कोच्चि नगर प्रशसन कोच्चि नगर निगम के अधीन है, जिसकी ब्गडोर मह्पौर के हाथ में रहती है। प्रशासनिक उद्देश्य से नगर क्षेत्र को ७४ वार्ड्स में बांटा हुआ है, जहां प्रत्येक वार्ड से निगम परिषद के सदस्य चुन कर पांछ वर्ष के लिये आते हैं। पहले कोचीन क्षेत्र में फ़ोर्ट कोची, मट्टनशेरी, एवं एर्णाकुलम इस क्षेत्र की तीन नगरपालिकाएं हुआ करती थीं, जिन्हें बाद में विलय कर कोचीन नगर निगम की स्थापना की गई। निगम का मुख्यालय एर्णाकुलम में है तथा मण्डलीय कार्यालय पाल्लरुति, इडपल्ली, वडुथल एवं वयतिल्ला में स्थित हैं। नगर का सामान्य प्रशासन क्र्मिक विभाग परिषद स्टैंडिंग समिति अनुभाग द्वारा देखा जाता है। अन्य विभागों में नगर योजना, स्वास्थ्य, अभियांत्रिकी, कर एवं लेखा विभाग आते हैं। नगर में अपशिष्ट निपटान और सीवेज प्रबंधन के लिये भी निगम ही उत्तरदायी है। नगर में दैनिक अपशिष्ट लगभग ६०० टन होता है जिसक एक बड़ा भाग ब्रह्मपुरम सॉएल्ड वेस्ट प्लांट द्वारा कार्बनिक खाद में बदल दिया जाता है। पेय जल की आपूर्ति पेरियार नदी से केरल जल प्राधिकरण (केरल वॉटर अथॉरिटी) द्वारा कोची वॉटर वर्क्स विभाग के सहयोग से की जाती है। नगर की विद्युत आपूर्ति केरल स्टेट इलेक्ट्रिसिटी बोर्ड द्वारा की जाती है}। ग्रेटर कोचीन क्षेत्र के विकास के उत्थान एवं उस पर नियंत्रण रखने का कार्य ग्रेटर कोचीन डवलपमेण्ट अथॉरिटी (जीसीडीए तथा गोश्री आईलैण्ड डवलपमेण्ट अथॉरिटी (जीआईडीए) द्वारा किया जाता है। दोनों ही सरकारी संस्थाएं हैं तथा नगर के अवसंरचना विकास में कार्यशील हैं। कोच्चि में ही राज्य का केरल उच्च न्यायालय भी स्थित है। राज्य की विधि व्यवस्था केरल सिटी पोलीस की देखरेख में रहती है। इस संस्था के सर्वोत्तम अधिकारी पुलिस आयुक्त हैं, जो एक भारतीय पुलिस सेवा (आई.पी.एस) अधिकारी होते हैं। नगर को व्यवस्था हेतु पांच भागों में बांटा गया है, जिनमें से प्रत्येक का एक सर्किल अधिकारी होता है। सामान्य व्याय व्यवस्था के अतिरिक्त पोलीस सेवा यातायात पोलीस, नार्कोटिक्स प्रकोष्ठ, रॉएट हॉर्स, सशस्त्र रिज़र्व कैम्प्स, जिला अपराध रिकॉर्ड ब्यूरो तथा महिला पोलीस स्टेशन भी चलाती है। यहां केरल सरकार के गृह मंत्रालय के अधीन कार्यरत १९ पुलिस स्टेशन हैं। । इनके अलावा केन्द्रीय अन्वेषण ब्यूरो की एक भ्रष्टाचार विरोधी शाखा भी नगर में स्थित है। केन्द्रीय औद्योगिक सुरक्षा बल की तीन स्क्वैड्रन्स नगर की विभिन्न राज्य व केन्द्र सरकारी भारी उद्योगों, विमानक्षेत्र एवं बंदरगाह क्षेत्रों को पर्याप्त सुरक्षा उपलब्ध कराते हैं। अन्य प्रमुख केन्द्र सरकारी कार्यालयों में राष्ट्रीय अन्वेषण एजेन्सी, डायरेक्टरेट ऑफ़ रेवेन्यु इन्टेलिजेन्स, भारतीय कस्टम्स विभाग नगर में एक प्रमुख बंदरगाः होने के कारण स्थित हैं। राष्ट्रीय अपराध रिकॉर्ड ब्यूरो (एनसीआरबी), कोच्ची के आंकड़ों के अनुसार भारतीय पैनल कोड के अन्तर्गत्त अपराधों में २००९ के मुकाबले २०१० में 193.7 % बढ़ोत्तरी दर्ज की गई है। पूरे राज्य में अपराध दर 424.1 के मुकाबले 1,897.8 दर्ज की गई है। हालांकि कोच्चि पुलिस अधिकारियों का कहना है कि हत्या व अपहरण जैसे बड़े अपराधों में नगर में राज्य के अन्य शहरों की अपेक्षा कमी अंकित की गई है। वर्षाकाल में तमिल नाडु राज्य के तिरुनेलवेली के निकटवर्ती तिरुट्टु ग्राम (चोरों का गांव) से बड़ी संख्या में योजनाबद्ध तरीके बड़ी संख्या में चोरों के समूह नगर में आते हैं व चोरियां करते हैं। हाल के समय में केरल पुलिस ने कोच्चि के विभिन्न आवासी संघों (रेज़िडेन्ट एसोसियेशन्स) की सहायता से इन चोरियों की रोकथाम हेतु प्रयास तेज किये हैं। इस गांव के चोरों के उत्पातों से प्रभावित होकर फ़िल्म निर्देशक जॉन एन्टोनी ने एक मलयालम फ़िल्म 'तिरुट्टु ग्रामम ' का निर्माण अभिनेता मम्मूटी के साथ किया है। इस फ़िल्म में मम्मूटी ने एक अभ्यस्त लुटेरे चोर की भूमिका की है।