Citation: 2C_484/2019 E. B

B.a. Le 2 juin 2005, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé pour 2003 le bénéfice et le capital imposables de la société pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC). Celle-ci a élevé une réclamation contre cette décision, qu'elle a maintenue ensuite de la proposition de règlement de l'Office d'impôt. Le dossier a été transmis à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale). Le 10 juin 2009, l'Office d'impôt a notifié à la société les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2004 à 2007, tant en matière d'IFD que d'ICC. La société a déposé des réclamations contre ces décisions, que l'Office d'impôt a indiqué maintenir le 15 octobre 2009. Le 2 septembre 2013, l'Office d'impôt a notifié à la société les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2008 à 2010 en matière d'IFD et d'ICC. La société a formé des réclamations. Le 30 avril 2015, l'Administration cantonale a établi une proposition de règlement portant sur les années 2003 à 2010, dans laquelle, pour chaque année fiscale, elle n'a admis en déduction que 4/9e de l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la société. Celle-ci a contesté cette proposition. B.b. Le 26 août 2016, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation portant sur la période fiscale 2003 et a rejeté celles relatives aux périodes fiscales 2004 à 2007, ainsi que 2008 à 2010. Elle a retenu les éléments imposables suivants: bénéfice imposable (fr.) capital imposable (fr.) 2003 58'879 173'000 2004 80'960 209'000 2005 72'026 93'000 2006 30'807 99'000 2007 50'682 130'000 2008 68'231 163'000 2009 21'384 174'000 2010 45'760 186'000 bénéfice imposable (fr.) capital imposable (fr.) 2003 58'879 173'000 2004 80'960 209'000 2005 72'026 93'000 2006 30'807 99'000 2007 50'682 130'000 2008 68'231 163'000 2009 21'384 174'000 2010 45'760 186'000 Pour les frais de véhicules, l'Administration cantonale a procédé à une reprise auprès de la société d'une part privée correspondant à 3/9e de l'ensemble des frais comptabilisés pour 2003, de 5/9e pour 2004, de 4/9e pour 2005, de 3/9e pour 2006, de 4/9e pour 2007 et de 5/9e pour 2008, 2009 et 2010. B.c. Contre la décision sur réclamation du 26 août 2016, la société a formé un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 5 avril 2019, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours et partiellement annulé la décision sur réclamation du 26 août 2016. Il a constaté que le droit de taxer la période fiscale 2003 était prescrit et renvoyé, pour les périodes fiscales 2004 à 2010, le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal cantonal a confirmé le principe des reprises au titre de frais privés de véhicules dans le chef de la société, ainsi que, dans son principe, la méthode de calcul de l'Administration cantonale, mais lui a renvoyé le dossier pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt tenant compte d'un ratio de 4/9e à titre de part privée pour les périodes fiscales 2004 à 2010, 5/9e des frais comptabilisés étant considérés comme justifiés commercialement. Par ailleurs, le Tribunal cantonal ayant, dans le cadre de l'affaire connexe relative à l'imposition des époux D.________ pour les périodes fiscales 2004 à 2010 et faisant également l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral (2C_485/2019), refusé la déduction de frais d'administration d'immeubles par la société, il a retenu qu'il convenait de réduire le bénéfice imposable de la société à concurrence du montant de ces frais d'administration.