Sachverhalt: A. X._ wurde mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt vom 25. April 2014 der Drohung schuldig erklärt und zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 90 Tagen, abzüglich einen Tag Untersuchungshaft, verurteilt. Obschon X._ der Staatsanwaltschaft anlässlich seiner Einvernahme vom 20. Dezember 2013 in dieser Sache seine neue Adresse in Birsfelden mitteilte und auf dem Strafbefehl selber diese Adresse eingesetzt war, wurde der Strafbefehl am 29. April 2014 mit einem maschinell angeschriebenen Briefumschlag an die alte Adresse von X._ in Birsfelden versandt. Die Sendung wurde von der Post als unzustellbar retourniert. Am 1. September 2015 wurde X._ zum Vollzug der Freiheitsstrafe vorgeladen. Der Vollzugsbefehl war zwar an die von X._ am 20. Dezember 2013 kommunizierte Adresse in Birsfelden adressiert, konnte jedoch ebenfalls nicht zugestellt werden, da X._ bereits seit dem 1. März 2014 nicht mehr an diesem Ort, sondern an einer neuen Adresse in Binningen wohnhaft war. X._ wurde daher zur Fahndung ausgeschrieben. Er wurde am 5. November 2015 festgenommen und dem Strafvollzug zugeführt, wo er sich bis am 2. Februar 2016 befand. Mit Faxschreiben vom 16. August 2016 ersuchte der Rechtsvertreter von X._ bei der Staatsanwaltschaft um Übermittlung des Strafbefehls vom 25. April 2014 per Fax, welcher weder ihm noch seinem Mandanten vorliege. Die Staatsanwaltschaft kam dieser Aufforderung gleichentags nach. Am 17. Oktober 2016 bat der Rechtsvertreter von X._ zudem um Zusendung der Akten, woraufhin X._ Akteneinsicht gewährt wurde. Am 28. November 2016 gelangte der Rechtsvertreter von X._ schliesslich mit einer Eingabe an die Staatsanwaltschaft, in welcher er den Strafbefehl vom 25. April 2014 auch inhaltlich beanstandete. Die Staatsanwaltschaft nahm die Eingabe vom 28. November 2016 als sinngemässe Einsprache entgegen und leitete den Strafbefehl zusammen mit den Akten an das Strafgericht Basel-Stadt weiter. Dieses trat auf die Einsprache mit Verfügung vom 24. Februar 2017 nicht ein. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 16. Juni 2017 ab, soweit es darauf eintrat. B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Entscheid vom 16. Juni 2017 und der Strafbefehl vom 25. April 2014 seien vollumfänglich aufzuheben und das Strafverfahren sei wieder aufzunehmen sowie neu zu beurteilen. Für die zu Unrecht verbüsste Haftstrafe von 90 Tagen sei ihm eine gerichtlich festzulegende, angemessene Haftentschädigung zuzusprechen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.