इंडोनेशिया के इतिहास में इंडोनेशिया की भौगोलिक स्थिति, प्राकृतिक संसाधनों, मानव प्रवास और संपर्कों की शृंखला, युद्धों और विजयों के साथ-साथ व्यापार, अर्थशास्त्र तथा राजनीति द्वारा आकार दिया गया है। इंडोनेशिया दक्षिण पूर्व एशिया और ओशिनिया में भूमध्य रेखा के साथ फैले 17,000 से 18,000 द्वीपों का एक द्वीपसमूह देश है। देश की रणनीतिक समुद्री लेन की स्थिति ने अंतर-द्वीप और अंतर्राष्ट्रीय व्यापार को बढ़ावा दिया; व्यापार ने तब से मौलिक रूप से इंडोनेशियाई इतिहास को आकार दिया है। इंडोनेशिया का क्षेत्र विभिन्न प्रवासियों के लोगों से आबाद है, जिससे संस्कृतियों, जातीयताओं और भाषाओं की विविधता पैदा होती है। द्वीपसमूह के भू-आकृतियों और जलवायु ने कृषि और व्यापार और राज्यों के गठन को महत्वपूर्ण रूप से प्रभावित किया। इंडोनेशिया राज्य की सीमाएँ 20वीं सदी के डच ईस्ट इंडीज की सीमाओं से मेल खाती हैं।

होमो इरेक्टस के जीवाश्म अवशेष, जिन्हें "जावा मैन" के नाम से जाना जाता है, और उनके औजारों से पता चलता है कि इंडोनेशियाई द्वीपसमूह कम से कम 1.5 मिलियन साल पहले बसा हुआ था। ऑस्ट्रोनेशियन लोग, जो आधुनिक आबादी का बहुमत बनाते हैं, माना जाता है कि वे मूल रूप से ताइवान से थे और 2000 ईसा पूर्व के आसपास इंडोनेशिया पहुंचे थे। 7वीं शताब्दी ई. से, शक्तिशाली श्रीविजय नौसैनिक साम्राज्य फला-फूला, जो अपने साथ हिंदू और बौद्ध प्रभाव लेकर आया। कृषि बौद्ध शैलेंद्र और हिंदू मातरम राजवंश बाद में अंतर्देशीय जावा में फले-फूले। अंतिम महत्वपूर्ण गैर-मुस्लिम साम्राज्य, हिंदू माजापहित साम्राज्य, 13वीं शताब्दी के उत्तरार्ध से फला-फूला और इसका प्रभाव इंडोनेशिया के अधिकांश हिस्सों में फैल गया। इंडोनेशिया में इस्लामीकृत आबादी का सबसे पहला प्रमाण 13वीं शताब्दी में उत्तरी सुमात्रा में मिलता है; अन्य इंडोनेशियाई क्षेत्रों ने धीरे-धीरे इस्लाम को अपना लिया, जो 16वीं शताब्दी के अंत तक जावा और सुमात्रा में प्रमुख धर्म बन गया। अधिकांशतः इस्लाम विद्यमान सांस्कृतिक और धार्मिक प्रभावों के साथ मिश्रित रहा।

पुर्तगालियों ओर यूरोपीय लोग 16वीं शताब्दी में इंडोनेशिया पहुंचे और मलूकू में मूल्यवान जायफल, लौंग और क्यूबेब काली मिर्च के स्रोतों पर एकाधिकार करने की कोशिश की। 1602 में, डच ने डच ईस्ट इंडिया कंपनी (वेरेनिगडे ओस्टिन्डिशे कॉम्पैग्नी या वीओसी) की स्थापना की और 1610 तक प्रमुख यूरोपीय शक्ति बन गए। दिवालियापन के बाद, 1800 में वीओसी को औपचारिक रूप से भंग कर दिया गया और नीदरलैंड की सरकार ने सरकारी नियंत्रण में डच ईस्ट इंडीज की स्थापना की। 20वीं सदी की शुरुआत तक, डच प्रभुत्व वर्तमान सीमाओं तक फैल गया। द्वितीय विश्व युद्ध के दौरान 1942-1945 में जापानी आक्रमण और कब्जे ने डच शासन को समाप्त कर दिया और पहले से दबे हुए इंडोनेशियाई स्वतंत्रता आंदोलन को बढ़ावा दिया। अगस्त 1945 में जापान के आत्मसमर्पण के दो दिन बाद, राष्ट्रवादी नेता सुकर्णो ने स्वतंत्रता की घोषणा की और राष्ट्रपति बन गए। नीदरलैंड ने अपना शासन फिर से स्थापित करने की कोशिश की, लेकिन दिसंबर 1949 में एक भयंकर सशस्त्र और कूटनीतिक संघर्ष समाप्त हो गया, जब अंतर्राष्ट्रीय दबाव के सामने डच ने औपचारिक रूप से इंडोनेशियाई स्वतंत्रता को मान्यता दी।

1965 में एक तख्तापलट की कोशिश के बाद सेना के नेतृत्व में एक हिंसक कम्युनिस्ट विरोधी अभियान चलाया गया जिसमें पाँच लाख से ज़्यादा लोग मारे गए। जनरल सुहार्तो ने राष्ट्रपति सुकर्णो को राजनीतिक रूप से मात दी और मार्च 1968 में राष्ट्रपति बन गए। उनके नए आदेश प्रशासन ने पश्चिम का समर्थन प्राप्त किया, जिसका इंडोनेशिया में निवेश अगले तीन दशकों में पर्याप्त आर्थिक विकास का एक प्रमुख कारक था। हालाँकि, 1990 के दशक के उत्तरार्ध में, इंडोनेशिया पूर्वी एशियाई वित्तीय संकट से सबसे अधिक प्रभावित देश था, जिसके कारण लोकप्रिय विरोध प्रदर्शन हुए और 21 मई 1998 को सुहार्तो को इस्तीफा देना पड़ा। सुहार्तो के इस्तीफे के बाद सुधारवादी युग ने लोकतांत्रिक प्रक्रियाओं को मजबूत किया है, जिसमें क्षेत्रीय स्वायत्तता कार्यक्रम, पूर्वी तिमोर का अलगाव और 2004 में पहला प्रत्यक्ष राष्ट्रपति चुनाव शामिल है। 2000 के दशक में राजनीतिक अस्थिरता, सामाजिक अशांति, भ्रष्टाचार, प्राकृतिक आपदाएँ और आतंकवाद समस्याएँ बनी रहीं, लेकिन 2007 से अर्थव्यवस्था ने मज़बूत प्रदर्शन किया है। हालाँकि विभिन्न धार्मिक और जातीय समूहों के बीच संबंध काफी हद तक सामंजस्यपूर्ण हैं, लेकिन कुछ क्षेत्रों में तीव्र सांप्रदायिक असंतोष और हिंसा समस्याएँ बनी हुई हैं। आज, 270 मिलियन से अधिक लोगों वाला देश इंडोनेशिया अपनी विविधता और बहुसंस्कृतिवाद के लिए जाना जाता है, जो इसके समृद्ध इतिहास में निहित है। राजनीतिक अस्थिरता और आर्थिक संकट जैसी चुनौतियों का सामना करने के बावजूद, इंडोनेशिया ने अपनी अर्थव्यवस्था को विकसित करना जारी रखा है और दक्षिण पूर्व एशियाई क्षेत्र में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। देश ने वैश्विक कला, संगीत और भोजन में भी उल्लेखनीय योगदान दिया है।

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