Citation: 2C_126/2010 22.06.2010 E. A

A.________ SA, à Martigny, active dans le domaine de l'immobilier, et la société B.________ SA, active dans celui de la distribution, sont des filiales du groupe C.________ Holding SA (ci-après aussi: le groupe); elles ont le même président et la même secrétaire. En 2005, B.________ SA a acquis certains actifs de la société D.________, à l'exclusion de l'immeuble n° **** situé sur la commune de Bussigny-près-Lausanne, propriété de E.________ Holding AG utilisé par D.________ comme centrale de dépôt et de commande. B.________ SA est ainsi devenue locataire de cet immeuble. Le groupe a rapidement considéré qu'il serait avantageux pour lui d'en faire également l'acquisition. Par acte du 7 juillet 2005, E.________ Holding AG a concédé à A.________ SA un droit d'emption, cessible, dont la validité a été limitée au 30 octobre 2006. Le prix de vente de l'immeuble a été fixé a 21'600'000 fr. L'acte précisait que les frais de l'acte et ceux de l'inscription au Registre foncier étaient à la charge de A.________ SA. Selon les dires de A.________ SA, C.________ Holding SA a connu une extension importante en 2005 à la suite de nombreux investissements au point que le groupe s'est retrouvé dans l'impossibilité d'acquérir l'immeuble de Bussigny avec des fonds propres et qu'il a dû avoir recours à un financement étranger. Une banque belge aurait accepté de prêter les fonds nécessaires mais aurait exigé en contre-partie que l'immeuble soit propriété d'une nouvelle filiale à créer à cet effet dont il serait nanti de la totalité des actions au porteur à titre de garantie et qui aurait pour seul actif l'immeuble de Bussigny. C.________ Immobilier SA à Martigny a été fondée dans ce but le 26 juin 2006. Il ressort du Registre du commerce du Bas-Valais qu'une reprise de biens est envisagée, pour 22'908'340 fr. au maximum, de l'immeuble n° **** sur la commune de Bussigny-près-Lausanne. Par réquisition de radiation de juillet 2006, A.________ SA a renoncé à son droit d'emption. Cette réquisition a été signée par la société bénéficiaire le 5 juillet et par la société propriétaire des immeubles au plus tard le 18 juillet 2006. Selon le Registre foncier, ce droit d'emption a été radié le 19 juillet 2006. Le 18 juillet 2006, un acte de vente conditionnelle a été passé entre E.________ Holding AG d'une part et C.________ Immobilier SA d'autre part portant sur l'immeuble n° **** de la commune de Bussigny-près-Lausanne. Le prix de vente a été fixé à 22'908'340 fr. dont 1'308'340 fr. de TVA soit un prix hors taxes de 21'600'000 fr. Ce montant devait être acquitté jusqu'au 19 juillet 2006, pour que le contrat devienne définitif. L'inscription de la vente est intervenue le 26 juillet 2006. Le 4 mai 2007, sur demande de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'autorité fiscale), A.________ SA a expliqué les modalités de l'opération et ses motifs et exposé que la renonciation du droit d'emption était intervenue sans aucune contre prestation en sa faveur.