Conté vẫn nắm quyền cho đến khi qua đời vào ngày 23 tháng 12 năm 2008. Vài giờ sau khi ông qua đời, Moussa Dadis Camara đã giành quyền kiểm soát trong một cuộc đảo chính, tuyên bố mình là người đứng đầu một chính phủ quân sự. Các cuộc biểu tình phản đối cuộc đảo chính trở nên bạo lực, và 157 người đã thiệt mạng khi vào ngày 28 tháng 9 năm 2009, chính quyền ra lệnh cho binh lính tấn công những người tụ tập để phản đối nỗ lực trở thành tổng thống của Camara. Những người lính đã tiến hành hãm hiếp, cắt xẻo và giết người, khiến nhiều chính phủ nước ngoài không ủng hộ chế độ mới này.Vào ngày 3 tháng 12 năm 2009, một phụ tá đã bắn Camara trong một cuộc tranh chấp trong cơn thịnh nộ vào tháng Chín. Camara đã được đưa đến Maroc để được chăm sóc y tế. Phó Tổng thống (và Bộ trưởng Quốc phòng) Sékouba Konaté đã bay về từ Liban để điều hành đất nước, khi Camara vắng mặt. Sau cuộc họp tại Ouagadougou vào ngày 13 và 14 tháng 1 năm 2010, Camara, Konaté và Blaise Compaoré, Tổng thống Burkina Faso, đã đưa ra một tuyên bố chính thức về mười hai nguyên tắc hứa hẹn sẽ đưa Guinea trở lại chế độ dân sự trong vòng sáu tháng.Cuộc bầu cử tổng thống Guinea được tổ chức vào ngày 27 tháng 6, với cuộc bầu cử thứ hai được tổ chức vào ngày 7 tháng 11, do những cáo buộc gian lận bầu cử. Tỷ lệ cử tri đi bỏ phiếu cao và các cuộc bầu cử diễn ra tương đối suôn sẻ. Alpha Condé, lãnh đạo đảng đối lập Rally of the Guinean People (RGP), đã thắng cử, hứa hẹn sẽ cải tổ lĩnh vực an ninh và xem xét các hợp đồng khai thác mỏ.Vào cuối tháng 2 năm 2013, bạo lực chính trị bùng phát ở Guinea sau khi những người biểu tình xuống đường bày tỏ lo ngại về tính minh bạch của cuộc bầu cử tháng 5 năm 2013 sắp tới. Các cuộc biểu tình được thúc đẩy bởi quyết định của liên minh đối lập từ bỏ quy trình bầu cử, để phản đối sự thiếu minh bạch trong việc chuẩn bị cho các cuộc bầu cử. Chín người đã thiệt mạng trong các cuộc biểu tình và khoảng 220 người bị thương. Nhiều người chết và bị thương khi lực lượng an ninh sử dụng đạn thật bắn vào người biểu tình.Bạo lực chính trị cũng dẫn đến các cuộc đụng độ liên sắc tộc giữa những người Fula và Malinke. Người Malinke ủng hộ Tổng thống Condé, còn người Fula chủ yếu ủng hộ phe đối lập.Vào ngày 26 tháng 3 năm 2013, đảng đối lập đã rút lui khỏi các cuộc đàm phán với chính phủ, trong cuộc bầu cử ngày 12 tháng 5 sắp tới. Phe đối lập nói rằng chính phủ đã không tôn trọng họ, và không giữ bất kỳ lời hứa nào mà họ đã hứa hẹn.Vào ngày 25 tháng 3 năm 2014, Tổ chức Y tế Thế giới cho biết Bộ Y tế Guinea đã báo cáo một đợt bùng phát dịch bệnh do vi rút Ebola ở Guinea. Đợt bùng phát ban đầu này có tổng cộng 86 trường hợp mắc, trong đó có 59 trường hợp tử vong. Đến ngày 28/5, có 281 trường hợp mắc, 186 trường hợp tử vong. Người ta tin rằng trường hợp đầu tiên là Emile Ouamouno, một cậu bé 2 tuổi sống ở làng Meliandou. Ông lâm bệnh vào ngày 2 tháng 12 năm 2013 và mất vào ngày 6 tháng 12. Vào ngày 18 tháng 9 năm 2014, tám thành viên của một nhóm chăm sóc sức khỏe giáo dục Ebola đã bị sát hại bởi dân làng ở thị trấn Womey. Tính đến ngày 1 tháng 11 năm 2015, đã có 3.810 ca nhiễm và 2.536 ca tử vong ở Guinea.Vào tháng 10 năm 2020, tổng thống Alpha Condé đã thắng cử tổng thống. Condé nắm quyền từ năm 2010 và ông đã tiếp tục nắm quyền tới nhiệm kỳ thứ ba. Phe đối lập đã không chấp nhận kết quả bầu cử của ông vì những cáo buộc gian lận. Tổng thống cho biết một cuộc trưng cầu dân ý về hiến pháp vào tháng 3 năm 2020 cho phép ông tranh cử bất chấp giới hạn hai nhiệm kỳ.Vào ngày 5 tháng 9 năm 2021, trong một cuộc đảo chính rõ ràng, Trung tá Mamady Doumbouya đã giành quyền kiểm soát truyền hình nhà nước và tuyên bố rằng chính phủ của Tổng thống Alpha Conde đã bị giải tán và biên giới của Guinea bị đóng cửa, một thông báo được đưa ra sau nhiều giờ nổ súng dữ dội gần dinh tổng thống.