Newsgroup: it.scienza.chimica
Titolo: INFO modellatori molecolari freeware + GUI

Come da oggetto, avete qualche consiglio su programmi freeware 
(non mi importa se opensource o meno) per modellazione molecolare ?
Mi servirebbero queste caratteristiche
* * * una GUI (editor e possibilmente visualizzatore integrato, 
o almeno esportare file da visualizzare con un visore anche esso 
freeware. l'Editor a GUI e non a riga di comando invece è 
fondamentale, per la ragione seguente)
* * * capacità di gestire, anche poco accuratamente, molecole 
molto grandi (pezzi di polimeri) di svariate centinaia o qualche 
migliaio di atomi possibilmente. Non si tratta di proteine o 
DNA, per cui un sw troppo dedicato non mi servirebbe
# # # Non mi importa invece molto del metodo (ab-inizio, 
semi-empirici, meccanica) né delle particolari varianti. In 
altre parole il grado di accuratezza della modellazione non mi 
serve particolarmente alto, dato che devo modellare frammenti 
piuttosto standard presi singolarmente,
Se avete link ai siti, o semplicemente ricordate un nome che 
avete usato con soddisfazione, ve ne sono grato (ovviamente 
free, in università potrebbero essere usati anche prodotti non free)
ciao
Soviet_Mario
P.S. in particolare, esiste una GUI per GAMESS ?

Soviet_Mario ha scritto:
Dimenticavo, ho un semplice processore athlon, un programma per 
calcolo distribuito o per supercomputer non farebbe al caso mio.
rigrazie
riciao
Soviet

Come programmi free potresti vedere VegaZZ (dip. Scienze Farmaceutiche univ 
Milano) ha una licenza ma è gratuito, ha veramente un sacco di opzioni, ma 
non so come modellatore come va.
Chimera (UCSF) buonissimo ma è più un visualizzatore.
Esiste anche Tinker è bello ma per lanciare i calcoli è un po' rognoso ma 
potrebbe essere adatto, e Arguslab che prevede anche calcoli quantomeccanici 
semiempirici.
Comunque per quello che chiedi te sembrerebbe sufficente la meccanica 
molecolare anche perchè con programmi tipo gamess ci metterebbero secoli su 
un PC.
Per quanto riguarda Gamess esiste almeno un'intrefaccia grafica free e is 
chiama FACIO, realizzata da un ricercatore giapponese, è comunque necessario 
scaricare a parte gamess. Un'altra interfaccia grafica per gamess è 
chemcraft esiste sia lite che a pagamento.
PS se sono free non sempre sono intuitivi ma spesso scientificamente validi. 

 P.S. in particolare, esiste una GUI per GAMESS ?
Mi pare di si, si chiama...aspè che cerco un'attimo...
GaussSum
     * GaussSum is a collection of scripts which parse the output of 
Gaussian or GAMESS calculation to extract useful information. This 
includes the progress of the SCF cycles, geometry optimisation, 
UV-Vis/IR/Raman spectra, MO levels, MO contributions and more.(GNU/GPL) 
[added 2/4/2004]
Khimera
     * Khimera is software tool for estimation of thermodynamic 
properties and kinetic rate parameters based on results of 
quantum-chemical calculations (currently suggests GAMESS, Gaussian, 
Jaguar, ADF).Reactor models included in KHIMERA help to create and test 
mechanism of chemical processes. [added 5/29/2003] (a  pagamento!)
WebMO
     * a free WWW-based interface to Gamess, Gausssian and Mopac for 
setting up, submitting, and viewing results of jobs. [added 10/16/2002]
( e qui ti serve banda)
XVibs
     * A utility for animating molecular vibrations. Normal modes are 
read from a file automatically determined to be from Aces2, Gamess, PC 
Gamess, Gaussian 90/92/95/94/98, ADF, Dalton, Jaguar, MOPAC, or 
HyperChem. Separate animation files are written for each vibration. 
(GNU/GPL) [added 3/6/2004]
Ti consiglierei di guardare XVis e GaussSum, ce ne era un'altro scritto 
da un'uni, ma non lo trovo più... :(
Una curiosità ma GAMESS-UK o GAMESS-US? se non sbaglio il primo è a 
pagamento, il secondo GPL, ma come funziona? che differenza c'è?
ma sei sicuro di poter usare SW come GAMESS su un semplice PC? io già 
con semplici molecole impegavo ore e rore di calcolo, e tu vorresti 
lanciare migliaia di atomi su un semplice PC? la max (e qui lo dico e 
qui lo nego) visto che lavori un una scuola (se non ricordo male) 
prendere possesso di un lab informatico nelle acanze di natale e mettere 
su dei CD delle distro tipo knopix customizzate a dovere per la 
creazione di cluster? (per esempio 
http://bioinformatics.org/
)
ovviamente se hanno un pò di PC decenti da utilizare (i P100 con 32Mb di 
RAM mi sa che non vanno bene :P )
ora, visto che hai chiesto qui.. che cosa hai in ballo? non pensare di 
lasciare tutti all'oscuro :P
 > ciao
 > Soviet_Mario
Ciao
	Mavimo
PS: che en dici di iniziare a scrivere qualche cosa per la sezione 
didattica del sito del NG?

>> P.S. in particolare, esiste una GUI per GAMESS ?
Ecco, dimenticavo qualche cosa...
http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/Graphics/Graphics.html
Ciao
	Mavimo

... e ovviamente solo quando ho inviato il secondo messaggio mi sono 
ricordato di Gchemical
 
http://www.uku.fi/~thassine/ghemical/
Permette anche la visione stereoscopica, grafici di potenziali, ma 
denecessita ci scheda video con DRI e OpenGL fuinzionanti.
Ciao
	Mavimo (speriamo che ho finito :P )

 lasciare tutti all'oscuro :P
voglio soltanto farmi un idea di come sarebbero nello spazio dei 
polimeri particolari a cui sto pensando. Ovviamente ho già una 
certa idea di come dovrebbero mettersi, dato che sono pensati 
proprio per tale ragione, ma mi serve una ragionevole conferma 
di un modellatore da fatica.
Dovessi riuscire a modellarne un certo numero, probabilmente ne 
darei una qualche comunicazione cmq
ciao e grazie
Soviet_Mario


 Soviet_Mario
Ciao
	Mavimo

Mavimo ha scritto:
intanto grazie di tutti i suggerimenti, che ho salvato per tempi 
di disponibilità futura e consultazione.
Per quanto riguarda linux, è una sorta di amore non corrisposto
Ho tentato già tre volte nella storia di fare un balzo (se non 
conto le live tipo knoppix).
Una volta mi richiede una partizione fissa dove dice lui e io 
non ho quello spazio
Un'altra parte l'installazione e non mi trova alcun driver per 
la tavoletta grafica (non ho mouse)
Un'altra ancora forse non veniva riconosciuto qualcos'altro
Morale della favola, si, ho un computer molto poco standard e 
stratificato per anni (in effetti mi traballa anche win XP), con 
tre dischi fissi, due in raid sulla pci, due unità ottiche, la 
tavoletta grafica, webcam, modem, scanner (il tutto di età 
variabile con un massimo di una dozzina di anni), è tutto un 
groviglio di fili e componenti cannibalizzati ovunque.
Non faccio uan colpa all'installatore di lunux se non mi 
supportano bene un hardware eterogeneo .... d'altra parte non 
voglio nemmeno cominciare a staccare componenti alla cui 
"ergonomia" sono abbastanza abituato solo perché non ci trovo i 
driver.
Per quanto riguarda ricompilare (ho MingW), è un'operazione 
probabilmente oltre la mia portata, perché alla prima cosa che 
dovesse andare storta, non saprei dove mettere le mani (il 
codice schietto lo capisco abbastanza, grossomodo, ma nei 
make-file non ci ho mai messo il becco, viziato dai vari IDE da 
tempi immemorabili)
Infine, per quanto riguarda la versione a pagamento .... per 
adesso è una cosa prematura.
Ciao
Soviet

www.arguslab.com
Ciao
Mauro P.
"Soviet_Mario" <Sov...@MIR.CCCP> ha scritto nel messaggio
news:_Venf.81143$65.23...@twister1.libero.it...


 
CUT

 A proposito, siccome tu sei molto ferrato nella modellazione molecolare,
che genere di metodo/i (nel senso di strategia di calcolo) mi consiglieresti
di adottare per modellare catene polimeriche ? Lo chiedo qualora vi fossero
molte opzioni nel programma, dato che io non ho idea né dei tempi di calcolo
né della accuratezza delle varie strategie (non cito manco le sigle per fare
il figo, ma spero che si capisca lo stesso di cosa sto parlando).
Beh, io sono un solidista "ab initio" e non sono molto esperto nè di
polimeri, nè di metodiche non "ab initio". Tutte le tecniche proposte in
Arguslab sono non ab initio. Puoi scegliere tra metodologie semiempiriche
(basate su qualche forma di NDO) oppure su quelle di meccanica molecolare
(UFF e Amber). Per quanto riguarda queste ultime, io non sono mai riuscito
in calcoli Amber con Arguslab (ottengo sempre qualche errore, ma sai, non
essendo esperto di quelle tecniche, sicuramente sono io che non ho capito
cosa si deve fare...).
Con le piccole molecole con cui ho provato (un po' per gioco) le tecniche
semiempiriche (per esempio PM3) ho sempre ottenuto buoni risultati, in
acordo con quelli sperimentali per quanto riguarda geometria e momento di
dipolo. Ho fatto anche qualche tentativo sulle frequenze di transizione
elettronica (sull'azulene) e i risultati sono buoni.
Rispetto a un ab initio, i tempi di calcolo sono enormemente accorciati,
quindi puoi lavorare su oggetti grossi abbastanza rapidamente. Ti
consiglierei le tecniche semiempiriche (ma uno che si occupasse di meccanica
molecolare ti direbbe sicuramente l'opposto!)
Che dire altro... prova inizialmente su qualche oggetto non troppo grande e
che conosci bene e impara ad usare il programma, a giudicare la bontà dei
risultati in relazione alle varie tecniche implementate in Arguslab, anche
variando i (pochi) parametri previsti per ciascuna di queste. Dopo averci
giocato un po', passa sulle cose "difficili".
Tieni conto che CRYSTAL (il programma ab initio HF e DFT che uso io,
professionalmente) ti consente di trattare anche i polimeri (visti come
sistemi periodici in una dimensione). Se poi vorrai cimentarti, lì si che
posso darti una mano.
Ciao
Mauro P.
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

Mauro P. ha scritto:
capito il motivo dell'assenz. LA risposta cmq č arrivata (di ciň 
ti ringrazio).
Crystal immagino che cmq non sia free e/o assolutamente inadatto 
ad una piattaforma PC, per cui purtroppo immagino che non potrň 
mai approfittare della tua esperienza in merito.
Archiviati i consigli coi metodi, ho aperto per adesso solo una 
volta il programma e mi trovo alle prese con evidentissime e 
notevoli disfunsioni del supporto per i driver grafici (il 
redraw dello schermo arriva in modo random, rimangono miriadi di 
tracce fantasma del cursore grafico e delle righe temporanee, 
col che non si capisce un tubo). Spero di riuscire a limitare il 
problema disabilitando la modestissima accelerazione hardware 
che ho di default. Fatto ciň, se persiste, chiederň aiuto a 
qualcuno che riesce a usarlo senza problemi con un PC windows.
Ciao
(:-) se ti crea frustrazione, puoi evitare di rispondere a 
questo post unnecessary)

 questo post unnecessary)
Ho trovato il modo di rispondere via web. Per l'occasione si puň fare!


 Soviet
Ciao
	Mavimo
PS: stò dando un'occhiata al sito di ArgusLab 4.0.1 , ma non riesco a 
capir se funziona in maniera autonoma o è solo un'interfaccia per 
Gaussian 98, appena ho tempo lo scarico (56k, buahahah) e lo provo.

 Gaussian 98, appena ho tempo lo scarico (56k, buahahah) e lo provo.
No, può anche fungere da interfaccia per Gaussian, ma è un programma
"autonomo", adatto per calcoli semiempirici o di meccanica molecolare.
