Newsgroup: it.lavoro.informatica
Titolo: Bioinformatica

Salve,
mi domandavo se in questo newsgroup
qualcuno sappia cosa sia la Bioinformatica.
Sebbene possa senbrare a prima vista un argomento OT
in realtà non lo è, anzi le competenze informatiche
necessarie sono ben oltre la media dei lavori cosi detti informatici.
Mi domandavo se qualcuno sappia cosa sia o se esiste qualcuno informato
sull'argomento-, da quello che ho capito fino ad ora, la cosa interessa
solo le università e anche in minima parte.
In altri stati vedi USA, Canada e Germania molte aziende hanno
fiutato l'affarone - per inciso la prossima bolla speculativa della
serie "tutti pazzi per internet", sarà in campo farmaceutico e li
si tratta, appunto di farmaci e non paginette web - mentre qui in italia
il deserto dei tartari....
La cosa è talmente importante che tanto per dirne una vi è tutto
un fiorire di nuovi linguaggi di programmazione:
bioperl, biojava, biophyton e cosi via ....e le competenze
tendono ormai a diventare elevate non è sufficente essere degli 
smanettoni..in molti casi occorre conoscere bene gli algoritmi.
In conclusione se anche in casa nostra ci dessimo una svegliata
potremmo avere anche noi aziende all'avanguardia che a loro volta 
ricomincerebbero ad assumere sistemisti, programmatori e via
dicendo.
saluti


Su troppi settori occorre darsi una svegliata.
Ciao

 bioperl, biojava, biophyton e cosi via ...
Quelli che tu chiami "nuovi linguaggi di programmazione" sono, in realta',
solo delle librerie (vedi 
bioperl.org
 o 
biojava.org
) che mettono a
disposizione strumenti utili a chi si occupa di informatica medica
(qui da noi si chiama cosi').
Saluti,
Lobster

Cominciando dalla fine:
ok hai ragione quello che i Biologi chiamano nuovi linguaggi
non sono altro che estensioni dei linguaggi veri e propri.
Le fonti da dove traggo le considerazioni:
esempio di società californiana:
http://www.silicongenetics.com
 che tra le altre cose sta facendo un 
accordo globale con la ormai storica Lion di Heidelberg, Germania
http://www.lionbioscience.com
.
Queste ormai fanno affari da anni altro che futuro
Voui piccolo assaggi del terremoto silenzioso che sta per investire
la terra - silenzioso solo per l'italia ovviamente, gli altri se ne sono 
accorti da un pezzo da cha parte gira il vento.:
Esempio canadese:
http://www.bioinformatics.ca/
e guardiamo con che interesse si preoccupano per la
formazione interna:
http://bioinformatics.ca/docs/whitepaper.pdf
I paesi scandinavi hanno una società in comune
http://www.socbin.org/
I Norvegesi con tutto il gas che hanno sono preoccupati
che i loro cugini gli scippino informazioni
e parlano di piano nazionale
http://www.forskningsradet.no/fag/andre/fuge/english/FUGE-engelsk.hoveddokumentendelig.pdf
Bastano questi pochi indizi che il treno è gia partito e che l'Italia
l'ha forse perso?
Saluti Roldano

 sempre sono adeguata alla realtà.
In realtà manca tutto la competenza informatica quella serve moltissimo.
E' più facile che un buon programmatore impari qualcossa di Biologia
Molecolare che il contrario.
Programmare è difficile e in fondo i Biologi sono interessati
alla struttura e funzione delle proteine piuttosto che
a conoscere tutte le caratteristiche di un linguaggio ad oggetti.

 qualcuno sappia cosa sia la Bioinformatica.
Se può essere utile:
http://www.masterbioinformatica.it/
PS
Certo che il non essere ammessi comporta il rimborso solo del 30% ... .. .

 a conoscere tutte le caratteristiche di un linguaggio ad oggetti.
permettimi ma mi pare poco probabile.
Se dobbiamo seguire l'esempio che ormai da decenni viene dato dai centri
di ricerca di fisica (dove le simulazioni informatiche hanno ormai il
loro spazio da tempo ), ci sono molti più fisici draghi
dell'informatica che informatici draghi della fisica. Non vedo perchè
in altri campi delle scienze le cose dovrebbero stare diversamente...
-- 
Emanuele Balla  aka Skull -  Public Key #661E5CBF on 
www.keyserver.com
+----------------------------------------------------------------------+
"And 1.1.81 is officially BugFree(tm), so if you receive any bug-reports
on it, you know they are just evil lies." (By Linus Torvalds)

 l'ha forse perso?
ma perche' hai mai visto che l'italia si alza dalla poltrona in cui rimane
stravaccata con una birra gelata in mano un sacchetto di patatine e la
televisione sempre accesa sulla partita di pallone del giorno ???
ma che perdere il treno ... manco ci pensa a fare la strada fino alla
stazione ...
ciao


Caro teschio mentri mi mangi la testa permettimi di replicare a mia volta.
I fisici sono tutt'altra cosa da i biologi almeno
da come li conosco io.
Almeno fino a quando non cambieranno i corsi in Italia
non credo che basterà qualche master in bioinformatica per capire quello 
che veramente serve.
Design DB, algoritmica, design pattern nella programmazione OO
sono perfetti sconosciuti.
Secondo mentre un informatico si può entusiasmare per una
speciale svolta nel suo progetto; il biologo, e in fin dei conti
è giusto che sia cosi, si domanda se il programma ha colpito
nel segno e se la struttura della proteina è stata predetta.
Gli interessi in ballo sono diversi perché le culture sono ancora molto
lontane, in Italia poi..dove si fa tutto solo per moda, l'informatica
è vista come un corpo estraneo.
Quello che vorrei chiarire è che quello di cui sto parlando
non è informatica medica, non sto parlando assolutamente di software
per visualizzare la tac.
Nei prossimi anni le industrie farmaceutiche avranno bisogno
di centinaia di programmatori e ingegneri del software.

Su troppi settori occorre darsi una svegliata.
Per il momento lo vedo un campo molto di ricerca e poco aperto a
figure tecniche. D'altronde dipende cosa volte fare nella
BioInformatica, di sicuro gli algoritmi di previsione non li fanno
fare ad un programmatore, voi che dite?


ecco,lo sapevo che adesso usciva fuori il celopiugrandeioismo.... essendo
una disciplina ibrida in cui in teoria si dovrebbero studiare due campi e
avendo una vita mortale in cui si vuole fare altro che studiare, occorre
rinunciare ad una parte teorica da perfezionare in seguito. A parere mio, è
più importante conoscere le nozioni biochimiche/mediche/ecc. prima, non
perchè l'informatica sia più semplice della biologia ma perchè la
bioinformatica è in prima cosa scienza biofisica e poi informatica. Almeno
il mio punto di vista. Non che sia impossibile l'inverso (e lo avevo anche
detto) ma occorre anche sottolineare che difficilmente chi non ha scelto il
ramo biochimico avrà la passione per questo settore, che comunque rimane la
dote principale.
Sono commesso che ogni tanto arriva qualche illuminato a darmi la luce su
cosa sia l'informatica... davvero....

...

secondo la mia modesta opinione un buon bioinformatico dovrebbe
derivare da un corso di biotecnologia perchè così ha già una mentalità
un pochino più indirizzata ale componenti matematiche delle
problematiche della programmazione.
Personalmente io ci arrivo da una laurea in bionigegneria e devo dire
di aver fatto una fatica boia a farmi il background biologico che mi
serviva. E ancora non ce l'ho del tutto. Però devo anche dire che il
mio lavoro in questo periodo non si incentra sul farmaceutico puro, e
quindi proteomica e biologia in silico non è che le uso molto; io
lavoro in un team di spetroscopia di massa, e faccio la parte di
ricerca e elaborazione di algoritmi attimizzati per l'individuazione
peptidica. E vi assicuro che uso più cose studiate in elaborazione e
trasmissione dei segnali che in biologia.
Credo che non esista un perfetto equilibrio tra componente info e bio.
Non ha senso chiedersi se è migliore un bioinformatico biologo, o un
bioinformatico informatico. Tutto (o molto) dipende dal progetto su
cui si lavora: se dovessi affrontare un discorso più prettamente
farmaceutico e quindi fare gene hunting, o docking è palese che sarei
più in crisi, ma nela mia situazione specifica mi reputo un buon
bioinformatico. Adatto a quanto faccio.
Questo non toglie che in Italia il master in bioinformatica è una
bufala. Visto che non esiste ricerca, e non ce ne sarà per decenni.

 smanettoni..in molti casi occorre conoscere bene gli algoritmi.
<CUT>
A mio avviso, invece, non basta conoscere gli algoritmi: bioinformatica?
Sinceramente non so cosa sia e il fatto di conoscere cmq bene gli
algoritmi, forse, puo' non bastare. Ci vorrebbe una specializzazione non
credi? Non e' solo il fatto di svegliarci, ma anche di competenze che non
si hanno...
Bye. Guly
-- 
questo articolo e` stato inviato via web dal servizio gratuito 
http://www.newsland.it/news
 segnala gli abusi ad 
ab...@newsland.it

cosa sia l'informatica... davvero....
Ecco la solita frase......ed io invece mi stupisco di come questo
settore ancora campi di stregoni e smanettoni che considerino la loro
esperienza come la summa delle esperienze. Se non hai fatto studi
scientifici Informatici come fai ad avere un giusto termine di
paragone?
Vabbé ma tanto che lo dico a fa questo NG mi pare il NG dei falegnami
che si mettono a fare gli Informatici e poi dicono che la Laurea non
serve ad un cavolo......beati voi che ci credete.

 bufala. Visto che non esiste ricerca, e non ce ne sarà per decenni.
Sante parole, la bioInformatica è di supporto alla industria biotecnologica,
che in Italia è praticamente inesistente, al limite a quella farmaceutica,
che in Italia si simita alla distribuzione con molto poca produzione e
ricerca quasi nulla.
Ciao
Luca


Mai detto questo. Mi sempre che ci siano più informatici in questo newsgroup
che hanno paura dei falegnami (chissà perchè?).

che hanno paura dei falegnami (chissà perchè?).
Nessuna paura ma non mi si dica che l'Informatica è un mestiere che
tutti possono fare qualunque studio abbiano fatto....sarebbe come dare
in mano un bisturi ad un falegname, tu lo faresti?
ciao

 CNR o simili ?
l'IFOM (istituto FIRC Oncologia molecolare) è una costola del FIRC (of
course), è un ente di ricerca sovvenzionato in parte privatamente e in
parte dallo stato. Credo che sia una delle poche occasioni che ci
siano in Milano (e in Italia) per far ricerca sul cancro seria. E' un
posto nuovissimo, molto svizzero, molto stile Gattaca!
A parte il fatto che di 300 persone che ci sono qui dentro solo le
segretarie sono assunte a tempo indeterminato, il resto ha fondi,
sovvenzioni, borse di studio, consuenza... ma i progetti sono
effettivamente tutti molto interessanti, e ci si integra con il resto
del mondo molto bene, visto che qui l'70 % della popoazione è
straniera!
Io mi ci diverto, ma per ora di soldi, ci pago giusto cibo e benzina.
Però nel Cv poi ci metterò che ho lavorato con il dio della
spetrometria e me ne andrò in Danimarca!

 in mano un bisturi ad un falegname, tu lo faresti?
se pretendo degli intagli dettagliati su parti anatomiche perchè no? ;-)


Bhe allora si :-)

 spetrometria e me ne andrò in Danimarca!
E' una scelta, se uno non ha molti legami qui, forse è anche la scelta
migliore.
Luca 


Qua chi polemizza inutilmente e sterilmente a parere mio sei tu, oltretutto
dando per scontata una presunta superiorità di conoscenze. Perchè dobbiamo
ricontinuare con il flame che fra l'altra mi pare era stato aperto molto
tempo fa? La domanda qui era semplice, cosa occorre per diventare un
bioinformatico?
L'ideale sarebbe studiare 5 anni la bioscienza e 5 anni l'informatica.
Siccome non tutti vogliono studiare 10 anni, sarebbe più idoneo fare una
laurea e una specializzazione. A parere mio l'ideale era sapere bene la
bioscienza e specializzarsi in informatica, non perchè l'una conti più
dell'altra ma perchè avere un background solidissimo nella bioscienza in
questo settore è più importante rispetto a scrivere un db in quarta
piuttosto che in quinta forma normale.  Almeno, la mia opinione. E questo
purtroppo riguarda la maggior parte delle specializzazioni informatiche
(informatica legale, aziendale, finanziaria, ecc.). In teoria l'ideale è
avere entrambe le conoscenze a livello elevato. Il mio parere è che la
passione è la cosa più importante, per cui, ad esempio, chi fa informatica
finanziaria deve avere una passione per la finanza e se non è stata la tua
prima laurea, difficilmente ce l'hai. Per questo dico che sarebbe meglio
cominciare con la bioscienza. Ovvio che è possibilissimo avere una prima
laurea in informatica e studiare successivamente la bioscienza. Era solo una
questione di attitudine che cambiava. Questo è il mio punto.  Se non sei
d'accordo bastava dire che per te l'ideale era l'inverso senza aprire
polemiche sterili e inutili che io considero comunque concluse visto che non
affrontano il tema riportato nel thread. Se vuoi aprine un altro (ma ne
avevi già aperti una decina sul tema, "l'informatica di noi eletti" che non
hanno avuto l'accoglienza che ti aspettavi?), fai pure.
Saluti,
punto e a capo.


Ciao

mi sono laureato e adesso tu e altri quattro fessi
Che educazione... ritorna a studiare che evidentemente ancora devi
apprendere il rispetto per il prossimo e per le opinioni altrui....
<PLONK>

 >
Ovviamente ce l'ho ma riesco solo a discutere con persone che accettano uno
scambio democratico di idee e che non calpestano quelle altrui.
Ho dimenticato di plonkare la tua seconda identità (viva il morphing, eh?).