پژوهش طباطبایی پیرامون این پرسش بود که «چه شرایطی مدرنیته را در اروپا ممکن کرد و به انکار آن در ایران انجامید؟» با گردش قابل توجه گفتمان عمومی ایران به سوی دیدگاه‌های سکولار، ایده‌های طباطبایی به عنوان یک متفکر پیشروی سکولار اثرگذارتر شده‌است. طباطبایی توضیحات علوم اجتماعی دربارهٔ انحطاط ایران را به این دلیل که در پاسخ دادن به این پرسش اصلی معیوبند، رد می‌کند. او به شیوه ای رادیکال همه مورخان و عالمان اجتماعی دیگر ایران را بی‌ارزش می‌داند. در خصوص مورخین، او اصرار می‌کند که تاریخنگاری ایران مدرن، که فاصله زیادی با واقع گرایی دارد، از نثر داستانی فاصله‌ای نگرفته و به نظر می‌رسد مورخین ایرانی نسبت به این که داشتن یک نقطه نظر فلسفی در خصوص تاریخ پیشنیاز مطلق تاریخنگاری جدی است بی‌توجه بوده‌اند. به‌طور مشابه، طباطبایی بابت تمایل عالمان اجتماعی ایرانی به اتخاذ مواضع ایدئولوژیک یا دیدگاه‌های ماتریالیستی مکانیک‌گرایانه منتقد آنان است. به این ترتیب، طباطبایی بر این اعتقاد است که آنها خود بخشی از مشکل کلی شده‌اند. او در عوض رویکردی هگلی اتخاذ می‌کند که به یک خوانش فلسفی از تاریخ رجحان می‌دهد با این فرضیه که اندیشه فلسفی بنیاد و ذات هر جماعت سیاسی و نیز مبنای هر تحلیل انتقادی از جامعه است. دغدغه طباطبایی «معنا» و جریان تاریخ است. او اندیشه هگل را اوج فلسفه غربی می‌داند، که قادر به ارائه و پاسخ دادن به بنیادی‌ترین پرسش هاست. طباطبایی با بنا کردن کارش بر فلسفه تاریخ هگل، که بیشتر با تکامل عقل (عقلانیت مجرد) و بنیادهای آن درگیر بود تا خود تاریخ، تاریخنگاری خود از ایده‌های ایرانی از قرن سیزدهم میلادی به بعد را پی گرفت. او قویاً متقاعد شده که اندیشه هگل کلیدی برای باز کردن قفل پرسش «انحطاط» ایران به‌طور خاص و سراسر جهان اسلام به‌طور کلی را فراهم می‌آورد. او مدعی است که در جهان اسلام جغد مینروا که نماینده حکمت عملی و نیز نظری - یا خودآگاهی انتقادی-است نمی‌توانست بال‌های خود را باز کند چرا که تاریخ این جوامع نشان دهنده بی‌خردی و نه خرد است. «انحطاط»، «بحران»، و «افول» بعضی از اصطلاحات کلیدی در واژگان فلسفی طباطبایی و بسیاری از دیگر روشنفکران و متفکرین ایرانی هستند. این مفاهیم در سایه عوامل اجتماعی، سیاسی و اقتصادی در ایران پس از انقلاب به بسیاری از شهروندان ایران این حس را داده که زندگیشان پایین‌تر از ایده‌آل است. تحلیلگران افول و انحطاط ایران در دو اردوگاه کلی قرار می‌گیرند: آنها که عناصر مادی (مانند خودکامگی، میراث استعماری یا اقتصاد رانتی) را برجسته می‌کنند و آنهایی که بر موارد ایدئولوژیک تأکید می‌کنند. طباطبایی به دومی تعلق دارد. طباطبایی بر این عقیده بود که ایران برخلاف خط سیر اندیشه در اروپا، «عصر طلایی» خود را رها کرد و به پرتگاه یک «دوره میانی» ادامه‌دار افتاد. برای او، «عصر طلایی» فرهنگ اسلامی-ایرانی از قرن نهم تا سیزدهم هجری ادامه داشت. قوت این عصر در ایده‌های متفکرینی چون ابن سینا، بیرونی، فارابی، فردوسی، حافظ، خیام، ناصرخسرو، نظام الملک، رودکی و سهرودی که نوشته‌هایشان نمادی از بیداری جمعی خودآگاهی در ایران به‌طور خاص و جهان مسلمان به‌طور عام است متجسم می‌شود. از نظر طباطبایی، شخصیت جمعی زمان، نسبت به دیگران مثلاً فلسفه سیاسی ایرانی پیش از اسلام و اندیشه سیاسی یونانی پذیرا بود. انتقال فلسفه یونانی به سرزمین‌های اسلام به عنوان نیروی محرکی برای یک «جنبش دوگانه آگاه شدن از خود و آگاه شدن از دیگران» عمل کرد. در این دوره، عقلانیت تبدیل به پارادایم مسلط یا «روح زمان» تبدیل شد و نمادهای روشنفکری را به کوشش‌های تازه و اندیشیدن به پرسش‌های متفاوت و تازه سوق داد. مشخصاً، طباطبایی به فلاسفه ای چون فارابی، ابن سینا، سهرودی به عنوان معماران مکتب ایرانی فلسفه اعتبار می‌دهد. او آموزه‌های اشراقی سهرودی- با تأکید او بر فرد به جای امت اسلامی- را عمیقاً ریشه دار در ایده‌های ایده‌های زیرکانه فلاسفه و صوفیان کلاسیک ایرانی می‌داند.