Citation: 2C_181/2020 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après: A.________ ou la société), dont le siège est à Genève, est une société anonyme inscrite depuis 1982 au registre du commerce du canton de Genève. En 2013, son but était la fabrication et le commerce de boîtes de montres et de tous objets de bijouterie et de joaillerie. A.________ est intégralement détenue par B.________ SA (ci-après: la holding), dont le siège est dans le canton de Vaud. Le but de la holding est la participation, la gestion et le financement d'entreprises de toute nature, en particulier dans le domaine de l'horlogerie, ainsi que l'acquisition de marques. A.b. Le 15 juin 2012, la société et la holding ont conclu un contrat de prêt pour un montant de 4'400'000 fr., prévoyant que la holding s'engageait à verser le montant en question à A.________ le jour de la signature du contrat. Le prêt était soumis à un intérêt au taux établi chaque année par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC), soit, pour 2012, 3,75%. Le remboursement du prêt devait intervenir au plus tard le 31 décembre 2012, "sauf si [la holding] accept[ait], selon son bon vouloir, de prolonger le délai de remboursement". Le montant du prêt a ensuite été augmenté à 4'800'000 fr. (avenant du 30 août 2012), puis à 6'500'000 fr. (avenant du 31 octobre 2012). Ces avenants n'ont pas modifié les autres conditions du contrat de prêt. Le contrat et les avenants n'indiquaient pas le but du prêt. A.c. Le 22 novembre 2012, la société et la holding ont conclu un nouveau contrat de prêt qui annulait et remplaçait le contrat du 15 juin 2012 et les deux avenants y relatifs. Le nouveau contrat prévoyait notamment ce qui suit: - la somme totale prêtée à A.________ par la holding (6'500'000 fr.) était "reprise en intégralité et régi[e] par le [nouveau] contrat dès sa signature" et elle était due au jour de la signature du nouveau contrat; - la holding accordait à A.________ une "facilité de crédit", dont le but était le "financement du nouveau bâtiment de l'usine de [A.________], à U________ (GE) "; - la limite du crédit accordé par la holding était de 20'000'000 fr.; - la durée du contrat était indéterminée; - le taux d'intérêt annuel applicable au nouveau contrat de prêt était le taux déterminé par l'AFC une fois par année (le taux était donc actualisé chaque année); - l'intérêt était payable à la fin de chaque mois. Contrairement au contrat du 15 juin 2012, le nouveau contrat ne prévoyait aucune clause relative au remboursement du prêt. A.d. Dans sa déclaration fiscale 2013, A.________ a indiqué un bénéfice net de 2'466'405 fr. Cette déclaration mentionnait notamment la dette envers la holding (15'870'000 fr.) et les intérêts y relatifs (461'909 fr.), calculés sur la base d'un taux de 3,75%. Elle ne faisait état d'aucune dette hypothécaire. Selon une note annexée à la déclaration, le prêt de la holding ne pouvait être qualifié de crédit immobilier, de sorte que le taux d'intérêt appliqué était celui prévu par l'AFC pour les crédits d'exploitation dans sa lettre circulaire du 25 février 2013 intitulée "taux d'intérêt 2013 admis fiscalement sur les avances ou les prêts en francs suisses" (ci-après: la lettre circulaire 2013), soit 3,75%.