審神者（さにわ）によって顕現された付喪神・刀剣男士達は、時代を遡り歴史の改変を目論む時間遡行軍を倒す為、己が刀を振るう。第一部隊も無事任務を終え帰還。一方、歴史を守ることの意味を己に問い続けていた和泉守は一つの答えを見出した。そして審神者から伝えられる新たな任務は慶応二年の京都・伏見で――。