Citation: 2C_451/2013 E. A

A.a. Die A.________ AG mit Sitz in Köniz (BE) bezweckt den Betrieb eines Logistikunternehmens, namentlich im Bereich der Luftfahrt, sowie die Erbringung aller damit zusammenhängenden Dienstleistungen. Die Gesellschaft wurde per 20. September 2007 ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Alleinaktionär war X._____ mit Wohnsitz in Freienbach (SZ). Er hielt zudem eine Beteiligung von 54.9 % (Stand per 31. Dezember 2011) an der B.a.________ Holding AG (am 20. April 2012 umfirmiert in B.b.________ Holding AG) mit Sitz in Rorschacherberg (SG), deren aktiver Verwaltungsratspräsident er war. Die B.a.________ Holding AG hielt sämtliche Aktien der B.a.________ AG (am 6. März 2012 umfirmiert in B.b.________ AG) mit Sitz in Rorschacherberg. A.b. Anlässlich einer Kontrolle im Juni 2009 bei der A.________ AG betreffend die Steuerperioden vom 3. Quartal 2007 bis zum 1. Quartal 2009 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) fest, das Hauptaktivum in der Bilanz der A.________ AG, ein Flugzeug mit dem Kennzeichen xxxx, sei mittels eines zinslosen Darlehens von X.________ erworben und anschliessend der C.________ AG ins Aircraft-Management übergeben worden. Die C.________ AG habe Flugleistungen für die A.________ AG sowie für von dieser und X.________ unabhängige Dritte erbracht. Für die Flüge von Drittkunden habe die C.________ AG sämtliche operationellen Kosten getragen und der A.________ AG eine nach Flugminuten ausgewiesene Mietentschädigung bezahlt; für ihre eigenen Flüge seien der A.________ AG die Aufwendungen der C.________ AG sowie angefallene Drittkosten (weiter-) verrechnet worden. Da das Flugzeug auch für nahestehende Personen ohne steuerbaren Zweck genutzt geworden sei, habe auf dem Umfang der entsprechenden Aufwendungen kein Anspruch auf Vorsteuerabzug bestanden. Infolge eines Nachlassverfahrens über die C.________ AG habe die A.________ AG den Aircraft-Management-Vertrag am 18. Dezember 2008 aufgelöst und das Flugzeug von der C.________ AG abgezogen. Ab diesem Zeitpunkt habe die A.________ AG keine steuerbaren Leistungen mehr getätigt, weshalb sie per 31. März 2009 aus dem Mehrwertsteuerregister zu löschen sei. A.c. Mit Verfügung vom 31. Mai 2012 auferlegte die ESTV der A.________ AG für die Steuerperioden vom 3. Quartal 2007 bis zum 1. Quartal 2009 (Zeitraum vom 20. September 2007 bis zum 31. März 2009) Mehrwertsteuern im Betrag von Fr. 407'535.-- zuzüglich die gesetzlichen Verzugszinsen seit dem 31. August 2008 (wobei die bereits geleisteten Zahlungen in der Höhe von gesamthaft Fr. 432'599.-- anzurechnen seien). Zudem stellte die ESTV fest, dass die A.________ AG zu Recht mit Wirkung per 31. März 2009 aus dem Register der Mehrwertsteuerpflichtigen gestrichen worden sei. Zur Begründung führte die ESTV im Wesentlichen an, der "Nachweis der geschäftlichen Verwendung" der Eigentümerflüge sei nicht erbracht. Es fehle deshalb gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung an einem Leistungsaustausch zwischen der A.________ AG und X.________, für den das Flugzeug verwendet worden sei. Dasselbe gelte für die Flüge, welche durch die B.a.________ AG bezogen worden seien. Da diese eine hundertprozentige Tochtergesellschaft der B.a.________ Holding AG sei, an welcher wiederum X.________ eine Kapitalbeteiligung von rund 55 % halte, handle es sich bei der B.a.________ AG um eine X.________ nahestehende Person. Wie bei den Eigentümerflügen sei auch hier gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung nachzuweisen, dass die Flüge für einen geschäftsmässigen Zweck verwendet worden seien. Diesen Nachweis vermöge die A.________ AG mangels vollständiger Passagierlisten, welche den Grund für den jeweiligen Flug angäben, nicht zu erbringen.