# 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 위헌소원
(사건번호=2010헌바396, 종국일자=2012.05.31)
출처: 국가법령정보센터 헌재결정례

헌재결정례일련번호: 19785
종국일자: 20120531
사건번호: 2010헌바396
사건명: 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 위헌소원
사건종류명: 헌바
사건종류코드: 430106
재판부구분: 전원재판부

판시사항:
구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제121조의6 제3항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 기술도입계약에 대한 조세면제의 신청기한을 경과한 후의 면제 신청 및 확인에 따른 면제의 경우, 그 면제를 신청한 과세연도 중 이미 성립하여 납부한 원천징수 대상 법인세를 환급하지 아니하도록 규정한 것이 납세의무 이행 여부에 따른 차별취급을 초래하여 평등원칙에 위배되는지 여부(소극)

결정요지:
원천징수 대상 법인세의 경우 이 사건 법률조항 중 전문이 정하는 조세면제의 기간은 과세연도와 무관하게 그 면제를 확인받은 이후의 잔존면제기간에 한한다고 해석하여야 할 것이고, 이러한 면제확인 이전에 이미 기술도입대가를 지급함으로써 원천징수 대상 법인세의 납세의무가 성립되고 확정되었다면, 그러한 납세의무를 이행한 경우와 이행하지 않은 경우를 불문하고 해당 법인세는 면제의 대상이 되지 않는다.그러므로 청구인이 주장하는 것처럼 조세면제를 신청한 과세연도 개시 후 그 면제를 확인받기 이전에 기술도입대가를 지급하여 원천징수의 대상이 되는 법인세의 경우에도 그와 같이 성립된 납세의무를 이행하지 않은 경우에는 조세면제의 대상이 되고 이를 이행한 경우에만 환급되지 않는다고 해석되는 것은 아니므로, 이 사건 법률조항으로 인하여 원천징수 대상 법인세의 납세의무를 이행하지 않은 자에 비하여 이를 이행한 자를 불합리하게 차별취급하게 된다고 볼 수는 없다.

전문:
[당사자]청 구 인  ○○실리콘 주식회사  대표이사 윤○광대리인 변호사 진행섭당해사건  서울행정법원 2010구합22337 경정청구거부처분취소[주문]구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제121조의6 제3항은 헌법에 위반되지 아니한다.[이유]1. 사건의 개요 및 심판의 대상가. 사건의 개요(1) 청구인은 2008. 3. 23. 폴리실리콘 생산 공장을 건설하기 위하여 미국에 있는 폴리 플랜트 프로젝트 인코퍼레이티드(Poly Plant Project, Inc. 이하 ‘이 사건 외국 회사’라 한다)로부터  ‘TCS 생산 및 정화시설 설계와 관련 서비스’를 도입하는 기술도입계약을 체결하였다. 이 계약에서 청구인은 기술도입의 대가로 2008. 4. 11.까지 최초보증금 2,490,000 유로를 지급하고, 일부 기술을 이전받은 후 2008. 5. 31.까지 2,490,000 유로를 지급하는 등 기술이전 완료시까지 4단계에 걸쳐 합계 8,300,000 유로를 지급하기로 하였다(이하 ‘이 사건 기술도입계약’이라 한다).(2) 청구인은 2008. 4. 10. 이 사건 외국 회사에 최초보증금 2,490,000 유로를 지급하면서 그에 대한 법인세 373,500 유로(557,847,160 원)를 원천징수하여 2008. 5. 13. 납부하였다(이하 ‘이 사건 법인세’라 한다).(3) 이 사건 외국 회사는 2008. 8. 18. 지식경제부장관에게 구 조세특례제한법 제121조의6에 따라 이 사건 기술도입계약의 대가에 대한 법인세 등의 면제를 신청하였고, 지식경제부장관은 2008. 8. 29. 그 면제를 확인하였다.(4) 청구인은 2009. 11. 3. 구로세무서장에게 이 사건 법인세의 면제 및 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 구로세무서장은 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 후문에 따라 기술도입대가에 대한 조세면제 확인 전에 그 대가가 지급되어 원천징수의무자가 관련 세액을 원천징수하여 이미 납부한 경우에는 그 세액을 환급하지 않는다는 이유로 청구인의 경정청구를 기각하였다.(5) 이에 청구인은 2010. 5. 25. 구로세무서장을 상대로 위 경정청구거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고(서울행정법원 2010구합22337), 그 소송 계속중인 2010. 7. 7. 처분의 근거가 된 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 후문에 대하여 위헌법률심판제청신청을 하였으나, 2010. 9. 2. 신청이 기각되자, 같은 해 10. 7. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.나. 심판의 대상청구인은 당해 사건에서 취소 여부가 문제되는 구로세무서장의 경정청구거부처분의 근거 조항으로, 기술도입대가에 대한 조세면제의 경우 기술을 제공하는 자가 그 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액을 환급하지 아니하도록 규정한, 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 중 후문만을 대상으로 이 사건 심판을 청구하였다.그런데 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 후문은 전문의 의미를 명백히 하는 의미를 가져 양자는 서로 불가분의 관계에 있으며, 당해 사건에도 그 조항 전체가 적용되는 것이므로, 이 사건 심판대상은 양자를 모두 포괄하여 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제121조의6 제3항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)의 위헌 여부로 특정함이 상당하다.이 사건 심판대상 조항 및 관련 조항의 내용은 아래와 같다.[심판대상 조항]구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)제121조의6(기술도입대가에 대한 조세면제) ③ 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청기한 경과 후 면제신청을 하고, 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다.[관련 조항]구 조세특례제한법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)제121조의6(기술도입대가에 대한 조세면제) ① 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해계약의 내용에 따라 기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년 동안 이를 면제한다.② 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 기획재정부장관에게 면제신청을 하여야 한다.제121조의7(권한의 위임등) 기획재정부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 이 장의 규정에 의한 권한의 일부를 국세청장, 관세청장 기타 대통령령이 정하는 외국인투자관련기관의 장에게 위임 또는 위탁할 수 있다.구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)제116조의12 (기술도입대가에 대한 조세면제 기준등) ① 법 제121조의6 제1항에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약"이라 함은 기획재정부장관이 「외국인투자촉진법」 제27조의 규정에 의한 외국인 투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 기술로서 제116조의2 제2항 각 호의 기준에 해당하는 「외국인투자촉진법」에 의한 기술도입계약을 말한다.② 기획재정부장관은 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청을 받은 때에는 20일 이내에 당해기술이 제1항의 기준에 해당하는지의 여부를 검토하여 그 면제여부를 확인한 후 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 조세면제대상이 아닌 것으로 확인한 때에는 그 사유를 명시하여야 한다.③ 기획재정부장관은 제2항의 규정에 의하여 면제여부를 확인하는 경우 부득이하게 장기간이 소요되는 때에는 20일의 범위 내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.④ 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청은 당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날 이내에 하여야 한다.제116조의13(권한의 위탁) ① 기획재정부장관은 법 제121조의7의 규정에 의하여 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청접수 및 제116조의12제2항·제3항의 규정에 의한 조세면제의 확인 및 통지에 관한 권한을 주무부장관에게 위탁한다.2. 청구인의 주장 요지이 사건 법률조항에 의하면 조세면제를 신청한 과세연도 개시 후 그 면제를 확인받기 전에 법인세법 등을 준수하여 원천징수 등으로 법인세 등을 납부한 법인은 그 납부한 세액을 환급받지 못하는 반면, 같은 기간 중 법인세법 등을 위반하여 원천징수 등으로 법인세 등을 납부하지 않은 법인은 조세면제의 혜택을 받는다. 이는 납세의무를 이행한 법인을 불이행한 법인보다 오히려 불리하게 차별취급하는 것으로서 합리적 이유가 없으므로 평등원칙에 위배된다.3. 판단가. 이 사건의 쟁점이 사건 법률조항은 구 조세특례제한법 제121조의6에 규정된 ‘기술도입대가에 대한 조세면제’ 제도에 있어 그 면제신청의 기한이 경과한 후의 신청 및 그 확인에 의한 조세면제의 특례를 규정하면서 그 면제기간을 정한 조항이다.청구인은 구 조세특례제한법 제121조의6 제3항 전문에서 이러한 조세면제의 기간을 "그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간"에 한한다고 규정하고 있으므로, 조세면제의 신청일이 속한 과세연도 개시 후 원천징수납부의무가 성립되고 확정되는 기술도입대가에 대한 법인세도 원칙적으로 조세면제의 대상이 된다고 해석하여, 같은 항 후문에서 원천징수납부의무를 이행한 경우에만 그 세액이 환급되지 않도록 정한 것은 납세의무를 이행하지 않은 자보다 이를 이행한 자를 불합리하게 차별취급하는 것이라고 주장한다.그러므로 이 사건의 쟁점은 이 사건 법률조항이 청구인이 주장하는 바와 같은 차별취급을 초래하여 헌법상 평등원칙에 위배되는지 여부라 할 것이다.나. 평등원칙 위배 여부이 사건과 같이 기술제공자가 국내사업장이 없는 외국법인인 경우 또는 기술도입대가가 외국법인의 국내사업장에 실질적으로 관련되거나 귀속되지 않는 경우에는, 그 외국법인의 해당 소득에 대한 법인세는 원천징수의 대상이므로 그 대가가 지급되는 때에 납세의무가 성립되고 동시에 확정되며(법인세법 제98조, 국세기본법 제21조 제2항 제1호, 제22조 제2항 제3호 참조), 이와 같은 원천징수 대상 법인세의 납세의무 성립 및 확정에 관한 법리는 이 사건 법률조항의 전문이 정하는 신청기한 경과 후의 면제신청 및 확인에 따른 조세면제의 기간에 관한 해석에도 적용된다. 즉, 납세의무자의 조세 회피에 따른 세수일실을 방지한다는 외국법인의 법인세에 대한 원천징수제도의 취지에 비추어 볼 때, "과세연도"라는 개념은 원천징수와 어울리지 않으므로 원천징수의 경우에는 이 사건 법률조항의 전문 중 "그 면제를 신청한 과세연도" 부분은 의미가 없고 "그 후의 잔존면제기간" 부분은 "그 면제 확인 후의 잔존면제기간"을 의미한다고 해석된다.이와 같이 원천징수의 대상이 되는 법인세의 경우 이 사건 법률조항의 전문이 정하는 조세면제의 기간을 "그 면제 확인 후의 잔존면제기간"에 한하는 것으로 해석한다면, 조세면제를 확인받기 이전에 이미 납세의무가 성립되고 확정된 원천징수 대상 법인세는 그 면제의 대상이 되지 아니한다 할 것이다. 이 사건 법률조항의 후문에서 "면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액"을 "환급하지 아니한다."고 한 것은, 이렇게 면제의 대상이 되지 않는 법인세를 납부한 경우에 관하여 명시적으로 규율한 것으로 해석할 수 있을 뿐, 조세면제를 확인 받기 이전에 이미 성립되고 확정된 원천징수 대상 법인세의 납세의무를 이행하지 않은 경우에 다시 해당 법인세를 면제의 대상으로 삼는다는 취지로 해석할 수는 없다.또한, 구 조세특례제한법 제121조의6 제1항 및 같은 법 시행령 제116조의12 제1항의 내용에 비추어 볼 때, 기술도입대가에 대한 조세면제의 요건이 법령에 일의적으로 규정된 것은 아니고, 기술제공자의 신청에 의한 기획재정부장관 등의 실질적 심사에 따라 면제 대상 계약인지 여부가 결정되며, 이러한 조세면제제도는 기술도입대가를 지급하기 전에 면제신청을 하고 기획재정부장관 등의 심사에 따라 면제를 확인받은 경우에 한하여 그 혜택을 받는 것을 원칙적 모습으로 하고 있음을 고려하면, 이러한 해석은 목적론적으로도 타당하다.당해 사건 법원도 청구인의 위헌법률심판제청신청에 대한 기각결정과 당해 사건 판결의 각 이유에서 "법인세법 등을 위반하여 원천징수납부의무를 불이행한 법인도 조세면제 확인을 받은 이후의 기간에 대하여만 법인세 등의 면제 혜택을 부여받는다."라고 하고 있어, 이 사건 법률조항을 같은 취지로 해석한다. 이 판결은 청구인이 제기한 항소에 대한 기각판결 및 이에 대한 상고기각판결로 확정되었는바, 특별한 사정이 없는 한 이와 같이 법원의 판결로써 확립된 조세법규의 해석을 존중하는 전제에서 그 위헌 여부를 판단할 필요가 있다.따라서 원천징수 대상 법인세의 경우 이 사건 법률조항 중 전문이 정하는 조세면제의 기간은 과세연도와 무관하게 그 면제를 확인받은 이후의 잔존면제기간에 한한다고 해석하여야 할 것이고, 이러한 면제확인 이전에 이미 기술도입대가를 지급함으로써 원천징수 대상 법인세의 납세의무가 성립되고 확정되었다면, 그러한 납세의무를 이행한 경우와 이행하지 않은 경우를 불문하고 해당 법인세는 면제의 대상이 되지 않는다고 보는 것이 타당하다.그러므로 청구인이 주장하는 것처럼 조세면제를 신청한 과세연도 개시 후 그 면제를 확인받기 이전에 기술도입대가를 지급하여 원천징수의 대상이 되는 법인세의 경우에도 그와 같이 성립된 납세의무를 이행하지 않은 경우에는 조세면제의 대상이 되고 이를 이행한 경우에만 환급되지 않는다고 해석하여 결과적으로 이 사건 법률조항으로 인하여 원천징수 대상 법인세의 납세의무를 이행하지 않은 자에 비하여 이를 이행한 자를 불합리하게 차별취급하게 된다고 볼 수는 없다. 따라서 이와 같이 잘못된 법률해석을 전제로 평등원칙 위배를 탓하는 청구인의 주장은 이유 없으며, 이 사건 법률조항은 헌법상 평등원칙에 위배되지 아니한다.4. 결론그렇다면, 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니하므로, 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.2012.    5.    31.

참조조문:
헌법 제11조 제1항구 조세특례제한법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제121조의6 제1항, 제2항, 제121조의7구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조의12, 제116조의13 제1항 

심판대상조문:
구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제121조의6 제3항