moaminsharifi/fa-wiki-spell-checker huggingface dataset:
محمد به همراه ابوبکر مخفیانه مکه را ترک کرد و چندین روز بعد به یثرب، که از آن پس مدینه نامیده شد، رسید و این هجرت، مبدأ تقویم هجری گردید. وقتی دشمنان با خنجرهای کشیده شده وارد خانهٔ محمد شدند، از دیدن علی بسیار شگفت‌زده شدند و به وی آسیبی نرساندند. علی در انتظار فرمان جدید، چند روز دیگر در کنار خانوادهٔ محمد ماند. محمد از علی خواست که اموالی را که قبلاً مردم به وی به امانت داده بودند، به صاحبانش بازگرداند و علی این کار را انجام داد. پس از انجام این کار، علی مکه را به مقصد مدینه ترک کرد. بر اساس گزارش قرشی، هفت تن از قریشیان مانع حرکت علی به سمت مدینه شدند و او با کشتن یکی از آنها، توانست باقی قریشیان را از تصمیمشان منصرف سازد. به دستور محمد، علی به قبا در حومهٔ شهر مدینه رفت. طبق برخی منابع، علی یکی از اولین کسانی از مهاجرین بود که به مدینه رفت. در این زمان وی ۲۲ یا ۲۳ سال داشت. محمد پس از مهاجرت به مدینه و ایجاد پیمان برادری بین مسلمانان، علی را به‌عنوان برادر خویش انتخاب کرد. محمد برای علی، خانه‌ای را در نزدیکی مسجد ساخت که دری به مسجد داشت. پس از فرمان محمد برای بستن درهای خانه‌هایی که به مسجد باز می‌شوند، خانه علی از این حکم مستثنی شد.
مدت کمی پس از رفتن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش، فاطمه، را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد. این ازدواج بنابر قول مشهور در رمضان یا ذی الحجة سال دوم ه‍.ق صورت گرفته‌است. ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است؛ زیرا به‌عنوان ازدواجی میان مهم‌ترین شخصیت‌های مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریباً هر روز به دیدار دخترش می‌رفت، با این ازدواج به علی نزدیک‌تر شد و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از درگذشت فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد. خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به‌عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیهٔ تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است.
علی در این دوران از سوی محمد، چندین مأموریت مهم را عهده‌دار شد. محمد وی را به‌عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب کرد. نقش علی در تدوین نسخهٔ مکتوب قرآن، یکی از مهم‌ترین مشارکت‌های وی در اسلام محسوب می‌گردد. پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به‌عنوان برادر خویش برگزید. علی در سال ۹ هجری، نویسندهٔ متن صلح حدیبیه بود. در سال ۶۳۰ میلادی، سال قبل از فتح مکه، محمد سورهٔ «برائت از مشرکان (توبه)» را توسط علی به مکیان ابلاغ کرد در صورتی که انتظار می‌رفت ابوبکر به عنوان رئیس کاروان حج این کار را انجام دهد. پیامبر دلیل این تغییر رای را به فرمان خداوند نسبت داد که از او خواسته بود خودش (محمد) یا یکی از اهل بیتش این ابلاغ را انجام دهد. یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد، که از آن به سریه علی بن ابی‌طالب یاد می‌شود. علی کسی بود که برای شکستن بت‌های درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد. همچنین علی مأموریت یافت تا کشمکش‌ها را حل و فصل و شورش‌های قبائل گوناگون را سرکوب کند.
علی به جز جنگ تبوک که در آن به فرمان محمد جانشین او در مدینه بود، در تمام غزوهها شرکت داشت. او معمولاً علم‌دار سپاه محمد بود و در دو غزوه (خیبر در سال ششم هجری و یمان به سال ده هجری) فرمانده سپاه اسلام بود. او در مدینه در اغلب جنگ‌ها پرچم‌دار سپاه اسلام بود و به دلاوری مشهور گشت. شجاعت علی در سفرهای نظامی به افسانه مبدل گشت. وی به همراه حمزه، ابودجانه و زبیر به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال ۵ هجری، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیلهٔ بنی‌قریظه نظارت نمود. او قاطعانه در جنگ‌های احد مصادف با ۶۲۵ میلادی و حنین مصادف با ۶۳۰ میلادی از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر را به شجاعت وی نسبت می‌دهند پس از چند حمله ناموفق، محمد اعلام کرده بود که پرچم سپاه را به دست کسی خواهد داد که «خدا و رسولش را دوست دارد و خدا و رسولش او را دوست دارند و از طریق او خداوند مسلمین را پیروز خواهد کرد.» ظاهراً در نتیجه همین نبرد بوده‌است که شهرت علی به عنوان یک جنگجوی شکست ناپذیر ابعاد افسانه ای پیدا کرده‌است. گفته می‌شود علی در آهنین و سنگین خیبر را به‌عنوان سپر خود به کار برد، طبق روایتی، جبرئیل به رزم علی و شمشیرش ذوالفقار که از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت «جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد». علی با جنگجوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی طلحه جنگید. طلحه مدام رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید شکست می‌دهد. وقتی طلحه از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولاً با کلمات دیگری همراه می‌شود، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.
در غزوه خندق، پس از آنکه عمرو بن عبدود با اسبش از خندق عبور کرد و مبارز طلبید، علی داوطب شد. محمد پس از اینکه داوطب دیگری پیدا نشد به او اجازه مبارزه داد. علی پس از شکست عمرو، چنان‌که گویی شک داشته باشد، برای مدت کوتاهی از ادامه کار بازماند. بعداً وقتی محمد دلیل این تردید را پرسید علی پاسخ داد عمرو در حین مبارزه به او توهین کرده بود و ترسیده بود اگر در دم کارش را تمام کند، کینه شخصی در آن دخیل بوده باشد.
در سال ۶۳۰ میلادی مردم مکه تسلیم شدند و محمد مکه را فتح کرد. وی از علی خواست تا ضمانت کند که این پیروزی بدون خون‌ریزی خواهد بود چرا که محمد مسلمانان فاتح را از انتقام‌گیری از مکیان مغلوب منع کرده بود. محمد به وی دستور داد تا کعبه را از بت‌های دوران جاهلیت پاک کند.
هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ۶۳۲ میلادی بازمی‌گشت، خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به‌عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد (کلمهٔ مولا مرتبط است با ولایت (به کسر واو) یا وَلایت (به فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبهٔ معنوی و قدرت معنی می‌دهد) باید او را نیز به‌عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. در مقابل اهل سنت این بیان را تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و نیز اظهار خواسته‌اش که علی به‌عنوان پسرعمو و فرزندخوانده‌اش جانشین او در مسئولیت‌های خانوادگی‌اش پس از مرگ شود. به گفتهٔ مادلونگ علی در دوران خلافتش در کوفه با استناد به این واقعه بر برتری جایگاه خود بر خلفای پیشین تأکید کرد.
تمام منابع شیعی و برخی منابع اهل سنت گواهی می‌دهند که آیه ۶۷ سوره مائده درست قبل از حادثه غدیر نازل شده‌است: «ای پیامبر آنچه از جانب پروردگارت به سوی تو نازل شده ابلاغ کن و اگر نکنی پیامش را نرسانده‌ای و خدا تو را از [گزند] مردم نگاه می‌دارد».
بر اساس حدیثی که در برخی منابع از جمله صحیح بخاری نقل شده‌است، پیامبر اندکی پیش از وفاتش قلم و کاغذی خواست تا چیزی بنویسد که امت بعد از او گمراه نشوند. عمر که در مجلس حاضر بود با ایراد این سخن که بیماری بر پیامبر چیره شده و قرآن برای آنها کافی است، مانعِ وصیت محمد شد. این امر باعث بحث و جدل در میان اهل مجلس شد که در نتیجه آن محمد از آنها خواست آنجا را ترک کنند.
در همین رابطه ابن ابی الحدید به گفتگوی عبدالله بن عباس و عمر در زمان خلافت خلیفه دوم اشاره می‌کند که در آن عمر دلیل ممانعت از وصیت پایانی محمد را ترس از اختلاف امت اسلامی در نتیجه انتصاب علی به جانشینی خود می‌داند زیرا «قریش زیر نظر این جوان گرد نمی‌آمدند. و اگر او را فرمانروا می‌کردند، اعراب در همه جا علیه او قیام می‌کردند.»
از دید شیعیان متاخر، اگرچه پیامبر موفق به انتصاب علی در وصیت نامه پایانی اش نشده، بارها در طول زندگی اش این کار را انجام داده‌است. از دید اهل سنت اگر پیامبر قصد انتصاب علی را داشت، کسی نمی‌توانست مانع شود. بنا به دیدگاه میانه‌ای که شیعیانِ اولیهٔ زیدی و مکتب معتزلهٔ اهل سنت با تغییرات اندکی از آن طرفداری می‌کنند، علی با وجودیکه افضلِ صحابه پیامبر برای حکومت به‌شمار می‌رود هرگز آشکارا و با نصّ صریح به این مقام نصب نشده‌است. بر اساس این دیدگاه، علی ظاهراً هیچ‌گاه ادعای خود برای جانشینی پیامبر را بر این اصل استوار نکرده‌است که توسط محمد به جانشینی نصب شده‌است بلکه محاسن و قرابت خود با پیامبر را دلیل ادعایش می‌دانسته‌است.
در ۲۸ صفر یا ۱۲ ربیع سال ۱۱ ه‍. ق، پیامبر اسلام بیمار شد و درگذشت. در آن دوران جز فاطمه، کسی از فرزندان محمد زنده نبود. به گزارش منابع اسلامی، عباس، فضل بن عباس، قثم بن عباس، اسامه بن زید بن حارثه و یک غلام نیز در مراسم غسل و کفن پیامبر شرکت داشتند و به علی در این امر کمک کردند. با این وجود مرتضی عاملی این گزارش‌ها را با واقع مطابق نمی‌داند و به آنها خدشه وارد می‌کند و مدعی است علی، به تنهایی پیامبر را غسل و تدفین کرد. مادلونگ افراد شرکت کننده در این مراسم را علی، عباس و دو پسرش، فضل و قثم، و بردهٔ آزادشدهٔ پیامبر و زید گزارش می‌کند. به گزارشی دیگر غران -برده آزاد شده پیامبر- به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابهٔ محمد در مراسم خاکسپاری او حاضر بودند.
در حالی که علی به همراه جمعی در حال مراسم خاکسپاری محمد بودند، گروهی از صحابه در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجهٔ این بحث و جدل‌ها، انتخاب ابوبکر به‌عنوان جانشین محمد بود. انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. پوناوالا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام‌های ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آن‌ها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود. مسئلهٔ حق وی در خلافت پس از محمد منجر به شکاف اصلی میان مسلمانان و تقسیم آنان به دو گروه شیعه و سنی شد.
به گفتهٔ مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، و نیز به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، شخصاً به‌شدت معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشی‌هایی که توسط ابوبکر و عمر پایه‌ریزی شده بود، از دیدگاه علی بی‌مورد تلقی می‌شد. او به ابوبکر گفته بود که علت تأخیر در بیعت وفاداریش با ابوبکر به‌عنوان خلیفهٔ مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بوده‌است. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت می‌کرد نیز ترک نکرد. او که معتقد بود جانشین بر حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد همه از او روی گردانده‌اند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعهٔ مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا می‌کردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمی‌دانست، بلکه آن را «وظیفهٔ» خود قلمداد می‌کرد. بر اساس منابع شیعی، بیعت علی با ابوبکر از روی اکراه بود. با این وجود، مرتضی عاملی به‌طور کل بیعت علی با ابوبکر را منکر می‌شود. هر چند عباس، عموی محمد، و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعهٔ اسلامی را در کنترل خاندان بنی‌هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد. اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعداً در نامه به معاویه نوشت که علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده‌است. علی جز در مورد انتخاب خلیفهٔ سوم فعالیت سیاسی نداشت. البته هر گاه خلفای سه‌گانه می‌خواستند، در امور دینی، قضایی، و سیاسی به آن‌ها مشورت می‌داد.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آن‌ها را بیرون کشاند. بنابر آنچه مسعودی و بلاذری پس از گردآمدن گروهی از مخالفان بیعت با ابوبکر، در خانه علی و فاطمه جمع شدند و پس از اطلاع عمر و ابوبکر از ماجرای بست نشینی، جماعتی برای بیعت اجباری به خانه فاطمه رفتند و در این بین درگیری بین علی و عمر گزارش شده‌است و سرانجام با آتش زدن درب خانه فاطمه، موجبات خروج علی و همراهانش از منزل فراهم شد. گزارش‌ها حاکی از آن است که در این هجوم، فاطمه زهرا هدف ضربات سختی قرار گرفت که موجب سقط فرزندش به نام محسن شد و سرانجام کمی بعد، فاطمه بر اثر جراحات ناشی از آن، از دنیا رفت. این هجوم به عنوان اولین رفتار ناشایست بعد از درگذشت محمد با خاندان او گزارش شده‌است. علی نیز به احترام فاطمه، تا زمان حیات او با ابوبکر بیعت نکرد.
هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند به‌تدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سر باز زد. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد. دانشنامهٔ بریتانیکا می‌نویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام‌شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد که علی و بنی‌هاشم تا قبل از درگذشت فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
ابوبکر به عنوان یکی از اولین اقداماتش پس از رسیدن به خلافت، فاطمه، همسر علی را از حق مالکیت فدک که توسط پدرش به او بخشیده شده بود، محروم کرد. بنا بر گزارش اکثر راویان، علی تا شش ماه پس از خلافت ابوبکر، یعنی تا زمان وفات فاطمه، با ابوبکر بیعت نکرد. دلیلی که علی در این رابطه ارائه می‌داد برگرفته از منطق خود ابوبکر بود که در مقابل انصار، برای اثبات برتری خود، از قرابت بیشتر قبیلهٔ قریش با محمد سخن گفته بود. بر همین اساس، علی با توجه به اینکه خویشاوندی نزدیکتری با پیامبر داشت، خودش را برای جانشینی او شایسته‌تر می‌دانست و به ابوبکر اعتراض کرد که چرا در این امر با او مشورت نکرده‌است. ابوبکر ضمن اعتراف به اینکه خود را شایسته‌ترین فرد برای تصدی خلافت نمی‌داند، دلیل تعجیل خود در این امر را ترس از فتنه داخلی در نتیجه خلاء قدرت ناشی از رحلت پیامبر می‌دانست. به نظر می‌رسد علی ضمن پذیرش این توجیه و با توجه به تمایلِ مشابه خود برای حفظ وحدت حکومت اسلامی، تن به بیعت داده‌است.
علی در این دوران زندگی منزوی ای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیت‌های مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد. اولین قرآن جمع‌آوری‌شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده می‌شود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی می‌آمد. او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره می‌داد و به‌عنوان «مشاوری باارزش» شناخته می‌شد، البته این که خلیفه دوم، عمر، مشورت‌های او را می‌پذیرفت یا خیر مورد تردید است. علی با وجود این که در زمان زندگانی محمد تقریباً در تمام حوادث اسلام شرکت داشت، در جنگ‌های رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام‌شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاست‌های خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاست‌های خلفای پیشین را می‌توان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و عدم پذیرش سیاست‌های ابوبکر و عمر حدس زد.
پس از درگذشت فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه را که جزء ارث فاطمه محسوب می‌شد، به پسران عباس بن عبدالمطلب بازگرداند که نمایندهٔ بنی‌هاشم بودند؛ ولی املاک فدک و خیبر کماکان به‌عنوان املاک دولتی باقی ماند و به بنی‌هاشم عودت داده نشد. "دانشنامهٔ بریتانیکا" می‌نویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش، ام کلثوم، را به ازدواج وی درآورد.
به نوشتهٔ برخی مورخان مسلمان، علی از مشاوران عمر بود. مشاوره‌های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه‌اش بر قرآن و سنت بود. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را پذیرفته باشد یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی، یا سیاسی را قبول نکرد، به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ‌یک از جنگ‌های این دو خلیفه حضور نداشت. کائتانی بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) تنها مجری توطئهٔ قتلی بوده‌است که از سوی اصحابی چون علی، طلحه، و زبیر طراحی شده بود و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه‌وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده‌است. دانشنامهٔ اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده‌اند که این دیدگاه کائتانی بی‌پایه و اساس است.
در هنگام درگذشت عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخاب عثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی‌وقاص به‌عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو نامزد نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گشت. عثمان برادرزن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رأی او تکیه داشت. علی به اتکای قرابت خویشاوندی‌اش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، نامزدی خود را منفعلانه پیش می‌برد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو نامزد، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیلهٔ بنی‌امیه با وجود عثمان به‌عنوان نامزد خویشاوند، دیگر لزومی به حمایت از علی ندیدند که نسبت خویشاوندی دورتری به آن‌ها داشت. قبیلهٔ بنی‌مخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنی‌مخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیله‌اش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیله‌اش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را می‌توان در خوشبینانه‌ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از درگذشت محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت می‌کرد؛ بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رأی به نفع عثمان داشت. او رأی خود را در مسجد و در ملأ عام و با حضور هر دو نامزد اعلام کرد؛ بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان‌جا بیعت خود با عثمان را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ می‌نویسد، گرچه ممکن بود عمر نگران احتمال انتخاب علی به‌عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تأثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیلهٔ بنی‌هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پای‌مال‌شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشته‌است. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هر گونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی می‌نماید. عبدالرحمن بن عوف به‌طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان نامزدهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رأیی قاطع جمع‌آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر می‌رسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین‌شدهٔ پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد، و روش خلفای پیشین را به علی عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنا بر روایت "شرح نهج البلاغه" ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تأکید کرد؛ اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در "دانشنامهٔ بریتانیکا"، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی‌طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. اما بنا بر نظر رابرت گلیو در "دانشنامهٔ اسلام"، علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بود. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهم‌ترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود شرعی بود. علی اصرار داشت که «حدود الهی» باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شراب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. در قضیهٔ تبعید ابوذر از مدینه، با وجود ممنوعیت تعیین‌شده توسط عثمان، علی با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد. همچنین به نوشتهٔ پوناوالا در "دانشنامهٔ ایرانیکا"، به روایت ابن اعثم علی می‌دانست که عثمان جرئت نداشت، ضد وی عمل کند. در چند موقعیت، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً نسبت به ابوذر غفاری اظهار همدردی کرده و قاطعانه در دفاع از عمار یاسر سخن رانده بود.ref> به نوشته ون دانزل، علی از لحاظ دینی عثمان را بدعتگزار می‌دانست و از لحاظ سیاسی نیز از مخالفان عثمان بود.
مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و به سوی مدینه رو آوردند. عثمان در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرد اما وقتی توسط پیک سریعی که عبدالله بن سعد فرستاده بود، از قصد شورشیان آگاه شد، چون نمی‌خواست که راه برای خشونت دیگر قشرها باز شود، تمایلی به پذیرش شورشیان نشان نداد. پس به دیدار علی رفت و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آن‌ها را به بازگشت به شهر و دیارشان وادارد. عثمان ضمن اینکه خود را از این پس ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هر گونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این باره صحبت کرده بود، ولی عثمان ترجیح داده که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را رد کرد. علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تأثیری بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و از جانب عثمان با مخالفانی که از دیگر استان‌ها به مدینه آمده بودند، مذاکره کرد که به نظر می‌رسد این امر سبب بروز بدگمانی بین علی و اقوام عثمان گشت. بعداً که شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش کرد تا از شدت حصر بکاهد. وقتی عثمان در معرض خطر حمله قرار گرفت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانهٔ وی روانه کرد. وقتی عثمان را شورشیان کشتند، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانهٔ عثمان مؤاخذه کرد.
به نوشته مادلونگ پس از کشته‌شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفت‌های علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. در این میان مالک اشتر که رهبر کوفیان بود، به نظر می‌رسد که نقش اصلی را در تأمین امنیت برای خلیفه‌شدن علی داشته‌است. به نوشته پوناوالا پیش از قتل عثمان شورشیان بصری طرفدار طلحه و شورشیان کوفی طرفدار زبیر بودند، اما با قتل عثمان هر دو گروه به علی گرویدند. با قتل عثمان، بنی امیه از مدینه گریختند و کنترل شهر در دست مصریان، مهاجرین برجسته و انصار قرار گرفت. آن‌ها از علی برای خلافت دعوت کردند و وی پس از چند روز این منصب را پذیرفت.
علی و پسرش، محمد حنفیه، در مسجد بودند که خبر کشته‌شدن عثمان به گوششان رسید. آن‌ها سریعاً مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد حنفیه، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعداً گفت که هر گونه بیعت باید در ملأ عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آن‌ها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. روایات کوفی حاکی از این است که مالک اشتر اولین کسی بود که با وی بیعت نمود. به نظر می‌رسد که علی شخصاً از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. به این ترتیب افرادی نظیر سعد بن ابی‌وقاص، عبدالله بن عمر و اسامه بن زید از بیعت با علی خودداری کردند. در مقابل دیدگاه برخی دیگر از تاریخ پژوهان آن است، انتخاب علی به‌عنوان خلیفهٔ جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش‌بینی می‌کردند، صورت گرفت. دلاویدا معتقد است که انتخاب علی به‌عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده‌اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده‌است، بلکه بیشتر به این خاطر بوده که انصار که نفوذ دوبارهٔ خود در شهرشان، مدینه، را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی‌امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تأسیس مورد حملهٔ صحابی‌هایی قرار گرفت که به آرزوهایشان نرسیده بودند و نیز مورد حملهٔ معاویه که تنها والی از بنی‌امیه بود که توانسته بود کنترل مقر امارتش، شام، را حفظ کند.
علی پس از برگزیده‌شدن به خلافت از قاتلان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست. خلافت علی از همان روزهای نخست با آشوب همراه شد. هنگامی که علی به خلافت رسید، مرزهای اسلامی از غرب تا مصر و از شرق تا ارتفاعات شرقی ایران پیش رفته بود. اما اوضاع حجاز در این ایام، ناآرام بود. از اقدامات مهم علی پس از رسیدن به خلافت، عزل والیانی بود که قبلاً عثمان آن‌ها را منصوب کرده بود. او کسانی را که از نظرش قابل اعتماد بودند، به جای برکنارشدگان گماشت. در هنگام عزل و نصب والیان، ابن‌عباس و مغیرة بن شعبه وی را به احتیاط و عملکرد مصلحت‌آمیز دعوت کردند و از او خواستند تا زمان تثبیت حکومتش، آنها را برکنار نکند. علی ضمن اقرار به اینکه سازش با فرمانداران فاسد، برای منافع دنیوی و کوتاه مدت خوب است، گفت که او موظف است آنچه درست است را انجام دهد.
ویلفرد مادلونگ معتقد است که علی عمیقاً از وظیفهٔ اسلامی خود آگاه بود و در راه حفظ شریعت اسلام، حاضر نبود که مصلحتی را بر حقی مقدم بشمارد؛ به‌طوری‌که حتی حاضر بود در این راه با مخالفانش پیکار کند. یکی از مهم‌ترین مخالفان علی، معاویه بود. معاویه فرماندار شام و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی قاتلان عثمان را حق خود می‌دانست. او با علی بیعت نکرد.
وی مخالف تمرکز کنترل خلیفه بر روی درآمدهای استانی بود. او امتیازات مبتنی بر جایگاه قبیله‌ای و سابقه در اسلام را ملغی کرد و غنائم و بیت‌المال را به‌طور مساوی بین تمامی مسلمانان تقسیم کرد. او همچنین در توزیع بیت‌المال از تعصبات قومی و قبیله‌ای خودداری می‌کرد؛ به‌طوری‌که حاضر نشد به برادرش، عقیل بن ابی‌طالب، بیشتر از سهمش از بیت‌المال بدهد. در حکومت وی، تمامی مسلمانان، چه آن‌هایی که سابقه‌ای طولانی در اسلام داشتند و چه آن‌هایی که به‌تازگی مسلمان شده بودند از دیدگاه توزیع بیت‌المال، یکسان نگریسته می‌شدند. ایرا لاپیدوس معتقد است علی که بر مبنای از خودگذشتگی‌اش در خدمت به محمد و اسلام ادعای خلافت کرده بود، حال به خاطر اینکه قاتلان عثمان وی را در رسیدن به مسند خلافت حمایت کرده بودند، خود را به خطر انداخته بود. همچنین علی برخلاف عمر، پیشنهاد داد که تمام درآمدهای دیوانی توزیع گردد و چیزی از آن اندوخته نشود. پس از خلافت، بسیاری از قبیلهٔ قریش از او روی گرداندند، چون او از حقوق عشیرهٔ بنی‌هاشم که عشیرهٔ پیامبر بود دفاع می‌نمود. همچنین او به این متهم شد که از مجازات قاتلان عثمان خودداری و سمت‌های اداری را از طرفداران عثمان پاک‌سازی کرده‌است.
درخصوص انگیزه شورش علیه علی توضیحات متعددی ارائه شده‌است. پوناوالا می‌نویسد طلحه و زبیر که پیشتر از آرزوهای سیاسی خود ناامید شده‌بودند، وقتی با مخالفت علی در خصوص سپردن حکومت بصره و کوفه مواجه شدند، ناامیدیشان افزون‌تر گردید. این دو وقتی شنیدند که هوادارانشان در مکه جمع شده‌اند، از علی درخواست کردند که اجازه دهد که برای عمره مدینه را ترک گویند. پس از آن، این دو بیعت خود با علی را شکستند و مسئولیت قتل عثمان را به گردن وی انداختند و از وی خواستند که قاتلان را محاکمه کند. واله یری می‌نویسد طلحه و زبیر و عایشه درخواست داشتند که حدود شرعی باید برای همه به‌طور مساوی برپا داشته شود و یک سری اصلاحات باید انجام گیرد. از آنجایی که این سه تن در سرنوشت عثمان به نوبه خود مسئول بودند، علت شورششان در راستای درخواست خونخواهی عثمان و مقصودی که از اصلاحات مد نظر داشتند، مبهم به نظر می‌رسد. به نظر می‌رسد که انگیزه‌های اجتماعی و اقتصادی که به خاطر ترس از تأثیرگذاری تندرویان بر علی برانگیخته شده بود، توضیح قانع‌کننده تری باشد تا احساسات شخصی. هرچند در میان مخالفان عثمان، افراد میانه‌رو بدون شک خواستار تغییر سیاست‌های وی بودند؛ ولی هیچ‌کس فکر نمی‌کرد که کار به تغییرات اساسی سیاست‌ها بکشد. برخی مورخان نظیر مادلونگ بر این باورند که این چند تن کشته شدن عثمان را بهانه‌ای برای مخالفت با علی و جاه طلبی خود قرار دادند، زیرا آنها، خلافت علی را با منافع خود، سازگار نمی‌دیدند. از سوی دیگر، شورشیان مدعی بودند که خون عثمان نیازی به قصاص ندارد، زیرا وی به خاطر عمل نکردن به قرآن و سنت محمد کشته شده‌است. واله یری معتقد است علت واقعی این شورش‌ها علیه علی، رویکرد بخشایشگر علی نسبت به مقصران در این قضیه (که این تفکر را القا می‌کرد که آنان مجازات نخواهند شد)، عدم برخورد قاطعی از سوی علی با شورشیان و سیاست محبوب «ضد اشرافی گری قریش» توسط علی بوده‌است.
شورشیان بصره را تصرف کرده و بسیاری از مردم را کشتند. در بصره سپاه عایشه به بیت‌المال حمله برده، و نیز عثمان بن حنیف، والی منصوب علی، را مجبور کردند که قصر حکومتی را ترک کند و موی سر و ریشش را کندند. علی ترجیح داد به جای اینکه به بصره لشکر کشد، حمایت کوفه را جلب کند. ابوموسی اشعری، والی کوفه، پیش از نبرد جمل با علی بیعت نمود. اما وقتی که جنگ بین طلحه و زبیر و عایشه با علی بالا گرفت، ابوموسی موضعی بی‌طرف اتخاذ کرد و با وجود تحت فشار گذاشتنش، از تصمیمش منصرف نشد. وی مردم کوفه را به بی‌طرفی در جنگ داخلی بین مسلمانان فرا خواند. سرانجام حامیان علی وی را از کوفه بیرون راندند و علی نامه‌ای شدیدالحن به او نوشت و عزلش کرد. نمایندگان علی (مالک اشتر، ابن‌عباس، فرزندش حسن، و عمار بن یاسر) تلاش بسیاری برای جلب حامی برای سپاه علی کردند تا بالاخره ۶ یا ۷ یا ۱۲ هزار نفر را به سپاه علی ملحق کردند. مادلونگ می‌نویسد حسن توانست لشکر شش یا هفت هزار نفره فراهم آورد و آنان را به ذی قار آورد و به علی ملحق شد.
علی به بصره نزدیک شد و باب مذاکرات با طلحه و زبیر و عایشه را باز کرد. همه در آن زمان فکر می‌کردند توافق بین طرفین حاصل شده‌است، اما جنگ بین دو سپاه ناگهان آغاز شد. در منابع دربارهٔ آغازگر جنگ روایات گوناگونی آمده‌است. طبق برخی روایات، علی به لشکریانش دستور داد که جنگی را آغاز نکنند، اما پس از آنکه برخی از حامیان علی کشته شدند، وی خود را مستحق دانست که جنگ را علیه برخی مخالفانش از اهل قبله آغاز کند. وجه تسمیهٔ این جنگ این است که عایشه در مرکز میدان جنگ و بر روی شتری سوار بود. عایشه در این جنگ آسیبی ندید اما جنگ حول شترش بسیار شدید بود. سپاه علی پیروز شد و یاران علی زانوی شتر را قطع کردند و شتر به همراه عایشه به زمین نشست. اما عملاً پیش از این هم جنگ به پایان رسیده بود، چرا که طلحه توسط تیری که بسیاری از منابع آن را کار مروان بن حکم می‌دانند، زخمی شده و پس از آنکه او را به خانه‌ای بردند، درگذشت. زبیر نیز پس از اینکه با علی دیدار کرد و علی وی را به یاد سخنی از محمد در مورد خودش انداخت، در مشروعیت جنبشی که به راه انداخته بود، دچار تردید شد و میدان جنگ را ترک کرد. کسانی از قبیله بنی‌تمیم او را تعقیب کردند و به طرز توطئه‌آمیزی کشتندش. روبرت گلیو معتقد است که گرچه در مورد فرار و خیانت و حقارت در این جنگ در منابع اغراق شده، اما این دلایل به خوبی نشان‌دهندهٔ بی‌ثباتی مخالفان علی و حاکی از علت پیروزی آسان علی در این جنگ است. محاسبهٔ آمار دقیق رزمندگان در این جنگ و کشته‌شدگان غیرممکن است. چرا که منابع در مورد تلفات جنگ، اعدادی بین ۶٬۰۰۰ تا ۳۰٬۰۰۰ تن گزارش می‌دهند؛ ولیری می‌نویسد عدد ۳۰٬۰۰۰ اغراق است، زیرا شمار افرادی که از مدینه به همراه علی آمدند و افرادی که بعداً به وی پیوستند سر جمع به‌سختی به ۱۵٬۰۰۰ تن می‌رسد.
علی وارد بصره شد و پول‌هایی را که در بیت‌المال یافت، به‌طور مساوی میان حامیانش تقسیم کرد. این امر احتمالاً نشانهٔ این است که وی به کهنه‌مسلمانانی که از روزهای اول به اسلام خدمت کرده بودند و تازه‌مسلمانانی که در فتوحات نقش داشتند، یکسان مواجب می‌داد و سپس برای جلب حمایت کوفیان علیه معاویه، به آن شهر رفت. مردم بصره با علی بیعت کردند. علی، ابن‌عباس را والی بصره نمود و زیاد بن ابیه را به دستیاری ابن‌عباس گماشت. به نوشتهٔ ولیری، مالک اشتر به خاطر این موضوع خشمگین شد چرا که پسران عباس، یکی والی بصره، یکی والی مکه، و دیگری والی یمن شده بودند. علی موفق به تشکیل ائتلافی گسترده شد که دو گروه جدید را به حامیانش افزود. اولی قرا که آخرین امیدشان در بازیابی نفوذ خود را در علی می‌دیدند و دومی رهبران قبائل سنتی که مجذوب مساوات وی در تقسیم غنائم شده بودند. شکل‌گیری موفقیت‌آمیز این ائتلاف را که افراد گوناگونی چون عمار بن یاسر (مهاجر)، قیس بن سعد عباده (انصار)، مالک اشتر (قرا)، و اشعث بن قیس (رهبر سابق جنگ‌های رده و از رؤسای قبائل کوفی) را در بر می‌گرفت، می‌توان به پای شخصیت فرهمند علی گذاشت.
پس از نبرد جمل، چون علی همچنان به سیاست برابری و عدالت در توزیع مالیات و غنائم پایبند بود، توانست حمایت اصحاب محمد به‌خصوص انصار، رهبران قبائل، و قرا را که خواهان داشتن رهبری پیرو احکام اسلام بودند، از آن خود کند.
از جمله تغییراتی که علی در زمان خلافتش انجام داد این بود که جنگجویان مسلمان را از غارت و اخذ غنیمت و تقسیم آن میان خود پس از فتوحات منع کرد. به جای آن مالیات اخذشده از شهرها را به‌عنوان حقوق و نه غنیمت جنگی و به میزان ثابتی میان جنگجویان توزیع می‌کرد. گزارش شده‌است که این اولین مورد اختلافی بود که میان علی و گروهی که بعداً خوارج را تشکیل دادند، پیش‌آمد.
علی بی‌درنگ پس از کامیابی در ساکت کردن شورش طلحه و زبیر، به شام در شمال سرزمین‌های اسلامی روی آورد. معاویه حاکم سرزمین شام بود. او در زمان عمر به فرمانداری این منطقه گماشته و در زمان عثمان در آنجا تثبیت شده بود. میان شورش‌های طلحه و زبیر با شورش معاویه یک تفاوت اصلی بود که در مورد نخست، طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفهٔ دیگر بودند ولی معاویه ادعا می‌کرد که به خونخواهی عثمان برخاسته‌است و درخواست مجازات قاتلان وی را دارد. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم به خاطر اعمال مستبدانهٔ وی تحت ظلم بودند؛ بنابراین آن‌ها مشمول مجازات نمی‌شوند. "من نمی‌گویم که [عثمان] به ناحق کشته شد (مظلوم بود). و من نمی‌گویم که او به عنوان ظالم کشته شد.»
علی نامه‌ای برای معاویه نوشت و آن را به دست جریر بن عبدالله بجلّی، فرماندار پیشین همدان که از سوی عثمان برگزیده شده بود، داد تا به دست معاویه برساند و از او بیعت بگیرد ولی معاویه به بهانه‌های گوناگون جریر را در آن سرزمین نگه داشت و در این مدت دمشق را آمادهٔ نبرد با علی کرد. علی در این نامه اشاره می‌کند که:
سپاهیان معاویه قرآن به سرنیزه‌ها آویختند و درخواست کردند تا جنگ ادامه پیدا نکند و در مقابل کار به داوری بر اساس قرآن گذاشته شود. این کار سپاه علی را دچار سردرگمی و تردید کرد. در حالی که علی بر ادامه جنگ اصرار داشت و به آن‌ها هشدار می‌داد که معاویه مرد دین نیست و این فریب و نیرنگ است، قرا نمی‌توانستند به دعوت به قرآن را اجابت نکنند و حتی برخی از آن‌ها وی را تهدید کردند که اگر به جنگ ادامه دهد وی تحویل سپاه دشمن دهند یا با وی همچون عثمان عمل کنند. علی در مواجهه با تهدید سپاهیانش متارکه جنگی را پذیرفت و به علت اصرار سربازانش، به ناچار به حکمیت قرآن تن داد.
توافق حکمیت در ۱۵ صفر سال ۳۷ (حدوداً ۲ اوت ۶۵۷) منعقد شد. در هنگام طرح توافق برای حکمیت علی مجبور به زدودن عنوان امیرالمؤمنین از مقابل نامش شد، تا توافق پیش رفت. معاویه اعتراض کرد که اگر از دید وی علی به واقع خلیفه بود، معاویه هرگز با وی نمی‌جنگید. بندهای اصلی توافق‌نامه مطابق با خواست جناح صلح طلب تنظیم شد. طبق توافقنامه بنا شد، وظیفه داوران نامبرده آن باشد که بر اساس احکام قرآن به توافق برسند و در هر موردی که نتوانند حکم آن را در قرآن بیابند از راهنمایی‌های سنت عادل و مورد اتفاق که در موردش بین دو طرف اختلافی نیست، استفاده کنند. موضوع حکمیت به‌طور مشخص تصریح نشد اما قرار شد که بر اساس مصلحت امت تصمیم بگیرند و امت را دچار شقاق و جنگ نکنند. زمان اولیه برای توافق هفت ماه بعد، ماه رمضان، مقرر شد و شرایطی برای مکان، شهود و دیگر شرایط تشکیل جلسه تعیین شد. به نوشته مادلونگ روشن بوده‌است که هر رأیی برخلاف قرآن نامعتبر خواهد بود.
موضوع اصلی، اما، رفع اختلاف مسلمانان در خصوص خلیفه بود. به نوشته مادلونگ ابوموسی شخصی بی‌طرف و صلح‌جو بود، اما در این زمان حاضر به متهم کردن علی یا خلع وی و پذیرش خلافت معاویه نبود. وضعیت ایدئال برای ابوموسی تشکیل شورای خلافت متشکل از افراد بی‌طرف بود. عمرو عاص بر آن بود که جلوی هر تصمیمی در خصوص خلافت علی یا تشکیل شورای خلافت را بگیرد. البته به زعم مادلونگ، در این زمان هنوز بحث خلافت معاویه مطرح نبود. بدین ترتیب مادلونگ تصریح می‌کند که برخلاف برداشت واله یری، حکمیت در دستیابی به هدف اصلیش که رفع اختلاف و پایان فتنه بود شکست خورد، هرچند برای معاویه دستاورد سیاسی بزرگی داشت و شامیان تا ذی‌الحجه (آوریل-مه) سال ۳۷ با معاویه به‌عنوان خلیفه بیعت کردند.
کوفیان به ابوموسی معترض شدند و وی به مکه گریخت. علی رأی صادر شده را تقبیح کرد و اعلام نمود دو حکم قرآن را پشت سر انداخته و نهایتاً به وفاق هم نرسیدند. سپس از مردم خواست مجدداً برای جنگ با معاویه گرد آیند.
معاویه کوشید تا ادعای خلافت خود را که در شام تثبیت کرده بود، از طریق اقناع بزرگان دینی که بی‌طرف مانده بودند به کل امت اسلامی گسترش دهد؛ لذا، بزرگانی از تابعین را نیز دعوت کرد. عمروعاص از خلافت معاویه حمایت می‌کرد، اما ابوموسی اشعری در پی تشکیل شورای خلافت یا گزینش دامادش عبدالله بن عمر بود. عمروعاص ابوموسی را فریفت و وی به شکل ابلهانه‌ای به آلت تحقق امیال معاویه تبدیل شد. پوناوالا می‌نویسد عبدالله بن عمر به خاطر فقدان اجماعی بر روی خلیفه شدنش، این پیشنهاد را رد نمود. پس از آن، ابوموسی اشعری به عمروعاص پیشنهاد کرد که هر دو علی و معاویه از خلافت عزل شده و کار تعیین خلیفه به شورا موکل شود و عمروعاص پیشنهادش را پذیرفت. ابوموسی در ملأ عام مورد توافقش با عمرو عاص را اعلام کرد ولی عمروعاص برخلاف توافق پیشین بیان داشت که علی را عزل و خلافت معاویه را تأیید کرد. این امر سبب شد ابوموسی برآشوبد و حکمیت را ترک کند.
در حالی که علی در راه شام بود، خوارج دست به کشتن افرادی زدند، که با آن‌ها اختلاف دیگاه داشتند؛ لذا سپاه علی و به‌خصوص اشعث بن قیس از وی خواستند که نخست با خوارج برخورد کند، چون از جانب آن‌ها برای خویشان و اموال خود احساس ناامنی می‌کردند؛ لذا علی در ابتدا به نهروان رفت تا با مخالفان تعامل کند. هرچند نظر اکثریت سپاه بر این بود، اما برخی سپاه را ترک کردند. علی از خوارج خواست که قاتلان را تسلیم کنند، اما آن‌ها در پاسخ گفتند جملگی این قتل‌ها را مرتکب شده و ریختن خود شیعیان علی را حلال می‌دانند.
مادلونگ می‌نویسد نبرد با خوارج چالش‌برانگیزترین رخداد دوران خلافت علی بود. هرچند از دید یک دولتمرد عادی جنگ با شورشیان بیعت شکن خون‌ریزی که آشکارا تهدید به قتل دیگران می‌کردند معقول و بلکه ضروری بود، اما اینان پیش از این از همراهان علی و همچون خود وی از مخلص‌ترین باورمندان به قرآن بودند. آن‌ها می‌توانستند از پرشورترین متحدان علی در مقابله با انحراف از قرآن باشند. اما علی نمی‌توانست به درخواست آنان اقرار به کفر خود کند یا دیگر مسلمانان را کافر بداند. یا آنکه از قتل‌هایی که مرتکب شده بودند چشم پوشی کند. به هر حال بعد از این رخداد، اولویت نخست علی آن که مجدداً در میان قرا وفاق ایجاد کند. هرچند علی درصدد بود که مستقیماً از نهروان به سوی شام لشکرکشی کند، اما سپاهش به رهبری اشعث بن قیس با شکوه از فقدان توشه جنگی او را مجبور به حرکت به سمت کوفه کردند و در آنجا لشکرگاه را ترک کردند. پوناوالا می‌نویسد کشتار منتجه از سوی بسیاری از افراد، تقبیح شد و فرار کردن سربازان از سپاه علی، وی را مجبور کرد تا به کوفه بازگردد و نتواند به سمت معاویه لشکر کشی کند.
در دوران خلافت علی جنگ‌های داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت علی اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. مثلاً شورشیان در شرق ایران، مالیات خود را به قبائل کوفی و بصری پرداخت نکردند.
در حالی که در سال‌های ۴۱–۳۵ هجری، مسلمانان مشغول جنگ‌های داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل خلافت اسلامی خارج شد. حتی بازماندگان سلسلهٔ ساسانی به تلاش‌هایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور دست زدند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب‌زده را در دست گرفته و شورش‌ها علیه والیان و افراد تحت حمایتشان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات، و فوشنج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده، آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری، فرمان‌های علی به اشخاص برجستهٔ محلی مبنی بر دادن خراج به ماهویه، مرزبان مرو، باعث بروز شورش‌هایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید که تا درگذشت علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول سرکوب شورش‌های خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس، و کرمان در سال ۳۹ هجری از دادن مالیات سر باز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می‌یافت و مردم این مناطق مأموران جمع‌آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند.
حکَم بن عمر تغلبی، در روزگار خلافت عمر بن خطاب، در ۲۳ق/ ۶۴۴م مکران را که منطقه‌ای در همسایگی توران بود، فتح کرد. عمر دستور داد تا وی از آن سرزمین پیش‌تر نرود؛ تا آنکه به هنگام خلافت علی در اواخر سال ۳۸ و اوایل ۳۹ق/ ۶۵۸م، حارث بن مرهٔ عبدی داوطلبانه و با اجازهٔ از خلیفه وقت، علی بن ابی‌طالب، برای دستیابی به غنایم، در آن سوی مکران (توران) به نبرد برخاست.
پس از قضیهٔ حکمیت، هر چند علی حکم برکناری را نپذیرفت و خود را کماکان خلیفهٔ مسلمانان می‌نامید اما هر روز از وفاداران به او کاسته می‌شد. وقتی علی مشغول رفع شورش خوارج بود، معاویه کنترل مصر را در دست گرفت. در این زمان معاویه نیز طرفدارانی داشت که او را خلیفه می‌دانستند. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد وی در اواخر سال ۳۹ هجری، سپاهیان علی را در مصر شکست داد و عمرو عاص را حاکم آنجا نمود. در همین زمان، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. در سال ۴۰ هجری علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نیز نداشت. علی عملاً به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی قرار داشت تا آنجایی که اقدامی در برابر لشکرکشی‌های معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. افکار عمومی عرب به جانشینی معاویه تمایل داشت، چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی می‌شد و می‌توانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و خلافت اسلامی را کنترل کند.
در سال آخر خلافت علی، مردم کوفه و بصره پس از حملات لشکریان معاویه به شهرهای عراق، ماهیت واقعی معاویه را شناختند و دوباره با علی ضد معاویه متحد شدند. با این حال نگرش مردم نسبت به علی در این مقطع زمانی، به شدت متفاوت بود. فقط اقلیت کوچکی از آن‌ها معتقد بودند که علی بهترین شخص پس از محمد برای خلافت است؛ در حالی که اکثریت مردم او را به علت دشمنی با معاویه مورد حمایت قرار دادند.
به نوشتهٔ ویلفرد مادلونگ خودداری او از مشارکت در بازی جدید فریبکاری سیاسی و فرصت‌طلبی هوشمندانه که در زمان خلافت وی در دولت اسلامی ریشه دوانده بود، هرچند وی را از کامیابی در زندگی محروم ساخت، اما سبب شد در نظر ستایشگرانش به‌عنوان نمونه‌ای از تقوای اسلام نخستین و فاسدنشده و همچنین فتوت عربی پیش از اسلام جلوه‌گر شود.
تعدادی از خوارج تصمیم به قتل علی، معاویه، و عمرو عاص به صورت هم‌زمان گرفتند تا به عقیدهٔ خود اسلام را از دست این سه تن که مسئول جنگ‌های داخلی بودند، خلاص کنند که تنها موفق به کشتن علی شدند و معاویه و عمرو عاص جان سالم به در بردند. در منابع روز ضربت خوردن علی ۱۷، ۱۹، و ۲۱ رمضان گزارش شده‌است. اما شیخ مفید روز ۱۹ را صحیح‌تر می‌داند و ابن ابی الحدید نیز می‌نویسد چون این سه تن کارشان را عبادت می‌دانستند بنابراین آن را در شب قدر ۱۹ رمضان قرار دادند تا ثواب بیشتری برده باشند. روز درگذشت علی هم در منابع از ۱۱ تا ۲۱ رمضان گزارش شده‌است و مدت تحمل ضربت را دو یا سه روز دانسته‌اند. علی هنگامی که مشغول خواندن نماز صبح در مسجد کوفه بود و به روایتی دیگر در کنار در مسجد توسط عبدالرحمن بن ملجم و با یک شمشیر زهرآگین از ناحیهٔ سر ضربت خورد. عبدالرحمن این عمل را به قصد انتقام‌گیری از وی در قبال کشتار نهروان انجام داد. دو روز بعد در ۱۹ یا ۲۱ رمضان ۴۰ هجری، علی در سن ۶۲ یا ۶۳ سالگی درگذشت.
روایات زیادی وجود دارد که در آن محمد یا علی خبر می‌دهند که ریش علی از خون فرق سرش رنگین می‌شود. عمدتاً در منابع شیعی بر روی این مطلب تأکید شده‌است که علی با وجود آگاه بودن از سرنوشتش، کس دیگری را به جای خود به امامت نماز جماعت نگذاشت و با وجود اینکه دیگران به وی در مورد احتمال کشته‌شدنش هشدار داده بودند، با خواندن ابیاتی هراس از مرگ را نفی کرده بود. علی حتی پیش‌بینی کرده بود که ابن ملجم قاتلش خواهد بود. رابطهٔ بین علی و ابن ملجم تنش‌برانگیز بود. با این همه، علی در مقام خلیفه هیچ اقدامی علیه ابن ملجم انجام نداد. به روایت ابن سعد، علی گفته بود «چگونه کسی را بکشم که هنوز مرا نکشته‌است»؟ حتی وقتی کسی از قبیلهٔ مراد یا کسی که از زبان خود ابن ملجم نقشهٔ قتل را شنیده بود، در این باره به علی هشدار داد، علی پاسخ داد که هر انسانی را دو فرشته که بر روی شانه‌هایش قرار دارند، تا لحظهٔ مرگ حافظ‌اند و آن لحظه را تقدیر معین می‌کند.
شب قبل از واقعه، ابن ملجم به همراه وَردان و شَبیب بن بَجَره شمشیرهایشان را به زهر آغشتند و کنار در مسجد منتظر ماندند تا علی به منظور اقامهٔ نماز صبح به مسجد وارد شود. به محض ظاهر شدن علی، شبیب به وی حمله برد اما شمشیرش به لغاز در اصابت کرد و خطا رفت. شبیب فرار کرد و در میان جمعیت گم شد. وردان نیز بی‌سروصدا گریخت، به خانه رفت و حریر از سینه باز کرد. چون پسرعمویش او را در این حالت دید، مشکوک شد و وی را کشت. تنها ابن ملجم باقی‌مانده بود. او در حالی که فریاد می‌کشید «ای علی، حکمیت خاص خداست، نه تو و یارانت» ضربتی به فرق سر علی وارد آورد و خواست بگریزد که ابو اَدماء همدانی وی را به زمین افکند. علی به خانه‌اش بازگشت و ابن ملجم را پیش وی آوردند. ابن مجلم به علی گفت که ۴۰ روز شمشیرش را تیز می‌کرده و از خدا خواسته‌است که با آن شرورترین مردان را بکشد. علی در پاسخ گفت خود ابن ملجم با همین شمشیر کشته خواهد شد و وی را شرورترین مردان نامید.
علی در اجرای شرع اسلامی سخت گیر بود و در مورد قصاص قاتلش نیز منابع تقریباً حاکی از آن هستند که وی گفت که دقیقاً یک ضربت به ابن ملجم وارد شود. اما برخی منابع این‌گونه بیان نشده‌اند. برخی منابع می‌نویسند که علی فرمان داد صبر شود تا اثر ضربت بر وی معلوم شود، اگر زنده ماند خود در مورد وی تصمیم می‌گیرد. شیخ مفید روایت می‌کند که علی گفت، این قاتل همانند قاتل محمد پیامبر اسلام است و باید کشته و جسدش سوزانده شود. برخی روایات حاکی از آنند که علی به حسن و هاشمیان توصیه کرد که به بهانه خون خواهی از وی، خون مسلمانان را نریزند و قاتلش باید دقیقاً به همان صورتی که علی کشته شد کشته شود. روایتی از ابوالعباس مبرد حاکی از آن است که علی وی را به کل بخشید. روایت دیگر می‌گویند علی فرمان داد که به ابن ملجم غذا و محل استراحت مناسب داده شود و اگر علی بمیرد، ابن ملجم را به وی ملحق کنند تا در آن دنیا خدا بین وی و علی قضاوت کند.
علی بن ابی‌طالب را در نزدیکی کوفه دفن کردند اما مزارش از ترس نبش قبر و بی‌حرمتی به آن — خصوصاً از جانب خوارج — پنهان نگه داشته شد. تا آنکه در اواسط قرن دوم ه‍. ق، در زمان هارون‌الرشید، خلیفهٔ عباسی، و به سال ۷۹۱ میلادی در فاصلهٔ چند کیلومتری از کوفه محل مزارش مشخص و آرامگاهی در آنجا ساخته شد. پس از آن این منطقه تبدیل به شهر نجف شد.
علی ۹ زن و چندین کنیز داشت و دارای ۱۴ پسر و ۱۹ دختر بود که از میان آنان حسن، حسین، عباس، و محمد حنفیه مشهورترند. طبق منابع شیعی تعداد کل فرزندان علی ۲۷ یا ۲۸ بود. مادر محمد حنفیه، کنیزی آزادشده به نام خوله دختر جعفر حنفیه بود. از میان فرزندان علی، ۵ نفر صاحب نسل شدند.
فاطمهٔ زهرا، دختر محمد و خدیجه، همسر علی بن ابی‌طالب، مادر حسن و حسین، و یکی از پنج عضو آل عباست. نسل علی از فاطمهٔ زهرا به‌عنوان "شریف" یا "سید" شناخته می‌شوند. آن‌ها به‌عنوان تنها نسل بازمانده از محمد، مورد احترام شیعه و سنیاند. علی تا زمانی که فاطمه زنده بود همسر دیگری نداشت، اما پس از او با زنان متعددی ازدواج کرد. به‌جز ۴ فرزندی که از فاطمه داشت، بقیه فرزندانش از همسران دیگر او بودند.
حسن بزرگ‌ترین پسر علی و فاطمهٔ زهرا و دومین امام شیعه است که طبق روایات در ۶۲۵ میلادی در مدینه به دنیا آمد. بعد از درگذشت علی، برای مدت کوتاهی در کوفه بر بخشی از سرزمین‌های مسلمانان خلافت کرد و سپس طبق عهدنامهٔ صلح با معاویه از قدرت کناره گرفت. او در ۶۷۰ میلادی در مدینه مسموم شد و درگذشت. حسین دومین پسر علی و فاطمه زهرا و سومین امام شیعه است که طبق بیشتر روایات در ۶۲۶ میلادی در مدینه به دنیا آمد. وی در سال ۶۸۰ میلادی علیه یزید قیام کرد و در نبرد کربلا به همراه یارانش کشته شد. در این نبرد علاوه بر حسین، شش تن دیگر از فرزندان علی نیز کشته شدند که چهار نفر آن‌ها پسران فاطمهٔ کلابیه معروف به ام‌البنین بودند. همچنین سه پسر حسن و دو فرزند حسین در نبرد کشته شدند.
خاندان علی رهبری مسلمانان را منحصر به اهل البیت می‌دانستند و در دوران‌های مختلف قیام‌های متعددی ضد حاکمان وقت انجام دادند. از مهم‌ترین این قیام‌ها می‌توان نبرد کربلا، قیام مختار ثقفی از طرف محمد حنفیه، قیام زید بن علی و قیام یحیی بن زید ضد امویان را نام برد. بعدها خاندان علی ضد عباسیان نیز قیام کردند که از مهم‌ترین آنان می‌توان به قیام صاحب فخ و قیام محمد ابن عبدالله نفس زکیه اشاره کرد. در حالی که هیچ‌یک از این قیام‌ها موفق نبود، سرانجام ادریسیان، فاطمیان، و علویان طبرستان توانستند اولین حکومت‌ها از خاندان علی را تشکیل دهند.
در قرآن فعلی—موسوم به مصحف عثمان—هیچ اشاره مستقیمی به علی نشده‌است. روایت رسمی اهل سنت این است که قرآن بی کم و کاست تا زمان عثمان و بر اساس آنچه محمد به مؤمنان گفته بود، تدوین شده بود و مصحف‌های موازی از بین رفته بودند. با این وجود، تردید دربارهٔ کامل بودن قرآن حداقل تا آغاز قرن چهارم هجری—تسلط آل بویهٔ شیعه بر دستگاه خلافت—در بسیاری از جریان‌های اسلامی دیده می‌شود. این تردیدها منحصر به شیعیان نبوده—چنان‌که بعضی از صحابه، خوارج و حتی اندیشمندان معتزلی هم بدان باور داشتند—اما بیشترین تردیدها از جانب شیعیان بوده‌است؛ لذا حداقل تا قرن چهارم هجری، مصحف‌های دیگری—از جمله مصحف علی و مصحف عبدالله بن مسعود—که تفاوت‌های شگرفی با مصحف عثمان داشته‌اند، رایج بوده‌اند.
اعتقاد برخی شیعیان به تحریف قرآن از آنجا سرچشمه می‌گرفت که بنا به روایات، به خصوص روایات شیعه دوازده‌امامی، معتقد بودند آیات بسیاری در وحی محمد وجود داشته که در آن‌ها از علی (به خصوص «ولایة علی» که معانی متفاوتی داشته) و فاطمه و فرزندانشان به عنوان بهترین الگوهای امت نام برده شده اما آن‌ها را حذف کرده‌اند. همچنین گفته‌اند که قرآن حاوی آیاتی دربارهٔ خیانت سران قریش به محمد بوده اما این افراد که بعد از مرگ محمد به قدرت رسیدند، آیات مورد نظر را تحریف کردند. لیکن علی قرآن اصلی را مخفی کرد و از امامی به امامی دیگر منتقل می‌شد تا اینکه با امام دوازدهم به غیبت برده شد. اشارات شیعی به تحریف قرآن دو دستهٔ مستقیم و غیرمستقیم هستند. اشارات غیرمستقیم به تحریف قرآن از سوی امامان را در بخش‌هایی از کتب روایی قرار می‌دادند که اساساً ربطی به تحریف قرآن نداشتند. اشاره‌های مستقیم نیز نقل قول‌هایی از قرآن هستند که با آنچه در مصحف عثمان موجود است فرق دارد. تعداد چنین آیاتی در منابع شیعه، بیش از صدها مورد است و السیاری، نویسندهٔ قرن سوم، در کتاب "التنزیل والتحریف" حدود سیصد آیه را نقل کرده‌است. چند مورد در ادامه ذکر شده‌است (تفاوت با قرآن رسمی با فونت ایتالیک ضخیم نوشته شده):
بر اساس آنچه در تاریخ بغداد و صواعق المحرقه گزارش شده‌است، نزدیک به ۳۰۰ آیه در قرآن در شأن علی بن ابی‌طالب نازل شده‌است. قرشی این تعداد از آیات نازل شده را دلیلی بر فضل و ایمان علی دانسته‌است. قرشی همچنین این آیات را در چند دسته تقسیم‌بندی کرده‌است:
نبیل حسین می‌نویسد سنی‌های حامی علی بر این باورند که نوعی علی‌ستیزی را می‌توان در روایات تاریخی و احادیث اسلام مشاهده کرد و هم سو بودن سنی‌ها با سلسلهٔ بنی‌امیه باعث شده‌است که محدثان اولیه با گرایش شیعی، فاقد اعتبار و از سوی دیگر، راویان حدیث با گرایش ضد علی معتبر دانسته شوند.
ایگناز گلدزیهر ضمن مقایسهٔ دو نسخه از سخنان محمد دربارهٔ علی که در جنگ خیبر پس از دادن پرچم به او بر زبان آورده‌است، اذعان می‌دارد که در روایات، اضافاتی به نفع علی وجود دارد. اما از طرف دیگر برای اثبات دیدگاه خود دربارهٔ وجود علی‌ستیزی در روایات، دو نسخهٔ متفاوت از حدیث «مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، زنا نمی‌کند و مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، دزدی نمی‌کند» را بررسی کرده، نتیجه می‌گیرد که در برخی کتب، به حدیث مزبور جملهٔ «مؤمن غلو نمی‌کند» اضافه شده‌است تا شیعیان «کافر» قلمداد شوند و این جملات اضافی در لوای حدیث موجه و معتبر اصلی، به مرور زمان در اذهان مسلمانان جای بگیرد.
مایکل کوپرسن در کتاب "تاریخ‌نگاری سنتی عربی" می‌نویسد عباسیان پس از آنکه پایه‌های قدرت خود را مستحکم کردند، به ساخت احادیث جعلی برای بنی‌امیه و نیز علویان مبادرت ورزیدند. آنان در روایات خود خلافت بنی‌امیه را خلافت فرزندان دشمنان محمد دانستند و دربارهٔ خلافت فرزندان علی نیز سعی داشتند تأکید کنند که خلافت بیشتر از آنکه به فرزندان دختر محمد تعلق داشته باشد، به فرزندان عموی محمد تعلق داشته‌است و مدعی بودند که فرزندان علی خلافت را از شجرهٔ خود به شجرهٔ عباس انتقال داده‌اند. پل کوب می‌نویسد در شام، احادیث راجع به تقوای علی تا زمان اسماعیل بن عیاش حمصی (درگذشته به سال ۱۸۱ یا ۱۸۲ هجری) ناشناخته بودند و حتی تا قرن سوم هجری هر کسی در مسجد امویان، مخفیانه در بحث‌های مربوط به «فضائل علی» شرکت می‌جست، به احتمال زیاد مورد هجمه قرار می‌گرفت.
نظر به حضور شدید هشدارهای آخرالزمانی در قرآن، مثلاً آیهٔ ۵۷ سورهٔ نجم، و احادیث اولیه مثل حدیث دو انگشت، بسیاری از دانشوران، از قرن نوزدهم میلادی تا امروز، محمد را یک «واعظ آخرالزمانی» محسوب کرده‌اند که اعتقاد داشته قیامت بسیار نزدیک است یا حتی آغاز شده‌است. منابع اسلامی حتی او را «رسول الملحمه» (پیامبر جنگ‌های آخرالزمان) هم نامیده‌اند. همچنین، منابع غیراسلامی معاصر محمد—که زمان نگارششان در مقایسه با منابع اسلامی به حیات او نزدیک تر است—به ماهیت آخرالزمانی جنبش محمد گواهی داده و گفته‌اند که محمد مژده آمدن مسیحا—منجی ادیان مسیحی-یهودی—را داده‌است. هرچند قرآن از عیسی به عنوان نشانهٔ قیامت یاد کرده، اما (برخلاف احادیث) سخنی از مژدهٔ مسیحا در آن یافت نمی‌شود.