Citation: 9C_433/2024 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après : le groupe ou l'assujetti) est immatriculé au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) en qualité d'assujetti au sens de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), depuis le 1er juillet 2012. Le groupe se compose de B.________ SA, de C.________ SA et de D.________ SA. Ayant son siège à U.________, B.________ SA a pour but statutaire la prise et la gestion de participations dans toute entreprise commerciale industrielle,... et... en rapport avec la navigation sur le lac E.________, notamment dans les sociétés C.________ SA et D.________ SA. D.________ SA, dont le siège est à V.________, a notamment pour buts d'exploiter une flotte de bateaux.... A.b. L'AFC a effectué un contrôle du groupe portant sur la période courant du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2017. À cette occasion, elle a notamment procédé à des reprises de TVA concernant les recettes rétrocédées à l'assujetti par l'Office central de compensation (ci-après: OCC) des Chemins de fer fédéraux (ci-après: CFF), alors décomptées par l'assujetti en tant que chiffre d'affaires réalisé à l'étranger. L'AFC a également opéré une réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison de contributions financières versées par le Département étranger de W.________, ainsi que par les communes étrangères de X.________ et de Y.________ au groupe. L'assujetti a contesté les reprises ainsi que la déduction de l'impôt préalable. En date du 4 juin 2017, l'AFC a adressé à l'assujetti une notification d'estimation n° xxx, en arrêtant la créance fiscale à xxx fr. et le montant de l'impôt en sa faveur à xxx fr. pour les périodes fiscales 2014 à 2017. À la suite de courriers du groupe contestant le traitement TVA lié aux recettes versées par l'OCC et à la déduction de l'impôt préalable consécutive au versement de contributions financières par les collectivités publiques étrangères, l'AFC a confirmé la créance fiscale arrêtée par sa notification d'estimation du 4 juin 2019, dit que l'assujetti s'était (entre-temps) acquitté de xxx fr. pour les périodes fiscales en cause et qu'il devait encore verser un intérêt moratoire dès le 17 juin 2016 (décision du 17 mai 2021). A.c. Statuant sur réclamation le 29 septembre 2022, l'AFC a fixé la créance fiscale à xxx fr. et la correction de l'impôt en sa faveur à xxx fr. pour les périodes fiscales 2014 à 2017, plus intérêt moratoire à compter du 17 juin 2016.