Citation: 9C_687/2022 E. A

A.a. A.________ SA est une société anonyme de droit suisse inscrite au registre du commerce du canton de Genève depuis 1989, dont le capital-actions entièrement libéré s'élève à 100'000 fr. (100 actions à 1'000 fr.). Elle a pour but la gestion et l'administration de participations, dans les limites autorisées par la loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger (LFAIE; RS 211.412.41). En 2013, elle était entièrement détenue par B.________ SA. C.________ SA était une société anonyme de droit suisse inscrite en 1998 au registre du commerce du canton de Genève et radiée par suite de fusion en 2013, dont le capital-actions entièrement libéré s'élevait à 100'000 francs. L'actionnaire unique était D.________, domicilié à l'étranger. C.________ SA détenait plusieurs filiales, à savoir E.________ SA, F.________ SA, G.________ SA et H.________ SA. Par contrat de vente d'actions du 20 mars 2013, D.________ a cédé à A.________ SA l'entier du capital-actions de C.________ SA, constitué de 100 actions au porteur de 1'000 fr. chacune, pour un montant de 8'400'000 francs. Ses filiales F.________ SA, G.________ SA et H.________ SA ont été vendues à I.________ SA par conventions de cession d'actions datées du 30 octobre 2013, toutes ces sociétés étant administrées par la même personne. Par contrat de fusion du 10 décembre 2013, avec effet rétroactif au 1er novembre 2013, C.________ SA a repris les actifs et passifs (absorption) de E.________ SA. Il ressort du bilan de fusion, que le total des fonds propres s'élevait à 20'052'681 fr. (correspondant aux capitaux propres de 6'897'462 fr. et au bénéfice reporté au bilan de 13'155'219 fr.). Par contrat de fusion du même jour, A.________ SA a repris les actifs et passifs de C.________ SA (absorption). Selon le bilan de fusion, le montant de 20'052'681 fr. a été annulé d'un point de vue comptable. A.b. Par courrier du 26 juin 2014 adressé à A.________ SA, l'Administration fédérale des contributions (AFC) a estimé que les réserves et bénéfices de C.________ SA n'avaient pas été pris en compte dans le cadre de la fusion et que l'excédent de liquidation ("liquidation remplaçante") de 19'952'681 fr. (20'052'681 fr. de fonds propres - 100'000 fr. de capital-actions) qui en découlait était soumis à l'impôt anticipé. L'AFC a précisé que l'obligation fiscale pouvait être exécutée par le biais de la procédure de déclaration, pour autant que les conditions légales soient réalisées. C.________ SA a déposé une demande d'autorisation d'exécuter son obligation fiscale par une déclaration de la prestation imposable datée du 3 juillet 2014. Par décision du 17 décembre 2015, l'AFC a rejeté la demande du 3 juillet 2014 et arrêté le montant de l'impôt anticipé à hauteur de 6'983'438 fr. 35 (35 % de 19'952'681 fr.), avec un intérêt moratoire de 5 % l'an à partir du 16 janvier 2014. Elle l'a confirmée par décision du 21 décembre 2018, suite à la réclamation déposée par A.________ SA.