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Le Conseil fédéral est chargé de présenter un projet de modification de la loi fédérale sur la protection des eaux qui permette d'encourager, par exemple via des incitations financières, une gestion intégrale des eaux par bassin versant de la part des cantons et des communes.

Le PNR 61 a rendu récemment ses conclusions concernant la gestion durable des eaux. Il apparaît qu'une gestion des eaux intégrale et par bassin versant serait souhaitable. Celle-ci a deux avantages : elle permet d'une part, de planifier et de coordonner les différentes politiques sectorielles des eaux et, d'autre part, de les aborder à une échelle territoriale pertinente, le bassin versant, plutôt qu'en fonction des frontières communales et cantonales.

La gestion intégrale des eaux permet de tenir compte de l'ensemble du cycle et des fonctions de l'eau et de coordonner les mesures qui leur sont liées : protection des eaux, revitalisation des cours d'eau, lutte contre les crues, traitement des eaux usées, hydroélectricité, etc. La prise en compte de l'échelle du bassin versant permet en outre d'avoir une vision d'ensemble des différents usages de l'eau à l'échelle d'une région hydrique donnée, de détecter les conflits d'usage et de fixer des priorités en tenant compte de tous les intérêts en présence. Il s'agit en outre de planifier et de coordonner les mesures des différents acteurs communaux et cantonaux actifs dans la zone hydrique concernée.

Le canton de Fribourg, ainsi que de nombreuses communes, disposent déjà d'une expérience positive en la matière. Il manque cependant un cadre général, à l'échelle fédérale, qui encourage une politique en la matière dans les cantons et communes où ces pratiques sont encore partielles ou inexistantes. Actuellement, la loi fédérale sur la protection des eaux connaît partiellement la notion de bassin versant puisqu'elle demande, à son article 7, que les cantons établissent, si nécessaire, une planification régionale de l'évacuation des eaux. Toutefois, cette approche est facultative et limitée à un secteur particulier. Les diverses planifications cantonales demandées par la législation fédérale sont en outre sectorielles. Le travail de planification et de coordination lié à la gestion intégrale des eaux par bassin versant est complexe. Des incitations, qui pourraient être financières, seraient bienvenues pour encourager l'engagement des cantons et des communes en la matière.

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La gestion des eaux en Suisse est un succès, mais les structures sectorielles et à petite échelle atteignent leurs limites. C'est pourquoi le Programme national de recherche (PNR) 61, "Gestion durable de l'eau", achevé à l'automne 2014, recommande une gestion intégrée des eaux par bassin versant, c'est-à-dire une prise en compte globale à l'échelle régionale et suprarégionale des enjeux liés à la gestion des eaux. L'administration fédérale partage ce point de vue. Dès 2011, les Offices fédéraux du développement territorial (ARE), de l'environnement (OFEV), de l'énergie (OFEN), de l'agriculture (OFAG) et le réseau "Agenda 21 pour l'eau" ont élaboré les idées directrices pour la gestion intégrée des eaux en Suisse. Puis, en 2012, l'OFEV a publié un guide pratique pour en concrétiser les principes. Par ailleurs, plusieurs dispositions du droit fédéral (notamment la loi sur l'aménagement du territoire, RS 700 ; l'art. 46 al. 1 de l'ordonnance sur la protection des eaux, RS 814.201) exigent la coordination des projets de gestion des eaux et la collaboration des autorités. Le Conseil fédéral est également d'avis que la gestion des eaux peut encore être optimisée, notamment par une meilleure concertation régionale et sectorielle et une meilleure prise en compte d'autres politiques, comme l'énergie, l'agriculture et l'aménagement du territoire. Néanmoins, le Conseil fédéral rejette la motion pour les raisons suivantes :

1. La souveraineté sur les eaux appartient aux cantons. Ceux-ci appliquent déjà les principes de la gestion intégrée des eaux et mettent en oeuvre toute une série de mesures : inscription de ces principes dans les lois cantonales (par ex. GE, FR, JU), élaboration de stratégies concertées (par ex. BE, BL), plan de mesures régional (par ex. ZH), participation aux projets pilotes de l'OFEV (par ex. GE, VD, JU, NE, SZ, FR) et collaboration au sein de commissions fluviales (Birs, Glatt, Sitter). Des évolutions dans ce sens sont en cours dans de nombreux cantons.

2. Les différents secteurs de la gestion des eaux ont mis au point des instruments de planification régionaux (par ex. plan régional d'évacuation des eaux, PREE, plan régional d'alimentation en eau), soit une planification par bassin versant définie dans la législation cantonale (micropolluants, planifications stratégiques de l'assainissement de la force hydraulique et de la revitalisation). L'incorporation des instruments de planification sectorielle dans une planification globale apporterait certainement une plus-value, qui serait toutefois en proportion défavorable par rapport aux coûts en personnel qui en résulteraient pour les administrations concernées (examen et suivi du soutien financier). En outre, la politique des finances ne possède pas la marge de manoeuvre nécessaire pour instaurer les nouvelles subventions en faveur des cantons que la motion propose.

3. Le DETEC (OFEV) élabore actuellement dans le cadre de la Stratégie du Conseil fédéral d'adaptation aux changements climatiques d'autres instruments pour la planification et la gestion des ressources en eau. Ces instruments complètent les bases déjà publiées et les aides à la gestion par bassin versant et à la coordination de projets de gestion des eaux. Ils devraient être disponibles dès 2017. Vu que leur élaboration continue dans le cadre de la stratégie d'adaption aux changements climatiques ne nécessite aucune modification législative, il n'est pas nécessaire d'accepter la motion. Le Conseil fédéral examinera les possiblités de garantir que les instruments de planification et de gestion des ressources en eau sont mis en oeuvre dans les cantons.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.