الإسلام ومعاداة اليهود أصبحت مؤخرا المواضيع المعادية للسامية بما في ذلك إنكار الهولوكوست شائعة في دعاية بعض الحركات الإسلامية مثل حزب الله وحماس وحركة الجهاد الإسلامي في فلسطين والإخوان المسلمون، وفي تصريحات وكالات مختلفة من جمهورية إيران الإسلامية، وفي الصحف وغيرها من المطبوعات لحزب الرفاه، وفقا لبرنارد لويس. بالمقابل يشير باحثين ومفكرين مسلمين "إن الصراع الحالي مع اليهود صراع على الأرض وليس من أجل يهوديتهم"، وأن الصهيونية إستغلت فكرة اللاسامية لتحقيق أهدافها في انشاء دولة إسرائيل في فلسطين التاريخية، ومع الوقت تحولت “اللاسامية” كلياً إلى “اللاصهيونية” فأصبحت معاداة الصهيونية، أو استنكار العدوان الإسرائيلي على الشعب الفلسطيني والأمة العربية، أو الوقوف إلى جانب الحق العربي في فلسطين، معاداة للسامية. 
لقد أبرم النبي محمد العهود مع اليهود في المدينة، واعتبرهم جزءًا من الأمة الإسلامية، وحارب الكثير من اليهود جنبًا إلى جنب ضد البيزنطيين والفرنجة، وقد أقصى النبي اليهود من شبه الجزيرة العربية لأنهم واثقوه وعاهدوه ثم خانوا العهود وتحالفوا مع أعدائه القرشيين. ومن المعروف أن النبي محمد كان لديه زوجة يهودية، وهي صفية بنت حيي بن أخطب، والتي اعتنقت الإسلام بعد زواجها من النبي محمد عقب غزوة خيبر حيث عرض عليها النبي الإسلام فأسلمت، فأعتقها النبي وتزوجها بعدما جُعِلت من السبايا حين قتل جيش المسلمون زوجها كنانة بن أبي الحقيق، و"جعل عتقها صداقها"،. وترتبط قصة صفية بغزوة خيبر التي دارت رحاها بعد عشرين يوماً من صلح الحديبية، حيث وفقاً للأحاديث النبوية، فتح النبي محمد والجيش المسلم المدينة وتم سبي النساء والأطفال فيما بعد كأسرى حرب. وكانت صفية زوجة كنانة بن الربيع، قد تم اختيارها من قبل النبي محمد كعروس. ووفقاً لمصادر إسلامية، بدأ اليهود في المدينة المنورة بتطوير علاقات ودية مع أعداء النبي محمد في مكة للإطاحة به، على الرغم من أنهم وافقوا على المعاهدة القسرية صحيفة المدينة والتي تنص على الوقوف إلى جانبه وأتباعه ضد أعدائهم. وتم طرد اثنين من القبائل اليهودية وتم القضاء على الثالثة. وتم طرد بنو قينقاع الذين انحازوا إلى الخزرج. بعد مخالفتهم لبنود عهد الصلح بينهم وبين المسلمين. وتم طرد بنو نظير بعد أن حاولوا اغتيال محمد. وشنَّ النبي محمد غزوة بني قريظة بعد معركة غزوة الخندق حيث حاولت قبيلة بني قريظة اليهودية التحالف مع أعداء المسلمين من قبيلة قريش، وانتهت هذه الغزوة باستسلام بنو قريظة بشرط التحكيم فحكم عليهم سعد بن معاذ الذي طلب بنو قريظة من النبي محمد أن يحكمه فيهم لأنه كان حليفاً لهم في الجاهلية فحكم فيهم بقتل الرجال وسبي النساء وتقسيم أموالهم وأراضيهم على المسلمين.
ويرى صامويل روزنبلات أن هذه الأحداث لم تكن جزءًا من سياسات موجهة ضد اليهود فقط، وكان النبي محمد أكثر قسوة مع أقاربه الوثنيين العرب. بالإضافة إلى ذلك، كان يُنظر إلى صراع النبي محمد مع اليهود كأهمية ثانوية. ووفقًا لما قاله برنارد لويس، فمنذ حلّ نزاع اليهودية والإسلام وانتهى خلال حياة محمد بنصر المسلمين، لم يشعل أي نزاع ديني مسلم معاداة السامية. هناك أيضًا اختلاف بين الإنكار اليهودي لرسائل مسيحية ومسلمة، حيث أن النبي محمد لم يزعم أنه المسيح أو ابن الله، على الرغم من أنه يشار إليه باسم "رسول الله". كما إن سبب وفاة النبي محمد أمر مثير للجدل، على الرغم من أن الأحاديث تميل إلى الإيحاء بأنه ربما يكون قد استسلم في نهاية المطاف إلى السم بعد أن تم تسميمه في خيبر بواسطة أحد الأرامل اليهود الذين بقوا على قيد الحياة. وفقاُ لروزنبلات ، فإن نزاعات النبي محمد مع القبائل اليهودية المجاورة له لم تترك أي أثر واضح على خلفائه المباشرين (المعروفين بإسم الخلفاء). اعتمد الخلفاء الأوائل عمومًا على علاجهم على الآيات القرآنية التي تشجع على التسامح. واعتبر المعلقون الكلاسيكيون صراع النبي محمد مع اليهود كحلقة صغيرة في حياته، على الرغم من أن التركيز على الحدث قد تحول في العصر الحديث.