Citation: 4A_498/2018 E. A

A.a. A partir du 1er avril 2009, B.________ (ci-après : l'employée) a été engagée en qualité de gestionnaire par A.________ SA (ci-après : l'employeuse), société avec siège à Genève qui fournit des conseils et des services dans le domaine de la gestion de fortune, de la fiscalité et du placement de capitaux. A.b. En vertu de l'art. 4 du contrat de travail, la rémunération de l'employée comprenait une partie fixe (salaire fixe) et une partie variable calculée selon une méthode décrite dans un document, signé par l'employée, annexé à son contrat (ci-après : l'annexe au contrat). Il n'est plus contesté que cette partie variable, désignée sous le terme (incorrect) de " bonus ", était en réalité un salaire variable, convenu entre les parties, et dont le montant était déterminable. L'art. 5 du contrat constitue un rappel (de principe) des charges sociales incombant aux employés. Il prévoit que " la participation de l'employé aux charges sociales et à la prime de prévoyance professionnelle, ainsi que la participation aux frais d'assurances accident et perte de gains viendront en déduction du salaire brut, conformément aux dispositions légales en vigueur et aux règles internes de la société ". L'annexe au contrat contient (notamment) les bases de calcul du salaire variable. Celui-ci est calculé en partant de la " rémunération globale " de la " Business Unit 1 " (unité B.U1, composée de la seule employée) qui correspond à 60% du chiffre d'affaires annuel net de l'unité (art. 2.1 de l'annexe), la part de 40% restant acquise à l'employeuse. Le chiffre d'affaires de l'unité étant généré par les commissions perçues par l'employée notamment pour la gestion de fonds ou de portefeuilles (art. 2.2 de l'annexe), la " rémunération globale " correspond à 60% de la " marge sur commissions " obtenue par l'employée. Du montant de la " rémunération globale ", il faut déduire les charges d'exploitation de l'unité B.U1 comprenant le " salaire fixe brut et charges sociales du Gestionnaire (...) Business Unit 1 " (art. 2.1 et 2.2 de l'annexe), l'octroi des autres avantages en nature et/ou en espèces (leasing, parking, assurances, etc.), l'indemnisation des frais de voyages ainsi que tous autres frais engendrés par la recherche et le suivi des clients de la B.U1 (frais commerciaux, frais de restaurants, etc.) (art. 2.2 et 2.3 de l'annexe). Si le solde est positif, il est versé à titre de salaire variable. Si le résultat est négatif (" rémunération globale " < charges de l'unité B.U1), aucun salaire variable n'est versé et l'unité (donc l'employée) s'engage à corriger la situation en prenant les mesures appropriées parmi celles figurant dans l'annexe (réduction déterminée du salaire fixe brut, etc.) (art. 2.5 de l'annexe). A.c. Le salaire annuel fixe de l'employée était de 192'000 fr. au début de son activité auprès de l'employeuse. En mars 2010, il a été augmenté à 240'000 fr. Le 20 octobre 2014, l'employée a signé un avenant à son contrat de travail qui prévoyait une réduction de son salaire fixe à 180'000 fr. par an, à compter du 1er janvier 2015. Par courrier du 20 décembre 2014, l'employée a résilié son contrat de travail avec effet au 31 décembre 2014. Par courrier du 23 décembre 2014, l'employeuse a pris note de la résiliation, précisant que les rapports contractuels se termineraient le 28 février 2015. Elle a toutefois libéré l'employée de son obligation de travailler dès le 23 décembre 2014. " En cours d'emploi ", l'employeuse a remis à l'employée divers tableaux analytiques (contenant les données concrètes utiles pour le calcul du salaire variable) concernant son unité. Il résulte de l'échange d'écritures devant la Cour de céans, et de celui effectué dans la procédure cantonale (complètement d'office selon l'art. 105 al. 2 LTF), que l'employée a en tout cas reçu, après la clôture des exercices concernés, les tableaux analytiques portant sur les années 2010 et 2011. Le tableau analytique " Frais de personnel " comprend notamment le salaire fixe (brut) de l'employée, les gratifications, les " Cotisations sociales - AVS, AI, APG, AC ", les " Cotisations sociales - comp. Fam. ", les " Cotisations sociales - Prév. Prof. ", les " Cotisations sociales - Assurance-Accident ", et, à une reprise, les " Cotisations - Perte de gain ". Selon les certificats, fiches de salaires et pièces comptables établis par la société employeuse entre 2009 et 2015, l'employée a perçu un salaire brut et un salaire variable entre 2010 et 2013. Elle a reçu exclusivement un salaire fixe en 2009, 2014 et 2015 (janvier et février). A.d. Pour l'année 2011 (à titre d'exemple), son salaire brut total était de 576'400 fr., soit un montant comprenant 240'000 fr. de salaire fixe et 336'400 fr. (montant arrondi) de salaire variable (calculé selon les données de 2010). La part employée des charges sociales (somme totale de 52'719 fr.80) afférente au salaire brut total a été déduite et versée aux autorités concernées, soit 33'527 fr.60 de cotisations AVS/AI/APG/AC/AAN et 19'192 fr.20 de 2ème pilier. Pour calculer la part variable du salaire (336'400 fr. [montant arrondi]), l'employeuse s'est fondée sur une " marge de commissions " de 1'080'589 fr., en a retenu le 60%, puis a soustrait du produit obtenu la somme des frais (déterminés sur la base des données de l'année 2010) engagés pour l'employée (311'925 fr. [recte: 311'924 fr.]), soit 28'775 fr. de " Frais généraux ", 5'743 fr. de " Frais généraux liés au personnel " et 277'406 fr. de " Frais de personnel ". Ce dernier poste (" Frais de personnel ") comprend diverses charges liées au personnel et, en particulier, une somme totale de 61'709 fr. versée par l'employeuse au titre de " cotisations sociales ".