در ۴۸۰م آخرین امپراتور ژولیوس نپوس به قتل می‌رسد و اودوآکر ژنرال بربرها در برابر زنون امپراتور شرق اعلان تابعیت و وفاداری می‌کند. علی‌رغم اینکه اسماٌ به کنستانتینوپل اعلان وفاداری می‌شود، اودوآکر و بعد از او اوستروگوتها عملاً روم را به صورت خود مختار از راونا اداره می‌کردند. در همین احوال سنا اگر چه مدت‌ها دیگر قدرتی نداشت، توسط پاپ‌ها که معمولاً از اقوام سناتورها انتخاب می‌شدند، شروع به اداره خود رم کرد. این وضعیت ادامه داشت تا اینکه تئوداد شاه گوتها، لکه آمالاسونتا هم پیمان ژوستینیان را به قتل می‌رساند، ملکه ای گوتیک و دوستار روم که در ۵۳۵م قدرت را در دست می‌گیرد. ژوستینیان اول (حکومت ۵۲۷–۵۶۵)، این را بهانه قرار داد و نیروهای خود را به فرماندهی بالیساریوس به ایتالیا اعزام کرد. در سال بعد در ۵۳۶ شهر را به تصرف درمی‌آورد، و رومی‌های شرقی از شهر که به مدت یک سال توسط ارتش اوستروگوت‌ها به محاصره درآمده بود با موفقیت دفاع می‌کنند، و در نهایت راونا را نیز می‌گیرند. در هر صورت مقاومت گوت‌ها باقی ماند، و در ۵۴۶ اوستروکوتها به فرمان توتیلا دوباره رم را تصرف و غارت کردند.بلیساریوس به زودی رم را بازپس می‌گیرد، اما اوستروگوت‌ها دوباره آن را در ۵۴۹ اشغال می‌کنند. بعد از باسیلیوس نوبت نارسس می‌شود؛ و او در ۵۵۲ رم را برای همیشه از اوستروگوتها می‌گیرد، و به جنگ‌هایی که جنگ‌ها گوتیک خوانده می‌شود پایان می‌دهد. جنگ‌هایی که بین سال‌های ۵۳۰ و ۵۴۰ شهر را کاملاً ویران ساخت. به علت عدم بازسازی سیستم تخله آب زمین‌های پست به باتلاق تبدیل شده و در نیمه دوم قرن ۱۶خاکریزهای رود تیبر نیز رو به خرابی گذاشته بود.P. Llewellyn, "Rome in the Dark Ages" (London 1993), p. 97. در این شرایط مالاریا گسترش پیدا می‌کند. کانال‌های آب به جزء یکی تعمیر نشده بودند. جمعیت بدون ورود غلات و روغن از سیسیل به کمتر از ۵۰۰۰۰ نفر رسید که در اطراف رود تیبر و کمپوس ماریوس ساکن بودند؛ و نواحی بی آب متروک شد. ژوستینیان اول بودجه ای برای ترمیم ساختمان‌های عمومی، پل‌ها، و کانال‌های آب اختصاص می‌دهد. اینها کافی نبود. او خود را حامی باقی مانده محققان، سخنوران، پزشکان و وکلا نشان می‌داد که امیدوار است در نهایت جوانان بیشتری به دنبال آموزش بهتر باشند. بعد از جنگها، سنا به ظاهر باز سازی شد، اما تحت نظارت شورای شهر و دیگر سازمان‌ها، و پاسخگو درمقابل مقامات روم شرقی که در راونا مستقر بودند. در هر صورت، پاپ یکی از شخصیت‌های مذهبی در تمام روم شرقی بود که درعمل از بقیه سناتورها و مقامات روم شرقی قدرتمند تر بود. عملاً قدرت محلی رم به پاپ رسیده بود؛ و در چند دهه بعد بیشتر پست‌های سناتورها و مقامات محلی روم شرقی جذب کلیسا شده بودند. از زمان حمله لومباردها به رهبری آلبوئین در زمان حکومت برادرزاده ژوستینیان و جانشینش ژوستین دوم (حکومت ۵۶۵–۵۷۵م) ایتالیا بود که فرمان می‌راند نه روم شرقی. با اشغال مناطق بنونتو، لومباردی، پیدمونت، اسپولتو، و توسکانی، مهاجمین عملاً امپراتوری را محدود کردند به جزیره ای که تعدادی شهرهای ساحلی دور آن را گرفته، شامل راونا، ناپل، و رم و منطقه ای که در آینده نام آن ونیز می‌شود. تنها شهر داخلی که در کنترل روم شرقی قرار می‌گیرد پروژا است؛ که مکرراً از راه خشکی میان رم و راونا مورد تهدید قرار می‌گرفت. در ۵۷۸م و دوباره در ۵۸۰، سنا در مقابل اقدامات دوک‌ها از تیبریوس دوم (حکومت ۵۷۸–۵۸۲) تقاضای کمک می‌کند. \s پس از او مائوریس (حکومت ۵۸۲–۶۰۲) جهت ادامه نبرد با دوکها با شیلدبرت دوم شاه اتریش (حکومت ۵۷۵–۵۹۵) هم پیمان می‌شود. ارتش فرانک‌ها در ۵۸۴و۵۸۵و۵۸۸و۵۹۰ به قلمرو لومباردها هجوم می‌کند. روم از فاجعه طغیان تیبر در ۵۸۹ و به دنبال آن طاعون ۵۹۰رنج می‌برد. پاپ گرگوری اول(۵۹۰–۶۰۴) بالای مقبره هادریان می‌رود و به نشانه پایان یافتن طاعون شمشیر آهنینی را در غلاف فرو می‌برد. به هرحال آگیلولف شاه جدید لومبارد (۵۹۰–۶۱۶)، ترتیب صلح با شیلدبرت دوم را می‌دهد، و خود را دوباره سازماندهی می‌کند تا عملیاتش را علیه ناپل و رم در ۵۹۲ از سر بگیرد. در شرایطی که امپراتور گرفتار جنگ در مرزهای شرقی و مناطق خودمختار بود و نمی‌توانست روم را در مقابل تهاجمات حفظ کند، پاپ گرگوری دست به ابتکار مذاکره صلح می‌زند؛ و در ۵۹۸ این مذاکرات تکمیل می‌شود. موقعیت اسقف رم با قدرت گرفتن امپراتور فوکاس (حکومت ۶۰۲–۶۱۰) بیشتر می‌شود. فوکاس قدرت اسقف رم را بالاتر از قانون تفوق دینی کنستانتینوپل که تا آن موقع جاری بود قرار داد؛ و حتی دستور تفوق پاپ بونی فاس سوم(۶۰۷) بر تمام کلیساها را صادر کرد. او همچنین پانتئون را که قرن‌ها بسته بود به پاپ واگذار کرد، و بدین ترتیب احتمالاً از خرابی محفوظ ماند. در طول قرن هفتم، نفوذ مقامات بیزانس و اصحاب کلیسا از تمام نقاط باعث شد هم اریستوکراسی محلی و هم مقامات کلیسا به طرز گسترده‌ای به زبان یونانی صحبت کنند. جمعیت رم به ۹۰۰۰۰ رسیدRichard Krautheimer, Rome, Profile of a City 312–1308, 2000 pp. 62–64 یازده پاپ از سیزده یاپ بین سالهای ۶۷۸ تا ۷۵۲ یونانی‌های سوریه ای‌تبار بودند.Krautheimer, p. 90 به هر حال مشترکات قوی فرهنگ رومی و بیزانسی باعث هماهنگی رم و بیزانس نشد. در مشاچرات دربارهٔ یگانگی شخصیت عیسی مسیح (ع)، تغییر موضع دینی کنستانتینوپل، پاپ را در فشار قرار می‌داد؛ و گاهی این فشار فراتر از مباحثات لفظی بود. در ۶۵۳ پاپ مارتین یکم به کنستانتینوپل تبعید می‌شود و بعد از یک محاکمه نمایشی به شبه جزیره کریمه تبعید و در آنجا می‌میرد. سپس در ۶۶۳ کنستانس دوم بعد از دو قرن اولین امپراتوری بود که از رم بازدید می‌کرد. بعد از جنگ‌های گوتیک بازدید این امپراتور بدترین فاجعه بود. امپراتور، رم را از فلزات تخلیه می‌کند، که شامل آنچه در ساختمان‌ها و مجسمه‌ها نیز می‌شد، تا برای جنگ با ساراسنها اسلحه بسازد. در هر حال در نیمه بعدی قرن، رم و مقامات پاپی ترجیح می‌دادند حکومت بیزانس در روم برقرار باشد تا قسمتی به این دلیل که قدرت جانشین لومباردها بودند و قسمتی هم به این دلیل که مواد غذایی رم تا حد زیادی از ایالات پاپی می‌آمد که در تمام امپراتور مخصوصاً در سیسیل گسترده بود.