فراوانی هدف‌گیری ژن می‌تواند به‌طور قابل توجهی از طریق استفاده از اندونوکلئازهای مهندسی شده مانند نوکلئازهای انگشت روی (zinc finger nucleases),4. Bibikova, M. ; Beumer, K. ; Trautman, J. ; Carroll, D. (2003). "Enhancing Gene Targeting with Designed Zinc Finger Nucleases". Science. 300 (5620): 764. doi:10.1126/science.1079512. PMID 12730594. اندونوکلئازهای خانگی مهندسی شده (homing endonucleases),5. Grizot, S. ; Smith, J. ; Daboussi, F. ; Prieto, J. ; Redondo, P. ; Merino, N. ; Villate, M. ; Thomas, S. ; Lemaire, L. ; Montoya, G. ; Blanco, F. J. ; Pâques, F. ; Duchateau, P. (2009). "Efficient targeting of a SCID gene by an engineered single-chain homing endonuclease". Nucleic Acids Research. 37 (16): 5405–5419. doi:10.1093/nar/gkp548. PMC 2760784. PMID 19584299. و نوکلئازهای بر پایه عوامل مؤثر TAL مهندسی شده (engineered TAL effectors) افزایش یابد.6. Miller, J. C. ; Tan, S. ; Qiao, G. ; Barlow, K. A. ; Wang, J. ; Xia, D. F. ; Meng, X. ; Paschon, D. E. ; Leung, E. ; Hinkley, S. J. ; Dulay, G. P. ; Hua, K. L. ; Ankoudinova, I. ; Cost, G. J. ; Urnov, F. D. ; Zhang, H. S. ; Holmes, M. C. ; Zhang, L. ; Gregory, P. D. ; Rebar, E. J. (2010). "A TALE nuclease architecture for efficient genome editing". Nature Biotechnology. 29 (2): 143–148. doi:10.1038/nbt.1755. PMID 21179091. تا به امروز، این روش بر روی تعدادی از گونه‌ها از جمله مگس سرکه(۴)، تنباکو،7. Cai, C. Q. ; Doyon, Y. ; Ainley, W. M. ; Miller, J. C. ; Dekelver, R. C. ; Moehle, E. A. ; Rock, J. M. ; Lee, Y. L. ; Garrison, R. ; Schulenberg, L. ; Blue, R. ; Worden, A. ; Baker, L. ; Faraji, F. ; Zhang, L. ; Holmes, M. C. ; Rebar, E. J. ; Collingwood, T. N. ; Rubin-Wilson, B. ; Gregory, P. D. ; Urnov, F. D. ; Petolino, J. F. (2008). "Targeted transgene integration in plant cells using designed zinc finger nucleases". Plant Molecular Biology. 69 (6): 699–709. doi:10.1007/s11103-008-9449-7. ISSN 0167-4412. PMID 19112554.8. Townsend, J. A. ; Wright, D. A. ; Winfrey, R. J. ; Fu, F. ; Maeder, M. L. ; Joung, J. K. ; Voytas, D. F. (2009). "High-frequency modification of plant genes using engineered zinc-finger nucleases". Nature. 459 (7245): 442–445. Bibcode:2009Natur.459..442T. doi:10.1038/nature07845. PMC 2743854. PMID 19404258. ذرت،9. Shukla, V. K. ; Doyon, Y. ; Miller, J. C. ; Dekelver, R. C. ; Moehle, E. A. ; Worden, S. E. ; Mitchell, J. C. ; Arnold, N. L. ; Gopalan, S. ; Meng, X. ; Choi, V. M. ; Rock, J. M. ; Wu, Y. Y. ; Katibah, G. E. ; Zhifang, G. ; McCaskill, D. ; Simpson, M. A. ; Blakeslee, B. ; Greenwalt, S. A. ; Butler, H. J. ; Hinkley, S. J. ; Zhang, L. ; Rebar, E. J. ; Gregory, P. D. ; Urnov, F. D. (2009). "Precise genome modification in the crop species Zea mays using zinc-finger nucleases". Nature. 459 (7245): 437–441. Bibcode:2009Natur.459..437S. doi:10.1038/nature07992. PMID 19404259. سلول‌های انسانی،10. Urnov, F. D. ; Miller, J. C. ; Lee, Y. L. ; Beausejour, C. M. ; Rock, J. M. ; Augustus, S. ; Jamieson, A. C. ; Porteus, M. H. ; Gregory, P. D. ; Holmes, M. C. (2005). "Highly efficient endogenous human gene correction using designed zinc-finger nucleases". Nature. 435 (7042): 646–651. Bibcode:2005Natur.435..646U. doi:10.1038/nature03556. PMID 15806097. موش و رت11. Cui, X. ; Ji, D. ; Fisher, D. A. ; Wu, Y. ; Briner, D. M. ; Weinstein, E. J. (2010). "Targeted integration in rat and mouse embryos with zinc-finger nucleases". Nature Biotechnology. 29 (1): 64–7. doi:10.1038/nbt.1731. PMID 21151125. اعمال شده‌است.