Citation: 6B_450/2018 E. A

A.a. A la suite d'une dénonciation déposée le 15 juillet 2016 par le Département vaudois du territoire et de l'environnement, le Ministère public central du canton de Vaud (division affaires spéciales) a ouvert une instruction pénale sur des cas potentiels de pollution à large échelle imputés à des entreprises du Groupe A.________ SA (dont la société B.________ SA) dans une ancienne décharge dépolluée à C.________, dans une décharge à D.________ et sur plusieurs chantiers dans les cantons de Vaud et Genève (procédure pénale PE16.014792-BUF). Le 8 février 2017, alors que l'enquête précitée était en cours, l'Etat de Vaud a déposé une seconde dénonciation en lien avec plusieurs courriers envoyés à des journalistes et élus politiques par un lanceur d'alerte anonyme, de fin 2016 à début 2017, au sujet des faits visés par la procédure PE16.014792-BUF. Ce lanceur d'alerte, identifié par la suite comme X.________, stigmatisait l'attitude des services de l'Etat envers les activités du Groupe A.________ SA à C.________. Le 13 mars 2017, le Ministère public central vaudois a ouvert une instruction pénale contre X.________ pour calomnie, subsidiairement diffamation, injure et tentative de menaces alarmant la population, en raison de la teneur d'un des courriers envoyés en tant que lanceur d'alerte (procédure pénale PE17.002740-BUF). A.b. Par ordonnance du 22 mai 2017, le Ministère public central a ordonné le classement de la procédure PE16.014792-BUF, levé le séquestre portant sur les classeurs ainsi que les boîtes d'archives saisis au cours de la perquisition opérée le 27 septembre 2016 et ordonné la restitution de cette documentation au Groupe A.________ SA, frais à la charge de l'Etat. Le 30 mai 2017, X.________ a demandé la jonction des causes PE16.014792-BUF et PE17.002740-BUF ainsi que la récusation du procureur E.________. Par décision du 20 juillet 2017, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté la demande de récusation. Le recours en matière pénale formé par X.________ a été rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, par arrêt du 1er mai 2018 (1B_398/2017). Par arrêt du 31 août 2017, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a déclaré irrecevable le recours interjeté par X.________ contre l'ordonnance de classement du 22 mai 2017 (PE16.014792-BUF). Le recours en matière pénale de X.________ a été rejeté, autant que recevable, par arrêt du Tribunal fédéral du 20 août 2018 (6B_1003/2017). A.c. Le 15 novembre 2017, X.________ a donné une conférence de presse, en réponse à un article publié le 14 novembre 2017 dans le journal " F.________ ", intitulé " G.________ ". Le lendemain, il a adressé au Procureur général vaudois une missive l'informant notamment du stockage par le Groupe A.________ de plusieurs milliers de tonnes de matériaux de chantier sur la parcelle n° xxx de la commune de C.________, colloquée en zone naturelle protégée et propriété de l'Etat de Vaud. Cette lettre a été transmise au Procureur E.________, qui a informé X.________ de l'ouverture d'une instruction pénale, référencée PE17.022811-BUF. A.d. Par courrier du 20 novembre 2017, l'Etat de Vaud a étendu sa dénonciation du 8 février 2017 aux déclarations de X.________ à la presse. La Conseillère d'Etat H.________ en a fait de même pour la plainte pénale qu'elle avait précédemment déposée contre X.________. Le 24 novembre 2017, le procureur a étendu l'instruction pénale PE17.002740-BUF contre X.________ pour avoir mis en cause l'intégrité de la Conseillère d'Etat H.________ lors du point de presse du 15 novembre 2017, en laissant entendre qu'elle aurait fermé les yeux sur différentes violations, notamment des règles sur l'élimination des déchets de chantier, commises par le Groupe A.________, et en s'interrogeant sur le fait qu'elle et cette entreprise partageaient les services du même conseiller en communication. A.e. Le 5 décembre 2017, X.________ a requis la jonction des causes PE17.022811-BUF et PE17.002740-BUF. Par ordonnance du 21 décembre 2017 (non notifiée au dénonciateur), le procureur a ordonné le classement de la procédure PE17.022811-BUF ouverte à la suite de la dénonciation du 20 novembre 2017. Le jour d'après, il a adressé à X.________, par son conseil, une lettre dans laquelle il exposait que sa requête du 5 décembre 2017 tendant à l'extension de la procédure PE17.002740-BUF aux responsables de B.________ SA ne lui avait pas échappé, mais qu'il avait décidé d'ouvrir une instruction distincte pour le motif que les faits dénoncés n'avaient aucun lien de connexité avec ceux qui lui étaient reprochés dans la procédure PE17.002740-BUF, ce qui expliquait qu'il n'avait pas été donné suite à la requête précitée.