Citation: 9C_678/2022 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après: la Société) est une société anonyme inscrite depuis 2001 au registre du commerce du canton de Genève, où elle a son siège. Son but statutaire consiste à fournir des capacités de transport en Suisse principalement, notamment pour le transport maritime de marchandises, offrir d'autres services à partir de la Suisse dans le domaine du transport et agir comme propriétaire, affréteur, opérateur ou agent de navires ou d'autres moyens de transport. Elle est en particulier active dans le domaine du fret maritime international, dans le cadre duquel elle agit comme commissionnaire, tirant ses revenus des commissions qu'elle facture aux affréteurs. Son principal client est une société soeur, B.________ à l'étranger (ci-après: B.________). En 2008, C.________ et D.________ faisaient partie des administrateurs de la Société et des actionnaires de B.________. A.b. En février 2003, la Société a adressé à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) une demande de ruling afin de se voir reconnaître le statut fiscal de société auxiliaire prévu par le droit cantonal genevois. Le 14 octobre 2003, l'Administration cantonale a octroyé à la Société le statut fiscal de société auxiliaire, pour une durée de cinq ans, statut qu'elle a renouvelé, également pour une durée de cinq ans, le 26 novembre 2007. S'agissant de l'impôt sur le bénéfice, le ruling du 26 novembre 2007 prévoyait, sous chapitre I, une imposition privilégiée des revenus de source étrangère (chiffre 2). Les produits de l'activité commerciale, de l'exploitation de droits immatériels (brevets, licences, etc.) et de la fourniture de prestations de services (assistance technique et administrative, gestion, fiduciaire etc.) étaient ainsi imposés à hauteur de 20 % lorsqu'ils provenaient de l'étranger. Le chapitre III du ruling, intitulé "divers", rappelait que les prestations de service fournies à des sociétés du groupe auquel se rattachait l'établissement genevois devaient générer une marge bénéficiaire au moins égale à 5 % de leur coût. A.c. Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2008, la Société a déclaré un bénéfice net de 1'433'595 fr. Les comptes annexés à la déclaration faisaient état de revenus de 17'099'072 fr. et de charges d'exploitation de 15'564'741 fr. Par décisions de taxation du 26 novembre 2009, l'Administration cantonale a imposé la Société sur la base de son bénéfice déclaré. L'impôt fédéral direct était fixé à 121'847 fr. 50 et l'impôt cantonal et communal à 113'202 fr. 45. La Société n'a pas contesté ces décisions. A.d. Le 18 novembre 2013, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à la révision des comptes de la Société sous l'angle de l'impôt anticipé. Au cours de cette révision, elle a constaté qu'en 2008, la Société avait accordé à B.________ un rabais exceptionnel de 14'000'000 $, soit de 14'901'404 fr. Faute de justification économique probante, ce rabais était constitutif d'une prestation appréciable en argent soumise à l'impôt anticipé. Il en a découlé une reprise d'impôt anticipé de 5'255'166 fr. 70 pour la période fiscale 2008, que la Société n'a pas contestée. A.e. Le 26 octobre 2015, l'Administration cantonale a informé la Société qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel et soustraction d'impôt pour l'année 2008, parce que l'Administration fédérale l'avait informée de l'existence d'une prestation appréciable en argent sous la forme d'une rétrocession excessive de 14'901'404 fr. à sa société soeur. La Société s'est opposée à cette reprise. Au cours de la procédure, elle a produit une lettre que l'un des administrateurs de B.________ avait adressée le 30 janvier 2009 à C.________ et que ce dernier avait contresignée avec la mention "we agree to the above". Cette lettre indiquait que B.________ était disposée à payer à la Société des commissions de 15'543'056 $ pour 2008, montant conforme à celui de l'année précédente mais représentant une réduction de 14'000'000 $ par rapport aux frais facturés actuellement par la Société.