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Titolo: Software TINKER

Ciao a tutti. Qualcuno sa come funziona il programma "TINKER"?? Ho fatto il
download del software ma non ho trovato alcun eseguibile di installazione e
non ho capito come si usa. Dalle pagine illustrative sembrerebbe un bel
programmino...
Grazie.
Andrea.

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Dominio Digitale wrote:
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non l' ho mai usato, ma ho dato un' occhiata veloce al sito... dipende da 
cosa hai scaricato:è distribuito sia in forma sorgente (nella quale 
ovviamente non troverai nessun eseguibile) e in forma binaria (che 
probabilmente è quella che serve a te) per diversi sistemi operativi. 
Controlla quindi di aver scaricato i file giusti.
-- 
Linux user # 209015 on Linux machine # 97103
RoLUG member --> 
http://rovigo.linux.it

 probabilmente è quella che serve a te)
Nel sito c'è un link download per Windows, ho scaricato quello ma è solo un
file .zip con tanti file dentro e nessun eseguibile. Qual'è secondo te
quello giusto?
Andrea.

 Andrea.
per me devi prendere questi:
ftp://dasher.wustl.edu/pub/tinker-bin/windows
e a quanto ho capito dovrebbero servirti anche questi:
ftp://dasher.wustl.edu/pub/tinker/params
in ogni caso i readme che trovi e la guida utente potrebbero darti una mano
bye ;-)
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Cosa fa questo programma? Meccanica molecolare?
ciao

 ciao
Veramente un po' di tutto, perché ha molte applicazioni che possono essere
scaricate (ancora non ci riesco, comunque...); nel manuale leggo che puoi
costruire proteine e acidi nucleici da una sequenza, calcolare le energie
coinvolte nelle strutture e ottimizzarle, analizzare l'energia di struttura
e la sua distribuzione, fare dinamica molecolare e stocastica, studiare le
frequenze vibrazionali, ricercare le conformazioni strutturali ed
ottimizzarle... e così via!! Ma l'interfaccia non è grafica (tipo Windows),
credo che sia del tipo "DOS" o "BASIC" quindi con una serie di stringhe e
comandi da inserire. Forse in fin dei conti è meglio ChemSketch con
l'utility ChemBasic.
Se qualcuno si diletta con Tinker e riesce ad installarlo, per favore può
lasciare un post con due righe di istruzioni? Grazie.
Andrea.

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Se non ha l'interfaccia grafica è dura fare calcoli su molecole
complesse. Inserire le coordinate o la Z-matrix di un polipeptide
dev'essere una vera rottura. 
Ma sai quali sono i metodi che vengono impiegati nei calcoli?
Meccanica molecolare, semi empirici o ab initio?
Ultimamente sto usando Spartan '02, ha un'interfaccia grafica molto
bella, migliore di hyper 7. La fregatura è che Spartan '02 è di
difficile reperibilità, sempre che non si vogliano sbrosare 1500$ o
più. Se qualcuno sa come lo si possa procurare per vie traverse,
sarebbe un'informazione molto utile.
ciao

Non ho la più pallida idea dell'algoritmo di calcolo; si parla di
"analytical cartesian derivatives" e di "Hessian and analytical torsional
derivatives", il programma è scritto in Fortran77, cmq quel poco che sono
riuscito ad aprire era del tipo a stringhe e righe di comando. Ma prob non
ho capito come si usa xché nelle istruzioni c'è scritto anche qualcosa del
tipo "grafica molecolare" che non riesco proprio ad immaginare su
un'interfaccia dos.
Ma tu Spartan dove lo usi, all'università? Nel qual caso, la butto qui come
idea e speriamo che la polizia postale non sia in ascolto, perché non provi
a chiedere una copia dei cd??
Ciao.
Andrea.

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Gli algoritmi che citi vengono impiegati da tutti i metodi di calcolo,
le derivate servono per calcolare il gradiente e quindi ottimizzare le
geometrie, mentre l'Hessiano serve per il calcolo delle frequenze (e
anche per essere sicuri di aver trovato la geometria di equilibrio o
uno stato di transizione). Però poi bisogna vedere a quali equazioni
vengono applicati e qui si ha la distinzione tra i differenti metodi.
Sì Spartan lo uso all'università, ma lì hanno una versione per Linux e
io faccio fatica a usare Windows per cui figuariamoci Linux.
Se vuoi puoi scaricare una versione di prova di hyper 7 dal sito
www.hyper.com
 
al momento non è ancora disponibile il crack, ma ho l'impressione che
non tarderà a farsi vivo.
(si spera sempre che la la polizia postale non sia in ascolto)
ciao

 wrote in message
3ec20c0...@news.tiscali.it...
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 gratuito... da registrare, ma gratuito)
Sě, c'č una versione di Molden per Windows 95-98 e NT 4.0 (quindi credo che
giri anche su Win 2000 Professional; su Win XP ho qualche dubbio...).
Comunque tutti sti programmi incasinano forte il computer, sembra quasi che
ci voglia una macchina dedicata tutta a loro, oppure un sistema moooolto ben
configurato per ottimizzare tutte le applicazioni!!! Mi sa che lascio
perde.....
Ciao.
Andrea
-- 
Il matrimonio č l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!

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Mi pare che sia necessario installare un simulatore di linux che giri
si windows, una volta lo avevo installato solo che poi MOLDEN
funzionava a intermittenza e cosě me ne sono sbarazzato.

 funzionava a intermittenza e cosě me ne sono sbarazzato.
Eh, infatti. Ho lasciato perdere proprio per questo.... Puoi consigliarmi
qualche altro software simile, ovviamente freeware, e che non faccia
flippare il mio computer? Oppure pensi che con il ChemBasic come plugin di
ChemSketch (lo conosci?) si possano programmare le funzioni che trovi su
tinker?
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Ciao Andrea,
ChemSkech l'ho sul PC, ma non lo uso quasi mai, comunque nelle note
introduttive a Tiker si dice che le interfacce grafiche compatibili
sono:
1.   Force Field Explorer, appositamente sviluppato (o forse il
      contrario) per Tinker, ho provato a scaricarla (il download č un
      po' laborioso, perchč prima bisogna scaricare anche un altro 
      programma) e sembra che funzioni,
      anche se al momento non ci ho combinato niente. Non mi ricordo 
       il nome del sito da cui l'ho scaricato, ma se cerchi con google
     "force field explorer" č il primo risultato della ricerca.
2.  Chemdraw & Chem3D, questo č un programma piuttosto bello e 
     costoso, mi ero fatto mandare a casa il CD di prova (gratis) 
     dalla CambridgeSoft. Nel CD era presente il programma pienamente
     funzionante ho perň potuto usarlo solo per un mese. Sicuramente
     c'č in giro il crack, ma non mi son preso la briga di andarlo a
     cercare. Probabilemente si puň scaricare una versione demo dal
     sito della cambridgesoft.
3.  gOpenMol. Questo č un programma che si puň scaricare liberamente,
     scritto mi pare da un finlandese. L'ho scaricato circa un anno e
     mezzo fa, č bellino ma ogni tanto si impianta.
4. Molden, ne abbiamo giŕ parlato
5.  ReView, questo mi pare di non conoscerlo.
A quanto pare i metodi che impiega sono meccanica molecolare e
dinamica molecolare. Prima di poter usare il programma sarŕ necessario
avere un minimo di conoscenza di questi metodi. Nel caso tu non li
conosca segnalo il sito del ACCVIP
http://www.chem.swin.edu.au/modules/index.html
Il capitolo 6 č dedicato alla meccanica e alla dinamica molecolare.
ciao
 

Ok grazie, mo' ne provo qualcuno e caso mai mi faccio risentire... a presto.
Ciao.
Andrea.
-- 
Il matrimonio è l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!