17 سال پس از فاجعه هسته ای در هوپ کانتی شهر دوباره بازسازی شده اما غارتگرانی به نام گروه highwayman (های وی من ) شهر را تصرف می کنند و مال مردم را می خورند . اینجا دختری به نام کارمینا از توماس راش که در گروه شبه نظامی فعالیت می کرده درخواست کمک میکند که بتوانند با high way man ها مبارزه کنند . شما در نقش کاپیتان در بازی هستید و با توماس راش می خواهید به پراسپریدی( prosprity)که مرکز فرماندهی مردم عادی است بروید اما رهبران گروه high way man به نام میکی و لو شما را غافلگیر می کنند و توماس راش را می دزدند . راش قبل از ربوده شدن شما را به سمت دره پرت میکند و جان شما را نجات می دهد و کارمینا شما را به پراسپریدی می برد انجا کیم (kim)مادر کارمینا توضیح می دهد که راش را به معدنی بردند .شما و کارمینا به معدن می روید و با طرح نقشه با افراد highwayman مبارزه کرده و آن هارا شکست می دهید و راش را به پراسپریدی می برید . بعد با بازگرداندن افراد پراسپریدی و گرفتن اتانول از چنگ افراد highwaymanپراسپریدی را قدرتمند تر می سازید و به مرحله دوم می رسید . در مرحله دوم فرادhighwaymanبه پراسپریدی حمله می کنند اما مردم پراسپریدی دوام می اورند . بعد راش می گوید که با حمله دیگری از غارتگرانhighwaymanدوام نخواهند اورد وباید با قوم جدید ایدن (new eden) اتحاد بر قرار کنند . اینجا شروع ماجراست . گروه new eden مذهبی هستند و پیروی قوانین جوزف سید هستند که شخصیت منفی farcry5بود . ان ها اعتقاد دارند که جوزف مرده و پسر جوزف رهبر قومnew eden یعنی ایثان که عطش بسیاری برای قدرت داشت از شما می خواهد که برای مرگ گیر بیاورید و شما را به سرزمین سعادت (the bliss )می فرستد . شما در طی این سفر جوزف را زنده می بینید .او می گوید که شما می توانید دنیا را تغییر دهید و به شما سیبی که هدیه خداوند بود می دهد که شما قدرت ماورایی برای مبارزه باhigh way man پیدا میکنید ولی ابتدا با آن میوه الهی امتحان می شوید برای اینکه افکار بد و پلید از ذهنتان دور شود . بعد از موفقیت در این مرحله شما جوزف را به new edenبرده و جوزف می گوید که خودش رهبر قوم مذهبیnew edenمی باشد . ایثان پسر او که دوست داشت رهبر قوم باشد فکر می کند به او خیانت شده ولی جوزف می گوید خدا نمی خواسته که او رهبر باشد . پس از قدرتمندتر ساختن پراسپریدی و کمک قوم new eden برای مبارزه با افراد highwayman در مرحله سوم خبر دزدیده شدن افراد پراسپریدی و توماس راش به دست میکی و لو شما به مکان دزدیده شدن توماس می روید و چون اسلحه ندارید مجبور می شوید دست خود را با ذنجیری که از سقف آویزان شده بود ببندید . میکی و لو توماس راش را کشته و شما را شکنجه می دهند ولی شما با آن قدرت ماورایی آزاد می شوید و میکی و لو را می زنید اما میکی با اسلحه به شما شلیک کرده و شما از پنجره به پایین می افتید اما به لطفا آن قدرت الهی ماورایی زنده می مانید و میکی و لو می خواهند در طی نقشه بفهمند که قدرت الهی شما که مال قوم new edenاست از کجا امده و آن را تصاحب کنند . بعد شما می خواهید بفهمید که آن ها چه نقشه ای دارند با یکی از افراد high way manکه به گروه خود خیانت کرده و به شما کمک میکند وارد مسابقه ماشین سواری افراد highwaymanمی شوید و با پیروزی در مسابقه شام را با میکی و لو می خورید . انجا ایثان را می بینید که پدرش و قوم new edenخیانت کرده و با میکی و لو پیمان بسته که اگر آن ها new edenرا به آتش بکشند جای میوه الهی را به آن ها خواهد گفت . بعد از مکان خارج می شوند و شما سران highwaymanرا می کشید و به new edenمی روید که می بینید به اتش کشیده شده و انجا با میکی و لو روبه رو می شوید و با آن ها مبارزه می کنید و در نبردی سخت آن ها را میکشید و میکی از قبل از مرگ می گوید که جوزف و ایثان به سمت شمال فرار کردند . وقتی شما به سمت شمال هوپ کانتی می روید در همان منطقه سعادت ایثان و جوزف را می بینید که ایثان میوه را گاز زده اما چون او منتخب خدا نیست تبدیل به هیولا شده و به غاری فرار می کند و شما اورا می کشید . بعد ایثان به حالت انسانی بر می گردد و می میرد . جوزف که دیگر تحمل از دست دادن خانواده اش را ندارد می گوید که باید اورا بکشید که انتخاب با شماست که اینکار را بکنید یا نه ... بعد شما در کنار قبر توماس راش دیده می شوید و کارمینا می اید و می گوید که توماس به آن ها افتخار می کند و آن ها هوپ کانتی را از یک جهنم نجات داده اند و بعد داستان تمام می شود