Citation: 4A_666/2015 E. A

A.a. A l'arrière-plan du présent litige, on trouve plusieurs sociétés, liées (de diverses manières) les unes aux autres: a) A.________ Sàrl, inscrite au registre du commerce le 16 mai 2008, puis déclarée en faillite le 10 juillet 2014, exerçait ses activités (exploitation de cabinets, vente de produits, services) dans le domaine du bien-être et de la santé. Ses associés gérants étaient H.X.________, président, et son épouse, F.X.________. Le 1er novembre 2008, la société a délégué la gestion de sa comptabilité générale et des salaires à B.________ société coopérative (cf. infra). b) Z.________ SA, dont les époux X.________ étaient actionnaires (jusqu'en 2010), a pour but l'exploitation d'une pharmacie. De fin 2001 à mai 2010, H.X.________ a été président de son conseil d'administration, puis, de juin à décembre 2010, M.________ a repris cette fonction. c) B.________ société coopérative (ci-après: B.________) a notamment pour but de proposer des services visant à alléger les tâches administratives et comptables. A.________ Sàrl bénéficiait d'un " compte dépôt " auprès de B.________, qui affichait, au 16 août 2010, un solde en faveur de cette dernière de 485'271 fr.21. B.________ détient (par le biais de la Holding C.________) deux sociétés: - E.________ SA, qui a pour but de financer des personnes morales ou physiques actives dans le domaine de la santé (en particulier des pharmacies). - D.________ SA qui a notamment pour but le recouvrement de créances. Ces trois dernières sociétés (E.________ SA, B.________ et D.________ SA) sont domiciliées au même endroit, ont le même organe de révision et, jusqu'en 2011, avaient le même président ou directeur général, soit M.________, qui détenait une action de chacune de ces sociétés. A.b. Par contrat du 9 septembre 2008, E.________ SA a accordé à A.________ Sàrl un prêt d'un montant de 1'500'000 fr. La convention fixait les modalités de remboursement et elle prévoyait également des garanties. Selon le libellé du contrat, les époux X.________ " transfèrent à [E.________ SA] la propriété des parts sociales de [A.________ Sàrl] à titre fiduciaire et en garantie du prêt ", et H.X.________ " transfère à [E.________ SA] la propriété des actions de [Z.________ SA] à titre fiduciaire et en garantie du prêt ", un contrat de fiducie devant, dans les deux cas, régler l'usage que E.________ SA pouvait faire des actions qui lui étaient confiées. A.c. Par courrier du 26 février 2010, E.________ SA, par son président M.________, a confirmé à H.X.________ être d'accord avec l'"exécution de la garantie de prêt à [A.________ Sàrl]" et informé que, "comme convenu", sa société compensait les dettes contractées par A.________ Sàrl auprès de toutes ses sociétés, par la reprise des actions de Z.________ SA déjà en la possession de E.________ SA. Par convention du 12 mars 2010, rédigée par E.________ SA, les époux X.________ ont vendu à cette dernière société (acheteuse) l'intégralité des actions qui composent le capital de Z.________ SA (société demanderesse), pour un prix fixé à 2'000'000 fr. S'agissant du prix de vente des actions, le chiffre 4 du contrat prévoit ce qui suit: " Calculé sur la base du bilan au 31 décembre 2009, le prix de vente du capital-actions est de CHF 2'000'000.00 (En lettres: deux millions de francs). Le prix de vente est exigible lors de la signature du présent contrat et du transfert des actions aux acheteurs. Il est acquitté par reprise de dette envers E.________ d'un montant de CHF 2'000'000.00, correspondant au prix de vente fixé pour solde de tout compte. " Selon les constatations cantonales, le prix de 2'000'000 fr. - qui renvoie à une somme (dette) que les parties considèrent dorénavant comme acquittée - correspond plus ou moins au remboursement du prêt octroyé par E.________ SA à A.________ Sàrl (1'500'000 fr.), plus le remboursement du crédit que A.________ Sàrl avait auprès de B.________ (485'001 fr.67). A.d. En sa qualité d'administrateur, H.X.________ bénéficiait d'un compte courant auprès de Z.________ SA. Ce compte est mentionné dans le rapport établi le 3 novembre 2010 par l'organe de révision de cette société. Un montant de 142'002 fr.90 figure sous la rubrique " prêt envers un actionnaire ". Le litige porte sur ce " prêt ". Il s'agit de savoir si H.X.________ reste tenu de le rembourser. Celui-ci soutient que le contrat du 12 mars 2010 (soit la clause " prix de vente fixé pour solde de tout compte ") règle définitivement la situation aussi pour lui, sa dette à l'égard de la société demanderesse devant être considérée comme éteinte. Cette dernière société réfute cette interprétation en soulignant que le contrat de vente du 12 mars 2010 ne peut déployer des effets envers le défendeur, qui n'en est pas partie. Par courrier du 28 juin 2010, D.________ SA, agissant au nom et pour le compte de Z.________ SA, a mis H.X.________ en demeure de payer le montant de 138'862 fr.15. Le 16 juillet 2010, Z.________ SA a cédé à D.________ SA sa prétention contre H.X.________. Un commandement de payer a été notifié, sur réquisition de D.________ SA, précisant, sous " Titre de la créance ou cause de l'obligation ": " Créance cédée par Z.________ SA, selon contrat de cession. La créance suivante nous a été cédée: Solde du débiteur du compte courant no... ". H.X.________ y a formé opposition totale. Le 3 janvier 2011, D.________ SA a rétrocédé la créance litigieuse à Z.________ SA.