菊池川流域では、山鹿の1,455.3mmをはじめ、菊池郡菊池村立門(菊池市)で830.2mm、菊池郡隈府町(菊池市)で599.4mmなど、猛烈な雨が流域を襲った。特に山鹿では、6月25日に1日雨量としても最大となる528mmを記録したほか、26日には418.5mm、27日には282mmという猛烈な雨となっている。このため、菊池川本流や支流の迫間川、合志川などが氾濫、菊池川の水位は最大で9mにも達した。玉名市、菊池村、隈府町、山鹿町などが浸水被害を受け、菊池川流域では死者7名、全半壊家屋572棟、浸水家屋1万5,335棟に上った。筑後川上流部の熊本県流域でも猛烈な豪雨が降ったことにより、筑後川(杖立川)の水位が、6月26日10時に九州電力杖立取水堰地点で警戒水位を7m以上上回る12.50mに達した。これにより、川沿いにある杖立温泉ではすべての連絡手段が不通となり孤立、旅館などが流失・損壊するなど大きな被害となった。

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