Citation: 9C_362/2024 E. A

A.a. B.A.________ et A.A.________ (ci-après: les contribuables) sont domiciliés dans le canton de Genève. Dès 1978, B.A.________, né en 1953, a exploité E.________ sous la forme d'une raison individuelle (ci-après: l'entreprise individuelle), active dans la conception, la fabrication et la commercialisation de produits (...). Par acte notarié du 18 juillet 2014, B.A.________, son fils C.A.________, F.________, G.________ et H.________ ont fondé E.________ SA (ci-après : la société). Le capital-actions de la société était constitué de 5'000 actions nominatives liées valant 100 fr. chacune. 3'000 actions ont été acquises par B.A.________ et chacun des autres actionnaires en a acquis 500. Les cinq fondateurs étaient nommés administrateurs avec signature collective à deux. B.A.________ deviendrait président du conseil d'administration et son épouse "fondée de pouvoirs" avec signature individuelle. La société reprenait tous les actifs de 1'286'010 fr. et les passifs de 987'942 fr. de l'entreprise individuelle, selon le bilan de cette dernière au xx.xx.2014. Le prix d'acquisition (goodwill compris) a été fixé à 4'250'000 fr. Le xx.xx.2014, la société a été inscrite au registre du commerce. Son but social est notamment la conception, fabrication et commercialisation de produits dans les domaines de (...). Par convention de reprise de biens du xx.xx.2014 (avec effet au 1er juillet précédent), B.A.________ a cédé l'entreprise individuelle à la société pour un montant de 4'250'000 fr., payable à raison de 2'500'000 fr. après la signature et de 1'750'000 fr. plus intérêts selon une convention de prêt séparée, au plus tard au moment du rachat par les quatre autres actionnaires des actions de la société détenues par B.A.________. Le xx.xx.2014, l'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce par suite de cessation de l'exploitation. A.b. Après un échange de correspondance entre les contribuables et l'Administration fiscale quant au traitement fiscal en lien avec l'opération de restructuration, les contribuables ont déposé leur déclaration fiscale relative à l'année 2014, le 9 février 2016. Ils y ont notamment indiqué un produit de cession de l'activité indépendante (ayant pris fin au xx.xx.2014) de 3'980'366 fr. et ont sollicité une imposition privilégiée des réserves latentes et de l'ensemble des éléments appartenant à la fortune commerciale du contribuable. Selon leurs calculs relatifs à la liquidation de l'entreprise individuelle, le revenu moyen 2009-2013 s'élevait à 842'400 fr., le rachat fictif à 4'515'264 fr. et le bénéfice de liquidation à 3'594'270 fr. Les contribuables ont également joint un bilan de clôture de l'entreprise individuelle au xx.xx.2014, faisant état d'actifs totalisant 1'309'786 fr. 55 et d'un passif de 588'988 fr. 55, ainsi qu'un compte d'exploitation couvrant la période du 1er octobre 2013 au xx.xx.2014, lequel faisait ressortir un revenu commercial net de 764'391 fr. 06. A.c. Par convention du 16 janvier 2017, B.A.________ a vendu 2'500 de ses actions à ses fils, C.A.________ et D.A.________, pour le prix de 740'000 fr., déterminé en application de "la méthode des praticiens". A.d. Par bordereaux du 28 avril 2021 relatifs à la période fiscale 2014, l'Administration fiscale a fixé l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à 743'812 fr. 70 et les impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) à 1'967'043 fr. 35. La valeur des 3'000 actions de la société a été arrêtée à 1'713'000 fr. Dans une annexe complétant l'avis de taxation, l'Administration fiscale a fixé le montant du goodwill à 6'600'000 fr. et celui des réserves latentes à 3'075'826 fr., soit un bénéfice de liquidation de 9'675'826 fr. avant la déduction du rachat fictif, celui-ci ayant été fixé à 4'480'124 fr. Après avoir déduit un montant forfaitaire AVS de 10 %, ainsi qu'un montant lié à une prestation en capital perçue du pilier 3a, l'Administration fiscale a fixé le bénéfice de liquidation imposable à 4'228'119 fr. Les contribuables ont formé réclamation contre ces bordereaux. A.e. Par décisions sur réclamation du 5 août 2022, l'Administration fiscale a partiellement admis la réclamation. Elle a ramené la valeur du goodwill à 6'510'000 fr. après déduction forfaitaire de cotisations AVS de 10 %. Le solde du bénéfice de liquidation, après la prise en compte du rachat fictif non contesté, a été ramené à 4'147'119 fr. La valeur fiscale des droits de participation a été diminuée à 1'665'000 fr., à la suite de la modification de la valeur du goodwill. La réclamation a été rejetée pour le surplus.