Citation: 2C_896/2008 30.10.2009 E. A

A.a Der Wohlfahrtsfonds A.________, die Stiftung B.________, die Stiftung C.________, der Wohlfahrtsfonds D.________ sowie die Pensionskasse E.________ (nachfolgend: Vorsorgewerke E.________) besassen per Ende Dezember 2003 insgesamt einen Bestand von 725'000 Inhaberaktien à nominal Fr. 1.-- der X.________ Holding AG. A.b Im Januar 2004 kontaktierte die Y.________ Bank die Vorsorgewerke E.________ und fragte an, ob diese bereit wären, einen Teil ihrer X.________-Aktien zum Zwecke der Kapitalherabsetzung der X.________ Holding anzudienen. Die Vorsorgewerke E.________ erklärten sich in der Folge bereit, Aktien aus den bisherigen Beständen anzudienen, wollten aber wieder einen gleichen Bestand von X.________-Aktien erwerben. X.________ Holding und Y.________ Bank standen in den Jahren 2003 und 2004 in einem Mutter-Tochter-Verhältnis mit hundertprozentiger Beherrschung durch die X.________ Holding. Am 12. Januar 2004 verkaufte die Y.________ Bank der Pensionskasse E.________, der Stiftung C.________ sowie dem Wohlfahrtsfonds A.________ insgesamt 195'000 X.________-Aktien zum Marktpreis von Fr. 84.35 je Aktie. Am 20. Januar 2004 kaufte die Y.________ Bank im Namen und auf Rechnung der X.________ Holding 195'000 X.________-Aktien zum Preis von Fr. 84.75 je Aktie von der Pensionskasse E.________, der Stiftung C.________ und dem Wohlfahrtsfonds A.________ zurück. Die Y.________ Bank rechnete dabei auf dem Verkaufspreis (nach Abzug des Nominalwerts von Fr. 1.-- pro Aktie) jeweils eine Verrechnungssteuer von 35 % ab. Im Einzelnen stellte sich dies wie folgt dar: Pensionskasse E.________: 170'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 14'407'500.--; Verrechnungssteuer Fr. 4'983'125.--. Stiftung C.________: 10'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 847'500.--; Verrechnungssteuer Fr. 293'125.--. Wohlfahrtsfonds A.________: 15'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 1'271'250.--; Verrechnungssteuer Fr. 439'687.50. Die X.________ Holding vernichtete die oben erwähnten 195'000 Inhaberaktien am 18. Februar 2004 im Rahmen einer Kapitalherabsetzung. A.c Im Verlauf des Jahres 2004 kontaktierte die Y.________ Bank erneut die Vorsorgewerke E.________ und und fragte an, ob diese bereit wären, einen Teil ihrer X.________-Aktien zum Zwecke der Kapitalherabsetzung der X.________ Holding anzudienen. Die Vorsorgewerke E.________ erklärten sich wiederum bereit, Aktien aus den bisherigen Beständen anzudienen, mit der Absicht, wieder einen gleichen Bestand von X.________-Aktien zu erwerben. A.d Am 19. Juli 2004 verkaufte die Y.________ Bank den Vorsorgewerken E.________ insgesamt 500'000 X.________-Aktien zum Marktpreis von Fr. 77.-- je Aktie. Am gleichen Tag kaufte die Y.________ Bank im Namen und auf Rechnung der X.________ Holding insgesamt 500'000 X.________-Aktien zum Preis von Fr. 78.-- je Aktie von den Vorsorgewerken E.________ zurück. Die Y.________ Bank rechnete dabei auf dem Verkaufspreis (nach Abzug des Nominalwerts von Fr. 1.-- pro Aktie) wiederum jeweils eine Verrechnungssteuer von 35 % ab. Im Einzelnen stellte sich dies wie folgt dar: Pensionskasse E.________: 410'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 31'980'000.--; Verrechnungssteuer Fr. 11'049'500.--. Stiftung C.________: 50'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 3'900'000.--; Verrechnungssteuer Fr. 1'347'500.--. Stiftung B.________: 10'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 780'000.--; Verrechnungssteuer Fr. 269'500.--. Wohlfahrtsfonds A.________: 15'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 1'170'000.--; Verrechnungssteuer Fr. 404'250.--. Wohlfahrtsfonds D.________: 15'000 Aktien; Verkaufspreis Fr. 1'170'000.--; Verrechnungssteuer Fr. 404'250.--. Die X.________ Holding vernichtete die oben erwähnten 500'000 Inhaberaktien am 23. Februar 2005 im Rahmen einer Kapitalherabsetzung.