魔法が現実の技術となって、一世紀 ──。　新入生の季節。この 『魔法科高校』 にも、一組の血の繋がった兄妹が入学した。　兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。　妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。　どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。