Citation: 9C_485/2024 E. A

A.a. Le 3 juillet 2018, A.________ SA (ci-après: la Société ou la contribuable), dont le siège est à Genève, a acquis une participation de 80% de toutes les parts de quatre sociétés regroupées dans B.________ Société Anonyme Monégasque (SAM) (anciennement C.________ S.A.M, ci-après: la filiale). Le montant total de l'investissement s'élevait à 3'100'000 euros (3'381'522 fr.). Pour la période fiscale 2019, la Société a notamment déclaré un amortissement pour un montant correspondant à l'investissement réalisé pour l'acquisition des parts de la filiale. A.b. En réponse à deux demandes de renseignements de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) concernant l'acquisition des parts de la filiale et l'amortissement y afférant, la Société a notamment indiqué que la baisse de la profitabilité et les mauvais résultats de sa filiale justifiaient l'amortissement. A.c. Par deux décisions sur réclamation du 22 février 2023 portant sur l'impôt fédéral direct (IFD) et l'impôt cantonal et communal (ICC) pour la période fiscale 2019, l'Administration fiscale cantonale a confirmé ses décisions de taxation du 22 novembre 2022. Par celles-ci, elle avait refusé l'amortissement d'un montant de 3'381'522 fr. relatif à la participation acquise par A.________ SA dans la filiale, réintégrant cette somme dans le bénéfice imposable de la Société, au motif que la filiale n'avait pas subi de perte de valeur significative. A.d. Par jugement du 25 mars 2024, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a admis le recours de la contribuable, en retenant que l'amortissement de 3'381'522 fr. était justifié.