阪神タイガース: フランチャイズ制度の導入に伴い保護区域を兵庫県と定められた関係で、チーム名から「大阪」を外し、4月1日に商号を「株式会社阪神タイガース」、球団名も阪神タイガース（はんしんタイガース、"Hanshin Tigers"）と変更した。しかし成績が低迷した上に、主力選手と度々衝突を繰り返した監督・金田正泰がシーズン中に解任されるなど、チームは混乱した。金田の後任として、巨人時代に7度のシーズン優勝を誇り、当時ヘッドコーチを務めていた藤本定義が監督に就任した。この年は、4位に終わる。藤本の下、小山・村山の両エースの力投と遊撃手・吉田、三塁手・三宅秀史、二塁手・鎌田実らによる守りの野球で2リーグ分裂後では初、通算5度目のリーグ優勝を果たした。日本シリーズでは東映フライヤーズと対戦した。村山先発で2連勝した後、3戦目にも村山を無理にリリーフ登板させたが打ち込まれ引き分けに終わったことが響き、その後4連敗。結果、2勝4敗1分で敗退した。巨人と中日の首位争いに加わることができず、3位に終わる。エース小山と毎日大映オリオンズの4番・山内一弘とのトレードを成立させて打撃を強化する一方、ジーン・バッキーらが小山の穴を埋めた。大洋ホエールズがあと1勝すれば優勝という状況で、最後に9連勝し公式戦最終日の9月30日に逆転で6回目の優勝。しかし日本シリーズでは、リーグ優勝決定の翌日から開催という強行日程になり、南海ホークスに先に王手を掛けながらジョー・スタンカに2試合連続完封負けを喫するなどして、3勝4敗で敗れている。1965年から1967年まで3年連続の3位。1968年と1969年は、いずれも巨人と優勝争いを繰り広げるも、結果はいずれも巨人が優勝で、1968年は巨人と5ゲーム差、1969年は巨人と6.5ゲーム差の2年連続2位。1966年、藤本は杉下茂投手コーチに監督を譲り総監督となるが、同年8月に復帰。1968年まで監督を務め、同年オフに勇退。後任には後藤次男が就任。1970年、村山が選手兼任監督に就任。江夏豊と田淵幸一のバッテリー、吉田義男に代わって遊撃手のレギュラーとなった藤田平といった個性的で人気と実力を兼ね備えた選手がそろったが、巨人が9年連続日本一のV9時代で、1970年・2位→1971年・5位→1972年・2位と優勝する事ができなかった。1971年のオールスターでは、江夏が9者連続奪三振を記録。1972年に村山が監督の肩書のまま投手に専念したため、金田正泰が監督代行を務めている。村山はこの年限りで引退した。金田が正式な監督に就任して巨人と激しい優勝争いを展開し、残り2試合で1勝すれば優勝というところまでこぎつけたものの、中日球場での対中日ドラゴンズ戦で、2対4で敗戦、甲子園での最終戦でも0対9と敗れて、巨人が9年連続優勝となった。田淵が本塁打を量産し、オールスター戦時点では首位に立った。しかし、夏の長期ロードで大きく負け越して後退、最終的にはBクラスの4位でシーズンを終える。シーズン後に金田は退任。吉田義男が監督に就任。田淵が王を抑えて本塁打王を獲得するも、江夏の不調などから3位に終わった。オフに江夏を江本孟紀・島野育夫らとのトレードで南海へ放出。当時新記録のシーズン193本塁打など打撃陣が好調で、ハル・ブリーデンやマイク・ラインバック、掛布雅之らの活躍で巨人と激しく優勝争いを演じるが、結局2位に終わる。序盤は好調だったが、4月には6連勝のあと6連敗、6月には6連敗のあと8連勝と、大型連勝と大型連敗を何度も繰り返すなどチームの調子が安定せず、特に対中日戦で8勝18敗と負け越したことが大きく響いて4位に終わる。この年のオフに吉田は監督を辞任。後藤が2度目の監督に就任したが球団史上初の最下位に終わり、後藤は責任を取る形で1シーズン限りで解任。オフに小津正次郎が球団社長に就任すると、低迷するチームの改革を図るために大規模な改革が必要と考え、田淵と古沢憲司を西武ライオンズの竹之内雅史、真弓明信、若菜嘉晴、竹田和史との交換トレードで放出。更に空白の一日事件で巨人がドラフト前日に江川卓とドラフト外で入団契約しようとすると、これに対抗してドラフトで江川を強行指名した。しかし、巨人入団を強く望む江川との交渉は難航し、結局は日本野球機構コミッショナー・金子鋭（当時）の指示、いわゆる強い要望により江川を巨人に移籍させ、交換トレードの形で巨人の小林繁を獲得した。ドン・ブレイザーが監督に就任。掛布が48本塁打を放ち、小林が古巣の対巨人戦8勝を含む22勝を挙げるが、8月下旬に広島東洋カープに離されて4位に終わる。新人の岡田彰布の起用法を巡る対立などでブレイザーがシーズン途中で監督を辞任。後任には中西太が就任したが、5位に終わる。優勝した巨人と8ゲーム差の3位。江本孟紀が「ベンチがアホやから野球ができへん」と首脳陣批判をして退団したのがこの年。安藤統男が監督に就任。優勝した中日と4.5ゲーム差、2位の巨人と3ゲーム差で2年連続の3位（但し勝利数では優勝した中日を上回った）。山本和行がストッパーに転向したり、6月に11連勝する話題もあったが、一方でこの年は島野育夫・柴田猛の両コーチが審判に暴行を加えて（横浜スタジアム審判集団暴行事件）無期限出場禁止処分を下されたり（翌年解除）、若菜嘉晴がスキャンダル問題で退団するなどトラブルも相次いだ。ランディ・バースが加わった打線は抜群の破壊力を見せつけたものの、投手陣はいまいち伸び悩み、特に1984年は昨年限りで引退した小林繁の穴を、ルーキー池田親興の躍進、南海から移籍の山内新一の活躍でも埋めきれず2年続けての4位。1984年オフ、安藤は監督を辞任、吉田義男が二度目の監督就任。開幕投手を2年目の池田に任せるを得ないほどに、昨年から大きな弱点であった先発投手陣の手薄さという大きな弱点が改善されず、開幕当初はファンの間でも優勝への期待は薄かった。しかし主に1番・真弓、3番・バース、4番・掛布、5番・岡田らの強力打線（「第二次ダイナマイト打線」）が先発投手陣の手薄さを補って余りある大活躍をし、4月17日の対巨人戦（甲子園球場）ではバース、掛布、岡田が巨人の先発の槙原寛己からバックスクリーン3連発を放って開幕ダッシュに弾みをつけた。この年は最終的に本塁打セリーグ記録を更新する219本塁打を記録し。夏場まで首位を快走していた。しかし、8月12日に発生した日本航空123便墜落事故で球団社長の中埜肇が犠牲となり、阪神タイガースのナインたちもこの事故機（JA8119）に直前のフライト（福岡発羽田行日本航空366便）で搭乗していたため、選手たちは大きな衝撃を受けて一時は大型連敗を喫して首位陥落した。しかし、強力打線に加えて中西清起、福間納、山本和行らのリリーフ投手陣も1年を通して大車輪の活躍をみせ、10月16日の対ヤクルトスワローズ戦（神宮）に引き分けて、21年ぶりのリーグ優勝が決定。バースが球団初の三冠王を獲得。西武との日本シリーズは4勝2敗で勝利、1リーグ時代から約38年ぶり、2リーグ制になってから初の日本一達成となる。バースがシーズン打率.389、シーズン長打率.777、7試合連続本塁打、13試合連続打点の日本新記録をマーク、2年連続三冠王を獲得し、ルーキーの遠山昭治が8勝を挙げ台頭したが、掛布と池田親興の負傷による長期戦線離脱、更に岡田などの主力選手の不振が影響し、夏のロードで広島と巨人との優勝争いから脱落して3位に終わった。この年、川藤幸三が引退。投手陣は新外国人のマット・キーオが孤軍奮闘したものの、先発ローテーションの池田、仲田幸司らが不振で大きく負け越し、山本和行、中西清起らリリーフも失敗が目立った。バースは無冠ながら好調を維持し打線を支えたが、掛布の負傷及び不振、岡田の不振などが響き最下位となり、吉田は監督を辞任、村山実が監督就任。勝率.331は球団史上最低勝率である。「少年隊トリオ」と呼ばれた和田豊、大野久、中野佐資を登用するなど世代交代を進めたが、バースが長男の病気問題で退団、代わって入団したルパート・ジョーンズの故障、掛布の引退が重なって2年連続最下位。セシル・フィルダーが本塁打王争いをするが、シーズン途中に三振してバットを叩きつけた際に骨折して帰国。5位に終わり、村山が監督を辞任、中村勝広が監督に就任。前ヤクルトのラリー・パリッシュや岡田が5月中盤まで好調で、特にパリッシュは8月まで本塁打王を狙える位置にいたが8月末に怪我を理由に突然の引退退団をしてしまった。投手陣は年間通して不振に終わり、主にロングリリーフを務めた3年目の野田浩司がチームトップの11勝（12敗）を挙げたが、エースのマット・キーオが中村勝広監督とそりが合わず怪我もあり不振。オフには自由契約になる。結局は、先発陣で規定投球回に到達したのは5勝11敗の猪俣隆と4勝13敗の仲田幸司のみという結果に終わる。チームは2年ぶりの最下位。開幕5連敗、6月に球団ワースト新記録の10連敗（それまで当時の12球団で唯一、2桁連敗がなかった）を喫するなど、開幕から55試合で15勝40敗で、2年連続の最下位となった。しかし、終盤戦で猪俣・葛西稔といった若手投手の台頭で、5連続先発投手完投勝利を収めた。この年は、ヤクルト、巨人、広島との四つ巴の優勝争いとなる。衰えが見えていた主力の岡田や真弓らに代わり、それまでほとんど実績の無い亀山努、新庄剛志の両外野手に加え、和田、八木裕、山田勝彦、入団2年目のトーマス・オマリー、大洋から移籍してきたジム・パチョレック、新人王に輝いた久慈照嘉ら若手・中堅が活躍。特に亀山と新庄の台頭は「亀新フィーバー」と呼ばれた。また、甲子園のラッキーゾーンを撤去して外野が広くなった事が功を奏し、6月にノーヒットノーランを達成した湯舟敏郎の他、中込伸、野田や14勝を挙げ勝ち頭となった仲田の先発陣や、中継ぎのルーキー弓長起浩、抑えの田村勤らこちらも若い投手陣が軸となり、リーグトップ防御率2点台を記録するなど、一時は首位と成るも終盤に投手陣の駒不足に遭いヤクルトとの優勝争いで競り負け、巨人と同率ながら2位となった。オフ、野田浩司とオリックス・ブルーウェーブの松永浩美が交換トレード。4位。オマリーが首位打者になる。松永浩美は3試合連続先頭打者本塁打の世界記録を樹立、しかし怪我での離脱が多く80試合の出場に終わり、オフにはFAで福岡ダイエーホークスへ移籍。前年最多安打・最多勝利打点だったパチョレックが途中退団。また岡田は自由契約を言い渡されオリックスに移籍した。一方、バルセロナオリンピック銀メダリスト郭李建夫がこの年に入団。オフには、新人として藪恵市、FAでオリックス石嶺和彦が加入し、MLB通算226本塁打のロブ・ディアーを年俸2億7000万円で獲得。2年連続の4位（ヤクルトと同率タイ）。藪恵市がチームトップの9勝を挙げ新人王を獲得。新外国人のディアーは極度の不振で8月に退団。同年オフ、オマリーが長打力不足などを理由に解雇され、ヤクルトへ移籍。最下位。球団ワースト記録となる84敗を喫した。チーム本塁打は88本で4年連続セ・リーグ最下位であった。中村が7月23日限りで休養（その後、辞任）。藤田平に監督を代行させる状況であった。同年オフ、真弓が引退し、代行の藤田がそのまま監督に正式就任。新庄が藤田との確執などが原因で引退を宣言するが、すぐ撤回。2年連続最下位。5月終了時点で既に借金15に達していた。個人としては、桧山進次郎がチームトップの22本塁打を記録。2年目の川尻哲郎が13勝、3年目の藪が初の二桁勝利を挙げる。しかし、藪と湯舟が二年連続でリーグ最多敗戦ともなる。藤田は9月12日に監督解任を通告され（藤田が監督解任を受け入れたのは翌13日）、チーフ兼バッテリーコーチの柴田猛が後任を務め、シーズンオフには、吉田義男が3度目の監督に就任。中西と木戸が引退。新人として今岡誠が入団。観客動員は200万人を割り、28年ぶりの赤字となった。5位。打撃陣の主力として期待していた新外国人のマイク・グリーンウェルがわずか数試合で故障・「引退しなさいという神のお告げを聞いた」と突然退団・帰国。和田が開幕戦からの連続安打日本記録（24試合連続安打）を樹立。オフに久慈照嘉、関川浩一を大豊泰昭、矢野輝弘との交換トレードで中日に放出。新人として坪井智哉、井川慶が入団。8月には球団ワーストとなる12連敗を記録するなどし、最下位。個人としては、5月26日に川尻が対中日戦で矢野とのバッテリーでノーヒットノーランを達成、シーズンも2年ぶりの二桁勝利を記録。藪も二桁勝利しプロ入りシーズン初の勝ち越しを達成。坪井智哉は2リーグ制分立後の新人最高打率（.327）を記録。坪井は中日の川上憲伸、巨人の高橋由伸、広島の小林幹英と新人王を争う。新人王は川上憲伸が獲得したが、川上以外の3人は新人王に値する活躍と評価され、3名とも新人特別賞を受賞している。この年では横浜が38年ぶりの優勝を果たしたため、阪神は1998年から2002年までセ・リーグの中で最も優勝から遠ざっているチームとなった。シーズン後に吉田は監督を辞任し、後任にこの年までヤクルトの監督を務めた野村克也が就任した。チームは6月には一時首位に立ったが、最終的に最下位。9月には2年連続で球団ワーストの12連敗を喫した。二軍がファーム日本選手権を制し初の日本一となった。個人としては、前年テスト入団で復帰した遠山奬志がカムバック賞を受賞。シーズン前には、新人として福原忍が、西武から佐々木誠が加入。シーズンオフには、オリックスから星野伸之がFAで入団。巨人から広澤克実、ヤクルトからカツノリを獲得。球団初の3年連続の最下位。4月に9連勝して首位に立ち、5月には大阪近鉄バファローズからトレードで吉田剛、西川慎一を、6月には日本ハムから金銭トレードでマイカ・フランクリンをそれぞれ獲得。オフには新庄がFAでMLBのニューヨーク・メッツへ、大豊が契約交渉の決裂で中日に移籍。佐々木誠、フランクリンらが退団。チーム本塁打1位から3位（1位新庄28本・2位大豊24本・3位タラスコ19本）が全員退団する事態となった。湯舟敏郎・山崎一玄・北川博敏と近鉄酒井弘樹・面出哲志・平下晃司にて3対3トレードのトレードが行われた。新人として赤星憲広、沖原佳典、藤本敦士が加入。その他エドワード・ペレス、イバン・クルーズを獲得。4年連続の最下位。長打力が大幅に弱体化した打線を、走力で補うため俊足の若手を重用。個人としては、井川慶が防御率リーグ2位、赤星憲広が盗塁王、新人王を獲得、前年ロッテからテスト入団した成本年秀がクローザーとして台頭しカムバック賞を受賞、4番に定着した桧山は初のシーズン打率3割を達成した。しかし、この年のチーム最多本塁打はクルーズの14本という状況であった。シーズン途中、交換トレードで西武から谷中真二、新外国人トム・エバンスを獲得。シーズン後に吉田剛、酒井弘樹が退団、塩谷和彦をトレードで放出。オリックスからジョージ・アリアス、FAで日本ハムから片岡篤史、交換トレードでオリックスから斉藤秀光、デリック・ホワイトらの外国人選手が加入。12月5日、野村は成績不振に加えて夫人の野村沙知代の脱税容疑での逮捕の責任を取る形で監督辞任。後任はこの年まで中日の監督を務めた星野仙一が就任。12年ぶりに開幕戦を勝利で飾るなど開幕7連勝でスタートし、巨人と首位争いを繰り広げていたものの、レギュラー選手に相次いで故障離脱が続出。特に赤星・矢野の離脱が致命的でセンターラインを失ったチームは徐々に失速。最終的には4位に終わり、主力と控えの戦力差に課題を残した。しかしチームとしては5年ぶりに最下位を脱出した。シーズン中にエバンスと西武の橋本武広の交換トレードを行い、オフには広島からFAで金本知憲、日本ハムから下柳剛、野口寿浩らが同じくトレードで加入。さらにジェフ・ウィリアムス、元ニューヨーク・ヤンキースの伊良部秀輝が加入。「第三次ダイナマイト打線」と称された強力打線を擁し開幕より快進撃を続け、優勝マジックをセ・リーグ史上最速となる7月8日に点灯させる。マジック点灯以降は対中日戦で同一カード7連敗や2度の5連敗などでやや失速するも9月15日に18年ぶりリーグ優勝。20勝を挙げた井川慶がMVPに。日本シリーズは福岡ダイエーホークスと対戦するが、甲子園でのゲームを全てものにする一方で、福岡でのゲームを全て落とし、3勝4敗で敗れた。シリーズ終了後、星野が監督を退任し、シニアディレクター職に転ずる。また、星野に招聘されたコーチ陣のうち、島野育夫はフロントに転出して管理部長、オマリーは駐米スカウトとして球団に残ったが、田淵幸一、達川光男、西本聖は退団した。岡田彰布が後任の監督に就任。球団成績は4位。10月4日、井川慶がノーヒットノーランを達成。シーズン前に自由獲得枠で鳥谷敬を獲得、シーズン後は藪恵壹がFAでMLB・オークランド・アスレチックスへ移籍、伊良部、アリアスが戦力外、リガン、八木裕が引退。オフに広島からアンディ・シーツが移籍。リーグ優勝。チーム防御率もリーグ1位となった。ジェフ・ウィリアムス、藤川球児、久保田智之のリリーフ投手3人を「勝利の方程式」として抜擢。驚異的な成績を残し、やがて3人の名前の頭文字をとって「JFK」と呼ばれた。この年から導入された交流戦を経て首位に立つと、首位を明け渡すことなく優勝。赤星が5年連続の盗塁王を獲得、下柳が規定投球回未到達ながら最多勝、今岡が球団新記録の147打点を挙げて打点王、金本がMVPを獲得した。千葉ロッテマリーンズとの日本シリーズでは0勝4敗で敗退。夏場の苦戦が響いて中日にマジック点灯を許すが、一時戦線離脱していた藤川球児が復帰第一戦の8月27日の巨人戦で好投して連敗を止めてからは怒濤の反撃に転じ、結果的には2位に終わるも優勝した中日を最後まで苦しめた。片岡篤史が引退。オフに井川がポスティングシステムでMLB・ニューヨーク・ヤンキースへ移籍し、同じくMLBからエステバン・ジャンとライアン・ボーグルソンを獲得。最終的に3位。4月から5月にかけて9連敗し、交流戦でも9勝14敗1分の10位と低迷。借金は最大で9となった。7月を15勝6敗、8月を12勝8敗1分で勝ち越し、9月中旬には首位に立つこともあった。中日とのクライマックスシリーズ第1ステージを0勝2敗で敗退。この年は、規定投球回数に到達した投手がいなかった。更に打率・得点も12球団中最下位だった。上園啓史が新人王を獲得。シーズン終了後にアンディ・シーツが現役引退。FAで広島から新井貴浩、トレードでオリックスから平野恵一、日本ハムから金村曉、MLBからルー・フォードが加入。最終的に2位。4月12日に金本知憲が通算2000本安打を達成。5月6日の対巨人戦ではプロ野球史上2球団目の通算4500勝を達成。開幕から好調で、7月8日時点で巨人に最大13ゲーム差をつけ、同22日には優勝マジックを点灯させる。しかし、北京オリンピックに新井、藤川ら主力メンバーを派遣した後半戦から下降線をたどるようになり、8月29日を最後に巨人相手に全く勝てなくなる。9月21日の直接対決での3連敗で巨人に同率首位に並ばれ、10月8日の直接対決の最終戦で敗れ、巨人に単独首位を明け渡し、10月10日の横浜戦（横浜）での逆転負けにより巨人が優勝した。クライマックスシリーズ第1ステージでは京セラドーム大阪で中日と対戦するが、1勝2敗で2年連続の第1ステージ敗退となった。シーズン後、岡田は優勝を逃した責任をとり監督を辞任。真弓明信が後任となった。野口寿浩がFAで横浜に移籍。WBCに出場した岩田稔や正捕手の矢野、先発転向した久保田が故障で開幕に間に合わなかったことや、藤川の不調もあり前半戦は低迷。6月に途中加入したクレイグ・ブラゼルや、開幕前にロッテから移籍した久保康友、7月以降ローテーションに定着した能見らの活躍もあって、後半戦では8カード連続で勝ち越しを決めるなど巻き返すも、最終戦でヤクルトに連敗し4位に終わり、CS進出を初めて逃す。この年はベストナイン、ゴールデングラブ賞共に受賞者なし、タイトル獲得者もなしであった。3賞で受賞者がいないのは1995年以来14年ぶりであり、規定打席数以上で打率3割を超えた打者も2000年以来9年ぶりにいない状態であった。オフにシアトル・マリナーズから城島健司、コロラド・ロッキーズからマット・マートンなどを獲得。一方で、9年間チームに在籍した赤星が引退、藤本がFAでヤクルトに移籍、今岡、ウィリアムスらが退団した。また駐米スカウトのオマリーを解任し、シーツが後任となった。1試合22得点（球団記録更新）挙げるなど、1リーグ時代を除けば球団最高のチーム打率.290、3割打者と90打点以上達成者が5人ずつ、という記録を残すなど爆発的な破壊力を誇る打線は「第四次ダイナマイト打線」と称された。9月に一時的にマジックが点灯したこともあった。しかし最終的には、ナゴヤドームでの中日戦での大幅負け越しなどが響き、首位中日と1ゲーム差の2位。初めて甲子園で行われたクライマックスシリーズの第1ステージの対巨人戦は、先制しながらも0勝2敗で敗退。個人記録としては、鳥谷の遊撃手としてのシーズン104打点はプロ野球記録となったが、開幕前に負傷した金本は、フルイニング出場が途切れた。オフにはFAで小林宏之と藤井彰人を獲得。一方で、矢野が引退、星野仙一シニアディレクターが、楽天の監督に就任するため退団。3月11日に発生した東日本大震災の影響で、開幕日が当初の3月25日（神宮球場での対ヤクルト戦）から4月12日の甲子園での対広島戦に変更となり、阪神にとって1993年以来18年ぶりの甲子園開幕戦。これを7-4で制し、40年ぶりの甲子園での開幕戦勝利を挙げた。投手では、先発のランディ・メッセンジャーが、能見と並ぶ12勝を上げる。月間成績は6月から8月まで連続で勝ち越し、8月終了時には2位になる。しかし、9月に入ると首位ヤクルト相手に6連敗を喫するなどし、4位で終わった。シーズン後、真弓監督は辞任、後任の監督には和田豊コーチが就任した。この年、下柳、桜井、葛城らが退団。阪神球団設立以来初めてキャプテン制度（野手と投手にそれぞれキャプテンを置く）を導入。野手に鳥谷敬、投手に藤川球児がそれぞれ就任した。開幕9試合の4月10日に5勝2敗2分で首位となるなど、4月は勝ち越したものの5月以降はすべての月間で負け越した。交流戦に入り5連敗で勝率5割を切ると、以降は勝率5割以上になることがなく、前半戦を借金10の5位でターン。後半戦直後に7連敗、8月11日に対広島戦に敗れ8連敗でクライマックスシリーズ自力進出が消滅し、9月25日の対ヤクルト戦（神宮）で敗れてBクラスが確定、首位巨人と31.5ゲーム差、3位ヤクルトと11.5ゲーム差の5位に終わる。411得点、58本塁打はリーグ最少、24無得点試合はリーグ新記録で、規定打席到達者の最高打率が鳥谷の.262など貧打線に苦しんだシーズンとなった。巨人とは途中9連敗、東京ドームでは開幕から2分けを挟んで8連敗するなど1勝9敗2分に終わり、シーズン通しては5勝15敗4分に終わる。2位の中日にもナゴヤドームで開幕から1分を挟んで8連敗するなど、シーズン通して7勝15敗2分に終わり、上位2球団とドーム球場の試合で大きく負け越す結果となった。なお、この年は城島と金本が現役を引退した。オフには、藤川が海外FA権を行使し、メジャーリーグのシカゴ・カブスへ移籍した。元メジャーリーガーの西岡剛と福留孝介を獲得し、FAでオリックスの日高剛を獲得している。ドラフトでは、大阪桐蔭高校の藤浪晋太郎を1位指名でオリックス、ヤクルト、ロッテとの4球団競合の末に獲得している。開幕から巨人と首位争いをしていたが、6月2日に阪神が今季初の首位に立つものの、6月13日に巨人が首位に返り咲くと以降は首位に立つことができないまま、巨人と5ゲーム差で迎えた8月27日からの3連戦で3連敗したことも響き、9月22日に阪神が対ヤクルト戦（甲子園）に6対7で敗れたことで巨人のリーグ優勝が決定した。9月23日の同戦に2対0で勝利し、3年ぶりにクライマックスシリーズ進出が決定し、10月3日の対DeNA戦（横浜）で7対3で勝利し、3年ぶりのシーズン勝ち越しと、2位を確定させた。広島とのCSファーストステージ（甲子園）は2連敗で敗退した。この年、桧山進次郎が引退した。なお、同年10月より球団OBの掛布雅之が新設のゼネラルマネジャー付育成&打撃コーディネーター（DC）に就任。前年に続き巨人と広島との優勝争いとなり、8月には一時は首位の巨人と0.5ゲーム差となるものの長期ロード明け以降に阪神が失速し、26日に巨人の優勝が決定するが、翌27日の対ヤクルト戦（甲子園）に勝利し2年連続でクライマックスシリーズへの進出が決定し、10月6日に2年連続2位が決定した。マートンが首位打者、マウロ・ゴメスが打点王、メッセンジャーが最多勝と最多奪三振、呉昇桓が最多セーブを獲得するなど、NPB史上初めて1シーズン4人の外国人選手がタイトルを獲得した。また福原忍の最優秀中継ぎ投手と合わせて、1シーズンで5人、6部門のタイトル獲得はそれぞれ球団タイ記録。広島とのCSファーストステージ（甲子園）は第2戦で延長12回表に0対0とした時点で2位の阪神の勝ち上がりが決定し、1勝1分で球団初のファイナルステージに進出。巨人とのファイナルステージ（東京ドーム）は、ファイナルステージ史上初の4連勝で、初めてCSを勝ち抜いての日本シリーズ進出となった。福岡ソフトバンクホークスとの日本シリーズは甲子園での最初の2戦を1勝1敗で終えたのち、前回ホークスと対決した2003年の日本シリーズと同様に敵地福岡での全試合で敗れ、1勝4敗で敗退した。2004年以降のポストシーズン制導入後、レギュラーシーズン2位以下で日本シリーズに進出して日本一になれなかったのは阪神が初であった。球団創設80周年を迎えた。5月28日の東北楽天ゴールデンイーグルス戦で球団通算5000勝目を達成し（巨人に次いで12球団中2番目の早さでの達成）。交流戦では、セ・リーグ球団で唯一10勝8敗で勝ち越し、総合順位では6位に終わるが、セ・リーグ球団ではトップの成績だった。6月19日にネルソン・ペレスを獲得。6月15日の前半戦終了段階で3位。7月3日の対横浜DeNAベイスターズ戦で、プロ野球史上初の通算1万試合を達成した。後半戦は、9月27日の対広島戦の逆転負けで、リーグ優勝の可能性が完全消滅。最終的にリーグ戦3位。クライマックスシリーズのファーストステージでシーズン2位の巨人と対戦し、結果1勝2敗で敗退となった。本塁打はリーグワースト2位、盗塁も48はダントツのワースト。得点リーグ最下位、チーム打率4位、チーム防御率も5位と低迷した。シーズン終了後、関本賢太郎・藤井彰人、渡辺亮が現役を引退。呉昇桓がセントルイス・カージナルスに移籍。リーグ優勝を逃した責任を取り、和田監督が退任となった。週刊ベースボールでは生え抜きの日本人選手が育たない分、外国人への依存度が高まったと指摘され、チーム総得点リーグワースト、チーム防御率も五位と低迷した。投手コーチの中西清起・山口高志、打撃コーチの関川浩一・高橋光信、守備走塁コーチの山脇光治・風岡尚幸、2軍バッテリーコーチの吉田康夫、2軍打撃コーチの八木裕の8コーチが解任された。後任の監督に球団OBの金本知憲が就任した。球団本部付育成&打撃コーディネーターの掛布雅之が二軍監督に就任。また、新外国人のマット・ヘイグ、マルコス・マテオ、ラファエル・ドリス、FAでは中日から髙橋聡文が加入し、四国アイランドリーグplusの高知ファイティングドッグスに所属していた藤川球児が復帰した。10月27日、一・二軍のコーチ陣を発表し、一軍作戦兼バッテリーコーチの矢野燿大・一軍打撃コーチの片岡篤史と濱中治・二軍打撃兼野手総合コーチの今岡誠・二軍内野守備走塁コーチの藤本敦士といった2003年・2005年のリーグ優勝当時に金本監督とともに優勝に貢献したメンバーが顔をそろえた。3月、読売ジャイアンツ所属選手による野球賭博問題に絡み、巨人同様円陣の声だしで金銭の授受や高校野球を対象としたくじ等が発覚。
「超変革」をスローガンに、髙山俊、横田慎太郎、北條史也、江越大賀ら若手を積極的に起用したが、西岡らベテラン戦力と噛み合わず、なかなか結果が出ないことが多かった。交流戦を7勝11敗で負け越し、前半戦終了時点で5位。夏場には最下位に転落することもあったが、結果的に4位で4年ぶりのBクラスに終わる。シーズン終了後、福原忍、鶴岡一成が現役を引退。シーズンオフには、平野恵一がファーム守備走塁コーチから1軍打撃コーチに就任、濱中治が1軍打撃コーチからファーム打撃コーチに就任、筒井壮がファーム打撃コーチからファーム守備走塁コーチに就任、新たに藤井彰人がファーム育成コーチに就任することが発表された。FAでオリックスの糸井嘉男を獲得。2016年のセリーグ新人王に髙山俊が選出された。開幕から鳥谷、福留、糸井、上本博紀、糸原健斗などが高い出塁率を残しチームの好調を支えた。シーズン終盤には、俊介が規定打席には届かずとも3割を超える高い打率を残した。5月6日、球団史上初となる9点差からの逆転勝利を達成し（阪神12-9広島、8回戦、阪神5勝3敗、甲子園）、首位に浮上するが、5月28日に再び広島と順位が入れ替わり2位に転落し、以後は7月27日から翌日までの1日間のみ3位に落ちたほかはシーズン終了まで2位にあった。最終的に首位広島と10ゲーム差でのシーズン2位となり、クライマックスシリーズでは1stステージにおいて3位DeNAに1勝2敗で敗退した。特にリリーフ投手陣の働きが光り、桑原謙太朗、マテオ、ドリス、高橋聡文、岩崎優の5名はそれぞれ60試合以上の登板数を記録、さらに52試合に登板した藤川を加えた6名が50を超える試合に登板した。1チームで5名が60試合以上登板するのと、6名が50試合以上登板するのはどちらもプロ野球史上初の出来事であった。安藤優也、新井良太、狩野恵輔が引退。大和がDeNAへFA移籍。掛布二軍監督が退任。記録では鳥谷が通算2000安打を達成。打線の主軸として期待されたウィリン・ロサリオ、大山悠輔、中谷将大らが開幕から揃って不振を極めた。糸原、梅野隆太郎らがレギュラーに定着するも打線の繋がりを欠いたことから得点力不足に陥りチームも低迷。5月29日には同じく開幕から不振が続いていた鳥谷の連続試合出場が1939試合で途切れた。投手陣では小野泰己、才木浩人、望月惇志らが一軍に定着した一方で藤浪、秋山拓巳、高橋聡文、マテオらが不調や故障により離脱する時期もあった。2位から最下位までが僅差の「団子状態」にあったセ・リーグの中で激しく順位変動を繰り返しながらも、中盤から雨天中止が相次いだ影響で過密日程を余儀なくされた終盤にかけて徐々にBクラスに定着し、最終盤での糸井、北條、原口文仁らの故障離脱なども響いて10月8日には2001年以来17年振りのシーズン最下位が決定した。この年は特に本拠地である甲子園球場で勝つことができず、球団史上ワーストとなるシーズン39敗を喫した。シーズン最下位の責任を取る形で金本監督、片岡ヘッド兼打撃コーチが退任。また、記録では鳥谷が藤田平の保持する球団歴代最多安打記録（通算2064安打）を更新した。二軍監督の矢野燿大が一軍監督に、新たに清水雅治がヘッドコーチに就任した他、一軍と二軍の首脳陣を大幅に入れ替えた。FAでオリックスの西勇輝を獲得、新外国人としてオネルキ・ガルシア、ピアース・ジョンソン、ジェフリー・マルテを獲得。