Citation: 4A_151/2016 E. A

A.a. Die B.________ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in U.________. Sie bezweckt die Entwicklung, Planung, Projektierung und Realisierung von Bauten aller Art als Bau-, General- und Totalunternehmung. Die A.________ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in V.________. Sie bezweckt die Verlegung von Natursteinteppichen und Industriebodenbelägen sowie die Sanierung von Balkon- und Terrassenbelägen. A.b. Am 21./28. Februar 2008 schlossen die Parteien einen "Pauschal-Werkvertrag" ab. Darin verpflichtete sich die A.________ AG als Unternehmerin zur Erfüllung der "Arbeitsgattung BKP - 281.1 Fugenlose Bodenbeläge" für einen "Pauschalpreis inkl. MwSt." von Fr. 944'190.--. Gegenstand des Vertrags waren Bodenbeläge von über 16'000 m2 in zwei Gebäuden, bestehend aus rund 240 Zimmern sowie Gängen und Treppen. A.c. Die Beschwerdeführerin verwendete bei den Arbeiten Materialien des Unternehmens C.________ AG, hauptsächlich das Produkt "D.________", eine Bodenbeschichtung auf Polyurethanbasis. A.d. Nach Abschluss der Arbeiten stellte die A.________ AG am 13. November 2008 die Schlussrechnung, die von der B.________ AG beglichen wurde. A.e. Wenige Monate später waren beim Bodenbelag stellenweise visuell gut sichtbare Schäden zu erkennen. Im Auftrag der B.________ AG führte die E.________ AG daraufhin eine materialtechnische Untersuchung und Beurteilung der Bodenbeläge durch. Der Untersuchungsbericht vom 30. Januar 2009 basiert auf 12 Untersuchungsstellen in verschiedenen Stockwerken beider Gebäude. Nach dem Bericht liegt die mittlere Stärke des Bodenbelags bei 1.05 mm. A.f. In der Folge kam es zwischen den Parteien zu Gesprächen. Am 27. April 2009 fand eine gemeinsame Begehung vor Ort statt. A.g. Mit Einschreiben vom 14. Mai 2009 setzte die B.________ AG der A.________ AG eine Frist bis zum 18. Mai 2009, um bestimmte Dokumente und Angaben zu liefern, namentlich einen "Massnahmenkatalog für die Beseitigung der Schäden" sowie eine "Offerte für die vorgeschlagenen Massnahmen". A.h. Mit Einschreiben vom 11. Juni 2009 an die A.________ AG rügte die B.________ AG, dass der Boden mit durchschnittlich 1 mm statt 2-3 mm Dicke verlegt und dazu eine ungünstige Verfüllung mit Quarzsand vorgenommen worden sei, der Boden in dieser Qualität nicht brauchbar sei und die A.________ AG trotz mehrmaliger Aufforderung keine Sanierungsmassnahmen vorgeschlagen habe. Sie setze ihr daher eine letzte Frist bis zum 19. Juni 2009 um konkrete Sanierungsmassnahmen, einen Zeitplan für die Umsetzung und die damit verbundenen Kosten zu unterbreiten. Sollte sie bis zu diesem Datum die genannten Elemente nicht oder nur teilweise erhalten, werde sie ein Drittunternehmen mit den Reparatur- bzw. Ersatzarbeiten beauftragen. A.i. Mit Schreiben vom 19. Juni 2009 erklärte die A.________ AG, sie habe die E.________ AG mit einer neuen Schichtdickenmessung beauftragt, welche einen Durchschnittswert von 1.55 mm ergeben habe. Die Ursache der Schädigung könne auch bei einer unsorgfältigen Nutzung des Belags liegen; die Abklärungen betreffend Schadensursache würden laufen. Sie unterbreite der B.________ AG folgenden Sanierungsvorschlag: Sie werde in den Schäden aufweisenden Zimmern eine zusätzliche Beschichtung und Versiegelung von ca. 1 mm auftragen, und zwar im Juli 2009 in 2-3 "Musterzimmern". Die "verbleibenden restlichen ca. 7 Zimmer" würden im Herbst 2009 saniert. A.j. Der im Auftrag der A.________ AG verfasste zweite Untersuchungsbericht der E.________ AG vom 30. Juni 2009 basiert auf 61 Untersuchungsstellen in verschiedenen Stockwerken beider Gebäude und hält eine durchschnittliche Schichtdicke von 1.55 mm fest. A.k. Im Juli 2009 nahm die A.________ AG in drei Zimmern Nachbesserungsarbeiten vor. A.l. Mit Einschreiben vom 25. März 2010 erklärte die B.________ AG, die gesamten PU-Böden in beiden Gebäuden müssten nochmals neu gemacht werden. Es sei mit Sanierungskosten von rund Fr. 2 Mio. zu rechnen. Die A.________ AG könne entweder ihrer Nachbesserungs- und Schadenersatzpflicht vollumfänglich nachkommen oder einen pauschalen Betrag von Fr. 400'000.-- per Saldo aller Ansprüche bezahlen. A.m. Mit Einschreiben vom 30. März 2010 erklärte die A.________ AG, sie habe mit Schreiben vom 19. Juni 2009 bereits einen Sanierungsvorschlag unterbreitet und gemäss diesem Vorschlag im Juli 2009 drei "Musterzimmer" mit einer Beschichtung und Versiegelung von zusätzlich ca. 1 mm überzogen. Die B.________ AG habe seit Mitte Juli 2009 nicht mehr reagiert. Die A.________ AG habe die Angelegenheit daher als erledigt betrachten dürfen. Sie schlage nun eine Besichtigung und Prüfung der drei "nachgebesserten" Böden sowie der übrigen Böden vor Ort vor, um den Nachbesserungsanspruch und den Umfang der allfälligen Nachbesserungspflicht zu prüfen. A.n. Am 20. April 2010 fand eine gemeinsame Besichtigung der drei Musterzimmer statt. A.o. Mit Schreiben vom 28. April 2010 teilte die B.________ AG mit, sie habe sich entschlossen, ein Drittunternehmen mit der Einbringung eines neuen Bodens zu beauftragen. Mit Schreiben vom 28. November 2010 informierte die B.________ AG die A.________ AG darüber, dass die Sanierungsarbeiten in Ersatzvornahme ausgeführt worden seien und sich die Kosten dafür auf Fr. 2'109'655.50 beliefen. Sie forderte die A.________ AG zur Zahlung dieses Betrags auf. Diese bestritt die Forderung und verweigerte die Zahlung.