Citation: 2C_233/2019 E. B

B.a. A la suite d'un contrôle effectué le 26 mai 2015 et portant sur les périodes fiscales allant du 1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2013, l'Administration fédérale a constaté, entre autres, que l'assujettie n'avait pas opéré une réduction de la déduction de l'impôt préalable malgré la réception d'une subvention sous la forme d'un droit de superficie sans rente. Elle a estimé le montant du droit de superficie sur la base de la taxe professionnelle communale. Le 29 juin 2015, l'Administration fédérale a adressé à l'assujettie une notification d'estimation fixant les montants de la créance fiscale pour les années 2010 à 2013 à, respectivement, 212'398 fr., 155'392 fr., 200'446 fr. et 210'445 fr., et la correction de l'impôt en sa faveur à 120'233 fr. (art. 105 al. 2 LTF). Par courrier du 18 décembre 2015, l'assujettie a contesté le mode de détermination de la rente de superficie fondé sur la taxe professionnelle communale. Sur la base d'un autre mode de calcul de la rente, fondé sur un montant de 50 fr. par mètre carré avec un rendement de 5 % (de surface extérieure exploitée ou de surface totale utilisée), elle a proposé qu'un montant annuel fixe de 25'000 fr. soit retenu à titre de rente de superficie. Le 2 mai 2016, l'Administration fédérale a communiqué à l'assujettie son intention de fixer le montant de la rente de superficie sur la base de la convention de superficie, sans tenir compte du déficit reporté. Par courrier du 26 mai 2016, l'assujettie a contesté cette méthode de calcul. B.b. Par décision du 28 juin 2016, confirmée sur réclamation par décision du 2 mai 2017, l'Administration fédérale a fixé les créances fiscales pour les années 2010 à 2013 à, respectivement, 203'082 fr., 114'997 fr., 186'001 fr. et 198'943 fr. (art. 105 al. 2 LTF) et la correction de l'impôt en sa faveur à 44'565 fr.