Sachverhalt: A. Am 25. September 2012/13. März 2013 genehmigte der Regierungsrat des Kantons Uri das Schutz- und Nutzungskonzept Erneuerbare Energien im Kanton Uri (SNEE). Das Konzept bestimmt unter anderem bei der Wasserkraftnutzung, welche Gewässer künftig grundsätzlich nutzbar sind, und legt davon ausgeschlossene Schutzzonen oder -landschaften fest. Nicht aufgeführte Gewässer dürfen, mit Ausnahme von Kleinstwasserkraftwerken und ähnlichen Anlagen, künftig nicht mehr genutzt werden. Mit Publikation im Amtsblatt Nr. 8 vom 26. Februar 2016 legte der Regierungsrat das Reglement über den Schutz der Gewässer im Gebiet Uri Nord zwischen dem Urnersee und Erstfeld öffentlich auf. Dagegen erhob A._ Einsprache mit dem Antrag, das Reglement nicht zu erlassen. Dieses verstosse gegen das Schutz- und Nutzungskonzept. Hintergrund der Einsprache ist ein seit Januar 2010 hängiges Konzessionsgesuch von A._ für ein Kleinwasserkraftwerk, mit denen der Balmerbach, der Niemerstafelbach und die beiden Bäche zwischen Vorderen und Hinteren Rustigen genutzt werden sollen. Diese vier Bäche sollen nunmehr jedoch nach Art. 2 Abs. 1 des Reglements als Objekt Nr. 3 unter Schutz gestellt werden. Mit Beschluss vom 23. August 2016 wies der Regierungsrat die Einsprache ab, soweit er darauf eintrat. Dagegen erhob A._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Uri. Dieses beurteilte das angefochtene Reglement mit Entscheid vom 24. November 2017 als Erlass, trat deswegen auf die Beschwerde nicht ein und überwies die Sache zuständigkeitshalber dem Bundesgericht. Der Entscheid blieb unangefochten. Mit Urteil 1C_652/2017 vom 20. August 2018 trat das Bundesgericht seinerseits auf die ihm überwiesene Beschwerde nicht ein und wies die Streitsache zur weiteren Behandlung zurück an das Obergericht. Im Wesentlichen begründete es das damit, die Rechtsnatur des angefochtenen Akts sei zwar auf den ersten Blick nicht eindeutig; es handle sich beim Reglement aber um eine anfechtbare Allgemeinverfügung mit generell-konkretem Inhalt und nicht um einen Erlass, weshalb das Obergericht für die dagegen erhobene Beschwerde zuständig gewesen wäre und nicht ein beim Bundesgericht einzig anfechtbarer kantonal letztinstanzlicher Entscheid vorliege. B. Am 6. September 2018 nahm das Obergericht das Verfahren wieder auf. Mit Entscheid vom 9. November 2018 trat es auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erneut nicht ein. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, der Rechtsmittelweg sei nach der Rückweisung durch das Bundesgericht an sich wieder offen und es sei von einem anfechtbaren Hoheitsakt auszugehen; A._ sei durch das angefochtene Reglement jedoch nicht unmittelbar aktuell betroffen, weshalb er zur Beschwerdeerhebung nicht legitimiert sei. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. Dezember 2018 an das Bundesgericht beantragt A._, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, eventuell die Sache zu neuer Beurteilung an dieses zurückzuweisen. Er macht unter Einreichung neuer Unterlagen im Wesentlichen geltend, als Betreiber eines bereits bestehenden Kleinkraftwerks und mit Blick auf sein Projekt für ein zweites solches Wasserkraftwerk im fraglichen Schutzgebiet vom strittigen Reglement sehr wohl betroffen und daher zur Beschwerde berechtigt zu sein. In prozessualer Hinsicht ersuchte A._ darum, das bundesgerichtliche Verfahren zu sistieren, um mit dem Regierungsrat Gespräche über die beantragte Konzession führen zu können. Die Justizdirektion des Kantons Uri wandte sich für den Regierungsrat am 14. Januar 2019 gegen den Sistierungsantrag und verzichtete auf Ausführungen zur Sache. Das Obergericht vertrat in seiner Vernehmlassung vom 21. Dezember 2018 die Auffassung, die von A._ eingereichten Unterlagen seien unbeachtlich und verwies in bestätigendem Sinne auf seinen Entscheid, ohne einen förmlichen Antrag zu stellen. Am 8. Februar 2019 äusserte sich A._ nochmals zur Sache. D. Mit Verfügung vom 18. Januar 2019 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Sistierungsgesuch ab und ordnete die Fortführung des bundesgerichtlichen Verfahrens an.