Citation: 4A_466/2021 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après: l'employeuse, la défenderesse, la recourante) a engagé B.________ (ci-après: le travailleur, le demandeur, l'intimé) à compter du 1er janvier 2008 en qualité de délégué technico-commercial pour un salaire mensuel fixe brut de 6'000 fr. ainsi qu'une participation variable sur la part du chiffre d'affaires annuel à partir de 250'000 fr. Le travailleur bénéficiait en outre d'un véhicule de fonction. Le contrat prévoyait qu'en cas d'absence due à la maladie, l'employeur versait le salaire durant trois mois de la cinquième à la dixième année de service et durant quatre mois dès la onzième année de service. Le travailleur a été promu directeur commercial en 2010 et son salaire mensuel brut est passé à 7'500 fr. En janvier 2010, il a également touché une commission de 1.5% sur le chiffre d'affaires de l'année 2009, soit 7'200 fr. 65 bruts. Il n'a pas touché de commission par la suite. Dès 2012, la rémunération convenue est litigieuse entre les parties. L'employeuse soutient être convenu avec le travailleur ainsi qu'un autre collaborateur, C.________, d'un salaire déterminé uniquement en fonction des résultats enregistrés, avec le versement d'avances mensuelles. Le travailleur conteste qu'un tel accord ait abouti. Il soutient qu'un salaire fixe était convenu, ainsi que le versement d'une prime en cas de bénéfice. En 2012, le salaire mensuel versé au travailleur a diminué, passant à 6'950 fr. en mai 2012, à 6'000 fr. en juin 2012, à 5'000 fr. en juillet 2012, puis à 4'500 fr. entre août 2012 et août 2013. Son salaire mensuel brut est ensuite passé à 6'000 fr. de septembre 2013 à mars 2014, puis à 8'000 fr. d'avril 2014 à avril 2016, à l'exception du mois d'octobre 2013 où il s'est élevé à 13'000 fr. Dès le mois de mai 2016, son salaire mensuel brut s'est élevé à 8'070 fr. A.b. A compter du 26 mars 2018, le travailleur et C.________ se sont tous deux trouvés en incapacité de travailler pour cause de maladie. Le travailleur a recouvré sa pleine capacité de travail le 15 octobre 2018. Le travailleur a bénéficié d'indemnités journalières du 25 mai au 14 octobre 2018 à hauteur de 80% du salaire dès le 61ème jour de maladie. A.c. Par courrier du 11 avril 2018, l'employeuse a informé le travailleur du fait que l'exercice comptable de la société pour l'année 2016 laissait apparaître un solde à charge du travailleur et en faveur de l'employeuse, d'un montant avoisinant 70'000 fr. et qu'elle procéderait à une adaptation immédiate de son salaire afin de ne pas mettre en péril la stabilité financière de l'entreprise. L'employeuse demandait au travailleur de lui soumettre une proposition d'arrangement pour procéder au réajustement des comptes d'ici au 20 avril 2018. A défaut, elle se verrait contrainte de prendre toutes les mesures à sa disposition, y compris une éventuelle consignation des salaires. Dès cette date, le travailleur a perçu un salaire mensuel brut de 4'070 fr. pour le mois de février 2018, un montant de 4'000 fr. ayant été retenu sur son salaire. Il a touché le même montant pour le mois de mars 2018. Par courrier du 26 avril 2018, le travailleur a contesté devoir un montant de 70'000 fr., a rappelé qu'il était en incapacité de travail et a mis l'employeuse en demeure de lui verser l'intégralité de son salaire de février à avril 2018 dans un délai de dix jours, faute de quoi il agirait par voie de poursuite. Il a en sus réclamé sa participation au bénéfice de l'exercice 2017. Le travailleur a entamé une poursuite le 6 juin 2018 portant sur la somme de 16'070 fr. et correspondant au montant encore dû à titre de salaire des mois de février à avril 2018. L'employeuse y a fait opposition totale. Le travailleur a informé l'employeuse par courrier du 9 octobre 2018 qu'il recouvrerait sa capacité de travail le 15 octobre 2018, mais qu'il refuserait d'offrir sa prestation de travail tant que ses salaires ne lui seraient pas payés. Par courrier du 9 octobre 2018, l'employeuse a mis un terme au contrat de travail du travailleur pour le 31 janvier 2019.