سیستم پلی‌آدنیله‌سازی در هستهٔ یوکاریوت‌ها، روی محصولات آران‌ای پلی‌مراز II کار می‌کند، مانند آران‌ای‌های پیام‌رسان پیشرو. در این، جا یک مجموعه شامل چند پروتئین، بخش ۳' از آران‌ای جدید تولیدشده را می‌شکافند و انتهای ناحیهٔ شکافته‌شده را پلی‌آدنیله می‌کنند. این شکاف کاتالیزشده توسط آنزیم CPSF و در ۱۰–۳۰ نوکلئوتید پایین‌تر از محل اتصال، رخ می‌دهد.Liu, D. ; Brockman, J. M. ; Dass, B. ; Hutchins, L. N. ; Singh, P. ; McCarrey, J. R. ; MacDonald, C. C. ; Graber, J. H. (2006). "Systematic variation in mRNA 3'-processing signals during mouse spermatogenesis". Nucleic Acids Research. 35 (1): 234–46. doi:10.1093/nar/gkl919. PMC 1802579Freely accessible. PMID 17158511 در این ناحیه روی آران‌ای اغلب دنبالهٔ AAUAAA وجود دارد، اما انواع مختلف آن که به‌صورت ضعیف به CPSF وصل شده‌اند نیز وجود دارد.Lutz, Carol S. (2008). "Alternative Polyadenylation: A Twist on mRNA 3′ End Formation". ACS Chemical Biology. 3 (10): 609–17. doi:10.1021/cb800138w. PMID 18817380 دو پروتئین دیگر نیز به‌طور اختصاصی به آران‌ای وصل می‌شوند: CstF و CFI.Beaudoing, E. ; Freier, S; Wyatt, JR; Claverie, JM; Gautheret, D (2000). "Patterns of Variant Polyadenylation Signal Usage in Human Genes". Genome Research. 10 (7): 1001–10. doi:10.1101/gr.10.7.1001. PMC 310884Freely accessible. PMID 10899149CstF ککک به ناحیهٔ غنی از GU و پایین‌تر از ناحیهٔ CPSF وصل می‌شود. CFI ناحیهٔ سوم آران‌ای (مجموعه‌ای از UGUAAها در پستاندارانBrown, Kirk M; Gilmartin, Gregory M (2003). "A Mechanism for the Regulation of Pre-mRNA 3′ Processing by Human Cleavage Factor Im". Molecular Cell. 12 (6): 1467–76. doi:10.1016/S1097-2765(03)00453-2. PMID 14690600Yang, Q. ; Gilmartin, G. M. ; Doublie, S. (2010). "Structural basis of UGUA recognition by the Nudix protein CFIm25 and implications for a regulatory role in mRNA 3' processing". Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (22): 10062–7. doi:10.1073/pnas.1000848107Yang, Qin; Coseno, Molly; Gilmartin, Gregory M. ; Doublié, Sylvie (2011). "Crystal Structure of a Human Cleavage Factor CFIm25/CFIm68/RNA Complex Provides an Insight into Poly(A) Site Recognition and RNA Looping". Structure. 19 (3): 368–77. doi:10.1016/j.str.2010.12.021. PMC 3056899Freely accessible. PMID 21295486) را به رسمیت می‌شناسد و حتی اگر دنبالهٔ AAUAAA وجود نداشته باشد بازهم می‌تواند CPSF را به‌کار گیرد.Venkataraman, K. (2005). "Analysis of a noncanonical poly(A) site reveals a tripartite mechanism for vertebrate poly(A) site recognition". Genes & Development. 19 (11): 1315–27. doi:10.1101/gad.1298605. PMC 1142555Freely accessible. PMID 15937220Millevoi, Stefania; Loulergue, Clarisse; Dettwiler, Sabine; Karaa, Sarah Zeïneb; Keller, Walter; Antoniou, Michael; Vagner, StéPhan (2006). "An interaction between U2AF 65 and CF Im links the splicing and 3′ end processing machineries". The EMBO Journal. 25 (20): 4854–64. doi:10.1038/sj.emboj.7601331. PMC 1618107Freely accessible. PMID 17024186 سیگنال پلی‌آدنیله‌شدن –دنباله‌ای از الگوهای شناخته شده توسط مجموعه شکاف دهنده آران‌ای- بین گروه‌های یوکاریوتی متفاوت است. بیشتر ناحیه‌های پلی‌آدنیله شدن انسان‌ها شامل AAUAAA است اما این دنباله در بین گیاهان و قارچ‌ها کمتر رایج است.Shen, Y. ; Ji, G. ; Haas, B. J. ; Wu, X. ; Zheng, J. ; Reese, G. J. ; Li, Q. Q. (2008). "Genome level analysis of rice mRNA 3'-end processing signals and alternative polyadenylation". Nucleic Acids Research. 36 (9): 3150–61. doi:10.1093/nar/gkn158. PMC 2396415Freely accessible. PMID 18411206