Citation: 2C_60/2020 E. B

B.a. A la suite d'un contrôle effectué dans les locaux de la société, l'Administration cantonale a informé celle-ci, le 5 décembre 2014, qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel d'impôt et soustraction d'impôt pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) 2004 à 2013. Il était apparu que la société n'avait pas soumis à l'impôt à la source les rétributions des "encaissés sur place". Lors d'un contrôle ultérieur, il avait en outre été constaté que les prestations soumises à l'impôt à la source avaient été imposées au taux annuel correspondant aux prestations versées, au lieu d'être converties sur une année pour la détermination du taux d'imposition. B.b. Les 5 août, 20 et 23 décembre 2016, l'Administration cantonale a informé la société de la clôture des procédures en rappel et soustraction pour l'impôt à la source 2006 à 2013. Elle lui a notifié des bordereaux de suppléments d'impôt de 273'712 fr. 20 pour 2006, 312'936 fr. 70 pour 2007, 272'450 fr. 80 pour 2008, 344'946 fr. 92 pour 2009, 341'241 fr. 15 pour 2010, 333'070 fr. pour 2011, 448'474 fr. 94 pour 2012 et 370'884 fr. 75 pour 2013. Elle a joint à ces bordereaux un tableau récapitulant, par médecin, les reprises, le nombre de jours travaillés, le montant des prestations déclarées, ainsi que ce même montant annualisé sur 240 jours. Elle a également notifié à la société des bordereaux d'amende, fixant, pour chaque année, le montant de celle-ci à un tiers de l'impôt soustrait. B.c. Les 5 septembre 2016 et 20 janvier 2017, la société a élevé réclamation contre ces décisions, en concluant à leur annulation. Par décision du 20 octobre 2017, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations. B.d. La société a recouru contre la décision du 20 octobre 2017 auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève. Par jugement du 14 janvier 2019, celui-ci a partiellement admis le recours. Il a annulé les rappels d'impôt et les amendes relatifs à 2006 et 2007, dit que les revenus des médecins devaient être annualisés sur 231 jours au lieu de 240 et confirmé pour le surplus les reprises, ainsi que les amendes pour soustraction d'impôt relatives aux années 2008 à 2013. B.e. La société a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre ce jugement, en concluant à son annulation concernant les rappels d'impôt 2008 à 2013, subsidiairement à la modification des reprises et des amendes en tenant compte de la base de calcul de 231 jours. Par arrêt du 26 novembre 2019, la Cour de justice a partiellement admis le recours, en ce sens qu'elle a donné pour instruction à l'Administration cantonale de recalculer le montant des amendes sur la base de calcul valable pour les reprises d'impôt à la source, à savoir 231 jours au lieu de 240. Elle a confirmé l'arrêt attaqué pour le surplus.