Citation: 1B_608/2019 E. B

Agissant par la voie du recours en matière pénale, A.________ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 3 décembre 2019, de constater les violations du droit à un recours effectif et de sa liberté de croyance et d'opinion ainsi que de lui octroyer une indemnité de 3'000 francs à titre de tort moral. Il conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert aussi l'assistance judiciaire. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Direction de la prison de Champ-Dollon conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. Le recourant a répliqué.