質問: 使用している go 1.4 は にある go1.4.windows-amd64.zip です。 zipファイルを任意の場所に展開後に、`GOROOT` を正しく設定した状態です。 もちろん `GOPATH` は単一のディレクトリを指定済みで、 `PATH` には `%GOROOT%\bin` と `%GOPATH%\bin` を通してあります。
回答: `make.bash` や `make.bat` を実行する際は、pkg 内が消されます。`--no-clean` オプションを付けて両アーキテクチャで実行して下さい。`%GOROOT%/pkg/windows_XXX` が2つ出来ていれば成功です。