質問: 大きいサイズのクロマチンフラグメント(例えば>2 kbp)を免疫沈降したいのですが、megaruptorを使用しても良いですか?
回答: megaruptorで使用している技術についてはクロスリンクなどの固定化作業をしていないdnaやrnaの使用を前提にしていますので、理論的にはクロスリンクされたフラグメントにも使用可能とは考えられるものの追加で最適化が必要になると思われます。 また、chip実験においてもそのような大きなフラグメントの使用はバックグラウンドシグナルが高くなる恐れがあるため推奨しておりません。 参考までに、picoruptorで安定して得られるフラグメントの鎖長範囲は100-800 bpです。その範囲内での実験もご検討ください。