Citation: 4A_65/2016 E. A

A.a. B.________ AG (ci-après: B.________ ou la locataire), société dont le siège se trouve à U.________, est active dans le formage superplastique de pièces en aluminium et en magnésium, qui ne sont pas réalisables en fabrication conventionnelle. Elle a repris ce domaine de C.________ SA (dont la raison sociale a été modifiée en D.________ SA en 2011), qui est une filiale à 100% de E.________ AG. Depuis 2001, elle occupe la halle industrielle érigée sur la parcelle n°... de la commune de V.________, immeuble appartenant à E.________ AG depuis 2001, après avoir appartenu à différentes sociétés actives dans l'aluminium. Aucun contrat de bail écrit n'a été produit en procédure. Jusqu'en 2003, la locataire s'est acquittée d'un loyer annuel de 101'460 fr. par an. A.b. Le sous-sol de l'immeuble sur lequel se trouve la halle étant contaminé, ce dont B.________ n'a pu avoir connaissance, au mieux, qu'entre 2002 et 2004, des mesures d'assainissement ont été prévues. Entre 2003 et 2007, des discussions ont eu lieu entre B.________ et E.________ au sujet de l'assainissement du sous-sol et d'autres défauts affectant la halle elle-même. Le rachat de la halle par la locataire a été l'objet de pourparlers contractuels. Par appréciation des nombreux témoignages administrés par le tribunal, dont elle a exposé la teneur sur cinq pages, la cour cantonale a retenu, comme le tribunal, l'accord suivant: " la bailleresse et la locataire sont convenues, dès le début de l'année 2004, de suspendre le paiement du loyer pour la mise à disposition de la halle à V.________, jusqu'à ce que les défauts affectant celle-ci (cf. supra, consid. 2.6.4) soient éliminés, l'idée étant de fixer un nouveau loyer une fois la situation assainie, voire d'imputer, en cas d'aliénation de l'immeuble, tout ou partie des arriérés de loyers sur le prix de vente " (p. 19 consid. 2.7.5). Les défauts visés, tels qu'énumérés au consid. 2.6.4, sont, outre les déchets industriels dans le sous-sol de 70 à 80% de la partie nord de la halle, des fissures du sol et des différences de niveau entravant l'usage de fourches élévatrices, ainsi que des traces sur les parois liées à de précédents problèmes d'étanchéité. Lors de l'inspection des lieux par le tribunal le 10 avril 2014, il a été constaté qu'entre 70 à 80% du terrain de la partie nord de la halle renferme toujours des déchets industriels. A.c. A.________ AG (ci-après: A.________ ou la nouvelle propriétaire ou bailleresse), dont le siège se trouve à W.________, a acheté l'immeuble sur lequel est érigée la halle par acte du 5 novembre 2010 et a été inscrite comme propriétaire au registre foncier le 20 décembre 2010. Au moment de l'achat, A.________ ne pouvait qu'être consciente de l'existence de ces défauts dans la mesure où l'acte de vente stipule qu'elle a visité et examiné en détail le bien-fonds, que celui-ci figure à l'inventaire des sites pollués et que les obligations environnementales lui ont été transférées. Le 20 mai 2011, A.________ a informé la locataire qu'elle avait acquis divers actifs de E.________, notamment la parcelle sur laquelle se trouve la halle et avait été surprise de constater qu'elle n'avait plus payé ses loyers depuis le mois de janvier 2004. Elle a également fait valoir différents montants pour des travaux effectués par la précédente bailleresse et des factures de métal impayées. Elle a mis la locataire en demeure de lui payer la somme de 871'649 fr. 30 jusqu'au 31 octobre 2001, sous menace de résiliation de son bail en vertu de l'art. 257d CO. Elle a renouvelé cette sommation le 20 septembre 2011. Le vendredi 2 novembre 2011, la bailleresse a notifié, sur formule officielle, la résiliation du contrat de bail pour le 31 janvier 2012.