Citation: 4A_502/2016 E. A

A.a. Der Verein C.________ (Besteller, Beklagter, Beschwerdegegner) und die damalige B.________ AG, heute A.________ AG (vgl. unten E. 1; Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdeführerin), schlossen am 17. Juli 2006 im Zusammenhang mit der Erweiterung beziehungsweise Teilaufstockung des "C.________" einen Vertrag über Architekturleistungen ab. In Ziff. 2.2 des Architektenvertrags zu den Grundlagen der Honorarberechnung vereinbarten die Parteien unter Hinweis auf die "Honorierung nach Baukosten gemäss Beilage 6" und die "voraussichtlichen aufwandbestimmten Baukosten von ungefähr Fr. 10'500'000.00" eine "Pauschale gemäss Kostenvoranschlag". In Ziff. 2.3 hielten die Parteien die Art und Höhe der Vergütungen fest; sie vereinbarten für die Grundleistungen ein Honorar von "pauschal Fr. 380'000.00" zuzüglich 7.6 % MwSt., wobei sie für die Berechnung der Entschädigung auf Beilage 6 verwiesen. Gemäss Beilage 6 ("Honorarberechnung nach Baukosten") ergab sich die Pauschale von Fr. 380'000.-- aus der Summe der einzelnen Teilleistungen von Fr. 692'875.-- (bei einem prognostizierten Zeitaufwand von insgesamt 6'025 Stunden) abzüglich einer Ermässigung von ungefähr 45 %. In Ziff. 3 des Vertrags regelten die Parteien die Vergütung von Nebenkosten und Kosten von Drittleistungen. A.b. Gemäss Kostenvoranschlag der Unternehmerin vom 22. August 2006 sollten sich die Kosten für das Erweiterungsprojekt auf insgesamt Fr. 16'261'050.-- belaufen. Gestützt darauf vereinbarten die Parteien ergänzend zum Architektenvertrag vom 17. Juli 2006 ein Architektenhonorar "bis und mit Baubewilligung" von Fr. 148'488.-- sowie ein solches "für die Realisierung ab Ausschreibung" von Fr. 457'300.--. Das Honorar bis und mit Baubewilligung von Fr. 148'488.-- wurde in der Folge bezahlt. A.c. Der Spatenstich für die Erweiterung des "C.________" erfolgte im Mai 2007. A.d. Am 13. Juli 2007 schlossen die Parteien eine Zusatzvereinbarung zum Architektenvertrag ab. In Ziff. 2 des Zusatzvertrags gaben sie die Vereinbarung vom 22. August 2006 wieder. In Ziff. 3 vereinbarten sie ein Zusatzhonorar für Mehraufwendungen infolge öffentlicher Ausschreibung von Fr. 26'900.-- (Fr. 25'000.-- zuzüglich MwSt.). In Ziff. 7 hielten die Parteien fest, die Unternehmerin erhalte für "Mehrkosten jeglicher Art" ein zusätzliches Honorar von insgesamt Fr. 150'000.-- (einschliesslich MwSt.). A.e. Anfangs Februar, im Mai sowie im Juni 2008 beschwerte sich der Besteller über mangelnde Information und Kommunikation, schlechte Planung, mangelhafte Bauaufsicht, Nichteinhaltung von Terminen und auflaufende Mehrkosten. Die Unternehmerin stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, der Besteller habe während der Bauausführung laufend Mehrleistungen gegenüber dem Kostenvoranschlag vom 22. August 2006 und der Aufstellung vom 13. Juli 2007 verlangt. A.f. Mit Schreiben vom 29. Januar 2009 forderte die Unternehmerin die Bezahlung des Resthonorars von Fr. 209'180.--. Gemäss Vereinbarung vom 13. Juli 2007 betrage das Honorar Fr. 457'300.--. Hinzu kämen ein zusätzliches Honorar von Fr. 150'000.-- für den bis zum 13. Juli 2007 aufgelaufenen Mehraufwand sowie ein Honorar von Fr. 26'900.-- für den Mehraufwand im Zusammenhang mit der öffentlichen Ausschreibung. Ausserdem sei ein Honorar in Höhe von Fr. 236'720.-- für Mehrkosten aufzurechnen. Abzüglich der bereits erfolgten Zahlungen ergebe dies die Restforderung von Fr. 209'180.--. A.g. Mit Schreiben vom 6. Februar 2009 bezeichnete der Besteller diese Abrechnung als vertragswidrig. A.h. Am 15. April 2009 stellte die Unternehmerin dem Besteller eine Rechnung für Revisionspläne in der Höhe von Fr. 21'121.90 und eine Rechnung für einen Velounterstand in der Höhe von Fr. 3'357.10 zu. A.i. Mit Zahlungsbefehl des Betreibungsamts Romanshorn vom 20. April 2009 betrieb die Unternehmerin den Besteller für ausstehendes Architektenhonorar von Fr. 209'180.-- nebst Zins sowie mit Zahlungsbefehl vom 18. Juni 2009 für unbezahlte Honorarleistungen gemäss der Rechnung vom 15. April 2009 in der Höhe von Fr. 24'479.-- (Fr. 21'121.90 und Fr. 3'357.10) nebst Zins. In beiden Betreibungen erhob der Besteller Rechtsvorschlag.