Citation: 2C_514/2009 25.03.2010 E. B

Le 6 septembre 2002, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a informé X.________ SA de l'ouverture d'une procédure en soustraction d'impôt portant sur la période fiscale 1997-2000. La société était priée de mettre à disposition des personnes en charge du contrôle qui aurait lieu les 3 et 4 octobre 2002 tous ses documents comptables et pièces justificatives utiles. Ce contrôle était motivé par un document intitulé "résultats nets Voirie" portant sur les années fiscales 1998 et 1999, dont l'Administration fiscale était entrée en possession dans le cadre d'une procédure distincte. Outre les bénéfices déclarés de 116'432 et 143'372 fr., ce document faisait état de "Transfert de Ch. Aff." de 865'081 fr. pour 1998 et de 819'781 fr. pour 1999, ce qui portait les résultats de X.________ SA à 981'153 fr. pour 1998 et à 963'153 fr. pour 1999. Au bas de ce document, Y.________, administrateur de la société, avait indiqué de manière manuscrite: "Je soussigné certifie que les chiffres ci-dessus sont conformes à la réalité économique". Après avoir requis les explications de X.________ SA, l'Administration fiscale a, sur la base de ce document, ajouté au bénéfice déclaré un montant de 865'081 fr. en 1998 et de 819'781 fr. en 1999. Partant, le 10 décembre 2003, elle a notifié à X.________ SA un bordereau "rappel d'impôt" en matière d'ICC d'un montant de 276'981 fr. 55, avec intérêts moratoires de 48'702 fr. 60, pour 1998. Tout en instruisant la réclamation de la contribuable contre cette taxation, l'Administration a, le 15 décembre 2004, notifié un second bordereau "rappel d'impôt" en matière d'ICC pour l'année 1999 d'un montant 188'284 fr. 35, avec intérêts moratoires de 30'930 fr. 95, qui se fondait sur le bénéfice non déclaré de 819'781 fr. et des intérêts sur prêt à l'actionnaire de 3'500 fr. Le 29 mars 2005, l'Administration fiscale a rejeté les réclamations de X.________ SA à l'encontre des bordereaux de rappel d'impôt précités, au motif que la contribuable n'avait donné aucune explication satisfaisante au sujet du document intitulé "résultats nets Voirie", dont Y.________ avait certifié l'exactitude. Par décision du 19 avril 2005, l'Administration fiscale a clôturé la procédure de contrôle relative aux années fiscales 2000 et 2001, dont les résultats n'ont pas été contestés par la contribuable. Elle a également notifié à X.________ SA un bordereau "amende" de 483'752 fr. correspondant au montant de l'impôt soustrait pour les années fiscales 1998 à 2001.