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Le Conseil fédéral est chargé de proposer au Parlement des solutions pour résoudre le problème des effets de seuil : certains contribuables qui n'ont en principe pas droit aux prestations complémentaires se retrouvent, après déduction des impôts (fédéral, cantonal et communal), en dessous du minimum vital admis pour toucher ces prestations.

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Les prestations complémentaires (PC) sont versées à des personnes qui touchent des rentes AVS ou AI, qui habitent en Suisse et dont le revenu ne suffit pas à couvrir leurs frais d'entretien minimum. Le droit à ces prestations d'assurance liées aux besoins est garanti par la loi. Les PC correspondent à la différence entre les dépenses reconnues et le revenu déterminant.

Alors que les rentes de l'AVS et de l'AI sont entièrement imposables tant selon la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct que selon la loi sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes, les PC sont franches d'impôt conformément à la volonté du législateur (art. 24 let. h LIFD ; art. 7 al. 4 let. k LHID). Suivant l'aménagement du système fiscal, cela peut avoir pour conséquence que la charge fiscale des rentiers AVS/AI soit différente de celle des bénéficiaires de PC présentant la même capacité économique. Les bénéficiaires de PC sont de ce fait avantagés par rapport aux contribuables dont le revenu modeste est juste supérieur à la limite donnant droit aux PC.

Étant donné que les revenus modestes sont pratiquement exonérés de l'impôt fédéral direct sur la base des échelons actuels du barème et des déductions, cet effet de seuil ne devrait sans doute pas se produire dans le cadre de l'impôt fédéral direct. Dans une partie des cantons, la structure des barèmes n'est cependant pas la même : en particulier, le montant du revenu imposable à partir duquel il faut payer l'impôt varie beaucoup selon les cantons.

Ces dernières années les efforts, au niveau fédéral, visant à exonérer de l'impôt les revenus modestes également dans les cantons ont échoué. D'une part, le 16 mai 2004, le peuple a refusé l'exonération explicite du minimum vital dans la LHID en rejetant le paquet fiscal 2001. D'autre part, en 2007, le Conseil des États a rejeté un projet de loi élaboré en réponse à une initiative parlementaire visant le même but. Le Conseil des États a défendu l'opinion selon laquelle les cantons avaient déjà pris en considération la demande d'exonérer le minimum vital en définissant leur barème fiscal et leurs déductions (quelques cantons prévoient par exemple une déduction particulière pour les contribuables à bas revenus) ainsi qu'en accordant sur demande, le cas échant, la remise individuelle de l'impôt.

Certains effets de seuil peuvent également être évités en soumettant entièrement à l'impôt toutes les prestations d'assistance financées par les deniers publics (aides sociales, PC, etc.), comme le demande une initiative du canton de Berne (09.300). Au regard de la généralité et de l'égalité de l'imposition ainsi que de l'imposition selon la capacité économique, il s'agirait d'une mesure rationnelle mais elle devrait nécessairement s'accompagner d'une exonération du minimum vital (cf. rapport de la commission Imposition de la famille, ch. 3.3) ou d'une hausse des prestations de l'aide sociale (pour payer le surplus d'impôts).

La survenance d'effets de seuil est due au jeu complexe des systèmes de transfert et d'imposition. Ces effets ne se produisent pas seulement dans le domaine des PC mais aussi, par exemple, dans le cadre de l'assurance invalidité ou dans celui de la réduction des primes de l'assurance maladie obligatoire. Dans son avis du 13 mai 2009 sur le postulat Hêche 09.3161, le Conseil fédéral reconnaît l'existence d'effets de seuil dans le cadre des transferts sociaux et renvoie à deux études publiées par la Conférence suisse des institutions d'aide sociale (CSIAS) en 2007. Ces études examinent l'impact des diverses politiques d'aide sociale et fiscale et, en particulier, leurs effets de seuil. Le Conseil fédéral est d'avis que ces études expliquent suffisamment ce problème et "qu'il revient maintenant aux cantons de pousser l'examen et la recherche de solutions à leur niveau". Après l'échec des efforts entrepris au niveau de la Confédération, le Conseil fédéral ne voit pour l'instant aucune possibilité de faire adopter une exonération générale du minimum vital dans la LHID (dont l'efficacité est par ailleurs contestée).

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.