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Le Conseil fédéral est chargé de soumettre au Parlement un projet de normes légales ou constitutionnelles qui créera l'instrument de la motion populaire au niveau fédéral. La motion populaire fédérale sera lancée par un nombre déterminé de citoyens ayant le droit de vote et les Chambres fédérales la traiteront selon une procédure analogue à celle applicable à la motion parlementaire (art. 120ss. de la loi sur le Parlement).

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Les droits politiques, et en particulier l'initiative populaire et le référendum, sont les piliers de notre démocratie directe. Ils contribuent au bon fonctionnement et à l'équilibre du système politique suisse, tout autant qu'ils participent à l'enrichissement du débat politique. Aux yeux du Conseil fédéral, la Suisse, de par sa riche tradition, se doit d'être à la pointe au niveau international en matière d'innovation démocratique et d'instruments permettant la participation active des citoyennes et citoyens à la formation de la volonté politique, notamment à l'heure où l'Union européenne introduit l'initiative citoyenne européenne.

Toutefois, si le Conseil fédéral prend acte du fait que la motion populaire a été introduite dans un certain nombre de cantons et de communes en Suisse au cours des trente dernières années, et a pu contribuer favorablement au débat politique, il se demande si l'introduction au niveau fédéral de ce nouvel instrument, ou la refonte de ceux existants, contribuerait à renforcer véritablement les droits populaires. Car les questions qui restent en suspens sont nombreuses. Elles touchent à des aspects "techniques" (hauteur du quorum, éventuel contrôle de validité, possibilité de présenter un contre-projet ou de modifier le texte de la motion, etc.), mais également de principe : la motion populaire constitue-t-elle une réponse adéquate aux reproches fréquemment adressés à l'initiative populaire, notamment, ou de l'autre côté, une véritable alternative au droit de pétition ? Le droit de pétition doit-il être supprimé au profit d'un tel instrument ? Est-il judicieux de prévoir la possibilité de déposer en tant que motion populaire une initiative populaire qui ne réunirait pas le quorum requis, mais celui fixé aux motions populaires ?

Aux yeux du Conseil fédéral, le risque sous-jacent à l'introduction de la motion populaire, telle que prévue par le motionnaire, est en réalité celui d'un affaiblissement des droits populaires, pour trois raison principales. Premièrement, et l'expérience avortée de l'initiative populaire générale en témoigne, la multiplication des instruments des droits populaires ne signifie pas in fine un renforcement de ceux-ci. En effet, si l'initiative populaire et le référendum sont des instruments "forts", qui permettent de recourir au souverain par la tenue d'un scrutin populaire, la motion populaire est un instrument plus "faible", dans la mesure où le peuple n'est pas amené à se prononcer sur celle-ci. D'ailleurs, le poids du Parlement est beaucoup plus grand : ce dernier peut en effet tout simplement rejeter la motion et stopper net le processus. Deuxièmement, si la motion populaire en venait à remplacer le droit de pétition, il en résulterait une atteinte à l'État fondé sur le droit, dans la mesure où l'article 33 de la Constitution fédérale, qui prévoit que toute personne a le droit de s'adresser aux autorités sans subir de préjudice, serait remis en question, puisque la motion émanerait uniquement des citoyens suisses. Troisièmement, si la motion populaire coexistait avec le droit de pétition, elle constituerait un droit redondant et donc inutile, puisque toute pétition doit d'ores et déjà être examinée par les Chambres fédérales.