Citation: 2C_945/2013 E. A

A.a. Die A.X.________ AG (vormals A.Y.________ AG) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in U.________. Sie bezweckt die Ausübung des Fondsgeschäfts, einschliesslich der Gründung, Leitung, Verwaltung sowie des Vertriebs und Verkaufs von Anlagefonds, die Führung von Investmentkonten, die Vertretung ausländischer Anlagefonds in der Schweiz sowie die Erbringung von Dienstleistungen im Fondsgeschäft für Dritte. Ihr Aktienkapital beträgt Fr. 7 Mio., eingeteilt in 7'000 Namenaktien zu Fr. 1'000.--. Die A.________ Anlagestiftung ist eine Stiftung mit Sitz in U.________. Sie dient der beruflichen Vorsorge und bezweckt die gemeinsame Anlage und Verwaltung von Vorsorgegeldern. A.b. Die Pensionskasse B.________, eine Stiftung mit Sitz in V.________, schloss am 27. September 2001 mit der A.Z.________ eine Rahmenvereinbarung ab, wonach sie - die Pensionskasse B.________ - den überwiegenden Teil ihres Immobilienportefeuilles auf Immobiliengefässe der A.________übertragen und im Gegenzug Ansprüche respektive Anteile an solchen Immobiliengefässen erhalten sollte. Mit Verträgen vom 14. Dezember 2001 verkaufte die Pensionskasse B.________ in teilweiser Abwicklung dieser Vereinbarung an die A.Y.________ AG acht im Kanton Basel-Stadt gelegene Liegenschaften zum Preis von total Fr. 117'343'000.-- und an die A.________ Anlagestiftung sechs im Kanton Basel-Stadt gelegene Liegenschaften zum Preis von total Fr. 140'512'000.--.