質問: インフルエンザウイルスの変位 (1) 下記の別質問でh1n1はh5n1が変異(進化?)してできたものではないと教えていただいたのですが、 http://oshiete1.goo.ne.jp/qa5334562.html なぜそのことが分かるのでしょうか。 (2) h1n1インフルエンザはh1n1豚インフルエンザが変異(進化?)してできたものだと思いますが、そのような理解で正しいでしょうか。 また、もし正しいなら、そのことはなぜ分かるのでしょうか。 よろしくお願いします。
回答: >「それらの塩基配列があまりに違いすぎるから」とのことですが、どのくらい違うのでしょうか。 今、試しに新型インフルエンザのh1n1とタイの鳥インフルエンザのh5n1のha遺伝子の相同性を調べてみました。 このha遺伝子は1700塩基対ほどの長さがあるのですが、その内700塩基対ほどが異なっています。つまり相同性は60%ほどですね。 >また、違いがどのくらい以内であれば「変異した」と考えられるのでしょうか。 「変異した」ということであれば、たった1塩基違っても「変異した」ということになります。 ただ、質問者さんの知りたいことはそんなことではないはずですね。 元の質問は、「新型h1n1の由来がh5n1でないことがなぜ判る?」ということだったはずです。 >つまり、「変異して発生した」と「変異してではなく別系統で発生した」との区別はどのくらいの塩基配列の「違い」を基準として(つまり、境界線として)判断するのでしょうか。 今回はh1n1とh5n1の関係性を問題にしているわけですが、この2つの株のデータだけでは何も判りません。多くの株を比較することによって、「新型h1n1はh5n1より北米型h1n1に遺伝的に近い」ことが判るわけです。個々の株間の関係性の積み重ねが系統樹になるわけです。 そしてその系統樹では、h1n1とh5n1は遠い昔に分岐したという解析結果になるわけです。 どこかに境界線があるわけではないのです。 個々の関係性の積み重ね(つまり統計的解析)が系統樹になるわけですから、比較する株の種類と数によって結果が違ってきます。 >そのようなソフトウェアは何かの基準に基づいて 系統樹解析の方法はちゃんとあります。nj法がメジャーな解析法の1つです。 一度はちゃんと原理も計算方法も勉強して手計算でも系統樹解析をしてみたことがあるのですが、もう忘れました。 どのソフトウエアでも、系統樹解析の計算そのものはnj法や他数種類の手法を用いて行います。なので学会や論文発表の際は、「○○というソフトウエアを用いてnj法により解析した」などと断りを入れるのが普通です。 同じnj法を用いても、ソフトウエアのアルゴリズムによって微妙に違う解析結果になったりすることもありますが、どのみち「数学的な推測」に過ぎないので、その小さな違いは通常問題になりません。 この一連の質問ですが、既に非常に専門的な領域に入っています。 「変異」とか「進化」といった基礎用語の理解もままならない状態で、このレベルの説明をするのは非常に難しいです。 最低限、高校か大学の教養課程レベルの分子生物学をきちんと理解していないと説明すらままならない領域に入っています。変異、進化、連続変異といった"新しい用語"が出現する度に、そのターム関連の質問を立てられている状況なのですが、言葉の意味(定義)をきちんと理解しないまま次の疑問に飛ぶので、非常に足元が危うい理解をされているようです。 私の回答について「判りやすく」と評価して頂けるのは嬉しいのですが、私の回答内容を理解していれば出てこないはずの質問も出てくるので、やはり私の回答もきちんと理解されているわけではないと思います。 その状態で次から次へと疑問が膨らむのは判るのですが、もう少し足元を見て1つの回答文をどれだけきちんと理解できるか、に集中した方が良いと思います。この段階で、次の質問の答えはもう出ているのですよ。 「系統樹解析のソフトウエア」ですが、最近はwebでできます。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/welcome-j.html ここはddbjという遺伝子解析の総合サイトなのですが、この中のclustalwが系統樹解析です。ここのテキストボックスに塩基配列やアミノ酸配列を放り込んでボタンをクリックすれば、解析結果が出てくるようになっています。 ここのヘルプ(各パラメータのリンクがヘルプを標示するリンクになっています)ですら、おそらくただの一言も理解できないと思います。 この質問はそろそろこの領域に踏み込もうとしているわけです。