1999年のシリーズ第23作『ゴジラ2000ミレニアム』でゴジラ映画が再開された。この作品で2度目の世界観のリセットが行われる。第1作以外の過去のエピソードは一切語られず、ゴジラは地震や台風などの自然災害と同じように文明への脅威の存在として設定された。本シリーズの一部は第1作とその他の東宝特撮作品の世界観を反映した。しかし200万人から400万人と比較的高い観客動員数を維持した平成ゴジラシリーズと比べ、本シリーズは100万人から200万人ほどと大幅に減少した。そのため平成ゴジラシリーズと同じく、モスラ、キングギドラ、メカゴジラなどの人気怪獣の再登場路線となった。2001年から2003年までは『とっとこハム太郎』と併映されることになり、その影響で第26作『ゴジラ×メカゴジラ』、第27作『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ東京SOS』の2作は例年より15分ほど、上映時間が短縮化されている。2003年の『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ東京SOS』は110万人と当時のワースト3位を記録(現在はワースト4位)した。制作サイドの目指す本当に新しい「ゴジラ映画」を制作することが当時の技術では困難として、ゴジラ50周年の節目である2004年にシリーズ集大成となる最高の「ゴジラ映画」を作り上げて締めくくろうということになり、同年公開の第28作『ゴジラFINALWARS』にてゴジラシリーズは再度終了となり、東宝が製作するゴジラシリーズは10年以上途絶えることとなる。ゴジラシリーズに数多く出演した水野久美や佐原健二らは『FINALWARS』のパンフレットで「まだゴジラシリーズに出演したい」というような趣旨のコメントを寄せた。

question: 『ゴジラ×メカゴジラ』はゴジラ映画のだい何作目ですか?, answer: 第26作 | question: 『とっとこハム太郎』が併映されたのは何年からですか?, answer: 2001年 | question: 2004年はゴジラ誕生何周年目ですか?, answer: 50周年 | question: 『ゴジラFINALWARS』はゴジラシリーズの第何作目ですか?, answer: 第28作