質問: pcr決定法について pcrでは、増幅したいdnaの端の塩基配列がわかれば、それと相補的なプライマーを作るとよいというふうに授業で習いました。 では、既知配列の外側領域の塩基配列をpcrを用いて決定したい時にはどうしたらよいのでしょうか? ーーーー「ーー」●○○○○○○●「ーー」ーーーー この「--」の塩基配列です。 ○の塩基配列は●をプライマーとすれば決定できるのはわかるのですが、その外側の塩基配列の場合のことです。制限酵素とかで切ったりしてやるのかなぁとも思うのですが、よくわかりません。。
回答: ○のところの配列がわかっていればそれを元にプライマーを作ってサイクルシークエンスを行えば●に近いーの部分の配列は決定できます。それを繰り返せば離れたーの配列もわかります。 どの程度離れたところまで決定できるかは配列の具合と使う機器の能力によります。 ただし配列を完全に決定するためには両側の鎖を読む必要があるためいくつかプライマーを作ってなんどか同じ領域を読むことになりますけどね。