Citation: 4A_361/2022 E. A

A.a. B.________ AG (la demanderesse) est une société anonyme lucernoise dont le but social est la vente, la conception et la construction d'installation dans le domaine du biogaz et des technologies environnementales, ainsi que les prestations de tous les services et le commerce des produits accessoires dans le domaine du biogaz et de la technique environnementale. A.________ SA (la défenderesse) est une société anonyme jurassienne dont le but social est la planification, la construction, l'exploitation et l'entretien de centrales de biogaz pour la production de courant électrique et de chaleur. A.b. Le 24 février 2012, les parties ont signé un contrat intitulé " Werkvertrag (...) zur Erstellung einer Biogasanlage in U.________ " aux termes duquel la défenderesse a chargé la demanderesse de planifier, fabriquer et monter une installation de biogaz. La défenderesse s'est engagée de son côté à payer le prix forfaitaire de 1'930'140 fr. (HT), soit 2'084'551 fr. 20 (TTC). Le ch. 2.1 du contrat énumère les documents qui font partie intégrante de la relation contractuelle et s'appliquent dans l'ordre de priorité suivant: le présent contrat (let. a); son annexe du 24 février 2012 (let. b); les offres 20111110.2 ( Biogasanlage) et 20111117.2 ( Technik Vorgrube) de l'entrepreneur du 29 novembre 2011 (let. c); la norme SIA 118 (let. d) (complément d'office sur la base du dossier). Au titre des garanties de l'entrepreneur, le ch. 8.2 let. b du contrat prévoit ce qui suit : " Der Auftragnehmer leistet der Bauherrschaft Garantie: (let. b) « für die einwandfreie Ausführung aller Arbeiten und Lieferungen gemäss diesem Vertrag » , (let. c) « für die Funktion, Leistung und Qualität des Werkes entsprechend den in den Vertragsunterlagen beschriebenen Vorgaben (...) » et (let. d) « für eine einwandfreie Beschaffenheit und insbesondere die richtige Wahl der eingesetzten Materialien und Werkstoffe » ". L'avis des défauts devait être donné, s'agissant de défauts cachés, dans un délai de trente jours (ch. 8.3.3 du contrat). La garantie pour de tels défauts s'étendait sur cinq ans dès la réception mécanique de l'ouvrage (" mechanical completion ") (ch. 8.3.3, 2ème § du contrat). A.c. La demanderesse a livré à la défenderesse l'ouvrage convenu en février 2013. L'installation a été inaugurée et mise en exploitation. Un protocole d'acceptation provisoire a été dressé le 21 août 2013, mais n'a pas été signé. Les 27 et 30 août 2013, les parties se sont entendues pour fixer le début de la garantie (" Beginn der Garantiezeit der Gesamtanlage [...] ") au 21 août 2013. A.d. Le prix de l'ouvrage devait être payé en cinq tranches, la dernière échéant " nach erfolgreichem Probebetrieb und Erreichung einer Biogasproduktion von mindestens 50% der vorgesehenen Leistung während 48 Stunden, sowie nach Vorliegen der bereinigten und genehmigten Dokumentation " (ch. 4.1 du contrat). La défenderesse s'est acquittée des quatre premières tranches. La cinquième, représentant 203'103 fr. 70, est demeurée impayée. A.e. En juin 2016, puis les 8 et 12 septembre 2016, la défenderesse a avisé la demanderesse de défauts de l'installation dont elle la tenait pour responsable, à savoir des trous de corrosion apparus dans l'acier inox de la virole supérieure du digesteur. La demanderesse a refusé d'intervenir.