Citation: 1C_468/2022 E. B

B.a. A la suite d'une demande déposée par A.________ pour C.________, le Département cantonal du territoire (ci-après: le département ou DT) a délivré une autorisation de construire complémentaire (DD 104'027/2) le 27 juin 2017 pour diverses modifications intérieures et de l'une des façades, côté rue Chausse-Coq. Les plans visés ne varietur indiquaient des travaux touchant le sous-sol, le rez-de-chaussée ainsi que les étages 1 à 4. Le même jour, le département a infligé une amende administrative de 3'000 fr. à A.________ pour avoir engagé des travaux sans autorisation découverts à la suite d'une visite de contrôle effectuée le 26 septembre 2016 par des collaborateurs du département. Ces travaux ont finalement été autorisés par l'autorisation délivrée le même jour. B.b. Le 7 mai 2018, à la suite d'une nouvelle visite sur place, deux collaborateurs du département ont constaté que les travaux en cours n'étaient pas conformes aux deux autorisations de construire délivrées. L'appartement en duplex, situé aux 4ème et 5ème étages, ne correspondait pas aux plans visés ne varietur, tant quant à la typologie qu'au nombre de pièces. A.________ a indiqué que les travaux seraient suspendus jusqu'au dépôt d'une requête d'autorisation de construire en procédure accélérée (APA) tout en expliquant que ces travaux résultaient d'un contrôle d'amiante qui avait nécessité d'assainir le chantier. Le 11 juillet 2018, C.________ a déposé une requête en autorisation de construire pour la transformation et la rénovation d'un duplex en 4ème et 5ème étages (APA 300'837). Le 20 août 2018, le département a requis le dépôt d'une requête en autorisation de construire complémentaire par la voie de la procédure ordinaire. A.________ a requis cette autorisation le 31 août 2028 (DD 104'027/3). B.c. Lors d'une nouvelle visite sur place le 10 octobre 2019, deux collaborateurs du Service des monuments et des sites (ci-après: SMS) ont constaté que la typologie du duplex ne correspondait pas à celui du plan visé ne varietur et que les travaux intérieurs étaient achevés, l'appartement meublé et habité. Le lendemain de la visite, à savoir le 11 octobre 2019, C.________ informait le département que A.________ était en charge uniquement de la demande d'autorisation des travaux pour la transformation de l'appartement et qu'elle le libérait de tout engagement pour les travaux effectués aux 4ème et 5ème étages. Le 29 janvier 2020, le département a informé A.________ qu'une procédure d'infraction était ouverte à son encontre, car des travaux avaient été effectués sans autorisation.