質問: ディレクトリ名に、「.」ドットの文字を不用意に入れると問題となるケースがあれば、教えてください。
回答: UNIX・Linuxではディレクトリもファイルも命名規則は原則同一(というかディレクトリもファイルと考えるのほうが近しいか)と考えてください。 よって、両者における注意事項・特殊性も原則同一です。 名称頭部にカンマを付けることの動作は理解なさっているもようですが、これはファイルだけではなくディレクトリもですよね。 質問者さんの文章を読む限り、おそらく「そういえばそうだった!」と気付いてもらえると思います。 その他注意事項として明確なものはありません。 但し、異なる特殊記号羅列はそれを想定していないバイナリが存在するので危険ですのでお勧めしません。 余談として、カンマの他に使用方法に注意が必要な特殊記号としてハイフン「-」があります。 これは・・・カンマと違ってうっかり何かの拍子で名称頭部に付けないようにしてください。