質問: 追加で調査した内容がありますので追記します。 問題のエラーが起きるファイルですが、Aspose.Cells以外の手段で作成したパスワード付きPDFでも発生します。 更に、そのPDFファイルをバイナリエディタで開き、ファイル先頭の"%PDF-"の部分のみを削除したところ、エラーが起きなくなりました。
回答: Mcafee Virus Scanがインストールされていたようで、その影響であることが判明しました。 (Mcafeeを無効化することで、エラーが起きなくなったため)