Citation: 4A_69/2019 E. A

A.a. X.________ GmbH (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse), qui a notamment pour but d'acquérir, de gérer et de mettre en location des immeubles de toute nature, est titulaire d'un droit de superficie sur un immeuble sis dans la Commune de..., à Genève, sur lequel est érigé le Centre U.________ (ci-après: " le centre "). Le centre était géré, jusqu'au 1er janvier 2015, par une société spécialisée dans la gestion d'immeubles résidentiels et commerciaux, A.________ AG, soit pour elle B.________. Y1.________ SA, devenue Y.________ SA en juillet 2018 par reprise des actifs et passifs (ci-après: la locataire ou la défenderesse), intéressée à reprendre des locaux situés dans un bâtiment du centre, est entrée en pourparlers avec X.________ GmbH, à travers A.________ AG et C.________ (ci-après également: la régie), soit pour elle D.________. Selon D.________, Y1.________ SA est devenue cliente de C.________ par l'intérêt qu'elle a manifesté pour reprendre les locaux, quand bien même la régie avait été mandatée par le locataire désireux de remettre ceux-ci. A.b. Le 6 décembre 2013, A.________ AG a transmis à C.________ une " version non-finale du bail ainsi que celle des conditions particulières ". Cette version portait sur une surface de 1'200 m2 au 3e étage de l'immeuble, prévoyait un bail d'une durée initiale de dix ans dès le 1er janvier 2014, renouvelable de dix ans en dix ans sauf résiliation avec un préavis de douze mois, un loyer de 372'000 fr. par an, des acomptes de chauffage et eau chaude de 24'000 fr. par an, des acomptes d'autres frais accessoires de 54'000 fr. et la constitution d'une garantie bancaire de 90'000 fr. Elle prévoyait une exemption de loyer (charges et frais accessoires exclus) du 1er janvier au 30 avril 2014, en vue des travaux à effectuer dans les locaux par la locataire. Le 20 décembre 2013, Y1.________ SA a informé D.________ de ce qu'elle avait modifié le bail en prolongeant l'exemption de loyer (et des frais accessoires) jusqu'au 30 juin 2014, compte tenu des délais nécessaires pour l'obtention des autorisations de construire et la durée projetée des travaux. Le 23 décembre 2013, A.________ AG a transmis à D.________ une nouvelle version du bail à loyer, laquelle tenait compte de l'exemption de loyer voulue par Y1.________ SA. Dans les clauses particulières du bail figuraient les art. 34 et 36, dont la teneur est source de litige dans la présente procédure. L'art. 34 des clauses particulières avait le contenu suivant: " Les espaces sont loués en l'état et ont été visités et acceptés comme tels par le locataire. Il a pris bonne note du fait que le bailleur n'effectuera aucun travaux, de rafraîchissement ou à quelque autre titre que ce soit. " L'art. 36 des clauses particulières prévoyait que: " Le locataire prend à sa charge les travaux d'aménagement liés à ses besoins. Toute modification structurelle de l'espace loué devra être approuvée par le propriétaire et sera à la charge du locataire. Le locataire sera responsable de toute demande, tout traitement et réception des autorisations réglementaires ainsi que des permis qui concernent ou sont nécessaires à l'occupation et à l'utilisation des locaux. Le locataire transmettra au bailleur un business plan relatif aux travaux prévus dans les locaux. Le locataire sera tenu de fournir au propriétaire une preuve qu'il possède une couverture d'assurance suffisante et appropriée. " Le même jour, D.________ a transmis à Y1.________ SA cette nouvelle version du bail à loyer, mentionnant qu'il s'agissait du " bail définitif dûment corrigé par le propriétaire, selon votre demande ". Le 9 janvier 2014, D.________ a confirmé à Y1.________ SA que sa demande de baisse de loyer avait été acceptée. Elle lui a également envoyé un document (ci-après: " la lettre d'intention ") qui reprenait les termes du contrat, en indiquant une date d'entrée en vigueur du bail au 1er janvier 2014 et un loyer annuel de 360'000 fr., TVA, charges et frais accessoires compris. La rubrique " clauses complémentaires " reprenait l'essentiel des termes des art. 34 et 36 des clauses particulières du bail datées du 23 décembre 2013. D.________ a invité Y1.________ SA à consulter la lettre d'intention pour ensuite la renvoyer signée, ce qui devait permettre à B.________ de rédiger le bail définitif. Le 14 janvier 2014, B.________ a envoyé à D.________ une version, qualifiée de " finale ", du contrat de bail et des clauses complémentaires, accompagnée d'une lettre d'intention révisée. La surface des locaux était portée à 1'204 m2, pour un loyer de 301'008 fr. par an, des acomptes de frais accessoires de 60'192 fr. par an, une durée de bail du 15 janvier 2014 au 31 janvier 2024, renouvelable de cinq ans en cinq ans sauf résiliation moyennant un préavis de douze mois, et une garantie bancaire à fournir de 80'000 fr. La lettre d'intention et le contrat, sous la rubrique " clauses complémentaires ", comportaient la version modifiée suivante de l'art. 34 (les adjonctions sont soulignées, la mise en gras figure comme telle dans les documents produits) : " Les espaces sont loués en l'état et ont été visités et acceptés comme tels par le locataire. Il a pris bonne note du fait que le bailleur n'effectuera aucun travaux, de rafraîchissement ou à quelque autre titre que ce soit. L'attention du locataire est expressément attirée sur le fait que les entreprises présentes dans l'immeuble exercent des activités de R&D (laboratoires) très sensibles, notamment au bruit et aux vibrations. Le locataire promet et garantit au bailleur que l'activité qu'il exercera dans les locaux loués (exploitation d'un fitness) ne sera source d'aucune vibration, émissions sonores ou autres formes de nuisances décelables hors des locaux loués, même de façon très faible ou très passagère. Le locataire confirme avoir inspecté et testé le bâtiment et en être pleinement satisfait; le locataire confirme en particulier qu'il ne devra procéder à aucun travaux (renforcement, isolation, insonorisation...) pour se conformer au présent engagement. En cas de violation par le locataire de cette disposition, le locataire indemnisera le bailleur pour tout dommage que ce dernier pourrait subir, par exemple en cas de demandes de réductions de loyer et/ou dommages-intérêts réclamés par d'autre (s) locataire (s) ou départ d'un ou plusieurs locataires. Le bailleur sera en outre fondé à mettre fin immédiatement au bail en application de l'article 257f CO ou de toute autre disposition légale applicable ". L'art. 36 des clauses complémentaires du bail n'avait pas été modifié. Le 16 janvier 2014, B.________ a rappelé à D.________ qu'elle attendait, avant la date d'emménagement prévue pour le 23 janvier 2014 et le début des travaux d'aménagement, la version signée du contrat de bail, la lettre d'intention et la preuve de la constitution de la garantie bancaire. Le 20 janvier 2014, E.________, directeur financier de Y1.________ SA, a précisé à D.________ que la version du bail en sa possession comportait une erreur, puisqu'elle indiquait une gratuité de loyer de cinq mois hors charges, au lieu de six mois charges comprises. Le 21 janvier 2014, B.________ a transmis à D.________ et E.________ une version révisée du bail, en précisant que le contrat indiquait une durée du bail du 15 janvier 2014 au 14 janvier 2024 et une gratuité du loyer, des charges et autres frais accessoires du 15 janvier au 14 juillet 2014. Si l'art. 34 des clauses complémentaires était identique à la version précédente (soit celle du 14 janvier 2014), l'art. 36 était modifié pour avoir la teneur suivante (les adjonctions sont soulignées) : " Le locataire prend à sa charge les travaux d'aménagement liés à ses besoins. Toute modification structurelle de l'espace loué, et plus généralement tous travaux de rénovation ou de modification de la chose louée, devront être approuvés par le propriétaire (qui pourra librement les refuser)et sera à la charge du locataire. Le locataire sera responsable de toute demande, tout traitement et réception des autorisations réglementaires ainsi que des permis qui concernent ou sont nécessaires à l'occupation et à l'utilisation des locaux. Le locataire transmettra au bailleur un business plan relatif aux travaux prévus dans les locaux. Le locataire sera tenu de fournir au propriétaire une preuve qu'il possède une couverture d'assurance suffisante et appropriée. " Pour la bailleresse, la version du bail et des clauses particulières dans cette version du 21 janvier 2014 lie les parties. Le 24 janvier 2014, G.________, directeur des opérations au sein de Y1.________ SA, a écrit à H.________, conseiller juridique de Y1.________ SA, pour lui demander de relire le bail et les clauses complémentaires remises par B.________ le 21 janvier 2014. Il indiquait qu'une clause sur les nuisances sonores et les vibrations figurant dans le bail devait à son sens être retirée. Dans ses commentaires, H.________ a précisé que certaines adjonctions n'étaient, de manière générale, pas opportunes pour la locataire. Il a par ailleurs modifié les art. 34 et 36 des clauses complémentaires. L'art. 34 avait la teneur suivante (les adjonctions sont soulignées et les portions retirées barrées; la mise en gras figure comme telle dans les documents produits) : " Les espaces sont loués en l'état (sous réserve de l'art. 46§3 ci-dessous)et ont été visités et acceptés comme tels par le locataire. Il a pris bonne note du fait que le bailleur n'effectuera aucun travaux, de rafraîchissement ou à quelque autre titre que ce soit. Le bailleur est rendu attentif au fait que le locataire procèdera, dans les locaux, aux travaux nécessaires à l'aménagement d'un centre de culture physique. L'attention du locataire est expressément attirée sur le fait que les entreprises présentes dans l'immeuble exercent des activités de R&D (laboratoires) très sensibles, notamment au bruit et aux vibrations. Le locataire promet et garantit au bailleur que l'activité qu'il exercera dans les locaux loués (exploitation d'un fitness) ne sera source d'aucune vibration, émissions sonores ou autres formes de nuisances décelables hors des locaux loués, même de façon très faible ou très passagère , autres que les bruits usuels de musique et de machines inhérents à l'exploitation normale d'un centre de fitness. Le locataire confirme avoir inspecté et testé le bâtiment et en être pleinement satisfait; le locataire confirme en particulier qu'il ne devra procéder à aucun travaux (renforcement, isolation, insonorisation...) pour se conformer au présent engagement. En cas de violation par le locataire de cette disposition, le locataire indemnisera le bailleur pour tout dommage que ce dernier pourrait subir, par exemple en cas de demandes de réductions de loyer et/ou dommages-intérêts réclamés par d'autre (s) locataire (s) ou départ d'un ou plusieurs locataires. L le bailleur sera en outre fondé à mettre fin immédiatement au bail en application de l'article 257f CO ou de toute autre disposition légale applicable ". L'art. 36 était quant à lui modifié de la manière suivante (les adjonctions sont soulignées et les portions retirées barrées) : " Le locataire prend à sa charge les travaux d'aménagement liés à ses besoins. Le bailleur consent à la réalisation de ces travaux par le locataire et accepte par la présente de fournir son aval à toute demande que pourrait devoir formuler le locataire dans ce cadre vis-à-vis des autorités (enseigne, APA, etc.). Toute modification structurelle de l'espace loué,et plus généralement tous travaux de rénovation ou de modification de la chose louée, devr a ont être approuvés par le propriétaire (qui pourra librement les refuser)et sera à la charge du locataire. Le locataire sera responsable de toute demande, tout traitement et réception des autorisations réglementaires ainsi que des permis qui concernent ou sont nécessaires à l'occupation et à l'utilisation des locaux. Le locataire transmettra au bailleur un business plan relatif aux travaux prévus dans les locaux. Le locataire sera tenu de fournir au propriétaire une preuve qu'il possède une couverture d'assurance suffisante et appropriée. " Le même jour, une réunion s'est tenue dans les locaux du centre. Lors de cette réunion, étaient présents les administrateurs (I.________, J.________, K.________) et le directeur général (L.________) de Y1.________ SA, la gérante de l'immeuble (B.________) et la représentante de la régie (D.________). Les représentants de Y1.________ SA ont signé le bail et les conditions complémentaires à celui-ci, dans la version modifiée par H.________. A l'issue de la réunion, B.________ a transmis les documents signés à X.________ GmbH et remis à Y1.________ SA les clés des locaux. Par courriel du 5 février et courrier du 11 février 2014, A.________ AG a transmis à Y1.________ AG et D.________ le contrat de bail contresigné par la bailleresse. A.c. Au cours du mois de février 2014, la locataire a entrepris les travaux d'aménagement des locaux, en s'adjoignant les services d'un architecte et d'une entreprise spécialisée en acoustique, chargée de vérifier que l'installation du fitness dans les locaux respectait la norme SIA 181, cas échéant de proposer des solutions d'isolation du bruit aux fins du respect de cette norme, nécessaire pour l'obtention du permis de construire. Le rapport établi par cette entreprise le 17 février 2014, complété le 5 mars 2014, concluait que les normes SIA en matière de bruit ne pouvaient pas complètement être respectées, malgré la mise en place de mesures, mais qu'une dérogation pouvait être demandée au Service de l'air, du bruit et des rayonnements non ionisants. En lien avec ces travaux, la bailleresse était assistée de F.________, consultant indépendant, et d'une entreprise chargée de contrôler la nature des travaux projetés par la locataire, avec l'appui d'une entreprise spécialisée en acoustique. Dans le cadre des discussions qui ont suivi sur les travaux à entreprendre, il est apparu que la bailleresse se référait non seulement aux normes SIA en matière de nuisances sonores et vibrations, mais aussi à des clauses du contrat de bail allant au-delà de ces normes. Lorsque, le 6 mai 2014, E.________ a demandé à F.________ à quel article du contrat de bail il se référait, celui-ci s'est rendu compte que le contrat signé par les parties ne correspondait pas à celui négocié par la bailleresse, notamment s'agissant de l'art. 34. Le 11 mai 2014, dans un courriel à la locataire, F.________ a déclaré que la bailleresse n'était pas liée par l'art. 34 modifié à la dernière minute sans préavis, mais par le texte du bail et des clauses complémentaires rédigés le 21 janvier 2014. La bailleresse proposait donc de signer un avenant au bail pour corriger la situation et, à défaut, se réservait le droit d'invalider le contrat pour dol et de réclamer des dommages-intérêts. La locataire a toutefois refusé la signature de l'avenant évoqué et imparti un délai au 23 mai 2014 à la bailleresse pour signer les demandes de réalisation de travaux, sous peine de mettre un terme aux relations contractuelles pour cause d'inexécution. Questionnée par la bailleresse sur les discussions qui avaient eu lieu le jour de la signature du bail par la locataire, B.________ a indiqué que les modifications du contrat et de ses clauses complémentaires n'avaient pas été discutées. Questionnée également, D.________ a affirmé que la locataire avait reçu le bail avant la séance du 24 janvier 2014, qu'il n'avait pas été lu pendant la réunion et qu'elle-même était partie lorsqu'il avait été signé. Elle a par la suite précisé qu'elle n'avait pas suivi toute la discussion entre B.________ et la locataire, puisqu'elle n'avait pas assisté à toute la réunion. A.d. Par courrier du 4 juin 2014, la locataire a informé A.________ AG qu'elle se départissait du contrat conformément à l'art. 107 al. 2 CO, restituait les locaux dès réception du courrier et demandait des dommages-intérêts. Contestant ces allégations, la bailleresse a fixé un délai à la locataire pour qu'elle signe l'avenant du bail rétablissant les art. 34 et 36 des clauses complémentaires tels que négociés le 21 janvier 2014, faute de quoi elle partait du principe que la locataire renonçait à exécuter le contrat et se réservait le droit de mettre fin à celui-ci et réclamer des dommages-intérêts. Elle se réservait en outre le droit de résilier le bail en vertu de l'art. 257f CO, dans la mesure où des travaux avaient été réalisés sans son accord. Le 22 juillet 2014, la bailleresse a mis la locataire en demeure de s'acquitter du loyer et de l'acompte de frais accessoires pour la période du 15 juillet au 14 août 2014, la menaçant de résilier le bail selon l'art. 257d CO. La locataire a répondu que, lors de la séance du 24 janvier 2014, l'attention des représentants de la bailleresse avait été attirée sur la modification des clauses complémentaires. B.________ et D.________, considérant ces modifications comme importantes, avaient refusé de signer le contrat pour le soumettre aux représentants de la bailleresse, lesquels avaient retourné le bail signé dix-huit jours après la réunion. La locataire confirmait la résolution du contrat et précisait que la clef des locaux avait été remise au responsable technique du centre en mai 2014. A.e. Par avis officiel du 26 août 2014, la bailleresse a résilié le bail pour le 30 septembre 2014, pour non-paiement du loyer. Le 24 mars 2015, elle a fait notifier un commandement de payer pour un montant de 1'027'528 fr. 30 à titre de coût de remise en état des locaux, perte de loyer, honoraires de courtage, frais d'avocats et coûts internes, auquel la locataire a fait opposition. Le 27 avril 2015, la locataire a à son tour fait notifier un commandement de payer à la bailleresse pour un montant de 200'000 fr. à titre de dommage subi à la suite de l'inexécution par celle-ci de ses obligations contractuelles. La bailleresse y a fait opposition.