Citation: 4A_203/2021 E. A

A.a. En juin 2010, B.________ Ltd (ci-après: B.________ ou l'acheteuse ou la défenderesse ou l'intimée), société anonyme de droit xxx, spécialisée notamment dans la commercialisation de machines destinées à la taille de diamants, a fait part à A.________ SA, à... (ci-après: la venderesse, la demanderesse ou l'intimée) de son projet d'acquérir une machine produite par celle-ci avec système de laser à eau (Laser X.________) afin de tester cette nouvelle technologie dans la découpe de diamants. Après avoir testé cette machine et malgré les difficultés initiales rencontrées, B.________ s'est déclarée satisfaite de ses performances. Par la suite, elle a fait part à A.________ de son projet de vendre ses propres machines de taille de diamants (" Y.________ "), dans lesquelles serait intégré le système de découpe par laser à eau produit par A.________. A.b. Le 17 décembre 2010, les parties ont signé un contrat par lequel elles ont confirmé leur volonté de coopérer, notamment en ce sens que A.________ devra livrer à B.________ 285 kits d'intégration Laser X.________ destinés à des prototypes de machines de B.________ traitant le diamant. A.________ a accordé à B.________ un prix préférentiel par kit, dégressif en fonction du nombre de kits commandés. A défaut de commande de 100 kits dans les 30 premiers mois, B.________ devrait rembourser la différence entre le prix de base et le prix préférentiel convenu. Le 18 décembre 2010, B.________ a commandé douze kits d'intégration, dont les deux premiers devaient être utilisés dans le but de développer les prototypes de machines " Y.________ ". Les deux premiers kits ont été expédiés par la venderesse le 7 avril 2011. Le troisième kit a été expédié le 23 juin 2011. L'acheteuse s'est acquittée de toutes les factures envoyées par la défenderesse. A.c. Peu de temps après l'intégration des premiers kits dans les prototypes de machines, des problèmes sont survenus. Des ingénieurs de la venderesse se sont rendus sur le site de production de l'acheteuse. Le 4 juillet 2011, les parties ont discuté du statut des prototypes et des prochaines livraisons prévues, soit deux unités en juillet et trois en août. Par courriel du 12 juillet 2011, l'acheteuse a demandé à la venderesse de stopper toute production ultérieure de kits, et ce jusqu'à ce que les problèmes techniques y relatifs soient résolus. Par courrier du 10 août 2011, la venderesse a notamment informé l'acheteuse que la confirmation de commande pour les neuf kits restants commandés serait mise en attente. L'acheteuse était disposée à passer la commande pour les neuf kits restants à condition que la venderesse résolve les problèmes techniques rencontrés jusqu'alors. A.d. Le 2 janvier 2012, l'acheteuse a fait appel à la garantie bancaire émise en sa faveur au motif que la venderesse n'avait pas rempli ses obligations contractuelles. La banque lui a versé le montant de la garantie de 1'041'323 fr. 40. L'acheteuse a fait valoir que les trois premiers kits n'avaient jamais atteint le stade auquel ils auraient pu être exploités de manière satisfaisante pour la taille de diamants. La venderesse estimait avoir résolu les trois dysfonctionnements constatés et a reproché à l'acheteuse de ne pas s'être conformée à ses obligations contractuelles, en refusant de confirmer la commande de kits. A.e. Le 20 mars 2012, la venderesse a mis en demeure l'acheteuse de confirmer la commande des neuf derniers kits, qui devaient être livrés pour l'année 2011, ainsi que des 25 kits prévus pour l'année 2012 et de lui restituer le montant de la garantie de 1'041'323 fr. 40. Puis le 29 mai 2012, la venderesse a résilié le contrat avec effet immédiat.