Citation: 4A_219/2013 E. A

A.a. X.________ est une organisation internationale non gouvernementale dont le but est l'élaboration de normes internationales notamment pour les entreprises et les gouvernements. Par contrat du 9 mars 1995, X.________ a engagé A.________, ressortissant finlandais domicilié dans le canton de Genève, en qualité de directeur des services informatiques, moyennant un salaire mensuel brut initial de 15'000 fr. La lettre d'engagement mentionnait que le règlement du personnel de X.________ (édition 1992) et ses amendements ultérieurs faisaient partie intégrante du contrat. Durant son emploi, le prénommé a en plus perçu chaque année un bonus. Le 29 juin 2006, le Conseil fédéral a conclu avec X.________ un Accord pour régler le statut fiscal de l'Organisation et de son personnel en Suisse (RS ...; ci-après l'accord fiscal), entré en vigueur le même jour. L'accord fiscal prévoit, à l'art. 6 ch. 1, que les employés étrangers de X.________, domiciliés en Suisse, sont exonérés d'impôts directs fédéraux, cantonaux et communaux sur leurs traitements, émoluments et indemnités. Par une note interne du 24 juillet 2006, X.________ a informé les membres de son personnel de l'accord avec le Conseil fédéral. Elle a décidé, pour les employés étrangers domiciliés en Suisse, d'opérer sur les salaires nets un « prélèvement accord fiscal », lequel se substituait à l'ancienne retenue pour l'impôt à la source, cela afin de parvenir au résultat que le salaire net des employés concernés demeurerait inchangé. Il a été précisé ultérieurement que le 50% des montants ainsi prélevés serait redistribué à l'ensemble du personnel sous la forme d'une contribution complémentaire de X.________ à son fonds de pension, consistant en une augmentation de 2% de la contribution employeur et une diminution de 1% de la contribution employé. Par lettre du 19 octobre 2006, A.________ a fait part à X.________ de son opposition au principe du « prélèvement accord fiscal ». Il a renouvelé son opposition par un nouveau courrier du 25 juillet 2007, sollicitant le remboursement, avec intérêts, des déductions prétendument opérées de manière injustifiée. Le 1er janvier 2009 est entré en vigueur le nouveau règlement du personnel de X.________, comportant, en annexe, une directive relative aux modalités d'application de l'accord fiscal; celle-ci prévoit le principe d'un prélèvement interne, calculé sur la base des tabelles d'impôt à la source du lieu de résidence en Suisse et du barème relatif à la situation du foyer fiscal. Le règlement du personnel en question a été négocié entre la direction de X.________ et la délégation du personnel. Un exemplaire de ce règlement et de l'annexe ont été remis aux collaborateurs de X.________ lors d'une séance d'information tenue le 23 septembre 2008, à laquelle A.________ a participé. A.b. Entre janvier 2007 et octobre 2009, X.________ a retenu sur le salaire net de A.________ chaque mois les montants suivants: - 3'369 fr. 55 en janvier et février 2007; - 3'940 fr.05 en mars 2007; - 3'553 fr.15 d'avril à juin 2007; - 7'531 fr.60 de juillet à novembre 2007; - 12'940 fr.60 en décembre 2007; - 3'553 fr.10 de janvier à septembre 2008; - 3'617 fr.40 en octobre et novembre 2008; - 9'414 fr.50 en décembre 2008; - 3'691 fr.90 de janvier à octobre 2009. Par lettre du 14 juillet 2009 rédigée en langue anglaise, X.________ a licencié A.________ pour le 30 octobre 2009 et l'a libéré de l'obligation de travailler durant le délai de congé. L'employeur lui a accordé à bien plaire une indemnité de départ de 102'600 fr., payable durant le mois suivant la fin du contrat de travail et soumise à la condition que le contrat se termine au 30 octobre 2009 et ne soit pas prolongé (art. 105 al. 2 LTF). Le courrier de licenciement précisait encore ce qui suit : « The above-mentioned indemnity ... is subject to the deductions and other withholdings according to the law or other agreements in force » (traduction libre: l'indemnité susmentionnée est soumise aux déductions et autres retenues prévues par la loi ou ( recte) d'autres conventions en vigueur). Outre une déduction AVS de 5'181 fr.30, l'employeur a retenu, à titre de « prélèvement interne (accord fiscal) forfait (- 15%) » et de « correction sur prélèvement interne (accord fiscal) », un montant total de 32'500 fr.15 sur le versement au prénommé le 24 novembre 2009 de l'indemnité de départ (art. 105 al. 2 LTF).