Citation: 8C_328/2022 E. 5.1

5.1. En l'espèce, la cour cantonale a relevé dans un premier temps qu'en matière de transport public régional de voyageurs, les entreprises de transports publics soumettaient aux commanditaires des offres pour deux années d'horaires et y attestaient pour chaque ligne les coûts planifiés ainsi que les produits attendus issus de la vente de titres de transport; les commanditaires (Confédération et cantons) indemnisaient, selon une clé de répartition prédéfinie (art. 30 de la loi du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs [LTV; RS 745.1]), les coûts non couverts conformément aux offres (art. 28 al. 1 LTV). En cas d'écart entre les coûts planifiés et les produits, les excédents éventuels étaient attribués à raison d'au moins deux tiers à une réserve à affectation obligatoire. Cette réserve spéciale ne pouvait être utilisée que pour éponger d'éventuels futurs déficits (cf. art. 36 LTV). Pour l'année 2020, le déficit planifié s'élevait à 8'578'516 fr. et devait être pris en charge à hauteur de 47 % par la Confédération et de 53 % par le canton de Vaud (cf. art. 8 de la convention de subventionnement entre le canton de Vaud et la recourante relative à l'offre sur les prestations du secteur du trafic régional des voyageurs [TRV] et son indemnisation, applicable à la période d'horaire 2020/2021). En matière de subventionnement des infrastructures, les juges cantonaux ont retenu que la Confédération allouait des ressources financières au titre de l'infrastructure telle que définie à l'art. 62 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101) pour l'indemnisation des coûts non couverts d'exploitation (conduite de l'exploitation et entretien) et des amortissements directs du compte de résultats et pour l'indemnisation à hauteur des amortissements effectifs et des coûts non activables du compte des investissements (cf. art. 51b al. 1 LCdF). Pour ce faire, la Confédération et les entreprises ferroviaires passaient des conventions quadriennales sur les prestations, où ils fixaient à l'avance l'offre de prestations du secteur de l'infrastructure, l'indemnisation et les prêts prévus en se fondant sur les priorités de la Confédération en matière de politique des transports et sur les comptes prévisionnels des entreprises (art. 51 al. 1 LCdF). Pour l'année 2020, les indemnités d'exploitation et les contributions d'investissement allouées par la Confédération s'élevaient à 6'617'611 fr. (cf. art. 15 Convention de prestations entre la Confédération suisse et la recourante pour les années 2017-2020).