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Titolo: I "perché?" della biochimica

Ciao NG,
 
Il destro della domanda è che questo giorni sto leggendo
un testo di biologia delle piante e non avevo mai dato
un'occhiata men che superficiale alla formazione delle
proteine. In particolare mi ha lasciato senza fiato vedere
un po' meglio i meccanismi di trasporto all'interfaccia
del reticolo endoplasmatico, ripiegamento, controllo nelle 
varie fasi e trasporto (chaperonine, etc.).
 
Ebbene, in tutti i libri di biologia che ho si privilegia
la "pratica" intesa come quel giusto bagaglio di nozioni
per chi poi deve lavorare in questi campi. Però non trovo
mai il "perché" quella certa molecola è così; per esempio
che il Ferro nell'emoglobina debba essere schermato in
modo da non formare composti stabili mi è evidente, poi so
che la molecola deve in parte deformarsi e così via. Ma
queste cose si leggono di rado e le ho trovate solo per
l'emoglobina suppongo perché è stata studiata di più. BTW 
mi pare comunque una molecola enorme per limitarsi a 
schermare il ferro, quindi il mistero resta.
 
Potrebbe esistere un testo o una risorsa in rete in cui si
fa vedere per esempio che se la molecola dell'ATP fosse
leggermente diversa non potrebbe funzionare? E' chiaro che
l'evoluzione ha reso difficilissimo se non impossibile
trattare separatamente il funzionamento di molecole e
reazioni, però forse qualcuno ha provato a trattare
l'argomento e considerato qualche dozzina di molecole,
analizzandone la struttura e mostrando perché sono proprio
come sono (ripeto, con tutti i limiti implicati in questo
tipo di operazione). Immagino e non mi aspetto che sia
stato fatto per le proteine e poi a quel livello presumo
che non abbia senso farsi questo genere di domande, ne
vedo bene i motivi.
 
grazie!
 
Apx
 
 
-- 
- Perché hai fatto sesso con lei?
- Era ferma e nuda, cos'altro avrei dovuto fare?
- Ehm... L'autopsia.
 

 certe cose di biologia non ne sa gran che.
 
Ci sa, il gruppo di biologia esisteva ma già anni fa era
deserto; peccato assistere alla morte di Usenet in favore
di mezzi alla fine molto più penalizzanti per l'utenza.


 efficienti. Fa girare la testa, almeno a me.
Non solo a te :-)
Ti offro due contributi (spunti di riflessione).
 
Il primo è che ci riesce difficile valutare che cosa significa un
processo evolutivo che ha a disposizione centinaia di milioni di anni
e almeno altrettanti individui su cui sperimentare.
 
Il secondo è: dai un'occhiata su google "emoglobina evoluzione".
A cominciare dal primo link che appare, e poi ce ne sono altri che non
ho guardato.
 
 
-- 
Elio Fabri
 

 
Tu come faresti se fossi una cellula? :-) 
 
--
Wakinian Tanka

> Tu come faresti se fossi una cellula? :-)
 
 
Non l'ho capita, sono un po' tardo, lo sai... :/


 
Intendo dire che forse un chimico progetterebbe meglio una simile molecola, ma una cellula non e' laureata in chimica e non ha a disposizione tutti i reagenti e le attrezzature disponibili in un laboratorio. 
IMO. 
Ciao. 
 
--
Wakinian Tanka 


Certamente un chimico la progetterebbe meglio. E se ci aggiungi un 
fisico, in confronto la natura è inetta.
 
Quando sento queste cose mi guardo intorno e non penso ai filosofi della 
polis di Platone, ma penso che se alla chimica e alla fisica di questo 
mondo si assegnasse il potere assoluto il mondo sarebbe perfetto.
O forse lo dobbiamo proprio a loro così com'è?
Ed è perfetto?
 
La natura è illimitatamente paziente e ha risorse illimitate a loro 
volta, ed è perciò che non sbaglia mai.
 
Scusate l'intrusione, passavo di qui per caso.
 

Omega ha detto questo domenica :

Ma andate tutti a cagare manica di coglioni che filosofeggiano
sulla biologia delle foglie.


Confondi il filosofeggiare con il buon senso. Di qui l'adeguatezza del 
tuo nick.
 

 poi ce ne sono altri che non ho guardato.
 
 
Grazie, l'articolo (se è lui ma credo sia lui) è davvero
interessante e sì, difficile "visualizzare" anche solo un
milione di anni, figuriamoci centinaia. Credo che la 
difficoltà di molti ad accettare l'evoluzione sia proprio qua.
 
 
-- 
- Ciao, ho visto le tue foto su Facebook
   chiamami al 347******9
- Non ti sembra esagerato darmi subito il
   tuo numero?
- Sono un chirurgo plastico, posso aiutarti.
 

 ad accettare l'evoluzione sia proprio qua.
 
Quello dei milioni di anni e dei milioni di individui su cui 
sperimentare è palesemente un pregiudizio privo di fondamento. Un 
pregiudizio che si limita a cambiare scala ai nostri orgogliosi metodi 
di sperimentazione - ammesso e non concesso che abbiano lo stesso 
successo e invece non accumulino cazzate che mettono a rischio il pianeta.
 
Allora, prima di dimostrare che l'evoluzione è un fatto, bisognerebbe 
dimostrare che la natura ragiona come facciamo noi nei nostri laboratori.
O, viceversa, che noi, nei nostri laboratori, siamo così abili da 
renderci simili, in termini di onnipotenzialità, alla natura.
 
Vi chiedo umilmente scusa, ma mi sembra una cosa decisamente stupida.
Mi sembra l'orgoglio del Der Zauberlehrling, orgoglio che ho già 
sottolineato nel precedente post e a cui alcuni non rinunciano malgrado 
le bacchettate sulle mani che quotidianamente la natura ci dà.
La natura va capita, non maldestramente scimmiottata senza capirci 
praticamente niente.
 
Omega
 

 scimmiottata senza capirci praticamente niente.
 
Vorrei veramente capire quando mai formulare l'ipotesi
dell'evoluzione implicherebbe scimmiottare la natura. I
problemi che tu sollevi non hanno niente di scientifico,
riguardano piuttosto l'etica, la morale, tante cose ma non
la scienza.
 
Inoltre non è vero che non ci capiamo praticamente niente.
Questo lo può dire solo chi si accosta alla scienza da
discipline differenti che si occupano di cose diverse; al
contrario, il quadro è molto convincente nelle sue linee
fondamentali ed è anche molto più dettagliato in certe
aree di ricerca. Non potremmo esistere qui e ora se non ci
capissimo niente dato che tutto quel che mangiamo dipende
da acquisizioni dell'ingegneria genetica. Con una
componente empirica quanto si vuole ma non per questo da
buttare o squalificare. L'alternativa è la parabola
buddhista della freccia nell'occhio ma la lascio ai
filosofi, mi piace pensare di essere una persona concreta.


  casuali
 
 
No, ora ricordo meglio, è stata una modifica non casuale
ma ben mirata, in ogni caso tutto è andato come previsto
dalla teoria dell'Evoluzione. Se ritrovo il riferimento lo
posto, potresti trovarlo interessante per le tue riflessioni.
 
PS - W Hume forever :D


 PS - W Hume forever :D
 
Allora dovresti essere più scettico :)
___
 

 filosofi, mi piace pensare di essere una persona concreta.
 
Non la conosco.
Ma se riguarda la meticolosità e la pazienza, è ciò che appunto manca 
alla scienza. (Fa anche rima :)
___
 

 filosofi, mi piace pensare di essere una persona concreta.
 
Ti avevo già risposto e non ho niente da cambiare.
 
Aggiungo solo una nota  sulla "persona concreta".
A fronte di che cosa ti definisci tale? Con quali riferimenti?
Hai un metro oggettivo? Se sì, quali sono le unità di misura?
___
 

 reazioni, però forse qualcuno ha provato a trattare
 
Per quel che ne so io tutto dipende dalla lunghezza dei legami fra gli 
atomi.
 
Se la molecola dell'ATP fosse diversa (in questo continuum spazio 
temporale, cosi' accontentiamo i fisici) non sarebbe ATP ma qualcosa 
d'altro.
 
Leggiti qualche libro di biochimica e non di biologia, almeno per quanto 
riguarda l'ATP troverai qualche spiegazione. Per quanto riguarda 
l'emoglobina immagino che troverai solo la struttura e non la 
spiegazione che cerchi, per la quale forse dovrai consultare libri di 
ematologia ed ematochimica. Ma la spiegazione di base e' sempre la 
stessa: la distanza dei legami fra i differenti atomi  determinano gli 
"spazi," per cosi' dire, e pure il ripiegamento delle proteine 
(strutture primarie, secondarie e terziarie).

", sono 
io. Altrimenti è un coglione che mi morpha.
Albus Dumbledore

 ripiegamento delle proteine (strutture primarie, secondarie e terziarie).
 
No, queste strutture non c'entrano una sega con la lunghezza dei 
legami.
