1933年12月17日、ダライ・ラマ13世は死去した。死去には軍司令官のクンペラ、侍医、神託僧のみが立ち会った。クンペラが与えた薬が死期を早めたという噂もあった[51]。ソビエト連邦か日本が暗殺に関わったとの噂も流れた。ロイター通信は13世が毒殺されたと伝えた。多田等観は、急性肺炎で死んだとの話を伝え聞いている。中華民国は13世の死後、自国に留めて置いたパンチェン・ラマ9世をチベットに送り返し、チベットの政治に中華民国の意思を反映させようとした。しかしパンチェン・ラマ9世はラサ到着前に急死した。ダライ・ラマ13世の死で、チベットの独立性はやや後退した。中華民国の国民党政府は蒙蔵委員会のメンバーの一部を13世の葬儀に弔問使節として送り、そのまま駐蔵弁事官としてチベットに留まらせることに成功している。実質的な権限はほとんど無かったが、中華人民共和国が成立した1949年にラサ政府が全員退去させるまでこの部署が存在した。この退去事件が中華人民共和国のチベット侵攻のきっかけの一つとなった。ダライ・ラマの転生者は、ラサ政府が協力を必要としている地域から発見されるのが常であり、ダライ・ラマ14世は1939年に中華民国青海省のチベット人居住地区タクツェルで発見された。14世は5歳までそのまま中華民国内で育てられ、その後にラサに移された。そして1940年2月22日に即位した。

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