質問: ゲノムdnaとの結合領域の狭い(20-50 bp)タンパク質の場合、ソニケーションでフラグメントの鎖長範囲を小さくしたほうが良いですか?
回答: このような場合でも、200-500 bpの鎖長範囲のフラグメントがchip-seqで最もシャープなピークを生成するため、200-500 bpの鎖長範囲を濃縮できるよう調整してください。 また、短いフラグメントはqpcrで検出されないリスクもあります。 短いフラグメントを生成するために印加するソニケーションサイクルの増加に伴い、エピトープの構造が損なわれるリスクについても考慮が必要です。