Citation: 1C_249/2015 E. B

B.a. Le 24 août 2011, B.________ SA a déposé une demande définitive d'autorisation de construire portant sur la partie sud de l'immeuble A prévu sur les parcelles n os 10444 et 10445, sises au 4, chemin du Jonc à Meyrin. Avant d'être intégrées au PLQ n° 29'662, adopté en 2010, ces parcelles étaient englobées dans les limites du PLQ n° 25'769 (ci-après, également: PLQ 1966), adopté en 1966. Cette demande de permis de construire portait notamment sur la création de vingt logements de type ZD PPE (propriété par étages en zone de développement) et la construction d'un garage souterrain ainsi que sur la pose de panneaux solaires en toiture. La constructrice a par ailleurs sollicité du DALE la possibilité de transférer, en faveur du bâtiment A, 588 m 2 des droits de propriété par étages d'une construction en cours au chemin Ihly, sur le territoire de la Commune de Lancy; en contrepartie, le quota de 30 % de logements sociaux exigés dans le cadre de la réalisation du bâtiment A serait imputé sur ladite construction de Lancy. Cette proposition a été acceptée par l'Office du logement (OLO, devenu depuis l'office cantonal du logement et de la planification foncière [ci-après: OCLPF]). Dans le cadre de l'instruction, la Direction des plans d'affectation et requêtes a approuvé l'édification d'un étage supplémentaire, ainsi que l'octroi du bonus de 10% de SBP supplémentaire prévu par la législation cantonale en cas de construction à haut standard énergétique. A ce propos, la Commune de Meyrin, dans son préavis du 1 er novembre 2011, a requis que ce bonus ne soit pas octroyé au détriment des gabarits imposés par le PLQ. Les autres services de l'Etat consultés ont, dans leur ensemble, également émis des préavis favorables ou favorables sous conditions. Le 30 novembre 2012, le département a autorisé l'application des normes de la troisième zone au bâtiment à construire. Par décision du 15 janvier 2013, publiée dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (FAO) le 22 janvier 2013, le département a délivré l'autorisation de construire sollicitée. B.b. Le 21 avril 2011, la société D.________ SA a déposé une demande définitive d'autorisation de construire portant sur l'autre partie du bâtiment A (ci-après: bâtiment A') prévue sur la parcelle n° 10446, sise aux 6 et 6A, chemin du Jonc. Ce projet vise la construction de dix-huit logements de type HM (immeuble à catégorie mixte; aide de l'Etat variable en fonction du revenu des locataires) et douze de type ZD PPE. Les services consultés ont délivré des préavis positifs, parfois sous conditions. L'OCLPF s'est en particulier montré favorable au projet, les 10 juillet 2012 et 19 février 2013, rappelant également que le projet A' implique la concrétisation de la part de logements HM (30 %) non réalisée au chemin des Sapins (projet B; voir ci-dessous let. B.c). Quant à la commune, elle a, dans son préavis du 10 juillet 2012, réitéré ses remarques formulées pour le bâtiment A. Par arrêté du 6 mars 2013, le département a autorisé l'application des normes de la troisième zone au projet de construction. Par décision du 7 mai 2013, publiée dans la FAO du 14 mai 2013, le DALE a délivré l'autorisation de construire requise. B.c. Le 21 avril 2011, Eric Lauper a déposé auprès du département une demande définitive d'autorisation de construire la partie nord-ouest du bâtiment B sur les parcelles n os 10447 et 10448, sises aux 17 et 19, chemin des Sapins, dont il est propriétaire. Ce projet comporte 15 logements de type ZD PPE. Dans le cadre de ce projet, la commune a renvoyé à ses précédents préavis; les autres services de l'Etat ont préavisé favorablement - voire sous conditions - le projet. Les 22 juin et 27 novembre 2012, l'OCLPF a notamment accepté que les 30 % de logements sociaux non réalisés dans ce projet soient reportés sur le bâtiment A' en plus du minimum légal applicable à ce dernier. Dans le cours de l'instruction, un avant-projet d'aménagement, du 8 juillet 2012, portant sur la réalisation de la place centrale de verdure et de détente prévue par le PLQ, a par ailleurs été versé au dossier. Le département a autorisé l'application au projet des normes de la troisième zone par arrêté du 10 janvier 2013. Il a par ailleurs, le 13 février 2013, délivré l'autorisation de construire sollicitée.