Các nhà khảo cổ học ước tính rằng những người định cư đầu tiên đến trên những xuồng chèo từ nam bộ Borneo trong các làn sóng liên tiếp trong suốt giai đoạn từ 350 TCN đến 550 CN, do vậy Madagascar là một trong những vùng đất lớn cuối cùng trên Trái Đất có loài người định cư. Khi đến nơi, những người định cư ban đầu này tiến hành nông nghiệp chặt và đốt để phát quang các khu rừng mưa duyên hải nhằm lấy đất trồng cấy. Những người định đầu tiên chạm trán với các động vật cỡ lớn phong phú trên đảo, gồm có vượn cáo khổng lồ, chim voi, cầy fossa khổng lồ (Cryptoprocta spelea), và hà mã Malagasy, sau đó các loài động vật này bị tuyệt chủng do săn bắn và môi trường sống bị tàn phá. Khoảng năm 600 CN, các nhóm thuộc những người định cư ban đầu này bắt đầu phát quang các khu rừng tại các cao địa trung tâm. Người Ả Rập lần đầu tiên đến đảo trong khoảng thời gian từ thế kỷ VII đến thế kỷ IX. Một làn sóng những người nhập cư nói tiếng Bantu đến đảo từ phần đông nam của châu Phi vào khoảng năm 1000 CN và đưa đến zebu, một loại gia súc sừng dài và có bướu, chúng được nuôi trong các đàn lớn.Đến khoảng năm 1600, các ruộng lúa được tưới tiêu xuất hiện tại Vương quốc Betsileo trên cao địa trung tâm, và một thế kỷ sau thì mở rộng với các ruộng bậc thang trên khắp Vương quốc Imerina láng giềng. Cường độ canh tác đất đai tăng lên và nhu cầu ngày càng tăng về các bãi chăn thả bò zebu đã biến đổi phần lớn các cao địa trung tâm từ một hệ sinh thái rừng thành thảo nguyên vào khoảng thế kỷ XVII. Lịch sử truyền khẩu của người Merina, phân nhóm có thể đến các cao địa trung tâm từ 600 đến 1000 năm trước, miêu tả về việc chạm trán với một nhóm đã được thành lập từ trước đó mà họ gọi là Vazimba. Người Vazimba có thể là hậu duệ của một làn sóng người Nam Đảo đến định cư từ sớm hơn và có kỹ thuật kém tiến bộ hơn. Các vương Andriamanelo, Ralambo và Andrianjaka của người Merina tiến hành đồng hóa hoặc trục xuất người Vazimba khỏi các cao địa vào thế kỷ XVI hoặc đầu thế kỷ XVII. Ngày nay, các linh hồn của người Vazimba được nhiều cộng đồng Malagasy truyền thống sùng kính như tompontany (chủ nhân thổ địa nguyên thủy).Madagascar là một trung tâm mậu dịch xuyên đại dương quan trọng, kết nối các cảng tại Ấn Độ Dương trong các thế kỷ ban đầu sau khi có người đến định cư. Lịch sử thành văn của Madagascar bắt đầu với người Ả Rập, họ thiết lập các trạm mậu dịch dọc theo bờ biển tây bắc từ muộn nhất là thế kỷ X và đem đến Hồi giáo, chữ Ả Rập (dùng để chép tiếng Malagasy bằng một dạng chữ viết gọi là sorabe), thuật chiêm tinh Ả Rập và các yếu tố văn hóa khác. Người châu Âu bắt đầu có tiếp xúc với đảo vào năm 1500, khi thuyền trưởng người Bồ Đào Nha Diogo Dias trông thấy đảo. Người Pháp thiết lập các trạm mậu dịch dọc theo bờ biển phía đông của đảo vào cuối thế kỷ XVII.Từ khoảng năm 1774 đến năm 1824, Madagascar được chú ý đặc biệt trong giới hải tặc và thương nhân châu Âu, đặc biệt là những người tham gia vào buôn bán nô lệ Đại Tây Dương. Đảo nhỏ Nosy Boroha ở ngoài khơi bờ biển đông bắc của Madagascar được một số nhà sử học đề xuất là địa điểm của hải tặc truyền thuyết không tưởng Libertalia. Các thủy thủ người châu Âu bị đắm tàu gần các đường bờ biển của đảo, trong số đó có Robert Drury, nhật ký của người này là một trong các miêu tả bằng văn bản hiếm hoi về sinh hoạt tại nam bộ Madagascar trong thế kỷ XVIII. Sự giàu có bắt nguồn từ mậu dịch hàng hải khuyến khích sự nổi lên của các vương quốc có tổ chức trên đảo, một số trong đó phát triển khá hùng mạnh vào khoảng thế kỷ XVII. Trong số đó có liên minh Betsimisaraka ờ bờ biển phía đông và các tù bang Menabe cùng Boina của người Sakalava trên bờ biển phía tây. Vương quốc Imerina nằm tại các cao địa trung tâm với thủ đô tại vương cung Antananarivo, nổi lên vào khoảng thời gian Quốc vương Andriamanelo trị vì.