Citation: 1C_662/2021 E. A

A.________ et B.________ sont propriétaires des parcelles nos 956 (681 m²), 967 (3'490 m²) et 968 (100 m²) du registre foncier (RF) de la commune de Genève, section Eaux-Vives, situées entre le chemin de Roches, l'avenue Théodore-Weber, la rue Henri-Mussard et la route de Malagnou. Les parcelles sont occupées par des garages loués. Elles sont grevées de diverses servitudes. La parcelle n° 967 comprenait un parking de 42 places autorisé en 1976 à titre précaire en raison de l'emplacement du tracé du raccordement ferroviaire. Une mention au RF précise qu'il "devra être supprimé à première réquisition des pouvoirs publics, sans indemnité de la part de ceux-ci". Le 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports a approuvé les plans du CEVA (ligne Cornavin - Eaux-Vives - Annemasse) et a accordé aux Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après: les CFF) et à l'Etat de Genève les droits d'exproprier, notamment sur les parcelles précitées. Les plans prévoyaient une emprise définitive de 663 m² sur la parcelle n° 967 ainsi que trois servitudes souterraines (interdiction de bâtir, tolérance d'exploitation ferroviaire et superficie pour le tunnel) de 222 m² (parcelle n° 956), 3'090 m² (parcelle n° 967) et 60 m² (parcelle n° 968). A.a. Par décision du 7 janvier 2013, la Commission fédérale d'estima-tion du 1er arrondissement (ci-après: la CFE) a accordé 66'300 fr. d'indemnité pour l'emprise de 663 m² et 142'107 fr. pour la démolition d'un atelier (parcelle n° 967) ainsi que 53'700 fr. pour les servitudes d'interdiction de bâtir, excluant toute indemnisation pour les servitudes de tolérance et de superficie. Par arrêt du 5 juin 2014, la Cour I du Tribunal administratif fédéral (ci-après: le TAF) a annulé cette décision et renvoyé la cause à la CFE, considérant que celle-ci n'avait pas suffisamment expliqué sa méthode de calcul. A.b. Par décision du 15 décembre 2015, après avoir fait réaliser une expertise, la CFE a fixé l'indemnité à 512'724 fr., appliquant la méthode de la valeur locative préconisée par les experts. Par arrêt du 3 juillet 2018, le TAF a annulé cette décision. Le rendement des places de stationnement sur la parcelle n° 663 devait être pris en compte. L'impossibilité de construire en sous-sol en raison des servitudes constituait un dommage indemnisable. Le prix au m² de la parcelle n° 956 devait être défini selon la méthode statistique et il y avait lieu de tenir compte de la profondeur des droits expropriés. A.c. Dans une troisième décision du 12 juin 2020, la CFE a fixé l'indemnité globale à 567'753 fr. avec intérêts à 2,25% dès le 30 novembre 2011 pour l'emprise de 663 m² (sur la base d'un prix de 642 fr./m²) ainsi que pour la destruction de l'atelier. Les servitudes impliquaient une impossibilité de construire en surface de 150 m² sur la parcelle n° 967, avec une dépréciation correspondante de 20%, soit 19'260 fr. L'atteinte au droit de construire en sous-sol (parcelles n os 967 et 968), occasionnait une perte de valeur globale de 20%, soit 404'460 fr. L'atteinte au droit de construire un deuxième sous-sol sur la parcelle n° 956 a enfin été chiffrée à 16'650 fr.