Citation: 4A_401/2008 E. 6

Il ricorso deve pertanto venir accolto. La sentenza impugnata viene annullata e la causa rinviata alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino affinché statuisca sul merito della controversia. Tenuto conto della particolarità della vertenza si può prescindere dal prelievo di spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 seconda frase LTF), mentre le ripetibili vengono compensate, dato che entrambe le parti risultano vincenti dinanzi al Tribunale federale (cfr. sentenza 4A_237/2007 del 28 settembre 2007 consid. 6). Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia: