در سال ۴۲۴م در شورای دادیشوع ۳۶ اسقف در روستای مارکیتای عرب، گرد هم آمدند و دو تصمیم مهم گرفتند؛ اول آن‌که کلیسای ایران به هیچ وجه تحت تسلط کلیسای روم نباشد، و دوم اینکه قدرت کاتولیگوس (جاثلیق) ایران زیاد شود. در سال ۴۲۸ م نستوریوس، راهبی اهل انطاکیه به برگزیده شد. وی راهبی از مردم انطاکیه به نام آناستاسیوس را همراه خود به قسطنطنیه آورد. آناستاسیوس در یکی از موعظه‌های خود مطالبی عنوان کرد که برخلاف عقیده و ایمان مسیحیان بود. او گفت که حضرت مسیح دو شخصیت مجزا دارد، یکی بشری و دیگری روحانی وی برای جنبهٔ بشری مسیح اهمیت بیشتری قابل شد. و آن را از جنبهٔ الهی جدا دانست در حالی که تا پیش از آن جنبهٔ الهی و جنبهٔ بشری مسیح را جدا از هم نمی‌دانستند. چون مسیحیان به این سخنان اعتراض کردند نستوریوس از آناستاسیوس حمایت کرد. اسقف اسکندریه (سیریل اسکندریه) به مخالفت با او برخاست و در سال ۴۳۱. م در شورای دینی مسیحیان که در افسوس تشکیل شد. بر اساس شورای مذکور نستوریوس از منصب روحانی برکنار و به مصر تبعید شد و تا آخر عمر در تبعید به سر برد آن‌ها نظریه مذکور در مورد جنبه‌های دنیایی و روحانی مسیح را محکوم کرده و باطل دانستند. سریانی‌های مسیحی شرق مدیترانه که به آن‌ها آشوری گفته می‌شود، با تصمیم شورای افسوس موافق نبودند و به همین سبب از کلیسای روم جدا شدند و مسیحیت نستوری را پدیدآوردند که سبب ایجاد شد. عقاید نستوری در شهر ادسا رواج بسیاری پیدا کرد و اوضاع به همین صورت بود تا این‌که در سال ۴۵۷ م. سازمان کلیسای رومی سخنان نستوریوس را کفر و الحاد اعلام کرد و با عقاید وی و پیروانش مخالفت ورزید و شورشی بر ضد آن‌ها برپا شد و در امپراتوری روم تحت تعقیب قرار گرفتند. به همین دلیل بسیاری از مسیحی‌های نستوری ساکن ادسا به ایران پناهنده شدند. این در حالی بود که مسیحی‌های ایرانی تربیت یافته در ادسا در این دوره سخت تحت تأثیر همین افکار قرار داشتند و مروج آن در ایران بودند. اسقف‌های ایران نیز از فرصت استفاده کرده و برای تحکیم مصوبات شورای دادیشوع و استقلال کامل از کلیسای غرب با حمایت پیروز یکم آیین نستوری را در ایران به رسمیت شناختند. در همین زمان شخصی به نام ، اسقف بزرگ نصیبین شد. وی که از سران نستوری بود در سال‌های ۴۵۷ تا ۴۸۴ م. برای ترویج آیین نستوری بسیار کوشید و کلیسای نستوری را به رنگ ایرانی درآورد. بار سوما مورد لطف پیروز یکم قرار گرفت و از وی خواست تا برای وابسته کردن مسیحی‌های ایران به شاهنشاه ساسانی به او اجازه دهد تا همه آن‌ها را نستوری گرداند، زیرا اگر آن‌ها پیرو آیین نستوری شوند خود به خود دشمن امپراتوری بیزانس به‌شمار می‌آیند و مجبور می‌شوند تا به پادشاه ساسانی تکیه کنند. پیروز پذیرفت و بار سوما کارش را شروع کرد، بسیاری به میل و بسیاری به اجبار باور نستوری را پذیرفتند و به این ترتیب مسیحیت نستوری به باور رسمی کلیساهای ایران تبدیل شد و مسیحی‌های ایران خود را از کلیسای روم جدا کردند. تلاش بار سوما شکافی عمیق میان مسیحیت روم و مسیحیت نستوری پدیدآورد. در سال ۴۸۹م ، زنون امپراتور بیزانس را متقاعد کرد تا را تعطیل کند. در همین زمان بار سوما از فرصت استفاده کرده مدرسه نستوری‌های نصیبین را در شهر نصیبین تأسیس کرد و مرکز تعلیم آیین نستوری به شهر نصیبین در قلمرو ساسانی منتقل شد. مدرسان نستوری به ایران مهاجرت کردند، آن‌ها شاگردان زیادی را تربیت کردند که پس از تعلیم سه ساله برای موعظه به تمام نقاط ایران می‌رفتند؛ بنابراین بیشتر اسقف‌ها و پیشوایان کلیساهای ایران در سال‌های بعد از شاگردان مدرسه نصیبین بودند و همین افراد بودند که عقیده نستوری را هر چه بیشتر در ایران رواج دادند. بدین ترتیب در اواخر سده پنجم میلادی ایران به یکی از مهم‌ترین مراکز تبلیغ و رواج مسیحیت نستوری تبدیل شد. نظام کلیسای نستوری برخلاف سابق و تحت تأثیر تفکرات ایرانی مردان کلیسا را به ازدواج تشویق می‌کرد، به شرط آن‌که ازدواج پیش از رسیدن به مناصب دینی باشد.