# 구 소득세법 제89조 제3호 등 위헌소원
(사건번호=2004헌바80, 종국일자=2006.02.23)
출처: 국가법령정보센터 헌재결정례

헌재결정례일련번호: 134789
종국일자: 20060223
사건번호: 2004헌바80
사건명: 구 소득세법 제89조 제3호 등 위헌소원
사건종류명: 헌바
사건종류코드: 430106
재판부구분: 전원재판부

판시사항:
1.임대사업자가 임대주택법의 강제규정에 의해 임대할 주택을 매입한 경우, 구 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택 규정을 적용함에 있어서 위 임대주택을 제외한 나머지 주택이 그 임대사업자 1세대에 1주택뿐이라면 그 1주택의 양도에 대한 양도소득세는 비과세 된다고 해석하지 아니하는 것이 임대사업자를 다른 국민과 차별하는 것이 되어 평등원칙에 위배되는지 여부(소극)2.과세를 면제해 주는 조항인 구 소득세법 제89조 제3호가 청구인의 자유권적 기본권을 제한하는지 여부(소극)

결정요지:
1.임대사업을 하기 위하여 여러 채의 주택을 매입한 자와 그와 같은 목적 없이 매입한 자가 담세능력에 있어 본질적으로 다르다고 보기 어렵다. 담세력의 원천이라는 측면에서는 위와 같은 사업목적 유무가 분류의 기준으로 되기는 어렵기 때문이다. 다만, 정책적 목적으로 비과세의 특례를 설정할 수는 있을 것이나, 이는 입법자의 광범위한 입법형성권에 속하는 것이다.또, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세는 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하기 위하여 인정되고 있는데, 임대사업자가 임대를 위하여 소유하고 있는 주택에 대해 구 소득세법 제89조 제3호에 관한 특례를 인정해 준다면, 이를 이용한 부동산 투기의 우려가 적지 아니한 것이므로, 정책적 측면에서 보더라고, 구 소득세법 제89조 제3호가 평등원칙에 위배된다고 보기 어렵다.2.납세의무를 부과하는 구 소득세법 제94조 제1항 제1호가 납세자인 국민의 재산권 등 자유권적 기본권을 침해하는가는 별론으로 하고, 납세의무의 성립을 전제로 하여, 정책적 목적으로 비과세항목을 정하는 구 소득세법 제89조 제3호는 납세자의 자유권적 기본권을 침해한다고 볼 수는 없다. 다만, 평등권을 들어 비과세항목으로부터의 배제를 다툴 수 있을 뿐이다.

전문:
【당 사 자】청 구 인　정○택대리인 변호사　최세학 외 3인당해사건　서울고등법원 2003누16862 양도소득세부과처분취소【주 문】1.임대주택법 제2조 제3호, 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조에 대한 심판청구를 모두 각하한다.2.구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호는 헌법에 위반되지 아니한다.【이 유】1. 사건의 개요 및 심판의 대상가. 사건의 개요청구인은 안양시 동안구 ○○동 570 ○○아파트 112동 1001호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다) 127.57㎡를 1993. 3. 29. 취득하여 2001. 7. 21. 양도하고, 2002. 5. 28. 과세표준확정신고 후 양도소득세를 자진납부하였다가, 2002. 6. 12. 이 사건 주택의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 주장하면서 동작세무서장에게 2001년도 양도소득세 20,732,900원을 환급해달라는 경정청구를 하였는데, 동작세무서장은, 청구인이 1999. 8. 20.부터 2001. 12. 31.의 기간 동안 신축된 주택이 아닌 1991년에 신축된 서울 관악구 ○○동 409의 210 ○○ 빌리지 202호, 같은 동 409의 361 ○○빌라 202호(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)의 2호로 임대사업을 영위하였으므로 이 사건 임대주택이 구 조세제한특례법 제97조 또는 제97조의2의 규정에 의한 임대주택에 해당되지 아니하는 것으로 보고, 2002. 7. 6. 청구인에게 이 사건 주택의 양도가 1세대 3주택의 양도에 해당한다는 이유로 위 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다.이에 청구인은 동작세무서장의 위 거부처분의 취소를 구하는 소송을 서울행정법원에 제기하여(2003구단97) 2003. 9. 5. 기각되자, 서울고등법원에 항소하였고(2003누16862), 그 소송 계속 중 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 임대주택법 제2조, 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조가 청구인의 평등권 등을 침해하여 위헌이라고 주장하며 위헌제청신청을 하였으나 기각되자(2004아96), 2004. 10. 21. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.나. 심판의 대상청구인은 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 임대주택법 제2조, 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조를 심판의 대상으로 삼아 헌법소원을 제기하였으나, 임대주택법 제2조 중 당해 사건과 관련을 맺을 수 있는 것은 임대주택에 대해 소유권취득을 요구하는 제3호 부분에 한하는 것이고, 나머지 부분은 전혀 무관하다. 그렇다면, 임대주택법에 관해서는 제2조 제3호 부분만 심판의 대상으로 삼기로 한다. 이 사건 심판대상과 관련규정의 내용은 다음과 같다.구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세양도소득) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.3.대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득임대주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.3."매입임대주택"이라 함은 임대사업자가 매매등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세등의 감면) ① 대통령령이 정하는 내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.1.1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간중 신축된 주택2.1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 내국인의 소유주택으로 보지 아니한다.③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.〔참조조문〕구 조세특례제한법 시행령(2001. 8. 14. 대통령령 17336호로 개정되기 전의 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면) ① 법 제97조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 내국인"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다.1. 임대주택을 5호 이상 임대하는 개인2.임대주택을 5호 이상 임대하는 내국법인(이하 이 조에서 "임대주택사업자"라 한다)구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조의2(신축임대주택에 대한 양도소득세등의 감면 특례) ① 대통령령이 정하는 내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.1.다음 각 목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택가.1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간중에 신축된 주택나.1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택2.다음 각 목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)나. 제1호 나목에 해당하는 주택② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다.구 조세특례제한법 시행령(2001. 8. 14. 대통령령 17336호로 개정되기 전의 것) 제97조의2(신축임대주택에 대한 양도소득세등의 감면특례) ① 법 제97조의2제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 내국인"이라 함은 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 개인 또는 내국법인을 말한다.2. 청구인의 주장과 법원의 위헌제청신청 기각이유가. 청구인의 주장청구인은 구 소득세법 제89조 제3호에 대해 다음과 같이 주장한다. 구 조세특례제한법 제97조의 규정에 의한 ‘임대주택’에 해당하는지 여부에 따라서 구 소득세법 제89조 제3호 소정의 1세대 1주택의 양도에 해당하는지 여부가 결정된다고 해석할 수 없다. 임대주택법에 의한 임대사업자의 경우에 구 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택 규정을 적용함에 있어서는 임대주택법에 의해 필연적으로 소유하게 되는 임대주택을 제외한 나머지 주택이 그 임대사업자 1세대에 1주택 뿐이라면 그 1주택의 양도에 대한 양도소득세는 비과세된다고 해석하여야 한다. 만약 그렇게 해석하지 않고 구 소득세법 제89조 제3호를 해석 적용함에 있어 임대주택법에 의해 보유하고 있는 임대주택도 당해 거주자가 보유하고 있는 주택에 포함된다고 해석한다면, 합리적인 이유 없이 임대사업자를 다른 국민과 차별하는 것이 되어 헌법상의 평등의 원칙에 반하고, 임대사업자의 행복추구권, 평등권, 거주이전의 자유 및 직업의 자유를 침해하여 헌법에 위배된다. 한편, 구 소득세법 제89조 제3호가 청구인 주장과 같이 해석되지 아니한다면, 이는 법률규정이 명확히 규정되어 있지 못하기 때문이므로 명확성의 원칙에 위배된다.그리고, 구 조세특례제한법 제97조는 국민의 주거생활안정과 거주이전의 자유를 보장하기 위하여 임대주택의 공급을 늘리고자 하는 취지에서 동법 소정의 임대주택의 경우에는 ‘세액을 감면’하여 주고 또 임대주택법에 의한 임대사업의 경우가 아니라도 1세대 1주택의 ‘비과세’혜택을 일정한 경우에 확대하여 주는 규정이지, 위 규정 소정의 임대주택이 아닌 경우에는 1세대 1주택의 비과세혜택을 박탈하고자 하는 취지의 규정이 아니다. 즉, 구 조세특례제한법 제97조는 ‘임대주택법에 의한 임대주택’의 경우에는 1세대 1주택에 대한 비과세혜택이 적용된다는 점을 당연한 전제로 하고서, 여기에 더 나아가 일정한 경우에는 ‘임대주택법에 의한 임대주택’이 아닌 경우에도 1세대 1주택에 대한 비과세혜택을 ‘확대’하여 부여하는 규정이라고 해석하여야 한다.청구인은 임대주택법 제2조 제3호에 대해서는 따로 위헌주장을 하지 아니하였다.나. 법원의 위헌제청신청 기각이유임대주택법상 임대사업자로의 등록이 강제되지 아니하고, 의무임대기간이 3년으로 비교적 단기인 점에 비추어 보면, 입대사업자가 거주하는 주택의 양도에 있어서 모든 임대용주택을 소유주택에서 제외할 경우에는 임대주택이 부동산투기에 이용될 가능성 또한 적지 않다고 할 것이므로, 임대사업자의 임대주택에도 양도소득세를 과세할 필요가 있다고 할 수 있다. 따라서 임대사업자가 법률이 정한 특정한 경우 외에는 구 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택 비과세혜택을 받지 못하게 된다 하여도 위 규정이 행복추구권을 규정하고 있는 헌법 제10조, 거주이전의 자유를 규정하고 있는 헌법 제14조, 직업선택의 자유를 규정하고 있는 헌법 제15조에 위반된다고 볼 수 없다.임대주택법 제2조가 임대사업자의 경우에는 임대주택을 반드시 ‘소유’하도록 규정하고 있는 것은 임대권한 분쟁으로 인하여 무주택서민의 주거생활에 발생할 위험을 사전에 제거하고자 하는 취지이고, 구 조세특례제한법 제97조가 일정기간에 신축한 주택 등을 5년 이상 장기임대한 거주자 등의 경우에는 구 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용함에 있어서 위 임대주택을 당해 내국인의 소유주택으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 것은 특정기간에 임대주택의 건설을 촉진하여 무주택서민의 주거생활의 안정을 도모하기 위한 것으로서 합리적인 이유가 있다.3. 적법요건에 대한 판단가. 재판의 전제성헌법재판소법 제68조 제2항의 규정에 의한 헌법소원에 있어서는 법률이 헌법에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 되어야 하고, 이 경우 재판의 전제가 된다고 하려면, 우선 그 법률이 당해 소송사건에 적용될 법률이어야 하고 그 위헌 여부에 따라 재판의 주문이 달라지거나 재판의 내용과 효력에 관한 법률적 의미가 달라지는 경우를 말한다(헌재 1992. 12. 24. 92헌가8, 판례집 4, 853, 864; 헌재 1995. 7. 21. 93헌바46, 판례집 7-2, 48, 58 등 참조).살피건대, 임대주택법 제2조 제3호에 따르면, 임대사업자로 등록한 자는 당해 주택의 소유권을 취득하여야만 그 주택을 임대할 수 있다 할 것이나, 가사 위 조항이 위헌이라 판단된다 하더라도 청구인이 이 사건 임대주택을 소유하고 있다는 사실 자체는 달라지지 아니한다. 그렇다면, 청구인이 소유한 주택의 수가 쟁점이 된 이 사건 양도소득세 부과의 적법성은 임대주택법 제2조 제3호의 위헌 여부와 무관하므로, 임대주택법 제2조 제3호는 당해 사건에 대한 재판의 전제성을 갖추지 못하였다.나. 법률의 해석에 관한 소원헌법재판소법 제68조 제2항은 "법률의 위헌여부심판의 제청신청이 기각된 때에는"이라고 규정함으로써 심판의 대상을 ‘법률’에 한정하고 있으므로, 동 조항에 의거하여 청구하는 헌법소원은 법률 또는 법률조항 자체의 위헌성을 다투는 것이어야 한다. 청구인의 주장이 ‘당해 사건 재판의 기초가 된 사실관계의 인정과 평가 및 법률의 해석ㆍ적용에 관한 문제를 들어 법원의 재판결과를 비난하는 것에 다름 아닌 것’으로 인정되는 심판청구는 부적법하다(헌재 2000. 8. 31. 99헌바98, 판례집 12-2, 225, 231).살피건대, 청구인은 구 조세특례제한법 제97조를 위에서 본 청구인의 주장과 같이 해석하여야 한다고 주장할 뿐, 위 조항 자체에 대하여는 어떠한 위헌 주장도 하지 아니하고 있다. 선해하더라도, 구 소득세법 제89조 제3호에 대한 해석방법의 위헌성을 논증하기 위한 전제로써 구 조세특례제한법 제97조의 의미를 주장하는 것일 뿐이다. 청구인의 주장은, 소득세법 제89조 제3호를 해석할 때 당연히 임대주택법에 의해 의무적으로 매입한 주택은 1세대 1주택에 대한 과세특례에 관하여 그의 소유주택으로 보지 아니하여야 함에도 불구하고, 법원은 구 조세특례제한법 제97조 또는 제97조의2에 해당하는가 여부에 따라 그의 소유주택으로 볼 것인가를 판단하는바, 이는 구 조세특례제한법 제97조의 의미를 법원이 잘못 이해하고 있기 때문이라는 것이다. 위에서 본 바대로, 구 조세특례제한법 제97조는 ‘임대주택법에 의한 임대주택’의 경우, 1세대 1주택에 대한 비과세혜택이 적용된다는 점을 당연한 전제로 하고, 여기에 더 나아가 일정한 경우에는 ‘임대주택법에 의한 임대주택’이 아닌 경우에도 1세대 1주택에 대한 비과세혜택을 ‘확대’하여 부여하는 규정이라는 것이다. 청구인이 이해하는 바에 의하면, 구 조세특례제한법 제97조에는 아무런 위헌성이 없다.청구인이 법 자체를 다투는 것이 되려면 이 사건 임대주택이 구 조세특례제한법 제97조에서 정한 요건에 해당하지 아니하여, 구 소득세법 제89조 제3호의 적용에 있어서 이 사건 임대주택이 그의 소유주택에 산입됨을 전제로 하여, 이 사건 임대주택이 제외된 입법의 위헌성을 다투어야 한다. 그런데, 청구인은 그러하지 아니하고, 법의 의미에 대한 법원의 몰이해를 탓하고 있을 뿐이어서, 이는 ‘당해 사건 재판의 기초가 된 사실관계의 인정과 평가 및 법률의 해석ㆍ적용에 관한 문제를 들어 법원의 재판결과를 비난하는 것에 다름 아닌 것’이다. 그렇다면, 이 부분에 관한 청구인의 심판청구는 부적법하다.4. 본안에 대한 판단가. 명확성원칙 위배 여부(1) 일반론명확성의 원칙은 모든 법률에 있어서 동일한 정도로 요구되는 것은 아니고 개개의 법률이나 법조항의 성격에 따라 요구되는 정도에 차이가 있을 수 있으며 각각의 구성요건의 특수성과 그러한 법률이 제정되게 된 배경이나 상황에 따라 달라질 수 있다고 할 것이다. 일반론으로는 어떠한 규정이 수익적 성격을 가지는 경우에는 부담적 성격을 가지는 경우에 비하여 명확성의 요구가 완화되어 요구된다고 할 것이다(헌재 1992. 2. 25. 89헌가104, 판례집 4, 64, 78-79; 헌재 2002. 1. 31. 2000헌가8, 판례집 14-1, 1, 8).(2) 청구인의 주장청구인은 이 사건 심판대상 조항 중의 특정 문구를 지적하면서 그 불명확성을 다투지는 아니하고 있어서 그 주장이 분명하지는 아니하다. 단지 청구인의 주장을 선해하자면, 임대주택법 제2조 제3호에서 등록한 임대사업자는 주택에 대한 소유권을 취득하여서만 임대주택업을 영위할 수 있도록 하였으므로, 당연히 임대사업자의 임대주택업에 공한 주택은 구 소득세법 제89조 제3호를 적용할 때 그의 소유주택으로 보지 아니하여야 할 것임에도 불구하고, 구 소득세법 제89조 제3호가 구 조세특례제한법 제97조 등과의 관계를 명확하게 규율하지 아니함으로써, 법원이 그 해석을 잘못하게 되었다는 취지의 주장으로 볼 수 있다.(3) 검 토(가) 1세대 1주택의 비과세 체계1) 구 소득세법 제88조 제1항은 양도를 "자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것"이라 정의하고 있고, 같은 법 제94조 제1항 제1호는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세 과세대상으로 열거하고 있다. 그렇다면 건물의 양도로 인한 소득은 당연히 양도소득세의 과세대상이 된다.2) 그런데, 구 소득세법 제89조 제3호는 1세대가 1주택을 소유하였다가 이를 양도하는 경우 그 양도로 인한 소득에 대하여서는 양도소득세를 과세하지 않겠다는 특례를 규정하고 있다.3) 나아가, 구 조세특례제한법은 구 소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택에 대한 비과세 특례를 확대해 주고 있다. 즉, 구 소득세법 제89조 제3호에 따라 판단한다면 1세대 다주택이 되는 경우라 할지라도 구 조세특례제한법 제97조 이하에서 정한 요건을 갖춘 경우, 이를 납세의무자의 소유주택으로 보지 아니한다.(나) 법률조항 해석의 불명료 여부법의 체계적 해석상, 원칙 규정을 적용하되 그 적용을 배제하거나 확장하는 규정이 있는가를 살펴서 당해 사건에 적용될 법률조항을 찾아가야 할 것이다. 당해 사건에서 이 사건 주택의 양도가 양도소득세의 과세대상이 될 것인가에 관하여, 먼저 이 사건 주택의 양도가 구 소득세법 제94조에서 열거하고 있는 과세대상인가를 살펴보고, 다음으로 같은 법 제89조 제3호의 1세대 1주택에 해당되는가, 그렇지 아니하다면 구 조세특례제한법 제97조 이하에서 정한 특례의 적용을 받을 수 있을 것인가 하는 점을 살펴보아 그 결론을 얻어야 할 것이다. 당해 사건의 법원은 위와 같은 순으로 검토하여, 이 사건 주택의 양도에 대하여 양도소득세를 과세함이 상당하다고 판단하였고, 그와 같은 법원의 판단은 옳은 것이다.청구인은, 임대주택법이 주택에 대한 소유권을 취득하여 주택임대업을 영위하라고 하였으면, 임대주택업을 영위하기 위하여 매입한 주택은 당연히 구 소득세법 제89조 제3호의 적용에 있어서 그의 소유 주택으로 보지 아니하여야 한다고 주장하나, 거기에는 어떠한 논리적 필연도 인정될 수 없다. 법 집행당국에 의한 자의적인 집행을 막아야 한다는 것이 법률에 대하여 명확성을 요구하는 하나의 이유라면(헌재 2002. 1. 31. 2000헌가8, 판례집 14-1, 1, 8 참조), 비과세에 대한 특별한 규정 없이, 법 집행당국의 해석에 의하여 비과세 조항을 설정할 수는 없다 할 것이다.한편 청구인이 주장하는 해석론이 부당함은 말할 것도 없다. 임대주택법이 구 임대주택건설촉진법으로부터 1993. 12. 27. 법률 제4629호로 전문개정되면서 처음으로 건설임대주택과 매입임대주택 개념이 도입되었고, 그 당시에도 임대사업자로 등록한 자의 매입임대주택에 대해서는 소유권을 취득하도록 규정하고 있었다. 임대주택법의 전문개정에 따라 소유권을 취득한 임대주택이라 할지라도 구 소득세법 제89조 제3호의 적용에 있어서 임대사업자의 소유 주택에서 제외되지 아니하였음은 자명하다. 이 사건의 당해 법원도 이를 당연한 전제로 하여 판단하고 있다.그리고, 임대주택법에 의한 임대주택에 관하여 특례를 정하고 있는, 구 조세특례제한법 제97조의2는 1999. 12. 28. 위 법이 개정되면서 처음으로 인정되었다. 구 조세특례제한법 제97조의2의 신설은, 구 소득세법 제89조 제3호의 적용에 있어서, 임대주택법에 의한 임대사업자의 매입임대주택도 임대사업자의 소유 주택으로 보는 것을 전제로 하여, 일정한 경우 그의 소유주택으로 보지 아니하도록 하는 특례를 설정한 것이다. 이는『중산층 및 서민층 주택의 전세값 안정을 도모함과 아울러 침체된 주택경기의 활성화를 지원하기 위하여』구 조세특례제한법 제97조의2를 신설한다는 입법 이유를 살펴보아도 알 수 있다.청구인의 주장대로, 구 조세특례제한법 제97조의2가 없더라도, 구 조세특례제한법 제97조에 따라, 모든 임대주택법에 의한 임대사업자의 매입임대주택은 구 소득세법 제89조 제3호 적용에 있어서 그의 소유 주택으로 보지 아니한다면, 구 조세특례제한법 제97조의2가 신설됨으로써 임대주택법에 의한 임대주택 중 일부에 대해서만 특례를 인정하는 것이 되어, 특례적용의 범위가 줄어들게 되는데 이는 입법자의 의도에 전적으로 배치되는 것이다.그렇다면 구 소득세법 제89조 제3호를 해석하는데 체계상 불명료한 점이 전혀 없다 할 것이므로, 청구인의 이 부분 주장은 이유 없다.나. 평등원칙 위배 여부(1) 청구인은, 임대주택법에 의한 임대사업자의 경우에 구 소득세법 제89조제3호의 1세대 1주택 규정을 적용함에 있어서는 임대주택법에 의해 필연적으로 소유하게 되는 임대주택을 제외한 나머지 주택이 그 임대사업자 1세대에 1주택뿐이라면 그 1주택의 양도에 대한 양도소득세는 비과세 된다고 해석하고, 만약 그렇게 해석하지 아니하면 합리적인 이유 없이 임대사업자를 다른 국민과 차별하는 것이 되어 평등원칙에 위배된다고 주장한다.(2) 살피건대, 청구인과 같이 임대사업을 하기 위하여 여러 채의 주택을 매입한 자와 그와 같은 목적 없이 매입한 자가 담세능력에 있어 본질적으로 다르다고 보기 어렵다. 담세력의 원천이라는 측면에서는 위와 같은 사업목적 유무가 분류의 기준으로 되기는 어렵기 때문이다. 다만, 정책적 목적으로 비과세의 특례를 설정할 수는 있을 것이나, 이는 입법자의 광범위한 입법형성권에 속하는 것이다. 위에서 본 바와 같이, 구 조세특례제한법 제97조의2는 임대주택법에 의한 임대주택 중 일부에 대하여 특례를 인정하고 있는데, 위 조항을 들어 평등권 침해 주장을 하는 것은 별론으로 한다.한편, 우리 헌법이 예정하고 있는 인간상은 자기결정권을 지닌 창의적이고 성숙한 개체로서의 국민이다. 그는 자신이 스스로 선택한 인생관ㆍ사회관을 바탕으로 사회공동체 안에서 각자의 생활을 자신의 책임 하에 스스로 결정하고 형성하는 민주시민이다(헌재 1998. 5. 28. 96헌가5, 판례집 10-1, 541, 555). 임대주택사업을 할 것인지, 임대주택업을 하더라도 임대주택법상의 임대사업자로 등록할 것인지(임대주택법 제6조 참조), 임대주택에 대한 소유권을 취득할 것인지 여부의 선택은 모두 청구인에게 개방되어 있다. 그렇다면, 청구인은 각 선택대안의 장단점을 따져 보고 여러 가지 상황을 검토하여 자신에게 가장 유리한 대안을 선택해야 할 것이고 그 선택에 대하여는 책임을 지는 것이 우리 헌법이 예정하고 있는 민주시민의 모습이다. 그와 같은 맥락에서 우리 재판소는 이미, 선택가능한 대안들 사이에 어떤 차이가 있다고 하여 이를 차별이라 할 수 없다는 점을 밝힌 바 있다(헌재 2004. 9. 23. 2003헌바24, 판례집 16-2, 525 참조).또, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세는 국민의 주거생활의 안정과 거주ㆍ이전의 자유를 보장하기 위하여 인정되고 있는데(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 참조), 임대사업자가 임대를 위하여 소유하고 있는 주택에 대해 구 소득세법 제89조 제3호에 관한 특례를 인정해 준다면, 이를 이용한 부동산 투기의 우려가 적지 아니한 것이므로, 정책적 측면에서 보더라고, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.그러므로, 청구인과 같이 임대사업을 하기 위하여 여러 채의 주택을 매입한 자와 그와 같은 목적 없이 매입한 자가 본질적으로 다름을 전제로, 양자를 자의적으로 같게 취급하였다는 청구인의 주장은 이유 없다.다.행복추구권, 거주이전의 자유, 직업의 자유 침해 여부청구인은, 구 소득세법 제89조 제3호를 적용할 때 임대주택법에 의한 임대사업자의 임대주택 전부를 그의 소유주택으로 보는 것은 청구인의 행복추구권 등을 침해한다고 주장한다.살피건대, 구 소득세법 제89조 제3호는 청구인의 기본권을 제한하지 아니한다. 청구인에게 납세의무를 부과하는 것은 양도소득세의 과세대상을 정하고 있는 구 소득세법 제94조 제1항 제1호다. 청구인의 경우가 논리필연적으로 양도소득세의 과세대상에 속하지 아니함에도 불구하고, 위 조항이 제외하지 아니하고 있다면 그 과세의 근거되는 조항이 청구인의 실체적 기본권을 제한한다. 그러나, 구 소득세법 제89조 제3호는 양도소득세 납세의무의 성립을 전제로 하여, 정책적 목적으로 비과세 조항을 설정하는 조항이다. 즉, ‘국민에게 이익을 부여’하는 조항이다. 그렇다면, 위와 같은 수익적 조항이 청구인의 행복추구권, 거주이전의 자유, 직업의 자유를 ‘침해’하였다는 주장은 적법하지 아니하다.5. 결　론그렇다면, 임대주택법 제2조 제3호, 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조에 대한 심판청구는 부적법하므로 모두 각하하고, 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호는 헌법에 위반되지 아니하므로 기각하기로 하여 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.재판장,윤영철,권성,김효종,김경일,송인준,주선회,주심,전효숙,이공현,조대현

참조조문:
헌법재판소법 제68조 제2항임대주택법 제6조구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조의2구 조세특례제한법 시행령(2001. 8. 14. 대통령령 17336호로 개정되기 전의 것) 제97조, 제97조의2임대주택법 제2조 제3호구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호

참조판례:
98헌바3898헌바9996헌가52003헌바24

심판대상조문:
임대주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.1.～2. 생략3."매입임대주택"이라 함은 임대사업자가 매매등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.4.～5. 생략구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세등의 감면) ① 대통령령이 정하는 내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택2.1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 내국인의 소유주택으로 보지 아니한다.③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세양도소득) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.1.～2. 생략3.대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득4. 생략