Citation: 4A_335/2018 E. A

A.a. A.________ SA, à Genève, qui est une société active dans l'achat, la vente et le courtage de biens immobiliers, est propriétaire d'un immeuble à Genève depuis 2007, pour lequel elle a obtenu une autorisation de construire le 3 septembre 2009. Elle a constitué l'immeuble en PPE le 4 mars 2010. L'immeuble comprend notamment la part d'étage donnant droit à un appartement de 130 m2 au 2e étage. Sa vente est soumise au régime d'autorisation de l'art. 39 de la Loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) du 25 janvier 1996 (LDTR). Cette disposition a la teneur suivante: 1 L'aliénation, sous quelque forme que ce soit [...] d'un appartement à usage d'habitation, jusqu'alors offert en location, est soumise à autorisation dans la mesure où l'appartement entre, à raison de son loyer ou de son type, dans une catégorie de logements où sévit la pénurie. 2 Le département refuse l'autorisation lorsqu'un motif prépondérant d'intérêt public ou d'intérêt général s'y oppose. L'intérêt public et l'intérêt général résident dans le maintien, en période de pénurie de logements, de l'affectation locative des appartements loués. 3 Afin de prévenir le changement d'affectation progressif d'un immeuble locatif, le désir d'un locataire, occupant effectivement son logement depuis 3 ans au moins, d'acquérir ledit logement n'est présumé l'emporter sur l'intérêt public que si les conditions suivantes sont réunies: - 60% des locataires en place acceptent formellement cette acquisition; dans ce cas cependant, les locataires restants devront obtenir la garantie de ne pas être contraints d'acheter leur appartement ou de partir. " [...] L'autorité compétente pour délivrer l'autorisation au sens de cette disposition était le Département des constructions et des technologies de l'information (DCTI), lequel est devenu le Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement (DAEL), puis dès le 15 mai 2014, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (DALE). A.b. Dans le courant de l'année 2010, B2.________, a pris contact avec une courtière immobilière et l'a chargée de lui trouver un appartement à acquérir dans la région de Genève. La courtière lui a présenté, ainsi qu'à son fils, plusieurs objets, dont la part d'étage (ci-après: l'appartement) susmentionnée. Le 4 octobre 2010, A.________ SA, par sa régie, a adressé un courrier à l'avocat de B2.________ déclarant être disposée à conclure avec le fils de celui-ci une promesse de vente et d'achat assortie d'un bail à terme fixe jusqu'à la vente définitive de l'appartement. B2.________, qui est directeur et administrateur président avec signature individuelle de U.________ SA, société active, dans le canton de Vaud et à l'étranger, mais pas à Genève, dans la construction, la gérance et la location de locaux commerciaux, artisanaux et administratifs, soit dans le domaine de l'immobilier commercial, et non dans celui de l'immobilier d'habitation, a confirmé à la régie avoir été informé des dispositions de la LDTR, ainsi que du processus de promesse de vente et d'achat/location que la régie entendait pratiquer dans cette transaction. La connaissance effective de la LDTR qu'avaient B2.________ et son avocat est litigieuse en procédure. Devant le tribunal de première instance, B2.________ a confirmé, sans être contredit, qu'il souhaitait offrir un petit appartement de charme à sa fille à Genève. A.c. Les 5 et 11 novembre 2010, par-devant le notaire C.________, la fille de B2.________, B1.________, née le 22 mai 1977, originaire des Pays-Bas, représentée par le stagiaire du notaire, et A.________ SA ont conclu une promesse de signer un acte de promesse d'achat et de vente, dès que celle-ci obtiendrait un permis B. L'appartement lui a été remis en novembre 2010. A ce moment-là, il était brut et donc inhabitable et d'importants travaux de réfection étaient nécessaires pour pouvoir l'occuper. Selon cet acte notarié, moyennant la remise d'un acompte de 270'000 fr., B1.________ était autorisée à commencer, à ses propres frais, risques et périls, des travaux dans la mesure où ils ne concernaient pas des travaux de restructuration de l'appartement et étaient conformes aux plans de l'autorisation de construire relative à l'appartement. Les autorisations d'aliéner de l'art. 39 LDTR étaient délivrées à l'époque par le DCTI. A.d. Le 3 décembre 2010, B1.________ (ci-après: la promettante-acquéreur ou la demanderesse), toujours représentée par le stagiaire du notaire, et A.________ (ci-après: la promettante-venderesse/bailleresse ou la défenderesse) ont conclu une promesse de vente et d'achat (ci-après: la promesse de vente) et un contrat de bail pour cet appartement, avec la même échéance contractuelle au 30 avril 2014, puisque l'aliénation de l'appartement était soumise à l'autorisation préalable du DCTI conformément à l'art. 39 al. 3 LDTR et que celle-ci ne pouvait être obtenue avant trois ans. A.d.a. La promesse de vente prévoit un prix de vente de 2'700'000 fr., des acomptes de 270'000 fr. et 1'080'000 fr. ayant déjà été versés. Elle est soumise à une condition résolutoire: " La présente promesse de vente et d'achat deviendra nulle de plein droit, sans indemnité de part et d'autre, à charge pour le notaire soussigné de rembourser immédiatement au locataire promettant-acquéreur, l'acompte encaissé, dans l'hypothèse où il ne serait pas possible d'obtenir, entrée en force et non susceptible de recours, du Département des Constructions et des Technologies de l'information (DCTI) l'autorisation de vendre les locaux objet des présentes au locataire promettant-acquéreur." L'acte notarié rappelle les conditions de délivrance de l'autorisation de vendre les locaux de l'art. 39 al. 3 LDTR: - l'acquéreur doit être locataire depuis 3 ans et avoir effectivement occupé " son logement "; - 60% des locataires en place acceptent formellement la vente, ces locataires devant avoir obtenu la garantie de ne pas être contraints d'acheter leur appartement ou de partir. Le père de la promettante-acquéreur était présent lors de l'instrumentation de l'acte notarié. L'acte de vente définitive devait intervenir trente jours après l'entrée en force de l'autorisation de vendre, mais au plus tard le 30 avril 2014. La promettante-acquéreur a payé le montant de 10'600 fr. pour les frais du notaire. A.d.b. Le contrat de bail portant sur l'appartement était de durée déterminée, pour la période du 15 novembre 2010 au 30 avril 2014. Le loyer annuel avait été fixé par le DCTI en application de la LDTR, à 13'452 fr. et les charges à 2'400 fr. (1'121 fr. par mois et 200 fr. de charges). L'art. 66 des clauses particulières du bail a la teneur suivante: " En dérogation à l'article 260a al. 3 CO, le locataire ne pourra prétendre à aucune indemnité en fin de bail pour les travaux à plus-value qu'il aurait réalisés à ses frais et avec le consentement préalable écrit du bailleur ". A.d.c. Selon les faits retenus par la cour cantonale, à l'époque où les relations contractuelles se sont nouées, les parties partaient du principe que le DCTI se conformerait à sa pratique d'alors, décrite dans son courrier du 5 avril 2005 au notaire, et qu'il accorderait l'autorisation d'aliéner dès que les conditions de l'art. 39 al. 3 LDTR seraient réalisées. La vente devait ainsi être finalisée au terme des quelque trois ans que le bail ainsi que la promesse de vente devaient durer. En réalité, la pratique du DCTI était contraire, non seulement à une interprétation littérale de l'art. 39 LDTR, mais aussi à la jurisprudence du Tribunal fédéral. En effet, cette pratique, qui consistait à considérer la présomption instaurée par l'al. 3 de cette disposition comme irréfragable, était contraire au droit, car elle faisait l'économie de la pesée des intérêts pourtant prescrite par l'art. 39 al. 2 LDTR; elle faisait ainsi systématiquement primer l'intérêt privé de l'aliénateur et du locataire sur l'intérêt public à maintenir des logements dans le parc locatif genevois. A.e. Entre 2010 et 2012, la promettante-acquéreur/locataire a fait réaliser des travaux de réfection et de rénovation de l'appartement pour un montant total de 623'320 fr. 33. Selon les factures qu'elle a produites, les frais ont été payés par U.________ SA; elle a allégué qu'il s'agit d'un don de son père, ce qui est litigieux en procédure. A.f. Le 13 juin 2013, la régie de la promettante-venderesse/bailleresse a transmis à la promettante-acquéreur/locataire un avis de droit demandé à un avocat à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_357/2012 du 8 janvier 2013, renforçant la rigueur de la LDTR, lequel concluait que les pratiques autorisées jusque-là étaient exclues et qu'il était pratiquement certain que l'autorisation de vente ne serait pas accordée en l'espèce. A.________ SA n'a donc pas requis l'autorisation de vendre. Le 5 mars 2014, la promettante-acquéreur/locataire a déclaré résilier pour dol le contrat de bail, ainsi que la promesse de vente et a réclamé des dommages-intérêts pour le dommage subi. Le 30 avril 2014, à l'échéance du contrat de bail, B1.________ n'a pas restitué les locaux. A compter de cette date, elle n'a plus payé le " loyer ".