1989年、手塚治虫が亡くなった時、宮崎駿は漫画では自分も影響を強く受けた、と全面的に肯定した上で、アニメーション作家としての手塚治虫を、店子(たなこ)を集めてムリやり義太夫を聴かせる落語の長屋の大家と同じであると、痛烈に批判した。同じインタビューの中では、手塚治虫作品の悲劇性についても否定的な見解を示し、その文脈から「ある街角の物語」「しずく」などの、手塚が自主制作していたアニメ作品に対しても、否定的評価を下した。それ以降は、手塚について語る事はほとんど無かったが、2009年に行われたインタビューでは、7歳の時に手塚の「新宝島」を読み「いわく言い難いほどの衝撃」を受けたことや、初期のSF三部作の虜になっていたことを明かした。その一方で、アニメ作品に対しての評価は変わらず、「しかし、僕は手塚さんがひどいアニメーションを作ったことに、ホッとしたのかもしれません。これで太刀打ちできると」と述べた。宮崎は1963年に東映動画で手塚治虫原案の「わんわん忠臣蔵」にアニメーターの一人として参加し、1977年には手塚治虫原案の「草原の子テングリ」でレイアウトを務めた。また1981年には手塚と宮﨑との合作アニメ映画「ロルフ」も企画されていた。この合作は作られなかったがロルフの企画は名前を変え「風の谷のナウシカ」の原案になった。前述の手塚治虫に対する批判の1年程前にディズニーに対しても批判をおこなっている。「ぼくはディズニーの作品がキライだ。入口と出口が同じ低さと広さで並んでいる。ぼくには観客蔑視としか思えないのである」。その一方で配給やスタジオジブリの社長をディズニー日本法人の社長が務めるなどディズニーとジブリは密接な提携を結んでおり、近年では賞賛の発言が見られる。スタジオジブリが協力したディズニー・アート展の特集番組では「芸の力」、「本当に驚きましたね」、「尊敬の念は消えません」など賛辞を述べている。

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