質問: Storyboard上でNavigationControllerとViewControllerを RelationShipSegue, root view controller で関連付ける処理を、NavigationControllerとViewControllerがそれぞれ別のStoryboardにある場合はどのようにすればいいんでしょうか。
回答: もしXcode7でターゲットがiOS9であれば、Storyboardから別のStoryboardを参照できるようになりました ですが、iOS9より前のiOSでは利用できないので別のStoryboardを参照するにはコードで呼び出すしかないですね。例えばUIStoryboardのクラスメソッドstoryboardWithName:bundle:などを使います。