Citation: 4A_596/2016 E. A

A.a. Die damalige B.________ AG und heutige B.________ AG in Liquidation (vgl. unten E. 1; Verkäuferin, Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdegegnerin) war Eigentümerin der Parzellen Nr. xxx und yyy des Grundbuches C.________. Auf der Parzelle Nr. xxx standen ein aus Containern bestehender Büro-Pavillon sowie drei weitere Gebäude. Aufgrund einer Abparzellierung entstand zusätzlich eine neue Parzelle Nr. zzz. A.b. Mit Kaufvertrag vom 30. Mai 2007 erwarb die A.________ AG (Käuferin, Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdeführerin) die Parzellen Nr. xxx und yyy. Im Vertrag vereinbarten die Parteien, dass die Verkäuferin den Büro-Pavillon, zwei Parkplätze vor dem Pavillon sowie drei unterirdische Parkplätze und einen Raum im Untergeschoss eines Gebäudes als Mieterin weiterhin nutzen durfte. Für den Fall einer Überbauung von Parzelle Nr. xxx bedingte sich die Käuferin aus, die gemieteten Räumlichkeiten auf demselben Areal und auf eigene Kosten zu verlegen oder gleichwertigen Ersatz anzubieten. A.c. Von diesem Recht machte die Käuferin in der Folge Gebrauch. Die Parteien verständigten sich darauf, den Büro-Pavillon auf die im Eigentum der Verkäuferin stehenden Parzelle Nr. zzz zu verlegen und dort einen Neubau (Fixbau) zu erstellen. Die Modalitäten wurden in einer Vereinbarung vom 30. Oktober 2009 konkretisiert. Die Parteien legten u.a. fest, alle Kosten für die Errichtung des Fixbaus und die Verlegung des Büro-Pavillons seien durch die Käuferin zu tragen. Die im Kaufvertrag getroffene Mietabrede falle mit dem Tag "der rechtsgültigen Abnahme des Fixbaus und des Containers (Büro-Pavillon) " durch die Verkäuferin dahin. A.d. Im August 2010 bezog die Verkäuferin den neuen Fixbau und den Büro-Pavillon. Letzterer wurde vor der Verlegung an den neuen Standort auf Anordnung der Käuferin bereits Ende Juni 2010 durch eine Umzugsfirma geräumt. Die Einrichtungsgegenstände der Verkäuferin wurden in Lagerräumen der D.________ Ltd. zwischengelagert; diese vermietet in einem der im Eigentum der Käuferin stehenden Gebäude auf der Parzelle Nr. xxx kommerziell Lagerungseinheiten. A.e. Die Verkäuferin beanstandete sowohl am Fixbau als auch am Büro-Pavillon zahlreiche Mängel, über deren Behebung sich die Parteien nicht einigen konnten.