mteb/JQaRAReranking huggingface dataset:
菅直人内閣: 菅直人内閣(かんなおとないかく)は、副総理兼財務大臣、衆議院議員及び民主党代表の菅直人が第94代内閣総理大臣に任命され、2010年(平成22年)6月8日から2010年(平成22年)9月17日まで続いた日本の内閣。
内閣官房長官: 内閣官房長官は、「総理の右腕」や「内閣の要」とも呼ばれ、重大な懸案の解決に当たっては官房長官の調整能力が成否を分けるとされる重要度の高いポストである。組閣の際には、通常真っ先に任命される。戦前の内閣書記官長に相当し、現憲法下では当初天皇の認証対象とならない非認証官であったが、1963年(昭和38年)に当時の池田勇人首相が、首相の意を受けて大臣に指示するには大臣と同格にする必要があると判断し、第2次池田第2次内閣時代の同年6月11日から認証官となった。それまでは形式上は大臣より格下ポストだったのが、ようやくここで完全な大臣待遇となった。テレビを通じて露出が顕著であり、毎日の記者会見がテレビを通じて伝えられ、政権の顔となっている。現在では実質的内閣ナンバー2と見なされる事も多い。
第1次小泉内閣 (第2次改造): 内閣改造3日後の2003年(平成15年)9月25日発足。
菅直人内閣 (第2次改造): 菅直人第2次改造内閣(かんなおとだいにじかいぞうないかく)は、衆議院議員、民主党代表の菅直人が第94代内閣総理大臣に任命され、2011年(平成23年)1月14日から2011年(平成23年)9月2日まで続いた日本の内閣。
第4次安倍内閣 (第2次改造): 総辞職後に発生した安倍晋三銃撃事件により、安倍の生涯最後の内閣となった。
第2次安倍内閣: 自由民主党(町村派) 自由民主党(岸田派) 自由民主党(額賀派) 自由民主党(麻生派) 自由民主党(二階派)自由民主党(石原派) 自由民主党(谷垣G) 自由民主党(大島派) 自由民主党(無派閥) 公明党 中央省庁・民間2012年(平成24年)12月26日任命。
大臣主席: 日本でもかつては内閣総理大臣の英語呼称として大臣主席に相当するMinister Presidentが用いられた時期があった。
内閣府特命担当大臣: ここでは歴代担当者が一名のみ、かつ既に廃止された役職を記載する。ここでは歴代担当者が一名のみ、かつ既に廃止された役職を記載する。
第1次安倍内閣 (改造): 前内閣では定員一杯の5名であったが、2名になった。
第4次安倍内閣 (第1次改造): 2018年(平成30年)10月4日任命。2018年(平成30年)10月4日任命。2018年(平成30年)10月2日任命。
片山内閣: 片山内閣(かたやまないかく)は、衆議院議員・日本社会党委員長の片山哲が第46代内閣総理大臣に任命され、1947年(昭和22年)5月24日から1948年(昭和23年)3月10日まで続いた日本の内閣。
第1次安倍内閣 (改造): 2007年(平成19年)8月29日任命。
1950年代の日本: 1950年代の内閣総理大臣
佐藤内閣: 佐藤内閣(さとうないかく)は、佐藤栄作を内閣総理大臣とする日本の内閣。
内閣総理大臣 (曖昧さ回避): 内閣総理大臣(ないかくそうりだいじん)
第2次岸田内閣: これにより、第2次岸田改造内閣が発足する。
内閣総理大臣指名選挙: 内閣総理大臣指名選挙(ないかくそうりだいじんしめいせんきょ)とは、日本の内閣の首長たる内閣総理大臣を指名する選挙である。首相指名選挙、首班指名選挙とも呼ばれる。
第4次安倍内閣 (第2次改造): 第4次安倍第2次改造内閣(だいよじ あべ だいにじ かいぞうないかく)は、衆議院議員、自由民主党総裁の安倍晋三が第98代内閣総理大臣に任命され、2019年(令和元年)9月11日から2020年(令和2年)9月16日まで続いた日本の内閣。
後夜祭: 名字の元ネタは内閣総理大臣経験者より。
福田康夫内閣: 福田康夫内閣(ふくだやすおないかく)は、福田康夫が第91代内閣総理大臣に任命され、2007年(平成19年)9月26日から2008年(平成20年)8月2日まで続いた日本の内閣。自由民主党と公明党との連立内閣である。
大臣: 国務大臣は内閣総理大臣から任命された上で天皇から認証され(第68条第1項、第7条第5号)、さらに各省大臣・特命担当大臣として内閣総理大臣から補職の辞令を受けて担当事務を命ぜられる。ただ、内閣は一体として法律の執行、国務の総理、外交関係の処理、予算の作成・提出等及び一般行政事務を行うこととなっており(第73条)、閣議の成員である各国務大臣は、その担当いかんにかかわらず、国務・外交・行政全体を評議することができる。また、専ら国務大臣としての職務すなわち閣議の評議・議決に加わるだけで、行政事務の担当を命じられない無任所国務大臣の存在も妨げられない。内閣総理大臣を「首相」、○○省(○○は省名及びその略称)の主任の大臣を「○○相」とも略称する。
内閣総理大臣: ただ、通常、内閣総理大臣は与党党首の地位を前提として与党議員からの信任を得ているが、その政党の内規で党首職に再選制限が設けられている場合、その年限が事実上の任期の上限となることがある。なお日本国憲法下の事例においては、内閣総理大臣を退任すると同時に自党の党首職も辞任するか任期満了を迎え退任する事例がほとんどととなっている。
総理と呼ばないで: 無能で性格も最悪で、国民や内閣府のメンバーからも人気が無く、マスコミも何かにつけて総理の発言の粗を探して批判するなど 、内閣支持率が1.8%まで落ちていた(この数値は歴代最低であった )。そんな折も折、官房長官が辞任、後任を決めなければならない事態に直面、首席秘書官に相談するも名案は出ず 。支持率が低いために、内閣不信任決議が提出されれば、可決されそうな危機にせまった。そんな中、娘のに家庭教師を雇うが 、人材不足からその男が官房長官を務めることとなる。総理大臣以下スタッフは何としてでも、歴代最短内閣という汚名を避けるために奮闘する。
内閣総辞職: 内閣制度発足後からしばらくの間は、総理大臣の辞職とともに全ての大臣が辞職するという慣例はなく、多くの大臣は総理が変更してもそのまま内閣に残るのが常態であった。1889年の黒田清隆総理大臣が辞表を提出した際には、その他の黒田内閣における大臣も全て辞表を提出したが、三条実美が総理大臣臨時兼任した際には黒田以外は留任し、その後に山縣有朋が総理大臣となった際にも外務大臣の大隈重信と農商務大臣の井上馨が辞職したのみであった。大日本帝国憲法では内閣制度自体が規定されておらず、内閣総辞職に関する規定も存在しなかった。内閣の閣員がほとんど入れ替わる総辞職に近い最初の事例は、1892年の第1次松方内閣の終了時である。第1次桂内閣以降は総理大臣交代後に大幅に閣員が変更されるという慣行が形成されていった。しかしその後も陸海軍軍部大臣については総理大臣が変わっても留任する事が多かった。
麻生内閣: 2008年(平成20年)9月25日の閣議では内閣法第9条の規定に基づき、首相に事故があった場合の臨時代理就任予定者の順位を河村建夫、与謝野馨、鳩山邦夫、中川昭一、甘利明の順とすることを決定した。また、同日の閣僚懇談会では行財政改革の一環として、歴代内閣と同様に閣僚給与の1割を国庫に返納することを申し合わせた。9月29日、麻生首相は記者団から内閣の名前を聞かれ、「ネーミングはみなさん(報道機関)がすること」と、自らは内閣へのネーミングは行わないことを表明した。自民党内の圧倒的人気を得た麻生首相は「選挙の顔」として、解散ができなかった福田にかわり「解散、総選挙を行うことを前提に」首相になったとも言われ、野党も速やかな衆議院解散、総選挙の実施を要求した。
第4次安倍内閣 (第2次改造): 自由民主党(細田派) 自由民主党(岸田派) 自由民主党(竹下派) 自由民主党(麻生派) 自由民主党(二階派)自由民主党(石原派) 自由民主党(谷垣G) 自由民主党(石破派) 自由民主党(無派閥) 公明党 中央省庁・民間2019年(令和元年)9月11日任命。2019年(令和元年)9月11日任命。2019年(令和元年)9月13日任命。2019年(令和元年)9月13日任命。2019年(令和元年)9月11日任命。
外務大臣 (日本): 太字は内閣総理大臣経験者である。
CHANGE (テレビドラマ): 内閣支持率は過去最低を記録し、次期総選挙では野党第一党である革進党への政権交代も危ぶまれている。名前の由来は戦前の政党、立憲政友会。モデルは自由民主党。
組閣: しかし、2001年から2006年まで内閣総理大臣に在任した小泉純一郎は派閥のバランスを考慮せずに組閣を行い、政界に驚きを与えた。
第2次森内閣 (改造 中央省庁再編前): ※笹川国務大臣はいわゆる無任所大臣。
自由民主党総裁: それに伴う協議の結果、当時の総裁であった橋本龍太郎が首相に指名された。安倍晋三は2012年に第25代総裁として就任した時点では民主党政権下における野党の党首であったが、任期中に第46回衆議院議員総選挙で自民党が大勝し、政権を奪還したことで、与党の党首として首相に指名された。
野田内閣 (第3次改造): 野田第3次改造内閣(のだ だいさんじ かいぞうないかく)は、衆議院議員、民主党代表の野田佳彦が第95代内閣総理大臣に任命され、2012年(平成24年)10月1日から2012年(平成24年)12月26日まで続いた日本の内閣。衆院選を挟まずに3回内閣改造を行った例は、この内閣と第3次吉田第3次改造内閣、第2次池田第3次改造内閣、第1次佐藤第3次改造内閣、第3次安倍第3次改造内閣の5つのみであり、回数としては最多。3度の改造が行われた期間は1年4ヶ月弱と最短である。2012年(平成24年)11月16日に衆議院が解散され、12月16日に実施された第46回衆議院議員総選挙で民主党が大敗、自由民主党(総裁:安倍晋三)・公明党(自公連立政権)への政権交代が確定。同年12月26日に野田第3次改造内閣は総辞職し、鳩山由紀夫、菅直人、野田佳彦と3人の首相に渡った民主党政権は3年3か月で幕を下ろした。
コレラ菌: 一方、イタリアの医師フィリッポ・パチーニは、コレラ患者の糞便に大量の細菌が存在することを見出し、これがコレラの病原菌だと考えてVibrio choleraeと名付け、1854年にイタリアの学術誌に発表した。しかし、この発表はヨーロッパの学者の目に止まらず、また当時はまだ細菌が病原体であるという考えは証明されていなかったため、この発表は以後30年にわたって日の目を見ることはなかった。1876年、ロベルト・コッホが炭疽の病原体が炭疽菌であることを証明したことによって、細菌が病原体であるという、細菌病原体説が証明された。コッホは、さらに結核菌がヒトの結核の病原体であることを1882年に立証し、ある細菌が特定の病気の原因であることを証明するための原則としてコッホの原則を提唱していた。
ウイルス: 微生物学の歴史は、1674年にオランダのレーウェンフックが、顕微鏡観察によって細菌を見出したことに始まり、その後1860年にフランスのルイ・パスツールが生物学や醸造学における細菌の意義を、1876年にドイツのロベルト・コッホが、医学における細菌の意義を明らかにしたことで大きく展開した。特にコッホが発見し提唱した「感染症が病原性細菌によって起きる」という考えが医学に与えた影響は大きく、それ以降、感染症の原因は寄生虫を除いて、全て細菌によるものだと考えられていた。1892年、ロシアのドミトリー・イワノフスキーは、タバコモザイク病の病原が細菌濾過器(当時は粘土を素焼きしたもの)を通過しても感染性を失わないことを発見。それが細菌よりも微小な、光学顕微鏡では観察できない存在であることを報告した。しかし、病原体は細菌であるという考えを捨てきれなかった。
細菌: 1828年、クリスチャン・ゴットフリート・エーレンベルクは、顕微鏡で観察した微生物が細い棒状であったため、ギリシア語で「小さな杖」を意味するβακτήριονから“Bacterium”と呼んだ。しかしながら実際に彼が観察した「Bacterium」は、非芽胞形成の桿菌を含んだ属であり、これは1835年にエーレンバーグ自身によって芽胞形成桿菌属であるバチルス(Bacillus)として定義された。1859年にはルイ・パスツールが、アルコール発酵が微生物によって引き起こされることを示し、さらに発酵が自然発生的な現象ではないことを示すことで、自然発生説を否定した。このとき、パスツールは発酵を起こす微生物を細菌だと考えたが、実際には菌類である(発酵に関連するものは細菌ではなく、一般的には酵母やカビといった真菌である)。ロベルト・コッホとともに、パスツールは病原菌理論の初期の提唱者であった。
ゲオルク・ガフキー: ゲオルク・ガフキー(Georg Theodor August Gaffky, 1850年2月17日 - 1918年9月23日)はドイツの細菌学者。1884年にチフス菌の培養に成功したことで知られる。ハノーファーで生まれた。ベルリンのフリードリヒ・ヴィルヘルム大学で医学を学び、普仏戦争で一時学業が中断されるが1873年に卒業した。鉛中毒による腎臓障害の研究で学位を取り、ベルリンの病院で助手を務め、1875年に医師免許を得た後、軍医として働いた。ロベルト・コッホの助手として働き、感染症の原因としての細菌学の研究に従事した。1880年に腸チフスの病原体をカール・エーベルトが発見し、コッホが独立して研究した病原菌の分離、培養方法を改善に務め、1884年に純培養に成功したことを発表した。1883年にコレラのエジプトでの流行に際してドイツ政府が組織した調査団にコッホとともに加わった。
感染症の歴史: また、科学的な疫学も1854年のロンドンでのコレラ大流行において、ジョン・スノウが公衆の井戸水が原因であると指摘したことがはじまりである(後述)。コレラは反面、衛生的な近代都市の生みの親となったのである。結核は、結核菌によって引き起こされ、全身の倦怠感、食欲不振、体重減少、37°C前後の微熱が長期間にわたって続く、就寝中に大量の汗をかくなどの症状をともない、咳嗽(痰をともなうこともともなわないこともある)が疾患の進行にしたがって発症してくる。かつては「不治の病」「死の病」「難病」とされ、「白いペスト」と呼ばれることもあった。結核菌は1882年、細菌学者ロベルト・コッホにより発見され、1943年にはセルマン・ワクスマンとワクスマン研究室の学生であったアルバート・シャッツ(英語版)によるストレプトマイシンなどの抗生物質があらわれて、結核は完治する病気となって、患者はいったん激減した。
細菌学: 細菌学という分野が指す領域が複数に亘っている理由は、その成立した過程による。ロベルト・コッホによる炭疽菌の発見からはじまった、病原体としての細菌研究の黎明期から、日本人はその研究に従事・貢献して北里柴三郎や志賀潔などの細菌学者を輩出してきた。この関係から、日本国内においては細菌学という学問が病原体を扱う分野として成長を遂げてきた。その後、細菌以外の病原体であるウイルスの発見や、分類学の発達によって細菌と真菌の違いや真正細菌と古細菌の違いが明確化されたことなどから、これらを「細菌学」に含めて、対象として扱うことには齟齬が生じたため、より適した名称として「微生物学」が用いることが主流になり、今日に至っている。しかしながら、古くから続いている学会(日本細菌学会)や、研究機関、書籍においては、未だに微生物学を表すもの(上記の4)として細菌学を用いているものも見られる。
感染症の歴史: この考えは、16世紀イタリアの修道士で科学者のジローラモ・フラカストロの著作『梅毒あるいはフランス病』(1530年)や『伝染病について』(1546年)により、ルネサンス期のヨーロッパにも広く受け入れられた。フラカストロは伝染病のコンタギオン説(接触伝染説)を唱え、梅毒(Syphilis)やチフス(typhus)という病名の命名者となった。病原体(病原微生物)について、それを人類が初めて見たのは、形態的には1684年のオランダのアントニ・ファン・レーウェンフックの光学顕微鏡による細菌の観察だといわれる。レーウェンフックの顕微鏡の改良により、細菌を肉眼で容易に観察できるようになった。1838年に細菌を意味するラテン語 "bacterium" が出現しており、病原体が現在のように判明してきたのは19世紀以降のことであって、フランスのルイ・パスツールやドイツのロベルト・コッホに負うところが大きい。
炭疽菌: 炭疽菌は1876年にロベルト・コッホによって動物の炭疽症の病原体として発見された。当時は病気が発生する原因について、汚れた空気(瘴気)が原因であるとするミアズマ説と、伝染性の病原物質との接触が原因であるとするコンタギオン説の二つの学説で争われていた。コッホは今日「コッホの原則」として知られる考え方に則って、炭疽症の動物から炭疽菌を分離し、それが健康な動物に炭疽を発症させること、さらにその病変部から炭疽菌が再分離されることを示すことで、細菌などの微生物がコンタギオンとして病気を媒介することを証明した。これは、細菌が病原体であるということを示した最初の発見であり、その後医学分野において細菌学、感染症学が発展するきっかけとなった。
結核菌: 結核菌(けっかくきん、Mycobacterium tuberculosis、ヒト型結核菌)は、ヒトの結核の原因となる細菌。1882年3月24日、細菌学者ロベルト・コッホにより発見された。ヒトの病原菌としては、コッホの原則に基づいて病原性が証明された最初のものである。グラム陽性桿菌である抗酸菌の一種であり、細胞構造や培養のための条件など多くの点で他の一般的な細菌と異なる。特に、ミコール酸と呼ばれる特有の脂質に富んだ細胞壁を持つため消毒薬や乾燥に対して高い抵抗性を有する。保菌者の咳やくしゃみなどの飛沫、あるいはそれが乾燥したものを含むほこりなどから空気感染して、肺胞マクロファージの細胞内に感染し、肺結核を始めとする各種の結核の原因となる。1998年に全ゲノムが解読された。
ルイ・パスツール: ルイ・パスツール(パストゥールとも、フランス語: Louis Pasteur, 1822年12月27日 - 1895年9月28日)は、フランスの生化学者・細菌学者。「科学には国境はないが、科学者には祖国がある」という言葉で知られる。王立協会外国人会員。ロベルト・コッホと共に「近代細菌学の開祖」とされる。分子の光学異性体を発見。牛乳、ワイン、ビールの腐敗を防ぐ低温での殺菌法(パスチャライゼーション(Pasteurisation・低温殺菌法とも)を開発。またワクチンの予防接種という方法を開発し、狂犬病ワクチン、ニワトリコレラワクチンを発明している。小惑星(4804) Pasteurはパスツールに因んで命名された。
腸炎ビブリオ: しかし、ヒ素や亜硝酸塩など、さまざまな化学物質についての検査が行われたものの、毒物は検出されず、原因は特定できなかった。これに対して、藤野恒三郎は未知の細菌による感染症ではないかという観点から分析を行った。そして実験動物と血液寒天培地を用いた分離実験によって、新種の病原菌を分離し、本菌が集団食中毒の原因であることを証明した。新しい病原菌が日本人研究者の手によって発見されたことは、日本の医学関係者に大きな驚きをもって受け止められた。当時の日本の多くの医学関係者は、ほとんどの病原細菌はすでに19世紀末のルイ・パスツールやロベルト・コッホの時代に発見しつくされたものと考えていたためである。
リヒャルト・プファイファー: プファイファーは、免疫学と微生物学の分野における基礎的な発見を多数行った。特に、溶菌の発見が有名である。1984年、プファイファーは、コレラに対する免疫をつけたモルモットに生きたコレラ菌を注射しても発症せず、このモルモットから採取した血漿を生きたコレラ菌に加えると、コレラ菌が動かなくなって溶けて消滅することを発見した。血漿を加熱してから加えると、この現象が抑制された。プファイファーはこの現象を溶菌と呼び、プファイファー現象とも呼ばれるようになった。プファイファーはロベルト・コッホと共同で、ある種の感染症の症状を引き起こし、熱に不安定な細菌毒である内毒素(エンドトキシン)についての研究を行った。プファイファーは腸チフスワクチンの先駆者の一人である。プファイファーは、チフスやコレラに対する溶菌性の免疫体(溶菌素(英語版))を発見した。
病原性: ロベルト・コッホによる炭疽菌の発見とコッホの原則の提唱以降、数多くの病原細菌が分離された。これによって生物学(微生物学)と医学(感染症学)との接点が明確となり、感染症治療は大きな進歩を遂げた。しかしながら、この微生物学の黎明期においては、その当時特に重大な疾患として認知されていた重篤な感染症から病原体を分離することが優先されており、このため当時見つかった病原体の多くは、健常者に少数感染しても発病しうる、きわめてビルレンスの高いものであった。このことが、微生物を「病原性のもの」と「非病原性のもの」に分類する考えの下地となった。
マックス・フォン・ペッテンコーファー: この科学雑誌は衛生学研究の中心的な役割を担うものになり、多くの医化学研究論文が投稿、掲載された、この科学雑誌は後にInternational Journal of Hygiene and Environmental Healthと名前を変え、2005年現在に至るまで継続している。これらの業績によって、衛生学は当時のヨーロッパで医学分野の花形として中心的な役割を果たすものと考えられるようになり、ペッテンコーファーもまたドイツだけでなくヨーロッパにおける医学衛生学の権威としての地位を確立した。1876年にロベルト・コッホは炭疽菌を発見し、これが動物の炭疽の原因であることを証明した。
コレラ菌: コレラ菌(コレラきん、学名 Vibrio cholerae。)は、ビブリオ属に属するグラム陰性のコンマ型をした桿菌の一種。好アルカリ性で比較的好塩性の細菌である。1854年、イタリア人医師フィリッポ・パチーニ(Filippo Pacini、1812年-1883年)によって発見された後、1884年にロベルト・コッホ(Robert Koch)がこれとは独立にコレラの病原体として発見した。しばしば誤解されるが、コレラ菌のすべてがコレラの原因ではなく、200種類以上の血清型に分類された中の「コレラ毒素を産生するO1型もしくはO139型のコレラ菌」が、ヒトに感染してコレラの原因になる。O1型は古典型とエルトール型に分類される。また、これ以外のコレラ菌もヒトに感染して食中毒の原因になる。
病原体: ペッテンコーファーは下水道の整備によってさまざまな疫病の発生を食い止めたという実績から、環境(特に土壌)汚染との関連が説明しやすいミアズマ説を支持していた。パスツールの細菌説は、(1)細菌がヒトに感染し、(2)ヒトの体内で腐敗物質を作り出し、(3)その腐敗物質が毒素になり発病する、という考えであったが、これに対してペッテンコーファーは、(1)ヒト体内の細菌(これはそのままでは病原性を持たない)が排泄されて土壌や水を汚染し、(2)汚染した細菌が土中や水中で増殖して腐敗物質を作り出し、(3)その腐敗物質がミアズマとしてヒトに作用して発病させる、という考えを示した。パスツールにやや遅れて、ドイツのロベルト・コッホが医学の分野から、病原体としての細菌の研究を開始した。
医学史: ゼンメルワイスの発見が一般的に活用されるようになったのはイギリスの外科医ジョゼフ・リスター以後であった。リスターは1865年、傷の手当てに対して殺菌剤の原則を示した。しかし19世紀の間、医学的な保守主義のために、ゼンメルワイスとリスターの研究は一般に受け入れられはしなかった。 ルイ・パスツールの発見はゼンメルワイスの研究を支持した。微生物と病気とを結びつけて考えたパスツールは、医学に大変革をもたらした。パスツールはクロード・ベルナールとともにパスチャライゼーション(低温殺菌法)を考案した。これは現在でも使われている。パスツールの実験によって病原菌説が立証された。またベルナールは医学における科学的方法を作り上げるために、1865年、『実験医学研究序説』を発表した。パスツールは、ロベルト・コッホ(1905年にノーベル生理学・医学賞受賞)とともに微生物学を作り上げた。
フォーゲスプロスカウエル試験: フォーゲスプロスカウエル試験はドイツのロベルト・コッホ研究所の細菌学者のDaniel Wilhelm Otto VogesとBernhard Proskauerによって1898年に開発された。
感染症の歴史: また、イギリスの外科医ジョン・スノウはロンドンでのコレラ流行に際し、死亡者の生活状況を四分割表を用いてのクロス分析という統計学的な手法を用いて生活改善を提案し、これらの業績により「疫学の父」と称される。1884年にはドイツの細菌学者ロベルト・コッホによってコレラ菌が発見され、医学の発展、防疫体制の強化などとともに、アジア型コレラについては世界的流行は起こらなくなった。ただし、アジア南部およびアジア東部においてはコレラの流行が繰り返され、中国では1909年、1919年、1932年に大流行があり、インドでは1950年代までつづいて、いずれも万単位の死者を出すほどであった。コレラの流行を防止するため、下水道の整備など大都市における公衆衛生政策が発達し、ゴミ箱が普及し、検疫体制が整備されて、その多くは現代にも引き継がれている。
細菌: また、コッホの原則という、生物が病気の原因であるかどうかをテストするための基準が提唱され、これは今日でも使用されているものである。フェルディナント・コーンは細菌学の創始者であり、1870年から細菌を研究していた。コーンは、細菌をその形態に基づいて分類した最初の人物である。19世紀には多くの研究により、細菌が様々な病気の原因であることが判明したが、効果的な抗菌治療法は不明であり、対症療法しか存在しなかった。20世紀に入ると培養法が確立されたことも相まって、細菌の研究が進んでいく。1910年、 パウル・エールリヒは、梅毒トレポネーマ(梅毒の原因となるスピロヘータを選択的に染色する染料を、病原体を選択的に殺す化合物に変えることにより、最初の抗生物質を開発した。
細菌: エーリッヒは、免疫学の研究で1908年のノーベル賞を受賞し、細菌を検出および識別するための染色の使用を開拓し、グラム染色と抗酸染色の基礎となった。1910年、パウル・エールリヒと秦佐八郎によって初の抗菌剤サルバルサンが開発され、1929年にはアレクサンダー・フレミングによって抗生物質ペニシリンが発見された。細菌についての知識が深まるにつれ、分類学上での細菌の位置づけはしばしば変更されている。発見時は2界説に従い植物界に振り分けられ、1866年にはエルンスト・ヘッケルによって単細胞生物をまとめた原生生物界に組み入れられた(3界説)。1930年頃になると原核生物と真核生物の違いが認識され、2帝説原核生物帝(1937年)、次いで4界説(のち5界説)モネラ界(1956年)が提唱された。
コレラ菌: このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌にはVibrio commaという学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられたV. choleraeが優先され、正式な学名になった。このコッホの発見に対して、マックス・フォン・ペッテンコーファー(Max von Pettenkofer)など細菌病原体説を支持しない立場の研究者が反論し、コレラ菌を自ら飲む自飲実験による検証を行った。一連の実験結果は十分な再現性を示さなかったものの、最終的にはコレラ菌がコレラの病原菌であることは、多くの科学者や医者に認められることとなった。
コレラ菌: このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ(第5次パンデミック)は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー(Georg Theodor August Gaffky)を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール(Louis Pasteur)の弟子にあたるエミール・ルー(Emile Roux)を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。
感染症の歴史: パスツールは、病気の中には病原体によって生じるものがあることを証明し、狂犬病のワクチンを開発した。そしてコッホは、1875年、感染力のある病原体としての細菌である炭疽菌を、光学顕微鏡を用いた観察によるものとして初めて発見し、また、感染症の病原体を特定する際の指針として「コッホの原則」を提唱して近代感染症学の基礎となる科学的な考え方を打ち出した。日本でも、北里柴三郎が1894年にペスト菌を、志賀潔は1898年に赤痢菌を発見している。なお、主な疫病菌の発見は以下の通りであり、19世紀後葉から20世紀初頭にかけての時期に集中している。光学顕微鏡では観察できない極小のウイルス(virus)の発見は、細菌よりも遅れ、1892年のロシアの植物学者ドミトリー・イワノフスキーによるタバコモザイクウイルスの発見が最初であった。
コレラ菌: なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。
真菌学: 初期の学者としては、エリーアス・フリース (Elias Magnus Fries)、クリスティアーン・ヘンドリク・ペルズーン(Christian Hendrik Persoon)、アントン・ド・バリー (Anton de Bary)、ルイス・デービッド・ド・シュウェイニツ (Lewis David von Schweinitz)などが挙げられる。菌類学は、肉眼で観察できるキノコの研究と、顕微鏡で発見された微生物の研究を両輪に進んできた。微生物学は、細菌類を中心に進んできたため、初期の菌類学は、その影響を非常に強く受ける。微生物研究にとって不可欠な培養の技術は、酵母についてパスツールが試みたのが非常に早い例であるが、その後は主として病原性微生物を対象に研究が進んだ。しかし、そのための技術は、菌類の多くにも応用可能であったため、次第に研究が進められるようになる。
ファージ: 1896年、イギリスの細菌学者アーネスト・ハンキン(英語版)は、インドのガンジス川とヤムナー川の水に含まれる何かがコレラに対して顕著な抗菌作用を示し、それは非常に細かい磁器フィルターを通過できることを報告した。1915年、ロンドンのブラウン研究所の監督であるイギリスの細菌学者フレデリック・トウォート(英語版)は、細菌に感染して死滅させる小さな病原体を発見した。彼は、その病原体は次のいずれかに違いないと考えた。トウォートの研究は、第一次世界大戦の勃発、資金不足、抗生物質の発見によって中断された。独立して、パリのパスツール研究所で働いていたフランス系カナダ人の微生物学者フェリックス・デレーユは、1917年9月3日に「赤痢菌に拮抗する目に見えない微生物」を発見したと発表した。デレーユにとって、彼の発見の本質については疑問の余地はなかった。「一瞬にして私が理解した。
菌類: 初めてキノコ以外の真菌を観察したのは、17世紀に光学顕微鏡を考案して細菌の観察に成功したレーウェンフックとされている。近代科学としての真菌学の始まりはミケーリによるとされ、彼は著書である『新しい植物の類Nova plantarum genera』 (1727) の中で900種に及ぶ真菌を記載している。彼はまた、真菌の純培養を試みた人物でもある。細胞核という構造の有無が生物の分類にとって重要な差異であることは、19世紀にはすでに認識されていた。たとえば原生生物という言葉を初めて用いたエルンスト・ヘッケルは、細菌などのなんの構造も持たない生物を原生生物の中のモネラとして区別し、後に藍藻をここに含めている。
マックス・フォン・ペッテンコーファー: さらに1882年に結核菌を発見したことによって、ヒトにおいても細菌こそが病気の原因であり、それがいわゆるコンタギオンとして伝染しているという「細菌=病原体説」が提唱され、細菌学が一気に医学分野の最先端として隆盛を迎えた。しかし病気の原因が環境汚染にこそあると考え、公衆衛生の重要性を第一に考えていたペッテンコーファーは、この説に異論を唱え、しばしば細菌学研究者と論争を起こした。例えば、1888年にはパリの灌漑農場拡張事業の是非を巡って、病原細菌が灌漑地に蓄積される危険性を指摘し反対の立場をとったルイ・パスツールに対して、「細菌学者の机上の理論でしかない」と反論し、灌漑賛成の立場をとった。ペッテンコーファーが行った論争のうち、最も有名なものはコレラに関するものである。
パウル・エールリヒ: パウル・エールリヒ(Paul Ehrlich, 1854年3月14日 - 1915年8月20日)はドイツの細菌学者・生化学者。化学療法の創始者。これにより「化学療法 (chemotherapy)」という用語と「特効薬 (magic bullet)」という概念を初めて用いた。
病原体: 一方、環境説を支持していたペッテンコーファーは、コレラの病原体が細菌であるとする説に異を唱えて、1892年にコレラ菌を自ら飲む自己実験を行うことで自説の正しさを証明しようとした。この結果、ペッテンコーファー自身は激しい下痢を起こしたものの、コレラの主症状とされる脱水症状を起こさなかったため、細菌説の正しさに対してクレームがつけられる結果となった。しかしその後、他の研究者による追試の結果などから、最終的には、病原菌の毒性と宿主の抵抗性の、力のバランスによって発病するかどうかが決まることが次第に明らかになり、さらにその欠点を補いながら、細菌説の方がより正しい学説であることが証明されていくことになり、長く続いた環境説やミアズマ説との論争に決着がつけられた。
ウイルス学の歴史: 1918年から1921年の間にデレーユは、コレラ菌を含むいくつかの細菌に感染する、異なるタイプのバクテリオファージを発見した。バクテリオファージは腸チフスやコレラのような疾患に対する治療法となる可能性があったが、その見込みはペニシリンの開発によって忘れ去られた。1970年代以降、細菌はペニシリンのような抗生物質に対する耐性を獲得し続けており、深刻な感染症に対するバクテリオファージの使用 (ファージセラピー) に再び関心が寄せられている。デレーユは細菌感染症の治療へのバクテリオファージの使用を促進するためにあちこちへ旅行した。1928年、彼はイェール大学の生物学の教授に就任し、いくつかの研究所を設立した。ノーベル賞受賞者ジュール・ボルデ (1870–1961) のような細菌学の権威からの反論にも関わらず、彼はバクテリオファージはウイルスであると確信していた。
病原体: コッホは切ったジャガイモの断面でのカビの生え方をヒントに、液体培地をゼラチンなどで固めた固体培地を発明して細菌の固体培養法を確立した。固体培養法では液体培養法とは異なり、病原菌と他の細菌の混じり合った中から、それぞれを独立した別のコロニーとして分離し、純粋培養を行うことが可能となったため、分離した一種類の細菌についてのみ、その病原性を研究することが、ようやく可能になった。コッホはこの手法を用いて、学生時代の恩師の一人であったヤーコプ・ヘンレが提唱していた、病原体を証明するために必要な三つの原則(ヘンレの原則、コッホの原則の1-3に対応)に従い、細菌説の証明に取り組んだ。そして1876年に、炭疽症を起こした動物から分離した炭疽菌の病原性について、ヘンレの原則を満たすことを示した。
腸内細菌: オランダのアントニ・ファン・レーウェンフックが17世紀、顕微鏡で糞便を観察して多数の「小さな生き物」を見出したことが、腸内細菌の観察・研究の始まりとなった。彼は「微生物学の父」と呼ばれており、微生物そのものの発見と同時期に、1674年から自作の顕微鏡を使って環境中の様々なものを観察し、ヒトや動物の糞便に含まれる、後に腸内細菌と呼ばれるようになった微生物をスケッチしている。
細菌: 発酵は古代利用されていたが、細菌の発見は17世紀に遡る。1676年にアントニ・ファン・レーウェンフックによって発見され原生動物と合わせて“animalcules”(微小動物)と呼ばれた。この時は、彼自身が設計した単一レンズの顕微鏡を使用して最初に観察された。その後、彼はロンドン王立学会に一連の手紙で彼の観察を発表した。バクテリアは、レーウェンフックの最も注目すべき顕微鏡的発見であった。ただし、細菌は彼の作成した単純なレンズが見ることができる限界のサイズであったため、他の誰も1世紀以上それらを再び見ることができず、科学の歴史の中で最も印象的な休止の1つであったと言える。彼の観察には、彼がアニマルキュールと呼んだ原生動物も含まれており、後世に提案された細胞説に併せて彼の発見は再度注目されることになった。
クリストファー・エドモンド・ブルーム: クリストファー・エドモンド・ブルーム(Christopher Edmund Broome、1812年7月24日 - 1886年11月15日)はイギリスの菌学者である。
リディア・ラビノヴィッチ＝ケンプナー: リディア・ラビノヴィッチ=ケンプナー(Lydia Rabinowitsch-Kempner、1871年8月22日 - 1935年8月3日)は、ロシア(リトアニア)生まれのドイツの細菌学者である。
アントン・ド・バリー: ハインリヒ・アントン・ド・バリー (Heinrich Anton de Bary、1831年1月26日 - 1888年1月19日) は植物学者、微生物学者、菌学者、植物病理学者、外科医。彼は植物病理学の父と言える位置にあり、また、近代的な菌類学の基礎を築いた。
クリスティアーン・ヘンドリク・ペルズーン: クリスティアーン・ヘンドリク・ペルズーン(Christiaan Hendrik Persoon、1761年2月1日 – 1836年11月16日)は、南アフリカ共和国出身のドイツの博物学者(分類学者、真菌学者、植物学者)。エリーアス・フリースらと並んで、菌類の分類研究の創始者の一人に数えられる。
病原体: また、この後にさらに実験感染した動物の体内から炭疽菌が分離できることも証明し(コッホの原則の第4条件にあたる)、細菌説が科学的に正しいことを実験的に証明した。さらにコッホは1882年に、ヒト結核の病原体として結核菌を分離し、ヒトの病気についても細菌説が正しいことを実験的に証明した。これと同時に4条件からなるコッホの原則を公表した。この原則は、以下の4つの条件から成り立つ。この4つの条件をすべて満たすことが、ある微生物が特定の病気の病原体であることの厳密な条件となる。これを受けて、医学研究者らの関心が一気に細菌学に向けられることになり、20世紀の当初までに、主要な伝染病の病原体が発見されていった。ただし、コッホ以降の医学の進展によって、この条件のすべては満たさない(2つか3つの条件のみを満たす)場合でも、他の疫学研究などの知見と併せて、病原体として認められた微生物もある。
フェルディナント・コーン: フェルディナント・ユリウス・コーン(Ferdinand Julius Cohn, 1828年1月24日 - 1898年6月25日)はプロイセンの植物学者、細菌学者、医師。1851年からブレスラウ大学で教鞭を執った。1859年にはブレスラウ大学の植物園の所長となった。コーンは、バシラス属細菌の生活環を明らかにし、細菌の属として定義をすることで、世界で初めて真正細菌を分類したことで知られる。1885年、レーウェンフック・メダル二人目の受賞者となった。
ヨーゼフ・アドルフ・フォン・アルクス: ヨーゼフ・アドルフ・フォン・アルクス(Josef Adolph von Arx、1922年2月10日 - 1988年4月13日)はスイスの菌類学者である。オランダの微生物保存センター所長などを務め菌類の分類学に貢献した。
フランツ・フォン・ヘーネル: フランツ・フォン・ヘーネル(Franz Xaver Rudolf Ritter von Höhnel、1852年9月24日 - 1920年11月11日)はオーストリアの植物学者、菌類学者である。顕微鏡を使用して分生子(conidium、分生胞子conidiospore)や菌糸の構造で分類する方法で、菌類の分類学に貢献した。
病原体: ただし当時の細菌学は博物学的な研究を中心としたものであり、これらの微生物が、人間の生活と何等かのかかわりを持つとは、全く考えられなかったようである。18世紀の終わり頃には、微生物学の進展に伴って、既に伝染病患者の病理組織や血液、糞便などに特定の微生物が存在するという知見が積み重ねられ、コンタギオン説を支持していた医学研究者にとって重要な論拠になっていた。しかしながら、当時はまだ細菌を分離して純粋培養するための技術が確立していなかったため、ミアズマ説支持者の反論をかわすことができず、決定的な証明には至らなかった。19世紀になって、ルイ・パスツールは細菌の液体培養法を確立したことで、細菌学の進展に大きな貢献を果たした。
リヒャルト・プファイファー: 炭疽症、コレラ、ペストなど、当時知られていた感染症のほぼ全てが、細菌によって引き起こされていたからである。1918年、スペインかぜとして知られる、全世界で2千万から1億人の死者を出したと推定される史上最悪のインフルエンザの大流行が始まったとき、多くの科学者は、インフルエンザの原因はプファイファー菌であると信じていた。世界中の研究者が、抗血清やワクチンの開発のために、患者からプファイファー菌を採取しようとした。実際に、多くの患者から当該の菌が発見されたが、全ての患者から見つかったわけではなかった。プファイファー菌の分離に失敗したのは、技術が不十分なため、あるいは培養が困難なためと考えられた。
ウイルス学の歴史: 1939年、スタンリーと Max Lauffer (1914–2012) はウイルスをタンパク質と核酸に分離し、スタンリーのもとの博士研究員 Hubert S. Loring (1908–1974) によってその核酸が RNA であることが示された。粒子中の RNA の発見は重要であった。1928年にフレデリック・グリフィス (1879–1941) が類似物質の DNA が遺伝子の実体であることの発見につながる最初の証拠 (グリフィスの実験) を示していたからである。パスツールの時代から死後にかけて、「ウイルス」という単語は感染症のあらゆる原因を指す語として用いられていた。細菌学者たちはすぐに多数の感染の原因を突き止めた。しかしながら、いくつかの感染症については、その多くは恐ろしいものであったが、病原体となる細菌を発見することはできなかった。
エミール・ヴァン・エルメンゲム: エミール・ピエール=マリー・ヴァン・エルメンゲム(Émile Pierre-Marie van Ermengem、1851年8月15日 - 1932年9月30日)は、ベルギーの細菌学者。1885年にヘント大学の教授となる。1896年6月28日に、ボツリヌス中毒の病原体であるボツリヌス菌を中毒を起こしたハムから発見した。1919年から亡くなるまで、ベルギー王立医学アカデミーの秘書を務めた。
アウグスト・カール・ヨーゼフ・コルダ: アウグスト・カール・ヨーゼフ・コルダ(August Carl Joseph Corda、1809年10月22日 – 1849年)はチェコの医師、菌類学者である。
アルベール・カルメット: レオン・シャルル・アルベール・カルメット(Léon Charles Albert Calmette, 1863年7月12日 - 1933年10月29日)はフランスの医学者、細菌学者。
コッホの原則: さらにそれを動物に接種して炭疽を起こせること、その病巣部から再び炭疽菌が分離できることを明らかにした。これが、単なる現象論のみでなく科学的な実証実験によって病気と病原体との因果関係を証明した最初の報告である。コッホは以後、同じ方法論で結核菌やコレラ菌を発見し、ヘンレの原則はコッホの原則に取り込まれて病原体の同定法として確立されることになる。これ以降、数多くの病原体がコッホの原則に則って発見され、医学微生物学は急激な進歩を遂げた。
マルティヌス・ベイエリンク: マルティヌス・ウィレム・ベイエリンク(Martinus Willem Beijerinck、1851年3月16日 - 1931年1月1日)は、オランダの微生物学者、植物学者。アムステルダム生まれ。デルフト工科大学で微生物学の初代教授を務めた。ウイルス学の創始者の一人として有名。
ウイルス学の歴史: これらの病原体は目に見えず、生きた生物の中でのみ生育した。ウイルスの発見は、これら不思議な感染の秘密を閉じ込めていた扉を開けた鍵であった。これらの感染症の多くはコッホの原則を満たさないものであったが、このことで先駆的なウイルス学者たちが感染症のウイルス探しを止めることはなかった。
コレラ菌: その後、コレラ菌について生化学的、血清学的な研究が進められ、実際にコレラを起こすのは、コレラ菌に分類される菌の一部であることが判明した。流行の原因になったコレラ菌はいずれもコレラ毒素を産生するという特徴を持っており、いずれも血清学上でO1と呼ばれるグループに属するものであったため、コレラ菌は、コレラを起こすO1コレラ菌と、コレラを起こさない非O1コレラ菌(NAGビブリオとも呼ばれる)の2つに大別して考えられるようになった。しかしさらにその後、この考えを単純にあてはめることができない事例が複数発生し、コレラ菌に対する考え方はある種の混乱を含んだまま、変遷を遂げている。1961年にインドで発生して第7次パンデミックを起こしたコレラ菌は、溶血性を持つなどの点で従来のものと異なる生物学的特徴を示した。
ウイルス: またこの研究とは別に、1898年にドイツのフリードリヒ・レフラーとパウル・フロッシュが口蹄疫の病原体の分離を試み、これが同様の存在であることを突き止め、「filterable virus(濾過性病原体)」と呼称した。同年にオランダのマルティヌス・ベイエリンクはイワノフスキーと同様の研究を行って、同じように見出された未知の性質を持つ病原体を「Contagium vivum fluidum(生命を持った感染性の液体)」と呼んだ。レフラーは濾過性病原体を小さな細菌と考えていたが、ベイエリンクは分子であると考え、これが細胞に感染して増殖すると主張した。彼の主張はすぐには受け入れられなかったが、同様の性質をもった病原体やファージが発見されていくことで、一般にもウイルスの存在が信じられるようになった。その後、物理化学的な性質が徐々に解明され、ウイルスはタンパク質からできていると考えられた。
パウル・クリストフ・ヘニンクス: パウル・クリストフ・ヘニンクス(Paul Christoph Hennings 、1841年11月27日 - 1908年10月14日)はドイツの植物学者、菌類学者である。
ロルフ・シンガー: ロルフ・シンガー(Rolf Singer、1904年6月23日 - 1994年1月18日)は、ドイツ出身のアメリカ合衆国の菌類学者。20世紀で重要な菌類学者の一人と言われる。
リヒャルト・プファイファー: 1896年のイギリスの病理学者アルムロス・ライト(英語版)によるものが、世界初の腸チフスワクチン接種であると考えられていたが、1907年に、プファイファーの方が先であるという主張が現れた。1890年代から1900年代初頭の文献の調査により、この時代にいくつかのグループが独立に腸チフスワクチンの研究を行っており、腸チフスワクチン研究の開始者は両者に帰せられるべきという結論となった。1892年、プファイファーは、複数のインフルエンザの罹患者の鼻から小さな棒状の細菌(桿菌)を発見し、これがインフルエンザの病原体であるとして、インフルエンザ菌(Bacillus influenzae)と命名した。また、発見者の名前からプファイファー菌とも呼ばれた。当時、この発見の正当性を疑うものはごくわずかだった。
マックス・フォン・ペッテンコーファー: そして1892年のコレラ流行では、ハンブルクで8500名のコレラ患者が出たのに対し、アルトナではわずかな患者が出るにとどまった。この結果は、コレラの予防における上水処理の重要性を如実に示したものであり、ペッテンコーファーは論争に敗れたことを認めざるを得なかった。スノーら上水道論者との論争に敗れたペッテンコーファーは、同1892年10月に、もう一つの論争に決着をつけるべく行動を起こした。すでに、その後の細菌学の発展に伴いさまざまな病原細菌が発見されることで、コッホとの論争でも次第に劣勢になっていたペッテンコーファーは、自らコレラ菌を飲んでも発症しないという証拠を示すことで、コッホの提唱したコレラ菌病因論を否定して自説の正しさを実証しようと試みた。コレラ菌自飲実験は、「近代実験医学の父」とも呼ばれたペッテンコーファーらしい、綿密な実験計画に基づいて行われたものであった。
コレラ菌: 1817年、コレラはインドのガンジス川下流のベンガル地方で大規模な流行を起こした。このときの流行は中国、日本などにまで広がり、最初の世界規模での大流行(第1次コレラパンデミック)になったが、このときはヨーロッパに波及する前に1823年に終息した。しかし1829年に再びインドから発生した第2次パンデミックではヨーロッパに伝播して多くの感染者および死者を出し、「ペストの再来」として恐れられた。当時はまだ医学が十分に発展しておらず、コレラの発生原因が何であるかについてさまざまな説が流れたものの、いずれも推論の域を出なかった。1852年に始まった第3次パンデミックのとき、イギリスの開業医ジョン・スノウ(John Snow)は疫学調査を行い、コレラの病原因子が飲料水に関連した何かであることを明らかにした。
シャルル・ジュール・アンリ・ニコル: シャルル・ジュール・アンリ・ニコル(Charles Jules Henri Nicolle、1866年9月21日-1936年2月28日)はフランスの細菌学者。1928年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。
ハンス・コーンバーグ: ハンス・レオ・コーンバーグ(Hans Leo Kornberg、1928年1月14日 - 2019年12月16日)は、ドイツ生まれで、イギリスの生化学者。王立協会特別研究員。主要研究分野は細菌生化学。「コーンベルク」とも呼ばれる。
マックス・フォン・ペッテンコーファー: いずれにせよ、それまでのコッホの細菌病原論においては、病原体である細菌の特性のみが注目されていたが、実際の病気の発症には、病原体側だけでなく宿主側の要因も大きく関与していることが、その後の研究から明らかになった。そのため、コッホが最初に提唱したコッホの原則が絶対的な原則ではないことが明らかになり、それが日和見感染症などの発症メカニズムの解明にもつながった。
病原体: 当初、彼は医学ではなく醸造学の分野から発酵の研究に携わり、そこから自然発生説の検証へと進んでいったが、微生物の活動が意外に大きな影響力を持つこと、それが空気中などに多数飛散していることを明らかにし、それらが発酵などの役に立つ面と、食品の腐敗などの有害な面の、両方の面からヒトの生活に関わっていることを見いだした。さらに彼は、この考えを医学の方向にも発展させ、微生物が作り出す腐敗物質が一種の毒素としてヒトに作用することで病気が発生するのではないかという説を唱え、空気中の埃には微生物が多数いること、それらの中にはどんな危険なものが含まれているかもしれないとの懸念を発表した。このパスツールの考えはコンタギオン説を支持するものであり、細菌こそがコンタギオン説に言う「生きた伝染性生物」の本体であるという説(細菌説)という新しい概念を示した。
エミール・クリスチャン・ハンセン: エミール・クリスチャン・ハンセン(Emil Christian Hansen、1842年5月8日-1909年8月27日)は、デンマークの真菌学者、発酵生理学者である。
細菌: 各言語での呼称は、ラテン語が Bacterium、日本語および中国語が「細菌」である。1828年、クリスチャン・ゴットフリート・エーレンベルクが、顕微鏡で観察した微生物が細い棒状であったため、古代ギリシア語で「小さな杖」を意味する βακτήριον (baktḗrion)から造語し、ラテン語で “Bacterium” と呼んだことに由来する。この複数形が Bacteria である。日本語の「細菌」の語の発案者は不明であるが、1895年(明治28年)には『細菌学雑誌』が創刊され、19世紀末には既に使われていた。なお、「細菌」には「菌」という漢字が使用されているが、狭義の菌類(真菌)には含まれない。同様に、細菌とは別グループの生物である「古細菌」には細菌という語が使われているが、この記事が説明する狭義の細菌に含まれない。
マルティヌス・ベイエリンク: タバコモザイク病の研究をし、タバコモザイク病や口蹄疫の病原体が細菌濾過器を通過することが、ドミトリー・イワノフスキーやフリードリヒ・レフラーによって示されていたが、レフラーらがこの病原体を微小な細菌と考えていたのに対し、ベイエリンクは未知の溶液状の物体であると考え、その溶液中の分子が感染し増殖する、と考えた。この病原体はその後ウイルスと呼ばれるようになり、1935年にウェンデル・スタンリーが、タバコモザイクウイルスの結晶化に成功したことにより、ベイエリンクの主張が正しいことが示された。なお、この業績により、ベイエリンクは1905年にレーウェンフック・メダルを受賞している。また、生物学的窒素固定を発見したことでも知られる。
アルバート・ベルンハルト・フランク: アルバート・ベルンハルト・フランク(Albert Bernhard Frank、1839年1月17日 - 1900年9月27日)は、ドイツの植物学者・菌類学者である。1885年の論文「地下部の真菌と根共生上の特定樹木の栄養依存性について」(原題:Ueber die auf Wurzelsymbiose beruhende Ernährung gewisser Bäume durch unterirdische Pilze)で「菌根」という用語を作った。真正細菌の分類の一つであるフランキア属・フランキア科は、フランクの名にちなんで名付けられたものである。
ウイルス学の歴史:  彼はそれが「アメーバ、極微のウイルス、生きた原形質、または成長する能力を持った酵素」によるものではないかと提案した。フェリックス・デレーユ (1873–1949) は、ほぼ独学で微生物学を学んだフランス系カナダ人の微生物学者である。1917年に彼は、寒天培地上の細菌に加えることで細菌が死んだエリアが生じる、「目に見えない敵役」を発見した。その「敵役」とは、シャンベラン型濾過器を通過するバクテリオファージであった。彼はこのウイルスの懸濁液を正確に希釈し、最も高い希釈 (最も低いウイルス濃度) では、すべての細菌が死滅するのではなく、細菌が死んだエリアがとびとびに出現することを発見した。このエリアの数と希釈係数との掛け算によって、元の懸濁液に含まれていたウイルスの数が計算された。彼は新しいタイプのウイルスを発見したと知り、後に「バクテリオファージ」という語を造った。
坂崎利一: 坂崎 利一(さかざき りいち、1920年8月 - 2002年)は日本の細菌学者。
ルイ・パスツール: コッホとは強いライバル関係にあったが、後年、固体培養を駆使したコッホに対し、液体培養で研究を進めたパスツールは大きく水をあけられた。コッホの貢献が細菌学の基礎を固めるものであり、寒天培地やシャーレなど、彼にかかわって開発された多くの技術が現在も主力として活躍しているのに比べ、パスツールはそのような面ではあまり貢献していない。しかしながら、様々な諸概念を作り上げた点では、彼の貢献は大きい。そもそも微生物が病原体である可能性を示唆したのは彼である。微生物は動物や人間の身体にも感染するという結論に達したパスツールは、スコットランドの外科医ジョゼフ・リスターが、外科手術における消毒法を開発するのを助けた。また、弱毒化した微生物を接種することで免疫を得ることができるという発見は、ワクチンの予防接種という、感染症に対する強力な武器を供給するものとなった。その後、彼は狂犬病のワクチンも開発した。