Citation: 9C_565/2023 E. A

A.a. A.________ Sàrl (ci-après: la Société ou la contribuable), sise à U.________, a pour but toute activité dans le domaine immobilier, notamment la direction de travaux et l'entreprise générale. B.________ en est le gérant au bénéfice de la signature individuelle, tandis que sa fille, C.________ (D.________ entre 2010 et 2022), et son épouse, E.________, en sont les associées, titulaires respectivement de trois quarts et un quart des parts sociales. A.b. Comme l'un des comptes figurant au bilan de la Société, correspondant au compte courant de B.________ (ci-après: compte courant gérant) a augmenté de manière importante pendant les périodes fiscales 2011 et 2012, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'office) a notamment entendu B.________ le 21 août 2013. Expliquant que le compte courant gérant servait au remboursement de ses propres dettes, celui-ci s'est engagé, par courrier du 3 septembre 2013, à rembourser un montant de 50'000 fr. d'ici au 31 décembre 2014 à la Société. A.c. Par décisions de taxation des 2 septembre 2016 concernant les périodes fiscales 2013 à 2015, 21 mai 2021 pour la période fiscale 2016, 24 novembre 2021 pour la période fiscale 2017, 29 novembre 2021 pour la période fiscale 2018, et 1 er décembre 2021 pour la période fiscale 2019, l'office a taxé la Société tant en matière d'impôt fédéral direct (IFD) qu'en matière d'impôt cantonal et communal (ICC). Il s'est écarté de la comptabilité de celle-ci et a notamment refusé l'augmentation du compte courant gérant, en la qualifiant de distribution dissimulée de bénéfice sous forme de prêt simulé. Cette reprise impliquait une réduction correspondante du capital imposable et la reprise des intérêts prélevés par la Société. A.d. Par décision du 29 mars 2022, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'ACI) a admis partiellement les réclamations de la Société portant sur les périodes fiscales 2013 à 2015, en ce sens qu'elle a admis des provisions "pertes sur Mali" (relative à un commerce d'or entre la Suisse et le Mali) et la déduction des intérêts sur le prêt fictif du bénéfice imposable; elle a modifié en conséquence les décisions de taxation pour ces périodes. Elle a également déclaré la réclamation de la contribuable pour la période fiscale 2016 irrecevable pour cause de tardiveté et confirmé la décision de taxation 2016. Elle a par ailleurs rejeté les réclamations de la contribuable portant sur les périodes fiscales 2017 à 2019.