Citation: 5A_587/2015 E. A

A.a. A.________ Sàrl est une société à responsabilité limitée dont le siège est à U.________ et le but l'exploitation d'un café-restaurant. B.________ en est l'associé gérant avec pouvoir de signature individuelle. Il est propriétaire de l'immeuble no 599 de la Commune de U.________ sur laquelle il exploite ce café-restaurant. A.b. La Commune de U.________ est au bénéfice d'une concession pour usage d'eau no 118, octroyée par l'État de Vaud le 8 avril 2002 et portant sur l'usage du port de plaisance. Celui-ci se trouve juste à côté du débarcadère Z.________ de la CGN et comprend une centaine de places d'amarrage, le bâtiment et les bateaux de la société de sauvetage ainsi que le bateau d'un pêcheur professionnel. Il fonctionne également comme abri pour tous les utilisateurs du lac en cas de mauvais temps ou de tempête. Les 30 avril et 26 août 1993, la Commune de U.________ a édicté un règlement des ports de U.________, respectivement une annexe à ce règlement. Sous réserve des places visiteurs, l'usage du port de plaisance de U.________ est réservé aux plaisanciers moyennant le versement d'une taxe d'amarrage. A.c. Le 30 septembre 2010, la Municipalité de U.________ a adressé à son conseil communal une communication intitulée " Port de Plaisance. Expertise et proposition de réhabilitation de la digue suite à la tempête Xynthia du 28 février 2010 ". Elle y proposait des travaux de confortement ou de démolition/reconstruction de la digue assurant la sécurité adéquate à long terme, l'endommagement progressif des caissons 1 et 2 au cours du temps réduisant en effet la capacité de résistance de l'ouvrage vis-à-vis d'une nouvelle tempête et diminuant son niveau de sécurité. Le projet de travaux de réfection a été mis à l'enquête publique le 8 avril 2011. Par préavis du 20 avril 2011, le Conseil communal de U.________ a accordé à la Municipalité un crédit de xxxx fr. pour financer les travaux de sécurisation du port de plaisance. Ce préavis retient notamment que la sécurisation de la digue imposait le rallongement d'environ 5 mètres vers le large du débarcadère de la CGN afin de garantir les gabarits de manoeuvre nécessaire à celle-ci, la sécurisation de la digue ayant des répercussions sur l'accostage des navires de la CGN, et indiquait qu'il était prévu de démarrer le chantier début juin 2011 pour une durée estimée des travaux de six mois et demi. Sous la rubrique " taxes d'ancrage ", le préavis précise en substance que, du fait que l'équipement portuaire d'intérêt public est propriété de la Commune, la Municipalité estimait qu'il était équitable de faire supporter aux usagers du port une partie des charges financières découlant de l'investissement. A.d. A.________ Sàrl a formé opposition aux travaux de la digue mis à l'enquête publique le 26 avril 2011. Le Service des eaux, sols et assainissement du canton de Vaud a levé l'opposition par décision du 19 mai 2011. La société a finalement retiré le recours qu'elle avait formé contre cette dernière décision. A.e. Les travaux ont commencé début juin 2011 et se sont terminés en mars 2012.