Sachverhalt: A. Mit Urteil vom 21. November 2016 sprach das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt B._ unter anderem der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung (in Bereicherungsabsicht) für schuldig. Wegen des gleichen Tatbestands verurteilt wurden auch zwei weitere Beschuldigte. Das Strafgericht verurteilte die drei Beschuldigten solidarisch zur Bezahlung diverser Schadenersatzzahlungen. Weiter entschied es, die zugesprochenen Schadenersatzzahlungen würden in Anwendung von Art. 73 Abs. 1 StGB aus den sichergestellten Vermögenswerten der Verfahrensbeteiligten Dritten Nr. 1 C._ AG (Konto bei der D._ AG; Betrag von Fr. 740'000.--) und der Verfahrensbeteiligten Dritten Nr. 2 E._ AG (Konto bei der Bank F._ AG; Betrag von Fr. 3'910'000.--) beglichen. Der Saldo der darüber hinaus beschlagnahmten Vermögenswerte der C._ AG und der E._ AG werde, nach Rückstellung der voraussichtlich noch offenen Forderung der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt gegenüber der Verfahrensbeteiligten Dritten Nr. 3 A._ AG betreffend Handänderungssteuer, in Anwendung von Art. 70 Abs. 1 und Art. 71 Abs. 1 StGB sowie Art. 33 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland vom 16. Dezember 1983 (BewG; SR 211.412.41) eingezogen. In Bezug auf die Vermögenseinziehung erwog das Strafgericht unter anderem, die C._ AG und die E._ AG gehörten der A._ AG, welche ihrerseits von den drei Beschuldigten geführt und / oder kontrolliert werde. Die drei Beschuldigten hätten sich mehrfach der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gemacht. Gegeben sei auch der kausale Zusammenhang zwischen Anlasstat und einzuziehendem Vermögen (eingehend: Urteil des Strafgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 21. November 2016, S. 164 ff.). Die drei Beschuldigten wie auch die drei Verfahrensbeteiligten Dritten meldeten beim Appellationsgericht Basel-Stadt Berufung an. B. Mit Gesuch an das Appellationsgericht Basel-Stadt vom 11. Juli 2018 und Ergänzung vom 7. August 2018 ersuchte der Rechtsvertreter der drei Verfahrensbeteiligten Dritten um Reduktion der Kontosperre auf dem Konto bei der Bank F._ AG, lautend auf E._ AG, um Fr. 353'619.80. Mit Verfügung vom 15. November 2018 erwog der Präsident des Appellationsgerichts Basel-Stadt, da die sichergestellten Vermögenswerte vom Strafgericht mit Urteil vom 21. November 2016 einerseits in Anwendung von Art. 73 Abs. 1 StGB den Geschädigten als Schadenersatz zugesprochen und, soweit zur Schadensdeckung nicht erforderlich, eingezogen worden seien, andererseits aber die laufenden Verpflichtungen der betroffenen Gesellschaften zuerfüllen seien, wobei das Vermögen zu erhalten und der Aufwand auf das absolut Erforderliche zu beschränken sei, werde verfügt, was folgt: 1. Folgende Positionen rechtfertigen zum derzeitigen Zeitpunkt eine Freigabe: a) Pauschalbudget Verwaltung 2. Semester 2018 Fr. 4'000.-- b) Mieten 2. Semester 2018 Fr 5'346.-- c) Kosten Generalversammlung 2018 Fr 3'000.-- d) Kosten Revision 2017/2018 Fr 6'500.-- e) VR-Honorar 2018/2019 Fr. 6'000.-- f) Steuern E._ AG 2016 Fr. 263'744.45 g) Rechtsvertretungskosten im Umfang von Fr. 3'616.95 2. Die Kontosperre auf Konto [...] bei der Bank F._ AG, lautend auf E._ AG, wird demgemäss um den Betrag von Fr. 292'207.40 reduziert. 3. Das Gesuch um Zusprechung von Rechtskosten für das Strafverfahren in Basel im Umfang von Fr. 62'616.80 wird abgewiesen. Zur Begründung führte der Präsident des Appellationsgerichts aus, Miete, Generalversammlungs-, Revisions- und Verwaltungsrats-Kosten sowie die Pauschale von Fr. 4'000.-- seien dem Grundsatz nach geschäftsmässig begründet, wenn auch zum Teil für eine im Wesentlichen inaktive Gesellschaft im oberen Bereich angesiedelt. Die Rechtsvertretungskosten, die im Zusammenhang mit den Steuern erwachsen seien, dienten unmittelbar der Gesellschaft und damit zumindest mittelbar auch den Geschädigten. Anders verhalte es sich mit den Rechtsvertretungskosten im Strafverfahren. Die entsprechenden Bemühungen lägen ausschliesslich im Interesse der Beschuldigten, die ihrerseits bereits verteidigt seien. Der Kostenentscheid im Strafverfahren sei ferner dem Gesamtberufungsgericht vorbehalten und solle nicht durch eine Freigabeverfügung des Instruktionsrichters präjudiziert werden. C. Mit Eingabe vom 19. Dezember 2018 führt die A._ AG Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung des Präsidenten des Appellationsgerichts Basel-Stadt vom 15. November 2018 insoweit aufzuheben, als die Reduktion der Kontosperre im Umfang von Fr. 62'616.90 (eventualiter im Umfang von Fr. 50'538.02) für die Bezahlung der Rechtskosten für das Strafverfahren (Berufungsverfahren) abgewiesen worden sei. Der Präsident des Appellationsgerichts Basel-Stadt beantragt mit Stellungnahme vom 3. Januar 2019, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Eingabe vom 8. Februar 2019 an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest.