รูนแท้ทั้ง 27 ญี่ปุ่น: 生と死をつかさどる紋章, อังกฤษ: Rune of Life and Death) หรือ โซลอีตเตอร์ (ญี่ปุ่น: ソウルイーター, อังกฤษ: Soul Eater Rune) มีพลังในการให้และพรากชีวิต โดยปกติรูนนี้จะถูกเก็บซ่อนไว้ที่หมู่บ้านของรูนที่สาบสูญ (village of the Hidden Rune) จนกระทั่งในปีโซลิดที่ 150 วินดี้ ยูเบอร์ และเนลอร์ด ได้เข้ามาทำลายหมู่บ้านเพื่อค้นหารูนแท้ทั้ง 27 แต่กลับไม่พบอะไรเนื่องจากรูนโซลอีตเตอร์ได้ถูกถือครองโดยปู่ของเท็ด และสืบทอดต่อมายังเท็ดอีกทีหนึ่ง เท็ดจึงได้ออกเดินทางจากหมู่บ้านไปยังที่ต่างๆ พร้อมด้วยคำสาปจากรูนโซลอีตเตอร์ เท็ดได้รับข้อเสนอของเรือหมอกในการถอดรูนออกเพื่อหนีจากชีวิตที่ไม่แก่ไม่ตาย รูนนี้จึงตกไปอยู่กับเรือหมอกในช่วงระยะเวลาหนึ่ง แต่ในที่สุดเท็ดก็ตัดสินใจออกจากเรือหมอกและกลับมาสู่โลกเดิม ทำให้รูนตกมาอยู่กับเท็ดอีกครั้งหนึ่ง (เนื้อเรื่องซุยโคเด็นภาค IV) หลังจากผ่านไปเป็นระยะเวลายาวนาน เท็ดได้กลายเป็นเพื่อนสนิทกับ เทอร์ แม็คโดห์ล ในขณะที่ถูกวินดี้ตามล่าอีกครั้งหนึ่ง เขามอบรูนนี้ให้กับเทอร์ แม็คโดห์ล นอกจากนี้รูนโซลอีตเตอร์นี้ยังเป็นชนวนของสงครามรูนแห่งประตู (Gate Rune War) ซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญของเนื้อเรื่องของเกมเก็นโซซุยโคเด็นภาคหนึ่ง
รูนแห่งดินที่แท้จริง (ญี่ปุ่น:真なる土の紋章, อังกฤษ:True Earth Rune) ถูกถือครองโดย ซาซาไร สังฆราชแห่งราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย มีพลังในการป้องกันมากกว่าการโจมตี ครั้งหนึ่งเคยถูกขโมยโดยลุค เพื่อเป็นหนึ่งในส่วนประกอบที่จำเป็นสำหรับทำลายรูนแห่งลมที่แท้จริงแต่ไม่สำเร็จ ภายหลังก็กลับมาอยู่กับซาซาไรตามเดิม
รูนแห่งไฟที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる火の紋章, อังกฤษ: True Fire Rune) ถูกถือครองโดยผู้กล้าของกลาสแลนด์ จ้าวแห่งเพลิง แต่เดิมรูนนี้เป็นของราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย ถูกซ่อนอยู่ภายในวิหารแห่งหนึ่งแต่รูนนี้กลับถูกขโมยออกมาโดยไฟบริงเกอร์ (Fire Bringer) หลังจากนั้นจ้าวแห่งเพลิงก็ได้เข้าต่อสู้กับราชอาณาจักรฮาร์โมเนียที่เข้ามารุกรานกลาสแลนด์ ภายหลังจ้าวแห่งเพลิงกลับยอมปลดปล่อยรูนแห่งไปที่แท้จริงนี้เพื่อที่จะอยู่กับคนที่ตัวเองรักและแก่ตายไปพร้อมๆ กัน รูนนี้จึงได้เข้าไปสถิตย์อยู่ในโบราณสถานแห่งซินดาร์ โดยการอ้างอิงตามนิยายฮิวโกจะเป็นผู้ถือครองรูนแห่งไฟที่แท้จริงนี้ต่อจากจ้าวแห่งเพลิง และเข้าต่อสู้กับลุค จนสามารถเอาชนะลุคได้ในที่สุด
รูนแห่งน้ำที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる水の紋章, อังกฤษ: True Water Rune) ถูกถือครองโดย ไวแอทท์ ไลท์เฟลโลว์ เพื่อนำมาใช้ต่อสู้กับราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย เป็นกำลังหนุนให้กับกองทัพไฟบริงเกอร์ (Fire Bringer) หลังสิ้นสุดสงครามไวแอทท์ได้เดินทางไปยังหลายๆ ที่เพื่อทำการปิดผนึกรูนน้ำที่แท้จริง เป็นการป้องกันไม่ให้ถูกค้นพบหรือถูกใช้โดยราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย ภายหลังจากนั้นรูนน้ำที่แท้จริงได้ตกไปอยู่กับลูกสาวของเขา คริส ไลท์เฟลโลว์ และได้กลายเป็นผู้ช่วยเหลือจ้าวแห่งเพลิงคนใหม่
รูนแห่งลมที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる風の紋章, อังกฤษ: True Wind Rune) ถูกถือครองโดยลุค ในสมัยสงครามรวบรวมแผ่นดินดูนันลุคเคยใช้รูนแห่งลมที่แท้จริงนี้ในการเรียกอสูรโกเล็มเข้าต่อสู้กับราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย และยังคงใช้รูนนี้ในการต่อสู้ในสงครามทูตแห่งเพลิงครั้งที่สอง แต่กลับพ่ายแพ้ต่อจ้าวแห่งเพลิงคนใหม่
รูนแห่งสายฟ้าที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる雷の紋章, อังกฤษ: True Lightning Rune) ถูกถือครองโดยเกดโด แต่เดิมรูนนี้เป็นสมบัติของราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย และสาเหตุที่เกดโดได้ถือครองรูนนี้ก็ยังไม่ปรากฏ แต่คาดว่าเกดโดอาจจะเคยเป็นส่วนหนึ่งในกลุ่มที่เข้าขโมยรูนจากราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย และทำการถือครองรูนนี้เอาไว้เองเพื่อที่จะช่วยจ้าวแห่งเพลิง (Flame Champion) ในการปกป้องกลาสแลนด์ หลังสิ้นสุดสงครามเกดโดได้ปิดผนึกรูนนี้เอาไว้ในร่างกายของเขาเองเป็นเวลายาวนานกว่า 50 ปี รูนนี้เคยถูกขโมยโดยลุคเพื่อนำทำลายแต่ไม่สำเร็จ ภายหลังถูกค้นพบในโบราณสถานแห่งซินดาร์
รูนแห่งการลงทัณฑ์ (ญี่ปุ่น: 罰の紋章, อังกฤษ: Rune of Punishment) ในอดีตมีผู้ถือครองหลายคน และทุกคนต่างถูกรูนแห่งการลงทัณฑ์กลืนกินชีวิตจนตายไปในที่สุด รูนนี้ให้พลังในการปกป้องผู้อื่นกับผู้ถือครอง แต่กัดกินชีวิตของผู้ที่ใช้พลังของมันเป็นเครื่องแลกเปลี่ยน ผู้ถือครองรูนในปัจจุบันคือลาซโลซึ่งได้รับช่วงต่อมาจาก เกรน คอต ซึ่งเป็นหัวหน้ากองทัพของลาซโล การแย่งชิงรูนแห่งการลงทัณฑ์เป็นสาเหตุของสงครามการขยายพรมแดนทางใต้ของคูลุก (Kooluk Southern Expansion) ซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญในเกมเก็นโซซุยโคเด็น IV
รูนแห่งตะวัน (ญี่ปุ่น: 太陽の紋章, อังกฤษ: Sun Rune) รูนแห่งตะวันเป็นสมบัติที่สืบทอดต่อกันมาภายในราชวงศ์แห่งราชอาณาจักรฟาเลนา (Queendom of Falena) มีพลังในการสร้างคลื่นความร้อน แสง และชีวิต การใช้รูนนี้ทำให้ผู้ถือครองไม่สามารถควบคุมตนเองได้ในบางครั้ง จึงจำเป็นต้องมีผู้ถือครองรูนรุ่งอรุณและรูนสนธยา เพื่อเป็นการป้องกันอำนาจอันแข็งแกร่งของรูนแห่งตะวัน เมื่อเกิดเหตุการณ์สงครามกลางเมืองในฟาเลนา ราชินีอาสแตสได้ถูกสังหาร รูนแห่งตะวันจึงเข้าสถิตย์อยู่ภายในรูปปั้น และไม่มีใครสามารถถือครองได้ (กล่าวกันว่าคนที่สามารถถือครองรูนแห่งตะวันได้ต้องเป็นคนภายในราชวงศ์ฟาเลนาเท่านั้น) โดยมีสถานที่เก็บรักษารูนรุ่งอรุณและรูนสนธยาอยู่ใกล้เคียงกับราชอาณาจักรฟาเลนาเรียกว่าวิหารทิศตะวันออก (East Palace) และวิหารทิศตะวันตก (West Palace) ครั้งหนึ่งรูนรุ่งอรุณ เคยถูกขโมยและหายสาบสูญไป (ทราบภายหลังว่าตระกูลบาโรว์เป็นผู้ขโมยไป) โดยเจ้าชายแห่งฟาเลนาได้ถือครองรูนนี้เพื่อเข้าป้องกันอำนาจของรูนแห่งตะวัน ภายหลังสิ้นสุดสงครามรูนทั้ง 3 ได้กลับมาอยู่ภายในราชวงศ์แห่งราชอาณาจักรฟาเลนาอีกครั้งโดยสถิตย์อยู่ภายในรูปปั้นและไม่มีผู้ถือครอง การแย่งชิงรูนแห่งตะวันเป็นสาเหตุของสงครามกลางเมืองในฟาเลนาซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญในเกมเก็นโซซุยโคเด็น V 
รูนแห่งจันทรา (ญี่ปุ่น: 月の紋章, อังกฤษ: Blue Moon Rune) มีฤทธิ์ทำให้ผู้ถือครองกลายเป็นผีดูดเลือดซึ่งจะต้องดื่มเลือดเพื่อดำรงชีวิตไปจนกระทั่งสามารถควบคุมรูนแห่งจันทราได้ ตั้งแต่รูนนี้ปรากฏขึ้นมายังไม่มีบันทึกว่ามีผู้อื่นที่สามารถถือครองจนกระทั่งสามารถควบคุมรูนได้นอกจากเซียร์ราเพียงคนเดียว ในอดีตเซียร์ร่าได้ตั้งหมู่บ้านบลูมูนขึ้นมา (Blue Moon Village) และได้นำรูนแห่งจันทรานี้ไปตั้งไว้ที่ศาลกลางหมู่บ้าน แต่เนคลอร์ดได้ขโมยรูนนี้ออกจากหมู่บ้านไปเพื่อเพิ่มอำนาจให้ตนเอง แต่ภายหลังรูนนี้ก็ได้กลับมาอยู่กับเซียร์ราอีกครั้งหนึ่ง การตามล่าเนคลอร์ด​ เป็นโครงเรื่องย่อยหนึ่งของเกมเก็นโซซุยโคเด็น, เก็นโซซุยโคเด็น II และเก็นโซซุยโคไกเด็นฉบับที่ 1 
รูนแห่งรัตติกาล (ญี่ปุ่น: 夜の紋章, อังกฤษ: Night Rune) มีร่างเป็นดาบพูดได้ชื่อ ดาบมังกรดารา (ญี่ปุ่น: 星辰剣, อังกฤษ: Star Dragon Sword) ซึ่งเป็นอาวุธเพียงหนึ่งเดียวที่สามารถฆ่าผีดูดเลือดได้ รูนแห่งรัตติกาลปรากฏตัวในภาคที่ I, II และ III ของเกมเก็นโซซุยโคเด็น​