Citation: 2C_443/2017 E. A

A.a. X.________ SA est une société anonyme de droit suisse, avec siège à A.________, qui a notamment pour but l'achat et la vente d'immeubles, le courtage immobilier, la prise de participation dans toutes entreprises visant des buts analogues, l'octroi de prêts ou d'avances et le cautionnement. Son capital-actions se monte à 105'600 francs. B.________ en est l'administrateur avec signature individuelle. X.________ SA est détenue à 100% par la société C.________ SA, dont B.________ est actionnaire et administrateur. Le 7 décembre 2009, X.________ SA a acquis trois immeubles à D.________ pour le prix de 10'850'000 francs. Selon le contrat de prêt conclu les 23 et 24 novembre 2009 entre, d'une part, la Fondation E.________ et, d'autre part, X.________ SA et B.________, débiteur solidaire agissant au nom de C.________ SA, ces immeubles sont hypothéqués à hauteur de 12'500'000 francs. Le taux d'intérêt est de 4,35%. Le prêt figure dans les comptes de C.________ SA, qui a elle-même prêté un montant de 10'850'000 fr. à X.________ SA, au même taux (cf. art. 105 al. 2 LTF). A.b. Dans sa déclaration fiscale portant sur la période fiscale 2013, X.________ SA a déclaré une perte nette de 36'744 francs. Selon le bilan au 31 décembre 2013 annexé à la déclaration d'impôt, les actifs de X.________ SA s'élevaient à 11'578'232 fr. 52 (actifs circulants pour 346'332 fr. 52 et actifs immobilisés pour 11'231'900 fr. [correspondant aux trois immeubles]). Les passifs comportaient des capitaux étrangers à hauteur de 11'521'352 fr. 96, dont des prêts totalisant 11'497'852 fr. (prêts obtenus des actionnaires et/ou personnes proches: C.________ SA, valeur comptable de 647'852 fr.; prêts moyen et long terme obtenu auprès de tiers: "emprunt", valeur comptable de 10'850'000 fr.) et des fonds propres de 56'879 fr. 56.