Citation: 1C_734/2021 E. A

L'Etat de Genève est propriétaire de la parcelle n° 4'029 de la commune de Genève-Plainpalais (ci-après: la Ville), sise en 3 ème zone de construction, sur laquelle est actuellement érigé un bâtiment à vocation administrative. Le bâtiment abritait autrefois l'ancienne manufacture horlogère des Frères Stern (ci-après: l'usine Stern). La parcelle se situe à l'intérieur d'un îlot actuellement en cours de densification entre le Rond-point de la Jonction, la rue des Deux-Ponts, la rue des Falaises et le Rhône (sentier des Saules) dans le secteur de la Pointe de la Jonction. Le 27 juin 2012, un droit de superficie conjoint a été accordé par l'Etat de Genève à la Coopérative F.________ (ci-après: F.________) et à la Coopérative E.________ (ci-après: E.________), respectivement pour 85 % et 15 % des droits à bâtir, afin de réaliser sur la parcelle n o 4'029 un immeuble de logements "bon marché et de qualité". En janvier 2018, le mandataire de F.________ et de E.________ a déposé une demande d'autorisation visant à la démolition du bâtiment administratif existant (l'ancienne usine Stern) et une demande d'autorisation de construire deux immeubles de 65 logements et 7 chambres d'hôte, avec des salles communes au rez-de-chaussée permettant d'accueillir 200 personnes, avec des surfaces commerciales de 190 m² et des espaces communautaires. Un garage souterrain, comprenant dix-sept places pour véhicules et nonante-six pour vélos, est aussi prévu. Dans le cadre de l'instruction de l'autorisation de démolir, le Service cantonal des monuments et des sites a délivré un préavis favorable sous conditions, alors que la Ville de Genève a émis un préavis défavorable. Dans le cadre de l'instruction de l'autorisation de construire, les préavis favorables de la Direction de la planification directrice cantonale et régionale et de la Commission d'urbanisme ont notamment été recueillis. Après avoir rendu trois préavis et requis des modifications du projet, la Direction des autorisations de construire a émis un ultime préavis favorable avec dérogations sous conditions. La Commission d'architecture a aussi examiné le projet à plusieurs reprises et exigé des modifications; elle a finalement rendu un préavis favorable avec dérogations et sous conditions. La Ville de Genève a toujours émis des préavis défavorables.