معتمدالدوله به همراه فوج خوی و فوج ششم تبریز، فوج لرستان، تفنگ چی گلبادی مازندرانی، سوار بختیاری و لرستانی و سپاهی که تحت فرمان سلیمان خان ارمنی بود با ۶ عراده توپ، برای سرکوب محمدتقی خان حرکت کرد. در همین هنگام طوایف بختیاری مخالف با محمد تقی خان، به فرماندهی کلبعلی‌خان دورکی و پسرش ابدال‌خان، جعفرقلی‌خان بهداروند، موسی‌خان بابادی، علیرضاخان کیانرسی و خواجه عباس خان موگویی، به اردوی معتمدالدوله پیوستند. محمد تقی خان پس از مشورت با مشاوران با آن که می‌توانست به راحتی قشون معتمدالدوله را در کوهساران بختیاری شکست دهد، صلاح را در آن دید، که یاغی دولت معرفی نگردد و به شفیع‌خان سهونی مأموریت داد تا مالیات را از عشایر جمع‌آوری کرده و در نهایت اجازه داد تا معتمدالدوله از کوه‌های بختیاری عبور کرده و وارد دشت ایذه شود و خود نیز به پیشواز او رفت. معتمدالدوله به مدت ۴۰ روز در این دشت اتراق کرد، سپس به محمدتقی خان پیشنهاد کرد که اگر وی مبلغ قابل توجهی به عنوان مالیات عقب مانده بپردازد، او نیز بدون هیچ چشم‌داشتی، روانه شوشتر شود. معتمد دو روز در قلعه تل مهمان محمدتقی خان بود و پس از آن با علی نقی خان؛ برادر محمد تقی خان و شفیع‌خان سهونی، روانه شوشتر شد. معتمد زمانی که به شوشتر رسید، محمد تقی خان را به آنجا احضار کرد. محمدتقی خان پیام فرستاد در صورتی حاضر به ملاقات است که خوانین و گروگان‌ها را آزاد کنند، اما معتمد این اظهارات را دلیل یاغی‌گری قلمداد کرد. خان بختیاری برای ابراز وفاداری خود، حاضر شد گروگان‌های بیشتری به شوشتر بفرستد. معتمد چون می‌دانست محمد تقی خان به فرزند بزرگش یعنی حسینقلی‌خان علاقه‌مند است، پیشنهاد کرد که او را به همراه پسر علینقی‌خان یعنی اسدخان، به شوشتر بفرستد. همزمان اعلام داشت به قرآن سوگند خواهد خورد که دست از هر اقدامی علیه خان بردارد و به اصفهان مراجعت کند و برای مقصود علینقی‌خان را روانهٔ قلعهٔ تل کرد. پس از ورود حسینقلی‌خان به شوشتر، معتمد به زیر پیمان خود زد و قاصدی به سوی محمد تقی خان ارسال نمود و گفت اگر تسلیم نشود، گروگان‌ها را به قتل خواهد رساند. محمدتقی خان مطابق قولی که به معتمد داد در ۹ مایلی شوشتر اتراق کرد و به معتمد پیام داد، که تضمین دهد با ورود به شوشتر دستگیر یا زندانی نشود، اما معتمد از دادن هر تضمینی خودداری کرد. علینقی خان پیشنهاد کرد محمد تقی خان به قلعهٔ منگشت یا تنگ چویل که هر دو مواضع بسیار مستحکم کوهستانی و صعب‌العبوری داشتند، برود. در همین اوضاع و احوال حاکم شیراز نیز علیه میرزا قوما طباطبایی بهبهانی، حاکم بهبهان و سایر عشایر کهگیلویه، لشکرکشی کرد و مانع از کمک این طوایف به محمدتقی خان شد. محمدتقی خان در این موقع دو راه بیشتر در پیش نداشت، یا با نفراتی که در اختیار داشت در ارتفاعات منگشت پناه برده، یا نزد شیخ ثامر؛ رئیس قبیلهٔ کعب، که یکی از متحدان وفادار او بود، پناهنده گردد. محمد تقی خان راه دوم را در پیش گرفته و به فلاحیه نزد شیخ ثامر رفت. محمدتقی خان با حدود ۴ تا ۵ هزار نفر سوار تفنگ بختیاری با احشام اموال خود کوچ کرده به طرف فلاحیه روانه شد اما بارندگی‌های پی در پی و طغیان رودخانه‌ها موجب شد بسیاری از آن‌ها نتوانند از رودخانه عبور کنند. سپس محمدتقی خان، ناگریز دستور داد که همراهان به کوهستان بختیاری بازگردند و خود به اتفاق سه تن از متحدین اصلی اش ملا محمدخان عالی محمودی دینارونی، قاید اسماعیل مکوندی و ملا فصیح ممبینی و جمعی سوار، با همراه خانواده و بستگان عازم فلاحیه شد. با خروج محمد تقی خان از منطقه بختیاری هرج و مرج رواج پیدا کرد و قلعه تل نیز توسط معتمد تصرف شد و علی رضا خان پسر حسن خان به عنوان حاکم جدید قلعه تل و ایلخان بختیاری انتخاب شد معتمد پیکی نزد شیخ ثامر فرستاد تا محمد تقی خان را تسلیم کند که شیخ ثامر پاسخ منفی داد معتمد پس از این پاسخ منفی به سمت فلاحیه لشکرکشی کرد اما شدت گرما و شیوع بیماری مالاریا و دشواری‌های دیگر معتمد را از جنگ منصرف کرد و شخصی خان را نزد شیخ ثامر فرستاد تا برای محمد تقی‌خان پیغام بفرستد چنانچه خود را تسلیم نکنند گروگان‌های را که نزد خود دارد به قتل می‌رساند و چنانچه خود را تسلیم کنند از تقصیرات‌اش گذشته و در مقام خود ابقا خواهد شد معتمد برای جلب رضایت محمد تقی خان اعلام کرد حاضر است یکی از مجتهدین را به نزد وی فرستاد به دنبال آن مجتهد شوشتری را به فلاحیه فرستاد که دو روز با محمد تقی خان به مذاکره نشست پس از پایان مذاکرات محمدتقی خان خود را تسلیم کرد و روانهٔ شوشتر شد معتمد به محض دیدن محمدتقی خان بدون توجه به قول و قرارهایی که داده بود دستور داد محمدتقی خان را دستگیر و زندانی کرد برادران محمد تقی خان که سخت نگران جان او بودند نقشه‌ای برای حمله به اردوی معتمد کشیدند که معتمد به آن پی برد و نیروهای خود را در آمادگی کامل نگه‌ داشت و شب بختیاری‌ها و عرب‌های وفادار به محمد تقی خان به اردوی معتمد شبیخون زدند اما نتوانستند محمدتقی خان را نجات بدهند بلکه توانستند کریم برادر محمد تقی خان را نجات دهند همچنین شفیع خان سهونی نیز توانست از اردوگاه فرار کنند. محمدتقی خان پس از مدتی در شوشتر به تهران منتقل شد و پس از ۵ سال یعنی از سال ۱۲۶۰تا سال ۱۲۶۴ هجری قمری آخرین سال سلطنت محمد شاه بود در تهران تحت نظر بود در زمان پادشاه پس از روی کار آمدن ناصرالدین شاه قاجار پسر محمد شاه محمد تقی خان به تبریز انتقال یافت و مدت دو سال در آنجا زندانی بود پس از این دو سال دوباره به تهران بازگردانده‌ شد تا اینکه در سال ۱۲۶۷ یا ۶۸ هجری قمری پس از تحمل ۱۰ سال زندان در زندان‌های شوشتر تهران و تبریز در سن ۶۱ سالگی درگذشت.