Citation: 4A_370/2017 E. A

A.a. Par contrat de travail du 6 mai 2008, X.________ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a été engagé en qualité de directeur de la Fondation Z.________ (ci-après: la fondation, l'employeuse ou la défenderesse), dont le but est le développement d'un réseau d'activités et de compétences en fonction de chaque saison pour donner du plaisir adapté à des personnes en situation de polyhandicap ou de mobilité très réduite. Son salaire annuel brut s'élevait à 170'000 fr., versé en treize mensualités. Ce contrat a été modifié par un avenant du 2 novembre 2009 prévoyant la réduction à 80% du temps de travail de l'employé, divorcé depuis peu, pour un salaire annuel brut de 139'400 fr. S'ajoutait à ce salaire une indemnité pour frais de représentation de 30'435 fr. 60 par année, soit 2'536 fr. 30 par mois (art. 105 al. 2 LTF), dont le caractère de salaire déguisé a été discuté par les instances précédentes. A.b. En 2012, la situation financière de l'employeuse est devenue préoccupante. Le 25 avril 2012, il manquait ainsi 25'000 fr. pour payer les salaires et les factures du mois. Le 3 juillet 2012, les parties ont signé un addendum au contrat de travail, qui prévoyait la modification du mode de rémunération du directeur en ce sens que celui-ci serait désormais payé sous forme de primes variables selon les objectifs annuels de résultats financiers. Selon cet addendum, l'employé pouvait toucher une prime maximale de 40'000 fr. ou se voir retirer du salaire un montant maximal de 25'000 fr., selon que les objectifs graduels de rentrée de produits étaient atteints ou non. A.c. Par courrier du 26 octobre 2012, l'employeuse a licencié l'employé, avec effet au 31 janvier 2013. Sur la base de décomptes faisant état d'entrées de produits à hauteur de 651'771 fr. 01, soit une somme inférieure à 700'000 fr., l'employeuse a estimé justifiée la retenue d'une prime négative de 25'000 fr. sur le salaire de l'employé. A.d. Le litige porte encore sur deux points. Premièrement, il porte sur la validité de l'addendum, donc sur le montant de 25'000 fr. retenu à titre de prime négative sur le salaire du demandeur. Deuxièmement, il porte sur la part du treizième salaire relative à l'indemnité pour frais de représentation correspondant à un salaire déguisé, chiffrée par le demandeur à 4'999 fr.