Citation: 1C_89/2020 E. B

B.a. Après que, le 25 janvier 2016, un tiers avait dénoncé la recourante au Département, un inspecteur dudit Département s'est rendu sur les lieux le 16 février 2016, constatant à cette occasion que, lors de l'édification des villas et de leurs annexes, des murs et des clôtures avaient été construits sans autorisation sur l'ensemble des trois parcelles. Un mur avait ainsi été érigé à front du chemin Naville, dépassant, à certains points, 2 mètres de hauteur. Des aménagements extérieurs avaient aussi été réalisés alors que ces éléments ne figuraient pas au dossier autorisé. Conformément à l'ordre adressé le 24 mars 2016 par le Département à B.________, architecte en charge du projet, A.________ SA a déposé le 28 avril 2016 une demande d'autorisation complémentaire pour la construction d'un mur en limite de propriété ainsi que pour les modifications des aménagements extérieurs. B.b. Lors de l'instruction effectuée par le Département, la demande a fait l'objet de préavis défavorables de la Commission d'architecture du Département ainsi que de la commune de Chêne-Bougeries. La Direction générale de l'agriculture et de la nature (DGAN) a préavisé favorablement la demande, sous conditions. Quant au Service de l'air, du bruit et des rayonnements non ionisants (SABRA) de la Direction générale de l'environnement, il a relevé que les valeurs d'exposition au bruit étaient respectées et que dès lors la construction de murs n'était pas obligatoire au regard des exigences en matière de protection contre le bruit. Par décision du 28 mars 2017, le Département a refusé l'autorisation de construire sollicitée. Par décision du 14 septembre 2017, il a en outre ordonné à A.________ SA la suppression des murs grillagés en limite de propriétés avec les parcelles n° 976 et 1716 ainsi que le long du chemin Naville, lui infligeant par ailleurs une amende administrative de 5000 francs. B.c. Par jugement du 22 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (TAPI) a rejeté les recours formés par A.________ SA contre les décisions des 28 mars 2017 et 14 septembre 2017. Saisie d'un recours de A.________ SA contre ce jugement, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise l'a rejeté par arrêt du 17 décembre 2019.