吹上御苑は徳川家宣の代になって、全国の諸大名から珍石、名木を蒐集し、また大名たちに工事を請け負わせ、庭園施設の整備などが進められほぼ完成した。このときの工事によって現在も吹上御苑内にある約1ヘクタールの大きさの大池や、大滝と滝下の流れが造られたと考えられている。そしてこの頃以降、現在の吹上御苑付近は田地、広芝、新構の3地区に分けて呼ばれるようになった。新構は南側の地域に当たり、現在は生物学御研究所、賢所、桑畑などがある地域である。田地は北部の比較的標高が低い場所で、名前の通り江戸時代には一部地域が水田とされ、毎年約米10俵の収穫があったという。広芝は新構と田地の中間に位置し、やはり名前の通り広い芝地が中央にあって、将軍の武術鍛錬や閲兵などに使用されていた。徳川吉宗の時代となると、実用主義を重んじた吉宗の考えにより、多くの庭園設備は壊され、学問所や天文所、馬場や鉄砲所、そして酒や砂糖などの食品製造施設などが建てられ、クリ、ハゼノキ、サツマイモなど商品作物を植えられた。いったん装いを新たにした吹上御苑であったが、吉宗の建設した実用的な施設はやがて廃絶した。化政文化で知られる徳川家斉の時代には再び庭園としての整備が大規模に進められ、更には全国から名所の松の苗木を40本取り寄せて、山吹の流れ沿いに植えるなどした。その後江戸時代末期にかけては吹上御苑を手入れする余裕もなかったらしく、大きな変化は無かったとされる。

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