Citation: 4A_89/2017 E. A

A.a. Z.________, de nationalité russe, est propriétaire d'une parcelle d'environ 2'500 m2 dans la commune de... (Genève), sur laquelle se trouve une villa. En 2007, après avoir mis en concours plusieurs bureaux d'architectes, eu recours aux services d'architectes russes et sollicité une étude de faisabilité de la part du bureau d'architecte X.________ SA (ci-après: X.________), elle a opté pour la démolition et la reconstruction de la partie hors-sol de la villa. A.b. Le 28 novembre 2007, la propriétaire a mandaté X.________ pour une estimation du coût de l'ouvrage, sur la base de plans conçus par les architectes russes. X.________ lui a fourni trois approches financières les 20 décembre 2007, 1er et 18 février 2008, qui évaluent toutes trois le coût de la construction à 3'000'000 fr. HT (c'est-à-dire Hors Taxes). En janvier 2008, la propriétaire a renoncé à recourir aux architectes étrangers. Par contrat du 18 mars 2008, intégrant la norme SIA 102, Z.________ a chargé X.________ (ci-après: l'architecte mandataire ou la demanderesse) de la démolition partielle, de la transformation et de l'agrandissement de sa villa. En bref, il a été retenu que les honoraires de l'architecte étaient fixés pour partie de manière forfaitaire (phases 1 à 3) et devaient l'être pour partie en fonction du coût final de l'ouvrage (phases 4 à 7); ils étaient estimés à un total de 529'000 fr. HT. Ainsi, les équipements particuliers (par exemple jacuzzi) et les éléments de décoration particuliers (matériaux spécifiques, types de finitions particulières) n'étaient pas compris dans cette estimation et leur coût devait être intégré au coût de l'ouvrage donnant droit aux honoraires pour les phases 4 à 7. Les travaux ont débuté en décembre 2008 et la fin du chantier a été reportée à plusieurs reprises. La propriétaire a emménagé en janvier 2011, avant la fin des travaux, après avoir déposé certaines affaires dans la villa en août 2010. A.c. En cours de chantier, diverses modifications ont été apportées au projet initial, notamment un sous-sol sous le garage, des ouvrages en pierres naturelles, des installations électriques domotisées. Il y a eu des modifications dans les finitions, équipements et matériaux, dont des installations sanitaires, des agencements de cuisine, des aménagements intérieurs (dont enduits et cloisons, revêtement de sol et carrelages) et dans le coût d'aménagement du jardin. Par ailleurs, la propriétaire a fait installer un sauna et un bassin extérieur. Au cours de l'exécution de ces travaux de démolition et rénovation, la propriétaire s'est fait assister par A.________, employé de la société M.________ SA, qui était son ami de longue date. Elle s'est fait également conseiller par B.________, ainsi que par C.________ en qualité d'architectes d'intérieur. Le coût de la construction a été réajusté à plusieurs reprises par l'architecte, soit le 27 novembre 2008 à 3'228'000 fr., le 20 octobre 2010 à 3'990'699 fr. 15, le 4 août 2011 à 6'014'977 fr. 25, le 21 septembre 2011 à 7'018'086 fr. 55 et le 28 novembre 2012 à 7'198'304 fr. 95, honoraires de l'architecte compris. Des défauts sont également apparus en cours de chantier et après sa clôture (en 2012 et 2013), en particulier des défauts d'étanchéité et des infiltrations d'eau au niveau des terrasses et du jacuzzi, défauts qui ont été réparés aux frais de X.________. La propriétaire a payé toutes les factures des entreprises. A.d. En cours de travaux, la mandante a versé à son architecte le montant total de 529'000 fr. HT (avec la TVA, cela représente 569'272 fr. 75 TTC [Toutes Taxes Comprises]). Le 5 août 2011, l'architecte mandataire a adressé à sa mandante sa facture finale: elle a procédé à une réévaluation de ses honoraires (phases 4 à 7, les phases 1 à 3 étant forfaitaires) pour tenir compte de l'augmentation du coût effectif des travaux qui avait passé de 2'280'000 à 5'922'145 fr. 20, a fixé ceux-ci à 966'994 fr. HT et, compte tenu du montant de 529'000 fr. HT déjà encaissé, lui a réclamé un solde d'honoraires arrondi de 438'000 fr. HT, soit avec la TVA à 8% un solde de 473'040 fr. TTC. Le 27 mars 2012, après réajustement de sa facture, l'architecte mandataire a arrêté le coût total des travaux déterminant pour le calcul de ses honoraires à 5'489'828 fr., a fixé ceux-ci à 917'655 HT et, compte tenu du montant déjà encaissé, a réclamé un solde arrondi de 388'000 fr. HT, soit 419'040 fr. TTC. Le 17 décembre 2012, X.________ a fait notifier à la mandante un commandement de payer (poursuite n°... W) pour un montant de 419'040 fr. TTC, auquel celle-ci a fait opposition. Le 15 janvier 2013, X.________ a réclamé à la mandante les montants de deux factures supplémentaires, la première de 4'536 fr. pour un mur anti-bruit et la seconde de 2'835 fr. pour quatre interventions en raison d'infiltrations d'eau dans le sous-sol du garage, portant le solde de ses honoraires à 426'411 fr. TTC. A.e. Le coût total des travaux déterminant pour le calcul des honoraires de 5'489'829 fr., le montant total des honoraires de 873'700 fr. HT et le montant de 529'000 fr. HT déjà encaissé ont été retenus, avant réduction, par la cour cantonale, soit 344'700 fr. HT avant réduction, la TVA devant être ajoutée ensuite. Le mode de calcul en fonction de l'augmentation du coût final de l'ouvrage et les chiffres susmentionnés pris en considération ne sont pas remis en cause devant le Tribunal fédéral, ni par la recourante, ni par l'intimée. Les deux factures supplémentaires ont été écartées par la cour cantonale.