Biyoenformatik

biyobilişim veya biyoenformatik, biyolojinin çeşitli dalları, ancak özellikle moleküler biyoloji ile bilgisayar teknolojisini ve bununla ilişkili veri işleme aygıtlarını bünyesinde barındıran bilimsel disiplin. bir diğer tanımla, karmaşık biyolojik verilerin derlenmesi ve analiz edilmesi bilimidir.

ortaya çıkışı 

1960'larda başlayan bilgisayar uygulamalarının biyolojide kullanılması girişimi, her iki alandaki teknolojik gelişime paralel olarak hızla ilerlemiş ve böylelikle ortaya çıkan biyobilişim dalı bugün en popüler akademik ve endüstriyel sektörlerin başına geçmiştir.

bilgisayarların moleküler biyolojide kullanımı üç boyutlu moleküler yapıların grafik temsili, moleküler dizilimler ve üç boyutlu moleküler yapı veritabanları oluşturulması ile başlamıştır. kısa sürede çok yüksek miktarlarda veri üreten, endüstri düzeyinde gen ekspresyonu, protein-protein ilişkisi, biyolojik olarak aktif molekül araştırmaları, bakteri, maya, hayvan ve insan genom projeleri gibi biyolojik deneylerin doğurduğu talep sonucunda, bu alandaki bilişim uygulamaları neredeyse takip edilemez bir hızda gelişmiştir. biyobilişim dalının ayrı bir (disiplinlerarası) bilim dalı olarak tanınması da 2000'li yıllarda gerçekleşmiştir.

çalışma alanları 

biyobilişim genel olarak biyolojik problemlerin çözümünde bilişim teknolojilerinin kullanılması olarak tanımlanabilir. en dar tanımı ile genomik sekansları destekleyen biyolojik veritabanlarının oluşturulması ve işletilmesi, en geniş tanımı ile de mevcut tüm bilgisayar uygulamalarının biyolojik problemlerin çözümünde kullanılması olarak anlaşılır.

biyobilişim modern biyolojinin iki temel bilgi akışını kapsar:

1.genetik bilgi akışı: bir organizmanın dnası incelenerek özelliklerinin belirlenmesinden, incelenen bu organizma türünün oluşturduğu toplulukların karakteristik özelliklerine kadar olan bilgi akışı. elde edilen dna bilgisi tekrar genetik havuzun tanımlanması için kullanılır.

2.deneysel bilgi akışı: biyolojik olaylar gözlenerek elde edilen enformasyon, açıklayıcı matematiksel modeller ile tarif edilir, daha sonra bu modellerin doğruluğu yeni deneyler ile test edilir.

son yirmi yılda temel biyolojik araştırmaların klinik tıp uygulamaları ve klinik tıp bilgi sistemleri üzerindeki etkisi daha da belirleyici olmuş ve bugün yeni kuşak epidemiyolojik, tanı, teşhiş ve tedavi amaçlı modüllerin ortaya çıkmasına yol açmıştır. biyobilişim çalışmalar temel bilimsel araştırmalara yönelik görünmekle beraber önümüzdeki on yıl içinde klinik bilişim için vazgeçilmez olacaktır. örneğin hastaların tıbbi kayıtlarında giderek artan bir sıklıkla dna dizilim bilgileri yer almaya başlayacaktır. bugün abd'de bazı sigorta şirketleri, risk primleri belirlenirken mevcut genetik tarama test sonuçlarını talep edebilmektedir. biyobilişim araştırmalar için geliştirilen algoritmaların çok yakında klinik bilişim sistemlerine entegre olması beklenmektedir.

bu alanı kısaca tanımlamanın bir yolu da, biyobilişim araçların kullanıldığı genel araştırma konularını özetlemek olabilir:

metodolojik çalışmalar 

 dna sıra ve dizilimi araştırmaları
 protein sıra ve dizilimi araştırmaları
 makromoleküler yapıların (dna, rna, protein) üç boyutlu yapı araştırmaları
 küçük moleküllerin (potansiyel terapötik maddeler, aktif peptidler, ribozimler vs.) ligandlarıyla etkileşiminin araştırılması
 heterojen biyolojik veritabanlarının entegrasyonu
 biyolojik enformasyonun paylaşımının kolaylaştırılması
 bilgisayar ile otomize edilmiş veri analizi ve iletimi
 etkileşimde bulunan gen ürünleri için bilgi ağları oluşturulması
 kimyasal reaksiyonlardan hücrelerarası iletişime kadar pek çok biyolojik faaliyet sürecinin matematiksel modellenmesi ve simülasyonu
 büyük çaplı biyolojik deneylerden (genom projeleri gibi) çıkan sonuçların analizi

biyolojik çalışmalar 
 proteinlerin yapılarının ve fonksiyonlarının belirlenmesi 
 herhangi bir biyolojik fonksiyonu arttıran ya da engelleyen küçük moleküllerin tasarlanması
 karmaşık genetik fonksiyon ya da regülasyon faaliyetlerinin tanımlanması
 tıbbi ya da endüstriyel amaçlı yeni makromoleküller üretilmesi
 genetik faktörlerin hastalık yatkınlığına etkilerinin ortaya çıkarılması

kaynakça