اینتر در جام حذفی فوتبال ایتالیا نیز همانند مسابقات لیگ قهرمانان اروپا در ابتدا خوب کار کرد و با نتیجه ۶-۲ از سد بنونتو عبور کرد، اما در ادامه برابر لاتزیو و در ضربات پنالتی شکست خورد و از این رقابت‌ها کنار رفت. در ۱۳ فوریه ۲۰۱۹، به دلیل اظهارنظرهای مدیر برنامه‌های ایکاردی (که همسر او نیز بود) درباره مدیریت و بازیکنان اینتر در برنامه تلویزیونی "تیکی تاکا"، اینتر اعلام کرد که قرار است سمیر هاندانوویچ به عنوان کاپیتان جدید باشگاه جایگزین او شود. در واکنش به سلب کاپیتانی، ایکاردی از شرکت در بازی روز بعد تیم در لیگ اروپا مقابل راپید وین امتناع کرد. باشگاه نیز در پی این اقدام، ایکاردی را از تیم کنار گذاشت. نراتزوری در مرحله یک شانزدهم نهایی لیگ اروپا و در غیاب ایکاردی به مصاف راپید وین رفت و توانست در دو بازی رفت و برگشت و با نتیجه ۵–۰ (پیروزی ۱–۰ در وین و پیروزی ۴–۰ در میلان) این تیم اتریشی را شکست داده و راهی مرحله بعد شود. در مرحله یک‌هشتم نهایی، اینتر به مصاف آینتراخت فرانکفورت رفت که در نهایت با ارائه بازی‌های ضعیف و با نتیجه ۱–۰ در مجموع دو بازی رفت و برگشت (تساوی ۰–۰ در فرانکفورت و شکست ۱–۰ در میلان) از این تیم شکست خورد و از رقابت‌های لیگ اروپا نیز کنار رفت. در ادامه مسابقات سری آ، اینتر با پیروزی ۳–۲ در دربی ۱۷ مارس ۲۰۱۹ برابر میلان، توانست پس از فصل ۱۲-۲۰۱۱، این تیم را در هر دو بازی رفت و برگشت شکست دهد. در ۳ آوریل ۲۰۱۹، اینتر با نتیجه ۴–۰ در خانه جنوا به برتری دست یافت. در این بازی کریستین رومرو مدافع حریف در دقیقه ۳۹، ایکاردی را درون محوطه جریمه سرنگون کرد و با کارت قرمز داور از زمین مسابقه اخراج شد. ایکاردی پس از گذشت ۵۳ روز و در اولین بازی خود پس از تنش‌های ایجاد شده بین او و باشگاه، توانست گل سوم اینتر در این بازی را از روی نقطه پنالتی به ثمر برساند تا حداقل به این شکل اندکی روابط بین او و باشگاه دوستانه تر شود. ایکاردی با این گل، با رکورد کریستین ویری برابری کرد و با به ثمر رساندن ۱۲۳ گل، تبدیل به هشتمین گلزن برتر تاریخ اینتر شد. بین ۷ آوریل تا ۱۳ مه، اینتر از ۶ مسابقه خود در سری آ، ۴ تساوی و دو پیروزی کسب کرد. شکست سنگین ۴–۱ برابر ناپولی در هفته ۳۷ این رقابت‌ها، جایگاه اینتر را برای کسب سهمیه رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپای فصل بعد به خطر انداخت. تک گل اینتر در این بازی را نیز ایکاردی از روی نقطه پنالتی به ثمر رساند. نتایج ضعیف اینتر در هفته‌های پایانی مسابقات سری آ، باعث تثبیت جایگاه سومی آتالانتا شد. به این ترتیب اینتر باید در بازی پایانی فصل برابر امپولی به پیروزی می‌رسید تا بتواند سهمیه رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا فصل بعد را کسب کند. در ۲۶ مه ۲۰۱۹ و آخرین بازی فصل سری آ، اینتر در جوزپه مئاتزا به مصاف امپولی رفت. دیداری که برای هر دو تیم بسیار حائز اهمیت بود زیرا نراتزوری برای کسب سهمیه و امپولی برای فرار از سقوط تلاش می‌کرد. اینتر بازی را با تمام قدرت آغاز کرد اما واکنش‌های خیره کننده دروازه‌بان امپولی یعنی بارتلومی دراگوفسکی مانع از باز شدن دروازه حریف شد. بالاخره در دقیقه ۵۱، کیتا بالده قفل دروازه حریف را باز کرد. در دقیقه ۶۱، با خطای دراگوفسکی درون محوطه جریمه بر روی ایکاردی، یک ضربه پنالتی به سود اینتر اعلام شد اما ضربه پنالتی ایکاردی به وسیله دراگوفسکی دفع شد. امپولی که تمام تلاش خود را برای باز کردن دروازه اینتر و فرار از سقوط انجام می‌داد با سد محکمی به نام سمیر هاندانوویچ روبرو می‌شد اما در نهایت و در دقیقه ۷۶، اینتر گل تساوی را دریافت کرد. این نتیجه باعث از دست رفتن سهمیه می‌شد. در نهایت و در دقیقه ۸۱، رجا ناینگولان گل پیروزی بخش اینتر را به ثمر رساند و ورزشگاه را غرق در شادی کرد. در ادامه نیز امپولی به آب و آتش زد اما واکنش‌های استثنایی کاپیتان سمیر هاندانوویچ مانع از فروپاشی مجدد دروازه اینتر شد. با پایان یافتن بازی با همین نتیجه، اینتر سهمیه رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا راکسب و امپولی نیز به سری بی سقوط کرد.