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Titolo: Nuovo test di resistenza VirtualPhenotype

E' un po' che non si sente più parlare della disputa tra test di resistenza 
genotipici e fenotipici. Ma adesso ne è arrivato uno che sembra combinare i 
vantaggi di entrambi.
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_Uno_studio_conferma_che_VirtualPhenotype(TM)_
_è_in_grado_di_predire_la_risposta_alla_terapia_anti-HIV_
_in_base_alle_informazioni_di_resistenza_genetica_
_Il_test_potrebbe_soddisfare_la_necessità_di_un'interpretazione_standardizzata_
PRNewswire - 20 Settembre 2000
TORONTO, 20 Sett. /PRNewswire/ -- I risultati presentati oggi alla 40^ 
Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC) 
indicano che VirtualPhenotype(TM), il nuovo test automatizzato di resistenza 
ai farmaci anti-HIV della Virco, è in grado di predire la risposta alla 
terapia in base a informazioni genetiche con risultati paragonabili a quelli 
ottenuti da un gruppo di esperti internazionali.
"Questo studio conferma che le informazioni di resistenza genotipica 
corredate da un'interpretazione sofisticata, come quella fornita da Virtual 
Phenotype o dal nostro gruppo di esperti clinici, costituiscono un utile 
predittore della risposta alla terapia e danno risultati significativamente 
migliori dell'affidarsi alla storia di trattamento, che può essere 
fuorviante", ha commentato il capo dei ricercatori, la dottoressa Victoria 
Johnson della University of Alabama di Birmingham, che ha lavorato con il 
programma di database HIV della University of Alabama, posto sotto la 
direzione del dottor Michael Saag. "Questi risultati si aggiungono alla 
crescente mole di prove a favore dell'utilità clinica dei test di 
resistenza."
Nello studio, l'utilizzo delle informazioni di resistenza genotipica 
interpretate è stato altamente predittivo della risposta del paziente alla 
terapia. Ciò al contrario dell'utilizzo della storia di trattamento di 
ciascun paziente (le informazioni sulla base delle quali si sono prese le 
decisioni riguardanti il trattamento prima dello sviluppo dei test di 
resistenza dell'HIV ai farmaci), che è risultata non essere predittiva della 
risposta al trattamento.
Lo studio ha confrontato il "rischio proporzionale" di fallimento virologico 
nel caso in cui un esperto o VirtualPhenotype(TM) predicevano sensibilità al 
farmaco in questione. I risultati per ciascuno degli esperti, per tutti 
insieme e per VirtualPhenotype(TM) sono stati rispettivamente 0,71, 0,70, 
0,75, 0,65, 0,67 e 0,69. Tutti eccetto quello relativo all'Esperto 3 sono 
stati significativamente predittivi dell'esito (p inferiore a 0,05).
Lo studio ha anche messo in luce delle differenze tra le interpretazioni dei 
diversi esperti, sottolineando la necessità di una standardizzazione 
dell'interpretazione genotipica per assicurare la possibilità di prendere 
decisioni ottimali riguardo al trattamento.
"Data la complessità della resistenza dell'HIV ai farmaci, solo un numero di 
esperti relativamente piccolo è in grado di affrontare l'interpretazione 
delle informazioni genotipiche con autentica sicurezza e VirtualPhenotype 
rappresenta un'alternativa accessibile e affidabile per un'interpretazione 
standardizzata delle informazioni genotipiche", aggiunge il dottor Johnson.
Le genotipizzazione dell'HIV comporta la lettura del codice genetico per 
scoprire dove si sono verificate le mutazioni che potrebbero conferire 
resistenza a uno o più dei 15 farmaci anti-HIV attualmente disponibili. La 
principale limitazione di questo approccio è che esistono oltre 100 
mutazioni che possono favorirsi e contrastarsi una con l'altra in modi molto 
complessi determinando resistenza. Questo rende estremamente difficile 
l'interpretazione delle informazioni grezze di resistenza genotipica, 
rimarcando la necessità di una standardizzazione dell'interpretazione.
Storicamente, l'unica alternativa alla genotipizzazione è stata la 
fenotipizzazione, nella quale si ricava il virus da un campione di sangue 
del paziente e lo si fa crescere in laboratorio in presenza di diverse 
concentrazioni di tutti i farmaci disponibili. Questo comporta un'esecuzione 
più lunga e complessa rispetto alla genotipizzazione.
La soluzione della Virco a questo problema è un nuovo, terzo approccio al 
monitoraggio della resistenza dell'HIV ai farmaci: VirtualPhenotype(TM). 
Dapprima si legge il codice genetico e si identificano le mutazioni. Poi si 
immettono questi dati nel sistema computerizzato della Virco che ricerca nel 
più grande database del mondo, contenente circa 100.000 genotipi e fenotipi, 
dei campioni con gli stessi tipi di mutazioni. Quando li ha trovati, il 
sistema recupera i fenotipi corrispondenti a questi campioni (solitamente 
migliaia per ogni farmaco) e calcola il punteggio medio di resistenza per 
ciascun farmaco. VirtualPhenotype(TM) offre a tutti i medici una qualità 
superiore di interpretazione con una stima quantitativa della resistenza a 
ciascuno dei farmaci disponibili.
I dati già presentati quest'anno hanno dimostrato che VirtualPhenotype(TM) è 
altamente predittivo della reale resistenza fenotipica ai farmaci e della 
risposta al trattamento, e che è superiore agli altri sistemi di 
interpretazione in uso, i quali utilizzano tabelle di resistenza 
semplificate o "regole" per predire la resistenza.
Fonte:
http://www.aegis.com/channel/s/PR000916.html
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_Uno_studio_conferma_che_VirtualPhenotype(TM)_
_è_in_grado_di_predire_la_risposta_alla_terapia_anti-HIV_
_in_base_alle_informazioni_di_resistenza_genetica_
_Il_test_potrebbe_soddisfare_la_necessità_di_un'interpretazione_standardizzata_
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Fonte:
http://www.aegis.com/channel/s/PR000916.html
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_in_base_alle_informazioni_di_resistenza_genetica_
Si era gia' parlato di questo "Fenotipo virtuale" della Virco, ed i risultati
sembravano buoni fin dall'inizio.
Ormai i tipi di mutazioni riconosciute che sono associate a resistenza ai vari
farmaci, di grado piu' o meno elevato, sono diventate cosi' numerose che una
interpretazione ottimale diventa molto difficile se non guidata da un sistema
informatizzato, quale appunto quello studiato dalla Virco per la "creazione" del
fenotipo virtuale.
Uno studio che utilizza questo sistema, confrontandolo con il genoitipo
classico, e' in corso anche in Italia, nell'ambito del Progetto MASTER
(
www.medicamente.com/master
). E' coordinato dal centro di Firenze ed ha
arruolato circa 180 pazienti. Per i primi risultati credo ci vorra' qualche
mese, dato che gli arruolamenti sono terminati da poco.
A dimostrazione comunque che del fenotipo standard ancora non e' che ci si possa
fidare poi molto, nonostante i costi ed i tempi che questo test richiede, e'
stato presentato al recente ICAAC uno studio francese, nel quale 540 pazienti
"experienced" sono stati ritrattati sulla base del test genotipico, fenotipico
oppure solo su base clinica.
Dopo 24 settimane i risultti migliori si sono avuto nel gruppo ritrattato in
base al genotipo. Secondo gli Autori questo fatto e' dipeso dalla mancanza di
standardizzazione e dalla soggettivita' della interpretazione del test
fenotipico.
Salutoni!
Giuseppe Paraninfo
Spec. Malattie Infettive
http://www.unipoint.it/malinf1/index.html

fenotipico.
Non capisco quale soggettività ci possa essere nel fenotipico: o il virus si 
è sviluppato o non si è sviluppato, no?! Dove sta l'inghippo?
Ciao!
A +
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Dimenticavo! Sai per caso quanto costa (più o meno) questo VirtualPhenotype?
Riciao.
A +
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 [209.185.241.31] 
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è sviluppato o non si è sviluppato, no?! Dove sta l'inghippo?
Credo sia un discorso di concetrazioni di farmaco e di gradi di resistenza.
Nel senso che il test fenotipico come risultato fornisce per ogni farmaco il
livello di resistenza, espresso come incremento di x volte della concentrazione
di farmaco in grado di inibire il virus (IC50 o IC90), ovviamente rispetto alla
sensibilita' verso il virus wild type.
Cio' che probabilmente non e' ancora sufficientemente standardizzato, o non
ancora sufficientemente chiarito, e' la correlazione clinica con queste
variazioni di sensibilita' per ciascun farmaco: se per un certo farmaco ho un
incremento di IC50 di 100 volte, quasi certamente avro' resistenza, ma se si
osserva un aumento per esempio di 2 o 4 volte, cio' e' da considerare come
resistenza anche in vivo oppure no?!
Credo (ma questa e' solo una mia opinione) che gli autori di quel lavoro si
riferissero a questi aspetti quando spiegavano i risultati meno brillanti del
gruppo randomizzato a test fenotipico. 
Ad ogni modo questa osservazione era stata fatta a voce dallo speaker, ma non
viene riposrtata nell'abstract, che per completezza riporto qui sotto:
Impact of Treatment Guided by Phenotypic or Genotypic Resistance Tests on the
Response to Antiretroviral Therapy (ART): A Randomised Trial (NARVAL, ANRS 088).
J.L. MEYNARD1, M. VRAY2, L. MORAND-JOUBERT1, S. MATHERON3, G. PEYTAVIN3, F.
CLAVEL3, F. BRUN-VEZINET3, P.M. GIRARD4
1 Hosp. Saint- antoine, Paris, France; 2 Inserm SC4, Paris, France; 3 Hosp.
Bichat-Claude Bernard, Paris, France; 4 Hosp. Rothschild, Paris, France
Objective: To evaluate the respective value of phenotype (P) and genotype (G)
for choosing optimal ART vs by standard of care (SOC) in patients failing
protease inhibitor (PI) containing regimen with VL>1000 copies/ml. Methods:
Patients failing PI regimen were randomized into three arms with treatment
choice at screening based on 1) P results, 2) G results, 3) SOC. Patients were
stratified at baseline according to VL and previous ART received. P and G were
performed at W12 for patients with virologic failure (decrease in VL less than 1
log copies/ml). P was performed using a recombinant virus assay; G was a
complete reverse transcriptase and protease sequencing using the TruGene™ HIV1
genotypic test and interpreted using the ANRS algorithm. Pharmacological
monitoring was performed to correct for drug interactions. Results: 541 patients
were enrolled between April and November 1999: 190 in P, 192 in G 159 in SOC.
Baseline median CD4 (280/mm3) and VL (4.3 log copies/ml) were comparable between
the 3 groups. Most of the patients were heavily pre-treated (median of 7 drugs).
Compliance to the results of the resistance testing was good (88% P, 83% G).
Percentages of patients with VL<200 copies/ml at W12 (primary end point ) were
33% in P, 41% in G and 34% in SOC (p=0.249). A decreased of VL³1 log copies/ml
was observed respectively in 55%, 59% and 51% (p=0.497). Preliminary results for
the 427 patients already evaluated at W24 showed 26% (P), 36% (G) and 27 %(SOC)
with VL<200 copies/ml (p=0.085). Patients with VL<200 copies/ml at both W12 and
W24 were respectively 22%, 29%, 17% (p=0.023); (G vs SOC p=0.008; P vs SOC
p=0.255). Conclusion: In this study of heavily ART-experienced patients: -access
to baseline P or G was not associated with a higher percentage of patients
reaching VL<200 copies/ml at W12. W24 results showed that genotype improved the
long term virologic response for patients with VL<200 copies at W12. Data
actualized until W36 will be presented.
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Dimenticavo! Sai per caso quanto costa (più o meno) questo VirtualPhenotype?
Credo intorno al milione per test, o forse anche qualcosina di piu'.
Cerchero' di informarmi con piu' precisione...
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