انقلاب فرهنگی طی سال‌های ۱۳۵۹ تا ۱۳۶۲ خورشیدی اتفاق افتاد و گروه‌های سیاسی دانشجویی امکان فعالیت خود را از دست دادند. در اواخر فروردین ۱۳۵۹ شورای انقلاب اسلامی، با تأیید روح‌الله خمینی، به گروه‌های سیاسی فعال در دانشگاه‌ها اولتیماتوم داد تا ظرف سه روز دفاتر خود را در دانشگاه‌های ایران تخلیه کنند. پس از آن ابوالحسن بنی‌صدر رئیس جمهور وقت و به دنبال آن میان نیروهای وابسته به حکومت و گروه‌های مخالف در دانشگاه‌ها درگیری و خشونت گسترده‌ای درگرفت. به گفتۀ مهدی فتاپور انجمن دانشجویان مسلمان هوادار مجاهدین خلق تصمیم به تحویل دفتر خود گرفت و ضمن هشدار نسبت به خطرناک بودن اوضاع از دانشجویان پیشگام نیز خواست دفتر خود را تحویل دهد. مهدی فتاپور می‌گوید دانشجویان پیشگام قصد نداشتند دفتر خود در دانشگاه تهران را تحویل دهند. با این وجود در روزهای منتهی به حمله حکومت تبلیغات وسیعی علیه دانشجویان انجام داد و در محلات نیروهای زیادی را برای حمله به دانشگاه بسیج کرد. شب قبل از حمله مهدی فتاپور و فرخ نگهدار توسط بنی‌صدر به دفتر ریاست جمهوری فراخوانده می‌شوند و در آنجا بنی‌صدر به آن‌ها هشدار می‌دهد که این اقدام قرار نیست با تخلیۀ‌ دفاتر خاتمه بیابد و عاملان آن قصد دارند پس از آن به تصفیۀ اساتید و دانشجویان و اجرای برنامه‌ای برای اسلامی کردن دانشگاه‌ها بپردازند. در آنجا بنی‌صدر قول می‌دهد که علیه این طرح موضع بگیرد و مانع آن شود و نمایندگان دانشجویان پیشگام نیز دفتر خود را تحویل دهند. فتاپور سپس با تشکل‌های هوادار سازمان‌های پیکار و راه کارگر تماس می‌گیرد و جلسه‌ای را با نمایندگان این دو سازمان به ترتیب حسین روحانی و اصغر ایزدی ترتیب می‌دهد تا به گفتۀ خودش آن‌ها را تشویق به تحویل دادن دفاتر بکند. در این جلسه حسین روحانی نمایندۀ سازمان پیکار به شدت با تحویل دادن دفتر مخالفت می‌کند و می‌گوید این روز به "۱۳ آبان جمهوری اسلامی" تبدیل خواهد شد و همانند آن روز یک جنبش اجتماعی را برای سرنگونی حکومت اسلامی به وجود خواهد آورد و حتی اگر احتمال کشته‌شدن دانشجویان وجود داشته‌باشد در مسیر انقلاب نباید از کشته‌شدن ترسید. مهدی فتاپور و رضی‌الدین تابان روز بعد در محل هیئت دولت با حبیبی نمایندۀ‌ دولت دیدار می‌کند و او قول بنی‌صدر مبنی بر عقب‌نشینی دولت از اجرای طرح را تکرار می‌کند؛ با این وجود تا عصر آن روز دولت موضعی نمی‌گیرد و از سوی دیگر در شرایطی که رضی‌الدین تابان برای تخلیه به دانشگاه تهران رفته و حتی برخی از دانشجویان مبارز نیز تصمیم به تخلیه می‌گیرند، اما کمیته‌هایی که دانشگاه را محاصره کرده‌بودند اعلام می‌کنند که دانشجویان باید یکی یکی از دانشگاه بیرون رفته و تفتیش بدنی بشوند. این وضعیت منجر به بالا گرفتن درگیری میان طرفین تا پاسی از نیمه‌شب شد. در این زمان فرخ نگهدار به همراه مسعود رجوی به دفتر بنی‌صدر رفته و تلاش می‌کنند تا نظر مثبت مقامات بالاتر را برای خروج دانشجویان تحت محاصره در دانشگاه جلب کنند. با این وجود تعداد زیادی از دانشجویان در تهران زخمی شده و در دانشگاه‌های گیلان و جُندی شاپور اهواز نیز چند دانشجو کشته می‌شوند. متعاقب این تهاجم مناظره‌ای تلویزیونی دربارۀ انقلاب فرهنگی و حمله به دانشگاه برگزار شد که در آن حشمت‌الله طبرزدی نمایندۀ انجمن‌های اسلامی و طرفداران انقلاب فرهنگی و فواد تابان نمایندۀ دانشجویان پیشگام و مخالف انقلاب فرهنگی بودند و اگرچه طبرزدی وجود هرگونه طرحی مبنی بر تصفیۀ دانشگاه را تکذیب کرد، اما در مدت کوتاهی نه تنها دانشجویان و اساتید، بلکه حتی کارکنان دگراندیش دانشگاه‌ها نیز تصفیه شدند. اگرچه آمار مشخصی دربارۀ دانشجویان تصفیه‌شدۀ عضو سازمان دانشجویان پیشگام وجود ندارد،‌ اما تقریباً تمامی دانشجویان شناخته‌شدۀ عضو سازمان‌های دانشجویی مخالف حکومت اسلامی تصفیه شدند که بسیاری از آنان در جریان درگیری‌های دهۀ ۱۳۶۰ دستگیر و زندانی شدند و یا به ناچار ایران را ترک کردند و برخی نیز در جریان اعدام‌های آن دهه اعدام شدند.سایت شخصی مهدی فتاپور: "شکل‌گیری سازمان دانشجویان و جوانان پیشگام، بخش اول"، مصاحبه‌کننده: علی صمد؛ بازدید در ۲۹ آبان ۱۴۰۱.