Citation: 1C_80/2018 E. A

A.a. La parcelle xxx de la commune de Genève-Cité a été propriété de la Société B.________ SA depuis le 8 février 2013 au moins et jusqu'en mars 2016, moment auquel elle est devenue propriété de C.________ SA. A.b. Une autorisation de construire en vue du " réaménagement d'une surface commerciale " n° DD Y.________ a été délivrée par décision du 27 novembre 2013 du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après DALE). Cette décision est entrée en force le 28 mai 2014 selon le jugement du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après TAPI). D.________ Sàrl, représentée par son associé gérant A.________, architecte inscrit au tableau des mandataires professionnellement qualifiés (ci-après MPQ), institué par l'art. 2 de la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architecte et d'ingénieur du 17 décembre 1982 (LPAI/GE; RS/GE L 5 40), a été mandatée par la Société B.________ SA pour diriger les travaux. En tant que MPQ, A.________ a été l'interlocuteur du DALE pendant l'exécution des travaux. A.c. Selon un rapport du 27 février 2015 de E.________, inspecteur auprès de l'inspection de la construction du DALE, d'importantes gaines de ventilation avaient été installées dans la cour dont certaines bouchaient partiellement le jour des fenêtres du 2ème étage. Ces gaines n'apparaissaient pas sur les plans visés " ne varietur ". Elles étaient susceptibles de créer de nombreuses gênes (olfactives, sonores, etc) sans compter l'aspect esthétique à prendre en compte. De surcroît, le vide d'étage du sas d'entrée du local était de moins de 2,2 m, soit non conforme aux plans validés. Une porte palière d'un appartement avait été modifiée au dernier étage. Par courrier du 26 février 2015, A.________ a écrit s'engager auprès du DALE à déposer une demande d'autorisation de construire complémentaire afin de régulariser la situation, en confirmant au DALE que c'était bien sa société qui avait été " en charge de l'exécution de ce dossier ". Le 27 février 2015, le DALE a répondu à A.________ qu'un dossier d'infraction, réf. INF 5720, allait être ouvert, prenant note de ce que A.________ était responsable du chantier. Le même jour, A.________ a écrit au DALE qu'il déposerait une demande d'ici au 2 mars 2015 pour " régulariser la situation des gaines de ventilation et son incidence sur une pièce de l'appartement du 2ème étage ". Il informait par ailleurs le DALE de la finalisation de l'achat de la parcelle par la Coopérative F.________ (ci-après la coopérative), de sorte que selon lui la problématique des gaines de ventilation serait prise en compte dans un " projet futur de transformation de l'immeuble comprenant un changement d'affectation de bureaux en logements " indiquant le numéro DD Z.________. A.d. Le 4 mars 2015, A.________ a déposé une demande d'autorisation de construire complémentaire, réf. DD Y.________-2, portant sur des modifications du projet initial, consistant en des " aménagements intérieurs gaines extérieures dans la cour et réaménagement d'un appartement au 2ème étage ". Le 26 mai 2015, le DALE a informé A.________ et la Société B.________ SA de la nécessité de modifier le projet du dossier DD Y.________-2 conformément au préavis de l'inspection de la construction du 10 mars 2015 et de la commission d'architecture du 12 mai 2015. Par courrier des 13 juillet et 18 août 2015, A.________ a déclaré déposer ses plans en réponse au courrier du 26 mai 2015 du DALE. Il a également informé ce service que la coopérative avait déposé un projet de modification des bureaux en logements (dossier DD Z.________), censé comprendre une solution de rabaissement et une nouvelle disposition des gaines, permettant de rendre toutes les pièces du 2ème étage habitables. A.e. Par décision du 5 novembre 2015 adressée à A.________ en personne, le DALE a délivré l'autorisation de construire complémentaire DD Y.________-2. Il a également relevé que les travaux considérés avaient été engagés sans autorisation et que cette manière de faire devait être sanctionnée. Le DALE a en conséquence infligé à A.________, en vertu de l'art. 137 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI/GE; RS/GE L 5 05), une amende administrative de 10'000 fr. payable au moyen du bordereau annexé. Ce bordereau était toutefois libellé au nom de la Société B.________ SA. Dans sa décision du 5 novembre 2015, le DALE indiquait d'autre part à A.________ qu'ordre lui était fait de procéder aux travaux de mise en conformité de l'ensemble de la construction par rapport aux plans visés " ne varietur ", dans un délai de trois mois dès la date de parution dans la Feuille d'avis officielle (ci-après : FAO). Les voies de droits contre cette décision étaient spécifiées. Non contestée, cette décision est entrée en force. La publication FAO a eu lieu le 13 novembre 2015, de sorte que le délai précité de trois mois est arrivé à échéance le 13 février 2016. A.f. Le 14 mars 2016, le DALE a informé A.________ du constat qu'aucun travail de mise en conformité n'avait été exécuté. Le même jour, A.________ a répondu qu'il n'avait pas été mandaté par la propriétaire pour l'exécution des travaux de mise en conformité. Tous les documents relatifs à l'autorisation de construire complémentaire DD Y.________-2 avaient été transmis à la Société B.________ SA. Le DALE devait ainsi s'adresser à elle. A.g. Par décision du 6 avril 2016, le DALE a infligé à A.________ une amende administrative de 10'000 fr. en application de l'art. 137 LCI pour non-exécution de l'ordre donné dans son courrier du 5 novembre 2015. Le bulletin de versement joint était libellé à son nom.