代々＜日巫子様＞と呼ばれる日本最高位の巫女、その100代目黄金原こすもは巫女守・日嗣とともに日本の神の力を借りて、数々の事件を解決してきた。そんな中、虫に襲われ昏睡していた日嗣を救った浄天の姫・安芸宮真理子が、DNA鑑定の結果、日嗣の母親だと判明する。こすもは日巫子のまま日嗣と結婚できることになったが、それを阻もうとする者が跋扈する。さらに「虫の子」と思わしき少年・倭がこすもたちを脅かし…!?