Citation: 2C_711/2013 E. A

A.a. Die A.________ AG mit Sitz in Burgdorf (BE) bezweckt den Betrieb eines Logistikunternehmens. Die Gesellschaft wurde per 15. Mai 2006 ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Sie wird zu 100 % durch die B.________ AG gehalten, deren Alleinaktionär X.________ ist. Dieser hält zudem rund 70 % der Anteile der börsenkotierten C.________ Holding AG, welche ihrerseits zu 100 % die C.________ AG hält. Die C.________-Gruppe ist Entwicklerin und Herstellerin von kundenspezifischen Injektions-Pens und Pen-Nadeln für Diabetes-, Wachstumshormon- und Infertilitätstherapien sowie für weitere Indikationen. A.b. Anlässlich einer Kontrolle am 28. Oktober 2009 betreffend die Steuerperioden vom 2. Quartal 2006 bis zum 2. Quartal 2009 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) fest, das Hauptaktivum in der Bilanz der A.________ AG, ein Flugzeug mit dem Kennzeichen xxxx, sei mittels zinsloser Darlehen der B.________ AG erworben und anschliessend der D.________ AG ins Aircraft-Management übergeben worden. Die D.________ AG habe neben Flugleistungen für Drittkunden (sog. gewerbsmässige Operationen) auch Flüge für die A.________ AG (sog. private Operationen) erbracht. Für die Flüge von Drittkunden habe die D.________ AG sämtliche operationellen Kosten getragen und der A.________ AG eine nach Flugminuten ausgewiesene Mietentschädigung bezahlt; für ihre eigenen Flüge seien der A.________ AG die Aufwendungen der D.________ AG sowie angefallene Drittkosten (weiter-) verrechnet worden. Da das Flugzeug auch für "private Operationen" genutzt geworden sei, habe auf dem Umfang der entsprechenden Aufwendungen kein Anspruch auf Vorsteuerabzug bestanden. Infolge eines Nachlassverfahrens über die D.________ AG habe die A.________ AG den Aircraft-Management-Vertrag im Dezember 2008 aufgelöst, das Flugzeug von der D.________ AG abgezogen und es dem Verein E.________ ins Aircraft-Management übergeben. A.c. Mit Verfügung vom 31. Mai 2012 auferlegte die ESTV der A.________ AG für die Steuerperioden vom 2. Quartal 2006 bis zum 4. Quartal 2009 (Zeitraum vom 1. April 2006 bis zum 31. Dezember 2009) Mehrwertsteuern im Betrag von Fr. 343'470.-- zuzüglich die gesetzlichen Verzugszinsen (Ziff. 1 des Verfügungsdispositivs). Die (unter Vorbehalt geleistete) Zahlung von Fr. 60'000.-- wurde an die Steuerschuld angerechnet (Ziff. 2 des Verfügungsdispositivs). Zur Begründung führte die ESTV an, es liege eine gemischte Verwendung des Flugzeugs vor, was zu einer Kürzung des Vorsteuerabzugs führen müsse. Die A.________ AG habe nicht nachgewiesen, dass die Leistungsempfänger die Flüge für geschäftsmässig begründete Zwecke verwendet hätten; bei den privaten Operationen fehle es an einem Leistungsaustausch. Dies gelte insbesondere auch für die Flüge der C.________ AG respektive die C.________ Holding AG.