ヴェルトハイムは同名の伯領の中心地に発展し、16世紀以降はレーヴェンシュタイン=ヴェルトハイム伯(後に侯)の統治下に置かれた。この侯領は1806年まで存続し、ライン同盟により陪臣化された。ヴェルトハイム市とマイン川左岸の周辺地域はバーデン大公国に属した。マイン川右岸地域はダールベルク首座大司教のアシャッフェン侯領、後のフランクフルト大公領に属した。これが廃止された後、1815年にヴェルトハイムはバイエルン王国領に移された。ヴェルトハイムはいくつかのアムトの所在地となり、1819年にベツィルクスアムト・ヴェルトハイムに組み込まれた。

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