Citation: 9C_317/2024 E. A

A.a. Die A.________ AG mit Sitz in U.________/BL bezweckt das Halten von Beteiligungen. Sie kann Liegenschaften, Beteiligungen und Immaterialgüter erwerben und veräussern sowie alle anderen Geschäfte tätigen, welche geeignet sind, die Entwicklung der Unternehmung zu fördern oder zu erleichtern. Im hier relevanten Zeitraum (1. September 2010 bis 31. August 2015) war die A.________ AG Teil des B.________-Konzerns. Sie wurde zu 100 % von der C.________ Holding Europe B.V./NL gehalten, welche ihrerseits von der C.________ Holding B.V./NL, der Topholdinggesellschaft des B.________-Konzerns, gehalten wurde. Die C.________ Holding B.V. hielt auch eine Beteiligung von 49 % an der B.________ Centres Switzerland AG (heute: E.________ AG) mit Sitz in V.________/VD. A.b. Aus einer Buchprüfung der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) bei der B.________ Centres Switzerland AG im Februar 2016 betreffend die Steuerjahre 2011 bis 2015 und anschliessender Korrespondenz ergab sich, dass diese Gesellschaft Lohn- und damit verbundene Kosten der A.________ AG und anderen verbundenen Gesellschaften weiterverrechnet hatte. Konkret hatte die B.________ Centres Switzerland AG in den Jahren 2011 bis 2015 der A.________ AG Lohnzahlungen und Reisespesen für Frau D.________ im Umfang von total Fr. 529'007.- weiterverrechnet, obschon diese Person nicht für die A.________ AG tätig gewesen war. Mit Schreiben vom 20. Mai 2016 stellte die ESTV der A.________ AG Verrechnungssteuern von insgesamt Fr. 299'092.25 in Rechnung. Diesem Steuerbetrag lagen die vorgenannten Lohnkosten von Fr. 529'007.- für Frau D.________ zuzüglich eines Aufschlags von 5 % zugrunde (Fr. 555'457.-), wobei dieser Betrag für die Steuerberechnung ins Hundert aufgerechnet wurde. Die A.________ AG bezahlte am 22. Juni 2016 vorbehaltlos den Verrechnungssteuerbetrag von Fr. 299'092.25 und am 26. Juli 2016 die separat in Rechnung gestellten Verzugszinsen von Fr. 30'946.15. Mit Schreiben vom 19. September 2016 deklarierte die A.________ AG im Geschäftsjahr 2015/2016 (1. September 2015 bis 31. August 2016) ausgerichtete geldwerte Leistungen im Zusammenhang mit Lohnzahlungen an Frau D.________ im Umfang von (nach Aufrechnung ins Hundert) Fr. 107'547.-, woraus ein Steuerbetrag von Fr. 37'642.- resultierte. A.c. Rund drei Jahre später teilte die A.________ AG der ESTV mit Schreiben vom 6. Dezember 2019 mit, sie habe den Sachverhalt noch einmal überprüft und sei zum Schluss gekommen, dass die erhobene Verrechnungssteuer im Meldeverfahren erledigt werden könne und deshalb nicht geschuldet sei. Sie beantragte, es sei ihr die irrtümlich bezahlte Verrechnungssteuer von Fr. 299'092.25 zuzüglich Zins ab 22. Juni 2016 zu erstatten. Zudem sei ihr der bezahlte Verzugszins von Fr. 30'946.15 zuzüglich Zins ab 25. Juli 2016 zu erstatten. Sie reichte der ESTV die ausgefüllten Formulare zur Meldung der Verrechnungssteuer auf steuerbaren Leistungen in Höhe von insgesamt Fr. 555'457.- für die Jahre 2011 bis 2015 ein. Nach Korrespondenz verfügte die ESTV mit Entscheid vom 30. Juni 2020 gestützt auf Art. 41 VStG (SR 642.21), dass ihr die A.________ AG Fr. 299'092.25 an Verrechnungssteuern schulde. Dieser Betrag sei am 22. Juni 2016 zu Recht bezahlt worden (Dispositivziffer 1). Zudem schulde die A.________ AG auf dem Steuerbetrag von Fr. 299'092.25 Verzugszins von Fr. 30'946.15 (5 % ab Fälligkeit bis zum Tage der Entrichtung der Steuer). Die A.________ AG habe diesen Betrag der ESTV am 26. Juli 2016 zu Recht bezahlt (Dispositivziffer 2). Auf das Gesuch um Meldung statt Steuerentrichtung vom 6. Dezember 2019 trat die ESTV nicht ein (Dispositivziffer 3). Die Einsprache hiergegen wies die ESTV mit Einspracheentscheid vom 24. Mai 2022 vollumfänglich ab.