Naruto Shippuden Naruto telah kembali dari latihannya dengan menggunakan pakaian seperti baju hokage. Naruto meminta agar Tsunade untuk mundur dari pertarungan melawan Pain. Kekuatan sage naruto diperlihatkan, ternyata satu tubuh pain mati ditangan Naruto.
Pain kemudian mengeluarkan kuchiyose no jutsunya tetapi naruto berhasil menangkisnya. Bahkan Naruto berhasil menghajar 2 tubuh pain sekaligus dengan rasengan. Setelah mengalami pertempuran yang dahsyat akhirnya hanya 1 Pain yang tersisa dan diketahui memiliki kenyataan yang mengerikan bahwa Pain yang terakhir,bukan yang asli. Tubuh asli Pain ada di dalam pohon yang terbuat dari kertas bersama dengan Konan. Kesal karena Naruto akan kalah Hinata turun dan melindungi Naruto akan tetapi Hinata langsung sekarat oleh Pain, sebelumnya Hinata mengungkapkan perasaanya kepada Naruto. Naruto yang mengetahui Hinata diserang, marah hingga mengeluarkan chakra Kyuubi hingga ekor 6. Pain yang terdesak mengeluarkan segel terkuat dan terlarang yang disebut "Chibaku Tensei" untuk mengurung Kyuubi. Di saat yang sama, Naruto dihasut oleh siluman rubah agar membuka seluruh segelnya, pada saat akan membuka segel terakhir yaitu segel ekor ke sembilan, tiba tiba datanglah hokage ke empat menemui naruto. Yondaime memberitahu bahwa Naruto adalah anaknya sendiri, dan membuat Naruto bangga karena ayahnya adalah hokage. Ternyata Yondaime juga mengetahui tentang Jiraiya, Tobi alias Madara, dan kekuatan Pain. Lalu Naruto bangkit dan mengeluarkan Chakra Sage akhirnya ia mulai menyerang Pain God Realm dengan Rasengan Shuriken. Lalu God Realm melawan Rasen Shuriken dengan Shinra Tensei. Di tempat lain, Hinata akhirnya bisa diselamatkan oleh Sakura. Kagebunshin Naruto memegang Pain agar tidak bergerak. Tapi Shinrai Tensei yang gagal melawan Rasen Shuriken juga menyelamatkan Pain. Akhirnya Naruto mengeluarkan Jurus Seribu bayangan dan Pain hanya memberi waktu 5 detik. Serangan Kagebunshin tidak bisa menyelamatkan Naruto. Tapi Jurus terakhir, Rasengan mengenai tubuh Pain. Pain terlempar dan kalah. Dia lalu mengambil besi di tubuh Pain agar Nagato tidak bisa mengendalikan Pain God Realm. Dia bertemu ayah Ino dan ayah Shikamaru. Mereka menahan Naruto untuk diselamatkan. Tapi Naruto mendesak ingin pergi. Ayah Shikamaru melepaskan Naruto karena teringat perkataan Shikamaru. Naruto pergi ke sebuah pohon yang terbuat dari kertas buatan Konan lalu masuk ke dalam pohon itu dengan merobeknya. Naruto menanyakan pada Nagato kebenaran sebelum Naruto menjawab pertanyaan dari Nagato. Nagato pun menceritakan bahwa orang tuanya telah dibunuh oleh orang Konoha ketika perang besar ninja terjadi di desa Amegakure. Secara tidak sengaja Nagato membunuh kedua orang Konoha tersebut. Setelah mengubur orang tuanya, Nagato bertemu Konan dan Yahiko. Ketika mereka melihat pertarungan 3 orang Konoha (Jiraiya, Tsunade, Orochimaru) dan Hanzou, Yahiko mengatakan bahwa dia akan menjadi dewa agar peperangan tidak akan pernah terjadi. Disaat yang sama Nagato menginginkan impian yang sama dengan Yahiko. Setelah itu mereka mencari shinobi yang dapat bertahan hidup di medan perang tersebut. Mereka bertemu Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Jiraiya akhirnya mengajarkan mereka Ninjutsu. Setelah tiga tahun bersama akhirnya Jiraiya kembali ke Konoha dan ketiga orang itu (Yahiko, Konan, Nagato) mencari rekan yang senasib dengan mereka. Organisasi mereka cukup terkenal dengan pemimpinnya yaitu Yahiko. Hanzou yang merasa kekuasaannya akan terganggu dengan organisasi Yahiko dkk, akhirnya bergabung dengan Danzou. Konan diculik oleh mereka dan mengajukan syarat agar Konan selamat, yaitu membunuh Yahiko. Nagato merasa bimbang akan syarat itu karena tidak mau membunuh temannya dan tidak ingin pula temannya dibunuh Hanzou. Yahiko akhirnya berlari ke Nagato dan menusukkan kunai ke tubuhnya sendiri, akhirnya Yahiko pun tewas. Kemarahan Nagato pada Hanzou tak terbendung, dia mengeluarkan kekuatan dari mata 'Rinnegan' nya memanggil Kuchiyose : 'Gedou Mazou'. Lalu muncul ah sebuah patung besar (yang kini menjadi alat penyimpanan Bijuu oleh Akatsuki) yang melahap pasukan Amegakure milik Hanzou dan Anbu Konoha. Dan Hanzou pun berhasil kabur dari serangan Nagato,dan itulah jawaban yang Nagato berikan pada Naruto. Nagato pun menginginkan jawaban dari Naruto. Naruto berkata bahwa pertapa mesum telah mempercayainya dan Naruto percaya apa yang dipercayai oleh pertapa mesum dan itulah jawaban yang Naruto berikan pada Nagato. Nagato pun akhirnya mempercayai Naruto Uzumaki dan ia pun menggunakan jurusnya yaitu Gedo Rinne Tensei no Jutsu untuk menghidupkan kembali semua warga desa Konoha yang telah dia bunuh dalam penyerangannya. Semua telah berakhir, sebagai perpisahan Konan pun memberikan bunga harapan kepada Naruto.