テキストマイニングによるPubMed・PubMedCentralからの遺伝子ネットワークの抽出

生物学においては，細胞内のタンパク質の生化学反応ネットワークを数理モデルとして記述し，計算機を用いてその時空間動態を再現することでその系に関する洞察を得るシステム生物学という分野がある．しかしモデルを作るには再現したい現象に対する知識を得るために文献情報を大量に収集する必要があり，また知識の偏りによって重要な因子を見落とす可能性があるなどの問題点がある．これらを解決するために，我々は公開されている論文データベースからデータ駆動的にモデルを構築することを目指している．本稿では，論文中に出現する生物学的な固有表現の出現頻度や共起頻度情報を用いて疾患など特定の生命現象に関連するタンパク質ネットワークを抽出する手法と，既存の知識データベースから数理モデルを自動生成する手法を紹介する．