Citation: 2C_846/2022 E. A

A.a. A.________ SA (ci-après: l'assujettie) est une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Vaud depuis le 10 décembre 2007. Elle a pour but « l'exploitation d'une entreprise générale de construction ». B.________ est inscrit comme administrateur de l'assujettie avec signature individuelle. Celle-ci est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) depuis le 1er janvier 2008 sous le n° xxx'xxx et depuis le 1er janvier 2011 sous le n° CHE-ttt.ttt.ttt. A.b. C.________ Sàrl, dont le siège se situait à à U.________ du 27 avril 2012 au 29 janvier 2013 et à V.________ du 30 janvier 2013 au 15 juillet 2015, était inscrite au registre du commerce du canton de Vaud comme société à responsabilité limitée. Elle avait pour but « entreprise générale de construction; entreprise de transport de marchandise ». D.________ en était l'associé gérant avec signature individuelle selon l'extrait de la Feuille officielle suisse du commerce du 24 avril 2012. Il a été remplacé par E.________ selon l'extrait de la FOSC du 30 janvier 2013. C.________ Sàrl a été déclarée en faillite par décision du 10 février 2014 du Tribunal de l'arrondissement de la Côte (VD). C.________ Sàrl a été assujettie à la TVA depuis le 1er mai 2012 jusqu'à sa mise en faillite. A.c. D.________ a été salarié de l'assujettie du 1er mars au 30 avril 2012 et du 1er janvier au 31 décembre 2013 ainsi qu'employé de C.________ Sàrl entre le 1er mai et le 31 décembre 2012, selon les relevés des revenus déclarés à la Caisse AVS de la Fédération patronale vaudoise et à la Caisse AVS de la Fédération vaudoise des entrepreneurs. A.d. Lors de la création de C.________ Sàrl, D.________ et B.________ ont tous deux signé un formulaire de la Banque cantonale vaudoise (ci-après : BCV) intitulé « demande d'ouverture d'un compte de consignation pour société en formation / augmentation de capital » le 17 avril 2012, qui désigne D.________ comme administrateur et B.________ comme fondateur et ayant-droit économique. Le capital social de C.________ Sàrl d'un montant de 20'000 fr. a été versé en espèces le même jour sur le compte de consignation n° y yyyy.yy.yy de C.________ Sàrl par B.________, comme le démontre la documentation d'ouverture de ce compte. Le montant de 17'650 fr. a été retiré du même compte le 30 avril 2012 et a été versé sur le compte appartenant à C.________ Sàrl également ouvert auprès de la BCV et portant la référence n° z zzzz.zz.zz. Le 1er mai 2012, le montant de 17'000 fr. a été débité de ce dernier compte. A.e. Du 8 au 10 mai 2017, l'assujettie a fait l'objet d'un contrôle TVA pour les périodes fiscales entre le 1er janvier 2012 et le 31 décembre 2015. Le 16 janvier 2019, en se fondant sur les éléments constatés lors du contrôle, l'AFC a procédé à une correction d'impôt en sa faveur par notification d'estimation, concernant les périodes du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2015, pour un montant de 104'489 fr., plus intérêts moratoires dès le 31 août 2014. Par courrier du 18 février 2019, l'assujettie a partiellement remis en cause la notification d'estimation. A.f. Par décision du 16 juillet 2020, l'AFC a modifié partiellement la correction d'impôt en la fixant à 98'618 fr., plus intérêts moratoires dès le 31 août 2014, pour les périodes fiscales du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2015. Par courrier du 11 septembre 2020, l'assujettie a déposé une réclamation à l'encontre de la décision du 16 juillet 2020. Par décision sur réclamation du 3 mars 2021, l'AFC a admis partiellement la réclamation et elle a fixé le nouveau montant de la correction d'impôt TVA dû par l'assujettie à 97'605 fr. sous déduction du montant de 8'981 fr. 45 déjà versé. Par mémoire du 14 avril 2021, l'assujettie, représentée par F.________ SA, a déposé un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation rendue le 3 mars 2021 par l'AFC. Elle a conclu à l'annulation de la décision sur réclamation du 3 mars 2021, au remboursement du montant de 8'981 fr. 45 plus intérêts déjà versé à l'autorité inférieure, sous suite de frais et dépens.