質問: 日本国籍の人間が陰性証明書を所持せず、また位置情報等の誓約書にサインしない場合、日本への上陸が認められないとのことですが、
回答: そのようなことにならないように、 陰性証明書がない場合には、出発する空港で航空会社がチェックインを認めない。 位置情報の誓約書にサインしない場合には、入国させないわけにはいかないので、空港近くに検疫所が用意しているホテルに14日間缶詰にされるようです。↓参照。 (もともと、それが嫌なら自宅に居て勝手に出歩かないことを誓約しろ、という仕組みなので)