Citation: 2C_398/2020 E. A

A.a. A.________ SA a son siège à Martigny et a pour but l'"exploitation des branches d'assurances non vie". Cette société a repris, par contrats de transfert de patrimoine du 20 avril 2011, avec effet au 1er janvier 2011, les activités d'assurance-maladie complémentaire de neuf fondations, à savoir B.________ - C.________, D.________, E.________, F.________, G.________, H.________, I.________ et J.________. Durant les périodes fiscales 2006 à 2010, ces fondations avaient soit leur siège soit leur administration effective en Valais, de sorte qu'elles y étaient assujetties de manière illimitée. Elles l'étaient de façon limitée notamment dans les cantons de Vaud et de Genève, du fait de l'existence d'établissements stables ou d'immeubles. Entre 2009 et 2011, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a procédé aux répartitions intercantonales des éléments imposables de ces fondations, ainsi qu'aux taxations ordinaires du bénéfice et capital pour les périodes fiscales 2006 à 2010. Sur la base de ces répartitions, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt des personnes morales) a émis, entre 2009 et mars 2013, des décisions de taxation définitives concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital des fondations pour ces mêmes périodes fiscales, tel que décrit à la lettre B de l'arrêt attaqué auquel il est renvoyé. Ces décisions de taxation sont entrées en force. A.b. Le 27 novembre 2013, la Conférence suisse des impôts a adopté la circulaire n°12 sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi sur l'assurance-maladie (LAMaI [ci-après: la Circulaire n°12]) qui a remplacé celle du 23 mars 2000. Ce document modifie les règles de répartition intercantonale du bénéfice et du capital des caisses-maladie. Elle précise être applicable "aux exercices commerciaux bouclés durant l'année civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures encore ouvertes à la date de sa publication", à savoir le 27 novembre 2013. A.________ SA a alors proposé au Service des contributions une modification de la répartition intercantonale pour l'imposition des neuf fondations pour les périodes 2006 à 2010. Par décisions du 25 juillet 2014, ledit service a ainsi "rectifié" les décisions de taxation susmentionnées (let. A.a) concernant l'impôt cantonal sur le bénéfice et le capital des fondations. Il en résultait des montants d'impôts supplémentaires en faveur du canton du Valais, la nouvelle circulaire ayant modifié la répartition à l'avantage du canton du siège ou de l'administration effective. Ces décisions de taxation sont entrées en force. Le 8 septembre 2014, A.________ SA a retiré le recours dont elle avait saisi la Cour de Justice du canton de la République et canton Genève le 17 octobre 2013 relatif à la taxation dans ce canton des neufs fondations pour les périodes fiscales 2006 à 2008. Le 17 novembre 2014, A.________ SA a demandé à l'Office d'impôt des personnes morales de rectifier des taxations concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital des fondations en cause pour les périodes 2006 à 2010, afin de tenir compte de la nouvelle clé de répartition intercantonale et des décisions du 25 juillet 2014 du Service des contributions. Ledit office a, en date du 22 avril 2015, répondu que ni la voie de la réclamation contre des décisions de taxation entrées en force ni celle de la révision ne lui semblait ouverte; de toute façon, la demande de révision aurait été tardive. Puis, par décision du 18 janvier 2018, l'Office d'impôt des personnes morales a formellement rejeté la demande tendant à la révision des décisions de taxation des fondations pour les périodes 2006 à 2010. L'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a fait de même, dans une décision sur réclamation du 9 juillet 2018; elle a considéré que les décisions de taxation du 25 juillet 2014 du Service des contributions fondées sur la Circulaire n°12 ne constituaient pas un motif de révision; même si cela avait été le cas, la demande de révision avait été déposée au-delà de l'échéance du délai légal de 90 jours à compter de la découverte du motif de révision, de sorte qu'elle était tardive.