Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm führte eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen mehrfacher Tätlichkeiten, mehrfacher Nötigung sowie mehrfacher Vergewaltigung zum Nachteil seiner Ehefrau A._. Am 3. November 2016 ersuchte A._ um die Sistierung des Verfahrens nach Art. 55a StGB wegen mehrfachen Tätlichkeiten und mehrfacher Nötigung, woraufhin die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren in diesem Umfang am 31. November 2016 sistierte. Am 5. Dezember 2016 sistierte die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren hinsichtlich des Verdachts auf mehrfache Vergewaltigung. X._ beantragte am 30. Mai 2017 eine Entschädigung für die amtliche Verteidigung in der Höhe von Fr. 4'536.-- sowie eine Genugtuung für die vom 28. Oktober bis 4. November 2016 andauernde Haft in der Höhe von Fr. 1'400.--. B. Mit Verfügung vom 18. Oktober 2017 stellte die Staatsanwaltschaft das Verfahren ein (Dispositiv-Ziff. 1) und auferlegte X._ die Verfahrenskosten in Anwendung von Art. 426 Abs. 2 StPO (Dispositiv-Ziff. 2). Sie sprach ihm in Anwendung von Art. 430 Abs. 1 lit. a StPO keine Entschädigung oder Genugtuung zu (Dispositiv-Ziff. 3). Der amtlichen Verteidigung sprach sie die beantragte Entschädigung von Fr. 4'536.-- zu (Dispositiv-Ziff. 4). Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau genehmigte die Einstellungsverfügung am 23. Oktober 2017. C. Das Obergericht des Kantons Aargau wies die von X._ gegen die Auferlegung der Verfahrenskosten (Einstellungsverfügung, Dispositiv-Ziff. 2) und Verweigerung einer Entschädigung oder Genugtuung (Einstellungsverfügung, Dispositiv-Ziff. 3) erhobene Beschwerde mit Entschluss vom 27. März 2018 ab, soweit es darauf eintrat. Es auferlegte X._ die Kosten des Beschwerdeverfahrens in der Höhe von Fr. 1'040.-- und sprach der amtlichen Verteidigung für das Beschwerdeverfahren eine Entschädigung von Fr. 445.-- zu. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts und die Dispositiv-Ziff. 2 und 3 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft seien aufzuheben. Die Verfahrenskosten seien auf die Staatskasse zu nehmen und es sei ihm für die sieben Tage Untersuchungshaft eine Genugtuung von Fr. 1'400.-- zuzusprechen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. E. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.