Citation: 2A.616/2005 20.06.2006 E. 3

3.1 A l'appui de sa conclusion principale, la recourante relève que ni la brochure no 10 ni la circulaire précitée ne prévoit que la réduction (forfaitaire) de l'impôt préalable liée aux subventions d'exploitation porte également sur l'impôt grevant les investissements. Elle conteste l'argument avancé par l'Administration fédérale pour justifier une réduction forfaitaire étendue à l'impôt préalable sur les investissements, à savoir l'existence d'un lien économique entre la subvention d'exploitation et l'impôt grevant les investissements. De l'avis de l'Administration fédérale, en effet, un tel lien existe, du fait que les investissements doivent être régulièrement amortis et que ces amortissements accroissent le déficit d'exploitation que les subventions en cause doivent couvrir. La recourante nie l'existence de ce lien. Selon elle, les amortissements peuvent être financés aussi bien par du chiffre d'affaires imposable que par des subventions d'exploitation et il n'est pas possible de déterminer de façon analytique quelles recettes servent à leur financement. De plus, dans le cas particulier, les amortissements portent pour une grande partie (49% en 2001 et 39% en 2002) sur des investissements (bâtiments, matériel roulant) qui ne sont pas grevés d'impôt préalable, puisqu'ils ont été effectués avant l'introduction de la TVA le 1er janvier 1995. Enfin, la recourante soutient que, dans le cas où un investissement est financé à l'aide d'un prêt d'une collectivité, laquelle abandonne par la suite sa créance (abandon qui est considéré comme une subvention d'exploitation l'année où il a lieu), le raisonnement de l'Administration fédérale conduit à réduire deux fois l'impôt préalable grevant le même bien: une première fois par le biais de l'amortissement et une seconde lors de l'abandon. Les conséquences fiscales seraient très différentes du cas où le même bien est financé à l'aide d'une subvention d'investissement, ce qui serait contraire au principe de la neutralité de l'impôt. A l'appui de sa conclusion subsidiaire, la recourante soutient que les effets de la réduction de la déduction de l'impôt préalable doivent être examinés annuellement et que la correction ne saurait excéder l'impôt préalable annuel. De son point de vue, le but de la réduction, à savoir d'éviter que l'assujetti qui perçoit une subvention bénéficie d'un avantage supplémentaire par le biais de la déduction de l'impôt préalable, est pleinement atteint lorsque l'impôt préalable a été entièrement réduit. Il serait pour le moins douteux que l'art. 38 al. 8 en relation avec l'art. 58 al. 3 LTVA constitue une base légale suffisante pour permettre un « impôt préalable négatif ». Admettre que la réduction de l'impôt préalable déductible puisse être supérieure à l'impôt préalable lui-même reviendrait à imposer la subvention au taux de 2,7%, en violation de l'art. 33 al. 6 lettre a LTVA. Cela serait de plus « difficilement compatible » avec le principe de neutralité de l'impôt. 3.2 La circulaire de l'Office fédéral des transports et la brochure no 10 n'envisagent pas - ni dans le texte ni dans les exemples chiffrés - le cas où la réduction de l'impôt préalable au titre de la subvention d'exploitation est supérieure à l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation; elles ne tranchent par conséquent pas non plus la question de savoir si, dans la mesure où la réduction excède l'impôt acquitté sur les charges d'exploitation, elle doit porter également sur l'impôt grevant les investissements. Cette question est traitée en revanche dans la brochure spéciale no 6, qui la résout par l'affirmative (cf. consid. 2.2). Dans l'intention du législateur, la réduction de l'impôt préalable déductible lorsque des subventions sont perçues doit éviter que les assujettis qui en bénéficient puissent annuler leur dette d'impôt voire faire valoir une créance à l'égard du fisc en portant en compte l'impôt préalable acquitté sur des biens et services acquis à l'aide des subventions, ce qui constituerait un autre « subventionnement » indirect. Pour que cet objectif soit pleinement atteint, il importe que la réduction soit entièrement effectuée. S'agissant d'une subvention d'exploitation, cela ne pose pas problème lorsque la réduction est calculée selon la méthode effective: l'impôt préalable acquitté est alors réduit dans la proportion existant entre le montant de la subvention et le chiffre d'affaires total (cf. la brochure spéciale no 6, précitée, ch. 1.1.4.3); la réduction est donc en principe inférieure ou égale au montant de l'impôt préalable. Il en va différemment lorsque la réduction au titre de la subvention d'exploitation est calculée selon la méthode forfaitaire: dans ce cas, la somme obtenue en multipliant le montant de la subvention par le taux forfaitaire peut être supérieure non seulement à l'impôt préalable acquitté sur les charges d'exploitation, mais aussi à l'impôt préalable global, grevant tant les charges d'exploitation que les investissements. Dans cette situation, il n'y a pas lieu de limiter la réduction à l'impôt préalable afférent aux charges d'exploitation ou à l'impôt préalable global: une telle limitation n'est pas prévue par la loi et serait contraire à l'objectif poursuivi par le législateur. Il en résulte un montant d'impôt préalable déductible négatif, c'est-à-dire un montant d'impôt à payer. Cela ne constitue pas, comme le prétend la recourante, un impôt sur la subvention, mais revient à anticiper la réduction de l'impôt préalable qui sera acquitté durant les périodes fiscales ultérieures, celui de la période en cause étant insuffisant pour effectuer la réduction dans son intégralité. Une autre solution - plus compliquée - consisterait à reporter le solde de la réduction de l'impôt préalable déductible d'une période à l'autre. Limiter annuellement la réduction forfaitaire au montant de l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation ou à la somme globale de l'impôt préalable - acquitté aussi bien sur les charges d'exploitation que sur les investissements -, comme le voudrait la recourante, reviendrait à la faire dépendre de certains aléas économiques (p. ex. l'importance des charges grevées d'impôt préalable durant l'exercice considéré), voire permettrait à l'assujetti d'éluder la réduction prévue par la loi en planifiant ses dépenses grevées d'impôt préalable. Il serait ainsi possible de limiter ces dépenses l'année où la subvention est perçue, de manière à réduire l'impact de la réduction. Les moyens mis à disposition sous forme de subvention seraient utilisés lors de l'exercice suivant, avec l'avantage de pouvoir déduire entièrement l'important impôt préalable qui serait alors acquitté. Au demeurant, la méthode de calcul préconisée par la recourante mêle des éléments forfaitaires et des éléments effectifs, ce qui n'est pas admissible. Elle conduirait de plus à une inégalité de traitement des entreprises subventionnées entre elles - selon le type de subvention perçue - et par rapport aux autres contribuables. Au vu de ce qui précède, il convient d'admettre que la réduction forfaitaire - au titre de la subvention d'exploitation - de l'impôt préalable déductible n'est limitée ni à l'impôt préalable grevant les charges d'exploitation de l'exercice considéré, ni à la somme globale de l'impôt préalable, acquitté aussi bien sur les charges d'exploitation que sur les investissements. Il y a lieu finalement de rappeler que les résultats auxquels conduit la réduction forfaitaire doivent s'apprécier sur plusieurs années. En l'occurrence, l'intimée a démontré que, pour les périodes fiscales en cause, la réduction calculée selon la méthode approximative du forfait est inférieure à celle qui aurait résulté de l'application de la méthode effective (décision sur réclamation, consid. 5.1). Partant, la méthode forfaitaire est à l'avantage de la recourante. Si tel ne devait plus être le cas, celle-ci aurait du reste la faculté de revenir à la méthode effective, sous réserve d'un délai de 5 ans (décision entreprise, p. 7, avec référence au courrier de l'intimée du 10 janvier 2001).