Citation: 9C_786/2023 E. A

A.a. Le 6 octobre 1997, B.A.________ et A.A.________ (ci-après: les contribuables) ont acquis en copropriété par moitié chacun un bien immobilier sis à U.________ pour le prix de 970'000 fr. Il a constitué leur domicile principal. A.b. Par acte notarié des 1er et 20 novembre 2019, ils ont vendu à terme à la commune de U.________ la propriété du bien précité, pour le montant de 3'500'000 fr. Par contrat de dation en paiement des 22 et 23 avril 2023, les contribuables et la commune ont convenu que le prix de vente de 3'500'000 fr. serait acquitté de la manière suivante: par la remise aux contribuables, à titre de paiement, d'un appartement, d'un box double et d'un emplacement de parking pour un prix de 1'514'745 fr; par la compensation de l'indemnité pour les travaux à plus-value commandés par les contribuables pour la somme de 174'263 fr. 67 et par un versement en espèces, à concurrence du solde du prix de vente, de 1'810'991 fr. 33. Le 12 mai 2021, les contribuables ont vendu leur bien immobilier et acquis simultanément, comme résidence principale, l'appartement à U.________. A.c. Le 19 mai 2021, chacun des contribuables a déposé auprès de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) une déclaration pour l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers (ci-après: l'IBGI) concernant le bien aliéné. Ils ont notamment indiqué que la valeur d'aliénation s'élevait à 1'750'000 fr., de laquelle il fallait soustraire 686'877 fr. à titre de valeur d'acquisition, qui comprenait la valeur fiscale existant dix ans avant l'aliénation majorée de 30 % (soit 630'501 fr.), les droits de mutation et d'émoluments (19'400 fr.) et la taxe sur la plus-value résultant d'une mesure d'aménagement du territoire (36'976 fr.). Le gain immobilier déclaré s'élevait donc à 1'063'123 fr. Dans leur demande respective d'imposition différée du gain immobilier (remploi), les contribuables ont chacun mentionné une valeur d'achat de 883'738 fr., de laquelle il convenait de déduire 686'877 fr. à titre de valeur d'acquisition du bien immobilier vendu. Le gain immobilier dont l'imposition était différée s'élevait à 196'861 fr. et le gain immobilier imposable à 866'262 fr. (soit 1'063'123 fr. - 196'861 fr.). A.d. Par bordereau de taxation du 27 juillet 2021 envoyé à chacun des contribuables, l'Administration fiscale a fixé le montant dû à titre d'imposition du gain immobilier à 90'549 fr. 60 (10 % de 905'496 fr.), pour la période fiscale 2019. Il résulte des avis de taxation du même jour qu'elle a pris en considération un prix de vente de 1'750'000 fr. (correspondant à 3'500'000 fr./2) et un prix d'acquisition de 649'901 fr. (soit 630'501 fr. correspondant à 970'000 fr./2 + [30 % x 970'000 fr./2] + 19'400 fr.). Elle a fixé le gain immobilier à 1'100'099 fr. (1'750'000 fr. - 649'901 fr.). S'agissant du remploi, elle a soustrait de la valeur d'acquisition du nouveau bien immobilier de 844'504 fr. (correspondant à [1'514'745 fr. + 174'263 fr. 67]/2) la valeur d'acquisition de l'immeuble vendu (649'901 fr.), de sorte que le gain immobilier dont l'imposition était différée s'élevait à 194'603 fr. Partant, le gain immobilier imposable se montait à 905'496 fr. (1'100'099 fr. - 194'603 fr.). Dans un courrier accompagnant ces bordereaux de taxation, l'Administration fiscale a précisé qu'il s'agissait d'un remploi partiel, le montant réinvesti dans le bien immobilier de remplacement étant inférieur au produit de l'aliénation du bien immobilier d'origine. L'imposition était donc partiellement différée au sens de l'art. 12 al. 3 let. e LHID (RS 642.14). A.e. Les contribuables ont formé réclamation contre les bordereaux de taxation du 27 juillet 2021. Selon eux, il fallait prendre en compte le prix d'acquisition de l'immeuble vendu de 970'000 fr., soit 485'000 fr. par copropriétaire, en lieu et place de 649'900 fr. (qui correspondait au prix d'acquisition majoré de 30 %, plus les droits de mutation). Par décisions sur réclamation du 26 janvier 2022, l'Administration fiscale a rejeté les réclamations. Selon elle, la valeur d'acquisition retenue de 630'501 fr., correspondant à la valeur fiscale existant dix ans avant l'aliénation majorée de 30 % était conforme à l'art. 82 al. 5 de la loi générale du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques (LCP; rs/GE 3 05). Cette même valeur servait également de référence pour déterminer le remploi. Il n'y avait pas lieu de retenir des montants différents, car c'était l'impôt découlant de ces calculs qui était différé.