Citation: 4A_11/2022 E. A

A.a. B.________ Limited (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist eine Gesellschaft mit Sitz in U.________. A.________ (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Gesellschaft mit Sitz in V.________. A.b. Die Klägerin ist Inhaberin der beiden europäischen Patente EP xxx (nachfolgend Klagepatent EP xxx) und EP yyy (nachfolgend Klagepatent EP yyy). Das Klagepatent EP xxx wurde am 22. August 2003 unter Beanspruchung dreier britischer und US-amerikanischer Prioritäten angemeldet und am 13. März 2013 erteilt. Das Klagepatent EP yyy wurde am 13. Dezember 2005 unter Beanspruchung zweier britischer Prioritäten angemeldet und am 28. November 2012 erteilt. Nach Erledigung der die beiden Klagepatente betreffenden Einspruchsverfahren sind die Ansprüche der Klagepatente in der Schweiz in Kraft. A.c. Polynukleotide wie die DNA (Desoxyribonukleinsäure) und die RNA (Ribonukleinsäure) sind langkettige Moleküle, die aus kleineren Einheiten, den Nukleotiden, bestehen. Die Sequenz der Nukleotide innerhalb eines Polynukleotidstrangs kodiert die genetische Information. Jedes Nukleotid besteht aus drei verschiedenen chemischen Untereinheiten: einem Zuckermolekül mit fünf Kohlenstoffatomen (Pentose), einer stickstoffhaltigen Base und einer Phosphatgruppe. Die fünf Kohlenstoffatome des Zuckers sind von 1' bis 5' nummeriert. Hat der Zucker eine Hydroxylgruppe (OH) an der 2'-Position, wird er Ribosezucker genannt; hat er nur ein Wasserstoffatom (H) an der 2'-Position, wird er Desoxyribosezucker genannt. Während die DNA als Zuckermoleküle Desoxyribose enthält, enthält die RNA Ribose. Abbildung: Chemische Struktur von Nukleotiden Zusammen bilden der Zucker und die Base ein Nukleosid. Durch zusätzliche Anlagerung von einer, zwei oder drei Phosphatgruppen an die 5'-Position des Zuckers wird ein Nukleotid gebildet, d.h. Nukleosidmonophosphat, Nukleosiddiphosphat oder Nukleosidtriphosphat sind Nukleotide. Die Bausteine für die Synthese von DNA oder RNA sind Desoxyribonukleosidtriphosphate (abgekürzt als dNTPs) und Ribonukleosidtriphosphate (abgekürzt als NTPs). In der DNA sind die Nukleotide durch jeweils eine Phosphatgruppe am 5'-Kohlenstoffatom der Desoxyribose eines Nukleotids mit dem 3'-Kohlenstoffatom der Desoxyribose des nächsten Nukleotids verbunden. Die Desoxyribose bildet zusammen mit den angehängten Phosphatgruppen das Zucker-Phosphat-Grundgerüst der DNA, während die Abfolge der aufeinanderfolgenden unterschiedlichen Basen - eine pro Nukleotid - die genetische Information kodiert. Die DNA besteht aus zwei spiralförmigen Polynukleotidsträngen in Form einer Doppelhelix. Jeder der beiden Polynukleotidstränge besteht aus einer Sequenz von Nukleotiden (in der nachstehenden Abbildung durch die farbigen Querbalken dargestellt). Abbildung: Schematische Darstellung der Doppelhelixstruktur der DNA Die beiden komplementären Stränge setzen sich durch Basenpaarung zusammen, wobei Wasserstoffbrücken zwischen den Basen gebildet werden. Cytosin (C) paart sich mit Guanin (G) und Adenin (A) mit Thymin (T). Die komplementäre Basenpaarung der DNA ermöglicht es, ein doppelsträngiges DNA-Molekül aus einer einzelsträngigen Vorlage zu rekonstruieren. In der Natur wird dieses Prinzip zur Replikation von DNA genutzt. Zunächst werden die beiden DNA-Stränge getrennt. Anschliessend synthetisiert das Enzym DNA-Polymerase zwei neue, komplementäre DNA-Stränge, die zusammen mit den Einzelsträngen ("Templates") zwei neue, doppelsträngige DNA-Moleküle bilden. Die DNA-Polymerase synthetisiert neue DNA-Stränge in der Richtung von 5' nach 3', indem sie freie Nukleotide in Form von dNTPs an das 3'-Ende des neuen DNA-Strangs anhängt, wie in der nachfolgenden Abbildung dargestellt. Abbildung: Schematische Darstellung der Synthese neuer DNA-Doppelstränge Der Startpunkt der DNA-Replikation wird durch die Hybridisierung eines kleinen Oligonukleotids (manchmal als "Primer" bezeichnet; typischerweise 10-30 Basen) mit dem Template-DNA-Einzelstrang bestimmt, wodurch die Synthese des komplementären Strangs durch die DNA-Polymerase in Gang gesetzt wird. Ein Synthesezyklus führt dazu, dass ein weiteres Nukleotid in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird. Das Nukleotid, das in den wachsenden DNA-Strang eingebaut wird, hat eine Base, die komplementär zur Base des Nukleotids auf dem Template-DNA-Strang ist - wie vorne erwähnt, A paart sich mit T, C paart sich mit G. A.d. Die Prinzipien der DNA-Replikation können auch für die Sequenzierung von DNA genutzt werden, d.h. für die Bestimmung der spezifischen Nukleotidsequenz in einem bestimmten DNA-Fragment. So kann die DNA-Sequenzierung durch Synthese des zum zu analysierenden DNA-Einzelstrang komplementären Strangs erfolgen. Dieses Verfahren wird als Sequenzierung durch Synthese (Sequencing by Synthesis, SBS) bezeichnet. Das von der Klägerin verwendete SBS-Verfahren nutzt die DNA-Replikation durch DNA-Polymerase, um einzelsträngige Template-Stränge zu sequenzieren, die an einer festen Oberfläche befestigt sind. Im Gegensatz zur herkömmlichen DNA-Replikation wird beim SBS-Verfahren schrittweise nur ein Nukleotid an den wachsenden DNA-Strang angehängt und dann pausiert. Die Replikationsreaktion wird also nach jeder Zugabe eines Nukleotids angehalten, und die Identität des neu hinzugefügten Nukleotids wird vor der Anbindung eines weiteren Nukleotids zu dem wachsenden DNA-Strang bestimmt. A.e. Das Klagepatent EP xxx betrifft modifizierte Nukleotide mit einer entfernbaren Schutzgruppe, insbesondere zur Verwendung in einem Sequencing-by-Synthesis Verfahren, bei dem an das zu sequenzierende Polynukleotid sukzessive komplementäre Nukleotide angehängt werden. Konkret geht es darum, für derartige Verfahren geeignete Nukleotide mit reversiblen Blockierungsgruppen, die unter DNA-kompatiblen Bedingungen entfernt werden können, bereitzustellen. Der geltend gemachte unabhängige Erzeugnisanspruch 1 des Klagepatents EP xxx lautet in der Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzeptiert wurde, wie folgt: "1. A modified nucleotide molecule 1.1 comprising a purine or pyrimidine base and 1.2 a ribose or deoxyribose sugar moiety 1.3 having a removable 3'-OH blocking group covalently attached thereto, 1.3.1 such that the 3' carbon atom has attached a group of the structure O-Z 1.3.2 wherein Z is any of -C (R') 2-N (R") 2, C (R') 2-N (H) R", and -C (R') 2-N3, 1.3.3 wherein each R" is or is part of a removable protecting group; 1.3.4a each R' is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, alkoxy, aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detect- able label attached through a linking group; 1.3.4b or (R')2 represents an alkylidene group of formula =C (R''')2 where- in each R''' may be the same or different and is selected from the group comprising hydrogen and halogen atoms and alkyl groups; and 1.3.5 wherein said molecule may be reacted to yield an intermediate in which each R" is exchanged for H, which intermediate dissociates under aqueous conditions to afford a molecule with a free 3'OH." A.f. Das Klagepatent EP yyy betrifft ein Verfahren für die DNA-Sequenzierung mit einem besonderen Additiv, insbesondere zur Verwendung in einem Sequencing-by-Synthesis-Verfahren mit Fluoreszenzdetektion. Konkret geht es darum, für derartige Verfahren ein Additiv bereitzustellen, bei dem die Fluoreszenz auch über mehrere Zyklen erhalten bleibt. Der geltend gemachte unabhängige Anspruch 1 des Klagepatents EP yyy lautet in der Merkmalsgliederung der Klägerin, die von der Beklagten akzeptiert wurde, wie folgt: "1. A method of sequencing at least two nucleotides of a template nucleic acid comprising repeating the steps of: 1.1 (a) incorporating one or more fluorescently labelled nucleotides into a strand of nucleic acid complementary to said template nucleic acid; and 1.2 (b) determining the identity of one or more of the incorporated nucleotide (s), 1.2.1 wherein the steps of determining the identity of the incorporated nucleotide (s) is carried out in a buffer which comprises ascorbic acid, or a salt thereof."