Citation: 4A_28/2018 E. A

A.a. Par contrat du 25 mars 2014, X.________ SA (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse) a engagé Z.________ (ci-après: l'employée ou la demanderesse), à compter du 24 mars 2014 et pour une durée indéterminée, en qualité de " Sales Operations Administrator ", une fonction administrative rattachée au département " Finance et Administration ". L'employée était chargée de la gestion administrative des commandes de licences émanant de clients en Europe, au Moyen-Orient, en Afrique, en Asie et aux Etats-Unis. Elle était supervisée par A.________, qui occupait la fonction de " Chief Financial Officer ". A.b. Selon le contrat, la durée de travail de l'employée à plein temps était de 40 heures par semaine, pour un salaire mensuel brut de 7'200 fr., payable douze fois l'an. L'employée avait droit à 25 jours de vacances par année, en sus des jours fériés genevois. L'art. 11.2 du contrat faisait référence à l'incorporation d'un règlement sur les heures supplémentaires et le travail supplémentaire (" Overtime and Supplementary Work Policy "), dont l'employée reconnaissait avoir reçu une copie et accepter les règles. L'employée a néanmoins contesté en procédure avoir reçu ce règlement. Selon ce règlement, les heures supplémentaires étaient celles qui dépassaient la durée contractuelle hebdomadaire, mais sans excéder le temps de travail maximum de 45 heures défini dans la Loi sur le travail (LTr; RS 822.11). Le travail supplémentaire était défini comme comprenant les heures dépassant le maximum d'heures de travail par semaine établi par la LTr. L'employé était obligé de réaliser les heures supplémentaires demandées par l'employeur, mais ne pouvait pas les effectuer sans l'accord écrit de son " manager ". Tant les heures supplémentaires que le travail supplémentaire devaient être compensés par un congé équivalent en temps. A défaut de compensation par un congé, les heures supplémentaires étaient payées au taux normal, tandis que le travail supplémentaire l'était avec un supplément de 25%. Par amendement au contrat de travail du 5 janvier 2015, l'employée a été promue " Operations and Contract Manager ", rétroactivement à compter du 1er octobre 2014, compte tenu de ses responsabilités additionnelles et d'une activité professionnelle difficile (" In view of your additional responsabilities and hard work "). Son salaire mensuel brut a été augmenté à 7'667 fr., payable douze fois l'an, tandis que les autres clauses du contrat de travail demeuraient inchangées. Le 16 avril 2015, l'employée a été nommée " Head of Sales Support " et son salaire mensuel brut a été porté à 8'750 fr. dès le 1er avril 2015. Le 11 mai 2015, X.________ SA a licencié Z.________ et trois autres employés, pour des raisons économiques. La fin des rapports contractuels a été reportée au 31 octobre 2015, en raison d'incapacités totales de travail de l'employée. A.c. Il ressort de l'état de fait établi par la cour cantonale que l'employée n'a jamais sollicité l'accord écrit de X.________ SA pour effectuer des heures supplémentaires. L'employée a pris des vacances du 30 juin au 14 juillet 2014, en accomplissant quelques tâches professionnelles pendant cette période. En compensation des heures supplémentaires effectuées, elle a pris quatre jours de congé, du 15 au 18 juillet 2014. Le 27 octobre 2014, l'employée a sollicité l'accord de A.________ par e-mail pour prendre six jours de vacances en compensation des heures supplémentaires qu'elle avait effectuées (du 22 au 26 décembre 2014, soit quatre jours en tenant compte des jours fériés; le 30 décembre 2014 et le 23 février 2014, soit deux jours). Par e-mail du 2 novembre 2014, A.________ lui a donné son accord, en lui demandant si elle acceptait que ces jours-là soldent ses heures supplémentaires (" It's absolutely fine. Let's agree though that this clears your overtime for 2014. Agree? "). L'employée n'a pas répondu à cet e-mail. Le 5 janvier 2015, l'employée a annoncé à X.________ SA qu'elle avait travaillé trois jours sur les six jours de vacances censés compenser les heures supplémentaires effectuées. Admettant que l'employée n'avait pas pu bénéficier de l'ensemble des congés en raison d'une urgence, X.________ SA lui a versé la somme brute de 1'592 fr. 80 en compensation du travail effectué ces jours-là. Elle lui a également offert un repas avec sa famille, en guise de remerciement. Les parties s'accordent sur le fait que ces trois jours travaillés et compensés en espèces ont également été repris sous forme de trois jours de congé en janvier et février 2015, sollicités par l'employée et approuvés par A.________. En procédure, X.________ SA a produit un tableau intitulé " Récapitulatif vacances et heures supplémentaires " en pièce 78, duquel il ressort que l'employée a bénéficié de 12 jours de congé en compensation de ses heures supplémentaires.