新疆生产建设兵团为省部级单位，新疆生产建设兵团司令员为正部级。兵团属于国务院计划单列的省(部)级单位，自行管理内部行政事务;司法事务受新疆的高法高检领导管理，由新疆自治区人大常委会任免兵团各级法检的组成人员；行政业务受国务院和自治区人民政府的双重领导。兵团部驻乌鲁木齐市；分支机构遍及克孜勒苏以外的新疆全境，主要靠近"两周一线"〔即"两大沙漠"和一个边境线(中国西北边境)为主，管理多个县级市，拥有健全的政治、经济、文化、教育、卫生、司法机构。