質問: 次世代シーケンスで、サイズの大きい複雑な構造のゲノムを解析するのに必要なリード長とシーケンス深度はどのくらいですか?
回答: リード長はサンプルの種類、実験目的及びシーケンスカバレッジの要件に応じて選びます。 長いリード長は、よりシーケンスのオーバーラップを生じる方向に働くためゲノムのde novoシーケンスや繰り返し領域の解読の信頼性を高めるのに大変有用です。 発現プロファイル解析や発現計数などのアプリケーションの場合、短いリード長でも十分でコスト的にも優位です。 ほとんどのchip-seq実験ではリード長は50 bpで十分です。