Citation: 1C_644/2012 E. 3.1

3.1. En vertu de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates. L'art. 6 al. 2 LPN ajoute que lorsqu'il s'agit de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération, la règle suivant laquelle un objet doit être conservé intact dans les conditions fixées par l'inventaire ne souffre d'exception que si des intérêts équivalents ou supérieurs, d'importance nationale également, s'opposent à cette conservation. Si l'accomplissement de la tâche de la Confédération risque d'altérer sensiblement un objet inscrit dans un inventaire fédéral, une expertise par une commission consultative fédérale (CFNP ou Commission fédérale des monuments historiques [CFMH] - cf. art. 25 LPN et 23 al. 2 de l'ordonnance sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS 451.1]) est établie afin d'indiquer si l'objet doit être conservé intact ou de quelle manière il doit être ménagé (art. 7 al. 2 LPN). Pour déterminer ce que signifie, dans un cas d'espèce, l'obligation de "conserver intact" un site protégé, il faut se référer à la description, dans l'inventaire, du contenu de la protection (ATF 127 II 273 consid. 4c p. 282; 123 II 256 consid. 6a p. 263). Tels qu'ils ont été décrits par la CFPN dans son préavis du 15 juin 2011 et qu'ils figurent dans la décision du DSE du 29 août 2011, les objectifs de protection pour la partie est de l'objet IFP n° 1515, où se trouve la carrière d'Arvel, consistent dans la conservation intégrale de l'ensemble paysager caractéristique, surtout des pentes avec de vastes forêts qui montrent une succession complète des étages forestiers et qui sont actuellement intacts, dans la conservation intégrale de la mosaïque d'habitats rares et dignes de protection et de leur valeur floristique caractéristique et dans la conservation intégrale de la richesse faunistique, en particulier la faune herpétologique et entomologique. L'inscription d'un objet dans un inventaire fédéral n'emporte pas une intangibilité absolue. Même une atteinte importante à un objectif de protection peut être autorisée à titre exceptionnel, après une pesée complète des intérêts en présence, lorsque le projet présente une importance nationale ou supérieure (arrêt 1A.185/2006 du 5 mars 2007 consid. 7.1). Des exceptions ne sont tolérées que si l'objet reste ménagé le plus possible. Dans tous les cas, il conviendra de prendre des mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates (Rapport explicatif du plan sectoriel des transports, p. 4, disponible sur le site de l'Office fédéral du développement territorial).