title: Antibiotique

text: Ces molécules, comme la mitomycine ou l'actinomycine, si elles ont bien une activité antibiotique sur les bactéries, ne sont pas utilisées comme telles chez l'humain car elles ne sont pas sélectives et agissent aussi sur l'ADN des cellules eucaryotes. Leur capacité à ponter également notre ADN bloque aussi la réplication de nos propres cellules, ce qui leur confère en plus des propriétés antimitotiques chez l'humain. Pour cette raison, on les a utilisées en chimiothérapie anticancéreuse.


title: Antibiotique

text: Il existe enfin des inhibiteurs spécifiques de l'ARN polymérase bactérienne qui bloquent la transcription des gènes et la synthèse des ARN messagers. Parmi ces antibiotiques, on trouve en particulier la rifampicine qui est aujourd'hui utilisée en association avec d'autres antibiotiques pour le traitement de la tuberculose.


title: Antibiotique

text: La synthèse des protéines est un processus essentiel des cellules vivantes. L'acteur central de ce processus dans lequel l'ARN messager est traduit en protéine est le ribosome, l'organite cellulaire qui est responsable de cette étape. Les détails du mécanisme de traduction et les ribosomes des bactéries sont sensiblement différents de ceux des eucaryotes. Il existe un grand nombre de molécules antibiotiques qui exploitent ces différences et sont capables de bloquer sélectivement la traduction des protéines chez les bactéries, mais pas chez l'humain ou l'animal.


title: Antibiotique

text: De fait, approximativement la moitié des antibiotiques utilisés en thérapeutique (disposant de l'AMM) ont pour cible le ribosome bactérien. Ces antibiotiques se répartissent en plusieurs classes, de nature chimique et de mode d'action différents. La plupart interagissent avec l'ARN ribosomique. Enfin, certains antibiotiques bloquent la traduction en inhibant l'action des facteurs de traduction associés au ribosome.


title: Antibiotique

text: Une autre classe importante d'antibiotiques interfère avec la production de métabolites essentiels, bloquant la synthèse de différents constituants essentiels de la cellules : lipides, acides aminés, nucléotides.


title: Antibiotique

text: Une voie particulièrement importante qui est fréquemment ciblée est celle de la synthèse des folates (vitamine B9). Ses dérivés, notamment le dihydrofolate et le tétrahydrofolate, interviennent dans des réactions de transfert de groupements à un atome de carbone (méthyle, formyle) et en particulier dans des réactions de méthylation. Ces réactions sont essentielles à la synthèse de la thymine et par voie de conséquence, celle de l'ADN. Ces transferts de carbone dépendant du folate interviennent également de façon centrale dans le métabolisme de certains acides aminés : méthionine, glycine, sérine et donc indirectement dans la synthèse des protéines.


title: Antibiotique

text: Plusieurs classes de composés antibiotiques ciblent différentes étapes de cette voie des folates :


title: Antibiotique

text: Les sulfamidés et le sulfanilamide sont des analogues structurels de l'acide p-aminobenzoïque ou PABA. Ce dernier composé est l'un des éléments qui interviennent dans la synthèse des folates chez les bactéries et chez les plantes. Le sulfanilamide est un inhibiteur de la dihydroptéroate synthase et bloque la synthèse du dihydrofolate. Le triméthoprime intervient en aval dans la voie, en inhibant la synthèse de tétrahydrofolate par la dihydrofolate réductase. Le triméthoprime est sélectif de la dihyrdrofolate réducate des bactéries et n'inhibe pas l'enzyme humaine, ce qui rend possible son utilisation thérapeutique comme antibiotique (contrairement au méthotrexate, qui inhibe la dihydrofolate réductase humaine et est utilisé comme anticancéreux)


title: Antibiotique

text: Sur les milliers d'antibiotiques connus, seulement un peu plus d'une centaine sont efficaces et utilisables pour des applications médicales et font donc partie de la pharmacopée moderne. Les autres sont trop toxiques, trop instables ou ont une biodisponibilité insuffisante chez l'humain. Les antibiotiques actuellement utilisés sont le plus souvent des molécules dérivées de produits naturels, dont on a légèrement modifié la structure pour améliorer leurs propriétés thérapeutiques ou contourner les problèmes de résistance. D'autres enfin ne sont plus utilisés parce que les bactéries pathogènes y sont devenues résistantes, c'est par exemple le cas de la streptomycine qui était autrefois utilisée pour traiter la tuberculose.


title: Antibiotique

text: Près de la moitié des antibiotiques utilisés en thérapeutique ciblent le ribosome bactérien et environ un quart d'entre eux sont des bêta-lactames, qui ciblent la synthèse de la paroi bactérienne. Si on regarde les prescriptions, on constate que ce sont les bêta-lactames (pénicillines et céphalosporines) qui sont les antibiotiques les plus utilisés, en particulier par les médecins généralistes. En France, ils représentent près des deux tiers des doses définies journalières utilisés, devant les macrolides (~15 %).


title: Antibiotique

text: Face à une infection bactérienne, le choix d'un antibiotique à utiliser dépend d'un ensemble de paramètres. Deux types de critères doivent être pris en compte : ceux qui dépendent du germe responsable lui-même et ceux qui dépendent du patient et du site de l'infection. Les premiers sont liés au spectre d'activité des différents antibiotiques, il est en effet nécessaire d'utiliser une molécule qui soit efficace sur le germe responsable de l'infection, en particulier lorsqu'on a affaire à des bactéries multirésistantes. Les seconds concernent l'interaction du médicament antibiotique avec le patient. Ceci concerne par exemple la capacité de l'antibiotique à atteindre efficacement le site de l'infection, l'existence d'un terrain allergique à certains antibiotiques ou encore la toxicité du composé utilisé (voir plus bas).


title: Antibiotique

text: Les différents antibiotiques disponibles possèdent des spectres d'activité variés, certains étant plus actifs sur les bactéries gram positives ou gram négatives, sur les germes aérobies ou anaérobies ou encore sur les bactéries capable de pénétrer à l'intérieur des cellules infectées. Pour déterminer les antibiotiques efficaces, en particulier en cas d'échec du traitement de première intention, on réalise souvent un test antibiogramme : le germe responsable est mis en culture dans une boîte de gélose Müller-Hinton contenant plusieurs pastilles d’antibiotique qui vont inhiber plus ou moins le développement du micro-organisme, ce qui permet de comparer la sensibilité des bactéries à tel ou tel antibiotique.


title: Antibiotique

text: Pour les infections sévères ou difficiles, on peut être amené à utiliser des combinaisons d'antibiotiques (poly-antibiothérapies). C'est en particulier le cas actuellement pour le traitement de la tuberculose, en raison des résistances acquises par le bacille de Koch pour lequel on utilise dans la phase initiale une quadrithérapie : isoniazide, rifampicine, pyrazinamide et éthambutol.


title: Antibiotique

text: Enfin, en raison de l'émergence progressive de germes multirésistants, certaines molécules de génération récente sont réservées au traitement d'infections « difficiles », résistantes aux traitements traditionnels utilisés en première intention. C'est en particulier le cas des carbapenems comme l'imipenem ou des oxazolidinones comme le linezolide. Cette restriction a pour objectif de retarder la propagation de résistance à ces nouveaux composés et donc de prolonger l'efficacité de l'arsenal thérapeutique disponible.


title: Antibiotique

text: L'analyse de l'activité d'un antibiotique donné sur une bactérie a conduit à définir un certain nombre de paramètres qualitatifs et quantitatifs. Le premier d'entre eux est le spectre d'activité qui définit la liste des espèces bactériennes sur lesquelles un antibiotique agit. Le spectre est propre à chaque antibiotique, et peut varier dans le temps à la suite de l'apparition de nouvelles résistances chez les différentes espèces bactériennes. L'autre concept majeur en antibiothérapie est celui de concentration minimale inhibitrice ou CMI (en anglais MIC, pour "). Dans la pratique, on définit la CMI comme la concentration minimale d'antibiotique permettant d'inhiber (bactériostase) totalement la multiplication bactérienne, après 18 à 24 heures de contact à . Ceci se décline en plusieurs variantes :


title: Antibiotique

text: On définit également la concentration minimale bactéricide (CMB), qui est la plus faible concentration permettant de détruire ou de tuer (bactéricidie) 99,99 % des bactéries après 18 à 24 heures de contact avec l'antibiotique. La CMI et la CMB sont caractéristiques d'un antibiotique pour une souche donnée. L'analyse de la concentration minimale bactéricide et de la concentration minimale inhibitrice (CMB/CMI) permet de caractériser l'effet de l'antibiotique étudié sur une souche bactérienne donnée. Lorsque le rapport CMB / CMI = 1, l'antibiotique est dit « bactéricide absolu », s'il est proche de 1, l'antibiotique est dit « bactéricide », s'il est supérieur à 2, l'antibiotique est dit simplement « bactériostatique ». En dépit d'efforts de standardisation des méthodes de détermination des CMI, il subsiste des différences d'un auteur à l'autre qui sont liées à la variabilité des conditions expérimentales utilisées : divers facteurs peuvent jouer : Composition des milieux, taille de l"', souches de phénotypes différents


title: Antibiotique

text: Il existe également d'autres paramètres qui servent à caractériser le mode d'action d'un antibiotique et en particulier sa pharmacologie chez le patient :


title: Antibiotique

text: Plusieurs mécanismes peuvent expliquer les effets indésirables liés à la prise d'antibiotique, parmi lesquels on trouve :


title: Antibiotique

text: Certains antibiotiques ne sont pas totalement spécifiques des bactéries et ont une certaine toxicité sur les cellules humaines, en particulier en cas de surdosage. C'est en particulier le cas pour certains antibiotiques qui ciblent la synthèse des protéines et le ribosome, comme les aminoglycosides. Il existe en effet une assez grande similarité de fonctionnement entre le ribosome des bactéries et celui qui est présent dans les mitochondries des animaux, ce qui, à forte dose, peut conduire à une inhibition des ribosomes mitochondriaux et donc à un effet toxique. Ce mécanisme est responsable de la nephrotoxicité des aminoglycosides à trop forte dose (voir plus bas).


title: Antibiotique

text: Certains antibiotiques peuvent aussi réduire l'efficacité du système immunitaire chez la souris et altérer les cellules épithéliales chez l'homme.


title: Antibiotique

text: Des bronchospames, des insuffisances respiratoires aigües peuvent être liés à des réactions anaphylactoïdes.


title: Antibiotique

text: Des pneumopathies interstitielles immuno-allergiques peuvent être provoquées par les bêta-lactamines, les sulfamides ou les cyclines. On décrit aussi des pneumopathies alvéolaire aigües liée à la prise de bêta-lactamines ou de cyclines. Les nitrofurantoïnes peuvent rarement provoquer des pneumopathies interstitielles desquamations. Les sulfamides et les bêta-lactamines peuvent induire des angéites leucocytoclasiques.


title: Antibiotique

text: Néphropathie toxique : on observe des nécroses tubulaires aigües notamment provoquées par les aminosides (prévalence entre 7 % et 25 %, la gentamicin (26 %) étant plus néphrotoxique que la tobramycin (12 %)), les céphalosporines, l'amphotéricine B (une dysfonction rénale est observée dans 60 % à 80 % des cas, mais dans une large mesure, ces perturbations sont transitoires) et les polymyxines, des néphropathies tubulo-interstitielles provoquées par les bêta-lactamines, les sulfamides, la rifampicine, les fluoroquinolones, les glycopeptides et les nitrofurantoïnes.


title: Antibiotique

text: Des néphropathies immuno-allergiques peuvent être provoquées par de très nombreuses classes d'antibiotiques. Les bêta-lactamines et la rifampicine sont les plus souvent incriminées.


title: Antibiotique

text: À noter les cristalluries provoquées par les fluoroquinolones ou les sulfamides, les nitrofurantoïnes, et les lithiases rénales provoquées par les pénicillines, les céphalosporines, les nitrofurantoïnes ou la sulfadiazine. On décrit aussi des glomérulonéphrites induite par la rifampicine ou l'isoniazide ou par la prise de cyclines.


title: Antibiotique

text: Les aminosides présentent une toxicité cochléo-vestibulaire. Celle-ci est cumulative et irréversible en cas de traitement prolongé. Précisément, on note une vestibulo-toxicité de l'ordre de 15 % des patients traités (certaines études rapportent une vestibulotoxicité de 10 % pour les streptomycine, et de 20 % pour la gentamicine).


title: Antibiotique

text: Une hypertension intra-crânienne peut être liée à la prise de fluoroquinolones, de tétracyclines, des nitrofurantoïnes, du sulfaméthoxazole.


title: Antibiotique

text: Des troubles neuro-sensoriels sont possibles après la prise de fluoroquinolones. Indiquons que rarement l'hydroxyquinoléine peut entraîner des neuropathies sensitives ainsi que des névrites optiques, et l'imidazolé (auquel les quinoléines sont associées dans le traitement des amoeboses intestinales), peut entrainer, à forte dose, une neuropathie sensitive.


title: Antibiotique

text: De façon assez peu spécifique, insomnies et vertiges peuvent être observés après la prise de nombreuses classes d'antibiotiques.


title: Antibiotique

text: Comme d'autres médicaments, les antibiotiques peuvent parfois induire des syndromes hématologiques :


title: Antibiotique

text: Cytopénies observées avec les bêta-lactamines, les sulfamides et sont en général réversibles. On estime à 1 % la prévalence d'une neutropénie induite par la prise de bêta-lactamines, chez les patients ayant une fonction hépatique normale et pour une prise de moins de 10 jours. À noter, les effets myélotoxiques des oxazolidinones, notamment pour les traitements au long cours


title: Antibiotique

text: Des anémies hémolytiques (immune, déficit en G6PD) sont décrites après la prise de sulfamides, de céphalosporines. La sulfasalazine peut provoquer une anémie mégaloblastique


title: Antibiotique

text: Les sulfamides peuvent entraîner une agranulocytose, une anémie hémolytique, une aplasie médullaire. Le chloramphénicol provoque rarement une aplasie médullaire ou une anémie sidéroblastique.


title: Antibiotique

text: Des coagulopathies sont décrites, en particulier des hypoprothrombinémies à la suite de la prise de bêta-lactamines, de cyclines mais aussi la prise de sulfamides, de chloramphénicol.


title: Antibiotique

text: La dapsone peut provoquer une méthémoglobinémie.


title: Antibiotique

text: Par ailleurs, selon un mécanisme allergique, les antibiotiques peuvent induire un syndrome d'hypersensibilité médicamenteuse, lequel s'accompagne en règle générale d'une hyperéosinophilie.


title: Antibiotique

text: Parmi les effets secondaires documentés au niveau hépatique, on peut citer :


title: Antibiotique

text: Hépatites cytolytiques avec les kétolides, l'isoniazide, la rifampicine,


title: Antibiotique

text: Hépatites cholestatiques avec l'amoxicilline-acide clavulanique, l'érythromicine


title: Antibiotique

text: L'acide fusidique ou la rifampicine peuvent entraîner une hyperbilirubinémie.


title: Antibiotique

text: Les antibiotiques sont parmi les médicaments ceux pour lesquels les réactions allergiques sont les plus fréquentes. C'est en particulier le cas des bêta-lactames et des macrolides. L'allergie à l'un des antibiotiques d'une famille rend probable l'existence d'une allergie aux autres antibiotiques de la même classe. En revanche, il n'y a pas de raison qu'il existe des allergies croisées entre molécules de classes différentes, compte tenu des différences importantes de structure chimique, de mode d'action et de biodisponibilité. Les allergies aux pénicillines sont particulièrement fréquentes mais peuvent disparaître après plusieurs années.


title: Antibiotique

text: Les manifestations allergiques peuvent inclure des éruptions cutanées (rash), de l'urticaire, de l'œdème, de la gêne respiratoire et plus rarement des manifestations plus graves (œdème de Quincke, choc anaphylactique...). Indiquons l’effet Antabuse qui peut être provoqué par les imidazolés.


title: Antibiotique

text: Des nausées, des vomissements peuvent être observées avec toutes les classes d'antibiotiques.


title: Antibiotique

text: Chez l'humain, le tube digestif contient une flore intestinale commensale importante qui contribue au processus de digestion. Les traitements antibiotiques et en particulier ceux utilisant des composés à large spectre tuent non seulement les bactéries pathogènes responsables des infections, mais de manière collatérale certaines de ces bactéries commensales. Ceci conduit à un déséquilibre momentané de la flore bactérienne digestive et peut ainsi causer des troubles du transit intestinal plus ou moins importants qui se manifestent en général par des diarrhées pendant la durée du traitement.


title: Antibiotique

text: Des diarrhées motrices sont essentiellement observées après la prise de macrolides ou d'acide clavulanique. Les tétracyclines peuvent entraîner des œsophagites


title: Antibiotique

text: Plus rarement, et jusqu'à deux mois après l'arrêt du traitement, cela peut faciliter aussi la recolonisation du tube digestif par des bactéries pathogènes. Certaines de ces bactéries sont susceptibles de favoriser des infections bénignes ou graves, par exemple ' ou '.


title: Antibiotique

text: L'administration ou la consommation de probiotiques tels que "Lactobacillus" et "Bifidobacterium", pourrait permettre de réduire le risque de développement d'une infection à "C. " lors d'une antibiothérapie. Une telle administration n'a cependant pas pour l'instant démontré d'impact significatif en termes de morbi-mortalité des infections digestives graves à "C. " (colite pseudomembraneuse). Ces « substances d'origine microbienne » ont en commun l'absence de démonstration d'une activité clinique spécifique.


title: Antibiotique

text: Une étude épidémiologique a aussi mis en évidence que la prise d'antibiotiques était statistiquement associée à une augmentation modeste mais significative du risque de contracter certains cancers chez les participants ayant eu des prescriptions répétées d'antibiotiques. Cette augmentation était de 20 à 50 % du risque relatif par rapport aux personnes non-exposées (comparée à 2300 % pour l'usage du tabac dans le cancer du poumon). Ces études montrent aussi qu'il n'y a pas de lien causal direct et cet effet n'est pas clairement expliqué.


title: Antibiotique

text: Des nourrissons exposés aux antibiotiques dans les premiers six mois de leur existence montrent une augmentation de 22 % du risque d'obésité à un âge plus avancé. Cette étude épidémiologique suggère que l'antibiothérapie élimine des espèces bactériennes commensales du microbiote intestinal humain essentielles à l'équilibre nutritionnel.


title: Antibiotique

text: Lorsqu'une population de bactéries est soumise à l'action d'un antibiotique dans son milieu, elle subit une pression de sélection, qui favorise les cellules qui sont les mieux capables de résister à l'effet de ces molécules. Petit à petit, l'émergence de modifications génétiques permettant un niveau de résistance plus élevé se trouve ainsi sélectionnée. L'action des antibiotiques sur les bactéries induit ainsi un processus d'évolution « en accéléré » que l'on peut observer à l'échelle de temps humaine. Les premiers antibiotiques ont été introduits à la fin des années 1930; et aujourd'hui, la résistance à ces composés de première génération pénicilline, streptomycine, s'est très largement répandue chez les bactéries, si bien que l'on a cessé de les utiliser à des fins thérapeutiques. Le tableau suivant indique les dates d'introduction des grandes familles d'antibiotiques dans l'arsenal thérapeutique et les dates d'apparition des premières résistances sur des souches cliniques. De nombreux antibiotiques sont des produits naturels ou dérivés de produits naturels, souvent synthétisés par des bactéries elles-mêmes pour éliminer leur compétiteurs dans le milieu environnant. Ces bactéries productrices d'antibiotiques ont en général développé en même temps des mécanismes de résistance leur permettant d'éviter les effets du composé qu'elles produisent. Des gènes de résistance aux antibiotiques pré-existaient donc souvent dans la biosphère bactérienne, avant leur utilisation par l'humain. L'émergence plus ou moins rapide de résistance chez les organismes pathogènes n'est donc pas surprenante, elle est souvent liée soit à l'acquisition par transfert d'un de ces gènes de résistance, soit à une adaptation d'un de ces gènes de résistance à une modification des molécules utilisées. Ainsi, l'amélioration progressive des bêta-lactames par l'industrie (exemple : céphalosporines de , de puis de génération) s'est accompagnée d'une évolution concomitante des bêta-lactamases qui se sont progressivement adaptées aux nouveaux composés, sous l'effet de la pression de sélection.


title: Antibiotique

text: Il existe différents mécanismes de résistance, certains généraux qui fonctionnent contre un large spectre d'antibiotiques et d'autres très spécifiques d'un seul. Il existe également des mécanismes de transfert d'une espèce à une autre, ce qui favorise la dissémination de la résistance et qui sont présentés plus bas. Dans tous les cas, le mécanisme aboutit à une action fortement réduite de l'antibiotique sur sa cible ou à une perte d'effet de cette action. Il existe une grande variété de mécanismes d'action que l'on peut regrouper dans les grandes catégories suivantes :


title: Antibiotique

text: Chaque antibiotique agit en se fixant sur une cible précise dans la cellule : paroi, ribosome... La présence d'une modification consécutive à une mutation modifie le site de fixation et empêche ainsi la liaison de l'antibiotique. C'est un des mécanismes de résistance à la streptomycine, l'un des premiers antibiotiques utilisés pour traiter la tuberculose. C'est aussi l'un des principaux mécanisme de résistance à la rifampicine qui est l'un des antibiotiques qui a remplacé la streptomycine. On observe des mutations de l'ARN polymérase bactérienne qui bloquent la liaison de la rifampicine. Les acides aminés mutés sont situés à proximité immédiate du site de fixation (voir figure à droite). Une enzyme spécifique effectue une modification chimique covalente de la cible, par exemple une méthylation, ce qui inhibe la fixation de l'antibiotique, comme dans le cas précédent, mais sans qu'il y ait altération du génome. Ce type de mécanisme est rencontré dans la résistance aux macrolides, où il existe une méthylase qui confère la résistance en modifiant l'ARN ribosomique au niveau du site de liaison de l'antibiotique. En produisant davantage de la macromolécule ciblée, la bactérie arrive à maintenir suffisamment d'activité biologique pour se développer, malgré la présence de l'antibiotique. La bactérie active une voie métabolique alternative qui prend le relai de voie métabolique bloquée par l'antibiotique. La fonction biologique est ainsi maintenue. De nombreuses souches résistantes fabriquent une enzyme qui modifie ou qui clive la molécule d'antibiotique, la rendant inactive. C'est le mécanisme principal de résistance aux β-lactamines (famille de la pénicilline et des céphalosporines) qui implique les enzymes de la famille des β-lactamases. La bactérie « ferme » les pores membranaires par lesquels l'antibiotique pénètre dans la cellule. Ces pores sont normalement constitués par des protéines qui forment des canaux et que l'on appelle des porines. Les bactéries résistantes réduisent leur nombre de porines. Les bactéries sont capables d'éliminer les antibiotiques par pompage actif hors de la cellule, qui « recrache » littéralement les composés toxiques au dehors. C'est l'un des principaux mécanismes de résistance de "Pseudomonas aeruginosa", pathogène opportuniste responsable de nombreuses infections nosocomiales. Des bactéries très résistantes sont capables de synthétiser l’indole en très grande quantité pour subvenir aux besoins des bactéries sensibles. Ce composé organique possède une double fonction de résistance : efflux des antibiotiques et activation d’une voie métabolique empêchant la synthèse de radicaux libres qui peut être favorisée par l’antibiotique.


title: Antibiotique

text: On peut parler de résistance naturelle si toutes les souches d’une même espèce sont résistantes à un antibiotique. C’est l’expression d’une propriété innée reflétant l’empêchement d’accéder à la cible ou l’absence de la cible. Exemple : l'imperméabilité des parois des bactéries Gram- ou leur absence de paroi.


title: Antibiotique

text: On rencontre ce type de résistance chez les souches sauvages, n'ayant jamais été en contact avec un antibiotique.


title: Antibiotique

text: La résistance acquise survient lorsqu'un individu d'une population de bactéries normalement sensibles devient résistant. Cette résistance lui confère un avantage sélectif qui lui permet de se multiplier en présence de l'antibiotique, tandis que les autres sont inhibées ou tuées. L'apparition de la résistance est en général la conséquence d'une mutation qui apparaît dans le chromosome, c'est pourquoi on parle de résistance chromosomique. En conditions normales, l'apparition de mutation est un processus spontané avec des fréquences d’apparition variables, comprises entre 10 et 10, suivant l'antibiotique, la souche et la nature du mécanisme de résistance. C’est un événement rare. L’antibiotique n’est pas l’agent mutagène, il sélectionne seulement les mutants devenus résistants. Cela peut conduire à la résistance simultanée à toute une famille d'antibiotiques.


title: Antibiotique

text: La mutation peut par exemple se produire dans le gène qui code la protéine ciblée par l'antibiotique. La protéine mutante ne fixe plus aussi bien l'antibiotique qui ne peut plus agir.


title: Antibiotique

text: Les mutations apparaissent de manière indépendante, donc les risques de sélectionner simultanément par mutation spontanée des résistances multiples à plusieurs antibiotiques sont très faibles. Une double résistance multiplie les probabilités d’apparition de résistance à chaque molécule, c’est-à-dire 10 à 10.


title: Antibiotique

text: La résistance chromosomique est en général largement confinée à l'espèce chez laquelle elle apparaît, car elle n'est pas facilement transférable à une autre cellule, faute de mécanisme spécifique de transfert.


title: Antibiotique

text: Les plasmides sont des petits ADN circulaires capables de réplication autonome dans les bactéries, à côté du chromosome. Les plasmides naturels portent en général un certain nombre de gènes et en particulier des gènes de résistances à des antibiotiques, ainsi que des gènes de transfert permettant le passage du plasmide d'une bactérie à une autre. Ce transfert s'effectue en général par conjugaison, un processus par lequel la bactérie émettrice fabrique un pilus, sorte de filament creux au travers duquel l'ADN du plasmide est injecté pour passer dans une autre cellule bactérienne. La synthèse du pilus est en général aussi sous le contrôle de gènes portés par le plasmide.


title: Antibiotique

text: Il peut s'agir d'un transfert entre bactéries de la même espèce, mais aussi entre bactéries d'espèces voisines. Ce mécanisme de conjugaison est un mécanisme de transfert actif d'ADN très efficace et permet une propagation rapide des résistance. Souvent, plusieurs gènes de résistance sont regroupés sur le même plasmide qui est ainsi transféré de cellule en cellule.


title: Antibiotique

text: Le premier cas de résistance fut observé en 1951 sur un patient japonais. Il souffrait d'une infection à Shigelle (une entérobactérie, c’est-à-dire un bacille gram négatif, mobile). La Shigelle provoquait une dysenterie qui pouvait être soignée par des sulfamidés, mais elle était devenue résistante à ces sulfamidés. Les chercheurs ont démontré que cette résistance était accompagnée par des résistances "in vitro" à d’autres antibactériens.


title: Antibiotique

text: Ils ont isolé dans le tube digestif d’autres malades, des souches d’"Escherichia coli" (une autre Entérobactérie, très répandue dans l’eau, le sol, le lait et les selles) qui avaient acquis une résistance aux sulfamidés par un transfert horizontal entre les deux espèces.


title: Antibiotique

text: Il existe d'autres mécanismes de transfert d'ADN entre espèces bactériennes qui permettent la propagation de gènes de résistance aux antibiotiques entre bactéries. Ces mécanismes ne sont toutefois pas spécifiques des plasmides et peuvent également intervenir pour le transfert de résistances chromosomiques.


title: Antibiotique

text: Le pneumocoque ("Streptococcus pneumoniae") a développé une résistance par modification d’une protéine membranaire spécifique où se fixent les pénicillines (la PLP) imposant des doses plus élevées d’antibiotique (typiquement, l’amoxicilline), voire contraignant à prescrire une céphalosporine de génération (souvent la ceftriaxone). Les résistances en France sont documentées depuis 1978. En 2000, on comptait environ 50 % de souches résistantes, en particulier dans les grandes villes. La résistance au "Streptococcus pneumoniae" est suivie en France par le Centre national de référence des pneumocoques, AP-HP Hôpital européen Georges-Pompidou, et il publie son rapport dans le "Bulletin épidémiologique hebdomadaire" ou "BEH" (voir lien en bas d'article).


title: Antibiotique

text: Les staphylocoques méti-résistants, particulièrement redoutables, sont insensibles aux pénicillines (chez eux aussi par modification de leurs PLP), mais aussi par production d’une bêta-lactamase et d’une méticilinase. Les infections à staphylocoque méti-R sont typiquement des infections nosocomiales sévères, responsables d’une lourde mortalité. Les glycopeptides sont une alternative thérapeutique classique. La production de bêta-lactamase concerne plusieurs souches bactériennes : gonocoques, haemophilus influenzae,anaérobies, entérocoques. Les spécialistes critiquent dans ce contexte la prescription parfois trop à la légère (fréquente) de certains antibiotiques (surprescription), y compris quand ils sont inefficaces (contre les virus par exemple).


title: Antibiotique

text: Le phénomène serait aussi amplifié :


title: Antibiotique

text: Les antibio-résistances ont conduit les épidémiologistes et les autorités sanitaires à préconiser un usage plus raisonné des antibiotiques (un peu à la manière de la gestion internationale concertée par l’OMS des médicaments antipaludéens).


title: Antibiotique

text: Les antibiotiques sont sans effet sur les virus ; toutefois, il arrive que ceux-ci soient prescrits dans le cas où l’organisme est affaibli, pour éviter que celui-ci ne devienne vulnérable à des surinfections bactériennes. Cependant, nombreux (en France) sont les médecins qui prescrivent systématiquement des antibiotiques pour des affections virales, alors qu'ils ne seront pas efficaces et qu'ils ne font que renforcer la résistance des bactéries aux antibiotiques.


title: Antibiotique

text: Ces résistances aux antibiotiques deviennent extrêmement préoccupantes, elles sont l'objet d'avertissements réguliers des agences gouvernementales et internationales. Par exemple :


title: Antibiotique

text: En 2015 a été publiée par l'Institut National de la Veille Sanitaire l'Étude Burden BMR sur la morbidité et la mortalité des infections à bactéries multi-résistantes aux antibiotiques en France en 2012. Cette étude chiffre à ( à ) les infections à BMR survenues en 2012, dont près de invasives. Les SARM et entérobactéries résistantes aux C3G étaient responsables de ( à ) infections, soit 65 % (70 à 75 %) du total. Le nombre de décès attribués à ces infections était de ( à ), dont liés à des infections invasives.


title: Antibiotique

text: En 1997, 48 % du total des ventes européennes d'antibiotiques est destiné à un usage vétérinaire. En 2013, d'après l'OMS, au moins 50 % des antibiotiques mondiaux sont destinés aux animaux.


title: Antibiotique

text: Les antibiotiques peuvent être utilisés en élevage comme médicaments vétérinaires, à des fins curatives ou préventives, ainsi qu'à des fins de «facteurs de croissance » :


title: Antibiotique

text: Ces additifs antibiotiques pour l’alimentation animale sont interdits en Europe depuis le (la Suède l'avait interdit depuis 1986) mais toujours autorisée à visée préventive et curative, notamment collectivement pour un groupe d'animaux, du fait de la promiscuité dans l'élevage industriel qui rend impossible le traitement individuel. Ils sont autorisés au Canada mais les agriculteurs de la filière avicole ont décidé d'arrêter de les utiliser ; ils sont aussi autorisés aux États-Unis. d'antibiotiques ont été vendus en 2013 à destination des animaux (1,25 pour les carnivores domestique, 98,75 % pour l'élevage), il s'agit du plus faible volume depuis 1999 (début du suivi national des ventes d'antibiotiques) avec une baisse de 46,7 %. Cette baisse de volume est a pondérer avec le fait que les antibiotiques récents sont plus actifs avec des doses moindres. C'est pourquoi on calcule l'exposition des animaux aux antibiotiques avec la mesure ALEA (Animal Level of Exposure to Antimicrobials) qui prend en compte la posologie (durée et dosage du traitement) des animaux d'une espèce sous antibiotiques (poids vif traité) que l'on divise par la masse de la population animale concernée totale (potentiellement traitable). Ainsi, un ALEA de 0,305 pour les bovins signifie que les traitements antibiotiques ont traité 35 % du poids vif des bovins, l'indice peut donc être supérieur à 1 selon le nombre et la durée des traitements. L'exposition en 2013 est en baisse de 5,5 % par rapport à 1999 toute espèce confondue mais augmente notamment pour les bovins (+14,7 %) et les volailles (+30 %) tandis qu'elle diminue pour les porcs (-25 %) et les lapins (-50 %).


title: Antibiotique

text: Chaque année, la Direction générale de l’alimentation contrôle plus de prélèvements de produits animaux ou d’origine animale pour rechercher d’éventuelles traces de résidus de médicaments vétérinaires.


title: Antibiotique

text: Fin 2017, une association Adelie a été créée par six organisations professionnelles vétérinaires pour gérer les échanges de données (données sur les cessions d’antibiotiques) entre la profession vétérinaire et la DGAL. Cette plate-forme informatique devra refléter les processus “métier” des vétérinaires pour toutes leurs activités, à la suite d'un décret (du ) qui vise notamment à évaluer les quantités d’antibiotiques cédés par les ayants droit du médicament vétérinaire.


title: Antibiotique

text: Et début 2018 afin de freiner l'usage abusif d'antibiotique en élevage, l’École nationale vétérinaire de Toulouse (ENVT) et l’Institut national de la recherche agronomique (Inra) ont créé une unité "(InTheRes, basée à Toulouse)", dédiée à la recherche d'alternatives innovantes sous la direction du Pr Alain Bousquet-Mélou.


title: Antibiotique

text: L'antibiorésistance a aussi pour conséquence le passage de gènes résistantes à l'humain (pollution des eaux et sols par les excréments, cuisson pas assez forte pour les détruire) et la présence d'antibiotiques dans la viande si le délai légal de fin de traitement avant abattage n'a pas été respecté. D'après la Direction générale de l'alimentation, cela se produisait déjà avec moins d'un prélèvement positif sur deux cents en 1998 (ce qui n'est pas négligeable à l'échelle nationale).


title: Antibiotique

text: Les alternatives aux antibiotiques sont peu nombreuses.


title: Antibiotique

text: Les bactériophagiques sont des médicaments à base de cocktails de phages ou bactériophages, des virus qui dévorent la bactérie cible. Découverts par le Français Félix d'Hérelle en 1916, ils ont été immédiatement utilisés, notamment pour traiter les blessés de la Première Guerre mondiale, jusqu'à l'essor des antibiotiques qui étaient plus faciles d'emploi et qui les ont remplacés. Les bactériophagiques sont cependant encore en usage dans l'ancien bloc soviétique. La phagothérapie fait l'objet de nombreuses recherches partout dans le monde. En France ils ne peuvent être prescrits que dans le cadre d'une ATUn (Autorisation Temporaires d'Utilisation nominative).


title: Antibiotique

text: Il existe une synergie lorsque l'on combine les traitements par antibiotique et par bactériophagique.


title: Antibiotique

text: "Nature Microbiology" a publié en 2016 une étude consacrée à l'emploi de polymères microscopiques en forme d'étoiles pour tuer des bactéries résistantes aux antibiotiques. Ces polymères SNAPP ("structurally nanoengineered antimicrobial peptide polymers") sont formés de courtes chaînes protéiques. Ils se sont révélés efficaces pour détruire des bactéries à Gram négatif. Le polymère était par contre inoffensif pour l'organisme. Il n'induirait pas de résistance chez les microbes.


title: Antibiotique

text: Une découverte récente d'un outil moléculaire trouvé initialement chez les bactéries pourrait s'avérer être un espoir thérapeutique. La technologie CRISPR se sert d'une enzyme appelée Cas9 qui agit à la façon de ciseaux moléculaires pouvant couper des séquences spécifiques de l'ADN. L'enzyme est en mesure de trouver une séquence cible grâce à un ARN guide pouvant être construit de sorte qu'il corresponde à la séquence cible que l'on désire éditer.


title: Antibiotique

text: L'idée serait donc de concevoir un système CRISPR qui viserait uniquement les gènes de résistances bactériens dans le but de supprimer les parties du génome responsables de résistances aux antibiotiques. Le point fort de cette méthode est qu'elle permettrait de s'adapter constamment aux nouveaux gènes de résistances qui apparaissent avec l'évolution des bactéries. Des études suggèrent que cette technologie pourrait vaincre la résistance à la Méthicilline chez le staphylocoque doré ("Staphylococcus aureus") MRSA, responsable d'infections dans les hôpitaux.


title: Antibiotique

text: Cette méthode prometteuse se veut non seulement efficace mais également peu coûteuse. Par exemple, le coût associé aux éléments nécessaires pour faire une expérience à base de CRISPR revient à un coût d'environ trente dollars contre un coût annuel aux États-Unis de trente milliards de dollars pour remédier aux infections associées à des résistances bactériennes aux antibiotiques.


title: Antibiotique

text: D'autres antibiotiques, baptisés "éligobiotiques" (du latin eligo, élire, choisir), seraient capables de ne détruire que certaines bactéries sélectionnées, contrairement aux antibiotiques qui s'attaquent à des classes plus larges de bactéries. Ils pourraient notamment éliminer de manière ciblée les bactéries devenues résistantes aux antibiotiques traditionnels.


title: Antibiotique

text: Depuis l'antiquité on a pu recourir empiriquement à des moisissures se développant sur le pain, le soja... pour soigner des infections ; c'est cependant après l'adoption de la théorie des germes, puis sous l'impulsion de la théorie de l'évolution, que commence véritablement l'histoire de ce qui allait s'appeler les antibiotiques : les micro-organismes ayant été identifiés comme causes de maladies, les scientifiques se mirent à chercher des substances qui pourraient en inhiber, partiellement ou totalement, le développement. La diffusion des antibiotiques à partir de la fin des années 1940 eut un impact considérable sur la santé des populations, la pratique médicale et la recherche scientifique. Leur utilisation en médecine vétérinaire ainsi qu'en agriculture conduisirent à des changements également conséquents.


title: Antibiotique

text: Certaines observations, fortuites ou provoquées, incitèrent différents scientifiques à identifier des bactéries inoffensives qui pourraient s’opposer au développement de bactéries pathogènes. En 1877 déjà, Pasteur et Jules Joubert observèrent que l’injection à des rats d’une solution contenant de l’anthrax ainsi que diverses bactéries du sol ne conduisait pas les rats à développer la maladie du charbon. Par ce travail, Pasteur apporta la première description claire et univoque de l’antagonisme microbien que d’autres avaient pu indiquer avant lui. En outre, il entrevit les possibilités thérapeutiques de ce phénomène J.-A. Auzias-Turenne, mort en 1870, avait déjà prôné l’utilisation des antagonismes microbiens à des fins thérapeutiques. Ses idées à ce sujet se trouvent dans son ouvrage posthume "La Syphilisation". En 1885, Arnaldo Cantani traita des cas de tuberculose pulmonaire par des pulvérisations de Bacterium termo dans les poumons. En 1887, Rudolf Emmerich montra quant à lui que des animaux auxquels on avait préalablement injecté le streptocoque ne développaient pas le choléra.En 1888 Victor Babeş montre que certaines bactéries saprophytes inhibent le développement de Mycobacterium tuberculosis. En 1889, Bouchard montra que l’injection de "Pseudomonas aeruginosa" prévenait le développement de l’anthrax chez les rats.


title: Antibiotique

text: C’est en 1888 qu’une substance antibactérienne fut extraite de "Bacillus pyocyaneus" par E. von Freudenreich. En 1889, Rudolf Emmerich et Oscar Löw effectuent des essais cliniques sur une substance antibiotique, la pyocyanase produite par "Bacillus pyocyaneus" une bactérie appelée aujourd’hui Pseudomonas aeruginosa. Instable et toxique, le médicament fut abandonné (mais connut quelques applications sous forme de pommade pour les dermatoses).


title: Antibiotique

text: Plusieurs centaines d’exemples d’antagonisme microbien furent ainsi mis en évidence sans avoir de suite pratique. Cela est en partie dû à l’attention accordée alors à une autre voie de recherche, chimiothérapique, à la suite de la découverte de l’arsphénamine ("Salvarsan"). Par ailleurs l’utilisation des bactériophages, découverts en 1917 par Félix d'Hérelle et employés immédiatement à des fins thérapeutiques, semblait également une voie prometteuse.


title: Antibiotique

text: Si le terme d’antibiose fut proposé en 1889 par Paul Vuillemin, en opposition au phénomène de symbiose, pour décrire le phénomène d’antagonisme entre deux espèces microbiennes, la paternité du terme antibiotique (sous forme adjective ou substantive) est discutée : certains en créditent René Dubos (dès 1940), d’autres Selman A. Waksman (en 1941, à la suite de sa découverte de la streptomycine qualifiée par lui de « médicament antibiotique » ; voire dès 1932).


title: Antibiotique

text: Waksman proposa en 1947 les définitions suivantes afin de diminuer les ambiguïtés sur le sens du terme antibiotique :


title: Antibiotique

text: L’apparition d'antibiotique de synthèse mena à une nouvelle définition énoncée en 1957 par Turpin et Velu : On relèvera dans cette définition la mention d’usages à destination non seulement de bactéries, mais aussi de virus, et même d’êtres pluricellulaires qui pourrait surprendre tant les récentes campagnes à destination du public — du moins en France — ont rappelé la destination exclusivement antibactérienne des antibiotiques. De nos jours plusieurs définitions coexistent, elles différent par la présence ou non des concepts de toxicité sélective, d’origine bactérienne et de limitation de cible aux seules bactéries.


title: Virus

text: Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom "virus" a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des "virologues" ou "virologistes".


title: Virus

text: On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Sous la forme intracellulaire (à l'intérieur de la cellule hôte), les virus sont des éléments génétiques qui peuvent s'intégrer à un chromosome du génome hôte (on parle alors de provirus ou de prophage) ou non (cas par exemple des usines à virions).


title: Virus

text: Pour les humains, sur les environ décrites, seules 129 sont jugées pathogènes en 2018.


title: Virus

text: Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose sur des notions complexes et reste aujourd'hui ouvert. Selon de nombreuses définitions du vivant (entité matérielle réalisant les fonctions de relation, nutrition, reproduction), les virus ne sont pas des êtres vivants. Cependant en élargissant la définition du vivant à une entité qui diminue le niveau d'entropie et se reproduit en commettant des erreurs, les virus pourraient être considérés comme vivants.


title: Virus

text: Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune ou la variole affectent l'Homme depuis des millénaires. Des hiéroglyphes mettent en évidence la poliomyélite dans l'Égypte antique ; des écrits de l'Antiquité gréco-romaine et d'Extrême-Orient décrivent certaines maladies virales.


title: Virus

text: À la fin du , se représenter des agents infectieux qui ne fussent ni des bactéries, ni des champignons, ni des parasites, et qu'on ne pouvait déceler au microscope optique, était encore difficilement concevable. Le médecin testerin Jean Hameau avait fait un premier exposé sur les virus en 1837 devant la Société royale de médecine de Bordeaux, "Réflexions sur les virus", puis devant l'Académie nationale de médecine en 1843. Son "Mémoire sur les virus" est présenté en séance de l'Académie de médecine le .


title: Virus

text: Les scientifiques isolaient alors les agents infectieux grâce aux filtres de porcelaine utilisés pour recueillir les bactéries. Entre 1887 et 1892, le botaniste russe Dimitri Ivanovski, en étudiant la mosaïque du tabac, montre que la sève des plantes malades contenait un agent infectieux non retenu par les filtres Chamberland (conçus par le biologiste du même nom). Ivanovski pensait à une toxine ou une très petite bactérie. C'est le chimiste hollandais Martinus Willem Beijerinck qui approfondit ces travaux et, en 1898, écarta à la fois l'hypothèse bactérienne, et l'hypothèse toxinique : diluant la sève de plantes infectées, il l'inocula à des plantes qui développèrent la maladie ; réitérant la manipulation, il put transmettre la maladie de multiples fois, montrant ainsi que la sève de la dernière plante infectée était aussi "virulente" que la première, effet qu'une toxine, après tant de dilutions n'aurait pu produire. Beijerinck appela l'agent "" (« germe vivant soluble »).


title: Virus

text: À la même époque, le premier virus identifié est celui de la fièvre aphteuse, par Friedrich Löffler et Paul Frosch. Le premier virus pathogène de l'Homme identifié est celui de la fièvre jaune, entre 1900 et 1902. Louis Pasteur les nomma « infrabactéries », d'autres les qualifièrent de « virus filtrants » ou « virus ultrafiltrants ».


title: Virus

text: C’est pendant la Première Guerre mondiale que le Britannique Frederick Twort et le microbiologiste franco-canadien Félix d'Hérelle mettent en évidence le phénomène de « lyse transmissible » observable par la lyse des bactéries cultivées en milieu solide. Ce phénomène est dû à un virus de bactéries que Félix d'Hérelle qualifia de bactériophage. Les virus des plantes, des animaux, de l'Homme et des bactéries étaient ainsi découverts et leurs listes ne cessèrent de s'allonger au cours du .


title: Virus

text: Vers 1925, un virus était défini comme un « agent responsable d'une maladie infectieuse, parasite, de nature particulaire et de taille comprise entre ».


title: Virus

text: L'apparition de la microscopie électronique dans les années 1930 permit l'observation des virus, mais on ne savait toujours pas à cette époque ce qu'ils étaient réellement. Le biochimiste américain Wendell Stanley cristallisa le virus de la mosaïque du tabac sous forme de cristal protéique en 1935. L'année suivante, des études complémentaires montrèrent que ce cristal contenait également de l'ARN. Les études ultérieures montrèrent que, selon les virus étudiés, ceux-ci étaient composés soit de protéines et d'ARN, soit de protéines et d'ADN. C'est en 1957 qu'André Lwoff proposa une définition claire et moderne des virus. En 1959, les microbiologistes Lwoff, Anderson et Jacob proposèrent le terme de virion pour définir la particule virale infectieuse


title: Virus

text: À partir des années 1960, les progrès des cultures cellulaires, de la microscopie électronique et de la biologie moléculaire permirent de progresser dans la compréhension des mécanismes de réplication des virus, dans la réalisation de diagnostics fiables et dans l'élaboration de vaccins.


title: Virus

text: On sait, depuis la fin du , que l'océan mondial est un immense réservoir de virus, de la surface aux évents hydrothermaux en passant par l'Arctique et les sédiments marins.


title: Virus

text: Dans l'eau de mer, la concentration en particules virales est de 10 à 10 particules par millilitre. En surface et près des rivages, les concentrations en virus habituellement rencontrées sont de l'ordre de 10 virus par millilitre (soit dix mille virus par millimètre cube (un millième de millilitre)) ; la concentration décroissant avec la profondeur et la distance au rivage. Des concentrations plus élevées (10 à 10 / cm) se rencontrent dans les sédiments marins proches de la surface.


title: Virus

text: Ces virus jouent dans l'océan un rôle majeur dans le contrôle des efflorescences algales, ainsi que dans les cycles biogéochimiques, en particulier dans le cycle du carbone océanique (quotidiennement environ 20 % des organismes constituant la biomasse microbienne océanique totale est tuée par des virus ; ces derniers s'attaquent massivement au phytoplancton et au zooplancton, mais aussi aux bactéries et cyanophycées).


title: Virus

text: Grâce aux progrès de la cytométrie en flux et de l'analyse génétique (métagénomique notamment), en quelques décennies les chercheurs ont inventorié près de de populations virales en mer (en 2019, on en comptait exactement, un chiffre douze fois plus élevé que celui de l'évaluation faite en 2016) ; 90 % des virus identifiés en mer entre 2016 et 2019 étaient jusqu'alors inconnus de la science. Remarque : on ne parle pas ici d'espèces mais de "populations", au sein desquelles il y a plus de flux de gènes dans un groupe qu'entre groupes de virus (si les virus séquencés partagent au moins 95 % de leur ADN, alors ils sont classés dans une même "population" distincte des autres).


title: Virus

text: En 2007 on a estimé qu'il pourrait y avoir environ dans l'océan ; étirés et mis bout à bout, ils formeraient une ligne s'étendant au-delà des les plus proches. Et chaque seconde il y aurait environ virales dans l'océan, jouant un rôle majeur dans l'évolution et l'entretien de la biodiversité marine. L'abondance virale semble liée à l'abondance et à la productivité en procaryotes, mais cette relation varie selon les environnements marins, notamment en fonction de la température.


title: Virus

text: Le virome est la composante virale d'un microbiome. Ainsi, le est l'ensemble des communautés virales du microbiote de l'organisme humain. La recherche actuelle estime que dans le corps humain il y a 100 fois plus de virus (10) que de cellules humaines (10). Chaque individu en bonne santé porte en moyenne plus de 10 types de virus responsables d'infections virales systémiques chroniques et asymptomatiques.


title: Virus

text: On caractérise un virus par son incapacité à se reproduire par mitose, par scissiparité ou par méiose. Pour répliquer son acide nucléique, il dépend d'une cellule hôte qu'il doit infecter pour détourner et utiliser son métabolisme : un virus est nécessairement un parasite intracellulaire. Il est composé d'une ou plusieurs molécules d'acide nucléique (ADN ou ARN, simple ou double brin), éventuellement incluse dans une coque protéique appelée capside, voire d'une enveloppe lipidique (ex : l'Ebolavirus est un virus enveloppé). Parfois certaines capsides contiennent quelques enzymes (par exemple : transcriptase inverse du VIH) mais aucune pouvant produire de l'énergie.


title: Virus

text: Historiquement, les virus ont d'abord été considérés comme des particules organiques dites non filtrables, puis de petite taille (inférieure à celle d'une bactérie), en règle générale moins de , possédant un acide nucléique double ou simple toujours d'un seul type (ADN ou ARN). Les girus ont bousculé une première fois cette définition au moment de leur découverte. Ces derniers appartiennent pourtant bien au règne des virus et leurs virions possèdent à la fois des molécules d'ADN et d'ARN, remettant en cause cette vision historique. Il fallut repenser la définition des virus et la création de classes tels les « virus géants » comme mimivirus avec sa taille de ou « » ou les NCLDV, voire les pandoravirus avec une taille allant jusqu'à et leur « capside » qui n'en est pas vraiment une. La découverte des virophages et des virus satellites a aussi modifié la vision qu'on avait des virus, révoquant l'idée qu'une virose cellulaire était la forme irréductible du parasitisme.


title: Virus

text: Aujourd'hui les chercheurs s'accordent sur une remise en cause du paradigme capsidocentré, eu égard aux découvertes d'espèces virales montrant que certaines peuvent avoir plusieurs formes, y compris acapsidées, mais chaque fois infectieuses sans l'aide d'un virus assistant. Au-delà de ce paradigme, il semble que les origines des virus soit multiples. Ainsi certains virus auraient évolué à partir de putatifs ancêtres cellulaires s'étant simplifiés. Parallèlement, d'autres virus auraient évolué à partir de réplicons génétiques autonomes tels que les transposons, les plasmides et affiliés, finissant par acquérir d'abord une infectiosité propre puis une éventuelle capside.


title: Virus

text: S'ils sont inclus dans la biologie et l'étude des maladies, les virus sont l'objet de débats depuis leur première découverte et celles qui ont suivi.


title: Virus

text: Le débat sur le caractère vivant ou inerte des virus reste encore aujourd'hui ouvert. Répondre à cette question exige de répondre au préalable à une autre : qu'est-ce que la vie ? D'après Ali Saïb, . L'existence ou non d'un métabolisme, c'est-à-dire d'un ensemble cohérent de processus chimiques (l'homéostasie et non la reproduction), constitue un discriminant possible, en tout cas commode, mais qui semble réducteur.


title: Virus

text: Comme les cellules vivantes, les virus possèdent un acide nucléique (ADN ou ARN) et des protéines. Cependant, selon la définition du biochimiste Wendell Stanley, les virus ne sont pas des êtres vivants mais de « simples » associations de molécules biologiques, le fruit d'une auto-organisation de molécules organiques. François Jacob insiste aussi sur cette caractéristique des virus : « Placés en suspension dans un milieu de culture, ils ne peuvent ni métaboliser, ni produire ou utiliser de l'énergie, ni croître, ni se multiplier, toutes fonctions communes aux êtres vivants. » Les virus n'ont pas leur propre machinerie enzymatique, ne peuvent se multiplier qu'en utilisant celle d'une cellule qu'ils infectent. De plus, les virus contiennent bien un acide nucléique, de l'ADN ou de l'ARN, mais pas les deux à la fois, à la différence des cellules vivantes (sauf les mimivirus).


title: Virus

text: En revanche, Gustavo Caetano-Anollés et Arshan Nasir (du laboratoire de bio-informatique évolutionnaire à l'université de l'Illinois, États-Unis) défendent une tout autre thèse. Ils avancent que, à côté des trois grandes « branches » du vivant (classiquement regroupées sous le nom de domaines) archées, bactéries (procaryotes) et eucaryotes, les virus en constitueraient une quatrième. Ils seraient la résultante de cellules ayant précédé le dernier ancêtre commun universel ("Last Universal Common Ancestor", acronyme LUCA) des trois autres domaines. Pour avancer leur théorie les deux chercheurs se basent, non sur les séquences génétiques, mais sur les structures 3D des protéines qu'elles produisent.


title: Virus

text: Depuis 1990, ils ont analysé 11 millions de protéines produites par 3 460 espèces de virus et 1 620 espèces de cellules appartenant aux trois domaines ; ils affirment ainsi pouvoir retracer l'histoire évolutive de ces structures ; les protéines ayant des structures proches seraient issues d'un même ancêtre hypothétique.


title: Virus

text: Si cette hypothèse est encore minoritaire, Patrick Forterre, biologiste spécialiste de l'évolution, considère qu'elle a le mérite de .


title: Virus

text: Au cours des dernières années, des entités intermédiaires ont été découvertes : le mimivirus, infectant une amibe, possède dans son génome (davantage que certaines bactéries). Certains de ces gènes participeraient à la synthèse protéique et à des mécanismes de réparation de l'ADN. Il existe chez le mimivirus une trentaine de gènes présents habituellement chez les organismes cellulaires mais absents chez les virus.


title: Virus

text: Le virus ATV d'archées présente lui aussi des caractéristiques étonnantes : ce virus en forme de citron présente la particularité de se modifier en dehors du contexte cellulaire par un mécanisme actif. Il est capable de s'allonger à chaque extrémité à une température de , température à laquelle vit son hôte "" à proximité des sources hydrothermales. Néanmoins, organes et échanges cycliques, donc métabolisme, restent absents.


title: Virus

text: Les virus jouent aussi un rôle dans l'évolution. Patrick Forterre avance même l'hypothèse que les virus seraient les premiers organismes à ADN. À l'origine de la vie, l'ARN dominait (hypothèse du monde à ARN) et assurait à la fois les fonctions de stockage et transmission de l'information génétique et de catalyse des réactions chimiques. Seules existaient des cellules dont le génome était codé par de l'ARN et dont le métabolisme était assuré par des ARN-enzymes qui ont progressivement été remplacés par des protéines-enzymes. Ces protéines, déjà complexes, auraient « inventé » l'ADN. L'ADN a été sélectionné en raison de sa plus grande stabilité. D'après Patrick Forterre, l'ADN confèrerait au virus le pouvoir de résister à des enzymes dégradant les génomes à ARN, arme de défense probable des protocellules. On retrouve le même principe chez des virus actuels, qui altèrent leur ADN pour résister à des enzymes produites par des bactéries infectées.


title: Virus

text: Virus et micro-organismes (ou microbes) ne sont donc pas des notions de même nature. Elles s'opposent en ce que les microbes sont des organismes vivants, ce qui est contesté pour les virus. Mais leur portée est différente, les micro-organismes (bactéries, archées, levures, protistes) n'étant regroupés que pour leur taille microscopique, sans que ce regroupement ait un sens en termes de classification des espèces, alors que les virus ont bien des caractéristiques phylogéniques communes, même si le concept d'espèce reste flou pour les acaryotes.


title: Virus

text: Tout agent infectieux ressortissant au règne des virus est composé au minimum d'un acide nucléique. Les formes incapables d'effectuer le cycle viral sans assistance sont qualifiées particules sub-virales (exemple : virusoïde, ADN satellite). Les formes extracellulaires capables d'effectuer le cycle viral sans assistance sont appelées particules virales, allant d'une forme simplifiée à l'extrême et ne comportant que l'acide nucléique — lequel, lorsqu'il encode au minimum une protéine, est qualifié de virus et lorsqu'il n'encode aucune protéine est appelé viroïde — ou une forme transportant un à plusieurs acides nucléiques dans un conteneur protéique appelée virion.


title: Virus

text: On le dit encapsidé car l'acide nucléique, généralement stabilisé par des nucléoprotéines basiques, est enfermé dans une coque protéique protectrice appelée capside. La forme de la capside est à la base des différentes morphologies des virus. Le virion a une forme microscopique variable : si la représentation « usuelle » lui donne l'image du VIH, les différentes espèces ont des formes allant de la sphère à des conformations d'apparence insectoïde.


title: Virus

text: La taille des virus se situe entre . Les génomes des virus ne comportent que de quelques gènes à . L'un des plus petits virus connus est le virus delta, qui parasite lui-même celui de l'hépatite B. Il ne comporte qu'un seul gène. L'un des plus gros virus connus est le mimivirus, avec un diamètre qui atteint et un génome qui comporte .


title: Virus

text: Le filament d'acide nucléique peut être de l'ADN ou de l'ARN. Il représente le génome viral. Il peut être circulaire ou linéaire, bicaténaire (double brin) ou monocaténaire (simple brin). Le génome sous forme d'ADN est généralement bicaténaire. Le génome sous forme d'ARN est généralement monocaténaire et peut être à polarité positive (dans le même sens qu'un ARN messager) ou à polarité négative (complémentaire d'un ARN messager). Le peloton central d'acide nucléique est dénommé "nucléoïde".


title: Virus

text: La capside est une coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral. La capside est constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques appelées capsomères. L'ensemble formé par la capside et le génome est nommé "nucléocapside". La structure de la capside peut présenter plusieurs formes. On distingue en général deux groupes principaux de virus : les virus à "symétrie cubique" (ou à capside icosaédrique) et les virus à "symétrie hélicoïdale".


title: Virus

text: De nombreux virus sont entourés d'une enveloppe (ou "péplos") qui prend naissance au cours de la traversée des membranes cellulaires. Sa constitution est complexe et présente un mélange d'éléments cellulaires et d'éléments d'origine virale. On y trouve des protéines, des glucides et des lipides. Les virus possédant une enveloppe sont les "virus enveloppés". Les virus ne possédant pas d'enveloppe sont les "virus nus". L'enveloppe permet un camouflage immunologique qui est un avantage évolutif, en revanche les virus enveloppés sont plus sensibles que les virus nus à la désinfection par des détergents doux.


title: Virus

text: On distingue deux voies principales de réplication du génome viral :


title: Virus

text: Les virus ne peuvent se répliquer qu'au sein de cellules vivantes. C'est l'interaction du génome viral et de la cellule hôte qui aboutit à la production de nouvelles particules virales. L'infection d'une cellule par un virus, puis la multiplication du virus, peuvent se résumer en différentes étapes. Toutefois, après pénétration du virus dans la cellule, ces étapes peuvent différer selon la nature du virus en question et notamment selon qu'il s'agit d'un virus à ADN ou d'un virus à ARN, ou encore d'un girus.Certains virus induisent des structures où se concentrent l'activité réplicative :


title: Virus

text: Afin de mieux connaître la biologie, la multiplication et le cycle des virus, et éventuellement de préparer des vaccins, il est nécessaire de cultiver les virus. Ceux-ci peuvent se multiplier uniquement au sein de cellules vivantes. Les virus infectant les cellules eucaryotes sont cultivés sur des cultures de cellules obtenues à partir de tissus animaux ou végétaux. Les cellules sont cultivées dans un récipient en verre ou en plastique, puis sont infectées par le virus étudié. Les virus animaux peuvent aussi être cultivés sur œufs embryonnés et parfois chez l'animal, lorsque la culture in vitro est impossible. Les virus bactériens peuvent également être cultivés par inoculation d'une culture bactérienne sensible. Les virus de végétaux peuvent aussi être cultivés sur des monocouches de tissus végétaux, des suspensions cellulaires ou sur des plantes entières.


title: Virus

text: Les virus peuvent ensuite être quantifiés de différentes manières. Ils peuvent être comptés directement grâce à la microscopie électronique. Dans le cas des virus bactériens, la technique des plaques virales (ou plages) est très utilisée pour évaluer le nombre de virus dans une suspension. Une dilution de suspension virale est ajoutée à une suspension bactérienne, puis l'ensemble est réparti dans des boîtes de Petri. Après culture, des zones claires (plages) à la surface de la gélose sont la conséquence de la destruction d'une bactérie et des bactéries adjacentes par un virion.


title: Virus

text: Les virus peuvent être purifiés grâce à diverses méthodes de biochimie (centrifugation différentielle, précipitation, dénaturation, digestion enzymatique).


title: Virus

text: Tout être vivant peut être infecté par un virus. Il existe des virus de bactéries (les bactériophages), des virus d'archées, des virus d'algues (""), des virus de plantes, des virus fongiques, des virus d'animaux, parmi lesquels on trouve de nombreux agents pathogènes, et même des virus de virus.


title: Virus

text: Il existe plusieurs hypothèses concernant l'origine et l'évolution des virus. Il est probable que tous les virus ne dérivent pas d'un ancêtre commun et les différents virus peuvent avoir des origines différentes.


title: Virus

text: Des études en 2013 de divers girus tendent à favoriser l'hypothèse d'une simplification. Cela impliquerait que les virus pourraient être un embranchement phylogénétique au même titre que les autres règnes (eucaryotes, bactéries, archées) du vivant.


title: Virus

text: Il est possible que les virus soient très anciens, peut-être plus anciens que les bactéries les plus âgées.


title: Virus

text: Au début des années 2000, dans des amibes du genre ', des chercheurs ont découvert un virus géant (') : le "Mimivirus". Aussi grand et complexe que certaines bactéries, il a modifié la perception des virologistes quant aux limites supérieures de taille (sa longueur totale dépasse ) et du nombre de gènes du monde viral (il possède plus de ).


title: Virus

text: Dix ans plus tard, des chercheurs français publiaient (2013) la description de deux virus encore plus grands, et dont le génome est environ deux fois plus gros (en nombre de gènes) que les précédents virus géants découverts. Ces deux nouveaux virus géants ont été classés dans une catégorie créée pour eux ("Pandoravirus") car ils ne sont pas apparentés aux virus connus et présentent même des caractéristiques inattendues :


title: Virus

text: Le premier (') a été trouvé dans des sédiments marins prélevés au large du Chili et le second (') dans une mare d'eau douce près de Melbourne (en Australie).


title: Virus

text: Bien que présentant les caractères essentiels d'un virus (pas de ribosome, pas de division ni de production d'énergie), ils semblent d'un type tout à fait nouveau. Leur génome dépasse en taille celui de certains petits eucaryotes (cellules à noyau) parasites.


title: Virus

text: Les "Pandoravirus" utilisent donc directement le code génétique de leur hôte. Ces organismes ne sont pourtant ni des eucaryotes, ni des eubactéries ni des archébactéries. Cette découverte remet en question le dogme établi par la virologie dans les années 1950 voulant qu'il n'y ait pas de continuité entre virus et bactéries. La vie cellulaire aurait donc pu émerger à partir de formes de vie pré-cellulaires plus variées que ce qu'on pensait.


title: Virus

text: D'autre part, les virus jouent un rôle important de vecteur naturel dans les transferts de gène dits horizontaux (par opposition aux transferts dits verticaux de parent à descendant) entre différents individus et même différentes espèces, permettant un accroissement de diversité génétique, et la dissémination d'innovations génétiques au-delà de la descendance d'individu porteur d'une mutation génétique donnée. En particulier la transduction et l'endogénisation sont typiquement des évolutions génétiques qui ne peuvent s'effectuer qu'à l'aide des virus.


title: Virus

text: En abiotique (les prémisses du vivant), une des hypothèses stipule que les virus auraient joué des rôles clefs très tôt dans l'histoire évolutive du vivant, probablement avant la divergence entre bactéries, archées et eucaryotes, à l'époque du dernier ancêtre commun universel. Ils restent l'un des plus grands réservoirs de diversité génétique inexplorés sur la planète.


title: Virus

text: Les virus jouent également un rôle important dans les corps des humains. Selon le chercheur Clément Gilbert, . Il souligne également que , ce qui permet de dire que .


title: Virus

text: Les virus possèdent différents mécanismes leur octroyant diverses possibilités stratégiques d'infection, dont l'incidence provoque éventuellement des maladies. Le virion pénètre une cellule hôte plus ou moins spécifique où il se désagrège, libérant son contenu qui en s'activant prend le pas sur les fonctions cellulaires normales. À ce niveau, les effets cytopathogènes des virus peuvent entraîner divers effets néfastes. Les capacités de synthèse protéique de la cellule infectée peuvent être détournées ou inhibées, tandis que la chromatine est fragmentée par des enzymes virales. Des particules virales s'accumulent dans le cytoplasme avant de s'assembler en virions. La surcharge virale endo-cellulaire provoque enfin la mort de la cellule hôte par lyse, libérant les virions qui vont ensuite disséminer.


title: Virus

text: Lorsque le virus pénètre dans une cellule non permissive, il ne peut pas se multiplier. Son génome peut cependant subsister sous la forme d'un épisome libre ou intégré au génome cellulaire. Il y a transformation cellulaire virale lorsque le génome du virus entre en interaction avec l'ADN du génome cellulaire. On appelle ces virus des virus oncogènes. Parmi ceux-ci, les rétrovirus, en s'intégrant dans le génome cellulaire, peuvent devenir tumorigènes et éventuellement entraîner des cancers.


title: Virus

text: La capacité d'un virus d'entraîner une maladie est décrite en termes de pouvoir pathogène tandis que son intensité est exprimée en termes de virulence. La classification des principaux groupes de virus, et leurs correspondances en pathologie, se trouvent dans l'encyclopédie médicale . Cette classification est notamment basée sur le type de molécules d'acide nucléique (ARN ou ADN) dont est constitué le virion.


title: Virus

text: En 2018, on recense 129 espèces de virus impliqués dans des maladies humaines.


title: Virus

text: Le rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole, la mononucléose infectieuse sont des exemples de maladies humaines relativement courantes d'origine virale. On connaît d'autres exemples plus nocifs comme le SIDA, certains coronavirus (SRAS, maladie à coronavirus 2019), la grippe aviaire, la variole, ou la maladie à virus Ebola, fièvre hémorragique causée par le virus Ebola.


title: Virus

text: Quelques exemples de virus pathogènes pour "Homo sapiens" : Dangerosité d'un virus : selon le professeur Arnaud Fontanet, épidémiologiste, qui dirige l'unité d'épidémiologie des maladies émergentes à l'institut Pasteur de Paris, les caractéristiques d'un virus dangereux :


title: Virus

text: Étant donné que les virus utilisent la machinerie cellulaire de l'hôte pour se reproduire à l'intérieur même de la cellule, il est difficile de les éliminer sans tuer la cellule hôte. Des médicaments antiviraux permettent cependant de perturber la réplication du virus.


title: Virus

text: Une autre approche est la vaccination qui permet de résister à l'infection.


title: Virus

text: Divers médicaments permettent de traiter les symptômes liés à l'infection, mais pas les antibiotiques, qui sont sans effet sur les virus. Les antibiotiques interfèrent en effet avec des constituants ou le métabolisme des bactéries et permettent donc de traiter seulement les maladies d'origine bactérienne et non les maladies d'origine virale.


title: Virus

text: Diverses méthodes de désinfection " permettent d'inactiver les virus (hypochlorite de sodium à 1 %, éthanol à 70 %, glutaraldéhyde à 2 %, formaldéhyde, eau oxygénée à 2 %, acide peracétique).


title: Virus

text: Les virus présentant en général un matériel génétique simpliste, ce sont d'excellents outils dans l'étude de la biologie moléculaire et la biologie cellulaire. Ils permettent la manipulation de fonctions cellulaires, ce qui permet d'en approfondir notre compréhension et d'élucider certains mécanismes moléculaires de la génétique comme la réplication de l'ADN, la transcription, les modifications post-transcriptionnelles de l'ARN, la traduction, le transport des protéines et l'immunologie.


title: Virus

text: Les virus peuvent être utilisés (virothérapie) comme vecteur de gène au sein de cellules cibles. Outil utilisé par exemple pour faire acquérir à une cellule la capacité de produire une protéine d'intérêt ou pour étudier l'effet de l'introduction du nouveau gène dans le génome.


title: Virus

text: Certains virus sont utilisés en thérapie génique pour soigner diverses maladies génétiques, par exemple pour remplacer un gène défectueux provoquant des troubles fonctionnels ou mécaniques.


title: Virus

text: Les virus sont également utilisés dans la lutte contre le cancer. Certains virus peuvent être en quelque sorte programmés pour détruire spécifiquement des cellules cancéreuses.


title: Virus

text: Les virus sont classés selon leur stratégie de réplication, c'est-à-dire selon la nature de l'acide nucléique de leur génome (ADN ou ARN), la structure de l'acide nucléique (monocaténaire ou bicaténaire) et la forme de l'acide nucléique (linéaire, circulaire, segmenté ou non) : c'est la classification de Baltimore. Les données morphologiques peuvent également être prises en compte (présence ou absence d'enveloppe, symétrie de la capside). Souvent, le sérogroupage est encore utilisé pour raffiner la définition des différences entre virus très proches.


title: Virus

text: Un pas vers une classification phylogénétique est franchi en octobre 2018 avec la reconnaissance par l'ICTV (Comité international de taxonomie des virus) du regroupement des virus à ARN simple brin à polarité négative en un embranchement, deux sous-embranchements et six classes.


title: Virus

text: Il existe deux catégories de virus de procaryotes selon le type d'hôte qu'ils parasitent. La première catégorie regroupe ceux qui infectent les bactéries et sont appelés bactériophages. La deuxième catégorie regroupe ceux qui infectent les archées. Il existe quatre grands groupes morphologiques de virus de procaryotes.


title: Virus

text: Les bactériophages possèdent un rôle dans les écosystèmes. Par exemple, dans les écosystèmes aquatiques, ils participent au contrôle de l'abondance et de la diversité bactérienne. En principe spécifiques d'une espèce ou d'un groupe de phylums génétiquement proches, les virus ont tendance à infecter un type cellulaire ou tissulaire principal ou exclusif. Cependant, il existe de nombreux virus, comme la rage, qui sont moins spécifiques à un hôte par comparaison avec d'autres virus comme la maladie de Carré, le virus de l'immunodéficience féline ou la variole. Les virions se propagent principalement par contact direct entre individus, mais peuvent aussi diffuser dans l'air sous forme d'aérosols (éternuements), être charriés par des excrétions diverses (vomis, urines, selles, larmes…), ou encore transportés par d'éventuels arthropodes parasites (moustiques, tiques, puces…).


title: Virus

text: Les arbovirus sont des virus ayant pour vecteurs des arthropodes hématophages.


title: Virus

text: Les baculovirus sont des virus d'insectes très étudiés. Ils infectent principalement les lépidoptères. La larve de l'insecte s'infecte en ingérant de la nourriture. À partir du tube digestif, l'infection peut se transmettre aux autres tissus. L'utilisation de virus pathogènes d'invertébrés dans la lutte contre les insectes ravageurs des cultures et des forêts pourrait être l'un des moyens pour limiter ou remplacer les insecticides chimiques.


title: Virus

text: Les baculovirus sont aussi utilisés en biologie moléculaire pour exprimer un gène étranger (protéine recombinante) dans des cultures de cellules d'insectes.


title: Virus

text: Par ailleurs, certains virus de végétaux sont transmis par des invertébrés mais ne se multiplient pas chez ces vecteurs.


title: Virus

text: La structure des virus des plantes ou phytovirus, est similaire à celle des virus bactériens et animaux. Beaucoup de virus végétaux se présentent sous la forme de minces et longues hélices. La majorité a un génome composé d'ARN. Les virus de végétaux peuvent être disséminés par le vent ou par des vecteurs comme les insectes et les nématodes, parfois par les graines et le pollen. Les virus peuvent aussi contaminer la plante par l'intermédiaire d'une blessure ou d'une greffe.


title: Virus

text: Différents types de symptômes peuvent apparaître sur la plante infectée. Les virus peuvent provoquer des taches ou des flétrissements sur les feuilles et les fleurs. Des tumeurs peuvent survenir sur les tiges ou les feuilles.


title: Virus

text: Le virus de la mosaïque du tabac (TMV ou tobamovirus) est un exemple très étudié de virus de végétaux.


title: Virus

text: Les virus des champignons, ou mycovirus, sont particuliers car ils se propagent lors de la fusion cellulaire. Il n'y a pas de virions extracellulaires. Chez les levures comme "Saccharomyces", les virus sont transmis au moment du brassage cytoplasmique lors de la fusion cellulaire. Les champignons filamenteux comme ' ou le champignon de Paris ' peuvent également être infectés par des virus, ce qui peut entraîner des problèmes lors de production. Il a été imaginé d'utiliser ces virus dans le cadre d'une lutte biologique contre des champignons pathogènes.


title: Virus

text: Découvert en 2008, Sputnik est un cas à part capable d'infecter un autre virus (Mamavirus) appartenant à la classe des virus géants (génome de plus de et taille supérieure à ).


title: Virus

text: On connaît aussi d'autres virophages comme Mavirus associé au (un virus géant infectant l'hôte eucaryote "", organisme unicellulaire).


title: Kargol's

text: Kargol's est un groupe de ska punk français, originaire de Perpignan, dans les Pyrénées-Orientales. Formé en 1992, le groupe est l'un des piliers de la scène ska française pendant 10 ans, avant sa séparation en octobre 2002.


title: Kargol's

text: Kargol's est formé en 1992 à Perpignan, dans les Pyrénées-Orientales, d'une fusion entre deux bandes d’amis dont l’influence était d’un côté le punk rock et le rock alternatif et de l’autre le ska. Ainsi, ils se rejoignent pour ne former qu'un, et mélanger ces styles musicaux pour jouer du skacore. Kargol's signifie en catalan. Un premier album intitulé, "Ma j'galère!", est publié en 1996, et distribué au label local "On a faim".


title: Kargol's

text: Le , Kargol's joue un concert à Marmande, au festival Stop Hypocrisy. Cependant, un drame viendra perturber le concert lorsqu'un pan de scène s'écroule, et tue un spectateur. Selon "La Dépêche", . Yannick est alors placé en garde à vue, puis mis en examen par le procureur de la République pour homicide involontaire. Cet événement ralentit considérablement l'activité des Kargol's, mais n'empêche pas le groupe de signer au label Crash Disques et de sortir un dernier album, "Invertébré".


title: Kargol's

text: Yannick ayant finalement bénéficié d'un non-lieu, les Kargol's décident de se séparer en octobre 2002, dix ans après leur création. Après la séparation du groupe, Yannick (chant/saxophone) rejoint un autre groupe de skacore, KorTTex, et Bruixe (basse) devient le bassiste de La Ruda. Éric, quant à lui, se tourne vers la techno minimaliste de l'école de Détroit, et joue comme DJ des deux côtés des Pyrénées.


title: Kargol's

text: Le groupe se reforme pour un seul concert lors du festival Ida y Vuelta en juin 2009. Le concert est enregistré et publié comme album live sous le titre "Live One shot in Perpinya", sur la page Bandcamp du groupe.


title: Histoire de Cuba

text: L’histoire de Cuba n'est connue de façon assez précise qu'à partir du début de la colonisation espagnole. Dans l'état actuel de nos connaissances, elle ne commence réellement qu'avec l'arrivée, le , de Christophe Colomb, qui aperçoit l'île de Cuba et y débarque lors de son premier voyage et la revendique au nom de l'Espagne. Avant cela on parle de l'ère précolombienne. Cuba, la plus grande des îles des Caraïbes, est alors peuplée par les Taïnos et Ciboneys : elle intègre par la suite l'empire espagnol, sous l'égide du gouverneur de La Havane. En 1762 la ville est brièvement occupée par les Britanniques avant d'être échangée contre la Floride lors de la guerre de Sept Ans. Une série de rébellions, au manque de renverser le pouvoir colonial espagnol, mais accroît les tensions entre l'Espagne et les États-Unis, ce qui aboutit à la guerre hispano-américaine (1898) et conduit finalement à l'indépendance de Cuba, des Etats Unis, en 1902.


title: Histoire de Cuba

text: Le commerce avec les États-Unis domine l'économie cubaine pendant la première moitié du , permettant au gouvernement américain d'asseoir son influence politique sur l'île. Cet état de fait perdure jusqu'en 1959, lorsque le dictateur Fulgencio Batista est renversé par les révolutionnaires, dont le principal chef est Fidel Castro. L'expropriation des sociétés et grandes propriétés foncières américaines à Cuba, et le soutien de plus en plus manifeste de l'URSS envers Castro conduit à la rupture par les États-Unis de leurs relations avec le gouvernement cubain. Les Américains échouent cependant ensuite à faire renverser Castro ; ce dernier se déclare alors ouvertement communiste et se pose en défenseur des peuples opprimés par l'impérialisme américain, tandis que Cuba devient un régime communiste. Fidel Castro demeure au pouvoir jusqu'en 2006, date à laquelle, malade, il cède le poste de chef de l'État à son frère Raúl Castro. Le 19 avril 2021, Raul quitte ses fonctions de premier secrétaire du parti communiste à l'issue du 8ème congrès du Parti communiste de Cuba, ce qui met fin à 62 ans de pouvoir castriste.


title: Histoire de Cuba

text: Lorsque Christophe Colomb découvre l'île de Cuba, celle-ci est déjà peuplée par à amérindiens (Bartolomé de las Casas les estimait à ; Rémy Herrera, chercheur au CNRS évalue la population cubaine à vers à ). Ils appartiennent à différentes tribus, mais les Taïnos et les Caraïbes (Karibs) composent l'essentiel de la population. Les plus anciens seraient arrivés vers le , les plus récents, les Taïnos seraient arrivés vers l'an 500.


title: Histoire de Cuba

text: Christophe Colomb, qui pense être arrivé aux Indes orientales, débarque le sur l'île de Cuba, lors de son premier voyage. Il la baptise « "Juana" » en l'honneur de la fille des rois catholiques, Jeanne dite la folle. Son nom actuel viendrait de Cuba, ville de la province de l'Alentejo au Portugal.


title: Histoire de Cuba

text: En 1508, Juan de la Cosa effectue les relevés cartographiques de l'île, tandis que Sebastián de Ocampo est le premier Européen à en faire le tour complet confirmant que Cuba était bien une île.


title: Histoire de Cuba

text: En 1511, les Espagnols commencent à occuper Cuba. Diego Velázquez de Cuéllar et ses hommes se lancent dans la conquête et le pillage du territoire. Ils s’approprient les terres, développent l'élevage, réduisent les Amérindiens en esclavage et accaparent leur or. Cuba devient, après Hispaniola, le deuxième territoire où l'esclavage est introduit par les colonisateurs. Les premières localités espagnoles, Las Villas, s’établissent près des foyers de populations indiennes et des mines d’or. Des localités voient le jour, parmi lesquelles Baracoa, la première ville de l'île (en 1512), Santiago de Cuba (en 1514) et La Havane (en 1515). Cuba devient rapidement une tête de pont pour la conquête du reste des Amériques. La première cathédrale est installée en 1518 à Baracoa ; elle est transférée à Santiago quatre ans plus tard. Plus tard, en 1788, Cuba est partagée entre deux évêchés, celui de Santiago et celui de La Havane. Jusqu'en 1664, Cuba dépend sur le plan administratif de la Capitainerie générale de Saint-Domingue, avant qu'une Capitainerie générale autonome ne soit organisée.


title: Histoire de Cuba

text: Les réserves d’or cubaines sont rapidement épuisées ; l’administration locale doit alors trouver d'autres choix économiques. Après le sucre au , le tabac devient au siècle suivant l'autre production majeure de la colonie. Une classe de grands propriétaires terriens se forme peu à peu.


title: Histoire de Cuba

text: La population indigène est rapidement décimée par les maladies et les conditions de travail imposées par les colonisateurs ; elle est progressivement remplacée par une importation à grande échelle d'esclaves africains, ce qui garantit le développement de l'industrie sucrière naissante. Au , la population amérindienne de Cuba s'est réduite à quelques milliers de personnes.


title: Histoire de Cuba

text: Les espagnols mettent en place une société encore féodale, de type précapitaliste et surtout totalement connectée aux marchés mondiaux. C’est une oligarchie de grands propriétaires qui se forme, très tôt, accaparant les richesses foncières et minières, mais aussi le pouvoir politique local. Ce système social de type colonial se distingue du féodalisme européen par sa production orientée vers l’approvisionnement du centre du système mondial (l’Europe occidentale, via l’Espagne) et reposant sur l’"encomienda", soit une division du travail selon un critère de race. Cela n’empêche pas le métissage.


title: Histoire de Cuba

text: Les premiers esclaves africains arrivent à Cuba en 1513, deux ans après les Espagnols. Après un premier soulèvement en 1525, qui les unit aux travailleurs amérindiens, leur nombre progresse très peu. En 1763, Cuba compte , soit quinze fois moins que la colonie française voisine de Saint-Domingue. En 1716, Cuba a établi un monopole sur la production et la commercialisation de tabac, bien qu'il y ait beaucoup de résistance de la part des producteurs à petite échelle, qui ont réussi à conserver le contrôle sur les nombreuses fermes de tabac partout dans la colonie. En 1740, dans un effort pour restreindre la contrebande avec les marchands hollandais, anglais, et français, la couronne espagnole a créé une entreprise à monopole pour contrôler l'importation et le commerce d'exportation de l'île, ce qui a eu du succès du point de vue espagnol, mais engendré beaucoup de ressentiment et animosité parmi des élites cubaines.


title: Histoire de Cuba

text: En 1762, les Anglais ont occupé Cuba pendant dix mois, ce qui a déclenché une ouverture commerciale jugée énorme. Les surfaces cultivées en sucre sont passées de à , une multiplication par trois, dans les trois décennies qui suivent et la main d’œuvre gratuite de l'île a doublé, passant de à , même si leur nombre ne représente alors qu'un cinquième de ce qu'il sera en 1862. C'est surtout sur les deux premières décennies du siècle suivant qu'il augmente. Entre 1790 et 1867, Cuba importera au total esclaves. Au cours du , 55 % des esclaves déportés vers les deux Amériques sont allés au Brésil et 30 % à Cuba.


title: Histoire de Cuba

text: Lors de la Révolution haïtienne, les planteurs français, qui avaient réussi dans les trois décennies précédentes une spectaculaire expansion caféière, fuient à Cuba avec leurs esclaves. Ils apportent capitaux, savoir-faire et productivité. Les quelques grands planteurs cubains comme Francisco Arrango y Parreño les invitent à venir exercer leurs talents à Cuba et font pression sur le Roi d'Espagne pour que l'île autorise l'importation d'esclaves.


title: Histoire de Cuba

text: Une partie de ces réfugiés français de Saint-Domingue à Cuba, arrivés principalement après l'armistice du 30 mars 1798 à Saint-Domingue, deviennent lors de la quasi-guerre des pirates français à Cuba, menant des raids contre le trafic commercial généré par la convention commerciale tripartite de 1799 entre Toussaint Louverture, les États-Unis et l'Angleterre. Cette piraterie des années 1800 dans la Caraïbe dope le port de Santiago de Cuba entre 1797 et 1801:


title: Histoire de Cuba

text: L’invasion de l’Espagne par Bonaparte déclenche ensuite les émeutes anti-françaises de mars 1809. Une partie des réfugiés français de Saint-Domingue à Cuba deviennent des réfugiés français de Saint-Domingue en Amérique, mais les capitaux accumulés dans la piraterie sont aussi réinvestis dans le café. L'est mais aussi l'ouest de l'île en bénéficient : en 1827, La Havane représente 70 % des exportations du café cubain, cultivé souvent dans les mêmes zones que le sucre.


title: Histoire de Cuba

text: Cuba voit au cours des trente premières années du une révolution caféière : la récolte est multipliée par quarante et dépasse de livres en 1835. La population de l'île quadruple, essentiellement par l'importation de main d'œuvre africaine pour les nouvelles plantations de café.


title: Histoire de Cuba

text: Entre 1790 et 1820, près de arrivent à Cuba, dont pour la seule période 1817-1820, soit 4 fois et demie plus que sur les trois décennies précédent 1792. Au total, de 1792 à 1860, les planteurs introduisent à Cuba plus de , soit plus qu'au cours des deux siècles précédents. Lors de la révolte des esclaves menée en 1810 par José Antonio Aponte, le nombre d'esclaves a déjà fortement augmenté. La population cubaine totale passe de en 1791 à plus d’un million en 1840. À partir des années 1820, le rythme d'importation des esclaves se ralentit à par an, car les prix du café commencent à baisser sur le marché mondial, même si la production cubaine continue à augmenter fortement, les transferts vers le sucre commençant à la fin des années 1830.


title: Histoire de Cuba

text: Cuba est leader mondial de la canne à sucre dès les années 1820, lors de l'arrivée du Brésil sur le marché mondial du café, à l'aide de l'importation de par an et la relance de la production haïtienne de café, soutenue par les Anglais puis les Français, deux événements qui génèrent un cycle de baisse des prix du café, divisés par quatre en vingt ans. Les planteurs cubains sont incités à privilégier la production sucrière à partir des années 1840, même s'ils ont bénéficié de la forte croissance économique mondiale des années 1830. L'écart de rentabilité avec la culture sucrière a été accru par la construction en 1837 d'un réseau ferré reliant les régions sucrières aux côtes de l'île. Leurs plantations ont de plus été dévastées par les cyclones de 1848. Les transferts d'esclaves du café vers le sucre sont massifs dans les années 1840. Le sucre affiche une production pour la première fois supérieure à celle du café en 1846. En seulement vingt ans, de 1841 à 1862, les plantations de café cubaines passent d'un effectif de à seulement .


title: Histoire de Cuba

text: Au cours des années 1840 et après, le réseau de chemin de fer le plus sophistiqué de toute l'Amérique Latine a été construit presque exclusivement pour servir l'économie du sucre cubain. Les lignes ont été construites reliant les champs aux moulins et les moulins aux villes portuaires. Dans les années 1830, l'inventeur et pharmacien français Jean-François Derosne a développé un système pour convertir le jus de canne en sucre cristallisé: les évaporateurs à vide basés sur la machine à vapeur, adoptés par les plus grands planteurs cubains, prêt pour l'exportation vers les marchés américains et européens. Les machines à vapeur ont été importées.


title: Histoire de Cuba

text: À la fin des années 1840 et pendant les années 1850, les propriétaires de plantations cubains installent aussi l'évaporateur à multiples effets, une innovation perfectionnée par l'inventeur Norbert Rillieux, de la Nouvelle-Orléans. En 1862, presque 80 % de tous les moulins à sucre de l'île étaient concentrés dans la partie occidentale de Cuba, la partie orientale restant relativement appauvrie. Entre 1850 et 1860, environ africains furent importés en Cuba, mais aussi , pour la plupart destinés au secteur du sucre, comme le laissent penser les données de recensement 1862.


title: Histoire de Cuba

text: La production sucrière cubaine, qui n'était encore que de en 1790, atteint par an sur la période 1841 à 1846 puis sur la période 1855 à 1860. C'est ensuite entre 1862 et 1864 et plus de vers 1867. Au , Cuba sera le premier exportateur mondial de sucre. Au cours de la période 1831-1850, les interventions britanniques contre les traites négrières ont fait flamber le prix des esclaves à Cuba, à en moyenne, contre au Brésil (1826-1845), très au dessus des payés en moyenne en Jamaïque en 1790.


title: Histoire de Cuba

text: La croissance sucrière du Brésil n'est distancée par celle de Cuba que dans les années 1850.


title: Histoire de Cuba

text: Cuba est l'avant-dernière colonie européenne à abolir l'esclavage, en 1886, juste avant le Brésil. C'est le territoire où l'esclavage aura duré le plus longtemps, de 1511 à 1886. Les esclaves sont principalement des Yorubas de l'Ouest du Nigeria, (appelés "Lucumí" à Cuba, ce qui veut dire « Mon ami » en yoruba, et aussi "Nago" ou "Anango"), Bantous du Kongo ou Bakongos du Congo et de République démocratique du Congo, Arará, groupe kwa : Fons du Dahomey (actuel Bénin) et Nigeria, Ewes ou Eoué du Ghana et du Togo, Abakuá (ou abakwa, surnommés à Cuba "nañigos"), Carabalí de Calabar (Sud du Nigeria), Mandingues du Ghana, Efik de Dahomey, Bríkamo, Ejaghams, Ibibios, et autres ethnies du Sénégal, Angola, Liberia. Les esclaves seront convertis au christianisme.


title: Histoire de Cuba

text: Malgré l'interdiction de la traite négrière, les grands sucriers déportent encore plus d'esclaves, y compris de manière officielle. Ils essayent même d'imiter une innovation qui avait fait la fortune des Anglais et des planteurs cotonniers des États-Unis : l'élevage d'esclaves, avec couplage de reproductrices et d'étalons. Cependant, l'esclavage est concurrencé par l'arrivée de nombreux paysans espagnols pauvres (les péons). Une vague de travailleurs blancs arrive aussi à partir de 1840, amenés par les Anglais depuis l'Irlande, pour travailler dans les chemins de fer, sous concession anglaise. Mais beaucoup d'Irlandais s’enfuient.


title: Histoire de Cuba

text: Les colonisateurs déplacent tous ceux qu'ils trouvent à acheter : des Indiens mayas du Yucatan que l'armée mexicaine avait fait prisonniers, des « Turcs » vers 1860 ; puis, en masse, des Chinois, entre 1847 et 1874, venus de Macao et de Canton, sous contrat de salariat forcé, des coolies chinois, déportés par les anciens négriers après la guerre de l’Opium, et qui sont envoyés trimer dans les champs de cannes, aux côtés des esclaves.


title: Histoire de Cuba

text: Le , Carlos Manuel de Cespedes (1819-1874), riche propriétaire terrien, libère ses esclaves et fonde une armée, déclenchant la guerre des Dix Ans. Malgré le soutien des États-Unis les Espagnols remportent une victoire sanglante face aux insurgés.


title: Histoire de Cuba

text: Toutefois, il s’agit tout de même d’une demi-victoire pour le peuple cubain, car il obtient par le pacte de Zanjón () une certaine autonomie, l’abolition de l’esclavage en 1880 et l’égalité des droits entre les Blancs et les Noirs, proclamée en 1893. Le pacte a aussi des répercussions politiques, puisqu’il engendre l’apparition des premiers partis politiques.


title: Histoire de Cuba

text: Les réformes mises en place à la suite de la guerre des Dix Ans ne sont pas réalisées, ce qui occasionne un nouveau soulèvement du peuple. José Martí, écrivain et patriote, fonde le Parti révolutionnaire cubain en 1891 avec les futurs généraux, Máximo Gómez et Antonio Maceo. La guerre révolutionnaire d’indépendance devient réalité le 29 janvier 1895. L’Espagne veut mettre fin à cette lutte une bonne fois pour toutes et décide d’envoyer en renfort aux déjà sur place. On compte alors sur l’île un soldat pour six habitants. Deux ans de guerre firent soit 1/ de la population.


title: Histoire de Cuba

text: La fin de la guerre d’indépendance face à l’Espagne semble imminente au début de l’an 1898.


title: Histoire de Cuba

text: Le président des États-Unis de l’époque, William McKinley (1897-1901), décide alors d'envoyer à La Havane un navire de guerre, le , afin d’y protéger les intérêts de Washington. Dans la nuit du 15 février 1898, le "Maine" explose dans le port de La Havane, et 250 marins meurent sur le coup. Bien que la véritable cause fut inconnue, le gouvernement américain prit prétexte de l'incident et accusa l'Espagne de l'avoir torpillé. En 1976, l'amiral américain Hyman Rickover conclura que le feu avait été causé par combustion spontanée dans la soute à charbon, un évènement courant dans les cuirassés de cette époque.


title: Histoire de Cuba

text: Une intervention militaire en faveur des insurgés, est lancée le 11 avril 1898 par le président William McKinley, contre le gouvernement espagnol. La reddition de l'armée espagnole est rapide. Le traité de Paris du 10 décembre, met fin au conflit, et marque la fin de l'occupation espagnole. Un gouvernement militaire d'occupation est alors mis en place par les États-Unis le jusqu'en 1902.


title: Histoire de Cuba

text: Le , les forces armées des États-Unis évacuent pour l'essentiel le territoire cubain et la République de Cuba est officiellement créée. Pour la première fois de leur histoire, l’indépendance des Cubains est reconnue formellement, mais aux termes de l'amendement Platt, du sénateur américain , les États-Unis conservent des bases navales et sont garants de la constitution, avec le droit d’intervenir dans les affaires du pays en cas d'effondrement constitutionnel.


title: Histoire de Cuba

text: Les Américains se retirent de l’île, mais leurs investissements y restent considérables, et le commerce de Cuba est largement tourné vers les États-Unis avec des exportations de canne à sucre et des importations industrielles. L'amendement Platt complète ce dispositif jusqu'en 1933. L'influence des États-Unis restera forte jusqu'en 1959.


title: Histoire de Cuba

text: La démocratie cubaine est encore balbutiante. À la demande des dirigeants cubains, quatre interventions militaires américaines auront lieu en [1906, 1909, 1917 et 1919. Ces interventions répondent à de réelles crises constitutionnelles cubaines.


title: Histoire de Cuba

text: En 1906, le premier président de Cuba Tomás Estrada Palma souhaita se représenter bien que la constitution n'ait pas prévu explicitement ce cas. Une vive contestation de l'opposition s'ensuivit.


title: Histoire de Cuba

text: En 1908 est lancée la revue "Bohemia" à La Havane, encore en activité, et qui reste à ce jour le plus ancien périodique du pays.


title: Histoire de Cuba

text: Le général Mario García Menocal succède à José Miguel Gómez en 1913.


title: Histoire de Cuba

text: La monoculture du sucre, bénéficiant de tarifs préférentiels de la part des États-Unis, engendre une prospérité rapide mais aussi une dépendance économique grandissante à l’égard de son client. Une immigration haïtienne se développe, encouragée par des entrepreneurs avides de main d'œuvre encore moins coûteuse.


title: Histoire de Cuba

text: La Première Guerre mondiale rend inutilisable une part importante des champs de betterave sucrière européens et provoque une flambée des cours du sucre. C'est la « danse des millions » : des fortunes immenses se créent et de nombreux entrepreneurs s’endettent et se lancent dans des investissements considérables.