Citation: 4A_300/2019 E. A

A.a. Par courrier du 17 septembre 2009, A.________ SA (ci-après : la défenderesse), société immobilière intervenant en qualité d' " entreprise générale " dont C.________ est l'administrateur unique, a adjugé à B.________ SA, entreprise de construction (ci-après : l'entreprise de construction ou la demanderesse) dont G.________ est administrateur et D.________ directrice, des travaux de construction (fouilles, pose de béton armé et maçonnerie) dans le cadre de la réalisation d'un lotissement, pour un montant de 3'781'815 fr.70. Ce courrier, contresigné le 12 août 2010 par l'entreprise de construction, prévoit que les " travaux s'exécuteront en très étroite collaboration avec E.________, direction des travaux et le bureau d'ingénieur F.________ SA ". Le 15 décembre 2010, l'entreprise de construction a remis à C.________ une facture de 4'055'800 fr. Après rabais, escompte et déduction des acomptes déjà payés, il subsistait un solde de 387'800 fr. Après le paiement de deux autres acomptes (janvier et avril 2011) et la prise en compte d'une note de crédit, le solde a été réduit à 29'800 fr. (première facture). Le 11 octobre 2011, l'entreprise de construction a adressé à C.________ une facture distincte (seconde facture) pour les derniers travaux commandés, exécutés entre décembre 2010 et septembre 2011, selon une description figurant dans un " rapport de régie ". Cette seconde facture s'élevait, après rabais et escompte, à 25'967 fr.75. A.b. Par courrier du 3 novembre 2011, C.________ a informé l'entreprise de construction que la seconde facture était soumise au directeur des travaux " pour analyse ". S'agissant de la première facture, contestée, il ajoutait en outre " avoir retenu le paiement de 29'800 francs ", précisant que cette " retenue " compensait les différentes créances dont la défenderesse était titulaire (à l'encontre de l'entreprise de construction) et qui reposaient sur diverses causes: montants surfacturés par l'entreprise (celle-ci ayant mal estimé les coûts), frais de pénalités prétendument versés par la défenderesse aux acquéreurs d'immeubles pour des retards globaux dont l'entreprise est partiellement responsable, coûts supplémentaires causés par la suppression imparfaite de divers défauts par l'entreprise, etc. A.c. Le 21 novembre 2011, la directrice de l'entreprise de construction et le directeur des travaux (pour la défenderesse) ont tenu une séance. Un tableau (contenant un décompte) a alors été signé. Chacune des parties en fait une lecture différente : - selon la demanderesse, ce document vaut reconnaissance, par la direction des travaux, de 141'058 fr.35 de travaux en régie (après imputation d'un rabais), ce qui emporterait ratification de tous les montants facturés par l'entreprise de construction (et, partant, justifierait notamment la facture de 29'800 fr.); - selon la défenderesse, ce décompte n'est en réalité qu'un " récapitulatif " (qui ne vaut nullement reconnaissance des chiffres y figurant) ne servant qu'à " ventiler les travaux effectués [en régie] entre les différents intervenants, pour déterminer à qui étaient imputables les bons de régie ". A.d. Par courrier du 2 décembre 2011, l'avocat de l'entreprise de construction s'est adressé à la société défenderesse (le contenu ne résultant toutefois pas du dossier cantonal). Dans sa réponse du 9 décembre 2011, C.________, en tant que représentant de cette dernière société, a relevé que " seul le contenu de la facture du 11 octobre a été valablement clarifié et accepté " et qu'après une nouvelle réduction, cette facture serait payée dans les jours suivants à raison de 20'027 fr., ce qui a été fait. Il confirmait sa position sur la retenue de 29'800 fr.