Citation: 2C_856/2009 17.05.2010 E. C

Die X.________ Holding AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Dezember 2009 - welche sich sowohl gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 30. September 2009 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (SB.2009.00044; Verfahren 2C_856/2009) als auch gegen den gleichentags ergangenen separaten Entscheid betreffend die direkten Bundessteuern (SB.2009.00045; Verfahren 2C_857/2009) richtet -, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich sowie die Einsprache- und Einschätzungsentscheide der Kantonalen Steuerverwaltung Zürich seien aufzuheben. Die Beschwerdeführerin sei für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 37'012'000.-- und für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 mit einem solchen von Fr. 9'178'000.-- einzuschätzen. Eventualiter sei die Beschwerdeführerin für die Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Kapital von Fr. 53'776'400.-- einzuschätzen. Schliesslich beantragt sie subeventualiter, die Gerichtsgebühr für den Entscheid des Verwaltungsgerichts betreffend Staats- und Gemeindesteuern 2003 und 2004 (SB.2009.00044) sei auf Fr. 2'000.-- zu reduzieren. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (2. Abteilung) stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Kantonale Steueramt Zürich beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; bezüglich der subeventuell beantragten Reduktion der Gerichtsgebühr verzichtet es auf eine Stellungnahme. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf einen Antrag.