# 자율관리보세구역 운영에 관한 고시
(행정규칙구분=고시, 공포일자=20250311, 시행일자=20250311, 소관부처=관세청)
행정규칙번호: 2025-14
출처: 국가법령정보센터

행정규칙명: 자율관리보세구역 운영에 관한 고시
행정규칙종류: 고시
발령일자: 20250311
발령번호: 2025-14
시행일자: 20250311
소관부처: 관세청
담당부서기관: 관세청(관세국경감시과)
현행여부: Y

조문내용:
['제1조(목적) 이 고시는 「관세법」 제164조와 같은 법 시행령 제184조에  따라 관세청장에게 위임된 사항과 자율관리보세구역의 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.', '제2조(정의) 이 고시에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "운영인등"이란 「관세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제16호에 해당하는 자와 법 제172조제2항에 따라 지정된 지정장치장의 화물관리인을 말한다.2. "보세사 채용"이란 운영인이 직접 보세사를 채용하는 것과 운영인이 화물관리업무를 분사시킨 후 해당 분사회사에서 보세사를 채용하는 것을 말한다. 이 경우 분사회사는 법 제175조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하여야 한다.3. "세관장"이란 해당 보세구역을 관할하는 세관장을 말한다.', '제3조(지정요건) 자율관리보세구역은 다음 각 호의 사항을 충족하여야 한다.1. 일반 자율관리보세구역가. 보세화물관리를 위한 보세사 채용나. 화물의 반출입, 재고관리 등 실시간 물품관리가 가능한 전산시스템(WMS, ERP 등) 구비다. 「수출입물류업체에 대한 법규수행능력측정 및 평가관리에 관한 훈령」 제13조제2항제1호에 해당하는 법규수행능력 우수업체2. 우수 자율관리보세구역가. 1호 가목 및 나목 충족나. 「수출입 안전관리 우수업체 공인 및 운영에 관한 고시」 제5조제1항 각 호에 해당하는 수출입 안전관리 우수업체다. 보세공장의 경우 「보세공장 운영에 관한 고시」 제36조제1항제4호를 충족할 것', '제4조(지정신청 및 갱신) ① 「관세법 시행령」(이하 "영" 이라 한다) 제184조제1항에 따라 자율관리보세구역으로 지정을 받으려는 자는 별지 제1호서식(우수 자율관리보세구역 중 보세공장의 경우에는 「보세공장 운영에 관한 고시」 별지 제1호의2서식)의 자율관리보세구역 지정(갱신) 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다.② 제1항에 따라 신청을 받은 세관장은 제3조에 따른 지정요건을 검토하여 보세화물관리 및 세관 감시감독에 지장이 없다고 판단되는 경우 해당 보세구역의 특허기간을 지정기간으로 하여 법 제164조제4항에 따라 자율관리보세구역을 지정하고, 별지 제2호서식(우수 자율관리보세구역 중 보세공장은 「보세공장 운영에 관한 고시」 별지 제1호의3서식)의 자율관리보세구역 지정서를 발급하여야 한다.③ 자율관리보세구역 지정을 갱신하려는 자는 지정기간이 만료되기 1개월 전까지 세관장에게 별지 제1호서식의 자율관리보세구역 지정(갱신) 신청서를 제출하여야 한다. 다만, 특허보세구역의 특허 갱신과 자율관리보세구역 지정 갱신을 통합하여 신청하는 경우에는 해당 특허(갱신) 신청서에 자율관리보세구역 갱신 신청 여부를 표시하는 방법으로 자율관리보세구역 갱신 신청을 할 수 있다.④ 제3항 단서에 해당하는 경우에는 자율관리보세구역 지정의 갱신 신청기한과 심사기간은 해당 특허보세구역의 특허 갱신 신청기한과 심사기간을 따른다.⑤ 세관장은 자율관리보세구역 운영인등에게 다음 각 호의 사항을 지정기간 만료 2개월 전에 문서, 전자메일, 전화, 휴대전화 문자전송 방법 등으로 미리 알려야 한다.1. 지정기간 만료 1개월 전까지 갱신 신청하여야 한다는 사실2. 갱신절차', '제5조(지정취소 사유 등) ① 영 제184조제2항제3호에서 "그 밖에 세관감시에 지장이 있다고 인정되는 경우로서 관세청장이 정하는 사유에 해당하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.1. 삭제2. 삭제3. 제9조제1항제3호에서 규정한 기간까지 보세사를 채용하지 않은 경우4. 제3조의 자율관리보세구역 지정요건을 충족하지 못한 경우5. 그 밖에 보세화물을 자율적으로 관리할 능력이 없거나 부적당하다고 세관장이 인정하는 경우② 세관장은 제1항에 따라 자율관리보세구역의 지정을 취소한 때에는 해당 보세구역의 운영인등에게 통보하여야 한다.', '제6조(의견청취) ① 세관장은 제5조에 따라 자율관리보세구역의 지정을 취소하려는 때에는 미리 해당 운영인등의 의견을 청취하는 등 기회를 주어야 한다.② 세관장이 제1항에 따라 의견청취를 할 때에는 의견청취 예정일 10일전까지 의견청취 예정일 등을 지정하여 해당 보세구역의 운영인등에게 서면으로 통지하여야 한다. 이 경우 통지서에는 정당한 사유 없이 의견청취에 응하지 아니할 때에는 의견진술의 기회를 포기하는 것으로 본다는 뜻을 명시하여야 한다.③ 제2항에 따른 통지를 받은 해당 운영인등 또는 그 대리인은 지정된 날에 출석하여 의견을 진술하거나 지정된 날까지 서면으로 의견을 제출할 수 있다.④ 제3항에 따라 해당 보세구역의 운영인등 또는 그 대리인이 출석하여 의견을 진술한 때에는 세관공무원은 그 요지를 서면으로 작성하여 출석자 본인으로 하여금 이를 확인하게 한 후 서명날인하게 하여야 한다.', '제7조(절차생략 등) ① 법 제164조제1항에서 "관세청장이 정하는 절차"라 함은 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.1. 제3조제1호의 경우 다음 각 목의 절차 또는 업무(단, 나목 제외)가. 다음 법률에 따른 의무사항을 이행하기 위한 표시작업의 경우 법 제158조에 따른 보수작업 신청(승인) 생략\u3000  1) 「식품 등의 표시ㆍ광고에 관한 법률」 제4조\u3000  2) 「의료기기법」제20조\u3000  3) 「약사법」 제56조\u3000  4) 「화장품법」 제10조\u3000  5) 「전기용품 및 생활용품 안전관리법」 제9조ㆍ제18조ㆍ제25조ㆍ제29조\u3000  6) 「전파법」 제47조의2ㆍ제58조의2나. 위 가목에도 불구하고 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보수작업 신청(승인)을 하여야 한다.\u3000  1) 물품에 원산지가 표시되어 있지 않은 경우로서 원산지가 기재된 스티커 등 표시물로 가목의 법률 조항에 따른 표시작업을 하는 경우\u3000  2) 가목의 법률 조항에 따라 물품에 부착한 스티커 등 표시물에 기재된 원산지를 수정ㆍ변경하는 경우다. 벌크화물의 저장창고(silo) 적입을 위한 포장 제거작업의 경우 법 제158조에 따른 보수작업 신청(승인) 생략라. 「보세화물관리에 관한 고시」 제16조에 따른 재고조사 및 보고의무를 분기별 1회에서 년 1회로 완화마. 「보세창고 특허 및 운영에 관한 고시」 제22조에 따른 보세구역 운영상황의 점검 생략바. 「보세화물관리에 관한 고시」 제17조에 따른 장치물품의 수입신고 전 확인신청(승인) 생략2. 제3조제2호의 경우 다음 각 목의 절차 또는 업무가. 제1호 각 목의 사항나. 「보세공장 운영에 관한 고시」 제37조에 따른 특례 적용다. 「보세공장 운영에 관한 고시」 제7조제2항에 따른 보관창고 증설을 단일보세공장 소재지 관할구역내의 장소에도 허용라. 내국물품에 대하여 장부 또는 전산시스템으로 반출입사항을 기록관리하는 경우 영 제197조제1항에 따른 내국물품 장치신고 생략마. 보세사 부재 사유별 업무대행 절차, 업무대행 사항 기록관리 등 보세사 부재 내용을 관리할 수 있는 업무매뉴얼과 내부통제시스템을 갖추어 세관장에게 제출한 경우 제9조제1항제1호 단서에 따른 보세사 업무대행 신고서 제출 생략② 세관장은 제1항에 따른 절차생략 등의 업무에 대하여는 자율관리보세구역 지정서에 명기하고, 보세사로 하여금 수행하게 하여야 한다.', '제8조(절차생략 등의 정지) ① 세관장은 자율관리보세구역 운영인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기간을 정하여 제7조에 따른 절차생략 등을 정지할 수 있다.1. 제9조제1항제3호에 따라 보세사가 해고 또는 업무정지 등의 사유로 업무를 수행할 수 없는 경우2. 운영인등이 최근 1년간 제11조에 따른 경고 처분을 3회 이상 받은 경우(이 경우 기간의 계산은 위반행위에 대하여 경고 처분을 받은 날과 그 처분 후 다시 같은 위반행위를 하여 적발된 날을 기준으로 한다)② 세관장은 제1항에 따라 절차생략 등을 정지하는 경우 그 기간은 다음 각 호에 따른다.1. 제1항제1호의 경우에는 보세사를 채용할 때까지2. 제1항제2호의 경우에는 1개월 이내의 기간③ 세관장은 제2항에 따라 절차생략 등을 정지하는 기간 동안 자율관리보세구역에 위탁되거나 생략된 업무는 세관공무원이 직접 관리한다.', '제9조(운영인등의 의무) ① 운영인등은 자율관리보세구역 운영과 관련하여 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.1. 운영인등은 보세사가 아닌 자에게 보세화물관리 등 보세사의 업무를 수행하게 하여서는 아니 된다. 다만, 다음 각 목을 모두 충족하는 경우에는 업무대행자가 2개월 범위 내에서 보세사 업무를 수행할 수 있다.가. 보세사가 휴가ㆍ교육ㆍ해고ㆍ징계 등의 사유로 업무를 수행할 수 없는 경우나. 운영인등이 별지 제3호서식의 보세사 업무대행 신고서에 업무대행 사유를 증명하는 서류와 업무대행자 재직확인 증명 서류를 첨부하여 사전에 세관장에게 제출한 경우. 다만, 보세사 업무대행 신고서를 제출하지 못할 부득이한 사유가 발생한 경우 그 사유가 발생한 날의 다음날 세관 업무시간까지 보세사 업무대행 신고서 제출2. 운영인등은 해당 보세구역에 작업이 있을 때는 보세사를 상주근무하게 하여야 하며 보세사를 채용, 해고 또는 교체하였을 때에는 세관장에게 즉시 통보하여야 한다.3. 보세사가 해고 또는 업무정지 등의 사유로 업무를 수행할 수 없는 경우에는 2개월 이내에 다른 보세사를 채용하여 근무하게 하여야 한다.4. 운영인등은 절차생략 등에 따른 물품 반출입 상황 등을 보세사로 하여금 기록ㆍ관리하게 하여야 한다.5. 운영인등은 해당 보세구역 반출입 물품과 관련한 생산, 판매, 수입 및 수출 등에 관한 세관공무원의 자료요구 또는 현장 확인 시에 협조하여야 한다.② 제1항제1호 단서규정에 의하여 업무대행자가 수행한 업무에 대해서는 운영인이 책임진다.', '제10조(자율관리 보세구역에 대한 감독) ① 운영인은 회계연도 종료 3개월이 지난 후 15일 이내에 자율관리 보세구역 운영 등의 적정여부를 자체 점검하고, 다음 각 호의 사항을 포함하는 자율점검표를 작성하여 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 운영인이 자율점검표를 「보세창고 특허 및 운영에 관한 고시」 제20조에 의한 보세구역 운영상황 및 「보세화물관리에 관한 고시」 제16조에 의한 재고조사 결과와 함께 제출하려는 경우, 자율점검표를 다음 해 2월말까지 제출할 수 있다.1. 자율관리 보세구역 지정요건 충족 여부2. 관세청장이 정하는 절차생략 준수 여부(제7조제1항제2호마목에 따른 보세사 업무 대행 기록관리 내역 포함)3. 운영인등의 의무사항 준수 여부② 세관장은 제1항에 따라 제출받은 자율점검표 등의 심사결과 자율관리 보세구역 운영 관리가 적정하다고 판단되는 경우에는 자율점검표를 해당 년도 정기감사에 갈음하여 생략할 수 있으며, 자율점검표 미제출ㆍ제출기한 미준수 등의 사유에 해당하는 자율관리 보세구역에 대하여는 제3항에 따라 정기감사를 하여야 한다.③ 세관장은 영 제184조제2항에 따라 자율관리보세구역의 운영실태 및 보세사의 관계법령 이행여부 등을 확인하기 위하여 별도의 감사반을 편성(외부 민간위원을 포함할 수 있다)하고 7일 이내의 기간을 설정하여 년 1회 정기감사를 실시하여야 한다.④ 세관장은 제3항에 따른 감사 결과 이상이 있을 경우에는 시정명령 등 필요한 조치를 하고 그 결과를 관세청장에게 보고하여야 한다.⑤ 이 고시에서 따로 정하는 경우를 제외하고는 「행정조사기본법」 제11조, 제17조, 제18조, 제21조 및 제22조의 규정을 준용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 이를 적용하지 아니하되, 이때에도 조사공무원은 같은 법 제11조제3항의 규정에 따라 권한을 나타내는 증표를 지니고 이를 조사대상자에게 내보여야 한다.1. 「행정조사기본법」 제3조제2항제5호에 관한 사항2. 행정조사를 긴급히 실시하여야 할 필요가 있다고 세관장이 인정하는 경우', '제11조(행정제재) ① 세관장은 운영인등이 보세화물관리에 관한 의무사항을 불이행한 때에는 사안에 따라 경고처분 등의 조치를 할 수 있다.② 삭제', '제12조(관계서류의 보존) 운영인등은 영 제3조제1항제3호에 따라 해당 보세구역에서 반출입 된 화물에 대한 장부를 2년간 보관하여야 한다.', '제13조(재검토기한) 관세청장은「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 고시에 대하여 2025년 7월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.', '제14조(규제의 재검토) 관세청장은 「행정규제기본법」 제8조에 따라 이 고시에 대하여 2024년 7월 1일을 기준으로 매 5년이 되는 시점(매 5년째의 6월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.']


별표

별표 0001: (일반/우수)자율관리보세구역지정(갱신)신청서

(별지 제1호서식)

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┃(일반/우수)자율관리보세구역지정(갱신)신청서                   │처리기간    ┃

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┃                                                              │7일         ┃

┠──┬──────┬┬───────┬────────────┴──────┨

┃신  │상    호    ││사업자등록번호│                                      ┃

┃청  │            ││              │                                      ┃

┃인  ├──────┼┴───────┴───────────────────┨

┃    │주    소    │                                                        ┃

┃    │            │                                                        ┃

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┃    │대 표 자    │                                                        ┃

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┃보  │명    칭    ││종   류       │                                      ┃

┃세  │            ││              │                                      ┃

┃구  ├──────┼┼───────┼───────────────────┨

┃역  │소 재 지    ││ 특허번호     │                                      ┃

┃    │            ││              │                                      ┃

┃    ├──────┼┼───────┼───────────────────┨

┃    │시설구조    ││특허기간      │                                      ┃

┃    │(동수,면적) ││(지정기간)    │                                      ┃

┃    ├──────┼┼───────┼───────────────────┨

┃    │장치물품의  ││수용능력      │                                      ┃

┃    │종   류     ││              │                                      ┃

┠──┴──────┴┴───────┴───────────────────┨

┃                                                                            ┃

┃   「관세법」 제164조제2항과 같은 법 시행령 제184조제1항 및 「자율관리보세구┃

┃역운영에 관한 고시」제4조에 따라 자율관리보세구역의 지정(갱신)을 신청합니다.┃

┃                                                                            ┃

┃20   년   월   일                                                           ┃

┃                                                                            ┃

┃신청인           (서명 또는 인)                                             ┃

┃                                                                            ┃

┃  ○ ○ 세 관 장   귀하                                                     ┃

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┃ 첨부서류 : 해당 업체의 보세화물 관리조직표 1부.            │수수료        ┃

┃                                                            ├───────┨

┃ 담당공무원확인사항 : 보세사 등록 여부, 법규수행능력 등급,  │없  음        ┃

┃                                                            └───────┨

┃                      수출입 안전관리 우수업체 해당 여부                    ┃

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210㎜×297㎜(일반용지 60g/㎡(재활용품))

별표 0002: (일반/우수)자율관리보세구역지정서

(별지 제2호서식)

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┃                                                                            ┃

┃ 지정번호 :                                                                 ┃

┃                                                                            ┃

┃(일반/우수)자율관리보세구역지정서                                           ┃

┃                                                                            ┃

┠──┬──────┬┬───────┬───────────────────┨

┃신  │상    호    ││사업자등록번호│                                      ┃

┃청  ├──────┼┴───────┴───────────────────┨

┃인  │주    소    │                                                        ┃

┃    ├──────┼────────────────────────────┨

┃    │대 표 자    │                                                        ┃

┠──┼──────┼─┬──┬───────────────────────┨

┃지  │보세구역명칭│  │종류│                                              ┃

┃정  ├──────┼─┴──┴───────────────────────┨

┃내  │소   재   지│                                                        ┃

┃역  ├──────┼────────────────────────────┨

┃    │지 정 기 간 │                                                        ┃

┃    ├──────┼────────────────────────────┨

┃    │절차생략업무│                                                        ┃

┃    │            │                                                        ┃

┃    │            │                                                        ┃

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┃    │            │                                                        ┃

┃    │            │                                                        ┃

┃    │            │                                                        ┃

┠──┴──────┴────────────────────────────┨

┃                                                                            ┃

┃  「관세법」 제164조 제4항 및 「자율관리보세구역 운영에 관한 고시」 제4조에 ┃

┃따라 자율관리 보세구역으로 지정합니다.                                      ┃

┃                                                                            ┃

┃                                                                            ┃

┃20   년   월   일                                                           ┃

┃                                                                            ┃

┃                                                                            ┃

┃○  ○  세  관  장   ┌──┐                                               ┃

┃                     │직인│                                               ┃

┃                     └──┘                                               ┃

┃                                                                            ┃

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210㎜×297㎜(보존용지(1종) 120g/㎡)

별표 0003: 보세사 업무대행 신고서

(별지 제3호서식)

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┃보세사 업무대행 신고서                                                      ┃

┠─┬──────┬──────┬──────┬───────────────┨

┃신│보세구역명  │            │보세구역부호│                              ┃

┃청├──────┼──────┴──────┴───────────────┨

┃인│전 화 번 호 │                                                          ┃

┠─┼──────┼─────┬──────┬────────────────┨

┃신│구      분  │직      책│성      명  │생 년 월 일                     ┃

┃청├──────┼─────┼──────┼────────────────┨

┃내│보  세  사  │          │            │                                ┃

┃역├──────┼─────┼──────┼────────────────┨

┃  │업무대행자  │          │            │                                ┃

┃  ├──────┼─────┴──────┴────────────────┨

┃  │사      유  │                                                          ┃

┃  ├──────┼─────────────────────────────┨

┃  │대 행 기 간 │                                                          ┃

┠─┴──────┴─────────────────────────────┨

┃                                                                            ┃

┃   「자율관리 보세구역 운영에 관한 고시」 제9조에 따라                      ┃

┃보세사 업무대행을 신고합니다.                                               ┃

┃                                                                            ┃

┃                년     월     일                                            ┃

┃                      신청인 :             (서명 또는 인)                   ┃

┃                                                                            ┃

┃                                                                            ┃

┃○  ○  세  관  장  귀하                                                    ┃

┃                                                                            ┃

┠──────────────────────────────────┬───┨

┃ 첨부서류 :                                                         │수수료┃

┃  1. 보세사의 휴가?교육?해고?징계 등의 사유를 증명하는 서류 1부. ├───┨

┃  2. 업무대행자 재직확인 증명 서류 1부.                             │없  음┃

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                                        210㎜×297㎜(신문용지 54g/㎡(재활용품))


부칙

['부칙 제1조(시행일) 이 고시는 2013년 7월 3일부터 시행한다.제2조(자율관리보세구역 지정에 관한 경과조치) 이 고시 시행 당시 종전의 규정에 따라 자율관리보세구역으로 지정받은 보세구역은 제4조의 개정규정에 따라 자율관리보세구역으로 지정받은 것으로 보며, 지정기간은 제4조의 개정규정에도 불구하고 이 고시 시행일로부터 2년까지 자율관리보세구역으로 지정받은 것으로 본다.', '부칙 제1조(시행일) 이 고시는 2014년 3월 12일부터 시행한다.', '부칙 이 고시는 2014년 5월 20일부터 시행한다.', '부칙 (수입활어 관리에 관한 특례고시 등 일괄개정 고시)이 고시는 2014년 11월 20일부터 시행한다.', '부칙 이 고시는 2014년 12월 19일부터 시행한다.', '부칙 이 고시는 2015년 12월 1일부터 시행한다.', '부칙 이 고시는 2017년 7월 25일부터 시행한다.', '부칙 이 고시는 2018년 10월 2일부터 시행한다.', '부칙 이 고시는 2019년 12월 5일부터 시행한다.', '부칙 제1조(시행일) 이 고시는 2019년 12월 20일부터 시행한다.', '        부칙 이 고시는 2025년 3월 11일부터 시행한다.']

부칙 공포정보: ['20130703', '20140312', '20140520', '20141120', '20141219', '20151201', '20170725', '20181002', '20191205', '20191220', '20250311'] (공포번호: ['2013-63', '2014-32', '2014-72', '2014-107', '2014-122', '2015-59', '2017-38', '2018-33', '2019-59', '2019-73', '2025-14'])