質問: 大腸菌operon(オペロン)について あるウィルスのdnaに大腸菌オペロンのdnaが400bpぐらいマッチングしました。こういう場合、このウィルスは大腸菌と関係していると考えられますか。gc%が大腸菌と一致していたら大腸菌をもとにしたものと考えてもいいでしょうか。
回答: >「ウイルスのdna配列を決めたときの試料、配列情報の統合、データベースへのアップロード、」......データはすべてncbiによります。向こうの問題でしょうか。 考えにくいですが、そうかも知れませんね。 >「あなたがダウンロードしてからマッチングを解析するまでの過程のいずれかにおいて、大腸菌の配列が混入したと考えるのが最も妥当でしょう。」......これはないです。純粋にncbiのデータだけを使っています。 そのつもりが、解析の仕方や、データの取扱中の思わぬミスで ということも意外に多いものです。この場合、自分では どこで間違いが生じたかを見付けるのは難しいことが多いでしょう。 ダウンロードする際に、データベースの形式によっては、 配列以外の情報も含んでいることもありますので、 その部分が一致しているとも考えられます。 配列そのものを操作したいなら、fasta形式で表示させて、 ">"で始まるコメント行を除いた部分を使うのが最も簡単 だと思います。 >オペロンは最大700bpマッチングし、他の個所にも長いのがあります。それから、別のウィルスで10000bp以上マッチングするものがありました。しかもsarsウィルスの巨大な構造の半分以上を占めています。どうです? マッチと言うのは、その領域で100%一致なのでしょうか? だとすると、よほど近縁種でない限り、そのように長い範囲で 一致することは考えにくいです。 大腸菌のオペロンの名前かウイルスの名前(分離株名も)が 分かれば、こちらでチェックすることも可能ですが。 例えば、大腸菌のlac operonとか、sars coronavirus isolate sin2774 などの情報です。 こちらで、いくつかのsarsウイルスについて相同性検索 してみた結果では、そのような領域は見付かりませんでしたが。