Sachverhalt: A. Das Bezirksgericht Lenzburg verurteilte Y._ am 2. November 2016 wegen gewerbsmässigen Betrugs (Art. 146 Abs. 1 und 2 StGB), Misswirtschaft (Art. 165 i.V.m. Art. 29 StGB) und mehrfacher Urkundenfälschung (Art. 251 StGB) zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren. Die beschlagnahmen Vermögenswerte (Forderungen) von insgesamt Fr. 2'734'093.40 zog es gestützt auf Art. 70 StGB ein. Es verpflichtete Y._, der A._ Fr. 6'500'000.-- als Schadenersatz zzgl. Zins und der B._ SA EUR 1'375'000.-- als Schadenersatz zzgl. Zins, je in solidarischer Haftbarkeit mit X._, zu bezahlen. Die eingezogenen Vermögenswerte sprach es gestützt auf Art. 73 Abs. 1 lit. b StGB der A._ und der B._ SA im Verhältnis der Höhe ihrer Forderungen zu. B. Auf Berufung von Y._ bestätigte das Obergericht des Kantons Aargau am 25. August 2017 das erstinstanzliche Urteil. Das Obergericht hält folgenden Sachverhalt für erwiesen: Y._ war Verwaltungsrat mit Einzelunterschrift der D._ AG. Als solcher liess er im Jahre 1999 in der Buchhaltung der D._ AG Goldreserven in Ghana (20'000 Unzen Gold) bzw. entsprechende Goldzertifikate im Wert von Fr. 7'837'500.-- als Aktivum in die Bilanz aufnehmen, die mangels Verfügbarkeit nicht hätten bilanziert werden dürfen bzw. die auf keiner verlässlichen Schätzung beruhten. In den Jahren 2000 und 2001 wurden in der Bilanz der D._ AG zusätzliche, nicht werthaltige Goldanrechte an 1'000 bzw. 14'200 Unzen Gold aktiviert. Weiter wurde per 31. Dezember 2003 ein in Wirklichkeit nicht vorhandener Goldvorrat im Wert von Fr. 768'467.45 in die Bilanz der D._ AG aufgenommen. Zudem wurden per 31. Dezember 1999 sowie für die Jahre 2002 bis 2006 jeweils ertragswirksame Aufwertungen bzw. Wertberichtigungen auf den nicht verfügbaren und nicht werthaltigen Goldanrechten vorgenommen. Im Jahre 2007 wurde in der Buchhaltung der D._ AG mittels eines fingierten Verkaufs von zuvor nicht rechtsgültig erworbenen mexikanischen Minenkonzessionen an die Muttergesellschaft D._ SVG ein Scheinertrag im Betrag von Fr. 1'495'205.50 generiert. Die D._ SVG selber trat nach diesem Verkauf zu keinem Zeitpunkt als Eigentümerin/Halterin der fraglichen Konzessionen in Erscheinung. In den Jahren 2008 und 2009 wurden durch den Verkauf eines Teils der nicht werthaltigen Goldanrechte an die D._ SVG fiktive Erträge der D._ AG im Betrag von Fr. 1'595'930.-- bzw. Fr. 1'378'941.80 generiert, wobei der vereinbarte Verkaufspreis von rund Fr. 5 Mio. bzw. Fr. 3 Mio. von der D._ SVG nie bezahlt wurde. Durch die erwähnten Buchungen wurde die bereits seit Ende 1999 bestehende Überschuldung der D._ AG verschleiert und verschlimmert, ohne dass eine Überschuldungsanzeige im Sinne von Art. 725 Abs. 2 OR erfolgte. Im Jahr 2010 wurde die völlig überschuldete D._ AG zum Nulltarif an einen belgischen Investor (E._ Ltd. bzw. F._) verkauft. Eine Überschuldungsanzeige unterblieb erneut. Über die D._ AG wurde im Februar 2011 der Konkurs eröffnet. Das Konkursverfahren musste mangels Aktiven eingestellt werden, obschon in der Bilanz der D._ AG Aktiven im Wert von über Fr. 15 Mio. bilanziert waren. Y._ erhielt die längst überschuldete D._ AG aufrecht und täuschte zusammen mit dem Mitbeschuldigten X._ Investoren gegenüber deren Fähigkeit zur Ertragserzielung durch Rohgoldhandel und Rohgoldförderung vor. Gestützt darauf investierten zwei Privatpersonen und zwei von G._ gehaltene Gesellschaften (A._ und B._ SA) ab dem Jahr 2002 Beträge von Fr. 450'000.--, Fr. 1'892'371.50, Fr. 6,5 Mio. bzw. EUR 1'575'000.-- in die D._ AG. Die Gelder flossen vereinbarungswidrig nicht in den operativen Abbau von Rohgold. Ein solcher wurde auch nicht getätigt. C. Y._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Verfahren gegen ihn sei an die Vorinstanz oder die erste Instanz zurückzuweisen mit der Weisung, den Fall mit einem bei der Staatsanwaltschaft Uri hängigen, aber sistierten Verfahren zu vereinigen. Eventualiter sei das Urteil vom 25. August 2017 aufzuheben und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Betreffend Zivilforderungen sei das erstinstanzliche Urteil von Amtes wegen aufzuheben. Subeventualiter sei er zu einer bedingten Freiheitsstrafe von maximal zwei Jahren zu verurteilen. Y._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.