質問: chem 3dについて教えて下さい。 今、chem drawで描いた化学構造を、 chem 3dで立体モデルにしてます。 その構造を安定化したものに修正しようと思ったのですが、 「mm2」と「mopac」のどちらにも「minimize energy」とあります。 この2つの違いは何ですか? すみません、初歩的な質問で・・・。
回答: yondaさん,こんばんは. mm2というのは分子力学法の一つの方法で,mopacは半経験的分子軌道法 という方法です.詳しく説明すると難しいのですが,簡単な違いを説明すると, mm2は電子の寄与による構造変化を考慮しない方法で,ボールにバネをくっつけて 空に放り投げた時にどの状態が一番安定化?という結合距離や結合角を探す方法 です(←厳密にはちょっと違いますが・・・). それに対して,mopacというのは電子状態を考慮して結合距離や結合角を決定し ます.要するに波動関数を計算する訳です(←これも実際はちょっと違う). でっ,どちらが良いかという問題になると思いますが,『用途による』というのが 正確な答えになると思います.電子状態まで考慮して計算すべきか?という 問題です. また,mm法にしろ,mopacにしろ初期構造が非常に重要になります. mmの場合にはバネの種類をしっかり設定しなければなりませんし,mopacで は,最適なハミルトニアンを指定しなければなりません. 当然,初期入力構造にも依存しますから,その点にも注意が必要です.