本種の形態的特徴は大陸原産のオオタナゴにきわめて類似している。たとえばオオタナゴの種小名macropterusとは「大きな鰭」の意で、本種の種小名と由来が共通する。そのため1939年に朝鮮総督府水産試験場の研究者である内田恵太郎により、本種は日本固有種ではなくオオタナゴの異名同種とする見解が示された。しかし後年の研究で、口ひげや縦条の有無・食性・繁殖期・卵形が異なることが判明したためこの見解は否定された。DNA分析によれば本種とオオタナゴの遺伝的距離はゼニタナゴより遠い。なお稚魚はカネヒラやバラタナゴにも似るが、背鰭の稚魚斑によって判別される。

question: 形態的特徴が本種と非常によく似ている魚類は何ですか?, answer: オオタナゴ | question: 本種の稚魚はバラタナゴと何に似ていますか?, answer: カネヒラ