Sachverhalt: A. A.a. X._ beriet als Kundenbetreuer der Bank B._ AG A._ in Anlagefragen. Aufgrund einer Streitigkeit betreffend eine Überweisung von EUR 160'000 zu Lasten des A._ reichte dieser am 11. November 2009 Strafanzeige gegen X._ ein. Nachdem Letzterer eine Schuldanerkennung über EUR 179'137.55 unterzeichnet hatte (Vereinbarung vom 4. Dezember 2009), erklärte A._ am 11. Dezember 2009 - unter der Voraussetzung, dass X._ seinen stipulierten Zahlungsverpflichtungen nachkomme - zu Handen der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt sein Desinteresse an einer Weiterverfolgung der Strafanzeige. Er habe sich entschieden, zurzeit keine Aussagen zu machen. Die Staatsanwaltschaft stellte das Verfahren am 14. Dezember 2009 mangels Beweises des Tatbestands sowie auf Grund der Desinteresse-Erklärung des A._ formlos ein. Eine Mitteilung an die Parteien erfolgte nicht. A.b. Am 14. Dezember 2012 reichte A._ erneut Strafanzeige gegen X._ ein, welcher die Vereinbarung vom 4. Dezember 2009 nicht korrekt erfüllt habe. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt erhob am 19. November 2013 Anklage beim Strafgericht des Kantons Basel-Stadt. B. Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt sprach X._ am 19. Dezember 2014 des Betrugs schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 15 Monaten. C. Die von X._ dagegen erhobene Berufung wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 15. September 2016 ab. D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt in der Hauptsache, der Entscheid sei aufzuheben und das Verfahren gegen ihn kostenfällig einzustellen. Eventualiter sei von einer Bestrafung abzusehen, subeventualiter die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.