سید علی خامنه‌ای

سید علی حسینی خامنه (زاده ۲۹ فروردین ۱۳۱۸، مشهد) معروف به سید علی خامنه‌ای ، روحانی مسلمان، مجتهد، مرجع تقلید شیعی و امام جمعه تهران و دومین رهبر ایران است. وی طبق اصول ۱۰۷ و ۱۱۰ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، عالی‌ترین مقام کشور و فرمانده کل نیروهای مسلح محسوب می‌شود. او رئیس بنیاد دائرهالمعارف اسلامی نیز هست.
خامنه‌ای از ۴ سالگی در مکتب خانه شروع به تحصیل کرد. سپس به مدرسه ابتدایی رفت و بعد از پایان تحصیلات ابتدایی وارد حوزه علمیه شد. تحصیلات کلاسیک را نیز تا سال دوم متوسطه ادامه داد. او تحصیلات حوزوی خود را در حوزه‌های علمیه مشهد، نجف و قم فرا گرفت. حدود ۱۸ سال داشت که از سید محمدهادی میلانی اجازه روایت را کسب کرده بود.
خامنه‌ای در نوجوانی با سید مجتبی نواب صفوی طلبه و بنیان‌گذار و رهبر جمعیت فدائیان اسلام آشنا شد. به گفته خودش اولین جرقه‌های انگیزش انقلابی اسلامی توسط نواب صفوی در وی به وجود آمد. نخستین دیدار وی با روح‌الله خمینی در سال ۱۳۳۶ش صورت گرفت. آشنایی و دیدار با روح‌الله خمینی، باعث تقویت روحیه انقلابی سیدعلی خامنه‌ای شد. او در راستای اهداف نهضت خمینی، به فعالیت‌های ضد حکومت پهلوی ادامه داد و در جریان این مبارزات، شش بار توسط حکومت پهلوی بازداشت شد. در سال ۱۳۵۶ ژاندارمری، او را به مدت سه سال به ایرانشهر تبعید کرد که با اوج‌گیری اعتراضات مردمی در سال ۱۳۵۷ این حکم بی‌اثر شده و وی به تهران بازگشت.
پس از پیروزی انقلاب ایران در بهمن ۱۳۵۷، سید علی خامنه‌ای عضوی از شورای انقلاب، امام جمعه تهران، و معاون وزیر دفاع شد. پس از آن، یک دوره نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی و دو دوره رئیس‌جمهور ایران شد. بعد از مرگ روح‌الله خمینی در سال ۱۳۶۸ مجلس خبرگان او را به عنوان دومین رهبر ایران انتخاب کرد. او از سال ۱۳۷۳ به عنوان یکی از مراجع تقلید شیعیان مورد قبول جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اعلام شده اما برخلاف عرف، تا کنون به جای انتشار توضیح المسائل، تنها به انتشار استفتائات اکتفا کرده‌است.
مجله فوربس خامنه‌ای را هجدهمین رتبه در فهرست قدرتمندترین افراد جهان در سال ۲۰۱۵ ارزیابی کرد. اکبر گنجی در مجله فارن افرز می‌نویسد که خامنه‌ای از زمان رهبر شدنش تاکنون، از راه‌های متفاوتی برای افزایش نفوذش در بخش‌های مختلف نظام ایران پس از انقلاب استفاده کرده‌است.
اوان زندگی
زادروز
سید علی خامنه‌ای در سال ۱۳۱۸ در مشهد به دنیا آمده‌است. در شناسنامه، تاریخ تولد وی ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ ثبت شده‌است که با ۱۶ژوئیه ۱۹۳۹ برابر است، اما خود وی، تاریخ صحیح زادروز را ۲۹ فروردین ماه آن سال می‌داند.
در دوران نوجوانی
خانواده
جد بزرگ وی سید محمد حسینی تفرشی از سلسله سادات افطسی است. شجره وی به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف علی بن الحسین، پیشوای چهارم شیعیان، است. عموی وی سید محمد خامنه‌ای از طرفداران جنبش مشروطه در ایران بوده‌است.
پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین خامنه‌ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش از تفرش به آذربایجان هجرت کرده‌بود. سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته حوزه علمیه نجف به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه علمیه طالبیه تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است. پدر وی سید جواد خامنه‌ای زاده نجف است. وی در کودکی از نجف به تبریز آمده‌است. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه در نجف، در بازگشت به ایران در مشهد اقامت می‌گزیند و در کنار تدریس، به عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد فعالیت می‌کند. وی امام جماعت مسجد گوهرشاد نیز بود.
مادرش خدیجه میردامادی (۱۲۹۱–۱۳۶۸)، تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی درباره مادرش چنین گفته‌است: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مانوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملا آشنا بود». او دختر هاشم میردامادی بود، که اصالتا اصفهانی و مقیم مشهد بود. سید هاشم نجفی میردامادی از مفسران قرآن و امام جماعت مسجد گوهرشاد بوده‌است، که در زمان رضا شاه به علت اعتراض به کشتار مردم در واقعه مسجد گوهرشاد، به سمنان تبعید می‌شود. به گفته علی اکبر ولایتی در دائرهالمعارف بزرگ اسلامی سلسله نسب سید علی خامنه‌ای از سوی مادر به امام جعفر صادق، پیشوای ششم شیعیان، می‌رسد. بنابر گفته برخی منابع، پدر بزرگ مادری رهبر ایران، زاده و بزرگ‌شده نجف و دانش‌آموخته حوزه علمیه نجف و نیز از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصا نجف‌آبادی بود. او حدودا در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد و در مسجد جامع گوهرشاد سالیان بسیار امام جماعت بود و تفسیر قرآن می‌کرد و کتاب تفسیر قرآن خلاصهالبیان را نوشت. شوهر عمه‌اش محمد خیابانی بود.
سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر به نام‌های علویه، بتول و فاطمه داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر (بدری شد.
سید محمد برادر بزرگتر خامنه‌ای، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بود و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. برادر کوچکترش سیدهادی نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامه حیات نو را منتشر کرد، که بعدا به دستور دادگاه ویژه روحانیت توقیف شد. خواهر تنی او بدری همسر علی تهرانی است. علی تهرانی روحانی فعال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. کوچکترین برادر او، سید حسن، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نماینده وزیر نفت در این هیئت، و عضو شورای پروانه نمایش است.
سید علی خامنه‌ای متاهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی ،مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است. بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزند محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است. هدی، همسر مصباح‌الهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است. مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده‌است. مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده‌است. میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.
دوران کودکی و تحصیل
او از دوران کودکی در خانواده‌ای فقیر پرورش یافت
و تحصیل را از چهار سالگی به همراه برادر بزرگش سید محمد در مکتبخانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد؛ و پس از مدتی دوره دبستان را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد، به نام دارالتعلیم دیانتی گذراند. در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد.
تحصیلات حوزوی
هم‌زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دوره دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسه سلیمان‌خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آن به پایان برد. هم‌زمان با تحصیلات حوزوی دوره دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد.
پس از گذراندن دوره مقدمات، و خواندن جامع المقدمات و صرف و نحو، وارد حوزه علمیه مشهد شد و توانست تحصیلات خود در علوم دینی را در مدرسه سلیمان خان ادامه دهد و پس از رفتن به مدرسه نواب، دروس سطح را در آنجا به پایان برساند.
وی کتب ادبی از قبیل جامع المقدمات، سیوطی، مغنی را نزد مدرسان مدرسه سلیمان خان و نواب خواند. پدر نیز بر درس فرزندانش نظارت می‌کرد. کتاب معالم را نزد سید جلیل حسینی سیستانی در همان دوره خواند. سپس شرایع الاسلام و شرح لمعه را مشترکا نزد پدر و آقا میرزا مدرس یزدی آموخت و رسائل و مکاسب را در حضور هاشم قزوینی. بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزد خود پدر خواند و دوره مقدمات و سطح را در پنج سال و نیم به اتمام رساند. در دروس خارج فقه سید محمد هادی میلانی نیز شرکت جست.
در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومه سبزواری را ابتدا از میرزا جوادآقا تهرانی و بعدها نزد رضا ایسی خواند.
همچنین خامنه‌ای در سال ۱۳۸۸ پیشنهاد اخذ مدرک دکترای افتخاری را که از طرف استادان و رئیس دانشگاه تهران مطرح شد را رد کرد
سیدعلی خامنه‌ای، از شاگردان سید محمدهادی میلانی بود. وی از طرف سید محمد هادی میلانی اجازه روایت نیز دریافت کرده‌است.
سید علی خامنه‌ای از سن هجده‌سالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد سید محمدهادی میلانی از مراجع وقت آغاز کرد. در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم و ابوالقاسم خویی و سید محمود حسینی شاهرودی بهره برد. او با مشاهده وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت، ولی به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت. از دیگر اساتیدی که وی توانست پس از رفتن به نجف از محضرشان استفاده کند، می‌توان به افرادی همچون میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی اشاره کرد.
پس از آن از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه مشغول شد. وی همچنین در قم نزد استادانی همچون سید محمدحسین طباطبایی، سید روح‌الله خمینی، سید محمد محقق داماد و مرتضی حائری یزدی کسب علم کرده‌است.
در سال ۱۳۴۳ یک چشم پدرش براثر بیماری آب مروارید نابینا شد. پس از آن به‌رغم علاقه‌اش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت و تا سال ۱۳۴۷، در همان‌جا درس‌آموزی خود را با شرکت در دروس استادانی چون میلانی ادامه داد. در کنار آن به کتاب‌های فقه و اصول و معارف دینی به طلاب و دانشجویان می‌آموخت.
به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای به عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و همکارش حجت‌الاسلام علی اکبر هاشمی رفسنجانی را به عنوان آیت‌الله معرفی کردند. وبگاه صالحات ادعا می‌کند که اجتهاد وی در سال ۱۳۶۹ یک سال پس از درگذشت خمینی و انتصاب وی به عنوان رهبری، توسط ۷ آیت‌الله به‌طور رسمی و عمومی تایید شد.
تدریس
سید علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در سطوح عالی یعنی رسائل، مکاسب و کفایه را انجام می‌داده‌است. وی پس از انقلاب نیز در طول دوره ریاست جمهوری‌اش درس تفسیر را ادامه می‌داد. از سال ۱۳۶۹ به این سو وی تدریس دروس خارج فقه را تا کنون ادامه داده‌است.
فعالیت‌های انقلابی
سابقه کنش‌های سیاسی وی برگرفته از سابقه خاندان اوست که زمینه‌ای سیاسی و مذهبی را فراهم ساخته بوند. اولین بارقه برای ورود وی به فعالیت سیاسی با دیدن نواب صفوی در مشهد آغاز شده‌است. سیدعلی خامنه‌ای خود را «از شاگردان فقهی، اصولی، سیاسی، انقلابی سید روح‌الله خمینی» می‌داند. گرچه اولین دیدار وی با روح‌الله خمینی در ۱۳۳۶ صورت پذیرفته اما شخصیت سیاسی روح‌الله خمینی در جریان طرح انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای سید علی هویدا می‌شود.
در سال ۱۳۳۱ هنگامی که نواب صفوی با عده‌ای از فدائیان اسلام به مشهد رفته‌بود و در مدرسه سلیمان خان، سخنرانی کرد در موضوع احیای اسلام و حاکمیت احکام الهی، مخالفت با شاه و انگلیس و ادعای دروغگویی آنان به ملت ایران، سید علی یکی از طلبه‌های جوان همان مدرسه بوده‌است.
علی خامنه‌ای در سال ۱۳۴۱ با پیوستن به نهضت خمینی، به مبارزه با حکومت پهلوی می‌پردازد. علی اکبر ولایتی وی را از نخستین افرادی می‌داند که قبل از قیام پانزده خرداد سال ۱۳۴۲ با خمینی همراه شده‌است.
نخستین دستگیری‌ها (ایام ۱۵ خرداد)
پهلوی
خامنه‌ای اولین بار در بیرجند دستگیر شد که این دستگیری منجر به ۱۰ روز بازداشت وی در بازداشتگاهی در مشهد شد. پس از اجرای همه‌پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، سید علی خامنه‌ای به همراه برادرش سید محمد، گزارشی از جانب سید هادی میلانی درباره واکنش مردم مشهد به همه‌پرسی برای خمینی می‌برد. از این پس، خمینی وظیفه رساندن پیام‌هایش به روحانیون خراسان و مردم مشهد را به خامنه‌ای محول می‌کند. وی در منابر و مجالس برخی شهرهای خراسان همچون بیرجند، درباره مسائلی همچون حادثه حمله به مدرسه فیضیه قم و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی می‌کند. به دنبال این سخنرانی‌ها وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ش توسط حکومت پهلوی بازداشت و زندانی می‌شود. با پیش آمدن حوادث ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، او را از بیرجند به مشهد آورده تحویل بازداشتگاه نظامی دادند و ۱۰ روز آنجا زندانیش کردند. وی پس از آزادی از زندان، ارتباط خود را با سید هادی میلانی حفظ کرده و راهی قم می‌شود و در آنجا فعالیت‌های سیاسی‌اش را ادامه می‌دهد. وی به طرفداری از سیدمحمود طالقانی، یدالله سحابی و مهدی بازرگان، که به دلیل حمایت از سید روح‌الله خمینی زندانی بودند، تلگرامی برای این افراد می‌فرستد. او طلاب خراسانی را برای اعتراض به حصر خمینی هدایت کرد و نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشت.
دومین بازداشت (سفرهای انقلابی)
بهمن ۱۳۴۲ (رمضان ۱۳۸۳ قمری) او با عده‌ای از دوستانش به کرمان رفت و پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانی و منبر و دیدار با عالمان و طلاب شهر، عازم زاهدان شد. در آن جا نیز به دلیل سخنرانی‌ها و فعالیت سیاسی بازداشت و راهی زندان قزل قلعه می‌شود. در اسفند همان سال با قرار التزام به عدم خروج از تهران آزاد می‌شود و تا زمان انقلاب ۵۷ همواره تحت کنترل نیروهای امنیتی حکومت وقت قرار دارد.
سومین و چهارمین بازداشت (کلاس‌های درس)
به دلیل کلاس‌های تفسیر و حدیث و اندیشه اسلامی وی در مشهد و تهران مورد تعقیب ساواک قرار گرفت.
در پاییز سال ۱۳۴۳ پس از بازگشت به مشهد، در کنار مراقبت از پدر فعالیت سیاسی خویش را ادامه داد. در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به تبعید سید روح‌الله خمینی در ضمن نامه‌ای خطاب به امیر عباس هویدا اعتراض کرد. وی به همراه عده‌ای دیگر از حوزویان گروه یازده نفره‌ای را شکل دادند که فعالیت شان مبارزه با رژیم پهلوی بود. این تشکیلات در اواخر سال ۴۵ توسط ساواک کشف می‌شود و سید علی خامنه‌ای نیز مورد تعقیب قرار می‌گیرد. در همین دوران سید علی به ترجمه کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام می‌کند. ساواک این کتاب را توقیف می‌کند ولی سید علی را نمی‌تواند بازداشت کند. وی مدتی پس از آن امامت جماعت مسجد امیرالمومنین را بر عهده داشت. به دنبال دستگیری سید حسین قمی و اعتراض سید علی، ساواک در چهارده فروردین ۱۳۴۶ وی را در مراسم تشییع مجتبی قزوینی دستگیر می‌کند و در ۲۶ تیرماه آزاد می‌شود.
از نگاه ولایتی شیوه مبارزاتی سید علی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی گرایانه و مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت سید علی خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت سید روح‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند.
در نهم شهریور ۱۳۴۹ سید علی به عنوان سرپرست گروه امداد راهی مناطق زلزله زده جنوب خراسان یعنی فردوس می‌شود. وی در این مدت نیز به فعالیت تبلیغی و سیاسی خویش ادامه می‌دهد.
وی تا اواخر دوران حکومت پهلوی، به سبب ممانعتی که از خروج وی برای زیارت عتبات و دیدار با سید روح‌الله خمینی صورت گرفت از خروج از کشور ممنوع شد.
پنجمین بازداشت
وی درباره پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک می‌نویسد:
در سال ۱۳۴۸ سخنرانی‌هایی در مسجد الجواد تهران و حسینیه ارشاد تهران به دعوت مرتضی مطهری و انجمن اسلامی مهندسین برای دانشجویان و دانش آموزان داشت. وی همچنین در بهار سال ۱۳۴۹ سلسله جلساتی را برگزار کرد که ایده مبارزاتی آن مبتنی بر تدوین جهان بینی و ایدئولوژی اسلامی بوده‌است. پس از در گذشت سید محسن حکیم و حساس شدن موضوع مرجعیت در خرداد ۱۳۴۹، سید علی خامنه‌ای تلاش بسیاری برای تحکیم مرجعیت سید روح‌الله خمینی کرد. پس از درگذشت محمد رضا سعیدی، طلاب علوم دینی تحت هدایت وی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در انتقاد از رژیم پهلوی و حمایت از سید روح‌الله خمینی پرداختند. در دوم مهر ماه ۱۳۴۹، ساواک مشهد وی را در زندان لشکر خراسان بازداشت می‌کند. وی پس از آزادی در سال ۱۳۴۹ شمسی باز هم سخنرانی‌هایی در مخالفت با رژیم در هیئت انصار الحسین تهران ایراد کرد.
بازداشت ششم (ادامه درس‌ها)
به دنبال تحریم جشن‌های ۲۵۰۰ سال از سوی سید روح‌الله خمینی و تشدید مراقبت‌های امنیتی ساواک، سید علی خامنه‌ای ابتدا در مرداد ۱۳۵۰ بازداشت شد و در همان زندان لشکر خراسان زندانی شد. وی در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد. یکی در آبان ماه و دیگری در آذرماه که جرم وی اقدام علیه امنیت ملی عنوان شده‌است؛ و ی پس از آزادی باز فعالیت‌های سیاسی خودش را در پیش گرفت و جلساتی را در هیئت انصار الحسین و مسجد نارمک برگزار می‌کرد.
در خلال سال‌های ۱۳۵۰-۱۳۵۳ درس‌های تفسیر و ایدئولوژی سید علی خامنه‌ای در سه مسجد کرامت و امام حسن و میرزا جعفر در مشهد تشکیل می‌شد.
این فعالیت‌ها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ساواک به خانه‌اش در مشهد هجوم برده، او را دستگیر و بسیاری از یادداشت‌ها و نوشته‌هایش را ضبط کند.
در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ سید علی عازم نیشابور می‌شود و جلساتی را در مساجد شهر نیشابور برگزار می‌کند. در خرداد ۱۳۵۲ جلسات تفسیر وی توسط ساواک در مسجد امام حسن و منزل وی تعطیل می‌شود. در آذر ۱۳۵۲ به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت مشهد، فعالیت خود را در آن جا دنبال می‌کند ولی توسط ساواک بازداشت می‌شود. در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح به سخنرانی در مسجد جاوید تهران می‌پردازد. وی در دی ماه ۱۳۵۳ برای ششمین بار بازداشت می‌شود و به زندان کمیته مشترک ضد خراب کاری در تهران منتقل می‌شود. بنابر گفته وی، دشوارترین و سخت‌ترین دوران حبس همین دوران بوده‌است؛ ولی در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد می‌شود.
پس از آزادی از زندان، به مشهد برگشت و بازهم همان برنامه ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاس‌های سابق را به او ندادند.
تبعید به ایرانشهر
در اواخر سال ۱۳۵۶، نیروهای امنیتی پهلوی وی را دستگیر و به مدت ۳ سال به ایرانشهر تبعید کرد.
در اواسط سال ۱۳۵۷ با اوج‌گیری مبارزات انقلاب ایران، از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد بازگشت.
به سبب فعالیت‌های مبارزاتی و سیاسی در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت‌وآمد قشرها مختلف به منزل وی شدیدا نیروهای امنیتی وی را تحت نظر داشتند.
به دنبال کشتار مردم در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در یزد، نامه‌ای در حمایت از این حرکت منتشر کرد که در سراسر کشور به صورت اعلامیه پخش شد.
در ۲۸ تیر ماه ۱۳۵۷ در پی اعتراض طلاب حوزه علمیه مشهد به تبعید سید علی خامنه‌ای، ماموران انتظامی این حرکت را سرکوب کردند.
به نظر ولایتی در دائرهالمعارف، فعالیت‌های انقلابی و مردمی سید علی خامنه‌ای سبب آن شده بود که محل تبعید وی به جیرفت نقل مکان پیدا کند. وی در ۲۲ مرداد به جیرفت تبعید شده‌است. وی در جیرفت نیز به فعالیت خود بر ضد رژیم ادامه داد و سخنرانی‌هایی در مسجد جامع ایراد کرد از جمله سخنرانی که در پانزدهم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت. وی علاوه بر نوشتن نامه به سید علی‌محمد دستغیب پیرامون حوادث کشور و مبارزه با رژیم پهلوی، راهکارهایی نیز ارائه می‌داد. وی در همین دوره برای فعالیت مبارزاتی علیه رژیم مخفیانه راهی کهنوج شد.
در اول مهر ۱۳۵۷ از کهنوج راهی مشهد شد و روند ساماندهی امور انقلابی و مبارزه را ادامه داد. در هنگام اقامت سید روح‌الله خمینی در فرانسه، اقامت وی را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم در دل مردم دانست و در نهایت خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی از فرانسه بود.
هنگام اقامت در مشهد فعالیت مبارزاتی وی شدت بیشتری به خود گرفت و سخنران ی‌هایی افشا گرانه را ایراد می‌نمود. سید روح‌الله خمینی نیز با وی در ارتباط بود و خواستار ملاقات با وی و آیت‌الله صدوقی شده بود. سید علی خامنه‌ای در سخنرانی که در ورزشگاه سعد آباد مشهد ایراد کرد خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی شد. به خاطر تشدید فعالیت‌های سیاسی در مشهد، قوچان، شیروان و بجنورد بار دیگر ماموران امنیتی وی را دستگیر کردند. از وی در اسناد ساواک به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده‌است. در خطبه شب عاشورا در حرم علی ابن موسی الرضا، بر خلاف سنت قبلی که دعایی برای محمد رضا پهلوی خوانده می‌شد وی خطبه را به نام سید روح‌الله خمینی خواند و تظاهرات روز عاشورا در مشهد را نیز سامان دهی کرد. وی همچنین از جمله افراد معترض و متحصن به حمله ماموران رژیم وقت به بیمارستان شاهرضای مشهد یا امام رضای کنونی بود. وی همچنین در تظاهراتی که برای همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان در جلوی جمعیت حضور داشت و سعی کرد تا از کشتار مردم در ۱۰ دی ماه ۱۳۵۷ جلوگیری به عمل آورد. در ۲۲ دی ماه ۱۳۵۷ با فرمان سید روح‌الله خمینی به عنوان یکی از اعضای شورای انقلاب اسلامی انتخاب شد لذا مشهد را ترک کرد و راهی تهران شد. وی پس از استقرار در مدرسه رفاه در آغاز پیروزی انقلابی اسلامی ایران، مسئول کمیته تبلیغات برای استقبال از سید روح‌الله خمینی بود. وی همچنین در تحصن‌ها و نشر اعلامیه و قطعنامه‌هایی که علیه بسته شدن فرودگاه توسط بختیار صورت گرفته بود نقشی بسیار پر رنگ داشت. محل این تحصن‌ها عمدتا دانشگاه تهران بود. وی پس از آن عمدتا مسئول کمیته دفتر تبلیغات سید روح‌الله خمینی بود و انتشار نشریه‌ای به نام امام را بر عهده گرفت و در آن نیز مقالاتی نگاشت.
پس از انقلاب اسلامی ایران
بهشتی و هاشمی، مرداد ۵۸
سید علی خامنه‌ای به عنوان امام جمعه تهران در سال ۱۳۵۸ مصادف با ۱۹۷۹ میلادی
سید روح‌الله خمینی پیش از بازگشت از پاریس به تهران او را در کنار مطهری و بهشتی و هاشمی رفسنجانی در شورای انقلاب منصوب کرد. هنگامی که مطهری پیام خمینی را بدو رساند از مشهد به تهران آمد.
ازجمله فعالیت‌های او در این دوره عبارت اند از:
رخدادها
سال
پایه‌گذاری و عضویت درحزب جمهوری اسلامیبا همکاری و همفکری بهشتی و باهنر و هاشمی رفسنجانی و برخی دیگر در اسفند
اسفند ۱۳۵۷
معاونت وزارت دفاع
۱۳۵۸
سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
۱۳۵۸
امام جمعه تهران
۱۳۵۸
نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی
۱۳۵۸
نماینده سید روح‌الله خمینی در شورای عالی دفاع
۱۳۵۹
حضور در جبهه‌ها با شروع جنگ ایران و عراق
۱۳۵۹
ترور نافرجام آسیب دائمی در ناحیه دست در پی حادثه
ششم تیرماه ۱۳۶۰
شورای انقلاب
پس از انقلاب اسلامی، سید روح‌الله خمینی در ۱۵ بهمن ۱۳۵۷ مهدی بازرگان را به نخست‌وزیری دولت موقت انتقالی برگزید. پس از تسخیر سفارت آمریکا در تهران در آبان ۱۳۵۸ دولت موقت استعفا کرد.
با پذیرش این استعفا از آبان ۱۳۵۸ تا بهمن همان سال (روی‌هم‌رفته به مدت سه ماه) اداره کشور را به شورای انقلاب سپردند. در این سه ماه سید علی خامنه‌ای سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت. او سپس برای کاندیداتوری در انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.
نمایندگی مجلس ۱۳۵۹–۱۳۶۰
سیدعلی خامنه‌ای در سنگر در خلال جنگ ایران و عراق
تیتر روزنامه اطلاعات در ۱۳ مهر، بعد از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۶۰ - خامنه‌ای رئیس‌جمهور شد.
در اردیبهشت ۱۳۵۹ با کسب ۶۵٫۸۰ درصد از مجموع ۲،۱۳۴،۴۳۴ رای بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان، علی اکبر معین فر، در حوزه انتخابیه تهران پنجم شد و به اولین دوره مجلس شورای ملی پس از انقلاب راه یافت.
ترور ناموفق
در ضبط صوتی بزرگ که بر میز سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران بمب کار گذاشتند. به واسطه نوشته داخل ضبط صوت، رهروان فرقان که بازمانده گروه فرقان بودند را عامل این بمب‌گذاری دانسته‌اند، این بمب ۶ تیر ۱۳۶۰ هنگام سخنرانی او منفجر شد. البته بمب کامل عمل نکرد. امام جمعه تهران و نماینده خمینی در شورای‌عالی دفاع، از این سوءقصد که ممکن بود به مرگ وی بینجامد، جان سالم به در برد ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشره در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.
در سال ۱۳۶۰ خورشیدی
احمد قدیریان این ترور را کار جواد قدیری و سازمان مجاهدین خلق می‌داند. البته گزارش روزنامه کیهان در شماره فردای ترور در داخل ضبط صوت نوشته شده‌بود: «هدیه گروه فرقان». اعضای گروه فرقان پس از ترورهای سال ۱۳۵۸ دستگیر و اعدام شده‌بودند اما برخی از پیروان آن‌ها گروه رهروان فرقان را تاسیس کردند و قاسم اسلامی و سید علی خامنه‌ای را ترور کردند. ایرج مصداقی عاملان ترور را ایرج افشاری و اروج امیرخان‌زاده معرفی کرده‌است. مرکز اسناد انقلاب اسلامی نیز این ترور را کار بازماندگان گروه فرقان می‌داند با این تفاوت که نام عامل اصلی را امیرمسعود تقی‌زاده می‌داند.
ریاست جمهوری ۱۳۶۰–۱۳۶۸
پوستر تبلیغاتی سید علی خامنه‌ای در انتخابات ریاست جمهوری
سید علی خامنه‌ای در انتخابات مهرماه ۱۳۶۰ به مقام ریاست جمهوری رسید. در این انتخابات ۴۲ نفر از ۴۶ نامزد رقیب وی در این انتخابات رد صلاحیت شدند و تا حدود زیادی مشخص بود که نامزد اول مورد حمایت نظام، حجت‌الاسلام خامنه‌ای است.
او در این انتخابات که با مشارکت ۷۵٪ی مردم برگزار شد که از دو انتخابات پیش بیشتر بود، ۹۵٪ رای‌ها را به دست آورد که تا کنون بالاترین نسبت در تمامی انتخابات ریاست جمهوری ایران بوده‌است.
خمینی، در مورد ریاست‌جمهوری او گفته‌است:
در انتخابات سال ۱۳۶۴ نیز، بسیاری از رقیبان خامنه‌ای از جمله نامزدان نهضت آزادی یعنی مهدی بازرگان و ابراهیم یزدی و احمد صدر حاج‌سیدجوادی، رد صلاحیت شدند. او بار دیگر با کسب ۸۵٪ رای در سمت ریاست‌جمهوری ماند.
مهدی بازرگان، درباره رد صلاحیت خود در این انتخابات گفته‌است:
از جمله سمت‌ها در این دوران:
ریاست شورای انقلاب فرهنگ، ۱۳۶۰
ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، ۱۳۶۶
رهبری
در دیدار با ولادمیر پوتین رئیس‌جمهور وقت روسیه
پس از درگذشت خمینی، خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را به‌عهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» برگزیدند.
برگزیدگی به رهبری
پیش از درگذشت خمینی، حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده‌بود. در سال پایانی رهبری او و همزمان با درگیری وی با نظام، او را از این سمت برکنار کردند. به گفته محمدرضا مهدوی کنی در کتاب خاطراتش، مساله قائم مقامی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود. اما به دلیل مریضی و سالخوردگی خمینی، مجلس خبرگان پیش‌دستی کرد و موضوع قائم مقامی رهبری را پیش‌بینی نمود تا اگر حادثه‌ای برای خمینی پیش بیاید کشور با خلا روبه‌رو نشود.
در ابتدا، شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد.
سپس گلپایگانی در مجلس خبرگان به رای گذاشته شد که اجماع حاصل نگردید. قانون اساسی ان زمان مرجعیت را از شرایط رهبری می‌دانست ولی خامنه‌ای واجد این شرط نبود. سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که شامل ۷۲ درصد کل اعضا بودند، به رهبری سید علی خامنه‌ای رای دادند.
در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای‌گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.
مخالفت‌ها
انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت.
بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت. هاشمی رفسنجانی به نقل از خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.
خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:
مرجعیت
در سال ۱۳۷۶، حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن انتخاب خامنه‌ای را مطرح کرد. وی درباره مرجعیت خامنه‌ای گفت:
احمد آذری قمی نیز با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد.
مهدی خزعلی در این زمینه می‌گوید:پدرم مخالف مرجعیت خامنه‌ای بود و زیر فشار دفتر رهبری از شورای نگهبان استعفا داد. مهدی خزعلی همچنین از قول پدرش می‌گوید:
در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نماینده مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای با وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است. بازنگری قانون اساسی که در ۶ مرداد ۱۳۶۸ از طریق همه‌پرسی به تصویب رسید مرجعیت را از شروط رهبری حذف کرد. در جلسه محرمانه مجلس خبرگان در خرداد ۱۳۶۸ خامنه‌ای تا زمان برگزاری همه‌پرسی به عنوان رهبر موقت انتخاب شد که موقتی بودن این انتخاب تا زمان برگزاری همه‌پرسی از عموم پنهان نگه داشته شد.
در رسانه
طبق بررسی‌های نشریه فوربیس، سیدعلی خامنه‌ای هجدهمین فرد قدرتمند دنیا در سال ۲۰۱۵ و تنها فرد ایرانی است که جزو صد مرد قدرتمند دنیا قرار گرفته‌است. قبل از این، او ۲۶امین انسان قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و ۲۱امین در سال ۲۰۱۲ میلادی بوده‌است.
در سریال معمای شاه به کارگردانی محمدرضا ورزی در بخش‌هایی از داستان، به مبارزات سیدعلی خامنه‌ای در جریان‌های مربوط به حکومت پهلوی و انقلاب اسلامی پرداخته شده‌است. در این سریال علیرضا مهران، نقش سید علی خامنه‌ای در آن دوران را بازی می‌کند. این سریال محصول شبکه یک صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران است.
موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور منتشر کرد. مقاله اینچنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازه سیدعلی خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود موسسه کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسی» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند، در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است.
در مستندی از بزرگمهر شرف الدین در شبکه بی‌بی‌سی فارسی، آنچه خامنه‌ای را از اکثر رهبران و حاکمان تاریخ معاصر ایران متمایز کرده‌است، نگاه منطقی او به سیاست است.
انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸
سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای سخنرانی خامنه‌ای در نماز جمعه ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد.
اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.
دیری نبایست که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.
او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:
در پی حوادث سال ۸۸ دانشگاه اسلو او را در سال ۲۰۰۹ دیکتاتور سال شناخت.
در سال ۱۳۹۰ پس از انتشار اسنادی که جزئیات آن پس از یک سال و نه ماه پس از دیداری با نمایندگان مجلس داشته‌است، به مجلس توصیه کرده‌است که قوه قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آن‌ها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.
حادثه کهریزک
پس از انتخابات، چند تن از دستگیرشدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجه زندانیان نیز شده‌است. پس از این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.
حمله به کوی دانشگاه
در دومین حمله به کوی دانشگاه (حمله نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعه ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد.
وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.
دیدگاه‌ها
اعتقاد به تئوری توطئه و روحیه ضد آمریکایی
در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، سیدعلی خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.»
سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های سید علی خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر تئوری توطئه و روحیه شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسه دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود.
خامنه‌ای معتقد است که توهم توطئه، خود یک توطئه است. به عقیده خامنه‌ای انکار دشمنی‌های آشکار آمریکا با نظام و ملت ایران، توطئه‌ای است برای کاهش حساسیت‌ها در مقابل شیطان بزرگ.
وی در خصوص مذاکره با آمریکا می‌گوید که بر اساس تجربه، ایالات متحده با استفاده از قدرت رسانه‌ای، اقتصادی و نظامی‌اش، کشور طرف مذاکره را وادار به پذیرش مطالبات این کشور می‌کند و در شرایطی که مطالبات خود را نقد می‌گیرد، در برابر وعده‌هایی زیبا می‌دهد که عمدتا در عمل محقق نمی‌شود؛ بنابراین، تا زمانی که کشور تا حدی قوی نشده که در برابر فشارهای آمریکا حین مذاکرات، یارای مقاومت داشته باشد، مذاکره با آمریکا ممنوع است.
اعتقاد به مبانی سکولار در رابطه حکومت با مردم
به نظر سعید برزین، خامنه‌ای رابطه حکومت و مردم را اساسا غیر مذهبی و بر اساس یک «قرارداد اجتماعی» تعریف کرده‌است. هر چند روحانیان دست راستی در ایران قائل به چنین قراردادی نیستند.
اعتقاد به حاکمیت امر فقیه بر مردم از جهت قانونی و شرعی
سید علی خامنه‌ای، رهبر کنونی نظام جمهوری اسلامی ایران، معتقد است:
او عقیده دارد در نظام «ولایت مطلقه فقیه» ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند:
از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست، بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایره این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش رود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آنرا مخالف با آنچه که او «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامند، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است:
او معتقد است «ولایت مطلقه فقیه یعنی انعطاف‌پذیری دستگاه ولایت» بدین معنی که مجموعه دستگاه‌هایی که رهبری در راس آنها قرار دارد به‌طور دائم با انتخاب آنچه درست‌تر و کامل‌تر است، خود را بطور مدام متحول کنند.
او به تناقض ذاتی در فهم «دشمنان» از مفهوم ولایت فقیه اشاره داشته و گفته‌است که آنها می‌گویند «آنها می‌گویند ولایت فقیه یعنی عمل کردن به فهم فقیه عادل، درحالی که فقیهی که عادل است نمی‌تواند به میل خود عمل کند». ولی نظر سید علی خامنه‌ای در این زمینه در تناقض با نظرات حسینعلی منتظری است.
به گفته حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ از مسوولان حکومتی جهت عمل نکردن به سحنان او گلایه کرد.
آزادی بیان
در سال ۲۰۰۰ کمیته حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد.
در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسه علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود. این طرح چندی پیش در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.
تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیرشده و به زندان افتاده‌اند. مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.
فرهنگ ایرانی
سید علی خامنه‌ای بر این باور است، که به جای تاکید بر ایران قبل اسلام، باید بر ایران بعد از اسلام تاکید شود زیرا به عقیده او افتخارات ایران بعد از اسلام برجسته‌تر از افتخارات ایران قبل از اسلام است.
او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های دیلمی، سلجوقی و صفوی با پیشرفت‌های ایران قبل اسلام، قابل مقایسه نیست.
شعر و ادبیات
خامنه‌ای تعداد زیادی رمان و شعر خوانده‌است. وی به شعر و ادبیات روسی علاقه‌مند است. میخاییل شولوخف و الکسی تولستوی از نویسندگان مورد توجه وی هستند. وی سعی داشته همه ساله گپ و گفتی دوستانه با شاعران داشته باشد، برگزاری شب شعرهای نیمه رمضان که توسط خامنه‌ای برگزار می‌شود، تبدیل به یک آیین فرهنگی شده‌است که احتمالا حاکی از علاقه وی به شعر و ادبیات است. ولی برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که بموجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند. گاهی در این جلسات شاعرانی از تاجیکستان، هند و افغانستان نیز حضور یافته‌اند.
او از نوجوانی کتاب‌های مختلف و رمان‌های ایرانی و خارجی بسیاری مطالعه کرده‌است. و نگاه بسیار حرفه‌ای به رمان دارد.
او در هنگامی که در شهر مشهد حضور داشته در انجمن‌های ادبی حاضر می‌شده و اشعاری نیز دارد. تخلص وی در اشعاراش امین است.
او اعتقاد دارد انقلاب، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.»
موسیقی
معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است. خامنه‌ای همچون خمینی و منتظری تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. عرف عام درباره موسیقی معیاری مبهم و متغیر است. چون تاثیر یک قطعه موسیقی بر شنوندگان مختلف و حتی بر شنونده واحد همیشه ثابت و یک دست نیست. وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائه معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده که این‌گونه تفکیک نیز ناممکن است چون آنچه محتوا و شکل و در نتیجه، تاثیر یک اثر موسیقایی را تعیین می‌کند، آهنگسازان و نوازندگان هستند و نه سازها.
زنان
خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود درباره زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او درباره زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده‌است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد.
در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشه مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند. به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به‌شمار می‌رود. او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است.
همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و جداسازی جنسیتی می‌شود. سرکوب زنان از راه کنترل پوشش هر سال توسط گشت‌های ارشاد اعمال می‌شود و زنان ناچار به بر سر گذاشتن حجاب می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد. در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژه زنان همچون مجله زنان بود.
انتقاد از سفرهای خارجی
او در خطبه‌های نماز عید فطر سال ۱۳۹۷ شمسی، در انتقاد از سفرهای خارجی مردم گفت:
اتهامات
ماجرای کرخه کور
بنا بر ادعای ابوالحسن بنی‌صدر که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در جریان جنگ ایران و عراق و در نبرد کرخه کور در جبهه جنگ حضور یافته ولیکن فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است. خود خامنه‌ای در جلسه مجلس شورای اسلامی می‌گوید: «شانزدهم دی ماه هم تا حدود ساعت سه تا سه و نیم بعد از ظهر من بودم که آقای بنی صدر هم بود و نیروهای ما به تدریج شروع کردند به ضربت خوردن. یعنی نیروهای عراقی، نیروی کمکی بزرگی به کمکشان آمد و نیروهای ما را از پهلو مورد هدف قرار دادند که این برای ما قابل محاسبه نبود، و محاسبه نشده بود برای نیروهای ما و دستگاه اطلاعاتی ما، این بود، که نیروهای ما شروع کردند به عقب‌نشینی کردن… و همه آن ساعت بینی و بین الله تلاش می‌کردند، یعنی من آن کسانی را که مسئولان سطح بالا هستند، نظامی یا غیرنظامی نیافتم که تلاش نکنند. البته در آن ساعت که من آمدم آقای بنی صدر نبود. یا غذا می‌خورد یا نماز می‌خواند یا خوابیده بود، به هر حال نبود. یکی دو ساعتی، لکن بعد که آمدیم، ایشان بوده آنجا حدود چند ساعت هم آنجا بود و نیروهای ما وقتی منهدم شدند، ایشان آنجا بود، شاهد بود و بعدا آمده بود برای ما نقل می‌کرد. علیای‌حال، در هویزه که بچه‌های ما شهید شدند، من به‌طور قطع نفی نمی‌کنم، ولی من به هیچ وجه از کسانی یک تعلل عمدی، سستی عمدی، خیانت خدای نکرده مشاهده نکردم.»
از سوی دیگر سایت مشرق نیوز ادعا دارد که در جریان جنگ اساسا چنین اتفاقی نیافتاده است. همچنین سخنان خامنه‌ای علیه بنی‌صدر در مجلس نه در پاسخ نمایندگان سوال‌کننده از وی در مورد فرار از جنگ، بلکه در جریان جلسه رای عدم کفایت در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ می‌باشد.
حسین علایی بی‌تجربگی و عدم برنامه‌ریزی درست برای رزمندگان سپاه پاسداران و نیز ناهماهنگی در عقب‌نشینی نیروها را عامل شکست می‌داند و می‌گوید: «عقب‌نشینی سریع واحدهای لشکر ۱۶ در این عملیات، آسیب روحی زیادی به رزمندگان وارد نمود و آن‌ها را دچار یاس و سردرگمی کرد.» در خاطرات علی صیاد شیرازی، فرمانده نیروی زمینی ارتش در زمان جنگ، نیز ذکر شده در سال نخست جنگ قرارگاه مشترکی برای هماهنگی نیروهای عملیاتی ارتش و سپاه وجود نداشته‌است.
ترور میکونوس
در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در آلمان، که به پرونده ترور میکونوس رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی کمیته امور ویژه جمهوری اسلامی را، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد.
مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.»
پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند.
ایران نیز در پاسخ به این حرکت اتحادیه اروپا، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد.
که تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت.
این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت. صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابانهای آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.
بمب‌گذاری آمیا
در دیدار با لوئیس ایناسیو لولا داسیلوا رئیس‌جمهور وقت برزیل
نشریه نیویورک تایمز، مدعی است، که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایه وزارت اطلاعات ایران که درسال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب‌گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی درباره خامنه‌ای صادر نکرد
… و نیز مقامات ایرانی مدعی هستند که، تاکنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی «صهیونیستها» و «آمریکا» تلقی می‌کنند.
اینترنت و حضور در شبکه‌های اجتماعی مجازی
در دوران رهبری خامنه‌ای بر ایران، این کشور شاهد ورود فناوری‌های نوین ارتباطی همانند اینترنت بود. با اینکه جمعیت زیادی از جوانان ایران به اینترنت دسترسی دارند، خدمات اینترنت در این کشور با محدودیت‌هایی روبرو است که اغلب از سوی نهادهای مرتبط با رهبر اعمال می‌شوند. به گفته احمد علم‌الهدی، خامنه‌ای مخالف بالا بردن سرعت اینترنت در ایران است و برای مقابله با آن دستور داده‌است.
با این حال دفتر خامنه‌ای در فضای مجازی فعالیت دارد و علاوه بر اداره یک سایت اینترنتی بسیار فعال و به لحاظ فنی پیشرفته، بر روی شبکه‌های اجتماعی فیس بوک، توییتر و اینستاگرام نیز حضور دارد. به باور خامنه‌ای استفاده از فیس بوک در شرایطی که موجب «مفسده، تقویت دشمنان اسلام یا خوف ارتکاب گناه» نباشد بلامانع است.
نامه‌های سرگشاده خطاب به غرب
سید علی خامنه‌ای در طی سال‌های ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۴ نامه‌هایی را برای جوانان جهان غرب و به‌طور خاص جوانان اروپا و آمریکای شمالی فرستاد. خطاب به جوانان اروپا و آمریکای شمالی و عموم جوانان در کشورهای غربی سر تیتر نامه‌های وی بودند که به ۵۲ زبان دنیا ترجمه شد.
انتقادها از رهبری
خامنه‌ای تاکنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران توسط دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌شوند.
بعضی مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها نورالدین کیانوری، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش مریم فیروز پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به «خانه امن» منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند.
پس از فوت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، حسینعلی منتظری که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت:
این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در اواسط دوره دوم دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های رسمی ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «ساده‌لوح» و عامل غرب و ضدانقلاب می‌نامیدند. حسینعلی منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری سید علی خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت.
پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سوال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نوری‌زاد و خزعلی هر دو بارها توسط نیروهای اطلاعاتی دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار گرفتند. در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی‌اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد.
جراحی پروستات
در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبسایت رسمی سید علی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند … رهبری پس از هفت روز درتاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شدند.» عمل جراحی پروستات رهبر ایران با موفقیت انجام شد.
کتاب‌شناسی
تالیف‌ها و پژوهش‌ها
فلسطین
انسان ۲۵۰ ساله
طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
از ژرفای نماز
گفتاری در باب صبر
چهار کتاب اصلی علم رجال
ولایت
پیشوای صادق
وحدت و تحزب
هنر
اجوبه الاستفتائات
درست فهمیدن دین
عنصر مبارزه در زندگی ائمه
روح توحید نفی عبودیت غیر خدا
ضرورت بازگشت به قرآن
سیره امام سجاد
امام رضا و ولایتعهدی
تهاجم فرهنگی
حدیث ولایت
یاد و یادگار
جهاد خودکفایی
دشمن‌شناسی
جلوه اهل خراسان
احکام روزه
مروری بر مبانی، روش و قواعد تفسیری
ترجمه‌ها
صلح امام حسن، تالیف راضی آل یاسین.
آینده در قلمرو اسلام، تالیف سید قطب.
مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، تالیف عبدالمنعم نمری نصری.
ادعانامه علیه تمدن غرب، تالیف سید قطب.
آثار در مورد وی
ولی مجدد یا رهبر احیاگر
این کتاب را نعیم قاسم معاون دبیرکل حزب‌الله لبنان نوشته‌است.
فتوای هسته‌ای از منظر حقوق بین‌الملل
این کتاب را جابر سیوانی زاد در مورد فتوای سید علی خامنه‌ای در مورد برنامه هسته‌ای ایران از منظر حقوق بین‌الملل نگاشته‌است.
شرح اسم
کتابی است که به زندگینامه و خاطرات سید علی خامنه‌ای می‌پردازد.
ولایت فقیه
مرجع تقلید
حوزه علمیه خراسان
رهبر ایران