Citation: 2C_631/2017 E. A

A.a. Die B.________ AG mit Sitz in U.________/ZG reichte am 18. Dezember 2006 die Steuererklärung für das Steuerjahr 2005 ein und deklarierte einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 5'859'609.--. Im Laufe des Jahres 2007 reichte sie die Steuererklärung für das Steuerjahr 2006 ein und deklarierte einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 3'028'073.--. Beide Gewinne waren darauf zurückzuführen, dass die B.________ AG aus der Rückgabe bzw. dem Verkauf von Anteilen an der C.________ GmbH mit Sitz in Deutschland, die im Jahr 2006 in die D.________ AG umgewandelt und an der Börse kotiert wurde, einen Kapitalgewinn von Fr. 7'790'687.-- (2005) bzw. Fr. 1'537'997.-- (2006) verbucht hatte. A.b. Mit Fusionsvertrag vom 18. Juni 2008 übernahm die A.________ AG mit Sitz in U.________/ZG das gesamte Gesellschaftsvermögen mit allen Aktiven und Passiven ihrer Tochtergesellschaft B.________ AG rückwirkend per 1. Januar 2008. Am 27. Juni 2008 reichte sie rektifizierte Steuererklärungen für die Jahre 2005 und 2006 der B.________ AG ein. Sie führte aus, man habe erst bei der Fusion realisiert, dass die B.________ AG nur für ihre Muttergesellschaft gehandelt und die Beteiligung an der C.________ GmbH bzw. D.________ AG treuhänderisch gehalten habe, weshalb Bilanzberichtigungen vorzunehmen seien. Die rektifizierten Steuererklärungen 2005 und 2006 zeigten nur die Treuhandkommission als Ertrag (Fr. 410'015.95 bzw. Fr. 516'227.60) und somit einen Reingewinn von Fr. 31'113.-- (2005) bzw. Fr. 46'191.-- (2006) auf. A.c. Am 21. September 2011 erliess die Steuerverwaltung des Kantons Zug die Veranlagung für die Steuerjahre 2005 und 2006 gestützt auf die ursprünglich eingereichten Steuererklärungen und Jahresrechnungen (2005: steuerbarer Reingewinn Fr. 5'859'600.-- bzw. Gewinnsteuer Fr. 498'066.--; 2006: steuerbarer Reingewinn Fr. 3'028'000.-- bzw. Gewinnsteuer Fr. 257'380.--). Sie führte dazu aus, die Korrektur der Jahresrechnung infolge eines anderen Sachverhalts stelle keinen Bilanzfehler dar. Zudem sei bei der A.________ AG in den Jahresrechnungen 2005 und 2006 keine Treuhandgesellschaft aufgeführt worden; deren Veranlagung sei bereits rechtskräftig, weshalb eine Bilanzberichtigung nicht möglich sei. Die dagegen erhobenen kantonalen Rechtsmittel blieben erfolglos. A.d. Mit Urteil 2C_24/2014 vom 29. Januar 2015 wies das Bundesgericht die Beschwerde der B.________ AG (bzw. ihrer Rechtsnachfolgerin) ab. Es erwog, der Nachweis für das Vorliegen eines Treuhandverhältnisses sei nicht erbracht worden. Zudem seien die Voraussetzungen für eine Bilanzänderung nicht erfüllt. A.e. Im Jahr 2007 erzielte die B.________ AG aus der Veräusserung ihrer Anteile an der D.________ AG Kapitalgewinne von insgesamt Fr. 56'231'402.--, woraus nach Abzug von Kapitaleinlagen ein Kapitalgewinn von Fr. 52'559'345.-- resultierte. Während die B.________ AG den Kapitalgewinn in ihrer Jahresrechnung 2007 nicht auswies, weil sie als Treuhänderin gehandelt habe, wies ihre Muttergesellschaft den entsprechenden Gewinn aus. Am 27. Juni 2008 reichte die B.________ AG ihre Steuererklärung für die Steuerperiode 2007 ein und deklarierte einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 0.--.