質問: 塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール? プライマー設計する時などに、 塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、 塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(pcソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか? また、 ・一定の塩基数間隔で改行 ・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など) ・ファイルエクスポート ・プリントアウト などの機能付きだと、なお助かります。 現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。 ご存じの方おられましたら、 ご教示いただくことできないでしょうか? よろしくお願いいたします。 (添付した参考画像) 目的遺伝子(仮)のdna配列の下に、 コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を テキストファイルに打ち込んだもの。 ・100塩基毎に改行 ・イントロン →グレー、エキソン →ブラック ・プライマー →アンダーライン+イタリック など手を加えています。
回答: 回答がないので、しゃしゃり出てきました。 多分探してもぴったりのものは難しいと思います。 こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。 rubyという言語です。もしmacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。 sudo gem install bio で追加できます。windowsの場合はrubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。 文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。 参考まで require 'rubygems' require 'bio' primer_seq="ccgttcagag" primer_name="primer-1" na_seq="aatcttagaataaaaaatgggtaccgttcagagacctttagagattgcaaggcatcacagatgataaaaagctccatctctagacgtgttcaggagtgggttggggctttgaccttgactagctgcatcaacttggacaagtcacttcgcttccctgtgcctcagtttcctcatccatat" abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq exon_pos=primer_pos+primer_seq.length exon=bio::sequence::na.new(na_seq[exon_pos..-1]) aa_seq=exon.translate # 出力 aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join primer_str=" "*primer_pos+primer_name primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length) na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as| puts ps puts ns puts as end