質問: JavaScriptからデータを取ってきて、Rで分析し、その結果をJavaScriptに戻す
回答: ブラウザで動作しているPure JavaScript はそもそも 外部コマンドを実行することはできませんので不可能と言えます。 windows OS に実装されているJScript であれば、Shell からの外部プロセス起動が可能なので、Rscript.exe にRスクリプトファイルを引数に渡せばRを実行できます。 質問内容が、なぜJavaScript を起点として考えているのかは、個々の事情があるのでしょうから言及はしませんが、Rと連携するとしたら現状は Shell実行できる言語、スクリプトによって、 Rスクリプトファイルを起動することが唯一の選択肢と思います。 Rscript.exe の標準出力を受け取って処理をすることになります。