moaminsharifi/fa-wiki-spell-checker huggingface dataset:
پس از کشتارِ کربلا، اهل بیتِ حسین را به اسیری گرفتند و روانهٔ کوفه کردند. به نقل از امالی شیخ طوسی، عالم شیعه، و مقتل خوارزمی، مورخ سنی، در راهِ کوفه، بر گردنِ علی بن حسین غُل و جامعهطوق‌مانندی که با آن دست‌ها و گردن را به‌هم می‌بندند.نهادند به نقل از ناسخ التواریخ چون بیمار بود و نمی‌توانست خود را روی شتر نگاه دارد، پاهایش را بر شکمِ شتر بستند. به‌نوشتهٔ خوارزمی، زین‌العابدین را که به دلیلِ بیماری ضعیف و لاغر شده بود، دست‌بسته به کوفه آوردند. وقتی دید مردم گریه می‌کنند، گفت: «اینان به خاطر ما می‌گریند؟ پس چه کسی ما را کشته‌است؟!»
هنگامی‌که او را نزد عبیدالله بن زیاد، حاکم کوفه، آوردند، بین او و ابن زیاد مجادله‌ای درگرفت. به نقل از طبری، ابن زیاد نامش را پرسید و وقتی زین العابدین گفت من علی هستم، ابن زیاد سؤال کرد مگر خدا علی بن الحسین را نکُشت. علی پاسخ داد برادری داشتم که مردم او را کشتند. ابن زیاد تکرار کرد که خدا او را کشته‌است. به نوشته طبری، علی با استناد به آیه ای از قرآن دلیل آورد که خداوند مردگان را قبض روح می‌کند. به این معنا که مردم، برادرم را کشتند و خدا او را قبض روح کرد. ابن زیاد خشمگین شده، حکمِ قتلش را صادر کرد، اما با سخنانِ زینب از این تصمیم منصرف شد. به نقل از طبری، ابن زیاد، علی بن حسین و دیگر اسیرانِ کربلا را در زندان نگاه داشت و نامه‌ای به شام نوشت تا از یزید کسبِ تکلیف کند. یزید از او خواست اسیران و سرهای کشته شدگانِ کربلا را نزد او بفرستد.
به نوشته سید جعفر شهیدی، مورخ شیعه، زین‌العابدین به‌همراه اسرا به نزدِ خلیفه وقت، یزید بن معاویه، در شام برده شد و در مسجدِ این شهر در پاسخ به شخصی که از طرفِ خلیفه، قصدِ بدنام کردنِ اهل بیت را داشت، خطبه‌ای ایراد کرد و ضمنِ معرفیِ خود و پدر و جدّش به مردم اظهار داشت، آنچه یزید بر زبان‌ها انداخته‌است درست نیست؛ پدر او خارجی نبوده و قصد نداشته‌است بین مسلمانان تفرقه ایجاد کند یا در بِلادِ اسلام فتنه برانگیزد؛ او برای حق و به‌دعوتِ کوفیان قیام کرد تا دین را از بدعتهایی که در آن گرفتار بود بزداید و به سادگی و اخلاصِ عصرِ جدّش رسول خدا برگرداند.
به نوشته شهیدی، مورخ شیعه، در چنین روزی یا روزی دیگر است که سجاد از یزید اجازه می‌خواهد تا بر منبر شود و «سخنی چند که موجب خشنودی خدا باشد» به مردم بگوید. خطبهٔ سجاد عبارت است از بزرگداشت خاندانش و ذکر مصائبی که بر آنها در واقعه کربلا رفته‌است. اما، هنوز سخنِ سجاد تمام نشده بود که مؤذن به «اشهد ان لا اله الا الله» رسید. علی بن حسین به یگانگیِ خداوند گواهی داد و وقتی مؤذن به «اشهد ان محمد رسول‌الله» رسید، از یزید پرسید: «آیا محمد جدِّ من است یا جدِّ تو؟» شهیدی در مورد اینکه چرا زین‌العابدین در این خطبه به معرفیِ خود و نسبتش با رسول خدا پرداخته‌است، می‌گوید مردمِ شام از مرکزِ اسلام دور بودند و از روشِ پیامبر و جایگاهِ اهل بیتِ وی آگاهی نداشتند. یعنی، مردم شام پیامبر اسلام را درک نکرده بودند و روشِ اصحاب او را نمی‌دانستند. برخی از صحابهٔ پیامبر هم که به شام رفته بودند، صاحب نفوذ نبودند. برای همین مردم شام روش معاویه و اطرافیانش را سنت مسلمانی می‌دانستند و کارهای آنان را تأیید می‌کردند. رسول جعفریان، مورخ شیعه، اهمیتِ دیگرِ این خطبه را در این می‌داند که معاویه و امویان همیشه سعی داشتند خاندانِ حسین را ذریهٔ علی بنامند و اجازه ندهند آنها خودشان را به پیامبر منتسب کنند. به نوشتهٔ اسدی این شناساییِ جدیدِ مردم شام از سجاد و پدرانش، زمینه برخوردِ خصمانهٔ مردم نظیر توهین و پرتاب سنگ را کمتر کرد. سجاد همچنین با ذکر مصائبی که در کربلا بر خاندانش رفته بود و با شعارهایی چون «أنا ابن المجزور الرأس من القفا» و «أنا ابن العطشان حتی قضی»ترجمه: «من پسر کسی هستم که سرش را از پشت سر قطع کردند.» و «من پسر کسی هستم که تشنه ماند تا آنکه جان داد.» معرفی کرد که موجب گریه و آلام حضار شد. به نوشته جعفریان، مورخ شیعه، یزید در این مجلس، برای کسب وجهه مردمی، گناهِ کشتارِ کربلا را به گردنِ ابن زیاد انداخت و اهل بیت را با احترام راهیِ مدینه کرد.
به نوشته مادلونگ و میرزاپور، در زمان حیاتِ حسین بن علی، همهٔ شیعیان او را به‌عنوانِ امام و رهبرِ شیعه می‌شناختند. پس از قتل عامِ حسین و همراهانش در دشتِ کربلا، زین‌العابدین پس از دورانِ اسارت اجازه پیدا کرد به مدینه برگردد. او در مدینه انزوا اختیار کرد و جز با معدودی از یارانِ نزدیکش با کسی ارتباط نداشت. همچنین از هر گونه فعالیتِ سیاسی خودداری می‌کرد. این انزوا که تا حدِ زیادی متأثر از اختناقِ حکومتِ اموی بود، باعث ایجادِ خلاء در جامعهٔ شیعه شد و تردیدهایی دربارهٔ اینکه چه کسی رهبر شیعه است به وجود آورد. با این وجود، حکومت وقت، به جهت شکل‌گیری جوی منفی علیه خویش، وی را که وارث خون حسین بن علی محسوب می‌شد، تحت نظارت شدیدی قرار داد به طوری که کوچکترین تماس و حرکت علی بن حسین، به حاکمان وقت گزارش می‌شد.
شیخ صدوق، محدث شیعه، در "اَلْخِصال" چنین می‌نویسد: «علی بن حسین به‌مدتِ بیست سال بر پدرش اشک ریخت و خدمتکارش به او گفت: اکنون دیگر وقت آن است که اندوهت پایان گیرد، پاسخش داد: چه می‌گویی؟ یعقوبِ پیامبر، دوازده فرزند داشت که وقتی خداوند یکی از آن‌ها را از وی دور گرداند از بسیاریِ گریهٔ بر او، چشمانش سفید شد و موهایش به سپیدی گرایید و کمرش از شدتِ غم، خم گردید حال آنکه فرزندش در همین دنیا زنده بود و من نگاهم به پدرم، برادرم، عمویم و هفده تن از مردان خانواده‌ام که در اطرافم کشته افتاده بودند، افتاده. حال چگونه می‌خواهی غم و اندوهم پایان گیرد؟»
واقعهٔ حَرّه برخوردِ خشونت‌آمیزِ سپاهِ یزید با شورشِ مردمِ مدینه بود که در سال ۶۲ ه‍.ق اتفاق افتاد. این کشتار پس از آن واقع شد که مردمِ مدینه در پی فسادی که از دربارِ یزید به آنها گزارش شده بود، امویان را نخست در خانهٔ مروان بن حکم محاصره و سپس از شهر بیرون کردند و در عوض با عبدالله بن حنظله بیعت نمودند. مروان نزد عبدالله بن عمر رفت و از او خواست تا خانوادهٔ وی را نزد خود پناه دهد، اما عبدالله نپذیرفت. مروان به علی بن حسین متوسل شد و علی درخواستش را پذیرفت و اهلِ خانهٔ مروان را همراه با زن و فرزندِ خود به یَنبُع فرستاد. به‌عقیدهٔ جعفری، بسیار طبیعی است که زین‌العابدین به‌خاطر کشتارِ کربلا از بنی‌امیه کینه داشته باشد، اما سجاد از ابرازِ دشمنی با آنها خودداری می‌کرد.
در واقعهٔ حرّه، لشکرِ شام به فرماندهیِ مُسلم بن عُقبَة شورشیانِ مدینه را سرکوب کردند و دست به غارت و چپاولِ شهر زدند اما علی بن حسین در امان مانْد. افزون بر این، وقتی همهٔ اهلِ مدینه مجبور به بیعت با یزید شدند، علی بن حسین از این امر مستثنیٰ شد. چون اولاً از همراهی با شورشیان مدینه خودداری کرده بود و ثانیاً در التهابِ مدینه به خانوادهٔ مروان بن حکم در ینبع پناه داد. همچنین تا حضور لشکریانِ مسلم بن عقبه در مدینه، زین العابدین کفالتِ چهارصد خانوار از عبدمناف را برعهده داشت.
به عقیدهٔ ایتان کلبرگ، منابعِ غیرشیعی، روابطِ دوستانه‌ای بین زین‌العابدین و دو خلیفهٔ اموی یعنی مروان و عبدالملک قائل‌اند؛ چون مروان به زین‌العابدین پولی برای خریدِ کنیز داد و پیش از مرگش سفارش کرد که وارثانش نباید آن را از او پس بگیرند؛ و عبدالملک نیز در مورد پیغامی که از امپراتور بیزانس گرفته بود، با سجاد مشورت کرد. به عقیدهٔ کلبرگ، منابعِ شیعی، برعکس معتقدند که رفتارِ زین‌العابدین با خلفا مبتنی بر تَقیّه بوده و عمداً از درگیری با حُکّام اجتناب کرده و در مقابلِ مخالفانِ حکومت و شورشیان موضعِ سکوت گرفته‌است.
به‌نوشتهٔ شهیدی، مورخ شیعه، «این که طبری نوشته‌است: علی بن حسین با مروان دوستیِ قدیمی داشت بی‌پایه است. مروان هیچ‌گاه به بنی‌هاشم رویِ خوش نشان نداده‌است؛ بنابراین جایی برای دوستیِ او با علی بن حسین نبوده و طبری می‌خواهد جوانمردی را که خاندانِ هاشم از حدِ اعلای آن برخوردار بوده‌اند، نادیده بگیرد و آن را به حسابِ دوستیِ شخصی بگذارد.»
آن دسته از مردم عراق که امام حسین را به کوفه خوانده و او را در مقابلِ سپاه ابن زیاد تنها گذاشتند، پشیمان شدند و توبه کردند و «تَوّابین» لقب گرفتند و درصدد برآمدند از قاتلانِ حسین انتقام بگیرند. کمی قبل از اینکه توّابین به سمتِ شام حرکت کنند، مُختار به کوفه آمد تا سلیمان بن صُرَد خُزاعی، فرماندهِ توّابین و یارانش را قانع کند به او بپیوندند و از نقشهٔ او برای شکست بنی‌امیه پیروی کنند اما توّابین زیر بار نرفتند و در (۶۵ق-۶۸۴م) حمله کردند و پس از سه روز شکست خوردند و سلیمان کشته شد. هیچ مدرکی در مورد دخالت سجاد در این واقعه یافت نشده است.
آن دسته از مردم عراق که حسین، پدر زین‌العابدین را به کوفه خواندند اما او را در مقابلِ سپاه ابن زیاد بی‌دفاع گذاشتند، پشیمان شدند و توبه کردند و «تَوّابین» لقب گرفتند و درصدد برآمدند از قاتلانِ حسین انتقام بگیرند. کمی قبل از اینکه توّابین به سمتِ شام حرکت کنند، مُختار به کوفه آمد تا سلیمان بن صُرَد خُزاعی، فرماندهِ توّابین و یارانش را قانع کند به او بپیوندند و از نقشهٔ او برای شکست بنی‌امیه پیروی کنند اما توّابین زیر بار نرفتند و شکست خوردند. گفته می‌شود مختار برای تثبیتِ موقعیتش نخست از زین‌العابدین خواست به او اجازه دهد مردم را به حمایت از او دعوت، و قیامش را به نامِ او آغاز کند اما زین‌العابدین نپذیرفت. هرچند بعدها از اینکه مختار کُشندگان پدرش را کُشت، اظهار خشنودی کرد.
به‌گفتهٔ مادلونگ، رابطهٔ علی بن حسین با مختار محتاطانه بوده‌است. گفته می‌شود مختار هدیه‌ای به‌ارزشِ ۱۰۰۰۰ درهم به‌همراه یک کنیز به زین‌العابدین بخشیده‌است. این کنیز درواقع مادرِ زید بن علی است. بعد از مرگِ مختار، زین‌العابدین نامه‌ای به عبدالملک بن مروان می‌نویسد تا بگوید نمی‌خواسته‌است هدیه را خرج کند و نمی‌توانسته‌است قبول هم نکند. زین‌العابدین می‌خواهد هدیه را به خلیفه پیشکش کند، اما خلیفه از او می‌خواهد آن را برای خود نگه دارد.
پس کشته شدن حسین بن علی در دشت کربلا و با قیام مختار در خونخواهیِ حسین، اکثریت شیعیان روی به مختار گردانیدند. مختار قیام خود را به نیابت از محمد حنفیه، عموی زین العابدین اعلام کرد. به گفتهٔ مادلونگ در دانشنامه اسلام، در این دوره به مدت یک نسل، رهبریِ شیعیان در خارج از دایرهٔ فرزندانِ فاطمه بود. علی بن حسین که از فعالیت‌های شیعه دوری گزیده بود، پیروان چشمگیری بسوی خود جذب نکرد.W. Madelung, "S̲H̲īa", Encyclopedia of Islam بنا به آنچه، جعفر شهیدی، مورخ شیعه، از قولِ مسعودی نقل کرده‌است، مختار قصد داشت دعوت خود را به نام علی بن الحسین آغاز کند، اما وقتی از او نومید شد دعوتش را به نامِ محمّدِ حَنَفیّه، عموی سجاد، آغاز کرد و او را «مَهدیِ اُمَّت» خواند. در این هنگام بود که بحثِ حقِ جانشینی و اینکه آیا امامت، حق زین‌العابدین است یا محمد حنفیه، بالا گرفت. محمد حنفیه مردِ شجاع و پارسایی بود که عدهٔ زیادی به امامتش اعتقاد داشتند. عدهٔ دیگری علی بن حسین را امام می‌دانستند و معتقد بودند حسین او را به‌عنوانِ امامِ بعدی انتخاب کرده‌است. بنا به روایتی که دونالدسون در کتابش نقل کرده‌است، محمد حنفیه ادعا می‌کرد او به امامت سزاوارتر از سجاد است، چون پسرِ علی بن ابی طالب است. سجاد اما از عمویش می‌خواست تا از خدا بترسد و چنان ادعایی نکند. بنا به منبعِ دونالدسون،Canon Sell, op.. cit p.11, quating Sahifat'l-Abidin, p.184
پس از شکست مختار و کشته شدن عبدالله بن زبیر، خلیفه زبیری، محمد حنفیه و زین‌العابدین توافق کردند به مکّه بروند و مقابلِ حَجَرُالْاَسْوَد ایستاده، برای دریافتِ نشانه‌ای از طرف خداوند دعا کنند. ابتدا محمد دعا کرد اما پاسخ یا نشانه ای دریافت نکرد. سپس زین‌العابدین دست به دعا برداشت که بر اساسِ این روایت، حجرالاسود شروع به لرزش کرد تاجاییکه نزدیک بود از روی دیوار سقوط کند؛ و با زبانِ فصیحِ عربی به سخن آمد و شهادت داد که علی بن حسین امام و جانشینِ واقعیِ حسین است. شهادتی که محمد حنفیه به آن گردن نهاد. بر طبق این گزارش، زین‌العابدین سپس به مدینه برگشت و زندگیِ آرامی را به‌همراه عدهٔ محدودی از اطرافیانش — که برای پرسش‌های دینی به او مراجعه می‌کردند — شروع کرد.
شیعیانِ دوازده امامی، با این وجود، مختار را برای ایجادِ انشقاق بین شیعیان، مورد انتقاد قرار می‌دهند. زیرا او بود که اولین بار شیعیان را به اطاعت از محمد حنفیه فراخوانْد و بدین ترتیب آنها را از علی بن حسین دور کرد؛ و این اولین انشقاق در تاریخِ تشیع است. به‌گفتهٔ ویلفرد مادلونگ در این دوره به مدت یک نسل، رهبریِ شیعیان، در خارج از دایرهٔ فرزندانِ فاطمه زهرا بود. علی بن حسین نیز از فعالیت‌های شیعه دوری گزیده بود و پیروانِ چشم‌گیری به‌سوی خود جذب نکرد. از دیدگاهِ اسماعیلیه، حسین بن علی، محمد حنفیه را به‌منظورِ پوششی برای حفظِ هویتِ پسرش، زین‌العابدین -به‌منزلهٔ امامِ واقعی- برگزیده بود. از این دیدگاه، محمد بن حنفیه، یک امام موقّتی — و مُسْتَوْدَع به معنای امانت‌دار — بود، درحالی‌که زین‌العابدین یک امام دائمی و مُستَقَرّ بود. پیروانِ محمد حنفیه در تاریخ تشیع به کِیْسانیّه معروف شدند.
پس از خاتمه دومین جنگ داخلی میان مسلمانان، عبدالملک مروان، خلیفه اموی، حجاج بن یوسف را به استانداری مدینه برگزید. کسی که به قساوت معروف بود و به اعتقاد شیعه، حتی پیشنهاد قتل سجاد را به او داد. پیشنهادی که عبدالملک با یادآوری عاقبت آل ابی سفیان از ریختن خون آل علی، از انجام آن امتناع کرد.
به نقل از قطب راوندی، عالم شیعی، این رفتارِ عبدالملک مورد تمجید علی بن الحسین واقع شده‌است.
بنا به گزارشی که در اعیان الشیعه آمده‌است، عبدالملک، شمشیرِ پیامبر را از علی بن الحسین مطالبه کرد تا در قبال آن، چیزی را به او ببخشد. درخواستی که با مخالفت سجاد مواجه شد. بنا بر این گزارش، عبدالملک تهدید کرد مقرری او از بیت المال را قطع خواهد کرد. برخوردِ دیگرِ عبدالملک با علی بن الحسین، در واکنش به ازدواج علی با کنیزش بوده‌است. بر طبق این گزارش، عبدالملک در ضمن نامه ای علی را سرزنش کرده‌است که چرا اعتبار خود و فرزندی که از آن کنیز متولد خواهد شد، را با این کار لکه دار کرده‌است. علی ظاهراً در پاسخ، افتخار را به اسلام و دینداری منتسب کرده و تلویحاً این رفتار عبدالملک را جاهلی خوانده‌است.
دستگیری و انتقال سجاد به دمشق از دیگر حوادث دوران عبدالملک است که به اعتقاد شیعه در واکنش به محبوبیت سجاد در جامعه صورت گرفته‌است.
منابع شیعی همچون کفعمی در مصباح، از کشته شدن علی بن الحسین به واسطه زهر ولید بن عبدالملک گزارش کرده‌اند. مدرسی در این‌باره می‌نویسد که علی بن الحسین به تاریخ ۲۵ یا ۱۸ محرم سال ۹۴ ه‍.ق و بر اثر مسمومیت زهری که توسط امویان به او خورانده شد، به قتل رسید. این سال به جهت فوتِ جمع زیادی از فقها در آن، به سنة الفقها (سال فقها) شهره شده‌است. ابن عساکر از جمله وقایع این سال را مرگ تمام فقهای مدینه دانسته‌است. همین امر، احتمال کشته شدن مخالفان حکومت در این سال، به دستور حاکمان وقت را تقویت می‌کند.
در تاریخ مرگ او بین دو سال ۹۴ یا ۹۵ ه‍.ق اختلاف است.
ابن سعد به نقل از محمد باقر آورده‌است که زین‌العابدین وصیت کرد که در مرگش کسی را خبر نکنند. با این وجود هنگامِ تشییع و خاک‌سپاری، جمعیتِ زیادی گرد آمده بود که مدینه مانندِ آن را کمتر دیده بود. سجاد وصیت کرد تا او را در قبری دفن کنند و سطح آن را به سطح زمین برسانند.
در مدفنِ او هیچ اختلافی در منابع گزارش نشده‌است و شیعه و سنی محل دفن او را در قبرستانِ بقیع کنارِ قبرِ عمویش حسن مجتبی دانسته‌اند.
به نوشتهٔ لالانی، کیسانیه یک نام کلی برای تمام فرقه‌هایی است که از قیام مختار نشات گرفته بودند و جویای امامت محمد بن حنفیه و فرزندان او بودند. عقیده عمومی کیسانیه امامت پی در پی سه پسر علی، یعنی حسن، حسین و محمد حنفیه است. هر چند برخی افراد در جنبش کیسانیه، امامت حسن و حسین را هم انکار می‌کنند.
به عقیدهٔ فرهاد دفتری، مورخ و اسماعیلی‌شناس معاصر، کیسانیه در مخالفت با امویان شکل گرفت و قصد داشت رهبریِ جامعه اسلامی را به فرزندان علی برگرداند.
و تا اندکی بعد از به حکومت رسیدن عباسیان از حمایت توده شیعه برخوردار بود.
به نوشته رسول جعفریان، مورخ شیعه، محمد بن حنفیه معتقد به امامت سجاد بوده و در اینکه خودش را به عنوان امام اعلام کرده باشد شک و تردیدهایی وجود دارد.
بعد از مرگ محمد بن حنفیه، اکثریت کیسانیه، امامت ابوهاشم حنفیه، فرزندِ بزرگِ محمد حنفیه را پذیرفتند و "هاشمیه" لقب گرفتند.
به نوشته دفتری، ابوهاشم که اندکی جوانتر از پسرعمویش زین العابدین بود، طرفداران بیشتری نسبت به او داشت.ابوهاشم اندکی پس از درگذشت سجاد، در سال ۹۸ ه‍.ق (۷۱۷ م) در حمیمه فلسطین درگذشت. پس از او پیروان او به چندین فرقه تقسیم شدند.Momen, Moojan, "An Introduction to Shi'i Islam", Yale University Press, 1985
از دیدگاهِ شیعهٔ دوازده امامی، نَصّ مهمترین راهِ تعیینِ امام است و عصمت از صفاتِ لازم برای این تعیین به‌شمار می‌آید. منابعِ شیعی با ذکرِ شماری از احادیث تأکید دارند حسین در موقعیتهای مختلف پسرش زین‌العابدین را به‌عنوانِ جانشینِ خود انتخاب کرده‌است. معروف‌ترین حدیث در این رابطه می‌گوید حسین قبل از عزیمت به کربلا، نامه‌هایی را به اُمِّ سَلَمه، بیوهٔ پیامبر، می‌سپارد و وصیت می‌کند درصورتی‌که برنگشت، آنها را به پسرِ بزرگش بسپارد؛ و زین‌العابدین تنها پسری بود که از سفرِ کوفه برگشت و مواریثِ امامت را تحویل گرفت. حدیث دیگری می‌گوید حسین در دشتِ کربلا قبل از عزیمت به میدانِ جنگ، زین‌العابدین را به امامت منصوب کرده‌است.
امامتِ زین‌العابدین از سال ۶۱ ه‍.ق به مدت ۳۵ سال ادامه داشت. به دلیل سخت گیریِ حاکمانِ بنی‌امیه در این دوران، تعداد اصحاب زین العابدین به زحمت از تعداد انگشتان یک دست تجاوز می‌کرد.
در دعاهایی که از زین العابدین باقی مانده‌است عبارتی که همه جا تکرار می‌شود صلوات بر محمد و آل محمد است. سجاد ضمن تأکید بر اینکه مقصود از آل محمد او و پدرانش هستند، سعی داشت مفهوم امامت را در جامعه آن روز جا بیندازد. در متن برخی ادعیه به وضوح از ائمه به عنوان خلفای خداوند در روی زمین و حجت خداوند بر بندگان اسم برده شده‌است که اطاعت از آنها واجب است. این در حالی بود که، به نوشته جعفریان، در شام بنی امیه خودشان را اهل بیت معرفی می‌کردند و در حجاز برخی زنان پیامبر در این اندیشه بودند. به نوشته جعفریان، مورخ شیعه، به تدریج که زنان پیامبر از دنیا رفتند و فرزندی از آنها باقی نماند، مفهوم «اهل بیت»، که در قرآن اطاعت از آنها واجب شده، معنای اصلی خودش را پیدا کرد. زین العابدین چه وقتی که در شام در کاخ یزید بود و چه بعدها در ضمن دعاهایش، به معرفی خود به عنوان اهل بیت و اولاد پیغمبر پرداخت و در وجوب اطاعت از آنها سخن گفت.
به‌دلیلِ سخت‌گیری‌های دورانِ بنی‌امیه، زین‌العابدین انزوا اختیار کرد و از فعالیت‌های سیاسی دوری گزید به‌همین دلیل یارانِ زیادی به‌سوی خود جذب نکرد. در ابتدا تعداد اصحابِ او به زحمت از تعداد انگشتان یک دست فراتر می‌رفت. او در این دورانِ سخت به تربیت شاگردانی پرداخت که از آن جمله می‌توان از سعید بن جُبَیر، سعید بن مُسَیِّب، محمد بن جُبَیر بن مُطعِم، یحیی بن ام‌الطول و ابوخالد کابلی نام برد.
به نقل از تاریخ الائمه و اعیان الشیعه، یحیی بن ام‌الطول یکی از این پنج تن بود که به خاطر دفاع از اهل بیت در مقابل سب و لعنی که مروانیان رواج می‌دادند، جانش را از دست داد. سعید بن جُبَیر به دلیل مشابهی کشته شد، هر چند طبری، مورخ اهل سنت، مرگش را در نتیجه قیام علیه حجاج بن یوسف می‌داند. ابوخالد، یکی دیگر از این پنج حواری، برای فرار از شمشیر حجاج به مکه رفت و در آنجا مخفی شد.
سعید بن مُسَیِّب، به نقل از اختیار معرفه الرجال و تاریخ الشیعه، به خاطر تقیه، از مرگ نجات یافت.
جعفر شهیدی، مورخ شیعه، از جابر بن عبدالله انصاری، عامِر بن واثِله و سعید بن مسیب به‌عنوان یاران زین‌العابدین و از سعید بن جبیر، محمد بن جبیر، ابوخالد کابلی، قاسم بن عُوْن، اسماعیل بن عبدالله جعفر به‌عنوان شاگردان او نام می‌برد. به نوشته جعفریان، در یاریِ سعید بن مسیب با سجاد شک و تردیدهایی وجود دارد به این دلیل که سعید بر طبق فتوای عامه حکم می‌داده‌است. در رجال کشی این کارش تقیه و برای نجات از شمشیر حجاج ذکر شده‌است.
از دیگر اصحاب و شاگردان سجاد می‌توان به افرادی چون: عمرو بن دینار، حکم بن عُتیبة، زید بن أسلم، یحیی بن سعید، أبو زناد، علی بن جدعان، مسلم بطین، حبیب بن أبی ثابت، عاصم بن عبیدالله، عاصم بن عمر، عمر بن قتادة، قعقاع بن حکیم، أبو الاَسود بن عروة، هشام بن عروة، أبو زبیر مکّی، أبو حازم اَعرج، عبدالله بن مسلم، محمد بن فرات تمیمی، منهال بن عمرو، أبان بن تغلب و أبوحمزة ثمالی اشاره کرد.
قاسم ابن عوف از جمله یاران سجاد است که اعتراف کرده ابتدا بین محمد بن حنفیه و سجاد مردد بوده و عاقبت به سجاد پیوسته‌است.
شیخ طوسی، عالم شیعی، اصحاب علی بن حسین را صد و هفتاد و سه نفر ذکر کرده‌است.
ابن شهرآشوب در کتاب مناقب از جابر بن عبدلله انصاری، عامر بن واثله کنانی، سعید بن مسیب ابن حزن و سعید بن جهان الکنانی به عنوان شاگردان سجاد یاد می‌کند. اینها قبلاً پیامبر اسلام را درک کرده از اصحاب ایشان بوده‌اند.
در جوامعِ حدیثیِ اهل سنت، زین‌العابدین به‌عنوانِ یک راویِ حدیث از عبدالله بن عباس، از پدر خود، از عمویش حسن و دیگران مطرح است. در میانِ کسانی که از او نقلِ حدیث کرده‌اند، به برخی از پسرانش و همچنین افرادی چون ابواسحاق سُبَیْعی، حَکَم بن عُتَیْبه، عَمرو بن دینار، و زهری اشاره می‌شود زهری به‌عنوانِ مهم‌ترین نقل‌کنندهٔ حدیث از زین‌العابدین شناخته می‌شود.
از فاطمه (ام‌عبدالله)، به عنوان تنها همسر سجاد یاد می‌شود که به نوشته مادلونگ، سجاد از او چهار فرزند داشت. ام عبدالله، دختر عموی سجاد و فرزند حسن مجتبی بود. محمد باقر (امام پنجم شیعه) فرزند مشترک فاطمه با سجاد است. غیر از ام‌عبدالله، کنیزانی برای سجاد گزارش شده‌است که هر کدام فرزند یا فرزندانی را به دنیا آورده‌اند.
به نوشته شهیدی، مورخ شیعه، در تعدادِ فرزندانِ زین‌العابدین میان مورخان اختلاف است. اما تقریباً تمامیِ آنها در این چند اسم اشتراک دارند: پسران: محمد باقر، زید، عبدالله و عمر؛ و دختران: عُلَیّه و ام‌کلثوم. زید بن علی فرزند مشترک سجاد و ام‌ولدی است که نامش مشخص نیست. به‌گفتهٔ کلبرگ، زین‌العابدین در مجموع پانزده فرزند باقی گذاشت. از میان این فرزندانِ، علاوه بر محمد باقر که شیعه او را پس از سجاد، امامِ پنجم می‌داند، زید به علم و تقوا و بزرگواری مشهور است و در قیامی که علیه هشام بن عبدالله ترتیب داد، کشته شد. به‌گفتهٔ محدث قمی، عالم شیعی، عبدالله را به‌خاطر زیبایی وی، باهر می‌گفتند؛ و عُمَر دیگر فرزندِ سجاد، مُتولّیِ صدقاتِ رسول خدا بود. به‌گفتهٔ محدث قمی از میان دخترانِ علی بن حسین، عُلَیّه بانویی فاضل و از راویان حدیث بوده‌است و کتابی فراهم آورده که زُراره از آن نقلِ حدیث می‌کرده‌است. دیگر فرزندانِ غیر مشهور سجاد عبارتند از: حسن، حسین‌اکبر، حسین اصغر، عبیدالله، سلیمان، علی، خدیجه، محمداصغر و فاطمه.
شعر معروفِ فَرَزدَق در وصفِ زین العابدین دلیل دیگری بر محبوبیتِ او در میان مردم بوده‌است. این شعر صحنه ای از احترامِ مردم به علی بن حسین در مقابلِ بی‌توجهیِ آنها به هشام بن عبدالملک در ازدحامِ حجّ را توصیف می‌کند. گفته می‌شود در هنگامِ طوافِ خانهٔ خدا، سجاد و هشام هر دو سعی داشتند خود را از میانِ جمعیتِ متراکم که اطرافِ کعبه می‌چرخیدند به حجرالاسود برسانند. به نوشته جعفری، مردم برای زین‌العابدین کوچه باز کردند درحالی‌که هشام بیهوده در میانِ جمعیت تقلّا می‌کرد. بر طبق این گزارش، خلیفه که از این واقعه به خشم آمده بود، فریاد زد این چه کسی است که مردم چنان احترامی به او می‌گذارند. فرزدق در پاسخِ خلیفه، قصیده‌ای سرود که از شاهکارهای ادبیاتِ عرب محسوب می‌شود. این قصیده همچنین گواهی تاریخی بر صحتِ این واقعه محسوب می‌شود. فرزدق به تاوانِ این قصیده به‌دستور هشام راهی زندان شد. علی بن حسین برای جبران، هدیه‌ای ۱۲۰۰۰ درهمی برایش ارسال کرد اما فرزدق آن را نپذیرفت و اظهار داشت این شعر را فقط به‌خاطرِ غیرتِ مذهبی‌اش گفته‌است. فرزدق در زندان شروع به هجوِ خلیفه کرد تا جایی‌که خلیفه از بیمِ زبانِ گزنده‌اش، دستورِ آزادی‌اش را صادر کرد.
حسین محمد جعفری در مقدمه ای که بر ترجمهٔ ویلیام چیتیک از صحیفه سجادیه نگاشته‌است، علی بن حسین را مورد احترامِ اهلِ مدینه، توصیف کرده‌است. به نوشته جعفری، علاوه بر پیروانِ سجاد که او را امامِ چهارم می‌دانستند، فُقَهای هفت‌گانهٔ مدینه هم برایش احترام زیادی قائل بودند. از جملهٔ این فقها و مُحَدِّثان از زُهری و سعید بن مُسَیِّب اسم برده می‌شود که هرچند به دستگاهِ بنی‌امیه وابسته بودند اما از تحسین وی خودداری نمی‌کردند. به نوشته جعفری، اولین بار زهری لقبِ زین‌العابدین را به علی بن حسین داده‌است.
همچنین از زهری نقل شده‌است که دربارهٔ او گفته‌است «کسی را فقیه تر از علی بن حسین ندیده‌ام». زهری از سجاد به‌عنوان فاخرترین چهرهٔ هاشمیان یاد می‌کند. ابن خلکان، عالم اهل سنت، علی بن الحسین را از سادات و بزرگان تابعین دانسته و از قول محمد بن شهاب زهری می‌نویسد: در میان قبیله قریش، (و به روایتی از میان هاشمیان) هیچ‌کس را با فضیلت تر از علی بن الحسین نیافتم.
همچنین در طبقات ابن سعد، عالم سنی، و کشف الغمه اثر علی بن عیسی اربلی، عالم شیعه، از قول جابربن عبدالله انصاری نقل شده‌است که در میان نسل انبیا، کسی چون سجاد دیده نشده‌است.
عمر بن عبدالعزیز، خلیفه اموی، او را شریفترین شخص در جامعه خودش دانسته‌است و محمد بن طلحه شافعی، با عناوینی چون پیشوای زاهدان از او ستایش کرده‌است.
به گفته ابونعیم اصفهانی در حلیة الاولیاء و جمهره الاولیاء، صوفیه نیز، علی بن الحسین را یکی از بزرگان خود دانسته و شرح حال او را در کتابهایشان آورده‌اند. از جمله این صوفیان، کلابازی است که به شرح و توصیف مقامات سجاد پرداخته‌است.
سعید بن مسیب، می‌گوید هیچ‌کس را پرهیزکارتر از علی بن حسین ندیدم. شافعی و ابوحازم مدنی از سجاد به عنوان فقیه‌ترین مردم مدینه یاد کرده‌اند. به نقل از جاحظ، متکلم معتزلی، «دربارهٔ شخصیت علی بن الحسین، شیعی، معتزلی، خارجی، عامی و خاصی همه یکسان می‌اندیشند و هیچ‌کدام تردیدی در برتری و تقدم او (بر سایرین) ندارند». همچنین از قولِ مالک بن انس نقل شده‌است که در میان اهل بیت کسی همانند او نبوده‌است.
وقتی از خدمتکارش خواستند او را توصیف کند گفت «من هیچگاه در روز برای او طعامی نیاوردم و در شب بستری برای او نگستردم»
میرقادری شرایطِ سیاسی عصر سجاد را سخت توصیف می‌کند به گونه ای که زین العابدین قادر نبود آزادانه کلاس درس برگزار کند. به همین جهت برای انتقال علوم دینی و اخلاقی، از راه‌های غیر مستقیمی چون خرید برده، تربیت آنها و سپس آزاد کردنشان یا فرستادنشان به مناطق دوردست بهره می‌جست. همچنین از قالب دعا و نیایش برای انتقال مفاهیم تربیتی استفاده می‌کرد.
اما به گفته باقر شریف قرشی، عالم شیعی معاصر، سجاد شبستان مسجد پیامبر را محل درس و بحث خود قرار داده بود و در مباحثی چون فقه، تفسیر، حدیث، کلام و قوانین اخلاق و رفتار با پیروانش به مباحثه می‌پرداخت. همچنین در همهٔ جمعه‌ها یک خطبه عمومی ایراد می‌کرد که در آن به موعظه مردم می‌پرداخت و مردم سخنانش را یادداشت می‌کردند.
این کتاب مجموعهٔ دعاها و نیایش‌های سجاد است. به‌عقیدهٔ ویلیام چیتیک، "صَحیفهٔ سجّادیّه" قدیمی‌ترین کتابِ دعا در میان منابعِ اسلامی و اصیل‌ترین کتابِ روحانیِ دوره‌های اولیهٔ فرهنگِ اسلامی است. روایاتِ شیعه، این کتاب را از نظرِ ارزش، بعد از قرآن و "نهج البلاغه" قرار می‌دهند. تعلیماتِ این کتابِ معنوی از الهیات گرفته تا تعلیمات اجتماعی را شامل می‌شود. همچنین ریشه‌های فلسفه و کلام اسلامی و تصوف را می‌توان در این ادعیه جستجو کرد. زین‌العابدین در این کتابِ ادعیه، مکرر به ضرورتِ پیروی از قرآن و حدیث و همچنین ضرورتِ پیاده‌سازیِ عدالت در جامعهٔ اسلامی اشاره می‌کند.
از دیگر مفاد ادعیه در این اثر، نقد اوضاع اجتماعی و سیاسی و همچنین شیوه ساخت شخصیت اسلامی در سطوح مختلف است. ویرایش‌های زیادی از "صحیفه" وجود دارد و بیش از بیست تفسیر بر آن نوشته‌اند. ترجمهٔ کاملِ "صحیفه" به زبان انگلیسی با مقدمه و شرحِ ویلیام چیتیک صورت گرفته‌است. ترجمهٔ فارسی آن به عصر صفویه برمی‌گردد. ادعیه این کتاب، با نثری مسجع ولی در عین حال ساده و شیوا بیان شده‌اند. در این دعاها، کلمات مهجور وجود ندارد. در برخی از ادعیه‌ها، از آیات قرآن اقتباس شده‌است و این اقتباس به گونه‌ای بوده‌است که ترکیب و بافت کلام را تحت‌الشعاع قرار ندهد.
«مناجاتِ خَمس عَشَر» یا «مناجاتِ پانزده‌گانه» مشتمل بر پانزده دعا و نیایش منتسب به زین‌العابدین است.
علامه مجلسی این مناجاتها را در بحارالانوار و شیخ عباس قمی آنها را در مفاتیح الجنان آورده‌است.
این مجموعه پانزده‌گانه به چند ویرایش جدید از "صحیفهٔ سجادیه"، افزوده شده‌است.
«دعای ابوحمزهٔ ثُمالی» دعایی است که از طریق ابوحمزهٔ ثُمالی از زین‌العابدین روایت شده‌است و در سحرهای ماه رمضان خوانده می‌شود.
این دعا دعای سحر هم نامیده می‌شود.
"رسالهٔ حقوق" تنها کتاب زین‌العابدین است که شکلِ دعا و حدیث ندارد. به‌گفتهٔ چیتیک، اهمیتِ این کتاب به این دلیل است که به موضوعاتی مشابهِ "صحیفهٔ سجادیه" پرداخته اما با سبک و زبانی متفاوت از "صحیفه" نگاشته شده‌است. در این کتاب زین‌العابدین تصریح می‌کند که سلسله مراتبِ اولویت‌ها همیشه باید رعایت شود. «فرد» قبل از «اجتماع» می‌آید. «معنا» قبل از «عمل» می‌آید و «دانش» قبل از «حرکت». هر فرد وظایفِ اجتماعیِ فراوانی دارد اما این وظایف وابسته به وظایفِ ضروری‌تر است یعنی ایمان به خدا و ارتباطِ مناسب با حقیقتِ ماورایی. به نوشته کلبرگ "رسالهٔ حقوق" در دو اثر مربوط به قرن چهارم هجری ثبت و ضبط گردیده‌است: یکی در اثرِ ابن بابِوَیْه به نام کتاب "الخصال"؛ و دیگری در اثر ابن شُعبه با عنوان "تُحَفُ الْعُقول".
من لایحضره الفقیه یکی دیگر از آثار شیخ صدوق است که رساله حقوق در آن آمده‌است. شیخ صدوق در دو اثر اخیر، یعنی الخصال و من لا یحضره الفقیه، علاوه بر حقوق پنجاه‌گانه ای که در تحف العقول آمده، یک حقِ دیگر به عنوان «حق حج» را هم ذکر کرده‌است. نکته دیگر اینکه در من لایحضره الفقیه اشاره نشده که حقوق مذکور، رساله ای جداگانه از سجاد است در حالی که در خصال به این نکته تأکید شده‌است. رساله حقوق توسط ابوحمزه ثمالی، از اصحاب سجاد، گردآوری شده‌است.
این کتاب که منتسب به علی بن الحسین است، از بین رفته‌است. چیزی که به جا مانده قسمتی است که فرزندش باقر از قول پدرش نقل می‌کند و با این عبارت آغاز می‌شود که «در کتاب علی بن الحسین چنین یافتم…». در ادامه، باقر صفات اولیای خدا را از قول پدرش برمی‌شمارد.
"اَلصَّحیفَةُ فِی الزُّهْد" از دیگر آثاری است که منتسب به سجاد است.
این اثر به همراه مجموعه ای از نوادر حدیث با عنوان «نوادر»، توسط ابوحمزه ثمالی، از یارانِ سجاد، گردآوری شده‌است.
زین العابدین را لاغر اندام و گندم‌گون توصیف کرده‌اند. علت لاغری او را روزه و عبادتِ بسیار او دانسته‌اند. منابع دیگر او را مانند پدربزرگش علی بن ابی‌طالب، با موهای سرخ‌فام، صورت و گردن سفید، و سینه ای فراخ توصیف کرده‌اند.
علی بن حسین در مدینه زندگیِ پرهیزکارانه‌ای داشت که القابِ احترام‌آمیزی برای او به ارمغان آورد؛ زین‌العابدین، سجّاد، زَکیّ، ذُوالثَّفِنات از آن جمله بود.زین‌العابدین: زینت عبادت‌کنندگان، سجّاد: بسیار سجده‌کننده، زَکیّ: پاک و ذُوالثَّفِنات: اشاره به پینه‌هایی که روی پوستش در اعضای سجده بسته می‌شود. در اوقات نماز، از خشوع بر خود می‌لرزید و رنگ بر چهره نداشت. عبادتِ زیاد، نگرانی‌هایی را در موردِ سلامتیِ او ایجاد کرده‌بود. همچنین گفته می‌شود هنگام شب با چهرهٔ پوشیده بیرون می‌رفت و فقط پس از وفاتش بود که مردم هویتِ شخصی را که شبانه به آنها کمک می‌کرد، شناختند. در یک مورد وقتی شبانه بارِ آذوقه‌ای را بر دوش می‌کشید، زهری از او پرسید چه بر دوش داری؟ پاسخ داد «دارم برای سفری (سفر آخرت) آماده می‌شوم! برایش توشه آماده می‌سازم و آن را به جای امنی منتقل می‌کنم.» هنگامی‌که بدنش را غسل می‌دادند، آثاری بر روی شانه‌هایش دیده شد که به‌علت حمل بارهای آذوقه پدید آمده بود. گفته می‌شود شبانه، با چهره ای پوشیده، به خانهٔ حدود صد خانوار از مردم مدینه غذا می‌بُرد. او علاوه بر عبادت، به بخشش، گشاده‌دستی و صبوری نیز شهره بود. جعفریان، مورخ شیعه، به نقل از سیدالاهل می‌نویسد زین العابدین در حالی که نیاز به برده نداشت آنها را خریداری می‌کرد تا آزاد کند. او هیچ برده‌ای را بیش از یک سال نگه نمی‌داشت، به طوری که در شهر مدینه عده زیادی از موالی آزاد شده از زن و مرد به چشم می‌خوردند که همگی از موالیِ سجاد بودند.
شدت پرهیزکاریِ زین‌العابدین به قدر بود که صوفیان، او را یکی از اقطاب خود دانسته‌اند. با این وجود، زین العابدین مانند صوفیان در جستجوی فقر نبود، بلکه فقط از آنچه خدا ممنوع کرده بود، پرهیز می‌کرد. از او روایت شده که می‌گفت «موقعیتِ صبر در دین همپایهٔ موقعیتِ سر در بدن است؛ کسی که صبر ندارد دین ندارد.» با این وجود وقتی در حالِ طوافِ کعبه شنید مردی از خداوند طلبِ صبر می‌کند، به او گفت: «از خدا طلبِ سختی می‌کنی! بگو خدایا به من رفاه عطا کن و برایش از او تشکر کن!» وقتی از او دربارهٔ زُهد پرسیدند پاسخ داد: «زهد ده رتبه دارد: بالاترین مرتبهٔ زهد، پایین‌ترین مرتبهٔ پرهیزکاری است. بالاترین مرتبهٔ پرهیزکاری، پایین‌ترین مرتبهٔ اطمینان است. بالاترین مرتبهٔ اطمینان، پایین‌ترین مرتبهٔ رضاست. زهد در آن آیه از کتاب خداست که می‌فرماید: «تا به آنچه از دست‌تان رفته حسرت نخورید و به آنچه به شما عطا کرده سرمستی نکنید. (قرآن ۵۷:۲۳)»» زین‌العابدین در مقابلِ ستمی که به او می‌شد، از خود بخشش نشان می‌داد: هشام بن اسماعیل در طول مدتی که والیِ مدینه بود همواره به او توهین می‌کرد. با این وجود پس از برکناریِ هشام توسط ولید، خانواده و دوستانش را از سرزنش او منع کرد. روزی مردی به او توهین کرد در پاسخ گفت: «اگر آنچه می‌گویی در من است از خدا می‌خواهم مرا ببخشد، و اگر آنچه می‌گویی در من نیست از خدا می‌خواهم تو را ببخشد.»
محمد بن علی الباقر (به ؛ ۳ صفر یا ۱ رجب ۵۷ هجری قمری / ۱۶ دسامبر ۶۷۶ یا ۱۰ مهٔ ۶۷۷ میلادی – ۷ ذیحجهٔ ۱۱۴ هجری قمری / مهٔ ۷۳۲ میلادی) معروف به باقر و باقرُالْعُلوم پنجمین امام شیعه امامیه پس از پدرش سجاد و پیش از پسرش جعفر صادق است. کنیه‌اش «ابوجعفر» است. مادرش، فاطمه بنت حسن دختر حسن مجتبی است؛ و بنابراین او اولین امام شیعه، از نسل هر دو نوهٔ پیامبر، حسن و حسین است.
زندگی محمد باقر مصادف با حکومت ده تن از خلفای اموی به نام‌های معاویه، یزید بن معاویه، معاویه بن یزید، مروان بن حکم، عبدالملک بن مروان، ولید بن عبدالملک، سلیمان بن عبدالملک، عمر بن عبدالعزیز، یزید بن عبدالملک و هشام بن عبدالملک بود. محمد باقر در سال‌های آخر حیاتِ معاویه، مصادف با زمانی که معاویه می‌کوشید برای فرزندش، یزید بیعت بگیرد، در مدینه به‌دنیا آمد. به‌نوشتهٔ یعقوبی محمد در سن کودکی در نبرد کربلا حضور داشته‌است. در کودکی و نوجوانی شاهدِ دومین جنگ داخلی مسلمانان بر سر کسب خلافت بود؛ و هم‌زمان پدرش، زین‌العابدین را می‌دید که خود را از این اتفاقات کنار کشیده‌است. دوران حکومتِ عمر بن عبدالعزیز که دوران برداشته شدنِ فشارها از روی شیعیان و بازگرداندن فدک به اهل بیت بود، در واقع زمان شروعِ جدی تدریس محمد باقر و مکتوب شدن احادیث به‌حساب می‌آید. در حکومت هشام بن عبدالملک، به‌دنبال دفاعِ جعفر صادق از امامت پدرش در مراسم حج، خلیفه که به آنان مظنون شده بود، جعفر صادق و محمد باقر را به دمشق احضار کرد و در مهمانی بزرگی که ترتیب داده بود، با وادار کردن محمد به شرکت در مسابقهٔ تیراندازی، سعی داشت او را تحقیر کند. قیام زید بن علی، برادرِ محمد، که منجر به تمایل برخی شیعیان به سمت او و تشکیل مذهب زیدیه شد، یکی دیگر از حوادث دوران او بود. قیامی که منجر به شکست و کشته شدنِ زید شد. اما زیدیه، به‌عنوان یکی از فرقه‌های شیعه، همچنان باقی ماند. محمد باقر در سال ۱۱۴ ه‍.ق در مدینه درگذشت و در قبرستان بقیع به خاک سپرده شد. علت درگذشتش را مسمومیت به‌دستور هشام بن عبدالملک می‌دانند.
دوران محمد باقر دوران شروع تدریس نظام‌مندِ فقه و عقاید شیعهٔ امامیه است. این دوران توسط فرزندش ،صادق در اوج خود قرار گرفت. محمد باقر شاگردان زیادی داشت و با اینکه در مدینه سکونت داشت، بیشترین شاگردانش کوفی بودند. بعد از کوفه از بصره و شام و مکه می‌توان نام برد. "تفسیرُ الْباقر"، «اَلْمناسِک»، "اُم‌ُّالْکتاب" و «رسالهٔ جُعفی» بخشی از سخنان باقر است که توسط شاگردانش گردآوری شده‌است. روایات و سخنان فراوانی از محمد باقر نیز نقل شده‌است. محمد بن علی به‌عنوان رهبر دینی، مورد احترام شیعیان، و به‌عنوان فقیه و عالم بزرگ اسلامی، مورد احترام اهل سنت است.
تبار محمد باقر هم از جانب مادر و هم پدر به محمد، پیامبر اسلام، می‌رسد.
پدرش علی بن حسین، ملقّب به سَجّاد، امام چهارم شیعیان، است و در بین سال‌ها ۳۸ تا ۹۵ ه‍.ق زندگی می‌کرد.
مادرِ باقر، فاطمه اُمِّ عبدالله است. فاطمه، فرزند حسن مجتبی، امام دوم شیعیان بود. بدین ترتیب، باقر هم از سمت مادر و هم از سوی پدر از نسل علی بن ابی‌طالب، امام اول شیعیان و خلیفهٔ چهارم، است.
ازاین‌رو دربارهٔ باقر گفته می‌شود علوی‌ای بود که از دو سو علوی بود و فاطمی‌ای بود که از دو سو فاطمی بود.
راویانِ شیعه اغلب از محمد باقر با کنیهٔ «ابوجعفر» یاد می‌کنند و برای اینکه با محمد تقی — که او هم ابوجعفر نامیده می‌شد — اشتباه نشود، امامِ نهم را به‌نام «ابوجعفر ثانی» خطاب می‌کنند. لقبِ «باقر» — که درواقع مُخَفَّفِ «باقِرُ الْعِلم»باقِرُ الْعِلم: کسی که دانش را می‌شکافد. است — بیانگر موقعیت محمد باقر به‌عنوان یک عالمِ برجستهٔ دینی است. برای محمد باقر القاب متعددی از جمله «شاکر» و «هادی» نیز گزارش شده است.
لقبِ باقر از «باقرالعلوم» به‌معنای «شکافندهٔ علم» گرفته شده‌است. به‌عقیدهٔ ابن خَلدون، مورخ اهل سنت، وی لقبِ باقر را به‌خاطر فراوانیِ دانشی که اندوخته بود، کسب کرده‌است. به‌نظر یعقوبی، مورخ شیعی، او بدین خاطر «باقر» لقب گرفت چراکه علم را شکافت و به عمقش دست یافت. ایتان کُلبِرگ در مقاله‌ای در "دانشنامه اسلام"، دو معنی برای باقر مطرح می‌کند: «کسی که علم را می‌شکافد» (یعنی آن را روشن می‌سازد)؛ و «کسی که علمِ فراوان دارد». کلبرگ به‌نقل از ابن بابِوَیْهْ، مُحَدِّثِ شیعه، به حدیثی از پیامبر اسلام اشاره می‌کند که گفته‌است: «در تورات از باقر با همین لقب یاد شده‌است». به‌نقل از "لِسانُ الْعَرَب"، او را باقر می‌نامیدند چراکه دانش را می‌شکافت، از اصل و ریشه‌هایش آگاهی داشت، و شاخه‌ها و شعبه‌هایش را آشکار می‌کرد، و علم بزرگی داشت.
روایت است که محمد، پیامبر اسلام، به جابِر بن عبدالله انصاری خبر داده بود که جابر آن‌قدر زنده خواهد ماند تا فرزندش را — که همنام اوست — ببیند. برای شیعیان، باقرالعلم عنوانِ عادی نبود؛ آنان معتقدند این عنوان توسط پیامبر اسلام به او داده است. به‌گفتهٔ شیخ کُلَیْنی، محدّث شیعی، جابر تنها صَحابیِ زندهٔ پیامبر، عادت داشت در مسجد بنشیند و صدا بزند: یا «باقرالعلم! یا باقرالعلم!». اهل مدینه گمان بر یاوه‌گوییِ جابر می‌بردند، اما جابر به آنان گفتهٔ پیامبر را یادآوری می‌کرد. دربارهٔ نحوهٔ دیدار جابر با محمد باقر، کلینی روایت می‌کند روزی جابر از مقابل مکتب‌خانه‌ای عبور می‌کرد و باقر را که هنوز کودکی بیش نبود، در آنجا دید و به او نزدیک شد تا ویژگی‌هایی را که از زبان پیامبر شنیده بود، در او پیدا کند. جابر نامش را پرسید و پس از آنکه نشانه‌ها را در او دید، سرش را بوسید و سلام پیامبر را به او رساند. قاضی نُعمان، محدثِ اسماعیلی، و طَبَری، محدث اهل سنت، این روایت را متفاوت از کلینی نقل می‌کنند اما در هر سهٔ این روایات، جابر با باقر ملاقات می‌کند و سلام پیامبر را به او می‌رساند. از ابن عِنَبه روایت شده‌است که وقتی زِید، برادرِ باقر، نزد هُشام بن عَبدُالْمَلِک رفت، هشام از زید دربارهٔ برادرش «بقره» پرسید که منظورش باقر بود. زید در دفاع از برادرش، خلیفه را سرزنش کرد که پیامبر برادرش را باقر نامید، اما هشام بقره می‌خواند؛ و اینکه پیامبر در قیامت جوابِ این جسارت او را خواهد داد. به‌عقیدهٔ اَرْزینا لالانی، از این روایت پیداست که باقر نه تنها در زمان حیاتش به این لقب معروف بوده، بلکه در زمان پیامبر — که او را باقر نامیده — معروف به این لقب بوده‌است. ابن عِماد، ابن خَلِّکان، صَفْدی و ذَهَبی، مورخان و محدثانِ اهل سنت، در توضیحِ لفظِ باقر به دانشِ فراوانِ محمد باقر و شناختش از ریشه و درونِ دانش اشاره کرده‌اند.
محمد باقر همزمان با حکومت معاویه، یزید بن معاویه، معاویة بن یزید، مَروان بن حَکَم، عبدالملک بن مروان، ولید بن عبدالملک، سلیمان بن عبدالملک، عُمَر بن عبدُالْعَزیز، یزید بن عبدالملک و هشام بن عبدالملک زندگی می‌کرد. بیشتر دوران زندگی محمد باقر در مدینه صرف گسترشِ معارف اسلامی و تربیت شاگردان شد. در این میان گاهی توسط خلفای اُمَوی از جمله عبدالملک بن مروان، عمر بن عبدالعزیز و هشام بن عبدالملک به مرکز خلافت در دمشق دعوت یا احضار شد. نقدِ صریحِ برخی خلفای اموی — به‌روایت زَمَخْشَری، مُفَسِّرِ مُعتَزِلی — یا نهیِ شیعیان از قبول برخی مسئولیت‌های حکومتی و تکریم برادرش زید — به‌روایت کشّی، عالم شیعه — از جمله اقدامات سیاسی وی علیه حُکّام اموی به‌شمار می‌آید. با این وجود باقر از اقدام سیاسیِ عمومی نهی می‌کرد بدین دلیل که در عینِ کثرتِ شیعیان، بنا به‌گزارشِ حُرِّ عامِلی، شیعیان را مهیای فداکاری در راه حق نمی‌دید. به‌عقیدهٔ جعفریان، ائمهٔ شیعه نمی‌خواستند به هر قیمتی در یک شورشِ سیاسیِ نافرجام شرکت کنند، بلکه بیان معارف اصیلِ اسلامی برای آنان در اولویتِ نخست قرار داشت. بااین‌حال ائمه مخالفت‌شان با نظام حاکم را مخفی نمی‌کردند. شیعیان و حتی اموی‌ها می‌دانستند آنان مُدّعیِ خلافت هستند و اعتقاد دارند قُرَیْش حکومت را به‌زور از دست آنان خارج کرده‌اند. به همین دلیل شیعیانِ خود را از همکاری با حکومت — جز در موارد خاص و به دلایل خاص — منع می‌کردند. بنابراین به‌اعتقاد جعفریان، روش مبارزاتیِ ائمه از جمله باقر، مبارزهٔ منفی بوده‌است. بر همین اساس، باقر یکی از پیروانش را که می‌خواست عَریفِ قبیله‌اش شود، منع کرد، با این استدلال که حتی مسئولِ ناچیزی چون عریف در ظلمِ حاکمِ ظالم شراکت دارد. در واقع باقر با این تأکیدات، مردم را از حاکمانِ ظالمْ دور، و به سمت اهل بیت متمایل می‌کرد. بیانِ اینکه ولایت، در کنارِ نماز و روزه و حج و زکات، پنج حکمِ اساسیِ اسلام است، تأکید بر همین امر است.
محمد باقر، در سال ۵۷ یا ۵۸ ه‍.ق در شهر مدینه به دنیا آمد. بیشتر منابع سال ۵۷ ه‍.ق را ذکر کرده‌اند اما منابعی چون "اِثباتُ الْوَصیَّة" سال ۵۶ یا ۵۸ ه‍.ق را ذکر کرده‌اند. در روز تولدش اختلاف است؛ در "مَسارُّ الشّیعة" اول رجب و در "کَشفُ الْغُمَّة" سوم صفر ذکر شده است. در همین دوران معاویة بن ابی‌سفیان در تدارکِ بیعت گرفتن برای پسرش یزید بود. باقر سه یا چهار سال داشت که پدربزرگش حسین بن علی و اقوامش در نبرد کربلا کشته شدند. یعقوبی از قول باقر آورده است که «وقتی جَدَّم حسین به شهادت رسید چهار ساله بودم و آنچه در آن روز بر ما گذشت همه را به یاد دارم.»
باقر در کودکی و نوجوانی شاهدِ جنگ داخلی میان بنی‌امیه، عبدالله بن زبیر و گروه‌های مختلفِ شیعی بود؛ درحالی‌که پدرش سجاد از صحنهٔ درگیری‌های سیاسی کناره گرفته بود. به‌نقل از کِسایی، محمد باقر قبل از اینکه به امامت برسد یک بار توسط عبدالملک بن مروان به مرکز خلافت — در شام — دعوت شده است. عبدالملک را از مستبدترین خلفای اموی می‌دانند هرچند بعضی روایت‌گرانِ تاریخی مدعی شده‌اند که او سخت‌گیری کمتری نسبت به پیشینیانش دربارهٔ خاندان علی داشته است بدین خاطر که به کارگزارش در حِجاز نوشته است: «مرا از مبتلا شدن به خونِ فرزندان علی دور نگه دار، زیرا دریافته‌ام هرگاه علویان مورد ظلم و هجوم قرار گرفته‌اند، مهاجمان به پیروزی نرسیده‌اند». برخی منابعِ تاریخی از پیشنهادِ ضرب سکه توسط محمد باقر به عبدالملک مروان به‌عنوان یک واقعهٔ تاریخی یاد می‌کنند. به‌نوشتهٔ ایتان کلبرگ، بنا به روایتی منقول از هارونُ الرَّشید، خلیفهٔ عباسی، تصمیم عبدالملک برای ضرب سکهٔ طلای اسلامی — که دینارِ اسلامی را جایگزین سکه‌های رومی می‌کرد — به‌پیشنهاد محمد باقر صورت گرفت. به‌نوشته حسن طارُمی در "دانشنامهٔ جهان اسلام"، این پیشنهاد که در واکنش به تهدیدِ امپراتورِ روم شرقی صورت گرفته، در نوشتهٔ بعضی تاریخ‌نگاران چون بیهقی آمده است. جعفر مرتضی عاملی، مورخ شیعی، با مقایسهٔ نقل‌های مختلفِ تاریخی و برخی شواهد دیگر نتیجه می‌گیرد که شخصِ مورد مشورت در این زمینه، سجاد، پدرِ محمد باقر بوده است؛ چون محمد باقر در آن زمان هفده تا نوزده سال داشته و شهرتِ پدرش از او بیشتر بوده است.
در دوران ولید بن عبدالملک، حَجّاج بن یوسُف — که به قساوَت علیه شیعه معروف بود — همچنان به‌عنوان والیِ خلیفه حکم می‌راند. از قول محمد باقر آمده است که حجّاج شیعیان را به هر سوءظنی دستگیر می‌کرد و عرصه بر آنان چنان تنگ شده بود که اگر کسی را «زِندیق» یا «کافِر» می‌خواندند، برایش بهتر از آن بود که او را «شیعهٔ» علی بن ابی‌طالب بنامند. قتل سعید بن جُبَیْر، شخصیتِ معروف شیعی را مربوط به دوران ولید می‌دانند. در همین ایام بود که زین‌العابدین هم از دنیا رفت و بدین ترتیب، ولید نخستین خلیفهٔ مصادف با امامت محمد باقر بود.
در دوران محمد باقر، نقاط مختلف حکومت اسلامی شاهد شکل‌گیریِ بحث‌های جدی دربارهٔ موضوعاتِ مربوط به امامت از قبیل ایمان، اسلام و قَضا و قَدَر بود که البته برخی از آنها جنبهٔ سیاسی داشت. به‌نوشتهٔ لالانی، ریشهٔ بسیاری از جنبش‌های فرهنگی سیاسی مثل خارجیّه (خَوارِج)، قُدَریّه و مُرْجِئه را باید در همین دوران جستجو کرد. شیعه نیز یکی از این گروه‌ها بود که بر سر مسئلهٔ امامت و اینکه رئیس حکومت چه کسی باید باشد و چه وظیفه‌ای دارد، با دیگران اختلاف داشت. خوارج حاکمی را که مرتکبِ خطا و گناه شود، مُرتَدّ می‌دانستند. در مقابل، مرجئه داوری در این‌باره را به خدا می‌سپردند و ازاین‌رو به امر به معروف و نهی از مُنکَر اعتقادی نداشتند. قدریه که انسان را دارای ارادهٔ آزاد می‌دانستند، حاکم خطاکار را مستحقِ کناره‌گیری یا عزل می‌دانستند. در مقابل، جَبریّه اعتقاد داشتند اعمال انسان از پیش مُقَدَّر شده است. گروه‌های دیگری هم بودند مثل اَحبارِ یهود که با نشرِ احادیثِ تحریف‌شده — که «اِسرائیلیات» خوانده می‌شد و عمدتاً دربارهٔ شئونِ زندگیِ پیامبران گذشته بود — در مقابل محمد باقر قرار داشتند. در چنین اوضاع آشفته‌ای از دیدگاه‌های مختلف فرهنگی و سیاسی بود که محمد باقر به توضیح و تشریحِ مواضع شیعه می‌پرداخت و به پرسش‌های گوناگون پاسخ می‌داد. در این روزگار، جماعتِ زیادی از مردمِ پارسا از حاکمان خود ناراضی بودند و زندگی تجملی آنان را سرمشقِ نامناسبی برای مردم می‌دیدند. مردمِ دو شهرِ مکه و مدینه به شرابخواری و قُمار و عاداتِ ناپسندِ دیگر افتاده بودند. فاصلهٔ طبقاتیِ طبقهٔ حاکم و فاتحانِ عرب از مَوالی غیرعرب، نارضایتی دستهٔ اخیر و پیوستن‌شان به جنبش‌های شیعی را در پی داشت. این نارضایتی‌ها عده‌ای را به کناره‌گیری از جامعه و انزوا کشاند. عدهٔ دیگری وقت‌شان را صرفِ فراگیری تعلیمات دینی کردند و امیدِ رهایی از این وضعیت را به پیدا شدن مُنجی و مهدی نسبت دادند. از این میان گروه‌های شیعی مثل کِیْسانیّه و زِیْدیّه چارهٔ کار را در اقدامات سیاسی و نظامی می‌دیدند.
پس از درگذشت زین‌العابدین در سال ۹۴ یا ۹۵ ه‍.ق، محمد باقر جانشین پدرش شد.
به‌نوشتهٔ سید محمدحسین طباطبایی، عالم شیعی، در این دوران به‌خاطر استبداد حُکّام بنی‌امیه، هر روز شورش‌هایی در سرتاسر قلمرو اسلامی رخ می‌داد. از طرفی اختلافات داخلی بنی‌امیه، آنان را سرگرم درگیری‌های داخلی کرده بود که این خود باعث شد اهل بیت برای مدتی به حال خود گذاشته شوند.
در این شرایط، محمد باقر همانند پدرش در مقابل بنی‌امیه موضعِ سکوت در پیش گرفت، درعوض خودش را وقفِ مسائل فقهی و بسطِ تئوریِ امامت کرد.
از طرفی به‌خاطر ستمی که در واقعهٔ کربلا بر سر خانوادهٔ پیامبر آمده بود، بسیاری از مردم به سمت امامان شیعه گرایش پیدا کرده بودند. این گرایش، این فرصت را در اختیار مردم مخصوصاً شیعیان قرار می‌داد تا در گروه‌های بزرگ به مدینه سفر کنند و آزادانه با محمد باقر ملاقات کنند؛ به‌گونه‌ای که فرصتِ تبلیغ اسلام که از امامان پیشین سلب شده بود، برای محمد باقر فراهم بود. شمار فراوانِ احادیثی که از او روایت شده و نیز شمار زیادِ شاگردانش، گواه این مطلب است.
در این دوران، به‌ویژه پس از روی کار آمدن عمر بن عبدالعزیز که به باقر متمایل بود، دربارهٔ رابطه محمد باقر با عمر بن عبدالعزیز گزارش‌های گوناگونی وجود دارد که همهٔ آنها به یک اندازه مثبت نیست. به‌نوشتهٔ ابن عَساکِر، محمد باقر از جمله فُقَهایی بود که توسط عمر بن عبدالعزیز به مرکز حکومت در شام دعوت شد تا خلیفه با او در برخی مسائل رایزنی کند.() بر مبنای روایتی از یعقوبی، در مکاتبه‌ای که عمر بن عبدالعزیز با باقر داشته، باقر او را پند و انذار کرده و به عدالت خوانده و از پیامدهای قدرتِ مُلک ترسانده‌است. عمر که قبل از رسیدن به خلافت، در دستگاه سلیمان بن عبدالملک خدمت می‌کرده است، از مکاتبهٔ مشابهی که باقر با سلیمان داشته مطلع بود که در آن خبری از پند و انذار نبود و لحنِ ملایم‌تر و حتی مدح‌گونه‌ای داشت. به‌نوشتهٔ یعقوبی، عمر بن عبدالعزیز به کارگزارش در مدینه نوشت که باقر را احضار کند و دلیل این تفاوتِ رفتار را بپرسد. بنا به روایتِ یعقوبی، پاسخِ باقر این بوده‌است که «سلیمان فردی جَبّار و زورگو بود و من ناگزیر بودم در نامهٔ خود با او همانگونه سخن گویم که مردم ناچارند با جبّاران سخن گویند.»() رسول جعفریان احتمال می‌دهد این نقل که محمد باقر عمرِ دوم را «نجیبِ بنی‌امیه» نامیده است درست باشد.() بنابر روایت دیگری، باقر پیشگویی کرد عمر بن عبدالعزیز به حکومت خواهد رسید و تمام تلاشِ خود را به‌کار خواهد بست تا عدالت پیشه کند و در هنگام مرگش ساکنین زمین او را گرامی خواهند داشت و بر او خواهند گریست درحالی‌که ساکنین آسمان او را لعن خواهند کرد چون به‌هرحال حقِّ ائمه را غصب کرده‌است. بنا به روایت دیگری — که به‌اعتقادِ کلبرگ توسط گروه‌های ضدعلوی انتشار پیدا کرده و در "طَبَقاتِ" ابن سعد ثبت شده‌است — باقر، عمر بن عبدالعزیز را مهدی دانسته‌است. در مقابل، روایتی شیعی می‌گوید باقر فقط پیشگویی کرده بود که عمر بن عبدالعزیز به خلافت خواهد رسید و با مردم به عدالت رفتار خواهد کرد.() فراغ بال بیشتری برای شیعیان ایجاد شد. فَدَک توسط همین خلیفه، و بعد از ملاقاتی که در مدینه با باقر داشت، به علویان برگشت داده شد.
از ویژگی‌های حکومتِ او، کوشش برای کم کردنِ فشارِ وارده بر شیعیان و براندازی رسمِ دشنام‌گویی به علی بن ابی‌طالب بود. دستور تدوین احادیث، که در زمان خلیفهٔ اول و دوم منع شده بود، از دیگر اقدامات عمر بن عبدالعزیز بود. در همین هنگام و همزمان با رونق گرفتنِ تکاپوی فرهنگی اهل سنت بود که باقر احساس کرد باید با اشاعهٔ نظرات فقهیِ اهل بیت، نسبت به انحرافاتی که از نظر او در احادیث اهل سنت رسوخ کرده بود، موضع‌گیری کند؛ و بدین ترتیب تدوین مکتبِ دینیِ خود را — که شامل فقه و تفسیر و اخلاق می‌شد — آغاز کرد. محمد باقر به مردم توصیه می‌کرد که حدیثِ درست را از منبع درست آن که امامان هستند، سراغ بگیرند. این تأکیدات، به‌عقیدهٔ رسول جعفریان، تأثیر خاصی در شکل‌گیری مذهب تشیع داشت. تأثیر آن در مذاهب غیرشیعی از این جهت بود که بسیاری از بزرگانِ دینی اهل سنت، نظرات دینی خود را به او عرضه می‌کردند تا از صحت و سقم آن آگاه شوند.
محمد باقر برای نظم بخشیدن به عقایدِ متغایری که دربارهٔ امامت وجود داشت، عقیدهٔ خود در این‌باره را بر پایهٔ قرآن و سُنَّت گذاشت؛ و علم و عِصمَت را به‌عنوان صفاتی معرفی کرد که «امام» را از بقیهٔ مردم متمایز می‌کند و بدین ترتیب خود را به‌عنوان «امام اُمَّت» معرفی کرد. در شرایطی که بیشتر مردم اعتقاد داشتند «امام» باید قیام کند، تعلیمات باقر نشان می‌داد که امامت لزوماً سیاسی نیست و بنابراین بر کسبِ قدرت سیاسی تکیه ندارد. این نظریه که تهدید مستقیمی علیه حکمرانان اموی محسوب نمی‌شد، فرصتی را در اختیار باقر گذاشت تا آزادانه به ادامهٔ فعالیت خود بپردازد.
باقر ادعای امامتش را در مقابل هُشام بن عبدالملک، با خواندن آیهٔ اِکمال دین توجیه کرد. سپس با یادآوری روایات متعددی از پیامبر اسلام، انتقالِ دانشِ امامت از علی به سایر امامان را توضیح داد. دربارهٔ امامت محمد باقر، به حدیثی از پیامبر اشاره می‌کنند که در معرفیِ محمد باقر می‌گوید وی در تورات باقر نامیده شده‌است. بر این اساس، امامتِ زید بن علی، که نَصّی بر آن وارد نشده، رد شده است. هرچند این اعتقاد وجود دارد که شخصِ زید، امامتِ محمد باقر و فرزندش جعفر صادق را پذیرفته است. در کتاب‌های کلامی از علم فراوان باقر و نیز کرامات زیادی که به او نسبت داده شده، به‌عنوان دلیلی دیگر بر امامت او یاد شده است.
محمد باقر همچنین در فقه، مَناسِکِ دینی و موضوعات آیینی، تفسیر قرآن، احادیث نبوی و موضوعات کلامی، خواه روحانی یا دنیوی، صاحبِ مهارت بود و به‌عنوان پیشوا و دانشمندی جامِعُ‌الْاَطراف شناخته می‌شد. او نخستین امام شیعی بود که تعالیم دینی را نظام‌مند کرد؛ و بنیان‌گذارِ مکتبِ فقهیِ جداگانه‌ای شد که همان «مذهب اهل بیت» بود.
مهم‌ترین نقشی که ایتان کلبرگ برای محمد باقر قائل است، تدریسِ نظام‌مند و عمومیِ فقهِ شیعه بود. این نظر در ابعادی وسیع‌تر توسطِ شیعه‌پژوه دیگری به‌نامِ ارزینا لالانی در کتابِ "نخستین اندیشه‌های شیعی: تعالیم امام محمد باقر علیه‌السلام" به‌تفصیل بررسی و تبیین شده‌است. کلبرگ در این زمینه می‌نویسد احتمالاً محمد باقر اولین کسی بود که آنچه را که به آموزه‌های بنیادیِ شیعهٔ دوازده‌امامی تبدیل شد، تدوین کرد.
به‌نقل از کلینی، احضار باقر به دمشق پس از مراسمِ حَجّ انجام گرفته است. بر مبنای این گزارش، هشام خودش در این مراسم شرکت داشته و به‌قصد اِرعابِ باقر، او و پسرش جعفر صادق را به شام احضار کرده است.
بر مبنای گزارش طبری، محمد باقر و جعفر صادق در دوران هشام بن عبدالملک به حج عزیمت کردند. جعفر صادق در مراسم حج، سخنرانی کرد و از جایگاهِ امامت پدرش دفاع نمود. خبرِ این سخنرانی به هشام بن عبدالملک — که در دمشق حکومت می‌کرد — رسید و به حاکم مدینه دستور داد تا پس از مراجعتِ محمد باقر و پسرش جعفر صادق، آنان را به دمشق بفرستد. حاکم چنین کرد. پس از رسیدن محمد باقر و پسرش به دمشق، خلیفه آنان را سه روز معطل گذاشت تا تحقیرشان کند. در روز چهارم مهمانی بزرگی ترتیب داد و درباریان را دعوت نمود. در این مهمانی محمد باقر و جعفر صادق نیز حضور داشتند. در طول این مهمانی، درباریان در مقابلِ هشام بن عبدالملک به تیراندازی مشغول بودند. هشام از محمد باقر دعوت کرد که در تیراندازی شرکت کند. باقر به بهانهٔ کهولت سن، از پذیرش دعوتِ هشام خودداری کرد ولی با اصرار هشام به‌ناچار پذیرفت. بر مبنای این گزارش، باقر تیر اول را به هدف زد و تیرهای بعد را تا نُه تیر به‌هم دوخت. هشام به تمجیدِ مهارت او در تیراندازی پرداخت و از زمان و کیفیتِ آموختنِ چنین تیراندازی پرسید. سپس پرسید آیا جعفر صادق هم به همان اندازه مهارت دارد. جواب باقر این بود که ما کمال و دین را به ارث می‌بریم. پاسخی که به بحثِ بیشتر دربارهٔ امامت منجر شد.
بنا به روایتِ دیگری که کلینی آن را ثبت کرده است، باقر هنگام ورود به مجلس هشام، بر خلاف رسمِ متعارف، که خلیفه را با عنوان «امیرُالْمُؤمِنین» خطاب می‌کردند، بر همهٔ حاضران یک‌جا سلام کرد و بدون اجازهٔ هشام نشست. هشام او را سرزنش کرد که چرا مردم را به امامت خود می‌خوانید. بر مبنای این روایت، باقر از جایگاه اهل بیت به‌عنوان هادیان مردم سخن گفت و درضمن بر گذرا بودنِ حکومتِ امویان اشاره کرد.باقر در مقابلِ جمع خطابهٔ زیر را ایراد کرد که در نتیجهٔ آن به زندان افکنده شد:
پس از آزادیِ باقر و فرزندش صادق و قبل از عزیمت‌شان به مدینه، مناظره‌ای میان باقر و یکی از علمای مسیحی در شام صورت گرفت. در این مباحثه، باقر به همهٔ پرسش‌های مطرح‌شده پاسخ گفت. عالِمِ مسیحی که قانع شده بود مجلس را ترک کرد. وقتی این خبر به گوش هشام رسید، برای خدشه‌دار کردنِ تأثیری که محمد باقر بر مردم گذاشته بود، به او اتهامِ گرایش به مسیحیت زد و دستور داد به مدینه برگردد.
سپس به فرماندار مدینه نوشت:
پس از درگذشت سجاد و با آغاز دورانِ امامت باقر، کیسانیّه فرقهٔ مهمی به‌شمار می‌آمد که مهم‌ترین شاخه‌اش هاشمیّه بود که خود را از پیروان ابوهاشم، فرزند محمّدِ حَنَفیّه، معرفی می‌کردند. به‌نوشتهٔ لالانی، ابوهاشم چه در محضر باقر و چه در حضور سلیمان، خلیفهٔ اموی، ادعای امامت و رهبری کرده و مدتی تبعید و زندانی بوده است. هنگامی که در سال ۹۸ ه‍.ق بدون فرزند درگذشت، کیسانیه به فرقه‌های مختلفی تقسیم شد. یکی از این فرقه‌ها که به‌نام راوَندیّه مشهور شدند، معتقد بودند ابوهاشم، محمد بن علی بن عبدالله بن عباس را به جانشینی خود انتخاب کرد. این فرقه عموماً امامت را از طریق محمد بن علی عباسی و پسرش ابراهیم تا خلفای عباسی پیگیری می‌کند.