باكستان أصبحت باكستان في 14 أغسطس من عام 1947 م دولة مستقلة من دول رابطة الشعوب البريطانية (الكومنولث)، كما حصلت الهند على استقلالها في اليوم التالي لهذا التاريخ، وقد أصبح محمد علي جناح الذي يعتبر مؤسس دولة باكستان أول رئيس حكومة في باكستان.
يرى الكثير من مؤيدي فكرة استقلال باكستان عن الهند أّنها خلّصت المسلمين الهنود من تعصّب الهندوس الأعمى وتحكمهم في رقاب المسلمين ويأتي في مقدمة هؤلاء شاعر الإسلام محمد إقبال الذي كان يحلم بإنشاء وطن للمسلمين في شبه القارة الهندية، ولكنه لم يعش حتى يرى ما كان يتمناه ويحلم به حقيقةً، إذ توفي سنة (1357 هـ= 1938 م) قبل أن تظهر دولة باكستان، لكن في المقابل نجد بعض المفكرين يرون الموضوع من جوانب أخرى فها هو المفكّر الجزائري مالك بن نبي يعتقد – في كتابه في مهب المعركة - بأن باكستان صنيعة المحتل الإنكليزي قائلاً: " إنّ باكستان في حقيقة الأشياء، لم تكن إلا الوسيلة التي أعدتها السياسة المعادية للإسلام التي تمتاز، بها بصورة تقليدية، أوساط المحافظين الإنكليز، أعدتها من أجل إحداث الانشقاقات المناسبة في جبهة كفاح الشعوب ضد الاضطهاد الاستعماري.".
كما أنّه يبرّأ ساحة المسلمين والهندوس الذين قتلوا في الاضطرابات ويحمّل المخابرات الإنكليزية مسؤولية ما جرى قائلاً: " إنه مكر يبلغ ذروته، إذ استطاعت انكلترة بهذه الطريقة أن تترك الهند في حالة تمزق نهائي، إذ لا يفرق بين المسلمين والهندوس حدود جغرافية لا تستطيع انكلترة تلفيقها مهما كانت براعتها في التلفيق، ولكن يفرق بينهم حدود من الأحقاد ومن الدماء، ذهب ضحيتها الملايين من المسلمين والهندوس، كانوا ضحية المذبحة التي زجتهم فيها المخابرات الإنكليزية في الوقت المناسب.".
ويتطور موقف بن نبي في كتابه وجهة العالم الإسلامي ليضعنا أمام تحليل علمي دقيق لدواعِ نشوء باكستان حسب تصوره فيقول: " أما الوضع في الباكستان فيبدو لعين الناظر إليه أكثر استبهاماً واختلاطاً، والظاهر أن تشرشل كان يستهدف أهدافاً ثلاثة في الهند، وأنّه قد بلغها فعلاً. ولقد أراد أولاً أن يفوّت على الاتحاد السوفييتي سلاحاً قوياً من أسلحة الدعاية والإثارة، فماذا عسى أن يكون وضع الهند المستعمَرة على حدود الصين الشيوعية في حرب عالمية ثالثة...؟ لقد استطاع (الثعلب الهرم) أن ينشئ في شبه القارة الهندية منطقة أمان، وبعبارة أخرى: حجراً صحياً ضد الشيوعية، ولكنه عرف أيضاً كيف يخلق بكل سبيل عداوة متبادلة بين باكستان والهند، وكان من أثرها عزل الإسلام عن الشعوب الهندية من ناحية، والحيلولة دون قيام اتحاد هندي قوي من ناحية أخرى، ولقد بذل هذا السياسي غاية جهده لتدعيم هذه التفرقة، وتعميق الهوة بين المسلمين والهندوس، تلك الهوة التي انهمرت فيها دماء الضحايا، من أجل هذا التحرر الغريب، فكان الدم أفعل في التمزيق من الحواجز والحدود..."
لم يكن مالك بن نبي المعارض الوحيد لفكرة قيام دولة باكستان فهناك أيضاً المفكّر الإسلامي مولانا أبو الأعلى المودودي مؤسس الجماعة الإسلامية في باكستان ولكن معارضته كانت مبنيّة على أسباب مختلفة حيث كان المودودي من أشدّ المعارضين لفكرة الدولة القوميّة كما أنّ آراءه تقضي بعدم جواز التعامل معها أو لعب أيّ دور فيها وبناءً على ذلك كان معارضاً لحزب المؤتمر القومي الهندي لأنّه حزب قومي كما أنّه عارض قيام دولة باكستان في البداية خوفاً منه من تحوّل الهوية الإسلامية إلى هوية قومية، ولكن بعد أن صارت حقيقة واقعة عاد إلى لاهور ليعاود نشاط الجماعة الإسلامية هناك.
كان تأسيس الجماعة الإسلامية في لاهور في العام 1941 م بمبادرة من عدد من علماء الهند حينها كان منهم أبو الحسن الندوي وطفيل محمد وأبو الأعلى المودودي الذي أصبح أول أمير للجماعة فيما بعد، كان تأسيس هذه الجماعة نقطة فاصلة في تاريخ الهند لأنها كانت أول من دعا إلى أسلمة المجتمع بل كانت من أشد المتحمسين لإحياء الخلافة الإسلامية، كانت أهداف الرابطة الإسلامية آنذاك منصبة على المطالبة بوطن لمسلمي الهند بينما وسّعت الجماعة الإسلامية اهتماماتها لتشمل العالم الإسلامي بأسره وبالذات قضية فلسطين التي كتبت وناضلت كثيراً من أجلها. وبانقسام شبه القارة الهندية انقسمت الجماعة الإسلامية فاختار المودودي الانتقال إلى باكستان التي كانت بنظره دولة للمسلمين وليس للإسلام، وبناءً على ذلك أصبحت أسلمة هذه الدولة وتطبيق الشريعة الإسلامية فيها الشغل الشاغل للمودودي وللجماعة الإسلامية عموماً في كل الفترات التاريخية اللاحقة، كثرت خطب المودودي عن الحاكمية ومطالباته بإقامة النظام الإسلامي حتى قُبض عليه في العام 1953 م وحُكم عليه بالإعدام وتحت ضغط الغضب الشديد من الشعب تم تخفيف الحكم إلى السجن المؤبد، ثم تمّ إصدار حكم بالعفو عنه في العام 1955 م بعد ضغوطات كبيرة مارسها الشعب بالإضافة إلى ضغوطات عدة من الدول الإسلامية كان أبرزها المملكة العربية السعودية.
أثمرت جهود الجماعة الإسلامية في العام 1956 م بكتابة دستور للبلاد يراعي في بعض بنوده تطبيق الشريعة الإسلامية كما أخذت الدولة حينها اسم "جمهورية باكستان الإسلامية" وكان اللواء اسكندر ميرزا أول من تقلّد منصب رئيس الجمهورية، وبدأت باكستان في تلك الفترة بإنشاء العديد من المشاريع التنموية الضخمة.
في العام 1958م قام الجنرال أيوب خان بأول انقلاب عسكري في تاريخ البلاد بدعم من الولايات المتحدة الأميركية، شهد حكم أيوب خان العديد من الإصلاحات الاقتصادية مما أدى إلى ارتفاع الخط البياني الاقتصادي للبلاد نسبياً، كما تمّ نقل العاصمة من كراتشي إلى إسلام آباد.
تأئر أيوب خان بأفكار مصطفى كمال أتاتورك فكان علمانياً لا يتبنى فكرة الدولة الإسلامية وكان خصماً عنيداً للإسلاميين ويجاهر بذلك بأقواله ومنها: " سوف نشحن جميع العلماء في قارب ونطردهم خارج باكستان"، " نحن لسنا مسلمين فقط نحن أيضاً باكستانيون"، قام أيوب خان في العام 1962 م بتشكيل لجنة مهمتها تشكيل دستور جديد كان أبرز ما نتج عن هذا الدستور الجديد تغيير اسم الجمهورية ليصبح " جمهورية باكستان " ثم عاد فتراجع عن قراره - تحت وطأة الضغوط - بعد عامين ليعود اسم الجمهورية كما كان سابقاً، شكك الكثير من السياسيين بنزاهة الانتخابات الرئاسية التي فاز بها أيوب خان في العام 1965 م مكتسحاً مرشحة المعارضة فاطمة جناح – أخت محمد علي جناح – والتي كانت جميع المؤشرات والإحصائيات ترجح فوزها.
عارض المودودي حكم أيوب خان معارضة شديدة، ولكن باشتعال الحرب الهندية الباكستانية الثانية عام 1965 م أعلن أيوب خان الجهاد المقدس ضد الهند وقام بخطوات للتقرّب من أبو الأعلى لكسب دعمه في حربه هذه وفعلاً تمّ ذلك. لم يستطع الجيش الباكستاني تحقيق نصر حاسم في المعركة مما اضطر أيوب خان إلى توقيع اتفاقية سلام مع الجانب الهندي في العام 1966 م عرفت باتفاقية طشقند، انتقد كثيرون هذه الاتفاقية واتهموا أيوب خان بتحويل النصر في أرض المعركة إلى هزيمة على طاولة المفاوضات وبالذات وزير خارجيته وذراعه اليمنى ذو الفقار علي بوتو الذي ترك الحكومة رداً على تصرفات أيوب خان وقام بتأسيس حزب الشعب الباكستاني في العام 1967 م وذلك بهدف إقصاء أيوب خان عن السلطة.
وفي نهاية عام 1968 م وصل استياء الشعب من حكومة أيوب خان مداه, كما تحالفت العديد من القوى السياسية ضده وكان أبرزهم المودودي الذي عاد فعارض حكمه بسبب عقده اتفاقية طشقند, ولم يكن أمام أيوب خان إلا أن يترك منصبه، فقدم استقالته في العام 1969 م ليتولى السلطة بعده قائد أركان الجيش آغا محمد يحيى خان.