Citation: 9C_171/2024 E. A

A.a. Le groupe de sociétés B.________ (ci-après: le groupe) est actif dans.... Font notamment partie du groupe A.________ SA (sise à U.________), C.________ SA (sise à U._______), D.________ Ltd (sise à V._______) et E.________ Ltd (sise à Z._______). A.________ SA (ci-après: la société ou la contribuable) est une société inscrite au registre du commerce depuis le 31 janvier 2007. Elle a notamment pour but.... F.________ a été l'un des administrateurs de la société jusqu'en octobre 2017. A.b. Entre 1999 et 2006, soit avant la création de A.________ SA, le groupe a comptabilisé l'essentiel de son chiffre d'affaires auprès de ses deux sociétés D.________ et E.________ Ltd. L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a assujetti ces sociétés aux impôts dans le canton de Genève, ce qui a donné lieu à un litige avec elles. Afin de mettre un terme à celui-ci, le groupe et l'Administration fiscale ont convenu dans un accord du 22 décembre 2006 (complété par un second daté d'octobre 2009), que le groupe créerait à Genève une "société principale" afin d'y pérenniser l'imposition de son chiffre d'affaires en Suisse, et ce dès la période fiscale 2007. Selon ce document, la nouvelle société supporterait les risques liés à la distribution des produits de la marque B.________. Les fonctions et la responsabilité assumées par D.________ seraient liées à la détention, le développement, la protection ainsi que le maintien de la valeur de la marque, des designs et des logos de B.________. Après la mise en place de la nouvelle structure, toutes les fonctions stratégiques liées à la distribution seraient exclusivement centralisées dans la nouvelle société principale. La distribution des produits serait assurée par des sociétés étrangères de distribution régionale que le groupe envisageait de constituer. Celles-ci vendraient les produits en leur nom et pour le propre compte. A.c. Conformément à l'accord du 22 décembre 2006, le groupe a créé la société principale, soit A.________ SA. Dans des courriers adressés à l'Administration fiscale les 4 septembre et 6 octobre 2009, les représentants du groupe ont notamment indiqué que lors de la constitution de la société, les stocks de produits avaient été transférés à celle-ci par E.________ Ltd pour une valeur comptable de 24'409'685 fr. et par C.________ SA pour une valeur comptable de 50'732'582 fr. En outre, le prix de transfert de 24'409'685 fr. correspondait à la valeur vénale; conformément au document du 22 décembre 2006, les produits détenus au 31 décembre 2006 par C.________ SA et D.________ avaient été cédées à A.________ SA en 2007 à la valeur comptable. L'Administration fiscale a approuvé le contenu de ces courriers en date du 28 octobre 2009. A.d. Le 19 novembre 2010, l'Administration fiscale a confirmé que l'accord du 22 décembre 2006 (complété par celui du 28 octobre 2009) était valable pour une durée de cinq ans dès la période fiscale 2007 et était renouvelable. A.e. L'Administration fiscale a procédé à la taxation de la contribuable pour les années 2010 et 2011 (décisions de taxation datées respectivement du 16 août 2012 et du 1er juillet 2015). A.f. Le 26 juin 2017, l'Administration fiscale a informé la société de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction pour l'IFD et les ICC de l'année 2011 et en tentative de soustraction pour les années 2012 à 2015. Par courrier du 19 décembre 2017, elle l'a informée de l'extension du contrôle, notamment en ce qui concernait l'IFD et les ICC de la période fiscale 2010. L'Administration fiscale a procédé à un contrôle sur place les 28 et 30 août 2017. Le 11 septembre 2017, lors d'un entretien dans les locaux de l'Administration fiscale, les représentants de la contribuable lui ont remis plusieurs documents.