سه دهه بعد از «حمله به پاناما»، منندز مجدداً به عنوان رهبر Cordis Die (یک جنبش عوام بزرگ با بیش از یک میلیارد عضو) ظاهر می‌شود. او یک حملهٔ سایبری را تدارک می‌بیند و بازار بورس چین را فلج می‌کند؛ چین هم در پاسخ صادرات عناصر زمینی کمیاب را تحریم می‌کند و بدین ترتیب آتش یک جنگ سرد جدید بین ایالات متحدهٔ آمریکا و ناتو، علیه SDC(ائتلاف دفاعی استراتژیک) به رهبری چین برافروخته می‌شود. منندز با بهره‌گیری از این بن‌بست قدرت بین دو طرف، تلاش می‌کند تا با تحریک جنگ بین دو طرف یک جنگ تمام عیار براه اندازد و به‌طور پنهانی به رهبر SDC، تیان ژائو کمک می‌کند. در اینجا، واحد (Section) کدگذاری شدهٔ یگان ویژه نیروی دریایی ایالات متحده آمریکا (Navy SEAL) با استفاده از اطلاعات جمع‌آوری شده توسط وودز و دیوید، نیروهای JSOC را برای جستجوی مجدد بدنبال منندز رهبری می‌کنند. Section و JSOC اندکی بعد از جمع‌آوری اطلاعات از وودز وارد میانمار می‌شوند و افزایش ناگهانی فعالیت در منطقه را مورد بررسی قرار می‌دهند. در آنجا، تیم Navy SEAL با یک مهندس کامپیوتر که تحت استخدام منندز است مواجه می‌شوند، و او به آن‌ها هشدار می‌دهد که یک حملهٔ سایبری با یک وسیلهٔ سلریوم(Celerium) که یک کامپیوتر کوانتوم برای هک سیستم‌های کامپیوتری دیگر است، در راه است. بعد از آن، تیم Section در پاکستان بکار گرفته می‌شود تا اطلاعاتی را دربارهٔ نقشه‌های منندز جمع‌آوری کند. در زمان تهاجم، منندز نام یک هدف را در جزایر Cayman فاش می‌کند. این هدف کارما نام دارد. بعد از آن هارپر و سالازار، از مأموران SEAL و Section، وارد جزایر Cayman می‌شوند و متوجه می‌شوند که کارما یک زن است که نامش Chloe Lynch است و یک کارمند سابق شرکت تسلیحاتی منندز با نام Tacitus است. Lynch طراح اصلی وسیلهٔ سلریوم است و منندز برای تمام کردن کار، سربازانی را اجیر کرده تا وی را دستگیر کنند. بعد از آن، JSOC منندز را در یمن فریب می‌دهد، و در آنجا فرید (از اعضای ارزشمند JSOC) وارد اتاق منندز می‌شود تا به Section کمک کرده و دستگیری منندز را تسهیل کند. بازیکن، که در اینجا فرید است، در این عملیات حق انتخاب دارد. منندز که به وفاداری فرید شک دارد به او دستور می‌دهد تا به هارپر که دستگیر شده شلیک کند. اگر بازیکن به هارپر شلیک نکند و در عوض سعی کند تا به منندز شلیک کند، شکست می‌خورد، اما در عوض هارپر زنده می‌ماند و نجات پیدا می‌کند؛ و اگر بازیکن به هارپر شلیک کند، فرید زنده می‌ماند و بعد از آن هارپر در هیچ گفتگو یا عملیاتی ظاهر نخواهد شد. منندز با موفقیت دستگیر می‌شود، اما این یک فریب از جانب منندز است تا بتواند زیرساخت‌های کامپیوتری ارتش آمریکا را در هواپیمابر U.S.S. Obama، هک کند و بدین طریق کنترل تمام ناوگان پهپادهای آمریکا را در دست بگیرد. معلوم می‌شود که سالازار جاسوس منندز در JSOC است و حملهٔ منندز را تسهیل می‌کند. منندز با کمک سالازار فرار می‌کند و زمانیکه منندز به پل «اوباما» یورش می‌برد سالازار به سربازان محافظ Admiral Briggs شلیک می‌کند؛ و زنده ماندن Lynch بستگی به زنده ماندن فرید در عملیات قبلی دارد. بازیکن که در اینجا در نقش منندز است، در اینجا مختار است تا Admiral Briggs را بکشد یا اینکه زخمی‌کند. اگر بازیکن Admiral Briggs را فقط زخمی‌کند و تمام عملیات نیروی ضربت (Strike Force) را کامل کرده باشد، JSOC وSDC با هم متحد می‌شوند، و سپس به بازیکن اطلاع داده می‌شود که SDC صدها پهباد برای دفاع از اوباما فرستاده‌است و در نتیجه Briggs قادر خواهد بود تا کشتی و خدمه را نجات دهد. منندز در زمان ملاقات رهبران G20 با استفاده از پهپادها به لس آنجلس حمله می‌کند تا آن‌ها را بکشد و آسیب سنگینی به اقتصاد جهانی وارد کند. میسون رئیس‌جمهور ایالات متحده آمریکا را از میان حملات پهپادها به محل امنی اسکورت می‌کند. JSOC در نهایت منشأ نقل و انتقالات مربوط به هک کردن هاییتی را پیدا می‌کند، و در آنجا Section نیروهای JSOC را رهبری می‌کند تا تأسیسات مذکور را مجدداً در عملیات آخر بگیرند و منندز را دستگیر کرده یا بکشند. برای داستان چندین پایان وجود دارد که بستگی به این دارد که بازیکن در طی کل داستان چه کارهایی انجام می‌دهد، مثلاً اینکه آیا آمریکا و چین قادرند با هم متحد شوند یا عاقبت افراد خاصی در بازی چه خواهد بود. در طی داستان اصلی، بازیکن ممکن است بخواهد در عملیات ضربتی(Strike Missions) انتخابی شرکت کند. در عملیات ضربتی، JSOC تلاش می‌کند تا با ممانعت از مجبور شدن کشورهای همسایه برای متحد شدن با SDC، تأثیر جهانی SDC را محدود کند. خود Section به‌طور مستقیم در این عملیات شرکت نمی‌کند، با این حال می‌تواند از راه دور و از یک مرکز فرمان، به نیروها دستور دهد. اگر عملیات با موفقیت کامل شوند، SDC بحدی ضعیف می‌شود تا با JSOC متحد شود، و بعدها در روند داستان به بازیکن کمک می‌کند، برای مثال، پهپادهای خود را برای نجات U.S.S. Obama می‌فرستد یا اینکه نیروهای خود را برای کمک به JSOC در هاییتی می‌فرستد.