يستخدم الثوم حول العالم نظرا لنكهته اللاذعة كبهار أو تابل.[20] لب النبتة هو أكثر جزء مُستخدم. باستثناء الأنواع ذات الفص الواحدة،[21] يقسم اللب في القوم إلى عدة قطع لحمية تُسمى فصوص التي تستهلك (إما نيئة أو مطهية) أو لأغراض طبية. لها خاصية مميزة، نكهتها الحارة تلين وتحلو بالطهي.[22] الأجزاء الأخرى من نبتة الثوم صالحة للأكل أيضا. الأوراق والأزهار (اللب الصغير) على الرأس تؤكل أحيانا. ولكن نكهتها أقل من الفص نفسه،[3] وبالعادة تستهلك قبل النضج حيث لا تزال طرية. يُباع الثوم غير الناضج بعد مثل البصل الأخضر ويسمى "الثوم الأخضر".حين يسمح للثوم الأخضر بالنمو متخطيا مرحلة (البصل الأخضر) وقبل أن يصل للنضج الكامل، فإنه ينتج ثوما مدورا بلُب يشبه البصل ولكن من دون أن ينفصل إلى فحوص كاللُب الناضج.[23] إنه يضفي نكهة الثوم ورائحته على الطعام باستثناء طعمه اللاذع الحار. الثوم الأخضر غالباً ما يُفرم ويقلى سريعا أو يطهى مع الحساء أو بطريقة الوعاء الساخن(hotpot) في جنوب شرق آسيا( فييتنام ، تايلاند، لاو، كمبوديا، سنغافورة) وفن الطبخ الصيني، وهو متوفر بكثرة ومنخفض الثمن. إضافة إلى ذلك، فإن الأزهار غير الناضجة (السويقات الجذرية) للثوم ذو العنق القاسي أو المتفيّل أحيانا يباع للقلي السريع مثل الهليون. الأجزاء التي نادرا ما تؤكل من الثوم أو التي لا تصلح للأكل هي التي تتضمن القشرة التي تغلف فص الثوم وتجمع الجذور. طبقات الحماية الورقية التي تغلف كثيرا من أجزاء النبتة عادة يتم التخلص منها خلال التحضير للعديد من أغراض الطهي، في كوريا يتم تحضير الرؤوس الكاملة غير الناضجة مع القشرة.[24] ويعد تجمع الجذور المرتبطة بالقرص السفلي هو الجزء الوحيد الذي لا يستساغ أكله في أي شكل من أشكاله. يعد الثوم مكونا أساسياً في العديد أو معظم الأطباق بمختلف المناطق، منها آسيا الجنوبية ، آسيا الشرقية، جنوب شرق آسيا، الشرق الأوسط، أفريقيا الشمالية، أوروبا الجنوبية وأجزاء من جنوب ومنتصف أمريكا. تختلف النكهات بحدتها ورائحتها باختلاف طرق الطهي. بالعادة تطهى مع البصل، الطماطم والزنجبيل. قشرة الثوم التي تشبه الجِلْدٌ الرِقِّي مثل قشرة البصل، تزال قبل استخدامها بشكلها المطهي او النيء. وكبديل يمكن إزالة الطبقة العلوية من اللب وإضافة زيت الزيتون أو أي زيت آخر إلى فصوص الثوم بشكل كبير، ثم شويها في الفرن. حينها تطرى الثوم ويمكن استخراجها من الفصوص عن طريق الضغط على الجذر في أسفل اللب، أو عن طريق الضغط على كل واحدة بشكل منفرد. في كوريا، رؤوس الثوم يتم تخميرها على درجات حرارة عالية للحصول على منتج شرابي حلو يُسمى الثوم الأسود، حيث يباع الآن في الولايات المتحدة، المملكة المتحدة وأستراليا. يمكن إضافة الثوم إلى عدة أنواع من الخبز، بوسط من الزبدة أو الزيت، لإنتاج العديد من الأطباق الكلاسيكية مثل خبز الثوم، توست الثوم، بروسكيتا، كروستيني، وكاناباي. يمكن أن يُنكه الزيت بفصوص الثوم. حيث يستخدم في تتبيل مختلف أنواع الخضراوات واللحوم والخبز والباستا. يعتبر الثوم بالإضافة إلى صلصة السمك وقطع من الفلفل الحار الطازج، وعصير الـليمون والسكر والماء، مكونا مهما في صلصلة السمك الفييتامينة خاصة اللّحوم والطعام البحري. في أمريكا الجنوبية وآسيا تعد الصلصة الفييتامينة الحارة بالثوم المعروفة بـ (Tuong ot toi Viet Nam) مشهورة جدا كتوابل . في بعض المطابخ يُحفظ اللُب حديث السن في الخل لمدة 3-6 أسابيع مع السكر والتوابل. في أوروبا الشرقية تحفظ البراعم في الخل وتؤكل كمقبلات. أحد أنواع الثوم المعروفة بـ(Laba garlic)، يتم تحضيرها بنقع الثوم بالخل،و تقدم مع الزلابية في الصين الشمالية للاحتفال برأس السنة الصينية. أما الثوم المدخنة قليلا فقد أصبحت في انتشار متزايد في المطابخ البريطانية والأوروبية لحشو الدواجن وتحضير الحساء. وفي هذه الحالات من المهم استخدام القشرة حيث تتركز معظم النكهة المدخنة فيها أكثر من الفصوص ذاتها. السويقات الشجرية غير الناضجة الطرية تعد صالحة للأكل، بشكل عام هذه السويقات لها طعم أقل حدة من الفصوص . وبالعادة تستخدم في القلي أو الطهي البطيء مثل الهليون. أوراق الثوم تعد من الخضراوات الشائعة في بعض مناطق آسيا. حيث تقطع وتنظف ثم تُقلى مع البيض ، اللحم، أو الخضراوات. الثوم المخلوط بصفار البيض وزيت الزيتون ينتج الأيولي " نوع من أنواع الصلصة". الثوم والزيت بقوام كالقطع الصغيرة ينتج صلصة تعرف بـسكروداليا. خلط الثوم مع اللوز والزيت والخبز ينتج نوعاً من الحساء يسمى أجوبلانكو (ajoblanco). اللبن المخلوط بالثوم والملح أيضا يعتبر صلصة شائعة في مطبخ الشرق الأوسط الغربي. يتميز مسحوق الثوم بطعم مغاير للثوم الطازج. وإذا استخدم كمكافئ أو عوضا عن الثوم الطازج فإن 1/8 ملعقة صغيرة منه تكافئ فصا واحداً من الثوم.