Daftar daerah dalam seri Naruto Konoha dipimpin oleh seorang Hokage yang memiliki kemampuan paling hebat di desa tersebut. Pertama adalah cerita tentang Hokage Pertama yaitu Hashirama Senju yang berasal dari klan Senju. Klan Senju dikenal sebagai salah satu klan terkuat dan ditakuti oleh klan shinobi lainnya pada saat itu. Madara Uchiha adalah shinobi yang berasal dari klan Uchiha, clan Uchiha adalah clan yg terkenal dengan kekuatan, ketangkasan dan memiliki kekuatan mata yaitu Sharingan. Clan uchiha juga di takuti oleh lawan-lawannya dan menjadi rival sejati dari clan Senju, bila sebuah negara menyewa clan Senju maka negara lawan nya pasti akan menyewa clan Uchiha sebagai lawannya. Madara Uchiha adalah sahabat Hokage Pertama yang sama-sama membangun konoha tetapi pola pikiran mereka sangat berbeda. Madara adalah pemimpin clan Uchiha yang di segani karna mampu membangkit kan Mangekyo Sharingan dimana keistimewaan dari Mangekyo Sharingan selain memiliki jurus istimewa yg terpendam, mata tersebut juga bisa mengendalikan seseorang bahkan hewan Kuchiyose dan Bijuu juga dapat dikendalikan oleh mata ini. Suatu hari clan Senju menawarkan Gencetan senjata dengan clan Uchiha karna lelah bertempur lalu bergabung membentuk aliansi yang bernama Konoha Dan bekerja sama dengan negara api Dan menciptakan sistem 1 negara dengan 1 desa yaitu negara api Dan desa Konohagakure. Kemudian warga desa menunjuk Hashirama sebagai Hokage pertama namun Madara yg memiliki pandangan lain tentang desa tidak terima Dan akhirnya bertempur dengan Hashirama untuk memperebutkan posisi Hokage pertama. Mereka bertempur di lembah akhir dan disitu Madara berhasil (Terbunuh) itu anggapan semua orang, namun Madara masih hidup dan berkelana kemudian memperalat Uchiha Obito mendirikan Akatsuki sebagai bentuk rencana balas dendamnya suatu hari, dan Obito menyamar dalam Akatsuki dengan nama Tobi.
Karena itu melihat Uchiha yang bertentangan olah pikiran dengan Konoha lain, maka Danzo Shimura dan Hokage Ketiga menyuruh Itachi Uchiha agar membunuh semua klan Uchiha, Itachi yang merupakan penghubung antar klan terintimidasi dan bersedia hingga membunuh semua klannya, namun menyisakan satu orang yaitu Sasuke Uchiha. Sasuke ingin menghancurkan Konoha yang telah membuat kakaknya membunuh keluarganya sendiri.
Hokage Ketiga adalah guru dari 3 legenda sannin. Ia adalah Hokage yang terkenal sangat bijaksana dan juga pernah mengajarkan jurus yang digunakan untuk menyegel Kyuubi pada Hokage Keempat. Dengan jurus itu Kyubi bisa disegel, dan dengan jurus itu Hokage bisa mengunci tangan Orochimaru ketika terjadi penyerbuan ke desa Konoha. Hokage Keempat adalah murid dari Jiraiya, juga salah satu dari legenda sannin seperti Tsunade. Dialah yang bisa menyegel monster Kyuubi ke dalam tubuh Naruto meskipun harus mengorbankan nyawanya sendiri sebutan untuk dia adalah The Yellow Flash (Sang Kilat Kuning), ia disebut demikian karena kemampuanya untuk berpindah tempat dari satu tempat ke tempat lain dalam sekejap mata. Ia adalah Hokage yang menciptakan Rasengan yang sekarang menjadi jurus andalan Naruto. Hokage Keempat adalah ayah dari Naruto itu sendiri bernama Minato Namikaze. Dia adalah ninja terhebat yang pernah dihasilkan Konoha, dengan bakat alami yang sangat jarang. Yang terakhir adalah Tsunade atau Hokage Kelima, dia adalah salah satu dari 3 legenda sannin, meskipun umurnya sekitar 50 tahun tetapi ketika melihatnya wajahnya seperti Wanita berumur 20 tahun. Saat ini belum ada cerita tentang Hokage Kedua, meskipun begitu Konoha akan terus bertekad menjadi sebuah desa besar yang sangat besar dan pencetak para ninja dan shinobi yang kuat dan memiliki hati dan budi yang luhur. Akatsuki dari desa ini adalah Tobi/Obito Uchiha, Itachi Uchiha dan Sasuke Uchiha