Citation: 2C_712/2020 E. A

B.________ SA est la société faîtière du groupe C.________. Elle avait pour filiale la société CD.________ SA (ci-après : CD.________), inscrite au registre du commerce en juin 1930, dont le but social était la fabrication, l'achat, la vente de tous produits alimentaires. A.a. Par acte authentique du 11 juillet 2014, CD.________ a vendu à la Fondation E.________ (ci-après : la fondation), institution de prévoyance professionnelle, un immeuble commercial (ci-après : l'immeuble) sis sur la parcelle n° ***** de la commune de F.________, pour la somme de 17'000'000 fr. Selon l'art. 1 § 2 du contrat, la vente était expressément convenue et étroitement liée à la conclusion, d'une part, d'un contrat de bail signé simultanément entre la venderesse (en tant que locataire principale) et l'acquéreur (en tant que bailleur), d'une durée initiale de vingt ans et, d'autre part, d'une promesse de vente et d'achat, signée simultanément, aux termes de laquelle la venderesse rachètera l'immeuble à l'acquéreur, moyennant certaines conditions. Le même jour, CD.________ et la fondation ont signé un contrat de bail à loyer pour une durée de vingt ans, portant sur l'immeuble vendu, afin de permettre à CD.________ de continuer à y déployer ses activités. Le loyer annuel convenu, indexé exclusivement en cas de hausse de l'indice suisse des prix à la consommation (ci-après : ISPC), s'élevait à 825'600 fr.-. Les frais d'entretien de l'immeuble étaient à la charge de CD.________. Par un second acte authentique, également daté du 11 juillet 2014, CD.________ et la fondation ont signé une promesse irrévocable de vente et d'achat de l'immeuble pour le prix de 17'000'000 fr. indexé uniquement en cas de hausse de l'indice suisse des prix à la consommation. L'exécution de la promesse pouvait être demandée par chacune des parties en tout temps, mais dans un délai maximum de vingt-cinq ans, soit jusqu'en 2039. Par courrier du 30 janvier 2015, CD.________ a déposé une demande de "ruling" auprès de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève. Elle proposait de ne pas considérer la vente de l'immeuble comme une réalisation effective, parce qu'elle en restait la propriétaire économique. Le bénéfice de la vente s'était élevé à 10'375'666 fr., compte tenu de la valeur comptable de l'immeuble de 6'575'634 fr. et des frais occasionnés par la vente de 48'700 fr. Cette somme avait été affectée au remboursement des emprunts hypothécaires pour un montant de 4'100'000 fr. Le solde devait être utilisé à des fins d'investissement pour un total de 11'900'000 fr. et pour financer l'achat, au cas où l'exécution de la promesse d'achat/vente serait demandée. Pour ces raisons, elle proposait que l'immeuble fût "conservé à sa valeur comptable et amorti selon le plan historique". Une dette serait inscrite au passif en faveur de la fondation. Au niveau du résultat, le loyer serait passé en charge mais indiqué comme intérêts dans l'annexe B de la déclaration fiscale. Lors de l'exercice de l'option, la dette envers la fondation serait annulée. Si toutefois l'Administration fiscale cantonale considérait la réalisation immobilière comme effective, elle souhaitait pouvoir constituer une provision pour remploi de 10'376'000 fr. et reporter ainsi l'imposition d'une partie du bénéfice de la vente de l'immeuble sur des biens d'exploitation immobilisés. Le 23 avril 2015, l'Administration fiscale cantonale a refusé. A.b. Le 23 juin 2015, CD.________ a fait l'objet d'une scission, avec effet au 1er janvier 2015, en trois entités, soit: - B.________ SA (ci-après : B.________), inscrite en juillet 2015 au registre du commerce; - C.________ SA, inscrite au registre du commerce également en juillet 2015, radiée en juillet 2017; - CD.________, dont la raison sociale est devenue A.________ SA (ci-après : A.________), radiée en novembre 2018. Lors de l'opération de scission du 23 juin 2015, B.________ a repris l'obligation de rachat de l'immeuble et la provision pour gain différé et A.________ a repris l'engagement de location envers la fondation. A.c. Dans la feuille B "dettes et provisions" de sa déclaration fiscale 2014 déposée en novembre 2015, CD.________ a mentionné une "provision produits différés" de 9'590'240 fr., comptabilisée dans son bilan au 31 décembre 2014. Par bordereaux de taxations datés du 16 mars 2016 et entrés en force, l'Administration fiscale cantonale n'a pas procédé à une reprise de cette provision. Dans la feuille B "dettes et provisions" de sa déclaration fiscale 2015 déposée en décembre 2016, B.________ a mentionné, comme CD.________ l'année précédente, la "provision pour produits différés" pour un montant de 9'590'258 fr., résultant de son bilan au 31 décembre 2015. A.d. Par acte du 12 novembre 2018, A.________ et B.________ ont fusionné pour former une nouvelle entité exploitée sous la raison sociale "A.________ SA" (ci-après : A.________ SA ou la contribuable). Par acte authentique du 5 décembre 2018, la fondation a déclaré vendre l'immeuble à A.________ SA qui a exercé son droit d'emption, ainsi que deux cédules hypothécaires au capital de 5'000'000 fr. chacune, en vue de la vente par A.________ SA de l'immeuble à un tiers. La date d'exécution de la vente devait être fixée d'entente entre les parties, mais devait être identique à celle de la vente de l'immeuble par A.________ SA à un tiers. Le bail entre A.________ SA et la fondation restait en vigueur jusqu'à la date d'exécution de l'acte de vente. La vente a été fixé à 17'000'000 fr.