ยอดนักสืบจิ๋วโคนันเดอะมูฟวี่ ภาพยนตร์ตอนนี้เป็นการปรากฏตัวครั้งแรกในซีรีส์ภาพยนตร์ ของจอมโจรคิด ไฮบาระ ไอ ฮัตโตริ เฮย์จิ และสารวัตรนากาโมริ กินโซ
คดีฆาตกรรมนัยน์ตามรณะ () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ตอนที่ 4 ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2543 และในประเทศไทยออกอากาศทางฟรีทีวีทางโมเดิร์นไนน์ ทีวี ในวันหยุดนักขัตฤกษ์ 2 ครั้ง ในวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2547 เวลา 09.30-11.30 น. และในวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2548 เวลา 08.00-10.00 น. ในตอนนี้เกิดการฆาตกกรมตำรวจสองนายที่เคยทำคดีร่วมกัน ต่อมาในงานแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ นินซาบุโร่ ก็เกิดเหตุลอบสังหารผู้หมวดซาโต้ในห้องน้ำ รันซึ่งเห็นเหตุการณ์ความจำเสื่อม ในขณะที่คนร้ายกำลังจ้องเอาชีวิตรัน โคนันจึงต้องไขคดีฆาตกรรมและปกป้องรันจากคนร้าย ภาพยนตร์ตอนนี้ยังคงกำกับและเขียนบทโดยโคดามะ คาเน็ทสึกุ และโคอุจิ คาซึนาริ และทำเงินได้รวม 2,500 ล้านเยนในประเทศญี่ปุ่นคดีปริศนาเส้นตายสู่สวรรค์ () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ตอนที่ 5 ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2544 และในประเทศไทยออกอากาศทางฟรีทีวีทางโมเดิร์นไนน์ ทีวี ในวันหยุดนักขัตฤกษ์ 2 ครั้ง ในวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2547 เวลา 08.00-10.00 น. และวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 เวลา 08.00-10.00 น. ในตอนนี้ที่เมืองนิชิตะมาจิ ณ ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมือง กำลังจะมีงานเปิดตัวตึก แต่บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกกลับถูกสังหารไปทีละคน ๆ นอกจากนี้องค์กรชุดดำที่ตามรอยเชอรี่ มาได้ก็มาที่ตึกทวินทาวเวอร์เช่นกัน ต่อมามีการระเบิดตึกทวินทาวเวอร์ นอกจากโคนันต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นแล้ว โคนันยังต้องหลบหนีจากองค์กรชุดดำอีกด้วย ภาพยนตร์ตอนนี้เขียนบทและกำกับโดยทีมงานชุดเดียวกับ 3 ตอนก่อนหน้า และทำเงินได้รวม 2,900 ล้านเยนในประเทศญี่ปุ่น ปริศนาบนถนนสายมรณะ () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ตอนที่ 6 ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2545 ในตอนนี้เกิดคดีฆาตกรรมผู้พัฒนาเกมโคคูนในงานเปิดตัวเกมโคคูน ขณะที่ในโคคูน โปรแกรม Noah's Ark เข้าควบคุมกลไกของโคคูนและปิดทางเข้าออกของเด็ก ๆ ผู้เล่นต้องไขปริศนาและจบเกมให้ได้ หากไม่มีใครทำได้ ผู้เล่นทั้งหมดจะต้องตาย โคนันต้องเอาตัวรอดจากเกมมรณะนี้ ในขณะที่ในโลกแห่งความเป็นจริง คุโด้ ยูซากุ ต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้น ภาพยนตร์ตอนนี้ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2545 กำกับโดยโคดามะ คาเน็ทสึกุ เขียนบทโดยโนซาว่า ฮิซาชิ และทำรายได้ในประเทศญี่ปุ่นรวมทั้งสิ้น 3,400 ล้านเยน ซึ่งเป็นจำนวนเงินที่มากที่สุดในภาคพิเศษทุกภาค และครองสถิตินี้ไว้นาน 7 ปีก่อนที่จะถูกลบสถิติในภาค ปริศนานักล่าทรชนทมิฬ ที่ทำรายได้ไป 3,500 ล้านเยน
คดีฆาตกรรมแห่งเมืองปริศนา () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ตอนที่ 7 ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2546 ในประเทศไทยออกอากาศทางฟรีทีวีทางโมเดิร์นไนน์ ทีวี ในวันหยุดนักขัตฤกษ์ 2 ครั้ง ในวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 เวลา 08.00-10.00 น. และ วันที่ 13 เมษายน พ.ศ. 2550 เวลา 08.00-10.00 น. ในตอนนี้เกิดการฆาตกรรมที่ผู้ตายมีหนังสือบันทึกโยชิซึเนะ (กิเคคิ) ที่มีปริศนาระบุสถานที่ซ่อนพระพุทธรูปที่หายไปจากวัดซันโน นอกจากนี้ยังมีเรื่องเกี่ยวกับฮัตโตริ เฮย์จิ ที่เข้ามาสืบคดีนี้เพื่อหาหญิงสาวที่เป็นรักแรกของเขาที่เป็นเจ้าของอัญมณีที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร ภาพยนตร์ตอนนี้กำกับโดย โคดามะ คาเน็ทสึกุ เขียนบทโดยโคอุจิ คาซึนาริ และทำรายได้ในประเทศญี่ปุ่นรวมทั้งสิ้น 3,200 ล้านเยน
มนตราแห่งรัตติกาลสีเงิน () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์เรื่องยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ตอนที่ 8 ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2547 และออกฉายในประเทศไทยในวันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2548 ที่โรงภาพยนตร์เมเจอร์ซีนีเพล็กซ์ รัชโยธิน และออกอากาศทางฟรีทีวีทางสถานีโทรทัศน์สีกองทัพบกช่อง 7 ในช่วงหนังรอบเช้าวันหยุด วันที่ 6 ธันวาคม พ.ศ. 2553 เวลา 08.00-10.00 น. ในตอนนี้จอมโจรคิดหมายจะขโมยแหวนแห่งพรหมลิขิต ต่อมาในเที่ยวบินพิเศษมุ่งหน้าสู่ฮาโกดาเตะ เกิดคดีฆาตกรรมนักแสดงสาวโดยการวางยาพิษด้วยกลอุบายจากคนใกล้ชิด ไม่เพียงเท่านั้น นักบิน และผู้ช่วยนักบินก็โดนพิษเช่นกันจนไม่สามารถนำเครื่องลงจอดได้ ภาพยนตร์ตอนนี้เป็นการกำกับครั้งแรกของยามาโมโตะ ยาสุอิจิโร่ เขียนบทโดยโคอุจิ คาซึนาริ และทำรายได้ในประเทศญี่ปุ่นรวมทั้งสิ้น 2,800 ล้านเยน 
ยุทธการเหนือห้วงทะเลลึก () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ตอนที่ 9 ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2548 และออกฉายในประเทศไทยเมื่อวันที่ 18 มีนาคม และ 25 มีนาคม พ.ศ. 2549 ที่แกรนด์ อีจีวี เมเจอร์ซีนีเพล็กซ์ รังสิต และเมเจอร์ซีนีเพล็กซ์ปิ่นเกล้า ในตอนนี้ระหว่างการเดินทางของเรืออโฟรไดท์ เรือสำราญอันหรูหรา เกิดคดีฆาตกรรมขึ้น นอกจากนี้คนร้ายยังระเบิดเรือที่มีผู้โดยสารหลายร้อยชีวิต โคนันต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นและช่วยรันที่ติดอยู่ในเรือ ภาพยนตร์ตอนนี้ยังคงทีมงานชุดเดียวกับตอนก่อนหน้า และทำรายได้ในประเทศญี่ปุ่นรวมทั้งสิ้น 2,150 ล้านเยน
บทเพลงมรณะแด่เหล่านักสืบ () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ตอนที่ 10 ฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 15 เมษายน พ.ศ. 2549 และฉายในประเทศไทยที่โรงภาพยนตร์เซ็นจูรี่เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2549 และออกอากาศทางฟรีทีวีทางสถานีโทรทัศน์สีกองทัพบกช่อง 7 ในช่วงหนังรอบเช้า วันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2554 เวลา 08.30-10.25 น. ในตอนนี้ผู้จ้างวานปริศนาได้ขอให้โคโกโร่กับโคนันช่วยไขคดีให้ โดยจับรันและเด็ก ๆ ไว้เป็นตัวประกัน หากทำไม่ได้ ทุกคนจะต้องตาย ภาพยนตร์ตอนนี้กำกับโดยยามาโมโตะ ยาสุอิจิโร่ เขียนบทโดย คาชิวาบาระ ฮิโรชิ โดยตอนนี้มีการประกาศออกมาผ่านทางหน้าเว็บไซต์อย่างเป็นทางการของภาพยนตร์เมื่อวันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2548 เมื่อภาพยนตร์ออกฉาย ภาพยนตร์ทำรายรับได้ 4,685,246 ดอลลาร์สหรัฐ และทำรายได้รวมทั้งสิ้น 3,030 ล้านเยนปริศนามหาขุมทรัพย์โจรสลัด () ; () เป็นภาพยนตร์การ์ตูน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ฉบับภาพยนตร์ตอนที่ 11 โดยภาพยนตร์เรื่องนี้ออกฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อ 21 เมษายน พ.ศ. 2550 และในประเทศไทยฉายที่โรงภาพยนตร์เซ็นจูรี่ วันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2550 และออกอากาศทางฟรีทีวีทางช่อง 7 ในช่วงหนังรอบเช้า วันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2552 เวลา 08.30-10.25 น.มีเนื้อหาเกี่ยวกับเกาะเทพแห่งทะเลอันสวยงามที่ตั้งอยู่บนมหาสมุทรแปซิฟิก ที่ว่ากันว่าโจรสลัดสาวสองคนคือ แอน โบนี่ และ แมรี่ รีดนั้นฝังสมบัติมีค่าเอาไว้ที่เกาะนั้นเมื่อ 300 ปีก่อนในประเทศญี่ปุ่น ในระหว่างนั้นนักล่าสมบัติที่ลงไปค้นหาสมบัติยังใต้ทะเลก็ถูกฉลามกัดเสียชีวิต ภาพยนตร์ตอนนี้เขียนบทโดยคาชิวาบาระ ฮิโรชิ กำกับโดยยามาโมโตะ ยาสุอิจิโร่ และทำรายได้ไปทั้งสิ้น 2,530 ล้านเยนบทบรรเลงแห่งความตาย () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ตอนที่ 12 โดยภาคนี้ออกฉายในประเทศญี่ปุ่น เมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2551 และออกฉายในประเทศไทยในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2551 ในภาคนี้เกิดเหตุฆาตกรรมและทำร้ายนักดนตรีที่เป็นศิษย์ของนักเปียโน ระหว่างนั้นพวกโคนันได้รับเชิญให้ไปร่วมงานเปิดตัวโดโมโตะฮอลล์ที่สร้างโดยนักเปียโนคนนั้น แต่ในวันงานโคนันกลับถูกลอบทำร้าย และเกิดระเบิดขึ้นที่ฮอลล์นั้น ภาพยนตร์ตอนนี้มีการประกาศออกมาเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 และเมื่อภาพยนตร์ออกฉายในโรงภาพยนตร์ 335 แห่ง ภาพยนตร์ตอนนี้ก็ติดอันดับหนึ่งของ Box Office ประเทศญี่ปุ่นในทันทีด้วยรายรับ 420.03 ล้านเยนหรือประมาณ 4,124,013 ดอลลาร์สหรัฐในสัปดาห์แรก มีรายงานว่าภาพยนตร์ตอนนี้ไม่มีการโปรโมตที่กว้างขวางนัก แต่ก็ยังมีแฟน ๆ กว่า 350,000 คนชมภาพยนตร์เรื่องนี้ ในรอบปี พ.ศ. 2551ภาพยนตร์ตอนนี้ทำรายรับได้รวมทั้งสิ้น 2,420 ล้านเยน หรือประมาณ 26.8 ล้านดอลลาร์สหรัฐปริศนานักล่าทรชนทมิฬ () ; () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ตอนที่ 13 โดยภาคนี้มีกำหนดออกฉายในประเทศญี่ปุ่น ในวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2552 สำหรับในประเทศไทยเข้าฉายเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2552 ที่โรงภาพยนตร์เซ็นจูรี่ ในตอนนี้มีคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในหลายพื้นที่ในแถบคันโต ตำรวจในแถบนั้นได้รับเชิญให้เข้าประชุมเรื่องนี้ แต่หลังจากประชุมเสร็จมีคนในตำรวจคนหนึ่งขึ้นรถคันโปรดของยินไป ซึ่งกล่าวได้ว่าโคนันต้องเผชิญหน้ากับองค์กรชุดดำอีกครั้ง สำหรับภาพยนตร์ตอนนี้มีการเปิดเผยชื่อเรื่องและเนื้อเรื่องคร่าว ๆ ตั้งแต่ประมาณช่วงวันที่ 30 ตุลาคม พ.ศ. 2551 เมื่อภาพยนตร์ออกฉาย ก็สามารถทำรายได้ได้สูงเป็นอันดับหนึ่งในช่วงสุดสัปดาห์ที่ภาพยนตร์ออกฉาย (วันที่ 18-19 เมษายน) และสามารถทำลายสถิติของภาพยนตร์ชุดโคนันที่ทำรายได้มากที่สุดจากการสรุปรายได้ประจำปีของ RIAJ ด้วยรายได้ 3,500 ล้านเยน แซงหน้าสถิติเดิมที่ภาพยนตร์ตอน ปริศนาบนถนนสายมรณะเคยทำไว้เดิมที่ 3,400 ล้านเยนปริศนามรณะเหนือน่านฟ้า () () เป็นตอนพิเศษของภาพยนตร์การ์ตูน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ตอนที่ 14 โดยภาคนี้ออกฉายในประเทศญี่ปุ่น ในวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2553 วันเดียวกับที่อนิเมะของจอมโจรอัจฉริยะที่สร้างโดยทีเอ็มเอสเอ็นเตอร์เทนเมนต์และแอนิแมกซ์ออกฉายทางโทรทัศน์ เมื่อภาพยนตร์ตอนดังกล่าวออกฉาย ภาพยนตร์ดังกล่าวติดชาร์ดของ Kogyo Tsushinsha ที่อันดับสอง และชาร์ตของ Box Office Mojo ที่อันดับสาม โดยเปิดตัวที่รายได้ 5,990,036 ดอลลาร์สหรัฐจากการลงโรงฉาย 352 โรงฉาย และยังยืนชาร์ตด้วยอันดับเดิมมาอีกหนึ่งอาทิตย์15 นาทีเฉียดวิกฤติมรณะ() () เป็นยอดนักสืบจิ๋วโคนันฉบับภาพยนตร์ที่ 15 ได้เริ่มเข้าฉายในประเทศญี่ปุ่นเมื่อ วันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2554