Citation: 1C_739/2013 E. 4.1

4.1. Entrés en vigueur le 1er juillet 2007 (RO 2007 2701), les al. 3 et 4 de l'art. 12c LPN prévoient que si une organisation a omis de formuler des griefs recevables contre un plan d'affectation à caractère décisionnel, ou si ces griefs ont été rejetés définitivement, l'organisation ne peut plus les faire valoir dans une procédure ultérieure (al. 3). Cette règle s'applique également aux oppositions et recours formés contre des plans d'affectation en vertu du droit cantonal (al. 4). Ces normes ne sont, en l'espèce, pas opposables à la recourante dès lors qu'elles ne sont entrées en force que postérieurement à l'adoption du PAZ et du plan de quartier. Cette réglementation traduit cependant une jurisprudence précédemment établie, selon laquelle la légalité d'un plan de zones ne peut en principe être contestée qu'à l'occasion d'un recours formé dans le cadre de la procédure d'adoption de ce plan; le contrôle incident dans un recours dirigé contre un acte qui applique cette planification, typiquement une autorisation de construire, est exclu (Thierry Tanquerel, Commentaire LAT, n. 25 ad art. 21 et les arrêts cités; à propos du contrôle incident et plus récemment cf. ATF 131 II 103 consid. 2.4.1 p. 110; 121 II 317 consid. 12c p. 346; arrêt 1C_393/2011 du 3 juillet 2012 consid. 6.1, in DEP 2012 p. 577). Dans un arrêt du 9 décembre 1980 (ATF 106 Ia 383 consid. 3a-c p. 385 ss), le Tribunal fédéral a indiqué qu'une planification à caractère décisionnel ne pouvait qu'exceptionnellement être attaquée après son adoption, à l'occasion d'un cas d'application. Il s'agissait par exemple des situations suivantes: le propriétaire en cause ne pouvait pas percevoir clairement, lors de l'adoption du plan, les restrictions de propriété qui lui étaient imposées; il ne disposait d'aucun moyen de défense; depuis l'adoption du plan, les circonstances s'étaient modifiées à un point tel que l'intérêt public au maintien de ces restrictions pourrait avoir disparu (cf. également Thierry Tanquerel, op. cit., n. 26 ad art. 21 et les arrêts cités). Dans son arrêt du 12 mars 1986 (ATF 112 Ib 70 consid. 4 p. 74 ss), le Tribunal fédéral a reconnu aux associations d'importance nationale au sens de l'art. 12 LPN le droit de recourir à l'encontre d'une autorisation de construire fondée sur l'art. 24 LAT, considérant que son application relève d'une tâche fédérale lorsque la protection de la nature et du paysage est en cause (cf. art. 2 LPN). Les 8 juillet et 18 novembre 1987, le Tribunal fédéral a jugé que la pesée des intérêts prévue par l'art. 24 LAT est impliquée dans l'adoption des plans d'affectation conformément aux principes de la loi (art. 1 al. 1 2ème phr. et art. 2 al. 1 LAT; ATF 113 Ib 225 consid. 2c p. 230; 113 Ib 371 consid. 1b p. 372 s.). Par voie de conséquence, la violation de cette disposition doit pouvoir être examinée dans le cadre d'un recours devant le Tribunal fédéral (actuel recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF; cf. p.ex arrêt 1C_393/2011 précité consid. 6.1, in DEP 2012 p. 577), tout particulièrement lorsque la création d'une zone dans le plan d'affectation aurait pour effet de contourner la procédure d'autorisation qu'elle prévoit.