質問: SDS-PAGEであるたんぱく質の断片を泳動したのですが、分子量は小さいはずなのに、それより分子量が大きいものよりも上のほうにバンドが検出されました。 私なりに考えた結果酸性アミノ酸(Asp,Glu)が多く含まれているので流れにくかったと考えたのですが、そのほかに考えられる理由はあるのでしょうか? pIが大きく違うのですが、これは関係あるのでしょうか?
回答: 実際に詳細が分かりませんので文面だけで。 pIが違うと言うことは、当たり前ですがそれぞれのタンパク質断片のチャージ(電荷)が違うと言うことでしょうから、泳動度に影響を与えることになります。 とうぜんタンパク質が小さくなればなるほど影響は受けやすくなります。 逆の例ですがpHがことなるゲルで泳動すると泳動度が通常のSDS PAGEと逆転する場合もありえます。 ご参考までに。