Citation: 2C_1081/2013 E. A

A.A.________ est le fils de B.A.________ décédé à Genève le 7 décembre 1999 à l'âge de 85 ans. De son vivant, feu B.A.________ exploitait une entreprise du bâtiment, sous la raison sociale « X.A.________ ». Il était architecte de profession. Sa société était inscrite au registre du commerce comme entreprise de travaux publics. Elle avait son siège à Y.________. En 1999, feu B.A.________ était propriétaire de parts de sociétés immobilières (ci-après : SI), propriétaire en nom ou copropriétaire de dix-neuf immeubles locatifs évalués à son décès à environ cent millions de francs. Du vivant de feu B.A.________, ces immeubles étaient exploités à des fins locatives. Leur gestion était confiée à des régies de la place. Dans les déclarations fiscales 1997 et 1998 adressées par ce dernier à l'Administration fiscale cantonale, ces biens avaient été déclarés dans la fortune et les revenus de la fortune privés. Ils n'avaient pas été activés dans les bilans et les comptes de pertes et profits des mois de décembre 1997 et 1998 de l'entreprise. Dans son testament, feu B.A.________, qui était veuf, a dévolu ses biens à ses deux fils à parts égales. Il a clairement distingué, dans ses dernières volontés, l'entreprise X.A.________ des immeubles qu'il possédait. Le 7 novembre 2001, le service des successions de l'Administration fiscale cantonale a procédé à une estimation de l'entreprise, dans laquelle ne figurait aucun des immeubles précités comme immeubles commerciaux. Le 12 juillet 2000, les héritiers ont signé un premier acte de partage partiel portant sur la propriété de l'entreprise X.A.________ dont la valeur a été fixée à 3'616'763 fr. 75, l'attribuant au contribuable, son frère ayant bénéficié d'un versement compensatoire. Aucun immeuble n'est mentionné dans l'acte comme faisant partie de l'entreprise. En janvier 2001, les héritiers se sont partagé la plupart des immeubles. Le contribuable s'est vu attribuer la propriété de huit immeubles. Certains immeubles dont feu B.A.________ ne possédait que des parts de copropriété n'ont pas été partagés et sont restés en indivision, ainsi que celui qui était en travaux à la date du partage. Peu après ce partage, le contribuable s'est attelé à la liquidation de l'entreprise, car il ne souhaitait pas la conserver. Les immeubles dont il avait hérité ont continué à être gérés par des agents immobiliers. Souhaitant également s'en séparer, il les a progressivement mis en vente par l'entremise de courtiers professionnels. En 2004, le contribuable a vendu cinq immeubles. En 2005, il a vendu trois parcelles dont il était propriétaire pour 370/1000 ainsi que trois autres parcelles. Fin 2005, il a déposé sa déclaration fiscale 2004. Les immeubles dont il était encore propriétaire étaient signalés comme immeubles non commerciaux. En 2006, le contribuable a vendu l'entreprise, après l'avoir transformée en société anonyme. Aucun des immeubles hérités n'a été intégré aux actifs de cette société, bien que celle-ci ait conservé son siège dans l'un des immeubles attribué au contribuable.