Citation: 2C_688/2021 E. B

B.a. Mangels einer ordnungsgemäss geführten und vollständigen Buchhaltung wurde die Pflichtige mit Verfügung vom 7. Dezember 2017 androhungsgemäss nach pflichtgemässem Ermessen veranlagt. Ihr wurden Nachsteuern samt Zins von Fr. 1'537'623.65 (Staats- und Gemeindesteuern 2001-2009) und Fr. 788'502.-- (direkte Bundessteuer 2001-2009) auferlegt. Die hiergegen erhobene Einsprache vom 29. Januar 2018 hiess das kantonale Steueramt am 11. August 2020 teilweise gut und setzte die Nachsteuer bei der Staats- und Gemeindesteuer auf Fr. 1'248'973.20 und bei der direkten Bundessteuer auf Fr. 697'209.30 herab. Zugleich stellte es das Nachsteuerverfahren für die Steuerperioden 2001-2004 infolge Verjährung ein. B.b. Hiergegen erhob A.________ AG (in Liquidation) am 30. September 2020 Rekurs und Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. In prozessualer Hinsicht beantragte die A.________ AG (in Liquidation), dass ihr der Revisionsbericht des Steueramts vom 30. März 2017 zur allfälligen Ergänzung ihrer Rechtsmitteleingaben zuzustellen sei. Mit Eingabe vom 30. Oktober 2020 ergänzte A.________ AG (in Liquidation) ihre Rekurs- und Beschwerdeschrift und bat darum, das Beweisverfahren für weitere Nachforschungen offenzuhalten. Mit Rekurs- bzw. Beschwerdeantwort vom 20. November 2020 beantragte das Steueramt die Abweisung der Rechtsmittel. Am 24. November 2020 setzte das Verwaltungsgericht der A.________ AG (in Liquidation) Frist bis am 24. Dezember 2020 für eine freiwillige Vernehmlassung zur Rekurs- und Beschwerdeantwort des Steueramts und zum Revisionsbericht vom 30. März 2017. Die Frist wurde anschliessend aufgrund eines Fristerstreckungsgesuchs bis zum 31. März 2021 erstreckt. Mit Poststempel vom 6. April 2021 reichte die A.________ AG (in Liquidation) schliesslich eine Stellungnahme (datierend vom 31. März 2021) mit weiteren Beweismitteln ein. Das Verwaltungsgericht hielt diese Eingabe für verspätet. Mit Urteil vom 16. Juni 2021 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Rechtsmittel der A.________ AG (in Liquidation) in Bezug auf die Steuerjahre 2006-2009 ab. Bezüglich das Steuerjahr 2005 hiess es die Rechtsmittel infolge Verjährung gut. Es setzte die Nachsteuern für die Staats- und Gemeindesteuern 2006-2009 neu auf Fr. 1'097'257.05 (samt Zins) und für die direkte Bundessteuer 2006-2009 neu auf Fr. 613'203.90 (samt Zins) fest.