Sachverhalt: A. Mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Untersuchungsamt Uznach, vom 16. Februar 2016 wurde A._ wegen einfacher Verkehrsregelverletzung zu einer Busse von Fr. 300.-- verurteilt. Nachdem er dagegen Einsprache erhoben hatte, lud ihn das Untersuchungsamt auf den 30. Juni 2016 zur Einvernahme vor. Mit Schreiben vom 19. Juni 2016 ersuchte er um Verschiebung der Einvernahme wegen Auslandabwesenheit und um Einvernahme seines Vaters. Am 8. Juli 2016 teilte ihm das Untersuchungsamt mit, er werde auf den 5. August 2016 vorgeladen, er müsse seine geltend gemachte Auslandabwesenheit vom 30. Juni 2016 belegen und es bestehe kein Bedarf an der Einvernahme seines Vaters. Dagegen erhob A._ am 20. Juli 2016 Beschwerde beim Untersuchungsamt. Dieses leitete die Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen weiter mit dem Hinweis, von der Einvernahme des Beschuldigten werde abgesehen und es werde ein neuer Strafbefehl erlassen. B. A._ liess ein Schreiben des Präsidenten der Anklagekammer unbeantwortet, mit dem er auf die Möglichkeit des Beschwerderückzugs ohne Kostenfolgen aufmerksam gemacht worden war. Mit Entscheid vom 11. Oktober 2016 trat die Anklagekammer auf die Beschwerde nicht ein, soweit diese nicht als gegenstandslos abzuschreiben war, und auferlegte A._ eine Entscheidgebühr von Fr. 1'000.--. C. Mit als subsidiäre Verfassungsbeschwerde bezeichneter Eingabe vom 27. Januar 2017 an das Bundesgericht beantragt A._, der Kostenentscheid der Anklagekammer sei aufzuheben und es sei ihm eine angemessene Entschädigung zuzusprechen; eventuell sei die Beschwerde an die kantonale Gerichtsbarkeit zur zweitinstanzlichen Beurteilung zurückzuweisen. Das Untersuchungsamt Uznach sowie die Anklagekammer des Kantons St. Gallen verzichteten auf eine Stellungnahme. D. Mit Entscheid des Kreisgerichts See-Gaster vom 7. November 2016 wurde A._ vom Vorwurf der fahrlässigen einfachen Verletzung der Verkehrsregeln freigesprochen. Die entsprechenden Verfahrenskosen gingen zu Lasten des Staates.