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Le Conseil fédéral est chargé de soumettre au Parlement une modification de l'art. 38, al. 8, LTVA, prévoyant que les jeunes entreprises qui se financent par des contributions des pouvoirs publics ou par des dons privés pourront bénéficier d'une déduction totale de l'impôt préalable, pour autant que toutes les autres conditions donnant droit à cette déduction soient réunies, et ce, durant les premiers cinq ans au minimum à compter de leur création.

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Selon le droit en vigueur, le fournisseur de la prestation ne peut pas déduire l'impôt préalable grevant ses dépenses s'il ne doit pas imposer ses prestations. S'il n'utilise les prestations acquises qu'en partie pour des prestations imposables, sa déduction de l'impôt préalable sera proportionnelle à l'utilisation à des fins imposables. Ce principe est aussi valable lorsque le fournisseur de la prestation reçoit une subvention ou un don privé non imposable, en plus de la contre-prestation imposable. Étant donné que seule une partie des recettes doit être imposée, seule une partie de l'impôt préalable peut, par conséquent, être déduite.

Savoir s'il faut accorder la déduction totale de l'impôt préalable dans les cas décrits ci-dessus est une question délicate du point de vue de la liberté économique garantie par la Constitution (art. 27 Cst.) et de l'égalité (art. 8 Cst.), par rapport aux fournisseurs des mêmes prestations ou de prestations identiques qui ne reçoivent aucun soutien financier de la part de tiers. Par ailleurs, il ne faut pas perdre de vue que renoncer à réduire la déduction de l'impôt préalable chez les assujettis recevant des dons et des subventions entraînerait une diminution des recettes fiscales de la Confédération de près de 400 millions de francs par année, qui devrait être compensée autrement.

Accorder la déduction totale de l'impôt préalable seulement aux jeunes entreprises aurait certes des conséquences financières bien moins importantes pour la caisse fédérale (1 million de francs par année), mais le Conseil fédéral est d'avis qu'il faut refuser d'accorder une déduction totale de l'impôt préalable à certaines branches ou entreprises pour des raisons de neutralité concurrentielle et d'égalité de traitement vis-à-vis de leurs concurrents.

Toutefois, le Conseil fédéral reconnaît que la réglementation en vigueur (réduction de la déduction de l'impôt préalable chez l'assujetti qui reçoit des subventions) n'est pas tout à fait satisfaisante et qu'elle doit être revue dans son ensemble. Dans le cadre de la révision totale de la loi sur la TVA, le Conseil fédéral a mis en consultation plusieurs variantes pour le traitement fiscal des subventions et des dons. Dans toutes les variantes, on renonce à réduire la déduction de l'impôt préalable. Il est à noter toutefois que les variantes 1 (imposition de toutes les subventions) et 2 (imposition des subventions improprement dites) peuvent seulement satisfaire aux intérêts de la recherche dans le sens de la motion si la part de TVA est prise en compte dans le calcul des contributions étatiques (subventions).

La solution spéciale demandée pour les jeunes entreprises dans la motion compliquerait le système de la TVA parce qu'elle entraîne de nouveaux problèmes de délimitation. La requête déposée va donc à l'encontre des objectifs de la réforme de la TVA, à savoir : augmenter la sécurité du droit et diminuer les charges administratives. En revanche, l'avant-projet destiné à la consultation apporte d'autres simplifications aux jeunes entreprises. Par exemple, il prévoit que les entreprises peuvent demander à être assujetties à la TVA, même si elles ne réalisent pas encore d'opérations imposables, pour qu'elles puissent déduire à titre d'impôt préalable l'impôt qu'elles ont payé ou déclaré sur leurs acquisitions de biens et de prestations de services. Cette mesure permettrait d'éliminer la taxe occulte qui pèse sur ces entreprises.

Pour ce qui est des différences par rapport au droit appliqué dans certains États de l'Union européenne, elles proviennent du fait que le système de TVA suisse ne fait pas de distinction entre les subventions proprement dites et les subventions improprement dites, ce qui permet d'éviter les questions de délimitation et contribue à la sécurité du droit. Par ailleurs, la France et l'Espagne, comme la Suisse, prévoient une réduction de la déduction de l'impôt préalable pour les subventions non imposables.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.