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Le Conseil fédéral est chargé de soumettre au Parlement une loi fédérale urgente qui modifie les lois suivantes : art. 20, al. 3, LIFD, article 7b LHID et art. 5, al. 1bis, LIA. Ces lois seront modifiées de sorte que seuls pourront être remboursés comme dividendes non imposables les versements effectués par les détenteurs de droits de participation et que la longue période de rétroactivité déclenchant l'exonération (soit à partir du 1er janvier 1997) soit ramenée à la date de la votation de février 2008. Cette réduction de la période de rétroactivité, qui doit être décidée dans les meilleurs délais, permettra d'amoindrir les pertes fiscales induites par la rétroactivité appliquée au principe de l'apport de capital, dont le citoyen n'avait pas été informé dans le cadre de la réforme de l'imposition des entreprises II.

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Dans son message concernant la loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II, le Conseil fédéral a précisé que les réserves d'apports de capital peuvent revenir franches d'impôt anticipé aux actionnaires suisses et étrangers et que ceux-ci ne doivent pas nécessairement être les mêmes personnes que celles qui ont apporté initialement le capital correspondant (FF 2005 4538). Le remboursement des réserves d'apports de capital est ainsi placé sur le même plan que le remboursement de la valeur nominale, lequel s'effectue également franc d'impôt, quelle que soit la personne qui en a libéré le montant.

Si seuls étaient exonérés d'impôt les remboursements aux investisseurs des réserves d'apports de capital, cela équivaudrait à un principe du remboursement du capital. Le Conseil fédéral et la commission du Conseil des États voulaient l'éviter. Lors de sa séance du 13 juin 2006, le Conseil des États est allé dans le sens de ce que la commission proposait et a biffé, pour plus de clarté, le mot "directement" des articles 20 alinéa 3 LIFD et 5 alinéa 1bis LIA (rapporteur de la commission du Conseil des États Lauri, BO 2006, p. 440). Le Conseil national a approuvé cette modification. Dans les débats parlementaires concernant la loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II, c'est le seul point à avoir été sujet à discussion en ce qui concerne le principe de l'apport de capital. Le Conseil fédéral, aux yeux duquel le principe de l'apport de capital apparaît sous sa forme actuelle comme approprié et conforme au système, estime qu'il n'est pas nécessaire d'y revenir.

Il n'était pas prévu au départ d'introduire un quelconque effet rétroactif, mais d'appliquer le principe de l'apport de capital uniquement aux agios versés par les détenteurs de droits de participation à partir de l'entrée en vigueur de la réforme de l'imposition des entreprises. Autrement dit, seuls les nouveaux agios auraient été concernés. Il a cependant été demandé à maintes reprises par divers milieux du secteur privé d'appliquer le principe de l'apport de capital à tous les agios versés jusqu'ici, ou du moins à ceux versés au cours des dix ans précédant l'entrée en vigueur de cette réforme fiscale. En guise de compromis, le Conseil fédéral a finalement proposé, dans son avant-projet de consultation du 5 décembre 2003 sur la réforme de l'imposition des entreprises II, de comptabiliser sur un compte spécial du bilan commercial (par ex. "agio versé 2003ss.") les apports de capital à partir de l'année civile suivant l'ouverture de la procédure de consultation (avant-projet, p. 66).

Les participants à la consultation ont été priés de prendre position sur la proposition de n'appliquer le principe de l'apport de capital qu'aux agios versés à partir du 1er janvier 2003 (rapport de l'Administration fédérale des contributions concernant les résultats de la procédure de consultation du 6 janvier 2005, rapport de consultation, p. 22). Vingt-deux cantons ont soutenu la proposition consistant à n'appliquer le principe de l'accord de capital qu'aux agios versés à partir du 1er janvier 2003 (Rapport de consultation, p. 23). L'UDF, les Verts et le PS ont approuvé le projet selon lequel seuls les agios versés à partir du 1er janvier 2003 devaient être pris en compte. Le PDC, le PRD et le PLS se sont quant à eux opposés au projet (rapport de consultation, p. 23). Les associations faîtières qui avaient pu exprimer leur opinion sur le sujet étaient toutes contre cette limitation aux agios versés à partir du 1er janvier 2003 (rapport de consultation, p. 24).

Au vu du résultat de la procédure de consultation et de la volonté qui s'en dégage d'appliquer le principe de l'apport de capital à tous les agios et autres apports de capital versés jusqu'à présent ou, en tout cas, à ceux qui l'ont été les dix dernières années avant l'entrée en vigueur de cette réforme fiscale, le Conseil fédéral a fait la proposition suivante dans son message concernant la loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II (FF 2005 4538): "La solution que propose le présent message pour les apports, les agios et les suppléments payés avant l'entrée en vigueur de la réforme tient compte de ces exigences. Sur demande, il serait tenu compte en effet des agios payés jusqu'à dix ans avant l'entrée en vigueur de la réforme, pour autant que le bilan commercial prouve l'existence de réserves et de reports de bénéfices de même hauteur." Il a par conséquent été précisé dans le projet de loi que le principe de l'apport de capital devait s'appliquer aux apports, agios et suppléments versés après le 31 décembre 1996 (FF 2005 4614). En raison du prolongement des débats au sein du Parlement et du référendum qui a été lancé, l'effet rétroactif s'étend à présent, depuis l'entrée en vigueur du principe de l'apport de capital au 1er janvier 2011, sur quatorze ans.

Dans son projet de droit de la société anonyme et de droit comptable, le Conseil fédéral a soumis des propositions au Parlement concernant l'affectation et l'utilisation de la réserve légale issue du capital. Il est disposé à examiner des solutions en matière de droit commercial ou de droit fiscal, lesquelles soumettent le versement de réserves d'apports de capital à des conditions bien déterminées qui doivent encore être précisées.

D'après le message du 21 décembre 2007 sur la révision du droit de la société anonyme et du droit comptable, l'agio doit obligatoirement être affecté à la réserve légale issue du capital, laquelle ne peut être employée que pour la couverture de pertes, pour des mesures permettant à l'entreprise de poursuivre ses activités malgré la mauvaise marche des affaires, ainsi que pour la lutte contre le chômage et l'atténuation de ses conséquences (art. 671 P-CO). Étant donné que la distribution de l'agio est un remboursement du capital propre aux actionnaires, une simple décision de l'assemblée générale n'est plus suffisante pour ce remboursement. La procédure de réduction du capital permet cependant de dissoudre les réserves légales et aussi de rembourser l'agio aux actionnaires.

En outre, on pourrait édicter la règle d'après laquelle les réductions de capital ne sont possibles que s'il n'y a plus de bénéfice reporté ni de réserves librement disponibles. Une telle restriction des possibilités d'utiliser les réserves issues d'apports de capital améliorerait la protection des créanciers, d'une part, et empêcherait que la distribution imposable de bénéfice ne soit remplacée par le remboursement franc d'impôts des réserves issues d'apport de capital, d'autre part. La diminution des recettes fiscales se produirait alors plus tard, voire même seulement au moment de la liquidation de la société. Cela augmenterait aussi la probabilité que les réserves issues d'apports de capital soient compensées avec de futures pertes et les réduisent.

Des résultats semblables sont aussi concevables avec des restrictions dans la législation sur l'impôt anticipé et sur l'impôt sur le revenu. L'exonération d'impôt du remboursement de l'agio (et du capital-actions) n'interviendrait alors qu'en l'absence de réserves librement disponibles et de bénéfice reporté. Le cas échéant, d'autres questions pourraient éventuellement être réglées, par exemple que les apports dissimulés de capital ne donnent pas droit à un remboursement franc d'impôt. La société serait tenue d'indiquer, dans le bilan fiscal, les différences avec le bilan commercial.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.