Citation: 4A_564/2017 E. A

A.a. La locataire A.________ SA est titulaire d'un bail ayant pour objets des locaux commerciaux de 6'000 m 2, des dépôts en sous-sol et une centaine de places de parc dans un immeuble situé à... (GE). A la conclusion du contrat en octobre 2005, le bâtiment en question n'était pas encore construit. Un descriptif technique annexé au contrat réglementait notamment l'isolation phonique et le système de chauffage, ventilation et climatisation. Le loyer annuel total s'élevait initialement à 2'731'400 fr.; il a été indexé à plusieurs reprises selon l'indice suisse des prix à la consommation. La première échéance du bail est fixée au 31 mars 2022. A.b. La locataire a emménagé à la fin du mois de mai 2007. Lors de la réception provisoire des locaux les 4 et 7 mai 2007, elle a établi avec la bailleresse de l'époque une liste de 27 pages recensant les travaux non encore exécutés. A.c. Le 20 décembre 2007, les parties ont signé une convention dont l'article 1 énonçait sous quatre postes distincts une liste de travaux à achever dans un certain délai. - Le poste A concernait notamment l'installation d'enseignes lumineuses. - Le poste B se rapportait aux travaux d'isolation phonique. - Le poste C visait le système de chauffage et de climatisation. - Le poste D englobait tous les autres travaux listés dans les annexes 1 à 6 de la convention et qui n'étaient pas compris dans les postes précédents. L'annexe 1 contenait le procès-verbal de 27 pages établi à la réception provisoire des locaux. Les art. 2 et 3 de la convention avaient la teneur suivante: « ARTICLE 2 Si les travaux et prestations ne sont pas achevés à satisfaction de A.________ SA dans les délais fixés à l'article 1, le loyer sera réduit, avec effet rétroactif au 1er septembre 2007 à raison de: 5% pour chacun des postes visés aux lettres A) à D) de l'article 1, limité au maximum à 20% et à Sfrs. 500'000.00 et ceci jusqu'à ce que les défauts y relatifs soient mis en ordre. ARTICLE 3 Si, malgré la réduction du loyer, [la bailleresse] ne devait pas tout mettre en oeuvre pour que les travaux soient achevés, même hors délais, A.________ SA se réserve le droit de fixer à [la bailleresse] un ultime délai raisonnable d'exécution et de réclamer une réduction de loyer plus conséquente qui sera calculée ultérieurement. (...) » A.d. Le 14 mars 2008, la locataire a informé la bailleresse qu'en raison de l'inachèvement de nombreux travaux et de l'art. 2 de la convention de décembre 2007, elle réclamait une réduction de loyer de 15% en lien avec les postes A, B et D de ladite convention, précisant que cette réduction serait déduite du loyer de mars 2008. Elle a imparti à la bailleresse un délai d'exécution au 30 avril 2008 en se réservant le droit d'exiger une réduction de loyer plus importante au-delà de cette date, eu égard à l'art. 3 de la convention.