質問: 最近、Arduino Dueというマイコンボートを使い始めました。プログラム(スケッチ)IDEからの書き込みはUSBポートからしかないのでしょうか?
回答: 『Arduino』という箱庭環境を壊したくないならUSB経由のブートローダーで書き込まないといけません。 AtmelICEで書き込むとブートローダーを消してしまい、単なるSAMマイコンボードになってしまいます。(その方が自由なプログラムができますが) したがってArduinoIDE自体はAtmelICEに対応していないはず。