ドイルは大学卒業後の1881年10月にアフリカ汽船会社に船医として就職した。10月末にリヴァプールから出航したアフリカ行きのマユンバに乗船したが、客が次々とマラリアに罹患してその治療に悪戦苦闘し、彼自身もマラリアを罹患して一時生死の境をさまよった。気候も暑くてたまらなかったという。1882年1月にリヴァプールへ戻ったころにはこれ以上アフリカ行きの船の船医を続ける気にはなれなくなっており、退職した。このあと、ロンドンの伯父たちに会って支援を受けようとしたが、敬虔なカトリックである彼らは信仰心を失ったドイルを助けてはくれなかった。1882年5月にはエジンバラ大学の同級生ジョージ・バッドに誘われて、プリマスのバッドの診察所の共同経営者となった。バッドの診察は型破りとして評判で客が多かったが、ドイルが診察を分担するようになってから客が減ってきたため、2か月もたたないうちに2人の関係は破局した。バッドが「ドイルの看板が外にあるから客が減るのだ」と非難してきたのを機にドイルはバッドと袂を分かつ決意を固めた。1882年6月末からポーツマス郊外サウスシーで診察所を個人開業するようになった。8年にわたって診察所を続けたが、その年収が300ポンドを超えた年はなかった。すでに医師が多くいる地域だったためこれ以上の成功は望めない状況だったという。スポーツが得意だったため地域社会にはすぐに溶け込め、ボウリング大会で優勝したり、クリケット・クラブの主将を務めたり、フットボール・クラブの立ち上げにも参加した。1885年には病死した患者の姉であるルイーズ・ホーキンズと最初の結婚をした。

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