پدرش سید مصطفی موسوی از معاصرین میرزای شیرازی بود. مصطفی پـس از آنکه چنـد سال در نجف علوم و معارف اسلامی را فراگرفته و به درجه اجتهاد نایل آمد، بـه ایران بازگشت و در شهرستان خمین پناه مردم و مرجع آنان در امور دینی بود. در حالی که 
گزینه‌ها:
بیش از ۵ ماه از تولد روح الله نمی‌گذشت، خوانین خمین سید مصطفی را در مـسیر خمین به اراک با گلوله کشتند.
به همراه خانواده در حال ورود به منزلش در حاجی بکنده بود، به ضرب گلوله فردی ناشناس به شهادت رسید.
در دیگر نقاط ایران از وی پیروی می کردند و مقام دانش و زهد و تقوایش را تکریم می کردند.
همسر امام خمینی از اجازه اجتهاد او به فرزندشان سید مصطفی خمینی خبر داده است.
جملهٔ کامل: پدرش سید مصطفی موسوی از معاصرین میرزای شیرازی بود. مصطفی پـس از آنکه چنـد سال در نجف علوم و معارف اسلامی را فراگرفته و به درجه اجتهاد نایل آمد، بـه ایران بازگشت و در شهرستان خمین پناه مردم و مرجع آنان در امور دینی بود. در حالی که بیش از ۵ ماه از تولد روح الله نمی‌گذشت، خوانین خمین سید مصطفی را در مـسیر خمین به اراک با گلوله کشتند.