Sachverhalt: A. A._ ist Vater einer gut sechsjährigen Tochter, die bei der getrennt von ihm lebenden Ehefrau und Kindesmutter in St. Gallen wohnt. Im Zusammenhang mit der Ausübung seines Besuchsrechts kam es insbesondere wegen verspäteter Rückgaben der Tochter zu Konflikten mit dem Besuchsrechtsbeistand C._ und den mit der Überwachung der Rückgaben betrauten "Begleiteten Besuchstage (BBT) " in St. Gallen. Anfang Dezember 2015 führte eine verspätete Rückgabe zum Widerruf des Auftrags durch die BBT und zum Ausfallen der Besuchstage bis Ende Januar 2016. Nach einer verspäteten Rückgabe Anfang März 2016 "hob" der Beistand das Besuchsrecht offenbar mit Schreiben vom 21. März 2016 "auf". Erst ab dem 20. November 2016 fanden auf superprovisorische Verfügung der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen vom 8. November 2016 hin die Besuchstage am ersten und dritten Sonntag jeden Monats wieder statt. Am 1. März 2017 hiess die Verwaltungsrekurskommission eine Beschwerde von A._ vom 9. Mai 2016 gut und entschied, die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde (KESB) Region St. Gallen habe mit Entscheid vom 7. April 2016 zu Unrecht dessen Gesuch vom 8. Januar 2016 um einen Beistandswechsel abgewiesen. Sie entliess C._ aus dem Amt und wies die KESB an, umgehend einen neuen Beistand zu ernennen. B. Am 11. August 2017 reichte A._ bei der Anklagekammer des Kantons St. Gallen Strafanzeige gegen C._ und das damalige KESB-Mitglied B._ ein. Er erhob gegen beide den Vorwurf der Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht und des Amtsmissbrauchs. Mit Entscheid vom 4. Oktober 2017 erteilte die Anklageklammer die Ermächtigung zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegen C._; hinsichtlich B._ lehnte sie die Ermächtigung ab. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 29. Januar 2018 beantragt A._, den Entscheid der Anklagekammer in Bezug auf B._ aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Anklagekammer zurückzuweisen; eventuell sei die Ermächtigung zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegen B._ wegen Amtsmissbrauchs zu erteilen. B._ und die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Anklagekammer hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. A._ reichte am 7. September 2018 weitere Bemerkungen ein.