質問: タンパク質を構成するアミノ酸の配列は、遺伝子により管理されていますが、そのタンパク質を構成しているアミノ酸の配列は、正確に調べることはできるもなのでしょうか? 例えば、このたんぱく質はこのアミノ酸がどの順番で並んでいるというようなことは分析できるのでしょうか?二次構造の折りたたみで、構造自体は変化するとしてもアミノ酸の種類と順番が分析できるのかどうかを知りたいです。
回答: もし,その遺伝子が容易にわかるなら,遺伝子のコドンから正確にアミノ酸配列は読みとることができますよね?ゲノムプロジェクトによって多くの生き物のゲノムが分かっている現代ですから,それは非常に容易にPC上で調べられあなたが実験をするよりもある意味正確に結果をだせるでしょう。 一方,昔は30アミノ酸も決められれば御の字ですが,エドマン分解という方法でN末から一つずつ分解してはHPLCでピークを調べ他のアミノ酸と照らし合わせて,一つずつ決めて行く方法をとっていました。これは反応の残りが毎回のサイクルででてきてしまうので20アミノ酸以上になってくるとなかなか判別が難しくなってきます。 現代では,ゲノムプロジェクトによるほぼ全てのタンパク質のアミノ酸配列が分かっているため,目の前にあるタンパク質をトリプシンなどの酵素で切断して,質量分析にかけます。細かい方法は割愛しますが,最終的にアミノ酸の構成がペプチド毎に判明しますので,それとデーターベースを照らし合わせて正しいアミノ酸配列を決定することができます。 翻訳後修飾や変異が入っているなどがあればすこしややこしくなりますが,正確に調べて行けばわからない事はないと思います。 今は質量分析法も精度,感度が上がってきていますので,より簡単に正しいアミノ酸配列は同定できると思います。