2005年（平成17年）- 4月1日、南魚沼市企業立地推進事業実施要綱により、企業立地推進員を委嘱[2]。 10月1日、南魚沼郡塩沢町を編入合併して新生「南魚沼市」誕生。合併後の人口は、63,329人。 10月5日、合併記念式典挙行（市民会館） 10月23日、市議会議員選挙（定数30人） 11月6日、第1回南魚沼市縦断駅伝競走大会を開催。 2006年（平成18年）- 1月11日、豪雪により「豪雪災害対策本部」を設置。 3月31日、第1次総合計画を策定、市勢要覧を刊行。 6月27日、南魚沼観光テレビ配信開始（インターネットテレビ） 10月1日、大和スマートIC 本格設置決定。 10月10日、福祉センター「しらゆり」オープン。 2007年（平成19年）- 3月、いきいき市民健康づくり計画を策定。 3月1日、新潟県後期高齢者医療広域連合を設立。 3月31日、南魚沼市男女共同参画プランを策定。 4月1日、組織機構改革（本庁方式・部制導入）、南魚沼市民憲章を制定。南魚沼市消防団が誕生。 4月27日、NHKドラマ「天地人」放送が決定。 6月25日、大河ドラマ「天地人」南魚沼実行委員会を設立。 7月16日、10時13分「新潟県中越沖地震」発生、19日から柏崎市に職員派遣（延べ84人） 11月1日、塩沢庁舎でヤマト運輸東京支社「南魚沼コールセンター」が営業開始。 11月23日、六日町バイパス一部区間の供用を開始。 2008年（平成20年）- 1月1日、天地人推進事務局を開設。 4月1日、後期高齢者医療制度がスタート。 教育特区がスタート、市内小学校5校に「国際科」を新設。学童保育をNPO法人に事業運営委託。 7月17日 - 20日、第32回全日本都市対抗テニス大会を開催（大原運動公園） 7月27日、豪雨災害が発生（城内地区、被害額約5億円） 8月23日 - 24日、第43回全国都道府県対抗自転車競技大会を開催。 9月9日 - 12日、大河ドラマ「天地人」ロケ。 10月1日、南魚沼市誕生3周年「南魚沼市の歌」発表記念式典を開催（作曲：遠藤実・補作詞：いではく） 10月31日、直江兼続伝世館が竣工。 11月16日、南魚沼市長選挙（井口一郎氏当選） 2009年（平成21年）- 1月11日、愛・天地人博南魚沼オープン（原作者：火坂雅志氏出席） 2月14日、南魚沼市雪まつりに与六（加藤清史郎）・喜平次（溝口琢矢）が登場。 2月16・17日、新潟県を訪問した秋篠宮文仁親王・同妃紀子が雪国まいたけ第3バイオセンター視察。 3月23日、定額給付金の受付開始。 4月1日、パスポートの受付開始（南魚沼地域振興局から市民課へ事務移管）、ふれ愛センターが開所（障がい福祉の拠点として利用） 6月28日、NHKのど自慢（市民会館、ゲスト上杉香緒里・ジェロ）開催。 9月27日、トキめき新潟国体自転車競技（坂戸山・しゃくなげ湖周回特設ロード・レース・コース） 9月30日、小千谷縮・越後上布がユネスコ無形文化遺産に登録。 10月1日、ファミリーサポートセンターのサービス開始。 10月2日 - 5日、トキめき新潟国体テニス競技（大原運動公園） 10月18日、南魚沼市議会議員選挙（定数が30人から26人に削減） 10月27日、大原運動公園整備検討委員会設置。 11月1日、新型インフルエンザワクチン接種の助成を開始。 11月12日、図書館整備検討委員会の設置。 12月27日、愛・天地人博南魚沼が終了（来場者：431,105人） 2010年（平成22年）- 4月11日、戦国EXPO オープン。 5月27日、大原運動公園整備検討委員会から市長へ基本構想の答申（野球場・テニスコート・多目的グラウンド） 6月、「観光交流拠点整備基本構想」を策定。 6月12日、第1回「南魚沼グルメマラソン」開催（参加者：約3,000人） 6月15日、住宅リフォーム補助事業の受付を開始。 6月29日、図書館整備検討委員会から市長へ基本構想の答申。 7月、子宮頸がん予防ワクチン接種費用助成事業開始。 7月25日、六日町大橋（愛称：愛の大橋）・「お六と桂姫」の銅像が恋人の聖地に認定。 8月5日、大相撲「雪国・南魚沼場所」開催（合併5周年記念事業） 9月1日、塩沢給食センター稼動。南魚沼市斎場稼動。 9月11日 - 「西武グループと新潟県の官民連携の取組に関する協定」を締結 9月28日、東京電力湯沢発電所の水利権問題で3者会談（泉田裕彦新潟県知事・関口芳史十日町市長・井口一郎南魚沼市長）、抜本的解決策検討で合意。 10月10日、坂戸山（634m）PRキャッチコピー公募の発表（東京スカイツリーと同じ標高のため） 10月13日、雪国まいたけが日本企業では初めてとなる農業によるソーシャルビジネスをバングラデシュで展開することを目的に2006年ノーベル平和賞を受賞したグラミングループとの合弁会社を設立。国内企業では「ユニクロ」に続いて2例目で、日本貿易振興機構（ジェトロ）より「平成22年度 開発輸入企画実証事業」として支援を受けてる。 10月15日、「女子力観光プロモーションチーム」を公募。 11月1日、「戦国EXPO」と共同企画でパッケージに戦国武将のキャラクターをあしらった魚沼コシヒカリ「米・戦国無双」を発売。JA魚沼みなみと、JAしおざわの両JAが同一商品を販売するのは初めて。 11月28日、「戦国EXPO」が4月11日から11月28日まで開催され、期間中（232日間）の入場者は5万8,352人となった。 12月17日、兼続通り商店街に等身大（上杉景勝、直江兼続）の立像が設置される。今後10体の戦国武将像が並ぶ「武将ストリート」として整備する予定。 2011年 （平成23年）- 3月23日、東北地方太平洋沖地震避難者支援センター設立 塩沢セミナーハウス（塩沢中学校に隣接）に福島県いわき市からの避難者15名が滞在。 4月4日、浦佐認定こども園が開園（公設民営方式「指定管理者制度」）。 4月8日、新生、五十沢小学校入学式・五十沢小学校開校式。 5月25日、2011年度「都市景観大賞」国土交通大臣賞を受賞（三国街道塩沢宿牧之通り地区） 6月30日、坂戸山開きの伝統行事「百八灯」が復活。 7月1日、日本電産コパル精密部品（株）・現社名、新潟日本電産コパル株式会社と企業立地の基本協定調印（西五十沢小学校を無償譲渡） 7月30日、平成23年7月新潟・福島豪雨で、観測史上最大雨量を記録（72時間雨量562.0mm・1時間降水量89.5mm）市内各所が被災。水田70haが収穫不可能、水田700haの用水路が送水不能（農地関係被害額 21億1千万・水稲被害額 1億2千万） 8月26日、平成23年7月新潟・福島豪雨の被害額概算は約128億、農林水産関係で約110億円（水田や用排水路など農地・農業用施設被害は2,443ヶ所で約69億7千万円。農産物被害303haで約5億円）道路関係では、決壊や法面崩壊など57ヶ所で約8億9千万円。河川関係では、堤防・護岸の決壊で21ヶ所約7億3千万円。水道関係では、土砂崩れなどによる送水管の流失や配水管の露出などで約2千万円。下水道は浄化槽への土砂流入で約1,900万円。 10月、六日町スキーリゾートをホスピタリティパートナーズグループである株式会社スマイルスキーリゾートが事業を継承。 12月、セントレジャー舞子スノーリゾートをホスピタリティパートナーズグループである株式会社スマイルスキーリゾートが事業を継承。 2012年（平成24年）- 1月20日、『南魚沼市地球温暖化対策地域協議会』が発足。 1月31日、『南魚沼市豪雪対策本部』を設置。 国土交通省の「手づくり郷土賞」の一般部門において、南魚沼市塩沢の牧之通り組合が選定。 2月1日、南魚沼市社会福祉協議会では「南魚沼市豪雪救援ボランティアセンター」を設置。 2月2日、平成24年10月6（土）〜7日（日）『国際ご当地グルメグランプリ2012』の開催地に南魚沼市の『牧之通り』が内定。 3月26日、国土交通省に『道の駅・南魚沼（愛称：雪あかり）』として新規登録。7月1日、供用開始予定（南魚沼市農産物・特産品直売所施設「愛称：四季味わい館」は、6月24日プレオープン） JR塩沢駅改築（11月上旬竣工予定、外観は牧之通りをイメージした木造風の計画） 5月24日、株式会社プリンスホテルと『官民連携の取組に関する協定』を締結。六日町八海山スキー場の湧水を商品化した『南魚沼のおいしい湧き水』を4月より販売。ザ・プリンスさくらタワー東京レストラン『無国籍ダイニング』では全ての料理に水を使用。 八箇峠トンネル爆発事故が発生。 8月8日- 「南魚沼 銘水の森」間伐プロジェクトが新潟県カーボンオフセット制度に登録。 2013年（平成25年）- 2月21日、国際大学と明治大学が系列法人化に関する協定書を締結[3]。 2014年（平成26年）- 2月21日、小野塚彩那がソチオリンピックでフリースタイル女子ハーフパイプで銅メダルを獲得[4]。 2017年 - 3月22日、新潟県・南魚沼市と国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所が健康増進研究で連携 [5][6][7][8]。 4月10日、シンガーソングライターのTSUNEIさんを南魚沼市の交流大使に任命[9][10]。