تاریخ قطعی ورود مسیحیت به ایران را نمی‌توان مشخص کرد ولی به احتمال زیاد از همان سدهٔ نخست میلادی مبلغان مسیحی تبلیغ خود را در ایران آغاز کرده‌اند. شاید نخستین آشنایی ایرانی‌ها با مسیحیت از طریق دو شهر ادسا و آربلا واقع در شمال میان‌رودان بوده‌است، زیرا این دو شهر از نخستین مراکز فعالیت تبلیغی مبلغان مسیحی بودند. مسیحیت در دورهٔ اشکانیان از طریق این شهرها وارد ایران شد. نخستین کلیسا نیز در شهر ادسا تأسیس شد و مسیحیت به تدریج از آن‌جا به آتورپاتکان و میان‌رودان گسترش یافت تا آن‌که، شهر آربلا مرکزیت دینی و انجیلی پیدا کرد. به تدریج در دیگر نقاط ایران نیز کلیساهایی ساخته شد و برای ادارهٔ کلیساها نواحی اسقفی نیز به وجود آمد. معروف است که با درخواست ، حاکم ادسا از توماس، یکی از حواریون حضرت عیسی برای تبلیغ مسیحیت در ادسا وی را برای تبلیغ به آن‌جا فرستاد ظهور مسیح در نیمه فرمانروایی اشکانیان روی داده‌است و از سوی دیگر دامنه این رویداد به قلمرو، ایران یعنی آتورپاتکان نیز کشیده شده‌است. این رویداد با آدای مقدس و آیینی دینی که هنوز هم از سوی ارمنی‌های ایران برگزار می‌شود در پیوند است. داستان افسانه وار نامه آبگار به مسیح و اعزام آدای یا تادی به اسروئن از سوی مسیح و جریان گرویدن آبگار به مسیحیت و آمدن او به آتورپاتکان و کور شدن او در آن‌جا جالب توجه است. به گفته موسی خورنی پس از عروج عیسی، توماس حواری، تادئوس را که یکی از ۱۲ حواری، بود در پاسخ به نامه آبگار به عیسی، مأمور ادسا پایتخت اسروئن می‌کند و تادئوس پس از معالجه آبگار و دیگر بیماران مردم آن‌جا را مسیحی می‌کند. آننون پسر آبگار به سبب اختلاف با آدای دستور داد تا پاهای آدای (تادئوس) را قطع کنند و سبب شهادت او شد. آرامگاه او در کلیسای تادئوس مقدس در شهرستان چالدران قرار دارد، هر چند مشخص نیست که چگونه جسد او در زمان اشکانیان به آتورپاتکان منتقل شده‌است، اما حتی در صورت غیر واقعی یا افسانه بودن این داستان، نشان از حضور مسیحیت در دوران اشکانی در ایران داشته که دلیل بر اختلافات شدید دینی در اسروئن و آزادی مذهبی در زمان اشکانی دارد، امروزه این کلیسای واقع در استان آذربایجان غربی از آثار میراث فرهنگی ثبت جهانی بوده و هر ساله محل اجتماع هزاران مسیحی از سراسر دنیا می‌باشد. آدای در سال ۱۰۰م، مار پقیدا (ماری) را به سمت اسقفی آربلا انتخاب کرد ظاهراً مار پقیدا حدود سال‌های ۷۹ تا ۱۱۶م. به سلوکیه تیسفون نیز مسافرت کرده و به احتمال زیاد این سفر برای بررسی اوضاع مسیحیان ایران بوده‌است. تسامح دینی در دوره اشکانی (۲۵۰ پ. م تا ۲۲۴م) سبب آزادی عمل مبلغان مسیحی در تبلیغ دین خود در ایران شد و همین سبب گسترش سریع مسیحیت در ایران شد. اوضاع مسیحیان ایران به اندازه ای خوب بود که مسیحیانی که در امپراتوری روم مورد تعقیب و آزار قرار می‌گرفتند، برای به دست آوردن آسایش به ایران پناه می‌آوردند و وجود آن‌ها نیز به پیشرفت بیشتر مسیحیت و کلیسا در ایران کمک می‌کرد با وجود تسامح دینی اشکانیان، وقایع‌نامه آربلا از شمعون، از اسقف آربلا، به عنوان نخستین شهید در این سرزمین یاد می‌کند که در سال ۱۲۳م. به دلیل مخالفت با موبدان زرتشتی به قتل رسیده‌است. اندک زمانی پس از آن و در حدود ۱۵۰م آیین مسیحیت به واسطه بازرگان‌ها و مبلغان مذهبی کلیساهای ادسا و آربلا، در گیلان، گرگان و میان‌رودان رواج یافته و آربلا به تدریج مرکز مسیحیت در میان‌رودان شد. گزارش‌ها حاکی از آن است که در سال ۱۹۶م. مسیحیان در گیلان و باکتریا حضور داشته‌اند. سرعت گسترش مسیحیت در شرق به اندازه‌ای بود که در سال ۲۲۵م. و هم‌زمان با سقوط، اشکانیان، ۲۰ اسقف‌نشین در میان‌رودان و ایران وجود داشته‌اند، که بیانگر تلاش فراوان مبلغان مسیحی و آمادگی فضای جوامع میان‌رودان و ایران برای پذیرش اندیشه مذهبی مسیحی بوده‌است. با تأسیس شاهنشاهی ساسانی (۲۲۴–۶۵۱م) دین زرتشتی به عنوان دین رسمی شاهنشاهی پذیرفته شد و بر نفوذ موبدان زرتشتی در ساختار حکومت افزوده شد. از وضعیت مسیحیان ایران در دوران حکمرانی اردشیر یکم اطلاع دقیقی در دست نیست و تنها می‌دانیم که شهر ریو اردشیر در نزدیکی یک کلیسای قدیمی ساخته شد که این کلیسا در مرکز شهر قرار گرفت وقایع نامه آربلا از آرامش مسیحیان ایران در دوران اردشیر یکم حکایت می‌کند، ولی موقعیت مسیحیان ساکن در ایران به مرور زمان رو به وخامت گذاشته و این امر هم‌زمان با شروع جنگ‌های ایران و روم در زمان شاپور یکم بوده‌است. شاپور در سال ۲۶۰م. بر والرین امپراتور روم پیروز شد و بر مناطق مسیحی نشین ،انطاکیه کاپادوکیه و کیلیکیه در آناتولی دست یافت و والرین همراه با هزاران نفر اسیر رومی و گروهی از اهالی این نواحی به بابل، میشان، بیشاپور و بخش‌هایی از خوزستان منتقل شدند. شمار زیادی از این اسیران مسیحی بودند و حتی برخی از روحانیون بزرگ مسیحی مانند ، اسقف انطاکیه نیز در میان این اسیران حضور داشتند. با ورود افراد جدید جامعه مسیحی ایران متشکل از دو گروه مسیحیان بومی متأثر از فرهنگ سریانی - آرامی و مسیحیان تازه‌وارد متأثر از فرهنگ یونانی رومی بود، که از نظر زبانی و برخی عقاید دینی با یکدیگر تفاوت داشتند اسیران رومی در ایرانشهر واقع در خوزستان، دو کلیسا داشتند که در یکی مراسم دینی به زبان یونانی و در دیگری به زبان سریانی انجام می‌شد این دوگانگی فرهنگی میان مسیحیان ایران حتی در کتیبهٔ کعبه زرتشت کرتیر نیز منعکس شده‌است. کرتیر که یکی از بانفوذترین روحانیون زرتشتی در دوره ساسانی است. در این کتیبه ضمن بیان فعالیت‌های دینی خود و تنبیه غیر زرتشتی‌ها، به دو گروه از مسیحیان به نام نصارا (مسیحیان بومی) و کریستیان (مسیحیان یونانی زبان) اشاره می‌کند. در این کتیبه از ویرانی معابد و پرستشگاه‌های اقلیت‌های غیر زرتشتی نیز یاد شده‌است و ظاهراً این امر ویرانی یا تعطیلی کلیساها و دیرهای مسیحیان را نیز به دنبال داشته‌است. در نیمهٔ سدهٔ سوم میلادی با حضور اسرای مسیحی در ایران هم بر شمار مسیحیان ایران افزوده شد و هم تا حدودی ساختار جامعه مسیحی ایران تقویت شد. با توجه به مناسبات شاپور یکم با مانی، چنین به نظر می‌رسد که سیاست دینی او بر اساس مدارا با ادیان و فرق مختلف بوده‌است. شواهد تاریخی نیز نشان دهنده این امر است که در دوران زندگی مانی مناظره‌هایی میان مسیحی‌ها و مانوی‌ها صورت گرفته‌است و اسقف شهر کسکر در یکی از این مناظره‌ها حضور داشته‌است. هرمز یکم جانشین شاپور یکم، نیز کمابیش چنین سیاستی را در خصوص اقلیت-های مسیحی و یهودی در پیش گرفت. ولی در زمان حکمرانی بهرام یکم و همزمان با سرکوب و کشتار مانوی‌ها، بسیاری از مسیحی‌ها نیز به قتل رسیدند. هر چند برخی معتقدند که وی نیز با مسیحی‌ها به مدارا رفتار می‌کرد. با افزایش شمار مسیحی‌ها در ایران برخی از پادشاهان ساسانی نیز اقدام به ازدواج با زنان مسیحی کردند و همین باعث شد تا به تدریج این امر عادی شده و روحانیون زرتشتی هم نتوانند به مقابله با این گونه ازدواج‌ها بپردازند. نخستین نمونه از این ازدواج‌ها مربوط به بهرام دوم است که نزد برخی از معلم‌های مسیحی گیلان با زبان سریانی آشنا شده و همسری مسیحی اختیار کرد. این زنان مسیحی در گسترش مسیحیت و حمایت پادشاهان ساسانی از دین مسیحی نقش بسیار مهمی داشتند.