Citation: 1C_122/2018 E. G

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que le projet est modifié pour inclure la réalisation de pistes cyclables sûres, en continuité et en suffisance, le dossier étant renvoyé à l'autorité compétente pour qu'elle ordonne les modifications nécessaires. Subsidiairement, la société recourante conclut à l'annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante sollicite également l'octroi de l'effet suspensif. Le Tribunal administratif fédéral se réfère à son arrêt et conclut au rejet du recours. L'OFT et les TL concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) renonce à prendre position faute de mention, dans le recours, d'une violation du droit fédéral de l'environnement. La recourante a répliqué, persistant dans ses conclusions. Par ordonnance du 8 mai 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours sous réserve des secteurs "Nord de la gare de Renens" et "Rue du Jura - Avenue du 14 avril".