Citation: 2C_209/2013 E. A

C.________, né en 1961, a créé en 1984 et exploité une entreprise en raison individuelle sous la raison de commerce «C.________» dont le but était la serrurerie et les constructions métalliques. Les actifs de l'entreprise en raison individuelle ont été repris par la société A.________ SA (ci-après : la société), inscrite au Registre du commerce de Genève en 1995. C.________ en est l'administrateur unique. Le but de la société est l'exploitation d'une entreprise de serrurerie, de constructions métalliques ainsi que travaux s'y rapportant. Dans sa déclaration fiscale 2004 du 13 juin 2005, la société a fait état d'un bénéfice net de l'exercice de 107'545 fr. et d'un capital propre imposable de 325'357 fr. Selon le compte de profits et pertes pour l'année 2004, le chiffre d'affaires s'est élevé à 4'436'039 fr. 85. Le total des produits a atteint 4'472'936 fr. 21. Les charges directes d'exploitation ont totalisé 3'352'487 fr. 85, donc 1'550'520 fr. à titre de « salaire, gratifications », et 164'602 fr. 25 pour « autres charges et frais de personnel, CPS ». Les autres charges d'exploitation se sont élevées à 948'211 fr. 79. Selon la comptabilité produite, les fonds propres s'élevaient à 475'356 fr. 56. Le formulaire « Renseignements complémentaires relatifs aux comptes » faisait état d'un salaire brut versé à l'administrateur de 1'025'000 fr. auquel s'est ajouté le versement de frais forfaitaires d'un montant de 36'000 fr. Le 4 août 2006, répondant à une demande de renseignements de l'Administration fiscale du canton de Genève, la société a expliqué que C.________ détenait 100% du capital-actions de la société, en était l'administrateur unique et en assumait seul la responsabilité. A ce titre, il déployait une activité de chef d'entreprise (PME) qui occupait une dizaine d'employés. Il avait un taux d'activité de 100 %, mais son horaire de travail excédait largement 40 heures par semaine. Il était présent avant et après les heures d'ouverture de la société et travaillait quasiment tous les samedis, voire le dimanche. Le chiffre d'affaires réalisé en 2004 représentait une augmentation de plus de 23 % de celui de l'année 2001. Le 17 novembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau de taxation définitif d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2004 d'un montant de 48'764 fr. 50, fondé sur un bénéfice imposable de 573'700 fr. et un capital propre imposable de 325'000 fr. Le 27 novembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a adressé à la société un bordereau pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2004 d'un montant de 136'089 fr. 45, calculé sur un bénéfice imposable de 573'747 fr. et un capital imposable de 325'357 fr. Le bénéfice imposable était augmenté d'une reprise sur salaire excessif de 466'202 fr. de C.________ considérée comme prestation à l'actionnaire. Le montant de la reprise était calculé comme suit : Bénéfice net comptable 107545 + Salaires effectifs 1025000 - Salaires de base -230000 - Suppléments en fct du CA -41924 Sous-total 860621 Part du bénéfice imposable 2/3 537747 Salaires effectifs 1025000 - Rémunération maximum totale: Salaires de base 230000 - Supplément en fct CA 41924 Part du bénéfice suppl. 1/3 286874 -588798 Salaires excessifs 466202 Preuve Bénéfice net comptable 107545 + Salaires excessifs 466202 Bénéfice minimum 573747 Bénéfice net comptable 107545 + Salaires effectifs 1025000 - Salaires de base -230000 - Suppléments en fct du CA -41924 Sous-total 860621 Part du bénéfice imposable 2/3 537747 Salaires effectifs 1025000 - Rémunération maximum totale: Salaires de base 230000 - Supplément en fct CA 41924 Part du bénéfice suppl. 1/3 286874 -588798 Salaires excessifs 466202 Preuve Bénéfice net comptable 107545 + Salaires excessifs 466202 Bénéfice minimum 573747 Le 14 décembre 2006, la société a déposé une réclamation contre les bordereaux de taxation d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004. Par décisions sur réclamation du 26 février 2007, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les taxations d'impôts fédéral direct, cantonal et communal 2004. Selon elle, la méthode valaisanne avait le mérite de fixer des éléments cohérents. Le salaire de base avait été déterminé par comparaison avec d'autres sociétés déployant le même type d'activité et de même taille et porté à 230'000 fr. afin de tenir compte du rôle de C.________ dans la société. Celui-ci pouvait en outre procéder à des distributions de dividendes afin de se rémunérer en tant qu'actionnaire de la société.