Overleg:Gene Ontology

message: Wie leest: "De Gene Ontology of GO is een belangrijke ontologie binnen de bio-informatica. De bedoeling is om de eigenschappen van genen en hun producten hiermee duidelijk en eenduidig voor te stellen over alle soorten heen." heeft onmiddellijk door dat dit een vertaling is. De oorspronkelijke zin luidt: "The Gene Ontology, or GO, is a major bioinformatics initiative to unify the representation of gene and gene product attributes across all species."
Die tweede zin is begrijpelijk, de eerste zin stuurt de lezer op genadeloze wijze het bos in. Ik kon er geen touw aan vastknopen. Ik heb weinig tijd maar ik geef een aanzet tot verbetering:
"De Gene Ontology of GO is een speerpuntproject ["belangrijk initiatief" is ook correct en begrijpelijk] in de bio-informatica. Het doel ervan is om een standaard te ontwikkelen voor het weergeven van de eigenschappen van genen en gen-producten, onafhankelijk van de soort waaruit het gen is genomen."
In elk geval moet het woord "ontologie" eruit. Dat is een herhaling van de titel van het lemma, geen Nederlands, en legt niks uit. En "voorstellen" heeft in het Nederlands zo'n afwijkende betekenis van "to represent" dat het hier een bron van misverstanden vormt. "Weergeven" of eventueel "representeren" dekken het begrip beter.
Mijn tijd is op. Wie kopt dit verder in? - Wikiklaas 26 mei 2010 16:08 (CEST)
replies: text: Ik heb wat proberen te doen aan je opmerkingen, maar ik - als oorspronkelijke auteur - ga eigenlijk niet helemaal akkoord met je visie hierop. Dat het vertaald is, oké, maar de inhoud van de eerste zinnen lijkt me redelijk duidelijk. "Ontologie" zit inderdaad al in de naam vervat, maar achter de interne link wordt duidelijk wat dat precies is. Daar dienen die dingen voor. Het omschrijven als "speerpuntproject" of "initiatief" doet afbreuk aan wat het is. De eerste zin moet zeggen wat iets is. Het is een ontologie binnen de bio-informatica. Al de rest is vager. Ontologie is overigens maar al te goed Nederlands, het is wel vakjargon. "Voorstellen" en "weergeven" is ook al zoiets: het verschil is mij geenszins duidelijk. Ze zijn even duidelijk of vaag, denk ik. Maar ontologie eruit? Nee, dan leg je het begrip al helemaal niet meer uit. De interne link legt uit wat een ontologie is en daarmee is de eerste zin klaar en duidelijk. Uitleggen wat een ontologie is, is dubbelop: dat heeft een eigen artikel. --MichielDumon 26 mei 2010 16:39 (CEST)
replies: text: :Mooi dat je zo snel iets met mijn opmerking hebt gedaan. Mijn bedoeling was inderdaad dat de eerste zin van het artikel zo zou luiden dat-ie "zegt wat het is" maar dan wel op een manier dat behalve de schrijver ook andere mensen het begrijpen. Jij zegt dat "het je redelijk duidelijk lijkt" maar ik zou dit kopje nooit aangemaakt hebben als het mij duidelijk was geweest. En toen het me wèl duidelijk werd na het lezen van de oorspronkelijke Engelse zin, stond voor mij vast dat er iets mis moest zijn met die Nederlandse zin. Nou ben ik niet de beroerdste, dus het leek me handig dat even te melden zodat we wellicht konden proberen die zin te verbeteren. En omdat ik nog niet tevreden ben, doe ik nog eens een poging.

text: :Je zegt dat het woord "initiatief" afbreuk doet aan wat het begrip is maar dat is wèl het woord dat in de Engelse tekst staat. Maar "project" mag wat mij betreft ook. Ik denk juist dat het woord "ontologie" op die plek afbreuk doet aan de zin. In de eerste plaats omdat het niet zo mag zijn dat iemand bij een woord in de inleidende zin al moet doorklikken naar een andere pagina om de zin te kunnen begrijpen. In de tweede plaats omdat vrijwel alle lezers bij het woord "project" of "initiatief" een beeld krijgen, en bij het woord "ontologie" krijgt bijna niemand dat. Dan stuur je de lezer dus het bos in. Als je verderop in de tekst over het begrip ontologie wilt uitweiden, dan is dat natuurlijk prima, daar is zo'n artikel voor. De oplossing die ik nu voorstel is om het woord "Ontology" dan maar te linken aan het artikel "Ontologie".

text: :Even terug naar de Engelse zin. Daaruit wordt duidelijk dat het doel van het project is om iets te standaardiseren (to unify). Wat wordt er gestandaardiseerd? De weergave (the representation). De weergave waarvan? Van de eigenschappen van genen etc. Het lijkt me handig als dat dan in de Nederlandse zin ook zo staat.

text: :Ik had ervoor gekozen om "gen-producten" te schrijven in plaats van "hun producten" omdat "hun" in mijn zin ook op andere dingen kan slaan dan op genen (namelijk op eigenschappen). Om die zelfde reden heb ik "genen en gen-producten" zover mogelijk achterin de zin geplaatst, zodat van de bijzin snel duidelijk wordt waar die bij hoort. Ik kon helaas geen elegantere manier bedenken om "across all species" te vertalen. Bij standaardiseren hoeft in dit geval eigenlijk geen bijwoord of bijvoeglijke bepaling. Dingen op een eenduidige manier standaardiseren is een tautologie: "eenduidig" ligt al in "standaard" opgesloten. Als je wilt kun je er natuurlijk van maken "het op een duidelijke manier standaardiseren" maar nodig is dat niet.

text: :Nu ik er wat langer de tijd voor heb genomen zou ik schrijven: "De Gene Ontology of GO is een belangrijk project in de bio-informatica. Het doel ervan is het standaardiseren van de weergave van de eigenschappen van genen en gen-producten, onafhankelijk van de soort waaruit die komen."

text: :Ik hoop dat je hier wat aan hebt om je lezers een heldere inleiding voor te kunnen schotelen. - Wikiklaas 27 mei 2010 18:46 (CEST)
replies: text: ::Ik vind het prima dat je constructieve mededelingen doet hoor, laat daar geen twijfel over bestaan. Ik ben evenmin de beroerdste :-). Ik heb nog even je voorstellen onder de loep genomen en er wat aan gedaan, maar aan die eerste zin durf ik toch niet tornen, zeker niet op de manier waarop je het voorstelt. GO als een "project" omschrijven is erg vaag. Het is simpelweg een ontologie, niet veel meer en zeker niet minder. Wikipedia is ook een "project". Vergelijk het bv. met - een fictief voorbeeld - Brouwerij Michiel&Klaas. Dan zou je ook zeggen Brouwerij Michiel&Klaas is een bierbrouwerij of zo. De naam van het ding zegt inderdaad al wel wat het is, maar ik vind dat toch beter dan iets vaags te gaan zeggen. Initiatief, tja... Het is een ontologie, punt. Wat dat is, vereist inderdaad al achtergrondkennis, die achter de interne link steekt.

text: ::Nu deel ik wel je mening dat doorklikken bij de eerste zin wat vervelend is, maar vaag zijn levert evenmin iets op, dan stuur je de lezer net zo goed het bos in. Het is een project binnen de bio-informatica. Oké, maar dat geldt net zo goed voor pakweg Genbank, Ensembl, PDB, BLAST en Swissprot. Waarin steekt het verschil? Dat het een ontologie is... Mja, sorry, duidelijker dan dat kan het volgens mij niet, al is het inderdaad niet zo elegant. Maar de eerste zin moet voor mij in de eerste plaats een goede definitie zijn, geen vage omschrijving dat ook op andere artikelen zou kunnen slaan. Ik hoop dat je ook begrip hebt voor dit standpunt. Als er ergens een weg tussenin is, dan wil ik die graag uitwerken, dat spreekt voor zich! --MichielDumon 27 mei 2010 20:48 (CEST)
replies: text: :::Michiel, het is vooral jouw artikel want jij hebt er het meeste aan gedaan. Ik kwam het toevallig tegen omdat ik zelf per ongeluk een paar keer het woord synonym had gebruikt (in de Engelse spelling dus) maar niet meer wist waar, en mijn zoekactie naar synonym leverde ook jouw artikel op. En ik begreep de inleiding niet, dus wilde ik je dat zeggen. Nou heb ik onlangs zelf het artikel autoniem geschreven, ook nogal voer voor specialisten, en daarop kreeg ik toen van Kleuske het commentaar dat die er weinig van begreep. Mijn argumenten van toen gelden eigenlijk ook voor jou: 1) iemand zonder voorkennis komt niet zo snel op deze pagina, en 2) je kunt wikipedia niet zo simpel maken dat iedere leek alles kan begrijpen. Ik vond het leuk om even met je aan jouw inleiding te werken en vind het prettig dat je mijn opmerkingen serieus neemt. Maar het is niet mijn vakgebied en je moet je artikel schrijven zoals jij denkt dat het goed is. Ik kom je vast wel weer bij een ander artikel tegen. Tot dan! - Wikiklaas 27 mei 2010 23:43 (CEST)
replies: text: ::::"Mijn" artikel is veel gezegd. Wikipedia's sterkte is net dat iedereen elk artikel kan verbeteren. Ik snap wel dat Kleuske daar commentaar op heeft, ik geef die ook soms. Sommige artikels zijn zo onduidelijk... Daarom dat ik het heel belangrijk vind om (a) niet te vaag te zijn, (b) goed te linken zodat het met enkele klikjes wél duidelijk wordt. Het kan inderdaad niet voor iedereen simpel zijn, al draag ik dat zelf ook hoog in het vaandel (zie mijn wikimening op mijn gebruikerspagina) en pas ik aan waar ik dat kan. Dinosauruslemma's krijgen bv. mijn aandacht tegenwoordig, daar worden soort en geslacht in biologie nogal slordig dooreen gegooid. Goed bedoeld, maar niet voor iedereen duidelijk. M'n artikel is zeker niet bedoeld voor mensen met veel voorkennis, maar om GO uit te leggen, is kennis over ontologieën gewoon nodig. Over auto's spreken vereist ook minimale technische kennis. Over dino's schrijven vereist ook wat biologische kennis. De drempel wil ik zeker zo laag mogelijk houden, maar er is er altijd wel eentje. Helaas.Tot een volgende ontmoeting, het was me een waar genoegen! --MichielDumon 27 mei 2010 23:55 (CEST)
thread_title:  Inleidende zin 

message: Hallo medebewerkers,
Ik heb zojuist 1 externe link(s) gewijzigd op Gene Ontology. Neem even een moment om mijn bewerking te beoordelen. Als u nog vragen heeft of u de bot bepaalde links of pagina's wilt laten negeren, raadpleeg dan deze eenvoudige FaQ voor meer informatie. Ik heb de volgende wijzigingen aangebracht:
*Archief https://web.archive.org/web/20091126060344/http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=evidence_code toegevoegd aan http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=evidence_code
Zie de FAQ voor problemen met de bot of met het oplossen van URLs.
Groet.—InternetArchiveBot (Fouten melden) 5 sep 2017 22:56 (CEST)
thread_title:  Externe links aangepast 

message: Hallo medebewerkers,
Ik heb zojuist 3 externe link(s) gewijzigd op Gene Ontology. Neem even een moment om mijn bewerking te beoordelen. Als u nog vragen heeft of u de bot bepaalde links of pagina's wilt laten negeren, raadpleeg dan deze eenvoudige FaQ voor meer informatie. Ik heb de volgende wijzigingen aangebracht:
*Archief https://web.archive.org/web/20121105170023/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-details.cgi?gp=UniProtKB:P68032 toegevoegd aan http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-details.cgi?gp=UniProtKB:P68032
*Archief https://web.archive.org/web/20121105170057/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term-details.cgi?term=GO:0060047 toegevoegd aan http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term-details.cgi?term=GO:0060047
*Archief https://web.archive.org/web/20121105170204/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-assoc.cgi?gp=UniProtKB:P68032 toegevoegd aan http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-assoc.cgi?gp=UniProtKB:P68032
Zie de FAQ voor problemen met de bot of met het oplossen van URLs.
Groet.—InternetArchiveBot (Fouten melden) 16 apr 2019 01:01 (CEST)
thread_title:  Externe links aangepast 

message: Hallo medebewerkers,
Ik heb zojuist 2 externe link(s) gewijzigd op Gene Ontology. Neem even een moment om mijn bewerking te beoordelen. Als u nog vragen heeft of u de bot bepaalde links of pagina's wilt laten negeren, raadpleeg dan deze eenvoudige FaQ voor meer informatie. Ik heb de volgende wijzigingen aangebracht:
*Archief https://web.archive.org/web/20140625070643/http://geneontology.org/GO.indices.shtml toegevoegd aan http://www.geneontology.org/GO.indices.shtml
*Archief https://web.archive.org/web/20100322202832/http://www.geneontology.org/GO.current.annotations.shtml toegevoegd aan http://www.geneontology.org/GO.current.annotations.shtml
Zie de FAQ voor problemen met de bot of met het oplossen van URLs.
Groet.—InternetArchiveBot (Fouten melden) 1 mei 2019 05:26 (CEST)
thread_title:  Externe links aangepast