Citation: 4A_191/2023 E. 7

Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, et l'arrêt attaqué annulé. La Cour de céans n'étant pas en mesure de déterminer, sur la base de l'arrêt attaqué, quels montants de plus-values correspondent à quel chantier, la cause sera renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La contestation des "plus-values" du chantier de Porrentruy n'étant pas tardive et celles-ci n'étant pas dues par la défenderesse, faute d'allégation par le demandeur, il appartiendra à la cour cantonale d'effectuer un nouveau calcul du montant dû par la défenderesse et une nouvelle répartition des frais et dépens des deux instances cantonales. Pour le surplus le recours doit être rejeté. Dès lors que les griefs de la recourante ne sont que partiellement admis, il se justifie de répartir les frais judiciaires par moitié entre les parties et de compenser les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF). Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :