Ki-tô giáo từng là một nhân tố thống nhất chính yếu giữa miền Đông và Tây châu Âu, nhưng cuộc chinh phục Bắc Phi của người Ả Rập đã cắt lìa mối liên lạc đường biển giữa hai khu vực này. Giáo hội Byzantine ngày càng khác biệt trong ngôn ngữ, nghi lễ, luật lệ với Giáo hội phương Tây. Giáo hội phương Đông dùng tiếng Hy Lạp thay vì tiếng Latin ở phương Tây. Sự khác biệt về thần học và chính trị xuất hiện, và tới đầu và giữa thế kỉ 8 những vấn đề như sự Bài trừ thánh tượng, hôn nhân tăng lữ, và chế độ nhà nước kiểm soát nhà thờ đã tới mức độ mà sự khác biệt về văn hóa và tôn giáo giữa hai miền lớn hơn là những tương đồng. Sự đổ vỡ chính thức xảy ra vào năm 1054, khi Giáo hoàng ở Rôma và Thượng phụ Đại kết ở Constantinopolis xung đột với nhau về quyền tối cao trong giáo hội và rút phép thông công lẫn nhau, dẫn tới sự phân chia Ki-tô giáo thành hai Giáo hội-nhánh phương Tây trở thành Công giáo Rôma và nhánh phương Đông thành Chính thống giáo Hy Lạp.Cấu trúc giáo hội thời Đế quốc Rôma tồn tại qua những đợt di dân và xâm lược hầu như nguyên vẹn ở phương Tây, nhưng ngôi vị giáo hoàng ít được coi trọng, và chỉ một vài giám mục ở phương Tây xem giám mục của Rôma (tức Giáo hoàng) như là lãnh tụ về tôn giáo hay chính trị. Với việc Byzantine tái chinh phục Italia từ người Goth, trước năm 750 các Giáo hoàng muốn đăng quang cần sự chuẩn thuận từ Hoàng đế Đông Rôma và do đó nhiều Giáo hoàng quan tâm nhiều hơn tới các sự vụ ở Byzantine và các tranh cãi thần học ở phương Đông. Các bản lưu trữ thư từ của Gregorius Cả (Giáo hoàng những năm 590-604) cho thấy trong số hơn 850 bức thư, hầu hết là liên quan tới sự vụ ở Ý hay ở Constantinopolis. Phần duy nhất ở Tây Âu mà Giáo hoàng có ảnh hưởng là đảo Anh, nơi Gregorius gửi đoàn truyền giáo năm 597 để cải người Anglo-Saxon sang Ki-tô gáo. Những linh mục Ireland là những nhà truyền giáo tích cực nhất ở Tây Âu giữa thế kỉ 5 và 7, đầu tiên tới xứ Anh và Scotland sau đó tiến vào lục địa. Dẫn dắt bởi những tu sĩ như Columba (mất năm 597) và Columbanus (mất năm 615), họ đã lập nên những tu viện, dạy tiếng Latin và Hy Lạp, và soạn nhiều công trình tôn giáo lẫn thế tục.Sơ kỳ Trung Đại cũng chứng kiến sự thịnh hành chế độ tu viện ở phương Tây. Hình hài đời sống tu viện được xác định bởi những truyền thống và tư tưởng vốn bắt nguồn từ những Giáo phụ sa mạc ở Ai Cập và Syria. Hầu hết các tu viện châu Âu thuộc vào loại tập trung vào trải nghiệm cộng đồng về đời sống tinh thần, khởi đầu vào thế kỉ 4 bởi thánh Pachomius (mất năm 348). Những lý tưởng về đời sống tu viện lan truyền từ Ai Cập tới Tây Âu trong các thế kỉ 5 và 6 thông qua các sách kể truyện thánh như "Cuộc đời thánh Antôn Cả". Thánh Benedictus của Nurcia (mất năm 547) viết Luật Benedict cho tu viện vào thế kỉ 6, mô tả chi tiết những trách nhiệm điều hành và tôn giáo của một cộng đồng các tu sĩ lãnh đạo bởi một Tu viện trưởng. Tu sĩ và các tu viện có một tác động sâu sắc lên đời sống tôn giáo và chính trị thời Sơ kỳ Trung Đại, trong nhiều trường hợp đã đóng vai trò như những nơi ủy thác đất đai cho những gia đình quyền quý, trung tâm tuyên truyền và ủng hộ cho hoàng gia ở những vùng mới chiếm đóng, và căn cứ cho các đoàn truyền giáo và nhập đạo. Chúng là những trụ sở dạy chữ và kiến thức chính và đôi khi là duy nhất trong một vùng. Nhiều trong số những bản thảo của văn học Latin cổ điển được chép lại trong các tu viện vào thời Sơ kỳ Trung Đại. Các tu sĩ cũng là tác giả của những tác phẩm mới, bao gồm lịch sử, thần học, và các đề tài khác, với những đại diện như Bêđa (mất năm 735) ở miền bắc xứ Anh.