Sachverhalt: A. Die Bauunternehmung A._ AG (Gemeinschuldnerin) schloss am 3. Mai 2007 mit der Krankenkasse B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) einen Totalunternehmerwerkvertrag mit einem Pauschalpreis von Fr. 10'560'000.-- betreffend das Neubauprojekt "X._" (nachfolgend TU-Werkvertrag). Am 12. Juni 2007 wurde über sie der Konkurs eröffnet. Mit Schreiben vom 21. Juni 2007 trat die Konkursverwaltung ausdrücklich nicht im Sinne von Art. 211 Abs. 2 SchKG in den TU-Werkvertrag zwischen der Gemeinschuldnerin und der Beklagten ein. Am 11. Juli 2007 meldete die Beklagte die von ihr vor Konkurseröffnung bereits an die Gemeinschuldnerin geleistete erste Teilzahlung des TU-Werkvertrags in Höhe von Fr. 700'000.-- als Konkursforderung an. Die Konkursmasse der A._ AG in Liquidation (Klägerin, Beschwerdeführerin) verlangte später von der Beklagten die Bezahlung der zweiten Teilzahlung des TU-Werkvertrags in Höhe von Fr. 900'000.--, was diese verweigerte. B. Mit Klage vom 23. Juni 2014 beim Handelsgericht des Kantons Zürich verlangte die Klägerin, die Beklagte sei kostenfällig zur Bezahlung von Fr. 900'000.-- nebst Zins zu verurteilen. Im Rahmen ihrer Klageantwort verkündete die Beklagte der C._ AG (Nebenintervenientin) den Streit und erhob zudem Streitverkündungsklage gegen diese. Mit Beschluss vom 27. Mai 2015 trat das Handelsgericht nicht auf die Streitverkündungsklage ein, nahm aber gleichzeitig Vormerk von der Streitverkündung. Die Nebenintervenientin erklärte daraufhin, sie werde die Beklagte im Prozess gegen die Klägerin unterstützen. Mit Urteil vom 12. April 2017 wies das Handelsgericht die Klage vollumfänglich ab. C. Mit Beschwerde vom 29. Mai 2017 beantragt die Beschwerdeführerin, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu verpflichten, ihr Fr. 900'000.-- nebst Zins zu bezahlen; eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung wurde mit Präsidialverfügung vom 11. Juli 2017 abgewiesen. In ihrer Beschwerdeantwort vom 20. September 2017 begehrt die Beschwerdegegnerin, die Beschwerde sei kostenfällig abzuweisen. Übereinstimmend damit beantragt auch die Nebenintervenientin die kostenfällige Abweisung der Beschwerde, sieht im Übrigen aber von einer detaillierten Stellungnahme ab. Das Handelsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert repliziert, woraufhin die Beschwerdegegnerin ebenfalls unaufgefordert dupliziert hat.