Citation: 2C_679/2009 01.04.2010 E. C

X.________ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 16 septembre 2009 et à l'octroi d'une autorisation annuelle de séjour dans le canton de Fribourg. Il présente également une demande d'assistance judiciaire. Le Tribunal cantonal et le Service de la population et des migrants ont renoncé à déposer des observations et se réfèrent à l'arrêt attaqué. Quant à l'Office fédéral des migrations, il propose le rejet du recours. Par ordonnance présidentielle du 21 octobre 2009, la demande d'effet suspensif présenté par le recourant a été admise.