در ۲۰ اوت ۲۰۰۵، اینتر با تک گل خوان سباستین ورون در دقیقه ۹۶ وقت‌های اضافه، با نتیجه ۱-۰ در برابر یوونتوس به پیروزی رسید و به مقام قهرمانی سوپرجام فوتبال ایتالیا دست یافت. این اولین قهرمانی اینتر در سوپرجام فوتبال ایتالیا پس از سال ۱۹۸۹ بود. اینتر که فصل قبل در جایگاه سوم سری آ قرار گرفته بود، نتوانست سهمیه مستقیم لیگ قهرمانان اروپا را برای فصل ۰۶-۲۰۰۵ به دست آورد. به همین دلیل برای صعود به دور گروهی مسابقات، باید در برابر تیم شاختار دونتسک اوکراین قرار می‌گرفت. چهار روز پس از قهرمانی در سوپرجام فوتبال ایتالیا، اینتر با کسب پیروزی ۳-۱ برابر شاختار دونتسک در مجموع دو بازی رفت و برگشت (پیروزی ۲-۰ در دونتسک و تساوی ۱-۱ در میلان)، توانست جواز حضور در مرحله گروهی مسابقات لیگ قهرمانان اروپا را به دست آورد. اینتر به عنوان تیم صدرنشین از گروه خود در مسابقات لیگ قهرمانان اروپا صعود کرد و باید در مرحله یک هشتم نهایی، برابر آژاکس قرار می‌گرفت. در ۲۲ فوریه ۲۰۰۶، تقابل دو تیم در ورزشگاه یوهان کرایف آرنا با نتیجه تساوی ۲-۲ به پایان رسید. در بازی برگشت و در تاریخ ۱۴ مارس ۲۰۰۶، اینتر در ورزشگاه خانگی خود، با تک گل استانکوویچ به برتری رسید و در مجموع با نتیجه ۳-۲ راهی مرحله یک چهارم نهایی مسابقات شد. در مرحله یک چهارم نهایی مسابقات، اینتر به تیم ویارئال برخورد کرد. اینتر در رقابت‌های جام حذفی فوتبال ایتالیا در فصل ۰۶-۲۰۰۵ با کسب برتری در برابر تیم‌های پارما و لاتزیو به نیمه نهایی مسابقات رسید، که در این مرحله باید در دو بازی رفت و برگشت با تیم اودینزه دیدار می‌کرد. در ۲۲ مارس ۲۰۰۶، اینتر در بازی رفت با نتیجه ۱-۰ بر اودینزه غلبه کرد. در ۲۹ مارس ۲۰۰۶، اینتر در بازی رفت مرحله یک چهارم نهایی مسابقات لیگ قهرمانان اروپا در ورزشگاه جوزپه مه آتزا، با نتیجه ۲-۱ ویارئال را شکست داد. در ۴ آوریل ۲۰۰۶، و در بازی برگشت، اینتر با نتیجه ۱-۰ از ویارئال شکست خورد. در نتیجه دو تیم در مجموع دو بازی رفت و برگشت به تساوی ۲-۲ رسیدند اما به دلیل قانون گل زده در خانه حریف، این ویارئال بود که به مرحله نیمه‌هایی مسابقات راه یافت و اینتر از گردونه رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا در فصل ۰۶-۲۰۰۵ کنار رفت. یک هفته بعد و در ۱۱ آوریل ۲۰۰۶، بازی برگشت دو تیم اودینزه و اینتر در مرحله نیمه نهایی جام حذفی فوتبال ایتالیا با نتیجه ۲-۲ تمام شد. به این ترتیب، اینتر در مجموع دو بازی رفت و برگشت با نتیجه ۳-۲ بر اودینزه غلبه کرده و توانست به فینال مسابقات راه یابد. در ۱۱ مه ۲۰۰۶، اینتر برای دومین فصل متوالی باید در برابر آ.اس. رم قرار می‌گرفت. در نهایت این بازی با نتیجه ۴-۲ در مجموع دو بازی رفت و برگشت (تساوی ۱-۱ در رم و پیروزی ۳-۱ در میلان) به پایان رسید و اینتر، قهرمان جام حذفی فوتبال ایتالیا در فصل ۰۶-۲۰۰۵ نیز شد. اینتر فصل ۰۶-۲۰۰۵ سری آ را با کسب ۷۶ امتیاز و پس از یووه ۹۱ امتیازی و میلان ۸۸ امتیازی، همچون فصل پیش، در جایگاه سوم به پایان رساند. در تابستان سال ۲۰۰۶ و پس از مسابقات جام جهانی که با قهرمانی تیم ملی فوتبال ایتالیا همراه شد، دادگاه ایتالیا که دو سال به صورت مخفی مکالمات سران باشگاه‌های سری آ را ضبط می‌کرد به تحقیق در مورد فساد و تبانی در فوتبال ایتالیا پرداخت. مکالمات لوچانو موجی مدیر باشگاه یوونتوس با رئیس کمیته داوران و مدارک به دست آمده از بعضی باشگاه‌های ایتالیایی، آن‌ها را به دردسر انداخت. در نهایت یوونتوس به جرم تبانی با داوران موسوم به کالچو پولی به سری بی سقوط کرد و ۲ قهرمانی آخر این تیم پس گرفته شد. باشگاه‌های میلان، لاتزیو و فیورنتینا هم هرکدام با کسر ۳۰ امتیاز روبرو شدند. جدول سری آ در فصل ۰۶-۲۰۰۵ تغییر کرد و یوونتوس به انتهای جدول سقوط کرد. مدتی بعد یوفا از فدراسیون فوتبال ایتالیا خواست برای شرکت تیم‌های ایتالیایی در مسابقات فصل آینده لیگ قهرمانان اروپا، برای فصل ۰۶-۲۰۰۵ قهرمان جدیدی تعیین کند و فدراسیون فوتبال ایتالیا بر اساس جدول جدید بعد از اعمال مجازات‌ها، اینتر را به عنوان قهرمان سری آ در فصل ۰۶-۲۰۰۵ معرفی کرد. به این ترتیب اینتر توانست چهاردهمین اسکودتوی خود را کسب کند.