ノート:染色体

message: 『哺乳類では、雄と雌の生殖細胞が融合すると(受精)、』のくだりは、英語ではmale, femaleとなっているのですが、オス、メスなのか、男性、女性なのかが不明でした。オス、メスと解釈すると、全ての有性生殖についてヒトと同様の減数分裂の形態になってしまうのですが、私が確認を取れたのは哺乳類まででしたので、ここは哺乳類を追加してあります。
 参考としたURL:
   http://nilgs.naro.affrc.go.jp/TSUKUBA/iku-han/buchou/jusei/Meiosis-Fert.b.htm
Yamagu 11:18 2003年10月11日 (UTC)
replies: text: ちょっとそれますが、普通ほ乳類の受精時に卵は減数第二分裂中期にあると思うので、減数分裂を開始するというとちょっと違うかもしれません。Kdfj 04:18 2003年11月8日 (UTC)
英語版では、カリオグラムとカリオタイプを同一視しているようですが、日本語の教科書では区別されている例を見かけます。

text: 「ヒトの分子遺伝学」

text: http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4895922790/
ここでは同一視できるかどうか決めかねたので、訳文にカリオタイプの記述は入れませんでした。
Yamagu 11:44 2003年10月12日 (UTC)
染色体異常の項目で、Duesberg hypothesisとガンの関係はよく分からないので、今回は記述を見送りました。Yamagu 07:19 2003年10月13日 (UTC)
thread_title:  オス・メス? 男性・女性? 

message: 以前はヒトゲノム計画における、真正クロマチンの解読結果による情報でしたが、以下の理由により、月刊科学雑誌Newton2006年2月号による情報に更新しました。
*以前の情報源[1]は英語で書かれているので、日本語版の利用者は読めない人が多い。
*Newton2006年2月号の情報と京都大学院私としては生命科学研究科生命文化学研究室の情報がほとんど一致した。（一致しなかったのはX・Y染色体の遺伝子数のみ。）
 	京都大学院     	Newton
X	1,098     	1,141
Y	78        	255
*Newtonは書店で売られている雑誌であり、ニュートンプレス社によって責任を持って出版されている。
また値の表記方法も以下の理由により「-億--百万」から「-億----万」に変更しました。
*「百」と「00」はほとんど文字の幅が変わらない。
*「00」のほうが瞬間的に判読しやすい。
これらの事について何かありましたら、ここにお願いします。--ピピヨン 2006年7月8日 (土) 06:56 (UTC)
=== 有効数字 ===
replies: text: 最後の数の表記についてですが、有効数字の問題があるのでは？yhr 2006年7月8日 (土) 07:55 (UTC)
「問題」というのは「--百万」から「----万」に変更した事によって、端数処理した位が不明確になることですよね。では、表の下に「数値は十万の位で端数処理されたもの」などと但し書きをしておくのはどうでしょうか。--ピピヨン 2006年7月8日 (土) 09:25 (UTC)

text: ふつう、物理なんかの分野ではそういうことはやらんのだけど、生物学の慣習に従って問題が無いのならそれでも良いです。個人的には非常に紛らわしくて、好ましくない表記だと思いますが。yhr 2006年7月8日 (土) 09:35 (UTC)
私は生物学を研究していたり特に詳しいわけでも全くないので、「慣習」なんて物は分かりませんが、何の断りもなしにNewtonや上にある京都大学院…では本文のような表示をしている事は確かです。--ピピヨン 2006年7月8日 (土) 13:00 (UTC)
=== 情報源の情報源 ===
京都大学大学院生命科学研究科生命文化研究室京都大学大学院生命研究科生命科学研究室のWebページを拝見しました。デザインに力を入れており、専門外であっても見やすいですね。ところで、染色体のデータベースには何を使っているのでしょうか。それが分からないと、以前のデータと置き換えた方がよいかどうか判断できません。---Redattore 2006年7月8日 (土) 15:12 (UTC)

text: 本文のデータは「京都大学大学院…」の物ではなく、Newtonによる物です。これには複数の情報源が明記されています。ただ、Newtonはインターネット上で見られるものではないので、近いデータの確認のために、参考として「京都大学大学院…」のリンクを張ってあるだけです。このことは本文の表の下の但し書きの2番目と4番目に書いてあります。--ピピヨン 2006年7月9日 (日) 06:17 (UTC)
私としては一次情報が何かということが気になります。ニュートンも生命文化研究室も自分たちで染色体を調べているのではありませんから、何らかのデータベースを参照しています。参照しているデータが分からないと信用しにくいのですが。少なくとも以前、本文にあったリンクではデータベース自体を参照できましたし、データベースの版も明記されていました。---Redattore 2006年7月9日 (日) 06:31 (UTC)

text: なるほど。NewtonはNatureの複数の論文とNCBI（以前の情報源）による物ですが、買わないと（借りないと）確認できないのはあまり良くないですね。（それとも論文の名前は調べておいたほうが良いでしょうか?）「絶対にNewtonじゃなきゃダメ」というわけでもないですし。元の情報に戻しても良いような気がだんだんしてきました。--ピピヨン 2006年7月9日 (日) 07:41 (UTC)
Newtonに一次情報が書いてあったでしょう。とりあえずそれを書いておけばよいと思いますよ。そうしたら誰か調べられる人がきちんと原論文にあたって確認してもらえると思います。まあ元の情報に戻しても良いんだけど。yhr 2006年7月9日 (日) 09:33 (UTC)

text: Newton（2006年2月号35ページ下）にはこのように書いてありました。（私の解釈の間違いが起こらないように、忠実に再現しました。）
参考／総塩基対数："Initial sequencing and analysis of the human genome" nature (2001) vol.409:860-921
遺伝子数：（1番～22番染色体）NCBI Human Genome Build 35.1 （X染色体）"The DNA sequence of the human X chromosome" nature (2005) vol.434:325-337
（Y染色体）"The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes" nature (2003) vol.423:825-837

text: これを本文に載せれば良いのでしょうか? --ピピヨン 2006年7月10日 (月) 04:31 (UTC)
replies: text: :ありがとうございます。ただ、データベースのビルド番号をみると、今回のものはBuild 35.1とありますね。以前掲載されていたヒトゲノム計画のものはBuild 36.1（現在Webで閲覧可能）でした。さらに調査が必要だと考えます。---Redattore 2006年7月10日 (月) 13:05 (UTC)

text: 調査とは? --ピピヨン 2006年7月10日 (月) 14:00 (UTC)
replies: text: :どちらのデータが正確なのかということです。塩基対などの数値が異なっていますから。---Redattore 2006年7月10日 (月) 14:20 (UTC)

text: どちらのデータが正確かを調べる（考える）のは、私たちには困難ではないでしょうか。私たちが研究しているわけではないですし、研究者たちも完全には解決していない問題のはずですから…。ところで、ビルド番号は何を示す物なんでしょうか。これで決めるのもありだと思います。--ピピヨン 2006年7月11日 (火) 05:21 (UTC)
replies: text: :複数のデータソース間で数値が異なる件は、おそらく「配列の読み直し」や「再解析」の結果新しいデータが論文になり、データとして登録されたからだと思います。おそらくこれからも変更が入るでしょう。Wikipedia は辞典ですのでデータそのものの正確性よりも、データの参照が可能かどうかの方が重要だと思います。その観点から言えば参照元を併記しておけばどの時点のデータでも良いとは思います。が、分子生物系の研究者が参照するデータは NCBI (GenBank) のデータである可能性が高いこと、新しい配列データがGenBankに登録されない可能性がごく低いこと、から NCBI のデータをバージョン番号を併記して利用した方が良いかなと思います。--Taketa 2006年7月11日 (火) 08:26 (UTC)
なるほど。自分で今の値に更新した時は独裁的でしたが、今度は二の舞にならないようにしたいと思います。そろそろ意見も出尽くしたような気がするのですが、投票をするのはどうでしょうか。もちろん投票以前の問題で意見があれば聞きたいですが…。--ピピヨン 2006年7月16日 (日) 12:07 (UTC)

text: 参照できる最新の値が掲載されているか、最新の値を閲覧する方法（外部リンク）が掲載されていればよいと考えます。なお、ビルド番号は通常、番号が大きいほど新しい内容が記録されています。投票については積極的には賛成しません。現在の内容は誤っておらず、特定のデータを強く推している方もみえないためです。---Redattore 2006年7月16日 (日) 12:52 (UTC)
そうですね。確かに、特定のデータに偏っていないという面では今の方が良いかも知れませんし（中立的でもあるし…）、最新の値は外部リンクでもいいですね（ウィキペディアはニュース速報でもないですし…）。では、本文中に「最新の情報はNCBIが公式サイト（英語）で公開している」と記述しておけばよいでしょうか。--ピピヨン 2006年7月16日 (日) 14:21 (UTC)

text: まぁ単純にどこからデータを引っ張ってきたかというだけですし、参照元のポインタさえ用意されていればどのデータでも問題ないと思います。NCBIへのポインタはなかなか難しそうですね。一覧表が用意されているわけではないですし...。脚注みたいなモノを作って-ここにアクセスして、こうしてこうすると、ここに表示されるのがこの染色体の塩基対数で、ここに表示されるのがこの染色体に存在する遺伝子数です。-というような形にするのが親切かもしれないんですが、そういうやりかたって wikipedia 的にはトリッキーな方法ですかねぇ？--Taketa 2006年7月16日 (日) 15:14 (UTC)
全然トリッキーなんかじゃないと思います。もしトリッキーだと思われてもそれならそれで良いじゃないですか。新しいですし、しっかりとした理由があるのですから。--ピピヨン 2006年7月17日 (月) 07:17 (UTC)
あっ、でも「ここに何が表示されて…」というのは要らないと思います。恐らく最新の情報は殆どの利用者にはあまり必要の無い情報であり、最新の情報が必要である少数の人々は殆どが研究者や専門であり、英語が読める必要性がある職業の人々だと考えられます。英語を知らない人も、機械翻訳や辞書などのツールの使い方を1つは知っていると考えられます。また、リンク先のデザインや配置などが変わる可能性があることからも「ここに何が表示されて…」という説明は要らないと私は思います。みなさんはどう思いますか?--ピピヨン 2006年7月18日 (火) 07:42 (UTC)

text: とりあえず注釈を増やしておきました。--ピピヨン 2006年7月21日 (金) 12:24 (UTC)
thread_title:  「人の染色体」の情報の更新 

message: :最後の数の表記についてですが、有効数字の問題があるのでは？yhr 2006年7月8日 (土) 07:55 (UTC)
「問題」というのは「--百万」から「----万」に変更した事によって、端数処理した位が不明確になることですよね。では、表の下に「数値は十万の位で端数処理されたもの」などと但し書きをしておくのはどうでしょうか。--ピピヨン 2006年7月8日 (土) 09:25 (UTC)
replies: text: ふつう、物理なんかの分野ではそういうことはやらんのだけど、生物学の慣習に従って問題が無いのならそれでも良いです。個人的には非常に紛らわしくて、好ましくない表記だと思いますが。yhr 2006年7月8日 (土) 09:35 (UTC)
私は生物学を研究していたり特に詳しいわけでも全くないので、「慣習」なんて物は分かりませんが、何の断りもなしにNewtonや上にある京都大学院…では本文のような表示をしている事は確かです。--ピピヨン 2006年7月8日 (土) 13:00 (UTC)
thread_title:  有効数字 

message: 京都大学大学院生命科学研究科生命文化研究室京都大学大学院生命研究科生命科学研究室のWebページを拝見しました。デザインに力を入れており、専門外であっても見やすいですね。ところで、染色体のデータベースには何を使っているのでしょうか。それが分からないと、以前のデータと置き換えた方がよいかどうか判断できません。---Redattore 2006年7月8日 (土) 15:12 (UTC)
replies: text: 本文のデータは「京都大学大学院…」の物ではなく、Newtonによる物です。これには複数の情報源が明記されています。ただ、Newtonはインターネット上で見られるものではないので、近いデータの確認のために、参考として「京都大学大学院…」のリンクを張ってあるだけです。このことは本文の表の下の但し書きの2番目と4番目に書いてあります。--ピピヨン 2006年7月9日 (日) 06:17 (UTC)
私としては一次情報が何かということが気になります。ニュートンも生命文化研究室も自分たちで染色体を調べているのではありませんから、何らかのデータベースを参照しています。参照しているデータが分からないと信用しにくいのですが。少なくとも以前、本文にあったリンクではデータベース自体を参照できましたし、データベースの版も明記されていました。---Redattore 2006年7月9日 (日) 06:31 (UTC)

text: なるほど。NewtonはNatureの複数の論文とNCBI（以前の情報源）による物ですが、買わないと（借りないと）確認できないのはあまり良くないですね。（それとも論文の名前は調べておいたほうが良いでしょうか?）「絶対にNewtonじゃなきゃダメ」というわけでもないですし。元の情報に戻しても良いような気がだんだんしてきました。--ピピヨン 2006年7月9日 (日) 07:41 (UTC)
Newtonに一次情報が書いてあったでしょう。とりあえずそれを書いておけばよいと思いますよ。そうしたら誰か調べられる人がきちんと原論文にあたって確認してもらえると思います。まあ元の情報に戻しても良いんだけど。yhr 2006年7月9日 (日) 09:33 (UTC)

text: Newton（2006年2月号35ページ下）にはこのように書いてありました。（私の解釈の間違いが起こらないように、忠実に再現しました。）
参考／総塩基対数："Initial sequencing and analysis of the human genome" nature (2001) vol.409:860-921
遺伝子数：（1番～22番染色体）NCBI Human Genome Build 35.1 （X染色体）"The DNA sequence of the human X chromosome" nature (2005) vol.434:325-337
（Y染色体）"The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes" nature (2003) vol.423:825-837

text: これを本文に載せれば良いのでしょうか? --ピピヨン 2006年7月10日 (月) 04:31 (UTC)
replies: text: :ありがとうございます。ただ、データベースのビルド番号をみると、今回のものはBuild 35.1とありますね。以前掲載されていたヒトゲノム計画のものはBuild 36.1（現在Webで閲覧可能）でした。さらに調査が必要だと考えます。---Redattore 2006年7月10日 (月) 13:05 (UTC)

text: 調査とは? --ピピヨン 2006年7月10日 (月) 14:00 (UTC)
replies: text: :どちらのデータが正確なのかということです。塩基対などの数値が異なっていますから。---Redattore 2006年7月10日 (月) 14:20 (UTC)

text: どちらのデータが正確かを調べる（考える）のは、私たちには困難ではないでしょうか。私たちが研究しているわけではないですし、研究者たちも完全には解決していない問題のはずですから…。ところで、ビルド番号は何を示す物なんでしょうか。これで決めるのもありだと思います。--ピピヨン 2006年7月11日 (火) 05:21 (UTC)
replies: text: :複数のデータソース間で数値が異なる件は、おそらく「配列の読み直し」や「再解析」の結果新しいデータが論文になり、データとして登録されたからだと思います。おそらくこれからも変更が入るでしょう。Wikipedia は辞典ですのでデータそのものの正確性よりも、データの参照が可能かどうかの方が重要だと思います。その観点から言えば参照元を併記しておけばどの時点のデータでも良いとは思います。が、分子生物系の研究者が参照するデータは NCBI (GenBank) のデータである可能性が高いこと、新しい配列データがGenBankに登録されない可能性がごく低いこと、から NCBI のデータをバージョン番号を併記して利用した方が良いかなと思います。--Taketa 2006年7月11日 (火) 08:26 (UTC)
なるほど。自分で今の値に更新した時は独裁的でしたが、今度は二の舞にならないようにしたいと思います。そろそろ意見も出尽くしたような気がするのですが、投票をするのはどうでしょうか。もちろん投票以前の問題で意見があれば聞きたいですが…。--ピピヨン 2006年7月16日 (日) 12:07 (UTC)

text: 参照できる最新の値が掲載されているか、最新の値を閲覧する方法（外部リンク）が掲載されていればよいと考えます。なお、ビルド番号は通常、番号が大きいほど新しい内容が記録されています。投票については積極的には賛成しません。現在の内容は誤っておらず、特定のデータを強く推している方もみえないためです。---Redattore 2006年7月16日 (日) 12:52 (UTC)
そうですね。確かに、特定のデータに偏っていないという面では今の方が良いかも知れませんし（中立的でもあるし…）、最新の値は外部リンクでもいいですね（ウィキペディアはニュース速報でもないですし…）。では、本文中に「最新の情報はNCBIが公式サイト（英語）で公開している」と記述しておけばよいでしょうか。--ピピヨン 2006年7月16日 (日) 14:21 (UTC)

text: まぁ単純にどこからデータを引っ張ってきたかというだけですし、参照元のポインタさえ用意されていればどのデータでも問題ないと思います。NCBIへのポインタはなかなか難しそうですね。一覧表が用意されているわけではないですし...。脚注みたいなモノを作って-ここにアクセスして、こうしてこうすると、ここに表示されるのがこの染色体の塩基対数で、ここに表示されるのがこの染色体に存在する遺伝子数です。-というような形にするのが親切かもしれないんですが、そういうやりかたって wikipedia 的にはトリッキーな方法ですかねぇ？--Taketa 2006年7月16日 (日) 15:14 (UTC)
全然トリッキーなんかじゃないと思います。もしトリッキーだと思われてもそれならそれで良いじゃないですか。新しいですし、しっかりとした理由があるのですから。--ピピヨン 2006年7月17日 (月) 07:17 (UTC)
あっ、でも「ここに何が表示されて…」というのは要らないと思います。恐らく最新の情報は殆どの利用者にはあまり必要の無い情報であり、最新の情報が必要である少数の人々は殆どが研究者や専門であり、英語が読める必要性がある職業の人々だと考えられます。英語を知らない人も、機械翻訳や辞書などのツールの使い方を1つは知っていると考えられます。また、リンク先のデザインや配置などが変わる可能性があることからも「ここに何が表示されて…」という説明は要らないと私は思います。みなさんはどう思いますか?--ピピヨン 2006年7月18日 (火) 07:42 (UTC)

text: とりあえず注釈を増やしておきました。--ピピヨン 2006年7月21日 (金) 12:24 (UTC)
thread_title:  情報源の情報源