# 법인세법 제80조 제2항 등 위헌소원
(사건번호=2007헌바78, 종국일자=2009.12.29)
출처: 국가법령정보센터 헌재결정례

헌재결정례일련번호: 141228
종국일자: 20091229
사건번호: 2007헌바78
사건명: 법인세법 제80조 제2항 등 위헌소원
사건종류명: 헌바
사건종류코드: 430106
재판부구분: 전원재판부

판시사항:
가. 이월결손금을 합병 시에 잔존하는 잉여금에서 공제하도록 한 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제79조 제4항 중 제80조 제3항에 의하여 준용되는 부분(이하 ‘상계조항’이라 한다)이 조세평등주의 및 재산권을 침해하여 헌법에 위반되는지 여부(소극)나. 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득대가를 합병대가에 합산하도록 규정한 구 법인세법 제80조 제2항(이하 ‘포합주식조항’이라 한다)이 조세평등주의 및 재산권을 침해하여 헌법에 위반되는지 여부(소극)

결정요지:
가. 상계조항의 입법목적은 피합병법인이 청산하는 단계에서 세무회계상의 순자산 증가분을 정확하게 파악하려는 것이므로 그 입법목적이 정당하고, 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로, 입법목적을 달성하기 위한 수단도 적절하다. 또한 세무회계상으로는 자본잉여금과 이익잉여금을 구분하지 아니하므로 세무회계상의 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이 부당하다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 이월결손금을 잉여금의 한도에서만 공제하고 자본금에서는 공제하지 아니하여 자본충실의 원칙을 존중하고 있으므로 필요한 최소한의 조치라고 할 수 있다.한편 세무회계상의 순자산증가분을 정확하게 파악하기 위하여 기업회계상 공제되었는지 여부와 관계 없이 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로 이를 이중공제라고 할 수 없다.따라서 상계조항이 조세평등주의에 어긋난다거나 합병법인의 재산권을 과도하게 침해한다고 볼 수 없다.나. 포합주식조항의 입법목적은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것이므로 그 입법목적이 정당하고, 입법목적을 달성하기 위하여 합병법인이 포합주식을, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시키도록 하였다. 또한 합병대가에 가산되는 포합주식은 합병의 목적으로 취득하였을 개연성이 높은 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정되며, 실제로 지급된 취득대가는 취득 당시의 피합병법인의 순자산가치를 반영하는 것이었다고 볼 수 있고, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 공제하여 포합주식 취득가액을 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있다.따라서 포합주식조항은 조세평등주의에 어긋난다거나 합병법인의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.재판관 조대현의 각하의견규범통제를 목적으로 하는 헌법재판소법 제68조 제2항의 헌법소원심판에서는 심판대상 법률조항과 쟁점이 동일하면 헌법재판소법 제39조의 동일한 사건에 해당한다고 보아야 하는바, 이 사건의 심판대상과 쟁점은 헌법재판소가 이미 헌법에 위반되지 아니한다고 심판한 2005헌바83 사건의 그것과 동일하므로, 이 사건과 이미 심판한 사건의 당사자와 당해 사건이 다르다고 하더라도, 헌법재판소법 제39조의 동일한 사건에 해당된다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 심판청구는 헌법재판소법 제39조에 위반되어 부적법하다는 이유로 각하하여야 한다.

전문:
【당 사 자】청 구 인파산자 주식회사 ○○의 소송수계인 파산관재인 장○찬대리인 변호사 이동형당해사건울산지방법원 2006구합1412 법인세부과처분취소【주 문】구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4항 중 제80조 제3항에 의하여 준용되는 부분 및 제80조 제2항은 헌법에 위반되지 아니한다.【이 유】1. 사건의 개요와 심판의 대상가. 사건의 개요(1) 주식회사 ○○(이하 "○○"이라 한다)은 1999. 3. 12. □□화학 주식회사(이하 "□□"라 한다)와 주식회사 ○○물산(이하 "○○물산"이라 한다)을 흡수합병하여 합병등기를 경료한 후 1999. 6. 11. 합병등기일 현재 □□의 합병대가(합병으로 받은 주식출자가액) 26,942,785,000원에서 같은 금액의 자기자본총액(납입자본)을 공제한 0원을 합병에 따른 □□의 청산소득금액으로 하여 납부하여야 할 법인세가 없는 것으로 법인세 신고를 하였다.(2) 울산세무서장은 합병등기일전 2년 이내에 ○○이 취득한 □□의 주식, □□가 취득한 ○○물산의 주식 및 □□가 전환사채를 전환한 ○○물산의 주식을 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제80조 제2항에서 정한 포합주식에 해당한다고 보아 그 가액에서 교부된 합병신주의 가액을 공제한 금액을 합병대가에서 누락하였다는 이유로 2004. 5. 17. ○○에 대하여 새로이 산정한 청산소득에 터잡아 10,205,672,160원을 법인세로 부과하는 처분을 하였다.(3) 이에 ○○은 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2006. 3. 10. 울산세무서장이 당초 포합주식에 해당한다고 본 주식 중 ○○이 취득한 □□의 주식을 제외한 나머지 주식은 □□의 청산소득에 포함되는 포합주식에 해당하지 않는다고 보아 그 금액과 그에 대한 법인세 및 주민세를 청산소득금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다는 취지의 결정을 하였다.(4) 울산세무서장은 위 국세심판결정에 따라 2006. 3. 24. 종전에 결정고지한 세액 중 포합주식에 해당하지 아니하는 주식 가액과 그에 대한 법인세 등을 합병에 의한 청산소득에서 제외하여 세액을 감액경정하였고, 다시 2006. 6. 27. 과세표준 산정에 있어 일부 오류를 수정하여 세액을 3,167,803,020원으로 감액경정하였다(이하 당초의 증액경정처분 중 감액경정결정에 의하여 취소되지 않고 남아있는 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).(5) 이에 ○○은 2006. 6. 8. 울산지방법원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고(울산지방법원 2006구합1412), 위 소송계속 중 구 법인세법 제79조 제4항 및 제80조 제2항에 대한 위헌법률심판제청신청을 하였으나 2007. 6. 13. 기각되자 2007. 8. 3. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따른 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.(6) ○○은 2008. 3. 28. 서울중앙지방법원으로부터 파산선고를 받았고, 같은 날 청구인이 파산관재인으로 선임된 다음 2008. 9. 29. 이 사건 심판청구절차를 수계하였다.나. 심판의 대상이 사건 심판의 대상은 구 법인세법 제79조 제4항 중 제80조 제3항에 의하여 준용되는 부분(이하 ‘상계조항’이라 한다) 및 구 법인세법 제80조 제2항(이하 ‘포합주식조항’이라 한다)의 위헌 여부이고, 이 사건 심판대상조항(밑줄 친 부분) 및 관련조항의 내용은 다음과 같다.구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조(해산에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 해산(합병 또는 분할에 의한 해산을 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 ‘해산에 의한 청산소득’이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 ‘자기자본의 총액’이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.② 해산으로 인하여 청산 중인 내국법인이 그 해산에 의한 잔여재산의 일부를 주주 등에게 분배한 후 상법 제229조ㆍ동법 제285조ㆍ동법 제519조 또는 동법 제610조의 규정에 의하여 사업을 계속하는 경우에는 그 해산등기일부터 계속등기일까지의 사이에 분배한 잔여재산의 분배액의 총합계액에서 해산등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액을 그 법인의 해산에 의한 청산소득의 금액으로 한다.③ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 그 청산기간 중에 국세기본법에 의하여 환급되는 법인세액이 있는 경우 이에 상당하는 금액은 그 법인의 해산등기일 현재의 자기자본의 총액에 가산한다.④ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 해산등기일 현재 당해 내국법인에 제18조 제8호의 규정에 의한 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다.제18조(평가차익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.8.무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령이 정하는 이월결손금의 보전에 충당된 금액제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식 등을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘포합주식 등’이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식 등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.③ 제79조 제3항ㆍ제4항 및 제6항의 규정은 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 이를 준용한다.④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 합병대가의 총합계액의 계산 등 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)제18조(이월결손금) ① 법 제18조 제8호에서 "대통령령이 정하는 이월결손금"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.1.법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금(법 제45조의 규정에 의하여 승계 받은 결손금을 제외한다)으로서 법 제13조 제1호의 규정에 의하여 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액2.법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 않았으나 법원이 확인한 결손금 중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것(회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금에 한한다)제122조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.1.법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액2.법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액3.합병법인이 납부하는 다음 각 목의 1에 해당하는 금액의 합계액가.피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세나.지방세법에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세② 법 제80조 제2항 후단의 규정을 적용함에 있어서 교부한 주식 등의 가액은 제14조 제1항 각 호의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다.제14조(재산가액의 평가 등) ① 법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 의한다.1.취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식 등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액가.법 제16조 제1항 제2호ㆍ제3호ㆍ제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우로서 다목의 규정에 의한 주식 등의 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는출자금액나.상법 제462조의2의 규정에 의한 주식배당의 경우에는 발행금액다.기타의 경우에는 취득 당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 ‘시가’라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여 받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.2.취득한 재산이 주식 등 외의 것인 경우에는 그 재산의 취득당시의 시가2. 청구인의 주장, 법원의 위헌제청신청 기각이유 및 관계기관의 의견가. 청구인의 주장요지(1) 상계조항에 대한 주장(가) 울산세무서장, 울산지방법원, 부산고등법원(이하 ‘울산세무서장 등’이라 한다)은 모두 상계되는 잉여금을 합병등기일 현재 재무제표상 미처리결손금이 반영된 기업회계상의 잉여금으로 보고 있다. 이와 같이 볼 경우 이월결손금이 이중공제될 뿐만 아니라, 자기자본총액(자본금 및 잉여금)이 동일한 경우에도 이월결손금이 많아질수록 자기자본의 총액을 공제하여 산출되는 청산소득이 증가하게 되고, 잉여금이 부(負)의 금액이면 자기자본의 총액이 납입자본금 미만으로 계산되어 납입자본에 대한 과세를 피할 수 없게 되므로, 상계조항은 과잉금지의 원칙 및 조세평등주의에 위배된다.(나) 또한 잉여금 중 자본잉여금은 납입자본의 성격을 가지므로 자본금과 동일한 취급을 하여야 하나 상계조항은 자본잉여금에서도 이월결손금을 공제하고 있으므로 과잉금지의 원칙 및 조세평등주의에 위배된다.(2) 포합주식조항에 대한 주장(가) 포합주식조항은 합병신주의 시가평가액을 무시하고 포합주식의 취득가액을 합병대가로 취급함으로써 포합주식의 취득가액이 합병신주의 시가평가액과 정확히 일치하는 극히 예외적인 경우를 제외하고는 청산소득 계산의 기초가 되는 합병대가가 실제 기업가치보다 크거나 작게 왜곡 계산된다. 이와 같이 포합주식에 대하여 합병신주가 교부된 경우에까지 포합주식의 취득가액을 합병대가로 간주하는 것은 목적의 정당성 및 수단의 적절성이 없다.(나) 포합주식조항은 피합병법인의 유상증자시 합병법인이 취득한 포합주식의 취득가액을 합병대가로 간주함으로써 유상증자 후 피합병법인의 자기자본총액이 감소된 부분을 전혀 반영하지 못해 청산소득이 실제보다 부당하게 과대계산된다.따라서 포합주식조항은 수단의 적절성 및 피해의 최소성원칙에 반할 뿐만 아니라 납세자의 재산권을 침해한다.또한 합병법인이 피합병법인의 설립시 포합주식을 취득하는 경우에는 조세회피의 가능성이 전혀 없기 때문에 이러한 포합주식의 취득가액까지 합병대가로 간주하고 있는 포합주식조항은 목적의 정당성이 없다.(다) 포합주식의 취득가액 대신 합병시점의 피합병법인의 기업가치를 정확히 반영하는 포합주식의 평가금액을 합병대가로 간주하여 청산소득을 정확히 계산할 수 있음에도, 포합주식조항은 포합주식 취득가액을 합병대가로 간주함으로써 피합병법인의 주식가치가 포합주식 취득시점의 그것보다 하락하는 경우 청산소득을 부당하게 증가시키므로, 포합주식조항은 납세자의 재산권을 침해하고 피해의 최소성원칙에 반한다.나. 법원의 위헌제청신청 기각이유(1) 상계조항의 위헌 여부상계조항은 피합병법인을 청산하는 단계에서 세무회계상의 순자산 증가분을 정확하게 파악하기 위하여 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로 입법목적이 정당하고, 그 수단도 적절하다. 또한 이월결손금을 잉여금의 한도에서만 공제하고 자본금에서는 공제하지 아니하여 자본충실의 원칙을 존중하고 있으므로 필요한 최소한의 조치라고 할 수 있고, 자본잉여금은 자본금과는 성질을 달리하므로, 상계조항이 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 청구인의 평등권ㆍ재산권을 과도하게 침해한다고 보기도 어렵다.(2) 포합주식조항의 위헌 여부포합주식조항은 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것이므로 입법목적이 정당하다.포합주식을 취득한 후에 그 가치가 떨어진 경우에는 취득가액을 그대로 합병대가로 보는 것은 실질에 맞지 않는 점이 있지만 포합주식을 취득한 후에 그 가치가 상승한 경우에도 그 취득가액을 합병대가로 보는 점, 포합주식조항의 입법목적은 합병법인이 포합주식을 보유함으로써 피합병법인의 청산소득이 감소되는 것을 방지하기 위한 것인 점, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있는 점 등을 종합하면, 포합주식조항은 입법목적을 달성하면서 조세징수사무의 효율성을 도모하기 위하여 선택할 수 있는 적절한 수단이라고 할 수 있다. 포합주식은 합병을 목적으로 미리 취득하는 것이라고 볼 수 있는 것이므로 그 사전취득으로 인한 손실부담을 사전취득자에게 부담시키는 것이 입법형성권을 남용한 것이라고 보기 어렵다.포합주식조항은 그 적용범위를 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정하면서, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하도록 함으로써, 포합주식 취득대가를 합병대가로 간주함에 따른 부작용을 최소화하려고 배려하였다. 포합주식을 양도한 피합병법인의 주주 등이 주식의 양도차익에 대한 양도소득세를 납부하였다고 하더라도, 이는 피합병법인의 청산소득이나 그에 대한 법인세에서 공제할 것이 아니다. 결국 포합주식조항은 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 청구인의 평등권ㆍ재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.다. 국세청장의 의견요지(1) 상계조항에 대한 의견상계조항은 세법상의 이월결손금을 세법상의 잉여금을 한도로 세법상의 자기자본의 총액에서 상계하는 것이므로 기업회계상 이미 소멸된 이월결손금이 이중으로 상계되는 문제는 발생하지 않는다. 사업연도소득은 법인의 영업활동으로 인한 소득이고, 청산소득은 청산을 전제로 발생한 소득으로서 서로 성격이 다르기 때문에 사업연도소득의 경우와 달리 청산소득에서 영업활동으로 인한 결손금을 공제하지 않는 것은 입법형성의 재량을 일탈한 것이라고 할 수 없으며, 조세평등주의에 위반되지 않는다.(2) 포합주식조항에 대한 의견포합주식조항은 합병에 앞서 피합병법인의 주식을 취득한 후 그 주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부하지 않는 등의 방법으로 청산소득에 대한 법인세의 과세를 회피하는 것을 방지하기 위한 것이다. 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식은 합병과 관련하여 지급된 대가일 개연성이 높고, 포합주식의 가액을 취득가액으로 하는 것은 취득시점에서 실제로 지급된 가액으로 평가하기 위한 것이다.포합주식 양도차익에 대한 과세와 청산소득에 대한 과세는 서로 별개의 것이기 때문에 이중과세의 문제는 발생되지 아니한다. 포합주식 취득 이후 피합병법인의 주식가치가 하락하는 경우 통상적인 합병을 하는 때보다 청산소득에 대한 법인세가 많아지게 되는 경우가 있는데 이러한 우연적인 이익은 거래형식을 선택한 납세자가 부담하여야 할 위험의 범위에 속하는 것이다.3. 판  단가. 피합병법인의 청산소득청산소득에 대한 법인세는 법인이 합병 등으로 인하여 해산하는 단계에서 해산회사의 재산을 평가하여 그 동안 세법상 미실현 상태로 있던 이익이 자본이득으로 실현되는 경우에 이를 해산회사의 청산소득으로 보아 과세하는 것으로서 정산적 성격의 법인세이다. 합병으로 인하여 해산되는 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세는 피합병법인의 권리의무를 승계하는 합병법인(합병 후 존속하는 법인)에게 귀속된다.합병의 경우에 피합병법인의 청산소득은 합병대가의 총액에서 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제하여 산정한다. 합병대가의 총액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식의 가액, 합병대가로 받은 금전 기타 자산의 가액, 포합주식의 취득가액(포합주식에 대한 합병교부주식 가액은 공제), 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 등을 합산하여 산정한다. 자기자본의 총액은 피합병법인의 자본금과 잉여금의 합계액에서 이월결손금을 잉여금의 한도에서 공제하여 산정한다. 결국 피합병법인의 청산소득은 다음 산식에 의하여 산정한다.피합병법인의 청산소득＝합병대가[합병교부주식 가액＋합병교부금＋(포합주식 취득가액－포합주식에 대한 합병교부주식 가액)＋청산소득 법인세]－자기자본의 총액[자본금＋잉여금－이월결손금(잉여금의 한도)]이 사건의 쟁점은 청산소득과 관련하여 합병대가를 산정할 때에 포합주식의 취득가액을 합산하는 것과 자기자본의 총액을 계산하면서 이월결손금을 잉여금의 한도에서 공제하도록 하는 규정이 각각 헌법에 위반되는지 여부이다.나. 상계조항의 위헌 여부(1) 선례헌법재판소는 2007. 4. 26. 2005헌바83 결정에서 다음과 같은 이유로 상계조항이 헌법에 위반되지 않는다고 판시하였다(헌재 2007. 4. 26. 2005헌바83, 판례집 19-1, 468, 479).?청산소득과세에 있어서는 실질과세원칙을 충족시키기 위해서 ‘실현된 가치증가분’ 내지 ‘피합병법인의 순자산 증가분’을 정확하게 파악하여야 한다. 이월결손금은 이미 경과한 과세기간에 발생한 결손금으로서 합병시까지 소득에서 공제되지 아니한 금액을 말하므로, 합병등기일 현재 피합병법인의 순자산규모를 정확하게 산정하려면 이를 합병시에 잔존하는 잉여금에서 공제하여야 한다.상계조항의 입법목적은 피합병법인을 청산하는 단계에서 세무회계상의 순자산 증가분을 정확하게 파악하려는 것이므로 입법목적이 정당하다.상계조항은 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로, 입법목적을 달성하기 위한 수단도 적절하며, 그 결손금이 기업회계상 이미 공제된 것이라 하더라도 이중공제라고 할 수 없다. 이 사건 잉여금이 주식발행 초과금으로서 기업회계상 자본잉여금에 해당된다고 하더라도, 세무회계상으로는 자본잉여금과 이익잉여금을 구분하지 아니하며 합병으로 인한 청산단계에서 세무회계상의 자산 증가분을 산출하기 위한 것이므로, 세무회계상의 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이 부당하다고 볼 수 없다.이월결손금을 잉여금의 한도에서만 공제하고 자본금에서는 공제하지 아니하여 자본충실의 원칙을 존중하고 있으므로 필요한 최소한의 조치라고 할 수 있다. 이 사건 잉여금이 기업회계상 자본잉여금에 해당된다고 하더라도 자본금과는 성질이 다르므로 상계조항이 자본충실의 원칙에 어긋나거나 주주의 권리를 해친다고 볼 수 없다.상계조항이 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 청구인(합병법인)의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.?(2) 판단위와 같은 결정 이유는 이 사건에서도 그대로 타당하고, 그 밖에 이를 변경해야 할 사정이 있다고 할 수 없다.(3) 이중공제의 문제청산소득은 피합병법인이 지급받는 합병대가가 자기자본을 초과하여 발생하는 순자산 증가분이므로, 합병과정에서 실현된 순자산 증가분의 산정을 위하여 합병대가에서 차감하게 될 자기자본총액 역시 순자산액을 가리키는 것으로 보아야 한다는 점, 자기자본총액을 개념정의한 구 법인세법 제79조 제1항 소정의 ‘자본금과 잉여금의 합계액’이란 법문상 대차대조표상의 자본금으로 특정되지 않고 단순히 자본금으로 표현되어 있고, 자기자본총액을 공제하는 취지가 주주가 납입한 자본 및 이미 과세받은 소득(이익잉여금 또는 일부의 자본잉여금)을 청산소득에서 제외하기 위한 것이므로 대차대조표상 자본금과 잉여금의 합계액을 의미하는 것이 아니라 세무회계상의 자본금과 세무회계상의 잉여금을 의미한다고 해석되는 점, 이에 따라 자기자본의 총액에 포함될 잉여금은 합병등기일 현재의 기업회계상 이월결손금이 반영된 잉여금에 세무조정유보금액을 가감한 세무회계상의 잉여금으로 보아야 하는 점 등을 종합하여 보면, 선례에서 본 바와 같이 세무회계상의 순자산증가분을 정확하게 파악하기 위하여 기업회계상 공제되었는지 여부에 관계 없이 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로 이를 이중공제라고 할 수는 없다.(4) 소결론따라서 상계조항은 헌법에 위반되지 않는다.다. 포합주식조항의 위헌 여부(1) 선례헌법재판소는 2007. 4. 26. 2005헌바83 결정에서 다음과 같은 이유로 포합주식조항이 헌법에 위반되지 않는다고 판시하였다(헌재 2007. 4. 26. 2005헌바83, 판례집 19-1, 468, 480-481).?합병 전에 합병법인이 피합병법인의 주식을 매수한 경우에는 피합병법인에게 지급할 합병대가가 줄어들게 되고, 그에 따라 피합병법인의 청산소득금액도 감소되게 된다. 포합주식조항이 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득대가를 합병대가에 합산하도록 규정한 것은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것이므로 입법목적이 정당하다.포합주식조항은 입법목적을 달성하기 위하여 합병법인이 포합주식을 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시키도록 하였다. 합병법인이 피합병회사의 주식을 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 합병의 목적으로 취득하였을 개연성이 높다고 할 것이고, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정되며, 실제로 지급된 취득대가는 취득 당시의 피합병법인의 순자산가치를 반영하는 것이었다고 볼 수 있고, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 공제하여 포합주식 취득가액을 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있으므로, 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시킨다고 하여 실질에 맞지 않는다거나 불합리하다고 보기 어렵다. 포합주식의 취득원인이 유상증자에 참여한 경우라고 하더라도 다를 바 없다.포합주식을 취득한 후에 그 가치가 떨어진 경우에는 취득가액을 그대로 합병대가로 보는 것은 실질에 맞지 않는 점이 있지만, 포합주식을 취득한 후에 그 가치가상승한 경우에도 그 취득가액을 합병대가로 보는 점, 포합주식조항의 입법목적은 합병법인이 포합주식을 보유함으로써 피합병법인의 청산소득이 감소되는 것을 방지하기 위한 것인 점, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있는 점 등을 종합하면, 포합주식조항은 입법목적을 달성하면서 조세징수사무의 효율성을 도모하기 위하여 선택할 수 있는 적절한 수단이라고 할 수 있다. 포합주식은 합병을 목적으로 미리 취득하는 것이라고 볼 수 있는 것이므로 그 사전취득으로 인한 손실부담을 사전취득자에게 부담시키는 것이 입법형성권을 남용한 것이라고 보기 어렵다.포합주식조항은 그 적용범위를 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정하면서, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하도록 함으로써, 포합주식 취득대가를 합병대가로 간주함에 따른 부작용을 최소화하려고 배려하였다. 포합주식을 양도한 피합병법인의 주주 등이 주식의 양도차익에 대한 양도소득세를 납부하였다고 하더라도, 이는 피합병법인의 청산소득이나 그에 대한 법인세에서 공제할 것이 아니다.결국 포합주식조항은 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 청구인(합병법인)의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어렵다.?(2) 판단위와 같은 결정 이유는 이 사건에서도 그대로 타당하고, 그 밖에 이를 변경해야 할 사정이 있다고 할 수 없다.(3) 소결론따라서 포합주식조항은 헌법에 위반되지 않는다.라. 청구인의 기타 주장에 대한 판단청구인은 상계조항 및 포합주식조항이 헌법 제10조(행복추구권) 및 제59조(조세법률주의)에 위반된다고 주장하나 이에 대한 구체적인 주장이 없고, 위 헌법조항들은 상계조항이나 포합주식조항과 직접적인 관련성이 없다.4. 결  론그렇다면 이 사건 상계조항과 포합주식조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 아래 5.와 같은 재판관 조대현의 각하의견이 있는 외에는 나머지 관여 재판관 들의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.5. 재판관 조대현의 각하의견규범통제를 목적으로 하는 헌법재판소법 제68조 제2항의 헌법소원심판에서는 심판대상 법률조항과 쟁점이 동일하면 헌법재판소법 제39조의 동일한 사건에 해당된다고 봄이 타당하다(헌재 2007. 1. 17. 선고 2006헌바39 결정의 반대의견 참조).이 사건의 심판대상과 쟁점은 다수의견이 설시하는 바와 같이 헌법재판소가 이미 헌법에 위반되지 아니한다고 심판한 2005헌바83 사건의 그것과 동일하므로, 이 사건과 이미 심판한 2005헌바83 사건의 당사자와 당해 사건이 서로 다르더라도, 헌법재판소법 제39조의 동일한 사건에 해당된다고 보아야 한다.따라서 이 사건 법률조항들의 위헌 여부에 대하여 특별히 다시 심판할 필요가 없는 이상, 이 사건 법률조항들의 위헌 여부 심판을 구하는 이 사건 심판청구는 헌법재판소법 제39조를 적용하여 각하하여야 한다.재판장,이강국,이공현,조대현,김희옥,김종대,이동흡,목영준,송두환

참조조문:
헌법 제11조, 제23조구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제18조구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제14조, 제18조, 제122조구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4항, 제80조 제2항

참조판례:
2005헌바832005헌바83

심판대상조문:
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되고, 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4항, 제80조 제2항