Citation: 1B_254/2016 E. A

A.a. A la suite des informations reçues de la police fédérale - respectivement pour celle-ci de la police fédérale allemande - en lien avec un trafic de cocaïne entre l'Equateur et l'Europe dont ferait partie un dénommé E.________, le Ministère public du parquet régional de Neuchâtel a ouvert une instruction pénale, le 8 juillet 2014, contre B.________ pour infractions à l'art. 19 al. 1 et 2 de la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121); il lui était reproché d'avoir déployé ou participé, durant les douze derniers mois, notamment à Boudry, à un trafic international de stupéfiants dépassant vraisemblablement le cas grave. L'instruction a été étendue le 29 novembre 2014 à l'infraction de blanchiment d'argent (art. 305bis CP). Dans ce cadre, différentes mesures de surveillance secrète ont été mises en oeuvre, ainsi qu'une investigation secrète. Lors de la mission d'infiltration, il est apparu que A.________, le tenancier du café où se rendait le prévenu, semblait vouloir endosser le rôle d'intermédiaire entre B.________ et l'agent infiltré. Le 16 avril 2015, l'instruction a donc été étendue à son encontre. Sur requête du Ministère public, l'exploitation de ces découvertes fortuites, une investigation secrète concernant ce second prévenu, puis la surveillance de son adresse électronique ont été autorisées, respectivement prolongées, par le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc). Les recours intentés contre ces différentes décisions ont été rejetés définitivement le 12 avril 2016 (cause 1B_40/2016 [recevabilité du recours cantonal contre l'investigation secrète]) et le 25 juillet 2016 par le Tribunal fédéral (cause 1B_136/2016 [autorisations d'exploitation d'une découverte fortuite et d'une surveillance secrète]). Sur mandat du Procureur, B.________ et A.________ ont été appréhendés le 3 septembre 2015 dans le café tenu par le second. Le premier détenait 18'000 fr. et un dénommé "C.________" - dont il sera établi plus tard qu'il était un agent infiltré - se trouvait en possession de 3 kg de cocaïne. Une perquisition au domicile de B.________ a également permis de découvrir 110 g de ce qui pourrait être aussi de la cocaïne. A.________ a été placé en détention provisoire à compter de ce jour en raison d'un risque de collusion, mesure qu'il a contestée. A.b. A la suite des informations communiquées par la police neuchâteloise, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ouvert, le 21 avril 2015, une instruction contre inconnu pour appartenance à une organisation criminelle (art. 260ter CP). Le MPC a notamment mis en oeuvre une mesure d'investigation secrète. Dans ce cadre, l'agent infiltré "D.________" avait comme mission de se présenter comme travaillant ou ayant des contacts dans un port européen, ce qui devait faciliter l'écoulement de cocaïne en provenance de l'Equateur à destination du marché européen, dont celui sur lequel enquêtait la police neuchâteloise. A cette fin, le MPC a délivré un mandat d'investigation à la police judiciaire fédérale l'invitant à "prévoir et organiser de concert avec la Police cantonale neuchâteloise l'achat de confiance des stupéfiants proposés à la vente par les prévenus dans la procédure diligentée par le Ministère public du canton de Neuchâtel, soit 1.6 kg de cocaïne pour un montant d'environ 70'000.-". La procédure fédérale a pris fin après l'arrestation de E.________ en Équateur en mai 2015. A.c. En date du 23 février 2016, le Ministère public neuchâtelois a obtenu une copie du dossier du MPC, qui a été joint à la procédure cantonale. Dans le cadre d'un recours formé par le prévenu B.________, A.________ a eu connaissance de l'existence du dossier fédéral et s'est adressé au MPC pour en obtenir la consultation; cette requête a été rejetée, dès lors que A.________ n'était ni partie, ni participant à la procédure fédérale.