Citation: 4A_430/2018 E. A

A.a. En juin 2008, A.________ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a été engagé par contrat oral en qualité de responsable de projets par X.________ SA (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse), société anonyme de droit suisse, dont le but est la conception, le développement, la fabrication et la commercialisation de dispositifs médicaux. Le groupe X1.________, dont X.________ SA est une filiale, comprend également un établissement de fabrication à V.________ (France) et une filiale à W.________ (Maroc). Durant son contrat avec X.________ SA, A.________ était domicilié à Genève. A.b. L'employé était inscrit comme administrateur de X.________ SA du 4 juin 2008 au 1er avril 2014. A son engagement en 2008, il était responsable de projets sur le site français de V.________, puis, de janvier 2009 à novembre 2010, il a exercé la fonction de directeur de projet en vue de la création d'une filiale au Maroc et la mise en place d'une unité de production. La société X.________ Maroc, dont A.________ était le gérant avec signature individuelle, a été créée le 7 avril 2009. De novembre 2010 à février 2012, l'employé a été directeur des programmes R&D et directeur du site d'assemblage de W.________ ainsi que directeur à titre intérimaire du site de production de V.________. De mars 2012 à février 2014, il s'est exclusivement consacré à sa fonction de directeur du site d'assemblage de W.________. Il percevait en qualité d'employé de X.________ SA un salaire mensuel brut de 12'000 fr. et en qualité d'employé de X.________ Maroc un salaire mensuel net de 2'300 MAD, soit environ 248 fr. (au taux de change du 1er mars 2012). En septembre 2013, l'employé a entamé une formation en vue de l'obtention d'un " Master of business administration " (ci-après: " MBA "), diplôme qu'il a obtenu le 24 novembre 2016. Afin de suivre cette formation universitaire destinée aux cadres et responsables en emploi, l'employeuse lui a demandé d'être présent à W.________ trois jours pleins par semaine, lui laissant le vendredi de libre pour lui permettre de travailler sur son MBA. Elle a entièrement payé cette formation, dont le coût total s'est élevé à 28'800 fr., en versant 15'900 fr. le 26 août 2013 et 12'900 fr. le 14 octobre 2014. A.c. Selon plusieurs employés de X.________ SA, un système de " primes " existait au sein de l'entreprise lorsque A.________ y travaillait. Les montants étaient variables sans être liés aux résultats de l'entreprise et récompensaient l'année écoulée. En sus de son salaire mensuel brut de 12'000 fr., l'employé a perçu les montants bruts suivants: 12'000 fr versés en juillet 2009 pour l'année 2008, 24'000 fr. versés en juillet 2010 pour l'année 2009, 28'000 fr. versés en juillet 2011 pour l'année 2010 et 28'000 fr. versés en août 2012 pour l'année 2011. Il ressort des documents intitulés " suivi de salaire " que ces montants ont été versés à titre de primes et des fiches de salaire qu'ils étaient soumis aux charges sociales. Le " suivi des salaires 2009 " mentionne en outre le versement d'une " gratification " de 2'000 fr. Les parties sont en litige sur la qualification de ces montants - comme éléments du salaire ou comme gratification. A.d. Par courriel du 20 août 2013, l'employé a demandé à B.________, administrateur-président de l'employeuse avec signature individuelle, s'il avait fixé le montant de son bonus pour l'année écoulée. B.________ lui a répondu le 24 août 2013 qu'il y aurait une prime, mais qu'il devait réaliser que tout n'était pas possible et que son " package " pour la durée de ses études était le financement de sa formation, un salaire " à la mode suisse " et des vacances à la mode française, sans compter les petits ajustements. Par courriel du 27 août 2013, l'employé a fait savoir à B.________ qu'il ne comprenait pas si sa prime était finalement " minorée " et qu'elle devait être le " reflet de la récompense d'une année passée de travail très dur et avec un certain nombre de réussites ". Il a alors également précisé que l'impact du financement et du temps de la formation devaient " éventuellement se projeter sur l'éventuel bonus de l'année prochaine " (art. 105 al. 2 LTF). Le 27 septembre 2013, l'employé a relancé B.________ au sujet de la prime, lequel lui a répondu par SMS " Oui merci de me le rappeler: 25000EUR? ". A.e. L'employé a été licencié par courrier du 20 décembre 2013 avec effet au 31 décembre 2013. L'employeuse a précisé que, compte tenu du préavis de deux mois, l'employé serait libre de tout engagement à compter du 28 février 2014. L'employé a continué à gérer des questions administratives à tout le moins jusqu'au 21 janvier 2014. Par courrier du 23 janvier 2014, il a démissionné au 31 janvier 2014 de ses fonctions de gérant de X.________ Maroc. Le 8 février 2014, il a proposé une convention à B.________, qui mentionnait notamment: " [...] - Versement de la prime 2013 au montant identique au montant versé en 2012: 28'000 CHF. - le montant de cette prime 2013 sera intégrée dans mes revenus 2013. - Versement d'un BONUS de départ: 1 année de salaire (montant annuel 2013). " Par courrier du 27 février 2014, l'employé, se prévalant du droit marocain, a formellement contesté son licenciement, le considérant comme injustifié. L'employé a été en incapacité de travail à 100% du 13 février 2014 au 31 juillet 2014 et a touché des indemnités journalières. Par courrier du 2 février 2015, l'employé a mis en demeure l'employeuse de lui verser, d'ici au 20 février 2015, le montant de 60'590 fr. 35, sous déduction des charges légales et conventionnelles, à titre de solde de vacances et de primes 2012 et 2013. A.f. L'employé a introduit deux actions judiciaires à l'encontre de X.________ Maroc, l'une devant le Tribunal de commerce de W.________ tendant à obtenir " l'annulation de la décision de révocation de son mandat de gestion " et l'autre devant le Tribunal social de W.________ tendant à obtenir une indemnisation au titre de rupture du contrat de travail. Il a été débouté de ces deux procédures le 17 juillet 2014 respectivement le 28 juillet 2015.