Citation: 5A_923/2018 E. B

B.a. B.a.a. Par décision du 3 août 2017, le Département fédéral de l'intérieur DFI, Secrétariat général SG-DFI, Surveillance fédérale des fondations (ci-après: autorité inférieure) a relevé l'ancien commissaire de sa fonction dans la Fondation et nommé à sa place D.________, avec droit de signature individuel. Il a maintenu les membres du Conseil de fondation dans leurs fonctions et dit qu'ils assuraient conjointement avec le commissaire la gestion courante de la fondation. Il a obligé les membres du Conseil de fondation et de son organe de révision à collaborer avec le commissaire de la Fondation et à s'abstenir de toute action susceptible d'entraver sa mission. Il a précisé que, en particulier, ils étaient tenus de respecter ses décisions, de solliciter son accord préalable pour toute décision susceptible d'engager la Fondation, de lui garantir l'accès aux locaux ainsi qu'aux documents et renseignements nécessaires ou utiles à l'accomplissement de sa mission. Enfin, il a restitué un droit de signature collectif à deux avec le commissaire à B.________, précisant qu'aucun autre membre du Conseil de fondation ne détenait de droit de signature. B.a.b. Par acte du 13 août 2017, la Fondation, le Conseil de fondation de la Fondation (ci-après: Conseil de fondation), B.________ et A.________ ont déposé un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après: TAF; cause B-4483/2017). B.a.c. Le 13 octobre 2017, le commissaire D.________ a déposé auprès de l'autorité inférieure un rapport préliminaire présentant ses activités depuis son instauration (août 2017), accompagné de pièces. B.b. B.b.a. Par courrier du 21 avril 2018, les recourants ont déposé devant le TAF une demande de mesures provisionnelles, demandant notamment qu'interdiction soit faite au commissaire de prendre toute décision qui excéderait la simple gestion courante de la Fondation et à ce qu'ordre lui soit donné de rendre son rapport d'audit dans un délai de 30 jours. Par ordonnance du 3 mai 2018, rappelant que l'effet dévolutif du recours était limité à l'objet du litige (en l'occurrence essentiellement la nomination d'un commissaire), le TAF a transmis le courrier des recourants à l'autorité inférieure comme objet de sa compétence, à savoir une plainte à l'autorité de surveillance. B.b.b. Par acte du 13 juin 2018 (cause B-3464/2018), les recourants ont attaqué une prise de position du 11 juin 2018 de l'autorité inférieure autorisant le commissaire à tenter une négociation en vue de vendre les parts du domaine de G.________, le classement de leur plainte transmise à l'autorité inférieure comme objet de sa compétence, ainsi qu'une modification au sens de l'art. 58 PA de la décision attaquée dans la cause B-4483/2017, en ce sens qu'il conviendrait de constater que celle-ci n'existerait plus matériellement. B.c. B.c.a. Par décision du 10 juillet 2018, l'autorité inférieure a définitivement révoqué de leur fonction, avec effet immédiat, les membres du Conseil de fondation, B.________, A.________, E.________ et F.________, leurs droits de signature étant définitivement retirés, requis le préposé au Registre du commerce du Canton de Vaud de radier de son registre, avec effet immédiat, les membres du Conseil de fondation précités, ainsi que les pouvoirs de signature de B._______, ordonné à ces personnes de remettre sans délai au commissaire tout bien, document ou autre élément appartenant à la Fondation, ainsi que tout élément permettant d'accéder auxdits biens ou documents, qui seraient encore en leur possession, et dit que D.________ demeurait commissaire de la Fondation, avec droit de signature individuel, l'adresse de celle-ci restant chez lui. B.c.b. Par acte du 16 juillet 2018, les recourants précités ainsi que E.________ et F.________, en leur nom et au nom du Conseil de fondation et de la Fondation intimée elle-même ont déposé un recours contre la décision du 10 juillet 2018 auprès du TAF (cause B-4118/2018). Au fond, ils ont conclu, principalement, à ce qu'il soit constaté que cette décision viole la loi fédérale sur la procédure administrative et qu'elle est par conséquent totalement nulle, respectivement de nul effet, et, subsidiairement, à son annulation. B.c.c. Par arrêt du 25 juillet 2018 (5A_616/2018), le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé par A.________ et B.________ pour déni de justice contre le TAF. Il a retenu qu'il ressortait de la décision du 10 juillet 2018 de l'autorité inférieure (cf. B.c.a), que tous les membres du Conseil de fondation, en particulier B.________ et A.________, avaient été définitivement révoqués de leur fonction au sein de la Fondation. En conséquence, s'agissant des deux autres causes pendantes, il a jugé que, à supposer que les deux recourants obtinssent gain de cause devant lui, partant que le TAF fût invité à statuer sur les deux recours dont il avait été saisis, les deux recourants n'auraient été, quoi qu'il en fût, pas en mesure de participer auxdites procédures devant le TAF, en raison de leur révocation du Conseil de fondation faisant l'objet des procédures devant le TAF. Il s'ensuivait que l'exigence d'un intérêt actuel au recours n'était pas satisfaite (art. 76 al. 1 let. b LTF). B.c.d. Faisant suite à l'ordonnance du TAF du 3 mai 2018 - rendue dans une procédure incidente de recours contre une décision du 1 er mars 2018 du Secrétariat général du DFI rejetant une demande de récusation des " agentes " de l'autorité inférieure en charge du dossier de la Fondation que les recourants avaient déposée en février 2018 -, l'autorité inférieure et le commissaire ont complété leur dossier auprès du TAF. Par ordonnance du 24 juillet 2018, le TAF a porté à la connaissance des recourants les pièces nouvellement déposées par l'autorité inférieure. Par décision incidente du 22 août 2018, le TAF a transmis aux recourants les pièces qu'ils avaient demandées et la partie non contestée du dossier du commissaire, sous la forme d'une clé USB. Cette décision incidente a été exécutée le 3 septembre 2018, l'autorité inférieure et la Fondation intimée n'ayant pas manifesté auprès du TAF, dans le délai qui leur était imparti, leur intention de la contester. B.c.e. Les recourants ont complété à trois reprises leur recours du 16 juillet 2018 devant le TAF, les 23 août 2018, 12 septembre 2018 et 4 octobre 2018 dans le cadre de leurs déterminations complémentaires sur la question de la restitution de l'effet suspensif au recours.