質問: 「当日朝8時までに有給申請(遅刻の場合は時間休申請)をしないとその日は欠勤(無給休暇扱い)となる」と会社が社規定で決めている場合、
回答: 残念ながら一切問題ありませんね。 労働基準法での有給休暇は有給休暇を労働者に付与させなければならないことと、年間最低5日は労働者に取得させなければならないということで、あとは企業ごとの規定に任せていて、違法性は何もありません。 つまり、その最低限のことさえやっていれば、あとは企業が勝手に決まりを作っていいということで、企業がそうだと言えば従うしかありません。