مشایخی در زمینه تفکر سیستمی و دینامیک‌های سیستم به تحقیق و تدریس می‌پردازد. مشایخی از منتقدان رشد کمی آموزش عالی در ایران بوده و در این زمینه، گفته‌است:به نظر می‌رسد منشأ توسعه زیاد دانشگاه‌ها، در همان دانشگاه است. دانشگاه‌های دولتی اصلی رشد نکردند اما پیام نور و آزاد رشد انفجاری داشتند و در واقع ریشه رشد کمی، در این دو دانشگاه است.در ارتباط با تجربه دانشگاه آزاد اسلامی در جذب دانشجو معتقد است:دانشگاه آزاد از برخی جهات یک تجربه موفق بود؛ چرا که آموزش عالی عمومی را به‌طور گسترده در اختیار مردم قرار داد. در واقع با تأسیس دانشگاه آزاد مردم به‌طور وسیع تری از General Education (تحصیلات عمومی عالیه) تا سطح فوق دیپلم یا لیساس برخوردار شدند… در عین حال، تجربه دانشگاه آزاد آنجا ناکام بود که بدون در اختیار داشتن امکانات لازم و کادر مجرب مورد نیاز به سمت توسعه دوره‌های تحصیلات تکمیلی رفت. این مشکل به ویژه در هفت، هشت سال اخیر بسیار تشدید شد. به نظر من دانشگاه آزاد در این مسیر، خطا کرد و نه تنها به آموزش عالی کشور خدمت نکرد، بلکه به این نظام صدمه زد. وقتی بدون آموزش کیفی مناسب به افراد مدرک کارشناسی ارشد یا دکترا اعطا شود، هم اعتماد به نفس کاذب به آنها تزریق می‌شود و هم ممکن است این افراد به داخل نظام آموزشی بازگردند و کیفیت آموزش آینده را پایین بیاورند. طبعاً همه دارندگان مدرک دکترای دانشگاه آزاد مشمول این قضاوت نیستند؛ اما به‌طور کلی، کادر دانشگاه آزاد برای تربیت دانشجویان تحصیلات تکمیلی در سطحی به گستردگی فعلی، به اندازه کافی مجرب و مجهز نبود…او همچنین بیان داشته‌است:... کمبود کارشناس در اقتصاد آموزش عالی یکی دیگر از مسائلی است که استادان به آن اشاره دارند و در این مسیر، نتایج خوبی مشاهده نمی‌شود. علل بنیادی ناکارآمدی هم این است که دانشگاه پول دیگران را برای دیگران خرج نمی‌کند و مقید به درست مصرف شدن پول نیست.مشایخی در رابطه با توسعه و پرورش دانشجویان رشته مدیریت در ایران عقیده دارد:... به دلایل اجتماعی، تاریخی و سیاسی استعدادهای برتر کشور جذب رشته‌های فنی، مهندسی یا پزشکی می‌شوند. برای نمونه رتبه‌های اول کنکور معمولاً رشته‌های مهندسی را انتخاب می‌کنند. البته این حرف به این معنا نیست که رتبه‌های پایین‌تر کم‌استعداد هستند؛ منظور من این است که با ملاک کنکور، رتبه‌های برتر به رشته‌های فنی، مهندسی، معماری و حوزه‌هایی از این دست گرایش دارند. این انتخاب مربوط به امروز و دیروز نیست بلکه یک عقبه تاریخی دارد. رشته‌های مدیریت و اقتصاد نیز رشته‌های پیچیده‌ای هستند و به لحاظ محتوایی می‌طلبد که کسانی جذب آن شوند که دارای استعدادهای بالا و ذهن منسجم و جست‌وجوگری باشند. در آن زمان بررسی‌های ما نشان داد اگر بخواهیم استعدادهای کشور به این رشته‌ها جذب شوند باید این دو رشته در کنار مخازن استعدادی کشور یعنی دانشگاه‌های فنی، مهندسی ایجاد شود…در زمینه آموزش علوم انسانی در ایران اعتقاد دارد:... در جامعه ما رشته‌های علوم انسانی و اجتماعی جایگاه خود را پیدا نکرده‌است، در نتیجه شاید تاریخ سیاسی ما موجب این امر شده‌است. تمام جوامعی که رشد و توسعه پیدا کردند، در واقع علوم انسانی و اجتماعی آنها رشد پیدا کرده تا بستر رشد بقیه رشته‌ها فراهم شود. اگر اقتصاد ما درست اداره نشود، مدیریت بخشها و بنگاه‌ها درست اداره نشود خب زمینه کارکردن بهره‌ور نیروهای متخصص فراهم نمی‌شود. در نتیجه مهندسین خوب ما مهاجرت می‌کنند و می‌روند، چرا که در اینجا بستر کار برایشان فراهم نیست. اگر مدیریت دانش در سازمان‌ها خوب انجام نشود این دانش و صاحبان آن فسیل خواهند شد…مشایخی طی یک سخنرانی در کنفرانس مدیریت فناوری و نوآوری اظهار داشته‌است:شاخص‌های علم و فناوری کشور نشان می‌دهد که علم و فناوری مطابق هدف‌ها و انتظاراتی که در نقشه جامع علمی تعیین شده‌است پیشرفت نکرده‌است. یکی از دلائل عدم تحقق هدف‌ها نارسایی نقشه جامع به عنوان یک سند راهبردی است… یکی از اشکالات ناشی از عدم پیوند هدف‌ها و راهبردهای نقشه جامع با هدف‌ها، راهبردها و چالش‌های توسعه کشور است. اشکالات دیگر تعداد زیاد اولویت‌ها و راهبردهای تعیین شده در نقشه است.او سیاست دولت حسن روحانی در اعلام نرخ دلار۴۲۰۰ تومانی را یک تصمیم اشتباه دانسته و گفته افزایش نقدینگی از ۴۹۰ به ۱۸۰۰ هزار میلیارد تومان پیامدهای خطرناکی برای اقتصاد ایران دارد.