Citation: 1B_568/2021 E. C

Par acte du 18 octobre 2021, A.________ forme un recours en matière pénale par lequel il demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt entrepris et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Subsidiairement, il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et de la décision du Ministère public du 9 novembre 2020 ainsi que la destruction des échantillons prélevés. Il sollicite également l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer, le Tribunal cantonal se réfère à ses considérants tandis que le Ministère public conclut au rejet du recours. Le recourant maintient ses conclusions.