Nanny McPhee and the Big Bang Isabel Hijau didorong untuk kehabisan akal nya 'dengan kehidupan sibuk nya. Antara mencoba untuk menjaga peternakan keluarga dan menjalankan pekerjaannya di toko desa, dibantu oleh orang tua dan sebagian buta Mrs Docherty, dia juga memiliki tiga anak berbakti belum ramai untuk menjaga: Norman, Megsie dan Vincent. Semua ini dia lakukan sementara suaminya sedang pergi berperang. Jadi ketika dua sepupu angkuh dan manja anak-anaknya, Cyril dan Celia Gray, yang dikirim untuk tinggal di pertanian mereka dan jenis lain dari perang yang sedang terjadi antara dua set anak, dia membutuhkan sedikit sihir. Dia mendengar suara misterius yang mengatakan bahwa ia membutuhkan Nanny McPhee dan, dengan takjub, Nanny McPhee muncul di depan pintu rumahnya satu malam penuh badai.
Nanny McPhee tiba untuk mengambil masalah ke tangannya sendiri. Pada awalnya, anak-anak tidak mendengarkan dan melakukan pertempuran, tetapi dia tenang poni tongkat, menyebabkan mereka untuk mulai melukai diri mereka sendiri, dan Vincent mulai merusak barang-barang dengan kelelawar kriket nya. Akhirnya mereka meminta maaf dan kedua kelompok belajar untuk saling bertoleransi. Nanny McPhee kemudian mengajarkan mereka pelajaran lain, untuk berbagi, dan menghukum mereka, dengan memaksa anak-anak yang lebih tua untuk berbagi tempat tidur dengan seekor kambing, gadis-gadis dengan sapi keluarga, dan Vincent dengan bayi gajah, membuat mereka menyadari berbagi dengan satu sama lain wasn 't begitu buruk dan mulai bertindak ramah terhadap satu sama lain. Misalnya, Megsie memberikan Celia beberapa pakaiannya terbaik saat yang ia membawa hancur, yang telah membuat resort-nya untuk mengenakan gaun pengantin ibu mereka. Sementara itu, Isabel kakak ipar Phil telah mempertaruhkan peternakan dan sedang dikejar oleh dua wanita hit. Dia putus asa berusaha untuk membuat Isabel menjual setengah nya pertanian, menggunakan sebuah array dari skema. Ini termasuk menggali lubang sehingga babi keluarga dapat melarikan diri, tetapi dengan bekerja bersama-sama, anak-anak berhasil mengumpulkan mereka dalam waktu, meskipun fakta bahwa Nanny McPhee membuatnya sedikit lebih keras.
Untuk merayakan menangkap babi, Mrs Green mengambil semua anak piknik dan membeli mereka ginger ale, atau, jahe bir, di mana Mr Docherty memperingatkan mereka tentang bom dan bagaimana ia membayangkan pilot mungkin tidak sengaja melepaskan bomnya di daerah terpencil di mana kehidupan keluarga. Pada akhir piknik Paman Phil memberikan sebuah telegram mengatakan bahwa Rory hijau telah "tewas dalam aksi" dalam perang. Isabel, bersama dengan orang lain, percaya telegram. Norman, bagaimanapun, tidak dan mengatakan bahwa ia memiliki perasaan "di tulangnya" bahwa ayahnya tidak meninggal. Dia mengatakan hal ini kepada Cyril, yang pada awalnya mengatakan itu hanya karena dia marah, tetapi kemudian setuju untuk membantu Norman menentukan kebenaran. Mereka menyadari bahwa ayah Cyril, Lord Gray, seorang tokoh tingkat tinggi di Kantor Perang, bisa mencari tahu sendiri apa yang terjadi pada Rory. Jadi mereka berhasil mendapatkan Nanny McPhee untuk membawa mereka ke London pada sepeda motornya.
Setibanya di London, Nanny McPhee menggunakan statusnya di tentara untuk mendapatkan anak laki-laki akses ke Kantor Perang, di mana mereka bertemu Tuhan Gray. Pada awalnya ia mencemooh Norman ketika ia mengatakan kepadanya tentang ketidakpercayaannya kematian ayahnya, tetapi setelah Cyril marah memberitahu ayahnya bahwa ia tahu bahwa orangtuanya akan bercerai, ia menyerah dan pergi untuk memeriksa status Rory. Sementara ia pergi, Cyril mengatakan Norman bahwa ia dan Celia telah diusir karena orangtua mereka akan berpisah, dan bukan karena bom, dan ia tidak yakin di mana ia dan Celia akan harus hidup. Norman mengatakan bahwa ia Cyril dan Celia dipersilakan untuk tinggal di peternakan dengan Greens, untuk menyenangkan-Nya. Tuhan Gray kembali dan memberitahu mereka bahwa Rory tidak terdaftar sebagai tewas dalam aksi, seperti telegram itu menyatakan, melainkan hilang dalam aksi, dan bahwa tidak ada catatan dari telegram yang pernah yang telah dikirim ke Isabel.
Anak-anak kemudian meninggalkan dan Norman bekerja keluar bahwa telegram dibawa ke ibunya dengan Paman Phil ternyata penipuan untuk mendapatkan Isabel untuk menjual pertanian. Sementara anak laki-laki di Kantor Perang, Megsie, Celia dan Vincent mencoba untuk menghentikan Isabel dari penandatanganan surat-surat dan menjual peternakan. Ketika upaya mereka sendiri gagal, Megsie panggilan ke Nanny McPhee bantuan, yang mendengar permohonannya dan panggilan bayi gajah untuk mengulur waktu. Sama seperti Isabel adalah untuk menandatangani surat-surat, sebuah pesawat musuh terbang overhead. Pilot bersin dua kali, dan pada bersin ketiga, sebuah bom besar dijatuhkan, tetapi tidak meledak dan dibiarkan mencuat dari bidang jelai. Ketika Nanny McPhee kembali dengan Norman dan Cyril, berkat sihir Nanny, anak-anak pergi keluar untuk menonton Mr Docherty membongkar bom, tetapi dia jatuh dari tangga dan pingsan dan Megsie mengambil alih. Dia berhasil dengan bantuan anak-anak lain dan Nanny McPhee dempul-makan burung, Mr Edelweiss. Nanny McPhee kemudian membantu untuk panen jelai dan menyimpan Phil dari wanita hit, dengan sedikit sihir, dan dia dan Mrs Docherty menonton keluarga merayakan.
Selama percakapan mereka, Mrs Docherty mengatakan kepada suaminya bahwa Nanny McPhee membenci selamat tinggal dan bahwa dia ingat dari ketika dia masih muda, mengambil mainan lamanya, mengungkapkan bahwa ia masih bayi Aggie dari film pertama. Sebagai Nanny McPhee berjalan jauh dari keluarga sekarang bahagia, benar pernyataannya "Bila Anda membutuhkan aku, tetapi tidak ingin, aku harus tinggal. Bila Anda ingin saya, tetapi tidak lagi membutuhkan aku, maka aku harus pergi", yang anak-anak dan Isabel mengejar dia, bertekad untuk membuktikan mereka masih membutuhkannya. Namun, mereka menemukan bahwa mereka pada kenyataannya tidak, karena mereka bulat tikungan untuk melihat bahwa ayah mereka sedang turun dari bukit, melewati Nanny McPhee sepanjang jalan. Rory Hijau (Ewan McGregor), dalam seragam tentara dan dengan lengan terluka, berjalan ke lengan anak dan istrinya dan bersukacita dalam penemuan bahwa setelah meninggalkan tiga anak untuk pergi berperang, ia telah kembali menemukan lima. Sebagai Nanny McPhee (sekarang seorang wanita cantik) menyaksikan reuni, dia mengampuni Mr Edelweiss dan memungkinkan dia untuk bertengger di bahunya saat mereka meninggalkan ke kejauhan.