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Le Conseil fédéral est chargé de préparer un projet créant un deuxième degré de juridiction disposant d'un plein pouvoir d'examen pour connaitre des recours contre les jugement de première instance du Tribunal pénal fédéral.

Une minorité (Stamm, Egloff, Freysinger, Guhl, Huber, Markwalder, Reimann Lukas, Schwander) propose de rejeter la motion.

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Le Code de procédure pénale (RS 312.0) est fondé sur le concept de la juridiction à deux échelons. Il prévoit la possibilité de faire appel des jugements rendus par les tribunaux de première instance, auquel cas la juridiction d'appel réexamine entièrement les faits et l'application du droit. Les jugements prononcés en appel peuvent ensuite faire l'objet d'un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Les arrêts rendus par les cours des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral ne sont quant à eux que susceptibles de recours devant le Tribunal fédéral. En principe, le recourant ne peut faire valoir dans ce cas qu'une mauvaise application du droit et, à titre exceptionnel seulement, une constatation erronée des faits.

Lors des travaux relatifs à la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales (RS 173.71), le Conseil fédéral s'est penché dans le détail sur la question des voies de recours contre les arrêts rendus par la cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral. Il a étudié à cet effet quatre solutions : la création d'une cour d'appel indépendante, le rattachement de la juridiction d'appel au Tribunal pénal fédéral de Bellinzone, l'attribution de la juridiction d'appel au Tribunal fédéral et le maintien des voies de droit actuelles. La troisième solution ayant été rejetée en procédure de consultation, le Conseil fédéral a finalement opté dans son projet pour le statu quo, essentiellement pour ne pas mettre à mal l'objectif visé par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral, soit alléger la tâche de celui-ci. Le Tribunal fédéral aurait en effet été bientôt à nouveau surchargé par l'examen des faits, d'ailleurs étranger au système, et par des débats réguliers, et ce au détriment de ses fonctions essentielles. Le Conseil fédéral a également rejeté les solutions 1 et 2, le volume des cas ne justifiant pas la création d'une juridiction d'appel indépendante ou d'une cour au sein du Tribunal pénal fédéral, apte à travailler en trois langues. Il a indiqué néanmoins que rien n'empêchait que l'on crée un jour une juridiction d'appel indépendante et trilingue, en tant que tribunal ou chambre d'un tribunal, si le volume des cas traités par les cours des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral augmentait suffisamment pour justifier la mise en place de cette structure (FF 2008 7389ss.). Le Parlement s'est rallié aux arguments du Conseil fédéral.

À la place de l'attribution de la juridiction d'appel au Tribunal fédéral, une nouvelle solution a vu le jour lors des débats parlementaires. Elle consiste à étendre le pouvoir de cognition du Tribunal fédéral à la constatation de l'état de fait pertinent. Le conseiller aux États Claude Janiak a repris cette proposition dans sa motion 10.3138, "Etendre le pouvoir de cognition du Tribunal fédéral aux recours introduits contre un arrêt du Tribunal pénal fédéral". Un projet de loi allant dans ce sens est en cours d'élaboration. La procédure de consultation devrait s'ouvrir au cours du deuxième semestre 2012. La motion Janiak vise à accorder au Tribunal fédéral la possibilité de réexaminer entièrement les décisions de la cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral, c'est-à-dire de procéder à une nouvelle constatation des faits. Il en est déjà ainsi des décisions rendues sur les prestations en espèces de l'assurance militaire et de l'assurance-accidents. La motion Janiak présente l'avantage, par rapport à la solution qui ferait du Tribunal fédéral la juridiction d'appel, que ce dernier ne serait pas tenu de procéder dans tous les cas à l'administration des preuves et qu'il ne serait généralement pas nécessaire de procéder à des débats publics. Il en résulterait une charge de travail moindre, qui ne remettrait pas en question l'allègement de la charge de l'instance suprême voulu dans le cadre de la réforme de la justice, puisque le nombre de recours contre des décisions de la cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral n'est que d'une douzaine par an. Avec la mise en oeuvre de la motion Janiak, la demande principale de la présente motion - à savoir instaurer une voie de droit contre les décisions en matière pénale du Tribunal pénal fédéral qui donnerait pleine cognition à la cour suprême - est remplie.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.