Sachverhalt: A. Die A._ AG (nachstehend: Bauherrin) ist Eigentümerin des Grundstücks Kat.-Nr. 866 an der Ausserdorfstrasse 2 der Gemeinde Maschwanden (nachstehend: Baugrundstück). Es liegt am südwestlichen Siedlungsrand von Maschwanden im Ortsteil Usserdorf innerhalb der Perimeter des Inventars der schutzwürdigen Ortsbilder von überkommunaler Bedeutung des Kantons Zürich (KOBI) und des Bundesinventars der schützenswerten Ortsbilder der Schweiz von nationaler Bedeutung (ISOS). Das Baugrundstück wurde gemäss der Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Maschwanden von 2. Juni 2003 (BZO) der Kernzone zugeordnet. Es ist mit einem Mehrzweckbauernhaus überbaut. Auf dem südöstlichen Nachbargrundstück (Kat.-Nr. 816) befindet sich ein Bauernhof mit einem als regionales Schutzobjekt eingestuften Riegelhaus, einer grossen Scheune sowie kleinerer Wirtschaftsbauten. B. Mit Baugesuch vom 11. November 2015 beantragte die Bauherrin der Gemeinde Maschwanden, auf dem Baugrundstück den Abbruch des Bauernhauses und den Bau von drei Mehrfamilienhäusern mit insgesamt 34 Wohnungen, einer gemeinsamen Tiefgarage mit 51 Plätzen und einem oberirdischen Besucherparkplatz mit 17 Abstellplätzen zu bewilligen. Die Häuser A und B sollen eine Länge von 30 m, eine Breite von 14 m und eine Firsthöhe von 13,52 m aufweisen. Das Haus B ist parallel zur Ausserdorfstrasse vorgesehen, während das Haus A im rechten Winkel zu dieser Strasse geplant ist. Das kleinere Haus C soll im südöstlichen Bereich des Baugrundstücks errichtet werden. Die Zufahrtsrampe zur Tiefgarage ist zwischen den Häusern A und B vorgesehen. Die Natur- und Heimatschutzkommission des Kantons Zürich (NHK) beantragte in ihrem Gutachten vom 27. April 2016, die Volumetrie der von der Bauherrin geplanten Bauten sei entsprechend der Siedlungsstruktur und dem Bebauungsmuster des Usserdorfs stark zu reduzieren. Zur Begründung führte die NHK namentlich aus, die Neubauten A und B - und ebenfalls C, wenn auch nicht so ausgeprägt - würden eine Grösse aufweisen, die einen völlig neuen Massstab ins Usserdorf brächte. Die Gebäudetiefen seien deutlich grösser als bei den benachbarten Wohnbauten, seien es ortstypische Altbauten oder Einfamilienhäuser neueren Datums. Sowohl die Gebäudetiefen als auch die Gebäudehöhen seien mit denjenigen der umgebenden Scheunen vergleichbar, nicht aber mit jenen der Nachbarhäuser. Das historische Usserdorf sei einem Strassendorf ähnlich, die Bauten seien in lockerer Abfolge entlang der Strasse aufgereiht. Darunter gebe es Höfe und kleinere Wohnhäuser. Dazwischen lägen grosse Freiräume mit Nutz- und Obstgärten, Wiesen, Bäumen und vereinzelt eingestreuten, kleinen Ökonmiegebäuden. Dieser Charakter des Usserdorfs sei sowohl im nationalen als auch im kantonalen Inventar als prägend für das Ortsbild von Maschwanden hervorgehoben worden. Die dichte Gruppierung der drei Wohnblocks auf vergleichsweise engem Raum führe zu einer eklatanten Störung dieses Charakters und einer gravierenden Beeinträchtigung des Ortsbilds. Insbesondere das Haus C als Gegenüber zum Schutzobjekt auf dem Grundstück Kat.-Nr. 816 sei inakzeptabel; der Neubau sei zu gross, zu nahe am Schutzobjekt und erreiche die gestalterische und handwerkliche Qualität dieses mächtigen Fachwerkhauses nicht. Als zuständiges Fachamt der Baudirektion des Kantons Zürich verweigerte das Amt für Raumentwicklung (ARE) mit Gesamtverfügung vom 16. August 2016 die Bewilligung für das von der Bauherrin vorgesehene Bauvorhaben, weil es mit den Zielen des Ortsbildschutzes nicht vereinbar sei. Die beiden Häuser A und B seien deutlich grösser als die benachbarten Wohnhäuser und dominierten die Umgebung. Zudem werde das südöstlich des Hauses C auf dem Grundstück Kat.-Nr. 816 stehende Denkmalschutzobjekt von regionaler Bedeutung durch den Neubau stark bedrängt und in seiner Wirkung geschmälert. Alle drei Neubauten wiesen eine unruhige, ortsuntypische Fassaden- und Dachgestaltung auf. Aus der Sicht des Ortsbildschutzes sei das Bauvorhaben zu überarbeiten; die Volumen der Neubauten seien zu reduzieren und deren Anordnung zu überdenken. Am 6. September 2016 verweigerte der Gemeinderat der Gemeinde Maschwanden die baurechtliche Bewilligung für das Bauvorhaben der Bauherrin, weil es aufgrund der Grösse, der Anordnung sowie der Ausgestaltung der vorgesehenen Bauten mit dem Ortsbild von Maschwanden nicht vereinbar sei und damit den Vorschriften gemäss § 238 PBG widerspreche. Zudem würden die Anforderungen gemäss Art. 8 und 9 BZO hinsichtlich Fassaden, Materialien und der Umgebungsgestaltung nicht erfüllt. Der Gemeinderat stützte sich dabei auf die Verfügung des Amts für Raumentwicklung vom 16. August 2016, die er zum integrierenden Bestandteil seiner Bauverweigerung erklärte. Die Bauherrin focht die Bauverweigerungen der Baudirektion und des Gemeinderats Maschwanden mit Rekurs an, den das Baurekursgericht des Kantons Zürich nach der Durchführung eines Augenscheins mit Entscheid vom 18. April 2017 abwies. Zur Begründung führte es namentlich aus, der Augenschein habe gezeigt, dass die Feststellungen der NHK den Gegebenheiten entsprechen würden. Auch ihre rechtliche Würdigung sei weitestgehend nachvollziehbar. Die Ortsbildunverträglichkeit ergebe sich nicht allein aus der Kubatur eines einzelnen Gebäudes, sondern insbesondere aus der Konzentration der drei voluminösen Baukörper auf engem Raum, was im Ergebnis zu einer atypisch dichten, vorstädtisch anmutenden Überbauung führe. Zwar bestünden auch in Usserdorf vereinzelt Gebäude mit ähnlichen Volumen, jedoch handle es sich dabei entweder um Ökonomie- oder Spezialgebäude (Schulhaus) nicht aber um Wohnhäuser. Eine gegen den Entscheid des Baurekursgerichts eingereichte Beschwerde der Bauherrin wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 16. November 2017 ab. C. Die Bauherrin (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2017, die in der "Gesamtverfügung" vom 16. August 2016 enthaltene Verfügung des ARE und den Beschluss des Gemeinderats vom 6. September 2016 aufzuheben und die verlangten baurechtlichen Bewilligungen zu erteilen. Eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung des Sachverhalts und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz, das Baurekursgericht oder die beiden ersten Instanzen zurückzuweisen. Der Gemeinderat Maschwanden schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion des Kantons Zürich beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen, wobei sie auf den beigelegten Mitbericht des Amtes für Raumentwicklung verweist, in dem dieses den Antrag stellt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.