Sachverhalt: A. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat stellte das Strafverfahren gegen A._ wegen Diebstahls mit Verfügung vom 8. November 2018 ein. Sie sprach diesem eine Genugtuung von Fr. 200.--, jedoch keine Entschädigung zu. A._ gelangte dagegen mit Beschwerde an das Obergericht des Kantons Zürich, wobei er ein Schadenersatzbegehren über Fr. 4'200.-- stellte. Das Obergericht trat auf die Beschwerde infolge Verspätung mit Verfügung vom 21. Januar 2019 nicht ein. B. A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen sinngemäss, der Entscheid vom 21. Januar 2019 sei aufzuheben und auf seine Beschwerde sei einzutreten. C. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft verzichteten auf eine Vernehmlassung.