Citation: 2C_503/2010 11.11.2010 E. 1

1.1 Das kantonale Steueramt Zürich veranlagte X.________ für die Steuerperiode 2004 mit Veranlagungsverfügung vom 27. März 2008 und Einspracheentscheid vom 26. Mai 2009 sowohl für die direkte Bundessteuer als auch für die Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 200'200.--. Es verweigerte dabei einen Abzug für die als Weiterbildungskosten geltend gemachten Aufwendungen eines MBA-Lehrganges an der Universität St. Gallen von Fr. 70'271.-- und liess nur die Pauschale von Fr. 400.-- zum Abzug zu. 1.2 Dagegen erhob X.________ Beschwerde und Rekurs bei der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich. Diese vereinigte am 6. November 2009 die beiden Rechtsmittelverfahren und wies sie ab. Der Entscheid wurde dem Rechtsvertreter von X.________ am 27. November 2009 zugestellt mit der Rechtsmittelbelehrung, es könne dagegen innert 30 Tagen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eingereicht werden. 1.3 Am 18. Januar 2010 erhob X.________ Beschwerde beim Verwaltungsgericht, wobei er dem Fristenstillstand nach kantonalem Recht vom 20. Dezember 2009 bis und mit 8. Januar 2010 Rechnung trug. Das Verwaltungsgericht eröffnete zwei Verfahren. Mit Entscheid vom 31. März 2010 hiess es die Beschwerde betreffend der Staats- und Gemeindesteuern teilweise gut und wies die Sache zwecks Gewährung und Berechnung des Weiterbildungskostenabzugs an die Steuerrekurskommission zurück. Gleichentags trat es auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wegen Verspätung nicht ein, da bei der direkten Bundessteuer die kantonalen Bestimmungen über den Fristenstillstand keine Anwendung fänden. 1.4 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. Juni 2010 an das Bundesgericht beantragt X.________, der Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgerichts im Zusammenhang mit der direkten Bundessteuer sei aufzuheben und die Sache an das Verwaltungsgericht zur materiellen Beurteilung zurückzuweisen. Das kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.