Citation: 2C_233/2019 E. A

A.a. La société Parking Plaine de Plainpalais SA (ci-après: la société ou l'assujettie) a son siège à Genève. Inscrite au registre du commerce le 3 juillet 1968, elle a pour but, entre autres, l'étude, le financement, la construction et l'exploitation de parcs pour voitures pouvant comprendre des garages et des stations-services (extrait du Registre du commerce du canton de Genève du 6 juin 2017). Elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) depuis le 1 er janvier 1995. A.b. Par convention des 22 et 30 juin 1978 (ci-après: la convention), la Ville de Genève a constitué, sur une parcelle lui appartenant, un droit de superficie en faveur de la société, permettant à celle-ci d'établir, maintenir et exploiter un parking souterrain. Cette convention prévoit notamment, à son article 6, que "considérant l'intérêt public de l'ouvrage et les risques économiques encourus par la superficiaire" (cf. art. 105 al. 2 LTF), la Ville de Genève renonce à percevoir une rente de superficie tant et aussi longtemps que les investissements de la superficiaire et des prêteurs ne sont pas rentés et amortis suivant certaines modalités. Le moment à partir duquel la rente devient exigible se détermine selon un calcul effectué sur la base des comptes de la bénéficiaire de la servitude. Il est prévu que si les dépenses dépassent les recettes brutes, le déficit est ajouté aux charges de l'exercice suivant. Dans le cas contraire, la différence positive est premièrement affectée au remboursement des emprunts, des dettes chirographaires et du capital social et aucune rente n'est perçue avant leur remboursement intégral. Selon la convention, le retour des constructions à l'expiration du droit de superficie s'opérera sans contrepartie. Initialement prévue pour 35 ans (jusqu'en 2013), la convention a été modifiée les 1 er février et 17 mars 1999 et le droit de superficie prolongé jusqu'en 2043 (cf. art. 105 al. 2 LTF). Au 2 mai 2017, aucune rente de superficie n'avait encore été perçue par la Ville de Genève.