শাক্তধর্মের ইতিহাস শাক্তধর্ম-সংক্রান্ত সাম্প্রতিক ঘটনাবলির মধ্যে উল্লেখযোগ্য ভারতমাতা প্রতীকবাদ, সাধ্বী ও স্ত্রীগুরুগণের ক্রমবর্ধমান উপস্থিতি এবং ১৯৭৫ সালে "জয় সন্তোষী মা" নামক চলচ্চিত্রটির মুক্তিলাভের পর সন্তোষী মাতা নামে এক "নতুন" দেবীর জনপ্রিয়তা বৃদ্ধি। এক ব্যাখ্যাকারীর মতে:
"আজ থেকে ১০,০০০ বছর আগে যেমন ছিল, তেমনি আজকেও ভারতের সর্বত্র দেবীপ্রতিমার ছড়াছড়ি। তাঁদের পাওয়া যায় ট্রাকের সাইডে, ট্যাক্সির ড্যাশবোর্ডে, দোকানের দেওয়ালে। হিন্দুর ঘরেও দেবীর রঙিন ছবি স্থায়ীভাবে রাখা থাকে। এই ছবি সাধারণত দেওয়ালে এতটা উঁচুতে ঝোলানো থাকে যে ঘাড় পিছন দিকে বেঁকিয়ে তাঁর পদদর্শন করতে হয়। [...] ভারতে দেবীপূজা 'কাল্ট' নয়, এটি একটি ধর্ম। [...] একটি অসাধারণ আধ্যাত্মিক ও মনস্তাত্ত্বিকভাবে পরিণত ঐতিহ্য। লক্ষ লক্ষ মানুষ প্রতিদিন পরম শ্রদ্ধার সঙ্গে বিশ্বজননীকে স্মরণ করেন।"
এখনও পর্যন্ত প্রত্নতাত্ত্বিক উৎখননের মাধ্যমে প্রাচীনতম যে দেবীমূর্তিটি ভারতে (এলাহাবাদের কাছে) পাওয়া গিয়েছে, সেটি উচ্চ প্যালিওলিথিক সভ্যতার। কার্বন-ডেট অনুযায়ী তা ২০,০০০-২৩,০০০ খ্রিষ্টপূর্বাব্দের। উত্তরপ্রদেশের মির্জাপুরের কাছে ওই একই সময়ের কয়েকটি রঙিন পাথর পাওয়া গিয়েছে। এই পাথরগুলির উপর প্রাকৃতিক ত্রিভুজ অঙ্কিত। উল্লেখনীয় বিষয় হল, ওই অঞ্চলের আদিবাসীরা আজও যে পাথরগুলিকে দেবীজ্ঞানে পূজা করে, সেগুলিতেও একই রকম ত্রিভুজ অঙ্কিত অবস্থায় দেখা যায়। তদুপরি, এগুলি "সম্ভবত পরবর্তীকালের তান্ত্রিক "যন্ত্র" নামক প্রতীকবাদের সঙ্গে সম্পর্কিত। তান্ত্রিক যন্ত্রে ত্রিভূজ উর্বরতা ও প্রজননের একটি প্রধান প্রতীক।"
সিন্ধু সভ্যতার পূর্বসূরি তথা বিশ্বের অন্যতম প্রধান নিওলিথিক প্রত্নক্ষেত্র মেহেরগড়ে কয়েক হাজার ছোটো ছোটো নারীমূর্তি পাওয়া গিয়েছে। এগুলির মধ্যে সবচেয়ে প্রাচীন মূর্তিগুলি ৫৫০০ খ্রিষ্টপূর্বাব্দের। এই সব মূর্তি এবং অন্যান্য প্রত্নতাত্ত্বিক আবিষ্কারগুলি থেকে প্রমাণিত হয় যে, "তন্ত্রবাদের মূল আদর্শসমূহ, সাংখ্য দর্শন, যোগাভ্যাস ও আধুনিক শাক্তধর্ম – যা পরবর্তীকালের হিন্দুধর্মের জীবন্ত বৈশিষ্ট্যে পরিণত হয়, তা সরাসরিভাবেই এই প্রাক-বৈদিক উৎস থেকে উৎসারিত।"
পরবর্তী সিন্ধু সভ্যতার কেন্দ্র হরপ্পা ও মহেঞ্জোদাড়ো (৩৩০০-১৬০০ খ্রিষ্টপূর্বাব্দ) "এক মিশ্র জনসংখ্যার আবাসস্থল হয়ে উঠেছিল। এখানকার অধিবাসীদের বৃহত্তম অংশটি ভাগ্যান্বেষণে আশেপাশের গ্রাম থেকে বড়ো শহরে চলে আসে। সেই সঙ্গে তারা নিয়ে আসে তাদের নিজস্ব কাল্ট ও প্রথা-রীতিনীতি এবং কৃষিজীবী সম্প্রদায়ের নারী আদর্শ, যা হরপ্পান [অর্থাৎ সিন্ধু সভ্যতার] ধর্মের মূল ভিত্তিটি রচনা করে। উচ্চ শ্রেণীর মানুষেরা নিম্ন শ্রেণীর মানুষদের কোনো কোনো কাল্ট ও প্রথা গ্রহণ করেছিল। তবে তারা আদি অনভিজাত লৌকিক আকারে তা নেয়নি। এই কাল্টের উপর তারা আভিজাত্যের রং ছোঁওয়ায়। এর মধ্যমে এই সব দেবীর উপাসকদের সমাজে উচ্চস্থানটি নির্দিষ্ট করা সম্ভব হয়।"
একদা অবলুপ্ত একটি সভ্যতার ধর্মমতের পুনরুদ্ধার দীর্ঘকাল পরে সম্ভব নয়। কিন্তু পুরাতাত্ত্বিক ও নৃতাত্ত্বিক প্রমাণ থেকে মনে করা হয়, শাক্তধর্মের প্রথম বীজ উপ্ত হয়েছিল এই সময়েই:
"মহেঞ্জোদাড়োর মাতৃকাদেবী কাল্টে, [...] দেবী পরিণত হয়েছেন এক চিরন্তন সর্বব্যাপী, সর্বশক্তিমতী আদর্শ নারী - "প্রকৃতি" বা "শক্তি"-তে। আদর্শ পুরুষ "পুরুষ"-এর সঙ্গে মিলিত হয়ে তিনি হয়েছেন "জগদম্বা" বা "জগন্মাতা", অর্থাৎ, বিশ্বজননী ও দেবমাতা। নিজের সর্বোচ্চ রূপে তিনি শিবের পত্নী মহাদেবী, কিন্তু [সেই সঙ্গে] তাঁর সৃষ্টিকারিণীও বটে।"
উপমহাদেশের উত্তর অংশে এই সব দার্শনিক মত ও প্রথা-রীতিনীতির উদ্ভবের সঙ্গে সঙ্গে দেবী-কেন্দ্রিক সংস্কার-ঐতিহ্যের অতিরিক্ত কিছু রূপ দক্ষিণ ভারতের অভিজাত দ্রাবিড় সভ্যতাতেও প্রসারিত হয়। এন এন ভট্টাচার্যের মতে, "আদর্শ নারীর কাল্ট দ্রাবিড় ধর্মেরও একটি প্রধান বিষয়। শক্তিধারণা তাদের ধর্মের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ। পরবর্তীকালে ধীরে ধীরে তাদের দেবীরা পৌরাণিক দেবী পার্বতী, দুর্গা বা কালীর সঙ্গে একাত্মভূত হয়ে যায়। [...] শাক্তধর্মের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ হল "সপ্তমাতৃকা" কাল্ট। এটিও সম্ভবত দ্রাবিড় উৎস থেকে অনুপ্রাণিত।"