Citation: 2C_342/2017 E. A

A.a. X.________ SA, sise à Y.________ (GE), a pour but l'exploitation d'une sablière, le transport et la vente de sable et de gravier, ainsi que toutes opérations s'y rattachant. A.A.________, domicilié à Z.________, en est l'actionnaire unique et l'administrateur unique avec signature individuelle. A.A.________ est également administrateur unique de la société A.A.________ SA, devenue en novembre 2016 B.________ SA qui a pour but l'exploitation d'une entreprise de transport de béton et autres matériaux, ainsi que l'exploitation de garages. Il détient également l'entier du capital-actions de cette société. A.A.________ exploite en outre la raison individuelle "A.A.________", qui est une entreprise de transports de matériaux par camions et qui possède un garage avec atelier de réparation. Pour sa part, A.C.________, fils de A.A.________, gère l'entreprise individuelle inscrite depuis le 12 décembre 2000 au registre du commerce sous la raison sociale "A.C.________" qui a pour but le transport et la location de véhicules, l'exploitation de garages, ainsi que le commerce et la représentation de matériaux de construction. Le 25 novembre 2011, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a informé X.________ SA de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction de l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), ainsi que des impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) pour les années 2001 à 2010: la société semblait avoir accordé des prestations appréciables en argent à son actionnaire et aux proches de celui-ci par le biais de la location de véhicules appartenant à ceux-ci pour des montants surfaits. A la demande du fisc, A.A.________ et A.C.________ lui ont chacun transmis différentes pièces, dont des tableaux indiquant les véhicules et engins loués à B.________ SA, ainsi qu'à X.________ SA. Le 29 novembre 2012, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X.________ SA des décisions de rappel d'impôts pour l'IFD que l'ICC des années 2003 à 2005, 2007 et 2009, ainsi que les amendes y relatives. Le fisc a déterminé le prix de la location, en se fondant sur la valeur d'achat des biens communiquée par l'intimée: le montant de la location ne devait pas excéder ce qui serait facturé par une société de leasing, à savoir des annuités constituées du remboursement du crédit et des intérêts sur la valeur résiduelle des biens, telles qu'elles auraient été chargées pour chaque véhicule et benne loués par la société, et ce pour des durées de respectivement cinq et quatre ans pour les véhicules et les bennes. La distribution dissimulée de bénéfice ainsi fixée se montait au total à 499'806 fr. Les amendes ICC et IFD étaient fixées à la moitié du montant de l'impôt soustrait. Par décisions sur réclamation du 23 juillet 2014, l'Administration fiscale cantonale a confirmé les reprises et les amendes en cause. A.b. Le 18 décembre 2015, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a partiellement admis le recours de X.________ SA et annulé les décisions sur réclamation du 23 juillet 2014: les reprises et les amendes étaient justifiées dans leur principe, cependant l'Administration fiscale cantonale avait calculé le montant des locations comme s'il s'agissait d'un leasing, en prenant en compte l'amortissement des actifs et un intérêt aux taux définis par les lettres-circulaires en la matière; il convenait plutôt de calculer le coût d'une "vraie location" dans laquelle les charges sont assumées par le locataire, en tenant notamment compte des risques et fonctionnalités assumés par chacune des parties; ce coût devait être pris en considération pendant toute la durée de la location et donc également après les quatre ou cinq ans d'amortissement; en effet, un camion conserve une valeur même une fois amorti et l'autorité fiscale ne pouvait partir du principe que le contribuable qui loue un engin depuis cinq ans ne doit plus déduire des loyers pour celui-ci, au motif qu'il aurait dû l'acheter. Les montants des reprises et des amendes devaient être recalculés par l'autorité de taxation en se basant sur des montants de loyers admissibles pour l'usage des actifs en cause, sans limiter l'admission des locations à la période nécessaire à l'amortissement de l'engin loué.