Citation: 2C_78/2019 E. A

A.a. A.________ était en 2006 directeur général de A.________ SA. En septembre 2005, A.________ Holding SA a été inscrite au registre du commerce de Genève, notamment afin de détenir le 70 % du capital social de A.________ SA, le contribuable étant déjà directement propriétaire de 30 % du capital social de cette dernière. Le 4 octobre 2005, l'assemblée générale extraordinaire de A.________ SA a décidé la distribution d'un dividende extraordinaire de 6'175'000 fr. Le 7 février 2006, l'assemblée générale ordinaire de A.________ SA a approuvé les comptes 2005 et décidé l'attribution d'un dividende de 7'225'000 fr., dont le 30 %, soit 2'167'500 fr., a été versé au contribuable en date du 13 mars 2006. Selon un procès-verbal authentique de l'assemblée générale extraordinaire de A.________ Holding SA du 28 avril 2006, ainsi qu'un contrat d'apport signé et daté du même jour, le contribuable a transféré ses six mille actions A.________ SA de 1'000 fr. chacune à A.________ Holding SA pour le prix de 12'078'000 fr. Il a reçu en contrepartie 50'730 actions de type A et 9'270 actions de type B de A.________ Holding SA. Le 10 octobre 2006, le contribuable a fondé B.________ Holding SA, à laquelle il a transféré ses actions A.________ Holding SA. A.b. Le 23 janvier 2008, le contribuable et son épouse ont déposé leur déclaration fiscale 2006 préparée et signée par leur fiduciaire. Par demande du 19 novembre 2009, réitérée le 15 janvier 2010 sous peine de taxation d'office et d'amende, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après : l'Administration fiscale) a prié les contribuables de lui fournir diverses pièces justificatives, notamment le bordereau d'encaissement d'un dividende de 2'167'500 fr., échu le 13 mars 2006, correspondant aux six mille actions A.________ SA transférées à A.________ Holding SA selon contrat du 28 avril 2006. Par courrier du 13 juillet 2010, l'Administration fiscale a informé le contribuable de l'ouverture d'une procédure pénale pour tentative de soustraction d'impôt concernant les impôts cantonal et communal (ICC) et l'impôt fédéral direct (IFD) 2006. Le dividende de 2'167'500 fr. découlant des actions A.________ SA n'avait pas été mentionné dans la déclaration fiscale 2006. Un délai était accordé au contribuable pour formuler d'éventuelles observations. Le courrier indiquait que l'amende serait infligée une fois que la procédure de taxation serait terminée et entrée en force. Dans sa détermination, le contribuable a nié toute tentative de soustraction fiscale. Lors d'une réunion ayant eu lieu le 23 mars 2010 entre le directeur de la fiduciaire qui s'était chargée de la déclaration d'impôt 2006 et un taxateur de l'Administration fiscale, il avait été convenu que cette déclaration serait corrigée sans autres suites, du fait de la bonne foi et des explications fournies par le mandataire. Cette correction devait aussi prendre en compte la retenue de l'impôt anticipé de 35 %, imputée et non récupérée. Le 11 octobre 2011, l'Administration fiscale a émis les bordereaux de taxation ICC et IFD 2006, lesquels incluaient le dividende de 2'167'500 fr. Le bordereau ICC 2006 prévoyait l'imputation de l'impôt anticipé y relatif de 761'575.55 fr. Les contribuables ont élevé réclamation à l'encontre de ces bordereaux de taxation ICC et IFD 2006. Leur contestation ne portait pas sur le dividende susmentionné. Par décision du 20 janvier 2015, l'Office cantonal de l'impôt anticipé de l'Administration fiscale a indiqué que, dans le cadre de l'instruction de la réclamation, elle refusait le remboursement de l'impôt anticipé précité, au motif que les contribuables ne l'avaient pas déclaré spontanément. Les contribuables ont également formé réclamation contre cette décision en concluant à la constatation de sa nullité et, subsidiairement, à son annulation. Par bordereaux datés du 27 février 2015, l'Administration fiscale a fixé les amendes ICC et IFD 2006 à 334'208 fr., respectivement à 124'631 fr., pour tentative de soustraction fiscale, aux motifs que le contribuable n'avait pas mentionné le dividende de 2'167'500 fr., distribué par A.________ SA, société dont il était alors employé et actionnaire à 30 %. Étant donné la bonne collaboration du contribuable, la quotité était fixée à 3/4 de l'impôt soustrait. En cas de tentative, l'amende était fixée aux deux tiers de la peine infligée en cas de soustraction intentionnelle consommée. En conséquence, la pénalité était ramenée à 1/2 (2/3 de 3/4). Par décisions du 27 mai 2015, l'Administration fiscale a partiellement admis la réclamation déposée par les contribuables à l'encontre des bordereaux de taxation ICC et IFD 2006 et remis aux contribuables des bordereaux rectificatifs ICC et IFD 2006, qui imputaient l'impôt anticipé. La décision accompagnant les bordereaux indiquait toutefois que cette imputation était refusée. Le 11 juin 2015, l'Administration fiscale, estimant avoir commis une erreur de plume sous la position «imputation» du bordereau ICC rectifié, précisait que la décision de non-remboursement de l'impôt anticipé demeurait inchangée et que l'Office cantonal de l'impôt anticipé «confirmait sa décision sur réclamation du 20 janvier 2015». Des nouveaux bordereaux, excluant l'imputation de l'impôt anticipé, étaient annexés. Les contribuables ont recouru contre cette nouvelle décision auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après : le TAPI), concluant principalement au constat de sa nullité. Par courrier du 8 décembre 2015, l'Administration fiscale a remis aux contribuables un nouveau bordereau rectificatif ICC 2006, qui allait «dans le sens de [leurs] conclusions». Considérant que le litige était ainsi clos, elle leur a suggéré de retirer leur recours. Par courrier du 14 décembre 2015, les contribuables ont relevé que le bordereau rectificatif précité ne mentionnait pas l'imputation de l'impôt anticipé. Ils ont déclaré que, dès lors que le retrait de leur recours était «gravement préjudiciable» à leurs intérêts, celui-ci était maintenu. Par bordereaux rectificatifs du 18 décembre 2015, l'Administration fiscale a imputé l'impôt anticipé litigieux. À la suite de cette rectification, les contribuables ont retiré leur recours, de sorte que celui-ci a été déclaré sans objet par jugement du 5 février 2016. A.c. Par décision sur réclamation du 27 mars 2017, l'Administration fiscale a maintenu les amendes ICC et IFD 2006. Par jugement du 29 janvier 2018, le TAPI a rejeté le recours interjeté par l'intéressé contre la décision sur réclamation précitée. Par arrêt du 27 novembre 2018, la Chambre administrative de la Cour de Justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) a admis partiellement le recours formé par le contribuable contre le jugement précité du 29 janvier 2018 en ce qui concerne la quotité des amendes et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale afin qu'elle fixe à nouveau le montant des amendes en les réduisant au tiers des impôts éludés. Cette réduction était motivée par le comportement adopté par l'Administration fiscale au cours de la procédure.