Citation: 4A_156/2022 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après: l'employeuse, la défenderesse, la recourante) et B.________ (ci-après: l'employé, le demandeur, l'intimé), ont été liés par des rapports de travail à partir de 1996. L'employé a été inscrit au registre du commerce comme membre de la direction de 2013 à 2019. A.b. Le contrat de travail de l'employé prévoit à son chiffre 5 un salaire fixe mensuel de 12'200 fr. brut, des " frais de représentation " de 450 fr., 350 fr. pour une voiture, et une " avance bonus " de 2'000 fr. Le chiffre 6 prévoit sous le titre " gratification " un 13ème salaire. Le chiffre 7 du contrat intitulé " participation " prévoit qu'une convention de participation est établie chaque année en fonction des rentabilités des chantiers. En 2018, la rémunération mensuelle brute de l'employé comprenait 16'600 fr. de salaire mensuel, 3'000 fr. pour la mise à disposition de sa maîtrise fédérale et 527 fr. 60 à titre de " part privée voiture de service ". L'employé a en outre perçu 21'600 fr. bruts à titre de 13ème salaire, pour un total brut annuel de 263'131 fr. 20. Il est en outre admis que l'employé n'avait droit au bonus qu'en cas d'atteinte des objectifs fixés par l'employeuse et que l'objectif était un " bénéfice brut II " de 1'514'100 fr. en 2017 et 1'296'800 fr. en 2018. A.c. Le 19 décembre 2017, l'employeuse a établi deux factures à l'intention de l'un de ses clients, relatives à un chantier en cours pour un total de 203'725 fr. Par courrier du 7 novembre 2018, ledit client a accepté de régler ces factures en 2018, mais prié l'employé de bien vouloir annuler les deux factures de 2017 et les ventiler par ouvrage en établissant quatorze nouvelles factures datées de novembre 2018. L'employeuse, par l'employé, a établi le 8 novembre 2018 deux notes de crédit annulant les deux factures du 19 décembre 2017. Les nouvelles factures de 2018 ont été payées par le client. En 2017 l'employé a perçu une avance sur bonus de 150'000 fr mais aucun décompte final de celui-ci. En 2018 l'employé n'a pas perçu de bonus. A.d. L'employé a démissionné en janvier 2019 avec effet au 31 juillet 2019.