Citation: 2P.139/2005 08.05.2006 E. A

A.a Die X.________ AG bezweckt den Handel mit ...-Waren und die Übernahme von Vertretungen in dieser Branche; sie kann sich an anderen Unternehmen beteiligen und Grundbesitz erwerben, verwalten und veräussern. Ihr Sitz befindet sich in Zürich. In S.________, Kanton Schwyz, ist sie Eigentümerin einer Mietliegenschaft, die der Kapitalanlage dient. In den Jahren 1998 und 1999 wies die X.________ AG insgesamt namhafte Verluste auf. Die Kapitalanlageliegenschaft selbst warf in dieser Zeit einen Ertrag ab. Nachdem die Gesellschaft im Jahre 2000 vorübergehend wieder die Gewinnzone erreicht hatte, erzielte sie ab dem Jahre 2001 erneut Verluste. Diese sind auf die Übernahme (Absorption) der beiden Tochtergesellschaften Y.________ AG und Z.________ AG, rückwirkend per 1. Januar 2001, zurückzuführen. A.b Mit Veranlagungsverfügungen vom 24. September 2002 wurde die X.________ AG im Kanton Schwyz für das Steuerjahre 1999 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 15'400.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 648'000.-- (satzbestimmend Fr. 7'217'000.--) und für das Steuerjahr 2000 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 133'000.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 823'000.-- (satzbestimmend Fr. 7'426'000.--) veranlagt. Diese Veranlagungen berücksichtigten den Ertragsanteil der Kapitalanlageliegenschaft unabhängig vom Gesamtergebnis (Verlust). Eine Einsprache wies die Kantonale Steuerkommission Schwyz mit Entscheid vom 23. November 2004 ab.