Citation: 4A_317/2016 E. A

A.a. Die C.________ GmbH (Markeninhaberin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist eine deutsche Gesellschaft mit Sitz in U.________. Sie betreibt insbesondere Verlagsgeschäfte, Druckereien sowie die Herstellung und Verbreitung von Informationsmitteln und -material aller Art. Sie entstand am 28. April 2012 durch eine rechtsformwechselnde Umwandlung der C.________ GmbH & Co. KG. Die A.________ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) hat ihren Sitz in V.________ und bezweckt insbesondere das Erwerben, Verwalten, Entwickeln und Veräussern von Immaterialgüterrechten. Sie hat mit Fusionsvertrag vom 17. Juni 2015 die Aktiven und Passiven der B.________ AG (vor Ende 2009 D.________ AG) übernommen, die insbesondere die Herstellung von und den Handel mit Büchern, Zeitschriften etc. bezweckte. A.b. Die schweizerische Marke D.________ Nr. xxx (international Nr. yyy) wurde von der Rechtsvorgängerin der Beklagten am 15. Mai 2007 für die Klassen 9, 16, 40, 41 und 45 für Waren und Dienstleistungen betreffend Druckereierzeugnisse und Druckerei- und Verlagsdienstleistungen, ohne Beschränkung auf eine bestimmte Sparte, hinterlegt. A.c. Am 9. Dezember 2009 veräusserte die Beklagte ihre Marke D.________ im Rahmen eines Asset Purchase Agreement (APA) zusammen mit ihrem Verlagsteil Architektur und Design an die spanische Gesellschaft E.________ S.L. Diese übertrug danach sämtliche Rechte und Pflichten aus dem APA an ihre Tochtergesellschaft F.________ GmbH, welche im Jahre 2010 in D.________ GmbH umfirmierte. Diese fiel am 6. März 2012 in Konkurs. A.d. Mit Vertrag vom 24. April 2012 erwarb die Klägerin die Marke D.________ zusammen mit den Aktiven des Verlagsteils Architektur und Design aus der Konkursmasse der D.________ GmbH. Sie verwendet die Marke im Rahmen ihres Fachverlags für Architektur, Landschaftsarchitektur und Design. A.e. Die Beklagte verwendet das Zeichen D.________ im Zusammenhang mit ihrem Verlagsteil Science, Technology, Medicine (STM). Sie stellte am 26. April 2012 beim Institut für geistiges Eigentum den Antrag auf Eintragung einer ausschliesslichen Lizenz für diese Verwendung der Marke Nr. zzz D.________. Dieser Antrag wurde mit Entscheid vom 21. Januar 2013 rechtskräftig abgewiesen.