Citation: 4A_608/2016 E. A

A.a. La société C.________ SA, à laquelle a succédé B.________ SA (ci-après: le maître de l'ouvrage ou la demanderesse), dont le siège est à U.________, a pour but la commercialisation de produits horlogers, singulièrement celle de marques de maîtres-horlogers anglais des XVII èmeet XVIII ème siècles dont elle est titulaire. Dès le 24 août 2004, A.________ SA (ci-après: l'entrepreneur ou la défenderesse), société qui a pour but le commerce de toutes matières premières, marchandises et tous produits manufacturés ou non, dont le siège est à V.________, a adressé au maître de l'ouvrage trois offres portant sur le développement, la réalisation et la fourniture de 200 mouvements de montres W.________. Le 10 novembre 2004, les parties ont conclu un contrat d'entreprise (dénommé contrat d'achat) portant sur la réalisation de 50 mouvements exclusifs, soit des mouvements mécaniques automatiques à tourbillon comportant des aiguilles affichant deux fuseaux horaires supplémentaires, dans une finition très haut de gamme, emboîtés, au prix de 25'500 fr. l'un (frais d'emboîtage en sus). Le maître de l'ouvrage devait s'acquitter d'une avance à la commande de 200'000 fr. et d'une deuxième avance de 75'000 fr. dans les 60 jours, TVA non comprise. Le contrat prévoyait des délais de livraison d'un prototype à compter du paiement de la première avance. Tous les coûts de développement étaient à la charge de l'entrepreneur. Les commandes suivantes devaient faire l'objet de contrats particuliers. Le maître de l'ouvrage a payé en temps utile la première avance de 200'000 fr., plus la TVA, soit 215'200 fr. le 16 novembre 2014 et, avec un peu de retard, la deuxième avance de 75'000 fr. plus la TVA, par 40'700 fr. le 21 février 2005 et 40'000 fr. le 31 mars 2005. Le 18 mars 2005, l'entrepreneur a notamment informé le maître de l'ouvrage que, faute de paiement en temps utile, ce qui lui avait causé des problèmes de liquidités et avait retardé le développement du projet, il ne pourrait pas livrer un prototype à temps pour la Foire de Bâle; il requérait un paiement supplémentaire de 400'000 fr. pour assurer une première livraison de mouvements à fin mai 2005. A.b. Postérieurement à la Foire de Bâle 2005, le maître de l'ouvrage a modifié le projet, demandant le remplacement du bouton-poussoir de mise à l'heure " à 8 heures " par un dispositif à friction. Dans son offre du 10 juin 2005, l'entrepreneur a proposé un prix unitaire de 26'000 fr. pour les 50 premiers mouvements et une première livraison dans la semaine 38-2005, soit du 19 au 25 septembre 2005, contre paiement d'une avance de 400'000 fr. Le 14 juin 2005, le maître de l'ouvrage a accepté cette offre et l'augmentation de prix à 26'000 fr. par unité pour 50 mouvements, mais sans répondre à la demande d'avance. A.c. L'entrepreneur est revenu à la charge le 5 octobre 2005, réclamant une avance de 225'000 fr., soit une avance de 15'000 fr. par mouvement, dans la perspective d'une livraison prochaine de 15 mouvements, puis à nouveau le 31 octobre 2005 en réclamant une avance de 103'000 fr., dans la perspective d'une livraison de cinq mouvements au 21 novembre 2005, puis à nouveau de 103'000 fr. dans la perspective de la livraison de cinq mouvements au 5 décembre 2005 et enfin de 103'000 fr. pour la livraison de cinq mouvements au 12 décembre 2005. Les parties ont signé le 15 novembre 2005 un avenant au contrat du 10 novembre 2004, le maître de l'ouvrage acceptant de payer une nouvelle avance de 103'000 fr., qui a été versée le 22 novembre 2005. L'entrepreneur a livré un premier mouvement, qui n'était pas entièrement fonctionnel, dans le courant du mois de décembre 2005. A.d. Par courrier du 19 janvier 2006, le maître de l'ouvrage a mis l'entrepreneur en demeure de lui livrer les cinq mouvements dans un état fonctionnel et esthétique irréprochable jusqu'au 31 janvier 2006, faute de quoi il mettrait fin aux engagements contractuels et demanderait la restitution des avances versées. L'entrepreneur a contesté cette mise en demeure. L'entrepreneur a encore livré quatre mouvements à mi-mars 2006, qui ont fait l'objet d'un rapport négatif de la part d'un horloger responsable du projet chez le maître de l'ouvrage. A.e. Par courrier recommandé du 27 mars 2006 adressé à l'entrepreneur, le maître de l'ouvrage a déclaré renoncer à l'exécution du contrat, constatant l'incapacité de son cocontractant à exécuter l'accord et arguant que celui-ci avait trop présumé de ses capacités financières et surtout de ses capacités techniques; le maître de l'ouvrage n'a pas fixé de nouveau délai d'exécution à l'entrepreneur, considérant qu'un tel délai serait sans effet; il a sommé ce dernier de lui restituer les avances versées, se réservant de lui réclamer le préjudice subi. L'entrepreneur a contesté les motifs de " résiliation " et invité le maître de l'ouvrage à trouver une solution transactionnelle de manière à sauvegarder le travail important qui avait été accompli, de même que les investissements considérables qui avaient été consentis par lui.