Sachverhalt: A. Das Regionalgericht Berner Jura-Seeland verurteilte X._ am 9. Februar 2011 wegen einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, Tätlichkeit, Sachbeschädigung und Irreführung der Rechtspflege zu einer Freiheitsstrafe von elf Monaten. Der Vollzug der Strafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme aufgeschoben. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte am 24. Juni 2011 im Wesentlichen die erstinstanzlichen Schuldsprüche und erkannte auf eine Freiheitsstrafe von 14 Monaten, die es zugunsten einer stationären Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB aufschob, sowie zu einer Busse von Fr. 800.--. Das Obergericht entschied am 6. Oktober 2015, die stationäre Massnahme werde mangels Verfügbarkeit eines Therapieplatzes aufgehoben und X._ aus der Massnahme entlassen, sofern er nicht bis spätestens 29. Februar 2016 in die Klinik Rheinau oder eine andere geeignete Institution eintreten könne. Eine dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 29. Dezember 2015 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_1147/2015). Das Amt für Freiheitsentzug und Betreuung des Kantons Bern, Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV), wies X._ am 25. Februar 2016 im Rahmen der mit Urteil des Obergerichts vom 24. Juni 2011 angeordneten stationären therapeutischen Massnahme vorübergehend (für die Dauer von maximal sechs Wochen) in die forensisch-psychiatrische Station Etoine der Universitären Psychiatrischen Dienste Bern ein. Die Versetzung von der Interkantonalen Strafanstalt Bostadel in die Klinik erfolgte gleichentags. Am 5. April 2016 verfügte die ASMV, dass X._ einstweilen in der forensisch-psychiatrischen Station Etoine zu verbleiben hat. Per 19. Mai 2016 wurde X._ in das Zentrum für stationäre forensische Therapie Rheinau eingewiesen. Die von X._ gegen die Verfügungen vom 25. Februar 2016 und 5. April 2016 erhobenen Beschwerden betreffend Einweisung in die forensisch-psychiatrische Station Etoine und Verbleib darin wies die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern (POM) am 5. August 2016 ab, soweit sie auf die Beschwerden eintrat und sie nicht gegenstandslos geworden waren. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht am 13. Januar 2017 ab. B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt in der Hauptsache, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und er sei sofort aus der Haft zu entlassen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.