mteb/MIRACLReranking huggingface dataset:
Kaksijuosteiset RNA-virukset Kaksijuosteiset RNA-virukset (dsRNA-virukset) ovat ryhmä viruksia, joiden genomi muodostuu kahdesta toisiinsa sitoutuneesta RNA-juosteesta. Ne jaetaan kuuteen heimoon, joista suurin on "Reoviridae". Kaksijuosteisten RNA-virusten ryhmään kuuluvat virukset ovat hyvinkin erilaisia genomeiltaan, virionien rakenteiltaan ja kohde-eliöiltään: jotkut ryhmän viruksista, kuten rotavirus, tartuttavat ihmisiä, kun taas toisten kohde-eliöitä ovat eläimet, kasvit, sienet tai bakteerit.
Transcription (biology) Transkription eteneminen vaiheittain:DNA:sta RNA:ksi transkriptoitua molekyyliä kutsutaan transkiptioyksiköksi eli esiaste-RNA:ksi ja se koodaa aina vähintään yhtä geeniä. . Jos geeni koodaa proteiinia, tuotosta kutsutaan lähetti-RNA:ksi. Lähetti RNA toimii templaattina proteiinisynteesille translaatiossa. RNA auttaa syntetisoimaan, säätelemään ja prosessoimaan proteiineja ja sen vuoksi sillä on keskeinen rooli solun toiminnoissa. Virusopissa transkriptiolla viitataan myös lähetti-RNA:n syntymiseen RNA-molekyylistä (RNA-Replikaatio).
Lähetti-RNA Eukaryoottisoluissa lähetti-RNA-molekyylit muodostavat pyöreitä rakenteita eIF4E-proteiinin ja poly(A):n sitojaproteiinin välisten vuorovaikutuksien takia. Molemmat proteiinit sitoutuvat eIF4G-proteiiniin ja muodostavat siten mRNA-proteiini-mRNA-sillan. Rengastumisen uskotaan tukevan ribosomien kiertoa ja tehostavan translaatiota, ja ehkä myös toimivan varmistimena sille, että vain ehjät lähetti-RNA-molekyylit osallistuvat translaatioon. Ehjissä lähetti-RNA-molekyyleissä on poly(A)-häntä ja 5'-cap.
Transcription (biology) RNA-synteesissä käytetään templaattina yhtä DNA-juostetta, "templaattisäikeä" (tai ei-koodaavaa säikettä). Kun transkriptio etenee, RNA-polymeraasi kulkee templaattijuostetta pitkin ja käyttää emäsparin komplementaarisuutta DNA-templaatin kanssa RNA-kopion luomiseksi.
RNA-polymeraasi Bakteerisoluilla on yksi RNA-polymeraasityyppi, joka syntetisoi kolmentyyppistä RNA:ta (mRNA, tRNA ja rRNA). Bakteerien RNA-polymeraasi on suurehko molekyyli (n. 400 kDa), joka koostuu viidestä alayksiköstä: α, α, β, β' ja ω.
RNA-maailma Nykyajan solu valmistaa valkuaisaineita eli syntetisoi proteiineja siten, että DNA lähettää lähetti-RNA:n ribosomille. Lähetti-RNA:ssa on DNA:sta kopioitu valkuaisaineen teko-ohje geneettisen koodin mukaisesti. Ribosomin kyljessä siirtäjä-RNA:t kääntävät lähetti-RNA:n valkuaismolekyyliksi. Apuna tarvitaan monia entsyymejä, jotka ovat pääosin valkuaisaineita. Ribosomit koostuvat valkuaisaineesta ja RNA:sta. Tunnetaan monia RNA-viruksia, joissa RNA on ottanut DNA:n paikan. RNA siis pystyy geneettiseen tallentamiseen.
RNA-maailma RNA-maailma-hypoteesia tukee RNA:n kyky säilyttää, siirtää ja monistaa geneettistä tietoa ja sen lisäksi toimia joitakin kemiallisia reaktioita katalysoivana entsyyminä, ribotsyyminä. Lähetti-RNA:ssa voi olla 2000-luvulla tehtyjen tutkimusten mukaan ribokytkin, joka mahdollistaa RNA:n ohjaaman reaktioketjun itsesäätelyn.
RNA-maailmassa tapahtuvat nopeat mutaatiot mahdollistaisivat monen tyyppisten geenien synnyn ennen DNA:ta. RNA-maailmaa vastaan puhuu muun muassa se, ettei tiedetä riittikö se yksinään ensimmäiseksi esisolun katalyytiksi ja toisaalta sen joidenkin emästen eloton synty on nykytiedon mukaan hankalaa ja vaatii erityisiä olosuhteita. Lisäksi monet RNA:t ovat itseään katkaisevia. Näin ollen kysymys siitä, aloittiko RNA elämän, on yhä avoin ja vailla vastausta.
RNA-maailma RNA-maailman arvioitu kehitys DNA-maailmaksi lyhyestiRNA-maailmaa tukee muun muassa se, että DNA:n sokeria deoksiriboosia on hyvin vaikea tuottaa elottomasti ainakaan suuria määriä. RNA:n tiedetään myös katalysoivan joitain kemiallisia reaktioita eli toimivan joskus entsyymien tavoin. RNA toimittaa monia tehtäviä nykyisissäkin soluissa, toimii DNA:n lähettinä, siirtäjä-RNA:na ja ribosomi-RNA:na valkuaisainesynteesissä. Nimenomaan RNA on proteiinista ja RNA:sta koostuvassa ribosomissa se osa, jonka adeniini-emäs kytkee syntyvän proteiinin aminohapot yhteen. Joissain bakteerien lähetti RNA:issa on tunnistusosia, jotka tunnistavat solun reaktioissa esiintyviä aineita. Kun jokin solun reaktiotuote tai lähdeaine kiinnittyy tällaiseen RNA:han, syntyy entsyymi joka katkaisee sen RNA:n jonka osa tämä aktiivinen RNA on.
Transcription (biology) Transkriptio on geeniekspression  ensimmäinen vaihe, jossa RNA-polymeraasientsyymi kopioi tietyn DNA- segmentin RNA:ksi. DNA ja RNA ovat molemmat nukleiinihappoja, jotka rakentuvat nukleotideista ja niiden emäspareista. Transkiptiossa DNA-sekvenssu luetaan polymeraasientsyymillä, jonka seurauksena syntyy komplementaarinen RNA-juoste.
RNA-polymeraasi RNA-polymeraasin löysivät samanaikaisesti toisistaan riippumatta Sam Weiss ja Jerard Hurwitz vuonna 1960. Yhdysvaltalainen biokemisti Roger Kornberg teki vuosien ajan transkription ja RNA-polymeraasin kanssa tutkimustyötä, mistä hänelle myönnettiin Nobelin kemianpalkinto vuonna 2006.
RNA-maailma Monet RNA-ribotsyymit ovat itseään tai toisia RNA-molekyylejä pilkkovia, mikä saattaa vaikeuttaa suurten geenien syntyä. RNA:n evoluutiota saattaa vaikeuttaa suuri mutaatiotaajuus. Lyhyessä ajassa tapahtuva suuri mutaatiomäärä toimii useimmiten evoluutiota estävällä tavalla.
RNA-maailma DNA-geeni varastoi nykyajan soluissa tiedon proteiinientsyymien rakentamiseen. Hypoteesin mukaan RNA olisi alussa suoraan ohjannut esisolun reaktioita katalyyttisesti entsyymien tavoin ja myöhemmin olisivat kuvaan tulleet nykyistä muistuttavat proteiinientsyymit. DNA olisi yleistynyt geeninä tämän jälkeen, koska se on RNA:ta vakaampi ja kykenee tällöin varastoimaan suuria määriä tietoa. Näin DNA-alkusolut saattoivat kehittyä RNA-alkusoluja mutkikkaammiksi ja selvitä vaihtelevimmissa aloissa. Tätä hypoteesia alettiin kutsua nimellä RNA-maailma vuonna 1983. Itse esisolu olisi saattanut olla rasvapisara, lipidikuorinen miselli tai liposomi.
Hypersykli Eigenin hypersykliteorian mukaan kehämäinen autokatalyyttinen, itseään ylläpitävä ja edistävä reaktioketju olisi ollut elämän synnyn varhainen vaihe. Eigen laati 1971 matemaattista hypersyklin kehittymisen teoriaa. RNA autokatalysoisi alemmalla tasolla itsensä kopioitumista, ja synnyttäisi mutaatioiden kautta RNA-entsyymejä, jotka katalysoisivat toisten RNA-ketjujen kopioitumista. Lopulta eräs RNA-tyyppi katalysoisi alkuperäistä kopioitumista, ja suuri kehä, hypersykli, sulkeutuisi.
Kehitys tapahtuisi darwinilaisittain luonnonvalinnan ja mutaatioiden avulla alisykleissä. Hypersyklin syntyvaiheessa voisi tapahtua muutoksia, muuten systeemi olisi vakaa ja muuttumaton.
Transcription (biology) Kun ensimmäinen sidos syntetisoidaan, RNA-polymeraasin on poistuttava promoottorista. Tänä aikana vapautetaan usein RNA-transkriptiota ja tuottaa typistettyjä transkripteja. . Tätä tapahtuu kunnes syntetisoidaan RNA-tuote, jonka kynnyspituus on noin 10 nukleotidia, jolloin promoottorista poistuminen tapahtuu ja muodostuu transkription pidentymiskompleksi.
RNA-maailma Ribotsyymit ovat RNA-entsyymejä, jotka pystyvät katalysoimaan eli kiihdyttämään joitain kemiallisia reaktioita. eräs ribotsyymi on noin 350 emästä pitkä. RNA:lla ei ole proteiinien tasoista katalyyttistä kykyä, mutta se pystyy matkimaan tiettyjä entsyymejä, jotka aiheuttavat toisten RNA-molekyylien juosteiden katkeamisen ja yhteenliittymisen.
DNA Geenissä sarja DNA:n nukleotideja muodostaa ohjeen proteiinin valmistamiseen. Eukaryooteilla proteiinisynteesi alkaa tumassa, jossa DNA:n transkriptio tapahtuu. Transkriptiossa kaksoiskierre avautuu helikaasi-entsyymin avulla ja DNA:sta kopioituu lähetti-RNA, mRNA, joka on peilikuva alkuperäiselle geenille. Transkriptiota ohjaavat useat transkriptiofaktorit, jotka säätelevät geenien kopiointia mRNA:ksi. Lähetti-RNA kulkee tumakalvon läpi tumahuokosten kautta solulimaan. Ennen kuin proteiinisynteesi alkaa, tapahtuu eukaryooteilla mRNA:n silmukointi eli pujonta. Silmukointi tarkoittaa intronien poistamista geenin koodaavien osien, eksonien välistä. Silmukointi voi tapahtua monella tavalla: joskus jokin introneista voidaan jättää silmukoimatta tai jokin eksoneista voidaan silmukoida pois kypsästä mRNA:sta. Vaihtoehtoisen silmukoinnin avulla yhdestä geenistä saadaan useita erilaisia proteiineja.
Spiegelmanin hirviö Myöhemmin Nobel-palkittu professori Manfred Eigen kollegoineen toisti kokeen, hieman eri asetelmin, ja he huomasivat että ainoastaan yksi RNA-molekyyli aloitti liuoksessa "väestöräjähdyksen". He myös vakuuttuivat, että näkivät spontaanin RNA-juosteiden synteesin perusaineisosista, kun ainuttakaan viruksen RNA-molekyyliä ei ollut liuoksessa.
Endoribonukleaasit Endoribonukleaasit ovat hydrolaaseihin kuuluvia entsyymejä. Ne osallistuvat tarpeettoman tai virheellisen RNA-molekyylin hajottamiseen tekemällä kaksijousteisen RNA:n yksijuosteiseksi RNA:ksi ja hajottamalla RNA-ketjun keskeltä pienemmiksi paloiksi. Lisäksi ne osallistuvat eräiden RNA-tyyppien modifikaatioon oikeanlaisen toiminnan varmistamiseksi. Endoribonukleaaseja esiintyy sekä esi- että aitotumaisissa soluissa.
Transcription (biology) Vain yksi DNA:n kahdesta säikeestä toimii mallina transkriptiossa. DNA: n ei koodaava-juoste luetaan RNA-polymeraasilla 3'-päästä 5'-päähän transkription aikana (3 '→ 5'). Komplementaarinen RNA luodaan samaan aikaan vastakkaiseen suuntaan, 5 '- 3' -suunnassa. . Tämä suuntaus johtuu siitä, että RNA-polymeraasi voi lisätä vain nukleotideja kasvavan lähetti-RNA:n  3'-päähän. Koska koonti tapahtuu vain 3'→ 5'-DNA-juosteen suunnassa, siinä ei tarvita Okazakifragmentteja, kuten DNA replikaatiossa. Samoin se poistaa tarpeen RNA-alukkeelle, jota myös tarvitaan DNA replikaatiossa.
RNA-polymeraasi Aitotumallisilla soluilla on useita RNA-polymeraaseja.
RNA-maailma SnRNP:t ovat pieniä RNA-valkuaisyhdisteitä, jotka käsittelevät soluissa lähetti-RNA:ta. Tämäkin tuo RNA:n merkittävään asemaan solussa. RNA:n sokeri riboosi syntyy luonnossa elottomasti helpommin kuin DNA:n deoksiriboosi. RNA toimii soluissa siirtäjä-RNA:na ja lähetti-RNA:na, jotka kuljettavat solun valkuaisaineiden rakennusohjeet ribosomeille, joissa valkuaisaineet valmistuvat.
Promoottori Promoottorit ovat geenin läheisyydessä olevia DNA-alueita, joiden ansiosta RNA-polymeraasi kiinnittyy DNA:han ja voi aloittaa transkription eli RNA:n kopioimisen DNA:sta. Promoottorien teho perustuu tiettyihin DNA-jaksoihin kiinnittyviin faktori-proteiineihin, jotka ohjaavat RNA-polymeraasin kiinnittymistä transkription aloituskohtaan. Jokaiselle erilaiselle RNA-polymeraasille on omat promoottorinsa.
Promoottori RNA-polymeraasi III:n ylävirtaan olevat promoottorit toimivat samalla periaatteella kuin RNA-polymeraasi II:n promoottorit. Ribosomin 5S-RNA:ta ja tRNA:ta koodaavien geenien promoottorit ovat kuitenkin transkription aloituskohdasta alavirtaan päin, eli geenin sisällä. Näihin promoottoreihin kiinnittyvät TFIIIA- ja TFIIIC-faktorit ohjaat TFIIIB-faktorin kiinnittymistä, jonka RNA-polymeraasi tunnistaa.
Transkriptio Transkriptiokoneisto liikkuu geeniä pitkin valmistaen RNA-ketjua. RNA-polymeraasiin on kiinnittyneenä useita elongaatiotekijöitä, jotka avustavat etenemistä. Sekä geenin eksonit että intronit valmistetaan RNA:ksi, joskin introneja poistetaan myöhemmin. RNA-ketjua muokataan sen tuottuessa: muun muassa ketjun päähän valmistetaan muunnelluista guaniininukleotideistä koostuva "hattu" (, koska se on ketjun ns. 5'-päässä).
Ribosomaalinen RNA Ribosomaalinen RNA katalysoi peptidisidosten syntymistä translaation yhteydessä.
RNA-maailma RNA-maailmaa vastaan puhuu muun muassa se, ettei tiedetä tarkalleen missä määrin se kykenee katalysoimaan eri reaktioita. Myös RNA:n emäksen sytosiinin tuotanto elottomasti on vaikeaa. Tässä on vain osa RNA-maailmaan liittyvistä ongelmista. RNA:lle on ehdotettu helpommin luonnossa syntyvää edeltäjää, joita saattavat olla PNA, GNA ja TNA, mutta niitä ei esiinny missään solujen aineenvaihdunnassa.
Promoottori RNA-polymeraasi II on eukaryoottien RNA-polymeraaseista yleisin. Sen promoottoreissa on tiettyjä lyhyitä DNA-sekvenssejä.
Sigmafaktori Sigmafaktori on prokaryoottien DNA:n transkriptioon liittyvä tekijä. Sigmafaktoreita on monta erilaista, ja niistä jokainen kasvattaa RNA polymeraasin spesifisyyttä tietyn geenin promoottorille, kun faktori on sitoutunut RNA polymeraasi -entsyymiin. Entsyymistä käytetään tällöin yleisnimitystä holoentsyymi. Kun formula_1-faktoria ei ole kiinnittynyt RNA polymeraasiin, se voi sitoutua mihin tahansa DNA-templaatilla. formula_1-faktorilla se kiinnittyy erityisesti faktorin saneleman geenin promootteriin ja transkriptio alkaa.
RNA-interferenssi RNA-interferenssi (lyhenne RNAi) on solubiologiassa tunnettu mekanismi, joka hiljentää tietyn geenin ilmenemisen eliön ilmiasussa (geeniekspressio). Tutkimuksissa on havaittu, että geenin sekvenssiä vastaava, lyhyt synteettinen kaksijuosteinen RNA voi laukaista geenin lähetti-RNA:n pilkkoutumisen, joten geenin ilmeneminen keskeytyy. Ilmiö on luonnollinen ja perustuu todennäköisesti aitotumallisten eliöiden suojautumiseen ulkopuolisilta taudinaiheuttajilta, dsRNA-viruksilta, ja geeniekspression hallitsemiseen.
Transkriptio RNA-polymeraasi kulkee DNA:ta pitkin ja avaa sen kaksoiskierteen. RNA-polymeraasi käyttää toista juostetta mallinaan RNA:n valmistamiseen.
Emäspari Ribonukleiinihappo (RNA), toisin kuin DNA, esiintyy yleensä yksinauhaisena, jolloin emäkset eivät ole pariutuneina. Myös RNA voi kuitenkin pariutua RNA:n tai DNA:n kanssa, mikäli siinä on sopivat vastinemäkset. RNA:n emäkset ovat muuten samat kuin DNA:n, mutta RNA:ssa tymiinin korvaa urasiili U, joka on sytosiinin ja tymiinin tavoin pyrimidiini. Urasiili pariutuu adeniinin kanssa kuten tymiinikin. Käytännössä RNA huolehtii tavallisesti solun proteiinituotannosta, DNA taas on ratkaisevassa asemassa solunjakautumisessa ja lisääntymisessä.
Aptameeri Ne jaetaan kahteen ryhmään: peptidiaptameereihin sekä DNA- ja RNA-aptameereihin. Jälkimmäinen on 
lyhyt DNA- tai RNA-nauha, joka sitoutuu tiettyyn molekyyliin muuttamatta muotoaan.
RNA-interferenssi Noin 21-25 nukleotidia pitkä, 1-säikeinen miRNA ("micro RNA") hiljentää myös geenin. Se poikkeaa siRNA:sta mm. seuraavin osin:
RNA-polymeraasi Kaikissa soluissa tapahtuvaa DNA:n kopioimista RNA:ksi kutsutaan transkriptioksi. Solun RNA-polymeraasi osaa purkaa DNA:n kaksoiskierteen transkriptiota varten.
Transkriptiotekijä Transkriptiotekijöiden on tunnistettava ja liityttävä DNA:n aloituskohtaan, ennen kuin RNA-polymeraasi voi liittyä siihen. Transkriptiotekijöissä on erilliset domeenit DNA-sekvenssien ja RNA-polymeraasin tunnistamiseen.
RNA-maailma Myös ribosomissa on RNA:ta, ja vuoden 2001 ribosomin rakenteen selvittämisen mukaan juuri RNA vastaa pääosin ribosomin toiminnoista. Valkuaiset ovat niin sanottuja polypeptideja, jotka koostuvat peptidisidosten yhdistämistä aminohapoista.
Ribosomissa juuri RNA:n adeniini-emäs sitoo kaksi aminohappoa yhteen peptidisidokseksi. Laboratoriossa on tuotettu ribosomi-RNA:ta lyhyempi RNA, joka voi yhdistää aminohappoja peptidisidoksilla, eli siten rakentaa polypeptidiä eli valkuaista
ainakin jossain määrin jollain vauhdilla, jollain tarkkuudella.
Ribotsyymi Ribotsyymit ovat RNA-entsyymejä. Ne ovat RNA-molekyylejä, jotka pystyvät katalysoimaan joitain biokemiallisia reaktioita. Tällöin ribotsyymi tekee mahdolliseksi tai nopeuttaa jonkun tietyn reaktion/reaktioita.
Yleisimmin ribotsyymit katalysoivat fosfaattiryhmien siirtoa.
Ribotsyymien kyky edesauttaa kemiallisia reaktioita riippuu molekyylin muodosta, joka taas riippuu molekyylin emäsjärjestyksestä.
Proteiinisynteesissä peptidisidosten syntymistä katalysoiva ribosomi on tunnetuin esimerkki ribotsyymistä, koska ribosomin aktiivinen osa on RNA:ta. Ribotsyymien arvellaan edeltäneen proteiinipohjaisia entsyymejä RNA-maailma-teoriassa.
Thomas Cech Cechin päätutkimusalue on transkriptio soluissa. Hän tutki kuinka solujen geneettinen koodi siirretään RNA:han. Cech tutki yksisoluisen "Tetrahymena thermophila" -eläimen jakaantumista ja hän huomasi, että prosessoimaton RNA-molekyyli kykeni jakaantumaan itsestään. Tohtori Cech oli ensimmäinen, joka todisti, että RNA-molekyylit eivät ole pelkästään passiivisia geneettisen informaation kuljettajia, vaan niillä on myös katalyyttisia ominaisuuksia ja ne voivat osallistua soluissa tapahtuviin reaktioihin. Muun muassa RNA katalysoi RNA:n muodostumista ja proteiinisynteesiä ribosomeissa. RNA:ta sisältäviä entsyymejä kutsutaan ribotsyymeiksi.
Rifampisiini Rifampisiinin esiaste rifamysiini S eritettiin 1950-luvun lopulla maaperässä elävästä "Streptomyces mediterranei" -bakteerista. Rifamysiini kuuluu niin sanottuihin ansamakrolideihin, ja rifampisiini on sen N-amino-N'-metyylipiperatsiinihydratsonijohdannainen. Rifampisiini on huoneenlämpötilassa punertava kiteinen jauhe, joka liukenee veteen vain pienissä määrin, mutta on liukoinen orgaanisiin liuottimiin. Rifampisiinin antibioottinen vaikutus perustuu siihen, että yhdiste sitoutuu bakteerien RNA-polymeraasia. Tämä johtaa RNA:n synteesin estymiseen ja bakteerisolujen kuolemaan. Nisäkkäiden RNA-polymeraasit eivät sisällä samaa aminohapposekvenssiä, joten yhdiste ei vaikuta niiden RNA-synteesiin.
Transcription (biology) Transkription estäjinä voidaan käyttää antibiotteeina esimerkiksi antibakteerisia aineita. Eräs esimerkki tällaisesta antibakteerisesta aineesta on rifampisiini , joka estää bakteerien DNA: n transkription mRNA: ksi. 
Joillakin viruksilla (kuten HIV: llä , aidsin aiheuttajalla) on kyky transkriboida RNA: ta DNA: han. HIV: llä on RNA-genomi, joka "transkriptoidaan" DNA: han. Tuloksena saatu DNA voidaan yhdistää isäntäsolun DNA-genomiin. Pääentsyymiä, joka vastaa DNA: n synteesistä RNA-templaatista, kutsutaan käänteiskopioijaentsyymiksi .
Spiegelmanin hirviö Nopeimmin kopioituva RNA selvisi voittajaksi ja siirtyi sarjan "seuraavaan sukupolveen". Tässä eristämisprosessi korvasi darwinistisen evoluution perustana olevan kilpailun, ja se vaikutti suoraan RNA:han. Odotusten mukaan kopioitumisessa tapahtui virheitä ja ne pudottivat taakaksi osoittautuneita perimän osia pois. Nopeimmin kopioituvat RNA-molekyylit alkoivat dominoida muita, koska niitä oli enemmän ja kokeen edetessä 74 sukupolven jälkeen 4 500 nukleotidiemästä käsittänyt RNA-juoste oli muuttunut 220 emäksen kääpiöperimäksi. Koska siinä ei ollut turhaa perimää ja se kopioitui erittäin nopeasti, sitä alettiin kutsua Spiegelmanin hirviöksi.
Siirtäjä-RNA Siirtäjä-RNA:t ovat yleensä melko pieniä, 74–95 nukleotidia, ja sisältävät joitain RNA:han ja DNA:han normaalisti kuulumattomia elementtejä. Näitä ovat muun muassa dihydrouridiini DiH, metioniinojohdannaiset DiMe, Me, I ja pseudouridiini Ψ Ainakin hiivan renyylialaniini-RNA:ssa näyttää olevan paljon urasiilia ja guaniinia. Siirtäjä-RNA:n molekyylipaino on noin 25 000. Siirtäjä-RNA:ta on antikodonin mukaan ainakin 49 eri tyyppiä. Mitokondriossa on 22 eri siirtäjä-RNA-geeniä. Tumallisissa soluissa siirtäjä-RNA:t syntyvät tumassa RNA-polymeraasi-III:n avulla.
Kaksijuosteiset RNA-virukset Merkittäviä kaksijuosteisia RNA-viruksia ovat esimerkiksi rotaripulia aiheuttava rotavirus, sinikielitautia aiheuttava BTV-virus, kanoja tartuttava IBD-virus ja "Pseudomonas"-bakteereja tartuttava Φ6-bakteriofagi.
Geneettinen koodi Kun DNA:sta muodostetaan RNA:a, tulee RNA:han DNA:n vastinjuosteessa eli mallijuosteessa olevaa emästä vastaava emäs. DNA:n toisessa juosteessa eli koodaavassa juosteessa tulee näin olemaan samanlainen emäsjärjestys kuin syntetisoitavassa RNA:ssa sillä erotuksella, että RNA-juosteessa on niillä kohdin urasiili, missä DNA:n koodavassa juosteessa on tymiini. Kun lähetti-RNA:sta muodostetaan polypeptidiketjua, on aminohappoja kuljettavissa siirtäjä-RNA-molekyyleissä tunnistuskohta, jossa on kyseisen siirtäjä-RNA:n kuljettaman aminohapon kodonin peilikuva eli antikodoni. Kukin emäs muuntuu toiseksi alla olevan taulukon mukaan eri DNA- ja RNA-molekyyleissä.
Viroidi Viroidit ovat pieniä (200–400 nt), yksijuosteisia RNA-molekyylejä, jotka voivat aiheuttaa kasveille tauteja. Ne ovat pienimpiä tunnettuja taudinaiheuttajia ja voivat häiritä kasvisolujen normaaleja toimintoja. Viroidi on muodostunut paljaasta RNA:sta, joka muodostaa sisäisen emäsparimuodostuksen avulla tiukan laskoksen. Viroidit pystyvät replikoitumaan itsestään, mutta sen vaiheita ei tunneta yksityiskohtaisesti. Replikaatio tapahtuu kuitenkin isäntäsolun tumassa. Viroidit eivät koodaa proteiineja. Viroidit loisivat isäntäsoluissa tuhoisalla tavalla käyttäen hyväkseen viruksen RNA-kopiointimekanismeja. Tosin kuin RNA-viruksessa viroidissa ei ole proteiineja vaan se koostuu pelkästä RNA:sta.
Reoviridae Reoviridae eli Reovirukset on kaksijuosteisten RNA-virusten heimo, joka voi vaikuttaa ruoansulatuskanavaan ja hengityselimistöön. Reoviruksilla on segmentoitunutta kaksijuosteista RNA:ta (dsRNA) sisältävät genomit. Heimon nimi tulee englanninkielisestä fraasista "respiratory enteric orphan viruses". Englanninkielinen termi "orphan virus" tarkoittaa virusta, johon ei ole yhdistetty yksikään tunnettu tauti. Alkuperäinen nimi on vieläkin käytössä, vaikka nykyään jotkin reovirukset on yhdistetty tiettyin tauteihin, esimerkiksi rotavirukseen.
Transcription (biology) RNA-polymeraasi, jota avustaa yksi tai useampi  transkriptiotekijä, valitsee sitten transkription aloituspaikan transkriptiokuplassa, sitoutuu aloitus-nukleotiditrifosfaattin, joka on komplementaarinen transkription aloituskohdan sekvenssin kanssa ja katalysoi sidoksen muodostumista, jolloin saadaan esiaste-RNA.
Retrovirukset Retrovirukset ovat kuorellisia viruksia, joiden genomi koostuu kahdesta yksijuosteisesta RNA-molekyylistä. Kun retrovirus infektoi isäntäsolun, viruksen oma käänteiskopioijaentsyymi valmistaa solussa viruksen RNA-koodia vastaavaa DNA:ta, joka kiinnittyy isäntäsolun perimään muuttuen provirukseksi.
RNA-maailma Niin sanottu käänteiskopioijaentsyymi pystyy muuttamaan RNA:ta DNA:ksi ja siten siirtyminen RNA-maailmasta DNA-maailmaan olisi saattanut teoriassa olla helppoa. Käänteiskopioijaentsyymi on yleinen, ja sitä esiintyy mm. vanhakantaisissa bakteereissa, joilla voi olla ikää jopa 2 miljardia vuotta.
MikroRNA MikroRNA, "Mikro-RNA", "miRNA" on lyhyt, parin kymmenen nukleotidin pituinen, yksijuosteinen RNA-molekyyli, joka estää tietyn lähetti-RNA:n toiminnan kiinnittymällä siihen eli se hiljentää geenin. Monet mikro-RNA:ista ovat proteiinia koodaamattomilta DNA-alueilta.
Transcription (biology) Laajentuminen sisältää myös oikolukumekanismin, joka voi korvata väärin asennetut emäkset. Eukaryooteissa tämä voi tapahtua lyhyillä tauoilla transkription aikana, jotka sallivat sopivien RNA-muokkaustekijöiden sitoutumisen. Nämä tauot voivat olla luontaisia RNA-polymeraasin tai kromatiinirakenteen vuoksi.
Rauta-rikkimaailma William Martin ja Michael Russell esittivät vuonna 2003 elämän syntyalueeksi vedenalaisia purkausaukkoja, ja ensimmäisiksi reaktiopaikoiksi huokosia. Hypoteesin ajatus on erilainen kuin RNA-maailma-hypoteesissa, jossa RNA-entsyymit ja geenit olivat ensin, niiden katalysoimat reaktiot vasta sitten.
Ribosomi Ribosomin läpimitta on noin 20 nm. Se koostuu ribonukleiinihaposta ja proteiineista. Ribosomin nukleiinihappo on ribosomaalinen RNA eli rRNA, jota ribosomista on 65 %. Ribosomaalinen RNA katalysoi ribosomissa tapahtuvia reaktioita. Ribosomin proteiinit, 35 % ribosomista, on ribosomaalista proteiinia, joka vakauttaa ribosomin reaktioita.
Transcription (biology) RNA-polymeraasi, jota avustaa yksi tai useampi transkriptiotekijä, avaa sitten noin 14 emäsparia DNA: ta muodostaakseen RNA-polymeraasipromoottorin "avoimen kompleksin". "Avoin kompleksi" promoottorin DNA on osittain purettu ja yksijuosteinen. Altistettua, yksisäikeistä DNA: ta kutsutaan transkriptiokuplaksi.
CRISPR Tekniikassa luonnossa normaalisti erillään olevista tracrRNA:sta (trans-activating crRNA) ja crRNA:sta on tuotettu kimeeri, yhtenäinen RNA-ohjausjakso. Kimeeriä kutsutaan sgRNA:ksi (single guide RNA) ja se muodostetaan, jotta muuntelussa on vähemmän osallistuvia RNA:ita (kahden sijaan yksi). sgRNA voidaan tuottaa synteettisesti.
Eksoribonukleaasit Eksoribonukleaaseja esiintyy kaikissa niin esi- kuin aitotumaisissakin eliöissä. Niiden tehtävä on hajottaa RNA:ta, kun esimerkiksi tiettyä lähetti-RNA:ta ei enää tarvita tai mikäli RNA on virheellinen. Reaktiossa muodostuvat nukleotidisokerifosfaatit voidaan käyttää uudelleen RNA-molekyylien muodostamiseen. Eksoribonukleaasit jaetaan kuuteen alaryhmään sen perusteella, miten niitä esiintyy eliöissä, reaktiotyypin mukaan ja reaktion etenemissuunnan mukaan. Eksoribonukleaasit voivat hajottaa RNA-molekyyliä alkaen 3'-suunnasta eli sokerimolekyyliin päättyvästä päästä ja edetä kohti fosfaattiryhmään päättyvää päätä eli 5'-päätä. Näitä entsyymejä kutsutaan 3'→5'-eksoribonukleaaseiksi ja niitä esiintyy sekä esi- että aitotumaisissa soluissa. Aitotumaisilla eliöillä on lisäksi 5'→3'-eksoribonukleaaseja, jotka hajottavat RNA:ta fosfaattipäästä edeten kohti sokeripäätä.
Ribosomi Ribosomi on kaikissa soluissa tavattava pieni soluelin, jossa proteiinisynteesi tapahtuu. Proteiinisynteesissä solun geenistä otetaan ensin kopio RNA-muotoon. Tätä kopiota sanotaan lähetti-RNA:ksi. Lähetti-RNA:n sisältö koodataan ribosomin pinnalla muun muassa siirtäjä-RNA-molekyylien avulla aminohappoketjuksi, polypeptidiksi eli proteiiniksi.
Proteiini Solulimassa lähetti-RNA kulkeutuu ribosomin pinnalle ja kulkeutuu sen pinnalla kunnes kohtaa aloituskolmikon, joka on AUG. Lähetin sisältämä ohje tulkitaan 3 emäksen joukkoina emäspariperiaatteen mukaisesti. DNA:ssa on neljä erilaista aminohappoa, joten emäskolmikkoja on mahdollista rakentua 64 erilaista. Aloituskolmikon jälkeen: järjestyksessä jokaista kolmikkoa vastaava siirtäjä-RNA (toisessa päässä vastinemäskolmikko ja toisessa sitä vastaava aminohappo) kiinnittyy kolmikkoon ja alkaa näin rakentamaan aminohappojen järjestystä. Oikea aminohappo kiinnittyy peptidisidoksella aminohappoketjuun. Lähetti-RNA liikkuu ribosomia pitkin kunnes saavuttaa lopetuskolmikon ja irtoaa ribosomista. Aminohappoketju eli polypeptidi on noin 100–1000 aminohappoa. Lopuksi entsyymit pilkkovat lähetti RNA:n nukleotideiksi ja aminohappoketju saa sen primaari- ,sekundaari- ,tertiaari- ja kvartaarirakenteensa.
Sidney Altman Altman selvitti RNA:n katalyyttiset ominaisuudet tutkiessaan RNaasi P:n ribotsyymejä. RNaasi P on ribonukleiiniproteiini, joka koostuu sekä RNA-molekyylistä että esitumallisilla yhdestä ja aitotumaisilla useista proteiineista. Alun perin luultiin, että proteiini aiheutti RNaasi P -kompleksin aktiivisuuden. Altman selvitti tutkimusryhmineen, että kompleksin katalyyttiset ominaisuudet aiheutti RNA.
Rifamysiinit Rifamysiinien antibioottiset ominaisuudet johtuvat siitä, että ne inhiboivat bakteerien RNA-polymeraasientsyymiä. Ne ovat tehokkaita sekä grampositiivisia bakteereja, esimerkiksi mykobakteereja, ja eräitä gramnegatiivisia bakteereita vastaan. Rifamysiinit muodostavat kompleksin RNA-polymeraasin β-alayksikön kanssa ja RNA:n rakenneyksiköiden yhdistyminen pitkiksi ketjuiksi estyy. Ryhmän yhdisteiden on todettu myös estävän eräiden virusten käänteiskopioijaentsyymien toimintaa.
Lähetti-RNA Jotkin ei-koodaavilla alueilla olevat elementit muodostavat sekundäärirakenteen, kun geeni kopioidaan transkriptiossa RNA:ksi. Niillä on myös osansa lähetti-RNA:n säätelyssä. Jotkin niistä ovat proteiinien sitoutumispaikkoja. Ribokytkimiin voi sitoutua pieniä molekyylejä, jolloin lähetti-RNA:n koodaaman proteiinin tuotannossa tapahtuu muutos. Tällaisissa tapauksissa lähetti-RNA säätelee itse itseään.
Esisolu Jotkut olettavat, että varhaista esisolua olisi ohjannut RNA, ja silloin varhaisimmissa esisoluissa olisi ollut RNA:n jakautumista tuottavia replikaasi- ja valkuaiaainesynteesiä ohjaavia ribotsyymimolekyylejä. Varhaisten hyvin pienten "lipidipussien" uskotaan jakautuneen itsestään, kun kasvoivat riittävän isoksi. Esisolu on saattanut muistuttaa koronavirusta, jossa on lipidikerroksessa valkuaismolekyylejä, ja keskellä RNA. Koronaviruksessa on glykoproteiineja ja fosfoproteiineja pallomaisena muodostumana.
Spiegelmanin hirviö Kokeessa vietiin yksinkertaisen RNA-viruksen (Qβ) RNA:ta RNA:n omaa replikaatioentsyymiä sisältävään nesteeseen. Lisäksi koeputkessa oli sopivia raaka-aineita, suoloja sekä ravinteita. Järjestelmä tuotti paljaita RNA-juosteita. Sen jälkeen Spiegelman eristi syntetisoimaansa RNA:ta, ja pani sen erilliseen liuokseen ja antoi sen taas monistua. Sen jälkeen hän eristi taas tätä RNA:ta ja toisti prosessia edelleen vaiheiden sarjassa.
Lähetti-RNA DNA:n tavoin myös lähetti-RNA:n geneettinen informaatio on koodattuna nukleotidien ketjuiksi eli sekvensseiksi. Ketjun nukleotidit muodostavat kodoneita, jotka muodostuvat kolmesta nukleotidista. Kukin kodoni koodaa spesifistä aminohappoa lukuun ottamatta lopetuskodonia, joka päättää proteiinisynteesin (geneettinen koodi). Kodonien translaatio aminohappoketjuksi vaatii kahta muuta RNA-tyyppiä: siirtäjä-RNA:ta (tRNA) ja ribosomaalista RNA:ta (rRNA).
Ribosomi Tumattoman bakteerin 70S-ribosomin kaksi suurta alayksikköä ovat iso 50S ja pieni 30S. Pienin 50S:n alayksikkö on 5S, joka on noin 117 emäksen mittainen RNA-ketju. Siinä on paljon urasiilia ja guaniinia, ja sen rakenne muistuttaa siirtäjä-RNA:ta. 23S RNA käsittää 2 900 nukleotidia ja 34 proteiinia. Bakteerin ribosomin 30S-yksikkö koostuu 1540 emäksen RNA:sta ja 21 sidosproteiinista.
RNA-interferenssi dsRNA:han sitoutuu RNAasi III:a muistuttava entsyymi, joka pilkkoo dsRNA:n 20-25 emäsparin pituisiksi osasiksi, siRNA:ksi. Osat muodostavat kompleksin nimeltä RISC ("RNA-induced silencing complex" eli RNA:n indusoima vaimentamiskompleksi) muiden proteiinien kanssa. Juosteet eroavat toisistaan kompleksissa ja RISC aktivoituu. Aktivoituneen RISC:n sisältämä ssRNA pariutuu kohdegeenin mRNA:n kanssa. Syntynyt kaksinauhainen mRNA pilkotaan ja geenin ilmentäminen estyy.
RNA-interferenssi Ilmiö huomattiin vuonna 1998. Vuonna 2002 Science-lehti valitsi RNA:n hiljentämisen vuoden läpimurroksi, ja jotkut tutkijat uskovat sen olevan suurin edistys terveydenhuollossa sitten antibioottien keksimisen, mikäli ilmiötä osataan tulevaisuudessa kohdentaa tarkoin säätelemään ihmisten geenejä. Vuoden 2006 lääketieteen Nobel-palkinto annettiin kahdelle tutkijalle, Andrew Firelle ja Craig Mellolle, jotka löysivät kokeissaan RNA-interferenssiksi kutsutun mekanismin.
Geneettinen koodi Tiedetään, että aminohapot joita valmistetaan soluissa samankaltaisia valmistusketjuja pitkin, omaavat samantyyppisen kodonin. Lyhyillä RNA-pätkillä, aptameereilla ja oligonukleotideilla tehdyt tutkimukset viivaavat siihen, että tietyn tyyppiset lyhyet RNA:t reagoivat herkemmin tietyn tyyppisten aminohappojen kanssa.
Näin ollen siirtäjä-RNA:ita olisivat edeltäneet lyhyet, toisenlaiset RNA-ketjut ennen siirtäjä-RNA:ta tuottavien entsyymien syntyä. Luonnonvalinta olisi minimoinut geneettisen koodin pituuden kolmeen suojaksi mutaatioita vastaan.
Käänteiskopioijaentsyymi Tsidovudiini eli AZT on ensimmäinen kliiniseen käyttöön hyväksytty inhibiittori. HI-viruksen käänteiskopioijaentsyymi käyttää mieluummin RNA-ketjuun AZT-trifosfaattia kuin dTTP:tä, mutta koska AZT:stä puuttuu 3'-hydroksyyliryhmä RNA-ketju ei voi pidentyä. Näin ollen AZT:lla ja muilla vastaavilla aineilla voidaan jossain määrin hidastaa immuunikadon leviämistä. AZT ei ole myrkyllinen T-lymfosyyteille, joita HIV infektoi, mutta vaikuttaa olevan myrkyllinen luuytimen soluille aiheuttaen anemiaa.
PAH-maailma PAH-maailma on elämän syntyyn liitetty oletus, jonka mukaan monesta bentseenirenkaasta koostuvat PAH-yhdisteet katalysoivat vaikkapa RNA-ketjujen muodostumista. Se olisi voinut tapahtua niin, että PAH-molekyylejä asettui suotuisissa oloissa päällekkäin kuin kolikkopinon kolikot. Tämä johtui siitä, että bentseenirankaat vetävät toisiaan puoleensa. Näin syntyi entsyymiä muistuttava kokonaisuus, jonka avulla RNA-ketju hitsautui nukleotideista yhteen. Ajatusta vastaan puhuu se, että PAH-yhdisteet ovat monestikin eliöille haitallisia.
Järvenjärvi (Nokia) Järven vedenlaatua on tutkittu vuosina 1978, 1979, 1983 ja 1992. Tutkimusten mukaan se on perustyypiltään kohtalaisen humuspitoinen ja rehevä järvi. Veden puskurikyky happamoitumista vastaan on ollut tyydyttävä ja sen happamuustaso onkin ollut normaali. Veden ravinnepitoisuudet ovat olleet 1970-luvun lopulta saakka reheville järville ominainen. Syy järven nykytilaan ovat ympäristön ravinnekuormitus ja järvi on ollut aiemmin karu ja kirkasvetinen. Talvisin veden happipitoisuuden tasot ovat olleet tyydyttävät lukuun ottamatta lähellä pohjaa, jossa on ajoittain todettu happikatoa. Vedet eivät kesäisin kerrostu lämpötilan mukaan, joten happi laskeutuu vedenpinnalta järvenpohjaan vaivattomasti. Järveä voi käyttää virkistystarkoituksiin tyydyttävästi. Kesäisin rehevöityminen aiheuttaa leväkukintoja.
Karkauslammi Järvi on hyvin matala ja se kärsii toistuvasti happikadosta. Tämä johtuu veden ravinnetilasta ja järvi onkin rehevä. Vedenlaatu on kuitenkin parantunut viime vuosikymmeninä. Järvessä on pohjamutaa 1,6−4 metriä ja se voi olla vaarassa kasvaa umpeen ilman ihmisen korjaavaa toimintaa.
Pyhäjärvi (Tammela) Runsan levätilanne ruokkii epäsuorasti kalakantoja ja Pyhjärvessä onkin runsaasti kalaa. Ilman hoitokalastusta järven kalakanta ei olisi niin petokalavaltaista, kuin se on nykyään. Rehevän järven valtakalat ovat särkikaloja. Vuonna 2012 tehty koekalastus löysi tyypillisiä kalalajeja: ahven, kuha, kiiski, hauki, särki, salakka, pasuri, lahna, sulkava ja sorva. Näistä kuhaa, särkeä, ahventa ja lahnaa oli eniten.
Oligotrofinen järvi Karuissa järvissä veteen liuenneen typen eri muotojen pitoisuudet voidaan laskea yhteen, jolloin saadaan kokonaistyppipitoisuus. Järvien luokittelussa karun järven tyypillinen typpipitoisuus on 0–400 μg/l (mikrogrammaa litrassa vettä). Se on usein monikymmenkertainen fosforipitoisuuteen verrattuna. Suomalaisissa järvissä eliön tarvitsemaa fosforia on typpeen verrattuna liian vähän, jolloin fotosynteesi loppuu fosforin puutteeseen, vaikka typpeä olisikin vielä jäljellä. Typpi loppuu ravinteista ensimmäisenä rehevissä ja ylirehevissä järvissä, joissa ravinteita tulee järveen viemäreistä tai hajakuormituksesta lisää. Karujen järvien kriittinen ravinne onkin fosfori eikä typpi.
Eutrofinen järvi Suomessa reheviä järviä on pääasiassa Lounais-Suomessa savipitoisilla tai kalkkipitoisilla alueilla. Niitä on noin 10 % Suomen järvistä . Virossa, jossa kallioperä poikkeaa Suomesta merkittävästi, on reheviä järviä tutkimuksista riippuen 20–25 % .
Koskeljärvi Koskeljärvi on Satakunnassa Euran kunnan ja Laitilan kaupungin alueilla sijaitseva Lapinjoen vesistön järvi. Järvi on ravinteisuudeltaan luontaisesti rehevä, mutta se vaikuttaa kasvustonsa puolesta rehevämmältä kuin tällaiset matalat järvet yleensä. Se on Lounais-Suomen suurin mökitön järvi, ja sen vedenkorkeutta säännöstellään. Järvi on osa Koskeljärven Natura 2000 -aluetta. Alueen virkistys- ja luontoarvoja kehitetään edelleen.
Hirvijärvi (Ylöjärvi, Hirvilahti) Järven vedenlaatua on tutkittu alkutalvella vuonna 1990. Vesi on lievästi ruskean väristä ja siinä on runsaasti humusta. Veden happamuustason on maatalousvaltaiselle alueella olevalle järvelle normaali ja järven puskurikyky happamoitumista vastaan hyvä. Tavella 1990 järven ravinnetaso oli rehevien järvien tasolla. Fosforin pitoisuudet saavuttivat rehevien järvien pitoisuuden alarajan, mutta typpipitoisuudet ylittivät järvien luonnollisen tason 1,5-kertaisesti. Koska kesäisin ravinnepitoisuudet kasvavat hieman, on järven ravinnepitoisuudet todennäköisesti selvemmin reheville järville ominainen. Järven happitilanne oli talvella 1990 varsin hyvä. Pintavesissä happipitoisuus normaalilla tasolla, vaikka hapen kylläisyys olikin laskenut johtuen humuksen kuluttavasta vaikutuksesta. Alusvedessä pohjan lähellä happipitoisuus oli laskenut arvoon 4,4 mg/l, mitä voidaan pitää hyvänä arvona. Lopputalvesta arvot vielä alenivat, mutta kokonaisuudessaan ne ovat todennäköisesti jääneet hyviksi. Kesän tilanteesta ei ole tehty tutkimuksia. Hirvijärvi soveltuu virkistyskäyttöön melko hyvin.
Ilmoilanselkä Järven ekologinen tila on luokiteltu tyydyttäväksi. Järven kuormitus on hajakuormitusta ja suuret pistekuormittajat puuttuvat järveltä. Järvi on lievästi rehevä ja sitä kuormittaakin rehevämpi Hauhonselkä Hauhon reitin yläjuoksulta. Järvessä esiintyy kesäisin planktonlevää. Järvi on matala ja sen muutamissa syvänteissä esiintyy kesäisin happivajausta. Järven vesipatsaan alusvedessä ei ole esiintynyt happikatoa, mutta siinä on happikatoa säännöllisesti talvisin. Järven rannoilla kasvaa runsaasti järviruokoa. Ilmoilanselän kalastoon kuuluvat esimerkiksi taimen, muikku, hauki, ahven, lahna ja kuha.
Oinasjärvi (järvi Somerolla) Järven pinta-ala on 104,6 hehtaaria, korkeus merenpinnasta 69,60 m ja suurin syvyys 22,5 metriä. Järven pohja on suurimmaksi osaksi savea tai saviliejua, itärannalla myös hiukan soraa ja hiekkaa. Järven vesi on lievästi sameaa ja siinä on jonkin verran ruskeaa väriä antavia humusyhdisteitä. Vuonna 2005 veden laatu oli tyydyttävä ja ravinteisuudeltaan järvi luokiteltiin rehevien ja lievästi rehevien järvien rajalle.
Iso-Potkio Järven vedenlaatua on tutkittu vuosina 1973, 1975 ja 1990. Ensimmäiset tulokset viittasivat siihen, että järvi oli lievästi rehevä. Viimeisellä kerralla fosforipitoisuudet olivat koholla niin, että järvi vaikutti sen perusteella olevan rehevä. Veden happamuustaso vaihteli arvojen pH 5,6–6,9 välillä.
Saarenjärvi Saarenjärven vedenlaatu on ennen järven yläpuolella tyydyttävä ja alapuolella osin tyydyttävä ja osin välttävä. Vesi on sameaa maaperänsaven takia ja vesistöä kuormittaa etenkin maatalous. Ravinnepitoisuuksien vuoksi Saarenjärvi luokitellaan reheväksi tai lievästi reheväksi järveksi. Järven pohja on tiivistä savimaista liejua.
Ruokejärvi (Nokia) Ruokejärven vedenlaatua on tutkittu vuosina 1978, 1982 ja 1991–2015. Kahdella ensimmäisellä tutkimuskerralla järven vesi oli erittäin hapanta ja järven puskurikyky happamoitumista vastaan oli hävinnyt. Vedenväri oli erittäin ruskeaa ja humuspitoista. Ruokejärvi kuuluu Alisenjärven reittiin, joka valittiin vuonna 1991 pääkohteeksi valtion happamoituneiden vesistöjen tutkimusprojektiin. Vuonna 1995 järven itäpuolisen rannan suolla suoritettiin kosteikkokalkitus. Tämän seurauksena järven happamuustaso nousi selvästi. Vuonna 2001 kalkitettiin järven eteläinen järviallas ja vuosina 2007 ja 2014 kalkittiin molemmat järvialtaat. Kalkitukset vaikuttivat jokaisella kerralla positiivisesti happamuustilanteeseen. Myös puskurikyky happamoitumista vastaan parani joksikin aikaa. Vuoden 2014 kalkitus muutti veden happamuustason normaaliksi ja järven puskurikyky palasi hyväksi. Veden ravinnetasot ovat vaihdelleet karujen tai lievästi rehevien järvien tasolla. Vuoden 2014 kalkitus alensi fosforipitoisuuksia hieman. Pohjoisessa järvialtaassa ei esiinny happitaloudessa ongelmia, mutta eteäisessä altaassa niitä on. Järven lämpötilakerrostuminen ei täyskierron aikana purkaudu täysin, sillä veteen on täällä sekoittunut kalsiumia. Pohjan lähellä oleva alusvesi onkin hapeton. Hapettomassa vedessä sedimenteistä liukenee ravinteita takaisin vedeen ja alusvesi onkin hyvin ravinnepitoista. Ruokejärven vesi on kalkituksen seurauksena hyvä.
Iidesjärvi Rehevä Iidesjärvi on merkittävä hyönteis- ja lintukohde Pirkanmaalla. Vuonna 2001 hyönteisiä tavattiin 1 217 lajia. Järvi on kuulunut valtakunnalliseen lintuvesien suojeluohjelmaan vuodesta 1982 lähtien. Rannat ovat reheviä viitoja, ruovikoita ja saraikkoja. Luhdat ovat laajimmillaan järven itäpäässä, missä sijaitsee järven ainoa lintutorni.
Liesijärvi (Ylöjärvi) 1980-luvulla järvi oli ilmeisesti suo- ja metsäojituksista johtuen rehevä, mutta tilanne on 1990-luvulla parantunut lievästi reheväksi. Talvella 2012 typpipitoisuus (790 µg/l) oli humusvedelle normaali ja fosforipitoisuus (20 µg/l) oli lievästi rehevälle vesistölle ominainen. Mataluus huomioiden järven happitilanne pysyy pääosin hyvänä. Lähinnä pohjalla voi esiintyä talvisin happivajetta. Liesijärven virkistyskelpoisuus talvella 2012 välttävä. Vaikka järven arvo kalavetenä jää happamuuden osalta välttäväksi, Liesijärvi on ainakin takavuosina ollut hyvä pilkkijärvi isoine ahvenineen.
Lamminjärvi (Laitilan Lausti) Järven veden tilaa on tutkittu vuosina talvella 1990 ja syksyllä 1995. Niiden tuloksien mukaan järven tila vaihteli rehevästä lievästi rehevään. Talvella 1990 veden happitilanteessa oli lievästi vajausta.
Tottijärvi (järvi) Järven ravinnepitoisuudet ovat voimakkaasti koholla. Ne vaihtelevat voimakkaasti sekä eri vuosina että eri vuodenaikojen mukaan. Kesäisin fosforipitoisuus nousee yleensä erittäin rehevien järvien tasolle, mutta talvisin se laskee rehevien tai lievästi rehevien järvien tasolle. Tämä voidaan selittä laajan peltoalueen tuomalla hajakuormituksella, joka on riippuvainen sademääristä. Myös Tottijärven vedenpuhdistamon päästöt vaikuttavat kuormitukseen vähäisin määrin. Koska vedessä esiintyy runsaasti ravinteita, kuluttavat ne veden happea talvisin jääkannen alla. Jos järven jääpeite säilyy pitkään tai jos alusvesi on ollut järven jäätyessä lämmintä, kuluu järven happi lähes loppuun. Talvella vuosina 1981, 1993, 1996 ja 2000 alusveden lämpötila oli korkea ja pohjan läheinen vesikerros oli täysin hapeton. Kun hapenkulutus on muina vuosina ollut suurta, happipitoisuus on laskenut pintavesissä kylläisyysasteella ilmaistuna alle 50 % ja alusveden happipitoisuus ollut vähäinen. Happitilanne on siten aina korkeintaan välttävä. Kesällä matala Tottijärvi ei lämpötilakerrostu, joten silloin ei happiongelmia esiinny.
Sauninjärvi Järven vedenlaatua on tutkittu talvella 1989, 1990, 2004 ja 2015. Vesi vaihtuu järvessä melko nopeasti ja sen vuoksi vedenlaatu vaihtelee säiden vaihteluiden mukaisesti. Vesi vaihtuu järvessä laskennallisesti 85 vuorokauden välein. Vesi on väriltään ruskeaa ja siinä on runsaasti humusta, minkä vuoksi veden happamuustaso on matala. Talvella veden pH-taso on lähellä 6,0, jota alhaisempia arvoja eivät esimerkiksi ravut siedä. Talvella 2015 oli veden pH-taso korkeammalla ja tämä taso vaikuttaisi olevan järvelle normaalia. Kesätasot ovat olleet korkeammalla ja lähellä neutraalia. Järven puskurikyky happamoitumista vastaan on välttävä. Valuma-alueelta tulee ravinnekuormitusta, mikä näkyy järvessä kohonneinna pitoisuuksina. Fosforipitoisuudet vaihtelevat eri vuosina erittäin rehevien ja lievästi rehevien järvien tasojen väliä. Korkeat ravinnepitoisuudet ruokkivat leväkasvustoa, joka äityi esimerkiksi vuonna 2004 runsaaksi. Leviä esiintyy erittäin reheville järville ominaisia määriä. Järvessä veden happitilanne on tavella tyydyttävällä tasolla. Jopa pintavesissä hapen kuluminen on voimakasta. Järven mataluudesta johtuen siihen ei synny lämpötilakerrostumista eikä happikatoa pääse syntymään. Sauninjärvi soveltuu virkistyskäyttöön tyydyttävästi.
Eutrofinen järvi Kalalajisto yksipuolistuu karuun järveen verrattuna, mutta kalaston biomassa kasvaa. Se voi olla jopa 50 kg/ha (kilogrammaa hehtaarilta). Yleisiä suomalaisen rehevän järven lajistoa ovat särki, ahven, hauki, lahna ja kuha. Lintujen vaatimukset seuraavat järven tuotantoa. Erityisesti sellaiset lintulajit, jotka ovat vaateliaat, hakeutuvat reheville järville ruokailemaan ja lisääntymään. Tällaisia ovat Suomessa esimerkiksi nokikana, haapana, härkälintu, sinisorsa, tavi, punasotka, silkkiuikku, tukkasotka, telkkä ja naurulokki.
Karvalehti Karvalehti on rehevien vesistöjen kasvi. Se kasvaa järvissä, murtovesilahdissa, rantalammikoissa ja ojissa. Sitä tavataan myös hitaasti virtaavassa vedessä. Suomessa karvalehti on vesistöjen rehevöitymisen myötä yleistynyt. Rehevillä järvillä karvalehti voi kasvaa sellaisiksi massoiksi, että se haittaa järvien virkistyskäyttöä. Koska karvalehdellä ei ole juuria, ja se lisääntyy pienistäkin pätkistä, kasvin hävittäminen niittämällä on vaikeaa.
Kirkkojärvi (Kisko) Järvi on biotyypiltään matala humusjärvi, jonka ekologinen tila on enää välttävä. Sen vedenlaatua tarkkailaa säännöllisesti kesäisin Pappilannokan, Mussalon ja Kajalan mittauspisteistä käsin. Järven levätilannetta seurataan myös säännöllisesti. Pitkällä aikavälillä ovat sekä veden fosforipitoisuudet että sen typpipitoisuudet kohonneet huomattavasti. Veden sisältämän planktonin a-klorofyllipitoisuudet ovat suuret, mikä viittaa voimakkaaseen rehevöitymiseen. Tämä on aiheuttanut järven päällysvedessä happipitoisuuden ylikylläisyyttä, mutta samaan aikaan on alusvedessä ravinteista ja eliötoiminnasta johtuvaa hapettomuutta. Järveä luonnehditaankin reheväksi tai erittäin reheväksi järveksi.
Alainen Latvajärvi Veden laatua on tutkittu kesällä 1989 ja talvella 1990. Veden humuspitoisuus on suuri, veden väri tumma ja sen happamuustao on alhainen. Ravinteita on vedessä enemmän kuin levän määrästä voisi päätellä. Fosforin pitoisuudet vastaavat rehevien järvien tasoa, mutta klorofyllin määrät vastaavat vain lievästi rehevien järvien tasoa. Järven virkistyskäytön luokittelussa se saa arvosanan välttävä.
Sorvajärvi (Ylöjärvi) Sorvajärven vedenlaatua on tutkittu vuosina 1960, 1964-1965, 1969, 1986-1987, 1993 ja 2001. Vesi on ruskean väristä ja sisältää humusta. Järven väri on vuosien mittaan tummentunut. Veden happamuustaso on normaali ja järven puskurikyky happamoittumista vastaan on hyvä. Järven veden ravinnepitoisuudet ovat lievästi reheville ja ajoittain reheville järville tyypilliset. Vuonna 1986 huomattiin järvessä selvä lämpötilakerrostuneisuus, jonka vuoksi alusveden happivaje voimistui. Myöhemmissä tutkimuksissa vuosin 1987 ja 2001 kerrostuneisuutta ei ole havaittu ja happitilanne oli hyvä. Järven vedenlaatu on tyydyttävä, mutta rehevöityminen heikentää veden laatua. Tästä saattaa joskus aiheutua happivajetta järven pohjakerroksissa.
Vähä Mustajärvi (Ylöjärvi) Vähä Mustajärven vedenlaatua on tutkittu vuosien 1981, 1983, 1989, 1992, 2000 ja 2013 talvina. Veden väri on erittäin tummaa ja se on kirkasta, humuspitoisuus on korkea ja veden happamuustaso eli pH on matala. Humuksen suuri määrä kasvattaa suuresti veden kemiallista hapenkulutusta. Tämä reaalisoituu talvella, kun jään alla happivajetta alkaa syntyä. Onneksi veden nopea vaihtuminen estää hapen kulumista loppuun saakka happikadoksi. Järvi on pahasti happamoitunut. Talvella sen pH-taso alittaa arvon 5,0. Järvellä ei ole enää jäljellä mitään puskurointikykyä happamoitumista vastaan. Veden ravinnepitoisuudet olivat fosforin osalta korkeimmillaan 1980-luvun alussa, mutta ravinteiden pitoisuudet ovat laskeneet koko ajan. Nykyään järvi on rehevyystaso on vaihdellut lievästi rehevän ja rehevähkön humusjärven välillä. Järven seuranta-arvot myötäilevät valuma-alueen yläjuoksun järvien arvoja, koska veden vaihtuvuus on suurta. Kesien tilanteista ei ole tutkittua tietoa. Järven vedenlaatu on vain välttävällä tasolla.
Eutrofinen järvi Typen erilaisia yhdisteitä vedessä ovat epäorgaanisista yhdisteistä esimerkiksi nitraatit, nitriitit ja ammoiniumit sekä niiden lisäksi orgaaniset typen yhdisteet. Epäorgaaniset yhdisteet ovat helppoja mitata, mutta parhaan kokonaiskuvan järven typpitilanteesta antaa kokonaistypen pitoisuudet. Suomessa luonnontilaisen järven kokonaistypen pitoisuus on vaihtelee 200–500 μg/l, joskin humuspitoisissa järvissä typpiarvot ovat kaksinkertaiset. Ruskeassa vedessä, jossa on erittäin runsaasti humusta, typpipitoisuudet ylittävät usein rajan 1000 μg/l. Eutrofisissa järvissä pitoisuudet ovat usein 600–1500 μg/l ja sitä suuremmat arvot luokitellaan erittäin reheväksi. Lievästi rehevässä järvessä arvot ovat yli 400 μg/l, jonka rajan alapuolella järvi on yleensä karu.
Pitkäjärvi (Ylöjärvi, Länsi-Aure) Pitkäjärvi on kuulunut soiiden ennallistamishankkeeseen (suo-ojien tukkiminen) ja sen vedenlaatua on seurattu sen vuoksi tiiviisti vuosina 1980–2008. Veden humuspitoisuus on korkea ja veden happamuudentaso (eli pH) on alhainen. Nämä suureet ovat tyypillisiä suomalaisille suojärville. Järven fosforipitoisuudet olivat alussa korkeita, mutta ne ovat laskeneet lievästi rehevien järvien tasolle. Levien määrä vedessä on kuitenkin vaihdellut. Välillä levämäärät ovat olleet karujen järvien tasolla, mutta toisinaan ne ovat kohonneet lievästi rehevien järvien tasoille. Korkeat levämäärät voivat olla sidoksissa korkeisiin typen ja ammoniumtypen silloisiin pirtoisuuksiin. Järven happitalous on tyydyttävä tai välttävä tasoltaan. Alusveden happikatoa esiintyy lopputalvella ja -kesällä. Järven virkistyskäytön arvosana on heikko.