Dyskusja:Enzymy

message: *  - watpliwosc - na samym dole ma być k0 czy ko czy może k*?
Znaczek przy "k" będący sprawą wątpliwą jest najprawdopodobniej zwykłą kropką lub zerem. Normalnie kkat (już po polsku) oznacza stałą kinetyczną (syn. stałą szybkości). Wnioskując po kompleksie EIS (enzym-inhibitor-substrat), k z tym znaczkiem może oznaczać znikomą prędkość reakcji. Proszę o pomoc w interpretacji tego dziwnego indeksu :-) Karol007dyskusja 19:08, 12 wrz 2007 (CEST)
replies: text: Skończyłem, zostawiłem kropkę przy "k". Znalazłem też błędy w kierunku strzałek w niektórych reakcjach, poprawiłem (mam nadzieję, że jest dobrze, w razie czego piszcie), podrasowałem ją trochę żeby późniejszy artykuł wyglądał bardziej kolorowo i różnorodnie:) Karol007dyskusja 22:57, 12 wrz 2007 (CEST)
thread_title: ilustracje w tym artykule w języku angielskim do przetłumaczenia

message: dokonałem automatycznej zamiany zgodnie z opisem:
auto zamiana ang szablonow cytuj na polskie - uwaga! sprawdzac w trakcie edycji czy ok. ISSUE do wywalenia! nazwy miesiecy jeszcze spr!
jeszcze nalezy id= PMID xxxxx sprawdzac czy ma ok format! Masur juhu? 10:56, 12 paź 2007 (CEST)
* szczególnie, że w większości jest OK, a tylko w kilku coś nie bangla. Masur juhu? 10:58, 12 paź 2007 (CEST)
thread_title:  szablony cytuj 

message: Oryginał:
Michaelis-Menten kinetics relies on the law of mass action, which is derived from the assumptions of free diffusion and thermodynamically-driven random collision. However, many biochemical or cellular processes deviate significantly from these conditions, because of very high concentrations, phase-separation of the enzyme/substrate/product, or one or two-dimensional molecular movement. In these situations, a fractal Michaelis-Menten kinetics may be applied.
Koślawe (bo nie bardzo wiadomo o co chodzi) tłumaczenie przeniesione z sekcji "kinetyka":
Kinetyka Michaelisa-Menten jest podobna do prawa działania mas, które jest oparte na założeniach wolnej dyfuzji i termodynamicznie napędzaną przypadkowością zderzeń? ja bym dał "średniej energii kinetycznej cząsteczek". Jednak wiele reakcji biochemicznych lub procesów w komórce, znacznie odbiega od tych warunków, ponieważ występują w bardzo dużej koncentracji i charakteryzują się izolacją faz enzym/substrat/produkt oraz jedno- lub dwuwymiarowy ruch cząsteczek. W tej sytuacji fraktal kinetyki Michaelisa-Menten może być zastosowany.
Karol007dyskusja 00:10, 19 sty 2008 (CET)
thread_title:  Nie wiadomo o co chodzi 

message: Jako ciąg dalszy po umedalowieniu hasła Enzymy można by zająć się hasłem inhibitory enzymów, które na WP-En jest medalowe (→:en:Enzyme inhibitor). U nas jest hasło inhibitor, z którego warto inhibitory enzymów wydzielić, a poza tym spora sekcja w samym art. Enzymy (→Enzymy#Inhibicja).
Kpjas  φ 08:20, 29 sty 2008 (CET)
* taki jest plan :) Teraz wałkujemy :en:enzyme kinetics - co prawda wolno, ale to dlatego że ostatnio nam czasu nie za wiele :) Masur juhu? 08:21, 29 sty 2008 (CET)
thread_title:  Inhibitory enzymów 

message: Proszę o poprawę grafiki zamieszczonej w sekcji "Termodynamika".
Co należy poprawić:
# W opisie osi wartości funkcji jest "energia swobodna" - ma być "energia" lub "energia potencjalna" w domyśle tego co reaguje w 
# W opis "przebieg reakcji" - ma być "współrzędna reakcji" 
# Strzałki przy "energia aktywacji" powinny mieć tylko jeden grot, tylko do góry
# Jeżeli na ostatniej strzałce zostawimy strzałkę w górę w miejsce opisu "Zmiana energii swobodnej" energia wydzielona w wyniku reakcji. Energia ta nie jest równa energii swobodnej gdyż w wyniku reakcji może przykładowo zmienić się entropia.
Kolejnym problemem jest opis pod rysunkiem, nie powinien on być opisem ogólnym zjawiska a raczej tego co przedstawia rysunek.
Sformułowania typu "reakcję bardziej faworyzowaną" - sformułowania ulubione przez pseudonaukę, trzeba ich się wystrzegać.
"w normalnych warunkach nie byłaby energetycznie optymalna" - określenie "warunki normalne" ma w termodynamice ma określone znaczenie i nie pasuje do treści wypowiedzi.
"niekoniecznie wydajne energetycznie" - może prościej to ująć.
StoK (dyskusja) 11:09, 4 lis 2008 (CET)
replies: text: Poprawiłem grafikę, nie zrealizowałem jedynie punktu 2, ponieważ w polskiej literaturze najczęściej pod tym wykresem występuje "przebieg reakcji", w tym również w polskim tłumaczeniu, jednego z najlepszych podręczników biochemii Stryer and all. Co do podpisu, to faktycznie jest bardziej ogólny niż grafika, bo grafika jest schematem, który obrazuje reakcję, w wyniku której energia produktów jest mniejsza niż substratów, ale wydaje mi się, że błędu nie ma ponieważ są poczynione odnośniki do symboli z grafiki. Karol007dyskusja 18:54, 5 lis 2008 (CET)
thread_title:  Do poprawy 

message: # W haśle przyjęto metoda podawania przypisów bez ogólnej bibliografii. Minimum na końcu każdej sekcji powinien znaleźć się przypis odsyłający do źródła pozwalającego potwierdzić podane wiadomości. np. "Grupy prostetyczne", "Termodynamika", - 0 weryfikowalności, "Typy inhibicji" - 1 przypis i wcale nie na końcu sekcji.
#:nie myl braku weryfikowalności z brakiem podanego źródła. W myśl zasady WP:WER podania źródeł nie wymagają fakty ogólne i tak powszechne, że dotarcie do nich nie stanowi problemu. Faktem jest, że niektóre sekcje mogą mieć podane źródła - w tym przypadku byłby to podręcznik do biochemii, np Stryer. Zrobi się. 
#::: WP:WER: "Gdy hasło nie wzbudza większych wątpliwości, ale nie ma w nim stosownych źródeł, warto do niego dodać szablon ." Na ile procent oceniasz powszechną znajomość podręcznik biochemii? 2%, 20%? I może jeszcze ten fragment: "Podstawowym kryterium umieszczania treści w Wikipedii jest weryfikowalność. Oznacza to, że czytelnicy Wikipedii powinni mieć możliwość sprawdzenia, czy zamieszczone tu materiały zostały wcześniej opublikowane przez wiarygodne źródła." Mogę jeszcze zacytować Twoją wypowiedź. Oczekuję pełnej konsekwencji. Jak się zrobi należy osunąć szablon. 
#:::Nadal są sekcje bez jednego przypisu?Pisum
#::::A zapoznales sie z Wikipedia:Weryfikowalność#Artykuły i stwierdzenia bez źródeł. Szczegolnie - Oczywiście nie ma wymogu, aby każde stwierdzenie czy zdanie było poparte odnośnikiem do materiału źródłowego i kwestia ta podlega samodzielnej, bazującej głównie na doświadczeniu i zdrowym rozsądku ocenie twórców Wikipedii. Bo najwyrazniej wychodzi mi, ze nie. W wiekszosci sekcji zrodlem jest pierwszy z brzegu podrecnzik do biochemii. Ponadto wstawianie szablonu "zrodla" do hasla, jak nie patzrec ponad przecietnym poziomem, jest jednak przesadzone. Poczytaj bardzo dokladnie WP:WER, np. juz na poczatku masz Autorzy haseł powinni zapewnić źródła dla cytatów oraz dla wszelkich informacji, które są lub mogłyby zostać zakwestionowane.. Chyba nie sadzisz ze sa jakies podstawy zakwestionowania czegokolwiek lub jakikolwiek fakt bez przypisow moze budzic watpliwosc? Potrzebne jest pewne wywazenie, ktorego najwyrazniej nie pojales. Pewne fakty sa juz tak klasycznie podrecznikowe, ze mozna je nazwac "truizmami". Nie zapominaj tez, ze niektore pojecia sa rozwiniete w zlinkowanych haslach - stad wlasnie nie podaje sie do nich zrodel tutaj.
# Zgodnie z zaleceniami edycyjnymi należy wstawić myślniki zamiast znaku minus.
#:niestety większość z nas nie ma tego znaku na klawiaturze. Używanie - zamiast pauzy (bo chyba pauzę masz na myśli? a może półpauzę?), miast minusa jest powszechnie stosowanym zabiegiem. Nie zmienia ono niczego, poza tym, że tekst będzie spełniał standardy typografii. Śmiało poprawiaj.
#::Właśnie o standardach pisałem. Wstawiłem myślniki (półpauzy). Pisum
# Ujednolicić formę; zdanie: "fermentacja alkoholowa jest procesem powiązanym z życiem i organizacją komórek drożdżowych, a nie ze śmiercią czy rozkładem komórek" jest chyba cytatem i częściowo jest napisane kursywą. Cytaty kursywą lub bez niej w całości hasła.
#:racją powinno być ujednolicone. Tutaj komórki wypadły poza kursywę, powinny być w niej. Jakbyś czytając poprawiał takie drobnostki na pewno by to wiele pomogło. Powinny być wszystkie cytaty kursywą. 
#::Jeszcze nie przeczytałem całości. Przeczytałem wstęp, resztę przejrzałem. W zaleceniach większości czasopism biologicznych jest stosowanie kursywy jedynie do słów łacińskich np. in vivo i nazw gatunków. Nie są to zalecenia wiki ale rozsądne podejście w dla haseł biologicznych.
#:::Zgadza sie. Niestety nie jestem zawodowym redaktorem-korektorem, pewnie jak wiekszsoc wikipedystow. Ale jak mowie - sa bledy kardynalne i drobnostki redakcyjne. Jak bedziesz zmieniac cos na wlasciwa forme sam, nie sadze zeby to komus przeszkadzalo, a napwno zostanie docenione. Oczywiscie nie mowie tu o zmianie calych akapitow, zmianie sensu, zmudnych poprawkach bledu, ktory jest powtorzony 100x (np formatowanie szablonu), ale wszelkie inne najlepiej poprawiac w trakcie czytania.
# "siłę życiową" - to jest cytat czy link do terminu?
#:przeredagowano, żeby było ściślej. Zachęcam do zaglądania do bibliografii i szlifowanie takich drobnostek (bo de facto to drobnostka nie zmieniająca sensu i wymowy) samemu.
# Stosowanie czcionki pogrubionej w większości miejsc jest jedynie informacją o temperamencie autora. Hasło jest o enzymach czy to słowo trzeba eksponować? Czy trzeba eksponować terminu posiadające linki wewnętrzne. Pstrokacizna utrudnia czytanie a hasło wygląda jak książka z biblioteki pozakreślana przez kilku czytelników (czyt. zniszczona). Raz kursywa raz pogrubienie, a słowo na niebiesko i tak się wyróżnią.
#: św. racja. I ponownie - takie redakcyjne drobnostki warto poprawiać samemu w trakcie czytania. Zasadniczo ideą było pogrubianie terminów, które nie są linkami a są niezwykle istotne dla treści. Faktem jest, że linków nie powinno się pogrubiać.
#::Jest tego jeszcze trochę. W jakim celu pogrubienie (i chyba kursywa) jest zastosowana w tym zdaniu: "Tak jak wszystkie katalizatory: enzymy nie zmieniają stanu równowagi reakcji chemicznej, a jedynie przyspieszają jego ustalenie." To ma być encyklopedia nie podręcznik. Zbędne moralizatorstwo. I dlaczego w zdaniu jest : ?
# kompleksy żelazo-siarkowe może to jest o tym centrum żelazowo-siarkowe?
#:o o to, jak je tłumaczyliśmy termin nie był jeszcze opisany. Pojawił się jak już "zamykaliśmy" tłumaczenie. Poprawiono.
#::Dlatego pytam.
# Zdanie: "Praktycznie wszystkie przemiany chemiczne związane z funkcjonowaniem organizmów żywych (a także wirusów i podobnych) wymagają współudziału enzymów, by zapewnić wystarczającą wydajność reakcji." Nie wiemy co to są te podobne? Zdanie nie zawiera prawdy popartej praktyką (czyli opublikowanymi wynikami doświadczeń). Można to łatwo sprawdzić wpisując w bazach danych artykułów naukowych reakcja nieenzymatyczna. Potwierdzono ich istnienie praktycznie.
#:wirusy poprawiono (wystarczy skreslic i podobnych). A co do tego, ze reakcje nieenzymatyczne maja udzial w procesach zyciowych - to prawda. Stad napisano "praktycznie wszystkie", zamiast wszystkie. Moze byc tez, "niemalze wszystkie"? Piszac "praktycznie" podkresla sie, ze de facto sa one wiekszosciowe (r-cje enzymatyczne), a udzial r-cji nieenzymatycznych mozna praktycznie zaniedbac. Tak jak praktycznie zaniedbuje sie efekty kwantowe w mechnice klasycznej (mozna je uwzgledniac, ale po co? maja maly wplyw na rozpatrywane zagadnieniaa dla skali makro - albo praktycznie zaniedbuje sie opor podczas rozwania spadku swobodnego). Sadzisz ze to bledne mniemanie, wymagajace powolywania sie na zrodla cz raczej logiczny wniosek albo po prostu powszechnie uznawany fakt/skrot myslowy?
#::Tłumaczenie zbędne. Ja rozumiem język potoczny. Nie wypada tak pisać. "Almost all" to może być prawie wszystkie, niemal wszystkie, ale nie praktycznie wszystkie. 
#:::Racja mocium panie.
#::::Szanowny Konwersarzu skoro już nawiązujesz do "Zemsty", a wypowiedzi w punkcie 1 przestają być rzeczowe. Jednostronnie powstrzymam się od dalszych uwag przez tydzień. Mam nadzieję, że przez ten czas emocje opadną. "Swego gniewu zwalcz ostatki" --Pi
# "Enzymy, z racji tego, że są wysoce specyficzne wobec substratów i katalizują zaledwie kilka reakcji spośród wielu możliwych, określają procesy metaboliczne i biochemiczne związane z funkcjonowaniem organizmów żywych." - sens niejasny. Co to znaczy że enzymu określają procesy? Enzymy katalizują zaledwie kilka reakcji? Chyba jeden enzym?
#:serio to jest niejasne? Ok, przeredegowano. Treaz powinno byc ok. Jak nie jest moge zalozyc brak woli zrozumienia czytajacego. 
#::Serio. Nawet, bez złej woli, sprawdziłem czy ktokolwiek stosuje taki związek frazeologiczny:). W wersji ang jest słowo "determinują" (za słownikiem języka polskiego determinować - wpływać na coś w decydujący sposób). Określają to raczej bardzo daleki synonim.
#:::św. racja. szkoda, ze nie bylo cie jak glosowalismy haslo - niezgrabnosci redakcyjne, takie ktore nie wypaczaja zbytnio sensu, a sa tylko niezgrabnosciami, to niestety bolaczka wielu hasel - wszak nikt z nas nie jest zawodowym redaktorem, jak wspominalem.
# Z hasła dowiadujemy się, że aktywność enzymów zależy od siły jonowej. Czy jest szansa na rozwinięcie wątku?
#:ten, jak i wiele innych faktów, mogłoby być uszczegółowione, ale wtedy treść zdecydowanie wykroczyłaby poza ramy hasła z encyklopedii. Najważniejsze czynniki czyli pH i temperatura zostały omówione szerzej, reszta to szczegóły, których rozwinięcie nie jest istotne dla całości. 
#::Może kiedyś?
# "jaki przeprowadzają, jak np. gyraza DNA (właściwie topoizomeraza II)" - dyskusja w samym haśle jest niewskazana.
#:aha, mozna zrobic link - zgadza sie.
#::Język potoczny. Czyż nie?
# "Część enzymów jest natomiast bardziej znana pod skrótami pochodzącymi od ich pełnych nazw, jak RuBisCO (właściwie karboksylaza oksygenaza rybulozo-1,5-bisfosforanu, w ang. ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase)" sugestia, że stosowanie skrótów jest niewłaściwe to dalekoidąca przesada.
#: to raczej miało być "właściwie" nie z pktu widzenia poprawności tylko raczej "ściślej", "pełna nazwa". Ale racja, poprawiono.
#::Chyba jednak nie "ściślej". Skrót to skrót musi mieć jakieś rozwinięcie.
# Na koniec definicja: "Enzymy – wielkocząsteczkowe, w większości białkowe[1] biokatalizatory przyspieszające specyficzne reakcje chemiczne wskutek obniżenia ich energii aktywacji" W zasadzie za IUPAC, tam jest jednak "(bio)catalysts" użycie bio w nawiasie powoduje że można definicję rozumieć też prościej enzymy to katalizatory. Po kliknięciu na link biokatalizatory na pewno nie dowiemy się tego. W trzecim akapicie już czytelnik powinien skończyć podstawowy kurs biochemii i za oczywiste podaje mu się: "Jak wszystkie katalizatory, enzymy obniżają energię aktywacji"
#:Hehe, jak pisalismy haslo (bio) nie bylo w nawiasie. Last update: 2008-10-07; - wychodzi na to, ze IUPAC pisze o enzymach jako (bio)katalizatorach poniewaz moga byc katalizatorami organizmow zywych (upraszczam) - bio, ale takze poza nimi/lub byc pochodzenia biotechnologicznego (proszki do prania) wtedy sa katalizatorami. Obecna definicja na naszej wiki jest jednak poprawna, w pelni zrozumiala i jednoznaczna oraz moim zdaniem dopelnia sie z bardziej ogolnym haslem biokatalizatory (czyli katalizatory pochodzenia zywego - znowu upraszczam). Co do obnizania energii aktywacji, to dla czytelnikow dla ktorych podstawy chemii fizycznej nie sa oczywiste, dodajemy zrodlo - podrecznik biochemii. Masur juhu? 17:08, 18 sty 2009 (CET)
#:: No cóż. Przykro mi, że na IUPAC poprawili. Tak jak jest teraz u nich jest lepiej. Przyznasz że cytowanie podręcznika w jednym miejscu i oczywistości w i innych to brak konsekwencji? Skoro jest napisane "Jak wszystkie katalizatory" to chwiałbym wiedzie czy komuś z liceum lub gimnazjum podano gdzieś, że enzymy to katalizatory. Chyba, że to jest kwestionowane i tytuły rozdziałów z podręczników biochemii wprowadzają w błąd.
# To zdanie to też język potoczny: "Enzymy różnią się od zwykłych katalizatorów, przejawiając znacznie większą specyficzność substratową."
#:proponujesz jakis zgrabniejszy jezyk?
# Skoro byłeś uprzejmy polecać mi hasło enzymy już dwukrotnie, wybacz, że czytając będę zamieszczał pewne uwagi.
Cd
# Na ilustracji "Krzywa wysycenia" warto dodać literę do słowa Szybkść. To chyba dość skomplikowany zabieg.
#:O literowka. Nie to prosciutkie bo to wektor. Zrobi sie za momenty dwa.
# Zdanie: "Alfa-amylaza katalizuje reakcję rozpadu skrobi na cukry proste" - czyżby maltoza była cukrem prostym? EC 3.2.1.1?
#: lepiej "krótsze"? fakt, cukier prosty to termin precyzyjny, inaczej monocukier.
#"Katalityczne przyspieszenie rozkładu skrobi z mąki na cukry." - tak jakby skrobia nie była cukrem - to do weryfikacji. --Pisum (dyskusja) 19:21, 18 sty 2009 (CET)
#:Do redakcji. Wiadomo o co chodzi, zastosowano tylko batdzo niepoprawny "skrot" myslowy. Ale zdanie to nie wymaga zrodel, ani nic - po prostu zle uzylem slowa "cukier prosty", majac na mysli prostote jako brak zlozonosci, a nie myslac ze chemicznie to precyzyjne okreslenie monocukrow. Dzieki za uwagi. Szczegolnie, ze wiekszosc z nich to wlasnie to co bywa najslabsze - redakcja, jezyk, precyzyjne sformulowania Masur juhu? 07:38, 20 sty 2009 (CET)
----
Ad: Skoro byłeś uprzejmy polecać mi hasło enzymy już dwukrotnie, wybacz, że czytając będę zamieszczał pewne uwagi. - smiało jednak proszę o elementarne zasady przejrzystości:
*zachowaj numerowanie ww. listy; pozwala to na porzadne uwzglednienie wszystkich uwag; obecnie ja popsules; popraw ja prosze, bo inaczej twoje uwagi gina w gaszczu formatowania
replies: text: Wybacz. Nie jestem zbyt biegły w sprawach technicznych.
*drobne niescislosci niewiazace sie z sensem tekstu, zmiana danych poprawiaj samemu; autorom zostaw do poprawy te, ktore wiaza sie z bezposrednio z trescia merytoryczna; takze jezyk potoczny mozesz poprawiac na naukowy, jesli sadzisz ze tak jest lepiej; pamietaj jednak ze haslo na wiki to balans miedzy sztywnym jezykiem nauki, a przystepnoscia tekstu.

text: Mylisz język literacki z terminologią naukową. Jęzkiem potoczny to język mówiony często mało precyzyjny. Język literacki to ten którego używa się pisząc. Terminologii naukowej dajmy na razie spokój.
*mylisz brak zrodel z brakiem weryfikowalnosci; ale zgadzam sie - jesli gdzies uwazasz, ze powinny znalezc sie zrodla (mimo ze dla wiekszosci tez ogolnych sa one zbedne) zaznacz ten fragment szablonem

text: Wstawiłem szablon źródła a nie do weryfikacji. Coś musiałeś pomylić. Źródła powinny być wg Twojej koncepcji. Po prostu oczekuję od Ciebie wzoru idealnie uźródłowionego. Jeśli nie ma bibliografii dane źródeł powinny być przynajmniej przy końcu każdej sekcji. Jeszcze tak nie jest.
*nie stosuj szablonow  w dyskusji - miesza to w kategoriach

text: Już wstawiam do hasła. Mogłeś sam przenieść.--Pisum (dyskusja) 21:13, 19 sty 2009 (CET)
Masur juhu? 22:54, 18 sty 2009 (CET)
----
#Dobrze by było uniknąć potocznego określenia "w ciągu sekundy". Ciąg sekundy to ani jednostka ani ilość. W jednej sekundzie, w sekundę, na sekundę, na jedną sekundę -  zawiera pełną informację bez maniery słownej.
#:Jakbys mogl takie drobnostki saemu walic. To sie serio najwygodniej robi podczas czytania. Postaram sie oczywiscie przejzrec tekst pod tym katem.Masur juhu? 19:41, 29 sty 2009 (CET)
#Zdanie: "Przykładowo chymotrypsyna, proteolityczny enzym trawienny, produkowany w trzustce w formie nieaktywnej, jako chymotrypsynogen, jest transportowany w tej formie do żołądka. " jest zgodne z wersją en, jednak wymaga podania źródła. Nie jest oczywiste, a wręcz wygląda na szkolny błąd.--Pisum (dyskusja) 19:38, 29 sty 2009 (CET)
#:zaraz sie tym zajme. Masur juhu? 19:41, 29 sty 2009 (CET) no pewnie, ma byc dwunastnica. Szkolny blad jak mowisz. Masur juhu? 19:55, 29 sty 2009 (CET)
thread_title: Do redakcji

message: "Rozmiar tej strony przekracza 108 kilobajtów. Być może warto by było podzielić artykuł na mniejsze, bardziej szczegółowe artykuły." Czy na ten napis ktoś zwraca uwagę? Jako czytelnik chciałbym delikatnie zasugerować podział artykułu. Np.: Kinetyka enzymatyczna wydaje mi się dobrze pasować do przeniesienia. Marek M (dyskusja) 00:23, 20 lis 2010 (CET)
thread_title:  Rozmiar 

message: W Inhibicja NIekompetencyjna: "zmienia Vmax przy stałej Km", to nie jest przypadkiem niemożliwe skoro definiujemy Km jako C sustratu dla którego osiągamy 1/2 Vmax przy stałym stężeniu enzymu? Pytam, bo w Stryerze którego mam w domu nie ma słowa o takiej zależności (przynajmniej pod samym hasłem inhibicja niekompetencyjna)
thread_title:  Pytanie o Inhibicję niekompetencyjną