Sachverhalt: A. X._ soll sich gemäss Anklageschrift der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt vom 26. August 2015 - unter anderem - des gewerbsmässigen Betruges zum Nachteil verschiedener Onlineshops schuldig gemacht haben. Überdies soll er sich des Betrugs und der Drohung zum Nachteil von C._ sowie des Betruges, eventualiter der Anstiftung zum Betrug, zum Nachteil von D._ schuldig gemacht haben. Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt erklärte X._ am 22. März 2016 des gewerbsmässigen Betrugs, der Drohung und des mehrfachen Führens eines Motorfahrzeugs ohne Führerausweis schuldig. Es bestrafte ihn mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 14 Monaten und widerrief den bedingten Vollzug einer früheren Geldstrafe. Ebenso befand das Strafgericht über die geltend gemachten Zivilforderungen, soweit es diese nicht auf den Zivilweg verwies. B. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt stellte am 12. September 2017 fest, dass das erstinstanzliche Urteil sowohl in Bezug auf den Schuldspruch wegen mehrfachen Führens eines Motorfahrzeuges ohne Führerausweis sowie hinsichtlich verschiedener Zivilklagen und der Entschädigung der amtlichen Verteidigung in Rechtskraft erwachsen war. Darüber hinaus erklärte das Appellationsgericht X._ des mehrfachen gewerbsmässigen Betrugs sowie der Drohung schuldig, bestrafte ihn mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 14 Monaten und widerrief den bedingten Vollzug einer früheren Geldstrafe. Schliesslich befand das Appellationsgericht über die noch nicht rechtskräftig beurteilten Zivilklagen, soweit es diese nicht auf den Zivilweg verwies. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt den Freispruch bzw. die Einstellung des Strafverfahrens in mehreren Punkten. Für die nicht angefochtenen Schuldsprüche sei er mit einer bedingten Geldstrafe von höchstens 180 Tagessätzen zu Fr. 20.-- zu bestrafen. Im Zivilpunkt sei die Verurteilung zur Zahlung von Fr. 432.40 an B._ SA aufzuheben. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Ihm sei die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. D. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Das Appellationsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. E. Am 12. Dezember 2018 beantragte X._, die Urteile des Strafgerichts und des Appellationsgerichts seien infolge mangelhafter Spruchkörperbesetzung als nichtig zu erklären. Für diese zwei ungesetzlichen Verfahren sei ihm eine Genugtuung von gesamthaft Fr. 4'000.-- zuzusprechen.