پس از به قدرت رسیدن سید روح‌الله خمینی، تمامی قراردادهای هسته‌ای و نظامی با دولت‌های اروپایی و آمریکا یا از جانب ایران یا از جانب شرکت‌های خارجی تحت فشار آمریکا و تحریم‌ها لغو شدند و تعداد زیادی از مهندسان هسته‌ای و نیروهای متخصص ایرانی از کشور خارج شدند. مدتی بعد دولت ایران به علت مسلح بودن آمریکا و اسرائیل به تسلیحات هسته‌ای از تصمیم خود منصرف شد و تصمیم گرفت تا مجدد به فناوری هسته‌ای دست پیدا کند. اما تلاش‌ها برای مذاکره با آلمان غربی و فرانسه بی‌فایده بود. به دلیل رد درخواست بازپرداخت هزینه‌ی ساخت نیروگاه بوشهر از جانب آلمان غربی، جمهوری اسلامی تصمیم گرفت تا با شکایت آن‌ها را وادار به ادامه‌ی ساخت نیروگاه هسته‌ای بوشهر کند اما با شروع جنگ ایران و عراق و بمباران نیروگاه بوشهر آلمان غربی از پروژه انصراف داد. ایران از شرکت ENACE آرژانتین (Empresa Nuclear Argentina de Centrales Eléctricas S. A) و چین درخواست همکاری و کمک فنی کرد که پروژه‌ی آرژانتین به دلیل فشار آمریکا و عدم امکان انتقال پول لغو شد. چین و روسیه (به تعداد کمتر از چین به علت کمبود نیروی متخصص پس از فروپاشی شوروی) به صورت پنهانی مهندسان و دانشمندان هسته‌ای برای کار به ایران فرستادند. جمهوری اسلامی برای بومی‌سازی صنعت هسته‌ای در ایران بیش از ۱۷ هزار دانشجو و مهندس برای آموزش و تحصیل به کشورهای روسیه، چین، پاکستان و کره شمالی اعزام کرد و در چند مورد، مهندسانی از هند نیز برای آموزش مهندسان ایرانی وارد ایران شدند. همزمان مهندسان بسیار زیادی از روسیه، چین و کره شمالی برای آموزش بیشتر به مهندسان ایرانی به ایران دعوت شدند و پاکستان نیز شروع به تربیت و آموزش صدها دانشجو و متخصص ایرانی در زمینه‌ی انرژی هسته‌ای کرد. ایران برای اتمام ساخت نیروگاه هسته‌ای بوشهر، با شرکت اتم‌استروی‌اکسپورت روسی وارد مذاکره شد با این تأکید که روسیه ساخت نیروگاه هسته‌ای را بر پایه‌ی فناوری آلمان غربی ادامه دهد چرا که ایران چندین میلیارد دلار از پیش برای ساخت این نیروگاه هزینه کرده بود. آلمانی‌ها بعد از ترک پروژه، تعداد ۸۸ هزار قطعه با تعداد کمی مستندات در تاسیسات هسته‌ای بوشهر به جا گذاشته بودند که برای ادامه‌ی پروژه کافی نبود. مهندسان روسی پس از بازدید از تاسیسات هسته‌ای بوشهر ادامه‌ی کار را بر عهده گرفتند و در نهایت ۲۰۰۰ مهندس هسته‌ای روس برای کار به ایران دعوت شدند، ولی برای ادامه‌ی ساخت این نیروگاه به چالش‌های زیادی برخورد کردند که یکی از آن‌ها، آب و هوای طاقت‌فرسای بوشهر بود که فولاد ضدزنگ نیز در آن زنگ می‌زند و کار کردن در آن شرایط بسیار سخت بود. تا حدی که در قراردادی که آلمانی‌ها با ایران امضا کرده بودند، اجازه‌ی استراحت در روزهایی که امکان کار تکنیسین‌ها و مهندسان فراهم نبود گرفته شده بود. روسیه همچنین برای ادامه‌ی پروژه نیاز به توربین‌هایی داشت که ساخت شرکت توربواتم اوکراینی بودند و آمریکا و اسرائیل با پرداخت رشوه، این شرکت را از تامین توربین‌های مورد نیاز روسیه و ایران منصرف کردند. پروژه‌ی تکمیل تاسیسات هسته‌ای بوشهر یکی از پرچالش‌ترین پروژه‌های مهندسی سال ۲۰۱۴ معرفی شد.Iran Nuclear ChronologyFrank Barnaby, How Nuclear Weapons Spread, Routledge Publications, 1993, pp. 99فریدون قاسمی، جمهوری اسلامی ایران: از بازرگان تا روحانی، فصل ششم: دوران ریاست جمهوری سید محمد خاتمی، ص. ۲۹۹نیروگاه اتمی بوشهر پروژه برتر هسته‌ای سال ۲۰۱۴ انتخاب شد شرکت آرژانتینی INVAP نیز ساخت رآکتور هسته‌ای دیگری در تهران را بر عهده گرفت که این پروژه نیز تحت فشار آمریکا بی‌نتیجه ماند. ایران همچنین کمک‌های فنی از جانب کره شمالی و شبکهٔ زیرزمینی عبدالقدیر خان از پاکستان دریافت کرد که طی این برنامه، ایران مخفیانه چند رآکتور هسته‌ای آلوده از این شبکه تحویل گرفت. همکاری‌های هسته‌ای روسیه و چین با ایران همچنان ادامه دارد و مهندسان این کشورها در ایران حضور دارند.