質問: 一般的にアニメーションはおそらくアナログで下絵を描いてからデジタルでなぞって色をつけてセル画を描くという作業工程で進むと思いますが、
回答: 一般的な手順として、大きく二つに分かれます。 一つは原画-動画という作画ステップを紙でおこない、スキャンしてからPCで彩色する方法。 もう一つは作画段階からPCでおこない、そのまま彩色する方法です。 下絵までアナログで、クリンナップをデジタルで、というのはイラストレーションの手順で、アニメーションでは一般的ではないかと思います。 多分こちらがアニメーション作画機能があるので、一番使われているかと。