「能動的三分間」のミュージック・ビデオは、児玉裕一が監督を務めている。児玉はミュージック・ビデオとともに、椎名が出演したガムのコマーシャルにおいても演出を務めている。ミュージック・ビデオは、2009年11月17日に東京事変の公式サイトにて先行公開された。ビデオは曲のタイトルにもなっている"3分間"がフィーチャーされている。映像は、椎名を中心に姿をそのままに周りの風景や人物のみが変化し切り替わるという構成による映像手法がとられており、ビデオ中ではボーカルの椎名とバンドメンバーのギタリスト浮雲、キーボーディスト伊澤一葉、ベーシスト亀田誠治、ドラマー刄田綴色がそれぞれ2人ずつで、異なる空間においてスタンドマイクで歌う椎名と共に自らのバンドにおける担当楽器を演奏する場面も登場する。ビデオでは、椎名が歌う楽曲歌詞の英語詞に対して日本語訳詞もあてられている。このビデオは椎名が出演したテレビ・コマーシャルとも関連性を持っており、コマーシャル内で椎名が披露したマイケル・ジャクソンのパフォーマンスとしても著名なムーンウォークがビデオ内でも披露されている。このムーンウォークはコマーシャルの撮影においてコマーシャル監督が椎名に「何かインパクトのある面白いポーズがないか」と提案したのを受け椎名が発案し、採用されたもので、このパフォーマンスがビデオにも転用されている。ビデオ内では、椎名のほかにもバンドメンバー全員がムーンウォークを行っている。

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