در فصل سوم رابطهٔ پنهانی ابراهیم پاشا و نگار خاتون برای همگان افشا می‌شود. فیروزه خاتون، که نقش او را جانسو دره بازی می‌کند، وارد داستان می‌شود. ابراهیم نیز مجبور می‌شود برای فرار از رسوایی رابطه اش با نگار به جنگ با ایرانیان برود. در این بین، شاهزاده مصطفی، که به مانیسا فرستاده شده، در آنجا عاشق دختر یک کشاورز می‌شود. فیروزه می‌خواهد محبوب شاه باشد و بعد از خرم از همه قوی‌تر باشد. فرزند نگار به دنیا می‌آید. نگار نزد خدیجه سلطان مخفیانه زندگی می‌کرد؛ خدیجه سلطان به وی می‌گوید که فرزندش مرده به دنیا آمده، اما نگار خاتون شک می‌کند (درحالی‌که واقعاً فرزندش زنده است). ابراهیم پاشا پس از برگشت از جنگ سعی در به‌دست آوردن دل خدیجه سلطان و درست کردن رابطهٔ خود می‌کند. در عین حال همسر محبوب شاهزاده مصطفی در قصر مانیسا باردار است. ابتدا خرم سلطان فیروزه را برای محمد در نظر می‌گیرد، اما بعد می‌فهمد که او با شاه رابطه داشته و نمی‌تواند عروسش باشد. نگار خاتون، با پافشاریِ خدیجه سلطان، با رستم پاشا که یکی از افراد خرم سلطان است ازدواج می‌کند. خرم سلطان به انتقام می‌اندیشد و افرادِ قصر سعی می‌کنند فیروزه خاتون را از آسیب خرم سلطان و انتقامش حفظ کنند. خرم سلطان در همین بین فرزند نگار خاتون را با دسیسه به‌دست می‌آورد و قصد معامله با ابراهیم پاشا را دارد. او در این معامله فرزند ابراهیم را درعوضِ اینکه ابراهیم پاشا فیروزه خاتون را به بیرون قصر بیندازد معاوضه می‌کند، اما ابراهیم پس از اینکه فرزندش را می‌گیرد، فیروزه را که به بیرون انداخته‌بود برمی‌گرداند و خرم سلطان بسیار عصبانی قسم می‌خورَد که از ابراهیم پاشا انتقام بگیرد و جنگ میان آن دو آنقدر ادامه پیدا می‌کند که به مرگ ابراهیم پاشا منجر می‌شود. خرم سلطان از طریق ایاز پاشا ابراهیم پاشا را از چشم سلطان سلیمان می‌اندازد و سلیمان بعد از گفتگو با جناب کادی (جناب قاضی)، حکم قتل ابراهیم پاشا را در خواب می‌دهد و سپس ابراهیم پاشا، که به افطار از طرف سلطان سلیمان دعوت شده‌بود، هنگامی که قصد بازگشت داشت، سلیمان به او دستور داد تا در اتاقی در قصر بماند و چند لحظه بعد که سلیمان برای خواب می‌رفت، جلادان به اتاق ابراهیم پاشا می‌روند و او را می‌کشند و هنگامی که از اتاق خارج می‌شوند سمبل آقا آن‌ها را می‌بیند و به خرم سلطان خبر می‌دهد و جسد ابراهیم پاشا را برای آخرین بار به قصرش می‌برند. بعد از آن، خدیجه سلطان و شاه سلطان (خواهر دیگرِ سلطان سلیمان) متحد می‌شوند خرم سلطان را نابود کنند و دیوان را در دست بگیرند و از نفوذ خرم سلطان و رستم پاشا به دیوان جلوگیری کنند و لطفی پاشا (شوهر شاه سلطان) وارد دیوان می‌شود. سلیمان به جنگ می رود و هنگامی که در جنگ است شاه سلطان دسیسه می کند و خبر دروغین به شدت زخمی شدن سلیمان را به خرم می دهد با این خیال که خرم فرزندانش را به تخت بنشاند و خبر می دهد که مصطفی در حال امدن به پایتخت است ولی خرم اعتنا نمی‌کند و به سلیمان خیانت نمی‌کند و در عوض برای محافظت از فرزندانش در مقابل شاهزاده مصطفی آنها را از قصر خارج میکند ولی بعد متوجه می شود که تمام این قصه دسیسه و دروغ شاه سلطان بوده است. در همین هنگام، مهرماه سلطان عاشق یحیی داشلی جادی، دست راست شاهزاده مصطفی است که ماهی‌دوران سلطان متوجه می‌شود و مانع ادامهٔ دیدار آن دو می‌شود. مالکوچ‌اوغلو (بالی خان) به قصر می‌آید و همراه لطفی پاشا از رستم پاشا متنفر هستند و قصد نابودی او را دارند و مهرماه سلطان عاشق بالی خان می‌شود. بعدِ مدتی، مهرماه سلطان خبردار می‌شود که بالی خان با زن دیگری در رابطه است؛ در همین حین سکه های ابراهیم پاشا که تماماً باید تحویل خزانه میشدند توسط خدیجه سلطان در زیرزمین قصر پنهان شده بودند و شاه سلطان و لطفی پاشا هم در جریان بودند که رستم پاشا به سلیمان خبر داد و سلیمان بسیار عصبانی شد و اعتمادش به شاه سلطان هم کمتر شد. به‌همین‌دلیل خرم سلطان که می‌خواست وی را به رستم پاشا شوهر دهد اما مهرماه سلطان مخالفت می‌کرد، حالا جواب بله داد. شاه سلطان و خدیجه سلطان، که خیلی ناراحت بودند، مدام سعی داشتند که رستم را از مهرماه دور کنند، چون می‌دانستند که مهرماه سلطان و خرم سلطان قدرتی دست‌نیافتنی پیدا می‌کنند، مدام دست به دور نگهداشتن و اقدام به قتل رستم می‌زدند حتی به دستور ماهی دوران شایعه کردند که رستم پاشا مریضی جزام دارد و سلیمان خیلی ناراحت شد ولی خرم گفت باید حکیم مخصوص برود معاینه که وقتی معاینه کرد با دیدن شپش روی سر رستم مطمئین شد که جزام ندارد چون کسی که جزام دارد هرگز نمی‌تواند شپش داشته باشد. در راه آمدن رستم به پایتخت هم قصد جان رستم را کردند ولی رستم با دو کاروان در حال آمدن بود و در نهایت بسلامت به پایتخت رسید.. سپس بعدِ مدتی مهری ماه سلطان به همسری رستم پاشا درآمد تا این‌که دختری به نام عایشه هماشا سلطان به دنیا آورد. پس از مدتی وقتی سلیمان در جنگ بود خریجه سلطان دسیسه کرد و خبر داد که شاهزاده سلیم در قونیه بشدت مریض است به همین دلیل خرم عزم سفر کرد ولی تماماً دسیسه خدیجه سلطان بود و خرم در جنگل ربوده شد. سلطان سلیمان از این موضوع خیلی ناراحت بود و از شاهزاده مصطفی و ماهی‌دوران و شاه سلطان و خدیجه سلطان و همهٔ افراد دربار بازجویی کرد. در نهایت مشخص شد که خدیجه سلطان در ربوده شدن خرم دست داشته است و وقتی سلیمان می فهد خدیجه خودکشی میکند و درآغوش سلیمان جان می دهد. لطفی پاشا بر سر جمع آوری زن های خراب دعوا می کند و او را کتک میزند که سلیمان از راه میرسید و دستور قتل لطفی پاشا که وزیر اعظمش بود را می دهد که با پادرمیانی دخترش تبعید را جایگزین قتل میکنند. در نبود خرم سلطان مهریماه حرم را اداره میکند و وقتی پدرش در جنگ است به شاه سلطان دستور می دهد که از قصر برای همیشه برود و سکه های ذخیره اش را به خیریه خرم سلطان هدیه بدهد.