質問: ヒストンマークとヒストンに間接的に結合するタンパク質をそれぞれ免疫沈降するため、クロスリンクを2回実施したのち、クロマチンの精製を行いましたが、クロスリンクを複数回行うとヒストン検出時のノイズの原因になりますか?
回答: クロスリンクを追加で実施するとヒストンのchip-seqのバックグラウンドシグナルが増加する傾向にあります。 したがって、クロマチンサンプルを調製する際は各目的ごとに別々に調製することが望ましいです。 別々に調製するのに充分な試料が得られない場合、ヒストンのchip-seqについては少なくとも品質の良いchip-seqグレード抗体を用い、転写因子の実験について別に実施することによって、成功する確率を高めることができます。