Citation: 4C.66/2006 28.06.2006 E. A

A.a X.________ SA, de siège social à A.________, a pour but d'assurer "toutes prestations médicales au chevet du patient". B.________, médecin, en est l'administrateur unique, avec signature individuelle, et l'actionnaire majoritaire. A.b Z.________ est entré au service de X.________ SA en mars 1996, en tant que spécialiste en médecine générale. Renouvelable d'année en année, son contrat l'a été une dernière fois en septembre 2002, sous l'intitulé "contrat d'engagement". Ce document, auquel était annexé le "règlement" interne de la société, mentionnait que la rémunération de Z.________, "pour assumer des gardes dans l'établissement", représentait les 42,25% des honoraires encaissés "à la manière d'un mandat". Son travail englobait tant une prestation médicale qu'une autre de gestion. A partir du 1er octobre 1999 - et jusqu'à la fin janvier 2003 -, Z.________ a été nommé directeur médical adjoint, à raison de 13,1 jours par mois en moyenne. Son travail consistait à servir de lien entre la société et les différents médecins de garde déployant une activité pour le compte de celle-ci, sur le plan organisationnel, afin d'assurer le bon fonctionnement du service d'urgence. Cette fonction impliquait, en particulier, la préparation de colloques internes et de cours pour les ambulanciers et les médecins. A ce titre, il percevait une rémunération fixe de 400 fr. par jour de présence dans les locaux de X.________ SA. Dès le 1er janvier 2003, ce montant a été augmenté à 800 francs. Le "contrat d'engagement" transmis à cette occasion était du même type que celui de septembre 2002 susmentionné. A.c La rémunération versée par X.________ SA à Z.________ était qualifiée de "salaire", dont étaient déduites les contributions sociales. Z.________ était assuré auprès de la fondation de prévoyance pour le personnel des médecins et des vétérinaires et considéré comme employé de X.________ SA. Ses revenus ont été imposés par l'administration fiscale en tant qu'activité lucrative dépendante. A la fin des années 1999, 2000, 2001 et 2002, X.________ SA a établi, à l'intention du fisc, un "certificat de salaire" de Z.________ mentionnant le total du salaire brut versé, les retenues effectuées sur ledit salaire brut et le salaire net. A.d Le dernier salaire annuel brut versé à Z.________ s'est élevé à 148'959 fr.90.