Clustal

Clustalは広く用いられている多重整列プログラムである。現在はコマンドライン版のClustal Wとグラフィカルインターフェース（GUI）版のClustal Xとがある。欧州バイオインフォマティクス研究所のFTPサーバから入手できる。
アルゴリズム.
以下の3つの段階を踏む。
これらは自動的に行われるが、ガイドツリーのみを計算させたり、ガイドツリーを指定して多重整列のみを行わせることもできる。
入出力.
入力ファイルとしてはNBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF , GDEの形式を受け付け、Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE, NEXUSの形式で出力することができる。
系統解析.
多重整列を行う目的の1つに分子系統解析があるが、Clustalで系統解析を行うことも可能である。ただし近隣結合法を用いたきわめてシンプルな解析に限られる。多重整列の際に作成される樹形図 (.dnd) は系統樹ではないことに注意が必要である。
その他.
SGIによるものをはじめとして、いくつかの並列化バージョンが開発されている。Clustal Wを高速に実行するためのFPGAによる専用ハードウェアがProgeniq社によって開発されている。