استقلال جواز حضور در لیگ قهرمانان آسیا ۲۰۲۱ را کسب کرده بود. در ۱۲ دی کنفدراسیون فوتبال آسیا فهرست تیم‌هایی که مجوز حرفه‌ای دریافت کرده‌اند را اعلام کرد. از میان هجده تیم ایرانی که درخواست این مجوز را داده بودند تنها شش تیم این مجوز را دریافت کردند که استقلال هم یکی از آن‌ها بود. دریافت این مجوز به استقلال اجازه حضور در لیگ قهرمانان آسیا را داد. در ۳ بهمن کنفدراسیون فوتبال آسیا اعلام کرد که سهمیه ایران از ۲ تیم در مرحله گروهی و ۲ تیم در مرحله مقدماتی به ۳ تیم در مرحله گروهی و ۱ تیم در مرحله مقدماتی افزایش یافته. به این ترتیب استقلال بدون حضور در مرحله مقدماتی وارد مرحله گروهی لیگ قهرمانان شد. در ۸ بهمن قرعه‌کشی مرحله گروهی این مسابقات انجام شد و استقلال در گروه C این بازی‌ها با تیم‌های الدحیل قطر، الشرطه عراق و الاهلی عربستان هم‌گروه شد. در ۲۱ اسفند کشورهای میزبان مرحله گروهی مشخص شدند و میزبانی بازی‌های گروه C به شهر جده عربستان سعودی واگذار شد. این در حالی‌ست که ایران نیز درخواست میزبانی از این مسابقات را داده بود اما کنفدراسیون فوتبال آسیا با درخواست ایران موافقت نکرد. در ۲۸ اسفند با اعلام کنفدراسیون فوتبال آسیا بازی‌های لیگ قهرمانان آسیا با حضور تماشاگران برگزار شد. با اعلام میزبانان ساعت برگزاری بازی‌های نیز مشخص شد که بازی‌های گروه استقلال ساعات ۲۲:۱۵ و ۴۵ دقیقه بامداد به وقت تهران برگزار خواهند شد. در کمال تعجب همگان زمین دوم ورزشگاه ملک عبداله شهر جده به عنوان محل برگزاری بازیها مورد تأیید ای‌اف‌سی قرار گرفت. استقلال در اولین بازی خود به مصاف الاهلی عربستان رفت و با نتیجه ۵ بر ۲ از سد این تیم عربستانی گذشت. در این بازی اسماعیلی، نادری، قایدی (۲گل) و دیاباته (پنالتی) برای استقلال گلزنی کردند. مهدی قایدی به عنوان بهترین بازیکن بازی با الاهلی انتخاب شد. استقلال در بازی دوم الشرطه عراق را با سه گل شکست داد. در این بازی نادری، اسماعیلی، دیاباته گلزنان استقلال بودند. آرش رضاوند بهترین بازیکن بازی استقلال و الشرطه شد. برخلاف دو بازی اول که در ساعت ۰۰:۴۵ برگزار شده بودند استقلال در بازی سوم ساعت ۲۲:۱۵ دقیقه اول اردیبهشت به مصاف تیم الدحیل رفت. این بازی پرگل با حساب ۴ بر ۳ به سود تیم قطری پایان یافت. مطهری، اسماعیلی و دیاباته گلهای استقلال در این بازی به ثمر رساندند. به این ترتیب استقلال دور رفت بازیها را با شش امتیاز و در رده دوم جدول به پایان رساند. استقلال در حالی دور برگشت مرحله گروهی را آغاز کرد که مجیدی در بازی با الدحیل از نشستن بر روی نیمکت محروم بود بعد از شکست استقلال در برابر الدحیل کلیپی در فضای مجازی منتشر شد که حاوی صحنه‌های کودک آزاری بود. در این کلیپ دو مرد با اذیت و آزار کودکی از می‌خواستند که علیه استقلال شعار بدهد که این کودک با گفتن من تیمم رو نمی‌فروشم در برابر خواسته نامتعارف این دو شخص مقاومت کرد. بعد از انتشار این کلیپ با راه افتادن هشتگ #من_تیمم_رو_نمی‌فروشم به صورت گسترده از این کودک استقلالی حمایت صورت گرفت. استقلال در بازی چهارم به مصاف الدحیل رفت و در حالی که در این دیدار نیز گل اول بازی را به ثمر رساند در ادامه ۲ بر ۱ از حریف عقب افتاد که با گلزنی در دقیقه ۶۱ بازی را به تساوی رساند و با حساب ۲ بر ۲ این بازی به پایان رسید. دیاباته (پنالتی) و قایدی گلزنان استقلال بودند. در ۵ دقیقه پایان بازی به دلیل مصدومیت دیاباته و پایان محدودیت تعویضی، آبی‌پوشان بازی را ده نفر ادامه دادند. در پایان بازی مهدی قایدی به عنوان بهترین بازیکن زمین انتخاب شد. استقلال در بازی پنجم به مصاف الاهلی عربستان رفت و در شرایطی که زمینه برای برد و صعود فراهم بود با یک بازی کاملاً محتاطانه تن به تساوی بدون گل داد و در پایان این هفته صدرنشین گروه سوم بازیها شد. وریا غفوری به عنوان بهترین بازیکن این بازی انتخاب شد. استقلال در آخرین بازی مرحله گروهی به مصاف الشرطه عراق رفت و با تک گل شیخ دیاباته از نقطه پنالتی موفق به شکست دادن این تیم شد. دیاباته در این بازی یک ضربه پنالتی را نیز از دست داد. برای دومین بار در این بازیها غفوری به عنوان بهترین بازیکن زمین انتخاب شد. استقلال با کسب این برد و سپس با تساوی الاهلی و الدحیل در بازی پایانی گروه سوم، عنوان صدرنشینی گروه مرگ را به دست آورد. با توجه به تغییر فرمت بازیهای لیگ قهرمانان آسیا از این گروه فقط استقلال به مرحله بعدی صعود کرد و تیمهای الاهلی و الدحیل از دور بازیها کنار رفتند.