Citation: 4A_259/2022 E. A

A.a. A.________ Sàrl (ci-après: l'employeuse, la recourante) est une société du goupe A.________ dont le but est le commerce de céréales. Elle est détenue notamment par C.________ et D.________ en est l'administrateur unique. Courant 2017, C.________ a pris contact avec B.________ (ci-après: le travailleur, l'intimé), afin de lui proposer de rejoindre le "groupe A.________". B.________ a proposé à C.________ la création d'une nouvelle société active dans le négoce physique de céréales. De nombreuses discussions ont eu lieu entre B.________, C.________ et D.________, qui ont débouché sur l'envoi par les deux derniers à B.________, d'une offre du 21 août 2017 par laquelle B.________ se voyait offrir le poste de CEO de la société à créer A.________ Sàrl. L'offre comprenait les conditions d'emploi du travailleur. Celui-ci devait recevoir une prime de "bienvenue" comprenant notamment un bonus de 2'500'000 USD, une part sans contrepartie de 10 % des actions de l'employeuse évaluée à 4'000'000 USD, un prêt de 500'000 USD à rembourser dans un délai de quatre ans ainsi qu'une garantie d'emploi de trois ans dès le 1er mars 2018 consistant en le versement au travailleur d'un montant de 6'500'000 USD en cas de licenciement dans ce délai pour des raisons indépendantes du travailleur. Le travailleur a résilié le contrat de travail le liant à son employeur précédent le 29 août 2017 pour rejoindre l'employeuse. Le travailleur a été engagé comme CEO à partir du 1er mars 2018 par contrat de travail à durée indéterminée du 3 mai 2018. Le salaire annuel brut était de 465'010 fr. soit 42'917 fr. 50 brut par mois auquel s'ajoutaient une allocation de scolarité annuelle de 50'000 fr. et une gratification discrétionnaire. D.________ exerçait la haute surveillance sur la gestion de la société et avait le pouvoir de "donner les directives nécessaires au CEO et à la Haute direction". Le travailleur était tenu de rendre compte au Conseil d'administration et d'informer ce dernier "dans les meilleurs délais de toute question importante relative à la société et ses activités". Il devait en outre fournir "régulièrement et à tout moment sur demande du Conseil d'administration [...] un compte rendu court, concis et structuré couvrant les principaux aspects de l'activité, y compris la situation financière de la société ainsi qu'un état de ses activités, y compris les états financiers de la société". Conformément aux accords entre les parties, le travailleur a constitué l'équipe opérationnelle de l'employeuse. Celle-ci se composait notamment de certains de ses subalternes de son employeur précédent, lesquels ont démissionné à la même date que lui. A.b. Des tensions sont rapidement apparues entre B.________, D.________ et C.________ au sujet de l'organisation interne, de la communication entre le CEO et l'actionnariat et des rôles et responsabilités de chacun. Entre le 6 janvier 2018, soit avant l'entrée en service du travailleur, et mai 2019, D.________ et C.________, d'une part, et le travailleur, d'autre part, ont connu plusieurs périodes d'échanges de courriels et courriers, démontrant l'existence de tensions, puis de différends, portant tour à tour notamment sur le manque d'informations détaillées et régulières à D.________ à propos de la gestion de l'entreprise par le travailleur, sur le style de management "par la bienveillance" du travailleur, jugé néfaste par D.________, sur le manque de clarté dans la définition des rôles de chacun, sur l'ingérence de D.________ dans la société lorsqu'il s'adressait directement aux subalternes du travailleur sans passer par son intermédiaire, sur l'éviction du travailleur de rencontres le concernant. Le ton des échanges s'est durci au fil du temps. Le travailleur a sollicité plusieurs fois la tenue de séances entre lui, D.________ et C.________ pour discuter franchement et directement de leurs différends. Dès mi-mai 2019, le travailleur, D.________ et C.________ n'ont plus communiqué que par avocats interposés. A.c. Par courrier de son avocat du 17 mai 2019 à D.________, le travailleur lui a reproché d'adopter à son encontre un comportement procédant du mobbing, par son ingérence constante dans les activités opérationnelles de la société, qui l'empêchait d'effectuer son travail. Il lui a encore reproché d'avoir oeuvré à le mettre à l'écart depuis plusieurs semaines, notamment en évitant de le convier à des réunions ou à des déplacements à l'étranger ainsi qu'en instruisant à son insu les employés de l'entreprise. Ces comportements visaient à saper son autorité. Enfin, il lui reprochait de l'avoir harcelé de reproches injustifiés et assailli de courriels, tout en coupant court à toute possibilité de dialogue constructif, dans une volonté délibérée de l'isoler. Par ces faits, il avait cherché à le déstabiliser. Le travailleur a conclu en invitant D.________ à le laisser poursuivre sans entrave ses activités de CEO. Par courrier de son conseil du 20 mai 2019, l'employeuse a contesté les faits reprochés à D.________. Par courrier du 3 juin 2019, D.________ a invité le travailleur à prendre deux semaines de congé "afin de tenter de trouver sereinement une issue à cette situation". Le travailleur a répondu que cette invitation ne répondait en rien aux préoccupations et demandes adressées dans le cadre de ses courriers précédents. Il a indiqué être "de facto écarté de son poste et de ses prérogatives de CEO" alors que la situation nécessitait au contraire de dialoguer. Il a rappelé se tenir à disposition du conseil d'administration pour une rencontre. A.d. Par courrier du 7 juin 2019, l'employeuse a résilié le contrat de travail du travailleur pour le prochain terme contractuel possible, soit le 21 février 2021, tout en le libérant avec effet immédiat de son obligation de travailler. L'employeuse a contesté les reproches formulés à son encontre et indiqué que, comme déjà exposé à plusieurs reprises, le travailleur, en sa qualité de CEO de la société, ne saurait prétendre pouvoir gérer l'entreprise sans tenir compte des intérêts et attentes légitimes du conseil d'administration et de l'actionnaire majoritaire. Elle prenait note avec regret du refus de prendre deux semaines de congé afin de tenter de trouver sereinement une issue à cette situation. Il n'en demeurait pas moins que la confiance qui était nécessaire à l'égard d'un CEO d'une société active dans le commerce international faisait défaut et ne lui permettait plus de le maintenir dans cette fonction. Elle a précisé se tenir à sa disposition afin, si cela s'avérait nécessaire, de définir ensemble les termes d'un communiqué relatif aux conditions de son départ, dans le respect de l'intérêt des deux parties. Par courrier du 11 juin 2019, le travailleur a formellement formé opposition à son licenciement. Il a rappelé que les reproches qui lui avaient été faits étaient dénués de tout fondement et n'étaient que des prétextes visant à l'écarter de son poste. Les animateurs de l'employeuse avaient souhaité se débarrasser de lui une fois que la société était "sur les rails" grâce à son travail, son expérience et son réseau. Il a relevé que le mobbing dont il était victime et la politique d'isolement à son encontre n'avaient fait que s'intensifier suite à sa dénonciation de la situation. L'abrupt arrêt de ses fonctions avait également porté atteinte à sa réputation et à son crédit, valeurs essentielles pour travailler avec succès dans le domaine du négoce international. Il a formellement requis de l'employeuse de revenir sur sa décision et a offert ses services. Par courrier du 13 juin 2019, l'employeuse a persisté dans sa décision, contesté tout comportement illicite du fait de la publication dans la presse spécialisée, d'un article faisant état du départ du travailleur, celui-ci n'ayant en particulier pas donné suite à sa proposition de communiqué conjoint.