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Le Conseil fédéral est chargé de présenter au Parlement un projet de modification de la loi ou de la Constitution visant à régler les scrutins portant sur des initiatives populaires (tendant à la révision partielle de la Constitution et revêtant la forme d'un projet rédigé) assorties d'un contre-projet direct ou indirect de la manière suivante :

1. Lors du vote final sur une initiative populaire, celle-ci ne pourra être assortie que d'un contre-projet direct ou indirect. Les actes législatifs étroitement liés à l'initiative qui ne contiennent pas de disposition conditionnelle de publication sont réservés.

2. Trois questions seront soumises aux électeurs lorsqu'un contre-projet direct sera opposé à une initiative populaire :

a. une question éventuelle principale opposant l'initiative populaire au contre-projet ;

b. une question subordonnée opposant l'initiative populaire au régime en vigueur ;

c. une autre question subordonnée opposant le contre-projet au régime en vigueur.

Chaque électeur pourra répondre sans réserve, et indépendamment de la question principale, par un oui ou par un non ou en s'abstenant aux deux questions subordonnées. Le contre-projet ne sera préféré au régime en vigueur que s'il emporte la majorité du peuple et des cantons tant dans la question principale que dans la question subordonnée correspondante.

3. Si le référendum aboutit contre un contre-projet indirect, celui-ci est soumis au vote en même temps que l'initiative populaire retirée conditionnellement à son profit. Dans ce cas, on appliquera soit la procédure en vigueur en cas de contre-projet direct (seule l'initiative populaire doit emporter la majorité des cantons), soit les deux objets seront soumis au vote en même temps, indépendamment l'un de l'autre.

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1. Le Conseil fédéral partage l'avis de l'auteur de la motion puisque le législateur entendait à l'origine qu'une initiative populaire soit assortie soit d'un contre-projet direct, soit d'un contre-projet indirect. Toutefois, ni l'art. 34, al. 2, de la Constitution ni le principe de l'unité de la matière ne limitent la marge de manoeuvre du Parlement. Les citoyens ne peuvent faire valoir aucun droit à ce que toutes les règles de droit en relation avec une initiative populaire leur soient soumises en même temps que celle-ci. Le principe de l'unité de la matière ne s'applique d'ailleurs pas à l'ensemble des actes en relation avec une initiative populaire mais seulement à ceux qui sont soumis au vote en même temps qu'elle. Dans le cas concret, le contre-projet indirect fait partie des lois fédérales à publier ultérieurement (FF 2012 3601). Contrairement à ce que pense l'auteur de la motion, le peuple n'aurait donc pas eu à se prononcer en même temps sur le contre-projet direct et sur le contre projet indirect même si le Conseil national n'avait pas rejeté l'arrêté fédéral le 15 juin 2012. Une disposition conditionnelle de publication est judicieuse en vue d'éviter les difficultés de mise en oeuvre lorsque l'initiative populaire et le contre-projet indirect se contredisent et que l'initiative est acceptée par le peuple (cf. FF 2009 3150).

2. La procédure de vote proposée lorsqu'une initiative est assortie d'un contre-projet direct a fait l'objet de discussions approfondies lors de l'introduction de la procédure actuelle (FF 1984 II 370s.). Le choix s'est porté sur cette dernière et sa question subsidiaire parce qu'elle est la seule qui permette d'obtenir un résultat sans ambiguïté. Ce n'est pas le cas de la solution préconisée par la motion. On peut imaginer qu'un objet l'emporte à la votation subsidiaire mais n'obtienne pas la majorité nécessaire à la votation principale et que l'autre objet, minoritaire à la votation subsidaire, rallie la majorité du peuple et des cantons à la votation principale. En l'occurrence, on en resterait au droit en vigueur, bien qu'il ne soit manifestement préféré que par une minorité. La procédure actuelle permet aux citoyens d'exprimer leurs préférences sans restriction. Elle n'est cependant pas en mesure, aucune procédure ne l'est d'ailleurs, d'empêcher que quelqu'un vote contre son camp pour des raisons tactiques. Au surplus, la procédure de vote actuelle a fait ses preuves : presque tous les cantons l'appliquent aujourd'hui. La procédure proposée, en revanche, n'apporte aucun avantage supplémentaire et ne justifie pas que l'on s'expose aux risques liés à une modification de la loi.

3. Le Conseil fédéral rejette la proposition de voter en même temps sur l'initiative populaire et son contre-projet dans ses deux variantes. Dans le cas d'un scrutin séparé les deux objets pourraient être acceptés et entrer en vigueur. Il se pourrait alors que la Constitution et la loi se contredisent, ce qui donnerait lieu à une insécurité juridique. Seule la pratique est en mesure de résoudre un tel conflit de normes. On se souviendra qu'en vertu de l'article 190 de la Constitution, le Tribunal fédéral et les autres autorités sont tenus d'appliquer les lois fédérales. Or, si le vote couplé permet bien d'éviter que le nouveau droit se contredise, cette procédure présente néanmoins les mêmes problèmes de fond que ceux que nous avons évoqués sous le chiffre 2. La possibilité du retrait conditionnel instaure un équilibre des forces entre le comité d'initiative et le Parlement et les lie : do ut des. Sa relative jeunesse voudrait en tout état de cause qu'on la soumette à l'épreuve du temps avant de la modifier.