سال بعد استقلال هم در مدیریتش و هم در پست سرمربی‌گری تغییرات بزرگی را به خود دید، استقلال در مهر ۱۳۷۵ بعد از هفت سال شکست ناپذیری در بازی شهرآورد تهران به رقیبش پرسپولیس، باخت، از نتایج این شکست جایگزینی کاظم اولیایی مدیر باشگاه با علی فتح‌الله‌زاده بود. فتح‌الله‌زاده نیز در آذر ماه پورحیدری را برکنار و حجازی را جانشینش کرد تا وی تیم را برای مرحله نهایی جام برندگان جام آسیا آماده کند. اما این تغییر دیر و تقریباً بیهوده کمکی به استقلال نکرد و استقلال در آن بازی‌ها به رتبه چهارمی بسنده کرد، در پایان فصل نیز حجازی نتوانست نتایج خوبی با استقلال بگیرد. حجازی و استقلال فصل بعد را بسیار موفقیت‌آمیز پشت سر گذاشتند و استقلال قهرمان جام آزادگان ۷۷–۱۳۷۶ شد. به دنبال این قهرمانی حجازی فصل بعد استقلال را در جام باشگاه‌های آسیا ۹۹–۱۹۹۸ هدایت کرد و در استقلال توانست تا دیدار نهایی نیز پیش رود اما در بهار ۱۳۷۸ در آن بازی مغلوب تیم جوبیلو ایواتا از ژاپن شد تا نتواند به ستاره سوم برسد. چند هفته بعد از این شکست استقلال در یک بازی لیگ با نتیجه عجیب ۳–۴ برابر سایپا مغلوب شد و حجازی شب همان بازی از کار برکنار شد و جواد زرینچه کاپیتان استقلال تا پایان فصل به طور موقت سرمربی استقلال شد. تا بعد از علی دانایی فر و ناصر حجازی ، جواد زرینچه سومین بازیکن (کاپیتانی) باشد که طی دوران بازیگری اش سرمربیگری استقلال را نیز برعهده داشت. زرینچه استقلال را در چهار بازی آخر لیگ هدایت کرد و بعد از وی سکوموروخوف برای دومین بار سرمربی‌گری تیم را بر عهده گرفت. وی ابتدا استقلال را در مراحل نهایی جام حذفی ۷۸–۱۳۷۷ هدایت کرد و تیم را به دیدار فینال نیز رساند اما با شکست در فینال جام حذفی ۱۳۷۸ به مقام دومی بسنده کرد. فصل بعد و در حالی که استقلال جام آزادگان ۷۹–۱۳۷۸ را بسیار خوب شروع کرده بود در میانه‌های فصل و به دنبال نتایج ضعیف استقلال سکوموروخوف از کار بر کنار شد و در اسفند ۱۳۷۸ منصور پورحیدری برای هفتمین مرتبه بر روی نیمکت استقلال نشست. پورحیدری در حالی این پست را بر عهده گرفت که سرمربی‌گری تیم ملی را نیز بر عهده داشت اما از تیم ملی استعفا داد تا یک بار دیگر بر روی نیمکت استقلال بنشیند. در ادامه فصل وی قهرمانی جام حذفی ۷۹–۱۳۷۸ را با استقلال کسب کرد و فصل بعد با استقلال قهرمان آخرین دوره جام آزادگان، جام آزادگان ۸۰–۱۳۷۹ شد تا پورحیدری و استقلال در دو فصل متوالی دو جام قهرمانی کسب کنند. سال بعد استقلال را در سه جام مختلف شرکت داد و تحت شرایطی عجیب و در آخرین بازی فصل مقام قهرمانی نخستین دوره لیگ حرفه‌ای ایران را از دست داد، این مقام در شرایطی به دست آمد که چند هفته پیش از آن استقلال در مرحله نهایی جام باشگاه‌های آسیا ۰۲–۲۰۰۱ نیز ناموفق بود. به دنبال این دو ناکامی پیاپی فتح‌الله‌زاده مدیر وقت استقلال با پورحیدری قطع همکاری کرد و امیر قلعه‌نویی، بازیکن سابق استقلال به طور موقت و برای مربی‌گری بازی‌های باقیمانده فصل در جام حذفی بر روی نیمکت استقلال نشست. استقلال با قلعه‌نویی در جام حذفی ۸۱–۱۳۸۰ موفق به کسب عنوان قهرمانی شد اما بعد از آن بازی‌ها به قلعه‌نویی پیشنهاد شد یا از نیمکت استقلال کنار برود یا به عنوان کمک مربی با رولاند کخ سرمربی آلمانی و جدید استقلال همکاری کند و قلعه‌نویی نیز از مقامش استعفا داد تا بعد از ۲۴ سال یک بار دیگر استقلال یک مربی آلمانی را بر روی نیمکت خود ببیند. در آن سال لیگ حرفه‌ای ایران وارد دومین فصلش شد و نحوه برگزاری و نام مسابقات جام باشگاه‌های آسیا نیز تغییر کرد و از آن پس لیگ قهرمانان آسیا نامیده شد. این تغییرات به همراه حضور یک مربی آلمانی که سابقه کار در بوندسلیگا را داشت نوید آغاز دورانی نوین در تیم استقلال را می‌داد، اما برخلاف انتظارها استقلال با رولند کخ چندان موفق عمل نکرد و در مرحله گروهی لیگ قهرمانان آسیا ۰۳–۲۰۰۲ از دور مسابقات کنار رفت و فتح‌الله‌زاده نیز برای پنجمین بار در دوران مدیریتش مربی استقلال را برکنار کرد و زرینچه، کاپیتان تیم را جانشینش کرد. نتایج استقلال در ادامه فصل با زرینچه بدتر از پیش شد و خود او به سرعت جایش را به پورحیدری داد تا وی برای هشتمین و آخرین مرتبه بر روی نیمکت استقلال بنشیند و استقلال را تا پایان فصل ۸۲–۱۳۸۱ هدایت کند. با پایان این فصل امیر قلعه‌نویی این بار به طور ثابت و برای سه سال مربی استقلال شد.