Citation: 2C_686/2013 E. A

A.a. Die A.________ AG wurde am 18. Januar 2001 als Beteiligungsgesellschaft durch die B.________ AG gegründet und firmierte vorerst als C.________ AG mit Sitz in U.________/BE. Sie erlitt infolge Abschreibungen auf Beteiligungen in den Jahren 2001 und 2002 Verluste von rund 15 Mio. Fr. Sie wurde in liquide Form gebracht und war in den Jahren 2003 bis 2006 inaktiv. Im Jahr 2006 wurde sie im Hinblick auf einen Beteiligungserwerb umbenannt und vollumfänglich saniert, einerseits durch Herabsetzung des Aktienkapitals von 17 Mio. Fr. auf 4 Mio. Fr., wobei der Herabsetzungsbetrag vollumfänglich zur Reduktion der Unterbilanz verwendet wurde, andererseits durch einen Zuschuss à fonds perdu durch die B.________ AG von rund 3,2 Mio. Fr. Nachdem der geplante Beteiligungserwerb gescheitert war, verlegte die A.________ AG am 19. Juni 2007 ihren Sitz nach V.________/ZH und änderte ihren Zweck dahin gehend, dass sie neu Dienstleistungen im Bereich des Forderungsmanagements sowie des Inkassowesens erbringt. Alleinaktionärin war stets die B.________ AG. A.b. Mit der D.________ AG in V.________/ZH besass die B.________ AG eine weitere hundertprozentige Tochtergesellschaft, die im Inkassogeschäft sowie im Bereich Kunden- und Kreditkartengeschäft aktiv war. Vom Kunden- und Kreditkartengeschäft wollte sich die B.________ als Folge eines strategischen Entscheides trennen. Mit Vertrag vom 27. Juni 2007 übernahm die A.________ AG rückwirkend ab 1. Januar 2007 von der D.________ AG deren Inkassogeschäft einschliesslich Personal und das benötigte Sachanlagevermögen zu Buchwerten zum Preis von 4 Mio. Fr. Die dergestalt in verkaufsfähige Form gebrachte D.________ AG konnte in der Folge an die E.________ AG veräussert werden. A.c. Per 31. Oktober 2009 wurde die A.________ AG durch die F.________ AG - auch eine Tochtergesellschaft der B.________ AG - absorbiert, womit ihre Steuerpflicht endete. Seither firmiert die F.________ AG als Rechts- und Steuernachfolgerin der (alten) A.________ AG ebenfalls als A.________ AG.