Citation: 2C_47/2009 26.05.2009 E. A

B.X.________ était propriétaire depuis les années 1960 du manège C.________, dans lequel il a exercé la profession de maître d'équitation à titre indépendant. Il a cessé son activité à la fin de l'année 2001. Situé à la campagne, entre D.________ et E.________, dans le canton de Genève, le manège a abrité un nombre croissant de chevaux passant de quinze à trente au cours des dernières années. B.X.________ habitait au manège avec son épouse et ses deux enfants dans un appartement de cinq pièces situé au dessus d'une écurie au premier étage du bâtiment n° *** (*** m2) sis sur une des parcelle supportant le manège. Trois employés étaient également logés séparément au manège. Par acte notarié du 26 avril 2004, l'intéressé a promis de vendre son manège pour la somme de 2'601'600 fr. Dans les déclarations fiscales des époux X.________ pour les années 1996, 1997, 1998 et 1999, la rubrique "immeubles occupés par le propriétaire" ne mentionnait pas l'appartement. Les bilans annexés à chacune de ces déclarations comportaient un seul poste sans distinction pour les terrains et les constructions du manège. Dans les taxations des années 1998, 1999 et 2000, l'Administration fiscale cantonale a ajouté sous la rubrique "immeubles occupés par le propriétaire" une valeur locative de 25'994 fr. et une valeur fiscale de 138'034 fr. Dans leur déclaration fiscale 2001-B, les intéressés ont indiqué une valeur locative brute de 9'940 fr. pour l'appartement loué à leur fils. Dans le bilan annexé à cette déclaration, les actifs faisaient état du terrain pour 298'154 fr. 95, de constructions pour 1'049'232 fr. (hors amortissements pour 1'913'709 fr. 79) et de matériel d'exploitation pour 21'479 fr., soit un total d'actifs de 1'368'865 fr. 95. Les comptes d'exploitation faisaient état d'une perte commerciale de 329'248 fr. Le 19 juillet 2004, l'Administration fiscale cantonale a requis des justificatifs et rendu les intéressés attentifs à la méthode de la prépondérance appliquée lors du transfert d'un élément du patrimoine commercial dans le patrimoine privé. Le 14 octobre 2005, elle a notifié un bordereau de taxation d'impôt fédéral direct pour un montant de 63'626 fr. calculé sur un revenu imposable de 580'496 fr. Elle a calculé le bénéfice imposable en déduisant de 2'600'000 fr. la valeur des actifs pour un montant de 1'368'865 fr. et les pertes commerciales pour un montant de 329'248 fr. Un report de pertes d'un montant de 257'920 fr. a également été admis en déduction.