質問: 今度の化学の実験でDNAの電気泳動実験をやります。課題で、調べてプライマーの融解温度を計算しなければならないのですが、いろいろ調べてみても計算の仕方がよくわかりません。 プライマーの配列は Primer#1:5'-GATGAGTTCGTGTCCGTACAACTGG-3' Primer#1:5'-GGTTATCGAAATCAGCCACAGCGCC-3' で、使う式は Tm=81.5+16.6×logO.047+0.41×GC%-500/n なんですが、このGC%とnと5'(3')の意味がよくわかりません。どうやって求めるのでしょうか?初心者でもわかるように教えていただけないでしょうか?
回答: Tm(°C)=81.5+16.6*log[S]+0.41*(%GC)-(500/n) の計算式が大元で、 [S] :塩のモル数 (%GC) :オリゴヌクレオチド中のGとC含量(%) n :オリゴヌクレオチドの長さ(pb) となっています。塩濃度[S]は通常Na+イオンのモル濃度を差すがPCR反応液の場合次のルールで計算します。 1. K+イオンはそのまま加算する。 2. Trisイオンは0.65倍して加算する。 3. Mg2+イオンは計算に入れない。 たとえば、PCRバッファーの塩濃度が以下の場合には 50mM KCl 10mMTris-HCl (pH 8.4~9.0 at 25 °C) 1.5mM MgCl2 なので、[S] = 0.05 + 0.67*.01 = 0.0567 (M) よって、計算式は Tm(°C)=60.8+0.41*(%GC)-(500/n) となりますね。ご参考までに。 まあ参考URLに配列をいれると大体の値は出してくれるのですが。。。。 教育的にはどうかともいますけど。 参考URL: