Citation: 4A_514/2016 E. A

A.a. En janvier 1995, la Ville de X.________ (ci-après: la ville ou la demanderesse) a octroyé à la société A.________ SA un droit de superficie sur la Place... pour la construction d'un parking souterrain. La société précitée a conclu à cette fin un contrat d'entreprise avec B.________ entreprise générale SA, laquelle en a confié la conception à Z.________ (ci-après: l'architecte ou le défendeur), architecte à.... La ville est alors entrée en discussion avec l'architecte en vue de l'aménagement de la place, une fois le parking souterrain achevé. Un crédit de 550'000 fr. pour cet aménagement a été adopté par le Conseil général de la ville. Par contrat du 26 février 1999, l'architecte a été chargé par la ville de concevoir, planifier et diriger la réalisation de la définition du pourtour de la Place... et de son aménagement de surface. L'aménagement prévu comprenait essentiellement trois éléments: une arborisation périphérique de la place, l'installation de bassins et jets d'eau (fontaines) éclairés pour l'été, remplacés en hiver par des colonnes lumineuses utilisant l'éclairage encastré de la place. Les travaux d'installation de l'éclairage ont été confiés à l'entreprise C.________ SA et ceux de l'hydraulique destinée aux jets d'eau à l'entreprise D.________ et Cie SA (ci-après: D.________). Le contrat était soumis à la Norme SIA 102 concernant les prestations et honoraires des architectes (1984) (art. 105 al. 2 LTF). A.b. Des défauts sont apparus lors de la mise en service des installations. Le 7 mai 2004, la ville a notifié un avis des défauts affectant l'étanchéité de la place (infiltrations d'eau dans le parking, cunettes de récupération d'eau au sud de la place non étanches et se bouchant, non-étanchéité des installations lumineuses avec risques de courts-circuits), les luminaires (non fonctionnels ou endommagés), les jets d'eau (inondation de la place, étanchéité), enfin le kiosque et la buvette (défauts de construction). Le 17 mai 2004, l'architecte a renoncé à se prévaloir de la prescription s'agissant des défauts signalés le 7 mai 2004, pour autant que celle-ci ne fût pas déjà acquise. A.c. Le 14 mai 2004, la ville a déposé contre B.________ entreprise générale SA, l'architecte et toute une série de sous-traitants - dont C.________ SA (installation d'éclairage) et D.________ (hydraulique des jets d'eau) - une requête de preuve à futur tendant à déterminer les causes des défauts, les moyens de les réparer et le coût de la réfection. Par ordonnance du 1er septembre 2004, une expertise de la superstructure du parking a été ordonnée, qui a été confiée à E.________, ingénieur civil diplômé. L'expert E.________ a déposé son rapport le 15 juillet 2005 concluant à une lourde responsabilité de l'architecte pour le dysfonctionnement des fontaines et les infiltrations d'eau par les spots-luminaires de sol, mettant hors de cause les entreprises sous-traitantes; ce rapport prévoit un coût de réfection de 411'607 fr. (hors taxes, mais honoraires de l'architecte compris), dont 341'000 fr. à la charge de l'architecte. Dans son rapport complémentaire du 6 septembre 2006, l'expert se place dans la même perspective, mais ajoute des variantes pour l'éclairage et procède à une modification assez sensible des bassins pour un coût apprécié - après consultations d'entreprises - de 670'836 fr.95 (hors taxes, mais honoraires de l'architecte compris), sans indication de la part à la charge de l'architecte. Le rapport et son complément ont ainsi été conçus et établis dans la perceptive de la réfection des installations défectueuses. Il a été retenu en procédure que les aménagements de la Place... présentent des défauts dus à l'architecte: des erreurs de conception, de choix des matériaux et le non-recours à l'aide de bureaux spécialisés pour les questions hydrauliques en lien avec les bassins. Les aménagements, tant en ce qui concerne le volet de l'éclairage que celui des bassins, sont inutilisables; ils devraient être profondément remaniés, voire modifiés pour fonctionner à satisfaction et les défauts des installations inutilisables sont à l'origine d'infiltrations d'eau dans le parking (problème d'étanchéité). La responsabilité de l'architecte est lourdement engagée, alors que l'entreprise générale n'encourt qu'une très légère responsabilité, la ville n'ayant qu'une responsabilité un peu supérieure (léger défaut d'entretien).