Citation: 9C_282/2013 E. B

B.a. Après un échange de correspondances entre la Commission mixte et le médecin qui n'a abouti à aucun accord, vingt-trois caisses-maladie, toutes regroupées au sein de la FGAM, ont saisi le Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève (ci-après: tribunal arbitral) et conclu au paiement, par le docteur X.________, de 488'701 fr. avec intérêts à 5 % dès le 17 avril 2000 (pour 1998) et de 347'805 fr. avec intérêts dès le 5 septembre 2000 (pour 1999). Leur demande était fondée sur la différence entre les honoraires moyens tels qu'ils ressortaient des statistiques annuelles 1998 et 1999 du Concordat des assureurs-maladie suisses (CAMS) et la moyenne des honoraires facturés par le médecin au cours de ces deux années. Après qu'un premier jugement du tribunal arbitral (du 16 septembre 2004) a été annulé par le Tribunal fédéral des assurances (arrêt K 148/04 du 2 décembre 2005), qui lui a renvoyé la cause pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants, le tribunal arbitral a rendu un deuxième jugement, le 21 novembre 2006. Celui-ci a également été annulé par le Tribunal fédéral, qui lui a derechef renvoyé la cause pour qu'il procède conformément aux considérants (arrêt K 5/07 du 23 juillet 2007). Le tribunal arbitral a repris l'instruction de la cause, enregistrée sous la référence A/30/2006. B.b. Entre-temps, le 28 juillet 2006, vingt-trois caisses-maladie, représentées par Santésuisse, ont également ouvert action contre le docteur X.________ devant le tribunal arbitral, en concluant au paiement de la somme de 276'179 fr., correspondant à la différence de coûts causée par sa pratique non économique en 2004. La cause a été enregistrée sous la référence A/2828/2006. Le 2 juillet 2007, le tribunal arbitral a été saisi d'une nouvelle demande présentée par trente-deux caisses-maladie, toutes représentées par Santésuisse, à l'encontre du docteur X.________. Celles-ci requéraient qu'il soit condamné à leur verser le montant de 259'800 fr., représentant la différence de coûts causée par sa pratique non économique en 2005. Le tribunal arbitral a enregistré la cause sous la référence A/2626/2007. Le 23 juillet 2008, vingt-deux caisses-maladie, représentées par Santésuisse, ont ouvert action contre le docteur X.________ devant le tribunal arbitral, en concluant au paiement de la somme de 967'775 fr., subsidiairement 950'365 fr. Cette prétention correspondait, selon elles, à la différence de coûts causée par la pratique non économique du médecin pour l'année 2006. La cause a été enregistrée sous la référence A/2791/2008. B.c. Après avoir joint les quatre causes, le tribunal arbitral a, entre autres mesures d'instruction, requis la production de différents documents des parties et décidé de mettre en oeuvre une expertise analytique de la pratique médicale du docteur X.________. A cette fin, il a mandaté la doctoresse Z.________, spécialiste FMH en médecine interne générale, avec formation complémentaire en homéopathie et en pratique du laboratoire au cabinet médical, et l'a chargée de déterminer notamment si l'examen des dossiers sélectionnés par le tribunal et fournis par le médecin en cause révélait une pratique non économique constitutive de polypragmasie. La doctoresse Z.________ a rendu son rapport le 1 er mars 2010, avant de le compléter, le 23 avril suivant. Les parties se sont déterminées sur l'expertise. A la requête du tribunal arbitral, les caisses-maladie ont par ailleurs produit la liste des médecins composant le groupe de comparaison du praticien pour les années statistiques 2004 à 2006, ainsi que pour l'année 1999, en précisant qu'elles n'étaient pas en mesure de produire la liste pour l'année 1998, celle-ci n'étant plus disponible. Statuant le 8 mars 2013, le tribunal arbitral a rectifié la qualité des parties défenderesses, débouté certaines des caisses-maladie des fins de leur demande du 28 juillet 2006, respectivement du 2 juillet 2007 et du 23 juillet 2008, pour défaut de légitimation active. Admettant partiellement les demandes dans le sens des considérants, il a condamné le docteur X.________ à payer à Santésuisse, à charge pour elle de répartir les montants en faveur des caisses-maladie admises à la procédure, les sommes de 482'977 fr. 20 pour l'année 1998, de 347'805 fr. pour l'année 1999, de 276'179 pour l'année 2004, de 259'800 pour l'année 2005 et de 405'212 fr. 30 pour l'année 2006.