Citation: 9C_690/2023 E. A

A.a. Die A.________ AG mit Sitz in der Stadt U.________/ZH bezweckt gemäss Auszug aus dem Handelsregister den Erwerb, die Verwaltung und den Verkauf von Wertschriften und Liegenschaften, insbesondere die Verwaltung der an der Strasse C.________ und D.________ in U.________/ZH gelegenen und mit B.________ bezeichneten Liegenschaften. Sie erhielt als Vermächtnis per 9. November 2012 Liegenschaften aus dem Nachlass ihrer verstorbenen Aktionärin. Die Liegenschaften wurden für die Berechnung der Erbschaftssteuer mit Fr. 51'501'998.- bewertet. In der Jahresrechnung für das Geschäftsjahr vom 1. Januar bis zum 31. Dezember 2012 verbuchte die A.________ AG den Betrag von Fr. 50'001'998.- (Fr. 51'501'998.- abzüglich der auf den Liegenschaften lastenden Hypotheken von Fr. 1'500'000.-) als Ertrag ("Ausserordentlicher Ertrag / Erbschaft"). Ausserdem bildete sie aufwandwirksam eine Rückstellung für Erbschaftssteuern. Handelsrechtlich ergab sich ein Jahresgewinn von Fr. 31'985'793.29. In der Bilanz per 31. Dezember 2012 wies die A.________ AG unter der Position Eigenkapital ein Aktienkapital in Höhe von Fr. 180'000.-, allgemeine Reserven (gesetzliche Reserven) in Höhe von Fr. 19'000.- sowie einen Bilanzgewinn in Höhe von Fr. 32'145'175.92 aus. A.b. In der Steuererklärung für die Steuerperiode vom 1. Januar bis zum 31. Dezember 2012 kürzte die A.________ AG den Jahresgewinn gemäss Jahresrechnung von Fr. 31'985'793.- um den Betrag von Fr. 50'001'998.-, sodass ein Verlust von Fr. 18'016'205.- resultierte. In den Veranlagungen für die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern 2012 wurde der steuerbare Gewinn auf Fr. 0.- festgesetzt. In der Steuererklärung für die Steuerperiode vom 1. Januar 2013 bis zum 31. Dezember 2013 zog die A.________ AG vom deklarierten Reingewinn von Fr. 2'435'629.- einen Vorjahresverlust von Fr. 18'016'205.- ab. Das Steueramt des Kantons Zürich liess den Verlust nicht zum Abzug zu und setzte den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern schliesslich auf Fr. 1'973'700.- fest (Einspracheentscheide vom 16. Dezember 2015), was das Bundesgericht mit Urteil 2C_1135/2016 / 2C_1136/2016 vom 30. November 2017 (auszugsweise publiziert in BGE 143 II 674) letztinstanzlich bestätigte. A.c. In den Bilanzen per 31. Dezember 2013, 31. Dezember 2014 und 31. Dezember 2015 wies die A.________ AG jeweils ein Aktienkapital in Höhe von Fr. 180'000.-, allgemeine Reserven in Höhe von Fr. 90'000.- und einen Bilanzgewinn (Oberkonto "Bilanzgewinn/-verlust", mit Unterkonten "Vortrag" und "Jahresgewinn/-verlust") in Höhe von Fr. 34'509'805.05 (2013), Fr. 34'035'878.91 (2014) und Fr. 34'507'194'29 (2015) aus, wobei das Konto "allgemeine Reserven" für das Jahr 2015 infolge des neuen Rechnungslegungsrechts erstmals unter dem Oberkonto "gesetzliche Gewinnreserven" aufgeführt waren (Art. 105 Abs. 2 BGG). In der Bilanz per 31. Dezember 2016 wies die A.________ AG ein Aktienkapital in Höhe von Fr. 180'000.-, eine "gesetzliche Gewinnreserve" in Höhe von Fr. 90'000.-, eine "Reserve aus Kapitaleinlagen" (unter dem Oberkonto "gesetzliche Kapitalreserve") in Höhe von Fr. 50'001'998.- sowie einen Bilanzverlust (Konto "Bilanzgewinn oder Bilanzverlust") in Höhe von Fr. -14'887'708.55 aus. Im Anhang zur Jahresrechnung vermerkte sie unter dem Titel "Kapitaleinlagereserven / Nachvollzug Veränderung Eigenkapital", die Kapitaleinlagereserven seien von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) noch nicht genehmigt. Das Vermächtnis vom 8. November 2012 sei in den Kapitaleinlagereserven der Vorjahre nicht berücksichtigt worden, was im Betriebsjahr zu korrigieren sei. Dadurch ergebe sich eine Korrektur beim Gewinn-/Verlustvortrag sowie bei den Kapitaleinlagereserven von Fr. 50'001'998.-. A.d. Am 21. April 2017 beschloss die Generalversammlung der A.________ AG, die Dividende für das Jahr 2016 in Höhe von Fr. 1'080'000.- (Fr. 30.- pro Aktie) den Reserven aus Kapitaleinlagen zu entnehmen. Am 3. Mai 2017 reichte die A.________ AG bei der ESTV ein Formular 103 (Verrechnungssteuer auf dem Ertrag inländischer Aktien, Partizipations- und Genussscheine) ein, auf welchem sie eine Bruttodividende von Fr. 1'080'000.- mit Fälligkeit am 21. April 2017 meldete. Dabei wurde vermerkt, es handle sich bei der Ausschüttung um eine Entnahme aus den Reserven aus Kapitaleinlagen, die noch nicht gemeldet und somit noch nicht bewilligt seien. Eine Rückforderung der Verrechnungssteuer bleibe nach Bewilligung der Reserven aus Kapitaleinlagen vorbehalten. Per 19. Mai 2017 überwies die A.________ AG der ESTV den Betrag von Fr. 378'000.- (35 % x Fr. 1'080'000.-). A.e. In der Bilanz per 31. Dezember 2017 wies die A.________ AG ein Aktienkapital in Höhe von Fr. 180'000.-, eine "gesetzliche Gewinnreserve" in Höhe von Fr. 90'000.- und eine "Reserve aus Kapitaleinlagen" in Höhe von Fr. 30'825'329.20 aus. Im Anhang zur Jahresrechnung führte sie unter dem Titel "Nachvollzug Veränderung Kapitaleinlagereserven" aus, die Bestätigung der ESTV für die Kapitaleinlagereserven sei per Stichtag 31. Dezember 2017 weiterhin ausstehend. Das Vermächtnis vom 8. November 2012 sei in den Kapitaleinlagereserven per 31. Dezember 2016 berücksichtigt worden. Aufgrund des Bundesgerichtsurteils vom 30. November 2017 sei die Kapitaleinlagereserve um das Total der bezahlten Erbschaftssteuern reduziert worden (Netto-Kapitalzuwachs-Prinzip). Dadurch ergebe sich eine Korrektur bei den Kapitaleinlagereserven. A.f. Mit Formular 4 (Abrechnung über Emissionsabgabe auf Genussscheinen, Zuschüssen, Handwechsel der Mehrheit der Beteiligungsrechte) vom 27. Dezember 2017 deklarierte die A.________ AG den Betrag von Fr. 31'905'329.20 als Leistung von Zuschüssen durch Gesellschafter. Daraus ergab sich eine Emissionsabgabeforderung in Höhe von Fr. 319'053.29, welche die A.________ AG am 29. Dezember 2017 beglich. A.g. Mit Formular 170 (Kapitaleinlagen) vom 8. Februar 2018 meldete die A.________ AG der ESTV einen Anfangsbestand an Kapitaleinlagereserven von Fr. 0.- per 7. November 2012; Einlagen, Aufgelder und Zuschüsse in Höhe von Fr. 31'905'329.25 sowie eine Rückzahlung von Kapitaleinlagereserven in Höhe von Fr. 1'080'000.-. Per 31. Dezember 2017 ergab sich daraus ein Bestand an Kapitaleinlagereserven von Fr. 30'825'329.25. A.h. Mit Entscheid vom 24. August 2018 verweigerte die ESTV die Anerkennung der Kapitaleinlagereserven der A.________ AG im gesamten Betrag von Fr. 31'905'329.25. Zudem stellte sie fest, dass die A.________ AG ihr auf der Dividendenausschüttung für die nicht bewilligten Kapitaleinlagereserven von Fr. 1'080'000.- mit Fälligkeit am 21. April 2017 die Verrechnungssteuer von 35 %, ausmachend Fr. 378'000.-, geschuldet habe. Diesen Betrag habe die A.________ AG der ESTV am 19. Mai 2017 zu Recht entrichtet. Eine Einsprache der A.________ AG hiergegen wies die ESTV mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 2021 ab.