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Le Conseil fédéral est chargé de soumettre une réforme des bases légales régissant le Ministère public de la Confédération (MPC) et sa surveillance. Ses propositions s'inscriront dans le cadre du " statu quo ante modifié " tel que défini dans le rapport des Commissions de gestion (CdG) du 22 juin 2021 (cf. communiqué de la CdG-E du même jour, https ://www.parlament.ch/press-releases/Pages/mm-gpk-s-2021-06-22.aspx ?lang=1036). Ce modèle prévoit la réintégration du MPC au sein de l'administration fédérale ou son rattachement au Conseil fédéral, moyennant la garantie de son indépendance en matière de poursuite pénale.

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Avec l'adoption de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales de la Confédération (LOAP ; RS 173.71), le législateur a établi que la surveillance du Ministère public de la Confédération (MPC) devait être exercée par un organe spécial, l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération (AS-MPC). Il s'est écarté ainsi du projet de LOAP du Conseil fédéral du 10 septembre 2008 (FF 2008 7431), qui proposait encore une surveillance par le Conseil fédéral. Cette décision du législateur se fondait sur l'idée que le MPC doit être indépendant de l'exécutif à cause de ses prérogatives judiciaires, mais doit être soumis à une surveillance indépendante, forte et compétente. Selon le législateur d'alors, l'AS-MPC remplissait au mieux ces exigences.

Le Conseil fédéral estime que le modèle actuel a fait la preuve de son efficacité. Les larges prérogatives, pour certaines judiciaires, du MPC exigent dans le même temps une indépendance vis-à-vis de l'exécutif et une surveillance forte et indépendante. Il juge inadéquate une surveillance du MPC par l'exécutif, car elle ne permettrait pas de garantir aussi efficacement l'indépendance du MPC et aussi parce que l'exécutif n'a pas les connaissances spécifiques nécessaires pour une surveillance efficace. Le Conseil fédéral ne considère non plus pas raisonnable un retour à une surveillance partagée : celle des aspects matériels était exercée par la Cour des plaintes du Tribunal fédéral et celle des aspects administratifs, par le Conseil fédéral. Ce système, valable de 2002 à 2011, a montré qu'il était difficile de délimiter clairement les compétences et qu'il survenait des conflits négatifs de compétences entre les deux organes de surveillance.

C'est pourquoi le Conseil fédéral est d'avis qu'il faut conserver le modèle d'aujourd'hui, tout en comblant les lacunes constatées par les Commissions de gestion (CdG) du Conseil national et du Conseil des États.

Le Parlement veut aussi prendre cette voie : le 15 septembre 2021, le Conseil des États a accepté à l'unanimité la motion 21.3970 (Mo. CAJ-E Réforme du Ministère public de la Confédération et de son Autorité de surveillance). Le 21 septembre 2021, le Conseil national a accepté à 128 voix contre 45 et une abstention la motion 21.2972 de même teneur déposée par sa Commission des affaires juridiques. Les motions chargent le Conseil fédéral de présenter une modification législative qui remédie aux lacunes constatées par les CdG dans leur rapport du 22 juin 2021 dans le cadre du " statu quo plus ". Le Conseil fédéral a recommandé au Parlement d'approuver les deux motions.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.