Citation: 4A_207/2020 E. A

A.a. A.________ a été engagé par C.________ à Londres le 17 janvier 2005. En 2009, il a été transféré à Genève auprès de C1.________ SA, devenue B.________ SA en février 2019. Le 21 mai 2009, C1.________ SA et A.________ ont signé un contrat de travail à teneur duquel ce dernier était engagé en qualité de Customer Support Team Leader à compter du 31 août 2009, avec ancienneté au 17 janvier 2005. Son salaire annuel s'élevait à 115'000 francs. A.b. En juin 2015, les parties au contrat sont convenues que A.________ prendrait une année de congé sans salaire du 26 août 2015 au 25 août 2016. Il était prévu que l'employé reprenne le travail au terme du congé et que l'employeur le réintègre à son poste, sauf licenciement durant cette période. A.c. Durant son absence, le poste de A.________ a été repris ad interim par D.________, membre de son équipe. Le poste de ce dernier n'ayant pas été repourvu, l'équipe a alors fonctionné avec un employé de moins. A.d. A l'issue de son congé sabbatique, A.________ a retrouvé son poste de responsable d'équipe auprès de l'employeuse avec un salaire annuel de 130'262 francs. D.________ a, quant à lui, retrouvé sa fonction initiale. A.e. Le 17 novembre 2016, l'employeuse a écrit à l'office cantonal de l'emploi qu'elle s'apprêtait à effectuer un licenciement collectif. Le matin même, la société a informé l'ensemble de son personnel de l'ouverture d'une procédure de consultation au sens de l'art. 335f CO. A.________ figurait sur la liste des personnes licenciées adressée à l'office. A.f. Le 12 décembre 2016, l'employeuse a résilié le contrat de travail de A.________ pour le 31 mars 2017. La lettre de licenciement indiquait que suite aux mesures de restructuration globale annoncées, un certain nombre de fonctions allaient être supprimées, dont celle qu'il occupait. Un autre poste correspondant à son profil avait été recherché mais aucune solution appropriée n'avait été trouvée. Lors de l'entretien de licenciement du 12 décembre 2016, la représentante de l'employeuse a expliqué à A.________ que son poste serait repris par D.________ et que le poste de ce dernier ne serait pas repourvu, ce qui engendrerait des économies. A.g. En marge de cet entretien, l'employeuse a remis à A.________ une proposition de plan social, à teneur de laquelle elle lui offrait une indemnité de départ calculée sur la base de son âge et de son ancienneté, équivalant à 9,7 mois de son salaire mensuel. Elle correspondait ainsi à 105'295 fr., calculée sur la base d'un salaire annuel de 130'262 fr. (130'262 fr. / 12 mois x 9,7 mois). Ce document précisait : Please note that this departure indemnity will be reduced in due proportion in case the contractual end date of your work contract is extended beyond the end of the normal duration of your contractual notice period (3 months) for any reason (traduction libre : veuillez noter que cette indemnité de départ sera réduite proportionnellement si la date de fin contractuelle de votre contrat de travail est prolongée au-delà de la durée normale de votre préavis contractuel [3 mois] pour une raison quelconque). A.h. A.________ s'est trouvé en incapacité de travail pour cause de maladie dès le 20 janvier 2017. Son arrêt de travail a été prolongé par des certificats médicaux successifs. A.i. L'employeuse a informé A.________ le 5 mai 2017 que son contrat de travail ne prendrait pas fin au 31 mars 2017 comme indiqué dans la lettre de résiliation, mais à la fin de son incapacité de travail. Si celle-ci devait perdurer au-delà du délai de protection légal, les rapports de travail prendraient fin le 30 septembre 2017. Par courrier du 16 août 2017, l'employeuse a confirmé que les rapports de travail s'éteindraient le 30 septembre 2017 et a rappelé la condition dont dépendait l'indemnité de départ de A.________ et précisé qu'en raison de sa maladie, le délai de préavis avait été prolongé de six mois, de sorte qu'un montant équivalant à six mois de salaire allait être déduit de son indemnité de départ. A.________ a ainsi reçu au mois de septembre 2017 la somme de 40'164 fr. à titre d'indemnité de licenciement, correspondant à 3,7 mois de salaire. A.j. Par courrier du 19 septembre 2017, A.________ a indiqué à l'employeuse que, contrairement à ce qu'indiquait la lettre de licenciement, la position qu'il occupait existait toujours. Il s'opposait dès lors à son congé qui devait être considéré comme abusif. Il contestait également la réduction de son indemnité de départ. Il en réclamait le versement intégral, soit un montant équivalent à 9,7 mois de salaire. Il invoquait le principe d'égalité de traitement entre les employés travaillant sans interruption jusqu'au terme de leur préavis et ceux se trouvant dans une situation d'empêchement non fautif. A.k. L'employeuse a répondu à A.________ que dans le contexte de la restructuration, elle avait saisi l'opportunité de continuer de travailler avec une équipe réduite et avait ainsi promu D.________ au poste de responsable de manière durable. Le poste que ce dernier occupait avant sa promotion n'avait pas été repourvu et son salaire de responsable était moins élevé d'environ 10'000 à 15'000 fr. que celui de A.________. Par ailleurs, comme pour tous les autres employés licenciés, A.________ avait reçu l'offre d'une indemnité de départ conditionnelle, étant précisé que celle-ci serait proportionnellement réduite en cas de survenance d'un événement différant la date fixée pour la fin des relations contractuelles, quelle qu'en soit la cause.