1499年5月、ルイ12世の後ろ盾もあって、チェーザレはナバーラ王フアン3世の妹シャルロット・ダルブレと結婚し、アンボワーズ城で挙式を行った。その後、聖ミカエル騎士団の騎士にも叙され、フランス王家との養子縁組も行って、以降チェーザレはチェーザレ・ボルジア・ディ・フランチア(CésarBorgiadeFrancia,セザール・ボルジア・ド・フランシア)と称することとなった。全ての儀式を終えたチェーザレは、「ヴァランス公爵」(ヴァレンティーノ公爵)としてフランス軍に参加するためにミラノへ向けてフランスを出立した。シャルロットとの生活はチェーザレが7月にフランス国外へ出るまでの2か月に過ぎなかったが、翌年5月17日に娘ルイーザが生まれた。ミラノ公国とフランスの戦いはあっさりと決着がついて、10月にチェーザレはフランス軍と共にミラノへ入城した。

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