بساسیری به خلیفه فاطمی نامه نوشت و از وی در خواست کرد که او را در قاهره پذیرا باشد. یازوری، وزیر المستنصر بالله، موافق این درخواست نبود، اما خلیفه فاطمی درخواست کمک بسایری را قبول کرد تا بغداد را به نام او فتح کند و از پیشرفت سلاجقه در خاک شام و مصر جلوگیری کند. خلیفه حکومت رحبه را بدو داد و پانصد اسب، ده هزار کمان، هزاران شمشیر و نیزه برایش ارسال کرد. الموءید فی الدین شیرازی _ داعی فاطمی که ظاهراً تحریک‌کننده اصلی شورش به حساب می آمد، و برای آن کار از جانب خلیفه اختیار کامل داشت _ در شرح زندگانی خودش می‌نویسد که بساسیری در ارتباط با مستنصر پیشقدم نشده بود، بلکه موءید قبل از رسیدن طغرل به بغداد، به وی نامه نوشته اما نامه‌ها بعد از ورود سلجوقیان به شهر به دست وی رسیده‌است و این موءید بوده‌است که پول و تدارکات را از قاهره به سمت بساسیری در رحبه ارسال کرده‌است و او بود که فرمان خلیفه را مبنی بر عطای خلعت به بساسیری رسانده‌است. سال ۴۴۸ را، به گواهی نامه‌های پی در پی موءید به امیران عراق و جزیره، برای جلب آنان به سوی فاطمیان، می‌توان سال تبلیغات گسترده این سلسله نامید. تجاوزات غزها سبب توفیق وی شد. در واسط و دیگر مناطق عراق، به نام خلیفه مستنصر خطبه خواندند و دُبَیس بن مزید که ناچار بود در حق طغرل نیز چنین کند، به سوی وحدت با بساسیری رفت. بساسیری نیز با استفاده از اعراب بدوی و ترکان بغدادی که طغرل تار و مارشان کرده بود، به همراهی دبیس با تعداد زیادی سپاه به طرف منطقه 《سنجار》رفت و شکستی سنگین بر سپاهیان سلاجقه به فرماندهی 《قُتُلمُش》، پسر عم طغرل، و متحدش قریش موصلی وارد کرد. قُتُلمُش به آذربایجان فرار کرد، قریش نیز زخمی و به اسارت گرفته شد (۲۹ شوال ۴۴۸) و پس از آن با بساسیری بیعت کرد. در این زمان بساسیری تا موصل پیشروی کرد و خلیفه فاطمی در آنجا به رسمیت شناخته شد. ابن اثیر از مکاتبهٔ مصریان و بساسیری با ابراهیم اینال، و تحریک وی به وعدهٔ سلطنت، سخن گفته‌است؛ زمانی که طغرل خبردار شد به طرف موصل حرکت کرد و بساسیری و قریش را تا نصیبین عقب راند؛ و آنگاه به تعقیب ابراهیم همت نهاد که برای دومین بار با سرکشی و طغیان، به سمت همدان حرکت کرده‌بود. زمانی که بساسیری فهمید طغرل در عراق نیست، با لشکر خود به سمت بغداد حرکت نمود. دبیس، از پیش به دعوت خلیفه وارد بغداد شد و خواست او و وزیر را به واسط برده و در آنجا با هم نقشهٔ دفاع را تدارک بینند و چون آن دو قبول نکردند، او به راه خود رفت. در یکشنبه ۸ ذی‌القعده سال ۴۵۰ هجری قمری، بساسیری همراه چهارصد سوار کم ساز و برگ به اتفاق قریش، در رأس بیش از دویست جنگجو، وارد قسمت غربی بغداد شد. مردم محله شیعه‌نشین کرخ به استقبال بساسیری رفتند و از او خواستند که از میان محله آنان بگذرد. وی پذیرفت و در حالی عبور کرد که مردم، زر و سیم بر سرش نثار می‌کردند و شادمانی می‌نمودند. بساسیری، پرچم‌هایی با خود داشت که نام مستنصر با عنوان " الامام المستنصر بالله ابو تمیم معد امیرالمؤمنین " بر آن‌ها نوشته شده‌بود. آنگاه در ۱۰ ذیحجه سال ۴۵۰ هجری قمری عید اضحی را رسماً با درفش‌های مصری در مصلّی برگزار کرد. کوشش‌های عمید عراق نیز برای مقابله به جایی نرسید و بساسیری در جمعه ۱۳ ذی‌القعده سال ۴۵۰ هجری قمری در جامع منصور و سپس در جمعه بعد در جامع رصافه به نام مستنصر فاطمی خطبه خواند و "«حی علی خیر العمل»" را در اذان وارد ساخت، آنگاه در حالی که از سوی شیعیان و سنیان بغداد حمایت می‌شد، طی چند روز جنگ با ابن مسلمه وزیر، پیشروی خود را کامل نموده و خلیفه را که می‌خواست خود به مبارزه آید، به عقب‌نشینی وادار نمود و عامه هم به غارت پرداختند. خلیفه هراسناک با اشاره وزیر، قریش بن بدران، یار و همراه بساسیری، را فرا خوانده و به او پناه برد. بساسیری هم که با قریش عهد و پیمان داشت که بدون اجازه یکدیگر کاری نکنند، وی را برای این کار سخت سرزنش نمود. آنگاه قریش خلیفه را به مهارش پسر عموی خود سپرد، ولی ابن مسلمه را به بساسیری تسلیم کرد. مهارش هم خلیفه را به حدیثه مرکز حکومت خویش فرستاد. شهر حدیثه، قلعه‌ای محکم در جزیره‌ای در میان فرات داشت که آب گرداگرد آن را فرا گرفته‌بود و ساکنان این شهر در تشیع راسخ بودند.