Sachverhalt: A. A.a. A.A._ und B.A._ (Grundeigentümer/ Bauherrschaft/ Gesuchsteller, Beklagte/Widerkläger, Beschwerdeführer) sind Eigentümer eines Grundstückes in U._. A.b. Die Grundeigentümer wollten das bestehende Gebäude auf ihrer Liegenschaft um- und ausbauen und beauftragten im Jahre 2010 eine Architektin. Die Arbeiten begannen im Juni 2011; Ende November 2011 beendete die Architektin den Vertrag. Der von der Bauherrschaft mit der Fertigstellung der Arbeiten beauftragte Nachfolger (D._) schloss schliesslich keinen Architekturvertrag ab, sondern erstellte im April/Juni 2012 einen Bericht über die zahlreichen Mängel in der Konzeption des Werks und der Bauleitung. Andere Berichte betrafen Ingenieur-Mängel und Mängel der Heizung sowie der sanitären und elektrischen Installationen. Die Architektin wurde im Oktober 2013 aus dem Schweizerischen Ingenieur- und Architektenverein (SIA) ausgeschlossen und mit Entscheid der Architektenkammer vom 14. September 2016 auf unbestimmte Zeit von der Liste der Architekten gestrichen, die im Kanton Waadt zur Berufsausübung berechtigt sind. A.c. Die Bauherrschaft sowie die Versicherungen der Architektin und der beteiligten Unternehmer einigten sich auf eine technische Expertise und beauftragten Dipl. Arch. E._ mit einer Expertise, welche dieser im Mai 2013 ablieferte. A.d. Die C._ AG (Unternehmerin, Klägerin/Widerbeklagte, Beschwerdegegnerin) bezweckt namentlich den Betrieb eines Unternehmens im Holzbau sowie Generalunternehmungen. Sie schloss im August 2010 mit der Bauherrschaft einen Werkvertrag über einen Montagebau in Holz und Fenster, Aussentüren und Treppen zum Preis von Fr. 519'439.--. Als Gerichtsstand ist in Ziffer 9 dieses Vertrags der Sitz der Unternehmerin in V._ vereinbart. B. B.a. Am 17. Oktober 2014 erhob die Klägerin beim Bezirksgericht Willisau Klage aus Werkvertrag und beantragte, die Beklagten seien zu verpflichten, ihr unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 148'986.15 nebst 5% Zins seit dem 28. September 2013 zu bezahlen. Die Beklagten beantragten die Abweisung der Klage und erhoben Widerklage mit dem Begehren, die Widerbeklagte sei zu verpflichten, ihnen solidarisch den Betrag von Fr. 500'000.-- nebst Verzugszins zu 5 % seit 1. Dezember 2011 zu bezahlen, unter Vorbehalt der Erhöhung. In der Klageantwort/Widerklage stellten die Beklagten gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. b und 155 Abs. 2 ZPO unter anderem die Anträge, es sei bezüglich des Zustandes des Bauprojekts, Gegenstand des vorliegenden Verfahrens, ein Augenschein des Gesamtgerichts unter Beizug eines sachverständigen Zeugen sowie ein Gutachten anzuordnen. In der Duplik und Widerklagereplik erneuerten die Beklagten ihre Anträge unter Präzisierung und Einschränkung des Begehrens um vorsorgliche Beweisabnahme. Mit Beweisverfügung vom 1. Juni 2016 wies der Bezirksgerichtspräsident den Antrag auf vorsorgliche Beweisabnahme ab. B.b. Auf die hiergegen erhobene Beschwerde der Gesuchsteller trat das Kantonsgericht am 27. Januar 2017 nicht ein. B.c. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde gegen diesen Entscheid am 12. Mai 2017 gut wegen Verweigerung des rechtlichen Gehörs aus der Erwägung, den Gesuchstellern sei eine sachgerechte Anfechtung mangels Begründung des erstinstanzlichen Entscheids nicht möglich gewesen (Verfahren 4A_128/2017). B.d. Das Bezirksgericht Willisau wies das Gesuch der Bauherrschaft um vorsorgliche Beweisführung nach Art. 158 ZPO mit nunmehr begründetem Entscheid vom 13. Juli 2017 ab. Das Gericht führte aus, die Gesuchsteller hätten die Gefährdung von Beweismitteln glaubhaft zu machen, d.h. das Risiko, dass ein bestimmter, relevanter Beweis im nachfolgenden Prozess oder einem späteren Stadium des Prozesses wegen Verlust des Beweismittels oder infolge der Veränderung der Situation nicht mehr oder nur erschwert erhoben werden kann. Mit der beantragten vorsorglichen Beweisführung wollten die Gesuchsteller den heutigen Zustand der streitbetroffenen Baute ermitteln lassen. Sie würden mit ihrem Antrag auf ein gerichtliches Gutachten jedoch fundamental verkennen, dass zu den relevanten Sachverhaltsfeststellungen vor Ort bereits ein paritätisches Gutachten des Experten E._ vorliege, das im Hauptverfahren von beiden Parteien grundsätzlich anerkannt werde. Eine Beweisgefährdung oder ein sonstiger Anspruch nach Art. 158 ZPO sei weder glaubhaft gemacht noch sonstwie ersichtlich. Die Gesuchsteller hätten in keiner Weise dargelegt, inwiefern das Gutachten E._ die tatsächlichen (und prozessrelevanten) Verhältnisse vor Ort nicht vollständig festhalte. Das Bezirksgericht hielt abschliessend für jede von den Gesuchstellern beantragte Frage fest, aus welchem Grund die Voraussetzungen für die beantragte Beweisaufnahme fehle. B.e. Mit Entscheid vom 18. August 2017 wies das Kantonsgericht des Kantons Luzern in Abweisung der Beschwerde der Gesuchsteller das Gesuch um vorsorgliche Beweisführung nach Art. 158 ZPO ab. Das Kantonsgericht pflichtete in Bezug auf die vorliegend noch in Frage stehende beantragte Expertise der ersten Instanz bei, dass die Parteien überstimmend davon ausgingen, das einvernehmlich angeordnete Gutachten E._ könne einem gerichtlichen Gutachten gleichgestellt werden und es werde als umfassend, schlüssig und sehr detailliert anerkannt. Die Gesuchsteller hätten aber nicht ausgeführt, inwiefern dieses 190-seitige Gutachten die tatsächlichen und prozessrelevanten Verhältnisse vor Ort nicht vollständig festhalten würde bzw. inwiefern die von ihnen beantragten Gutachterfragen gestützt darauf nicht zu beantworten wären. C. Die Gesuchsteller haben am 4. September 2017 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit folgenden Rechtsbegehren: "1. Es sei Dispositivziffer 1 des Entscheids des Kantonsgerichts Luzern vom 18. August 2017 aufzuheben. Es sei die vorsorgliche Beweisführung anzuordnen und das Kantonsgericht Luzern anzuweisen, das Bezirksgericht Willisau anzuweisen, die vorsorgliche Beweisführung wie folgt anzuordnen: a) Anordnung eines Gutachtens zu den technischen Feststellungen des Experten E._, welche die Verletzungen anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit dem Bauvorhaben zum Gegenstand haben, insbesondere: - Verletzung der Anzeige- bzw. Abmahnungspflichten der C._ AG im Zusammenhang mit dem Bauvorhaben (BG Bekl. Bel. 4, S. 73, 90 sowie S. 184-186); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Problematik des Niveaus des Erweiterungsbaus bzw. des Zwischentrakts (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.1.1 bis 5.0.1.5 sowie 5.0.2.3); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Firsthöhe des Erweiterungsbaus (BG Bek. Bel. 4, Kapitel 5.0.2.3); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit den falschen Massen des Betonsockels und dem fehlenden Frostschutz (BG Bekl. Bel.4, Kapitel 5.0.3.3.4 und 5.0.7.2); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der mangelhaften Isolierung und Dichtigkeit des Fassadenfusses des Erweiterungsbaus (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.3.3.4); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Minergie-Zertifizierung des Alt- bzw. des Erweiterungsbaus (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.3.3.4); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit den Elektroinstallationen im Gebäude (BG Bekl.Bel.4, Kapitel 5.0.7.4); - Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Garage (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.8.1 und 5.0.8.2). b) Anordnung eines Gutachtens zur Frage, ob es im Vergleich zu einem vollständigen oder teilweisen Abbruch und Neubau technisch möglich, praktisch machbar und wirtschaftlich sinnvoll ist, das ursprünglich vorgesehene und bewilligte Bauprojekt der Beschwerdeführer nachzubessern (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 11.0). 2. Eventualiter: Es sei Dispositivziffer 1 des Entscheids des Kantonsgerichts Luzern vom 18. August 2017 aufzuheben und [es] sei die Sache an die Vorinstanz zum Entscheid im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts zurückzuweisen. 3. Dispositivziffer 2 des Entscheids des Kantonsgerichts Luzern vom 18. August 2017 sei aufzuheben. Die Gerichtskosten des Verfahrens vor Kantonsgericht Luzern seien der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen und diese sei zu verpflichten, den Beschwerdeführern für das zweitinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung von CHF 3'000.-- (zuzüglich Mehrwertsteuer) zu bezahlen. Ausserdem sei festzustellen, dass die Kostenverteilung im Entscheid des Bezirksgerichts Willisau vom 13. Juli 2017 nur für das Verfahren auf vorsorgliche Beweisführung (Verfahren Nr. 2E4 17 41) Geltung hat, nicht jedoch für die Hauptsache (Verfahren Nr. 2A 14 14). 4. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (zuzüglich Mehrwertsteuer) zu Lasten der Beschwerdegegnerin." Die Beschwerdeführer rügen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung, willkürliche Anwendung von Art. 158 ZPO, Verletzung des Rechts auf Beweis, Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV sowie Art. 6 EMRK). Sie fügen an, es sei auch der Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 9 BV) sowie das Recht auf ein faires Verfahren (Art. 30 Abs. 1 BV sowie Art. 6 EMRK) verletzt. Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Die Beschwerdeführer erklären mit Schreiben vom 9. Oktober 2017 Verzicht auf Replik, weisen aber darauf hin, dass der Abbruch des Werks unmittelbar bevorstehe. Das Kantonsgericht und das Bezirksgericht beantragen in ihren jeweiligen Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. D. Mit Verfügung vom 6. September 2017 wies die Abteilungspräsidentin das Gesuch um superprovisorische Anordnung der beantragten Beweisführungsmassnahmen gestützt auf Art. 104 BGG ab.