質問: 蛋白質の大きさが知りたいです。 アミラーゼ、プロテアーゼ、リパーゼの三つです。 縦*横*高さで表記してあるデータが欲しいです。 結晶構造のデータから出す方法があったら教えてください。
回答: 実測しましょう!! って、べつにたんぱくそのものを物差しで量るわけじゃないですよ。 まず ProteinDataBank とか PubMed の structure とかから結晶データをとってきて、RasMol とか Cn3D とかのソフトで結晶構造を表示します。で、適当に縦・横・高さと思われる長さを、定規で量ります。 つぎに、例えば Phe のベンゼン環の六角形の一辺の長さを定規で量ります。ところで、ベンゼン環の六角形の一辺の長さは実際には 1.4 A です。ということは、この比較からこの画面での縮尺率がでます。 あとは、はじめに量った長さを縮尺率にあてはめれば、実際の蛋白の縦・横・高さがでます。 さて、実際にやってみました。データは、PDB Id: 1FA2 の "Beta-Amylase From Sweet Potato" です。私の画面では 1.4 A / 3 mm の縮尺でした。縦・横・高さは、100 x 140 x 160 mm だったので、換算すると、 46 x 65 x 74 A となります。 いかがですか?(邪道??) ちなみに知っているとは思いますが、他の人への参考まで、、 「ProteinDataBank 阪大ミラー」 「PubMed の Structure」 「Cn3D」 「RasMol」