Citation: 1C_338/2016 E. 3

Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires de la part d'une collectivité dont les intérêts patrimoniaux ne sont pas en jeu. Le canton de Genève versera en revanche une indemnité de dépens à l'intimée A.________ SA, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat. L'intimée B.________ SA a déclaré s'en rapporter à justice et a donc renoncé à procéder. Dès lors, en dépit des observations qu'elle a formulées, il n'y a pas lieu de mettre à sa charge des frais ou des dépens, ni de lui en allouer.