Citation: 1C_538/2008 16.04.2009 E. B

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Caisse d'assurance A.________ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, de lui reconnaître la capacité d'ester en justice et la qualité pour recourir devant le Tribunal administratif fédéral contre la décision de l'Office fédéral des transports du 5 mai 2008 et de dire que les conclusions sur la transmission des demandes d'indemnisation à la Commission d'estimation fédérale sont recevables, respectivement de transmettre ces demandes à ladite commission. Elle conclut à titre subsidiaire au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral, respectivement à l'Office fédéral des transports pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif fédéral conclut au rejet du recours. Les Chemins de fer fédéraux suisses et l'Etat de Genève proposent de le déclarer irrecevable, subsidiairement de le rejeter dans la mesure où il est recevable. L'Office fédéral des transports n'a pas déposé d'observations.