Citation: 4A_385/2022 E. A

A.a. Par contrat de bail du 27 septembre 2019, la société A.________ SA a remis à bail à D.________ et C.________, dont les droits et obligations ont été repris par B.________ SA selon un avenant n° 1, une arcade commerciale d'environ 280 m2, avec local de 314 m2 et une dépendance pour une durée déterminée de 10 ans, soit du 11 octobre 2019 au 10 octobre 2029. Un loyer échelonné a été convenu. Les locaux étaient destinés à l'exploitation d'une brasserie-restaurant-bar. Une période de gratuité de loyer de six mois et demi a été accordée par la bailleresse en raison des travaux d'aménagement qui devaient être entrepris dans les locaux par les locataires, à leurs frais. L'acompte de charges forfaitaire était fixé à 1'638 fr. 75 par mois et était dû dès l'entrée en vigueur du bail. Par avenant n° 2, la période de gratuité a été étendue pour une nouvelle durée de huit mois, soit jusqu'au 31 décembre 2020. Selon cet avenant, le loyer était désormais fixé à 240'000 fr. par an (20'000 fr. par mois), charges non comprises, et serait dû dès le 1er janvier même si les travaux n'étaient pas achevés. A.b. A la suite d'une première mise en demeure de payer les loyers et les acomptes provisionnels des mois de janvier à avril 2021, les locataires n'ont effectué qu'un seul paiement de 20'000 fr. le 7 juin 2021. Les parties ont également accepté que la garantie de loyer par 108'000 fr. soit libérée en faveur de la bailleresse. Cet avis n'a pas été suivi d'une résiliation. A.c. Par avis comminatoire du 10 septembre 2021, la bailleresse a adressé aux locataires une deuxième mise en demeure de payer les loyers et acomptes provisionnels pour les mois de juin à septembre 2021, soit le montant total de 81'744 fr. 35 (loyer de juin en partie par 10'064 fr. 65, loyers de juillet à septembre par 64'620 fr. et acomptes provisionnels pour juin à septembre par 7'059 fr. 70, TVA comprise), à payer dans les 30 jours, à défaut de quoi elle résilierait le bail conformément à l'art. 257d CO. Par courriel du 7 octobre 2021, les locataires se sont engagés à payer le solde de juillet par 12'000 fr. et les loyers d'août à octobre 2021 (3 x 20'000 fr.) d'ici au 15 octobre 2021, soit un total de 72'000 fr., précisant toutefois que le loyer convenu n'était pas assujetti à la TVA. Ils ne se sont toutefois pas acquittés de ce montant. La bailleresse a, par avis sur formule officielle du 20 octobre 2021, résilié le bail pour le 30 novembre 2021. Par requête de conciliation du 18 novembre 2021 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, les locataires ont contesté cette résiliation de bail. Ils ont exposé que les premiers travaux entrepris avaient été stoppés par le confinement, qu'il était devenu difficile d'obtenir un financement à cause de la crise sanitaire, qui rendait hasardeuse et risquée l'ouverture d'un établissement, qu'ils n'ont pas été en mesure d'exploiter le restaurant entre le 1er janvier 2021 et le 31 mai 2021, du fait de l'Ordonnance 2 COVID-19 et des différents arrêtés du Conseil d'État. Ils ont invoqué que ce défaut devait emporter réduction, voire suppression du loyer, que l'application de la clausula rebus sic stantibus devrait conduire à une réadaptation du contrat dans le sens d'une prolongation de la gratuité du loyer. Ils ont invoqué que le congé était abusif, la bailleresse faisant totalement fi de la crise sanitaire et des efforts consentis par les locataires.