Citation: 2C_394/2013 E. B

S'agissant de l'impôt sur le bénéfice et le capital, X.________ Service a déposé sa déclaration d'impôt pour les périodes 2005 et 2006. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'administration cantonale a procédé à un contrôle des comptes de X.________ Service pour ces périodes. Le 2 octobre 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure pour soustraction d'impôt à l'encontre de X.________ Service. Le 27 février 2009, l'Office d'impôt des personnes morales a, pour la période 2005 et s'agissant de l'impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et le capital imposable à 2'348'000 fr. L'Office d'impôt des personnes morales a fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 226'451,80 fr. Pour la même période et s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 90'491 fr. Le 27 mars 2009, X.________ Service a formé une réclamation contre cette décision. Le 24 mai 2011, l'Office d'impôt des personnes morales a, pour la période 2006 et s'agissant de l'impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et le capital imposable à 2'424'000 fr. L'Office d'impôt des personnes morales a fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 22'033,45 fr. Pour la même période et s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'Office d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et fixé le montant de l'impôt dû à ce titre à 6'417,50 fr. Le 6 juin 2011, X.________ Service a déposé une réclamation contre cette décision. Le 14 octobre 2011, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 27 mars 2009 et 6 juin 2011, et réformé les décisions des 27 février 2009 et 24 mai 2011. Pour la période 2005, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable à 1'044'300 fr., (au lieu de 1'064'600 fr.) pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que pour l'impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'186'900 fr. (au lieu de 2'348'000 fr.). Pour la période 2006, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable à 59'000 fr. (au lieu de 75'500 fr.) pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que pour l'impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'391'800 fr. (au lieu de 2'424'000 fr.). X.________ Service a recouru, en concluant à l'annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes.