Citation: 1C_276/2020 E. B

Le 13 septembre 2006, C.________ SA a acquis la parcelle n o 2795 d'une surface de 2'374 m² sise sur la Commune de Vernier, en 5 ème zone de développement 3, pour un montant de 1'775'000 fr.; ce bien-fonds supportait une centrale de télécommunication comprenant un appartement de fonction. En fin d'année 2006, C.________ SA a déposé auprès du Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement, devenu depuis lors le Département du territoire (ci-après: DT ou le département), deux demandes d'autorisations de construire: l'une portait sur la construction d'un immeuble destiné au logement en PPE prévu au 12A, rue Jean-Simonet (ci-après: immeuble PPE); l'autre concernait le changement d'affectation de la parcelle et la construction de logements au 12, rue Jean-Simonet, sous la forme d'un immeuble d'habitation mixte (ci-après: immeuble HM). En juin 2007, C.________ SA a vendu à A.________ SA une copropriété pour moitié de la parcelle n o 2795, pour un montant de 950'000 fr. Le 2 septembre 2008, l'Office cantonal du logement, devenu depuis lors l'Office cantonal du logement et de la planification foncière (ci-après: OCLPF), a donné à A.________ SA et C.________ SA son accord de principe à l'opération portant sur l'immeuble HM, indiquant que le plan financier du 11 juillet 2008 faisait partie intégrante de cet accord. Cette opération était en outre en lien avec l'opération portant sur l'immeuble PPE, pour laquelle elle faisait office de compensation. Selon ce plan financier, le prix de revient maximal de l'immeuble HM était fixé à 6'151'720 fr., tandis que le prix de revient déterminant à son élaboration était de 4'988'339 fr., compte tenu du report de la différence de 1'163'381 fr. dans le prix de revient de l'opération relative à l'immeuble PPE. La valeur résiduelle du bâtiment préexistant était arrêtée à 707'600 fr. Le même jour, l'OCLPF a donné aux deux sociétés prénommées son accord de principe à l'opération portant sur l'immeuble PPE, indiquant que le plan financier du 11 juillet 2008 faisait partie intégrante de cet accord. Cette opération était en outre liée à l'opération portant sur l'immeuble HM, pour laquelle cette dernière faisait office de compensation. Ce second plan financier arrêtait le prix de revient maximal de l'immeuble PPE à 7'908'205 fr., dont un montant de péréquation maximal de 1'163'381 fr. en faveur de l'immeuble HM. Ces accords et leurs annexes ont été transmis au Conseil d'Etat de la République et canton de Genève. Ils ont par ailleurs été signés et retournés à l'OCLPF par A.________ SA et C.________ SA, avec la mention "bon pour accord".