Sachverhalt: A. Die C._ AG (Verkäuferin) beauftragte die D._ AG, den Transport von 35 Einwegpaletten Schokolade mit einem Bruttogewicht von 10'253 Kilogramm ab Werk in U._ zu der E._ (Käuferin) in V._ zu organisieren. Die D._ AG beauftragte ihrerseits die österreichische Frachtführerin F._ GmbH mit diesem Transport. Diese unterbeauftragte wiederum die B._ (Beschwerdegegnerin), eine nach lettischem Recht organisierte Gesellschaft mit beschränkter Haftung. Die B._ vergab den Transport an die G._ mit Sitz in W._, welche den Transport an die ausführende Frachtführerin H._, ebenfalls mit Sitz in W._, weitervergab. Die Ware wurde am 5. Juni 2015 in U._ auf ein Transportfahrzeug der H._ geladen. Die Überfahrt von X._ nach Y._ erfolgte am 6. Juni 2015. Am 8. Juni 2015 erreichte die Ware V._. Am 8. Juni 2015 verweigerte die E._ die Annahme mit dem Hinweis, die Ware sei für den Lebensmittelgebrauch und für den Verkauf vollständig unbrauchbar, da sie beschädigt, schlecht erhalten und teilweise verschwunden sei. B. Am 6. Juni 2016 reichte die A._ Versicherungen AG (Beschwerdeführerin) beim Handelsgericht des Kantons Aargau eine Klage ein, mit der sie beantragte, die B._ sei zu verurteilen, ihr den Betrag von Fr. 111'783.05 nebst Zins zu 5 % seit 1. Juni 2016 zu bezahlen. Sie brachte vor, sie mache als Regressforderung Schadenersatzansprüche aus Transportdienstleistungen geltend. Die C._ AG sei von der D._ AG für den Totalschaden der Ware entschädigt worden. Die D._ AG habe eine Entschädigung in entsprechender Höhe von der F._ GmbH verlangt. Sie (die A._ Versicherungen AG) habe diese Entschädigung geleistet und sei in die Ansprüche, die der F._ GmbH gegenüber der B._ zustünden, subrogiert. Mit Urteil vom 29. März 2017 wies das Handelsgericht die Klage ab. C. Die A._ Versicherungen AG begehrt mit Beschwerde in Zivilsachen, ihr Klagebegehren sei gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Handelsgericht des Kantons Aargau verzichtete auf Vernehmlassung. Die B._ begehrt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten sei. Die A._ Versicherungen AG hat eine Replik eingereicht.