يوحنا الرابع (بابا الإسكندرية) اشتهر مرقس الذي كان قيّمًا في كنيسة أبي مينا بالإسكندرية بتقواه وعلمه وإجادة القراءة والتسبيح، فكان كثيرون يأتون إلى الكنيسة باكرًا حتى لا يفوتهم تسبيح مرقس وقراءته. كان بروح الرب يرفع قلوبهم كما إلى السماء. تنيّح أنبا جرجس أسقف إيبارشية مصر (القاهرة) فكتبت رعيته إلى البابا الأنبا يوأنس يلتمسون منه إقامة شماسه مرقس عِوضًا عنه. استدعاه البابا وسامه قسًا بغير إرادته لكي يقيمه أسقفا على إيبارشية مصر، لكن القس مرقس رفض تمامًا وهرب. اضطر البابا إلى سيامة آخر وهو القس ميخائيل. تضايق البابا مما فعله القس مرقس فكتب إلى شيخ قديس بالبرلس يخبره بأن هذا القس قد عصاه، وانه لن يُقبل بعد لسيامته أسقفًا. فأرسل الشيخ جرجس إلى البابا يقول له إن عدم قبوله الأسقفية هو من الله الذي سيجعله بطريركًا بعده. فتعجب البابا جدًا واستدعى القس مرقس وأعاده تلميذًا له وكان يحبه ويجلّه. من رسالة البابا يوأنس الرابع إلى قرياقوس بطريرك أنطاكية الـ 46 [نؤمن بالآب والابن والروح القدس الثالوث المساوي في الجوهر، الذي تسبحه القوات العلوية بلا فتور، ويبشر به ذوو العيون النيّرة... يجب علينا نحن أيضًا أن نفتح عيون قلوبنا بالتقديس ثلاث مرّات مثل دانيال، إذ فتح كُوى بيته الشرقية للثلاث صلوات (اليومية)، لكي ننال نور مجد لاهوت الحق، قائلين كبولس الثلاث فضائل المقدسة، وهي الإيمان بالآب والرجاء بالابن والمحبة بالروح القدس التي هي كمال الناموس، لأن ثمرة المحبة للروح القدس هي الإيمان. فنحن نؤمن بالآب والابن ونؤمن أيضًا بالروح القدس ونحبه مع الآب والابن فنكمل الاعتراف بالمحبة الحقيقية. والثلاثة هم لاهوت واحد، ولو كانت الأقانيم متميزة الأسماء والمعاني كما علّم القديس ساويرس... من المعلوم أن الأفعال تدلّ على الأسماء، وأفعال الثلاثة أقانيم الواضحة في الكتاب لا يشك من له أقل معرفة في انها تدل على وحدة طبيعة الآب والابن والروح القدس. لكن هذه الطبيعة الواحدة (للثالوث القدوس) والأسماء المختلفة المعاني غير وحدتها واختلاف أقانيمها عن بعض في عقولنا، لأنه من المستحيل أن نتصور تمييزها عن خارج طبيعتها الواحدة، ولا يجوز أن نقول أنها عبارة عن قوى الطبيعة الإلهية مثل قوى النفس البشرية، لأن كل أقنوم له الطبيعة بلا نقص وهي متحدة ببعضها اتحادًا جوهريًا، وعلى ذلك يكون الآب موجودًا في الابن والروح، كما أن الابن والروح موجودان في الآب ومع بعضهما. وقد علمنا هذا التعليم اللسان الناطق بالإلهيات، أعني غريغوريوس في كتاب المعمودية حيث قال: لأن اللاهوت واحد في الثلاثة، والثلاثة واحد في اللاهوت، وأما الزيادة والنقصان فلندرْ عنهما، ولا نجعل الوحدانية والتمايز (الافتراق) غريبين، لنبق عنهما. فانه بهذا الخلط سقط سابيليوس الذي جمع اللاهوت في أقنوم واحد، وبهذا الافتراق تهوّر أريوس الذي بعدَ الأقانيم عن بعض، فإن هذين الأمرين مفسدان للنفوس ومتساويان في الكفر، ونحن نرذلهما ونحرمهما. نحن نرذل معكم أيها المغبوطون ونعزل قطعيًا الذين يقولون أن الأقانيم لا تتميز عن بعض مثل تمييز الأبوة عن النبوة وبالعكس الانبثاق. إننا نؤمن بابن الله الوحيد المولود من الآب قبل كل الدهور الأزلي مع الآب، والروح القدس... الذي لما أراد أن يرحم خليقته من اللعنة والهلاك بسبب سقوط آدم بذلته والقضاء الذي قضى به عليه، طأطأ السماء ونزل، بحيث لم يفارق كرسي مملكته الإلهية، وصار في بطن العذراء البتول مريم القديسة الطاهرة وتجسد من الروح القدس ومنها من دمها البتول، جاعلاً ناسوته معه واحدًا في الأقنومية، ذلك الناسوت الذي هو ذات نفس عاقلة عالمة... صار طبيعة واحدة مركّبة وأقنومًا واحدًا وبروسبًا واحدًا ومسيحًا واحدًا ابنًا واحدًا وربًا واحدًا... وكما أن الكنيسة تنفر من القول بالافتراق تنفر أيضًا من القول بالامتزاج والاختلاط والتغيير كما أسلفنا، كما تنفر من القول بالخيال، وممن يقول بأن جسد الرب من السماء أو من هيولي آخر غير دم العذراء، أو أنه لم يكن قابلاً الآلام والموت نظير كل واحد من البشر ماعدا الخطيئة...]