Citation: 2C_343/2019 E. A

A.________ SA (ci-après : A.________ Suisse ou la contribuable), dont le siège est à Genève, a pour but social «toutes activités de gestion et d'administration de trust et de sociétés; conseils et services y relatifs». Elle offre à ses clients l'enregistrement de sociétés, par l'intermédiaire d'agents et de notaires, dans seize juridictions différentes, dont la République des Seychelles, leur gestion courante et l'ouverture de comptes bancaires. De 2008 à 2012, B.________ en a été l'administrateur et l'administrateur président avec signature individuelle. Selon les listes fournies par elle, A.________ Suisse a occupé pendant la même période, quarante employés, dont les salaires bruts se situaient entre 1'800 fr. (contrat de stagiaire) et 14'000 fr. (contrat de collaborateur). Deux autres employés, non mentionnés dans les listes, étaient inscrits au registre du commerce et habilités à représenter la société (signature collective à deux), C.________ (du 15 septembre 2008 au 26 octobre 2011) et D.________ (du 26 octobre 2011 au 2 novembre 2012). A.________ Suisse détient 99 % des participations de A.________ Ltd, dont le siège est aux Seychelles (ci-après : A.________ Seychelles). Cette filiale intervient comme sous-traitant pour les enregistrements des sociétés et le suivi des affaires corporatives dans ce pays. Elle effectue l'enregistrement des sociétés dites «International Business Companies (IBC) » aux Seychelles, s'occupe de leur gestion courante et des relations avec les autorités locales. Elle fournit également à A.________ Suisse des services de coordination avec des sous-traitants de celle-ci aux Seychelles. Elle sous-traite certains services à la Seychelles International Business Authority. Elle supporte certaines charges de sous-traitants, notamment les frais de traduction, de notaires, de légalisation et d'apostilles. C.________ a signé les états financiers de A.________ Seychelles en tant que directeur de 2009 à mi-août 2011, date à laquelle D.________ lui a succédé. A.________ Suisse et A.________ Seychelles sont liées par un contrat de services du 6 février 2009, selon lequel la filiale fournit à la société mère des services (enregistrement des «International Business Companies», gestion courante de ces sociétés, relations entre ces sociétés et les autorités seychelloises, prestations de coordination) aux prix indiqués sur la liste annexée. Pour les années 2008 à 2012, les taxations pour les impôts cantonaux et communaux et l'impôt fédéral direct de A.________ Suisse sont entrées en force selon ses déclarations fiscales. Hormis l'exercice commercial 2011, qui affichait un bénéfice comptable de 155'319 fr., la contribuable a subi des pertes durant les années 2008 à 2012 et déclaré des bénéfices imposables nuls, compte tenu des pertes reportées, pour toutes les périodes fiscales. Par décision du 12 mai 2015, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a informé A.________ Suisse que les procédures en rappel et pour soustraction d'impôt, qu'elle avait ouvertes par courrier du 23 janvier 2014, étaient terminées. Pour les années 2008 à 2010, aucun rappel n'a été effectué, les bénéfices corrigés ayant été annulés par les pertes reportées. Pour les années 2011 et 2012, des rappels d'impôt étaient arrêtés respectivement à 129'060 fr. 80 et 78'856 fr. 50 pour l'impôt cantonal et communal et 14'013 fr. 50 et 29'061 fr. 50 pour l'impôt fédéral direct. En application de la méthode du coût majoré («cost plus»), la reprise attribuait un pourcentage de 5 % des charges de A.________ Seychelles au titre de sa rémunération maximale admise. Le bénéfice de la filiale, amputé d'un montant égal à 5 % des charges, était attribué à A.________ Suisse. Des amendes, fixées aux trois quarts des impôts soustraits afin de tenir compte de la collaboration de A.________ Suisse, soit 35'260 fr. pour 2011 et 59'142 fr. pour 2012, lui étaient infligées en raison des avantages appréciables en argent (apports dissimulés) à sa filiale. Elle avait ainsi bénéficié d'une imposition favorable ne correspondant pas à sa réelle capacité contributive. B.________ ne pouvant ignorer ces faits, la soustraction était intentionnelle ou à tout le moins, relevait du dol éventuel. Par décisions sur réclamation du 8 février 2016, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les taxations litigieuses. Par jugement du 18 décembre 2017, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a admis le recours de A.________ Suisse et annulé les décisions sur réclamation du 8 février 2016, ainsi que les bordereaux de rappel d'impôt et d'amende du 12 mai 2015. L'Administration fiscale cantonale avait procédé à des reprises en se fondant sur la méthode du coût majoré, écartant la méthode de la comparaison effective et celle du prix comparable, ces dernières ayant toutefois priorité sur les autres méthodes, dont celle du coût majoré.