বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ১৯৭১ সালের মার্চে ঢাকার মার্কিন কনসাল আর্চার কে ব্লাডের লেখা গ্রন্থ, “দি ক্রুয়েল বার্থ অব বাংলাদেশ” থেকে জানা যায় সে রাতে রোকেয়া হলে আগুন ধরানো হয়েছিল এবং ছাত্রীরা হল থেকে দৌড়ে বের হবার সময় মেশিন গান দিয়ে গুলি করা হয়। ১০ নভেম্বর ১৯৭১ সালের কতিপয় দুস্কৃতকারী অস্ত্র নিয়ে রোকেয়া হলে হামলা করে প্রায় দুই ঘণ্টা ৩০ জন ছাত্রীকে আটকে রাখে। তারা হলের প্রোভস্টের বাড়িতেও প্রবেশ করে। উল্লেখ করা যায় যে, ১৯৭১ সালে রোকেয়া হলের প্রবেশপথের পাশে একটি শক্তিশালী পাকিস্তানি সামরিক অবস্থান ছিল। তাদের সহায়তা ব্যতিত নিছিদ্র ব্লাকআউট প্রহরা ও মোবাইল পেট্রোলিংকে ফাঁকি দিয়ে সশস্ত্র দুস্কৃতকারীদের রোকেয়া হলে দুই ঘণ্টা অপারেশন চালানো সম্ভব ছিল না। 
গভর্ণর টিক্কা খান বিশ্ববিদ্যালয়ের বিভিন্ন বিভাগের প্রধানদের ২১ এপ্রিল ও শিক্ষকদের ১ জুন থেকে কাজে যোগ দিতে আদেশ দেন। তার ঘোষণা মতে ২ আগস্ট থেকে ক্লাস শুরুর কথা ছিল। স্বাভাবিক অবস্থা দেখানোর জন্য বিশ্ববিদ্যালয় খোলার আগে পরিষ্কার করার নামে ইকবাল হল, সলিমুল্লাহ হল, এবং জগন্নাথ হলের ঘরে ঘরে ছাত্রদের ফেলে যাওয়া বই পুস্তক, কাগজ পত্র, বিছানা পত্র জ্বালিয়ে দেওয়া হয়। তখন সকল পরীক্ষা স্থগিত ছিল। ঐ সময় ক্লাসে ছাত্রদের উপস্থিতি ছিল খুব কম। প্রতিদিনই প্রায় কলাভবনে গ্রেনেড বিস্ফোরন হত। সেপ্টেম্বর মাসে মুক্তিযুদ্ধের তীব্রতা বেড়ে যাওয়ার সাথে সাথে ক্লাসে ছাত্রদের উপস্থিতিও বাড়ে। ক্লাস করা ছাত্রদের মধ্যে অনেকেই মুক্তিযোদ্ধা হওয়ায়, তারা গ্রেনেড ফাটিয়েই ক্লাসে ঢুকে যেত। ফলে, সেনাবাহিনী কাউকে ধরতে সক্ষম হত না। পাক সৈন্যরা ঐ সময় কলাভবনের বটগাছটি কেটে ফেলে এবং মধুর ক্যান্টিন উড়িয়ে দিতে যায়। উর্দুর অধ্যাপক আফতাব আহমদ সিদ্দিকী তাদের বাঁধা দিয়ে জানান, ১৯০৬ সালে ঐ ভবনে মুসলিম লীগ প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। 
মুক্তিযুদ্ধের সাথে সম্পৃক্ত থাকার অভিযোগে কয়েকজন শিক্ষককে টিক্কা খান সরকার বন্দি করে। তদের মধ্যে ছিলেন ড. আবুল খায়ের, ড. রফিকুল ইসলাম, কে এ এম সালাউদ্দিন, আহসানুল হক, গিয়াসুদ্দিন আহমদ, জহুরুল হক এবং এম শহীদুল্লাহ। মার্শাল ল গভর্ণর লে. জেনারেল টিক্কা খান অধ্যাপক মুনির চৌধুরী, অধ্যাপক নীলিমা ইব্রাহিম, অধ্যাপক সিরাজুল ইসলাম চৌধুরী, অধ্যাপক এনামুল হককে লিখিত ভাবে সতর্ক করে দেন। ড. আবু মোহাম্মদ হাবিবুল্লাহকে পদচ্যুত্য করা হয়। ড. মোহাম্মদ মনিরুজ্জামানকে পদচুত্য করে ছয় মাসের আটকাদেশ দেওয়া হয়, তবে পাকিস্তান বাহিনী তাকে ধরতে পারে নি। দেশদ্রোহিতার অভিযোগে রাষ্ট্রবিজ্ঞানের অধ্যাপক আবদুর রাজ্জাককে তার অনুপস্থিতিতে ১৪ বছরের সশ্রম কারাদন্ড দেওয়া হয়। 
১৯৭১ সালের মার্চে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ছিল উপাচার্য বিহীন। ঐ সময় উপাচার্য ঢাকা হাইকোর্টের বিচারপতি আবু সাঈদ চৌধুরী দেশের বাইরে জেনেভাতে “জাতিসংঘের মানবাধিকার সম্মেলনে” ছিলেন। মার্চের মাঝামাঝি সময়ে জেনেভার পত্রিকায় ঢাকায় দুইজন ছাত্রের মৃত্যুর সংবাদ পেয়ে, বিচারপতি চৌধুরী পাকিস্তান প্রাদেশিক শিক্ষা সচিবকে লিখিত ভাবে তার পদত্যাগ পত্র দেন এবং মানবাধিকার সম্মেলন ছেড়ে লন্ডনে পৌছেন। তিনি বিদেশে প্রবাসী সরকারের বিশেষ প্রতিনিধির দায়িত্ব পালন করেন। অন্যদিকে চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য ড. আজিজুর রহমান মল্লিক মুজিবনগর গিয়ে মুক্তিযুদ্ধ সংগঠনে ভূমিকা রাখেন। পাকিস্তান বাহিনী তৎকালীন রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য ড. সৈয়দ সাজ্জাদ হোসায়েনকে তাদের কনভয়ে ঢাকায় নিয়ে আসে এবং ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্যের পদে বসান। রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য করা হয় ড. আবদুল বারীকে। এদের সহায়তা করেন ড. হাসান জামান, ড. মোহর আলী, ড. এ কে এম আবদুর রহমান, ড. আবদুল বারি(রাবি), ড. মকবুল হোসেন (রাবি), ড. সাইফুদ্দিন জোয়ারদার (রাবি)। এরা সকলেই টিক্কা খানের বিশ্ববিদ্যালয় “পুনর্বিন্যাস কমিটির সদস্য” ছিলেন। বিদেশী পত্রিকায় প্রকাশিত “পূর্ব পাকিস্তানে বাঙালিদের জীবনের কোন নিরাপত্তা নেই” এই সংবাদের প্রতিবাদ করে বাঙালি শিক্ষাবিদ ড. সাজ্জাদ হোসায়েন এবং ড. মেহের আলীর একটি পত্র ১৯৭১ সালের ৮ জুলাই লন্ডন টাইমস্‌ পত্রিকায় প্রকাশিত হয়। 
উপাচার্য ড. সৈয়দ সাজ্জাদ হোসায়েন তার সহযোগী ড. মোহর আলী ও ড. হাসান জামান স্বাধীনতার পর গ্রেফতার হন এবং আটক থাকেন। ১৯৭৩ সালের ১ অক্টোবর ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় সিন্ডিকেটের সিদ্ধান্ত অনুযায়ী তাদের তিনজনকে চাকরি থেকে বরখাস্ত করা হয়।