Citation: 4A_348/2022 E. A

A.a. Par contrat de travail à durée indéterminée signé le 11 juin 2015, A.________ (ci-après: la travailleuse, la demanderesse, la recourante) a été engagée par B.________ SA (ci-après: l'employeuse, la défenderesse, l'intimée) en qualité de scientifique d'application senior, à partir du 22 juin 2015. Les relations de travail ont commencé dans les faits à partir du 14 septembre 2015, ce que la recourante conteste. Le salaire annuel convenu était de 104'000 fr. bruts et le contrat de travail prévoyait qu'aucun montant en sus du salaire, ne serait payé pour des heures supplémentaires. La semaine de travail complète était de quarante heures et l'employée avait droit à vingt-quatre jours de vacances par année. Les horaires de travail étaient fondés sur un rapport de confiance et la travailleuse était autonome pour une partie de son travail. En outre, le travail pouvait être effectué à distance. La travailleuse travaillait parfois tard le soir comme le démontrait l'heure à laquelle elle écrivait certains courriels. A.b. L'employeuse est une petite start-up employant six personnes au moment de l'arrivée de l'employée, et tous les employés effectuaient des tâches annexes non prévues dans leur cahier des charges contractuel, tel que s'occuper de stands pour les foires lors desquelles les produits de l'entreprise étaient présentés. L'employée a participé à plusieurs foires à l'étranger, pour lesquelles elle a parfois dû voyager ou travailler durant le week-end. L'employeuse, par son administrateur président C.________, a expliqué que chaque employé avait la possibilité d'inscrire dans le système informatique interne une demande de compensation des heures supplémentaires effectuées en semaine ou le week-end. Celles-ci étaient compensées le lendemain ou cumulées pour être compensées ultérieurement. Ce système fonctionnait à la confiance, de sorte que personne ne contrôlait les saisies des employés. L'employée n'avait jamais reçu d'explication à propos de la manière de compenser les heures travaillées le week-end, avant la fin de l'année 2015. Le 22 octobre 2015, elle a reçu un courriel de C.________ l'informant qu'en cas de travail pendant les jours fériés ou les week-ends, elle devait informer D.________ de l'activité effectuée et que cette dernière allouait en congé le même nombre de jours en retour. Les heures supplémentaires effectuées à l'occasion de foires étaient ainsi compensées par des jours de congé. L'employée n'a jamais indiqué à C.________ qu'elle devait effectuer des heures supplémentaires qui ne pouvaient pas être ou n'avaient pas été compensées par des congés correspondants. A.c. Par courriel du 11 février 2016, la travailleuse a écrit à C.________ avoir comptabilisé ses différentes activités ayant occasionné des heures supplémentaires dans différentes catégories dans le système informatique et lui demandait de vérifier si cela était correct. C.________ lui a répondu le jour même en lui indiquant comment comptabiliser son temps et lui a indiqué que, lorsqu'elle travaillait pour d'autres personnes, elle devait directement leur demander sous quel projet son temps devait être inscrit. La travailleuse a répertorié ses heures sur un document de seize pages intitulé "preuves des heures supplémentaires, travail supplémentaire, travail de nuit et du dimanche à B.________ SA du 14.09.2015 au 31.12.2016 de A.________". Selon ce document, la travailleuse aurait effectué en 2015, 36 heures supplémentaires dont huit avaient été compensées, 10.41 heures de travail supplémentaire et 14.5 heures de travail du dimanche. En 2016 elle aurait effectué 145.54 heures supplémentaires, dont 16 avaient été compensées, 156.42 heures de travail supplémentaire, 11.75 heures de travail de nuit et 19.5 heures de travail du dimanche. S'agissant d'un voyage en Chine en octobre et novembre 2016, la travailleuse a relevé 40.75 heures supplémentaires et 10.25 heures de travail de nuit. Elle a produit des documents de voyage et décompté le temps de déplacement en train ou en avion comme temps de travail. En définitive, sur ce voyage, seules quatre heures supplémentaires avaient été effectuées qui ne représentaient ni du temps de voyage, ni du temps passé à la douane. Sur l'une des journées, le vendredi 4 novembre 2016, elle n'avait travaillé que cinq heures. Lors de son voyage à Düsseldorf en novembre 2016, la travailleuse n'allègue, hors de son temps de déplacement, que sept heures de travail un dimanche et trois heures supplémentaires le lendemain, sans détailler les horaires effectués durant cette foire. A.d. La travailleuse a inscrit ses heures dans le système informatique interne de l'entreprise à compter du 8 février 2016 et ce jusqu'au 17 octobre 2016. Selon le décompte établi, le nombre d'heures de travail total de la travailleuse pour la période était de 1'520.75 heures. Sur cette période, la travailleuse a décompté 40.25 heures de travail sur des dimanches et 17.5 heures sur des jours fériés, lors du Vendredi Saint, du lundi de Pentecôte et du Jeûne genevois. Pour la période du 8 février 2016 au 7 septembre 2016, la travailleuse a reporté 150.5 heures supplémentaires, après déduction de 16 heures compensées, ainsi que 40.25 heures de travail le dimanche et 17.5 heures durant les jours fériés. C.________ a exposé n'avoir pris connaissance de l'ampleur du travail effectué le soir par la travailleuse que le 7 septembre 2016. Il n'avait pas consulté le décompte des heures inscrites, car il n'effectuait pas de contrôle individuel des employés. A.e. La travailleuse a notifié sa démission à C.________ par courriel du 8 janvier 2017. La travailleuse a été en incapacité totale de travail pour cause de maladie du 10 au 11 janvier 2017, du 31 janvier au 7 février 2017, le 13 mars 2017 et du 15 au 22 mars 2017. Elle a pris cinq jours de congé du 6 au 10 mars 2017. Le contrat de travail a pris fin le 31 mars 2017. A.f. Par courrier recommandé du 15 novembre 2018, la travailleuse a réclamé à l'employeuse le paiement de 14'443 fr. à titre de rémunération pour 235.05 heures de travail supplémentaire effectué après la 61ème heure et de 2'550 fr. à titre de paiement de 34 heures de travail du dimanche. L'employeuse a répondu par courrier recommandé du 26 novembre 2018 qu'aucune rémunération ne lui était due avant la 321ème heure puisque le travail supplémentaire n'était rémunéré qu'à partir de la 61ème heure de travail et, selon son contrat de travail, aucune rémunération n'était due pour 260 heures supplémentaires. Par contre, elle acceptait de lui verser 2'550 fr. pour le travail du dimanche.