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Titolo: Meccanismo di mutazione del virus

In questa intervista di luglio 2009 Silvio Garattini esprime le sue
perplessit� sul capacit� del vaccino anti influenza A di contrastare
validamente il virus mutato:
http://www.terranauta.it/a1319/salute_e_alimentazione/influenza_suina_garattini_su_vaccino_pressione_delle_aziende.html
Gli organi ufficiali invece hanno sempre confermato l'efficacia della
scelta vaccinale nell'eventualit� di una mutazione.
La distanza di questa affermazioni � senz'altro notevole, soprattutto
perch� circoscritta ad una materia, la scienza in cui tutto deve
essere provato.
Vorrei cercare di entrare nello specifico. 
La mutazione avviene per la presenza nella stessa cellula di virus
diversi che nel momento in cui si replicano scambiano geni e producono
nuove forme virali.
Molte di queste saranno inattive, ma alcune potrebbero presentare un
miglioramente nella strategia di attacco al sistema ospite.
Quando qualche mese si registr� la mutazione del virus H1N1, gli
scienziati evidenziarono che i virus mutati avevano acquisito una
maggiore specificit� per le cellule degli alveoli polmonari, perch�
dotati di un gene che produceva una proteina che fungeva da legante
con recettori specifici. 
Ora immaginando di dover combattare contro un virus mutato la domanda
�: questo virus conserva ancora quegli antigeni presenti nel vaccino
che hanno prodotto nell'organismo vaccinato gli anticorpi, oppure la
mutazione ha cambiato anche quelli e dunque il vaccino � inefficace?
luca

 mutazione ha cambiato anche quelli e dunque il vaccino � inefficace?
La risposta non � semplicemente s� al 100% o no al 100%, � un valore 
intermedio: credo che quelle sequenze di aminoacidi su cui era basato il 
vaccino siano rimasti ma il problema � che quando cambia qualche 
aminoacido nella proteina, tutta la struttura 3D avvolta cambia 
parzialmente per interazioni elettriche fra gli atomi. Quanto 
esattamente cambi l'efficacia del vaccino non � facilmente 
quantificabile: si potrebbe definire con la forza di binding 
dell'anticorpo sulla nuova proteina, che si potrebbe calcolare con una 
simulazione al computer, per� serve conoscere l'esatta struttura nuova 
del virus e l'anticorpo umano, ma la struttura del virus non � 
facilmente calcolabile neanche al computer, serve la cristallografia ai 
raggi X... e comunque � tutto molto complicato, simulato, e inesatto.


la cosa � complicatissima.
ma bisogna ricordare che
1) in nessun modo � possibile prevedere l'insorgenza di una mutazione
virale, sia nel caso che sia in grado di conferire al virus una
maggiore patogenicit�, sia che renda il virus capace di sfuggire ad
una risposta immune preesistente (sia essa dovuta al vaccino o ad una
precedente infezione)
2) in nessun modo era possibile prevedere (ed � possibile prevedere
ora) l'evoluzione di questa pandemia. Nel 1918 un virus relativamente
"buono" in due settimane � diventato terribile, a causa verosimilmente
dell'insorgenza di una mutazione. Qualunque previsione fatta
all'inizio della pandemia era sostanzialmente un "tirare ad
indovinare". La produzione dei vaccini � stata indispensabile, visto
che se il virus fosse stato "cattivo" non ci sarebbe stata nessuna
altra "arma" in grado di difenderci.
3) il virus influenzale cambia ogni anno. Le epidemie stagionali sono
dovute a delle mutazioni del virus che lo rendono capace di sfuggire
alla risposta immune provocata dal virus dell'anno precedente. A volte
sfugge bene (e l'epidemia � grave), a volte sfugge male (l'epidemia �
lieve). Anche in questo caso � impossibile prevedere, sulla base delle
caratteristiche del virus, quanto sar� grave una epidemia stagionale.
Si pu� solo dire a posteriori; prima no.
4) non esiste nessun modo di sapere se, nel caso emergesse una
variante virale, essa sar� in grado di sfuggire alla immunit�
suscitata dal vaccino. E' per� vero che, nel peggiore dei casi, il
vaccino sar� inefficace. Essendo la vaccinazione antinfluenzale priva
di rischi apprezzabili, � - per dirla con Voltaire e la fede - una
scommessa che non si pu� perdere.
Spero di essere stato utile.