Citation: 9C_226/2024 E. A

A.a. A.________ (ci-après: le contribuable) a été domicilié dans le canton de Genève durant les années fiscales 2011 et 2012. Il a été employé par B.________ U.________, succursale de V.________ de 2007 à 2012. Il était également l'ayant droit économique de C.________, sise à W.________ jusqu'à sa dissolution en 2016. Le but de cette société consistait en.... A.b. Dans sa déclaration fiscale relative à l'année 2011, A.________ a fait état d'un revenu d'une activité dépendante de 228'333 fr. et d'un montant de 1'408'032 fr. dans la rubrique "actions et/ou options de collaborateur". Pour l'année fiscale 2012, le contribuable a indiqué dans sa déclaration d'impôt avoir reçu un revenu de B.________ de 252'501 fr. Par courriers des 2 juillet et 31 octobre 2013, le contribuable a demandé à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) de suspendre la procédure de taxation relative aux années 2011 et 2012. Il indiquait que le revenu déclaré de 1'048'032 fr. correspondait à l'attribution d'actions de la société B.________. Cependant, il existait un litige avec son ancien employeur au sujet de ces titres dont il était détenteur et l'issue de la procédure était déterminante pour les taxations de ces années. Ce contentieux s'inscrivait par ailleurs en marge d'une procédure pénale diligentée par le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC) au cours de laquelle celui-ci avait procédé au blocage du compte de C.________ auprès de la banque D.________. Par ailleurs, le contribuable mentionnait avoir développé une activité de consultant en 2011, laquelle avait donné lieu à divers paiements sur le compte bancaire de C.________ qui avait été bloqué par le MPC. Par conséquent et étant donné qu'il ne pourrait peut-être jamais disposer des honoraires versés, il avait considéré que ces sommes ne constituaient pas des revenus devant être déclarés. A.c. Le 15 novembre 2016, l'Administration fiscale a ouvert à l'encontre du contribuable notamment une procédure en tentative de soustraction d'impôt pour les années 2011 et 2012. La division des affaires pénales et enquêtes de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: la DAPE) l'avait informée avoir accédé au dossier pénal de A.________ en relation avec une enquête menée par le MPC. Une première analyse des documents séquestrés avait mis en évidence que le prénommé n'avait pas déclaré certains éléments de revenu et de fortune. L'instruction menée dans le cadre de cette procédure avait en outre établi que C.________, qui était détenue à 100 % par le contribuable, avait été constituée en 2009 et dissoute en 2016. Cette société était titulaire de plusieurs comptes bancaires. Par ailleurs, le contribuable possédait une participation dans E.________ SA X.________ qui faisait partie du groupe B.________. E.________ avait été crée par B.________ dans le cadre du plan d'intéressement du personnel et son activité consistait uniquement dans le portage d'actions. Le contribuable avait souscrit à 2000 actions de E.________ le 16 juin 2009 pour 20'000 USD et cette participation avait été augmentée à 50,9 % dès juin 2010. En outre, d'après le contrat d'option du 18 mai 2009 conclu entre le contribuable et F.________ LTD, soit une entreprise filiale de B.________ ayant son siège à Y.________, A.________ disposait d'un droit exclusif de vente ("put option") de ses actions de E.________ pour un prix défini alors que F.________ bénéficiait d'un droit exclusif d'achat ou de rachat ("call option") des titres de E.________ en possession du contribuable, ainsi que de ceux qu'il pouvait acquérir ultérieurement. Le droit de vente prenait naissance dans les 36 mois à compter de l'acquisition d'un ensemble de titres par le contribuable, tandis que le droit d'achat débutait 30 mois à partir de la signature du contrat. En outre, le prix de vente et d'achat des titres était défini en fonction de la valeur nette d'inventaire consolidée de G.________ (devenue B.________), sous déduction de 90 % de la valeur des fonds propres de cette société, au moment où E.________ investissait indirectement dans B.________, ce qui représentait neuf fois le prix d'achat ou de souscription de cet investissement. A.d. Le 25 janvier 2021, l'Administration fiscale a notifié au contribuable des bordereaux de taxation pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et pour les impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) des années 2011 et 2012. Elle a ajouté aux éléments déclarés 6'323'774 fr. de revenus et 9'246'522 fr. de fortune pour la période fiscale 2011, ainsi que 1'069'475 fr. de revenus et 10'375'893 fr. de fortune pour la période fiscale 2012. À la même date, elle a également notifié à A.________ des bordereaux d'amende pour tentative de soustraction pour l'IFD et les ICC des périodes fiscales 2011 et 2012. L'amende IFD 2011 a été fixée à 242'412 fr. et celle pour les ICC 2011 à 745'484 fr. L'amende IFD 2012 a été arrêtée à 44'040 fr. et celle pour les ICC 2012 à 152'330 fr. La quotité des amendes correspondait à la moitié des impôts soustraits et avait été réduite d'un tiers pour tenir compte du fait qu'il s'agissait d'une tentative de soustraction, ainsi que de la pleine collaboration du contribuable et de sa situation financière. A.e. Par décision sur réclamation du 12 mai 2021, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation du contribuable contre les bordereaux de taxation et d'amende.