Обсуждение:Палочка Хансена

message: subj 
replies: text: Ответил на Ваш вопрос на моей странице обсуждения. Серебряный 03:53, 28 января 2010 (UTC)
thread_title:  Мезосома - артефакт? 

message: Clark-Curtiss J. E. , Jacobs W. R., Docherty M. A., Ritchie L. R., Curtiss III R. (1985). Molecular analysis of DNA and construction of genomic libraries of Mycobacterium leprae. Journal of Bacteriology, vol. 161(3), pp. 1093-1102. abstract, текст >
Oleum 17:34, 29 января 2010 (UTC)
replies: text: Извините, я текст удалил, потому что он чей-то. Заменил ссылкой. Серебряный 15:38, 29 января 2010 (UTC)

text: В тексте введения написано, что анализировали бактерий, которых было принято тогда анализировать для исследования палочки Ганзена. Mycobacterium vaсcae потому, что есть общие антигенные детерминанты. "Mycobacterium lufu" потому, что на неё дапсон сходно действует. Или в чём вопрос? Серебряный 15:38, 29 января 2010 (UTC)

text: *К чему было удалять текст, если можно было выкинуть его в код, и он бы не показывался? Абстракт куда-нибудь перенесут - я этого побоялся - а сохранить не на что было(не на почту ж себе его копировать)... Ладно, проехали. Oleum 17:34, 29 января 2010 (UTC)
replies: text: :: Если перенесут или закроют доступ к полному тексту, будут в своём праве. Это их статья. А википедия — не архив. Серебряный 19:16, 29 января 2010 (UTC)

text: *Мне бы вашу уверенность по поводу анализируемой группы. Дело не в дапсоне, который валит не только лепрозных микобактерий, но даже и малярийный плазмодий, и некоторые другие микроорганизмы. Дело в лепроматозной клинике, которая наблюдается у обезьян и "подошве мыши":).Думаю эти исследования велись целенаправленно - «!копивио отсюда, удалено Mithril!» Зато убойность сохраняют, а источник, если и найдешь не вытравишь, да и мышки разнесут дальше. Вероятно шел поиск удобного биооружия, иначе к чему такой археологический интерес с выделением штаммов и профагов, путей распространения и пр. Все это конечно imho. Работа Юшина все-таки интересна, особенно упоминанием 70% расхождения в генотипах- это было бы нормально, если бы плазмиды были и транспозоны, или это издержки метода? Впрочем, конечно это просто измышленияOleum 17:34, 29 января 2010 (UTC)
replies: text: :: Повторяю, я прочёл введение статьи Жозефины Кларк-Кётис и соавторов. Это их слова, а не моя уверенность. Не добавляйте, пожалуйста, чужие тексты: ссылок более чем достаточно. Серебряный 19:16, 29 января 2010 (UTC)
replies: text: ::: Если есть возможность - рефер поправьте последний, на экзамен опаздываю. Или потом уже сам...Oleum 01:33, 2 февраля 2010 (UTC)
К тому, что виды в любом случае разные:
* Nucleotide sequence and secondary structures of precursor 16S rRNA of slow-growing mycobacteria
* A species-specific repetitive sequence in Mycobacterium leprae DNA
* Rapid and sensitive detection of Mycobacterium leprae using a nested-primer gene amplification assay
Kuzia 21:17, 3 февраля 2010 (UTC)
thread_title:  Видимо анализировали "лепрозную" группу микобактерий, т.е. со сходным патогенезом 

message: Относительно мезосом. Нужна ссылка на свежую работу с использованием криофиксации, с хорошими электронками и желательно в реферируемом журнале, чтобы писать, что у какой-то бактерии есть мезосомы. Иначе указание на мезосомы вводит читателя в заблуждение.
Раздел про геном был какой-то странный. К слову, для справки: данные 1985 и 2001 годов по размеру генома отличаются на 5%. Это не та величина, о которой стоит упоминать, да еще не приводя значения к общим единицам. Kuzia 22:27, 3 февраля 2010 (UTC)
#Уважаемый Kuzia! Вы внесли ряд поправок, удалив частично содержание статьи. Результат получился частично мистифицирован - появился рефер на Юшина, тогда как содержание этого предложения там никаким боком. О проявлении серологических свойств было прекрасно известно с 90х.Описано в том же учебнике Воробьева и даже кажется Пяткина. Указанный ВАМИ рефер «Юшин, М.Ю., А.К. Маслов, В.В. Анохина. (2008). Сравнительная электронно-цитохимическая характеристика Мycobacterium leprae, Мycobacterium «lufu» и Мycobacterium tuberculosis. Вестник новых медицинских технологий. 15 (3): 9-10» здесь просто неуместен. Тем не менее я попытаюсь отредактировать статью сообразно вашим замечаниям. Поясните кстати, каким образом вы пересчитали и сопоставили данные о размере ДНК в парах оснований(по сути длина) с весом в дальтонах, да еще и у различных по-видимому штаммов(и при этом получили 5% расхождения)? Делили на "средний вес" пары?
Oleum 01:58, 4 февраля 2010 (UTC)
#Что до мезосомы-если биологов мезосома так заела, редактируйте ее, как статью(работайте). Если вы нашли указанное ВАМИ АИ, то можете и здесь отредактировать и в МБТ. Я сейчас занят переводом японской статьи для МБЛ, поэтому положение дел "подвисает", хотя и обещал посмотреть откуда она взялась. Я повторяю, чт микобактерии - специфический организм. их условно и за уши подтягивают к грам-положительным, но реально они ТАК не красятся. Чтобы их по Цилю покрасить и т о нужно очень постараться. Возможно, что и мезосомой не все так просто, как вам хочется показать.Oleum 02:14, 4 февраля 2010 (UTC)
Господа, если Вы не в силах сдерживать эмоции, советую развеяться. Серебряный 05:06, 4 февраля 2010 (UTC)
replies: text: : Глубокоуважаемый Oleum. Поскольку не воспоследовало конкретных комментариев относительно "мистификаций" и тем более относительно "вандализма", я требую от Вас самостоятельного удаления последней созданной Вами темы на моей стрнице обсуждения с желательным извинением.
replies: text: : Ссылка на Юшина: это недавняя статья со сравнительным анализом, электронками и рассмотрением истории вопроса. Если Вы считаете, что в Воробьевой или где-либо еще написано лучше, понятнее или ближе к истине - Ваше право, меняйте ссылку, там раньше вообще никакой не было. А сейчас так и вообще неизвестно что.

text: : Если у Вас не хватает биологического (или другого) образования для перевода пар оснований в дальтоны, мне кажется, что дискуссия будет малопродуктивной: 2,2 млрд Да соответствует 3,27 млн bp вне зависимости от штамма и даже от царства, типа, класса и проч.

text: : В чем причина удаления главы про геном?

text: : Про мезосомы. Во второй раз повторяю: после того как их признали артефактом, любое указание на их существование должно соповождпться на свежий источник. Если Вы его не указываете - не надо вставлять мезосом вообще. Это Вы, уважаемый, должны искать АИ.

text: : Про "специфичный организм". А где Вы нашли "неспецифичный". Все миколаты "специфичные", как специфичны рикеттсии или любой другой прокариот. Вы не верите, что у них одна мембрана? При чем здесь окраски? Мистическая специфичность не дает Вам повода вставлять в статью домыслы. Kuzia 06:58, 4 февраля 2010 (UTC)
replies: text: :: Глубокоуважаемый Kuzia. Вам нужны еще более конкретные комментарии к удаленному вами фрагменту? В подстановке неверной ссылки к характеристике антигенов? Что до Юшина - есть доводы в пользу его утверждений, есть и обратные. Антигенные характеристики в его работе 2008 года не выводились и не устанавливались, а известны более 15 лет. Это в сущности мистификация, хоть и оказалось что они просто процитированы им из другого источника. Вы удалили фрагмент статьи, руководствуясь вашими внутренними расчетами(Вы перевели вес в количество пар оснований, пользуясь "усредненным весом" пары оснований, однако это приблизительный расчет, хоть это и принято в ряде случаев). В результате ваших действий статья сократилась приблизительно на 2.5 кБайта текста(за счет раздела "Геном" в большей степени), а это и есть "вандализм". "Мезосомы" пока уводим в комментарий(хотя они ссылались на статью в которой расшифровывалось, что это вероятно заблуждение). Что до ваших доводов по поводу специфичности - вы работали с микобактеральной флорой? Окраска по Граму - метод, тест, который и дает результат. Он здесь отрицательный. А мембрана - да, одна. С другой стороны большое генетич. сходство с грам-позитивом. Может не устраивать ненужной патетики, а по-фрагментно вынести на цивилизованное обсуждение? Прийти к мнению коллективно более разумно, нежели просто "снести" фрагмент, переведенный в т.ч. с английской версии. Кстати причем тут была ссылка на риккетсии? Вы прионы тоже будете к вирусам относить? Хламидии и риккетсии рассматриваются обособленно даже в классификаторе "СП 1.2.2322-08 Безопасность III-IV групп"- это "навскидку" источник.

text: ::Резюме:Предупреждение Kuzia вынесено обоснованно.Oleum 08:11, 4 февраля 2010 (UTC)
replies: text: ::: Да, комментарии, от Вас, к сожалению, все еще требуются. Текст, относительно сравнения с геномом M. tuberculosis, который мной был ЗАМЕНЕН одним предложением, был написан мягко говоря непонятно, поскольку являлся машинным переводом. Исправьте тогда уж все еще существующие там терминологические ляпы (связанные, видимо, с переводом). Удаление абзаца о более ранних сведениях по размеру генома я уже Вам частично пояснял. Возможно, стоит действительно указать, что имеется изменчивость по GC% и размеру генома в известных пределах. Но почему Вы не приводите все к одним и тем же единицам? И совершенно непонятно, зачем нагружать читателя информацией по другим микобактериям: стоит указать, что размер генома лепры меньше, чем у других - это правильно. Только вот "голые" цифры, да еще в Дальтонах будут мало интресовать читающего статью в вп.

text: ::: Для информации: разница между точным значением размера генома индийской лепры (2095735,9 кДа при GC%57,8) и значением, получаемым из расчета GC%50 (2091404,8 кДа) не представляет предмета для обсуждения.

text: ::: По поводу цитированной мной статьи Юшина. Я не буду повторяться: если знаете исходные статьи или более хорошие обзоры - пожалуйста. Только пока я не указал эту ссылку там не было другой. В чем здесь мистификация мне все еще неясно.

text: ::: Я привел риккетсий, как пример патогенного (и потому, должно быть, "специфичного"?) прокариота, не более того. Что такое "специфичность" в Вашем понимании? Если имеются в виду аномальные покровы и аномалии окрашивания - с этим я согласен, только это не называется "специфичность". (Кстати, причем здесь прионы?)

text: ::: О цивилизованности: откат - это не цивилизованный способ общения, особенно в свете того, что я привел развернутые комментарии.

text: ::: Почему все еще есть фраза о тождественности M. leprae и M. lufu? Мы же все уже решили. Либо удаляйте этот раздел либо пишите все, как есть. В таком виде - это ввод читателя в заблуждение.

text: ::: У меня, к сожалению, нет возможности разворачивать столь масштабные дискуссии, поэтому я Вас еще раз прошу убрать необоснованные претензии с моей страницы обсуждения, не добавлять в статьи машинные переводы и быть более аккуратным с материалом. Kuzia 10:12, 4 февраля 2010 (UTC)
replies: text: :::: Уважаемый Kuzia! Приятно, что в теме вы ориентируетесь, поэтому, как вы понимаете риккетсии - это конечно не бактериальная микрофлора, точно также, как и прионы нельзя отнести к вирусам. Я переклассифицировал ваши действия в "ошибку", поскольку вы до сих пор искренне меня убеждаете в своей правоте. Хочу, чтобы вы поняли - статья от редактирования должна выигрывать. Да, мои действия и источники не безупречны, и не самые передовые. Да, в ВОЗ новые инструкции и проект с лозунгом "изживем лепру насовсем", а в статье мы не сослались и не отразили. В геноме нет толком данных об изменчивости и возможно профагах, и IS последовательностях, обеспечивающих подобно туб псевдомутации. Да, геном у нас не унифицирован - и в дальтонах(аем), и в парах оснований, но может быть важно представлять данные из источников, а не проводить оригинальные рассчеты и исследования, хоть и кажется, что 5 - 7% мелочи. Много еще "не так" в статье, но если цели участников совпадают, то я полагаю постепенно все это появится.
replies: text: ::::: Комментарий об ошибке не понял: никакой ошибки с моей стороны не было. Если это единственный пункт нашего с Вами непонимания, то я готов признать (максимум) своей ошибкой лишь удаление ссылки на богословскую книгу. Kuzia 21:59, 5 февраля 2010 (UTC)
*О тождественности хотел бы выделить вопрос отдельно. ВП:НТЗ рекомендует внести "за" и "против", поэтому насколько я понял Юшина он "прогнал" через все рекомендуемые ВОЗ тесты и доказывает, что lufu вызывает лепру и может вести себя в организме так, что ее можно спутать с leprae. На основании этого он назвал ее микобактерией лепры. Я правильно понял? Тот же случай, что и с mycobacterium bovis, которую называют микобактерией туберкулеза? Или все-таки он доказывает тождественность видов? Ваше мнение?Oleum 03:03, 5 февраля 2010 (UTC)

text: Статью не читал, но вот сюда ссылаются как на описние еще одного вида микобактерий, вызывающих лепроподобные симптомы: Han, X. Y., Seo, Y. H., Sizer, K. C., Schoberle, T., May, G. S., Spencer, J. S., Li, W., Nair, R. G. "A new Mycobacterium species causing diffuse lepromatous leprosy". Am. J. Clin. Pathol. 2008 Dec;130(6):856-64. Относительно lufu: формальные критерии - это хорошо, и по ним Юшин прав, кроме пунктов по молекулярке, которых он не касался. Но вот только как раз генетические различия убедительно говорят, что это не один и тот же вид. Кстати в этой работе 2008 года сам Юшин использует более мягкие формулировки: "...в структурах бактериальных клеток между М. leprae и М. «lufu» обнаружено сходство, что, наряду с выявленным в [2] сходством ряда морфологических и антигенных параметров, является доказательством общности биологических свойств этих микобактерий." Kuzia 21:59, 5 февраля 2010 (UTC)
thread_title:  К последним изменениям в статье