امپراتوری جدید چنگیزخان پایه‌های مذهبی داشت البته بر همان مذهب قدیمی ترک و مغولان که اعتقاد به ادارهٔ دنیا توسط نیروهایی نامرئی داشتند عوامل مزدیسنی و چینی نیز اضافه شد خان بزرگ نماد تنگری یعنی آسمان بود و حالتی خدایی داشت. تمام جانشینان چنگیزخان تا زمانی که در شرق اقصی کاملاً خلق و خوی چینیان در آن‌ها رخنه نکرده بود یا آن عده‌ای که تحت تأثیر آداب و رسوم مسلمانان در ترکستان و ایارن و روسیه قرار گرفته بودند خود را نمایندگان تنگری بر زمین قلمداد می‌کردند. جوینی در مورد اعتقادات چنگیزخان می‌گوید: چون چنگیزخان متقلد هیچ دینی نبوده‌است و تابع هیج ملتی نیز نبود از تعصب و رجحان ملتی بر ملتی و تفضیل بعضی بر بعضی مجتنب بودست بلکه علما و زهاد هر طایفه را اکرام می‌کرد چنان‌که مسلمانان را بنظر توقیر می‌نگریسته ترسایان و بت پرستان را نیز عزیز می‌داشته؛ و اولاد و احفاد او هر چند کس بر موجب دوری از مذاهب، مذهبی گرفتند بعضی از اسلام تقلید کردند و بعضی ملت نصاری عده‌ای عبادت بت می‌کردند و قومی همان روش قدیم آباء و اجداد را دنبال کرده و به سمت و سوی خاص و جدیدی نرفتند. اما آنچه یاسای چنگیزخان است اینکه همه طوایف را یکی شناسد و بر یکدیگر فرق نگذارد و عدول نمی‌جویند. این رفتار نتیجهٔ ترسی آمیخته به خرافه بود که مغولان از آسمان و از سحر و ساحری داشتند و احتیاط می‌کردند که نه فقط با شمن‌ها بلکه با سیر نمایندگان احتمالی آسمان یعنی رهبران هر فرقه مذهبی که ممکن بود قدرتی ما فوق طبیعت داشته باشند، روابط خوبی برقرار کنند. البته کشیشان نستوری که نزد قبایل کرائیت و انقوت‌ها و راهبان بودایی که نزد قبایل ایغوری یا ختایی زندگی می‌کردند و ساحرانی که نزد «تائوایست» چین نفوذ داشتند، یا لاماهای تبتی یا مبلغان فرقه فرانسیسکن یا عابدان مسلمان، همه مورد تکریم بودند. حسن رفتار آن‌ها با نمایندگان این مذهب‌ها و فرقه‌های مختلف یک نوع سند اطاعت و انقیاد دیگری بود که باعث شد مغولان در برابر به افکار و اعتقادات مذهبی عامه مردم فوق‌العاده گذشت داشته باشند. آن روزی که این رعب و ترس خرافاتی در بین مغولان در ترکستان و ایران برافتاد احفاد چنگیزخان تعصب شدید مذهبی پیدا کردند و اغماض جای خود را با تعصب جایگزین کرد. چنگیز در سفرهای جنگی خود در غرب و شرق دریافته بود که مسلمانان به علت وضع جغرافیایی، جمعیت و تمدن، در درجه اول اهمیت قرار دارند و به همین سبب در مقایسه با دیگر ملل تابعه، مقام برتری را به آنان اختصاص داد، هر چند دل خوشی از مسلمانان نداشت. در این مورد از زبان اولجایتو، یکی از ایلخانان مغول در ایران، این‌چنین نقل شده‌است: چنگیز خان فرموده که اگرچه دین و ملت اسلام اختتام ملک و ادیان می‌باشد اما مسلمانان بدترین امت و نازل‌ترین قوم می‌باشند. جوینی نیز در این باره می‌گوید: چنگیز خان به علت اهمیتی که برای مسلمانان قائل بود جزای قتل هر مسلمانی را چهل بالش (زر) و ختایی را دراز گوش قرار داد. خان مغول در موارد گوناگون برای توسعه دانسته‌های خود، نزد ملل به تفحص می‌پرداخت و با دانشمندان و روحانیون به مباحثه و مجادله می‌پرداخت. باید گفت با وجود سیاست اغماض و مدارایی که مغولان از همان بدو تأسیس حکومت خود نسبت به مذاهب گوناگون اتخاذ کردند، چنگیز هنگام تهاجم به مناطق مسلمان‌نشین، به اسلام آسیب فراوان زد و اگر ریشه‌های این دین کمی سست‌تر و مقاومت روحانیون کمی متزلزل‌تر بود، دشوار می‌نمود که بتواند بار دیگر کمر راست کند. چنگیزخان نبردهای خود را از جهت روانی به گونه‌ای آماده کرده بود که تعصبات مذهبی نداشته باشند دوری آنان از تعصبات مذهبی در همه جا به سودشان می‌انجامید و به آنان در برابر هر ملت و قومی که در سر راهشان قرار می‌گرفت برتری شگرفی می‌بخشید. ایمان مذهبی هرگز در میان مغولان ریشه ندوانیده و چنگیزخان نیز اقدام‌های لازم را انجام داد تا با مخالفت روحانیون روبه رو نشود. او روحانیان را همچون دانشمندان و صنعت‌گران از پرداخت مالیات معاف داشت، لکن نمایندگان مجامع مذهبی را از داشتن مناصب دولتی محروم ساخت و بدین گونه جدایی مذهب را از دولت به‌طور کامل عملی ساخت. او دخالت روحانیان را در امور دولتی حس کرده و اطمینان پیدا کرده بود که چنین دخالتی، خطری بزرگ برای دولت خواهد بود. البته در سال ۱۲۱۶ م که یاسا به وجود آمد، چنگیزخان از وجود روحانیان برای افزودن نفوذ کلام خویش در میان افراد قوم خویش استفاده می‌کرد، اما سرانجام عقیده باطنی خود را نسبت به روحانیان نمایان ساخت