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Le Conseil fédéral est chargé de mettre en place un service auquel pourraient s'adresser les employés de la Confédération qui constateraient des irrégularités ("whistleblowing").

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Le 10 septembre 2008, le Conseil fédéral a proposé au Parlement un complément à la loi sur le personnel de la Confédération (LPers), donnant ainsi partiellement suite à deux interventions parlementaires déposées dans le cadre du message relatif à la loi sur l'organisation des autorités pénales de la Confédération. Ce complément a pour but d'obliger les employés soumis à la LPers à signaler à leurs supérieurs hiérarchiques, aux autorités de poursuite pénale ou au Contrôle fédéral des finances (CDF) tout crime ou délit se poursuivant d'office qu'ils constatent lors de leur activité ou qui parvient à leur connaissance. Il prévoit également pour les collaborateurs un droit général de signaler au CDF d'autres irrégularités constatées lors de leur activité ou qui parviennent à leur connaissance. Dans les deux cas, il faut garantir que la personne fournissant les renseignements ne subira aucun préjudice professionnel, pour autant que la dénonciation ou l'annonce aient été faites en toute bonne foi.

Le Conseil fédéral a décidé, pour de bonnes raisons, de proposer dans les deux cas le CDF comme premier interlocuteur des personnes constatant des irrégularités. Dans le cadre de sa fonction de surveillance, le CDF est en mesure de vérifier discrètement et sur place le bien-fondé des reproches formulés. Contrairement à ce que pense l'auteur de la motion, le CDF n'assume pas que des tâches de nature financière. Il est en effet tenu par la loi de communiquer à l'administration compétente tout manquement dans l'organisation, la gestion administrative ou l'exécution des tâches constaté dans l'exercice de son activité de surveillance et de se faire remettre un rapport sur les mesures prises. En outre, il est aujourd'hui d'usage, également dans le secteur privé, de soumettre directement les informations à l'organe de contrôle interne ou à l'organe de révision. Le service de médiation pour le personnel de la Confédération ne possède, par contre, ni les bases légales ni les contacts directs ou le savoir-faire technique requis (par ex. dans les domaines des délits financiers, de la corruption, de l'informatique, etc.) pour effectuer les vérifications qui s'imposent. Pour ces raisons, le Conseil fédéral ne juge pas nécessaire de s'écarter de la réglementation prévue.

Pour être complet, il faut ajouter que cette réglementation n'obligera personne à s'adresser directement au CDF. Dans les cas où il existe une obligation d'informer, celle-ci peut être respectée en s'adressant soit au supérieur hiérarchique, soit aux autorités de poursuite pénale. En revanche, là où il existe seulement un droit d'informer, les collaborateurs sont libres de s'adresser en premier lieu à leur supérieur hiérarchique ou à un autre service habilité à avoir ce type d'entretien avec les collaborateurs (par ex. service de consultation sociale, service de médiation pour le personnel de la Confédération, etc.) et de décider ensuite s'il convient ou non de signaler le cas au CDF.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.