毎月勤労統計調査

毎月勤労統計調査（まいつききんろうとうけいちょうさ） は日本の基幹統計
のひとつである毎月勤労統計を作成するための基幹統計調査である。厚生労働省が所掌する (政府統計コード 00450071)。雇用・給与（賃金）・労働時間の水準とその変動を明らかにすることを目的として、全国調査・地方調査・特別調査の3種類の調査をおこなう。全国調査と地方調査は、常用労働者を5人以上雇用する事業所を対象として、それぞれ日本全国と各都道府県で毎月実施する。特別調査は、これらの調査にふくまれない小規模な事業所を対象とする調査を年1回実施するものである。
統計の目的に沿って、雇用・賃金の変動に関する多くの指数について、前年同月比、前月比、季節調整済み前月比が公表される。これらは景気変動を探る経済指標として利用される。また、国民経済計算や社会保険の給付額の算定などにも調査結果が影響する。調査・集計に関する技術的資料や結果数値はウェブサイトや報告書に掲載される。ミクロデータの二次利用も一部可能になっている。
大正12年（1923年）に始まった調査を前身とするが、その後の変遷を経て、1990年までに現在と同様の調査体制が整えられた。2018年末から2019年初めにかけて、全国調査で長年にわたって不正をつづけてきたことが判明し、多方面に影響を及ぼした 。この事件に対応して政府がおこなった公的統計全体についての点検の結果、基幹統計の6割強に不適切な部分が見つかったとされる。
概要.
「毎月勤労統計調査」の名前は「年次勤労統計調査」と対になるものである。1944年に開始した際、年1回の大きな「年次調査」があることを前提として、その間を補完する毎月の簡易調査として発足したことに由来する。
この年次調査は全国の事業所を全数調査するセンサスであったが、1946年をもって終了し、事業所統計調査（指定統計第2号）として再編された
毎月調査のほうは1947年以降も継続し、今日に至っている。
常用労働者が5人以上の事業所を対象として毎月おこなう全国調査、これに都道府県独自の調査対象事業所を追加して毎月おこなう地方調査のほか、常用労働者が4人以下の事業所を対象に一年に一回7月分についておこなう特別調査がある。
全国調査と地方調査の調査項目は共通である。主要な項目は、その事業所の常用労働者数およびその月間の増減、出勤延べ日数、延べ実労働時間数 (所定内及び所定外)、現金給与 (きまって支給する給与、超過労働給与、特別に支払われた賞与等) の税込み総額である。これらについて常用労働者全員分、男女別、パートタイム労働者分を回答する、表形式の調査票 が使われる。
特別調査では、表形式の調査票 に、常用労働者のひとりひとりについての回答を記入する。基本的属性 (性別、年齢、通勤・住み込みの別、家族労働者であるか、勤続年数) のほか、7月分の出勤日数と通常日1日当たりの実労働時間、6月の最終給与締め切り日から7月の最終給与締め切り日までの1か月分のきまって支給する現金給与額、前年の8月1日から当年の7月31日までに特別に支払われた賞与等の額が調査される。
調査対象は、日本標準産業分類に基づく16大産業の事業所である。民営事業所のほか、公営であっても公務ではない事業（教育・医療・交通など）は対象となる。ただし、船員法（昭和22年法律第100号）に規定する「船員」は調査対象外である。
常用労働者を500人以上雇用する事業所は、2019年6月以降、すべて全国調査・地方調査において毎月調査される。30-499人規模の事業所については、事業所母集団データベース を利用して、都道府県・産業・事業所規模別に無作為に対象を選定し、毎年1月に部分的に入れ替える (これは「ローテーション・サンプリング」 と呼ばれる方式であり、この規模の事業所については2018年から導入された)。29人以下の規模の事業所については、データベースによる選定ではなく、経済センサス調査区を基に作成した「毎勤特別基本調査区」の層化抽出を第1段階としておこない、抽出された調査区で現況調査 による事業所名簿を作成して第2段階の抽出をおこなう、層化2段無作為抽出による。5-29人規模の事業所については、層化2段無作為抽出による対象事業所の選定を半年に1度おこない、毎年1月と6月に全国調査・地方調査の対象をおよそ3分の1ずつ入れ替えるローテーション・サンプリング方式が、1990年から使われている。5人未満規模の事業所については、層化2段無作為抽出による対象事業所選定を毎年おこない、特別調査の対象とする。
厚生労働省は調査対象事業所の選定をおこなうとともに、総務大臣の審査・承認を受けて、調査の手引を作成する。実際の調査業務は、この手引きに基づき、対象事業所所在地の都道府県が担当する。30人以上規模の事業所は郵送による調査、29人以下規模の事業所は統計調査員 による訪問調査となるが、「政府統計オンライン調査総合窓口」 によるインターネット回答にも対応している。なお、2019年6月から2022年1月まで、東京都の500人以上規模の事業所の一部は、東京都による担当ではなく、厚生労働省が直接調査していた。
統計法第13条によれば、基幹統計の作成のために必要な事項について報告を求められた個人、法人、その他の団体は、これを拒んだり虚偽の報告をしてはならない。個人情報保護を理由とした報告拒否も認められていない（統計法第52条により、行政機関の保有する個人情報の保護に関する法律及び独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律の適用が除外されている）。この規定の違反者は、50万円以下の罰金に処せられる（統計法第61条）。
特徴.
事業所調査としての特徴.
毎月勤労統計調査は事業所を対象とする調査である。各事業所においては賃金台帳や人事記録に基づいて回答するので、労働者の回答による調査（たとえば労働力調査）に比較して、企業が把握する賃金や労働時間を正確に測定できるとされている。ただし、逆にいえば、企業が把握していない情報、たとえば、いわゆるサービス残業
や、裁量労働制が適用される労働者の労働時間などについては、回答が不正確である可能性がある。また、ひとりの労働者が複数の事業所に勤務している場合は、重複してカウントされることになる。この点で、事業所調査から推計される「労働者数」は、通常の意味での労働者の人数ではない。
毎月勤労統計調査の場合、民営の事業所だけでなく、公営の事業所も、「公務」に分類されるもの（行政機関・警察・消防など）以外は調査対象としている。このため、国公立の学校や病院、公共交通機関なども対象である。一方で、農林漁業などは対象外 である。
水準統計としての特徴.
毎月勤労統計調査は、雇用・賃金・労働時間等の水準を、全国についてまたは都道府県別に測定することを意図している。この点に注目する場合は「水準統計」 と呼ばれることがある。この方向で統計が利用されている例として、各種社会保険の給付額や国民経済計算における雇用者報酬の算出に使われていることがあげられる。
これは、労働者の全体的な状況を知ることに主眼があって労働者間の労働条件のばらつきやその要因への関心は薄い、ということでもあり、特に全国調査・地方調査にあてはまる。これらの調査で使用する調査票 の構成からわかるように、事業所は、常用労働者に対して支払った（延べ）賃金や労働時間の総計を回答するのであり、個別の労働者の状況を回答するのではない。ただし、男性・女性の別とパートタイム労働者・一般労働者の別については、特にわけて回答することになっているので、例外的に、労働者属性による労働条件の差を知ることができる。（過去には一部の産業で職種別の回答を求めていたこともあったが、1990年の改正によって廃止された。）労働者の属性による賃金の差異を分析するには、おなじ厚生労働省が実施している賃金構造基本統計調査のほうが適している。
なお、特別調査では状況が異なり、ひとりひとりの常用労働者について、属性とともに労働条件を個別に回答する様式 で調査している。
動態統計としての特徴.
毎月勤労統計調査は、全国調査・地方調査については、毎月調査をおこない、迅速に集計して公表する体制をとっている。おおむね、ある月の状況についての調査を翌月におこない、その集計結果の速報を翌々月初旬に公表、確報をその月末までに公表するというスケジュール
である。このように、最新の経済・労働の動態を早く知る手段としての性質が強く、そのようにして速報された数値がしばしば新聞紙面を飾る。
経済政策上の関心が賃金の変化に向けられるようになり、早く精確に賃金の動態を知りたいという要求が強まっている。賃金動態統計の重要性が高まっているのであるが、これまでの歴史的な経過に沿って整備されてきた毎月勤労統計調査の体制ではそれにじゅうぶん対応できないことが危惧されている。
活用事例.
毎月勤労統計調査の集計結果は学術研究や政策立案のために分析されるほか、国際労働機関 (ILO) や経済協力開発機構 (OECD) に定期的に送付されており、労働統計・経済統計の国際比較をおこなう際に参照されている。国内行政において厚生労働省ほかが具体的に活用している事例としては、つぎのようなものがある：
技術資料.
調査対象事業所の選定、調査項目、調査の実施、集計と推計の方法、標本誤差の推定と評価などの詳細な情報は、報告書、公式ウェブサイト、その他の資料から入手できる。
報告書掲載資料.
全国調査・地方調査については、前年分の集計表と調査の概要をまとめた『毎月勤労統計調査年報』
が毎年作られる。これを市販用に合本としたものが『毎月勤労統計要覧』
であり、労務行政から毎年刊行されている。これらの報告書は、1998年 (平成10年) 版
以降は、同一のテンプレートに則って毎年加筆を重ねていくかたちになっている。前年との差分をとっていくと、調査･集計方法の変化が追跡できる。ただし、前年分の調査についての情報と最新の情報が混在している場合があるので、注意を要する。
また、地方調査については、各都道府県においても、個別に報告書を作成している。
特別調査については、『毎月勤労統計調査特別調査報告』
が毎年発行されている。
公式ウェブサイト掲載資料.
厚生労働省公式ウェブサイト www.mhlw.go.jp 内に、全国調査・地方調査
と特別調査
それぞれの情報がまとまっており、現在の調査の概要がわかる。
ただし、過去の情報を一覧できるまとまったアーカイブはなく、調査票 をのぞいては、調査方法等の変遷を追跡することができない。
地方調査については、都道府県の多くが独自にウェブサイトで情報を公開している。国立情報学研究所のサービスCiNii Researchが各ウェブサイト掲載情報を収集している
が、網羅的ではなく、都道府県によって捕捉率がかなり異なる。
内部資料.
インターネットの普及とともに、厚生労働省内会議での毎月勤労統計調査に関する資料や議事録
がウェブサイトで公開されるようになり、調査の問題点の検討過程や改正点などについての議論の過程が見られるようになった。
また、2018年末に発覚した統計不正を受け、統計委員会
やその傘下の点検検証部会
で、毎月勤労統計調査の審議がおこなわれた。これらの会議資料にも、調査に関する技術的な情報がある。
毎月勤労統計調査は統計法に基づく統計調査であるため、調査計画について審議・承認を経る必要がある。この計画書および実施後の点検・評価の資料
が、「政府統計の総合窓口」(e-Stat) に収録されている。
二次資料.
毎月勤労統計調査について概説的な情報をえるには、公開の技術資料を二次的にまとめた書籍
や雑誌記事 
が便利である。
歴史資料.
前身とされる調査をふくめ、1920年代から1950年代の毎月勤労統計調査に関する公文書は、旧総理府統計局が編纂した『総理府統計局百年史』の第3巻 (経済) 上巻
にまとまっている。1923-1925年（大正12-14年）「職工賃銀毎月調査」「鉱夫賃銀毎月調査」にさかのぼる調査票等の資料は、一橋大学経済研究所が収集・公開する「公的統計メタデータ」
にふくまれている。
旧労働省が刊行していた『労働統計調査月報』(1949-2005) には、統計担当者による解説記事がときどき載っていた。
過去の調査報告書にも、その当時の調査についての技術的な解説がある。また、1961年の『毎月勤労統計調査総合報告書』 には、1923年からの資料がまとめられている。
調査結果データ.
ウェブサイトにおける集計表公開.
毎月の全国調査・地方調査について、「速報」「確報」が発表される。地方調査については、各都道府県のウェブサイトにおいても結果が報告される。また、年間および年度についての結果もウェブサイトで公開される。内容は、賃金（現金給与総額、きまって支給する給与、所定内給与、時間当たり給与、所定外給与、特別に支払われた給与）、労働時間（総実労働時間、所定内労働時間、所定外労働時間、出勤日数）、常用雇用（常用労働者数、パートタイム労働者比率）、労働異動（入職率、離職率）などであり、それらについての実数、特定の年の数値を100として指数化した値、前年比、前年同月比などが、定型のフォーマット (Microsoft Excelファイル) で産業別に示される。
「速報」は、おおむね調査をおこなった翌月上旬に公表されるもので、その時点ではまだ対象事業所からの回答が出そろっていない。その後に「確報」を公表するまでに集まった回答を追加するため、数値がかなり動く場合がある。また、経済センサス等による母集団労働者数推計値の調整（ベンチマーク更新）によって集計用ウエイト（「推計比率」 と呼ばれる）が大きく変わる場合も、ウエイト切り替えが確報集計時となり、数値の差が出る原因となる。
特別調査の結果は、毎年1回発表される。
政府統計の総合窓口における集計表公開.
全国調査および特別調査による集計表は、「政府統計の総合窓口」(e-Stat)
にも収録される。毎月勤労統計調査には、政府統計コードとして00450071という番号が割り当てられており、これを使って探すことができる。
e-Stat 収録の統計データには「データベース」と「ファイル」の2種類があるが、毎月勤労統計調査についての「データベース」の更新は2016年で止まっている。「ファイル」のデータは現在まで更新されており、Microsoft ExcelまたはCSV形式のファイルをダウンロードできる。(2023年6月10日)
統計法に基づくミクロデータ利用.
日本の公的統計制度は、集計表を作成する前のミクロデータを独自集計する方法を複数用意している。
そのうち、統計法第33条に基づく「調査票情報の利用」の対象に、毎月勤労統計調査の全国調査（2013-2021年分）と特別調査（2005-2021年分）がふくまれている。また、統計法第34条に基づく「委託による統計の作成」(いわゆる「オーダーメード集計」) の対象に、毎月勤労統計調査特別調査（2009-2022年分）がふくまれている。統計法第35-36条に基づく「匿名データ」の作成・提供は、毎月勤労統計調査についてはおこなわれていない (2023年6月10日現在)。
用語.
賃金.
名称の如何を問わず、労働の対償として使用者が労働者に通貨で支払うものを給与とする。所得税、社会保険料、組合費、購買代金等を差し引く前の金額。退職金はふくまない。
歴史.
毎月勤労統計調査は、前身までふくめれば、20世紀前半までさかのぼる歴史を持つ調査である。現在と同様の全国調査・地方調査・特別調査の3本立て態勢になったのは1970年。全国調査・地方調査が常用労働者5人以上を雇う事業所を共通の調査票で調査し、現在と同様の母集団労働者数推定をおこなうようになったのは1990年のことになる。
1923年より、前身となる調査「職工賃銀毎月調査」「鉱夫賃銀毎月調査」が始まった。戦時中の1944年に勤労統計調査令（昭和19年4月15日勅令第265号）
に基づき、内閣統計局（当時）が毎月勤労統計調査を全国で実施。この調査は、戦況の悪化にともない、一時中断される。終戦後、連合国軍最高司令官総司令部 (GHQ) の覚書「給与及び雇傭状態毎月調査に関する件」(1946年11月14日APO-500発) によって全国調査が再開され、統計法 (1947年法律第18号)
に基づいて指定統計第7号となった。1948年に労働省の管轄に移される。1950年「毎月勤労統計調査規則」(昭和30年総理府・労働省令第2号)
を制定。
1951年1月から、全国調査の対象事業所を無作為に選定する方法に移行。おなじ1951年4月に地方調査を開始。
1957年に、常用労働者数5-29人規模の事業所を対象として全国「乙」調査を開始。これ以降、30人以上規模の全国「甲」調査と並行して毎月おこなわれることになる。
おなじ1957年に第1回特別調査をおこなったが、これはこの年のみであった。特別調査を毎年1回実施するようになるのは、1970年以降である。この間、「毎月勤労統計調査臨時調査労災特別調査」(1958-1960年) と「毎月勤労統計労災特別調査」(1961-1969年) が統計報告調整法に基づく承認統計として実施されている
。これは、労働者災害補償保険法の適用拡大のための資料を必要としていたという、当時の政策上の理由による。
1963年、コンピュータを導入し、統計公表の迅速化を図る。
1972年、沖縄返還にともない、沖縄県を調査対象地域に追加。 
1990年、全国調査がそれまで「甲」(30人以上規模事業所対象) 「乙」(5-29人規模事業所対象) のふたつにわかれていたのを統合し、おなじ調査票で調査を実施するようになった（ただし前者と後者はそれ以降もそれぞれ「第一種」「第二種」の事業所と呼びわけられており、サンプリング方法と調査方法が異なっている）。また、母数の比推定をおこなうための補助情報をえる方法を整理し、毎月勤労統計調査からわかる労働者数変化に雇用保険からわかる事業所の新設・廃止等の情報を加味して毎月の母集団労働者数を推計するようになった。この方法を「リンク・リラティブ法」(link-relative method) と称している。また、この改正にあわせて、地方調査の対象を全国調査とおなじ5-29人規模事業所とし、調査方法・調査項目も全国調査とおなじ内容に統一した。 
1993年（平成5年）には、パートタイム労働者（一般の労働者より所定労働時間または所定労働日がすくない者）について記入する行を特に調査票中に設けるようになった。パートタイム労働者はそれ以前から調査対象であったが、人数以外は調べておらず、賃金や労働時間等の一般労働者との差異を知ることができなかった。1990年の改正にあたって審査をおこなった統計審議会 も、パートタイム労働者の調査事項を増やすことを将来課題として挙げていた。
2001年1月から、中央省庁再編にともない厚生労働省の所掌となる。この年4月からインターネット（毎勤オンラインシステム）での回答受付を開始。
2004年から東京都の大規模事業所の不正抽出が始まるが、そのことは2018年末まで伏せられていた。
2007年、調査精度を評価するための誤差率の計算方法が変更された。この変更にともない、それまで「標本誤差率」と呼ばれて毎年の『毎月勤労統計調査年報』に記載されてきた数値が、これ以降は「標準誤差率」と呼ばれるようになった。
2009年4月、新統計法（2007年改正）施行にともない、基幹統計となる。
2011年の3-7月には、東日本大震災後の調査困難により、岩手県・宮城県・福島県で調査の一部がおこなえない事態が生じた
。この時期の調査結果については、「東日本大震災に関連した特別集計」
が公表されている。
2015年5月19日、各府省統計主管課長等会議によって示された「統計調査における労働者の区分等に関するガイドライン」
によって、2016年6月1日以降に企画する統計調査においては「常用労働者」の定義を変更し、「雇用契約期間の定めがない労働者」と「雇用契約期間が1か月以上の労働者」を常用労働者とすることとなった。これにしたがって、毎月勤労統計調査では、2018年1月分調査から「常用労働者」の定義が変更された。
同年9月16日、厚生労働省内でおこなわれた「毎月勤労統計の改善に関する検討会」第6回
において、同検討会の報告書案が提示された。この報告書案で示された方針で、2018年1月調査より、全国調査・地方調査の第一種事業所についてローテーション・サンプリングの方法を導入する予定となる。これとともに、調査対象事業所の入れ替えによる賃金水準等のギャップが生じた場合にも、過去にさかのぼっての公表値の修正（「遡及改訂」と呼ばれる）をおこなわないこととした。このために過去の統計との比較に問題が生じることを考慮して、新たに「共通事業所」(前年にも調査対象であった事業所のみを抽出して、現在のウエイトに固定して集計した結果) の前年同月比の集計結果を作成・公表することとした。
2018年1月分から、上記の変更（「常用労働者定義」変更、第一種事業所ローテーション・サンプリング導入、遡及改訂の廃止、共通事業所集計の新設）がおこなわれた。また同時に、平成26年経済センサス－基礎調査からえられる2014年6月末時点の常用労働者数データを用いて、母集団労働者数推計値の調整（「ベンチマーク更新」と呼ばれる）が実施された。その後、公表される賃金の前年比伸び率が過大となっている可能性が指摘される。同2018年末になって、不適切な調査が行われていたことが明らかになり、新聞等で報道された。翌2019年1月11日、厚生労働省はその事実を報告する文書「毎月勤労統計調査において全数調査するとしていたところを一部抽出調査で行っていたことについて」
を公表した。この文書には、問題点を修正した「再集計値」(2012年1月分～2018年10月分) と、再集計ができていない部分についての暫定的な「給付のための推計値」(2004年1月分～2013年3月分) が付属している。根本匠厚生労働相は国会において「政府統計への信頼を失い申し訳ない」
と謝罪した。この不正によって2004年以来一部のみが抽出されていた東京都の500人以上規模事業所は、2019年6月分調査から全数調査に復帰した。
これ以降、厚生労働省は統計委員会の協力のもと、過去のデータが廃棄されているなどの理由で再集計できなかった2004-2011年分についての推計をおこなった。その結果である「時系列比較のための推計値」は2020年8月以降に公開されている。
2020年の新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) 流行にともない、同年7月に予定されていた特別調査は中止となった。それにかえて、前年に特別調査の対象となっていた事業所についての臨時の「小規模事業所勤労統計調査」が2020年10月に実施された。
統計不正調査問題.
2018年12月、データに異常があることに気づいた総務省は、厚生労働省に対し説明を求めた。厚生労働省は、毎月勤労統計調査について調査を行い、全数調査するとしていたところを一部抽出調査で行っていたことを報告した。報道各社は、厚生労働省が、承認を得ずに変更したこと、全数調査していないことを、「不正」と報道した。
また、厚生労働省は、「毎月勤労統計調査等に関する特別監察委員会」を設けた。委員会は2019年1月22日に厚生労働大臣に「毎月勤労統計調査を巡る不適切な取扱いに係る 事実関係とその評価等に関する報告書」を提出し、さらに、同年2月27日に、毎月勤労統計調査を巡る不適切な取扱いに係る 事実関係とその評価等に関する追加報告書」を提出した。追加報告書では「全数調査を抽出調査に変更することにつき、当時適用のあった2007年(平成19年)改正前の統計法7条2項に基づく総務大臣の承認が必要であったか否かは、承認の 要否が個別の案件ごとに判断されることから、必ずしも明らかではなく、承認 を得ずに変更したことが直ちに同法違反であったとは言い難い」(p.6)とされ、「不正」とは判断されなかった。なお、この特別監察委員会の二つの報告書には引用された文書などの資料が一切添付されておらず、これらを読もうとする場合は、個別に確認し、入手する必要がある。
遅くとも2003年5月までには、担当課(室)は、課長以下の判断で東京都の常用労働者500人以上の事業所を抽出調査に変更することを決定し、2004年1月から決定通り変更した。のちの特別監察委員会の調査では、かねてより厚生労働省に寄せられていた都道府県や回答事業所からの負担軽減の要望に配慮し、かつ、中規模事業所の精度を向上させるため、抽出調査でも精度が確保できると考えていたことを理由に大規模事業所を抽出調査に変更したとされている。
担当課(室)は、部長(統括官)等の幹部や統計委員会、総務省等に変更を報告しなかった。ただし、2003年(平成15年)7月30日に厚生労働省大臣官房統計情報部長(政策統括官級)名の通知に添付された書類には抽出調査としたことが記載されている。また、抽出調査をするならば復元処理をしなければならないが、それはシステムに組み込まれていなかった。この原因は特定できていない。システム開発に詳しい統計課長Dなど、復元処理をしていないことに気づいたものもいたが、放置された。また課長Dは、全数調査をしていると事実と異なる申述をしていた。ある担当係長は、「長年にわたって復元処理をしてこなかったことに何らかの合理性があるのではないか、それまでの歴史ある調査の持続性の観点からこのままで良いかなどと考えたりした」と話している。
2017年(平成29年)6月頃、当時の室長Fは、調査事業所の入替え方法の変更に伴うシステム改修に合わせて東京都の大規模事業所に関する復元処理も行うことができるように改修しようと考え、そのための抽出率逆数表を交付した。これにより、2018年(平成30年)1月調査分より、東京都の大規模事業所においても復元処理がなされることとなった。またその2017年(平成29年)11月頃から2018年(平成30年)1月頃、室長Fが当時の統括官Hに抽出調査との報告をしていて、統括官Hは「然るべき手続きを踏んで修正すべき」旨の指示をした。室長Fは当然復元処理のためのシステム改修が行われるのだから、復元処理をしていなかったことは報告しなかった。また、統括官Hは、総務省に報告し公表すべき旨を含む指示だったとの認識だったが、室長Fは総務省に報告するよう指示された認識はあったが、公表すべきとの指示は認識せず、公表はされなかった。さらに、この報告は後任の統括官Jに引き継がれなかった。また、室長Fは総務省へ報告しなかった。室長の後任Iに総務省へ報告することが引き継がれたかどうかは、追加調査でも判然としていない。そのまま他の部長(統括官)等の幹部や統計委員会、総務省等は2018年(平成30年)12月10日に総務省が異常に気づくまで、それらについて知らず、全数調査しているものと認識していた。
2018年(平成30年)1月、調査事業所の入替え方法を総入替え方式から部分入替え方式（いわゆるローテーション・サンプリング方式）に変更した。しばらくして、全数調査であるため調査事業所の入替え方式変更の影響を受けないはずの大規模事業所についても不連続性があることに気づいた総務省は、2018年(平成30年)12月10日、厚生労働省に対し、説明を求めた。ここで初めて、不適切な取扱いが公的に明らかになった。
2018年12月28日、誤った手法で調査していたことが報道される。
抽出調査に変更したこと、担当課(室)以外はそれを知らなかったことにより、総務省が承認した厚生労働省の毎月勤労統計調査の調査計画や公表資料には調査対象事業所数は約33200と書いていたが、それよりも実際の調査対象事業所数は概ね1割程度の約3000少なくなっていた。これは、厚生労働省の調査で確認できた範囲では、1996年(平成8年)以降。また、年報には、規模500人以上事業所については「抽出率1/1」及び「全数調査」と間違って記載されていた。
2004年(平成16年)から2017年(平成29年)の間、公表する賃金等の全国データを作成する際、東京都の一部の産業の500人以上規模の事業所についても他の道府県と同様に全数調査したものとして取り扱っていて、抽出調査を行う場合に必要な復元を行っておらず、間違ったデータを作成・発表していた。
また、東京都における「499人以下規模の事業所」等についても2009年(平成21年)から2017年(平成29年)の間、一部に異なる抽出率の復元が行われない集計となっていた。
これらの結果、統計上の賃金額が低めになっていた。これにより雇用保険や労災保険などで述べ2000万人に対して約600億の支払い不足があったとされる。
抽出調査しているのに全数調査しているものとして作成された賃金等の全国データを、データが残っている2012(平成24年)以降2017年(平成29年)までについて、抽出調査したものとして賃金等の全国データを作成し、「再集計値」として公表した。
「きまって支給する給与」のもとの公表値と「再集計値」との差(乖離、ギャップ)は、金額ベースでは平均0.6％だった。
雇用保険制度等における給付額は、毎月勤労統計調査の平均給与額の変動を基礎に算定している。給与データが間違っていたため、給付額も間違っていた。2004年(平成16年)以降に雇用保険、労災保険、船員保険の給付を受給した人の一部及び雇用調整助成金など事業主向け助成金を受けた事業主の一部に対し、遡及して追加給付が実施された。データが残っている2012(平成24年)以降2017年(平成29年)までについては上記の「再集計値」をもとに給付し、データが残っていない2004年(平成16年)から2011(平成23年)までについては上記の「再集計値」などから「給付のための推計値」を作成し、それをもとに給付した。
2018年1月から復元処理は行われるようになったが、2019年(令和元年)5月まで、東京都の一部の産業の500人以上規模の事業所について抽出調査は行われた。
2011年(平成23年)8月4日、厚生労働大臣は総務大臣に毎月勤労統計調査の調査計画に関する変更を申請し、承認された。その中で、30人以上の事業所については、産業・規模別の層化無作為一段抽出と記載している。2016年(平成28年)10月27日、厚生労働大臣は、同じく変更を申請した。2017年(平成29年)2月13日、総務大臣は承認した。その中で、全国一律の全数調査であると記載している。課長Dは、抽出調査となっていることを知っていながら、全数調査としていると事実と異なる申述をしていた。上述の通り、厚生労働省幹部は東京の大規模事業所について全数調査しているものと認識していた。また、これらより前の毎月勤労統計調査の調査計画に関して承認された申請書には、全国一律や全数調査などについて指定する記述はなかった。
そして、これら調査計画の変更が承認されたあとでも、その承認された内容と異なり、担当課(室)は、東京以外の大規模事業者については全数調査、東京都の大規模事業所については抽出調査のままにした。
これは統計法9条及び11条に違反していると特別監察委員会は述べている。
また、課長以下の判断で東京都の常用労働者500人以上の事業所を抽出調査に変更することを決定したこと、担当課(室)が事実と異なる申述をしたことについて、不適切と述べている。
中江総理大臣秘書官(当時)が「経済の実態を適切にタイムリーに表すための、改善の可能性について考えるべき」との問題意識を厚生労働省に伝えた後、2018年1月に厚生労働省は調査事業所の入替え方法の変更を行ったことから、野党などは、アベノミクスの効果をよく見せかけるために統計の操作をしたのではないかと疑った。
特別監察委員会は2019年2月27日の追加報告書で、"2018年1月からの復元処理については、復元処理を行っていないそれまでの調査結果との比較において、賃金の上昇率を高く見せかけようとする意図・目的があったからではないかとの指摘もされている。この点、室長Fは、統計として本来あるべき処理をし、正確な統計調査を実施することは当然であると考えていた旨述べ、その意図・目的があったことを否定している。"と延べている。
担当課(室)が作業手順などを書いて各都道府県に渡した毎月勤労統計調査の手引き(事務取扱要領)には、2004年以降「東京は抽出調査でよい」と記載されていたが、2015年以降はこの記述が削除された。
毎月勤労統計調査において常用労働者500人以上の事業所を全数調査するというルールは、統計法の規程に基づき、2017年2月に新たに作られ、2018年1月分の調査から適用されたものであることが明らかになっている。したがって、このルールに対する違反があったとすれば、それは2018年1月分以降に限られる。
厚生省の元統計担当(補佐か係長か係員と思われる)は「経済を左右するものだっていうことで自負を持って慎重にやってましたが、あそこまで政策に影響するとは正直思ってなくてびっくり」と話した。
複数の問題が存在していることを指摘する意見がある。
時系列.
2002年9月6日に、当時の統計法の規程に基づき、指定統計であった毎月勤労統計調査の承認事項の変更の申請を、厚生労働大臣が総務大臣に行った（平成14年9月6日付　厚生労働省発統第0906002号　毎月勤労統計調査に係る統計法第7条第2項の規定による承認事項の変更について（申請））。この承認事項（案）には、常用労働者規模500人以上事業所を全て調査するという項目も抽出率に関する項目も含まれていなかった。
9月18日に、総務省統計局長から、「申請のとおり承認します。」という通知がなされた（平成14年9月18日付　総統審第342号　毎月勤労統計調査に係る統計法第7条第2項の規定による承認事項の変更について（通知））。
厚生労働省は、2004年1月分の調査から、東京都の常用労働者500人以上事業所の抽出率を1から3分の1に引き下げた。毎月勤労統計調査は標本調査であり、これは全数調査から標本調査への変更ではなかった。この引き下げは、2002年の承認事項の変更には当たらないので、承認事項の変更の申請は行われなかった。
当時、東京都の常用労働者500人以上事業所の数は増加を続けていた。
2016年10月28日に、厚生労働大臣は総務大臣に毎月勤労統計調査の変更の承認を求めた。「諮問第97号毎月勤労統計の変更について」にこの承認変更の文書「基幹統計調査の変更について（申請）」が添付されている。この中にこれまで承認を受けていた事項にはなかった常用労働者の「規模が500人以上事業所については、全数調査とする。」ということが含まれていた。
2017年2月13日に、総務大臣は厚生労働大臣に変更を承認する旨を通知した。このとき、500人以上事業所の全数調査の規定は2018年1月分調査から適用するとされた。
2018年の9月28日、総務省の「統計委員会」は会合を開き、統計上の賃金が大幅に伸びているのは実態を示していないという見解を示した。また、この時点で高い成長率の数値に疑義を呈するエコノミストも存在した。なお、2018年1月分の調査から常用労働者の定義が変更され、調査対象の常用労働者の母集団が変更されるとともに、調査対象となる事業所の母集団も変更されている。したがって、賃金の伸び率が、このような変更を行わずに調査を行った場合のものとは異なるのが自然である。
2018年の12月13日、厚生労働省の職員が総務省の統計委員会に対して、全数調査でないことを報告した。厚生労働省の職員は、愛知や大阪などでも抽出調査に変更したいという意向を示していた。12月20日に根本厚生労働相に問題を報告した。
12月28日、毎月勤労統計の調査の中で、従業員500人以上の事業所を全数調査せず、一部のみ抽出調査としていたことが報道された。
2019年の1月16日、厚生労働省は特別監査委員会を発足させた。委員長には、労働政策研究・研修機構理事長の樋口美雄が就任した。
1月17日、データを補正(復元処理)していなかった期間のうち、2004～2011年分については復元処理をするために必要な資料が保存期間が満了していて紛失もしくは廃棄されており、再集計が困難であることが判明した。
1月22日、厚生労働省特別監査委員会が報告書を公表した。「一方で、東京都の規模５００人以上の事業所について抽出調査にすることについて、調査計 画の変更等の適切な手続を踏むことなく、担当課のみの判断として調査方法を変更したこと は、不適切な対応であったと言わざるを得ない。（p.16)」とされた。しかし、当時、「調査計画」は存在しておらず、調査計画を変更することは不可能であった。抽出調査に変更したことによって復元処理が必要となったが、復元が実施されなかったことについて、システムの改修が実施されていなかったと述べている。通常のシステム改修に際して、口頭で依頼をしており後から追跡可能でないこと、課長や課長補佐が関与しないことなど、体制に問題があることを報告している。報告書では抽出調査に変更した理由として「大都市圏の都道府県からの要望に配慮した」「担当者の負担を考慮した」との記載があるが、東京都側は要望を否定している。この報告書では「延べ69人へヒアリングした」と記載してあるが延べ人数とは当時の役職が変わるごとに重複してカウントしたもので、実人数は37人であり、与野党から批判された。また職員のメールが調査されておらず大臣政務三役にはヒアリングしていないなど、調査報告への信頼性も失われている。
報告書には複数の問題点が指摘された。
1月24日、政府の基幹統計の約4割に何らかの問題があったとの点検結果を受け、三宅俊光（総務省政策統括官）が記者会見で「毎月勤労統計のような重大な事案はなかった」と説明した。
1月25日、必要に応じて行うと答弁していた根本匠厚生労働相は再調査を実行することを決定した。
1月26日、この問題に自民党の国会対策委員長である森山裕は「今回はさほど大きな問題ではないと今のところ思う」と述べており、その後「誤解を与えるような発言であったとすれば大変申し訳なかった」と発言している。
2月1日、政府は厚生労働省で統計を担当していた局長級の大西康之政策統括官を同日付で官房付とし更迭した。
2月22日、総務省は「統計委員会の西村清彦委員長は多忙のため、国会審議には協力しない」という趣旨の文書を作り、野党に提示した。しかし、西村氏に無断で総務省が作成していたことが分かり、西村氏は「極めて遺憾だ。支障のない限り国会には協力する」と書面でコメントしている。
2月27日、厚労省特別監査委員会は2回目の報告書を公表した。虚偽の説明であり、隠蔽ではないと報告している。監察委員の荒井史男（元名古屋高裁長官）は「隠す意図はなかった」としつつも、「虚偽は隠蔽に勝るとも劣らない罪だ」と強調している。
4月26日、未修正のままだった2004～11年のデータについて、データを補完して推計する考えを示した。
5月16日、総務省統計委員会の点検検証部会が行った追加調査の結果、288統計のうち問題があったのは6割強の178統計に上ったと発表している。
6月14日、参議院は2017年度決算を承認した。この際、7項目からなる「警告決議」を採択し、内閣に対して警告をした。毎月勤労統計の問題や、2018年7月の西日本豪雨で政府からの情報伝達が不十分であった問題などを含む。
7月2日、政府は中央省庁幹部人事を発表。統計不正問題に絡み、職員への聞き取り調査への同席と、国会での不正確な答弁などが問題となった厚労省官房長定塚由美子を格下ポストとされる人材開発統括官へ異動させ事実上の更迭をし、次官級の宮川晃厚労審議官は辞職。但し、鈴木俊彦厚労事務次官は留任となった。
10月8日、毎月勤労統計について、システムの刷新などを含めた改革の工程表を厚生労働省はまとめた。厚生労働省は古いシステムを使っていたことも不正を見抜けなかった要因の一つと考えている。
2020年6月2日、政府は不正の再発防止に向けて、公的統計の整備の方針を定めた基本計画を変更することを閣議決定した。