Citation: 2C_1097/2015 E. 5

Au vu de ce qui précède, le recours est admis. Les chiffres 2 à 5 du dispositif sont annulés et la cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le chiffre 1 du dispositif de l'arrêt attaqué est confirmé dans la mesure où il n'est pas devenu sans objet. Compte tenu de l'issue du litige, les frais seront mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF). Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :