Citation: 4A_255/2020 E. A

A.a. Par contrat de mission du 13 avril 2011, B.________ (ci-après: l'employé) a été engagé par C.________ SA en tant que collaborateur temporaire aux fonctions de directeur administratif et financier de D.________ SA avec effet au 18 avril 2011. La mission était de type "payroll", qui se présente lorsqu'une entreprise demande à C.________ SA d'établir un contrat pour un candidat que cette dernière société n'a pas recruté, en attendant que l'entreprise puisse l'engager. La durée de la mission était de deux mois au plus; elle a été prolongée de deux mois supplémentaires; puis, dans les faits, elle a perduré jusqu'au 31 mai 2012. L'employé était affecté aux bureaux du consortium X.________ - dont D.________ SA faisait partie - à..., en France. D.________ SA payait les notes de frais que l'employé présentait à E.________, directeur de projet du consortium précité, lequel les signait et les envoyait ensuite à D.________ SA. Ces notes de frais comprenaient non seulement des frais de déplacement professionnels, mais aussi ceux des trajets que l'employé faisait avec son véhicule privé de son domicile à Écublens jusqu'à..., ainsi que des frais d'internet. A.b. A.________ SA, créée le 6 juillet 2011, est membre du même consortium que D.________ SA; les sociétés appartenant à ce consortium font partie du groupe Y.________. Par contrat de travail du 29 mai 2012, B.________ a été engagé par A.________ SA (ci-après: l'employeuse) en qualité de directeur administratif et financier dès le 1 er juin 2012, pour une durée indéterminée. Le salaire mensuel brut de l'employé était de 12'000 fr. et incluait des frais de représentation par 738 fr.45. Il était versé treize fois l'an pour une activité correspondant à un plein temps (ou 41,75 heures par semaine, dont 1,25 heure en compensation de la fermeture durant les fêtes de fin d'année). A ce montant s'ajoutaient une contribution patronale pour l'assurance-maladie de 230 fr. par mois, ainsi que la prise en charge des frais de téléphonie mobile. L'attribution d'une voiture de fonction était exclue. Il était précisé que, si les rapports de travail ne duraient pas toute l'année civile, le travailleur perdrait son droit au treizième salaire et recevrait, lors de la dernière paie, en sus du salaire, un montant correspondant à 8,33% du salaire déterminant perçu pendant l'année civile concernée. Aucune période d'essai ne serait observée, dans la mesure où le travailleur avait été engagé mi-avril 2011 par une entreprise de travail temporaire. Le contrat de travail pouvait être résilié en respectant un délai de congé de deux mois pour la fin d'un mois, de la première à la neuvième année de service. L'employé avait droit à cinq semaines de vacances par année civile. Par courrier du 29 mai 2012, l'employeuse a précisé à l'employé qu'une prime annuelle, dont le montant serait compris entre un et trois mois de salaire de base, lui serait versée en même temps que le salaire du mois d'avril de l'année N + 1, soit en avril 2013 pour l'année 2012. En cas de départ dans le courant de l'année, ce bonus lui serait versé avec le dernier salaire et calculé au pro rata du nombre de mois couverts par le contrat. En août 2012, les parties ont encore convenu que le calcul des vacances de l'employé tiendrait compte de la partie de l'année 2012 durant laquelle il avait été employé de C.________ SA, soit du 1er janvier au 31 mai 2012. Le règlement d'entreprise de l'employeuse prévoyait que tout collaborateur ne pouvant pas se présenter à son travail pour cause de maladie ou d'accident devait en informer immédiatement son supérieur hiérarchique en lui précisant, dans la mesure du possible, la durée probable de son absence (art. 3.7). Il stipulait également que le déplacement entre le domicile et le lieu de travail ne faisait en principe pas l'objet d'un dédommagement de la part de l'employeuse (art. 4.3.1 al. 2). A.c. B.________ avait notamment pour tâche de transmettre chaque mois à la société F.________ SA toutes les informations relatives à la gestion des salaires de manière à ce que cette dernière puisse établir les décomptes de salaire de tous les employés. Parmi ces informations figuraient les notes de frais à rembourser aux employés. D'avril 2012 à janvier 2013, l'employé a été le seul interlocuteur de F.________ SA. Après la conclusion du contrat de travail, l'employé présentait pour contrôle et approbation toutes les notes de frais, y compris les siennes, au directeur de projet. Il s'agissait comme précédemment de E.________. Dès octobre 2012, celui-ci a été remplacé par G.________. Les notes étaient ensuite transmises par l'employé à F.________ SA pour règlement. L'employé s'est ainsi fait rembourser ses notes de frais dans leur intégralité de juin à octobre 2012, étant précisé que celles-ci comprenaient notamment les frais kilométriques pour les déplacements effectués de son domicile à son lieu de travail et retour ainsi que des frais d'internet, pour les mois de juillet à octobre 2012. En novembre et décembre 2012, il n'a pas fait valoir de frais d'internet. Il existait un accord entre les parties selon lequel les frais de déplacement entre le domicile de l'employé et son lieu de travail seraient remboursés tant que l'employé n'aurait pas trouvé de logement à Genève. Il avait cessé ses recherches de logement en juin 2012. A.d. Par courriel du 13 décembre 2012, l'employé a transmis à G.________ les notes de frais de novembre 2012 de tous les employés, dont la sienne, pour validation. Sa note de frais comprenait notamment des frais kilométriques d'un montant de 1'664 fr. et était libellée de la manière suivante: "novembre 2012 trajets (20x128), 2'560 km". G.________ lui a alors retourné ce document, le 17 décembre 2012, en y apposant le post-it suivant: "il m'a été spécifié que tu disposais d'un contrat [A.________], donc basé à Genève, et par voie de conséquence sans indemnité kilométrique. De plus, ton contrat dit «pas de voiture de fonction». Merci d'éclaircir ces points". Par courriel du même jour, l'employé a demandé aux directeurs administratifs et financiers du groupe, à savoir H.________ et I.________, s'il avait droit à un véhicule de fonction, précisant que d'autres personnes se trouvant sous sa responsabilité en bénéficiaient ou étaient sur le point d'en bénéficier. Il n'a reçu aucune réponse. Par courriel du 20 décembre 2012, l'employé a relancé G.________ au sujet de sa note de frais de novembre 2012, précisant que son contrat de travail actuel ne prévoyait pas de véhicule de fonction dans la mesure où il avait été convenu qu'il essaierait de trouver un logement à Genève ou le plus près possible. Or, après plus de quinze mois de recherches, il n'était pas parvenu à trouver un logement pour sa famille à un prix abordable. Il a également ajouté que les indemnités kilométriques lui avaient été remboursées depuis le 18 avril 2011, soit depuis dix-huit mois, de sorte qu'il proposait à G.________ de viser ses notes de frais de novembre et décembre 2012 englobant les frais kilométriques en attendant la réponse de I.________ et H.________ quant à un éventuel droit à un véhicule de fonction. Le lendemain, G.________ a répondu par courriel qu'il préférait attendre la décision des prénommés avant de valider les notes de frais. Par courriel du 15 janvier 2013, l'employé a informé G.________ qu'il avait distingué dans ses notes de frais de novembre et décembre ce qui était litigieux de ce qui ne l'était pas. Dans sa note de décembre 2012, les frais kilométriques domicile-lieu de travail et retour se montaient à 915 fr.20. Par courriel du 17 janvier 2013, l'employé - absent du bureau à compter de ce moment et jusqu'à la fin de son contrat de travail - a donné pour instruction à l'assistante de G.________ de remettre à J.________, son propre subordonné, les notes de frais contenues dans le signataire qu'il avait préparé. L'établissement des salaires et notes de frais a été achevé par J.________ qui a réceptionné le signataire et s'est chargé de transmettre la liste des notes de frais à F.________ SA, sans envoyer le fichier en copie à l'employé, lequel ne savait donc pas que les notes de frais litigieuses avaient été envoyées pour remboursement. Le 24 janvier 2013, l'employé ignorait si les notes de frais avaient été signées. Il l'a appris le 25 janvier 2013 en recevant les fichiers de projets de décomptes de salaires envoyés par F.________ SA. Le 11 janvier 2013, l'employeuse a reçu de F.________ SA le récapitulatif des notes de frais concernant l'employé et a appris que celles de novembre et décembre 2012 concernant les trajets du domicile au lieu de travail du prénommé avaient été payées. A.e. L'employé a travaillé à domicile durant le pont de fin d'année 2012/2013. Par courriel du 14 janvier 2013, il a proposé à G.________ qu'il valide les jours durant lesquels il avait travaillé, soit les 24, 26 à 28 et 31 décembre 2012 (la demi-journée) ainsi que les 2 (demi-journée), 3 et 4 janvier 2013, ce à quoi G.________ a répondu: "oui mais fait en rattrapage de congés ou en paiement?". L'employé s'est trouvé en incapacité totale de travailler pour maladie du 17 au 18 janvier 2013. Du 21 au 25 janvier 2013, il a pris cinq jours de congé. Le lundi 28 janvier 2013, il s'est trouvé en incapacité totale de travailler pour accident, jusqu'au 11 février 2013, date à laquelle son incapacité de travail est passée à 85%, puis à 70% dès le 16 février 2013. Il a recouvré sa pleine capacité de travail le 23 février 2013. Par SMS du 28 janvier 2013 à 8h59, l'employé a informé son subordonné J.________ qu'il se trouvait aux urgences et lui donnerait des nouvelles dans la journée. Le même jour, à 11h55, il l'a avisé qu'il serait en incapacité de travail durant trois jours. Le 31 janvier 2013, il lui a indiqué qu'il serait de retour le lundi 4 février 2013 avec les certificats médicaux liés à son incapacité de travail. Par la suite, soit le 4 février 2013, il a encore informé le prénommé par SMS qu'il ne se sentait pas mieux, qu'il enverrait les certificats médicaux par la poste et qu'il donnerait des nouvelles plus tard dans la journée. Le 4 février 2013, il a envoyé à l'employeuse les certificats médicaux en lien avec son incapacité de travail du 28 janvier au 1er février 2013. Le 7 février 2013, il a encore indiqué à J.________ qu'il espérait pouvoir revenir le lundi 11 février 2013. Le jour en question, il lui a fait savoir qu'il ne pouvait malheureusement pas encore recommencer à travailler et qu'il donnerait des nouvelles au plus tard le lendemain. Par courrier recommandé du 19 février 2013, l'employeuse lui a demandé de justifier l'éventuelle prolongation de son arrêt de travail, qui avait pris fin le 2 février 2013. Un certificat médical a été délivré le 6 mars 2013 pour attester des incapacités de travail de l'employé entre le 28 janvier et le 22 février 2013. Par SMS du 25 février 2013, l'employé a informé J.________ qu'il ne pourrait pas reprendre le travail dès lors qu'il avait attrapé la grippe de son fils. Le lendemain, il lui a indiqué qu'il allait mieux et qu'il pourrait revenir travailler le jour suivant. Par courriel du 28 février 2013, l'employé a demandé à G.________ à quoi correspondait le congé sans solde figurant sur son décompte de salaire de février 2013, alors que son médecin avait envoyé la feuille accident LAA directement à l'employeuse et que lui-même l'avait transmise ce jour à J.________. Par courriel du même jour, G.________ lui a répondu qu'il ne disposait, avant le matin même, d'aucun document attestant de son incapacité de travail depuis le 2 février 2013, et ce malgré le courrier adressé la semaine précédente, raison pour laquelle l'employé avait été considéré absent sans justification et qu'une partie de son salaire ne lui avait pas été versée. Il a relevé que l'employé n'avait jamais informé son supérieur hiérarchique de ses absences et qu'il avait envoyé différents courriels contradictoires sur sa reprise d'activité. Par courriel du 4 mars 2013, l'employé a encore informé G.________ qu'il avait demandé des vacances du 14 au 18 janvier 2013, mais qu'il avait finalement pris ces vacances du 21 au 25 janvier 2013, de sorte que les dix jours indiqués sur son décompte de salaire étaient erronés. Dès le 28 février 2013, l'employé s'est trouvé à nouveau en incapacité de travail pour cause d'accident à 66%. La date de reprise du travail à temps plein était prévue le 4 mars 2013. Il a transmis un certificat médical en lien avec cette incapacité par courriel du 28 février 2013 à J.________. Selon un certificat médical daté du 5 mars 2013, l'employé pouvait reprendre son activité à 66% dès le 4 mars 2013 et à plein temps dès le 11 mars 2013, étant précisé que l'activité partielle devait être exercée depuis la maison. L'incapacité partielle de travail a été prolongée jusqu'au 18 mars 2013, date à laquelle l'activité professionnelle pouvait être reprise à plein temps. Ce deuxième certificat médical a été transmis le 13 mars 2013 à G.________. A.f. Par courrier recommandé du 28 mars 2013, l'employeuse a signifié un avertissement à l'employé, dans la mesure où il bénéficiait d'une capacité partielle de travail, mais n'avait pas offert sa prestation de travail. L'incapacité partielle de travail de l'employé a été prolongée une deuxième fois selon un certificat médical daté du 19 mars 2013, lequel ne prévoyait pas la date d'une éventuelle reprise d'activité à plein temps. L'employé a transmis, le même jour, ce document à G.________. Par courriel du lundi 25 mars 2013, l'employé a indiqué à F.________ SA qu'il aurait des nouvelles de son médecin d'ici le jeudi 28 mars 2013 concernant une éventuelle reprise d'activité et que la policlinique lui transmettrait le document SUVA. Ce document, daté du 28 mars 2013, indiquait une reprise d'activité à plein temps dès le 2 avril 2013. Un certificat médical postérieur, daté du 4 juin 2013, comportait la même date de reprise. Le 28 mars 2013 également, l'employé s'est trouvé en incapacité totale de travailler pour maladie jusqu'au 31 mai 2013, puis à 40% du 1er au 14 juin 2013 et à 25% du 15 juin au 31 juillet 2013. Il a régulièrement transmis les différents certificats médicaux à G.________. A.g. Par courrier recommandé du 22 mars 2013, l'employeuse a mis un terme au contrat de travail de l'employé avec effet au 31 mai 2013. Par courrier du 28 mars 2013, l'employé a indiqué à son employeuse que le congé était nul, dès lors qu'il se trouvait en incapacité de travail depuis le 27 février 2013. Par lettre du 12 avril 2013, l'employeuse a indiqué comme motifs de licenciement le fait que l'employé avait violé son obligation de fidélité en n'annonçant que tardivement ses incapacités de travail et en n'exerçant aucune activité professionnelle durant sa capacité partielle de travail; de même, il ne s'était pas présenté au travail du 23 au 27 février 2013, alors qu'il n'était au bénéfice d'aucun certificat médical. Ces motifs ont été contestés par lettre de l'employé du 19 avril 2013. A.h. Par courrier recommandé du 26 avril 2013, l'employeuse a résilié le contrat de travail de l'employé avec effet immédiat, lui reprochant de n'avoir pas respecté les procédures prescrites en matière de remboursement des notes de frais. L'employé se serait fait rembourser des notes directement par F.________ SA à l'insu de l'employeuse et alors même que le remboursement lui avait été refusé par son supérieur hiérarchique; il avait encore contesté les faits, se rendant ainsi coupable de déclarations mensongères. Ceci ne pouvait être toléré compte tenu de sa position de directeur financier et administratif. Selon l'employeuse, le lien de confiance, déjà sérieusement ébranlé en raison de l'annonce tardive des absences par l'employé, était irrémédiablement rompu. Par lettre recommandée du 29 avril 2013, l'employé a contesté ces motifs et mis en demeure l'employeuse d'accepter sa prestation de travail. Différents échanges épistolaires s'en sont suivis.