1547年、エリザベスが13歳の時に父ヘンリー8世が死去し、幼い異母弟のエドワード6世が即位した。母方の伯父ハフォード伯エドワード・シーモアがサマセット公爵そして保護卿となって実権を握り、その弟のスードリー男爵トマス・シーモアは海軍卿になった。プロテスタント貴族に取り巻かれたエドワード6世は急進的なプロテスタント化政策を推し進めることになる。ヘンリーの最後の王妃であったキャサリン・パーは程なくトマス・シーモアと再婚する。夫妻はエリザベスをチェルシーの邸宅に引き取った。ここで彼女は情緒的危機に直面し、歴史家の中にはこの事件が彼女の人生に悪影響を残したと考える者もいる。シーモアは40歳に近かったが魅力的で「強いセックスアピール」を有しており、14歳のエリザベスは、キャサリンの説得により自らの王位継承権が復活され、自身も残っている手紙の中でキャサリンを「大好きなお母様」と呼んでいたにも拘らず、シーモアと騒々しく遊び、悪ふざけをした。シーモアは寝間着姿でエリザベスの寝室に入り込んだり、馴れ馴れしく彼女の臀部を叩いたりすることもあった。ある日、キャサリン・パーが抱き合っている2人を見つけ、彼女はこの状況を終わりにさせた。1548年5月にエリザベスは追い出されている。

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