Citation: 1C_552/2023 E. 5.1

5.1. En vertu de l'art. 78 al. 4 Cst., la Confédération est autorisée à légiférer sur la protection de la faune et de la flore et sur le maintien de leur milieu naturel dans sa diversité. À teneur de l'art. 18 al. 1 LPN, la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (al. 1); il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses (al. 1bis). Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (al. 1ter). L'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Toujours selon cette disposition, pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes: son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c), sa particularité ou son caractère typique (let. d). L'art. 14 al. 7 OPN, qui reprend l'art. 18 al. 1ter LPN, rappelle que l'auteur ou le responsable d'une atteinte doit être tenu de prendre des mesures optimales pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat du biotope, sans donner plus de précisions sur la mise en oeuvre de ces mesures de conservation. Selon la lettre de l'art. 18 al. 1ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues, celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al. 1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope (1 ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée (2 ème étape). Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (3 ème étape). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Etude de droit matériel, 2008, p. 123). La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN, art. 16 et 17 OPN). Les cantons doivent cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN). Dans son principe, l'obligation de protéger les biotopes d'importance régionale et locale découle ainsi directement et impérativement du droit fédéral (ATF 139 II 271 consid. 9.2 et 133 II 220 consid. 2.2). Le droit fédéral n'exige par ailleurs pas des cantons qu'ils organisent une procédure d'autorisation spéciale - telle l'autorisation de défricher, au sens de l'art. 5 LFo - lorsque la réalisation d'une construction ou d'une installation pourrait porter atteinte à un biotope protégé. La pesée des intérêts prévue à l'art. 18 al. 1ter LPN peut ainsi s'effectuer dans le cadre de la procédure d'autorisation ordinaire, ce même pour un biotope sis en zone à bâtir (ATF 121 II 161 consid. 2a/bb; Alexandra Gerber, Protection des biotopes et compensation écologique en territoire urbanisé: un besoin urgent et un impératif légal, in DEP 2018 p. 506; Nina Dajcar, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n° 23 ad art. 18b LPN; Sidi-Ali, op. cit., p. 105). Dans ce cas, l'appréciation doit tout de même intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause; l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non, l'atteinte d'ordre technique pouvant plus facilement être admise sur une parcelle constructible (Sidi-Ali, op. cit., p. 105). Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'examen de la pesée des intérêts effectuée par les autorités cantonales et communales, dans la mesure où celles-ci disposent d'une meilleure connaissance et vue d'ensemble des circonstances locales, ainsi que d'une importante marge d'appréciation lorsqu'il s'agit de déterminer si une surface doit être qualifiée de biotope d'importance régionale ou locale (ATF 118 Ib 485 consid. 3d; arrêts 1C/182/2022 du 20 octobre 2023 consid. 11.1 et 1C_653/2019 du 15 décembre 2020 consid. 3.6.2).