A non-naturally occurring fusion protein comprising a first zinc finger protein and a nuclease cleavage domain or half domain, wherein said first zinc finger protein is able to bind to an intron of an endogenous hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HPRT) gene at a target site selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 125-136 of Table 2, wherein when said fusion protein is used with a second ZFP and nuclease cleavage domain or half domain fusion to form a pair of zinc finger nucleases (ZFNs), the ZFN pair is able to modify the endogenous HPRT gene; wherein said first ZFP comprises the recognition helix regions F1-F5 or F1-F6 in the order shown in any one single row of the following Table: F1 F2 F3 F4 F5 F6 Human 34270 QSGHLAR (SEQ ID NO:79) QRVALQA (SEQ ID NO:80) QSSHLTR (SEQ ID NO:81) QSGSLTR (SEQ ID NO:33) RDSNLSV (SEQ ID NO:82) QKINLQV (SEQ ID NO:83) Human 34269 RSDVLSA (SEQ ID NO:84) QNATRIN (SEQ ID NO:85) QNATRIN (SEQ ID NO:85) TSGNLTR (SEQ ID NO:86) QSNDLNS (SEQ ID NO:87) NA Human 34278 QSGNLAR (SEQ ID NO:26) QSGDLTR (SEQ ID NO:49) RSDTLSE (SEQ ID NO:8) ARSTRTN (SEQ ID NO:88) RSDSLSV (SEQ ID NO:14) RSAHLSR (SEQ ID NO:89) Human 34277 DRSNLSR (SEQ ID NO:19) QKVTLAA (SEQ ID NO:90) QSGNLAR (SEQ ID NO:26) QGANLIK (SEQ ID NO:91) DRSALSR (SEQ ID NO:32) QSGDLTR (SEQ ID NO:49) Human 34306 TSGSLSR (SEQ ID NO:37) QSGNLAR (SEQ ID NO:26) QSSDLSR (SEQ ID NO:92) RSDHLSQ (SEQ ID NO:93) DNSNRIN (SEQ ID NO:94) NA Human 34303 QSGDLTR (SEQ ID NO:49) TSGSLTR (SEQ ID NO:18) RSDVLSE (SEQ ID NO:95) RNQHRKT (SEQ ID NO:96) RSAHLSR (SEQ ID NO:89) DRSDLSR (SEQ ID NO:97) Human 34321 RSDNLSN (SEQ ID NO:98) TSSNRKN (SEQ ID NO:99) TSGNLTR (SEQ ID NO:86) WRSCLRA (SEQ ID NO:100) QSGNLAR (SEQ ID NO:26) NA Human 35944 QSSDLSR (SEQ ID NO:92) QSGNRTT (SEQ ID NO:101) TSSNLSR (SEQ ID NO:102) TSGNLTR (SEQ ID NO:86) LSQDLNR (SEQ ID NO:103) NA Human 35974 NNRDLIN (SEQ ID NO:104) TSSNLST (SEQ ID NO:105) HSNARKT (SEQ ID NO:106) QSGALAR (SEQ ID NO:107) RSDHLSR (SEQ ID NO:108) NA Human 35963 ARSTRTN (SEQ ID NO:88) QSGHLAR (SEQ ID NO:79) QRVALQA (SEQ ID NO:80) ERGTLAR (SEQ ID NO:109) RSDALAR (SEQ ID NO:110) NA Human 34359 DRSNLSR (SEQ ID NO:19) ARWYLDK (SEQ ID NO:111) RSANLTR (SEQ ID NO:15) RSDVLSE (SEQ ID NO:95) QRSNLKV (SEQ ID NO:112) NA Human 35981 RSDNLAR (SEQ ID NO:21) QKVNLRE (SEQ ID NO:113) QRTHLTQ (SEQ ID NO:114) RSDNLSE (SEQ ID NO:16) TRSPLRN (SEQ ID NO:115) NA Human 37714 QSGHLAR (SEQ ID NO:79) QSSNRQK (SEQ ID NO:116) QSGHLAR (SEQ ID NO:79) QSGSLTR (SEQ ID NO:33) RSDNLSV (SEQ ID NO:117) QNANRIT (SEQ ID NO:118) Human 37706 RSDVLSA (SEQ ID NO:84) QNATRIN (SEQ ID NO:85) QSGDLTR (SEQ ID NO:49) TSGNLTR (SEQ ID NO:86) QSNDLNS (SEQ ID NO:87) NA Human 37741 LKQHLNE (SEQ ID NO:119) QNAHRKT (SEQ ID NO:120) DSSHRTR (SEQ ID NO:121) RSDHLSQ (SEQ ID NO:93) CTRNRWR (SEQ ID NO:122) NA Human 37734 QSGDLTR (SEQ ID NO:49) TSGSLTR (SEQ ID NO:18) RSDVLSE (SEQ ID NO:95) RNQHRKT (SEQ ID NO:96) RSDHLSE (SEQ ID NO:123) HSRTRTK (SEQ ID NO:124) Human 37746 TSGSLSR (SEQ ID NO:37) QAGQRRV (SEQ ID NO:125) DRSHLAR (SEQ ID NO:126) RSDHLSQ (SEQ ID NO:93) CTRNRWR (SEQ ID NO:122) NA Human 37735 QSGDLTR (SEQ ID NO:49) TSGSLTR (SEQ ID NO:18) RSDVLSE (SEQ ID NO:95) RNQHRKT (SEQ ID NO:96) RSDHLSE (SEQ ID NO:123) HSRTRTK (SEQ ID NO:124)