Citation: 4A_567/2016 E. A

A.a. Le 20 novembre 2009, X.________ (ci-après: le maître de l'ouvrage ou la défenderesse), propriétaire de deux parcelles mitoyennes à... (Genève), a fait ériger sur celles-ci deux villas contiguës. Trois architectes successifs ont été mandatés par le maître de l'ouvrage: A.________ de 2008 à janvier/février 2010, B.________, qui a été contraint d'abandonner son mandat en juin 2010 pour des raisons de santé, et C.________. Sur conseil de B.________, le maître de l'ouvrage s'est adressé à Z.________ SA (ci-après: Z.________, l'entrepreneur ou la demanderesse), pour la fabrication et la pose des fenêtres et portes-fenêtres. Z.________ a fait parvenir à l'architecte une offre de 245'000 fr. (TTC) pour des triples vitrages et de 225'000 fr. (TTC) pour des doubles vitrages. Il n'est pas contesté que le maître de l'ouvrage voulait soumettre ses villas au standard Minergie. Par courrier du 20 novembre 2009, l'architecte A.________ a confirmé l'adjudication des fenêtres et des portes-fenêtres avec doubles vitrages pour le prix forfaitaire de 205'000 fr. (TTC), après rabais consenti par l'entreprise et renonciation à la commande des portes d'entrée. Ce document faisait état de " villas avec label Minergie standard ". A.b. Le 21 septembre 2010, Z.________ a adressé une facture de 6'879 fr. 95 pour la fourniture d'un nouveau verre pour la baie vitrée d'une des villas; le premier verre posé entrait en conflit avec le puits de lumière et l'erreur de conception était due, selon elle, à l'architecte. A.c. Le 14 février 2012, Z.________ a requis du maître de l'ouvrage le paiement du solde du prix forfaitaire de 25'000 fr., après déduction des acomptes versés (205'000 fr., sous déduction des acomptes de 140'000 et 40'000 fr.). Après avoir mis X.________ en demeure, Z.________ lui a fait notifier un commandement de payer pour ces deux montants demeurés impayés. La débitrice y a fait opposition. L'architecte Allimann est intervenu sur le chantier en 2012 à la demande du maître de l'ouvrage afin de constater les défauts des villas. Il a communiqué à Z.________ un avis des défauts le 20 décembre 2012. Selon lui, il aurait fallu des triples vitrages pour pouvoir obtenir la certification Minergie. Le changement de l'ensemble des fenêtres était donc nécessaire pour que celle-ci soit attribuée. Par courrier du 6 février 2013, Z.________ a répondu avoir fidèlement exécuté la commande de l'architecte, qui portait sur des doubles vitrages. Elle n'avait pas été chargée de la certification Minergie des villas et n'avait eu aucun contact avec le bureau compétent en la matière. N'ayant pas été rendue attentive au fait que des triples vitrages auraient été nécessaires pour pallier une isolation insuffisante des autres éléments de la construction, elle ne pouvait être tenue pour responsable de la non-attribution de la certification Minergie.