Citation: 9C_775/2023 E. A

A.a. A.________ SA, en liquidation (depuis sa dissolution le 25 juin 2020; ci-après: la société, l'assujettie ou la contribuable), est une société anonyme sise dans le canton de Genève. La société a pour but toutes activités d'acquisition, de détention, de financement, d'exploitation, de location et de leasing d'aéronefs. Elle est détenue par la société B.________ à U.________, laquelle appartient à la famille C.________. Elle est immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) avec effet au 1er janvier 2012. A.b. Au printemps 2012, la société a acquis un aéronef qui lui a été livré la même année. Le 24 février 2012, un contrat intitulé "Aircraft Management and Charter Agreement" a été conclu entre la contribuable et la société D.________ SA (ci-après : D.________ SA), sise à Genève. Selon ce contrat, l'assujettie confiait à la société D.________ SA le droit exclusif de gérer l'aéronef et de l'exploiter auprès de tiers. Tous les vols réalisés au moyen de l'aéronef étaient facturés par la société D.________ SA ("Standard Terms and Conditions", ch. 1.3). Les conditions spécifiques du contrat prévoyaient, sur les recettes encaissées par la société D.________ SA, les rétrocessions suivantes à l'assujettie, à titre de loyers : - pour les vols réalisés par des tiers: 85 % des recettes, nettes des éventuelles commissions d'intermédiaires; - pour les vols réalisés par les affréteurs clés de l'aéronef, désignés par le terme de "key charterers": 100 % des recettes sous déduction d'un montant de 100 fr. par heure de vol. Par "key charterers", les parties entendaient en particulier des personnes physiques proches de l'assujettie, ainsi que des cadres du groupe C.________ ou proches de celui-ci. Le contrat prévoyait en outre que la société D.________ SA obtiendrait l'accord préalable de l'assujettie pour tout vol charter. De plus, sur demande de l'assujettie, elle l'informerait de toute demande de vol formulée par un client charter potentiel. L'assujettie se réservait le droit, à son entière discrétion, d'approuver ou de refuser tout vol charter proposé par la société D.________ SA. Si l'assujettie n'informait pas cette dernière de son approbation ou de son refus d'un vol charter proposé dans les 24 heures dès la notification, le vol charter serait considéré comme refusé ("Standard Terms and Conditions", ch. 5.4). A.c. Le 8 mai 2012, la contribuable a présenté une demande de ruling à l'AFC concernant son droit de déduire, à titre d'impôt préalable, la TVA frappant l'importation de l'avion et les prestations de gestion de l'avion ("aircraft management") qui lui seraient facturées par la société D.________ SA. Elle relevait que, selon ses prévisions, l'avion effectuerait 200 heures annuelles de vol avec des passagers, dont 52 % pour des tiers indépendants, 28 % pour l'usage privé de proches et 20 % pour le groupe C.________. Le 13 juin 2012, l'AFC a consenti à la déduction de l'impôt préalable afférent aux vols effectués par des proches (sociétés du groupe et ayants droit économiques) "sous réserve d'une correction ultérieure en fonction de la pratique fiscale qui sera prochainement fixée et publiée par [l']administration". A.d. Par courrier du 30 janvier 2017, la contribuable a fait part à l'AFC de ce que l'usage effectif de l'avion "avait sensiblement différé de ce qui avait été anticipé". Le 9 mai 2017, l'AFC a indiqué à l'assujettie qu'elle considérait que sa structure était abusive car "totalement inadaptée à la réalité économique" et destinée à satisfaire en premier lieu les besoins privés des ayants droit économiques. Par conséquent, elle considérait que l'assujettie, pour les périodes fiscales de 2012 à 2016, ne pouvait récupérer l'impôt préalable qu'en proportion des vols commerciaux pour les sociétés du groupe C.________ et les tiers indépendants ("vols charters"). Tout en contestant cette position, la société a versé un montant de 1'350'000 fr. à l'AFC, sans que cela constituât une reconnaissance de la créance fiscale (courrier du 3 octobre 2017). A.e. Le 8 février 2018, sur la base d'un tableau fourni par la recourante du 30 août 2017, l'AFC a établi un décompte complémentaire n° xxx de 1'930'263 fr. en sa faveur à titre de correction de la déduction de l'impôt préalable pour les années 2012 à 2014. Le même jour, toujours sur la base du tableau et pour l'année 2015, l'AFC a établi un avis de crédit n° xxx de 579'574 fr. en faveur de l'assujettie à titre de dégrèvement de l'impôt préalable. A.f. À à la suite d'un contrôle portant sur les périodes fiscales du 1er janvier 2013 au 31 décembre 2017, l'AFC a émis deux notifications d'estimation en date du 23 janvier 2019 (estimation n° xxx de 885'703 fr., plus intérêt moratoire, pour les périodes fiscales de 2012 à 2016 et n° xxx de 17'110 fr., plus intérêt moratoire, pour la période fiscale 2017). La contribuable a, par courriel du 5 juin 2019, demandé l'annulation des notifications d'estimation n° xxx et n° xxx (pour l'année 2017), ainsi que le remboursement des montants de 1'350'000 fr. et 231'581 fr. versés avec réserve. Elle contestait n'avoir droit qu'à la récupération partielle de l'impôt préalable. A.g. Par décision du 27 mai 2020, l'AFC a fixé la créance fiscale due par l'assujettie, pour les périodes fiscales de 2012 à 2017. En conséquence, elle réclamait le montant de 905'902 fr. de TVA, plus intérêts moratoires. A.h. Statuant sur réclamation le 21 décembre 2021, l'AFC a partiellement admis la réclamation, dans la mesure de sa recevabilité. Elle a fixé la créance fiscale due par l'assujettie pour les périodes fiscales 2012 à 2017. En conséquence, elle a fixé à 901'036 fr. le montant dû à titre de solde de la TVA, plus intérêt moratoire.