Citation: 2C_189/2016 E. B

B.a. Le 7 avril 2006, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a envoyé aux époux A.________ les bordereaux pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour la période fiscale 2004. Elle a arrêté l'ICC à 1'041'256 fr. 90 et l'IFD à 384'410 fr., montants calculés sur la base d'un revenu imposable de 3'327'559 fr. (ICC) et 3'342'700 fr. (IFD), incluant le total de l'abandon de créances consenti par E.________ SA moins les 30'000 fr. payés à titre d'acomptes. Le 8 mai 2006, les époux A.________ ont formé une réclamation contre les bordereaux précités, au motif que l'abandon de créances ne constituait pas un revenu imposable dès lors que les prêts consentis par E.________ SA n'étaient pas liés à des opérations commerciales. Dans un courrier du 9 décembre 2009, l'Administration fiscale a proposé aux époux A.________ de déduire du montant imposable lié à l'abandon de créances la somme de 220'896 fr., car celle-ci correspondait à une dette privée, ainsi qu'un solde de pertes non compensées au moment de la cessation de l'activité de la raison individuelle de A.A.________ de 2'092'927 fr. Les contribuables ont persisté à contester la nature professionnelle des crédits faisant l'objet de l'abandon de créances et leur prise en compte dans leur revenu imposable en 2004. Par décisions sur réclamation du 6 décembre 2010, l'Administration fiscale, se référant à son précédent courrier, a émis deux nouveaux bordereaux de taxation, fixant l'ICC à 299'129 fr. 80 et l'IFD à 118'323 fr., montants calculés sur un revenu imposable de 1'013'735 fr. (ICC) et 1'028'900 fr. (IFD). B.b. Le 23 décembre 2010, les époux A.________ ont porté les décisions du 6 décembre 2010 devant la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), qui, par jugement du 30 mai 2012, a rejeté le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale pour une reformatio in pejus, dans le sens de la prise en compte de l'entier de l'abandon de créances, sans déduction, dans le calcul du revenu brut des époux A.________. Contre ce jugement, les contribuables ont formé un recours auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 28 mai 2013, celle-ci a jugé que l'abandon de créances constituait un revenu imposable au titre de l'ICC et de l'IFD 2004. Cela valait aussi bien pour les abandons concernant des dettes privées que pour les abandons concernant des dettes commerciales, cette distinction conservant toutefois une importance dans la mesure où seul le revenu provenant de l'abandon de créances liées à des dettes commerciales pouvait être compensé avec d'éventuelles pertes commerciales subies dans l'exercice ou reportées. En conséquence, la Cour de justice a partiellement admis le recours des époux A.________ et renvoyé la cause au Tribunal administratif, afin que celui-ci détermine la nature privée ou commerciale des prêts octroyés à A.A.________ et ayant fait l'objet de la convention du 29 janvier 1999.