アメリカ合衆国統計局によると、ヒューストン市の総面積は1,558.4km2である。そのうち1,500.7km2が陸地で57.7km2が水域である。総面積の3.70%が水域になっている。ダウンタウンの標高は約15mである。市の最高点はダウンタウンから遠く離れた北西部にあるが、それでも標高は約38mにとどまる。ヒューストン地域の大部分はメキシコ湾西岸草原地帯に属する。その植生は亜熱帯性の森林および草原に分類される。市の大部分は森林、湿地、沼地、草原を切り開いて建設された。同じメキシコ湾岸の低湿地に位置するニューオーリンズほどではないものの、土地が低く平坦で、かつ市街地のスプロール化が進行しているヒューストンは、洪水の被害に見舞われやすい。かつては水道水源を地下水に頼っていたが、地盤沈下を引き起こしたため、ヒューストン湖やコンロー湖などの地表水を用いるようになった。

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