質問: ジデオキシ法について ジデオキシ法について ジデオキシ法について、知りたいことがあります。 ジデオキシ法では、構造決定をしたいdnaの3’末端に相補的なプライマーを用いると思うのですが これは、構造決定をしたいdnaの末端の塩基配列はわかっているという意味だと思ったのですが、 dnaの3’末端はどのようにして、わかってたのでしょうか。 塩基配列を決定したいのに、末端の配列がわかっている、ということが不思議な感じがします。 どなたかご存知の方がいらっしゃいましたら、ご回答およろしくお願いします。
回答: 必ずしも構造決定したいdnaの3’末端の配列が判っていなくても、途中の配列が判れば(推定出来れば)配列を決定することは可能です。今、あるdna断片の+鎖を構造決定したいとします。もしこの+鎖の途中の配列が既知であればそれに相補的なプライマーを使うことにより配列既知部分より上流(5’側)の配列を決定できます。こうして配列が決定できた+鎖の一部分をプライマーとして今度は-鎖の構造を決定すれば、結果として上記の既知配列の上流も下流も構造決定することが可能です。 例えば、遺伝子配列は判らなくても蛋白のアミノ酸配列が判っていれば、それに対応する遺伝子配列を推定することは可能です。また、目的のdna断片が制限酵素の認識配列を持っていればその配列をプライマーとすることも不可能ではありません(あまり短い認識配列では難しいと思いますが)。さらに、その遺伝子のプロモーターが判っていれば、その配列をプライマーとして使うこともできます。目的のdna断片を適当な制限酵素で分解した断片を精製してプライマーとすることも可能です。目的のdnaの配列そのものが判っていなくてもプライマーの配列を決める方法はいくつもあるのです。