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L'art. 28, al. 1, de la loi sur la TVA mentionne les impôts préalables que l'assujetti peut déduire dans le cadre de son activité entrepreneuriale (l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse qui lui a été facturé, l'impôt qu'il a déclaré sur ses acquisitions, etc.).

Il résulte également de l'art. 28, al. 1, de la loi sur la TVA que l'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des subventions et autres contributions de droit public qu'il a reçues (l'art. 28 al. 1 se réfère à l'art. 33, lequel se réfère à l'art. 18 al. 2).

Cette réglementation a pour conséquence pratique de priver l'assujetti d'une partie de la subvention publique qui lui a été accordée au profit du fisc fédéral. En d'autres termes, comme l'assujetti doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable au seul motif qu'il a reçu une subvention, celle-ci est, de fait, partiellement amputée par le fisc fédéral.

Cette réglementation est très discutable. Les pouvoirs publics accordent des subventions aux fins d'assurer ou de promouvoir la réalisation de tâches particulières, et non pas pour alimenter le fisc fédéral. Or, en privant un assujetti du droit de déduire la totalité de l'impôt préalable au seul motif qu'il a reçu une subvention, la Confédération réduit, de fait, l'impact financier d'une telle subvention. À l'extrême, on peut même considérer que la réglementation fiscale actuelle détourne partiellement la subvention accordée à un assujetti de son but.

Vu ce qui précède, le Conseil fédéral ne devrait-il pas envisager de modifier la réglementation fiscale actuelle de manière à ce que l'encaissement d'une subvention cesse d'influer sur le montant de la déduction de l'impôt préalable ?

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Dans le cadre de son activité entrepreneuriale, l'assujetti peut déduire au titre d'impôt préalable l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et l'impôt sur les importations qui lui ont été facturés, ainsi que l'impôt sur les acquisitions qu'il a déclaré. S'il reçoit des subventions ou d'autres contributions de droit public, l'assujetti doit en revanche réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion. Cette obligation, bien qu'elle soit contraire au système, s'applique depuis l'introduction de la taxe sur la valeur ajoutée en 1995.

Dans les documents soumis à la consultation et dans le message sur la simplification de la TVA (08.053), le Conseil fédéral a analysé la question du traitement fiscal des subventions et a comparé trois alternatives.

L'alternative 1 prévoit que les subventions versées au bénéficiaire pour financer des prestations imposables font partie de la contre-prestation et sont imposables au même taux que les prestations subventionnées. Cette proposition présente deux avantages par rapport au droit en vigueur : d'une part, elle fait disparaître la taxe occulte générée par la réduction du montant de la déduction de l'impôt préalable. D'autre part, elle encourage l'assujetti à se concentrer sur les recettes réalisées sur le marché et donc sur l'efficacité des prestations fournies à la clientèle. En effet, pour le bénéficiaire de subventions, il n'y a pas de différence, en ce qui concerne la TVA, entre les revenus qu'il tire de subventions et les recettes qu'il réalise sur le marché. Ainsi, cette proposition se répercute aussi positivement sur la neutralité concurrentielle.

L'auteur de l'interpellation se réfère toutefois à l'alternative 3, selon laquelle les subventions constituent des éléments qui ne font pas partie de la contre-prestation et qui n'entrent pas dans le champ d'application de la TVA. Pour ces subventions, le bénéficiaire ne doit pas réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable. Tout comme l'alternative 1, l'alternative 3 fait disparaître la taxe occulte. L'inconvénient réside cependant dans le fait que la pression exercée sur l'efficacité des prestations fournies faiblirait encore davantage que sous le régime actuel, entraînant des distorsions accrues de la concurrence. En raison du taux zéro appliqué aux subventions, les bénéficiaires de subventions préféreraient alors se concentrer sur l'obtention de subventions plutôt que sur la réalisation de revenus imposables sur le marché. Sur le long terme, les assujettis risqueraient donc de se tourner plutôt vers le pourvoyeur de subventions (politique) que vers le marché et les clients.

De manière analogue au droit européen, l'alternative 2 fait une distinction entre les "subventions proprement dites", qui sont exonérées d'impôt, et les "subventions improprement dites", qui sont imposables. Étant donné que l'alternative 2 renforce encore davantage les difficultés de délimitation existant entre les rapports de prestations et les subventions, elle n'est pas adaptée pour résoudre le problème et n'est pas retenue.

Les conséquences sur les finances fédérales varient fortement d'une alternative à l'autre. L'alternative 3 entraînerait une diminution des recettes fiscales de 1,1 à 1,5 milliard de francs par an, tandis que l'alternative 1 engendrerait une augmentation des recettes fiscales, que l'on ne peut toutefois pas estimer.

Dans le cadre des débats parlementaires relatifs à la loi du 12 juin 2009 sur la TVA, la question de la déduction de l'impôt préalable par le bénéficiaire de subventions a certes été traitée, mais elle a ensuite été renvoyée à la partie B de la réforme de la TVA. Le Parlement n'est toutefois pas entré en matière sur la partie B. Ainsi, le bénéficiaire de subventions reste tenu de réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion des subventions touchées, comme cela a été le cas jusqu'à présent.

Si une modification de la réglementation sur le traitement fiscal des subventions dans le cadre de la TVA devait être envisagée, l'alternative 1 serait privilégiée, en raison des arguments cités ci-dessus, par rapport à l'alternative 3, mise en avant par l'auteur de l'interpellation. Le Conseil fédéral considère donc qu'il n'y a pas lieu de proposer au Parlement une modification de la loi sur la TVA allant dans le sens de l'alternative 3, qui prévoirait que les subventions constituent toujours des éléments ne faisant pas partie de la contre-prestation, mais que les bénéficiaires ne doivent plus réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable.

Réponse du Conseil fédéral.