Citation: 4A_151/2016 E. B

B.a. Am 20. Februar 2012 reichte die B.________ AG beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage ein und beantragte, die A.________ AG sei zur Zahlung von Fr. 1 Mio. nebst Zins zu verurteilen. B.b. Mit Verfügung vom 3. Juni 2013 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Frage, ob die Voraussetzungen für eine Ersatzvornahme durch die B.________ AG gegeben waren. B.c. Mit Zwischenentscheid vom 18. September 2013 stellte das Handelsgericht des Kantons Bern fest, der B.________ AG habe in Bezug auf das von der A.________ AG gemäss Werkvertrag vom 21./28. Februar 2008 erstellte Werk ein Anspruch auf Ersatzvornahme zugestanden. Das Handelsgericht bejahte das Vorliegen eines Werkmangels (ungenügende Schichtdicke des Bodens, da unter 1.8 mm) und einer rechtzeitigen Mängelrüge, verneinte eine Genehmigung des Mangels und hielt fest, aufgrund der ausdrücklichen Verweigerung der Nachbesserung durch die A.________ AG habe die B.________ AG dieser keine Nachfrist zur Beseitigung des Mangels setzen müssen. B.d. Gegen diesen Zwischenentscheid erhob die A.________ AG Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil 4A_511/2014 vom 4. März 2015 teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es hob den Zwischenentscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 18. September 2013 auf und wies die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Das Bundesgericht erwog, das Handelsgericht habe zu Recht einen Mangel und eine (inhaltlich genügende) Mängelrüge bejaht sowie eine Genehmigung des Werks durch die B.________ AG verneint. Ob sich die A.________ AG hingegen ausdrücklich geweigert hatte, eine Verbesserung am Werk vorzunehmen, liess sich aufgrund unvollständiger Sachverhaltsfeststellungen nicht beurteilen. Zudem bejahte das Bundesgericht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs der A.________ AG, weil sich das Handelsgericht nicht mit deren Einwand befasst hatte, die B.________ AG habe anstatt einer Verbesserung des bestehenden Werks die Erstellung eines neuen Werks verlangt. B.e. Mit Zwischenentscheid vom 19. Januar 2016 stellte das Handelsgericht des Kantons Bern (erneut) fest, der B.________ AG habe in Bezug auf das von der A.________ AG gemäss Werkvertrag vom 21./28. Februar 2008 erstellte Werk ein Anspruch auf Ersatzvornahme zugestanden. Das Handelsgericht kam zum Schluss, die A.________ AG habe die verlangte vollständige Nachbesserung ausdrücklich verweigert, die Nachbesserungskosten seien nicht übermässig hoch und die B.________ AG sei berechtigt gewesen, die Erstellung eines neuen Werks zu verlangen.