Citation: 2C_688/2021 E. A

A.a. B.________ war einziger Verwaltungsrat und Alleinaktionär der A.________ AG (frühere Firma: C.________ SA) mit Sitz in U.________. Die A.________ AG war im An- und Verkauf von Edelmetallen bzw. deren Wiederverwertung tätig, wobei sie in Europa von Geschäfts- und Privatkunden Gold und andere Edelmetalle kaufte und an dieD.________ SA mit Sitz in V.________ verkaufte. B.________ verstarb im Jahr 2011. Die Aktien an der A.________ AG erbten seine drei im Ausland wohnhaften Töchter. Mit Schreiben vom 27. September 2011 reichte die A.________ AG bei der zuständigen Dienstabteilung des Steueramts des Kantons Zürich eine straflose Selbstanzeige bezüglich unvollständiger Verbuchung und Deklarierung von Einnahmen, Ausgaben und Vermögen ein. Weiter teilte sie mit, dass höchstwahrscheinlich geldwerte Leistungen an den verstorbenen Alleinaktionär geflossen seien. In der Folge wurde am 11. Oktober 2011 ein Nachsteuerverfahren für die Steuerperioden 2001-2009 eröffnet. In den Jahren 2012 bis 2014 fanden diverse Besprechungen zur Bestimmung der massgeblichen Steuerfaktoren zwischen dem Steueramt und der A.________ AG statt. Da die Nachsteuergrundlagen strittig blieben, nahm das Steueramt am 20. Januar 2014 eine steuerliche Buchprüfung bei der Pflichtigen vor. Parallel dazu fand ein Arrestverfahren gegenüber der A.________ AG statt. Gestützt auf die Ergebnisse der Buchprüfung bestätigte der Revisor den mit der Selbstanzeige dargelegten Sachverhalt der nicht ordnungsgemäss geführten und nicht vollständigen Buchhaltung. Demnach waren mehrere Bank- und diverse Edelmetallkonten nicht in den Buchhaltungen abgebildet sowie grosse Bargeldbezüge durch den verstorbenen Alleinaktionär nicht lückenlos belegt. Den anhand des Buchprüfungsberichts vom 21. Februar 2014 erstellten Nachsteuergrundlagen stimmte die A.________ AG nicht zu. Mit Verfügung vom 15. Juli 2014 erliess das Steueramt gestützt auf die Erkenntnisse des Buchprüfungsberichts Nachsteuerverfügungen in Form von Ermessenstaxationen. Dagegen erhob die A.________ AG fristgerecht Einsprache. Weil das Steueramt die Ermessenstaxation nicht ordnungsgemäss angedroht hatte und die Nachsteuerverfügung vom 15. Juli 2014 folglich an einem schwerwiegenden formellen Mangel litt, hiess das Steueramt die Einsprache am 19. August 2015 teilweise gut und wies die Sache in das erstinstanzliche Verfahren zurück. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos (vgl. Urteil 2C_1032/2015 / 2C_1033/2015 vom 24. November 2015). Seit Mai 2014 befindet sich die A.________ AG in Liquidation. A.b. Am 9. Dezember 2015 sowie am 18. Mai 2016 forderte das Steueramt die A.________ AG (in Liquidation) auf, eine ordnungsgemäss geführte und vollständige Buchhaltung (unter anderem sämtliche Post-, Bank- und Metalor-Konten und ein ordnungsgemäss geführtes Kassabuch) für die Geschäftsjahre 2001-2009 (samt chronologisch geordneten Belegsammlungen) einzureichen und drohte für den Säumnisfall eine Ermessenstaxation an. Mit Schreiben vom 9. November 2016 teilte die A.________ AG (in Liquidation) dem Steueramt mit, dass der Sachverhalt anders sei als bei der Selbstanzeige angenommen. Wie sich aus weiteren Recherchen ergeben habe, habe ihr Geschäftsmodell nicht im Eigenhandel, sondern in Kommissionsgeschäften bestanden. Sie sei somit nie wirtschaftlich Berechtigte der nicht deklarierten Bankkonten gewesen. Ausserdem vertrat die A.________ AG (in Liquidation) die Auffassung, dass ihre Buchhaltung immer schon ordnungsgemäss geführt und vollständig gewesen sei, weshalb gar keine Unterbesteuerung vorliege. Hierauf forderte das Steueramt die A.________ AG (in Liquidation) mit Mahnung vom 22. November 2016 erneut auf, die vollständige und ordnungsgemässe Buchhaltung einzureichen, ansonsten es die Nachsteuern nach pflichtgemässem Ermessen festsetze. Am 21. Dezember 2016 überbrachte der Liquidator der A.________ AG (in Liquidation) dem Steueramt die Buchhaltungen und Belegsammlungen für die Geschäftsjahre 2001-2009. In der Folge nahm der Revisor des Steueramts am 30. März 2017 erneut eine Buchprüfung vor. Er stellte fest, dass die A.________ AG (in Liquidation) die Auflage vom 18. Mai 2016 nicht gehörig erfüllt habe und eine ordnungsgemäss geführte Buchhaltung selbst unter Berücksichtigung einer Kommissionärsstruktur nicht vorliege.