Citation: 9C_261/2023 E. A

A.a. Die A.________ AG wurde am 12. Dezember 2013 mit Sitz in U.________/OW im Handelsregister des Kantons Obwalden eingetragen. Sie bezweckt das Erbringen von Logistiktätigkeiten im Bereich des Getreide- und Rohstoffhandels im Ausland sowie Beratungs-, Vermittlungs- und Finanzgeschäfte in diesem Bereich. Anlässlich der Eintragung der Gesellschaft wurde zugleich eine beabsichtigte Sachübernahme im Handelsregister eingetragen ( " Die Gesellschaft beabsichtigt nach der Gründung bis spätestens 31.12.2013 von der "C.________ AG" (CHE-106.261.663) mit Sitz in U.________ das gesamte Transportgeschäft inklusive der damit zusammenhängenden betriebsnotwendigen Finanzanlagen zu einem Maximalpreis von CHF 2'000'000.00 zu übernehmen."). Hauptaktionär und einziges Mitglied des Verwaltungsrats der A.________ AG war zunächst D.________. Die C.________ AG wurde am 7. März 1988 mit Sitz in V.________ im Handelsregister des Kantons Genf eingetragen. Im November 2013 verlegte die C.________ AG ihren Sitz nach U.________ und wurde in das Handelsregister des Kantons Obwalden eingetragen. Die C.________ AG bezweckt den Handel mit Getreiden und Rohstoffen im Ausland sowie Beratungs-, Vermittlungs- und Finanzgeschäfte in diesem Bereich. Der Verwaltungsrat der C.________ AG setzt sich zusammen aus E.________ (Präsident) und F.________ (Vizepräsidentin). Ausserdem war D.________ auch Hauptaktionär und einziges Mitglied des Verwaltungsrates der nach Sitzverlegung im Dezember 2013 mit Sitz in U.________ im Handelsregister des Kantons Obwalden eingetragenen G.________ AG. Diese Gesellschaft bezweckte das Erbringen von Management-, Führungs- und Beratungsdienstleistungen aller Art. A.b. Mit Schreiben vom 1. Oktober 2013 sowie Ergänzungen für D.________ vom 16. Oktober 2013 unterbreitete die Steuerberatungs- und Treuhandgesellschaft H.________ AG der Steuerverwaltung des Kantons Obwalden ein "Ruling i.S. C.________ SA, V.________". Gegenstand dieses Rulings war die steuerliche Beurteilung einer Transaktion im Rahmen der Nachfolgeplanung in Bezug auf die Obwaldner Kantons- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer. Die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden erklärte am 18. Oktober 2013 ihr Einverständnis mit dem "Ruling" inklusive der Ergänzungen vom 16. Oktober 2013. In der Folge verkaufte E.________ mit Kaufvertrag vom 30. November 2013 / 4. Dezember 2013 (mit Wirkung per 29. November 2013) bzw. 13./19. Dezember 2013 an D.________ 30 % der Aktien der C.________ AG für einen Kaufpreis von Fr. 9'000'000.-. Zur Begleichung des Kaufpreises gewährte E.________ ein Darlehen an D.________ über den Gesamtbetrag des Kaufpreises. Das Darlehen wurde längstens bis zum 31. Dezember 2016 gewährt. Sodann erwarb die A.________ AG mit Unternehmenskaufvertrag vom 13. Dezember 2013 (mit Übergang von Nutzen und Gefahr rückwirkend auf den 1. Dezember 2013) von der C.________ AG das Transportgeschäft mit allen damit verbundenen Aktiven und Passiven sowie Rechtsverhältnissen zu einem Preis von Fr. 1'850'000.- gegen ein Darlehen in der Höhe des Kaufpreises. Zugleich kaufte die C.________ AG von D.________ 30 % der eigenen Aktien für Fr. 1.- zurück. Ausserdem schloss die C.________ AG mit der G.________ AG am 30. November 2013 / 9. Dezember 2013 einen Management-Dienstleistungsvertrag (auf unbestimmte Dauer). Danach sollte die C.________ AG für Dienstleistungen der G.________ AG dieser pro Monat Fr. 50'000.- bezahlen. Der Vertrag sollte am 1. Dezember 2013 in Kraft treten. Mit Kaufvertrag vom 19. Dezember 2013 (mit Übergang von Nutzen und Gefahr per 16. Dezember 2013) brachte D.________ 100 % der Aktien an der G.________ AG zum Kaufpreis bzw. Einbringungswert von Fr. 5'050'000.- - basierend auf einer Unternehmensbewertung nach der Discounted Cash Flow-Methode (DCF-Methode) - gegen Darlehensgewährung mit separatem Darlehensvertrag in die A.________ AG ein. A.c. In der Veranlagungsverfügung 2013 (Steuerpflicht vom 12. bis am 31. Dezember 2013) betreffend die A.________ AG vom 30. Juni 2014 qualifizierte die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden das von D.________ gewährte Darlehen von Fr. 5'050'000.- in der Höhe von Fr. 2'344'345.- als verdecktes Eigenkapital und setzte das steuerbare Kapital dementsprechend auf Fr. 2'444'000.- fest. Gleichzeitig wies die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden darauf hin, dass die Aktien an der G.________ AG zu total Fr. 5'050'000.- (Verkehrswert Fr. 112'000.-) als Non-Valeur zu betrachten sei und allfällige Abschreibungen auf dieser Beteiligung sowohl bei der A.________ AG als auch bei D.________ privat aufgerechnet werden müssten. Des Weiteren erklärte die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden mit E-Mail vom 8. Oktober 2014, was folgt: "1. Das Ruling vom 1. Okt. 2013 entfaltet hinsichtlich Punkt 2.5 keine Wirkung. Eine Berechnung des Verkehrswerts von 5 Mio auf Basis eines mit 10% kapitalisierten Gewinns von 500'000 kann nicht vorgenommen werden. Da die C.________ SA ihre Tätigkeit eingestellt hat, entfallen Leistungsrechnungen der G.________ AG an die C.________ SA. Ein Gewinn bei der G.________ AG von 500'000 ist somit illusorisch und kann nicht als Basis für eine Verkehrswertberechnung dienen.