Citation: 4A_251/2018 E. A

A.a. Le 11 mai 1998, X.________ SA (ci-après: la demanderesse ou le maître de l'ouvrage), dont le but social est la construction et l'exploitation d'un parking pour voitures à..., et A.________ SA ont conclu un contrat d'entreprise générale portant sur l'étude, la planification et la réalisation d'un parking souterrain de 429 places (ci-après: l'ouvrage). Par suite de restructuration, A.________ SA a été intégrée à Y1.________ SA, devenue ensuite Y.________ SA (ci-après: la défenderesse ou l'entrepreneur). Le procès-verbal de réception de l'ouvrage a été établi le 29 juillet 1999. A.b. Dans le courant du mois d'avril 2003, le maître de l'ouvrage a sollicité une expertise de la structure du parking à M.________ SA. Etaient en cause des infiltrations dans le plafond de l'entresol, une absence d'étanchéité des surfaces, induisant une pénétration des chlorures dans le béton et une corrosion possible des aciers d'armature, ainsi qu'une fissuration généralisée de la dalle intermédiaire au droit des piliers, avec propagation régulière de fissures en travée du radier, mettant en péril la capacité effective de résistance au poinçonnement et à la flexion. M.________ SA a délivré une " expertise intermédiaire de la structure ", datée du 21 novembre 2003, d'où il ressort que trois parties de l'ouvrage ont été examinées: la dalle intermédiaire, la dalle de toiture et le radier. L'expert a conclu à des défauts affectant les éléments structurels et l'étanchéité de la surface de la dalle intermédiaire et du radier, défauts qui seront développés dans la partie en droit. Pour le reste, il a réservé son avis s'agissant de la dalle de toiture. Sont litigieux dans la présente procédure de recours la validité de l'avis des défauts concernant la dalle intermédiaire et le radier, ainsi que le droit à la réfection des défauts affectant les éléments structurels de la dalle intermédiaire. La dalle de toiture est hors de cause. A.c. Le 21 novembre 2003, le maître de l'ouvrage a adressé à l'entrepreneur un premier avis précisant, dans la rubrique " concerne ", " X.________, avis des défauts " et dans son texte: " Notre parking atteignant bientôt cinq ans d'âge, nous avons mandaté un bureau d'ingénieurs pour examiner l'ouvrage quant à d'éventuels vices cachés. Le soussigné vient d'examiner le projet de rapport d'expertise dont la version finale sera envoyée au Conseil d'administration la semaine prochaine. Les conclusions du projet de rapport sont claires. Elles indiquent de graves défauts qui devront être rapidement réparés si l'on veut conserver l'intégrité de la structure. D'entente avec le président V.________, et à sa demande, je vous fais parvenir dès lors le présent avis des défauts. Une fois que le rapport définitif sera prêt, nous vous en ferons parvenir les conclusions afin de dûment vous informer. " Le 24 novembre 2003, M.________ SA a délivré son rapport définitif, qui selon la cour cantonale correspond " à quelques minuscules détails près " au rapport intermédiaire du 21 novembre 2003. Le 25 novembre 2003, le maître de l'ouvrage a adressé un deuxième avis à l'entrepreneur, en y joignant les " conclusions du rapport du 24 novembre 2003 " et en précisant entendre le contacter " pour discuter de la suite à donner à ce rapport " dès que son conseil d'administration aurait siégé, soit le 2 décembre prochain. Les conclusions du rapport étaient formulées de la manière suivante: " Fort de ce qui précède, nous concluons que l'état de la surface de la dalle intermédiaire et du radier réclament des travaux de réhabilitation dans les deux années à venir, pour restituer la qualité de construction attendue. S'agissant particulièrement de la dalle intermédiaire, la sécurité portante de cette structure est en cause, la faible réserve de résistance au poinçonnement requérant des armatures en parfait état, donc non corrodées au droit des piliers. " Par courrier du 9 décembre 2003, le maître de l'ouvrage a rappelé l'avis des défauts du 21 novembre 2003 et l'envoi des conclusions de l'expert le 25 novembre 2003. Il a précisé " remettre en annexe l'intégralité du rapport d'expertise ", cette transmission valant " avis des défauts concernant ceux qui ont été identifiés par l'expert ". Il a ajouté que " les défauts déjà inventoriés, qui sont de nature à mettre en péril l'existence même de l'ouvrage, vous incombent en qualité d'entrepreneur général " et que " la norme SIA-160, dans son édition 1989, ne semble pas avoir été respectée ". Le maître de l'ouvrage a fixé à l'entrepreneur un délai au 5 janvier 2004 pour lui indiquer s'il entrait en matière pour la réfection de l'ouvrage, respectivement pour les pertes d'exploitation qui pourraient en résulter. A.d. Le 18 décembre 2003, l'entrepreneur a adressé au maître de l'ouvrage une renonciation à se prévaloir de la prescription et précisé ne pas pouvoir prendre position sur l'expertise dans le délai imparti. Le 9 février 2004, le maître de l'ouvrage a relancé l'entrepreneur et lui a fait parvenir un nouveau rapport, annexé et censé être reproduit intégralement dans le courrier, dont il disait qu'il valait avis des défauts complémentaire. Le 16 février 2004, l'entrepreneur a indiqué n'entrer en matière ni sur la réparation des défauts ni sur d'éventuelles pertes d'exploitation, la prise en charge de celles-ci n'étant pas prévue contractuellement. Il se disait toutefois prêt à une rencontre afin d'examiner les moyens et méthode nécessaires pour remédier aux problèmes constatés. A.e. Le 28 avril 2004, les parties ont mandaté conjointement M.________ SA et N.________ SA, pour vérifier de manière contradictoire la sécurité structurale de l'ouvrage et identifier les solutions pour remédier, cas échéant, aux défauts de résistance constatés. Dans un deuxième temps, il s'agissait de vérifier si l'ouvrage répondait aux exigences des normes en vigueur en terme de durabilité et, cas échéant, de déterminer les mesures à prendre pour garantir cette durabilité et le coût de ces mesures. Plusieurs rapports ont été établis. Par convention du 1er juillet 2005, les parties ont admis les conclusions des experts concernant les questions de sécurité structurale. L'entrepreneur confirmait son accord à procéder, à sa charge, au renforcement de la résistance au poinçonnage des colonnes préconisé. Il contestait toutefois toute responsabilité quant à l'aptitude au service du radier et de la dalle intermédiaire, de sorte que la question de la prise en charge des mesures nécessaires à ce propos restait ouverte. Le maître de l'ouvrage était néanmoins d'ores et déjà autorisé à appliquer les solutions préconisées pour les travaux de revêtement sur les surfaces de ces parties de l'ouvrage. A.f. En ce qui concerne la réfection, le maître de l'ouvrage a mis l'entrepreneur en demeure par courrier du 22 juillet 2005 de lui indiquer jusqu'au 31 août 2005 le nombre de colonnes admises comme défectueuses. Il l'a de plus informé qu'il avait l'intention de réaliser les travaux concernant dix colonnes de la dalle intermédiaire. Il demandait à l'entrepreneur de lui indiquer s'il entendait exercer son droit à procéder à la réparation lui-même et l'informait que, dans cette hypothèse, il serait nécessaire de s'entendre sur l'entreprise qui serait au final chargée de réparer les colonnes ainsi que sur la répartition financière de ces coûts. Par courrier du 2 septembre 2005, l'entrepreneur a répondu qu'il était d'accord d'intervenir, sous réserve des questions juridiques, sur seize colonnes, une pour la dalle intermédiaire et quinze pour la dalle de toiture. Le 30 septembre 2005, le maître de l'ouvrage a indiqué dans un courrier que " pressé par l'urgence ", il avait l'intention de procéder à la réfection des dix colonnes de la dalle intermédiaire, pour laquelle l'entrepreneur n'était disposé à intervenir que sur une seule. Il a précisé considérer que l'entrepreneur avait renoncé à procéder à l'élimination des défauts, de sorte qu'il confierait les travaux à une entreprise tierce et en imputerait les coûts à l'entrepreneur. Par courrier du 17 octobre 2005, l'entrepreneur a contesté " catégoriquement " avoir renoncé à un quelconque droit concernant les mesures que le maître de l'ouvrage entendait prendre sur les piliers et persistait à offrir la réparation des éléments mentionnés dans la proposition du 2 septembre 2005, englobant la dalle intermédiaire. En automne 2005, le maître de l'ouvrage a fait procéder au renforcement de dix zones de piliers de la dalle intermédiaire.