念願の公務員に採用され、京都市役所で働くことになった火乃宮祈理（ひのみやいのり）。入庁式を終えて彼女が配属されたのは、通称・陰陽課。京都の町には人間に紛れて暮らす妖怪がたくさんいて、そこは市民である彼らの生活を守る部署だというのだ。　混乱する祈理の教育係についたのは、白銀の髪に赤いシャツでガラの悪い、公認陰陽師の五行（ごぎょう）主任。妖怪の次は陰陽師……？と、訝しむ祈理は、陰陽師らしからぬ風貌の五行と、町を治める鬼や狐の親分との顔合わせに向かうことになるのだが……。　チンピラ陰陽師×マジメ女子の凸凹コンビによる、不思議な公務員生活が始まります。