Citation: 2C_857/2009 17.05.2010 E. A

Die X.________ GmbH, damals eine 100 % Tochtergesellschaft der X.________ Holding AG, deklarierte für die Steuerperiode 2003 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 62'742'175.-- und ein Eigenkapital von Fr. 37'012'113.--. Für die Steuerperiode 2004 deklarierte sie einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 65'442'933.-- und ein Kapital von Fr. 9'178'913.--. Vom Kantonalen Steueramt Zürich wurde sie am 8. August 2008 für die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 81'771'400.-- und einem Eigenkapital von Fr. 53'776'000.-- (2003) bzw. einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 46'414'000.-- und einem Eigenkapital von Fr. 9'178'000.-- (2004) veranlagt. Die Abweichungen zur Deklaration ergaben sich insbesondere aufgrund von Aufrechnungen wegen unterpreislichem Verkauf von Aktien der A.________ AG an die X.________ Holding AG, die B.________ GmbH & Co. KG sowie die A.________ AG selber. Dabei wurde dem während dem Veranlagungsverfahren geäusserten Antrag der X.________ GmbH nicht gefolgt, wonach aufgrund einer handelsrechtswidrigen Verbuchung eine Bilanzberichtigung vorzunehmen, der Ertrag aus Kaufpreiserhöhung in der Jahresrechnung 2003 zu stornieren und als Beteiligungsertrag in der Jahresrechnung 2004 zu verbuchen sei, mit entsprechender Korrektur des steuerbaren Kapitals. Die X.________ GmbH erhob gegen diese Veranlagungsverfügungen ohne Erfolg Einsprache (Entscheid des Kantonalen Steueramts Zürich vom 29. Oktober 2008). Gemäss Handelsregistereintrag vom 7. Dezember 2007 gingen während dem laufenden Einspracheverfahren die Aktiven und Passiven der X.________ GmbH infolge Fusion auf die X.________ Holding AG über und die X.________ GmbH wurde gelöscht.