Sachverhalt: A. Die Vorsorge A._ ist eine Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. ZGB. Sie bezweckt die berufliche Vorsorge für die Angestellten der A._ AG und der mit ihr wirtschaftlich eng verbundenen Unternehmen. Rentenbezüger der Vorsorge A._ sind unter anderem B._ (geb. 1947) und C._ (geb. 1953), die mittlerweile beide im Ausland wohnhaft sind: B._, der bis Ende November 2009 bei der A._ AG angestellt war, verlegte seinen steuerrechtlichen Wohnsitz nach der Pensionierung per 31. Dezember 2009 in die Republik Sri Lanka. C._ - bis 30. Juni 2001 Angestellter der Abteilung D._ in U._ - nahm per 30. Juni 2005 steuerrechtlichen Wohnsitz in der Republik der Philippinen (die Abteilung D._ wurde per 31. Dezember 2003 infolge Fusion mit der Abteilung E._ aufgelöst; die Abteilung E._ wiederum ging per 24. Mai 2011 infolge Fusion auf die A._ Schweiz AG über). B. Mit Verfügungen vom 25. Januar 2013 verpflichtete die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Vorsorge A._, auf den B._ und C._ ausbezahlten Renten Quellensteuern zurückzubehalten. Diese Verfügungen focht die Vorsorge A._ bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern an. Mit Entscheid vom 13. Dezember 2016 hiess die Steuerrekurskommission die Rechtsmittel der Vorsorge A._ gut und hob die Verfügungen vom 25. Januar 2013 auf. Daraufhin erhob die Steuerverwaltung sowohl für die Bundessteuer als auch für Kantons- und Gemeindesteuern Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses wies die Beschwerden mit Urteil vom 29. Juni 2018 ab. C. Mit Eingabe vom 5. September 2018 erhebt die Steuerverwaltung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 29. Juni 2018, die Entscheidung der vorliegenden Angelegenheit im Sinne ihrer Argumentation und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) beantragt die Gutheissung der Beschwerde, das Verwaltungsgericht deren Abweisung. Die Vorsorge A._ verzichtet auf Vernehmlassung.