Citation: 9C_537/2016 E. 1

Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheids des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. Juni 2016 wird dahingehend abgeändert, dass die Publica verpflichtet wird, dem Beschwerdeführer basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 % mit Wirkung ab dem 1. Juni 2004 bis 31. Juli 2005 eine Invalidenrente von Fr. 1'068.40 im Monat, vom 1. August 2005 bis 31. Juli 2006 basierend auf einem Invaliditätsgrad von 64 % eine Invalidenrente von Fr. 534.20 im Monat zuzüglich Verzugszins von 2,5 % ab dem 23. Dezember 2014 zu bezahlen und ihm für diese Zeit die Beitragsbefreiung zu gewähren. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.