Citation: 4A_564/2017 E. B

B.a. Le 1er septembre 2009, la locataire a saisi l'autorité de conciliation d'une requête en réduction de loyer dirigée contre la bailleresse d'alors. Le 8 février 2010, la locataire a porté l'action devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève. En substance, elle sollicitait les réductions de loyer suivantes: - 28% pour la période de mai à décembre 2008, soit 509'936 fr.; - 17,5% de janvier à juin 2009, soit 249'691 fr. 20; - 17,5% dès le 1er juillet 2009 jusqu'à l'achèvement des travaux encore en suspens, dont la réalisation d'enseignes lumineuses sur le toit, l'isolation phonique, le réglage de température au niveau du système de chauffage et de climatisation ainsi que divers travaux mentionnés dans les annexes 1, 4, 5 et 6 de la convention de décembre 2007. B.b. Plusieurs témoins ont été entendus et trois expertises ont été mises en oeuvre. L'une d'elles, confiée à l'ingénieur HES E.________, portait notamment sur les installations de sécurité technique et l'état d'avancement des travaux prévus par la convention de décembre 2007. B.c. La locataire a consigné les loyers dès mars 2010 et introduit une procédure en validation de cette mesure. Les causes ont été jointes. B.d. Le Tribunal des baux et loyers a rendu son jugement le 17 juin 2016. En substance, il a constaté l'existence de divers défauts et ordonné l'élimination de certains; il a en revanche considéré que les défauts relatifs à l'isolation phonique et au système de chauffage et de ventilation étaient permanents. Il a octroyé des réductions de loyer et condamné la bailleresse à restituer les montants perçus en trop. Le dispositif du jugement statuait de la façon suivante sur les points qui sont encore litigieux à ce stade: - Sous chiffre 1 du dispositif, le Tribunal a ordonné à la bailleresse: a) de remédier à une liste de défauts retenus sur la base de l'expertise E.________, qui avait constaté leur persistance depuis la réception provisoire des locaux (annexe 1 de la convention); b) de remédier au défaut affectant l'accès au bâtiment pour les handicapés, constaté dans l'expertise E.________; c) de remédier au défaut affectant la porte de secours, constaté dans cette même expertise; d) de faire installer sur le toit les enseignes lumineuses conformément aux plans faisant partie de l'annexe 2 de la convention de décembre 2007. Pour ces défauts, le Tribunal a ordonné sous chiffre 3 du dispositif une réduction de loyer de: - 3%, du 1er mai 2008 jusqu'à complète réparation des défauts énoncés sous chiffre 1a du dispositif (poste D de la convention de décembre 2007). - 3%, du 1er mai 2008 au 31 décembre 2008 pour le défaut d'installation des enseignes publicitaires lumineuses sur le toit, évoqué au chiffre 1d du dispositif (poste A de la convention). Le Tribunal a en outre octroyé une réduction de loyer de 3% pour le défaut affectant l'isolation phonique et de 5% pour les défauts concernant le système de chauffage (système à quatre tubes) et la ventilation défectueuse dans le local fumeur. B.e. Tant la locataire que la bailleresse B.1________ AG (laquelle a ensuite modifié sa raison sociale en B.________ AG) ont fait appel de cette décision auprès de la Cour de justice genevoise. Cette autorité a statué par arrêt du 25 septembre 2017, dont le dispositif est résumé ci-dessous, dans un ordre et une numérotation librement adoptés.