رئيس الجمهورية التونسية بعد إقرار النظام الجمهوري في 25 يوليو 1957، أصبح تونس ذات نظام رئاسي بامتياز، أين كون بورقيبة حكومته الثانية بعد أربعة أيام، وأصبح يشغل في نفس الوقت منصبي رئاسة الجمهورية ورئاسة الوزراء، وذلك حتى 1969. ركز بورقيبة في عمله على الوحدة القومية وإرساء أسس الدولة الجمهورية الجديدة، وذلك بدعم التربية والتعليم والثقافة وحرية المرأة وإصدار مجلة الأحوال الشخصية، وتحقيق السيادة الوطنية الكاملة عبر إخراج آخر جنود القوات الفرنسية من تونس وتحديدا من بنزرت، وذلك فيما يعرف بأحداث بنزرت في 1961. بعده في 1963، بدأ بورقيبة بتحقيق السيادة الزراعية بتأميم الأراضي الفلاحية المملوكة من الأجانب. عربيا، دعا بورقيبة العرب في 1965 إلى التفاوض مع إسرائيل حول القضية الفلسطينية وتقسيم الأراضي على أساس قرار الأمم المتحدة عدد 181 واتباع سياسة المراحل وعقد صلح مع إسرائيل مقابل إرجاع الجزء الأكبر من الأراضي المحتلة وعودة الفلسطينيين، الأمر الذي لاقى رفضا وتنديدا كبيرين في العالم العربي. سنة 1970، عين بورقيبة الهادي نويرة في رئاسة الوزراء وأعلنه خليفة له في الرئاسة في حالة وفاته. وفي 1973، شدد بورقيبة يده على الحكم والربط بين الحزب والدولة، وأعلنه الحزب الاشتراكي الدستوري رئيسا مدى الحياة. في 1974، اتفق بورقيبة مع معمر القذافي على إقرار الوحدة بين تونس وليبيا عبر إنشاء الجمهورية العربية الإسلامية التي سيكون بورقيبة رئيسها والقذافي نائبه، لكن فشل هذا المشروع. شهدت تونس في يناير 1978 مواجهات حادة بين الدولة والنقابيين فيما عرف بالخميس الأسود تركت أثرا كبيرا في الدولة. حاول بورقيبة تجاوز الإخفاق الناتج عن حكم الحزب الواحد، وأعلن التعددية السياسية في 1981. عادت الاضطرابات في يناير 1984 فيما عرف بأحداث الخبر التي احتج فيها المواطنون على غلاء الأسعار والمعيشة، والتي سرعان ماستجاب لها بورقيبة بخفض أسعار السلع الأساسية، ولكن خلفت مئات القتلى والجرحى وآلاف الاعتقالات. طيلة فترة حكمه، شهد بورقيبة خلافات كبرى خاصة مع اليوسفيين والإسلاميين. 
في 7 نوفمبر 1987، وصل زين العابدين بن علي للحكم عبر انقلاب أبيض، ووعد عند وصوله بالانفتاح والديمقراطية والتعددية السياسية وإنهاء الرئاسة مدى الحياة فيما يعرف ببيان السابع من نوفمبر، وقام بإطلاق سراح العديد من المعارضين مثل راشد الغنوشي والحبيب عاشور. تواصل النظام الرئاسي بامتياز، لكن بن علي أوقف كل هذه الاصلاحات بعد الانتخابات التشريعية التونسية 1989 التي شهدت تقدما كبيرا للإسلاميين، وبدأ بتصفية معارضيه، وبدأ حكم تونس بيد من حديد منذ 1990. فرض منذها غلق المساجد خارج أوقات الصلاة ومنع ارتداء الحجاب في أماكن العمل والدراسة، وأحكم الرقابة على وسائل الإعلام. اقتصاديا شهدت تونس تحت حكم بن علي انفتاحا في وجه الاستثمارات الأجنبية التي تزايدت في البلاد. في نفس الوقت الذي يمسك به بن علي بمقاليد الحكم بقبضة حديدية، ترك المجال لعائلته وعائلة زوجته الموسعة ليلى الطرابلسي بالتحكم في العديد من المجالات في البلاد اجتماعيا واقتصاديا وسياسيا. ref> عائلات "مستفيدة" من فترة الرئيس زين العابدين بن علي، فرانس 24، 20 يناير 2011  
بعد الثورة التونسية التي بدأت في 17 ديسمبر 2010 وانتهت في 14 يناير 2011، تم الإطاحة بنظام بن علي الدكتاتوري، وعين فؤاد المبزع رئيسا مؤقتا، وتم حل مجلس النواب ومجلس المستشارين، وأصبح النظام مختلط بين الرئيس والهيئة التشريعية الثورية الجديدة والمؤقتة التي هي الهيئة العليا لتحقيق أهداف الثورة والإصلاح السياسي والانتقال الديمقراطي، بينما يملك الوزير الأول الباجي قائد السبسي عدة صلاحايات أيضا. 
تم تنظيم أول انتخابات حرة في تاريخ البلاد في 23 أكتوبر 2011، وتم انتخاب رئيس للجمهورية بطريقة غير مباشرة من قبل نواب المجلس الوطني التأسيسي في 13 ديسمبر وهو النائب التأسيسي والحقوقي المناضل المنصف المرزوقي، الذي أصبح أول رئيس ديمقراطي في البلاد، وأصبح للمجلس التأسيسي ورئيس الحكومة صلاحيات واسعة، مقابل صلاحيات محدودة لرئيس الجمهورية. في هذه الفترة، دأبت رئاسة الجمهورية التونسية وعلى رأسها المنصف المرزوقي على دعم المشاريع التنموية والمساعدة في جلب الاستثمارات، ودعم مسار الانتقال الديمقراطي في تونس عبر تنظيم العديد من الندوات واللقاءات، وتكثيف مشاركة تونس في الخارج على المستوى الدبلوماسي والسياسي والثقافي. اهتمت أيضا مؤسسة الرئاسة بدعم الجيش الوطني التونسي الذي كان مهمشا لعدة عقود، وذلك بصفة المرزوقي كقائد أعلى للقوات المسلحة، وتم إبرام عدة صفقات شراء أسلحة والفوز بتلقي هبات مجانية من بعض الدول. اهتمت أيضا الرئاسة بالجهود الحكومية والقضائية المبذولة لاسترجاع الأموال المنهوبة في الخارج من قبل بن علي وعائلته وأصهاره. سلم المرزوقي السلطة بعد خسارته في الانتخابات الرئاسية التونسية 2014. 
في 31 ديسمبر 2014، تسلم الباجي قائد السبسي الرئاسة، وبدأ العمل بمقتضيات دستور تونس 2014 الجديد الذي قسم الصلاحيات بين رئيس الجمهورية ورئيس الحكومة ومجلس نواب الشعب وجعل من النظام نظام شبه رئاسي.