माइक्रोलिथिक उपकरणों की मौजूदगी इस बात की साक्षी है कि ज़ांज़ीबार में कम से कम 20,000 वर्षों से मनुष्यों का वास रहा है। ज़ांज़ीबार शब्द की उत्पत्ति फ़ारसी शब्द "जैंगि-बार" (जैंगिकाला और बारका स्थान) से हुई है। यह द्वीप समूह उस समय विस्तृत विश्व के ऐतिहासिक रिकॉर्ड का हिस्सा बन गया जब फ़ारसी व्यापारियों को इस द्वीप समूह का पता चला और जब उन्होंने इस द्वीप समूह का इस्तेमाल मध्य पूर्व, भारत और अफ्रीका के बीच की यात्राओं के एक आधार के रूप में किया। उन्गुजा, बड़ा द्वीप, ने एक संरक्षित और रक्षायोग्य पोताश्रय प्रदान किया इसलिए द्वीप समूह ने कुछ मूल्यवान उत्पादों की पेशकश की, फारसियों ने यहाँ बसना शुरू कर दिया जो आगे चलकर ज़ांज़ीबार शहर (स्टोन टाउन) के नाम से जाना जाने लगा जो पूर्व अफ़्रीकी तटीय नगरों के साथ व्यापार करने के लिए एक सुविधाजनक केन्द्र था।200ज़ांज़ीबार का एक पुराना किलाउन्होंने इस द्वीप समूह पर चौकियां स्थापित की और दक्षिणी गोलार्द्ध में उन्होंने प्रथम पारसी अग्नि मंदिर और मस्जिद का निर्माण किया।

अन्वेषण युग के दौरान पुर्तगाली साम्राज्य ज़ांज़ीबार पर नियंत्रण प्राप्त करने वाली पहली यूरोपीय शक्ति थी और लगभग 200 वर्षों तक यह पुर्तगालियों के कब्जे में रहा। 1698 में ज़ांज़ीबार ओमान सल्तनत के नियंत्रण में चला गया जहां एक शासक अरबी कुलीन के साथ नकदी फसलों और व्यापार की अर्थव्यवस्था का विकास हुआ। मसालों का उत्पादन करने के लिए वृक्षारोपण को बढ़ावा दिया गया इसलिए इसका नाम मसाला द्वीप समूह पड़ गया। ज़ांज़ीबार के लिए फायदेमंद साबित होने वाला एक और प्रमुख व्यापार हाथीदांत था। ज़ांज़ीबार के सुल्तान ने पूर्व अफ़्रीकी तट के एक महत्वपूर्ण भाग पर कब्ज़ा कर लिया जिसे जैंज के नाम से जाना गया; इसमें मोम्बासा, डार एस सलाम और व्यापारिक मार्ग जैसे कांगो नदी पर किंडू तक जाने वाला मार्ग शामिल थे जिससे इस द्वीप का काफी विस्तार हुआ।

कभी-कभी धीरे-धीरे और कभी-कभी उठते-बैठते ज़ांज़ीबार का नियंत्रण ब्रिटिश साम्राज्य के हाथों में चला गया; दास व्यापार के उन्मूलन के लिए उन्नीसवीं सदी में किया गया आंदोलन इस हस्तांतरण की राजनीतिक प्रेरणा का एक हिस्सा था। 1890 के हेलोगोलैंड-ज़ांज़ीबार की संधि द्वारा उस समय की सबसे नजदीकी प्रासंगिक औपनिवेशिक सत्ता जर्मन साम्राज्य और ब्रिटेन साम्राज्य के बीच एक नए रिश्ते की शुरुआत हुई जिसमें जर्मनी ने द्वीपीय ज़ांज़ीबार में ब्रिटिश हितों के साथ हस्तक्षेप न करने का वचन दिया। उस वर्ष, ज़ांज़ीबार ब्रिटेन का एक संरक्षित क्षेत्र (उपनिवेश नहीं) बन गया। 1890 से 1913 तक कठपुतलियों की तरह शासन कार्य करने के लिए पारंपरिक विजीरों की नियुक्ति की गई जो 1913 से 1963 तक ब्रिटिश निवासियों (प्रभावी रूप से गवर्नर) की एक प्रणाली में परिवर्तित हो गई। 25 अगस्त 1896 को प्रो-ब्रिटिश सुल्तान हमद बिन थुवैनी की मौत और ब्रिटिशों की मंजूरी के बिना सुल्तान खालिद बिन बर्घाश के सिंहासनारूढ़ होने के फलस्वरूप एंग्लो-ज़ांज़ीबार युद्ध हुआ। 27 अगस्त 1896 की सुबह को शाही नौसेना के जहाजों ने बिट अल हुकुम पैलेस को नष्ट कर दिया। 38 मिनट बाद एक संघर्ष विराम की घोषणा की गई और इस दिन हुई बमबारी को इतिहास का सबसे छोटा युद्ध माना जाता है।

इस द्वीप समूह को एक संवैधानिक राजशाही के रूप में दिसंबर 1963 में ब्रिटेन के दासत्व से मुक्ति मिली। एक महीने बाद एक खुनी ज़ांज़ीबार क्रांति हुई जहां एक नरसंहार में हजारों अरबी और इंडियन मारे गए और हजारों को यहाँ से निकाल दिया गया जिसके फलस्वरूप ज़ांज़ीबार और पेम्बा गणतंत्र की स्थापना हुई। अप्रैल के महीने में ही इस गणराज्य को मुख्य भू-भाग पूर्व उपनिवेश तन्गानिका में शामिल कर लिया गया। तन्गानिका और ज़ांज़ीबार के इस संयुक्त गणराज्य को बहुत जल्द (एक पोर्टमंटो के रूप में) यूनाइटेड रिपब्लिक ऑफ तंजानिया नाम दिया गया जहाज ज़ांज़ीबार अभी भी एक अर्द्ध-स्वायत्त क्षेत्र के रूप में कायम है।
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