# 구 조세감면규제법 제67조의14 제4항 위헌소원
(사건번호=98헌바6, 종국일자=2000.01.27)
출처: 국가법령정보센터 헌재결정례

헌재결정례일련번호: 135519
종국일자: 20000127
사건번호: 98헌바6
사건명: 구 조세감면규제법 제67조의14 제4항 위헌소원
사건종류명: 헌바
사건종류코드: 430106
재판부구분: 전원재판부

판시사항:
1.종교법인 등이 고유목적 사업에 사용하는 토지의 양도소득에 대한 특별부가세의 면제신청의 방법을 대통령령에 위임한 구 조세감면규제법 제67조의14 제4항이 과세요건법정주의 및 포괄위임입법금지의 원칙에 위배되는지 여부(소극)2.면제신청을 특별부가세의 면제요건으로 요구하고 있는 이 사건 법률조항이 실질적 조세법률주의에 위배되는지 여부(소극)3.면제신청 외 다른 특별부가세 요건을 갖춘 종교법인이 이 사건 법률조항에 의한 면제신청을 하지 않아 특별부가세의 면제를 받지 못하는 불이익을 입게 된 것이 조세평등주의에 위배되는지 여부(소극)

결정요지:
1.구 조세감면규제법 제67조의14는 종교법인 등의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제제도에 관하여 규정하면서 제1항 제2호에서 면제대상 등 기본적 요건을 명백하게 규정하고 있고, 제4항인 이 사건 법률조항에서 면제신청이라는 절차적 요건을 규정한 다음 그 신청방법 등 면제신청의 구체적 절차만을 대통령령에 위임하고 있으므로, 조세면제에 관한 중요한 사항은 이미 법률에 규정되어 있을 뿐아니라, 면제신청제도의 입법취지 및 면제신청제도의 일반적인 예에 비추어 일반국민이 대통령령에서 면제신청에 관하여 정하게 될 내용의 대강을 충분히 예측할 수 있었을 것으로 보이므로 이 사건 법률조항은 과세요건법정주의 및 포괄위임입법금지의 원칙에 위배되지 않는다.2.특별부가세는 부동산의 보유자가 보유기간 전체에 걸친 지가상승으로 얻은 양도차익을 과세대상으로 하므로 통상 과세소득의 규모가 크고, 토지소유자의 노력과 직접 관련없는 불로자본이득을 공공목적을 위해 흡수하려는 성격을 가지고 있기 때문에, 부동산 투기 등에 악용됨을 방지하고 원래 부과되어야 할 세액의 면제라는 예외적인 조치가 남용됨이 없도록 이를 사전·사후적으로 관리할 필요성이 크다 할 것이므로, 입법자가 부동산양도차익이 특별부가세 면제대상인 사실과 면제를 희망하는 의사를 사전에 확인하기 위하여 종교법인 등으로 하여금 면제신청을 통하여 이를 밝히도록 한 것을 두고 실질적 조세법률주의에 위배된다고 할 수 없다.3.조세평등주의의 이념에 비추어 볼 때, 비록 위 면제제도가 선교활동의 촉진을 통한 국민의 정신생활의 성숙이라는 정책적 목적을 실현함에 있어서 필요하다고 하더라도, 특히 정책목표달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하는 것이다. 그러므로 면제신청 외 다른 특별부가세 요건을 갖춘 종교법인이 면제신청을 하지 않아 특별부가세의 면제를 받지 못하는 불이익을 입게 되었다 하더라도 면제신청을 하여 특별부가세를 면제받은 종교법인에 비하여 합리적 이유없이 차별취급을 받은 것으로는 볼 수 없다.재판관 이영모, 재판관 하경철의 반대의견종교법인이 직접 고유목적에 사용하는 토지 등의 처분으로 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 15년 동안 비과세대상으로 규정되어 있던 것을 갑자기 이 사건 법률조항에서 세액면제신청을 하는 경우에 한하여 면제하는 것으로 개정함으로써 비과세대상으로 알고 있던 선량한 납세자들이 신청을 하지 아니하면 세액면제를 받지못하게 되었으나, 종교법인의 속성, 비과세대상에서 면제대상으로 개정한 취지, 면제신청제도의 개정경과 등에 비추어 입법자가 적어도 특별부가세의 면제대상에 해당하는 경우까지도 소정기한 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니하면 재판에서 과세처분에 대한 실질관계의 주장·입증을 불허한 채 특별부가세를 부과·징수하려는 의도로 이 사건 법률조항을 마련한 것으로는 해석되지 아니한다.

전문:
【당 사 자】청 구 인　재단법인 ○○침례교회유지재단대표자　이사 김○생대리인　변호사 이일우당해사건　대법원 97누16848 특별부가세등부과처분취소【주 문】구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되고 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것) 제67조의14 제4항은 헌법에 위반되지 아니한다.【이 유】1. 사건의 개요와 심판의 대상가. 사건의 개요청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인으로서1974. 8. 6. 청주시 우암동 ○○ 대 419.2㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득하여 목적사업에 사용하여 오다가 그 처분대금으로 역시 목적사업에 사용할 토지와 건물을 대체취득하고자 1990. 11. 5. 이 사건 토지를 양도하였는데, 1990년도 과세표준신고시까지 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되고 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것, 이하 "구법"이라 한다) 제67조의14 제4항, 같은 법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12881호로 개정되고 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정되기 전의 것, 이하 "구시행령"이라 한다) 제55조의12 제4항의 규정에 의한 특별부가세 세액면제신청서를 제출하지 않았다.이에 서부세무서장은 1996. 3. 2. 청구인에게 이 사건 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 금 59,567,510원의 특별부가세와 금 7,869,750원의 방위세를 부과하였다가 국세심판소의 일부시정결정에 따라 1997. 3. 17. 특별부가세를 금 59,567,119원으로, 방위세를 금 7,869,705원으로 감액경정하였다.청구인은 서울고등법원(97구9163)에 위 특별부가세 등 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다가 패소하자 대법원(97누16848)에 상고하는 한편, 상고심 계속중 구법 제67조의14 제4항(이하 "이 사건 법률조항"이라 한다)이 조세법률주의 등에 위반된다면서 위헌법률심판의 제청신청(97부65)을 하였는데, 대법원은 1997. 12. 26. 상고와 함께 제청신청을 기각하였다.이에 청구인은 1998. 1. 10. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.나. 심판의 대상이 사건 심판대상은 이 사건 법률조항의 위헌 여부이며, 이 사건법률조항 및 관련조항의 내용은 아래와 같다.구법 제67조의14(사회복지법인 및 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제)①다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적 사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.1.생략2.종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등②, ③ 생략④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.구시행령 제55조의12(사회복지법인 및 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제)①법 제67조의14 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제 신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.②, ③ 생략④법 제67조의14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다.⑤ 생략2. 청구인의 주장요지 및 관계인의 의견가. 청구인의 주장요지(1)이 사건 법률조항은 조세법률주의상 법률로 규정하여야 할 특별부가세의 감면에 관한 사항을 대통령령에 포괄적으로 위임한 규정으로서 과세요건법정주의에 위배된다.(2)일반국민으로서는 1965년 제정된 이래 50여회나 개정을 거듭한 조세감면규제법의 규정내용을 정확히 알아서 대처하는 것이 사실상 불가능함에도 불구하고, 면제신청을 특별부가세의 요건으로 요구하는 것은 합리적 이유없이 조세행정상의 편의만을 위하여 납세의무자에게 과중한 의무를 부담지우는 것으로서 실질적 조세법률주의에 위배될 뿐 아니라 헌법 제20조에서 보장하고 있는 종교의 자유를 위축시키는 것이다.(3)구법 제67조의14 제1항 소정의 면제요건을 충족하는 종교법인이 단지 면제신청을 하였는지 여부에 따라 과중한 특별부가세의 부담 여부가 달라진다는 것은 조세평등주의의 정신에 위배된다.나. 법원의 제청신청기각이유(1)이 사건 법률조항은 구법 제67조의14 제1항에서 정하여진 특별부가세의 면제요건 즉 양도의 주체와 대상 및 목적의 면에서의 면제요건과는 별도로 면제신청이라는 절차적 요건을 명확히 규정하면서, 다만 그 면제신청에 관한 구체적 사항을 대통령령에 위임하였고, 이에 따라 구시행령에서 면제신청의 시기와 방법을 규정하고 있는 것이므로 과세요건법정주의의 원칙에 위배되지 아니한다.(2)이 사건 법률조항이 특별부가세의 면제요건으로 면제신청이 필요한 것으로 규정하고 있다고 하여 합리적 이유없이 납세의무자에게 지나치게 과중하거나 불리한 의무를 규정함으로써 실질적 조세법률주의 등 납세의무자의 재산권보장에 관한 헌법 제38조 및제59조 소정의 원칙에 위배된 것이라 단정할 수 없다.다. 재정경제부장관 및 국세청장의 의견요지(1)조세우대조치는 그것이 비록 일정한 정책적 목적을 실현함에 있어서 필요하다고 하더라도 조세평등주의의 이념에 저해적인 요소이므로 그 면제혜택을 받은 자의 요건을 엄격히 하는 등 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 할 것이므로 이 사건 법률조항에서 면제신청을 요건으로 규정하였다 하여 이를 두고 면제신청을 하여 조세감면을 받는 경우와 면제신청을 하지 않음으로써 조세감면을 받지 못한 경우와의 사이에 조세상의 부당한 차별이 있다고 할 수 없다.(2)면제신청을 특별부가세의 면제요건으로 규정한 이유는 면제신청을 통해 면제요건에 부합되는지 여부를 확인하고 당초의 조세지원목적이 충실히 달성되는지 여부를 계속 관리할 필요가 있기 때문이므로 특별부가세의 면제요건으로서 면제신청을 요구하고 있다고 하여 실질적 조세법률주의에 위배된다고 할 수 없다.(3)그 이외의 점은 법원의 제청신청기각이유와 같다.3. 판　단가.과세요건법정주의 및 포괄위임입법금지의 원칙 위배 여부(1)과세요건법정주의는 헌법 제59조에서 규정하고 있는 조세법률주의의 핵심적인 내용 중의 하나로서, 과세는 국민의 재산권을 침해하는 것이 되므로 납세의무를 성립시키는 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 과세기간, 세율 등의 모든 과세요건과 조세의 부과ㆍ징수절차는 모두 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로 규정하여야 한다는 것이다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바7등, 판례집 7-2, 434,444).그리고 과세요건법정주의는 조세의 부과의 경우뿐만 아니라 납세의무자 상호간에 생기는 조세의 전가관계를 고려하여 조세감면의 경우에도 적용된다(헌재 1996. 6. 26. 93헌바2, 판례집, 8-1, 525, 532 참조).그런데 사회현상의 복잡ㆍ다기화와 국회의 전문적ㆍ기술적 능력의 한계 및 시간적 적응능력의 한계로 인하여 조세의 감면에 관련된 모든 법규를 예외없이 형식적 의미의 법률에 의하여 규정한다는 것은 사실상 불가능할 뿐만 아니라 실제에 적합하지도 아니하기 때문에, 경제현실의 변화나 전문적 기술의 발달에 즉시 대응하여야 할 필요 등 부득이한 사정이 있는 경우에는 헌법 제75조에 따라 법률로 규정하여야 할 사항에 관하여 국회 제정의 형식적 법률보다 더 탄력성이 있는 행정입법에 위임함이 허용되며, 이와 같이 입법을 위임할 경우에는 법률에 대통령령 등 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 가능한 한 구체적이고도 명확하게 규정되어 있어서 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있어야 하고, 그 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 관련 법조항 전체를 유기적ㆍ체계적으로 종합판단하여야 하며, 각 대상법률의 성질에 따라 구체적ㆍ개별적으로 검토하여야 한다(헌재 1996. 6. 26. 93헌바2, 판례집 8-1, 525, 532 참조).(2)구법 제67조의14는 종교법인 등의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제제도에 관하여 규정하면서 제1항 제2호에서 "종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 직접사용하는 토지"를 "당해 법인의 고유목적 사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득"에 대하여 특별부가세를 면제한다고 규정하여 면제대상 등 기본적 요건을 명백하게 규정하고 있고, 제4항인 이 사건 법률조항에서는 면제신청이라는 절차적 요건을 규정한 다음 그 신청방법 등 면제신청의 구체적 절차만을 대통령령에 위임하고 있으므로, 조세면제에 관한 중요한 사항은 이미 법률에 규정되어 있다고 할 것이다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바7등, 판례집 7-2, 434, 445 참조).나아가 이 사건 법률조항의 위임에 따라 제정된 구시행령 제55조의12 제4항에서는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고시에 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출토록 규정하여 면제신청이란 요건의 기한과 방식을 구체화하였는바, "면제신청의 기한"은 사실상 납세자의 면제신청권을 시기적으로 제한하는 의미를 가지는 것이므로, 일반국민이 이 사건 법률조항으로부터 면제신청의 기한을 대강 예측할 수 있는지 여부를 과세요건법정주의 및 포괄위임입법금지의 관점에서 살펴 본다.이 사건 법률조항의 입법취지는 납세자로 하여금 당해 부동산양도차익이 특별부가세 면제의 실체적 요건에 해당되는 사실과 그 면제를 희망하는 의사를 밝히게 함으로써 조세채권관계를 명확하고 신속하게 확정짓자는 것인데, 이러한 입법취지에 비추어 보면 부동산양도차익에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 때에 즉 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고시에 특별부가세의 면제신청도 같이 하도록 규정할 것이라는 것은 일반국민이 어렵지 않게 알 수 있을 것으로 보인다.특히 종교법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 원래 1974. 12. 21. 이래로 법인세법에서 비과세대상으로 규정하고 있다가 1989. 12. 30. 조세감면규제법을 법률 제4165호로 개정하면서 법인세법상 비과세대상에서 삭제되고 조세감면규제법상 면제대상으로 되었는데, 당시 조세감면규제법상 부동산양도차익에 대한 특별부가세 면제제도 일반에 있어서 면제신청은 대부분 그 시행령에서 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고시에 하도록 규정하고 있었던 점에 비춰 보면, 일반국민으로서는 종교법인의 부동산양도차익에 대하여도 통상의 예에 따라 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준시에 면제신청을 하도록 대통령령에서 규정하리라고 충분히 예측할 수 있었을 것으로 보인다.그렇다면 이 사건 법률조항은 과세요건법정주의 및 포괄위임입법금지의 원칙에 위배되지 않는다 할 것이다.나. 실질적 조세법률주의 위배 여부(1)오늘날의 법치주의는 국민의 권리ㆍ의무에 관한 사항은 법률로써 정해야 한다는 형식적 법치주의에 그치는 것이 아니라 그 법률의 목적과 내용 또한 기본권 보장의 헌법이념에 부합되어야 한다는 실질적 법치주의를 의미하며, 헌법 제38조, 제59조가 선언하는 조세법률주의도 이러한 실질적 법치주의를 뜻하는 것이므로 비록 과세요건이 법률로 명확히 정해진 것일지라도 그것만으로는 충분한 것이 아니고 조세법의 목적이나 내용이 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 헌법상의 제원칙에 합치되지 아니하면 아니된다(헌재 1992. 2. 25. 90헌가69등, 판례집 4, 114, 121; 1994. 6. 30. 93헌바9, 판례집 6-1, 631, 639; 1997. 7. 16. 96헌바36등, 판례집 9-2, 44, 53참조).그러므로 이 사건 법률조항에서 규정하고 있는 면제신청이라는 요건이 이와 같은 실질적 조세법률주의에 위배되는지가 문제가 된다.(2)조세우대조치는 납세자의 경제활동 방향을 일정방향으로 유도하여 일정한 정책목적을 달성하기 위한 것이고, 입법자는 조세법의 분야에서도 정책목적을 달성하기 위하여 어떤 수단을 선택할 것인가에 관하여 광범위한 입법형성의 재량을 가지므로, 재정정책적, 국민경제적, 사회정책적, 조세기술적 제반 요소들에 대한 비교형량을 통하여 적절한 조세우대조치를 선택할 수 있다(헌재 1996. 6. 26. 93헌바2, 판례집 8-1, 525, 536 참조).그리고 특별부가세는 부동산의 보유자가 보유기간 전체에 걸친 지가상승으로 얻은 양도차익을 과세대상으로 하므로 통상 과세소득의 규모가 크고, 토지소유자의 노력과 직접 관련없는 불로자본이득을 공공목적을 위해 흡수하려는 성격을 가지고 있기 때문에, 부동산 투기 등에 악용됨을 방지하고 원래 부과되어야 할 세액의 면제라는 예외적인 조치가 남용됨이 없도록 이를 사전ㆍ사후적으로 관리할 필요성이 크다 할 것이며, 종교법인의 부동산양도차익에 대한 조세우대조치가 사후 관리가 불가능한 비과세제도에서 사전적으로 특별부가세 면제의 요건이 확인되는 경우에만 면세되고 사후적으로 특별부가세를 추징할 수도 있는 조세면제제도로 변경된 것도 이와 같은 배경에서이다.이러한 정책적 목적에 따라 입법자가 부동산양도차익이 특별부가세 면제대상인 사실과 면제를 희망하는 의사를 사전에 확인하기위하여 종교법인 등으로 하여금 면제신청을 통하여 이를 밝히도록 한 것이므로, 면제신청을 특별부가세의 면제요건으로 규정하였다 하여 입법재량의 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없다.그러므로 이 사건 법률조항이 실질적 조세법률주의에 위배된다거나, 그로 인하여 종교의 자유를 침해하였다고 볼 수 없다.다. 조세평등주의 위배 여부(1)우리 헌법은 제11조 제1항에서 모든 국민은 법앞에 평등하고 누구든지 합리적 이유 없이는 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다는 평등의 원칙을 선언함으로써, 조세법률관계에 있어서도 합리적 이유 없는 차별적 과세 내지 차별대우를 금지하고 있으며, 이를 조세평등주의라고 한다(헌재 1992. 12. 24. 90헌바21, 판례집 4, 890, 903).여기서는 이 사건 법률조항이 면제신청을 하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하도록 한 것이 조세평등주의에 위배되는지에 관하여 살펴 본다.(2)종교법인에 대한 특별부가세 면제제도의 취지는 종교법인에 대하여 조세부담을 경감시켜줌으로써 종교법인의 선교활동을 촉진함과 아울러 국민의 종교의 자유를 적극적으로 보장하고, 나아가 국민의 정신생활의 성숙을 기하고자 하는 것이다. 그러나 법인이 소유토지를 양도하여 양도차익을 얻게 되었다면 이에 대한 법인세와 함께 특별부가세를 납부하여야 한다는 일반적인 원칙에 비추어 볼 때, 비록 위 면제제도가 선교활동의 촉진을 통한 국민의 정신생활의 성숙이라는 정책적 목적을 실현함에 있어서 필요하다고 하더라도, 그 제도 자체가 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠넘기는 것에 다름 아니어서 조세평등주의의 이념에 저해적 요소로 되고 따라서 일반납세자들의 납세의식을 저하시키게 되는 것은 의심의 여지가 없으므로, 특히 정책목표달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하는 것이며, 그것이 조세평등주의를 희생시킨 것과 동 가치의 공헌이 가능한 경우에만 활용되어야 할 것이다(헌재 1995. 10. 26. 94헌바7등, 판례집 7-2, 434, 441 참조).그러므로 앞서 본 면제신청제도의 정책적 목적에 비추어 볼 때, 면제신청외 다른 특별부가세 면제요건을 갖춘 종교법인이 면제신청을 하지 않아 특별부가세 면제를 받지 못하는 불이익을 입게 되었다 하더라도, 면제신청을 하여 특별부과세를 면제받은 종교법인에 비하여 합리적 이유없이 차별취급을 받는 것으로는 볼 수 없으므로 이 사건 법률조항은 조세평등주의에 위배되지 않는다 할 것이다.4. 결　론따라서 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니하므로 아래 5와 같은 재판관 이영모, 재판관 하경철의 반대의견이 있는 외에는 나머지 관여재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.5. 재판관 이영모, 재판관 하경철의 반대의견우리는, 다수의견이 이 사건 법률조항을 합헌으로 보는 것에 찬성하지 아니하므로 아래와 같이 그 이유를 밝혀 두고자 한다.가.청구인은 1974. 8. 6. 고유목적에 직접 사용하는 이 사건 토지를 매입하였다가 1990. 11. 5. 이를 처분한 대금으로 새 교회 건물과 대지를 마련하였는데, 이 토지의 처분으로 인한 양도차익을 비과세대상인 것으로 알고 있었다. 관할 세무서장은 1996. 3. 2. 청구인이 소정기한 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니하였다는 이유로 그 양도차익에 특별부가세와 방위세를 부과ㆍ고지하였다.(1)종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다, 이하 ‘종교법인’이라 한다)이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 구 법인세법(1974. 12. 21. 법률 제2686호로 개정되어 1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제17호에서 특별부가세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있었다. 그런데 1989. 12. 30. 법률 제4165호로 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다)은 제67조의14를 신설하여 "종교법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다"(제1항 제2호). "제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다"(제2항). "…… 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다"(제4항)고 규정함과 동시에, 구 법인세법 제59조의3 제1항 제17호를 삭제하였다(구법 부칙 제19조 제2항). 이어서, 구 조세감면규제법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12881호로 개정되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구시행령’이라 한다) 제55조의12(종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제)는 "법 제67조의14 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다"(제1항). "법 제67조의14 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 바에 의하여 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때’라 함은 다음 각호의 경우를 말한다. 1. 양도금액을 고유목적사업이외의 목적에 사용한 때 2. 양도금액을 3년이내에 사용하지 아니한 때……"(제2항). "법 제67조의14 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액’이라 함은 면제세액에 제3항 각호에 해당하는 금액이 토지 등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다"(제3항). "법 제67조의14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다"(제4항). "법 제67조의14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 토지 등의 양도가액을 고유목적사업에 사용한 경우에는 그 사용일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 고유목적사업 사용명세서를 제출하여야 한다"(제5항)고 규정하였다.(2) 위 (1)에서 본 구법과 구시행령은 이 사건 이후에 다음과 같이 개정되었다(전문개정으로 조항이 바뀌었으나 그 내용은 같다).(가) 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 시행령 제71조(종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세의 면제)는 " …… 특별부가세를 면제받고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액면제신청서 등을 제출하지 못한 경우에는과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년이내에 제출할 수 있다"(제4항)고 하여 구시행령 제4항에 단서를 추가하였다(이 단서는 부칙 제6조에서 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다).(나)1995. 12. 29. 법률 제5038호로 이 사건 법률조항을 "제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다"(제74조 제4항)고 개정하였다. 이 개정으로 이 조항에서 요구하는 필수적인 신청감면제도를 협조의무로 전환함으로써 감면신청서를 기한 내에 제출하지 아니한 경우에도 다른 감면요건을 충족하면 세액면제가 가능하게 되었고(국세청예규 1999. 3. 17. 법인 46012-962), 이로 인하여 이 사건 법률조항의 위헌성은 어느 정도 감소되었다.나.(1)종교법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등의 처분으로 인한 양도차익을 비과세대상에서 세액면제신청대상으로 개정한 것은, 과세형평을 높이기 위하여 양도소득에 대한 각종의 비과세 또는 조세감면의 범위를 축소하려는 데 그 목적이 있다(1989. 12. 30.자 관보). 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호) 제1조 제1항 제6호에 따라 민법 제32조의 규정에 의한 종교법인이 수익사업용 고정자산의 처분으로 인하여 얻는 수입에 법인세가 부과되므로(현행 법인세법 제3조 제2항 제5호도 같은 취지임), 과세청은 종교법인에 대하여 고유목적사업에 직접 사용하는 토지 등의 처분에 따른 세액면제신청서를 제출하게 한 다음 양도금액을 목적사업 이외에 사용하거나 일정기한 이내에 사용하지 아니하면 특별부가세를 부과하거나 추징을 할 수 있게 한 것이다.이와 같이 적극적으로 조세의 회피ㆍ면탈을 억제하는 규정을 두거나, 소극적으로 교육ㆍ종교활동, 사상의 전달에 면세를 하는 것 등은 국가의 조세정책 내지 조세정의의 실현수단의 일환으로 입법재량행위에 속하므로, 그 개정규정에 흠이 없는 한 비과세대상을 세액면제신청대상으로 변경하는 그 자체를 탓할 수는 없다.(2)세법은 납세자와 과세청(국가, 지방자치단체) 간의 관계를 규율하는 법률로서 헌법상의 조세법률주의와 조세정의를 실현하기 위한 수단이다. 세법의 해석은 헌법의 이념에 따라야 하고 사회통념인 조세정의에 부합하여야 한다. 국세기본법 제18조 제1항이 "세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다"고 규정한 것도 같은 취지를 명문화한 것이다.그런데 세법의 내용이 명확ㆍ일의적이 아니어서 납세자와 과세청 간에 해석상 의의(疑義)가 생기게 되는 것은 법률의 속성인 일반성과 보편성으로 인한 필연적인 결과다. 양자 간의 이 견해의 대립은 믿을 수 있고 공정하며 독립된 재정(裁定)기관이 맡아서 조정ㆍ해결하여야 그 결정을 신뢰하게 된다.헌법의 인권조항은 재판에 의한 입법과 집행행위의 합법성ㆍ정당성에 대한 심사를 통하여 보장된다. 납세자와 과세청 간의 과세처분에 대한 쟁송도 재판에 의한 사후통제에서 예외가 될 수 없다. 만일, 세법이나 대통령령 또는 법원의 해석으로 과세처분을 다투는 길을 봉쇄하거나 제한한다면 이것은 헌법의 명령에 반할 뿐만 아니라 조세정의의 실현에 역행하는 것이다.(3) 종교법인이 직접 고유목적에 사용하는 토지 등의 처분으로발생하는 소득에 대한 특별부가세는 15년 동안 비과세대상으로 규정되어 있던 것을 갑자기 이 사건 법률조항에서 세액면제신청을 하는 경우에 한하여, 다시 말하면 신청을 조건으로 하여, 면제하는 것으로 개정하였다. 비과세대상으로 알고 있던 선량한 납세자들이 안심하고 신뢰하던 세법규정을 예고도 없이 개정하여, 신청을 하지 아니하면 세액면제를 받지 못할 뿐만 아니라 이후 재판에서도 실질관계를 주장ㆍ입증하여 이를 바로 잡지 못하게 되었다.그러나 종교법인은 이익을 추구하는 조직이 아니므로 세법 개정에는 관심이 없는 단체다. 종교의 보급을 목적으로 설립된 단체라고 하여 지상의 인간만사를 꿰뚫고 있는 것도 아니다. 이러한 종교법인의 본질과 위 나. (1)의 세법에 대한 개정이유, 가. (2)의 이 사건 이후에 조세감면규제법과 시행령의 개정경과 등을 종합하여 생각해 보면, 입법자가 적어도 특별부가세의 면제대상에 해당하는 경우까지도 소정기한 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니하면 재판에서 과세처분에 대한 실질관계의 주장ㆍ입증을 불허한 채 특별부가세를 부과ㆍ징수하려는 의도로 이 사건 법률조항을 마련한 것으로는 해석되지 아니한다. 또 특별부가세의 세액면제신청서를 제출하지 아니한 부작위가 곧 실질관계에 대한 주장ㆍ입증의 제한으로 의제되는 것도 아니다.따라서 종교법인인 청구인이 고유목적에 직접 사용하는 이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 소득으로 새 교회를 마련한 이 사건의 경우에는 특별부가세의 면제대상에 해당하므로, 과세청은 세무지도 등을 통하여 세액면제신청서를 제출하게 하거나 재판절차에서 과세처분의 실질관계를 따져 면제대상 여부를 판단할 수 있도록 하여야 한다.다.이 사건 법률조항이나 구시행령 또는 법원의 해석이 과세처분의 실질관계를 따지지 못하게 한 것은 조세정의의 실현에 눈을 감은 실수이므로 이를 바로 잡는 일은 헌법재판소의 책무다.과세권은 파괴권을 수반한다는 마샬(Marshall) 미국 연방 최고재판소장(Chief Justice)의 지적대로, 개정된 구법과 구시행령으로 인하여 세액면제를 받지 못하고 법원의 판결에서도 구제를 거부당한 청구인은 특별부가세를 납부하지 못하여, 이 사건 교회는 현재 공매가 진행 중인 파괴적인 결과를 맞고 있다.결론적으로, 이 사건 법률조항은 헌법이 보장하는 청구인의 재판청구권을 제한하여 재산권을 침해한 위법이 있으므로 위헌이라는 것이 우리의 의견이다. 우리는, 이 사건 법률조항은 무효이므로 교인들은 세금 걱정없이 이 사건 교회에서 계속 예배 등 종교적 행위를 할 수 있다고 생각한다. 왜냐하면 그것이 바로 우리 헌법의 이념이요 명령이기 때문이다.재판장,김용준,김문희,이재화,정경식,고중석,주심,신창언,이영모,한대현,하경철

참조조문:
헌법 제11조 제1항, 제38조, 제59조, 제75조구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되고 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것) 제67조의14 제1항구 조세감면규제법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12881호로 개정되고 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정되기 전의 것) 제55조의12 제4항구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되고 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것) 제67조의14 제4항

참조판례:
94헌바793헌바290헌가6993헌바993헌바296헌바3694헌바7

심판대상조문:
구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되고 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것) 제67조의14(사회복지법인 및 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제) ①～③ 생략④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.