Sachverhalt: A. Am 22. Oktober 2007 schlossen die A._ (Bestellerin, Beschwerdeführerin) und die B._ AG (Unternehmerin, Beschwerdegegnerin) einen schriftlichen "GU-Vertrag" betreffend die Instandsetzung der Parkgarage und der Fussgängerbrücke der Wohnsiedlung C._ in Zürich. Die Bestellerin übertrug darin der Unternehmerin die Ausschreibung, Ausführungsplanung, Bauleitung, schlüsselfertige Erstellung und betriebsbereite Übergabe des Bauwerks gegen Bezahlung eines Werkpreises von Fr. 9'548'399.63 vor Mehrwertsteuer bzw. von Fr. 10'274'078.-- mit Mehrwertsteuer. In der Folge entstanden Differenzen über den Werklohn. Zwischen den Parteien bestand parallel zum Vertrag betreffend die Wohnsiedlung C._ noch ein weiterer Vertrag bezüglich des Neubaus des Stadions D._. Auch in diesem Zusammenhang kam es zwischen den Parteien zu einem Streit über die Höhe des geschuldeten Werklohns. B. B.a. Mit Klage vom 27. April 2011 beantragte die Unternehmerin dem Bezirksgericht Zürich, die Bestellerin sei zur Zahlung von Fr. 289'260.58 nebst Zins zu verurteilen. In ihrer Klageantwort vom 25. August 2011 beantragte die Bestellerin die Abweisung der Klage. Eventualiter für den Fall, dass sich die eingeklagte Forderung als begründet erweisen sollte, erhob die Bestellerin wie bereits im Verfahren betreffend das Projekt "D._" die Einrede der Verrechnung mit Guthaben aus den Nachträgen 16 und 17 des genannten Projektes im Umfang von Fr. 2'127'331.30. Nach eigenen Angaben der Bestellerin handelt es sich bei den zur Verrechnung gestellten Forderungen um dieselben, mit denen sie bereits im Verfahren betreffend das Projekt "D._" eventualiter die Verrechnungseinrede erhoben hat. B.b. Das Bezirksgericht Zürich hiess die Klage am 23. Oktober 2014 im Umfang von Fr. 252'543.05 nebst Zins gut. Den Einwand der Bestellerin, sie habe gültig mit einem Guthaben aus dem (parallelen) Bauvorhaben "Stadion D._" verrechnet, verwarf das Bezirksgericht. B.c. Gegen das Urteil des Bezirksgerichts legte die Bestellerin Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich ein, mit der sie die Aufhebung des bezirksgerichtlichen Entscheids und die vollumfängliche Abweisung der Klage beantragte. Die Bestellerin hielt eventualiter die Verrechnungseinrede mit Forderungen aus dem (parallelen) Bauvorhaben "Stadion D._" aufrecht. Mit Urteil vom 27. Februar 2015 wies das Obergericht die Berufung ab und bestätigte das bezirksgerichtliche Urteil. B.d. Das Bundesgericht hiess am 23. November 2015 die Beschwerde der Bestellerin gut, hob das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. Februar 2015 auf und wies die Sache zur Beurteilung der Verrechnungsforderung zurück in der Meinung, das Verfahren sei mit demjenigen in Sachen "D._" zu koordinieren (4A_221/2015). B.e. Mit Urteil vom 26. September 2016 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Berufung der Bestellerin gegen den bezirksgerichtlichen Entscheid erneut ab und bestätigte das Urteil des Bezirksgerichts vom 23. Oktober 2014. Zur Begründung führte das Obergericht aus, die Verrechnungsforderung der Bestellerin sei im parallelen Verfahren "Stadion D._" materiell rechtskräftig abgewiesen worden, soweit sie nicht zur Verrechnung zugelassen und dadurch untergegangen sei. Damit bleibe für eine Verrechnung im vorliegenden Verfahren kein Raum mehr. Den Einwand der Bestellerin, dass sie mit der Beurteilung ihrer Verrechnungsforderung durch das Bezirksgericht im parallelen Verfahren nicht einverstanden sei und eine Überprüfung durch das Obergericht hätte erwirken wollen, verwarf das Gericht mit der Begründung, die Bestellerin hätte im parallelen Verfahren Berufung erheben müssen. Sie habe sich in diesem parallelen Verfahren zu Unrecht darauf verlassen, dass sie Anschlussberufung erheben könne. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Bestellerin die Rechtsbegehren: "1. Es s ei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2016 (...) aufzuheben und die Sache sei (i) zur Beurteilung der Verrechnungseinrede und (ii) zur Gutheissung der Berufung der Beschwerdeführerin vom 1. Dezember 2014 an das Obergericht des Kantons Zürich gegen ein Urteil der 8. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich vom 23. Oktober 2014 (...) sowie (iii) zur - zufolge Gutheissung der Berufung der Beschwerdeführerin vom 1. Dezember 2014 an das Obergericht des Kantons Zürich gegen ein Urteil der 8. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich vom 23. Oktober 2014 (...) - vollumfänglichen Abweisung der Klage der Beschwerdegegnerin vom 27. April 2011 an das Bezirksgericht Zürich (...) an die Vorinstanz zurückzuweisen. (Kosten) 2. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2016 (...) aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin vom 27. April 2011 an das Bezirksgericht Zürich (...) sei vollumfänglich abzuweisen. (...) " Die Bestellerin beantragt überdies den Beizug der Akten des kantonalen Verfahrens und des Parallelverfahrens "Stadion D._" sowie die Vereinigung ihrer Beschwerden gegen die Urteile des Obergerichts des Kantons Zürich im vorliegenden Verfahren und im Verfahren 4A_599/2016. C.a. Die Bestellerin rügt eine Verletzung von Art. 120 Abs. 1 OR, weil ihre Verrechnungseinrede nicht beurteilt worden sei. Zur Begründung ihrer Beschwerde bringt sie vor, die Vorinstanz habe ihr im Parallelverfahren das Recht verwehrt, Anschlussberufung zu erheben, indem sie die Berufung der Unternehmerin gegen das bezirksgerichtliche Urteil nicht zur Antwort zugestellt habe, weshalb sie keine Möglichkeit erhalten habe zu rügen, das Bezirksgericht habe die Verrechnungsforderung zu Unrecht weitgehend für unbegründet gehalten. Sie weist darauf hin, dass diese Verrechnungsforderung Gegenstand des Verfahrens 4A_599/2016 bilde. Sie vertritt die Ansicht, diese sei noch nicht rechtskräftig beurteilt. Die Bestellerin bezieht sich auf das bundesgerichtliche Urteil vom 23. November 2015 und beantragt Aufhebung des Urteils der Vorinstanz und Rückweisung der Sache zur Beurteilung ihrer Verrechnungseinrede in den koordinierten Verfahren. In einem Eventualantrag begründet sie, weshalb ihrer Ansicht nach das Urteil des Bezirksgerichts bezüglich ihrer Verrechnungsforderung falsch sei. C.b. Die Unternehmerin stellt in der Vernehmlassung das Rechtsbegehren, die Anträge der Bestellerin seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und es sei das vorinstanzliche Urteil vollumfänglich zu bestätigen. D. Mit Urteil vom heutigen Tag ist die Beschwerde der Bestellerin im Verfahren 4A_599/2016 gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich in der Streitsache "Stadion D._" aufgehoben worden, weil der Bestellerin die Berufung in diesem Verfahren nicht zur Antwort und allfälligen Anschlussberufung zugestellt worden war. Das Obergericht wird in diesem Verfahren der Bestellerin die Berufung der Unternehmerin zur Antwort und möglichen Anschlussberufung zustellen; solange die Bestellerin die Abweisung ihrer Verrechnungsforderung in Frage stellen kann, ist darüber nicht rechtskräftig entschieden.