در ابتدای بازی، ما شاهد واقعه یورش سربازان فیلیپ چهارم فرانسه به معبد پاریس (مقر تمپلار ها)در تاریخ ۱۳ اکتبر سال ۱۳۰۸ هستیم.ژاک دو موعه ، گرند مستر تمپلار ها، بلافاصله به مشاورش دستور میدهد تا کدکس تمپلار ها و شمشیر عدن را از دست 《اسسین》که به همراه دشمنان به محوطه وارد شده، دور نگه دارد. مشاور، در این میان با اسسین مبارزه می‌کند و شکستش می‌دهد و سپس شمشیر عدن و کدکس را در معبد زیرزمینی مخفی می‌کند. او در هنگام برگشت متوجه می‌شود که دو موله دستگیر شده، اما پیش از نجات او، توسط اسسین که زنده مانده بود کشته شد.داستان به هفت سال بعد، یعنی روز اعدام ژاک دو موله میرود، رهبر تمپلار ها در لحظات پایانی، پادشاه فیلیپ و پاپ کلمنت را تکفیر و تا سیزده نسل ؛به خاطر حمله به تمپلار ها نفرین می‌کند و در نهایت سوزانده می‌شود.خاطره ژنی ناگهان با مداخله هکری ، که خود را بیشاپ معرفی میکند، قطع می‌شود. بیشاپ عنوان می‌کند که نقشه جدید ابسترگو ، پیدا کردن اجساد سیج ها(دورگه انسان -ایسو) و استخراج دی ان ای انها است. دو موله خودش یک سیج بود ولی چون بدنش سوزانده شده، دی ان ای غیر قابل استخراج است. ابسترگو هم اکنون می‌خواهد با بررسی خاطرات ژنی فردی بنام آرنو ویکتور دوریان، که در طول زندگی خود با یک سیج دیدار داشته ، جسد سیج را شناسایی کند. بیشاپ سپس از ما می‌خواهد تا با ادامه مشاهده خاطرات، به اساسین ها کمک کند تا پیش از ابسترگو جسد سیج را پیدا کنند.پس ازین، کاربر(خودمان)به بررسی خاطرات آرنو دوریان هشت ساله در سال ۱۷۷۵ ، در کاخ ورسای می‌پردازد. آرنو به همراه پدرش چارلز، که یک اشراف زاده است به کاخ ورسای (کاخ سلطنتی فرانسه) آمده‌اند. چارلز از فرزندش می‌خواهد تا برای مدت نه چندان طولانی، منتظر بماند تا برگردد و سپس ساعت جیبی خود را به آرنو می‌دهد.اما ارنو، با دیدن دختری که در حال دویدن بود، به دنبال او می‌رود و پس از ملاقات با او، دختر خود را الیز معرفی می‌کند و می‌گوید که او هم به پدرش که حکومتی است به کاخ ورسای آمده.آرنو و الیز دوباره به درون کاخ برمی‌گردند اما آرنو ناگهان با بدن بی جان پدرش مواجه می‌شود که در میان جمعیت افتاده.ارنو که در شوک فرو رفته،بار دیگر ساعت پدرش را نگاه می‌کند .سکوت او سپس با صدای فرانسوا دولا سر، پدر الیز، شکسته می‌شود. پس از ان، دولاسر، آرنو را به سرپرستی قبول می‌کند و به عمارت خودش می‌برد.ادامه داستان سیزده سال بعد از این اتفاق می‌افتد.ارنو که حالا تبدیل به جوانی بی هدف و سرکش شده، تنها یادگاری پدرش، یعنی ساعت جیبی را در قمار به شخصی بنام ویکتور باخته است، اما دوباره به خانه ویکتور دزدکی وارد شده تا ساعتش را بردارد. او سپس فرار می‌کند ک تحت تعقیب ویکتور و برادرش هوگو قرار می‌گیرد. تا زمانی که به عمارت دولاسر می‌رسد و با رسیدن دولاسر، قضیه حل و فصل میشود.دولاسر در دفتر کارش به آرنو می‌گوید که قرار است که امشب یک میهمانی در کاخ ورسای ، انجام بگیرد که الیز نیز پس از سالها تحصیل در پاریس در انجا حضور خواهد داشت. اما پیش از آن، باید به یک همایش سلطنتی در دفتر شاه برود و از آرنو می‌خواهد تا کالسکه اورا مرتب کند. آرنو این کار را انجام می‌دهد و سپس ، دولاسر عمارت را ترک میکند، اما دقیقا همان موقع، یکی از همکاران ارنو، پریشان بدنبال کالسکه میدود. او به آرنو می‌گوید که نامه بسیار مهمی دارد که باید سریعا به آقای دولاسر برساند. آرنو مسئولیت نامه را قبول می‌کند و بدنبال کالسکه می‌رود. او موفق می‌شود رد کالسکه را تا دفتر سلطنتی بگیرد و سپس به محل همایش نفوذ کند. (تشکیل دوباره مجلس اصناف برای حل مشکلات شدید اقتصادی بدست لوئی شانزدهم در جولای ۱۷۸۹)البته او در تحویل نامه به فرانسوا ناموفق بود چرا که ویکتور و هوگو، به او هجوم بردند و آرنو مجبور به مبارزه و سپس ترک کاخ شد.آرنو به عمارت برگشت و با وجود اهمیتی که نامه داشت، برای زودتر رسیدن به جشن شب و دیدار با عشقش الیز، نامه را از زیر در به داخل اتاق دولا سر هل داد.او یک لباس اشرافی را دزدید و در جشن ، به کاخ ورسای وارد شد و الیز را در میان جمعیت دید. الیز پس از چند لحظه عاشقانه، از آرنو می‌خواهد که موقتا قصر را ترک کند . آرنو، سرخوش از دیدار با الیز به حیاط کاخ میرود ولی ناگهان در انجا با جنازه پدرخوانده خود، که بشدت زخمی شده روبرو شد.از انطرف، با فریاد قاتل اصلی، گارد های سلطنتی آرنو را بعنوان قاتل در نظر گرفتند و او را بیهوش کردند.آرنو بعد از بهوش آمدن خود را در یک سلول قدیمی دید وعلیرغم اصرار و فریاد بسیار مبنی بر بیگناهی، کسی به او توجه نمیکند. پس مجبور می‌شود تا شب را بگذراند و استراحت کند. فردا صبح که از خواب بلند شد، متوجه نبود ساعت یادگاری در جیبش شد و سپس آنرا در دست یکی از هم سلولی هایش دید. او با مبارزه با هم سلولی موفق می‌شود که ساعتش را پس بگیرد. آن مرد آرنو را شناخت و توانایی دید عقاب هم در او متوجه شد. مرد به آرنو گفت که پدر ارنو، شارل دوریان، در حقیقت یک اسسین و دوست خودش بود که بدست ، یک اساسین خائن به قتل رسید و دولاسر، خودش رهبر تمپلار های فرانسه بود و از روی دلسوزی او را به سرپرستی گرفت. نام او نیز پیِر بِلِک است و این ساعت را در حقیقت بلک به پدر ارنو داده بود.بلک آرنو را متقاعد میکند تا به تمرین شمشیر زنی با وی بپردازد. دوماه می‌گذرد ولی در یکی ازین روز ها، زندانی ها متوجه غوغا و شورش و تجمع در مقابل زندان باستیل (محل حبس آرنو و بلک) می‌شوند.در حقیقت ، در طی این دوماه آنقدر این شورش ها و نارضایتی ها در میان مردم زیاد شده که مردم اسلحه به دست گرفته و به مهمترین زندان کل فرانسه حمله کردند. (یورش به باستیل در ۱۴ ژوئیه ۱۷۸۹)در این میان، دیوار قلعه تخریب شد و بلک و آرنو با کمک هم و با بالارفتن از دیوار زندان، موفق به پریدن در رود کنار زندان و فرار می‌شوند. بلک ، پیش از ترک ارنو، به وی نشانی را می‌دهد تا با استفاده از آن اسسین ها را پیدا کند و اگر می‌خواهد به آنها بپیوندد.آرنو در ابتدا به ورسای و عمارت دولاسر که حالا متروک شده برمیگردد .او آنجا الیز را می‌بیند که از او دلخور است. آرنو قسم میخورد که در مرگ پدر الیز نقشی نداشته، اما الیز به او نامه‌ی اول بازی را نشان میدهد، که نویسنده که با نام مختصر 《L》آورده شده ،در آن به دولاسر هشدار می‌دهد که امشب، نباید به هیچکس اعتماد کند و افرادی قصد توطئه علیه او را دارند. این نامه میتوانست فرانسوا را نجات دهد اما سهل انگاری آرنو موجب مرگ اوشد. آرنو با شرمساری ورسای را ترک می‌کند و تصمیم می‌گیرد به پاریس و پیش اسسین هابرود.آرنو ورودی مخفیگاه اساسینها را پیدا می‌کند و آنجا دوباره با بلک دیدار می‌کند، بلک آرنو را به نزد شورای اساسین های فرانسه می‌برد و پس از مشورت و رای گیری میان شورای پنج نفره و اصرار بلک، آرنو بعنوان یک اساسین، لباس و هیدن بلید خود را به طور رسمی تحویل می‌گیرد.آرنو که حالا یک اساسین است، و بلک ، موفق به جمع آوری اطلاعات درباره یک تمپلار به نام شارل گابریل سیوِرت، قاتل دولاسر می‌شوند و او را در نوتردام پیدا می‌کنند. آرنو به کلیسا مخفیانه وارد شده و سیورت را می‌کشد. او در خاطرات سیورت می‌بیند که او در شب مرگ فرانسوا دولاسر ، با یک تمپلار دیگر بنام مستعار پادشاه گدایان(king of beggars) دیدار می‌کند و در زمان نبرد سیورت و دولاسر، این پادشاه گدایان بود که با سنجاق تیزی از پشت گردن دولاسر را مورد اصابت قرار داد.آرنو نوتردام را ترک می‌کند و به شورا باز میگردد، در این میان ، بلک به آرنو توضیح می‌دهد که پیش از مرگ دولاسر، کنت دو میرابو(ژورنالیست،سیاستمدار ، رهبر اساسینهای فرانسه و از اعضای شورای اساسین ها)در تلاش برای صلح با تمپلار ها بود که تا حدودی موفق بود، ولی با قتل دولاسر خوشبختانه این طرح شکست خورد.اسسین، خبر پیروزی در کشتن سیورت را می‌دهد و عنوان می‌کند که فردی با عنوان پادشاه گدایان هم در این توطئه نقش داشت.یکی از رهبران اساسینها به آرنو می‌گوید این شخص روی دس تونز نام دارد و دارای یک سیستم تقریبا خودمختار در زاقه نشینی حومه پاریس است.او به زاقه نشینی وارد می‌شود و سعی می‌کند الیوز لا توش، رابط سیورت و تونز را پیدا کند. او لا توش را درحال شکنجه و بریدن پا یک گدا برای بهتر گدایی کردن می‌بیند ولی پیش از آنکه بر علیه او اقدامی بکند، توسط مارکیز دو ساد، متوقف میشود. دوساد به او پیشنهاد می‌کند تا لاتوش را تعقیب کند. آرنو هم همینکار را می‌کند و سپس ، لاتوش را در یک هتل گیر ميندازد و از وی مکان رییسش، تونز را می‌پرسد. آرنو روی دس تونز ، پادشاه گدایان را در فاضلاب زیرزمینی پیدا میکند و می‌کشد. او در خاطرات تونز، می‌بیند که تونز بهمراه سیورت، روبروی شخص دیگری که چهره اش معلوم نیست زانو زده اند و او را گرند مستر خطاب می‌کنند. آرنو پش از آنکه توسط گاز های سمی درون فاضلاب مسموم بشود، از فاضلاب بیرون می‌آید و در یک فاحشه خانه، با دوساد دیدا می‌کند. دوساد می‌گوید که از روی دوستی به آرنو کمک نکرده، و او این کار ار کرد چون با مرگ تونز، حکومت کوچک محلی و غیررسمی در میان گدا ها بدست ساد می افتد.مارکیز برای قدردانی از ارنو، وسیله ترور گرند مستر پیشین، یعنی سنجاق را بهمراه اطلاعات به او می‌دهد. او می‌گوید که این تنها کار یک آهنگر در پاریس است، فرانسوا توماس ژغماین.آرنو ژغماین را در یک عمارت مصادره شده و تحت سلطه کنونی تندرو ها(نمونه‌ی باز از همان اعضای مسلح حزب کوهستان یا ژاکوبین های قرمز پوش هستند که در طول بازی هم تمپلار ها از ژاکوبین ها برای پیشبرد اهداف استفاده می‌کنند )آرنو و ژرمن موفق می‌شوند تا از خانه تندرو ها فرار کنند. در ادامه ژغماین به آرنو می‌گوید که آخرین نمونه این سنجاق ها را چند سال پیش برای یک کشیش دیمه دار(ثروتمند)بنام کریستن لافرنیه درست کرده. آرنو که به خیال خودش توطئه گر اصلی را پیدا کرده، خودسرانه و بدون اطلاع به شورا ، برای کشتن لافرنیر به گورستان پاریس می‌رود. او لافرنیه را در حال سخنرانی در جمع برخی از سربازانش میبیند که لباسی دقیقا همانند شخص دیگری که در خاطرات تونز بود(گرند مستر جدید)داشت. او پس از بازگشت لافرنیه از نیایشگاه ، کمین می‌کند و اورا می‌کشد.