大学でもチェンバレンを止められる選手は誰も居なかった。カンザス大学での1年目(1955年)、1年生で編成されたチームで上級生チームに挑んだところ、チェンバレンは52得点29リバウンド4ブロックをあげ、上級生チームを破ってしまった。1956年12月3日の公式デビュー戦(当時1年生は公式試合には出場できなかった)では52得点31リバウンドを記録。チェンバレンの活躍でカンザス大はこのシーズン13勝1敗の成績を残した(1敗はオクラホマ州立大学との試合で、56-54のリードを奪っていたオクラホマ州立大が、試合終了までの3分30秒もの間ボールをキープし続けたために負けた。当時はまだショットクロックがなかった)。テキサス州ダラスで開催された1957年のNCAAトーナメントの中西部地域トーナメントの1回戦では白人ばかりのチームと対戦した。人種差別が色濃く残る時代と土地での試合だけあって、黒人のチェンバレンがエースを務めるカンザス大は目の敵とされ、試合中も散々罵倒され、物を投げつけられた挙句、カンザス大が勝利すると憤った群集がカンザス大のバスを乗っ取ろうとしたため、警官が出場する騒動に発展した。その後も観客からの妨害活動は続いたがカンザス大は勝ち進み、ついにはNCAAトーナメント決勝に進出し、ノースカロライナ大学と対戦。カンザス大はノースカロライナ大のチェンバレンに対する徹底したトリプルチームに苦しみ、トリプルオーバータイムまでもつれる接戦を演じた末に、惜敗した。チェンバレンはトーナメントのファイナル4最優秀選手と、オールアメリカ1stチームに選ばれた。

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