Daftar Bupati Sukapura Penjajah Portugis terus melakukan penaklukan demi penaklukan di sekitar Kerajaan Islam Pasai untuk mempermudah penguasaan Pasai sekaligus untuk meredam Islamisasi di Asia Tenggara dengan menguasai jantung kekuasaannya di Pasai. Pada saat yang sama, akibat serangan demi serangan yang dilakukan Portugis, Kerajaan Pasai semakin lemah, apalagi Kerajaan Pidier di sebelah barat telah bersekutu dengan Portugis. Dalam keadaan yang mencekam ini, salah satu jaringan Kerajaan Islam di ujung barat Sumatra, memproklamirkan berdirinya sebuah kerajaan baru pada tahun 1514 yang bernama Kerajaan Aceh Darussalam yang dipimpin oleh Sultan Ali Mughayat Syah. Akhirnya Pasai jatuh ke Portugis pada tahun 1521, dan selanjutnya peranan Pasai sebagai pusat Islamisasi Nusantara digantikan oleh Kerajaan Aceh Darussalam yang sudah semakin kuat.  Kejatuhan Pasai ke tangan penjajah kafir Portugis telah menimbulkan kesedihan mendalam pada para petinggi Demak, Cirebon, Banten dan jaringan Kerajaan Islam lainnya. Terutama Pati Unus yang kini telah menjadi Sultan Demak.
Beliau tidak rela tanah leluhurnya di Pasai terjajah oleh kaum kafir. Pada tahun itu juga, 1521, Pati Unus dengan kekuatan 375 kapal perang yang telah selesai dibangun di Wajo Sulawesi siap kembali berjihad melawan kafir Portugis membebaskan Pasai dan Malaka. Walaupun baru menjabat Sultan selama 3 tahun Pati Unus tidak sungkan meninggalkan segala kemewahan, kemudahan dan kehormatan dari kehidupan istana tanah Jawa bahkan ikut pula 2 putra beliau yang masih sangat remaja. Demi Islam, Sang Sultan Demak sendiri memimpin armada perang yang terdiri dari gabungan jaringan kerajaan Islam. Armada perang Islam siap berangkat dari pelabuhan Demak dengan mendapat pemberkatan dari Para Wali yang dipimpin oleh Sunan Gunung Jati. Armada perang yang sangat besar untuk ukuran dulu bahkan sekarang. Dipimpin langsung oleh Pati Unus bergelar Senapati Sarjawala, Sultan Demak II.
Armada perang Islam yang sangat besar berangkat ke Malaka dan Portugis pun sudah mempersiapkan pertahanan menyambut Armada besar ini dengan puluhan meriam besar pula yang mencuat dari benteng Malaka.  Ketika mendarat di Malaka, kapal yang ditumpangi Pati Unus terkena peluru meriam.
Beliau gugur sebagai Syahid karena berperang melawan penjajah kafir dan kewajiban membela kaum Muslim yang tertindas. Sebagian pasukan Islam yang berhasil mendarat kemudian bertempur dahsyat hampir 3 hari 3 malam lamanya dengan menimbulkan korban yang sangat besar di pihak Portugis, karena itu sampai sekarang Portugis tak suka mengisahkan kembali pertempuran dahsyat pada tahun 1521 ini. Armada Islam gabungan yang menderita banyak korban kemudian memutuskan mundur kembali ke tanah Jawa untuk membangun kekuatan dan strategi baru. Sementara jihad demi jihad terus dilanjutkan para mujahidin Islam terhadap penjajah kafir Portugis di bawah komando Kerajaan Aceh Darussalam yang bangkit menjadi bintang baru Islam di ujung barat Sumatra, sebagai kelanjutan Kerajaan Islam Pasai. 
Setelah Pati Unus gugur sebagai syahid di Malaka, maka komando armada gabungan Islam di tanah Jawa diambil alih oleh Fadhlulah Khan yang terkenal dengan julukan Tubagus Pasai atau Sang Pangeran Pasai atau Falathehan alias Fatahillah yang diangkat Syarif Hidayatullah atau Sunan Gunung Jati sebagai Panglima Armada Gabungan yang baru. Sang Maulana gagah perkasa, Sayyid Abdul Qadir bin Syekh Muhammad Yunus, Adipati Yunus, Pati Unus dengan gelar Sultan Akbar Al-Fattah Al-Tsany sudah menunaikan tugasnya, dan kembali kehadirat Illahi sebagai syuhada dalam membela agama, kaum muslimin dan tanah leluhurnya di Pasai. 
Raden Abdullah Malaka lahir pada tahun 1519M, dan ayah bundanya wafat saat belaiu masih berumur 3 tahun, ibundanya yaitu Syarifah Jubaedah wafat di usia 22 tahun, dan ayahandanya yaitu Sayyid Abdul Qodir al-Mukhrowi/Pati Unus wafat di usia 44 tahun, ayah bunda nya wafat dalam keadaan syahid pada tahun 1521M dalam perang sabil di Selat Malka. 
Tahun 1521M setelah ayahandanya wafat yaitu Pati Unus, Raden Abdullah dan Nyi Mas Ratu Nyawa yang saat itu sedang mengandung dibawa dari Selat Malaka/Pulobesar Malaka oleh Sayyid Fatahillah dengan tujuan Demak dan untuk keamanan Sayyid Fathillah mengambil rute aman yang mengharuskan singgah terlebih dahulu di Kesultanan Banten  Setelah tinggal beberapa lama dan setelah Nyi Mas Ratu Nyawa melahirkan kedua peninggalan yang saat itu sudah menjadi tiga peninggalan Pati Unus ini dibawa oleh Sayyid Fatahillah dari Banten ke Demak, tidak lama kemudian Sayyid Fatahillah menikah dengan kedua janda Pati Unus yaitu dengan Ratu Mas Nyawa binti Raden Fatah dan Ratu Ayu Pembayun binti Sunan Gunung Jati Cirebon  Kurang lebih selama lima tahun Raden Abdullah berada dibawah asuhan keluarga Demak terutama dibawah asuhan Nyi Mas Ratu Nyawa dan dibawah asuhan Nyi Ratu Retno Kencono yang dikemudian hari terkenal dengan sebutan Ratu Kalinyamat dikarenakan Nyi Mas Ratu Nyawa baru mempunyai seorang putra dari pernikahannya dengan Pati Unus yang diberi nama Raden Arya Pamungkas. 