分類学的には、シアノバクテリア門(藍色細菌門)(学名:Cyanobacteria)に分類される。2019年現在、メタゲノム研究(水などのサンプルから直接抽出したDNAに基づくゲノム研究であり、培養できない生物の性質を推定できる)から、藍藻に近縁であるが光合成能をもたない細菌群がいくつか見つかっている(メライナバクテリアなど)。これらの細菌群も光合成を行う藍藻とともにシアノバクテリア門に分類されることがあるが、以下では主に光合成を行う藍藻についてのみ概説する。

question: 分類学において、藍藻は何に分類されているの?, answer: シアノバクテリア門