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Le Conseil fédéral est chargé d'élaborer des bases légales permettant aux entreprises fondées sur la science (start-up) de reporter l'imposition des pertes au-delà de sept ans. Il étudiera également la possibilité, pour certaines entreprises, de ne pas limiter le report de pertes.

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La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct et la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) prévoient un délai de sept exercices pour la déduction des pertes subies par les entreprises au cours des années précédentes. En cas d'assainissement, les pertes subies au cours des exercices antérieurs peuvent également être soustraites du bénéfice.

Lorsque les pertes subies au cours des périodes fiscales antérieures sont importantes et que les contribuables n'ont réalisé par la suite que des bénéfices modestes (voire aucun bénéfice) pendant une longue période, la réglementation relative à la période ordinaire de compensation des pertes peut avoir pour conséquence que des pertes subies par des travailleurs indépendants ou des personnes morales ne peuvent pas être compensées. Le fait d'étendre la période de compensation des pertes ou de supprimer la limite temporelle pour la compensation permettrait d'éviter que des pertes ne puissent pas être compensées tout en respectant le principe de l'égalité de traitement.

L'auteur de la motion demande d'étendre ou de supprimer le délai pour la compensation des pertes uniquement pour les jeunes entreprises (start-up) dont les activités sont basées sur la science. Cette restriction entraînerait une inégalité de traitement. La loi fédérale du 14 décembre 2012 sur l'encouragement de la recherche et de l'innovation (LERI) contient une définition des notions de "recherche scientifique" et d'"innovation fondée sur la science". Malgré l'existence de ces définitions, les autorités cantonales de taxation rencontreraient, dans la pratique, des difficultés pour établir une délimitation entre ces entreprises et les autres. La sécurité du droit et la transparence ne pourraient par conséquent pas être garanties.

Par ailleurs, la mesure proposée ne permet pas d'atteindre l'objectif extrafiscal visé, c'est-à-dire de promouvoir la recherche et le développement. Cet objectif pourrait être atteint de manière plus efficace en allouant, pour la durée nécessaire au développement et à la mise sur le marché d'un produit, des contributions directes aux entreprises ayant de longues phases de recherche et développement. Pour des raisons d'ordre politique, la LERI se borne à l'octroi de mesures de soutien sous la forme de suivi ou d'assistance dans la recherche de sources de financement, etc.

Dans le cadre de la réforme de l'imposition des entreprises III (RIE III), les chambres ont en outre approuvé les mesures suivantes prises dans la LHID : introduction d'une "patent box" et autorisation pour les cantons de prévoir un relèvement des déductions accordées sur les dépenses consenties en faveur de la recherche et du développement. Le Conseil fédéral a de plus chargé le Département fédéral des finances de chercher, en collaboration avec les cantons, des possibilités d'optimisation afin de rendre plus attrayante la place économique suisse pour les start-up, tout en préservant la marge de manoeuvre des cantons exigée par le système fédéral (motion 16.3293).

Le projet relatif à la RIE III mis en consultation contenait une mesure visant à modifier la compensation des pertes. La mesure proposée prévoyait une compensation des pertes sans limite temporelle en relation avec une imposition minimale du revenu de l'activité lucrative indépendante ou du bénéfice des personnes morales de 20 %. Les cantons et la majorité des partis et associations invités à se prononcer se sont opposés à l'introduction d'une telle mesure dans la cadre de la RIE III, aux motifs qu'elle n'avait aucun lien direct avec la RIE III et qu'elle n'était pas considérée comme prioritaire. Le Conseil fédéral serait disposé à introduire, lors d'une prochaine révision du droit fiscal, une mesure, valable pour toutes les entreprises, visant à permettre une compensation des pertes illimitée dans le temps en relation avec une imposition minimale ; il considère cependant que l'introduction d'une réglementation spéciale pour certaines entreprises ne permet pas d'atteindre les objectifs visés.

Le Conseil fédéral propose de rejeter la motion.