当時オスマン帝国領だったカヴァラ(帝国の欧州側・バルカン半島のマケドニア地方東部の港町。現ギリシャ領テッサロニキ近郊)に生まれる。生年については諸説あるが、ムハンマド・アリー自身は1769年生まれと称し、「私はアレクサンダーの故郷で、ナポレオンと同じ年に生まれた」と語ることを好んだという。民族的な出自はアルバニア系ともトルコ系ともイラン系ともクルド系とも言われるが、アルバニア系とする見解が主流である。いずれにしても欧州出身ということになる。父のイブラーヒーム・アーガーは街道の警備を担当する非正規部隊の司令官で、母のハドラはカヴァラ市長官の親戚であった。幼い頃に父を失ったムハンマド・アリーは市長官のもとに預けられて成長し、18歳のとき市長官の親戚の女性と結婚して父の職を引き継いだ。前半生は多分に伝説的で、ムハンマド・アリーがこの時期の自分自身について言及することはなかった。岩永博によると、「比類ない出世を遂げた偉大な君主の、後身に釣り合わない青年時代の身分の卑しさを修飾する捏造」が疑われる言い伝えも存在する。

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