質問: 環境サンプルからDNAを抽出し、その中に存在する細菌の16S rRNA遺伝子をnested PCR(ほぼ全長の増幅 → V3領域の増幅)で増幅し、細菌群集の多様性を調べようとしています。
回答: 2nd-PCRで同じサイズの増幅産物が 得られたのであれば問題ないと思います。 気になるなら、切り出したバンドから 得られた2nd-PCR産物を比較してみれば いかがでしょうか?