質問: dna塩基配列の「相同性」? ある生物のある遺伝子のdna塩基配列があり、既知の生物種の配列と「99%以上の確率で相同性を示した」(ので同じ生物種か極めて近縁の種である)と書いてある場合、具体的にはどのような計算をしているのでしょうか? 例えば、長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していたとします。この場合は99.1%の一致率(同一性?)ですが、「相同性」ということとは違いますか?文献をみていると、塩基が99.1%で一致していたことを「塩基配列で99.1%のホモロジーであった」と書いてあるものがあったのですが、ホモロジー・相同性とはそういう用語なのでしょうか?「相同性は質的性質(ある/なし)である」という説明も見たことがあって、そうすると単純なパーセンテージで示せないと思うのですが...。 よろしくお願いします。
回答: ● 99%以上の確率で相同性を示した というのは、おそらく、ある配列aに類似した配列をデータベースの中を検索し、その結果見つかった既知の生物種の配列a’が、配列aと偶然一致する確率が 0.01よりも小さいことを意味しています。この場合の確率というのは、あるデータベースを検索した時の結果を評価する値です。具体的にどのような計算をしているのかは、私はよく知りません。以下の参照urlの expect (e) valueについて調べることは、参考になるかもしれません。 ●長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していた というのは、二つの配列間(aとa’)の関係についてだけ、述べています(データベースの検索結果とは関係なく)。二つの配列を比べた時、塩基配列間で99.1%が一致しており、これらは配列類似性が高いという使い方をしますね。 ●相同性は質的性質(ある/なし) 二つの遺伝子が「相同である」というのは、二つの遺伝子が「共通の遺伝子から派生している」という意味です。共通遺伝子から派生した遺伝子群は、配列類似性が高い場合が多いですが、その逆は言えません。つまり、二つの遺伝子間の配列類似性が高くても、共通遺伝子から派生した遺伝子(相同性である)とは限りません。配列類似性が高くても、別々の独立した遺伝子からそれぞれが派生した場合もありえます。 参考url:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi?cmd=web&page_type=blastdocs&doc_type=faq#expect