Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmt sprach X._ mit Strafbefehl vom 28. April 2018 des mehrfachen Diebstahls schuldig und bestrafte ihn mit einer unbedingten Freiheitsstrafe von 90 Tagen. X._ erhob gegen den Strafbefehl Einsprache. Das Amt für Justizvollzug (AJV) schrieb X._ am 7. Juni 2018 über Ripol zur Verhaftung aus. Infolgedessen wurde dieser am 13. September 2018 verhaftet. Am 26. September 2018 wurde er wieder aus der Haft entlassen. Mit Schreiben vom 2. Oktober 2018 kündete die Staatsanwaltschaft X._ den bevorstehenden Abschluss der Untersuchung mit einer Einstellungsverfügung an, wobei sie ihm Gelegenheit gab, innert einer Frist von 10 Tagen allfällige Entschädigungs- und Genugtuungsansprüche geltend zu machen. X._ reagierte darauf nicht. Die Staatsanwaltschaft stellte das Strafverfahren gegen X._ wegen Diebstahls mit Verfügung vom 9. November 2018 ein. Sie sprach diesem für die insgesamt 16 Tage dauernde Haft eine Genugtuung von Fr. 1'600.-- zu. Von der Ausrichtung einer Entschädigung sah sie ab. B. Das Obergericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerde von X._ gegen diesen Entscheid mit Beschluss vom 21. Februar 2019 teilweise gut und sprach diesem für die erstandene Haft eine Genugtuung von Fr. 2'560.-- zu. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. C. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Entscheid vom 21. Februar 2019 sei aufzuheben und er sei mit Fr. 21'600.-- zu entschädigen.