出口企业在办理出口退税时要特别注意申报程序，注意时间观念，以免造成损失。出口企业在办理出口退税时，应注意四个时限规定：一是“30天”。外贸企业购进出口货物后，应及时向供货企业索取增值税专用发票或普通发票，属于防伪税税控增值税发票，必须在开票之日起30天内办理认证手续。二是“90天”。外贸企业必须在货物报关出口之日起90天内办理出口退税申报手续，生产企业必须在货物报关出口之日起三个月后免抵退税申报期内办理免抵税申报手续。三是“180天”。出口企业必须在货物报关出口之日起180天内，向所在地主管退税部门提供出口收汇核销单(远期收汇除外)。四是“3个月”。出口企业出口货物纸质退税凭证丢失或内容填写有误，按有关规定可以补办或更改的，出口企业可在申报期限内向退税部门提出延期办理出口货物退(免)税申报的申请，经批准后，可延期3个月申报。
发票认证后次日税务部门相关系统就能查到认证信息，但是认证信息形成文件导入税务机关系统需要一系列流程，数日到一周不等，各地税务机关可能存在差异。一般一周内就会导入税务系统，届时企业即可实行无疑点申报。