Citation: 4A_646/2016 E. A

A.a. Die A.________ (Bestellerin, Klägerin, Beschwerdeführerin) mit Sitz in U.________ bezweckt die Erbringung von Leistungen im Bereich der zivilen und militärischen Luftfahrt. Die B.________ AG (Unternehmerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in V.________ bezweckt im Wesentlichen die Entwicklung, Realisierung und Nutzung von Immobilien und Bauprojekten aller Art, die Bewirtschaftung, Vermietung und Vermittlung von Liegenschaften, die Planung und Ausführung von Neu- und Umbauten, insbesondere als Total- oder Generalunternehmung auf Rechnung Dritter, das Projektmanagement sowie die Beratung und Betreuung in Erschliessungs-, Umwelt- und Finanzierungsangelegenheiten. A.b. Mit Generalunternehmer-Werkvertrag vom 3./7. Juli 2003 betraute die Bestellerin die Unternehmerin mit dem (Neu-) Bau des Flugsicherungszentrums W.________. A.c. Die Unternehmerin stellte am 23. März 2004 den Vergabeantrag für die Sanitärinstallationen, mit der sie die "Produkteliste Sanitär D.________" einreichte. Daraus ergibt sich, dass die C._______ AG als Unternehmervariante in Abweichung zu den im Leistungsverzeichnis vorgesehenen Produkten des Herstellers "E.________" die Produkte "F.________" des Herstellers G.________ AG offeriert hatte. Im April und Mai 2004 wurde die Vergabe der Sanitärinstallationen an die C._______ AG von beiden Parteien sowie der von der Bestellerin beauftragten Planerin H.________ AG und der von dieser für die Sanitärinstallationen beigezogenen I.________ AG unterzeichnet. A.d. In der Folge baute die Unternehmerin im Neubau Rotguss-Fittings ein. Per 30. Juni 2005 erfolgte die Abnahme des gesamten Bauwerkes. Ende des Jahres 2009 liess die Bestellerin sämtliche Rotguss-Fittings des Osmosewassersystems in den Gebäuden A, B, C, D und E durch solche aus Chromstahl ersetzen. Die Bestellerin vertritt die Ansicht, die Verbauung von Rotguss-Fittings anstelle von Chromstahl-Fittings stelle einen Mangel dar. Demgegenüber bringt die Unternehmerin vor, die Parteien hätten in Abweichung vom vertraglichen Leistungsverzeichnis eine Unternehmervariante vereinbart, welche den Einbau der Rotguss-Fittings vorgesehen habe; der Bestellerin sei die Verwendung der Rotguss-Fittings bekannt gewesen und zudem habe sie deren Einbau genehmigt.