Citation: 2C_404/2013 E. D

Mit Eingabe vom 2. Mai 2013 erhebt die A.________ GmbH (nachfolgend: die Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt (als Verwaltungsgericht) vom 6. März 2013 zur Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Stadt sei aufzuheben (Rechtsbegehren Ziff. 1). Wie bereits vor den Vorinstanzen verlangt sie weiter, der Ausscheidungsverlust, den sie in der Steuerperiode 2006 bei den direkten Steuern erlitten habe, sei in Abweichung zur Berechnung der Vorinstanz neu zu berechnen. Dazu sei das Gesamtergebnis gemäss Jahresrechnung 2006 um die Abweichung der effektiven Steuerbelastung im Kanton Basel-Stadt von der verbuchten Steuerrückstellung zu korrigieren (= korrigiertes Gesamtergebnis) und anschliessend um die von der Grundstückgewinnsteuer in derselben Steuerperiode erfassten Roherträge der beiden ersten Objekte zu vermindern (= nach Gewinnausscheidung verbleibendes Ergebnis am Hauptsteuerdomizil). Das Ergebnis dieser Berechnung sei den in der Steuerperiode 2006 mit der Grundstückgewinnsteuer erfassten Roherträgen der beiden ersten Grundstücke gegenüberzustellen, und es sei ein Überhang der Roherträge über das Gesamtergebnis als Ausscheidungsverlust festzustellen (Rechtsbegehren Ziff. 2). Ferner sei die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer aus dem Verkauf der beiden ersten Objekte neu dergestalt vorzunehmen, dass ein Ausscheidungsverlust vermieden werde, und es sei damit die interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen (Rechtsbegehren Ziff. 3). Bei der neu vorzunehmenden Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer sei ein pauschaler Verwaltungskostenabzug in Höhe von zwei Prozent der Verkaufserlöse aus den Verkäufen der ersten beiden Objekte in Abzug zu bringen und dem Hauptsteuerdomizil zur Besteuerung zu überlassen (Rechtsbegehren Ziff. 4). Eventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz resp. die Veranlagungsbehörde zurückzuweisen, mit der Anweisung, die Veranlagung im Sinne der gestellten Begehren 2 bis 4 neu vorzunehmen (Rechtsbegehren Ziff. 5). Während das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt und die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Abweisung der Beschwerde beantragen, verzichtet die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag.