Citation: 2C_426/2007 22.11.2007 E. A

Les sociétés A.________ SA, B.________ AG et C.________ SA (ci-après: les Sociétés), toutes sises à X.________, sont des entreprises familiales actives dans le domaine de la construction. Elles sont immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. Les Sociétés font partie de consortiums qui sont eux-mêmes inscrits dans ce registre. Il n'existe pas d'assujettissement de groupe pour l'ensemble des Sociétés et des consortiums auxquels elles participent. Un contrôle externe de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale), reporté à plusieurs reprises, a été fixé au 29 octobre 2001. Durant la nuit du 16 au 17 septembre 2001, les Sociétés ont été victimes d'un cambriolage lors duquel le coffre-fort contenant les supports informatiques de leurs archives comptables relatives aux années 1992 à 2000 a été dérobé. Le coffre-fort, fracturé, a été retrouvé par la police. Endommagés, les supports informatiques se sont révélés inutilisables. Les auteurs du cambriolage ont été identifiés et condamnés par jugement du Tribunal d'arrondissement de Bienne-Nidau du 24 octobre 2006. Ayant été informée de ce que les documents comptables ne pouvaient plus lui être présentés, l'Administration fédérale a annulé le contrôle sur place. En novembre et décembre 2001, l'Administration fédérale a effectué un contrôle des consortiums dont les Sociétés faisaient partie et dont les comptes étaient tenus par l'une d'entre elles. Par courriers du 12 février 2002, l'Administration fédérale a informé les Sociétés de ce que l'autorisation de décompter selon les prestations reçues, qui leur avait été donnée le 10 septembre 1996, était révoquée avec effet au 1er janvier 1995, du fait que, depuis leur immatriculation au registre des contribuables TVA, elles avaient toujours tenu des comptes créanciers (fournisseurs) et débiteurs (clients). Le 12 février 2002 également, l'Administration fédérale a émis, pour chacune des Sociétés, deux décomptes complémentaires portant sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, dont l'un concernait la rectification du chiffre d'affaires imposable et l'autre celle de la déduction de l'impôt préalable (le 5 avril 2002, elle a établi un autre décompte complémentaire [no 261'517] relatif à la déduction de l'impôt préalable de la société B.________ AG): A.________ SA DC 261'509 chiffre d'affaires Fr. 818'967.-- A.________ SA DC 261'510 impôt préalable Fr. 2'786'330.-- B.________ AG DC 261'511 chiffre d'affaires Fr. 199'889.-- B.________ AG DC 261'512 impôt préalable Fr. 419'859.-- B.________ AG DC 261'517 impôt préalable Fr. 80'428.-- C.________ SA DC 261'513 chiffre d'affaires Fr. 96'827.-- C.________ SA DC 261'514 impôt préalable Fr. 218'680.-- Total Fr. 4'620'980.-- S'agissant du chiffre d'affaires, l'Administration fédérale s'est fondée sur les bouclements établis pour les impôts directs (cf. rapport de révision du 3 septembre 2004, pièce no 23 du dossier de l'intimée). Les reprises d'impôt ont été calculées sur la différence entre les montants ressortant de ces documents et ceux figurant sur les décomptes de TVA trimestriels. Selon les Sociétés, ces différences s'expliqueraient pour l'essentiel comme suit (cf. les tableaux récapitulatifs pour les années 1995 à 2000 des "réconciliations des chiffres d'affaires" [Umsatzabstimmungen], pièces nos 124, 135 et 136 des recourantes): - pour les trois Sociétés, les montants ressortant du compte de résultats comprendraient des chiffres d'affaires provenant d'opérations internes au groupe A.________ (mise à disposition de personnel et de machines), que les Sociétés considéraient comme non soumis à la TVA et qu'elles n'ont ainsi pas fait figurer dans les décomptes de TVA trimestriels; - pour A.________ SA, le compte de résultats engloberait la part lui revenant des chiffres d'affaires de consortiums auxquels elle participait, montants qui ne figurent pas non plus dans les décomptes de TVA trimestriels de cette société, mais bien dans ceux des consortiums concernés (qui constituent eux-mêmes des contribuables TVA). Au demeurant, il était indiqué sur les décomptes complémentaires relatifs au chiffre d'affaires que les montants repris incluaient les sommes dues par les débiteurs au 31 décembre 2000. Sur ceux qui se rapportaient à l'impôt préalable, il était mentionné que les reprises correspondaient à l'intégralité des montants d'impôt préalable figurant dans les décomptes de TVA trimestriels, dont la déduction était ainsi refusée. L'Administration fédérale se disait toutefois disposée à établir des avis de crédit, si les Sociétés parvenaient à établir les montants d'impôt préalable déductible. Par courrier du 26 mars 2002, les Sociétés ont contesté les décomptes précités (à l'exception du décompte no 261'517, postérieur à cette date).