Citation: 9C_678/2022 E. B

B.a. Le 17 mars 2017, l'Administration cantonale a notifié à la Société des bordereaux de rappel d'impôt pour l'impôt fédéral direct et pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2008. Elle a ajouté 14'901'404 fr. au bénéfice de la Société à titre de distribution dissimulée de bénéfice. Le rappel d'impôt s'élevait à 1'123'683 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 611'067 fr. 40 pour l'impôt cantonal et communal. Le même jour, l'Administration cantonale a notifié à la Société des bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt consommée, lesquelles s'élevaient à 842'762 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 458'300 fr. pour l'impôt cantonal et communal, soit aux trois quarts des impôts soustraits. La Société a formé une réclamation contre ces bordereaux. Elle a notamment fait valoir qu'au cours du premier semestre de l'année 2008, le prix de l'affrètement des bateaux avait atteint un sommet historique avant de s'effondrer au cours du second semestre. Cette situation avait généré une crise majeure dans le secteur et entraîné la disparition de nombreuses sociétés. Certaines d'entre elles avaient procédé à la renégociation des contrats avec les commissionnaires, qui avaient accordé d'importants rabais. Pour l'attester, elle produisait: - des documents indiquant que, le 9 mars 2012, la société E.________ avait accepté un paiement de 60'000 $ pour solde de tout compte sur des factures de 400'0000 $, qu'elle avait accordé, le 6 mai 2011, un autre rabais de 391'387 $ sur un montant dû de 841'387 $ et qu'en 2008, la société F.________ avait également réduit sa commission habituelle de 1,25 % à 0,62 %; - un courriel de G.________ adressé le 19 février 2018 à C.________, ayant pour objet "H.________ cp 25 april 2008" et confirmant qu'il avait conclu, pour le compte de la société F.________, un contrat d'affrètement pour une commission de 0,625 %, alors qu'elle s'élevait usuellement de 1,25 %. B.b. Par décision du 29 juillet 2019, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation. B.c. Par jugement du 7 décembre 2020, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours de la Société contre la décision sur réclamation du 29 juillet 2019. Il a considéré que le chapitre III du ruling, qui prévoyait que les activités de services en faveur de sociétés du groupe devaient générer une marge bénéficiaire d'au moins 5 % de leur coût, visait à introduire la méthode du coût majoré en tant que moyen de s'accorder à l'avance sur ce qui constituait le prix de pleine concurrence de toutes les prestations fournies par la Société et que cette règle s'appliquait aussi en matière d'impôt fédéral direct. En l'occurrence, les prestations accordées par la Société à B.________ avaient généré des commissions qui, même en tenant compte du rabais litigieux, avaient généré une marge d'au moins 5 % de leur coût. Les termes du ruling avaient donc été respectés, de sorte que la reprise effectuée dans le bénéfice de la recourante devait être annulée, tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal. B.d. Par arrêt du 23 novembre 2021 rendu sur recours de l'Administration cantonale, la Cour de justice a annulé le jugement du 7 décembre 2020 du Tribunal administratif et rétabli la décision sur réclamation du 29 juillet 2019, ainsi que les bordereaux du 17 mars 2017 de rappels d'impôts et d'amendes. La méthode du coût majoré prévue par le ruling ne visait que les prestations de services entre sociétés du groupe, lesquelles n'incluaient pas les prestations commerciales de commissionnaire de la Société. Par ailleurs, les documents que la Société avaient produits n'étaient pas suffisants pour établir que le rabais aurait été accordé entre sociétés non liées.