Sachverhalt: A. Gemäss Anklage vom 14. April 2015 soll X._ mit mehreren anderen Personen am 15. August 2014 zwischen ca. 02.12 und 04.15 Uhr ein leerstehendes Mehrfamilienhaus in Zürich betreten und sich darin aufgehalten haben, ohne dazu berechtigt gewesen zu sein. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte ihn am 25. September 2015 wegen Hausfriedensbruchs zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 30.-- bei einer Probezeit von 2 Jahren sowie zu einer Busse von Fr. 300.--. Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte diesen Schuldspruch am 29. Juni 2016 und verurteilte X._ zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 30.-- bei einer Probezeit von 2 Jahren. B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2016 sei hinsichtlich Schuldspruch und Strafe sowie der Verfahrenskostenverlegung aufzuheben. Das Verfahren gegen ihn wegen Hausfriedensbruchs sei einzustellen, eventualiter sei er vom betreffenden Vorwurf freizusprechen. Subeventualiter sei die Sache zur Durchführung eines ordnungsgemässen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sämtliche Verfahrenskosten seien auf die Staatskasse zu nehmen und ihm sei eine angemessene Entschädigung zuzusprechen. X._ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.