استقلال به مانند ابتدای فصل، مجدداً مغلوب سپاهان اصفهان شد، آبی‌پوشان در بازی هفته شانزدهم با نتیجه دو بر یک مقابل میزبان اصفهانی خود شکست خورد. سپاهان با گلزنی امید نورافکن روی اشتباه مهلک علیرضا رضایی که جانشین سید حسین حسینی شده بود، به گل اول رسید، اما این گل به وسیله مطهری با کمک یامگا پاسخ داده شد؛ اما در نهایت با پنالتی جنجالی و مشکوکی که توسط یزدانی روی مغانلو صورت گرفت، سپاهان با شوت رضائیان به گل دوم و پیروزی‌بخش رسید. پس از این مسابقه به واسطه عملکرد ضعیف یزدانی و به‌خصوص نمایش وی در دیدار با سپاهان از تیم با دستور سرمربی، اخراج شد. در هفته هفدهم استقلال در ورزشگاه آزادی با چهار گل ملوان را در هم کوبید و توانست به طور قابل قبولی از بحران خارج شود. برای استقلال در این بازی قاضی‌پور (بازیکن ملوان)، محبی، مطهری و چشمی گلزنی کردند. این بازی بعد از چندین ماه غیبت تماشاگران با حضور هزار هوادار استقلالی برگزار شد. برد ۳ بر ۲ ماحصل تلاش شاگردان ساپینتو در انتهای بازی هفته هجدهم استقلال در ورزشگاه باهنر در برابر تیم مس بود. همانند بازی قبلی گل اول استقلال یک گل به خودی بازیکنان حریف بود. میلاد خدایی مدافع تیم مس پاس قایدی را به اشتباه درون دروازه مس قرار داد. در ادامه سلمانی و قایدی گلهای بعدی استقلال را به ثمر رساندند. در انتهای این بازی اتفاقاتی افتاد که در پی این حواشی بازهم ساپینتو از کنار زمین اخراج شد. هفته نوزدهم برای استقلال در حالی شروع شد که برای پنجمین بازی در طول فصل سرمربی خود را بر روی نیمکت را نداشت. آبی‌های تهرانی در این بازی با دو گل قایدی و تک گل رضاوند به برتری سه بر یک رسیدند. نکته جالب این دیدار مصدومیت رضایی دروازه‌بان دوم استقلال بود و سعیدی‌فر دروازه‌بان سوم این تیم در نیمه دوم از دروازه استقلال محافظت کرد. بازی هفته بیستم با یک روز تاخیر به خاطر بارش برف در تاریخ ۲۴ بهمن برگزار شد. در این بازی شاگردان ساپینتو با نتیجه دو بر صفر به پیروزی رسیدند. قایدی و حردانی گلزنان استقلال در بازی بیستم فصل بودند. استقلال در هفته بیست و یکم علیرغم بازی خوبی که در برابر تیم نساجی ارائه کرد دو امتیاز حساس را از دست داد. در این بازی ابتدا مطهری استقلال را پیش انداخت ولی در ادامه تیم نساجی با زدن گل مساوی موفق شد استقلال را پس از کسب چهار برد متوالی متوقف کند. هفته بیست دوم مصادف شد با کسب یک برد دراماتیک برای استقلال و شاگردان ساپینتو. در این بازی استقلال نیمه اول را بازنده به رختکن رفت و در حالی که ۳۷ ثانیه نیز از ۴۵ دقیقه نیمه دوم بازی گذشته بود گل‌گهر همچنان برنده بازی با همان یک گل بود که در این لحظه میرزایی موفق به زدن گل مساوی برای استقلال شد. در ادامه داور یک خطای پنالتی بر روی میرزایی اعلام کرد که این ضربه پنالتی توسط یامگا تبدیل به گل شد تا استقلال صاحب یک برد هیجان انگیز و حساس شود. در هفته بیست و سوم استقلال با دو گل یامگا و قایدی تیم فولاد را در ورزشگاه فولاد آره‌نا شکست داد و به واسطه شکست پرسپولیس برابر سپاهان در تهران، آبی‌پوشان سال ۱۴۰۱ را با قرار گرفتن در رتبه دوم جدول به پایان برساند. استقلال در اولین بازی خود در سال ۱۴۰۲ با نتیجه دو بر صفر تیم ذوب‌آهن را شکست داد. گلهای استقلال توسط قایدی و یامگا به ثمر رسید.استقلال در بازی هفته بیست و ششم با تک گل قایدی موفق به شکست تیم آلومینیوم در ورزشگاه امام خمینی شهر اراک شد. در ادامه بازی‌های این هفته سپاهان در تبریز مغلوب تراکتور شد تا به این ترتیب استقلال برای اولین بار در این فصل با تیم صدرنشین هم امتیاز شود ولی به خاطر تفاضل گل کمتر باز هم طعم واقعی صدرنشینی را در این فصل تجربه نکرد. استقلال در هفته ۲۶ لیگ با نتیجه پرگل شش بر یک تیم هوادار را مغلوب کرد. برای استقلال رضاوند، محبی (دو گل)، مهری، قایدی و حسینی گلزنی کردند. چهار نکته جالب در مورد این بازی وجود دارد. یک: این بازی پرگلترین بازی استقلال در بازیهای این فصل بود. دو: هر شش گل استقلال در نیمه دوم به ثمر رسید. سه: برای اولین بار در تاریخ باشگاه یک دروازه‌بان برای استقلال گلزنی کرد. چهار : استقلال برای اولین بار در این فصل صدرنشین لیگ برتر شد. استقلال در هفته بیست و هفتم لیگ یا یک گل دربی شماره صد را به پرسپولیس واگذار کرد و با این شکست از کورس قهرمانی جاماند.اثرات ناکامی در دربی در هفته بیست و هشتم نیز بروز کرد و آبی‌پوشان در ورزشگاه آزادی در برابر تیم نفت آبادان تن به تساوی یک بر یک دادند. در هفته بیست و نهم لیگ برتر شاگردان ساپینتو موفق به کامبک در برابر تیم مس رفسنجان شدند و در حالی که با یک گل از این تیم عقب بودند با گلهای مرادمند و محبی به بازی برگشتند و توانستند این تیم را در ورشگاه خانگیش مغلوب کنند. بازی پایانی این فصل از بازیهای لیگ برتر برای استقلال همراه با رقم خوردن بهترین نتیجه این تیم در تاریخ لیگ برتر بود. در این بازی آبی‌پوشان با نتیجه پر گل هفت بر یک تیم تراکتور را در هم کوبید. مهدی قایدی در این بازی برای استفلال هتریک کرد و دیگر گلهای استقلال توسط جلالی، مرادمند، رضاوند و سلمانی به ثمر رسید. با گلی که مغانلو در لحظات پایانی بازی سپاهان و مس کرمان به ثمر رساند با ۱۳ گل به تنهایی عنوان آقای گلی را کسب کرد و هتریک در بازی با تراکتور کمکی به قایدی در کسب عنوان آقای گلی نکرد. با کسب این سه امتیاز شیرین مجموع امتیازات استقلال در این فصل به عدد ۶۲ رسید و این تیم در رتبه سوم جدول بیست و دومین دوره لیگ برتر را به پایان رساند. استقلال با زدن ۵۲ گل عنوان بهترین خط حمله لیگ را از آن خود کرد. همچنین استقلال با گلزنی در یازده هفته متوالی از این لحاظ نیز بهترین عملکرد را در این فصل در بین ۱۶ تیم حاضر داشت.