Sachverhalt: A. A.a. Im Handelsregister des Kantons Aargau ist unter der Firma "A._ AG" eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Baden eingetragen. Gemäss Handelsregistereintrag bezweckt die Gesellschaft die Förderung des preisgünstigen Wohnungsbaues und Verhinderung der Spekulation auf dem Wohnungsmarkt, insbesondere durch Erwerb von Grundstücken und Baurechten sowie Erstellung von Miet- und Eigentumswohnungen. Im Steuerjahr 2013 erzielte sie einen Reingewinn von Fr. 9'667'949.-, wobei aus den Liegenschaften in den Kantonen Aargau, Freiburg, St. Gallen, Schaffhausen, Thurgau und Zürich ein Gewinn von Fr. 11'061'124.- und aus den Liegenschaften in den Kantonen Bern, Basel-Landschaft und Luzern ein Verlust von Fr. 1'383'175.- resultierte. Mit Verfügung vom 5. Mai 2015 veranlagte das Steueramt des Kantons Aargau die Gesellschaft für das Steuerjahr 2013 mit einem im Kanton Aargau steuerbaren Reingewinn von Fr. 2'556'282.- (und damit unter Berücksichtigung einer Verlustumlage von Fr. 356'345.-) bei einem Steuersatz von Fr. 9'667'949.-. Die Gesellschaft erhob gegen diese Verfügung vorsorglich Einsprache; das Einspracheverfahren ist nach ihren Angaben sistiert. A.b. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hatte die Veranlagungsverfügung zur Steuerperiode 2013 bereits am 20. April 2015 erlassen. Auf Einsprache der Gesellschaft hin passte sie die Faktoren geringfügig an und setzte mit Entscheid vom 17. Mai 2016 den im Kanton Thurgau steuerbaren Reingewinn auf Fr. 1'141'534.- bei einem Steuersatz von Fr. 9'677'949.- fest. Damit lehnte sie es insbesondere ab, die von der Gesellschaft geltend gemachte Verlustumlage von Fr. 142'747.- anzurechnen, da Verluste aus Spezialsteuerdomizilen vollumfänglich vom Sitzkanton zu übernehmen seien. Den gegen diesen Entscheid erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 15. Juni 2017 ab, soweit sie darauf eintrat. B. Die von der A._ AG hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 7. Februar 2018 ab. C. Mit Beschwerde an das Bundesgericht beantragt die A._ AG, es sei unter Aufhebung des thurgauischen Gerichtsentscheides der im Jahr 2013 in diesem Kanton zu versteuernde Gewinn um Fr. 142'747.- auf Fr. 998'787.- herabzusetzen, eventuell sei unter Aufhebung der aargauischen Steuerveranlagung der im Kanton Aargau für das Jahr 2013 zu versteuernde Gewinn um Fr. 142'747.- herabzusetzen. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau auf Abweisung der Beschwerde schliesst, beantragt das Steueramt Aargau deren Gutheissung.