Trong thế kỉ 11, người Thổ Seljuk thâu tóm phần lớn Địa Trung Hải, chiếm Ba Tư những năm 1040, Armenia những năm 1060, và Jerusalem vào năm 1070. Năm 1071, quân Thổ đánh bại quân Byzantine tại Trận Manzikert và cầm tù Hoàng đế Byzantine Romanos IV Diogenes (cai trị 1068-1071). Người Thổ sau đó tự do xâm lược Tiểu Á, tung một đòn nguy hiểm vào Đế quốc Byzantine với việc chiếm phần lớn dân số và trung tâm kinh tế của nó. Mặc dù người Byzantine đoàn kết lại và khôi phục ít nhiều, họ không còn có thể tái chiếm Tiểu Á và thường xuyên trong thế phòng thủ. Người Thổ cũng có những khó khăn của mình, đánh mất Jerusalem vào tay nhà Fatima ở Ai Cập và trải qua một loạt các cuộc nội chiến. Trong khi đó Byzantine lại phải đối đầu với một Bulgary đang hồi sinh và lan rộng khắp miền Balkan cuối thế kỉ 12 và thế kỉ 13.Các cuộc Thập tự chinh ban đầu nhằm để chiếm lại thánh địa Jerusalem từ tay Hồi giáo. Cuộc thập tự chinh thứ nhất do Giáo hoàng Urbanus II (tại vị 1088-1099) tuyên cáo khởi xướng tại Công đồng Clermont năm 1095 để đáp lại lời thỉnh cầu từ Hoàng đế Byzantine Alexios I Komnenos (cai trị 1081-1118) xin cứu viện chống lại quân Hồi giáo xâm lược. Urbanus hứa hẹn Xá tội cho bất kỳ ai tham gia. Hàng chục ngàn người thuộc mọi tầng lớp xã hội được huy động trên khắp châu Âu và đã đánh chiếm Jerusalem thành công năm 1099. Một đặc điểm của các cuộc thập tự chinh là các cuộc tàn sát nhằm vào người Do Thái địa phương thường diễn ra khi những người lính thập tự rời bỏ đất nước họ hành trình về phương Đông. Các cuộc tàn sát này đặc biệt đẫm máu trong cuộc thập tự chinh thứ nhất, khi các cộng đồng Do Thái ở Cologne, Mainz và Worms bị hủy diệt, và những cộng đồng khác ở những thành phố dọc sông Seine và sông Rhine cũng gần như diệt vong. Một sản phẩm tự nhiên khác của thập tự chinh là việc thành lập những dòng tu mới mang tính cách vũ trang, như Hiệp sĩ dòng Đền hay Hiệp sĩ Cứu tế, trộn lẫn đời sống tu đạo với nghĩa vụ quân ngũ.Quân thập tự củng cố những miền đất chiếm được bằng cách lập nên các nhà nước mới. Trong thế kỉ 12 và 13, một loạt các cuộc tranh chấp xảy ra giữa những nhà nước này và các nước Hồi giáo xung quanh. Sự thỉnh cầu từ các quốc gia tới giáo hoàng dẫn tới những cuộc thập tự chinh về sau, chẳng hạn như Cuộc thập tự chinh thứ ba, được triệu tập để nỗ lực giành lại Jerusalem vốn bị Saladin (mất năm 1193) chiếm năm 1187. Năm 1203, dưới tác động của Cộng hòa Venezia, cuộc Thập tự chinh thứ tư bị phân tán khỏi mục tiêu ban đầu là Đất Thánh sang Constantinople (từ lâu là đối thủ thương mại của Venezia), chiếm đóng thành phố này năm 1204, lập nên Đế quốc Latin và làm suy sụp Byzantine. Người Byzantine khôi phục được thành đô năm 1261, nhưng không bao giờ khôi phục lại được sức mạnh trước kia. Tới năm 1291 tất cả các nhà nước của quân thập tự đều bị chiếm đóng hoặc bị đẩy lùi khỏi nội địa, mặc dù một vương quốc trên danh nghĩa là Vương quốc Jerusalem vẫn tồn tại trên đảo Síp thêm được ít năm sau đó.Các đời giáo hoàng cũng kêu gọi thập tự chinh hướng tới các miền dị giáo khác: ở Tây Ban Nha, ở bắc Pháp, và dọc theo bờ Baltic. Thập tự chinh ở Tây Ban Nha hòa trộn với cuộc Reconquista diễn ra từ trước đó. Mặc dù những hiệp sĩ dòng Đền và dòng Cứu tế cũng tham gia vào thập tự chinh ở đây, người Tây Ban Nha cũng lập ra những Dòng tu quân sự tương tự, mà phần lớn về sau nhập vào Dòng tu Calatrava và Dòng tu Santiago đầu thế kỉ 12. Bắc Âu cũng từng nằm ngoài ảnh hưởng của Ki-tô giáo cho tới thế kỉ 11, và trở thành điểm đến thập tự chinh trong giai đoạn thế kỉ 12-thế kỉ 14, dẫn tới sự thành lập Hội Huynh đệ của thanh kiếm Livonia. Một dòng khác, Hiệp sĩ Teuton, ban đầu thành lập ở các nhà nước thập tự quân, từ 1225 tập trung phần lớn hoạt động của nó về Baltic và năm 1309 chuyển tổng hành dinh tới Marienburg ở Phổ.