Citation: 6B_215/2007 02.05.2008 E. 7

En définitive, le recours est partiellement admis et la cause renvoyée au Tribunal pénal fédéral pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais de justice (art. 66 al. 4 LTF). Le recourant, qui obtient gain de cause sur l'essentiel, a droit à des dépens (art. 68 al. 2 LTF), qui devront être supportés par la Confédération suisse. Il convient d'en ordonner la distraction au profit du conseil du recourant, en mains duquel la Confédération versera donc directement l'indemnité. Dès lors, la demande d'assistance judiciaire n'a plus d'objet. Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce: