Madagascar là một nước cộng hòa đa đảng dân chủ đại nghị bán tổng thống, trong đó tổng thống dân cử là nguyên thủ quốc gia và lựa chọn một thủ tướng, người này giới thiệu các ứng cử viên bộ trưởng lên tổng thống để hình thành nội các. Theo hiến pháp, quyền hành pháp do chính phủ thực thi, quyền lập pháp được trao cho nội các bộ trưởng, Tham nghị viện và Quốc hội, song trên thực tế hai cơ quan sau có rất ít quyền lực hay vai trò lập pháp. Ở cấp địa phương, mỗi một trong 22 tỉnh của quốc gia do một thống đốc và hội đồng tỉnh quản lý. Tỉnh được chia thành các vùng và xã. Hệ thống tư pháp của Madagascar theo mô hình của hệ thống Pháp, với một Tòa án Hiến pháp cấp cao, Tòa án Tư pháp cấp cao, Tòa án Tối cao, Tòa án Thượng thẩm, các tòa án hình sự, và các tòa án xét xử sơ thẩm. Các tòa án tuân theo dân luật, và thiếu khả năng để xét xử nhanh chóng và minh bạch các vụ tố tụng trong hệ thống tư pháp, thường bắt người bị cáo phải chịu giam giữ kéo dài trong các nhà tù thiếu vệ sinh và đông đúc trước khi được xét xử.Từ khi Madagascar giành độc lập từ Pháp vào năm 1960, sự chuyển tiếp chính trị của đảo quốc được đánh dấu bằng nhiều cuộc biểu tình của quần chúng, một số cuộc bầu cử có tranh chấp, hai cuộc đảo chính quân sự và một vụ ám sát. Các cuộc khủng hoảng chính trị trên đảo thường tái diễn và kéo dài, ảnh hưởng bất lợi cho kinh tế bản địa, các quan hệ quốc tế, và mức sinh hoạt của người dân. Tám tháng bế tắc chính trị sau cuộc bầu cử tổng thống năm 2001 khiến Madagascar mất hàng triệu đô la thu nhập từ du lịch và thương mại cũng như thiệt hại về cơ sở hạ tầng với những vụ đánh bom cầu và các tòa nhà hư hại do bị phóng hỏa. Một loạt các cuộc biểu tình do Andry Rajoelina lãnh đạo nhằm chống Tống thống Marc Ravalomanana vào đầu năm 2009 đã trở nên quá khích, với trên 170 người bị giết. Sau khi chính phủ chuyển tiếp của Andry Rajoelina được lập ra, nhiều nhà tài trợ song phương và tổ chức liên chính phủ đóng băng viện trợ và đình chỉ quan hệ ngoại giao chính thức với Madagascar, khiến phát triển kinh tế bị đình trệ và nhiều thành tựu đạt được dưới chính phủ trước đó bị đảo ngược. Chính trị hiện đại tại Madagascar mang màu sắc lịch sử của việc người Merina khuất phục các cộng đồng duyên hải dưới quyền cai trị của họ trong thế kỷ XIX. Hậu quả tất nhiên là tình trạng căng thẳng giữa dân cư cao địa và duyên hải bùng phát theo định kỳ thành các sự kiện bạo lực riêng biệt.Madagascar về mặt lịch sử được nhìn nhận là đứng bên lề các công việc chính của châu Phi mặc dù đảo quốc là một sáng lập của Tổ chức châu Phi Thống nhất, tiền thân của Liên minh châu Phi. Madagascar không được cho phép tham dự hội nghị thượng đỉnh đầu tiên của Liên minh châu Phi do tranh chấp về kết quả bầu cử tổng thống năm 2001, song tái gia nhập Liên minh châu Phi vào tháng 7 năm 2003 sau 14 tháng gián đoạn. Tuy nhiên, Madagascar lại bị Liên minh châu Phi đình chỉ tư cách thành viên vào tháng 3 năm 2009 sau khi quyền hành pháp được chuyển giao cho Andry Rajoelina một cách vi hiến. Madagascar là một thành viên của Tòa án Hình sự Quốc tế với một Hiệp định miền trừ song phương nhằm bảo vệ các quân nhân Hoa Kỳ.Nhân quyền tại Madagascar được bảo vệ theo hiến pháp và quốc gia đã ký kết nhiều hiệp định quốc tế, gồm có Tuyên ngôn Quốc tế Nhân quyền và Công ước về Quyền trẻ em. Các nhóm thiểu số về tôn giáo, dân tộc, và giới tính được bảo vệ theo pháp luật. Tự do lập hội và hội họp cũng được đảm bảo theo pháp luật, song trong thực tế việc từ chối cấp phép cho tập hợp công cộng vẫn thỉnh thoảng diễn ra nhằm cản trở tuần hành chính trị.