وی از سال ۱۳۷۷ دست به انتشار روزنامهٔ صبح امروز زد که در جریانات سیاسی آن روز نقش اطلاع‌رسانی عمده‌ای را بر عهده گرفت. ترور وی بعد از افشاگری‌هایی دربارهٔ قتل‌های زنجیره‌ای در این روزنامه صورت گرفت. در ۲۲ اسفند ۱۳۷۸ سعید عسگر در جلوی شهرداری تهران و هنگام ورود حجاریان به ساختمان شورای شهر او را مورد سوءقصد قرار داد. حجاریان پس انتقال به بیمارستان نجات یافت، اما این ترور وی را دچار مشکلات جسمانی فراوانی کرد. سعید عسگر پس از این ترور محاکمه و به ۱۵ سال زندان محکوم شد. همدست او که راننده موتورسیکلت حامل سعید عسگر بود به ۱۰ سال زندان محکوم شد.Iran jails Hajjarian gunman سعید عسگر پس از گذشت یک سال از زندان آزاد شد.هشدار نسبت به شرایط وخیم جسمی سعید حجاریان در زندان گرچه پدر سعید عسگر در طی جریان رسیدگی اعلام کرد که آن شب فرزندش تا صبح در خانه بوده‌است و این امر این ظن را ایجاد کرد که مسئول حادثه غیر از وی باشد و نیروهای وزارت اطلاعات دست به این کار زده‌اند که با زنده ماندن سعید حجاریان مجبور به پیدا کردن افرادی شده‌اند که مسئولیت ترور را بپذیرند. ریاست این وزارت‌خانه در سال ۱۳۷۸ با علی یونسی بود. محسن رفیقدوست در مصاحبه‌ای، گفته‌بود که او سعید عسکر را به عنوان ضارب حجاریان به علی ربیعی -معاون پارلمانی وزیر اطلاعات وقت- معرفی کرده بود. به گفته رفیقدوست، سعید عسکر چند روز پیش‌تر ابوالقاسم شفیعی، از بازاریان تهران و مشاور کمیته‌ امداد را نیز ترور کرده بود. کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی ۱۳۷۸، صفحه ۸۳۳ برخی روزنامه‌های جناح راست همچون کیهان و رسالت، احمد حکیمی‌پور، عضو اصلاح‌طلب شورای شهر را با این استدلال که جناح چپ به دنبال مظلوم نمایی است، به دست داشتن در ترور سعید حجاریان متهم کردند. این مساله به بازداشت و بازجویی حکیمی‌پور انجامید ولی پس از به هوش آمدن حجاریان و بیان اظهارات او با این عنوان که پرونده ترور وی به انحراف می‌رود، حکیمی‌پور از اتهام تبرئه شده و آزاد گردید. کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی ۱۳۷۹، صفحه ۴۲ بنابر اعلام رسمی، مباشرین ترور سعید حجاریان ۵ نفر بودند. سعید عسگر که به حجاریان شلیک کرده بود. علی پورچالویی، همدست سعید عسگر که طلبه و از اعضای فعال بسیج شهرری که دارای باشگاه ورزش رزمی نیز بود. مهدی روغنی که طبق صورتجلسه مربوط به بازشماری آرای انتخابات مجلس ششم، نماینده هیات نظارت شورای نگهبان بود. محمدعلی ‏مقدمی که با دادن نامه‌ای به حجاریان، وی را جلوی ساختمان شورا متوقف ساخته بود و شخصی به نام صفر‏‎ مقصودی که به مباشرین سلاح فروخته بود.کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی ۱۳۷۹، صفحه ۴۶ هاشمی رفسنجانی در خاطرات نهم فروردین ۱۳۷۹، از دیدار خود با حسین علایی، رییس وقت ستاد مشترک سپاه می‌نویسد که در آن علایی می‌گوید «با فردفرد متهمان ترور آقای [سعید] حجاریان، زمانی که در اختیار سپاه بودند، شخصا مصاحبه کرده است. همگی به نقش خود اعتراف دارند و از عمل خود دفاع می‌کنند و سه نفر آنها از لحاظ سیاسی، متمایل به جریان چپ هستند و در انتخاب‌های اخیر برای آنها تبلیغ کرده‌اند و با توجه به نقشی که یکی از آنها -[محمد علی] مقدمی- در کمک‌ به رساندن آقای حجاریان به بیمارستان داشته، تردید جدی در هدف اصلی آنها پیش آمده، ولی [آقای علی] یونسی وزیر اطلاعات، موافق با این نتیجه نیست و این احتمال را مطرح می‌کند که ضارب فرد دیگری هم باشد و می‌گوید بررسی‌های مقدماتی وزارت فرد دیگری را مورد توجه قرار داده که فعلا هم بازداشت است و می‌گوید، سپاه اینها را کشف نکرده، بلکه دو نفر از اینها، خودشان را معرفی کرده‌اند.»کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی ۱۳۷۹، صفحه ۴۷ به علاوه در دیدار با امیر تهرانی، معاون پارلمانی وزارت اطلاعات، اعلام می‌شود که متهمان صریحا اعتراف کرده‌اند و سعید عسگر، انگیزه‌های خود را اشکالات عقیدتی و رفتاری حجاریان در تضعیف انقلاب و اسلام و روحانیت و امام و اهانت به اهل بیت پیغمبر اعلام نموده است. به علاوه امیر تهرانی اظهار نگرانی خود را از آنچه که وی اعمال غرض جناح چپ در تعقیب اهداف سیاسی آنهاست به رفسنجانی بیان نمود. تهرانی در مورد یکی از مصاحبه‌های علی یونسی وزیر وقت اطلاعات می‌گوید که با وجود آنکه یونسی حرف‌های مورد نظر جناح چپ را گفته، جناح چپ از اینکه یونسی در آن مصاحبه متهمان ترور را فاقد وابستگی سیاسی و جناحی و عواملی خودسر معرفی کرده، از یونسی انتقاد دارند. کارنامه و خاطرات هاشمی رفسنجانی ۱۳۷۹، صفحه ۵۰