ネコ2世が死去すると事業は中止された。ヘロドトスはその理由を、運河の完成は他国に利すると警告する神託があったためという。実際には、ネブカドネザル2世との戦争が事業継続を不可能にした。ネコ2世の運河は、古代エジプトを征服したペルシアのダレイオス1世によって完成された。当時、ヘリオポリス湾と紅海の間にはグレートビター湖のちょうど南に位置したシャルーフ(Shaluf、Chalouf、Shaloof)の町近郊を通る自然の水路があった。しかしこれはシルトで埋まっていたため、ダレイオス1世は浚渫させて船の通行を可能にしたと言われる。こうして造られた運河は、ヘロドトスによると2隻の三段櫂船がオールを出した状態ですれ違うことが出来る程に広く、全長を進むのに4日間を有した。ダレイオス1世はこの事業を記念し、スエズ市から数マイル北にあるカブレット(Kabret)近郊などナイル川の土手に数多い花崗岩製の石碑を据えた。この『大ダレイオスのスエズ碑銘』は、「聖なる王ダレイオス:ペルシアの王たる朕は故国を発ちエジプトを征した。朕はエジプトを流れるナイルの川よりペルシア領の端にあたる海まで運河を築くことを命じた。開かれた運河は、朕の意図のままにエジプトからペルシアへ海路を繋げた。」と伝える。運河はナイル川のブバスティスに繋がっていた。ピションにある記念柱の碑文によると、紀元前270年もしくはその翌年にプトレマイオス2世は、紅海のヘリオポリス湾にあるアルシノエに閘門つき水門を設置し、海水が運河に流れ込まず淡水が維持されるように工夫して運河を再開させたとある。

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