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Le Conseil fédéral est chargé de soumettre au Parlement un projet contraignant les cantons à présenter des bases légales et objectives lors de chaque assainissement des débits résiduels et prévoyant enfin des "débits résiduels appropriés", comme l'exige le peuple depuis 1975 à l'art. 76, al. 3, Cst. Lorsqu'une autorité doit statuer sur l'autorisation d'un projet de construction, d'agrandissement, de rénovation ou d'assainissement d'une centrale hydraulique, l'intérêt national attaché au respect absolu de "débits résiduels appropriés" conformément à la Constitution doit être considéré comme prioritaire lors de la pesée des intérêts ; cela sert également à prévenir autant que possible le risque de diminution de la biodiversité. Font exception les centrales hydrauliques sur eau potable communales et régionales et les centrales à pompage-turbinage d'importance nationale.

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Avec l'art. 76, al. 3, de la Constitution fédérale (Cst. ; RS 101), le législateur fédéral a été chargé d'édicter des prescriptions sur la garantie de débits résiduels appropriés. Il a rempli ce mandat dans la loi sur la protection des eaux (LEaux ; RS 814.20). Les dispositions visant à garantir les débits résiduels appropriés, entrées en vigueur en 1992 avec la LEaux, constituent un compromis largement soutenu qui est le fruit d'une pesée des intérêts de protection et d'utilisation. Les intérêts de protection concernent en particulier la biodiversité, aujourd'hui fortement dégradée, ainsi que les cours d'eau.

Les dispositions sur les débits résiduels prévoient un procédé en deux volets : toutes les centrales hydrauliques qui existaient en 1992 devaient être assainies pour 2012 au plus tard, conformément aux art. 80 ss. LEaux, pour autant que la mesure soit économiquement supportable. Aujourd'hui, 87 % des prélèvements d'eau devant être assainis l'ont été.

Pour ce qui est des nouvelles installations ou des installations qui existaient lors du renouvellement de concessions de 1992, les exploitants de centrales hydrauliques sont tenus de respecter les débits résiduels appropriés conformément aux art. 31 à 33 LEaux. Aujourd'hui, les concessions ont été renouvelées pour seulement un dizième environ des centrales hydrauliques ; les débits résiduels appropriés ont donc été respectés dans la même proportion. Étant donné que la durée maximale d'une concession est de 80 ans, il faudra attendre 2072 pour que la concession de toutes les autres installations (env. 90 % de la production) soit renouvelée. D'ici-là, elles seront assainies seulement en partie, voire pas du tout.

Les cantons fixent les débits résiduels appropriés après avoir pesé les intérêts de protection et d'utilisation. Ils doivent garantir un débit résiduel minimal pour protéger les milieux naturels rares. Pour la pesée des intérêts, les cantons se fondent sur le rapport sur les débits résiduels qui est exigé par la loi et qui livre toutes les bases techniques nécessaires (art. 33, al. 4, LEaux).

La loi sur l'énergie (LEne ; RS 730.0) tient compte de la biodiversité. Elle oblige les cantons à désigner les tronçons de cours d'eau qui se prêtent à l'exploitation de l'énergie hydraulique, mais leur permet aussi de désigner les cours d'eau précieux, non utilisés et proches de l'état naturel, devant être préservés pour protéger la biodiversité (art. 10 LEne). En outre, la LEne interdit l'installation de nouvelles centrales hydrauliques dans les biotopes d'importance nationale (art. 12 LEne).

Le Conseil fédéral rejoint l'auteur de la motion sur le fait que la production de courant électrique issue de la photovoltaïque recèle encore un potentiel considérable, tout comme le secteur du bâtiment. Ce potentiel pourrait être exploité pour des coûts environnementaux relativement faibles.

Un autre pilier de la Stratégie énergétique 2050 est la force hydraulique, dont il faut exploiter le potentiel de manière optimale pour atteindre les objectifs. C'est pourquoi la LEne comporte des valeurs indicatives sur l'efficience, mais aussi sur les énergies renouvelables et en particulier la force hydraulique.

La proposition de l'auteur de la motion aurait la conséquence suivante : pour les installations existantes, les dispositions des art. 29 ss. s'appliqueraient aussi dans le cadre des rénovations et extensions effectuées indépendamment des concessions. Ce serait une atteinte à des droits acquis que le canton devrait compenser conformément à la législation en vigueur. Le législateur pourrait, sinon, décider de répercuter les coûts sur l'exploitant. Cependant, le droit acquis du concessionnaire en serait affecté, ce qui constituerait une violation du principe de la bonne foi (art. 5, al. 3, Cst.), de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et de la liberté économique (art. 27 Cst.). Par ailleurs, il faudrait considérer les débits résiduels appropriés comme relevant de l'intérêt national, donc comme prioritaires, et la pesée des intérêts par les cantons serait caduque en particulier face à l'intérêt national à l'utilisation des énergies renouvelables (art. 12 LEne).

La diversité des espèces dans les cours d'eau peut être améliorée au moyen de débits résiduels variables. Cette dynamisation est déjà prévue dans la LEaux, en respectant toujours les débits résiduels minimaux. Les cantons peuvent déjà appliquer cette possibilité aujourd'hui en faveur de la biodiversité, qui est fortement dégradée en Suisse.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.