第一，冰冻切片是通过冷冻来获得硬度从而制成的切片，与石蜡切片不同的是，它没有经过充分的脱水，对组织的观察会有一定的影响，一般冰冻的准确率是95%，而石蜡可以达到98%以上；
第二，术中冰冻要求30分钟出结果，而制片则需要时间，故对取材的数量有限制，送检组织是三维立体的，有些病变肉眼是无法观察出来的，取材只能具有随机性，如果在有限的数量内没法取到病变组织，就会影响最后的报告；
第三，手术医生送检的组织过少，一个直径5cm的肿物只送0.5cm大小，有时候就会没取到病变部位，或者没把良恶性病变相鉴别的最关键部位送过来，但术后大体标本经过多处充分取材一般可以取到病变组织，也会造成冰冻及石蜡结果的不同。
总而言之，冰冻虽快，但风险也高；冰冻并不是万能的，但对于手术方案的选择却是不可或缺。