質問: 250枚 USB2.0の転送速度とプログラムの実行速度
回答: まず、USBフラッシュメモリを”USB”と省略するのは明らかな誤用ですので訂正しましょう。 バス規格のことで、特定のハードウェアの略語として用いると誤解のもとです。 転送速度において有意な差はないでしょう。 所詮USB2.0(もちろんバス規格)の制限がありますし、USBメモリでは書き込み速度は5MB/sとかそんなもんです。 複数のPCで使うのが前提なら、あえてセキュリティのないFAT32にするのもありです。 4GB以上のファイルを扱いたいのならexFATでもいいでしょう。 ノートの方でも2GBのメインメモリがあればReadyBoostを使う必要もないでしょうから、exFATでも問題ありません。 NTFSにするのなら、標準以上にセキュリティーを上げると(アクセス制限をつける等)複数のPCからアクセスできなくなることもありますのでご注意を。 速度を優先するのなら、USBメモリから直接実行するのではなく、フォルダごとHDDにコピーして、使用後にUSBメモリに書き戻す方がいいかと思います。慣れてくればお気に入りやキャッシュのフォルダのみ書き戻すようにすればいいでしょう。 書き込み回数の制限や、USBメモリの書き込み速度の遅さ(特にキャッシュで体感できるでしょう)からこちらをおすすめします。