Sachverhalt: A. X._ wird zur Last gelegt, er habe zwischen dem 1. November 2016 und dem 7. Februar 2017 im gleichen Bett wie sein Sohn B._, geb. 7. April 2010, übernachtet und hierbei seinen Penis am Rücken seines bekleideten Kindes gerieben. Ausserdem soll er B._ in der erwähnten Zeitspanne mehrfach geschlagen haben. B. Die Prozessbeiständin von B._ teilte der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich am 4. September 2017 mit, dass sie für B._ vom Aussageverweigerungsrecht Gebrauch mache und er kein zweites Mal aussagen werde. C. Am 23. Februar 2018 schützte die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde Bezirk Affoltern (nachfolgend "KESB") den Entscheid der Beiständin hinsichtlich der Aussageverweigerung und lehnte deren Auswechslung ab. D. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich stellte das Verfahren gegen X._ wegen sexueller Handlungen mit Kindern und wiederholter Tätlichkeiten, angeblich begangen zum Nachteil von B._, am 27. Februar 2018 ein. Die Staatsanwaltschaft begründete die Verfahrenseinstellung damit, dass die Prozessbeiständin eine zweite, parteiöffentliche Einvernahme abgelehnt habe und somit keine beweisverwertbare Aussage vorliege. E. Am 7. September 2018 wies das Obergericht des Kantons Zürich die dagegen von der Kindsmutter A._ erhobene Beschwerde ab. Es auferlegte ihr die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- und verpflichtete sie, X._ eine Prozessentschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen. F. A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. September 2018 sei aufzuheben und das Strafverfahren sei zu sistieren bzw. die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, das Strafverfahren so lange zu sistieren, bis die Beschwerde gegen den Entscheid der KESB vom 26. Februar 2018 (recte: 23. Februar 2018) rechtskräftig entschieden sei. Es sei ihr für das ober- und bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zuzusprechen. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen. X._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.