نحوه نگارش حاشیه آقا رضا همدانى نیز با سایر حواشى مثل بحرالفوائد و أوثق الوسائل فرق دارد زیرا مؤلف صرفا به ذکر منابع و مآخذ کلمات شیخ انصاری نمى‌پردازد، بلکه 
گزینه‌ها:
علومی از جریان‌های رایج طنزنویسی امروز تبعیت نمی‌کرد و با روش خود می‌نوشت.
او در محجه العلماء، آرای استادش شیخ مرتضی انصاری را با صراحت و گاه تعبیرات تند  نقد کرد که در محیط علمی آن روز نجف تنش هایی به وجود آورد.
سبک و شکل مباحث آن نیز شبیه به سبک و شیوه آیت اللّه بروجردى در مباحث اصولى است.
سعى بر این دارد که به صورت تحلیلى به نظریات شیخ اعظم بپردازد و در واقع اصول و امهات نظریات شیخ را مورد بررسى و تحلیل قرار دهد.
جملهٔ کامل: نحوه نگارش حاشیه آقا رضا همدانى نیز با سایر حواشى مثل بحرالفوائد و أوثق الوسائل فرق دارد زیرا مؤلف صرفا به ذکر منابع و مآخذ کلمات شیخ انصاری نمى‌پردازد، بلکه سعى بر این دارد که به صورت تحلیلى به نظریات شیخ اعظم بپردازد و در واقع اصول و امهات نظریات شیخ را مورد بررسى و تحلیل قرار دهد.