Citation: 2C_1116/2018 E. A

A.a. Die A.________ GmbH und die B.________ GmbH haben Sitz in U.________/GL. Die beiden Gesellschaften (nachfolgend auch: die Steuerpflichtigen) zählen zu einem Konzern mit einer niederländischen Gruppenträgerin. Die Gesellschaften versorgen militärische Truppen und zivile Einsatzkräfte in verschiedenen Krisengebieten mit Nahrungsmitteln, Treibstoff und weiteren Gütern des täglichen Bedarfes. Die entsprechenden Güter werden dabei in verschiedenen Ländern eingekauft und mittels eigener Logistik der Gesellschaften in die Krisengebiete transportiert. Zur Verarbeitung, Lagerung und zum Transport der Güter unterhalten die Gesellschaften verschiedene Infrastrukturanlagen wie Lagerhäuser, Abfüllanlagen und Pipelines. Der Schwerpunkt der Geschäftstätigkeit der Steuerpflichtigen befand sich während den Steuerperioden 2009 bis 2011 in Afghanistan. Während dieser Zeitspanne war die zum gleichen Konzern zählende C.________ mit Sitz in V.________ (Vereinigte Arabische Emirate) in den Wertschöpfungsprozess der Steuerpflichtigen eingebunden. A.b. Mit Schreiben vom 11. Dezember 2008 und 12. November 2010 teilte die Steuerverwaltung des Kantons Glarus (nachfolgend: KSTV/ GL) den Steuerpflichtigen mit, dass für die Zwecke der direkten Bundessteuer ab dem 1. Januar 2007 (A.________ GmbH) bzw. ab dem 1. Januar 2008 (B.________ GmbH) auf den "Inlandumsatz" abgestellt werde, wobei dieser den im Inland angefallenen Kosten (ohne Einbezug der inländischen Bruttolohnsumme), erhöht um einen Zuschlag von 50 %, entspreche ("Cost-plus-Methode" bezüglich der inländischen Hauptniederlassungen; ohne Präzipuum zugunsten der Schweiz). A.c. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) erklärte mit Schreiben vom 12. Juli 2012 gegenüber der KSTV/GL, die Gewinnermittlungsmethode gemäss den Schreiben vom 11. Dezember 2008 und vom 12. November 2010 widerspreche dem DBG (SR 642.11) und sei damit für die noch nicht veranlagten Steuerperioden ab dem Jahr 2009 nicht zu beachten. Die KSTV/GL schloss sich in der Folge dem Standpunkt der ESTV an. Sie nahm deshalb für die Steuerperioden 2009 bis 2011 eine Steuerausscheidung an die ausländischen Betriebsstätten mittels einer Kostenaufschlagsmethode ("Cost-p lus-Methode" bezüglich der ausländischen Betriebsstätten) vor. Als Basis legte sie dabei die ihrer Ansicht nach im jeweiligen Betriebsstättestaat angefallenen Kosten (Personal- und Betriebskosten sowie Abschreibungen) zugrunde und ermittelte die Betriebsstättegewinne mittels Addition eines Zuschlages von 10 % auf diesen Kosten, unter Berücksichtigung von 1 % des Nettoumsatzes als Maximum. Auf der Grundlage dieser Steuerausscheidung veranlagte die KSTV/ GL die Steuerpflichtigen am 17. Dezember 2014 für die direkte Bundessteuer der Steuerperioden 2009 bis 2011, und zwar - die A.________ GmbH mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 200'649'600.-- (2009), Fr. 56'998'400.-- (2010) und Fr. 30'746'200.-- (2011), sowie - die B.________ GmbH mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 20'699'000.-- (2009), Fr. 26'168'700.-- (2010) und Fr. 7'723'400.-- (2011).