Citation: 8C_325/2022 E. 5.1

5.1. En l'espèce, la cour cantonale a dans un premier temps distingué la règlementation en matière de transport public régional de voyageurs de celle applicable en matière de transport urbain. S'agissant du transport régional, elle a relevé que les entreprises de transports publics soumettaient aux commanditaires des offres pour deux années d'horaires et y attestaient pour chaque ligne les coûts planifiés ainsi que les produits attendus issus de la vente de titres de transport; les commanditaires (Confédération et cantons) indemnisaient, selon une clé de répartition prédéfinie (art. 30 de la loi du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs [LTV; RS 745.1]), les coûts non couverts conformément aux offres (art. 28 al. 1 LTV). En cas d'écart entre les coûts planifiés et les produits, les excédents éventuels étaient attribués à raison d'au moins deux tiers à une réserve à affectation obligatoire. Cette réserve spéciale ne pouvait être utilisée que pour éponger d'éventuels futurs déficits (cf. art. 36 LTV). Pour l'année 2020, le déficit planifié s'élevait à 5'987'836 fr. et devait être pris en charge à hauteur de 47 % par la Confédération et de 53 % par le canton de Vaud (cf. art. 8 de la convention de subventionnement entre le canton de Vaud et la recourante relative à l'offre sur les prestations du secteur du trafic régional des voyageurs [TRV] et son indemnisation, applicable à la période d'horaire 2020/2021). En matière de transport urbain, la cour cantonale a relevé que les prestations de transport n'étaient pas indemnisées par la Confédération, mais par les cantons et les communes, en fonction de la législation spécifique à chaque canton. Dans le canton de Vaud, la participation cantonale était, conformément à l'art. 18 de la loi cantonale du 11 décembre 1990 sur la mobilité et les transports publics (LMTP; BLV 740.21), limitée à 50 % du déficit d'exploitation au plus, mais elle ne pouvait pas dépasser au maximum la somme des montants suivants: le 50 % des intérêts des emprunts, garantis par l'État et les communes; le 50 % des amortissements comptables des installations et équipements; et le 12,5 % des autres charges d'exploitation, y compris les intérêts sur les engagements courants. Le solde des coûts était à la charge des communes, après déduction de l'intégralité des recettes (cf. art. 17 LMTP). Pour l'année 2020, le déficit planifié s'élevait à 114'253'617 fr. et devait être pris en charge à hauteur de 29'094'951 fr. par le canton de Vaud, le solde étant à la charge des communes (cf. art. 5 de la convention de subventionnement entre le canton de Vaud et la recourante relative à l'offre sur les prestations du secteur du trafic local [urbain] des voyageurs et son indemnisation, applicable à l'année d'horaire 2020). Les lignes de trafic urbain en site propre, telles que les lignes B.________ et C.________, étaient assimilées, conformément à l'art. 7 al. 3 let. a LMTP, aux lignes de trafic régional. D'après l'art. 15 al. 1 LMTP, les communes participaient à raison de 30 % à la subvention d'exploitation des lignes de trafic régional, le solde étant à la charge de l'Etat. Pour l'année 2020, le déficit planifié s'élevait à 32'107'624 fr. et devait être pris en charge à hauteur de 22'475'337 fr. par le canton de Vaud et de 9'632'287 fr. par les communes (cf. art. 5 et 13 de la convention de subventionnement entre le canton de Vaud et la recourante relative à l'offre sur les prestations du secteur urbain en site propre des voyageurs pour les métros et son indemnisation, applicable à l'année d'horaire 2020).