Citation: 2C_24/2014 E. A

A.a. Die Y.________ AG mit Sitz in U.________/ZG reichte am 18. Dezember 2006 die Steuererklärung 2005 ein und deklarierte dabei einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 5'859'609.--. Dieser Gewinn war darauf zurückzuführen, dass die Y.________ AG aus der Rückgabe eigener Anteile an der (deutschen) Z.________ GmbH (2006 Umwandlung in [deutsche] W.________ AG und Börsengang) einen Kapitalgewinn von Fr. 7'790'687.-- verbucht hatte. Im Laufe des Jahres 2007 reichte die Y.________ AG die Steuererklärung 2006 ein und deklarierte einen Reingewinn in der Höhe von Fr. 3'028'073.--. Dieser Gewinn war auf den verbuchten Kapitalgewinn von Fr. 1'537'997.-- aus dem Verkauf von Anteilen der (deutschen) W.________ AG und den Börsengang zurückzuführen. A.b. Mit Fusionsvertrag vom 18. Juni 2008 übernahm die X.________ AG (im Folgenden: Steuerpflichtige) mit Sitz in U.________/ZG das gesamte Gesellschaftsvermögen mit allen Aktiven und Passiven ihrer Tochtergesellschaft Y.________ AG rückwirkend per 1. Januar 2008. Am 27. Juni 2008 reichte die Steuerpflichtige rektifizierte Steuererklärungen für die Jahre 2005 und 2006 der Y.________ AG ein. Sie führte aus, man habe erst bei der Fusion realisiert, dass die Y.________ AG nur treuhänderisch für ihre Muttergesellschaft X.________ AG gehandelt und die Beteiligung an der (deutschen) Z.________ GmbH bzw. W.________ AG gehalten habe, weshalb Bilanzberichtigungen vorzunehmen seien. Die rektifizierten Steuererklärungen 2005 und 2006 zeigten nur die Treuhandkommission als Ertrag (Fr. 410'015.95 bzw. Fr. 516'227.60) und somit einen Reingewinn von Fr. 31'113.-- (2005) bzw. Fr. 46'191.-- (2006) auf.