Citation: 1B_364/2016 E. A

A.a. Depuis 2009, le Ministère public de la Confédération (MPC) instruit une enquête notamment contre D.________ (alias E.________) et B.________. Dans la procédure SV.aaa, ce dernier est prévenu de blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 2 CP), de défaut de vigilance en matière d'opérations financières (art. 305ter CP), ainsi que de faux dans les titres (art. 251 ch. 1 CP) et a été renvoyé en jugement par acte d'accusation du 19 mai 2015. Par décision du 31 août 2015, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a renvoyé la cause au MPC. A.b. Donnant suite à une annonce du Bureau de communication en matière de blanchiment (MROS) du 3 novembre 2015, le MPC a ordonné le séquestre, auprès de F.________ SA, de relations bancaires encore inconnues dont B.________ était titulaire, ayant droit économique ou fondé de procuration. Ont ainsi notamment été séquestrés la documentation bancaire et les avoirs détenus sur le compte n° bbb ouvert au nom de A.________ AG, société dont B.________ était alors président du conseil d'administration et pour laquelle il détenait un pouvoir de signature individuelle. A.________ AG, par l'intermédiaire du susmentionné, a recouru contre cette décision (BB.eee). Les parties plaignantes - C.________ Limited et consorts (ci-après : les intimées) - ont conclu au rejet du recours le 18 janvier 2016. A.________ AG a persisté dans ses conclusions les 22 janvier et 4 septembre 2016. A.c. Le 30 décembre 2015, A.________ AG, représentée par B.________, a déposé un mémoire de recours intitulé "Beschwerde in Strafsachen mit Antrag auf superprovisorische Verfuegung gegen die Bundesanwaltschaft Lausanne wegen Verweigerung auf Rechtsgehoer und vorsaetzlicher wiederholter Verschleppung von Antraegen zur Bewilligung von faelligen und begründeten Zahlungen zulasten unseres Geschaeftskontos bei G.________, Zuerich; 7jährige Vendetta der Bundesanwaltschaft gegen einen der Veraltungsraete der Beschwerdeführerin". La société a pris les conclusions suivantes : "Es sei die Verfügun[gen] des Bundesstaatsanwaltschaft vom 10./11.11.2015 in Bezug auf unsere Geschaeftskonto bei H.________ (Beschwerdeführer) im Rahmen der heute faelligen Zinsen und Amortisationen, für welche die Bank das Pfandrecht geniessen, sowie für Zahlungen für die betrieblich notwendigen Kosten wie oben ausgefuehrt mittels einer superprovisorischen Verfuegung aufzuheben" (BB.ccc). A.d. Par courrier du 14 juillet 2016, A.________ AG a sollicité auprès du MPC la levée partielle du séquestre portant sur le compte n° bbb, requête refusée le 22 suivant. Cette décision - adressée par envoi recommandé - n'a pas été retirée par la société et a été reçue en retour par le MPC le 8 août 2016. Le 30 suivant, A.________ AG a déposé un recours contre le séquestre portant sur son compte n° bbb, concluant, à titre de mesure superprovisoire, à sa levée pour un montant de 33'405 fr. (BB.ddd).