Sachverhalt: A. Am 19. Februar 2013 erstattete die A._ AG Strafanzeige und Strafantrag gegen ihren früheren Mitarbeiter X._. Sie wirft ihm vor, er habe ihr Fabrikations- und Geschäftsgeheimnisse entwendet, in der Absicht, diese mittels der neu gegründeten B._ Sagl und zumindest teilweise in Kooperation mit der italienischen Gesellschaft C._ S.p.A. für den Nachbau von Maschinen der A._ AG zu verwenden. Am 30. April 2013 führte die Bundeskriminalpolizei eine Hausdurchsuchung am Sitz der B._ Sagl durch. Dabei wurden sechs technische Zeichnungen der A._ AG sichergestellt, welche sich in einem Stapel mit Altpapier befanden. Am 5. Februar 2016 erliess die Bundesanwaltschaft einen Strafbefehl, in welchem sie X._ sowohl in Bezug auf die sichergestellten Zeichnungen als auch andere Vorgänge der Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses schuldig erklärte und ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 500.-- und einer Busse von Fr. 3'000.-- bestrafte. Nachdem X._ dagegen Einsprache erhoben hatte, überwies die Bundesanwaltschaft den Strafbefehl an das Bundesstrafgericht. B. Das Bundesstrafgericht erklärte X._ am 16. Mai 2017 der Verletzung des Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnisses in Bezug auf drei der Zeichnungen der A._ AG schuldig. Es bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 14 Tagessätzen zu Fr. 300.--. Im Übrigen sprach es X._ frei. C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei freizusprechen. Das Bundesstrafgericht und die Bundesanwaltschaft verzichten auf eine Vernehmlassung. Die A._ AG beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. X._ verzichtet auf eine Replik.