Newsgroup: it.scienza.chimica
Titolo: molecular movies software

 
Conoscete qualche software freeware, per non dire 
opensource, che prendendo in input una molecola computata 
(l'ideale sarebbe che potesse importare uno dei formati 
nativi di HYPERCHEM, .HIN, .ENT, .PDB, .SKC, .XYZ, .HDF, 
.MOL, .ZMT, .ML2, .CHM, o un formato verso cui Hyperchem 
esporta, come .EXT), possa consentirne la manipolazione 3D 
(e/o manuale e/o con una storyboard), e che catturi in 
formati video standard (.MP4, .AVI, .MPG o altro) l'output 
grafico.
 
Insomma, mi piacerebbe poter inserire animazioni di molecole 
complesse che ruotano in clip.
 
Ora come ora ho tentato solo un generico screen capture, che 
sforna video immensi AVI mal compressi, e poi li può 
lentissimamente comprimere a video che vanno a scatti nel 
merdoso flash .SWF.
 
Un programma di authoring chimico vero e proprio 
probabilmente comprimerebbe molto meglio, conoscendo a 
priori tavolozze di colori e tutto quanto.
 
grazie di ogni informazione
CCCP
 
 
-- 
1) Resistere, resistere, resistere.
2) Se tutti pagano le tasse, le tasse le pagano tutti
Soviet_Mario - (aka Gatto_Vizzato)
 

 ...
 
Non ricordo i formati usati ma tempo fa mi sono "divertito" con
ghemical (linux... non so se esiste anche per altri sistemi operativi):
 
 
http://en.wikipedia.org/wiki/Ghemical
 
 
http://bioinformatics.org/ghemical/ghemical/index.html
 
 
Sandro


grazie, provo a controllare se esiste anche per win !
Non speravo in risposte, mi hai rincuorato


Il 26/07/2013 10.05, Sandro ha scritto:

scusami ... ma avevi la possibilità di generare movies ? 
Filmati standard con l'output grafico del modellatore ?
Perché a me questo serviva : non visualizzare io per me 
stesso in tempo reale, ma generare filmati poi fruibili da 
chiunque, clip da inserire in un documento, in una pagina 
internet etc ...


 .AVI, .MPG o altro) l'output grafico.
...
 
Conosci VMD ?
 
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
 
 
Tra i sw che conosco forse va piu' vicino a quello che chiedi. Per lo 
meno sono sicuro che i filmini riesci a farli. Non lo definirei il 
massimo del "friendly" ma di sicuro ha molte potenzialita', soprattutto 
se si usa il suo linguaggio di scripting.
 
Giorgio

 ...
 
Mi hai re-incuriosito e lo ho reinstallato:
tra i molti formati di import/export ne ho visti più di uno di quelli
da te citati.
 
Per i video invece  non ho visto nulla di nativo... ma nelle
versioni recenti di linux con gnome3 come desktop environment
basta premere Ctrl+Alt+Shift+R ed inizia a registrare un video di ciò che
è visualizzato sul display; ripremendo la combinazione interrompe la registrazione (file finiscono in  ~/Videos/)
 
Il formato dei video prodotti è vp8
 
 
http://it.wikipedia.org/wiki/VP8
 
 
Io uso una debian... tu potresti provare con una live di ubuntu
(basata su debian) se non vuoi re-installare il computer (sperando
che ghemical sia anche tra i package della versione live)
 
 
http://www.ubuntu.com/download/desktop/try-ubuntu-before-you-install
 
 
Sandro

 Giorgio



 
se non riesco con OBabbel + VMD, tenterò questa soluzione.
Ammesso però di riuscire ad installare ghemical ... ho una 
live di Ubuntu recente, ma non penso che contenga 
preinstallato ghemical.
 
Andando OT-tissimo ... che tu sappia, posso installare 
ubuntu in una schedina secude digital da ben 64 GB ?
 
ciao
CCCP


 ...
 
Io penso che si riesca ad installarlo. in genere i lettori di SD card
- anche quelli integrati nei computer - vengono visti come pennette usb.
Quindi se il bios del tuo computer supporta il boot da usb non dovrebbero
esserci problemi a parte una notevole lentezza in scrittura ed una
moderata lentezza in lettura (so che è inutile dirlo ma se opti per
questa strada invece della live quando dai l'OK per installare sii
SICURO di scegliere il drive giusto... altrimenti brasi l'HD che
immagino sia prezioso).
 
buon divertimento
Sandro

 Giorgio
