Citation: 2C_25/2017 E. A

A.a. Die A.________ AG (nachfolgend: Holding) mit Sitz in der Schweiz, welche unter anderem die Beteiligung an Luftfahrtunternehmen und den Erwerb von Flugzeugen bezweckt, war bis Dezember 2014 Eigentümerin eines Flugzeugs des Typs Cessna xx (nachfolgend: Flugzeug). Den Betrieb dieses in der Schweiz unverzollten Flugzeugs, welches bereits vorher zur gewerblichen Nutzung vermietet war, übertrug sie mit "Aircraft Management Agreement" vom 22. Oktober 2013 neu zur gewerblichen Nutzung auf die österreichische Betreibergesellschaft B.________ GmbH mit Sitz in Österreich, welche das Flugzeug auf ihren Namen als Halterin im österreichischen Luftfahrzeugregister registrieren liess. Die B.________ GmbH war gemäss dem genannten Vertrag verpflichtet, das Flugzeug als Operator in möglichst grossem Umfang an Dritte zu verchartern ("Third-Party Charter"), unter Vorbehalt der Nutzung durch die Holding bzw. den "Owner" ("Owner-Charter"). Die B.________ GmbH schuldete der Holding für Third-Party Charterflüge eine Entschädigung pro Flugstunde, während die Holding bzw. der Owner der B.________ GmbH eine Entschädigung für Owner-Charterflüge pro Flugstunde sowie für die Crew und weitere Kosten zu entrichten hatte. Faktisch hatte die Holding gemäss eigenen Angaben kein Vorrecht gegenüber Third-Party Charterflügen. Alleinaktionär und einziger Verwaltungsrat der Holding mit alleiniger Zeichnungsberechtigung war im relevanten Zeitraum C.________ mit Wohnsitz in der Schweiz. A.b. Das Flugzeug wurde 2013 zu 95 % und 2014 (bis 4. Dezember 2014) zu 89 % für Third-Party Charterflüge und folglich nur in geringem Umfang für Owner-Charterflüge verwendet. In Bezug auf letztere handelte es sich um Flüge von C.________ von der Schweiz ins Ausland. Am 8. März 2014 fand jedoch ein Owner-Charterflug von U.________ nach V.________ statt. Die Owner-Charterflüge, so auch der vorgenannte Flug, wurden jeweils der Holding in Rechnung gestellt. Letztere wiederum belastete den Rechnungsbetrag in ihrer Buchhaltung dem "Kontokorrent" (Konto yy) des Alleinaktionärs. Per 2. Dezember 2014 wurde das Flugzeug von der Holding für USD 4.4 Mio. verkauft.