質問: facsのヒストグラム 読み方 はじめまして。 論文購読で論文を読んでいるのですが、facsのヒストグラムの読み方、分析の仕方がわからず 困っています。もしお詳しい方がいらっしゃれば教えていただけないでしょうか。 そのグラフは下記url論文のfig4cおよび5aです。画像も添付しました。 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0142961214003640 1fig4cのヒストグラムについて 下段の方がcd31の発現が大きくなっていて、さらに300μm(20 ng/ml)が一番良い、 という結果なのですが、領域m1の取り方がよくわかりません。 黒い線がアイソタイプコントロールだと思うので、 コントロールが含まれない領域をとった、ということで良いのでしょうか? 2fig4cの300μm(20 ng/ml)とfig5aについて fig5aは300μm(20 ng/ml)のサンプルからcd31を発現している細胞をソートする、 またその割合を求めるものだと思います。 fig4cにおけるヒストグラムとfig5aの点が密な部分が一致しないように思うのですが、 なぜでしょうか? 教えていただければ嬉しいです。 宜しくお願いします。
回答: >コントロールが含まれない領域をとった、ということで良いのでしょうか? 基本的にはそういうことです。この場合発現がバックとかぶってるのでどこがポジがネガがは判断は容易ではありませんので、とりあえずバックで0%になるところで引いてるだけでしょう。かぶってる場合にcd3 hi, cd3 med, cd3 low なんて取り方をすることだって良くあります。 2コ目の話は、少なくとこの図を見ただけだと別ものだともおうんですが...読み間違えてないですか? 少なくともhistgramにすれば山が2つ出てくるハズなので、クルードのサンプルかなんかだと思いますし、縦軸がfsc sscではないともうので何かもわからんですが、一応ネガティブを取ってるみたいですしね。仮に上の黒と色の細胞の混ぜ物だとしても、横軸が違いすぎるので染色方法がこれだけズレるのは考えにくいし...。さすがに論文になってるならレビューで突っ込まれるとおもうので、質問者さんの読み違いじゃないですか? ちなみにソーティングするときはぎりぎり左端まで取るとアウトライヤーでネガティブを拾いやすくなったりするので、きわどい分離の時は上の方半分の山にかかるようにして確実に発現の高いものを回収したりもします。これだけ綺麗に分離してれば大丈夫でしょうが。