Citation: 1C_402/2016 E. A

A.a. Seit 1946 wird der Militärflugplatz Buochs zivilaviatisch mitbenützt. Seit 2002 gilt er für die Luftwaffe als sog "Sleeping Base" und wird von ihr nur noch sporadisch, insbesondere für Flüge mit Helikoptern und Propellerflugzeugen sowie vereinzelte Werkflüge zur Liquidation militärischer Kampf- und Schulflugzeuge genutzt. Zivile Flugplatzhalterin ist die Airport-Buochs AG (ABAG). Hauptnutzerin ist die Pilatus Flugzeugwerke AG (im Folgenden: Pilatus AG), die vor Ort namentlich Test- und Trainingsflüge von neuen oder gewarteten Flugzeugen mit eigenen Piloten oder solchen ihrer Kunden durchführt. Dieser Flugbetrieb beruht seit 1982 auf einem Werkflugbetriebsreglement, das von den damals zuständigen Bundesbehörden im November/Dezember 1982 genehmigt worden ist. Überdies gibt es je ein Betriebsreglement für die Segelfluggruppe Nidwalden sowie die Modellfluggruppe Nidwalden aus dem Jahre 1983. A.b. Der Flugplatz Buochs verfügt über eine Hauptpiste mit einer Länge von 2'000 m, die von Nordosten nach Südwesten verläuft. Südöstlich davon befinden sich der Tower, der Flugzeugabstellplatz (sog. Apron) sowie weitere Hangars. Nordwestlich der Piste liegen die Fertigungshallen der Pilatus AG. Deren Betriebsgelände wird durch die Kantonsstrasse (Ennetbürger- bzw. Stanserstrasse) getrennt, die wiederum an drei Stellen von den Rollwegen für die Flugzeuge überquert wird. Mitten durch das Flugplatzgelände und senkrecht zur Hauptpiste führt die Herdernstrasse, welche die Piste ungefähr in deren Mitte kreuzt. Auf der Herdernstrasse sind strassenseitige Barrieren mit einer akustischen Warnanlage montiert, die bei Starts und Landungen aktiviert werden. Über das Gelände führen noch zwei weitere Strassen, und darauf befinden sich drei weitere Barrieren. Da verschiedene Genossenkorporationen über Grundstücke im Flugplatzperimeter verfügen, finden darauf regelmässig landwirtschaftliche Tätigkeiten statt. Weder der Flugplatzperimeter noch die Hauptpiste sind umzäunt. A.c. Auf dem Flugplatz Buochs werden primär Flugverfahren auf Sicht (Visual Flight Rules-Verfahren [VFR-Verfahren]) durchgeführt. Seit Mitte der 90er-Jahre des letzten Jahrhunderts wird insbesondere von Piloten der Pilatus AG zusätzlich ein Instrumentalflugverfahren (Instrument Flight Rules-Verfahren [IFR-Verfahren]) verwendet. Dafür gelangt das sog. Standard Instrument Departure-Verfahren (SID-Verfahren) zur Anwendung. Dieses wird im sog. PANS-OPS (Procedures for Air Navigation Services - Aircraft Operations) konkretisiert, bei dem es sich um ein wesentliches Dokument zur Prüfung der luftfahrtspezifischen Anforderungen handelt. Das auf dem Flugplatz Buochs benutzte Abflugverfahren wird als SID WIL 1A bezeichnet. Dieses Verfahren erlaubt einen Abflug auch bei schlechter Sicht, insbesondere bei Nebel, sieht einen Start auf der Hauptpiste Richtung Südwesten vor und folgt auf einem standardisierten Flugweg verschiedenen zwingend zu passierenden Wegpunkten. In einer Entfernung von rund 3'900 m vom Pistenende führt die Route am in der Flugschneise liegenden Grundstück von A.________ vorbei.