Sachverhalt: A. Das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) führt seit dem 22. Juni 2016 ein Verwaltungsstrafverfahren gegen verantwortliche Personen der Bank A._ wegen des Verdachts der Verletzung von Meldepflichten nach dem Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 über die Bekämpfung der Geldwäscherei und der Terrorismusfinanzierung (GwG, SR 955.0). Die verantwortlichen Organe der Bank hätten (im Zusammenhang mit Kontenbeziehungen zu betrugsgeschädigten Kunden) die in Artikel 9 GwG vorgeschriebene Verdachtsmeldung an die Meldestelle für Geldwäscherei (MROS) pflichtwidrig unterlassen. In ihrer aufsichtsrechtlichen Verfügung vom 25. März 2013 hatte die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) zuvor festgestellt, dass die Bank im Rahmen ihrer Geschäftsbeziehungen zur (unterdessen liquidierten) B._ AG die bankengesetzlichen Organisations- und Gewährserfordernisse schwer verletzt habe. B. Die Sachverhaltsfeststellungen der FINMA in ihrer Verfügung vom 25. März 2013 basierten im Wesentlichen auf dem von einer Schweizer Anwaltskanzlei am 27. September 2012 erstellten Abschlussbericht zu einer bankinternen Untersuchung. C. Am 28. November 2016 erliess das EFD eine Editionsverfügung. Darin wies es die Bank an, den vollständigen Abschlussbericht vom 27. September 2012 zur bankinternen Untersuchung sowie den betreffenden vollständigen Zwischenbericht (je ohne Schwärzungen und inklusive Beilagen) herauszugeben. Zuvor hatte sich das EFD vergeblich darum bemüht, die Berichte von der FINMA zu erhalten. Am 16. Dezember 2016 reichte die Bank die fraglichen Unterlagen elektronisch und in versiegelter Form (auf einem passwortgeschützten Datenträger) beim EFD ein. Gleichzeitig erhob sie "Einsprache" gegen die Durchsuchung der Unterlagen. D. Am 9. Januar 2017 stellte das EFD beim Bundesstrafgericht das Gesuch um Entsiegelung der fraglichen Aufzeichnungen bzw. um deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit Beschluss vom 4. September 2017 wies das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer (BstGer), das Entsiegelungsgesuch ab. Mit Urteil vom 21. März 2018 hiess das Bundesgericht die vom EFD gegen den Beschluss des BstGer vom 4. September 2017 erhobene Beschwerde gut; es hob den Beschluss auf und wies die Sache an das BstGer zur Neubeurteilung zurück (Verfahren 1B_433/2017). E. Mit neuem Beschluss vom 13. September 2018 hiess das BstGer das Entsiegelungsgesuch gut; es ermächtigte das EFD, die betreffenden Aufzeichnungen (interne Berichte samt Beilagen) zu durchsuchen. F. Gegen den Beschluss des BstGer vom 13. September 2018 gelangte die betroffene Bank mit Beschwerde vom 3. Oktober 2018 an das Bundesgericht. Sie beantragt in der Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Abweisung des Entsiegelungsgesuches. Mit Eingabe vom 17. Oktober 2018 ergänzte die Beschwerdeführerin ihre Beschwerde. Das BstGer hat sich am 23. Oktober 2018 vernehmen lassen. Das EFD beantragt mit Stellungnahme vom 2. November 2018 die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin replizierte am 16. November 2018. Am 13. Dezember 2018 reichte sie unaufgefordert eine weitere Eingabe (mit Beilage) ein. In einer weiteren nachträglichen Eingabe vom 10. Januar 2019 (mit Beilagen) stellte sie ein Sistierungsgesuch. Am 5. Februar 2019 reichte sie weitere Unterlagen ein.