Citation: 2C_199/2009 14.09.2009 E. 4

Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être admis et la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 17 décembre 2008 annulée, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, qu'en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Dans la mesure où elle refuse d'admettre les honoraires versés à ZB.________ Ltd comme charges justifiées par l'usage commercial pour l'année fiscale 2003, la décision sur réclamation de la Commission des personnes morales du 7 septembre 2005 peut ainsi être confirmée pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263). Les frais judiciaires seront mis à la charge de la société intimée (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF). Il y a lieu également de renvoyer l'affaire à la Commission de recours en matière fiscale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.