Về mặt chính trị, lịch sử thuộc địa này sau chiến tranh có ba giai đoạn khá khác biệt: cho đến năm 1959, khi vị thế của nó được nâng lên từ thuộc địa thành tỉnh, theo cách tiếp cận của Đế quốc Bồ Đào Nha; từ năm 1960 đến năm 1968, khi Madrid đã cố gắng một phần giải phóng thuộc địa nhằm giữ lãnh thổ như là một phần của hệ thống Tây Ban Nha; và từ năm 1968 trở đi, sau khi lãnh thổ trở thành một nước cộng hòa độc lập. Giai đoạn đầu tiên bao gồm ít hơn một sự tiếp tục của các chính sách trước đó; những giống chặt chẽ các chính sách của Bồ Đào Nha và Pháp, đặc biệt là trong việc chia rẽ dân chúng thành một phần lớn chi phối như bản địa hoặc không phải là công dân, và một thiểu số rất nhỏ (cùng với người da trắng) thừa nhận với tình trạng công dân như emancipados, đồng hóa với đô thị văn hóa là phương tiện duy nhất cho phép tiến bộ.Giai đoạn tỉnh này chứng kiến sự khởi đầu của chủ nghĩa dân tộc, nhưng chủ yếu giữa các nhóm nhỏ, những người đã lấy nơi ẩn náu từ Caudillo tay cha  ở Cameroun và Gabon. Họ đã thành lập hai cơ thể: Movimiento Nacional de Liberación de la Guinea (MONALIGE) và ý tưởng phổ biến de Guinea Cheferial (IPGE). Áp lực mà họ có thể mang lại là yếu, nhưng xu hướng chung ở Tây Phi thì không, và vào cuối những năm 1960, phần lớn lục địa châu Phi đã được trao độc lập. Nhận thức được xu hướng này, người Tây Ban Nha bắt đầu tăng cường nỗ lực chuẩn bị cho đất nước giành độc lập và ồ ạt đẩy mạnh phát triển. Tổng sản phẩm quốc dân bình quân đầu người năm 1965 là $ 466, cao nhất ở châu Phi đen và Tây Ban Nha đã xây dựng một sân bay quốc tế tại Santa Isabel, một đài truyền hình và tăng tỷ lệ biết đọc biết viết lên tương đối cao 89%. Đồng thời các biện pháp đã được thực hiện để chống lại bệnh ngủ và bệnh phong ở khu vực này, và đến năm 1967, số giường bệnh trên đầu người ở Guinea Xích đạo cao hơn Tây Ban Nha, với 1637 giường ở 16 bệnh viện. Tất cả đều giống nhau, các biện pháp cải thiện giáo dục đã bị xáo trộn và giống như ở Cộng hòa Dân chủ Congo vào cuối thời kỳ thuộc địa, số người châu Phi trong giáo dục đại học chỉ có hai chữ số, và giáo dục chính trị cần thiết cho một quốc gia hoạt động là không đáng kể.Một quyết định ngày 9 tháng 8 năm 1963, được phê chuẩn bởi một cuộc trưng cầu dân ý ngày 15 tháng 12 năm 1963, đã trao cho lãnh thổ một biện pháp tự trị và thúc đẩy hành chính của một nhóm ôn hòa, Movimiento de Unión Nacional de Guinea Ecuatorial (MUNGE). Điều này đã chứng tỏ một công cụ yếu ớt, và, với áp lực ngày càng tăng đối với sự thay đổi từ Liên Hợp Quốc, Madrid dần dần buộc phải nhường chỗ cho dòng chảy của chủ nghĩa dân tộc. Hai nghị quyết của Đại hội đồng đã được thông qua vào năm 1965 yêu cầu Tây Ban Nha trao độc lập cho thuộc địa, và vào năm 1966, một Ủy ban của Liên Hợp Quốc đã đi thăm đất nước này trước khi đề xuất điều tương tự. Đáp lại, người Tây Ban Nha tuyên bố rằng họ sẽ tổ chức một hội nghị lập hiến vào ngày 27 tháng 10 năm 1967 để đàm phán một hiến pháp mới cho một Guinea Xích đạo độc lập. Hội nghị có sự tham gia của 41 đại biểu địa phương và 25 người Tây Ban Nha. Người châu Phi chủ yếu bị chia rẽ giữa một bên là Fernandinos và Bubi, những người sợ mất đặc quyền và vênh mặt bởi đa số Fang, và bên kia là những người theo chủ nghĩa dân tộc Río Muni Fang. Tại hội nghị, nhân vật hàng đầu của Fang, tổng thống đầu tiên sau này là Francisco Macías Nguema đã có một bài phát biểu gây tranh cãi, trong đó ông cho rằng Adolf Hitler đã cứu châu Phi. Sau chín phiên, hội nghị đã bị đình chỉ do bế tắc giữa đoàn viên và phe ly khai, những người muốn có một Fernando Pó riêng biệt. Macías quyết định tới Liên Hợp Quốc để nâng cao nhận thức quốc tế về vấn đề này, và các bài phát biểu của ông tại New York đã góp phần giúp Tây Ban Nha đặt tên cho một ngày cho cả hai cuộc bầu cử độc lập và tổng quát. Vào tháng 7 năm 1968, hầu như tất cả các nhà lãnh đạo Bubi đã đến Liên Hợp Quốc ở New York để cố gắng nâng cao nhận thức cho sự nghiệp của họ, nhưng cộng đồng thế giới không quan tâm đến việc ngụy biện cho các đặc điểm của độc lập thuộc địa. Những năm 1960 là thời điểm rất lạc quan về tương lai của các thuộc địa cũ của châu Phi và các nhóm gần gũi với các nhà cai trị châu Âu, như Bubi, không được nhìn nhận tích cực.