Обсуждение:Синтез олигонуклеотидов

message: Просьба не употреблять английское слово "фосфорамидит", если во всей статье используется русский эквивалент "амидофосфит". Заранее благодарен — Maksim Fomich 06:39, 31 декабря 2012 (UTC)
replies: text: Аналогично, в русском языке нет слова "фосфоротиоат". — Maksim Fomich 06:45, 31 декабря 2012 (UTC)
В русскоязычной номенклатуре также нет термина Н-фосфонат, а есть кислый фосфит. Однако, Вы не возражаете против первого потому что второе никогда не используется ни в русскоязычной олигонуклеотидной, ни в англоязычной фосфорной литературе. Мне представляется, что парные термины "phosphoramidite" - "amidophosphite", "фосфорамидит" - "амидофосфит", "phosphorothioate" - "thiophosphate" и "фосфоротиоат" - "тиофосфат" равноправно существуют в обоих языках, хотя первый член в каждой из пар используется чаще. В русском профессиональном языке даже встречается "фосфамидит" (см обзор Коршун В. А., Берлин Ю. А. Биоорг. Хим. 1994, 20, 565). Используйте "фосфорамидит" и "фосфоротиоат", потому что Вас лучше поймут по двум причинам. Во-первых, читатель, которому действительно нужно разобраться в методе, обратится к англоязычным источникам, в которых он найдет "phosphoramidite" и "phosphorothioate". Во-вторых, даже и на Российском рынке (главная читательская аудитория) продают именно фосфорамидиты (см. напр. http://www.biosset.com/chemicals, http://www.oligos.ru/spravka-oligos.html, http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=6&SECTION_ID=290&ELEMENT_ID=784). Chemist234 07:46, 6 января 2013 (UTC)
replies: text: : Про фосфамидит надо спрашивать у Коршуна, пусть сам за него отвечает. Попытаюсь объяснить, почему я выступаю за второй вариант из этих пар. Потому что в русском языке названия эфиров фосфорных кислот образуются от слов фосфат и фосфит (в зависимости от степени окисления фосфора). В случае амидов (т. е. когда кислород при фосфоре заменен на азот) употребляется приставка "амидо-": амидофосфит, диамидофосфит (а не фосфордиамидит). Аналогично и для фосфатов. С серой тоже всё понятно: кислород замещён на серу - появилась приставка "тио-". В этом смысле слово фосфоротиоат мне вообще непонятно. Что такое тиоат? Это эфир какой-то серной или сернистой или какой-то ещё кислоты?

text: : Я думаю, что надо всё-таки использовать русскоязычную номенклатуру второго варианта, т. е. амидофосфиты, условно говоря, потому что будут написаны другие статьи, касающиеся не олигосинтеза, а органических соединений фосфора, и тогда придётся болезненно стыковать одно к другому. Если читатель обратится к англоязычной литературе, то пусть будет готов к несовпадению терминологии: в области химии это совершенно нормальная практика (сравните названия, например, карбоновых кислот - мы же не говорим "ацетовая кислота"). В конце концов, есть английская статья про олигосинтез: можно набраться терминологии там. Ссылки на сайты фирм я, безусловно, оценил, но не думаю, что они могут считаться сколько-нибудь авторитетными в вопросах номенклатуры, поскольку они действительно заинтересованы именно в кальках с английского, чтобы вещества узнавал потребитель. — Maksim Fomich 09:07, 6 января 2013 (UTC)
Пожалуйста замените некорректную подпись к рисунку "Диастереомеры олигонуклеотидных тиофосфатов" на "Диастереомеры динуклеозид тиофосфатов" или что-нибудь подобное. Chemist234 08:08, 13 января 2013 (UTC)

text: (и рисунок, и подпись) — Maksim Fomich 10:11, 13 января 2013 (UTC)
* Я уж не знаю, что написано на сайте компании Биоссет, но в устной речи специалисты компании Биоссет употребляют именно фосфо_амидиты. Литературной нормой следует считать именно фософоамидиты --Sirozha.ru 13:13, 13 января 2013 (UTC)
** Заявляю, что наши :) специалисты по синтезу олигонуклеотидов употребляют слово "фосфорамидиты", наверное, потому что так пишут в англоязычной литературе. — Maksim Fomich 13:25, 13 января 2013 (UTC)
*** Классическая ситуация в условиях недостатка русскоязычной литературы: хто як хоча, той так и гавора. Четыре варианта я уже насчитал: амидофосфиты, фосфорамидиты, фосфамидиты и фосфоамидиты. Все четыре прогугливаются. Первое употребляется в книжках про фосфор, второе в устной речи, третье у Коршуна - Берлина, четвертое тоже в устной речи. Тут все шансы стать законодателем мод. — Maksim Fomich 13:39, 13 января 2013 (UTC)
Про репортерную группу. Вариант "нерадиоактивная метка" мне кажется не очень удачным и не очень аналогом. Почему она вдруг нерадиоактивная? Для прохожего читателя звучит примерно как "продукты без ГМО". Может, есть другие варианты? — Maksim Fomich 06:16, 14 января 2013 (UTC)
*Термин "нерадиоактивная метка" действительно определяет суть понятия от противного. Попробуйте посмотреть литературу последних лет, может быть найдете более удачный вариант. Я не могу этого сделать т.к. не имею доступа к таковой. Chemist234 04:59, 21 января 2013 (UTC)
Не надо править "удлиннен", оно не является прилагательным на "ный" и поэтому пишется с двумя "H". Chemist234 07:49, 30 января 2013 (UTC)

text: Если Вы закладываете его как причастие, то полная форма выглядит как «удлинённый», т. е. две «н» есть, но не там. А краткая форма образуется тупо усечением суффикса, и получается «удлинён». — Maksim Fomich 08:11, 30 января 2013 (UTC)
thread_title:  Про слова 

message: Подумалось насчёт последних правок. Кажется, статья движется к инструкции: становится всё больше и больше ненужных подробностей, которые потом всё равно придётся обрезать. Мы же тут не монографию пишем. — Maksim Fomich 06:09, 28 февраля 2013 (UTC)
*Я плохо понимаю, какой именно момент времени отражает "потом". Теперь по сути. Специфика данной статьи такова, что либо читатель, не принадлежащий к профессиональной аудитории, не станет читать дальше введения, либо статья не будет сколько-нибудь полезной ни для кого. На мой взгляд, статья на подобную тему (в отличие, скажем, от статьи Чемпионат мира по футболу, написанной преимущественно не для профессиональных футболистов) должна предоставить основные положения предмета и его современное состояние начинающему профессионально-заинтересованному читателю. Не следует путать инструкцию (практическое руководство) с изложением основных положений. В существующем виде "Синтез олигонуклеотидов" соответствует поставленной цели, за исключением нескольких мелких неточностей возникших при переводе на русский английского оригинала. Статья также не является исключением ни в каком отношении: в Википедии, и русской и, в особенности, в английской, подобных примеров достаточно много. Как Вы правильно заметили, это не монография, в которой я бы ожидал увидеть около 3 тыс ссылок, а всего лишь то, что в английском называется "primer". Chemist234 04:34, 6 марта 2013 (UTC)
replies: text: * "Потом" это время, когда я немного разгребусь и выставлю таки, как мы договаривались, статью на статус. Для этого она должна быть читаема. Пока что она мне таковой не кажется. В частности, из-за иолярных концентраций по тексту, излишних переходов на частности и внутренних противоречий. Пример, который мне случайно попался на глаза. Как правило, 5'-гидроксильная группа во всех 3'-Н-фосфонатах нуклеозидов и аминогруппа в Н-фосфонатах нуклеозидов c основаниями A, G и С защищаются перед использованием в синтезе теми же группами, что и в амидофосфитном методе (см. ниже). Однако, защита аминогрупп не является строго обязательной. Какую роль здесь играет выделенное жирным предложение? Побольше читателя запутать? Мне кажется, надо написать, что защищают. Единоразовые научные находки и изыски, скажем, в рамках статьи гораздо менее значимы, чем устоявшиеся и на 99,9% всеми используемые методики, которые и нужно тут описывать. Не разбрасываясь на мелочи. Мелочей сейчас полно. — Maksim Fomich 05:36, 6 марта 2013 (UTC)
* Я не вижу жирного шрифта в указанном параграфе и уверен, что его туда не вставлял. Если можете исправить, исправьте. Что касается всего остального, я понимаю, хотя и не разделяю, стремление изложить простую картину мира в приложении к данной теме. Проблема простых картин в том, что они односторонни. В частности, приведенный пример не содержит противоречия. Напротив, он демонстрирует спектр возможностей, и, следовательно, предоставляет читателю выбор. Если Вам это кажется несущественной мелочью, подумайте еще раз и постарайтесь посмотреть на предмет чуть шире, чем он Вам представляется. Литература в этом примере, равно как и вообще в статье, подобрана экспертно и представляет только работы авторов, чей вклад в развитие области не является "Единоразовой научной находкой и изыском". Одна из задач статьи - это показать читателю различные двери, в которые можно войти, но без детализации того, что за этими дверями находится. Не все молодые исследователи делают только олигодезоксинуклеотиды, уж поверьте большому опыту. Chemist234 06:30, 7 марта 2013 (UTC)

text: * Энциклопедия не показывает двери, через которые можно войти, она излагает имеющие место факты. В том числе, в соответствии с ВП:ВЕС. Если олиги с селеном или серой занимают 0,1% в общемировом масштабе, то их надо вынести в "другое", а не захламлять то, что действительно массово производится. Если кто-то в 2-3 статьях показал, что какие-то амидофосфиты можно и не защищать, то он молодец и, возможно, это действительно классные двери. Но подавляющее большинство эти реагенты всё равно защищает. Зачем тянуть сюда то, что в общем-то значения не имеет? — Maksim Fomich 06:58, 7 марта 2013 (UTC)
* Фосфоротиоаты производят в килограммовой шкале уже по крайней мере лет 15. Синтезы в шкале 1/2 моля давно перестали быть редкостью. Реагенты для введения серы продаются десятками кг. Компании Avecia, BioSpring, Girindus, Isis и подобные им существуют целиком на фосфоротиоатах для антисенсной технологии in vitro и in vivo. Каждый заметный на рынке производитель олигонуклеотидов также поддерживает и синтез фосфоротиоатов в шкале не ниже средней. По массе, 1 кг каждого антисенсного фосфоротиоата (количество необходимое для полных клинических испытаний) = 25 млн фосфатных 2'-дезоксиолигонуклеотидов, синтезированных в шкале 50 нмоль, или около 30-40% мирового рынка последних. Chemist234 00:37, 8 марта 2013 (UTC)

text: * В таком случае, я думаю, что Вам будет проще отстаивать текст статьи на рецензировании и выдвижении на статус, чем мне. Могу переслать исходники схем по эл. почте. — Maksim Fomich 00:41, 8 марта 2013 (UTC)
* Я, по правде сказать, не понимаю, почему процесс рецензирования должен быть таким пугающим. Английский текст пребывает в статусе GA уже и не помню сколько времени, и все, что мы имеем на русском, - это его перевод. За все время я не раз получал вопросы студентов как сделать то и это и почему все работает так, а не эдак, и только одну жалобу на сложность текста. Если Вам так удобнее, я могу представить и этот опус на GA. Chemist234 02:56, 8 марта 2013 (UTC)

text: * Меня пугает не процесс. Но если придут люди и спросят, почему такой сложный текст, я просто морально не смогу защищаться, потому что и сам вижу, что он сложный :). Мой интерес здесь в том, чтобы качественную статью выдвинуть на статус, которого она заслуживает. Каких-то сливок и бонусов я снимать не планирую, поэтому если Вы сделаете это за меня, я буду только рад. — Maksim Fomich 07:55, 8 марта 2013 (UTC)
* Я и не думал подозревать Вас в подобных намерениях. Какие уж там, право, бонусы. Я также не отказываюсь выставить статью. Что касается схем, держите их у себя. Если понадобится редактура, я попрошу Вашей помощи которая уже нужна (см ниже). Chemist234 06:06, 11 марта 2013 (UTC)
thread_title:  Про статью в общем 

message: 1) полагаю, что статью вполне можно выставлять к рецензированию. 2) во введении нужна картинка, ее нет в статье в англовики и напрасно. читатель должен сразу понимать, что статья узкоспециальная. я бы поставил во введение рисунок "Схема амидофосфитного олигонуклеотидного синтеза", или нечто подобное. Можно кстати просто вставить структуру олигонуклеотида, это будет удачной иллюстрацией того, что же синтезируется. этого рисунка в статье нет. вероятно, рецензирование будет вялым и малоинтересным. 3) и через пару недель статью вполне можно выставлять в ХС. --Sirozha.ru 06:03, 9 марта 2013 (UTC)
* Идея вставить структуру олигонуклеотида мне лично представляется более уместной, т.к. структура обладает большей общностью, чем метод. Формулу я вставил, но если есть идеи лучше, пожалуйста, не стесняйтесь. Chemist234 07:00, 11 марта 2013 (UTC)
** Картиночка хорошая, но я бы изобразил структуру дезоксирибонуклеотида. И так, чтобы от фосфора отходил О- --Sirozha.ru 08:59, 11 марта 2013 (UTC)
* 2'-дезокси PO - это частный случай. Кроме него, в статье обсуждается олигонуклеотидный синтез в применении к рибо- и к фосфоротиоатам. Chemist234 18:47, 11 марта 2013 (UTC)
А ВОЗ и ныне там... — Maksim Fomich 17:42, 25 марта 2013 (UTC)
thread_title:  Дальнейшие действия 

thread_title:  Рецензия на 8 апреля 2013 года