Citation: 1C_208/2023 E. 4.1

4.1. Le régime de charriage constitue une caractéristique déterminante d'un cours d'eau. Les matériaux charriés depuis l'amont lors des crues remplacent ceux qui ont été emportés par l'érosion et assurent à intervalles réguliers le renouvellement des bancs de gravier et du substrat (OFEV, Assainissement du régime de charriage, Planification stratégique, module d'aide à l'exécution Renaturation des eaux, 2012, ch. 1.1, p. 11). Faute d'un apport suffisant en solides charriés d'amont en aval, le lit du cours d'eau perd ses amas de gravier meuble et tend à se colmater. Il peut même se creuser davantage en l'absence de mesures appropriées, ce qui en altère de plus en plus les fonctions écosystémiques (arrêt 1C_693/2017 du 26 février 2020 consid. 6.1; Anne-Christine Favre, Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, 2016, n. 8 ad art. 43a LEaux). L'art. 43a LEaux dispose que le régime de charriage d'un cours d'eau ne doit pas être modifié par des installations au point de porter gravement atteinte à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes, au régime des eaux souterraines et à la protection contre les crues. Les détenteurs de ces installations prennent les mesures nécessaires (al. 1). Les mesures sont définies en fonction des facteurs suivants: gravité des atteintes portées au cours d'eau (art. 43a al. 2 LEaux let. a); potentiel écologique du cours d'eau (let. b); proportionnalité des coûts (let. c); protection contre les crues (let. d); objectifs de politique énergétique en matière de promotion des énergies renouvelables (let. e). Dans le bassin versant du cours d'eau concerné, les mesures doivent être coordonnées après consultation des détenteurs des installations concernées (art. 43a al. 3 LEaux). Selon l'art. 42a OEaux, une modification du régime de charriage porte gravement atteinte à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes lorsque des installations telles que des centrales hydroélectriques, des sites d'extraction de gravier, des dépotoirs à alluvions ou des aménagements modifient durablement les structures morphologiques ou la dynamique morphologique des eaux (cf. également Anne-Christine Favre, op. cit., n. 9 ad art. 43a LEaux). L'art. 43a al. 1 LEaux vise ainsi en définitive à éviter des obstacles au régime de charriage. Toute construction sur un cours d'eau doit respecter le mécanisme naturel du charriage de manière à éviter des atteintes graves à la faune et à la flore indigènes. Aussi, ne s'agit-il pas d'empêcher ou d'éliminer toutes les perturbations, mais celles qui portent gravement atteinte aux intérêts de la faune et de la flore indigènes ainsi qu'à leurs biotopes. La nécessité de prendre des mesures ne concerne que les installations - nouvelles ou existantes - qui génèrent des atteintes graves au sens où l'entend l'art. 42a OEaux (arrêt 1C_693/2017 précité consid. 6.1; Anne-Christine Favre, op. cit., n. 19 s. ad art. 43a LEaux).