Citation: 2C_1041/2016 E. A

A.a. Verschiedene Treuhänder/Promotoren beabsichtigten den Erwerb der Grundstücke D.________-Strasse/E.________-Strasse xxx, yyy und zzz in U.________. Dabei sahen sie vor, dass deutsche Anleger "ihr Eigenkapital" auf ein Treuhandkonto einbezahlen würden und die "Restfinanzierung" durch die Bank F.________ erfolgen sollte. Die Zahlungen der Anleger gingen im Wesentlichen an den G.________-Pool, der Grundlage für das weitere Projekt bildete, wobei die Verwendung der Gelder durch Treuhand- und Geschäftsbesorgungsverträge geregelt wurde. Bis Ende 2002 sind praktisch alle Einzahlungen der deutschen Anleger, d.h. rund Fr. 1'928'800.--, über die H.________ GmbH (inzwischen liquidiert) als Darlehen an die am 30. November 2001 in U.________ gegründete B.________ AG gegangen. Am 18. Februar 2002 beschloss eine ausserordentliche Generalversammlung deren Aktienkapital von Fr. 100'000.-- auf Fr. 500'000.-- zu erhöhen, wozu offenbar auf Gelder des G.________-Pool zurückgegriffen wurde. Der Kaufbetrag für die Immobilien betrug Fr. 5,9 Mio., wovon Fr. 4 Mio. über eine Hypothek der Bank F.________ und der Restbetrag durch deutsche Investoren und Gelder aus den durch die H.________ GmbH der B.________ AG zur Verfügung gestellten Mitteln gedeckt wurden. Sämtliche Gelder bzw. Eigenmittel, mit denen die B.________ AG den Kauf finanzierte, hätten - so das Präsidialdepartement des Kantons Basel-Stadt - im Wesentlichen aus dem G.________-Pool und damit fast ausschliesslich von deutschen Anlegern gestammt. Die Liegenschaften E.________-Strasse yyy und zzz wurden am 25. April 2014 für Fr. 3'310'000.-- veräussert (vgl. Ziff. 6.2 der Verfügung des Präsidialdepartements vom 18. Juni 2015, S. 10 letzter Abschnitt). A.b. In ähnlicher Weise gingen die Promotoren/Investoren im Zusammenhang mit dem Kauf der Liegenschaft I.________-Strasse in U.________ vor. Die C.________ AG ist am 10. August 2004 mit Sitz in U.________ gegründet worden. Das Aktienkapital von Fr. 250'000.-- stammte nach den Angaben des Präsidialdepartements des Kantons Basel-Stadt wiederum im Wesentlichen von deutschen Investoren. Am 12. November 2004 ist die Liegenschaft I.________-Strasse für Fr. 1'432'369.25 gekauft worden, wobei die Transaktion im Umfang von Fr. 432'369.25 durch ausländische Mittel und im Übrigen durch ein hypothekarisch gesichertes Darlehen von Fr. 1 Mio. finanziert wurde. Die Liegenschaft ist am 31. März 2014 für Fr. 2'252'800.-- veräussert worden (vgl. Ziff. 6.3 der Verfügung des Präsidialdepartements vom 18. Juni 2015). A.c. Die am 9. November 2005 gegründete J.________ AG, die über ein Aktienkapital von Fr. 100'000.-- (100 Inhaberaktien zu je Fr. 1'000.--, voll liberiert) verfügte, erwarb am 21. Dezember 2005 für Fr. 1,8 Mio. das Doppelmehrfamilienhaus K.________-Strasse in V.________. Die Gelder hierfür stammten aus einem Hypothekarkredit im Umfang von Fr. 1'464'000.-- und von der B.________ AG erhältlich gemachten Eigenmitteln von insgesamt Fr. 336'000.--. Am 21. Juni 2012 hat die B.________ AG die J.________ AG mit Aktiven und Passiven übernommen. Das Doppelmehrfamilienhaus wurde offenbar vorgängig verkauft (vgl. Ziff. 6.4 der Verfügung des Präsidialdepartements vom 18. Juni 2015). A.d. Die am 12. Dezember 2002 gegründete A.________ Holding AG bezweckt im Wesentlichen den Erwerb und die Verwaltung von Beteiligungen an Unternehmen, welche sich direkt oder indirekt mit dem Erwerb und Halten sowie der Verwaltung und Finanzierung von Liegenschaften befassen. Das Aktienkapital von Fr. 100'000.-- war in 100 Inhaberaktien zu Fr. 1'000.-- aufgeteilt und voll liberiert. Ab dem 1. Januar 2007 übernahm die A.________ Holding AG für rund Fr. 4,3 Mio. die Immobilien-Aktiengesellschaften B.________ AG (inkl. J.________ AG) und die C.________ AG. Am 6. März 2007 wurde ihr Aktienkapital auf Fr. 4,4 Mio. erhöht (4,4 Mio. Inhaberaktien zu je Fr. 1.--). Die Inhaberaktien wurden offenbar zu 100 % durch die L.________ AG (heute liquidiert) liberiert, wobei dies "durch Verrechnung von Forderungen über Fr. 4,3 Mio. der Aktionäre gegenüber der Gesellschaft" geschah. Alle 4'300'000 Inhaberaktien im Nennwert von je Fr. 1.-- wurden von der L.________ AG gezeichnet und zu pari gegen Verrechnung übernommen. Die deutschen Investoren erhielten die Möglichkeit, ihre Kapitalbeteiligung am G.________-Pool in Inhaberaktien der A.________ Holding AG umzuwandeln, die an der BX Berne eXchange kotiert werden sollte. Hierzu kam es indessen nie. In der Folge wurden den deutschen Anlegern Inhaberaktien der A.________ Holding AG im Umfang ihrer Kapitalbeteiligung (insbesondere am G.________-Pool) abgegeben (vgl. Ziff. 6.5 der Verfügung des Präsidialdepartements vom 18. Juni 2015).