Обсуждение:Третичная структура

message: Я не стал бы напоминать про бета-листы, но как так вышло, что альфа-спираль двухмерная? Серебряный 02:01, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: Не ясно о чем Вы ? Где так вышло ? S.J. 04:19, 8 ноября 2010 (UTC)

text: альфа-спираль и бета-листы - это действительно вторичные структуры белков, но естественно не двухмерные. S.J. 07:06, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: : Зачем тогда Вы в скобках после третичной структуры написали «трёхмерная»? Вижу противопоставление и почву для экстраполяции. Серебряный 07:23, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: :: Почвы для экстраполяции нету, а вот третичная и трехмерная по сути синонимы, правда трехмерная это более популярное название, но зато для не специалистов более понятное. S.J. 07:52, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: ::: Что значит «нету», когда она есть? Ссылками бы такие популярные названия подкреплять не мешало, а то странно как-то, что может быть более понятным название, не отражающее сути вещей. Вернее, акцентирующее внимание на особенностях, которые не отличают объект от других. Серебряный 08:49, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: :::: Читайте сами, устраивать вам ликбез мне некогда. Если сложно прочитать определение Третичная структура — пространственное строение полипептидной цепи, это не ко мне. S.J. 09:51, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: ::::: Я умею читать определения. А Вы знаете, что такое суждение подчинения в формальной логике? Серебряный 22:14, 8 ноября 2010 (UTC)

text: :::: А еще более точно написано в :en:Protein_tertiary_structure, подкрепленное ссылкой.   S.J. 09:56, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: ::::: В корзину суждений подчинения: :en:Biomolecular structure#Secondary_structure. Серебряный 22:14, 8 ноября 2010 (UTC)

text: :::: А слово трехмерная, или что тоже самое пространственная именно отражает суть вещей. Так как не первичная, не вторичная - не являются пространственными структурами. S.J. 10:15, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: ::::: Как же Вы мило всё-таки меняете мнение и, одновременно, спешите обозвать окружающих невежами, хотя Вам неоднократно доказывали обратное.. Чуть-чуть выше Вы написали, что вторичная структура не двухмерная. Сейчас же пишете, что она не трёхмерная, потому что её вообще нет и не было внепространственная, видимо. Тем не менее, её как-то анализируют, пускай этот анализ не даёт полного представления о пространственной структуре белка. И в статье упомянули о ней именно Вы. И она не двухмерная. Какая же она? Серебряный 21:30, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: :::::: Ни какого мнения я не менял. А вы занимаетесь троллингом, за сим вас оставляю разбираться в основах самому. Можете прейти в викиверситет - там я вас обучу ;) S.J. 22:13, 8 ноября 2010 (UTC)

text: :::::: Буквы в словах тоже анализируют, для этого им не нужно быть пространственными. Вторичная структура вообще ни дает ни какого представления о пространственной (трехмерной) структуре. S.J. 23:24, 8 ноября 2010 (UTC)
replies: text: ::::::: Вторичная структура как результат действия водородных связей даёт некоторые (неполные) представления о пространственной структуре частей полипептидной цепи. Да, координаты атомов из неё не следуют, но это трёхмерная структура. По аналогии с плетёным шнуром, который завязан в мартышкину цепочку. Давайте так: Вы найдёте АИ, в явной форме подтверждающий Ваше более раннее утверждение, что в популярной литературе у термина «третичная структура» есть синоним — «трёхмерная структура». Только не в форме определения (см. выше ссылку на проблему нераспределённых предикатов). Серебряный 23:39, 8 ноября 2010 (UTC)
* Я не понимаю, вы читать не умеете ? Или все нужно на блюдечке ... The spatial organization (including conformation) of an entire protein molecule or other macromolecule consisting of a single chain. Еще перевести ? Пространственная организация молекулы белка или другой макромолекулы, состоящей из одной цепи. 2+2= антоним ? S.J. 23:47, 8 ноября 2010 (UTC)
*: Я не отрицаю, что третичная структура трёхмерная, а пишу, что вторичная структура тоже трёхмерная. Так что заберите своё «блюдечко». Серебряный 23:49, 8 ноября 2010 (UTC)
*:: Кто же только что отказывал в синониме ? S.J. 23:54, 8 ноября 2010 (UTC)
*::: Вы путаете отношения между синонимами с родо-видовыми отношениями. Синонимия подразумевает тождественность понятий. Серебряный 00:00, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::: Вот в случае третичная и трехмерная они тождественны, лишь с малой поправкой на ветер ... третичная подразумевает только одну цепь, т.е. третичная несколько более узкое понятие ... и не распространяется на несколько цепей. Но когда говорят о одной цепи, то это тождественные, синонимы и назови как угодно - один в один ... Т.е. чтобы избавится от популярности в выражении, нужно настойчиво уточнять - трехмерная структура одной цепи, но это такая мелочь, что редко уточняют ..  S.J. 00:14, 9 ноября 2010 (UTC)
*::::: Тогда это тем более не синонимы. Серебряный 00:30, 9 ноября 2010 (UTC)
* координаты атомов из неё не следуют, но это трёхмерная структура - о здорово, а я то думал трехмерная структура задается координатами или функцией, а не рассуждениями ... Давайте так, возьмите вторичную структуру тРНК - и скажите хоть что нибудь о пространственной структуре?  S.J. 23:54, 8 ноября 2010 (UTC)
*: Вам аналогия с верёвкой непонятна? Информация о том, что у Вас две руки и две ноги — информация о Вашей структуре (трёхмерной), но ни о пространственных координатах и о взаимном положении рук и ног она полной информации не даёт. Серебряный 00:00, 9 ноября 2010 (UTC)
*:: Нет, то что у меня две ноги и руки ни дает ни грамма информации о моей структуре. Вы путаете это из-за того, что вы уже знаете трехмерную структуру рук , ног человека, и по аналогии думаете что и у меня такая же плюс-минус. Если же не знаете - а в молекулах это так, то эта информация лишь о составе, и ни чего не говорит о пространственной структуре. Ну, чего там спорить - расскажите мне о пространственной структуре ниже обозначенного вироида ? В чем проблемка, если я синонимов то не знаю ? S.J. 00:10, 9 ноября 2010 (UTC)
*::: Решение этой задачи не имеет ровным счётом никакого отношения к тому, о чём я пишу. Очень плохо, что Вы не умеете использовать аналогии. Если у Вас число рук и ног другое, подставьте на место моих чисел правильные. Я (видимо, в отличие от Вас) не ставлю целями всеми средствами доказать, что собеседник — глупец. Вам достаточно просто привести цитату из авторитетного источника. Что-нибудь вроде «Третичная структура (также известная как трёхмерная)..»Может уже пора признать свою неправоту, и перестать из других делать глупцов? S.J.. Всё, что Вы пока что процитировали, если может претендовать на авторитетность, не содержит явных указаний на синонимию. Наоборот, в en-wiki прямо написано, что вторичная структура белка — общая трёхмерная форма отдельных частей биополимеров. Серебряный 00:26, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::: вторичная структура белка — общая трёхмерная форма отдельных частей биополимеров - это не верно. Это испорченный пополяризация. Вот более строгое: The conformational arrangement (α-helix, β-pleated sheet, etc.) of the backbone segments of a macromolecule such as a polypeptide chain of a protein without regard to the conformation of the side chains or the relationship to other segments. (ни слова о пространстве) А если исправить ваше, то вторичная структура белка — указывает на общие принципы организации, благодаря которым можно составить представление о трёхмерной форме отдельных частей биополимеров ... S.J. 00:36, 9 ноября 2010 (UTC)
*::::: Не надо меня в ошибке упрекать: Вы явно другой текст переводите. Конформационная организация (conformational arrangement) и содержит пространственную информацию. Это как раз почти синонимы. Серебряный 00:41, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::::: Ну, знаете ли ... так мы далеко пойдем.. первичная структура тоже полностью предопределяет третичную, но вот проблемка только пока никто не показал как. Так что теперь первичную структуру тоже трехмерной называть ... или все из чего можно вытянуть представление о том как построить трехмерную структуру будем сразу объявлять прямо так - трехмерной ? Разницу между является трехмерной и содержит (может содержать) информацию о трехмерной структуре чувствуете ? S.J. 01:01, 9 ноября 2010 (UTC)
*::::::: Извините, я неточно выразился. Конформационная организация = пространственная организация. Серебряный 01:05, 9 ноября 2010 (UTC)
*::::::: То, что третичная структура интересует исследователей больше вторичной, не определяет количество измерений, в которых закручена альфа-спираль. Серебряный 01:07, 9 ноября 2010 (UTC)
* А лучше, чтобы не подсматривали (т.к. третичная структура тРНК известна), вот вам другая вторичная структура. Что есть сказать о трехмерной ? S.J. 23:58, 8 ноября 2010 (UTC)
Вторичная структура
* Итак, ровным счетом ничего вы сказать не сможете ...  вы можете попробовать построить на основании знаний о водородных связях, какую то модель трехмерной структуры ... в простых случаях как со альфа-спиралью, и бета-листом будет легче (снова же потому, что такие модели построили до вас) ... в сложных вообще ничего не получите ... это я надеюсь вам со всей очевидностью покажет, что нету во вторичной структуре ни грамма информации о пространственном расположении .. я даже видел пару книжек, где путают также как вы ... но это не серьезно, и не выдерживает ни какой критики. Вторичная структура дает информацию о числе и местах водородных связей и все ! S.J. 00:29, 9 ноября 2010 (UTC)
*: Вы, простите, хотите сказать, что я не имею права судить об этом потому, что не способен оригинальное исследование провести? Вы руководства давно читали? Серебряный 00:32, 9 ноября 2010 (UTC)
*:: Ничего такого. Это же вы утверждали, что вторичная структура это трехмерная структура. Вот я вам и дал вторичную структуру - скажите мне что это за трехмерная структура ? S.J. 00:38, 9 ноября 2010 (UTC)
*::: Это и называется оригинальным исследованием. Серебряный 00:42, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::: Вот именно, для того чтобы исходя из вторичной структуры хоть что-то сказать трехмерной нужно исследование, т.к. вторичная структура не является трехмерной. Иначе бы вам было бы просто показать, что же тут трехмерного .. 
*::::: Чтобы описать третичную структуру (определить взаимные координаты атомов), нужно исследование. Вы подменяете термины. Серебряный 01:04, 9 ноября 2010 (UTC)
*  Это вас устроит, где также пишут в научной работе ? Или далее троллить будем ? S.J. 00:52, 9 ноября 2010 (UTC)
*: Это далеко не самый релевантный источник: в нём про третичную структуру вообще написано едва не столько же, сколько в обсуждаемой нами статье. Это всё что Вы смогли найти? Серебряный 01:04, 9 ноября 2010 (UTC)
*:: первое что попалось ... ищите сами и заполняйте свои пробелы сами, а меня увольте .. играть с вами в игру "на колу весит мочала, начинаем все с начала" не хочется ... хватит и одного круга. Далее веду с вами согласно правилу Не кормите троллей. S.J. 01:08, 9 ноября 2010 (UTC)
*::: Что-то больно уж неудачное попалось.. Вы про необходимость указания источников информации ничего не слышали? ВП:АИ. Ставьте релевантную сноску, и не будет нужно никого ничем кормить и «на слабо брать». Вы так пребрежительно пишете, как будто об этом вагоны текстов в авторитетных изданиях написаны. Если это так, ставьте на наиболее стоящее из этих вагонов сноски. А пока я вижу только, что у Вас далеко не первый раз возникает проблема с тем, чтобы указать убедительный источник. То с ncbi «не хотели мне облегчать поиск», то ссылку на статью свою ничем не могли заменить. Серебряный 01:25, 9 ноября 2010 (UTC)
*  явно используется как синоним. Тоже не авторитетно, или вложите супер смысл для разного употребления? Впрочем не удивлюсь. Тут эти источники совершенно не нужны, если у вас не знание синонимов увы, источники не помогут ВП:НЕСЛЫШУЭтот источник актуальнее здесь. Согласно ВП:АИ на очевидные вещи источники не ставятся. Вы ничего не слышали о не доводите до абсурда ? S.J. 01:31, 9 ноября 2010 (UTC)
*: Вы специально, что ли, выбираете файлы, по которым поиск невозможен.. Если там это написано, поставьте, пожалуйста, в тексте статьи (этой или про третичную структуру) сноску. Желательно, конечно, с указанием страницы, но можно и без. Это гораздо проще, чем мне отвечать, и времени меньше занимает. Серебряный 01:40, 9 ноября 2010 (UTC)
*:: Читайте первый столбец, первой страницы. Вам не кажется, что вы и так много моего времени съели ?  S.J. 01:46, 9 ноября 2010 (UTC)
*::: Вы моего — не меньше. В первом столбце на первой странице этого не сказано. Там просто ещё раз написано, что третичная структура трёхмерна. Про вторичную вообще ничего не сказано. Никакой синонимии по этому столбцу установить нельзя. Серебряный 01:55, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::: Тогда жду объяснения почему написано: "Белок является геторополимером, свернутым в уникальную третичную структуру ... ", и далее " .. ее сворачивания в нативную трехмерную структуру", "сворачивание .. в уникальную трехмерную структуру" и т.п. почему термин тут так легко заменяется ? В чем причина такой замены ? S.J. 02:01, 9 ноября 2010 (UTC)
*::::: Потому, что третичная структура трёхмерна и белок в неё свёрнут. Серебряный 02:08, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::::: Что же он как неприкаянный то сворачивается в третичную, то в трехмерную ? Ладно, с вами все ясно .. S.J. 02:12, 9 ноября 2010 (UTC)
*::::::: Я же написал, что одно не противоречит другому. Можно сказать, что он свёрнут в трёхмерную структуру, потому что третичная структура трёхмерна. Можно сказать, что в третичную. Но неверно говорить, что третичная структура = трёхмерная структура. Верно, что множество третичных структур лежит во множестве трёхмерных, но не совпадает с ним. Серебряный 02:18, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::::::: Теперь вам осталось найти существенные различия между этими синонимами. Ждем-с. В каком случае их нельзя заменять как синонимы ? S.J. 02:33, 9 ноября 2010 (UTC)
*:::::::: Ну хотя бы логикой бы пользовались ... если слушать вас, то как раз таки нельзя сказать "он свёрнут в трёхмерную структуру", т.к. будет совершенно не ясно в третичную или во вторичную (она же у вас тоже трехмерная!). Тогда текст авторов нужно понимать как "белок свернулся во вторичную структуру", а большей несуразицы я еще не слышал ... S.J. 08:34, 9 ноября 2010 (UTC)
* Сино́нимы в лингвистике — слова одной части речи, различные по звучанию и написанию (ср. омонимы), но имеющие одинаковое или очень близкое лексическое значение, в каком смысле несколько отличаются я указал выше (в контексте одной цепи идентичные). S.J. 02:22, 9 ноября 2010 (UTC)
* Решили войну правок устроить ? Откатываем не угодные источники?  S.J. 02:23, 9 ноября 2010 (UTC)
* Надо вас с Ромиксом познакомить, помнится он тоже на каждой слово источник запрашивал. Один в один совпадает с ваши поведением здесь. S.J. 02:25, 9 ноября 2010 (UTC)
 Надеюсь, что по итогам общения участника S.J. с Серебряный на данной странице, администраторами будет наложена бессрочная блокировка на S.J.. Давно пора  --Sirozha.ru 08:15, 10 ноября 2010 (UTC)
* Таким образом, Вы и избавляетесь от неугодных мнений? Причин для блокировки тут никаких нету. Хотя действительно Серебряный просто провоцировал меня, но я не вижу где я мог перейти грань дозволенного, как минимум более чем он. В любом случае, нужно оценивать по делам - а я в отличии от моего оппонента развиваю статьи, находя источники и пополняю, уточняю смысл ... а не придираюсь на "голом" месте. S.J. 08:54, 10 ноября 2010 (UTC)
** У меня нет никакого желания избавляться от вашего мнения. Никто ни разу не придирался к вам "на голом месте". На мой взгляд, вклад User:Mithril значительно превосходит ваш и по объему и по качеству. В отличие от вас, Серебряный никогда не проталкивает в ВП свою версию или точку зрения. Если вам угодно творить в викиверситете - пожалуйста, возможно там вы найдете единомышленников. По моим ощущениям, в ВП, в сравнении с викиуниверситетом, контингент намного более образованный в области ваших научных интересов. --Sirozha.ru 13:45, 10 ноября 2010 (UTC)
thread_title:  Трёхмерная структура 

message: Что касается вторичной структуры, то тут проблема в многозначности слова конформация : 
# The act of conforming or the state of being conformed.
# The structure or outline of an item or entity, determined by the arrangement of its parts.
# A symmetrical arrangement of the parts of a thing.
# One of the spatial arrangements of atoms in a molecule that can come about through free rotation of the atoms about a single chemical bond.
где одно из значений это пространственное расположение без учета реальных ограничений при вращении. Но чаще (или по крайней мере в той же мере) - под этим понимается некое безпространственное энергетическое состояние, некая схема расположения частей, некие представления о симметрии. Отсюда однозначно говорить, что вторичная структура это трехмерная структура не верно. Т.к. по тексту может иметься введу просто схема расположения некоторых частей молекулы. В нашем случае схема расположения водородных связей. Можно, конечно взять некие идеальные условия и построить пространственное расположение - тогда можно подразумевать под вторичной структурой - некое пространственное расположение. Но это снова построение модели, и без приведенных уточнений, утверждение Конформационное расположение = Пространственное расположение, и далее путем замены вторичная структура - пространственное расположение ... это неверное логическое обобщение. S.J. 09:20, 9 ноября 2010 (UTC)
* Итого, называть вторичную структуру трехмерной, это все равно что чертеж расположения стен в здании (даже не чертеж всего здания, а только стен) называть трехмерным. Чертеж может быть выполнен в перспективе, или по нему может быть построено здание, или подразумеваться трехмерное здание, но он сам не является трехмерным. Тогда уж более правильно говорить, что чертеж двухмерный (что конечно, не отражает всей сути, но по крайней мере не вводит в существенное заблуждение). S.J. 09:53, 9 ноября 2010 (UTC)
**Т.е. Вы считаете, что например при тепловой денатурации белки становятся одномерными? Удивительное рядом...--VSGI 16:15, 9 ноября 2010 (UTC)
*** Нет такого я не говорил. Хотя при расчетах их рассматривают действительно как одномерные. S.J. 17:56, 9 ноября 2010 (UTC)
****Вся "одномерность" заключается в том, что первичная структура это последовательность АК (т.е. порядок букв), при этом все структуры от первичной и до четвертичной+ всякие кофакторы и прочая низкомолекулярщина являются трёхмерными (даже 1 АК или нуклеотид или даже молекула метана и воды есть трёхмерная структура), одномерность первичной стр-ры есть идеализация (когда нужно выравнивать сиквенсы друг против друга, не важна трёхмерная и прочие структуры), в реальных НК и белках не буковки в ряды располагаются и укладываются, не забывайте об этом--VSGI 18:04, 9 ноября 2010 (UTC)
***** где вас только учат Учите термины, первичная структура (и прочие) не описывает реальные аминокислоты, и нуклеотиды. Когда говорят о первичных и т.д. структурах говорят о идеализации. Первичная и вторичная структуры ничего не имеют общего с пространственным описанием, третичная структура как идеализация полностью совпадает с реальным трехмерным описанием, но только для одной цепи. Поэтому когда говорим о реальных физических молекулах НЕ применяются термины первичная, вторичная структура, т.к. это лишь часть их символьного описания - формулы. Или вы химическую формулу метана считаете молекулой саму по себе ? S.J. 18:48, 9 ноября 2010 (UTC)
* primary structure - In the context of macromolecules such as proteins, constitutional formula, usually abbreviated to a statement of the sequence and if appropriate cross-linking of chains. Ни о чем ни говорит ? S.J. 18:50, 9 ноября 2010 (UTC)
* "одномерность" по теореме Ландау - но это для вас уже будет переизбыток информации, поэтому оставим. S.J. 18:53, 9 ноября 2010 (UTC)
* Конформация в контексте полимеров (в том числе, биополимеров) - это именно что пространственное расположение. Вторичная структура определяется ближним порядком, третичная структура - дальним, они обе,конечно, пространственные. Просто так как цепи образуют участки определенных устойчивых часто встречающихся форм, их удобно выделить в промежуточный уровень между полной конформацией цепи и ее атомным строением, этот уровень и называется вторичной структурой. Белки в состоянии клубка (то, что биологи назовут денатурацией) при расчете могут рассматриваться и как последовательность букв в одномерном пространстве контура цепи, и как профиль концентрации в обычном трехмерном пространстве, и еще многими способами - в зависимости от рассматриваемых задач. Pasteurizer 20:56, 9 ноября 2010 (UTC)
** Денатурацией как раз назовут обратное - "развернувшиеся" белки. А про остальное я уже писал - эти рассуждения не выдерживают критики, повторятся не буду. Но мне очень жаль, что "якобы биологии", не знают термины, и по сути "химическую формулу" наделяют свойствами того, что она призвана описывать. Как плохо получается, что ИТ-специалистов и математиков учат что такое абстракция, а вот химики, физики и биологии порой не могут ее отличить от реального объекта. Надо делать выводы для образования. S.J. 03:32, 10 ноября 2010 (UTC)
*** Если вы не знаете, что такое "клубок" и чем он отличается от глобулы, советую не позориться. Развернувшаяся - это и есть клубок. Свернувшаяся - это глобула. Причем, если речь о белках, то не просто глобула, а плотно упакованная глобула. Что касается физиков и биологов, мне забавны рассуждения [некоторых. Не всех, но не только вас] людей с математическим образованием, отродясь прибора в руках не держащих и уверенных, что импульс - это производная лагранжиана, а Ньютон не нужен - их рассуждения о моделях и реальности. Что касается ваших выставлений запросов источников к моим словам на этой странице обсуждений, то если вы будете повежливее, я дам вам литературу для ликбеза. Первую и главную книгу, кстати, я вам сегодня уже советовал тут. И еще, к слову, я успешно прошёл ряд курсов на ВМК, так что хоть математик из меня и никакой, ваш снобизм выпускника вычмата тут не к месту. Pasteurizer 04:24, 10 ноября 2010 (UTC)
**** Ок, с клубок-глобула, у меня были действительно не верные представления. S.J. 04:43, 10 ноября 2010 (UTC)
**** Впрочем действительно, очень популярно говорить о вторичных последовательностях, так как будто это уже построенные модели или сами отдельные фрагменты (спирали, листы) ... но это не достаточно строго, отсюда видимо и массовое непонимание сути терминов. S.J. 04:35, 10 ноября 2010 (UTC)
****** Почему бы вам все же не открыть любой учебник? Я понимаю, Хохлов-Гросберг требуют систематического образования, но есть прекрасные научно-популярные пособия для младших школьников, библиотечка "Квант": книжки Франк-Каменецкого, тех же Хохлова и Гросбергаю. Раз уж с английским, как сами утверждаете, у вас худо, и Дои-Эдвардса, Флори или Рубинштейна-Колби вам прочитать не удастся. Если притяжение между звеньями цепи проявляется на макроскопическом уровне, никакого клубка не будет. Если лениво, есть статья Макромолекула, там сверхкраткая выжимка из учебника для людей со стороны. Pasteurizer 04:46, 10 ноября 2010 (UTC)
******* Дорогой мой, почему бы вам самому не последовать вашим советам и не почитать определения первичных, вторичных и т.д. структур ... Я и без вас разберусь, что мне читать, если же хотите посоветовать хорошую книгу - то давайте ссылку где ее скачать, но только на русском языке .. Но общие вопросы ни о чем меня не интересуют, а вот если посоветуете книгу о моделировании сворачивания белков, которая на русском и есть интернете - буду благодарен ... а так раздавайте свои советы вашим детям или студентамS.J. 05:03, 10 ноября 2010 (UTC)
******** Я не знаю книг на русском языке о сворачивании белков. Но у меня есть на английском несколько книг (в электронном виде) по биоинформатике, где этот вопрос разобран, а также я знаю несколько статей (столь почему-то нелюбимый вами Гросберг - один из крупнейших в мире специалистов по фолдингу, наряду с Шахновичем. Еще я сталкивался с работами Ирбэка) по теме. К сожалению, на русском языке я ничего не нашел, когда знакомился с этой темой. Для переводных учебников она слишком свежая и быстро развивающаяся. Но английскими материалами готов поделиться. Pasteurizer 05:33, 10 ноября 2010 (UTC)
********* Спасибо, пришлите на tac@inbox.lv то, что вам более всего понравилось по этой теме, желательно укажите почему стоит прочесть то или иной, если текст годится для автоперевода, попробую посмотреть. --S.J. 05:38, 10 ноября 2010 (UTC)
******* И раз сюда зашли, то уж лучше скажите: вы тоже считаете (1) что третичная структура и трехмерная структура (естественно в контексте макромолекул) нельзя использовать как синонимы, как взаимозаменяемые термины; (2) первичная структура тоже является трехмерной ? S.J. 05:14, 10 ноября 2010 (UTC)
******** Нет. Третичная структура - это трехмерная, но в рамках этого трехмерного расположения цепи биологам бывает удобно рассмотреть всё то же объемное расположение - траекторию цепи, так сказать - в отдельных мелкомасштабных местах. Потому что там образуются устойчивые и хорошо изученные структуры. С точки зрения задач структурного анализа (рентгеновское рассеяние, например) или кристаллографии, а также, возможно, с точки зрения биохимии, элементы вторичной структуры нужно рассматривать как трехмерные. А с точки зрения той части биоинформатики, что вас интересует, на данный момент вторичная структура интересна как одномерная последовательность всяких листов-спиралей, насколько я читал (биоинформатикой я интересуюсь и немного занимался, но не протеомикой. А глобуляризацией, сходной с фолдингом, я занимался довольно много, но в аспекте более простых синтетических гетерополимеров). Насколько я понимаю, современная биоинформатика не способна эффективно предсказывать конформации, и для упрощения рассматривается сперва свертывание в элементы вторичной структуры, а затем упорядочивание их как звеньев единой цепи. Pasteurizer 05:33, 10 ноября 2010 (UTC)
********* Не очень понял Нет. - относится к обоим вопросам ? Т.е. Вы согласны, что синонимом третичной структуры является трехмерная. И первичная структура не может рассматриваться как трехмерная. И разногласия у нас с вами только по поводу вторичной структуры. Так ? S.J. 05:44, 10 ноября 2010 (UTC)
********* Приглашаю вас поучаствовать в Викиверситете  Лаборатория биоинформатики (конкретнее там есть мой проект v:RNAInSpace). Если Вы занимались биоинформатикой поделитесь опытом. Обещаю себя вести в высшей степени культурно (с умными людьми приятно говорить, даже если есть расхождение во мнениях и знаниях) S.J. 05:49, 10 ноября 2010 (UTC)
*********  С точки зрения задач структурного анализа (рентгеновское рассеяние, например) или кристаллографии, а также, возможно, с точки зрения биохимии, элементы вторичной структуры нужно рассматривать как трехмерные. А с точки зрения той части биоинформатики, что вас интересует, на данный момент вторичная структура интересна как одномерная последовательность всяких листов-спиралей - возможно это взвешенное мнение и с ним можно согласится. Т.е. можно убрать некоторую мою категоричность в высказываниях ранее, при описанных вами условиях. Впрочем я и ранее говорил, что вторичную структуру можно рассматривать как трехмерную для простых структур общая форма которых известна (спирали, листы). Но там где она еще не известна рассматривать её как трехмерную невозможно, это просто схемы конформаций без конкретизации. + рассматривать как не означает является, и все становится на свои места. S.J. 07:15, 10 ноября 2010 (UTC)
=== Перезагрузка ===
По-моему, обсуждение с некоторого момента пошло не в том русле. Здесь не место для научных диспутов и т. п. Единственно валидной аргументацией является приведение авторитетных источников, подтверждающих то или иное утверждение. Главный спор на данный момент развернулся между синонимичностью понятий третичная и трёхмерная структуры. В обсуждении пока не было приведено ни одного участника утверждающего их синонимичость. Два источника, приведённых участником , являются в лучшем случае примерами заменяемости термина "третичная структура" на "трёхмерная структура", однако никак не подтверждают тезиса о том, что эти термины синонимы и тем более, что их синонимичное уоптребление встречается в литературе "часто". Для того, чтобы сделать подобный вывод в статье, необходимо привести источник (например, учебник по биологии), в котором чётко говорится, что это синонимы. — Артём Коржиманов 22:48, 22 ноября 2010 (UTC)
replies: text: А где в удаленной вами части статьи говорится, что это синонимы ? S.J. 23:58, 22 ноября 2010 (UTC)

text: Где Вы вообще нашли тезис, что это синонимы в строгом смысле, и тем более о тождественности понятий ? S.J. 00:00, 23 ноября 2010 (UTC)

text: Не нужно удалять информацию, даже если она вам кажется недостоверной. Убедитесь, что правильно понимаете написанное, и только затем аргументируете удаление. S.J. 01:13, 23 ноября 2010 (UTC)

text: Кроме того, поаккуратнее с удалением абзацев с источниками. Могут быть не точные мои формулировки, но это не повод удалять информацию из статьи. Как минимум есть источники, где используются оба термина как взаимозаменяемые, я этот нюанс пояснил в статье. Вы взяли и удалили - как это понимать ? S.J. 01:21, 23 ноября 2010 (UTC)
replies: text: : Вы ставите в самом начале статьи между терминами союз «или» — так, будто бы это тождественные (или, другими словами, синонимичные) понятия. Далее, сейчас вы вообще убрали слово «часто», в итоге, получили: «термины третичная и трехмерная используются в литературе как близкие по смыслу», что подразумевает, что используются всегда (сравните: «Щит пишется через „и“» - «Щит часто пишется через „и“»), и если я, скажем, встречаю в тексте словосочетание «трёхмерная структура», то тут же должен понимать, что речь идёт о третичной структуре. Это, очевидно, не так. Под трёхмерной структурой могут понимать, например, четвертичную структуру (о чём вы и сами говорили). Ну и по поводу источников: приведённые вами ссылки — это не источники, поскольку в них нет тех утверждений, которые вы вносите в статью, это всего лишь примеры, и то довольно спорные. В общем, Сергей, я ещё раз повторю, для того, чтобы преамбула осталась в текущей версии нужен источник, в котором чёрным по белому чётко и недвусмысленно написано, что «термины третичная и трехмерная используются в литературе как близкие по смыслу». У меня, кстати, к вам вопрос: это утверждение выражает ваше личное наблюдение или вы его где-то прочитали? PS: согласно ВП:Консенсус преамбулу откатываю к доконфликтной версии, то есть к состоянию до ваших правок 9 ноября. — Артём Коржиманов 08:54, 23 ноября 2010 (UTC)
=== Примечания ===
thread_title:  Вторичная структура 

message: По-моему, обсуждение с некоторого момента пошло не в том русле. Здесь не место для научных диспутов и т. п. Единственно валидной аргументацией является приведение авторитетных источников, подтверждающих то или иное утверждение. Главный спор на данный момент развернулся между синонимичностью понятий третичная и трёхмерная структуры. В обсуждении пока не было приведено ни одного участника утверждающего их синонимичость. Два источника, приведённых участником , являются в лучшем случае примерами заменяемости термина "третичная структура" на "трёхмерная структура", однако никак не подтверждают тезиса о том, что эти термины синонимы и тем более, что их синонимичное уоптребление встречается в литературе "часто". Для того, чтобы сделать подобный вывод в статье, необходимо привести источник (например, учебник по биологии), в котором чётко говорится, что это синонимы. — Артём Коржиманов 22:48, 22 ноября 2010 (UTC)
replies: text: А где в удаленной вами части статьи говорится, что это синонимы ? S.J. 23:58, 22 ноября 2010 (UTC)

text: Где Вы вообще нашли тезис, что это синонимы в строгом смысле, и тем более о тождественности понятий ? S.J. 00:00, 23 ноября 2010 (UTC)

text: Не нужно удалять информацию, даже если она вам кажется недостоверной. Убедитесь, что правильно понимаете написанное, и только затем аргументируете удаление. S.J. 01:13, 23 ноября 2010 (UTC)

text: Кроме того, поаккуратнее с удалением абзацев с источниками. Могут быть не точные мои формулировки, но это не повод удалять информацию из статьи. Как минимум есть источники, где используются оба термина как взаимозаменяемые, я этот нюанс пояснил в статье. Вы взяли и удалили - как это понимать ? S.J. 01:21, 23 ноября 2010 (UTC)
replies: text: : Вы ставите в самом начале статьи между терминами союз «или» — так, будто бы это тождественные (или, другими словами, синонимичные) понятия. Далее, сейчас вы вообще убрали слово «часто», в итоге, получили: «термины третичная и трехмерная используются в литературе как близкие по смыслу», что подразумевает, что используются всегда (сравните: «Щит пишется через „и“» - «Щит часто пишется через „и“»), и если я, скажем, встречаю в тексте словосочетание «трёхмерная структура», то тут же должен понимать, что речь идёт о третичной структуре. Это, очевидно, не так. Под трёхмерной структурой могут понимать, например, четвертичную структуру (о чём вы и сами говорили). Ну и по поводу источников: приведённые вами ссылки — это не источники, поскольку в них нет тех утверждений, которые вы вносите в статью, это всего лишь примеры, и то довольно спорные. В общем, Сергей, я ещё раз повторю, для того, чтобы преамбула осталась в текущей версии нужен источник, в котором чёрным по белому чётко и недвусмысленно написано, что «термины третичная и трехмерная используются в литературе как близкие по смыслу». У меня, кстати, к вам вопрос: это утверждение выражает ваше личное наблюдение или вы его где-то прочитали? PS: согласно ВП:Консенсус преамбулу откатываю к доконфликтной версии, то есть к состоянию до ваших правок 9 ноября. — Артём Коржиманов 08:54, 23 ноября 2010 (UTC)
thread_title:  Перезагрузка 

thread_title:  Примечания 

message: Проблема, как всегда, в отсутствии договорённости о системе отсчёта. Если её ввести, сразу станет понятно, где 1D, 2D,  (это к вопросу о категоризации) и, соответственно, меньше недоразумений. Fractaler 10:05, 10 ноября 2010 (UTC)
thread_title:  [[Система отсчёта]] 

message: Явный недостаток статьи - в ней нет ни одного примера белка третичной структуры. Предлагаю таковые добавить. 81.200.24.174 13:50, 15 мая 2011 (UTC)iHuman0x60
thread_title:  Примеры 

message: Почему в статье "Третичная структура белков" есть раздел про РНК? Соответственно, нужно либо переименовать статью, либо удалить раздел --OpossumK 20:27, 5 февраля 2012 (UTC)
replies: text: Сделано, но в будущем правьте смело. Не по части удаления, а по части исправления очевидного. Серебряный 21:49, 5 февраля 2012 (UTC)
thread_title:  РНК?