طرفاية فِي 16 نونبر 1955 عاد محمد الخامس والأسرة الملكية مِن المنفى. وفِي 2 مارس 1956 اعترفت الحكومة الفرنسية باستقلال المملكة المَغْرِبية فِي التصريح المشترك الموقع بَيْنَ محمد الخامس والحكومة الفرنسية، وفِي 7 أبريل 1956 تم التوقيع مَعَ إسبانيا عَلَى اتفاقيات تم بموجبها استرجاع المَغْرِب لأراضيه فِي الشمال.
بعد استقلال المَغْرِب عَن فرنسا رسميا فِي 2 مارس 1956، تم توقيع اتفاقية إعادة المناطق التي كانت تسيطر عَلَيْها إسبانيا شَمَال المَغْرِب فِي 7 أبريل سنة 1956، و الَّذِي قضى بانسحاب إسبانيا مِن كامل الإقليم الَّذِي كانت تحتلهُ شَمَال المَغْرِب مَعَ احتفاظها بعدة مناطق على السَّاحل المتوسطي للمَغْرِب وهي:
كما احتفظت إسبانيا فِي جنوب المَغْرِب بثلات مناطق وهي:
كَانَ الملك محمد الخامس فِي زيارة للولايات المتحدة الأمريكية مِن أجل حشد الـتأييد والدعم للثورة الجزائرية عندما اندلعت الحرب المنسية أو "انتفاضة الباعمرانيين" فِي 23 نوفمبر 1957، وساندها جيش التحرير المَغْرِبي، لَا سيما وأنَّ مشاركته فِي هَذِهِ الانتفاضة، كانت مِن بَيْنَ العوامل التي أدت بالجيش الفرنسي إِلَى الدخول عَلَى الخط مِن أجل نجدة الإسبان وما يُعرف بعملية المكنسة سنة 1958 التي أصابت جيش التحرير الجنوبي فِي مقتل.
قام جيش التحرير المَغْرِبي بتنسيق مَعَ قَبَائِلِ أيت باعمران بالهُجوم عَلَى المراكز الإسبانيَّة بالمنطقة، واستولى المهاجمون المغاربة عَلَى 6 مراكز قرب سيدي إفني وكبدوا الجيش الإسباني خسائر هامة منها كتيبة يرأسها الملازم أورتيز الَّذِي سقط فِي ساحة القتال وأطلقت عليه إسبانيا لقب (شهيد الوطن). فنظمت حكومة إسبانيا خطة دفاعية مضادة، ونقلت جيشا إضافيا مِن جزر الكناري ثُمَّ أرسلت باخرتين حربيتين هما كانارياس ونيبتون اقتحمتا المياه اَلْإِقْلِيمية المَغْرِبيَّة وهددتا بقصف مدينة أكادير. فتحمل ولي العهد آنذاك (الأمير مولاي الحسن) مسؤولية الدفاع عَن المَغْرِب ضدَّ هُجوم أسباني محتمل، وأرسل إِلَى الجنوب فيالق عسكرية مِن القُوَّات المسلحة الملكية تمركزت عَلَى طول ساحل أكادير وفِي ضواحي سيدي إفني، ثُمَّ أعطى ولي العهد أوامره بإطلاق النار عَلَى كل طائرة حربية أسبانية أو أجنبية تخترق الأجواء المَغْرِبية.
استمر القتال فِي سيدي إفني، وأرسلت إسبانيا المزيد مِن القُوَّات والامدادات، ثُمَّ ظهرت فِي شواطئ أكادير 6 بوارج حربية أسبانية فوجهت القُوَّات المسلحة الملكية مدافعها نحو اَلْمُحِيط استعدادا للرد عَلَى أي هُجوم.
وفِي 7 دجنبر 1957م عبرت إسبانيا عَن رغبتها فِي فتح مفاوضات مَعَ المَغْرِب بعد أَنْ كانت تؤكد سابقا عزمها عَلَى مواصلة الحرب حتّى تحقق الحسم العسكري.
عرفت منطقة طَرْفَايَة مأساة إنسانية إبان الخمسينيات مِن القرن الماضي، حيثُ تحالف الجيش الإسباني والجيش الفرنسي لمهاجمة ساكنة المدينة منزوعة السلاح وَكَذَا لإجهاض كل أشكال تدخلات جيش التحرير الَّذِي دخل لتحرير اَلْمِنْطَقَة مِن الاستعمار الإسباني. كانت عملية إكوفيون، فِي يناير 1958، التي يسميها السُكَّان المحليون عام خبيط الطيايير أي سنة قصف الطائرات، إحدى العمليات العسكريَّة الكبيرة التي قامت بها القوات الفرنسية والإسبانية فِي شمال غرب أفريقيا، حيثُ شملت عددا مِن المُدن فِي الجنوب المَغْرِبي؛ كطَرْفَايَة والعيون والسمارة وإفني، بالإضافة إِلَى الداخلة وبعض المناطق المُجاورة لها، إذ تم توجيه عدد مِن الضربات لهَذِهِ المناطق مِن قِبل القُوَّات الفرنسية والإسبانيَّة، بعد أَنْ قررتا التحالف ضدَّ المقاومين الصحراويين وجيش التحرير. هَذِهِ العملية شملت، اَلْمِنْطَقَة المُمتدة مِن وادي الذهب جنوبا حتّى منطقة آيت باعمران شمالا، حيثُ أدى قصف الطائرات إِلَى اعتقَال عدد كَبِير مِن سُكَّان المنطقة، ونزوح عائلات وقَبَائِلِ بأكملها إِلَى الشمال، خاصة إِلَى مدينة كلميم.
أعطى فرانكو أوامره للجيش الإسباني أَنْ يجمَعَ قواته فِي سيدي إفني وأَنْ يتخلى عَن المراكز العسكريَّة الأُخرى لفائدة المقاتلين المغاربة الَّذِين سلموها فِي الحين للقوات المسلحة الملكية.
وفِي اليوم 22 مِن نفس الشهر انضم المَغْرِب إِلَى منظمة الأمم المتحدة، وفِي عام 1958 استرجع المَغْرِب إقليم طَرْفَايَة مِن الاحتلال الإسباني وتم إلغاء القانون الَّذِي تم بمقتضاه تدويل مدينة طنجة، فَفِي ربيع سنة 1958 استلم مدير شؤون الصحراء باسم الملك مدينة طَرْفَايَة مِن الحُكم العسكري الإسباني، وسلمت القيادة العسكريَّة للناحية إِلَى الجيش المَغْرِبي.