Citation: 4A_468/2021 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après: l'employeuse, la défenderesse, la recourante) a engagé C.________ (ci-après: le travailleur, le demandeur, l'intimé) à compter du 8 février 2010 en qualité de délégué technico-commercial pour un salaire mensuel brut garanti de 2'500 fr. et de 2'000 fr. d'avance sur commissions, soit un total mensuel de 4'500 fr. auquel s'ajoutait 10% du chiffre d'affaires traitées, étant précisé que le chiffre d'affaires minimum requis pour ce poste était de 250'000 fr. par année. Le travailleur bénéficiait en outre d'un véhicule de fonction. Le contrat prévoyait qu'en cas d'absence due à la maladie, l'employeur versait le salaire durant trois mois de la cinquième à la dixième année de service. Le travailleur a été promu directeur commercial par la suite. Dès 2012, la rémunération convenue est litigieuse entre les parties. L'employeuse soutient être convenu avec le travailleur ainsi qu'un autre collaborateur, B.________, d'un salaire déterminé uniquement en fonction des résultats enregistrés, avec le versement d'avances mensuelles. Le travailleur conteste qu'un tel accord ait abouti. Il soutient qu'un salaire fixe était convenu, ainsi que le versement d'une prime en cas de bénéfice. Entre février et juillet 2012, le salaire mensuel versé au travailleur a fluctué entre 9'500 fr. et 12'724 fr. 35, son salaire garanti, hors avances sur commissions, passant de 2'500 fr. à 7'300 fr. en mai 2012, à 6'500 fr. en juin 2012 et à 5'000 fr. en juillet 2012. Dès le mois d'août 2012, son salaire mensuel brut s'est élevé à 4'500 fr. puis à 6'000 fr. de septembre 2013 à mars 2014, puis à 8'000 fr. d'avril 2014 à avril 2016, à l'exception des mois de juin 2014, d'octobre 2014 et de mai 2015 où il s'est élevé à respectivement 10'970 fr., 13'000 fr. et 12'000 fr. A compter du mois de mai 2016, son salaire mensuel brut s'est élevé à 8'070 fr. A.b. A compter du 26 mars 2018, le travailleur et B.________ se sont tous deux trouvés en incapacité de travailler pour cause de maladie. Le travailleur a recouvré sa pleine capacité de travail le 16 juillet 2018. Le travailleur a bénéficié d'indemnités journalières à hauteur de 1'485 fr. 75 du 25 au 31 mai 2018, de 6'367 fr. 50 pour le mois de juin 2018 ainsi que de 3'183 fr. 75 du 1er au 15 juillet 2018 sur la base d'une assurance collective d'indemnités journalières en cas de maladie conclue par l'employeuse dès le 1er janvier 2016. A teneur de cette assurance, le versement d'indemnités journalières était prévu à hauteur de 80% du salaire dès le 61ème jour de maladie. A.c. Par courrier du 11 avril 2018, l'employeuse a informé le travailleur du fait que l'exercice comptable de la société pour l'année 2016 laissait apparaître un solde à charge du travailleur et en faveur de l'employeuse, d'un montant avoisinant 70'000 fr. et qu'elle procéderait à une adaptation immédiate de son salaire afin de ne pas mettre en péril la stabilité financière de l'entreprise. L'employeuse demandait au travailleur de lui soumettre une proposition d'arrangement pour procéder au réajustement des comptes d'ici au 20 avril 2018. A défaut, elle se verrait contrainte de prendre toutes les mesures à sa disposition, y compris une éventuelle consignation des salaires. Dès cette date, le travailleur a perçu un salaire mensuel brut de 4'070 fr. pour le mois de février 2018, un montant de 4'000 fr. ayant été retenu sur son salaire. Il a touché le même montant pour le mois de mars 2018. Par courrier du 26 avril 2018, le travailleur a contesté devoir un montant de 70'000 fr., a rappelé qu'il était en incapacité de travail et a mis l'employeuse en demeure de lui verser l'intégralité de son salaire de février à avril 2018 dans un délai de dix jours, faute de quoi il agirait par voie de poursuite. Il a en sus réclamé sa participation au bénéfice de l'exercice 2017. Le travailleur a entamé une poursuite le 6 juin 2018 portant sur la somme de 16'070 fr. et correspondant au montant encore dû à titre de salaire des mois de février à avril 2018. L'employeuse y a fait opposition totale. Le 11 juillet 2018, le travailleur a résilié son contrat de travail avec effet immédiat par courrier recommandé. Le 31 août 2018, l'employeuse a fait notifier au travailleur un commandement de payer portant sur la somme de 47'000 fr. correspondant au trop-perçu du salaire pour les années 2016 et 2017. Le travailleur y a fait opposition totale.