Citation: 4A_414/2008 03.02.2009 E. A

A.a Die X.________ AG (Beschwerdeführerin und Klägerin) bezweckt den Betrieb eines Architektur- und Bauleitungsbüros sowie einer Generalunternehmung. Ihr Mehrheitsaktionär und Verwaltungsratspräsident ist B.________. A.________ (Beschwerdegegner und Beklagter) betreibt ein Architekturbureau. Mit Gesellschaftsvertrag vom 10. September 1992 schlossen sich der Beschwerdegegner und B.________ zur einfachen Gesellschaft "Konsortium C.________" zusammen, deren Zweck der Erwerb und die Überbauung des Grundstücks Kat. Nr. 1.________ (6'507 m²) in der Gemeinde D.________ mit anschliessendem Verkauf der Überbauung war. Gemäss diesem Konsortialvertrag hatte der Beschwerdegegner die Architekturleistung zu erbringen, während der Beschwerdeführerin die Überbauung "als Generalunternehmer mit offener Abrechnung und einem GU-Honorar von 4 %" oblag. Vereinbarungsgemäss kaufte der Beschwerdegegner daraufhin das Grundstück in seinem eigenen Namen. Im Februar 1993 erstellte die Beschwerdeführerin einen Kostenvoranschlag über eine Bausumme von Fr. 12.09 Mio. Die Baubewilligung für die Überbauung des Grundstücks mit fünf Mehrfamilienhäusern (Blöcke A, B1/B2 und C1/C2) wurde im August 1993 erteilt. Im März 1994 verkaufte der Beschwerdegegner einen Teil des Grundstücks der Anlagestiftung 2. Säule der damaligen Kreditanstalt zum Preis von Fr. 1.5 Mio. Einen weiteren Grundstücksteil erwarb B.________ im Oktober 1994 zum Preis von Fr. 890'000.--, während das restliche Land beim Beschwerdegegner verblieb. Vom 31. Oktober 1994 datiert schliesslich ein Generalunternehmer-Werkvertrag (nachfolgend: GU-Vertrag) zwischen dem Beschwerdegegner und B.________ als Bestellern und der Beschwerdeführerin als Unternehmerin betreffend die schlüsselfertige Erstellung des Blocks A zum Pauschalpreis von Fr. 2.65 Mio. auf dem Grundstück von B.________ und des Doppelblocks C1/C2 zum Pauschalpreis von Fr. 5.85 Mio. auf demjenigen des Beschwerdegegners. A.b Am 30. Juni 1999 erstellte die Beschwerdeführerin die Schlussabrechnung über die Erstellung des Blocks C1/C2, wobei sie vom Pauschalpreis von Fr. 5.85 Mio. Akontozahlungen von Fr. 5'130'200.-- und Baukreditzinsen von Fr. 79'514.-- in Abzug brachte und Fr. 874'827.-- "Zahlungen für A.________" hinzurechnete. Den daraus resultierenden Saldo von Fr. 1'515'113.-- zuzüglich Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer stellte sie dem Beschwerdegegner in Rechnung.