Обсуждение:V(D)J-рекомбинация

message: В таком виде статья ужасная. Я займусь этой статьей и сделаю ее в лучшем виде, чем английская версия в течение ближайших нескольких дней
--Sertorius 07:28, 19 января 2013 (UTC)
Переписал статью и добавил иллюстрации. 
Переименовал эту статью с «Специфическая соматическая рекомбинация» на «V(D)J реаранжировка». Соматическая рекомбинация более общее понятие, которое включает возможно любые генетические рекомбинации протекающие в соматических клетках, т.е. любые кроме кроссинговера в мейозе. Соматическая рекомбинация может протекать при репарации ДНК, а также хромосомных поломках. Сайт-специфическая рекомбинация имеет место при перемещении МГЭ, интеграции фагов и вирусов, и других процессах у прокариот и низших эукариот. Таким образом, V(D)J рекомбинация является частным случаем как соматической, так и сайт-специфической рекомбинации. Предлагаю сохранить это название, и отдельно создать статьи для "гомологичная рекомбинация" и  "сайт-специфическая (негомологическая) рекомбинация".
Я использовал слово «реаранжировка» вместо рекомбинации, поскольку именно такой термин чаще используется в русскоязычной иммунологической литературе. В качестве примера могу привести первый хороший учебник по иммунологии Ярилин А. А. «Основы иммунологии». В англоязычной литературе тоже в подавляющем большинстве используется слово rearrangement. 
--Sertorius 08:15, 19 января 2013 (UTC)
thread_title:  Улучшение статьи 

message: * Вообще с точки зрения чистоты научного русского языка, слову rearrangement соответствует термин "перестройка" (или рекомбинация в широком смысле). Ни в одном из учебников по иммунологии, которые есть у меня дома я не заметил тенденции к тому, чтобы мерзотный термин реаранжировка чаще других исопльзовался в русскоязычной литературе (точнее сказать, он не используется вообще, видимо, кроме книги Ярилина, который является весьма сомнительным экспертом в области иммунологии ах, да, он же академик РАЕН). В англоязычной вики статья по иронии судьбы называется V(D)J-recombination. --Sirozha.ru 11:54, 19 января 2013 (UTC)
* Зачем удалили интервики? Решили, что они не нужны?  Sirozha.ru 12:06, 19 января 2013 (UTC)
Спасибо что отпатрулировали и внесли некоторые правки. Но не со всем согласен.
Можно использовать и термин V(D)J рекомбинация. Мне доводилось чаще сталкиваться со словами реаранжировка или перестройка (реже). Вы меня удивили: учебник Ярилина тоже считаю неплохим учебником, и А.А. является (или являлся) несомненным авторитетом в области иммунологии, во всяком случае, среди московских иммунологов. Помню, когда в 1999 году вышел первый учебник Ярилина, это был большой прогресс по сравнению с тогдашним Ройтом. Но гораздо лучше их обоих Janeway. Последнее издание Ройта еще не видел – давно перешел на англоязычные книги и статьи. Но ладно, не спорю об этом. Термин «реаранжировка» все же часто используется в русскоязычной литературе. Примеры:
* Ярилин А. А. Основы иммунологии. Учебник. — М.: Медицина, 1999. С 191—195
* Ярилин А. А. Иммунологии. — ГЭОТАР-Медиа, 2010. С. 21, 254—259
* В. Т. Ивашкин «Основные понятия и положения фундаментальной иммунологии». РЖГГК. — 2008. — Т.18. — № 4. — С.4-13. http://www.gastro-j.ru/files/s1_1256462343.pdf
* Е. М. Куклина [и др. ]. Активация реаранжировки генов антигенного рецептора в периферических Т-лимфоцитах как возможный механизм индукции аутоиммунных процессов // Доклады Академии наук. — 2010. — Т. 435, № 4. — С. 557—560. — ISSN 0869-5652
* А. Н. Мелешко, М. П. Потапнев. Выявление реаранжировки генов иммуноглобулинов и Т-клеточного рецептора как метод характеристики клональности опухолевых клеток при острых лимфолейкозах у детей // Клиническая лабораторная диагностика : — 2004. — N 4. — С. 19-22 . — ISSN 0869-2084
* А. Н. Мелешко, М. П. Потапнев Оценка реаранжировки генов иммуноглобулинов и T-клеточного рецептора при лимфопролиферативных заболеваниях: методология и клиническое значение // Гематология и трансфузиология : научно-практический журнал. — 2006. — N 2. — С. 34-42 . — ISSN 0234-5730
* Ю. Р. Давидян [и др.] Динамическое исследование реаранжировки генов иммуноглобулинов и T-клеточных рецепторов при острых лимфобластных лейкозах // Гематология и трансфузиология : — 2006. — N 2. — С. 3-9. -ISSN 0234-5730
* РАБОЧАЯ ПРОГРАММА ОБЯЗАТЕЛЬНОЙ ДИСЦИПЛИНЫ ОД. А.03 Клиническая иммунология, аллергология. Саратовский ГМУ http://www.sgmu.ru/sci/asp/files/specs/140309prog.pdf
Интернет-ресурсы:
* http://allimmunology.org/immunologicheskij-slovar/g/geny-kodiruyushhie-immunoglobuliny-geny-immunoglobulinov-zarodyshevye 
* http://doktor-lib.com/book/511-osnovy-immunologii/25-311-immunoglobuliny-antitela.html 
* http://kiai.com.ua//cgi-bin/articles.pl/390.html?choice=view&art=390.html 
Если вам этот список не нравится, приведите такой же, где было бы V(D)J рекомбинация. 
Я не знаю, какой термин в названии лучше в данном случае, рекомбинация или реаранжировка. Я думаю, что реаранжировка в данном контексте более употребим. Википедия не борется за чистоту русского языка, сама по себе, а отражает реальное использование терминов в науке, не так ли? Учебник Ройта – переводной, Ярилина – написан русским автором. Для меня показатель, что в англоязычной литературе повсеместно используется термин rearrangement, но не recombination. Англ. версия этой статьи на удивление слабая. Авторитетный источник - Immunobiology, Charles A Janeway et al. Могу привести пару сотен ссылок на статьи. Подумайте над названием статьи еще раз.--Sertorius 20:36, 19 января 2013 (UTC)
Я предлагаю такой вариант начала статьи:
V(D)J-рекомбинация (англ. V(D)J recombination) или V(D)J-реаранжировка (англ. V(D)J rearrangement) … с двумя ссылками соответственно на Ройта и Ярилина.--Sertorius 20:36, 19 января 2013 (UTC)
** В начале статьи лучше написать так V(D)J-рекомбинация или V(D)J-реаранжировка ()
* В учебниках Ройта (библиография указана в статье) и Галактионова (М: Академия В. Г. Галактионов, рецензенты - акад. РАН Абелев и акад. РАМН Кашкин) используется исключительно рекомбинация (причем, V-D-J- или даже VDJ-, без скобок). Ройт переведен не абы кем: перевод и научное редактирование - академик РАЕН, дмн, проф Д. В. Ковальчук, дмн, профессора - Певницкий, Хромова, Ганковская. То есть это не случайные люди. Не знаю, к сожалению, на каком счету они у московских иммунологов. Галактионов, насколько я понимаю, читает лекции в МГУ.  Sirozha.ru 13:10, 20 января 2013 (UTC)
* Сам процесс VDJ рекомбинации я бы в первую очередь считал молекулярно-биологическим, и лишь затем я бы спросил мнение иммунологов. В учебнике Molecular biology of the cell (Alberts et. al, 5ed, 2008) используется два варианта VDJ recombination и VDJ joining. Про реаранжировку вообще нет упоминания. Учебника Janeway у меня дома нет, посмотрю завтра на работе. Иными словами, нет никаких причин считать термин реаранжировка наиболее распространенным в англоязычной литературе, тем более, что NCBI использует обратно термин recombination. Также не следует считать термин реаранжировка наиболее распространенным и в русскоязычной литературе. Кто знает, может Ярыгин свой учебник написал на основе Janeway (чего на мой взгляд никак нельзя исключать). То, что в русскоязычных медицинских журналах используется термин реаранжировка - скорее следует считать недоразумением. К сожалению, бездумное калькирование англоязычных терминов - сильно распространено среди слабообразованных медиков, через одного говорящих на ломаном английском языке (за энзимы и протеины я бы просто отрывал по одному пальцу). Есть у меня еще одно местное издание "Новая иммунология" профессора НГУ Н. А. Поповой. В 2004 году Нелли Александровна очень любила термин реаранжировка, но в последнем издании учебника (а оно уже, наверное четвертое или пятое) используются по одному разу и перестройка, и реаранжировка, и рекомбинация, когда речь идет о перестановке сегментов генов. О процессе в целом Попова говорит лишь "рекомбинация".  Sirozha.ru 13:23, 20 января 2013 (UTC)
*  термины перестройка и рекомбинация - известны широкому кругу лиц, в большей степени, из молекулярной биологии и генетики. какая потребность есть в том, чтобы вводить термин реаранжировка - мне вообще не понятно.  Sirozha.ru 13:54, 20 января 2013 (UTC)
** Хорошо, пускай будет рекомбинация. Я понял ваше отношение к англицизмам. Возможно я не полностью прав (как и вы), но я лет 10 занимался как раз этой темой и считал термин реаранжировка доминирующим. Тут правда есть тонкие различия в контексте. Слово рекомбинация чаще и адекватнее применяется к процессу или механизму перестройки. Потому оно и используется у Альбертса. Слово реаранжировка обычно используется для описания уже прошедшей перестройки, т.е. характеризует генотип клетки, клона или популяции. Например, мы скажем: клетки IM-9 несут VH3-9 : JH3 реаранжировку.  Или  (цитата из статьи): …TCR rearrangements determine γδ T-cell migration and tissue location…  Слово реаранжировка и правда не самое благозвучное. Я не знаю, откуда пошла русскоязычная традиция, но в англоязычной иммунологической и медицинской литературе я почти только rearrangement и встречаю. NCBI не столь однозначен, сравните в поиске immunoglobulin gene recombination и immunoglobulin gene rearrangement. Зачем вводить новый термин? Как раз потому, что люди с ним не знакомые будут искать его в интернете и Википедии.--Sertorius 18:02, 20 января 2013 (UTC)
*** Ну собственно, статья скорее о процессе, чем о результате. --Sirozha.ru 02:29, 21 января 2013 (UTC)
** Давайте отложим этот вопрос до появления претензий или пожеланий у других участников. Но я думаю, компромиссный вариант с двумя синонимами следует отразить в начале статьи. Я внесу правку со ссылками. --Sertorius 18:02, 20 января 2013 (UTC)
*** Да, получилось отлично --Sirozha.ru 02:29, 21 января 2013 (UTC)
** Кстати, если найдете Janeway’s Immunobiology, почитайте, рекомендую. Ярилин писал свой учебник не по этому источнику — и рядом не стоял даже.--Sertorius 18:02, 20 января 2013 (UTC)
*** Janeway я читал, но общие вопросы иммунологии меня не особенно интересуют. Из четырех или пяти последних учебников по иммунологии, что есть в научной библиотеке, этот мне понравился больше других. И уж точно больше англоязычной версии Ройтта. --Sirozha.ru 02:29, 21 января 2013 (UTC)
thread_title:  Замечания к названию статьи 

message: По поводу других исправлений. Пока ничего назад не меняю, просто указываю:--Sertorius 20:36, 19 января 2013 (UTC)
* «Объединенная последовательность сегментов V(D)J кодирует вариабельные домены каждой из цепей рецептора или иммуноглобулина» - последняя фраза некорректная. Иммуноглобулин и есть рецептор. Правильная формулировка была у меня:«Объединенная V-(D)-J последовательность кодирует вариабельный домен каждой цепи рецептора».--Sertorius 20:36, 19 января 2013 (UTC)
** Вы чувствуете разницу между иммуноглобулином (антителом) и белками суперсемейства иммуноглобулинов (втч рецепторы В-лимфоцитов)? Так вот, объединенная последовательность сегментов VDJ кодирует и рецепторы лимфоцитов, и антитела/иммуноглобулины. --Sirozha.ru 13:49, 20 января 2013 (UTC)
*** Разницу чувствую и даже знаю в мелких подробностях )). Однако иммуноглобулин – это и антитело, также как и рецептор В-клеток, так что тавтология получается. Иммуноглобулин может быть поверхностным (рецептор) или секретируемым (антитело). С этим надеюсь спорить не будите. Введение к статье должно быть абсолютно безупречно. А ваш комментарий тоже не совсем верен, если придраться к буквам – в суперсемейство иммуноглобулинов входит кроме Ig/TCR еще много чего, CD8, ICAM и т.д., что c V(D)J рекомбинацией никак не связано. Тут правка нужна обязательно. Я предлагаю два варианта: 1... каждой из цепей Ig/TCR рецептора или антитела. 2.…каждой из цепей иммуноглобулинов и Т-клеточного рецептора. Я за второй вариант.--Sertorius 18:06, 20 января 2013 (UTC)
**** Второй вариант мне тоже нравится. Хотя в широком смысле антитело=иммуноглобулин=секреторная_молекула. А в узком (и более правильном, с точки зрения молекулярных основ иммунологии) иммуноглобулин, это еще и рецептор, но тогда иммуноглобулин≠антитело --Sirozha.ru 02:23, 21 января 2013 (UTC)
* В подразделе «Локализация локусов Ig/TCR у человека». Почему цепи иммуноглобулинов во множественном числе? Каждая цель имеет 1 локус. --Sertorius 20:36, 19 января 2013 (UTC)
** ваше замечание понял --Sirozha.ru 13:51, 20 января 2013 (UTC)
* Существуют известные понятия комбинативное разнообразие (combinatorial diversity) и соединительное разнообразие (junctional diversity), а также соединительный регион (junctional region) - очень употребимы. Зря вы их убрали. Термин "Вариабельность" в данном контексте очень размытый и нежелательный. Предлагаю вернуть правильные названия двух источников разнообразия реаранжировок.--Sertorius 20:36, 19 января 2013 (UTC)
** эти термины употребимы в английском языке. К вопросу о том, что они "очень употребимы": комбинативное разнообразие - гугл находит ОДНО упоминание этого словосочетания, причем именно в обсуждаемой статье, та же ситуация с термином соединительное разнообразие; соединительный регион - нет упоминаний. Нет никаких причин считать, что соединительный регион = junctional region это корректный и единственно возможный вариант передачи смысла, заключенного в исходном словосочетании. --Sirozha.ru 13:49, 20 января 2013 (UTC)
***Тут я похоже был не прав, так как судил по употреблению англоязычных терминов. В русском комбинативное (или комбинаторное ?) и соединительное разнообразие и соединительный регион мало что дают в гугле. ОК, нет так нет. Есть еще для соединительного региона конкретное название – CDR3 – но я решил не перегружать статью. --Sertorius 18:06, 20 января 2013 (UTC)
**** В данном случае следует не максимально передать англоязычный термин, а предельно четко объяснить происходящий процесс, возможно даже не двумя словами, а простым предложением в составе сложного. На мой вкус удачнее даже словосочетание "разнообразие комбинаций...", чем корректно переведенное "комбинативное разнообразие". --Sirozha.ru 02:23, 21 января 2013 (UTC)
Что касается интервиков. Я еще начинающий редактор Википедии, и пока не разобрался с этим. Поправьте, пожалуйста, или я сам сделаю это позже. --Sertorius 20:24, 19 января 2013 (UTC)
Да, и в википедии не принято использовать тэг <br />. Разве что в исключительных случаях. --Sirozha.ru 14:03, 20 января 2013 (UTC)
thread_title:  Замечания к тексту статьи