Sachverhalt: A. A._ AG wurde am 15. April 2007 in der Stadt Zürich gegründet und wird von den Eheleuten B.C._ und C.C._ beherrscht. Sie bezweckt die Erbringung von Vermögensberatungs-, Vermögensverwaltungs- und Anlageberatungsdienstleistungen, die Entwicklung von Finanzprodukten sowie das Erbringen von unterstützenden Dienstleistungen im Bereich der allgemeinen Finanz- und Vermögensberatung. Am 17. Dezember 2008 verlegte A._ AG ihren zivilrechtlichen Sitz nach U._/OW. Ihre Infrastruktur in Zürich behielt sie bei. Für die Steuerperioden 2009 und 2010 beantragte A._ AG, dass 32.5 % des Gewinns auf den neuen Sitzkanton auszuscheiden sei. Der Kanton Obwalden entsprach diesem Antrag mit Steuerausscheidungen vom 8. Februar 2011 bzw. vom 6. Februar 2013. Nach einer Buchprüfung im Januar 2012 deutete das Steueramt des Kantons Zürich an, dass es den Sitz im Kanton Obwalden ignorieren und auf der Besteuerung sämtlicher Steuerfaktoren in Zürich beharren würde. In der Folge reichte A._ AG mehrere Schreiben und Beweismittel (unter anderem Fotografien der Räumlichkeiten in U._) ein. Am 27. März 2013 fand sodann ein vorangekündigter Augenschein in U._ statt. Am 26. August 2013 erliess das Steueramt des Kantons Zürich Einschätzungsentscheide für die Steuerperioden 2009 und 2010, in welchen sie wie angekündigt keine Steuerfaktoren nach Obwalden ausschied, sondern Gewinn und Kapital umfassend besteuerte. Ausserdem rechnete das Steueramt des Kantons Zürich gewisse Aufwandpositionen als geschäftsmässig unbegründet auf. B. Am 30. September 2013 erhob A._ AG Einsprache gegen die beiden Einschätzungsentscheide. Kurz darauf reichte A._ AG eine Aufsichtsbeschwerde sowie ein Ausstandsgesuch gegen den verfahrensführenden Steuerkommissär ein. Sowohl die Aufsichtsbeschwerde als auch das Ausstandsgesuch wurden abgewiesen. Auch die anschliessend hiergegen ergriffenen Rechtsmittel blieben erfolglos. Hingegen hiess das Steueramt des Kantons Zürich am 30. Mai 2016 die Einsprache teilweise gut, beharrte aber weiterhin darauf, Gewinn und Kapital der A._ AG umfassend zu besteuern. Am 4. Juli 2016 erhob A._ AG beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich Rekurs gegen den Einspracheentscheid. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich wies den Rekurs mit Entscheid vom 19. Dezember 2016 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 31. Mai 2017 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Juli 2017 beantragt A._ AG die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Beschränkung der Steuerhoheit des Kantons Zürich für die Steuerperioden 2009 und 2010 auf eine Betriebsstätte (unter Berücksichtigung der durch die Steuerverwaltung Obwalden vorgenommenen interkantonalen Steuerausscheidung). Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Abklärung der tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse zurückzuweisen. Subeventualiter sei die Veranlagung des Kantons Obwalden für die Steuerperioden 2009 und 2010 aufzuheben und die damit verbundene Doppelbesteuerung zu beseitigen sowie die kantonalen und kommunalen Steuerbehörden anzuweisen, die bezahlten Steuern zurückzuerstatten. Die Vorinstanz und das Steueramt haben sich vernehmen lassen und beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.