Citation: 2C_664/2008 04.02.2009 E. B

Par décisions des 14 et 15 décembre 2004, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé pour les mêmes faits à un rappel d'impôt fédéral direct pour les années 1998 et 1999 d'un montant de 6'298 fr. 50 (plus intérêts de 1'364 fr. 40) et de 72'403 fr. (plus intérêts de 11'509 fr. 05) et fixé la reprise de l'impôt cantonal et communal pour l'année 1999 à 40'095 fr. 10 (plus intérêts de 6'586 fr. 75). Deux amendes pour soustraction fiscale par négligence à concurrence de la moitié des impôts soustraits ont été infligées à la Société, soit 39'350 fr. pour l'impôt fédéral direct de 1998 et 1999 et 20'047 fr. pour l'impôt cantonal et communal 1999. La Société a interjeté une réclamation contre les décisions du 14 et du 15 décembre 2004. L'Administration fiscale cantonale a statué sur la réclamation et rendu deux décisions sur réclamation, notamment celle du 22 septembre 2005, par laquelle elle a rejeté la réclamation relative à l'impôt fédéral direct. La Société a recouru contre la décision du 22 septembre 2005 auprès de la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle a conclu à son annulation. Durant la procédure, elle a modifié ses conclusions pour ne demander plus que l'annulation de l'amende de 39'350 fr. d'impôt fédéral direct. Par décision du 26 septembre 2007, la Commission cantonale a rejeté le recours. La Société a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, concluant à son annulation. Le Tribunal administratif a entendu le directeur général de la Société, Z.________. Ce dernier a décrit les opérations effectuées par la Société ainsi que ses relations d'affaires.