Citation: 1C_209/2020 E. A

A.a. Le 8 octobre 2010, le Département des constructions et des technologies de l'information de la République et canton de Genève, devenu le Département du territoire (ci-après: le Département), a délivré à A.________, en sa qualité d'architecte mandataire, une autorisation de construire (DD 103'242) portant sur la création de trois chambres d'hôtes dans l'immeuble sis rue U.________, à Genève, dans le centre historique de la ville (Genève-Cité). Par décision du 19 février 2013, la validité de cette autorisation de construire a été prolongée jusqu'au 21 mars 2014. Les 22 mars 2013 et 10 décembre 2014, le Département a délivré à A.________ des autorisations de construire complémentaires, portant respectivement sur les "dépendances et locaux techniques en sous-sol" (DD 103'242/2) et une "réduction du gabarit et [des] transformations diverses" (DD 103'242/5). Ces autorisations n'avaient pas pour effet de prolonger la validité de l'autorisation initiale. A.b. Le 11 avril 2016, un inspecteur de l'Office des autorisations de construire a effectué une contrôle sur place, lequel a fait l'objet le lendemain d'un rapport d'enquête accompagné de photographies. Il y a été constaté la réalisation de travaux non conformes aux autorisations délivrées, soit notamment: des transformations dans les étages (sous-sol, rez-de-chaussée et premier étage), un changement d'affectation au sous-sol des locaux de service en logements, la création de deux logements en duplex au sous-sol et rez-de-chaussée, un abaissement de la terrasse sur la cour intérieure du niveau rez inférieur au niveau du sous-sol, des modifications des façades et de la toiture ainsi qu'une reprise du mur du sous-sol en sous-oeuvre de la façade du bâtiment principal. Par décision du 8 juin 2016, le Département a ordonné à A.________ le dépôt d'une requête en autorisation de construire complémentaire en vue de la régularisation des travaux exécutés. Il a dans l'intervalle interdit l'exploitation des logements au sous-sol en tant que chambres d'hôtes. Le 5 décembre 2016, le Département a accusé réception d'une demande d'autorisation de construire complémentaire déposée par A.________, qui a estimé le coût des travaux à 2'200'000 francs.