در قسمت پایین نمای شمالی (نمای مشرف به کوچه)، دو پنجره با نرده‌های مشبک و فلزی سبز رنگ قرار دارد که به فضای زیر زمین متصل است و در فاصله پنجاه سانتی‌متری زمین قرار گرفته‌است. قبر امامزاده به‌طور دقیق در زیر این پنجره‌ها، و با گود برداری اطراف، برآمدگی آن کاملاً مشخص است. این پنجره در حکم ضریح امامزاده، و محل زیارت عابران است. بالای این پنجره و در داخل سه طاق نما، پنجره‌هایی متصل به فضای اتاق طبقه اول دیده می‌شود. این سه طاق نما در قابی مستطیل شکل قرار گرفته‌اند. این قاب‌ها و طاق نماها هره چینی شده‌اند. طاق نمای سمت راست این نما کوچک‌تر از بقیه است. سه پنجره مرتفع موجود در این طاق نماها، در ارتفاع تقریبی دو متر و هشتاد سانتی‌متر از سطح زمین ایجاد شده‌اند. قاب این پنجره‌ها چوبی و پنجره‌های آن مشبک است و شبکه‌ها با شیشه‌های رنگین آبی، زرد، سبز و قرمز پر شده‌اند. بالای این سه طاق نما، کتیبه‌ای کاشی کاری به خط ثلث دیده می‌شود که روی آن نوشته شده است((آستانه مبارکه امامزاده اسحق ابن موسی ابن جعفر علیه السلام)) فضای بین قوس‌ها نیز، در این قاب، کاشی کاری و منقوش به اسلیمی و کتیبه است. کتیبه‌ها بین قوس‌ها، شامل اسماء جلاله است که در طول یکدیگر روی آن‌ها نقش بسته، و به ترتیب از غرب به شرق آمده‌است. نمای شرقی آجری است. بعد از طی پنج پله، فضای کوچک مستطیل شکلی، حدود هفتاد و پنج سانتی مترمربع، در مقابل در ورودی حرم دیده می‌شود که پیش فضای بقعه به‌شمار می‌رود. چرخش دو پله بالایی به سمت راست، زائر را به داخل حرم، که در ورودی آن نیز در سمت راست است، هدایت می‌کند. جداره جنوبی و شرقی داخل اتاقک ورودی (پیش فضا) چوبی و جداره جنوبی در ورودی حرم است. اطراف این درکه به داخل حرم باز می‌شود،((آیه الکرسی)) به خط نسخ تحریر شده است((بسم الله الرحمن الرحیم الله لا الله الا هو الحی القیوم لا تاخذه سنه و لا نوم له ما فی السماوات و ما فی الارض من ذاالذی یشفع عنده الا باذنه یعلم ما بین ایدیهم و ما خلفهم و لا یحیطون))-دنباله این آیات روی جداره دیگر((شرقی))که عمود بر این در به موازات در فلزی سبزرنگ، روی پله سوم ورودی، است دیده می‌شود- روی نیمه بالایی این در آیاتی از سورهٔ ((توحید))به خط نستعلیق معرق کاری شده‌است. و در قسمت پایینی نیز شجره نامه امامزاده اسحاق و اسامی پنج تن به خط نستعلیق به صورت زیر دیده می‌شود: ((الله فاطمه بسم الله الرحمن الرحیم محمد و علی حسن و حسین اسحق ابن حسین بن حسن بن اسحق بن جعفر بن حسن بن احمد بن هرون بن حسین بن ابراهیم بن محمد بن الصالح بن موسیس بن جعفر بن محمد بن علی بن الحسین بن علی ابن ابی طالب علیهم و صلوات ملائکه و رسله)) پشت این در نیز ((بسم الله الرحمن الرحیم)) به صورت زیبایی به شکل یک پرنده به شیوه معرق روی در ایجاد شده که زمینه آن سبزرنگ است و نقوش اسلیمی و ختایی اطراف آن جلوه خاصی به آن بخشیده است. این قسمت هنگام بازبودن در دیده نمی‌شود. ابعاد این در دو متر و دوازده سانتی‌متر در نود و چهار سانتی‌متر است. دورتادور جداره چوبی دیگر، که در قسمت شرقی اتاقک قرار دارد، ادامه ((آیه الکرسی)) به خط نسخ تحریر شده است: ((بشی ءمن علمه الا بماشاء وسع کرسیه السموات و الارض ولا یوده حفظها و هو العلی العظیم لا اکراه فی الدین قد تبین الرشد من الغی فمن یکفر بالطاغوت و یومن بالله فقد استمسک بالعروه الوثقی لا انفصام لها و الله سمیع علیم.)) نیمه بالای آن، مانند پنجره‌های بقعه، فلزی مشبک است که با شیشه‌های رنگی مزین شده‌است. و روی نیمه پایینی به صورت مدور نام ((علی)) به تکرار معرق کاری شده و در مرکز نام ((الله)) و نقوش اسلیمی اطراف نیز جلوه خاصی به آن بخشیده است. پارچه سبز رنگی دور تا دور حرم تا فاصله یک متر و پنجاه سانتی‌متر از کف زمین کشیده و به وسیله تیرهای چوبی به دیوارها متصل شده‌است.