إمبراطورية المغول بعد سقوط حلب، تلقى هولاكو نبأ وفاة أخيه، فانسحب بمعظم قواته إلى سهل مغان ، تاركا كتبغا في الشام مع وحدة عسكرية صغيرة، وكان ذلك عام 1260. خلال تلك الفترة قضى المماليك على القوة المغولية الموجودة بفلسطين وسحقوها بالكامل في موقعة عين جالوت بقيادة سيف الدين قطز، كما قبضوا على قائدها كتبغا وقطعوا رأسه عام1261، وقد وضعت هذه المعركة حدّا لانتشار المغول ناحية الغرب. وكان قوبلاي قد سمع بموت أخيه أيضًا، لكنه استمر بحملته على الرغم من ذلك، على مقاطعة ووشانغ بالقرب من نهر اليانغتسي، وفي هذه الأثناء كان الشقيق الآخر لمونكو خان، "عريق بوكه"، قد استغل منصبه في منغوليا ليضمن حصوله على لقب الخان الكبير، حيث أعلنه ممثلوا جميع الأسر والعشائر، خاقانا في قوريلتاي عقد في قراقورم. تخلى قوبلاي عن حصار مدن ووشانغ، حيث ترك المحاصرون حول مدن "إيزاو" و"ووزاو"، بعد أن وصلته رسالة من زوجته تخبره فيها بأن "عريق بوكه" يحضّر جيشا كبيرا، وبناءً على نصيحة طاقمه الصيني، عقد قوبلاي قوريلتايا في مدينة كايبينغ، حضره جميع الأمراء الكبار وقواد الجيش المغول المتمركزين في منشوريا وشمال الصين، وكانوا جميعهم يؤيدون ترشيح الأخير ليكون خان الإمبراطورية. تمكن جيش قوبلاي من القضاء على جميع مؤيدي عريق بوكه بسهولة، في مقاطعات خبي، شاندونغ، شانشي، وجنوب منغوليا، وقام قوبلاي بنفسه بالسيطرة على الإدارة المدنية، وهزم جنود مونكو خان، الذين كانوا متعاطفين مع الخان الكبير المتوج حديثا، تبعا لقوادهم الإداريين من الأويغور وقومية ليان شيشيان. قام عريق بوكه باعتقال الأمير القياتيي، "أبيشكا"، الذي كان قوبلاي قد أرسله ليتوج أميرا على إقليم قيتاي، وعيّن شخصا من يمّه يدعى "ألغو" بدلا منه، وقام الأخير باخضاع المغول القراوانيين، في أفغانستان وشرق فارس، واعتقل قائدهم "سالي" الذي كان مواليا لهولاكو وقوبلاي. أقدم عريق بوكه، بعد هزيمته في أول اشتباك مسلح مع قوات أخيه، على قتل "أبيشكا" ثأرا لنفسه، فأمر قوبلاي بالتعبئة العامة وطلب من ابن عمه "خادان" أن يُحاصر منغوليا من كل الجهات كي يقطع الإمدادات الغذائية عن شقيقه. أدى هذا الحصار لحصول مجاعة في البلاد، وقد ازداد الأمر سوءا بالنسبة للخان عندما أقدم "ألغو" على خيانته والالتفاف حول قوبلاي، وفي نهاية المطاف سقطت قراقورم في يد الأخير، ولكن عريق بوكه خان عاد واستولى عليها مؤقتا عام 1261.
عام 1262، بدأت الصدامات الأكثر عنفا بين هولاكو، أخ قوبلاي الأصغر، وابن عمه بركة خان حاكم القبيلة الذهبية المسلم، الذي كان هولاكو قد أثار غضبه بعد أن مات عدد من الأمراء الذهبيين العاملين لدى الأخير بشكل غامض، ولتوزيع الغنائم الحربية بشكل غير متساو، بالإضافة لقيام هولاكو بقتل عدد كبير من المسلمين خلال غزو بلاد فارس وآسيا الغربية. فأخذ بركة يُفكر بدعم ثورة المملكة الجورجية على حكم هولاكو ما بين عاميّ 1259 و1260، حيث كان الملك دايفيد أولو قد خسر سلطته على جورجيا وأرمينيا لصالح المغول، كنتيجة لانقلابات فاشلة، كما أجبر حاكم مقاطعة إيمريتي على دفع جزية سنوية إلى الألخانات. كانت هذه التوترات المتصاعدة بين هولاكو وبركة بمثابة إنذار للوحدات القبلية الذهبية العاملة تحت لواء هولاكو، بوجوب هربها، فقامت فرقة منها بالاتجاه إلى سهوب القبشاك، وفرقة أخرى إلى اجتازت ، أما الثالثة فالتجأت لسوريا المملوكية، حيث رحب بهم السلطان الظاهر بيبرس (1260-77)، والباقين الذين لم ينجوا بنفسهم، فقد عاقبهم هولاكو بشدة في إيران. كان بركة قد خطط لهجوم مشترك مع بيبرس على المغول، وعقد حلفا مع المماليك ضد هولاكو الذي كان يدعم شقيقه قوبلاي للوصول إلى الحكم، بينما كان بركة يدعم عريق بوكه. أرسل الأخير الجنرال "عيسى نوخوي خان" ليغزو الإلخانات، فقام هولاكو بإرسال أباقا خان لمهاجمة القبيلة الذهبية ردا على هذا؛ فعانى الطرفين من خسائر فادحة، وكان "شقتاي خان ألغو" يُلح على هولاكو بغزو الأقاليم الخاضعة لبركة زاعما أن الأخير قتل جميع أقاربه فيها عام 1252، وعندما أعلن نخبة المسلمين وكبار أفراد القبيلة الذهبية في بخارى، ولائهم لبركة، قام ألغو بتدمير الذهبيين في خوارزم، ثم اتجه مع هولاكو إلى الولايات الخوارزمية وقتلوا جميع أفراد القبيلة الذهبية وباعوا أسرهم للعبودية، ولم يتركوا على قيد الحياة سوى رجال الخان الكبير قوبلاي وسورخوخطاني.