PubMed

pubmed, öncelikle yaşam bilimleri ve biyomedikal konulardaki referans ve özetlerin medline veritabanına erişen ücretsiz bir arama motorudur. ulusal sağlık enstitülerindeki amerika birleşik devletleri ulusal tıp kütüphanesi (nlm), entrez bilgi erişim sisteminin bir parçası olarak veritabanını korumaktadır.

1971'den 1997'ye kadar medline veri tabanına çevrimiçi erişim, öncelikle üniversite kütüphaneleri gibi kurumsal tesisler aracılığıyla sağlanmıştır. i̇lk olarak ocak 1996'da yayınlanan pubmed, özel, ücretsiz, ev ve ofis tabanlı medline arama dönemini başlattı. pubmed sistemi haziran 1997'den itibaren halka ücretsiz olarak sunulmuştur.

i̇çerik 
medline'a ek olarak, pubmed aşağıdakilere erişim sağlar:

 index medicus'un basılı versiyonundan 1951 ve öncesine ait daha eski referanslar
 science, bmj ve annals of surgery gibi index medicus ve medline'da indekslenmeden önce bazı dergilere yapılan atıflar
 medical subject headings (mesh) ile indekslenmeden ve medline'a eklenmeden önce bir makale için kayıtlara çok yeni girişler
 nlm kayıtlarının tam metnine ve diğer alt kümelerine ulaşılabilen bir kitap koleksiyonu
 pmc atıfları
 ncbi kitaplığı

birçok pubmed kaydı, bazıları pubmed central ve europe pubmed central gibi yerel ayna sitelerde ücretsiz olarak bulunan tam metin makalelere bağlantılar içerir.

medline'da indekslenen ve pubmed aracılığıyla ulaşılabilen dergiler hakkında bilgi nlm kataloğu'nda bulunmaktadır.

23 mayıs 2023 itibarıyla pubmed'de 1966'ya, seçmeli olarak 1865 yılına ve çok seçmeli olarak 1809'a kadar uzanan 35 milyondan fazla alıntı ve özet bulunmaktadır. aynı tarih itibariyle, pubmed kayıtlarının 24,6 milyonu özetleriyle birlikte listelenmiştir ve 26,8 milyon kaydın tam metin sürümlerine bağlantıları vardır (bunlardan 10,9 milyon makale ücretsiz olarak tam metin olarak mevcuttur). son 10 yılda (31 aralık 2019'da sona eriyor), her yıl ortalama yaklaşık bir milyon yeni kayıt eklenmiştir.

2016 yılında nlm indeksleme sistemini değiştirerek yayıncıların pubmed indeksli makalelerdeki yazım hatalarını ve yanlışları doğrudan düzeltebilmelerini sağlamıştır.

pubmed'in yağmacı dergilerde yayınlanan bazı makaleleri içerdiği bildirilmiştir. veritabanına dahil edilecek dergilerin seçiminde medline ve pubmed politikaları biraz farklıdır. pubmed central'da dergilerin indekslenmesine yönelik kriter ve prosedürlerdeki zayıflıklar, yağmacı dergilerdeki yayınların pubmed'e sızmasına izin verebilir. ulusal tıp kütüphanesi, araştırma fon sağlayıcılarının kamu erişim politikalarını desteklemek için bireysel dergi makalelerinin pmc'ye dahil edilebileceğini ve dergiler ve yayıncılarla ilgili titiz politikaların nlm literatür veritabanlarının bütünlüğünü sağladığını söylemiştir.

özellikler

i̇nternet sitesi tasarımı 
ekim 2009'da yeni bir pubmed arayüzü başlatılmış ve bu tür hızlı, google benzeri arama formülasyonlarının kullanımı teşvik edilmiştir; bunlar aynı zamanda 'telegram' aramaları olarak da tanımlanmıştır. varsayılan olarak sonuçlar en sona göre sıralanır, ancak bu en iyi eşleşme, yayın tarihi, ilk yazar, son yazar, dergi veya başlık olarak değiştirilebilir.

pubmed internet sitesi tasarımı ve alan adı ocak 2020'de güncellendi ve 15 mayıs 2020'de güncellenmiş ve yeni özelliklerle varsayılan hale geldi. siteyi sıklıkla kullanan birçok araştırmacıdan eleştirel bir tepki geldi.

el bilgisayarları/cep telefonları için pubmed 
pubmed/medline'a, örneğin nlm tarafından oluşturulan "pico" seçeneği (odaklanmış klinik sorular için) kullanılarak el cihazları üzerinden erişilebilir. mobil uyumlu, basitleştirilmiş bir pubmed sürümüne erişim sağlayan bir "pubmed mobile" seçeneği de mevcuttur.

arama

standart arama 
pubmed'de basit aramalar, pubmed'in arama penceresine bir konunun temel yönleri girilerek gerçekleştirilebilir.

pubmed bu ilk arama formülasyonunu tercüme eder ve otomatik olarak alan adlarını, ilgili mesh (tıbbi konu başlıkları) terimlerini, eş anlamlıları, boole operatörlerini ekler ve ortaya çıkan terimleri uygun şekilde 'yuvalar', özellikle metin kelimelerini ve mesh terimlerini rutin olarak birleştirerek (or operatörünü kullanarak) arama formülasyonunu önemli ölçüde geliştirir.

pubmed eğitiminde verilen örnekler bu otomatik sürecin nasıl çalıştığını göstermektedir:

aynı şekilde

kapsamlı arama 
pubmed'de en iyi aramaları yapabilmek için, temel bileşeni olan medline'ı ve özellikle medline makalelerini indekslemek için kullanılan mesh (medical subject headings) kontrollü kelime dağarcığını anlamak gerekir. ayrıca karmaşık arama stratejileri, alan adlarının (etiketlerin) kullanımı, limitlerin ve diğer özelliklerin doğru kullanımı gerekebilir; referans kütüphanecileri ve arama uzmanları arama hizmetleri sunmaktadır.

pubmed'in arama penceresinde arama, yalnızca henüz bir mesh başlığı oluşturulmamış kesin konuların veya yeni müdahalelerin yanı sıra ticari ilaç markalarının ve özel isimlerin aranması için önerilir. uygun bir başlık olmadığında veya tanımlayıcı kısmi bir yönü temsil ettiğinde de kullanışlıdır. mesh eş anlamlılar sözlüğü kullanılarak yapılan arama daha doğrudur ve daha az alakasız sonuç verecektir. buna ek olarak, yazım, tekil/çoğul veya kısaltma farklılıklarının dikkate alınması gereken serbest metin aramasının dezavantajını ortadan kaldırır. diğer taraftan, henüz tanımlayıcıların atanmadığı veri tabanına daha yeni dahil edilmiş makaleler bulunamayacaktır. bu nedenle, kapsamlı bir aramayı garanti altına almak için, kontrollü dil başlıkları ve serbest metin terimlerinin bir kombinasyonu kullanılmalıdır.

dergi makalesi parametreleri 
bir dergi makalesi indekslendiğinde, çok sayıda makale parametresi çıkarılır ve yapılandırılmış bilgi olarak saklanır. bu parametreler şunlardır: makale türü (mesh terimleri, örneğin "klinik araştırma"), ikincil tanımlayıcılar, (mesh terimleri), dil, derginin ülkesi veya yayın tarihi (e-yayın tarihi, basılı dergi yayın tarihi).

yayın türü: klinik sorgular/sistematik incelemeler 
yayın türü parametresi, çeşitli klinik araştırma türlerinin raporları da dahil olmak üzere yayın türüne göre arama yapılmasını sağlar.

i̇kincil id 
temmuz 2005'ten bu yana medline makale indeksleme süreci, makale özetinden tanımlayıcıları çıkarmakta ve bunları i̇kincil tanımlayıcı (si) adı verilen bir alana yerleştirmektedir. i̇kincil tanımlayıcı alanı, moleküler dizi verileri, gen ifadesi veya kimyasal bileşikler ve klinik çalışma kimliklerinin çeşitli veritabanlarına erişim numaralarını saklamak içindir. klinik çalışmalar için pubmed, en büyük iki çalışma kaydı için çalışma kimliklerini çıkarır: clinicaltrials.gov (nct tanımlayıcı) ve uluslararası standart randomize kontrollü deneme numarası kaydı (irctn tanımlayıcı).

ayrıca bakınız 
özellikle ilgili olduğu düşünülen bir referans işaretlenebilir ve "ilgili makaleler" tanımlanabilir. i̇lgili ise, birkaç çalışma seçilebilir ve 'i̇lgili verileri bul' seçeneği kullanılarak hepsiyle ilgili makaleler oluşturulabilir (pubmed veya diğer ncbi entrez veritabanlarından herhangi birinde). i̇lgili makaleler daha sonra "ilişkililik" sırasına göre listelenir. bu ilgili makale listelerini oluşturmak için pubmed, güçlü bir kelime ağırlıklı algoritma kullanarak her bir alıntının başlığındaki ve özetindeki kelimelerin yanı sıra atanan mesh başlıklarını karşılaştırır. 'i̇lgili makaleler' işlevinin o kadar hassas olduğuna karar verilmiştir ki bir makalenin yazarları tam bir arama yerine kullanılabileceğini önermiştir.

mesh ile eşleştirme 
pubmed otomatik olarak mesh terimlerine ve alt başlıklarına bağlantı verir. örnekler şunlar olabilir: "ağız kokusu" "halitosis"e, "kalp krizi" "miyokard enfarktüs"e, "meme kanseri" "meme neoplazmları"na bağlanır (ve aramaya dahil edilir). uygun olduğunda, bu mesh terimleri otomatik olarak "genişletilir", yani daha spesifik terimler eklenir. "hemşirelik" gibi terimler otomatik olarak "hemşirelik [mesh]" veya "hemşirelik [alt başlık]" ile ilişkilendirilir. bu özellik otomatik terim eşleme olarak adlandırılır ve varsayılan olarak serbest metin aramasında devreye girer, ancak tam ifade aramasında (yani arama sorgusunu çift tırnak içine alarak) devreye girmez. bu özellik pubmed aramalarını daha hassas hale getirir ve tıbbi terminolojinin çeşitliliğini telafi ederek yanlış negatif (cevapsız) isabetleri önler.

pubmed, aşağıdaki durumlarda terimin otomatik eşlemesini uygulamaz: alıntılanan ifadeyi yazarak (örn., "böbrek allogrefti"), yıldız işaretinde kesildiğinde (örn., böbrek allogrefti*) ve alan etiketleriyle bakıldığında (örn., kanser [ti]).

my ncbi 
pubmed isteğe bağlı "my ncbi" tesisi (ücretsiz kayıt ile) aşağıdakiler için araçlar sağlar

 aramaları kaydetme
 arama sonuçlarını filtreleme
 e-posta ile gönderilen otomatik güncellemeleri ayarlama
 pubmed aramasının bir parçası olarak alınan referans setlerini kaydetme
 görüntüleme biçimlerini yapılandırma veya arama terimlerini vurgulama

ve çok çeşitli diğer seçenekler. "my ncbi" alanına web erişimi olan herhangi bir bilgisayardan erişilebilir. "my ncbi"ın daha önceki bir versiyonu "pubmed cubby" olarak adlandırılıyordu.

linkout 
linkout, tam metin yerel dergi varlıklarını birbirine bağlayan ve kullanıma sunan bir nlm tesisidir. danimarka'daki aalborg üniversitesinden seattle'daki zymogenetics'e kadar yaklaşık 3.200 site (çoğunlukla akademik kurumlar) bu nlm tesisine katılmaktadır (mart 2010 itibarıyla). bu kurumlardaki kullanıcılar pubmed arama sonucu içinde kurumlarının logosunu görürler (eğer dergi o kurumda tutuluyorsa) ve tam metne erişebilirler. link out, 2019 yazında yapılacak büyük platform güncellemesinden itibaren outside tool ile birleştiriliyor.

pubmed commons 
2016 yılında pubmed, makale yazarlarının pubmed tarafından indekslenen makaleler hakkında yorum yapmalarına izin verdi. bu özellik başlangıçta pilot modda test edilmiş (2013'ten beri) ve 2016'da kalıcı hale getirilmiştir. şubat 2018'de, pubmed commons "kullanımın minimum düzeyde kalması" nedeniyle durduruldu.

askmedline 
askmedline, nlm tarafından geliştirilen medline/pubmed için serbest metin, doğal dil sorgulama aracıdır ve el bilgisayarları için de uygundur.

pubmed tanımlayıcısı 
pmid (pubmed tanımlayıcısı veya pubmed benzersiz tanımlayıcısı), her pubmed kaydına atanan, 1'den başlayan benzersiz bir tamsayı değeridir. pmid, ücretsiz erişimli pubmed central'da yayınlanan tüm çalışmaların tanımlayıcısı olan pmcid (pubmed central tanımlayıcısı) ile aynı değildir.

bir yayına pmid veya pmcid atanması, okuyucuya içeriğin türü veya kalitesi hakkında hiçbir şey söylemez. pmid'ler, hakemli makalelerin yanı sıra editöre mektuplara, editoryal görüşlere, köşe yazılarına ve editörün dergiye dahil etmeyi seçtiği diğer tüm yazılara atanır. kimlik numarasının varlığı, makalelerin sahtekarlık, yetersizlik veya suistimal nedeniyle geri çekilmediğinin de kanıtı değildir. orijinal makalelerde yapılan düzeltmelerle ilgili duyuruya bir pmid atanabilir.

pubmed arama penceresine girilen her numara varsayılan olarak bir pmid gibi değerlendirilir. bu nedenle, pubmed'deki herhangi bir referans pmid kullanılarak bulunabilir.

alternatif arayüzler 

ulusal tıp kütüphanesi medline bilgilerini embase, ovid, dialog, ebsco, knowledge finder ve diğer birçok ticari, ticari olmayan ve akademik sağlayıcılar gibi bir dizi özel satıcıya kiralamaktadır. ekim 2008 itibarıyla, 200'den fazlası amerika birleşik devletleri dışındaki sağlayıcılara olmak üzere 500'den fazla lisans verilmiştir. medline verilerini kullanma lisansları ücretsiz olduğundan, nlm aslında bu seçeneği sunan çok az sayıdaki büyük, profesyonelce düzenlenmiş veri tabanlarından biri olan pubmed'e çok çeşitli alternatif arayüzler ve 3. taraf eklemeler için ücretsiz bir test alanı sağlamaktadır.

lu, kurulum veya kayıt gerektirmeyen, dört kategoride gruplandırılmış 28 güncel ve ücretsiz web tabanlı pubmed sürümünün bir örneğini tanımlamaktadır:

 arama sonuçlarının sıralanması, örneğin: etblast; medlineranker; misearch;
 sonuçları konulara, yazarlara, dergilere vb. göre kümeleme, örneğin: anne o'tate; clustermed;
 anlambilim ve görselleştirmenin geliştirilmesi, örneğin: ebimed; medevi.
 geliştirilmiş arama arayüzü ve erişim deneyimi, örneğin askmedline babelmesh; ve pubcrawler.

bu ve diğer alternatiflerin çoğu esasen nlm/pubmed'den lisans altında kiralanan pubmed/medline verilerine dayandığından, "pubmed türevleri" terimi önerilmiştir. yaklaşık 90 gb'lık orijinal pubmed veri setlerini depolamaya gerek kalmadan, eric sayers'in "the e-utilities in-depth: parameters, syntax and more" adlı kitabında açıklandığı gibi eutils-application program arayüzünü kullanarak herkes pubmed uygulamaları yazabilir. pmid numaralarını girdi olarak alan çeşitli atıf formatı oluşturucuları, eutils-application program arayüzünü kullanan web uygulamalarına örnektir. örnek web sayfaları arasında citation generator - mick schroeder, pubmed citation generator - ultrasound of the week, pmid2cite ve cite this for me bulunmaktadır.

pubmed'in veri madenciliği 
pubmed'de veri madenciliği yapmak için alternatif yöntemler matlab, python veya r gibi programlama ortamlarını kullanır. bu durumlarda, pubmed sorguları kod satırları olarak yazılır ve pubmed'e iletilir ve yanıt daha sonra doğrudan programlama ortamında işlenir. kod, hastalık, yıl, organlar vb. gibi farklı anahtar kelimelerle sistematik olarak sorgulama yapmak için otomatikleştirilebilir.

pubmed tarafından erişilebilen veriler, medoc gibi resmi olmayan bir araç kullanılarak yerel olarak yansıtılabilir.

milyonlarca pubmed kaydı, unpaywall gibi açık erişimle ilgili çeşitli açık veri veri kümelerini artırmaktadır. unpaywall journals gibi veri analiz araçları, kütüphaneler tarafından büyük anlaşma iptallerine yardımcı olmak için kullanılır: kütüphaneler, pubmed central gibi açık arşivler aracılığıyla anında açık erişimle sunulan materyallere abonelikten kaçınabilir.

kaynakça

dış bağlantılar 

 
 pubmed arama etiketleri ve alan niteleyicileri

çevrimiçi veritabanları
ulusal sağlık enstitüleri
biyolojik veritabanları
bibliyografik veritabanları ve dizinleri