第二次エジプト・トルコ戦争敗戦後、ムハンマド・アリーは一時精神的に不安定な状態に陥りながらも引き続き政務を執ったが、1847年頃に老衰の兆しがみられるようになり、1848年4月5日に総督の地位を長男イブラーヒーム・パシャに譲った。しかしイブラーヒーム・パシャは同年11月20日に結核により死去した。その跡を継いだのは次男アフマド・トゥーソンの子アッバース・パシャであった。実孫アッバース・パシャに対するムハンマド・アリーの評価は極めて低く、イブラーヒーム・パシャの死を知ったムハンマド・アリーは「これでアッバース・ヒルミがあとを継ぐことになるのか。我々が築き上げてきたものはすべて台無しになるだろう」と嘆いたという。実際にアッバース・パシャはそれまで推し進められてきた近代化政策を否定する方針を打ち出した。1849年8月2日、アレクサンドリアで死去。遺体はカイロのムハンマド・アリー・モスクに安置された。

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