質問: dnaの電気泳動法による長さの測定 先日大腸菌・酵母から抽出したdnaを電気泳動にかける実験を行ったのですが、どうも理論値とそれぞれ300bp・80bpほどずれた値が出てしまいました。 なぜこのような差が出てしまったのか、分かる方、教えてください。 ちなみに実験手順はdnaの抽出→pcrによる増幅→電気泳動です。
回答: 実際、何を流したんでしょうね。質問を読む感じだと、pcr産物というよりは、抽出産物をそのまま、って感じですが。その誤差でゲノム全長ってことはないでしょうから、プラスミドだとは思うんですけど、もしそうなら、環状のままなのか、リニアライズしたのかも書かれてないですし。 流した産物の長さとか(ターゲット500bpで300bpズレてたら気になりますが、2000bpが2300bpになったところで、別に気にすることでもないですし)、理論値をどうやって出したか(つまり、それが正確にバンドの位置を表しているか)もこっちは分からないんですから、アドバイスのしようがないわけで。 つまり、何(長さ、形状、精製の有無)をどうやって(時間とか電圧とかゲル濃度とか)流して、何(マーカーだけ?ポジコンは?)と比較してズレてたのか、補足してくださいな。