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Le Conseil fédéral est chargé de soumettre au Parlement un projet de modification de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct (LIFD) et de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) afin que la notion d'"immeuble agricole et sylvicole" soit définie de telle façon que ces immeubles, lorsqu'ils sont transférés de la fortune commerciale à la fortune privée ou qu'ils sont aliénés, ne soient soumis à l'impôt sur le revenu que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement comme c'était le cas avant que le Tribunal fédéral ne rende l'arrêt 2C_11/2011 le 2 décembre 2011.

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Le message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 sur l'harmonisation fiscale indique que les gains immobiliers réalisés dans le cadre d'exploitations agricoles et sylvicoles ne sont soumis à l'impôt fédéral direct qu'à concurrence des amortissements qui pourraient être récupérés lors de l'aliénation (FF1983 III 1, p. 170). L'art. 18, al. 4, LIFD dispose que les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement. D'après l'art. 8, al. 1, LHID les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles sont exclus de l'imposition dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. Ces deux textes de loi limitent l'exception aux "immeubles agricoles ou sylvicoles".

Le message du Conseil fédéral du 22 juin 2005 sur la réforme de l'imposition des entreprises II confirme le maintien du privilège fiscal en faveur des gains immobiliers sur les immeubles agricoles ou sylvicoles (FF 2005 4469, p. 4561) . La limitation de l'exception à l'imposition pour ces immeubles a été maintenue sans changement dans la LIFD et dans la LHID.

Le Tribunal fédéral n'a pas modifié ce principe, mais a défini pour la première fois plus précisément ce qu'il faut considérer comme un "immeuble agricole ou sylvicole" au sens de l'art. 18, al. 4, LIFD. Selon cet article, les réserves de terrains à bâtir ne sont pas considérées comme des immeubles agricoles ou sylvicoles. En cas d'aliénation de terrains à bâtir, ce ne sont pas seulement les amortissements récupérés qui sont soumis à l'impôt sur le revenu, mais la totalité du bénéfice. En l'occurrence, le Tribunal fédéral s'est appuyé sur les principes du droit de l'aménagement du territoire.

Pour les exploitations agricoles, l'ensemble des immeubles faisant partie de la ferme sont attribués soit à la fortune privée, soit à la fortune commerciale. Un droit d'option par immeuble est exclu. Cette règle est correcte et ses éventuels désavantages sont compensés par l'imposition privilégiée des gains immobiliers sur les immeubles agricoles ou sylvicoles. L'imposition privilégiée des immeubles agricoles ou sylvicoles est considérée comme objectivement douteuse dans la doctrine (ATF 2C_11/2011, consid. 2.1.2). Une imposition privilégiée des bénéfices d'aliénation de terrains à bâtir constituerait un traitement de faveur supplémentaire injustifié par rapport aux autres indépendants.

L'imposition plus élevée du terrain à bâtir ne devrait avoir aucune influence sur l'évolution structurelle, car ce terrain ne doit pas obligatoirement être aliéné avec l'exploitation agricole. La décision des agriculteurs de poursuivre ou de cesser leur exploitation ne dépend pas d'une imposition plus élevée de ces terrains.

Il n'est pas exclu que l'imposition des bénéfices provenant de l'aliénation de terrains à bâtir dans des exploitations agricoles ou sylvicoles exerce une influence sur l'aménagement du territoire. En Suisse, 20 % environ des terrains en zone à bâtir ne sont pas construits. Une charge fiscale plus élevée en cas d'aliénation ultérieure peut donner lieu à des demandes de déclassement. En cas de nouveau zonage, les agriculteurs, en tant que propriétaires terriens, pourraient mieux se défendre.

La diminution des recettes en cas d'élargissement de l'imposition privilégiée aux bénéfices provenant de l'aliénation de terrains à bâtir dans des exploitations agricoles ou sylvicoles par rapport à l'interprétation donnée par l'arrêt du Tribunal fédéral se monterait à environ 200 millions de francs par an pour l'impôt fédéral direct.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.