Citation: 4A_284/2017 E. A

A.a. Am 12. Juni 2013 schlossen die B.________ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) als Unternehmerin und die A.________ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) als Bestellerin einen Totalunternehmer-Werkvertrag (nachfolgend: TU-Werkvertrag) betreffend die Sanierung einer Liegenschaft an der Strasse X.________ in U.________, worin die Beklagte der Klägerin den Auftrag für die Totalunternehmerleistungen zur Aussensanierung und den Umbau im Bereich UG sowie teilweise EG und in den Obergeschossen (Nasszellen, Treppenhaus) bzw. Dachbodendämmung im DG übertrug. Das Objekt an der Strasse X.________ wurde vor dem Umbau als Schulhaus genutzt. Ziel der Sanierung war die Umnutzung zu einem Mehrfamilienhaus mit Mietwohnungen. Der Auftrag umfasste dabei im Wesentlichen die Umwandlung der Flächen in den Obergeschossen in Mietwohnungen und die Sanierung der Räume im Untergeschoss. Die Parteien vereinbarten einen pauschalen Werkpreis in der Höhe von Fr. 4'590'000.-- (inkl. MWSt). Gemäss Ziffer 4 des TU-Werkvertrages lagen der Offerte sodann in vier Positionen sog. Budgetbeträge zugrunde. In Bezug auf die Budgetbeträge vereinbarten die Parteien, dass nach der Projektierung und dem Vorliegen der Subunternehmerofferten die Rechnungsstellung nach tatsächlich ausverhandelten Preisen erfolgt. A.b. Die Klägerin machte geltend, aufgrund von Projektänderungen bzw. Nachträgen seien zusätzliche Kosten im Umfang von Fr. 334'565.70 angefallen. Bei den Budgetpositionen seien insgesamt Mehrkosten von Fr. 51'901.16 entstanden, bezüglich welchen ein TU-Zuschlag von 10 % geschuldet sei. Insgesamt ergebe sich eine Werklohnforderung von Fr. 5'012'989.50 inkl. MWSt. Unbestritten bezahlte die Beklagte den Werklohn im Umfang von Fr. 3'343'931.70. Entsprechend errechnete die Klägerin eine ausstehende Werklohnforderung von Fr. 1'669'057.30 (recte: wohl Fr. 1'669'057.80). A.c. Anstelle einer Aussendämmung wurde eine Innendämmung ausgeführt, wobei sich die Parteien darüber streiten, ob hinsichtlich dieser Änderung ein Konsens bestand bzw. auf wessen Veranlassung diese erfolgte. Die Errichtung einer Innendämmung hatte - nach Darstellung der Beklagten - zur Folge, dass sich die Grundflächen der Etagen so verringerten, dass die Beklagte daraus unter anderem eine Forderung aus entgangenem Mietzins geltend macht.