Institut Agama Kristen Negeri Tarutung PGAKP Negeri Tarutung awalnya berasal dari sekolah Pendidikan Guru Agama Atas Kristen/Protestan (PGAA) dengan status Swasta yang berdiri sekitar tahun 1968 di Sigompulon – Tarutung. Menurut informasi dari beberapa orang yang dapat dipercaya bahwa pendirian sekolah ini diprakarsai oleh beberapa orang Kristen yang memberi perhatian terhadap pendidikan agama Kristen bersama dengan pemerintah. Sekolah ini mendidik calon-calon tenaga Guru Agama Kristen yang memiliki kemampuan mengajar di sekolah dasar dan sekolah lainnya. Sekitar tahun 1970 PGAAP diserahkan kepada pemerintah untuk mengelolanya, maka sekolah ini berubah status dari swasta menjadi Negeri. Pemerintah membangun gedung baru dan sarana belajar dilokasi yang baru ber-alamat di jalan Raja Saul Lumbantobing No.108 Tarutung. Sekitar tahun 1971 lokasi belajar pindah dari Sigompulon –Tarutung menempati gedung yang baru dipergunakan menjadi tempat belajar siswa PGAAP. Lokasi sekolah yang baru ini sangat terbatas sehingga ruangan belajar tidak cukup memadai untuk menampung siswa yang berkeinginan belajar di PGAAP, maka sekitar tahun 1975 ditemukanlah lokasi sekolah yang lebih luas beralamat di jalan Pemuda Ujung-Tangsi No. 17 Tarutung di tempat yang baru ini dibangunlah gedung sekolah yang memadai, gedung perkantoran, ruangan aula dan rumah dinas. Dan fasilitas lainnya. Setelah selesai pembangunan dilaksanakan sekitar tahun 1977 tempat yang baru ini dipergunakan sebagai tempat belajar, sedangkan gedung sekolah lama yang berada di jalan Raja Saul Lumbantobing No.108 Tarutung dipergunakan menjadi Asrama Putri. Menurut informasi dari beberapa orang yang dapat dipercaya sekolah ini sudah beberapa kali berubah nama antara lain:
• Pendidikan Guru Agama Atas Kristen / Protestan (PGAAP) status swasta
• Pendidikan Guru Agama Atas Kristen / Protestan (PGAAP) status Negeri
• Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan (PGAKP) Negeri (Sumber Sejarah PGAK : Drs.Belvin Hutabarat salah seorang mantan Guru di PGAK dan M.Nainggolan mantan KTU dan Bendahara PGAA)
Kemudian muncul kebijakan pemerintah dibidang pendidikan dengan diterbitkannya Undang-undang Nomor 2 Tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional. Salah satu perubahan dalam pendidikan yang diakibatkan oleh undang-undang ini adalah bahwa yang menjadi tenaga Guru pada sekolah dasar minimal kualifikasi pendidikannya Diploma. Maka konsekuensinya seluruh sekolah keguruan setingkat SLTA ditutup antara lain SPG, SGO dan PGAKP.
Sebelum PGAKP Negeri Tarutung ditutup, maka pengelola PGAKP Negeri Tarutung membuat perencanaan untuk mendirikan suatu lembaga pendidikan yang menyediakan tenaga Guru Agama Kristen Protestan yang dapat menyelenggarakan program Diploma. Persiapan untuk itu maka didirikanlah suatu lembaga yang disebut Lembaga Pendidikan Tenaga Keguruan – Pendidikan Agama Kristen (LPTK-PAK) Negeri, Lembaga ini didirikan berdasarkan surat keputusan Menteri Agama RI No. 179 Tahun 1990, tanggal 15 Augustus 1990, dan surat Dirjen Bimas Kristen Protestan No.:F/101/2364/1991, tanggal 26 Augustus 1991. Kemudian pada tanggal 16 September 1991 LPTK-PAK Negeri Tarutung diresmikan oleh Dirjen Bimas Kristen Protestan Departemen Agama RI di Gedung Nasional-Tarutung yang dihadiri oleh Bupati Tapanuli Utara beserta Unsur Muspida, Pimpinan Gereja, Tokoh masyarakat Tapanuli Utara, pimpinan Instansi beserta masyarakat Tapanuli Utara. Acara peresmian ini dipimpin oleh salah seorang Dosen LPTK PAK Negeri Tarutung yaitu bapak Pdt. W.T.P.Simarmata, MA, sebagai protokol dan acara kebaktian dipimpin oleh Bapak Pdt.Dr. M.O.Tampubolon yang juga sebagai salah seorang dosen di LPTK-PAK Negeri Tarutung.
Pada tahun 1991 LPTK-PAK Negeri Tarutung menerima mahasiswa baru Jurusan Pendidikan Agama Kristen (PAK) untuk program Diploma dua (D.2), sebanyak 100 orang program Diploma tiga (D.3) sebanyak 100 orang dan untuk program Strata satu (S.1) sebanyak 300 orang.
Kemudian muncullah pergumulan baru mengenai nama perguruan tinggi menggantikan LPTK-PAK Negeri Tarutung, sebab LPTK-PAK bukanlah nama perguruan Tinggi sesuai dengan UU Sisdiknas No.2 Tahun 1989, tetapi merupakan wadah atau lembaga yang mempersiapkan sebuah Perguruan Tinggi Tenaga kependidikan untuk Agama Kristen. Sebab menurut Sisdiknas bahwa Pendidikan Tinggi dapat berbentuk Akademi, Politeknik , Sekolah Tinggi, Institut atau Universitas.