質問: * 何が原因で、この問題は発生していますか?
回答: この問題は、 `net_write_timeout` の上限にひっかかっていた様子です。 `net_write_timeout` は、 MySQL サーバーが通信の際にソケットに対して送信内容を読み書きしますが、その書き込みの際の、ブロック時間の上限を定めている様子です。 今回、大量のデータを `stream_results=True` しながら、データ取得と同時にもろもろの処理を随時行なっていたので、ブロックが発生するのは MySQL サーバーの書き込み側になっていた様子です。 `net_write_timeout` を 3600 にしたところ、問題は解消しました。