質問: インスタンスを生成するとき、どのクラスをどこに生成するかを決めるはどのようにして決めたらいいのでしょうか?
回答: その質問文では必要なときに必要なクラスを、としか答えようがありませんが... そのインスタンスにアクセスしたいのがどんなタイミングかを考えながら設計し、アクセス修飾子を正しく記述し、ローカル変数であればスコープを考慮する、くらいしか言えません。