بسیاری از شهرهایی که توسط اسکندر، سلوکوس یکم، و آنتیوخوس یکم در کنار شریان‌های اصلی خاور نزدیک ایجاد یا بازسازی شدند، تا حدی با مهاجران یونانی و مقدونی، و تا حدی از مردم محلی مسکون شدند، و سنگ بنای حکومت سلوکی را، از نظر نظامی و اقتصادی، تشکیل دادند. افزون بر این، بسیاری از مستعمرات نظامی که به نام کاتوئیکیا در آسیای صغیر شناخته می‌شدند، توسط مقدونیان تأسیس و مسلح شدند که در ازای دریافت زمین از امپراتور، خدمت نظامی انجام می‌دادند. از آن‌جایی که اکثر شهرهای یونانی و غیر یونانی به‌طور رسمی خودمختار بودند، حفظ مناسبات با نخبگان غیرنظامی، بخش مهمی از حکومت امپراتوری بود؛ بنابراین، پادشاهان خود را به‌عنوان خیرخواهان و محافظان شهرها، به‌ویژه در غرب کوه‌های زاگرس، معرفی می‌کردند. در عوض، یونانیان پادشاهان را به‌عنوان نجات‌دهنده‌ها (سوترها) مفتخر می‌کردند و بر این اساس، به آن‌ها افتخار الهی اعطا می‌کردند. از زمان امپراتوری آنتیوخوس سوم، یک فرقهٔ دولتی متمرکز از خدا دانستن شاه و ملکه نهادینه شد. خانوادهٔ سلوکی ادعا می‌کرد که تبار آن‌ها از آپولو، خدای نجات‌دهنده است. در امپراتوری چندخدایی، به‌خاطر افراد غیر یونانی، آپولو و خواهر دوقلویش آرتمیس با خدایان محلی مختلف خورشید و ماه که در نواحی مختلف امپراتوری پرستیده می‌شدند، یکسان فرض شدند. با آغاز دورهٔ آنتیوخوس چهارم، سلوکیان حکومت خود را با سلطنت کیهانی زئوس مرتبط می‌دانستند، که همچنین می‌تواند با خدایان آسمانی غیر یونانی نیز تطبیق داده‌شود. در سدهٔ سوم پیش از میلاد، امپراتوری شامل چهار منطقهٔ مرکزی متمایز، شهری، و پرجمعیت بود: غرب آسیای صغیر، سوریه، بابل، و بلخ. کنترل نظامی مناطق متصل به این مناطق — در ایران به‌ویژه ماد و خراسان امروز — برای حکومت امپراتوری سلوکی بسیار حیاتی بود. امپراتوری سلوکی پایتخت ثابتی نداشت. به‌دلیل لشکرکشی‌های نظامی دنباله‌دار، سلوکیان اقامت‌گاه‌های مختلفی برای دربار متحرک خود داشتند که شامل سارد در آسیای صغیر، انطاکیه در سوریه، سلوکیه در کنار رود دجله در بابل، شوش، اکباتان، و بلخ می‌شد. در ابتدا، امپراتوری به استان‌هایی بسیار بزرگ تقسیم می‌شد، که تقریباً با شهربی‌های شاهنشاهی هخامنشی متناظر بودند. شهرب‌های سلوکی وظیفه داشتند که خراج‌ها را گردآوری کنند، صلح را پایدار نگه دارند، و سربازگیری کنند. در مرکز امپراتوری، اصطلاحاً دوستانِ شاه بودند که مناصب، فرماندهی‌ها، و زمین‌ها و املاک میان آن‌ها تقسیم می‌شد. این دوستان عمدتاً از خانواده‌های نخبهٔ غیرنظامی یونانی و مقدونی بودند، که با استفاده از روابط خویشاوندی و دوستی (واقعی یا خیالی) با خانوادهٔ سلطنتی ارتباط داشتند. از آن‌جایی که دوستان رابطه‌شان را با خاندان‌ها و شهرهای زادگاه‌شان حفظ می‌کردند، آن‌ها در مرکز یک شبکهٔ پیچیدهٔ روابط حامیان قرار داشتند که از طریق آن پادشاهی در شهرها نفوذ داشت؛ از طرف دیگر، این دوستان در دربار به‌عنوان واسطه‌ای برای منافع شهرها و خاندان‌ها عمل می‌کردند. همچنین در دربار اختلاف زیادی میان جناح‌های رقیب دوستان وجود داشت، اما این اختلاف‌ها به‌خصوص در میان جناح‌های تشکیل‌شده در اطراف ملکه‌ها بود: چون پادشاهان سلوکی چندهمسری را انجام می‌دادند و ازدواج‌های مختلف دیپلماتیک را بدون ایجاد یک سلسله مراتب دقیق میان همسران و پسران‌شان انجام می‌دادند، جانشینی به‌راحتی می‌توانست درگیری‌های خونینی را ایجاد کند. با این حال، این اختلافات داخلی، آن‌گونه که در گذشته تصور می‌شد، فاجعه‌آمیز نبود، چرا که پادشاهان سلوکی به استراتژی‌های مؤثر برای تعیین یک جانشین متمایل شده‌بودند، به‌ویژه با ارتقا مقام پسر مورد علاقه‌شان به منصب پادشاهی در زمان سلطنت پدر. درگیری‌های داخلی تنها در قرن پس از سلطنت آنتیوخوس چهارم مرگبار شد، زمانی که دو شاخهٔ رقیب از خاندان سلوکی تقریباً به‌طور دائم برای پادشاهی در حال جنگ بودند.حتی تا زمان سلطنت آنتیوخوس هفتم سیدِتِس، امپراتوری سلوکی توانسته‌بود به ارتشی متشکل از از ۶۰٫۰۰۰ تا ۸۰٫۰۰۰ نفر برسد. هستهٔ این نیرو، یک ارتش دائمی حرفه‌ای پیاده‌نظام به‌سبک مقدونی بود که سپرهای نقره‌ای نامیده می‌شدند، و شامل هنگ‌های محافظ اسب، و فیل‌های جنگی می‌شد. به این نیروها می‌توان هنگ‌های فالانژ را نیز افزود که شامل مهاجران نظامی موسوم به کلروکس می‌شدند، این مهاجران در ازای خدمات‌شان به امپراتوری، زمین کشاورزی دریافت می‌کردند. تعداد زیادی از پیاده‌نظام و سواره‌نظام سبک‌اسلحه با توجه به شرایطی خاص وضع می‌شدند و در همراه با نیروهای متحد و مزدبگیران، برای نبردهای بزرگ فراخوانده می‌شدند. مشخصهٔ ارتش‌های سلوکی همچنین استخدام تعداد زیادی سواره‌نظام، شامل اسب‌سواران کماندار و سواران سنگین اسلحهٔ زره‌پوش بود.