RÉPUBLIQUE ET CANTON DU JURA TRIBUNAL CANTONAL COUR ADMINISTRATIVE ADM 136 / 2021 Présidente : Sylviane Liniger Odiet Juges : Daniel Logos, Philippe Guélat, Jean Crevoisier et Pascal Chappuis Greffière : Carine Guenat ARRET DU 15 NOVEMBRE 2022 en la cause liée entre A.________ SA, - représentée par Me Philippe Frésard, avocat à Berne, recourante, et le Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, rue de l'Hôpital 2, 2800 Delémont, intimé, relative à la décision de l’intimé du 29 juin 2021. ______ CONSIDÉRANT En fait : A. A.________ SA (ci-après : la recourante) exploite une centrale hydroélectrique sur le Doubs à St-Ursanne depuis le 14 avril 2000, date à laquelle elle a racheté le droit d’eau immémorial inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent (feuillet no 354 ; PJ 5 recourante). B. Les éléments suivants ressortent du dossier.2 B.1 Dans le cadre de la planification stratégique cantonale relative au rétablissement de la migration du poisson achevée fin 2014 et validée par l’Office fédéral de l’environnement le 20 mai 2015, il est apparu que les installations de la recourante comportaient trois obstacles qui nécessitent un assainissement, à savoir le seuil de prise d’eau, la prise d’eau avec grille fine et dégrilleur, ainsi que le canal de fuite. Une décision d’assainissement du seuil de A.________ SA a été rendue par l’Office de l’environnement du canton du Jura (ci-après : l’ENV) aux termes de laquelle la recourante devait présenter deux variantes (PJ 14 recourante), puis une décision sur opposition le 17 août 2016 rejetant l’opposition (PJ 7 recourante). Le seuil de l’usine hydroélectrique représentant un obstacle difficilement franchissable, voire infranchissable, pour certaines espèces de poissons présentes dans le Doubs, une décision, respectivement décision sur opposition a été rendue par l’ENV le 17 août 2016 afin de réaliser un projet de ruisseau de contournement et les mesures d’assainissement (dossier intimé, p. 701 à 705 ; les pages citées ci-après sans autre référence renvoient au dossier de l’intimé). Les discussions ont continué entre la recourante, le canton et la Confédération pour assurer la réalisation des mesures, son financement et son suivi (p. 465 à 699 ss). B.2 Le 24 novembre 2017, l’ENV a également rendu une décision visant à garantir un débit résiduel (p. 456s.), à laquelle l’Office fédéral de l’environnement (OFEV) a formé opposition (p. 453). B.3 En avril 2018, une étude sommaire concernant les variantes d’assainissement a été réalisée. Une desdites variantes prévoit l’abandon de l’exploitation (p. 281 ss). B.4 Une convention a été signée entre la recourante, l’ENV et l’OFEV en septembre 2018, aux termes de laquelle les parties ont notamment convenu que la République et Canton du Jura assumera la construction du ruisseau de contournement (p. 279), ruisseau qui est fonctionnel depuis 2019. C. C.1 Par courrier du 29 août 2019, faisant suite à l’arrêt du Tribunal fédéral 1C_631/2017 du 29 mars 2019 (ATF 145 II 140), l’OFEV a informé l’ENV que l’ouvrage de la recourante sur le Doubs devrait faire l’objet d’une procédure d’octroi de concession qui fixera le débit résiduel. De ce fait, il a suspendu la procédure et les discussions en rapport avec la dévalaison du poisson et l’ampleur du dédommagement jusqu’à la fin de la procédure d’octroi de la concession (p. 259s.). C.2 Le 11 novembre 2019, l’ENV a transmis ledit courrier à la recourante et lui a en particulier proposé un dédommagement forfaitaire de CHF 250'000.- contre son engagement à renoncer définitivement à l’exploitation hydroélectrique de A.________ (p. 249s.).3 C.3 Par courrier du 16 janvier 2020, la recourante a estimé que l’exigence de l’OFEV s’agissant de la concession constitue une expropriation pour laquelle il manque une base légale et qui doit, quoi qu’il en soit, faire l’objet d’une indemnisation pleine et entière, dès lors que son droit d’eau est un droit de propriété qui constitue un droit acquis (p. 245 ss). C.4 Après échanges de courriers avec le canton, l’OFEV a précisé le 27 mai 2020 que l’arrêt du Tribunal fédéral imposait une adaptation au droit en vigueur à la première occasion, ce qui est le cas de l’assainissement de A.________. Il appartient au canton de demander à l’exploitant d’introduire une demande d’autorisation pour la poursuite de l’exploitation de la centrale hydroélectrique, respectivement d’ordonner la cessation de l’exploitation à une date à fixer si le propriétaire n’introduit pas de demande de concession (p. 239). C.5 L’ENV a écrit dans ce sens à la recourante le 8 octobre 2020 (p. 233s.). Elle lui a imparti un délai au 1er avril 2021 pour déposer une demande d’autorisation préalable d’établir un projet de concession de force hydraulique si elle entend poursuivre l’exploitation des installations du site. C.6 Le 26 février 2021, la recourante s’est déterminée sur ce courrier et a contesté devoir lancer quelque procédure que ce soit, en particulier déposer une demande d’autorisation préalable pour établir une concession. Elle conteste que l’arrêt du Tribunal fédéral puisse permettre de supprimer le droit d’eau immémorial inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent (p. 9 ss). D. Par décision du 29 juin 2021, le Gouvernement de la République et Canton du Jura (ci-après : l’intimé) a supprimé le droit d’eau immémorial de la recourante avec effet au 31 décembre 2028, interdit l’exploitation des installations de force hydraulique à partir du 1er janvier 2029 et dit que les art. 66 et 69 LFH s’appliquent par analogie au sort des installations à la cessation de l’exploitation. E. Par mémoire du 16 septembre 2021, la recourante a interjeté recours auprès de la Cour administrative contre cette décision. Elle a retenu les conclusions suivantes : 1. Constater la nullité de la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 ; 2. Subsidiairement, annuler la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 et renvoyer l’affaire à l’autorité compétente pour nouvelle décision ; ordonner que celle-ci tranche la question de l’extinction du droit d’eau immémorial dans une décision partielle indépendante sujette à recours ; 3. Sous subsidiairement 1, annuler la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 ; 4. Sous-subsidiairement 2, annuler la décision du Gouvernement du 29 juin 2021 dans la mesure où elle supprime le droit d’eau immémorial de la recourante avec effet au 31 décembre 2028, où elle interdit l’exploitation des installations de force hydraulique à partir du 1er janvier 2029, où elle ordonne l’application par analogie des art. 66 et 69 LFH au sort des installations à la cessation de l’exploitation et où elle met les frais de la décision à la charge de la recourante ; renvoyer l’affaire 4 devant l’instance inférieure pour déterminer les modalités de l’extinction du droit d’eau immémorial de la recourante en bonne et due forme (par le biais d’un contrat de droit administratif ou d’une décision), y compris les questions du sort de l’installation de force hydraulique, notamment le seuil, de l’indemnisation ainsi que de la décision de l’ENV du 17 août 2016 ; le tout sous suite de frais et dépens (plus TVA) à charge de la République et Canton du Jura. A titre préjudiciel, elle a sollicité la limitation de la procédure aux questions de la nullité de la décision litigieuse et du respect du droit d’être entendu. En résumé, elle fait valoir que le Gouvernement n’était pas compétent pour rendre la décision litigieuse. Dans la mesure où le droit d’eau constitue lui-même un immeuble immatriculé au registre foncier, sa suppression suppose une procédure d’expropriation avec indemnisation complète et ensuite sa radiation au registre foncier, lesquelles relèvent de la juridiction civile. La recourante invoque également la violation de son droit d’être entendue dans la mesure où le Gouvernement ne l’a pas entendue avant de rendre sa décision. Elle estime que la suppression du droit d’eau et la limitation de la durée de l’exploitation sont illicites, la situation de la recourante étant différente de celle de l’ATF 145 II 140. En outre, il n’y a pas lieu de supprimer le droit d’eau, car, à l’exclusion du rétablissement du franchissement piscicole du seuil, les aspects de l’exploitation sont conformes au droit. La suppression du droit d’eau est contraire à la Constitution, notamment à la garantie de la propriété, le droit d’eau étant protégé par l’art. 190 Cst. La recourante conteste les motifs retenus pour la suppression du droit d’eau et estime que la détermination de la date de fin d’exploitation a été fixée de manière arbitraire. F. Par courrier du 5 décembre 2021, l’intimé s’est opposé à la limitation de la procédure aux questions de la nullité de la décision litigieuse et du respect du droit d’être entendu. G. Dans sa détermination du 21 décembre 2021, l’intimé a conclu au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. Il relève que suite à la jurisprudence rendue en 2019 et compte tenu du refus de la recourante de déposer un projet préliminaire en vue de l’octroi d’une concession, il lui incombait de rendre la décision attaquée. Il conteste toute violation du droit d’être entendu, ainsi que l’illicéité de la suppression du droit d’eau immémorial et de la limitation de la durée de l’exploitation. Il estime que le calcul effectué par la recourante pour la durée d’amortissement de l’exploitation est erroné. H. Le 28 février 2022, la juge instructrice a refusé de limiter la procédure tel que requis par la recourante. Elle a en outre requis du registre foncier la production des actes instituant la force hydraulique en droit distinct et permanent du 29 mars 1933 et l’acte du 14 avril 2000 constitutif de la propriété de la recourante.5 I. Dans sa réplique du 29 avril 2022, la recourante a confirmé les conclusions de son recours et sa motivation. Elle a en outre estimé que l’obligation d’assainissement à la charge du titulaire du droit d’usage ou d’utilisation ne peut être exigée que dans la mesure où la mesure est économiquement supportable et n’empiète pas sur le droit acquis sinon, l’Etat est tenu d’indemniser le justiciable. J. Dupliquant le 28 juin 2022, l’intimé a confirmé les conclusions et les motifs de sa réponse. Il conteste les allégués de la recourante, précisant s’être fondé sur les chiffres de cette dernière pour calculer l’indemnisation. K. Il sera revenu ci-après en tant que de besoin sur les autres éléments du dossier. En droit : 1. La Cour administrative, dans une composition à cinq juges (art. 24 al. 2 let. a LOJ), est compétente en vertu de l'art. 160 let. a Cpa. Interjeté dans les formes et délai légaux par une personne disposant manifestement de la qualité pour recourir, le recours est recevable et il y a lieu d'entrer en matière. 2. La recourante se prévaut d’une violation de son droit d’être entendue. Ce grief d’ordre formel doit être examiné en premier lieu. 2.1 Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable ancrée à l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. aussi art. 6 par. 1 CEDH ; art. 3 al. 2 let. c CPP et 107 CPP), englobe notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu se rapporte surtout à la constatation des faits. Le droit des parties d'être interpellées sur des questions juridiques n'est reconnu que de manière restreinte (TF 4A_525/2017 du 9 août 2018 consid. 3.1), lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large. L'autorité n'a donc pas à soumettre par avance aux parties, pour prise de position, le raisonnement qu'elle entend tenir. Cependant, lorsqu'elle envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, le droit d'être entendu implique de donner au justiciable la possibilité de se déterminer à ce sujet (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les références).6 2.2 En l’espèce, il ressort du dossier qu’une décision d’assainissement du seuil de A.________ a été rendue par l’ENV aux termes de laquelle la recourante devait présenter deux variantes (PJ 14 recourante), puis une décision sur opposition le 17 août 2016 rejetant l’opposition (PJ 7 recourante). Dans le cadre de la procédure, a également été rendue une décision fixant le débit résiduel à laquelle l’OFEV a formé opposition (p 451 à 459). Ces procédures ne sont pas terminées, seul le ruisseau de contournement a été réalisé et est en fonction depuis 2019. Dans le cadre de la procédure d’assainissement, des discussions ont eu lieu avec l’OFEV. Par courrier du 29 août 2019, ce dernier a informé l’ENV des conséquences de l’ATF 145 II 140 sur les procédures en cours liées aux installations de la recourante (PJ 24 recourante). Ce courrier a été transmis par l’ENV à la recourante le 11 novembre 2019 (PJ 23 recourante) avec une proposition de dédommagement forfaitaire de CHF 250'000.- pour l’abandon définitif de l’exploitation hydroélectrique. La recourante a pris position sur ce courrier le 16 janvier 2020 (PJ 25). Le 8 octobre 2020, l’ENV, en accord avec le courrier de l’OFEV du 27 mai 2020 (p. 233 à 238), a imparti un délai au 1 er avril 2021 à la recourante notamment pour déposer une demande d’autorisation préalable d’établir un projet de concession de force hydraulique fondée sur l’ATF précité, faute de quoi « l’Etat ordonnera la cessation de l’exploitation des installations (…) ». Par courrier du 26 février 2021, la recourante a contesté devoir demander une concession, eu égard à son droit d’eau inscrit au registre foncier (p. 9 ss). 2.3 Il ressort ainsi du dossier que la recourante connaissait les intentions de l’Etat, suite à l’ATF 145 II 140, et a également pu prendre position sur tous les éléments pertinents. Certes, la décision a été rendue par l’intimé et non pas par l’ENV. Cela ne change toutefois rien au fait qu’elle a pu s’exprimer avant que la décision ne soit rendue. Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, la procédure d’assainissement était toujours en cours, seul le ruisseau de contournement ayant été réalisé. Quant au fait que la recourante n’a pas été informée que la décision serait rendue par le Gouvernement, il faut relever que la compétence est une question juridique qui s’examine d’office (art. 30 ss Cpa) et sur laquelle la Cour de céans possède un plein pouvoir d’examen. A supposer qu’il y ait eu une violation du droit d’être entendu, celle-ci devrait être considérée comme réparée devant la Cour de céans. Quant à l’indemnisation, la recourante s’est également exprimée à ce sujet (p. 20 – 21 et PJ 25). Dans ces conditions, le grief de la violation du droit d’être entendu doit être rejeté. 3. La recourante estime que l’intimé n’était pas compétent pour rendre la décision litigieuse, estimant qu’il n’est pas fondé à supprimer son droit d’eau immémorial par le biais d’une décision, ce droit d’eau étant un droit distinct et permanent. Elle fait valoir que la radiation de l’immeuble nécessite au préalable une procédure d’expropriation et relève d’un tribunal civil. Il convient évidemment de s’atteler à ce grief en premier lieu, en commençant par examiner si la jurisprudence à la base de la décision s’applique au cas d’espèce.7 4. 4.1 A teneur de l’art. 655 CC, la propriété foncière a pour objet les immeubles (al 1). Sont immeubles dans le sens de la présente loi : les biens-fonds (ch. 1), les droits distincts et permanents, immatriculés au registre foncier (ch. 2), les mines (ch. 3) et les parts de copropriété d’un immeuble (ch. 4). Selon l’al. 3 de cette disposition, une servitude sur un immeuble peut être immatriculée comme droit distinct et permanent aux conditions suivantes : elle n’est établie ni en faveur d’un fonds dominant ni exclusivement en faveur d’une personne déterminée (ch.1) ; elle est établie pour 30 ans au moins ou pour une durée indéterminée (ch. 2). L’art. 655 al. 2 ch. 2 est applicable à certains droits relevant de la législation cantonale, notamment des anciens droits d’eau et de pêche dans les eaux publiques, constitués avant 1912, mais considérés comme droits acquis selon l’art. 4 du Titre final (STEINAUER, Les droits réels II, 2020, no 2016 p. 61). Les droits distincts et permanents constituent des servitudes inscrites dans le feuillet du registre foncier de l’immeuble grevé et disposent d’un propre feuillet au registre foncier. Les normes qui régissent les servitudes s’appliquent aux relations entre les parties notamment avec le propriétaire de l’immeuble grevé (WERMELINGER, Droits réels, 2021, no 299, p. 146). Les modes d’extinction des servitudes sont prévus par le Code civil et sont limités. Il faut toutefois relever que le droit public peut également prévoir d’autres causes d’extinction des servitudes (p. ex. dans le cadre d’améliorations foncières et d’expropriation ; WERMELINGER, op. cit. no 451, p. 217 et les références). Tel est notamment le cas des art. 64 ss de loi fédérale sur l’utilisation des forces hydrauliques (LFH, RS 721.80), selon lesquels la concession prend fin par l’expiration de sa durée (let. a) ou par la renonciation expresse du concessionnaire (let. b). Au plan concret, l’extinction marque la fin d’utiliser les eaux concédées, ce droit revenant à la collectivité concédante. A défaut de dispositions particulières, l’art. 69 LFH s’applique, mais il ne fait en somme que rappeler le principe de l’accession (art. 667 CC) : les installations établies sur la propriété privée reviennent au propriétaire privé, celles qui le sont sur le domaine public deviennent la propriété de l’autorité concédante (POLTIER, Droit suisse de l’énergie, 2020, no 277, p. 109). 4.2 La jurisprudence a considéré que les droits immémoriaux sont des droits qui trouvent leur origine dans un ordre juridique qui n'existe plus. Ils ne peuvent plus être créés selon le nouveau droit, mais peuvent continuer à exister sous le nouvel ordre juridique (cf. ATF 127 II 69 consid. 4b p. 74 ; ATF 131 I 321 consid. 5.1.2). En règle générale, il s'agit de droits qui étaient autrefois attribués au droit privé, mais qui font aujourd'hui partie du droit public, sans pour autant s'y intégrer sans problème (ATF 145 II 140 consid. 4.3 et les références). Dans l’ATF 127 II 69, la jurisprudence a considéré que les concessions de droits d'eau doivent, selon le droit actuel, être impérativement limitées dans le temps (art. 54 let. e et art. 58 LFH) selon le principe de l'inaliénabilité de la puissance publique (consid. 4). Des concessions de l'ancien droit qui ont encore été octroyées sans restriction de temps, doivent être limitées ultérieurement. Est déterminant le principe de droit contractuel selon lequel aucun contrat ne peut être conclu, respectivement maintenu, de manière « perpétuelle ». Il n'y a aucun droit acquis à une concession sans limite de temps (consid. 5).8 Dans le cas particulier, la concession pouvait, après une durée de 134 ans, être supprimée, sous réserve d'une période transitoire appropriée (consid. 6). Dans l’ATF 145 II 140 sur lequel la décision litigieuse est basée, le droit d'eau immémorial (p. ex. les servitudes personnelles) garantit un droit d'usage privatif sur un cours d'eau public (consid. 6.3), dont la durée ne saurait être illimitée, mais qui prend fin une fois les investissements engagés amortis et au plus tard 80 ans après son octroi (consid. 6.4). Il est soumis aujourd'hui (sans indemnité) au droit actuel. La poursuite de l'utilisation des eaux nécessite une concession; les prescriptions applicables aux installations nouvelles doivent être respectées, y compris celles relatives aux débits résiduels (consid. 6.5). Cet arrêt a un caractère général et abstrait. Il s’inscrit dans la droite ligne de l’ATF 127 II 69 relatif à l’obligation de limiter dans le temps les concessions octroyées sous l’ancien droit et précise que les droits d’eau immémoriaux sont acquis et doivent en principe être traités de la même manière que les concessions de l’ancien droit, concessions de durée indéterminée - et ce aussi bien en ce qui concerne la protection des investissements que la question de la limitation dans le temps (FÖHSE, Commentaire de l’ATF 145 II 140 in ZBl 129/2019, p. 436). 5. 5.1 Il n’est pas contesté que la recourante bénéficie d’un droit d’eau immémorial immatriculé au registre foncier en tant que droit distinct et permanent. Il ressort en effet des extraits du registre foncier que, par décision du 24 décembre 1908, le Conseil-exécutif du canton de Berne a reconnu un droit d’eau existant déjà avant la fin du 18e siècle, réservant notamment la législation présente et à venir du canton et de la Confédération. Ce droit d’eau a été concédé pour une durée illimitée, la force hydraulique étant fixée à 80 CV dans une concession. Il a été transféré à réitérées reprises, le transfert de concession ayant été approuvé par le Conseil-exécutif du canton de Berne (extrait du p-v du Conseil exécutif du 28 février 1933). Ce droit a été inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent en 1933 (feuillet no 354). La recourante a acquis ledit feuillet le 28 mars 2000, en même temps que les feuillets nos 599 et 600 du ban de St-Ursanne, selon acte de vente instrumenté par Me B.________, minute no 6771. 5.2 Du point de vue du contenu, il s'agit néanmoins d'un droit d'usage particulier sur un cours d'eau public, peu importe qu’il soit inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent. Dans le cadre de l’ATF 145 II 140 consid. 6.3, le droit d’usage a été reconnu sous la forme d’un droit réel limité (servitude personnelle) sur un cours d’eau public. Selon le Tribunal fédéral, sa protection se justifie (comme pour les concessions) au regard des investissements réalisés (construction d'usines hydrauliques). La situation doit donc être évaluée de la même manière que pour les concessions accordées pour une durée indéterminée selon l'ancien droit ; une protection plus étendue des droits d'eau immémoriaux ne se justifie pas du point de vue du droit constitutionnel, sous l'angle de la garantie de la propriété et de la protection de la confiance.9 Les concessions d’utilisation spéciales sans limitation dans le temps sont aujourd’hui considérées comme anticonstitutionnelles, car la collectivité doit avoir la possibilité de s’assurer de temps en temps que l’utilisation est encore conforme à l’intérêt public, sans quoi elle se priverait de sa souveraineté sur les eaux (ATF 145 II 140 consid. 6.4). Cela s’inscrit notamment dans le fait que la propriété n’est pas illimitée, mais peut être limitée par des restrictions qui lui sont imposées dans l’intérêt public. En particulier, les exigences de la protection des eaux (art. 76 Cst.), de la protection de l'environnement (art. 74 Cst.) et de l'aménagement du territoire (art. 75 Cst.) constituent des exigences majeures. Le respect de ces dispositions est en général considéré comme une atteinte à la propriété admissible sans indemnisation (dans ce sens SÄGESSER, Die ehehaften privaten Wassernutzungsrechte an öffentlichen Gewässern, in Jusletter du 25 janvier 2021, p. 18 et les références). La base légale permettant de mettre fin aux droits immémoriaux dans le cas de droits d’eau trouve ainsi son fondement directement dans la Constitution (cf. ég. FÖHSE, op. cit. p. 436). Au considérant 6.5 de l’arrêt précité, la jurisprudence parle en outre des droits immémoriaux en citant les servitudes à titre d’exemple. Il sied enfin de préciser que, comme pour les droits distincts et permanents (cf. art. 656 CC), l’inscription au registre foncier des servitudes est constitutive (art. 731 al. 1 CC). C’est le lieu de rappeler que les droits immémoriaux se basent sur un système de droit civil et de droit privé, une conception fondamentalement différente de l’Etat, du pouvoir et du droit notamment en ce qui concerne la définition de la propriété privée. En raison de l’absence de limitation dans le temps, ils ont tendance à empiéter sur le droit public, avec comme conséquence qu’ils se retrouvent littéralement hors du temps tôt ou tard en raison du renouvellement constant du droit. En tant que droits d’usage illimités sur les eaux, ils entrent en conflit avec les droits de propriété et se heurtent alors par exemple aux dispositions relatives aux débits résiduels, car ils sont considérés comme droits acquis et bénéficient de la protection de l’art. 80 al. 1 LEaux, ce qui a pour conséquence que l’art. 31 LEaux, en tant que norme fondamentale sur les débits résiduels, ne peut s’appliquer pleinement (FÖHSE, op. cit p. 436-438). Dans ces conditions, peu importe que les droits immémoriaux soient inscrits au registre foncier en tant que droit distinct et permanent ou en tant que servitude ; si la situation perdure à long terme, la collectivité publique risque de se dépouiller de ses droits et de sa souveraineté sur les eaux (dans ce sens, FÖHSE, op. cit. p. 436-438). Dans ces conditions, il y a lieu d’admettre que l’ATF 145 II 140 s’applique mutatis mutandis au cas particulier où le droit immémorial est inscrit au registre foncier en tant que droit distinct et permanent, étant rappelé que le Doubs, en tant qu’eau publique, fait partie du domaine public du canton du Jura (art. 10 al. 1 LGEaux ; RSJU 814.20), notamment à l’endroit litigieux situé intégralement sur le territoire de la République et Canton du Jura. Admettre une autre solution reviendrait à priver l’Etat de sa souveraineté sur les eaux et viderait de son sens la souveraineté du canton sur les eaux publiques. 5.3 Enfin, on ne saurait suivre la recourante qui se plaint d’une violation de la garantie de la propriété et des droits acquis. 10 Le Tribunal fédéral admet que la protection des droits acquis peut découler aussi bien de la garantie de la propriété que du principe de la bonne foi (ATF 128 II 112 consid. 10a ; TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 7.1 et 2C_507/2011 du 16 janvier 2012 consid. 9.2). Ancré à l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi confère au citoyen, à certaines conditions, le droit d'exiger des autorités qu'elles se conforment aux promesses ou assurances précises qu'elles lui ont faites et ne trompent pas la confiance qu'il a légitimement placée dans ces dernières (ATF 143 V 95 consid. 3.6.2 ; 141 V 530 consid. 6.2 ; 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les arrêts cités). Cette protection disparaît, en règle générale, en cas de modification de la législation, étant donné que l'ordre juridique suisse peut être modifié à tout moment, conformément aux principes régissant la démocratie. Il n'existe ainsi pas de droit au maintien d'une certaine législation (ATF 145 II 140 consid. 4). La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst., qui protège les droits patrimoniaux tels que celui de conserver sa propriété, d'en jouir et de l'aliéner (ATF 131 I 333 consid. 3.1), n'est pas absolue. Conformément à l'art. 36 Cst., une restriction à ce droit fondamental est admissible à condition de reposer sur une base légale, d'être justifiée par un intérêt public et d'être proportionnée au but visé (TF 1C_250/201 du 18 octobre 2019 consid. 4.1). Au cas particulier, il ressort du considérant qui précède que la protection des droits immémoriaux, tout comme celle de la propriété, n’est pas absolue et que les intérêts majeurs de la protection de l’environnement, de la nature ou de l’aménagement du territoire figurant dans la Constitution fédérale justifient en principe une atteinte à la propriété et cela sans indemnité aucune, si ce n’est un délai transitoire pour permettre à la recourante d’amortir ses installations. Il existe par conséquent une base légale justifiant l’atteinte à la propriété de la recourante. En outre, maintenir de façon illimitée le droit d’eau revient à priver l’Etat de sa souveraineté sur les eaux. C’est également le lieu de préciser à nouveau que la loi a bien évidemment changé depuis la naissance du droit immémorial litigieux, ne serait-ce qu’avec l’entrée en vigueur de la loi fédérale sur l’utilisation des forces hydrauliques (LFH) le 1er janvier 1918. Enfin, il apparaît proportionné de mettre fin au droit d’eau de la recourante conformément à l’ATF 145 II 140 dans un délai lui permettant d’amortir ses investissements. Compte tenu de l’enjeu majeur relatif à la protection de la nature, de l’environnement et de l’aménagement du territoire, l’atteinte à la propriété de la recourante apparaît d’autant moins disproportionnée, que l’intimé, respectivement l’ENV ont, avant de mettre fin au droit d’eau, imparti un délai à la recourante qui aurait pu continuer l’exploitation en déposant une demande de concession selon le droit actuel, concession dont la durée maximale est actuellement de 40 ans selon l’art. 56 LGEaux. La décision litigieuse ne porte ainsi pas atteinte de manière inadmissible au droit de propriété ou aux droits acquis de la recourante. 6. Dans la mesure où l’ATF 145 II 140 s’applique également au cas d’espèce, il convient ensuite d’examiner si les conditions pour mettre fin au droit immémorial sont données, respectivement si l’intimé est compétent pour y mettre fin.11 6.1 Les anciens droits d’eau prennent fin après 80 ans et la question doit, à la première occasion, être réglée selon le droit actuel des concessions sur les eaux publiques (ATF 145 II 140 consid. 6.4). Par première occasion, l’arrêt précité admet en tout cas une rénovation de l’installation, notamment des modifications nécessitant une autorisation de construire (consid. 6.5). Le critère d’une « occasion » de remplacer les droits immémoriaux devrait être un événement d’une portée comparable à celle d’une décision de justice similaire à une mesure nécessitant une autorisation de construire (…). Dans l’ensemble, le seuil semble bas. On serait tenté de dire qu’un « tressaillement suffit ». Lors du remplacement et de l’octroi d’une nouvelle concession, il faudra tenir compte des circonstances du cas d’espèce, ce qui revient à une pesée des intérêts. Il s’agit de prendre en compte d’une part notamment les intérêts économiques de l’exploitant de l’installation, qui doit en principe accepter le remplacement sans dédommagement, mais doit aussi avoir la possibilité d’amortir ses investissements compte tenu de la confiance qu’il doit pouvoir invoquer en tant que titulaire d’un droit acquis. D’autre part, il faut prendre en considération l’intérêt public au respect de la protection de la nature et de l’environnement (FÖHSE, op. cit., p. 437). 6.2 S’agissant de l’autorité compétente pour prendre la décision, il convient de relever que les concessions de droits d’eau sont accordées par l’autorité compétente du canton dans le territoire duquel se trouve la section de cours d’eau à utiliser (art. 38 LFH), la procédure étant réglée par les cantons, sous réserve des dispositions fédérales (cf. art. 60 LFH). En droit jurassien, l’usage commun accru et l’usage privatif des eaux publiques sont subordonnés à une autorisation ou à une concession (art. 12 al. 1 LGEaux). Il s’agit en particulier de l’utilisation des eaux comme ressource énergétique (al. 2). L’utilisation des eaux publiques à titre permanent comme ressource énergétique (force hydraulique, eau de refroidissement, pompe à chaleur) est subordonnée à l’octroi d’une concession lorsque l’utilisation atteint 60l/min (cf. art. 42 al. 1 et 2 LGEaux). Le Gouvernement est compétent pour octroyer les concessions de force hydraulique supérieure à 50 kilowatt théorique (art. 43 al 1 let a LGEaux). Au cas particulier, la production de la centrale est manifestement supérieure à 50 kilowatt (p. ex p. 202 à 204), la puissance de 80 CV (cf. consid. 5.1) équivalent en outre à 58.8 kilowatt (80/1.36) de telle sorte que le Gouvernement est compétent pour accorder une concession sur la base de la LGEaux. Dans la mesure où la jurisprudence exige qu’il soit mis fin à un droit immémorial, respectivement aux concessions sans limite de temps à la première occasion, il sied d’admettre que l’autorité compétente pour délivrer la concession puisse exiger dans ces circonstances que le bénéficiaire du droit immémorial dépose une demande de nouvelle concession afin de se conformer aux dispositions légales en matière de protection des eaux et de l’environnement notamment, ce qui implique de mettre fin au droit immémorial, respectivement à la concession de durée illimitée, de telle sorte que la compétence de l’intimé doit être admise en vertu du parallélisme des formes. 12 6.3 La recourante conteste également qu’il existe un cas justifiant l’application de l’ATF 140 II 150, estimant notamment que l’opposition de l’OFEV du 22 janvier 2018 à la décision d’assainissement du débit résiduel rendue par l’ENV le 24 novembre 2017 est tardive. A cet égard, il ressort du dossier que la décision du 24 novembre 2017 n’a pas été notifiée à l’OFEV (p. 455 à 459), qui n’en a pris connaissance selon lui que par courriel du 6 décembre 2017 (p. 453), de telle sorte que l’opposition du 22 janvier 2018 est intervenue dans le délai de 30 jours compte tenu des féries et du report du délai au lundi 22 janvier 2018 (art. 44a et 98 al. 1 Cpa). Cette procédure en est toujours au stade de l’opposition. Les débits résiduels doivent être fixés conformément aux art. 31 ss LEaux (RS 814.20). Ils représentent manifestement un cas justifiant de mettre fin au droit immémorial au sens de l’ATF 145 II 150. Cela s’avère d’autant plus nécessaire que la fixation du débit résiduel s’inscrit dans l’assainissement global de la centrale, où tout n’est pas réglé (voir not. p. 53 à 59, p. 234 et 239) suite à la décision de l’ENV du 10 juillet 2014 de demander à la recourante de soumettre une proposition d’assainissement (p. 221-222). Ces procédures n’étaient pas terminées et étaient toujours pendantes devant l’ENV au moment où le dossier fait référence à l’arrêt précité, seul le ruisseau de contournement ayant été réalisé. Enfin, dans la mesure où la recourante a refusé de déposer une demande de concession avec effet au 1er avril 2021 au plus tard conformément à l’art. 47 LGEaux, donc de se soumettre au droit actuel (p. 233-234 et 9 à 231) afin de respecter toutes les prescriptions du droit de l’environnement et de la protection des eaux applicables aux nouvelles installations, notamment les prescriptions relatives au débit résiduel (ATF 145 II 140 consid. 6.5), il incombait ainsi à l’intimé de mettre fin à l’exploitation de la centrale. 6.4 Il ressort de ce qui précède que l’intimé était compétent pour mettre fin au droit d’eau immémorial de la recourante. La décision litigieuse est également confirmée en tant que l’assainissement de la centrale et la nécessité de fixer un débit résiduel constituent « l’occasion » au sens de la jurisprudence pour adapter la centrale au droit actuel, partant pour mettre fin au droit immémorial. Cela étant, dans la mesure où la recourante a refusé de déposer une demande de concession selon le droit actuel, c’est à juste titre que l’intimé a mis fin à l’exploitation de la centrale, de telle sorte que la décision de l’intimé n’apparaît pas illicite et doit être confirmée sur ces différents points. 7. Il convient encore d’examiner l’échéance fixée au 1 er janvier 2029 pour interdire l’exploitation de la centrale hydraulique, l’intimé estimant qu’à fin 2028 la recourante aura amorti ses investissements, ce que cette dernière conteste. 7.1 Il ressort l’ATF 145 II 140 consid. 6.5 que la protection des investissements ne justifie le maintien de droits d’eau immémoriaux que jusqu’à l’amortissement des investissements consentis. Ainsi, après 80 ans, lesdits droits peuvent être résiliés sans dédommagement moyennant l’octroi d’un délai raisonnable.13 7.2 Au cas particulier, il est établi que le droit d’eau immémorial remonte à plus de 80 ans (consid. 5.1). 7.3 S’agissant de l’amortissement des investissements, l’intimé s’est fondé essentiellement sur les chiffres de la recourante figurant dans l’étude sommaire des variantes d’assainissement du seuil de A.________ d’avril 2018 (p. 281 ss) et en particulier sur une production moyenne de 562'000 kWh/an selon les chiffres pris en compte jusqu’en 2016 pour un chiffre d’affaires de CHF 84'300.- (p. 291). L’estimation de la production et de ce chiffre d’affaires tient compte d’un débit résiduel de 1,5 m3/s avec le débit de la passe à poissons pour un bénéfice annuel de l’ordre de CHF 30'000.- (décision de l’intimé du 29 juin 2021). La recourante conteste ces chiffres dans son recours en produisant un résumé de la production (PJ 30). Il ressort de ces éléments que la production moyenne de 2018 à 2021 s’est élevée à 525’633 kWh pour un revenu annuel moyen de CHF 78’844.91. A cet égard, il apparaît qu’en réalité, les projections estimées dans l’étude sommaire sont supérieures à la production effectivement réalisée et l’intimé n’a pas actualisé ses chiffres pour correspondre à la production effective, alors même que plus de trois ans se sont écoulés entre l’étude sommaire faisant état d’estimations et la décision litigieuse. En outre, cette dernière ne permet pas de vérifier la manière dont l’intimé a procédé au calcul d’amortissement des investissements. On ne trouve pas non plus de trace de la comptabilité de la recourante dans le dossier transmis à la Cour. Il s’avère dès lors impossible de statuer sur les contestations de la recourante, respectivement de vérifier les chiffres retenus par l’intimé. 7.4 Dans ces conditions, comme le permet l’art. 144 al. 1 Cpa, il convient d’annuler la décision attaquée en tant qu’elle porte sur le délai mettant fin au droit d’eau immémorial au 31 décembre 2022 et de retourner le dossier à l’intimé, pour qu’il actualise les chiffres, respectivement qu’il reprenne l’instruction du dossier et examine les différents griefs soulevés par la recourante en relation avec l’amortissement des installations. Le cas échéant, une expertise pourrait s’avérer utile. Il ne se justifie pas que la Cour procède elle-même à l’instruction du dossier compte tenu de la part d’appréciation laissée à l’autorité par la jurisprudence pour mettre fin au droit d’eau. 7.5 Dans la mesure où le recours doit être admis sur ce point, il n’y a pas lieu de se prononcer sur l’application des art. 66 à 69 LFH par analogie au sort des installations à la cession de l’exploitation, ce point devant être repris dans le cadre de la fixation de la date retenue pour la fin de l’exploitation des installations de force hydraulique. 8. Il suit de ce qui précède que le recours doit être admis uniquement sur la date relative à la cessation de l’exploitation des installations hydrauliques, respectivement du droit d’eau. 9 Les frais de la procédure sont mis à la charge de la recourante qui succombe dans une très large mesure à raison des trois quarts, le solde étant laissé à la charge de l’Etat (art. 219 al. 1 Cpa). 14 La recourante qui succombe a droit à une indemnité de dépens réduite à payer par l’intimé dans la même proportion que les frais (art. 227 al. 1 Cpa). La rémunération est déterminée conformément aux art. 3 à 8 de l’ordonnance fixant le tarif des honoraires d’avocat (RSJU 188.61 ; ci-après l’ordonnance). La recourante a déposé une note d’honoraires se fondant sur une valeur litigieuse de CHF 250'000.- soit un montant d’honoraires de CHF 34'300.- (art. 13 de l’ordonnance). La Cour ne saurait se fonder sur ce montant, qui représente 127 heures de travail à CHF 270.-, ce qui apparaît disproportionné. En outre, la recourante n’indique pas la manière dont elle détermine la valeur litigieuse. Elle ne produit pas non plus de liste des activités avec le temps consacré. Il en va de même s’agissant du détail des débours. Sans minimiser le temps consacré à la rédaction du recours et de sa duplique et en prenant en compte un total d’environ 40 heures pour l’activité devant la Cour administrative, c’est une indemnité de dépens de CHF 2'700.- plus CHF 300.- de débours, soit CHF 3'000.- plus TVA qu’il convient d’allouer à la recourante, à payer par l’intimé. Il n’est pas alloué de dépens à l’intimé. PAR CES MOTIFS LA COUR ADMINISTRATIVE admet partiellement le recours ; annule la décision de l’intimé en tant qu’elle porte sur la date du 1 er janvier 2028 pour la fin de l’exploitation des installations hydrauliques de la recourante, respectivement pour la fin du droit d’eau ; retourne le dossier à l’intimé pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants ; met les trois quarts des frais de la procédure, par CHF 2'625.-, à charge de la recourante, à prélever sur son avance de frais, le solde, par CHF 875,- lui étant restitué ; laisse le solde des frais judiciaires à la charge de l’Etat ;15 alloue à la recourante une indemnité de dépens réduite de CHF 3'231.- (honoraires : CHF 2'700.- ; débours : CHF 300.- ; TVA 7.7 % : CHF 231.-) à payer par l’intimé ; dit qu’il n’est pas alloué de dépens à l’intimé ; informe les parties des voies et délai de recours selon avis ci-après ; ordonne la notification du présent arrêt : à la recourante, par son mandataire, Me Philippe Frésard, avocat à Berne ; à l’intimé, Gouvernement de la République et Canton du Jura, Hôtel du Gouvernement, rue de l'Hôpital 2, 2800 Delémont, à l’Office fédéral de l’environnement, 3003 Berne. Porrentruy, le 15 novembre 2022 AU NOM DE LA COUR ADMINISTRATIVE La présidente : La greffière : Sylviane Liniger Odiet Carine Guenat Communication concernant les moyens de recours : Le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire aux conditions des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14; il doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que s'il soulève une question juridique de principe, il faut exposer en quoi l'affaire remplit cette condition. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée. Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral, soit, à l’attention de ce dernier, à la Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF).