暗く音のない世界で、ひとつの細胞から生まれた３つの生き物…それは人間になれなかった『妖怪人間』ベム・ベラ・ベロ。醜い体に正義の心を持つ彼らは、『名前の無い男』との最後の戦いで、人間になるよりも“人間を守って生きていく”事を選び、友人の夏目刑事たちの前から姿を消した。  それから・・・ベム・ベラ・ベロがたどりついた街で、連続怪事件が発生した。被害者はすべて大手製薬会社・ＭＰＬ製薬の社員であり、事件現場には巨大な爪跡が残されていた。犯人の正体は？その目的とは何か？事件の謎を追うベムの前に、倒したはずの“名前の無い男”が再び姿を現した…。