Citation: 9C_567/2023 E. A

A.a. A.________ (ci-après: la contribuable), mariée à B.________ entre 2010 et 2021, est domiciliée dans le canton de Vaud, où elle est assujettie de manière illimitée à l'impôt sur le revenu et sur la fortune. Depuis 2008, elle détient trois quarts des parts (75'000) de C.________ Sàrl (ci-après: la Société), sise à U.________, qui a pour but toute activité dans le domaine immobilier, notamment la direction de travaux et l'entreprise générale. Le reste des parts (25'000) de la Société est détenu par la mère de A.________, D.________, épouse de E.________. Celui-ci est l'unique gérant de la Société, avec signature individuelle; sa rémunération s'est élevée à 74'934 fr. en 2013 et 75'233 fr. en 2014. A.________ a été employée de la Société en qualité de secrétaire à un taux de 90%. Pour cette activité, elle a perçu un revenu net de 65'237 fr. en 2013, 92'000 fr. en 2014 et 78'000 fr. en 2015. A.b. Comme l'un des comptes figurant au bilan de la Société, correspondant au compte courant de E.________ (ci-après: compte courant gérant) a augmenté de manière importante pendant les périodes fiscales 2011 et 2012, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'OIPM) a notamment entendu E.________ le 21 août 2013. Expliquant que le compte courant gérant servait au remboursement de ses propres dettes, celui-ci s'est engagé, par courrier du 3 septembre 2013, à rembourser un montant de 50'000 fr. d'ici au 31 décembre 2014 à la Société. A.c. Par décisions de taxation des 30 septembre 2014 (période fiscale 2013), 1er octobre 2015 (période fiscale 2014) et 14 juin 2016 (période fiscale 2015), l'Office d'impôt des districts de V.________ et W.________ (ci-après: l'office d'impôt) a taxé A.________ et son époux pour les années fiscales 2013 à 2015, tant en matière d'impôt fédéral direct (IFD) qu'en matière d'impôt cantonal et communal (ICC). Il a arrêté le revenu imposable à 103'200 fr. (ICC) et 83'400 fr. (IFD) pour 2013, à 79'700 fr. (ICC) et 58'000 fr. (IFD) pour 2014 et à 127'900 fr. (ICC) et 104'800 fr. (IFD) pour 2015. A.d. Par décisions de taxation du 2 septembre 2016, l'OIPM a taxé la Société pour les périodes fiscales 2013 à 2015. Il a notamment qualifié l'augmentation du compte courant gérant de distribution dissimulée de bénéfice sous forme de prêt simulé. A.e. Après avoir été informé le 4 février 2019 par l'OIPM de l'existence de prestations appréciables en argent, l'office d'impôt a rendu le 6 février suivant trois décisions de rappel d'impôt à l'égard de A.________ et de son époux, par lesquelles il a remplacé les décisions des 30 septembre 2014, 1er octobre 2015 et 14 juin 2016. Il a ajouté au revenu imposable des conjoints 75% du montant de ces prestations appréciables en argent, conformément à la part détenue par A.________ dans la Société. Le revenu imposable valant tant en matière d'IFD que d'ICC a été augmenté de respectivement 97'180 fr. (2013), 91'932 fr. (2014) et 58'027 fr. (2015). A.f. Par décision du 29 mars 2022, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'ACI) a rejeté les réclamations du 25 février 2019 de A.________ concernant la procédure de rappel d'impôt pour les années fiscales 2013 à 2015, en confirmant l'existence d'un prêt simulé de la Société en faveur du gérant. Elle a modifié très partiellement le revenu imposable pour les trois années fiscales en déduisant les intérêts (relatifs au prêt fictif) du bénéfice imposable et en limitant la reprise à titre de revenu à hauteur de 75%. Elle a arrêté le revenu imposable à 172'600 fr. (ICC) et 140'000 fr. (IFD) pour l'année fiscale 2013, à 140'600 fr. (ICC) et 109'300 fr. (IFD) pour l'année fiscale 2014 ainsi qu'à 169'900 fr. (ICC) et 138'500 fr. (IFD) pour l'année fiscale 2015. A.g. Par décisions du même jour, l'ACI a admis partiellement les réclamations que la Société avait formées contre les décisions du 2 septembre 2016, en ce sens qu'elle a accepté des provisions "pertes sur Mali" (relative à un commerce d'or entre la Suisse et le Mali) et, tout en confirmant que l'augmentation du compte courant gérant constituait un prêt simulé, elle a admis la déduction des intérêts sur le prêt fictif du bénéfice imposable; elle a modifié en conséquences les décisions de taxation pour ces périodes. La Société a saisi successivement le Tribunal cantonal du canton de Vaud (arrêt du 9 août 2023 [Fl.2022.0050]), puis le Tribunal fédéral (cause 9C_565/2023) d'un recours. Celui-ci a été rejeté par arrêt de ce jour.