Citation: 1C_333/2019 E. 3.1

3.1. En vertu de l'art. 11 al. 2 LPE, les pollutions atmosphériques, par quoi l'on entend les modifications de l'état naturel de l'air provoquées notamment par les odeurs (art. 7 al. 3 LPE; cf. FF 1979 III 778), sont limitées par des mesures prises à la source. La loi fédérale prévoit à cet égard une action à deux niveaux: des limitations fixées à titre préventif indépendamment des nuisances existantes, puis une limitation plus sévère des émissions s'il y a lieu de présumer que les atteintes, eu égard à la charge actuelle de l'environnement, seront nuisibles ou incommodantes. Pour les premières, il importe tout d'abord, à titre préventif, de limiter les émissions dans la mesure que permettent l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable (art. 11 al. 2 LPE). Des limitations fondées sur ces principes figurent dans des ordonnances qui fixent en particulier des valeurs limites d'émissions (art. 12 al. 1 let. a LPE) ou des prescriptions en matière de construction (art. 12 al. 1 let. b LPE). L'OPair comporte ainsi dans ses annexes 1 à 4 des dispositions relatives à la limitation préventive des émissions (cf. art. 3 OPair). Ces prescriptions s'appliquent aux nouvelles installations stationnaires (art. 3 al. 1 OPair), soit en particulier aux bâtiments et autres ouvrages fixes (art. 2 al. 1 let. a OPair), y compris les installations transformées, agrandies ou remises en état lorsque le changement laisse présager des émissions plus fortes ou différentes et lorsque l'on consent des dépenses supérieures à la moitié de ce qu'aurait coûté une nouvelle installation (art. 2 al. 4 Opair). S'agissant toujours des limitations préventives de base, le chiffre 512 de l'annexe 2 OPair impose, pour la construction d'une installation d'élevage traditionnel ou d'élevage intensif, le respect des distances minimales jusqu'à la zone habitée, requises par les règles de l'élevage. Une installation de biogaz érigée sur le bien-fonds destiné à l'élevage constitue une composante de l'installation d'élevage au sens de cette disposition (arrêt 1C_437/2009 du 16 juin 2010 consid. 6.3, in ZBl 2011 p. 209). Le chiffre 512, 2e phrase, annexe 2 OPair précise que "sont notamment considérées comme [règles de l'élevage] les recommandations de la Station fédérale de recherche d'économie d'entreprise et de génie rural". Il s'agit de la Station de recherche Agroscope Reckenholz-Tänikon, autrefois abrégée FAT, qui fait partie intégrante de l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) et qui a notamment pour tâches l'établissement de bases de décision pour la législation fédérale (art. 5 al. 1 let. b de l'ordonnance du 23 mai 2012 sur la recherche agronomique [ORAgr; RS 915.7]). Les règles édictant des distances minimales servent à maintenir la qualité de l'habitat des zones à bâtir voisines des zones agricoles (cf. art. 3 al. 3 let. b LAT [RS 700]). En même temps, la construction d'installations à des fins agricoles ne doit pas être rendue excessivement difficile dans la zone agricole (ATF 126 II 43 consid. 4a; arrêts 1C_534/2012 du 16 juillet 2013 consid. 3.1; 1C_306/2010 du 2 décembre 2010 consid. 3.2 et 3.3, in DEP 2011 p. 38). Pour les bâtiments situés en zone agricole, il appartient au maître d'ouvrage de démontrer qu'en vertu d'une pesée des intérêts dictée par l'art. 34 al. 4 let. b de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1), d'éventuels sites alternatifs ne seraient pas plus appropriés que le site choisi (arrêt 1C_437/2009 du 16 juin 2010 consid. 6.5). Le Rapport FAT n° 476 de 1996 "Distances minimales à observer pour les installations d'élevage d'animaux" est considéré depuis plus de vingt ans comme étant le document à valeur de recommandations au sens de l'OPair. En mars 2005, la FAT a mis en consultation en collaboration avec l'Office fédéral de l'environnement un projet de révision du rapport FAT n° 476. Vu les critiques auxquelles s'est heurté ce projet, celui ci a été retiré. Compte tenu du caractère déjà ancien du rapport FAT n° 476 (cf. ATF 133 II 370 consid. 6.2), les autorités se réfèrent toutefois régulièrement au projet de 2005. Si celui-ci, retiré, ne saurait avoir valeur de recommandation en lieu et place du rapport de 1996, la jurisprudence considère qu'il convient toutefois de s'en inspirer dans la mesure utile (arrêts 1C_260/2016 du 6 juin 2017 consid. 3.6, in DEP 2018 p. 22; 1C_318/2017 du 11 juillet 2018 consid. 5.1). En mars 2018, Agroscope a édité, sur mandat de l'OFEV et de l'OFAG, un nouveau document (Environnement Agroscope Science n° 59) intitulé "Bases relatives aux odeurs et à leur propagation, nécessaires pour déterminer les distances à observer par les installations d'élevage". Agroscope indique que ce document a été élaboré selon une procédure analogue à celle d'une aide à l'exécution. L'OFEV confirme que ce document fait office de "recommandation - parmi d'autres - au sens du chiffre 512 annexe 2 OPair destinée aux autorités d'exécution, à l'instar du projet de révision 2005". Selon la jurisprudence, les mesures de limitation préventive des émissions fondées sur l'art. 11 al. 2 LPE ne doivent pas être appliquées de manière rigide et absolue, mais dans le respect du principe de la proportionnalité garanti notamment par cette disposition, en particulier lorsqu'elles empêcheraient une exploitation normale de l'installation polluante. Dans cette perspective, l'autorité chargée d'appliquer les prescriptions du chiffre 512 de l'annexe 2 OPair ne saurait faire abstraction des circonstances concrètes en exigeant impérativement que la distance minimale soit respectée par rapport à la limite de la zone habitée voisine (arrêts 1P.336/1996 du 25 novembre 1996 consid. 3d, in DEP 1997 p. 205; 1C_289/2018 du 8 juillet 2019 consid. 2 et 3.3; 1C_318/2017 du 11 juillet 2018 consid. 6.1). En tout état, le Tribunal fédéral procède, lorsque les griefs en ce sens présentent une certaine pertinence, au contrôle du bien-fondé de l'application de telles règles (cf. arrêt 1A.275/2006 du 23 juillet 2007).