گزینه‌های زیادی به منظور جانشینی امری مطرح شدند که در نهایت، خورخه سمپائولی مربی آرژانتینی که پیش از این هدایت تیم ملی شیلی را بر عهده داشت و با این تیم به مقام قهرمانی کوپا آمریکا ۲۰۱۵ رسیده بود، عهده‌دار هدایت سویا گردید. با ورود سمپائولی، تغییرات بنیادین در شیوه بازی سنتی سویا به وجود آمد و باشگاه به سبک فوتبال مالکانه روی آورد. این تغییر سبک سبب شد تا بازیکنان زیادی باشگاه را در تابستان ۲۰۱۶ ترک کنند. اور بانگا، گرگوری کریچوویاک، کوین گامیرو و کوکه از جمله بازیکنانی بودند که به فروش رسیدند. در عوض بازیکنان زیادی نیز با نظر سمپائولی خریداری شدند که از جمله آن‌ها می‌توان ویسام بن یدر، فرانکو وازکز، خواکین کوریا، پابلو سارابیا، گانسو و … نام برد. نخستین بازی سویای سمپائولی، سوپر جام اروپا مقابل رئال مادرید بود. در حالی که سویا تا ثانیه‌های پایانی با نتیجه ۲–۱ از حریفش پیش بود، با گل دقایق پایانی کار به تساوی کشیده شد و در وقت‌های اضافه نیز با اخراج یکی از بازیکنان سویا، کار سخت‌تر شد و در نهایت سویا ۲–۳ مقابل رئال مادرید شکست خورد. در سوپر جام اسپانیا نیز سویا با سمپائولی عملکرد خوبی نداشت و در مجموع دو بازی با نتیجه ۰–۵ مغلوب بارسلونا شد. سمپائولی بعد از گذشت مدتی، کم‌کم توانست ترکیب مورد نظر خود را در سویا به دست آورده و نتایج خوبی را کسب کند. سویا در فصل ۱۷–۲۰۱۶ تا هفته ۲۸ جزو مدعیان قهرمانی به‌شمار می‌رفت، ولی در این برهه و با مصدومیت بازیکنان کلیدی و مشکلات فنی، تیم دچار افت مقطعی شد و در پایان فصل مقامی بهتر از چهارمی را در لالیگا به دست نیاورد. در لیگ قهرمانان نیز سویا در گروه خود پس از یوونتوس، به عنوان تیم دوم به مرحله حذفی راه یافت که در این مرحله و در دو بازی عجیب، در حالی که سویا دو ضربه پنالتی را از دست داد، در مجموع با نتیجه ۲–۳ مقابل لسترسیتی مغلوب و از دور مسابقات کنار رفت. در پایان فصل، خورخه سمپائولی برای بر عهده گرفتن هدایت تیم ملی کشورش آرژانتین که وضعیت خوبی را در مرحله انتخابی جام جهانی ۲۰۱۸ نداشت، از سمت خود در باشگاه سویا استعفا داد. در این زمان، شوک بزرگی به سویا وارد شد. مونچی که هم به عنوان بازیکن و هم به عنوان مدیر ورزشی، حدود ۳۰ سال در باشگاه سویا حضور داشت، از سمت خود استعفا داد و به آ اس رم پیوست و ضربه سختی به سویا وارد آمد. پس از مذاکرات بسیار، مسئولین باشگاه سویا در نهایت سکان هدایت این باشگاه را به مربی آرژانتینی دیگری به نام ادواردو بریتزو سپردند. تابستان ۲۰۱۷ نیز با خرید و فروش‌های بسیاری همراه بود. از جمله بازیکنان ورودی می‌توان به گیدو پیزارو، نولیتو، لوئیس موریل و همچنین بازگشت بازیکنانی چون خسوس ناواس و اور بانگا اشاره نمود. آغاز فصل ۱۸–۲۰۱۷ با مسابقه پلی آف لیگ قهرمانان اروپا مقابل باشاک شهیر ترکیه همراه بود که سویا در مجموع دو بازی رفت و برگشت و با نتیجه ۳–۴ موفق شد تا از سد حریف ترکیه ای خود عبود کند و به مرحله گروهی رقابت‌های لیگ قهرمانان برسد. در دسامبر سال ۲۰۱۷، ادواردو بریتزو به دلیل کسب نتایج ضعیف از سمت خود برکنار شد. این در حالی بود که سویا هنگام اخراج بریتزو در لالیگا پنجم بود و به یک‌هشتم نهایی کوپا دل ری و لیگ قهرمانان اروپا نیز راه یافته بود. وینچنزو مونتلا سرمربی ایتالیایی که سابقه هدایت فیورنتینا و آث میلان را نیز در کارنامه داشت، با نظر هیئت مدیره و سهام داران باشگاه، به عنوان سرمربی جدید برگزیده شد. مونتلا در لالیگا عملکرد بدی داشت. اما در لیگ قهرمانان با حذف منچستریونایتد توانست سویا را به جمع ۸ تیم برتر اروپا برساند و در مرحله بعد نیز با باخت حداقلی و ۲–۱ مقابل بایرن مونیخ که با بدشانسی و دو گل به خودی همراه بود، از گردونه رقابت‌ها خارج شد. در کوپا دل ری هم سویا با هدایت مونتلا توانست با حذف اتلتیکو مادرید به فینال برسد. هر چند که در فینال با یک نتیجه سنگین مغلوب بارسلونا گردید. به دلیل در خطر بودن سهمیه اروپایی، مدیران باشگاه مونتلا را اخراج نمودند و خواکین کاپاروش را به عنوان سرمربی موقت تا پایان فصل برگزیدند. کاپاروش هم عملکرد خوبی داشت و توانست سهمیه لیگ اروپا را کسب نماید. فصل جدید با اعتماد به مربی جوان اسپانیایی، پابلو ماچین آغاز شد. سویا در سوپر کاپ اسپانیا با شکست ۲_۱ مقابل بارسلونا فصل را آغاز کرد. ماچین کارش را متزلزل آغاز نمود، ولی رفته رفته و با چند برد خوب امیدها را زنده کرد. اما در ادامه و با بازی‌های متوالی بدون برد و حذف از لیگ اروپا، از سمتش برکنار شد و دوباره خواکین کاپاروش به عنوان مربی موقت تا پایان فصل برگزیده شد. هر چند با ناکامی در کسب سهمیه لیگ قهرمانان اروپا، فصل ناموفقی برای سویا سپری گشت، ولی با بازگشت دوباره مونچی به سویا، سیستم مدیریت ورزشی باشگاه دوباره به روال سابقش بازگشت. مونچی در اولین اقدامش، سکان هدایت تیم را به یولن لوپتگی، سرمربی سابق تیم ملی اسپانیا سپرد.