Citation: 4A_226/2020 E. A

A.a. Die A.________ AG (Unternehmerin, Beschwerdeführerin) und die B.________ AG ([ursprüngliche] Bestellerin, Beschwerdegegnerin) schlossen im Januar 2012 (vgl. Auftragsbestätigung vom 20. Januar 2012) einen Werkvertrag über die Lieferung und Montage einer Getränkeabfüllanlage zum Preis von EUR 993'492.-- inkl. MwSt. ab. A.b. In der Folge trat die C.________ AG (nachfolgend: Leasinggesellschaft) anstelle der ursprünglichen Bestellerin in den Werkvertrag ein. Die vertraglich geschuldete Anlage wurde aber der ursprünglichen Bestellerin übergeben, und diese schloss mit der Leasinggesellschaft einen Leasingvertrag betreffend die Anlage ab. A.c. Nach Inbetriebnahme der Anlage zeigten sich mikrobiologische Probleme, welche die ursprüngliche Bestellerin zusammen mit der Unternehmerin über einen längeren Zeitraum zu beheben versuchte. Als eine Ursache, für welche die Unternehmerin ihre Verantwortung anerkannte, wurde der versäumte Einbau von Filterpatronen eruiert. Der daraus resultierende Schaden wurde mit Entschädigungsvereinbarung vom 26./29. Oktober 2012 (nachfolgend: Entschädigungsvereinbarung) zwischen der Versicherung der Unternehmerin und der D.________ AG, einer Schwestergesellschaft der ursprünglichen Bestellerin, geregelt. A.d. Mit Schlussrechnung vom 25. Mai 2012 stellte die Unternehmerin der in den Werkvertrag eingetretenen Leasinggesellschaft die letzte Rate des vertraglich vereinbarten Preises von EUR 298'047.60 in Rechnung. Diese Rechnung blieb unbezahlt. A.e. Mit Schreiben vom 20. Dezember 2013 an die Unternehmerin bzw. deren Versicherung teilten die ursprüngliche Bestellerin, deren Schwestergesellschaft (die D.________ AG) und die Leasinggesellschaft mit, sie würden die Entschädigungsvereinbarung wegen Willensmängeln anfechten. Die bereits erhaltene Zahlung von Fr. 350'000.-- werde mit Schadenersatzforderungen gegenüber der Unternehmerin verrechnet.