巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。「地鳴らし」を発動させるべく、ついに兵団に刃を向けた「イェーガー派」。彼らはザックレー総統を殺害し、兵団の要人を拘束。ジークのもとへ向かう。一方ジークを見張るリヴァイは、死闘の末に再びジークを捕らえる。そこで明かされるジークの真の計画とは……。