Citation: 4A_561/2017 E. A

A.a. Z.________ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a travaillé pour la société X.________ Sàrl (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse) en qualité de menuisier à compter du mois d'août 2008, à raison de 42,5 heures par semaine, activité qu'il a complétée par celle de responsable technique du département de menuiserie dès le mois d'avril 2011. Selon le contrat de travail, l'employé a droit à quatre semaines de vacances par année et, pour une activité de 42,5 heures par semaine, à une rémunération horaire de 28 fr., qui a ensuite augmenté progressivement à 31 fr. 50, hors vacances, treizième salaire et jours fériés. Le contrat mentionne encore que " l'employé a droit à son salaire total durant les vacances ". A.b. Sur les fiches de salaire de l'employé figure le versement, en sus du salaire de base, de 8,33% pour le droit aux vacances, 8,33% pour le treizième salaire et 2,11% pour les jours fériés. L'employeuse considère qu'il s'agit d'une modification tacite du contrat de travail, en ce sens que le salaire afférent aux vacances aurait été intégré au salaire périodique. L'employé a effectivement pris ses vacances en nature, mais il estime que les conditions pour inclure le salaire afférent aux vacances dans le salaire périodique ne sont pas remplies. A.c. En juillet 2013, l'employeuse a proposé à l'employé de reprendre à son compte le département menuiserie, dont elle avait décidé de se défaire. Celui-ci a accepté, mais les démarches entreprises en ce sens ont échoué. Considérant l'accord de reprise comme caduc faute de paiement, l'employeuse a estimé que l'employé avait mis un terme aux relations de travail en déclarant travailler à son compte et ne lui a plus versé de salaire à compter du mois d'août 2013.