質問: 主人がAppleIDメールとiCloudを使い分けしているようで
回答: iPhoneは設定からログアウトすることができます。 そのため同じ端末でもアカウントを使い分ければこの状況は理論上は可能です。しかし、lineに既読がつかない、メールも転送されるという状況を考えると、何か別の端末を持っていると考えるのが自然でしょう。 もしかしたらlineに関してはログアウトしていて、完全に放置状態かもしれないですね...