آل خليفة بعد وفاة أحمد الفاتح خلفه ابنه سلمان عام 1209هـ/ 1794م الذي عاصر الإمام عبد العزيز بن محمد بن سعود الدولة السعودية الأولى وعندما تمكن الإمام عبد العزيز بن محمد آل سعود من الاستيلاء على الأحساء وتمكنت قوات آل سعود بقيادة إبراهيم بن عفيصان من محاصرة الزبارة اضطروا وشيخهم سلمان إلى الفرار إلى البحرين ولكن لم يهنأ لهم العيش في البحرين فقد فروا من الزبارة خوفاً من قوات عبد العزيز آل سعود فجاءهم عبر البحر حاكم مسقط سلطان بن أحمد في محرم عام 1216هـ/ مايو 1801م فبادر إليه سلمان بن أحمد وأظهر موالاته وعقد معه صُلحاً قدَّم بموجبه أحد إخوانه رهينة لحاكم مسقط وولى سلطان ابنه سعيداً والياً على البحرين عام 1215هـ/ 1800م وعاد إلى مسقط وعاد آل خليفة إلى الزبارة وعندما علم آل خليفة بوفاة ابنهم الرهينة لدى حاكم مسقط شرعوا في البدء باتخاذ التدابير المناسبة لاستعادة البحرين فطلب سلمان العون والمساعدة من عبد العزيز آل سعود الذي أوفد إليه أحد قواده وهو إبراهيم بن عفيصان الذي تمكن من مساعدة أهل الزبارة في استعادة البحرين وطرد سعيد بن سلطان منها ولكن إبراهيم بن عفيصان لم يدع آل خليفة يقيمون في البحرين وأعادهم إلى الزبارة وبعد أن كانت جزيرتهم في يد آل سعيد حلت في يد آل سعود.
فعزم آل خليفة على رفع أمر ابن عفيصان إلى الإمام عبد العزيز آل سعود لعله يأذن لهم في العودة إلى البحرين وقبل أن يتخذوا هذه الخطوة فاجأتهم جيوش آل سعود واستولت على الزبارة وجاء الأمر لآل خليفة بالسفر إلى الدرعية التي صار الحكم فيها إلى الإمام سعود بن عبد العزيز آل سعود. فوصل إلى الدرعية في سنة 1224هـ/ 1809م ثلاثة من وجوه آل خليفة ومعهم بعض أهل الزبارة. فأذن سعود لأهل الزبارة بالعودة إلى ديارهم وأبقى آل خليفة محجوزين لديه. في هذه الأثناء توجه الشيخ عبد الرحمن بن راشد آل فاضل ابن أُخت آل خليفة من الزبارة يطلب العون والمساعدة من سعيد بن سلطان حاكم مسقط فلم يجد لديه سوى دعم مادي استغله في تجنيد جيش من عرب النصور المقيمين في بلاد فارس. وأخبر أخواله آل خليفة بأنه تمكن من أعداد جيش يستطيع به استرداد البحرين فوافاه أخواله عندها وتمكنوا من إخراج إبراهيم بن عفيصان من البحرين. فنزل إبراهيم بن عفيصان عند رحمة بن جابر الجلاهمة في قطر. وبذلك استولى عبد الرحمن بن راشد على البحرين وأعادها إلى آل خليفة عام 1225هـ/ 1810م. وكان شيخهم سلمان بن أحمد ما زال محتجزاً في الدرعية لدى الأمام سعود بن عبد العزيز الذي أرسل رجالاً ليأتوه بالخبر هل استولى عبد الرحمن بن راشد على البحرين لنفسه أم ليعيدها إلى سيادة آل خليفة. وعندما التقى رسل سعود بن عبد العزيز بعبدالرحمن بن راشد أغلظوا له القول ومما قالوه: كيف يستولي أبناء سلمان على البحرين ووالدهم في قبضتنا. فكان رد خليفة بن سلمان: نحن أخذنا البحرين لأنفسنا ولا حاجة لنا بآبائنا فقد يئسنا منهم. فغضب رجال سعود بن عبد العزيز من هذا الرد وهددوا خليفة بن سلمان وعبدالرحمن بن راشد بأن البحرين لو كانت متصلة بالبر لما جعلوا فيها حصاة فوق أختها. فرد عليهم عبد الرحمن بأنه لو تمكن من أن يطل بسفينة على الدرعية لَجَعَل عاليها سافِلَها. ولكن آل سعود انشغلوا في ذلك الوقت بحملة إبراهيم باشا التي وصلت إلى الحجاز فأطلقوا سراح آل خليفة وعاد الشيخ سلمان بن أحمد آل خليفة إلى حكمه وجعل إقامته في بلدة الرفاع في البحرين وبنى بها قلعة عام 1227هـ/ 1812م فعادوا إلى البحرين.
وإذا كان آل خليفة قد تخلصوا من سيطرة آل سعود فقد بقي لهم عدو في قطر هو إبراهيم بن عفيصان الذي تحالف مع رحمة بن جابر الجلاهمة. الذي كان ذا قوة وشجاعة فائقة كما كان يحظى بتقدير عال من قومه ولم يخضع من قبل لآل خليفة. وعندما نزل عليه ابن عفيصان زاده طمعاً في الاستيلاء على قطر والبحرين واغتصاب الملك من آل خليفة. ولم تكن أطماع رحمة بن جابر خافية على آل خليفة فما كان منهم إلاّ أن أبحروا بسفنهم من البحرين إلى قطر للقضاء عليه مع ابن عفيصان قبل أن يستفحل خطرهما. فلقي رحمة وحليفه ابن عفيصان هزيمة منكرة على يد آل خليفة لكنها لم تقض على خطرهما تماماً.
وتعرض آل خليفة بعد ذلك لهجوم من حاكم عُمان سعيد بن سلطان الذي قبض على إحدى سفن البحرين المتجهة إلى الهند وفيها عبد الرحمن بن راشد آل فاضل عدوه الأكبر فاعتقله في مسقط وكتب إلى آل خليفة يأمرهم بطاعته وأداء الخراج له فرفض آل خليفة شروطه فاستعد لحربهم فجاء بأسطوله إلى البحرين ومعه رحمة بن جابر ونزلوا في سترة. فهزمهم آل خليفة شر هزيمة عام 1230هـ/ 1815م وفر أهل عُمان عائدين إلى بلادهم عبر البحر ثم توفي سلمان بن أحمد فخلفه أخوه عبد الله بن أحمد عام 1236هـ/ 1821م.