TVA - Régimes sectoriels - Agriculture - Règles d'application de la TVA aux exploitants agricoles - Régime des déductions
Référence : BOI-TVA-SECT-80-30-40 (en vigueur depuis le 2014-05-13)

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Aux termes du I de
l'article 271 du CGI, la TVA qui a grevé les éléments du prix d'une opération imposable est déductible de la TVA applicable à
cette opération.
Ce principe est de portée générale et s'applique par conséquent aux exploitants agricoles
imposables à la TVA (BOI-TVA-DED), obligatoirement ou sur option, sous réserve de quelques adaptations spécifiques exposées ci-après.
I. Le pourcentage de déduction
A. Le régime des droits à déduction applicable aux métayages assujettis selon le régime simplifié de l'agriculture (RSA)

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Le contrat de métayage prévu à
l'article L. 417-1 du code rural et de la pêche maritime organise une forme d'exploitation en commun dans laquelle
le possesseur d'un fonds rural (le bailleur) le remet à un preneur (le métayer) qui s'engage à le cultiver sous la condition d'en partager les produits avec le bailleur.
À la différence du bailleur à ferme, le bailleur à métayage est un exploitant agricole comme le
métayer.
Si, par l'effet d'une option ou d'un assujettissement obligatoire, l'activité d'un seul des
coexploitants est soumise à la TVA, cet exploitant est placé dans la situation des redevables partiels pour le calcul des droits à déduction.
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Lorsque les deux coexploitants en métayage ont exercé l'un et l'autre l'option pour
l'assujettissement à la TVA, ou sont tous deux assujettis obligatoirement au titre de l'ensemble de leurs exploitations agricoles, ils disposent du droit de déduire, dans les conditions de droit
commun et sous réserve des limitations et restrictions générales du droit à déduction, la totalité de la taxe qui grève les dépenses d'exploitation dont ils ont respectivement la charge quelles que
soient les modalités de répartition de ces dernières.
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Par contre, lorsqu'un des coexploitants n'est pas redevable de la TVA au titre de son activité
en métayage, il doit être fait application des règles prévues pour les redevables partiels en ce qui concerne les acquisitions dont l'autre coexploitant, assujetti, a la charge.
Dans cette hypothèse et conformément aux dispositions de
l'article 260 D de l'annexe II au CGI, les droits à déduction de celui qui a opté sont calculés dans les conditions
prévues pour les personnes qui ne réalisent pas exclusivement des opérations ouvrant droit à déduction. La totalité des recettes de la métairie est inscrite au second terme du rapport défini au 1° du
3 du III de l'article 206 du CGI.
Le fait que le partage des dépenses s'effectue dans la même proportion que le partage des
produits ne dispense pas, en principe, de l'application de ces règles En effet, cette circonstance n'entraîne pas nécessairement que la même répartition soit observée en ce qui concerne les seules
dépenses grevées de TVA.
1. Calcul du coefficient de taxation utilisé par l'exploitant redevable permettant de déterminer le coefficient de
déduction
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Au numérateur est inscrit le montant hors TVA du chiffre d'affaires qui résulte des opérations
ouvrant droit à déduction réalisées par l'exploitant assujetti pour toutes ses exploitations.
Au dénominateur figure le même montant de chiffre d'affaires, augmenté de celui du chiffre
d'affaires réalisé par les coexploitants dans des exploitations en métayage qui n'ont pas opté.
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Lorsqu'il n'est pas en mesure de connaître le chiffre d'affaires du coexploitant non redevable
(commercialisation séparée, par exemple) il est admis que le coexploitant redevable considère que le chiffre d'affaires de son partenaire est, dans la proportion du contrat, le même que le sien (même
si, éventuellement, il y a stockage par l'une ou l'autre des partie).
Ainsi, un métayer redevable de la TVA qui a encaissé un montant de chiffre d'affaires
imposable de 14 000 € dans le cadre d'un contrat prévoyant le partage 1/3 (bailleur) 2/3 (preneur) de la production (indépendamment de la répartition des dépenses, éventuellement différente de la
répartition des recettes) peut considérer que le CA du bailleur non redevable s'établit pour la période concernée à :
14 000 / 2 = 7 000 €
Le CA de la métairie à inscrire au dénominateur du rapport s'établirait alors à 21 000 €.
Exemple 1 : Cas d'un contrat de métayage 1/3 (bailleur) 2/3 (preneur) avec
commercialisation intégralement assurée par le métayer.
Pendant deux années consécutives, un métayer a récolté 2 500 quintaux de blé sur les terres qu'il
exploite en métayage sous un contrat 1/3 (bailleur) 2/3 (preneur) et 1 400 quintaux de blé sur des terres qu'il exploite en faire-valoir direct.
Ses recettes sont les suivantes :
- terres en FVD : 1 400 quintaux : 24 000 €
- terres en métayage : 2 500 quintaux : 42 000 €
- part du métayer : 42 000 × 2 / 3 : 28 000 €
- part du propriétaire : 42 000 / 3 : 14 000 €
La moyenne de ses recettes étant supérieure à 46 000 €, ce métayer est obligatoirement imposable
à la TVA selon le RSA.
Son coefficient de taxation doit être calculé de la manière suivante :
24 000 + 28 000 / 24 000 + 28 000 + 14 000 = 52 000 / 66 000 = 0,79 = 79 %
Remarque : Se reporter au 
III-B-5 § 210 du BOI-TVA-SECT-80-30-50-10 en ce qui concerne les modalités de facturation à retenir par les métayers chargés de
commercialiser la totalité de la production.
Exemple 2 : Cas d'un contrat de métayage moitié-moitié avec commercialisation
séparée de la production, le métayer ayant seul exercé l'option pour l'assujettissement à la TVA.
Pendant deux années consécutives, les quantités récoltées sur une métairie viticole, et, par
ailleurs, sur un fonds viticole exploité directement par le métayer sont les suivantes :
- terres en métayage : 320 hectolitres ;
- part du métayer : 160 hectolitres ;
- part du propriétaire : 160 hectolitres ;
- terres exploitées en FVD par le métayer : 80 hectolitres.
Le métayer commercialise la totalité de la production de son exploitation en faire-valoir direct
et seulement 90 hectolitres sur sa part dans le métayage. Il obtient 200 € par hectolitre.
Calcul du coefficient de taxation du métayer :
Terres en FVD : 80 hl x 200 € : 16 000 €
Terres en métayage :
- recettes du métayer : 90 hl x 200 € : 18 000 €
- recettes estimées du bailleur, compte tenu de la clause de partage par moitié des produits : 18
000 €
Calcul du coefficient de taxation du métayer :
16 000 + 18 000 / 16 000 + 18 000 + 18 000 = 0,65 = 65 %
2. Calcul des droits à déduction de l'agriculteur qui exploite des terres en faire-valoir direct ou en fermage et une
métairie partiellement imposée
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Il est admis, dans cette situation, la possibilité d'appliquer les dispositions de
l'article 209 de l'annexe II au CGI et de considérer que le coexploitant a des secteurs d'activités distincts qui ne
sont pas soumis à des dispositions identiques au regard de la TVA.
a. Conditions d'application
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Les exploitants qui exercent leur activité conjointement sous le statut du métayage et sous un
autre statut participent à deux exploitations distinctes au regard de la TVA dans les situations suivantes :
- l'activité agricole exercée sous le statut juridique du métayage est partiellement soumise à
la TVA ;
- les activités agricoles exercées sous le statut du métayage et sous un autre statut
juridique sont de nature entièrement différente ;
Exemple : élevage/viticulture
- les investissements nécessaires aux activités agricoles sont spécifiques à chacune des
exploitations.
Exemple : machine à traire pour l'élevage - pressoir pour la viticulture
b. Conséquences de la sectorisation
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En application de
l'article 209 de l'annexe II au CGI, ces exploitants doivent satisfaire à des obligations comptables et exercer leurs
droits à déduction selon des règles particulières.
1° Les obligations comptables
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La comptabilité de ces exploitants doit suivre distinctement pour l'exploitation en métayage
et pour l'exploitation sous un autre statut :
- les acquisitions de biens et services ;
- les cessions d'immobilisations et leurs transferts d'une exploitation à l'autre ;
- le montant des recettes propres à chaque exploitation.
2° Le calcul des droits à déduction
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Conformément aux dispositions du 2° du 3 du III de
l'article 206 de l'annexe II au CGI, lorsqu'un assujetti a constitué des secteurs distincts d'activité en application
de l'article 209 de l'annexe II au CGI, le chiffre d'affaires à retenir pour le calcul du rapport de déduction est
celui du ou des secteurs pour lesquels le bien ou le service est utilisé.
B. La régularisation des déductions en cas de variation dans le temps du pourcentage de déduction
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Dans le cadre du régime simplifié d'imposition à la TVA en matière agricole
(I de l'article 298 bis du CGI), les exploitants agricoles doivent, jusqu'à une date fixée par décret et au plus tard le
deuxième jour ouvré suivant le 1er mai, chaque année d'imposition :
- déposer une déclaration récapitulative concernant ladite année et acquitter alors
éventuellement le reliquat d'impôt exigible, compte tenu des acomptes déjà versés ;
- procéder éventuellement à des régularisations visant les déductions opérées la ou les années
précédentes.
Si leur exercice comptable ne coïncide pas avec l'année civile, ils peuvent sur option,
déposer une déclaration annuelle correspondant à cet exercice avant le cinquième jour du cinquième mois qui suit la clôture de celui-ci.
En outre, les exploitants agricoles doivent, au titre de la période comprise entre le 1er
janvier et le dernier jour précédant la date d'ouverture du premier exercice concerné par l'option, déposer une déclaration entre une date fixée par décret et au plus tard le deuxième jour ouvré
suivant le 1er mai, et le cinquième jour du cinquième mois de cet exercice.
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L'administration, dans un souci de simplification, a décidé que les exploitants agricoles qui
n'ont pas opté pour le régime des paiements au vu de déclarations trimestrielles doivent :
- intégrer les régularisations dans leur déclaration récapitulative annuelle ;
- utiliser pour le calcul des déductions de l'année écoulée, le pourcentage réel de déduction
de ladite année.
Cette dernière mesure supprime en fait pour les nouveaux assujettis les régularisations à
opérer au titre de la première période d'imposition dont le pourcentage de déduction est ainsi toujours le pourcentage réel et, pour les autres assujettis, les régularisations à opérer au titre de
l'année écoulée dont le pourcentage de déduction est également le pourcentage réel.
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En revanche, les exploitants agricoles qui ont opté pour le régime des déclarations
trimestrielles appliquent les règles de droit commun (BOI-TVA-DED-60-10).
En optant pour le régime des déclarations trimestrielles de chiffre d'affaires, ces agriculteurs
peuvent échapper à la procédure annuelle de remboursement pour obtenir, dans les conditions prévues pour les personnes redevables de la TVA selon le régime général, le remboursement trimestriel de
leur crédit de taxe non imputable (RM Machet, n° 19435, JO Sénat du 10 janvier 1985, p. 48).
C. Les cas particuliers de régularisations des déductions en cas de mutation
1. Transformation d'une société de fait agricole en société de personnes
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Une société créée de fait est dépourvue de personnalité morale : l'apport de la totalité de ses actifs
entraîne la création d'un être moral nouveau. En droit strict, la société de fait doit donc procéder aux opérations exigées par la réglementation et l'option qu'elle avait exercée pour le paiement de
cette taxe devient caduque. Toutefois, pour simplifier les obligations administratives et comptables des agriculteurs, il peut être admis que la poursuite de l'activité de la société de fait sous une
forme juridique nouvelle n'ait aucune incidence en matière de TVA si la répartition du capital ou les conditions d'exploitation ne sont pas modifiées. Dans cette situation, l'option précédemment
exercée continue alors à produire ses effets jusqu'à son terme normal ; aucune régularisation tenant à la création de la société de personnes n'est exigée et le point de départ du délai de
régularisation demeure l'entrée des immobilisations dans l'actif de la société de fait. Le nouvel exploitant qui désire se placer sous ce régime est donc simplement tenu d'en informer les services
fiscaux et de leur adresser une copie des statuts de la société nouvelle (RM Chollet n° 11086, JO AN du 16 mars 1987, p.
1509).
2. Société civile agricole reprise en pleine propriété par l'un des associés
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Lorsque l'ensemble des éléments d'exploitation d'une société civile agricole est repris en pleine
propriété par l'un des associés qui poursuit seul l'activité agricole sous le même régime d'imposition à la TVA, la société dissoute est dispensée de procéder aux opérations qui s'appliquent en cas de
cession de biens ou de cessation d'activité. À cet effet, le cessionnaire doit s'engager a effectuer ultérieurement les régularisations ou les impositions auxquelles le cédant aurait dû procéder
lui-même s'il avait continué son exploitation. Si cette condition est remplie, la dispense s'applique à tous les immeubles susceptibles de faire l'objet d'une régularisation et repris en pleine
propriété pour les besoins de l'exploitation agricole, y compris à ceux qui, érigés par la société civile agricole dans le cadre d'un bail rural, reviennent par accession au nouvel exploitant
(RM Lecanuet n° 20004, JO Sénat du 21 février 1985, p. 323).
3. GAEC
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Les GAEC sont souvent constitués à partir de sociétés de fait. Lorsqu'une société de fait
redevable de la TVA se transforme en GAEC également redevable, la situation de la société de fait doit, en principe, être régularisée dans les conditions habituelles. Toutefois, si le GAEC est dit
total, c'est-à-dire si toutes les activités agricoles de ses membres déjà fusionnées dans la société de fait, sont reprises par le GAEC, les dispenses de régularisation ou d'imposition, prévues dans
le cas de mutation à titre onéreux, portant sur l'ensemble d'une exploitation agricole, sont accordées aux mêmes conditions.
D. La régularisation des déductions en cas de cessation d'activité
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Le I de l'article 298
bis du CGI prévoit expressément que les agriculteurs, qui ont opté pour leur imposition à la TVA d'après le RSA, sont simplement tenus de souscrire chaque année, jusqu'à une date fixée par décret
et au plus tard le deuxième jour ouvré suivant le 1er mai, une déclaration retraçant les opérations effectuées au cours de l'année précédente.
Il en résulte que la déclaration afférente à la dernière année ou fraction d'année d'activité
doit être produite dans tous les cas jusqu'à une date fixée par décret et au plus tard le deuxième jour ouvré suivant le 1er mai et ne peut donc pas être exigée avant cette date, même en cas de
cessation de l'activité en cours d'année.
Pour les exploitants agricoles qui ont opté pour le dépôt d'une déclaration annuelle
correspondant à leur exercice comptable qui ne coïncide pas avec l'année civile, la déclaration afférente au dernier exercice ou à la fraction du dernier exercice d'activité doit être produite avant
le cinquième jour du cinquième mois qui aurait suivi sa clôture s'il avait été mené jusqu'à son terme.
II. Le remboursement de crédits non imputables
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En vertu des dispositions du IV de
l'article 271 du CGI et du 3 de l'article
242-0 D de l'annexe II au CGI, les exploitants agricoles soumis à la TVA d'après le régime simplifié de l'agriculture soit à titre obligatoire, soit sur option peuvent, comme toutes les personnes
redevables de la taxe bénéficier du remboursement de crédits de taxe déductible non imputables selon la procédure de droit commun.
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Les modalités de remboursement sont différentes selon que les exploitants agricoles redevables
de la taxe sont placés sous le régime simplifié d'imposition propre à l'agriculture ou ont opté pour le régime des déclarations trimestrielles ou mensuelles.
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Les droits à déduction, et notamment le prorata de déduction, sont appréciés sur une base
annuelle. Lorsque l’option pour une déclaration selon l’exercice comptable a été exercée, les éléments pris en compte sont ceux de l’exercice. Pour la période intercalaire, les éléments pris en compte
sont ceux de la dernière année d’imposition complète. Les remboursements de crédits de taxe peuvent être obtenus à la fin de la période intercalaire.
Exemple : Un agriculteur, dont l’exercice court du 1er mai au 30 avril, opte
pour une déclaration selon l’exercice comptable le 15 mars N. Son prorata de déduction entre le 1er mai N et le 30 avril N+1 est déterminé au vu du chiffre d’affaires réalisé sur cette même période et
doit être arrêté définitivement avant le 5 septembre N+1. Le prorata applicable à la période intercalaire allant du 1er janvier N au 30 avril N est égal à celui retenu pour l’année N-1. S’il est
créditeur sur la période intercalaire, l’exploitant agricole peut obtenir le remboursement de taxe au moment du dépôt de la déclaration relative à cette période.
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