Обсуждение:Система рестрикции-модификации

message: В настоящее время я работаю над статьей. Большая просьба не вносить пока крупных правок без обсуждения.--Engineer Gena 02:06, 7 декабря 2008 (UTC) Всё, в общих чертах...

message: статья предлагается к рецензированию --Jegres Hydes (sirozha.ru) 10:13, 28 января 2009 (UTC)
огромная просьба, не выделять названия ферментов курсивом, объяснение - в тексте статьи --Engineer Gena 14:49, 29 января 2009 (UTC)
принимается --Jegres Hydes (sirozha.ru) 16:23, 29 января 2009 (UTC)
Категорически не согласен со сменой категорий. Не понятно, причем здесь микробиология. Занимается данной проблемой молекулярная биология. Не понятно также, зачем вносить ее в категорию "генетическая инженерия". Генная инженерия есть совокупность методов, в статье о них нет ничего. Статья целиком и полностью о ферментах, так что категория "ферменты" должна быть обязательно.--Engineer Gena 19:09, 2 февраля 2009 (UTC)
replies: text: Микробиология - потому что СРМ - это бактериальная система защиты о чужеродной ДНК, товарищам, которые зайдут в категорию про микробы будет интересно узнать и об этом. Генетическая инженерия - потому что ферменты рестрикции в первую очередь и метилтрансферазы во вторую представляют интерес для прикладной науки, вырезания и встраивания генов. Можно также подписать категории Методы биологических исследований, как вы думаете? Молекулярная биология - слишком общая категория, использует только методы рестрикции.  С ферментами согласен, хотя их логичнее поставить на эндонуклеазы рестрикции и метилтрансферазы. Вводить новую категорию только для СРМ тоже не рационально, маловато статей две по ферментам и одна про систему. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 03:22, 3 февраля 2009 (UTC)

text: Для сравнения у буржуев такие категории Категории: Bacteriophages | Molecular biology | Immune system | Microbiology, но в русском разделе статья полнее. С иммунными системами я не согласен, у нас так не принято, Бактериофаги - хорошая идея. Вместо Микробиологии некисло было бы сделать в таком случае категорию Бактерии.  --Jegres Hydes (sirozha.ru) 03:25, 3 февраля 2009 (UTC)
thread_title:  рецензирование 

message: Предлагается рецензировать статью Система модификации-рестрикции, и далее присвоить ей статус хорошей, так как статья этому статусу соответствует. 
Статья написана понятным научным языком, викифицирована согласно требованиям оформления статей, в статье содержится достаточное количество ссылок на оригинальные статьи и обзоры по теме статьи, также представлены ссылки на внешние ресурсы интернета, в статье проставлены категории и интервики. Наполнение и структура статьи в русском разделе значительно превосходит аналогичную статью в английской википедии.  --Jegres Hydes (sirozha.ru) 10:06, 28 января 2009 (UTC)
=== Источники ===
* Статья в целом не плохая, расставил в паре мест тег  Теперь что на мой взгляд стоит доработать. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** Сделано! Поставил источником актуальный свежий российский вузовский учебник --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
** Ага, а внимательные читатели смогут заметить в числе источников еще одну рузкоязычную книгу --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC) 
*** И похоже, что добавить особо нечего, во всяком случае, ресурс моей полки исчерпан :) --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
=== Подробности методов ===
* В разделе история открытия хотелось бы подробней о методах использованных С. Лурия и M.L. Human. Картинка это хорошо хотелось бы более подробное текстовое описание.  goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
**Никаких спецметодов там не было - просто заражали фагами бактериальную культуру (см. подпись к рисунку) --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
** Товарищ Щелкунов вообще не ссылается на указанную статью, а просто описывает эксперимент. Так что по-видимому, дополнений не требуется--Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
* Раздел ферментативная активность. Нуждается в некоторой доработке. Во первых не совсем понятно как разрезается пополам ДНК то есть по каком приципу, рисунок желательно русифицировать, пояснить читателю что такое тимин гуанин и тп. Потому что без этого знания схема будет не понятна. Несколько переформулировать про липкие и тупые концы. Немножко вводное предложение сделать. А то разное строение концов, а потом резко про тупые и липкие. Затрудняет восприятие. Хотелось бы кратко  про механизм расщепления эндоуклеазный. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** Про рисунок понятно. Пояснять про тимин и гуанин в рамках статьи про систему модификации-рестрикции не надо, для этого есть викификация. Про тупые и липкие концы надо сделать маленькое пояснение и послать внимательного читателя в статью рестриктаза. Механизм расщепления тоже в статью рестриктаза. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
=== Классификация ===
* Подробней введение в классификацию, обьясните читателю что такое субстратная специфичность и субьединичная структура. Приведите описания типов к единому образцу, что бы читатель быстро ориентировался. Первый тип 5 субъедениц, 2 тип независимые белки и тп. Хотя бы начало шаблонно сделайте, это сильно упростит понимание. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** Про субстратную специфичность должна быть ссылка на отдельную статью субстратная специфичность. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
** Субстратная специфичность = специфичность к субстрату. На представляю, что еще можно добавить --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: ::* Ну это понятно просто кратко надо об этом сказать goga312 19:24, 29 января 2009 (UTC)
*** Есть чего добавить, не в отношении к рестриктазам, а к другим ферментам. Бывает каталитическая полиреактивность, бывает полиспецифичность связывания и таких примеров много, и не только у ферментов, но и антител моноклональных. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:03, 29 января 2009 (UTC)
=== Разделы ===
* Необходимые, на мой взгляд, разделы. Следует рассказать о распространенности данной системы в естественных условия. У всех ли бактерий она есть, а у микобактерий она есть?. А у сине зеленых водрослей. Есть ли какие то виды с большей активностью или с меньшей. Этот вопрос совершенно не раскрыт. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** О распространенности надо добавить, про большую и меньшую активность посмотрю, вряд ли это можно измерить и сравнить --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
**Для начала надо подаждать десяток-другой лет до появления соответствующих данных и статистики--Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
*** Добавлю пару слов по Щелкунову к вопросу о распространенности в природе --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
=== Подробнее о рестриктазах и метилазах ===
* Так же следует добавить раздел использование человеком этой системы. Используются ли данные ферменты для резки днк в генной инженерии. Не мешает ли эта система фагам носителям внедрять в днк нужный материал. Как преодолеваются эти трудности и тп. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** О значении в народном хозяйстве рассказывается в статье рестриктаза. Система модификации-рестрикции используется только самими бактериями для защиты от чужой ДНК. 
** Метилазы тоже используются в народном хозяйстве, но на то есть статья о генетической инженерии --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
*** Краткой дать описание их использвания и отослать к основной статье goga312 19:26, 29 января 2009 (UTC)
=== Руссификация картинок ===
* Ну вот это минимально что стоит доработать, русифицировать картинки все таки стоит. Если все таки есть источники на русcком приведите хоть один. По сути в существующем виде статья краткая информация для специалиста, по содержанию вполне адекватная, но не вполне раскрывающая тему. На хорошие н адо ее несколько расширить. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
*Вот какой момент хотелось бы уточнить у старших товарищей -- следует ли перенести материал из статьи рестриктаза сюда, чтобы получилось более энциклопедично? и будет ли так более энциклопедично? ведь в идеале на одну „тему“ должна быть одна статья? --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
** Не надо переносить, лучше нормальную статью о рестриктазах написать (тем более, что о метилазах уже есть хорошая статья). Не понял про русификацию картинок. Если речь о замене обозначений нуклеотидов на русские буквы - то только после моего бессрочного бана--Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
*** Вроде картинка со штаммами вчера была нерусская. Может быть подписи добавить? Но они будут повторять текст статьи --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
****Да ладно, я ее сразу с русскими подписями рисовал--Engineer Gena 15:23, 29 января 2009 (UTC)
=== Номинация на хорошую ===
* Действительно, маловато пока на хорошую. --Victoria 15:58, 29 января 2009 (UTC)
**Я, лично, вообще не понимаю всех этих заморочек с "хорошими-избранными". А тут получается - взялся за гуж... а мне мягко говоря не досуг.--Engineer Gena 16:25, 29 января 2009 (UTC)
* Ничего нет о генетической организации систем рестрикции-модификации и их регуляции. У систем второго типа она на уровне транскрипции: там есть ген, продукт которого подвляет синтез рестриктазы, но не метилазы;  у систем первого типа показана регуляция на постранскрипционном уровне: при внесении  двунитевых разрывов в хромосомальную ДНК протеаза  расщепляет рестрикционную субьединицу. Найдите в  PubMed review Noreen E. Murray, может, есть что-то и поновее, там есть и о распространенности систем первого и третьего типов --Victoria 15:58, 29 января 2009 (UTC)
* Кроме того, совершенно необходим раздел о применении. Откуда берутся ферменты для использования в генной инженерии, кстати, используются и рестриктазы вроде Dpn II , специфичные к метилированной ДНК. --Victoria 15:58, 29 января 2009 (UTC)
** Вот не объединить ли источник знания рестриктаза с системой рестрикции-модификации? Ферменты для использования клонируются из бактерий, иногда применяют мутагенез. Специфичные к метилированной ДНК — надо отразить в статье--Jegres Hydes (sirozha.ru) 16:11, 29 января 2009 (UTC)
***Таки не объединить ИМХО. И про применение все писать в рестриктазы и генетическая инженерия. Свойства объекта никак не зависят от того, как его используют, верно только обратное. --Engineer Gena 16:25, 29 января 2009 (UTC)
**::Скорее, Рестриктазы  нужно обьединить с Изошизомерами (если основной автор не против). Клонируются-то они клонируются, но раздел  Методы изучения систем рeстрикции-модификации вполне можно сочинить. А без Применения на ХС ходить не нужно, заклюют. Интерес читателя-непрофессионала привлекают разделы, которые он может понять без специальной подготовки. См., например, ХС Азотобактер.Относительно "недосуг": спешка уместна только при ловле блох :) ХС - это забег на длинную дистанцию.--Victoria 16:59, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::Да, может быть, только я вообще не вижу смысла в присвоении статьям всяких номинаций. Теперь вся надежда на User:Sirozha  (по принципу - инициатива наказуема :)) А недосуг будет еще месяца 2-3--Engineer Gena 17:15, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::Я еще не понимаю одного момента - разве статья должна кого-то привлекать? Мне казалось, что энциклопедическая статья - не более, чем источник информации, для неподготвленных читателей станет понятно, что это что-то из биологии, и этого ИМХО вполне достаточно. Ведь никто не стремиться писать статьи по высшей математике в доступной форме--Engineer Gena 17:41, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::: Все таки я считаю что необходимо ввести раздел о применении, кратко расcказать об использовании в науке и промышленности, встречаемость в живой природе. goga312 19:33, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::::В промышленности?!?! Или это аллегория? Убедили, напишу к концу недели. Жду ссылок на промышленность (тяжелое машиностроение?)--Engineer Gena 19:43, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::::: Ну понятно что не при производстве танков эту систему используют :) goga312 07:32, 30 января 2009 (UTC)
=== Курсив в названиях ферментов ===
* Прошу обратить внимание редакторов, в настоящее время выделение курсивом в названиях ферментов СРМ НЕ рекомендуется (источник — в статье)--Engineer Gena 14:58, 29 января 2009 (UTC)
** Не рекомендуют авторы указанной статьи, насколько я понял. Нормативных документов пока не было (это может сделать конгресс микробиологов или генетических инженеров) --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:03, 29 января 2009 (UTC)
***Так там 40 авторов - это типа коллективного письма. Курсив вводился тоже только на основании предложений, изложенных в статье.--Engineer Gena 15:15, 29 января 2009 (UTC)
**** Ребята пишут, что в некоторые журналы уже и не принимают курсив. Верстать тяжело --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:49, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Рецензия с 28 января по 30 января 2009 года 

message: * Статья в целом не плохая, расставил в паре мест тег  Теперь что на мой взгляд стоит доработать. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** Сделано! Поставил источником актуальный свежий российский вузовский учебник --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
** Ага, а внимательные читатели смогут заметить в числе источников еще одну рузкоязычную книгу --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC) 
*** И похоже, что добавить особо нечего, во всяком случае, ресурс моей полки исчерпан :) --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Источники 

message: * В разделе история открытия хотелось бы подробней о методах использованных С. Лурия и M.L. Human. Картинка это хорошо хотелось бы более подробное текстовое описание.  goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
**Никаких спецметодов там не было - просто заражали фагами бактериальную культуру (см. подпись к рисунку) --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
** Товарищ Щелкунов вообще не ссылается на указанную статью, а просто описывает эксперимент. Так что по-видимому, дополнений не требуется--Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
* Раздел ферментативная активность. Нуждается в некоторой доработке. Во первых не совсем понятно как разрезается пополам ДНК то есть по каком приципу, рисунок желательно русифицировать, пояснить читателю что такое тимин гуанин и тп. Потому что без этого знания схема будет не понятна. Несколько переформулировать про липкие и тупые концы. Немножко вводное предложение сделать. А то разное строение концов, а потом резко про тупые и липкие. Затрудняет восприятие. Хотелось бы кратко  про механизм расщепления эндоуклеазный. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** Про рисунок понятно. Пояснять про тимин и гуанин в рамках статьи про систему модификации-рестрикции не надо, для этого есть викификация. Про тупые и липкие концы надо сделать маленькое пояснение и послать внимательного читателя в статью рестриктаза. Механизм расщепления тоже в статью рестриктаза. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Подробности методов 

message: * Подробней введение в классификацию, обьясните читателю что такое субстратная специфичность и субьединичная структура. Приведите описания типов к единому образцу, что бы читатель быстро ориентировался. Первый тип 5 субъедениц, 2 тип независимые белки и тп. Хотя бы начало шаблонно сделайте, это сильно упростит понимание. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** Про субстратную специфичность должна быть ссылка на отдельную статью субстратная специфичность. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
** Субстратная специфичность = специфичность к субстрату. На представляю, что еще можно добавить --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: ::* Ну это понятно просто кратко надо об этом сказать goga312 19:24, 29 января 2009 (UTC)
*** Есть чего добавить, не в отношении к рестриктазам, а к другим ферментам. Бывает каталитическая полиреактивность, бывает полиспецифичность связывания и таких примеров много, и не только у ферментов, но и антител моноклональных. --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:03, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Классификация 

message: * Необходимые, на мой взгляд, разделы. Следует рассказать о распространенности данной системы в естественных условия. У всех ли бактерий она есть, а у микобактерий она есть?. А у сине зеленых водрослей. Есть ли какие то виды с большей активностью или с меньшей. Этот вопрос совершенно не раскрыт. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** О распространенности надо добавить, про большую и меньшую активность посмотрю, вряд ли это можно измерить и сравнить --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
**Для начала надо подаждать десяток-другой лет до появления соответствующих данных и статистики--Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
*** Добавлю пару слов по Щелкунову к вопросу о распространенности в природе --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Разделы 

message: * Так же следует добавить раздел использование человеком этой системы. Используются ли данные ферменты для резки днк в генной инженерии. Не мешает ли эта система фагам носителям внедрять в днк нужный материал. Как преодолеваются эти трудности и тп. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
** О значении в народном хозяйстве рассказывается в статье рестриктаза. Система модификации-рестрикции используется только самими бактериями для защиты от чужой ДНК. 
** Метилазы тоже используются в народном хозяйстве, но на то есть статья о генетической инженерии --Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
*** Краткой дать описание их использвания и отослать к основной статье goga312 19:26, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Подробнее о рестриктазах и метилазах 

message: * Ну вот это минимально что стоит доработать, русифицировать картинки все таки стоит. Если все таки есть источники на русcком приведите хоть один. По сути в существующем виде статья краткая информация для специалиста, по содержанию вполне адекватная, но не вполне раскрывающая тему. На хорошие н адо ее несколько расширить. goga312 18:29, 28 января 2009 (UTC)
*Вот какой момент хотелось бы уточнить у старших товарищей -- следует ли перенести материал из статьи рестриктаза сюда, чтобы получилось более энциклопедично? и будет ли так более энциклопедично? ведь в идеале на одну „тему“ должна быть одна статья? --Jegres Hydes (sirozha.ru) 14:11, 29 января 2009 (UTC)
** Не надо переносить, лучше нормальную статью о рестриктазах написать (тем более, что о метилазах уже есть хорошая статья). Не понял про русификацию картинок. Если речь о замене обозначений нуклеотидов на русские буквы - то только после моего бессрочного бана--Engineer Gena 14:40, 29 января 2009 (UTC)
*** Вроде картинка со штаммами вчера была нерусская. Может быть подписи добавить? Но они будут повторять текст статьи --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:01, 29 января 2009 (UTC)
****Да ладно, я ее сразу с русскими подписями рисовал--Engineer Gena 15:23, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Руссификация картинок 

message: * Действительно, маловато пока на хорошую. --Victoria 15:58, 29 января 2009 (UTC)
**Я, лично, вообще не понимаю всех этих заморочек с "хорошими-избранными". А тут получается - взялся за гуж... а мне мягко говоря не досуг.--Engineer Gena 16:25, 29 января 2009 (UTC)
* Ничего нет о генетической организации систем рестрикции-модификации и их регуляции. У систем второго типа она на уровне транскрипции: там есть ген, продукт которого подвляет синтез рестриктазы, но не метилазы;  у систем первого типа показана регуляция на постранскрипционном уровне: при внесении  двунитевых разрывов в хромосомальную ДНК протеаза  расщепляет рестрикционную субьединицу. Найдите в  PubMed review Noreen E. Murray, может, есть что-то и поновее, там есть и о распространенности систем первого и третьего типов --Victoria 15:58, 29 января 2009 (UTC)
* Кроме того, совершенно необходим раздел о применении. Откуда берутся ферменты для использования в генной инженерии, кстати, используются и рестриктазы вроде Dpn II , специфичные к метилированной ДНК. --Victoria 15:58, 29 января 2009 (UTC)
** Вот не объединить ли источник знания рестриктаза с системой рестрикции-модификации? Ферменты для использования клонируются из бактерий, иногда применяют мутагенез. Специфичные к метилированной ДНК — надо отразить в статье--Jegres Hydes (sirozha.ru) 16:11, 29 января 2009 (UTC)
***Таки не объединить ИМХО. И про применение все писать в рестриктазы и генетическая инженерия. Свойства объекта никак не зависят от того, как его используют, верно только обратное. --Engineer Gena 16:25, 29 января 2009 (UTC)
**::Скорее, Рестриктазы  нужно обьединить с Изошизомерами (если основной автор не против). Клонируются-то они клонируются, но раздел  Методы изучения систем рeстрикции-модификации вполне можно сочинить. А без Применения на ХС ходить не нужно, заклюют. Интерес читателя-непрофессионала привлекают разделы, которые он может понять без специальной подготовки. См., например, ХС Азотобактер.Относительно "недосуг": спешка уместна только при ловле блох :) ХС - это забег на длинную дистанцию.--Victoria 16:59, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::Да, может быть, только я вообще не вижу смысла в присвоении статьям всяких номинаций. Теперь вся надежда на User:Sirozha  (по принципу - инициатива наказуема :)) А недосуг будет еще месяца 2-3--Engineer Gena 17:15, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::Я еще не понимаю одного момента - разве статья должна кого-то привлекать? Мне казалось, что энциклопедическая статья - не более, чем источник информации, для неподготвленных читателей станет понятно, что это что-то из биологии, и этого ИМХО вполне достаточно. Ведь никто не стремиться писать статьи по высшей математике в доступной форме--Engineer Gena 17:41, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::: Все таки я считаю что необходимо ввести раздел о применении, кратко расcказать об использовании в науке и промышленности, встречаемость в живой природе. goga312 19:33, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::::В промышленности?!?! Или это аллегория? Убедили, напишу к концу недели. Жду ссылок на промышленность (тяжелое машиностроение?)--Engineer Gena 19:43, 29 января 2009 (UTC)
replies: text: :::::: Ну понятно что не при производстве танков эту систему используют :) goga312 07:32, 30 января 2009 (UTC)
thread_title:  Номинация на хорошую 

message: * Прошу обратить внимание редакторов, в настоящее время выделение курсивом в названиях ферментов СРМ НЕ рекомендуется (источник — в статье)--Engineer Gena 14:58, 29 января 2009 (UTC)
** Не рекомендуют авторы указанной статьи, насколько я понял. Нормативных документов пока не было (это может сделать конгресс микробиологов или генетических инженеров) --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:03, 29 января 2009 (UTC)
***Так там 40 авторов - это типа коллективного письма. Курсив вводился тоже только на основании предложений, изложенных в статье.--Engineer Gena 15:15, 29 января 2009 (UTC)
**** Ребята пишут, что в некоторые журналы уже и не принимают курсив. Верстать тяжело --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:49, 29 января 2009 (UTC)
thread_title:  Курсив в названиях ферментов