Citation: 1C_226/2016 E. 5

Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Succombant, la commune de Genève, qui agit en tant que propriétaire voisine du projet en cause (cf. consid. 1), doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Elle versera en outre une indemnité de dépens à la société intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF). Le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie qui a agi dans l'exercice de ses attributions officielles n'a en revanche pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).