Citation: 2C_440/2009 08.01.2010 E. 7

Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission des recours. Le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2005 et le revenu imposable nouvellement fixé à 81'727 fr. Le chiffre 1 du dispositif de la décision rendue le 20 mai 2009 par la Commission de recours est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2006 et le revenu imposable nouvellement fixé à 107'478 fr. Succombant, le contribuable intimé doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce: