Citation: 4A_608/2009 25.02.2010 E. A

A.a L'Organisation X.________ (ci-après: X.________) est une organisation internationale non gouvernementale. Son secrétariat central se trouve à .... Elle emploie plus de 150 personnes, qui ne sont pas des fonctionnaires internationaux, mais sont liées à leur employeur par un contrat de droit privé. Par contrat du 2 juillet 2002, X.________ a engagé, avec effet dès le 15 septembre 2002, Y.________, ressortissant suédois, en qualité de spécialiste en développement du système extranet et d'autres services, moyennant un salaire mensuel brut initial de 7'000 fr. Jusqu'au 29 juin 2006, le salaire de Y.________ a fait l'objet d'une retenue pour l'impôt à la source, l'intéressé étant domicilié dans le canton de Genève au bénéfice d'une autorisation de séjour de type B. Le 29 juin 2006 est entré en vigueur un accord conclu entre le Conseil fédéral et X.________. Cet accord prévoit d'une part (aux art. 1 à 3) une large exonération fiscale de l'organisation elle-même et, d'autre part (à l'art. 6 ch. 1), que "les membres du personnel de l'Organisation qui n'ont pas la nationalité suisse sont exonérés, pendant la durée de leurs fonctions au sein de l'Organisation, de tous impôts fédéraux, cantonaux et communaux sur les traitements, émoluments et indemnités qui leur sont versés par l'Organisation". L'art. 7 de l'accord précise que ces privilèges fiscaux ne sont pas établis en vue d'accorder aux employés de X.________ des avantages personnels, mais sont institués uniquement afin d'assurer, en toutes circonstances, le libre fonctionnement de l'organisation. Le 24 juillet 2006, X.________ a informé tous les membres de son personnel de l'accord conclu avec le Conseil fédéral. Pour les employés étrangers, résidant à Genève ou dans le canton de Vaud, elle a décidé d'opérer sur les salaires un "prélèvement accord fiscal" équivalant à l'impôt à la source, au bénéfice de l'organisation elle-même, soutenant que l'accord devait avantager l'organisation et non le personnel et qu'il fallait éviter une différence de traitement avec les employés de nationalité suisse. Le 4 octobre 2006, X.________ a passé un accord avec la délégation du personnel, à teneur duquel elle s'engageait à redistribuer 50% des montants ainsi prélevés sous la forme d'une contribution supplémentaire au fonds de pension. A.b Par courrier du 6 septembre 2006, Y.________ s'est opposé au prélèvement opéré par X.________ sur ses salaires de juillet et août 2006, ainsi qu'à tous prélèvements futurs. X.________ a indiqué que Y.________ était le seul employé à n'avoir pas accepté le principe du prélèvement, quand bien même son salaire net n'était pas modifié. A la suite de la démission de Y.________, les rapports de travail ont pris fin d'un commun accord le 14 décembre 2007.