Citation: 8C_322/2022 E. 5.1

5.1. En l'espèce, la cour cantonale a dans un premier temps distingué la règlementation en matière de transport public régional de voyageurs de celle applicable en matière de transport urbain. S'agissant du transport régional, elle a relevé que les entreprises de transports publics soumettaient aux commanditaires des offres pour deux années d'horaires et y attestaient pour chaque ligne les coûts planifiés ainsi que les produits attendus issus de la vente de titres de transport; les commanditaires (Confédération et cantons) indemnisaient, selon une clé de répartition prédéfinie (art. 30 de la loi du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs [LTV; RS 745.1]), les coûts non couverts conformément aux offres (art. 28 al. 1 LTV). En cas d'écart entre les coûts planifiés et les produits, les excédents éventuels étaient attribués à raison d'au moins deux tiers à une réserve à affectation obligatoire. Cette réserve spéciale ne pouvait être utilisée que pour éponger d'éventuels futurs déficits (cf. art. 36 LTV). Pour l'année 2020, le déficit planifié à la charge de la Confédération et du canton de Vaud s'élevait à 5'689'533 fr. et devait être pris en charge à hauteur de 47 % par la Confédération et de 53 % par le canton de Vaud (cf. art. 8 de la convention de subventionnement entre le canton de Vaud et la recourante relative à l'offre sur les prestations du secteur du trafic régional des voyageurs [TRV] et son indemnisation, applicable à la période d'horaire 2020/2021). En matière de transport urbain, la cour cantonale a relevé que les prestations de transport n'étaient pas indemnisées par la Confédération, mais par les cantons et les communes, en fonction de la législation spécifique à chaque canton. Dans le canton de Vaud, la participation cantonale était, conformément à l'art. 18 de la loi cantonale du 11 décembre 1990 sur la mobilité et les transports publics (LMTP; BLV 740.21), limitée à 50 % du déficit d'exploitation au plus, mais elle ne pouvait pas dépasser au maximum la somme des montants suivants: le 50 % des intérêts des emprunts, garantis par l'État et les communes; le 50 % des amortissements comptables des installations et équipements; et le 12,5 % des autres charges d'exploitation, y compris les intérêts sur les engagements courants. Le solde des coûts était à la charge des communes, après déduction de l'intégralité des recettes (cf. art. 17 LMTP). Pour l'année 2020, le déficit planifié s'élevait à 5'305'816 fr. et devait être pris en charge à hauteur de 1'134'176 fr. par le canton de Vaud, le solde étant à la charge des communes selon accord (cf. art. 5 de la convention de subventionnement entre le canton de Vaud et la recourante relative à l'offre sur les prestations du secteur du trafic local [urbain] des voyageurs et son indemnisation, applicable à l'année d'horaire 2020).