Citation: 1C_845/2013 E. C

Par acte du 14 novembre 2013, A.________ forme un recours en matière de droit public contre ce jugement, concluant en substance à l'octroi d'une indemnité de 100'000 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 2 juillet 2005. A titre subsidiaire, il demande l'annulation de l'arrêt entrepris et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction et décision au sens des considérants. Encore plus subsidiairement, il requiert l'annulation du chiffre VI du dispositif cantonal. Il sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire. Invités à se déterminer, la cour cantonale, ainsi que le SJL ont renoncé à déposer des observations. Quant à l'Office fédéral de la justice, il s'est abstenu de prendre position.