Citation: C 329/01 10.12.2002 E. A

A.a. La société P.________ SA (ci-après: la société), a sollicité et obtenu de la Caisse publique cantonale vaudoise de chômage (ci-après: la caisse) des indemnités en cas d'intempéries entre janvier 1987 et juin 1992. Ensuite d'une dénonciation, l'Office fédéral de l'industrie, des arts et métiers et du travail (OFIAMT; actuellement Secrétariat d'Etat à l'économie [seco]) a procédé à deux inspections de cette entreprise. Dans un rapport du 22 janvier 1993, il a évalué à 222 393 fr. 10 le montant des indemnités indûment perçues par la société pour des personnes qui n'étaient pas encore ou plus à son service au moment du chômage annoncé (Tableau I), qui étaient absentes pour d'autres raisons que le mauvais temps (Tableau II), qui ont effectivement travaillé durant les jours de chômage annoncés (Tableau III), ou encore pour des personnes ayant effectué un nombre d'heures excédant l'horaire contractuel sans le mentionner ou le déduire de la perte de travail annoncée (Tableau IV). Après avoir examiné les objections de la société, l'OFIAMT a confirmé ses conclusions dans un rapport définitif du 19 mai 1993. Par décision du 24 mai 1993, la caisse a exigé de la société la restitution de 222 393 fr. 10. Le 16 novembre 1993, le Service de l'emploi du canton de Vaud a suspendu l'instruction du recours formé le 13 juillet de la même année par la société, jusqu'à droit connu sur la plainte pénale déposée par l'OFIAMT. A.b. Par jugement du 11 juillet 1997, le Tribunal correctionnel du district de Morges a condamné l'administrateur unique et la secrétaire de la société respectivement à quatre et deux mois d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans pour délits selon l'art. 105 LACI. En ce qui concerne les faits mentionnés dans les tableaux I et II du rapport de l'OFIAMT, le tribunal pénal les a qualifiés comme contraventions, le dessein d'enrichissement n'étant pas clairement établi, et a retenu qu'elles étaient absolument prescrites. Quant aux faits figurant dans le Tableau III, le tribunal correctionnel a retenu ce qui suit: «Dans un certain nombre de cas, les ouvriers sont restés chez eux, mais alors cela s'est traduit par l'absence de mention ou la mention «chômage» sur la fiche d'heures; et l'indemnité était due. Dans la plupart des cas de l'ordonnance de renvoi, les ouvriers ont travaillé; dans quelques cas (moins de 25% assurément), les ouvriers ont été en arrêt de travail véritable sur un chantier et cela ne s'est pas traduit sur les fiches d'heures, l'ouvrier attestant de sa présence, à disposition de l'employeur, en mentionnant le nom du chantier. Ces quelques cas résultent des témoignages de quelques entrepreneurs [...]. Mais on a aussi entendu les employés attester qu'ils n'avaient jamais été au chômage malgré leur présence sur les décomptes d'heures perdues, acceptées par l'assurance. Cette comparaison conduit au bénéfice d'un doute favorable à Pro Jardin, à réduire d'un quart les cas sous III où l'indemnité a été perçue abusivement». En rapport avec les faits visés par le tableau IV du rapport de l'OFIAMT, le tribunal correctionnel a retenu l'ignorance des intéressés de la règle selon laquelle le temps de travail supplémentaire doit être déduit de la perte de travail pour laquelle des indemnités en cas d'intempérie sont demandées. A.c. Après que ce jugement pénal eut été confirmé en dernier lieu par le Tribunal fédéral, par arrêt du 29 avril 1998, le Service de l'emploi a repris l'instruction de la cause. Par décision du 27 juillet 1999, il a réduit les prétentions de la caisse à 179 700 fr. 95, au motif que la restitution des indemnités versées avant le 24 mai 1988 était prescrite. A.d. Par arrêt du 10 mai 2001, le Tribunal fédéral des assurances a annulé le jugement du 25 mai 2000 - par lequel le tribunal administratif a déclaré irrecevable le recours interjeté contre la décision du 27 juillet 1999 par la société - et renvoyé la cause à l'autorité judiciaire cantonale pour examen du fond du litige.