質問: 同じ遺伝子を動物種間で比較するのがホモロジーですよね? 何%の相同性があるか知りたいんですが、Blastnでその数値は確認できますか?
回答: >同じ遺伝子を動物種間で比較するのがホモロジーですよね? ホモロジー(似具合)の比較は同じ遺伝子である必要はなくて違う遺伝子との比較もあります。 同じ遺伝子(オーソログ)を比較することでそのタンパク質での種間の系統進化的な距離が調べてあげることができます。同じように同じ種内の似たタンパク質(パラログ)を比較することで今度は遺伝子の系統進化的な距離を調べてあげることができます。 >何%の相同性があるか知りたいんですが、Blastnでその数値は確認できますか? 程よい遺伝的距離にある生物についてはBLASTNのホモロジー検索でphylogenetic treeが描けます。 極めて遺伝的に近い集団の場合はBLASTNでは難しくSNPsを確保することが大切です。 遺伝的に遠い動物種間ではBLASTNよりもその遺伝子がコードするタンパク質の相同性に基づいた計算のほうが適しています。 >たとえば、トカゲなんかの遺伝子配列をマウスなどと比較するとき、ホモロジー検索でBlastnを使えばできますか? 上に書いた理由からよほど保存された遺伝子でないかぎり核酸配列レベルではなくてタンパク質配列ベースが適しています。