Sachverhalt: A. Die 1965 geborene A._ war zuletzt als Assistentin Kursbetrieb/kaufmännische Assistentin Kursorganisation in einem Pensum von 100 % bei der Firma B._ angestellt, wobei sie sowohl in der Logistik als auch im Bereich Kursadministration arbeitete. Am 21. Januar 2015 meldete sie sich unter Hinweis auf Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen - insbesondere der Begutachtung der Versicherten durch die Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS) Bern - sowie durchgeführtem Vorbescheidverfahren verneinte die IV-Stelle des Kantons Freiburg mit Verfügung vom 12. Oktober 2018 den Anspruch auf eine Invalidenrente. B. Die hiergegen erhobene Beschwerde hiess das Kantonsgericht Freiburg mit Entscheid vom 2. September 2019 teilweise gut. Es änderte die Verfügung der IV-Stelle dahingehend ab, dass es der Versicherten vom 1. Juli 2015 bis 31. August 2015 eine Viertelsrente, vom 1. September 2015 bis 29. Februar 2016 eine ganze Rente und ab dem 1. März 2016 wiederum eine Viertelsrente zusprach. C. Die IV-Stelle erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Sodann sei der angefochtene Entscheid in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben und die Verfügung vom 12. Oktober 2018 sei zu bestätigen. Mit Vernehmlassung vom 12. Dezember 2019 beantragt die Beschwerdegegnerin die Abweisung der Beschwerde.