Citation: 4A_582/2019 E. A

A.a. Par contrat de bail du 28 mai 1999, D.________et E.________ et F.________ SA, propriétaires, ont cédé à B.________ et C.________, locataires, l'usage d'un appartement de cinq pièces au 2e étage d'un immeuble - datant de 1996 - situé à l'avenue... à Genève. Le bail, conclu initialement du 16 juin 1999 au 30 juin 2000, s'est renouvelé ensuite tacitement. Le loyer annuel a été fixé à 18'792 fr., soit 1'566 fr. mensuels. Les charges relatives au chauffage et à l'eau chaude ont été fixées annuellement à 1'800 fr., soit 150 fr. par mois. A.b. Le bâtiment, qui est devenu propriété de A.________ le 1er novembre 2005, était classé (depuis 1997) pour 20 ans en catégorie 2 HLM de la loi genevoise sur le logement et la protection des locataires (LGL; I 4 05). Le Conseil d'Etat, qui a fixé l'état locatif provisoire du bâtiment par arrêté du 16 septembre 1996, a alloué une subvention aux propriétaires dès le 1er janvier 1997, exonéré fiscalement l'immeuble (arrêté du 13 décembre 2000) et adapté l'état locatif. La subvention a ensuite été réduite deux fois successivement et l'état locatif adapté (7 novembre 2012, 17 octobre 2014), ce qui a donné lieu à des modifications de loyer qui ont été notifiées aux locataires (14 novembre 2012, 11 novembre 2014). La dernière modification de loyer (avis du 11 novembre 2014), qui portait le loyer à 24'936 fr. (soit 2'078 fr. par mois) dès le 1er janvier 2015, a été contestée par les locataires. Elle a donné lieu à une procédure qui s'est terminée devant la Chambre administrative de la Cour de justice le 22 janvier 2019 (celle-ci confirmant le montant de l'état locatif et, partant, écartant la réclamation des locataires). A.c. Par courrier du 29 août 2016, A.________ (ci-après également : la bailleresse) a informé les locataires que la sortie de l'immeuble du contrôle de l'Etat, prévue pour le 31 décembre 2016, entraînerait des modifications de leur contrat de bail. Elle leur proposait d'appliquer une baisse de loyer de 15,25% pour leur appartement, correspondant principalement à la baisse du taux hypothécaire des années précédentes, celle-ci modifiant le calcul du rendement net admissible de l'immeuble selon l'art. 269 CO. Un avis de baisse de loyer était joint au courrier, le loyer étant dorénavant arrêté à 19'548 fr. (soit 1'629 fr. par mois) dès le 1er janvier 2017. Par courrier du 28 septembre 2016, la bailleresse a informé les locataires que la sortie du contrôle étatique était en réalité fixée au 31 décembre 2017 (et non au 31 décembre 2016) et que l'avis de baisse qui leur avait été notifié ne serait applicable qu'à partir du 1er janvier 2018. Le 31 octobre 2016, les locataires ont déposé une requête en diminution de loyer devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Acceptant la baisse de loyer du 28 septembre 2016 à titre d'acompte, ils ont conclu à une baisse de loyer générale de 40% dès le 1er janvier 2018. Lors de l'audience de conciliation du 11 janvier 2017, les parties ont convenu de retirer chacune leurs conclusions respectives. Par courrier du 11 août 2017, les locataires ont à nouveau sollicité de la bailleresse une baisse de loyer de 40% dès le 1er janvier 2018, en raison de la sortie de l'immeuble du contrôle de l'Etat à cette date. Par courrier du 28 août 2017, la bailleresse leur a opposé un refus.