Citation: 4A_3/2023 E. A

A.a. Par contrat de travail du 18 mai 2009, B.________ (ci-après: l'employée, la demanderesse ou l'intimée) a été engagée par C.________ SA, succursale luxembourgeoise, en qualité de " Business Developer Financial Services " à partir du 1 er juin 2009 pour une durée indéterminée. Par courrier du 29 mai 2014, elle a été informée de son détachement à U.________ en Suisse pour la période du 25 mai 2014 au 24 mai 2015. Elle était placée sous la supervision de D.________, cadre de A.________ AG. Dans le cadre d'un échange de courriels intervenu entre 2014 et 2015 au sujet du transfert de son contrat de travail à A.________ AG, l'employée a indiqué à la responsable des ressources humaines de cette société que, le cas échéant, elle conserverait son domicile luxembourgeois et se déplacerait en Suisse chaque semaine. Son interlocutrice lui a répondu, le 18 juillet 2014, qu'elle serait traitée de la même manière que n'importe quel employé suisse; elle pourrait donc demander le remboursement de ses frais de déplacement entre Genève et les locaux du client, mais - pour des raisons d'équité avec les autres collaborateurs - elle devrait assumer le coût des billets d'avion entre la Suisse et le Luxembourg. Elle lui a confirmé, le 29 juillet 2015, qu'en cas d'engagement par A.________ AG, la politique de remboursement des frais de déplacement serait régie par le règlement sur les dépenses de A.________ AG. A.b. Le 13 décembre 2016, A.________ AG (ci-après: l'employeuse, la défenderesse ou la recourante) a soumis à l'employée un projet de contrat de travail prévoyant que celle-ci serait engagée dès le 1er février 2017 comme " Senior Managing Consultant " et que son lieu de travail serait Genève. Le 30 décembre 2016, l'employée s'est étonnée auprès du service de ressources humaines de l'employeuse que ce soit Genève et non Bâle, comme discuté, qui ait été mentionnée comme lieu de travail. Lesdites ressources humaines se sont mises en rapport avec D.________, lequel a confirmé l'affectation de l'employée à Bâle. A.c. Par contrat de travail de durée indéterminée du 10 janvier 2017, l'employée a été engagée par l'employeuse dès le 1 er février 2017 en qualité de " Senior Managing Consultant ". Son lieu de travail contractuel était V.________ dans le canton de Bâle-Campagne. L'employée demeurait sous la supervision de D.________. Son salaire était de 205'000 fr. par an, treizième salaire inclus (soit 15'769 fr. 25 par mois). Les règlements et code de conduite de A.________ AG faisaient partie intégrante de son contrat de travail. Le contrat a été signé par D.________ et la cheffe du recrutement de A.________ AG. A.d. Le règlement sur les dépenses s'appliquait à tous les employés de A.________ AG, notamment en matière de remboursement des frais de voyage (art. 2.1.2). De manière générale, l'usage des transports en commun était préconisé (art. 2.2.1). Lorsqu'un véhicule privé était utilisé, une indemnité kilométrique de 0,85 fr. était versée pour tout déplacement excédant 201 km par mois (art. 2.2.1 et 2.5.3). En cas de déplacement entre les différentes branches de la société, seul le prix du voyage en transport en commun était remboursé, indépendamment du mode de déplacement choisi par l'employé. Les déplacements entre le lieu de domicile et le lieu de travail ne donnaient pas droit à une indemnisation (art. 2.2.1). En cas de déplacement professionnel en Suisse, un montant forfaitaire de 84 fr. pour les frais de bouche était prévu (art. 2.5.1). Le code de conduite des employés mentionnait notamment que ceux-ci étaient tenus de déclarer de manière complète et honnête leurs frais professionnels. Ils devaient en particulier s'interdire de transmettre des informations susceptibles d'induire en erreur les personnes chargées de les traiter (art. 4.2). A.e. Par courriel du 17 janvier 2017, E.________, " Recruitement specialist " au sein de l'employeuse, s'est adressée à D.________ pour connaître les raisons de l'assignation de l'employée à Bâle. Son correspondant lui a répondu le même jour que celle-ci voyagerait la plupart du temps entre Luxembourg, Paris, Genève et Guernesey pour le projet F.________ et que Bâle avait été choisie le temps qu'elle soit fixée sur le lieu où elle passerait la majorité de son temps, car c'était le lieu le plus proche de son domicile au Luxembourg. E.________ lui a fait remarquer que l'adressage du courrier de l'employée était à Genève, ce qui n'était pas correct. Ce dernier point a finalement été corrigé le 16 mars 2017. Par courriel du 31 janvier 2017, la société chargée des démarches d'immigration pour l'employeuse a informé les ressources humaines de celle-ci qu'une demande d'autorisation de travail avait été déposée pour que l'employée puisse travailler à Bâle. Ces démarches impliquaient que les autorités genevoises soient informées du départ de l'employée. A.f. Par courrier du 9 mai 2018, l'employeuse a mis fin aux rapports de travail avec l'employée en raison de la fermeture du site bâlois. Un nouveau contrat de travail a été simultanément conclu entre les parties prévoyant les mêmes conditions de travail que le précédent, à l'exception du lieu de travail qui se situerait désormais à Zurich. A.g. Après la démission de D.________, intervenue en octobre 2018, G.________ est devenu le supérieur de l'employée, une autre personne s'intercalant entre eux dans la ligne hiérarchique. A.h. Par courriel du 13 février 2019, la " Project Management Office Manager " de l'employeuse a indiqué à l'employée et au supérieur de celle-ci que le client H.________ SA avait refusé le remboursement des frais de déplacement en voiture entre Zurich et Genève ainsi que les billets de train dont le prix excédait 127 fr. Les précités étaient informés qu'à l'avenir, seul le remboursement du prix d'un billet de train demi-tarif entre Zurich et Genève pourrait être réclamé. Suite à un échange de courriels, il a finalement été convenu le 15 février 2019 entre les intéressés - y compris les supérieurs de l'employée - que celle-ci cesserait de réclamer l'indemnité kilométrique à ce client et que les indemnités déjà réclamées seraient mises sur le compte de l'employeuse. A.i. L'employeuse a mis en oeuvre une enquête interne afin de vérifier l'allégation selon laquelle l'employée avait demandé et reçu des remboursements pour des dépenses non valables : elle vivait au Luxembourg, avait Zurich " comme lieu de travail " et avait demandé des indemnités kilométriques entre Zurich et Genève alors qu'elle ne faisait pas de trajets entre ces deux villes en voiture, mais venait directement du Luxembourg en avion. Le rapport d'enquête a été établi le 22 mai 2019. Il conclut que cette allégation est fondée. Selon ce document, l'employée avait reconnu avoir obtenu des remboursements pour des trajets en voiture qu'elle n'avait pas effectués pour 22'447 USD entre juin 2017 et février 2019. Elle avait également été remboursée en 2017 pour des frais d'avion entre Bruxelles et Genève (1'348 USD). Elle avait expliqué avoir conclu un accord verbal avec son supérieur hiérarchique, lui permettant de procéder de la sorte pour compenser les frais d'avion qu'elle devait supporter entre son domicile au Luxembourg et Genève. Elle avait également obtenu des remboursements pour des frais effectifs d'hôtel, de nourriture et de taxis à Genève, puisqu'elle y travaillait sans y résider. Elle avait toujours été claire sur le fait qu'elle n'entendait pas déménager à Genève, même après son transfert auprès de l'employeuse. Toujours selon ce rapport, en septembre 2017, les responsables du département de l'employeuse chargé de surveiller les frais avaient demandé au supérieur de l'employée des informations relatives à ses frais, notamment les billets d'avion entre Genève et Bruxelles, puisque l'intéressée n'habitait pas en Belgique mais au Luxembourg, les frais de taxi et les dépenses en liquide. Après les avoir obtenues, le département en question n'avait rien entrepris. Ni D.________ ni G.________ n'ont été interrogés pour les besoins de ce rapport. Ce document n'a pas été communiqué à l'employée. Elle ne l'a obtenu que dans le cadre de la présente procédure. A.j. Par courrier du 20 juin 2019, l'employeuse a licencié l'employée avec effet au 30 septembre 2019. Celle-ci était dispensée de travailler dès le 28 juin 2019. L'employeuse indiquait notamment avoir subi un dommage de 155'844 fr. correspondant à des dépenses professionnelles indûment payées (88'707 fr. de frais d'hébergement, 43'342 fr. de frais de bouche, 22'447 fr. d'indemnités kilométriques et 1'348 fr. de frais d'avion). Elle déclarait compenser une partie de ce montant avec les salaires de juin à septembre 2019 et entendait facturer le solde à l'employée par lettre séparée. Si l'employée obtenait un emploi avant la fin de son contrat, elle était tenue d'en informer l'employeuse et le revenu qu'elle en retirerait serait " ajouté aux prétentions " de celle-ci. Par courrier du 1 er juillet 2019, l'employée a contesté le congé et en a réclamé la motivation. L'employeuse lui a fait savoir, le 20 août 2019, que les motifs tenaient dans le fait que, pendant plus de deux ans, l'employée avait délibérément présenté de manière fausse ses frais de voyage et méthodiquement contourné les règles internes relatives au remboursement des frais; elle aurait gravement violé lesdites règles et causé un dommage de 155'844 fr., détruisant la relation de confiance avec son employeuse. Cette dernière confirmait ses prétentions en réparation du dommage. Après compensation avec les salaires encore dus, le solde qui se montait à 104'944 fr. devait lui être versé jusqu'au 31 août 2019. Elle réservait ses droits, y compris des poursuites pénales. Par courriers des 30 août 2019 et 15 janvier 2020, l'employée a contesté ces accusations et s'est opposée au licenciement qu'elle a qualifié d'abusif. Elle a fait savoir que, lors des discussions ayant abouti à son transfert à l'employeuse, il avait été convenu que son lieu de travail serait Bâle, qui était proche de son domicile au Luxembourg, étant précisé qu'on ne lui avait pas dit à l'époque pour quel client elle travaillerait. Sa mission auprès de H.________ à Genève avait débuté à la fin du mois d'avril 2017; elle devait être temporaire, mais s'était révélée permanente en février 2018. Elle n'avait aucune certitude de rester sur ce projet. Ce client avait réclamé à plusieurs reprises qu'elle en soit écartée alors que l'employeuse souhaitait la garder sur ce projet en raison de ses connaissances. L'employeuse était responsable des conséquences liées à la désignation de son lieu de travail. Les frais litigieux avaient été facturés aux clients de l'employeuse et payés par eux de sorte que celle-ci ne subissait aucun dommage. L'employée avait respecté toutes les règles posées par son employeur. Son droit d'être entendue dans le cadre du rapport d'audit avait été violé de manière flagrante; elle exigeait d'en prendre connaissance.