Citation: 1B_475/2012 E. C

Par acte du 21 août 2012, A.________ forme un recours en matière pénale. Il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal en tant que celui-ci refuse de lui allouer une indemnité. Il demande 21'480 fr. avec intérêts pour ses frais de défense, ainsi que la réserve de ses droits concernant toute autre indemnisation ou réparation du tort moral. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt, sans observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Le recourant a déposé de nouvelles observations le 25 octobre 2012, persistant dans ses conclusions.