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Le Conseil fédéral est chargé de renforcer la recherche et le développement en Suisse en intégrant à la 3e étape de la réforme de l'imposition des entreprises les mesures suivantes :

1. Introduction d'un allègement de l'impôt fédéral direct pour les entreprises qui investissent dans la recherche et le développement en Suisse.

2. L'allègement en question doit représenter de 30 à 40 % des dépenses totales en faveur de la recherche et du développement et se présenter sous une forme aussi simple que possible.

3. Les dépenses suivantes doivent être déductibles : activités de la recherche et du développement opérationnel, investissements dans la recherche et le développement et dépenses en faveur du développement et de l'enregistrement.

4. Les allègements doivent également être pris en compte dans la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes.

La capacité d'innovation des entreprises suisses semble être encore relativement forte en comparaison internationale. Avec la mondialisation croissante, toutefois, d'autres pays ont eux aussi découvert ce filon et aimeraient l'exploiter. Comme la Suisse ne dispose que de peu de ressources naturelles, que la recherche et le développement occupent une place centrale dans notre pays et que nous sommes un pays exportateur, notre capacité d'innovation doit être renforcée d'urgence. Divers pays ont commencé à offrir des conditions simples et avantageuses à cet égard. L'Irlande, la Grande-Bretagne, la Belgique et la France, mais aussi des pays plus lointains comme la Chine, Singapour, les États-Unis d'Amérique, le Canada et l'Inde offrent une imposition favorable des revenus, des allégements fiscaux spéciaux pour des dépenses qualifiées, des déductions fiscales pour les revenus provenant de licences ou de brevets, un soutien financier unique pour des bâtiments et des installations de recherche et de développement, etc., et attirent ainsi des entreprises dynamiques qui consacrent des sommes importantes à la recherche et au développement.

L'Office fédéral de de la statistique relève que les entreprises suisses consacrent plus de moyens à des projets de recherche à l'étranger qu'en Suisse. La comptabilisation des dépenses de recherche et de développement telle qu'elle se pratique actuellement en Suisse ressemble à ce qu'offrent la plupart des pays et elle a perdu depuis longtemps tout caractère novateur. Le soutien direct de projets de recherche par la Confédération s'est également révélé insuffisant. Des études de l'OCDE ont d'ailleurs montré que les incitations fiscales en faveur des entreprises déclenchent plus d'investissements dans la recherche et le développement que la promotion directe de celle-ci.

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Le Conseil fédéral partage l'avis que la recherche et le développement revêtent une importance capitale pour augmenter la compétitivité technologique d'un pays. La Confédération soutient activement des projets de recherche entre l'économie et la science par l'intermédiaire de la Commission pour la technologie et l'innovation (CTI) et y consacre actuellement quelque 100 millions de francs par an.

En Suisse comme dans pratiquement tous les autres pays, les dépenses affectées à la recherche et au développement peuvent être entièrement comptabilisées dans les charges et ont pour effet de diminuer le montant de l'impôt. De plus, le droit en vigueur prévoit que toute entreprise peut constituer des provisions pour de futurs mandats de recherche et de développement à des tiers à concurrence de 10 % de son bénéfice imposable, mais au plus à concurrence de un million de francs (art. 29 al. 1 let. d et art. 63 al. 1 let. d, LIFD). L'encouragement de la recherche et du développement au moyen d'allégements fiscaux constitue un subventionnement indirect de ces activités des entreprises. Dans la mesure où ces activités débouchent sur une innovation exploitable, elles augmentent principalement la capacité bénéficiaire de l'entreprise qui a reçu l'encouragement et génèrent donc des bénéfices privés. Les allégements fiscaux destinés à encourager un comportement déterminé n'ont en général que peu d'effet et, par conséquent, un important effet d'aubaine, car les entreprises ont un intérêt existentiel à la recherche et au développement afin d'en retirer des profits. De plus, l'encouragement de la recherche et du développement au moyen d'allègements d'impôt poursuit un but extrafiscal. Par ailleurs, la mise en oeuvre de la motion aurait pour effet d'aggraver la complexité du système fiscal.

Pour la troisième réforme de l'imposition des sociétés, le Conseil fédéral a donc choisi une autre voie pour renforcer la croissance économique en Suisse. Pour le Conseil fédéral, il s'agit d'améliorer l'environnement fiscal en général en examinant notamment les mesures suivantes : suppression du droit de timbre d'émission sur les fonds propres, suppression d'entraves fiscales au financement des groupes, réexamen de l'aménagement de la réduction pour participations en faveur des personnes morales et adaptations des statuts fiscaux cantonaux dans la loi sur l'harmonisation des impôts. Pour cette réforme, le Conseil fédéral a fixé le plafond de la diminution des recettes à un montant d'environ 500 millions de francs pour la Confédération. Si les allègements fiscaux préconisés par la motion en faveur de la recherche et du développement étaient intégrés à cette réforme, ce plafond serait nettement dépassé. L'adoption de la motion nécessiterait une réévaluation des mesures examinées dans le cadre de cette réforme et ferait exploser le cadre financier défini par le Conseil fédéral.

C'est pourquoi le Conseil fédéral ne peut soutenir la demande de cette motion. Il confirme ainsi la position qu'il a prise dans son avis du 18 février 2009 sur la motion 08.3853, "Renforcer la recherche suisse par le biais d'allègements fiscaux".

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.