Citation: 9C_361/2024 E. A

A.a. Unter der Firma "Schweizerische Bundesbahnen SBB, Chemins de fer fédéraux CFF, Ferrovie federali svizzere FFS" (nachfolgend: die Steuerpflichtige) besteht eine spezialgesetzliche Aktiengesellschaft mit Sitz in Bern (Art. 2 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1998 über die Schweizerischen Bundesbahnen [SBBG; SR 742.31]). Die Steuerpflichtige bzw. ihre Rechtsvorgängerin ist seit dem 1. Januar 1995 in dem von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) geführten Register der Inlandsteuerpflichtigen eingetragen. Sie rechnet die Mehrwertsteuer quartalsweise und nach vereinbarten Entgelten ab. A.b. Die ESTV unterzog die Steuerpflichtige ab dem 14. Oktober 2019 und dann wieder ab dem 20. Januar 2020 einer externen Kontrolle. Kontrolliert wurden die Steuerperioden 2013 bis 2018. A.c. Die Kontrolle führte zunächst, einzig betreffend die Steuerperiode 2013, zur Einschätzungsmitteilung Nr. 129'731 vom 24. November 2020 (nachfolgend: erste Einschätzungsmitteilung). Dieser zufolge ergab sich eine Forderung zugunsten der Eidgenossenschaft von Fr. yyy. Die ESTV hatte hierzu aus dem Kreis der rund 1'800 Bauprojekte eine Auswahl von 184 Projekten getroffen und diese näher untersucht. Dabei habe sich gezeigt, so die ESTV, dass die Vorsteuerabzüge und die Korrekturen der Vorsteuerabzüge in den Quartalsabrechnungen zwar an sich zutreffend vorgenommen worden seien. So habe die Steuerpflichtige, wenn die Objekte gemischt verwendet würden, üblicherweise einen ungewichteten Quadratmeterschlüssel und vereinzelt einen ungewichteten Kubikmeterschlüssel herangezogen. Dies erlaube grundsätzlich sachgerechte Ergebnisse. Was aber das Bauprojekt "A.________" in U.________/ZH betreffe, hielt die ESTV in der Einschätzungsmitteilung fest, wäre eine Gewichtung anhand des Ausbaustandards am Platz gewesen. Insofern führe die von der Steuerpflichtigen geübte Herangehensweise zu keinem sachgerechten Ergebnis. Die getätigten Kürzungen seien ungenügend und erwiesen sich um Fr. yyy als zu niedrig. Dieser Betrag sei nachzubelasten. Anlässlich einer gemeinsamen Besprechung vom 21. Januar 2021 zwischen der Steuerpflichtigen und der ESTV kam unter anderem die Frage auf, zu welchem Zeitpunkt der Vorsteuerabzug - stets in Bezug auf das streitbetroffene Projekt "A.________" - zu korrigieren gewesen wäre. Die ESTV räumte ein, dass die "definitive Vorsteuerkorrektur" zwar mit Bezug auf die Steuerperiode 2014 berechnet, jedoch fälschlicherweise in der Einschätzungsmitteilung vom 24. November 2020 (betreffend die Vorperiode 2013) berücksichtigt worden sei. Aus diesem Grund werde die Korrektur (Nachbelastung von Fr. yyy) grundsätzlich von der ersten Einschätzungsmitteilung in die noch zu erstellende Einschätzungsmitteilung zu den weiteren kontrollierten Steuerperioden zu überführen sein. Auf diese Weise wollte die ESTV die periodenkonforme Belastung nachholen. A.d. Im weiteren Verlauf erliess die ESTV am 12. März 2021, nunmehr betreffend die noch ausstehenden Steuerperioden 2014 bis 2018, die Einschätzungsmitteilung Nr. 129'733 (nachfolgend: zweite Einschätzungsmitteilung). Diese wies eine Forderung zugunsten der Eidgenossenschaft von Fr. yyy aus. Die Nachbelastung stand im Zusammenhang mit verschiedenen (weiteren) Korrekturen. Davon, dass der Betrag von Fr. yyy in die vorliegende zweite Einschätzungsmitteilung überführt worden sei bzw. in eine noch zu treffende Einschätzungsmitteilung zu überführen sein werde, wie dies am 21. Januar 2021 angekündigt worden war, war keine Rede. Die Steuerpflichtige hatte die mutmasslich geschuldete Zahlung vorweggenommen, um Verzugszinsen zu vermeiden. So hatte sie im Dezember 2020 vorsorglich die sich abzeichnenden Nachbelastungen beglichen, wenn auch "unter Vorbehalt". Nachdem die zweite Einschätzungsmitteilung erstellt worden war, überwies die Steuerpflichtige den verbliebenen Differenzbetrag. Auch dies tat sie unter Vorbehalt. A.e. Mit E-Mail vom 18. Juni 2021 erklärte die ESTV, dass das streitbetroffene Bauprojekt ("A.________") zwar im Jahr 2012 abgeschlossen worden sei, dass die definitive Bauabrechnung aber erst im Jahr 2014 vorgelegen habe, weshalb die definitive Vorsteuerkorrektur in der Steuerperiode 2014 vorzunehmen sei. Wenngleich die Nachbelastung (Fr. yyy) per Steuerperiode 2014 ermittelt worden sei, sei diese, wie bekannt, in die erste Einschätzungsmitteilung aufgenommen worden. Es bleibe, die Nachbelastung in die zweite Einschätzungsmitteilung zu überführen (und sie aus der ersten Einschätzungsmitteilung "herauszunehmen"). Dies könne allerdings nur geschehen, so lange die beiden Einschätzungsmitteilungen (noch) nicht rechtskräftig seien. Betragsmässig ergebe sich durch die Übertragung keine Änderung, einzig der Verzugszins sei neu zu berechnen. Deshalb frage sich, so die ESTV im E-Mail vom 18. Juni 2021, ob die Steuerpflichtige vom Erlass zweier neuer (korrigierter) Einschätzungsmitteilungen abzusehen bereit sei. Die Steuerpflichtige schloss sich diesem Vorschlag nicht an: Mit E-Mail vom 19. Oktober 2021 hielt sie an ihrem Vorbehalt fest und ersuchte sie um eine einlässlich begründete Verfügung. A.f. Nach verschiedenen weiteren Kontakten anerkannte die Steuerpflichtige am 25. Mai 2022 schliesslich die zweite Einschätzungsmitteilung ausdrücklich und vorbehaltlos. Zur ersten Einschätzungsmitteilung gab sie zu verstehen, dass sie nach wie vor eine einlässlich begründete Verfügung erwarte, die sich unter anderem zum Zeitpunkt der Korrektur des Vorsteuerabzugs äussere. Die ESTV hielt am 11. August 2022 in einem Schreiben fest, dass die zweite Einschätzungsmitteilung - aufgrund der vorbehaltlosen Anerkennung durch die Steuerpflichtige - in Rechtskraft erwachsen sei. Was die "definitive Vorsteuerkorrektur" angehe, wie sie am 21. Januar 2021 besprochen worden sei, wäre diese bekanntlich in der Steuerperiode 2014 zu treffen gewesen. Sie gedenke, den Mangel, gestützt auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, "im Rahmen einer Wiedererwägung wegen offensichtlichen Veranlagungsfehlern" zu korrigieren und die definitive Vorsteuerkorrektur wiedererwägungsweise in die zweite Einschätzungsmitteilung zu übertragen. Mit Schreiben vom 30. August 2022 teilte die Steuerpflichtige der ESTV mit, dass sie eine Wiedererwägung als unzulässig erachte. Weder liege ein offensichtliches Versehen der ESTV vor noch sei es zutreffend, die streitbetroffene Nachbelastung (erst) in der Steuerperiode 2014 vorzunehmen. Die Generalunternehmerin habe ihre Schlussabrechnung im November 2012 vorgelegt, weswegen die "definitive Vorsteuerkorrektur" in der Steuerperiode 2013 habe vorgenommen werden können. A.g. Daraufhin erliess die ESTV am 17. November 2022 zwei separate Verfügungen, je eine zur Steuerperiode 2013 bzw. zu den Steuerperioden 2014 bis 2018. Soweit hier noch von Interesse, hob sie die in der ersten Einschätzungsmitteilung berücksichtigte Nachbelastung in der ersten Verfügung auf und übertrug sie den streitbetroffenen Betrag von Fr. yyy widerrufsweise in die zweite Verfügung. Dabei ordnete sie die Korrektur nun der Steuerperiode 2014 zu. Die ESTV erklärte, die streitige "definitive Vorsteuerkorrektur" sei "entgegen der Praxis der ESTV" bereits bezüglich der Steuerperiode 2013 berücksichtigt worden, wenngleich richtigerweise massgebend wäre, "in welchem Zeitpunkt alle Rechnungen der Leistungserbringer vorliegen". Tatsächlich habe die Steuerpflichtige die letzten Rechnungen erst im Jahr 2014 empfangen, weshalb die definitive Vorsteuerkorrektur auch erst in der Steuerperiode 2014 habe ermittelt werden können. Das von der Steuerpflichtigen gewählte Vorgehen erscheine "unter den gegebenen Umständen als rechtsmissbräuchlich". A.h. Die Steuerpflichtige liess die erste Verfügung (jene betreffend die Steuerperiode 2013) unbestritten, worauf diese in Rechtskraft erwuchs. Hinsichtlich der zweiten Verfügung (Steuerperioden 2014 bis 2018) erhob sie am 3. Januar 2023 Einsprache. Im Einspracheentscheid vom 9. Juni 2023 hielt die ESTV an ihrem Standpunkt fest.