Citation: 2C_857/2009 17.05.2010 E. C

Die X.________ Holding AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Dezember 2009 - welche sich sowohl gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 30. September 2009 betreffend die direkten Bundessteuern (SB.2009.00045; Verfahren 2C_857/2009) als auch gegen den gleichentags ergangenen separaten Entscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (SB.2009.00044; Verfahren 2C_856/2009) richtet -, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich sowie die Einspracheentscheide und Veranlagungsverfügungen der Kantonalen Steuerverwaltung Zürich seien aufzuheben. Die Beschwerdeführerin sei für die direkte Bundessteuer 2003 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 62'742'500.-- und für die direkte Bundessteuer 2004 mit einem solchen von Fr. 56'317'556.-- einzuschätzen. Es sei festzustellen, dass die im Jahre 2004 an die Beschwerdeführerin ausgerichtete Dividende von Fr. 16'764'400.-- eine zum Beteiligungsabzug berechtigende Ausschüttung sei und das Steueramt Zürich sei anzuweisen, den Beteiligungsabzug für die direkte Bundessteuer 2004 entsprechend neu zu berechnen. Eventualiter sei die Beschwerdeführerin für die direkte Bundessteuer 2003 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 79'506'900.-- einzuschätzen, es sei festzustellen, dass die Dividende von Fr. 16'764'400.-- eine zum Beteiligungsabzug berechtigende Ausschüttung sei und es sei das Steueramt Zürich anzuweisen, den Beteiligungsabzug für die direkte Bundessteuer 2003 entsprechend neu zu berechnen. Ferner sei die Beschwerdeführerin für die direkte Bundessteuer 2004 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 39'553'156.-- einzuschätzen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (2. Abteilung) stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das kantonale Steueramt Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten.