Citation: 2C_351/2019 E. 6

En résumé, le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et il est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'Administration fiscale est condamnée à verser un montant de 1'504'347 fr. 80 à la recourante. Succombant en matière d'IFD, la recourante supportera le tiers des frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant mis à la charge du canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 4 LTF). En tant qu'il succombe partiellement, le canton de Genève sera condamné à verser à la recourante des dépens réduits (art. 68 al. 1 LTF), aucun dépens ne lui étant alloué (art. 68 al. 3 LTF). La cause est renvoyée à la Cour de justice, afin que celle-ci procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (art. 67 LTF).