Citation: 4A_550/2020 E. A

A.a. A partir du 1er décembre 2017, A.________ AG (anciennement A1.________ AG) est devenue locataire principale de locaux d'une surface d'environ 164 m² situés à xxx. Le loyer principal s'élevait à 6'862 fr. par mois, charges à hauteur de 205 fr. non comprises. Les locaux étaient destinés à accueillir un laboratoire d'analyses et des consultations médicales généralistes. Le 21 décembre 2017, A.________ AG a soumis à B.________, médecin occupant déjà une partie des locaux depuis 2013, un contrat de " sous-location et de collaboration ". Aux termes de ce contrat, A.________ AG sous-louait au prénommé les deux salles qu'il utilisait déjà, d'une surface d'environ 53 m², pour un loyer mensuel de 2'000 fr., comprenant l'utilisation des parties communes, telles que la salle d'attente et d'archives. Le contrat prenait effet dès le 1er décembre 2017 pour une durée d'un an. Il était résiliable avec trois mois de préavis et se renouvelait tacitement. Le loyer et les frais annexes étaient dus le 1er de chaque mois. La convention prévoyait que B.________ commencerait à " mandater " A.________ AG dès la signature du contrat. B.________ n'a jamais contresigné ce contrat. Devant le tribunal de première instance, B.________ a déclaré qu'il n'entendait pas conclure de collaboration avec A.________ AG. Celle-ci consistait en un engagement à diriger ses patients vers le service de laboratoire exploité par A.________ AG en échange de rétrocessions. Il souhaitait en outre consulter le contrat de bail principal avant de se déterminer sur le montant du sous-loyer. A.b. B.________ a versé les 25 janvier 2018, 19 février 2018, 5 mars 2018 et 12 mars 2018 à A.________ AG des montants de 2'000 fr. chacun à titre de " loyer décembre 2017 ", " loyer janvier 2018 ", " loyer février " et " loyer mars ". Il a effectué deux autres versements de 2'000 fr. chacun les 10 avril 2018 et 14 mai 2018, sans indiquer de motif. Devant le tribunal de première instance, B.________ a expliqué qu'il ne s'estimait pas lié par le contrat. Il avait versé ces montants dans l'attente de recevoir les explications qu'il réclamait. A.c. Dès le 6 juin 2018, A.________ AG a adressé à B.________ des factures de sous-loyer d'un montant de 3'533 fr. par mois. B.________ a payé la somme de 3'500 fr. le 12 juillet 2018. A.d. Par courrier du 22 décembre 2018 à A.________ AG, B.________ a contesté l'augmentation du loyer du 6 juin 2018. Il a informé avoir suspendu tout paiement jusqu'à ce que la nature de la relation le liant à A.________ AG et le montant du loyer principal soient clarifiés. Il a réclamé une copie intégrale du bail principal, relevant que l'exemplaire qui lui avait été communiqué ne mentionnait pas le montant du loyer principal. Le 12 février 2019, A.________ AG a fait parvenir à B.________ une copie du contrat de bail principal. Il lui a demandé de préciser quelle surface il utilisait afin de pouvoir préparer un projet de contrat de sous-location pour formaliser la situation. Le 14 mars 2019, B.________ a transmis à A.________ AG le plan des locaux, avec les deux bureaux qu'il occupait indiqués en jaune. Il a écrit que leur surface totalisait 23,50 m², soit 14 % de la surface totale des locaux. Par courriel du 14 mars 2019, A.________ AG a informé B.________ qu'un projet de contrat de sous-location lui serait transmis en début de semaine avec un loyer de 2'000 fr. Puisque l'incertitude du loyer était levée, les loyers impayés pour l'année 2018, soit 8'500 fr., et ceux des trois premiers mois de l'année 2019 devaient être réglés dans les plus brefs délais. Le 18 mars 2019, B.________ a répondu que le loyer réclamé était excessif au vu du montant du loyer principal et devrait plutôt s'approcher de 1'000 fr. par mois au regard de la surface occupée. Les sommes réclamées étaient ainsi contestées. A.e. Le 26 avril 2019, A.________ AG a mis en demeure B.________ de lui verser le montant de 16'500 fr. dans un délai de trente jours. A défaut de paiement dans ce délai, le sous-bail serait résilié. La somme correspondait aux loyers dus pour les mois de septembre 2018 à avril 2019 inclus, additionnés du solde de loyer dû pour août 2018, soit 500 fr. (art. 105 al. 2 LTF). Même si aucun contrat écrit n'avait été conclu, les parties étaient liées par un bail de sous-location pour un loyer mensuel de 2'000 fr. Les locaux n'étant occupés que par deux personnes, A.________ AG avait envisagé de porter le montant du loyer à 3'500 fr. Cette augmentation n'ayant pas été effectuée selon les règles applicables, A.________ AG avait décidé d'y renoncer et avait imputé les 1'500 fr. versés en trop sur le loyer du mois d'août 2018. A.f. Considérant que l'arriéré de loyers n'avait pas été réglé dans le délai imparti, A.________ AG, par formule officielle du 7 août 2019, a résilié le sous-bail pour le 30 septembre 2019. B.________ a contesté cette résiliation le 10 septembre 2019. Il a notamment fait valoir que le congé était tardif pour être intervenu plus de dix semaines après l'échéance du délai comminatoire. Il a conclu à ce que le sous-loyer soit fixé à 1'000 fr. par mois (cause C/20519/2019, pendante). A.g. Le 1er octobre 2019, A.________ AG a, dans l'hypothèse où la résiliation du 7 août 2019 devait être annulée, mis en demeure B.________ de lui verser un montant de 28'500 fr. dans un délai de trente jours. A défaut, une nouvelle résiliation de sous-bail lui serait notifiée. Cette somme correspondait aux loyers des mois d'août 2018 à octobre 2019 (art. 105 al. 2 LTF). Par avis officiel du 13 novembre 2019, A.________ AG a résilié le sous-bail pour le 31 décembre 2019. Cette résiliation a également été contestée par B.________ (cause C/28351/2019, pendante).