Citation: 2C_342/2017 E. 9

Compte tenu de ce qui précède, le recours est admis tant en ce qu'il a trait à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2003 à 2005, 2007 et 2009. L'arrêt attaqué est annulé et les décisions sur réclamation du 23 juillet 2014 de l'Administration fiscale cantonale portant sur lesdits impôts des périodes fiscales en cause sont rétablies. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée (art. 65 et 66 al. 1 LTF). L'administration cantonale n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF). La cause sera en outre renvoyée à la Cour de justice afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure cantonale (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).