Citation: 9C_380/2024 E. A

A.a. A.________ (ci-après: le contribuable) est domicilié dans le canton de Genève. Entre 2013 et 2018, il a exercé une activité lucrative dépendante auprès de B.________ SA, active dans le négoce de C.________. En parallèle de cette activité salariée, A.________ a commencé une activité lucrative indépendante dans le même domaine, en utilisant le réseau commercial de son employeur. Il n'a pas déclaré cette activité indépendante à l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale), par crainte que B.________ SA ne la découvre. A.b. Le 9 mars 2018, le contribuable a effectué auprès de l'Administration fiscale une dénonciation spontanée portant sur des éléments de revenu et de fortune qu'il n'avait pas mentionnés dans ses déclarations fiscales relatives aux années 2012 à 2017. Dans un courrier daté du 7 juin 2019 adressé à l'Administration fiscale, le contribuable a notamment fait état de revenus non déclarés provenant de son activité indépendante pour les années 2012 à 2017 et a joint les comptes établis le 10 avril 2019 pour les besoins de la dénonciation spontanée. Le contribuable y a également expliqué avoir comptabilisé des provisions constituées en vue de prévenir le risque de procès que B.________ SA pourrait intenter contre lui, en raison de la violation de son devoir de fidélité. Sur requête de l'Administration fiscale, le contribuable a fourni le détail de son chiffre d'affaires, de même que des informations relatives à des commissions rétrocédées à D.________ et E.________ et aux provisions pour risques futurs revendiquées en déduction du bénéfice de l'activité indépendante pour les exercices 2012 à 2017 (courrier du 31 août 2020). Divers échanges entre le contribuable et l'Administration fiscale ont encore eu lieu. A.c. En date du 28 septembre 2022, l'Administration fiscale a notamment notifié au contribuable des bordereaux de rappel d'impôt pour les impôts cantonaux (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) des années 2012 à 2017. Les suppléments d'impôt ont été arrêtés par l'Administration fiscale, respectivement pour les ICC et l'IFD, à 196'784 fr. 60 et 70'208 fr. 45 [année 2012], 265'618 fr. 75 et 99'681 fr. 25 [année 2013], 219'141 fr. 75 et 76'567 fr. 50 [année 2014], 77'273 fr. 20 et 26'124 fr. 90 [année 2015], 759'925 fr. 75 et 265'125 fr. 65 [année 2016], ainsi qu'à 923'646 fr. 55 et 323'667 fr. 50 [année 2017]. Celui-ci a formé réclamation, motif pris que l'Administration fiscale avait refusé à tort d'admettre en déduction du bénéfice imposable des commissions rétrocédées et des provisions pour risque dûment comptabilisées. Par décision sur réclamation du 9 février 2023, l'Administration fiscale a maintenu les bordereaux de rappel d'impôt ICC et IFD des années 2012 à 2017.