Citation: 9C_654/2022 E. A

A.a. A.________ est domicilié dans le canton de Genève où il est assujetti de manière illimitée à l'impôt. Pour les années fiscales 2009 et 2010, il a notamment déclaré sa participation au capital-actions de B.________ (ci-après: la Société), dont il est le président-administrateur avec signature individuelle, à hauteur de 5'950'000 fr. et 5'781'666 francs. Dans ses déclarations fiscales 2009 et 2010, il a également indiqué les revenus provenant des immeubles locatifs dont il était alors copropriétaire à hauteur de 20 %. La valeur totale de ces deux immeubles a été déclarée pour des montants de 23'400'000 fr. en 2009 et 25'200'000 fr. en 2010. A.b. Le 18 mars 2014, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) a informé l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) avoir imposé une part privée aux frais de véhicule pour A.________ suite au contrôle fiscal de la Société qui ne les avait pas inscrits dans sa comptabilité. A.c. Le 20 octobre 2014, l'Administration fiscale cantonale a notifié au contribuable des bordereaux de taxation d'impôts cantonal et communal (ICC) ainsi que d'impôt immobilier complémentaire (IIC) et d'imp ôt fédéral direct (IFD) pour les années fiscales 2009 et 2010. Elle a retenu une valeur fiscale des immeubles de respectivement 28'485'929 fr. (25'944'799 fr. + 2'541'130 fr.) et 32'132 921 fr. (29'538'374 fr. + 2'594'547 fr.). A.d. Par décision du 14 mars 2016, l'Administration fiscale cantonale a partiellement admis les réclamations du contribuable concernant la déduction des frais d'entretien des immeubles mais les a rejetées pour le surplus. Le 13 avril 2016, A.________ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI), qui a suspendu la cause. A.e. Le 11 novembre 2016, l'Administration fiscale cantonale a informé, suite au contrôle effectué par l'AFC, le contribuable de l'ouverture de procédures en rappel d'impôt, soustraction d'impôt et tentative de soustraction d'impôt notamment pour la période fiscale 2009 et 2010, en lien avec la part privée afférant aux frais de véhicule pour A.________ que la Société n'avait pas comptabilisée. A.f. Après la reprise de la procédure devant le TAPI, l'Administration fiscale cantonale a requis dans sa réponse du 30 novembre 2018 une reformatio in pejus des taxations 2009 et 2010 sur la base du rapport final du 15 juin 2018 de la division des affaires pénales et enquêtes de l'AFC (ci-après: la DAPE). Elle a en particulier conclu à ce que la part privée afférente aux frais de véhicule de A.________ soit qualifiée de prestations appréciables en argent d'un montant de 9'600 fr. (pour 2009 et 2010) et qu'elle devait être reprise au titre de revenu imposable. Les titres de la Société détenus par le contribuable ont été réévalués et les reprises se sont élevées à 5'521'833 fr. pour 2009 et 4'867'333 fr. pour 2010. A.g. Après un premier jugement annulé partiellement par la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) pour violation du droit d'être entendu, le TAPI a admis partiellement le recours du 13 avril 2016 de A.________ par jugement du 13 décembre 2021.