Thất bại nhục nhã của quân đội là một trong những yếu tố dẫn tới việc Thiếu tá Husni al-Zaim lên nắm quyền lực năm 1949, trong cái từng được miêu tả như vụ đảo chính quân sự đầu tiên của thế giới Ả Rập. từ khi Thế Chiến II bắt đầu. Việc này nhanh chóng được tiếp nối bằng một vụ đảo chính mới, bởi Thiếu tá Sami al-Hinnawi, người sau đó nhanh chóng bị Thiếu tá Adib Shishakli hạ bệ, tất cả đều diễn ra trong cùng một năm. Sau khi thực hiện ảnh hưởng phía sau hậu trường ở một số thời điểm, lập vai trò thống trị trong nghị viện đã tan rã, Shishakli tung ra một cuộc đảo chính thứ hai năm 1951, mở rộng vai trò của mình và cuối cùng xoá bỏ cả nghị viện và hệ thống đa đảng phái. Chỉ khi chính tổng thống Shishakli bị lật đổ trong một cuộc đảo chính năm 1954, hệ thống nghị viện mới được tái lập, nhưng hoàn toàn suy yếu vì những trò vận động chính trị được ủng hộ bởi các phe nhóm đang cạnh tranh lẫn nhau trong giới quân sự. Tới thời điểm đó, chính trị dân sự đã phần lớn không còn ý nghĩa, và quyền lực dần tập trung vào phái quân sự và an ninh, khi ấy đã chứng tỏ mình là lực lượng duy nhất có khả năng nắm và - có lẽ - giữ quyền lực. Các định chế nghị viện vẫn còn yếu kém và không hiệu quả, bị thống trị bởi những cuộc tranh giành đảng phái đại diện cho giới chủ đất và nhiều quý tộc Sunni đô thị, trong khi kinh tế và chính trị bị quản lý kém, và ít điều được thực hiện để tăng cường vai trò của tầng lớp nông dân Syria đa số. Điều này, cũng như ảnh hưởng của chủ nghĩa Nasser và các tư tưởng chống thực dân khác, đã tạo ra mảnh đất màu mỡ cho nhiều phong trào quốc gia Ả Rập, chủ nghĩa quốc gia Syria và xã hội chủ nghĩa, những người đại diện cho các phái bất mãn trong xã hội, đáng kể nhất gồm cả các nhóm thiểu số tôn giáo và những người yêu cầu cải cách cấp tiến.Trong cuộc khủng hoảng kênh Suez năm 1956, sau khi quân đội Israel xâm lược Bán đảo Sinai, và sự can thiệp của quân đội Anh và Pháp, thiết quân luật được ban bố tại Syria. Những cuộc tấn công tháng 11 năm 1956 vào các đường ống dẫn dầu của Iraq để trả đũa việc Iraq chấp nhận tham gia Hiệp ước Baghdad. Đầu năm 1957 Iraq đề nghị Ai Cập và Syria phản đối một sự tiếp quản Jordan.Tháng 11 năm 1956 Syria ký một hiệp ước với Liên Xô, cung cấp một cứ điểm cho Chủ nghĩa cộng sản tạo lập ảnh hưởng bên trong chính phủ để đổi lấy các máy bay, xe tăng và các trang thiết bị quân sự khác. Sự gia tăng sức mạnh kỹ thuật quân sự này của Syria đã làm Thổ Nhĩ Kỳ lo ngại, bởi dường như có nguy cơ đáng sợ rằng Syria sẽ chiếm lại Iskenderun, một vấn đề gây tranh cãi giữa Syria và Thổ Nhĩ Kỳ. Mặt khác, Syria và Liên bang Xô viết buộc tội Thổ Nhĩ Kỳ tập trung quân đội tại biên giới Syria. Trong sự căng thẳng này, những người cộng sản đã giành thêm được quyền quản lý với chính phủ và quân đội Syria. Chỉ những cuộc tranh luận đang nóng lên ở Liên hiệp quốc (nơi Syria là một thành viên từ đầu) mới làm giảm nhẹ mối đe doạ chiến tranh.Sự bất ổn chính trị của Syria trong những năm sau cuộc đảo chính năm 1954, sự tương đồng trong các chính sách của Syria và Ai Cập, và lời kêu gọi của Tổng thống Ai Cập Gamal Abdal Nasser về vai trò lãnh đạo của nước này trong bối cảnh vụ khủng hoảng kênh Suez đã tạo ra sự ủng hộ tại Syria về một liên minh với Ai Cập. Ngày 1 tháng 2 năm 1958, Tổng thống Syria Shukri al-Quwatli và Nasser thông báo sự sáp nhập hai quốc gia, lập ra Cộng hoà Ả Rập Thống nhất, và toàn bộ các đảng chính trị Syria, cũng như những người Cộng sản bên trong đó, ngừng công khai các hoạt động.Tuy nhiên, liên minh này không mang lại thành công. Sau một cuộc đảo chính quân sự ngày 28 tháng 9 năm 1961, Syria rút lui, tái lập mình thành nhà nước Cộng hoà Ả Rập Syria. Sự bất ổn tiếp tục diễn ra trong 18 tháng sau đó, với nhiều cuộc đảo chính với đỉnh điểm vào ngày 8 tháng 3 năm 1963, với sự thành lập Hội đồng Quốc gia Bộ chỉ huy Cách mạng của những sĩ quan quân đội Syria theo cánh tả (NCRC), một nhóm các quan chức quân sự và dân sự nắm mọi quyền hành pháp và lập pháp. Vụ chiếm quyền được các thành viên của Đảng Phục hồi Xã hội chủ nghĩa Ả Rập (Đảng Baath) sắp đặt, đảng này đã hoạt động tích cực tại Syria và các quốc gia Ả Rập khác từ cuối những năm 1940. Nội các mới có đa số là các thành viên đảng Baath.Vụ đảng Baath chiếm quyền ở Syria sau một vụ đảo chính của đảng Baath tại Iraq vào tháng trước đó. Chính phủ mới của Syria nghiên cứu khả năng lập liên minh với Ai Cập và với nước Iraq cũng đang nằm dưới sự quản lý của đảng Baath. Một thoả thuận được ký kết tại Cairo ngày 17 tháng 4 năm 1963, về một cuộc trưng cầu dân ý về hợp nhất sẽ được tổ chức vào tháng 9 năm 1963. Tuy nhiên, những bất đồng nghiêm trong giữa các bên nhanh chóng xuất hiện, và liên bang ba bên đã không thể hình thành. Sau đó, chính phủ đảng Baath tại Syria và Iraq bắt đầu đàm phán việc thành lập liên minh hai nước. Những kế hoạch này sụp đổ tháng 11 năm 1963, khi chính phủ Baath tại Iraq bị lật đổ. Tháng 5 năm 1964, Tổng thống Amin Hafiz thuộc NCRC ban hành một hiến pháp lâm thời tạo lập một Hội đồng Cách mạng Quốc gia (NCR), một cơ quan lập pháp theo chỉ định gồm các đại biểu đại diện cho các tổ chức lớn - công nhân, nông dân, và các liên đoàn chuyên nghiệp - một hội đồng tổng thống, với quyền hành pháp, và một nội các. Ngày 23 tháng 2 năm 1966, một nhóm sĩ quan quân đội tiến hành một cuộc đảo chính nội bộ thành công, bỏ tù Tổng thống Hafiz, giải tán nội các và NCR, bãi bỏ hiến pháp lâm thời, và tạo lập một chính phủ Baath địa phương và dân sự ngày 1 tháng 3. Các lãnh đạo cuộc đảo chính miêu tả nó như là một "cuộc chỉnh lý" các nguyên tắc của đảng Baath.