質問: dnaライブラリからの遺伝子クローニング法 『ゲノム情報が未解読の微生物からアミノアシルtrna合成酵素をコードする遺伝子aの部分塩基配列が得られた。 この微生物のゲノムdnaライブラリから遺伝子aの全長クローンを取得するまでの流れを説明せよ』という問題です。 私の考えでは、 既知の塩基配列からdnaプローブを合成して、cdnaライブラリとハイブリッド形成させれば全長クローンを得られると思うのです。 しかしこの問題ではcdnaライブラリではなくゲノムdnaライブラリから得よとのこと。。 ゲノムdnaライブラリだと、 既知の塩基配列からdnaプローブを合成してハイブリッド形成させても遺伝子aの一部とイントロン部分を得ることになり、全長は得られないと思うのですが... こういう場合は何か違う方法があるのでしょうか?? わかる方いらっしゃいましたら是非教えていただきたいです! よろしくおねがいします!!
回答: >既知の塩基配列からdnaプローブを合成して、cdnaライブラリとハイブリッド形成させれば全長クローンを得られると思うのです。 それはあくまでもmrnaを反映したcdnaをとるということで、遺伝子の全長を取ることにはなりませんね。イントロンも、alternative exonもさらには、転写調節配列も含んだものが遺伝子です。じゃあ未知の遺伝子の始まりと終わりはどこか、というのを確定するのはかなりやっかいで一筋縄ではいかないところがあるのですが、この問題ではそこのところは問うていないと思います。 おそらく、出題者の意図した答えは、 「得られた配列をプローブにしてゲノムライブラリーをスクリーニングする。得られたクローンの末端の配列をプローブにしてさらにゲノムライブラリーをスクリーニング(walking)し、これを遺伝子全長が得られるまで繰り返す。」