質問: PNGの画像をPDFにするとファイルサイズが小さくなります。
回答: PDFでも、画像は一般的な画像形式で保存されます。 利用できるのが、ZIP符号、LZW符号、RunLength符号、CCITT、JBIG2、JPEG、JPEG2000で、カラー画像についてはZIPかJPEG、JPEG2000で保存されることが多いです。(CCITT、JBIG2はモノクロ専用) ZIPは元の画質、JPEGは劣化あり、JPEG2000は劣化の有無を選べます。PNGは劣化のない形式なので(色数を落として容量を減らす場合はあります)、JPEGなど劣化がある場合に容量が小さくなるのは分かりやすいのですが、画像の内容によってはZIPやJPEG2000で無劣化で保存しても、容量が小さくなる場合はあるかと思います。 ただ、ibooksの仕様は存じませんが、多くの場合、実用上問題のない範囲で劣化させることで容量を減らします。 どのような形式で保存されているかは、PDFの編集ソフトで確認できると思います。