Ускорению работ по отделке собора поспособствовала кончина 11 января 1891 года самарского епископа Серафима, по его желанию похороненного в усыпальнице под нижним храмом недостроенного ещё собора. Городское управление решило немедленно приступить к отделке нижнего храма, которая не требовала больших затрат, план обустройства вентиляции и отопления также предусматривал возможность их обустройства только в нижнем храме. Предполагалось, что к годовщине кончины преосвященного Серафима над его могилой будет возможно отслужить заупокойную литургию[4]. Щербачёв составил проект иконостаса нижнего храма, который мастер Бычков быстро выполнил из светлого и тёмного дуба, с позолотой и резьбой. Полы были выложены жигулёвским известняком, стены были выбелены, но не расписаны, временно их покрыли приобретёнными и пожертвованными собору иконами, которых насчитывалось более 200, в том числе 12 больших. На колокольне были установлены 8 колоколов общим весом в 250 пудов, производства местного заводчика Буслаева. Церковная утварь частично была приобретена пожертвованиями, частично покупкою. Иконы для иконостаса были написаны на цинке в мастерской Сидорского в Санкт-Петербурге, а одна, икона святителя Алексия, митрополита Московского, была написана по поручению губернатора А. Д. Свербеева крестьянином села Утёвка Григорием Журавлёвым, от рождения не имевшим рук и ног, но писавшим образа, держа кисть в зубах. 7 января 1892 года епископ Самарский и Ставропольский Владимир (Богоявленский) освятил нижний храм во имя святителя Алексия, митрополита Московского, считающегося покровителем Самары. Над гробницей преосвященного Серафима была водружена большая икона Божией Матери «Трёх радостей» в серебряном окладе, завещанная покойным[4]. Однако на отделку верхнего храма по проектам Жибера у города не хватало средств. По приблизительным оценкам, на отделку храма и снабжение его всем необходимым для богослужения требовалось по одному проекту до 240 тысяч рублей, по другому — до 325 тысяч рублей. Город, бюджет которого был подорван эпидемией холеры, голодом и другими бедствиями, такую сумму выделить не мог. Новый городской голова Н. Г. Неклютин, возглавивший комитет по сбору средств, организовал подписку, позволившую собрать до 100 тысяч рублей, а также большой колокол весом в 880 пудов и стоимостью до 19 тысяч рублей. Колокол «Благовест» был отлит на заводе Финляндского в Москве на средства Д. В. Кирилова в память о спасении императорской семьи в железнодорожной катастрофе 17 октября 1888 года и был поднят на колокольню в октябре 1893 года[4]. На собранные и внесённые думой средства были обустроены полы в храме, крыльца и лестницы были выложены из жигулёвской плиты. Палехскому мастеру Белоусову было поручено по детальным рисункам и шаблонам, созданным Щербачёвым в стилистике проекта Жибера, расписать стены храма библейскими сюжетами, иконами, орнаментами в византийском стиле, а также написать 102 иконы для иконостаса — на дереве, на золотом чеканном фоне с эмалевыми каймами — и для горних мест — в том же стиле, но на цинковых досках[4]. Мастер Бычков, также по рисункам Щербачёва, изготовил три липовых, резных, золочёных иконостаса, с шестью такими же клиросами, десятью висячими киотами на пилонах, двумя иконостасными киотами в нишах пилонов, тремя престолами, с кипарисными досками, тремя жертвенниками и шестью аналоями. Казанские мастера Лоскутов и Будылин по рисункам Щербачёва изготовили пять резных полированных наружных дверей из морёного дуба, три внутренних сосновых двери и четыре двери поменьше, также резные[4]. Церковная утварь была заказана в Москве, частью бронзовая, золочёная с эмалью, частью серебряная, с эмалью. Были приобретены большое бронзовое золочёное с эмалью паникадило на восьми цепях, два малых паникадила, облачения на три престола с четырьмя чеканными золотом с эмалью иконами на каждом, большое Евангелие весом в 12 фунтов. Металлическая решётка на хоры и железные облачения входных дверей также были изготовлены по рисункам Щербачёва[4].