Citation: 1C_512/2012 E. 3.1

3.1. La LPE a pour but de protéger les hommes, les animaux et les plantes, leurs biocénoses et leurs biotopes contre les atteintes nuisibles ou incommodantes, et de conserver durablement les ressources naturelles, en particulier la diversité biologique et la fertilité du sol (art. 1 al. 1 LPE). A teneur de l'art. 59 LPE, les frais provoqués par des mesures que les autorités prennent pour empêcher une atteinte imminente, ainsi que pour en déterminer l'existence et y remédier, sont mis à la charge de celui qui en est la cause. La LEaux, qui protège les eaux superficielles et souterraines, notamment les eaux piscicoles, contre toute atteinte nuisible (art. 1 let. d et 2 LEaux), prévoit que les coûts résultant des mesures prises par l'autorité pour prévenir un danger imminent pour les eaux, pour établir un constat et pour réparer les dommages sont à la charge de celui qui a provoqué ces interventions (art. 54 LEaux). La loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0) entend notamment préserver ou accroître la diversité naturelle et l'abondance des espèces indigènes de poissons, d'écrevisses, d'organismes leur servant de pâture, ainsi que protéger, améliorer ou, si possible, reconstituer leurs biotopes (art. 1 al. 1 let. a LFSP), et assurer l'exploitation à long terme des peuplements de poissons et d'écrevisses (art. 1 al. 1 let. b LFSP). Elle s'applique aux eaux publiques et privées (art. 2 LFSP). Elle fixe ainsi les règles applicables à l'exploitation des poissons et écrevisses et définit des mesures de protection des espèces et de leurs biotopes (art. 3 à 10 LFSP). L'art. 15 LFSP, qui traite de la responsabilité civile, prévoit que la diminution de la capacité de rendement des eaux affectées doit être prise en compte dans le calcul du dommage (art. 15 al. 2 LFSP). Cette disposition a été reprise de la précédente loi sur la pêche (art. 51 de la loi du 14 décembre 1973 sur la pêche, RO 1975 2345). Lors de son élaboration, le législateur a fait le constat qu'en l'absence de disposition légale expresse, le dommage devait se déterminer selon les règles usuelles en matière de responsabilité et que, dans un important cas d'empoisonnement d'un cours d'eau, le Tribunal fédéral n'avait ainsi pas reconnu aux cantons concernés le droit à une indemnité pour les poissons intoxiqués, faute de dommage effectif en l'absence de pêche pour leur propre compte (ATF 90 II 417 consid. 3 p. 425). Jugeant cette jurisprudence insatisfaisante, le législateur fédéral a alors choisi d'élargir la notion de dommage afin de tenir mieux compte des intérêts de la pêche et d'éviter que l'auteur du dommage tire profit du fait que l'on n'a pas épuisé les possibilités de capture ou que l'on a créé des zones protégées (Message du 24 janvier 1973 à l'appui d'une nouvelle loi sur la pêche, FF 1973 I 667 ch. 311). Ce faisant, il a institué une base légale expresse permettant aux cantons de percevoir une indemnité calculée sur une perte de rendement théorique.