質問: Formatter, Linterの設定は、`setup.cfg`か`tox.ini`どちらに記載すればよいですか? また、`setup.cfg`と`tox.ini`はどう使い分ければよいですか?
回答: `setup.cfg` を参照するか `tox.ini` を参照するか、あるいは別のファイル `.pylintrc` や `pytest.ini` を参照するかは、各ライブラリによって任されています。 このため、それぞれのライブラリの組み合わせ次第では、「どちらを使えば良いか」ではなく「両方使う必要がある」かもしれません。 今後は `pyproject.toml` に集約されていくのかもしれませんが、 flake8 等の一部のライブラリは現状 `pyproject.toml` 未対応ですし、逆に towncrier などの一部のライブラリは最新版では `pyproject.toml` しか参照しないものもあります。 仕方がないので、今は過渡期だとあきらめて、自分が便利そうだと思うファイルに書くのがよさそうです。