Citation: 4A_555/2023 E. A

A.a. Par contrat du 18 octobre 2007, I.________ a conclu, à titre "amical et fiduciaire", un bail portant sur un appartement de huit pièces situé au 1er étage de l'immeuble sis... à Genève, dont feue J.________ (ci-après: la bailleresse) était usufruitière et dont les enfants étaient les nus-propriétaires. A.________ (ci-après: la locataire ou la demanderesse ou la recourante) devait occuper l'appartement mais ne souhaitait pas apparaître sur le bail. Le contrat a été conclu pour une durée initiale de cinq ans, du 1er mars 2008 au 28 février 2013, puis il était renouvelable tacitement d'année en année, sauf résiliation moyennant un préavis de trois mois. Le loyer a été fixé à 16'600 fr. par mois, charges comprises. Aux termes des clauses particulières du contrat et des clauses complémentaires faisant partie intégrante du bail, l'appartement était loué en l'état (art. 5 des clauses particulières du contrat). Le locataire était autorisé à effectuer des travaux dans l'appartement, selon une liste annexée au contrat, et pouvait, en cas de départ, négocier avec le nouveau locataire une éventuelle reprise de ces travaux (art. 7 des clauses particulières du contrat). Toutefois, selon l'art. 8 des clauses complémentaires faisant partie intégrante du bail, tous travaux ou apports d'éléments fixes financés par le locataire faisaient partie intégrante de l'appartement et du bâtiment et le locataire sortant ne pouvait exiger une reprise financière ou indemnité pour la plus-value apportée, ni du nouveau locataire lui succédant, ni du bailleur. Enfin, selon l'art. 37 des conditions générales et règles et usages locatifs auxquels le contrat renvoie, en dérogation à l'art. 260a al. 3 CO, le locataire ne pouvait prétendre à aucune indemnité en fin de bail pour les travaux à plus-value réalisés à ses frais et avec le consentement préalable écrit du bailleur dans les locaux loués. Toutes les pages du contrat, y compris celle renvoyant aux conditions générales et règles et usages locatifs, ont été signées ou paraphées par I.________. A.b. A.________ a souhaité effectuer une série de travaux avant de prendre possession de l'appartement. Elle a fait parvenir une liste de ceux-ci à la bailleresse, précisant qu'elle les effectuerait à ses frais et sous son entière responsabilité. La bailleresse les a acceptés par courrier du 27 novembre 2007. Par courrier du 29 novembre 2007, la bailleresse, par sa régie, a informé la locataire que l'état des lieux de sortie de l'ancien locataire avait été effectué et qu'il avait été constaté que l'appartement était en bon état. Elle sollicitait qu'un rendez-vous soit fixé une fois les travaux terminés, afin qu'un état des lieux d'entrée définitif soit organisé. La bailleresse a encore indiqué qu'elle établirait un transfert de bail en faveur de la locataire, début 2008. A.c. Dès début 2008, A.________ est devenue titulaire du contrat de bail à la place de I.________. La locataire a fait procéder à des travaux dans l'appartement, dont le montant total s'est élevé à 994'430 fr. 81. A.d. Par avis du 13 octobre 2015 adressé à I.________, la bailleresse a résilié le bail, avec effet au 28 février 2016. Par courrier des 26 octobre 2015 et 12 novembre 2015, I.________ a demandé les motifs de la résiliation, s'est opposé à celle-ci, a soulevé qu'elle le privait, ainsi que la locataire, de la possibilité de négocier avec un nouveau locataire la reprise des travaux effectués, selon l'art. 7 des clauses particulières du contrat. Il a prétendu au paiement d'une indemnité de 600'000 fr. La bailleresse a répondu le même jour que la résiliation était motivée par la vente de l'appartement dans le cadre d'une répartition familiale. Elle a indiqué que la locataire était au courant de la situation depuis plusieurs années et qu'elle avait elle-même informé la bailleresse du fait qu'elle envisageait de retourner en Angleterre, raison pour laquelle le congé ne lui avait pas été signifié l'année précédente. A.e. Par requête du 13 novembre 2015, I.________ et la locataire ont contesté le congé devant la Commission de conciliation. Par courrier du 5 janvier 2016, la bailleresse a proposé, par gain de paix, de verser une participation de 150'000 fr. pour les travaux effectués par la locataire. Elle considérait que les travaux entrepris étaient des travaux de convenance, mais indiquait tenir compte de l'amélioration des sanitaires et de la cuisine. Elle précisait que le montant serait versé à condition que la locataire s'engage à quitter l'appartement avant le 31 août 2016. La locataire a refusé cette proposition. A.f. Par courrier du 10 mars 2016, la bailleresse a informé I.________ et la locataire qu'en raison d'un accident causé par des travaux de transformation entrepris par les copropriétaires de l'appartement situé au 2e étage, un dégât d'eau était survenu dans l'appartement de la locataire. La fuite d'eau a pu être contenue rapidement mais l'appartement de la locataire avait dû être asséché par l'installation de déshumidificateurs. En outre, l'accident avait causé des dégâts dans l'appartement: un miroir était tombé, la lunette d'un WC avait été cassée et les plafonds avaient dû être refaits. Par courrier du 24 mars 2016, la locataire s'est plainte de la pose des déshumidificateurs dans son appartement en son absence, du fait qu'ils étaient très bruyants et encombrants et qu'ils dégageaient beaucoup de chaleur, ce qui rendait quasiment inhabitables les pièces où ils se trouvaient. La chambre à coucher était inutilisable, de telle sorte qu'elle avait dû déménager ses affaires personnelles. Elle sommait la bailleresse de remédier à la gêne causée par les appareils et l'informait qu'elle réclamerait une baisse de loyer du 10 mars 2016 à la date de la remise en état complète de l'appartement, ainsi qu'une indemnisation pour le dommage subi. Les travaux de remise en état se sont achevés le 8 avril 2016. A.g. Par courrier du 31 mai 2016, I.________ et la locataire ont informé la bailleresse de ce que la locataire avait trouvé une solution de relogement, de telle sorte qu'ils retiraient leur contestation du congé. Ils précisaient ne pas renoncer à leurs prétentions en paiement d'une indemnité pour les travaux à plus-value réalisés avec l'accord de la bailleresse. La bailleresse a signalé, par courrier du 9 juin 2016, qu'elle avait prévu de retirer le congé, après avoir décidé de vendre finalement un autre appartement de l'immeuble. I.________ et la locataire ont persisté à réclamer une indemnité de 600'000 fr., soulignant que le bail avait effectivement pris fin par la résiliation et le retrait de la contestation de celle-ci. Par courrier du 7 juillet 2016, la bailleresse a réitéré son offre de verser la somme de 150'000 fr. à titre d'indemnité pour les travaux réalisés par la locataire, si les locaux étaient libérés avant le 30 septembre 2016. A.h. Par courrier du 14 octobre 2016, I.________ et la locataire ont réclamé à la bailleresse un montant total de 16'800 fr., soit 50 % de réduction de loyer pour les nuisances subies du fait du dégât d'eau entre le 8 mars et le 8 avril 2016 équivalent à 8'300 fr., une réduction de loyer de 25 % depuis fin août 2016 jusqu'à fin octobre 2016, soit 8'300 fr., et 200 fr. pour les frais d'électricité consommée par les déshumidificateurs. De fin août à la fin du bail, la locataire a signalé l'apparition de taches d'humidité dans une des chambres, ayant provoqué un décollement du papier-peint. En outre, un miroir de la salle de bains s'était décroché et s'était brisé, de même que le robinet, le meuble et le sol de la salle de bain sur lesquels il était tombé. Les travaux de réparation du robinet avaient pris fin le 11 octobre 2016. Jusqu'à cette date, l'arrivée d'eau avait été coupée dans la salle de bain, ce qui la rendait inutilisable. Par courrier du 22 décembre 2016, la bailleresse a indiqué à la locataire que dans le cas où son assurance prenait en charge l'intégralité du mois de loyer, elle lui en ferait bénéficier. En l'état, elle lui a proposé une remise du loyer à hauteur de 50 %, hors charges. A.i. L'état des lieux de sortie s'est déroulé le 1er novembre 2016. Selon le constat, l'appartement a été repris en l'état. Par courrier du 3 novembre 2016, la bailleresse a informé I.________ et la locataire qu'elle ne pouvait pas accepter la peinture apposée sur les fenêtres extérieures côté cour ainsi que la peinture verte appliquée dans la salle à manger. Elle prendrait une décision concernant la remise en état lorsque la locataire aurait confirmé qu'elle renonçait à réclamer une participation aux travaux effectués à son entrée. La bailleresse n'a pas libéré la garantie de loyer. Après divers échanges de correspondance au sujet de la garantie bancaire, celle-ci a été débloquée le 19 janvier 2017.