Citation: 2C_98/2019 E. B

B.a. Par décisions des 17 mai 2011, 6 septembre 2012 et 26 février 2015, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a taxé les contribuables pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011 en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Il a notamment procédé, pour la période fiscale 2009, à une reprise de 3'600 fr. correspondant à 60 % de part privée aux frais généraux. Pour chaque période fiscale, le Service des contributions a en outre effectué une reprise à titre de prestation appréciable en argent, à hauteur de 60 % de l'augmentation annuelle des prêts consentis par la société aux contribuables (comptes courants "c/c M. A.A.________", "c/c Débiteurs-actionnaires" et "c/c Immeuble les Cerisiers" dans les bilans de la société, cf. art. 105 al. 2 LTF). Il a également repris les intérêts sur le prêt. Les contribuables ont formé en temps utile des réclamations contre chacune de ces taxations. B.b. Par décision sur réclamation du 20 octobre 2015, le Service des contributions a partiellement admis les réclamations. Il a confirmé l'imposition à titre de rendement de participation pour la période fiscale 2009 du montant de 3'600 fr., ainsi que, pour chaque période fiscale, le principe de l'imposition à hauteur de 60 % des augmentations annuelles des prêts consentis par la société, mais a déduit les intérêts passifs des prêts. L'augmentation des prêts retenue était ainsi de 151'494 fr. pour 2009, 106'891 fr. pour 2010 et 110'571 fr. pour 2011 et les reprises, arrêtées à 60 % de ces augmentations, étaient de 90'896 fr. pour 2009, 64'134 fr. pour 2010 et 66'342 fr. pour 2011. B.c. Les contribuables ont formé un recours contre cette décision sur réclamation auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). Ils ont essentiellement fait valoir que l'augmentation des prêts n'était que de 89'164 fr. 10 pour 2009, 60'554 fr. 26 pour 2010 et 49'699 fr. 50 pour 2011, soit un total de 199'417 fr. 90 sur trois ans (au lieu du montant de 368'956 fr. retenu par l'autorité fiscale) et qu'il ne s'agissait pas de prêts fictifs. Par décision du 9 novembre 2017, notifiée le 21 décembre 2018, la Commission de recours a admis le recours tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôt cantonal et communal et renvoyé la cause au Service des contributions pour nouvelles décisions dans le sens des considérants. Après avoir relevé que la reprise de 3'600 fr. opérée par l'autorité de taxation pour l'année 2009 n'était plus litigieuse, la Commission de recours a jugé qu'il fallait annuler, pour chaque année fiscale, les reprises effectuées par l'autorité fiscale en lien avec les prêts consentis par la société.