محمد أبو نمي الثاني حكم مكة أكثر من (60) عاماُ، ومدة ولايته لشرافة مكة مشاركة واستقلاًلاً (73) عاماً.
جعله أبوه بركات شريكا في إمارة مكة بعد وفاة ابنه علي بن بركات عام913هـ، وبعد وفاة الشريف قايتباي عام 918هـ أرسله والده سفيراً إلى السلطان المملوكي الغوري بمصر, فقابله السلطان ومن معه بالإعزاز والإكرام وقبّل يده وقيل جبينه ، وأراد أبو نمي تقبيل يد السلطان فامتنع السلطان تأدباً مع بيت النبوة فغلب أبو نمي على ذلك فاحتضنه السلطان وسلم عليه وأجلسه بين يديه وسر خاطره بكلام كثير, وجعله السلطان شريكاً لوالده في إمارة مكة، فصار يُدعى له مع والده في الخطبة وغيرها، وضُربت السكة بإسميهما، وكان عمره ( 8 ) سنين, ثم أقرت الدولة العثمانية التي قضت على الدولة المملوكية الشريف بركات وابنه أبي نمي على إمارة مكة وأرسلت له المرسوم السلطاني بالتأييد سنة 923هـ, وكان عمر أبي نمي آن ذاك اثنتا عشرة سنة، فأرسل بركات ابنه أبي نمي الثاني إلى السلطان سليم العثماني لتهنئته ومبايعته, فأحسن استقباله وأكرم وفادته وأحترمه احتراماً فائقاً، وكانت ضيافته كل يوم (30) خروفا وتوفير كل الاحتياجات له وللوفد المرافق له، وعاد محملا بالهدايا حاملا منشور ولاية أبيه، وقد أُتبع بالرواتب والأموال والمؤن لأمير مكة وأشرافها وأهلها، وخصصت الدولة العثمانية لشرافة مكة المخصصات، وقد نجح أبو نمي في هاتين السفارتين إلى الدولة المملوكية والدولة العثمانية مع كلا الحاكمين وهو في ذلك السن المبكر من العمر، الأمر الذي يدل على ما تميزت به شخصيته من النجابة والألمعية، وفي سنة 926هـ توفي السلطان سليم وتولى سليمان القانون فأرسل بالتأييد للشريف بركات وابنه أبي نمي.
ثم تولى أبو نمي الثاني إمارة مكة بعد وفاة والده الشريف بركات رحمه الله يوم 24 ذي القعدة عام 931هـ وعمره عشرين سنة ، وكان أصغر أبناء الشريف بركات، وجاءه التأييد بذلك من السلطان العثماني سليمان القانوني ، وقد نال أبو نمي حظوة كبيرة لدى السلطان العثماني سليمان القانوني،وفي عام 945 هـ استصدر الشريف أبو نمي الثاني أمراً من السلطان سليمان القانوني ليكون ابنه الشريف أحمد أكبر أولاده وهو جد الأشراف الحرازات والمناديل شريكاً له في إمارة مكة، فأجيب طلبه، فأرسله والده إلى اسطنبول سفيرا لدى السلطنة العثمانية، وهو يحمل كثيراً من هدايا العرب كالخيول والصقور والأقمشة والأطياب ، وكان أحمد جميل الوجه, وحين دخل على السلطان وهو في ملابسه الخاصة بالأشراف الحسنيين, قام له السلطان تعظيماً, وهو أمر لم يقع لسواه، ففرح به السلطان سليمان، وجعله من خواصّه وأحسن إليه وخلع عليه الخلع الكثيرة وكذلك فعلت زوجته وأعلنت في الناس بأنها تعتبر الشريف أحمد في مقام ولدها، ورجع الشريف أحمد سنة 947هـ وقرئ أمر توليته بالحطيم , إلا أن الشريف أحمد لم تطل مدته فتوفي رحمه الله في حياة أبيه في الخليصة من حرة خليص برمضان وقيل الثاني من شعبان 961هـ ودفن بالمعلاة في مكة، فجعل أبو نمي ابنه الشريف الحسن محله وهو جد بد الحسن فلبس الحسن الخلعة الثانية سنة 963هـ، واستمر الشريف أبو نمي الثاني على إمارة الحجاز كافة إلى سنة 974 هـ, حيث وهنه الكبر ففوض الإمارة لابنه الحسن، وكتب بذلك للسلطان العثماني فأمضاه، فلبس الحسن الخلعة الكبرى التي هي لصاحب مكة ولبس أخوه ثقبة الخلعة الثانية، واستمر أبو نمي في الولاية والشرافة حتى توفي عام 992هـ. ومن المؤرخين من يذكر أن أبا نمي تنازل عن الامارة لإبنه أحمد ثم طلبها لإبنه الحسن بعد وفاة أحمد وأنه لم يكن شريكا لهما في الإمارة بعد تنازله وهو قول يخالف ما عليه جمهور المؤرخين من استمرار ولايته حتى وفاته.
وقد جاءت إرادة الشريف أبو نَمي بتفويض الإمارة إلى ابنه الشريف الحسن بن أبي نمي رغبة في التفرغ للعبادة والاعتكاف في حرم الله واجتناء العلوم, لم تغرّه رحمه الله الدنيا وعظمتها وبهرجتها، واتخذ قراره بالتخلي عن الإمارة راضيا بما هو خير منها.