司馬遷は、一族代々の墓があった左馮翊夏陽県竜門で生まれた。彼はそこで10歳になる前まで過ごし、農耕や牧畜などを通じて壮健な身体を育んだ。9歳になる頃までには家塾での勉学を始めた。10歳の時には「古文を誦んじた」という。『尚書』を学んだ師である孔安国は当時侍中の任にあったことから、司馬遷は長安へ移っていたと考えられる。さらに董仲舒らにも師事し、歴史書『春秋』は政治の根本原理を体現したものだと主張する公羊学派の影響を受けた。

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