Besteuerung (Kantons- und Gemeindesteuern). Ausserdem wurden die entsprechenden Steuerrückstellungen auf 13 % der Aufrechnung (rund Fr. 157 Mio.) festgelegt. Die dagegen erhobene Einsprache blieb gemäss Einspracheentscheid des KSt AG vom 22. Dezember 2015 erfolglos. Der dagegen eingelegte Rekurs wurde mit Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. April 2017 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat die entsprechende Verwaltungsgerichtsbeschwerde der A._-Gruppe Genossenschaft mit Urteil vom 30. November 2017 abgewiesen. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Januar 2018 an das Bundesgericht beantragt die A._-Gruppe Genossenschaft (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns ohne Aufrechnung eines steuersystematisch realisierten Gewinns aufgrund des Statuswechsels in Basel. Eventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und der steuerbare Reingewinn der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 auf den Betrag von Fr. 46'065'074.-- festzusetzen. Subeventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zur Festlegung des steuerbaren Reingewinns der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 unter Berücksichtigung des abzugsfähigen Steueraufwands (Steuerrückstellungen) zum Gesamtsteuersatz an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei der abzugsfähige Steueraufwand (Steuerrückstellungen) der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 im Zusammenhang mit dem angenommenen steuersystematisch realisierten Gewinn aufgrund des Statuswechsels in Basel auf Fr. 288'613'680.-- festzusetzen. Das KSt AG hat am 20. Februar 2018 eine Beschwerdeantwort eingereicht und die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 14. März 2018 repliziert. Die StV BS ist vom Bundesgericht von Amtes wegen zur Vernehmlassung eingeladen worden und schliesst sich in ihrer Eingabe vom 26. Februar 2018 den Ausführungen der Beschwerdeführerin an.