Citation: 2C_1120/2015 E. B

B.a. Le 22 février 2010, l'Association a demandé à l'Administration fédérale de considérer ses prestations relatives à la vente des carnets TIR comme des services d'administration imposables, de sorte que les chiffres d'affaires découlant de la vente des carnets TIR donneraient droit à la restitution de l'impôt préalable. Elle a sollicité une réponse rapide afin de pouvoir se déterminer sur un éventuel changement de méthode de décompte (passage de la méthode de décompte des taux de la dette fiscale nette à la méthode de décompte effective); au cas où l'Administration fédérale fournirait sa réponse après le 31 mars 2010, l'Association l'a priée de lui confirmer qu'elle pourrait changer de méthode même après l'échéance de ce délai, avec effet au 1er janvier 2010. L'Association a reformulé cette requête par courriel du 23 mars 2010. Par courrier électronique du 24 mars 2010, l'Administration fédérale a répondu au mandataire de l'Association: "Si votre client voudrait se baser sur notre prise de position à venir pour changer de méthode de décompte, alors il aura encore la possibilité, à titre exceptionnel et d'entente avec les chefs de la Division de perception, de le faire à réception de notre réponse à venir (vraisemblablement en début avril 2010), nonobstant l'expiration du délai du 31 mars 2010". B.b. Par courrier du 26 novembre 2010, l'Administration fédérale a sollicité de l'Association la production de divers documents pour se déterminer sur sa requête du 22 février 2010, en précisant que: "A l'issue de ce contrôle, votre cliente pourra décider du changement de méthode de décompte avec effet au 1er janvier 2010, le cas échéant en communiquant sa décision à notre Division de Perception". Par courrier du 15 mars 2011, l'Association a sollicité l'accord de principe de l'Administration fédérale sur les points suivants: "- Que le traitement TVA des carnets TIR que nous venons de présenter peut être appliqué. - Que l'approche économique de la clé de la rectification de l'impôt préalable est cohérente. Le cas échéant, elle sera appliquée rétroactivement à l'exercice 2010 en tenant compte également du changement de régime (forfaitaire à effectif) avec effet au 1er janvier 2010".