Citation: 1C_594/2021 E. C

Par décisions du 20 février 2020, le Département du territoire du canton de Genève (ci-après: le Département) a octroyé à A.________ SA les autorisations de construire DD 109'974, DD 109'975, DD 109'976, DD 109'977 et DD 112'276. Ces autorisations ont nécessité une autorisation spéciale en vertu de l'art. 8 LFSP et mentionnent des dérogations aux art. 15 de la loi genevoise sur les eaux du 5 juillet 1961 (LEaux/GE; RSG L 2 05) et 24 LAT. Elles se fondent notamment sur le préavis favorable de la Commission consultative de la diversité biologique à une dérogation au sens des art. 13 et 6 LPRLac et sous réserve du transfert de l'installation lors de la mise en service du futur port du Vengeron, sur le préavis favorable de la Direction générale de l'agriculture et de la nature (sous conditions que les corps-morts soient déplacés dans le port du Vengeron lors de sa mise en service), sur le préavis favorable avec dérogations de la Direction des autorisations de construire, sur le préavis favorable avec dérogations de la Direction de la planification directrice cantonale et régionale, en application de l'art. 24 LAT et vu la nature provisoire du projet (durée limitée à cinq ans), sur le préavis favorable de l'Office cantonal de l'eau (l'OCEau) aux dérogations des art. 15 al. 3 LEaux et 41c al. 1 de l'ordonnance sur la protection des eaux du 28 octobre 1998 (OEaux - RS 814.201) (à condition que la barge concernée soit transférée dès la mise en service du port prévu au Vengeron) et sur le préavis favorable avec dérogations et sous conditions de la Commission des monuments, de la nature et des sites (à condition que les chaînes d'attache au corps-morts n'arrachent pas les herbiers des fonds lacustres, par un système de bouées intermédiaires par exemple). La commune de Cologny avait toutefois émis un préavis défavorable au motif qu'elle était opposée au stationnement de barges le long de cette rive et que cette zone n'était pas dédiée à l'amarrage de navires professionnels. Le 20 février 2020 aussi, l'OCEau a délivré à A.________ SA cinq autorisations spéciales au sens de l'art. 8 LFSP dans le cadre des procédures d'autorisation précitées. Ces autorisations spéciales portaient sur les mises en place de corps-morts pour les amarrages d'un bateau pousseur (DD 109'974; régularisation), de deux barges (DD 109'975 et DD 109'977; régularisations), de barges jumelées (DD 109'976) et d'un chaland noyeur (DD 112'976; régularisation) pour une durée provisoire de cinq ans dans le secteur de la Belotte, étant précisé que ces installations seraient déplacées au port du Vengeron lorsque celui-ci serait créé. Elles étaient délivrées sous trois conditions: - les travaux réalisés dans le lac devaient être effectués en dehors de la période allant du 1er avril au 31 mai; - toutes les mesures nécessaires devaient être prises durant les travaux afin d'éviter les atteintes au milieu aquatique du lac (pollution de l'eau, colmatage des fonds, dégâts sur la végétation aquatique et les rives etc.); - l'OCEau devait être averti au moins trois semaines avant le début des travaux.