ノート:酵素/秀逸な記事ログ20070319

message: どうもこんにちは。snty-tact (Talk)です。出過ぎた事をしちゃったかもしれないのですが、この記事、酵素を秀逸な記事の選考へ提出してきました。それにあたって、snty-tact (Talk)はこの記事についての査読やコメントをお願いしたいと思います。私も出来る所があれば直していきます。どうぞよろしくお願い致します。--snty-tact (Talk) 2006年12月19日 (火) 01:47 (UTC)
thread_title:  秀逸候補に 

message: 冒頭の分をもっと軽くしませんか？ここへ反応特異性に実例が入るなどすれば、素人の読み手は面食らうと思います。一旦は簡単な説明を付けて、あらためて定義的説明をやや詳しくやるのが筋ではないでしょうか。
私の行いました＞生物は生きるために（以下略）＜の文章の追加は、そういう意味で付け加えたつもりですが、こんな中程に入ってはその意味がありません。もちろん、こんな文章はいらないという判断もありましょうが、私は今のままでは分野外の人間には読めないと思います。--Ｋｓ 2007年1月10日 (水) 12:27 (UTC)
replies: text: 読みやすさが重要という趣旨は同意します。ただし定義部分に関しては方便は少ないことが望まれます。「生体内の化学反応（代謝）を進行させる」とありますが「生体内の化学反応」や「代謝」ということばが引っかかります。酵素は生体が作る物質ですが、酵母がでんぷんを消化する場合は「生体内なの?」(もちろん酵母は細胞外に酵素を分泌しています)とか、消化作用って「代謝なの?」ということになります。したがって、「生体内の化学反応（代謝）を進行させる…」は状況を設定下上の説明文であり定義文ではないと判断しました。あら金 2007年1月10日 (水) 13:19 (UTC)
replies: text: :御指摘の点はごもっともです。しかし、定義ではないと判断するのも手ですが、正しい形になおすのもまたやり方です。良いと思う方向に修正して下さると有り難いですね。いずれにせよ、大まかかつ簡単な表現のみを冒頭に置き、その後へやや詳しく定義する項を設けてはどうかと思うのですよ。私の文が正しいと思っているわけではありませんが、叩き台としてはどうでしょう？--Ｋｓ 2007年1月10日 (水) 14:22 (UTC)
replies: text: ::本文はてこ入れしましたのでコメントをいただければと考えます。あら金 2007年1月10日 (水) 14:28 (UTC)

text: :いや、だから、冒頭へ詳細を付け加えると、頭でっかちになりませんか？そういうのは後ろの方で充実させるのが筋では？--Ｋｓ 2007年1月10日 (水) 14:39 (UTC)
replies: text: ::送っちゃいましたが、改めていうと、この項、後ろの方の各項目が、意外に詳しくないんですよね。だから、まだ書き足すことありそうな気がします。にもかかわらず、それと同程度に前の方に各項目の内容の触りが出て来てしまうのはどうかと思うんですよ。--Ｋｓ 2007年1月10日 (水) 14:42 (UTC)

text: ::冒頭部のサイズに関していえば秀逸な記事避妊、ショウジョウバエと同程度と考えています。(切ってみましたけどね)。スタイルの問題としては「前の方に各項目の内容の触りが出て来てしまうのはどうかと思うんですよ」については「くどい」と考えられていると想像しますが、これだけ長いとつまみ食いをして読むと考えます。なので「全て読み返さないと節の内容が全て理解できない」ということが無いようにしたいと考えます。節単位で概念がまとまるように重複させています。（というのが私のスタイルですね、なので冒頭部は全体のサマリーになります）あら金 2007年1月10日 (水) 23:56 (UTC)
thread_title:  編集の方針について 

message: （コメント）冒頭を読みまして、幾つか気になる箇所がありましたので列挙しておきます。 
冒頭文
replies: text: (1)化学反応は、生体が能動的に「執り行う」ものではない。

text: (2)「基質選択性」は後述される「基質特異性」と同義か。

text: (3)「副反応」は一般には予防接種による望まざる効果を指す。反応選択性の定義づけで用いるのは不適切ではないか。 
酵素の役割

text: (4)代謝の何たるかを宣言しておく為にも、「生物は生きるために～」が最初に来た方が親切ではないか。

text: (5)例示の酵素はALDHで良いのか。ALDHの基質がそもそもアルデヒドなので、酸化後にカルボン酸のみを生じる事は半ば自明。これで第一級アルコールの酸化反応全体に関する選択性を論じるには無理がある（気がする）。

text: (6)「補因子」の説明がおかしい。「補因子 ⊇ 金属、補酵素、補欠分子族、…」ではないか。
replies: text: :2007年1月11日 (木) 02:59 (履歴) (差分) Wikipedia:秀逸な記事の選考/酵素より複写、および番号付与はあら金

text: 以下はコメントに対する回答です。

text: (1)への回答

text: *:全ての生命現象は化学反応に帰着します。したがって生化学反応(=生物の化学反応)は生体が合目的すなわち能動的に引き起こしている現象です。この文の主語は化学反応ではなく生体なので指摘のような問題は無いと考えます。

text: (2)への回答

text: *御意のごとく、「基質特異性」が生化学用語として正解です。

text: (3)への回答

text: *Wiki記事の{[副反応]]は医学用語について書かれており、生化学の用語とは定義がことなります。故に酵素ではなく副反応に加筆されるべきです。

text: (4)への回答

text: *「代謝の何たるかを宣言する」のは記事代謝でなすべきことと考えます。まず「代謝は酵素によって行われます」が、「酵素は代謝(にだけ)利用される」わけではありません。逆論理は真ではないので酵素の説明の前提として代謝をもって来る必然性がありません。他の成書の定義例を引用しておきます。

text: 「生物の細胞内でつくられるタンパク質性の触媒の総称。」平凡社、世界大百科事典

text: 「生体内反応の触媒で，その本体はタンパク質である．一般の触媒にくらべ特異性がいちじるしく，触媒効率はきわめて高い．特異性には基質特異性と反応特異性とがある」岩波書店、理化学辞典

text: (5)への回答

text: *御意のごとく、アルコールデヒドロゲナーゼの間違いです。

text: (6)への回答

text: *補因子、補酵素、補欠分子族の定義は成書「新生化学ガイドブック」、南江堂p82より出典しています。

text: つまり「補欠分子族⊃補酵素（補欠分子族が有機化合物の場合、補因子（前述以外の場合）」

text: 補酵素の有機反応機構・代謝も同様な説明になっています。
replies: text: :あちらに併せて書いてしまい失礼しました。移動の上、回答頂きましてありがとうございます。

text: :*（1）：個人的には化学反応は「起こる」ものであり、これを「行う」事ができる主体など存在しないと考えています。特に生体は、お答え頂きましたように化学反応の集合である生命現象に維持されているものであり、いわば化学反応の上位の概念です。この生体が自身の構成要素である（下層である）化学反応に対して目的を汲み取ったり、自身の能動性の範疇にあると考える事には違和感があります。このへんは宗教の違いみたいなものなのでしょうが…。

text: :*（3）：すいません、副反応の方は読んでいませんでした。目的以外の化学反応としての「副反応」も用例として存在する事は知っていましたが、正規の用語としては医学のみだと思っていたので伺いました。資料が見つかればあちらに加筆したいと思います。

text: :*（4）：確かに酵素は代謝のみを担当するものではありませんが、「酵素の役割」の第1節は代謝制御における酵素の意義を論じる流れなので、「生物は生きるために～」を下に置いておくよりは、最初に触れておいた方が分かりやすいのではないかという意図でした。該当部分を削った現在の構成でも良いと思います。

text: :*（6）：ちょっと混乱してきたので表にまとめます（順序や表現は各資料に従います）。
 【1】私の理解
補因子   	金属（アポ酵素とイオン結合）
補因子   	補酵素（金属以外、アポ酵素と弱い結合）
補因子   	補欠分子族（金属以外、アポ酵素と共有結合）
補因子   	（他にもあるかも）

text: 【2】今の酵素の本文
補欠分子族     	補因子（＝金属）
補欠分子族     	補酵素（金属以外の低分子）
 【3】回答頂いた文章
補欠分子族     	補酵素（有機化合物）
補欠分子族     	補因子（有機化合物以外）
 【4】化学同人のPDF
補因子   	金属イオン
補因子   	有機分子（＝補酵素）
replies: text: :【2】と【3】に矛盾はありませんが、【4】を読むに、アポ酵素以外の要素の総称はやはり補因子なのではないでしょうか。- NEON 2007年1月13日 (土) 10:33 (UTC)
replies: text: ::（6）は私の資料が古いので、最新の生物学辞典で確認するとはっきりすると考えます。(図書館が使えないのでどなたか確認していただけると助かります。理化学辞典では「補因子」が全文検索でもNo Hitなもので)あら金 2007年1月13日 (土) 13:51 (UTC)

text: :: 岩波書店『理化学辞典』と朝倉書店『微生物学・分子細胞生物学辞典』とをベースに本文を改定しました。最近では「補因子」という用語が(生物学辞典等)でも使用されないので、説明は書きましたが見出しから格下げしました。あら金 2007年1月21日 (日) 01:12 (UTC)
replies: text: :::横から失礼します。この章の文章を推敲しようとして気付いたのですが、まだ「補欠分子族または補酵素のいずれかに分類される」という意味の記述が何箇所か残っていて、ちぐはぐになっています。このノートを拝見したところ、文献によって用語の定義が違うのかもしれませんが、この記事では「補酵素は補欠分子族の一種」という意味の記述に書き換えて統一しても良いのでしょうか？--Coleus補因子となります。 2007年2月8日 (木) 07:35 (UTC)

text: 原義は、同一概念から派生していないので、かならずしもクリアに分類できませんが適宜よろしいように御調整下さい。最初に酵素作用に必須な作用因子として補酵素が発見されました。そういった意味で金属も必須な作用因子であることはわかっていました。酵素の立体構造がわかる様になると金属プロテアーゼの様に金属は定位置に酵素の構造の一部にくみこまれていることが判明します。それを補欠分子族と言ったわけです。補酵素も基質とともに活性部位に入り込み活性部位付近に一時的に組みこまれないと酵素反応が起きないので非タンパク質性の構造的因子というわけです。あら金 2007年2月8日 (木) 10:49 (UTC)
thread_title: Wikipedia:秀逸な記事の選考/酵素コメントへの回答

message: Wikipedia:秀逸な記事の選考/酵素にコメントしましたが、充実した素晴らしい内容だと思いますが、前提知識が無い初学者にはわかり難く感じます。各章の冒頭を見直すだけでも、十分に改善できるように感じます。具体的に気になるのは次の点です：
#酵素の役割／この章には、見出し通り「酵素の役割とは・・・」という説明を記載できないでしょうか？現在の文章では酵素の役割の説明がスパッと省略されていて、補足事項の説明が中心になっていると感じます。これは初めの章なので、特にやさしい説明があると分かりやすいです。
#酵素の発見／この章でも、見出しの「酵素の発見」が本文で十分に説明できていない気がします。生気説が否定されるプロセスの説明がメインになっていますが、それが酵素の発見とどういう関係なのか説明いただけると、分かりやすくなるかもしれません。
#酵素の特性～誘導適合／いろいろ説明がありますが、どの部分が「酵素の特性」なのか分かりにくいです。「酵素の特性＝誘導適合すること」との理解で正しいですか？「××が酵素の特性である」という一文を加えていただけると分かりやすいです。
#酵素の特性～酵素反応と有機化学反応／この章もいろいろと説明がありますが、「酵素の特性」として伝えたいポイントが掴ませんでした。整理が必要ではないでしょうか？
#酵素の分類／「所在による分類」について、初めの箇条書き（細胞質／生体膜／細胞外）と、その後の小見出しタイトル（可溶型酵素／細胞外酵素／生体膜酵素）について、用語と順序をそろえていただけると読みやすくなります。
#酵素反応／この章の位置づけ（何を説明する章なのか）が分かりにくく感じました。「酵素反応の反応速度」を説明する章ですか？それならば、後の「酵素反応の調節機構」と統合する方がすっきりしているかもしれません。十分に理解できてなくて半端なコメントで申し訳ないですが、とにかく、他の章との役割分担が曖昧に感じました。
--Coleus 2007年1月23日 (火) 01:16 (UTC)
replies: text: :全部対応尽くしているというわけでも無いようですが、改稿しました。サブタイトルは推敲が必要かもしれません。あら金 2007年1月24日 (水) 20:44 (UTC)
replies: text: ::早速の改訂お疲れ様でした。一般的な記事レベルとしては十分ですが、「秀逸な記事」のためには、さらに分かりやすい文章が求められると感じています。まずは初めの二点についてフォローしますので、ご検討下さい。

text: :#酵素の役割～酵素の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな化学反応を触媒として促進することですよね。また、酵素は全ての生物の中に存在して、仮に酵素が存在しなければ生物は生きられないのですよね・・・という私の理解はひょっとしたら不正確かもしれませんが、とにかくこの項には、中学3年生程度で「酵素って何？」と自由研究する人にもわかるような、噛み砕いた説明がふさわしいと思います。「酵素」という項目は、専門家が読むだけではなく、自由研究する中高生や、ダイエット食品が気になる一般の方が読むかもしれません。提案ですが、この項は言葉遣いも変えて初心者向けの説明に書き直し、基質特異性・反応選択性など酵素の特性や酵素発見の歴史の話は省略して後の項にまかせてはいかがでしょう？

text: :#酵素の発見～パスツールについて書いた文章の「当時」とは1870年代を指すのでしょうか？1833年に生命が無くても酵素反応が進むことを発見したとのことですが、これは40～60年後の生気説をめぐる議論とどう関係するのですか？今の文章だと、酵素の発見（1832年）⇒生命の無い酵素反応の発見（1833年）⇒生気説に逆戻り（1870年代）⇒酵素の発見に逆戻り（1896年）のように思えて、いまひとつ分かりません。
replies: text: ::--Coleus 2007年1月30日 (火) 00:13 (UTC)
===(提言1への回答)===

text: 演出意図は理解しますが、「さて、どうしたものか」と考えています。現在の原稿は「基質特異性・反応選択性」から「酵素の特性」という風に酵素機能が主軸になって構成しています。Coleusさんが問題視されているのは機能を主軸にした論旨展開であると考えます。一方が、Coleus酸の例示された論旨展開で機能の部分を除くと次の大体次のとおりです。
replies: text: :「酵素の役割～酵素の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな物質代謝に関与することです。酵素は全ての生物の中に存在して、仮に酵素が存在しなければ生物は生きられない。酵素はDNAにコーティングされたゲノムに基づき細胞内のリボゾームで合成されます。酵素の特徴は熱やpH変化により変性しその機能を失います…」

text: で、ここで「酵素」を「タンパク質」と置き換えるのですが、
replies: text: :「タンパク質の役割～タンパク質の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな物質代謝に関与することです。タンパク質は全ての生物の中に存在して、仮にタンパク質が存在しなければ生物は生きられない。タンパク質はDNAにコーティングされたゲノムに基づき細胞内のリボゾームで合成されます。タンパク質の特徴は熱やpH変化により変性しその機能を失います…」

text: これは同じ論旨のことを言っており正しい記述であり現実にそくしています。つまり、(殆どの)酵素は機能性タンパク質ですから表裏一体であり機能に関する言及を省いてゆくと酵素の説明ではなくなります。生体内でのタンパク質の機能は2つあって1つは生体のBuilding Blockとしての機能です(ただしタンパク質の種類としては少数です)。もう一つは分子認識機能です。分子認識機能を細分化してゆくと酵素、受容体、抗体の3つの分野になります。(抗体は分布が特殊なので区別するのは容易ですがそれ以外については)機能の説明なしに酵素と受容体との違いを説明することは不可能です。なので機能の説明を省くということは上位概念のタンパク質の説明になってしまうということだと考えています。実は受容体に結合する分子も基質と呼ぶので受容体でも基質特異性や誘導適合の話は出てきてしまいます。

text: つまり再び先ほどの例で「酵素」を「受容体」と置き換えると
replies: text: :「受容体の役割～受容体の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな物質代謝に関与することです。受容体は全ての生物の中に存在して、仮に受容体が存在しなければ生物は生きられない。受容体はDNAにコーティングされたゲノムに基づき細胞内のリボゾームで合成されます。受容体の特徴は熱やpH変化により変性しその機能を失います…」

text: これも正しい記述であり現実に即しています。

text: というわけで酵素が何たるかということのエッセンスが基質特異性と反応特異性です。反応特異性を問題せず、基質特異性だけの言及であると酵素と受容体の違いについて言及しないことになります。酵素と受容体とは分布も物理的特性も殆ど違いはありません。前者は触媒機能を持つが後者は持たないという違いで、その違いにより酵素と受容体との分子生物学的な役割が変わってきます、(じつは本文を良く読むと酵素の話なのに受容体の話をしているところは随所にあったのでそれは省きました)

text: 例えは「セダン」は
replies: text: :セダンは乗用車の1つの形式で、車体構造は仕切りにより3つの空間に分けられる3ボックスカーに属し車側に4枚のドアを持つことを特徴とする。

text: とかけますが
replies: text: :セダンは街中でよく見られる4つドアの普通乗用車で、タイヤは通常四輪である。駆動輪は前輪の場合が殆どで、まれに後輪駆動のものが見られる。ニュー・ファミリーよりは高年齢層に好まれる傾向が高く、価格も高く設定されている場合が多い。日本車の場合は右ハンドルで…

text: と書いてしまうとくだけた表現ですが「セダン」のことを説明しているのか「普通乗用車」のことを説明しているのかよく分かりません。そういうことを言っています。

text: 固執するつもりは無いので良いアイデアがあればお任せします。
===(提言2への回答)===

text: 説明不足ということだと考えます。また長くなりますが追記しました。
あら金 2007年1月30日 (火) 11:08 (UTC)
役割の節の最初の文章を、少しくどくしてみました。くどくなり過ぎないようにとは気をつけたつもりですが、いかがなものでしょうか。もうひとつ、この記事に限っては、「殆ど」を「ほとんど」にしませんか? --スのG 2007年1月31日 (水) 15:33 (UTC)

text: 「ほとんど」件は了解です(が粗忽物ゆえ、IMEが勝手に変換したのを見落とすやもしれません)あら金 2007年1月31日 (水) 17:22 (UTC)
改訂お疲れさまでした。ずいぶん読みやすくなったと思います。さらに初心者向けに言葉づかいを直せる可能性も感じますので、折を見て私も編集に参加してみます。文意を変えずに言葉づかいだけを直すつもりですが、もしも不適切だったら遠慮なく差し戻してください。--Coleus 2007年2月1日 (木) 13:15 (UTC)
言葉づかい以外にもいくつか編集しましたので、ご確認をお願いします。
ところで、後半の「酵素反応」から「酵素反応の調節機構」までの３つの節が、整理されていない気がして、読みづらく感じます。
何とか整理する可能性がないでしょうか？内容が専門的なので私には判断しづらいですが、強いて具体案を上げてみます：
#「人工酵素」はエッセイ的なので大幅に簡略化し、「発見」の最後の節か、「利用」の節などに移す。
#「アロステリック効果」の説明は別項目に任せて大幅に簡略化する。
#「酵素反応の調節機構」は酵素反応速度や阻害様式にも関わるので、「酵素反応」の節のひとつに移動する。内容は若干簡素化する。--Coleus 2007年2月2日 (金) 12:55 (UTC)

text: 以前の版の項を入替えてこの前は一般教養書の内容、この後は大学の生化学講義レベルの内容になっています。したがって、前は前提なしで読めますが後は反応速度論などの前提を心要とします。読みにくさはその為と考えます。あら金 2007年2月2日 (金) 14:16 (UTC)
thread_title: 秀逸な記事の選考へのコメント

message: :演出意図は理解しますが、「さて、どうしたものか」と考えています。現在の原稿は「基質特異性・反応選択性」から「酵素の特性」という風に酵素機能が主軸になって構成しています。Coleusさんが問題視されているのは機能を主軸にした論旨展開であると考えます。一方が、Coleus酸の例示された論旨展開で機能の部分を除くと次の大体次のとおりです。
replies: text: :「酵素の役割～酵素の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな物質代謝に関与することです。酵素は全ての生物の中に存在して、仮に酵素が存在しなければ生物は生きられない。酵素はDNAにコーティングされたゲノムに基づき細胞内のリボゾームで合成されます。酵素の特徴は熱やpH変化により変性しその機能を失います…」

text: で、ここで「酵素」を「タンパク質」と置き換えるのですが、
replies: text: :「タンパク質の役割～タンパク質の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな物質代謝に関与することです。タンパク質は全ての生物の中に存在して、仮にタンパク質が存在しなければ生物は生きられない。タンパク質はDNAにコーティングされたゲノムに基づき細胞内のリボゾームで合成されます。タンパク質の特徴は熱やpH変化により変性しその機能を失います…」

text: これは同じ論旨のことを言っており正しい記述であり現実にそくしています。つまり、(殆どの)酵素は機能性タンパク質ですから表裏一体であり機能に関する言及を省いてゆくと酵素の説明ではなくなります。生体内でのタンパク質の機能は2つあって1つは生体のBuilding Blockとしての機能です(ただしタンパク質の種類としては少数です)。もう一つは分子認識機能です。分子認識機能を細分化してゆくと酵素、受容体、抗体の3つの分野になります。(抗体は分布が特殊なので区別するのは容易ですがそれ以外については)機能の説明なしに酵素と受容体との違いを説明することは不可能です。なので機能の説明を省くということは上位概念のタンパク質の説明になってしまうということだと考えています。実は受容体に結合する分子も基質と呼ぶので受容体でも基質特異性や誘導適合の話は出てきてしまいます。

text: つまり再び先ほどの例で「酵素」を「受容体」と置き換えると
replies: text: :「受容体の役割～受容体の役割とは、消化や成長、生殖を初め、生体内のさまざまな物質代謝に関与することです。受容体は全ての生物の中に存在して、仮に受容体が存在しなければ生物は生きられない。受容体はDNAにコーティングされたゲノムに基づき細胞内のリボゾームで合成されます。受容体の特徴は熱やpH変化により変性しその機能を失います…」

text: これも正しい記述であり現実に即しています。

text: というわけで酵素が何たるかということのエッセンスが基質特異性と反応特異性です。反応特異性を問題せず、基質特異性だけの言及であると酵素と受容体の違いについて言及しないことになります。酵素と受容体とは分布も物理的特性も殆ど違いはありません。前者は触媒機能を持つが後者は持たないという違いで、その違いにより酵素と受容体との分子生物学的な役割が変わってきます、(じつは本文を良く読むと酵素の話なのに受容体の話をしているところは随所にあったのでそれは省きました)

text: 例えは「セダン」は
replies: text: :セダンは乗用車の1つの形式で、車体構造は仕切りにより3つの空間に分けられる3ボックスカーに属し車側に4枚のドアを持つことを特徴とする。

text: とかけますが
replies: text: :セダンは街中でよく見られる4つドアの普通乗用車で、タイヤは通常四輪である。駆動輪は前輪の場合が殆どで、まれに後輪駆動のものが見られる。ニュー・ファミリーよりは高年齢層に好まれる傾向が高く、価格も高く設定されている場合が多い。日本車の場合は右ハンドルで…

text: と書いてしまうとくだけた表現ですが「セダン」のことを説明しているのか「普通乗用車」のことを説明しているのかよく分かりません。そういうことを言っています。

text: 固執するつもりは無いので良いアイデアがあればお任せします。
thread_title: (提言1への回答)

message: :説明不足ということだと考えます。また長くなりますが追記しました。
あら金 2007年1月30日 (火) 11:08 (UTC)
役割の節の最初の文章を、少しくどくしてみました。くどくなり過ぎないようにとは気をつけたつもりですが、いかがなものでしょうか。もうひとつ、この記事に限っては、「殆ど」を「ほとんど」にしませんか? --スのG 2007年1月31日 (水) 15:33 (UTC)
replies: text: 「ほとんど」件は了解です(が粗忽物ゆえ、IMEが勝手に変換したのを見落とすやもしれません)あら金 2007年1月31日 (水) 17:22 (UTC)
改訂お疲れさまでした。ずいぶん読みやすくなったと思います。さらに初心者向けに言葉づかいを直せる可能性も感じますので、折を見て私も編集に参加してみます。文意を変えずに言葉づかいだけを直すつもりですが、もしも不適切だったら遠慮なく差し戻してください。--Coleus 2007年2月1日 (木) 13:15 (UTC)
言葉づかい以外にもいくつか編集しましたので、ご確認をお願いします。
ところで、後半の「酵素反応」から「酵素反応の調節機構」までの３つの節が、整理されていない気がして、読みづらく感じます。
何とか整理する可能性がないでしょうか？内容が専門的なので私には判断しづらいですが、強いて具体案を上げてみます：
#「人工酵素」はエッセイ的なので大幅に簡略化し、「発見」の最後の節か、「利用」の節などに移す。
#「アロステリック効果」の説明は別項目に任せて大幅に簡略化する。
#「酵素反応の調節機構」は酵素反応速度や阻害様式にも関わるので、「酵素反応」の節のひとつに移動する。内容は若干簡素化する。--Coleus 2007年2月2日 (金) 12:55 (UTC)

text: 以前の版の項を入替えてこの前は一般教養書の内容、この後は大学の生化学講義レベルの内容になっています。したがって、前は前提なしで読めますが後は反応速度論などの前提を心要とします。読みにくさはその為と考えます。あら金 2007年2月2日 (金) 14:16 (UTC)
thread_title: (提言2への回答)

message: 東 遥と申します。秀逸な記事の選考の方に意見を書かせていただき、その詳細について、述べさせていただきたいと存じます。本来はもっと早く意見を述べるべきところ、選考の期間がもう少しあると勘違いして後回しにしてしまい、間際になってしまいました。申し訳ありません。
選考への提案時よりとても読みやすくなったと存じます。御尽力いただいた皆様に経緯を表すると共に、酵素について色々と教えていただき感謝致します。
=== 項目について ===
酵素については、非常に語るべき事が多いのではないかと存じます。というより、私もこんなに書くべき事があるのかと驚いている次第です。が、同時に、これら全てを、この項目の中に取り込むのも、ちょっと無理があるのではないかな、と存じます。
「酵素とは何か？」という視点から見ますと、
* 1 役割 
* 2 発見 
* 4 特性 
* 5.1 分類/所在による分類 
* 6 構成 
* 7 生化学 
* 11 酵素に関する年表 
というのは、正に、この項目で述べるべきであり、同時に他に書くべき場所は見当たりません、分けるべきではないと存じます。一方で、下記については、
* 3 利用 
replies: text: → 酵素の応用・利用
replies: text: : 酵素そのものの説明というよりは、酵素の応用というところにウエイトがあります。
replies: text: :: 生物学実験ハンドブックであれは、酵素の応用・利用は項目として存在する意味はないです。が、百科事典なので生物学だけではなく応用科学・工学的な説明も必要と考えます。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:08 (UTC)
* 5.2 分類/系統的分類

text: → 酵素の分類
replies: text: : 酵素をどう分類するか、は、それだけで独立したテーマ、項目になると存じます。下記の、酵素の一覧とからめて、或いはいっしょにしても良いかも知れません。
replies: text: :: 系統的分類についてはEC番号という記事があります。分類についてはプロテアーゼ#分類でも取り扱っていますが、それぞれが大きな記事になるくらいDeepな話題なのでどの程度記事 酵素に残して橋渡しするかは微妙です。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:01 (UTC)
* 9 人工酵素

text: → 人工酵素
replies: text: : 「酵素とは何か？」ではなく、その知識を活かして酵素を人間の手で作る、という視点から捉えて、独立した項目になると存じます。
replies: text: :: 生化学的観点であればその通りですが、酵素は農芸化学・工業化学・臨床医学的な研究対象であったり工業製品として利用したりもするので、そちらの方面からみると言及されるのは自然なように考えます。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:22 (UTC)
* 10 代表的な酵素の一覧

text: → 酵素の一覧
replies: text: : 酵素の一覧自体でも、それだけで独立した項目になると存じます。上記の、酵素の分類、系統的分類とからめて、或いはいっしょにしても良いかもしれません。
replies: text: :: 実は記事EC番号が 酵素の一覧のフルセット(ただし、まだ書きかけてすべて示されていませんが…)になっています。酵素#代表的な酵素の一覧はEC番号のほんの触りしか含まれていません。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:15 (UTC)
の様に、個別の記事に分け、本記事では簡単に述べてそちらへ誘導するのが「酵素」の記事として収まりが宜しいのではないかと存じます。
それから、
* 8 生命の起源と酵素 
については、生命の起源というところにもかなりウエイトがおかれてまして、ちょっと色合いが違うかも知れません。これについては、今すぐには、どうすべきか、ちょっと思い浮かびません。東 遥 2007年3月17日 (土) 03:08 (UTC)
=== 構成について ===
現行の順番ですと、まだ、話が飛び飛びになっているのではないかと存ずる次第です。
下記は、手前勝手ながら、このような順番にして或る程度、前の記述を受けて話を展開する流れにすると宜しいのではないかと考えた一案です。
* 0 概要 ← 現在のマクラの主要部分をここで述べる（移す）。酵素の特性、生体内での役割、生体外での反応、応用、人工酵素についても簡単に触れる。
* 2 発見 ← 「酵素とは何か」を説き起こす上では、現在までに酵素に関して人類が知識を得た過程を辿ると分かり易いかと存じます。
* 1 役割 ← 「発見」で記した生化学的記述を受けて、生体内での役割を表す
* 4 特性 ← 「発見」と「役割」を受けて、蛋白質を主体とする酵素から説き起こし、特性に話を広げる。
* 6 構成 ← 「特性」を受けて、蛋白質、補酵素などの構成を述べる。
* 7 生化学 ← 「特性」「構成」を受けて、反応速度、機構モデル、調節機構につなげる。
* 5.1 分類/所在による分類 ← 今すぐには、どうすべきか、ちょっと思い浮かびません。
* 11 酵素に関する年表
というのでは如何でしょうか。

text: 執筆者の一人として次のように考えます。執筆方針としては「非科学者向け」の修辞をふんだんに使いました。しかし、専門性の高い部分は比喩はウソになってしまうのでその様な修辞はしませんでした。「非科学者向け」の修辞の部分と専門性が高い部分が入り組んでいると一般読者、専門家、読む上で双方に苦痛を与えるので、通常の専門書の構成はあきらめて、一般性の高い部分・身近な酵素の応用面は前半に、専門性・学問性の高い部分は後半に分離させました。数式を除去してグラフ・図表を置くなどあくまでも「一般向け」で身近なところから取り付き一般の人が概念的に把握できない部分は図表で直感的に乗り越えられるようにした編集です。また「非科学者向け」の修辞の一部は意図的に強くバイアスがかかっており、通常の科学書では見られないくらい雑誌的・一般書的表現になっています。

text: つまり専門書というよりは雑誌「Newton」などを想定した編集です。冒頭定義部分は特にその傾向が高いです。現在の秀逸記事選考基準は全会一致でありReviewerの志向は想定できないのである程度専門書のスタイルを逸脱するのはやむなしと考えています。酵素からリンクする「基質特異性」、「酵素反応」など子孫の記事の専門性を高めるのであれば、ハブとなる「酵素」は雑誌「Newton」的でも良いかもしれないと考えます。とはいえハブ記事を100%一般教養書的にしすぎると専門記事との落差も出てくるので「ほどほど」だと考えます。レベルや構成に関しては執筆者で「ほどほど」が異なるので月日を経て編集されるにつれ変わっていってしまうと予想しています。--あら金 2007年3月17日 (土) 06:54 (UTC)
もっと早くに申し上げて検討いただければ宜しかったのですが、間際で申し訳ないです。東 遥 2007年3月17日 (土) 03:08 (UTC)
replies: text: :人工酵素についていくつかの総説を持っておりますので、それを元に別項目を書き下ろします。今すぐは無理ですが年度明けたら資料を整理して書いてみます。その節についてはそれを前提に考えていただいてかまいません。--スのG 2007年3月17日 (土) 08:09 (UTC)

text: あと本質的なところをお聞きしますが、「文章量・情報量が多いことは完成度が低いのでしょうか?」。Wikipedia:秀逸な記事の選考#秀逸な記事の目安もWikipedia:完璧な記事も情報量が多いことが悪いとはされていません。また、非専門家に対して説明を尽くそうとすると、どうしても他の記事と重複するところが出てきます。あるいはまだ未執筆なために書かざるをえなかったりします。また読者の多様性に対応しようとすると情報量はどうしても増えてしまいます。

text: スのGさんも実施すると言われているように、(必須項目は残すことは前提ですが)秀逸記事を編集したり分割してはいけないということはないので、期限までに対応すべきことと、記事をさらに改善するためになすべきことは分けたほうが良いと考えます。今回のご提案は選考期限前に実施することが必須とおかんがえでしょうか?--あら金 2007年3月17日 (土) 13:10 (UTC)
thread_title:  項目・構成等について 

message: 酵素については、非常に語るべき事が多いのではないかと存じます。というより、私もこんなに書くべき事があるのかと驚いている次第です。が、同時に、これら全てを、この項目の中に取り込むのも、ちょっと無理があるのではないかな、と存じます。
「酵素とは何か？」という視点から見ますと、
* 1 役割 
* 2 発見 
* 4 特性 
* 5.1 分類/所在による分類 
* 6 構成 
* 7 生化学 
* 11 酵素に関する年表 
というのは、正に、この項目で述べるべきであり、同時に他に書くべき場所は見当たりません、分けるべきではないと存じます。一方で、下記については、
* 3 利用 
replies: text: → 酵素の応用・利用
replies: text: : 酵素そのものの説明というよりは、酵素の応用というところにウエイトがあります。
replies: text: :: 生物学実験ハンドブックであれは、酵素の応用・利用は項目として存在する意味はないです。が、百科事典なので生物学だけではなく応用科学・工学的な説明も必要と考えます。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:08 (UTC)
* 5.2 分類/系統的分類

text: → 酵素の分類
replies: text: : 酵素をどう分類するか、は、それだけで独立したテーマ、項目になると存じます。下記の、酵素の一覧とからめて、或いはいっしょにしても良いかも知れません。
replies: text: :: 系統的分類についてはEC番号という記事があります。分類についてはプロテアーゼ#分類でも取り扱っていますが、それぞれが大きな記事になるくらいDeepな話題なのでどの程度記事 酵素に残して橋渡しするかは微妙です。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:01 (UTC)
* 9 人工酵素

text: → 人工酵素
replies: text: : 「酵素とは何か？」ではなく、その知識を活かして酵素を人間の手で作る、という視点から捉えて、独立した項目になると存じます。
replies: text: :: 生化学的観点であればその通りですが、酵素は農芸化学・工業化学・臨床医学的な研究対象であったり工業製品として利用したりもするので、そちらの方面からみると言及されるのは自然なように考えます。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:22 (UTC)
* 10 代表的な酵素の一覧

text: → 酵素の一覧
replies: text: : 酵素の一覧自体でも、それだけで独立した項目になると存じます。上記の、酵素の分類、系統的分類とからめて、或いはいっしょにしても良いかもしれません。
replies: text: :: 実は記事EC番号が 酵素の一覧のフルセット(ただし、まだ書きかけてすべて示されていませんが…)になっています。酵素#代表的な酵素の一覧はEC番号のほんの触りしか含まれていません。--あら金 2007年3月17日 (土) 12:15 (UTC)
の様に、個別の記事に分け、本記事では簡単に述べてそちらへ誘導するのが「酵素」の記事として収まりが宜しいのではないかと存じます。
それから、
* 8 生命の起源と酵素 
については、生命の起源というところにもかなりウエイトがおかれてまして、ちょっと色合いが違うかも知れません。これについては、今すぐには、どうすべきか、ちょっと思い浮かびません。東 遥 2007年3月17日 (土) 03:08 (UTC)
thread_title:  項目について 

message: 現行の順番ですと、まだ、話が飛び飛びになっているのではないかと存ずる次第です。
下記は、手前勝手ながら、このような順番にして或る程度、前の記述を受けて話を展開する流れにすると宜しいのではないかと考えた一案です。
* 0 概要 ← 現在のマクラの主要部分をここで述べる（移す）。酵素の特性、生体内での役割、生体外での反応、応用、人工酵素についても簡単に触れる。
* 2 発見 ← 「酵素とは何か」を説き起こす上では、現在までに酵素に関して人類が知識を得た過程を辿ると分かり易いかと存じます。
* 1 役割 ← 「発見」で記した生化学的記述を受けて、生体内での役割を表す
* 4 特性 ← 「発見」と「役割」を受けて、蛋白質を主体とする酵素から説き起こし、特性に話を広げる。
* 6 構成 ← 「特性」を受けて、蛋白質、補酵素などの構成を述べる。
* 7 生化学 ← 「特性」「構成」を受けて、反応速度、機構モデル、調節機構につなげる。
* 5.1 分類/所在による分類 ← 今すぐには、どうすべきか、ちょっと思い浮かびません。
* 11 酵素に関する年表
というのでは如何でしょうか。
replies: text: 執筆者の一人として次のように考えます。執筆方針としては「非科学者向け」の修辞をふんだんに使いました。しかし、専門性の高い部分は比喩はウソになってしまうのでその様な修辞はしませんでした。「非科学者向け」の修辞の部分と専門性が高い部分が入り組んでいると一般読者、専門家、読む上で双方に苦痛を与えるので、通常の専門書の構成はあきらめて、一般性の高い部分・身近な酵素の応用面は前半に、専門性・学問性の高い部分は後半に分離させました。数式を除去してグラフ・図表を置くなどあくまでも「一般向け」で身近なところから取り付き一般の人が概念的に把握できない部分は図表で直感的に乗り越えられるようにした編集です。また「非科学者向け」の修辞の一部は意図的に強くバイアスがかかっており、通常の科学書では見られないくらい雑誌的・一般書的表現になっています。

text: つまり専門書というよりは雑誌「Newton」などを想定した編集です。冒頭定義部分は特にその傾向が高いです。現在の秀逸記事選考基準は全会一致でありReviewerの志向は想定できないのである程度専門書のスタイルを逸脱するのはやむなしと考えています。酵素からリンクする「基質特異性」、「酵素反応」など子孫の記事の専門性を高めるのであれば、ハブとなる「酵素」は雑誌「Newton」的でも良いかもしれないと考えます。とはいえハブ記事を100%一般教養書的にしすぎると専門記事との落差も出てくるので「ほどほど」だと考えます。レベルや構成に関しては執筆者で「ほどほど」が異なるので月日を経て編集されるにつれ変わっていってしまうと予想しています。--あら金 2007年3月17日 (土) 06:54 (UTC)
もっと早くに申し上げて検討いただければ宜しかったのですが、間際で申し訳ないです。東 遥 2007年3月17日 (土) 03:08 (UTC)
replies: text: :人工酵素についていくつかの総説を持っておりますので、それを元に別項目を書き下ろします。今すぐは無理ですが年度明けたら資料を整理して書いてみます。その節についてはそれを前提に考えていただいてかまいません。--スのG 2007年3月17日 (土) 08:09 (UTC)

text: あと本質的なところをお聞きしますが、「文章量・情報量が多いことは完成度が低いのでしょうか?」。Wikipedia:秀逸な記事の選考#秀逸な記事の目安もWikipedia:完璧な記事も情報量が多いことが悪いとはされていません。また、非専門家に対して説明を尽くそうとすると、どうしても他の記事と重複するところが出てきます。あるいはまだ未執筆なために書かざるをえなかったりします。また読者の多様性に対応しようとすると情報量はどうしても増えてしまいます。

text: スのGさんも実施すると言われているように、(必須項目は残すことは前提ですが)秀逸記事を編集したり分割してはいけないということはないので、期限までに対応すべきことと、記事をさらに改善するためになすべきことは分けたほうが良いと考えます。今回のご提案は選考期限前に実施することが必須とおかんがえでしょうか?--あら金 2007年3月17日 (土) 13:10 (UTC)
thread_title:  構成について 

message: ざっと見ていて、ちょっと気になる点を。
===えり好みする===
冒頭で、基質特異性の説明の中に、「えり好みする」という言葉が御座いますが、私個人はあまり良いイメージを持ちません。というか好み・嗜好の部類にはいるかもしれませんが、ちょっと首を傾げます。恐らく最も適切な表現なのだとは存じますが、他の表現方法はございますでしょうか。
replies: text: ある意味で擬人化修辞法で「選択する」<「選り分ける」<「選り好みする」=「えり好みする」で客観性から主観的になっていると考えます。--あら金 2007年3月17日 (土) 06:13 (UTC)
===機械とのアナロジー===
「生体を機関にたとえるならば、核酸塩基配列が表わすゲノムが設計図に相当するのに対して、酵素は組み立て工具に相当する。」というのは、酵素の説明をするうえで一般的な喩えでしょうか。ぃぇ、件の大臣の「産む機械」発言が問題になってるおりで、ちょっぴり気になってしまいますが(苦笑)。当たり前の表現だ、ということであれば、それで宜しいのですが、確認です。東 遥 2007年3月17日 (土) 03:08 (UTC)

text: あの発言は「機械だ」と仮定された女性が差別感を感じるのでよろしくないという問題であったと考えます。「酵素」には「人格」に類するものはないと考えられるのでその問題は起きないと考えます。蛇足ですが、愛玩対象となる生物はどうも「疑似人格」を与えられる場合もあるようなので、差別問題が発生するかもしれません。--あら金 2007年3月17日 (土) 06:20 (UTC)
（インデント戻します）上記の2つについては、ちょっと気になった程度、で、そうなっている理由を伺いましたし、私の方では代替の案が思い浮かびませんので、現在の表記で了解しました。有難う御座いました。東 遥 2007年3月17日 (土) 07:50 (UTC)
thread_title: 表現について

message: 冒頭で、基質特異性の説明の中に、「えり好みする」という言葉が御座いますが、私個人はあまり良いイメージを持ちません。というか好み・嗜好の部類にはいるかもしれませんが、ちょっと首を傾げます。恐らく最も適切な表現なのだとは存じますが、他の表現方法はございますでしょうか。
replies: text: ある意味で擬人化修辞法で「選択する」<「選り分ける」<「選り好みする」=「えり好みする」で客観性から主観的になっていると考えます。--あら金 2007年3月17日 (土) 06:13 (UTC)
thread_title: えり好みする

message: 「生体を機関にたとえるならば、核酸塩基配列が表わすゲノムが設計図に相当するのに対して、酵素は組み立て工具に相当する。」というのは、酵素の説明をするうえで一般的な喩えでしょうか。ぃぇ、件の大臣の「産む機械」発言が問題になってるおりで、ちょっぴり気になってしまいますが(苦笑)。当たり前の表現だ、ということであれば、それで宜しいのですが、確認です。東 遥 2007年3月17日 (土) 03:08 (UTC)
replies: text: あの発言は「機械だ」と仮定された女性が差別感を感じるのでよろしくないという問題であったと考えます。「酵素」には「人格」に類するものはないと考えられるのでその問題は起きないと考えます。蛇足ですが、愛玩対象となる生物はどうも「疑似人格」を与えられる場合もあるようなので、差別問題が発生するかもしれません。--あら金 2007年3月17日 (土) 06:20 (UTC)
（インデント戻します）上記の2つについては、ちょっと気になった程度、で、そうなっている理由を伺いましたし、私の方では代替の案が思い浮かびませんので、現在の表記で了解しました。有難う御座いました。東 遥 2007年3月17日 (土) 07:50 (UTC)
thread_title: 機械とのアナロジー