وُلد تشارلز روبرت داروين في مدينة شروسبري (Shrewsbury) في مقاطعة شروبشاير بإنجلترا في الثاني عشر من فبراير عام 1809 في منزل عائلته، ذا ماونت.[18] كان الخامس من بين ستة أطفال؛ والدهم روبرت داروين (Robert Darwin)، طبيب وخبير مالي ينتمي لمجتمع غني، ووالدتهم سوسانا داروين (Susannah Darwin) (مولود ويدقود née Wedgwood). كان داروين حفيداً لإراسموس داروين (Erasmus Darwin) من جهة أبيه ولـ يوشيا ويدقود (Josiah Wedgwood)، من جهة أمه. كِلا الأسرتين كانتا من طائفة الأسر التوحيدية (وهو مذهب مسيحي يعتقد بوحدانية الله ويرفض التثليث) بالرغم من أن أسرة ويدقود كانت تنتمي للكنيسة الأنجليزية. قام روبرت داروين، وهو مفكر حر، بتعميد الطفل تشارلز في كنيسة سانت تشاد الأنجليزية بشروزبري في نوفمبر تشرين الثاني عام 1809، لكن تشالرز وإخوته انضموا مع أمهم إلى الكنيسة التوحيدية. كان لدى تشارلز - ابن الثماني سنوات - ميلاً نحو التاريخ الطبيعي والتحصيل عندما انضم عام 1817 إلى المدرسة النهارية التي يديرها الواعظ. توفيت أمه في يوليو من ذلك العام. وفي سبتمبر عام 1818 انضم هو وأخوه الأكبر إيراسموس (Erasmus) إلى مدرسة شريوزبري الأنجليزية (Shrewsbury School) كتلميذ داخلي.[19] قضى داروين صيف عام 1825 كطبيب متدرب، حيث كان يساعد أباه في علاج فقراء مقاطعة شروبشاير وكان ذلك قبل ذهابه إلى كلية الطب بجامعة أدنبرة (University of Edinburgh Medical School) مع شقيقه إيراسموس في أكتوبر عام 1825. وجد داروين المحاضرات مملة والجراحة مقلقة، فتجاهل دراسته. وتعلم التحنيط من جون إدمونستون (John Edmonstone)، وهو رجل اكتسب حريته حديثا بعد أن كان مستعبدا كان قد رافق تشارلز واترتون (Charles Waterton) في الغابات المطيرة في أمريكا الجنوبية، وكان غالباً ما يجلس مع "هذا الرجل الذكي واللطيف جداً".[20] انضم في سنته الثانية إلى جمعية بلينيان وهي نادي للطلاب المهتمين بالتاريخ الطبيعي، الذين انحرفت نقاشاتهم نحو المادية المتطرفة. قدم داروين المساعدة لروبرت آدموند (Robert Edmond Grant's) في أبحاثه عن تشريح ودورة حياة اللافقاريات البحرية في فيرث أو فورث (Firth of Forth). وفي السابع والعشرين من مارس عام 1827 قدّم اكتشافه الخاص في جمعية بلينيان بأن الأبواغ السوداء التي وُجدت في المحارة كانت بيض لسمك الورنك. في يومِ ما، امتدح جرانت أفكار لامارك عن النشوء (Lamarck's evolutionary ideas). فاجأ ذلك داروين لكنه كان قد قرأ مؤخراً أفكار مشابهة لجده إيراسموس فظل غير مكترث.[21] كان فصل التاريخ الطبيعي لروبرت جيمسون (Robert Jameson') يُشعر داروين بالملل، والتي تغطي الجيولوجيا بالإضافة إلى مناقشة بين النبتونية (Neptunism) والبلوتونية (Plutonism). تعلم تصنيف النباتات وساعد في العمل على تشكيلات متحف الجامعة، واحدٌ من أكبر المتاحف في أوروبا في ذلك الوقت.[22] إن إهماله للدراسات الطبية جعل والده ينزعج مما حدا به إلى إرساله إلى كلية المسيح بكامبردج للحصول على بكالوريوس الفنون كخطوة أولية ليصبح رجل دين بالكنسية الانجيلية. كان دارون غير مؤهل للحصول على درجة التريبوز (Tripos) ولذلك التحق بالبرنامج الدراسي الاعتيادي في يناير 1828.[23] لقد فضل داروين ركوب الخيل والرماية بدلاً من الدراسة. حفزه ابن عمه وليام داروين فوكس (William Darwin Fox) على جمع الخنافس وفعلاً كان داروين يستمتع بذلك ونشرت له بعض الرسومات التوضيحية في دورية ستيفن للحشرات البريطانية. أصبح داروين صديقاً مقرباً من أستاذ علم النباتات جون ستيفنز هنسلو (John Stevens Henslow) وتعرف أيضا على آخرين من المهتمين بالطبيعة والذين كانو ينظرون للعلم من زاوية دينية بحتة. أصبح داروين فيما بعد معروفاً بـ " الرجل الذي يمشى مع هنسلو". وعند اقتراب الامتحانات كان دارون شديد التركيز في الاستذكار ومبدياً إعجابه باللغة والحجج القوية لـوليام بالي (William Paley) في (البرهان على المسيحية).[24] وفي نهاية يناير من عام 1831 حصل دارون على المركز العاشر من بين 178 كانوا مترشحين للحصول على الدرجة العادية من الجامعة.[25] كان على داروين أن يواصل في الجامعة حتى شهر يونيو. لقد تمكن من دراسة نظرية بالي الطبيعية المستمدة من الدين والتي كانت بمثابة دليل على دور الإله في الطبيعة مع شروحات تصف كيفية حركة الطبيعة وقوانينها من خلال القوة الإلهية.[26] قرأ داروين كتاب جون هرشل (John Herschel) الجديد آنذاك ،الذي وصف الغاية المُثلى من فلسفة الطبيعة من خلال الاستدلال المبني على عنصر الملاحظة، وكذلك قرأ السيرة الشخصية لـ الكسندر فون همبلد (Alexander von Humboldt's) التي كتب فيها عن رحلاته العلمية. استوحى دارون من كتاب "الحماس الحارق" فكرة لعمل زيارة إلى تنريفي (Tenerife) مع بعض زملائه في الدراسة بعد التخرج وذلك من أجل دراسة التاريخ الطبيعي في المناطق المدارية. ولأجل الإعداد للأمر التحق داروين بمقرر الجيولوجيا لآدم سيجويك (Adam Sedgwick) ثم سافر معه لمدة أسبوعين وذلك لعمل مخطط للطبقات الصخرية في ويلز.[27]