Sachverhalt: A. A._ (geboren 2001, Staatsangehöriger von Sri Lanka) reiste eigenen Angaben zufolge am 8. August 2018 illegal in die Schweiz ein und stellte gleichentags in Basel ein Asylgesuch. Mit Entscheid vom 15. November 2018 lehnte das Staatssekretariat für Migration (SEM) das Asylgesuch ab, wies ihn aus der Schweiz weg, ordnete an, dass A._ die Schweiz spätestens bis zum 10. Januar 2019 zu verlassen habe, und beauftragte den Kanton Aargau mit dem Vollzug der Wegweisung. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 14. Mai 2019 ab. Ab dem 5. Juni 2019 galt A._ als unbekannten Aufenthalts. Am 11. Juni 2019 teilte das SEM A._ über seinen Anwalt im Asylverfahren mit, dass er die Schweiz bis zum 9. Juli 2019 zu verlassen habe. Zudem wies es ihn auf seine Mitwirkungspflicht bei der Beschaffung gültiger Reisepapiere hin. Am 24. Juli 2019 nahm die Kantonspolizei Zürich A._ anlässlich einer Personenkontrolle wegen Widerhandlung gegen das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer und über die Integration (AIG; SR 142.20) fest. Am 26. Juli 2019 wurde A._ dem Amt für Migration und Integration Kanton Aargau (MIKA) zugeführt. Im Ausreisegespräch gab er zu Protokoll, keine Reisepapiere zu besitzen und nicht nach Sri Lanka zurückkehren zu wollen. Daraufhin ordnete das MIKA an, dass A._ bis auf weiteres bzw. bis zur ordnungsgemässen Ausreise das Gebiet des Kantons Aargau nicht verlassen dürfe (Eingrenzung nach Art. 74 AIG). Mit Strafbefehl vom 26. Juli 2019 verurteilte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat A._ wegen rechtswidrigen Aufenthalts zu einer Freiheitsstrafe von 30 Tagen, deren Vollzug unter Ansetzung einer Probezeit aufgeschoben wurde. Am 29. Juli 2019 ersuchte das MIKA das SEM um Vollzugsunterstützung betreffend Papierbeschaffung, woraufhin das SEM das sri lankische Generalkonsulat mit Schreiben vom 2. August 2019 um Rückübernahme von A._ und Ausstellung eines Ersatzreisedokuments ersuchte. A._ wurde sodann am 19. August 2019 erneut von der Kantonspolizei Zürich angehalten und wegen Widerhandlung gegen das AIG in Haft genommen. In der Folge wurde er wegen Missachtung der Eingrenzung auf das Gebiet des Kantons Aargau mit Strafbefehl vom 20. August 2019 von der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl zu einer Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu je Fr. 10.-- verurteilt. Am 21. August 2019 wurde A._ dem MIKA zugeführt in dessen Auftrag durch die Mobilen Ärzte bezüglich Hafterstehungsfähigkeit untersucht. Gleichentags ordnete das MIKA gestützt auf § 12 des Einführungsgesetzes zum Ausländerrecht des Kantons Aargau vom 25. November 2008 (EGAR/AG; SAR 122.600) die Festnahme und Inhaftierung von A._ im Ausschaffungszentrum Aarau an. Ebenfalls am selben Tag teilte das SEM dem MIKA telefonisch mit, dass A._ als sri lankischer Staatsangehöriger identifiziert worden sei und das sri lankische Generalkonsulat - unter der Voraussetzung einer bestehenden Flugbuchung - die Ausstellung eines Ersatzreisepapiers zugesichert habe. A._ fügte sich am 21. August 2019 im Ausschaffungszentrum Aargau selbst Verletzungen zu, aufgrund derer ihn die Mobilen Ärzte in das Kantonsspital Aarau einwiesen, von wo er gleichentags in die Psychiatrische Klinik Königsfelden verlegt wurde. Am Folgetag wurde A._ aus der Psychiatrischen Klinik Königsfelden entlassen und dem MIKA zugeführt, das ihm das rechtliche Gehör betreffend die Anordnung einer Ausschaffungshaft gemäss Art. 77 AIG gewährte. Im Anschluss ordnete es eine Ausschaffungshaft für 60 Tage an. Mit Urteil vom 23. August 2019 bestätigte der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau die angeordnete Ausschaffungshaft bis zum 17. Oktober 2019, 12.00 Uhr. Am 26. August 2019 unternahm A._ einen Suizidversuch und wurde zur stationären Behandlung in das Kantonsspital Aarau gebracht. Anschliessend wurde er bis zum 29. August 2019 wiederum in die Psychiatrische Klinik Königsfelden verlegt. Am 2. September 2019 meldete das MIKA A._ beim SEM für einen begleiteten Rückflug nach Sri Lanka an, der für den 2. Oktober 2019 gebucht wurde. Am 12. September 2019 verfügte das SEM gegen den Gesuchsgegner ein ab dem 15. September 2019 bis zum 14. September 2022 gültiges Einreiseverbot. Die Rückführung am 2. Oktober 2019 scheiterte am renitenten Verhalten von A._. In der Folge meldete ihn das MIKA beim SEM für einen Sonderflug an. Am 4. Oktober 2019 ordnete das MIKA Ausschaffungshaft nach Art. 76 AIG bis zum 16. April 2020 an, die vom Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau mit Urteil vom 9. Oktober 2019 bestätigt wurde. Am 31. Januar 2020 meldete das MIKA A._ beim SEM für einen begleiteten Rückflug nach Sri Lanka an, der für den 26. März 2020 gebucht wurde. Diese Rückführung musste annuliert werden, weil die sri lankischen Behörden aufgrund der COVID-19 Pandemie Einreisen aus der Schweiz beschränkt hatten. B. Am 6. April 2020 teilte das MIKA A._ nach Anhörung mit, dass die Ausschaffungshaft gestützt auf Art. 79 AIG für sechs Monate bis zum 16. Oktober 2020, 12.00 Uhr, verlängert würde. Am 15. April 2020 führte der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau wie bereits in der Vorladung vom 8. April 2020 angekündigt eine Verhandlung via der elektronischen Videokonferenzanwendung Skype durch, anlässlich derer A._ und eine Vertreterin des MIKA befragt wurden. Der Rechtsvertreter von A._, der ebenfalls an der Verhandlung teilnahm, erklärte sich mit der Durchführung der Verhandlung via Videokonferenz nicht einverstanden und verlangte die Vertagung der Verhandlung und eine ordentliche Befragung von Angesicht zu Angesicht. Der Einzelrichter lehnte diesen Antrag ab. Ferner teilte der Rechtsvertreter von A._ mit, A._ sei am 9. Januar 2020 Vater eines Sohns geworden. Der Sohn befinde sich in der Obhut der Mutter und er sei unter Vormundschaft gestellt worden. Die Vaterschaftsanerkennung sei im Gange und entsprechende Unterlagen lägen vor. Hierauf forderte der Einzelrichter den Rechtsvertreter auf, die Unterlagen im Anschluss an die Befragung dem Gericht und dem MIKA auf elektronischem Weg zuzustellen. Nach der Befragung verkündete der Einzelrichter das Urteil und bestätigte die Verlängerung der Ausschaffungshaft bis zum 16. Juli 2020, 12.00 Uhr. C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. April 2020 beantragt A._ die Aufhebung des Urteils des Obergerichts (recte: des Verwaltungsgerichts) des Kantons Aargau, 2. Kammer und seine unverzügliche Entlassung aus der Ausschaffungshaft. Eventualiter sei das MIKA anzuweisen, ihn unter Anordnung einer Meldepflicht oder anderer milderer Massnahmen innerhalb von 96 Stunden ab Eröffnung des Urteils aus der Ausschaffungshaft zu entlassen. Ferner beantragt A._, dass ihm unentgeltliche Prozessführung zu bewilligen und Rechtsanwalt Dr. iur. Stefan Meichssner als unentgeltlicher Rechtsbeistand zu bestellen sei. Die Vorinstanz und das MIKA beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das SEM weist in seiner Vernehmlassung unter anderem darauf hin, dass der Flughafen in Colombo aktuell geschlossen sei. Turkish Airlines habe die Flüge nach Sri Lanka bis zum 27. Mai 2020 eingestellt. Es sei zum heutigen Zeitpunkt zumindest nicht auszuschliessen, dass ab diesem Datum oder zumindest in absehbarer Zeit wieder Flugverbindungen nach Colombo möglich sein würden.