ムカシトカゲは姉妹群である有鱗目と共に、鱗竜形類の唯一の現存群である鱗竜類に属する。ムカシトカゲの祖先はおそらく鱗竜形下綱と主竜形下綱の分岐点近くに由来しており、「原爬虫類」に最も近い現存種である。ムカシトカゲはトカゲ類にそっくりではあるが、その類似はほとんど表面的なものであり、爬虫類の中でも独特ないくつかの特徴をもっている。典型的なトカゲ型の姿というものは初期の有羊膜類に共通のものであり、知られている中で最古の爬虫類の化石もトカゲ型の姿をしている。グレイが模式標本を記載する際、ムカシトカゲは有鱗目トカゲ亜目の仲間として分類された。そしてそれは、1867年に同博物館のアルベルト・ギュンターがこの動物の独特な各特徴(解剖学の項参照)に注目し、化石種の仲間と会わせてRhyncocephalia(喙頭目:「嘴を持った頭」喙は嘴の意)という目を提唱してそこに属させるまで続いた。しかし、ギュンターの喙頭目の設立以来多くの無関係の種がこの目に加えられてきた。このことは結果として喙頭目をいわゆる「分類のゴミ箱」にしてしまった。しかし1969年になってO.クーンによってこれまで喙頭目とされてきたグループはムカシトカゲ目とリンコサウルス目に分割され、リンコサウルス目は主竜類に再分類された。現在、ほとんどの研究者はムカシトカゲとその親類に対してより限定的な名称であるSphenodontiaを使用する傾向がある。Sphenodontiaはウィリストンによって1925年に提唱されたため、エステスによって1983年に提唱された類似した名称であるSphenodontidaに対して優先権がある。

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