Citation: 2A.616/2005 20.06.2006 E. A

La société Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: la Société ou la recourante), sise à Renens, est immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. Par courrier du 23 janvier 2001, la Société a demandé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale ou l'intimée) à pouvoir utiliser la méthode du taux forfaitaire de 2,7% applicable aux entreprises de transport concessionnaires pour déterminer la réduction de l'impôt préalable déductible. L'Administration fédérale l'a autorisée à le faire à partir du 1er janvier 2001. Le 22 avril 2002, l'Administration fédérale a demandé à la Société de lui indiquer de manière détaillée comment elle avait calculé la réduction de la déduction de l'impôt préalable. Par courrier du 13 mai 2002, la Société a répondu qu'elle avait appliqué le taux de 2,7% au montant de la subvention d'exploitation reçue pour l'année 2001, ce qui donnait 2'030'665 fr. 25 (= 2,7% de 75'209'824 fr.). L'impôt préalable sur les investissements avait été déduit intégralement, puisque ceux-ci n'avaient pas été financés par des subventions. En revanche, elle n'avait pas déduit l'impôt préalable sur les livraisons de biens et prestations de services (charges d'exploitation), car le montant de 2'030'665 fr. 25 était supérieur à celui-ci. Elle se demandait par ailleurs si elle était redevable du solde négatif.