Citation: 4A_229/2014 E. A

A.a. En 1999, C.________ s'est intéressé à l'achat d'un immeuble à Auvernier, appartenant à la société B.________ SA (ci-après: B.________), sur lequel était construit une bâtisse à vocation industrielle, et ce en vue de la transformer en habitation. Il s'est adressé à D.________ SA (ci-après: D.________), société active dans le courtage d'immeubles, filiale, comme B.________, de E.________ Group SA (ci-après: E.________ Group). Il a entamé des pourparlers avec F.________, employé de D.________, sous réserve de l'acceptation d'un permis de construire et, après avoir visité l'immeuble, a fait, le 15 avril 2000, une offre de 550'000 fr., ajoutant qu'il serait en mesure de lever l'option dans un délai de 3 mois. Le 10 mai 2000, D.________ lui a répondu que E.________ Group était disposé à entrer en matière pour discuter et négocier la vente de cet immeuble, lui octroyant une option d'achat d'un délai de 3 mois. Le 5 août 2000, C.________ a informé D.________ qu'il était en mesure de lever l'option et prêt à signer l'achat de l'immeuble dès que les permis de construire et de transformer seraient définitifs. Le 7 septembre 2000, dans une lettre adressée au notaire mandaté par C.________, D.________ a toutefois suspendu la " transaction ", sur ordre de E.________ Group. A.b. Le 20 octobre 2000, le notaire a confirmé aux parties que F.________ lui avait donné mandat de réactiver cette affaire. Il leur a transmis un projet d'acte de promesse conditionnelle de vente et d'achat de l'immeuble en cause. Le 12 décembre 2000, le notaire a relancé D.________. La promesse de vente n'a pas été signée. A.c. C.________ a mandaté A.________ pour entreprendre les démarches nécessaires à l'obtention du permis de construire. Le 12 janvier 2001, B.________ a donné procuration à F.________ pour signer les plans de construction. Le 22 janvier 2001, F.________ a signé la demande de permis de construire comme propriétaire. Le 16 mars 2001, il a reçu un exemplaire des plans qu'il avait signés. La demande de permis de construire a été déposée le 23 avril 2001 et, la Commune ayant sollicité certaines modifications, une demande de permis modifiée a été déposée le 18 février 2002. La mise à l'enquête publique a eu lieu du 22 mars au 26 avril 2002. Il n'y a pas eu d'oppositions. A.d. S'en est suivi un échange de correspondances et, le 25 juin 2002, le notaire a adressé à F.________ un premier projet d'acte de vente immobilière, le 1er juillet 2002 un deuxième, l'instrumentation devant avoir lieu le 5 juillet 2002. Les cédules hypothécaires ont été envoyées au notaire. Une nouvelle date d'instrumentation a été fixée au 17 juillet 2002. Le 18 juillet 2002, l'acheteur a versé le prix à l'étude du notaire. Le 16 août 2002, le notaire a adressé aux parties un acte de vente définitif. Le 6 septembre 2002, il s'est plaint de l'attitude de la venderesse, indiquant que F.________ avait réactivé le dossier en juin 2002 et l'avait informé le 29 août 2002 qu'il ne comptait pas signer l'acte de vente, mais communiquerait sa réponse définitive début septembre 2002. Le 24 septembre 2002, la direction générale de E.________ Group a informé le notaire que, dès le début des négociations, C.________ avait été informé de ce que la vente était soumise à son accord et qu'elle n'était pas intéressée par cette vente.