Citation: 1C_691/2013 E. D

Gegen dieses Urteil führt die C.________ GmbH mit Eingabe vom 28. August 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht mit den folgenden Anträgen: "Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 3. Juli 2013 sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei der Wiederherstellungsentscheid im Baugesuchsverfahren aufzuheben und es sei von einer Wiederherstellung abzusehen. Subeventualiter sei eine Wiederherstellungsfrist bis zum 30. November 2022 anzusetzen." Die BVE verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Einwohnergemeinde Muri schliesst in ihrer Eingabe auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Stiftung Y.________ beantragt in ihrer Vernehmlassung die Gutheissung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält in einer weiteren Eingabe an ihrem Standpunkt fest.