تاريخ الإسكندرية و هذه الكارثة التي أحدقت بأبوقير كانت قد طالت أيضا 20% من الإسكندرية التي بناها الإسكندر الأكبر. حيث اختفت أجزاء منها تحت المياه بسبب الزلازل ما بين القرنين الثالث والثامن. فلقد قام لمدة تسع سنوات فريق البحث الفرنسي يشاركه فريق مصري بالغوص تحت الماء لاكتشاف قلب مدينة الإسكندرية الغارق. وخلال خمس سنوات من بداية البحث عن الآثار الغارقة عام 1994 في منطقة فاروس. اكتشف تمثالا عملاقا لفرعون و26 تمثالا لأبو الهول ومئات الأعمدة وآلاف من قطع أحجار البناء. وقد يكون موقع الميناء كان يوما ما مزارا سياحيا تحت الماء. وكان الفريق قد اكتشف عام 2001 موقع أحياء المدينة الغارقة وحددوا ثلاثة شوارع منها و30 بناية من بينها ثلاث بنيات رئيسية. كما اكتشف موقع راكوتا (راقودة) القرية الصغيرة التي بني بجوارها الإسكندر الأكبر مدينته حيث تم العثور علي أحجار والسور الخشبي لميناء قديم كان موجودا قبل بناء الإسكندرية. وكان من خشب الصنوبر.وكان قد شيد الميناء الخشبي في القرن الخامس قبل الميلاد. كما أظهرت الحفريات المائية جزيرة(أنتيروديس) التي شيد عليها ملوك الإغريق قصور هم بدءا من الإسكندر ونهاية بكليوباترا السابعة ولاسيما قصرها الذي أغوت فيه يوليوس قيصر ومارك أنطونيو وكان ملحقا به رصيف بحري. وكانت أعمدته من الجرانيت الأحمر وقطر العمود متر. وكانت الجزيرة قلعة محصنة بعدما أصبحت الإسكندرية عاصمة مصر البطليموسية. وكانت كليوبترا قد شيدت أو جددت معبد إيزيس فوق الجزيرة. وعلي الشاطيء المقابل للجزيرة كانت قد شبدت تمثالا ارتفاعه خمسة أمتار لإبنها قيصرون من يوليوس قيصر. واكتشفت البعثة رأس التمثال الذي أرسل للمتحف البريطاني حاليا. كما شيدت معبدا لإبن إله البحر بوسيدون ليواجه الجزيرة من جهة الشرق.
واكتشف الماسح الصخور التي موجودة تحت المياه عند مدخل الميناء الشرقي والتي تمثل خطرا للسفن التي كانت تدخل أو تخرج من الميناء. ومن بينها صخرة الماس المجاورة للفنار بأقصي غربه. وأمكن عن طريق التعرف علي هذه الصخور تحديد عرض مدخل الميناء وكان عرضه 300 مترا.كما أمكن اكتشاف رأس لوخياس (Lochias) (السلسلة حاليا)بأقصي شرقي الميناء وكان يمتد 45 مترا باتجاه شمال غرب. وقد غمرت المياه معظم الرأس حيث أقيم حاجز للأمواج مؤخرا بمنطقته فوق الأثار التي كانت قائمة فوقه.
وفي أقصي شمال غرب الميناء الكبير يوجد قلعة قايتباي التي أقيمت في القرن 15 أيام المماليك فوق جزيرة فاروس التي أصبحت متصلة باليابسة شمال غرب المنشية وبالأنفوشي عند منطقة بحري بالإسكندرية. وحول القلعة تم العثور بالمياه علي أعمدة وتماثيل وبقايا منارة الإسكندرية التي كانت فائمة فوق صخرة تحيط بها المياه عند أقصي طرف بشرق جزيرة فاروس وكانت تعتبر أحد عجائب الدنيا السبع بالعالم القديم. وقد بنيت ما بين عامي 285 و280 ق.م أيام بطليموس الثاني. كان يري ضوءها من عرض البحر وقد دمرها زلزال ما بين عامي 1303 و 1349 م. وكانت عبارة عن طابق أرضي مربع يعلوه طابق مثمن الشكل والطابق الثالث كان مستديرا. ولها سلم حلزوني وكان يرفع لها الوقود برافعة. وكانت مجمرة النيران في القمة ومعها مرآة عاكسة شفافة من الزجاج العاكس للضوء.
وكان مصورون تحت الماء قد صوروا المنطقة التي كانت حول الفنار فعثروا علي دستة من الأعمدة علي هيئة نبات البردي وبعضها عليه خرطوش الملك رمسيس الثاني الذي حكم مصر قبل إنشاء الإسكندرية بتسعة قرون. وشاهدوا قطعا من ثلاث مسلات لسيتي الأول أبو رمسيس الثاني. وفي جنوب شرق الميناء اكتشفت البعثة ثلاثموانيء غارقة وكانت تطل علي الساحل الداخلي للميناء الشرقي. وكانت محاطة بحجارة الأرصفة التي كانت تستخدم لرسو المراكب وكحاجز للأمواج.
والإسكندرية من خلال السجلات التاريخية والأثرية قد ثبت أنها تقلصت ودمرت بواسطة زلزال قد ضربها في أواخر القرن الثامن كما يقول بعض العلماء. وهذا يتضح من خلال جغرافية المكان.وكثيرون يوعزون هذه الكارثة لفيضان النيل وتراكم رواسب الطمي مما شكل ثقلا علي القاع ففلقه. ورغم عدم وجود تصدع في قشرة أرض المنطقة لكن إزاحة زلزالية بها قد سجلت بسبب زلزال هائل شدته 8,5 ريختر دأهمها عام 365 ميلادية. وقد وقع في جزيرة كريت مما رفع لشدته أرضية قاع البحر 25 قدما. لكن لاتوجد تسجيلات تاريخية لهذا الزلزال. رغم أن بعض العلماء يحدسون بأن ثمة زلزالا قد نشب من النيل للبحر دمر المدينة وجعل الأرض تحتها تتخلخل وتلين حتي تحللت وغاصت في المياه. مما جعل العلماء يعودون للتفتيش عن صدع موجود بالفعل بين الأطلال الملقاة فوق القاع واكتشفوه.