Sachverhalt: A. Die A._ AG bezweckt den Betrieb von Hotels und Restaurants sowohl als Gastronomiebetriebe als auch als Kurhäuser für rekonvaleszente Personen und generell als Erholungs- und Rehabilitationszentren im weitesten Sinne. Alleinaktionär der Gesellschaft sowie Präsident ihres Verwaltungsrats ist B._ (nachfolgend: der Alleinaktionär oder der Verwaltungsratspräsident). Am 10. Dezember 2007 ersuchte die Steuerverwaltung des Kantons Bern den Alleinaktionär für die weitere Bearbeitung seiner persönlichen Steuerveranlagung 2005 um Übermittlung folgender Belege und Auskünfte: - die Bauabrechnung 2005 betreffend die von ihm ausgewiesenen Grundstücksunterhaltskosten von Fr. 1'043'686.-- für die in seinem Eigentum stehende Hotelliegenschaft C._, -einen Auszug des Kontokorrentkontos lautend auf die A._ AG betreffend die Periode vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2005 sowie - Angaben über den Guthabensstand per 31. Dezember 2004 bei einer Privatperson bzw. den Beleg für die Rückzahlung des betreffenden Darlehens. Im gleichen Schreiben bat die Steuerverwaltung des Kantons Bern den Alleinaktionär, dass er seine persönliche Steuererklärung 2006 sowie diejenige der A._ AG baldmöglichst einreichen möge, damit die ganze Steuersituation 2005 und 2006 rasch geklärt werden könne. Die Steuerverwaltung wiederholte ihre Bitte mit Schreiben vom 14. März 2008 und drohte für den Fall des Nichteinreichens der Unterlagen eine Veranlagung nach Ermessen an. Am 30. April 2008 fand ein Treffen zwischen der Treuhänderin des Alleinaktionärs und der A._ AG einerseits und der Steuerverwaltung des Kantons Bern andererseits statt; Besprechungsnotizen wurden indessen keine gemacht. Am 18. Juli 2008 reichte die A._ AG über die Treuhänderin eine berichtigte Steuererklärung und eine berichtigte Jahresrechnung für das Jahr 2005 sowie verschiedene, damit konnexe Dokumente ein und teilte unter anderem mit, dass bei der A._ AG im "Betrieb C._" zusätzlich Fr. 235'000.-- Bruttoumsatz für das Jahr 2005 nachgebucht worden seien. Mit interner Meldung vom 17. Juni 2009 informierte die für die Veranlagung zuständige Einheit innerhalb der Steuerverwaltung die für Nachsteuern zuständige Einheit (heute: Zentraler Veranlagungsbereich Nachsteuer, ZVB-N) über einen Nachsteuerfall betreffend die A._ AG. Anlässlich der Überprüfung der Selbstdeklaration des Alleinaktionärs hätten sich Differenzen beim Vermögensvergleich ergeben. Aufgrund dieser Situation habe die Treuhänderin die Steuererklärung 2005 der A._ AG neu eingereicht. Daraus sei ersichtlich, dass die rechtskräftige Veranlagung der A._ AG auf einem zu geringen Umsatz basiere (Nachtrag Restaurationsumsatz von Fr. 235'000.--). Im Rahmen dieser Meldung brachte die für die Veranlagung zuständige Einheit der ZVB-N zur Kenntnis, dass sich die A._ AG selbst angezeigt habe. Am 7. Oktober 2009 leitete die ZVB-N ein Nachsteuer- und Steuerstrafverfahren gegen die A._ AG ein. B. Mit Verfügung vom 15. April 2015 setzte die Steuerverwaltung des Kantons Bern Nachsteuern und Bussen für die Steuerjahre 2003 (Kantons- und Gemeindesteuern) sowie 2004 und 2005 (Kantons- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer) fest. Die dagegen erhobene Einsprache der A._ AG wies sie mit Entscheiden vom 7. Januar 2016 ab. Daraufhin gelangte die A._ AG mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese sistierte das Nachsteuerverfahren bis zum Abschluss des Steuerstrafverfahrens. Mit Entscheiden vom 20. September 2016 hiess die Steuerrekurskommission Rekurs und Beschwerde teilweise gut. Abgewiesen wurden die Rechtsmittel, soweit sie die Bussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung 2005 betrafen. Die Steuerrekurskommission wies die Sache zur Neuberechnung der Bussen im Sinn der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurück. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die Beschwerden der A._ AG gegen die Entscheide der Steuerrekurskommission mit Urteil vom 19. Dezember 2017 ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Februar 2018 beantragt die Beschwerdeführerin (ersatzlose) Aufhebung der Entscheide der Vorinstanz. Eventualiter beantragt sie, dass die Entscheide der Vorinstanz aufzuheben seien und die Bussen auf die Hälfte der hinterzogenen Steuer herabzusetzen sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Vorinstanz beantragen Abweisung der Beschwerde.