# 조세특례제한법 시행령 부칙 제23조 제1항 위헌확인
(사건번호=2017헌마498, 종국일자=2020.09.24)
출처: 국가법령정보센터 헌재결정례

헌재결정례일련번호: 160805
종국일자: 20200924
사건번호: 2017헌마498
사건명: 조세특례제한법 시행령 부칙 제23조 제1항 위헌확인
사건종류명: 헌마
사건종류코드: 430105
재판부구분: 전원재판부

판시사항:
부가가치세 면제대상에 관한 소급 적용례를 정하고 있는 조세특례제한법 시행령 부칙 제23조 제1항(이하 ‘심판대상조항’이라 한다)에 관한 청구인의 심판청구가 기본권침해의 직접성 요건을 충족하는지 여부(소극)

결정요지:
과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세방식이나 납세의무자 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하여 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세에 있어서 조세법령으로 인한 기본권 침해는 과세처분 또는 경정거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 현실화된다. 이러한 법리는 해당 조세법령이 조세의 면제나 부가가치세 영세율 적용 등의 조세혜택을 배제하는 내용을 담고 있는 경우에도 마찬가지로 적용되고, 이 경우 문제될 수 있는 납세의무 부담의 평등원칙 위반 여부 또한 납세의무자의 구체적인 재산권 제한 문제와 분리하여 파악할 수 있는 것이 아니다.법령에 대한 헌법소원에서 법규범이 집행행위를 예정하고 있더라도 그 법령이 일의적이고 명백한 것이어서 집행기관이 심사와 재량의 여지없이 그 법령에 따라 일정한 집행행위를 하여야 하는 경우에는 당해 법령의 직접성을 인정할 수 있다. 그런데 이와 같은 법리를 적용함에 있어서, 집행행위가 법령이 정한 요건이 충족될 경우 집행기관의 ‘재량’없이 이루어지는 기속행위라는 것과 집행기관이 법령이 정한 요건의 충족 여부를 ‘심사’할 여지도 없이 일의적이라는 것은 구분되어야 한다. 즉 집행행위가 조세의 부과처분 등과 같이 집행기관의 재량이 없는 기속행위라 하더라도 집행기관에게 적극적·소극적 과세요건의 충족 여부에 대한 심사가 예정되어 있는 경우에는 위 법리를 적용하더라도 당해 법령의 직접성을 인정할 수 없다.결국 심판대상조항으로 인한 기본권 침해는 개개의 적극적·소극적 과세요건의 충족 여부를 심사한 결과에 따르는 해당 과세기간에 대한 과세처분 또는 경정거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 현실화되는 것이므로, 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추었다고 볼 수 없어 부적법하다.재판관 이석태의 반대의견심판대상조항은 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2에 따라 부가가치세가 소급하여 면제되는 대상을 ‘이 영 시행 전에 시·군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 경영개선명령이나 설립 타당성 평가에 따라 공사·공단과 합병한 경우’로 한정하고 있다. 그리하여 애당초 지방공단과 합병한 사실이 없는 청구인은 심판대상조항이 정한 요건을 갖춘 지방공사의 경우와 달리 부가가치세 면제라는 세제상의 혜택을 소급하여 받을 수 없는데, 이와 같은 불리한 법적 지위는 심판대상조항 자체에 의하여 이미 확정되었다. 법정의견은 과세관청에 의한 심사가 예정되어 있다는 것을 이유로 심판대상조항에 의한 기본권 침해의 직접성을 부인하고 있으나, 심판대상조항이 처음부터 청구인을 부가가치세 소급 면제 대상에 포함하고 있지 않음이 분명한 이상, 과세관청이 과세요건 충족 여부를 심사한다고 하여 그와 다른 내용의 과세처분을 할 여지가 있다고 볼 수 없으므로 이에 터 잡아 직접성을 부인하는 논리는 수긍하기 어렵다.법정의견에 의하면 청구인은 기본권 침해의 직접성 요건 때문에 심판대상조항에 대한 헌법소원심판을 청구할 수 없으므로, 부가가치세 소급 면제 대상에서 제외된 불이익을 문제 삼기 위해서는 부가가치세 부과처분을 받거나 부가가치세에 관한 경정청구거부처분을 받은 다음 행정소송으로 그 처분의 당부를 다툴 수밖에 없다. 그런데 청구인이 부가가치세 부과처분을 받으려면 청구인은 가산세를 감수하고 부가가치세법이 정한 신고의무를 제대로 이행하지 않아야 하는데, 이는 법령에 대한 헌법소원을 인정하는 취지에 부합하지 않는다.국세기본법상 경정청구제도는 어디까지나 주어진 세법의 테두리 내에서 납세의무자를 보호하기 위한 제도이므로, 심판대상조항처럼 부가가치세 면제 규정의 소급 적용 여부가 그 자체로 분명한 경우에는 청구인이 부가가치세를 소급 면제해달라는 취지의 경정청구를 한다 해도 청구인의 권리구제에 현실적으로 별다른 도움이 되지 못한다. 법정의견은 청구인에게 경정청구가 받아들여지지 않을 것을 알면서도 심판대상조항의 위헌성을 다투기 위해 어쩔 수 없이 관련 불복 절차를 밟도록 강요하는 것과 다르지 않다.법정의견에 의하면 시행령에 해당하는 심판대상조항에 대해서는 헌법소원을 제기할 길이 완전히 차단된다. 물론 청구인은 과세처분이나 경정청구거부처분에 대한 행정소송을 제기하고 그 소송 계속 중 법원을 통해 하위 조세법령에 해당하는 심판대상조항의 위헌 여부를 다투어 볼 수 있으나, 그와 같은 소송단계에 이르기 위해서는 청구인이 고의로 조세법령을 위반함과 아울러 가산세의 불이익을 감내해야 하거나 현실적 구제를 기대하기 어려운 불복절차를 거쳐야만 한다.청구인이 심판대상조항에 따른 기본권 침해를 호소하며 위헌 심사를 요청하였음에도 심판대상조항의 구체적 내용을 일절 고려하지 아니한 채 형식적·일률적 기준 아래 기본권 침해의 직접성을 부정하는 것은 타당하지 않다. 이상에서 본 바와 같이 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추어 적법하므로, 본안 판단에 나아가 심판대상조항의 위헌 여부를 심사하여야 한다.재판관 이선애, 재판관 이종석, 재판관 문형배의 법정의견에 대한 보충의견심판대상조항의 경우 그 집행행위인 과세처분 등을 대상으로 하는 취소소송 등 행정소송의 구제절차가 존재하므로, 납세의무자인 청구인에 대하여 이러한 구제절차를 거치도록 하는 것이 권리구제의 기대가능성이 없고 불필요한 우회절차를 강요하는 것밖에 되지 않는 것인지 여부를 살펴볼 필요가 있다. 그런데 심판대상조항과 같은 시행령은 집행행위에 해당하는 과세처분 등에 대한 취소소송 과정에서 그 위헌 여부에 관하여 법원의 판단을 받는 길이 따로 마련되어 있다. 실제로 청구인은 2016. 4. 11.자 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대하여 그 취소를 구하는 소를 제기한 후, 그 소송과정에서 심판대상조항의 위헌 여부에 대한 법원의 판단을 이미 받았으므로, 이 사건 심판청구에서 기본권 침해의 직접성을 인정하지 않는다고 해서 기본권 보호에 공백이 생겼다고 단언할 수 없다.오히려 납세의무자가 위와 같은 소송을 거치지 않고 곧바로 신고납세방식의 조세법령에 관한 헌법소원심판을 청구할 수 있게 된다면, 그 사이에 조세 부과처분이 확정되어 당사자 권리구제의 실효성을 담보할 수 없게 될 수 있다. 이러한 면에서도 납세의무자로 하여금 부과처분 등에 대한 행정소송을 거치도록 하는 것이 불필요한 우회적 권리구제수단을 거치도록 하는 것이라고 평가하기는 어렵다.납세의무자는 어떤 조세법령의 위헌 여부가 의심된다고 하더라도, 일단 그 조세법령에 따라 과세표준과 세액을 신고·납부한 다음 추후 감액경정을 청구하고, 과세관청이 이를 거부하면 경정거부처분을 다투는 방식으로, 혹시 모를 가산세의 위험을 피함과 동시에 과세처분에 대한 소송을 할 수 있고, 그 소송 절차를 진행하면서 조세법령의 위헌성 여부를 다툴 수 있는 방법들이 마련되어 있다.그렇다면 심판대상조항으로 인한 기본권 침해는 법령에 근거한 집행행위가 예정되어 있지만 예외적으로 법령 자체로 인한 기본권 침해의 직접성이 인정되는 경우에 해당하지 아니하므로, 이러한 점에 비추어 보아도 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추지 못하였다.

전문:
[당 사 자]청 구 인 ○○공사대표자 사장 유○○대리인 법무법인(유한) 세종담당변호사 이건주 외 4인[주 문]이 사건 심판청구를 각하한다.[이 유]1. 사건개요가. 청구인 설립 및 경기도 ○○시와의 위·수탁 계약청구인은 1999. 12. 8. 지방공기업법에 따라 경기도 ○○시(이하 ‘○○시’라고 한다) 환경기초시설의 운영 등을 목적으로 하여 ○○시가 자본금 100%를 출자하여 설립한 지방공사이다.청구인은 ○○시와의 위·수탁 계약에 따라 12개의 하수처리장, 분뇨처리장, 축산폐수처리장, 마을하수도 시설 등 환경기초시설의 운영·관리, 문화스포츠센터 운영·관리, 주차장 운영·관리, 종량제 쓰레기봉투 위탁판매 등의 용역을 제공하고 있다.나. 청구인에 대한 부가가치세 부과처분(1) 청구인은 2004년 제1기부터 2008년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 환경기초시설 운영·관리 용역과 관련하여 ○○시로부터 지급받은 위탁사업비를 부가가치세 면세대상으로 신고하였는데, 이에 대해 □□세무서장이 위 위탁사업비를 부가가치세 과세표준에 산입하여 부가가치세를 경정·고지하자 수원지방법원 2010구합5753호로 위 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 그러나 위 법원은 2010. 10. 6. 청구인의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 청구인의 항소(서울고등법원 2010누41736) 및 상고(대법원 2011두18410)가 모두 기각되어 위 판결은 2011. 12. 8. 그대로 확정되었다.(2) 청구인은 위 확정판결의 대상이 된 부과처분을 받은 2009년 이후 ○○시와 협의하여 2010년부터 위탁사업비의 수령 및 지출 방식을 ‘위탁사업비를 지급받아 사용하고 사업연도 종료 후 잔여분은 ○○시에 반납하는 것’으로 변경하였다. 청구인은 2010년부터 이를 바탕으로 매년 ○○시로부터 각종 용역 제공에 대한 위탁사업비를 받았는데, 그 중 환경기초시설의 운영·관리 용역 등을 부가가치세 면세 용역으로 인식하고, 나머지 수입인 주차장 관리수입, 종량제 쓰레기봉투 판매수입 및 위탁수수료만을 부가가치세 과세대상으로 신고하였다.(3) 경기○○세무서장은 2015. 11. 24.부터 2016. 3. 11.까지 청구인에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 그 결과 청구인이 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 전체 사업비 중 주차장 관리수입·종량제 쓰레기봉투 판매수입 및 위탁수수료를 제외한 나머지 929억 1,400만 원을 부가가치세 면세대상이 아님에도 부가가치세 과세표준 신고에서 누락하고, 법인세 신고시 위탁사업비 지출로 발생한 매입세액을 공제받지 않고 손금으로 산입한 것이 부당하다고 판단하였다. 경기○○세무서장은 2016. 4. 11. 위탁사업비 전부를 부가가치세 과세표준에 포함하는 한편, 위탁사업비 지출에 관한 불공제 매입세액을 전부 공제하고, 이를 손금불산입 하여 법인세 과세표준에 포함하는 내용의 경정결의를 하여, 청구인에게 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지 귀속분 부가가치세 129억여 원 및 2011년부터 2014년까지 사업연도 귀속분 법인세 1억 8천만여 원(각 가산세 포함)을 경정·고지하였다.(4) 청구인은 경기○○세무서장이 한 위 (3)항 기재 2016. 4. 11.자 법인세 및 부가가치세 부과처분에 대하여 2017. 6. 2. 그 취소를 구하는 소를 제기하였고, 그 소송에서 심판대상조항이 청구인과 같은 지방공사의 평등권과 재산권을 침해하여 위헌이라는 주장을 하였으나, 법원은 2018. 2. 6. ‘심판대상조항은 경영개선명령 또는 설립 타당성 평가에 따라 합병된 일부 지방공사 등이 종래에 납부한 부가가치세 등을 소급하여 감면·환급하여 줌으로써 지방공사의 재정운영에 도움을 주기 위한 목적에서 규정되었고, 이는 청구인과 같은 일반적인 지방공사의 경우에는 그와 같은 정책적 배려를 하지 않는다는 입법적 결단이 반영된 것으로 보이는바, 청구인과 통합지방공사가 그 본질에 있어 동일하다고 볼 수 없는 이상 이와 같은 입법적 결단이 평등의 원칙에 반하고 과잉금지 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다’고 판단하면서 청구인의 청구를 기각하는 판결을 하였다(수원지방법원 2017구합65365). 이에 청구인이 항소하였으나, 2심 법원은 2019. 1. 16. 청구인의 항소를 기각하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2018누37993). 청구인이 상고하였지만, 대법원은 2019. 5. 16. 상고를 기각하여 1심 판결이 그대로 확정되었다(대법원 2019두34333).다. 조세특례제한법 시행령 개정 및 이 사건 헌법소원심판청구(1) 조세특례제한법 시행령이 2017. 2. 7. 개정되면서 지방공기업법에 의해 설립된 지방공사가 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 면제 범위가 확대되었다. 이때까지는 지방공사 가운데 ‘지방공기업법에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사’가 공급하는 재화 또는 용역만이 부가가치세 면제 대상이었다(조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제21호). 그런데 2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 ‘시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것’, ‘제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것’, ‘해당 지방자치단체에 지방공단이 없을 것’ 등 요건을 모두 갖춘 지방공사가 공급하는 재화 또는 용역을 부가가치세 면제 대상에 포함하는 규정을 신설하였다(조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2).(2) 이처럼 개정된 조세특례제한법 시행령은 그 부칙에서 ‘이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입 신고하는 경우부터 적용’하도록 하였다(제2조 제2항). 다만 ‘조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 시·군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 지방공기업법 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사·공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사·공단과 합병한 경우에도 적용한다’는 내용의 부가가치세 면제 대상에 관한 소급 적용례를 규정하였다(제23조 제1항).(3) 청구인은 2017. 2. 7. 개정된 조세특례제한법 시행령 시행 전에 설립된 지방공사로서, 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2가 규정한 지방공사에 해당함에도 지방공단과의 합병을 요건으로 하는 조세특례제한법 시행령 부칙(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호) 제23조 제1항의 부가가치세 면제 대상에 관한 소급 적용례에 포함되지 아니하였다. 이에 청구인은 위 시행령 부칙 제23조 제1항이 ‘지방공기업법의 경영개선명령 등에 따라 공단 등과 합병한 지방공사’에 대해서만 부가가치세 면제 대상의 소급 적용례를 인정한 것이 청구인의 평등권과 재산권을 침해한다고 주장하며, 2017. 5. 4. 위 시행령 부칙 제23조 제1항의 위헌 확인을 구하는 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.2. 심판대상이 사건 심판대상은 조세특례제한법 시행령 부칙(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호) 제23조 제1항(다음부터 ‘심판대상조항’이라 한다)이 청구인의 기본권을 침해하는지 여부이다. 심판대상조항 및 관련조항은 다음과 같다.[심판대상조항]조세특례제한법 시행령 부칙(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호)제23조(부가가치세의 면제 등에 관한 적용례) ① 제106조 제7항 제22호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 시·군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 지방공기업법 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사·공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사·공단과 합병한 경우에도 적용한다.[관련조항]조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정된 것)제106조(부가가치세 면제 등) ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지방공기업법 제49조에 따라 설립된 지방공사가.시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것나.제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것다.해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것조세특례제한법 시행령 부칙(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호)제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.3. 청구인의 주장가. 심판대상조항은 부가가치세의 소급 면제의 대상을 규정하고 그에 따른 환급을 예정하고 있는데, 부가가치세 소급 면제의 대상에서 청구인과 같은 지방공사를 배제하고 있으며, 구체적인 집행행위도 예정하고 있지 않으므로, 기본권 침해의 직접성이 인정된다.나. 심판대상조항은 청구인처럼 지방자치단체의 유일한 지방공사로 설립되어 공단과 합병할 여지가 없었던 지방공사의 경우를 부가가치세의 소급 면제의 대상에 포함하지 않았다. 부가가치세의 소급면제의 대상은 재화 또는 용역의 공급자가 누구인지와는 무관하게 공급하는 재화 또는 용역의 성격에 따라 결정해야 한다. 청구인과 ‘통합지방공사’는 지방자치단체의 고유사업을 대행한다는 점에서 차이가 없으므로, 부가가치세 소급 면제 대상을 정함에 있어서도 달리 취급받을 이유가 없다. 그런데도 심판대상조항은 공단 등과의 합병 여부라는 우연한 사정을 기준으로 ‘통합지방공사’와 청구인과 같은 지방공사를 합리적 이유 없이 차별하고 있으므로 청구인의 평등권과 재산권을 침해한다.4. 판 단가. 법령 자체가 헌법소원의 대상이 될 수 있으려면 집행행위에 의하지 아니하고 법령 그 자체에 의하여 자유의 제한, 의무의 부과, 권리 또는 법적 지위의 박탈이 생겨야 하는데(헌재 1992. 11. 12. 91헌마192 참조), 법령에 근거한 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 기본권침해의 법률효과가 발생하는 경우에는 직접성의 요건이 결여된다. 법령에 대한 헌법소원에 있어서 ‘기본권 침해의 직접성’을 요구하는 이유는, 법령은 일반적으로 구체적인 집행행위를 매개로 하여 비로소 기본권을 침해하게 되므로 예외적이고 보충적인 특별권리구제수단이라는 헌법소원의 본질상 기본권의 침해를 받은 개인은 먼저 일반 쟁송의 방법으로 집행행위를 대상으로 하여 기본권 침해에 대한 구제절차를 밟는 것이 요청되기 때문이다(헌재 1998. 4. 30. 97헌마141; 헌재 2005. 5. 26. 2004헌마671 참조).나. 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세방식이나 납세의무자 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하여 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세에 있어서 조세법령으로 인한 기본권 침해는 과세처분 또는 경정거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 기본권의 침해가 현실화된다(헌재 2009. 4. 30. 2006헌마1261, 헌재 2011. 12. 29. 2011헌마149 참조).이러한 법리는 해당 조세법령이 조세의 면제나 부가가치세 영세율 적용 등의 조세혜택을 배제하는 내용을 담고 있는 경우에도 마찬가지로 적용되며(헌재 2001. 1. 18. 2000헌마80 참조), 이 경우 문제될 수 있는 납세의무 부담의 평등원칙 위반 여부 또한 납세의무자의 구체적인 재산권 제한 문제와 분리하여 파악할 수 있는 것이 아니다.이와 같이 조세법령의 경우 부과과세방식인지, 신고납세방식인지를 불문하고 집행행위를 예정하는 경우에는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추지 못하였다고 보는 이유는, 조세법령의 경우 수반되는 과세처분이나 경정거부처분 등과 같은 집행행위가 단순히 기계적인 것이 아니라, 적극적·소극적 과세요건의 충족 여부에 대한 심사에 따라 이루어지기 때문이다.법령에 대한 헌법소원에서 법규범이 집행행위를 예정하고 있더라도, 그 법령이 일의적이고 명백한 것이어서 집행기관이 심사와 재량의 여지없이 그 법령에 따라 일정한 집행행위를 하여야 하는 경우에는 당해 법령의 직접성을 인정할 수 있다(헌재 1995. 2. 23. 90헌마214 참조). 그런데 위 선례의 법리를 적용함에 있어서 집행행위가 법령이 정한 요건이 충족될 경우 집행기관의 ‘재량’없이 이루어지는 기속행위라는 것과 집행기관이 법령이 정한 요건의 충족 여부를 ‘심사’할 여지도 없이 일의적이라는 것은 구분되어야 한다. 즉 집행행위가 조세의 부과처분 등과 같이 집행기관의 재량이 없는 기속행위라 하더라도 집행기관에게 적극적·소극적 과세요건의 충족 여부에 대한 심사가 예정되어 있는 경우에는 위 선례의 법리를 적용하더라도 당해 법령의 직접성을 인정할 수 없는 것이다.결국 심판대상조항으로 인한 기본권 침해는 개개의 적극적·소극적 과세요건이 아니라 이러한 과세요건의 충족 여부를 심사한 결과에 따르는 해당 과세기간에 대한 과세처분 또는 경정거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 현실화되는 것이므로, 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추었다고 볼 수 없다.5. 결 론그렇다면, 이 사건 심판청구는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 결정한다. 이 결정은 아래 6.과 같은 재판관 이석태의 반대의견 및 아래 7.과 같은 재판관 이선애, 재판관 이종석, 재판관 문형배의 법정의견에 대한 보충의견이 있는 외에는 나머지 재판관들의 의견일치에 따른 것이다.6. 재판관 이석태의 반대의견나는 심판대상조항에 대해 기본권 침해의 직접성을 인정하여야 한다고 생각하므로, 다음과 같이 반대의견을 밝힌다.가. 법령에 대한 헌법소원에서 기본권 침해의 직접성은 집행행위에 의하지 아니하고 법령 그 자체에 의하여 자유의 제한, 의무의 부과, 권리 또는 법적 지위의 박탈이 생긴 경우를 의미한다(헌재 1992. 11. 12. 91헌마192 참조). 법령에 대한 법규범이 집행행위를 예정하고 있더라도, 그 법령이 일의적이고 명백한 것이어서 집행기관이 심사와 재량의 여지 없이 그 법령에 따라 일정한 집행행위를 하여야 하는 경우에는 당해 법령의 직접성을 인정할 수 있다(헌재 1995. 2. 23. 90헌마214 참조). 또 법규범의 내용이 집행행위 이전에 이미 국민의 권리관계를 직접 변동시키거나 국민의 법적 지위를 결정적으로 정하는 것이어서 국민의 권리관계가 집행행위의 유무나 내용에 의하여 좌우될 수 없을 정도로 확정된 상태라면 그 법규범의 권리침해의 직접성이 인정된다(헌재 1997. 7. 16. 97헌마38; 헌재 2004. 8. 26. 2003헌마337 등 참조).나. 심판대상조항은 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2에 따라 부가가치세가 소급하여 면제되는 대상을 ‘이 영 시행 전에 시·군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 지방공기업법 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사·공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사·공단과 합병한 경우’로 한정하고 있다. 그리하여 애당초 지방공단과 합병한 사실이 없는 청구인과 같은 지방공사는 심판대상조항에 따른 부가가치세 소급 면제 대상에서 제외되었다. 청구인은 심판대상조항이 정한 요건을 갖춘 지방공사의 경우와 달리 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2가 예정한 부가가치세 면제라는 세제상의 혜택을 소급하여 받을 수 없는데, 이와 같은 불리한 법적 지위는 심판대상조항 자체에 의하여 이미 확정되었다고 볼 수 있다. 심판대상조항은 일의적이고 명백한 내용으로 부가가치세 면제 소급 적용 대상의 요건을 규정하고 있으므로, 부가가치세 신고·납부 등 각종 구체적 절차가 진행되더라도 그 과정에서 심판대상조항에 따른 부가가치세 소급 면제 여부와 관련한 청구인의 법적 지위가 바뀔 가능성은 없기 때문이다. 법정의견은 과세관청에 의한 심사가 예정되어 있다는 것을 이유로 심판대상조항에 의한 기본권 침해의 직접성을 부인하고 있다. 그러나 심판대상조항이 처음부터 청구인을 부가가치세 소급 면제 대상에 포함하고 있지 않음이 분명한 이상, 과세관청이 과세요건 충족 여부를 심사한다고 하여 그와 다른 내용의 과세처분을 할 여지가 있다고 볼 수 없으므로 단지 심사 가능성에 터 잡아 직접성을 부인하는 논리는 수긍하기 어렵다.다. 법정의견은 ‘납세의무자 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확정시키는 신고납세방식 조세법령의 경우에도 과세처분 또는 경정청구거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 기본권의 침해가 현실화된다’는 이유로 심판대상조항의 기본권 침해 직접성을 부인하고 있다. 이러한 법정의견은 심판대상조항의 규율 방식이나 내용과는 상관없이 청구인이 부가가치세 부과처분 혹은 경정청구거부처분을 받기 전까지는 심판대상조항으로 인하여 헌법상 기본권을 제한받지 않는다고 보는 것과 다름없다. 그러나 과세처분 또는 경정청구거부처분 등이 이루어져야만 비로소 청구인의 기본권이 제한된다고 보는 것은, 심판대상조항처럼 법령이 일의적이고 명백한 것이어서 집행기관이 심사와 재량의 여지 없이 일정한 집행행위를 하여야 하는 경우 혹은 법규범의 내용이 집행행위 이전에 이미 국민의 법적 지위를 결정적으로 정하는 경우 등에 그 법령에 대한 기본권 침해의 직접성을 인정하는 법리와 맞지 않는다.라. 심판대상조항은 조세채무의 확정방식 중 이른바 신고납세방식을 취하는 부가가치세에 관한 사항을 규정하고 있다. 신고납세방식 세목의 경우 원칙적으로 납세의무자는 과세표준과 세액을 스스로 신고해야 하는 법적 의무를 부담한다. 납세의무자가 이를 제대로 이행하지 않을 경우 비로소 과세처분이 이루어지며, 납세의무자에게는 가산세의 불이익이 주어진다(부가가치세법 제48조, 제49조, 제57조, 국세기본법 제22조, 제47조, 제47조의2, 제47조의3 등 참조).법정의견에 의하면 청구인은 기본권 침해의 직접성 요건 때문에 심판대상조항에 대한 헌법소원심판을 청구할 수 없으므로, 부가가치세 소급 면제 대상에서 제외된 불이익을 문제 삼기 위해서는 부가가치세 부과처분을 받거나 부가가치세에 관한 경정청구거부처분을 받은 다음 행정소송으로 그 처분의 당부를 다툴 수밖에 없다. 그런데 청구인이 부가가치세 부과처분을 받으려면 청구인은 가산세를 감수하고 부가가치세법이 정한 신고의무를 제대로 이행하지 않아야 한다. 청구인이 주장하는 기본권 침해 사유는 심판대상조항 그 자체에서 비롯하고 있음에도 심판대상조항의 위헌성을 다투기 위해서는 부가가치세법상 신고의무 불이행을 통해 과세처분을 이끌어낸 다음 그 처분에 대한 행정소송을 제기해야만 한다는 것이다. 이처럼 납세의무자가 일단 고의로 법령을 위반하여 자신에게 주어지는 불이익을 당하고 나서야 해당 조세법령의 위헌성을 문제 삼을 수 있다는 것은 법령에 대한 헌법소원을 인정하는 취지에 부합하지 않는다.마. 법정의견은 ‘과세처분’뿐만 아니라 ‘경정청구거부처분’ 역시 집행행위에 해당한다고 보았다. ‘경정청구거부처분’도 집행행위이므로 청구인과 같은 납세의무자가 신고의무 등을 제대로 이행한 뒤 가산세의 불이익을 부담하지 않고 행정소송을 제기할 수 있다는 것이다. 그런데 국세기본법상 경정청구제도는 세법에 의하여 신고하여야 할 사항을 잘못 신고한 경우 등을 구제하기 위한 것으로, 어디까지나 주어진 세법의 테두리 내에서 납세의무자를 보호하기 위한 제도이다(국세기본법 제45조의2 참조). 심판대상조항처럼 부가가치세 면제 규정의 소급 적용 여부가 그 자체로 분명한 경우에는 청구인이 부가가치세를 소급 면제해달라는 취지의 경정청구를 한다 해도 청구인의 권리구제에 현실적으로 별다른 도움이 되지 못한다. 법정의견은 기본권을 직접 제한하고 있는 심판대상조항에 대해 애써 기본권 침해의 직접성을 부인함으로써, 청구인에게 경정청구가 받아들여지지 않을 것을 알면서도 심판대상조항의 위헌성을 다투기 위해 어쩔 수 없이 관련 불복 절차를 밟도록 강요하는 것과 다르지 않다.바. 청구인은 조세특례제한법 시행령 부칙조항의 위헌성을 문제 삼는 것이므로, 헌법재판소의 판단을 받기 위해서는 헌법재판소법 제68조 제1항의 헌법소원심판을 청구할 수밖에 없다. 헌법재판소법 제68조 제2항에 따른 헌법소원제도가 마련되어 있으나, 이를 통해서는 ‘법률’의 위헌성만 다툴 수 있고 ‘대통령령 등 그 하위규범’은 그 대상이 될 수 없기 때문이다(헌재 2015. 9. 24. 2015헌바26 참조). 그런데 ‘신고납세방식 조세법령의 경우 과세처분 또는 경정청구거부처분 등의 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 기본권의 침해가 현실화되는 것’이라는 법정의견에 의하면 시행령에 해당하는 심판대상조항에 대해서는 헌법소원을 제기할 길이 완전히 차단된다.물론 청구인은 과세처분이나 경정청구거부처분에 대한 행정소송을 제기하고 그 소송 계속 중 법원을 통해 하위 조세법령에 해당하는 심판대상조항의 위헌 여부를 다투어 볼 수 있다. 구체적 사건에서 명령, 규칙이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제로 된 경우 법원은 이를 심사할 수 있다. 하지만 이미 보았듯이 그와 같은 소송단계에 이르기 위해서는 청구인이 고의로 조세법령을 위반함과 아울러 가산세의 불이익을 감내해야 하거나 현실적 구제를 기대하기 어려운 불복절차를 거쳐야만 한다. 게다가 법원이 개별사건에서 위헌 여부가 문제 된 하위 법령조항을 해당 사건에 적용할지와 관련하여 그 위헌 여부를 심사하더라도 이것이 통일적인 헌법해석 및 규범통제를 수행하는 헌법재판소의 위헌심사를 온전히 대체한다고 볼 수 없다. 심판대상조항과 같이 법령 그 자체로 인해 기본권이 직접 제한되고 있음이 명백한 이상, 납세의무자에게 부당하거나 가혹할 수 있는 일련의 과정 없이 헌법재판소법 제68조 제1항의 헌법소원을 통해 그 법령의 위헌 여부를 곧바로 다툴 길을 여는 것이 분쟁의 근본적 해결 및 국민의 기본권 보장을 위한 헌법재판제도의 목적과 취지에 부합한다.사. 한편 법정의견에 대한 보충의견은, 심판대상조항과 같은 조세법령에 대한 기본권 침해의 직접성을 인정한다 하더라도, 과세처분에 대한 법원의 확정판결이 있었던 경우에는 법령에 대한 헌법재판소 위헌결정의 장래효에 비추어 당사자에 대한 권리구제의 실효성을 담보할 수 없게 된다고 하였다. 그러나 헌법재판소의 위헌결정이 이루어지면 입법자는 그 위헌결정 취지에 따른 개선입법에서 구제범위를 정할 수 있는 것이므로 일반적으로 권리구제 실효성이 없다고 말할 수 없으며, 법원의 확정판결이 있다고 하여 그와 같은 입법자의 개선입법을 통한 권리구제가 허용되지 않는다고 볼 수도 없다. 게다가 특히 심판대상조항은 개정된 조세특례제한법 시행령 시행 전에 지방공사가 합병요건을 갖춘 경우 소급적으로 부가가치세를 면제하도록 하여 그 범위를 일부에 한정하고 있는데, 만약 이처럼 일부 대상에 대해서만 부가가치세 면제를 소급적용하도록 하고 있는 심판대상조항에 대해 위헌결정이 내려질 경우 입법자는 개선입법을 통해 청구인을 그 특례 범위에 포함시켜 구제하게 될 것이므로, 단지 위헌결정의 장래효를 이유로 청구인에 대한 권리구제 가능성을 획일적으로 부정할 수 없다.아. 청구인이 심판대상조항에 따른 기본권 침해를 호소하며 위헌 심사를 요청하였음에도 심판대상조항의 구체적 내용을 일절 고려하지 아니한 채 형식적·일률적 기준 아래 기본권 침해의 직접성을 부정하는 것은 타당하지 않다. 이상에서 본 바와 같이 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추어 적법하므로, 본안 판단에 나아가 심판대상조항의 위헌 여부를 심사하여야 한다.7. 재판관 이선애, 재판관 이종석, 재판관 문형배의 법정의견에 대한 보충의견우리는 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추었다고 볼 수 없다는 점에 관한 법정의견의 이유를 다음과 같이 보충하고자 한다.가. 법령의 적용에 따른 구체적인 집행행위가 존재하는 경우에도, 예외적으로 그 집행행위를 대상으로 하는 구제절차가 없거나, 구제절차가 있다고 하더라도 권리구제의 기대가능성이 없고 다만 기본권 침해를 당한 청구인에게 불필요한 우회절차를 강요하는 것밖에 되지 않는 경우에는 그 법령으로 인한 기본권 침해의 직접성 요건이 충족될 수 있다(헌재 1992. 4. 14. 90헌마82 참조).심판대상조항의 경우 그 집행행위인 과세처분 등을 대상으로 하는 취소소송 등 행정소송의 구제절차가 존재하므로, 납세의무자인 청구인에 대하여 이러한 구제절차를 거치도록 하는 것이 권리구제의 기대가능성이 없고 불필요한 우회절차를 강요하는 것밖에 되지 않는 것인지 여부를 살펴볼 필요가 있다.심판대상조항과 같은 시행령은 집행행위에 해당하는 과세처분 등에 대한 취소소송 과정에서 그 위헌 여부에 관하여 법원의 판단을 받는 길이 따로 마련되어 있다(헌법 제107조 제2항). 헌법 제107조는 구체적 규범통제절차에서의 법률에 대한 위헌심사권과 명령·규칙·처분에 대한 위헌심사권을 분리하여 각각 헌법재판소와 대법원에 귀속시킴으로써 헌법의 수호 및 기본권의 보호가 오로지 헌법재판소만의 과제가 아니라 헌법재판소와 법원의 공동과제라는 것을 밝히고 있다(헌재 1997. 12. 24. 96헌마172등 참조).청구인은 2016. 4. 11.자 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대하여 이 사건 헌법소원심판을 청구한 직후인 2017. 6. 2. 그 취소를 구하는 소를 제기하였고, 그 소송에서 심판대상조항이 청구인을 부가가치세 면제 대상에서 제외한 것이 평등권과 재산권을 침해하여 위헌이라는 주장을 하였다. 이에 1심 법원은 1. 사건개요 나. (4)항에서 살펴본 바와 같이 심판대상조항이 청구인과 같은 지방공사의 평등권과 재산권을 침해한다거나 과잉금지 원칙에 위배되어 헌법에 위반된다고 볼 수 없다고 판단하면서 2018. 2. 6. 청구인의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다(수원지방법원 2017구합65365). 이어서 2심 법원은 2019. 1. 16. 청구인의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고(서울고등법원 2018누37993), 대법원은 2019. 5. 16. 상고를 기각하여 1심 판결이 그대로 확정되었다(대법원 2019두34333). 청구인은 위 소송절차에서 심판대상조항의 위헌성 여부에 대한 법원의 판단을 이미 받았으므로, 이 사건 심판청구에서 기본권 침해의 직접성 요건을 인정하지 않는다고 해서 기본권 보호에 공백이 생겼다고 단언할 수 없다.오히려 납세의무자가 위와 같은 소송을 거치지 않고 곧바로 신고납세방식의 조세법령에 관한 헌법소원심판을 청구할 수 있게 된다면, 그 사이에 조세 부과처분이 확정되어 당사자 권리구제의 실효성을 담보할 수 없게 될 수 있다. 이러한 면에서도 납세의무자로 하여금 부과처분 등에 대한 행정소송을 거치도록 하는 것이 불필요한 우회적 권리구제수단을 거치도록 하는 것이라고 평가하기는 어렵다. 헌법재판소법 제68조 제1항의 헌법소원을 통해 당해 조세법령의 위헌여부를 판단 받도록 하는 것보다 법원을 통한 권리구제를 거치면서 이에 집중할 수 있도록 하는 것이 당사자의 권리구제를 위한 실효적인 방법일 수 있다.가사 과세처분이나 경정거부처분 등 집행행위를 예정하고 있는 조세법령에 대한 헌법소원에서 기본권 침해의 직접성을 인정하여 본안 판단으로 나아간다고 할지라도, 해당 조세의 부과처분 등 취소청구에 관한 기각 판결이 먼저 확정되어 버리면 해당 사안에 있어서 당사자의 권리구제의 실효성이 확실하게 담보될 수 없다. 헌법재판소법 제68조 제1항 소정 헌법소원의 인용결정에는 원칙적으로 장래효만 있을 뿐이고, 그 인용결정을 확정판결에 대한 재심사유로 정한 명문의 규정도 없기 때문이다.나. 신고납세방식으로 확정되는 조세의 경우 납세의무자가 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하여 과세표준과 세액을 신고할 법적 의무를 부담하고, 이를 이행하지 않으면 과세처분과 함께 가산세의 불이익이 주어진다. 납세의무자는 어떤 조세법령의 위헌 여부가 의심된다고 하더라도, 일단 그 조세법령에 따라 과세표준과 세액을 신고·납부한 다음 추후 감액경정을 청구하고, 과세관청이 이를 거부하면 경정거부처분을 다투는 방식으로, 혹시 모를 가산세의 위험을 피함과 동시에 과세처분에 대한 소송을 할 수 있고, 그 소송 절차를 진행하면서 조세법령의 위헌성 여부를 다툴 수 있는 방법들이 마련되어 있다.따라서 신고납세방식의 조세법령에 대하여 기본권 침해의 직접성을 인정하지 않는다고 하더라도, 납세의무자가 가산세라는 불이익을 당하고 나서야 비로소 해당 조세법령의 위헌 여부를 문제 삼을 수 있는 것은 아니다.다. 그렇다면, 심판대상조항으로 인한 기본권 침해는 법령에 근거한 집행행위가 예정되어 있지만 예외적으로 법령 자체로 인한 기본권 침해의 직접성이 인정되는 경우에 해당하지 아니하므로, 이러한 점에 비추어 보아도 이 사건 심판청구는 기본권 침해의 직접성 요건을 갖추지 못하였다.재판관 유남석 이선애 이석태 이은애 이종석 이영진 김기영 문형배 이미선

참조조문:
헌법재판소법(2011. 4. 5. 법률 제10546호로 개정된 것) 제68조 제1항조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제106조 제7항 제22호의2조세특례제한법 시행령 부칙(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호) 제1조, 제2조

참조판례:
헌재 2011. 12. 29. 2011헌마149, 공보 183, 238, 240헌재 2009. 4. 30. 2006헌마1261, 판례집 21-1하, 228, 242헌재 2005. 5. 26. 2004헌마671, 판례집 17-1, 785, 789헌재 1998. 4. 30. 97헌마141, 판례집 10-1, 496, 503헌재 1995. 2. 23. 90헌마214, 판례집 7-1, 245, 254헌재 1992. 11. 12. 91헌마192, 판례집 4, 813, 823

심판대상조문:
조세특례제한법 시행령 부칙(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호) 제23조 제1항