Newsgroup: it.scienza.chimica
Titolo: SW freeware : modellatori cristalli e/o calcoli "ab-initio" o semiempirici

qualcuno sa se esistono sw freeware (anche con interfaccia scarna a riga di
comando) per i seguenti contesti :
1)  simulazione di reticoli cristallini (o amorfi), anche estesi a regioni
limitate di materiale, per macromolecole di qualsiasi natura ?
2)  stima di proprietą macromolecolari (della singola molecola) come i
moduli elastici nelle varie direzioni, forze coesive nelle varie direzioni ?
ciao e grazie x ogni feedback
Soviet-Mario

 comando) per i seguenti contesti :
[cut]
Mmm.. non so esattamente di che cosa tu stia parlando ;)
Bando alle ciance, googlando velocemente ho trovato questo indirizzo:
http://zeus.polsl.gliwice.pl/~nikodem/linux4chemistry.html
Nonostante il nome ( linux4chemistry ) si trovano anche versioni di
software compilate per girare su Windows.
Inoltre per una panoramica sul sw relativo alla chimica puoi consultare
http://freshmeat.net/browse/813/?topic_id=813
Ce n'è un pò per tutte le esigenze, spero che - nonostante la mia risposta
sia stata alquanto generica - tu riesca a trovare ciò che stai cercando.
Ciao
-- 
questo articolo e` stato inviato via web dal servizio gratuito 
http://www.newsland.it/news
 segnala gli abusi ad 
ab...@newsland.it

Riciao..
Ignora il mio precedente messaggio, in quanto ho riletto meglio il tuo
post ed ho trovato qualcosa di più mirato:
ArgusLab.
Descrizione: a free molecular modeling program for Windows9x operating
systems with 3D-builder, various ab initio calculation modules and simple
molecular mechanics. You must be a student or paid employee of an
accredited primary, secondary, or post-secondary educational institution
to use ArgusLab for free.  Academic users may simply download the ArgusLab
installer, install ArgusLab, and start using the program. 
Indirizzo: 
http://www.planaria-software.com/
 
Piattaforma: Windows.
Ghemical.
Descrizione: it has a graphical user interface (which is based on GNOME),
and it supports both quantum-mechanics (semi-empirical and ab initio)
models and molecular mechanics models (there is an experimental Tripos
5.2-like force field for organic molecules). Also a tool for reduced
protein models  [1] is included. Geometry optimization, molecular dynamics
and a large set of visualization tools are currently available.
Indirizzo: 
http://www.bioinformatics.org/ghemical/
Piattaforma: ( per ora solo ) Linux
Bye
P.S.
Sono tutti e due in lingua inglese.


 Piattaforma: ( per ora solo ) Linux
Bello. Non ho ancora capito cosa farci ma sono rimasto per un tot a
mettere palline e a farle girare.
-- 
Best Regards, Jack
Linux User #264449 - Powered by Red Hat 9
Need help with Red Hat? Try linux.redhat.*


provo a rispiegarlo in caso anche qualche altro leggesse il thread.
mi servirebbe imparare a studiare (anche in primissima approssimazione) dei
polimeri ipotetici (ossia costruiti a tavolino), cercando di capire :
1) relativamente alla singola molecola, alcune variabili come il modulo
elastico "elementare", o magari il carico di rottura della singola fibra.
2) relativamente ad un insieme, anche ristretto, di catene, alcune variabili
come il grado di impaccamento, di cristallinità, le forze coesive laterali
tra diverse catene.
Ovviamente non è che presumo che un singolo software gratuito possa fare
tutto ciò né che tutto ciò si possa già fare aggratise
(essendo un insegnante penso di poter usare certi software su cui esistono
limitazioni d'uso ed esenzioni delle royalties per scopi didattici : cmq non
ho scopi di lucro)
ciao e grazie
Soviet-Mario



Non ho controllato accuratamente, ma ho l'impressione che entrambi i
programmi siano dedicati ai calcoli su singole molecole e non credo
che siano in grado di fornire le grandezze richieste. Mi pare che
Soviet cercasse anche programmi di solid modeling; se ben ricordo
Mauro Prencipe si occupa proprio di questo (anche se per materiali
ceramici, mi pare) e sicuramente potrebbe suggerire una soluzione
mirata. 
Io ti segnalo un paio di pagine web dove vengono raccolti link di
tecnologia dei materiali e di programmi per cristallografia, forse ci
troverai qualcosa di utile:
http://dmoz.org/Science/Technology/Materials/
http://dmoz.org/Science/Physics/Crystallography/Software/
Inoltre ti invito a riproporre il post su it.scienza.fisica dove
immagino potrai trovare informazioni utili (in particolare il NG è
frequentato da un tale Enrico Smargiassi che si occupa proprio di
simulazioni di sistemi in fase condensata)
Ho trovato un programma che farebbe al caso tuo, "Polymer-design
tools",  puoi trovare informazioni in merito alla pagina
http://www.dtwassociates.com/?pdt_overview
non è freeware, ma si può scaricare una versione demo
http://www.dtwassociates.com/?pdt_demo
ciao


 
http://dmoz.org/Science/Physics/Crystallography/Software/
grazie, ci vado.
Mi sei stato molto utile
Soviet-Mario


 ha scritto nel messaggio
news:3fae4c50...@news.tiscali.it...


> 
http://www.dtwassociates.com/?pdt_demo
Hai provato a scaricare questo demo? da quel che c'è nel sito il
programma sembra molto interessante.
ciao


[CUT]

 [CUT]


Vuoi dire che i russi ti son simpatici e quindi vuoi offrire loro i
tuoi servigi intellettuali? O che conosci l'ambiente moscovita e per
questo ti rivolgeresti a loro?
Se si tratta della prima, non ci trovo niente da ridere. Anche io ho
sempre avuto una certa passione per la Russia, anche se da quando ci
sono stato un po' mi č passata. 
ciao
[CUT]

 [CUT]


Per quanto il mio viaggio non abbia colto nulla dello spirito russo,
per me è stato uno spartiacque. Continuo ad interessarmi alle vicende
di quel paese, ma sotto una luce diversa, direi più serena. Difficile
da spiegare.
ciao 

Per Svante e Soviet: risuono :))
Visto che siamo abbondantemente OT, provate a dare
un'occhiata qui
http://www.eskimo.com/~ghawk/fogal_device/glossary.htm
Ciao
Patrizio
--------------------------------
Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 ha
scritto:

--------------------------------
Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 > 2) stima di proprietà macromolecolari (della singola molecola) come i


carissimo chimico collega comunista ti posso consigliare, x calcoli
ab-initio, GAMESS che è freeware ed è facile da installare anche x chi di
linux e di compilatori ne sa poco.......esiste anche la versione windows che
credo si chiami GAMESS-UK e forse ha anche la interfaccia grafica (al
contrario della versione linux).
ciao......heil!!!


wrote:

Con Gamess, e in genere con i metodi ab initio, non si riescono a
fare calcoli su polimeri. E del resto non sarebbe neppure conveniente,
tanto vale usare MM. In Gamess ci sono anche metodi semi-empirici, ma
anche con quelli il calcolo sarebbe molto molto pesante. Non credo si
possa sfruttare la periodicità del sistema per agevolare il calcolo,
perchè si imporrebbero vincoli a priori sulla struttura.
La versione per windows di Gamess (si tratta sempre di Gamess US)
viene distribuita gratuitamente da un professore dell'università di
Mosca, Alex Granovsky, tra l'altro molto gentile.
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.old.html
ciao

 ha scritto nel messaggio
news:3fb652d...@news.tiscali.it...


sfruttando la periodicità del sistema.
Ma come si sceglie l'unità che si ripete? Chi ci dice che il polimero
abbia una struttura periodica (non mi riferisco ovviamente alla
connettività, ma alla struttura complessiva)? Oppure potrebbe capitare
che il polimero sia effettivamente periodico, ma con un periodo
maggiore di quello scelto nel calcolo.
ciao


 ha scritto nel messaggio
news:3fb7723...@news.tiscali.it...
