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Le 28 août 2009, la conseillère fédérale Doris Leuthard ainsi que les conseillères et conseillers d'État des cantons ont pris connaissance du rapport du Groupe d'experts (ci-après le GE) relatif à l'organisation future de la HES-SO. Selon le GE, présidé par l'ancienne conseillère nationale Barbara Haering, les structures de conduite et d'organisation ainsi que l'assurance qualité présentées par la HES-SO demeurent insuffisantes en référence aux conditions qui permettront l'accréditation définitive des hautes écoles spécialisées. Le GE propose dès lors un renforcement de la conduite académique et opérationnelle par le rectorat au détriment de l'influence aujourd'hui prépondérante des pouvoirs politiques cantonaux.

Le Conseil fédéral est prié de dire s'il n'estime pas que le renforcement des compétences du rectorat et des responsables de domaines risque d'entraîner une centralisation des filières apparemment rationnelle mais aussi préjudiciable au développement des structures économiques spécifiques de certains cantons de Suisse occidentale.

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En 2003, la Haute école spécialisée de Suisse occidentale (HES-SO) a reçu du Conseil fédéral une autorisation illimitée, assortie d'une série de conditions à remplir jusqu'en 2006, dont les principales concernaient les structures de conduite et d'organisation. En 2008, le Conseil fédéral a constaté que la HES-SO n'avait pas encore rempli ces conditions et il a réitéré ses exigences envers la haute école. Fin 2008, la HES-SO lui a soumis un avant-projet de nouvelle convention intercantonale : d'entente avec la HES-SO, le Département fédéral de l'économie a institué en avril 2009 un groupe d'experts chargé de constater dans quelle mesure l'avant-projet de nouvelle convention élaboré par la HES-SO satisfait aux exigences légales fédérales concernant les structures de conduite et d'organisation dans le cadre du nouveau paysage des hautes écoles spécialisées, ainsi qu'aux exigences pour une accréditation institutionnelle future. Le rapport du groupe d'experts a été rendu public à fin août 2009.

Pour l'heure, il appartient au Conseil fédéral d'examiner les conclusions du rapport et les mesures recommandées par le groupe d'experts ; l'avis exprimé par celle-ci ainsi que par la Commission fédérale des hautes écoles spécialisées sur le rapport du groupe d'experts sera pris en considération.

Dans sa décision du 2 avril 2008, le Conseil fédéral exige un réaménagement résolu des structures de conduite et d'organisation de la HES-SO, au sens de la loi sur les hautes écoles spécialisées. Ainsi, au niveau de l'école comme un seul ensemble devraient figurer des structures de conduite et d'organisation dotées d'une réglementation claire sur les attributions et les compétences stratégiques et opérationnelles. Ceci de manière à assurer dans tous les domaines d'études une mise en oeuvre effective et efficiente des tâches légales en matière d'enseignement, de recherche et de prestations de services. Cet élément est déterminant également dans la perspective d'une accréditation institutionnelle de la HES. Par ailleurs, une séparation claire entre les attributions et les compétences stratégiques et opérationnelles n'est pas incompatible avec la possibilité pour la HES-SO d'être en phase avec les régions. Ainsi l'organe responsable de la HES-SO a toute latitude pour faire en sorte que les retombées d'une haute école forte, prospère et compétitive profitent à tous les cantons.

Réponse du Conseil fédéral.