开缸时硝化细菌在困水完成后加最合适。开缸一般可以分为四个阶段：1、困水阶段——去除余氯2、养水阶段——培养硝化系统3、闯缸阶段——继续培养硝化系统，观察水质状态4、下鱼阶段——开始正式饲养如果在第一阶段加硝化细菌，由于余氯未除，可能会有大量硝化菌被氯杀死。如果在第三阶段或以后加硝化细菌，则完全浪费了第二阶段的时间。所以在困水完成后加最合适。当然以上叙述只针对淡水鱼自来水开缸。海水用纯水化盐开缸的没有困水阶段，无论是直接开缸还是暴藻开缸，硝化菌都可直接加入。
所有安装程序做完后就可以放，在下鱼前24小时再放硝化细菌，这样可以使鱼更快适应新环境