Citation: 2A.102/2004 11.04.2005 E. A

La société X.________ SA (ci-après: la Société ou la recourante) est une société anonyme, filiale à 100% de Y.________ SA, qui a son siège à A.________. Elle fournit surtout les prestations suivantes: transport de marchandises en Suisse et à l'étranger, déclaration en douane, mise à disposition d'engins de chantier, travaux de voirie pour des communes, entreposage, location de dépôts, travaux de manutention dans le cadre de foires ou d'expositions et déménagements. Elle emploie environ 160 collaborateurs à la Praille, Palexpo, Cointrin et A.________. Elle a été immatriculée, du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA). Depuis le 1er janvier 2001, elle est intégrée dans le groupe d'imposition Y.________ SA. Dans le courant du mois de septembre 1999, l'Administration fédérale des contributions, Division de la TVA, (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à un contrôle de la Société au sens de l'art. 50 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la TVA (OTVA; RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures). Le 15 septembre 1999, à la suite de ce contrôle portant sur des périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 30 juin 1999, l'Administration fédérale a établi un décompte complémentaire (n° 121416) pour un montant de 250'597 fr. avec intérêt de 5% dès l'échéance moyenne. Ce décompte complémentaire prenait en considération les points suivants: (1) des prestations non imposées de manutention et d'aménagement de stands fournies à des clients étrangers en dehors d'un mandat de transport dans le cadre de Palexpo, (2) la part privée à des frais de véhicules, (3) des déductions de l'impôt préalable non conformes aux art. 29 et 30 OTVA et (4) la correction de l'impôt préalable sur les frais administratifs occasionnés par la gestion d'immeubles. La Société a fait opposition à ce décompte complémentaire. Par décision du 6 décembre 2000, l'Administration fédérale a confirmé le décompte complémentaire et constaté que le montant de 250'597 fr. avec intérêt moratoire avait été réclamé à juste titre.