Citation: 9C_583/2023 E. A

A.a. A.________ (ci-après: le contribuable) est domicilié dans le canton de U.________ où il est assujetti de manière illimitée à l'impôt sur le revenu et sur la fortune. Il était titulaire de l'entreprise individuelle "B.________" (ci-après: l'entreprise individuelle) entre avril 2006 (inscription) et juin 2019 (radiation), dont le but était l'achat et la vente de perles fines et de culture, de pierres précieuses, diamants et bijoux anciens. En 2019, l'entreprise a été transformée en société anonyme. A.b. Lors d'un contrôle effectué en 2017 par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) relatif à la taxe sur la valeur ajoutée, celle-ci a constaté qu'une variation (positive) des stocks avait été saisie de manière erronée (soit sans effet sur le compte de résultat) et que des dépenses privées (frais de bateau) avaient été comptabilisées comme charge dans les comptes commerciaux. Par courriers des 24 octobre 2017 et 29 janvier 2018, le contribuable a informé l'Administration fiscale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) qu'il avait procédé à la correction des erreurs comptables constatées et qu'il se prévalait des règles légales fiscales applicables à la dénonciation spontanée. A.c. Le 3 octobre 2018, l'Administration fiscale cantonale a ouvert des procédures de rappel d'impôt et en soustraction d'impôt pour les années fiscales 2008 à 2015, à l'encontre de A.________. Le 4 février 2020, elle lui a indiqué que les conditions d'une dénonciation spontanée n'étaient pas remplies puisque ses courriers des 24 octobre 2017 et 29 janvier 2018 faisaient suite au contrôle de l'AFC. A.d. Le 16 novembre 2020, l'Administration fiscale cantonale a notifié à A.________ des bordereaux de rappel d'impôt fédéral direct (IFD) et d'impôts cantonal et communal (ICC) pour les années fiscales 2008 à 2015. Le même jour, le contribuable a également reçu des bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt relatives à l'IFD et à l'ICC respectivement pour les périodes fiscales 2010 à 2014 et 2010 à 2015 - à l'exclusion des années 2008 et 2009 pour cause de prescription de l'action pénale - d'un montant équivalent aux reprises d'impôts (quotité arrêtée à une fois les impôts éludés). Le 17 décembre 2020, le contribuable a formé des réclamations contre ces bordereaux et ultérieurement, il a produit une attestation du 15 juin 2021 de C.________, selon laquelle celui-ci avait tenu la comptabilité de l'entreprise individuelle selon "sa manière de faire" et non pas sur instructions de A.________. Par décision du 10 novembre 2021, l'Administration fiscale cantonale a admis partiellement les réclamations en réduisant notamment la quotité des amendes à la moitié des impôts éludés. Elle a émis de nouveaux bordereaux pour le rappel d'impôt (2008 à 2015) et pour les amendes tant en matière d'IFD (2010 à 2014) que d'ICC (2010 à 2015). A.e. Par jugement du 5 septembre 2022, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a partiellement admis le recours de A.________ et a annulé les bordereaux d'amendes du 10 novembre 2021 (relatives à l'IFD pour les périodes fiscales 2010 à 2014 et à l'ICC pour les périodes fiscales 2010 à 2015). En bref, il a considéré que le contribuable ne pouvait se voir reprocher une faute, même par négligence, en transmettant des déclarations fiscales incomplètes.