วัดหงส์รัตนารามราชวรวิหาร ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ปลายรัชกาล พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก มหาราช ซึ่งขณะนั้น พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ยังทรงดำรงพระอิสริยยศเป็น สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร ได้ทรงพระยศสถานที่ตั้งประวัติวัดหงส์รัตนาราม เป็น กรมพระราชวังบวรสถานมงคล สืบต่อจาก กรมพระราชวังบวรสถานมงคลมหาสุรสิงหนาทฯ ได้ประทับ ณ พระราชวังเดิม พระราชวังจึงมีฐานะเป็นพระบวรราชวังใหม่ ขึ้นตำแหน่งหนึ่ง สมตามนัยแห่ง ชุมนุมพระบรมราชาธิบาย ในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงเล่าตอนประสูติของ พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ไว้ดังนี้ การประสูติดังนี้ เป็นไปที่พระที่นั่งข้างในหลังตะวันตก พระราชวังปากคลองบางกอกใหญ่ ครั้งนั้นเรียก พระบวรราชวังใหม่ อยู่ในกำแพงกรุงธนบุรีโบราณวัดหงส์ฯ ซึ่งมีพื้นที่ตั้งอยู่ตลอดสถานที่พระบวรราชวังนี้ จึงมีสร้อยนามเปลี่ยนแปลงไปตามสถานการณ์ครั้งนั้นว่า วัดหงส์อาวาศวรวิหาร ดังหลักฐานประกอบด้วยตามในพระราชทินนามสมณศักดิ์พระราชาคณะที่พระธรรมอุดม (พระธรรมวโรดมปัจจุบัน) ซึ่งได้เลื่อนจากพระธรรมไตรโลกฯ (พระธรรมไตรโลกาจารย์ปัจจุบัน) ในรัชกาลที่ ๑ ว่า พระธรรมอุดม บรมญาณอดุลยสุนทร ตีปีฎกธรามหาคณิศร บวรสังฆาราม คามวาสี สถิต ณ วัดหงส์อาวาศบวรวิหาร พระอารามหลวง ในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย (รัชกาลที่ ๒) วัดหงส์รัตนาราม ราชวรวิหาร มีสร้อยนามเปลี่ยนแปลงเป็นทางการว่า วัดหงส์อาวาสวรวิหาร หลักฐานในข้อนี้ พิจารณา ได้ตามพระราชทินนามสมณศักดิ์ที่ พระพิมลธรรม ซึ่งได้เลื่อนจากสมณศักดิ์เดิมที่ พระพรหมมุนี (ด่อน) กล่าวไว้ดังนี้ ให้ พระพรหมมุนีเป็นพระพิมลธรรม อนันตญาณนายก ตีปฎกธรามหาคณิศร บวรสังฆาราม คามวาสี สถิต ณ วัดหงส์อาวาสวรวิหาร พระอารามหลวง 
ในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๓) วัดหงส์รัตนาราม ราชวรวิหาร คงมีนามเรียกเต็มว่า วัดหงสาราม ดังปรากฏหลักฐานในหนังสือประชุมพงศารภาคที่ ๒๕ ตอนที่ ๓ เรื่องตำนานสถานที่ และวัสดุต่าง ๆ ซึ่ง พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงบูรณะ และมีความเกี่ยวเนื่องกับวัดหงส์ฯ ดังมีข้อความกล่าวไว้เป็นเชิงประวัติว่า วัดนี้นามเดิมว่า วัดเจ้าขรัวหงส์ แล้วเปลี่ยนมา เป็น วัดหงสาราม และในสำเนาเทศนาพระราชประวัติรัชกาลที่ ๒ ซึ่ง หม่อมเจ้าพระประภากร บวรวิสุทธิวงศ์ วัดบวรนิเวศน์วิหาร ทรงเทศนาถวาย ในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงใช้นามว่า วัดหงสาราม ในเรื่องเกี่ยวกับวัดหงส์ฯ แม้แต่ในพระอารามหลวงที่ เจ้าพระยาวิชิตวงศ์วุฒิไกร เรียบเรียงถวายรัชกาลที่ ๕ ได้กล่าวไว้เช่นเคียวกัน แต่กล่าวพิเศษออกไปว่า เรียกวัดหงสาราม มาแต่รัชกาลที่ ๑ เห็นจะเป็นว่าเมื่อเรียกโดยไม่มีพิธีรีตองสำคัญอะไร ก็คงเรียกวัดหงสาราม ทั้ง ๓ รัชกาล ก็เป็นได้
ในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๓) นี้ สมเด็จกรมพระศรีสุริเยนทรามาตย์ (พระอัครมเหสีในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และเป็นสมเด็จพระบรมราชชนนีในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว) ได้ทรงรับปฏิสังขรณ์จากการทรงชักชวนของ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว และทรงเกณฑ์ต่อให้ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ครั้งยังดำรงพระยศ เจ้าฟ้ามงกุฎ ให้รื้อพระอุโบสถเก่าแปลงปลูกเป็นวิหาร แต่ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ไม่ทรงรับทำ จึงเป็นพระภาระของสมเด็จกรมพระศรีสุริเยนทรามาตย์ แต่พระองค์เดียว ส่วน พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ในครั้งแรกทรงรับพระภาระสร้างโรงธรรมตึกใหญ่ขึ้นใหม่ แต่ในครั้งหลังสมเด็จกรมพระศรีสุริเยนทรามาตย์สิ้นพระชนม์ การยังไม่เสร็จ พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ต้องทรงรับเป็นพระธุระทั้งพระอุโบสถ และพระวิหาร และสิ่งอื่นอีก
ในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๔) ได้พระราชทานสร้อยนามวัดหงส์รัตนาราม ราชวรวิหารใหม่ แลเป็นหลักฐานสืบมาจนบัดนี้ว่า วัดหงส์รัตนาราม ตามในจดหมายเหตุ รัชกาลที่ ๔ ได้กล่าวไว้ว่า เดิมเป็นพระอุโบสถหลังเก่าวัดหงส์ฯ ครั้งก่อนสมัยอยุธยา เมื่อมาถึงสมัยกรุงธนบุรี สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงปฏิสังขรณ์เป็นการใหญ่ ขยายทั้งตัววัด และสร้างพระอุโบสถใหม่ และอื่นอีก คงเลิกใช้อุโบสถเก่า ต่อมาเมื่อถึงรัชสมัยกรุงรัตนโกสินทร์นี้