Sachverhalt: A. Im Jahr 2011/2012 schrieb die Stadt U._ (Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdeführerin) die Gesamterneuerung ihres Internetauftritts im Rahmen eines Submissionsverfahrens öffentlich aus. Die A._ AG (Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdegegnerin) reichte zusammen mit ihrer Offerte am 10. Februar 2012 ein umfangreiches Dossier ein, welches insbesondere ein Management Summary und das ausgefüllte, auf Selbstdeklaration basierende Formular "Erfüllung Anforderungen/Funktionen"enthielt. Die Offerte der Beklagten beruhte auf der Softwarelösung "B._". In der Folge plausibilisierte die Klägerin die Angaben der Beklagten. Am 1. und am 20. März 2012 präsentierte die Beklagte die Software "B._" vor Mitarbeitern der Klägerin. Sämtliche Erkenntnisse flossen in die Endbeurteilung ein, welche seitens der Klägerin vom Leiter der Informatik, der Webmasterin und einem extern beigezogenen Berater (nachfolgend: der Berater) durchgeführt wurde. Die Beklagte erzielte mit ihrem Angebot bezüglich der Teilkriterien "Anforderungen" und "Funktionen"eine Gesamtpunktzahl von 283.08 (entsprechend 94.36 % der Maximalpunktzahl von 300 Punkten betreffend die Erfüllung des Kriterium s "A. Lösungskonzept"). O bschon damit der verlangte Schwellenwert von 95 % nicht erreicht wurde, entschied die Klägerin in der Folge, auf einen förmlichen Ausschluss der beklagtischen Offerte zu verzichten. Sie legte vielmehr den relevanten Schwellenwert für alle Teilnehmerinnen des Submissionsverfahrens neu auf 93 % fest. Die Beklagte erhielt gemäss Protokoll vom 30. März/3. April 2012 den Zuschlag und am 9./10. August 2012 unterzeichneten die Parteien einen entsprechenden Projektierungs-Vertrag. In der Folge kam es rasch zu Differenzen. Nach erfolgreichem Abschluss eines Strategieprozesses wurde das Projekt im Frühjahr 2013 neu gestartet. Am 31. Oktober/11. November 2013 unterzeichneten die Parteien eine "Vereinbarung Entschädigung Zusatzaufwendungen" (nachfolgend: Zusatzvereinbarung). Nach erneuten Differenzen setzte die Klägerin mit Schreiben vom 24. Januar und 25. März 2014 der Beklagten Nachfrist zur mängelfreien Erfüllung an. Die letzte Nachfrist lief am 1. Juli 2014, 12.00 Uhr, ab. Die Beklagte sandte der Klägerin am 20. August 2014 eine E-Mail, in welcher sie diese anfragte, ob sie für die Fertigstellung personelle Ressourcen für September und Oktober reservieren solle. Die Klägerin vertröstete die Beklagte betreffend den Entscheid über das weitere Vorgehen auf die Woche des 22. September 2014. Zwischenzeitlich zog sie ohne Wissen der Beklagten eine externe "B._"-Expertin bei. Aufgrund deren Einschätzung erklärte die Klägerin mit Schreiben vom 22. September 2014 unter Berufung auf Täuschung, Terminverzug und Kostenüberschreitung den sofortigen Rücktritt vom Vertrag vom 9./10. August 2012 und der Zusatzvereinbarung. B. Mit Klage vom 17. April 2015 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihr Fr. 513'305.27 zuzüglich Zins von 5 % seit 23. September 2014 zu bezahlen. Sie forderte damit die von ihr an die Beklagte geleisteten Zahlungen zurück und machte überdies Schadenersatzansprüche geltend. Die Beklagte beantragte, die Klage sei kostenfällig abzuweisen, und verlangte widerklageweise, die Klägerin sei zur Bezahlung der restlichen vertraglich geschuldeten Pauschalrate von Fr. 10'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 22. September 2014 sowie zu Schadenersatz im Betrag von Fr. 32'205.75 nebst Zins zu 5 % seit 19. August 2015 zu verpflichten. Das Handelsgericht wies mit Urteil vom 9. Februar 2017 die Hauptklage ab und verpflichtete die Klägerin und Widerbeklagte, der Beklagten und Widerklägerin Fr. 10'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 22. September 2014 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies es die Widerklage ab. C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der angefochtene Entscheid sei kostenfällig aufzuheben, die Klage sei gutzuheissen und die Widerklage sei abzuweisen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung samt Durchführung des Beweisverfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin stellt den Antrag, die Beschwerde und die Klage seien kostenfällig abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.