Citation: 6B_979/2013 E. D

X.________ interjette un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cette décision, dans la mesure où la cour cantonale le déboute de ses conclusions en indemnisation. Il conclut, sous suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que l'Etat de Genève soit condamné à lui verser une indemnité de 200 francs par jour de détention injustifiée, soit 6'400 francs, avec intérêts à 5% l'an à compter du 6 février 2013. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité de deuxième instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer, la cour cantonale et le Ministère public ont renoncé à formuler des observations.