داستان فیلم پنج سال بعد از ماجراهای و بعد از گذشت ۵۸ سال از وقایع فیلم جریان دارد. کونگ هم‌اکنون توسط مونارک در گنبدی غول پیکر در جزیره جمجمه تحت نظارت آلین اندروس و دختر بچه ای کر و لال که از طریق زبان اشاره با کونگ ارتباط برقرار می‌کند، کنترل می‌شود. در این بین شرکتی با نام ایپکس سایبرنتیک قصد دارد به زیست‌بومی باستانی در زیر زمین که به عنوان زمین تو خالی معرفی می‌شود، وارد شود. تلاش آن‌ها برای ورود به این مکان بی‌نتیجه بوده و آن‌ها نتوانستند که از بعد میان زمین و زمین خالی عبور کنند. شخصی با نام والتر سیمونز (صاحب شرکت ایپکس سایبرنتیک) از شخصی با نام دکتر نیتن لیند (از اعضای سابق مونارک) می‌خواهد تا کونگ را به قطب جنوب برده تا با استفاده از او به زمین تو خالی راه پیدا کنند. دکتر لیند ابتدا مردد است چون برادر او در جریان همین عملیات ورود به دنیای تو خالی، بر اثر یک جاذبه معکوس کشته شده بود، اما در نهایت وقتی می‌فهمد که سیمونز دستگاهی به نام هیو (HEAV) که اثر جاذبه معکوس را از بین می‌برد را ساخته می‌پذیرد. اندروس که ده سال بر روی کونگ و سایر تایتان‌ها مطالعه و تحقیقات انجام داده‌است، هشدار می‌دهد که بیرون بردن کونگ از جزیره باعث می‌شود که گودزیلا واکنش نشان دهد و به او حمله کند و جنگی باستانی را دوباره شکل دهد. اما آن‌ها کونگ را در مسیری خارج از آب‌های قلمرو گودزیلا می‌برند. در این سفر آلین، لیند و دختر سیمونز همراه نیروی دریایی ایالات متحده آمریکا کونگ را همراهی می‌کنند. با وجود دوری آن‌ها از آب‌های قلمرو گودزیلا، او آن‌ها را پیدا می‌کند و به کونگ حمله می‌کند، زیرا او این تایتان را تهدیدی برای موقعیت آلفای خود می‌دانست. گودزیلا قاطعانه در این نبرد پیروز شد و هنگامی که اعتقاد داشت تهدید کونگ دیگر وجود ندارد و همراهان کونگ به گونه‌ای جلوه دادند که او مرده‌است، آن‌جا را ترک کرد. سپس آن‌ها به قطب جنوب می‌رسند. کونگ در ابتدا حس خوبی نسبت به قطب جنوب نشان نمی‌دهد و انگار فضای قطب جنوب او را اذیت می‌کند. کونگ به سمت تیم همراهش رفته و با نعره کشیدن اعتراض خود را نسبت به این وضعیت نشان می‌دهد. دکتر لیند پیشنهادی را مطرح می‌کند که دختر بچه به کونگ بگوید، در مکان ورودی زمین تو خالی، خانواده کونگ هستند. اما آلین می‌گوید کونگ می‌فهمد که آن‌ها دروغ گفته‌اند و ممکن است عصبانی شود. اما وقتی می‌فهمند هیچ راه دیگری وجود ندارد که کونگ را به سمت غار ورودی بکشند، این نقشه را اجرا می‌کنند و کونگ توسط دختربچه به هوای یافتن اجداد خود وارد زمین تو خالی شد و سپس از طریق غریزه خود، به سمت مکانی حرکت می‌کند و همراهانش او را دنبال می‌کنند. کونگ با یافتن قلمرو اجدادش، غاری متعلق به نیای خود را پیدا می‌کند و با ورود به آن، تبری که از باله پشتی گودزیلا ساخته شده‌است (این تبر در واقع سلاح اجداد کونگ برای مبارزه با اجداد گودزیلا بوده‌است) را برمی‌دارد که به او کمک می‌کند با نیروی گودزیلا (نفس اتمی) مقابله کند. سپس کونگ بر روی تخته سنگی (تخت پادشاهی) می‌نشیند که نشان می‌دهد اجداد کونگ فرمانروای قلمرو زمین توخالی بوده‌اند. گودزیلا که به دنبال تجهیزات شرکت ایپکس سایبرنتیک به هنگ کنگ رفته بود، کونگ را حس می‌کند و با نفس اتمی خود، حفره ای را ایجاد می‌کند که در زمین غار اجداد کونگ هم ایجاد می‌شود. سپس او دوباره با هدف قرار دادن کونگ، لیزر اتمی خود را شلیک می‌کند و کونگ هم از طریق حفره، وارد هنگ کنگ شده و نبرد دوم او با گودزیلا شروع می‌شود. در دومین مبارزه، کونگ با کمک تبر و دفع کردن نفس اتمی گودزیلا و پذیرایی از او با مشت و لگد، تا مرز شکست دادن گودزیلا پیش رفت اما با انفجاری ناشی از تبر، هر دو به سمتی پرت می‌شوند. گودزیلا که مقداری گیج شده بود، بلند شده و به کونگ حمله‌ور می‌شود و به او زخم‌های زیادی وارد می‌کند و او را شکست داده اما نمی‌کشد. در آخر گودزیلا او را مجبور می‌کند تا او را به عنوان تایتان آلفا بپذیرد. او کونگ را مانند سایر هیولاها (موتوها و گیدورا) نمی‌کشد یا او را مجبور به تعظیم کردن در مقابل او نمی‌کند. در آخر او کونگ را ول می‌کند تا از شدت جراحات وارده بمیرد، اما دکتر لیند با استفاده از شوک الکتریکی ماشین هیو (HEAV)، او را احیا می‌کند. در این بین، مکاگودزیلا که توسط شرکت ایپکس سایبرنتیک ساخته شده بود تا گودزیلا را از بین ببرد، وارد می‌شود. مکاگودزیلا توسط یکی از سرهای قطع شده گیدورا (که توسط گودزیلا در فیلم سلطان هیولاها قطع شده بود) و یکی از اعضای ایپکس سایبرنتیک به نام رن سریزاوا در خلسه کنترل می‌شد که او کنترل مکاگودزیلا را از دست می‌دهد و کنترل این ماشین به‌طور کامل به دست سر گیدورا می‌افتد. مکاگودزیلا به گودزیلا حمله می‌کند و او را زیر باد کتک قرار می‌دهد. مکاگودزیلا بسیار قدرتمند عمل می‌کند (که این به خاطر حس انتقامجویی سر گیدورا نیز بود). کونگ که به هوش آمده بود، با برداشتن تبر خود می‌خواهد دوباره به گودزیلا حمله کند تا انتقام بگیرد، اما دختربچه او را متقاعد می‌کند که اکنون گودزیلا را به چشم یک دوست ببیند و به نجات جان او برود چون تهدید کننده جان انسان‌های بسیاری است و باعث نابودی‌های بسیار می‌شود. کونگ هم از این حرف ابتدا عصبانی می‌شود اما برای پیشگیری از خطرات قریب‌الوقوع، به کمک گودزیلا می‌رود و با کمک او ابتدا آسیب‌های زیادی به مکاگودزیلا وارد می‌کند و سپس به تنهایی و با استفاده از تبر خود مکاگودزیلا را نابود می‌کند. در نهایت گودزیلا در مقام آلفا تایتان‌ها باقی می‌ماند و دیگر کونگ را یک تهدید برای تزلزل مقامش نمی‌بیند. کونگ هم او را به عنوان سلطان هیولاها می‌پذیرد و گودزیلا پیروز این نبرد می‌شود. پیروزی ای که موقتی است… بعد از این وقایع، کونگ به خانه جدید خود زمین تو خالی می‌رود تا در آنجا زندگی کند و مانند نیای خود، بر آن جا حکومت کند.