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分子ピンセット 分子ピンセット 分子ピンセット または 分子クリップ は、ゲスト分子を挟み込むことができる開放性の空洞をもつ非環状のホスト 分子 である。「分子ピンセット」という用語は、Howard J. Whitlockが最初に使用した。しかし、この種のホスト分子は、1980年代中頃から1990年代初頭にかけてSteven C. Zimmermanによって研究開発され広まった、近年では、Frank-Gerrit Klärnerらにより研究されている。分子ピンセットの開放性空洞はホスト分子を非共有性結合で結び付ける。非共有性結合には 水素結合 、金属 配位 、 疎水性相互作用 、 ファンデルワールス力 、 π-π相互作用 、静電効果のいずれかまたは任意の組み合わせが含まれる。このホスト-ゲスト複合体は大環状分子受容体の一部分とみなすことができ、またゲスト分子を挟み込む2つの「アーム」をもった構造であり、そのアームの片方の端だけが固定されているので、ある程度の柔軟性を示す（ 誘導適合 モデル）。 ^ Chen C.-W.; Whitlock H. W. (1978). “Molecular Tweezers - A Simple-Model of Bifunctional Intercalation”. J. Am. Chem. Soc. 100 : 4921-4922. doi : 10.1021/ja00483a063 .   ^ Zimmerman, S. C.; VanZyl, C. M. (1987). “Rigid molecular tweezers: synthesis, characterization, and complexation chemistry of a diacridine”. J. Am. Chem. Soc. 109 : 7894-7896. doi : 10.1021/ja00259a055 .   ^ Zimmerman, S. C.; Wu, W. (1989¥volume= 111). “A rigid molecular tweezers with an active site carboxylic acid: exceptionally efficient receptor for adenine in an organic solvent”. J. Am. Chem. Soc. : 8054-8055. doi : 10.1021/ja00202a077 .   ^ Zimmerman, S. C. (1993). “Rigid molecular tweezers as hosts for the complexation of neutral guests”. Top. Curr. Chem. 165 : 71-102. doi : 10.1007/BFb0111281 .   ^ F.-G. Klärner & B. Kahlert (2003). “Molecular Tweezers and Clips as Synthetic Receptors. Molecular Recognition and Dynamics in Receptor-Substrate Complexes”. Acc. Chem. Res. 36 (12): 919–932. doi : 10.1021/ar0200448 . PMID   14674783 .   This article is issued f
B. Kahlert (2003). “Molecular Tweezers and Clips as Synthetic Receptors. Molecular Recognition and Dynamics in Receptor-Substrate Complexes”. Acc. Chem. Res. 36 (12): 919–932. doi : 10.1021/ar0200448 . PMID   14674783 .   This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子マシン 分子マシン 分子マシン （ぶんしマシン）、もしくは 分子機械 （ぶんしきかい、 英 : molecular machine ）は、ミクロスケール、あるいはナノスケールで制御された機械的動きを起こす 分子 、あるいは分子複合体である。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子モデル 分子モデル 分子モデル （ぶんしモデル、 英 : molecular model ）とは、 原子 の幾何学的配列から推定される 分子 構造のこと。近年では 分子構造 が詳しく分かるようになったため、 3次元 的に造形したものを視覚化して 立体化学 を理解する助けのために用いられるモデル、模型も意味するようになった。分子の立体的な構造を玉や棒を用いて表したものは特に 分子模型 （ぶんしもけい、 英 : molecular graphics ）、 原子模型 （げんしもけい）と呼ばれる。分子模型は高等・中等教育や科学入門教育において活用され、大きな教育効果があることがわかっている。 ^ a b 山路敏英 2021 , p. 17. ^ 板倉聖宣 1998 . This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子モーター 分子モーター 細胞 内で何らかのエネルギーを機械的な動きに変換する 分子 を 分子モーター （ぶんしモーター、 英語 ：molecular motor）と呼ぶ。分子モーターの働きによって細胞は変形・移動し、細胞内では様々な高分子の輸送が行われる。類似の用語にタンパク質モーター、モータータンパク質等。 ^ Fletcher, S. P.; Dumur, F; Pollard, MM; Feringa, BL (2005). “A Reversible, Unidirectional Molecular Rotary Motor Driven by Chemical Energy”. Science 310 (5745): 80–2. doi : 10.1126/science.1117090 . PMID   16210531 .   This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子ロボット 分子ロボット 分子ロボット は、大きさが 1μm 以下の自律移動可能な超小型 ロボット 、または マイクロメートル から ナノメートル 単位の物体を扱えるロボットを指す。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子人類学 分子人類学 分子人類学 （ぶんしじんるいがく、molecular anthropology）とは、 人類学 の一分野。 分子生物学 を人類研究に応用して、ヒト集団の遺伝的系譜やその多様性、 疾患 との関連性を議論する場合が多い。広義の 自然人類学 に含めることがあるが、 形質人類学 には包含されない。 対象とする遺伝子はヒトの Y染色体 、 ミトコンドリアDNA 、 常染色体 さらにはヒトに感染する ウイルス や 細菌 まで多岐にわたる。 ウイルス学 や 免疫学 とかかわりが深く、 日本人の起源 の解明も盛んに行われている。 →「 分子生物学 」、「 人類学 」、および「 日本人 」も参照 ^ 尾本惠市（1996）『分子人類学と日本人の起源』裳華房 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子内反応 分子内反応 分子内反応 とは一分子中の活性を持った構造が同じ分子内の他の構造と反応することである。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子力学モデリング用ソフトの比較 分子力学モデリング用ソフトの比較 本項では主に 分子力学法 または 分子動力学法 の計算に用いられるプログラムの一覧を示す。 GPU – GPUが利用可能 I – インターフェースのみ Imp – 水の陰溶媒 MC – モンテカルロ法 MD – 分子動力学 Min – 構造最適化 QM – 量子力学 的手法 REM – レプリカ交換法 名称 3D表示 モデル構築 Min MD MC REM QM Imp GPU ライセンス Abalone Yes Yes Yes Yes Yes Yes I Yes Yes プロプライエタリ 無償 Acellera Ltd ACEMD No No Yes Yes No Yes No No Yes プロプライエタリ 無償版と商用版がある ADF Yes Yes Yes Yes No No Yes Yes Yes プロプライエタリ 無償試用版あり ADUN No No Yes Yes No No Yes Yes Yes フリー GNU GPL AMBER No Yes Yes Yes No Yes I Yes Yes プロプライエタリ Ascalaph Designer Yes Yes Yes Yes Yes Yes I Yes Yes GNU GPL と商用の混合ライセンス ATB Yes Yes Yes No No No No No No プロプライエタリ 商用 教育研究用は無償 Avogadro Yes Yes Yes No No No I No No フリー GNU GPL BOSS No No Yes No Yes No Yes No No プロプライエタリ CHARMM No Yes Yes Yes Yes I I Yes Yes プロプライエタリ , 商用 CHEMKIN No No No No No No No No No プロプライエタリ COSMOS Yes Yes Yes Yes Yes No I No No プロプライエタリ 、商用 (GUIのない無償版あり) CP2K No No Yes Yes Yes No Yes Yes Yes フリー GNU GPLv2 or later Culgi Yes Yes Yes Yes Yes No I No No プロプライエタリ Desmond Yes Yes Yes Yes No Yes No No Yes プロプライエタリ 無償版と商用版がある Discovery Studio Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 試用版あり ENCAD No No No Yes No No No No No フリー オープンソース fold.it I Yes Yes Yes Yes Yes I No No プロプライエタリ 無償版と商用版がある FoldX I Yes Yes No No No No No No プロプライエタリ 無償版と商用版がある GPIUTMD I I Yes Yes No I No No Yes プロプライエタリ GROMACS No No No Yes No Yes I Yes Yes フリー GNU GPL GROMOS No No Yes Yes Yes Yes No Yes Yes プロプライエタリ 商用 GULP No No Yes Yes No No No No No プロプライエタリ 教育研究用は無償 HOOMD-blue No No Yes Yes Yes No No No Yes フリー オープンソース Hype
GPIUTMD I I Yes Yes No I No No Yes プロプライエタリ GROMACS No No No Yes No Yes I Yes Yes フリー GNU GPL GROMOS No No Yes Yes Yes Yes No Yes Yes プロプライエタリ 商用 GULP No No Yes Yes No No No No No プロプライエタリ 教育研究用は無償 HOOMD-blue No No Yes Yes Yes No No No Yes フリー オープンソース HyperChem Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 商用 フル機能評価版あり ICM Yes Yes Yes No Yes No I Yes No プロプライエタリ LAMMPS No No Yes Yes Yes Yes I No Yes フリー GNU GPLv2 MacroModel Yes Yes Yes Yes Yes No I Yes No プロプライエタリ MAPS Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes プロプライエタリ 試用版あり Materials Studio Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes プロプライエタリ 試用版あり MedeA Yes Yes Yes Yes Yes No Yes No No プロプライエタリ 試用版あり MCCCS Towhee No No No No Yes No No No No フリー GNU GPL MDynaMix No No No Yes No No No No No フリー GNU GPL MOE Yes Yes Yes Yes No No I Yes No プロプライエタリ MOIL Yes Yes Yes Yes No No No No No フリー オープンソース Orac No No Yes Yes No Yes No Yes No フリー オープンソース NAB No Yes No No No No No No No フリー オープンソース NAMD + VMD Yes Yes Yes Yes No Yes No Yes Yes プロプライエタリ 教育研究用は無償 NWChem No No Yes Yes No No Yes No No フリー EDL v2.0 Packmol No Yes No No No No No No No フリー GNU GPL Prime Yes Yes Yes No Yes No I Yes No プロプライエタリ Protein Local Optimization Program No Yes Yes Yes Yes No No No No プロプライエタリ Q No No No Yes No No No No No 不明 RedMD I Yes Yes Yes Yes No No No No フリー GNU GPL SAMSON Yes Yes Yes Yes No No Yes No No プロプライエタリ 無償 StruMM3D (STR3DI32) Yes Yes Yes Yes No No No No No プロプライエタリ 無償版あり(200原子まで) Scigress Yes Yes Yes Yes No No Yes Yes No プロプライエタリ Spartan Yes Yes Yes No Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 無償試用版あり TeraChem N
リー GNU GPL SAMSON Yes Yes Yes Yes No No Yes No No プロプライエタリ 無償 StruMM3D (STR3DI32) Yes Yes Yes Yes No No No No No プロプライエタリ 無償版あり(200原子まで) Scigress Yes Yes Yes Yes No No Yes Yes No プロプライエタリ Spartan Yes Yes Yes No Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 無償試用版あり TeraChem No No Yes Yes No No Yes No Yes プロプライエタリ 試用版あり TINKER I Yes Yes Yes Yes No I Yes No プロプライエタリ 無償 Tremolo-X I No Yes Yes No No No No No プロプライエタリ UCSF Chimera Yes Yes Yes No No No No No No プロプライエタリ 教育研究用は無償 VEGA ZZ Yes Yes Yes I Yes No No Yes Yes プロプライエタリ 教育研究用は無償 VLifeMDS Yes Yes Yes No Yes No I No Yes プロプライエタリ WHAT IF Yes Yes I I I No No No No プロプライエタリ YASARA Yes Yes Yes Yes No No Yes No Yes プロプライエタリ ^ M. J. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis (2009). “ACEMD: Accelerating Biomolecular Dynamics in the Microsecond Time Scale”. Journal of Chemical Theory and Computation 5 (6): 1632–1639. doi : 10.1021/ct9000685 .   ^ Johnston, MA, Fernández-Galván, I, Villà-Freixa, J (2005). “Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: the Adun simulator”. J. Comp. Chem. 26 (15): 1647–1659. doi : 10.1002/jcc.20312 . PMID   16175583 .   ^ “A second generation force field for the simulation of proteins, nucleic acids, and organic molecules”. J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. (1995). doi : 10.1021/ja00124a002 .   ^ Implicit Solvent - Gromacs Archived July 29, 2014, at the Wayback Machine . ^ “Modeling unusual nucleic acid structures”. Molecular Modeling of Nucleic Acids : 379–393. (1998).   ^ A. Górecki; M. Szypowski;
1995). doi : 10.1021/ja00124a002 .   ^ Implicit Solvent - Gromacs Archived July 29, 2014, at the Wayback Machine . ^ “Modeling unusual nucleic acid structures”. Molecular Modeling of Nucleic Acids : 379–393. (1998).   ^ A. Górecki; M. Szypowski; M. Długosz; J. Trylska (2009). “RedMD - Reduced molecular dynamics package”. J. Comp. Chem. 30 (14): 2364–2373. doi : 10.1002/jcc.21223 . PMID   19247989 .   This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子力学法 分子力学法 分子力学法 （ぶんしりきがくほう、Molecular Mechanicsの頭文字より MM法 と略される）あるいは 分子力場計算 （ぶんしりきばけいさん）は、分子の 立体配座 の安定性や配座間のエネルギー差を 原子 間に働く力による ポテンシャルエネルギー の総和によって計算する手法のことである。 分子 の持つエネルギーは シュレーディンガー方程式 を解くことによって計算することが可能であるが、これは分子を構成する原子および 電子 の数が多くなると計算量が急激に増加し困難になる。 しかしその一方で、分子の内部の原子同士に働く力はその原子の種類や結合様式が同じならば、別の種類の分子でもほぼ同じである。例えば sp 3 混成 の 炭素 原子と 水素 原子の結合距離はどのような分子でもほぼ0.11 nm、結合エネルギーはほぼ4.1×10 2 kJ mol −1 、 赤外吸収スペクトル でほぼ2950 cm −1 付近に吸収を示す。このことはsp 3 混成の炭素原子と水素原子の結合距離の伸縮に伴って2つの原子間に働く力が分子によらず、ある一つの数式で表すことができることを示唆している。 そこで原子間に働くすべての力を、原子間の結合を表すパラメータ（結合距離、 結合角 など）を変数とし、原子の種類や結合様式によって決まる関数で表す。そしてそれらの力によるポテンシャルエネルギーの総和が分子の持つエネルギーとなっていると考える。このような考えのもとに、様々な実験値をうまく説明できるような 原子間のポテンシャルエネルギー を表す式を経験的に、あるいは量子化学的手法によって導き、それによって分子の 立体配座 の安定性や配座間のエネルギー差を計算する手法が分子力学法である。このポテンシャルエネルギーによる力の 場 を 分子力場 というため、分子力場計算ともいう。 分子力学法での分子のイメージは原子を球として、その球をその両端の原子の種類によって強さが決まった ばね で結びつけたような感じである。それぞれのばねが引きのばされたり押し縮められたりして、すべてのばねのポテンシャルエネルギーの合計が最も小さくなったところで、その分子の持つエネルギーと立体配座が決まることになる。 分子力学法は計算量が 量子化学 的手法に比べて少ないため、原子数の多い分子においても容易に計算結果が得られるという利点がある。しかし、原子の種類や結合様式が異なるごとに別のポテンシャルエネルギーの式を使わなければならないため、前もって準備しておくパラメータの数が非常に多くなってしまうという欠点がある。 単純な分子力学法においては分子の持つポテンシャルエネルギーEは E = ∑ E d + ∑ E a + ∑ E t + ∑ E n {\displaystyle E=\sum E_{d}+\sum E_{a}+\sum E_{t}+\sum E_{n}} E d は直接結合している2原子間の結合距離によるポテンシャルエネルギー E a は直接結合している3原子間の結合角によるポテンシャルエネルギー E t は直接結合している4原子間の二面角によるポテンシャルエネルギー E n は直接結合していない2原子が空間的に接近することによるポテンシャルエネルギー と表される。 E d は結合の伸縮によって生じるポテンシャルエネルギーを表す。E d の経験的で良い近似とされる式は モース・ポテンシャル が良く知られているが、この式は指数関数を含んでいるため計算量が多くなり、分子力学法のメリットを打ち消してしまうためあまり用いられない。また古典的な方法としては
している3原子間の結合角によるポテンシャルエネルギー E t は直接結合している4原子間の二面角によるポテンシャルエネルギー E n は直接結合していない2原子が空間的に接近することによるポテンシャルエネルギー と表される。 E d は結合の伸縮によって生じるポテンシャルエネルギーを表す。E d の経験的で良い近似とされる式は モース・ポテンシャル が良く知られているが、この式は指数関数を含んでいるため計算量が多くなり、分子力学法のメリットを打ち消してしまうためあまり用いられない。また古典的な方法としては フックの法則 に従う 調和振動子 として取り扱う方法がある。近似の程度はあまり高くないが、計算量が少ないため高分子の計算に使用される。より近似の程度を改善したものとしてはモース・ポテンシャルの平衡結合距離付近での振る舞いを近似した結合距離の3次式、あるいは4次式などが使用される。しかしこれらの式では、平衡結合距離から離れた部分ではエネルギー値がまったく当てにならなくなってしまうため、反応の 遷移状態 のエネルギー計算などは不可能である。 E a は結合角の圧縮や拡大によって生じるポテンシャルエネルギーを表す。E a を表す経験的な式には、調和振動子として取り扱う方法がまず挙げられる。さらに近似を高める場合には結合角の4次式や6次式が使用される。 E t は単結合の回りの回転に伴うポテンシャルエネルギーや、二重結合の平面から原子がずれることによって生じるポテンシャルエネルギーを表している。E t は二面角を360度回転させると元の形に戻る周期関数であるので、 フーリエ級数 型の式が用いられる。近似を高める場合には高次のフーリエ級数の項を含む式が使用される。 E n は立体的な反発や 非共有電子対 による 静電的な斥力 や ファン・デル・ワールス力 や 水素結合 による引力が含まれるので様々な形の項を含む。立体的な反発とファン・デル・ワールス力を良く表すものとしては、引力が原子間距離の6乗に反比例し斥力が原子間距離の12乗に反比例する レナード-ジョーンズ・ポテンシャル があり、これがよく使用されている。 より精度を追求した分子力場では、例えば結合距離が伸びたときには二面角によるエネルギーを補正するというような、2種類以上の構造を表す変数を含む交差項とよばれる項が導入されている。 代表的な分子力場の種類としては以下のようなものが挙げられる。それぞれターゲットとしている用途や分子に特色がある。 MM2、MM3、MM4 (Molecular Mechanics program 2 or 3 or 4) MMFF 94 (Merck Molecular Force Field 94) AMBER (Assisted Model Building and Energy Refinement) CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) 分子力学法においては分子力場から受ける力に従って原子の空間的な配置を移動させていくことで、よりエネルギーの低い配座に変化させていき、最終的には停留点として安定配座を求めることができる。単純なソフトウェアでは初期に入力した立体配座に近い安定配座の1つが求まるのみであるが、より高機能なソフトウェアでは複数の初期配座を自動的に発生させて、複数の安定配座を求められるものもある。 通常の分子力学法は静止した分子を扱うのに対し、 分子動力学法 は分子やその集団の運動を扱う。分子動力学法の中でも分子内あるいは分子間に働く力を記述するために分子力
力場から受ける力に従って原子の空間的な配置を移動させていくことで、よりエネルギーの低い配座に変化させていき、最終的には停留点として安定配座を求めることができる。単純なソフトウェアでは初期に入力した立体配座に近い安定配座の1つが求まるのみであるが、より高機能なソフトウェアでは複数の初期配座を自動的に発生させて、複数の安定配座を求められるものもある。 通常の分子力学法は静止した分子を扱うのに対し、 分子動力学法 は分子やその集団の運動を扱う。分子動力学法の中でも分子内あるいは分子間に働く力を記述するために分子力学法が利用されている。 典拠管理データベース: 国立図書館 チェコ This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子動力学法 分子動力学法 分子 動力学 法 （ぶんしどうりきがくほう、 英 : molecular dynamics 、MD法）は、 原子 ならびに 分子 の 物理的な動き の コンピューターシミュレーション 手法である。原子および分子はある時間の間相互作用することが許され、これによって原子の動的発展の光景が得られる。最も一般的なMD法では、原子および分子の トラクジェクトリ は、相互作用する粒子の系についての 古典力学 における ニュートンの運動方程式 を 数値的に解く ことによって決定される。この系では粒子間の 力 および ポテンシャルエネルギー は 原子間ポテンシャル （ 分子力学 力場 ）によって定義される。MD法は元々は1950年代末に理論物理学分野で考え出されたが、今日では主に 化学物理学 、 材料科学 、 生体分子 のモデリングに適用されている。系の静的、動的安定構造や、動的過程（ダイナミクス）を解析する手法。 分子の系は莫大な数の粒子から構成されるため、このような 複雑系 の性質を解析的に探ることは不可能である。MDシミュレーションは 数値的 手法を用いることによってこの問題を回避する。しかしながら、長いMDシミュレーションは数学的に 悪条件 であり、 数値積分 において累積誤差を生成してしまう。これはアルゴリズムとパラメータの適切な選択によって最小化することができるが、完全に取り除くことはできない。 エルゴード仮説 に従う系では、単一の分子動力学シミュレーションの展開は系の巨視的 熱力学 的性質を決定するために使うことができる。エルゴード系の時間平均は ミクロカノニカルアンサンブル （小正準集団）平均に対応する。MDは自然の力をアニメーションすることによって未来を予測する、原子スケールの分子の運動についての理解を可能にする「数による統計力学」や「 ニュートン力学 の ラプラス 的視点」とも称されている。 MDシミュレーションでは等温、定圧、 等温・定圧 、定エネルギー、定積、定ケミカルポテンシャル、グランドカノニカルといった様々なアンサンブル（ 統計集団 ）の計算が可能である。また、結合長や位置の固定など様々な拘束条件を付加することもできる。計算対象は、 バルク 、 表面 、 界面 、 クラスター など多様な系を扱える。 MD法で扱える系の規模としては、最大で数億原子からなる系の計算例がある。通常の計算規模は数百から数万原子（分子、粒子）程度である。 通常、ポテンシャル関数は、原子-原子の二体ポテンシャルを組み合わせて表現し、これを計算中に変更しない。そのため化学反応のように、原子間結合の生成・開裂を表現するには、何らかの追加の工夫が必要となる。また、ポテンシャルは経験的・半経験的なパラメータから求められる。 こうしたポテンシャル面の精度の問題を回避するため、ポテンシャル面を電子状態の第一原理計算から求める手法もある。このような方法は、 第一原理分子動力学法 〔量子（ab initio）分子動力学法〕と呼ばれる。この方法では、ポテンシャル面がより正確なものになるが、扱える原子数は格段に減る（スーパーコンピュータを利用しても、最大で約千個程度）。 また第一原理分子動力学法の多くは、電子状態が常に基底状態であることを前提としているものが多く、電子励起状態や電子状態間の非断熱遷移を含む現象の記述は、こうした手法であってもなお困難である。 ^ Alder, B. J.; T. E. Wainwright (1959). “Studies in Molecular Dynamics. I. General
学法〕と呼ばれる。この方法では、ポテンシャル面がより正確なものになるが、扱える原子数は格段に減る（スーパーコンピュータを利用しても、最大で約千個程度）。 また第一原理分子動力学法の多くは、電子状態が常に基底状態であることを前提としているものが多く、電子励起状態や電子状態間の非断熱遷移を含む現象の記述は、こうした手法であってもなお困難である。 ^ Alder, B. J.; T. E. Wainwright (1959). “Studies in Molecular Dynamics. I. General Method”. J. Chem. Phys. 31 (2): 459. Bibcode :  1959JChPh..31..459A . doi : 10.1063/1.1730376 .   ^ Rahman, A. (19 October 1964). “Correlations in the Motion of Atoms in Liquid Argon”. Physical Review 136 (2A): A405–A411. Bibcode :  1964PhRv..136..405R . doi : 10.1103/PhysRev.136.A405 .   ^ Schlick, T. (1996). “Pursuing Laplace's Vision on Modern Computers”. In J. P. Mesirov, K. Schulten and D. W. Sumners. Mathematical Applications to Biomolecular Structure and Dynamics, IMA Volumes in Mathematics and Its Applications . 82 . New York: Springer-Verlag. pp. 218–247. ISBN  978-0-387-94838-6   ^ de Laplace, P. S. (1820) (French). Oeuveres Completes de Laplace, Theorie Analytique des Probabilites . Paris, France: Gauthier-Villars   This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子実体 分子実体 分子実体 （ぶんしじったい、Molecular entity）は、「構成的にまたは同位体的に異なる 原子 、 分子 、 イオン 、イオンペア、 ラジカル (化学) 、ラジカルイオン、複合体、配座異性体などであり、別々に区別可能な実体として識別可能なもの」を指す。 これらは、その性質に関係なく、いくつかのプロセスを示すあらゆる種類の化学物質を簡潔に表現するために使用される特異なものである。例えば、原子、分子、イオンなどはすべて化学反応を起こすことができる。 IUPACによると、「分子実体を記述するために必要な精度の程度は、状況によって異なり，たとえば 水素 分子は、いくつかの目的のために特定の適切な定義が必要で、水素分子の電子状態および振動状態、核スピンなどを区別する必要がある。 ^ IUPAC , Compendium of Chemical Terminology , 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). オンライン版:  (2006-) " molecular entity ". This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子対称性 分子対称性 化学 における 分子の対称性 （ぶんしのたいしょうせい、 英 : molecular symmetry ）は、 分子 に存在する 対称性 およびその対称性に応じた分子の分類を述べる。分子対称性は化学における基本概念であり、 双極子モーメント や許容 分光遷移 （ ラポルテの規則 といった 選択則 に基づく）といった分子の化学的性質の多くを予測あるいは説明することができる。多くの大学レベルの 物理化学 や 量子化学 、 無機化学 の教科書は、対称性のために一章を割いている。 分子の対称性の研究には様々な枠組みが存在するが、 群論 が主要な枠組みである。この枠組みは、 ヒュッケル法 、 配位子場理論 、 ウッドワード・ホフマン則 といった応用に伴って 分子軌道 の対称性の研究にも有用である。大規模な系では、固体材料の 結晶学 的対称性を説明するために 結晶系 が枠組みとして使用されている。 分子対称性を実質的に評価するためには、 X線結晶構造解析 や様々な 分光学 的手法（例えば 金属カルボニル の 赤外分光法 ）など多くの技術が存在する。 ^ Quantum Chemistry , Third Edition John P. Lowe, Kirk Peterson ISBN 0-12-457551-X NCID   BA73748998 ^ Physical Chemistry: A Molecular Approach by Donald A. McQuarrie, John D. Simon ISBN 0-935702-99-7 ^ The chemical bond 2nd Ed. J.N. Murrell, S.F.A. Kettle, J.M. Tedder ISBN 0-471-99577-0 NCID   BA12971474 ^ Physical Chemistry P. W. Atkins ISBN 0-7167-2871-0 ^ G. L. Miessler and D. A. Tarr “Inorganic Chemistry” 3rd Ed, Pearson/Prentice Hall publisher, ISBN 0-13-035471-6. This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子度 分子度 化学において 分子度 （英語:Molecularity）とは1つの 素反応 （ 英語版 ）で反応に関わる分子の数を表し、その素反応での反応物の 化学量論 的係数の合計に等しい。 化学反応 はいくつの分子が反応するかで、単分子反応、2分子反応、3分子反応などに分類される。 全ての素反応や 反応段階 の 反応次数 は分子度に等しいため、素反応の 反応速度式 は分子度から決定できるが、分子度は素反応や1段階の反応のみを記述するため、複合反応（ 多段階反応 ）ではこの理論を適用できない。 ^ a b Atkins, P. ; de Paula, J. J. Physical Chemistry. オックスフォード大学出版局 2014 ^ Temkin, O. N. State-of-the-Art in the Theory of Kinetics of Complex Reactions. In Homogeneous Catalysis with Metal Complexes: Kinetic Aspects and Mechanisms, John Wiley and Sons, ltd, 2012 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子性物質 分子性物質 分子性物質 （ぶんしせいぶっしつ、molecular substance）とは、 電荷 を持たない状態の 分子 からなる 物質 である。 熱力学 的には当該分子を基本粒子とした振舞いにより、 分子 間相互作用、分子内相互作用によって、マクロな 液体 （or 固体 ）の 物性 が予測される。 高等学校 までの化学教育においては 分子性物質 と イオン性物質 を物質固有の特性のように説明する。しかし、 酢酸 のように蒸気（ 気体 ）や水を含まない状態では 電離 していないため分子性物質としてふるまう。一方、希薄水溶液中では大部分が電離する為にイオン性物質としてふるまう様な場合もある。 分子性物質は ファンデルワールス力 により集合しているので、 分子量 が増大するにつれて 融点 や 沸点 が増大する。それに加えて 水素結合 を有するものは、さらに 融点 や 沸点 が高い。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子昆虫学 分子昆虫学 分子昆虫学 （ぶんしこんちゅうがく、Molecular Entomology）は、昆虫の ホルモン や 遺伝子 など、 生化学 的・ 分子遺伝学 的な面から 昆虫 の解明を目指す 昆虫学 の一分野。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子時計 分子時計 分子時計 （ぶんしどけい、 英語 : molecular clock ）とは、生物間の分子的な違いを比較し、進化過程で分岐した年代を推定したものの仮説。分子進化時計とも呼ばれることがある。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子構造 分子構造 分子構造 （ぶんしこうぞう、molecular structure、molecular geometry）とは、 分子 の 幾何学 的構造をいい、例えば 原子 間距離や 配向 などをさす。分子構造を調べるには、主に回折法と 分光法 が用いられる。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子標的治療 分子標的治療 分子標的治療 （ぶんしひょうてきちりょう、 英 : molecularly targeted therapy ）とは、ある特定の分子を標的として、その機能を制御することにより治療する療法。 正常な体と病気の体の違いあるいは癌細胞と正常細胞の違いを ゲノム レベル・ 分子 レベルで解明し、がんの増殖や転移に必要な分子を特異的に抑えたり 関節リウマチ などの炎症性疾患で 炎症 に関わる分子を特異的に抑えたりすることで治療する。従来の多くの薬剤もその作用機序を探ると何らかの標的分子を持つが、分子標的治療は創薬や治療法設計の段階から分子レベルの標的を定めている点で異なる。また、この分子標的治療に使用する 医薬品 を 分子標的治療薬 と呼ぶ。 以下本項目では、分子標的薬の多くががん治療薬であることから、狭義の分子標的治療であるがん治療への分子標的治療薬を中心に記述する（自己免疫疾患についても触れる）。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子物理学 分子物理学 分子物理学 （ぶんしぶつりがく、 英語 ：molecular physics）とは、 分子性物質 のマクロな物性と、 原子 ・ 分子 の相互作用・統計的に処理された分子の運動との関係を研究する 学問 である。 実験的に物性を測定し、分子構造等との関係を調べる（実験） 統計的な処理を用い、ミクロな分子ダイナミクスとマクロ物性との関係を理論的に記述する（理論） 分子動力学の原則に基づき計算機によってマクロ物性を予測する（シミュレーション） と様々なアプローチがとられているが、それぞれは相互に刺激しあい発展している。 物理学 の分野 古典・量子 古典物理学 （ 古典論 ） 半古典論 量子物理学 （ 量子論 ） 研究方法 理論物理学 計算物理学 実験物理学 （ 高エネルギー物理学 ） 基礎理論 力学 古典力学 ニュートン力学 解析力学 連続体力学 流体力学 熱力学 統計力学 電磁気学 量子力学 相対論的量子力学 場の量子論 相対性理論 特殊相対性理論 一般相対性理論 研究対象 素粒子物理学 原子核物理学 核構造物理学 ハドロン物理学 宇宙物理学 宇宙論 物性物理学 固体物理学 表面科学 低温物理学 ソフトマター物理学 高分子物理学 原子物理学 分子物理学 光学 音響学 プラズマ物理学 境界領域 数理物理学 化学物理学 生物物理学 地球物理学 大気物理学 海洋物理学 農業物理学 土壌物理学 医学物理学 保健物理学 放射線物理学 その他 現代物理学 応用物理学 物理数学 カテゴリ 典拠管理データベース 国立図書館 ドイツ 日本 チェコ その他 Yale LUX This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子生態学 分子生態学 分子生態学 （ぶんしせいたいがく、 英語 ：molecular ecology）とは、 生態学 的研究に、 分子生物学 的手法を用いる方法論を指す。分子生物学的技術が身近になったことで、近年多く取り入れられてきている。生物集団内の遺伝的多型などを分子マーカーとして利用し、地域における遺伝構造の研究などが行なわれている。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子生物学 分子生物学 分子生物学 （ぶんしせいぶつがく、 英 : molecular biology ）は、 生命 現象を 分子 を使って説明（理解）することを目的とする学問である。 ^ サダヴァ・デイヴィッドほか著（2010）『カラー図解 アメリカ版 大学生物学の教科書 第3巻 分子生物学』石崎泰樹・ 丸山敬 監修、吉河歩・浅井将翻訳、 講談社 〈 ブルーバックス 〉 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子生物学の歴史 分子生物学の歴史 分子生物学の歴史 (ぶんしせいぶつがくのれきし) は1930年代、 生化学 、 遺伝学 、 微生物学 、 ウイルス学 、 物理学 といった、以前は異なるものとされていた 生物学 や物理学のさまざまな分野が収束することで始まった。最も基礎的なレベルで生命を理解するという願望を持っていた多くの物理学者や化学者たちも、後に 分子生物学 となるものに対して関心を抱いていた。 分子生物学は、生命現象を生み出す 高分子 の性質を出発点として生命現象を説明しようとする試みである。分子生物学者の研究の焦点となっていたのはとりあえず2種類の高分子である。1つは 核酸 で、中でも 遺伝子 の構成要素である デオキシリボ核酸 (DNA) であり、もう1つは生体の活動を支える タンパク質 である。これらに限定しても、いわゆる「分子生物学革命」 を記述し、基本的な発展についての年表を作成したりするには十分であろう。 This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子生物学者の一覧 分子生物学者の一覧 分子生物学者の一覧 （ぶんしせいぶつがくしゃのいちらん）は、世界の有名な 分子生物学者 を名前順に並べたものである。 目次 Top A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z This article is issued from Wikipedia . The text is available under Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 unless otherwise noted. Additional terms may apply for the media files.
分子病理学 分子病理学 分子病理学 （ぶんしびょうりがく、 英 : Molecular pathology ）とは、 病理学 に含まれる比較的新しい 学問 分野であり、 臓器 、 組織 、または 体液 内の 分子 の 検査 を通じて 疾患 の研究および 診断 を行い、分子構造や 遺伝子 構造の異常にまで掘り下げるものである。 分子病理学は、解剖病理学および臨床病理学、 分子生物学 、 生化学 、 プロテオミクス および 遺伝学 の 実践 と共通する側面を持ち、ある種の「 クロスオーバー 」分野と見なされることがある。本質的に 学際 的であり、主に 病気 の超 顕微鏡 的側面に注目している。特に考慮すべきこととして、組織の 形態学 的変化（従来の解剖学的病理学）と分子検査の両方に基づくことで、より正確な診断アプローチが可能になるという点がある。 分子病理学は、人間の病気の診断および分類、治療の効果や病気の進行を予測する バイオマーカー の設計および検証、様々な遺伝的背景の個人における 病 や 障害 の発症しやすさ（ 感受性 ）などに対する分子的および遺伝的アプローチの開発を包む 科学 領域である。 分子病理学は、 がん や 感染症 の診断によく使用される。用いられる手法は多数あるが、代表的なものとして、定量的 ポリメラーゼ連鎖反応 （ qPCR ）、 マルチプレックスPCR 、 DNAマイクロアレイ 、 in situ ハイブリダイゼーション、 in situ RNAシーケンス、 DNAシーケンス 、抗体ベースの免疫蛍光組織アッセイ、病原体の分子プロファイリング、 抗菌薬 耐性の 細菌 遺伝子の分析などが挙げられる。 「分子病理学」と「 疫学 」の統合により、統合分子生物学および人口健康科学を代表する「分子病理学疫学」（MPE）と呼ばれる学際的な分野が誕生した。 ^ “The molecular pathology of cancer” . Nat Rev Clin Oncol 7 (5): 251–265. (2010). doi : 10.1038/nrclinonc.2010.41 . PMC   2222796 . PMID   20351699 . https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2222796/ .   ^ a b Cai, H; Caswell JL; Prescott JF (March 2014). “Nonculture Molecular Techniques for Diagnosis of Bacterial Disease in Animals: A Diagnostic Laboratory Perspective”. Veterinary Pathology 51 (2): 341–350. doi : 10.1177/0300985813511132 . PMID   24569613 .   ^ Ke, Rongqin; Mignardi, Marco; Pacureanu, Alexandra; Svedlund, Jessica; Botling, Johan; Wählby, Carolina; Nilsson, Mats (2013-07-14). “In situ sequencing for RNA analysis in preserved tissue and cells” (英語). Nature Methods 10 (9): 857–860. doi : 10.1