ترکان خاتون بار دیگر به کوشش برخاست و اینبار با پیشنهاد ازدواج به تاج‌الدوله تُتُش بن آلب ارسلان، عموی برکیارق و حاکم سوریه او را به همکاری دعوت کرد. در این زمان تُتُش مهم‌ترین مدعی حکومت سلجوقیان بود. او در گذشته، هنگامی که برای ملاقات با برادرش ملکشاه به بغداد می‌آمد، در منطقهٔ هیت واقع در کنار فرات، از مرگ او آگاه شد و بیدرنگ خود را سلطان سلجوقیان خواند. چون تُتُش به سوریه بازگشت امیران بزرگ چون آق سنقر و بوزان و یاغی سیان را از سلطنت خود مطلع کرد و از آن‌ها خواست که همراه با نیروهای خود به او بپیوندند. آن‌ها چاره‌ای نداشتند و در محل فرمانروایی خود خطبه به نام او خواندند. چندی بعد، تُتُش با آق سنقر و یاغی سیان، رحبه را گرفت و تُتُش در محرم سال ۴۸۶ ه‍.ق وارد شهر شد و خود را سلطان سلجوقیان بزرگ خواند. سپس رقه و نصیبین و موصل را هم گرفت. در این حال تُتُش نماینده‌ای به بغداد نزد گوهر آیین شحنهٔ بغداد فرستاد و از او خواست که در بغداد خطبه سلطنت به نام بخوانند. گوهر آیین نیز با او وعدهٔ مناسب داد و گفت که منتظر ورود سپاهیان او خواهد ماند. تُتُش در ربیع‌الثانی سال ۴۸۶ ه‍.ق از موصل به دیاربکر رفت و میافارقین و دیگر شهرهای آن سرزمین را گرفت و به سوی آذربایجان لشکر کشید و بدون اینکه با مقاومت سختی مواجه شود، وارد تبریز شد. برکیارق در برابر تُتُش، از سویی آماده جنگ شد و از سوی دیگر مخفیانه تلاش می‌کرد تا همکاری و دوستی فرماندهان پدرش مانند آق سنقر و بوزان را به دست آورد. سرانجام در جنگی که در نزدیکی ری اتفاق افتاد، امیر آق سنقر و امیر بوزان، شب همراه با سربازان خود به اردوی برکیارق پیوستند؛ بنابراین تُتُش که دیگر قدرت جگ با سپاه برکیارق را نداشت، در ذیقعدهٔ سال ۴۸۶ ه‍.ق به دمشق برگشت. برکیارق هم پس از این پیروزی، از امیر آق سنقر و امیر بوزان سپاسگزاری کرد و آن‌ها را مورد لطف قرار داد و آن‌ها به حلب و اورفه برگشتند و در قلمرو حکومت خود به نام برکیارق خطبه خواندند. بعد از این بود که برکیارق در ذیحجه سال ۴۸۶ ه‍.ق به بغداد رفت و از خلیفه خواست تا خطبه به نام او بخواند. خلیفه المقتدر فرمان سلطنت سلجوقیان را به نام برکیارق صادر کرد و به او لقب رکن الدنیا و الدین داد و خود او به زودی درگذشت و پسرش المستظهر خلیفه شد. در زمانی که برکیارق در بغداد بود و خطبه به نام او خوانده می‌شد، عموی او تکش که قبلاً دو بار قیام کرده بود و چشمان او را کور کرده بودند، دوباره مدعی سلطنت شد. برکیارق این عموی خود را که در قلعهٔ تکریت زندانی بود، به بغداد آورد و تحت نظر قرار داد. با وجود این، تکش با یاران خود در بلخ و طخارستان و همچنین با برادر خود تُتُش ارتباط برقرار کرد، و مخفیانه طرح سرنگون کردن برکیارق را ریخت. هنگامی که برکیارق از این توطئه‌ها مطلع شد، در ربیع‌الاول سال ۴۸۷ ه‍.ق دستور داد این عموی او را خفه کردند و در بغداد او را به خاک سپردند در این هنگام، تاج الدوله تُتُش با جمع‌آوری نیروهای تازه، به حلب و حوالی آن لشکر کشید. آق سنقر از برکیارق کمنک خواست و او هم سپاهی به حلب فرستاد. آق سنقر با این نیروهای کمکی در روز ۹ جمادی‌الاول سال ۴۸۷ ه‍.ق با تُتُش جنگید، اما شکست خورد و اسیر و اعدام شد. تُتُش که منطقه را در کنترل گرفته بود، از طریق جزیره به همدان آمد تا با ترکان خاتون ملاقات کند، اما در این هنگام بود که خبر مرگ ترکان خاتون رسید. نیروهای ترکان خاتون به تُتُش پیوستند و او هم یعقوب بن اباق از امیران ترکمن را با سپاهی به جنگ برکیارق در اصفهان فرستاد. یعقوب با حمله‌ای ناگهانی برکیارق را شکست داد، و با این پیروزی در شوال سال ۴۸۷ ه‍.ق در بغداد به نام تاج الدوله تُتُش خطبه خواندند. برکیارق که با دشواری جان خود را نجات داده بود، همراه با چند تن از یاران خود به نزدیکی اصفهان گریخت. یاران محمود بن ملکشاه او را گرفتند و زندانی کردند. بین اونر و بیگله بیک دربارهٔ میل کشیدن چشمان برکیارق و خاتمه دادن به ادعاهای سلطنت او اختلاف افتاد. از سوی دیگر، محمود گرفتار بیماری آبله شد و امراء هوادار محمود، ترجیح دادند که صبر کنند تا سرنوشت او معلوم شود. محمود از بیماری رهایی پیدا نکرد و در شوال ۴۸۷ ه‍.ق درگذشت، و امراء سپاه برکیارق را از زندان درآوردند و او را سلطان خواندند. در این میان، خود برکیارق هم به آبله دچار شد و تنها پس از دو ماه بهبود یافت.