Citation: 4A_290/2017 E. A

A.a. Z.________ Sàrl (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse) est une société sise à Genève, active dans l'acquisition, la détention et le financement de sociétés de tout genre en Suisse et à l'étranger. Elle fait partie d'un groupe qui est actif dans la gestion des déchets et dispose de nombreuses filiales en Europe. X.________ (ci-après: l'employé ou le demandeur), qui travaillait en qualité de secrétaire général auprès d'une de ces filiales en France, depuis le 1er février 2006, a été transféré d'abord à Z1.________ (dite aussi Z2.________ France) le 1er mai 2006, puis à la succursale lucernoise de Z3.________ Amsterdam le 1er janvier 2007. A.b. En 2011, il lui a été proposé de se localiser à Genève où Z1.________ voulait créer une nouvelle structure, devenue Z.________ Sàrl. Le 21 mars 2011, il a reçu une proposition de transfert qui couvrait son salaire de base de 300'000 fr. brut, un bonus garanti de 100'000 euros et une indemnité forfaitaire pour frais de " relocation " de 60'000 USD, la question de bonus complémentaires en relation avec l'acquisition future de sociétés devant faire l'objet d'avenants. Le 25 mars 2011, il a signé cette proposition. Le 18 mai 2011, Z2.________ France a confirmé les trois montants précités. La possibilité de percevoir des bonus complémentaires en relation avec l'acquisition de sociétés par l'employeuse a été discutée par les parties. Le fait qu'il ne s'agisse que d'une possibilité et non d'une promesse de salaire est contesté par l'employé. A.c. Par courrier du 21 juin 2011, l'employeuse a confirmé à l'employé qu'elle avait décidé de lui octroyer un bonus dans l'hypothèse où deux opérations d'acquisition de sociétés seraient réalisées, de 120'000 euros pour la première (A.________) et de 300'000 euros pour la seconde (B.________). Elle y a précisé que le paiement du bonus était subordonné à la condition que l'employé soit toujours présent dans l'effectif de la société à la date de sa perception au 31 décembre, que le bonus restait dû si l'employé était licencié, mais qu'il n'était pas dû en cas de démission de celui-ci; en outre, le bonus garanti de 100'000 euros serait déductible des bonus sur acquisitions qui seraient perçus au 31 décembre par l'employé. L'employé ayant manifesté le 25 juin 2011 son désaccord avec les montants prévus, escomptant des bonus de 1'000'000 euros, l'employeuse lui a précisé, le 8 juillet 2011, que pour le dossier B.________, elle était d'accord de porter le montant du bonus total à 400'000 euros, même si elle n'y était aucunement tenue, soit un premier versement de 140'000 euros à la signature de l'acte d'acquisition, un deuxième versement de 130'000 euros à l'issue de la première année d'intégration réussie et un dernier versement de 130'000 euros après l'atteinte de l'ensemble des indicateurs fixés au moment de l'acquisition. Elle lui a indiqué qu'il n'avait jamais été question d'atteindre un minimum de 1'000'000 euros, que le bonus garanti de 100'000 euros visait à lui assurer au minimum ce montant pour les années où il ne percevrait aucun bonus d'acquisition et que les bonus liés aux futures acquisitions seraient déterminés en fonction des dossiers et au cas par cas. A.d. Le 6 octobre 2011, les parties ont signé un contrat de travail. L'employé a été engagé en qualité de secrétaire général de la société et du groupe et chargé de l'achat et de l'intégration des nouvelles sociétés, de la gestion de la communication et des relations publiques. Le contrat est de durée indéterminée et avec effet rétroactif au 1er septembre 2011. Il est soumis au droit suisse. Il y est fait référence aux courriel et courrier des 21 mars 2011 et 18 mai 2011. La rémunération annuelle de l'employé s'élève à 300'000 fr. bruts, à laquelle s'ajoute un bonus garanti de 100'000 euros, une indemnité forfaitaire de transfert de 60'000 USD, un bonus discrétionnaire en cas d'atteinte des objectifs et des bonus " complémentaires " (ci-après: bonus sur acquisitions) spécifiques à certains dossiers, selon l'annexe 5 (qui renvoie au courrier du 8 juillet 2011, et qui devaient faire l'objet d'avenants selon accord entre les parties. L'employé avait encore droit au versement d'une indemnité de départ, qui est litigieux. A.e. A partir de novembre 2011, l'employé a déployé une intense activité en vue de l'acquisition du groupe C.________, qui a réussi en mars 2012. Le montant global du bonus d'acquisition de 500'000 euros pour cette opération n'est pas litigieux, mais le nombre de versements (deux versements de 250'000 euros selon l'employé; trois versements, soit un montant de 200'000 euros à la signature de l'acte d'acquisition, de 150'000 euros après la 1ère année d'intégration et de 150'000 euros après l'atteinte des indicateurs, selon l'employeuse). Par courriers des 10 mai 2012 et 28 mai 2012, l'employé a été informé que le bonus serait payé au 31 décembre de chaque année, à la condition qu'il soit toujours présent dans l'effectif de la société à cette date, que le bonus demeurait dû en cas de licenciement, mais qu'il n'était pas dû en cas de démission. A.f. Le 30 août 2013, l'employé a donné sa démission pour le 30 novembre 2013, au motif que son contrat avait été vidé de sa substance par l'attribution à d'autres personnes de certaines de ses fonctions, ainsi qu'en raison de sa mise à l'écart, du non-paiement de la rémunération convenue et de ses actions, ainsi que des allégations infondées formulées à son encontre qui avaient porté atteinte à son intégrité. A.g. En décembre 2011, en relation avec deux dossiers d'acquisitions (A.________ et B.________), l'employé avait droit (en sus de son salaire) à un bonus de 288'299 fr. 45, dont le montant de 33'000 euros (correspondant à la déduction du bonus garanti de 100'000 euros, sur trois mois) a été déduit. Le recourant conteste cette déduction. En décembre 2012, l'employé a perçu un bonus de 299'124 fr. 30, un montant de 90'000 euros en ayant été déduit au titre du bonus garanti (art. 105 al. 2 LTF), déduction que le recourant conteste. L'employé a touché des rémunérations totales (salaire de base compris) de 428'300 fr. en 2011, de 719'100 fr. en 2012 et d'environ 385'000 fr. en 2013. L'intégration de B.________ et celle de C.________ ont été réalisées. La troisième tranche de 130'000 euros liée à la première de ces sociétés n'a pas été payée, puisque l'employé n'était plus dans les effectifs de l'employeuse au 31 décembre et qu'il avait démissionné; le recourant conteste cette condition. Les deux dernières tranches liées à la seconde société n'ont pas été payées, pour le même motif, le recourant alléguant un paiement en deux tranches et contestant la condition. A.h. En quittant son emploi, l'employé a emporté des documents. Il a en outre enregistré des conversations de ses collègues, enregistrements qu'il a produits dans le cadre d'une procédure pénale pour escroquerie, ouverte en France contre une filiale du groupe et plusieurs dirigeants de celui-ci, dans le but de démontrer que sa responsabilité à lui n'était pas engagée. A.i. L'employé a fait notifier à son employeuse un commandement de payer le montant de 3'043'610 fr. 50, auquel celle-ci a fait opposition.