ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ইতিহাস ১৯৬১ সালে পূর্ব পাকিস্তানে রবীন্দ্র জন্মশতবার্ষিকী পালনে বাধা দেওয়া হয়। কিন্তু আইয়ুব সরকারের সব ভয়ভীতি উপেক্ষা করে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্র শিক্ষকদের উদ্যোগে বিচারপতি মাহবুব মোর্শেদ ও অধ্যাপক খান সারওয়ার মোর্শেদের নেতৃত্বে গঠিত ডু কেন্দ্রিক রবীন্দ্র জন্মশতবার্ষিকী কমিটি মহাসমারোহে রবীন্দ্র জন্ম-শতবার্ষিকী উদ্‌যাপন করে। এই দশকেই পাকিস্তানের দুই অংশের জন্য পৃথক অর্থনীতি প্রবর্তনের প্রয়োজনীয়তাও ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অর্থনীতিবিদরা প্রচার করতে থাকেন। ১৯৬২ সালে পাকিস্তানের পূর্ব অংশে প্রচন্ড ছাত্র বিক্ষোভের সূচনা ঘটে। ১৯৬২-৬৩ সালে ছাত্র বিক্ষোভ এমন আকার ধারণ করে যে সে বছর সর্বমোট ২৭ দিনের বেশি ক্লাস হয়নি। এই আন্দোলনের নেতৃত্বে ছিলেন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্রলীগ ও ছাত্র ইউনিয়নের মেনন ও মতিয়া গ্রুপের ছাত্রছাত্রীরা। ১৯৬২ সালের অক্টোবর মাসে আবদুল মোনায়েম খান পূর্ব পাকিস্তানের গভর্ণর হয়ে আসেন ও ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য ড. মাহমুদ হোসেন মোনায়েম খানের কথা মত ছাত্র আন্দোলন বন্ধে উদ্যোগ না নিয়ে পদত্যাগ করেন। এরপর ময়মনসিংহ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য অধ্যাপক এম ওসমান গনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হয়ে আসেন। ঐ সময় আইয়ুব বিরোধী ছাত্র আন্দোলন দমন করার জন্য মোনায়েম খান ‘জাতীয় ছাত্র ফেডারেশন’ (এনএসএফ) নামে একটি সশস্ত্র ক্যাডার বাহিনী গঠন করে। এনএসএফ ১৯৬৩ সাল থেকে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে এক ত্রাসের রাজত্ব কায়েম করেছিল। ১৯৬৪ সালের ২২ মার্চ ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের সমাবর্তনে ছাত্ররা চান্সেলর মোনেম খানের কাছ থেকে ডিগ্রি নিতে অস্বীকার করে। এতে সমাবর্তন পন্ড হয়ে যায়। ১৯৬৬ সালে এনএসএফ সন্ত্রাসীরা অর্থনীতি বিভাগের শিক্ষক অধ্যাপক ড. আবু মাহমুদকে আহত করে। বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্র ও শিক্ষক সমাজ এর বিরুদ্ধে প্রতিবাদ গড়ে তোলেন। 
১৯৬০ সালের সমাবর্তন অনুষ্ঠিত হয় ১১ জানুয়ারি। এই সমাবর্তনের উপাচার্য ছিলেন বিচারপতি হামুদুর রহমান ও প্রধান অতিথি ছিলেন পাকিস্তানের সামরিক শাসক আইয়ুব খান। ১৯৬১ সালে সমাবর্তনে চ্যান্সেলর ছিলেন লেফটেনেন্ট জেনারেল আযম খান। ষাটের দশকের শুরুতে আইয়ুব খানের সামরিক শাসনামলে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উন্নয়ন কাজ শুরু হয় উপাচার্য ড. মাহমুদ হোসেন ও চ্যান্সেলর জেনারেল আযম খানের তত্ত্বাবধানে। ১৯২১ সালের পর এই প্রথম উন্নয়ন কার্য শুরু হয় ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে। এই সময়ই ১৯৫৮ সাল থেকে অসমাপ্ত অবস্থায় পড়ে থাকা কেন্দ্রীয় শহীদ মিনারের কাজ শেষ হয়। গভর্ণর জেনারেল আযম খান ড. মাহমুদ হোসেনকে সভাপতি এবং অধ্যাপক মুনীর চৌধুরীকে সদস্য সম্পাদক করে যে কমিটি গঠন করে, সে কমিটির সুপারিশ ক্রমেই শহীদ মিনারের কাজ শেষ হয়। । ১৯৬৪ সালের সমাবর্তনে উপাচার্য ছিলেন অধ্যাপক ড. এম ওসমান গনি ও চ্যান্সেলর আবদুল মোনায়েম খান। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ইতিহাসে এবারই প্রথম কোন সমাবর্তনে চ্যান্সেলর ও ভাইস চ্যান্সেলর উভয়ই ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রাক্তন ছাত্র ছিলেন। কিন্তু, মোনায়েম খানের কাছ থেকে ডিগ্রি নিতে ছাত্র ছাত্রীরা অস্বীকার করলে এই সমাবর্তন পন্ড হয়ে যায়। এই ঘটনার পর ১৯৬৯ সাল পর্যন্ত আর ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে সমাবর্তন হয় নি। 
১৯৬৭ সালে আইয়ুব সরকার পূর্ব পাকিস্তানের কয়েকজন সামরিক ও বেসামরিক ব্যক্তির বিরুদ্ধে লেফেটেন্যান্ট কর্ণেল মোয়াজ্জেম হোসেনকে আসামী রুপে ‘আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা’ করে। কয়েকদিন পর শেখ মুজিবকে প্রধান আসামী করা হয়। এই মামলার প্রতিক্রিয়ায় সমগ্র পূর্ব বাংলা ফেটে পরে এবং এই আন্দোলনের নেতৃত্ব দেয় ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ১১ দফার ভিত্তিতে গঠিত ‘সর্বদলীয় সংগ্রাম পরিষদ’ । 
১৯৭১ সালে স্বাধীনতা সংগ্রামে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় এক গুরুত্বপূর্ণ দলিল। একাত্তরে পাকিস্তান সশস্ত্রবাহিনী বাঙালি সৈনিক, বৈমানিক ও ছাত্রছাত্রীগনকে একই পর্যায়ভুক্ত করে আক্রমণ চালিয়েছিল। এই অপারেশনের নাম ছিল “অপারেশন সার্চ লাইট”। এইচ আওয়ার নির্ধারিত হয়েছিল ২৬ মার্চ রাত ১ টা। ক্যান্টনমেন্ট থেকে সেনাবাহিনী প্রথম প্রতিরোধের সম্মুখীন হয় ফার্মগেটে। রাস্তায় পড়ে থাকা একটি বিশাল গাছ বাহিনীর গতিরোধ করে, রাস্তার পাশের এলাকা পুরানো গাড়ি আর স্টিম রোলার দিয়ে বন্ধ ছিল। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের মুসলিম হলের ছাত্ররা হলের সামনে একটি বড় গাছের গুড়ি ফেলে রেখে সেনাবাহিনীকে বাধাঁ দেয়। সকাল ৪টার মধ্যে বিশ্ববিদ্যালয় ভবন গুলো দখল করে নেয় তারা। ১৮ নং পাঞ্জাব, ২২ নং বেলুচ এবং ৩২ নং পাঞ্জাব রেজিমেন্টের বিভিন্ন ব্যাটেলিয়ন নিয়ে গঠিত বিশেষ মোবাইল বাহিনী লেফটেনেন্ট কর্ণেল তাজের নেতৃত্বে স্বয়ংক্রিয় রাইফেল, ট্যাংক বিধ্বংসী বিকয়েললেস রাইফেল, রকেট লাঞ্চার, মর্টার, ভারি ও হাল্কা মেশিনগানে সজ্জিত হয়ে ১৯৭১ সালের ২৫ মার্চ থেকে ২৭ মার্চ সকাল পর্যন্ত ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ক্যাম্পাস ঘেরাও করে আক্রমণ, পাইকারি হত্যা, লুন্ঠন, অগ্নিসংযোগ এবং ধ্বংস যজ্ঞ চালায়। ঐ রাতে দৈবক্রমে পাকিস্তানী আক্রমণ থেকে বেঁচে যাওয়া অধ্যাপক ড. মফিজুল্লাহ্ কবির তার ১৯৭১-৭২ সালের বার্ষিক রিপোর্টে লেখেন, ঐ রাতে ছাত্র সহ প্রায় ৩০০ ব্যক্তি বিশ্ববিদ্যালয় এলাকায় নিহত হয়। সেই সাথে ছিলেন বিশ্ববিদ্যালয়ের ১০ জন শিক্ষক ও ২৬ জন অন্যান্য কর্মচারী। নিহত শিক্ষকদের মধ্যে ছিলেন, ড. ফজলুর রহমান (মৃত্তিকা বিজ্ঞান বিভাগ), অধ্যাপক এ. আর. খান খাদিম (গণিত বিভাগ), অধ্যাপক শরাফত আলী, ড. গোবিন্দচন্দ্র দেব (প্রাক্তন প্রোভস্ট জগন্নাথ হল), অধ্যাপক মনিরুজ্জামান, ড. জ্যোতির্ময় গুহঠাকুরতা (প্রোভস্ট জগন্নাথ হল), অনুদ্বৈপায়ন ভট্টাচার্য, অধ্যাপক মুহম্মদ মুকতাদির (ভূতত্ত্ব) প্রমুখ। সবচেয়ে নারকীয় ঘটনা ঘটে জগন্নাথ হলে, সেই রাতে ৩৪ জন ছাত্র শুধু সেই হলেই নিহত হয়। ২৬ মার্চ রমনা কালীবাড়িও আক্রান্ত হয়। সেস্থলে নিহত হয় জগন্নাথ হলের ৫/৬ জন ছাত্র। হানাদার বাহিনী হত্যা করে মধুর ক্যান্টিন খ্যাত মধুসূদন দে’কেও (মধুদা)। মুক্তিযুদ্ধ কালীন পাকিস্তানী সৈন্যরা মধুর ক্যান্টিন ডিনামাইট দিয়ে উড়িয়ে দিতে শুরু করলে উর্দু বিভাগের শিক্ষক আফতাব আহমদ সিদ্দিকী খবর পেয়ে তাদের বাধাঁ দেন এবং জানান যে এই ভবনেই ১৯০৬ সালে মুসলিম লীগ প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। ১০ নভেম্বর সশস্ত্র সৈন্যরা রোকেয়া হলে প্রবেশ করে এবং ত্রিশজন ছাত্রীর উপর নির্যাতন করে। তারা প্রোভোস্ট বাংলোও অবরোধ করে রাখে।