حسن روحانی در آذر ۱۳۸۱ و از جایگاه دبیر شورای عالی امنیت ملی، با ارسال نامه‌ای خطاب به سید محمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت، به عملکرد بیژن زنگنه، وزیر نفت کابینه اصلاحات اعتراض کرد و اقدام وی در انعقاد قرارداد کرسنت با شرکت کرسنت پترولیوم را غیرقانونی و از طریق واسطه دانست و این قرارداد را دارای آثار منفی فراوان برای جمهوری اسلامی ایران دانسته بود.نامه اعتراض آمیز حسن روحانی درباره بیژن زنگنه "خبرگزاری فارس" روحانی در جلسه رأی اعتماد مجلس به وزرای دولت یازدهم ضمن دفاع از عملکرد زنگنه در وزارت نفت، به مخالفان اعلام کرد که مؤلف نامه مذکور شخص وی است. طبق گفته محمدرضا نعمت‌زاده، ایران در پروندهٔ کرسنت ۱۸ میلیارد دلار جریمه شد. در یکی از جریمه‌های قرارداد کرسنت، ایران به پرداخت ۶۰۷ میلیون دلار محکوم شد. همچنین طبق گفته مصطفی هشمی طبا، ایران در پرونده کرسنت به پرداخت ۱۴/۵ میلیارد دلار محکوم شد. به‌دلیل قرارداد کرسنت چندین بار ایران محکوم به پرداخت جریمه شده‌است. اجرا قرارداد کرسنت در همان دولت هشتم متوقف شد. در پرونده فساد کرسنت علاوه‌بر بیژن زنگنه افراد دیگری مانند علی ترقی‌جاه و حمید ضیاجعفر حضور داشتند. سازمان جرائم انگلستان در دفتر عباس یزدان‌پناه اسنادی پیدا کرد کرد که مبنی بر دست‌داشتن مهدی هاشمی در کرسنت بود. اما پیش از شهادت در دادگاه عباس یزدان‌پناه به‌طور ناگهانی مفقود شد و دیگر اثری از آن نماند. کرسنت یک قرارداد ۲۵ ساله است که از لحاظ قیمتی به دو بخش ۷ ساله و ۱۸ ساله تقسیم می‌شود. در بخش اول قرارداد، ایران موظف بود روزانه ۵۰۰ میلیون فوت مکعب را با قیمت ثابت نفت معادل ۱۸ دلار به شرکت کرسنت بفروشد. در بخش دوم قرارداد هم ایران ملزم به افزایش میزان صادرات گاز به ۸۰۰ میلیون فوت مکعب و به قیمت ثابت نفت معادل ۳۸ دلار به کرسنت بود. درحالیکه پیش‌بینی نفت بالای قیمت ۱۰۰ دلار توسط موسسات بین‌المللی انجام شده بود. حسن روحانی در زمان امضاء قرارداد کرسنت به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی در نامه‌ای به بیژن زنگنه ایرادات قرارداد کرسنت را اینگونه توضیح می‌دهد: «فروش گاز به امارات از طریق واسطه (شرکت کرسنت)، عقد قرارداد طولانی ۲۵ ساله با یک شرکت غیرمعتبر که در سنوات قبل نیز عملکرد ضعیفی داشته‌است و در میدان مبارک حقوق ایران را نادیده گرفته‌است، قیمت و شرایط قراردادی در مقایسه با سایر قراردادهای منطقه بسیار نامطلوب است.» حسن روحانی در ادامه به قرارداد کرسنت سه اشکال گرفت: «۱- عدم وجود ضمانت معتبر در قرارداد ۲- نامعتبر بودن شرکت کرسنت ۳- شرایط قیمتی و قراردادی نامناسب.» بیژن زنگنه دربارهٔ این مشکلات قرارداد کرسنت گفت: «سه مورد مطرح شده دربارهٔ قرارداد کرسنت ربطی به شورای عالی امنیت ملی ندارد.» هنگام امضاء قرارداد کرسنت توسط بیژن زنگنه، در مفاد قرارداد کرسنت ذکر شده بود که «مفاد قرارداد کرسنت باید برای مسئولین جمهوری اسلامی ایران محرمانه باشد.» یکی از دلایلی که برخی مفاد این قرارداد و ابعاد فساد در آن تا سال‌ها روشن نشده‌بود، به‌دلیل این بود که وزارت نفت در قرارداد با کرسنت قبول کرده بود که مفاد قرارداد محرمانه بماند. شرکت کرسنت سابقهٔ خوبی در قراردادها نداشت و در کشورهای عراق و مصر قراردادهایی منعقد می‌کرد که در آخر به فساد مالی ختم می‌شد. اما بیژن زنگنه برای فروش گاز میدان گازی سلمان در عسلویه به یک شرکت کاغذی به نام کرسنت اقدام کرد. قرارداد کرسنت حتی در زمان دوباره انتخاب‌شدن بیژن زنگنه برای وزارت نفت در دولت‌های یازدهم و دوازدهم، بازهم بیژن زنگنه قرارداد کرسنت را اجرا نکرد. بیژن زنگنه در جریان انعقاد الحاقیه ششم قرارداد کرسنت، این قرارداد را به کلی محرمانه می‌کند تا غیر از وزارت نفت هیچ‌کس از جزئیات آن با خبر نشود. عباس یزدان‌پناه یزدی در یک نشست ویدیو کنفرانسی در دادگاه حضور پیدا می‌کند و دربارهٔ فساد در این پرونده اعتراف می‌کند اما برای نشست دوم که نشست اصلی بود، عباس یزدان‌پناه یزدی به طرز مشکوکی دیگر اثری از او پیدا نشد و طبق تحقیقات پلیس انگلستان مفقود یا کشته شده‌است. روش بیژن زنگنه در دولت هفتم و هشتم محرمانه‌کردن قراردادها بود که در دولت یازدهم و دوازدهم نیز این روش ادامه داد. او همه مسائل مهم وزارت نفت مانند قرارداد کرسنت را محرمانه کرده‌بود.