moaminsharifi/fa-wiki-spell-checker huggingface dataset:
"کَفبیخ" محصولی ویژه مراسم شادباش "کَف زَنی" و نوعی شیرینی و دسر سنتی و قدیمی در جنوب و غرب خراسان است و بیشتر برای مراسم جشن‌های خانوادگی، چراغانی‌های دوستانه و به‌ویژه برای جشن شب یلدا بکار می‌رود. امروزه، این رسم هنوز هم در جنوب و غرب خراسان و به ویژه در شهرستان‌های سبزوار، بیرجند، خوسف، بجستان، سربیشه، قائنات و گناباد رواج دارد. ماده اصلی این شیرینی، ریشه گیاه چوبک است که در خراسان به آن بیخ یا پشم شویه می‌گویند و دارای خواص پزشکی است.
تهیه شیرینی کفبیخ در مراسم کف زنی یکی از آیین‌های شب چله در منطقه جغرافیایی جنوب خراسان قدیم، به‌خصوص منطقهٔ قهستان یعنی محدوده شهرهای بیرجند، خوسف، بجستان، گناباد و قاینات است. «کف» نوعی شیرینی یا شربت سنتی مشابه بستنی اما با وزنی سبک است که ابتدا باید ریشه بوته چوبک را تمیز کرده و چند بار در آب جوشاند و آب آن را دور ریخت و بار سوم معمولاً جوشانده طعم خوشایندی دارد. سپس آن را در تغار یا ظرف سفالی می‌ریزند و با دسته گز هم می‌زنند.
در این مراسم ریشه گیاهی به نام چوبک را که در جنوب خراسان به «بیخ» مشهور است، در آب خیسانده و پس از چند بار جوشاندن، در ظرف بزرگ سفالی به نام «تغار» می‌ریزند. مردان و جوانان فامیل با دسته‌ای از چوب‌های نازک درخت انار به نام «دسته گز»، مایع مزبور را برای ساعت‌ها هم می‌زنند تا به صورت کف سفت درآید و این کار باید در محیط سرد صورت گیرد تا مایع مزبور ابتدا به صورت کف درآمده و سپس سفت شود که خشک شده آن مانند گز اصفهان می‌شود. کف آماده شده در پایان با مخلوط کردن شیره یا شکر آماده خوردن شده و پس از تزیین با مغز گردو و پسته برای پذیرایی مهمانان برده می‌شود. در این میان گروهی از جوانان قبل از شیرین کردن کف‌ها مجاز هستند با پرتاب آن به سوی همدیگر و مالیدن کف به سر و صورت یکدیگر شادی و نشاط را به جمع مهمانان بیفزایند.
برای درست کردن این شیرینی و شربت مقداری «چوبک» که در گویش بیرجند «پشمشویه» یا «بیخ» (ریشه) می‌نامند را کوبیده و چند بار در آب می‌جوشانند و چون این آب تلخ است آن را چند بار دور می‌ریزند. این کار را آنقدر تکرار می‌کنند که تلخی آب گرفته شود و هیچ طعمی نداشته باشد.
آب جوشانده بیخ را می‌گذارند سرد شود. آنگاه آن را در ظرف بزرگی که بهتر است تغار سفالی باشد، می‌ریزند و با «دسته گز» که از ترکه‌های به هم بسته شده درخت گز یا انار است هم می‌زنند و این زدن را آنقدر ادامه می‌دهند که آب چوبک «کف» کند و تا زمانی که سفت شود.
سپس مقداری شیره انگور یا شیره شکر یا پودر شکر را، به بتدریج به آن اضافه می‌کنند و زدن کف را ادامه می‌دهند تا خوب مخلوط شود و «کف» شیرین شود. وقتی که «کف» از هر جهت آماده شد، آن را در ظرفهایی ریخته و روی آن را مغز کوبیده گردو، بادام، پسته و تخم رازیانه و بادیان تزیین می‌کنند و با سرانگشت یا با قاشق آن را می‌خورند.
کفبیخ معمولاً بیشتر در زمستان برای شب یلدا و جشن‌های خانوادگی بکار می‌رود. در ادبیات خراسان واژه یلدا استفاده نشده، بلکه در تمام ادوار تاریخی، تا آنجا که اسناد شفاهی و مکتوب وجود دارد، شب چله یا چله نشینی بکار رفته‌است. در این شب طولانی آیین‌ها و مراسم‌های خاصی وجود داشته که شاید در سایر مناطق ایران کمتر مرسوم بوده یا اینکه به فراموشی سپرده شده‌است و به آن شب چراغانی یا شب چراغ یا به‌طور خلاصه چِرَقو می‌گفتند. از آنجا که هر میهمانی برای رفتن به شب‌نشینی، چراغی را همراه خود می‌برده و به دلیل فراوانی چراغ‌ها در این مراسم، عبارت چراغانی و چهل چراغ را که نشانه کثرت است، به‌کار می‌بردند. چرقو به معنی گردهمایی نیز بکار می‌رود. اگرچه انار و هندوانه در اکثر مناطق رایج بوده‌است اما در خراسان بیشتر لبو یا چغندر پخته، شلغم پخته و پختیک (لبوی خشک شده) و شربت و شیرینی «کف» یا کفبیخ مرسوم بوده‌است.
یکی دیگر از جشنهای ایرانی چله تموز است که عکس چله زمستان است و آن طولانی‌ترین روز سال است که هنوز هم در خراسان جنوبی گرامی داشته می‌شود.
در روستای گیت به گیاه بیخ یا چوبک، سرسنگی نیز گفته می‌شود این گیاه به از بوته‌های اصلی مراتع این روستا است.
T4 می‌تواند به یکی از موارد زیر اشاره داشته باشد:
محاصره اول قسطنطنیه، جنگی است که بین سپاه اسلام و بیزانس درگرفت و در اقتصاد و اوضاع سیاسی هر دو کشور تأثیرات زیادی گذاشت. در نهایت سپاه اسلام موفق به فتح قسطنطنیه نشد و صدمات بسیاری از لحاظ نیروی انسانی و تجهیزات نظامی متحمل شد.
پس از جنگ روابط بین اسلام و بیزانس شکل جدیدی به خود گرفت و مسلمانان مانع از بازپس‌گیری مواضع بیزانس در مصر و شام شدند و بیزانس به آسیای صغیر عقب‌نشینی کرد ولی هر دو برای تصرف این مناطق مهم تلاش می‌کردند.
معاویه اولین خلیفه اموی پس از جنگ‌های داخلی به قدرت رسید، او برنامه‌ریزی‌های بسیار در جهت فتح قسطنطنیه پایتخت امپراتوری بیزانس انجام داد:
اولین محاصره قسطنطنیه توسط اعراب در سال‌های ۶۷۸_۶۷۴ بوده‌است. حمله مسلمانان با برنامه‌ریزی بوده و آنان نیروهای خود را در پایگاه‌های امتداد سواحل آسیای صغیر اسکان دادند و سپس به محاصره قسطنطنیه پرداختند.
در ابتدا مسلمانان به رهبری معاویه جزیره قبرس را فتح کردند و این محل به عنوان پایگاه برای محاصره لازم بود. معاویه از راه خشکی لشکرکشی را آغاز کرد و این سپاه به فرماندهی فضالة بن عبدالله انصاری تا خلقیدونه پیش رفتند و زمستان را در خاک بیزانس گذراندند.
سفیان بن عوف با سپاهی به کمک او آمد. معاویه لشکری به رهبری یزید برای تکمیل محاصره فرستاد و به همراه جمعی از صحابه از جمله ابو ایوب انصاری که در پایین حصار قسطنطنیه دفن شد.
نیروی دریایی اسلام با فتح جزیره‌های کوس و خیوس محاصره دریایی را کامل کردند، جناده بن ابی‌امیه پس از فتح جزیره ارواد به محاصره قسطنطنیه رسید ولی پیروزی چشم‌گیری بدست نیاورد و امپراتور کنستانتین چهارم توانست با آتش یونانی محاصره را بشکند و اعراب مجبور به عقب‌نشینی شدند.
کنستانتین چهارم با استفاده از این سلاح در مقابل حملات دریایی مسلمانان از مرزهای خود دفاع کرد. آتش یونانی نوعی مواد آتش‌زا است که شامل آهک و گوگرد است و دود غلیظ و انفجار بزرگی به وجود می‌آورد، از طریق لوله‌ای به سمت کشتی‌های دشمن پرتاب می‌کردند. وجود این سلاح اهمیت زیادی داشته و در تاریخ ماندگار شد به دلیل آنکه نقش خلفای اموی را برای فتح قسطنطنیه باطل ساخت و مانع گسترش اسلام در آنجا شد.
بیزانس به شدت فرمول این اختراع را مخفی نگه داشت و امروزه دقیقاً ترکیبات آن مشخص نیست.
دلیل این صلح فرسوده شدن سپاه طرفین بود.
طبق گفتگوهای انجام شده معاویه هر سال باید سه هزار قطعه طلا و پنجاه اسیر و اسب به رومیان می‌پرداخت.
مدت این صلح مسلمانان و رومیان سی سال بوده‌است.
زانتوموناس کمپستریس گونه‌ای از باکتری است که سبب بیماری‌های گیاهی گوناگون در گیاهان مختلف می‌شود مانند پوسیدگی سیاه که در کلم‌سانان و نیز پژمردگی باکتریایی چمن مشاهده می‌شود.Black Rot of Cabbage | Horticulture and Home Pest News. Integrated Pest Management at Iowa State University.
این باکتری در تولید تجاری صمغ زانتان مورد استفاده قرار می‌گیرد و به دلیل جرم مولکولی‌ی بالای چندقندی‌ها، بویژه در صنایع غذایی بکار می‌رود.
این طبقه‌بندی بر اساس گیاه میزبان صورت گرفته است.
بابک امینی (زادهٔ فروردین ۱۳۴۹ خورشیدی) آهنگساز، تنظیم‌کننده و خواننده‌ی ایرانی است.
قطعاتی برای گیتار
مسلمان معتدل () یک برچسب در مقابل اسلام رادیکال در مبارزه با تروریسم است، که یادآوری می‌کند حمایت از تروریسم اسلامی از ویژگی‌های یک جناح «رادیکال» در اسلام است، و یک جناح میانه‌رو از مسلمانان هستند که تروریسم را محکوم می‌کنند.
لورنزو جی ویدینو این اصطلاح را به عنوان «ذاتاً بحث‌برانگیز» تعریف می‌کند و دانشمندان استدلال می‌کنند که جمعیت مسلمان به صورت قابل پیش‌بینی دریافته اند که اصطلاح «مسلمان میانه‌رو» یک توهین است. چرنی و مورفی استدلال می‌کنند که دسته‌بندی مسلمانان به افراطی و میانه‌رو بی‌طرفانه نیست، بکارگیری گسترده این ترم دایره مسلمانان را از بحث راجع به مبارزه ضد تروریسم و برچسبی که بر اساس آن به نفع یا علیه تروریسم زده می‌شود، محروم می‌کند. اگر چه بعضی از مسلمانان از چنین زبانی استفاده می‌کنند، اما دیگران آن را بیشتر به عنوان لکه دار کردن جوامع مسلمان و اسلام می‌دانند.
برخی معتقدند که برچسب «مسلمان معتدل» توهین است؛ چرا که آن‌ها معتقدند که این امر نشان می‌دهد که اسلام عادی صلح‌آمیز نیست. و گروهی دیگر معتقدند که «مسلمانان معتدل به‌طور کامل مسلمان» نیستند، یا این که این اصطلاح با مترقی" یا "سکولار" با "میانه‌رو برابر است.
تورنت (به اسپانیایی: Torrente) یک دهستان در اسپانیا است که در Horta Sud واقع شده‌است. تورنت ۶۹٫۳ کیلومتر مربع مساحت و ۷۹٬۸۴۳ نفر جمعیت دارد و ۶۶ متر بالاتر از سطح دریا واقع شده‌است.
شهرهای Benalup-Casas Viejas, Għarb و زبوگ خواهرخوانده‌های تورنت (والنسیا) هستند.
خارائیز د لا ورا (به اسپانیایی: Jaraíz de la Vera) یک دهستان در اسپانیا است که در استان کاسرس واقع شده‌است. خارائیز د لا ورا ۶۳ کیلومتر مربع مساحت و ۶٬۷۲۷ نفر جمعیت دارد و ۵۶۱ متر بالاتر از سطح دریا واقع شده‌است.
فوئنته-توخر (به اسپانیایی: Fuente-Tójar) یک دهستان در اسپانیا است که در استان کوردوبا (اسپانیا) واقع شده‌است. فوئنته-توخر ۲۴ کیلومتر مربع مساحت و ۷۹۵ نفر جمعیت دارد و ۶۰۰ متر بالاتر از سطح دریا واقع شده‌است.
ساریا (به اسپانیایی: Sarria) یک دهستان در اسپانیا است که در استان لوگو واقع شده‌است. ساریا ۱۳٬۵۰۸ نفر جمعیت دارد.
پوسیدگی سیاه نام انواعی از بیماری‌های گیاهی است که توسط قارچ یا باکتری به وجود می‌آید و سبب به وجود آمدن تغییر رنگ قهوه‌ای تیره و پوسیدگی برگ‌های میوه و سبزیجات می‌شود.
چیویتا (به ایتالیایی: Civita) یک کومونه در ایتالیا است که در استان کزنتزا واقع شده‌است. چیویتا ۲۷ کیلومتر مربع مساحت و ۱٬۱۲۴ نفر جمعیت دارد و ۴۵۰ متر بالاتر از سطح دریا واقع شده‌است.
کانچللو ئه آرنونه (به ایتالیایی: Cancello ed Arnone) یک کومونه در ایتالیا است که در استان کسرتا واقع شده‌است. کانچللو ئه آرنونه ۴۹٫۲ کیلومتر مربع مساحت و ۵٬۳۷۱ نفر جمعیت دارد و ۸ متر بالاتر از سطح دریا واقع شده‌است.
شیشانو (به ایتالیایی: Scisciano) یک کومونه در ایتالیا است که در استان ناپل واقع شده‌است. شیشانو ۵٫۵ کیلومتر مربع مساحت و ۵٬۱۶۶ نفر جمعیت دارد.
ویشانو (به ایتالیایی: Visciano) یک کومونه در ایتالیا است که در استان ناپل واقع شده‌است. ویشانو ۱۰٫۹ کیلومتر مربع مساحت و ۴٬۶۰۷ نفر جمعیت دارد.
شهر Gerena خواهرخواندهٔ ویشانو هست.
مسجد جامع اصفهان که به مسجد جامع عتیق و مسجد جمعه اصفهان هم معروف است، یکی از بناهای تاریخی شهر اصفهان است که قدمت آن به قرن دوم هجری قمری بازمی‌گردد. این مسجد در سال ۱۵۶ هجری قمری/۷۷۷ میلادی ساخته شد؛ مسجدی که کوچک و متناسب با جمعیت شهر اصفهان ساخته شده‌بود و باعث رشد شهرنشینی اصفهان شد. در سال ۲۲۶ ه‍.ق/۸۴۶ م به فرمان خلیفه معتصم عباسی، مسجد پیشین تخریب شد و بنایی ستون‌دار به همراه سقفی چوبی ساخته شد که هم‌اکنون هم قسمتی از ستون‌ها و دیوارهای آن باقی مانده‌است. اما مهم‌ترین تغییرات مسجد در دوران سلجوقی انجام شد؛ معماران این دوره از الگوی «مسجد عربی» فاصله گرفتند و با ساخت چهار ایوان در ضلع‌های شمالی، جنوبی، شرقی و غربی، سبکی جدید پدیدآوردند که به «مسجد ایرانی» معروف شد. در ماه ربیع‌الاول سال ۵۱۵ ه‍.ق این مسجد توسط اسماعیلیان به آتش کشیده‌شد که در دوران‌های بعد دوباره ترمیم شد. در سده‌های بعد و در دوره‌های ایلخانی، مظفری، تیموری، صفوی و قاجار نیز این مسجد تغییرات مهمی داشته‌است.
مسجد جامع اصفهان ابتدا از خشت خام ساخته شده‌بود اما به خاطر پایداری آجر، سرعت ساخت بالا و عوامل دیگر، در بازسازی آن از آجر استفاده شد. طاق‌های چشمه‌ای، ایوانهای چهارگانه، سردرها، جرزهای آجری و تزئینات متفاوتی که متناسب با معماری هر دوره از تاریخ ایران و در سبک‌های خراسانی (یا عربی) و رازی در این مسجد به کار برده شده، اثری را پدیدآورده که الگویی برای مساجد ایران و حتی مناطق مسلمان‌نشین دیگر شده‌است.
ضلع شمالی مسجد از ایوان درویش، مدرسهٔ مظفری، گنبد تاج‌الملک یا گنبد خاکی، چهلستون، شبستان و کتیبه‌های مختلفی که از دوران‌های سلجوقی و صفوی به‌جا مانده، تشکیل شده‌است. این کتیبه‌ها با استفاده از گچ و آجر ساخته شده و با خط‌هایی چون کوفی، ثلث، نستعلیق و بنایی و آیاتی از قرآن تزئین شده‌است. ضلع جنوبی مسجد، ضلعی است که ساختمان‌های اساسیِ بنا در آن به سبک عربی و به وسیلهٔ خشت خام ساخته شده‌بود. در دوران نظام‌الملک با تخریب شبستان، گنبدی به صورت دوپوسته ساخته شد که باعث می‌شد ترک‌بندی‌ها پوشیده بماند و گنبد بزرگ‌تر نشان داده‌شود. در دوران آل مظفر، آق قویونلو و صفوی نیز کتیبه‌هایی به این قسمت اضافه شد و بنای ضلع جنوبی کمی تغییر کرد. کتیبهٔ شاه طهماسب مبنی بر بخشش مالیات و توبه‌نامهٔ وی، کتیبهٔ شاه اسماعیل برای صدور حواله به نام افراد اصفهان، کتیبهٔ سنگ‌فرش و کتبیهٔ آب مباح مسجد از جمله آثار این ضلع است. ضلع غربی از شبستان زمستانی، مسجد مصلی، مسجد و محراب الجایتو، کتیبه‌های شاهان صفوی و محمد امین اصفهانی ساخته شده‌است. قسمتی از دیوار این ضلع باقی‌ماندهٔ دیوار خشتی ساخته شده در قرن هشتم هجری است. الجایتو، محمد بن بایسنقر تیموری و شاه سلطان حسین صفوی از جمله افرادی بودند که باعث تغییراتی در این قسمت شدند. تازه‌ترین قسمت مسجد، ضلع شرقی است که متعلق به دوران سلجوقی است. این قسمت به مرور زمان تخریب و در دوران شاه سلیمان صفوی دوباره ساخته شد و کتیبه‌ای مربوط به این بازسازی نیز در ایوان شرقی قرار دارد. کتیبه‌هایی از دوران هوتکیان، آل مظفر و شاه طهماسب صفوی نیز در این قسمت باقی مانده‌است.
هم‌اکنون، مسجد جامع در میدان قیام، خیابان مجلسی و در آخر بازار بزرگ قرار دارد. این اثر در تاریخ با شمارهٔ ثبت ۹۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران و در سال ۱۳۹۰ هجری شمسی نیز به عنوان میراث جهانی یونسکو به ثبت رسید.
مسجد جامع عبادتگاه مسلمانان، محل برگزاری نماز جماعت و به ویژه نماز جمعه و مکان گردهمایی‌های سیاسی، اجتماعی و آموزشی آن‌هاست. در شهرسازی مسلمانان مسجد جامع در مرکز شهر بنا می‌شود. نام مسجد جامع به برپایی نماز جمعه در آن اشاره دارد و بزرگی و وسعت آن هیچ دخلی در نامش نداشته‌است. پس از ظهور اسلام، محمد مسجدی را در مدینه پایه‌گذاری کرد که مسجد النبی نام گرفت و مقر رئیس حکومت و مسجد اصلی بود و دیگر مساجد برای عبادت و تعلیم انتخاب شده‌بودند. این مسجد الگوی اصلی مسجد جامع در تمدن اسلامی بوده‌است. احتمال دارد نخستین بار از زمان عمر بن خطاب یا علی بن ابی‌طالب از خلفای راشدین این نام به کار برده شده باشد. در فتوحات اولیه، مساجد را بسیار کوچک و به همان شیوهٔ مسجد النبی می‌ساختند؛ در واقع معتقد بودند هیچ‌چیز مثل مسجد نمی‌تواند وحدت مسلمانان را حفظ کند. مساجد اولیه با سقفی از حصیر و چوب پوشانده می‌شد و دیواری گلی آن را دربرمی‌گرفت. به مرور زمان و با گسترش شهرها، مساجد تغییر شکل دادند. معماران ایرانی از خشت و آجر برای ساخت دیوارها و سقف استفاده کردند؛ به مرور زمان ایوان‌ها، طاق‌های چشمه‌ای، جرزها، ستون‌ها و… اضافه شد.
هانری کربن می‌گوید در مقابل پرستشگاه آسمانی، مسجد پرستشگاهی زمینی است که در واقع، این محل مکان ارتباط میان آسمان و زمین است. در معماری مسجدهای ایرانی، در میان صحن، حوض آبی قرار دارد که تصویری از آسمان، که همان پرستشگاه مثالی است، در آن پدیدار می‌شود و کاشی‌های گنبد را نمایان می‌کند. مساجد دارای ۴ ایوان هستند که در امتداد ۴ افق هم قرار دارند.
اصفهان به خاطر وجود زاینده‌رود و شرایط طبیعی مناسب، احتمالاً از نیمهٔ دوم هزاره ۴ ق. م شاهد شکل‌گیری آبادی‌های بسیاری بوده‌است. سال شکل‌گیری شهر اصفهان با ابهام روبه‌رو است و اطلاع دقیقی از آن در دست نیست. در اواخر عصر ساسانیان هفت شهر نزدیک به هم در این ناحیه بوده‌است که عبارت بودند از جی، مهرین، شادریه، درام، قه، کهنه و جار. به گفته لاکهارت اصفهان تا قرن ۴ ه‍.ق/ ۱۰ م با این عنوان امروزی و به این صورت وجود نداشته، در واقع جی شهر اصلی بوده‌است.
حسن بن محمد قمی می‌گوید اصفهان در سال ۲۱ ه‍.ق فتح شد، با این حال عده‌ای سال ۲۳/۲۴ ه‍.ق را سال فتح اصفهان دانسته‌اند. به گفته مجمل التواریخ و القصص مدتی پس از آن، از ۷ شهری که وجود داشت ۳ شهر باقی مانده‌بود، که این ۳ شهر مجموعاً اصفهان نامیده‌می‌شدند. جی، قه و مهرین این سه شهر بودند. "جبل عاملی" معتقد است روستایی به نام «یاوان» هم در مرکز این مجموعه قرار داشته که مسجد جامع آنجا ساخته می‌شود؛ او همچنین به نهری اشاره کرده‌است که به هنگام بهره‌برداری از زاینده‌رود ایجاد شده و دقیقاً از وسط مسجد جامع گذر می‌کرد. در زمان خلافت منصور عباسی اصفهان دوباره رو به آبادانی رفت و افراد بسیاری در شهر ساکن شدند. به نقل از مافروخی به فرمان منصور در سال ۱۵۲ ه‍. ق، قصر و مسجد جامع در شهر بنا شد، دیواری به دور آن کشیده‌شد اما پیش از آن اصفهان خراب و ده‌های پراکندهٔ بسیاری داشت.
مسجد جامع در طول ۱۲ قرن تغییرات مهمی به خود دیده که باعث تکامل آن نسبت به دوران‌های قبل شد.
شکل‌گیری شهر اصفهان را باید مطابق با ساخت مسجد جامع دانست. در سال ۱۵۶ ه‍.ق/۷۷۷ م مسجدی وجود داشت که متناسب با جمعیت شهر بود و در شمال غربی میدان مرکزی اصفهان قرار داشت. این بنا در دوران منصور و به سبک خراسانی ایجاد شده‌بود و در واقع اولین بنای اسلامی این محل بوده‌است. این احتمال وجود دارد که این بنا بر روی بقایای یک آتشکده ساخته شده‌باشد. این قسمت که بسیار ساده و از خشت خام ساخته شده‌بود، بعداً تخریب شد، و تنها نشانه‌های اندکی از آن در حفاری‌ها یافت شده‌است.
در قرن سوم ه‍.ق/نهم م. در اثر افزایش جمعیت شهر و گسترش نیازهای مردم و ساکنان آن، نیاز به ایجاد تغییراتی در ساختمان مسجد احساس شد؛ پس در زمان معتصم در سال ۲۲۶ ه‍.ق/۸۴۶ م. مسجد جامع پیشین را خراب کردند، زمین‌ها و خانه‌های اطراف مسجد را از مردم خریدند و در همان مکان قبلی، مسجدی بزرگتر به مساحت حدود یک هکتار و بنابر شیوه خراسانی ساختند. جهت قبله را که حدود ۲۰ تا ۳۰ درجه با قبلهٔ فعلی اختلاف داشت، اصلاح کردند و شبستان‌های ستون‌دار و سقف چوبی در آن ایجاد کردند. کتابخانه‌ای هم در همین دوران در مسجد ساخته شد که کتب علمی زمانه را در آن جمع‌آوری کردند و کنار هر ستونی کلاس درس تشکیل دادند. شبستان در سمت جنوبی ۶ دهانه، در قسمت شرق و غرب ۲ دهانه و در شمال ۴ دهانه داشت. در ضلع‌های شرقی و غربی مسجد ۲ ردیف ستون، در ضلع شمالی ۴ ردیف و در ضلع جنوبی ۶ ردیف ستون وجود داشت. دیوارها به رنگ قرمز و کاه‌گلی بود و در اطراف آن دیوار خشتی بلند و قطوری بود که مسجد را فرامی‌گرفت. گالدیری طی مطالعات و خاک‌برداری‌هایی که در قسمت‌های گنبد خواجه نظام‌الملک و قسمت‌های شرقی، شمالی و غربی انجام داد، ستون‌های شبستان مسجد متعلق به قرن سوم قمری را کشف کرد و موفق شد نقشهٔ آن را رسم کند. ورودی اصلی مسجد در این دوران، ورودی ضلع شمالی بوده‌است و در ضلع‌های شرقی و غربی نیز ۴ ورودی فرعی وجود داشته‌است.
پس از ضعف خلافت عباسی، اصفهان به مدت چندین دهه دستخوش ناآرامی سیاسی و رقابت حکام محلی بود. نهایتاً با استقرار آل بویه، این شهر آرامش خود را بازیافت و از ۳۲۳ تا ۴۲۱ قمری، به‌خصوص در دوران وزارت صاحب بن عباد، شهر رونق گرفت و کانون گردهم‌آمدن دانشوران و بازرگانان از اقصی نقاط جهان اسلام شد. توسعهٔ شهر بر مسجد جامع آن هم تأثیر گذاشت و آن را دچار تغییراتی کرد. دهانه‌ای به آن اضافه شد که ارتفاع آن را طبق دیگر دهانه‌ها در نظر گرفتند و ستون‌ها نیز با نوعی از آجر پخته و نقش‌های هندسی تزئین شد. این ستون‌ها در ادوار بعد کاملاً پوشیده شد و معماری جدیدی جایگزین آنها شد، اما در همان زمان ستون‌های آل‌بویه به صورتی متناسب و زیبا و موزون برپا بوده‌اند. "گالدیری" به هنگام کشف ستون‌های قرن سومی بنا، به وجود ستون‌های دیگری پی برد که سبک‌ساخت بودند و مصالح به‌کاررفته در آنها با دیگر ستون‌ها متفاوت بود؛ و این چنین ستون‌های مسجد آل‌بویه را یافتند.
آل بویه در مسجد کتابخانه‌ای بنا کرده بودند که فهرست کتاب‌هایش در ۳ جلد قطور ثبت شده‌بود. کتابخانهٔ این قسمت توسط استادالرئیس ابوالعباس احمد الضَبی ساخته شده‌است. وی کتبی را که مربوط به موضوعات تفسیر قرآن، حدیث، صرف و نحو، لغت، ادبیات، شعر، منطق، ریاضی و طبیعیات بوده، در این کتابخانه گرد آورده‌است. بنابه نقلی دیگر، کتاب‌های این کتابخانه به ۱۷۰ هزار جلد می‌رسیده. در دوران بعد کتاب‌هایی که متعلق به کتابخانهٔ اصفهان بوده، به کتابخانهٔ داخل مسجد جامع شهر منتقل شده‌است.
در سال ۴۴۲ هجری قمری طغرل سلجوقی دروازه‌های اصفهان را پس از یک محاصره طولانی و ویرانگر گشود. البته شهر به زودی بازسازی شد. با این حال ناصرخسرو در سال ۴۴۳ اصفهان را پررونق‌ترین و بهترین شهر فارس‌زبانی که از آن گذر کرده، توصیف می‌کند. پس از استقرار پایتخت طغرل در اصفهان، توسعهٔ سریع شهر، مردمی که در جریان درگیری‌ها گریخته بودند را دوباره به شهر کشاند. گسترش شهر در زمان آلب ارسلان نیز ادامه یافت، اما در دوران ملکشاه و وزیر باتدبیرش خواجه نظام‌الملک طوسی بود که شهر به اوج شکوهش رسید به‌طوری‌که جمعیت شهر دو برابر شد و بناهای بسیاری در آن ساخته شد. اصفهان در دوران این سه پادشاه سلجوقی، شاهد پیشرفت شگرفی بود و هر روز بر رونق و شکوه آن افزوده می‌شد. در این زمان آنچه از غنایم جیحون تا انطاکیه به کشور می‌رسید، در این شهر انباشته می‌شد و باعث ساخت‌وسازهای فراوانی شد. امیران سلجوقی و خواجه نظام‌الملک عمارت‌های بسیاری را احداث کردند و اصفهان جزئی از شهرهای مهم شد.
بدین ترتیب، مهم‌ترین تحول مسجد جامع اصفهان در پنجم-ششم ه‍.ق/یازدهم-دوازدهم م رخ داد و مسجد جامع وارد مرحلهٔ جدیدی شد. این تحول همان تبدیل شبستان به ایوان است که بر مبنای سبک رازی صورت گرفته‌است. گنبد نظام‌الملک با تخریب تعدادی از ستون‌های شبستان ضلع جنوبی و به صورت منفرد، به طریقی که ۳ ضلع آن جدا بوده و بدون فضای سرپوشیده ایجاد شد و تنها قسمت جنوبی گنبد به دیوارهای اطراف متصل بود. گنبد تاج‌الملک در شمال ساخته شد و بر هر کدام از محورهای اصلی مسجد ایوانی ساخته‌شد. ایوان شمالی با تخریب تعداد محدودی از ستون‌های دهانهٔ شمالی مسجد ایجاد شده و ایوان جنوبی نیز برای ایجاد فضایی مرتبط با مسجد نظام‌الملک بنا شد. در قسمت شرقی ایوان شاگرد ساخته شد و برای احداث این قسمت معماران ناگزیر تعدادی از ستون‌های قرن ۳ ه‍.ق را تخریب کردند. ایوان غربی نیز که به ایوان شرقی شباهت بسیار دارد با تخریب همان دهانه‌های قرن ۳ ه‍.ق ایجاد شد؛ و این چنین مسجد شبستانی به مسجدی به سبک چهارایوانی تبدیل شد. گالدیری از طریق پی‌گردی‌ها و خاک‌برداری‌های پشت‌بام‌ها موفق شد توسعهٔ مسجد از جانب شرق در دورهٔ سلجوقی و از جانب غرب در دورهٔ تیموری را مشخص کند.
با مرگ ملکشاه در سال ۴۸۵ قمری، اصفهان کانون رقابت و درگیری جانشینان وی و نیز منازعات مذهبی شد. شهر در اثر اختلافات سیاسی و مناقشات مذهبی به‌تدریج شکوه خود را از دست داد.
اسماعیلیان در نقاط مختلف اطراف اصفهان ساکن بودند. آنان به خاطر اعمال‌شان تحت فشار حکومت قرار گرفتند که به دنبال آن سلجوقیان، عبدالملک بن عطاش، داعی بزرگ اسماعیلی را به طرز فجیعی به قتل رساندند و دیگر افراد مشکوک به باطنی‌گری را هم در خرمن‌ها آتش زدند. اسماعیلیان هم که از این اوضاع به شدت خشمگین بودند، در ربیع‌الاول ۵۱۵ ه‍.ق مسجد جامع و کتابخانهٔ آن را به آتش کشیدند. در آتش‌سوزی سال ۵۱۵ ه‍.ق آموزشگاه‌ها، صومعهها، مخزن‌ها و کتابخانهٔ بزرگ مسجد از بین رفتند.
مافروخی می‌گوید یکی از اصفهانیان معروف به «ابومُضِر دومی»، بر دو فیلوار که ابتدای بازار رنگ‌رزان بوده، یک طاق و دو منار بنا کرد و دری قرار داد که خرج آن مجموعاً هزار دینار می‌شده. پس از این آتش‌سوزی، در ضلع شمالی و جنوبی فضای وسیع و گنبدداری باقی ماند و در ضلع‌های شرقی و غربی هم تنها ویرانه‌ای به چشم می‌خورد.
ترمیم مسجد پس از آتش‌سوزی: پس از آتش‌سوزی سال ۵۱۵ ه‍. ق، تجدید ساختمان مسجد آغاز شد و به جای بناهایی که منهدم شده بودند، ایوان‌هایی چهارگانه، شبستان‌ها و چهلستون‌هایی به شیوهٔ رازی ساخته شدند. این سازه‌ها در قرون بعدی هم تکمیل شدند. در شمال شرق مسجد کتیبه‌ای به خط کوفی وجود دارد که از این آتش‌سوزی حکایت می‌کند:
پایتخت در زمان سلطان سنجر از اصفهان منتقل شد و مردم به‌شدت فقیر و آبادی‌ها خراب شدند. نهایتاً، در سال ۵۹۰ با انقراض سلجوقیان عراق، اصفهان به دست علاءالدین تکش خوارزمشاه افتاد. پس از آن تا زمان حمله مغول به ایران، امیران محلی با استقلال نسبی بر اصفهان حکومت می‌کردند. در سال ۶۳۳ ه‍.ق سپاه مغول به شهر حمله کرد و بر آن چیره شد و چنان کرد که به تعبیر رشیدالدین فضل‌الله همدانی: «چندان خلق که ایشان کشته‌اند، کس نکشته».
در زمان حکومت غازان خان و الجایتو اقداماتی برای بازسازی و رونق شهر اصفهان صورت گرفت و شهر بسیار توسعه یافت. در دورهٔ ایلخانان محرابی در قسمت غربی ساخته شد که با بهترین استفاده از هنر گچ‌بری و خطاطی، مبدل به زیباترین محراب گچ‌بری عصر ایلخانی شد. در مقابل این محراب، شبستانی با ستون‌های متعدد مربوط به قرن سوم هجری وجود داشت. کمتر از نیم قرن بعد این شبستان تخریب شد و فضایی یک‌دست و بدون ستون ایجاد گردید. اما در حفاری‌های ادوار بعد، زیر همین فضای ایجادشده، باقی‌ماندهٔ ستون‌های اعصار قبل همچنان وجود داشته‌است. فضای جدیدی که ساخته شد، طاق و تویزه داشت؛ تویزه‌هایی که به صورت ضربی ایجاد شده بود. طاق‌ها هر کدام پوشش مختلفی داشت؛ پوششی که در دیگر ادوار تاریخی بی‌سابقه بوده‌است. در همین زمان طاق‌های دوطبقه هم ساخته شد.
پس از ایلخانان، حکومت به مظفریان رسید. آنها در یزد، شیراز، اصفهان و کرمان قدرت بسیار یافتند و محمودشاه هم حاکم اصفهان شد و اقدامات بسیاری از جمله ساخت مدرسهٔ مظفری و مسجد مصلی در این دوره صورت گرفت.
با سقوط ایلخانان، شهر میان حاکمان محلی، آل مظفر و آل اینجو دست‌به‌دست شد و این وضعیت به‌شدت از رونق آن کاست. نهایتاً، تیمور در ۷۸۹ قمری به شهر دست‌یافت و عده زیادی از مردم را کشت. با این حال، در دوران تیموری (طی قرن نهم هجری) این مسجد همچنان اهمیت خود را حفظ کرد و حاکمان در چند قسمت تغییراتی به وجود آوردند و نماهایی از مسجد را هم تزئین کردند. در قسمت جنوب غربی شبستانی ساخته شد که به‌خاطر اینکه خارج از دیوار خشتی قرن سوم ه‍.ق قرار گرفت، آن را تخریب کردند و ستون‌هایی جایگزین آن کردند تا ارتباط شبستان فعلی با شبستان قبلی باقی بماند. شبستانی که در دورهٔ تیموری ساخته شد، کاملاً ساده بود و تزئین خاصی نداشت و حتی ستون‌های آن هم فاقد تزئینات برجسته بودند. با ایجاد این شبستان، دسترسی به غرب مسجد دچار تغییراتی شد و راهرویی جدید به‌وسیلهٔ ستون و طاق‌نما، با ضخامت بسیار ایجاد شد که قسمت غربی را به حیاط اصلی متصل می‌کرد. سردر این راهرو را در دوران صفوی تزئین کردند.
نمای صحن مسجد در دورهٔ عباسی ساده بود. در دورهٔ آل‌بویه هم تنها یک ردیف طاق چشمه به آن اضافه شد. در زمان ایلخانی غرفه‌های داخلی از یک‌طبقه به دوطبقه تغییر یافت و لبهٔ پشت‌بام ۱/۵ متر بالاتر برده شد و همین امر باعث ایجاد معماری جدیدی شد. این تغییرات در دوران تیمور و جانشینانش با کاشی و آجر مرمت شد و این مرمت تا حال باقی مانده‌است.
پس از دوره‌ای طولانی از ضعف زندگی شهری و منازعات خوانین در اصفهان، در سال ۸۷۴ اوزون حسن آق قویونلو به اصفهان دست یافت و کوشید تا شهر را رونق بخشد؛ هرچند بازسازی حیات شهری عملاً یک سده به طول انجامید. با این حال، به عقیدهٔ شماری از باستان‌شناسان، دخالت اوزون حسن در تغییر وضع قبلی مسجدمعماری سلجوقی خیلی بیشتر از پادشاهان صفوی بوده‌است.
در عصر صفوی (قرن دهم ه‍.ق) در جانب غربی مسجد و در شبستان تیموری تغییراتی اعمال شد. این تغییرها برای ایجاد فضایی روباز بود که بتواند برای اجرای نماز استفاده شود و به این خاطر تعدادی از ستون‌ها و دهانهٔ قسمت غربی این شبستان به‌طور کامل تخریب شد. بنایی که ایجاد شد پوشش طاق و تویزه داشت و مدخل ورودی آن در راهروی شمالی قرار داشت. روشنایی این مکان نوساخته به حد کافی نبود پس نورگیرهایی در طاق ایجاد کردند که کمی فضا روشن‌تر شود. در دیوار شمالی هم دری چوبی قرار دادند که طرح‌های گره‌چینی داشت و اطرافش به وسیلهٔ کاشی‌های معقلی تزئین شد. دیوار غربی هم پنجره‌هایی داشت که روشنایی را دوچندان می‌کرد. در این دوران مقبرهٔ علامه مجلسی هم تعمیر شد. صفویان همچنین کاشی‌ها، لوح‌ها و کتیبه‌هایی با خط ثلث و نستعلیق به ضلع‌های شرقی، غربی و جنوبی افزودند. در همین زمان پوشش ایوان شرقی که مربوط به دوران سلجوقی بود فروریخت و با مقرنس‌های صفوی آراسته شد.
در دوران قاجار چون وضع اقتصادی و سیاسی کشور خوب نبود و پایتخت هم به تهران منتقل شد، بی‌توجهی به این بنا دوچندان شد. بازسازی‌هایی این دوران هم بسیار محدود است؛ مثلاً مرمتی در قسمت شرقی و ورودی آن، در دوران فتحعلی شاه قاجار انجام شد. کتیبه‌ای نیز در آن قرار دارد که مربوط به سال ۱۲۱۸ ه‍.ق است. در همین زمان سکوهایی آجری هم ایجاد شد که حدود نیم‌متر ارتفاع داشت و برای ادای نمازهای مغرب و عشا در تابستان ساخته شده‌بود. مقبرهٔ علامه مجلسی هم که در شمال غربی مسجد قرار داشت در همین زمان مرمت شد. مقبرهٔ علامه مجلسی در بین مردم از احترام بسیاری برخوردار بود و از زمان صفوی تاکنون زیارتگاه عموم بوده‌است. ساخت این بنا از زمان صفویان آغاز شد. در دورهٔ قاجار هم حیاط و غرفه‌هایی که برای زائران تعبیه شده‌بود گسترش یافت، نمای خارجی آن هم به وسیلهٔ کاشی تزئین شد و نقاشی‌های داخل بنا هم دوباره تجدید شدند.
از آغاز قرن چهاردهم هجری شمسی رسیدگی به بناهای تاریخی شهر اصفهان اهمیت بسیاری یافت. مسجد جامع اصفهان جز آثار ملی ثبت شد (۱۳۱۰ ه‍.ش) و هر ساله قسمتی از بودجهٔ دولتی به آن اختصاص داده شده‌است. هنگامی که وزارت فرهنگ و هنر اصفهان تصمیم گرفت مرمت مسجد را آغاز کند، از "حسین معارفی" خواسته شد این کار را به انجام برساند. در این زمان مدرسهٔ مظفری، ایوان شرقی و منارهٔ غربی مسجد دچار ناپایداری شده‌بود و "معارفی" دربارهٔ همین موضوع با باستان‌شناس و آرشیتکتی فرانسوی که در اصفهان حضور یافته بود گفتگو کرد. مشکل این قسمت‌ها چرخیدن لبهٔ خارجی ایوان به بیرون بود، پس آن‌ها به وسیلهٔ نصب دو تیرآهن قرینه و ادامه‌دادن آن‌ها تا انتهای ایوان شرقی، حرکت آجرها را مهار کردند. پایین منارهٔ غربی را هم به وسیلهٔ کمربندی فولادی محکم کردند و با کشیدن سیم بکسلی در جهت عکس آن موفق شدند از حرکت آن جلوگیری کنند. با ایجاد پشت‌بندها و نصب سیم بکسل‌ها از تخریب مدرسهٔ مظفری هم جلوگیری شد. کاشی‌های شبستان الجایتو و نماهای خارجی ایوان شمالی و جنوبی نیز تعمیر شد. مؤسسهٔ ایتالیایی ایزمئو هم به سرپرستی "گالدیری" روابط خوبی را با ایران آغاز کرد و مرمت و مطالعهٔ بناهایی از ایران را به‌عهده گرفت. او از سال ۱۳۴۹ ه‍.ش/ ۱۹۷۱ م تا ۱۳۶۲ ه‍.ش/ ۱۹۸۴ م، مرمت قسمت‌های مختلف مسجد را انجام داد. "گالدیری" می‌گوید رطوبتی که از طریق پشت بام یا از طریق صعود از زمین وارد مسجد شده‌بود به شدت معماری آن را دچار آسیب کرده‌بود؛ پس سقف به‌طور کامل به همان شیوهٔ قدیمی کاهگل شد و برای قسمت‌های دیگر هم هواکش قرار داده‌شد.
پس از انقلاب ۱۳۵۷ ایران با وقفه‌ای یک‌ساله مرمت مسجد ادامه پیدا کرد و سازمان میراث فرهنگی هم ایجاد شد. در اسفند ماه سال ۱۳۶۳ ه‍.ش/ ۱۹۸۵ م بود که بمبی از هواپیمای بمب‌افکن عراقی در شبستان جنوب شرقی افتاد و باعث تخریب کامل این محوطه شد. البته تأثیرات این بمب فراتر از تخریب یک قسمت بود. امواج حاصل شده از آن طاق‌ها و چشمه‌ها را لرزاند و ترکِش‌هایش باعث ضربه به کاشی‌ها و گنبد شد. مدتی بعد آوارها جمع‌آوری شد، آجرهای سالم برای بهره‌برداری دوباره جدا شد، نقشه‌ای از محیط برای بازسازی آماده شد، کاشی‌های گنبد خاکی و نظام‌الملک هم تعمیر شد، سنگ‌های مرمر به وسیلهٔ بست‌های فلزی به زمین متصل شد، سنگفرش‌های مسجد کامل جدا شد و پس از زیرسازی دوباره نصب شد. سکوهای آجری مسجد مرمت شده و در نهایت ایوان شمالی که گاهی برای نماز استفاده می‌شد و سنگ‌فرش‌هایش دچار نم‌زدگی شده‌بود، دوباره کف‌سازی شده و هواکشی برای تهویهٔ هوا قرار داده‌شد.
هم‌اکنون، مسجد جامع فعلی که به «مسجد عتیق» هم معروف است در میدان قیام، خیابان مجلسی و در آخر بازار بزرگ قرار دارد. برای حفظ بنا ورودی‌های مختلف آن را مسدود کرده‌اند و تنها ورودیِ جنوب شرقی باز است. مسجد جامع اصفهان در طول این سال‌ها به دلیل تأثیرپذیری از اندیشه‌های مختلف و شیوهٔ زندگی مردم دچار تغییرات بسیار شده‌است. به عقیدهٔ "قلعه‌نویی" «نقشه و موقعیت مسجد نسبت به سال‌های قبل در نظام شهر و به عنوان فضایی شهری تضعیف شده‌است.»
ساخت این مسجد و معماری آن، اثرات ماندگاری هم بر شهر اصفهان و هم بر مساجدی که پس از آن ساخته شدند داشته‌است.
ساخت مسجد جامع باعث یکی شدن روستاهای منطقهٔ سپاهان شد و اینچنین در قرن دوم ه‍.ق هستهٔ اولیهٔ شهر اصفهان ایجاد شد و از همان زمان بود که تأثیرگذاری این مسجد آغاز شد. اولین میدان در کنار آن شکل گرفت، بازارها در نزدیک آن ایجاد شدند و به مرور زمان مردمان بیشتری در کنار آن سکنی گزیدند و محلات و بناهای عمومی ساختند؛ معابر و گذرگاه‌ها تشکیل شد و به تدریج شهرسازی رونق گرفت. مصادف با قرن سوم ه‍.ق/دهم م بود که مسجد همزمان با گسترش شهر توسعه یافت و وسیع‌تر و جدیدتر از پیش شد. در واقع از همان دوران بود که نقش چشمگیر آن آغاز شد و به مرکزی برای فعالیت‌های فرهنگی و مذهبی مردم در دوران آل‌بویه، سلجوقی، ایلخانان و تیموریان تبدیل شد.
اصفهان شهری است که زندگی، کار مردم و عبادت در آن در نزدیکی یکدیگر انجام می‌شود. مردم در روز چند نوبت برای ادای نماز و همچنین برای برپایی نماز جمعه وارد مسجد می‌شدند و به خاطر دسترسی آسان به مسجد، در نزدیکی آن بازار و خانه‌های مردم هم ایجاد شده و گسترش محله‌ها از آن منطقه آغاز شده‌است. مدتی بعد حمام، مدرسه و دیگر عناصر مهم شهری نیز در مجاورت آن پدید آمد. راه‌های شهر به سوی مسجد جامع می‌رفته؛ چنان‌که مسجد جزئی از این راه‌ها بوده‌است. به‌خاطر اینکه دسترسی آسان مدنظر بوده، ورودی‌های مسجد در معابر مهم شهری قرار گرفته‌است. درست است که مسجد در شاهراه‌های اصلی و معابر قرار داشت و جزئی از شهر بود، اما نمی‌توان قداست و قوانین مربوط به آن را در نظر نگرفت. مسجد برای ورود، خروج، توقف، عبور و… دارای احکام خاصی است و مردم هم برای آن احترام ویژه‌ای قائل هستند که همین موضوع باعث می‌شود مکانی آرام و امن ایجاد شود. صحن اصلی مسجد هم به عنوان یک "میدان محلی" عمل می‌کند؛ مردم پس از عبور از قسمت‌های مختلف وارد صحن می‌شوند و تعاملات اجتماعی در آنجا صورت می‌گیرد.
در گذشته به سبب اینکه مردم در طول شبانه‌روز در مسجد به عبادت و طلاب در آنجا به تحصیل می‌پرداختند و مسافران در آن استراحت می‌کردند، در مساجد بسته نمی‌شد، اما ورود غیر مسلمان به آن ممنوع بود؛ تا اینکه در دوران رضاشاه پهلوی امکان ورود به مسجد به غیر مسلمانان هم داده شد. در مسجد جامع تنها فعالیت‌های مذهبی انجام نمی‌شد، بلکه آنجا محلی بود برای تبادل علوم مختلف. بزرگان و علما، هنگامی که وارد شهر می‌شدند، به مسجد می‌رفتند تا خود و عقایدشان را در آنجا معرفی و مطرح کنند. حاکمان هنگامی که قصد بخشش مالیات‌ها یا تغییر مذهب را داشتند، آنها را بر سنگ‌های مسجد حک می‌کردند. مردم هم برای آگاهی از اخبار شهر وارد مسجد می‌شدند و به تعامل می‌پرداختند. مسجد شادی، هیجان و غم را در خود جای می‌داد و همانند "قلب تپندهٔ شهر" بود. ضرب‌المثلی هم در این باره هست که «اگر خواستی نسبت به شهری اسلامی که تازه‌وارد آن شده‌ای، اطلاعات کاملی حاصل کنی، کافی است ابتدا سری به مسجد جامع آن شهر بزنی».
عمده تغییرات این مسجد مربوط به عصر سلجوقی است. پیش از آن مساجد از تزئینات و ساخت هنرمندانه‌ای برخوردار نبودند. مسجد النبی، مسجد قرطبه در اندلس، مسجد جامع قیروان در تونس، مسجد ابن طولون در قاهره، و مسجد جامع سامرا و مسجد جامع بغداد نمونه این نوع مساجد بودند. در قرن پنجم هجری معماری مسجد جامع اصفهان تغییر یافت و مسجد شبستانی قبلی به مسجدی چهارایوانی تبدیل شد. سبک چهارایوانی جدیدی که ایجاد شده‌بود به عنوان «مسجد ایرانی» شناخته شد و از آن پس بود که مساجد جامع ایران به صورت چهارایوان ساخته شده و حتی تعدادی از مساجدی هم که پیش‌تر ایجاد شده‌بود تغییر یافته و به این صورت درآمد. این سبک از معماری به کشورهای مسلمان‌نشین خارج از ایران هم رسید و باعث شد آن‌ها هم تغییر یابند. مسجد جامع اصفهان نقطه‌عطفی بود که باعث ایجاد الگویی جدید در تاریخ معماری ایران شد. مسجد جامع اصفهان بر مساجد بِرسیان و زَوارِه هم اثر گذاشت و مساجد گلپایگان و اردستان هم از آن سبک پیروی کردند و قسمت‌هایی را مطابق اصول آن تغییر دادند. ایلخانان و تیموریان هم از همین سبک و الگو برای ساخت مساجد بهره بردند. تیمور ضمن ساخت مساجدی در مناطقی از اصفهان، تبریز و شیراز، معماران ماهر این شهرها را هم به سمرقند انتقال داد تا در آنجا هم دست به خلق آثار جدید بزنند و این چنین بود که مساجدی به سبک چهارایوانه حتی در سمرقند ایجاد شد و گنبدها هم از چهارضلعی به شانزده‌ضلعی تغییر شکل دادند؛ بنابراین مسجد جامع اصفهان الگوی ساخت و تغییر بسیاری از مساجد بوده‌است.
مسجد جامع اصفهان، ساختمانی مستطیل‌شکل است که صحن اصلی آن ابعادی برابر ۷۰×۶۰ متر دارد. این مسجد دو حوض دارد؛ یک حوض میانی چهارضلعی که دقیقاً در وسط صحن قرار دارد و سکویی در دوران شاه محمد خدابنده صفوی بر آن ساخته شده‌است. از این سکو بیشتر برای تمرین اعمال حج و صداکردن طلاب مسجد به هنگام اجتماع مردم استفاده می‌شده‌است و یک حوض دیگر که در قسمت شمالی ساخته شده و چند ضلعی است. این مسجد ده ورودی دارد؛ دو ورودی در ضلع شمالی، دو ورودی در ضلع شرقی، چهار ورودی در ضلع جنوبی و دو ورودی دیگر در ضلع غربی قرار دارد؛ قدیمی‌ترین ورودی مسجد در ضلع شمالی قرار دارد. بنای مسجد دارای چهارده محراب است؛ شش محراب از کاشی، پنج محراب از سنگ و سه محراب از گچ ساخته شده‌است. چهار ایوان در وسط چهار ضلع آن ساخته‌شده که محلی برای حضور پادشاهان، عبادت مردم و برگزاری نماز و تحصیل طلاب و تدریس استادان بوده‌است. این ایوان‌ها در دورهٔ سلجوقی و بر اساس سبک رازی ایجاد شده‌اند. ایوان جنوبی ابعادی برابر با ۱۳/۵×۱۳/۸۰ متر دارد. این ضلع دارای دو مناره به ارتفاع سی‌وپنج‌متر و گنبدی به نام گنبد نظام‌الملک است؛ مناره‌ها احتمالاً مربوط به دوران صفوی و گنبد مربوط به زمان سلجوقی است. در کنار گنبد نظام‌الملک هم دو چهلستون قرار دارد که در زمان حکمرانی ملکشاه سلجوقی ایجاد شده‌است. شبستان صفوی نیز در این ضلع قرار دارد؛ عموماً شبستان‌ها برای برگزاری نمازها و عبادت در نظر گرفته می‌شدند. ایوان غربی به طول و عرض ۱۲ متر است و دارای کتیبه‌های فراوان و یک شاه‌نشین است. شبستان الجایتو و محراب الجایتو هم در این قسمت قرار دارد. شبستان دیگری به نام شبستان زمستانی درست در محل مصلای مظفری در دورهٔ صفوی ایجاد شده‌است. ایوان شمالی به ابعاد ۲۱/۶۰×۹ متر است و دارای دو گنبد به نام‌های خسروی و تاج‌الملک است. گنبد تاج‌الملک از قدمت بیشتری برخوردار است و تاج‌الملک بر سر رقابت با نظام‌الملک آن را ایجاد کرده‌است؛ اما گنبد خسروی متعلق به دوران صفوی است. ایوان شرقی با طول و عرض ۱۲ متر ایجاد شده‌است. این ضلع دارای دو شبستان، یک محراب در دالان ورودی شرقی، یک شاه‌نشین و یک مدرسه که محل تحصیل طلاب در دورهٔ آل مظفر بوده، است.
مسجد در کل دارای ۴۸۴ فضای سرپوشیده است؛ هرکدام از طاق‌ها دارای یک نوع معماری و سبکی متمایز است و به جرئت می‌توان گفت ۴۸۴ طاق‌چشمهٔ متفاوت در مسجد جامع موجود است.
در مسجد جامع اصفهان از سبک‌های مختلف معماری ایران استفاده شده‌است و البته می‌توان معماری کشورهای همسایه را هم در آن یافت. ستون‌های آجری دوبخشی، سه‌بخشی و چهاربخشی، جرزهای آجری طاق‌های چشمه‌ای، ایوان‌های چهارگانه، سردرهای دوگانه که هر کدام برای معبری است و تزئینات متفاوت در هر بخش از مسجد و روش‌های ابداعی جدید از اجزای مهم آن محسوب می‌شود. طرح نخستین مسجد از نوع مسجد شبستانی بود که در سبک مسجد عربی یا خراسانی ساخته می‌شد. در قرن پنجم هجری معماری مسجد تغییر کرد و مسجد شبستانی قبلی به مسجدی چهارایوانی تبدیل شد. مسجدهایی که به سبک چهارایوانی جدید ساخته شده‌بود «مسجد ایرانی» نامیده می‌شود.
اصل مهمی که در معماری چهارایوانی وجود دارد، فضاهای داخلی است؛ فضای روبروی محراب و گنبدخانه در مسجد جزو همین اجزای مهم است. در قرن پنجم هجری فضای شبستانی با ستون‌های متعددی که در مقابل محراب کار می‌شد، تغییر یافت و فنونی به کار رفت که جزو معماری دورهٔ اسلامی ایران بود. دیگر خصوصیات منحصربه‌فرد این بنا اسکلت باربر گنبد است که گنبد ترکینه نام دارد و باعث شده امکان ایجاد صدها گنبد فراهم شود؛ این شیوه نخستین بار در مسجد جامع اصفهان اجرا شد. پلان گنبدها نیز از چهارضلعی به هشت‌ضلعی، هشت‌ضلعی به شانزده‌ضلعی و در نهایت به سی‌ودوضلعی تغییر پیدا کرد و در آخر به شکل دایره درآمد. در این سبک ابتدا گنبد ترکینه بر استوانهٔ گنبد ایجاد می‌شود. سپس از داخل و خارج پوسته‌ای قرار می‌گیرد تا ترک‌ها و اسکلت باربر را بپوشاند. در گنبد تاج‌الملک چنین چیزی دیده نمی‌شود و گنبد از جرزهای مکعبی ساخته شده‌است، اما در گنبد نظام‌الملک ستون‌هایی با چهار دایره دیده می‌شود. در مسجد جامع اصفهان نباید از پوشش طاق چشمه‌ها غافل شد؛ ۴۷ دهانه ساخته شده و از ۵۰ روش مختلف برای تزئین آن استفاده شده‌است.
در کتیبه‌های مسجد نام پادشاهانی همچون ملکشاه سلجوقی، شاه عباس صفوی و… نوشته شده‌است و اسم هفت وزیر و مشاور هم ثبت شده که خواجه نظام‌الملک و محمدحسین خان صدر از آن جمله بوده‌اند. نام ۹ نفر از بانیان و ۲۰ نفر از هنرمندان و خطاطان نیز در کتیبه‌ها حک شده‌است.
مادهٔ اصلی ساختمانی که در ساخت مسجد به کار رفته‌است آجر است. ما فروخی، ابن اثیر، مقدسی، ابن حوقل، یاقوت و ناصرخسرو همگی معتقدند بنای اصلی مسجد با خشت خام تکمیل شده اما بنای فعلی تنها از آجر است و با بنای پیشین نامرتبط است. در دورهٔ سلجوقی استفاده از آجر هم از جهت زیبایی و هم از جهت ساختاری به حد اعلی رسید؛ در همین زمان گنبد مسجد با آجرهایی که اغلب هفده در بیست‌ودو سانتی‌متر بودند و دوونیم کیلو وزن داشتند، ساخته شد. گاهی معماران این دوره آنقدر مجذوب شکل، اندازه و رنگ آجرهای تزئینی می‌شدند که تزئینات دیگری استفاده نمی‌کردند؛ مانند آنچه در گنبد شمالی مسجد به چشم می‌خورد. آجر به غیر از آنکه برای تزئین اماکن مختلف به‌کار می‌رود، جهت نشان دادن فشارها هم استفاده می‌شود؛ مثلاً در طاق‌های قدیمی مسجد جامع ساختار آجری به شکلی است که جهت فشارهای مختلف احساس می‌شود.
صحن اصلی مسجد با ابعاد تقریبی ۷۰×۶۰ متر دارای چهار ایوان در چهار ضلع، رواق‌ها و غرفه‌های دوطبقه در اطراف و دو حوض در مرکز صحن است. حوضی مربعی‌شکل در مرکز و حوض چند ضلعی دیگری در قسمت شمالی قرار دارد. براساس کتیبه‌ای که از قسمت دهلیز روبه‌روی درِ مجلسی یافت شده، صحن مسجد در سال ۱۰۸۴ ه‍.ق توسط محمدقلی سنگ‌فرش شده‌است.
لوحی که در قسمت غربی قرار دارد، مربوط به سال ۹۸۵ ه‍.ق مصادف با دوران محمد خدابنده است که از سال سلطنت شاه حکایت می‌کند. لوحی دیگر در قسمت شرقی قرار دارد که اشعاری به فارسی روی آن نوشته شده‌است. این اشعار به خط نستعلیق است و به این اشاره دارد که به فرمان صدراعظم، فردی به نام یوسف آقا، بر روی این حوض بنا و سجده‌گاهی ساخته‌است. در شبستان‌ها و صحن اصلی مسجد، محلی برای اعلان مراحل نماز پیش‌بینی شده بود تا مکبر حین نماز جماعت بر آن مستقر شود. به این محل‌ها «دکه» می‌گویند که در مسجد جامع اصفهان هم در حدفاصل صفهٔ صاحب و گنبد نظام‌الملک قرار دارد و در وسط صحن نیز موجود است.
در قرن ششم هجری بخشی از ستون‌ها و دهانهٔ شبستان ضلع شمالی برای ایجاد ایوان وسط این ضلع تخریب شد. سنگی مرمری در قسمت انتهایی این ایوان نصب شده‌است؛ این سنگ با گُل، بوته‌ها و خطوط کوفی تزئین شده‌است. ایوان این ضلع تزئیناتی آجری و کتیبه‌ای گچ‌بری‌شده دارد که متعلق به دورهٔ شاه سلیمان صفوی در اواخر قرن یازدهم هجری است. دو طرف این ایوان چهلستون‌های بزرگی از دورهٔ دوم سلجوقی (سده ششم) قرار دارد. طاق‌های آجری چهلستون شرقی آن از لحاظ تنوع و جنبهٔ معماری جزو قسمت‌های جالب مسجد جامع است. در این ضلع نیم‌طبقه‌ای قرار دارد که از طریق دو ردیف پله در خارج بنا می‌توان به آن دست پیدا کرد.
در شمال این ایوان و چهلستون‌های آن، چهلستون دیگری نیز وجود دارد که واسطهٔ اتصال ساختمان‌های دورهٔ دوم سلجوقی با گنبد تاج‌الملک (سدهٔ پنجم) ایجاد شده‌است. این چهلستون در انتهای ضلع شمالی مسجد قرار گرفته‌است. آخرین بنای این ضلع، گنبد تاج‌الملک است که به «گنبد خاکی» مشهور است و آن را وزیر ملکشاه سلجوقی ساخته و در کتیبه‌ای که در آن نصب شده، نام وزیر و سال ساختمان آن، ۴۸۱ ه‍.ق ذکر شده‌است. حفاری‌هایی که در شبستان شمال شرقی انجام شد، تا دو متر ادامه داشت و بقایایی از روستای یاوان به دست آمد. در کتب تاریخی اصفهان اشاره شده که روستای یاوان و خانه‌های آن خریداری و مسجد بر روی آن ساخته شده‌است. همین کشفیات باعث شد به تاریخی از مسجد که قبل از قرن سوم ه‍.ق است، دست پیدا کنند.
در جانب شمال غربی مسجد جامع، غسالخانه‌ای وجود دارد که محلی برای غسل و کفن افراد بوده‌است.
در قسمت شرقی ایوان شمالی، ساعتی آفتابی از جنس سنگی مستطیل‌شکل وجود دارد که در روزهای آفتابی از آن برای آگاهی از زمان استفاده می‌شد و به‌وسیلهٔ آن از وقت شرعی برای اقامهٔ نماز آگاه می‌شدند. وَتَر این سنگ در جهت شمال - جنوب است.
صفهٔ درویش پیش از سال ۵۱۵ ه‍.ق به عنوان آخرین ایوان در دورهٔ سلجوقی در ضلع شمالی این مسجد به صورتی متفاوت ایجاد شد. ابعاد آن ۲۱/۶۰×۹ متر است و کم‌عرض‌ترین و عمیق‌ترین ایوان این مسجد است. یکی از وجوه تسمیهٔ این ایوان که به دوران صفوی بازمی‌گردد، فردی است به نام درویش محمد که جد مادری علامه مجلسی بود و در روزهای تابستان در این ایوان حدیث تدریس می‌کرد. داخل بنا تزئینات آجری و گچی دارد، اما خارج آن ساده است. ایوان مزبور بزرگ‌تر از دیگر ایوان‌های این بنا است. طاق آن را با نام «طاق آهنگ» می‌شناسند که به صورت کشیده و عمیق است. این سقف دارای گهواره است و هیچ مقرنسی در آن کار نشده‌است؛ ایوانی مستطیل‌شکل دارد و می‌توان گفت تنها ایوانی است که دارای شالودهٔ عمیق است. صفهٔ درویش در آغاز درگاه‌هایی داشته، اما امروزه به‌وسیلهٔ آجر مسدود شده‌است. در قرون هشتم، نهم و دهم ه‍.ق این قسمت از مسجد تغییرات اندکی به خود دید و جرزهای آن به شکلی که امروزه است، درآمد. با این حال بخش بزرگی از دیواره‌های این بنا، محدود به دیوار خشتی قدیمی مسجد است و سالن انتهایی آن احتمالاً راهرویی تشریفاتی بوده‌است. کتیبه‌های گچ‌بری شده به خط کوفی و بر زمینهٔ قرمز، عناصر تزئینی این قسمت است. این ایوان از پنج جهت با شبستان‌های دیگر مرتبط است و چون فاقد دیوارهای مسطح است، جایی برای تزئین ندارد. در انتهای این ایوان، شاه‌نشینی با پنجره‌های مشبک مرمری وجود دارد که قسمت فوقانی آن به وسیلهٔ گچ مقرنس‌کاری شده‌است. کتیبه‌ای هشت‌ضلعی به وسیلهٔ همین گچ‌ها و به صورت برجسته ساخته شده که آیات ۳۶ یا ۳۸ سورهٔ نور بر آن حک شده و به وسیلهٔ گُل و بوته هم تزئین شده‌است. ستون‌های ایوان‌ها به وسیلهٔ خط کوفیَ بنایی و آجر تزئین شده‌اند، اما به خاطر بافت یک‌دستی که دارند، قرائت آنچه بر آن حک شده، دشوار است. کتیبه‌هایی که در این صفه یافت می‌شود، به آداب شرعی، اخلاقی و فضیلت‌های نماز اشاره می‌کنند. این ایوان به خاطر استفادهٔ نمازگزاران و عوامل دیگر دچار نم‌زدگی شده بود و پس از خارج‌سازی خاک‌ها، نصب هواکش در اطراف ایوان و کف‌سازی، مرمت آن به پایان رسید. در قسمت انتهایی ایوان هم دهانهٔ تورفته‌ای وجود داشت که شبیه بالکن بود و به شدت تخریب شده بود. به همین جهت با استفاده از پایه‌های چوبی و شمع‌گذاری در زیر گچ‌ها، از ریزش بیشتر مواد جلوگیری شد.
در سال‌های ۱۳۳۴ ه‍.ق و ۱۳۳۷ ه‍.ق نمای خارجی این ایوان با لوح‌های بنایی جدید تزئین شد. این نما هم به‌وسیلهٔ چند اسپر تشکیل شده و با گود، برجسته شدن، سایه‌روشن‌ها و به‌وسیلهٔ آجر و کاشی تزئین شده‌است و نوشته‌های کوفی، بنایی، کاشی‌کاری مَعْقِلینوعی کاشی‌کاری است که از کنار هم قرار گرفتن تعداد بسیاری کاشی کوچک ساخته می‌شود. دارد.
قرینهٔ گنبد نظام‌الملک، در شمال مسجد گنبد دیگری هست به نام «تاج‌الملک» که مردم آن را «گنبد خاکی» یا «خاگی» نیز می‌نامند.علت این که گنبد تاج‌الملک، گنبد خاکی خوانده می‌شود، پوشیده بودن آن از گردوخاک نهصد ساله است، و در واقع اشاره به قدمت آن دارد و مردم عامه این نام را به این گنبد داده‌اند. به دلیل رقابتی که میان تاج‌الملک و نظام‌الملک وجود داشت، این گنبد به سبک رازی ساخته شد و در آن زمان خارج از مسجد قرار داشت و ملکشاه سلجوقی پیش از ادای نماز جمعه در زیر این گنبد تشریفات را انجام می‌داد. البته کاربری کتابخانه و مکان بارعام نیز به آن نسبت داده شده‌است و چون دو سمت این اثر باز است و تنها سمت شمالی و غربی آن بسته‌است و محراب هم ندارد، عده‌ای معتقدند حکم مقبره را داشته‌است. بنای مذکور کوچکتر از سازهٔ نظام‌الملک است، اما از نظر ظرافت و تناسب بر آن برتری دارد. آجرها و تزئینات هندسی و نقوشی که در گنبد تاج‌الملک کار شده بسیار هنرمندانه است و همین امر باعث شده این گنبد دارای ارزش و اعتبار بسیاری باشد. این گنبد همانند گنبد نظام‌الملک از صورت مربعی به هشت‌ضلعی و سپس به شانزده‌ضلعی رسیده و بر استوانه‌ای بنا گشته‌است. قطر آن ۱۰/۵ متر و ارتفاع آن ۱۹/۵ متر است.
گنبد دارای دو پوسته است و پوستهٔ خارجی به وسیلهٔ آجرهای زیبا پوشانده شده‌است. در داخل همین گنبد، کتیبه‌ای موجود است که سال ساخت آن ۴۸۱ ه‍.ق/۱۱۰۱ م ذکر شده و بانی آن تاج‌الملک معرفی شده‌است. به این خاطر تعدادی از باستان‌شناسان معتقدند این بنا آرامگاه، سایبان، آب‌نما یا کتابخانه بوده‌است. اما این نظریه‌ها مورد قبول واقع نشد چرا که اگر کتابخانه بود دلیلی برای بازبودن دو سمت گنبد نداشت و البته برای سایبان بودن هم بسیار گران بوده‌است. مدخل اصلی ورودی آن در ادوار بعدی در جانب شرقی گنبد ایجاد شد.
این گنبد در قسمت شمال شرقی، درست در کنار قدیمی‌ترین سردر مسجد قرار دارد. کاربرد و سال ساخت آن به درستی مشخص نیست، اما براساس آنچه در ساخت آن استفاده شده و شیوهٔ ایجاد آن، احتمالاً مربوط به دوران صفوی است. بسیاری از جهانگردان و محققان که در مورد مسجد جامع اصفهان نوشته‌اند به این گنبد اشاره نکرده‌اند، البته بی‌ربط هم نیست چرا که این گنبد اصلاً با گنبد تاج‌الملک و نظام‌الملک برابری نمی‌کند. طاق آن به قطر ۱۰/۲۰ متر و ارتفاع آن ۱۲/۲۰ است. آجری که در این گنبد استفاده شده‌است همانند آجرهای استفاده شده در شبستان صفوی است. راه‌پله‌ای در قسمت شمالی آن وجود دارد که به پشت‌بام وصل می‌شود و سبک آن حدوداً جدید است. طبق آنچه مافروخی در کتاب خود به ثبت رسانده، در قسمت شمالی کتابخانه‌ای وجود داشته‌است و طی بررسی‌ها و حفاری‌های شراتو نیز ستون‌ها و دیوارهای آجری در عمق این قسمت پیدا شده‌است.
در این ضلع مسجد ساختمان‌های اساسی و اصلی مسجد به سبک عربی و از خشت خام ساخته شده‌است. در مجاورت این بناها در قرن پنجم ه‍.ق مصادف با عصر سلجوقیان، مسجدی زیباتر با تزئیناتی آجری و گچی ساخته شده و مابین سال‌های ۴۶۵ تا ۴۸۵ ه‍.ق گنبد نظام‌الملک در همین ضلع از مسجد ساخته شده‌است. در برابر همین گنبد آجری شکل، صحن جنوبی مسجد واقع شده‌است؛ در اوایل قرن ششم ه‍.ق ساختمان آن به سبک معماری سلجوقیان و با مقرنس‌های درشت ساخته شد. در قرن نهم ه‍.ق این بنا از نو به فرمان حسن‌بیک آق‌قویونلو ساخته شد و مناره‌های اطراف ایوان آن هم ظاهراً در زمان او بنا شده‌است. ازاره‌های آن مرمری‌شکل است و کاشی‌کاری‌های معرق برجسته‌ای دارد که قسمت‌های پایینی ایوان را تزئین کرده و کاشی‌کاری اطراف صحن هم از دورهٔ اوزون حسن باقی مانده‌است. پوشش ایوان دو لایه است، لایهٔ اول وظیفهٔ پوشش ایوان را داشته و لایهٔ دوم برای تزئینات آجری آن بوده‌است.
بیشتر اقداماتی که در این ایوان صورت گرفته مربوط به قرن دهم ه‍.ق/شانزدهم-هفدهم م یعنی دورهٔ صفوی است. در زمان شاه طهماسب چهار لوح بزرگ و سیزده لوح کوچک برای نمای دور طاق و داخل هلال این بنا به‌کار رفته‌است و کتیبه‌ای مربوط به سال ۹۳۸ ه‍.ق مربوط به این پادشاه در مسجد قرار دارد. کتیبه‌ای دیگر مربوط به دورهٔ شاه عباس از سال ۱۰۷۰ ه‍.ق در ایوان جنوبی قرار دارد که تعمیرات آن زمان در آن شرح داده شده‌است. در دو طرف گنبد دو چهلستون است که در دورهٔ دوم سلجوقی، در قرن ششم ه‍.ق زمان ملکشاه ساخته شده‌است. در دو طرف چهلستون‌ها در سمت شرق، بناهای مربوط به دورهٔ آل مظفر است. از قرن ششم ه‍. ق، سمت چپ دالان ورودی مسجد است. طاق‌ها و ستون‌های آن آجری شکل و جالب است و یک راهرو، جنوب شرقی مسجد را از ساختمان‌های دورهٔ سلجوقی تفکیک می‌کند. در غرب آن چهلستون دیگری باقی مانده که مربوط به دوران شاه عباس است. طاق‌ها و ستون‌ها از سبک سلجوقی بهره گرفته‌است و آن را به نام «چهلستون شاه عباسی» می‌شناسند. در سمت راست بنایی که ایوان جنوبی مسجد یا همان صفه صاحب را به گنبد نظام‌الملک متصل می‌کند دو فرمان از شاه اسماعیل و شاه طهماسب صفوی در یک صفحهٔ بزرگ کاشی‌کاری که متعلق به قرن نهم ه‍.ق است، وجود دارد:
در سال ۹۱۱ ه‍.ق این فرمان به خط ثلث و بر سنگ سفید شرح داده شده که مضمونش چنین است که شاه اسماعیل صفوی خلیفه پیامبر است و «من بعد هر کس که بر خان‌ها و محلات اصفهان و سکنه آن‌ها چیزی حواله نماید یا هرکس که دهد و… ستاند واجب القتل باشد.» در این کتیبه رنگ و خط تغییر یافته و کلماتی قابل خواندن نیست اما مفهوم آن این است که از بابت عوارض و عبور و مرور به دستور سابق چیزی مطالبه نکنند. در بین این الواح، لوح‌های بسیار کوچکی هستند به شکل مربع، که با خط بنایی به وسیلهٔ کاشی در زمینهٔ گچی در آن «یا حجة الله، یا یدالله، یا اسدالله، یا عصمة الله، یا صفوة الله، یا ولی‌الله» نوشته شده‌است. در زیر همین الواح سه لوح دیگر است که اشعار فارسی در آن گچ‌بری شده‌است.
در دو طرف ضلعی که ایوان جنوبی را به گنبد خواجه نظام‌الملک متصل می‌کند دو محراب از جنس سنگ مرمر وجود دارد که هرکدام دارای عباراتی است:
در دو طرف این مدخل دو ستون سنگی و مرمری وجود دارد که شامل نقوش برجسته‌ای است و عبارات دعای نادعلی به خط ثلث بر آن نوشته شده‌است؛ ستون سمت راست: «ناد علیا مظهر العجائب تجده عونا لک فی النوائب» ستون سمت چپ: «کل هم و غم سینجلی بولایتک یا علی یا علی یا علی.»
در دوران حکمرانی ملکشاه در اصفهان (۴۶۵–۴۸۵ ه‍.ق) توسط خواجه نظام‌الملک — وزیر سلجوقی — در ضلع جنوبی مسجد با تخریب شبستانتخریب بیست‌وچهار ستون از شبستان گنبدی عظیم با دهانه‌ای بیش از ۱۵ متر و ارتفاعی بیش از ۳۰ متر به سبک رازی ایجاد شد. بنایی که ایجاد شد به صورت کاملاً آزاد بود یعنی در قسمت شرقی، غربی و شمالی هیچ فضای سرپوشیده‌ای قرار نداشت و بناهایی که اکنون به چشم می‌خورد، بعداً اضافه شده‌اند. قاعدهٔ این گنبد مربع‌شکل است، در قسمت‌های بالاتر هشت‌ضلعی و بعد دایره‌ای می‌شود و پس از آن ساختمان گنبد شروع می‌شود؛ این گنبد عظیم بر گوشواره‌های سه‌پره‌ای قرار داردسبک معماری این گوشواره‌ها مربوط به دوران آل‌بویه است و دارای دو پوسته است که پوستهٔ اول بین ترکبندی‌ها قرار دارد و پوستهٔ دوم که همان پوستهٔ خارجی است ترکبندی‌ها را می‌پوشاند. گنبد بر هشت ستون گچ‌بریشدهٔ چندبخشی قرار گرفته که این ستون‌های باربر از ترکیب چهار دایره ایجاد شده تا به جای ستون‌های مربع‌شکل و حجیم باشد. اضلاع داخلی تالار این گنبد ۱۴/۳۰ تا ۱۴/۶۰ متر است و اضلاع خارجی آن ۲۱ متر و ارتفاعی حدود ۲۶/۸۱ بنا شده‌است. این گنبد نسبت به جمعیت آن زمان کوچک ساخته شده و در واقع برای شهری مثل اصفهان که یکی از مهم‌ترین مراکز حکومتی بود کافی نبوده و احتمال دارد که این بنا تنها برای اعیان و اشراف ساخته شده‌باشد، نه مردم عادی.
کتیبهٔ داخل این گنبد به خط کوفی سادهٔ آجری است و نام ملکشاه سلجوقی و خواجه نظام‌الملک و اجراکنندهٔ این بنا، ابی الفتح احمد بن محمد خازن بر روی آن حک شده‌است. زمان دقیق ساخت این گنبد و نصب کتیبه ذکر نشده اما "پوپ" سال ۴۷۳ ه‍.ق/۱۰۸۰ م را تاریخ ساخت بنا می‌داند. شیلا بلرSheila Blair نیز با بررسی این کتیبه و القاب ملکشاه و مقایسه آن با ۱۱ نوشتهٔ دیگر، تاریخ این بنا را میان سال‌های جمادی‌الثانی ۴۷۹- ذی الحجه ۴۸۰ ه‍.ق/ سپتامبر ۱۰۸۶ و مارس ۱۰۸۸ م می‌داند. محراب این مسجد احتمالاً در قرن دهم ه‍.ق مصادف با دورهٔ سلطنت شاه طهماسب اول با مرمر و کاشی بر روی محرای عصر سلجوقی ساخته و تزئین شده‌است. کتیبه‌ای به خط ثلث در این قسمت وجود دارد که جمله «قال الله تبارک و تعالی» و آیهٔ ۱۴۲ و ۱۴۳ تا اواخر ۱۴۴ سورهٔ بقره بر آن نوشته شده‌است. در ضلع شمالی گنبدخانه هم سوره‌های انشراح و دهر گچ‌بری شده‌است. گروه باستان‌شناسی «ایزمئو»ISMEO به سرپرستی «"اومبرتو شراتو"»Umberto Sherato حفاری‌هایی در گنبد نظام‌الملک انجام دادند. لایهٔ اول سنگ مرمر بود و متعلق به دوران صفوی، لایهٔ دوم مربوط به سنگ‌فرش‌های دوران سلجوقی بود که حدود ۵۰ سانتی‌متر پایین‌تر از کف‌سازی دوران صفوی بود. سپس کف‌سازی قرن سوم ه‍.ق قرار داشت که به دیوار محراب و کف‌سازی آن قرن برخورده‌اند، اما پس از آن به گل‌های هشت‌پر و ستونی دست یافتند که به وسیلهٔ گچ تزئین شده‌بود و تاکنون آن را مربوط به دوران ساسانی دانسته‌اند.