پس از انقلاب ۱۳۵۷، کاخ مرکزی تاج، شبانه توسط کمیته انقلاب اسلامی تسخیر و موزه باشگاه تاج مورد سرقت واقع شد و بسیاری از اماکن باشگاه تاج مانند فروشگاه و دفتر مرکزی از دست گردانندگان باشگاه خارج و به سازمان‌هایی همچون تربیت بدنی و تبلیغات اسلامی واگذار شدند. سپس در حالی که چند گروه مختلف سیاسی قصد مصادره باشگاه را داشتند و حسین فکری، سرپرست موقت سازمان تربیت بدنی به ۲۲ تن از بازیکنان تاج رضایت‌نامه داده و به آنان اعلام کرده بود که به هرجا دوست دارند می‌توانند بروند، با تلاش و سماجت جمعی از بازیکنان آن زمان و سابق باشگاه همچون عنایت‌الله آتشی (از تیم بسکتبال تاج)، عباس کردنوری، حسن نظری، ناصر حجازی، جواد قراب، رضا عادلخانی، حسن روشن، مهدی کشاورز، قاضی شعار، هادی نراقی و به خصوص منصور پورحیدری و تعدادی از هواداران باشگاه از انحلال و مصادره تاج جلوگیری شد. سال بعد در حالی که تیم تاج قصد داشت در مسابقات جام شهید اسپندی شرکت کند، برگزارکنندگان مسابقات از حضور این تیم با نام تاج جلوگیری کردند و اعلام کردند که تاج یک مجموعهٔ ورزشی مانند امجدیه است و به عنوان یک تیم ورزشی در مسابقات پذیرفته نمی‌شود. با مشورت برخی از بازیکنان قدیمی و نزدیکان باشگاه از جمله منصور پورحیدری، سیدآقا جلالی، بهرام صفت، پدر حسن روشن و عنایت‌الله آتشی چند نام همچون استقلال و آزادی و تختی پیشنهاد شدند و در نهایت در بیستم فروردین ۱۳۵۸ نام استقلال برگزیده شد و نام باشگاه به باشگاه فوتبال استقلال تهران، تغییر و باشگاه در جام شهید اسپندی شرکت کرد اما به هر صورت در میانه‌های برگزاری جام از ادامه مشارکت استقلال جلوگیری شد.با جوانگرایی مربیان پیشین و سازندگی تیم‌های پایه، باشگاه در سال‌های پایانی دهه ۱۳۵۰ و نخستین دهه ۱۳۶۰ چندان ترکیب اصلی خود را عوض نکرد و از فصل ۱۳۵۸ به دلیل عدم برگزاری مسابقات سراسری به مسابقات استانی جام باشگاه‌های تهران بازگشت اما این مسابقات در هر دو فصل ۱۳۵۸ و ۱۳۵۹ ناتمام ماندند. منصور پورحیدری بازیکن و مربی سابق باشگاه در فصل ۱۳۵۹ برای نخستین بار پست سرمربی‌گری باشگاه را بر عهده گرفت، در نیمه نخست دهه ۱۳۶۰ استقلال دو بار در سال‌های ۱۳۶۲ و ۱۳۶۴ جام باشگاه‌های تهران را فتح کرد که قهرمانی این تیم در فصل ۱۳۶۲ نخستین قهرمانی‌اش با نام نوین استقلال بود. در سال‌های ابتدایی دهه ۱۳۶۰ پست مربی‌گری در استقلال بارها دست به دست شد به گونه‌ای که در ۱۳۶۳ فریدون عسگرزاده به مدت پانزده روز و در ۱۳۶۴ حسن حبیبی به مدت ۴۵ روز این سمت را بر عهده داشتند. پست مدیریت باشگاه نیز میان کارمندان سازمان تربیت بدنی دست به دست شد؛ به عنوان نمونه نادر فریادشیران که در ۱۳۶۴ دروازه‌بان ذخیره راه‌آهن بود به دلیل کارمند بودن در سازمان تربیت بدنی هم‌زمان مدیریت باشگاه را نیز بر عهده داشت. اما از ۱۳۶۸ و با تغییر در مدیریت سازمان تربیت بدنی، سیستم مدیریت استقلال نیز عوض شد و ثباتی که این تغییر با خود به همراه آورد باعث شد تا یکی از درخشان‌ترین دوران‌های باشگاه استقلال رقم بخورد. آن‌ها در آن ابتدا در چهارمین دوره لیگ قدس که نخستین مسابقات سراسری باشگاهی در ایران پس از انقلاب ۱۳۵۷ بود قهرمان شدند؛ استقلال در دیدار فینال این مسابقات پرسپولیس را شکست داد. سپس در ۱۳۶۹ به عنوان نماینده ایران راهی جام باشگاه‌های آسیا ۹۱–۱۹۹۰ شدند و در حالی که این مسابقات به دلیل جنگ خلیج فارس به تعویق افتاده بود سرانجام در تابستان ۱۳۷۰ مرحله نهایی‌اش به میزبانی بنگلادش برگزار شد و استقلال در دیدار فینال با پیروزی برابر لیائونینگ از چین موفق شد برای دومین بار قهرمان جام باشگاه‌های آسیا شود تا نخستین و تا به امروز تنها تیم ایرانی باشد که توانسته‌است بیش از یک بار قهرمانی در جام‌های رسمی بین‌المللی را تجربه کند. در این بازی‌ها استقلال باز هم بی‌شکست ماند و صمد مرفاوی هم با شش گل زده آقای گل این مسابقات شد.