ヒルズボロの公立学校はヒルズボロ公立学区により運営され、23校の小学校、4校の中学校、4校の高等学校が所属している。また、オルターナティブ・スクールが1校と、ヘア・フィールドと呼ばれる競技場がある。ヒルズボロ公立学区が対象とする自治体に、ヒルズボロ、ショールズ、リードヴィル、ノース・プレーンズ、ウェスト・ユニオンなどが含まれる。2006年現在の全生徒数は19,938人で、州内では4番目に大きな学区である。高等教育に関しては、オレゴン健康科学大学のウェスト・キャンパスと、オレゴン工科大学(OIT)のポートランド・ウェスト衛星キャンパスがある。OHSUのこのキャンパスは、元々はオレゴン大学院大学とOHSUのオレゴン国立霊長類研究センターが置かれていた敷地であった。OHSUキャンパスとOITキャンパスは、タナスボーン地区にある。パシフィック大学は、ヘルス・プロフェッションズ・キャンパスを、ダウンタウンのトゥアリティ市民病院の隣に構えている。その他の教育機関に、労働力研修センター(キャピタル・センター)と、フェニックス大学の支部があり、共にタナスボーンにある。また、ヒルズボロには様々な私立の小学校や中等学校がある。主なものとして、フェイス・バイブル高等学校、セント・マシューズ教区立学校、トゥアラティン・ヴァレー・ジュニア・アカデミー、スワローテイル・スクール、ヘリテージ・クリスチャン・スクールがある。

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