Citation: 4A_431/2019 E. A

A.a. C.X.________, né le 29 juillet 1941, dont l'épouse est D.X.________, est formellement titulaire du bail portant sur l'appartement de quatre pièces au 3ème étage de l'immeuble situé au n° 82 d'un chemin à xxx, appartenant à A.________, et ce depuis le 1er décembre 1966. Le loyer de cet appartement est actuellement de 812 fr. par mois, charges en sus. Selon l'art. 6 du contrat de bail, il est interdit au locataire de céder son bail ainsi que de sous-louer ou de mettre à disposition d'un tiers, même à titre gratuit, tout ou partie des locaux loués, y compris les dépendances. Leur fille B.X.________, née le 9 mai 1972, est devenue formellement titulaire du bail d'un appartement de deux pièces au rez-de-chaussée d'un immeuble sis au n° 72 du même chemin dans la même commune, appartenant à la même propriétaire, depuis le 16 octobre 1997. Le loyer de cet appartement est actuellement de 800 fr. par mois, charges en sus. Selon l'art. 9 des conditions générales annexées au contrat de bail, le transfert du bail n'est pas autorisé. A.b. Depuis la conclusion du bail de l'appartement de deux pièces par leur fille en 1997, les parents ont en réalité occupé l'appartement de deux pièces et leur fille celui de quatre pièces, ce qui n'est pas contesté. Les parents sont en outre propriétaires depuis 1975 d'une maison en Haute-Savoie, qu'ils ont rénovée progressivement et dans laquelle ils passent plus de temps depuis leur retraite. A.c. A.c.a. Il a été retenu par la cour cantonale que la bailleresse était au courant (" consciente ") depuis le début, dès la conclusion du second contrat en 1997, de cette inversion des occupations des appartements. Elle a toléré d'emblée que l'appartement de deux pièces pris à bail par la fille soit occupé par les parents et que celle-ci habite seule dans l'appartement de quatre pièces dont ceux-ci étaient locataires depuis 1966. Elle n'a émis aucune objection à ce sujet avant 2010. En août 2010, lorsque la famille X.________ a demandé à la régie de mettre, par écrit, le bail de l'appartement de quatre pièces au nom de la fille et l'appartement de deux pièces au nom du père, la régie a refusé, par courrier du 26 août 2010, en leur proposant " de rester aux conditions contractuelles actuelles ". En octobre 2010, la famille X.________ a informé la régie d'un sinistre survenu dans l'appartement de deux pièces. La régie a répondu aux parents X.________ à l'adresse du n° 72 et une indemnité équivalant à un mois de loyer (800 fr.) a été versée sur le compte du père. Et en novembre 2010, la régie a adressé plusieurs courriers à la fille au n° 82 concernant des travaux dans l'appartement de quatre pièces. La bailleresse recourante conteste l'appréciation de ces faits par la cour cantonale. A.c.b. Il a également été retenu par la cour cantonale que la bailleresse ne prétend pas qu'elle aurait ignoré que les parents, respectivement leur fille ont payé chacun le loyer de l'appartement qu'ils occupaient. Elle a aussi constaté que la bailleresse appelante a toléré d'emblée l'inversion des occupations des appartements et qu'elle n'a pas démontré ne l'avoir acceptée qu'à titre provisoire, en ce sens qu'il aurait été convenu que les parents réintègrent, à terme, leur appartement d'origine. A.d. C'est par courrier du 30 mai 2016, soit 19 ans après la modification dans l'occupation des appartements, que la régie a, pour la première fois, mis la locataire en demeure de réintégrer l'appartement de deux pièces, ses parents étant priés de réintégrer l'appartement de quatre pièces. Le 19 octobre 2016, la bailleresse a mis en demeure la fille de réintégrer l'appartement de deux pièces et le père de réintégrer l'appartement de quatre pièces, sous menace de résiliation.