只有在进行最终剧情之前才需要你选择和哪一方阵营为敌或者为友，而在此之前四大阵营你都可以加入并且保持友好，这里说一下4个结局：1、学院结局：潜入学院后和学院领导人“Father”（其实“Father”就是主角的儿子尚恩）谈话，选择与学院友好，尚恩会让你去大融合厂执行一个重要任务，而这个任务会直接导致你和学院的关系变为敌对并且不可逆转，这就是学院结局的必备条件，然后尚恩会让你去歼灭铁路组织以表示你对学院的忠心，歼灭铁路组织后就会进入最终剧情“飞船坠落”，也就是带着大量合成人前往钢铁兄弟会的飞船实施破坏行动，最终钢铁兄弟会的飞船会被击落，钢铁兄弟会波士顿分部宣告覆灭，回到学院后发现身患癌症的尚恩已经奄奄一息，尚恩向玩家表示谢意后病逝，全剧终，游戏进入二周目。2、义勇军结局：潜入学院后和尚恩谈话，选择敌视学院，离开学院后和义勇军首领普雷斯顿交谈，确认要带着义勇军前往学院总部将其歼灭后，从义勇军工程师司吉特手里得到大威力核弹，然后带着义勇军大队进入学院，将核弹放进学院的核聚变反应炉中后撤离，学院被完全摧毁，全剧终，游戏进入二周目。3、铁路结局：潜入学院后和尚恩对话，选择敌视学院，离开学院后和铁路组织首领黛瑟蒙娜交谈，从铁路组织的工匠（一开始帮你解析追猎者芯片的那家伙）手里拿到大威力核弹，然后带着铁路组织的人进入学院，将核弹放进学院的核聚变反应炉中后撤离，学院被完全摧毁，全剧终，游戏进入二周目。4、钢铁兄弟会结局：潜入学院后和尚恩对话，选择敌视学院，离开学院后和钢铁兄弟会首领麦克森长老交谈，从钢铁兄弟会工程师英格兰姆督学手里拿到大威力核弹，然后带着钢铁兄弟会的人进入学院，将核弹放进学院的核聚变反应炉中后撤离，学院被完全摧毁，全剧终，游戏进入二周目。在完成这些结局之前，四大阵营都是可以保持友好的，并且可以发现除了学院结局之外都可以保留下来3个阵营（学院是敌视铁路组织和钢铁兄弟会的，不过学院和义勇军没啥纠葛）。