質問: exeに存在するPEヘッダーとPEファイルフォーマットとは別物?
回答: PEファイルフォーマットが正式名称で、PEヘッダーは俗称だと思います。PEファイルフォーマットはヘッダの集まりとしてのフォーマットの名前なので、俗にまとめてPEヘッダと呼ばれるのも分かります。