moaminsharifi/fa-wiki-spell-checker huggingface dataset:
اسلام در ایران، در واقع متن درس‌های نویسنده برای دانشجویان تاریخ بوده‌است. مهم‌ترین موضوعات این کتاب ظهور اسلام، ورودِ آن به ایران، قرآن مجید، منابع حقوق اسلامی، تدوین فقه، مجادلات فرقه‌ای، کلام، اسماعیلیان، قرمطیان، عرفان و پیروزی شیعه در ایران است. با این همه در این اثر نارسایی‌هایی در موارد فقهی و حقوقی و جایگاه شیعیان به چشم می‌خورد که در ترجمه پارسی حاشیه محمدرضا حکیمی به توضیح و تبیین آن اختصاص یافته‌است.
کتاب در حال حاضر ممنوعه «اسلام در ایران، از هجرت تا پایان قرن نهم هجری»، یکی از آثار ایران‌شناس بزرگ اهل شوروی سابق و عضو آکادمی علوم آن کشور، «ایلیا پاولویچ پطروشفسکی» است که یکی از آثار مهم در زمینه منابع و متون تاریخ اسلام و تطورات تعالیم اسلامی و فقه اسلامی و صوفیگری و مذاهب و مسالک و نهضتهایی که مردم در بطن اسلام برپا کردند، به ویژه تشیع است. این کتاب در سال ۱۳۵۰ توسط نشر پیام به چاپ رسید و تا سال ۱۳۶۳ که ممنوع چاپ شد، هفت بار تجدید چاپ شده بود. فصل آخر کتاب به چگونگی شکل‌گیری تشیع در ایران می‌پردازد.
تاکنون آثار زیر از پطروشفسکی به زبان فارسی ترجمه و به چاپ رسیده است.
نعمتیه یا خارپهلو روستایی در دهستان جاورسیان بخش قره چای شهرستان خنداب استان مرکزی ایران است. شغل اصلی مردم روستا کشاورزی و باغداری است.
بر پایه سرشماری عمومی نفوس و مسکن در سال ۱۳۹۵ جمعیت این روستا ۱۱۹ نفر (۳۵خانوار) بوده‌است.
با توجه به پوشش گیاهی منطقه، خارپهلو احتمالاً اشاره به بوته‌های خاری فراوانی است که در پوشش گیاهی اطراف روستا وجود دارد.
آب و هوای سرد و کوهستانی در بیشتر روزهای سال
زبان فارسی با گویش محلی
روستا داری یک دبستان است که تحصیلات ابتدایی دانش‌آموزان روستا را ارائه می‌دهد
این روستا دارای آب لوله‌کشی و شبکه سراسری برق و گاز و تلفن می‌باشد.
انگور میوه اصلی به عمل آمده در باغ‌های این روستا می‌باشد.
آغاز فعالیت سیاسی روح‌الله خمینی را می‌توان مربوط به اوایل دهه ۱۳۲۰ دانست. خمینی در آن زمان، کتاب کشف‌الاسرار خود را در پاسخ به نقدهای مطرح‌شده در کتاب اسرار هزار ساله از علی‌اکبر حکمی‌زاده به تحریر درآورد.. او در ادامه با انتشار نخستین بیانیه خود، از مسلمانان ایران و جهان اسلام درخواست کرده بود که در مقابل آنچه او «ظلم و ستم قدرت‌های بیگانه و هم‌پیمانان آن‌ها» خوانده بود، اقدام کنند..
پس از مرگ حسین طباطبایی بروجردی در ۱۳۴۰، رویه خمینی در فعالیت سیاسی‌اش تغییر کرد... ماجرای لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در تیر ماه ۱۳۴۱ را می‌توان اولین رویارویی جدی او با حکومت در نظر گرفت، جایی‌که با اعتراضات او و سایر روحانیون، که خمینی آن را «ضد دین» و «زمینه‌ای برای نفوذ بهائیت به عرصه‌های مختلف کشور» می‌دانست موجب لغو این لایحه گشت..
فعالیت سیاسی خمینی علیه حکومت پهلوی در زمان مطرح شدن طرح انقلاب سفید در دی ماه ۱۳۴۱ به اوج خود رسید. او که با بیانیه‌های مختلف سعی در تحریم همه‌پرسی این طرح از سوی مردم داشت، بعد از تصویب آن، نوروز سال ۱۳۴۲ را عزای عمومی اعلام کرد.. در روز جمعه دوم فروردین ۱۳۴۲ مصادف ۲۵ شوال سالروز کشته شدن جعفر صادق با یورش نیروهای حکومت به مدرسه فیضیه قم باعث کشته و مجروح ساختن طلاب و وارد آوردن خسارات به مدرسه شدند،. سخنان خمینی علیه حکومت حالت شدیدالحن‌تری به خود گرفت، به‌گونه‌ای که در خرداد آن سال و در سخنرانی روز عاشورا، او محمدرضا پهلوی را با الفاظی نظیر «بدبخت» و «بیچاره» خطاب کرد و او را با یزید برابر دانست.
بامداد ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، خمینی دستگیر و به زندان قصر تهران انتقال داده‌شد.. انتشار خبر دستگیری او، اعتراضاتی را در شهرهای مختلف برانگیخت که به قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ شهرت یافت.. با این‌که در ادامه و با اعتراضات مردم و روحانیون، خمینی پس از دو ماه آزاد شد، اما سخنرانی تند او علیه حکومت در مهر ماه ۱۳۴۳ و در پی تصویب لایحه کاپیتولاسیون، منجر به دستگیری مجدد او در ۱۳ آبان ماه آن سال و این بار تبعید او به ترکیه شد..
در ۱۴ شهریور ۱۳۴۴، خمینی از ترکیه به عراق و شهر نجف انتقال داده‌شد. در دوران تبعید، او هم‌چنان با ارسال بیانیه‌های مختلف نسبت به مسائل کشور اظهارنظر می‌کرد و به فعالیت سیاسی خود ادامه می‌داد. هم‌زمان در ایران، وقوع حوادثی مانند قتل سید مصطفی خمینی و انتشار مقالهٔ روزنامهٔ اطلاعات علیه خمینی، اعتراضات مردمی علیه حکومت افزایش یافت و منجر به وقوع تظاهراتی مانند تظاهرات ۱۷ شهریور ۱۳۵۷ گردید.
خمینی در ۱۴ مهر ۱۳۵۷، وادار به ترک عراق و اقامت در پاریس شد. در دوران کوتاه اقامت در نوفل‌لوشاتو نیز، خمینی - با آزادی بیشتری - هم‌چنان به هدایت طرفدارانش در قالب ارسال اعلامیه و بیانیه به طرق مختلف ادامه می‌داد. او از همان‌جا اقدام به تشکیل دولت موقت انقلاب کرد، و پس از خروج محمدرضا پهلوی در ۲۶ دی آن سال از کشور و فراهم شدن شرایط، در روز ۱۲ بهمن به کشور بازگشت و با تسلیم‌شدن ارتش در روز ۲۲ بهمن، انقلاب ۱۳۵۷ به پیروزی رسید.
خمینی در دههٔ ۱۳۱۰ به هیچ فعالیت سیاسی آشکاری دست نزد. او همواره معتقد بود رهبری فعالیت‌ها و جریانات سیاسی باید در اختیار عالی‌ترین مراجع باشد و در نتیجه در آن زمان خود را موظف به پذیرش تصمیم حائری مبنی بر سکوت و انفعال در قبال اقدامات صورت گرفته توسط رضاشاه علیه سنت‌ها و باورهای اسلامی در ایران می‌دانست. بدین ترتیب در پی هیچ‌کدام از حوادث آن زمان، خمینی به عنوان چهره‌ای تازه‌وارد در حوزه، در موقعیتی نبود که افکار عمومی را در یک مقیاس ملی متحد کند.
با این‌وجود او با معدود علمایی که به‌صورت آشکار به اقدامات رضاشاه اعتراض می‌کردند ارتباط داشت. چهره‌هایی مانند محمدعلی شاه‌آبادی، نورالله اصفهانی، میرزا صادق تبریزی، آقازاده کفایی و سید حسن مدرس. او هم‌چنین به‌طور ضمنی و در قالب اشعار شخصی، به بیان عقیدهٔ خود در رابطه با رژیم پهلوی و ابعاد ظلم و ستمی که به عقیدهٔ او رضاشاه روا می‌داشت، می‌پرداخت.
بعد از وفات حائری، مؤسس و رئیس حوزهٔ علمیهٔ قم، در دهم بهمن ۱۳۱۵، احساس نیاز به انتخاب فردی تازه به‌عنوان رئیس حوزه به‌وجود آمد. گفته می‌شود در آن زمان خمینی، به‌عنوان یکی از مدرسین و مجتهدین صاحب‌رای در فقه، اصول، فلسفه، عرفان و اخلاق، از لحاظ مقام و موقعیت علمی شایستگی ریاست حوزهٔ علمیه را داشته و تنها عاملی که مانع انتصاب او به این عنوان شده‌است، جوانی و سن پایین او بوده‌است.
بعد از آن و به مدت هشت سال، سه مجتهد بزرگ آن زمان، سید محمد حجت، سید صدرالدین صدر و محمدتقی خوانساری، به‌طور مشترک حوزهٔ علمیه را اداره می‌کردند. با این‌حال حوزه بعد از وفات حائری و پایان ریاست او همواره دچار کمبود و نقص به‌نظر می‌رسید.
از طرفی در سال ۱۳۲۵ هجری شمسی و بعد از وفات ابوالحسن اصفهانی، که از بزرگ‌ترین مراجع تقلید و عالمان آن زمان به حساب می‌آمد، نیاز به وجود رهبری که وظیفهٔ سرپرستی شیعیان را بر عهده بگیرد نزد روحانیون بیش از پیش احساس شد.
در پی این دو اتفاق، نیاز به یافتن جانشینی شایسته برای این دو روحانی در میان خمینی و هم‌فکرانش حس شد. انگیزهٔ دیگر خمینی و اطرافیانش برای چنین تصمیمی، خنثی کردن تصمیمات و برنامه‌هایی بود که حکومت بعد از وفات حائری به آن‌ها امید بسته بود. بعد از فوت مؤسس حوزهٔ علمیه، حکومت پهلوی امید زیادی داشت تا حوزه انسجام اولیهٔ خود را از دست بدهد و به تدریج از نفوذ آن کاسته شود. این موضوع باعث شد تا شاگردان مدرس و در رأس آن‌ها خمینی، مصمم به انتخاب جانشینی شایسته برای حائری و اصفهانی بشوند.
در نتیجه روحانیون آن زمان برای یافتن فردی که توانایی و کفایت انجام وظایف حائری و اصفهانی را داشته باشد مشغول به جستجو شدند. آن‌ها راهی شهرها مختلف شدند تا نظر عالمان و بزرگان مناطق مختلف را جویا شوند. خمینی خود راهی همدان شد تا با علمای آن شهر – که بیم مخالفت آن‌ها می‌رفت – در این‌باره صحبت کند.
سید حسین طباطبایی بروجردی، که در آن سال‌ها ساکن همدان بود، به‌عنوان یک شخصیت علمی برجستهٔ آن زمان، مناسب‌ترین شخص تشخیص داده‌شد و توسط آن‌ها برای تصدی پست ریاست حوزهٔ علمیهٔ قم و مقام رهبری شیعیان در نظر گرفته‌شد. آن‌ها در آن زمان او را، که از برجسته‌ترین شاگردان آخوند خراسانی، سید محمدکاظم طباطبایی یزدی و محمد شریعت اصفهانی و از مجهتدین و عالمان بزرگ آن عصر محسوب می‌شد، به‌عنوان احیاءکننده‌ای شایسته برای حوزهٔ قلمداد می‌کردند. این پیشنهاد مخصوصاً از جانب خمینی و جمعی از شاگردان حائری پیگیری می‌شد.
تلاش‌های خمینی و سایر روحانیون برای پیدا کردن فردی مناسب سرانجام جواب داد و سید حسین طباطبایی بروجردی به‌عنوان گزینهٔ مناسب ریاست حوزه برگزیده شد. در سال ۱۳۲۴، بروجردی پس از گذراندن دوران درمان و بستری در بیمارستان فیروزآبادی تهران، وارد قم شد و مورد استقبال خمینی و سایرین قرار گرفت، و پس از سی سال گوشه‌گیری و انزوا سرپرستی حوزه را بر عهده گرفت.
ریاست بروجردی بر حوزه به‌مدت پانزده سال طول کشید. در این مدت تغییرات اساسی در ساختار حوزه به‌وجود آمد و تحولات بسیاری زیر نظر او رخ داد، مواردی مانند نزدیکی بین مذاهب، فرستادن نماینده به دانشگاه الازهر، ساختن مسجد و مدرسه در خارج از کشور، اعزام مبلغ به کشورهای اسلامی، تشویق طلاب به آموختن دروس جدید از جمله زبان انگلیسیپس از پایان یافتن بنای مدرسهٔ خان، برنامه درسی منظمی برای آن تنظیم می‌شود که در آن فراگیری زبان انگلیسی نیز گنجانده شده بود. وقتی آن را [بروجردی] دید، گفت: «اگر کسی یک زبان بداند، یک آدم، اگر دو زبان بداند، دو آدم و اگر سه زبان بداند، سه آدم است.» رجوع کنید به: مجله حوزه، مرداد - آبان ۱۳۷۳، صفحهٔ ۱۶۷. و استقبال از طرح اصلاح و نوسازی حوزه که از جمله اقدامات صورت گرفته در زمان ریاست او محسوب می‌شوند.
اگرچه در دوران ریاست بروجردی بر حوزه تحولات مفید و گسترده‌ای صورت گرفتچند ماه پس از درگذشت او، یکی از نشریات آن زمان نوشت: «حوزه علمیه قم، طی پانزده سال ریاست عالیه حضرت فقید بروجردی، به سرعت راه ترقی و نیرومندی مترقیانه‌ای را می‌پیمود. علاوه بر افزایش مدرسین، حوزه‌های درسی و محصلین علوم دینی، تحول بزرگ و بی‌سابقه‌ای نیز در چگونگی ربیت شاگردان این دانشگاه بزرگ روحانی پدیدار شد. بدین ترتیب که نسل جدیدی از روحانیون و طلاب پرورده شدند که بسیار روشنفکر، قادر به فهم تحولات علمی و اجتماعی، موقع‌شناس و آشنا به سیاست جهانی و علوم جدیدند. این دسته ظاهرشان آراسته‌تر از گذشتگان و معلوماتشان مفیدتر برای معرفی حقیقت اسلام و شیعه به جهانیان نیز صلاحیتشان محرز است. افراد این نسل جدید، بعضی یکی دو زبان خارجی فراگرفته‌اند یا می‌گیرند، کتاب‌های علمی و اجتماعی و سیاسی را به دقت و روشن‌بینی خاصی مطالعه می‌کنند. در نویسندگی قدرت فراوانی دارند، و در کلاس درس و منابر و مجالس مسائل و مطالب را خیلی نیکوتر و مؤثرتر بیان می‌نمایند… از همین دسته‌اند کسانی که دست به انتشار نشریاتی مانند ماهنامهٔ «مکتب اسلام» و ماهنامهٔ «مکتب تشیع» زده‌اند؛ که از نشریات بسیار آموزنده و مؤثر مذهبی در دوره ما بشمارند و در این دوران نشریات و کتاب‌هایی که به وسیلهٔ فضلا و مدرسین محترم قم چاپ و نشر شده که اهمیت بین‌المللی پیدا کرده‌است.»(مجلهٔ اطلاعات هفتگی، ۱۸ فروردین ۱۳۴۰، شماره ۱۰۱۷. به نقل از آینهٔ پژوهش، شمارهٔ خرداد و تیر ۱۳۷۰، صفحهٔ ۱۰ و ۱۱.) اما با این وجود خمینی نتوانست در این دوران اصلاحات مورد نظر خود را در حوزه عملی کند. او در سال ۱۳۲۸ طرح اصلاح اساسی ساختار حوزهٔ علمیه را با همکاری مرتضی حائری تهیه و به بروجردی پیشنهاد داد.
این طرح از سوی شاگردان خمینی و بسیاری از طلاب حوزه مورد استقبال و حمایت قرار گرفت، اما گفته می‌شود مخالفت‌هایی که با آن شد باعث شد بروجردی برخلاف نظر اولیه و تمایل قلبی خود از انجام آن منصرف شود. در پی آن، خمینی و کسانی که او را در نوشتن طرح پیشنهادی کمک کرده بودند از خود عکس‌العمل‌های متفاوتی نشان دادند: حائری به مشهد مهاجرت کرد، مطهری از قم بیرون آمد و به‌جای حوزه، حضور در دانشگاه را انتخاب کرد و خمینی خود نیز مدتی سکوت پیشه کرد.
او در سال‌های ریاست بروجردی بر حوزه، همواره او را در بهبود شرایط حوزه و ادارهٔ آن کمک می‌کرد و میان آن دو هیچ اختلافی مشاهده نشد. گفته می‌شود خمینی به مدت پنج سال تمام به درس‌های او گوش سپرد و همراه با دیگر شاگردان بروجردی در کلاس‌های درس او شرکت کرد و حتی مطالب بیان‌شده توسط او را نوشت و تقریر کرد.با نام "تقریرات درس اصول العظمی بروجردی، از اول مباحث اصول تا ظن - (بین سالهای ۱۳۶۴ تا ۱۳۶۹ هجری قمری)". این در حالی بود که خمینی خود در آن سال‌ها مدرسی توانا در فقه، اصول، فلسفه، عرفان و اخلاق بود و مقامات علمی و معنوی بالایی داشت..
این‌طور به نظر می‌رسد که خمینی شدیداً مورد اعتماد بروجردی بوده، طوری‌که بروجردی در زمان ریاست خود بر حوزه مأموریت‌های مهمی را بر عهدهٔ او گذاشت. از جمله این‌که خمینی دو بار به نمایندگی از بروجردی و دیگر علمای اسلام، با نمایندگان شاه دیدار و گفتگو کرد و به آن‌ها دربارهٔ نتایج اقدامات شاه هشدار داد. در یکی از این گفتگوها، خمینی منوچهر اقبال – نخست‌وزیر وقت – را از تغییر قانون اساسی منع کرد و به او گفت: «ما به شما هرگز اجازهٔ چنین تغییر و تبدیلی در قانون اساسی را نمی‌دهیم، زیرا این گونه تغییر، افتتاحیه‌ای جهت دستبرد اساسی به قوانین موضوعه این کشور خواهد شد و به دولت فرصت می‌دهد که هر وقت هر طور که سیاست و منافع او اقتضا می‌کند در قانون اساسی دست برد و طبق اغراض و امیال خود، قانونی را ملغی و قانون دیگری را جعل نماید.»
گفته می‌شود خمینی که تأثیر بسیار زیادی بر عملی شدن ایدهٔ ریاست بروجردی بر حوزه داشت، یقین داشته‌است که بروجردی در مقابل محمدرضا شاه موضع محکم و قاطعی خواهد گرفت. اما اتفاقاتی که در سال‌های آتی افتاد گواه آن بود که این تصور چندان هم درست به‌نظر نمی‌رسید. در فروردین ۱۳۲۸، خمینی متوجه شد که بروجردی مذاکراتی با حکومت در رابطه با اصلاحات احتمالی در قانون اساسی کرده‌است. در آن زمان با زمزمه‌هایی که مبنی بر تأسیس مجلس مؤسسان – که طرحی برای واگذاری اختیارات بیشتر به شاه بود – به راه افتاده‌بود، این شایعه بر سر زبان‌ها افتاد که بروجردی با تأسیس این مجلس موافقت کرده‌است. در پی آن، خمینی به همراه چند تن از مراجع و علمای وقت، نامه‌ای خطاب به بروجردی نوشت و در آن از عواقب احتمالی این ماجرا ابراز نگرانی کرد. او در این نامه از بروجردی درخواست کرد که با بیان نظر قاطع خود، به این شایعات خاتمه دهد. این اقدام خمینی منتهی به صدور اعلامیه‌ای از جانب بروجردی شد که در آن او هرگونه توافق با دولت پهلوی دربارهٔ تأسیس مجلس مؤسسان را انکار کرده‌بود.کاشانی نیز از لبنان (محل تبعید) طی پیامی با این تصمیم شاه مخالفت کرد.رجوع کنید به:
هم‌چنین در ۱۳۳۴، یک کمپین ملی ضد بهائیت شکل گرفت که خمینی امید زیادی به حمایت بروجردی از آن داشت، اما موفق به جلب حمایت او نشد.
رابطهٔ خمینی با شخصیت‌های مذهبی فعال آن دوران که به شکل آشکاری در حوزهٔ سیاست به مبارزه با اقدامات حکومت می‌پرداختند، نظیر ابوالقاسم کاشانی و مجتبی نواب صفوی رهبر فدائیان اسلام، مقطعی و اکثراً بی‌ثمر بود. علت اصلی عدم تمایل او بر مبارزات مستقیم و صریح سیاسی در آن زمان به عقیدهٔ خاص او در این زمینه بازمی‌گشت. او معتقد بود که هرگونه جنبش مبارز و خواهان تغییرات می‌بایست توسط یک روحانی دینی هدایت شود. این در حالی بود که تأثیرگذارترین چهرهٔ این راه در آن زمان، محمد مصدق بود که فردی سکولار و ملی‌گرا محسوب می‌شد.
در ماجرای ملی شدن صنعت نفت، از مجموعه پیام‌ها و برخی سخنان پراکندهٔ خمینی در آن زمان و ایام پس از آن، این‌طور برمی‌آید که او از ابتدا معتقد به ناپایداری ائتلاف پیش آمده بوده و به آن امید چندانی نداشته‌است. در قم و از میان مراجع، تنها خمینی و العظمی خوانساری، رهبری‌ها و اقدامات کاشانی را پشتیبانی می‌کردند. و رهبری نهضت هیچ‌گاه از سوی بروجردی مورد تأیید قرار نگرفت.
خمینی بارها نارضایتی خود را از شیوهٔ مبارزات آن دوره اعلام کرده و به بی‌توجهی نهضت نفت به عامل دین اشاره کرده بود. در این مورد از او نقل شده‌است که: «در قضیهٔ ملی کردن صنعت نفت هم، چون اسلامی نبود، ملی تنها بود، به اسلام کاری نداشتند و از این جهت نتوانستند کاری انجام بدهند.»
در جایی دیگر در مورد ابوالقاسم کاشانی می‌گوید:
«ما در زمان خودمان هم آقای کاشانی را دیدیم. آقای کاشانی از جوانی در نجف بودند و یک روحانی مبارز بودند… در ایران هم که آمدند، تمام زندگیشان صرف همین معنا شد و من از نزدیک ایشان را می‌شناختم… [آنها] دیدند که اگر چنانچه یک روحانی در میدان باشد، لابد اسلام را در کار می‌آورد، این حتمی است و همین‌طور هم بود. از این جهت شروع کردند به جوسازی… من خودم در یک مجلسی بودم که مرحوم کاشانی وارد شد در آن مجلس، مجلس روضه بود، هیچ‌کس پا نشد، من پا شدم و یکی از علمای تهران که الان هم هستند و من جا دادم به ایشان. این جو را درست کرده بودند برای آقای کاشانی که دیگر از منزلش نمی‌توانست بیرون بیاید. در یک اتاقی محبوس بود در منزلش، طوری‌که نمی‌توانست بیرون بیاید. چند دفعه هم گرفتند چه کردند، آنجا هم شکست دادند، مسلمین را شکست دادند.»
در هر حال خمینی را می‌توان از مدافعان مهم نهضت ملی‌شدن نفت در حوزه به‌شمار آورد. حمایت او از کاشانی و تلاش‌های پیگیرش برای رهایی فدائیان اسلام از زندان و اعدام، تا حدی بود که برای موقعیت علمی او در حوزه خطرآفرین شد و یکی از موارد اصلی اختلافات میان او و بروجردی را به‌وجود آورد..
در مورد فدائیان اسلام نیز، خمینی همراه با چند تن از مجتهدان قم تلاش بسیار زیادی کردند تا مانع اجرای حکم اعدام آن‌ها شوند. حتی خمینی برای فشار آوردن به حکومت نزد بروجردی رفت و از او درخواست کرد که حکومت را از اجرای حکم اعدام نواب صفوی و یارانش بازدارد، اما این تلاش‌ها نتیجه نداد و نواب صفوی همراه با چند تن دیگر که هسته‌های اصلی فدائیان اسلام محسوب می‌شدند توسط حکومت اعدام شدند.
اولین دورهٔ فعالیت‌های سیاسی خمینی از نظر اهمیت و تأثیرگذاری مستقیم، مربوط به سال‌های پس از شهریور ۱۳۲۰، یعنی خروج رضاشاه از کشور و جانشینی فرزندش محمدرضا به‌عنوان شاه ایران است. در آن زمان و در سال‌های نخستین حکومت محمدرضا شاه، روحانیت شیعه تا حد بسیار زیادی در انزوا و گوشه‌نشینی به سر می‌برد. از یک طرف کمونیست‌ها و نویسندگان لائیک ، اساس دین و دین‌داری را با شبهات فکری مواجه ساخته‌بودند و از سوی دیگر به دلیل شرایط خاص اعمال شده از سوی حکومت، مجالی برای فعالیت‌های آشکار دینی باقی نمانده بود. در همین راستا چند کتاب علیه اسلام به چاپ رسید که مؤلف یکی از آن‌ها، علی‌اکبر حکمی‌زاده فرزند حاج شیخ مهدی قمی بود. کتاب او اسرار هزارساله نام داشت که خمینی در پاسخ به آن در سال ۱۳۲۲ کتاب کشف‌الاسرار را نوشت که محتوای آن را می‌توان دفاع از اسلام و پاسخی به نقدهای حکمی‌زاده بر این دین دانست. این کتاب را، که خمینی برای نوشتن آن مدتی درس‌های رسمی خود را تعطیل کرد،. می‌توان اولین نوشتهٔ قرن ۱۳۰۰ دانست که به‌طور صریح و جدی، اساس حکومت اسلامی را طرح و از آن دفاع کرده‌است. هم‌چنین می‌توان آن را هم به دلیل طرح حکومت دینی و هم به دلیل انتقادهای صریح خمینی از حکومت آن زمان، از سیاسی‌ترین کتاب‌های او و نیز آثار آن دوران به‌شمار آورد.
در کنار این قبیل نوشته‌ها، نارضایتی او از حکومت آن زمان در اشعارش نیز پیدا بود. او در یک رباعی که در آن زمان سرود چنین می‌گوید:
در ۱۵ اردیبهشت ۱۳۲۳، خمینی با انتشار یک اعلامیه برای نخستین بار به صورت عمومی به یک موضع‌گیری سیاسی پرداخت. این اعلامیه که اولین اعلامیهٔ سیاسی او محسوب می‌شد، خطاب به علمای اسلام و ملت ایران نوشته شد. او در آن همگان را به اتحاد و حساسیت نسبت به اوضاع سیاسی کشور دعوت کرده و از مسلمانان ایران و جهان اسلام درخواست کرده بود که در مقابل آنچه او ظلم و ستم قدرت‌های بیگانه و هم‌پیمانان آن‌ها خوانده بود اقدام کنند. خمینی اعلانیهٔ خود را با استناد به این آیه از قرآن آغاز کرده‌بود: «قُلۡ إِنَّمَآ أَعِظُکُم بِوَٲحِدَةٍۖ أَن تَقُومُواْ لِلَّهِ مَثۡنَیٰ وَفُرَٲدَیٰ ثُمَّ تَتَفَکَّرُواْۚ - بگو من فقط به شما یک اندرز می‌دهم که دو دو و به تنهایی برای خدا به پا خیزید سپس بیندیشید»سورهٔ سباء، آیهٔ ۴۶ این آیه همان آیه‌ای است که در کتاب منازل السائرین انصاری – کتابی که شاه‌آبادی با خمینی کار کرده بود – و در ابتدای بخشی که به «بیداری» اختصاص داشت (باب‌الیقظه) آورده شده‌بود. در این‌جا منظور خمینی از «به‌پا خواستن»، تحول فردی و اجتماعی مردم در بعد معنوی و سیاسی، و نیز مبارزه با سستی در دین و هم‌چنین فساد در جامعه بود.
او در بخشی از این بیانیه چنین می‌گوید: «امروز، روزی است که نسیم روحانی وزیدن گرفته و برای قیام اصلاحی بهترین روز است، اگر مجال را از دست بدهید و قیام برای خدا نکنید و مراسم دینی را عودت ندهید، فرداست که مشتی هرزه‌گرد و شهوتران بر شما چیره و تمام آیین و شرف شما را دستخوش اغراض باطله خود کنند.»
روحیهٔ مبارزه‌طلبی و عدم تمرد خمینی الهام‌بخش اولین اثر منتشرشده توسط او، یعنی کشف‌الاسرار (تهران، ۱۳۲۴ هجری شمسی). شد. گفته می‌شود که او به دلیل احساس نیاز و ضرورت وجود این کتاب، اصرار زیادی برنوشتن و چاپ هر چه سریع‌تر آن داشته‌است، به‌گونه‌ای که مدت زمانی که طول کشید تا او کتاب را کامل کند تنها چهل‌وهشت روز بود. این واقعیت که در همان سال اول انتشار، کتاب به چاپ دوم رسید نشان می‌داد که خمینی در این زمینه درست فکر می‌کرده‌است.
هدف اصلی خمینی در نوشتن این کتاب، رد مطالب کتاب اسرار هزارساله از علی‌اکبر حکیم‌زاده بود که در آن به وجود نیاز بر بازنگری و اصلاح اسلام شیعی اشاره کرده‌بود. در آن دوران هم‌چنین حملات مشابه دیگری علیه مذهب شیعه صورت گرفته بود که از آن میان می‌توان به کتاب شریعت از سنگلجی، از طرفداران وهابیت، و مطالب احمد کسروی، تاریخ‌دان و متفکر آن زمان، اشاره کرد.. آن‌ها به مواردی هم‌چون عزاداری شیعیان در ماه محرم، زیارت مقبره‌های ائمه توسط شیعیان و دعا و در خواست مستقیم از امامان به وسیلهٔ شیعیان انتقاد کرده‌بودند که خمینی در کتاب خود به تمامی این موارد واکنش نشان داد. او حملات آن‌ها به مذهب شیعه را به سیاست‌های ضددینی رضاشاه مرتبط کرد. و از حکومت پهلوی به دلیل آنچه که «تلاش برای از بین بردن اخلاق عمومی» خوانده‌بود شدیداً انتقاد کرد. اما با این حال، او در این انتقادها خواستار تغییر نظام پادشاهی نشد و صرفاً پیشنهاد داد که گروهی از مجتهدین لایق و شایسته مأمور شوند تا پادشاهی را برگزینند که «از قوانین خداوند تجاوز نکند و از ستم و اعمال نادرست دوری کرده و به مال، جان و ناموس مردم نیز تعدی نکند.»
این مشروعیت‌بخشی به نظام پادشاهی نیز از دید خمینی تا زمانی ادامه می‌یافت که «نظام مناسب‌تری نتواند جایگزین شود.» این احتمال وجود دارد که «نظام مناسب‌تر» در ذهن خمینی در آن زمان و در سال ۱۳۲۳، همان ولایت فقیه بوده که سال‌ها بعد و پس از انقلاب اسلامی، به‌عنوان نظام رسمی ایران برقرار شد.
از دیگر اقدامات سیاسی او در سال‌های نخستین حکومت محمدرضا شاه، محکومیت دولت تازه‌تأسیس اسرائیل بود. دولت اسرائیل سال ۱۳۲۷ رسماً اعلان موجودیت کرد و در همان سال خمینی اعلامیه‌ای در مخالفت با تشکیل این دولت در سرزمین‌های فلسطینی صادر کرد.
او که از نخستین کسانی محسوب می‌شد که در مورد اسرائیل به اظهارنظر می‌پرداخت، با مردم دربارهٔ آنچه که «خطر صهیونیسم» می‌خواند سخن گفت: «وای بر این مملکت. وای بر این هیئت حاکمه. وای بر این دنیا. وای بر ما. وای بر این علمای ساکت. وای بر این نجف ساکت، این قم ساکت، این تهران ساکت، این مشهد ساکت. این سکوت مرگبار، اسباب این می‌شود که زیر چکمهٔ اسرائیل به دست همین بهایی‌ها، این مملکت ما، این نوامیس ما پایمال بشود. وای بر این اسلام. وای بر این مسلمین. ای علما، ساکت ننشینید. نگویید الان مسلک شیخ…ظاهراً منظور او این بوده‌است که نگویید الان هم باید به روش شیخ عبدالکریم حائری عمل کرد و ساکت بود. از جملات بعدی او چنین برمی‌آید که اگر در زمان شیخ عبدالکریم حائری، سکوت جایز و لازم بوده‌است، الان شرایط فرق کرده و نباید سکوت کرد. والله اگر شیخ حالا بود، تکلیفش این بود، امروز سکوت، همراهی با دستگاه جبار است…»
خمینی در زمان ریاست بروجردی بر حوزه، بیشتر بر تدریس و آموزش متمرکز بود تا هرگونه فعالیت سیاسی. در آن زمان، او که اصول فقه را آموزش می‌داد، شاگردانی را به دور خود جمع کرده‌بود که بعدها در فعالیت‌های سیاسی او که در پایان منجر به سقوط حکومت پهلوی شد، تبدیل به یاران اصلی او شدند. جز مرتضی مطهری و حسینعلی منتظری، جوانانی مانند محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی نیز از آن جمله بودند.
در سال ۱۳۲۵، او آغاز به تدریس دروس خارج فقه با استفاده از کتاب «کفایة الاصول» از آخوند محمدکاظم خراسانی کرد. کلاس او که در آغاز با کمتر از سی طلبه آغاز شده‌بود، در مدت زمان اندک با چنان محبوبیتی روبه‌رو شد که در سومین باری که ارائه می‌شد، تعداد شنوندگان به حدود پانصد نفر رسیده‌بود. طبق گفتهٔ برخی از شرکت‌کنندگان آن کلاس، تفاوت اصلی کلاس خمینی با کلاس‌های دیگری که در قم حول همین موضوع برگزار می‌شد، روحیهٔ مبارزه‌طلبی و ظلم‌ستیزانه‌ای بود که خمینی به شاگردانش تزریق می‌کرد. در کنار این موضوع، توانایی او در مرتبط کردن فقه به موضوعات مهم دیگر در اسلام، نظیر مسائل مربوط به اخلاق، عرفان، فلسفه، سیاست و اجتماع، از دیگر دلایل افزایش محبوبیت کلاس‌های او بود.
بعد از وفات بروجردی در تاریخ دهم فروردین ۱۳۴۰. رویکرد خمینی نسبت به مسائل آغاز به تغییر کرد. گفته می‌شود که او علی‌رغم استقبال حوزه علمیه و مردم کوچک‌ترین تلاشی برای مرجعیت خود انجام نداد. این در حالی بود که تحریر فتوای او بر تمام ابواب کتاب «عروه الوثقی» ۵ سال قبل از درگذشت بروجردی پایان یافته بود و در همین سال‌ها نیز حاشیهٔ او بر کتاب «وسیله النجاه» – به عنوان رسالهٔ علمیه – نگارش یافته بود.
او که در آن زمان به‌عنوان یکی از جانشین‌های بروجردی برای رهبری شیعیان مطرح بود، به انتشار بخشی از نوشته‌های خود در زمینهٔ فقه پرداخت که کتاب توضیح‌المسائل در همین راستا توسط او به چاپ رسید. هم‌چنین وی از نظر اعتبار به درجه‌ای رسیده بود که توسط بسیاری از شیعیان ایرانی به‌عنوان مرجع تقلید انتخاب شده بود. گرچه این‌طور به نظر می‌رسید که او اهداف عمیق‌تری نسبت به تبدیل شدن به یک مرجع تقلید معمولی در سر داشته‌است.
بعد از کودتای ۲۸ مرداد در سال ۱۳۳۲، سلطهٔ آمریکا بر ایران گسترش یافت و این کشور در دربار شاه نفوذ زیادی پیدا کرد. آمریکا در آن زمان در پی این بود که اصلاحاتی در کشورهای جهان سوم به‌وجود آورد که هدف اصلی آن خنثی کردن التهابات سیاسی و ثبات حکومت‌های موافق سیاست‌های این کشور بود. از جمله این اقدامات در ایران، دادن پست نخست‌وزیری به افرادی مانند جعفر شریف‌امامی، علی امینی و اسدالله علم بود. گفته می‌شود در زمان نخست‌وزیری امینی، او پس از درگذشت بروجردی برای جلب همراهی علماء به قم سفر کرده و با چند تن از علماء حوزه، از جمله خمینی، دیدار می‌کند.. خمینی در آن دیدار انتقادات و توصیه‌هایی را به نخست‌وزیر می‌کند که امینی سال‌ها بعد، آن‌ها را «بسیار روشنفکرانه» قلمداد می‌کند.
محمدرضا شاه نیز بعد از کودتا، دست به مجموعه اقداماتی زد تا موقعیت حکومت را مستحکم‌تر کرده و با حذف مخالفین بالقوه و بالفعل در کشور، الگوی آمریکایی‌ها را در ایران پیاده کند که نتیجهٔ آن، سلطهٔ بیشتر آن‌ها بر اقتصاد کشور بود.
جانشین علی امینی در پست نخست‌وزیری، اسدالله علم بود. در تیرماه ۱۳۴۱ لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی در کابینهٔ او به تصویب رسید.در جایی دیگر، تاریخ تصویب این لایحه ۱۶ مهر ۱۳۴۱ درج شده‌است.ببینید: به نظر می‌رسید یکی از اهدافی که این لایحهٔ اصلاح‌طلبانه دنبال می‌کرد، مبارزه با نفوذ دین در میان مردم کشور بود، به‌گونه‌ای که بر طبق آن، سه شرط «مسلمان بودن»، «سوگند به قرآن» و «مرد بودن» در مورد رأی‌دهندگان و انتخاب‌شوندگان – که از شرایط سنتی و عمومی در انتخابات آن دوران محسوب می‌شد – حذف شده‌بود..
بعد از تصویب این لایحه، به دعوت خمینی در منزل عبدالکریم حائری جلسه‌ای با حضور علمای طراز اول قم برگزار شد. در این جلسه، خمینی، که این طرح را زمینه‌ای برای نفوذ بهائیت به عرصه‌های مختلف کشور می‌دانست، با گلپایگانی و برخی مراجع دیگر رایزنی کرده و سرانجام تصمیم بر آن شد که تلگرافی به شاه ارسال کرده و در آن مخالفت مراجع قم را با این مصوبهٔ دولت ابراز کنند.. هم‌زمان با آن، پیام‌هایی نیز به علمای مراکز و شهرهای دور و نزدیک ارسال کردند.
خمینی خود به شاه و نخست‌وزیر وقت تلگراف فرستاد و نسبت به سرپیچی از قوانین اسلام و قانون اساسی مصوب سال ۱۲۸۶ هشدار داد و به آن‌ها اخطار داد در صورت عدم لغو این قانون، علماء دست به اعتراض خواهند زد. او برای نخست‌وزیر نوشت:. «این جانب مجدداً به شما نصیحت می‌کنم که به اطاعت خداوند متعال و قانون اساسی گردن نهید و از عواقب وخیمهٔ تخلف از قرآن و احکام علمای ملت و زعمای مسلمین و تخلف از قانون اساسی بترسید و عمداً و بدون موجب مملکت را به خطر نیندازید و الا علمای اسلام دربارهٔ شما از اظهار عقیده خودداری نخواهند کرد.»
به دنبال این اقدامات، حکومت شاه به تهدید روحانیت و تبلیغات علیه آن‌ها روی آورد و حتی علم صراحتاً گفت: «دولت از برنامهٔ اصلاحی که در دست اجرا دارد عقب‌نشینی نمی‌کند.»
اما پیام‌ها و اقدامات خمینی و دیگر علمای قم، موجب شده‌بود که جنبش مخالفت با لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی که به «جنبش دوماهه» شهرت پیدا کرده بود، در میان مردم حامیان زیادی پیدا کند و این باعث افزایش فشار به حکومت شاه می‌شد. سرانجام پس از دو ماه کشمکش، شاه و دولت به دادن پاسخ‌های مساعد به علمای قم تن دادند. این پاسخ‌های مکتوب در قالب عقب‌نشینی و دل‌جویی از علمای قم نوشته شده‌بود، اما در هیچ‌کدام از آن‌ها نامی از خمینی، که بنیان‌گذار نهضت دوماهه محسوب می‌شد، دیده نمی‌شد. خمینی پس از آن نیز به مخالفت خود ادامه داد و از دولت خواست طی یک بیانیهٔ رسمی لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی را لغو و خبر آن را منتشر کند. در آن زمان بعضی از علمای حوزهٔ علمیه موضع دولت را قانع‌کننده تشخیص داده‌بودند و خواستار پایان دادن به نهضت دوماهه شده‌بودند.
در همان حال، خمینی خطاب به مردم نوشت: «ملت مسلمان تا این خطرها رفع نشود، سکوت نمی‌کند و اگر کسی سکوت کند در پیشگاه خداوند قادر متعال مسئول و در این عالم محکوم به زوال است… ملت مسلمان و علمای اسلام زنده و پاینده هستند و هر دست خیانتکاری که به اساس اسلام و نوامیس مسلمین دراز شود، قطع می‌کنند.» او این سخنان را در پاسخ به اصناف تهران که از او دربارهٔ مصاحبهٔ رادیویی علم پرسیده بودند نوشت. او هم‌چنین در این‌باره گفت: «به نظر اینجانب مصاحبهٔ آقای نخست‌وزیر به هیچ‌وجه ارزش قانونی نداشت و نظر این جانب را تأمین ننمود… زیرا چیزی که در هیئت وزیران تصویب شد به امضای آقای نخست‌وزیر لغو نمی‌شود و به قوت خود باقی است.»
او در همان نامه برای اولین بار نسبت به خطر صهیونیسم و صهیونیسم‌گرایان داخلی هشدار می‌دهد و از همگان می‌خواهد که در مقابل نفوذ صهیونست‌ها به اقتصاد و سیاست کشور بایستند: «قرآن کریم و اسلام در معرض خطر است، استقلال مملکت و اقتصاد آن در معرض قبضهٔ صهیونیستهاست که در ایران به [صورت] حزب بهایی ظاهر شدند و مدتی نخواهد گذشت که با این سکوت مرگبار مسلمین تمام اقتصاد این مملکت را با تأیید عمال خود قبضه می‌کنند و ملت مسلمان را از هستی در تمام شئون ساقط می‌نمایند.»
سرانجام دولت علم تسلیم خواست علماء و مردم شد و لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی در جلسهٔ هفتم آذر ۱۳۴۱ در هیئت دولت لغو و خبر آن کتباً به مراجع قم ابلاغ شد. خمینی در نشستی با علمای قم، لغو این لایحه پشت درهای بسته را کافی ندانست و به نمایندگی از مراجع وقت، خواهان آن شد که خبر لغو آن به‌طور رسمی و علنی اعلام شود. در نتیجهٔ این درخواست، فردای آن روز خبر لغو این لایحه در روزنامه‌های دولتی انعکاس یافت و ماجرای لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی پایان یافت.
خمینی بعد از این ماجرا در سخنانی گفت: «در این دو ماه که این پیشامد کرد، شب‌هایی شد که من دو ساعت خواب کردم… باز اگر دیدیم شیطانی از خارج متوجه ملکت باشد، ما همین هستیم و دولت همان… نصیحت از واجبات است… از شاه گرفته تا این آقایان، تا آخر مملکت، همه را باید علمأ نصیحت کنند.»
می‌توان گفت ماجرای انجمن‌های ایالتی و ولایتی در واقع به بهانه‌ای برای طرح اساسی‌ترین مطالبات علماء از دولت وقت تبدیل شد و مسائل و مشکلاتی که خمینی در این ماجرای کوتاه مطرح کرد، بسیار کلی‌تر و مهم‌تر از موضوع خود لایحه بود. علاوه بر این، این ماجرا او را به‌عنوان یک صدای مخالف دربرابر شاه بیش‌ازپیش مطرح کرد. اگرچه پیش از این ماجرا نیز خمینی به‌عنوان عالم و مرجعی مهم نزد دیگران شناخته شده بود، اما می‌توان گفت که پس از آن، شخصیت رهبرگونه و مبارز او نزد مردم بیشتر شناخته شد و در نتیجه این ماجرا را می‌توان به‌عنوان سرآغازی بر نهضتی دانست که چند سال بعد موجب سرنگونی حکومت پهلوی شد.
بعد از پایان ماجرای لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی، در دی‌ماه ۱۳۴۱ طرحی جدید و این بار توسط خود شاه با عنوان «انقلاب سفید» یا «انقلاب شاه و میهن» با اصولی شش‌گانه اعلام شد.. این طرح که به تشویق آمریکا مطرح شده‌بود، تلاشی بود تا حکومت شاه را به‌نوعی آزادی‌خواه و مترقی نشان دهد. گفته می‌شود شاه معتقد بود شکست طرح انجمن‌ها به آن دلیل بود که دولت و نه شاه عهده‌دار آن بوده‌است. او امیدوار بود که در مورد این طرح، کسی جرأت ابراز نظر مخالف نداشته‌باشد.
معروف‌ترین بند این اصول شش‌گانهٔ انقلاب سفید، القای رژیم ارباب و رعیتی بود. این اصول از داخل و خارج مورد حمایت‌های بسیاری قرار گرفت. از طرفی آمریکا آن را موافق اهداف خود می‌دانست و به‌همین دلیل در پی تحقق آن از هیچ کمکی به شاه دریغ نمی‌کرد. از طرف دیگر، در داخل کمونیست‌ها این تحول را هماهنگ با مراحل دیالکتیک خود می‌دیدند و این تغییرات را همان انتقال مرحلهٔ فئودالیته به سرمایه‌داری و پس از آن، ظهور کمونیسم دانستند.احتمالاً به‌همین دلیل احزاب چپ و کمونیستی قیام ۱۵ خرداد را حرکتی ارتجاعی و مذبوحانه از جانب فئودال‌ها می‌دانستند.ببینید: این برداشت باعث موافقت شوروی و احزاب آن با این طرح و حمایت آن‌ها از آن شده‌بود.
شاه در دی‌ماه ۱۳۴۱ اصول شش‌گانهٔ اصلاحات خود را اعلام کرد و از مردم درخواست کرد که در ۶ بهمن همان سال به پای صندوق‌ها آمده و به‌آن رأی بدهند. در پی آن، خمینی گروهی از علماء و مراجع قم را به تشکیل جلسه‌ای با هدف بررسی این موضوع دعوت کرد. در آن جلسه مقرر شد که روح‌الله کمالوند به نمایندگی از مراجع قم با شاه مذاکره کند و انگیزهٔ او را از این اصلاحات جویا شود..
شاه هم‌چنین در بخش دیگری از صحبت‌های خود خطاب به کمالوند می‌گوید: «[در صورتی که] روحانیون با این برنامهٔ اصلی موافقت کنند و به کارشکنی و مخالفت دست نزنند، اطمینان می‌دهم که هر پیشنهاد و خواسته‌ای که دربارهٔ روحانیت داشته باشند، برآورده سازم.»
ظاهراً خمینی از لحن این پیام این‌گونه برداشت می‌کند که این اصلاحات بیش از هر چیز به سود شاه و سلطنت او است. از طرف دیگر، حامیان این طرح او را به این نتیجه می‌رساند که با اجرای اصول انقلاب سفید، زمینه برای نفوذ بیشتر آمریکا و اسرائیل به ایران مساعدتر می‌شود. بنابراین در نشست بعدی علمای قم، خمینی خواهان تحریم همه‌پرسی می‌شود. اما اعضای دیگر جلسه با این درخواست موافقت نمی‌کنند. خمینی به بیان‌های مختلف حاضران در جلسه را با عقیدهٔ خود همراه می‌کند و سرانجام فتوای تحریم را از آن‌ها می‌گیرد. او در بیانیه‌ای در تاریخ دوم بهمن، چهار روز پیش از برگزاری همه‌پرسی، آن را «اجباری» و «مخالف اسلام و قانون اساسی» قلمداد می‌کند. پس از انتشار این بیانیه بازار تهران تعطیل شد و دانشجویان دانشگاه تهران دست به راهپیمایی‌های اعتراض‌آمیز زدند. در پی آن، پلیس مجبور به مداخله شد و جمعی از دانشجویان را مجروح و برخی از آنان را دستگیر کرد.
شاه که نام این اصلاحات خود را «انقلاب سفید» گذاشته‌بود به هیچ‌وجه مایل نبود تا در آستانهٔ همه‌پرسی دست به خشونت و شدت عمل بزند. این کار می‌توانست فلسفهٔ انقلاب او را که آن را «سفید» و «تصویب‌شدهٔ ملی» نامیده‌بود زیر سؤال ببرد. به‌همین دلیل، او تصمیم گرفت شخصاً با اطلاع قبلی وارد قم شود و نظر موافق علمای دین در مورد برنامه‌های خود را بگیرد. می‌توان این حرکت او را تقلیدی از حرکت پدرش، رضاشاه دانست، که در سال ۱۳۰۷ در حرکتی مشابه راهی قم شد تا از نردیک علمای معترض را قانع کند. او دو روز بعد از اعلامیهٔ خمینی، راهی قم شد. باوجود تلاش‌های بسیاری که کارگزاران حکومت در شهر قم کردند، در آن زمان هیچ‌گونه استقبالی از جانب روحانیت نسبت به شاه به عمل نیامد. خمینی حتی مردم را از رفت‌وآمد در شهر منع کرده‌بود و از آن‌ها درخواست کرده‌بود در روز چهارم بهمن در خیابان‌های شهر ظاهر نشوند. نه‌تنها مردم و روحانیون به استقبال شاه نرفتند، بلکه حتی تولیت آستان مقدسهٔ حضرت معصومه نیز آن روز به استقبال شاه نرفت و این برای شاه که می‌دانست تولیت آستانهٔ مقدسه، باید به نوعی کارگزار حکومت نیز باشد، به هیچ‌وجه رضایت‌بخش نبود.
این واقعیت را می‌توان در سخنرانی او در جمع مقامات محلی قم دریافت، جایی که در آن او روحانیت را «ارتجاع سیاه» و بدتر از آن، «ارتجاح سرخ» و «صد برابر خائن‌تر از حزب توده» و «مخالف اصلاحات» دانست و به‌شدت از آن انتقاد کرد..
روز ششم بهمن، همه‌پرسی با میزان مشارکتی که بسیار پایین گزارش شده‌است انجام شد. درحالی که این‌گونه به‌نظر می‌رسید که مردم اغلب شهرها آن را تحریم کرده‌باشند، رسانه‌های دولتی خبر از تصویب آن با اکثریت آراء را دادند؛ ۵٬۶۰۰٬۰۰۰ رأی موافق در مقابل ۴۱۵۰ رأی مخالف. پس از اعلام این نتایج، پیام‌های تبریک فراوانی از سوی کشورهای غربی و برخی کشورهای منطقه به‌سوی شاه فرستاده‌شد. جان اف. کندی، رئیس‌جمهور وقت آمریکا، از این انتخابات به‌عنوان «انتخابات تاریخی» یاد کرد و طی پیامی به شاه اطمینان داد که از این پس می‌تواند کمک‌های بیشتری از آمریکا دریافت کند. روزنامه‌های آمریکا نیز به تمجید از شاه پرداختند و او را بیش از هر زمان دیگری مستحق حمایت و کمک‌های مادی و معنوی دانستند. مطبوعات غربی، تصویب ملی اصول شش‌گانه را یک «اقدام انقلابی» و رسانه‌های دولت شوروی آن را بخشی از مبارزه با نظام فئودالی خواندند.
بعد از انتخابات، خمینی اعتراضات خود را با انتشار بیانیه‌ای که به امضای هشت تن از علمای دیگر نیز رسیده‌بود، ادامه داد. او در آن اعلامیه، به بیان موارد مختلفی که معتقد بود شاه در آن‌ها قوانین را نقض کرده‌است پرداخت و از گسترش فساد اخلاقی در کشور شکایت کرد و او را متهم به اطاعت و فرمان‌برداری از آمریکا و اسرائیل کرد. او بیان داشت که راه‌حل این مناقشه را در «برکناری دولت ظالم وقت به جرم نقض قوانین اسلام و نادیده‌گرفتن قانون اساسی» می‌بیند و خواستار آن است که دولتی جایگزین دولت فعلی شود که «به اسلام وفادار باشد و دغدغه‌اش ملت ایران باشد.» او هم‌چنین در بیانیه‌ای «سقوط کشاورزی و استقلال کشور» و «ترویج فساد و فحشا» را به‌عنوان نتایج قطعی اصلاحات شاه پیش‌بینی کرد.
۸ بهمن آن سال برابر بود با آغاز ماه رمضان، و خمینی در آن ایام به مردم ایران پیشنهاد کرد که در آن سال، مراسم نماز جماعت و سخنرانی در مساجد تعطیل شود و مردم برای اعلام انزجار از شاه و برنامه‌های او، دست به مبارزات منفی بزنند. در روز عید فطر همان سال، خمینی برای مردمی که از راه‌های دور و نزدیک به دیدار او آمده‌بودند سخنرانی مهمی‌کرد و در آن شاه را به تمکین در برابر اسلام و علماء فراخواند. شاه نیز در ۲۳ اسفند آن سال در سخنانی تند، کسانی را که همه‌پرسی را تحریم کرده‌بودند به سرکوب و شدت عمل تهدید کرد. خمینی به‌منظور پیشگیری از اقدامات شاه و گستراندن دامنهٔ انقلاب به لایه‌های مختلف جامعه و نیز به نشانهٔ اعتراض نسبت به تصمیمات دولت، نوروز سال جدید، یعنی ۱۳۴۲ را عزای عمومی اعلام کرد. این تصمیم که طی بیانیه‌ای انتشار یافت، گام مهم دیگری از جانب او در جهت همراه کردن مردم در مخالفت با شاه محسوب می‌شد.
او در این بیانیه از انقلاب سفید شاه به «انقلاب سیاه» تعبیر کرد و آن را هم‌سو با اهداف آمریکا و اسرائیل دانست.
روز دوازدهم فروردین سال ۱۳۴۲، مصادف بود با ۲۵ شوال ۱۳۸۳ هجری قمری، سالگرد وفات جعفر صادق و مطابق معمول، مجالس بسیاری به همین مناسبت در قم برگزار شده‌بود. منزل خمینی در محلهٔ «یخچال قاضی» میزبان عزاداران بسیاری بود که گرد او جمع شده و مشغول عزاداری بودند. گفته می‌شود غیر از عزاداران، شماری از مأموران مخفی با لباس شخصی نیز جزء جمعیت بوده و اوضاع را کنترل می‌کردند و حتی گاهی سخنی می‌گفتند یا رفتاری نشان می‌دادند که نشان از تلاش آن‌ها برای به راه‌اندازی اغتشاش و هیاهو در مجلس داشت. طبق ادعای برخی منابع، این عده – که تماماً متشکل از کماندوهای نظامی بودند، با لباس کشاورزان و در حالی که به چاقو و چوب مسلح بودند، صبح آن روز به وسیلهٔ چند دستگاه اتوبوس شرکت واحد از تهران وارد قم شدند و به‌همراه تعداد زیادی سرباز و نیروهای ویژهٔ شهربانی در اطراف حرم فاطمه معصومه و مدرسهٔ فیضیه حضور پیدا کردند.
خمینی، که لحظاتی پس از سخنرانی به مجلس وارد شده‌بود، متوجه افراد مشکوکی شد که از میان جمعیت سعی می‌کردند با فرستادن صلوات نظم مجلس را به هم بزنند؛ بنابراین یکی از روحانیون را احضار کرد و پیامی به او داد تا به مردم رسانده‌شود.. در آن زمان صادق خلخالی به نمایندگی از خمینی به حاضران گفت: «چنانچه افرادی بخواهند اخلالگری کنند، حاج آقا روح‌الله به حرم مطهر خواهند رفت و در آنجا با مردم سخن خواهند گفت و مسائلی را که لازم بدانند به آگاهی مردم می‌رسانند.» این تهدید باعث بازگردانده شدن آرامش به مجلس و ادامهٔ برنامهٔ روضه و عزا شد..
عصر همان روز به دعوت گلپایگانی، مجلسی در مدرسهٔ فیضیه برگزار شد. گروهی آشوب‌گر که عمدتاً از تهران آمده بودند و پیش از ظهر موفق به برهم زدن مجلس خمینی نشده‌بودند، در فیضیه حضور پیدا کردند و با همان شیوه موفق به ایجاد اغتشاش در مدرسه شدند. در اواسط سخنرانی، این عده وارد شدند و مردم و طلاب را مورد حمله قرار دادند. زد و خورد بین طلاب و مأمورین مخفی شاه شدت گرفت. طلاب با خراب کردن قسمتی از دیوار طبقهٔ دوم مدرسه و برداشتن آجرهای آن، به طرف مأمورین حمله بردند و موفق به عقب راندن آن‌ها شدند. در این هنگام، نیروهای مسلح و کماندوهای ارتش وارد درگیری شدند و گروه بسیاری از طلاب را زخمی و گلوله‌باران کردند و عده‌ای را نیز از پشت‌بام به زمین پرتاب کردند. گفته می‌شود مأمورین شاه برای تحریک بیشتر مردم و ایجاد فضای جنگی در مدرسه، شروع به هتاکی و توهین به مقدسات مذهب کردند. این درگیری‌ها تا ساعت هفت بعدازظهر ادامه داشت و در آن مأمورین شاه پس از وارد ساختن جراحت و قتل چند تن از روحانیون مدرسهٔ فیضیه، دست به خراب‌کاری در مدرسه زدند. آن‌ها لوازم شخصی طلاب، از کتاب‌ها گرفته تا لباس و اثاثیهٔ حجره‌ها، را به حیاط مدرسه ریختند و همه را آتش زدند.نظیر همین حوادث در همان روز و در مدرسهٔ طالبیهٔ تبریز نیز روی داده‌بود.
آن‌طور که محمدتقی فلسفی در کتاب خاطرات خود می‌نویسد، کماندوهای حکومت در این حمله خشونت بسیاری از خود نشان دادند، به‌گونه‌ای که به طلاب بی‌دفاع با پنجه‌بوکس، میلهٔ آهنی، زنجیر و حتی شاخه‌های درختان فیضیه که شکسته بودند، حمله کرده و آن‌ها را مضروب و مجروح کردند. به گفتهٔ محمدتقی فلسفی، آن‌ها هم‌چنین عده‌ای را نیز از پشت‌بام فیضیه به رودخانه‌ای که از کنار آن می‌گذشت انداختند. بر اساس ادعای او، به دستور مستقیم سرهنگ مولوی، اجازهٔ رسیدگی به حال مجروحین در بیمارستان‌ها نیز داده نشد.
سپهبد مبصر، معاون رئیس شهربانی وقت، در خاطرات خود ضمن «کودکانه» و «نابخردانه» خواندن این اقدام، بیان می‌دارد که سربازان شرکت‌کننده در این مأموریت لباس‌های غیرنظامی پوشیده، اما فراموش کرده‌بودند کفش‌های خود را عوض کنند و همگی پوتین‌های خود را بر پا داشتند. به بیان او، آن‌ها پس از حمله به صف ایستادند و با سر دادن شعار «جاوید شاه»، ثابت کردند که یورش‌آورندگان به مدرسهٔ فیضیه سرباز و آن هم سرباز گارد شاهنشاهی بودند.
گفته می‌شود در زمان حمله به فیضیه، خمینی برای حضور در مدرسه به راه افتاد، اما حاضران و نزدیکان او، ابتدا با اصرار به او از او درخواست کردند که از این تصمیم منصرف شود، چراکه به زعم آن‌ها تردیدی نبود مأموران شاه منتظر چنین فرصتی بودند و آمادگی انجام هرگونه اقدامی، حتی علیه مراجع، را نیز داشتند. آن‌ها سپس درهای منزل او را بستند و با این کار راه را برای خروج خمینی از منزل و هجوم مأمورین به داخل خانه مسدود کردند..
خمینی همان‌جا برای حاضران سخنرانی کرد و چنین گفت: «... عیب است برای کسانی که ادعای پیروی از حضرت امیر و امام حسین را دارند، در برابر این نوع اعمال رسوا و فضاحت‌آمیز دستگاه حاکمه، خود را ببازند. دستگاه حاکمه با ارتکاب این جنایت، خود را رسوا و مفتضح ساخت و ماهیت چنگیزی خود را به خوبی نشان داد. دستگاه جبار با دست زدن به این فاجعه، شکست و نابودی خود را حتمی ساخت…»
در این سخنرانی او از شخص شاه به‌عنوان عامل اصلی جنایت و هم‌پیمان با آمریکا و اسرائیل یاد می‌کند و از سکوت علمای قم و نجف و دیگر کشورهای اسلامی گلایه می‌کند و می‌گوید: «امروز سکوت، همراهی با دستگاه جبار است.»
روز بعد، خمینی بیانیه‌ای را با عنوان «شاه‌دوستی یعنی غارتگری» منتشر کرد که در تاریخ انقلاب جایگاه ویژه‌ای دارد. در این اعلامیه، او به محاکمهٔ حکومت شاه پرداخت و به صراحت از علما درخواست کرد که تقیه را رها کرده و به «اظهار حقایق» بپردازند.. از معروف‌ترین جملات این اعلامیه، این است:.
«من اکنون قلب خود را برای سرنیزه‌های مأمورین شما حاضر کرده‌ام، ولی برای قبول زورگویی‌ها و خضوع در مقابل جباری‌های شما حاضر نخواهم‌کرد.»
او در این بیانیه «تقیه» را در آن شرایط حرام دانست.
می‌توان گفت تا آن زمان رهبری نهضت هنوز در انحصار خمینی نبود و در واقع طیفی از مراجع و علما، نقش رهبری این قیام را ایفا می‌کردند که بسیاری از آن‌ها صحبت از تقیه و مدارا می‌کردند. اما خمینی با صدور بیانیهٔ «شاه‌دوستی یعنی غارتگری» فتوای حرمت تقیه و وجوب اظهار حقایق را صادر کرد و بعد از آن بود که اکثر توجهات مردم و مبارزان به سمت او جلب شد و در بیشتر تظاهرات و راهپیمایی‌ها از آن پس، شعار «درود بر خمینی» شنیده می‌شد..
پس از این وقایع، شاه، احتمالاً برای تحقیر و ایجاد تزلزل در حوزه، خدمت نظام وظیفه را برای طلاب جوان الزامی‌کرد. این کار، یعنی برتن کردن لباس نظامی و خدمت زیر پرچم شاهنشاهی برای طلابی که به کسوت روحانی درآمده بودند، بسیار دشوار و سخت بود. اما خمینی پیکی به سربازخانه‌ها فرستاد و از طلاب درخواست کرد که «تزلزل به خود راه ندهند» و «از این فرصت برای تقویت جسم و روح خود استفاده کنند.»
او خطاب به طلابی که به سربازخانه‌ها فرستاده شده‌بودند گفت: «شما سربازان امام زمان (عج) هستید. سربازان و درجه‌داران را نسبت به نظام رژیم آگاه نمایید و تعلیمات نظامی را با جدیت فراگیرید.»
دو روز پس از وقایع قم و حادثهٔ فیضیه، آیت‌الله‌العظمی حکیم، از نجف به علمای قم پیامی فرستاد و از آن‌ها خواست برای حفظ جان خود و رونق بخشیدن به حوزه‌های علمیه دسته‌جمعی به نجف مهاجرت کنند.. این پیام که به معنای حمایت از مراجع قم و تأیید نهضت آن‌ها بود، عصبانیت شاه را برانگیخت. رئیس شهربانی قم به نمایندگی از او به خانهٔ مراجع رفت و از آنان خواست که «سکوت کنند» و «حوزهٔ علمیه را به سیاست آلوده نکنند».
یک ماه بعد در تاریخ دوازده اردیبهشت، خمینی در سخنرانی خود با اشاره به همین ماجرا گفت: «مردک می‌فرستد رئیس شهربانی را، رئیس این حکومت خبیث را می‌فرستد منزل آقایان - من راهشان ندادم. ای کاش راه داده‌بودم تا آن روز دهن‌شان را خرد کرده‌بودم – می‌فرستند منزل آقایان که اگر نفس‌تان در فلان قضیه درآید، اعلیحضرت! فرموده‌اند اگر نفس شما درآید، می‌فرستیم منزل‌هایتان را خراب می‌کنیم، خودتان را هم می‌کشیم، نوامیستان را هتک می‌کنیم.»
خمینی در پاسخ به تلگراف العظمی حکیم، بیان می‌کند که هجرت دسته‌جمعی علما و خالی کردن حوزهٔ علمیهٔ قم در آن مقطع به صلاح نیست. و می‌گوید: «ما تکلیف الهی خود را - ان شاالله - ادا خواهیم‌کرد و به احدی‌الحسنیین نایل خواهیم شد: یا قطع دست خائنین از اسلام و قرآن کریم یا جوار رحمت حق - جل و علا: «انی لا اری الموت الاالسعادة ولاالحیوة مع‌الظالمین الا برما».»
او در چهلم حادثهٔ فیضیه، دولت آن زمان را محکوم کرد که به فرمان آمریکا و اسرائیل، خواهان از ریشه‌برکندن اسلام است و خود را مصمم به مبارزه با این امر نشان داد..
در فاصلهٔ میان حادثهٔ مدرسهٔ فیضیه و آغاز ماه محرم، یعنی ۲ فروردین تا ۴ خرداد ۱۳۴۲، مبارزات خمینی در قالب صدور اعلامیه‌های متعدد بود. اما با آغاز ماه محرم، اعتراضات رفته‌رفته به یک قیام تبدیل شد. در این ماه پرالتهاب، دانشجویان نیز همراه با مردمی که هم‌چنان نسبت به ماجرای فیضیه معترض بودند وارد عرصهٔ اعتراض و مخالفت شدند. با ورود آن‌ها به این عرصه شعارها نیز تغییر کرد و از «درود بر مصدق» به «سلام بر خمینی» تبدیل شد..
پیش از آغاز این ماه، حکومت – که احتمالاً از تأثیر احتمالی این ماه بر جریان اعتراضات آگاه بود – بسیاری از وعاظ و روحانیون را دعوت و آن‌ها را ملزم کرد که در محافل و مجالس، علیه شاه و اسرائیل سخن نگویند و «مرتب به مردم القا نکنند که اسلام در خطر است».. خمینی در نشستی با مراجع و علمای قم، پیشنهاد کرد که در روز عاشورای آن سال، هر یک از آن‌ها برای مردم و عزاداران سخنرانی کرده و از «جنایات حکومت» پرده بردارند..
در روز ۱۳ خرداد آن سال، که هم‌زمان بود با روز عاشورا، جمعیت بسیار زیادی در تهران با در دست داشتن عکس‌هایی از خمینی، ناراحتی و نارضایتی خود را نشان دادند. در همین روز مردم تهران با نزدیک شدن به کاخ مرمر، محل استقرار شاه، برای نخستین بار شعار «مرگ بر دیکتاتور» را سر دادند.
عصر همان روز و در ساعت ۴ بعد از ظهر، خمینی با اعلان قبلی برای ایراد سخنرانی به طرف مدرسهٔ فیضیه رهسپار شد و به جمعیت عزاداران حاضر در مدرسه پیوست. او در آن‌جا، پس از بیان وقایع کربلا، حملهٔ مأموران حکومت به فیضیه را به واقعهٔ کربلا تشبیه کرد و آن حادثه را به تحریک اسرائیل دانست و حکومت شاه را نیز دست‌نشاندهٔ اسرائیل خواند.. وی هم‌چنین با اشاره به هشدار حکومت به وعاظ مبنی بر عدم بدگویی از شاه و اسرائیل و عدم بیان این‌که اسلام در خطر است، گفت: «تمام گرفتاری‌ها و اختلافات ما در همین سه موضوع است… اگر ما نگوییم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا این‌طور نیست؟ اگر ما نگوییم اسرائیل برای اسلام و مسلمین خطرناک است آیا خطرناک نیست؟ و اصولاً چه ارتباطی و تناسبی بین شاه و اسرائیل است که سازمان امنیت می‌گوید از شاه صحبت نکنید، از اسرائیل صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت شاه اسرائیلی است؟»
او پس از یاد کردن از کشته‌شدگان ماجرای فیضیه و بیان سخنان مهمی علیه شاه و اسرائیل، توجه مردم را به روابط پنهانی شاه با اسرائیل جلب کرد و به‌طور قاطع گفت:.
«آقا من به شما نصیحت می‌کنم، ای آقای شاه! ای جناب شاه! من به تو نصیحت می‌کنم؛ دست بردار از این کارها. آقا اغفال می‌کنند تو را. من میل ندارم که یک روز اگر بخواهند تو بروی، همه شکر کنند… اگر دیکته می‌دهند دستت و می‌گویند بخوان، در اطرافش فکر کن… ربط مابین شاه و اسرائیل چیست که سازمان امنیت می‌گوید از اسرائیل حرف نزنید… مگر شاه اسرائیلی است؟ نصیحت مرا بشنو، از روحانیت بشنو، از علمای اسلام بشنو. اسرائیل به درد تو نمی‌خورد. بدبخت، بیچاره!»
او در این سخنان، شاه را با یزید، خلیفهٔ اموی برابر دانست و و به او هشدار داد که اگر خودش راه خود را تغییر ندهد، روزی خواهد رسید که مردم به خاطر فرار او از کشور به شادی خواهند پرداخت.
این سخنان تند و تحقیرآمیز به‌وضوح موجب عصبانیت و خشم شاه می‌شد. به دستور او و در همان شامگاه ۱۴ خرداد، دستگیری‌های گسترده‌ای صورت گرفت و شمار بسیاری از یاران و نزدیکان خمینی روانهٔ زندان شدند.
ساعت ۳ بامداد ۱۵ خرداد، چندین کماندو در تاریکی شب و پس از محاصرهٔ بیت خمینی، به درون خانه ریختند و او را، حین خواندن نماز، دستگیر کرده و ابتدا به بازداشتگاه باشگاه افسران و سپس غروب روز بعد، به زندان قصر واقع در تهران بردند. آن‌طور که از خاطرات نزدیکان خمینی از این لحظات برمی‌آید، او در آن زمان بسیار خونسرد و آرام بود، به‌گونه‌ای که گفته می‌شود او پس از آن‌که متوجه اضطراب و دلهرهٔ سربازان شد، به دلداری آنان پرداخت و به حال آن‌ها ترحم کرد..
بعد از انتقال خمینی به تهران، خبر دستگیری او ابتدا در قم و سپس در شهرهای دیگر به سرعت پیچید و واکنش‌هایی را به‌دنبال داشت. مردم در تهران، قم، شیراز، مشهد و ورامین به خیابان‌ها ریختند و شعارهایی نظیر «یا مرگ یا خمینی» سردادند. این قیام‌ها به شکل وسیعی توسط نظامیان شاه سرکوب شد، به‌طوری‌که حکومت در آن روز برای مقابله با معترضین وادار به استفاده از تانک و نیز دست زدن به خشونت بسیاری شد.
مأموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهرهای قم و تهران مستقر بودند به روی تظاهرکنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب و سنگ به دفاع از خود پرداختند.
تیمسار حسین فردوست، از نزدیکان شاه، در کتاب خاطرات خود از به‌کارگیری تجربیات و همکاری زبده‌ترین مأمورین سیاسی و امنیتی آمریکا برای سرکوب تظاهرات و نیز سراسیمگی شاه و دربار و امرای ارتش و ساواک در این ساعات سخن گفته و توضیح داده‌است که چگونه شاه و فرمانده‌های ارتش پیاپی فرمان سرکوب صادر می‌کردند. شمار بسیاری از علمای شهرهای مشهد، اصفهان، قم و تبریز نیز به تهران آمدند و در این اعتراضات شرکت کردند. شرایط آماده‌باش در شهرها تا شش روز بعد و تا زمانی که اوضاع به‌طور کامل به حالت عادی نرسید ادامه داشت.
تظاهرات تا دو روز بعد از ۱۵ خرداد نیز ادامه یافت و موجب کشته و مجروح شدن عدهٔ زیادی شد. از مهم‌ترین رویدادهای این قیام، کشتار دهقانان کفن‌پوش ورامینی بود که به پشتیبانی از خمینی راهی تهران شده‌بودند. مأموران نظامی حکومت در سر پل باقرآباد با آن‌ها روبه‌رو شده و با سلاح‌های سنگین آن‌ها را قتل‌عام کردند.
قیام ۱۵ خرداد یکی از مهم‌ترین حوادث سال‌های منتهی به انقلاب اسلامی محسوب می‌شد. در این حادثه، خشونت به‌عمل آمده از ناحیهٔ حکومت و شخصیت معترض و مبارز خمینی جزء بارزترین مسائلی بود که بر همگان آشکار شد. این حادثه موجب شد که بسیاری از علما سکوت خود را بشکنند و به نهضت خمینی بپیوندند. هم‌چنین بعد از آن گروه‌های بسیاری از مردم به نهضت معترضین پیوستند و بسیاری نیز در این راه جان خود را از دست دادند. طیب حاج رضایی و اسماعیل رضایی دو نفر از افرادی بودند که در پی این حادثه توسط حکومت دستگیر و تیرباران شدند. آن دو جمعیت زیادی را از جنوب شهر تهران همراه خود به سمت مرکز آوردند و همراه با آن‌ها شعار «یا مرگ یا خمینی» سر دادند. پس از چندی هر دو دستگیر شده و در ۱۱ آبان همان سال، ۱۳۴۲، تیرباران شدند. شمار زیادی از هواداران و اطرافیان آن دو نیز به بندرعباس تبعید شدند.
شاه دو روز بعد از قیام ۱۵ خرداد و در یک سخنرانی، سخنان خمینی و تظاهرات مردم را به تحریک و پول بیگانگان و شخص جمال عبدالناصر دانست.جمال عبدالناصر در آن زمان به دلیل همکاری شاه با اسرائیل روابط تیره‌ای با شاه داشت. هم‌چنین در همین راستا، رسانه‌های حکومت ادعا کردند که شخصی به نام عبدالقیس از بیروت و با هواپیما وارد فرودگاه مهرآباد شده و در گمرک فرودگاه حدود یک میلیون تومان پول از او به‌دست آمده و اعتراف کرده‌است که جمال عبدالناصر این پول‌ها را برای افراد معینی در ایران فرستاده‌است. این ادعا در داخل و خارج مورد انتقاد بسیاری واقع شد، چرا که حکومت هیچ دلیل و سندی در این خصوص ارائه نکرد..
یکی از تبعات حادثهٔ ۱۵ خرداد این بود که به‌نظر می‌رسید بعد از آن حکومت متوجه خطری که از ناحیهٔ روحانیون آن را تهدید می‌کرد، شد. در آن زمان ملی‌گرایان تهدید چندان جدی‌ای برای حکومت پهلوی محسوب نمی‌شدند، اما ظهور این جریان جدید به‌نظر می‌رسید خطر جدی‌تری برای شاه و حکومت‌اش ایجاد کند. او در کتاب «انقلاب سفید» ماهیت دینی و اسلامی قیام ۱۵ خرداد را انکار کرده و در مورد رهبر این قیام می‌گوید که او «ارتباط مرموزی با حزب توده داشته و آن‌ها بودند که مقام او را به‌اصطلاح معروف به عرش رساندند.»
این در حالی‌است که حزب توده به پیروی از سیاست کشور متبوعش، شوروی، این قیام را محکوم و آن را متهم به جانب‌داری از منابع فئودال‌ها کرد.
خمینی پس از دستگیری ابتدا به بازداشتگاه باشگاه افسران و سپس غروب روز بعد، به تهران منتقل و در زندان قصر محبوس شد. او در ادامه، پس از ۱۹ روز حبس در زندان قصر به زندان پادگان نظامی عشرت‌آباد منتقل شد. شاه در غیاب او، نهضت اسلامی در حال شکل گرفتن را در غالب عناوینی مانند «شورشی کور»، «بلوایی دشمن‌پسند» و «اقدامی وحشیانه» توصیف می‌کند. حکومت آن را حرکتی تحریک‌آمیز از آن‌سوی مرزها می‌خواند و با انتساب آن به بیگانگان، مدعی می‌شود که در این حرکت، جمال عبدالناصر رهبر مصر، نقش مهمی داشته‌است..
این‌طور به نظر می‌رسید که حکومت تصمیم داشت خمینی را پس از محاکمه – یا شاید حتی بدون محاکمه – اعدام کند.. پس از فرونشستن قیام، نخست‌وزیر اسدالله علم، در مصاحبه‌ای با روزنامهٔ هرالد تریبون در روز ۱۷ خرداد ۴۲ اعلام کرد که خمینی و برخی دیگر از علما محاکمهٔ نظامی خواهند شد و ممکن است حکم اعدام آن‌ها صادر شود..
تا این‌که اعلامیه‌ای به امضای علما و مراجع وقت منتشر شد. این اعلامیه که به ابتکار منتظری و امضای مهاجرین تهیه و منتشر شده‌بود، به صراحت مرجعیت خمینی را تأیید کرده و بعد از بیان شمول قانون مراجع و مصونیت خمینی از حکم اعدام، خواهان آزادی او شده‌بود. حکومت مهاجرین را تحت فشار قرار داد و از آنان خواست که به مراکز خود بازگردند، اما آن‌ها برخاست خود تأکید کرده و به استناد اعلامیهٔ منتشر شده، خمینی را مصون از هرگونه حکمی دانستند..
بخش‌هایی از این اعلامیه بدین قرار است: