Citation: 2C_514/2009 25.03.2010 E. D

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ SA conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 16 juin 2009, ainsi qu'à la décision sur réclamation de l'Administration fiscale du 29 mars 2005 et des bordereaux de rappel d'impôts des 10 décembre 2003 et 15 décembre 2004. A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal administratif déclare persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours. La Commission cantonale de recours en matière d'impôt, devenue Commission cantonale de recours en matière administrative depuis le 1er janvier 2009, a renoncé à se déterminer. X.________ SA a encore répondu aux observations présentées par l'Administration fiscale dans le délai au 4 décembre 2009 qui lui a été imparti à cette fin.