روم أنطاكيون [[ملف:MontCarmel.20July.2.jpg|يسار|200بك|thumb|مسيحيون يحتلفون بعيد [[إيليا|مار إلياس]] في [[جبل الكرمل]]، [[حيفا]]: إظهار الاحتفالات الدينية لم يكن مسموحًا به قبل إصلاحات [[عبد المجيد الأول]].]]
ورث العثمانيون عن المماليك حكم [[بلاد الشام]] عام [[1516]] و[[مصر]] عام [[1517]]، كان المماليك في المرحلة الثانية من حكمهم قد انتهجوا سياسة معتدلة تجاه المسيحيين من عرب وغير عرب، على عكس ما كان سائدًا في مرحلة تداعي الممالك الصليبية في الشرق من سقوط [[أنطاكية]] عام [[1268]] وحتى سقوط [[عكا]] عام [[1291]]. تاريخيًا خلال [[الدولة العثمانية]] كان الروم الأنطاكيين جزءًا من ملة الروم الأرثوذكس، التي كان مركزها القيادي والثقافي والسياسي في مدينة إسطنبول. لكن كنسيًا لم يتبعوا حدود [[بطريركية القسطنطينية المسكونية]] بل كانوا جزءًا من حدود بطريركية أنطاكية وسائر المشرق للروم الأرثوذكس. بسبب الهجرة المسيحية تضاءلت أعداد الروم الأنطاكيين في [[الشرق الأوسط]]. علمًا أن الروم الأنطاكيين قد وصلوا في المهجر إلى مناصب سياسية وإجتماعية واقتصادية بارزة. أما نظام الملل العثماني الذي كان موجودًا في الدولة منذ [[فتح القسطنطينية]] عام [[1453]] فهو حسب رأي المستشرق الألماني [[كارل بروكلمان]] قد كفل للمسيحيين، بعد تقسيمهم حسب الطوائف إلى ملل، كامل الحرية الدينية والمدنية، خصوصًا مع التعديلات اللاحقة خلال فترات إصلاح الدولة؛ وكان رؤساء الطوائف لا يعتبرون الرؤساء الروحيين فقط لطوائفهم بل الرؤساء المدنيين أيضًا، يُسيرون القضاء وشؤون الإرث وسائر الأحوال الشخصية لأبناء الطائفة وفق الشرائع الخاصة بها، وإن كان ذلك قد نوّه له بعض المؤرخين أنه نقطة سلبية ساهمت في ازدياد "التكتل الطائفي" داخل الدولة.
[[ملف:Melkite Greek Catholic Church, Damascus, Syria.jpg|تصغير|200بك|يمين|[[كاتدرائية سيدة النياح]] وتعرف أيضًا باسم "كنيسة الزيتون" وتعتبر مقر كنيسة الروم الملكيين الكاثوليك في العالم، وتقع في [[باب شرقي]] بدمشق القديمة.]]
لعل أحد أبرز التطورات على الصعيد الكنسي خلال العصر العثماني، الخصومة الطائفية بين [[كاثوليكية|الكاثوليكية]] و[[أرثوذكسية شرقية|الأرثوذكسية]]، فمنذ [[القرن السابع عشر]] حاولت [[الكنيسة الكاثوليكية]] التوصل لصيغ اتفاق مع الكنائس الأرثوذكسية بهدف "إعادة الوحدة المسيحية" وأسست بموافقة السلطنة أعدادًا من الأديرة التابعة للرهبنات الكبرى في [[بلاد الشام]] و[[الإسكندرية]] على وجه الخصوص، وقد أدت هذه البعثات الكنسيّة لا إلى "إعادة الوحدة" بل إلى "خلق" طوائف جديدة عرفت باسم "[[كاثوليكية شرقية|الطوائف الكاثوليكية الشرقية]]"، فتأسست [[الروم الملكيين الكاثوليك|بطريركية للملكيين الكاثوليك]] وأخرى [[كنيسة اللاتين في القدس|لاتينية في القدس]] وثالثة [[كنيسة الأقباط الكاثوليك|للأقباط الكاثوليك]] ومثلها [[الكنيسة الكلدانية الكاثوليكية|للكلدان]] و[[الكنيسة السريانية الكاثوليكية|السريان الكاثوليك]] و[[كنيسة الأرمن الكاثوليك|الأرمن الكاثوليك]]. كان لبطريرك [[بطريركية القسطنطينية المسكونية|الملكيين في إسطنبول]] وهو يتبع [[أرثوذكسية شرقية|الأرثوذكسية الشرقية]] حظوة كبيرة في البلاط السلطاني، ولذلك فقد أبى السلاطين في البداية تحت ضغط البطريركية الاعتراف بالطوائف الجديدة، بل إن في مناطق مثل دمشق وحمص وحلب وبيت لحم و[[بيت جالا]] تعدى الأرثوذكس على الكنائس المنشقة وسيطروا عليها بالقوة، وفسح ذلك المجال أمام الدول الغربية سيّما فرنسا والنمسا للضغط على السلطان للاعتراف بالطوائف وتثبيت رؤسائها، سيّما كنيسة الملكيين الكاثوليك في أنطاكية لكونها أكبر الكنائس، لكن السلطان لم يصدر أي فرمان ينظم الأوضاع الجديدة، واستمرّ الحال على ما هو عليه بين أخذ ورد سنين طوال حتى عام [[1763]] خلال عهد [[مصطفى الثالث]] حين أصدر [[شيخ الإسلام]] فتوى تنصّ على أنّ انتقال المسيحي من مذهب إلى آخر لا يغير من وضعه كأحد أفراد "أهل الذمة الذين تربطهم بالمسلمين العهود والمواثيق" ما دام مسيحيًا، ورغم نص الفتوى فإن السلطان لم يتخذ أي قرار أو فرمان تنفيذي لها واستمرّ الوضع على ما هو عليه حتى [[1830]] حين قام السلطان [[محمود الثاني]] بإصدار فرمان بتعيين "بطريرك مدني" يدير شؤون كاثوليك الدولة عدا الموارنة، وكان قبل هذا الفرمان على أتباع هذه الطوائف الغير معترف بها، العودة في أحوالهم الشخصية بما فيها دفن الموتى، إلى الأساقفة الأرثوذكس وما يرافق ذلك من مضايقات ورفض وابتزاز. الاعتراف الرسمي جاء على خلفية سياسية، ففي [[15 أبريل]] [[1834]] اعترف الباب العالي بالملة الإنطاكية الملكية الكاثوليكية وتبعها الاعتراف بسائر الملل الأقل عددًا، وتم اللقاء بين السلطان وبطريرك الروم الكاثوليك، الذي انتقل إلى [[دمشق]] بعد أن كان محتميًا لدى [[شهابيون|آل شهاب]] في لبنان، ويعيد عدد من المؤرخين سبب التثبيت بهدف خلق نوع من الارتياح الشعبي بعد دخول البلاد في طاعة [[محمد علي باشا]]. ثم عاد في [[7 يناير]] [[1848]] وأصدر فرمانًا آخر بمنح البطاركة الكاثوليك حق القضاء المدني لأبناء طوائفهم أسوة بالمعمول لدى الأرثوذكس والموارنة، وبالتالي أنهي دور "البطريرك المدني" الذي ابتدعه محمود الثاني.