Citation: 6B_1342/2016 E. B

B.a. X.________ beantragte im neuen Verfahren vor der Vorinstanz unter anderem Folgendes: Es sei ihm eine Entschädigung für seine wirtschaftlichen Einbussen von jährlich Fr. 135'818.00, kapitalisiert bis zum Pensionsalter ausmachend Fr. 1'833'543.00, zu bezahlen. Es sei ihm eine Entschädigung für die ihm von der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts in den beiden Verfahren BB.2013.11 und BB.2014.84 als Parteientschädigungen auferlegten Zahlungen an A.________ von Fr. 2'133.70 und Fr. 500.00, total ausmachend Fr. 2'633.70, zu bezahlen. Eventualiter habe das Bundesstrafgericht die A.________ zugesprochenen Parteientschädigungen in Revision zu ziehen und aufzuheben. Es sei ihm eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 20'000.00 auszurichten. B.b. Das Bundesstrafgericht, Strafkammer, Einzelrichter, sprach X.________ mit Urteil SK.2016.29 vom 28. Oktober 2016 entsprechend dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid (auch) vom Vorwurf der Veruntreuung im Amt (Art. 138 Ziff. 1 al. 2 und Ziff. 2 StGB) frei. Es erkannte, dass die Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 11'000.00 vom Bund zu tragen sind und dass der Bund X.________ für die Kosten seiner Verteidigung mit Fr. 37'000.00 zu entschädigen hat. Es sprach X.________ eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 5'000.00 zu. Auf das Begehren von X.________ um Entschädigung für die aufgrund der Beschwerdeverfahren BB.2013.11 und BB.2014.84 geleisteten Zahlungen trat es nicht ein.