Makedonia (kerajaan kuno) Liga Aitolia menyetujui sebuah perjanjian perdamaian dengan FiliposV pada 206SM, dan Republik Romawi juga menyepakati Perjanjian Foinike dengan Makedonia pada 205SM, sehingga perang berakhir dan Makedonia diperbolehkan mempertahankan beberapa permukiman yang telah direbut di Iliria. Meskipun Romawi menolak permintaan Aitolia pada 202SM agar Romawi kembali mengobarkan perang melawan Makedonia, Senat Romawi sangat mempertimbangkan tawaran serupa yang diajukan oleh Pergamon dan sekutunya, Rodos, pada 201SM. Negara-negara ini merasa khawatir dengan persekutuan antara FiliposV dan Antiokos III Agung dari Kekaisaran Seleukia; Seleukia sendiri telah menyerang Dinasti Ptolemaik yang sudah dilelahkan oleh perang dan juga kehabisan dana selama Perang Siria Kelima (202–195SM), sementara FiliposV merebut permukiman-permukiman Ptolemaik di kawasan Laut Aegea. Walaupun para utusan Romawi berperan penting dalam meyakinkan Atena untuk bergabung dengan persekutuan anti-Makedonia bersama dengan Pergamon dan Rodos pada 200SM, "comitia centuriata" (majelis rakyat) menolak usulan Senat Romawi untuk menyatakan perang terhadap Makedonia. Sementara itu, FiliposV menaklukkan wilayah-wilayah di Helespontos dan Bosporos serta Samos Ptolemaik, sehingga Rodos membentuk sebuah persekutuan dengan Pergamon, Bizantion, Kizikos, dan Kios. Meskipun FiliposV didukung oleh Seleukia, armada Makedonia mengalami kekalahan dalam Pertempuran Kios pada 201SM.
Saat Filipos V sedang disibukkan dengan perang melawan sekutu-sekutu Romawi di Yunani, Romawi mencoba memanfaatkan kesempatan ini untuk menghukum Makedonia karena mereka telah membantu Hanibal sekaligus untuk memperoleh kemenangan yang gemilang tanpa perlu mengeluarkan banyak sumber daya. Senat Romawi menuntut agar FiliposV berhenti bertikai dengan negara-negara Yunani dan menyelesaikan perselisihan dengan membawa perkara ke komite arbitrasi internasional. Setelah "comitia centuriata" menyetujui pernyataan perang terhadap Makedonia pada tahun 200SM dan menyerahkan ultimatum kepada FiliposV yang menuntut agar kerugian yang dialami oleh Rodos dan Pergamon ditinjau oleh pengadilan, raja Makedonia menolak mentah-mentah ancaman tersebut. Maka dimulailah Perang Makedonia Kedua (200–197SM), dan Publius Sulpisius Galba Maksimus kemudian memimpin operasi-operasi militer di Apolonia.
Pasukan Makedonia berhasil mempertahankan wilayah mereka sepanjang hampir dua tahun, namun konsul Romawi Titus Quinctius Flamininus berhasil mengusir FiliposV dari Makedonia pada 198SM, sehingga pasukan Filipos V terpaksa mengungsi ke Tesalia. Ketika Liga Akaya membelot dan mulai mendukung Romawi, raja Makedonia meminta berdamai, tetapi ketentuan-ketentuan yang ditawarkan oleh lawan dianggap terlalu berat, dan sehingga perang berlanjut. Pada Juni 197SM, pasukan Makedonia dikalahkan dalam Pertempuran Kinoskefalon. Romawi kemudian meratifikasi sebuah perjanjian yang memaksa Makedonia untuk melepaskan sebagian besar wilayah-wilayahnya di Yunani yang berada di luar wilayah utama Makedonia, dan mungkin Romawi membiarkan Makedonia tetap berdiri hanya sebagai wilayah pembatas dari serangan suku-suku Iliria dan Trakia. Meskipun beberapa orang Yunani curiga bahwa Romawi ingin menggantikan Makedonia sebagai kekuatan yang dominan di Yunani, Flaminius mengumumkan saat Pesta Olahraga Istmia pada tahun 196SM bahwa Roma berniat untuk tetap mempertahankan kemerdekaan Yunani dengan tidak menempatkan garnisun dan juga dengan tidak memungut upeti. Pemenuhan janjinya sempat tertunda oleh proses perundingan dengan raja Sparta Nabis yang telah menaklukkan Argos, tetapi pada akhirnya pasukan Romawi mundur dari Yunani pada tahun 194SM.