صفویان که از آذربایجان ایران برخاسته بودند و تا سال ۱۷۲۲ به حکومت ادامه دادند توانستند ایرانی نوین را پایه‌گذاری کنند.The Safavid Empire , University of Calgary. Retrieved 8 June 2006.Safavid Empire 1502–1736, Iran Chamber. Retrieved 19 June 2006. موفقیت‌های آن‌ها در ساخت ساختمان‌های دولتی، معماری و دانش چشمگیر بود. دولت صفویه به دلیل فساد داخلی و فشارهای خارجی از طرف دولت‌های روسیه و در افغانستان دولت هوتکیان رو به افول گذاشت. صفویان مذهب شیعه را که قسمت مهمی از هویت ملی ایرانیان و بیشتر ساکنین جمهوری آذربایجان است ترویج و گسترش دادند. صفویان هنر و فرهنگ (ادب) را ترویج دادند، شاه عباس یکم فضای روشنفکرانه‌ای را در ایران به‌وجود آورد، به‌طوری‌که بسیاری دانشمندان از این دوران به عنوان «دوران جدید طلایی (شکوفایی) ایران» یاد می‌کنند.Kathy Sammis, "Focus on World History: The First Global Age and the Age of Revolution", pg 39. شاه عباس یکم اصلاحات پایه‌ای در دولت و ارتش ایجاد کرد و به نیازهای مردم عادی رسیدگی نمود. او سعی کرد اوضاع داخلی را با استفاده از شیعه گری ثبات ببخشد. پس از سقوط صفویه، برای مدت کوتاهی عثمانی‌ها قسمتهایی از خاک ایران را اشغال کردند. نادر شاه افشار که در آن زمان حاکم خراسان بود افغان‌ها را شکست داد و ایران را دوباره فتح کرد. بعد از افشاریه سلطنت کوتاه کریم خان فرا رسید و بعد از زندیه سلسله قاجاریه در سال ۱۷۷۹ بر آذربایجان و ایران شروع به حکومت کرد. در این زمان روس‌ها تهدید بزرگی برای اراضی ایران در قفقاز به حساب می‌آمدند. جنگ‌های ایران و روسیه در قرن هجدهم شروع شد و در اوایل قرن نوزدهم با دو قرارداد گلستان در سال ۱۸۱۳ و ترکمن چای در سال ۱۸۲۸ که منطقه قفقاز را رسماً از ایران به امپراتوری روسیه می‌داد پایان یافت. نقش آذربایجان بر انقلاب مشروطه ایران انکار ناپذیر است. بزرگ‌ترین شخصیت‌های انقلابی ستارخان و باقرخان هردو آذربایجانی بودند. انقلاب مشروطه ایران سلسله قاجاریه را که امتیاز تنباکو و نفت را به امپراتوری بریتانیا داده بودند و اراضی ایران را به امپراتوری روسیه واگذار کرده بودند متزلزل کرد. مجلس ایران با تلاشهای مشروطه خواهان شروع به کار کرد. در برخی مناطق جنبش مشروطه با شورش رعایا (کشاورزان) علیه تنها حامیان داخلی سلطنت یعنی اربابان (زمین داران) و مالیات بگیران همراه بود. روزنامه‌های دموکراسی طلب شروع به کار کردند و روشنفکران ایرانی با دیدن شهرهایی همچون پاریس و پتروگراد شروع به نوگرایی کردند. شاه قاجار و مشاوران انگلیسی اش به انقلاب مشروطه تاختند ولی عمر سلسله قاجاریه رو به پایان بود. احمد شاه آخرین شاه قاجار که در روزهای آشفتگی ایران با وامی که از دولت روسیه گرفته بود در حال خوشگذرانی در اروپا بود با رای اکثریت مجلس و حمایت نخست‌وزیر وقت رضاخان که یک فرمانده قدیمی نیروهای قزاق بود بر کنار شد.Tadeusz Swietochowski, "Russia and Azerbaijan: A Borderland in Transition" (ISBN 0-231-07068-3) در پی برکناری رضاشاه در سپتامبر ۱۹۴۱، نیروهای شوروی کنترل نواحی آذربایجان را بدست گرفتند و فرقه دموکرات آذربایجان به رهبری سید جعفر پیشه‌وری را به سر کار آوردند. نگرانی‌های ایالات متحده آمریکا و بریتانیا از ادامه حضور نیروهای روس در آذربایجان بعد از جنگ جهانی دوم باعث خروج نیروهای روس از خاک آذربایجان در اواخر سال ۱۹۴۶ شد. بلافاصله بعد از خروج نیروهای روس از آذربایجان، دولت ایران کنترل آذربایجان را دوباره بدست گرفت. پروفسور گری هس در این باره گفته‌است: «در ۱۱ دسامبر نیروهای ایران وارد تبریز شدند و دولت پیشه‌وری به سرعت فروپاشید. البته آذربایجانی‌ها از ورود نیروهای ایرانی شورمندانه استقبال کردند چون تهران را بر مسکو ترجیح می‌دادند. صرفنظر کردن شوروی از آذربایجان احتمالاً به عوامل گوناگونی بود، از جمله می‌توان به تمایل آذربایجانی‌ها به ایران و امتیاز نفت که در دراز مدت برای دولت شوروی باقی می‌ماند نام برد» درحالی که آذربایجانی‌های ایران با اجتماع ایران آمیخته شدند، خویشاوندان آن‌ها در جمهوری آذربایجان پس از ۷۰ سال حاکمیت شوروی به استقلال کوتاهی در سال‌های ۱۹۱۸–۱۹۲۰ رسیدند، آذربایجانی‌های جمهوری آذربایجان در اکتبر ۱۹۹۱ استقلال خود را دوباره بازیافتند و سپس گرفتار جنگ قره باغ با همسایه خود، ارمنستان شدند.