Citation: 4A_542/2014 E. A

A.a. C.________ et D.________ étaient propriétaires de l'immeuble sis xxx, et exploitaient une brasserie dans les locaux commerciaux de celui-ci. A.b. Le 17 novembre 1987, par deux contrats distincts, les précités ont remis leur commerce et loué les locaux commerciaux à X.________ SA. Selon le contrat de bail, les locaux étaient destinés à l'exploitation d'un pub anglais et étaient loués pour une durée de 15 ans à compter du 1 er janvier 1988, renouvelable ensuite tacitement d'année en année. Était également loué, à titre de dépendance, un appartement de service de trois pièces. Le loyer annuel, indexé à l'ISPC, a été fixé à 102'000 fr. En vertu des art. 23 et 24 des dispositions particulières de cet accord, les frais de transformation des locaux en pub anglais, de même que les modifications techniques de l'immeuble qui en découlaient, étaient à la charge du locataire. En revanche, l'art. 25 de ces dispositions particulières stipulait ce qui suit: " Si la résiliation du contrat est le fait de la bailleresse (sic), il est établi un inventaire estimatif du mobilier et du matériel. Cette dernière s'engage à reprendre le commerce au prix dudit inventaire augmenté de la valeur du goodwill. A défaut d'accord entre les parties, la valeur de l'inventaire et du goodwill sera déterminée à dire d'experts". Selon le contrat de remise de commerce, C.________ et D.________ remettaient à X.________ SA le matériel, les installations, l'emplacement et la clientèle de leur brasserie pour le prix de 1'200'000 fr. Ce contrat n'a pas été produit en procédure. A.c. Avec l'accord des propriétaires, X.________ SA a ainsi transformé la brasserie en un pub anglais. A la suite d'un changement dans son actionnariat, X.________ SA a décidé de se séparer de ses pubs anglais. Par convention de remise de commerce du 28 juillet 1997, elle a remis à E.________ et F.________ l'agencement, les installations, le mobilier, le matériel d'exploitation et la clientèle du pub pour le prix de 450'000 fr. Il était prévu qu'une fois que les nouveaux exploitants se seraient acquittés du prix, qui était payable par acomptes, le bail leur serait transféré avec l'accord des propriétaires. Dans l'intervalle, ils n'étaient que sous-locataires et X.________ SA demeurait propriétaire de l'équipement, qui a fait l'objet d'une inscription au registre des pactes de réserve de propriété. E.________ et F.________ n'ayant pas payé le solde du prix en raison de difficultés financières, il n'y a pas eu de transfert du bail. A.d. Par contrat du 31 mai 2006, C.________ et D.________ ont vendu leur immeuble à A.________ et B.________ pour le prix de 3'275'000 fr. Le 15 décembre 2006, les nouveaux propriétaires ont résilié le bail de X.________ SA avec effet au 31 décembre 2007, au motif qu'ils souhaitaient reprendre la gestion de l'établissement public et entreprendre des travaux dans le bâtiment. X.________ SA a, de son côté, résilié le bail de sous-location qui le liait à ses sous-locataires (i.e. E.________ et F.________) le 5 janvier 2007 pour le 31 décembre 2007, au motif que ce contrat ne pouvait perdurer au-delà de la durée du bail principal; il n'est pas contesté que le bail de sous-location a été résilié une seconde fois pour défaut de paiement du loyer conformément à l'art. 257d al. 2 CO et que les procédures en relation avec le premier congé introduites de part et d'autre ont été retirées (art. 105 al. 2 LTF). A la demande de X.________ SA, H.________ SA a estimé la valeur de l'agencement, du mobilier, du matériel et de la décoration du pub à un montant compris entre 120'000 fr. et 130'000 fr., la part immatérielle étant fixée entre 130'000 fr. et 150'000 fr. La restitution des locaux aux nouveaux propriétaires a eu lieu le 28 décembre 2007. Selon le procès-verbal d'inventaire dressé à leur demande par l'huissier judiciaire G.________ le 8 janvier 2008, la valeur de réalisation des installations ascendait à un total de 6'850 fr. Les nouveaux propriétaires ont repris l'exploitation du pub au début du mois de janvier 2008; le pub a été réouvert le 12 janvier 2008. Ils l'ont exploité, sous l'enseigne " K.________ " jusqu'à juin 2011. Les locaux ont ensuite été entièrement transformés, entraînant la destruction du pub.