ประวัติศาสตร์สหรัฐ ในขณะเดียวกันทางฝ่ายเหนือ แนวความคิดการเลิกทาส (Abolitionism) ได้รับความนิยมขึ้นเรื่อยๆ มีวรรณกรรมเกี่ยวกับการเลิกทาสที่เป็นที่รูจักคือ "กระท่อมน้อยของลุงทอม" ("Uncle Tom's Cabin") ในค.ศ. 1857 คดีความระหว่างเดรดสกอตและแซนด์ฟอร์ด ("Dread Scott v. Sandford") ศาลฎีกาสูงสุดได้ตัดสินให้นายเดรตสกอตชาวแอฟริกันอเมริกันคงสภาพความเป็นทาสเนื่องจาก "ชาวแอฟริกันอเมริกันไม่จัดเป็นพลเมืองของสหรัฐ จึงไม่มีสิทธิเสรีภาพตามที่ได้ระบุไว้ในรัฐธรรมนูญ" สร้างความไม่พอใจแก่ชาวเหนือเป็นอย่างมาก ในค.ศ. 1854 สมาชิกพรรควิกที่มีแนวคิดเลิกทาสได้รวมตัวกันจัดตั้งพรรครีพับบลิกัน (Republican Party) ขึ้น และส่งตัวแทนคือ อับราฮัม ลินคอล์น (Abraham Lincoln) เข้ารับการเลือกตั้งชิงตำแหน่งประธานาธิบดีในค.ศ. 1860 ซึ่งลินคอล์นได้รับเสียงท้วมท้นจากรัฐทางเหนือและเนื่องจากรัฐทางเหนือมีประชากรมากกว่าลินคอล์นจึงมีคะแนนเสียงชนะคู่แข่งจากพรรคเดโมเครต แม้ว่าลินคอล์นจะไม่มีเสียงข้างมากในมลรัฐทางใต้เลยก็ตาม สร้างความไม่พอใจแต่มลรัฐทางตอนใต้เป็นอย่างยึ่ง รัฐใต้ทั้งเจ็ดได้แก่ เซาท์แคโรไลนา มิสซิสซิปปี ฟลอริดา แอละแบมา จอร์เจีย ลุยเซียนา และเท็กซัส ประกาศแยกตัวออกมาจากสหรัฐในค.ศ. 1861 และจัดตั้งสมาพันธรัฐอเมริกา (Confederate States of America) แม้ว่าประธานาธิบดีลินคอล์นจะประกาศว่าจะไม่ส่งทัพเข้าปราบฝ่ายสมาพันธรัฐฯ แต่ฝ่ายสมาพันธรัฐฯได้รวบรวมกำลังพลและเข้ายึดป้อมปราการต่างๆเพื่อเตรียมตัวรับมือกับทัพฝ่ายเหนือที่อาจรุกรานเข้ามา โดยเข้ายึดป้อมซัมเทอร์ (Fort Sumter) ในค.ศ. 1861 เป็นเหตุให้ลินคอล์นตัดสินใจประกาศสงครามกับสมาพันธรัฐฯและมีคำสั่งให้ทุกรัฐส่งทัพเข้าช่วยเหลือรัฐบาลกลางในการต่อสู้กับสมาพันธรัฐฯ ทำให้รัฐใต้อีกสี่รัฐได้แก่ เวอร์จิเนีย อาร์คันซอ เทนเนสซี และนอร์ทแคโรไลนา ประกาศถอนตัวจากรัฐบาลสหรัฐฯและเข้าร่วมกับสมาพันธรัฐอเมริกา จัดตั้งเมืองริชมอนด์ (Richmond) รัฐเวอร์จิเนียขึ้นเป็นนครหลวงของสมาพันธรัฐฯ โดยมีนายเจฟเฟอร์สัน เดวิส (Jefferson Davis) เป็นประธานาธิบดี
ฝ่ายสหรัฐฯทางเหนือใช้ยุทธวิธีต่างๆเพื่อพิชิตสมาพันธรัฐฝ่ายใต้ได้แก่ นายพลวินฟิลด์ สก็อต ได้นำกองทัพเรือเข้าปิดล้อมเมืองต่างๆทั้งหมดของรัฐทางใต้ เรียกว่า การปิดล้อมของสหรัฐฯ (Union Blockade) ทำให้ฝ่ายใต้ไม่สามารถส่งออกสินค้าเกษตรกรรมไปยังยุโรปอันเป็นรายได้สำคัญของฝ่ายใต้ เศรษฐกิจแบบเกษตรกรรมของฝ่ายใต้จึงถูกทำลายลง ประธานาธิบดีส่งนายพลยูลิสซิส เอส. แกรนท์ (Ulysees S. Grant) และวิลเลียม เทคัมเซ เชอร์แมน (William Tecumseh Sherman) ยกทัพเข้ารุกรานสมาพันธรัฐทางตะวันตกบริเวณลุ่มแม่น้ำมิสซิสซิปปี เข้ายึดเมืองต่างๆได้อย่างรวดเร็ว แต่ในทางตะวันออกนั้นฝ่ายสมาพันธรัฐนำโดยนายพลโรเบิร์ต อี. ลี (Robert E. Lee) สามารถป้องกันเมืองริชมอนด์นครหลวงและเอาชนะทัพฝ่ายเหนือได้ในยุทธการแอนตีแทม (Battle of Antietam) ค.ศ. 1861 ประธานาธิบดีลินคอล์นสรรหาขุนพลจำนวนมากมาเพื่อนำทัพตะวันออกเข้าโจมตียึดเมืองริชมอนด์แต่ล้วนพ่ายแพ้ต่อนายพลลี จนกระทั่งค.ศ. 1863 ในยุทธการเกตตีสเบิร์ก (Battle of Gettysburg) ทัพของฝ่ายเหนือสามารถเอาชนะทัพของนายพลลีฝ่ายใต้ได้ ซึ่งประธานาธิบดีลินคอล์นได้กล่าวสุนทรพจน์เกตตีสเบิร์ก (Gettysburg Address) ไว้ว่า ""...การปกครองของประชาชน โดยประชาชน เพื่อประชาชน จะไม่สูญสิ้นไปจากโลกนี้"" (""...and that government of the people, by the people, for the people, shall not perish from the earth."") ในค.ศ. 1864 เมื่อฝั่งตะวันตกเรียบร้อยดีแล้ว ลินคอล์นจึงย้ายนายพลแกรนท์มาบังคับบัญชาทัพฝั่งตะวันออก นายพลแกรนท์และนายพลลี ขุนพลผู้ยิ่งใหญ่ที่สุดของทั้งสองฝ่ายเข้าปะทะกันในยุทธการโอลด์เชิร์ช (Battle of Old Church) ซึ่งนายพลแกรนท์สามารถเอาชนะนายพลลีและทัพฝ่ายใต้ได้ และในปีเดียวกันนั้นายพลเชอร์แมนยกทัพบุกเข้ายึดเมืองแอตแลนตาได้สำเร็จในยุทธการแอตแลนตา ซึ่งเป็นยุทธการที่ทำให้ลินคอล์นได้รับความนิยมเพิ่มขึ้นและได้รับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีอีกสมัยในปีค.ศ. 1864