質問: PCR反応では20サイクル行えば、理論的には2の20乗に増幅されるはずだが、実際にはどれくらいまで増幅されているのでしょうか?
回答: 反応系よって異なると思います。例えば、templateが過剰にある場合、基質や酵素が少ない場合、酵素の反応速度ににあったextension timeで無い場合、反応液にtemplateやprimerから持ち込みの阻害物質がある場合、template内に強固な二次構造がある場合、プライマーが正しく設計されていない場合、等です。実際の実験では、定量PCRの場合以外には、それほど厳密には実験をデザイン、コントロールしないので、上のような状況があるのでは無いかと考えられます。 また、実験者のピペッティングの差によっても同じ実験でも誤差が生じることは良く知られています。 とはいうものの、非常に良くデザインされ、制御された実験の場合、理論値に近い値が得られるようです(業者のパンフレットにはそうあります)。 御自分の系での実際の値が知りたければリアルタイムPCRで定量されては如何でしょうか。