質問: 論文の緒言の訳1 脱窒菌の論文で、まとめようと訳してみたのですが、 訳の確認と追加説明があればお願い致します。 nitrification has been defined as the conversion of reduced nitrogenous compounds, either organic or inorganic, to others having nitrogen in more oxidized states. the bulk of global nitrification is usually attributed to the oxidation of inorganic nitrogenous compounds by chemolithotrophic bacteria such as nitrosomonas and nitrobacter spp.. yet nitrification is by no means limited to chemoautotrophs; numerous heterotrophic bacteria and fungi have the ability to oxidize a variety of nitrogenous compounds. the occurrence in natural environments of substrates well suited for heterotrophic (as opposed to autotrophic) nitrification is demonstrated by the accumulation of oximes (formal charge of n^-) by plants and animals and by the production of hydroxamic acids (also n^-) by a variety of microbes in pure culture. hydroxamic acid siderophores (chelators) are produced by soil heterotrophs and used for the uptake of iron. 硝化は、減少した窒素化合物の変換率で定義されます。 硝化の大部分はnitrosomonasやnitrobacter spp.などの化学合成無機栄養菌による、無機的な窒素化合物の酸化が原因です。 しかし、硝化は決して化学独立無機栄養生物に限定されません。 多くの従属栄養細菌と真菌類は多様な窒素化合物を酸化する能力を持っているのです。 従属栄養菌の硝化は、気質が自然な環境で発生し oximesの積算、植物と動物(n^-1の形式的な帯電)、ヒドロキサム酸の生産、多様な微生物の純粋培養で示されます。 ヒドロキサル酸シデロフォーは、土壌の従属栄養菌により生産され、鉄分の摂取に使われます。
回答: シデロフォアというのはこの種の微生物が生産するキレート剤だそうで、金属イオン(この場合は鉄)に配位結合をします。鉄はこの微生物にとって必要なのでしょう、土壌中にこれを放出すると、シデロフォアが土の中の鉄分をキャッチして、この微生物は鉄をゲットできるわけです。 オキシムの構造を私は知らないので...ちょっと困ってますが、分子内で、電荷の偏りがあると思われます。 形式電荷というのは、真空中の単独の原子の持つ電子の数に比べて、化合物中で増えてるか減ってるかを(形式的に)示すものらしい。 簡単に言えば、オキシム中のnが局所的に見て負に帯電してるということではないでしょうか?