Citation: 4A_219/2020 E. A

A.a. B.________ SA (anciennement X.________ SA) (ci-après: la partenaire locataire ou la défenderesse ou l'intimée), qui est une société active dans le domaine médical et plus particulièrement dans le fonctionnement d'une clinique d'accidents avec service d'urgence (art. 105 al. 2 LTF), est locataire de locaux dans un immeuble appartenant à C.________ SA, sis à..., dans lesquels elle exploite une permanence médico-chirurgicale. A.________ SA (ci-après: la partenaire sous-locataire ou la demanderesse ou la recourante) est une société active dans la gestion de spas, de centres de bien-être, de remise en forme et de soins esthétiques, de revitalisation et anti-âge (art. 105 al. 2 LTF). En 2014, les deux sociétés sont entrées en discussions au sujet d'un partenariat au sein des locaux de la première et ont décidé de collaborer afin de créer une synergie entre elles et fournir un plateau technique médico-esthétique à leurs clientèles respectives. Elles ont convenu de s'assurer de l'acceptation de principe d'une sous-location par la bailleresse principale (art. 105 al. 2 LTF). La partenaire locataire a ainsi demandé à la bailleresse l'autorisation de sous-louer les locaux du deuxième étage et du rez-de-chaussée. Celle-ci a accepté le principe d'une sous-location pour une durée déterminée d'au maximum deux ans, soit jusqu'au 30 avril 2018 au plus tard, à condition que le projet de contrat de sous-location lui soit transmis pour approbation (art. 105 al. 2 LTF). A.b. Les parties ont ainsi signé deux contrats de sous-location, un pour chaque étage, et un contrat de partenariat les 30 avril et 3 mai 2016. A.b.a. Par les contrats de sous-location, la partenaire locataire a mis à disposition de la partenaire sous-locataire des bureaux d'environ 239 m² au 2e étage et des bureaux de 76 m² au rez-de-chaussée. L'accès à ces derniers se fait par l'entrée des locaux de la partenaire locataire (art. 105 al. 2 LTF). Ces contrats prévoyaient une durée de deux ans du 3 mai 2016 au 30 avril 2018 et des loyers respectifs de 86'130 fr. par an (charges comprises) et de 23'816 fr. par an (charges comprises). Il n'est pas contesté que la partenaire sous-locataire s'est vu remettre les clés des locaux au début du contrat (art. 105 al. 2 LTF). A.b.b. Par le contrat de partenariat, déclaré interdépendant des contrats de sous-location, les parties ont convenu de créer un institut de revitalisation dans une partie des locaux du deuxième étage et d'exploiter une boutique de vente de produits dans les locaux du rez-de-chaussée. En vertu de sa clause IX, ce contrat de partenariat a été conclu pour une durée déterminée, jusqu'au 30 avril 2021, date d'échéance du futur bail qui liera, sous réserve de son obtention, la partenaire locataire à la bailleresse. Il était également tacitement renouvelable, sauf dénonciation en la forme écrite une année avant l'échéance (art. 105 al. 2 LTF). La partenaire locataire s'est engagée à effectuer toutes les démarches nécessaires afin que le bail principal soit prolongé jusqu'au 30 avril 2021. Les parties sont également convenues d'un droit d'entrée à charge de la partenaire sous-locataire se montant au total de 250'000 fr., dont 125'000 fr. à verser dès réception de l'acceptation formelle des baux de sous-location par la bailleresse principale et 125'000 fr. au plus tard le 31 août 2016. Ce droit d'entrée était soumis à la clause suivante: " Le non-respect des délais et/ou des montants prévus dans le cadre du droit d'entrée, aura pour effet de rendre la présente convention caduque ". Dans ce cas, la partenaire locataire se réservait le droit de conserver et/ou d'exiger de la partenaire sous-locataire le montant initial du droit d'entrée de 125'000 fr., et ce à titre de dédit et/ou de pénalité. La partenaire sous-locataire s'est engagée à rénover et aménager les locaux qui lui étaient sous-loués dans un délai de trois mois dès le début raisonnablement possible des travaux, soit au plus tard d'ici au 30 juin 2016 (art. 105 al. 2 LTF). A.c. Les 31 mai et 8 juin 2016, la bailleresse a accepté la sous-location pour une durée limitée, soit jusqu'au 30 avril 2018, et a requis que tous les travaux devant être effectués dans les locaux lui soient préalablement soumis pour accord. Le 17 juin 2016, la bailleresse n'a accepté de prolonger la sous-location que jusqu'au 31 octobre 2019. La partenaire locataire a alors informé sa partenaire sous-locataire qu'elle négocierait la prolongation du bail de sous-location simultanément à la prolongation de son propre bail et que rien ne s'opposait à ce que les parties aillent de l'avant notamment pour les travaux d'aménagement, sollicitant qu'une liste de ces travaux lui soit soumise d'urgence. Le 27 juin 2016, après avoir reçu la liste des travaux à effectuer, la bailleresse a requis des informations complémentaires à leur sujet, tout en précisant que la partenaire locataire devrait réintégrer les locaux le 1er novembre 2019 et qu'aucune prolongation de la sous-location ne serait accordée. Un devis pour les travaux d'un montant de 215'314 fr. 33 a été transmis par la partenaire sous-locataire à la partenaire locataire le 18 juillet 2016. A.d. Des difficultés sont survenues avec la bailleresse et entre les parties au sujet des travaux à effectuer. Le 28 juin 2016, la partenaire sous-locataire s'est plainte auprès de la partenaire locataire que le projet était freiné depuis deux mois et précisait que le refus de la bailleresse d'accorder une prolongation ne l'encourageait pas à investir de l'argent dans le projet (art. 105 al. 2 LTF). Une réunion entre les parties a eu lieu le 29 juin 2016. Il y a été décidé que la partenaire sous-locataire communiquerait tous les détails des travaux à la partenaire locataire qui les transmettrait ensuite à la bailleresse. Il a également été constaté que les travaux avaient déjà commencé, sans l'autorisation de la bailleresse, ce qui ne devait toutefois pas poser problème vu qu'il s'agissait de menus travaux. Concernant la durée de la sous-location, la partenaire locataire a proposé qu'en cas de non-renouvellement, la partenaire sous-locataire puisse entrer dans son capital-actions (art. 105 al. 2 LTF). Le 25 juillet 2016, sur demande de la bailleresse, la partenaire locataire a demandé à la partenaire sous-locataire de stopper immédiatement tous les travaux, d'attendre l'accord formel de la bailleresse avant de les reprendre et notamment de lui verser le montant de 125'000 fr. correspondant au droit d'entrée prévu par le contrat de partenariat. Bien que désapprouvant l'arrêt du chantier, la partenaire sous-locataire a fait stopper les travaux. Les parties ont eu de nombreux échanges de courriels dans lesquels elles remettaient chacune en cause le respect de leurs obligations contractuelles respectives: transmission du détail des travaux, paiement de la première tranche du droit d'entrée, prolongation de l'échéance du bail, garanties quant à l'homologation du bloc opératoire et à l'autorisation pour l'utilisation de cellules souches. A.e. A une date indéterminée, la partenaire locataire a fait changer les cylindres des serrures des locaux du 2e étage, ce dont la partenaire sous-locataire s'est plainte le 19 août 2016. Le 23 août 2016, la partenaire locataire lui a répondu que la bailleresse avait donné l'ordre de faire cesser immédiatement les travaux entrepris sans son autorisation, ce dont la partenaire sous-locataire avait été informée le 25 juillet 2016. Le 24 août 2016, la partenaire sous-locataire a saisi le tribunal des baux et loyers d'une requête de mesures provisionnelles. Par décision du 2 septembre 2016, le tribunal a ordonné à la partenaire locataire de restituer immédiatement à la partenaire sous-locataire la possession exclusive des locaux du 2e étage. Le 5 septembre 2016, la partenaire locataire a déféré à la décision de mesures provisionnelles et réinstallé les anciens cylindres, ce dont elle a informé la partenaire sous-locataire par fax. Cette réinstallation est contestée par la partenaire sous-locataire recourante. Le 14 septembre 2016, la partenaire locataire a formé appel contre la décision de mesures provisionnelles. Le 20 septembre 2016, la partenaire sous-locataire a déclaré résoudre tous les contrats conclus avec sa partenaire locataire, conformément à l'art. 107 al. 2 CO, et a sollicité la réparation du dommage qu'elle a subi du fait de l'inexécution des contrats par celle-ci. Le 28 septembre 2016, la partenaire locataire a indiqué à la partenaire sous-locataire que les raisons pour lesquelles elle avait résolu les contrats n'étaient pas fondées et que la résolution était inefficace et qu'elle tenait les clés à sa disposition (art. 105 al. 2 LTF). En l'état, les parties sont en litige essentiellement au sujet de la question de savoir si la partenaire locataire a ainsi violé ses obligations contractuelles et était en demeure le 20 septembre 2016, lorsque la partenaire sous-locataire a résolu les contrats.