ادوار اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران شورای انقلاب در اواخر سال پنجاه و نه این اختیار را به وزارت بازرگانی داد که «نصف منهای یک نفر» از اعضای اتاق را انتخاب کند و بقیه بارأی کسانی که کارت بازرگانی دارند، انتخاب شوند.سال‌های پایانی جنگ دفاع ایران در برابر حمله صدام حسین، و همچنین تغییر دولت از مهم‌ترین ویژگی‌های این دوره بود. دولت دوره جنگ رابطه خوبی با اتاق داشت. نهادگراهایی که اعتقاد چندانی به بخش خصوصی نداشتند، در این دوره دولت را به لیبرال گراها تحت عنوان دولت سازندگی واگذار کردند. دولت سازندگی هم در بدو ورود سعی در کنترل وضعیت معیشت مردم داشت، به همین دلیل رابطه خود را با اتاق بازرگانی حفظ کرد. در سال پایانی این دوره، قانون اتاق بازرگانی در مجلس شورای اسلامی تغییر کرد تا از شصت نفر اعضای اتاق، بیست نفر آن‌ها توسط دولت انتخاب شود.بعد از مدت‌ها رقابت بر سر ورود به اتاق بازرگانی اتاق از تک‌حزبی خارج شد و نفوذ حزب کارگزاران به اتاق بازرگانی به پیروزی آن‌ها منجر شد. ریاست اتاق بازرگانی همچنان در اختیار، علینقی خاموشی کهنه‌کار قرار داشت.به‌رغم پیروزی اکثر کارگزاران نی‌ها در انتخابات، ریاست اتاق بنا بر توافق همچنان به علینقی خاموشی رسید. سال‌های پایانی دولت هاشمی رفسنجانی و سپردن دولت به اصلاحات با انتخابات ریاست جمهوری مهم‌ترین اتفاق این دوران بود که اتاق بازرگانی را، نیز تحت تأثیر قرارداد.ورود اصلاح‌طلبان به اتاق بازرگانی به حضور چند تن از اعضای آن‌ها انجامید. محمدرضا بهزادیان کم‌کم برای ریاست اتاق بازرگانی در دوره بعدی برنامه‌ریزی کرد و سرانجام موفق شد ۲ سال به‌عنوان رئیس اتاق بازرگانی تهران فعالیت کند. تعدد جناح‌های سیاسی در این دوره از انتخابات، به سیاسی شدن بیشتر اتاق بازرگانی انجامید که خیلی از منتقدین، این دوره را، دوره جایگزینی سیاست به‌جای اقتصاد در اتاق بازرگانی می‌دانند.اصلاح‌طلبان بالاخره در سال‌های پایانی دولت اصلاحات توانستند که گام به اتاق بازرگانی بگذارند و در نخستین گام بر صندلی ریاست اتاق بازرگانی تهران نیز تکیه زدند. اصولگرایان هم به اتاق بازرگانی راه یافتند تا سلایق موجود در اتاق بازرگانی در این دوره افزایش پیدا کند. در نهایت با تخلف بهزادیان، باطل شدن کارت بازرگانی وی، به کنار رفتنش از اتاق بازرگانی انجامید. این دوره همچنین آخرین دوره حضور خاموشی بر ریاست اتاق بازرگانی بود. جدا شدن اتاق بازرگانی تهران از اتاق بازرگانی ایران و ایجاد اتاق‌های استانی از مهم‌ترین اتفاقات این دوره بود.در این دوره از انتخابات اصولگرایان اتاق بازرگانی را در دست گرفتند و محمد نهاوندیان برای اولین بار ریاست اتاق را از علی‌نقی خاموشی گرفت. چالش‌های موجود در قانون بهبود فضای کسب‌وکار و راه‌اندازی شورای گفتگوی دولت و بخش خصوصی مهم‌ترین اتفاق اتاق بازرگانی در این دوره بود. در سال‌های پایانی این دوره حسن روحانی سکان دولت یازدهم را به‌دست گرفت و عده‌ای از اعضای اتاق را با خود به دولت برد که مهم‌ترین آن‌ها خودِ محمد نهاوندیان بود و رئیس اتاق بازرگانی ایران به‌عنوان رئیس دفتر رئیس‌جمهور انتخاب شد و مدتی به‌طور هم‌زمان ریاست اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی و نیز حضور در نهاد ریاست جمهوری را دنبال کرد تا در انتخابات اتاق با حمایت وی غلامحسین شافعی ردای ریاست اتاق را به تن کند.در این دوره تعداد شرکت‌کنندگان برای ورود به اتاق بازرگانی شصت و سه درصد افزایش داشت. طیف سنتی همچنان تلاش می‌کرد در اتاق بماند، گروه تحول خواهان نیز که سردمدار آن محمدرضا بهزادیان، در دوره قبل رد صلاحیت شده بود، به‌شدت تلاش می‌کرد گروه خود را وارد اتاق کند، ائتلاف ایرانی آباد پرچم خصوصی‌سازی اتاق را بالابرده و شعارش اتاق خصوصیِ شیشه‌ای هدف ماست می‌بود و دیگر گروه‌های شرکت‌کننده هم هرکدام وارد انتخابات شدند. در نهایت در این دوره «ائتلاف برای فردا» پیروز انتخابات شد.در این دوره فهرست ائتلاف برای فردا با بالاترین رای پیروز انتخابات نهمین دوره اتاق بازرگانی تهران شد و با رأی‌آوری ۴۰ کاندیدای موجود در لیستِ ائتلافش در انتخابات اتاق بازرگانی تهران پیروزی قاطعانه‌ای کسب کرد و هر ۴۰ کاندیدای این ائتلاف به اتاق بازرگانی تهران راه پیدا کردند.