Citation: 4A_706/2016 E. 6

En définitive, le recours en matière civile doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. Il est pris acte de l'accord passé à l'audience du 12 avril 2016. Les conclusions encore litigieuses de l'employé sont rejetées, tout comme la demande formée par la caisse de chômage. La cause doit être retournée à l'autorité précédente pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale. La recourante obtient gain de cause. Par conséquent, les frais de la présente procédure sont mis à la charge des deux intimés (concernant la caisse de chômage, cf. arrêt 4A_182/2014 du 16 juillet 2014 consid. 4), solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Ils seront en outre débiteurs solidaires de dépens envers la recourante (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).