Citation: 1C_105/2023 E. B

B.a. Suite à l'octroi d'un permis de construire en 2015 et d'un permis de construire complémentaire en 2017, B.________, respectivement la propriétaire, ont procédé à une reconstruction des bâtiments du chantier naval, qui avaient été construits avant l'entrée en vigueur du PEP. Le projet prévoyait différents locaux pour le chantier naval (notamment atelier, stockage, places de stationnement et locaux administratifs) et un appartement dans l'attique. B.b. Le 6 mai 2015, peu avant la délivrance du permis de construire précité, B.________ et la commune de Nyon ont signé une convention constitutive d'un droit de préemption et d'une servitude grevant la parcelle n° 1608. La clause relative à la servitude était stipulée comme suit: "Toutes industries, tous hôtels, pensions, restaurants, débits de boissons ou autres établissements publics, tous garages publics, établissements ou bâtiments industriels ou agricoles, tous dépôts, places de camping, plages publiques, terrains de sport sont interdits sur le fonds grevé, à l'exception d'un chantier naval et d'un garage à bateaux, qui seront exploités tels qu'ils le sont actuellement, ainsi que d'une ou plusieurs activités tertiaires. Les agrandissements et développements des installations ne changeant pas la nature artisanale de l'exploitation sont autorisés. Le parcage et la location de places de parking ne sont autorisés qu'aux habitants, aux utilisateurs du chantier naval et des bureaux, ainsi qu'à leurs clients".