امنیت اطلاعات با وجود اینکه همه مزایایی که تجارت الکترونیک به همراه دارد، انجام تراکنش‌ها و ارتباطات آنلاین محملی بزرگتر برای سوء به‌کارگیری فناوری و حتی اعمال مجرمانه فراهم می‌کند. این مشکلات تنها مختص تجارت الکترونیک نیست و بخشی از مشکلات گسترده ایست که در سراسر جهان گریبانگیر سامانه‌های اطلاعاتی و رایانه‌ای هستند. هر ساله سازمان‌های بسیاری هدف جرائم مرتبط با امنیت اطلاعات، از حملات ویروسی گرفته تا کلاه‌برداری‌های تجاری از قبیل سرقت اطلاعات حساس تجاری و اطلاعات محرمانه کارت‌های اعتباری، قرار می‌گیرند. چنین حملات امنیتی موجب میلیون‌ها دلار ضرر و اخلال در فعالیت شرکت‌ها می‌شوند. بسیاری از گزارشگران و مشاوران هزینه خسارات مرتبط با نقائص امنیتی را تا میلیاردها دلار برآورد کرده‌اند. با اینحال آنچه مهم‌تر از صحت میزان این خسارات است، این واقعیت است که با افزایش کاربران سامانه‌های اطلاعاتی، دسترسی آسان به اطلاعات و رشد فزاینده کاربران مطلع (فنی) می‌توان به راحتی فرض کرد که تعداد این سوء استفاده‌ها از فناوری و تهدیدهای امنیتی نیز به همین نسبت افزایش یابد. متأسفانه، از آنجا که بسیاری از شرکت‌ها دوست ندارند نفوذ به سامانهشان را تأیید و اطلاعاتشان در مورد این نفوذها و وسعت آن‌ها را با دیگران به اشتراک بگذارند، میزان دقیق خساراتی که شرکت‌ها از جرائم مرتبط با امنیت متحمل شده‌اند، را نمی‌توان بدست آورد. بی میلی به ارائه اطلاعات مربوط به نقائص امنیتی، از این ترس معمول ناشی می‌شود که اطلاع عموم از چنین نقایصی باعث بی‌اعتمادی مشتریان نسبت به توانایی شرکت در حفظ دارائی‌های خود می‌شود و شرکت با این کار مشتریان خود و در نتیجه سوددهی اش را از دست خواهد داد. از آنجایی که مصرف‌کنندگان امروزی نسبت به ارائه آن لاین اطلاعات مالی بی‌اعتماد اند، شرکت‌ها با تأیید داوطلبانه این واقعیت که قربانی جرائم مرتبط با امنیت شده‌اند، چیزی بدست نمی‌آورند. با هیجانات رسانه‌ای که امروزه دور و بر اینترنت و قابلیت‌های آن وجود دارد، حفظ یک تصویر مثبت از امنیت تجارت الکترونیک در اذهان، دغدغه شماره یک بسیاری از شرکت‌ها است و برای بقاء و باقی ماندن در رقابت کاملاً ضروری است. نبود اطلاعات دست اول از موارد واقعی برنامه‌ریزی و مقابله با تهدیدهای امنیتی را بسیار مشکلتر کرده‌است اما با این وجود هم فناوری‌ها و روش‌های امنیت اطلاعات و فنون کلی مدیریتی در برنامه‌ریزی و حفاظت از منابع فناوری اطلاعات سازمان، در یک دهه گذشته پیشرفت قابل توجهی داشته‌اند. اکنون خبرگانی هستند که در حوزه امنیت سایبر تخصص پیدا کرده‌اند و راهکارهای زیادی برای حفاظت از فناوری‌های تجارت الکترونیک از مجرمین بالقوه فضای سایبر دارند. بسیاری از شرکت‌ها دریافته‌اند که برای موفقیت در تجارت الکترونیک، علاوه بر روش‌های امنیتی که برای حفاظت از منابع فناوری اطلاعات طراحی شده‌اند، نیازمند سرمایه‌گذاری و برنامه‌ریزی برای ایجاد یک برنامه جامع امنیت هستند تا بدان طریق از دارایی‌هایشان در اینترنت محافظت و از نفوذ مجرمین به سامانه‌هایشان که موجب خسارت دیدن فعالیت‌های تجارت الکترونیک آن‌ها می‌شود جلوگیری کنند. برنامه جامع امنیت تجارت الکترونیک شامل برنامه‌های حفاظتی که از فناوری‌های موجود (نرم‌افزار و سخت‌افزار)، افراد، برنامه‌ریزی راهبردی استفاده می‌کنند و برنامه‌های مدیریتی که برای حفاظت از منابع و عملیات تجارت الکترونیک شرکت طراحی و اجرا می‌شوند، است. چنین برنامه‌ای برای بقاء کلی فعالیت‌های تجارت الکترونیک شرکت حیاتی است و سازمان باید آن را به عنوان مؤلفه‌ای اساسی در راهبرد تجارت الکترونیک موفق به حساب آورد. موفقیت چنین برنامه‌هایی به حمایت کامل مدیران رده بالا و مشارکت کامل بخش فناوری اطلاعات و مدیریت در جهت درک تأثیرگذاری و محدودیت‌های برنامه است. علاوه بر این برای اطمینان از بروز بودن این برنامه و ابزارهای آن و هماهنگی با واپسین فناوری‌ها و فنون مدیریت، باید آن را به‌طور مداوم مورد ارزیابی و سنجش قرار داد.