質問: ncbiでの検索 ncbiを検索するとatcc11842の全ゲノムの解析がされているようで、非常に多数の遺伝子の塩基配列が出てきました。そこでなんですが、この場合、16s-23srrnaスペーサー領域の塩基配列も分かるのですか?また、分かる場合は、その調べ方も知りたいです。よろしくお願いいたします。
回答: 52335233さん こんにちは (1)そのatcc11842とは、"lactobacillus delbrueckii atcc11842株"であり、 (2)全ゲノムデータとは、アクセッションナンバーが"cr954253”のものですね。 (3)そこで改めて、ddbjの高度検索arsa ( http://arsa.ddbj.nig.ac.jp/html/ ) で、『lactobacillus delbrueckii 16s 11842』と打ち込んで、検索しますと、アクセッションナンバーがaf113602ものの16s-23srrnaスペーサー領域の塩基配列データが得られます。af113602さんのatcc11842株で良いのでしたら、それで完了です。 http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/ddbj/af113602/?format=flatfile&filetype=html&trace=true&limit=10 (4)全ゲノム解析がなされたcr954253さんの全データ中の16s-23srrnaスペーサー領域を知りたい場合は、 http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/ddbj/cr954253/?format=flatfile&filetype=html&trace=true&limit=10 で、af113602のその領域の両端の"ctaaggaaaa”と"cttgcaaggt"を検索して、全ゲノムの中のどこにあるのかを調べれば、87951-808170に存在することが判明します。 それでは、検討を御祈りします。