Graduationは物語の真相が明らかになるルートで、初雪の復讐の結末や、桜の正体などが明かされる。桜からメールで告白をされた初雪は、彼女への恋心を自覚する。やがて初雪と桜は結ばれ、2人は廃ホテルで一緒に暮らし始める。進路指導委員会では、恋人同士となった2人の思い出作りのために写真を撮る。しかし、写真の中の桜はどれも白く霞んでいた。写真を見て桜が幽霊ではないかと疑いを持った初雪は、彼女を問いただして真実を知る。桜は、自分は幽霊で初雪と過ごすことが夢だったと語る。そして、桜は幽霊としての時間がないことを初雪に告げ、直後に消滅してしまう。桜を失ったことで歯止めが掛からなくなった初雪は、悪霊たちに唆され、復讐のために自爆テロを起こそうとする。初雪の仲間たちは、彼を止めるために悪霊たちを消滅させようとする。しかし、そこに1年前の記憶を取り戻した綾が現れ、初雪に肩入れをする。仲間たちは初雪と綾に対峙し、少しずつ初雪の中の悪霊を消し去っていく。しかし、初雪の中には亡き父の執念が取り込まれており、なかなか解放されない。仲間や桜の想いを知った初雪は、父親の執念からついに逃れ、自爆テロによる復讐を諦めて生きることを選ぶ。時は流れ、初雪の卒業式の日。初雪は3年間の思い出を胸に、学園内を見て回る。最後に卒業の記念写真を撮ると、そこには幸せそうに笑う桜が写っていた。

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