Citation: 1C_335/2021 E. 7.3

7.3. Tout comme l'arrêt cantonal (consid. 13.6.1), le rapport met en évidence les nombreuses difficultés dans l'appréciation de l'impact d'un parc éolien sur les chauves-souris: le caractère incomplet des connaissances biologiques (taille des populations, répartition et activité des différentes espèces, couloirs de migration et processus de migration); l'insuffisance des moyens d'investigation disponibles; les difficultés du suivi acoustique. L'appréciation des résultats est également délicate dès lors que la représentativité des échantillonnages est problématique, que les moyens de comparaison font défaut, que les connaissances de la faune des crêtes du Jura sont encore lacunaires et qu'il manque de connaissances sur le rapport entre l'indice d'activité et le risque réel de mortalité. Compte tenu de ces difficultés, l'expert préconise un suivi de l'activité sur quatre machines durant trois années complètes, avec le cas échéant une adaptation de l'algorithme de fonctionnement. A long terme, les mesures de suivi doivent porter sur l'effectif de trois colonies sur dix ans et une répétition de l'inventaire au sol. Comme le relève l'OFEV, l'expertise relative à la protection des chiroptères repose sur les recommandations provisoires - et non publiées - de l'OFEV (version de juin 2011), lesquelles correspondent encore actuellement à l'état des connaissances (pour une version actualisée, cf. Conférence des chefs des services de la protection de l'environnement, Check-liste EIE pour installations éoliennes, septembre 2023). La hauteur recommandée pour l'échantillonnage bioacoustique en altitude (50 mètres) n'a été respectée que sur un mât de mesure (site Chalet) alors que le bord inférieur des pales se trouve, pour les éoliennes en question, à une hauteur de 45 mètres. L'OFEV considère toutefois que les résultats sont suffisamment étayés, dans la mesure où les hauteurs d'échantillonnages sont celles auxquelles la plus grande activité a pu être relevée. De même, le fait qu'aucun échantillonnage n'a été effectué dans le secteur occupé par les éoliennes T6 et T7 n'est pas pertinent. L'étude s'est en effet attachée à l'examen non pas des lieux d'implantation des éoliennes, mais de secteurs représentatifs de différents types de milieux naturels auxquels chaque site d'implantation a ensuite été rattaché. Les recourants ne prétendent pas que ces comparaisons seraient injustifiées. Au demeurant, l'enregistrement de l'activité des chauves-souris en continu, imposé par la fiche de mesures "CHS-I Contrôle d'efficacité" notamment sur l'éolienne T7, est censé compenser l'absence d'estimation directement dans le périmètre en question.