انیمیشن روایت‌کننده داستان زندگی مردی است که توسط یک سیل به اعماق اقیانوس رانده می‌شود.پس از سیل، هنگامیکه مرد به هوش میاید خود را در جزیره‌ای دور افتاده میبیند که آثاری از حیات بشر در آن دیده نمی‌شود.مرد عزم خود را برای رفتن به خانه جزم می‌کند.او با استفاده از چوب‌های درختان موجود در جزیره یک قایق برای خود درست می‌کند و آن را به دریا می اندازد.هنگامی که می‌خواهد حرکت کند هنوز فاصله‌ای با جزیره نگرفته که متوجه می‌شود از قایق صداهایی میاید. و ناگهان پس از چند تق و توق قایق واژگون می‌شود و مرد که خوشبختانه فاصله زیادی با جزیره نگرفته دوباره به جزیره باز میگردد.مرد که از به هم خوردن نقشه اش برای رفتن به خانه ناراحت است نا امید نمی‌شود و دوباره به همان سبک یک قایق میسازد.ولی مجدداً دقیقاً با اتفاق قبل روبرو می‌شود و به همان صورت قایقش دچار واژگونی می‌شود و به جزیره برمیگردد.این اتفاق چند بار می افتد تا اینکه مرد یک روز قایق خود را محکم تر از قبل میسازد و به دریا میزند.سپس در دریا دوباره آن صداها از قایق می آیند.مرد سر خود را از قایق به بیرون میبرد و به درون دریا نگاه می‌کند.او با یک لاک‌پشت قرمز بزرگ روبرو می‌شود که انگار همان جانوری است که هر بار مانع رفتن مرد به خانه می‌شود.لاک‌پشت پس از چند لحظه نگاه کردن به مرد دوباره کار همیشگی اش را انجام می‌دهد و قایق را واژگون می‌کند و مرد کوفته و خسته به ساحل باز میگردد.چند لحظه پس از بازگشت مرد ناگهان آن لاکپشت قرمز هم به ساحل میاید.ولی این بار نه در نقش آن لاک‌پشت خرابکار قلدر...این بار در نقش یک لاک‌پشت ضعیف و خسته و مظلوم.مرد که متوجه حضور لاکپشت در کنارش می‌شود از شدت عصبانیت مظلومیت آن لاکپشت را نمی‌بیند و با یک تکه چوب چند بار محکم به سر آن لاکپشت میزند و لاکپشت از حال میرود.مرد، پیکر لاکپشت را رها می‌کند و برای استراحت به محل خودش در جزیره میرود.هنگام خواب از عذاب وجدان کابوس‌هایی از آن لاکپشت را میبیند و خود را برای ضرب و شتم لاکپشت سرزنش می‌کند.ناگهان از خواب برمیخیزد و به سمت لاکپشت میرود تا شاید هنوز هم امیدی به زندگیش باقی‌مانده باشد.مرد تمام تلاش خود را برای احیای دوباره لاکپشت می‌کند و وقتی میبیند که نمی‌تواند، با چشمانی اشکبار در کنار او به خواب فرو میرود.هنگامیکه که از خواب بیدار می‌شود میبیند که یک اتفاق عجیب افتاده است.لاک لاکپشت به همانگونه مانده ولی خود لاکپشت به شکل یک زن جوان و زیبا در آمده‌است.مرد پس از تماشای این صحنه سریعاً میرود تا برای این زن آب و چیزهای دیگر فراهم کند.ولی وقتی بازمیگردد میبیند که آن زن از لاک در آمده و به هوش آمده‌است.مرد و زن شروع می‌کنند به ارتباط با یکدیگر و مرد از کار خود ابراز شرمساری می‌کند ولی زن از کار او ناراحت نیست.آن اتفاق بد در لحظه برخورد باعث ایجاد یک عشق عمیق بین این دو می‌شود.زن و مرد تنها با همدیگر ازدواج می‌کنند و صاحب فرزند می‌شوند.در طی دوران کودکی فرزندشان،یک بار که پسرشان به اعماق دریا می افتد لاک‌پشت‌ها آن را نجات می‌دهند و همین باعث ایجاد یک دوستی بین پسر و لاکپشت‌ها می‌شود.سال‌ها میگذرد...پسر آن‌ها بزرگ می‌شود.گویی دیگر مرد یادش رفته که روزی میخواست از این جزیره بیرون برود.حال دیگر پسر آن‌ها جوانی نیرومند شده و آن‌ها با هم دیگر یک خانواده و البته یک جزیره سه نفره را تشکیل می‌دهند.روزی از روزها که روال زندگی خانواده مثل هر روز بود ناگهان سونامی سهمگینی در جزیره رخ می‌دهد که همه درختان جزیره را همانند مورچه از جای خود برمی‌کند.پس از سیل مادر و پسر همدیگر را پیدا می‌کنند.ولی خبری از مرد نیست... .پسر جوان همراه با لاکپشت‌ها راهی دریا می‌شوند تا مرد را پیدا کنند.بعد از چند ساعت جستجو بالاخره پسر جوان،پدرش را پیدا می‌کند و به جزیره باز میگرداند.بعد از این ماجرا پسر تصمیم میگرد به دریا بزند و به سفر خیلی خیلی طولانی مشغول شود.شاید بخواهد زادگاه پدرش را پیدا کند.بالاخره پسر با پدر و مادرش خداحافظی می‌کند و به دریا میزند و با لاکپشت‌ها راهی یک سفر بی انتها می‌شود.مرد و زن تنها میمانند.چندین و چند سال میگذرد.همجنان شاهد مرور زمان و پیرتر شدن زن و مرد و البته پایدار بودن عشقشان هستیم.روزها میگذرند.دیگر مرد یادش رفته که قرار بود از این جزیره برود.همچنان سال‌ها میگذرند و زن و مرد پیر می‌شوند و خبری هم از بازگشت پسرشان نیست.تا اینکه روزی که زن و مرد در کنار ساحل پیش یکدیگر خوابیده‌اند ناگهان زن متوجه می‌شود که مرد عکس‌العملی نشان نمی‌دهد.آن مرد که روزی فکر می‌کرد یک روز از این جزیره میرود همان‌جا مرد.زن که خود را تنها در جزیره میبیند ناگهان دوباره مانند چندین سال پیش به شکل لاک‌پشت قرمز عظیم‌الجثه در میاید.انگار که از همان روزی که مانع رفتن قایق مرد میشد هدفش معین بود.لاکپشت که دیگر رسالت خود را به پایان رسانده بود به دریا میزند و با چشمانی اشکبار مأموریت خود را به پایان می‌رساند.در طول انیمیشن سه شخصیت فیلم هیچ صحبتی با یکدیگر ندارند و فیلم فقط شامل موسیقی خیره‌کننده است.