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Titolo: Bioinformatica e software

Salve,
sono uno studente di informatica e mi sono da poco avvicinato
alla bioinformatica. Mi sembra un campo estremamente interessante.
Ho sviluppato un semplice software per il genotype phasing.
Non usa tecniche statistiche complesse, ma in compenso è veloce, perchè
usa un approccio combinatoriale.
Anche i risultati non sono male (confrontati con phase, pl-em, e altri
software simili). Sto pensando di modificarlo e aggiungere
un algoritmo di "statistical learning", per poter selezionare dal
pool di aplotipi generati dal programma, quelli che concorrono
alla "migliore" soluzione.
Inoltre, girando su internet, ho visto che esistono molti programmi
per la
visualizzazione tridimensionale di strutture proteiche.
Un formato comune per proteine, usato nelle visualizzazioni 3D si
trova
al link 
www.rcsb.org/pdb/docs/format/pdbguide2.2/guide2.2_frame.html
.
Mi sembra un problema interessante da affrontare.
Comunque, indipendentemente da questo, mi piacerebbe sapere se c'è
qualcuno che sviluppa software di questo genere per scambiare informazioni e
capire che problemi potrebbe essere interessante affrontare.
Se tools di questo genere sono commercialmente validi, si potrebbero
unire gli sforzi.
Saluti,
Luca

 alla bioinformatica. Mi sembra un campo estremamente interessante.
Premesso che sono ignorante in materia, sarei curioso di avere qualche
informazione in più su questo settore, se vorrai spendere qualche minuto.
Di cosa si tratta?
Dove si studia?
Che sbocchi professionali offre?
C'è spazio per sviluppatori indipendenti o devi essere legato a istituti
di ricerca pubblici/privati?
Grazie
Mah!
-- 
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 di ricerca pubblici/privati?
beh, la bioinformatica è la scienza nata dall'incontro della biologia
e dell'informatica. In pratica, si applicano le tecnologie
informatiche per allo studio di fenomeni biologici e viceversa, si
utilizzano idee sviluppate nell'ambito della biologia per creare
metodi informatici innovativi.
Io per esempio, ho utilizzato un'analisi combinatoriale per affrontare
un problema noto come genotype phasing. Il fatto che tale problema
possa essere
formulato come un problema combinatorico e possa essere affrontato
tramite
algoritmi ben noti agli informatici (es: un approccio greedy) ti fa
già
capire che è possibile per un informatico (senza particolari
conoscenze
di biologia) lavorare in questo settore.
E indubbiamente di aziende impegnate in tali settori ce ne sono.
Ovviamente,
non si tratta di scrivere un programmino per calcolare i numeri al
lotto.
Le applicazioni della bioinformatica richiedono conoscenze di biologia
e di
informatica non banali, perciò non è facile (assolutamente) lavorare
in questo
settore.
Alla mia università, corso di Informatica, non ho effettuato corsi
decenti di
bioinformatica (solo una sploveratina data durante il corso di teoria
dell'informazione).
Ovviamente, il modo migliore per lavorare in questo settore è quello
di avere
un gruppo di persone misto, tra biologi, informatici e magari anche 
biotecnologhi (spero si dica così). Ogni nuova scoperta in campo
biologico può
implicare nuovi software, così come nuove tecnologie informatiche
possono
essere applicate alla risoluzione di problemi biologici non nuovi.
Ti faccio un esempio: esistono apllicazioni distribuite nate per lo
studio
del folding delle proteine. Conoscere il procedimento di folding
permetterebbe di capire meglio molte malattie oggi ancora non
sconfitte.
Ancora: esistono programmi per la visualizzazione tridimensionale di
strutture
proteiche, per la sintesi chimica, applicazioni dell'intelligenza
artificiale
per la predizione delle caratteristiche strutturali e funzionali di
alcune
proteine ecc...
Insomma, come avrai potuto capire, è un campo vasto e, a mio avviso,
molto interessante e vario (IA, computer grafica, studio di algoritmi,
metodologie
di computazione distribuite ecc...).
Per quanto mi riguarda cercavo persone con lo stesso interesse (che
nel mio
caso è molto recente :).
Ciao,
Luca

|Per quanto mi riguarda cercavo persone con lo stesso interesse (che
|nel mio
|caso è molto recente :).
Complimenti ed in bocca al lupo!
Francesco

 di computazione distribuite ecc...).
Non forrei fafre il solito rompiuova ma purtroppo credo dobbiate espatriare
per lavorare nel campo, non avendo qua ne' ricerca medica, ne' informatica.
Nicola
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

strutture proteiche
Non mi occupo di bioinformatica ma, solo per curiosita', tempo fa ne
avevo visti alcuni come RasMol, Protein Explorer, MolScript, VMD, Deep
View.
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
http://www.umass.edu/microbio/chime/explorer/index.htm
http://helix.nih.gov/docs/online/molscript/molscript.html
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
http://www.expasy.org/spdbv/
'bye