Citation: 6B_1244/2016 E. C

X.________ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 27 septembre 2016, dont il demande, à titre principal, la réforme en ce sens qu'une indemnité de 3'250 fr. lui est octroyée pour la détention subie dans des conditions illicites entre le 26 février et le 1er mai 2013. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale; le tout, avec suite de frais et dépens. Il sollicite en outre l'octroi de l'assistance judiciaire, la désignation de Me Hikmat Maleh comme avocat d'office et son indemnisation pour la procédure devant le Tribunal fédéral. Invités à se déterminer sur le mémoire de recours, la cour cantonale y a renoncé et s'est rapportée à l'arrêt entrepris; le DSE a déposé des observations et a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Informé des prises de position, X.________ a persisté intégralement dans les conclusions et griefs de son recours.