Citation: 2C_394/2013 E. A

X.________ SA (ci-après: X.________), à Lausanne, est inscrite au Registre du commerce depuis 1969. Elle a pour but social l'exploitation d'une "entreprise de transports et de terrassements, ateliers de réparations pour camions et automobiles". Le capital-actions de cette société est de 50'000 fr. entièrement libéré, divisé en 50 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A.________, président, de B.________ et de C.X.________, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D.________ a également siégé dans le conseil d'administration. X.________ Service SA (ci-après: X.________ Service), à Lausanne, est inscrite au Registre du commerce depuis 1988. Elle a pour but social le "service de voirie, curage de canalisations, transports, vidange de fosses, entretien de routes". Le capital-actions de cette société est de 100'000 fr. entièrement libéré, divisé en 100 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A.________, président, de B.________ et de C.X.________, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D.________ a également siégé dans le conseil d'administration. Tous les administrateurs sont employés et actionnaires de X.________ et de X.________ Service. En plus de leur salaire de base, ils perçoivent, hormis C.X.________, une part correspondant aux chiffres d'affaires et au bénéfice de ces sociétés. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice et le capital, X.________ a été taxée définitivement pour les périodes allant de 2001 à 2005. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'Administration cantonale des impôts (ci après: l'Administration cantonale) a procédé à un contrôle des comptes de X.________ pour ces périodes. Le 2 octobre 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure pour soustraction d'impôt à l'encontre de X.________.