Citation: 1C_178/2009 04.11.2009 E. 4

Il s'ensuit que les recours doivent être admis, de sorte que l'arrêt attaqué doit être annulé. Les décisions de la Commission cantonale de recours en matière de constructions du 27 août 2007 et du Département cantonal du territoire du 23 février 2007 sont confirmées. L'émolument judiciaire et l'indemnité de procédure fixés par le Tribunal administratif du canton de Genève sont mis à la charge de B.________, qui succombe. Il en va de même des frais judiciaires pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 66 al. 4 LTF). A.________, assistée d'un avocat, a droit à des dépens pour la présente procédure, à la charge de B.________ SA (art. 68 al. 1 LTF). En revanche, il n'est pas alloué de dépens à l'Office fédéral de l'environnement (art. 68 al. 3 LTF).