質問: HPとブログのサーバーのフォルダの構成について
回答: public_htmlがDocumentRootなら、その下以外に設置してもアクセス出来ませんよね? ホスト名を分ける(blog.example.com にするとか)が可能なら話は別です。その場合なら新しいホスト名のDocumentRoot直下に置くことになると思います。