پس از هجوم ایلک خان به ماوراءالنهر و تسخیر و تصرف بخارا، ایلک خان ادعا می‌کرد برای اطاعت از امیر سامانی آمده‌است، اما بلافاصله شروع کرد به دستگیر کردن فرماندهان نظامی، و بقایای خاندان آل سامان. عبدالملک امیرسامانی، و برادرش منصور دوم، که نابینا شده‌بود و برادر دیگرش ابوابراهیم وابویعقوب و سایر بازماندگان سامانی را بازداشت کرد و هر کدام از آن‌ها را از هم جداکرد و به زندان انداخت تا با یکدیگر توطئه‌ای را ایجاد نکنند. از میان فرزندان نوح سوم سامانی، ابوابراهیم اسماعیل بن نوح که دستگیر شده‌بود توانست با سر کردن چادر کنیزی از خدمت کارانش از میان محبوسان بگریزد و در خانه پیرزنی از اهالی بخارا پنهان شود. قراخانیان تلاش کردند برای پیدا کردن او ولی موفق نشدند تااینکه از پیدا کردنش ناامید شدند. پس از آن اسماعیل به سمت خوارزم گریخت. ارسلان موفق شد با دستیابی بر بخارا بسیاری از امرا و فراریان را دستگیر کند و آن‌ها را تا حدود سمرقند تعقیب کند. حتی در برخوردی هم، مدافعان دیگر سمرقند را به شکست وادار کرد. وقتی این خبرها از بخارا به اسماعیل دوم سامانی رسید، به بخارا رفت. در همین میان وقتی ایلک خان باخبر شد با سپاهی گسترده عازم بخارا شد و زمانی‌که اسماعیل هم این خبر را شنید به سمت ابیورد فرار کرد. اسماعیل در ابیورد، پس از سر و سامان دادن به سپاه به سمت نیشابور رفت. نصر بن سبکتکین، برادر سلطان محودغزنوی، که خلافت نیشابور را در دست داشت وقتی از مقابله با او ناتوان شد به هرات فرارکرد. اسماعیل، با استقرار در نیشابور، به رتق و فتق امور پرداخت این وضع هم دوام نیاورد محمودغزموی، بلافاصله به بخارا رفت و اسماعیل را سرکوب کرد. پس از آن، اسماعیل به اسفراین گریخت. قبل ازآن، ابوالقاسم سیمجوری به او پیوسته بود، او در اسفراین می‌خواست به جمع‌آوری مالیات بپردازد ولی اهالی آنجا، مخالفت کردند و مجبورشد اسفراین را ترک کند. اسماعیل پس از آنکه هجوم محمودغزنوی را به خراسان دید دیگر در آنجا نماند و به سمت گرگان رفت و به نزد شمس المعالی قابوس بن وشمگیر پناه گرفت. قابوس هم پس از استقبال از او، بهترین اقدام را از سوی اسماعیل حرکت به سوی ری، و دست یابی بر این ناحیه خالی از مدعا دید. پس از آن اسماعیل به ری رفت. در وسط راه، با منصرف شدن از این مقصود سردارانش، تصمیم گرفت به نیشابور هجوم برد و آنجا را تسخیر کند. او در شوال سال۳۹۱ در نیشابور مستقرشد. پس از آن سریعاً، مأموران جمع مالیات را به ولایات اطراف فرستاد. با هجوم امیر نصرغزنوی، به نیشابور، اسماعیل مجبورشد به سمت گرگان فرارکند. این بار قابوس، بر خلاف دفعهٔ قبل که از او استقبال کرد، بر بی‌کفایتی اسماعیل و اطمینان از عدم توفیق و موفقیت او در آینده مطمئن شد. به همین دلیل دو هزار سپاهی برای بیرون کردن او از این منطقه فرستاد. ظاهراً پس از شکست در نیشابور که ارسلان بالو، سردار خود را به دلیل قصور در جنگ به قتل رساند و به دنبال رانده‌شدن از گرگان ناگزیر، به سمت سرخس به راه افتاد. در ربیع‌الاول سال۳۹۲، سپاه نصر بن سبکتکین به مقابله با او در سرخس شتافت. در این نبرد اسماعیل شکست خورد و بسیاری از سردارانش به اسارت گرفته شدند و به غزنه فرستاده شدند. اسماعیل پس از شکست مجبورشد که به ترکان غز که به سامانیان اظهاروفاداری می‌کردند روکند. پس در شوال سال ۳۹۳، باکمک آنها، به ماوراءالنهر حرکت کرد تا باایلک خان جنگ کند. در نواحی سمرقند باایلک خان رو به رو شد و او را شکست داد. اسیران بسیاری به دستش افتاد اما زمانی‌که غزان از تسلیم اسیران سپاه قراخانی، خودداری کردند، اسماعیل نسبت به وفاداری آن‌ها دچار گمان شد. پس از اینکه متوجه شد آن‌ها قصد آزادی اسیران را دارند برای اینکه به ایلک خان نزدیک شوند با گروهی از یاران مورد اعتمادش از جیحون گذشت. به دلیل زشت کاری‌های اسماعیل و سوءرفتارهایش با مردم به هر کجا که می‌رفت مردم او را بیرون می‌کردند. در اینجا بود که اسماعیل به دلیل ناامیدی نامه‌ای به محمودغزنوی نوشت و از او برای دفع ایلک خان کمک خواست. اوشعری راهم بیان کرد: