Newsgroup: it.comp.lang.perl
Titolo: installare moduli senza makefile

Ciao, ho dei moduli perl che pero' 
1- non sono in CPAN
2- non hanno un Makefile.PL e procedure di installazione varie
qualche consiglio? Metterli in /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 pare non
sia sufficiente...
d

dawe wrote:

Mettendoli in una qualsiasi delle directory presenti in @INC, dovrebbe 
funzionare. Per vedere quali siano tali directory sul tuo sistema, esegui:
perl -e '$"="\n"; print "@INC\n"'
Poi bisogna vedere quale sia la directory più "opportuna": questo 
dipende dall'uso che fai dei moduli e dall'apposito documento di policy 
del tuo SO (che a dire il vero non ho neanche capito quale sia).
Comunque, se non si tratta di moduli system-wide, forse la cosa più 
opportuna è metterli nella stessa directory dove risiede lo script che 
li usa (sempre che la directory corrente sia listata in @INC, come però 
dovrebbe avvenire sempre).
Oppure puoi metterli dove preferisci e poi istruire lo script a 
cercarseli, mediante la direttiva:
use lib '/path/to/modules';
http://perldoc.perl.org/lib.html
Ciao,
Emanuele.
-- 
Dottore, dottore, mi fa male il malleolo!
Malleolo si te fa male!

 del tuo SO (che a dire il vero non ho neanche capito quale sia).
Gentoo linux.
Grazie
d

 ... Makefile.PL 
d

dawe wrote:

OK allora torna tutto: qui non dà errore perché "BTLib/LitRef.pm" esiste 
sotto
/usr/local/lib/site_perl/
invece "use BTLib" dà errore perché BTLib.pm non esiste sotto
/usr/local/lib/site_perl/
(né ovviamente negli altri path di @INC) dove perl lo va a cercare.
(Difatti BTLib.pm me lo listi sotto "/usr/local/lib/site_perl/BTLib/" 
dove perl giustamente non lo andrebbe a cercare).
Eseguendo Makefile.PL (e la successiva installazione) andrà tutto a 
posto, comunque il problema era questo, volendo risolvibile spostando a 
manella il (solo) file BTLib.pm sotto "/usr/local/lib/site_perl/" 
(ovviamente da non fare: ci penserà make a fare correttamente tutto il 
necessario ;-)
Ciao,
Emanuele.

 EMBLFile.pm   GBEntry.pm     SPEntry.pm   fetch.conf
Una curiosità: ma è roba di bioinformatica, analisi delle sequenze di 
DNA, quella roba lì?

 DNA, quella roba lì?
Pare di si, ma non sono io a doverla usare, quindi non posso dirti di
piu' :-)
d

dawe wrote:

Ah, OK!
Sai, te lo chiedevo perché eventualmente si poteva pensare di scrivere 
qualcosa (magari per Perl.it) su quest'interessantissimo impiego del Perl.
Se per caso conoscessi qualcuno disposto a farlo... ;-)
In ogni caso grazie.
Emanuele.

 In ogni caso grazie.
Ah, cioe', io non uso BTLib ma mi occupo di bioinformatica,
eventualmente possiamo vedere cosa fare. se vuoi scrivermi in privato
d a w e o n l i n e 
a t 
g m a i l
d o t
c o m
Ciao
d

 eventualmente possiamo vedere cosa fare. se vuoi scrivermi in privato
Fatto!
Grazie mille,
Emanuele.



Chi mi ha chiamato? ;)
 Raffaello

  Raffaello
Ma come, sei un bioinformatico e non l'hai mai detto? ;-)
Comunque va benissimo: dawe ha già accettato di scrivere qualcosa, ma 
l'argomento è sufficientemente ampio, e più siamo e meglio stiamo.
Per cui puoi ritenerti cooptato per un bell'articolo su Perl.it, 
possibilmente ricco di esperienze e testimonianze personali, success 
story, prospettive future etc.
Non mi rimane che dirti: buon lavoro!
E grazie ;-)
Emanuele.

 E grazie ;-)
Mi sono fregato con le mie mani. :-(
 Raffaello

 Mi sono fregato con le mie mani. :-(
Vai tranquillo, nessun problema ;-)
Se hai maturato delle esperienze significative in questo campo, credo 
interesserebbe a molti conoscerle (a me certamente).
Però se per qualsivoglia motivo non te la senti di cimentarti nella 
stesura di un articolo, non c'è alcun problema ovviamente.
E se decidi di farlo, non c'è comunque nessuna fretta: quando vuoi e 
solo se ti va di farlo ;-)
Emanuele.

 lentamente a Java/Phython/PHP. :-(
E quindi non si fara' mai il salto di qualita'. Mi domando come mai
siano davvero pochi i progetti che vadano su linguaggi compilati.
d

 linguaggi compilati.
... Però non ho capito bene: cos'è che auspichi?

 ... Però non ho capito bene: cos'è che auspichi?
Beh, parlando di bioinformatica... Il perl mi piace, e' utile
soprattutto per l'analisi di sequenze o per l'interfacciamento a
database. In ogni caso, quando ci si sposta su qualcosa di
computazionalmente piu' complesso, e' inadatto come lo sono java, python
e (peggio) php.
Lo vedo tutti i giorni, macchine cariche per fare statistica o analisi
di segnali con perl, quando un programmino in C (per dirne uno), ci
metterebbe meno e presumibilmente potrebbe consumare meno risorse.
d



Ma i tuoi colleghi conoscono R (
http://www.r-project.org/
)?
Per analisi statistiche e' certamente piu' adatto dei linguaggi citati,
proprio perche' nato per questo ambito come evoluzione di S e S+.
In passato ho anche interfacciato Perl a R e funziona una meraviglia.
Di contro molti bioinformatici usano Java per via di MATLAB.
 Raffaello

dawe wrote:

Ah, ho capito, ti riferisci insomma all'efficienza computazionale.
Certamente il C (e gli altri linguaggi per cui esiste un compilatore che 
genera codice macchina nativo) sono più efficienti (sia per la velocità 
che per l'occupazione di memoria) rispetto ad interpreti che generano 
bytecode.
Però i linguaggi dinamici come Perl, Ruby e Python per contro 
massimizzano la cosiddetta programmer-efficiency (ed anche la maintainer 
e la porter efficiency), cose che in genere vengono oggigiorno ritenute 
prevalenti sulla mera efficienza di calcolo, almeno per progetti 
complessi e con specifiche variabili.
A tale proposito su Perl.it c'è un bellissimo articolo di Daniele Radogna:
http://www.perl.it/documenti/articoli/yp/index.html
Anche questo pertanto sarebbe un aspetto interessante da approfondire: 
quali sono i pesi relativi nel campo della bioinformatica della 
programmer-efficiency e della machine-efficiency.
Emanuele.

 Per analisi statistiche e' certamente piu' adatto dei linguaggi citati,
A tale proposito segnalo questo pregevolissimo articolo sull'uso di Perl 
  per applicazioni statistiche, apparso su "Journal of Statistical 
Software" (peraltro scritto da un ricercatore apparentemente italiano):
http://www.jstatsoft.org/v11/i01/v11i01.pdf
Emanuele.

 Per analisi statistiche e' certamente piu' adatto dei linguaggi citati,
Si, e qualcuno lo usa per le analisi statistiche. Purtoppo c'e' chi non
lo fa e c'e' chi scrive programmi pesanti tutti in perl. Oddio, poi
l'importante e' che le cose funzionino, anche se ci mettono 1000 volte
il tempo necessario
d

 complessi e con specifiche variabili.
E lo dici ad uno che poi le cose le installa su server in produzione?
Si, in effetti guardare le cose scritte in linguaggi intepretati e'
comodo, ma quando un progetto e' grosso, beh, il casino e' ovunque
(secondo la mia esperienza)
d