農作物への煙害の中でもとりわけ問題となったのが、茨城県北部で広く栽培され「水府タバコ」と呼ばれ特産品となっていたタバコへの被害であった。タバコは作物の中でも煙害に弱かったが、日立鉱山近隣でのタバコの栽培面積は狭く、被害発生当初は大きな問題とはならなかった。しかし鉱山の発展に伴い煙害が拡大する中、茨城県北部一帯に甚大な被害を与えるようになり、タバコは単一の農作物としては最大の煙害被害補償額を費やした。水府煙草生産同業組合は太田町周辺の2町16村で組織された連合煙害調査会とともに煙害被害糾弾の急先鋒となり、1913年(大正2年)7月には日立鉱山側に対して「早急に煙害防止工事を実施するかタバコ生育期間である5月から9月にかけての精練を中止をするよう」などといった要求を行うに至った。その後も被害の目立った軽減が見られないため、水府煙草生産同業組合は他地域の組合への応援要請を行い、日立鉱山幹部への直談判、更には知事、専売局長を通じて大蔵大臣そして農商務大臣への陳情を計画した。またタバコは当時の国税の中で大きなウエイトを占めていたため、日立鉱山の排煙によるタバコの被害は大きな問題とされ、1912年(大正元年)9月には水戸専売支局長から日立鉱山の煙害問題に関して遺憾の意が表明されるに至った。

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