Citation: 6B_979/2013 E. 4

En définitive, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé dans la mesure où il déboute X.________ de ses conclusions en indemnisation, et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle se prononce sur l'indemnisation du tort moral sollicitée par le recourant. Ce dernier obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il peut prétendre à des dépens à charge du canton (art. 68 al. 1 LTF). La requête d'assistance judiciaire est sans objet (art. 64 al. 2 LTF). Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce: