Citation: 6B_1026/2013 E. C

A.________ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que l'Etat de Genève est condamné à lui payer 209'250 fr., TVA comprise, à titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure jusqu'à l'arrêt rendu par la Cour de justice et 60'000 fr. pour la perte économique subie au titre de sa participation obligatoire à la procédure. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, au constat qu'il a droit à une indemnité équitable pour le dommage économique et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert par ailleurs l'assistance judiciaire. Invités à déposer des observations sur le recours, la Cour cantonale y a renoncé et le Ministère public a conclu à son rejet, tous deux se référant aux considérants de l'arrêt attaqué.