Citation: 2C_333/2007 22.02.2008 E. A

La société à responsabilité limitée de droit néerlandais X.________ (ci-après: X.________ ou la Société), dont le but est l'achat, la vente, la commercialisation et le courtage de matières premières, en particulier le pétrole brut, le gaz naturel et leurs dérivés, a son siège social à Rotterdam, aux Pays-Bas. Depuis le 23 mai 2003, elle a transféré ses bureaux à Curaçao. X.________ est détenue par la société X.________ Trading Group (Curaçao), elle-même détenue par le groupe X.________, dont le siège social se trouve à Tortola (Îles Vierges britanniques) et qui comprend quelque 120 sociétés actives sur trois continents. En juin 1989, X.________ a fait inscrire au registre du commerce de Genève une succursale sous le nom de "X.________, Rotterdam, succursale de Genève" (ci-après: X.________, succursale de Genève ou la Succursale), dont le but était d'acheter, vendre, échanger dans le domaine des matières premières, en particulier en rapport avec l'énergie, notamment du pétrole brut, du gaz et tous les produits dérivés. Jusqu'en 1999, X.________, succursale de Genève a fourni en fait des services aux sociétés membres du groupe X.________. En mai 2003, elle a changé sa raison sociale en "X.________, Curaçao, succursale de Genève". Conformément au courrier de l'Administration fiscale genevoise du 26 février 2001, depuis la période fiscale 2001 et pour une durée de cinq ans, X.________, succursale de Genève est au bénéfice des règles d'imposition cantonales relatives aux sociétés auxiliaires, de sorte que les dividendes et autres produits de participations qui ont nature de distribution de bénéfices sont exemptés de l'impôt sur le bénéfice. La société U.________ SA à Genève a été créée en 1986. En 1988, elle a été achetée par X.________, grâce à un prêt du groupe X.________, pour le prix - correspondant aux fonds propres de U.________ SA à l'époque - de 1'324'514 fr.; elle a été inscrite au registre du commerce sous le nom de S.________ SA (ci-après: S.________ ou la Filiale). Par décision du 4 mars 1997, le conseil d'administration de X.________ a attribué l'entier du capital-actions de S.________ à X.________, succursale de Genève. La participation apparaît dans les bilans de X.________, succursale de Genève depuis cette date. De 1989 à 1999, ayant transféré ses activités de services et son personnel à X.________, succursale de Genève, S.________ a eu pour seule activité l'octroi d'un prêt à celle-ci, qui s'élevait au 31 décembre 1999 au moment de son remboursement à 2'789'425 fr. Les intérêts de ce prêt s'élevaient à 76'260 fr. en 1996, 65'570 fr. en 1997, à 72'180 fr. en 1998 et à 61'065 fr. en 1999. Elle a ainsi réalisé un chiffre d'affaires de 77'810 fr. en 1997, de 82'421 fr. en 1998 et de 91'065 fr. en 1999. Son bénéfice reporté s'élevait à 2'059'701 fr. au 31 décembre 1997, à 2'119'676 fr. au 31 décembre 1998, à 2'155'718 fr. au 31 décembre 1999, à 2'512'324 fr. au 31 décembre 2000. X.________, succursale de Genève a été assujettie aux impôts directs cantonal et communal. Par convention du 31 décembre 1999, S.________ a repris une partie des activités et du personnel de X.________, succursale de Genève. Depuis cette date, S.________, qui s'est installée dans les locaux de X.________, succursale de Genève, qu'elle lui loue, rend des prestations de services internes (en matière comptable, fiscale, informatique, légale, d'audit et de gestion des ressources humaines) aux sociétés membres du groupe X.________ (selon nouvelle inscription au registre du commerce), en particulier à X.________, succursale de Genève.