Citation: 4A_94/2013 E. B

B.a. Le 21 juillet 2008, l'entrepreneur a assigné les maîtres devant le Tribunal de première instance du canton de Genève en concluant au paiement de 80'946 fr. 20 plus intérêts. Il entendait obtenir le solde du prix forfaitaire et le paiement de diverses factures concernant des travaux supplémentaires et honoraires y relatifs. Le 29 septembre 2008, les maîtres ont signalé pour la première fois à l'entrepreneur que "le mode de construction de [leur] toiture n'était pas conforme avec le descriptif des travaux" et qu'ils avaient constaté sur les murs des fissures dont "le mauvais système de mise en place du toit sembl[ait] être à l'origine". Par réponse et demande reconventionnelle du 18 février 2009, les maîtres ont conclu au rejet de l'action principale, excipant de la compensation avec diverses créances fondées sur des défauts et un retard dans la livraison de l'ouvrage. Ils ont contesté le bien-fondé de plusieurs factures et ont opposé des frais qu'ils avaient eux-mêmes dû engager pour des travaux de réparation ou de finition. A titre reconventionnel, ils ont conclu au paiement de 88'396 fr. plus intérêts à raison des défauts dans le système d'isolation de la toiture, somme qu'ils ont ensuite augmentée à 108'000 fr. B.b. Une expertise judiciaire a été mise en oeuvre. Il en ressort que les systèmes d'isolation Ysox et Flumroc procèdent d'une conception différente, mais sont tous deux destinés et parfaitement adéquats à l'isolation d'une toiture. Ils présentent des qualités équivalentes, si ce n'est que l'Ysox est plus cher et offrirait un peu moins d'isolation phonique. Toutefois, le système Ysox a été posé en contravention des règles de l'art, de sorte que l'ouvrage présente une moindre isolation phonique et des fissures en plusieurs endroits sur les murs de la villa. Le coût d'élimination des défauts est estimé à 99'000 fr. Ce montant couvre les travaux recommandés, consistant à déposer toute la toiture et la charpente de la villa et à reprendre la construction d'une nouvelle toiture. B.c. Par jugement du 10 mai 2012, le Tribunal de première instance a partiellement admis l'action principale de l'entrepreneur, soit à concurrence de 52'988 fr. 45 plus intérêts; il a retenu que l'entrepreneur avait une créance de 66'310 fr. 40, partiellement compensée par une dette de 13'321 fr. 95 envers les maîtres, fondée sur la garantie des défauts de l'ouvrage. Le tribunal a par ailleurs rejeté l'action reconventionnelle des maîtres, au motif que la prétention de 108'000 fr. fondée sur le défaut d'isolation du toit était périmée; elle ne pouvait donc même pas être opposée en compensation. B.d. Les maîtres ont déféré cette décision à la Cour de justice. Par arrêt sur appel du 11 janvier 2013, cette autorité a réformé le jugement en ce sens que l'action principale est admise à concurrence de 51'998 fr. 55 plus intérêts. Elle a confirmé le jugement pour le surplus.