Citation: 6B_118/2016 E. 7

Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, la cause renvoyée à la cour fédérale pour nouvelle décision sur l'indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. a CPP et le montant du tort moral qui lui a été accordé en vertu de l'art. 429 al. 1 let. c CPP. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant obtient partiellement gain de cause. Il doit supporter une partie des frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et n'a droit qu'à une indemnité de dépens réduite, laquelle sera mise à la charge de la Confédération (art. 68 al. 1 LTF). Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :