Citation: 4A_643/2020 E. A

A.a. A.________ SA, dont une société soeur, A1.________ SA, est active dans le domaine de la formation, a pour administrateur unique C.________. B.________, active notamment dans l'organisation de conférences et de concerts, dont D.________ est le président, était propriétaire de deux immeubles, sis sur la commune de..., dans lesquels se trouvait le cinéma E.________, depuis le 23 juillet 2010. A.b. Par acte passé devant notaire le 26 septembre 2016, qui reprenait pour l'essentiel un contrat de vente à terme signé précédemment, A.________ SA, en qualité de promettant-acquéreur (ci-après: l'acquéresse, la demanderesse ou la recourante), a signé avec B.________, en qualité de promettant-vendeur (ci-après: la venderesse, la défenderesse ou l'intimée), une promesse de vente et d'achat assortie d'un droit d'emption (ci-après: la promesse de vente) portant sur les deux immeubles par laquelle la première s'engageait à les acquérir d'ici au 30 septembre 2019. Le prix de vente était fixé à 3'230'000 fr. pour les immeubles et 170'000 fr. pour le matériel inventorié, soit au total 3'400'000 fr. En particulier, un premier acompte de 340'000 fr. était payable avant la signature de la promesse, et un montant de 1'080'000 fr. devait être payé à la venderesse par tranches mensuelles de 30'000 fr. (36 mensualités, du 31 octobre 2016 au 30 septembre 2019), le solde étant dû le jour de la signature de l'acte de vente. Par avenant du 28 septembre 2016, les parties ont modifié ces modalités de paiement en ce sens que le montant total des acomptes à verser était réduit de 1'080'000 fr. à 720'000 fr. et les acomptes mensuels de 30'000 fr. à 20'000 fr., le solde du prix à verser à la signature de la vente étant de ce fait augmenté à 2'340'000 fr. L'acte notarié réglemente les conséquences de son inexécution par les parties, soit du refus de signer l'acte de vente. Ainsi, l'art. 5 al. 1 prévoit notamment une peine conventionnelle de 340'000 fr. à charge de la partie fautive; quant à l'art. 5 al. 3, il dispose qu'en cas d'inexécution du promettant-acquéreur, ce dernier ne pourrait pas demander le remboursement des acomptes versés ou une indemnité pour les travaux réalisés sur les biens immobiliers. L'acquéresse a versé l'acompte de 340'000 fr. sur le compte du notaire le 27 septembre 2016. Elle a en outre versé trois acomptes de 20'000 fr. chacun. A.c. Un litige est survenu entre les parties au sujet de l'utilisation des locaux. Selon la promesse de vente, l'acquéresse entrait en possession et jouissance des immeubles promis-vendus à la signature de la promesse, leur occupation étant consentie à bien plaire. La société-soeur de l'acquéresse a engagé le président de la venderesse en qualité de chargé du développement commercial et administratif pour un salaire mensuel brut de 3'500 fr., à compter du 1er novembre 2016. Celle-ci l'a licencié pour le 27 janvier 2017. La cour cantonale a retenu qu'il n'a pas été établi que l'acquéresse avait été privée de l'utilisation principale des locaux, respectivement que la venderesse avait effectué une utilisation excessive des locaux en louant, dès 2017, ceux-ci à des tiers pour son propre compte. La recourante ne le conteste pas. A.d. Les parties se sont rencontrées le 30 janvier 2017. Un échange de courriels s'en est suivi. La cour cantonale a analysé les trois courriels des 30 et 31 janvier 2017 comme une offre de la venderesse de renoncer, sans pénalité, à la promesse de vente, une contre-offre de l'acquéresse subordonnant la renonciation à l'obtention d'un délai de remboursement et à la signature d'un engagement devant notaire, et une nouvelle contre-offre (contre-contre-offre) de la venderesse exigeant que le délai de remboursement coïncide avec la date indéterminée de la revente des immeubles et l'obtention d'un délai de réflexion supplémentaire de trois mois avant d'opter pour ce scénario. Les représentants des parties et la courtière se sont rencontrés une nouvelle fois le 3 février 2017. Une solution y a été trouvée en ce sens que l'acquéresse devait continuer à payer à la venderesse le montant de 20'000 fr. par mois, déductible du prix de vente, conformément à la promesse de vente; l'acquéresse devait s'occuper de tous les événements dans ce lieu et le président de la venderesse ne devait plus intervenir. Les représentants des parties se sont serré la main à l'issue de la discussion. Par courriel du 13 février 2017, adressé aux représentants des parties, la courtière a résumé l'accord intervenu lors de la réunion du 3 février 2017, ce que l'acquéresse a refusé de confirmer par courriel du 13 février 2017. La cour cantonale a retenu que le refus de l'acquéresse de confirmer son accord oral du 3 février 2017 ne remettait pas celui-ci en cause, les arguments pour lesquels elle refusait de donner confirmation étaient sans pertinence. A.e. L'acquéresse n'a pas versé l'acompte de 20'000 fr. dû le 31 janvier 2017, ainsi que les charges mensuelles de 3'500 fr. en moyenne.