質問: ``` Bioconductor のインストールが出来ているかわかりません。ダウンロードはできているのですが、library(Biostrings)と打ち込んでパッケージを確認しようとしたのですが、下記のような表示が出てインストールできているかわかりません。また、下記の表示が表示された場合どのような対応をとればよいかわかりません。 ``` エラーメッセージ ``` > library(Biostrings) 要求されたパッケージ BiocGenerics をロード中です 要求されたパッケージ parallel をロード中です 次のパッケージを付け加えます: ‘BiocGenerics’ 以下のオブジェクトは ‘package:parallel’ からマスクされています: clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB 以下のオブジェクトは ‘package:stats’ からマスクされています: IQR, mad, sd, var, xtabs 以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされています: anyDuplicated, append, as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min 要求されたパッケージ S4Vectors をロード中です 要求されたパッケージ stats4 をロード中です 次のパッケージを付け加えます: ‘S4Vectors’ 以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされています: expand.grid 要求されたパッケージ IRanges をロード中です 次のパッケージを付け加えます: ‘IRanges’ 以下のオブジェクトは ‘package:grDevices’ からマスクされています: windows 要求されたパッケージ XVector をロード中です 次のパッケージを付け加えます: ‘Biostrings’ 以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされています: strsplit 警告メッセージ: パッケージ ‘S4Vectors’ はバージョン 3.6.3 の R の下で造られました ``` ここに言語名を入力 ``` ### 試したこと ダウンロード後にアップデートの確認がきましたが、nを選択しました。 Old packages: 'bit64', 'vctrs' Update all/some/none? [a/s/n]: n ### 補足情報(FW/ツールのバージョンなど) 使用しているバージョンは3.6.2の32bitです。 インストールの際には管理者権限からRを開いて実行しました。 インストールの際に行った作業です。 > > if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)) > > + install.packages("BiocManager") > > BiocManager::install() > > Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.2 (2019-12-12) > > BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi")) > > >
回答: コマンドラインから`sessionInfo()`を実行すると自分がどういう環境にいてどんなライブラリが利用可能かチェックできます。 見る限り、いちおうインストールはできてるようですが、Rが3.6.2と3.6.3と二つ入ってしまっているようですね。混乱の元なので統一できるならしたほうがいいでしょう。