紀元前6世紀にトランスオクシアナはアケメネス朝のキュロス2世によって征服され、ソグド州に区画される。アケメネス朝期のソグド州でどのような統治が敷かれたかは明らかになっていないが、アラム語・アラム文字が導入され、アラム文字はソグド文字の原型となったと考えられている。アケメネス朝を滅ぼしたマケドニア王国のアレクサンドロス3世に対してトランスオクシアナの住民は一度は降伏するも反乱を起こし、紀元前329年から紀元前327年までの間およそ50,000のマケドニア兵が反乱の鎮圧に動員された。アレクサンドロス3世による征服の後、ヘレニズム文化がトランスオクシアナにもたらされる。

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