質問: 鍵ファイルって普通Linuxのどこのパスに置きますか?
回答: 証明書なら、それを必要とするアプリケーション(apacheとか)が読む場所に置けばよいと思います。といっても、アプリケーションの側でその場所を設定ファイルで指定できることがほとんどだと思いますが。