Citation: 2C_57/2018 E. A

A.a. Die A.________ Genossenschaft mit Sitz in Basel umfasste einerseits das operative Detailhandelsgeschäft mit zahlreichen Betriebsstätten in den verschiedenen Kantonen, insbesondere im Kanton Aargau, und übte andererseits die schweizweiten Leitungsfunktionen aus. In diesem Rahmen hielt sie auch diverse Beteiligungen, Immobilien und die Immaterialgüterrechte der gesamten A.________-Gruppe (insbesondere die Marke "A.________", aber auch Marken wie B.________ und C.________). Mit Vereinbarung vom 12. April 2013 wurden das operative Detailhandelsgeschäft und damit die Betriebsstätten mittels Vermögensübertragung (Ausgliederung) gemäss Art. 69 Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (FusG; SR 221.301) auf die neu gegründete und per 6. Mai 2013 in das Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragene Tochtergesellschaft "A.________ Genossenschaft" überführt. Rechnungslegungsmässig und vertraglich erfolgte diese Übertragung rückwirkend per 1. Januar 2013. Ebenfalls am 6. Mai 2013 änderte die ursprüngliche A.________ Genossenschaft bzw. neue Muttergesellschaft ihren statutarischen Zweck in jenen einer Konzernobergesellschaft (insbesondere Halten und Verwalten von Beteiligungen und Verwaltung sowie Verwertung der Markenrechte) und firmierte neu als "A.________-Gruppe Genossenschaft", wobei der Sitz unverändert in Basel belassen wurde. Die Immaterialgüterrechte der A.________-Gruppe verblieben bei der "A.________-Gruppe Genossenschaft". Im Rahmen eines Steuerrulings der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt (StV BS) vom 19. März 2013 wurden die stillen Reserven auf diesen Immaterialgüterrechten mit Fr. 1'208.6 Mio. beziffert und diesbezüglich seitens der StV BS einem Steueraufschub gemäss § 80 Abs. 2 Steuergesetz vom 12. April 2000 des Kantons Basel-Stadt (StG BS; SG 640.100) zugestimmt. Schliesslich wurde der A.________-Gruppe Genossenschaft mit Verfügung der StV BS vom 22. Mai 2015 rückwirkend per 1. Januar 2013 der Status einer privilegiert besteuerten Holdinggesellschaft nach dem StG BS zugesprochen. A.b. Die A.________-Gruppe Genossenschaft und die StV BS gingen und gehen davon aus, dass trotz Umstrukturierung und des Statuswechsels zur Holdinggesellschaft keine Besteuerung der genannten stillen Reserven erfolgt, da aufgrund des StG BS ein Steueraufschub für die gesamten stillen Reserven greife, sofern die Immaterialgüterrechte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert würden. Das Kantonale Steueramt Aargau (KSt AG) stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, dass ein Teil der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten den aargauischen Betriebsstätten zuzuordnen sei und beanspruchte deshalb die quotale Besteuerung dieser ihrer Ansicht nach realisierten stillen Reserven im Rahmen der Steuerperiode 2012. Die A.________-Gruppe Genossenschaft und die StV BS wiederum sind der Auffassung, bis am 31. Dezember 2012 habe weder eine Umstrukturierung noch ein Statuswechsel stattgefunden, weshalb in der Steuerperiode 2012 keine stillen Reserven realisiert worden seien. Ab der Steuerperiode 2013 verfüge die A.________-Gruppe Genossenschaft mit Sitz in Basel, welche die Immaterialgüterrechte halte, zudem über keine Betriebsstätten mehr im Kanton Aargau, da letztere Teil der Tochtergesellschaft A.________ Genossenschaft seien, weshalb im Kanton Aargau ein Anknüpfungspunkt für die Besteuerung der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten fehle. Einzig der Kanton Basel-Stadt verfüge diesbezüglich über die Steuerhoheit.