Lãnh thổ Ratanakiri ngày nay có người ở từ ít nhất là thời kỳ đồ đá hoặc đồ đồng, và mậu dịch giữa những người dân vùng cao này với các đô thị dọc theo vịnh Thái Lan có niên đại ít nhất là thế kỷ 4 CN. Trong lịch sử ban đầu, người Việt, người Chăm, người Khmer, và người Thái từng xâm chiếm khu vực, song không có quốc gia nào có thể đưa khu vực nằm dưới quyền kiểm soát tập trung. Từ thế kỷ 13 hoặc trước đó cho đến thế kỷ 19, các làng trên cao nguyên thường bị các thương gia nô lệ người Khmer, Lào, và Thái tấn công. Các quân chủ người Lào địa phương chinh phục khu vực vào thế kỷ 18 và sau đó là người Thái trong thế kỷ 19. Khu vực được sáp nhập vào Đông Dương thuộc Pháp vào năm 1893, và sự cai trị thực dân thay thế buôn bán nô lệ. Người Pháp lập nên các đồn điền cao su lớn, đặc biệt là tại Labansiek (Banlung ngày nay); các công nhân bản địa được sử dụng vào để xây dựng, và thu hoạch cao su. Trong thời gian Pháp đô hộ Đông Dương, vùng đất bao gồm Ratanakiri ngày nay được chuyển từ Xiêm sang Lào và sau đó chuyển cho Campuchia. Mặc dù các nhóm người cao nguyên ban đầu kháng cự những người cai trị thực dân, họ đã chịu khuất phục vào cuối thời kỳ thuộc địa năm 1953.Ratanakiri được thành lập vào năm 1959 từ vùng đất từng là khu vực đông bộ của tỉnh Stung Treng. Tên gọi Ratanakiri (រតនគិរី) được hình thành từ hai từ trong tiếng Khmer រតនៈ (ratana "ngọc" từ tiếng Phạn ratna) và គិរី (kiri "núi" từ tiếng Phạn giri), miêu tả hai điểm đặc trưng được biết đến của tỉnh. Trong các thập niên 1950 và 1960, Norodom Sihanouk tiến hành một chiến dịch phát triển và Khmer hóa tại đông bắc Campuchia, dự kiến là đưa các làng nằm dưới sự kiểm soát của chính quyền, giới hạn ảnh hưởng của các phần tử nổi dậy tại khu vực, và "hiện đại hóa" các cộng đồng bản địa. Một số người Thượng buộc phải chuyển đến các vùng thấp để học ngôn ngữ và văn hóa Khmer, người Khmer từ những nơi khác tại Campuchia chuyển đến tỉnh, các tuyến đường bộ và đồn điền cao su lớn được xây dựng. Sau khi phải đối mặt với các điều kiện làm việc khắc nghiệt và đôi khi là lao động không tự nguyện trong các đồn điền, nhiều người Thượng dời bỏ chỗ ở truyền thống của họ và chuyển ra xa tỉnh lỵ hơn. Năm 1968, căng thẳng dẫn đến một cuộc nổi dậy của người Brao, trong đó có một vài người Khmer bị giết. Chính phủ phản ứng gay gắt, phóng hỏa các khu định cư và giết hàng trăm dân làng.Trong thập niên 1960, lực lượng Khmer Đỏ tạo nên một liên minh với các dân tộc thiểu số tại Ratanakiri, lợi dụng phẫn uất của người Thượng đối với chính phủ trung ương. Tổng hành dinh của Đảng Cộng sản Campuchia được chuyển đến Ratanakiri vào năm 1966, và hàng trăm người Thượng gia nhập các đơn vị của Đảng này. Trong giai đoạn này, Việt Nam cũng có các hoạt động quy mô rộng tại Ratanakiri. Những người cộng sản Việt Nam hoạt động tại Ratanakiri từ thập niên 1940; tại một cuộc họp báo vào tháng 6 năm 1969, Sihanouk nói rằng Ratanakiri là "lãnh thổ Bắc Việt trên thực tế". Từ tháng 3 năm 1969 đến tháng 5 năm 1970, Hoa Kỳ tiến hành một chiến dịch oanh tạc bí mật quy mô lớn tại khu vực, mục đích là nhằm phá vỡ nơi trú ẩn của quân đội cộng sản Việt Nam. Các dân làng buộc phải đi tránh bom, tìm thức ăn và sống trong cảnh chạy trốn cùng Khmer Đỏ. Vào tháng 6 năm 1970, chính phủ trung ương triệt thoái binh sĩ từ Ratanakiri, từ bỏ khu vực cho Khmer Đỏ kiểm soát. Chế độ Khmer Đỏ vốn ban đầu không có hành động thô bạo tại Ratanakiri, song nay trở nên ngày càng áp bức. Người Thượng bị cấm nói các ngôn ngữ bản địa hay thực hành các phong tục và tôn giáo truyền thống, là những thứ mà chủ nghĩa cộng sản cho là không phù hợp. Sinh hoạt tập thể trở thành bắt buộc, và một vài trường học của tỉnh bị đóng cửa. Tần số thanh trừng các dân tộc thiểu số tăng lên, và hàng nghìn người tị nạn chạy sang Việt Nam và Lào. Các nghiên cứu sơ bộ cho thấy rằng số lượng thi thể chiếm khoảng 5% dân cư Ratanakiri được đưa vào các mộ tập thể, tỷ lệ thấp hơn đáng kể so với các nơi khác tại Cambodia.Sau khi Việt Nam đánh bại Khmer Đỏ vào năm 1979, chính sách của chính phủ đối với Ratanakiri trở nên sao lãng có thiện ý. Người Thượng được phép trở lại sinh kế truyền thống của họ, song chính phủ ít tiến hành xây dựng cơ sở hạ tầng tại tỉnh. Thời Việt Nam đóng quân, có ít liên hệ giữa chính quyền tỉnh với nhiều cộng đồng địa phương. Một thời gian dài sau khi chế độ Khmer Đỏ sụp đổ, phiến quân Khmer Đỏ vẫn ở trong các khu rừng của Ratanakiri. Hầu hết các phiến quân giao lại vũ khí của họ trong thập niên 1990, song các cuộc tấn công dọc theo các tỉnh lộ vẫn tiếp tục cho đến năm 2002.Lịch sử gần đây của Ratanakiri mang đặc trưng là phát triển và các thách thức kèm theo đối với phương thức sinh hoạt truyền thống. Chính phủ quốc gia xây dựng các tuyến đường, xúc tiến du lịch và nông nghiệp, tạo điều kiện thuận lợi cho sự nhập cư nhanh chóng của người Khmer vào Ratanakiri. Các cải thiện về đường giao thông và ổn định chính trị khiến giá đất tăng lên, và chuyển nhượng đất tại Ratanakiri trở thành một vấn đề lớn. Mặc dù một điều luật năm 2001 cho phép các cộng đồng bản địa đạt được quyền sở hữu tập thể đối với các vùng đất truyền thống, song một số cư dân các làng trở thành những người gần như không có ruộng đất.