知られている限り、全ての藍藻は酸素発生型光合成を行う。ただし好気環境下では酸素発生型光合成を行うが、嫌気環境下では非酸素発生型光合成(光化学系Iを使用し、硫化水素を電子供与体として硫黄を生成)を行う例が知られている。また連続暗黒下でも、有機物を利用した従属栄養を行って生育可能な種(通性光独立栄養性)もいる。Synechocystissp.PCC6803など従属栄養能をもつ藍藻は、光合成遺伝子の変異が致死的にならないため(光合成しなくても生きていける)、光合成研究のモデル生物として広く用いられている。またメタゲノム研究(海水などの環境から直接抽出したDNAをもとにしたゲノム解析)から、光合成能を含め代謝的に不完全(光化学系II、ルビスコ、クエン酸回路などの欠失)な藍藻(UCYN-A,unicellularcyanobacteriagroupA)の存在が示されているが、これは他生物に共生して栄養的に依存して生きているものと考えられている。古くは「無色の藍藻」が報告されているが、少なくともその一部は全く別の細菌群に属することが明らかとなっている(例:ベッギアトア属)。

question: 嫌気環境下では藍藻は何を行いますか?, answer: 非酸素発生型光合成 | question: 光合成しなくても生きていける藍藻は何をもっていますか?, answer: 従属栄養能