コマンダー０とフェニックスの兵器人間との死闘は続いていた。フェニックスは無用な人間を亡き者とする『虐殺計画（ジェノサイド・プロジェクト）』を企てていたのだ！だが、「人間」や「人間の可能性」を信じるコマンダー０は、たとえ相手がどんな強敵であっても、負けるわけにはいかなかった……。フェニックスの総統・Mr.シャッフルの真の狙いとは!?そして、衝撃の結末が訪れる!!