Citation: 2C_722/2016 E. C

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'assistance judiciaire et l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt du 14 juin 2016 du Tribunal administratif fédéral, de dire que le recours formé le 9 mai 2016 devant cette autorité est recevable et de dire que son autorisation de séjour pour regroupement familial peut être valablement prolongée; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité, de dire que son recours devant l'autorité précédente est recevable et de renvoyer la cause à celle-ci pour qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement de renvoyer la cause au Secrétariat d'Etat pour que celui-ci rende une décision dans le sens des considérants. Il se plaint de violation du droit fédéral. Par ordonnance du 25 août 2016 le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la demande d'effet suspensif. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. Le Secrétariat d'Etat conclut au rejet du recours. Dans des observations finales, A.________ a confirmé ses conclusions.