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Le Conseil fédéral est chargé de :

1. rendre obligatoire une protection de tous les troupeaux de moutons et de chèvres (au minimum au moyen de clôtures électriques et/ou d'un accompagnement par des chiens de protection, / bergers et/ou de contrôles journaliers des troupeaux) lors de l'estivage dans l'aire de répartition du loup, du lynx et de l'ours et dans les zones où il faut s'attendre à rencontrer ces animaux ;

2. d'augmenter à cet effet les incitations financières dans le cadre des contributions d'estivage pour les systèmes de pâturages "surveillance permanente" ou "pâturages tournants";

3. de soutenir moins fortement, voire plus du tout le système de pâturages "autres pâturages" au moyen des contributions d'estivage ;

4. de créer une incitation financière pour le regroupement de plusieurs petits troupeaux en un nombre restreint de grands troupeaux.

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Les contributions d'estivage sont inscrites dans la loi sur l'agriculture. Dans ce contexte, une stratégie incitative pour un estivage durable des moutons a été mise en place par la Confédération depuis 2003. Elle s'est concrétisée par une différenciation des trois systèmes de pâture : surveillance permanente par un berger, pâturage tournant et autres pâturages. Pour les deux premiers systèmes de pâture, les paiements directs ont été successivement augmentés au fil des ans. Pour les autres pâturages (pâture libre), le soutien financier n'a pas été augmenté durant les quinze dernières années.

La stratégie incitative, en interaction avec la présence des grands prédateurs, a fortement influencé l'estivage des moutons. Depuis 2003, le nombre de moutons avec surveillance permanente par un berger a plus que doublé puisqu'il a augmenté de 5000 à 11 700 pâquiers normaux. Par contre, le nombre de moutons sur les autres pâturages a très fortement diminué ; il est passé de 14 400 à 5700 pâquiers normaux. C'est la preuve que la stratégie incitative fonctionne. Elle va continuer à déployer ses effets au cours des prochaines années.

Les mesures pour la protection des troupeaux sont ancrées dans la loi sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages (loi sur la chasse, LChP). Il s'agit de prévenir les dommages causés par la faune sauvage. Ces mesures ne sont pas financées par le système des paiements directs, mais par les budgets de l'Office fédéral de l'environnement.

Le Conseil fédéral considère que les cantons doivent rester compétents pour prendre des mesures afin de prévenir les dommages dus à la faune sauvage (art. 12 al. 1 LChP). La Confédération encourage et coordonne les mesures des cantons (art. 12 al. 5 LChP). Les cantons intègrent la protection des troupeaux dans leur vulgarisation agricole (art. 10ter al. 4 de l'ordonnance sur la chasse, OChP). Selon l'article 13 LChP et l'article 10 OChP, les cantons peuvent fixer des exigences supplémentaires concernant la protection des troupeaux comme condition pour l'indemnisation des dégâts causés par la faune sauvage.

Les modifications structurelles des alpages concernés sont en cours. Les alpages isolés présentant essentiellement des conditions topographiques difficiles ne peuvent être occupés le plus souvent que par de petits troupeaux. De surcroît, les ressources financières et en personnel seraient généralement insuffisantes si l'on voulait assurer la surveillance par des bergers de tous les alpages de moutons. L'estivage des moutons sur les autres pâturages contribue cependant également à l'entretien et à la préservation du paysage rural dans la région d'estivage. Par conséquent, il faut renoncer à supprimer les contributions d'estivage pour les autres pâturages, d'autant plus que l'exploitation de ces zones ne serait plus garantie.

Une modification des incitations financières n'est pas justifiée actuellement. Le soutien pour les moutons avec surveillance par un berger et les moutons sur pâturages tournants a été renforcé en 2014, ce qui a augmenté l'attractivité de ces deux systèmes de pâture par rapport aux autres pâturages. Le financement du regroupement des troupeaux est déjà possible par le biais des améliorations structurelles. Les structures sont en train d'évoluer. De nouvelles incitations ne sont pas nécessaires. A plus long terme, les mesures seront évaluées et, au besoin, adaptées. De plus, l'OFEV et l'OFAG devront examiner en 2017 si les mesures pour la protection des troupeaux sont exhaustives et adéquates dans le cadre d'un rapport au Conseil fédéral.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.