Citation: 2C_199/2009 14.09.2009 E. D

L'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct et le Service cantonal des contributions forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et concluent à l'annulation de la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008, en tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal, sous suite de frais à la charge de X.________ SA. Partant, ils demandent au Tribunal fédéral de confirmer la décision de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005, subsidiairement de renvoyer l'affaire à la Commission cantonale de recours en matière fiscale pour nouvelle décision. Au terme de ses déterminations, X.________ SA conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais et dépens à la charge de l'Etat du Valais. La Commission cantonale de recours en matière fiscale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. L'Administration fédérale des contributions a déposé des observations et propose d'admettre le recours sous suite de frais.