Citation: 4A_524/2018 E. A

A.a. Le 9 octobre 2009, Z.________ SA, société active dans la prise de participation d'entreprises (ci-après: la propriétaire ou la demanderesse), est devenue propriétaire de l'immeuble litigieux qu'elle a acquis de A.________ selon acte notarié du 10 septembre 2009. La propriétaire a loué l'immeuble, comprenant des locaux commerciaux et un appartement de fonction, à la société U.________ SA, qui était active dans l'horlogerie et dont A.________ était administrateur ou gérant, par contrat des 7 septembre/5 novembre 2009. Le loyer mensuel a été fixé au montant de 5'830 fr. (+ frais accessoires). Selon l'art. 9 de ce contrat, la locataire était autorisée à sous-louer les locaux à n'importe quelles conditions, sans avoir à requérir le consentement du bailleur ni avoir l'obligation de lui indiquer les conditions de la sous-location. La locataire a concédé le droit d'utiliser les locaux à titre gratuit à trois sociétés, L.________ SA, M.________ Sàrl et N.________ SA, dont A.________ était administrateur ou gérant. B.________, directeur de U.________ SA, a attesté le 1er septembre 2011 que la première des sociétés pouvait rester comme sous-locataire sans le paiement d'une location, puis le 30 novembre 2011, il a établi une attestation similaire au profit de la deuxième société. La troisième société, qui n'a été créée que le 26 novembre 2013 ne bénéficie pas d'une telle attestation, mais elle a été inscrite comme ayant son adresse dans les locaux. Les trois sociétés ont fusionné le 9 juin 2016 et sont devenues X.________ SA, à.... Par souci de simplification, on ne parlera plus désormais que de la société (ci-après: la sous-occupante ou la défenderesse).