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Titolo: Cercasi consiglio su come ben interpretare e comprendere una microfotografia istologica

Salve,
allego immediatamente l'immagine in questione ed espongo il dubbio:
 
Considerata la mucosa intestinale di ratto (è l'immagine allegata), in 
che senso dove c'è "L" li c'è il lume (o meglio, data una sezione, dove 
si perde la terza dimensione, non riesco minimamente a immaginare di 
localizzare il lume, nella foto)?
Qualcuno comprende come sia stata effettuata la sezione?
Con questi consigli vorrei finalmente iniziare a riuscire a ben 
interpretare un'immagine istologica senza dover perdere troppo tempo a 
cercare qua e là.
Ho allegato anche la didascalia con legenda.
 
Grazie in anticpo
 
Allegati: 
https://imgur.com/Vu9OMcx
 (il server rifiutava allegati entro 
questo messaggio).

 Grazie in anticpo
 
prego in posticipo :-)

 
 
 
Sono curioso: quindi l'illuminazione nelle varie zone dell'immagine 
dipende da quanti elettroni vengono diffusi al di fuori dell'angolo di 
accettazione delle ottiche del TEM?
 
 
Per la domanda dell'OP passo :-9
 

 accettazione delle ottiche del TEM?
 
 
 
 
 
anche qui "diffusione" non e' il termine migliore, diffusione descrive meglio i fenomeni di scattering multipli che non producono segnale (un po' come il Compton scattering per le CT). Anche le "ottiche" e' un termine che si usa per estensione, le lenti non sono ottiche sebbene il risultato sia molto simile a quello delle lenti ottiche, ma sono dei solenoidi che modificano il percorso del fascio di elettroni accelerati. Nel TEM il segnale e' dovuto dallo scattering elastico di elettroni che interagiscono col sample. Non so cosa intendi per angolo di accettazione, il segnale preso in considerazione e' quello di angoli molto piccoli, i microscopi piu' nuovi hanno montato anche un energy filter che produce un fascio ancor di piu' preciso.

 Non so cosa intendi per angolo di accettazione, il segnale preso in considerazione e' quello di angoli molto piccoli, 
 
che e' proprio questo: se la deflessione e' troppa l'elettrone al 
rivelatore non ci arriva piu', perche' non colpisce la lente quindi non 
viene ulteriormente deflesso e indirizzato verso il rivelatore. 
L'analogia col microscopio ottico e' completa: se un raggio di luce 
passa per un punto dell'oggetto, passa anche per il corrispondente punto 
del piano immagine, a patto che colpisca la lente. Questo vale 
precisamente al primo ordine dell'ottica geometrica, l'ordine che non 
considera le aberrazioni.
L'angolo di accettazione e' l'angolo sotto cui dal punto oggetto e' 
vista la lente (piu' precisamente la pupilla di entrata).
 
Detto questo, mi sono fatto l'idea che la formazione dell'immagine al 
microscopio elettronico funzioni proprio cosi', le parti del campione 
che diffondono di piu' appaiono piu' scure. Ti risulta corretta 
quest'ultima affermazione?

 quest'ultima affermazione?
 
Gia' dire che "diffondono" mi fa tendere a giudicare sbagliata l'affermazione :-)
Parti piu' dense del campione, si' appaiono piu' scure, questo e' corretto.
 
 
 
 
 
 
La formazione dell'immagine pero' e' molto diversa da quella del microscopio ottico, anche soltanto per il fatto che un micrograph singolo e' incompleto e disomogeneo nello spazio delle frequenze: il contrast transfer function, CTF  (che in altri ambiti si chiama point spread function, PSF) ha un andamento ondulatorio e attraversa lo zero piu' volte, quindi alcune risoluzioni non sono visibili (quando la CTF e' prossima allo zero) e ad altre risoluzioni il contrasto e' invertito (quando la CTF e' negativa). Insomma e' un po' un mondo a se'. A voler cercare di rimanere in tema del NG e a voler cercare una similitudine a tutti i costi, la formazione dell'immagine ricorda molto piu' il K-space delle risonanze magnetiche che il microscopio ottico, anche perche' anche nel microscopio elettronico c'e' bisogno di una codifica della fase del segnale, che viene effettuata alterando la messa a fuoco del campione. 

 anche perche' anche nel microscopio elettronico c'e' bisogno di una codifica della fase del segnale, che viene effettuata alterando la messa a fuoco del campione. 
 
Hai un riferimento a qualcosa di scritto su questa faccenda della fase?
 
Cmq. spero che l'OP sia clemente per l'"hijacking" del suo thread.
 

 Cmq. spero che l'OP sia clemente per l'"hijacking" del suo thread.
 
Spero di si, dai.

Am 01.04.2019 um 14:39 schrieb 
aska...@gmail.com
:
 > On Sunday, March 31, 2019 at 12:55:02 PM UTC+1, JTS wrote:
 >
 >> 
https://books.google.at/books?id=oLtR3OEzTYcC
 
 >> (puoi cercare dentro il libro e trovi "diffusione" usato come dico io).
 >
 >
 >
 > Non lo metto in dubbio che qualcuno abbia tradotto "scattering" come 
"diffusione", ciononostante ciò non basta a convincermi della 
correttezza della traduzione. Sarebbe interessante un testo in lingua 
originale che usi "scattering" e "diffusion" indistintamente, 
preferibilmente un testo di cristallografia ad x-ray.
 >
 
Posso offrirti una ricerca con Google scholar: diffusione neutroni lenti
 
Vengono fuori articoli degli anni '30 e '40 in cui mi pare si parli 
proprio dello scattering (nelle preview trovo le espressioni "diffusione 
multipla", "angolo medio di diffusione elastica" e "angolo di diffusione").
 
 
 
 
 >
 >> Credo che
 >> sia il caso del microscopio elettronico, ma non sono sicuro (e'
 >> collegata alla coerenza spaziale della sorgente di elettroni, che mi
 >> aspetto che sia incoerente).
 >
 >
 >
 > Questo forse nei microscopi di diversi anni fa, con la sorgente di 
elettroni da un filamento di tungsteno un po' di incoerenza nella 
sorgente c'era. I microscopi piu' moderni hanno il "field emission gun" 
con un cristallo di tungsteno con la punta di dimensioni inferiori ai 
100nm, il fascio e' piuttosto coerente.
 
 
Grazie per l'informazione.
 
 >> Questo e' perche' il microscopio elettronico ha forti aberrazioni
 >> (oppure e' fuori fuoco :-) ). Sono effetti che si verificano anche nel
 >> microscopio ottico (e in tutti i sistemi ottici), e per gli stessi 
motivi.
 >
 >
 >
 >
 >
 > I microscopi elettronici di ultima generazione hanno aberrazioni 
limitate e comunque correggibili, se cosi' non fosse non si riuscirebbe 
a risolvere strutture proteiche nel loro stato di idratazione naturale a 
risoluzione di 3 angstrom e giu' di li'.
Mi manca la conoscenza pratica per conoscere i settings dello strumento 
con cui si fa questo, ma ho fatto (la solita) breve ricerca in rete e ho 
visto che l'apertura numerica dei TEM e' attorno allo 0.01 - non so se 
questo valga per quelli con la correzione dell'aberrazione sferica. Ad 
ogni modo 0.01 e' un'apertura numerica molto piccola, questo e' un 
segnale che non si puo' fare piu' grande e la ragione di questo sono 
probabilmente le aberrazioni. Ci possono essere anche effetti 
dell'interazione del campione con elettroni che ci arrivano molto 
angolati, ma non conosco queste cose quindi mi devo fermare qui.
 
 
Come dicevo nel post precedente, le aberrazioni sono volute (e 
necessarie) per ottenere un contrasto di fase. La messa fuori fuoco e' 
controllata e ci deve essere per il segnale. L'unica modalità per cui si 
ha contrasto di fase a fuoco e' il cosiddetto "phase plate", che e' 
un'attrezzatura in grado di invertire di 90 gradi la fase del segnale. 
Pero' il phase plate ha molti limiti, quindi non e' molto usato -se non 
dal suo inventore- e pochi altri.
 >
 >> Hai un riferimento a qualcosa di scritto su questa faccenda della fase?
 >
 >
 > Un po' ovunque, quest'articolo nelle figure 7 e 8, spiega in maniera 
schematica il concetto di contrasto di fase, la necessita' di metter 
fuori fuoco, e l'uso del phase plate: 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3239172/
 
 >
Grazie per il link all'articolo che spero di poter leggere per intiero 
presto.
 
Sapevo che in un'immagine di fase un po' di defocus (qui non so se 
l'italiano corrispondente e' "sfocamento") fa si' che nell'ampiezza 
dell'immagine compaia il laplaciano della fase. Con un microscopio 
ottico e illuminazione coerente si nota subito che i contorni di oggetti 
trasparenti (cellule non colorate) diventano visibili quando si e' fuori 
fuoco, anche se naturalmente non si indovina facilmente che si sta 
osservando il laplaciano.
 
Mi pare che lo schermo di fase funzioni anche con illuminazione 
incoerente (e' stato inventato prima dell'invenzione del laser, Zernike 
negli anni '30), mentre forse lo sfocamento solo con illuminazione 
coerente, ma non ho le idee abbastanza chiare per convincermene. C'e' 
anche un'altra cosa che dovrebbe essere ovvia ma non mi e' del tutto 
chiara, cioe' - lo sfocamento per vedere la fase fa perdere un po' di 
risoluzione (e questo mi e' chiaro), lo schermo di fase invece mi pare 
no ma questo non mi e' del tutto chiaro (so che sto andando fortemente 
OT).
 >> Cmq. spero che l'OP sia clemente per l'"hijacking" del suo thread.
 >
 > Spero di si, dai.
 >
magari qualcuno gli sa spiegare come si fa a riconoscere il lume (anche 
se dalla risposta che gli hai dato deduco che consideri piu' importante 
imparare a interpretare immagini istologiche ottenute con un microscopio 
ottico).

 ottico).
 
 
 
Dipende da quello che deve fare. Per interpretare un'immagine da microscopio elettronico deve comunque passare dal microscopio ottico, se non altro per individuare la regione da osservare. Gli ho sottolineato che si tratta di un'immagine al microscopio elettronico, e "probabilmente" quello che sta cercando e' a risoluzioni piu' basse, piu' di cosi' non saprei cos'altro si puo' commentare ;-)

 
 
 
 
Forse l'analogo in ottica e' la cosiddetta "phase diversity", ma adesso non ho la possibilita' di leggere o pensare per approfondire ulteriormente la mia comprensione dell'argomento, per cui: grazie per la discussione estremamente interessante (e a risentirci spero).

 per cui: grazie per la discussione estremamente interessante (e a risentirci spero).
 
Ok. Grazie a te per gli interessanti spunti di discussione, e a risentirci

 
 
 
Correggo il link:
 
https://dokumentix.ub.uni-siegen.de/opus/frontdoor.php?source_opus=106&la=en
 

 
https://dokumentix.ub.uni-siegen.de/opus/frontdoor.php?source_opus
 6&la=en
 
 
grazie per il link e per avermi finalmente dato ragione. Leggo nella prima riga della tesi che hai postato: "Materiali che causano la diffusione multipla di raggi X [...]"
 
 
 
 
Come scrivo dall'inizio del thread, lo scattering multiplo ha carattere diffusivo: "[...] in tal caso si parla di scattering multiplo, e questo fenomeno si, ha un comportamento diffusivo se il campione e' omogeneo". Come scrivevo sopra, in alcuni casi particolare, come quando "la curva gaussiana puo' essere vista come una soluzione di un'equazione di diffusione, [..] si puo' parlare di diffusione e di scattering indistintamente". Spero l'argomento sia ora chiuso?


Sono motivato a rispondere ulteriormente perche' vedo che gli esempi che ti faccio non ti convincono.
 
Te ne faccio un altro, in cui si vede che "diffusione" e' la traduzione di "scattering" e non (nel caso che ti mostro) di "diffusion".
 
E' un articolo di L. Bertocchi e A. Capella pubblicato su "Il Nuovo Cimento A"; l'abstract, in inglese, russo e italiano, e' liberamente accessibile, e contiene l'espressione "single scattering" tradotta come "diffusione singola".
 


Pare che io sia allergico ai link, eccolo:
 
https://link.springer.com/article/10.1007/BF02902185
 

 "single scattering" tradotta come "diffusione singola".
 
 
 
 
 
"diffusione singola" non si puo' sentire :-)  LOL :-) Ma puo' anche essere passabile per un articolo pubblicato piu' di mezzo secolo fa nel primo anno di lancio di una rivista, che credo non esista neanche piu', e che raggiunge il massimo impact factor di 0.5 (Scienze Magazine ha impact factor 37.2, per fare un raffronto). Comunque, per verificare se hanno usato il termine diffusione impropriamente o meno bisognera' andare a studiare l'andamento della funzione dell'equazione 1.1 dell'articolo per capire se ha o meno un andamento diffusivo nel tempo. E, francamente, credo -nell'uno o nell'altro caso- sia di scarsissima rilevanza al fine del discorso.

 In seconda istanza, dispense di lezione e tesi di laurea (e non di dottorato) generalmente non fanno letteratura,
 
 
Eccoti qualche tesi di dottorato
 
https://www.openstarts.units.it/bitstream/10077/11329/2/21057.pdf
 
http://www.fedoa.unina.it/10487/1/Cozzolino_Fabio.pdf
 
http://www.fedoa.unina.it/635/1/Dottorato_Di_Cristo.pdf
 
http://amsdottorato.unibo.it/2044/1/blosi_magda_tesi.pdf
 
 
Nota che in alcune di queste "diffusione" e' utilizzato (in frasi diverse) nei due sensi diversi di "scattering" e "diffusion".
 
Sono d'accordo che per una eventuale prosecuzione della discussione vada meglio isf (in caso posta tu li', io posto da Google gruppi e non ho potuto impostare il followup).