質問: 電気泳動(SDS-PAGE)で、タンパク質サンプルをSDSと2-メルカプトエタノールで加熱処理すると、タンパク質のS-S結合が切れ、1本鎖になり、マイナスの電荷を帯びるために分子量に依存して分離されるという原理は理解しておりますが、その1本鎖分子が横状のまま流れるのと縦状で流れるのとでは、アクリルアミドゲルの網目構造での分子ふるい効果に影響がでると思います。 ようするに横状では泳動スピードが遅く、縦状では泳動スピードが速くなってしまうと想像しております。 この辺の原理を教えてください。よろしくお願いいたします。
回答: 私のイメージでは、ゲル内部のマトリックス(網目)を蛋白が通過する際には、蛋白が決まった方向で常に最初から最後まで泳動されるのではなくて、回転するなどしてマトリックスごとで、様々な方向から通過していくイメージがあります。そういうイメージからコンパクトな蛋白と直鎖状では確かに移動度に差が出そうな感じがします。 しかし、直鎖状の蛋白だけのみで考えた時には、ランダムな方向から通過していくので、縦状も横状も結果として同じことだと思います。