moaminsharifi/fa-wiki-spell-checker huggingface dataset:
به‌گفتهٔ علی اکبر ولایتی، خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در مسائل جنگ به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حملهٔ عراق به ایران اولین اطلاعیه در مورد حملهٔ ارتش عراق به ایران را از رادیو اعلام کرد. در ۵ مهر ۱۳۵۹ ه‍.ش در جبهه‌های جنگ حضور یافت تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقهٔ مورد حملهٔ نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند. بر این اساس راهی جبههٔ جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ ه‍.ش در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن، در جبههٔ غرب حاضر شد، حضور او در جبهه‌ها تمام‌وقت نبود و برای کارهایی مانند اقامهٔ نماز جمعه به تهران می‌آمد و برمی‌گشت. بیشتر وقت او در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم صرف می‌شد. از اقدامات این ستاد که خامنه‌ای در آن نقش داشت، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه و بسیج و تهیهٔ نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود. از دیگر تلاش‌های وی ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود. به‌فرمان سید روح‌الله خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ ه‍.ش شورای عالی دفاع ملی عهده‌دار کلیهٔ امور جنگ شد و خامنه‌ای در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ ه‍.ش نمایندهٔ خمینی در این شورا و نیز سخن‌گوی آن شد. در این مدت مشاور خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود. خامنه‌ای در عملیات شکستن حصر آبادان حضور مستقیم داشت.
بنا بر ادعای سید ابوالحسن بنی‌صدر، که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در نبرد کرخه کور در جبههٔ جنگ حضور یافته اما فرار وی از منطقهٔ عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است. از سوی دیگر سایت مشرق‌نیوز به نقل از امیرحسین ثابتی ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است، و در خاطرات هیچ‌کدام از رزمندگان به این موضوع اشاره نشده‌است. همچنین چند تن از نمایندگان مجلس در سال ۱۳۶۰ ه‍.ش از خامنه‌ای دربارهٔ علت شکست جنگ و نه فرار او، سؤال می‌کنند. خامنه‌ای در این‌باره و در جلسه مجلس شورای اسلامی به تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ ه‍.ش می‌گوید: «در آن ماجرا هیچ‌کس مقصر نبوده و همه تلاش خود را کردند و خیانتی مشاهده نکردم.»
در تابستان ۱۳۶۷ ه‍.ش با پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ توسط ایران، جنگ به پایان رسید. پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی‌رتبه در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ ه‍.ش به تصویب رسید و خمینی نیز این مسئله را قبول کرد. به‌دنبال این تصمیم سید علی خامنه‌ای به‌عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در ۲۷ تیر ۱۳۶۷ ه‍.ش به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد.
پس از قتل و ترور محمدعلی رجایی، دومین رئیس‌جمهور ایران، شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعهٔ مدرسین حوزهٔ علمیهٔ قم به اتفاق آرا سید علی خامنه‌ای را به‌عنوان نامزد ریاست‌جمهوری انتخاب کردند، سید روح‌الله خمینی که با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبود، با نامزدی او موافقت کرد. از مهم‌ترین حامیان او در انتخابات ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام بود. انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش برگزار شد و خامنه‌ای با کسب اکثریت آراء (۱۱/ ۹۵٪) به‌عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد. در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش روح‌الله خمینی حکم ریاست‌جمهوری وی را تنفیذ کرد و او در ۲۱ مهر به‌عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد. سید علی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش علی‌اکبر ولایتی را به‌عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد، ولی نتوانست اکثریت آرا نمایندگان را کسب کند. در ۴ آبان ۱۳۶۰ ه‍.ش میرحسین موسوی را به‌عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد و او توانست اکثریت آرا نمایندگان مجلس را کسب کند.
خامنه‌ای ریاست‌جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست‌جمهوری دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس‌جمهور هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدیدمی‌آورد. به‌تدریج، دفتر ریاست‌جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس‌جمهور و نهاد ریاست‌جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس‌جمهور که کاستی آن در تعامل با نخست‌وزیر در طول دورهٔ اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس‌جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ ه‍.ش به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. خامنه‌ای با موسوی در موضوعات مختلفی از جمله دیدگاه اقتصادی و انتخاب وزرا اختلاف نظر داشتند. به‌گفتهٔ سید مصطفی میرسلیم خامنه‌ای معتقد بود بخش خصوصی باید در فعالیت‌های اقتصادی مشارکت بیشتری داشته باشند اما موسوی مخالف بود. در پی این اختلاف نظرها در چهارساله اول ریاست‌جمهوری، خامنه‌ای مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست‌جمهوری شرکت کند، اما پس از آنکه خمینی آن را تکلیف شرعی او دانست، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دورهٔ ریاست‌جمهوری نامزد شود و از خمینی خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و او هم پذیرفت. پس از انتخاب مجدد به‌عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانهٔ انتخاب نخست‌وزیر وقتی معلوم شد می‌خواهد فرد دیگری را برای نخست‌وزیری معرفی کند، برخی نظامیان و در راس آنها محسن رضایی به خمینی گفتند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره میرحسین موسوی است. خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفت و به خامنه‌ای حکم کرد که موسوی را به‌عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. خامنه‌ای هم با وجود مخالفت خود، موسوی را به مجلس معرفی کرد. ۹۹ نفر از نمایندگان به نخست‌وزیری موسوی رای منفی کردند و خامنه‌ای در سخنرانی‌ای گفت «این‌ها ۹۹ نفر نیستند و با من صد نفر هستیم». در دورهٔ دوم ریاست‌جمهوری اختلافات رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
او طی ۷ سال از دوران ریاست‌جمهوری‌اش که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های صلح که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص داد. در دورهٔ ریاست‌جمهوری به‌دلیل مخالفت خمینی با حضور در جبهه‌های جنگ، فقط به بازدیدهای محدود می‌رفت. خامنه‌ای در این دوره رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به‌دلیل شرایط خاص جنگ در ۱۳۶۵ ه‍.ش و به‌منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد. روح‌الله خمینی در پاسخ به استعلام او در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ ه‍.ش مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد. خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ ه‍.ش خامنه‌ای شورای بازنگری قانون اساسی متشکل از ۲۰ نفر ازجمله او، به‌عنوان نائب رئیس اول، را تعیین نمود تا به بازنگری و تکمیل قانون اساسی بپردازند.
در دوران هشت‌ساله ریاست جمهوری سید علی خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعال‌تر شد. او در دورهٔ اول ریاست‌جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ ه‍.ش به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دورهٔ دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ ه‍.ش به کشورهای پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر کرد. برای شرکت در هشتمین اجلاس سران جنبش عدم تعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران این کشورها گفت‌وگو کرد. از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ ه‍.ش به کشورهای یوگسلاوی و رومانی و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ ه‍.ش به کشورهای چین و کره شمالی سفر کرد. سید علی خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ ه‍.ش در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاه‌ها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را تشریح کرد. این سفر او با استقبال ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و مطبوعات بین‌المللی مواجه شد. از اقدامات دیگر خامنه‌ای در زمینهٔ سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط با گروه‌های سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آن‌ها و تشکیل مجلس اعلای اسلامی عراق اشاره کرد. در این دوره، به دامنهٔ حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد.
دیدار با قشرهای مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمان‌های گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرح‌ها، شرکت در همایش‌ها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌های خامنه‌ای در دورهٔ ریاست‌جمهوری بود. به‌گفتهٔ ولایتی سفرهای خامنه‌ای به استان‌ها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با قشرهای مختلف مردم، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن ازجمله فعالیت‌های مستمر او بود.
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ ه‍.ش خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی و تقویت آن با حضور مسئولان اجرایی با پیشنهاد خود را براساس حکم روح‌الله خمینی عهده‌دار شد. و به‌دنبال آن برخی مسئولان اجرایی مانند نخست‌وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی و فرهنگ و ارشاد اسلامی و دو نفر دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهی به ستاد اضافه شد. درپی بازگشایی دانشگاه‌ها و افزایش مراکز آموزشی و گسترش فعالیت ستاد انقلاب فرهنگی؛ خامنه‌ای دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳ ه‍. ش، صورت داد. در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام یافت، شورا با ترکیب جدیدی از اعضا تشکیل شد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد. سومین دورهٔ شورای انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۷۵ه‍.ش در دوران رهبری او تشکیل شد. و او طی حکمی اعضای جدید شورا را تعیین و بر اهمیت جایگاه و وظایف شورا تأکید کرد.
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، روح‌الله خمینی در پاسخ به نامهٔ سران کشور، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ ه‍.ش با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند. بر این اساس، سید علی خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص شد. او این سمت را تا پایان دورهٔ ریاست‌جمهوری عهده‌دار بود.
پیش از درگذشت خمینی به‌عنوان نخستین رهبر جمهوری اسلامی، حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده بود. اما در ۶ فروردین ۱۳۶۸ ه‍.ش و همزمان با درگیری منتظری با سران نظام، خمینی او را از این سمت عزل کرد و منتظری نیز استعفا داد. پس از درگذشت خمینی، اعضاء مجلس خبرگان رهبری در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ه‍. ش، خامنه‌ای را که در آن زمان رئیس‌جمهور ایران بود، به سمت رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران برگزیدند. به‌گفتهٔ ولایتی، انتخاب خامنه‌ای به مقام رهبری بعد از درگذشت خمینی، یکی از فرازهای مهم تاریخ جمهوری اسلامی ایران است. عدم انتخاب جانشین برای خمینی از یک طرف و حساسیت‌های ناشی از شرایط «نه جنگ و نه صلح» بین ایران و عراق و تداوم دشمنی بین قدرت‌های جهانی و جمهوری اسلامی، به این دوره از تاریخ ایران حساسیت ویژه‌ای داد.
پس از مرگ روح‌الله خمینی، مجلس خبرگان جلسهٔ فوق‌العاده‌ای در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ه‍. ش، تشکیل داد. در این جلسه نخست با اکثریت آرا به استعفای حسینعلی منتظری رسمیت داده شد. سپس، در خصوص انتخاب یک مرجع تقلید بالفعل، که در آن زمان تنها سید محمدرضا گلپایگانی مطرح بود، بحث شد و در این خصوص توافق حاصل نشد. در ادامه، موضوع رهبری شورایی مطرح شد، که نتوانست آرای کافی را به‌دست بیاورد. با مطرح شدن نام خامنه‌ای برای رهبری فردی، هاشمی رفسنجانی به درخواست حاضران خاطراتی از خمینی دربارهٔ صلاحیت خامنه‌ای برای رهبری آیندهٔ نظام می‌گوید. در نهایت ۶۰ نفر از ۷۴ عضو حاضر رأی به رهبری موقت سید علی خامنه‌ای دادند، هرچند که خود وی صراحتاً مخالف بود و خود را شایستهٔ این مقام نمی‌دانست. پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه‌پرسی، مجلس خبرگان بار دیگر براساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری خامنه‌ای رأی‌گیری کرد که اکثریت خامنه‌ای را به رهبری انتخاب کردند.
سیاست داخلی در این دوره با پنجمین دور انتخابات ریاست‌جمهوری و نیز همه‌پرسی اصلاح قانون اساسی شروع می‌شود. از آغاز دورهٔ رهبری خامنه‌ای ۹ دولت تشکیل شده‌است. هاشمی رفسنجانی و خامنه‌ای رابطهٔ خوبی در دوران ریاست جمهوری داشتند. رفسنجانی از چهره‌های انقلابی بود که به او نزدیک بود. روابط خامنه‌ای با رئیس‌جمهور اصلاح طلب سید محمد خاتمی تحت فشار و تنش بود. در مقابل محافظه‌کاری خامنه‌ای و بی‌اعتمادی عمیق به آمریکا، خاتمی طرفدار نزدیکی با آمریکا بود. رهبری خامنه‌ای قوی‌ترین چالش خود را در جریان انتخابات ۸۸ مشاهده کرد. مخالفان با مشکوک بودن به تقلب، نتیجه را رد کردند و برای اعتراض تجمع کردند. خامنه‌ای در واکنش گفت «سازوکارهای قانونی انتخابات در کشور ما اجازهٔ تقلب نمی‌دهد.» روابط خامنه‌ای و احمدی‌نژاد در دورهٔ دوم ریاست جمهوری احمدی‌نژاد برخلاف دورهٔ اول تیره شد. در دورهٔ حسن روحانی، مذاکرات برای دستیابی به توافق هسته‌ای، منجر به برجام شد. اما مزایای لغو تحریم‌ها و حل مسئله هسته‌ای کوتاه‌مدت بود. دونالد ترامپ اعلام کرد که آمریکا از توافق هسته‌ای خارج می‌شود و تحریم‌ها را دوباره اعمال می‌کند. خامنه‌ای روحانی را به‌دلیل اغماض بیش‌ازحد در توافق سرزنش کرد. در ۱۹ دی ۱۳۹۹ خامنه‌ای واردات واکسن کرونا از آمریکا و انگلیس را ممنوع اعلام کرد و گفت با توجه به پروندهٔ خون‌های آلوده به واردات واکسن از فرانسه هم خوشبین نیست. همچنین خامنه‌ای از ساخت واکسن در ایران حمایت کرد. از جمله موضوعات مورد تأکید او در حوزهٔ سیاست داخلی در دورهٔ رهبری، اشتغال و اقتصاد مقاومتی بوده‌است. وی مردم و دولت را به قناعت و پرهیز از اسراف برای حل مشکلات اقتصادی توصیه می‌کند. خامنه‌ای حامی پیشرفت علمی در ایران بوده‌است. او یکی از اولین روحانیون اسلامی بود که اجازهٔ تحقیقات سلول‌های بنیادی و شبیه‌سازی درمانی را داد. خامنه‌ای «مسئولیت مستقیم» سیاست خارجی را بر عهده دارد و «بدون نظر و تأیید مستقیم او تصمیمی گرفته می‌شود.» او سیاست خارجی جمهوری اسلامی را اینگونه تشریح می‌کند: «سیاست ما دفاع از مسلمان‌ها و دفاع از ملت مظلوم را جزو سیاست‌های اصولی خودمان می‌دانیم و از آن عدول نمی‌کنیم. ما طرفدار اسلام و طرفدار مسلمان‌ها و طرفدار بیداری اسلامی هستیم و با تغذیهٔ قدرت‌های استثمارگر از منابع و غنیمت‌های مظلوم مخالفیم، با استعمار و با استثمار مخالفیم و این مخالفت در زبان و حرف هم نیست. اعتقاد ما این است و قالب سیاست خارجی ما هم همین است.» گفته می‌شود که او سیاست خارجی را به سمتی هدایت می‌کند که از رویارویی یا سازش با غرب اجتناب می‌کند. خامنه‌ای مداخلهٔ عربستان سعودی در یمن را محکوم کرد و عربستان را با اسرائیل مقایسه کرد. به‌گفتهٔ خامنه‌ای سیاست منطقه‌ای ایران عکس سیاست آمریکا است و ایران از مقاومت در منطقه و کسانی که علیه اسرائیل می‌جنگند حمایت می‌کند. همچنین به‌گفتهٔ او جمهوری اسلامی ایران کمک به دولت و ملت سوریه را حمایت از محور مقاومت می‌داند و به انجام آن افتخار می‌کند. خامنه‌ای آزار و شکنجهٔ مسلمانان روهینگیا در میانمار را محکوم کرد و رهبر دوفاکتو میانمار و برندهٔ جایزهٔ صلح نوبل، آنگ سانگ سوچی را «زن بی‌رحم» خواند.
دوران رهبری خامنه‌ای با اعتراضات گسترده‌ای همراه بوده‌است اما او این رخدادها را به رسمیت نمی‌شناسد و دستور سرکوب آن‌ها را می‌دهد.
در جریان قتل‌های زنجیره‌ای ایران در دههٔ ۱۳۷۰، برخی از دگراندیشان و مخالفان حکومت جمهوری اسلامی به دست نیروهای وزارت اطلاعات کشته شدند. خامنه‌ای این قتل‌ها را حوادثی بسیار بد و نفرت‌آور توصیف کرد و آن‌ها را غیرقانونی خواند.
در تیر ۱۳۷۸، پس از اعتراضات به توقیف روزنامهٔ "سلام" لباس شخصی‌ها و مأموران امنیتی به کوی دانشگاه حمله کرده و به ضرب‌وجرح و بازداشت شماری از دانشجویان پرداختند. اعتراض‌ها در بسیاری از شهرهای کشور تا ۲۳ تیر ادامه یافت. بر پایهٔ یکی از سخنرانی‌های خامنه‌ای، شمار قابل‌توجهی از روزنامه‌ها به‌گونه‌ای فله‌ای توقیف و نزدیک به هزار روزنامه‌نگار بیکار شدند.
از ۹ مرداد ۱۳۹۷ با افزایش قیمت طلا و کاهش شدید ارزش ریال در برابر دلار اعتراضات ۱۳۹۷ انجام شد.
در پی افزایش قیمت ناگهانی بنزین در آبان ۱۳۹۸، تظاهرات گسترده‌ای در چندین شهر آغاز شد. به‌گزارش رویترز در ۲۳ دسامبر ۲۰۱۹، چند روز بعد از آغاز اعتراضات آبان‌ماه ۱۳۹۸ علی خامنه‌ای از شیوهٔ برخورد مسئولان با ناآرامی‌ها انتقاد کرده و به مقامات امنیتی ارشد و سایر مقامات دولتی گفت: «جمهوری اسلامی در خطر است. به هر شکلی شده به اعتراض‌ها پایان بدهید. دستور من این است.» به‌گفتهٔ علی شمخانی، خامنه‌ای گفت شهروندان عادی که بدون داشتن هیچ‌گونه نقشی و در میانهٔ درگیری‌ها جان باخته‌اند در حکم شهید محسوب شوند.
در دی ۱۳۹۸، قاسم سلیمانی، فرماندهٔ نیروی قدس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در حملهٔ هوایی ایالات متحده به فرودگاه بین‌المللی بغداد کشته شد، و در پی آن ایران پایگاه عین‌الاسد آمریکا را با موشک بالستیک هدف قرار داد.
به‌دنبال پنهان‌کاری شلیک موشک به هواپیمایی اوکراینی توسط سپاه، تظاهرات دی ۱۳۹۸ روی داد که شعارهای بیشتری از جمله «این همه سال جنایت، مرگ بر این ولایت»، «کشته ندادیم که سازش کنیم / رهبر قاتل رو ستایش کنیم»، «ننگ ما، ننگ ما، رهبر الدنگ ما» کنیم»، «مرگ بر خامنه‌ای» علیه خامنه‌ای گفته شد. به‌دنبال آن سید علی خامنه‌ای به‌عنوان فرماندهٔ کل قوا عذرخواهی نکرد و تنها به یک تسلیت کفایت کرد و از فرماندهان سپاه به‌خاطر «توضیح به مردم» تشکر کرد. وی معترضان به پنهان‌کاری دولت‌مردان و فرماندهان سپاه را فریب‌خوردهٔ رسانه‌های خارجی دانست.
در جریان اعتراضات ۱۴۰۰ اصفهان، ابوالفضل قدیانی در ۸ آذر ۱۴۰۰، سید علی خامنه‌ای مسئول سرکوب اعتراضات مسالمت‌آمیز اصفهان و چهارمحال بختیاری می‌داند و گفت: «نظام استبداد دینی به‌ریاست مستبد امروز ایران علی خامنه‌ای بالاخره نتوانست تحصن اعتراضی مسالمت‌آمیز، خشونت‌پرهیز و مدنی مردم شریف و شجاع اصفهان را تحمل کند و ناگزیر ماهیت ضدمردمی، خشن و سرکوبگر خود را بار دیگر آشکار کرد و پس از آتش زدن چادرهای برپاشده متحصنین در زاینده‌رود با گاز اشک‌آور و شلیک گلوله‌های ساچمه‌ای و باتوم به معترضان حمله‌ور شد و به ضرب‌وجرح آنان پرداخت، کثیری از معترضان را به‌شدت مجروح و عدهٔ زیادی از آنان را دستگیر کرد و به خیال خام خود آتش اعتراضات به‌حق مردم را خاموش کرده‌است.»
پس از کشته شدن مهسا امینی، اعتراضات در اکثر شهرها از شهریور ۱۴۰۱ شروع و همچنان ادامه دارد. به‌گفتهٔ "گاردین" این اعتراضات بزرگ‌ترین چالش حکومت از اول انقلاب است. در آذر ۱۴۰۱، خواهر خامنه‌ای در جریان خیزش ۱۴۰۱ ایران از خامنه‌ای و «خلافت مستبدانه» او اعلام برائت کرد و افزود: «برادرم صدای مردم ایران را نمی‌شنود و به‌نادرستی صدای مزدوران و جیره‌خوارانش را صدای مردم ایران می‌شمارد.»
پدر خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین خامنه‌ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و جد او از تفرش به آذربایجان هجرت کرده بود. سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجستهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسهٔ علمیهٔ طالبیهٔ تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است. سید جواد خامنه‌ای زادهٔ نجف است و در کودکی از نجف به تبریز آمد. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه در نجف، در بازگشت به ایران در مشهد زندگی کرد و در کنار تدریس، به‌عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد و مسجد گوهرشاد فعالیت می‌کند. عموی وی، سید محمد خامنه‌ای، و شوهرعمه‌اش، محمد خیابانی، از طرفداران جنبش مشروطه ایران بوده‌اند. مادرش خدیجه میردامادی، دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. او دختر هاشم میردامادی بود، که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود.
سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر به نام‌های علویه، بتول و فاطمه‌سلطان داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای چهار پسر به نام‌های سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن و یک دختر به نام بدری سادات شد. سید محمد، برادر بزرگ‌تر، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بود. او در دوره‌های اول و دوم مجلس شورای اسلامی نمایندهٔ مشهد بود. او در دوران نمایندگی‌اش ترور شد اما از این ترور جان سالم بدر برد. در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. سیدهادی، برادر کوچک‌تر، نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ "حیات نو" را منتشر کرد، که بعداً به‌خاطر کاریکاتور اهانت‌آمیز به‌دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد. خواهر تنی او، بدری سادات، همسر علی تهرانی است. در آذر ۱۴۰۱، بدری سادات خامنه‌ای در جریان خیزش ۱۴۰۱ ایران از خامنه‌ای و «خلافت مستبدانه» او اعلام برائت کرد و افزود: «برادرم صدای مردم ایران را نمی‌شنود و به‌نادرستی صدای مزدوران و جیره‌خوارانش را صدای مردم ایران می‌شمارد.» تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب ۱۳۵۷ بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده شد. او در سال ۱۳۷۴ به‌همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. سید حسن، تنها برادر غیرِروحانی، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت، و عضو شورای پروانهٔ نمایش است.
همسر او منصوره خجسته باقرزاده زادهٔ ۱۳۲۶ در مشهد است. او در خانواده‌ای بازاری و مذهبی اهل مشهد بزرگ شده و بنا به تأکید سید علی خامنه‌ای تاکنون فعالیت سیاسی رسمی نداشته‌است. اما معمولاً به دیدار خانوادهٔ کشتگان جنگ ایران و عراق می‌رود. تاکنون هیچ تصویری از او در رسانه‌ها به‌طور رسمی منتشر نشده‌است.
خامنه‌ای شش فرزند، دو دختر و چهار پسر دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی، مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است. سید مصطفی بزرگ‌ترین پسر سید علی خامنه‌ای است. او بیشتر به مطالعات حوزوی مشغول است. سید مجتبی، همچون پدرش به جبههٔ جنگ ایران و عراق رفته و در چند عملیات هم شرکت کرده‌است. ارتباطی نزدیک با بسیج و سپاه دارد. از مجتبی خامنه‌ای به‌عنوان یکی از گزینه‌های محتمل رهبری نام برده می‌شود. اواسط مرداد ۱۴۰۱ میرحسین موسوی نیز دربارهٔ موروثی شدن رهبری هشدار داد. مجلس خبرگان رهبری گزارش‌های منتشرشده در مورد جانشینی موروثی را شبهه‌پراکنی خواند. سید مسعود که به نام محسن هم شناخته می‌شود، عضو جامعهٔ مدرسین قم است. او بیشتر به جمع‌آوری خاطرات پدر و ادارهٔ سایت او مشغول است. خامنه‌ای پسرانش را از فعالیت‌های اقتصادی یا داشتن مناسبت‌های حکومتی منع کرده‌است.
علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در سطوح عالی — تدریس کتاب‌های "رسائل"، "مکاسب" و "کفایه" — را انجام داد. وی پس از انقلاب نیز در طول دورهٔ ریاست‌جمهوری‌اش تدریس تفسیر را ادامه داد. از سال ۱۳۶۹ ه‍.ش تاکنون وی تدریس دروس خارج فقه را آغاز کرد. او تاکنون مباحث "جهاد" و "قصاص" را تدریس کرده و در حال تدریس "مکاسب محرمه" است. کلاس‌های او با حدود ۵۰۰ نفر برگزار می‌شود.
در آذر سال ۱۳۷۳ ه‍. ش، با درگذشت محمدعلی اراکی — یکی از مراجع تقلید وقت — موضوع مرجع تقلید بعدی مطرح شد. در این زمان برخی از روحانیون نظیر یوسف صانعی، فاضل لنکرانی هاشمی شاهرودی، تسخیری، جلال‌الدین طاهری، رضا استادی، محمدباقر حکیم، حسین راستی کاشانی، هادی روحانی و محمد مؤمن بر مرجعیت وی گواهی دادند. همچنین جامعهٔ مدرسین حوزهٔ علمیهٔ قم و جامعهٔ روحانیت مبارز تهران فهرستی از افراد صاحب صلاحیت برای مرجعیت را منتشر کردند که یکی از این افراد علی خامنه‌ای بود. در مقابل برخی از علما شیعه همچون حسینعلی منتظری، سید محمدحسین فضل‌الله، احمد آذری قمی، ابوالقاسم خزعلی وی را حائز صلاحیت مرجعیت نمی‌دانستند. به‌گفتهٔ محسن کدیور در آذرماه ۱۳۷۳ طاهری خرم‌آبادی و مؤمن قمی در هنگام انتخاب سید علی خامنه‌ای به‌اعتراض جلسهٔ جامعه را ترک کردند اما بعدها مؤمن این موضوع را تکذیب کرد. مؤمن به‌همراه هشت نفر دیگر عضو شورای ۹نفرهٔ افتای خامنه‌ای بودند که به‌همراه سید محمود شاهرودی مباحث فقهی را در قالب مباحثه با خامنه‌ای آموزش می‌دادند. اولین کتاب استفتا خامنه‌ای نیز به نام "درر الفوائد فی اجوبه القائد" در سال ۱۳۷۱ ه‍.ش چاپ شد.
به‌نوشتهٔ آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن «حجت‌الاسلام سید علی خامنه‌ای» به‌عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی را به‌عنوان «آیت‌الله» معرفی کردند. حسین باستانی در گزارشی تثبیت خامنه‌ای به‌عنوان رهبر جدید و دادن لقب آیت‌الله به او را نتیجه یک عملیات رسانه‌ای در ابتدای دوران مسئولیت او می‌داند. انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بود. و از آنجایی آغاز شد که خامنه‌ای با انتخاب خویش به‌عنوان رهبری با استدلال فقهی مخالفت شدید کرد. بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی — قبل از همه‌پرسیِ ۱۳۶۸ — یکی از شرایط رهبر صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت عنوان شده بود که خامنه‌ای تا آن زمان مشمول آن شرط نبود. خمینی خواستار اصلاح قانون اساسی بود و بر همین اساس شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داد. او همچنین در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ ه‍.ش در نامه‌ای به علی مشکینی — رئیس شورای بازنگری قانون اساسی — نوشته بود: «... برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند.»
خامنه‌ای تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد. قبل از انقلاب اسلامی چند کتاب تألیف کرد از جمله: چهار کتاب اصلی علم رجال، طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن و پیشوای صادق. گفتار در باب صبر، وحدت و تهذب، هنر از دیدگاه آیت الله خامنه‌ای، درست فهمیدن دین، مجموعه پیام، مبارزات امامان شیعه، ذات وحدت خدا، ضرورت بازگشت به قرآن، امام سجاد، امام رضا و انتساب وی به ولایت العهدی، در همان دوره چند کتاب را پس از افزودن تحقیقات خود به آن‌ها، ترجمه و منتشر کرد، از جمله: آینده در قلمرو اسلام، نوشتهٔ سید قطب؛ صلح امام حسن، نوشتهٔ راضی آل‌یاسین؛ مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشتهٔ عبدالمنعم نمر. ادعانامه علیه تمدن غرب.
همچنین از گردآوری سخنرانی‌های او چند کتاب تألیف شده‌است از جمله: انسان ۲۵۰ ساله، تهاجم فرهنگی،غنا، فلسطین از منظر آیت الله خامنه‌ای و دو امام مجاهد.
خامنه‌ای، دو نامهٔ سرگشاده خطاب به جوانان کشورهای غربی منتشر کرده‌است. این دومین نامه در نوع خود است، اولین نامه در ژانویهٔ ۲۰۱۵ منتشر شد و دومین نامه در ۲۹ نوامبر ۲۰۱۵، هر دو از طریق حساب‌های کاربری او در رسانه‌های اجتماعی مختلف از جمله توییتر، فیس‌بوک و اینستاگرام منتشر شدند.
خامنه‌ای فرهنگ را جزو اساسی‌ترین مسائل کشور به‌شمار می‌آورد. او تهدیدات و آسیب‌های فرهنگی را با عناوینی چون «تهاجم فرهنگی»، «شبیخون فرهنگی»، «غارت فرهنگی»، «ناتوی فرهنگی» و «تهدید نرم» بیان کرده‌است. و در قالب «جهاد تبیین» و «تهاجم ترکیبی» خواستار مقابله با آن شده‌است.
مجمع جهانی اهل بیت، جامعة المصطفی العالمیه، بنیاد دایرةالمعارف اسلامی، بنیاد حفظ آثار و نشر ارزش‌های دفاع مقدس، مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی، شورای عالی فضای مجازی، شورای عالی قرآن سازمان‌های فرهنگی تأسیس‌شده توسط خامنه‌ای هستند.
خامنه‌ای با سبک‌های ادبی آشناست و از دوران کودکی تاکنون به مطالعهٔ رمان و داستان علاقه‌مند بوده، و بسیاری از رمان‌ها و داستان‌های معتبر دنیا را مطالعه کرده‌است. این علاقه با مطالعهٔ رمان‌ها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. خامنه‌ای در مورد اهمیت و جایگاه زبان فارسی معتقد است که هرکس به معارف بشری علاقه‌مند باشد، باید برای زبان فارسی مرتبتی خاص قائل باشد، زیرا این زبان توانسته‌است بخش عظیمی از مناطق جغرافیایی جهان را تحت سیطرهٔ معنوی خود درآورد و با قدرت بلاغت خود در دل ملت‌ها جا باز کند و برای آنان فرهنگ، دین، معرفت و تمدن به ارمغان بیاورد. خامنه‌ای در سال ۱۳۹۸ گفت که راجع به زبان فارسی نگران است زیرا زبان فارسی در حال فرسایش است. همچنین به‌گفتهٔ او از صداوسیما به‌جای ترویج زبان صحیح گاهی از تعابیر و لغات خارجی استفاده می‌کند.
خامنه‌ای در هنگامی که در شهر مشهد، حضور داشته در انجمن‌های ادبی از جمله انجمن ادبی فردوسی و انجمن ادبی فرخ عضو بوده و اشعاری نیز دارد. وی در دوره‌ای دفترچه‌ای با خود داشت که نامش را «سفینهٔ غزل» گذاشته بود که در آن اشعار جدید برای او جالب بود را می‌نوشت. در آخرین بازداشتش ساواک دفتر شعر او را مصادره کرد و هرگز به او پس نداد. تخلص وی در اشعارش «امین» است. نمونه شعر:
به‌گزارش تسنیم، دیدار شاعران با خامنه‌ای از دورهٔ ریاست‌جمهوری بوده و در زمان رهبری نیز ادامه داشته‌است. به‌گفتهٔ تسنیم دیدار شاعران با خامنه‌ای که هرساله در نیمهٔ ماه رمضان برگزار می‌شد، از جمله دیدارهای قدیمی است که دیگر به یک سنت میان اهالی ادب تبدیل شده‌است. به‌گزارش نسیم آنلاین، برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که به‌موجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند.
خبرگزاری تسنیم گزارش کرده‌است که آثار متعددی از جمله "شب شاعران بی‌دل" و "با کاروان شعر فارسی" دربارهٔ این جلسات و اشعار خوانده‌شده نوشته شده‌است. به غیر از شاعران ایرانی، شاعرانی از کشورهای افغانستان، تاجیکستان، پاکستان، آذربایجان، عراق، هند، اوکراین و ترکیه در این دیدار شرکت کرده و شعر خوانده‌اند. غیر از سه شاعر از کشورهای ترکیه، عراق و آذربایجان که شعرهای خود را به‌زبان خود خوانده‌اند، دیگر شاعران شعر خود را به‌زبان فارسی خوانده‌اند.
به‌اعتقاد سید علی خامنه‌ای اقتصاد اسلامی بر دو پایهٔ اصلیِ «افزایش ثروت ملی» و «توزیع عادلانه و رفع محرومیت در درون جامعهٔ اسلامی» قرار دارد و هر نسخهٔ اقتصادی که این دوپایه را بتواند تأمین کند، معتبر است. وی در سال ۱۳۸۹ برای اولین بار اقتصاد مقاومتی را مطرح و پس از آن در سخنرانی‌های متعدد بر آن تأکید کرد. او اقتصاد مقاومتی را اینگونه تعریف می‌کند: «اقتصاد مقاومتی؛ معنایش آن است که ما یک اقتصاد داشته باشیم که هم روند روبه‌رشد اقتصادی در کشور محفوظ بماند؛ هم با تحریکات جهانی آسیب‌پذیری کمتری داشته باشد. اقتصادی است متکی به مردم.» از دیدگاه او جهش تولید اهمّیّت دارد «اگر واقعاً تولید را بتوانید جهش بدهید، همهٔ شاخص‌های اقتصادی مهم کشور تغییر پیدا می‌کند، تحول پیدا می‌کند؛ یعنی اشتغال پایدار به وجود می‌آید، بی‌کاری کاهش پیدا می‌کند، صادرات رونق پیدا می‌کند، درآمد ارزی برای کشور فراهم می‌شود، نرخ تورم کاهش پیدا می‌کند؛ علاوهٔ بر این‌ها استقلال اقتصادی در کشور به وجود می‌آید.»
خامنه‌ای معتقد است ایران باید قدرت نظامی خود را افزایش دهد تا از وقوع جنگ جلوگیری کند. به‌گفتهٔ خامنه‌ای حضور منطقه‌ای و توانایی‌های موشکی ایران غیرقابل‌مذاکره است. پس از کشته شدن قاسم سلیمانی خامنه‌ای، گفت انتقام سختی در انتظار کسانی که دست به این کار زده‌اند خواهد بود. او با اشاره به حمله به پایگاه عین الاسد گفت کارهای نظامی به این شکل کفایت نمی‌کند. باید حضور فساد برانگیز آمریکا در این منطقه تمام شود.
طبق فتوای خامنه‌ای تولید، انباشت و استفاده از سلاح‌های هسته‌ای و دیگر سلاح‌های کشتارجمعی حرام است؛ اما این در حالی است که مدارکی برای گسترش پنهانی دستیابی به سلاح هسته‌ای وجود دارد که همین باعث تردید مقامات اروپایی شده‌است. از طرفی، خامنه‌ای بر اهمیت فناوری هسته‌ای برای مقاصد غیرنظامی تأکید دارد، زیرا به‌گفتهٔ او «ذخایر نفت و گاز نمی‌تواند برای همیشه باقی بماند.» ولی این که این فتوا چقدر قابل‌استناد است مورد مناقشه است، به‌طور مثال آیا اینکه وی حق چنین فتوایی دارد یا اینکه به هر دلیلی این فتوا می‌تواند لغو شود. همچنین آمریکا می‌گوید مبنای تصمیم‌گیری آن‌ها فتوای خامنه‌ای نیست و تأثیری بر آن‌ها ندارد.
سید علی خامنه‌ای، معتقد است: «اختیارات ولی فقیه در صورت تعارض با اراده و اختیار مردم، بر اختیارات و تصمیمات مردم، مقدم و حاکم است.» او عقیده دارد در نظام «ولایت مطلقهٔ فقیه» ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند.
او در پاسخ به انتقاداتی که می‌شد به ولایت مطلقه فقیه و اینکه ولایت براساس میل فقیه اداره می‌شود گفت «ولایت مطلقه فقیه در دست عالم اگر باشد به میل خود نمی‌تواند عملی را انجام دهد، و گفت ولایت دست کلیددار اصلی نظام حالت انعطاف‌پذیری وجود دارد» او در حالی از انعطاف سخن می‌گوید که بسیاری او را متهم به دیکتاتوری می‌کنند، سخنان او بدین معنی است که مجموعه دستگاه‌هایی که رهبری در رأس آنها قرار دارد به‌طور دائم با انتخاب آنچه درست‌تر و کامل‌تر است، خود را به‌طور مدام متحول کنند، منتظری در خطبهٔ خود سال ۱۳۷۶ مرجعیت خامنه‌ای را مورد تردید قرار داد و او را از ورود به وادی مرجعیت منع کرد. به‌گفتهٔ حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ از مسئولان حکومتی جهت عمل نکردن به سخنان او گلایه کرد.
معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است. خامنه‌ای تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائهٔ معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده‌است.
او اعتقاد دارد «انقلاب اسلامی»، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود. در این خصوص می‌گوید: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.»
او به‌طور مداوم جوانان را به رقابت بین‌المللی برای گسترش آرمان‌های اسلامی در قلب و ذهن جوانان در جامعهٔ جهانی و همچنین معرفی فرهنگ ایرانی و ایرانی تشویق می‌کند. او بر اساس گفتمان‌های عمومی خود، ورزش را به‌عنوان یک ابزار دیپلماتیک اولیه می‌بیند.
خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود دربارهٔ زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. دربارهٔ فعالیت اجتماعی زنان او معتقد است اگر زنان در حرکت اجتماعی یک ملتی حضور نداشته باشند، آن حرکت به جایی نخواهد رسید و موفق نخواهد شد.به‌اعتقاد وی بر مبنای اسلام حضور در میدان فعالیت علمی، اقتصادی، اجتماعی و سیاسی را، نباید بر زن تحمیل و اجبار کرد؛ چنان‌که به سد کردن راه او هم نباید پرداخت. اگر خانم‌ها می‌خواهند وارد فعالیت‌های اجتماعی و سیاسی شوند، مانعی نیست؛
در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند. به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به‌شمار می‌رود. به اعتقاد او مهم‌ترین نهاد اجتماعی خانواده است و زن در خانواده نقش مهم‌تری دارد. او «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است.
در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون ماهنامهٔ "زنان" بود.
خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود مرتباً به اصل مخالفت قاطع با آمریکا اشاره می‌کند. او عقیده دارد دشمنی آمریکا با «نظام» و «مردم ایران» انکار کردنی نیست. وی در خصوص مذاکره با آمریکا می‌گوید آمریکا می‌تواند وعده‌هایی زیبا بدهد که عمدتاً در عمل محقق نکند؛ بنابراین، تا زمانی که کشور تا حدی قوی نشده که در برابر فشارهای آمریکا حین مذاکرات، یارای مقاومت داشته باشد، مذاکره با آمریکا ممنوع است. در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق، لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند ما را سرکوب کند.» خامنه‌ای با لفظ انگلیس خبیث از انگلستان یاد می‌کند و می‌گوید «داعش و القاعده را استعمار علی‌الخصوص انگلیس خبیث برای مقابله با جمهوری اسلامی و بیداری اسلامی درست کردند.» همچنین خامنه‌ای مقصر اختلافات پاکستان و هند بر سر کشمیر را انگلیس می‌داند. او در سخنرانی عید فطر ۱۳۹۷، از سفرهای خارجی غیر ضروری مردم انتقاد کرد.
خامنه‌ای از مخالفان دولت اسرائیل و صهیونیسم است. در آذر ۱۳۷۹، خامنه‌ای اسرائیل را «یک غده سرطانی» خواند که «باید از منطقه حذف شود.» در شهریور ۱۳۹۴، خامنه‌ای در سخنانی دربارهٔ اسرائیل پس از توافق بر سر برنامه هسته‌ای ایران، اظهار داشت: «اسرائیل ۲۵ سال دیگر را نخواهد دید». خامنه‌ای اعتقاد به لزوم گسترش روابط دیپلماتیک با شرق و غرب به جز آمریکا و اسرائیل دارد و توجه به شرق و کشورهای همسایه را در اولویت می‌داند.
در فروردین ۱۳۹۳، خامنه‌ای در یک سخنرانی به مناسبت نوروز، هولوکاست را زیر سؤال برد. وی گفت: «هولوکاست رویدادی است که واقعیت آن نامشخص است و اگر اتفاق افتاده باشد، معلوم نیست چگونه اتفاق افتاده‌است.» وی همچنین اظهار داشت: «هیچ‌کس در کشورهای اروپایی جرأت نمی‌کند دربارهٔ هولوکاست صحبت کند» و گفت که «در غرب صحبت در مورد هولوکاست و ایجاد تردید در آن گناه بزرگی است».
در سال ۱۳۸۹، خامنه‌ای فتوایی صادر کرد که بر اساس آن هرگونه توهین به همسران محمد و همچنین به صحابه حرام است. همواره در ایران افرادی به دلیل توهین به مقدسات به سب‌النبی (هرکسی که محمد توهین کند) محکوم و اعدام می‌شوند؛— ماده ۵۱۳، قانون مجازات اسلامی ایران این فتوا در پاسخ به استفتایی از سوی جمعی از شیعیان عربستان بود. خامنه‌ای در رابطه با دنیای اسلام به وحدت، هم‌افزایی، کمک به یکدیگر، دوری از اختلافات مذهبی و فکری تأکید دارد. «اگر این وحدت اتفاق بیفتد، وضعی که امروز مسلمان‌ها دارند دیگر به این شکل نخواهد بود و مسلمان عزت پیدا خواهد کرد. شیعه انگلیسی و سنی آمریکایی، دولبهٔ یک قیچی هستند؛ سعیشان این است که مسلمان‌ها را به جان هم بیندازند.»
مطابق شاخص مردم‌سالاری "اکونومیست"، حکومت خامنه‌ای رژیمی اقتدارگرا و در مقابل آزادی‌خواهی است. طبق گزارش مجلهٔ "فوربز"، خامنه‌ای در سال‌های ۲۰۱۵ و ۲۰۱۸ به‌ترتیب هجدهمین و هفدهمین فرد قدرتمند در جهان بود. بر اساس مستندی از بزرگمهر شرف‌الدین در بی‌بی‌سی فارسی، نگاه منطقی و عمل‌گرایانه خامنه‌ای به سیاست او را از اکثر رهبران و حاکمان تاریخ معاصر ایران متمایز کرده‌است.
ازسوی دیگر، عباس میلانی، پژوهشگر تاریخ معاصر، در گفتگویی با بی‌بی‌سی در رابطه با خیزش ۱۴۰۱ ایران گفت: «خامنه‌ای توان درس گرفتن از اشتباهاتش را ندارد چون خود را یک عقل کل می‌داند.» موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور نوشته‌است: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ سید علی خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». سجادپور ادعا می‌کند که هر رویکرد موفق در قبال ایران باید نقش محوری خامنه‌ای در فرایند تصمیم‌گیری ایران و سوء ظن عمیق او نسبت به ایالات متحده را در نظر بگیرد. سجادپور در سال ۲۰۱۹ خامنه‌ای را قدرتمندترین شخص در خاورمیانه نامید و افزود که او قدرتش را به‌وسیلهٔ نهادهایی که افرادشان را خودش انتخاب کرده یا وفادارش هستند، پنهان می‌کند. در گزارش سالانهٔ گزارشگران بدون مرز، خامنه‌ای در «زمره درندگان آزادی رسانه‌ها» در جهان قرار گرفته‌است. در سال ۲۰۰۰، کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، او را یکی از ۱۰ دشمن آزادی بیان معرفی کرد. در همین راستا در اوایل کار مجلس ششم، هنگامی که طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شد تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود. به گفته کاظم علمداری، جامعه‌شناس، ولی فقیه در قانون اساسی جمهوری اسلامی دارای اختیارات نامحدود است و قانون اساسی برای رهبر حقوق دیکتاتوری قائل شده‌است. دیوید والچنسکی در کتاب "بدترین ۲۰ دیکتاتور زنده جهان" خامنه‌ای را در رده نهم قرارداده است.
به گفته بی‌بی‌سی، در رابطه با فهم دیدگاه‌های او باید تأکید کرد همواره در ایران خبرنگاران حق سؤال پرسیدن از خامنه‌ای را ندارند و البته انتقاد از او هزینه‌های دارد همیشه این گفتگو یک طرفه است خامنه‌ای در منبری می‌نشیند و سخنرانی می‌کند، که دیدگاه‌های او را باید بیشتر در سخنرانی‌های او جست. از نگاه علی‌اکبر ولایتی، شیوه مبارزاتی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی‌گرایانه، مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت سید روح‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند. گرت پورتر معتقد است درباب فتوای خامنه ای مبنی بر حرام بودن تولید سلاح هسته ای، سابقه عدم تلافی از حملات شیمیایی عراق علیه ایران قویاً نشان می‌دهد که بیزاری رهبر ایران از تولید سلاح‌های شیمیایی و هسته‌ای ریشه‌ای عمیق و صادقانه دارد. به گفته او به نقل از محسن رفیق‌دوست خمینی نیز در زمان جنگ ایران و عراق با وجود تلاش‌هایی برای ساخت سلاح‌های شیمیایی و هسته‌ای تولید و استفاده از این سلاح‌ها را حرام اعلام کرد. از سال ۲۰۱۲، موضع رسمی دولت باراک اوباما، استقبال از وجود فتوای ضد هسته‌ای خامنه‌ای بوده‌است. با این وجود به گفته ند پرایس، سخنگوی وزارت خارجه آمریکا، فتوای خامنه‌ای، هرگز مبنای تصمیم‌گیری آمریکا برای جلوگیری از دسترسی ایران به سلاح هسته‌ای نبوده‌است. بنیامین نتانیاهو نخست‌وزیر سابق اسرائیل، در مجمع عمومی سازمان ملل متحد اکتبر ۲۰۱۵ با نشان دادن کتاب فلسطین وی می‌گوید؛ «این کتاب آیت الله علی خامنه ای رهبر ایران است که در آن سخنرانی‌هایی برای ریشه کن کردن اسرائیل «طی ۲۵ سال» وجود دارد.»
مایک پومپئو دربارهٔ دیدگاه خامنه ای دربارهٔ هولوکاست می‌گوید: «ایالات متحده، اظهارات منزجرکننده و یهودی‌ستیزانهٔ خامنه‌ای را محکوم می‌کند؛ این اظهارات، جایی در توییتر یا سایر شبکه‌های اجتماعی ندارد. ما می‌دانیم که ادبیات سخیف (لفاظی‌های خبیثانه) خامنه‌ای، بازتاب سنت رواداری مردم ایران نیست». به گفته حمید کیهان در بی‌بی‌سی، سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی در اواخر سال ۱۳۹۲ و هم‌زمان با شدت گرفتن مشکلات اقتصادی ناشی از تحریم‌های خارجی در ۲۴ ماده برای اجرا به دولت ابلاغ شد. به گفته او بخش عمده این سند شامل شعارهایی در مورد اهدافی ماهیتا مطلوب اما عمدتاً غیراجرایی است و در بخش‌های دیگر نیز موضوعاتی به عنوان راهبرد عنوان شده که دستیابی به آنها در شرایط کنونی ایران ناممکن است. به گفته او شاید بخش‌هایی از آن از لحاظ منطق اقتصاد با مشکلاتی روبرو باشد اما بخش‌های دیگری از آن دست کم به‌طور تلویحی حاوی راهبردهای اجرایی است. به گفته فریدون خاوند در مجموع این سیاست‌ها فهرستی مرکب از هدف‌های بسیار بدیهی است که در برنامه اقتصادی خیلی از کشورها می‌توان دید. به گفته او این که چرا این سیاست‌ها پیش از این اجرا نشده جای سؤال است.
سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر تئوری توطئه و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود. دونالد ترامپ رئیس‌جمهور سابق آمریکا در نقد عملکرد خامنه‌ای می‌گوید: «مردم نجیب ایران، که آمریکا را دوست دارند، سزاوار دولتی هستند که بیش از تمرکز بر کشتن آن‌ها به جرم احترام‌خواهی، به آن‌ها کمک کند تا به رؤیاهایشان دست یابند. رهبران ایران به جای آنکه ایران را به سمت ویرانی بکشانند، باید هراس‌افکنی را کنار بنهند و ایران را دوباره باعظمت کنند» ۱۹ آذر ۱۴۰۱ در جریان خیزش سراسری مردم ایران ابوالفضل قدیانی در بیانیه‌ای بعد از اعدام محسن شکاری، از علی خامنه‌ای به عنوان «جبار تمامیت‌خواه» و «خودکامه خونریز» نام برد و افزود: «او باید بداند نمی‌تواند ملت ایران را با اعدام و بگیر و ببندِ معترضان مرعوب کند و برعکس این جنایت‌ها، عزم ملت را در سرنگونی خامنه‌ای و نظامش راسخ‌تر می‌کند.» روز دوشنبه ۵ دی ۱۴۰۱ سخنانی از ابوالفضل قدیانی منتشر شد، وی علی خامنه‌ای را «بزرگ‌ترین دشمن ملت ایران» و مصداق تمام و کمال «مفسد فی‌الارض و محارب» نامید و نوید آن را داد که «مطمئن باشید این حکومت رفتنی است.»
در ۱۹ دی ماه ۱۳۹۹، علی خامنه‌ای واردات واکسن کووید ۱۹ ساخت آمریکا و انگلیس را ممنوع اعلام کرد و گفت که به این واکسن‌ها اعتماد ندارد و حتی به فرانسه هم خوشبین نیست. ساعاتی بعد جمعیت هلال‌احمر ایران ورود ۱۵۰ هزار دوز واکسن کرونای شرکت فایزر از آمریکا را منتفی نمود. بسیاری از ایرانیان نسبت به این دستور واکنش نشان دادند که همراه با خشم، بُهت و ناباوری بود. شبکه اجتماعی توییتر این سخنان را بخاطر «نشر اطلاعات غلط دربارهٔ واکسن کرونا» از حساب‌های کاربری خامنه‌ای در زبان‌های انگلیسی، عربی، اسپانیایی، روسی و فرانسوی حذف کرد.
ده‌ها تن از متخصصان، استادان و کنش‌گران سیاسی و مدنی کشور، علی خامنه‌ای مسئول «فاجعه ملی» ناشی از گسترش ویروس کرونا دانستند؛ چون او به‌عنوان بالاترین و قدرتمندترین فرد حکومت «تصمیم نابخردانه» در رد کردن بعضی کمک‌های جهانی و اخراج پزشکان بدون مرز را توجیه نموده و از «نظریه مضحک» ترور بیولوژیک دفاع می‌کند. ابوالفضل قدیانی، سید علی خامنه‌ای و ارگان‌های تحت فرمان او را مسبب اصلی شیوع وسیع کرونا دانسته که می‌خواهد با فریب و انحراف افکار عمومی و به خدمت گرفتن تئوری توطئه و جنگ بیولوژیک، ناکارآمدی و سوء مدیریت خود و ارگان‌های تحت فرمانش را تحت‌الشعاع قرار داده و لاپوشانی کند.
به گزارش رادیو فرانسه در ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۹، سید علی خامنه‌ای در سال ۹۹ برای اولین بار در جلسه شعرخوانی که هر سال در ماه رمضان برگزار می‌شود به دلیل تهدید شرایط شیوع ویروس کرونا شرکت نمی‌کند. اما دولت روحانی خبر داد که نمازهای جمعه در مساجد در بیش از ۱۳۰ شهرستان برگزار می‌شوند. سید علی خامنه‌ای از ابتدای شروع شیوع ویروس کرونا از شرکت در کلیه تجمع‌ها و نشست‌های سیاسی و مذهبی خودداری کرده و پیام‌های خودش را برعکس تمامی رهبران جهان، از طریق کنفرانس‌های تصویری یا پیام‌های توئیتر داده‌است.
در حالی که بسیاری از کارشناسان گفته بودند رعایت پروتکل‌ها و موازین بهداشتی ممکن نیست و خطر گسترش و گرفتن قربانیان بیشتر توسط ویروس کرونا (کووید ۱۹) وجود دارد، علی خامنه‌ای در ۱۰ مرداد ۱۳۹۹ ضمن تأکید بر رعایت تصمیمات ستاد مبارزه با کرونا گفت، با «رعایت پروتکل‌ها» برگزاری عزاداری در شهرهای مختلف و از جمله در تهران بلامانع است. این در حالی بود که سید علی خامنه‌ای در شامگاه ۵ شهریور ۱۳۹۹ شب مراسم عزاداری محرم را، بدون حضور جمعیت و در سالن محل ملاقات‌های عمومی خودش، با حضور یک قاری قرآن و دو تن از نزدیکانش برگزار کرد.
خامنه‌ای تاکنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران را دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌کنند. تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیرشده و به زندان افتاده‌اند. از این میان می‌توان به احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.The world view of iran's most powerful leader پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سؤال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نیروهای اطلاعاتی نوری‌زاد و خزعلی را بارها دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار دادند. در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد. بیانیه ۱۴ فعال سیاسی که در خرداد ۹۸ منتشر شد، امضاکنندگان خواستار تغییر قانون اساسی و استعفای رهبری شدند. ۱۴ تن از فعال حوزه زنان نیز با انتشار بیانیه‌ای مشابه خواستار «استعفای خامنه‌ای» و «گذار از جمهوری اسلامی» شدند. افراد مختلفی از جمله ابوالفضل قدیانی، کاظم علمداری، دیوید والچنسکی حکومت خامنه‌ای را استبدادی و دیکتاتوری می‌دانند.به گفته پوریا ماهرویان در بی‌بی‌سی، خامنه‌ای در سه دهه رهبری خود چندین بار از حکم حکومتی استفاده کرده‌است. به گفته او، حکم حکومتی، دخالت مستقیم برخلاف روند آنچه در قانون اساسی و وظایف سه قوه و ارکان دیگر پیش‌بینی شده‌است؛ مخالفان آن را خلاف اصول دموکراسی می‌دانند و موافقانش آن را از اختیارات ولی فقیه برای باز کردن بن‌بست و عبور از بحران برمی‌شمارند. به گفته حسین باستانی، استفاده از حکم حکومتی باعث تضعیف قوای سه‌گانه می‌شود و می‌تواند به انهدام کلی ساختار مدیریتی جمهوری اسلامی منجر شود.
پس از درگذشت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. منتقدان بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، حسینعلی منتظری که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و شیوه رفتار دفتر او در پاسخ به استفتائات را مبتذل کردن مرجعیت قلمداد کرد.درحالی خامنه‌ای حرف از انعطاف به میان آورده‌است که منتقدان او را به دیکتاتوری متهم می‌کنند او با انتقاد از تناقض ذاتی در فهم «دشمنان» از مفهوم ولایت فقیه اشاره داشته. حسینعلی منتظری در سخنرانی سیزدهم رجب خود در سال ۱۳۷۶ اعلمیت خامنه‌ای را مورد تردید قرار داده وی را از ورود به وادی مرجعیت به دلیل نداشتن صلاحیت منع کرده بود. این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) بعدها حصر منتظری را در پی داشت. منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت.مؤمن دلیل رای ندادن به رهبری خامنه‌ای در جلسه ۱۴ خرداد را اینطور توضیح داد که هنوز قانون اساسی جدید که در آن شرط مرجعیت حذف شد، به تصویب نرسیده بود. از این رو او بعدها از شایستگی خامنه‌ای برای احراز مقام رهبری دفاع می‌کرد.
در شهریور ۱۴۰۱، سید کاظم حائری از مراجع شیعه عراق به دلیل بیماری و ناتوانی جسمی از مرجعیت کناره‌گیری کرد و از مقلدین خود خواست به جای مراجع شیعه عراقی در شهر نجف، از خامنه‌ای پیروی کنند و او را «شایسته‌ترین فرد برای رهبری امت اسلام» توصیف کرد.
در شهریور ۱۳۷۱، اعضای هیئت نمایندگی حزب دموکرات کردستان ایران که با گروهی از فعالان سیاسی ایرانی در رستورانی به‌نام میکونوس در برلین، آلمان نشستی را برگزار کرده بودند، ترور شدند. دادگاهی در آلمان در سال ۱۳۷۶، طی حکمی کمیته امور ویژه جمهوری اسلامی را که خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور ترور میکونوس، متهم کرد. محمود محمدی، سخنگوی وزارت امور خارجه ایران، این اتهام را رد کرد. پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد. تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا سفرای خود را از ایران فرا خواندند. ایران نیز در پاسخ، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد. این اختلاف‌ها تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۷۶ ادامه داشت. این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت. صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم، به شادمانی و رقص در خیابان‌های آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.
بمب‌گذاری آمیا در سال ۱۹۹۴ منجر به کشته شدن ۸۵ نفر در بوئنوس آیرس، آرژانتین شد. یک قاضی آرژانتینی در سال ۲۰۰۳ دستور بازداشت چهار مقام دولتی ایران را صادر کرد که به گفته او در سازماندهی و انجام بمب‌گذاری، کمک کردند. این کیفرخواست واکنش ایران را به همراه داشت؛ حمیدرضا آصفی، سخنگوی وزارت امور خارجه، گفت که مدرکی در خصوص دخالت ایران ارائه نشد و این اتهامات را «ساخته شده توسط محافل صهیونیستی اسرائیل و آمریکا» خواند. "نیویورک تایمز" مدعی است که عبدالقاسم مصباحی — یکی از افراد بلندپایهٔ وزارت اطلاعات ایران که در سال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت — در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب‌گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بود و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. به گفته رونن برگمن، موساد در گزارشی که در تیر ۱۴۰۱ منتشر کرد گمان‌ها مبنی بر دست داشتن مقامات ایرانی یا آرژانتینی در بمب‌گذاری آمیا را رد کرد و حزب‌الله لبنان را عامل این بمب‌گذاری معرفی کرد.
به‌دنبال اعتراضات آبان ۱۳۹۸ که بنا به گفتهٔ رویترز منجر به کشته‌شدن حدود ۱٫۵۰۰ نفر شد، هیئت قضات دادگاه بین‌المللی مردمی آبان، دولت به‌خصوص ۱۳ تن از سران جمهوری اسلامی از جمله خامنه‌ای را به جنایت علیه بشریت محکوم کرد. به گفته بی‌بی‌سی حکم این دادگاه لازم‌الاجرا نیست.
ایالات متحده در ژوئن ۲۰۱۹ خامنه‌ای و دفتر او را تحریم کرد. به گفتهٔ دونالد ترامپ، رئیس‌جمهور وقت ایالات متحده، خامنه‌ای و نزدیکانش «از دسترسی به منابع مالی کلیدی و پشتیبانی محروم» خواهند شد. در ژوئیهٔ ۲۰۲۱، هفده سناتور جمهوری‌خواه آمریکایی به رهبری تد کروز، سناتور ایالت تگزاس، طرحی را به مجلس سنا جهت اعمال تحریم خامنه‌ای و ابراهیم رئیسی ارائه کردند. تد کروز دربارهٔ این تحریم‌ها، خامنه‌ای را متهم به «فساد، خشونت و دزدیدن اموال ایرانیان» کرد.
به گفته محمدحسن رحیمیان و احمد مروی، از مسئولان سابق بیت رهبری زندگی شخصی خامنه‌ای بیشتر با استفاده از نذورات مردمی می‌گذرد و حقوقی دریافت نمی‌کند.حقوق رهبر انقلاب به روایت اطرافیان چقدر است؟ محمد محمدی گلپایگانی، رئیس دفتر علی خامنه‌ای نیز سطح زندگی وی را پایین‌تر از حد متوسط ایران توصیف کرده‌است.رئیس دفتر آیت‌الله خامنه‌ای: رهبر زیر خط متوسط زندگی می‌کند حیدر رحیم پور ازغدی و غلامعلی حداد عادل می‌گویند که وی زندگی ساده‌ای دارد و اوایل در دهه ۶۰ کل وسایل زندگی وی در حد یک وانت بوده‌است و غذایشان ساده‌تر از حالت معمول است.نگاهی به سلوک و ساده‌زیستی مقام معظم رهبری کریم سجادپور، مشاور بنیاد کارنگی، نیز وی را ساده زیست توصیف کرده‌است.روایت مشاور ارشد بنیاد آمریکایی کارنگی از ساده‌زیستی رهبر انقلاب همچنین بنا بر گزارش رویترز، این خبرگزاری هیچ سندی یافت نکرده که نشان دهد علی خامنه ای از اموالی که تحت اختیار وی در بیت رهبری قرار دارد، برای زندگی شخصی استفاده کرده باشد.ایران برای تحکیم قدرت رهبر بر اقتصاد قانون خود را اصلاح کرد
برخی خبرگزاری‌ها، ادعای ساده‌زیستی خامنه‌ای را رد کرده و دارایی امپراتوری مالی وی را «۲۰۰ میلیارد دلار» می‌دانند. در ۱۱ نوامبر ۲۰۱۳ خبرگزاری رویترز، پس از تحقیقات شش‌ماهه خود گزارش داد که علی خامنه‌ای، ۹۵ میلیارد دلار را در کنترل و مدیریت خود دارد. اصلی‌ترین کانون این دارایی «ستاد اجرایی فرمان امام» می‌باشد. این کانون اقتصادی تقریباً بخش‌های اصلی اقتصاد ایران از صنایع نفت تا بازار پول و ارتباطات و… را در دست دارد. این ستاد سرمایه اولیه‌اش را از طریق ضبط و مصادرهٔ اموال مردم عادی ایران، از اعضای اقلیت‌های دینی گرفته تا تجار و ایرانیان خارج از کشور، تشکیل داده‌است. به گفته بهزاد نبوی، چهار نهاد «ستاد اجرایی فرمان امام»، «قرارگاه خاتم‌الانبیاء»، «آستان قدس رضوی» و «بنیاد مستضعفان» ۶۰ درصد از ثروت ایران را به خود اختصاص داده و در اختیار دارند. این چهار نهاد وابسته به دفتر رهبر جمهوری اسلامی می‌باشد. سید پرویز فتاح، رئیس بنیاد مستضعفان، در روز دوشنبه ۶ مرداد ۱۳۹۹ در یک نشست خبری اعلام کرد که این بنیاد در سال ۱۳۹۸، ۳۶ هزار میلیارد تومان درآمد و ۷ هزار میلیارد تومان سود از گردش مالی این بنیاد داشته‌است. توکلی در گفتگویی با روزنامه "اعتماد" در مرداد ۹۹ با اشاره به ۳۶ هزار میلیارد تومان گردش مالی بنیاد مستضعفان در سال، گفت، برای به اجرا درآمدن طرح شفافیت مالی کشور باید از دفتر علی خامنه‌ای شروع شود، در حالی که این دفتر مانع‌تراشی کرده و نمی‌گذارد این طرح پیش رود. به گفته صدای آمریکا به نقل از رویترز، خرید سهام یکی از بزرگ‌ترین بانک‌های ایران در سال ۲۰۰۷ میلادی، و خرید سهام بزرگ‌ترین شرکت مخابراتی کشور در سال ۲۰۰۹ میلادی، یکی از اقدامات خامنه‌ای بود که توسط ستاد اجرایی فرمان امام اجرا شد و در نتیجه این ستاد به‌عنوان یکی از صندوق‌های بزرگ سرمایه‌گذاری خصوصی جهان در سال ۲۰۱۰ درآمد.
خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ ه‍.ش در هنگام سخنرانی هدف ترور ناموفق قرار گرفت. او از ناحیه سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید و دست راست او از کار افتاد. در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبگاه رسمی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند». خامنه‌ای پس از هفت روز بستری، در تاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شد. او پیش از رفتن به بیمارستان در مصاحبه با شبکهٔ خبر گفت: «جای نگرانی نیست. این به معنای آن نیست که مردم دعا نکنند، لیکن ان‌شاالله جای نگرانی نیست و یک عمل خیلی معمولی و عادی است.»