Newsgroup: it.scienza.chimica
Titolo: Ipotesi sul destino di un prodotto (condensazione+ idrogenazione)

Ero un po' in crisi su cosa scrivere come subject ;-)
In pratica io ho un sistema sistema biciclico che presenta a una
estremita' un pendaglio con un gruppo carbossilico protetto come
benzil estere e all'altra estremita' un gruppo amminico (a questo
punto gia deprotetto).
Il tutto con stereochimica bloccata con entrambe le funzioni sopra il
piano del sistema biciclico.
Quello che ho fatto e' condensare sull'NH2 un'arginina protetta con 3
Cbz: uno sul gruppo amminico in alfa e uno per ognuno degli azoti
terminali del gruppo guanidinico.
(condensazione fatta con DIC e HOBT canulate alla soluzione
dell'amminoacido e poi canulazione del mio substrato; purificazione
mediante colonna flash che riesce anche a separare piuttosto bene
l'isourea che si forma)
La fase successiva e' lo sblocco del prodotto ottenuto mediante
idrogenazione in MeOH con Pd/C filtrando poi su celite.
Ulteriore purificazione portando a secco e lavando con cloruro di
metilene.
La cosa strana che e' successa e' che ripetendo due volte questa
procedura ho attenuto due prodotti "diversi": la massa mi dice che
hanno stesso peso molecolare pero' lo spettro del protone mi mostra
qualche differenza... in particolare i segnali dell'arginina (e piu'
di tutti il protone sul carbonio alfa dell'amminoacido) sembrano
spostati e diversi.
La prima idea era che nel secondo prodotto solo parte dello scaffold
avesse ancora l'arginina infatti dall'NMR le parti relative allo
scaffold erano molto chiare e preponderanti rispeto ai segnali
dell'arginina, ma l'dentico peso molecolare smentisce questa ipotesi.
La seconda idea era l'epimerizzazione a dare due diastereoisomeri ma
la cosa molto strana sarebbe che in ognuno dei due casi sarebbe
avvenuta "tutta o niente", cioe' una volta ha mantenuto la
stereochimica e l'altra ha invertito completamente.
Poco probabile direi, proveremo a vedere se il NOE ci dice qualcosa.
Altra ipotesi (che non mi e molto chiara) e' che abbia salificato in
modo diverso nei due casi... bho... in questo caso l'idea era di
utilizzare HCL gas per portare tutto alla forma cloroidrata (si spera)
uguale nei due casi.
Provero' anche a fare un confronto in TLC anche se dovro' trovare
qualche eluente "speciale" per provare a schiodare questo prodotto (mi
suggerivano l'aggiunta di acido acetico a cloruro di metilene/MeOH)
dalla base... ma non nutro grosse speranze.
Anche l'alfa d non torna molto utile in quanto nel secondo caso la
soluzione resta un po' opalescente (cerco di mantenere una conc.simile
nei due casi) e mi fa sballare la lettura in modo inaccettabile.
Il prodotto finale e' solubile in H2O e in MeOH mentre e' insolubile
in cloruro di metilene (nmr fatto in D2O).
Se si e' capito qualcosa (difficle spiegare a parole e senza scrivere
troppo) quale sarebbe la vostra idea di quello che e' successo?

 dell'arginina, ma l'dentico peso molecolare smentisce questa ipotesi.
Quindi in pratica avresti una miscela di 2 prodotti, con e senza
arginina?
In questo caso, perchè lo spettro di massa smentirebbe l'ipotesi?
Avresti comunque il picco del prodotto giusto.
Ciao
Tex
-- 
Posted via Mailgate.ORG Server - 
http://www.Mailgate.ORG

 Avresti comunque il picco del prodotto giusto.
I due prodotti sono separati ma non identificati con certezza viste le
differenze di spettri nmr, per entrambi comunque negli spettri di massa
gli altri picchi oltre a quello del prodotto condensato e deprotetto sono
irrilevanti.
Inoltre un eventuale distacco dell'arginina  dovrebbe essere avvenuto
durante l'idrogenazione (quindi un po' strano, anche se una volta
idrogenando mi e' venuto via anche un TDS che proteggeva un OH e quindi
non mi pongo limiti ;-) visto che prima di idrogenare il prodotto
condensato l'ho scolonnato e quindi dubito che possa aver tirato giu
insieme sia l'amminoacido che lo scaffold che il prodotto condensato.
-- 
questo articolo e` stato inviato via web dal servizio gratuito 
http://www.newsland.it/news
 segnala gli abusi ad 
ab...@newsland.it

 troppo) quale sarebbe la vostra idea di quello che e' successo?
Ti spiace spiegare meglio la prima parte?
:-))
Ciao
WP
_______________________________________________________________
Personal Home Page: 
http://www.walterperis.it
_______________________________________________________________
Sapere che sappiamo ciň che sappiamo e che non sappiamo
ciň che non sappiamo, questa č vera conoscenza.
(Confucio, uno che la sapeva lunga)
_______________________________________________________________

Ti spiace spiegare meglio la prima parte?
Ci ho provato, spero di aver chiarito un po' :-)
Comunque adesso la questione e' accantonata per un paio di settimane,
al rientro penso che la prima prova e' quella di utilizzare HCl
gassoso per fare il cloridrato.
Grazie dell'interessamento e se avete idee (anche se non ho molta
liberta' di azione e soprattutto ho pochissimo prodotto) fatevi
avanti... anche solo per divertirsi un po' :-)

 avanti... anche solo per divertirsi un po' :-)
Fatto.
Ciao
WP
_______________________________________________________________
Personal Home Page: 
http://www.walterperis.it
_______________________________________________________________
Sapere che sappiamo ciò che sappiamo e che non sappiamo
ciò che non sappiamo, questa è vera conoscenza.


Fatto.
Grazie :-)

 vostre ipotesi :-)
Beh, anche nel nostro laboratorio facciamo cosě come fai tu lavorando
con amminoacidi.
Sul resto, almeno per ora, mi spiace ma non ho tempo di pensarci per
bene.


 Peccato che l'eluizione duri due ore e mezza o giù di lì. ;-))
Ma va....
Ma usi lastre da 500 cm?
:-DDDDD
Bastano 40-45 minuti.
In alcuni casi hai già un'idea dopo 15-20...
:-))
Ciao
WP

 prodotto mi serve *tutto*.
Meglio che un panino coi vetri...
:-))


bene.
Figurati, anzi grazie dei consigli :-)

:-))
LOL :-)

 (principlamente RGD per interagire con le integrine).
Che fortunello che sei! ;-)


 :-DDDDD
No, quelle normali da 10 cm. Certo, ho "omesso" di dire che insieme al
butanolo c'erano anche ammoniaca e acqua.
A quel tempo ero a Praga e lavoravo con acetilamminozuccheri.
Mi veniva la morte quando il prof. mi diceva di farle correre due volte
:-O!!
Praticamente una giornata di lavoro solo per fare una cavolo di
lastrina.
Ovviamente poi i prodotti erano UV-insensibili e dovevo usare il
solforico o il Pancaldi.


Che fortunello che sei! ;-)
Gia' :-)
E la cosa ancora piu' "bella" e' che al 99% non servira' a niente quel
prodotto perche' di tutti quelli simili prodotti nessuno ha mostrato
un'attivita' degna di quel nome a quanto mi hanno riferito.
Diciamo che andra' a completare l'articolo che hanno in cantiere.

 tessssssoro ;-P
:-DDDDDDDDD
Pidocchioso!!!!
Parlo di una soluzione, dai...
Non puoi perderne tanto.
Ma quanto ne hai?


Ma quanto ne hai?
Di uno 5 mg (il primo, quello che credevo essere il prodotto e che
avrebbe l'nmr gia completamente interpretato con tanto di confronto
con COSY e anche l'eterocorrelata... ma che a questo punto non ho piu'
certezze) e circa 9 mg dell'altro.
Avrei via ancora 70 mg di prodotto protetto che diventerebbero circa
30 mg di prodotto finito, ma bisogna vedere se la differenza e' dovuta
alla condensazione e quindi tutto questo mi porterebbe solo al secondo
prodotto, o allo sblocco e quindi tutto potrebbe ancora succedere :-)
BTW su quello protetto volevano anche acetilare l'NH2 per provare per
ridurre le zone cariche (serve per l'interazione con il sito attivo
dell'integrina) e quindi non posso usarlo tutto.

 dell'integrina) e quindi non posso usarlo tutto.
Ciumbia....
E...vuoi anche tenerne da parte un po' per farci una torta, a fine anno?
:-)))
Ciao
WP
_______________________________________________________________
Personal Home Page: 
http://www.walterperis.it
_______________________________________________________________
Sapere che sappiamo ciň che sappiamo e che non sappiamo
ciň che non sappiamo, questa č vera conoscenza.


E...vuoi anche tenerne da parte un po' per farci una torta, a fine anno?
Ma guarda che non e' poco! :-)
C'e' chi ha spedito per i test 4 mg di prodotto.
La magia la compie la liofilizzazione del prodotto, io non ho mai
assistito in prima persona ma fa miracoli... prima non vedi nulla nel
palloncino e poi compare tanto di quel prodotto... :-P
(la massa non cambia ma anche l'occhio vuole la sua parte ;-)

 (la massa non cambia ma anche l'occhio vuole la sua parte ;-)
Ah, ecco...
Stavo già iniziando a preoccuparmi...
:-))
Occhio, però, che a liofilizzare cresce la massa, diminuisce la densità e
aumenta a dismisura l'elettrostaticità del solido.
:-))
Ciao
WP
_______________________________________________________________
Personal Home Page: 
http://www.walterperis.it
_______________________________________________________________
Sapere che sappiamo ciò che sappiamo e che non sappiamo
ciò che non sappiamo, questa è vera conoscenza.


Per un'analisi, no.
Meglio... almeno non sapranno mai cosa gli ho mandato ghghgh ;-P
Non so come sia la procedura esatta, ma suppongo che solo in caso di
attivita' interessanti si proceda a ulteriori analisi magari anche
rifacendo la sintesi (e magari si brevetta pure)... ma e' una mia
ipotesi.
BTW questa sintesi anche se portasse a prodotti molto attivi (lo scopo
principale sarebbe bloccare i processi di neovascolarizzazione
tumorale con il nostro prodotto che inibisce il recettore per un
fattore di crescita emesso dai tumori per stimolare la formazione di
nuovi vasi che gli portino ossigeno e una via di diffusione per le
metastasi, ma stanno vedendo che la stessa sequenza e' coinvolta in
molti altri processi anche di patologie molto diverse) dubito che
questa sarebbe una sintesi utilizzabile a livello industriale: ci
vuole quasi un anno per farla e partendo da una decina di grammi
arrivi ad averne poche decine di milligrammi... oltre a richiedere
reazioni e purificazioni che non credo siano fattibili a livello
industriale.

 industriale.
Non dirlo a priori...
Non hai idea di che cosa possa fare lo scale-up....
:-)))
La prima volta che ho portato a casa una qualsiasi delle molecole che stiamo
oggi sviluppando, si trattava di pochi mg, ottenuti a calci e pugni.
Oggi, se ne fanno tranquillamente decine di chili (e, spero, in un futuro,
qualche tonnellata...).
:-)))
Ciao
WP