التعليم الزيتوني الأصلي قلنا إن مرحلة التعليم الزيتوني الأصلي هي مرحلة تعمق فيبدأ في تلقي المواد العلمية بالفهم من شرح المتون التي عادة ما تكون حفظت في المرحلة الإبتدائية "ثم يرتقون في دراسة كتاب العلوم بشروح وحواش (الحاشية كتاب توضيح وتعليق على الشرح)، وينتقلون من انتهاء كتاب إلى أوسع منه في علمه ببسط شرح وزيادة مسائل، وهذا التعليم لا منتهى له وهو يجمع ما يعادل التعليم الثانوي والعالي" 
"وبناءً على ما تقدم من مهمة الكتاتيب وما كان يدرّس فيها من مواد بالإضافة إلى ما اطلعنا عليه من تراجم بعض العلماء الذين تخرجوا من هذا الجامع ومنهم العلامة عبد الرحمن بن خلدون في القرن الرابع عشر ميلادي والشيخ محمد الشافعي التونسي في العهد الحسيني حوالي منتصف القرن الثامن عشر، نخلص إلى أن المواد الدراسية لم تختلف كثيرا طيلة عهود الجامع عما كانت عليه في العهد الحسيني عند مطلع القرن العشرين . وقد كانت في هذا العهد كالآتي : 1- القراآت. 2- التفسير. 3- الحديث: رواية ودراية. 4- التوحيد. 5- علم الفقه ويشمل مادة الفرائض. 6- أصول الفقه. 7- علوم العربية وتشمل النحو والصرف والإنشاء والأدب والبلاغة. 8- التاريخ. 9- الحساب. 10- المنطق. 
ويضيف إليها ابن عاشور مادتين أخريين هما : 11- آداب البحث. 12- العروض. 
وبديهي أن هذه المواد تختلف من حيث الأهمية؛ فمنها ما هو أساسي ويسمى بالمقاصد، ومنها ما هو وسائل أو مقدمات وهي بمثابة الآلات لمعرفة المواد الدينية الأساسيّة كعلوم العربية والحساب والمنطق. وهو ما يستلزم أن تعطى المواد الآساسية في التعليم الزيتوني عناية أكثر وحظا أوفر من التدريس. وفي الأربعينيات أضاف الشيخ المصلح محمد الطاهر ابن عاشور، شيخ الجامعة الزيتونية مادة الرياضيات العصرية والفيزياء والكيمياء والعلوم الطبيعية إلى برامج التدريس. وفي سنة 1951 تم إحداث الشعبة العصرية باختصاصيها الفلسفي والعلمي واستحدثت فيها مواد جديدة لم تكن تدرس من قبل في الزيتونة مثل الفلسفة واللغات الحية (الفرنسية والإنجليزية) وارتفع مستوى الرياضيات الحديثة والعلوم الطبيعية والفيزياء والكيمياء إلى درجة تَمَكّن عدد من خريجــــي الشعبـــــة الزيتونيــــة العصريــــة من النجاح في الباكالوريا فرنسية وكل هذه المــــواد ذكرهــــا الشيخ الطاهر بن عاشور وأوصى بتضمينها في التعليم الزيتوني منذ أكثر من قرن، أي منذ سنــــة 1910، زمن انتهائــــه من تحرير كتابـــه الشهيــــر في إصلاح النظام التربوي الزيتوني: "أليس الصبــــح بقريب؟"
وإذا أضفنا المواد التي تم استحداثها، وهي كالآتي: 13- الرياضيات العصرية. 14- الفيزياء. 15- الكيمياء. 16- العلوم الطبيعية. 17- الفرنسية. 18- الأنجليزية. 19- الفلسفة. 20- الأدب العربي. 
تصبح المواد التي كانت تدرس بالجامع حتى مستوى التحصيل بشعبتيه العلمية والعصرية نحوا من عشرين. وإذا استثنينا الأنجليزية التي كانت لاتدرس لطلبة الشعبة العلمية فإن بقية المواد المذكورة كانت تدرس لطلبة كلتا الشعبتين على اختلاف في مستوى المواد الأساسية في كلتيهما. وبديهي أن إيقاف العمل بمنظومة التعليم الزيتوني التي كانت تضم المستوى الجامعي حيث تمنح للمتخرجين شهادة العالمية (الإجازة)، تطبيقا لأمر 1 مارس 1961، الذي أصبحت بموجبه كلية الشريعة وأصول الدين الوريثة الرسمية لجامعة الزيتونة (أمر 31 مارس 1960) ولجامع الزيتونة كمؤسسة تعليمية طوال قرون مديدة، حرم الجامعة الزيتونية من أن تواصل تطورها لتصبح جامعة عصرية متعددة الإختصاصات على غرار الجامعات العريقة في الغرب كجامعة أكسفورد وكامبريدج ببريطانيا اللتين أنشئتا في القرن الحادي عشر وبداية القرن الثالث عشر على التوالي. لهذا اعتبر هذا الإجراء خطأ تاريخيا، خاصة لأنه تم في وقت بلغت فيه جهود الإصلاح التربـوي في الزيتونـــــة أوجهـــــا وبدأت تؤتي ثمارها مع بعـــــث الشعبـــة العصريـة على يد الشيخ الطاهر بن عاشور"